**Alojzije Mišić** (10. novembar 1859. – 26. mart 1942.) bio je prelat Katoličke Crkve koji je služio kao biskup mostarsko-duvanjski i trajni apostolski upravitelj trebinjsko-mrkanski od 1912. do 1942. Bio je provincijal Franjevačke provincije Bosna Srebrena između 1909. i 1912. godine.

Biografija
----------

### Mladost i školovanje

Rođen je u porodici Mate i Marije (rođena Cigić) u Gradišci i kršten imenom Stjepan. Alojzije je imao dvije sestre, Mariju i Persu, koja je bila časna sestra. Porodica mu je poreklom iz Hercegovine. U detinjstvu je imao nadimak Stipo ili Stipica. Mišić je pohađao državnu školu u svom rodnom mestu od 1866. do 1870.  Njegovi roditelji su nameravali da ga dobro obrazuju, a u tome im je pomogao lokalni paroh fra Marko Dulibić, koji ih je savetovao da Stjepana pošalju u Franjevačko semenište. Dana 18. juna 1870. stupio je u Bosansku franjevačku provinciju i završio četiri razreda niže gimnazije u Ivanjskoj, koju je pohađao od 1870. do 1874. godine. Dana 21. septembra 1874. stupa u novicijat u Fojnici i menja ime u Alojzije. Mišić je do 1878. studirao filozofiju u Franjevačkom samostanu i crkvi svetog Franje Asiškog u Gučoj Gori, gdje je 15. novembra 1875. položio privremene zavete. Tamo je završio studije sa odličnim uspehom. Provincija ga je poslala da studira teologiju na Centralnoj bogoslovnoj školi u Ostrogonu u Mađarskoj, gdje je studirao od 1878. do 1882. Dok je studirao u Mađarskoj položio je svečane zavete 14. oktobra 1880, a za svećenika je zaređen od 7. jula 1882, od Kardinala Jánosa Simora. Mlada misu je služio 15. augusta 1882.

### Svećeništvo

Po povratku u domovinu 1882, Mišić je prvo bio kapelan u Banjoj Luci, ali iste godine, na predlog vrhbosanskog nadbiskupa Josipa Stadlera, Provincija ga imenuje veroučiteljem u nekoliko sarajevskih škola. Ujedno je pomagao u pastoralnoj skrbi u mesnoj župi. Nakon toga služi kao sekretar banjalučkog biskupa Marijana Markovića i generalni vikar biskupije od 1884. do 1891. godine. Mišić je imenovan gvardijanom franjevačkog samostana na Petrićevcu, 1891. i tu ostaje do 1894. Dok je bio tamo, sagradio je zvonik samostanske crkve.

Godine 1894. imenovan je župnikom u Bihaću. Boraveći u Bihaću, Mišić je osnovao Hrvatsko pevačko i tamburaško društvo "Krajišnik", s bibliotekom. Također je osnovao razne druge katoličke, gospodarske i nacionalne organizacije. Pomogao je oživeti tamošnji verski i politički život i često je seljacima držao gospodarska predavanja, dajući im razne knjige na tu temu. Mišić je pridonio i jačanju trgovine katolika u gradu izmirivši zaraćene porodice i osnovavši trgovačko-obrtničko društvo za uzajamnu pomoć. Također je pripomogao jačanju hrvatske nacionalne svesti u gradu i poticao dužnosnike na osnivanje nacionalnih društava. Kako bi pomogao oslobađanje seljaka od kmetstva, osnovao je Hrvatsku narodnu zadrugu. Mišić je također uvelike obnovio i proširio mesnu crkvu. Ponovno je imenovan gvardijanom samostana na Petrićevcu 1904, gde je ostao do 1907. godine. Mišić je tada imenovan predsjednikom Franjevačke rezidencije u Visokom, gdje je služio dvije godine kada je izabran za provincijala Franjevačke provincije Bosna Srebrena. Godine 1910. kao provincijal, Mišić je srušio staru crkvu na sarajevskom Bistriku i sagradio današnju crkvu svetog Ante.

### Biskupstvo

#### Imenovanje

Poslednjih godina života mostarsko-duvanjski biskup i trajni apostolski upravitelj trebinjsko-mrkanski, Paškal Buconjić je često bio bolestan. Iako je podignuta nova biskupska rezidencija, Buconjić se odbija preseliti i živi u staroj rezidenciji u Vukodolu. Buconjićev sekretar fra Radoslav Glavaš iskoristio je njegovo slabo stanje da ostane na vlasti te ga je držao neobaveštenim i time pod kontrolom i ovisnošću. Glavaš je finansijska sredstva biskupije usmerio u Hercegovačku franjevačku provinciju, te se u biskupijama nisu mogli očekivati odlučni koraci. Primetio je to i vrhbosanski nadbiskup Josip Stadler, koji je, s ciljem poboljšanja stanja u biskupijama, zatražio od Rima da imenuje svog pomoćnog biskupa Ivana Šarića, kao biskupa koadjutora mostarsko-duvanjskog s pravom nasledstva.

Buconjić je predloge za biskupskog koadjutora doživljavao kao vlastitu smenu i odlučno im se protivio. Buconjićev stav toliko je naljutio starije hercegovačke franjevce da se novi provincijal Begić predložio za biskupskog koadjutora za vreme boravka cara Franje Josipa u Mostaru 3. juna 1910. Buconjić, saznavši za namere vlada u Sarajevu i Beču i Begićev predlog caru, pisao je papi Piju X i predložio Franu Lulića, dalmatinskog franjevca, te dva hercegovačka franjevca Špiru Špirića i Davida Nevistića, kao kandidate za njegovog naslednika. Buconjić se razočarao u hercegovačke franjevce, koji su njegov prvi odabir, Dalmatinca Lulića, doživeli kao uvredu. Nakon upozorenja da samo car imao pravo imenovanja, a papa potvrde, Buconjić je iste kandidate predložio Franji Josipu i zatražio od njega imenovanje biskupa koadjutora.

Novi zajednički ministar finansija Stephan Burián von Rajecz nije podržao imenovanje klera koji nisu bili bliski promađarski raspoloženi te se time nije složio sa Stadlerovim predlogom da se Šarića imenuje biskupom koadjutorom. Vlast je podržavala franjevce, a Šarić je nediplomatski objasnio vladi u Beču da ga treba imenovati jer među hercegovačkim franjevcima nema dobrih kandidata. Burián je naredio da se među bosanskim franjevcima nađe kandidat za Buconjićevu zamenu. Uticajni članovi austrougarske vlade u Sarajevu zaključili su da bi Alojzije Mišić, bivši mađarski student i osoba od poverenja promađarskih članova vlade u Sarajevu, trebao biti novi biskup u Mostaru. Vlada u Sarajevu je 19. februara 1910. Mišića predložila za biskupa koadjutora, ali je vlada u Beču tu odluku odgodila za nekoliko meseci zbog priprema za carski pohod Bosni i Hercegovini.

Vlada u Sarajevu smatrala je Lulića nepodobnim jer je živio u Rimu te da kao Dalmatinac ne bi mogao shvatiti mentalitet hercegovačkog puka. Austrougarska vlast odbijala je svakog predloženog od Rima tko nije prihvaćao liberalnu politiku monarhije – jozefinizam. Vlada u Sarajevu smatrala je Mišića kvalificiranijim od druga dva kandidata. Vlada u Beču obavestila je Rim o svojoj nameri da imenuje Mišića za biskupa koadjutora, no Rim je balansirao između predloga austrougarskih vlasti i Buconjića te je odlučio pričekati Buconjićevu smrt kako bi rešio to pitanje.

Buconjić umire u Mostaru 8. decembra 1910. na svetkovinu Bezgrešnog začeća BDM. Nakon Buconjićeve smrti, prema odredbama kanonskog prava, 19. decembra 1910. metropolit nadbiskup Josip Stadler imenovao je Lazarevića upraviteljem u duhovnim pitanjima dviju hercegovačkih biskupija. Materijalnu skrb o biskupijama dobio je Radoslav Glavaš, koji je svojim položajem dodatno obogatio Hercegovačku franjevačku provinciju. Stadler je obavestio vladu u Beču o svojim imenovanjima i predložio Ivana Šarića, Tomu Igrca i Ivana Dujmušića kao kandidate za novog biskupa u Mostaru, napominjući da je promotrio i neke hercegovačke franjevce, ali po svojoj savesnosti nije mogao predložiti nijednog od njih. Njegovi su predlozi brzo odbačeni jer su austrougarske vlasti preferirale franjevce nad dijecezanskim svećenstvom i želele da franjevac bude novi biskup.

Iako je Rim podržao Paškala Buconjića, prvog izbornika Lulića, nakon Buconjićeve smrti austrougarske vlasti Lulića nisu smatrale ozbiljnim kandidatom. Rim nije podržao izbor Beča da se za biskupa imenuje Mišić zbog njegovog sukoba s nadbiskupom Stadlerom, te su počeli tražiti svoje kandidate. Nakon sukoba u vezi s kandidatom za biskupa u Mostaru, austrougarske vlasti su 5. januara 1912. po drugi put u Rimu službeno predložile Mišića. Papa je prihvatio predlog, pa je Burián zatražio od cara da imenuje Mišića, što je car i učinio 14, februara. Papa je Mišića proglasio novim biskupom 29. aprila 1912. 11. juna 1912. Mišić odlazi u Rim kako bi primio biskupsko posvećenje.

#### Biskupsko djelovanje

Mišića je posvetio u bazilici svetog Antuna u Rimu 18. juna 1912. franjevački kardinal Diomede Falconio. Kao suzareditelji bili su franjevački biskupi Giacomo Ghezzi i Graziano Génnaro. Za svoje geslo uzeo je "Caritate et amore omnia vincuntur" ("Milosrđe i ljubav pobeđuju sve"). Mišić je došao u Rim u pratnji bosanskog franjevca Josipa Andrića i hercegovačkog franjevca Ambrozija Miletića, koji je predstavljao hercegovačke franjevce. Ređenju su prisustovali i general franjevačkog reda Pacifico Monza i austro-ugarski veleposlanik u Rimu Alois Schönburg-Hartenstein. Nakon posvećenja Mišić je nekoliko puta boravio u Rimu, a papa ga je primio 20. juna.

Dok je Mišić bio na audijenciji kod Pape, u Banjoj Luci je umro njegov veliki zagovornik, banjalučki biskup Marijan Marković. Kako bi sprečio svog protukandidata nadbiskupa Stadlera, da za upravitelja Banjalučke biskupije imenuje svog kandidata Petra Pajića, Mišić je lobirao i uspio uz pomoć generala Franjevačkog reda isposlovati da se franjevac Jozo Garić imenuje za upravitelja u duhovnim stvarima.

Nakon posete papi, Mišić je 21. juna napustio Rim i 25. juna stigao u Beč kako bi se, kako je to uobičajeno u Trougarskoj, zakleo pred Carem Franjom Josipom. Sledeći dan stigao je u Sarajevo. Dana 5. jula 1912. Mišić je obavestio upravitelja za duhovna pitanja dviju hercegovačkih eparhija, Lazara Lazarevića da želi da se izvrši njegovo ustoličenje 14. jula, i javno najavio svoj dolazak 5. jula. Mišića su hercegovački franjevci primili hladno. Niz visokopozicioniranih hercegovačkih franjevaca ignorisalo je njegovo imenovanje, uključujući upravnika u materijalnim pitanjima dviju hercegovačkih biskupija Radoslava Glavaša (starijeg), Nikole Šimovića, Anđela Nuića i Ambrozije Miletića.

Dana 18. februara 1917. Mišić je odlikovan Zapovedničkom zvezdom Ordena Franje Josipa.

Za vreme Prvog svetskog rata, u leto 1917. godine, Hercegovinu je opustošila glad. Neki hercegovački parosi su otišli preko Save po hranu za svoje parohane. Dana 5. decembra 1917. Mišić je pisao zagrebačkom nadbiskupu Antunu Baueru, sa molbom da zamoli svoje župnike da prikupe milostinju od svojih župljana. Bauer mu je odgovorio savetujući ga da bi bilo najbolje poslati nekoliko franjevaca da sakupljaju milostinju u Hrvatskoj.

Godine 1918. Austro-Ugarska je raspuštena, a cela Bosna i Hercegovina uključena je u novostvorenu Kraljevinu Srba, Hrvata i Slovenaca, kojom je vladala srpska pravoslavna dinastija Karađorđevića. Dana 10. novembra 1923. Aleksandar I Karađorđević odlikovao je Mišića Ordenom Svetog Save I stepena.

#### Administrativna organizacija

Nakon što je postao biskup, Mišić je imao na raspolaganju samo 12 biskupijskih svećenika, dok su ostalo svećenstvo bili franjevci. Balkanski ratovi i Prvi svetski rat prekinuli su mogućnost školovanja dodatnih dijecezanskih svećenika, dok je broj franjevaca rastao. Okolnosti su zahtevale osnivanje novih župa, a Mišić je, kao i njegov prethodnik, imao ovlasti da imenuje franjevce u nove župe uz odobrenje generalnog Franjevačkog reda. Hercegovački franjevci dali su do znanja biskupu Mišiću da neće služiti nove župe sve dok se ne izda dekret iz Rima po kojem se župe zakonski prenose na njih. Mišiću je malo stalo do podizanja eparhijskog svećenstva iako mu je od 1925. Propaganda slala otprilike 2.000 dolara mesečno za školovanje svetovnog svećenstva. Novac je ostao neiskorišten i propao je u bankama tokom Drugog svjetskog rata. Također je odbio da imenuje novozaređene svetovne svećenike u parohije.

Kao biskup Mišić je osnovao 14 novih župa i sagradio 21 crkvu i 24 župna doma. Među župama koje je osnovao su Čapljina (1917), Izbično (1917), Čitluk. 1918), Gradac-Blizanci (1918), Tepčići (1918), Jablanica (1919), Grljevići (1919), Kongora (1921), Prisoje (1922), Kruševo (1924), Ledinac (1930), Rašeljke (1934), Crnač (1935.) i Šipovača (1939).

Hercegovački franjevci iskoristili su Mišićevo poreklo bosanskog franjevca da pokušaju promeniti "Decisia" iz 1899. o podeli župa između njih i biskupijskog klera koju je izdala Sveta Stolica. Na dan 25. aprila 1922. provincijal hercegovačkih franjevaca Alojzije Bubalo uputio je papi molbu da im dodeli župe određene "Odlukom" za dijecezansko svećenstvo. Tražili su da im pripadnu sve župe koje postoje i koje će biti osnovane u Mostarsko-duvanjskoj, kao i parohija Neum koja je pripadala Trebinjsko-mrkanskoj eparhiji. Franjevci su obrazložili da je njihov zahtev opravdan jer u biskupiji nedostaje biskupijsko svećenstvo, a aktivna su samo tri dijecezanska svećenika. Međutim, glavni razlog zbog odsustva sekularnog sveštenstva bio je taj što prethodni episkop Buconjić, a potom i episkop Mišić nisu dovoljno vodili računa o obrazovanju svetovnog svećenstva. Mišić je u to vreme trebao otputovati u Rim u posetu *ad limina* kod pape, a bio je u pratnji fra Jerka Borasa, kustosa hercegovačkih franjevaca. Boras je trebao podneti zahtjev generalu franjevačkog reda Bernardinu Klumperu koji će o tome razgovarati s Papom. Kako Klumper tada nije bio prisutan, molba je predana Callistu Zuccottiju, prokuratoru Franjevačkog reda. Prije nego što je predao peticiju papi, Zuccotti je pozvao Mišića, zaštitnika franjevačkog reda kardinala Oreste Giorgi i Borasa da razgovaraju o tome. Zaključili su da Mišić lično dopuni zahtev i preda ga papi.

Mišić je 22. maja 1922. izmenio peticiju. U Mišićevoj verziji nije bilo razlike između sadašnje i buduće župe koju bi trebalo osnovati. Razlog za takvu promenu bio je to što je prethodna verzija bila u suprotnosti s odredbama kanonskog prava, koje je određivalo da svaka novoosnovana župa nastala izdvajanjem iz verske župe pripada na slobodno raspolaganje biskupu, a ne verskoj zajednici. Kongregacija za vanredne crkvene poslove zatražila je od Mišića da im dostavi spisak župa koje bi biskupu bile na raspolaganju.

Nakon što je Kongregacija odbila da prihvati peticiju, Mišić se oglušio o celu stvar. Tek na Bubalovo insistiranje, Mišić je pristao da pošalje peticiju, ali je tražio od Bubala da je napiše. Bubalo je napisao još jednu peticiju 20. maja 1923. godine. U ovoj molbi tražio je da se franjevcima, uz 25 župa koje im pripadaju po "Odluci", dodeli još 27 župa, od kojih 13 još nije osnovano, dok će 21 župa biti rezervirana za eparhijsko svećenstvo (tada je bilo samo 8 takvih parohija). Njegov zahtev dobio je Mišićevu preporuku, uz odobrenje arhijerejskog konzistorija, koje je sastavio Boras i eparhijski svećenik Marijan Kelava, 3. juna 1923. Bubalo je uputio zahtev prokuratoru Franjevačkog reda u Rimu 12. juna 1921. godine. Džemat je reskriptom 22. lipnja 1923. odlučio da biskup može dati tražene župe franjevcima dok Sveta Stolica ne odluči drugačije. Ovaj događaj označio je početak "Hercegovačke afere". Netočnim informacijama koje su poslane Vatikanu o stanju Crkve u Hercegovini, dodatno se zaoštrio spor.

Dana 26. aprila 1924. Bubalo je od Generalnog definitorija Franjevačkog reda tražio dozvolu da preuzme župe. Kongregacija za ustanove posvećenog života i društva, Apostolski život, dala je 27. maja 1924. ovlaštenje generalu Franjevačkog reda da odobri zahtev hercegovačkih franjevaca, a general je odobrio zahtev 30. maja 1924. Prema tome, 10. januara 1925. Bubalo je tražio od Mišića da usvoji reskript iz 1923. budući da su hercegovački franjevci dobili potrebno odobrenje od Generalnog definitorija. Mišić je donio reskript 15. maja 1925. sa promenama, stavljajući Gabelu i Glavatičevo pod franjevačku, umesto biskupijsku upravu, dok su Prisoje i Dobrič stavljeni pod biskupijsku upravu. Nezadovoljni izmenom, franjevci su tražili od Mišića da ne menja reskript, ali je Mišić to smatrao dobrom odlukom i promena je ostala. Marko Perić piše da je mogući motiv za promenu bila Mišićeva nada da će franjevci odbiti promene, pa će cela stvar ponovo doći pred Rim.  Mišić nikada nije javno objavio svoj ukaz zbog moguće reakcije eparhijskog svećenstva.

Biskup Buconjić kupio je zemljište za novu katedralnu crkvu u Mostaru u mostarskoj četvrti Rondo, koja je pripadala župi Guvno.{{sfn|Perić|2002|p=268} } Zemljište za novu katedralu, kasnije je stavljeno pod zalog u korist Hercegovačke franjevačke kustodije zbog duga; u to vreme Buconjić je bio vezan za krevet. Mišić je nameravao da nastavi gradnju i naredio je postavljanje 250 kvadratnih metara tesanog kamena za buduću katedralu, ali nikada nije započeo gradnju. Katedrala nikada nije izgrađena, a kredit su kasnije uzele jugoslavenske komunističke vlasti, sagradivši *Dom kulture* na njeno mesto. Kao mogući razlog zastoja u izgradnji, Marko Perić vidi nameru franjevaca da za sebe preuzmu župu Guvno.

Dijecezansko svećenstvo je saznalo za zajednički napor Mišića i franjevaca da se odluka Vatikana promeni tek 1937. Kada je arhivar i dijecezanski svećenik Petar Čule obavešten o reskriptu i njegovom usvajanju, Mišićev sekretar fra Boris Ilovača uveravao ga je da reskript nije izvršen, iako je on sam zabeležio i reskript i Mišićev ukaz o njegovom izvršenju. 1935. Mišić je Čulu poverio brigu o školovanju eparhijskih svećenika. Njihov broj je počeo rasti, a mnogi franjevci su komentirali da za njih neće biti dovoljno župa. 1937. eparhijsko svećenstvo župe Drinovci upoznalo se sa reskriptom i njegovim donošenjem, što je dovelo do zabune u njihovim redovima. Njihovu zabrinutost izneli su pred Ilovač, koji ih je još jednom razuverio, lažno tvrdeći da Mišić nije potvrdio reskript. Mišić je zaredio samo 27 eparhijskih svećenika, protiv 160 franjevaca. 1939. ograničio je broj biskupskih kandidata iz hercegovačkih biskupija u sjemeništu u Travniku na samo 33, verovatno pod uticajem franjevaca.

1937. su franjevci na provincijskom kapitulu Hercegovačke franjevačke provincije zatražili od biskupa da osigura hercegovačkog franjevca za svog naslednika postavljanjem biskupa koadjutora. U tom pismu su napisali da je Hercegovina "franjevačka već sedam stoljeća, natopljena njihovim znojem i mučeničkom krvlju" i da su franjevci "očuvali Hrvatsku i hercegovačko katoličanstvo". Napisali su i da je Mišić "veliki sin franjevačkog reda" i da "u njemu živi sveti franjevački duh i neće dopustiti da se taj duh umanji ili smanji". Ne znajući za zahtev franjevaca, dijecezanski svećenici su održali svoj godišnji sastanak sa kojeg su biskupu poslali memorandum u kojem su ga pitali o situaciji sa župama, međutim Mišić nikada nije odgovorio.

1939. eparhijski svećenici su ipak obavestili nadbiskupa vrhbosanskog mitropolita Ivana Šarića o situaciji sa župama, a on je zauzvrat obavestio apostolskog nuncija u Beogradu. Tako je stvar ponovo stigla do Rima. 1940. o tome se raspravljalo pred Propagandom i Kongregacijom za vanredne crkvene stvari. Kardinal Giuseppe Bruno, koji je potpisao reskript iz 1923, tvrdio je da je molba franjevaca napisana neistinama ili prikrivanjem istine, jer su tražili župe koje u to vreme još nisu uspostavljene. 1941. Bruno ponovo piše o ovom pitanju, navodeći da mu nije predana 21 župa koja je trebala biti pod biskupom. Štoviše, Bruno je tvrdio da je 1923. reskript ništavan jer franjevci nisu dobili potrebnu dozvolu od Kongregacije za ustanove posvećenog života i društava apostolskog života da preuzmu župe određene za eparhijsko svećenstvo. Međutim, reskript je ukinut tek 1965. godine.

#### Drugi svjetski rat

1940. i početkom 1941. Kraljevina Mađarska, Kraljevina Rumunija i Kraljevina Bugarska pristale su da se pridruže Silama Osovine. Hitler je zatim izvršio pritisak na Jugoslaviju da se također pridruži Trojnom paktu. Regent, Knez Pavao, popustio je ovom pritisku i proglasio pristupanje Jugoslavije Trojnom paktu 25. marta 1941. Ovaj potez je bio krajnje nepopularan u oficirskom koru u kome su dominirali Srbi i u većini javnosti: kod velikog dela srpskog stanovništva, kao i liberala i komunista. Vojni oficiri su izvršili državni udar 27. mart 1941. i prisilili regenta da podnese ostavku, dok se Kralj Petar II. iako je imao samo 17 godina, proglasio punoletnim. Nakon što je čuo vesti o puču u Jugoslaviji, Hitler je 27. marta izdao direktivu kojom se traži da se Jugoslavija tretira kao neprijateljska država. Nemci su započeli invaziju zračnim napadom na Beograd 6. aprila. Istog dana, Italijani su započeli bombardiranje Mostara, koje je trajalo nekoliko dana, tokom kojeg su mnogi objekti i katolička crkva oštećeni.

Dana 10. aprila 1941. uspostavljena je Nezavisna Država Hrvatska (NDH), koja je podeljena linijom razgraničenja između Nemačke i Italije. Mostarsko-duvanjska i Trebinjsko-mrkanska biskupija potpuno su potpale pod talijansku zonu uticaja. Istog dana, došlo je do sukoba između ustaških pristalica i jugoslavenskih trupa u Mostaru, koje su preuzele kontrolu nad gradom.{{|Savić|2007|p=39}} Ostaci Jugoslavenske vojske, kojom je komandirao general Janković, zauzeli su brdo iznad Vladičanskog ordinarijata i otvorili vatru iz topova i mitraljeza. Da bi smirio situaciju i izbegao dalje razaranje, Mišić je pozvao franjevca Lea Petrovića i uglednog advokata Cvitana Spuževića da ugovore mirovne pregovore sa generalom Jankovićem. Katastrofa je izbegnuta, a Janković je štetu nadoknadio iz vojnog budžeta. Jugoslavenska vojska je napustila grad, a talijanska ga je zauzela 16. aprila. Talijani su upravljali gradom do 28. aprila, kada su preneli vlast na novouspostavljenu vlast NDH.

U okružnici od 9.maja 1941. katoličkim župama Mostarsko-duvanjske i Trebinjsko-mrkanske biskupije, Mišić je pozdravio osnivanje NDH. U njemu je poglavara NDH, poglavicu Antu Pavelića, nazvao "uzornim kršćanskim katolikom". Nakon što je jugoslavenska vojska napustila to područje, dogodio se niz zločina nad srpskim stanovništvom. Odmetnički ustaški odredi su bez ikakve kontrole masakrirali Srbe u Prebilovcima. Katoličko svećenstvo je protestiralo protiv ovih ubistava. Zločine su crkvenim vlastima prijavili ovdašnji paroh Jozo Zovko i Andrija Majić, koji su „uplakano pričali o strahotama". Nakon prikupljanja dokaza, Mišić je poslao Majića da prijavi zločine zagrebačkom nadbiskupu Alojzije Stepinac.

Uz zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca, Mišić se ubraja u katoličke prelate koji su se protivili ustaškom nasilju. Srbi u Ljubinju, Stocu, Gornjem Hrasnom, Klepcima, Šurmancima, Mostaru, Ljubuškom i Međugorju. 7. novembar Mišić je napisao izveštaj Predsedništvu Biskupskih konferencija NDH, govoreći o zločinima na području Mostara:

