Kata Nain dalam bahasa bajo penyebutannya adalah Naen. Jadi sering terjadi kerancuhan penyebutan, ada yang menyebut ‘Nain’ dan ada yang menyebutnya ‘Naen’. Tidak terdapat perbedaan makna di antaranya.

Letak Geografis dan Luas Wilayah
--------------------------------

Desa Nain termasuk dalam wilayah Kecamatan Wori Kabupaten Minahasa Propinsi Sulawesi utara. Desa Nain merupakan suatu pulau. Jadi hanya ada satu desa di pulau ini, yaitu Desa Nain. Namun, daerah perkampungan (permukiman) penduduknya tersebar di sepanjang daerah Pulau Nain. Terdapat 3 perkampungan utama, yaitu Kampung Nain (Bajo-Siau), Kampung Tampi, dan Kampumg Tarente. Di wilayah tanah Minahasa, tidak menganal sistem desa, yang ada adalah istilah kampung. Kalaupun dinamakan Desa nain, itu adalah untuk keperluan administrasi tata negara Indonesia yang mengharuskan ada istilah desa atau kelurahan di bawah kecamatan. Ketiga kampung tersebut bukanlah daerah pemekaran dari satu buah desa. Atau dalam analogi sistem yang berlaku di Pulau Jawa, ketiga kampung itu berarti 3 buah desa. Tetapi untuk memenuhi sistem desa, maka ketiga kampung itu disatukan dalam satu nama yaitu Desa Naen (sekadar formalitas semata). Tidak ada pemekaran Desa Nain pada tahun 2009.
 Pulau Nain masuk dalam wilayah Bagian Utara (*Northen Sections*) dari kawasan TN Bunaken bersama dengan 4 pulau lainnya (Bunaken, Manado Tua, Mantehage, Siladen dan pesisir Molas-Wori), di mana kawasan ini berada di antara 1º35’41’’ - 1º35’16’’ LU dan 124º50’50’’ - 124º49’22" BT.
 Pulau Nain merupakan pulau terjauh dalam kawasan TN Bunaken. Bisa ditempuh dengan perahu motor selama 1,5 jam dengan speedboad, atau selama 2,5 jam dengan perahu motor kecil 2 mesin 40 PK.

Tofografi, Geologi, dan Kondisi Iklim
-------------------------------------

 Desa Nain (Pulau Nain) merupakan bagian dari Taman Nasional Bunaken. Luas Pulau Nain, dengan luas areal 166 Ha atau sekitar 4,98 Km2. Pulau Nain memiliki kemiringan sekitar 20º - 40º dengan ketinggian 139 meter di atas permukaan laut, jika dilihat dari timur atau barat berbentuk "sadel".
 Secara umum, musim pada Pulau Nain terbagi dalam dua, yaitu musim panas (kemarau) dan musim hujan. Musim panas terjadi pada bulan Maret – Agustus, dan musim hujan pada bulan September – Februari. Sedangkan angin barat sering bertiup pada bulan Oktober – Januari.

```
Suhu maksimum rata-rata 30 °C dan suhu minimum rata-rata 20 °C, dengan curah hujan rata-rata 177 mm/tahun. Suhu udara rata-rata di pulau ini adalah 27 °C dengan fluktuasi bulanan berkisar antara 1º - 2 °C. Suhu udara bulanan minimal rata-rata adalah 19 °C, sedangkan suhu bulanan rata-rata maksimal adalah 34 °C. Adapun suhu permukaan di sekitar pulau ini berkisar antara 27º - 29 °C sepanjang tahun. Sedangkan suhu pada perairan dangkal (misalnya di atas rataan terumbu, gobah atau kolam) umumnya 30 °C atau lebih.
```

 Secara goelogis, Pulau Nain dikelilingi terumbu yang terbentuk dari batugamping asal terumbu karang (coral limestone). Adapun jenis tanah di Pulau nain dibentuk oleh sistem lahan perbukitan, yang banyak berasal dari tanah konglemerat kasar, batuan gamping dan tanah alluvium muda.
 Pada bulan September 1998, satu tim survei melakukan survei cepat kondisi terumbu karang di TN Bunaken. Dalam survei tersebut, diukur persentase tutupan karang hidup, karang mati, dan karang lunak, serta pengamatan bintang laut berduri dengan teknik manta tow.
 Secara umum, bagian barat dan utara pulau dari pulau-pulau TN Bunaken yang terkena badai dan gelombang besar pada musim angin barat (November – Februari), memiliki persentase tutupan karang hidup yang rendah. Banyak terumbu mengalami kerusakan cukup parah oleh badai ini. Bagian selatan pulau-pulau umumnya memiliki persentase tutupan karang hidup yang paling tinggi. Salah satu faktor penyebabnya adalah karena daerah selatan pulau-pulau relatif terlindungi dari serangan ombak besar pada musim angin barat. Jenis karang yang beragam, juga akan meningkatkan keragaman jenis ikan dan organisme laut lainnya. Tidak ditemukan adanya kelimpahan bintang laut berduri di TN Bunaken.
 Pulau Nain memiliki rata-rata tutupan karang hidup 29%, rata-rata tutupan karang mati 47% dan rata-rata tutupan karang lunak 15% terumbu karang di bagian barat tersebut didominasi oleh rataan pasir dan rataan karang mati. Di bagian barat Pulau Nain menjadi lahan budidaya rumput laut yang intensif.