Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl wirft X._ vor, in den Räumlichkeiten der B._ AG bzw. der C._ AG an den von D._, E._ und F._ benutzten Computern heimlich und unbefugt einen Keylogger eingesetzt zu haben. Dadurch habe er die Logins und Passwörter dieser Personen erlangt und sich Zugriff auf deren Computerarbeitsbereiche verschafft. Am 8. Februar 2011 habe er diese Tasteninformationen verwendet, Zugriff auf die gesamten Daten (Geschäftsunterlagen, geschäftliche und private Ordner sowie private und geschäftliche E-Mails) von F._ genommen und Informationen aus dessen E-Mail-Konto erlangt.
X._ bestreitet lediglich, unbefugt gehandelt zu haben.
B.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 21. Juni 2012 wegen unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem zu einer bedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 1'000.--. Auf das Schadenersatzbegehren der A._ AG trat es nicht ein. Das Verfahren hinsichtlich der Straf- und Zivilklage von F._ stellte es zufolge Fehlens eines Strafantrags ein. Die Kosten der Untersuchung und des gerichtlichen Verfahrens auferlegte es X._. Es verpflichtete ihn, der A._ AG für das gesamte Verfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 60'253.05 zu bezahlen.
X._ legte gegen dieses Urteil Berufung ein. Das Nichteintreten auf das Schadenersatzbegehren der A._ AG und die Einstellung des Verfahrens hinsichtlich F._ erwuchsen unangefochten in Rechtskraft. Am 7. Mai 2013 stellte das Obergericht des Kantons Zürich das Strafverfahren gegen X._ wegen unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem aufgrund der Verletzung des Anklageprinzips ein. Es bestätigte das erstinstanzliche Kosten- und Entschädigungsdispositiv.
C.
Am 22. April 2014 hiess das Bundesgericht die Beschwerde von X._ gut und hob den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. Mai 2013 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf (Verfahren 6B_815/2013). Es wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück.
Mit Beschluss vom 30. Januar 2015 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich erneut das erstinstanzliche Kosten- und Entschädigungsdispositiv. Es beschloss, für das erste und das zweite Berufungsverfahren keine Gerichtsgebühren zu erheben. Es sprach X._ für das erste und das zweite Berufungsverfahren je eine Prozessentschädigung von Fr. 8'640.-- zu.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Dispositivziffer 3 (Bestätigung der erstinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen) des Beschlusses des Obergerichts vom 30. Januar 2015 sei aufzuheben. Ihm seien keine Gerichtsgebühren aufzuerlegen. Er sei nicht zu verpflichten, der A._ AG für das gesamte erstinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung zu bezahlen, und ihm sei für das gesamte erstinstanzliche Verfahren eine solche zuzusprechen.
E.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Stellungnahme. Die A._ AG beantragt in ihrer Vernehmlassung, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen. Mit Eingabe vom 7. Januar 2016 nahm X._ sein Recht zur Replik wahr.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) und die Verletzung von Art. 426 Abs. 2, Art. 429 Abs. 1 lit. a sowie <ref-law>, der Begründungspflicht (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK), des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK) und der Unschuldsvermutung (<ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 2 EMRK) vor (Beschwerde S. 4 ff.).
Der Beschwerdeführer macht geltend, bei einem Antragsdelikt würden die Strafverfolgungsbehörden nur tätig werden, falls fristgerecht ein Strafantrag von einer berechtigten Person gestellt werde. Die angebliche Persönlichkeitsverletzung von D._, E._ und F._ hätte damit höchstens dann adäquat kausal für die Einleitung des Strafverfahrens sein können, wenn eine dieser drei Personen einen Strafantrag gestellt hätte. Dies sei jedoch nicht der Fall gewesen. Nur die Beschwerdegegnerin 2 habe rechtzeitig einen Strafantrag gestellt. Für die Einleitung des mittlerweile eingestellten Strafverfahrens sei mithin einzig die Beschwerdegegnerin 2 verantwortlich, welche durch den Strafantrag und die unaufgeforderten Eingaben all die Kosten verursacht habe. Daher stelle sich die Frage, ob die Verfahrenskosten der Beschwerdegegnerin 2 überwälzt werden müssten. Denn diese habe mutwillig oder zumindest grobfahrlässig Anzeige gegen ihn erstattet. Ferner handle es sich bei den angeblich verletzten Persönlichkeitsrechten um höchstpersönliche Rechte, die nicht von einer Gesellschaft geltend gemacht werden könnten.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, das Verhalten des Beschwerdeführers sei durchaus geeignet, die Persönlichkeit von D._, E._ und F._ im Sinne von <ref-law> zu verletzen. Indem sich der Beschwerdeführer die Passwörter der betroffenen Personen beschafft bzw. bei F._ das Passwort auch benutzt und auf dessen Daten zugegriffen habe, sei er in deren Privatsphäre eingedrungen und habe damit deren Persönlichkeit verletzt. Er habe dies bewusst und schuldhaft getan. Auch wenn die betroffenen Personen selbst keinen Antrag stellten, so habe das Verhalten des Beschwerdeführers doch dazu geführt, dass die Beschwerdegegnerin 2, von welcher F._ ein Mitglied der Geschäftsleitung und für welche E._ für die Abrechnungen der Partnersaläre bzw. -beträge zuständig gewesen sei, einen Strafantrag gestellt habe. Das Verhalten des Beschwerdeführers, welches aufgrund der Verletzung des Anklageprinzips nicht strafbar, jedoch unter zivilrechtlichen Gesichtspunkten vorwerfbar sei, sei demnach durchaus adäquat kausal für die Einleitung eines Strafverfahrens gewesen. Daran ändere nichts, dass nur die Beschwerdegegnerin 2 einen Strafantrag gestellt habe (Urteil S. 11 f. E. 1.3).
1.3.
1.3.1. Gemäss <ref-law> können der beschuldigten Person bei Einstellung des Verfahrens die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Unter den gleichen Voraussetzungen kann nach <ref-law> eine Entschädigung herabgesetzt oder verweigert werden.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen. Diese Grundsätze gelten auch für die Verweigerung einer Parteientschädigung (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2a; Urteil 6B_67/2014 vom 2. September 2014 E. 2.3; je mit Hinweisen).
Eine solche Kostenauflage kann sich auch auf <ref-law> stützen (Urteil 6B_990/2013 vom 10. Juni 2014 E. 1.2 mit Hinweisen). Widerrechtlich ist eine Persönlichkeitsverletzung, wenn sie nicht durch Einwilligung des Verletzten, durch ein überwiegendes privates oder öffentliches Interesse oder durch Gesetz gerechtfertigt ist (vgl. <ref-law>). Vom Gesetzeswortlaut her ist jede Persönlichkeitsverletzung widerrechtlich, wenn kein Rechtfertigungsgrund vorliegt. Praxisgemäss ist in zwei Schritten zu prüfen, ob (1.) eine Persönlichkeitsverletzung und (2.) ein Rechtfertigungsgrund vorliegt (<ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen). Der allgemeine Persönlichkeitsschutz steht grundsätzlich auch juristischen Personen zu. Diese können nach der herrschenden Auffassung ähnlich wie die natürlichen Personen eine Geheim- oder Privatsphäre haben (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4; je mit Hinweisen; zur Abgrenzung der Lebensbereiche <ref-ruling> E. 3 S. 100 f. mit Hinweisen). Bereits mit dem Verschaffen der Möglichkeit des freien Zugangs zu privaten E-Mails, die nicht an diese Person gerichtet sind, verletzt diese den Geheimbereich des eigentlichen Empfängers der elektronischen Nachrichten (<ref-ruling> E. 4.3).
1.3.2. Zwischen dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten und den durch die Untersuchung entstandenen Kosten muss ein adäquater Kausalzusammenhang bestehen. Das heisst, das Benehmen der beschuldigten Person muss nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Erfahrung des Lebens geeignet sein, den Verdacht einer strafbaren Handlung zu erwecken und damit Anlass zur Eröffnung eines Strafverfahrens zu geben oder die Durchführung des im Gange befindlichen Strafprozesses zu erschweren. Eine Kostentragung kommt aber nur in Frage, wenn sich die Behörde aufgrund des normwidrigen Verhaltens der beschuldigten Person in Ausübung pflichtgemässen Ermessens zur Einleitung eines Strafverfahrens veranlasst sehen konnte (<ref-ruling> E. 2c S. 170 f. mit Hinweisen).
Kosten, welche die Strafbehörden von Bund und Kantonen durch unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlungen verursacht haben, können der beschuldigten Person nicht auferlegt werden (<ref-law>). Die angefallenen Kosten sind in diesem Fall nicht mehr adäquate Folge der Straftat. Das ist beispielsweise der Fall, wenn eine Behörde einen materiell- oder verfahrensrechtlichen Verstoss begangen hat, der im Rechtsmittelverfahren korrigiert werden muss oder wenn wegen Formfehlern Verfahrenshandlungen wiederholt werden müssen (Urteil 6B_630/2012 vom 15. Juli 2013 E. 4.3 mit Hinweisen).
Jedenfalls fällt eine Auferlegung von Kosten an die beschuldigte Person insoweit ausser Betracht, als die Behörde aus Übereifer, aufgrund unrichtiger Beurteilung der Rechtslage oder vorschnell eine Strafuntersuchung eingeleitet hat. Dies entspricht auch dem Grundsatz, dass der Überbindung von Verfahrenskosten an die beschuldigte Person bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens Ausnahmecharakter zukommt (<ref-ruling> E. 2c S. 170 f. mit Hinweisen). Die Haftung der beschuldigten Person darf nicht weiter gehen, als der Kausalzusammenhang zwischen dem ihr vorgeworfenen fehlerhaften Verhalten und den Kosten verursachenden behördlichen Handlungen reicht. Aus dieser Überlegung heraus hat das Bundesgericht schon entschieden, es sei zwar zulässig gewesen, dem Beschuldigten die Kosten der Voruntersuchung aufzuerlegen, doch hätten ihm jene des Gerichtsverfahrens nicht überbunden werden dürfen, da nach dem Ergebnis der Untersuchung kein hinreichender Anlass bestanden habe, Anklage zu erheben (<ref-ruling> E. 4a mit Hinweis).
1.3.3. Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer auf dem Wege von Datenübertragungseinrichtungen unbefugterweise in ein fremdes, gegen seinen Zugriff besonders gesichertes Datenverarbeitungssystem eindringt. Der Tatbestand schützt Datenverarbeitungssysteme vor Eindringlingen (Hackern), die darauf aus sind, Sicherungen zu durchbrechen und in gesicherte Datensysteme einzudringen, ohne damit weitere, insbesondere wirtschaftliche Zwecke zu verfolgen. Angriffsobjekt sind das Datenverarbeitungssystem bzw. die Datenverarbeitungsanlage, nicht die darin gespeicherten Daten. Die Tat ist ein Antragsdelikt. Strafantrag stellen kann, wer berechtigt ist, über den Zugang zur Anlage und damit zu den dort gespeicherten Daten zu bestimmen. Dies ist beim unbefugten Zugriff auf ein mit einem Passwort geschütztes E-Mail-Konto in einem Datenverarbeitungssystem auch dessen Inhaber (Urteile 6B_615/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 4.3 und 6B_456/2007 vom 18. März 2008 E. 4; je mit Hinweisen).
Bei Straftaten, die nur auf Antrag oder nach Ermächtigung verfolgt werden, wird ein Vorverfahren erst eingeleitet, wenn der Strafantrag gestellt oder die Ermächtigung erteilt wird (<ref-law>). Gemäss <ref-law> steht, wenn eine Tat nur auf Antrag strafbar ist, das Antragsrecht jeder Person zu, die durch sie verletzt worden ist. Verletzt ist, wer Träger des unmittelbar betroffenen Rechtsguts ist. Dieser ergibt sich durch Auslegung des betreffenden Tatbestandes (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2; je mit Hinweisen).
1.4. Der Argumentation der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden. Das vom Beschwerdeführer eingestandene Verhalten mag den Verdacht einer strafbaren Handlung erweckt und damit Anlass zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegeben haben. Es ist somit grundsätzlich kausal für die Einleitung eines Strafverfahrens und die dadurch entstandenen Kosten. Dies gilt allerdings nicht für die Kosten des vorliegenden Strafverfahrens. Die Vorinstanz lastet dem Beschwerdeführer ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten an, weil er die Persönlichkeitsrechte von D._, E._ und F._ verletzt habe. Indessen stellte einzig die Beschwerdegegnerin 2 einen rechtsgültigen Strafantrag. Damit ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem gemäss Vorinstanz zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten des Beschwerdeführers und den Kosten dieses Strafverfahrens nicht gegeben. Die Vorinstanz verstösst gegen <ref-law>, wenn sie dem Beschwerdeführer Verfahrenskosten auferlegt, gegen <ref-law>, wenn sie ihm keine Prozessentschädigung zuspricht und gegen <ref-law>, wenn sie ihn verpflichtet, der Beschwerdegegnerin 2 eine Prozessentschädigung zu bezahlen. Bei diesem Verfahrensausgang muss auf die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers nicht eingegangen werden. Damit ist nicht zu prüfen, ob die Vorinstanz die Kostenauflage, insbesondere die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Rechtfertigungsgründe, in tatsächlicher Hinsicht lediglich auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützt.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin 1 sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Da die Beschwerdegegnerin 2 mit ihrem Antrag unterliegt, hat sie die hälftigen Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer zusammen mit dem Kanton Zürich eine angemessene Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 30. Januar 2015 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 1'000.-- der Beschwerdegegnerin 2 auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin 2 und der Kanton Zürich haben dem Beschwerdeführer eine Entschädigung von je Fr. 1'500.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini