**Taksonoomia** on isendite liigitus (klassifikatsioon, rühmadeks või tüüpideks jaotus) ja liigitamisega tegelev teadusharu.

Bioloogias on taksonoomia teadusharu organismide ühendamisest taksonitesse. Organismide ja teiste tervikute jaotamisega osadeks (nt elunditeks) tegeleb meronoomia. Taksonoomia ja meronoomia on seega klassifikatsiooniteaduse komplementaarsed harud.

Teaduslik taksonoomia püüab konstrueerida eluslooduse loomulikku süsteemi, mis põhineb homoloogilisel sarnasusel. Taksonoomias juba pikka aega kasutatud võrdlev-anatoomilisi, biogeograafilisi, paleontoloogilisi jm meetodeid täiendavad tänapäeval biokeemilised ja molekulaarbioloogilised meetodid. Homoloogiliselt lähedased liigid ühendatakse perekonnaks, perekonnad sugukonnaks, lähedased sugukonnad moodustavad seltsi jne. Taksonoomia põhimõtetele ja terminoloogiale pani aluse Carl von Linné, kes võttis kasutusele ka binaarse nomenklatuuri.

Taksoninimetused
----------------

**Teaduslik ladinakeelne liiginimetus** on binaarne ehk koosneb kahest sõnast: perekonna nimest ja liigiepiteedist. Nimetuse esimene sõna näitab, millisesse perekonda liik kuulub, ja epiteet ütleb, millise liigiga antud perekonnast on tegemist. Liigiepiteeti ei kasutata kunagi eraldi. Näiteks *Primula veris* on teaduslik ladinakeelne nimetus taimeliigil, mis kuulub perekonda *Primula*. Igal taksonil on üks prioriteetne teaduslik ladinakeelne nimetus; teisi sama taksoni ladinakeelseid nimetusi nimetatakse sünonüümideks.

**Rahvuskeelseks teaduslikuks taksoninimetuseks** on nimetus, mille puhul on fikseeritud selle ühene vastavus ladinakeelse teadusliku nimetusega. Näiteks harilik nurmenukk on eestikeelne teaduslik nimetus liigile, mille ladinakeelne teaduslik liiginimetus on *Primula veris*. Igal taksonil on reeglina üks teaduslik eestikeelne nimetus. 

**Rahvapäraste taksoninimetuste** puhul pole kindel vastavus teadusliku taksoninimetusega oluline. Tihti kasutataksegi üht ja sama rahvapärast nimetust mitme erineva taksoni kohta. Näiteks kanavarbad, käokaatsad, kukepüksid, neitsi-tinnad, käokannus on kõik hariliku nurmenuku rahvapärased nimetused, kusjuures neitsi-tinnad on tähistanud ka pääsusilma, käokannus aga veel mitut teist liiki. Rahva seas enamtuntud taksonitel on tihti mitu rahvapärast nimetust, vähem tuntutel võivad need aga üldse puududa.

Ladinakeelsed taksonite nimetused kirjutatakse eelistatult alati kaldkirjas. Ingliskeelses kasutuses, kus rahvuskeelsed teaduslikud taksoninimetused puuduvad või pole selgelt eristunud, kasutatakse nendena sageli, eriti alates 1980. aastaist, ladinakeelse nimega võrdset, seda siis ka inglise keele päraselt hääldades; sellest tulenevalt kirjutatakse siis kõrgemate taksonite nimed ka tavalises kirjas. Perekonna nimed ja kõrgemate taksonite nimed algavad alati suure algustähega, liigiepiteet alati väikese algustähega (vahel kirjutatakse siiski isiku nimest tuletatud liigiepiteet suure algustähega).

Taksonoomilised kategooriad
---------------------------

Termineid perekond, sugukond, selts jne nimetatakse süstemaatika kategooriateks.

Viiruste, bakterite ja eukarüootide (loomad, taimed, seened, protistid) süstemaatikas kasutatakse igaühes veidi erinevaid põhimõtteid. Samuti ei saa kõiki elavate organismide taksonoomias kasutatavaid reegleid praktilistel põhjustel järgida paleontoloogias.

Kuigi ka viirused on taksonoomiliselt klassifitseeritud, siis ei paigutata neid elu puule. Ühelt poolt on väga küsitav, kas viirusi võib üldse elusolenditena käsitleda. Teisalt ei põlvne nad nähtavasti ühisest algviirusest ja pole suguluses teiste elusolenditega.

Järgnevalt on toodud nimekiri kategooriatest, mille kasutamist zooloogias võib ette tulla (nimekiri pole ammendav).

Rahvusvaheline zooloogilise nomenklatuuri koodeksi tähis on ICZN.

| Eesti keel | Ladina keel | Inglise keel | Soome keel | Vene keel | Saksa keel |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| Riik | Regnum | Kingdom | Kunta | Царство | Reich |
| Hõimkond | Phylum | Phylum | Pääjakso | Тип | Stamm |
|  | Divisio | Division | Kaari | Отдел | Abteilung |
| Klass | Classis | Class | Luokka | Класс | Klasse |
| Selts | Ordo | Order | Lahko | Разряд | Ordnung |
| Sugukond | Familia | Family | Heimo | Семейство | Familie |
| Perekond | Genus | Genus | Suku | Род | Gattung |
| Liik | Species | Species | Laji | Вид | Art |

Näiteks inimese süstemaatiline kuuluvus on järgmine:

* Riik: loomad (*Animalia*)
* Hõimkond: keelikloomad (*Chordata*)
* Klass: imetajad (*Mammalia*)
* Selts: primaadid (*Primates*)
* Sugukond: inimlased ehk hominiidid (*Hominidae*)
* Perekond: inimene (*Homo*)
* Liik: *Homo sapiens*

Vaata ka
--------

* binaarne nomenklatuur
* eestikeelsed liiginimed
* meronoomia
* süstemaatika
* kladistika
* fülogeneetiline süstemaatika

Välislingid
-----------

* Nomenklatuurist
* Biosüstemaatika
* Uus taksonoomia Eesti terioloogias