Systematic Chaos

Bagian pertama yang direkam, berisi dua puluh lima menit epik "In the Presence of Enemies," digambarkan oleh Petrucci sebagai "lambang penciptaan Dream Theater". Dia melanjutkan untuk menggambarkan komposisi sebagai yang "sangat progresif, sangat panjang"; juga mencatat bahwa lagu itu mengatur nada yang baik untuk menulis dan merekam seluruh album. Rekaman terpanjang mereka sejak "Six Degrees of Inner Turbulence" itu dibagi menjadi dua bagian, karena lagu ini cocok sebagai pembuka dan penutup untuk album pada waktu yang sama. Menurut Portnoy, band ini merasa lagu ini terlalu panjang sebagai pembuka album, tetapi band juga tidak ingin menutup album dengan lagu yang panjang, karena mereka telah melakukannya pada lagu "Octavarium", dengan durasi dua puluh empat menit dari album terakhir mereka "Octavarium" (2005). Duology ini biasanya dimainkan secara keseluruhan dalam pertunjukan live. Selama rekaman, karya tersebut berjudul, "The Pumpkin King".