Molecular beacon

Molecular beacon adalah oligonukleotida berbentuk tangkai melingkar yang dilabel dengan fluorophore dan quencher. Saat tidak ada gen target, tangkai akan menyatukan fluorophore dan quencher sehingga menghambat produksi sinyal fluoresensi. Saat probe molecular beacon berhibridisasi dengan sekuens gen target spesifik, tangkainya akan terpisah sehingga sinyal fluoresensi dapat dihasilkan oleh fluorophore. Ikatan antara molecular beacon dan sekuens gen target bersifat sangat spesifik, dan hanya sekuens yang berpasangan sempurna dapat berhibridisasi dengan molecular beacon.