Sachverhalt:
A.
Die 1969 geborene, als Büroangestellte tätige A._ meldete sich im Juni 2011 unter Hinweis auf Lendenwirbelschmerzen, einen Bandscheibenvorfall und einen Infekt zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Nach beruflichen und medizinischen Abklärungen, namentlich einer interdisziplinären Begutachtung am Zentrum für Interdisziplinäre Medizinische Begutachtungen AG (ZIMB; Expertise vom 28. April 2013), und Gewährung von Frühinterventionsmassnahmen in Form von Anpassungen des Arbeitsplatzes, verneinte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen einen Anspruch auf Invalidenrente (Verfügung vom 3. Juni 2014).
B.
Die dagegen geführte Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen nach Einholung eines orthopädisch-psychiatrischen Gerichtsgutachtens bei der Academy of Swiss Insurance Medicine (asim), Spital B._, vom 3. Mai 2016 gut und sprach A._ in Aufhebung der angefochtenen Verfügung ab 1. Mai 2013 ein halbe Rente der Invalidenversicherung zu (Entscheid vom 26. Oktober 2016).
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid vom 26. Oktober 2016 sei aufzuheben und ihre Verfügung vom 3. Juni 2014 zu bestätigen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet, lässt A._ Abweisung der Beschwerde beantragen.
D.
Mit Verfügung vom 3. Februar 2017 ist der Beschwerde die aufschiebende Wirkung anerkannt worden.
E.
Das Bundesgericht hat am 15. Mai 2017 eine öffentliche Beratung durchgeführt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.
2.1. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz zu Recht die Verfügung der IV-Stelle vom 3. Juni 2014 aufhob und den Anspruch auf eine halbe Invalidenrente ab 1. Mai 2013 bejahte.
2.2. Bei der Beurteilung der Arbeits (un) fähigkeit stützt sich die Verwaltung und im Beschwerdefall das Gericht auf Unterlagen, die von ärztlichen und gegebenenfalls auch anderen Fachleuten zur Verfügung zu stellen sind. Ärztliche Aufgabe ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
2.3. Im Rahmen der freien Beweiswürdigung (<ref-law>) darf sich die Verwaltung - und im Streitfall das Gericht - weder über die (den beweisrechtlichen Anforderungen genügenden) medizinischen Tatsachenfeststellungen hinwegsetzen noch sich die ärztlichen Einschätzungen und Schlussfolgerungen zur (Rest-) Arbeitsfähigkeit unbesehen ihrer konkreten sozialversicherungsrechtlichen Relevanz und Tragweite zu eigen machen. Die medizinischen Fachpersonen und die Organe der Rechtsanwendung prüfen die Arbeitsfähigkeit je aus ihrer Sicht (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 306 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 194 ff.; je mit Hinweisen). Die rechtsanwendenden Behörden haben mit besonderer Sorgfalt zu prüfen, ob die ärztliche Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit auch invaliditätsfremde Gesichtspunkte (insbesondere psychosoziale und soziokulturelle Belastungsfaktoren) mitberücksichtigt, die vom sozialversicherungsrechtlichen Standpunkt aus unbeachtlich sind (vgl. BGE <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2.2.5 S. 355 f.). Wo psychosoziale Einflüsse das Bild prägen, ist bei der Annahme einer rentenbegründenden Invalidität Zurückhaltung geboten (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 303; <ref-ruling> E. 5a S. 299 f.; Urteile 8C_746/2015 vom 3. Februar 2016 E. 2.2 und 9C_146/2015 vom 19. Januar 2016 E. 3.1 mit Hinweisen).
3.
3.1. Das kantonale Gericht mass dem asim-Gutachten vom 3. Mai 2016 sowohl in Bezug auf den medizinischen Sachverhalt als auch die Arbeitsfähigkeitsschätzung volle Beweiskraft bei. Mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit liege ein chronisches lumbovertebrales Schmerzsyndrom, eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10 F32.1) und eine Persönlichkeitsakzentuierung nach Vernachlässigung und ungünstigen Bindungserfahrungen in der Kindheit (ICD-10 Z73.1) vor. Die hieraus gemäss Gutachten resultierende 50 %ige Arbeitsfähigkeit ab Ende Juli 2011 im angestammten Beruf als Büroangestellte, welche Tätigkeit dem Leiden optimal angepasst sei, gelte auch aus rechtlicher Sicht. Denn es sei verfehlt, die einzelnen Diagnosen isoliert zu betrachten, da damit Wechselwirkungen ausgeblendet würden. Die gesamthaft vorhandenen Ressourcen würden eine wesentliche Rolle für die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit spielen, weshalb hier das chronische Schmerzsyndrom und die mittelgradige Depression, vor allem auch vor dem Hintergrund der im Fachgutachten diskutierten Persönlichkeitsaspekte, zu einer gesamthaft um 50 % verminderten Arbeitsfähigkeit führten, wie die Gutachter nachvollziehbar dargelegt hätten. Bei der Qualifikation der Versicherten als Vollerwerbstätige im Gesundheitsfall resultiere nach Durchführung eines Prozentvergleichs ein 50 %iger Invaliditätsgrad mit entsprechender Rente.
3.2. Die IV-Stelle rügt, aus der asim-Expertise ergebe sich mit der Vorinstanz, dass die Beschwerdegegnerin aus rein wirbelsäulenchirurgischer Sicht aufgrund ihrer physischen Beeinträchtigungen in der Arbeitsfähigkeit um 30 % eingeschränkt sei. Soweit das kantonale Gericht aber den asim-Gutachtern mit Blick auf die zusätzlich vorliegende mittelgradige depressive Episode und der Persönlichkeitsakzentuierung insofern gefolgt sei, als sich daraus aus gesamtmedizinischer Sicht eine um 50 % reduzierte Arbeitsfähigkeit als Büroangestellte ergebe, sei dies bundesrechtswidrig. Da keine somatoforme Schmerzstörung oder ein vergleichbarer psychosomatischer Gesundheitsschaden vorliege, habe die Vorinstanz sodann zu Unrecht die Rechtsprechung nach <ref-ruling> 3.4.2 ff. und E. 4.3.1.3 - angewendet. Die vorinstanzliche Würdigung verletzte die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach leichte bis mittelgradige Depressionen, soweit nicht therapieresistent, keinen invalidisierenden Gesundheitsschaden darstellten. Das kantonale Gericht habe ferner zur Therapierbarkeit der Depression nicht Stellung genommen, und daher den Sachverhalt unvollständig festgestellt. Die Akten erlaubten eine entsprechende Sachverhaltsfeststellung durch das Bundesgericht, wobei die Therapiemöglichkeiten nicht ausgeschöpft seien. Es sei daher allein auf die somatisch bedingte Arbeitsunfähigkeit von 30 % gemäss Gutachten abzustellen, woraus sich bei einem Prozentvergleich ein Invaliditätsgrad von 30 % und damit kein Anspruch auf Invalidenrente ergebe.
4.
4.1. Die Parteien sind sich einig, dass die Versicherte in somatischer Hinsicht, bedingt durch das chronische lumbospondylogene Schmerzsyndrom, zu 30 % in ihrer Arbeitsfähigkeit als kaufmännische Mitarbeiterin eingeschränkt ist. Im Raum steht lediglich die (Rechts-) Frage, ob das psychische Leiden in Form einer mittelgradigen depressiven Episode (ICD-10: F32.1) und einer Persönlichkeitsakzentuierung (ICD-10: F73.1), welche die Arbeitsfähigkeit gutachterlicherseits zusammen mit dem somatischen Leiden (vor dem Hintergrund der Persönlichkeitsaspekte) um 50 % reduziert, eine auch rechtlich relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit bewirkt.
4.2. Zu Recht nicht beanstandet wird der Umstand, dass die Vorinstanz die Expertise der asim hinsichtlich des medizinischen Sachverhalts als voll beweiskräftig ansah. Es fehlt demnach gemäss den auf dem Gutachten beruhenden vorinstanzlichen Feststellungen an einem Krankheitsbild, das unter die Rechtsprechung nach <ref-ruling> E. 4.2 S. 298 fällt. Daher kann das darin mit Blick auf den Indikator der psychischen Komorbidität in E. 4.3.1.3 Gesagte, nämlich die Erforderlichkeit einer Gesamtbetrachtung der Wechselwirkungen und sonstigen Bezüge der Schmerzstörung zu sämtlichen begleitenden krankheitswertigen Störungen, nicht unmittelbar auf die Frage der invalidisierenden Wirkung des vorliegenden Gesundheitsschadens übertragen werden.
4.3. Bei depressiven Störungen im mittelgradigen Bereich ist die invalidisierende Wirkung besonders sorgfältig zu prüfen. Es darf nicht unbesehen darauf geschlossen werden, eine solche Störung vermöchte eine voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde (teilweise) Erwerbsunfähigkeit zu bewirken (Urteile 8C_14/2017 vom 15. März 2017 E. 4.2, 9C_125/2015 vom 18. November 2015 E. 7.2.1, 9C_484/2012 vom 26. April 2013 E. 4.3.2.2). Bei leichten bis mittelschweren Störungen aus dem depressiven Formenkreis, seien sie im Auftreten rezidivierend oder episodisch, wird praxisgemäss angenommen, dass - aufgrund der nach gesicherter psychiatrischer Erfahrung regelmässig guten Therapierbarkeit - hieraus keine invalidenversicherungsrechtlich relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit resultiert (statt vieler: BGE <ref-ruling> E. 3.3; SVR 2016 IV Nr. 52 S. 176, 9C_13/2016). Den hier interessierenden leichten bis mittelschweren depressiven Erkrankungen fehlt es, solange sie therapeutisch angehbar sind, an einem hinreichenden Schweregrad der Störung, um diese als invalidisierend anzusehen. Nur in der - seltenen, gesetzlich verlangten Konstellation mit Therapieresistenz - ist den normativen Anforderungen des Art. 7 Abs. 2 zweiter Satz ATSG für eine objektivierende Betrachtungs- und Prüfungsweise Genüge getan (<ref-ruling> E. 3.7.1 bis 3.7.3 S. 295 f.). Ein solcher Sachverhalt muss überwiegend wahrscheinlich und darf nicht lediglich nicht auszuschliessen sein. Zudem muss die Therapie in dem Sinne konsequent gewesen sein, als die aus fachärztlicher Sicht indizierten zumutbaren (ambulanten und stationären) Behandlungsmöglichkeiten in kooperativer Weise optimal und nachhaltig ausgeschöpft worden sind (BGE <ref-ruling> E. 3.3, 137 V 64 E. 5.2; vgl. <ref-ruling> E. 3.7.1 bis 3.7.3 S. 295 f.).
4.4. Entgegen den Darlegungen der Beschwerdegegnerin wird damit bei leichten bis mittelschweren depressiven Erkrankungen nicht im Sinne eines Regel/Ausnahmemodells, wie es die aufgegebene Rechtsprechung zu den somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Störungen kannte, eine Vermutung der Überwindbarkeit der gesundheitlichen Beeinträchtigung geschaffen, die einem ergebnisoffenen Beweisverfahren entgegensteht. Eine Beweiserschwerung ist darin nicht zu sehen. Denn vielmehr fehlt es der vorliegenden psychischen Beeinträchtigung, wie dargelegt, - solange therapeutisch angehbar - bereits diagnosebedingt an einem hinreichenden Schweregrad, um als invalidisierender Gesundheitsschaden zu gelten. Die Voraussetzung einer genügenden Schwere eines Gesundheitsschadens wird nicht nur bei leichten bis mittelschweren Erkrankungen depressiver Art verlangt. Grundsätzlich können einzig schwere psychische Störungen invalidisierend sein. Dementsprechend gilt die Invalidität nach <ref-law> als eingetreten, sobald sie die für die Begründung des Anspruchs auf die jeweilige Leistung erforderliche Art und Schwere erreicht hat. Ein Verstoss gegen das Gleichheitsgebot (<ref-law>) liegt damit nicht vor.
4.5. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführte, äusserte sich das kantonale Gericht nicht zur Therapierbarkeit der Depression. Insoweit die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen lückenhaft sind, kann das Bundesgericht sie selbst ergänzen und die Beweismittel entsprechend frei würdigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 366). Aufgrund der Akten liegt keine konsequente Depressionstherapie vor, deren Scheitern das Leiden als resistent ausweisen würde. Die Experten des asim empfahlen eine psychotherapeutische Betreuung bei chronischem Schmerzsyndrom, um die Strategien im Umgang mit Schmerzen und die Depressivität zu verbessern. Bezüglich der affektiven Störung sei eine leitliniengestützte psychiatrisch-psychotherapeutische Behandlung erforderlich, die die Versicherte vor kurzem aufgenommen habe, wobei sie vom Psychiater auch eine antidepressive Medikation erhalte. Dementsprechend hielten sie im Gutachten (S. 14) fest, eine 70 %ige Arbeitsfähigkeit werde zwar zurzeit als nicht zumutbar erachtet, jedoch bei Verbesserung der Depression in Zukunft für durchaus erreichbar gehalten.
4.6. Mit der Verwaltung liegt hier mit der mittelgradigen depressiven Episode (und den akzentuierten Persönlichkeitszügen; SVR 2012 IV Nr. 52 S. 188 E. 3.1 und 3.3) nach dem Gesagten praxisgemäss keine psychische Störung mit invalidisierender Wirkung vor. Fehlt einer gestellten psychiatrischen Diagnose ein Bezug zum Schweregrad, ist die medizinische Anspruchsgrundlage, welche zur Anerkennung einer Invalidität führt, nicht gegeben, ungeachtet der ärztlich attestierten Arbeitsunfähigkeit (Urteil 8C_814/2016 vom 3. April 2017 E. 5.3.5, zur Publikation vorgesehen). Der vorinstanzliche Entscheid ist insofern bundesrechtswidrig, als er der mittelgradigen depressiven Episode eine rentenbeeinflussende Einschränkung der Erwerbsfähigkeit beimass. Der Ansicht der IV-Stelle folgend, rechtfertigt es sich, hier allein auf die im Gutachten mit 30 % bezifferte somatisch bedingte Leistungseinbusse abzustellen. Von keiner Seite beanstandet wird, dass die Versicherte an ihrer aktuellen Arbeitsstelle als optimal eingegliedert gilt, weshalb bei einer Arbeitsfähigkeit von 70 %, entsprechend ihrem tatsächlich ausgeübten Arbeitspensum gemäss Anamnese im Gutachten, die Arbeitsunfähigkeit von 30 % dem Invaliditätsgrad entspricht. Die Beschwerde ist begründet.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten von der unterliegenden Beschwerdegegnerin zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 26. Oktober 2016 wird aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 3. Juni 2014 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Mai 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Polla