Sebuah sekolah kerajaan yang hanya ada pelajar lelaki di tingkatan 1 hingga 5 kecuali tingkatan 6. Sekolah ini berstatuskan agama bertekad melahirkan Ulama' dan Umara'. Selain itu, sekolah ini juga terdapat Pra-Universiti/Tingkatan 6 serta menyediakan asrama untuk setiap tingkatan. Mempunyai 6 kelas bagi pelajar menengah rendah dan 5 kelas bagi menengah atas. Terletak di Batu Berendam, Melaka

GPS SPM
-------

2010: 
2011:
2012:
2013:
2014:
2015:
2016:
2017:
2018:
2019:
2020:
2021:
2022:
2023:

Senarai Pengetua
----------------

1. Tuan Haji Sabli bin Haji Mohamad (1967 - 1976)   

2. Tuan Haji Abd. Kadir bin Haji Md. Yassin (PJK) (1977 - 1985)   

3. Tuan Haji Jaafar bin A. Hamid (1986 - 1994)   

4. Tuan Haji Md Salleh bin Ahmadi (1994 - 2000)   

5. Tuan Haji Kamisan bin Nor (2000 - 2002)   

6. Tuan Haji Dziaruddin bin Abdul Rahman (2002 - 2005)   

7. Tuan Haji Abdullah bin Jusoh (2005 - 2008)   

8. Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam (2008 - 2009)   

9. Tuan Haji Ariffin bin Omar (2009 - 2011)   

10. Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam (2012 - 2017)   

11. Puan Hatina binti Yaakob (2017 - 2021)   

​12. Encik Roslan Bin Abd Latip (2021-2022)   

13. Encik Zulkifli Bin Baharom (2022-2024)   

14. Puan Hajah Puspa binti Adam (2024-kini)

Guru Penolong Kanan Tingkatan 6 dan Guru Kanan Mata Pelajaran
-------------------------------------------------------------

GPK TINGKATAN 6: PUAN HAJAH NOR IMANI BINTI MD. NOR
  

GKMP BAHASA: 
  

GKMP KEMANUSIAAN: PUAN ROZITA BINTI ABDUL HAMID (USTAZAH)
  

GKMP PAI & BA: 
  

GKMP SAINS & MATEMATIK: 
  

GKMP TEKNIK DAN VOKASIONAL:

Sejarah
-------

Sekolah ini telah ditubuhkan pada 1 Mei 1967 bagi memenuhi dasar pendidikan negara ketika itu yang mahukan pendidikan ditekankan dalam pelbagai aliran khususnya aliran agama. Tuan Pengetua pertama yang bertanggungjawab ketika itu ialah Ustaz Sabil bin Haji Mohamed. Pada peringkat awal penubuhan, sekolah ini hanya mempunyai 2 orang guru, 3 orang pekerja dan 70 orang pelajar lelaki yang dikhusukan dalam aliran agama. Sekolah ini pada mulanya di bawah pentadbiran Majlis Agama Islam Melaka (MAIM) dan menggunakan nama Sekolah Menengah Sultan Muhammad (Menengah Tinggi Agama) bersempena dengan gelaran Sultan Melaka iaitu Sri Maharaja.

Pembukaan sekolah ini telah dirasmikan oleh DYMM Seri Paduka Baginda Tuanku Ismail Nasiruddin Shah Ibni Al-Marhum Sultan Zainal Abidin, Yang di-Pertuan Agong ke-4 pada 21 Ogos 1967. Pada awal 1969, seramai 99 orang pelajar perempuan dari pelbagai sekolah agama rakyat telah diterima belajar di sekolah ini dan diserapkan terus ke tingkatan dua. Pada peringkat itu, umur pelajar di sekolah ini tidak dihadkan.

Pada tahun 1974, sekolah ini adalah antara 13 buah sekolah agama negeri di seluruh semenanjung Malaysia yang telah diambil alih pengurusannya oleh Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM). Sekolah ini telah menukar nama sekolahnya kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Sultan Muhammad, Melaka. Mulai dari itu juga sekolah ini telah diletakkan di bawah pengurusan pengambilan pelajar di sekolah lain. Sekolah ini juga dikhaskan untuk pelajar lelaki sahaja.

Pada tahun 2014, SMKA Sultan Muhammad telah dinobatkan sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan Kohort 8. Pada tahun 2017, sekolah ini berjaya meletakkan kedudukannya setanding dengan sekolah-sekolah ternama lain di peringkat negeri dan kebangsaan di bawah pimpinan Tuan Pengetua, Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam bersama 85 orang guru dan 17 orang kakitangan sokongan.