Berikut ini adalah daftar ekoregion di Indonesia. WWF mendefinisikan **ekoregion** sebagai "wilayah daratan atau air besar yang mengandung perpaduan alamiah yang khas di daerah tersebut". Ada ekoregion darat, air tawar, dan laut. Ekoregion diklasifikasikan menjadi bioma atau **jenis habitat utama**.

Indonesia membagi dua zona ekologi darat Bumi. Zona ekologi adalah pembagian permukaan Bumi berdasarkan pola persebaran tumbuhan dan hewan secara historis dan evolusioner. Zona ekologi terbagi menjadi bioregion yang terbagi lagi menjadi beberapa ekoregion. Zona ekologi Indomalaya membentang melintasi bagian barat kepulauan Indonesia sampai Australasia di bagian timur. Garis Wallace menjadi garis pembagi antara Kalimantan dan Sulawesi serta Bali dan Lombok.

Di sebelah barat Garis Wallacea adalah bioregion Sundaland yang juga mencakup Malaysia dan Brunei. Saat permukaan laut turun pada Zaman Es, Lempeng Sunda yang dangkal menjadi kering sehingga menghubungkan pulau-pulau Sundaland dengan benua Asia. Sundaland memiliki banyak mamalia besar dari Asia, termasuk badak, gajah Asia, dan kera.

Di sebelah timur Garis Wallacea adalah bioregion Wallacea yang terdiri atas pulau-pulau yang tidak pernah terhubung dengan sebuah benua, tetapi terdorong ke utara oleh pergerakan benua Australia. Wallacea adalah kawasan transisi antara Asia dan Australia. Kawasan ini memiliki flora yang kebanyakan berciri khas Indomalaya dengan sedikit campuran Australasia dan fauna reptil dan burung yang kebanyakan berciri khas Australia tanpa mamalia besar.

Kepulauan Aru dan Nugini Indonesia terhubung oleh Lempeng Sahul dangkal dengan benua Australia. Kedua daerah ini pernah terhubung pada Zaman Es. Nugini memiliki flora Asia dengan elemen Australasia dan fauna yang mirip dengan fauna Australia.

Darat
-----

### Bioregion Sundaland

Artikel utama: Sundaland
#### Hutan daun lebar lembap tropis dan subtropis

* Hutan hujan dataran rendah Kalimantan (Kalimantan)
* Hutan hujan dataran tinggi Kalimantan (Kalimantan)
* Hutan rawa gambut Kalimantan (Kalimantan)
* Hutan hujan dataran tinggi Jawa-Bali Timur (Bali, Jawa)
* Hutan hujan Jawa-Bali Timur (Bali, Jawa)
* Hutan hujan Kepulauan Mentawai (Kepulauan Mentawai)
* HUtan hujan dataran tinggi Malaysia Semenanjung (Semenanjung Melayu)
* Hutan rawa gambut Malaysia Semenanjung (Semenanjung Melayu)
* Hutan hujan Malaysia Semenanjung (Anambas Islands, Semenanjung Melayu)
* Hutan rawa air tawar Kalimantan Barat Daya (Kalimantan)
* Hutan rawa air tawar Sumatra (Sumatra)
* Hutan hujan dataran rendah Sumatra (Sumatra, Nias, Pulau Bangka)
* Hutan hujan dataran tinggi Sumatra (Sumatra)
* Hutan rawa gambut Sumatra (Sumatra)
* Hutan belukar Sundaland (Indonesia)
* Hutan hujan dataran tinggi Jawa Barat (Jawa)
* Hutan hujan Jawa Barat (Jawa)

#### Hutan konifer tropis dan subtropis

* Hutan pinus tropis Sumatra (Sumatra)

#### Dataran rumput dan semak dataran tinggi

* Padang rumput gunung dataran tinggi Kinabalu (Kalimantan)

#### Hutan bakau

* Hutan bakau Lempeng Sunda (Kalimantan, Sumatra, Kepulauan Riau)

### Bioregion Wallacea

Artikel utama: Wallacea
#### Hutan daun lebar lembap tropis dan subtropis

* Hutan daun lebar lembap Kepulauan Laut Banda (Kepulauan Kai, Kepulauan Tanimbar, Kepulauan Barat Daya, Kepulauan Banda, Pulau Babar, Kepulauan Leti)
* Hutan hujan Buru (Buru)
* Hutan hujan Halmahera (Halmahera, Morotai, Kepulauan Obi, Pulau Bacan)
* Hutan hujan Seram (Seram, Pulau Ambon, Saparua)
* Hutan hujan dataran rendah Sulawesi (Sulawesi, Kepulauan Banggai, Kepulauan Sula, Kepulauan Sangihe, Kepulauan Talaud)
* Hutan hujan dataran tinggi Sulawesi (Sulawesi)

#### Hutan daun lebar kering tropis dan subtropis

* Hutan musiman Nusa Tenggara (Lombok, Sumbawa, Komodo, Flores, Alor)
* Hutan musiman Sumba (Sumba)
* Hutan musiman Timor dan Wetar (Timor, Rote, Sawu, Wetar)

### Bioregion Nugini

Artikel utama: Ekoregion Nugini
#### Hutan daun lebar lembap tropis dan subtropis

* Hutan hujan Biak-Numfoor
* Hutan hujan dataran tinggi Pegunungan Tengah
* Hutan hujan Japen
* Hutan hujan dataran rendah dan rawa air tawar Nugini Utara
* Hutan hujan dataran tinggi Nugini Utara
* Hutan rawa air tawar Nugini Selatan
* Hutan hujan dataran rendah Nugini Selatan
* Hutan hujan dataran tinggi Vogelkop
* Hutan hujan dataran rendah Vogelkop-Aru

#### Dataran rumput, sabana, dan semak tropis dan subtropis

* Sabana dan dataran rumput Trans Fly

#### Dataran rumput dan semak dataran tinggi

* Dataran rumput subgunung Pegunungan Tengah

#### Hutan bakau

* Hutan bakau Nugini

Referensi
---------

* Wikramanayake, Eric; Eric Dinerstein; Colby J. Loucks; et al. (2002). *Terrestrial Ecoregions of the Indo-Pacific: a Conservation Assessment.* Island Press; Washington, DC.