*E. colin* Cas-proteiini (sinisellä) kiinni yksijuosteisessa DNA:ssa (oranssilla).
**CRISPR** eli **clustered regularly-interspaced short palindromic repeats** ovat DNA-jaksoja, jotka muodostavat useiden bakteerien ja arkkien alkeellisen immuunipuolustuksen arkki- ja bakteeriviruksia vastaan. Näihin jaksoihin ja Cas-proteiineihin (CRISPR associated protein) pohjautuvia geenimuuntelutekniikoita on kehitetty, esimerkiksi CRISPR/Cas9-menetelmä.

CRISPR-systeemejä on useita, mutta kukin koostuu mm. nukleaaseina (DNA:ta pilkkovina proteiineina) toimivia Cas-proteiineja koodaavasta *cas*-sekvenssistä ja "muistina" toimivasta CRISPR-sekvenssistä, jota käytetään bakteerivirusten eli bakteriofagien vieraan perimän tunnistukseen ja tallettamiseen. Cas1 ja Cas2 ovat kaikissa luonnosta löydetyissä systeemeissä läsnä.

CRISPR-termi on englanninkielinen lyhenne. Infektion tunnistavat sekvenssit ovat bakteerin (tai arkin) DNA:ssa *ryppäytyneesti tasaisin välimatkoin toisistaan* (CRI). Bakteerit ottavat tunnistussekvensseihin vain osan viruksen perimästä. Tunnistussekvenssit erottavat toisistaan *lyhyet palindromiset toistosekvenssit* (SPR), jotka eivät ole peräisin viruksen genomista.

CRISPR-Cas9 geenin muokkaustekniikka oli merkittävässä asemassa Emmanuelle Charpentierille ja Jennifer Doudnalle vuonna 2020 myönnetyssä Nobelin kemianpalkinnosta

Toiminta luonnossa
------------------

### Aiemmin kohdatun viruksen tunnistus

Yleisluontoinen kuva prokaryoottien CRISPR-systeemistä.
1. Kun bakteeriin (tai arkkiin) tuodaan viruksen DNA:ta, jolle bakteeri on jo immuuni, tuottaa bakteeri Cas-proteiinin ja CRISPR-sekvenssin alueelta aiemmin talletetun crRNA:n (CRISPR RNA). crRNA sisältää sekvenssin, joka on komplementaarinen eli emäksiltään yhteen sopiva lyhyeen sekvenssiin viruksen DNA:ssa.

2. Cas ja crRNA muodostavat kompleksin.

3. Kompleksi sitoo viruksen DNA:n crRNA:n komplementaarisen sekvenssin avulla.

4. Cas pilkkoo viruksen DNA:n toimimattomaksi ja estää siten viruksen monistumisen ja bakteerin infektoitumisen.

### Uuden viruksen tunnistus

1. Kun bakteeriin (tai arkkiin) tuodaan viruksen DNA:ta, jolle bakteeri ei ole immuuni, bakteeri tuottaa Cas1-nukleaasin.

2. Cas1 sitoo jonkin sekvenssin viruksen DNA:sta ja pilkkoo sen sopivan pituiseksi pätkäksi.

3. Pätkä liitetään CRISPR-alueeseen bakteerin DNA:han pysyvästi. Tällöin bakteeri "muistaa" infektion ja voi puolustautua sitä vastaan.

Käyttö geenimuuntelussa
-----------------------

Esimerkiksi CRISPR/Cas9-systeemi on geenimuuntelutekniikka, johon sisältyy yksinkertaisimmillaan vain Cas9-proteiini, Cas9:n ohjaukseen käytetty RNA-pätkä ja muuntelun kohteena oleva DNA. Tekniikka toimii elävissä soluissa. Muunteluun osallistuvat komponentit voidaan pistää soluun sisälle mikroskooppisen ohuella injektioneulalla.

Tekniikassa luonnossa normaalisti erillään olevista tracrRNA:sta (trans-activating crRNA) ja crRNA:sta on tuotettu kimeeri, yhtenäinen RNA-ohjausjakso. Kimeeriä kutsutaan sgRNA:ksi (single guide RNA) ja se muodostetaan, jotta muuntelussa on vähemmän osallistuvia RNA:ita (kahden sijaan yksi). sgRNA voidaan tuottaa synteettisesti.

Luonnossa tracrRNA:n tehtävänä on pitää crRNA:ta paikallaan Cas9:ssä crRNA:n kanssa komplementaarisen sekvenssinsä kanssa. crRNA:ssa puolestaan on normaalisti viruksen tunnistukseen käytetty sekvenssi, mutta sekvenssi on korvattu sgRNA:ssa muuntelun kohteena olevan DNA:n tietyn alueen kanssa komplementaariseksi.

Cas9-nukleaasi ohjautuu sgRNA:ssa olevan RNA-sekvenssin avulla tiettyyn kohtaan DNA:ssa, tämän kanssa komplementaariseen sekvenssiin. Oikeassa kohdassa ollessaan Cas9 leikkaa DNA:n tietystä kohtaa. Tätä voidaan käyttää ns. knock-out muunteluun, jossa tarkastellaan geenien poiston eli inaktivaation vaikutusta soluun tai suurempaankin eliöön. Solu pyrkii korjaamaan katkoksen ja liittämään DNA-pätkät yhteen. Vaihtoehtoisesti katkokseen voidaan useimmiten liittää eli insertoida halutunlainen geeni.

CRISPR/Cas9-menetelmässä täytyy periaatteessa vain ensin selvittää geenimuuntelun kohteena olevan DNA:n sekvenssi sekvensoimalla.

Moniin muihin geenimuuntelutekniikoihin verrattuna CRISPR/cas9 on äärimmäisen tarkka, laajalti sovellettavissa, halpa ja yksinkertainen käyttää. Tekniikka on 2010-luvusta lähtien mullistanut geenimuuntelua ja geenitutkimusta suuresti: se esimerkiksi teki geeniajureiden käytön mahdolliseksi.

Lähteet
-------

1. ↑   "A guild of 45 CRISPR-associated (Cas) protein families and multiple CRISPR/Cas subtypes exist in prokaryotic genomes"  (November 2005). *PLoS Computational Biology* **1** (6): e60. doi:10.1371/journal.pcbi.0010060. PMID 16292354. Bibcode: 2005PLSCB...1...60H.
2. 1 2   "Cas1-Cas2 complex formation mediates spacer acquisition during CRISPR-Cas adaptive immunity"  (2014). *Nature Structural & Molecular Biology* **21** (6): 528–534. doi:10.1038/nsmb.2820. PMID 24793649.
3. 1 2 3   "CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea"  (2010). *Science (New York, N.Y.)* **327** (5962): 167–170. doi:10.1126/science.1179555. PMID 20056882.
4. 1 2 3 4   "Versatility of chemically synthesized guide RNAs for CRISPR-Cas9 genome editing"  (2016). *Journal of Biotechnology* **233**: 74–83. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.011. PMID 27374403.
5. ↑  Biologists create more precise molecular scissors for genome editing *nature.com*. Viitattu 4.12.2016.
6. ↑  New technique accelerates genome editing process  21.8.2014. Vanderbilt University. Viitattu 4.12.2016.
7. ↑  Wartiovaara, Kimmo: *Ihmiskunnan DNA : Elämän koodin kirjoitus*, s. 129–131. Tallinna: Duodecim, 2022. ISBN 978-952-360-079-9.

Aiheesta muualla
----------------

CommonsCommons
Wikimedia Commonsissa on kuvia tai muita tiedostoja aiheesta **CRISPR**.
* Syöpähoitoja, malarian loppu ja mahdollisuus maailman pahimpaan biovahinkoon: Crispr tulee