Sejak akhir abad 20, telah memulai beberapa proyek dalam merawat dan memperbaiki. Beberapa dari proyek ini, seperti , program pemeliharaan FASTTRACK, dan perbaikan infrastruktur yang direncanakan pada program Kota tahun 2015-2019, dengan harapan dapat berkontribusi dalam meningkatkan efisiensi sistem kereta bawah tanah. Proyek-proyek lainnya, seperti jam hitung mundur ("countdown clocks") kedatangan kereta, "Help Point" Titik bantu interkom stasiun kereta, kios konsumen di stasiun kereta "On the Go! Proyek pembangunan Dan juga terdapat proyek-proyek konstruksi jalur kereta bawah tanah ini, yang tidak berdampak langsung terhadap sistem antarmuka penumpang, akan tetapi digunakan untuk membuat operasional jalur kereta bawah tanah menjadi lebih efisien.

Di pertengahan 1990 an, renovasi mulai dilakukan untuk mengubah untuk menggunakan sistem signal "moving block" (Persinyalan "moving block" ini adalah sebagai sistem persinyalan kereta yang beroperasi secara "real time" oleh komputer, yang nantinya berguna untuk memantau zona aman di sekitar masing- masing kereta) yang membuat penggunaan rel kereta lebih efisien dan pada akhirnya dapat meningkatkan kapasitas penumpang yang diangkut melalui jalur tersebut.

Setelah tes yang dilakukan kepada jalur kereta Canarsie Line sukses, pada tahun 2000 dan 2010, pihak MTA mulai mengembangkan program otomatisasi terhadap jalur-jalur kereta lainnya. Hal ini berujung kepada pengajuan proposal untuk memasang pintu peron di salah satu stasiun jalur kereta Canarsie. Sebagai tambahan, terdapat program lain yang dinamakan FASTRACK, pada tahun 2012, dimana MTA mulai menutup jalur kereta tertentu di satu malam dalam waktu satu minggu, dan jalur-jalur lainnya agar dapat dibersihkan tanpa mengganggu pergerakan kereta tersebut. Pada tahun berikutnya, program ini kemudian dikembangkan tidak hanya di kota Manhattan saja, setelah melihat keefisiensian program FASTRACK ini dibandingkan program-program lainnya. Pada tahun 2015, MTA mengumumkan program peningkatan skala besar sebagai bagian dari program kota periode 2015-2019. Dibawah program perenovasian stasiun, tiga puluh stasiun akan dibangun kembali,

, dan badan kereta baru akan dapat lebih banyak mengangkut penumpang.

MTA juga telah memulai beberapa proyek untuk meningkatkan kenyamanan bagi para penumpang. Proyek ini menambahkan jam hitung mundur "countdown clock" kepada hampir semua dan kepada semua jalur kereta () pada akhir tahun 2011, agar para penumpang dapat melihat waktu kedatangan kereta dengan menggunakan data real-time. Proyek yang sama ini tadinya akan diterapkan juga terhadap rute dan tapi kemudian ditangguhkan hingga tahun 2016, ketika berita akan kesuksesan tes sistem jam hitung mundur dengan menggunakan aplikasi. Di awal 2011,MTA mulai menginstal "Help Point" untuk membantu panggilan darurat atau bantuan dari petugas stasiun di semua stasiun yang ada. Memasang layar sentuh di kios-kios stasiun perjalanan, Dimana menyediakan informasi akan jadwal perjalanan, laporan perjalanan, rencana perjalanan yang diinstal pada awal 2011 tetapi kemudian dihilangkan pada 2020. Jaringan data nirkabel dan telepon seluler, pertama kali di instal pada tahun 2011 sebagai bagian dari program percontohan, yang pada akhirnya dikembangkan secara luas dikarenakan tanggapan yang positif dari para penumpang kereta tersebut. Sebagai tambahan, penguji-cobaan pembayaran ongkos kereta dengan menggunakan kartu kredit pada beberapa stasiun kereta bawah tanah pada tahun 2006 dan 2010 menghasilkan peluncuran proposal , untuk menggantikan sistem MetroCard lama yang biasanya digunakan untuk membayar ongkos perjalanan sistem transportasi yang dioperasikan MTA. Akhirnya pada tahun 2017, MTA mulai menginstal papan iklan digital di kereta-kereta dan stasiun.