Fatti:
A.
L'Ente Ospedaliero Cantonale (EOC), firmatario di un contratto collettivo di lavoro (CCL) denominato " Regolamento organico per il personale occupato presso gli Istituti dell'EOC del Cantone Ticino " (ROC/EOC), ha assunto alla fine del 2009 A._ quale " addetto di produzione sterilizzazione ". Con lettere del dicembre 2011 e dell'aprile 2013 il direttore dei servizi centrali ha accordato al dipendente, nel frattempo designato coordinatore di turni nella sterilizzazione, riconoscimenti per l'impegno dimostrato. Nel maggio 2013, dopo aver aperto un'inchiesta ai sensi del ROC/EOC per " commenti inopportuni riguardanti il posto di lavoro, pubblicati su Facebook e condivisi con i collaboratori diretti ", la direzione dei servizi centrali ha invece formalmente ammonito A._ nel senso dell'art. 19 ROC/EOC e gli ha tolto l'incarico di coordinatore di turni.
Il 24 ottobre 2014 il datore di lavoro ha aperto una nuova inchiesta contro A._, rimproverandogli di aver esternato minacce contro la direzione e i capiturno ed istigato colleghi ad attuare comportamenti provocatori e nocivi all'ambiente di lavoro, come ad esempio l'invio di lettere anonime. Dopo averlo sentito, la direzione ha interrotto con lettera del 26 novembre 2014 il rapporto di lavoro a partire dal 1° marzo 2015. A._ ha invano contestato tale decisione alla Commissione paritetica cantonale degli Istituti dell'EOC.
B.
Con lodo 22 settembre 2015 la Commissione speciale di ricorso in materia di controversie derivanti dall'applicazione del ROC/EOC ha respinto sia la richiesta di sospendere la procedura sia il rimedio di diritto con cui il dipendente aveva chiesto, in via principale, di annullare il licenziamento e, in via subordinata, di dichiararlo ingiustificato e di condannare il datore di lavoro a versargli cinque salari mensili a titolo d'indennità. Essa ha rifiutato di sospendere la procedura arbitrale in attesa della definizione dei procedimenti penali sorti in seguito alle denunce presentate a titolo personale dal direttore per lesione dell'onore, perché ha reputato che la prima segue una propria via non influenzata dalle seconde. Nel merito ha ritenuto che dalle prove agli atti risulta che il lavoratore ha gravemente violato i suoi obblighi di servizio e che quindi, in ragione della definitiva rottura del rapporto di fiducia, il licenziamento risultava legittimo.
C.
Con ricorso in materia civile del 26 ottobre 2015 A._ postula l'annullamento del lodo, invocando una violazione del diritto di essere sentito e del divieto dell'arbitrio (art. 393 lett. d ed e CPC). Lamenta l'impossibilità d'interrogare due persone che hanno reso dichiarazioni figuranti nei documenti agli atti e ritiene il lodo arbitrario perché la Commissione speciale di ricorso non ha sospeso la procedura in attesa dell'esito delle procedure penali.
Con osservazioni 27 novembre 2015 il Tribunale arbitrale propone la conferma del lodo e con risposta 2 dicembre 2015 l'EOC postula la reiezione del ricorso.

Diritto:
1.
Il tempestivo ricorso in materia civile, diretto contro un lodo finale emanato dal tribunale arbitrale previsto dal contratto collettivo di lavoro applicabile ai medici e al personale dell'EOC (sentenza 4A_292/2013 del 27 gennaio 2014 consid. 1.2, in RtiD 2014 II 740), è in linea di principio ammissibile.
2.
Giusta l'<ref-law> le decisioni emanate nella giurisdizione arbitrale nazionale sono suscettive di un ricorso in materia civile alle condizioni di cui agli art. 389-395 del CPC.
La procedura di ricorso in materia di arbitrati interni è retta dalla LTF, fatte salve le disposizioni contrarie del primo capitolo del settimo titolo della terza parte del CPC (<ref-law>). L'<ref-law> dichiara inapplicabili diverse disposizioni di questa legge e in particolare gli articoli da 95 a 98 relativi ai motivi di ricorso e l'art. 105 cpv. 2 che permette - a determinate condizioni - di rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore.
Via di ricorso straordinaria e di natura essenzialmente cassatoria (<ref-law> che esclude l'applicazione dell'<ref-law> per quanto quest'ultimo consente al Tribunale federale di giudicare esso stesso nel merito), il ricorso in materia civile diretto contro una decisione della giurisdizione arbitrale nazionale è unicamente ammissibile per i motivi di ricorso elencati nell'<ref-law>. È pertanto escluso prevalersi di una violazione del diritto federale nel senso dell'<ref-law>.
Il Tribunale federale esamina soltanto le censure che il ricorrente propone e motiva (<ref-law>). Questa norma corrisponde a quanto previsto dall'<ref-law> per le censure attinenti alla violazione di diritti fondamentali o di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Alla stregua di tale disposto essa istituisce il principio dell'allegazione (Rügeprinzip) ed esclude quindi l'ammissibilità di critiche appellatorie (sentenza 4A_355/2016 del 5 agosto 2016 consid. 2.1).
3.
3.1. L'art. 393 lett. d CPC precisa che un lodo pronunciato in un arbitrato interno può essere impugnato se è stato violato il principio della parità di trattamento delle parti o il loro diritto di essere sentite. Questo motivo di ricorso deriva dalle regole sull'arbitrato internazionale (art. 190 cpv. 2 lett. d LDIP), ragione per cui la giurisprudenza sviluppata in tale ambito è pure applicabile agli arbitrati interni. Il diritto di essere sentito in procedura contraddittoria ha quindi essenzialmente il medesimo contenuto del diritto costituzionale garantito dall'<ref-law> La giurisprudenza ne ha dedotto che ogni parte ha il diritto di esprimersi sui fatti essenziali per il giudizio, di presentare la sua argomentazione giuridica, di proporre i suoi mezzi di prova sui fatti pertinenti e di partecipare alle udienze del tribunale arbitrale (<ref-ruling> consid. 4.1, con rinvii). Il diritto di far amministrare prove presuppone che esso sia stato esercitato tempestivamente e secondo le regole della procedura applicabile. Il tribunale arbitrale può rifiutarsi di assumere una prova, senza violare il diritto di essere sentito, se ritiene il mezzo di prova non idoneo a dimostrare i fatti rilevanti o perché reputa, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove, che un'ulteriore istruttoria non modificherebbe il suo convincimento fondato sulle prove già amministrate (<ref-ruling> consid. 4.1.1).
3.2. Giusta l'art. 393 lett. e CPC, norma che riprende il motivo di ricorso già previsto dall'abrogato art. 36 lett. f del Concordato sull'arbitrato del 27 marzo 1969 (CA), la sentenza emanata in un arbitrato interno può essere impugnata se è arbitraria nel suo esito perché si fonda su accertamenti di fatto palesemente in contrasto con gli atti o su una manifesta violazione del diritto o dell'equità. La nozione di arbitrio di questa norma corrisponde sostanzialmente a quella sviluppata dalla giurisprudenza con riferimento all'<ref-law> (sentenza 5A_978/2015 del 17 febbraio 2016 consid. 3; <ref-ruling> consid. 3.4). Una decisione non è pertanto arbitraria per il solo motivo che un'altra soluzione sarebbe sostenibile o addirittura preferibile, ma il giudizio attaccato dev'essere, anche nel suo risultato, manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione effettiva, fondato su una svista manifesta oppure in urto palese con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 4.1, con rinvii).
Un accertamento di fatto è unicamente arbitrario nel caso in cui il tribunale arbitrale, in seguito a un'inavvertenza, si è posto in contraddizione con gli atti dell'incartamento, sia perdendo di vista certi passaggi di un determinato atto o attribuendo loro un contenuto diverso da quello che hanno realmente, sia ammettendo per errore che un fatto è dimostrato da un atto, quando questo in realtà non dà invece alcun ragguaglio in materia. L'oggetto della censura di arbitrio è quindi ridotto e non concerne l'apprezzamento delle prove e le conclusioni derivatene, ma riguarda unicamente le constatazioni di fatto manifestamente confutate da atti dell'incartamento. In materia di arbitrato il modo in cui il tribunale arbitrale ha esercitato il proprio potere di apprezzamento non può essere oggetto di ricorso: la censura di arbitrio è limitata agli accertamenti che non dipendono da una valutazione e cioè a quelli che sono inconciliabili con gli atti della causa (<ref-ruling> consid. 3.6 e 3.7 ancora confermati nella sentenza 4A_156/2016 del 23 agosto 2016 consid. 3.1).
L'arbitrio vietato dalla norma in discussione può anche realizzarsi con una manifesta violazione del diritto. Per diritto si intende unicamente il diritto materiale, ad esclusione del diritto di procedura. Rimangono tuttavia riservati, in analogia alla giurisprudenza sviluppata in applicazione dell'art. 190 cpv. 2 lett. e LDIP, gli errori procedurali che violano l'ordine pubblico procedurale (sentenza 4A_599/2014 del 1° aprile 2015 consid. 3.1, in SJ 2015 I 405; 4A_511/2013 del 27 febbraio 2014 consid. 2.3.2).
Infine, la violazione manifesta dell'equità, pure sanzionata da questa norma, presuppone che il tribunale sia stato autorizzato a statuire in equità o che applichi norme che rinviano all'equità (sentenza 4A_599/2014 del 1° aprile 2015 consid. 3.1, in SJ 2015 I 405).
4.
Il ricorrente invoca l'art. 393 lett. e CPC e sostiene che il Collegio arbitrale sarebbe caduto nell'arbitrio respingendo la richiesta di sospendere la procedura in attesa della definizione dei procedimenti penali avviati dal direttore dei servizi centrali e da una dipendente, perché le risultanze di queste procedure sarebbero " determinanti per stabilire i fatti sui quali si basa la decisione di licenziamento ", atteso che le motivazioni addotte dal datore di lavoro non sarebbero sufficienti a comprovare l'accusa di aver inviato lettere anonime.
Con tale argomentazione il ricorrente misconosce il - ristretto - campo di applicazione della norma invocata (sopra, consid. 3.2). Questa non permette infatti di criticare l'accertamento dei fatti, rispettivamente l'apprezzamento delle prove né di prevalersi di una in concreto nemmeno specificata violazione del diritto procedurale. La censura si rivela pertanto di primo acchito inammissibile.
5.
5.1. A mente del ricorrente il lodo viola anche l'art. 393 lett. d CPC, perché il tribunale arbitrale ha respinto la richiesta di sentire in qualità di testimoni le autrici di due scritti prodotti dall'opponente. Afferma che una dichiarazione testimoniale scritta non è un mezzo di prova contemplato dal CPC, che il contraddittorio è espressamente previsto dall'<ref-law> e che l'unico modo di verificare le dichiarazioni scritte dell'opponente è costituito dall'interrogatorio in presenza delle parti delle persone che hanno scritto le dichiarazioni agli atti. Il rifiuto di sentire le due testimoni sarebbe pure in contrasto con l'art. 75 ROC/EOC che prevede che gli arbitri accertino i fatti d'ufficio.
5.2. Il Tribunale arbitrale, dopo aver indicato che secondo il convenuto il lavoratore avrebbe redatto le lettere anonime agli atti, ha considerato che dagli scritti di due dipendenti al direttore del settembre 2014 risulta che l'attore " sobillando colleghi e colleghe contro la capoturno e anche contro il direttore, aveva creato un clima di sospetti, di malintesi, di cattivi rapporti interpersonali e di disagi ". Esso aggiunge che nella dichiarazione rilasciata nell'ottobre 2014 davanti al direttore dei servizi centrali e al responsabile delle risorse umane una delle predette dipendenti ha confermato il malessere provocato dall'attore. Il Tribunale arbitrale ha quindi ritenuto che l'incarto e la discussione svoltasi innanzi alla commissione paritetica contengano sufficienti elementi per decidere la vertenza senza che sia necessario assumere testimoni, perché " il grave disagio creato nell'ambiente di lavoro è sufficientemente documentato ed eventuali ulteriori dichiarazioni riguardanti l'ambiente di lavoro non toglierebbero valore alle conclusioni prese ".
5.3. In concreto l'argomentazione ricorsuale misconosce che la facoltà, sgorgante dal diritto di essere sentito, di ottenere l'assunzione di prove non è illimitata e che il Tribunale arbitrale ha rifiutato le richieste audizioni testimoniali perché ha proceduto ad un apprezzamento anticipato delle prove, ritenendo che esse non avrebbero modificato il convincimento a cui è giunto sulla base delle prove già acquisite. Ora l'apprezzamento anticipato di una prova permette a un tribunale arbitrale di non assumerla, senza violare il diritto di essere sentito della parte che l'ha offerta (sopra, consid. 3.1). Giova inoltre rilevare che né l'apprezzamento anticipato delle prove - come la valutazione delle prove in generale - né un obbligo di accertare d'ufficio i fatti rientrano nel campo di applicazione della norma invocata dal ricorrente (sentenza 4A_599/2014 del 1° aprile 2015 consid. 5.1). Senza pertinenza si rivela poi il richiamo all'<ref-law>, atteso che il ricorrente non indica alcuna prova su cui non avrebbe potuto esprimersi. Ne segue che la censura si rivela infondata.
6.
Da quanto precede discende che il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, si appalesa infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 600.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Commissione speciale di ricorso.