Negara Ecuador asalnya merupakan sebahagian daripada Empayar Inca pada abad ke-15. Atahualpa anak kepada pemerintah Inca yang bernama Huayna Capac dilahirkan di Quito. Tapi dia tidak menerima kuasa pemerintah daripada pemerintah Inca. Sebaliknya Huascar yang dilahirkan di Cusco iaitu ibu negara Empayar Inca.
Empayar Inca terbahagi kepada dia bahagian iaitu Atahualpa dengan ibu negaranya Quito dan Huascar dengan ibu negaranya Cusco.

Tahun pelayar Sepanyol bernama Francisco Pizarro tiba di Empayar Inca dan bermulalah perang saudara. Atahualpa setuju menerima bantuan Sepanyol untuk menghadapi seterusnya Huascar.

Melalui tipu muslihat, Sepanyol telah menguasai pelabuhan di Cajamarca, dan menangkap Atahualpa ketika Perang Cajamarca dan menjadikan beliau sebagai tebusan dan menuntut sejumlah emas jika mahu dibebaskan.Ketika masih ditahan, Atahualpa merancang pembunuhan abangnya Huascar di Cusco. Seterusnya Sepanyol berjaya menguasai Empayar Inca.

Tentera Sepanyol telah membaar semua meriam tentera Empayar Inca dan dan sebuah koloni dibina sebagai pusat pemerintahan yang terletak di Peru.

Semua penduduk asal / asli telah dipaksa menjadi buruh paksa kepada tuan tanah berketurunan Sepanyol ini. Tahun 1563, Quito mempunyai wakil di Sepanyol dan sebahagian Peru dilantik Gabenor / Wuzurai. Ibu negaranya terletak di bandar raya Lima kini.

Hampir 300 tahun penjajahan Sepanyol. Quito mempunyai penduduk seramai 10,000 dan tahun 1822 Ecuador menyertai Simón Bolívar membentuk Republik Besar Colombia. Kemudian Ecuador berpisah pada tahun 1830.

  

Abad ke-19 Gabriel Garcia Moreno membentuk negara ini tahun 1860 dengan bantuan Gereja Katolik Rom. 

Akhir 1800 permintaan buah koko mendadak di seluruh dunia dan menjadi eksport utama Ecuador. Ramailah penghijrahan penduduk dari tanah tinggi ke tepian pantai untuk menjadi pekerja kepada ladang-ladang tuan tanah Sepanyol ini.

Revolusi 1895 pimpinan Eloy Alfaro telah mengurangkan penguasaan pemerintah. Rampasan kuasa tentera berlaku pada 1925.The 1930-an dan 1940-an diperintah oleh José María Velasco Ibarra.

Lembangan Amazon dikuasai oleh Ecuador dan Peru. Tahun 1941 berlaku perang antara Ecuador dan Peru kerana perebutan kawasan sempadan Ecuador Peru.

Julai 1941, 11,681 tentera Peru berperang dengan tentera Ecuador seramai 5,300 orang di selatan. 5 Julai 1941 tentera Peru menyeberangi Sungai Zarumilla di Ecuador. 23 Julai 1941, sekali lagi tentera Peru menyeberangi Sungai Zarumilla dan memasuki wilayah El Oro. Seterusnya menguasai wilayah Loja. Peru menyekat Pelabuhan Guayaquil dan menyekat bekalan kepada pasukan tentera Ecuador.Atas tekanan Amerika Syarikat dan beberapa negara Amerika Latin, Peru dan Ecuador menandatangani Rio Protocol pada 29 Januari 1942 dalam usaha berdepan dengan Kuasa Paksi semasa Perang Dunia Kedua. Beberapa wilayah telah diserahkan kepada Peru.Lihat Insiden Paquisha dan Perang Cenepa.

Tugu Simón Bolívar dan José de San Martín
1960-an pelabur asing membangunkan industri petroleum di wilayah Amazon Ecuador.Syarikat Andian membina paip minyak dari timur ke pelabuhan dan menjadikan Ecuador pengeluar minyak kedua besar di Amerika Selatan.

1960-an junta tentera merampas kuasa. 1979 demokrasi dipulihkan semula. 

1982 kerajaan berhadapan dengan krisis ekonomi, inflasi, penyusutan belanjawan, nilai mata wang menjunam, industri lumpuh dan kerajaan tidak lagi stabil.

Salah pengurusan oleh rejim tentera 1970-an menyebabkan Ecuador ketinggalan berbanding negara-negara jiran.

April 2005 Kongres Ecuador memilih Lucio Gutiérrez sebagai Presiden. Kemudian Timbalan Presiden Alfredo Palacio mengambil alih jawatannya sehinga pemilihan akan datang.