Faits :
A.
La parcelle n° 327 du cadastre de L'Abergement, d'une surface de 2'716 m2, propriété de A._ SA, se situe dans un hameau constitué essentiellement de bâtiments agricoles et de trois bâtiments d'habitation. Ce secteur est colloqué en zone constructible de village A, définie aux art. 6 ss du du plan et du règlement communal sur le plan d'affectation et la police des constructions (RPAPC), approuvés par le Conseil d'Etat le 18 décembre 1981. Le hameau se situe à environ un kilomètre à vol d'oiseau du village de L'Abergement, sis au nord-est. A environ 100 m au sud se trouve un autre hameau.
A._ SA a déposé une demande d'autorisation de construire six villas contiguës avec six garages à voitures et treize places de parc extérieures sur la parcelle n° 327.
B.
Dans sa séance du 28 avril 2014, la municipalité a décidé de lever les oppositions dont celle de Pro Natura Vaud et de délivrer le permis de construire.
Statuant sur recours de Pro Natura Vaud et de Pro Natura, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a annulé cette décision par arrêt du 7 mars 2016.
C.
La commune de L'Abergement et A._ SA recourent séparément contre cet arrêt. Elles concluent l'une et l'autre à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la décision communale du 28 avril 2014 est confirmée. La constructrice conclut encore subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La cour cantonale se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué. Chacune des recourantes conclut à l'admission du recours de l'autre. Les intimées Pro Natura Vaud et Pro Natura concluent au rejet des recours. Le Service cantonal du développement territorial s'en remet à justice. Consulté, l'Office fédéral du développement territorial se prononce en faveur du rejet des recours. Les recourantes persistent dans leurs conclusions respectives.
Le Tribunal fédéral a délibéré sur le présent recours en séance publique le 10 mai 2017.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours ont trait à la même procédure. Ils sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Il se justifie dès lors de joindre les causes 1C_176/2016 et 1C_179/2016 pour des motifs d'économie de procédure, et de statuer à leur sujet dans un seul arrêt (cf. art. 24 PCF applicable par analogie vu le renvoi de l'art. 71 LTF).
2.
Les recours sont dirigés contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF) et aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée. L'arrêt attaqué, qui annule le permis de construire, met définitivement fin à la procédure au sens de l'art. 90 LTF. La constructrice a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, de sorte qu'elle a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
La commune de L'Abergement, qui invoque une violation de l'autonomie dont elle bénéficie dans le canton de Vaud en matière de police des constructions et de planification territoriale, a qualité pour agir en vertu de l'art. 89 al. 2 let. c LTF.
Les autres conditions de recevabilité des recours sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
3.
Les recourantes contestent la qualité pour recourir des associations opposantes devant le Tribunal cantonal.
3.1. La constructrice fait valoir que ni Pro Natura Vaud, ni Pro Natura n'avaient qualité pour recourir devant le Tribunal cantonal, de sorte que le recours devait être déclaré irrecevable. Selon elle, d'une part, Pro Natura Vaud n'avait pas la qualité pour recourir faute d'être une organisation de protection de la nature d'importance nationale au sens de l'ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l'environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage (ODO; RS 814.076). D'autre part, la constructrice considère que Pro Natura n'avait pas cette qualité pour recourir faute d'avoir participé à la procédure d'opposition.
L'art. 12 al. 1 let. b et al. 2 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) confère la qualité pour recourir contre les décisions des autorités fédérales ou cantonales aux organisations actives au niveau national qui se vouent à la protection de la nature, à la protection du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des tâches semblables, dans les domaines du droit visés depuis dix ans au moins par leurs statuts. Pro Natura est reconnue comme une association d'importance nationale qui se voue à la protection de l'environnement, de la nature et du paysage (cf. ch. 6 de l'annexe à l'ODO).
A teneur de l'art. 12c al. 2 LPN, si une organisation n'a pas participé à une procédure d'opposition prévue par le droit fédéral ou le droit cantonal, elle ne peut plus former de recours. L'art. 12 al. 5 LPN prévoit que les organisations peuvent habiliter leurs structures cantonales et régionales, lorsqu'elles sont indépendantes sur le plan juridique, à faire opposition de manière générale et à faire recours dans des cas particuliers, pour leur champ d'activité local.
Interpellées sur cette question - qui n'avait vraisemblablement pas été expressément soulevée par la constructrice devant la cour cantonale -, les associations intimées ont produit les directives internes de Pro Natura pour les actions juridiques, à teneur desquelles "Pro Natura donne une procuration générale pour faire opposition à ses sections". Vu cette clause de délégation et l'art. 12 al. 5 LPN, Pro Natura avait bien la qualité pour recourir auprès du Tribunal cantonal. La question de savoir si Pro Natura Vaud était également légitimée à agir, qui relève du droit cantonal, peut dès lors demeurer indécise.
3.2. Contestant également la qualité des associations pour recourir auprès du Tribunal cantonal, la commune fait valoir que celles-ci ne pouvaient invoquer des griefs liés à la planification dans une procédure dirigée contre une autorisation de construire. La commune fait toutefois complètement abstraction de la motivation donnée par la cour cantonale pour justifier l'entrée en matière sur le recours. La cour cantonale s'est en effet référée à un arrêt du Tribunal fédéral qui a reconnu aux associations de protection de la nature le droit de contester, dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire, un plan adopté avant que la jurisprudence ne consacre la possibilité de se plaindre d'une violation de l'art. 24 LAT (RS 700) dans la procédure de planification (arrêt 1C_739/2013 du 17 juin 2015 consid. 4.2.2, in DEP 2015 p. 724 et RDAF 2016 I p. 357 et les références citées, y compris les arrêts publiés). La commune ne s'en prend pas réellement à ce raisonnement, se contentant d'affirmer, sans tenir compte des circonstances particulières de la jurisprudence précitée, que le tribunal n'a pas à réexaminer un plan du seul fait qu'une association le demande. Le grief est par conséquent mal fondé.
4.
La commune fait valoir une violation de l'art. 35 al. 3 LAT au motif que, dans l'attente d'une nouvelle planification, les plans d'affectation en force conservent leur entière validité tant que les plans établis en vertu du droit modifié en 2014 n'auront pas été adoptés.
L'art. 35 LAT est une disposition transitoire destinée à la mise en oeuvre de la LAT lors de son entrée en vigueur le 1er janvier 1980. Aussi, l'alinéa 3, qui prévoit que les plans d'affectation en force au moment de l'entrée en vigueur de la loi conservent leur validité jusqu'à l'approbation des plans établis selon la LAT, n'est à première vue pas applicable à la novelle entrée en vigueur le 1er mai 2014. Quoi qu'il en soit, la cour cantonale n'a pas anticipé sur ce nouveau droit. Elle a contrôlé et invalidé le plan en force en vertu de l'ancien droit. Il est donc sans pertinence de se pencher sur cette norme de droit transitoire.
En ce sens, l'art. 38a al. 2 LAT invoqué par la constructrice est également sans pertinence, cette disposition transitoire réglant l'application du droit adopté en 2012. Outre qu'il n'est pas question d'appliquer cette disposition, qui prévoit que les zones à bâtir ne peuvent être agrandies dans l'attente de nouveaux plans directeurs cantonaux, celle-ci ni aucune autre ne proscrit par ailleurs que les zones constructibles soient réduites dans de plus brefs délais, ni que les demandes d'autorisation de construire sur des terrains à bâtir dont l'affectation est jugée non conforme aux prescriptions légales puissent être refusées pour ce motif.
5.
Les recourantes se plaignent d'une violation du principe de la stabilité des plans consacré par l'art. 21 al. 2 LAT. Elles font valoir que la cour cantonale a omis d'examiner si les autorités de l'époque avaient élaboré le plan en tenant compte des critères de la LAT.
L'art. 21 al. 1 LAT prévoit que lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires. Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leur fonction. La stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 198 et les arrêts cités).
Or, en l'occurrence, c'est précisément parce que les associations recourantes n'avaient pas pu engager un contrôle judiciaire contre le plan directement, que le contrôle incident est exceptionnellement admis (cf. consid. 3.2). En d'autres termes, dès lors que l'on admet être dans un cas très particulier où l'on peut contrôler la légalité du plan à titre préjudiciel pour d'autres motifs, les conditions de l'art. 21 LAT n'ont pas à être réunies (cf. en ce sens THIERRY TANQUEREL, Commentaire pratique LAT: planifier l'affectation, 2016, n. 31 ad art. 21 LAT; BENOÎT BOVAY/FERYEL KILANI, Le contrôle incident des plans d'affectation lors de la procédure de permis de construire, in RDAF 2016 p. 33, qui présentent distinctement les deux hypothèses pouvant chacune donner lieu au contrôle préjudiciel). La question de savoir si le plan bénéficie d'une présomption de conformité à la loi n'est ainsi pas décisive en l'espèce, de même que le fait que le plan ait été adopté après l'entrée en vigueur de la LAT. La conformité du plan à la LAT pouvait être contrôlée dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire, ce qu'a fait la cour cantonale vu les griefs des opposantes à son encontre.
En tout état de cause, les considérations des recourantes relatives au principe de la stabilité des plans sont sans pertinence, dit principe ne valant que pour les plans conformes à la LAT (<ref-ruling> consid. 5 p. 160; <ref-ruling> consid. 4a p. 235; <ref-ruling> consid. 6 p. 33 s.), ce qui est précisément l'objet de la contestation en l'espèce.
Enfin, peu importe que le SDT ait confirmé que le bien-fonds était colloqué en zone à bâtir et que le département cantonal n'ait pas recouru contre l'octroi du permis de construire, la cour cantonale étant justement amenée à statuer en toute indépendance par rapport à la position des autorités intimées.
6.
Comme on l'a vu ci-dessus (consid. 3.2), Pro Natura était en droit de faire valoir une violation de l'art. 24 LAT dans le cadre de la planification communale à l'occasion de la présente procédure d'autorisation de construire, l'application des art. 24 ss LAT relevant de l'accomplissement d'une tâche fédérale au sens de l'art. 12 LPN (<ref-ruling> consid. 2c p. 394; arrêts 1C_636/2015 du 26 mai 2016, in DEP 2016 p. 597 et 1C_393/2011 du 3 juillet 2012 consid. 6.1, in DEP 2012 p. 577 et les références).
Pour démontrer que c'est à tort que ce grief a été retenu par la cour cantonale, les recourantes affirment que le secteur litigieux était conforme aux exigences de l'ancien art. 15 LAT relatif aux zones à bâtir. La commune soutient ainsi que le secteur litigieux constitue un hameau d'ores et déjà construit et qu'il s'agit d'une entité urbanisée qui, à l'échelle de la commune, est une zone construite. Il est en outre équipé. Enfin, le fait que le terrain n'ait pas été construit au cours des 30 ans qui ont suivi son affectation en zone à bâtir ne serait pas suffisant pour considérer qu'il ne répond pas aux besoins futurs.
6.1. Les art. 24 ss LAT déterminent quelles constructions peuvent, à titre exceptionnel, être édifiées hors zone à bâtir. La jurisprudence reconnaît qu'une mesure de planification élude les art. 24 ss LAT lorsque celle-ci a pour conséquence la création d'une petite zone à bâtir inadmissible (<ref-ruling> consid. 2c p. 394 et les arrêts cités; arrêt 1C_225/2008 du 9 mars 2009 consid. 4.1, in RDAF 2011 I p.563).
