Pemahaman klasik **tumbuhan paku** adalah mencakup semua kormofita berspora. Sejak tahun 2004, seiring dengan disertakannya data molekuler berdasarkan sekuens tertentu dari DNA plastid, pemahaman modern mengenai tumbuhan paku mengalami perubahan yang cukup besar. Kelompok Lycopodiinae ternyata memisah terlebih dahulu dari semua kormofita lain, dan tumbuhan paku lainnya, bersama-sama dengan tumbuhan berbiji, menjadi "sepupu" dari kelompok ini. Penemuan ini menyebabkan pemahaman klasik (disebut "arti luas") dipertanyakan keabsahan evolusionernya. Karena itu, diperkenalkan pengelompokan tumbuhan paku dalam "arti sempit", yang tidak mencakup Lycopodiinae.

Klasifikasi tumbuhan paku berikut ini menggabungkan Lycopodiophyta dan Pteridophyta (*sensu* Monilophyta). Cakupan ini parafiletik, tetapi inilah pemahaman yang digunakan selama ini dan cukup mudah untuk difahami, berdasarkan penampilan fisik.

Divisio: **Lycopodiophyta** (syn. Lycophyta)   

dengan dua kelas yang masih lestari: Lycopodiopsida dan Isoëtopsida.

Divisio: **Pteridophyta** (syn. Monilophyta, Filicophyta, Polypodiophyta)   

dengan empat kelas monofiletik yang masih lestari:

* Psilotopsida, mencakup Ophioglossales.
* Equisetopsida
* Marattiopsida
* Polypodiopsida (=Pteridopsida, Filicopsida)

Divisio ini mencakup semua tumbuhan yang biasa dikenal sebagai **paku sejati** atau **paku benar**.
Berikut adalah klasifikasi lengkap menurut Smith *et al.* (2006):

Kelas Psilotopsida
Bangsa Ophioglossales
Suku Ophioglossaceae (termasuk Botrychiaceae, Helminthostachyaceae)
Bangsa Psilotales
Suku Psilotaceae (termasuk Tmesipteridaceae)
Kelas Equisetopsida [=Sphenopsida]
Bangsa Equisetales
Suku Equisetaceae
Kelas Marattiopsida
Bangsa Marattiales
Suku Marattiaceae (termasuk Angiopteridaceae, Christenseniaceae, Danaeaceae, Kaulfussiaceae)
Kelas Polypodiopsida [=Filicopsida, Pteridopsida]
Bangsa Osmundales
Suku Osmundaceae
Bangsa Hymenophyllales
Suku Hymenophyllaceae (termasuk Trichomanaceae)
Bangsa Gleicheniales
Suku Gleicheniaceae (termasuk Dicranopteridaceae, Stromatopteridaceae)
Suku Dipteridaceae (termasuk Cheiropleuriaceae)
Suku Matoniaceae
Bangsa Schizaeales
Suku Lygodiaceae
Suku Anemiaceae (termasuk Mohriaceae)
Suku Schizaeaceae
Bangsa Salviniales (paku air)
Suku Marsileaceae (termasuk Pilulariaceae)
Suku Salviniaceae (termasuk Azollaceae)
Bangsa Cyatheales (paku pohon)
Suku Thyrsopteridaceae
Suku Loxomataceae
Suku Culcitaceae
Suku Plagiogyriaceae
Suku Cibotiaceae
Suku Cyatheaceae (termasuk Alsophilaceae, Hymenophyllopsidaceae)
Suku Dicksoniaceae (termasuk Lophosoriaceae)
Suku Metaxyaceae
Bangsa Polypodiales
Suku Lindsaeaceae (termasuk Cystodiaceae, Lonchitidaceae)
Suku Saccolomataceae
Suku Dennstaedtiaceae (termasuk Hypolepidaceae, Monachosoraceae, Pteridiaceae)
Suku Pteridaceae (termasuk Acrostichaceae, Actiniopteridaceae, Adiantaceae, Anopteraceae, Antrophyaceae, Ceratopteridaceae, Cheilanthaceae, Cryptogrammaceae, Hemionitidaceae, Negripteridaceae, Parkeriaceae, Platyzomataceae, Sinopteridaceae, Taenitidaceae, Vittariaceae)
Suku Aspleniaceae
Suku Thelypteridaceae
Suku Woodsiaceae (termasuk Athyriaceae, Cystopteridaceae)
Suku Blechnaceae (termasuk Stenochlaenaceae)
Suku Onocleaceae
Suku Dryopteridaceae (termasuk Aspidiaceae, Bolbitidaceae, Elaphoglossaceae, Hypodematiaceae, Peranemataceae)
Suku Lomariopsidaceae (termasuk Nephrolepidaceae
Suku Tectariaceae
Suku Oleandraceae
Suku Davalliaceae
Suku Polypodiaceae (termasuk Drynariaceae, Grammitidaceae, Gymnogrammitidaceae, Loxogrammaceae, Platyceriaceae, Pleurisoriopsidaceae)

Rujukan
-------

1. 1 2  Smith AR, Pryer KM, Schuettpelz E, Korall P, Schneider H, Wolf PG. 2006. A classification for extant ferns. Taxon 55:705-731.