Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a notamment condamné W._ pour escroquerie, gestion déloyale aggravée et blanchiment d'argent répété et aggravé, U._, Y._ et X._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé, Z._ pour escroquerie et V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à diverses peines privatives de liberté allant de 36 à 52 mois et à différentes peines pécuniaires avec sursis. Il a acquitté U._, Y._, X._, V._ et Z._ de gestion déloyale et classé la procédure s'agissant de A._ (en raison de son décès).
Le TPF a en outre prononcé différentes créances compensatrices à l'encontre des prévenus condamnés et de la communauté héréditaire de feu A._ allant de 20'000 fr. à 383'646'706 fr. et mis une part des frais à la charge de chacun des prévenus. Il leur a également alloué différents montants à titre de dépens.
Le TPF a prononcé la confiscation de différents montants sur divers comptes, maintenu et levé différents séquestres.
Il a renvoyé MMMMM._ à agir par la voie civile et rejeté, en l'état et dans la mesure de sa recevabilité, sa requête tendant à ce que des valeurs confisquées ou le produit de leur réalisation au sens de l'art. 73 CP, à hauteur de 6'264'572'219 CZK, subsidiairement 3'056'400'606 CZK, lui soient alloués, étant précisé qu'elle cède à l'Etat la part correspondante de sa créance. Il a également rejeté la demande d'indemnité de MMMMM._, dans la mesure de sa recevabilité, et mis une part des frais à sa charge à hauteur de 4000 francs.
B.
Les faits utiles pour l'examen du recours ressortant du jugement sont les suivants.
B.a. La société Mostecka Uhelna Spolecnost A.S (ci-après: MUS) était une société minière tchèque active dans la production et la distribution d'énergie charbonnière produite dans le bassin houiller de la Bohême septentrionale, autour de la ville de Most. Elle a été constituée le 1 er novembre 1993 (numéro d'identification www) par la réunion de trois anciennes entreprises d'Etat tchèques et inscrite le même jour au Registre du commerce, avec siège à Most et un capital social de 8'835'898'000 CZK divisé en 8'835'898 actions (1'502'102 actions nominatives et 7'333'796 actions au porteur) ayant chacune une valeur nominale de 1'000 CZK. Son unique fondateur était le Fonds du Patrimoine national de la République tchèque (ci-après: FNM, organisme chargé de gérer les participations de l'Etat tchèque, notamment leur transfert à des personnes privées ou à des entités publiques), lequel a libéré la totalité du capital social le 1 er novembre 1993, notamment par l'apport de biens matériels énumérés dans l'acte de fondation de MUS. Le capital social de 8'835'898'000 CZK correspondait au prix (dont l'estimation est citée dans le projet de privatisation) des biens mobiliers et d'autres biens des anciennes sociétés nationales mentionnés dans l'acte de fondation. Au jour de sa création, MUS était ainsi détenue exclusivement par l'Etat tchèque. Par la suite, le FNM a cédé 1'585'644 actions au porteur (représentant un total d'environ 17,94% du capital social) à près de 100'000 personnes physiques dans le cadre d'une privatisation dite «par coupons»; il a également cédé 2'100'183 actions au porteur (représentant un total d'environ 23.76% du capital social) à 132 fonds d'investissement. Jusqu'en février 1998, MUS était majoritairement détenue par des entités publiques tchèques. En effet, 46,29% des actions (4'089'763 actions) étaient encore détenus par l'Etat tchèque via le FNM et 8,88% (795'230 actions) par diverses villes et communes tchèques.
Le 19 juin 1995, W._ a été nommé au conseil d'administration de MUS. Il a occupé la fonction de président de ce conseil du 28 août 1998 au 28 août 2000. À compter du 1 er septembre 2002, il a quitté ce conseil et commencé à siéger au conseil de surveillance de MUS, où il a occupé la fonction de président dès le lendemain et ce jusqu'au 20 août 2003.
X._ a été membre du conseil d'administration de MUS du 19 juin 1995 au 30 août 2000, y exerçant la fonction de président jusqu'au 28 août 1998, puis celle de vice-président jusqu'au 25 août 2000. À compter du 31 août 2000, il a siégé au conseil de surveillance de MUS jusqu'au 20 août 2003.
A._, décédé le... 2013, a été nommé au conseil d'administration de MUS le 11 juillet 1997 dans lequel il a siégé jusqu'au 2 septembre 2002. Il a occupé la fonction de vice-président de ce conseil du 25 août 2000 au 2 octobre 2000, puis celle de président du même conseil dès cette dernière date.
V._ a été membre du comité de surveillance de MUS du 28 août 1998 au 31 août 2002.
Le groupe N._ est un groupe financier tchèque établi à Prague en 1994, chapeauté par la société D._, fondée le 22 avril 1994, active dans le conseil financier, principalement le conseil en investissement aux fonds de pension. W._ a été l'un des co-fondateurs du groupe N._ et de D._. Le groupe N._ était détenu et contrôlé par W._ (au travers de la société K._) et Y._. Y._ a été membre du conseil d'administration de D._ du jour de sa fondation, le 22 avril 1994, au 18 février 2003; W._ a été membre du conseil d'administration de D._ du 22 avril 1994 au 6 juin 1997; U._ a été membre du conseil d'administration de D._ du 6 juin 1997 au 4 mars 2003. Le groupe N._ comprenait notamment R._. Société fille de D._, R._ a été fondée le 15 juillet 1994. Y._ a siégé au conseil d'administration de R._ du 28 avril 1997 au 27 octobre 1997; U._ a siégé au conseil de surveillance de R._ du 27 octobre 1997 au 6 novembre 2000. Les ayants droit économiques de N._ étaient Y._ et W._, ce dernier au travers de la société K._
B.b. En substance, entre fin 1996 et mai 1998, W._, X._, A._, U._ et Y._ sont parvenus à s'emparer de la quasi-majorité des actions MUS, payées grâce aux liquidités qui avaient été détournées de MUS au travers d'un contrat de crédit signé avec D._.
Le 2 janvier 1997, X._, président du conseil d'administration de MUS et W._, membre de ce conseil, ont signé, au nom de MUS, un contrat de crédit en faveur de D._, représentée par Y._. Par ce contrat, MUS s'est engagée à fournir à D._ jusqu'à 2'500'000'000 CZK. Quant à D._, elle devait procéder à des achats d'actions de sociétés tierces, dans l'intérêt de MUS, sans toutefois que celle-ci n'apparaisse comme l'acheteuse. Le contrat prévoyait que D._ ne pouvait garder par-devers elle les fonds avancés par MUS qu'à concurrence de 20% au plus par acompte, le solde devant être investi conformément aux buts du contrat, c'est-à-dire en faveur de MUS. En exécution de ce contrat, MUS a transféré, en 15 versements échelonnés entre le 31 décembre 1996 et le 17 avril 1998, au total 2'514'000'000 CZK (valeur totale 115'711'403 fr.), sur un compte détenu par D._ auprès d'une banque tchèque, succursale de Prague.
Sur le total des montants versés par MUS, D._ a utilisé 447'563'581 CZK pour acquérir des actions de sociétés tierces qui ont été transmises à MUS. Pour le surplus, entre le 28 janvier 1997 et le 14 décembre 1998, D._ a transmis, en 85 virements, un montant total de 1'983'999'883.27 CZK au bénéfice de sa société fille R._, laissant un solde en sa faveur de 82'436'536 CZK.
Durant la période concernée, le groupe N._, principalement au travers de D._ et R._, a acquis de très nombreuses actions MUS sur le marché. Elle les a, au fur et à mesure, transmises à différentes sociétés sur lesquelles l'un ou l'autre des prévenus avait directement ou indirectement la maîtrise, avant qu'elles ne finissent, le 22 mai 1998, en possession de SS._ (société fille de PP._ également maîtrisée par les prévenus). C'est ainsi qu'à cette date, cette société possédait 4'416'198 actions, représentant 49,98% du capital-actions de MUS. L'ensemble de ces actions a été acquis au moyen des liquidités transférées par MUS à D._ en exécution du contrat du 2 janvier 1997. Les actions n'ont toutefois jamais été transférées à MUS.
Le " prêt " fondé sur le contrat du 2 janvier 1997 a été remboursé à hauteur de 2'343'829'703 CZK (valeur 63'751'700 USD) au moyen d'un nouveau détournement des fonds de MUS (cf. infra consid. B.d).
B.c. W._, X._, A._, U._ et Y._, avec l'aide de V._ et de Z._, ont fait croire à l'Etat tchèque qu'un investisseur étranger, soit le groupe E._1, avait acquis la majorité des actions MUS au moyen de ses propres deniers et souhaitait acquérir la part de 46,29% appartenant au FNM, toujours grâce à ses propres deniers, incitant dit Etat à vendre ses 46,29% d'actions qui plus est à vil prix. En réalité, W._, X._, A._, U._ et Y._ étaient les véritables titulaires de la majorité des actions qu'ils avaient acquises grâce aux fonds versés par MUS elle-même (sur la base du contrat du 2 janvier 1997) et c'était eux qui cherchaient à s'emparer de la part du FNM qu'ils allaient payer à nouveau au moyen de fonds détournés de MUS. Fondé sur sa fausse représentation de la réalité, l'Etat tchèque a accepté de vendre, le 28 juillet 1999, sa part de 46,29% des actions MUS au prix de 650 mio CZK, soit un prix bien inférieur à sa valeur réelle, subissant de la sorte un dommage estimé à 97'336'600 francs.
B.d. Entre le 8 décembre 1998 et le 30 avril 2002, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ sont parvenus à s'emparer d'un montant de 150 mio USD, au travers de la société DDD._ et de nombreuses autres sociétés-écrans, provenant des liquidités de MUS qu'ils ont utilisé dans leur unique intérêt, soit pour le reverser à MUS en remboursement du prêt du 2 janvier 1997 en faveur de D._ (à hauteur de 2'343'829'703 CZK, valeur 63'751'700 USD), payer le prix d'achat de la part de 46,29% des actions MUS appartenant à la République tchèque (à hauteur de 650'000'000 CZK, valeur 18'835'100 USD) et s'approprier le solde (63'563'200 USD) au travers de nombreuses sociétés-écrans à leur unique profit.
B.e. Après que le 97,66% des actions MUS a été réuni en mains d'une seule société (sur laquelle les prévenus avaient la maîtrise) et que cette part des actions a été revendue (à crédit) à plusieurs reprises à différentes sociétés sur lesquelles les prévenus avaient la maîtrise, elle est parvenue en mains de la société I._ (également maîtrisée par les prévenus).
Le 17 juin 2003, l'assemblée générale de MUS a décidé de dissoudre la société avec transfert d'actifs à son actionnaire principal I._. Le même jour, l'actionnaire unique de I._ a décidé de reprendre les actifs de MUS. Toujours le 17 juin 2003, MUS et I._ ont signé un contrat de reprise d'actifs par l'actionnaire principal, en vertu duquel les actifs de MUS ont été transférés à I._, laquelle est devenue le successeur juridique de MUS. Le 20 août 2003, le numéro d'identification www de la société MUS a été radié du Registre du commerce tchèque. Le même 20 août 2003, la raison sociale de I._ (numéro d'identification xxx) a été changée en Mostecka Uhelna Spolecnost A.S., Pravni Nastupce (MUS_2).
Les assemblées générales de MUS et de I._ ont décidé l'opération précitée sur la base des valeurs comptables des entités au 31 décembre 2002. Dite opération a permis d'exclure de l'actionnariat de MUS_2 les détenteurs des 206'427 actions de MUS qui n'étaient pas détenues par I._, de manière à ce que celle-ci puisse passer d'un contrôle de 97,66% sur MUS à un contrôle de 100% sur MUS_2.
À sa création, la nouvelle entité MUS_2 disposait de fonds propres de 4'290'875'000 CZK. Ce montant a été calculé en soustrayant aux fonds propres cumulés de MUS (9'363'506'000 CZK) et de I._ (1'548'000 CZK, soit 0,016% de ceux de MUS) le prix des actions acquises par I._ à crédit (5'074'179'000 CZK). Les fonds propres de la nouvelle entité étaient représentés par un capital de 4'000'000'000 CZK et des réserves et un bénéfice reporté de 290'875'000 CZK. Ce procédé (combiné à différentes ventes à crédit des actions MUS entre différentes sociétés maîtrisées par les prévenus) a permis l'élimination comptable de la dette de I._ relative à son achat des actions de MUS, laquelle avait été comptabilisée dans les livres de I._. Le 100% des actions MUS_2 était en mains d'Eg._, société maîtrisée par les prévenus.
Ainsi, grâce aux fonds propres détournés de MUS et au terme de ces différentes opérations, les prévenus sont devenus titulaires de 100% des actions MUS (transformée en MUS_2), sans bourse délier.
B.f. Après plusieurs ventes successives des actions MUS_2 au travers de différentes sociétés sur lesquelles les prévenus avaient la maîtrise, les actions MUS_2 ont été vendues à une société nommée J._, pour le prix de 5'940'000'000 CZK, financé grâce à un prêt bancaire garanti par les capitaux de MUS et les actions de MUS_2, prêt remboursé au moyen des revenus de MUS_2. Le 27 mai 2005, l'assemblée générale de MUS_2 a décidé la dissolution de la société et la cession des actifs à son actionnaire unique J._. Le même jour, l'assemblée générale de J._ a décidé la reprise du capital de la société dissoute MUS_2, selon contrat passé entre les deux sociétés intéressées le même 27 mai 2005. Le 4 juillet 2005, le numéro d'identification xxx de la société MUS_2 a donc été radié du Registre du commerce tchèque. Le même 4 juillet 2005, la raison sociale de J._ (numéro d'identification yyy) a été changée en Mostecka Uhelna A.S. (ci-après : MUS_3). Par ce procédé, J._ est devenue successeur en droit de MUS_2, le siège et le numéro d'identification demeurant inchangés. Aux termes du rapport du réviseur relatif à l'exercice 2005 de MUS_3, les actions de la société MUS_3 étaient détenues au 31 décembre 2005 par W._ (40%), A._ (40%), KKK._ (10%) et LLL._ (10%).
Le 9 mai 2006, W._, A._, KKK._ et LLL._ ont vendu à MMM._ (siège à Chypre) 40% des actions MUS_3 pour un prix de 8 mia CZK (valeur 440'693'000 fr.). Le 10 mai 2006, MMM._ a versé ce montant sur un compte auprès du RR._ à Zurich ouvert au nom des quatre prénommés. Ce montant a ensuite été réparti entre W._, A._ qui ont chacun reçu 3 mia CZK (valeur 165'260'000 fr. au jour du paiement) et KKK._ et LLL._ qui ont chacun reçu 1 mia CZK.
Selon le rapport du réviseur NNNNN._, au 31 décembre 2006, les actions de MUS_3 étaient détenues à raison de 40% par MMM._ et de 60% par NNN._, elle-même détenue, au travers d'autres sociétés, par W._ (40%), A._ (40%), KKK._ (10%) et LLL._ (10%).
Le 23 avril 2007, NNN._ a vendu à MMM._ (siège à Chypre) 9% des actions MUS_3 pour un prix de 1,8 mia CZK (valeur 105'166'000 fr.). MMM._ a versé ce montant sur un compte auprès du RR._ à Zurich ouvert au nom de NNN._, dont les ayants droit économiques étaient W._, A._, KKK._ et LLL._. Ce montant a ensuite été réparti entre W._ qui a reçu 880 mio CZK (valeur 51'537'800 fr. au jour du paiement) et A._ qui a reçu 900 mio CZK (valeur 52'709'100 fr. au jour du paiement).
B.g. En résumé, les différents prévenus ont tiré les bénéfices suivants grâce aux faits décrits ci-dessus : Y._ a perçu au moins 12'439'383 fr., X._ 500'000'000 CZK (valeur 15'878'057 EUR, respectivement 24'349'400 fr.); W._ a obtenu un avantage économique de 383'646'706 fr., A._ de 385'818'086 fr., U._ de 207'889'183 fr. et V._ de 36'707'967 francs.
B.h. Le 18 janvier 2008, déclarant agir au nom et pour le compte de «MOSTECKA UHELNA A.S. ( "MUS ") », Me Marc Henzelin, avocat à Genève, a manifesté au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC) la volonté de sa cliente de se constituer partie civile dans le cadre de la procédure. Le 17 novembre 2008, le MPC a décidé d'admettre " la requête de partie civile de MUS ". Le 5 mai 2008, Me Henzelin a informé le MPC qu'il était également chargé de la défense de NNN._ Le 13 mai 2009, Me Henzelin s'est, pour la première fois, adressé au Juge d'instruction fédéral (ci-après: JIF) au nom et pour le compte de " la société MMMMM._, anciennement Mostecka Uhelna A.S., partie civile dans la procédure ". Le 12 mai 2010, Me Henzelin a informé le JIF que son mandat pour la défense des intérêts de NNN._ et de MMMMM._ avait pris fin le jour même. Le 24 juillet 2012, Me Henzelin a informé le TPF qu'il était mandaté pour la défense des intérêts de MMMMM._, laquelle avait fait élection de domicile en son étude.
À plusieurs reprises en cours de procédure, le JIF a invité MMMMM._ à chiffrer et à motiver son éventuel dommage. Le 15 juillet 2010, MMMMM._ a adressé au JIF une lettre rédigée en tchèque, accompagnée d'une traduction en anglais. De la version anglaise de ce document, il ressort que MMMMM._ n'a ni chiffré, ni motivé un éventuel dommage.
Le 16 novembre 2012, MMMMM._ a déposé auprès du TPF un mémoire intitulé " conclusions civiles ", ainsi qu'un classeur d'annexes. Aux termes de cette écriture, MMMMM._ a conclu en substance à ce que les prévenus soient condamnés à lui payer la somme de 6'264'572'219 CZK avec intérêt à 5% l'an à compter du 20 août 2003, à l'allocation en sa faveur des valeurs confisquées ou du produit de leur réalisation au sens de l'art. 73 CP, à hauteur de 6'264'572'219 CZK, étant précisé qu'elle cède à l'Etat la part correspondante de sa créance et à l'allocation d'une indemnité équitable à titre de participation à ses frais d'avocat.
En substance, MMMMM._ prétend que MUS_3 a fait l'objet d'une première scission le 18 septembre 2008 lors de laquelle une partie de ses actifs et passifs sont passés à deux autres sociétés alors qu'elle a continué d'exister et est restée titulaire de la créance en dommages-intérêts contre les prévenus. Le nom de MUS_3 a été changé le 11 décembre 2008 en MMMMM._ Le 14 juin 2010, MMMMM._ a fait l'objet d'une nouvelle scission lors de laquelle une partie de ses actifs et passifs sont passés à deux autres sociétés alors qu'elle a continué d'exister et est restée titulaire de la créance en dommages-intérêts contre les prévenus.
C.
MMMMM._ forme un recours en matière pénale contre le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013. Elle conclut principalement, avec suite de frais et dépens, à la réforme du jugement attaqué en ce sens que les prévenus sont condamnés à lui payer la somme de 6'264'572'219 CZK avec intérêt à 5% l'an à compter du 20 août 2003, que les confiscations et créances compensatrices prononcées sont confirmées et les valeurs confisquées ou le produit de leur réalisation lui sont alloués à hauteur de 6'264'572'219 CZK au sens de l'art. 73 CP, étant précisé qu'elle cède à l'Etat la part correspondante de sa créance. Subsidiairement, elle conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme du jugement attaqué en ce sens que les prévenus sont condamnés à lui payer la somme de 2'066'436'419 CZK plus 86'248'300 USD avec intérêt à 5% l'an à compter du 20 août 2003, que les confiscations et créances compensatrices prononcées sont confirmées et les valeurs confisquées ou le produit de leur réalisation lui sont alloués à hauteur de 2'066'436'419 CZK plus 86'248'300 USD au sens de l'art. 73 CP, étant précisé qu'elle cède à l'Etat la part correspondante de sa créance.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé se référant à son jugement cependant que le MPC) s'en est remis à justice. Ces écritures ont été communiquées à MMMMM._ par envoi du 23 mars 2017.

Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
1.2. Selon l'art. 118 al. 1 CPP, on entend par partie plaignante le lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil. La notion de lésé est définie à l'art. 115 CPP. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction.
En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 5 et les références citées). Les droits touchés sont les biens juridiques individuels tels que la vie et l'intégrité corporelle, la propriété, l'honneur, etc. (Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1148 ch. 2.3.3.1). En revanche, lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 63; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 99 et les références citées). Pour être directement touché, le lésé doit en outre subir une atteinte en rapport de causalité directe avec l'infraction poursuivie, ce qui exclut les dommages par ricochet (arrêts 6B_116/2015 du 8 octobre 2015 consid. 2.1; 6B_549/2013 du 24 février 2014 consid. 2.1 et les références citées).
1.3. Les successeurs d'une personne physique ou morale lésée doivent être considérés comme des lésés indirects, qui en principe (sous réserve des exceptions de l'art. 121 al. 1 et 2 CPP) ne peuvent se constituer partie plaignante dans la procédure pénale. En particulier dans le cadre d'une fusion, le transfert des actifs et passifs prévu par l'art. 22 al. 1 LFus ne confère pas ( per se) à la société reprenante la qualité de partie dans la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 166 et les références citées).
1.4. L'art. 121 CPP règle la transmission des droits des parties plaignantes. Ainsi, si le lésé décède sans avoir renoncé à ses droits de procédure, ceux-ci passent à ses proches au sens de l'art. 110 al. 1 CP, dans l'ordre de succession (al. 1). Quant à l'al. 2, il prévoit que la personne qui est subrogée de par la loi aux droits du lésé n'est habilitée qu'à introduire une action civile et ne peut se prévaloir que des droits de procédure qui se rapportent directement aux conclusions civiles.
1.4.1. L'art. 121 al. 1 CPP ne s'applique qu'aux personnes physiques dès lors qu'une société ne " meurt " pas et n'a pas de " proches " (au sens de l'art. 110 al. 1 CP) qui seraient ses héritiers (<ref-ruling> consid. 4.7.1 p. 167 et l'arrêt cité). En cas de fusion de sociétés, la société reprenante n'exerce pas la fonction de «proche» à l'égard de la société transférante et dissoute (<ref-ruling> consid. 4.9.2 p. 169 et l'arrêt cité).
1.4.2. L'art. 121 al. 2 CPP règle les effets de la subrogation, autrement dit du transfert de par la loi de droits déterminés à des personnes qui ne sont pas elles-mêmes des lésés (arrêt 6B_549/2013 du 24 février 2014 consid. 3.2.1 et la référence citée). Il prévoit ainsi que la personne qui est subrogée de par la loi aux droits du lésé n'est habilitée qu'à introduire une action civile et ne peut se prévaloir que des droits de procédure qui se rapportent directement aux conclusions civiles. Sont en particulier visés le cas de l'Etat qui a versé des indemnités à la victime en application de l'art. 7 al. 1 LAVI (RS 312.5) ou encore les cas de subrogation relevant du droit des assurances, tels qu'ils sont prévus par exemple aux art. 72 al. 1 LCA (RS 221.229.1) ou 72 al. 1 LPGA (RS 830.1) ou dans certains cantons pour les prestations de l'assurance immobilière lors d'incendies (<ref-ruling> consid. 4.9.4 p. 170 s. et les références citées). Aux termes de l'art. 121 al. 2 CPP, seule la subrogation légale est concernée, à l'exclusion du transfert volontaire (par ex. la cession de créances et la reprise de dettes au sens des art. 164 ss et 757 al. 2 CO ou 260 LP; le transfert d'actifs par contrat de transfert ou de fusion au sens des art. 69 ss LFus; <ref-ruling> consid. 4.9.5 p. 171).
La fusion est une transaction volontaire qui se fonde toujours sur un contrat (RITA TRIGO TRINDADE, Commentaire LFus, 2005, n° 3 ad art. 12 LFus). Par conséquent, même si l'art. 22 LFus prévoit que l'ensemble des actifs et passifs de la société transférante sont transférés de par la loi à la société reprenante dès l'inscription de la fusion au Registre du commerce (contrairement à la scission selon l'art. 29 let. b LFus ou au transfert de patrimoine selon les art. 69 ss LFus), ladite fusion se fonde toujours sur un acte volontaire de la part des sociétés concernées. Or, l'art. 121 al. 2 CPP s'applique à la subrogation légale et non à la transmission volontaire de la créance fondée sur le dommage causé par l'infraction. Quand bien même la transmission concernerait l'ensemble du patrimoine du lésé, il n'en reste pas moins qu'il s'agit d'une transmission fondée sur la volonté des parties. La fusion n'implique par conséquent pas une subrogation légale au sens de l'art. 121 al. 2 CPP, lequel ne peut être appliqué à ce type de situation (cf. <ref-ruling> consid. 4.9.5 p. 171; arrêt 6B_549/2013 précité consid. 3.2.1).
1.5. Il ressort du jugement attaqué (cf. supra consid. B.e et B.f) que MUS a fait l'objet d'une fusion par absorption le 17 juin 2003 avec I._ pour devenir MUS_2 entraînant la radiation de MUS du Registre du commerce tchèque. Puis, MUS_2 a elle-même fait l'objet d'une fusion par absorption, le 27 mai 2005, avec J._ pour devenir MUS_3, entraînant la radiation de MUS_2 du Registre du commerce tchèque. La recourante prétend que MUS_3 aurait fait l'objet d'une première scission, le 18 septembre 2008, lors de laquelle une partie de ses actifs et passifs serait passée à deux autres sociétés alors qu'elle aurait continué d'exister et serait restée titulaire de la créance en dommages-intérêts contre les prévenus. Le nom de MUS_3 aurait été changé le 11 décembre 2008 en MMMMM._ Le 14 juin 2010, MMMMM._ aurait fait l'objet d'une nouvelle scission lors de laquelle une partie de ses actifs et passifs serait passée à deux autres sociétés, alors qu'elle aurait continué d'exister et serait restée titulaire de la créance en dommages-intérêts contre les prévenus.
Il ressort également du jugement attaqué que MUS a été victime à tout le moins d'un détournement de 150 mio USD constituant des actes de gestion déloyale aggravée. A ce titre, elle a été directement atteinte dans son patrimoine et a été lésée au sens de l'art. 115 al. 1 CPP. En revanche, au moment des actes incriminés, la recourante n'était pas détentrice des biens juridiquement protégés atteints par l'infraction. Son prétendu intérêt patrimonial résulte indirectement des droits qu'elle prétend avoir acquis et ce postérieurement à la commission de l'infraction. Faute d'avoir été directement lésée par l'infraction - ce que ne démontre par ailleurs pas la recourante - elle ne peut prétendre à la qualité de partie plaignante (au sens des art. 118 al. 1 en relation avec l'art. 115 al. 1 CPP). En outre, conformément à la jurisprudence, elle ne peut fonder sa qualité de partie sur l'art. 121 CPP. En effet, à la suite de la première fusion par acquisition, les actifs et passifs de MUS sont passés à MUS_2 par contrat du 17 juin 2003. Il s'agit d'une transmission volontaire du patrimoine et non d'une subrogation légale qui seule permettrait une application de l'art. 121 al. 2 CPP. Qui plus est, la recourante ne prétend, ni ne démontre qu'il en irait différemment en droit tchèque, pour autant que ce droit soit applicable en l'espèce, étant précisé que le Tribunal fédéral ne revoit l'application du droit étranger que sous l'angle de l'arbitraire, grief qui doit être invoqué et motivé de manière précise, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. arrêt 6B_595/2014 du 13 mai 2015 consid. 3.2 et les références citées). Dès la fusion et la disparition de MUS, aucun des successeurs de celle-ci ne pouvait prétendre à la qualité de partie, en particulier la recourante, sans qu'il ne soit besoin d'établir si celle-ci est véritablement titulaire de l'éventuelle créance en dommages-intérêts fondée sur l'infraction commise au préjudice de MUS.
A défaut de qualité de partie, la recourante n'a pas la qualité pour recourir fondée sur l'art. 81 al. 1 let. a et b. ch. 5 LTF.
2.
Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
2.1. Invoquant son droit d'être entendue, la recourante fait valoir un défaut de motivation du jugement attaqué.
2.1.1. Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Le devoir pour l'autorité de motiver sa décision n'implique pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les arguments invoqués par les parties (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 179; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237 et les références citées). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565).
2.1.2. La recourante reproche au TPF un défaut de motivation de sa décision en ce sens qu'il aurait ignoré son argumentation quant à ses prétentions civiles. Le TPF a motivé en détail pour quels motifs il a estimé que la recourante n'avait pas motivé suffisamment son dommage, partant qu'il ne pouvait lui allouer ses prétentions civiles (cf. jugement attaqué p. 550 s.). Il a également exposé pourquoi il estimait que la recourante n'avait pas établi être l'actuelle titulaire de la prétendue créance en dommages-intérêts de MUS (cf. jugement attaqué p. 552 à 556). Par surabondance, le TPF a encore expliqué pour quelles raisons il considérait que la recourante n'était pas indépendante vis-à-vis des prévenus, en particulier de W._, auteur de l'infraction de gestion déloyale aggravée (cf. jugement attaqué p. 556 à 558). Dans la mesure où la recourante reproche au TPF de ne pas avoir examiné sa version des faits, elle n'invoque pas de grief séparé du fond. En effet, son argumentation vise à remettre en cause l'appréciation du TPF et non à démontrer que celui-ci n'aurait pas motivé sa décision. Il en va de même lorsqu'elle prétend que le TPF aurait violé l'art. 123 CPP. De la sorte, elle ne se plaint en réalité que de ce que ses conclusions civiles ne lui ont pas été allouées. Le grief de la recourante est irrecevable, à défaut de violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel.
2.2. Invoquant son droit d'être entendue, la recourante prétend que le TPF s'est fondé sur un motif juridique dont elle ne pouvait supputer la pertinence. Selon elle, la question de la succession des sociétés dites MUS et de sa légitimation à faire valoir les prétentions en dommages-intérêts de MUS découlant de la présente affaire n'aurait jamais été soulevée, pas plus que la question de l'indépendance de son actionnariat par rapport aux prévenus.
2.2.1. Selon la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., lorsqu'une autorité judiciaire entend fonder sa décision sur une norme légale ou un motif juridique qui n'a pas été évoqué au cours de la procédure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence dans le cas particulier, elle doit alors donner aux parties la possibilité de s'exprimer, à peine de violer leur droit d'être entendues (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 39; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 505; cf. aussi arrêt 6B_1335/2015 du 23 septembre 2016 consid. 2.2 et les références citées).
2.2.2. Pour autant que l'on puisse considérer que le grief soulevé par la recourante constitue un moyen qui peut être séparé du fond, partant qui serait recevable - ce qui apparaît douteux - il est de toute façon mal fondé. En effet, afin d'allouer des prétentions civiles, le juge doit nécessairement examiner le point de savoir si la partie qui y prétend en est titulaire. L'allocation de prétentions civiles par le juge pénal nécessite que la personne qui y prétend ait été lésée par l'infraction, c'est-à-dire directement touchée dans ses droits, et se soit constituée partie plaignante en formulant des conclusions civiles (cf. art. 115 al. 1, 118 al. 1 et 119 al. 2 let. b CPP; supra consid. 1.2). Dans le cadre d'une procédure pénale, le juge est libre de revoir, en tout temps, le point de savoir si la partie plaignante a bien été directement lésée par l'infraction et si elle peut prétendre, à ce titre, à l'allocation de ses prétentions civiles. Son admission en qualité de partie plaignante à un stade antérieur de la procédure n'implique pas que le juge pénal du fond est lié par cette décision (le juge peut par exemple revoir cette question, sans violation du droit d'être entendu, dans le cadre de la procédure de recours, cf. parmi d'autres arrêts 6B_194/2014 du 5 août 2014 consid. 2.2; 6B_1207/2013 du 14 mai 2014 consid. 2.1). La recourante, assistée d'un avocat, pouvait dès lors supputer la pertinence de cette question dans le cas particulier. Il en va de même de la question de l'indépendance de son actionnariat qui a, qui plus est, été retenue par le TPF uniquement par surabondance. Par conséquent, même si la recourante n'a pas été préalablement interpellée sur ces questions, on ne saurait considérer que son droit d'être entendue a été violé. Son grief est infondé dans la mesure où il est recevable.
3.
La recourante conclut à l'allocation au lésé au sens de l'art. 73 CP. Conformément à la jurisprudence, le lésé qui prétend à une telle allocation a un intérêt juridique à l'annulation ou la modification de la décision attaquée au sens de l'art. 81 al. 1 let. b LTF, de sorte que les griefs de la recourante à cet égard sont recevables (arrêts 6B_398/2012 du 28 janvier 2013 consid. 1; 6B_344/2007 du 1er juillet 2008 consid. 1.4).
3.1. Les faits litigieux se sont déroulés entre décembre 1996 et 2002. L'allocation au lésé était alors réglée à l'art. 60 aCP, disposition qui n'a subi, lors de l'entrée en vigueur au 1er janvier 2007 de la modification de la partie générale du code pénal, que des changements sans pertinence du point de vue de la lex mitior (cf. art. 2 al. 2 CP). C'est par conséquent l'art. 60 aCP qui s'applique en l'espèce.
3.2. Aux termes de l'art. 60 al. 1 let. b aCP, si, par suite d'un crime ou d'un délit, une personne a subi un dommage qui n'est couvert par aucune assurance, et s'il est à prévoir que le délinquant ne le réparera pas, le juge allouera au lésé, à sa demande, jusqu'à concurrence des dommages-intérêts fixés judiciairement ou par accord avec celui-ci les objets et valeurs confisqués ou le produit de leur réalisation, sous déduction des frais.
3.3. La recourante se plaint de ce que le TPF l'a renvoyée à agir par la voie civile et se contenterait de rejeter sa requête tendant à l'allocation des valeurs confisquées ou du produit de leur réalisation jusqu'à concurrence de ses prétentions civiles. De la sorte, le TPF ferait fi du droit de la partie civile de requérir également cette allocation ultérieurement et sur la base du jugement qu'elle aura obtenu.
Il apparaît douteux que l'argument de la recourante réponde aux exigences minimales de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF. Quoi qu'il en soit, entre autres conditions, l'allocation au lésé au sens de l'art. 60 al. 1 aCP (et 73 al. 1 CP) nécessite que les dommages-intérêts aient été fixés par un jugement pénal ou civil ou par un accord équivalent (cf. arrêts 6B_176/2011 du 23 décembre 2011 consid. 4.3; 6B_906/2010 du 31 janvier 2011 consid. 2.3.2). En l'occurrence, le TPF a renvoyé la recourante à agir devant le juge civil. Il n'a ainsi pas statué matériellement sur les prétentions de la recourante. En l'absence d'un jugement statuant sur les prétentions de la recourante, l'une des conditions d'application de l'art. 60 al. 1 aCP n'est pas réalisée et c'est à bon droit que le TPF a refusé l'allocation à la recourante. En outre, le TPF a indiqué rejeter " en l'état " la requête en allocation de la recourante. Au vu de la formulation du TPF et contrairement à ce que soutient la recourante, celle-ci ne sera pas empêchée, le cas échéant et si elle en remplit les conditions, de requérir à nouveau l'allocation au lésé au sens de l'art. 60 al. 3 aCP (art. 73 al. 3 CP). Infondé, le grief de la recourante doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Quoique la cause relève du recours en matière pénale, elle revêt un caractère patrimonial déterminant. En ce sens, il n'apparaît pas que la limite pour les frais judiciaires dans les contestations non pécuniaires (cf. art. 65 al. 3 let. a et 5 LTF) soit applicable, mais plutôt celle prévue à l'art. 65 al. 3 let. b LTF. Cela étant, vu le sort du recours et l'absence de qualité pour recourir sur le fond, on peut s'en tenir aux frais usuellement fixés dans le recours en matière pénale. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF). Vu le sort du recours, il n'y avait pas lieu d'inviter les coprévenus ou les tiers ayant saisi le Tribunal fédéral à se déterminer (art. 102 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, aux coprévenus et aux tiers ayant saisi le Tribunal fédéral.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet