A **CATH Protein Structure Classification** (Clasificación da Estrutura das Proteínas CATH) é unha clasificación de dominios proteicos xerárquica e semiautomática publicada en 1997 por Christine Orengo, Janet Thornton e os seus colegas. CATH comparte moitas características xerais co seu principal rival na clasificación de proteínas, que é SCOP, porén ten tamén áreas nas cales os detalles da clasificación difiren bastante.

Xerarquía
---------

O nome **CATH** é un acrónimo dos catro principais niveis na clasificación: Clase, Arquitectura, Topoloxía, Homoloxía (das superfamilias).

Estes catro niveis principais da xerarquía descríbense como segue:| # | Nivel | Descrición |
| --- | --- | --- |
| 1 | **C**lase | o contido de estrutura secundaria global do dominio. (Equivalente á clase da clasificación SCOP) |
| 2 | **A**rquitectura | alta semellanza estrutural pero sen evidencias de homoloxía. (Equivalente ao pregamento de SCOP) |
| 3 | **T**opoloxía | agrupación a grande escala de topoloxías que comparten características estruturais particulares |
| 4 | Superfamilia **H**omóloga | indica unha relación evolutiva demostrable. (Equivalente ás superfamilias de SCOP) |

CATH define catro clases: principalmente alfa, principalmengte beta, alfa e beta, poucas estruturas secundarias.

Para comprender mellor o sistema de clasificación CATH é útil coñecer como se constrúen: gran parte deste traballo faise por métodos automáticos, pero tamén hai importantes elementos manuais que se aplican na clasificación.

O primeiro paso é separar as proteínas en dominios. É difícil facer unha definición inequívoca de dominio e esta é unha área na que CATH e SCOP se diferencian.

Os dominios son distribuídos automaticamente en clases e agrupados baseándose na semellanza das secuencias. Estes grupos forman o nivel H da clasificación. O nivel de topoloxía está formado por comparacións estruturais de grupos homólogos. Finalmente, o nivel de Arquitectura asígnase manualmente.

A clasificación do nivel Clase faise baseándose neses 4 criterios:

1. contido de estrutura secundaria;
2. contactos de estrutura secundaria;
3. puntuación (*score*) de alternancia de estrutura secundaria; e
4. porcentaxe de febras paralelas.

Poden atoparse máis detalles deste proceso e da comparación entre SCOP, CATH e FSSP en: Hadley & Jones, 1999 e en Day *et al.*, 2003.

Exemplo
-------

* só dominios alfa
* só dominios beta
* alfa e beta
	+ rolo
	+ barril TIM
	+ sandwich
		- beta-lactamase

Notas
-----

1. ↑  Orengo CA, Michie AD, Jones S, Jones DT, Swindells MB, Thornton JM (1997). "CATH--a hierarchic classification of protein domain structures". *Structure* **5** (8): 1093–1108. PMID 9309224. doi:10.1016/S0969-2126(97)00260-8.
2. ↑  Hadley C, Jones DT (1999). "A systematic comparison of protein structure classifications: SCOP, CATH and FSSP". *Structure* **7** (9): 1099–1112. PMID 10508779. doi:10.1016/S0969-2126(99)80177-4.
3. ↑  Day R, Beck DA, Armen RS, Daggett V (2003). "A consensus view of fold space: Combining SCOP, CATH, and the Dali Domain Dictionary". *Protein Sci.* **12** (10): 2150–2160. PMC 2366924. PMID 14500873. doi:10.1110/ps.0306803.

Véxase tamén
------------

### Outros artigos

* SCOP (outro sistema de clasificación de proteinas)
* FSSP (outro sistema de clasificación de proteinas)

### Ligazóns externas

* CATH Protein Structure Classification