**EcoRI** (lido "eco erre un") é un encima endonuclease illado de certas cepas da bacteria *Escherichia coli*, que forma parte do sistema de restrición-modificación bacteriano, que defende ás bacterias contra a presenza de ADN alleo vírico.

O seu nome consta de **Eco**, que fai referencia á bacteria *E. coli* de onde procede, **R**, que fai referencia á cepa RY13 de onde se obtivo, e **I**, o número romano 1, xa que foi o primeiro encima de restrición obtido nesa cepa.

En bioloxía molecular o EcoRI utilízase como un encima de restrición moi útil en experimentación e biotecnoloxía. O encima crea extremos no ADN en que unha das cadeas en cada lado, no extremo 5', é algo máis longa e sobresae ou colga, que se denominan extremos pegañentos, cohesivos ou adherentes, xa que as partes que sobreaen son complementarias en bases. O encima sempre recoñece e corta na mesma secuencia de nucleótidos do ADN, que é GAATTC, a cal ten unha simetría rotacional, xa que a súa secuencia complementaria é CTTAAG.

Estrutura
---------

EcoRI contén o motivo PD..D/EXK no seu centro activo igual que moitos outros encimas de restrición.

Estrutura cristalina de EcoRI. Dímero unido ao ADN (PDB 1ckq).
O encima é un homodímero dunha subunidade de 31 kilodaltons que consta dun dominio globular de arquitectura α/β. Cada subunidade contén un bucle que sobresae do dominio globular e rodea o ADN cando se une a el.

Sitio de recoñecemento de EcoRI co patrón de corte indicado pola liña verde.
EcoRI foi cocristalizado coa secuencia que normalmente corta. Estes cristais foron utilizados para resolver a estrutura do complexo PDB 1QPS. A estrutura cristalina resolta mostrou que as subunidades do homodímero interaccionan co ADN simetricamente. No complexo, dúas hélices α de cada subunidade xúntanse para formar un paquete de catro hélices. Nas hélices que interaccionan están os residuos Glu144 e Arg145, os cales interaccionan formando un anel que se cre que permite a comunicación entre os dous centros activos do encima.

Usos
----

Os encimas de restrición como EcoRI utilízanse nunha ampla variedade de técnicas de xenética molecular como a clonación de xenes, exame do ADN e deleción de seccións do ADN *in vitro*. Os encimas de restrición como EcoRI que xeran extremos cohesivos no ADN utilízanse a miúdo para cortar o ADN e despois volvelo a ligar cunha ADN ligase, xa que a complementariedade dos extremos cohesivos fan que a ligazón sexa máis eficiente. EcoRI pode mostrar tamén unha actividade de corte non específica de sitio, chamada actividade estrela (*star activity*), o cal depende das condicións nas que se realice a reacción. As condicións nas que se pode inducir a actividade estrela ao utilizar EcoRI son as baixas concentracións de sales, alta concentración de glicerol, cantidades excesivas de encima, alto pH (basicidade) e contaminación con certos solventes orgánicos. Noutras condicións corta no seu sitio de recoñecemento normal GAATTC, orixinando os produtos da táboa.

|  |  |
| --- | --- |
| Sitio de recoñecemento | Resultado do corte |
| 
```
5'GAATTC
3'CTTAAG
```
 | 
```
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'
```
 |

Notas
-----

1. 1 2  Pingoud, A. Jeltsch, A. (2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". *Nucl. Acids Res* **29** (18): 3705–3727. PMC 55916. PMID 11557805. doi:10.1093/nar/29.18.3705.
2. ↑  Kurpiewski, M. R. Engler, L. E. Wozniak, L. A. Kobylanska, A. Koziolkiewicz, M. Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). "Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases". *Structure* **12**: 1775–1788. PMID 15458627. doi:10.1016/j.str.2004.07.016.
3. ↑  Bitinaite, J. D. A. Wah, Aggarwal, A. K. Schildkraut, I. (1998). "FokI dimerization is required for DNA cleavage". *Proc Natl Acad Sci U S A* **95** (18): 10570–5. PMC 27935. PMID 9724744. doi:10.1073/pnas.95.18.10570.
4. ↑  Kim, Y. C. Grable, J. C. Love, R. Greene, P. J. Rosenberg, J. M. (1990). "Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing". *Science* **249** (4974): 1307–1309. PMID 2399465. doi:10.1126/science.2399465.
5. ↑  "Copia arquivada". Arquivado dende o orixinal o 15 de outubro de 2012. Consultado o 09 de febreiro de 2014.

Véxase tamén
------------

### Outros artigos

* EcoRII
* EcoRV

### Ligazóns externas

* Eco-RI *Medical Subject Headings* (MeSH) na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.

|  |  |
| --- | --- |
| Control de autoridades | 
* Wd: Q417754
* MAG: 130123407

 |

|  |  |
| --- | --- |
| Identificadores | 
* InterPro: IPR004221
* MeSH: D015246
* Pfam: PF02963

 |