Трпејќи големи притисоци, поврзани со обновата на Охридската архиепископија и конечното организационо обновување на Македонската православна црква од страна на раководството на Српската православна црква, Иницијативниот одбор за организирање на Македонската православна црква на 23 јули 1958 година, заедно со целокупното свештенство донел одлука за свикување на **Вториот македонски црковно-народен собор**. Соборот бил одржан во Охрид, вековното седиште на древната Охридска архиепископија, во црквата Света Софија. Таму повторно била донесена одлука за обновување на Охридската архиепископија. Веднаш потоа бил избран македонски митрополит, поглавар на Македонската православна црква, кој ја добил титулата, Охридски архиепископ. Тоа бил Епископот Топлички Доситеј по потекло од Маврово. На крајот од Црковно-народниот собор е донесен и Уставот на Македонската православна црква, по кој таа се раководи и денеска.

Архиерејскиот собор на СПЦ се согласил со одлуките на Македонскиот црковно-народен собор, во одлуката АС. бр. 47/1959 година и 6/1959 година зап. 57 од 17/4 јуни 1959 година.

Одлуката за самостојност на МПЦ била потврдена преку отслужувањето на заедничка архиерејска Литургија со српскиот патријарх Герман, на 19 јули 1959 година во црквата на Свети Мина во Скопје, и истовремено е извршена и хиротонија на преспанско-битолскиот владика Климент. Со тоа Светиот Архиерејски Синод на СПЦ и дал самостојност на Македонската православна црква. По неколку дена во црквата на Свети Никола во Штип е хиротонисан за владика на Злетовско-струмичката епархија г. Наум. Конечно е конституиран Синодот на МПЦ според Уставот на МПЦ, како и другите административни органи и тела во Архиепископијата и во епархиите.

Во мај 1962 година во придружба од патријархот Герман, со неколку епископи на СПЦ, во посета на МПЦ дошол Патријархот Московски Алексиј, придружуван од митрополитот Никодим, епископот Пимен и повеќе високодостоинственици на Руската православна црква. На празникот на Свети Кирил и Методиј во црквата на Пресвета Богородица - Каменско во Охрид била одржана и архиерејска Литургија, на која што служел патријархот Московски Алексиј, во сослужение со Патријархот Српски Герман и Архиепископот Охридски и Митрополит Македонски Доситеј. Ова било прво сослужување на поглаварот на МПЦ со поглавари на други автокефални Цркви.

И покрај мислењето дека македонскиот народ конечно ќе го реши својот црковен проблем, раководството на Српската православна црква одново почнала да прави обиди за да го спречи непречениот развој на Македонската православна црква, неизвршувајќи ги преземените обврски, меѓу кои и тоа да ја претстави самостојната Македонска православна црква пред другите сестрински православни цркви. СПЦ и понатаму настојувала одново да ги потчини македонските православни епархии под целосна своја јурисдикција, не срамејќи се од тоа на каков нецрковен, неканонски и перфиден начин ги присвоила овие наши епархии во Првата светска војна.

По ваквото мешање во внатрешните работи на Македонската православна црква и по неисполнувањето на преземените обврски од страна на СПЦ, Светиот архијерејски синод на МПЦ бил принуден да го свика Третиот македонски црковно-народен собор.