V Sudáne prebehli od vyhlásenia nezávislosti 2 dlhotrvajúce občianske vojny a nezávisle od nich sa odohráva konflikt v Darfúre. Zatiaľ, čo občianske vojny sú okrem iného hlavne nábožensko-etnickým sporom medzi južnými (africkými) a severnými (arabskými) kmeňmi, konflikt v Darfúre prebieha medzi moslimami, jedni majú však arabský, druhí africký pôvod. Oba spory majú ale jedno spoločné - snahu nearabských obyvateľov o proporčnú účasť na vládnutí.

Prvá občianska vojna
--------------------

Prvá občianska vojna začala pol roka pred vyhlásením nezávislosti Sudánu, keď sa členovia britských rovníkových zborov spolu s miestnou políciou vzbúrili vo viacerých mestách v južných provinciách. Napriek tomu, že boli tvrdo potlačení, tí, čo prežili sa spojili z juhosudánskymi študentmi a postupne prerástli do hnutia za odtrhnutie juhu a je známe pod menom Gerilová armáda Anyanya. V šesťdesiatych rokoch sa hnutie šírilo vo všetkých južných provinciách, ale stroskotalo na etnických nezhodách. Centrálna vláda však nedokázala získať vo vojne prevahu, pretože v 50-tych a 60-tych rokoch trpela nestabilitou a frakcionalizáciou: V roku 1959 sa skončilo krátke obdobie parlamentnej demokracie vojenským prevratom generála Ibrahima Abbúda. A aj keď v polovici šesťdesiatych rokov sa učinili pokusy o návrat demokratického zriadenia, v roku 1969 sa udial ďalší prevrat vedený plukovníkom Dža’farom Muhammadom an-Nimajrím. Tento zrušil všetky styky s komunistickými režimami a obrátil sa k západu – nutnou podmienkou tohoto obratu bolo zabezpečiť mier v krajine, a preto sa rozhodol ukončiť občiansku vojnu. Do veľkej miery mu pomohlo, že na juhu sa pod vedením niekdajšieho armádneho dôstojníka Josepha Lagu vytvorilo Juhosudánske osloboditeľské hnutie – SSLM. Bola to prvá organizácia, ktorá sa mohla zasadzovať a vyjednávať v mene celého južného Sudánu. Tým získal Nimajrí partnera pre vyjednávanie mieru. V roku 1972 podpísal s Josephom Lagu Dohodu z Addis Abeby, ktorá dávala juhu veľkú mieru autonómie, čím nastalo zhruba 10 rokov trvajúce obdobie prímeria.

Druhá občianska vojna
---------------------

Problémy nastali až po objavení ložísk ropy a po začatí plánu pripojenia týchto oblastí k severu. Na dôvažok vrcholila práve začiatkom osemdesiatych rokov kampaň Nimajrího, ktorá mala transformovať Sudán v moslimsko - arabský štát. V roku 1983 preto Nimajrí rozdelil juh na tri regióny a zaviedol celoplošne islamské právo šaríja. Aby zaistil jeho zavádzanie, vyhlásil v apríli 1983 v Sudáne núdzový stav. Porušovanie ľudských práv a osobných slobôd, ako aj používanie krutých trestov pre nemoslimských obyvateľov severu viedlo k obnoveniu občianskej vojny. 
V tom istom roku vznikla na čele s Johnom Garangom SPLA. Hnutie chcelo dosiahnuť zostavenie demokratickej ústavy, ktorá by odstránila marginalizáciu juhozápadných kmeňov a zrušenie islamského práva. Začatie rozhovorov medzi juhom a severom bolo umožnené až povstaním v roku 1985, ktoré zosadilo Nimajrího a voľbami v roku 1986, v ktorých bola zvolená demokratická vláda na čele zo Sadikom al-Mahdim. V nasledujúcom období vláda začala so SPLA rokovať o mierovej zmluve. Rokovania boli vládou brzdené, čo viedlo armádu k tomu, aby premiérovi začiatkom roku 1989 dala ultimátum. Pretože si chcel udržať moc, dohodol sa so SPLA a naplánoval na koniec roka konferenciu, kde sa dohodne nová ústava.
Armáda však už na to nedbala a nahradili civilnú vládu 15 vojenskými dôstojníkmi. Generál Hassan al-Bašir sa stal prezidentom , premiérom aj náčelníkom ozbrojených síl. Právo šaríja sa začalo uplatňovať ešte dôslednejšie, boli zrušené politické strany a autonómia juhu sa stratila v nedohľadne. 
V roku 1991 sa udiali dve významné udalosti. SPLA stratila podporu z Etiópie a od SPLA sa odtrhli dve frakcie. Preto deväťdesiate roky boli poznamenané nejednotnosťou južných rebelských skupín. Ďalším problémom bolo, že vláda nebola ochotná definitívne vyriešiť vzťah medzi náboženstvom a štátom a dať juhu autonómiu. 
Oficiálne mierové rokovania medzi vládou a SPLA začali až v roku 2002. Už začiatkom roku 2004 sa črtala dohoda, rokovania sa ale ešte o rok pretiahli. Konečnú dohodu podpísali SPLA a jedna frakcia SLA (rebelantské hnutie v Darfúre). Výsledok rokovaní sa však nepáčil rebelom v ostatných okrajových častiach Sudánu (napríklad v Darfúre alebo etniku Beža na východe) a je považovaný za jednu z príčin najnovšej občianskej vojny, ktorá prebieha v Darfúre.

