Transportasi di Kota Atambua

Jalur bemo ini sudah ditentukan oleh dinas Pariwisata, dan dinas Perhubungan, untuk bemo #1: dari Pasar Baru ke Halilulik., bemo #2: Pasar Baru ke Umanen, bemo #3: Bandara ke Lampu Merah Pelita, bemo #4: Bandara ke Pasar Baru, lewat Tini.
Di dalam kota ini, selain transportasi darat, terdapat juga transportasi udara, yaitu melalui Bandar Udara A. A. Bere Talo. Jarak dari pusat kota 5km, bandara ini adalah salah satu dari belasan bandara di NTT. Bandara ini melayani penerbangan domestik dengan 2 pesawat terbang, Wings Air, dan Susi Air, yang melayani 6 penerbangan setiap minggunya.
Kota ini juga dilayani oleh 2 pelabuhan laut, yaitu pelabuhan Atapupu dan pelabuhan Tegur (Teluk Gurita).
Pelabuhan Atapupu merupakan pelabuhan kargo, dan minyak, sedangkan Pelabuhan Tegur merupakan pelabuhan ferry yang melayani rute Atambua Alor dan Atambua - Kupang, dan sejumlah tempat lainnya.