Faits :
A.
A.a. A Lausanne, le 10 février 2011, C.A._ a effectué, dans le cadre du recrutement pour le service militaire, des tests sportifs et médicaux; il ressortait en particulier de l'électrocardiogramme (ECG) alors pratiqué un QT de 372 et un QT corrigé (QTc) de 470. Ces résultats ont été examinés par le docteur Y._, médecin en charge de la commission de visite sanitaire, qui a constaté des variations dans le segment ST. En raison de celles-ci, le praticien a soumis le cas au docteur X._, médecin chef du Centre de recrutement de Lausanne. Après l'examen de l'ECG et la prise en compte de l'anamnèse de C.A._ - qui ne faisait état d'aucun précédent de maladies cardiovasculaires ou de mort prématurée dans la famille -, le docteur X._ a considéré que les variations constatées étaient dans les limites de la norme alors en vigueur (500 ms). C.A._ a été en conséquence déclaré apte au service militaire, sans qu'aucun commentaire ne lui soit fait quant aux résultats de son ECG.
Le 2 juillet 2012, C.A._, alors âgé de 19 ans, a débuté son école de recrue à la place d'armes de D._. Le lendemain, lors d'un exercice de course de 4'800 mètres, il a dû s'arrêter à deux reprises, respirait difficilement, transpirait abondamment et a vomi au terme de l'exercice. Le 5 juillet 2012, lors d'une course, il a eu une crampe à la jambe, avait des difficultés à respirer et était rouge, ainsi qu'en sueur. Dès 18h00 ce même jour jusqu'au matin du 6 juillet 2012, il était de service de garde et a fait part à l'un de ses camarades de sa volonté de quitter l'armée. Durant les périodes de repos de la garde, il respirait fortement par la bouche avec des ronflements et des apnées marquantes durant son sommeil. Le 6 juillet 2012 au matin, C.A._ a demandé un entretien avec le psychologue, indiquant que son état mental était au plus bas, et a été dispensé pour cette journée d'activités physiques en raison des crampes de la veille. Entre le 2 et le 6 juillet 2012, C.A._ a échangé des messages "WhatsApp" avec sa mère, y exprimant ses difficultés physiques et psychiques à supporter la vie de caserne.
Vers 23h30 le 6 juillet 2012, quelques minutes après l'extinction des lumières, un de ses camarades de chambre l'a entendu respirer fortement et faire un bruit anormal comme de l'apnée. S'étant rendu auprès de C.A._, ce camarade a constaté que celui-ci ne respirait plus, ainsi que l'absence de pouls au cou et au poignet. Trois camarades, ainsi que l'appointé-chef E._ - arrivé dans l'intervalle - ont placé C.A._ sur le sol et ont commencé des manoeuvres de réanimation; un massage cardiaque a été débuté immédiatement. A 23h48, le personnel infirmier de la place d'armes est arrivé, a poursuivi la réanimation et a administré un choc avec un défibrillateur. Les ambulanciers et la REGA sont arrivés entre 23h55 et 00h05; une intubation, ainsi que deux autres chocs électriques ont été pratiqués avant le départ de l'hélicoptère pour le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) vers 00h40. Aux urgences du CHUV, vers 00h58, la réanimation a été poursuivie jusqu'à la récupération d'un rythme cardiaque. Durant son hospitalisation, aucune récupération neurologique n'a été objectivée et des complications sur les plans respiratoire, rénal et hépatique, ainsi qu'au niveau cardiaque avec des épisodes d'arythmie se sont présentées. Les ECG effectués au CHUV ont montré un allongement de l'intervalle QT. Le 13 juillet 2012, à 01h30, après quatre jours d'hospitalisation, l'état de mort cérébrale a été constaté et le décès de C.A._ déclaré.
Une autopsie médico-légale du corps de la victime a été effectuée le 16 juillet 2012 au Centre universitaire romand de médecine légale. Selon le rapport du 13 novembre suivant, le décès de C.A._ était consécutif à une encéphalopathie anoxique aiguë dans le cadre d'une défaillance multi-organique faisant suite à un arrêt cardio-circulatoire survenu le 6 juillet 2012. Quant à la cause de celui-ci, l'hypothèse la plus probable était celle d'un trouble aigu du rythme cardiaque.
Ces conclusions ont été confirmées par les résultats obtenus lors des analyses moléculaires effectuées au Service de génétique médicale du CHUV en mars 2013, lesquelles ont indiqué qu'un syndrome de QT long de type 3 (QT 3) était à mettre en cause dans le décès de C.A._.
A.b. La justice pénale militaire s'est déclarée incompétente par décision du 26 août 2013, les médecins en cause étant considérés comme des civils.
A.c. Les parents de C.A._, A.A._ et B.A._, ont déposé plainte pénale le 21 octobre 2013 contre les docteurs Y._ et X._, ainsi que contre inconnu.
Par ordonnance du 29 août 2016, le Ministère public central - division affaires spéciales - a ordonné le classement de la procédure dirigée contre X._ et Y._ pour homicide par négligence.
B.
Le 5 décembre 2016, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours intenté contre cette décision par A.A._ et B.A._.
Elle a tout d'abord refusé leur demande de procéder à une contre-expertise médicale (cf. consid. 4.4.1). En se référant principalement au rapport d'expertise réalisé par le Professeur F._, cardiologue spécialisé en électrophysiologie (cf. consid. 4.2), la cour cantonale a ensuite confirmé la décision de classement de la procédure pour homicide par négligence, faute notamment de lien de causalité entre le fait que les deux médecins du Centre de recrutement aient déclaré la victime apte au service militaire et l'arrêt cardio-circulatoire de celle-ci intervenu pendant son sommeil (cf. consid. 4.4.2).
C.
Par acte du 1er février 2017, A.A._ et B.A._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il rende une ordonnance de mise en accusation pour homicide par négligence contre X._, ainsi que contre Y._ et qu'il mette en prévention, pour ce même chef d'infraction, le (s) supérieur (s) hiérarchique (s) des deux précédents en charge de l'organisation des visites médicales au recrutement de février 2011 et/ou en charge de l'application des recommandations de l'armée pour l'interprétation des ECG. A titre subsidiaire, ils demandent le renvoi de la cause au Ministère public afin qu'il ordonne une contre-expertise médicale, puis prenne les deux mesures susmentionnées.
La cour cantonale et le Ministère public ont renoncé à se déterminer, se référant aux considérants de la décision attaquée. Y._ a conclu au rejet du recours. Quant à X._, il a conclu à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. Il y a tout d'abord lieu de préciser que la lettre du 4 janvier 2017 adressée à la cour cantonale par le recourant A.A._ semble être l'expression du profond dépit que peut ressentir un père à la suite du décès tragique de son fils et de l'issue donnée à l'enquête y relative. Ce courrier ne saurait en revanche pas être interprété comme une manifestation claire et sans équivoque d'une volonté de renoncer à recourir au Tribunal fédéral; la cour cantonale n'en a d'ailleurs pas fait état au cours de la procédure fédérale.
1.2. En vertu de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
Ayant perçu de la part de l'assurance-militaire SUVA des montants à titre de tort moral (cf. notamment ad 9 du mémoire de recours), les recourants, mère et père de la victime, ne fondent pas leur qualité pour recourir sur d'éventuelles prétentions complémentaires à ce titre. Ils entendent en revanche obtenir, par adhésion à la procédure pénale, le remboursement des honoraires d'avocat - à hauteur de 49'533 fr. (cf. ad 32 de l'écriture susmentionnée) - engendrés par les différentes procédures qu'ils ont dû entreprendre à la suite du décès de leur fils.
Les frais liés aux démarches judiciaires entreprises par les parties plaignantes ne sauraient cependant constituer des prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF dès lors qu'ils ne découlent pas directement de l'infraction dénoncée (arrêt 6B_928/2016 du 28 mars 2017 consid. 1.2 et les arrêts cités). Les recourants ne disposent donc pas de la qualité pour recourir au sens de la disposition susmentionnée.
1.3. Les recourants font encore valoir un droit de recours fondé sur les art. 10 al. 1 et 3 Cst., 2 et 3 CEDH.
1.3.1. Les art. 10 al. 3 Cst. et 3 CEDH interdisent la torture, ainsi que les peines ou traitements inhumains ou dégradants (sur ces notions, cf. arrêt 6B_465/2016 du 17 mars 2017 consid. 1.2 et les arrêts cités). La jurisprudence considère que la victime de traitements prohibés peut fonder son droit de recours sur les dispositions précitées (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 88).
Ces exigences doivent valoir a fortiori lorsque l'intéressé est décédé des suites d'un traitement prétendument inapproprié. En effet, le droit à la vie, tel qu'il est garanti aux art. 2 CEDH et 10 al. 1 Cst., implique notamment une obligation positive pour les Etats parties de préserver la santé et la vie des personnes placées sous sa responsabilité. Ce droit nécessite une protection juridique accrue. Ces dispositions sont appliquées la plupart du temps dans des cas où l'individu est soumis à des actes de violence infligés par des agents de police ou de détention (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 88 s. et les arrêts cités).
Cette protection que l'Etat doit offrir aux personnes se trouvant dans une situation de vulnérabilité s'étend également aux conscrits au service militaire obligatoire (NATHANAËL PÉTERMANN, Les obligations positives de l'Etat dans la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme, thèse, 2014, chapitre premier : le droit à la vie, p. 205). Cette configuration particulière impose ainsi à l'Etat d'assurer une protection effective des conscrits qui pourraient se voir exposés aux dangers inhérents à la vie militaire et prévoir des procédures adéquates permettant de déterminer les défaillances ainsi que les fautes qui pourraient être commises en la matière par les responsables à différents échelons. Dans ce contexte s'inscrit aussi la mise en place par les établissements sanitaires concernés de mesures réglementaires propres à assurer la protection des appelés; les actes et omissions du corps médical militaire dans le cadre des politiques de santé les concernant peuvent, dans certaines circonstances, engager leur responsabilité sous l'angle de l'art. 2 CEDH (arrêt de la CourEDH Kilinç contre Turquie, requête n° 40145/98 du 7 juin 2005 § 40-43 p. 11).
En Suisse, tout Suisse est astreint au service militaire (art. 2 de la loi fédérale du 3 février 1995 sur l'armée et l'administration militaire [LAAM; RS 510.00]); la recrue déclarée apte au service n'a dès lors en principe pas d'autre choix que d'effectuer ensuite son école de recrue. Le devoir de protection incombant à l'Etat est notamment concrétisé par l'examen médical auquel sont soumises les futures recrues. Ainsi, est apte au service la personne qui, du point de vue médical, satisfait physiquement, intellectuellement et psychiquement aux exigences du service militaire, respectivement du service de la protection civile et qui, dans l'accomplissement de ces services, ne nuit pas à sa santé ni à celle d'autrui (art. 2 al. 1 de l'ordonnance du 24 novembre 2004 [OAMAS; RS 511.12, version en vigueur entre le 1er janvier 2005 et le 31 décembre 2012; RO 2004 4955; RO 2012 6493]; PÉTERMANN, op. cit., § 4 p. 392 s.).
1.3.2. Une violation de l'art. 3 CEDH n'apparaît ainsi pas d'entrée de cause exclue. En effet, vu le devoir de protection accrue s'imposant aux Etats en cas de service militaire obligatoire, il ne peut être exclu, au stade de la recevabilité, que la défaillance dont souffrait la victime ait été exacerbée par un traitement - soit en l'occurrence les activités physiques ordonnées durant l'école de recrue - dont les autorités peuvent être tenues pour responsables (arrêt de la CourEDH Pretty c. Royaume-Uni du 29 avril 2002, Recueil CourEDH, 2002 III 203 § 52, également in EuGRZ 2002 234 et in PJA 2003 1488).
Partant, la qualité pour recourir doit être reconnue aux deux recourants.
2.
Invoquant notamment un établissement manifestement inexact des faits, ainsi qu'une violation du principe "in dubio pro duriore", les recourants reprochent à l'autorité précédente d'avoir considéré que les conditions de réalisation de l'infraction d'homicide par négligence (<ref-law>) ne seraient pas réalisées, notamment celle relative au lien de causalité naturelle et adéquate.
2.1. A teneur de l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de la procédure lorsque, parmi d'autres cas, aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a) ou les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b).
Le principe "in dubio pro duriore" découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 2 CPP en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91). Il signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peut être prononcé par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 190).
2.2. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, par négligence, aura causé la mort d'une personne sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
La réalisation de cette infraction suppose la réunion de trois conditions : le décès d'une personne, une négligence et un lien de causalité entre la négligence et la mort (<ref-ruling> consid. 3 p. 147).
Il faut tout d'abord que l'auteur ait, d'une part, violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et que, d'autre part, il n'ait pas déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir. Pour déterminer concrètement les devoirs découlant de l'obligation de diligence, le juge peut se référer à des dispositions légales ou réglementaires régissant l'activité en cause, à des règles émanant d'associations privées ou semi-publiques reconnues ou encore se fonder sur les principes généraux ou une expertise (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 64 s.). L'auteur viole les règles de la prudence s'il omet, alors qu'il occupe une position de garant (art. 11 al. 2 et 3 CP; sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 251 s.) et que le risque dont il doit empêcher la réalisation vient à dépasser la limite de l'admissible, d'accomplir une action dont il devrait se rendre compte, de par ses connaissances et aptitudes personnelles, qu'elle était nécessaire pour éviter un dommage. S'il y a eu violation des règles de la prudence, encore faut-il que celle-ci puisse être imputée à faute, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 s.).
Il faut ensuite qu'il existe un rapport de causalité entre la violation fautive du devoir de prudence et le décès de la victime. En cas de violation du devoir de prudence par omission, il faut procéder par hypothèse et se demander si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance du résultat qui s'est produit, pour des raisons en rapport avec le but protecteur de la règle de prudence violée. Pour l'analyse des conséquences de l'acte supposé, il faut appliquer les concepts généraux de la causalité naturelle et de la causalité adéquate (<ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 264 s.). L'existence de cette causalité dite hypothétique suppose une très grande vraisemblance; autrement dit, elle n'est réalisée que lorsque l'acte attendu ne peut pas être inséré intellectuellement dans le raisonnement sans en exclure, très vraisemblablement, le résultat (<ref-ruling> consid. 4a p. 185). La causalité adéquate est ainsi exclue lorsque l'acte attendu n'aurait vraisemblablement pas empêché la survenance du résultat ou lorsqu'il serait simplement possible qu'il l'eût empêché (arrêt 6B_315/2016 du 1er novembre 2016 consid. 5).
Il y a rupture du lien de causalité adéquate, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante - par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou celui d'un tiers - propre au cas d'espèce constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait pas s'y attendre. Cependant, cette imprévisibilité de l'acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à celui-ci, notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 168 et les références citées).
2.3. Selon la jurisprudence, la particularité de l'art médical réside dans le fait que le médecin doit, avec ses connaissances et ses capacités, tendre vers le résultat désiré, mais n'a pas l'obligation de l'atteindre ou même de le garantir. Les exigences que le devoir de prudence impose au médecin dépendent des circonstances du cas d'espèce, notamment du genre d'intervention ou de traitement, des risques qui y sont liés, du pouvoir de jugement ou d'appréciation laissé au médecin, des moyens à disposition et de l'urgence de l'acte médical. La responsabilité pénale du médecin n'est pas limitée à la violation grave des règles de l'art médical. Il doit au contraire toujours soigner ses malades de façon appropriée et, en particulier observer la prudence imposée par les circonstances pour protéger leur vie ou leur santé. Par conséquent, le médecin répond en principe de tout manquement à ses devoirs (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 177 s.; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 11 s. et les références citées).
Le médecin ne viole son devoir de diligence que lorsqu'il pose un diagnostic ou choisit une thérapie ou une autre méthode qui, selon l'état général des connaissances professionnelles, n'apparaît plus défendable et ne satisfait ainsi pas aux exigences objectives de l'art médical (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 177 s.; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 12; arrêt 6B_999/2015 du 28 septembre 2016 consid. 5.1). Les règles de l'art médical constituent des principes établis par la science médicale, généralement reconnus et admis, communément suivis et appliqués par les praticiens. Savoir si le médecin a violé son devoir de diligence est une question de droit; dire s'il existe une règle professionnelle communément admise, quel était l'état du patient et comment l'acte médical s'est déroulé relève du fait (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 124; arrêt 6B_1031/2016 du 23 mars 2017 consid. 6.4).
3.
Il y a lieu tout d'abord d'examiner la condition de la violation du devoir de prudence.
3.1. La cour cantonale a retenu que le docteur X._ avait une position de garant; cette conclusion découlait de sa qualité de médecin-chef, de l'information reçue de son subordonné concernant les anomalies décelées à l'ECG de la victime (cf. en particulier la mention "QT-Verlängerung"), ainsi que de sa participation, le 18 novembre 2010, à une séance d'information sur les nouvelles recommandations d'interprétation des ECG et sur l'abaissement, dès le 1er mars 2011, des valeurs plafonds (de 500 ms à 470 ms). Selon l'autorité précédente, le docteur X._ était ainsi conscient que le conscrit présentait, au moment de son recrutement, un QT long et en limitant son analyse aux antécédents familiaux sans ordonner un nouvel ECG, voire la consultation d'un spécialiste ou une analyse génétique - mesures préconisées par l'expert -, il passait outre son devoir de prudence.
S'agissant ensuite de la violation d'un devoir de prudence de la part du docteur Y._, la juridiction précédente a laissé la question ouverte. Elle a cependant relevé qu'il avait également constaté l'anomalie, puisqu'il avait soumis le cas à son supérieur; vu l'expérience de ce dernier - le docteur Y._ n'ayant commencé son activité dans le cadre du recrutement que le 3 janvier 2011 -, il n'avait donc pas ordonné de son propre chef des examens complémentaires, le docteur X._ ayant laissé entendre que l'on pouvait y renoncer. La cour cantonale a également constaté que le docteur Y._ n'avait pas non plus alors connaissance de l'abaissement de la norme plafond envisagée. L'autorité précédente a cependant relevé que le docteur Y._ avait admis que, dans le civil, il aurait appelé un cardiologue pour déterminer si le patient présentait un risque cardiaque.
3.2.
3.2.1. Les recourants reprochent tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir omis le fait que le docteur Y._ aurait relevé deux anomalies, soit celle du segment ST, ainsi que celle du segment QT. La cour cantonale a cependant retenu que c'était en raison des variations du segment ST que le praticien avait soumis l'ECG à son supérieur (cf. A/b p. 2 de l'arrêt attaqué). En tout état de cause, les recourants n'expliquent pas en quoi cela démontrerait que le docteur Y._ ne pouvait pas se fier à l'avis du médecin chef.
3.2.2. Dans un deuxième grief, les recourants soutiennent que le docteur Y._ aurait failli à son devoir d'information.
L'information médicale fait partie des obligations professionnelles générales du thérapeute, peu importe que celui-ci agisse en vertu d'un contrat de droit privé, en qualité de fonctionnaire ou d'employé de l'Etat (<ref-ruling> consid. 2a p. 200).
Il incombe au médecin de donner au patient, en termes clairs, intelligibles et aussi complets que possible, une information sur le diagnostic, la thérapie, le pronostic, les alternatives au traitement proposé, les risques de l'opération, les chances de guérison, éventuellement sur l'évolution spontanée de la maladie et les questions financières, notamment relatives à l'assurance (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 129 et les nombreux arrêts cités; pour plus de détails sur le contenu, voir notamment MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, La responsabilité du médecin, Aspects de droit civil, pénal et administratif, 2017, n° 2.2 p. 44 ss; CORALIE DEVAUD, L'information en droit médical, Etude de droit suisse, thèse 2009, section 3, p. 145 ss). Ces informations - en tant que préalables nécessaires - doivent permettre au patient de se prononcer sur le traitement proposé en toute connaissance de cause et ainsi de pouvoir donner un consentement libre et éclairé (HIRSIG-VOUILLOZ, op. cit., n° 2 p. 41; AEBI-MÜLLER/FELLMANN/GÄCHTER/ RÜTSCHE/TAG, Arztrecht, 2016, § 4/I/1 n° 1 s., p. 107 s.; DEVAUD, op. cit., section 1, p. 141).
