Babak gugur Liga Eropa UEFA 2012–13

Pada setiap babak, masing-masing kedua tim yang bertemu akan memainkan dua pertandingan, sepasang pertandingan kandang-tandang, kecuali partai final. Hasil dari kedua pertandingan akan dijumlahkan dan tim yang memiliki skor agregat terbesar lolos ke babak berikut. Jika terjadi hasil imbang, maka tim yang lolos ditentukan dengan peraturan gol tandang, yaitu tim yang mampu mencetak gol lebih banyak saat bermain di kandang lawan lolos ke babak berikut. Jika jumlah gol tandang imbang, pertandingan kedua dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dalam dua babak masing-masing 15 menit. Peraturan gol tandang kembali diberlakukan pada masa perpanjangan waktu, maka jika kedua tim mencetak gol sehingga hasilnya masih imbang, tim tandanglah yang lolos ke babak berikut. Jika tidak terjadi gol maka pemenang ditentukan dengan adu penalti. Pada partai final, kedua tim yang bertemu akan memainkan satu pertandingan. Jika terjadi hasil imbang setelah waktu normal, pertandingan dilanjutkan dengan perpanjangan waktu dan jika kemudian masih terjadi hasil imbang, pemenang ditentukan dengan adu penalti.