**Археи** (науч. *Archaea*) — домен на едноклеточни микроскопски организми. Тие, како и бактериите, се прокариоти, што значи дека немаат клеточно јадро ниту мембрански органели.

Археите првично биле класифицирани како бактерии, под името **архебактерии** (во царството Архебактерии, лат. Archaebacteria), но оваа класификација е застарена. Клетките на археите имаат уникатни својства кои ги одделуваат од другите два домени на животот, бактериите и еукариотите. Археите понатаму се поделени на повеќе колена. Класификацијата е тешка бидејќи мнозинството видови не се изолирани во лабораторија, а биле пронајдени само со анализа на нивните нуклеински киселини во примероци од нивната средина.

Археите и бактериите обично се слични по големина и форма, иако неколку археи имаат многу чудни облици, како што се плоскатите и коцкестите клетки на *Haloquadratum walsbyi*. И покрај оваа морфолошка сличност со бактериите, археите поседуваат гени и неколку метаболни патишта кои се поблиски со оние на еукариотите, како, на пример, ензимите вклучени во транскрипцијата и транслацијата. Другите аспекти на биохемијата на археите се уникатни, како што е присуството на етерски липиди во нивните клеточни мембрани. Археите користат повеќе извори на енергија од еукариотите; тие варираат од органски соединенија, како што се шеќерите, до амонијак, метални јони, па дури и водороден гас.

Археите толерантни на хиперсоленост (халобактерии) користат сончева светлина како извор на енергија, а други видови археи го врзуваат неорганскиот јаглерод; сепак, за разлика од растенијата и цијанобактериите, не се откриени видови на археи кои ги вршат и двете активности заедно. Археите се размножуваат бесполово, со проста делба, фрагментација или пупење; за разлика од бактериите и еукариотите, не се познати видови кои формираат спори.

Археите првично биле сметани за екстремофили кои живеат во сурови средини, како што се топлите извори и солените езера, но оттогаш биле пронајдени во разновидни живеалишта, вклучувајќи ги почвите, океаните и мочуриштата. Тие се дел и од човековата микрофлора и се наоѓаат во дебелото црево, усната шуплина и на кожата. Археите се особено застапени во океаните, а се смета дека планктонските археи се една од најзастапените групи на организми на планетата.

Тие играат важна улога во јаглеродниот и азотниот циклус на Земјата. Досега не се познати примери на патогени или паразитски археи, но тие често можат да бидат мутуалисти или коменсали. Ваков пример се метаногените археи кои ги населуваат цревата на преживарите и на човекот, каде што помагаат во варењето на храната. Метаногените археи исто така се користат и во производството на биогас и третманот на отпадните води, а биотехнологијата ги искористува ензимите на екстремофилните археи кои можат да издржат високи температури и органски растворувачи.

Класификација
=============

### Нов домен

Термофилни археи во врели извори на Midway Geyser Basin, САД.
Во поголемиот дел од XX век, прокариотите се сметале за единствена група на организми и биле класифицирани врз основа на нивната биохемија, морфологија и метаболизам. На пример, микробиолозите се обиделе да ги класифицираат микроорганизмите врз основа на структурите на нивните клеточни ѕидови, нивните облици и супстанците кои ги консумираат. Во 1965 година, Емил Цукеркандл и Лајнус Полинг предложиле да се користат секвенци на гени од различни прокариоти за да се разберат нивните сродствени односи. Овој пристап, познат како филогенетика, е главниот метод кој до ден денес се користи.

Археите првпат биле класифицирани како посебна група на прокариоти во 1977 година, од страна на Карл Воуз и Џорџ Е. Фокс, во филогенетските дрва засновани на секвенци на гени на рибозомната РНК (рРНК). Овие две групи првично биле наречени *Archaebacteria* и *Eubacteria* и биле третирани како суперцарства од страна на Воуз и Фокс, додека други истражувачи ги третирале или како царства или како потцарства. Воуз тврдел дека оваа група на прокариоти е фундаментално поинаков облик на живот. За да ја нагласи оваа разлика, Воуз подоцна предложил нов природен систем за класификација на организмите, со три одделни домени: еукариоти, бактерии и археи, во она што е денес познато како „Револуцијата на Воуз" (анг. Woesian Revolution).

Зборот „археја" доаѓа од старогрчкиот ἀρχαῖα, што значи „стари нешта", бидејќи првите откриени претставници биле метаногени, а се претпоставувало дека метаногениот метаболизам ја отсликува примитивната атмосфера на Земјата, а со тоа и староста на овие организми. Долго време, археите се сметале за екстремофили кои живеат само во екстремни живеалишта, како што се топлите извори и солените езера. Меѓутоа, со истражување на нови живеалишта, биле откриени нови видови на археи, така што, до крајот на 20 век, идентификувани се видови и во неекстремните средини.

Денес, тие се познати како голема и разновидна група на организми кои се широко распространети во природата и се чести во сите живеалишта. Препознавањето на важноста и сеприсутноста на археите се должи на употребата на полимераза верижната реакција (PCR) за детекција на прокариоти во примероците од животната средина, како што се водите или почвите. Ова овозможило откривање и идентификација на организми кои дотогаш не биле култивирани во лабораторија.

### Моментална класификација

Ацидофилни археи во отпадни кисели води од рудник, Рио Тинто, Шпанија.
Класификацијата на археите, и прокариотите воопшто, е поле на истражување кое брзо се менува. Сегашните системи на класификација имаат за цел да ги организираат археите во групи кои споделуваат структурни одлики и заеднички предок. Овие класификации во голема мера се потпираат на употребата на генски секвенци на рибозомната РНК за да се откријат сродствените односи помеѓу организмите (молекуларна филогенетика). Повеќето од култивираните и добро проучените видови на археи се членови на две главни колена, Euryarchaeota и Crenarchaeota. Други групи биле привремено создадени, на пример, необичниот вид, *Nanoarchaeum equitans*, кој бил откриен во 2003 година, бил класифициран во ново колено, Nanoarchaeota.

Исто така, било предложено ново колено, наречено Korarchaeota. Тоа содржи мала група на необични термофилни видови кои споделуваат обележја со двете главни колена, иако посродни се со Crenarchaeota. Други, неодамна откриени видови на археи, како што се „Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms" (ARMAN, кои ги содржат Micrarchaeota и Parvarchaeota) се во далечно сродство со сите од горенаведените групи. Тие биле откриени во 2006 година, и се меѓу најмалите познати организми.

Било предложено суперколено со акронимот ТАСК, кое ги вклучува ThauMarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota и Korarchaeota. Ова суперколено можеби е поврзано со потеклото на еукариотите. Неодамна, било предложено суперколеното Asgard, за кое се смета дека е сестринска група на ТАСК, и дека е најсродно со предокот на еукариотите.

#### Концепт на вид

Класификацијата на археите во видови е исто така контроверзна. Биологијата го дефинира видот како група на сродни организми кои можат меѓусебе да се размножуваат, но овој критериум не важи кај археите кои се репродуцираат бесполово.

Археите покажуваат високо ниво на хоризонтален пренос на гени меѓу одделните лози. Некои истражувачи сугерираат дека единките можат да се групираат во групи слични на вид, доколку имаат сличен геном и редок трансфер на гени во/од единки со помалку слични геноми, како на пример видовите на родот *Ferroplasma*. Од друга страна, студиите на *Halorubrum* откриле значителен генетски трансфер во/од популации со кои се помалку сродни, што ја ограничува применливоста на овој критериум. Прашање е до кој степен ваквата дефиниција на вид би имала практично значење.

Моменталното познавање на генетската разновидност е фрагментарно, а вкупниот број на видови на археи не може со точност да се процени. Проценките за бројот на колена се движат од 18 до 23, од кои само 8 имаат претставници кои биле култивирани и директно проучувани. Многу од овие хипотетски групи се изведени од една рРНК секвенца, што укажува на тоа дека разновидноста меѓу овие организми останува нејасна. Меѓу бактериите, исто така, има многу видови кои не се култивирани, што доведува до слични предизвици за нивната карактеризација.

Во просек, архејските ДНК секвенци, па и целите геноми, покажуваат поголем степен на сложеност отколку оние кај бактериите.

Потекло и еволуција
===================

Староста на Земјата е околу 4,54 милијарди години. Научните докази покажуваат дека животот започнал на Земјата пред најмалку 3,5 милијарди години. Најраните докази за живот на Земјата се биогениот графит пронајден во метаседиментарни карпи, стари околу 3,7 милијарди години, најдени во Западен Гренланд и фосили од микробни биофилмови пронајдени во 3,48 милијарди години стар песочник, откриен во Западна Австралија. Во 2015 година, остатоци од биолошка активност се пронајдени во карпи стари 4,1 милијарди години, во Западна Австралија.

Иако можни прокариотски фосили датираат пред околу 3,5 милијарди години, повеќето прокариоти немаат карактеристични клеточни морфологии, па затоа формата на фосилот не може со сигурност да се користи за да се идентификуваат како археи. Наместо тоа, хемиските фосили кои содржат уникатни липиди се повеќе информативни, бидејќи таквите липиди се карактеристични за археите, а не се јавуваат кај другите организми. Некои студии сугерираат дека архејски или еукариотски липиди се присутни во шкрилци кои датираат од пред околу 2,7 милијарди години, но овие податоци оттогаш се оспорувани. Вакви липиди се откриени и во постари карпи во западен Гренланд. Најстарите траги се наоѓаат во областа Isua, каде се најдени најстарите познати седименти на Земјата, формирани пред 3,8 милијарди години. Лозата на археите можеби е најстарата што постои на Земјата, која најрано се одделила од заедничкиот предок на трите домени на животот.

Карл Воуз тврдел дека бактериите, археите и еукариотите претставуваат посебни еволуциони линии кои рано дивергирале од заедничкиот предок. Една од хипотезите е дека ова се случило пред еволуцијата на клетките, кога недостатокот на типична клеточна мембрана овозможил неограничен латерален пренос на гени, а заедничките предци на трите домени се појавиле со фиксација на специфични подгрупи на гени. Можно е последниот заеднички предок на бактериите и археите да бил термофилен организам, што би значело дека пониските температури се „екстремни услови" за археите, па затоа организмите што живеат во постудени средини се појавиле подоцна. Археите и бактериите не се повеќе сродни помеѓу себе отколку што која било од нив е со еукариотите, па затоа терминот *прокариот*, иако сѐ уште е во употреба со значењето „не е еукариот", станува архаичен и со ограничена вредност.

### Споредба со другите домени

Дрво на животот, засновано на комплетно секвенционирани геноми. Бактериите се обоени сино, еукариотите црвено, а археите зелено.
Археите биле класифицирани како трет домен на животот поради големите разлики во структурата на рибозомната РНК меѓу нив и останатите организми. РНК молекулата која била секвенционирана кај нив, позната како 16S рРНК, е присутна кај сите организми и секогаш ја има истата витална функција, а тоа е синтезата на белковини. Бидејќи оваа функција е централна во метаболизмот, микроорганизмите со мутации на нивната 16S рРНК веројатно нема да преживеат, што доведува до голема стабилност во структурата на оваа нуклеинска киселина во текот на многу генерации. 16S рРНК е исто така доволно голема за да ги задржи информациите специфични за организмот, а истовремено доволно мала за да биде секвенционирана за релативно краток период. Во 1977 година, Карл Воуз, микробиологот кој го проучувал генетското секвенционирање на организмите, развил нов метод за секвенционирање кој вклучувал поделба на РНК молекулата на фрагменти, кои можеле да се сортираат и да се споредат со фрагменти од други организми. Колку повеќе се слични секвенционираните сегменти помеѓу различните видови, толку поблиску се сродни тие видови.

Воуз го користел новиот метод за споредување на рРНК за да ги категоризира и разграничи различните видови на организми. При секвенционирањето тој открил група на метаногени организми со многу поразлични секвенци од сите дотогаш познати прокариоти и еукариоти. Овие метаногени организми биле многу послични едни со други, отколку што биле со другите организми, што го навело Воуз да предложи сосема нов домен - археи. Неговите експерименти покажале дека, во структурата на 16S рРНК, археите се послични со еукариотите отколку со бактериите, иако по морфологија се послични со бактериите. Ова довело до заклучокот дека археите и еукариотите споделуваат поскорешен заеднички предок од бактериите и еукариотите. Развојот на клеточното јадро се случил после расцепот меѓу бактериите и овој заеднички предок на археите и еукариотите. Иако археите се прокариоти, тие се посродни со еукариотите, па затоа не можат да се класифицираат ниту во доменот на бактериите ниту во доменот на еукариотите.

Една од уникатните особини на археите е нивното користење на етерски липиди во изградбата на клеточната мембрана. Етерските врски се хемиски постабилни од естерските врски, какви што се среќаваат кај бактериите и еукариотите, што можеби е еден од факторите кој придонесува за способноста на археите да преживеат во екстремни средини, како што се високи температури и високо ниво на соленост. Компаративната анализа на архејските геноми има идентификувано неколку молекуларни обележја во форма на CSIs (анг. Conserved signature indels) и дистинктивни белковини, кои се уникатно присутни или кај сите археи или во рамките на подгрупи на коленото Archaea.

Друга уникатна одлика на археите е способноста за метаногенеза (метаболно создавање на метан). Метаногенати археи играат клучна улога во екосистемите заедно со организмите кои продуцираат енергија со оксидација на метан, какви што се многу видови бактерии, бидејќи тие често се главниот извор на метан во овие средини. Метаногените археи, исто така, играат клучна улога во циклусот на јаглерод, со тоа што го разградуваат органскиот јаглерод до метан, кој претставува еден од стакленичките гасови.

#### Споредба со бактериите

Односот помеѓу трите домени е од централно значење за разбирање на потеклото на животот. Повеќето од метаболичките патишта, кои се кодирани од повеќето гени на организмот, се заеднички за археите и бактериите, додека повеќето гени инволвирани во генската експресија се заеднички за археите и еукариотите. Во рамките на прокариотите, структурата на архејските клетки е најслична на онаа на Грам-позитивните бактерии, поради тоа што и двете имаат еден липиден двослој, и обично содржат дебел сакулус (егзоскелет) со варијабилен хемиски состав. Во некои филогенетски дрва, засновани на различни генски/белковински секвенци на прокариотски хомолози, архејските хомолози се поблиску поврзани со оние на Грам-позитивните бактерии. Археите и Грам-позитивните бактерии исто така споделуваат CSIs во голем број на важни белковини, како што се 70-килодалтонски белковини на топлински шок (анг. 70 kilodalton heat shock proteins - Hsp70) и глутамин синтетаза I; меѓутоа, филогенијата на овие гени била толкувана дека содржи латерален трансфер на гени помеѓу организми од различни домени, па затоа можеби не ги одразува вистинските сродствени односи меѓу организмите.

Една од предложените хипотези е дека археите еволуирале од Грам-позитивните бактерии како одговор на селекционен притисок од дејството на антибиотици. Овој предлог бил заснован на опсервацијата дека археите се отпорни на голем број антибиотици, главно на оние продуцирани од Грам-позитивните бактерии, и на фактот што овие антибиотици првенствено делуваат на гени кои се различни меѓу археите и бактериите. Хипотезата е дека селекциониот притисок за развој на отпорност кон антибиотиците на крајот довел до големи промени во гените кои се цел на антибиотиците, а соевите во кои се јавиле вакви промени се заедничкиот предок на денешните археи.

Еволуцијата на археите како одговор на антибиотски селекционен притисок, или некој друг конкурентен селекционен притисок, исто така може да го објасни нивното прилагодување кон екстремни услови (како што се висока температура или киселост), како резултат на нивната потрага по ненаселени ниши, со цел избегнување на организми кои произведуваат антибиотици; што е една од сугестиите на Томас Кавалир-Смит. Овој предлог го поддржуваат и други студии кои ги истражуваат структурните односи меѓу белковините и студии кои укажуваат на тоа дека Грам-позитивните бактерии го сочинуваат најстарото филогенетско разгранување во рамките на прокариотите.

#### Споредба со еукариотите

Еоцитна хипотеза
Еволутивниот однос помеѓу археите и еукариотите останува нејасен. Постојат тврдења дека сродството помеѓу еукариотите и архејското колено Crenarchaeota е поблиско од сродството помеѓу архејските колена Euryarchaeota и Crenarchaeota. Присуството на архејски гени во одредени бактерии, како *Thermotoga maritima*, веројатно е резултат на хоризонтален пренос на гени. Стандардната хипотеза сугерира дека предците на еукариотите рано се одделиле од лозата на археите и дека еукариотите настанале преку спојување на археја и бактерија, од кои првата го дала јадрото, а втората цитоплазмата; ова објаснува одредени генетски сличности, но наидува на тешкотии во објаснувањето на клеточната структура.

Алтернативна хипотеза е еоцитната хипотеза, според која еукариотите дивергирале релативно доцна од археите (види слика од десно).

Еден вид на археи откриен во 2015 година, Lokiarchaeum (класифициран во предложеното ново колено Lokiarchaeota), именуван по хидротермалниот извор наречен „Замокот на Локи" во Северноледениот Океан, е најблизу сроден со еукариотите и се претпоставува дека е преодна форма меѓу прокариотите и еукариотите.

Досега се пронајдени неколку сестрински колена на Lokiarchaeota (Thorarchaeota, Odinarchaeota, Heimdallarchaeota), кои заедно ја чинат супергрупата Asgard, која можеби е сестрински таксон на групата TACK. Односот меѓу членовите на Asgard и еукариотите сѐ уште е во процес на истражување.

Морфологија
===========

Големината на поединечните археи се движи од 0,1 микрометри (μm) до над 15 μm во пречник, а се јавуваат во различни форми, најчесто како сфери, стапчиња, спирали или плоскати. Други морфологии во коленото Crenarchaeota вклучуваат заоблени клетки со неправилен облик кај *Sulfolobus*, игличести нишки со пречник помал од половина микрометар кај *Thermophilum*, и скоро совршено правоаголни прачки кај *Thermoproteus* и *Pyrobaculum*. Археите од родот *Haloquadratum*, како што е видот *Haloquadratum walsbyi*, се рамни квадратни клетки кои живеат во хиперсалински води. Ваквите необични форми најверојатно ги одржува клеточниот ѕид и прокариотскиот цитоскелет. Во археите постојат белковини сродни со цитоскелетните компоненти на други организми и во нивните клетки се формираат филаменти, но, за разлика од другите организми, овие клеточни структури се слабо разбрани. Кај родовите *Thermoplasma* и *Ferroplasma* недостатокот на клеточен ѕид прави да клетките имаат неправилни форми и личат на амеби.

Некои видови формираат агрегати или филаменти на клетки долги до 200 μm, на пр. агрегатите од клетки на *Thermococcus coalescens* се спојуваат заедно меѓусебе формирајќи гигантски клетки. Овие организми често се застапени во биофилмови. Археите од родот *Pyrodictium* создаваат сложена повеќеклеточна колонија која вклучува низи од долги, тенки, шупливи туби наречени канули (лат. *cannulae*) кои стрчат надвор од површините на клетките и ги поврзуваат во густ, грмушест агломерат. Функцијата на овие канули сѐ уште е нејасна, но тие можеби служат за комуникација или размена на хранливи материи. Постојат и колонии составени од повеќе видови археи, како што е колонијата наречена „низа од бисери" која била откриена во 2001 година во едно мочуриште во Германија. Тркалезни бели колонии од новооткриените видови на коленото Euryarchaeota се разделени со тенки нишки кои можат да бидат до 15 сантиметри во должина, а се покажало дека ги градат одредени бактериски видови.

Градба, хемиски состав и организација
-------------------------------------

Археите и бактериите генерално имаат слична клеточна структура, но составот и организацијата на клетките е различен кај археите. Археите, исто како и бактериите, немаат внатрешни мембрани и органели. Слично како кај бактериите, клеточните мембрани на археите обично се оградени со клеточен ѕид, а способни се да пливаат со помош на едно или повеќе камшичиња. Структурно, археите се најмногу слични со Грам-позитивните бактерии. И двете групи имаат една клеточна мембрана и клеточен ѕид, а немаат периплазматски простор; исклучок на ова општо правило е *Ignicoccus*, род кој поседува особено голем периплазматски простор со мембрански везикули, а над кој има надворешна мембрана.

### Клеточен ѕид и камшичиња

Повеќето археи, со исклучок на *Thermoplasma* и *Ferroplasma,* поседуваат клеточен ѕид. Кај повеќето археи ѕидот е составен од површински слоеви на белковини, кои формираат S-слој. S-слојот е составен од цврсти нишки на белковински молекули кои ја покриваат надворешната страна на клетката како оклоп. Овој слој нуди хемиска и физичка заштита на клетката и спречува макромолекуларна дифузија низ клеточната мембрана. За разлика од бактериите, археите немаат пептидогликан во нивните клеточни ѕидови, освен редот *Methanobacteriales* кој содржи псевдопептидогликан; хетерополимер кој наликува на бактерискиот пептидогликан во морфологија, функција и физичка структура, но е различен во хемиската структура, т.е. нема D-аминокиселини и N-ацетил-мураминска киселина.

Архејските камшичиња (флагели) функционираат како бактериските, долгите нишки ги покренува во движење молекуларен вртежен мотор во основата на камшичето. Извор на енергија за моторот е протонскиот градиент низ мембраната. Сепак, архејските камшичиња се разликуваат по состав од бактериските, а се смета дека еволуирале од различни предци. Бактериското камшиче споделува заеднички предок со системот за секреција од тип III (анг. type III secretion system), додека архејското камшиче се чини дека еволуирало од бактериски тип IV пили (анг. bacterial type IV pili). За разлика од бактериското камшиче, кое е шупливо и се синтетизира со додавање на белковински подединици нагоре кон врвот на камшичето, архејското камшиче се синтетизира со додавање на белковинските подединици во базата.

### Мембрани

**Мембранска структура кај археите.** **Горе**: архејска мембрана, **1**-изопреноидни странични низи, **2**-етерска врска, **3**-L-глицерол, **4**-фосфат. **Средина**: бактериска и еукариотска мембрана: **5**-масни киселини, **6**-естерска врска, **7**-D-глицерол, **8**-фосфат. **Доле**: **9**-липиден двослој кај бактерии, еукариоти и повеќето археи, **10**-липиден монослој кај некои археи.
Архејските мембрани се состојат од фосфолипиди кои значително се разликуваат од оние кои се среќаваат кај другите организми, што е доказ дека тие се далечни сродници на бактериите и еукариотите. Фосфолипидите се изградени од поларен дел кој се раствора во вода (фосфатна „глава") и неполарен дел кој не се раствора во вода (липидна „опашка"). Овие компоненти се врзуваат за молекула на глицерол. Во водена средина фосфолипидите се организираат така што главите се ориентираат кон водата, а опашките бегаат од неа. Главната структура во сите клеточни мембрани е двоен слој од вака ориентирани фосфолипиди, и се нарекува липиден двослој.

Фосфолипидите кај археите се невообичаени на четири начини:

* Тие имаат мембрани составени од **глицерол-етерски липиди**, додека бактериите и еукариотите имаат мембрани составени главно од **глицерол-естерски липиди**. Разликата е типот на хемиската врска која ја врзува масната киселина за глицеролот; двата типа се прикажани со жолта боја на сликата од десно. Кај естерските липиди врската е естерска, додека кај етерните липиди врската е етерска. Етерските врски се хемиски постабилни од естерските врски.
* Стереохемијата на глицеролот кај археите е спротивна од таа кај другите организми. Глицеролот може да се јави во две изомерни форми, наречени енантиомери, кои се однесуваат како предмет и слика во огледало. Архејските фосфолипиди се изградени од sn-глицерол-1-фосфатот, кој е енантиомер на sn-глицерол-3-фосфат, молекулата која се јавува кај бактериите и еукариотите. Ова сугерира дека археите користат сосема различни ензими за синтеза на фосфолипиди од оние кај бактериите и еукариотите. Овие ензими се појавиле многу рано во историјата на животот, што укажува на рано дивергирање на археите од другите два домени на животот.
* Архејските липидни опашки значително се разликуваат од оние кај другите организми, бидејќи се состојат од долги изопреноидни низи со странични метилни групи, а понекогаш можат да содржат циклопропански или циклохексански прстени. За разлика од ова, масните киселини во мембраните на другите организми имаат неразгранети јаглеводородни ланци кои никогаш не содржат циклични прстени. Иако изопреноидните соединенија играат важна улога во биохемиските процеси на многу организми, само археите ги користат во изградба на мембранските фосфолипиди. Ваквите разгранети јаглеводородни ланци ја прават мембраната постабилна на високи температури.
* Кај некои археи, липидниот двослој е заменет со монослој. Ова настанува кога опашките од две фосфолипидни молекули се врзуваат во една молекула со две поларни глави (болаамфифил); а ваквата структура се смета дека ги прави мембраните поригидни и поотпорни кон условите на средината. На пример, липидите кај родот *Ferroplasma* се од овој тип, што се претпоставува дека е резултат на адаптација кон екстремно кисели средини.

Метаболизам
===========

Археите имаат различни хемиски реакции во нивниот метаболизам и користат многу различни извори на енергија. Овие реакции се класифицирани во нутрициони групи, зависно од изворот на енергија и изворот на јаглерод. Некои археи добиваат енергија од неоргански супстанци, како сулфур или амонијак, и се нарекуваат литотрофи. Тука спаѓаат нитрификационите археи, метаногените археи и анаеробните оксидирачи на метан. Во овие реакции едно соединение донира електрони на друго (редокс реакција), ослободувајќи енергија за активностите на клетката. Ослободената енергија се користи за синтеза на аденозин трифосфат (ATP) преку хемиосмоза, истиот основен процес кој се одвива во митохондриите на еукариотските клетки.

Друга група на археи ја користи сончевата светлина како извор на енергија и се нарекуваат фототрофи. Сепак, кислородна фотосинтеза не се јавува кај ниту една досега позната археја. Многу базични метаболни патишта се идентични кај сите форми на живот; на пример, археите користат изменета форма на гликолиза (патот на Ентнер-Дудорв) и комплетен или делумен циклус на лимонска киселина (Кребсов циклус). Овие сличности со другите организми веројатно го одразуваат нивното рано потекло во историјата на животот и нивното високо ниво на ефикасност.

Некои Euryarchaeota се метаногени (археи кои создаваат метан како резултат на метаболизмот), а живеат во анаеробни средини, како што се мочуриштата. Оваа форма на метаболизам еволуирала рано, па дури можно е првиот организам да бил метаноген. Честа реакција на овој процес е употребата на јаглерод диоксид како акцептор на електрони за оксидирање на водородот. Метаногенезата вклучува широк спектар на коензими кои се единствени за овие археи, како што се коензим М и метанофуран. Други органски соединенија како што се алкохоли, оцетна киселина или мравја киселина се користат како алтернативни акцептори на електрони од страна на метаногените. Овие реакции се чести и кај цревните археи. Оцетната киселина, исто така, директно се разградува на метан и јаглерод диоксид од страна на ацетотрофните археи. Овие ацетотрофи се археи од редот Methanosarcinales и се главен дел од заедниците на микроорганизми кои произведуваат биогас.

Други археи го користат јаглерод диоксидот во атмосферата како извор на јаглерод, во процес наречен фиксација на јаглерод (тие се автотрофи). Овој процес вклучува или високо изменета форма на Калвиновиот циклус или скорешно откриен метаболен пат наречен циклус на 3-хидроксипропионат/4-хидроксибутират. Crenarchaeota, исто така, го користат реверзниот Кребсов циклус, додека Euryarchaeota го користат редуктивниот пат на ацетил-КоA. Врзувањето на јаглеродот користи енергија од неоргански извори. Изворите на енергија кај археите се многу разнообразни и варираат од оксидација на амонијак кај Nitrosopumilales, до оксидација на сулфурводород или елементарен сулфур кај видовите на *Sulfolobus*, при што користат кислород или метални јони како акцептори на електрони.

Фототрофните археи користат светлина за продукција на хемиска енергија во форма на ATP. Кај Halobacteria, јонските пумпи активирани од светлина, како што се бактериородопсинот и халородопсинот, генерираат јонски градиенти со пумпање на јони надвор од клетката преку клеточната мембрана. Енергетскиот потенцијал на овие електрохемиски градиенти потоа служи за синтеза на ATP со помош на ензимот АТФ-синтаза. Овој процес е форма на фотофосфорилација. Способноста на овие пумпи, активирани од светлина, да транслоцираат јони преку мембраната зависат од промените во структурата на ретинолскиот кофактор кои настануваат со апсорпција на фотони.

Генетика
========

Археите обично имаат еден циркуларен хромозом, со дури 5.751.492 базни парови кај видот *Methanosarcina acetivorans*, кој е најголемиот познат архејски геном. Малиот геном од 490.885 базни парови на *Nanoarchaeum equitans* е десетина од оваа големина и е најмалиот познат архејски геном, а се проценува дека содржи само 537 гени за кодирање на белковини. Помалите независни ДНК вериги, наречени плазмиди, исто така се наоѓаат во археите. Плазмидите може да се пренесат од клетка на клетка преку физички контакт, во процес кој наликува на бактериската конјугација.

Архејата *Sulfolobus* инфицирана со ДНК вирусот STSV1.
Археите можат да бидат инфицирани од ДНК-вируси кои не се сродни со ниту една друга група на вируси и имаат невообичаени форми, како шише, кукести прачки или форма на солза. Овие вируси најдетално се проучени во термофилните археи, особено во редовите Sulfolobales и Thermoproteales. Две групи на едноверижни ДНК-вируси кои инфицираат археи биле неодамна изолирани. Претставник на една од групите е *Halorubrum pleomorphic virus 1* („Pleolipoviridae") кој ги инфицира халофилните археи, а на другата е вирусот во облик на серпентина („Spiraviridae") кој инфицира хипертермофилен домаќин кој оптимално расте на температура од 90-95 °C. Вториот вирус има најголем до сега откриен геном на едноверижна ДНК (евДНК). Одбраната против овие вируси може да вклучи РНК интерференција од репетитивни ДНК секвенци кои се сродни со гените на вирусите.

Археите генетски се разликуваат од бактериите и еукариотите, така што 15% од белковините кодирани од кој било архејски геном се уникатни за овој домен, иако повеќето од овие уникатни гени немаат позната функција. Од остатокот на уникатните белковини кои имаат идентификувана функција, повеќето припаѓаат на Euryarchaea и се вклучени во метаногенезата. Белковините кои археите, бактериите и еукариотите ги споделуваат се основните белковини на метаболизмот одговорни за нормална клеточна функција, а тоа се белковини за транскрипција, транслација и нуклеотиден метаболизам. Други уникатни особини на археите се организацијата на гените со сродни функции во оперони и големите разлики во гените за транспортната РНК (тРНК) и гените за аминоацил-тРНК синтетазите.

Транскрипцијата кај археите повеќе наликува на еукариотската одошто на бактериската, при што архејската РНК-полимераза е многу блиска со нејзиниот еквивалент кај еукариотите, додека архејската транслација покажува сличности и со еукариотската и со бактериската. Иако археите имаат само еден тип на РНК-полимераза, нејзината структура и функција во транскрипцијата е сродна со онаа на еукариотската РНК-полимераза II, со слично групирање на белковините (основните транскрипциони фактори) кои го насочуваат врзувањето на РНК-полимеразата за генскиот промотор. Сепак, други архејски транскрипциони фактори се посродни со оние кои се наоѓаат во бактериите. Посттранскрипционата модификација е поедноставена од таа кај еукариотите, бидејќи повеќето архејски гени немаат интрони, иако има многу интрони во гените за транспортната РНК и рибозомната РНК, а интрони може да се најдат и кај неколку гени кои кодираат белковини.

### Пренос на гени и генетска размена

Екстремната халофилна археја *Halobacterium vulcanii* формира цитоплазматски мостови помеѓу клетките кои се користат за трансфер на ДНК од една клетка на друга во кој било правец.

Кога хипертермофилните археи *Sulfolobus solfataricus* и *Sulfolobus acidocaldarius* се изложени на агенси кои ја оштетуваат структурата на ДНК, како што се ултравиолетовото зрачење, блеомицинот или митомицин C, се индуцира специфична клеточна агрегација. Агрегацијата кај *S. solfataricus* не може да биде предизвикана од други физички стрес-фактори, како што се pH вредност на средината или промени во температурата, што укажува на тоа дека агрегацијата е индуцирана само од фактори кои делуваат на ДНК. Ажон и соработниците покажаа дека кај *S. acidocaldarius* агрегацијата предизвикана од ултравиолетово зрачење покренува размена на хромозомски маркери со висока честота. Стапките на рекомбинација ги надминале оние на неиндуцираните култури на оваа археја за околу трипати.

Фролс и соработниците и Ажон и соработниците хипотезирале дека клеточната агрегација го подобрува специфичниот трансфер на ДНК помеѓу клетките на *Sulfolobus* со цел да се обезбеди зголемена поправка на оштетената ДНК преку хомологна рекомбинација. Овој одговор може да биде примитивна форма на полова интеракција, слично на добро познатите системи за бактериска трансформација, кои се, исто така, одговорни за специфичен трансфер на ДНК помеѓу клетките, а доведуваат до хомологна рекомбинациона поправка на оштетените ДНК молекули.

Репродукција
============

Археите се репродуцираат бесполово со бинарна или повеќекратно цепење, фрагментација или пупење. Кај нив процесот на мејоза не се одвива. Клеточната делба се контролира со клеточен циклус; откако хромозомот ќе се реплицира и двата нови хромозома ќе се одвојат, клетката почнува со делба. Во родот *Sulfolobus*, циклусот има одлики кои се слични на бактериските и еукариотските системи. Хромозомот се реплицира од повеќе почетни точки (места на почеток на репликација) со користење на ДНК-полимерази кои се слични на еквивалентните еукариотски ензими.

Во еuryarchaea белковината на клеточната делба, FtsZ, кој формира контрахирачки прстен околу клетката, и компонентите на септумот, кој се формира во центарот на клетката, се слични на нивните бактериски еквиваленти. Меѓутоа, кај crenarchaea и thauMarchaea машинеријата за делба на клетките, Cdv, исполнува слична улога. Оваа машинерија е сродна со еукариотската ESCRT-III машинерија (анг. еndosomal sorting complexes required for transport), која иако најдобро е позната по својата улога во пупење на клетките, исто така се смета дека има улога во сепарацијата на поделените клетки, што укажува на примордијална улога во делба на клетките.

За разлика од бактериите и еукариотите, археите не формираат спори. Некои видови на халобактерии подлегнуваат на фенотипски промени и растат како неколку различни типови на клетки, вклучувајќи структури со дебели клеточни ѕидови кои се отпорни на осмотски шок и ѝ овозможуваат на архејата да преживее во вода со ниски концентрации на соли. Овие форми не се репродуктивни структури, а може, наместо тоа, да олеснат населување на нови живеалишта.

Екологија
=========

### Хабитати

Врели извор во националниот парк Јелоустоун, САД. Жолтата боја се должи на биофилмови од археи.
Археите живеат во разновидни живеалишта и како дел од глобалните екосистеми може да претставуваат околу 20% од микробните клетки во океаните. Најрано откриените археи биле екстремофили. Постојат археи кои преживуваат екстремно високи температури, често над 100 °C, какви што се среќаваат во гејзерите, црните димници и нафтените извори. Други чести живеалишта се екстремно студените живеалишта и екстремно солените, киселите или алкалните води. Сепак, меѓу археите има и мезофили кои растат во благи услови, во мочуришта, океани, почви, дигестивниот систем на животните итн.

Екстремофилните археи се делат на четири главни физиолошки групи. Ова се халофилите, термофилите, алкалофилите и ацидофилите. Овие групи не се сеопфатни или специфични за одредено колено, ниту пак се меѓусебно исклучиви, бидејќи некои археи припаѓаат на неколку групи. Сепак, тие се корисна почетна точка за класификација.

Халофилите, вклучувајќи го родот *Halobacterium*, живеат во екстремно солени средини, како што се солените езера, и ги надминуваат по бројност бактериите при соленост поголема од 20-25%. Термофилите растат најдобро на температури над 45 °C, на места како што се топлите извори, а хипертермофилите растат оптимално на температури над 80 °C. Архејата *Methanopyrus kandleri* Strain 116 може дури да се репродуцира на 122 °C, што е највисока регистрирана температура на преживување на кој било организам.

Други археи живеат во многу кисели или алкални услови. На пример, една од најекстремните ацидофилни археи е *Picrophilus torridus*, која расте на pH вредност нула, што е еквивалентно на растење во 1,2 моларна сулфурна киселина.

Оваа отпорност кон екстремни услови ги става археите во фокусот на шпекулации за можни особини на вонземски живот. Некои екстремни средини на Земјата не се разликуваат од оние на Марс, што доведува до претпоставка дека виабилните микроби може да се пренесат помеѓу планетите со метеорити.

Неодамна, неколку студии покажаа дека археите постојат не само во мезофилни и термофилни средини, но, исто така, опстојуваат и на ниски температури. На пример, археите се чести во студените океански средини, како што се поларните мориња. Уште позначајни се големиот број на археи кои се распространети по океаните во склоп на планктонската заедница (како дел од пикопланктонот). Иако овие археи можат да бидат присутни во екстремно високи броеви (до 40% од микробната биомаса), речиси ниту еден од овие видови не е изолиран и проучен во чиста култура. Како резултат на тоа, нашето разбирање за улогата на археите во екологијата на океаните е минимално, така што нивното целосно влијание врз глобалните биогеохемиски циклуси останува во голема мера неистражено. Некои морски Crenarchaeota се способни за нитрификација, што укажува на тоа дека овие организми можат да влијаат на океанскиот азотен циклус, иако овие океански Crenarchaeota можат да користат и други извори на енергија. Голем број на археи се наоѓаат и во седиментите што го покриваат морското дно, со тоа што овие организми го сочинуваат поголемиот дел од живите клетки на длабочина над 1 метар под океанското дно. Покажано е дека во сите океански површински седименти (на морска длабочина од 1000 до 10,000 метри), вирусните инфекции се почести кај археите отколку кај бактериите и индуцираната вирусна лиза на архејските клетки доведува до морталитет на една третина од вкупната микробна биомаса, што резултира со ослободување на ~ 0.3-0.5 гигатони на јаглерод годишно на глобално ниво.

### Улога во циклусите на елементите

Археите ги рециклираат елементите јаглерод, азот и сулфур во нивните живеалишта. Иако овие активности се од витално значење за нормалната функција на екосистемите, археите, понекогаш, можат да предизвикаат и загадување.

Археите учествуваат во многу чекори од азотниот циклус. Ова вклучува реакции кои го отстрануваат азотот од екосистемите (како што се респирацијата на основа на нитрати и денитрификацијата), како и процесите на врзување на азот (како што се асимилацијата на нитрати и фиксацијата на атмосферскиот азот). Истражувачите неодамна откриле архејска инволвираност во реакциите на оксидација на амонијакот. Овие реакции се особено важни во океаните. Археите се и од суштинско значење за оксидацијата на амонијакот во почвите. Тие произведуваат нитрити, кои другите микроби потоа ги оксидираат во нитрати, кои се формата на азот која ја искористуваат растенијата.

Во циклусот на сулфурот, археите кои растат со оксидирање на сулфурните соединенија го ослободуваат овој елемент од карпите, правејќи го достапен за другите организми. Меѓутоа, археите кои го вршат ова, како што е *Sulfolobus*, создаваат сулфурна киселина како спореден производ, а растот на овие организми во напуштени рудници за метали и јаглен може да придонесе за создавање на кисели отпадни води.

Во јаглеродниот циклус, метаногените археи го отстрануваат водородот и играат важна улога во распаѓањето на органската материја од страна на популациите на микроорганизми кои дејствуваат како разградувачи во анаеробните екосистеми, како што се седиментите, мочуриштата и постројките за третман на отпадни води.

### Интеракција со други организми

Метаногените археи имаат симбиотски однос со термити.
Интеракциите помеѓу археите и другите организми се или мутуалистички или коменсални. До сега нема докази за патогени или паразитски археи. Сепак, некои видови на метаногени археи се сугерира дека може да бидат причина за инфекции во устата, а *Nanoarchaeum equitans* може да паразитира во друг вид археја, бидејќи е способен да преживува и да се репродуцира само во клетките на *Ignicoccus hospitalis*, и се чини дека не е од никаква корист за својот домаќин. Некаква интеракција меѓу археи може да се стретне помеѓу Archaeal Richmond Mine Acidophilic Nanoorganisms (ARMAN) и други видови на археи наречени Thermoplasmatales, кои создаваат биофилмови во киселите отпадни води од рудниците. Иако природата на овој однос е непозната, таа е различна од онаа кај Nanarchaeaum-Ignicoccus, бидејќи ултра-малите ARMAN клетки обично се независни од клетките на Thermoplasmatales.

#### Мутуализам

Познат пример за мутуализам е интеракцијата помеѓу протозоите и метаногените археи во дигестивните системи на животните кои ја дигестираат целулозата, како што се преживарите и термитите. Во овие анаеробни средини, протозоите ја разградуваат целулозата за снабдување со енергија. Овој процес ослободува водород како спореден производ, но високите нивоа на водород го намалуваат производството на енергија. Но, кога метаногените археи го претвораат водородот во метан, од ова протозоите имаат придобивка.

Во анаеробните протозои, како што е *Plagiopyla frontata*, археите живеат внатре во цитоплазмата и го консумираат водородот произведен во нивните хидрогенозоми. Археите можат да стапат во партнерство и со поголеми организми. На пример, морската археја *Cenarchaeum symbiosum* живее како ендосимбиот во сунѓерот *Axinella mexicana*.

#### Коменсализам

Археите можат да бидат и конемсали, при што нити му штетат нити му користат на организмот во кој живеат. На пример, метаногенот *Methanobrevibacter smithii* е најчестата археја во човековата микрофлора, а сочинува околу една на секои десет прокариотски клетки во дигестивниот систем. Кај термитите и кај луѓето, овие метаногени археи можат да бидат и мутуалисти, стапувајќи во интеракција со другите микроорганизми во цревата за да помагаат во дигестијата. Архејските заедници, исто така, се здружуваат со разни други организми, како на пример на површината на коралите и во регионот на почвата што ги опкружува растителните корени (ризосферата).

Значење во индустријата и технологијата
=======================================

Екстремофилните археи, особено оние отпорни на топлина, киселост и алкалност, се извор на ензими кои функционираат во вакви екстремни услови. На пример, термостабилните ДНК-полимерази, каква што е Pfu ДНК-полимеразата од *Pyrococcus furiosus*, ја револуционизираше молекуларната биологија, овозможувајќи полимераза верижната реакција (PCR) да се користи во истражувањата како едноставна и брза техника за клонирање на ДНК. Во индустријата, амилазите, галактозидазите и пулуланазите изолирани од други видови на *Pyrococcus* кои функционираат на температури над 100 °C, овозможуваат преработка на храната на високи температури, како што е производството на млеко со ниско ниво на лактоза и сурутка. Ензимите од овие термофилни археи се исклучително стабилни во органски растворувачи, овозможувајќи нивна употреба во еколошки процеси во зелената хемија за синтеза на органски соединенија. Оваа стабилност ја олеснува нивната употреба во структурната биологија. Како резултат на тоа, ензимите на екстремофилните археи се користат во структурните истражувања наместо соодветните ензими кај еукариотите и бактериите.

За разлика од опсегот на апликации на архејски ензими, употребата на самите организми во биотехнологијата е помалку застапена. Метаногените археи се битни за третманот на отпадните води, бидејќи тие се дел од заедницата на микроорганизми кои вршат анаеробна дигестија и произведуваат биогас. Во минералната обработка, ацидофилните археи можат да се користат за екстракција на метали од руди, вклучувајќи злато, кобалт и бакар.

Археите можат да бидат и извор на нова класа на потенцијално корисни антибиотици. Некои од овие „археоцини" се проучени, но се верува дека постојат стотици други, особено кај родовите *халобактерии* и *Sulfolobus*. Овие соединенија се разликуваат по структурата во однос на бактериските антибиотици, па затоа може да поседуваат нови особини и начини на делување. Покрај тоа, можат да служат за создавање на нови селективни маркери за употреба во архејска молекуларна биологија.

Галерија
========

* Солени езера во Сан Франциско (САД). Розовата боја се должи на халобактерии.Солени езера во Сан Франциско (САД). Розовата боја се должи на халобактерии.
* Halobacterium salinarium (Euryarchaeota)Halobacterium salinarium (Euryarchaeota)
* Methanohalophilus mahii (Euryarchaeota)Methanohalophilus mahii (Euryarchaeota)
* Thermococcus gammatolerans (Euryarchaeota)Thermococcus gammatolerans (Euryarchaeota)
* Nanoarchaeum equitans (Nanoarchaeota) во симбиоза со Ignicoccus hospitalis (Crenarchaeota).Nanoarchaeum equitans (Nanoarchaeota) во симбиоза со Ignicoccus hospitalis (Crenarchaeota).
* Sulfolobus acidocaldarius (Crenarchaeota)Sulfolobus acidocaldarius (Crenarchaeota)

Поврзано
========

* Бактерии
* Екстремофили
* Еукариоти
* Карл Воуз

Наводи
======

1. ↑  Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (1990). „Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". *Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America*. **87** (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. doi:10.1073/pnas.87 декември 4576 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). PMC 54159. PMID 2112744.
2. ↑  Petitjean, C; Deschamps, P; López-García, P & Moreira, D. (2014). „Rooting the Domain archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom proteoarchaeota". *Genome Biol. Evol*. **7** (1): 191–204. doi:10.1093/gbe/evu274. PMC 4316627. PMID 25527841.
3. ↑  „NCBI taxonomy page on Archaea". Наводот journal бара `|journal=` (help)
4. 1 2  „Taxa above the rank of class". *List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature*. Посетено на 8 August 2017.
5. ↑  Pace, Norman R. (2006-05-17). „Time for a change". *Nature* (англиски). **441** (7091): 289–289. doi:10.1038/441289a.
6. ↑  Stoeckenius, W (October 1981). „Walsby's square bacterium: fine structure of an orthogonal procaryote". *Journal of Bacteriology*. **148** (1): 352–360. ISSN 0021-9193. PMID 7287626.
7. ↑  Bang, Corinna; Schmitz, Ruth A. (2015-09-01). „Archaea associated with human surfaces: not to be underestimated". *FEMS Microbiology Reviews* (англиски). **39** (5): 631–648. doi:10.1093/femsre/fuv010. ISSN 0168-6445.
8. ↑  Staley, James T. (2006-11-29). „The bacterial species dilemma and the genomic–phylogenetic species concept". *Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences* (англиски). **361** (1475): 1899–1909. doi:10.1098/rstb.2006.1914. ISSN 0962-8436. PMID 17062409.
9. ↑  „Molecules as documents of evolutionary history". *Journal of Theoretical Biology*. **8** (2): 357–366. 1965-03-01. doi:10.1016/0022-5193(65)90083-4. ISSN 0022-5193.
10. 1 2 3  Woese, Carl R.; Fox, George E. (1977-11-01). „Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **74** (11): 5088–5090. doi:10.1073/pnas.74 ноември 5088 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0027-8424. PMID 270744.
11. ↑  Woese, C. R.; Kandler, O.; Wheelis, M. L. (1990-06-01). „Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **87** (12): 4576–4579. doi:10.1073/pnas.87 декември 4576 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0027-8424. PMID 2112744.
12. ↑  „Definition of ARCHAEA". *www.merriam-webster.com* (англиски). Посетено на 2018-01-19.
13. ↑  Magrum, Linda J.; Luehrsen, Kenneth R.; Woese, Carl R. (1978-03-01). „Are extreme halophiles actually "bacteria"?". *Journal of Molecular Evolution* (англиски). **11** (1): 1–8. doi:10.1007/BF01768019. ISSN 0022-2844.
14. ↑  Stetter, K. O. (1996). „Hyperthermophiles in the history of life". *Ciba Foundation Symposium*. **202**: 1–10, discussion 11–18. ISSN 0300-5208. PMID 9243007.
15. 1 2  „Everything in moderation: Archaea as 'non-extremophiles'". *Current Opinion in Genetics & Development*. **8** (6): 649–654. 1998-12-01. doi:10.1016/S0959-437X(98)80032-4. ISSN 0959-437X.
16. ↑  Schmidt, Thomas M. (September 2006). „The maturing of microbial ecology". *International Microbiology: The Official Journal of the Spanish Society for Microbiology*. **9** (3): 217–223. ISSN 1139-6709. PMID 17061212.
17. ↑  Gevers, Dirk; Dawyndt, Peter; Vandamme, Peter; Willems, Anne; Vancanneyt, Marc; Swings, Jean; Vos, Paul De (2006-11-29). „Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy". *Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences* (англиски). **361** (1475): 1911–1916. doi:10.1098/rstb.2006.1915. ISSN 0962-8436. PMID 17062410.
18. 1 2  „Phylogenetic diversity and ecology of environmental Archaea". *Current Opinion in Microbiology*. **8** (6): 638–642. 2005-12-01. doi:10.1016/j.mib.2005 октомври 003 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 1369-5274.
19. ↑  Huber, Harald; Hohn, Michael J.; Rachel, Reinhard; Fuchs, Tanja; Wimmer, Verena C.; Stetter, Karl O. (2002/05). „A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont". *Nature* (англиски). **417** (6884): 63–67. doi:10.1038/417063a. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
20. ↑  Barns, S. M.; Delwiche, C. F.; Palmer, J. D.; Pace, N. R. (1996-08-20). „Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **93** (17): 9188–9193. ISSN 0027-8424. PMID 8799176.
21. ↑  Elkins, James G.; Podar, Mircea; Graham, David E.; Makarova, Kira S.; Wolf, Yuri; Randau, Lennart; Hedlund, Brian P.; Brochier-Armanet, Céline; Kunin, Victor (2008-06-10). „A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **105** (23): 8102–8107. doi:10.1073/pnas.0801980105. ISSN 0027-8424. PMID 18535141.
22. ↑  Baker, Brett J.; Tyson, Gene W.; Webb, Richard I.; Flanagan, Judith; Hugenholtz, Philip; Allen, Eric E.; Banfield, Jillian F. (2006-12-22). „Lineages of Acidophilic Archaea Revealed by Community Genomic Analysis". *Science* (англиски). **314** (5807): 1933–1935. doi:10.1126/science.1132690. ISSN 0036-8075. PMID 17185602.
23. 1 2  Baker, Brett J.; Comolli, Luis R.; Dick, Gregory J.; Hauser, Loren J.; Hyatt, Doug; Dill, Brian D.; Land, Miriam L.; VerBerkmoes, Nathan C.; Hettich, Robert L. (2010-05-11). „Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **107** (19): 8806–8811. doi:10.1073/pnas.0914470107. ISSN 0027-8424. PMID 20421484.
24. ↑  Guy, Lionel; Ettema, Thijs J.G. (2011-12-01). „The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes". *Trends in Microbiology* (англиски). **19** (12): 580–587. doi:10.1016/j.tim.2011 септември 002 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0966-842X.
25. ↑  Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Caceres, Eva F.; Saw, Jimmy H.; Bäckström, Disa; Juzokaite, Lina; Vancaester, Emmelien; Seitz, Kiley W.; Anantharaman, Karthik; Starnawski, Piotr (2017-01-11). „Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity". *Nature* (англиски). **541** (7637): 353–358. doi:10.1038/nature21031. ISSN 1476-4687.
26. ↑  Queiroz, Kevin de (2005-05-03). „Ernst Mayr and the modern concept of species". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **102** (suppl 1): 6600–6607. doi:10.1073/pnas.0502030102. ISSN 0027-8424. PMID 15851674.
27. ↑  Eppley, John M.; Tyson, Gene W.; Getz, Wayne M.; Banfield, Jillian F. (2007-09-01). „Genetic Exchange Across a Species Boundary in the Archaeal Genus Ferroplasma". *Genetics* (англиски). **177** (1): 407–416. doi:10.1534/genetics.107.072892. ISSN 0016-6731. PMID 17603112.
28. ↑  Papke, R. Thane; Zhaxybayeva, Olga; Feil, Edward J.; Sommerfeld, Katrin; Muise, Denise; Doolittle, W. Ford (2007-08-28). „Searching for species in haloarchaea". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **104** (35): 14092–14097. doi:10.1073/pnas.0706358104. ISSN 0027-8424. PMID 17715057.
29. ↑  Kunin, Victor; Goldovsky, Leon; Darzentas, Nikos; Ouzounis, Christos A. (2005-07-01). „The net of life: Reconstructing the microbial phylogenetic network". *Genome Research* (англиски). **15** (7): 954–959. doi:10.1101/gr.3666505. ISSN 1088-9051. PMID 15965028.
30. ↑  Hugenholtz, Philip (2002-01-29). „Exploring prokaryotic diversity in the genomic era". *Genome Biology*. **3**: reviews0003. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003. ISSN 1474-760X.
31. ↑  Pratas, Diogo; Pinho, Armando J. (2017-06-20). „On the Approximation of the Kolmogorov Complexity for DNA Sequences". *Pattern Recognition and Image Analysis*. Lecture Notes in Computer Science (англиски). Springer, Cham: 259–266. doi:10.1007/978-3-319-58838-4\_29. ISBN 9783319588377.
32. ↑  „Lead isotope study of basic-ultrabasic layered complexes: Speculations about the age of the earth and primitive mantle characteristics". *Earth and Planetary Science Letters*. **47** (3): 370–382. 1980-05-01. doi:10.1016/0012-821X(80)90024-2. ISSN 0012-821X.
33. ↑  „3.5 billion year old organic deposits show signs of life". *Ars Technica* (англиски). Посетено на 2018-01-19.
34. ↑  Ohtomo, Yoko; Kakegawa, Takeshi; Ishida, Akizumi; Nagase, Toshiro; Rosing, Minik T. (2014/01). „Evidence for biogenic graphite in early Archaean Isua metasedimentary rocks". *Nature Geoscience* (англиски). **7** (1): 25–28. doi:10.1038/ngeo2025. ISSN 1752-0908. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
35. ↑  Noffke, Nora; Christian, Daniel; Wacey, David; Hazen, Robert M. (2013-11-08). „Microbially Induced Sedimentary Structures Recording an Ancient Ecosystem in the ca март 48 Billion-Year-Old Dresser Formation, Pilbara, Western Australia". *Astrobiology*. **13** (12): 1103–1124. doi:10.1089/ast.2013.1030. ISSN 1531-1074.
36. ↑  Bell, Elizabeth A.; Boehnke, Patrick; Harrison, T. Mark; Mao, Wendy L. (2015-11-24). „Potentially biogenic carbon preserved in a 4.1 billion-year-old zircon". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **112** (47): 14518–14521. doi:10.1073/pnas.1517557112. ISSN 0027-8424. PMID 26483481.
37. ↑  Schopf, J. William (2006-06-29). „Fossil evidence of Archaean life". *Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences* (англиски). **361** (1470): 869–885. doi:10.1098/rstb.2006.1834. ISSN 0962-8436. PMID 16754604.
38. ↑  Chappe, B.; Albrecht, P.; Michaelis, W. (1982-07-02). „Polar Lipids of Archaebacteria in Sediments and Petroleums". *Science* (англиски). **217** (4554): 65–66. doi:10.1126/science.217.4554.65. ISSN 0036-8075. PMID 17739984.
39. ↑  Brocks, Jochen J.; Logan, Graham A.; Buick, Roger; Summons, Roger E. (1999-08-13). „Archean Molecular Fossils and the Early Rise of Eukaryotes". *Science* (англиски). **285** (5430): 1033–1036. doi:10.1126/science.285.5430.1033. ISSN 0036-8075. PMID 10446042.
40. ↑  Rasmussen, Birger; Fletcher, Ian R.; Brocks, Jochen J.; Kilburn, Matt R. (2008/10). „Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria". *Nature* (англиски). **455** (7216): 1101–1104. doi:10.1038/nature07381. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
41. ↑  „Traces of archaebacteria in ancient sediments". *Systematic and Applied Microbiology*. **7** (2–3): 178–183. 1986-05-01. doi:10.1016/S0723-2020(86)80002-9. ISSN 0723-2020.
42. ↑  Wang, Minglei; Yafremava, Liudmila S.; Caetano-Anollés, Derek; Mittenthal, Jay E.; Caetano-Anollés, Gustavo (2007-11-01). „Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world". *Genome Research* (англиски). **17** (11): 1572–1585. doi:10.1101/gr.6454307. ISSN 1088-9051. PMID 17908824.
43. ↑  Staley, James T.; Caetano-Anollés, Gustavo (2018-06-26). „Archaea-First and the Co-Evolutionary Diversification of Domains of Life". *BioEssays* (англиски). **40** (8): 1800036. doi:10.1002/bies.201800036. ISSN 0265-9247.
44. ↑  Woese, Carl R.; Gupta, Ramesh (1981/01). „Are archaebacteria merely derived 'prokaryotes'?". *Nature* (англиски). **289** (5793): 95–96. doi:10.1038/289095a0. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
45. 1 2  Woese, Carl (1998-06-09). „The universal ancestor". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **95** (12): 6854–6859. ISSN 0027-8424. PMID 9618502.
46. ↑  Gribaldo, Simonetta; Brochier-Armanet, Celine (2006-06-29). „The origin and evolution of Archaea: a state of the art". *Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences* (англиски). **361** (1470): 1007–1022. doi:10.1098/rstb.2006.1841. ISSN 0962-8436. PMID 16754611.
47. 1 2  Woese, C R (March 1994). „There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself". *Microbiological Reviews*. **58** (1): 1–9. ISSN 0146-0749. PMID 8177167.
48. ↑  Cavicchioli, Ricardo (2011/01). „Archaea — timeline of the third domain". *Nature Reviews Microbiology* (англиски). **9** (1): 51–61. doi:10.1038/nrmicro2482. ISSN 1740-1534. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
49. ↑  Gupta, Radhey S.; Shami, Ali (2011-02-01). „Molecular signatures for the Crenarchaeota and the ThauMarchaeota". *Antonie van Leeuwenhoek* (англиски). **99** (2): 133–157. doi:10.1007/s10482-010-9488-3. ISSN 0003-6072.
50. ↑  Gao, Beile; Gupta, Radhey S. (2007-03-29). „Phylogenomic analysis of proteins that are distinctive of Archaea and its main subgroups and the origin of methanogenesis". *BMC Genomics*. **8**: 86. doi:10.1186/1471-2164-8-86. ISSN 1471-2164.
51. ↑  Gupta, Radhey S.; Naushad, Sohail; Baker, Sheridan (2015). „Phylogenomic analyses and molecular signatures for the class Halobacteria and its two major clades: a proposal for division of the class Halobacteria into an emended order Halobacteriales and two new orders, Haloferacales ord. nov. and Natrialbales ord. nov. containing the novel families Haloferacaceae fam. nov. and Natrialbaceae fam. nov". *International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology*. **65** (3): 1050–1069. doi:10.1099/ijs.0.070136-0.
52. ↑  „The unique biochemistry of methanogenesis". **71**. 2002-01-01: 223–283. doi:10.1016/S0079-6603(02)71045-3. ISSN 0079-6603. Наводот journal бара `|journal=` (help)
53. ↑  Koonin, Eugene V.; Mushegian, Arcady R.; Galperin, Michael Y.; Walker, D. Roland (1997-08-01). „Comparison of archaeal and bacterial genomes: computer analysis of protein sequences predicts novel functions and suggests a chimeric origin for the archaea". *Molecular Microbiology* (англиски). **25** (4): 619–637. doi:10.1046/j.1365-2958.1997.4821861.x. ISSN 1365-2958.
54. 1 2 3  Gupta, Radhey S. (December 1998). „Protein Phylogenies and Signature Sequences: A Reappraisal of Evolutionary Relationships among Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes". *Microbiology and Molecular Biology Reviews*. **62** (4): 1435–1491. ISSN 1092-2172. PMID 9841678.
55. ↑  Koch, Arthur L. (2003-04-01). „Were Gram-positive rods the first bacteria?". *Trends in Microbiology* (англиски). **11** (4): 166–170. doi:10.1016/S0966-842X(03)00063-5. ISSN 0966-842X. PMID 12706994.
56. ↑  Gupta, Radhey S. (1998-08-01). „What are archaebacteria: life's third domain or monoderm prokaryotes related to Gram-positive bacteria? A new proposal for the classification of prokaryotic organisms". *Molecular Microbiology* (англиски). **29** (3): 695–707. doi:10.1046/j.1365-2958.1998.00978.x. ISSN 1365-2958.
57. ↑  Gogarten, J. Peter (1994-11-01). „Which is the most conserved group of proteins? Homology-orthology, paralogy, xenology, and the fusion of independent lineages". *Journal of Molecular Evolution* (англиски). **39** (5): 541–543. doi:10.1007/BF00173425. ISSN 0022-2844.
58. ↑  Brown, J. R.; Masuchi, Y.; Robb, F. T.; Doolittlel, W. F. (1994-06-01). „Evolutionary relationships of bacterial and archaeal glutamine synthetase genes". *Journal of Molecular Evolution* (англиски). **38** (6): 566–576. doi:10.1007/BF00175876. ISSN 0022-2844.
59. ↑  Cavalier-Smith, T (2002). „The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification". *International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology*. **52** (1): 7–76. doi:10.1099/00207713-52-1-7.
60. ↑  Valas, Ruben E.; Bourne, Philip E. (2011-02-28). „The origin of a derived superkingdom: how a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon". *Biology Direct*. **6**: 16. doi:10.1186/1745-6150-6-16. ISSN 1745-6150.
61. ↑  Skophammer, Ryan G.; Herbold, Craig W.; Rivera, Maria C.; Servin, Jacqueline A.; Lake, James A. (2006-09-01). „Evidence that the Root of the Tree of Life Is Not within the Archaea". *Molecular Biology and Evolution* (англиски). **23** (9): 1648–1651. doi:10.1093/molbev/msl046. ISSN 0737-4038.
62. 1 2  Lake, James A. (1988/01). „Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences". *Nature* (англиски). **331** (6152): 184–186. doi:10.1038/331184a0. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
63. ↑  Nelson, Karen E.; Clayton, Rebecca A.; Gill, Steven R.; Gwinn, Michelle L.; Dodson, Robert J.; Haft, Daniel H.; Hickey, Erin K.; Peterson, Jeremy D.; Nelson, William C. (1999/05). „Evidence for lateral gene transfer between Archaea and Bacteria from genome sequence of Thermotoga maritima". *Nature* (англиски). **399** (6734): 323–329. doi:10.1038/20601. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
64. ↑  Gouy, Manolo; Li, Wen-Hsiung (1989/05). „Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree". *Nature* (англиски). **339** (6220): 145–147. doi:10.1038/339145a0. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
65. ↑  Yutin, N.; Makarova, K. S.; Mekhedov, S. L.; Wolf, Y. I.; Koonin, E. V. (2008-08-01). „The Deep Archaeal Roots of Eukaryotes". *Molecular Biology and Evolution* (англиски). **25** (8): 1619–1630. doi:10.1093/molbev/msn108. ISSN 0737-4038.
66. ↑  Williams, Tom A.; Foster, Peter G.; Cox, Cymon J.; Embley, T. Martin (2013-12-11). „An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life". *Nature* (англиски). **504** (7479): 231–236. doi:10.1038/nature12779. ISSN 1476-4687.
67. ↑  Spang, Anja; Saw, Jimmy H.; Jørgensen, Steffen L.; Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Martijn, Joran; Lind, Anders E.; Eijk, Roel van; Schleper, Christa; Guy, Lionel (2015-05-06). „Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes". *Nature* (англиски). **521** (7551): 173–179. doi:10.1038/nature14447. ISSN 1476-4687.
68. ↑  Zimmer, Carl (2015-05-06). „Under the Sea, a Missing Link in the Evolution of Complex Cells". *The New York Times* (англиски). ISSN 0362-4331. Посетено на 2018-01-19.
69. ↑  Seitz, Kiley W; Lazar, Cassandre S; Hinrichs, Kai-Uwe; Teske, Andreas P; Baker, Brett J (2016/07). „Genomic reconstruction of a novel, deeply branched sediment archaeal phylum with pathways for acetogenesis and sulfur reduction". *The ISME Journal* (англиски). **10** (7): 1696–1705. doi:10.1038/ismej.2015.233. ISSN 1751-7370. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
70. ↑  „Crenarchaeota". *tolweb.org*. Архивирано од изворникот на 2012-05-02. Посетено на 2018-01-19.
71. ↑  Walsby, A. E. (1980/01). „A square bacterium". *Nature* (англиски). **283** (5742): 69–71. doi:10.1038/283069a0. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
72. ↑  Hara, Futoshi; Yamashiro, Kan; Nemoto, Naoki; Ohta, Yoshinori; Yokobori, Shin-ichi; Yasunaga, Takuo; Hisanaga, Shin-ichi; Yamagishi, Akihiko (2007-03-01). „An Actin Homolog of the Archaeon Thermoplasma acidophilum That Retains the Ancient Characteristics of Eukaryotic Actin". *Journal of Bacteriology* (англиски). **189** (5): 2039–2045. doi:10.1128/JB.01454-06. ISSN 0021-9193. PMID 17189356. Архивирано од изворникот на 2018-06-02. Посетено на 2018-01-20.
73. ↑  Trent, Jonathan D.; Kagawa, Hiromi K.; Yaoi, Takuro; Olle, Eric; Zaluzec, Nestor J. (1997-05-13). „Chaperonin filaments: The archaeal cytoskeleton?". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **94** (10): 5383–5388. ISSN 0027-8424. PMID 9144246.
74. ↑  „Cytoskeleton in the archaebacterium Thermoplasma acidophilum? Viscosity increase in soluble extracts". *Biosystems*. **29** (2–3): 151–160. 1993-01-01. doi:10.1016/0303-2647(93)90091-P. ISSN 0303-2647.
75. 1 2  Golyshina, O V; Pivovarova, T A; Karavaiko, G I; Kondratéva, T F; Moore, E R; Abraham, W R; Lünsdorf, H; Timmis, K N; Yakimov, M M (2000). „Ferroplasma acidiphilum gen. nov. sp. nov. an acidophilic, autotrophic, ferrous-iron-oxidizing, cell-wall-lacking, mesophilic member of the Ferroplasmaceae fam. nov. comprising a distinct lineage of the Archaea". *International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology*. **50** (3): 997–1006. doi:10.1099/00207713-50-3-997.
76. ↑  Kuwabara, Tomohiko; Minaba, Masaomi; Iwayama, Yukihiro; Inouye, Isao; Nakashima, Miwako; Marumo, Katsumi; Maruyama, Akihiko; Sugai, Akihiko; Itoh, Toshihiro (2005). „Thermococcus coalescens sp. nov. a cell-fusing hyperthermophilic archaeon from Suiyo Seamount". *International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology*. **55** (6): 2507–2514. doi:10.1099/ijs.0.63432-0.
77. ↑  Hall-Stoodley, Luanne; Costerton, J. William; Stoodley, Paul (2004/02). „Bacterial biofilms: from the Natural environment to infectious diseases". *Nature Reviews Microbiology* (англиски). **2** (2): 95–108. doi:10.1038/nrmicro821. ISSN 1740-1534. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
78. ↑  „Pyrodictium cannulae enter the periplasmic space but do not enter the cytoplasm, as revealed by cryo-electron tomography". *Journal of Structural Biology*. **141** (1): 34–42. 2003-01-01. doi:10.1016/S1047-8477(02)00581-6. ISSN 1047-8477.
79. ↑  Horn, Christian; Paulmann, Bernd; Kerlen, Gertraude; Junker, Norbert; Huber, Harald (August 1999). „In Vivo Observation of Cell Division of Anaerobic Hyperthermophiles by Using a High-Intensity Dark-Field Microscope". *Journal of Bacteriology*. **181** (16): 5114–5118. ISSN 0021-9193. PMID 10438790.
80. ↑  Rudolph, Christian; Wanner, Gerhard; Huber, Robert (2001-05-01). „Natural Communities of Novel Archaea and Bacteria Growing in Cold Sulfurous Springs with a String-of-Pearls-Like Morphology". *Applied and Environmental Microbiology* (англиски). **67** (5): 2336–2344. doi:10.1128/AEM.67 мај 2336-2344.2001 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0099-2240. PMID 11319120. Архивирано од изворникот на 2018-06-03. Посетено на 2018-01-20.
81. 1 2  Thomas, Nikhil A.; Bardy, Sonia L.; Jarrell, Ken F. (2001-04-01). „The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure". *FEMS Microbiology Reviews* (англиски). **25** (2): 147–174. doi:10.1111/j.1574-6976.2001.tb00575.x. ISSN 0168-6445.
82. ↑  Rachel, Reinhard; Wyschkony, Irith; Riehl, Sabine; Huber, Harald. „The ultrastructure ofIgnicoccus: Evidence for a novel outer membrane and for intracellular vesicle budding in an archaeon". *Archaea* (англиски). **1** (1): 9–18. doi:10.1155/2002/307480. ISSN 1472-3646.
83. ↑  Sára, Margit; Sleytr, Uwe B. (2000-02-15). „S-Layer Proteins". *Journal of Bacteriology* (англиски). **182** (4): 859–868. doi:10.1128/JB.182 април 859-868.2000 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0021-9193. PMID 10648507. Архивирано од изворникот на 2016-07-20. Посетено на 2018-01-20.
84. ↑  „Structural Research on Surface Layers: A Focus on Stability, Surface Layer Homology Domains, and Surface Layer–Cell Wall Interactions". *Journal of Structural Biology*. **124** (2–3): 276–302. 1998-12-15. doi:10.1006/jsbi.1998.4070. ISSN 1047-8477.
85. 1 2  Kandler, O.; König, H. (1998-04-01). „Cell wall polymers in Archaea (Archaebacteria)". *Cellular and Molecular Life Sciences CMLS* (англиски). **54** (4): 305–308. doi:10.1007/s000180050156. ISSN 1420-682X.
86. ↑  „Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events". *Gene*. **312**: 151–163. 2003-07-17. doi:10.1016/S0378-1119(03)00612-7. ISSN 0378-1119.
87. ↑  Nguyen, L.; Paulsen, I. T.; Tchieu, J.; Hueck, C. J.; Saier, M. H. (April 2000). „Phylogenetic analyses of the constituents of Type III protein secretion systems". *Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology*. **2** (2): 125–144. ISSN 1464-1801. PMID 10939240.
88. ↑  Ng, Sandy Y.M.; Chaban, Bonnie; Jarrell, Ken F. (2006). „Archaeal Flagella, Bacterial Flagella and Type IV Pili: A Comparison of Genes and Posttranslational Modifications". *Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology* (англиски). **11** (3–5): 167–191. doi:10.1159/000094053. ISSN 1464-1801.
89. ↑  Bardy, Sonia L.; Ng, Sandy Y. M.; Jarrell, Ken F. (2003). „Prokaryotic motility structures". *Microbiology*. **149** (2): 295–304. doi:10.1099/mic.0.25948-0.
90. 1 2  Koga, Yosuke; Morii, Hiroyuki (2007-03-01). „Biosynthesis of Ether-Type Polar Lipids in Archaea and Evolutionary Considerations". *Microbiology and Molecular Biology Reviews* (англиски). **71** (1): 97–120. doi:10.1128/MMBR.00033-06. ISSN 1092-2172. PMID 17347520.
91. ↑  De Rosa, M; Gambacorta, A; Gliozzi, A (March 1986). „Structure, biosynthesis, and physicochemical properties of archaebacterial lipids". *Microbiological Reviews*. **50** (1): 70–80. ISSN 0146-0749. PMID 3083222.
92. ↑  Damsté, Jaap S. Sinninghe; Schouten, Stefan; Hopmans, Ellen C.; Duin, Adri C. T. van; Geenevasen, Jan A. J. (2002-10-01). „Crenarchaeol the characteristic core glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether membrane lipid of cosmopolitan pelagic crenarchaeota". *Journal of Lipid Research* (англиски). **43** (10): 1641–1651. doi:10.1194/jlr.M200148-JLR200. ISSN 0022-2275. PMID 12364548.
93. ↑  Koga, Yosuke; Morii, Hiroyuki (November 2005). „Recent advances in structural research on ether lipids from archaea including comparative and physiological aspects". *Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry*. **69** (11): 2019–2034. doi:10.1271/bbb.69.2019. ISSN 0916-8451. PMID 16306681.
94. ↑  Hanford, Michael J.; Peeples, Tonya L. (2002-01-01). „Archaeal tetraether lipids". *Applied Biochemistry and Biotechnology* (англиски). **97** (1): 45–62. doi:10.1385/ABAB:97:1:45. ISSN 0273-2289.
95. ↑  Macalady, Jennifer L.; Vestling, Martha M.; Baumler, David; Boekelheide, Nick; Kaspar, Charles W.; Banfield, Jillian F. (2004-10-01). „Tetraether-linked membrane monolayers in Ferroplasma spp: a key to survival in acid". *Extremophiles* (англиски). **8** (5): 411–419. doi:10.1007/s00792-004-0404-5. ISSN 1431-0651.
96. ↑  Valentine, David L. (2007/04). „Adaptations to energy stress dictate the ecology and evolution of the Archaea". *Nature Reviews Microbiology* (англиски). **5** (4): 316–323. doi:10.1038/nrmicro1619. ISSN 1740-1534. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
97. 1 2 3  Schäfer, Günter; Engelhard, Martin; Müller, Volker (September 1999). „Bioenergetics of the Archaea". *Microbiology and Molecular Biology Reviews*. **63** (3): 570–620. ISSN 1092-2172. PMID 10477309.
98. ↑  „Comparative biochemistry of Archaea and Bacteria". *Current Opinion in Genetics & Development*. **1** (4): 544–551. 1991-12-01. doi:10.1016/S0959-437X(05)80206-0. ISSN 0959-437X.
99. ↑  „Evolution of carbohydrate metabolic pathways". *Research in Microbiology*. **147** (6–7): 448–455. 1996-07-01. doi:10.1016/0923-2508(96)83998-2. ISSN 0923-2508.
100. ↑  „How Did Bacteria Come to Be?". **40**. 1998-01-01: 353–399. doi:10.1016/S0065-2911(08)60135-6. ISSN 0065-2911. Наводот journal бара `|journal=` (help)
101. ↑  „Characterization of the methanogenic Archaea within two-phase biogas reactor systems operated with plant biomass". *Systematic and Applied Microbiology*. **31** (3): 190–205. 2008-08-04. doi:10.1016/j.syapm.2008 февруари 003 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0723-2020.
102. ↑  Mueller-Cajar, Oliver; Badger, Murray Ronald (2007-08-01). „New roads lead to Rubisco in archaebacteria". *BioEssays* (англиски). **29** (8): 722–724. doi:10.1002/bies.20616. ISSN 1521-1878.
103. ↑  Berg, Ivan A.; Kockelkorn, Daniel; Buckel, Wolfgang; Fuchs, Georg (2007-12-14). „A 3-Hydroxypropionate/4-Hydroxybutyrate Autotrophic Carbon Dioxide Assimilation Pathway in Archaea". *Science* (англиски). **318** (5857): 1782–1786. doi:10.1126/science.1149976. ISSN 0036-8075. PMID 18079405.
104. ↑  Thauer, Rudolf K. (2007-12-14). „A Fifth Pathway of Carbon Fixation". *Science* (англиски). **318** (5857): 1732–1733. doi:10.1126/science.1152209. ISSN 0036-8075. PMID 18079388.
105. ↑  Könneke, Martin; Bernhard, Anne E.; Torre, José R. de la; Walker, Christopher B.; Waterbury, John B.; Stahl, David A. (2005/09). „Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon". *Nature* (англиски). **437** (7058): 543–546. doi:10.1038/nature03911. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
106. ↑  Francis, Christopher A; Beman, J Michael; Kuypers, Marcel M M (2007/05). „New processes and players in the nitrogen cycle: the microbial ecology of anaerobic and archaeal ammonia oxidation". *The ISME Journal* (англиски). **1** (1): 19–27. doi:10.1038/ismej.2007.8. ISSN 1751-7370. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
107. ↑  Bryant, Donald A.; Frigaard, Niels-Ulrik (November 2006). „Prokaryotic photosynthesis and phototrophy illuminated". *Trends in Microbiology*. **14** (11): 488–496. doi:10.1016/j.tim.2006 септември 001 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0966-842X. PMID 16997562.
108. 1 2  Allers, Thorsten; Mevarech, Moshe (2005/01). „Archaeal genetics — the third way". *Nature Reviews Genetics* (англиски). **6** (1): 58–73. doi:10.1038/nrg1504. ISSN 1471-0064. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
109. ↑  Galagan, James E.; Nusbaum, Chad; Roy, Alice; Endrizzi, Matthew G.; Macdonald, Pendexter; FitzHugh, Will; Calvo, Sarah; Engels, Reinhard; Smirnov, Serge (2002-04-01). „The Genome of M. acetivorans Reveals Extensive Metabolic and Physiological Diversity". *Genome Research* (англиски). **12** (4): 532–542. doi:10.1101/gr.223902. ISSN 1088-9051. PMID 11932238.
110. 1 2  Waters, Elizabeth; Hohn, Michael J.; Ahel, Ivan; Graham, David E.; Adams, Mark D.; Barnstead, Mary; Beeson, Karen Y.; Bibbs, Lisa; Bolanos, Randall (2003-10-28). „The genome of Nanoarchaeum equitans: Insights into early archaeal evolution and derived parasitism". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **100** (22): 12984–12988. doi:10.1073/pnas.1735403100. ISSN 0027-8424. PMID 14566062.
111. ↑  Schleper, C; Holz, I; Janekovic, D; Murphy, J; Zillig, W (August 1995). „A multicopy plasmid of the extremely thermophilic archaeon Sulfolobus effects its transfer to recipients by mating". *Journal of Bacteriology*. **177** (15): 4417–4426. ISSN 0021-9193. PMID 7635827.
112. ↑  Prangishvili, David; Forterre, Patrick; Garrett, Roger A. (2006/11). „Viruses of the Archaea: a unifying view". *Nature Reviews Microbiology* (англиски). **4** (11): 837–848. doi:10.1038/nrmicro1527. ISSN 1740-1534. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
113. ↑  Prangishvili, D.; Garrett, R. A. (2004-04-01). „Exceptionally diverse morphotypes and genomes of crenarchaeal hyperthermophilic viruses". *Biochemical Society Transactions* (англиски). **32** (2): 204–208. doi:10.1042/bst0320204. ISSN 0300-5127. PMID 15046572.
114. ↑  Pietilä, Maija K.; Roine, Elina; Paulin, Lars; Kalkkinen, Nisse; Bamford, Dennis H. (2009-04-01). „An ssDNA virus infecting archaea: a new lineage of viruses with a membrane envelope". *Molecular Microbiology* (англиски). **72** (2): 307–319. doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06642.x. ISSN 1365-2958.
115. ↑  Mochizuki, Tomohiro; Krupovic, Mart; Pehau-Arnaudet, Gérard; Sako, Yoshihiko; Forterre, Patrick; Prangishvili, David (2012-08-14). „Archaeal virus with exceptional virion architecture and the largest single-stranded DNA genome". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **109** (33): 13386–13391. doi:10.1073/pnas.1203668109. ISSN 0027-8424. PMID 22826255.
116. ↑  Mojica, Francisco J. M.; Díez-Villaseñor, Chc)sar; García-Martínez, Jesús; Soria, Elena (2005-02-01). „Intervening Sequences of Regularly Spaced Prokaryotic Repeats Derive from Foreign Genetic Elements". *Journal of Molecular Evolution* (англиски). **60** (2): 174–182. doi:10.1007/s00239-004-0046-3. ISSN 0022-2844.
117. ↑  Makarova, Kira S.; Grishin, Nick V.; Shabalina, Svetlana A.; Wolf, Yuri I.; Koonin, Eugene V. (2006-03-16). „A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action". *Biology Direct*. **1**: 7. doi:10.1186/1745-6150-1-7. ISSN 1745-6150.
118. ↑  Graham, David E.; Overbeek, Ross; Olsen, Gary J.; Woese, Carl R. (2000-03-28). „An archaeal genomic signature". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **97** (7): 3304–3308. doi:10.1073/pnas.97 јули 3304 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0027-8424.
119. ↑  „Archaeal genomics". *Current Opinion in Microbiology*. **2** (5): 542–547. 1999-10-01. doi:10.1016/S1369-5274(99)00014-4. ISSN 1369-5274.
120. ↑  Dennis, Patrick P. (1997-06-27). „Ancient Ciphers: Translation in Archaea". *Cell* (англиски). **89** (7): 1007–1010. doi:10.1016/S0092-8674(00)80288-3. ISSN 0092-8674. PMID 9215623.
121. ↑  Werner, Finn (2007-09-01). „Structure and function of archaeal RNA polymerases". *Molecular Microbiology* (англиски). **65** (6): 1395–1404. doi:10.1111/j.1365-2958.2007.05876.x. ISSN 1365-2958.
122. ↑  Aravind, L (1999-12-01). „DNA-binding proteins and evolution of transcription regulation in the archaea". *Nucleic Acids Research* (англиски). **27** (23): 4658–4670. doi:10.1093/nar/27.23.4658. ISSN 0305-1048.
123. ↑  Lykke-Andersen, Jens; Aagaard, Claus; Semionenkov, Mikhail; Garrett, Roger A. (1997-09-01). „Archaeal introns: splicing, intercellular mobility and evolution" (PDF). *Trends in Biochemical Sciences* (англиски). **22** (9). doi:10.1016/S0968-0004(97)01113-4. ISSN 0968-0004.
124. ↑  Watanabe, Yoh-ichi; Yokobori, Shin-ichi; Inaba, Toshiro; Yamagishi, Akihiko; Oshima, Tairo; Kawarabayasi, Yutaka; Kikuchi, Hisasi; Kita, Kiyoshi (2002-01-02). „Introns in protein-coding genes in Archaea". *FEBS Letters* (англиски). **510** (1–2): 27–30. doi:10.1016/S0014-5793(01)03219-7. ISSN 1873-3468.
125. ↑  „Archaeal pre-mRNA splicing: A connection to hetero-oligomeric splicing endonuclease". *Biochemical and Biophysical Research Communications*. **346** (3): 1024–1032. 2006-08-04. doi:10.1016/j.bbrc.2006 јуни 011 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0006-291X.
126. ↑  Rosenshine, I.; Tchelet, R.; Mevarech, M. (1989-09-22). „The mechanism of DNA transfer in the mating system of an archaebacterium". *Science* (англиски). **245** (4924): 1387–1389. doi:10.1126/science.2818746. ISSN 0036-8075. PMID 2818746.
127. ↑  Fröls, Sabrina; Ajon, Malgorzata; Wagner, Michaela; Teichmann, Daniela; Zolghadr, Behnam; Folea, Mihaela; Boekema, Egbert J.; Driessen, Arnold J. M.; Schleper, Christa (2008-11-01). „UV-inducible cellular aggregation of the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus is mediated by pili formation". *Molecular Microbiology* (англиски). **70** (4): 938–952. doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06459.x. ISSN 1365-2958.
128. 1 2  Ajon, Małgorzata; Fröls, Sabrina; van Wolferen, Marleen; Stoecker, Kilian; Teichmann, Daniela; Driessen, Arnold J. M.; Grogan, Dennis W.; Albers, Sonja-Verena; Schleper, Christa (2011-11-01). „UV-inducible DNA exchange in hyperthermophilic archaea mediated by type IV pili". *Molecular Microbiology* (англиски). **82** (4): 807–817. doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07861.x. ISSN 1365-2958.
129. ↑  Fröls, Sabrina; White, Malcolm F.; Schleper, Christa (2009-02-01). „Reactions to UV damage in the model archaeon Sulfolobus solfataricus". *Biochemical Society Transactions* (англиски). **37** (1): 36–41. doi:10.1042/BST0370036. ISSN 0300-5127. PMID 19143598.
130. 1 2  Bernander, Rolf (1998-08-01). „Archaea and the cell cycle". *Molecular Microbiology* (англиски). **29** (4): 955–961. doi:10.1046/j.1365-2958.1998.00956.x. ISSN 1365-2958.
131. ↑  KELMAN, L; KELMAN, Z (2004-09-01). „Multiple origins of replication in archaea". *Trends in Microbiology* (англиски). **12** (9): 399–401. doi:10.1016/j.tim.2004 јули 001 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0966-842X.
132. ↑  Lindås, Ann-Christin; Karlsson, Erik A.; Lindgren, Maria T.; Ettema, Thijs J. G.; Bernander, Rolf (2008-12-02). „A unique cell division machinery in the Archaea". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **105** (48): 18942–18946. doi:10.1073/pnas.0809467105. ISSN 0027-8424. PMID 18987308.
133. ↑  Samson, Rachel Y.; Obita, Takayuki; Freund, Stefan M.; Williams, Roger L.; Bell, Stephen D. (2008-12-12). „A Role for the ESCRT System in Cell Division in Archaea". *Science* (англиски). **322** (5908): 1710–1713. doi:10.1126/science.1165322. ISSN 0036-8075. PMID 19008417.
134. ↑  Pelve, Erik A.; Lindås, Ann-Christin; Martens-Habbena, Willm; de la Torre, José R.; Stahl, David A.; Bernander, Rolf (2011-11-01). „Cdv-based cell division and cell cycle organization in the thauMarchaeon Nitrosopumilus maritimus". *Molecular Microbiology* (англиски). **82** (3): 555–566. doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07834.x. ISSN 1365-2958.
135. ↑  Onyenwoke, Rob U.; Brill, Julia A.; Farahi, Kamyar; Wiegel, Juergen (2004-10-01). „Sporulation genes in members of the low G+C Gram-type-positive phylogenetic branch (Firmicutes)". *Archives of Microbiology* (англиски). **182** (2–3): 182–192. doi:10.1007/s00203-004-0696-y. ISSN 0302-8933.
136. ↑  Kostrikina, N. A.; Zvyagintseva, I. S.; Duda, V. I. (1991-10-01). „Cytological peculiarities of some extremely halophilic soil archaeobacteria". *Archives of Microbiology* (англиски). **156** (5): 344–349. doi:10.1007/BF00248708. ISSN 0302-8933.
137. ↑  DeLong, Edward F.; Pace, Norman R. (2001-08-01). „Environmental Diversity of Bacteria and Archaea". *Systematic Biology*. **50** (4): 470–478. doi:10.1080/10635150118513.
138. 1 2  Pikuta, Elena V.; Hoover, Richard B.; Tang, Jane (2007). „Microbial extremophiles at the limits of life". *Critical Reviews in Microbiology*. **33** (3): 183–209. doi:10.1080/10408410701451948. ISSN 1040-841X. PMID 17653987.
139. ↑  Takai, Ken; Nakamura, Kentaro; Toki, Tomohiro; Tsunogai, Urumu; Miyazaki, Masayuki; Miyazaki, Junichi; Hirayama, Hisako; Nakagawa, Satoshi; Nunoura, Takuro (2008-08-05). „Cell proliferation at 122°C and isotopically heavy CH4 production by a hyperthermophilic methanogen under high-pressure cultivation". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **105** (31): 10949–10954. doi:10.1073/pnas.0712334105. ISSN 0027-8424. PMID 18664583.
140. ↑  Ciaramella, Maria; Napoli, Alessandra; Rossi, Mosè (2005-02-01). „Another extreme genome: how to live at pH 0". *Trends in Microbiology* (англиски). **13** (2): 49–51. doi:10.1016/j.tim.2004 декември 001 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0966-842X. PMID 15680761.
141. ↑  „Extreme life on Earth—past, present and possibly beyond". *Research in Microbiology*. **157** (1): 37–48. 2006-01-01. doi:10.1016/j.resmic.2005 јули 008 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0923-2508.
142. ↑  Nealson, Kenneth H. (1999-01-01). „Post-Viking Microbiology: New Approaches, New Data, New Insights". *Origins of life and evolution of the biosphere* (англиски). **29** (1): 73–93. doi:10.1023/A:1006515817767. ISSN 0169-6149.
143. ↑  Davies, P. C. (1996). „The transfer of viable microorganisms between planets". *Ciba Foundation Symposium*. **202**: 304–314, discussion 314–317. ISSN 0300-5208. PMID 9243022.
144. ↑  López-García, P.; López-López, A.; Moreira, D.; Rodríguez-Valera, F. (July 2001). „Diversity of free-living prokaryotes from a deep-sea site at the Antarctic Polar Front". *FEMS microbiology ecology*. **36** (2–3): 193–202. ISSN 1574-6941. PMID 11451524.
145. ↑  Karner, Markus B.; DeLong, Edward F.; Karl, David M. (2001/01). „Archaeal dominance in the mesopelagic zone of the Pacific Ocean". *Nature* (англиски). **409** (6819): 507–510. doi:10.1038/35054051. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
146. ↑  Giovannoni, Stephen J.; Stingl, Ulrich (2005-09-14). „Molecular diversity and ecology of microbial plankton". *Nature* (англиски). **437** (7057): 343–348. doi:10.1038/nature04158.
147. ↑  DeLong, Edward F.; Karl, David M. (2005-09-14). „Genomic perspectives in microbial oceanography". *Nature* (англиски). **437** (7057): 336–342. doi:10.1038/nature04157.
148. ↑  Agogué, Hélène; Brink, Maaike; Dinasquet, Julie; Herndl, Gerhard J. (2008/12). „Major gradients in putatively nitrifying and non-nitrifying Archaea in the deep North Atlantic". *Nature* (англиски). **456** (7223): 788–791. doi:10.1038/nature07535. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
149. ↑  Teske, Andreas; Sørensen, Ketil B (2008/01). „Uncultured archaea in deep marine subsurface sediments: have we caught them all?". *The ISME Journal* (англиски). **2** (1): 3–18. doi:10.1038/ismej.2007.90. ISSN 1751-7370. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
150. ↑  Lipp, Julius S.; Morono, Yuki; Inagaki, Fumio; Hinrichs, Kai-Uwe (2008/08). „Significant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments". *Nature* (англиски). **454** (7207): 991–994. doi:10.1038/nature07174. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
151. ↑  Danovaro, Roberto; Dell’Anno, Antonio; Corinaldesi, Cinzia; Rastelli, Eugenio; Cavicchioli, Ricardo; Krupovic, Mart; Noble, Rachel T.; Nunoura, Takuro; Prangishvili, David (2016-10-01). „Virus-mediated archaeal hecatomb in the deep seafloor". *Science Advances* (англиски). **2** (10): e1600492. doi:10.1126/sciadv.1600492. ISSN 2375-2548.
152. ↑  Cabello, Purificación; Roldán, M. Dolores; Moreno-Vivián, Conrado (2004). „Nitrate reduction and the nitrogen cycle in archaea". *Microbiology*. **150** (11): 3527–3546. doi:10.1099/mic.0.27303-0.
153. ↑  Mehta, Mausmi P.; Baross, John A. (2006-12-15). „Nitrogen Fixation at 92°C by a Hydrothermal Vent Archaeon". *Science* (англиски). **314** (5806): 1783–1786. doi:10.1126/science.1134772. ISSN 0036-8075. PMID 17170307.
154. ↑  Coolen, Marco J. L.; Abbas, Ben; Van Bleijswijk, Judith; Hopmans, Ellen C.; Kuypers, Marcel M. M.; Wakeham, Stuart G.; Sinninghe Damsté, Jaap S. (2007-04-01). „Putative ammonia-oxidizing Crenarchaeota in suboxic waters of the Black Sea: a basin-wide ecological study using 16S ribosomal and functional genes and membrane lipids". *Environmental Microbiology* (англиски). **9** (4): 1001–1016. doi:10.1111/j.1462-2920.2006.01227.x. ISSN 1462-2920.
155. ↑  Leininger, S.; Urich, T.; Schloter, M.; Schwark, L.; Qi, J.; Nicol, G. W.; Prosser, J. I.; Schuster, S. C.; Schleper, C. (2006/08). „Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils". *Nature* (англиски). **442** (7104): 806–809. doi:10.1038/nature04983. ISSN 1476-4687. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)
156. ↑  J, Baker, Brett; F, Banfield, Jillian (2003-05-01). „Microbial communities in acid mine drainage". *FEMS Microbiology Ecology* (англиски). **44** (2). doi:10.1016/S0168-6496(03)00028-X. ISSN 0168-6496.
157. ↑  Schimel, Joshua (2004-08-24). „Playing scales in the methane cycle: From microbial ecology to the globe". *Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America* (англиски). **101** (34): 12400–12401. doi:10.1073/pnas.0405075101. ISSN 0027-8424. PMID 15314221.
158. ↑  Eckburg, Paul B.; Lepp, Paul W.; Relman, David A. (2003-02-01). „Archaea and Their Potential Role in Human Disease". *Infection and Immunity* (англиски). **71** (2): 591–596. doi:10.1128/IAI.71 февруари 591-596.2003 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0019-9567. PMID 12540534. Архивирано од изворникот на 2018-06-02. Посетено на 2018-01-20.
159. ↑  Cavicchioli, Ricardo; Curmi, Paul M.G.; Saunders, Neil; Thomas, Torsten (2003-11-01). „Pathogenic archaea: do they exist?". *BioEssays* (англиски). **25** (11): 1119–1128. doi:10.1002/bies.10354. ISSN 1521-1878.
160. ↑  Lepp, Paul W.; Brinig, Mary M.; Ouverney, Cleber C.; Palm, Katherine; Armitage, Gary C.; Relman, David A. (2004-04-20). „Methanogenic Archaea and human periodontal disease". *Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America* (англиски). **101** (16): 6176–6181. doi:10.1073/pnas.0308766101. ISSN 0027-8424. PMID 15067114.
161. ↑  Vianna, M. E.; Conrads, G.; Gomes, B. P. F. A.; Horz, H. P. (2006-04-01). „Identification and Quantification of Archaea Involved in Primary Endodontic Infections". *Journal of Clinical Microbiology* (англиски). **44** (4): 1274–1282. doi:10.1128/JCM.44 април 1274-1282.2006 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 0095-1137. PMID 16597851. Архивирано од изворникот на 2018-06-02. Посетено на 2018-01-20.
162. ↑  Jahn, Ulrike; Gallenberger, Martin; Paper, Walter; Junglas, Benjamin; Eisenreich, Wolfgang; Stetter, Karl O.; Rachel, Reinhard; Huber, Harald (2008-03-01). „Nanoarchaeum equitans and Ignicoccus hospitalis: New Insights into a Unique, Intimate Association of Two Archaea". *Journal of Bacteriology* (англиски). **190** (5): 1743–1750. doi:10.1128/JB.01731-07. ISSN 0021-9193. PMID 18165302. Архивирано од изворникот на 2018-06-02. Посетено на 2018-01-20.
163. ↑  Chaban, Bonnie; Ng, Sandy Y.M; Jarrell, Ken F (2006-02-01). „Archaeal habitats — from the extreme to the ordinary". *Canadian Journal of Microbiology*. **52** (2): 73–116. doi:10.1139/w05-147. ISSN 0008-4166.
164. ↑  Schink, B (June 1997). „Energetics of syntrophic cooperation in methanogenic degradation". *Microbiology and Molecular Biology Reviews*. **61** (2): 262–280. ISSN 1092-2172. PMID 9184013.
165. ↑  Lange, Marianne; Westermann, Peter; Ahring, Birgitte Kiær (2005-02-01). „Archaea in protozoa and metazoa". *Applied Microbiology and Biotechnology* (англиски). **66** (5): 465–474. doi:10.1007/s00253-004-1790-4. ISSN 0175-7598.
166. ↑  van Hoek, Angela H. A. M.; Alen, Theo A. van; Sprakel, Vera S. I.; Leunissen, Jack A. M.; Brigge, Theo; Vogels, Godfried D.; Hackstein, Johannes H. P. (2000-02-01). „Multiple Acquisition of Methanogenic Archaeal Symbionts by Anaerobic Ciliates". *Molecular Biology and Evolution* (англиски). **17** (2): 251–258. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a026304. ISSN 0737-4038.
167. ↑  Preston, C. M.; Wu, K. Y.; Molinski, T. F.; DeLong, E. F. (1996-06-25). „A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov. sp. nov". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **93** (13): 6241–6246. ISSN 0027-8424. PMID 8692799.
168. ↑  Eckburg, Paul B.; Bik, Elisabeth M.; Bernstein, Charles N.; Purdom, Elizabeth; Dethlefsen, Les; Sargent, Michael; Gill, Steven R.; Nelson, Karen E.; Relman, David A. (2005-06-10). „Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora". *Science* (англиски). **308** (5728): 1635–1638. doi:10.1126/science.1110591. ISSN 0036-8075. PMID 15831718.
169. ↑  Samuel, Buck S.; Gordon, Jeffrey I. (2006-06-27). „A humanized gnotobiotic mouse model of host–archaeal–bacterial mutualism". *Proceedings of the National Academy of Sciences* (англиски). **103** (26): 10011–10016. doi:10.1073/pnas.0602187103. ISSN 0027-8424. PMID 16782812.
170. ↑  Wegley, Linda; Yu, Yanan; Breitbart, Mya; Casas, Veronica; Kline, David I.; Rohwer, Forest (2004-06-08). „Coral-associated Archaea". *Marine Ecology Progress Series*. **273**: 89–96. doi:10.3354/meps273089. ISSN 0171-8630.
171. ↑  Chelius, M. K.; Triplett, E. W. (2001-04-01). „The Diversity of Archaea and Bacteria in Association with the Roots of Zea Mays L". *Microbial Ecology* (англиски). **41** (3): 252–263. doi:10.1007/s002480000087. ISSN 0095-3628.
172. ↑  Simon, Holly M.; Dodsworth, Jeremy A.; Goodman, Robert M. (2000-10-01). „Crenarchaeota colonize terrestrial plant roots". *Environmental Microbiology* (англиски). **2** (5): 495–505. doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00131.x. ISSN 1462-2920.
173. ↑  Breithaupt, Holger (2001-11-01). „The hunt for living gold: The search for organisms in extreme environments yields useful enzymes for industry". *EMBO reports* (англиски). **2** (11): 968–971. doi:10.1093/embo-reports/kve238. ISSN 1469-221X. PMID 11713183. Архивирано од изворникот на 2018-06-05. Посетено на 2018-01-20.
174. ↑  „Industrial relevance of thermophilic Archaea". *Current Opinion in Microbiology*. **8** (6): 649–655. 2005-12-01. doi:10.1016/j.mib.2005 октомври 015 Проверете ја вредноста `|doi=` (help). ISSN 1369-5274.
175. ↑  Synowiecki, Józef; Grzybowska, Beata; Zdziebło, Anna (2006). „Sources, properties and suitability of new thermostable enzymes in food processing". *Critical Reviews in Food Science and Nutrition*. **46** (3): 197–205. doi:10.1080/10408690590957296. ISSN 1040-8398. PMID 16527752.
176. ↑  Jenney, Francis E.; Adams, Michael W. W. (1 January 2008). „The impact of extremophiles on structural genomics (and vice versa)". *Extremophiles: Life Under Extreme Conditions*. **12** (1): 39–50. doi:10.1007/s00792-007-0087-9. ISSN 1431-0651. PMID 17563834.
177. ↑  Schiraldi, Chiara; Giuliano, Mariateresa; De Rosa, Mario (2002-9). „Perspectives on biotechnological applications of archaea". *Archaea*. **1** (2): 75–86. ISSN 1472-3646. PMC 2685559. PMID 15803645. Проверете ги датумските вредности во: `|date=` (help)CS1-одржување: PMC-формат (link)
178. ↑  Norris, P. R.; Burton, N. P.; Foulis, N. a. M. (2000-04-01). „Acidophiles in bioreactor mineral processing". *Extremophiles* (англиски). **4** (2): 71–76. doi:10.1007/s007920050139. ISSN 1431-0651.

