**Klonado** baziĝas sur interŝovo de eksterdevena DNA-fragmento (insertaĵo) en vektoron (plasmido, faĝomido, bakteriofaĝo, kosmido, gista artefarita kromosomo (angle YAC), bakteria artefarita kromosomo (angle BAC)...). La klonad-vektoro estas tranĉita de restrikta enzimo kiu rekonas specifan restriktejon (ĝenerale lokita ĉe la restriktejaro ankaŭ nomita tranĉejaro). Pro unikeco de tiu loko, la vektoro estas liniigita kaj posedas ĉe ĉiu el siaj finaĵoj, parton de DNA-sinsekvo rikonata de restrikta enzimo.

Klon-metodo per unu sama enzimo: la insertaĵo ne estas orientita. Ties orientiĝo estu poste kribrita.
Le eksterdevena DNA de doninta organismo digestiĝas per sama restrikta enzimo ol tiu uzata por la vektoro-liniigo: la diversaj havigitaj fragmentoj posedas do ankaŭ ĉe siaj finaĵoj parton rikonita de restrikta enzimo. Kiam la malfermita, liniigita plasmido kaj la interesaj DNA-fragmentoj estas metitaj en saman reakci-medion, hibridiĝoj de komplementaj kunteniĝaj finaĵoj okazas (formiĝo de hidrogenaj ligoj), laŭ la reguloj pri baz-komplementeco (A/T, G/C). Unu enzimo, la ligazo, ebligas formiĝon de kovalentaj ligoj inter tiuj hibriditaj DNA-fragmentoj kaj estas aldonita por kunligi la DNA-fragmenton, fremda al plasmido. La ago kiun havas la ligazo estas krei ligojn inter la 5'-P kaj 3'-OH finaĵoj kuntuŝigitaj de la hibridiĝo inter kunteniĝaj finaĵoj de la plasmido kaj de la fragmento. La havigita plasmido, ree cirkloforma, estas nomita « rekombininto » se ĝi integris la insertaĵon.

Kiam plasmid-devena kaj insertita DNA estas digestitaj de ununura resktrikt-enzimo, la insertaĵo povas hazarde integriĝi en plasmidon laŭ du direktoj. Tiam necesas determini la insertiĝ-direkton de la fragmento studante ekzemple la sinsekvon de la rekombininta plasmido.

Dum klonado realigita post tranĉo per unusama resktrikt-enzimo, du lig-eventoj povas okazi: 

* kunligo de plasmida molekulo kun insertaĵa molekulo
* plasmido-memrecirkliĝo, sen insertaĵo. Tiu situacio ofte prezentiĝas kaj necesas ĝin forkribri.

  
Por favori la interŝoviĝon de fremda DNA-fragmento kaj sekve pliriĉigi la bakteriaron je rekombinintaj plasmidoj, la vektoro-memrecirkliĝa evento estas malhelpata de traktado per baza senfosforigazo, la fosforo-grupoj ĉeestantaj ĉe la finaĵoj 5'-P de la liniigita vektoro estas eliminataj tiel ke la ligazo ne plu povu katalizi la lig-formiĝon inter la du senfosforigitaj plasmido-finaĵoj kaj la fosforigitaj ekstremaĵoj de la insertaĵo.

Pli malfavoraj kazoj povas prezentiĝi. Kiam plasmido kaj fremda DNA-fragmento estis tranĉitaj de netfinaĵ-generanta resktrikt-enzimo, la principo samas, sed la lig-efiko pli malaltas. Tamen, avantaĝo de tiu far-maniero estas ebligi kunligon de kiaj ajn finaĵoj, eĉ se ili ne posedas komplementajn sinsekvojn. Estas interalie la kazo por enplasmida klonado de DNA-fragmentoj havigitaj per PĈR. Kaze de netfinaĵ-klonado, la eksterdevena DNA-fragmenta inserto povas okazi hazarde laŭ ambaŭ direktoj.

Modifo de finaĵo-strukturo
Se la klonad-vektoro kaj la eksterdevena DNA ne estis digestitaj de la sama restrikt-enzimo kaj ne posedas netfinaĵojn aŭ kongruajn finaĵojn, tiam nepras krei netfinaĵojn por interŝovi la eksterdevenan DNA en la vektoron. Temas, per ago de DNA-polimerazo, pri plenigo de la 5'-P malnetaj ekstremaĵoj, dank al ties 5'->3' polimeriga ago, aŭ pri netigo de la malnetaj 3'OH finaĵoj dank al 3'->5' fintranĉa (eksonukleaza) ago de la enzimo. Iukaze, insertaĵo kaj plasmido, ĉiu siaflanke, estas digestitaj de malsama enzimo. Tiam klonado estas unudirekta ĉar nur unu integriĝ-direkto por la insertaĵo eblas.