Tanzim Qaidat al-Jihad fi Bilad al-Rafidayn

Pada 7 Juni 2006, pemimpin AQI, al-Zarqawi, dan penasehat spiritual-nya Sheik Abd-Al-Rahman, terbunuh oleh sebuah serangan udara A.S. dengan dua bom seberat 500lb (230kg) di sebuah rumah perlindungan dekat Baqubah.
Kepemimpinan kelompok tersebut kemudian dipindahtangankan oleh militan Mesir Abu Ayyub al-Masri, yang juga dikenal sebagai Abu Hamza al-Muhajir.