Der Präsident zieht in Erwägung:
1.
Der Beschwerdeführer trat am 22. April 2014 in die Interkantonale Strafanstalt Bostadel ein. Der Direktor der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel bestrafte ihn mit Disziplinarverfügung vom 10. Februar 2016gemäss Art. 16 Abs. 3 der Hausordnung für die Interkantonale Strafanstalt Bostadel wegen Konsums harter Drogen mit einer Busse von Fr. 100.--. Einem allfälligen Rechtsmittel wurde die aufschiebende Wirkung entzogen. Dagegen legte der Beschwerdeführer Rekurs bei der Paritätischen Aufsichtskommission der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel ein. Der Vizepräsident der Paritätischen Aufsichtskommission wies am 24. Februar 2016 den Antrag des Beschwerdeführers auf aufschiebende Wirkung ab bzw. entschied, dass dem Rekurs keine aufschiebende Wirkung erteilt werde. Die Rekurskommission für die Interkantonale Strafanstalt Bostadel schützte diesen Entscheid am 6. Mai 2016. Sie trat auf das Rechtsmittel nicht ein, soweit der Beschwerdeführer beantragte, die Interkantonale Strafanstalt Bostadel sei anzuweisen, künftigen Disziplinarmassnahmen nicht grundsätzlich die aufschiebende Wirkung zu entziehen.
Der Beschwerdeführer wendet sich mit Beschwerde an das Bundesgericht.
2.
Der angefochtene Beschluss ist kein Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Er schliesst das Verfahren nicht ab, sondern regelt die Frage der aufschiebenden Wirkung des gegen die Disziplinarverfügung erhobenen Rechtsmittels. Er ist mithin ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid gemäss <ref-law>.
Nach <ref-law> ("Andere Vor- und Zwischenentscheide") ist gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Abs. 1 lit. a; vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 S. 291 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 115 ff.; je mit Hinweisen) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (BGE <ref-ruling> E. 1 S. 115 mit Hinweis). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> nicht selbstständig anfechten, da sie ihn mit dem Endentscheid anfechten können, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.6 S. 326 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 292).
Es ist dementsprechend Sache des Beschwerdeführers detailliert nachzuweisen, dass die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.4.2; <ref-ruling> E. 3.2; Urteil des Bundesgerichts vom 27. August 2009 6B_634/2009 E. 1). Schweigt er sich dazu - wie hier - vollständig aus, wiewohl das Vorliegen der Eintretensvoraussetzungen nicht offensichtlich ist, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, dass der vorliegende Zwischenentscheid beim Beschwerdeführer einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken könnte, zumal der Vollzug der Disziplinarstrafe durch Rückzahlung ohne weiteres rückgängig gemacht werden kann, falls das Hauptverfahren zu seinen Gunsten ausgeht.
3.
Auf die Beschwerde ist damit im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Indessen kann ausnahmsweise auf eine Kostenauflage verzichtet werden. Mit dem Nichteintretensentscheid wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung für das Verfahren vor Bundesgericht gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und der Rekurskommission für die interkantonale Strafanstalt Bostadel schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill