Faits :
A.
A.a. Depuis 2009, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête notamment contre D._ (alias E._) et B._. Dans la procédure SV.aaa, ce dernier est prévenu de blanchiment d'argent aggravé (<ref-law>), de défaut de vigilance en matière d'opérations financières (<ref-law>), ainsi que de faux dans les titres (<ref-law>) et a été renvoyé en jugement par acte d'accusation du 19 mai 2015. Par décision du 31 août 2015, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a renvoyé la cause au MPC.
A.b. Donnant suite à une annonce du Bureau de communication en matière de blanchiment (MROS) du 3 novembre 2015, le MPC a ordonné le séquestre, auprès de F._ SA, de relations bancaires encore inconnues dont B._ était titulaire, ayant droit économique ou fondé de procuration. Ont ainsi notamment été séquestrés la documentation bancaire et les avoirs détenus sur le compte n° bbb ouvert au nom de A._ AG, société dont B._ était alors président du conseil d'administration et pour laquelle il détenait un pouvoir de signature individuelle.
A._ AG, par l'intermédiaire du susmentionné, a recouru contre cette décision (BB.eee). Les parties plaignantes - C._ Limited et consorts (ci-après : les intimées) - ont conclu au rejet du recours le 18 janvier 2016. A._ AG a persisté dans ses conclusions les 22 janvier et 4 septembre 2016.
A.c. Le 30 décembre 2015, A._ AG, représentée par B._, a déposé un mémoire de recours intitulé "Beschwerde in Strafsachen mit Antrag auf superprovisorische Verfuegung gegen die Bundesanwaltschaft Lausanne wegen Verweigerung auf Rechtsgehoer und vorsaetzlicher wiederholter Verschleppung von Antraegen zur Bewilligung von faelligen und begründeten Zahlungen zulasten unseres Geschaeftskontos bei G._, Zuerich; 7jährige Vendetta der Bundesanwaltschaft gegen einen der Veraltungsraete der Beschwerdeführerin". La société a pris les conclusions suivantes : "Es sei die Verfügun[gen] des Bundesstaatsanwaltschaft vom 10./11.11.2015 in Bezug auf unsere Geschaeftskonto bei H._ (Beschwerdeführer) im Rahmen der heute faelligen Zinsen und Amortisationen, für welche die Bank das Pfandrecht geniessen, sowie für Zahlungen für die betrieblich notwendigen Kosten wie oben ausgefuehrt mittels einer superprovisorischen Verfuegung aufzuheben" (BB.ccc).
A.d. Par courrier du 14 juillet 2016, A._ AG a sollicité auprès du MPC la levée partielle du séquestre portant sur le compte n° bbb, requête refusée le 22 suivant. Cette décision - adressée par envoi recommandé - n'a pas été retirée par la société et a été reçue en retour par le MPC le 8 août 2016. Le 30 suivant, A._ AG a déposé un recours contre le séquestre portant sur son compte n° bbb, concluant, à titre de mesure superprovisoire, à sa levée pour un montant de 33'405 fr. (BB.ddd).
B.
Le 12 septembre 2016, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a joint les différentes causes. Elle a rejeté le recours du 20 novembre 2015, confirmant le séquestre portant sur le compte n° bbb de A._ AG auprès du F._ SA (BB.eee). Elle a ensuite déclaré le recours du 30 décembre 2015 sans objet s'agissant du déni de justice soulevé et l'a rejeté pour le surplus, vu les griefs similaires à ceux invoqués dans le mémoire du 20 novembre 2015 (BB.ccc). Quant au recours formé le 30 août 2016, il a été déclaré irrecevable, en raison de son dépôt tardif (BB.ddd). L'autorité précédente a enfin retenu que les requêtes de mesures superprovisoires et d'effet suspensif étaient sans objet.
C.
Par acte du 1er octobre 2016, A._ AG, agissant par l'intermédiaire d'un de ses deux membres du conseil d'administration - B._ -, forme un recours contre cet arrêt et prend les conclusions suivantes "Die Verfügung des BStG vom 12.9.2016 sei aufzuheben und der Rekurs der Beschwerdeführerin gegen die vorsorgliche Kontoblockierungsverfügung der Bundesanwaltschaft vom 11.11.2015 sei aufzuheben". A titre subsidiaire, la recourante demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Invités à se déterminer, la Cour des plaintes et le MPC ont renoncé à déposer des observations. Les intimées ont en substance conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le 28 octobre 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Conformément à l'<ref-law>, le présent arrêt sera rendu en français, langue de la décision attaquée, même si le recours a été libellé en allemand comme l'autorise l'<ref-law>.
2.
Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral qui portent sur des mesures de contrainte, dont font partie les décisions relatives au séquestre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 94). Seule cette question - à laquelle se limite d'ailleurs l'objet du litige soulevé devant l'autorité précédente - peut donc être contestée devant le Tribunal fédéral et les griefs sans lien avec cette problématique sont par conséquent irrecevables.
Vu l'issue du litige, les autres questions de recevabilité, dont celles des conclusions prises devant le Tribunal fédéral (<ref-law>) et des pièces produites (<ref-law>), peuvent rester indécises.
3.
Devant le Tribunal fédéral, la recourante ne développe aucune argumentation tendant à remettre en cause la tardiveté du dépôt de son recours contre la décision de refus de levée partielle du séquestre rendue par le MPC le 22 juillet 2016 (BB.ddd; consid. 1.6 de l'arrêt attaqué), problématique traitée donc de manière définitive par la Cour des plaintes.
La recourante reproche en revanche à l'autorité précédente d'avoir confirmé le séquestre de ses avoirs bancaires; cette mesure pourrait avoir comme conséquence sa faillite, n'étant notamment plus à même d'honorer ses obligations en lien avec des biens immobiliers détenus à St-Moritz. La recourante soutient que le séquestre ne pourrait pas tendre à garantir le paiement des frais de procédure, des indemnités, des peines pécuniaires et des amendes dès lors qu'elle n'est pas prévenue et que les fonds en cause seraient sans lien avec les infractions examinées dans le cadre de la procédure pénale ouverte contre son administrateur. La recourante affirme en outre que ce dernier n'aurait aucune maîtrise économique sur elle, étant détenue à 100 % par un tiers. Enfin, selon la recourante, la mesure conservatoire prononcée à son encontre n'aurait été justifiée ni par une éventuelle restitution, ni en vue d'une possible confiscation.
3.1. Le séquestre est une mesure de contrainte qui ne peut être ordonnée, en vertu de l'<ref-law>, que si elle est prévue par la loi (let. a), s'il existe des soupçons suffisants laissant présumer une infraction (let. b), si les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères (let. c) et si elle apparaît justifiée au regard de la gravité de l'infraction (let. d).
Lors de cet examen, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines. Le séquestre pénal est en effet une mesure provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer, à restituer au lésé ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (<ref-law> et 71 al. 3 CP). L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364 et les arrêts cités).
Un séquestre est proportionné lorsqu'il porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une probabilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364); l'intégralité des fonds doit demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part des fonds qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_145/2016 du 1er juillet 2016 consid. 3.1 et les arrêts cités). Les probabilités d'une confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, doivent cependant se renforcer au cours de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4 p. 96; arrêt 1B_416/2012 du 30 octobre 2012 consid. 2.1). Selon la jurisprudence, un séquestre peut en effet apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (<ref-ruling> consid. 11.6 p. 247). En outre, pour respecter le principe de proportionnalité, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (<ref-ruling> consid. 6 p. 336).
3.2. Lorsque l'avantage illicite doit être confisqué, mais que les valeurs patrimoniales en résultant ne sont plus disponibles - parce qu'elles ont été consommées, dissimulées ou aliénées -, le juge ordonne le remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent; elle ne peut être prononcée contre un tiers que dans la mesure où les conditions prévues à l'<ref-law> ne sont pas réalisées (<ref-law>).
Le but de cette mesure est d'éviter que celui qui a disposé des objets ou valeurs à confisquer soit privilégié par rapport à celui qui les a conservés; elle ne joue qu'un rôle de substitution de la confiscation en nature et ne doit donc, par rapport à celle-ci, engendrer ni avantage ni inconvénient. En raison de son caractère subsidiaire, la créance compensatrice ne peut être ordonnée que si, dans l'hypothèse où les valeurs patrimoniales auraient été disponibles, la confiscation eût été prononcée : elle est alors soumise aux mêmes conditions que cette mesure. Néanmoins, un lien de connexité entre les valeurs saisies et l'infraction commise n'est pas requis (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 s. et les nombreuses références citées).
Afin de garantir le prononcé d'une telle créance, l'<ref-law> permet à l'autorité de placer sous séquestre des valeurs patrimoniales sans lien de connexité avec les faits faisant l'objet de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 63). Par "personne concernée" au sens de cette disposition, on entend non seulement l'auteur, mais aussi, à certaines conditions, un tiers favorisé, d'une manière ou d'une autre, par l'infraction (cf. <ref-law> renvoyant à l'<ref-law>). La jurisprudence a aussi admis qu'un séquestre ordonné sur la base de l'<ref-law> peut viser les biens d'une société tierce, dans les cas où il convient de faire abstraction de la distinction entre l'actionnaire - auteur présumé de l'infraction - et la société qu'il détient (théorie dite de la transparence ["Durchgriff"]). Il en va de même dans l'hypothèse où le prévenu serait - dans les faits et malgré les apparences - le véritable bénéficiaire des valeurs cédées à un "homme de paille" ("Strohmann") sur la base d'un contrat simulé ("Scheingeschäft"; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 64 et les nombreuses références citées).
