Konflik Chad-Libya

Di N'Djamena, kehadiran dua angkatan bersenjata yang sebaya (FAN yang dipimpin oleh Perdana Menteri Habré dan FAT yang dipimpin oleh Presiden Malloum) memicu pertempuran N'Djamena yang mengakibatkan kerutuhan negara dan bangkitnya elit-elit utara. Insiden kecil mulai membesar pada tanggal 12 Februari 1979 menjadi pertempuran berskala penuh antara pasukan Habré dan Malloum, dan pertempuran semakin menggelora pada tanggal 19 Februari 1979 ketika tentara Goukouni memasuki ibukota untuk bertempur bersama Habré melawan FAT. Pada tanggal 16 Maret 1979, ketika konferensi perdamaian internasional pertama diadakan, 2.000 - 5.000 orang terbunuh dan 60.000 - 70.000 terpaksa mengungsi dari ibukota. Pasukan Chad yang jumlahnya sudah menipis meninggalkan N'Djamena dan kota tersebut jatuh ke tangan pemberontak. Para pemberontak mereorganisasi diri mereka di selatan di bawah kepemimpinan Wadel Abdelkader Kamougué. Selama pertempuran, garnisun Perancis hanya menonton saja dan kadang membantu Habré seperti saat mereka meminta Angkatan Udara Chad untuk menghentikan pengeboman dari udara.