Bandar Udara Hakodate

Bandar udara ini memiliki terminal penumpang berlantai tiga. Lantai pertama digunakan sebagai lobi kedatangan bagi penumpang, area pengambilan bagasi, dan untuk "check in". Lantai kedua digunakan untuk ruang tunggu keberangkatan dalam dan luar negeri. Lantai ketiga digunakan sebagai dek pengamatan keadaan di sekeliling bandar udara.