> „Ljudi su hvatani kao zveri. Zaklali, ubili, - bacili žive u provaliju. U jame su bacane žene, majke sa decom, odrasle devojke, ženska i muška deca. Podžupan mostarski gospodin.[ospodin] Baljić, muhamedanac, javno izjavljuje da kao službenik treba da šuti da ne bi otkrio da je u Ljubinju samo u jednu jamu bačeno 700 raskolnika [pravoslavaca]. Željeznica je iz Mostara i Čapljine odvezla šest vagona punih žena, majki i devojčica, dece mlađe od deset godina do stanice Šurmanci, gde su izvučeni iz vagona, odvedeni u brda, a žive majke i deca su odvedeni, bačeni u duboke kanale. Sve je srušeno i pobijeno. U župi Klepci iz okolnih sela N. N. ubijeno je 3.700 raskolnika. Jadni ljudi, bili su mirni. Neću dalje nabrajati. Otišao bih predaleko. U samom gradu Mostaru na stotine ih je svezano, izvedeno van grada, a pobijena je i živad, deca i majke čiji su muževi odvedeni i ubijeni. 28. juna pojavile su se glasine da će uslediti velika odmazda nad srpskim stanovništvom, pa je Pavelić izdao naredbu kojom je zapretio teškim kaznama onima koji počine zločine nad Srbima. Međutim, naredba je imala samo privremeni efekat.  Dana 30. juna 1941. Mišić je napisao još jednu okružnicu tumačeći naredbu Pavelića. U njemu se Mišić osvrnuo na petu zapovest i zatražio da ubijanja prestanu, te se osvrnuo na primer Isusa, navodeći da je dopunio petu zapovest i pozvao vernike ne samo da ne ubijaju, već i da se ne ljute, a ne osvete se jer ""po bogu svaki je brat".
> 
> 
> Pavelić je 3. maja 1941. proglasio zakonsku odredbu „„O prelasku iz jedne vere u drugu"", a Ministarstvo bogoštovlja i obrazovanja objavilo je 27. maja 1941. "Upute o prelasku iz jedne religije u drugu". Nakon toga, mnogi nekatolici, uglavnom pravoslavni Srbi, tražili su obraćenje. Mišić je 8. jula 1941 poslao još jednan cirkular u vezi s tim. Mišić je u ovoj okružnici pisao protiv prisilnog i nasilnog pokrštavanja i tražio da obraćenici budu iskreni u svojoj nameri. Mišić je rekao da su svi dobrodošli u Katoličku crkvu, ali je poručio svećenstvu da bude oprezno prema intelektualcima, kao što su svećenici, učitelji i bogataši, ali da treba da budu ljubazniji prema običnim građanima, radnicima i zanatlijama. Učio je svećenstvo da bude otvoreno i predusretljivo prema katekumenima i da istakne zajedničku veru između pravoslavlja i katoličanstva. Također, Mišić kaže da Katoličke crkve trpe nasilje i suprotstavljaju se prozelitizmu.
> 
> 
> Mišić je kasnije u svojoj kronici zapisao da su se preobraćenja dogodila u Ravnom, Stocu, Mostaru, Goranci, Mostarski Graca, Ljutom Dolcu, Gabeli, Klepcima i Humcu. Mišić piše da su proces konverzije izvršili pojedinci koji su se javljali civilnim vlastima i javno izjavljivali da prelaze na katolicizam. Potom bi potvrdu o nameri preobraćenja donosili u župni ured, gdje bi dobili potvrdu da su primljeni u katoličku zajednicu. Tada bi dobili vjeronauk, a novorođenčad bi se krstila kao katolici. Mišić napominje da su neki "ustaški odmetnici" hapsili i odvodili preobraćene Srbe na masovno ubijanje. Navodi: , koji žive pomiješani sa katolicima, registriranima u Katoličkoj crkvi; idi St. Mise, uče katoličku veru, krste decu, - uljezi izdaju naredbe dok su novoobraćenici još u crkvi sv. masa, hvataju ih, staro i mlado, muško i žensko, jure ih kao robove... dok je malo tko u masi u večnosti...*"*
> 
> 
> Mišić je u svojim bilješkama napisao da je "sve to štetilo hrvatskoj i katoličkoj stvari" i da se "da je bilo drugačijeg pristupa moglo dogoditi da katolici, sa onima koji se preobrate, postanu većina u BiH, a oni ne zavise od milosti muhamedanaca, koji su poznati po svojoj prevrtljivosti, po vremenu su ono što im je najviše odgovaralo*".*
> Mišić je u vezi Jevreja, u istoj cirkulariji napisao da treba da budu ""izuzetno oprezni i suzdržani"". Ali, kako bi ih spasio od progona, Mišić je naložio svećenicima da izdaju potvrdu o preobraćenju u Jevreje, iako nikakav postupak konverzije nije sproveden.
> 
> 
> Mišić je Stepincu poslao dva pisma. Tijekom ljeta 1941. dio hrvatskih dobrovoljaca upućen je na Istočni front. Dana 11. jula 1942. Mišić je tražio od Stepinca da katoličkim vojnicima osigura katoličke kapelane. U svom drugom pismu Stepincu, Mišić traži pomoć u zaštiti nedavnih preobraćenika Srba koji su odvedeni u koncentracione logore i traži njihovo oslobađanje. Stepinac je prosledio pismo Andriji Artukoviću kojim se traži da bude pušten iz logora.
> 
> 
> Odnosi između Mišića i hercegovačkih franjevaca su se pogoršali nakon uspostave NDH. Kardinal Eugène Tisserant rekao je neslužbenom predstavniku NDH u Rimu Nikoli Rušinovića, da su se tokom rata franjevci u Bosni i Hercegovini ponašali „odvratno" prema izbjeglicama, talijanskim vojnim i civilnim vlastima, biskupima i predstavnicima Svete Stolice u NDH. Optužbe su uključivale učešće u nasilnim događajima tokom rata, bavljenje sekularnim poslovima i neposlušnost crkvenoj vlasti i Svetoj Stolici.
> 
> 
> ### Smrt i nasledstvo
> 
> 
> Neposredno prije smrti, Mišić je pokušao da dobije naslednika. Najprije je htio da ga zameni neko iz redova bosanskih franjevaca, a onda je tražio nekog od hercegovačkih franjevaca za svog naslednika. Međutim, Sveta Stolica je šutjela na njegove predloge. 1937. franjevci zamolio ga da jednog od njih postavi za episkopa koadjutora.  Mišić je 28. juna 1940. predložio Propagandi da ga postavi za episkopa koadjutora, ali nije dobio odgovor. Krajem 1939. biskup Mišić je Propagandi poslao tri kandidata za nasledstvo: fra Vendelin Vasilja, fra |p=109}}
> 
> 
> Iako je izgledao dobrog zdravlja, Mišić je iznenada umro od moždanog udara 26. Marta 1942. oko podneva sedeći za stolom. Njegovo telo pronašao je njegov sekretar fra Boris Ilovača. Pošto mu je telo još bilo toplo obavljeni su poslednji obredi. Odslužena je misa zadušnica 29. marta u Mostaru, a predvodio ju je Ivan Šarić, nadbiskup vrhbosanski. Istog dana, njegovo telo je prebačeno u manastirsku crkvu u Petrićevcu gdje je 31. marta održana još jedna misa zadušnica koju je predvodio biskup banjalučki Jozo Garić, nakon čega je tamo po vlastitoj želji i sahranjen. Potres 1969. uništio je crkvu i manastir u Petrićevcu, pa su Mišićevi posmrtni ostaci prebačeni na mesno groblje u leto 1970.
> 
> 
> U trenutku smrti biskupa Mišića, Mostarsko-duvanjska i Trebinjsko-mrkanska biskupija je imala tri savetnika, dr. don Petra Čula, brata Borisa Ilovaču i fra Leona Petrovića. Spomenuta dva monaha nisu imala potrebna odobrenja Svete Stolice, niti su ona ikada zatražena. Dakle, u skladu sa Kodeksom kanona Zakona, nadbiskup vrhbosanski, Ivan Šarić, imenovao je don Petra Čulu za kapitularnog vikara. Propaganda je odobrila njegovo imenovanje 10. aprila 1942. Iako su se franjevci nadali da će Mišićev naslednik biti franjevac, a njihova nada je ojačana obećanjima vođe NDH Ante Pavelića franjevcu Radoslavu Glavašu da će franjevac naslediti Mišića, 15. aprila 1942. Sveta Stolica je imenovala Čulu za novog biskupa.
> 
> 
> Počasti
> -------
> 
> 
> ### Nagrade
> 
> 
> * Komandantski krst sa zvezdom Ordena Franje Josipa.
> * Orden Svetog Save prvog stepena.
> 
> 
> ### Ulice
> 
> 
> * Ulica Biskupa Alojzija Mišića u Širokom Brijegu.
> 
> 
> ### Knjige
> 
> 
> 
> * Bušić, Krešimir (2009). „Doticaji hercegovačkih franjevaca s bačkim Hrvatima od fra Didaka Buntića do fra Dominika Mandića te bosanskog franjevca i mostarsko-duvanjskog biskupa fra Alojzija Mišića". *Fra Didak Buntić-čovjek i djelo*. Zagreb: Institut društvenih znanosti "Ivo Pilar".
> * Carmichael, Cathie (2015). *A Concise History of Bosnia*. Cambridge: Cambridge University Press. ISBN 9781107016156.
> * Ciglić, Boris; Savić, Dragan (2007). *Dornier Do 17, The Yugoslav Story: Operational Record 1937–1947*. Belgrade: Jeroplan. ISBN 9788690972708.
> * Mandić, Hrvoje (2020). *Hercegovačka franjevačka provincija u Drugom svjetskom ratu i poraću*. Zagreb: Sveučilište u Zagrebu.
> * Pandžić, Bazilije (2001). *Hercegovački franjevci – sedam stoljeća s narodom*. Mostar–Zagreb: ZIRAL.
> * Perić, Marko (2002). *Hercegovačka afera: pregled događaja i važniji dokumenti*. Mostar: Biskupski ordinarijat Mostar.
> * Perić, Marko (1986). „Život i rad mostarsko-duvanjskih i trebinjsko-mrkanskih biskupa u zadnjih 100 godina". *Katolička crkva u Bosni i Hercegovini u XIX i XX stoljeću: povijesno-teološki simpozij prigodom stogodišnjice ponovne uspostave redovite hijerarhije u Bosni i Hercegovini*. Sarajevo: Vrhbosanska visoka teološka škola.
> * Phayer, Michael. 2000. The Catholic Church and the Holocaust, 1930–1965. Indiana University Press. Bloomington and Indianapolis.
> * Šalić, Jurica (2002). *Franjevci Sjeverozapadne Bosne*. Bihać: HKD "Napredak" Bihać.
> * Tomasevich, Jozo (1975). *War and Revolution in Yugoslavia, 1941–1945: The Chetniks*. Stanford: Stanford University Press. ISBN 9780804708579.
> * Trevor-Roper, Hugh (1964). *Hitler's War Directives: 1939–1945*. Viborg: Norhaven Paperback. ISBN 1843410141.
> 
> 
> 
> ### Članci
> 
> 
> 
> * Goluža, Božo (2006). „Židovi u Mostaru (prilog istini i jasnoći)". *Hum* (1): 226-243.
> * Perić, Ratko (2009). „Imenovanje don Petra Čule mostarsko-duvanjskim biskupom". *Službeni vjesnik biskupija Mostarsko-duvanjske i Trebinjsko-mrkanske* (Mostar: Biskupski ordinarijat Mostar) (1): 77–89.
> * Vrankić, Petar (2018). „Izbori i imenovanja biskupa u Hercegovini u doba austro-ugarske vladavine (1878. – 1918.) na primjeru biskupa fra Alojzija Mišića". *Hercegovina* (Mostar: Filozofski fakultet Sveučilišta u Mostaru) **4**: 243–286.
> * Vukšić, Tomo (2006a). „Mostarski biskup Alojzije Mišić (1912.-1942.) za vrijeme Drugog svjetskog rata". *Crkva u svijetu* **41** (2): 215–234.
> * Vukšić, Tomo (2006b). „Mostarski biskup Alojzije Mišić (1912.-1942.) za vrijeme Drugog svjetskog rata (II.)". *Crkva u svijetu* **41** (3): 326–342.
> * Wolff, Richard J. (1977). „The Catholic Church and the Dictatorships in Slovakia and Croatia, 1939-1945". *Records of the American Catholic Historical Society of Philadelphia* **88** (1/4): 3–30.
> 
> 
> 
> ### Novinski članci
> 
> 
> 
> * Barun, Anđelko (13 June 2018). „Franjevci biskupi iz BiH – poslije uspostave redovite crkvene hijerarhije". *Svjetlo riječi* (Sarajevo). Arhivirano iz originala na datum 2022-10-04. Pristupljeno 2023-02-03.
> 
> 
> 
> Reference
> ---------
> 
> 
> 
> * Goluža, Božo (2006). „Jevreji u Mostaru (doprinos istini i jasnoći)". *Hum* (1): 226-243.
> * Vukšić, Tomo (2006a). „Mostarski biskup Alojzije Mišić (1912-1942) za vrijeme Drugog svjetskog rata". *Crkva u svijetu* **41** (2): 215–234.
> 
> 
> ### Mrežna sjedišta
> 
> 
> 
> * „Alojzije Mišić OFM (1912.-1942.)". Biskupije Mostar-Duvno i Trebinje-Mrkan. Arhivirano iz originala na datum 2021-12-31. Pristupljeno 2023-02-03.
> * Zanimljivosti. stankagjuric.from.hr. Preuzeto 2021-05-10.
> 
> 
> 
> ### Veb-reference
> 
> 
> * Zanimljivosti. stankagjuric.from.hr. Preuzeto 2021-05-10.
> 
> 
> 
> Vanjski linkovi
> ---------------
> 
> 
> * Biografija na sajtu Mostarsko-duvanjske i Trebinjsko-mrkanske episkopije
> 
> 
> 

1. 1 2 3 4 5 6  Perić 1986: str. 281
2. 1 2 3 4 5  Šalić 2002: str. 142
3. 1 2  StankaGjuric sfn error: no target: CITEREFStankaGjuric (help)
4. ↑  Šalić 2002: str. 142–143
5. 1 2 3 4 5 6  Šalić 2002: str. 143
6. ↑  Salic 2002: str. 143 sfn error: no target: CITEREFSalic2002 (help)
7. 1 2  Biskupija sfn error: no target: CITEREFBiskupija (help)
8. ↑  Perić 1986: str. 281–282
9. 1 2 3  Šalić 2002: str. 144
10. 1 2  Šalić 2002: str. 226
11. ↑  Šalić 2002: str. 222
12. ↑  Šalić 2002: str. 224-225
13. ↑  Šalić 2002: str. 144–145
14. 1 2  Vrankić 2018: str. 262
15. 1 2  Vrankić 2018: str. 248–249
16. 1 2 3  Vrankić 2018: str. 261
17. 1 2  Vrankić 2018: str. 258
18. ↑  Perić 2009: str. 77–78
19. 1 2 3  Perić 2009: str. 77
20. ↑  Vrankić 2018: str. 259
21. ↑  Vrankić 2018: str. 258–259
22. ↑  Vrankić 2018: str. 249–251
23. ↑  Vrankić 2018: str. 256
24. ↑  Vrankić 2018: str. 259–260
25. ↑  Vrankić 2018: str. 262–263
26. ↑  Vrankić 2018: str. 264
27. ↑  Vrankić 2018: str. 269–270
28. ↑  Vrankić 2018: str. 275
29. ↑  Vrankić 2018: str. 276–277
30. 1 2 3 4 5 6  Perić 1986: str. 282
31. 1 2 3 4  Vrankić 2018: str. 277–278
32. 1 2  Pandžić 2001: str. 158
33. 1 2 3 4 5  Barun 2018
34. 1 2  Vrankić 2018: str. 278
35. 1 2  Vrankić 2018: str. 279–280
36. ↑  Carmichael 2015: str. 60
37. 1 2  Perić 2002: str. 98
38. 1 2 3  Perić 1986: str. 283
39. ↑  Perić 2002: str. 134
40. 1 2  Perić 2002: str. 313
41. ↑  Perić 1986: str. 282–283
42. ↑  Perić 2002: str. 92–95
43. ↑  Pandžić 2001: str. 191–192
44. ↑  Pandžić 2001: str. 192
45. 1 2  Pandžić 2001: str. 193
46. 1 2  Perić 2002: str. 96–97
47. ↑  Perić 2002: str. 99
48. ↑  Perić 2002: str. 101–102
49. 1 2 3  Pandžić 2001: str. 194
50. 1 2  Perić 2002: str. 101-102
51. ↑  Perić 2002: str. 103
52. ↑  Perić 2002: str. 312
53. 1 2  Perić 2002: str. 268
54. ↑  Perić 1986: str. 279
55. 1 2  Perić 1986: str. 284
56. ↑  Perić 2002: str. 104
57. ↑  Perić 2002: str. 105
58. 1 2  Perić 2009: str. 85
59. ↑  Vukšić 2006a: str. 223–224 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
60. ↑  Perić 2002: str. 106
61. 1 2  Perić 2002: str. 105–106
62. ↑  Perić 2002: str. 107
63. ↑  Perić 2002: str. 108–109
64. ↑  Tomasevich 1975: str. 34
65. ↑  Tomasevich 1975: str. 39
66. ↑  Tomasevich 1975: str. 41
67. ↑  Tomasevich 1975: str. 43–47
68. ↑  Trevor-Roper 1964: str. 108
69. ↑  Tomasevich 1975: str. 67–68
70. ↑  Vukšić 2006a: str. 225 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
71. ↑  Vukšić 2006a: str. 221 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
72. ↑  Vukšić 2006a: str. 225-226 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
73. ↑  Vukšić 2006a: str. 228 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
74. ↑  Vukšić 2006a: str. 229 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
75. ↑  Vukšić 2006a: str. 230 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
76. ↑  Vukšić 2006a: str. 232 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
77. 1 2  Vukšić 2006b: str. 326–328
78. ↑  Vukšić 2006b: str. 327
79. 1 2  Vukšić 2006a: str. 231 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFVukšić2006a (help)
80. ↑  Vukšić 2006b: str. 331
81. ↑  Goluža 2006: str. 233 sfn error: multiple targets (2×): CITEREFGoluža2006 (help)
82. 1 2  Vukšić 2006b: str. 329
83. ↑  Mandić 2020: str. 19
84. ↑  Mandić 2020: str. 167
85. 1 2  Šalić 2002: str. 146
86. 1 2  Pandžić 2001: str. 215
87. ↑  Perić 2002: str. 109