Konflikt v Darfúre
------------------

Súčasný konflikt v Darfúre sa začal na začiatku roku 2003, keď sa sformovali dve rebelantské skupiny – SLA a JEM a zaútočili na vládne vojenské objekty. Ich útok bol však len odpoveďou na mnoho rokov trvajúcu vládnu kampaň proti Sudáncom, ktorí majú africký pôvod. Vláda pripúšťa, že po útoku rebelov zmobilizovala tzv. „sebaobranné milície", ale dištancuje sa od arabských kočovných milíc Džandžavídu. Podľa utečencov z Darfúru sa to však má inak – po tom, ako vládne lietadlá vykonajú nálety nad určitou oblasťou, vtrhnú sem Džandžavíd na koňoch a ťavách, zabíjajúc mužov, znásilňujúc ženy a berúc všetko, čo sa im dostane pod ruky. 
Konflikt v oblasti prebieha už takmer 4 roky a vyzerá to tak, že napriek pobúreniu medzinárodného spoločenstva, apelom hláv štátov a výzvam OSN si sudánsky prezident Hassan al-Bašir robí, čo sa mu zachce. Svojhlavosť tohto vodcu sa prejavuje napríklad v ignorovaní rezolúcie OSN z roku 2005, ktorá zaviedla nad Darfúrom bezletovú zónu. Ďalej mu OSN začiatkom roku 2006 ponúkla, že do oblasti pošle okolo 22 000 jednotiek s „modrými prilbami", ale prezident argumentoval tým, že je to proti bezpečnosti Sudánu a bol maximálne ochotný pripustiť 7 000 vojakov Africkej únie. Jeho odmietnutie vojsk OSN bolo príčinou toho, že darfúrski rebeli porušili v októbri prímerie so sudánskou vládou, ktoré trvalo od mája 2006, a napadli tábor sudánskej armády. Vyslanec OSN Jan Pronk zmienil túto porážku na svojom blogu, čo predstavovalo pre al-Bašira skvelú zámienku na jeho vyhostenie z krajiny. A zároveň tým naznačil, že mu je svet ukradnutý. 
V súčasnosti je najväčším problémom to, že darfúrsky konflikt moslimov tmavej pleti proti arabským moslimom sa prelieva do okolitých krajín a to najmä do Stredoafrickej republiky a Čadu. V nich sú totiž slabí prezidenti s ešte slabšími vojskami a tiež tam existuje etnické rozdelenie populácie na moslimov verzus kresťanov a animistov. „Chartúm pomáha povstalcom v Čade na oplátku za to, že N’Djamena podporuje rebelov v súdánskom Dárfúre."