Cornell Paper

Teori kedua adalah bahwa alih-alih mendalangi Gerakan 30 September secara langsung, "PKI berperan dalam meyakinkan Presiden Soekarno, langsung maupun tidak, untuk menyingkirkan secara massal musuh-musuhnya (dan mereka) di tubuh angkatan bersenjata". Gerakan itu kemudian akan didalangi oleh sang Presiden secara langsung, berdasarkan motif menyingkirkan para petinggi Angkatan Darat yang menolak gagasannya tentang sebuah negara berdasar Nasakom. Anderson dan McVey meragukan teori ini dengan cara menguraikan ancaman-ancaman yang telah diketahui terhadap kekuasan Soekarno sebelum meletusnya Gerakan 30 September, dan menemukan hawa asumsi utamanya, "bahwa kegagalan Soekarno untuk mengendalikan kepemimpinan angkatan bersenjata secara penuh dalam beberapa tahun terakhir", hanyalah sebuah simpulan yang samar-samar. Mereka kemudian mempertanyakan mengapa sang Presiden akan memutuskan untuk menculik dan membunuh para jenderal "dengan begitu kentara dalam sudut pandang politis" jika ia berwenang memecat mereka secara langsung. Dalam pendapat Anderson dan McVey, "Soekarno menempatkan dirinya dalam posisi luar biasa sulit di Halim dan menghabiskan sehari penuh di sana, kebingungan tanpa arah".