3.3. En l'espèce, il n'y a pas lieu d'examiner les griefs soulevés en lien avec le séquestre en couverture des frais au sens de l'<ref-law> (sur cette notion, cf. arrêt 1B_136/2014 du 14 mai 2014 consid. 2.1 et les arrêts cités). En effet, si la Cour des plaintes n'a pas exclu de manière définitive cette possibilité (cf. consid. 3.11 de l'arrêt attaqué), elle a cependant confirmé le séquestre pour un autre motif, soit en garantie de l'éventuel prononcé d'une créance compensatrice (<ref-law>), respectivement de son allocation aux intimées (cf. consid. 3.12 ss du jugement entrepris).
3.4. Dans le cadre de l'examen de cette mesure conservatoire, l'autorité précédente a retenu, à juste titre, l'existence de charges suffisantes à l'encontre du prévenu B._ (<ref-law>), relevant son concours au co-prévenu afin de blanchir des valeurs patrimoniales présumées provenir d'escroqueries réalisées notamment aux USA, l'utilisation du faux passeport du prévenu D._ pour ouvrir des comptes et effectuer des transferts d'argent en faveur de ce dernier ou à l'attention de véhicules financiers sous son propre contrôle (cf. consid. 3.3 de l'arrêt entrepris). Contrairement ensuite à ce qu'aimerait croire la recourante, le renvoi à l'instruction prononcé le 31 août 2015 ne s'apparente pas à un classement de la procédure ouverte contre son administrateur mais tend à exclure le renvoi de ce seul prévenu devant le juge du fond alors que d'autres prévenus paraissent concernés par le même complexe de faits (unité de la procédure, économie de procédure, garanties procédurales des autres prévenus). Il n'en résulte donc pas que les charges pesant à son encontre seraient abandonnées (cf. à cet égard l'acte d'accusation du 19 mai 2015 de 68 pages renvoyant le prévenu en jugement pour blanchiment d'argent aggravé, faux dans les titres et défaut de vigilance en matière d'opérations financières).
Le séquestre opéré ne viole pas non plus le principe de proportionnalité, notamment quant à son ampleur puisqu'il porte sur un montant de 260'931 francs. La juridiction précédente a en effet expliqué que, selon le MPC, les transferts opérés par B._ porteraient sur USD 55'000'000.-, montant qui proviendrait du bénéfice réalisé (USD 116'000'000.-) par le co-prévenu à la suite de ses activités frauduleuses; dès lors que les montants séquestrés jusqu'alors par le MPC ne s'élevaient qu'à USD 30'000'000.- et que la différence de USD 25'000'000.- n'était plus disponible, un séquestre en vue du prononcé d'une éventuelle créance compensatrice pour le solde était envisageable (<ref-law>; cf. consid. 3.3 et 3.12 du jugement attaqué). Cela vaut d'autant plus que les intimées - qui peuvent, le cas échéant, prétendre à l'allocation de ladite créance (cf. art. 73 al. 1 let. c CP) - soutiennent avoir subi un dommage de USD 200'000'000.-; il leur appartiendra, devant le juge du fond, de démontrer ce préjudice, ainsi que l'absence de toute restitution préalable, notamment dans l'hypothèse où l'une d'entre elles aurait été liquidée dans l'intervalle.
Il y a encore lieu de vérifier si le séquestre pouvait porter sur le compte bancaire de la recourante dès lors qu'elle n'est pas prévenue dans la cause instruite par le MPC. Contrairement tout d'abord à ce qu'elle croit, le défaut de lien de connexité présumé entre ses avoirs et les infractions reprochées au prévenu B._ ne suffit pas pour exclure un séquestre en vue de garantir une créance compensatrice puisque cette mesure n'entre en considération que dans une telle hypothèse. La recourante affirme ensuite que le prévenu susmentionné, certes membre de son conseil d'administration, ne serait pas son détenteur économique dès lors qu'elle appartiendrait à 100% à un tiers ("X"). Elle omet cependant de prendre en considération les pouvoirs conférés à B._ (droit de signature individuelle), qui lui permettent d'agir seul en son nom et pour son compte. La juridiction précédente a de plus relevé qu'un formulaire A concernant un compte de la recourante n'avait pas été produit par la banque concernée, mais retrouvé en revanche dans les locaux de la fiduciaire I._ AG, société détenue et dirigée par B._ (cf. consid. 3.19 du jugement attaqué), constatations que la recourante ne remet pas en cause. A cela s'ajoutent encore l'absence de formulaire A concernant le compte bancaire visé dans la présente cause et la mention dans les documents bancaires y relatifs de devoir adresser une copie de toute correspondance à la fiduciaire I._ AG. Ces différents éléments permettent, sans arbitraire, de retenir que des liens existent entre la recourante et le prévenu B._ et que le second semble à même de pouvoir influencer d'une manière déterminante les décisions de la première, respectivement peut gérer ses actifs et passifs.
Partant, la Cour des affaires pénales pouvait, sans violer le droit fédéral, confirmer le séquestre portant sur le compte bancaire n° bbb détenu par la recourante auprès de F._ SA.
4.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Une indemnité de dépens est allouée aux intimées à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Une indemnité de 1'500 fr. est allouée aux intimées à la charge de la recourante.
3.
Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Ministère public de la Confédération et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 16 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf