Η **BioGRID** (**Biological General Repository for Interaction Datasets**) είναι μια δημόσια βάση δεδομένων με ελεύθερη πρόσβαση, η οποία παρέχει πληροφορίες για γενετικές και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις για βασικούς οργανισμούς-μοντέλα και για τον άνθρωπο. Δημιουργήθηκε το 2003 από τους Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz και Chris Stark στο Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, με το όνομα GRID και στην πορεία εξελίχθηκε και μετονομάσθηκε σε **BioGRID**. Οι επισκέπτες της ιστοδελίδας μπορούν να αναζητήσουν ένα σύνολο πληροφοριών για την πρωτεΐνη ή τη δημοσίευση που τους ενδιαφέρει επιλέγοντας τον οργανισμό που επιθυμούν. Συνεργάζεται με βάσεις δεδομένων οργανισμών-μοντελων όπως οι Entrez-Gene, SGD, TAIR, FlyBase κ.α. Αποτελεί μέλος της Κοινοπραξίας Διεθνών Μοριακών Συναλλαγών (ΙΜΕx) και χρηματοδοτείται από τα BBSRC Αρχειοθετήθηκε 2017-04-23 στο Wayback Machine. NIH και CIHR.

Ιστορικά Στοιχεία
-----------------

Το 2003 τέθηκε επίσημα σε εφαρμογή η βάση δεδομένων ως GRID (General Repository for Interaction Datasets). Αργότερα μετονομάστηκε σε BioGRID παρέχοντας ελεύθερη πρόσβαση σε υψηλής απόδοσης (high throughput, HTP) σύνολα δεδομένων. Ακολούθως δόθηκε η δυνατότητα αρχικά της αύξηση των δεδομένων που προαναφέρθηκαν και έπειτα της σύγκρισής τους με δεδομένα για αλληλεπιδράσεις τα οποία προέρχονται από χαμηλής απόδοσης (LTP) μελέτες οι οποίες εστιάζουν κυρίως στη βιβλιογραφία. Με την ίδρυσή της χαρακτηρίστηκε ως μια εξειδικευμένη βάση δεδομένων, οι πληροφορίες της οποίας περιορίζονταν αποκλειστικά στη ζύμη. Στην πορεία όμως αναπτύχθηκε και πλέον καλύπτει αλληλεπιδράσεις που αφορούν 66 είδη οργανισμών ανάμεσα στα οποία συγκαταλέγονται κύριοι οργανισμοί-μοντέλα αλλά και το ανθρώπινο είδος. Αρχικά διαχωρίστηκε σε μικρότερες βάσεις δεδομένων, κάθε μία από τις οποίες αφορούσε έναν οργανισμό. Πλέον, η πιο πρόσφατη έκδοση, παρέχει ένα ενιαίο σύνολο πληροφοριών που επιτρέπει την αναζήτηση σε διάφορους οργανισμούς ταυτόχρονα. Παράλληλα με τον αριθμό των οργανισμών, ο αριθμός των σχολιασμένων αλληλεπιδράσεων της BioGRID αυξήθηκε από 30.000 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις σε πάνω από 1.000.000 πρωτεϊνικών, γενετικών και χημικών αλληλεπιδράσεων στην τρέχουσα έκδοση. Η BioGRID αναπτύχθηκε αρχικά στο Ινστιτούτο Ερευνών Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute του Mount Sinai Hospital, επεκτάθηκε όμως και πλέον περιλαμβάνει ομάδες  στο Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie του πανεπιστημίου του Μόντρεαλ, στο Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics του πανεπιστημίου του Πρίνστον και στο Wellcome Trust Center for Cell Biology του πανεπιστημίου του Εδιμβούργου. Αρχικά, τα δεδομένα της BioGRID εστίαζαν στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και γενετικές, όμως μετά από διαδοχικά στάδια επέκτασης και εξέλιξης υπάρχουν δεδομένα μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων (PTM), όπως θέσεις φωσφορυλίωσης και ουβικουιτινίωσης, που προέρχονται τόσο από HTP όσο και από LTP μελέτες. Πρόσφατα η BioGRID επεκτάθηκε ακόμα περισσότερο συμπεριλαμβάνοντας νέα δεδομένα για γενετικές ή/και πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις που αφορούν φάρμακα, μεταβολίτες και άλλα μικρά βιοδραστικά μόρια. Τέλος συνεχίζει να επεκτείνεται και να εξελίσσεται σε μηνιαία βάση, αναπτύσσοντας νέα εργαλεία για τη διεξαγωγή στοχοθετημένων επιστημονικών αναλύσεων.

Ανάπτυξη της Βάσης Δεδομένων και Στατιστικά Στοιχεία
----------------------------------------------------

Από τον Σεπτέμβριο του 2016 (έκδοση 3.4.140), η BioGRID περιέχει 1.072.173 πρωτεΐνες και γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτές οι αλληλεπιδράσεις αντιστοιχούν σε 621.534 πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις και 450.534 γενετικές αλληλεπιδράσεις. Αυτά τα δεδομένα εξήχθησαν απευθείας από 47.223 δημοσιεύσεις που αξιολογήθηκαν με το "χέρι", και επισημάνθηκαν με το "χέρι", οι οποίες εντοπίστηκαν από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία με αναζητήσεις λέξεων-κλειδιών και προσεγγίσεις εξόρυξης κειμένου. Η τρέχουσα πλατφόρμα σχολιασμού παρέχει αναφορές για > 100 εκατομμύρια μοναδικά ψευδώνυμα, αναγνωριστικά, συστηματικά ονόματα και αναφορές MOD για > 200 οργανισμούς, σε σύγκριση με το προηγούμενο σύστημα σχολιασμού που υποστηρίζει ~ 48 εκατομμύρια αναγνωριστικά για ~ 100 υποστηριζόμενους οργανισμούς. Τα δεδομένα της BioGRID διανέμονται ελεύθερα μέσω βάσεων δεδομένων και μετα-βάσεων δεδομένων οργανισμού εταίρων και είναι άμεσα διαθέσιμα σε διάφορες μορφές. Εκτός από τη γενική εκτίμηση της δημοσιευμένης βιβλιογραφίας για τα κύρια είδη μοντέλων, η BioGRID αναλαμβάνει θεματικά σχέδια περιορισμού σε περιοχές ιδιαίτερης σημασίας για τις βιοϊατρικές επιστήμες, όπως το σύστημα ουμπικουϊτίνης-πρωτεοσώματος, το οποίο έχει τεκμηριώσει 130.184 θέσεις τροποποίησης ουμπικουϊτίνης σε πρωτεΐνες που κωδικοποιούνται από 8.681 ανθρώπινα γονίδια και 20.019 θέσεις σε 2.549 πρωτεΐνες ζύμης, οι οποίες θα απελευθερωθούν ως ενοποιημένο σύνολο δεδομένων μέχρι τα τέλη του 2016. Η διερεύνηση της BioGRID συντονίζεται μέσω ενός Συστήματος Διαχείρισης Αλληλεπίδρασης (IMS) το οποίο διευκολύνει τα αρχεία αλληλεπίδρασης συλλογής μέσω δομημένων κωδικών στοιχείων, οντολογιών φαινοτύπων και σχολιασμού γονιδίων. Η αρχιτεκτονική της BioGRID έχει βελτιωθεί για να υποστηρίξει ένα ευρύτερο φάσμα τύπων αλληλεπίδρασης και μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων, ώστε να καταστεί δυνατή η αντιπροσώπευση πιο σύνθετων αλληλεπιδράσεων πολλαπλών γονιδίων/πρωτεϊνών, να ληφθούν υπόψη οι κυτταρικοί φαινότυποι μέσω δομημένων οντολογιών, να επιταχυνθεί η επεξεργασία μέσω ημιαυτόματων προσεγγίσεων εξόρυξης κειμένου και να βελτιωθεί ο ποιοτικός έλεγχος της επιμέλειας. Η BioGRID περιέχει δεδομένα για 38.559 πρωτεϊνικές PTMs όπως επιμετράται από 4.317 δημοσιεύσεις. Μέσω περιεκτικών προσπαθειών επιμέλειας, η BioGRID περιλαμβάνει τώρα μια σχεδόν ολοκληρωμένη σειρά αλληλεπιδράσεων που έχουν αναφερθεί μέχρι σήμερα στην πρωτογενή βιβλιογραφία για την εκκολαπτόμενη ζύμη (*Saccharomyces* *cerevisiae*), το thale cress (*Arabidopsis* *thaliana*) και τη μαγιά σχάσης (*Schizosaccharomyces* *pombe*).

Μια νέα πτυχή της BioGRID είναι η κάλυψη χημικών αλληλεπιδράσεων, τυπικά για στόχους φαρμάκου-πρωτεΐνης και/ή αλληλεπιδράσεις γονιδίου-φαρμάκου. Η απελευθέρωση της BioGRID 3.3.123 (Απρίλιος 2015) περιελάμβανε 27.034 αρχεία αλληλεπίδρασης χημικού-στόχου που προέρχονται από το DrugBase, μια βάση δεδομένων με χειρωνακτικά επιμελημένες σχέσεις φαρμάκου-στόχου. Προς το παρόν, η BioGRID περιέχει 2.519 μοναδικά γονίδια/πρωτεΐνες από 21 οργανισμούς που συνδέονται με 4.999 συνολικά μοναδικά χημικά όπως ορίζονται από 8.989 δημοσιεύσεις.

Το 2016, το Google Analytics ανέφερε ότι η BioGRID έλαβε κατά μέσο όρο 124.232 προβολές σελίδων και 14.444 μοναδικούς επισκέπτες ανά μήνα, έναντι 88.080 προβολών σελίδων και 12.399 μοναδικών επισκεπτών το μήνα, κατά το 2014. Τα αρχεία δεδομένων BioGRID λήφθηκαν κατά μέσο όρο 10.135 φορές το μήνα κατά το 2016, έναντι 9.256 λήψεων μηνιαίως το 2014. Στα στατιστικά αυτά στοιχεία δεν περιλαμβάνεται η ευρεία διάδοση των σελίδων της BioGRID από διάφορες βάσεις δεδομένων εταίρων, όπως οι βάσεις δεδομένων Saccharomyces Genome, PomBase, Candida Genome, Worm-Base, FlyBase, TAIR, ZFIN και MGD και οι μετα-βάσεις δεδομένων NCBI, UniProt, Pathway Commons, BeagleDB κ.α. Το 2016, η βάση χρηστών BioGRID εντοπίστηκε κυρίως στις ΗΠΑ (29%), ακολουθούμενη από την Κίνα (10%), το Ηνωμένο Βασίλειο (7%), τη Γερμανία (6%), τον Καναδά (5%), την Ιαπωνία (4%), την Ινδία (4%), τη Γαλλία (4%) και όλες τις άλλες χώρες (31%).

Αλληλεπιδράσεις και Μοντέλα Ανάλυσης της BioGrid
------------------------------------------------

Η πρόσβαση σε ενοποιημένα σύνολα δεδομένων πρωτεϊνών και γενετικών αλληλεπιδράσεων είναι κρίσιμη για την αποσαφήνιση της λειτουργίας γονιδίων και πρωτεϊνών, καθώς και για την ανάλυση των ιδιοτήτων τους σε παγκόσμιο δίκτυο. Η **BioGRID**, όπως έχει ήδη αναφερθεί, είναι μια ελεύθερα προσβάσιμη βάση δεδομένων φυσικών και γενετικών αλληλεπιδράσεων που περιλαμβάνει περισσότερες από 116.000 αλληλεπιδράσεις από οργανισμούς όπως *Saccharomyces cerevisiae*, *Caenorhabditis elegans*, *Drosophila melanogaster* και *Homo sapiens*. Πρόσφατα, προστέθηκαν πάνω από 30.000 αλληλεπιδράσεις που προέκυψαν από επισταμένη μελέτη και έρευνα πάνω στον σακχαρομύκητα. 

Όσον αφορά τις πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, περιγράφουν τους μοριακούς μηχανισμούς μεταξύ τους, εντός των κυττάρων, και αντικατοπτρίζουν την δυναμική πρακτικά όλων των κυτταρικών αποκρίσεων. Από την άλλη, οι γενετικές αλληλεπιδράσεις αποκαλύπτουν τις λειτουργικές σχέσεις που αφορούν σε ρυθμιστικά κυτταρικά μονοπάτια και μηχανισμούς. Τελικά, το σύνολο των αλληλεπιδράσεων αυτών παρέχει μια εικόνα σχετικά με τις λειτουργίες και τη ρύθμιση των κυττάρων, καθιστώντας την βάση δεδομένων BioGrid εξαιρετικά χρήσιμο εργαλείο στην έρευνα. 

Πλέον, οι πλατφόρμες που περιλαμβάνουν αποτελέσματα πρωτεομικής και γονιδιωματικής ανάλυσης οδηγούν σε έναν μεγάλο όγκο δεδομένων που μπορεί κανείς να επεξεργαστεί. Ωστόσο, σε πολλές περιπτώσεις τα αποτελέσματα αυτά διαφέρουν μεταξύ τους και δεν υπάρχει η κατάλληλη σύγκλιση μεταξύ τους, καθιστώντας απαραίτητη την ύπαρξη ενός ενιαίου format και μιας κοινής βάσης δεδομένων, όπου η επεξεργασία τους θα γίνεται βάση ενός συστήματος High Throughput Analysis (ΗΤΡ), όπως η **BioGrid**, που μελετά φυσικές, αλλά και γενετικές αλληλεπιδράσεις .

Πιο συγκεκριμένα, η ΗΤΡ προσέγγιση χρησιμοποιείται με σκοπό την αποσαφήνιση και ανακάλυψη νέων πρωτεϊνών και γονιδιωματικών δικτύων, στηριζόμενη σε φυσικά, βιοχημικά και γενετικά δεδομένα, που λαμβάνονται από το σύστημα ως αρχικές υποθέσεις για την ανάλυση των προαναφερθέντων. Αυτές οι παραδοχές οδηγούν στην ανάλυση των δεδομένων με βάσει μεθόδους, όπως i) η  *Y-2-Hybrid* μέθοδος, η οποία διερευνά αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνικών ζευγών, ii) η *Mass Spectrometric* μέθοδος, η οποία αναλύει σύμπλοκα πρωτεϊνών υψηλής καθαρότητας και iii) οι *Genetic Array* και *Molecular Barcode* μέθοδοι ανάλυσης, οι οποίες εστιάζουν στην συστημική αναγνώριση θνησιγόνων συνθετικών γενετικών αλληλεπιδράσεων. H **BioGrid** περιλαμβάνει τις ανωτέρω μεθόδους ανάλυσης σε μεγάλη κλίμακα, με 12.994 αλληλεπιδράσεις μεταξύ 4.478 πρωτεϊνών, καθώς και 6.119 αλληλεπιδράσεις μεταξύ 1.440 γονιδίων. Τελικά, τα είδη των αλληλεπιδράσεων που περιλαμβάνονται στην **BioGrid**, επιτρέπουν την πρόβλεψη της λειτουργίας πρωτεϊνών και γενετικών στοιχείων, μέσω συγκριτικής ανάλυσης, αλλά και της ισχύος μιας αλληλεπίδρασης που διερευνάται κάθε φορά.

Οργανισμοί που υποστηρίζονται
-----------------------------

Η **BioGRID** είναι μια βάση δεδομένων που εμπεριέχει στοιχεία από ολοένα και αυξανόμενο πλήθος οργανισμών. Στην παρακάτω λίστα παρουσιάζονται αναλυτικά οι οργανισμοί αυτοί: 

|  |  |  |
| --- | --- | --- |
| * *Acyrthosiphon pisum* (αφίδα του μπιζελιού)
* *Αedes aegypti* (*Αηδής της Αιγύπτου*· είδος κουνουπιού)
* *Ailuropoda melanoleuca* (γιγαντιαίο πάντα)
* *Anas platyrhynchos* (αγριόπαπια)
* *Anolis carolinesis* (Πράσινη ανολίδα της Καρολίνας)
* *Anopheles gambiae* (είδος κουνουπιού)
* *Apis mellifera* (μέλισσα)
* *Arabidopsis lyrata* (είδος αραβίδοψης)
* *Arabidopsis thaliana* (στέλεχος Columbia) (*Αραβίδοψις η Θαλιανή*)
* *Astyanax mexicanus*
* *Bacillus subtilis* (στέλεχος 168) (*Βάκιλλος ο λεπτοφυής*)
* *Brassica campestris* (είδος κράμβης)
* *Bos taurus* (*Βους ο ταύρος*)
* *Brachypodium distachyon*
* *Branchiostoma floridae* (αμφίοξος)
* *Bubalus bubalis* (νεροβούβαλος)
* *Caenorhabditis briggsae*
* *Caenorhabditis elegans* (*Καινοραβδίτης ο κομψός*)
* *Caenorhabditis remanei*
* *Callithrix jacchus* (ίακχος)
* *Camelina sativa* (ψευδολινάρι)
* *Campylobacter  jejuni* (*Καμπυλοβακτήριο της νήστιδας*)
* *Candida albicans* (Ωίδιο το λευκάζον)
* *Canis familiaris* (σκύλος)
* *Cavia porcellus* (Ινδικό χοιρίδιο)
* *Ceratotherium simum* (Λευκός ρινόκερος)
* *Chinchilla lanigera* (Εριόμυς ο μαλλωτός)
* *Chlamydomonas reinhardtii* (*Χλαμυδομονάς του Ράινχαρτ*)
* *Chlorocebus sabaeus*
* *Chrysochloris asiatica*
* *Ciona intestinalis*
* *Cricetulus griseus* (Κινεζικό χάμστερ)
* *Cucumis sativus* (αγγουριά)
* *Culex quinquefasciatus*
* *Danio rerio* (Ψάρι ζέβρα)
* *Dasypus novemcinctus* (αρμαντίλλο με εννιά ζώνες)
* *Dictyostelium discoideum* (είδος μυξομύκητα)
* *Drosophila melanogaster* (φρουτόμυγα, ξιδόμυγα)
* *Drosophila persimilis*
* *Drosophila yakuba*
* *Echinops telfairi*
* *Elephantulus edwardii*
* *Emericella nidulans*
* *Equus caballus* (άλογο)
* Equus przewalskii (άλογο Πρζεβάλσκι)
* *Erinaceus europaeus* (σκαντζόχοιρος)
* *Escherichia coli* (Εσερίχια κόλι)
* *Eucalyptus grandis* (ευκάλυπτος)
* *Felis catus* (γάτα)
 | * *Ficedula albicollis* (κρικομυγοχάφτης)
* *Fukomys damarensis*
* *Galeopterus variegatus* (Ιπτάμενος λεμούριος της Σούντα)
* *Gallus gallus* (κόκκινη όρνιθα)
* *Glycine max* (σόγια)
* *Gorilla gorilla* (Δυτικός γορίλας)
* Hepatitis C Virus (Ιός της ηπατίτιδας C)
* *Heterocephalus glaber* (γυμνός τυφλοπόντικας)
* *Homo sapiens* (άνθρωπος)
* Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1)
* Human Immunodeficiency Virus 2 (HIV-2)
* Human Papillomavirus (HPV) (Ιός των ανθρωπίνων θηλωμάτων)
* *Ictidomys tridecemlineatus* (Σκίουρος εδάφους με δεκατρείς ρίγες)
* *Ixodes scapularis* (τσιμπούρι ελαφιών)
* *Latimeria chalumnae* (Αφρικανικός κοιλάκανθος)
* *Leishmania major* (Λεϊσμάνια)
* *Lepisosteus oculatus*
* *Loa loa*
* *Loxodonta africana* (Αφρικανικός ελέφαντας)
* *Macaca fascicularis* (Μακάκος ο ταινιώδης)
* *Macaca mulatta* (Μακάκος ο μουλάττος)
* *Malus domestica* (Μηλέα η χαμηλή)
* *Marseillevirus marseillevirus*
* *Medicago truncatula* (είδος μηδικής· βαρελωτό τριφύλλι)
* *Meleagris gallopavo* (οικόσιτη γαλοπούλα)
* *Monodelphis domestica* (είδος οπόσουμ)
* Murid herpesvirus 1 (Μυΐδειος ερπητοϊός 1)
* *Mus musculus* (οικιακός ποντικός)
* *Musa acuminate* (είδος μπανανιάς)
* *Mustela putorius* furo (νυφίτσα)
* *Mycobacterium tuberculosis* (Μυκοβακτήριο της φυματίωσης)
* *Mycobacterium ulcerans*
* *Mycoplasma pneumonia* (Μυκόπλασμα)
* *Myotis lucifugus* (είδος νυχτερίδας)
* *Myxococcus xanthus*
* *Nematostella vectensis* (είδος θαλάσσιας ανεμώνης)
* *Neurospora crassa* (νευρόσπορα)
* *Nicotiana sylvestris*
* *Nicotiana tabacum* (καπνός)
* *Nicotiana tomentosiformis*
* *Nomascus leucogenys* (*Νομάσκος ο λευκόγενυς*)
* *Ochotona princeps* (πίκα)
* *Octodon degus* (ντέγκου)
* *Oreochromis niloticus* (Τιλάπια του Νείλου)
* *Ornithorhynchus anatinus* (πλατύποδας)
* *Oryctolagus cuniculus* (Ευρωπαϊκός λαγός)
* *Oryza sativa* Japonica (Ρύζι Ιαπωνίας)
* *Oryzias latipes* (ρυζόψαρο)
* *Otolemur garnettii*
* *Ovis aries* (πρόβατο)
 | * *Pan paniscus* (Μπονόμπο)
* *Pan troglodytes* (Χιμπαντζής ο κοινός)
* *Pantholops hodgsonii*
* *Papio anubis* (ελαιόχρωμος μπαμπουίνος)
* *Pediculus humanus* (ψείρα)
* *Pelodiscus sinensis* (Κινεζική μαλακοχέλυα νεροχελώνα)
* *Phaseolus vulgaris* (φασολιά)
* *Physcomitrella patens* (είδος βρύου)
* *Phytophthora infestans* (περονόσπορος της πατάτας)
* *Plasmodium falciparum* (Πλασμώδιο το μηνοειδές)
* *Pneumocystis carinii* (είδος παθογόνου μύκητα)
* *Poecilia formosa* (Ποετσίλια)
* *Pongo abelii* (ουρακοτάγκος της Σουμάτρα)
* *Populus trichocarpa* (είδος λεύκας)
* *Prunus persica* (ροδακινιά)
* *Rattus norvegicus* (κοινός καστανός αρουραίος)
* *Rhinopithecus roxellana* (χρυσός πίθηκος)
* *Ricinus communis* (*Ρίκινος o κοινός*· κοιν. ρετσινολαδιά)
* *Saccharomyces cerevisiae* (ζύμη)
* *Saimiri boliviensis*
* *Sarcophilus harrisii* (διάβολος της Τασμανίας)
* *Schistosoma mansoni* (Μανσόνειο σχιστόσωμα)
* *Schizosaccharomyces pombe* (σχιζοσακχαρομύκητας)
* *Selaginella moellendorffii*
* *Setaria italic* (Σεταρία η ιταλική)
* Simian Immunodeficiency Virus (Ιός ανοσοανεπάρκειας του πιθήκου)
* Simian Virus 40 (Πιθήκειος Ιός 40)
* *Solanum lycopersicum* (τομάτα)
* *Solanum tuberosum* (πατάτα)
* *Sorex araneus* (κοινή μυγαλή)
* *Sorghum bicolor* (γλυκό σόργο)
* *Streptococcus pneumoniae* (πνευμονιόκοκκος)
* *Strongylocentrotus purpuratus* (Μωβ αχινός της Καλιφόρνια)
* *Sus scrofa* (αγριόχοιρος)
* *Synechococcus elongatus* (είδος κυανοβακτηρίου)
* *Taeniopygia guttata* (Πιτσιλωτός σπίνος)
* *Takifugu rubripes*
* *Tarsius syrichta* (Φιλιππινεζικός τάρσιος)
* *Theobroma cacao* (κακαόδεντρο)
* Tobacco Mosaic Virus (Ιός του μωσαϊκού του καπνού)
* *Trichoplax adhaerens*
* *Tupaia chinensis*
* *Tursiops truncates*
* *Ursus maritimus* (πολική αρκούδα)
* Ustilago maydis (Άνθρακας αραβοσίτου)
* Vaccinia Virus (Ιός της δαμαλίτιδας)
* *Vicugna pacos* (αλπακά)
* *Vitis vinifera* (αμπέλι)
* *Xenopus laevis* (Αφρικανικός ονυχοφόρος βάτραχος)
* *Xiphophorus maculatus* (Πλάτυ)
* *Zea mays* (καλαμπόκι)
 |

Χρηματοδότηση
-------------

Η **BioGRID** χρηματοδοτείται μέσω χορηγιών από τα παρακάτω ινστιτούτα και ιδρύματα: National Institutes of Health, Canadian Institutes of Health Research, Genome Québec και Genome Canada

Βιβλιογραφία
------------

1. 1 2  Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «The GRID: The General Repository for Interaction Datasets». *Genome Biology* **4** (3): R23. ISSN 1465-6906. PMID 12620108. PMC PMC153463. .
2. ↑  Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Tyers, Mike (2006-01-01). «BioGRID: a general repository for interaction datasets». *Nucleic Acids Research* **34** (Database issue): D535–D539. doi:10.1093/nar/gkj109. ISSN 0305-1048. PMID 16381927. PMC PMC1347471. .
3. ↑  Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Heinicke, Sven; Chen, Daici; Stark, Chris; Breitkreutz, Ashton *και άλλοι*. (2015-01-28). «The BioGRID interaction database: 2015 update». *Nucleic Acids Research* **43** (Database issue): D470–D478. doi:10.1093/nar/gku1204. ISSN 0305-1048. PMID 25428363. PMC PMC4383984. .
4. ↑  Chatr-aryamontri, Andrew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Heinicke, Sven; Boucher, Lorrie; Winter, Andrew; Stark, Chris; Nixon, Julie; Ramage, Lindsay *και άλλοι*. (2017-04-23). «The BioGRID interaction database: 2013 update». *Nucleic Acids Research* **41** (Database issue): D816–D823. doi:10.1093/nar/gks1158. ISSN 0305-1048. PMID 23203989. PMC PMC3531226. .
5. ↑  Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Chatr-aryamontri, Andrew; Boucher, Lorrie; Oughtred, Rose; Livstone, Michael S.; Nixon, Julie; Van Auken, Kimberly *και άλλοι*. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2011 update». *Nucleic Acids Research* **39** (Database issue): D698–D704. doi:10.1093/nar/gkq1116. ISSN 0305-1048. PMID 21071413. PMC PMC3013707. .
6. ↑  Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Reguly, Teresa; Boucher, Lorrie; Breitkreutz, Ashton; Livstone, Michael; Oughtred, Rose; Lackner, Daniel H. *και άλλοι*. (2017-04-23). «The BioGRID Interaction Database: 2008 update». *Nucleic Acids Research* **36** (Database issue): D637–D640. doi:10.1093/nar/gkm1001. ISSN 0305-1048. PMID 18000002. PMC PMC2238873. .
7. 1 2 3  Chatr-aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara *και άλλοι*. (2017-01-04). «The BioGRID interaction database: 2017 update». *Nucleic Acids Research* **45** (Database issue): D369–D379. doi:10.1093/nar/gkw1102. ISSN 0305-1048. PMID 27980099. PMC PMC5210573. .
8. 1 2  Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Breitkreutz, Ashton; Lourenco, Pedro; Dahabieh, Matthew; Breitkreutz, Bobby-Joe; Tyers, Mike; Sadowski, Ivan (2010-01-01). «PhosphoGRID: a database of experimentally verified in vivo protein phosphorylation sites from the budding yeast Saccharomyces cerevisiae». *Database: The Journal of Biological Databases and Curation* **2010**. doi:10.1093/database/bap026. ISSN 1758-0463. PMID 20428315. PMC PMC2860897. .
9. 1 2  Sadowski, Ivan; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Su, Ting-Cheng; Dahabieh, Matthew; Raithatha, Sheetal; Bernhard, Wendy; Oughtred, Rose *και άλλοι*. (2013-05-11). «The PhosphoGRID Saccharomyces cerevisiae protein phosphorylation site database: version 2.0 update». *Database: The Journal of Biological Databases and Curation* **2013**. doi:10.1093/database/bat026. ISSN 1758-0463. PMID 23674503. PMC PMC3653121. .
10. ↑  Winter, Andrew G.; Wildenhain, Jan; Tyers, Mike (2011-04-01). «BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 and BioGRID WebGraph: new tools for access to interaction data at BioGRID». *Bioinformatics* **27** (7): 1043–1044. doi:10.1093/bioinformatics/btr062. ISSN 1367-4803. PMID 21300700. PMC PMC3065694. .
11. ↑  Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Tyers, Mike (2003-01-01). «Osprey: a network visualization system». *Genome Biology* **4** (3): R22. ISSN 1465-6906. PMID 12620107. PMC PMC153462. .
12. ↑  Breitkreutz, Ashton; Choi, Hyungwon; Sharom, Jeffrey R.; Boucher, Lorrie; Neduva, Victor; Larsen, Brett; Lin, Zhen-Yuan; Breitkreutz, Bobby-Joe *και άλλοι*. (2010-05-21). «A Global Protein Kinase and Phosphatase Interaction Network in Yeast». *Science (New York, N.Y.)* **328** (5981): 1043–1046. doi:10.1126/science.1176495. ISSN 0036-8075. PMID 20489023. PMC PMC3983991. .
13. ↑  Kerrien, Samuel; Orchard, Sandra; Montecchi-Palazzi, Luisa; Aranda, Bruno; Quinn, Antony F; Vinod, Nisha; Bader, Gary D; Xenarios, Ioannis *και άλλοι*. (2007-10-09). «Broadening the horizon – level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions». *BMC Biology* **5**: 44. doi:10.1186/1741-7007-5-44. ISSN 1741-7007. PMID 17925023. PMC PMC2189715. .
14. ↑  Law, Vivian; Knox, Craig; Djoumbou, Yannick; Jewison, Tim; Guo, An Chi; Liu, Yifeng; Maciejewski, Adam; Arndt, David *και άλλοι*. (2014-01-01). «DrugBank 4.0: shedding new light on drug metabolism». *Nucleic Acids Research* **42** (Database issue): D1091–1097. doi:10.1093/nar/gkt1068. ISSN 1362-4962. PMID 24203711. PMC PMC3965102. .
15. ↑  Sheppard, Travis K.; Hitz, Benjamin C.; Engel, Stacia R.; Song, Giltae; Balakrishnan, Rama; Binkley, Gail; Costanzo, Maria C.; Dalusag, Kyla S. *και άλλοι*. (2016-01-04). «The Saccharomyces Genome Database Variant Viewer». *Nucleic Acids Research* **44** (D1): D698–702. doi:10.1093/nar/gkv1250. ISSN 1362-4962. PMID 26578556. PMC PMC4702884. .
16. ↑  McDowall, M. D.; Harris, M. A.; Lock, A.; Rutherford, K.; Staines, D. M.; Bahler, J.; Kersey, P. J.; Oliver, S. G. *και άλλοι*. (2015-01-28). «PomBase 2015: updates to the fission yeast database» (στα αγγλικά). *Nucleic Acids Research* **43** (D1): D656–D661. doi:10.1093/nar/gku1040. ISSN 0305-1048. PMID 25361970. PMC PMC4383888. .
17. ↑  Skrzypek, Marek S.; Binkley, Jonathan; Binkley, Gail; Miyasato, Stuart R.; Simison, Matt; Sherlock, Gavin (2017-01-04). «The Candida Genome Database (CGD): incorporation of Assembly 22, systematic identifiers and visualization of high throughput sequencing data». *Nucleic Acids Research* **45** (Database issue): D592–D596. doi:10.1093/nar/gkw924. ISSN 0305-1048. PMID 27738138. PMC PMC5210628. .
18. ↑  Howe, Kevin L.; Bolt, Bruce J.; Cain, Scott; Chan, Juancarlos; Chen, Wen J.; Davis, Paul; Done, James; Down, Thomas *και άλλοι*. (2016-01-04). «WormBase 2016: expanding to enable helminth genomic research». *Nucleic Acids Research* **44** (D1): D774–780. doi:10.1093/nar/gkv1217. ISSN 1362-4962. PMID 26578572. PMC PMC4702863. .
19. ↑  Tweedie, Susan; Ashburner, Michael; Falls, Kathleen; Leyland, Paul; McQuilton, Peter; Marygold, Steven; Millburn, Gillian; Osumi-Sutherland, David *και άλλοι*. (2009-01-01). «FlyBase: enhancing Drosophila Gene Ontology annotations». *Nucleic Acids Research* **37** (suppl\_1): D555–D559. doi:10.1093/nar/gkn788. ISSN 0305-1048. PMID 18948289. PMC PMC2686450. .
20. ↑  Berardini, Tanya Z.; Reiser, Leonore; Li, Donghui; Mezheritsky, Yarik; Muller, Robert; Strait, Emily; Huala, Eva (2017-04-26). «The Arabidopsis Information Resource: Making and Mining the ‘Gold Standard’ Annotated Reference Plant Genome». *Genesis (New York, N.Y. : 2000)* **53** (8): 474–485. doi:10.1002/dvg.22877. ISSN 1526-954X. PMID 26201819. PMC PMC4545719. .
21. ↑  Ruzicka, Leyla; Bradford, Yvonne M.; Frazer, Ken; Howe, Douglas G.; Paddock, Holly; Ramachandran, Sridhar; Singer, Amy; Toro, Sabrina *και άλλοι*. (2017-04-26). «ZFIN, the Zebrafish Model Organism Database: updates and new directions». *Genesis (New York, N.Y. : 2000)* **53** (8): 498–509. doi:10.1002/dvg.22868. ISSN 1526-954X. PMID 26097180. PMC PMC4545674. .
22. ↑  Bult, Carol J.; Eppig, Janan T.; Blake, Judith A.; Kadin, James A.; Richardson, Joel E. (2016-01-04). «Mouse genome database 2016». *Nucleic Acids Research* **44** (Database issue): D840–D847. doi:10.1093/nar/gkv1211. ISSN 0305-1048. PMID 26578600. PMC PMC4702860. .
23. ↑  Consortium, The UniProt (2015-01-28). «UniProt: a hub for protein information» (στα αγγλικά). *Nucleic Acids Research* **43** (D1): D204–D212. doi:10.1093/nar/gku989. ISSN 0305-1048. PMID 25348405. PMC PMC4384041. .
24. ↑  Cerami, Ethan G.; Gross, Benjamin E.; Demir, Emek; Rodchenkov, Igor; Babur, Ozgün; Anwar, Nadia; Schultz, Nikolaus; Bader, Gary D. *και άλλοι*. (2011-01-01). «Pathway Commons, a web resource for biological pathway data». *Nucleic Acids Research* **39** (Database issue): D685–690. doi:10.1093/nar/gkq1039. ISSN 1362-4962. PMID 21071392. PMC PMC3013659. .
25. ↑  Bernards, Andre (2006-01-01). «Ras superfamily and interacting proteins database». *Methods in Enzymology* **407**: 1–9. doi:10.1016/S0076-6879(05)07001-1. ISSN 0076-6879. PMID 16757309. .
26. 1 2 3  Makar, A. B.; McMartin, K. E.; Palese, M.; Tephly, T. R. (1975-06-01). «Formate assay in body fluids: application in methanol poisoning». *Biochemical Medicine* **13** (2): 117–126. ISSN 0006-2944. PMID 1. .
27. ↑  Bose, K. S.; Sarma, R. H. (1975-10-27). «Delineation of the intimate details of the backbone conformation of pyridine nucleotide coenzymes in aqueous solution». *Biochemical and Biophysical Research Communications* **66** (4): 1173–1179. ISSN 1090-2104. PMID 2. .
28. ↑  Smith, R. J.; Bryant, R. G. (1975-10-27). «Metal substitutions incarbonic anhydrase: a halide ion probe study». *Biochemical and Biophysical Research Communications* **66** (4): 1281–1286. ISSN 0006-291X. PMID 3. .