Литература
----------

* Howland, John L. (2000). *The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life*. Oxford University. ISBN 978-0-19-511183-5.
* Garrett RA; Klenk H (2005). *Archaea: Evolution, Physiology and Molecular Biology*. WileyBlackwell. ISBN 1-4051-4404-1.
* Cavicchioli R (2007). *Archaea: Molecular and Cellular Biology*. American Society for Microbiology. ISBN 1-55581-391-7.
* Blum P, ed. (2008). *Archaea: New Models for Prokaryotic Biology*. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-27-1.
* Sapp, Jan (2009). *The New Foundations of Evolution: On the Tree of Life*. New York: Oxford University Press. ISBN 0-19-538850-X.
* Schaechter, M (2009). *Archaea (Overview) in The Desk Encyclopedia of Microbiology* (2nd ed.). San Diego and London: Elsevier Academic Press. ISBN 978-0-12-374980-2
* Hackstein, Johannes H.P. (2010). *(Endo)symbiotic Methanogenic Archaea (Microbiology Monographs).* Springer*.* ISBN 9783642136146
* White D, Drummond J, Fuqua C (2011). *The Physiology and Biochemistry of Prokaryotes* (4th ed.) Oxford University Press. ISBN 019539304X
* Kata, Sakura Y. (2011). *Archaea: Structure, Habitats and Ecological Significance (Microbiology Research Advances).* Nova Biomedical. ISBN 1617619329
* Madigan MT, Bender KS, Buckley DH, Sattley WM, Stahl DA (2017). *Brock Biology of Microorganisms* (15th ed.). London: Pearson. ISBN 0134261925.

Надворешни врски
----------------

|  |  |
| --- | --- |
| Ризница | „Археи" на Ризницата ? |

|  |  |
| --- | --- |
|  | „Археи" на Викивидовите ? |

### Општо

* Вовед во екологијата, систематиката и морфологијата на археите (англиски)
* Океани на археи - E.F. DeLong, *ASM News*, 2003 (англиски)

### Класификација

* Таксономија на археите - страна на Националниот центар за биотехнолошки информации (NCBI). (англиски)
* Родови во доменот Археи (англиски)
* Пронаоѓање на наноорганизми со шотган секвенционирање - откривањето на ARMAN групата на археи. (англиски)

### Геномика

* Пребарувач на комплетирани архејски геноми на страната на Универзитетот на Калифорнија Санта Крус (USCS) (англиски)
* Компаративни анализи на архејски геноми Архивирано на 16 февруари 2013 г. на страната IMG (Integrated Microbial Genomes) при Министерството за енергетика на САД. (англиски)

|  |  |  |
| --- | --- | --- |
| 

|  |  |
| --- | --- |
| Таксонски назнаки | 
* Википодатоци: Q10872
* EoL: 7920
* EPPO: 1ARCAK
* GBIF: 2
* iNaturalist: 151817
* ITIS: 935939
* LPSN: archaea
* NCBI: 2157
* uBio: 5486010
* WoRMS: 8

 |

 |

|  |  |  |
| --- | --- | --- |
| 

|  |  |
| --- | --- |
| Нормативна контрола | 
* WorldCat
* LCCN: sh86006229
* GND: 4002825-2
* BNF: cb12349885c (податоци)
* NDL: 001145941
* NKC: ph1001642

 |

 |

Ова е избрана статија. Стиснете тука за повеќе информации.

|  |  |
| --- | --- |
|  | Статијата „**Археи**" е избрана статија. Ве повикуваме и Вас да напишете и предложите избрана статија (останати избрани статии). |