Des limitations voire des exceptions au devoir d'information du médecin ne sont admises que dans des cas très précis, par exemple lorsqu'il s'agit d'actes courants sans danger particulier et n'entraînant pas d'atteinte définitive ou durable à l'intégrité corporelle, s'il y a une urgence confinant à l'état de nécessité ou si, dans le cadre d'une opération en cours, il y a une nécessité évidente d'en effectuer une autre. On ne saurait non plus exiger que le médecin renseigne minutieusement un patient qui a subi une ou plusieurs opérations du même genre; toutefois, s'il s'agit d'une intervention particulièrement délicate quant à son exécution ou à ses conséquences, le patient a droit à une information claire et complète à ce sujet (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 129; <ref-ruling> consid. 2a p. 458 et les arrêts cités; HIRSIG-VOUILLOZ, op. cit., n° 2.3 p. 52 ss; AEBI-MÜLLER/FELLMANN/ GÄCHTER/RÜTSCHE/TAG, op. cit., § 4/V n° 143 ss p. 154 ss; DOMINIQUE MANAÏ, Le devoir d'information du soignant, in LA HARPE/UMMEL/ DUMOULIN (éd.), Droit de la santé et médecine légale, 2014, p. 259 ss; DEVAUD, op. cit., chapitre 6 p. 183 ss). Une limite particulière découle aussi du privilège thérapeutique, qui permet, le cas échéant, que l'information donnée au malade ne suscite pas chez lui un état d'appréhension préjudiciable à sa santé; un pronostic grave ou fatal peut être caché au patient, mais doit en principe être révélé à ses proches; il appartient en définitive au médecin d'apprécier les risques d'une information complète et de limiter si nécessaire cette information à ce qui est compatible avec l'état physiologique et psychologique du malade. Le devoir d'informer tombe au surplus s'il ressort des circonstances de l'espèce que le patient est déjà renseigné ou est censé l'être (par exemple s'il est lui-même médecin), ou encore s'il donne son accord au traitement proposé en renonçant expressément ou par une attitude sans équivoque à recevoir de plus amples informations (<ref-ruling> consid. 6c p. 288; HIRSIG-VOUILLOZ, op. cit., n° 2.3.5 p. 55 ss AEBI-MÜLLER/FELLMANN/GÄCHTER/RÜTSCHE/TAG, op. cit., § 4/V/2 n° 144 ss p. 155 s.; MANAÏ, op. cit., p. 261; DEVAUD, op. cit., section 5 p. 190 ss).
En l'occurrence, la victime n'a pas été avertie des résultats de son ECG (cf. let. A/b p. 2 de l'arrêt attaqué). Certes, un diagnostic définitif n'a pas été établi au moment du recrutement. Il est toutefois incontesté que l'ECG a mis en évidence - ainsi que l'ont remarqué les deux praticiens à qui il a été soumis - un syndrome de QT long, défaillance dont les conséquences ne sont pas anodines.
On ne voit toutefois pas quel motif particulier justifierait en l'espèce de ne pas informer le patient - qui ignorait alors tout de cette problématique - des résultats de son ECG et du diagnostic pouvant en découler. Certes, l'intimé Y._ relève à juste titre que le médecin du recrutement n'a pas à procéder à un bilan de santé complet d'un patient (cf. ses observations du 18 août 2017 ad 1.2.3.2 p. 5). Cela étant, si on ne peut exiger que des mesures supplémentaires en lien avec l'ECG soient prises dans le cadre militaire où lesdits résultats étaient alors conformes aux normes permettant de déclarer une recrue apte au service, on peut en revanche attendre du médecin ayant analysé les résultats qu'il en informe l'intéressé (DEVAUD, op. cit., section 3 sur le diagnostic, p. 147) et, le cas échéant, lui conseille une consultation, notamment chez un spécialiste. Dans l'ignorance de son état, la victime s'est trouvée par conséquent dans l'impossibilité de prendre les mesures nécessaires notamment pour faire confirmer le diagnostic envisagé et, le cas échéant, pour diminuer les risques pouvant en découler (cf. à cet égard, le procès-verbal d'audition de l'expert, l. 209 ss, qui préconise d'éviter certains sports de compétition, ainsi que certains médicaments et suggère la possibilité de prescrire des bétabloquants à but préventif). On s'étonne d'autant plus de l'absence d'information que les médecins en cause, s'ils avaient identifié un QT long, ignoraient en revanche de quel type il s'agissait. Tant qu'un diagnostic définitif n'est pas établi mais qu'une suspicion de syndrome grave existe, le principe de prudence paraît imposer de prendre toutes les mesures possibles, la première étant d'informer le patient, en particulier si des précautions - par exemple en cas d'activités physiques qui sortiraient du cadre habituel des sports peut-être pratiqués - doivent être suivies (de cet avis en cas de simples soupçons, AEBI-MÜLLER/FELLMANN/GÄCHTER/RÜTSCHE/TAG, op. cit., § 4/II/2/b/bb n° 26 ss p. 116 s.; voir également, sous l'angle d'une limitation du privilège thérapeutique, MANAÏ, op. cit., p. 261 et DEVAUD, op. cit., section 3 p. 147 qui préconisent en substance un degré d'information tenant compte de la situation concrète - psychologique et physiologique du malade - ou du diagnostic posé). Ce devoir de prudence s'impose d'autant plus que les recrues ne revoient en principe pas les médecins du recrutement, à l'inverse peut-être d'un médecin de famille; celui-ci semble mieux à même de suivre l'évolution de soupçons dans l'hypothèse où il serait admissible qu'il ne les partage pas immédiatement avec son patient.
Il y a lieu au demeurant de relever que cette violation des devoirs de prudence - par le défaut de toute information - est indépendante de l'éventuelle aptitude au service et/ou de la question du lien de causalité telle qu'examinée dans l'arrêt attaqué (cf. également consid. 3.3 ci-après), puisqu'il s'agit alors de déterminer si une information, respectivement une consultation subséquente que dite information aurait induite et/ou des moyens thérapeutiques, auraient pu éviter l'arrêt cardio-circulatoire découlant du syndrome QT long 3 dont souffrait la victime. Mis à part les quelques mesures indiquées par l'expert lors de son audition et rappelées ci-dessus, cette problématique n'a pas été examinée plus en détail et, par conséquent, une interpellation de celui-ci sur cette question, notamment les traitements qui auraient pu être envisagés, s'impose.
En ne se prononçant pas sur la problématique du défaut d'information à la victime, respectivement la possible position de garant détenue par le docteur Y._, la cour cantonale viole le droit fédéral et ce grief doit être admis.
3.3. Il y a lieu ensuite d'examiner la question du lien de causalité, nié par l'autorité précédente, entre la décision déclarant la victime apte au service militaire et son tragique décès lors de l'école de recrue.
A cet égard, la juridiction précédente a relevé que les deux médecins mis en cause ont constaté un allongement du QT, mais qu'ils n'ont pas entrepris d'analyses complémentaires permettant de spécifier de quel type du syndrome souffrait le conscrit (1, 2 ou 3) et l'ont déclaré apte au service. Elle a ensuite relevé que l'autopsie et l'analyse moléculaire avaient permis de poser le diagnostic de syndrome de QT long de type 3; selon l'expert, le décès des personnes affectées de ce syndrome particulier intervenait dans les phases de repos et n'était pas en lien avec une activité physique particulière ou le stress. A cet égard, la cour cantonale a relevé que la victime avait été dispensée d'efforts physiques le jour précédent son malaise et que s'il était assurément stressé et fatigué (cf. les messages échangés avec sa mère et sa demande d'entretien adressée au psychologue militaire), la probabilité médicale d'un lien entre ces différents éléments et l'arythmie cardiaque dont il avait été victime était inférieure à 10%.
L'autorité précédente a donc nié l'existence d'un lien de causalité entre le fait que les deux médecins avaient jugé la victime apte au service militaire et son décès; en effet, indépendamment de la négligence qui pourrait être reprochée - notamment au docteur X._ (cf. consid. 4.3 de l'arrêt entrepris p. 13) -, les mesures qui auraient pu être préconisées (nouvel électrocardiogramme, recours à un spécialiste, informations au patient et éventuelles réserves mises à l'aptitude au service militaire) auraient tout au plus permis de supprimer ou de limiter les efforts physiques du conscrit, mais n'auraient selon toute vraisemblance pas permis d'éviter directement le décès de la victime intervenu pendant son sommeil.
En application du principe "in dubio pro duriore", ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, il se limite à exclure un lien entre les activités physiques effectuées durant les premiers jours de l'école de recrue et le décès de la victime. Tel aurait pu être le cas s'il n'était pas établi que la victime avait rencontré d'importantes difficultés durant ces pratiques sportives (cf. ad A/b p. 2 de l'arrêt attaqué).
En effet, si la probabilité d'un lien entre les activités sportives et le décès intervenu durant la nuit est faible en cas de syndrome QT long de type 3, elle n'est pas inexistante (10% selon l'expert). L'expert a d'ailleurs expliqué lors de son audition qu'une activité physique - citant un marathon - pouvait déclencher une hypokaliémie (manque de potassium), ce qui allait allonger le QT et probablement provoquer des arythmies; l'hypokaliémie pourrait notamment être provoquée par un vomissement (cf. le procès-verbal de son audition p. 9). Or, la victime - dont on ignore tout de sa condition physique en l'absence de constatations cantonales sur cette problématique, les quelques mentions à cet égard dans son dossier militaire (tennis, vélo, voire football américain) ne permettant nullement de l'évaluer - a dû effectuer une première course de 4'800 mètres le 2 juillet 2012; lors de celle-ci, elle a connu d'importantes difficultés (respiration difficile, deux pauses nécessaires, transpiration abondante) et elle a vomi. Cette situation - mis à part la distance parcourue - ne paraît pas différente de celle donnée à titre d'exemple par l'expert; cela vaut d'autant plus qu'il ne peut être exclu que l'effort consenti par la victime pourrait, à son niveau et selon sa condition physique, correspondre à celui fourni par un marathonien. A l'exception du vomissement, ces problèmes (de respiration et de transpiration) se sont répétés lors de la course du 5 juillet 2012, durant laquelle la victime a de plus souffert de crampes. Si l'expert exclut tout lien entre des activités sportives et l'arrêt cardio-circulatoire, il ne se prononce en revanche pas sur la question de savoir si les problèmes rencontrés lors de ces activités physiques par la victime pourraient être en lien avec le syndrome dont elle souffrait et, le cas échéant, auraient pu contribuer à l'issue fatale, ce peut-être malgré la dispense de sport le dernier jour. L'expert n'examine au demeurant pas non plus les ronflements et apnées marquantes durant le sommeil lors de la période de garde effectuée par la victime.
Ces interrogations quant aux impacts qu'auraient pu avoir les activités sportives pratiquées par une personne souffrant d'un QT long type 3 sont d'autant plus légitimes que l'expert préconise notamment d'éviter les sports intenses, notion qu'il convient assurément d'apprécier en fonction de l'état de santé tant physique que psychique d'une personne.
Au regard des considérations précédentes, le raisonnement tenu par l'autorité précédente - qui ne prend pas en compte les difficultés physiques rencontrées par la victime - ne saurait donc être suivi et ce grief doit être admis.
3.4. Il s'ensuit que la Chambre des recours pénale ne pouvait, sauf à violer l'<ref-law> et le principe "in dubio pro duriore", confirmer le classement ordonné par le Ministère public.
4.
Les recourants se plaignent du rejet de leur réquisition de preuve tendant à une contre-expertise judiciaire.
Dès lors que l'instruction doit être complétée - notamment par l'interpellation de l'expert -, il n'y a pas lieu d'examiner ce grief et les recourants pourront, le cas échéant, réitérer leur demande dans le cadre du renvoi.
5.
Les recourants reprochent encore à l'autorité précédente le rejet de leurs conclusions tendant à la mise en prévention des supérieurs hiérarchiques des prévenus en charge de l'organisation des visites médicales du recrutement de 2011 et/ou en charge de l'application des nouvelles recommandations de l'armée pour l'interprétation des ECG. Ils soutiennent à cet égard que ceux-ci auraient eu la responsabilité de veiller à ce que les directives entrées certes uniquement en vigueur le 1er mars 2011 - et abaissant la valeur limite - soient également applicables aux recrues qui n'avaient pas débuté leur service militaire.
La Chambre des recours pénale a cependant retenu que les autres médecins du recrutement et les supérieurs hiérarchiques des deux docteurs en causes n'avaient pas eu connaissance de l'ECG de la victime, constatation que ne remettent pas en cause les recourants. Partant, dans l'ignorance d'une éventuelle problématique - qui ne l'était d'ailleurs pas au moment du recrutement vu les valeurs limites alors en vigueur -, on ne voit pas quel reproche pourrait être retenu à l'encontre de ces personnes. Ce grief peut par conséquent être écarté.
6.
Il s'ensuit que le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il confirme le classement de la procédure à l'encontre des docteurs X._ et Y._.
Les recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, ont droit à des dépens à la charge du canton de Vaud et des intimés, solidairement entre eux (<ref-law>). Les frais judiciaires sont mis à la charge, solidairement entre eux, des intimés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 5décembre 2016 est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'000 fr., est alloué aux recourants, à la charge du canton de Vaud et des intimés, solidairement entre eux.
3.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 19 octobre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kropf