Inkuisisi Spanyol

Ferdinand II kemudian menekan Paus Sikstus IV agar menyetujui pembentukan sebuah Inkuisisi yang dikendalikan oleh Spanyol. Paus menyetujuinya karena Ferdinand mengancam menarik dukungan militernya kepada Sang Paus, padahal saat itu Kepausan sedang terancam oleh Turki Ottoman. Namun kemudian Sikstus IV menuduh Inkuisisi Spanyol terlalu bersemangat, dan menuduh Ferdinand dan Isabella terlalu rakus dan mengeluarkan sebuah bulla untuk menghentikannya, tetapi Ferdinand mendesak Sikstus untuk menarik kembali bulla tersebut. Dalam kedua kejadian tersebut Sikstus dan Ferdinand tetap saling akur satu sama lain.