Faits :
A.
Par jugement du 31 octobre 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné X._ pour contrainte sexuelle (<ref-law>) à une peine privative de liberté de trente mois, dont quinze mois ferme, sous déduction de la détention avant jugement, et quinze mois avec sursis, avec un délai d'épreuve de trois ans. Il a suspendu l'exécution de la peine privative de liberté au profit d'un traitement institutionnel en milieu ouvert (<ref-law>). Le temps que la mesure puisse être mise en place, il a ordonné le maintien de l'intéressé en détention pour des motifs de sûreté.
En substance, ce jugement repose sur les faits suivants:
A.a. Il était reproché à X._ d'avoir immobilisé une patiente de la Clinique B._, où il était soigné, de lui avoir introduit la main dans le slip, puis ses doigts dans le sexe, et de l'avoir forcée à lui prodiguer une fellation.
A.b. Dans un rapport d'expertise, daté du 12 juillet 2013, l'expert posait un diagnostic de schizophrénie paranoïde, de traits de la personnalité dyssociale et d'utilisation nocive pour la santé de cannabis. Il constatait que l'expertisé présentait une certaine dangerosité et un risque de récidive réel et important. Pour diminuer ce risque, il préconisait un traitement psychiatrique visant à la stabilisation de la symptomatologie psychotique, en milieu hospitalier spécialisé ouvert, d'une durée suffisamment longue. Selon l'expert, une hospitalisation en milieu fermé ne paraissait pas adaptée, car, lors de son incarcération, l'expertisé avait présenté un épisode de décompensation aiguë.
B.
B.a. Le 28 novembre 2013, X._ a été transféré de C._ vers la Clinique B._.
B.b. Dans un rapport du 24 février 2014, deux médecins de la Clinique B._ ont informé le Service d'application des peines et mesures (ci-après: SAPEM) que X._ ne respectait pas le cadre mis en place par l'établissement et qu'il fumait du cannabis dans l'unité et dans sa chambre. Lorsqu'il était confronté à ses comportements, X._ devenait agressif verbalement. L'adhésion aux soins était médiocre, et aucune évolution positive ne pouvait être observée.
Selon un second rapport du 21 juillet 2014, X._ présentait des troubles du comportement inquiétants. Il avait annoncé qu'il lui semblait légitime de prendre la vie d'un soignant, puisqu'on lui avait pris trente ans de la sienne. Cela était d'autant plus préoccupant qu'il avait menacé un infirmier avec un couteau, peu avant la commission de l'infraction de contrainte sexuelle, objet du jugement du 31 octobre 2013 du Tribunal correctionnel. En outre, quelques jours auparavant, il en était venu aux mains avec un autre patient pour une question d'argent. Il continuait à fumer du cannabis et fuguait régulièrement. Le rôle thérapeutique de l'équipe infirmière n'était plus possible en raison du risque d'agression manifeste. X._ présentait un risque hétéro-agressif majeur.
C.
C.a. Par décision du 24 juillet 2014, le SAPEM a ordonné la réintégration de X._ en milieu pénitentiaire fermé dans l'attente de la décision du Tribunal d'application des peines et des mesures (ci-après: TAPEM) au sens de l'<ref-law>. Il est indiqué que la décision est exécutoire nonobstant recours, aucune voie de droit n'étant mentionnée.
C.b. Le 25 juillet 2014, X._ a été incarcéré à C._.
C.c. Dans un rapport du 18 novembre 2014, le Service de médecine et de psychiatrie pénitentiaires de C._ a constaté que X._ poursuivait un traitement psychiatrique et psychothérapeutique au sein de la prison et que son adhésion était satisfaisante, même s'il se montrait des fois oppositionnel et qu'il avait dû être hospitalisé à deux reprises pour cette raison. Il ajoutait que le patient demeurait dans le déni face aux infractions commises et minimisait les faits à l'origine de son incarcération et de son retour en milieu fermé.
D.
