Pemberontakan Shimabara

Dalam rangka membangun istana baru milik klan Matsukura di Shimabara, pemerintah setempat menaikkan pajak secara berlebihan yang memicu kemarahan dari petani lokal dan para ronin. Ketidakpuasan terhadap pemerintah juga diperburuk dengan adanya penindasan terhadap orang Kristen setempat yang berakhir dengan pecahnya pemberontakan bersenjata pada tahun 1637. Keshogunan Tokugawa mengirimkan lebih dari 125.000 prajurit untuk mengepung para pemberontak yang bertahan di Istana Hara. Setelah pemberontakan dipadamkan, pemimpin pemberontak bernama Amakusa Shiro dipancung, dan Kekristenan semakin dilarang. Kebijakan negara tertutup semakin diperketat, dan pemburuan sewenang-wenang terhadap orang Kristen terus berlanjut hingga tahun 1850-an.