Sachverhalt:
A.
A._ fuhr am 1. Dezember 2015 um ca. 10.30 Uhr mit einem Personenwagen auf der Solothurnstrasse in Rüti bei Büren, als er eine Streifkollision mit einem entgegenkommenden Fahrzeug verursachte.
B.
Die Staatsanwaltschaft Berner Jura-Seeland verurteilte ihn mit Strafbefehl vom 18. Januar 2016 gestützt auf u.a. Art. 90 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln und pflichtwidrigen Verhaltens bei einem Unfall zu einer Busse von Fr. 600.--. Dieser Entscheid erwuchs unangefochten in Rechtskraft. Das Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist wies die Staatsanwaltschaft mit Verfügung vom 31. Mai 2016 ab.
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern wertete diese Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften als mittelschwer im Sinne von <ref-law> und entzog A._ den Führerausweis auf Probe bzw. annullierte diesen in Anwendung von <ref-law>. Gleichzeitig wurde verfügt, dass ein neuer Lernfahrausweis frühestens ein Jahr ab Erhalt der Verfügung und nur aufgrund eines die Fahreignung bejahenden verkehrspsychologischen Gutachtens erteilt werden kann.
Die dagegen von A._ erhobene Beschwerde wies die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und -führern (nachfolgend: Rekurskommission) mit Entscheid vom 17. August 2016 ab.
C.
Mit als Beschwerde bezeichneter Eingabe vom 18. November 2016 gelangt A._ an das Bundesgericht und beantragt, der Entscheid der Rekurskommission sei aufzuheben und ihm sei der Führerausweis auf Probe nicht zu entziehen bzw. zurückzugeben.
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, die Rekurskommission und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in der Replik an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über einen Entzug des Führerausweises auf Probe bzw. dessen Annullierung. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz zunächst vor, den Sachverhalt in verschiedener Hinsicht willkürlich festgestellt zu haben. Sie habe seine Aussage, wonach das ihm entgegenkommende Fahrzeug auf seine Fahrbahnhälfte geraten sei, ausser Acht gelassen und sei einzig von dem im Strafbefehl skizzierten Sachverhalt ausgegangen. Zudem habe er aufgrund der relativ geringen Strafe weder mit einem Administrativverfahren rechnen müssen noch sei es ihm angesichts der Umstände - insbesondere der Untersuchungshaft - möglich gewesen, sich rechtzeitig gegen den Strafbefehl zu wehren.
2.2. Nach der Rechtsprechung darf die Verwaltungsbehörde von den tatsächlichen Feststellungen im Strafurteil nur abweichen, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, oder wenn sie zusätzliche Beweise erhebt, sowie wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht sämtliche Rechtsfragen abgeklärt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 368; <ref-ruling> E. 3.1 S. 451). Die Verwaltungsbehörde ist unter bestimmten Umständen auch an die sachverhaltlichen Feststellungen des Strafentscheids gebunden, der im Strafbefehlsverfahren ergangen ist, selbst wenn er ausschliesslich auf einem Polizeibericht beruht. Dies gilt insbesondere dann, wenn der Betroffene weiss oder wissen muss, dass neben dem Strafverfahren ein Administrativverfahren eröffnet wird. Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben muss der Betroffene allfällige Verteidigungsrechte und Beweisanträge im Strafverfahren vorbringen und dort die nötigen Rechtsmittel ergreifen (<ref-ruling> E. 3c/aa S. 103 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 217; Urteil 1C_476/2014 vom 29. Mai 2015 E. 2.3).
2.3. Im Strafbefehl vom 18. Januar 2016 hielt die Staatsanwaltschaft in tatsächlicher Hinsicht fest, der Beschwerdeführer habe als Lenker eines Personenwagens durch ungenügendes Rechtsfahren einen Verkehrsunfall verursacht. Aus dem Bericht der Kantonspolizei Bern vom 21. Dezember 2015 geht ferner hervor, der Beschwerdeführer sei nach einer langgezogenen Linkskurve auf die Gegenfahrbahn geraten und habe dort das entgegenkommende Fahrzeug zuerst am Aussenspiegel und anschliessend an der linken hinteren Seite touchiert. Der Lenker des entgegenkommenden Fahrzeugs habe kurz nach der Kollisionsstelle angehalten und die Polizei anvisiert. Der Beschwerdeführer habe etwas weiter entfernt bei einem Bauernhof gewartet, bevor er auf Anraten seines Vorgesetzten weitergefahren sei. Beide Fahrzeugführer hätten angegeben, mit ca. 50 km/h gefahren zu sein. Der Beschwerdeführer habe im polizeilichen Einvernahmeprotokoll, das zu unterschreiben er verweigert habe, überdies geltend gemacht, das ihm entgegenkommende Fahrzeug sei auf seine Fahrbahnhälfte geraten, weshalb er nach rechts auf einen Grünstreifen habe ausweichen müssen.
Gestützt auf die vorerwähnte Rechtsprechung erwog die Vorinstanz im Wesentlichen, die Verwaltungsbehörden seien vorliegend an die Sachverhaltsfeststellungen der Strafbehörden gebunden. Da dem Beschwerdeführer bereits fünf Mal der Führerausweis entzogen oder annulliert worden sei, habe ihm bewusst sein müssen, dass bei einer Verzeigung wegen Widerhandlungen gegen das SVG nebst dem Strafverfahren auch ein Administrativverfahren geführt werde. Es verstosse gegen Treu und Glauben, wenn er nun im Administrativverfahren Einwände gegen den im rechtskräftig abgeschlossenen Strafverfahren festgestellten Sachverhalt vorbringe. Immerhin habe er drei Tage Zeit gehabt, um sich dagegen zu wehren, bevor er in Untersuchungshaft versetzt worden sei. Es müsse deshalb davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer am 1. Dezember 2015 eine Streifkollision mit einem entgegenkommenden Personenwagen verursacht habe, weil er nach einer Linkskurve mit seinem Fahrzeug auf die Gegenfahrbahn geraten sei.
2.4. Die dagegen vom Beschwerdeführer vorgebrachten Einwände sind nicht geeignet, die Bindungswirkung der Strafverfügung für die Administrativbehörde in Frage zu stellen. Entgegen seiner Auffassung ist es nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung mit Treu und Glauben nicht vereinbar, die strafrechtliche Verurteilung zu akzeptieren und gegen deren tatsächlichen Grundlagen im anschliessenden Administrativverfahren Einwände zu erheben (<ref-ruling> E. 3c/aa S. 103; <ref-ruling> E. 3a S. 217 f.; Urteil 1C_503/2016 vom 12. Januar 2017 E. 3.1.2 mit Hinweisen). Wenn er das Fahrverhalten des ihm entgegengekommenen Motorfahrzeugführers als ursächlich für den Unfall ansah, hätte er seine Kritik an der Sachverhaltsfeststellung bereits mit Einsprache gegen die Strafverfügung bzw. ihrer Aufrechterhaltung geltend machen können und müssen. Dies gilt umso mehr, als der Vorinstanz darin zuzustimmen ist, dass ihm der Führerausweis bereits fünf Mal wegen verschiedener Widerhandlungen entzogen bzw. annulliert worden war, weshalb er mit dem zweigeteilten Straf- und Administrativverfahren im Strassenverkehrsrecht vertraut ist. Insbesondere musste er nach den beiden Führerausweisentzügen wegen Verursachens eines Verkehrsunfalls infolge Nichtanpassens der Geschwindigkeit an die Verhältnisse zumindest davon ausgehen, dass vorliegend neben dem Straf- auch ein Administrativverfahren eröffnet wird. Er vermag daher aus dem Einwand, wonach ihm das Schreiben des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts vom 25. Januar 2016 mit dem Hinweis, allfällige Einwände in sachverhaltlicher Hinsicht seien bereits im Strafverfahren vorzubringen, erst nach Ablauf der Einsprachefrist während der Untersuchungshaft zugegangen sei, nichts zu seinen Gunsten ableiten. Auch ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass er zwischen dem Empfang des Strafbefehls und der Versetzung in Untersuchungshaft durchaus Zeit gehabt hätte, sich gegen den im Strafverfahren festgestellten Sachverhalt zu wehren bzw. jemanden damit zu beauftragen. Im Weiteren handelt es sich bei der Streifkollision trotz der Einstufung als einfache Verkehrsregelverletzung im Strafbefehl nicht um einen Bagatellfall, was sich bereits an der Höhe der ausgesprochenen Busse von Fr. 600.-- zeigt. Indem er die Strafverfügung in Rechtskraft erwachsen und das Gesuch um Wiederherstellung der Einsprachefrist verspätet stellen liess (vgl. <ref-law>), hat der Beschwerdeführer somit die tatsächlichen Feststellungen der Staatsanwaltschaft akzeptiert. Danach hat er als Lenker eines Personenwagens durch ungenügendes Rechtsfahren einen Verkehrsunfall verursacht.
Darauf kann er im Verwaltungsverfahren nicht mehr zurückkommen. Insofern erweist sich sein Vorwurf, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, weil sie ausser Acht gelassen habe, dass der ihm entgegengekommene Fahrzeugführer auf seine Fahrbahnhälfte geraten sei, als unbegründet. Im Übrigen kann in diesem Zusammenhang bemerkt werden, dass er das polizeiliche Einvernahmeprotokoll, in welchem er diese Aussage gemacht hatte, nicht unterzeichnet hat. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz lässt somit in sachverhaltlicher Hinsicht keine Bundesrechtswidrigkeit erkennen.
3.
Strittig ist sodann, ob die Vorinstanz das Verhalten des Beschwerdeführers zu Recht als mittelschwere Widerhandlung im Sinne von <ref-law> einstufte. Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, seine Verfehlung liesse - wenn überhaupt - bloss auf eine leichte Widerhandlung gemäss <ref-law> schliessen. Da infolgedessen lediglich eine Verwarnung auszusprechen gewesen wäre, liege keine zweite Widerhandlung vor, die gestützt auf <ref-law> zu einem Verfall des Führerausweises auf Probe führe.
3.1. Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Gemäss der Rechtsprechung müssen eine geringe Gefahr und ein leichtes Verschulden kumulativ vorliegen (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 141 mit Hinweisen). Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung nach <ref-law> vor (vgl. Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des SVG, BBl 1999 4462, S. 4489; Urteil 1C_656/2015 vom 8. April 2016 E. 2.2). Nach einer solchen wird der Lernfahr- oder Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (<ref-law>). Gemäss <ref-law> verfällt der Führerausweis auf Probe mit der zweiten Widerhandlung, die zum Entzug des Ausweises führt.
Eine Gefahr für die Sicherheit anderer im Sinne von Art. 16a-c SVG ist bei einer konkreten oder auch bei einer erhöhten abstrakten Gefährdung zu bejahen. Eine erhöhte abstrakte Gefahr besteht, wenn in Anbetracht der jeweiligen Verhältnisse des Einzelfalls die Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder gar einer Verletzung naheliegt (Urteil 1C_273/2016 vom 5. Dezember 2016 E. 4.1 mit Hinweis).
3.2. Gemäss <ref-law> müssen Fahrzeuge rechts, auf breiten Strassen innerhalb der rechten Fahrbahnhälfte fahren; sie haben sich möglichst an den rechten Strassenrand zu halten, namentlich bei langsamer Fahrt und auf unübersichtlichen Strecken. Der Beschwerdeführer räumt in Übereinstimmung mit der Vorinstanz ein, dass in Anbetracht der gefahrenen Geschwindigkeit von 50 km/h der Unfall durchaus ernstere Folgen hätte nach sich ziehen und einer der beiden Fahrzeugführer die Herrschaft über seinen Personenwagen verlieren können. Insofern kann es als erwiesen erachtet werden, dass durch die Streifkollision eine Gefahr für die Sicherheit anderer Verkehrsteilnehmer hervorgerufen wurde, die nicht mehr nur als leicht eingestuft werden kann. Ein solches Fahrverhalten kann denn auch nach der Rechtsprechung aufgrund der konkreten Gefährdung der Unfallgegner - auch ohne Vorliegen eines tatsächlichen Personenschadens - durchaus einen Führerausweisentzug wegen einer mittelschweren Widerhandlung nach sich ziehen (vgl. Urteil 1C_476/2014 vom 29. Mai 2015 E. 4.3 betreffend Auffahrunfälle). Der Beschwerdeführer sieht das Verschulden für die Streifkollision indes beim Motorfahrzeugführer des ihm entgegengekommenen Personenwagens. Dies vermag aber nach dem Vorerwähnten nicht zu überzeugen. Vielmehr ist gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer die Streifkollision verursacht und damit auch verschuldet hat. Unter diesen Umständen ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz dessen Fahrverhalten als mittelschwere Widerhandlung im Sinne von <ref-law> erachtet hat. Da ihm der Führerausweis auf Probe unbestrittenermassen bereits mit Verfügung vom 19. Juni 2013 entzogen und die Probezeit mit Verfügung vom 18. November 2013 bis zum 18. Januar 2016 verlängert worden war, stellt die hier zu beurteilende Streifkollision vom 1. Dezember 2015 die zweite Widerhandlung während der Probezeit dar, die mit einem Entzug des Ausweises zu ahnden ist (vgl. <ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 5.3 S. 455 f.). Demnach hält die Annullierung des Führerausweises gemäss <ref-law> vor Bundesrecht stand.
4.
Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Februar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Karlen
Die Gerichtsschreiberin: Pedretti