**DNA polymeráza** (iné názvy: **DNA-polymeráza**, **polymeráza DNA**, **DNK polymeráza**, **DNK-polymeráza**, **polymeráza DNK**) je enzým schopný syntetizovať nové vlákno DNA na základe predlohy vo forme komplementárneho vlákna. Rola DNA polymeráz v bunke spočíva v replikácii DNA. Existuje niekoľko prokaryotických a eukaryotických DNA polymeráz, ktoré sa navzájom odlišujú presnosťou replikácie, schopnosťou opravovať spôsobené chyby a schopnosťou odbúravať vlákno na 5' konci DNA. Ich spoločnou vlastnosťou, ktorá je daná ich funkciou, je schopnosť pripájať monofosfáty deoxyribonukleotidov (dNMP) k 3'-OH koncu syntetizovaného reťazca. Spôsobujú tak polymeráciu jedného vlákna DNA v smere od 5' konca ku 3' koncu, hovorí sa teda, že majú 5'-3' polymerázovú aktivitu.

Dodatočná funkcia väčšiny DNA polymeráz je 3'-5' exonukleázová aktivita, vďaka ktorej sa môže polymeráza "vrátiť" a odbúrať práve syntetizovanú dvojicu nukleotidov. Táto aktivita je dôležitá pre minimalizáciu nepresností pri replikácii DNA. Ďalšou dodatočnou, ale skôr vzácnou funkciou, je 5'-3' exonukleázová aktivita, vďaka ktorej môžu niektoré DNA polymerázy odbúravať primery a DNA opravovať.

Podobne, ako iné enzýmy interagujúce s DNA, potrebuje DNA polymeráza pre svoju aktivitu horečnaté katióny Mg2+, ktoré stabilizujú záporne nabité fosfátové skupiny DNA. Monoméry DNA sa reakcie polymerácie zúčastňujú ako deoxyribonukleotidtrifosfáty a energia pre tvorbu fosfodiesterovej väzby medzi fosfátom a voľnou 3'-OH skupinou syntetizovaného vlákna je dodaná rozštiepením začleňovaného deoxynukleotidtrifosfátu na deoxynukleotidmonofosfát a pyrofosfát.

Prokaryotické DNA polymerázy
----------------------------

Bakteriálne DNA polymerázy sa označujú rímskymi číslicami.

| Polymeráza | Štruktúrny gén | Podjednotky | Molekulová hmotnosť v Daltonoch | 3'-5' exonukleázová aktivita | 5'-3' exonukleázová aktivita | Rýchlosť polymerizácie (nukleotidov/s) | Procesivita (počet pridaných nukleotidov pred disociáciou) |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| DNA polymeráza I | *polA* | 1 | 103 000 | áno | áno | 10-20 | 3-200 |
| DNA polymeráza II | *polB* | 7 | 88 000 | áno | nie | 40 | 1500 |
| DNA polymeráza III | *polC (dnaE)* | 10 a viac | 791 500 | áno | nie | 250-1 000 | nad 500 000 |

### DNA polymeráza I

DNA polymeráza I je prvou DNA polymerázou izolovanou z bakteriálneho kmeňa *E. coli*. Už krátko po jej objave vyšlo najavo, že nie je vhodná pre replikáciu celého genómu *E. coli* - jej nameraná rýchlosť je 100x pomalšia ako rýchlosť pohybu replikačnej vidličky a má veľmi nízku procesivitu (schopnosť vykonávať činnosť nepretržite). Na rozdiel od ostatných polymeráz však má 5'-3' exonukleázovú aktivitu, vďaka ktorej môže odbúravať nukleotidy (či už DNA alebo RNA vlákna), ktoré by inak bránili polymeráze v pohybe v smere od 5' konca ku 3' koncu syntetizovaného vlákna. Vďaka tejto schopnosti hrá DNA polymeráza I rolu v odbúravaní primerov, rekombinácii a pri oprave DNA. 5'-3' exonukleázovú aktivitu zabezpečuje malý fragment, ktorý je možné od zvyšku enzýmu oddeliť miernou proteolýzou. Zvyšok enzýmu (tzv. veľký alebo Klenowov fragment) si v takom prípade zachováva 5'-3' polymerázovú a 3'-5' exonukleázovú aktivitu.

### DNA polymeráza II

DNA polymeráza II na rozdiel od DNA polymerázy I nemá 5'-3' exonukleázovú aktivitu. Skladá sa až zo siedmich podjednotiek, DNA syntetizuje približne 2x rýchlejšie a má tiež niekoľkonásobne vyššiu procesivitu. Napriek tomu však jej vlastnosti nie sú dostatočné pre replikáciu celého genómu baktérie.

### DNA polymeráza III

DNA polymeráza III je hlavná DNA polymeráza v *E. coli*. Podobne, ako DNA polymeráze II, jej chýba 5'-3' exonukleázová aktivita, jej rýchlosť je však asi 100x vyššia ako rýchlosť DNA polymerázy I. Za jednu sekundu teda pripojí k jednému vláknu 250-1 000 nukleotidfosfátov. Skladá sa z 13 podjednotiek označovaných gréckymi písmenami - α podjednotka zodpovedá za polymeráciu a ε podjednotka za 3'-5' exonukleázovú aktivitu. Zvyšné jednotky tvoria telo enzýmu, pričom dôležité sú β podjednotky, ktoré fungujú ako zverák a zabezpečujú, aby sa komplex neoddisocioval od vlákna DNA, čiže vysokú procesivitu.

Eukaryotické DNA polymerázy
---------------------------

Eukaryotické DNA polymerázy sú štruktúrne a funkčne podobné polymerázam prokaryotickým. Skladajú sa z viacerých podjednotiek a označujú sa gréckymi písmenami.

### DNA polymeráza α

DNA polymeráza α svojou funkciou vybočuje z rady ostatných DNA polymeráz. Nemá 3'-5' exonukleázovú aktivitu a pravdepodobne hrá rolu len v syntéze krátkych primerov, či už z RNA alebo z DNA, tvoriacich Okazakiho fragmenty.

### DNA polymeráza β

DNA polymeráza β hrá rolu predovšetkým pri oprave DNA, konkrétne v miestach, na ktorých boli nukleotidové báze chemicky modifikované (oxidáciou, metyláciou a pod.).

### DNA polymeráza γ

DNA polymeráza γ je živočíšna DNA polymeráza, ktorá slúži exkluzívne na replikáciu DNA v mitochonriách, v ktorých hrá rolu aj v oprave DNA a v jej rekombinácii.

### DNA polymeráza δ

DNA polymeráza δ je hlavnou eukaryotickou polymerázou. Asociuje s proteínom PCNA (z angl. proliferating cell nuclear antigen), ktorý je štruktúrne veľmi podobný β podjednotke bakteriálnej DNA polymerázy III a tak aj funguje - výrazne zlepšuje procesivitu DNA polymerázy δ. DNA polymeráza δ má schopnosť 3'-5' exonukleázovej aktivity a pri replikácii sa podieľa na syntéze vedúceho aj oneskorujúceho sa vlákna.

### DNA polymeráza ε

DNA polymeráza ε v niektorých prípadoch nahradzuje DNA polymerázu δ, predovšetkým pri oprave DNA a pravdepodobne aj pri 5'-3' exonukleázovej aktivite, pri ktorej odbúrava primery (podobne ako prokaryotická DNA polymeráza I).

Reverzná transkriptáza
----------------------

Reverzná transkriptáza je RNA závislá DNA polymeráza, ktorá syntetizuje nové vlákno DNA komplementárne k existujúcemu vláknu RNA. Navyše má schopnosť odbúravať RNA vlákno, ktoré je komplementárne spárované k DNA vláknu. Reverznú transkriptázu využívajú retrovírusy na prepis svojej RNA do DNA, ktorú následne začleňujú do genómu hostiteľskej bunky. Ide napríklad o vírus hepatitídy B alebo HIV.

Využitie vo výskume
-------------------

DNA polymeráza je jeden z najdôležitejších enzýmov, ktoré sú vedecky využívané pri práci s DNA, konkrétne pre jej amplifikáciu, klonovanie a sekvenáciu. Pre účely molekulárnej biológie boli izolované termostabilné DNA polymerázy, predovšetkým z bakteriálnych a archeálnych organizmov žijúcich v morských hlbinách. Tieto DNA boli pre vedecké účely ďalej modifikované mutáciami, aby bola ich aktivita zlepšená v prospech daného účelu. Doposiaľ najväčšie využite nachádzajú DNA polymerázy v tzv. polymerázovej reťazovej reakcii (PCR), vďaka ktorej môžu vedci amplifikovať z jednej molekuly templátovej DNA ľubovoľný úsek DNA.

Referencie
----------

1. ↑  DNA polymeráza. In: Encyclopaedia Beliana 3, S. 437
2. ↑  DNA-polymeráza. In: Malá slovenská encyklopédia 1993, S. 159
3. ↑  Anglicko-slovenský slovník medicíny, 1998, S. 436
4. ↑  polymeráza. In: Malá encyklopédia biológie, 1975, S. 389
5. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12  NELSON, David L.; COX, Michael M.. *Lehninger Principles of Biochemistry*. 6. vyd. New York : W. H. Freeman and Company, 2013. ISBN 978-1-4641-0962-1. (anglicky)
6. ↑  KOLEKTÍV AUTOROV. *Biochemie - Základní kurz*. 3. vyd. Praha : Učební texty Univerzity Karlovy v Praze, 2000. (česky)
7. ↑  KAGUNI, L. S.. DNA polymerase gamma, the mitochondrial replicase. *Annual review of biochemistry*, 2004, s. 293-320. (anglicky)

Pozri aj
--------

* Replikácia DNA
* Molekulárne klonovanie
* Ligáza
* DNA