Порамнувањето на целиот геном е вообичаен метод во споредбената геномика. Ова порамнување на осум геноми на бактеријата *Yersinia* открива 78 локално колинеарни блокови конзервирани меѓу сите осум таксони. Секој хромозом е поставен хоризонтално и хомологните блокови во секој геном се прикажани како идентично обоени региони поврзани меѓу геномите. Регионите кои се превртени во однос на геномот KIM на *Y. pestis* се поместени под средишната оска на геномот.
**Споредбена геномика** ― поле на биолошко истражување во кое се споредувани геномските особини на различни организми. Геномските особини може да вклучуваат низа на ДНК, гени, редослед на гени, регулаторни низи и други геномски структурни обележја. Во оваа гранка на геномиката, цели или големи делови од геномите кои произлегуваат од геномските проекти, се споредувани за проучување на основните биолошки сличности и разлики, како и еволутивните односи меѓу организмите. Главното начело на споредбената геномика е дека заедничките особини на два организми честопати ќе бидат кодирани во ДНК што еволутивно е зачувана меѓу нив. Затоа, споредбените геномски пристапи започнуваат со правење некаков облик на усогласување на геномските секвенци и барање ортологни секвенци (секвенци кои имаат заедничко потекло ) во подредените геноми и проверка до кој степен тие низи се зачувани. Врз основа на нив, заклучувани се геномот и молекуларната еволуција и тоа може да биде ставено во контекст на, на пример, фенотипска еволуција или популациона генетика.

Виртуелно започна веднаш штом целиот геном на два организми станаа достапни (т.е. геномите на бактериите *Haemophilus influenzae* and *Mycoplasma genitalium*) во 1995 година, споредбената геномика сега е стандардна компонента на анализата на секоја нова геномска низа. Со зголемувањето на бројот на проекти за геном поради напредокот во технологиите насеквенционирање на ДНК, особено методите за масивното напоредно секвенционирање кон крајот на 2000-тите, ова поле станало пософистицирано, што овозможува да се справи со многу геноми во една студија. Споредбената геномика открила високи нивоа на сличност помеѓу тесно поврзани организми, како што се луѓето и шимпанзата, и, уште поизненадувачки, сличноста помеѓу навидум далечно поврзани организми, како што се луѓето и квасецот*Saccharomyces cerevisiae*. Исто така, ја покажа крајната разновидност на составот на гените во различни еволутивни лози.

Историја
--------

*Поврзано*: Историја на геномиката

Споредбената геномика има корен во споредбата на геномите на вирусите во раните 1980-ти. На пример, малите РНК вируси што инфицираат животни (пикорнавируси) и оние што ги инфицираат растенијата (грашест мозаичен вирус) биле споредени и било покажано дека споделуваат значајна сличност во низата и, делумно, редоследот на нивните гени. Во 1986 година, била објавена првата споредбена геномска студија во поголем обем, споредувајќи ги геномите на вирусот варичела-зостер и Епштајн-Баровиот вирус кои содржеле повеќе од 100 гени по секој.

Првата целосна геномска низа на клеточен организам, онаа на *Haemophilus influenzae* Rd, била објавена во 1995 година. Вториот труд за секвенционирање на геномот бил за малата паразитска бактерија *Mycoplasma genitalium* објавен во истата година. Поаѓајќи од овој труд, извештаите за новите геноми неизбежно станале споредбено-геномски студии.

**Микробиолошки геноми**

Првиот систем за споредба на целиот геном со висока резолуција на микробиолошки геноми од 10-15 kbp бил развиен во 1998 година од Арт Делчер, Сајмон Касиф и Стивен Салцберг и применет за споредба на цели високо поврзани микробни организми со нивните соработници во Институтот за геномски истражувања. Системот се нарекува MUMmer и е опишан во публикација во списанието *Nucleic Acids Research* во 1999 година. Системот им помага на истражувачите да идентификуваат големи преуредувања, мутации на единечна основа, превртувања, тандемско повторувачки ширења и други полиморфизми. Кај бактериите, MUMmer овозможува идентификација на полиморфизми кои се одговорни за вирулентност, патогеност и отпорност на антибиотици. Системот бил применет и на Проектот за минимален организам при Институтот за геномски истражувања и последователно на многу други проекти за споредбена геномика.

**Геноми на еукариоти**

*Saccharomyces cerevisiae*, лебниот квасец, бил првиот еукариот на кој неговата целосна геномска низа била објавена во 1996 година. По објавувањето на геномот на кружниот црв *Caenorhabditis elegans* во 1998 година и заедно со геномот на овошната мува *Drosophila melanogaster* во 2000 година, Џералд М. Рубин и неговата група објавиле труд со наслов „*Споредбена геномика на еукариотите*", во кој тие ги споредиле геномите на еукариотите *D. melanogaster*, *C. elegans* и *S. cerevisiae*, како и прокариотот *H. influenzae*. Во исто време, Бони Бергер, Ерик Ландер и нивната група објавиле труд за споредба на целиот геном на човекот и глушецот.

Со објавувањето на големите геноми на 'рбетниците во 2000-тите, вклучително и човекот, јапонската надувувачка риба *Takifugu rubripes* и глушецот, претходно пресметаните резултати од споредбите на големиот геном биле објавени за преземање или за гледање во геномски прелистувач. Наместо да преземаат свои анализи, повеќето биолози можат да пристапат до овие големи споредби меѓу видовите и да ја избегнат непрактичноста предизвикана од големината на геномите.

Методите за масивно напоредното секвенционирање, кои првпат биле воведени во 2007 година, произвеле огромна количина на геномски податоци и им овозможиле на истражувачите да создаваат повеќекратни (прокариотски) нацрт-геномски низи одеднаш. Овие методи, исто така, можат брзо да откријат полиморфизми, вметнувања и бришења на единечен нуклеотид со картирање на несклопени читања против добро забележан референтен геном, и на тој начин да обезбедат список на можни генски разлики што може да бидат основа за какви било функционални варијации меѓу соевите.

Еволутивни начела
-----------------

Главна статија: Еволуција
Еден особина на биологијата е еволуцијата, еволутивната теорија е и теоретска основа на споредбената геномика, а во исто време резултатите од споредбената геномика невидено ја збогатиле и ја развиле теоријата на еволуцијата. Кога се споредувани две или повеќе од геномската низа, може да бидат заклучени еволутивните односи на низите во филогенетското дрво. Врз основа на различни податоци од биолошкиот геном и проучување на вертикалните и хоризонталните постапки на еволуцијата, може да бидат разбрани виталните делови од структурата на генот и неговата регулаторна функција.

Сличноста на сродните геноми е основата на споредбената геномика. Ако две суштества имаат неодамнешен заеднички предок, разликите помеѓу геномите на двата вида еволуирале од геномот на предците. Колку е поблиска врската помеѓу два организми, толку се поголеми сличностите меѓу нивните геноми. Ако постои блиска врска меѓу нив, тогаш нивниот геном ќе прикаже линеарно однесување (синтенија), имено некои или сите генетски низи се зачувани. Така, геномските низи може да бидат користени за да биде идентификувана функцијата на генот, со анализа на нивната хомологија (сличност на низата) со гени со позната функција.

 Човечкиот ген FOXP2 и еволутивното зачувување се прикажани во и повеќекратно порамнување (на дното на сликата) на оваа слика од UCSC Genome Browser (прелистувач на геноми на Универзитетот во Калифорнија). Забележете дека зачувувањето има тежнеење да биде групирано околу регионите за кодирање (егзони).
Ортологните низи се сродни низи во различни видови: ген постои во првобитниот вид, видот поделен на два вида, така што гените во новите видови се ортологни на низата во првобитниот вид. Паралогните низи се одвојуваат со генско клонирање (удвојување на гените): ако одреден ген во геномот е копиран, тогаш копијата од двете секвенци е паралогна на првобитниот ген. Еден пар ортологни низи се нарекуваат ортологни парови (ортолози), еден пар паралогни низи се нарекувани колатерални парови (паралози). Ортологните парови обично имаат иста или слична функција, што не е нужно случај за колатералните парови. Во колатералните парови, низите имаат тежнеење да еволуираат во различни функции.

Споредбената геномика ги искористува и сличностите и разликите во белковините, РНК и регулаторните региони на различни организми за да заклучи како одбирањето дејствувала врз овие елементи. Оние елементи кои се одговорни за сличностите меѓу различните видови треба да бидат зачувани низ времето (стабилизирачко одбирање), додека оние елементи одговорни за разликите меѓу видовите треба да бидат дивергентни (позитивно одбирање). Конечно, оние елементи кои не се важни за еволутивниот успех на организмот нема да бидат зачувани (одбирањето е неутрално).

Една од важните цели на теренот е идентификација на механизмите на еволуцијата на еукариотскиот геном. Меѓутоа, често е усложувано со мноштвото настани што се случиле низ историјата на поединечните лози, оставајќи само искривени и надредени траги во геномот на секој жив организам. Поради оваа причина, споредбените геномски студии на мали моделни организми (на пример, моделот *Caenorhabditis elegans* и тесно поврзаниот *Caenorhabditis briggsae*) се од голема важност за да биде унапредено разбирањето за општите механизми на еволуцијата.

Методи
------

Сметачките пристапи се неопходни за споредување на геномот, со оглед на големиот број на податоци кодирани во геномите. Многу алатки сега се јавно достапни, почнувајќи од споредби на целиот геном до анализа на генско изразување. Ова ги вклучува пристапите од системите и контролата, теоријата на информации, анализата на соеви и рударењето податоци. Сметачките пристапи ќе останат критични за истражување и настава, особено кога науката за информации и биологијата на геномот се изучувани заедно.

 Филогенетско дрво на потомци и реконструирани предци. Бојата на гранката ги претставува стапките на точки на прекин во RACF (точки на прекин на милион години). Црните гранки претставуваат неодредени стапки на точка на прекин. Боите на врвовите го прикажуваат соседството на склопот: црна, склоп на геном на ниво на скеле; зелена, склоп на геном на ниво на хромозом; жолта, склоп на геном на ниво на скеле во скала на хромозом. Броевите до имињата на видовите означуваат диплоиден број на хромозом (ако е познат).
Споредбената геномика започнува со основни споредби на големината на геномот и генската густина. На пример, големината на геномот е важна за капацитетот за кодирање и можеби поради регулаторни причини. Високата генска густина ја олеснува прибелешката на геномот, анализата на селекција на животната средина. Спротивно на тоа, ниската генска густина го попречува картирањето на генетските болести како во човечкиот геном.

### Порамнување на низата

Порамнувањата се користени за забележување информации за слични низи како што се потеклото, заедничкото еволутивно потекло или заедничката структура и функција. Порамнувања може да бидат направени и за генските и за белковинските низи. Порамнувањата се состојат од месни или општи порамнувања во пар, и порамнувања на повеќе низи. Еден начин да бидат најдени општи порамнувања е да биде користен динамичен програмски алгоритам познат како Нидлман-Вуншовиот алгоритам. Овој алгоритам може да биде изменет и да биде користен за наоѓање месни порамнувања.

 Пример за филогенетско дрво создадено од порамнување на 250 уникатни белковински низи на шилести од семејството Betacoronavirus.
### Филогенетска реконструкција

Друг сметачки метод за споредбена геномика е филогенетската реконструкција. Користена е за опишување на еволутивните односи во однос на заедничките предци. Врските обично се претставени во дрво наречено филогенетско дрво. Слично на тоа, теоријата за спојување е ретроспективен модел за следење на алели на ген во население на единствена копија од предците споделена од членовите на населението. Ова е исто така познато како најнов заеднички предок. Анализата заснована на теоријата на спојување се обидува да го предвиди времето помеѓу воведувањето на мутација и одреден алел или генска распределба во населението. Овој временски период е еднаков на тоа колку долго постоел најновиот заеднички предок. Односите на наследување се гледани во облик слична на филогенетско дрво. Соединувањето (или генеалогијата на гените) може да биде видено со помош на дендрограми.

 Пример за блокирање и прекин на синтенија. Гените сместени на хромозомите од два вида се означени со букви. Секој ген е поврзан со број кој го претставува видот на кој му припаѓа (вид 1 или 2). Ортологните гени се поврзани со испрекинати линии, а гените без ортологна врска се третирани како празнини во програмите за синтенија.
### Геномски карти

Дополнителен метод во споредбената геномика е генетското картирање. Во генетското картирање, гледањето на синтенијата е еден начин да биде виден зачуваниот редослед на гени на хромозомите. Обично е користено за хромозоми од сродни видови, кои се резултат на заеднички предок. Овој и други методи можат да фрлат светлина врз еволутивната историја. Една неодамнешна студија користела споредбена геномика за реконструкција на 16 кариотипови на предците низ филогенијата на цицачите. Сметачката реконструкција покажала како хромозомите биле преуредени за време на еволуцијата на цицачите. Таа дала увид во зачувувањето на одредени региони кои често се поврзувани со контролата на развојните постапки. Покрај тоа, таа помогнала да биде обезбедено разбирање за еволуцијата на хромозомите и генетските болести поврзани со преуредувањето на ДНК.

Solid  green squares  indicate  mammalian  chromosomes maintained as a single synteny block (either as a single  chromosome  or  fused  with  another MAM), with shades of the color indicating the fraction of the chromosome affected by intra-chromosomal  rearrangements  (the  lightest shade is most affected). Split blocks demarcate mammalian chromosomes affected by inter-chromosomal rearrangements. Upper (green)triangles show the fraction of the chromosome affected by intra chromosomal rearrangements, and lower (red) triangles show the fraction affected by inter chromosomal rearrangements. Syntenic relationships of each MAM to the human genome are given at the right of the diagram. MAMX appears split in goat because its X chromosome is assembled as two separate fragments. BOR, boreoeutherian ancestor chromosome; EUA, Euarchontoglires ancestor chromo-some; EUC, Euarchonta ancestor chromosome; EUT,  eutherian  ancestor  chromosome;  PMT; Primatomorpha ancestor chromosome; PRT, primates (Hominidae) ancestor chromosome; THE, therian ancestor chromosome. Слика од студијата „Еволуција на кариотипот на предците на цицачите и синтенските региони". Тоа е гледање на еволутивната историја на реконструирани хромозоми на цицачи врз основа на човечката лоза.

Алатки
------

Сметачките алатки за анализа на низи и целосни геноми брзо се развивани поради достапноста на голема количина геномски податоци. Во исто време, алатките за споредбена анализа се напредувани и подобрувани. Во предизвиците за овие анализи, многу е важно да бидат видени споредбените резултати.

Гледањето на зачувувањето на низата е тешка задача на споредбената анализа на низата. Како што е познато, многу е неефикасно рачно да биде испитано порамнувањето на долгите геномски региони. Прелистувачите за геном кои се на интернет обезбедуваат многу корисни алатки за истражување на геномските низи поради интегрирање на сите биолошки информации засновани на секвенци за геномските региони. Кога извлекуваме големо количество релевантни биолошки податоци, тие можат да бидат многу лесни за употреба и да одземаат помалку време.

* UCSC Browser: Ова мрежно место ја содржи референтната низа и работните нацрт склопови за голема збирка геноми.
* Ensembl: Проектот Ensembl произведува геномски бази на податоци за 'рбетници и други еукариотски видови и ги прави овие информации слободно достапни на интернет.
* MapView: Прегледувачот на карти обезбедува широк спектар на податоци за картирање и секвенционирање на геномот.
* VISTA е сеопфатен пакет на програми и бази на податоци за споредбена анализа на геномските низи. Изграден е за да бидат видени резултатите од споредбената анализа врз основа на усогласувањата на ДНК. Претставувањето на споредбените податоци создадени од VISTA лесно може да одговара и на мали и големи размери на податоци.
* BlueJay Genome Browser: самостојна алатка за повеќеразмерно гледање на означени геноми и други геномски елементи.

Предноста на користењето семрежни алатки е тоа што овие мрежни места постојано се развивани и ажурирани. Има многу нови поставки и содржината може да биде користена семрежно за да биде подобрена ефикасноста.

Избрани примени
---------------

### Земјоделство

Земјоделството е област која ги користи придобивките од споредбената геномика. Идентификувањето на локусите на поволните гени е клучен чекор во одгледувањето култури кои се оптимизирани за поголем принос, економичност, квалитет и отпорност кон болести. На пример, една студија за поврзување на ниво на геном, спроведена на 517 домородни сорти ориз, открила 80 локуси поврзани со неколку категории на агрономски перформанси, како што се тежината на зрната, содржината на амилоза и толеранцијата кон суша. Многу од локусите биле претходно некарактеризирани. Оваа методологија не само што е моќна, туку е и брза. Претходните методи за идентификација на локуси поврзани со агрономските перформанси барале неколку генерации на внимателно следено размножување на матичните соеви, напор кој одзема многу време и е непотребен за споредбени геномички студии.

### Медицина

#### Развој на вакцини

Медицинското поле, исто така, има корист од проучувањето на споредбената геномика. Во пристапот познат како обратна вакцинација, истражувачите можат да откријат кандидатски антигени за развој на вакцини преку анализа на геномот на патогенот или семејството патогени. Примената на споредувачки геномски пристап преку анализа на геномите на неколку поврзани патогени може да доведе до развој на вакцини кои се повеќезаштитни. Група истражувачи употребила таков пристап за да создаде универзална вакцина за стрептокока од групата Б, група бактерии одговорни за тешка неонатална инфекција. Споредбената геномика, исто така, може да биде користена за создавање специфичност на вакцините против патогени кои се тесно поврзани со комензалните микроорганизми. На пример, истражувачите користеле споредбена геномска анализа на комензалните и патогените соеви на *E. coli* за да ги идентификуваат гените специфични за патогенот како основа за пронаоѓање на антигени кои резултираат со имунолошки одговор против патогените соеви, но не и комензалите. Во мај 2019 година, користејќи го Општиот геномски сет, група во Обединетото Кралство и Австралија, секвенционирале илјадници општо собрани изолати на стрептокока од групата А, обезбедувајќи потенцијални цели за развој на вакцина против патогенот, исто така познат како *S. pyogenes*.

 Човечки локуси на рецептор на Т-клетка (H, горе) и глувците (M, доле) се споредувани, со елементи на рецептор на Т-клетка во црвено, гени без рецептор на Т-клетка во виолетова и V сегменти во портокалова, други елементи на рецептор на Т-клетка во црвено. M6A, наводна метилтрансфераза; ZNF, белковината цинков прст; OR, миризливи рецепторни гени; DAD1, бранител од клеточна смрт; Местата на специфичните видови, обработени псевдогени се прикажани со сиви триаголници. Видете исто така пристапни броеви на GenBank AE000658-62. Изменето според Глузман и колегите, 2001 година.
#### Моделни глувци во имунологијата

Т-клетките (исто така познати како Т-лимфоцити или тимоцити) се имунолошки клетки кои растат од матични клетки во коскената срцевина. Тие помагаат да биде заштитено телото од инфекции и може да помогне во борбата против ракот. Поради нивната морфолошка, физиолошка и генетска сличност со луѓето, глувците и стаорците долго време се претпочитани видови за биомедицински истражувачки животински модели. Споредбеното медицинско истражување е изградено на способноста да бидат користени информации од еден вид за да бидат разбрани истите постапки во друг вид. Може да бидат добиени нови сознанија за молекуларните патишта со споредување на Т-клетките на човекот и глушецот и нивните ефекти врз имунолошкиот систем користејќи споредбена геномика. Со цел да ги разбере неговите рецептори на Т-клетки и нивните гени, Глусман спроведе истражување за секвенционирање на локусите на рецепторот на Т-клетките на човекот и глувчето. Гените со рецептори на Т-клетки се добро познати и служат како значаен ресурс за поддршка на функционалната геномика и разбирање како гените и меѓугенските региони на геномот придонесуваат за биолошките постапки.

Имуните рецептори на Т-клетките се важни за да биде види светот на патогени во клеточниот имунолошки систем. Една од причините за секвенционирање на локусите со рецептори на Т-клетки на човекот и глушецот било да бидат совпаднати низите на ортологното семејство на гени и да бидат откриени зачуваните области користејќи споредбена геномика. Било сметано дека тие ќе одразуваат два вида биолошки информации: (1) егзони и (2) регулаторни низи. Всушност, поголемиот дел од егзоните V, D, J и C може да бидат идентификувани во овој метод. Променливите региони се кодирани од повеќе уникатни ДНК елементи кои се преуредени и поврзани за време на диференцијацијата на Т-клетките (рецептор на Т-клетка): променлива (V), разновидност (D) и спојувачки (J) елементи за и полипептидите; и елементите V и J за полипептидите. [Слика 1] Сепак, биле прикажани неколку кратки некодирачки зачувани блокови на геномот. И човечките и мотивите на глушецот се во голема мера групирани во 200 bp [Слика 2], познатите 3' засилувачи во рецепторот на Т-клетка биле идентификувани и зачувана област од 100 bp во интронот J на глувчето последователно била покажана дека има регулаторна функција.

 [Слика 2] Генска структура на генските сегменти V, D, J и C на човечот (горе) и глушецот (долу). Стрелките ја претставуваат насоката на транскрипција на секој ген со рецептор на Т-клетка. Квадратите и круговите претставуваат движење во директна и обратна насока. Изменето според Глузман и колегите, 2001 година.
Споредбите на геномските низи во секоја физичко место или наоѓање на специфичен ген на хромозомот и меѓу видовите овозможуваат истражување на други механизми и други регулаторни сигнали. Некои предлагаат нови хипотези за еволуцијата на рецептори на Т-клетки, кои треба да бидат тестирани (и подобрени) во споредба со генскиот комплемент на рецепторот на Т-клетка на другите видови 'рбетници. Споредбеното геномско истражување на луѓето и глувците очигледно ќе овозможи откривање и прибележување на многу други гени, како и идентификување кај други видови за регулаторни низи.

### Истражување

Споредбената геномика, исто така, отвора нови патишта во други области на истражување. Како што технологијата за секвенционирање на ДНК стана подостапна, бројот на секвенционирани геноми расте. Со зголемениот резервоар на достапни геномски податоци, порасна и моќта на споредбените геномски заклучоци.

Забележителен случај на оваа зголемена моќ е пронајден во неодамнешното истражување кај приматите. Споредбените геномски методи им овозможило на истражувачите да собираат информации за генетската варијација, диференцијалното генско изразување и еволутивната динамика кај приматите кои биле незабележливи со користење на претходни податоци и методи.

#### Проект за геномот на големиот човеколик мајмун

Проектот за геномот на големиот човеколик мајмун користел споредбени геномски методи за да ги истражи генетските варијации во однос на шесте видови големи човеколики мајмуни, пронаоѓајќи здрави нивоа на варијација во нивниот генски фонд и покрај намалувањето на големината на населението. Друга студија покажала дека моделите на метилација на ДНК, кои се познат механизам за регулирање на генското изразување, се разликуваат во префронталниот кортекс на луѓето наспроти шимпанзата и ја вмешани оваа разлика во еволутивната дивергенција на двата вида.

Поврзано
--------

* Податочно рударење
* Молекуларна еволуција
* Споредбена анатомија
* Хомологија
* Низно рударење
* Анализа на низа без порамнување

Наводи
------

1. ↑  „Dynamics of genome rearrangement in bacterial populations". *PLOS Genetics*. **4** (7): e1000128. јули 2008. doi:10.1371/journal.pgen.1000128. PMC 2483231. PMID 18650965. отворен пристап — бесплатно за читање
2. 1 2 3  „Comparative Genomics". *Nature Education Knowledge*. **3** (10): 13. 2010.
3. 1 2  Xia X (2013). *Comparative Genomics*. SpringerBriefs in Genetics. Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-37146-2. ISBN 978-3-642-37145-5.
4. 1 2  Russel PJ, Hertz PE, McMillan B (2011). *Biology: The Dynamic Science* (2. изд.). Belmont, CA: Brooks/Cole. стр. 409–410.
5. ↑  Primrose SB, Twyman RM (2003). *Principles of Genome Analysis and Genomics* (3. изд.). Malden, MA: Blackwell Publishing. ISBN 9781405101202.
6. ↑  „Comparative genomics". *PLOS Biology*. **1** (2): E58. ноември 2003. doi:10.1371/journal.pbio.0000058. PMC 261895. PMID 14624258. отворен пристап — бесплатно за читање
7. ↑  „Comparative genomics and the study of evolution by natural selection". *Molecular Ecology*. **17** (21): 4586–4596. ноември 2008. doi:10.1111/j.1365-294X.2008.03954.x. PMID 19140982.
8. 1 2 3 4  Koonin EV, Galperin MY (2003). *Sequence - Evolution - Function: Computational approaches in comparative genomics*. Dordrecht: Springer Science+Business Media.
9. 1 2  „Pathogen comparative genomics in the next-generation sequencing era: genome alignments, pangenomics and metagenomics". *Briefings in Functional Genomics*. **10** (6): 322–333. ноември 2011. doi:10.1093/bfgp/elr042. PMID 22199376.
10. ↑  „Similarity in gene organization and homology between proteins of animal picornaviruses and a plant comovirus suggest common ancestry of these virus families". *Nucleic Acids Research*. **12** (18): 7251–7267. септември 1984. doi:10.1093/nar/12.18.7251. PMC 320155. PMID 6384934.
11. ↑  „DNA sequence of the herpes simplex virus type 1 gene encoding glycoprotein gH, and identification of homologues in the genomes of varicella-zoster virus and Epstein-Barr virus". *Nucleic Acids Research*. **14** (10): 4281–4292. мај 1986. doi:10.1093/nar/14.10.4281. PMC 339861. PMID 3012465.
12. ↑  „Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd". *Science*. **269** (5223): 496–512. јули 1995. Bibcode:1995Sci...269..496F. doi:10.1126/science.7542800. PMID 7542800.CS1-одржување: display-автори (link)
13. ↑  „The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium". *Science*. **270** (5235): 397–403. октомври 1995. Bibcode:1995Sci...270..397F. doi:10.1126/science.270.5235.397. PMID 7569993.CS1-одржување: display-автори (link)
14. ↑  „Life with 6000 genes". *Science*. **274** (5287): 546, 563–546, 567. октомври 1996. Bibcode:1996Sci...274..546G. doi:10.1126/science.274.5287.546. PMID 8849441.CS1-одржување: display-автори (link)
15. ↑  „Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology". *Science*. **282** (5396): 2012–2018. декември 1998. Bibcode:1998Sci...282.2012.. doi:10.1126/science.282.5396.2012. PMID 9851916.
16. ↑  „The genome sequence of Drosophila melanogaster". *Science*. **287** (5461): 2185–2195. март 2000. Bibcode:2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. doi:10.1126/science.287.5461.2185. PMID 10731132.CS1-одржување: display-автори (link)
17. ↑  „Comparative genomics of the eukaryotes". *Science*. **287** (5461): 2204–2215. март 2000. Bibcode:2000Sci...287.2204.. doi:10.1126/science.287.5461.2204. PMC 2754258. PMID 10731134.CS1-одржување: display-автори (link)
18. ↑  „Human and mouse gene structure: comparative analysis and application to exon prediction". *Genome Research*. **10** (7): 950–958. јули 2000. doi:10.1101/gr.10.7.950. PMC 310911. PMID 10899144. отворен пристап — бесплатно за читање
19. ↑  „Comparative genomics: genome-wide analysis in metazoan eukaryotes". *Nature Reviews. Genetics*. **4** (4): 251–262. април 2003. doi:10.1038/nrg1043. PMID 12671656.
20. ↑  „The genome sequence of Caenorhabditis briggsae: a platform for comparative genomics". *PLOS Biology*. **1** (2): E45. ноември 2003. doi:10.1371/journal.pbio.0000045. PMC 261899. PMID 14624247.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
21. ↑  „Newly Sequenced Worm a Boon for Worm Biologists". *PLOS Biology*. **1** (2): e4. 2003. doi:10.1371/journal.pbio.0000044. PMC 261884. отворен пристап — бесплатно за читање
22. ↑  Cristianini N, Hahn M (2006). *Introduction to Computational Genomics*. Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-67191-0.
23. ↑  „An alignment-free method to find and visualise rearrangements between pairs of DNA sequences". *Scientific Reports*. **5**: 10203. мај 2015. Bibcode:2015NatSR...510203P. doi:10.1038/srep10203. PMC 4434998. PMID 25984837.
24. ↑  „Ten simple rules for developing a short bioinformatics training course". *PLOS Computational Biology*. **7** (10): e1002245. октомври 2011. Bibcode:2011PLSCB...7E2245V. doi:10.1371/journal.pcbi.1002245. PMC 3203054. PMID 22046119.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
25. 1 2  „Evolution of the ancestral mammalian karyotype and syntenic regions". *Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America*. **119** (40): e2209139119. октомври 2022. doi:10.1073/pnas.2209139119. PMC 9550189 Проверете ја вредноста `|pmc=` (help). PMID 36161960 Проверете ја вредноста `|pmid=` (help).CS1-одржување: display-автори (link)
26. ↑  Altschul SF, Pop M (2017). „Sequence Alignment". Во Rosen KH, Shier DR, Goddard W (уред.). *Handbook of Discrete and Combinatorial Mathematics* (2nd. изд.). Boca Raton (FL): CRC Press/Taylor & Francis. ISBN 978-1-58488-780-5. PMID 29206392. Посетено на 2022-12-18.
27. ↑  Prjibelski AD, Korobeynikov AI, Lapidus AL (2019-01-01). „Sequence Analysis". Во Ranganathan S, Gribskov M, Nakai K, Schönbach C (уред.). *Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology* (англиски). Oxford: Academic Press. стр. 292–322. doi:10.1016/b978-0-12-809633-8.20106-4. ISBN 978-0-12-811432-2.
28. ↑  „Comparative genomics: methods and applications". *Die Naturwissenschaften*. **91** (9): 405–421. септември 2004. doi:10.1007/s00114-004-0542-8. PMID 15278216.
29. ↑  „Inferring synteny between genome assemblies: a systematic evaluation". *BMC Bioinformatics*. **19** (1): 26. јануари 2018. doi:10.1186/s12859-018-2026-4. PMC 5791376. PMID 29382321.
30. ↑  Duran C, Edwards D, Batley J (2009). „Genetic Maps and the Use of Synteny". *Plant Genomics*. Methods in Molecular Biology. **513**. стр. 41–55. doi:10.1007/978-1-59745-427-8\_3. ISBN 978-1-58829-997-0. PMID 19347649.
31. 1 2 3  Bergman NH (2007). Bergman NH (уред.). *Comparative Genomics: Volumes 1 and 2*. Totowa, New Jersey: Humana Press. ISBN 978-193411-537-4. PMID 21250292.
32. ↑  „UCSC Browser".
33. ↑  „Ensembl Genome Browser". Архивирано од изворникот на 2013-10-21.
34. ↑  „Map Viewer".
35. ↑  „VISTA tools".
36. ↑  „The Bluejay genome browser". *Current Protocols in Bioinformatics*. John Wiley & Sons, Inc. **37**: Unit10.9. март 2012. doi:10.1002/0471250953.bi1009s37. ISBN 9780471250951. PMID 22389011.
37. ↑  „Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces". *Nature Genetics*. **42** (11): 961–967. ноември 2010. doi:10.1038/ng.695. PMID 20972439.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
38. ↑  „Crop genomics: advances and applications". *Nature Reviews. Genetics*. **13** (2): 85–96. декември 2011. doi:10.1038/nrg3097. PMID 22207165. отворен пристап — бесплатно за читање
39. ↑  „Developing vaccines in the era of genomics: a decade of reverse vaccinology". *Clinical Microbiology and Infection*. 18 Suppl 5 (SI): 109–116. октомври 2012. doi:10.1111/j.1469-0691.2012.03939.x. PMID 22882709. `|hdl-access=` бара `|hdl=` (help) отворен пристап — бесплатно за читање
40. ↑  „Identification of a universal Group B streptococcus vaccine by multiple genome screen". *Science*. **309** (5731): 148–150. јули 2005. Bibcode:2005Sci...309..148M. doi:10.1126/science.1109869. PMC 1351092. PMID 15994562.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
41. ↑  „The pangenome structure of Escherichia coli: comparative genomic analysis of E. coli commensal and pathogenic isolates". *Journal of Bacteriology*. **190** (20): 6881–6893. октомври 2008. doi:10.1128/JB.00619-08. PMC 2566221. PMID 18676672.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
42. ↑  „Group a Streptococcus Vaccine Target Candidates Identified from Global Genome Set". 28 мај 2019.
43. 1 2 3 4  „Comparative genomics of the human and mouse T cell receptor loci". *Immunity*. **15** (3): 337–349. септември 2001. doi:10.1016/s1074-7613(01)00200-x. PMID 11567625.CS1-одржување: display-автори (link)
44. ↑  „Comparative primate genomics: emerging patterns of genome content and dynamics". *Nature Reviews. Genetics*. **15** (5): 347–359. мај 2014. doi:10.1038/nrg3707. PMC 4113315. PMID 24709753. отворен пристап — бесплатно за читање
45. ↑  „Great ape genetic diversity and population history". *Nature*. **499** (7459): 471–475. јули 2013. Bibcode:2013Natur.499..471P. doi:10.1038/nature12228. PMC 3822165. PMID 23823723.CS1-одржување: display-автори (link) отворен пристап — бесплатно за читање
46. ↑  „Divergent whole-genome methylation maps of human and chimpanzee brains reveal epigenetic basis of human regulatory evolution". *American Journal of Human Genetics*. **91** (3): 455–465. септември 2012. doi:10.1016/j.ajhg.2012.07.024. PMC 3511995. PMID 22922032. отворен пристап — бесплатно за читање

Дополнителна книжевност
-----------------------

 

* Kellis M, Patterson N, Endrizzi M, Birren B, Lander ES (мај 2003). „Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements". *Nature*. **423** (6937): 241–254. Bibcode:2003Natur.423..241K. doi:10.1038/nature01644. PMID 12748633. S2CID 1530261.
* Cliften P, Sudarsanam P, Desikan A, Fulton L, Fulton B, Majors J, и др. (јули 2003). „Finding functional features in Saccharomyces genomes by phylogenetic footprinting". *Science*. **301** (5629): 71–76. Bibcode:2003Sci...301...71C. doi:10.1126/science.1084337. PMID 12775844. S2CID 1305166.
* Boffelli D, McAuliffe J, Ovcharenko D, Lewis KD, Ovcharenko I, Pachter L, Rubin EM (февруари 2003). „Phylogenetic shadowing of primate sequences to find functional regions of the human genome". *Science*. **299** (5611): 1391–1394. doi:10.1126/science.1081331. PMID 12610304. S2CID 17217612.
* Dujon B, Sherman D, Fischer G, Durrens P, Casaregola S, Lafontaine I, и др. (јули 2004). „Genome evolution in yeasts". *Nature*. **430** (6995): 35–44. Bibcode:2004Natur.430...35D. doi:10.1038/nature02579. PMID 15229592. S2CID 4399964.
* Filipski A, Kumar S (2005). „Comparative genomics in eukaryotes". Во Gregory TR (уред.). *The Evolution of the Genome*. San Diego: Elsevier. стр. 521–583.
* Gregory TR, DeSalle R (2005). „Comparative genomics in prokaryotes". Во Gregory TR (уред.). *The Evolution of the Genome*. San Diego: Elsevier. стр. 585–675.
* Xie X, Lu J, Kulbokas EJ, Golub TR, Mootha V, Lindblad-Toh K, и др. (март 2005). „Systematic discovery of regulatory motifs in human promoters and 3' UTRs by comparison of several mammals". *Nature*. **434** (7031): 338–345. Bibcode:2005Natur.434..338X. doi:10.1038/nature03441. PMC 2923337. PMID 15735639.
* Champ PC, Binnewies TT, Nielsen N, Zinman G, Kiil K, Wu H, и др. (март 2006). „Genome update: purine strand bias in 280 bacterial genomes". *Microbiology*. **152** (Pt 3): 579–583. doi:10.1099/mic.0.28637-0. PMID 16514138.
* Kumar L, Breakspear A, Kistler C, Ma LJ, Xie X (март 2010). „Systematic discovery of regulatory motifs in Fusarium graminearum by comparing four Fusarium genomes". *BMC Genomics*. **11**: 208. doi:10.1186/1471-2164-11-208. PMC 2853525. PMID 20346147. отворен пристап — бесплатно за читање
* Batzoglou S, Pachter L, Mesirov JP, Berger B, Lander ES (јули 2000). „Human and mouse gene structure: comparative analysis and application to exon prediction". *Genome Research*. **10** (7): 950–958. doi:10.1101/gr.10.7.950. PMC 310911. PMID 10899144. отворен пристап — бесплатно за читање

Надворешни врски
----------------

* Genomes OnLine Database (GOLD)
* Genome News Network
* Сеопфатен микробен ресурс на JCVI
* Патема: Ресурсен центар за биоинформатика специфичен за клади
* База на податоци на CBS Genome AtlasАрхивирано на 16 мај 2016 г.
* Прелистувач за геном на UCSCThe UCSC Genome Browser
* Национален институт за истражување на човечкиот геном на Соединетите Држави
* Ensembl Геномскиот прелистувач на проектот Ensembl
* Геновури, споредбена геномика на хемиаскомицетни квасци
* Филогенетски заклучени групи, неодамна развиен метод кој вклучува филогенетски сигнали во градењето генски кластери за употреба во споредбената геномика.
* Метазом Архивирано на 10 август 2006 г. ресурс за филогеномско истражување и анализа на семејствата на метазоински гени.
* IMG Системот за интегрирани микробиолошки геноми, за компаративна анализа на геном од страна на DOE-JGI.
* Dcode.org Центар за споредбена геномика.
* SUPERFAMILY Белковински прибелешки за сите целосно секвенционирани организми
* Споредбена геномика геномика
* Бластологија и отворен код: потреби и дела
* Алатка за споредбена геномика без усогласување