D.a. Lors de l'examen annuel de la mesure de X._ (art. 62 d CP), le TAPEM a considéré, par jugement du 19 mars 2015, qu'il n'était pas compétent pour constater l'illicéité des conditions de détention à C._ avec indemnisation. Il a admis que le SAPEM était compétent pour rendre la décision du 24 juillet 2014 et que la rétention de X._ à C._ du 18 au 29 novembre 2013 et depuis le 24 juillet 2014 était licite. Comme la situation de crise était résolue, il a ordonné la réintégration de X._ dans un établissement ouvert.
D.b. Le 22 avril 2015, X._ a été transféré en milieu ouvert.
E.
E.a. Le 27 mars 2015, X._ a déposé un recours contre la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM.
E.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par X._. En résumé, elle a considéré que le SAPEM était compétent pour rendre la décision attaquée, elle a écarté les griefs de nature formelle (violation du droit d'être entendu, absence de notification, de motivation, d'indication des voies de recours et de défenseur d'office) et a jugé que les conditions de l'<ref-law> étaient réalisées.
F.
F.a. Le 27 mars 2015, X._ a également formé un recours contre le jugement rendu le 19 mars 2015 par le TAPEM.
F.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis partiellement le recours déposé par X._, dans la mesure de sa recevabilité, et a annulé le jugement attaqué en tant que le TAPEM avait décliné sa compétence pour examiner les conditions d'exécution de la mesure subie par X._.
G.
Contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre la décision du SAPEM, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il soit constaté la nullité de la décision du SAPEM, l'illicéité de la détention subie en milieu fermé du 31 octobre 2013 au 28 novembre 2013 et du 25 juillet 2014 au 22 avril 2015, ainsi que la violation des art. 3, 5, 6 et 13 CEDH. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Parallèlement, il dépose un recours en matière pénale contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre le jugement du 19 mars 2015 du TAPEM (6B_1041/2015).

Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, à savoir, en particulier, l'accusé (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF).
1.2. Le recourant doit avoir un intérêt actuel et pratique au traitement de son recours (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3). Selon la jurisprudence, lorsque la détention a pris fin, il n'y a en règle générale plus d'intérêt pratique et actuel à traiter un recours contre cette dernière (<ref-ruling> consid. 4a p. 397).
Toutefois, dans des circonstances particulières, il se justifie d'examiner le recours au fond malgré la libération du recourant (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Il en va notamment ainsi lorsque le recourant invoque une violation de l'art. 5 CEDH (<ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 302) et requiert une indemnité pour détention illicite (arrêt 6B_617/2015 du 27 août 2015 consid. 2.3).
1.3. Dans la mesure où le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir dénié le caractère illicite de sa détention, il a donc un intérêt à l'annulation de l'arrêt attaqué.
2.
Dénonçant la violation de son droit d'être entendu et du principe d'égalité des armes, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté sa requête tendant à la production du dossier en lien avec son arrivée à B._ en 2013.
2.1. Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend celui de produire ou de faire administrer des preuves, mais à condition qu'elles soient pertinentes (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 293). Le droit d'être entendu n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236; <ref-ruling> consid. 3 p. 157).
2.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que le dossier en question n'était pas pertinent, dès lors qu'il concernait l'arrivée du recourant à la Clinique B._ en 2013 et que la décision du SAPEM avait été rendue en 2014 (arrêt attaqué p. 13 consid. 7). Le raisonnement de la cour cantonale n'est pas critiquable. En effet, la décision de placement en milieu fermé a été prise en raison du comportement du recourant et du risque de récidive qu'il présentait en 2014. Les circonstances existant en 2013 ne sont dès lors pas pertinentes. Le grief soulevé doit être rejeté. Par identité de motifs, le grief tiré de la violation de l'égalité des armes est également infondé.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir considéré que le SAPEM était incompétent pour ordonner son transfert dans un établissement fermé et que, partant, sa décision était nulle.
3.1.
3.1.1. La loi ne désigne pas l'autorité compétente pour ordonner le placement en milieu fermé selon l'<ref-law>. D'après la jurisprudence, le placement dans un établissement fermé conformément à l'<ref-law> est une modalité de l'exécution de la mesure, qui relève de la compétence de l'autorité d'exécution. Le Tribunal fédéral a considéré que les art. 19 al. 2 let. b et 82 al. 1 let. b CP n'impliquaient pas que le placement en milieu fermé doive être ordonné par un tribunal. Il a relevé qu'il serait toutefois souhaitable que le tribunal s'exprime dans les considérants de son jugement - mais non dans son dispositif - sur la nécessité d'exécuter la mesure en milieu fermé et recommande, de manière non contraignante, à l'autorité d'exécution de placer le condamné dans un établissement fermé s'il considère que les conditions de l'<ref-law> sont réalisées (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 10 s.).
3.1.2. Dans le canton de Genève, c'est le SAPEM qui dispose de la compétence générale pour prendre des décisions dans le cadre de l'exécution des mesures (cf. art. 5 al. 2 let. d de la loi d'application du code pénal suisse et d'autres lois fédérales en matière pénale [LaCP; RSGE E 4 10]; art. 11 al. 1 let. e du règlement sur l'exécution des peines privatives de liberté et des mesures concernant les adultes et les jeunes adultes [REPPL; RSGE E 4 55.05]). Le recourant soutient que la cour cantonale aurait interprété l'art. 5 al. 2 let. d LaCP de manière arbitraire; en l'absence de tout développement, ce grief est toutefois insuffisamment motivé (<ref-law>) et donc irrecevable.
3.2. En l'espèce, le SAPEM était donc bien l'autorité compétente pour ordonner le placement du recourant en milieu fermé. Il n'était à cet égard pas lié par le jugement de condamnation du Tribunal correctionnel. Les griefs soulevés par le recourant sont infondés.
4.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir écarté les griefs de nature formelle soulevés contre la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM. En particulier, il se plaint que cette décision n'avait pas été notifiée par pli recommandé à son représentant légal, qu'elle n'indiquait pas les voies de recours et qu'aucun défenseur d'office ne lui avait été désigné. Selon le recourant, ces graves vices formels entraîneraient la nullité de la décision.
La cour cantonale a écarté ces griefs en raison de l'effet guérisseur du recours. Elle a ainsi reconnu que la décision litigieuse avait été notifiée au recourant en violation des règles de la loi genevoise de procédure administrative, mais elle a considéré que, comme le recours avait été déclaré recevable, ces vices n'avaient causé aucun préjudice au recourant. De même, elle a écarté les griefs liés à l'absence de nomination d'un défenseur, puisque le recourant avait été assisté d'un avocat pour rédiger son recours.
Dans son mémoire de recours, le recourant ne discute pas cette motivation. Il critique uniquement la décision du SAPEM, faisant valoir que celle-ci était affectée de vices formels. En l'absence de lien suffisant entre l'argumentation du recourant et l'arrêt attaqué, les griefs sont insuffisamment motivés et, partant, irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.).
5.
Le recourant fait valoir que la cour cantonale aurait considéré à tort que les conditions de l'<ref-law> étaient réalisées et que la décision du SAPEM était fondée.
5.1. En règle générale, le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (<ref-law>). L'<ref-law> prévoit que, tant qu'il existe un risque de fuite ou de récidive, le traitement doit être exécuté dans un établissement fermé; il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (art. 59 al. 3 2e phrase CP).
L'<ref-law> subordonne le traitement dans un établissement fermé à un risque de fuite ou de récidive. Selon la jurisprudence, il doit s'agir d'un risque qualifié, puisque toutes les mesures supposent un risque de récidive (cf. <ref-law>). Le risque est qualifié quand il est concret et qu'il est hautement probable que le condamné commette d'autres infractions dans l'établissement ou en dehors de celui-ci. Il s'agit d'un danger qui ne peut être combattu que par le placement dans un établissement fermé. Conformément au principe de la proportionnalité, l'exécution de la mesure dans un établissement fermé suppose une sérieuse mise en danger de biens juridiques essentiels (cf. arrêt 6B_708/2015 du 22 octobre 2015 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>; cf. sur le risque de fuite: arrêts 6B_1045/2013 du 14 avril 2014 consid. 2.1.1; 6B_384/2010 du 15 septembre 2010 consid. 2.1.2; 6B_629/2009 du 21 décembre 2009 consid. 1.2.2.2; cf. aussi <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 130; arrêts 6B_1230/2014 du 20 avril 2015 consid. 2.3.1; 6B_81/2011 du 16 mai 2011 consid. 3.2).
Le risque de fuite et de récidive doit être soigneusement examiné dans le cas particulier. L'appréciation du risque de fuite ne comporte aucune question psychiatrique (arrêts 6B_1028/2014 du 17 juillet 2015 consid. 3.5; 6B_664/2013 du 16 décembre 2013 consid. 2.4). Savoir si le risque est qualifié est une question juridique (cf. sur la dangerosité: cf. arrêts 6B_1028/2014 du 17 juillet 2015 consid. 3.5; 6B_664/2013 du 16 décembre 2013 consid. 2.4). Toutefois les questions psychiatrique et juridique sont souvent difficiles à distinguer en pratique. Il est clair que la tâche principale d'une expertise médicolégale est de clarifier l'état psychique de l'intéressé et de poser un pronostic (cf. arrêt 6B_708/2015 du 22 octobre 2015 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>). Le juge ne peut s'écarter de l'appréciation d'une expertise que pour des motifs déterminants (cf. <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 198 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 57 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 86; arrêt 6B_1028/2014 du 17 juillet 2015 consid. 3.5).
5.2. Selon l'arrêt cantonal, le recourant a fugué à de très nombreuses reprises. Les fugues étaient certes de courte durée, mais, vu la typologie des comportements à risque du recourant, il n'était pas nécessaire qu'il passe un temps important à l'extérieur de l'établissement pour passer à l'acte. En outre, le recourant ne respectait pas les règles de l'établissement. Il est vrai qu'en soi la violation de règles internes à l'établissement est insuffisante pour justifier le placement en milieu fermé. En l'espèce, le rappel des règles et les tentatives de les faire respecter s'étaient toutefois soldés par un comportement violent du recourant, au point de faire naître un sentiment d'insécurité chez le personnel soignant. En effet, le recourant a proféré des menaces de mort à l'égard de l'un d'eux, en sous-entendant se sentir légitimé à prendre la vie de celui-ci. Dans ces conditions, le placement en milieu fermé se justifiait tant par un risque de fuite qu'un risque de récidive. Les griefs soulevés par le recourant sont infondés.
En outre, le recourant semble contester le fait d'avoir été incarcéré à C._ et non dans un autre établissement fermé. Il ne détaille toutefois pas ce grief et ne prétend pas que les conditions de l'art. 59 al. 3 in fine CP n'auraient pas été respectées. Faute de motivation suffisante (<ref-law>), ce grief est dès lors irrecevable.
6.
Le recourant se plaint de sa détention à C._ du 31 octobre 2013 au 28 novembre 2013 qu'il qualifie de trop longue, ainsi que de celle du 25 juillet 2014 au 22 avril 2015.
La cour cantonale a refusé d'entrer en matière sur les faits postérieurs à la décision attaquée (arrêt attaqué p. 12 consid. 6.3). Conformément au principe de l'épuisement des instances cantonales (<ref-law>), le recourant ne peut donc attaquer que la question de la recevabilité. Il ne peut pas soulever des griefs sur le fond; ceux-ci sont irrecevables.
Pour le surplus, la cour cantonale ne s'est pas prononcée sur la licéité de la détention du 31 octobre au 28 novembre 2013. Dans ce cas, le recourant devait faire valoir que la cour cantonale avait commis un déni de justice formel, ce qu'il ne fait pas. Faute d'épuisement des instances cantonales (<ref-law>), les griefs formés par le recourant au sujet de la licéité de de sa détention sont irrecevables.
7.
Le recourant requiert qu'une enquête complète soit ordonnée pour établir l'ampleur exacte de la violation de ses droits et lui octroyer une juste réparation.
Insuffisamment motivé (<ref-law>), ce grief est irrecevable.
8.
Dans la mesure de sa recevabilité, le recours doit être rejeté.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 29 juin 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin