Faits :
A.
Par contrat du 22 juin 2015, X._, Y._ et Z._ ont pris à bail un appartement de 3 pièces dans un immeuble à Nyon, appartenant à A._ SA. Le bail a été conclu pour une durée limitée de 5 ans du 16 septembre 2015 au 15 septembre 2020. Le loyer mensuel net a été fixé à 1'770 fr., un acompte de chauffage et d'eau chaude de 130 fr. et un acompte de frais d'exploitation de 170 fr. étant dus en sus.
La formule officielle de notification de loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail, faisant état d'un loyer net payé par le précédent locataire de 1'331 fr., a été remise aux locataires (<ref-law>).
B.
Par requête du 21 septembre 2015 adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers, Préfecture de Nyon, les locataires ont ouvert action en contestation du loyer initial, en remboursement du trop-perçu et en requalification du bail de durée déterminée en bail de durée indéterminée (<ref-law>).
La conciliation ayant échoué et une autorisation de procéder leur ayant été délivrée (<ref-law>), les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 27 novembre 2015, concluant en substance d'une part, en ce qui concerne la durée du bail, à ce que la clause limitant la durée du bail à 5 ans soit déclarée nulle (I), que le bail soit requalifié en contrat de durée indéterminée, se renouvelant de trois mois en trois mois, aux échéances légales, sauf avis de résiliation donné par l'une ou l'autre des parties trois mois avant la date d'échéance (II) et, d'autre part, en ce qui concerne le montant du loyer, à ce que le loyer net soit déclaré excessif au sens des art. 269 à 269a CO (III), qu'il soit réduit de 770 fr. (IV) et fixé à 1'000 fr. par mois à partir du 16 septembre 2015 (IV).
La défenderesse a conclu à l'irrecevabilité de la demande, au motif qu'il n'était pas possible de joindre des conclusions en contestation du loyer initial soumises à la procédure simplifiée et des conclusions en requalification du contrat (en durée indéterminée) soumises à la procédure ordinaire dans une même demande. Elle a conclu à ce que le Tribunal des baux rende une décision préjudicielle sur la recevabilité des conclusions des demandeurs.
Le 29 avril 2016, le Tribunal a communiqué à la défenderesse qu'il n'entendait pas statuer à titre préjudiciel sur la recevabilité des conclusions, toutes celles-ci relevant de la procédure simplifiée.
La bailleresse ayant requis une décision formelle attaquable, le Tribunal des baux a, par décision du 3 juin 2016, décidé de ne pas statuer à titre préjudiciel sur la question de la recevabilité des conclusions de la demande, considérant que tant les conclusions 1 et 2 que les conclusions 3 à 5 relèvent de la procédure simplifiée; il a refusé d'appliquer l'<ref-law>.
Statuant le 25 juillet 2016, la Chambre des recours civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours de la bailleresse et réformé la décision attaquée en ce sens que les conclusions III à V sont soumises à la procédure simplifiée et que les conclusions I et II de la demande, soumises à la procédure ordinaire, sont disjointes. Elle a considéré que ces dernières conclusions, qui concernent la requalification d'un contrat de bail de durée déterminée en un contrat de durée indéterminée, ne portent pas sur une résiliation de bail et donc sur " la protection contre les congés ou la prolongation du bail " au sens de l'art. 243 al. 2 let. c CPC.
C.
Contre cet arrêt, les locataires ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 23 septembre 2016, concluant en substance à sa réforme dans le sens jugé par le Tribunal des baux le 3 juin 2016. Ils invoquent en particulier que la requalification du contrat de durée déterminée en contrat de durée indéterminée entre dans le champ d'application de l'art. 243 al. 2 let. c CPC.
Après avoir demandé une prolongation de délai pour répondre, la bailleresse a renoncé à déposer une réponse et s'en est remise à justice.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Alors que la défenderesse avait conclu à l'irrecevabilité de la demande au motif qu'il n'est pas admissible de joindre dans une même demande des conclusions soumises à la procédure simplifiée et des conclusions soumises à la procédure ordinaire, le Tribunal des baux, dans sa décision du 3 juin 2016 a refusé " de statuer à titre préjudiciel sur la question de la recevabilité des conclusions de la demande, dans la mesure où tant les conclusions 1 et 2 que les conclusions 3 à 5 relèvent de la procédure simplifiée ". Ce faisant, le Tribunal des baux a matériellement tranché la question qu'il se refusait pourtant à examiner séparément et a admis que toutes les conclusions prises relevaient de la procédure simplifiée. C'est également ce qu'a fait la cour cantonale en statuant en sens inverse, déclarant les conclusions III à V soumises à la procédure simplifiée et donc recevables et les conclusions I et II soumises à la procédure ordinaire et donc en les disjoignant. Elle a ainsi mis fin à la procédure introduite par les locataires sur les questions relatives à la requalification du contrat de bail, en les renvoyant à une procédure selon la procédure ordinaire. Il s'agit-là d'une décision partielle, contre laquelle le recours au Tribunal fédéral est recevable en vertu de l'<ref-law>.
Bien que la cour cantonale ait statué sur recours limité au droit au sens de l'<ref-law>, il n'y a pas lieu de lui renvoyer la cause puisqu'elle a connu de la question litigieuse avec un plein pouvoir de cognition (<ref-law>).
Interjeté pour le reste par les locataires qui ont succombé partiellement sur leurs conclusions (I et II) (<ref-law>), dirigé contre un arrêt rendu en matière de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (<ref-law>), puisqu'il s'agit de savoir si le bail est de durée déterminée ou de durée indéterminée, ainsi que de statuer sur la réduction du loyer, par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (<ref-law>), le recours est par principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2.
Dans un arrêt 4A_47/2016 du 3 octobre 2016, destiné à la publication, le Tribunal fédéral a statué comme suit au sujet de la question de la compétence de l'autorité de conciliation pour statuer par proposition de jugement sur la requalification du contrat de bail de durée déterminée en un contrat de durée indéterminée au regard de l'<ref-law>:
2.1. Aux termes de l'<ref-law>, l'autorité de conciliation peut soumettre aux parties une proposition de jugement dans les litiges relatifs aux baux à loyer ou à ferme d'habitations ou de locaux commerciaux et aux baux à ferme agricoles en ce qui concerne les quatre objets suivants: la consignation du loyer ou du fermage, la protection contre les loyers ou les fermages abusifs, la protection contre les congés, et la prolongation du bail à loyer ou à ferme.
Concernant ces types de baux et ces quatre objets, après opposition à la proposition de jugement et délivrance de l'autorisation de procéder, la procédure se poursuit devant le tribunal selon la procédure simplifiée (sans égard à la valeur litigieuse; art. 243 al. 2 let. c CPC) et en application de la maxime inquisitoire simple (<ref-law>; ou maxime inquisitoire sociale: <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Les art. 210 al. 1 let. b et 243 al. 2 let. c CPC posent des conditions identiques.
A la suite d'une analyse approfondie de l'art. 243 al. 2 let. c CPC, à l'aide des travaux préparatoires, de l'ancien droit et de la doctrine, le Tribunal fédéral a jugé que la notion de " protection contre les congés " doit être comprise dans une acception large, la règle ayant pour but la protection du locataire, lequel doit bénéficier de la procédure simplifiée - moins formelle et plus rapide (<ref-law>) - et d'une plus forte implication du juge par le biais de la maxime inquisitoire simple sans égard à la valeur litigieuse (<ref-law>).
Selon le sens et l'esprit de cette jurisprudence, le litige relève donc de la " protection contre les congés " dès que le tribunal doit se prononcer sur la fin du bail, que ce soit par exemple en raison d'un congé ordinaire ou extraordinaire ou en raison de l'inexistence d'un rapport contractuel ou de l'expiration d'un contrat de bail de durée déterminée; peu importe que le juge ait été saisi par le locataire de conclusions en inefficacité, invalidité, nullité ou annulation à titre principal et/ou subsidiaire, respectivement en prolongation du bail, ou qu'il l'ait été par le bailleur de conclusions principales ou reconventionnelles en expulsion ou en constatation de la fin du bail.
Au vu de l'objectif clair poursuivi par le législateur, à savoir la protection du locataire, il ne se justifie en effet pas de traiter de manière différente, sur le plan procédural, tout particulièrement quant à l'application de la maxime inquisitoire sociale, la question de la fin d'un bail de durée déterminée. Les conséquences pour ce locataire peuvent en effet se révéler aussi lourdes que celles subies par le locataire qui, disposant d'un bail à durée indéterminée, reçoit son congé.
Cela vaut d'autant plus lorsque la question de la requalification est connexe à une action en contestation du loyer initial - qualifié d'abusif - et en fixation judiciaire du loyer, puisqu'on ne saurait exiger des parties, en particulier des locataires, qu'ils doivent intenter deux procédures séparées pour voir tranchée la validité de leur bail.
3.
Il découle de cette jurisprudence que l'art. 243 al. 2 let. c CPC s'applique à la requalification du contrat de bail de durée déterminée en contrat de durée indéterminée. Partant, les conclusions I et II soumises par les locataires au Tribunal des baux sont bien recevables, doivent être traitées en procédure simplifiée et ne peuvent pas être disjointes des conclusions III à V relatives au loyer, dont la recevabilité n'est pas litigieuse.
Le fait que la Commission de conciliation ait constaté l'échec de la conciliation et délivré une autorisation de procéder aux locataires n'y change rien.
4.
Il s'ensuit que le recours des locataires doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que les conclusions I et II prises par les locataires sont recevables.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de l'intimée, qui, même si elle s'en est présentement remise à justice, a provoqué l'incident et causé les frais de recours cantonal et fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les conclusions I et II prises par les locataires devant le Tribunal des baux sont recevables.
2.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure de deuxième instance cantonale, à charge pour elle de retourner le dossier au Tribunal des baux pour suite de la procédure.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours civile.
Lausanne, le 5 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget