Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia

Dalam menjalankan roda organisasinya, MPH PGI dibantu oleh sejumlah Bidang dan Biro, yaitu Bidang Keesaan dan Pembaharuan Gereja (Koinonia), Bidang Keadilan dan Perdamaian (Koinonia), dan Bidang Kesaksian dan Keutuhan Ciptaan (Marturia). Adapun biro yang membantu adalah Biro Perempuan dan Anak, Biro Pemuda dan Remaja, dan Biro Penelitian dan Pengembangan (Litbang), serta Biro Hubungan Masyarakat (Humas). Dalam pergerakan ekumenis, PGI juga dibantu oleh Yayasan Komunikasi Masyarakat (Yakoma), yang membantu PGI dalam hal publikasi, media, dan pengembangan sumber teknologi.