Sachverhalt:
A.
A.a. Am 30. September 2008 wurde C._ (Verkäuferin, Beklagte, Widerklägerin) die Baubewilligung für drei Mehrfamilienhäuser mit Flachdach an der Strasse Q._ in R._ erteilt. Die Wohnungen im Haus Nr. sss wurden im Stockwerkeigentum erstellt und einzeln verkauft.
A.b. Am 14. Mai 2010 kauften A._ und B._ (Käufer, Kläger, Widerbeklagte) mit öffentlich beurkundetem Vertrag die Attikawohnung Nr. ttt im obersten Geschoss des Hauses Nr. sss zu einem pauschalen Kaufpreis von Fr. 2'500'000.--. Dazu kamen Mehrkosten für individuelle Sonderausbauwünsche der Käufer, die separat abzurechnen waren.
Grundlage des Kaufvertrags waren die folgenden Dokumente: Entwürfe vom 1. Dezember 2009 zur Begründung von Stockwerkeigentum mit Aufteilungsplänen und zum Stockwerkeigentümerreglement, detaillierter Bau- und Raumbeschrieb vom 30. November 2009, Baubewilligung und Vereinbarung für die Ausführung der Käuferwünsche. Für den Fall eines Widerspruchs zwischen diesen Dokumenten sollte der detaillierte Bau- und Raumbeschrieb massgeblich sein.
A.c. Die Käufer interessierten sich für eine Nutzung des Dachs als Dachterrasse, was für sie mindestens den Bau eines bequemen Dachzugangs voraussetzte. Die Käufer wünschten eine räumliche Verlegung des zunächst als Verlängerung des Treppenhauses geplanten, einfachen Dachausstiegs zu Unterhaltszwecken ins Zentrum der Wohnung, eine architektonisch ansprechende Gestaltung dieser Treppe und einen bequemen Dachdurchstieg mittels elektronisch zu öffnender Drehtür. Der gewünschte Zugang auf das Dach wurde im Verlauf der Bauarbeiten realisiert.
A.d. Der Bezug der Wohnung war geplant für den 1. Oktober 2011. Anlässlich einer baupolizeilichen Inspektion des Hauses wurden u.a. der ohne Baubewilligung gebaute Dachzugang samt Treppe im Wohnzimmer der Wohnung der Käufer sowie gewisse Ausbauten auf dem Dach festgestellt. Am 18. August 2011 wurde daher ein Baustopp erlassen. Nach Zusicherung eines festen Verschlusses des Dachaufstiegs und des Abbruchs der Zugangstreppe im Wohnzimmer bis zum Vorliegen der nötigen Baubewilligung wurde der Baustopp am 13. September 2011 wieder aufgehoben. Nach Vornahme dieser Arbeiten wurde am 5. Oktober 2011 die behördliche Bezugsbewilligung per 30. September 2011 erteilt.
A.e. Am 13. Oktober 2011 forderte die Verkäuferin die Käufer zur Mitwirkung an der Eigentumsübertragung auf. Da die Käufer zwischenzeitlich vom zuständigen Bausekretär der Gemeinde erfahren hatten, dass dieser die Nutzung des Dachs als Dachterrasse nie als bewilligungsfähig erachtet hatte, setzten die Käufer der Verkäuferin am 13. Oktober 2011 eine Nachfrist bis zum 28. Oktober 2011 an, um den vereinbarten Zugang zum Dach zu erstellen; dieser sei für sie eine wesentliche Vertragsgrundlage gewesen.
A.f. Am 31. Oktober 2011 erklärten die Käufer den Rücktritt vom Vertrag und verweigerten den Eigentumsantritt.
A.g. Um die beantragte nachträgliche Baubewilligung für die Nutzung des Dachs als Terrasse und für den Bau einer Absturzsicherung zu erhalten, gelangte die Verkäuferin bis ans Verwaltungsgericht; die Baubewilligung wurde schliesslich am 13. Mai 2014 erteilt.
B.
B.a. Nachdem im Schlichtungsverfahren die Klagebewilligung ausgestellt worden war, reichten die Käufer am 8. Juni 2012 beim Bezirksgericht Meilen Klage ein. Sie beantragten, die Verkäuferin sei zur Zahlung von Fr. 620'000.-- (Anzahlung Kaufpreis Fr. 500'000.--, Vorauszahlung Käuferausbauwünsche Fr. 120'000.--) nebst Zins sowie von Fr. 34'523.05 (Schadenersatz für Umtriebe) nebst Zins zu verpflichten.
Die Verkäuferin erhob Widerklage mit folgenden Anträgen:
"1. Es seien die Kläger zu verpflichten, das Eigentum an den Liegenschaften R._ Grundbuch Blatt uuu (Wohnung Nr. ttt), Grundbuch Blatt vvv (Bastelraum Nr. www) und Grundbuch Blatt xxx (Garagenplätze Nr. _ und _) zu übernehmen und Zug um Zug gegen Abgabe der entsprechenden Grundbuchanmeldung auf Eigentumsübertragung durch die Beklagte folgende restlichen Kaufpreiszahlungen an die Beklagte zu leisten, nämlich:
a) Fr. 125'000.-- zuzüglich 5 % Zins seit 1. November 2011 auf das Konto Nr. yyy der Politischen Gemeinde R._ bei der Bank E._, sowie
b) Fr. 1'875'000.-- zuzüglich 5 % Zins seit 1. November 2011 auf das Konto IBAN Nr. zzz der Beklagten bei der Bank D._.
2. Im Weiteren seien die Kläger zu verpflichten, der Beklagten für die durch die Bestellungsänderungen bewirkten Mehrkosten einen Betrag von Fr. 182'423.-- zuzüglich 5 % Zins seit 1. November 2011 zu bezahlen, Zug um Zug gegen Abgabe der entsprechenden Grundbuchanmeldung auf Eigentumsübertragung durch die Beklagte.
3. (Kosten- und Entschädigungsfolgen) "
Die Verkäuferin stellte im Rahmen ihrer Widerklage zudem das Eventualbegehren, den Käufern sei eine Preisminderung oder Entschädigung nach richterlichem Ermessen, maximal aber Fr. 50'000.-- zuzusprechen.
B.b. Mit Urteil vom 22. Juni 2015 verpflichtete das Bezirksgericht Meilen die Verkäuferin, den Käufern Fr. 620'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Im Mehrumfang wies das Bezirksgericht die Hauptklage ab. Die Widerklage wies es ebenfalls ab. Das Bezirksgericht kam zum Schluss, nach einer objektiven Auslegung des zwischen den Parteien geschlossenen Vertrags habe die Verkäuferin die Erstellung einer Dachterrasse mit entsprechender Treppe geschuldet. Die Käufer seien daher gültig vom Vertrag zurückgetreten.
B.c. Gegen dieses Urteil erhob die Verkäuferin Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich. Sie beantragte die Aufhebung des erstinstanzlichen Urteils und wiederholte im Wesentlichen die vor dem Bezirksgericht gestellten Anträge.
B.d. Am 19. Februar 2016 erliess das Obergericht des Kantons Zürich ein Teil-Urteil und mehrere Beschlüsse:
Beschluss 1:
"1. Es wird festgestellt, dass Dispositiv Ziffer 1 Abs. 2 des Urteils des Bezirksgerichts Meilen vom 22. Juni 2015, womit die Hauptklage im Fr. 620'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Januar 2012 übersteigenden Betrag abgewiesen wurde, am 5. November 2015 in Rechtskraft erwachsen ist."
2. (Mitteilung und Rechtsmittelbelehrung) "
Teil-Urteil:
"1. Das Urteil des Bezirksgerichts Meilen vom 22. Juni 2015 wird aufgehoben und die Hauptklage auch im übrigen Umfang abgewiesen.
2. In Gutheissung des Widerklagebegehrens Ziffer 1 werden die Kläger verpflichtet, das Eigentum an den Liegenschaften R._ Grundbuch Blatt uuu (Wohnung Nr. ttt), Grundbuch Blatt vvv (Bastelraum Nr. www) und Grundbuch Blatt xxx (Garagenplätze Nr. _ und _) zu übernehmen und Zug um Zug gegen Abgabe der entsprechenden Grundbuchanmeldung auf Eigentumsübertragung durch die Beklagte folgende restlichen Kaufpreiszahlungen an die Beklagte zu leisten, nämlich:
a) Fr. 125'000.-- zuzüglich 5 % Zins seit 1. November 2011 auf das Konto Nr. yyy der Politischen Gemeinde R._ bei der Bank E._, sowie
b) Fr. 1'875'000.-- zuzüglich 5 % Zins sei 1. November 2011 auf das Konto IBAN Nr. zzz der Beklagten bei der Bank D._.
3.-5. (Entscheidgebühr, Mitteilung, Rechtsmittelbelehrung) "
Beschluss 2:
"1. Mit Bezug auf das Widerklagebegehren Ziffer 2 wird die Sache zur Ergänzung des Verfahrens und zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.-5. (Gerichts- und Parteikosten, Mitteilung, Rechtsmittelbelehrung) "
Das Obergericht kam zum Schluss, die Rüge der falschen Vertragsauslegung sei begründet. Entgegen der Ansicht des Bezirksgerichts seien die baulichen Arbeiten für einen Komfortausstieg aus dem Wohnzimmer bei Beurkundung des Vertrags nicht Gegenstand der vertraglichen Leistungspflichten gewesen. Die Verkäuferin habe sich in einem blossen Teilverzug befunden, weshalb die Käufer nicht zum Rücktritt ex tunc vom beurkundeten Vertrag berechtigt gewesen seien.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. April 2016 beantragen die Käufer dem Bundesgericht, das Teil-Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich sowie dessen Beschluss zum Widerklagebegehren Ziff. 2 seien aufzuheben; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Die Beschwerdeführer beantragen zudem, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien haben Replik und Duplik eingereicht.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 30. Mai 2016 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen ein Teil-Urteil und einen Beschluss einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführer sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert erreicht Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
1.2. Angefochten sind einerseits das Teil-Urteil, mit welchem die Vorinstanz die Hauptklage (im noch nicht rechtskräftig beurteilten Umfang) abgewiesen und das Widerklagebegehren Ziffer 1 (Mitwirkung bei der Eigentumsübertragung und Leistung der noch offenen Kaufpreiszahlung) gutgeheissen hat. Andererseits fechten die Beschwerdeführer den Beschluss der Vorinstanz an, mit welchem diese die Sache hinsichtlich des Widerklagebegehrens Ziffer 2 (Bezahlung von Mehrkosten wegen Bestellungsänderungen) zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an das erstinstanzliche Gericht zurückgewiesen hat.
1.2.1. Mit ihrem Teil-Urteil hat die Vorinstanz nur die Begehren der Hauptklage und das Widerklagebegehren Ziffer 1 beurteilt. Diese Begehren können unabhängig vom Widerklagebegehren Ziffer 2 beurteilt werden. Das vorinstanzliche Teil-Urteil stellt somit einen Teilentscheid i.S.v. <ref-law> dar. Dagegen ist die Beschwerde zulässig.
1.2.2. Der Rückweisungsbeschluss in Bezug auf das Widerklagebegehren Ziffer 2 stellt einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid dar, der weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 331). Gegen solche Zwischenentscheide ist nach <ref-law> die Beschwerde zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Es obliegt den Beschwerdeführern, darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 47 mit Verweisen).
Die Beschwerdeführer machen geltend, mit der Gutheissung der Beschwerde würde sofort ein Endentscheid herbeigeführt. So würde die Ergänzung des Verfahrens vor dem Bezirksgericht Meilen entfallen; damit könnte ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein Beweisverfahren erspart werden.
Die Beschwerdeführer beschränken sich damit darauf, den Gesetzeswortlaut von <ref-law> wiederzugeben und zu behaupten, die genannten Voraussetzungen seien erfüllt. Sie tun in keiner Weise dar, inwiefern vorliegend durch die Rückweisung ein weitläufiges Beweisverfahren erforderlich wird. Damit sind die Voraussetzungen von <ref-law> nicht dargetan. Auf die Beschwerde gegen den Rückweisungsbeschluss ist folglich nicht einzutreten.
1.3. Die Beschwerdegegnerin macht geltend, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, weil die Beschwerdeführer einen blossen Aufhebungsantrag gestellt hätten.
Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Dieses ist unter Berücksichtigung der Beschwerdebegründung nach Treu und Glauben auszulegen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 136; <ref-ruling> E. 1 S. 127; <ref-ruling> E. 2a S. 152). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.). Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden könnte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.).
Die Beschwerdeführer beantragen die Aufhebung des Teilentscheids, mit welchem die Vorinstanz die Hauptklage im noch nicht rechtskräftig beurteilten Umfang von Fr. 620'000.-- abgewiesen und das Widerklagebegehren Ziffer 1 gutgeheissen hat. Gemäss Ziff. 3 ihrer Beschwerde verlangen die Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin die Bezahlung von Fr. 620'000.-- zuzüglich Zins von 5 % seit 1. Januar 2012. Dies entspricht dem Betrag, der ihnen im erstinstanzlichen Verfahren zugesprochen worden war. Nach Treu und Glauben ist ihr Rechtsbegehren in Bezug auf den angefochtenen Teilentscheid daher so auszulegen, dass dessen Aufhebung und die Verpflichtung der Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 620'000.-- zuzüglich Zins von 5 % seit 1. Januar 2012 sowie die Abweisung des Widerklagebegehrens Ziffer 1 verlangt wird. Dieser Antrag ist zulässig. Auf die Beschwerde gegen den Teilentscheid ist somit - unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (<ref-law> und <ref-law>) - einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz eine Verletzung von <ref-law> und des Anspruchs auf rechtliches Gehör vor. Die Vorinstanz sei mit keinem Wort auf die von ihnen im erstinstanzlichen Verfahren behauptete Zusicherung einer Nutzung der Dachfläche als Dachterrasse eingegangen. Das Bezirksgericht habe diese Frage des tatsächlichen übereinstimmenden Parteiwillens offengelassen und sei gestützt auf eine objektive Auslegung des Kaufvertrags zum Schluss gekommen, die Dachterrasse und der Aufgang dazu hätten Vertragsbestandteil gebildet. Nachdem die Vorinstanz eine andere objektive Auslegung des Vertrags vorgenommen habe, hätte sie die vom erstinstanzlichen Gericht offengelassene Frage der Zusicherung abklären müssen. Dazu hätte auch die Einvernahme der von den Beschwerdeführern beantragten Zeugen gehört.
2.1. Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien im Rahmen der objektivierten Vertragsauslegung aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 148).
2.2. Das Bezirksgericht Meilen hat festgestellt, die Beschwerdeführer hätten eine Zusicherung des wohnungsinternen Zugangs durch die Beschwerdegegnerin behauptet. Die Beschwerdegegnerin macht in ihrer Vernehmlassung insofern zu Unrecht geltend, die Beschwerdeführer hätten das Vorliegen einer Zusicherung im kantonalen Verfahren nie behauptet. Das Bezirksgericht kam nach einer Vertragsauslegung zum Schluss, die Dachterrasse und der Aufgang dazu bildeten Vertragsbestandteil. Die Beschwerdegegnerin habe keinen vom objektiven Auslegungsergebnis abweichenden tatsächlichen Konsens der Parteien behauptet, womit auf das objektive Auslegungsergebnis abzustellen sei. Das Bezirksgericht liess ausdrücklich offen, ob die Beschwerdegegnerin den Beschwerdeführern die Nutzung der Dachfläche als Dachterrasse und den Zugang von der Wohnung zur Dachfläche zugesichert habe.
2.3. Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Beschwerdegegnerin habe zu Recht eine falsche Vertragsauslegung durch das Bezirksgericht gerügt. Nach Ansicht der Vorinstanz waren die baulichen Arbeiten für einen Komfortausstieg aus dem Wohnzimmer zur tatsächlichen Nutzung des Dachs bei Beurkundung des Kaufvertrags nicht Gegenstand der vertraglichen Leistungspflichten. Zur durch das Bezirksgericht offengelassenen Frage einer Zusicherung nahm die Vorinstanz keine Stellung.
2.4. Was die Beschwerdeführer und mit ihnen das Bezirksgericht als Zusicherung bezeichnen, ist die Behauptung einer tatsächlichen Willensübereinstimmung mit dem Inhalt, die Käufer könnten die Dachfläche als Dachterrasse nutzen und erhielten einen Zugang von der Wohnung zur Dachfläche. Die Beschwerdeführer machen in ihrer Beschwerde denn auch geltend, die Vorinstanzen hätten eine Ermittlung des tatsächlichen übereinstimmenden Willens der Parteien unterlassen. Die Vorinstanz hat mithin eine objektivierte Vertragsauslegung aufgrund des Vertrauensprinzips vorgenommen, ohne den Vertrag zunächst subjektiv auszulegen, also festzustellen, ob ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille besteht und gegebenenfalls welchen Inhalts.
Dies stellt sowohl eine Verletzung von <ref-law> als auch eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör (<ref-law> und <ref-law>) dar: Nach <ref-law> ist ein Vertrag nur nach dem Vertrauensprinzip auszulegen, wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt. Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass das Gericht die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Lässt das Bezirksgericht ein Vorbringen der Beschwerdeführer ausdrücklich unbeurteilt, weil sie deren Standpunkt gestützt auf eine andere rechtliche Argumentation folgt, so hat das Obergericht - wenn es die rechtliche Argumentation des Bezirksgerichts verwirft - die offengelassene Frage zu prüfen oder die Sache (zur Vermeidung eines Instanzenverlusts) an das Bezirksgericht zurückzuweisen. Die Rüge der Beschwerdeführer erweist sich als begründet.
2.5. Da sich weder das Bezirksgericht noch das Obergericht zur Frage der behaupteten Zusicherung geäussert und dazu entsprechend auch keine Sachverhaltsfeststellungen getroffen haben, ist die Sache zur Wahrung des Instanzenzugs an das Bezirksgericht Meilen zurückzuweisen (<ref-law>). Dieses wird ergänzende Feststellungen zur behaupteten tatsächlichen Willensübereinstimmung zu treffen und gestützt darauf neu zu entscheiden haben.
3.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Teil-Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Februar 2016 ist aufzuheben und die Sache ist zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an das Bezirksgericht Meilen zurückzuweisen.
Zur Neuverlegung der Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens ist die Sache an das Obergericht zurückzuweisen (<ref-law>).
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Teil-Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Februar 2016 wird aufgehoben und die Sache wird zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an das Bezirksgericht Meilen zurückgewiesen.
2.
Zur Neuverlegung der Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens wird die Sache an das Obergericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, und dem Bezirksgericht Meilen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. September 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier