**Vedecká klasifikácia** je spôsob identifikovania a zoskupovania organizmov podľa vzájomných príbuzenských (resp. vývojových) vzťahov do skupín – taxónov. Zahŕňa taxonómiu (vedu o klasifikácii živých organizmov), systematiku (štúdium vzťahov medzi živými organizmami) a fylogenézu (evolučnú históriu skupín organizmov).

Typy skupín organizmov vo vedeckej klasifikácii
-----------------------------------------------

### Prirodzené skupiny

Monofyletická skupinaje vývojová vetva s jediným pôvodným druhom, ktorá zahrňuje všetkých jeho potomkov. Plazy, ako prirodzená skupina zahŕňajú aj vtáky, kým ako neprirodzená (umelá) skupina vtáky nezahrňujú (v Linnéovskom systéme).
### Umelé skupiny

Umelé skupiny sú neprirodzené skupiny vytvorené človekom či už omylom, alebo pre lepšiu prehľadnosť. Existujú dva typy umelých (neprirodzených) skupín, parafyletické a polyfyletické.

Parafyletická skupinapredstavuje vývojovú vetvu s jedným pôvodným druhom, ktorá nezahrňuje všetkých jeho potomkov. Trieda obojživelníky je parafyletická umelá skupina, lebo nezahŕňa modifikované formy, teda plazy.
Polyfyletická skupinapredstavuje zoskupenie rodov, ktoré vznikli z viacerých navzájom nepríbuzných foriem, alebo dokonca viacerých odlišných skupín. Ich posledný spoločný predok teda nie je len ich exkluzívny spoločný predok, ale aj predok druhov z niektorej inej skupiny. Dobrým príkladom polyfyletickej skupiny je *Carnosauria* v ponímaní z osemdesiatych rokov minulého storočia. Vtedy boli do nej radené všetky známe veľké dinosaury, dokonca veľké krokodílom príbuzné rauisuchidy. Neskoršie sa ukázalo, že podskupiny tvoriace Carnosauria reprezentujú nezávislé vývojové línie.

Typy klasifikácie
-----------------

### Klasifikácia podľa Linného

Linnéovská klasifikácia je všeobecne najrozšírenejší typ klasifikácie organizmov. Jej základy stoja na diele *Systema Naturae*, ktorú napísal švédsky botanik Carl von Linné (niekedy sa uvádza polatinčená forma jeho mena Carolus Linnaeus) kde správne pochopil druh ako základnú biologickú jednotku a vyvinul systém triedenia druhov do stále širších skupín s hierarchickým usporiadaním podľa veľkosti. 

Základnými jednotkami Linnéovskej klasifikácie sú (hierarchicky od najmenšieho po najväčší) druh, rod, čeľaď, rad, trieda, kmeň (v rastlinnej ríši nazývaný oddelenie) a ríša. Pre detailnejšie zobrazenie príbuzenských vzťahov sa používajú odvodené úrovne (opäť menované hierarchicky) infra-, pod- a nad-. Napríklad načeľaď, podtrieda alebo infrarad. 

Linnéovská klasifikácia je veľmi užitočná na ilustráciu príbuzenstiev dnešných organizmov, no po aplikácii na už vymreté druhy a skupiny nastávajú problémy, najmä ak je snaha o zachovanie zobrazenia vývojových príbuzenstviev v rámci ancestrálnych a dcérskych skupín. Z vývojového hľadiska sú totiž plazy skupinou obojživelníkov, cicavce skupinou plazov atď. Linnéovská klasifikácia však uznáva aj neprirodzené (umelé) skupiny a naďalej ponecháva týmto skupinám rovnocenný status triedy. Ťažko je tiež zaradiť druhy a skupiny predstavujúce medzistupňe (napr. skupinu vtáčích dinosaurov Maniraptora – dinosaury sa zväčša ponímajú ako plazy, zástupcovia Maniraptora, všetko operené druhy, sú však od vtákov odlíšení len na základe anatomických detailov, no ako pevnú súčasť dravých dinosaurov skupiny *Coelurosauria* ich nemožno vymaniť spod dinosaurov). 

### Kladistika

*Bližšie informácie v hlavnom článku: Kladistika*
Kladistika je spôsob klasifikácie živých organizmov, dominantný najmä v paleontológii a evolučnej biológii, ktorý uznáva len prirodzené skupiny a kopíruje vývojové vzťahy skupín. Jednotlivé skupiny, v kladistike nazývané klady, odvodzuje podľa odvodených (novo vyvinutých) znakov posledného spoločného predka, ktoré zdieľajú všetci jeho potomkovia, nie však druhy mimo dotyčného kladu. 

Klady nemajú danú hierarchickú hodnotu (ako napr. trieda alebo rad). Klad môže teda obsahovať neobmedzený počet nižších kladov, hoci najnižšie si, z praktického hľadiska, zachovali úrovne čeľade, rodu a ich odvodených taxónov (podčeľaď atď.). 

Rodostromom podobné diagramy, ktoré znázorňujú vývojové vzťahy medzi kladmi nazývame kladogramy. Kladogramy však nezobrazujú priame vzťahy medzi materskými a dcérskymi kladmi, ale poradie, v akom sa skupiny rozvetvovali. Každý klad kladogramu je charakterizovaný vznikom aspoň jedného odvodeného znaku.

Príklad zjednodušeného kladogramu (v tomto prípade primitívnych vtákov) aj s odvodenými znakmi kladov. Archaeopteryx, ako vták, zdieľa spoločný odvodený znak vtákov (skrátený chvost), nie však odvodený znak jemu sesterskej skupiny (pygostyl):

* Vtáky (skrátený chvost)
	+ Archaeopteryx
	+ Pygostylia (posledných päť chvostových stavcov je zrastených)
		- Confuciusornithida
		- Ornithoraces (alula)
			* Ornithuromorpha (úplne zrastené kosti chodidla)
				+ Ornithurae (osteň na štvorbokej kosti)

Pozri aj
--------

* Systém živých organizmov (konkrétne klasifikácie)
* Evolúcia
* Evolučná biológia