Sachverhalt:
A.
Am 29. April 2015 beschloss der Regierungsrat des Kantons Zürich eine Änderung der kantonalen Bauverfahrensverordnung vom 3. Dezember 1997 (BVV; LS 700.6). Unter anderem soll danach § 1 BVV wie folgt neu gefasst werden:
"Keiner baurechtlichen Bewilligung bedürfen in Bauzonen:
a. Bauten und Anlagen, deren Gesamthöhe nicht mehr als 2,5 m beträgt und die eine Bodenfläche von höchstens 6 m2 überlagern; sie sind jedoch bewilligungspflichtig in Kernzonen, im Geltungsbereich einer anderen Schutzanordnung oder eines Ortsbild- oder Denkmalschutzinventars und im Bereich von Verkehrsbaulinien,
lit. b-e unverändert.
f. nicht leuchtende Eigenreklamen auf privatem Grund bis zu einer Fläche von 1⁄2 m2 je Betrieb; solche Anlagen sind jedoch bewilligungspflichtig in Kernzonen und im Geltungsbereich einer anderen Schutzanordnung oder eines Ortsbild- oder Denkmalschutzinventars,
lit. g-i unverändert.
lit. k wird aufgehoben."
Ebenso ist eine Neufassung von Ziff. 1.2.4 des Anhangs zur BVV vorgesehen, der die Zuständigkeit für die Bewilligung von Bauten und Anlagen in besonderer Lage ausserhalb der Bauzonen regelt.
Am 15. Mai 2015 erfolgte die Publikation im Amtsblatt des Kantons Zürich.
Gegen den Beschluss des Regierungsrats erhoben A._ und die B._ AG Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragten, der Beschluss sei in Bezug auf § 1 und Ziff. 1.2.4 des Anhangs zur BVV aufzuheben.
Mit Urteil vom 3. Dezember 2015 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv-Ziffer 1). Die Gerichtsgebühr bestimmte es auf Fr. 12'000.-- (Dispositiv-Ziffer 2) und auferlegte sie den Beschwerdeführern je zur Hälfte und unter solidarischer Haftung (Dispositiv-Ziffer 3). Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, dass die Unterscheidung zwischen "Bauzonen" und "anderen Zonen" gemäss n§ 1 BVV lediglich eine in Übereinstimmung mit übergeordnetem bestehendem Recht erfolgte Präzisierung bzw. Klarstellung und keine Verschärfung beinhalte. Auch in Bezug auf Ziff. 1.2.4 des revidierten Anhangs zur BVV sei nicht ersichtlich, inwieweit damit die bundes- und kantonalrechtlichen Zuständigkeitsordnungen verletzt würden. Die nun festgeschriebene kantonale Zuständigkeit sei bundesrechtlich verlangt und entspreche der bisherigen Praxis.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 29. Januar 2016 beantragen A._ und die B._ AG, Dispositiv-Ziffer 2 des verwaltungsgerichtlichen Urteils aufzuheben und die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- auf maximal Fr. 4'000.-- zu reduzieren. Eventualiter sei die Vorinstanz zu verpflichten, über die Höhe der Gerichtsgebühr neu zu befinden.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Regierungsrat hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführer halten in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerde berechtigt (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, der angefochtene Entscheid sei bezüglich der Höhe der Gerichtskosten unzureichend begründet.
2.2. Nach der bundesgerichtlichen Praxis zum Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) muss ein Kosten- und Entschädigungsentscheid unter Umständen gar nicht begründet werden oder kann eine äusserst knappe Begründung genügen. Dies gilt insbesondere, wenn es um Kosten geht, die nach Massgabe der einschlägigen kantonalen Bestimmungen pauschal, innerhalb eines gewissen Rahmentarifs, erhoben werden können, was eine gewisse Schematisierung erlaubt. In diesem Fall wird eine besondere Begründung nur verlangt, wenn der Rahmen über- oder unterschritten wird oder die Parteien besondere Umstände geltend machen (<ref-ruling> E. 2a S. 1 f.; Urteil 1C_156/2012 vom 12. Oktober 2012 E. 8.2.2, in: URP 2013 S. 357; je mit Hinweisen).
2.3. Vorliegend bewegt sich die festgelegte Gebühr innerhalb des von § 3 Abs. 3 der Gebührenverordnung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. August 2010 (GebV VGr; LS 175.252) festgelegten Gebührenrahmens für Verfahren ohne bestimmbaren Streitwert (Fr. 1'000 bis Fr. 50'000). Auf eine besondere Begründung konnte deshalb verzichtet werden. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unbegründet.
3.
3.1. Die Beschwerdeführer rügen zudem, die ihnen durch das Verwaltungsgericht auferlegte Gerichtsgebühr verletze das Äquivalenzprinzip, weil sie offensichtlich übersetzt sei.
3.2. Gerichtskosten sind Kausalabgaben, weshalb sie dem Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip genügen müssen. Das Äquivalenzprinzip konkretisiert das Verhältnismässigkeitsprinzip und das Willkürverbot für den Bereich der Kausalabgaben (Art. 5 Abs. 2 und Art. 9 BV). Es bestimmt, dass eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung stehen darf und sich in vernünftigen Grenzen halten muss. Der Wert der Leistung bemisst sich nach dem wirtschaftlichen Nutzen, den sie dem Pflichtigen bringt, oder nach dem Kostenaufwand der konkreten Inanspruchnahme im Verhältnis zum gesamten Aufwand des betreffenden Verwaltungszweigs, wobei schematische, auf Wahrscheinlichkeit und Durchschnittserfahrungen beruhende Massstäbe angelegt werden dürfen. Gerichtsgebühren dürfen die Inanspruchnahme der Justiz nicht verunmöglichen oder übermässig erschweren (Rechtsweggarantie, Art. 29a BV; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 3.3.2 S. 108 f.; Urteil 2C_717/ 2015 vom 13. Dezember 2015 E. 7.1; je mit Hinweisen).
Bei der Beurteilung der Frage, welche Gerichtsgebühr für ein Verfahren angemessen erscheint, steht den kantonalen Gerichten ein grosser Ermessensspielraum offen, den das Bundesgericht respektieren muss. Es kann daher lediglich überprüfen, ob ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Gebühr und dem objektiven Wert der bezogenen Leistung besteht und sich die Gebühr in vernünftigen Grenzen bewegt (Urteil 1C_156/2012 vom 12. Oktober 2012 E. 8.2.2 mit Hinweisen, in: URP 2013 S. 357).
3.3. Die Beschwerdeführer bringen in dieser Hinsicht vor, das angefochtene Urteil umfasse 17 Seiten, wobei die materielle inhaltliche Begründung auf die Seiten 10-16 beschränkt sei. Das Verwaltungsgericht habe zudem das Amt für Raumentwicklung und die Baudirektion zur Stellungnahme eingeladen, wobei sich nur das Amt für Raumentwicklung mit einem 5-seitigen Schreiben geäussert habe. Komplexe Fragen hätten sich aus Sicht des Verwaltungsgerichts keine gestellt, sei es doch zum Schluss gekommen, die Änderung der BVV stelle lediglich eine Präzisierung bzw. Klarstellung des bereits geltenden Rechts dar. Eine hohe zeitliche Beanspruchung des Gerichts sei nicht zu erkennen. Im Weiteren zeige ein Vergleich mit dem Verfahren, das zum bundesgerichtlichen Urteil 1C_328/2015 vom 18. Januar 2016 geführt habe und in dem sich vielfach ähnliche Fragen gestellt hätten, dass die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- übersetzt sei. Obwohl jener Prozess aufwändiger gewesen sei, habe das Verwaltungsgericht die Gerichtsgebühr auf Fr. 3'000.-- festgelegt, das Bundesgericht gar nur auf Fr. 2'000.--. Wenn das Verwaltungsgericht bei der abstrakten Normenkontrolle die Gerichtsgebühren höher ansetze, widerspreche dies dem öffentlichen Interesse, das solchen Verfahren zu Grunde liege. Schliesslich sei darauf hinzuweisen, dass die Gebühr auch im Vergleich zu anderen eine abstrakte Normenkontrolle betreffenden Urteilen des Verwaltungsgerichts sehr hoch ausgefallen sei.
3.4. Das Verwaltungsgericht hält in seiner Vernehmlassung fest, es habe entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer durchaus komplexe Fragen beantworten müssen, so namentlich hinsichtlich der Legitimation. Zudem beurteile es Rechtsmittel gegen Erlasse in Fünferbesetzung. Dies schlage sich einerseits in einem grösseren Zeitaufwand des Gerichts nieder. Andererseits sei die Fünferbesetzung Ausfluss der grossen politischen Bedeutung abstrakter Normenkontrollverfahren und ihrer weitgehenden Auswirkungen. Zudem habe eine mündliche Beratung stattgefunden, was am Verwaltungsgericht den absoluten Regelfall darstelle.
3.5. Die im vorinstanzlichen Verfahren zu beurteilenden Rechtsfragen waren einerseits nicht einfach, andererseits aber auch nicht speziell komplex. Das Verwaltungsgericht stellte sowohl im Rahmen der Eintretensfrage als auch bei der inhaltlichen Beurteilung wesentlich darauf ab, dass die geänderten Bestimmungen nur festhalten würden, was bisher gemäss übergeordnetem Recht ohnehin schon gegolten habe. Ein erhöhter Aufwand ergab sich für das Gericht daraus, dass statt in Dreier- in Fünferbesetzung entschieden wurde. Dies rechtfertigt indessen nur insofern eine Erhöhung der Gerichtsgebühr, als daraus auch ein erhöhter Aufwand resultierte. Weiter ist kein sachlicher Grund dafür ersichtlich, bei abstrakten Normenkontrollen aufgrund einer präsumierten grösseren politischen Bedeutung oder von weitgehenden Auswirkungen solcher Verfahren die Gerichtskosten pauschal höher anzusetzen. Zum einen handelt es sich vorliegend um einen Fall, dessen politische Bedeutung gerade als nicht besonders gross einzustufen wäre, zumal das Verwaltungsgericht selbst davon ausgeht, dass es sich bei den angefochtenen Verordnungsbestimmungen lediglich um eine Klarstellung des bereits geltenden Rechts handelt. Zum andern müssten, der Logik der vorinstanzlichen Argumentation folgend, auch ausserhalb von Normenkontrollverfahren höhere Gebühren auferlegt werden, wenn der Fall politisch bedeutsam ist oder sonst, etwa aufgrund der präjudiziellen Wirkung, weitgehende Auswirkungen zeitigt. Dies muss aus Sicht eines Rechtsuchenden indessen als aleatorisch erscheinen, ist unabhängig von seinem Interesse an der Beurteilung (vgl. E. 3.2 hiervor sowie <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 337 mit Hinweisen) und findet zudem in § 2 GebV VGr keine Grundlage.
Insgesamt erweist sich die vom Verwaltungsgericht festgesetzte Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- deshalb als klar übersetzt und damit als willkürlich.
4.
Die Beschwerde ist daher gutzuheissen und der vorinstanzliche Kostenentscheid aufzuheben. Da der Vorinstanz bei der Festsetzung der Höhe der Gerichtsgebühr ein Ermessensspielraum zukommt, ist die Sache zu deren Neufestsetzung zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Zürich wird verpflichtet, den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten (Art. 68 Abs. 1-2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und Dispositiv-Ziffer 2 des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Dezember 2015 aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Festlegung der Gerichtsgebühr an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold