Wilayah perairan Jepang

Perairan Jepang memiliki tiga ekosistem yang berbeda. Di perairan utara, lautan tertutup es di lepas Shiretoko Peninsula yang berbatasan dengan laut Okhotsk. Di perairan tengah bersuhu sedang di semenanjung Izu yang menghadap ke samudra Pasifik dan teluk Toyama yang menghadap ke laut Jepang atau laut Timur. Kepulauan Ryukyu yang berada di antara laut Cina Selatan dan laut Philipina. Di perairan selatan terdapat kepulauan Bonin yang terdiri dari 30 pulau, sekitar 800 km di selatan Tokyo, berada di samudra Pasifik dan berbatasan dengan laut Philipina.