Docking (molekuler)

Untuk melakukan skrining, harus memiliki bentuk protein yang diinginkan. Untuk mendapatkan bentuk protein yang diinginkan, terdapat tiga teknik yaitu kristalografi yaitu proses untuk mendapatkan kristal protein lalu ditembakkan menggunakan sinar X pada suatu film, spektroskopi NMR yaitu melihat resonansi inti magnet yang direasikan dengan protein, dan mikroskop elektron. Teknik ini masing-masing memiliki kelemahan dan kelebihan seperti jumlah sampel, keakuratan, dan sebagainya. Saat ini telah ada pangkalan data protein yaitu RCSB yang lengkap, disimpan dalam ekstensi .pdb, beserta substrat protein tersebut. Dua hal yang menunjang keberhasilan "docking" adalah algoritme yang digunakan dan fungsi penilaian.
Dalam mencari algoritme ada tiga hal yang harus diperhatikan yaitu fleksibilitas substrat, dan fleksibilitas reseptor.