Fafner in the Azure

Tahun ini 2148. Dua tahun setelah akhir asli dalam serial TV Fafner in the Azure, Tatsumiya Island dan penduduknya masih hidup telah kembali ke beberapa kemiripan pemulihan. Namun, hal yang telah menjadi putus asa untuk pahlawan kita, Kazuki; hampir buta sekarang, dan sebagian lumpuh dari pertempuran dengan festum dua tahun sebelumnya, ia menempel janji temannya jatuh Soshi dibuat kepadanya untuk kembali ke pulau dan mengatur hal yang benar kembali. harapan Kazuki suar ketika lifeform terdeteksi dalam sebuah kapal selam tak berawak yang datang mengambang ke Tatsumiya Bay satu malam, tapi orang di atas kapal tidak Soshi; itu adalah "anak" misterius bernama Misao Kurusu yang mungkin tidak sepenuhnya manusia, dan yang mengaku telah dikirim oleh Soshi. Dengan kedatangan Misao ini, permusuhan pecah lagi antara Angkatan Darat Manusia dan festum, dan pilot Fafner yang dilemparkan ke dalam pertempuran paling putus asa kehidupan mereka - kali ini, dengan nasib dua ras naik di pundak mereka.