Fatti:
A.
Il 25 giugno 2014 A._, nato nel 1983, è stato ferito da un'arma da fuoco mentre si trovava su di un'impalcatura e ha riportato un trauma addominale. Con decisione dell'8 luglio 2015 l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) ha dichiarato estinto il suo obbligo a versare prestazioni. Con decisione su opposizione del 1° ottobre 2015 l'INSAI ha ritenuto l'opposizione irricevibile siccome tardiva.
B.
Il Tribunale delle assicurazione del Cantone Ticino con giudizio del 25 aprile 2016 ha accolto il ricorso, annullato la decisione su opposizione e rinviato la causa all'INSAI affinché "esamini nel merito l'opposizione interposta dall'assicurato ed emani la relativa decisione".
C.
L'INSAI presenta un ricorso in materia di diritto pubblico, chiedendo che il giudizio cantonale sia annullato.
Chiamati ad esprimersi, A._ non ha reagito all'invito, mentre la Corte cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto (art. 95 e 96 LTF). Se il ricorso riguarda, come in concreto, una decisione d'assegnazione o di rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
2.
Anche in sede federale oggetto del contendere è la questione se l'assicuratore poteva a ragione dichiarare l'opposizione tardiva e quindi irricevibile. Visto comunque l'esito della controversia, non occorre esaminare oltre se siano adempiute le condizioni di impugnazione delle decisioni pregiudiziali e incidentali (<ref-law>).
3.
3.1. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni, richiamate le disposizioni legali e la prassi ritenute applicabili, ha accertato innanzitutto che la decisione formale del 9 luglio 2015 è stata notificata al patrocinatore dell'opponente il 10 luglio 2015, ragione per cui il termine di opposizione, considerata la sospensione dei termini estiva, è venuto a scadere il 9 settembre 2015. Ha messo in luce da un lato l'impossibilità dell'assicurato a fornire la prova dell'invio dell'opposizione e da un altro lato due messaggi di posta elettronica inviati all'assicuratore il 10 luglio 2015 e il 27 luglio 2015. A queste e-mail, a cui non è stata data alcuna risposta, i giudici ticinesi hanno confermato la volontà del ricorrente di esprimere un dissenso e di non accettare la decisione. A sostegno di ciò, la Corte cantonale ha accertato l'esistenza di un messaggio di posta elettronica del 16 luglio 2015 destinato al suocero dell'opponente, ove si è trasmesso il testo di un'opposizione recante la data del 13 luglio 2015. Il Tribunale delle assicurazioni ha concluso che l'assicuratore non poteva rimanere passivo e non rendersi conto come vi fosse una situazione non chiara, considerato che nel periodo intercorso tra i due messaggi di posta elettronica non aveva ricevuto alcuna opposizione. L'assicuratore avrebbe pertanto dovuto procedere come all'<ref-law>.
3.2. Il ricorrente censura un'applicazione erronea dell'<ref-law>, mettendo in risalto ripetutamente la circostanza che l'assicurato fosse patrocinato da un avvocato. Contesta altresì la volontà di ricorrere espressa nei messaggi del 10 luglio 2015 e del 27 luglio 2015, poiché il patrocinatore dell'assicurato ha redatto un'opposizione datata 13 luglio 2015, ma mai pervenuta. A torto si rimprovera quindi all'assicuratore alcunché, dovendo un avvocato presentare i rimedi giuridici nelle dovute forme, conservando la prova dell'invio.
4.
4.1. Non è contestata la circostanza che invii per fax, posta elettronica o servizi di messaggeria elettronica (per esempio SMS, MMS, WhatsApp, ecc.) non soddisfano i requisiti della forma scritta (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 154 seg.). Non è quindi decisivo se dai messaggi di posta elettronica del 10 luglio 2015 e del 27 luglio 2015 ne possa essere conclusa una volontà di ricorrere.
4.2. Contrariamente all'argomentazione del ricorrente, dalla combinazione dei messaggi elettronici del 10 luglio 2015 e il 27 luglio 2015, inviati posteriormente l'emanazione della decisione amministrativa, emerge chiaramente che l'opponente si riferisse alla procedura su opposizione. Nel primo invio il di lui patrocinatore ha preso atto della decisione formale dell'8 luglio 2015 "alla quale ovviamente farò opposizione". Nel secondo invio, al di là della richiesta di far eseguire un'ulteriore perizia psichiatrica, ha affermato "in caso negativo mi permetto confermare la richiesta di una decisione rapida per potermi rivolgere al TCA". Mal si comprende la tesi espressa dal ricorrente. Infatti, oggetto di impugnazione dinanzi al tribunale cantonale delle assicurazioni (<ref-law>), in concreto, poteva solo essere una decisione su opposizione (<ref-law>). Dal preteso invio (mai pervenuto all'assicuratore) di un'opposizione il 13 luglio 2015 non si può dedurre nulla di negativo a sfavore dell'assicurato, trattandosi unicamente della formalizzazione di quanto preannunciato in precedenza.
4.3. Nel comportamento dell'opponente non si può nemmeno ravvisare un manifesto abuso di diritto: egli ignorava dell'assenza di un'opposizione al fascicolo. Anche partendo dall'ipotesi più sfavorevole all'opponente, il messaggio elettronico del 27 luglio 2015 era di più di un mese precedente l'ultimo giorno utile del termine legale. La pronuncia dei giudici ticinesi non presta quindi il fianco a critiche. Il giudizio del Tribunale amministrativo federale C-7078/2007 del 13 gennaio 2010 consid. 5.2 non permette nemmeno di trarre le conclusioni auspicate dal ricorrente: in quel caso era criticato l'operato dell'amministrazione, la quale si era limitata a formulare l'invito a sanare un vizio entro un termine suppletorio di cui all'<ref-law> soltanto per semplice posta elettronica.
4.4. Dai due messaggi di posta elettronica l'assicuratore, ricordato il precetto della buona fede (<ref-law>) a cui tutte le autorità sono tenute, doveva per lo meno informare in qualche modo l'assicurato dell'assenza di qualsiasi opposizione e non solamente attendere passivamente lo spirare del termine. Questo a maggior ragione se si pensa che nel medesimo incarto non solo è stato fatto ampio uso della posta elettronica, bensì l'assicuratore ha reagito mediamente nel giro di al massimo un giorno ai messaggi del patrocinatore del ricorrente. In tale ottica, la circostanza che l'opponente fosse patrocinato permane irrilevante, potendo se mai avere un'importanza sulle modalità di informazione con cui l'assicuratore avrebbe dovuto riferire dell'assenza di ogni opposizione (analogamente alla sentenza citata C-7078/2007). A questa stessa stregua può altresì rimanere irrisolta la questione se il ricorrente avesse dovuto procedere come prescrive l'<ref-law>. Per il resto, il ricorrente, a ragione visto il lungo periodo di tempo ancora disponibile dal 27 luglio 2015, non pretende che in concreto non vi fosse ormai più per l'assicurato sufficiente tempo per presentare un'opposizione entro il termine legale (cfr. sentenza 9C_191/2016 del 18 maggio 2016 consid. 4.3.2). Nel suo risultato il giudizio cantonale non è pertanto lesivo del diritto federale.
5.
Ne segue che il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili all'opponente, il quale non ha presentato una risposta.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 800.- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.