Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan

Tahun 2005 mulai ada santri yang tinggal di asrama pesantren seiring dengan terbentuknya Madrasah Tsanawiyah Al-Muttaqien Balikpapan. Pasa saat itu, santri kebanyakan berasal dari luar Balikpapan. Santri tingkat tsanawiyah dimasa tersebut adalah generasi awal santri Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien yang tinggal di asrama sekaligus mengikuti pembelajaran Madrasah Diniyyah dan kajian kitab salaf (kitab kuning). Pendidikan formal (kurikulum pemerintah) dan pendidikan pesantren mulai dipadukan.