Divisi Utama Liga Indonesia 1998–99

28 tim terbagi dalam tiga divisi. Divisi Barat terbagi atas 3 grup, di mana Grup 1 dan Grup 3 terdiri dari 6 tim sementara Grup 2 terdiri dari 5 tim. Divisi Tengah terdiri dari 5 tim yang masuk dalam 1 grup, sementara Divisi Timur terdiri dari 6 tim yang masuk dalam 1 grup.