Berikut merupakan sinopsis plot bagi sepuluh episod siri Kyle XY bagi musim pertama.

| No. | Episod | Tarikh Siaran (Malaysia) |
| --- | --- | --- |
| 1 | "Pilot" | 1 Februari 2007 |
| 2 | "Sleepless In Seattle" | 8 Februari 2007 |
| 3 | "The Lies That Bind" | 15 Februari 2007 |
| 4 | "Diving In" | 22 Februari 2007 |
| 5 | "This Is Not a Test" | 1 Mac 2007 |
| 6 | "Blame It On The Rain" | 8 Mac 2007 |
| 7 | "Kyle Got Game" | 15 Mac 2007 |
| 8 | "Memory Serves" | 22 Mac 2007 |
| 9 | "Overheard" | 29 Mac 2007 |
| 10 | "Endgame" | 5 April 2007 |

### Pilot

Seorang remaja misteri tanpa pusat dan ingatan kehidupannya sehingga itu, bangun di dalam hutan di pinggir Seattle, Washington dalam keadaan bogel dan diselaputi lendir berwarna pink. Seekor ular orok-orok cuba untuk mematuknya dan dengan tidak balas yang menakjubkan, dia mampu menangkapnya. Dia kemudian ditemui berkeliaran di jalanan dan dibawa ke pusat tahanan juvana, dan ketika itu dia mula belajar untuk makan, menemui suatu perasaan dan keperluan untuk ke tandas; yang jelas sebelum ini dia tidak pernah hirau akan kepentingan rasa lapar, dan untuk ke tandas. Walaupun tidak mampu untuk bertutur, dia mampu menggunakan krayon untuk melakukan seni titik yang mampu menghasilkan gambaran sebenar apa yang beraku di tapak perkhemahan di hutan sebelum tu.

Lukisan titik Kyle menunjukkan pasangan di dalam khemah.
Nicole, pekerja sosial, dipanggil untuk menguruskan kes Kyle. Dia dipindahkan dari pusat tahanan dan dinamakan Kyle sempena nama abang kepada pentadbir pusat itu, dan dibawa pulang untuk berjumpa dengan keluarganya, yang pada asalnya tidak langsung menaruh kepercayaan kepadanya. Nicole mengesyaki yang Kyle menghidap autisme. Dia terdengar gadis muda bermain piano di rumah jiran dan dia tertarik untuk ke sana, tanpa mengetahui yang dia melanggar hak peribadi awam. Ibu gadis itu marah, tetapi gadis tersebut, Amanda, mempertahankannya. Kyle terus berdiam hingga sewaktu dia haus ketika waktu makan malam. Disebabkan dia pernah mendengar dari salah seorang tahanan menggunakan bahasa kasar untuk meminta minuman, dia turut menggunakan perkataan yang sama berserta intonasi dan gayanya sekali, tanpa memahami kerumitan di sebalik kandungannya. Dia juga meniru gaya dan perlakuan orang lain.

Walauun Kyle berkelakuan seperti bayi, di belajar dengan kelajuan yang menakjubkan dan menggunakan segala ilmu yang dikecapinya. Sebagai contoh, dia menyiapkan ujian IQ dalam tempoh lima minit malah memperoleh markah yang amat baik. Tambahan lagi, mesin MRI menunjukkan yang Kyle mengunakan lebih 80% daripada otaknya, sedangkan manusia biasa hanya menggunakan sejumlah kecil sahaja bahagian otak mereka. Walaupun tingkah laku Kyle sendiri menunjukkan yang bacaan MRI itu sendiri tepat, doktor dengan pantas mengatakan yang mesin itu tidak betul.

Kemudian, Kyle mengikuti Lori ke parti selepas dia menyusup keluar dari rumah dan akhirnya menewaskan pegawai polis selepas pegawai tersebut cuba untuk menahan Lori yang mabuk. Kyle kemudiannya membawa Lori pulang. Kyle juga menjumpai majalah pornografi kepunyaan Josh dan mengembalikannya smeula setelah disembunyikan oleh Nicole, dan membantu Stephen memulihkan fail daripada komputer riba selepas melihat kod komputer tersebut dan mampu memahaminya. Hal tersebut membuatkan Kyle diterima oleh keluarga Trager seadanya. Minat Nicole atas kebolehan Kyle membuatnya lebih cenderung untuk membantunya lalu meminta keluarga yang lain jika Kyle boleh tinggal dengan mereka dengan lebih lama lagi. Mereka tanpa berkata bersetuju dengan mengisi makanan dan minuman untuk Kyle. 

Dalam plot lain, lelaki yang tidak dikenali di dalam trak merah muncul buat beberapa kali. Satu pagi, trak berada di hadapan rumah Trager tetapi pergi ketika Kyle keluar dari rumah. Kemudian, ketika Nicole ingin mendapatkan fail Kyle dari pusat tahanan juvana, dia mendapati fail itu telah hilang tetapi penonton boleh mengetahui yang ia diambil oleh lelaki dalam trak tersebut. Juga, ketika di awal episod, Stephen sedang menonton berita tetapi meninggalkan televisyen lalu terlepas satu berita tentang penemuan seorang gadis yang tidak mempunyai ingatan juga di pantai.

### Sleepless in Seattle

Tanda hitam pada lukisan Kyle
Kyle mula berhadapan dengan konsep masa dan tertanya mengapa semua orang terlalu tertumpu dengan masa. Dia juga tidak memahami mengapa manusia tidur, sedangkan Kyle terbaring di atas katil sehingga pukul 1:30 pagi lalu turun ke dapur dan ingin mempelajari sesuatu. Kemudian, dia membuka peti ais dan mencuba pelbagai jenis makanan dari dalamnya termasuklah pisang yang tidak dikupas kulitnya (kerana Kyle tidak tahu macam mana mengupasnya sebelum makan), dan telur mentah. Setelah kenyang, Kyle meninggalkan dapur dan tanpa sengaja telah memasang televisyen yang menayangkan filem karate. Ini menyebabkan keluarga Trager bangun dan mendapati Kyle di bawah sambil meniru gerakan dari filem sambil bercakap bahasa Kantonis.

Ketika keluarga Trager membersihkan dapur, Kyle menyatakan yang dia tidak tidur sejak dia tinggal di situ, iaitu lebih kurang seminggu. Kemudian, seorang detektif mengunjungi rumah tersebut untuk bertanyakan Kyle tentang apa yang yang dia ingat tentang masa lepasnya tetapi Kyle tetap tidak mampu mengingat apa-apa sama ada asal ataupun pengenalan dirinya. Nicole menyatakan ada teori yang sesuatu peristiwa yang menakutkan mampu menyebabkan Kyle menghidap amnesia. Stephen dan Nicole menjadi risau yang Kyle mengalami keresahan atau runsing akan sesuatu. Kemudian, Nicole membawanya berjumpa doktor untuk pemeriksaan dan dia didapati mempunyai keadaan yang sangat sihat tetapi dia tetap tidak tahu tentang kesihatan mentalnya. Selepas Nicole memberitahu kerisauannya tentang Kyle yang kurang tidur, doktor memberikan pil tidur. Sementara itu, Kyle mampu menyelasikan susun suai gambar di bilik menunggu dan menerima tepukan ramai kerana kehandalannya.

Dalam usaha untuk membantu Kyle meningat semula dari mana asalnya, Nicole memberinya kertas dan peralatan mewarna, menyuruhkan melukis apa sahaja tentang dunianya. Dia menghasilkan beberapa lukisan dalam beberapa jam dan semuanya gambaran hutan tempat dia mula sedar. Di sudut kiri daripada lukisannya, Nicole mendapati terdapt tanda hitam yang dirasakannya tidak berkaitan dengan pemandangan lukisan itu.

Malam itu, pasangan Trager cuba pelbagai kaedah untuk membuatkan Kyle tenang agar dapat tidur. Nicole turut menyediakannya teh Chamomile, Stephen memberikannya buih mandian, dan Kyle diberikan pil tidur. Walau bagaimanapun, pil itu tidak memberi kesan kepadanya dan membuatkan dia berlegar-legar di luar pada tengah malam lalu dia menikmati pemandangan bintang di langit. Ketika dia berjalan, Kyle mendapati dia diekori lelaki bertrak merah. Seekor anjing menyalak yang menyebabkan lelaki itu pergi dan kemudian didiamkan oleh Kyle dengan hanya satu pandangan sahaja, yang menyebabkan Amanda kagum yang melihat peristiwa itu dari tingkap bilik tidurnya. Kedua-dua mereka berbual seketika dan apabila dia pulang ke rumah, Trager mengetahui dia berada di luar, Stephen dan Nicole membawanya ke katil semula dan tidak lama kemudian, Josh yakin yang Kyle ialah makhluk asing. Kyle percaya dengan Josh bulat-bulat, dan pagi keesokannya, keluara tersebut menjumpai Kyle duduk di halaman luar, yang menunggu untu "pulang".

Untuk membuatkan Kyle letih agar dapat tidur, Stephen membawanya berlari tetapi aktiviti itu membuatkan Stephen kepenatan, tetapi Kyle tetap tidak berasa letih. Pada waktu malam, dia menjelaskan yang walaupun badannya mula sakit-sakit, fikirannya tetap ligat. Nicole dan Stephen bergilir-gilir menjaga bilik Kyle dan Josh supaya dia tidak keluar lagi.

Selepas Stephen tertidur dan terlepas mesyuarat penting kerana menjaga Kyle, dia dan Nicole bertengkar tentangnya. Stephen kecewa yang Nicole meminta Kyle tinggal di rumah iitu untuk lebih lama, yang memungkinkan selamanya. Kedua-duanya menyatakan yang Kyle mengganggu keluarga mereka tanpa menyedari Kyle mendengarnya dari bilik Josh. Kyle memahami maksudnya dan lari ke hutan. Polis dan keluarga Trager kini tidak dapat mengetahui ke mana Kyle pergi tetapi Nicole menyedari yang pemandangan dari lukisan Kyle adalah satu-satunya tempat yang dia biasa selain rumah itu.

Keluarga Trager mencari tunggul kayu yang terdapat dalam lukisan Kyle dan si sana dia dijumpai sedang "menunggu keluarganya". Mereka membawanya pulang dan dia dinyatakan yang mereka risaukannya. Disebabkan penat, akhirnya Kyle tidur di dalam tub mandi ketika mendengar bunyi hingar radio; dan akhirnya dia mendapati kepentingan tidur. Babak akhir menunjukkan babak hutan sekali lagi, dan kamera menunjukkan rangka manusia di sana.

Tajuk episod ini adalah dari filem "Sleepless in Seattle".

### The Lies That Bind

Gambar yang dibawa Detektif Breen tentang corak insignia
Polis menemui rangka di hutan berhampiran tempat Kyle mula-mula muncul. Detektif Breen menunjukkan kepada Nicole sebuah gambar kad kekunci yang ditemui bersama rangka tersebut, tetapi Kyle pula tidak mengenali akan tanda pada kead tersebut. Polis tidak mengesyaki Kyle terhadap pembunuhan tersebut disebabkan pada jari mangsa terdapat sel kulit padanya, yang menunjukkan terjadinya pergelutan, tetapi Kyle tidak cedera. Sel kulit tersebut masih terdapat pada jari walaupun sebahagian besar daripada badan mangsa telah reput. Walau bagaimanapun, penonton dapat melihat lelaki dengan trak merah yang sering mengintip keluarga Trager mempunyai cakaran pada tangan kanannya.

Sementara itu, pelbagai pembohongan yang berlaku dalam seisi keluarga Trager mengelirukan Kyle, memandangkan penipuan adalah satu perkara baru bagi Kyle. Lori dipecat dari kerjanya kerana ponteng untuk bertemu dengan Declan, tetapi dia tidak memberitahu ibu bapanya. Josh meyakinkan Kyle untuk melakukan ujian matematik musim panas untuknya. Majikan Stephen pula mengarahkan Stephen untuk tidak memberitahu pekerja yang lain tentang pembuangan kerja pada penghujung suku tahun. Dan Amanda menyebabkan kereta barunya kemalangan kerana terlihat Kyle melompat turun daripada atap dan mendarat dengan selamat. Amanda menggesa Kyle untuk tidak memberitahu ibunya. Kyle pula mencadangkan agar Amanda memberitahu perkara yang sebenar dan Amanda meminta Kyle mengucapkan selamat berjaya.

Kyle berasa kurang senang ketika makan malam apabila Lori berkata yang dia masih bekerja dan Josh mendapat keputusan yang elok sedangkan Lori tidak bekerja dan Kyle yang menyiapkan ujian Josh. Apabila Kyle mendedahkan kebenaran, ia menyebabkan Lori dan Josh akan ditimpa masalah. Ketika Stephen sering berkata kepada Kyle untuk selalu berkata benar, Josh dan Lori memandang Kyle dengan perasaan geram yang membuatkan Kyle berasa kurang senang. Apabila ibu Amanda mengetahui tentang kerosakan pada keretanya, Kyle berbohong dan mengatakan yang itu adalah kesalahannya. Maka, Kyle telah diberi amaran untuk menjauhkan diri daripada anaknya dan harta bendanya. Selepas Kyle kembali ke rumah Trager, Lori dan Josh meminta maaf. Dia bersetuju apabila Lori dan Josh berjanji untuk tidak memaksanya menipu untuk mereka tetapi bertanya jika dia boleh menyimpan rahsia antara mereka bertiga.

Corak pada lukisan Kyle.
Pada keesokan pagi, Nicole dan Stephen mengejutkan Kyle dari tidur dan memberinya satu kejutan. Mereka telah menukarkan bengkel Stephen kepada bilik untuk Kyle beeserta tab mandi di tengah-tengah bilik untuk dijadikan tempat tidur. Dia amat terharu dengan keprihatinan keluarga Trager. Selepas Kyle dan Stephen keluar untuk bersarapan, Nicole menggantungkan lukisan Kyle dan mendapati tanda hitam di bucu lukisan. Setelah menyusunnya, ia membentuk corak yang sama pada kad kekunci yang ditunjukkan Detektif Breen

### Diving In

Kyle telah mengalami mimpi pertamanya, iaitu dia berada di dalam kolam renang dengan Amanda yang berenang menuju ke dirinya. Tiba-tiba, dia hilang dan Kyle terbangun dalam keadaan tertanya-tanya sama ada mimpi tersebut adakah suatu yang pernah dialaminya dahulu atau suatuu yang akan dialaminya nanti. Pagi kemudiannya, Detektif Breen menyoal Kyle tentang kenapa Kyle melukis kad kekunci insignia di pepenjuru lukisannya tetapi Kyle masih tidak ingat. Kemudian, Lori, Josh dan Kyle pergi ke kolam renang sementara Nicole dan Stephen cuba untuk mendaftarkan Kyle ke sekolah tinggi. Sementara itu, penonton melihat lelaki misteri yang bersama trak merah itu dipecat dari syarikat yang pernah dia berkhidmat buat masa sepuluh tahun. Namanya Thomas Foss dan simbol pada kad kekuncinya adalah bersamaan dengan lukisan Kyle. Juga dinyatakan yang seorang profesor kolej bernama William Kern telah hiilang pada masa yang sama.

Di kolam renang, Kyle mengetahui yang Amanda adalah penyelamat. Lori bertemu dengan kawannya Hillary, dan kemudian, Josh cuba meyakinkan kakaknya untuk mendapatkan nama dan nombor telefon seoarng gadis yang dilihat di kolam renang. Sementara mereka berbalah, Kyle telah melompat dari papan anjal dan tenggelam. Amanda menyelam dan menyelamatkannya yang kemudian Kyle mengalami ereksi kerana sentuhan rapat Amanda. Ketika Amanda dan Kyle telah berada di luar kolam, orang ramai mengerumuni dan mengetawakannya yang menyebabkan Kyle berasa malu. Di rumah, Stephen menerangkan apa yang terjadi kepada Kyle.

Declan berada di rumah keluarga Trager untuk mengajak Lori keluar ke parti Jeff Preston Jumaat itu. Ketika Josh memberikan Kyle majalah pornografi sebagai satu cara "menyelesaikan masalah", Amanda muncul di hadapan pintu untuk melawat Kyle. Dia memasuki biliknya yang agak kosong dan mendapati terlalu banyak lukisan dirinya di atas meja. Apabila dia berpaling ke belakang, dia melihat Kyle bersama majalah Josh dan terus pergi yang membuatkan Kyle keliru. Kemudian, Josh membawa Kyle untuk mendaftarkan diri dalam pembelajaran renang agar dapat memberikan masa untuk Lori, yang kemudiannya memperoleh maklumat tentang gadis yang diingini oleh Josh, iaitu Ashleigh Redmond. Dia cuba untuk menghubunginya tetapi meletakkan telefon kerana gementar.

Kyle menerima pembelajaran daripada Amanda dan belajar dengar sangat cepat. Dia menerangkan kepada Kyle yang dia tidak pernah memarahi Kyle kerana lukisan itu, dan dia memberitahunya bagaimana dia melukis benda seperti yang dilihat di dalam minda, tetapi Kyle tidak memahaminya. Amanda mengajaknya datang ke rumah dia keesokan tengah hari untuk menunjukkan Kyle sesuatu. Di rumah, Nicole memaklumkan Stephen yang Detektif Breen tidak menemui apa-apa organisasi dengan insignia tau apa-apa kod yang diurai oleh komputer dari kad itu. 

Tom Foss pulang ke apartmennya dan mendapati orang yang memecatnya duduk di kerusi sambil menunggu kepulangannya. Dia memberitahu Foss, ketika dia membawa kad kekunci Tom untuk dinyah aktif, ia tidak memadan dengan nombornya tetapi nombor kepunyaan Prof. Kern. Dia juga menemui fail tentang Kyle yang Foss curi dari tempat penahanan juvana. Kemudian, Foss mematahkan leher orang itu ketika kali kedua kunjungan orang itu. 

Kyle's drawing of Amanda after he dropped it into the swimming pool
Di rumah Amanda, Kyle mempelajari konsep akan lukisan melalui perasaan, dan bukan sekadar apa yang dilihat. Bapa Amanda pernah menjadi seorang artis, dan dia memberitahu Kyle yang dia telah mati tahun lepas. Di biliknya, Kyle menggunakan krayon dan warna air untuk mencurahkan apa yang dirasakannya kepada lukisan Amanda. Josh menghubungi Ashleigh, dan mereka bersetuju untuk bertemu di parti Preston. Sementara itu, Lori membawakan kondom ke dalam tas tangannya untuk ke parti malam itu. Josh pula meyakinkan Kyle untuk pergi bersama mereka ke parti Preston dan menjanjikan yang Amanda akan muncul di parti itu; Kyle bercadang untuk memberikan lukisannya.

Di parti, Ashleigh dan Josh berendam bersama di tab panas sebelum di halau oleh tuan rumah. Lori membawa Declan ke kawasan belukar di luar dan kehilangan dara sementara Hillary, yang jatuh hati dengan Kyle, muntah ketika dalam keadaan mabuk. Lori kembali dan menyuruh Hillary menjauhi Kyle, dan disebabkan menyampah, Hillary mendedahkan yang dia telah menyuruh Declan mengajak Lori keluar dan mengejek dia kerana "terlalu mudah." Walau bagaimanapun, Declan mempertahankan Lori apabila salah seorang rakannya memberikan komen tentangnya. Apabila Amanda muncul pula, Kyle mendapati yang dia mencintainya. Tetapi, ketika dia hampir menyerahkan lukisannya, teman lelaki Amanda, Charlie, muncul dan memberikan satu ciuman. Disebabkan terkilan kerana peristiwa itu, Kyle pergi dan membuang lukisannya di kolam berhampiran. Lukisannya kemudian ditunjukkan yang dia melukis gambar Amanda sedang berenang.

### This is Not a Test