Στη επιστήμη της μικροβιολογίας ως **αποικίες μικροβίων** ονομάζονται οι δημιουργούμενες εργαστηριακά, κατά τις καλλιέργειες μικροβίων, όπου και σχηματίζουν μικρούς σωρούς επί στερεών θρεπτικών υλικών. Οι αποικίες μικροβίων εκ του τρόπου της δημιουργίας των και των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών τους που αναπτύσσουν, αποτελούν σήμερα σπουδαία μέθοδο αναγνώρισης των μικροβίων.

Αποικίες μικροβίων σε τρυβλίο Πέτρι.

Γενικά
------

Λόγω της πολύ γρήγορης μετάπτωσης των οικείων κάθε φορά θρεπτικών υλικών από της υγρής μορφής σε στερεή κατάσταση καθένα είδος καλλιεργούμενου μικροβίου καθηλώνεται σε συγκεκριμένη θέση όπου εκ του πολλαπλασιασμού του αναπτύσσεται μία και μόνο αποικία, που συνίσταται από πολλά εκατομμύρια όμοια μικρόβια, τα οποία μάλιστα μετά από δύο ή τρεις ημέρες μπορεί να είναι, κατά το σύνολό τους, ορατά και δια γυμνού οφθαλμού.

Επειδή κάθε παραπάνω αποικία δημιουργείται από ένα μόνο είδος μικροβίου είναι δυνατή δια της απαρίθμησης αυτών να ορισθεί και ο αριθμός στα υπό εξέταση υλικά των υπαρχόντων μικροοργανισμών. Με τον τρόπο αυτό καταμετρούνται και τα εντός ενός δείγματος νερού υφιστάμενα μικρόβια, ανά συγκεκριμένη μονάδα του όγκου του.  

Είναι καταφανές ότι στην εργαστηριακή πλάκα δεν θα πρέπει να συνυπάρχουν πάμπολλες αποικίες διότι τότε συμπιεζόμενες αυτές μπορεί να συνενωθούν. Οι μικροβιολόγοι για τον λόγο αυτό αραιώνουν προηγουμένως την καλλιέργεια στο υπό εξέταση υλικό.

Χαρακτηριστικά
--------------

Οι εκάστοτε δημιουργούμενες αποικίες μικροβίων παρουσιάζουν ποικίλες διαφορές μεταξύ τους, οι οποίες προέρχονται κυρίως από χημικές επεξεργασίες, όπως της απέκκρισης διαφορετικών πεπτοποιών ενζύμων, χρωστικών, κ.λπ. καθώς και διαφορές στον πολλαπλασιασμός τους, ακόμη και στη μορφή που λαμβάνουν αυτές. Πολλές από τις διαφορές αυτές όπως η χροιά, το σχήμα κ.λπ. γίνονται αντιληπτές και με γυμνό οφθαλμό. Οι διαφορές αυτές διευκολύνουν σε μεγάλο βαθμό την ασφαλή αναγνώριση του είδους του μικροβίου.  

Αναμφίβολα όμως η εξέταση αυτών δια του μικροσκοπίου με λίγη σχετικά μεγέθυνση αναδεικνύει και άλλες ακόμη ιδιότητες - διαφορές όπου η αναγνώριση είναι ακόμη ασφαλέστερη. Προς επιβεβαίωση επίσης της αναγνώρισης του είδους των μικροβίων μιας αποικίας εκτός από την παραπάνω μικροσκοπική εξέταση επιχειρείται και εμβολιασμός δι΄ αυτών διαφόρων θρεπτικών υλικών και εκτέλεση μικροβιολογικών πειραμάτων. Η συγκεκριμένη αυτή διεργασία ονομάζεται "αλίευση των αποικιών".

Διάκριση
--------

Οι αποικίες μικροβίων μπορεί να δημιουργηθούν, είτε εργαστηριακά, είτε και να προκληθούν από μια φυσική ανάπτυξη. Γενικά πάντως και ανεξάρτητα του αιτίου της δημιουργίας των διακρίνονται σε δύο βασικές κατηγορίες στις "αποικίες R" και στις "αποικίες S".

Οι **αποικίες R** (εκ του rough = τραχύς) συνηθέστερα είναι συγκεντρώσεις – αποικίες παθογόνων μικροβίων που παρουσιάζουν κοκκιώδη υφή και χαρακτηρίζονται από ασθενή τοξικότητα και μεταβολισμό.  

Οι **αποικίες S** (εκ του smooth = λείος) αποτελούν αποικίες ομοίως παθογόνων μικροβίων που παρουσιάζουν λεία όψη και με τελείως αντίθετα χαρακτηριστικά των προηγουμένων δηλαδή ισχυρή τοξικότητα και μεταβολισμό.

* Σημειώνεται ότι από τις ισχυρές αποικίες S με εργαστηριακή γονιδιακή μετάλλαξη δημιουργούνται οι αποικίες R.