Gereja Kristen Protestan Indonesia

Pertikaian memuncak dalam Rapat atau Sinode Khusus yang dilangsungkan di Parapat, Sumatera Utara tanggal 19 - 25 Juli 1964. Sebagian peserta Sinode mengundurkan diri. Lalu bersama sebagian jemaat HKBP mendirikan gereja baru pada tanggal 30 Agustus 1964 di Pematangsiantar dan mengangkat Pdt.Dr. Andar Lumbantobing, seorang dosen dan Ketua (rektor) Universitas HKBP Nommensen sebagai pimpinan (disebut Bishop) dan Pdt.Dr. Sutan M. Hutagalung, juga dosen di Universitas HKBP Nommensen, sebagai Sekretaris Jenderal. Mereka memimpin GKPI hingga tahun 1988.Doktrin (atau dogmatis) dan teologi gereja ini tidak berbeda jauh dengan HKBP.Pokok-pokok Pemahaman Iman GKPI ini juga mengacu pada sejumlah dokumen iman gereja dari segala abad, terutama yang dipelihara dalam tradisi iman gereja reformatoris, antara lain Pengakuan Iman Rasuli, Pengakuan Iman Nicea-Konstantinopel, Pengakuan Iman Athanasianum, Katekhismus Martin Luther dan Konfessi Augsburg, demikian juga Pokok pokok ajaran bapa-bapa gereja yang diakui sebagai bersifat ekumenis dan reformatoris. Dan sebagai bagian dari gereja Kristen yang mengesa di Indonesia, Pokok-pokok Pemahaman iman ini juga mengacu kepada Pemahaman Bersama Iman Kristen di Indonesia (PBIK), salah satu dari Lima Dokumen Keesaan Gereja (LDKG) yang dirumuskan bersama di dalam Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI).