**Індэл** (**ін**серцыя-**дэл**ецыя) — гэта тэрмін малекулярнай біялогіі для ўстаўкі (інсерцыі) або выдалення (дэлецыі) асноў у геноме арганізма. Індэлы даўжынёй ≥ 50 асноў класіфікуюцца як структурныя варыяцыі.

У кадуючых абласцях геному, калі даўжыня індэла не кратная 3, гэта прывядзе да мутацыі зруху рамкі счытвання. Напрыклад, звычайны мікраіндэл, які прыводзіць да зруху рамкі счытвання, выклікае сіндром Блума ў яўрэйскага ці японскага насельніцтва. Індэлам можна супрацьпаставіць **кропкавыя мутацыі**. Індэл устаўляе або выдаляе нуклеатыды з паслядоўнасці, у той час як кропкавая мутацыя — *замяняе* адзін з нуклеатыдаў без змены іх агульнай колькасці ў ДНК. Індэлам таксама можна супрацьпаставіць мутацыям тандэмных асноў (TBM, ад англ. Tandem Base Mutations), якія могуць быць вынікам прынцыпова розных механізмаў. TBM вызначаецца як замена ў суседніх нуклеатыдах (у асноўным гэта замены ў двух суседніх нуклеатыдах, але назіраліся замены ў трох суседніх нуклеатыдах).

Індэлы, з’яўляючыся альбо ўстаўкамі, альбо дэлецыямі, могуць быць выкарыстаны ў якасці генетычных маркераў у папуляцыях, асабліва ў філагенетычных даследаваннях. Было паказана, што геномныя вобласці з некалькімі індэламі таксама можна выкарыстоўваць для працэдур ідэнтыфікацыі відаў.

Індэльная змена адной пары асноў у кадуючай частцы мРНК прыводзіць да зруху рамкі счытвання падчас трансляцыі мРНК, што можа прывесці да неадпаведнага (заўчаснага) стоп-кадона пры другой рамцы счытвання. Індэлы, якія не кратныя 3, асабліва рэдка сустракаюцца ў кадуючых рэгіёнах, але адносна распаўсюджаны ў некадуючых абласцях геному. У кожнага чалавека прыкладна 192—280 індэлаў, змяняючых рамкі счытвання. Верагодна, індэлы складаюць ад 16 % да 25 % усіх палімарфізмаў паслядоўнасці ў чалавека. У большасці вядомых геномаў, у тым ліку ў чалавека, частата індэла мае тэндэнцыю быць прыкметна ніжэйшай, чым у адзінкавых нуклеатыдных палімарфізмаў (SNP), за выключэннем рэгіёнаў, якія часта паўтараюцца, уключаючы гомапалімеры і мікрасатэліты.

Тэрмін «індэл» быў кааптаваны ў апошнія гады даследчыкамі геному для выкарыстання ў апісаным вышэй сэнсе. Гэта змена яго першапачатковага выкарыстання і значэння, каторы ўзнік з сістэматыкі. У сістэматыцы навукоўцы маглі знайсці адрозненні паміж паслядоўнасцямі, напрыклад, ад двух розных відаў. Але было немагчыма зрабіць выснову, калі адзін від страціў паслядоўнасць або іншы від атрымаў яе. Напрыклад, від *A* мае шэраг з 4 гуанінавых нуклеатыдаў у локусе, а від *B* мае 5 гуанінавых нуклеатыдаў у тым жа локусе. Калі спосаб адбору невядомы, нельга сказаць, ці страціў від A адзін G (падзея «выдалення»), ці від B атрымаў адзін G (падзея «ўстаўкі»). Калі нельга зрабіць выснову аб філагенетычным кірунку паслядоўнасці змянення, падзея змены паслядоўнасці называецца «індэл».[*крыніца?*]

Выкарыстоўваючы мышыныя мадэлі, даследаванне паказала, што найбольш распаўсюджанымі падзеямі індэла з’яўляюцца індэлы ±1 пары асноў (bp), якія залежаць ад актывацыі цытыдындэзаміназы (AID), якія могуць прывесці да шкодных вынікаў, у той час як больш працяглыя індэлы ў межах рамкі счытвання былі рэдкімі.

Гл. таксама
-----------

* Інсерцыя (генетыка)
* Дэлецыя (генетыка)

Крыніцы
-------

1. ↑  Mahmoud, Medhat; Gobet, Nastassia; Cruz-Dávalos, Diana Ivette; Mounier, Ninon; Dessimoz, Christophe; Sedlazeck, Fritz J. (2019). "Structural variant calling: the long and the short of it". *Genome Biology*. **20**. doi:10.1186/s13059-019-1828-7. PMC 6868818.
2. ↑  Ebert, Peter; et al. (2021). "Haplotype-resolved diverse human genomes and integrated analysis of structural variation". *Science*. **372** (6537). doi:10.1126/science.abf7117. PMC 8026704.
3. ↑  Kaneko T, Tahara S, Matsuo M (May 1996). "Non-linear accumulation of 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine, a marker of oxidized DNA damage, during aging". *Mutation Research*. **316** (5–6): 277–285. doi:10.1016/S0921-8734(96)90010-7. PMID 8649461.
4. ↑  Hill KA, Wang J, Farwell KD, Sommer SS (January 2003). "Spontaneous tandem-base mutations (TBM) show dramatic tissue, age, pattern and spectrum specificity". *Mutation Research*. **534** (1–2): 173–186. doi:10.1016/S1383-5718(02)00277-2. PMID 12504766.
5. ↑  Buettner VL, Hill KA, Halangoda A, Sommer SS (1999). "Tandem-base mutations occur in mouse liver and adipose tissue preferentially as G:C to T:A transversions and accumulate with age". *Environmental and Molecular Mutagenesis*. **33** (4): 320–324. doi:10.1002/(SICI)1098-2280(1999)33:4<320::AID-EM9>3.0.CO;2-S. PMID 10398380. S2CID 37019230.
6. ↑  Väli U, Brandström M, Johansson M, Ellegren H (January 2008). "Insertion-deletion polymorphisms (indels) as genetic markers in natural populations". *BMC Genetics*. **9**: 8. doi:10.1186/1471-2156-9-8. PMC 2266919. PMID 18211670.
7. ↑  Erixon P, Oxelman B (January 2008). Volff JN (рэд.). "Whole-gene positive selection, elevated synonymous substitution rates, duplication, and indel evolution of the chloroplast clpP1 gene". *PLOS ONE*. **3** (1): e1386. Bibcode:2008PLoSO...3.1386E. doi:10.1371/journal.pone.0001386. PMC 2148103. PMID 18167545.
8. ↑  Pereira F, Carneiro J, Matthiesen R, van Asch B, Pinto N, Gusmão L, Amorim A (December 2010). "Identification of species by multiplex analysis of variable-length sequences". *Nucleic Acids Research*. **38** (22): e203. doi:10.1093/nar/gkq865. PMC 3001097. PMID 20923781.
9. ↑  Nakamura H, Muro T, Imamura S, Yuasa I (March 2009). "Forensic species identification based on size variation of mitochondrial DNA hypervariable regions". *International Journal of Legal Medicine*. **123** (2): 177–184. doi:10.1007/s00414-008-0306-7. PMID 19052767. S2CID 10531572.
10. ↑  Taberlet P, Coissac E, Pompanon F, Gielly L, Miquel C, Valentini A, et al. (26 January 2007). "Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding". *Nucleic Acids Research*. **35** (3): e14. doi:10.1093/nar/gkl938. PMC 1807943. PMID 17169982.
11. ↑  Bai H, Cao Y, Quan J, Dong L, Li Z, Zhu Y, et al. (2013). "Identifying the genome-wide sequence variations and developing new molecular markers for genetics research by re-sequencing a Landrace cultivar of foxtail millet". *PLOS ONE*. **8** (9): e73514. Bibcode:2013PLoSO...873514B. doi:10.1371/journal.pone.0073514. PMC 3769310. PMID 24039970.
12. ↑  Zheng LY, Guo XS, He B, Sun LJ, Peng Y, Dong SS, et al. (November 2011). "Genome-wide patterns of genetic variation in sweet and grain sorghum (Sorghum bicolor)". *Genome Biology*. **12** (11): R114. doi:10.1186/gb-2011-12-11-r114. PMC 3334600. PMID 22104744.
13. ↑  Abecasis GR, Altshuler D, Auton A, Brooks LD, Durbin RM, Gibbs RA, et al. (October 2010). "A map of human genome variation from population-scale sequencing". *Nature*. **467** (7319): 1061–1073. Bibcode:2010Natur.467.1061T. doi:10.1038/nature09534. PMC 3042601. PMID 20981092.
14. ↑  Mills RE, Luttig CT, Larkins CE, Beauchamp A, Tsui C, Pittard WS, Devine SE (September 2006). "An initial map of insertion and deletion (INDEL) variation in the human genome". *Genome Research*. **16** (9): 1182–1190. doi:10.1101/gr.4565806. PMC 1557762. PMID 16902084.
15. ↑  Lodish, H (2021). *Molecular Cell Biology* (9th ed.). W. H. Freeman. pp. 726–892.
16. ↑  Hao, Qian; Zhan, Chuanzong; Lian, Chaoyang; Luo, Simin; Cao, Wenyi; Wang, Binbin; Xie, Xia; Ye, Xiaofei; Gui, Tuantuan; Voena, Claudia; Pighi, Chiara; Wang, Yanyan; Tian, Ying; Wang, Xin; Dai, Pengfei (2023-03-31). "DNA repair mechanisms that promote insertion-deletion events during immunoglobulin gene diversification". *Science Immunology* [англійская]. **8** (81): eade1167. doi:10.1126/sciimmunol.ade1167. ISSN 2470-9468. PMC 10351598. PMID 36961908. `{{cite journal}}`: Праверце значэнне `|pmc=` (даведка)


|  |  |
| --- | --- |
| ⚙️   Слоўнікі і энцыклапедыі | Britannica (онлайн) |
| Нарматыўны кантроль | Microsoft: 119054055 |