A teneur de l'art. 15 LAT en vigueur du 1er janvier 1980 au 30 avril 2014, les zones à bâtir devaient comprendre les terrains propres à la construction qui étaient déjà largement bâtis (let. a), ou seraient probablement nécessaires à la construction dans les quinze ans à venir et seraient équipés dans ce laps de temps (let. b) (RO 1979 1573). Cette notion de "terrains déjà largement bâtis" devait être comprise de manière étroite: elle incluait pour l'essentiel le territoire bâti équipé et les brèches dans le tissu bâti, celles-ci s'entendant comme des surfaces de peu d'importance par rapport à l'étendue du milieu bâti dans lequel elles s'inséraient et, dans la règle, étant équipées (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 223; <ref-ruling> consid. 6a p. 462; <ref-ruling> consid. 5a p. 424). Selon la jurisprudence prévalant déjà sous l'ancien art. 15 LAT, les zones à bâtir surdimensionnées étaient contraires à la LAT et devaient être réduites (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 31; <ref-ruling> consid. 7 p. 211).
6.2. Le grief des recourantes est purement appellatoire. Celles-ci se bornent en effet à affirmer que la planification de 1981 était conforme à la LAT et ne font ainsi qu'opposer leur propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale. A cet égard, les recourantes se contentent de s'appuyer sur le fait que les autorités de l'époque s'étaient favorablement déterminées sur cette planification. Elles ne se réfèrent toutefois à aucune analyse particulière, aucun rapport chiffré sur les besoins en terrains à bâtir de l'époque, bref, à aucun élément de fond qui démontrerait que la position des autorités était justifiée. Or, l'approbation du plan des zones, n'est pas en soi un gage de conformité à la LAT, le rôle du Tribunal cantonal étant précisément d'exercer un contrôle sur l'activité des autorités administratives en toute indépendance. La prise en considération des chiffres actuels, à savoir que les réserves de zone à bâtir sont de 3,5 fois ce que prévoit actuellement le plan directeur, est pertinente. En effet, tout comme l'ancien droit, applicable en l'espèce, le nouveau droit définit les besoins sur les quinze années suivantes. Les recourantes ne démontrent pas, ni même n'allèguent, que les projections démographiques présenteraient une tendance à une croissance moins importante aujourd'hui qu'il y a trente ans. Les données actuelles sont par conséquent pertinentes pour évaluer la situation au moment où le plan d'affectation avait été adopté.
On ne saurait en outre critiquer le fait de tenir compte retrospectivement de l'absence d'utilisation du terrain au cours des 30 années écoulées. Certes, une telle constatation a posteriori ne saurait suffire, sans autre forme d'examen, à affirmer que les autorités n'avaient pas évalué la situation conformément aux exigences de la LAT lors de la planification. Cela étant, en l'espèce, outre l'aspect quantitatif du surdimensionnement - déjà au sens de l'ancienne LAT - de la zone à bâtir de la commune de l'Abergement, il est - et était déjà en 1981 - manifeste que le hameau isolé ne remplissait pas les conditions de l'ancien art. 15 LAT d'un point de vue qualitatif. Selon l'état de fait de l'arrêt attaqué, le hameau est en effet constitué de trois bâtiments d'habitation et de quelques constructions agricoles annexes. Il est distant d'un kilomètre du village, lui-même de dimension modeste, et sans aucune construction entre les deux zones. Selon les constatations de la cour cantonale, le hameau se trouve en outre dans un paysage agricole particulièrement préservé et harmonieux. En bref, le hameau litigieux ne pouvait être considéré comme du terrain déjà largement bâti au sens de l'ancien droit.
Il découle de ce qui précède que l'arrêt cantonal est conforme aux dispositions de la LAT, en particulier aux anciens art. 15 et 24 LAT.
7.
La constructrice soutient encore qu'à supposer que le caractère constructible de la zone doive effectivement être dénié, l'autorisation de construire devrait tout de même être délivrée, sauf à violer le principe de la bonne foi ancré à l'art. 9 Cst.
7.1. Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 3.6.3 p. 193; <ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 73; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 s.).
Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration agissant dans les limites de ses compétences peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur. Entre autres conditions, il faut pour cela que l'administré se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et que l'intérêt à une correcte application du droit ne se révèle pas prépondérant sur la protection de la confiance (<ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 193; <ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 72-73; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 637).
La jurisprudence est constante quant à l'importance qu'elle accorde au principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (cf. <ref-ruling> consid. 6.4 p. 40; <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 5c p. 151). Faisant partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst., ce principe avait, déjà avant d'être ancré à l'art. 1 al. 1 LAT, valeur de droit constitutionnel non écrit (Message du 20 janvier 2010 relatif à une révision partielle de la loi sur l'aménagement du territoire, FF 2010 959 ch. 2.1 p. 973; 1C_109/2014 du 4 mars 2015 consid. 6.5; cf. en ce sens JÄGER in Öffentliches Baurecht, 2016, ch. 3.113 p. 130 et les références citées). Son respect revêt donc une importance toute particulière et il y a lieu d'être extrêmement restrictif dans l'admission de dérogations à la règle légale.
7.2. On peut s'interroger en l'espèce sur l'applicabilité du principe de la bonne foi. Ce principe protège l'administré dans un cas particulier, individuel et concret. En l'occurrence, ce que la recourante considère comme des "assurances" données par l'autorité est le plan, instrument de nature mixte, qui présente certaines caractéristiques de la norme, d'autres de la décision. Or, une norme ne saurait valoir assurances données par l'autorité au sens du principe de la bonne foi tel qu'exposé ci-dessus, puisqu'elle couvre une situation générale et abstraite. Il n'est toutefois pas nécessaire de déterminer en l'espèce sous quel angle - décisionnel ou normatif - le régime fixé par le plan doit être abordé.
En effet, à supposer que l'on considère le principe de la bonne foi applicable, la pesée des intérêts devrait quoi qu'il en soit conduire à confirmer la solution retenue par la cour cantonale. Il y va de l'atteinte au principe de la séparation du bâti et du non-bâti, qui est déjà en soi un principe essentiel de l'aménagement du territoire. Son non-respect est en outre d'importance particulière ici, dès lors que la parcelle sur laquelle est prévu le projet est située dans un secteur très éloigné du village et à peine construit, principalement de bâtiments à vocation agricole de surcroît. Comme on l'a déjà indiqué ci-dessus, il n'y a pas seulement un problème de dimensionnement de la zone à bâtir communale, mais bien de l'emplacement lui-même du secteur, dont le classement en zone à bâtir était manifestement incompatible avec les règles de la LAT de 1980, déjà. Dans cette mesure, quand bien même la constructrice aurait pris, en se fondant sur la planification en vigueur, des dispositions lui portant un préjudice irréversible, en particulier l'achat de la parcelle litigieuse, on ne saurait admettre que les autorités rendent une décision non conforme au droit en vertu du principe de la bonne foi.
Il faut au surplus constater, compte tenu premièrement des exigences précitées en matière de séparation du bâti et du non-bâti, deuxièmement de celles de la LAT en matière d'adaptation des plans et troisièmement de la très longue durée (trente ans) qui s'était écoulée au moment de l'achat de la parcelle (2013) depuis l'adoption du plan litigieux, que la constructrice devait s'attendre à des difficultés quant à l'obtention de l'autorisation requise. Du moins, dans ces circonstances particulières, elle ne saurait faire valoir que cet ancien plan constituerait une assurance que lui aurait donnée la commune.
8.
Il résulte de ce qui précède que l'arrêt cantonal doit être confirmé. Les recours sont par conséquent rejetés. La constructrice, qui succombe avec la commune, supportera les frais de justice par moitié, soit par 3'000 fr. (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les associations intimées, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, ont droit à des dépens, à charge des recourantes (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1C_176/2016 et 1C_179/2016 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais judiciaires sont mis par 3'000 fr. à la charge de A._ SA.
4.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est accordée aux intimées, à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Service du développement territorial du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 10 mai 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Sidi-Ali