Faits :
A.
A.a. Par contrat de bail du 1er février 1992, Z._ et A._, qui est désormais décédé et dont Z._ est la seule héritière, propriétaires, ont remis à bail à X._ une surface d'environ 650 m2 sur la commune de..., ainsi qu'un hangar couvert de 10 m2 attenant pour un loyer de 6'000 fr. par an. Le terrain était destiné au dépôt de matériel de chantier et de matériaux. Le contrat a été conclu pour une durée de cinq ans, du 1er janvier 1991 au 31 décembre 1995, renouvelable de cinq en cinq ans, sauf congé donné six mois à l'avance.
Une nouvelle échéance a été fixée au 31 décembre 1999, avec reconduction d'année en année.
A.b. X._ était titulaire de l'entreprise individuelle " Entreprise V._ ".
Le 6 juillet 2004, X._ a constitué la société V._ SA, dont le but est l'exploitation d'une entreprise active dans le domaine de la maçonnerie et tous travaux du bâtiment. Il en est l'administrateur unique avec signature individuelle. X._ a apporté à la nouvelle société les actifs et passifs liés à l'exploitation de l'entreprise individuelle " Entreprise V._ ". Sa création n'a été publiée dans la Feuille officielle suisse du commerce que le xxx 2010.
L'entreprise individuelle est toutefois restée inscrite au registre du commerce jusqu'au 19 septembre 2014. Si elle a abandonné à V._ SA l'exploitation de l'activité dans le domaine de la maçonnerie et des travaux du bâtiment, elle a continué à faire des opérations dans le domaine de la promotion immobilière, à savoir l'achat, la vente et la transformation d'immeubles.
A.c. Le 12 avril 2013, Z._, pour elle-même et pour la succession de feu A._, a adressé un avis de résiliation du bail à X._, avec effet au 31 décembre 2013.
B.
B.a. Par courrier du 9 mai 2013, sur papier à en-tête de V._ SA et signé par X._ sous la mention " V._ SA ", une contestation de la résiliation du bail a été adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Après échec de la conciliation, X._ et V._ SA ont saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève d'une requête visant à la constatation de l'inefficacité de la résiliation du bail du 12 avril 2013, subsidiairement à l'annulation de dite résiliation et plus subsidiairement à l'octroi d'une prolongation du bail de 6 ans dès le 1er janvier 2016 et plus subsidiairement encore à la constatation de ce que l'échéance du bail est le 31 décembre 2015.
La bailleresse a conclu à l'irrecevabilité de la demande de X._ et au rejet de celle de V._ SA (faute de qualité pour agir); reconventionnellement, elle a requis la constatation de la validité du congé et l'évacuation directe de la locataire.
B.b. Le tribunal a limité la procédure à la question de la détermination de l'identité de la partie locataire (art. 125 let. a CPC).
Les demandeurs ont soutenu que le locataire était V._ SA, alors que la bailleresse a plaidé que X._ avait ce statut.
Par jugement du 27 février 2014, le Tribunal a rejeté la contestation de congé de V._ SA (ch. 2). Il a déclaré irrecevable la demande en contestation du congé de X._ (celui-ci, considéré comme le locataire, n'a toutefois contesté le congé - et pris part à l'audience de conciliation - que comme organe de la société, et non à titre personnel) et, sur demande reconventionnelle, a condamné celui-ci, et toute personne faisant ménage commun avec lui, à évacuer immédiatement de leur personne et de leurs biens la surface et le hangar, la bailleresse étant autorisée à requérir l'exécution par la force publique dès l'entrée en force du jugement, et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 1, 3, 4 et 5).
Statuant le 26 janvier 2015 sur appels de X._ et V._ SA, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le rejet de l'action en contestation du congé de V._ SA (ch. 2). En revanche, en raison de la violation du droit d'être entendu (vu que le tribunal avait annoncé la limitation de la procédure à la question de la détermination de l'identité du locataire et ne s'y était pas tenue), elle a annulé le premier jugement en ce qui concerne l'action en contestation de X._ et l'action reconventionnelle en évacuation et ses conséquences (ch. 1, 3, 4 et 5) et renvoyé la cause au Tribunal des baux et loyers pour qu'il statue sur les questions qui ne faisaient pas l'objet de la limitation de la procédure au sens de l'art. 125 CPC.
Sur recours de X._ et V._ SA, le Tribunal fédéral, par arrêt du 2 septembre 2015 (arrêt 4A_130/2015), a confirmé l'arrêt cantonal attaqué. Il a observé que, la cour cantonale ayant admis la qualité pour agir de X._ et renvoyé (pour ce qui le concerne) la cause au Tribunal des baux pour jugement sur le fond, le recours en matière civile était dirigé contre la décision cantonale ayant mis fin à la procédure de la seule société V._ SA (art. 91 let. b LTF), que le recours de X._ était irrecevable (celui-ci n'ayant aucun intérêt à recourir pour une société avec laquelle il ne se confondait pas) et que le recours de V._ SA (qui n'était pas locataire) devait être rejeté, pour défaut de qualité pour agir.
C.
Par jugement du 14 décembre 2015, le Tribunal des baux a déclaré irrecevable la contestation de congé formée par X._ et, sur demande reconventionnelle, condamné celui-ci à évacuer immédiatement de sa personne et de ses biens la surface d'environ 650 m2 située sur la commune de..., ainsi que le hangar attenant.
Par arrêt du 26 septembre 2016, la Chambre des baux de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement entrepris. En substance, elle a exclu tout formalisme excessif à nier que X._, en signant le courrier de V._ SA du 9 mai 2013, aurait également contesté le congé pour lui-même, a considéré que les règles prévoyant les cas d'annulation d'un congé (art. 271 et 271a CO) n'étaient pas applicables et que le congé (qualifié d'ordinaire et non d'extraordinaire, comme le prétend le recourant) n'est pas nul, mais valablement intervenu pour le 31 décembre 2013.
D.
X._ (ci-après également: le locataire) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 26 septembre 2016. Il conclut à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que la résiliation du bail pour le 31 décembre 2013 est nulle, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le " recours en matière de droit civil " (recte: recours en matière civile) est exercé par la partie qui a succombé dans sa conclusion en annulation du congé (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et les formes (art. 42 LTF) prévus par la loi.
S'agissant de la valeur litigieuse, on peut se demander, d'une part, si la règle d'exception de l'art. 74 al. 1 let. a LTF (15'000 fr. en matière de droit du bail) s'applique, s'agissant d'un contrat portant sur un terrain (sur la controverse: BERNARD CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 26 ad art. 74 LTF). D'autre part, même si, par hypothèse, on tient compte du seuil de 15'000 fr., il est douteux que celui-ci soit atteint en l'espèce dans la mesure où, pour la location d'un terrain, la période de protection de trois ans de l'art. 271a al. 1 let. e CO - qui porterait la valeur litigieuse à 18'000 fr. - n'est pas applicable.
Ces questions peuvent toutefois rester indécises puisqu'il est possible de trancher le litige en examinant les seuls griefs portant sur la prétendue violation de droits constitutionnels (art. 9 et 29 al. 1 Cst.) et que le recours constitutionnel serait à cet égard quoi qu'il en soit ouvert (cf. art. 116 LTF).
1.2. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cependant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, l'autorité verse dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsqu'elle tire des conclusions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 265; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
En l'espèce, le recourant présente son propre état de fait et déclare contester " tous les faits de l'Arrêt querellé non conformes à la présente écriture " (acte de recours p. 7 à 12). Il n'y a pas lieu de tenir compte de cette présentation qui ne respecte pas les exigences strictes posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF.
2.
2.1. Dans un premier moyen, le recourant considère que c'est de manière arbitraire (art. 9 Cst.) que la cour cantonale a constaté que la contestation du congé a été "signée" uniquement par V._ SA et non pas également par lui-même. Le recourant se plaint en particulier de ce que la cour cantonale n'a pas tenu compte du fait qu'il n'est pas juriste et qu'il ne pouvait pas imaginer que la mention de V._ SA dans sa contestation aurait de telles conséquences.
Le locataire part de la prémisse que la confusion qui s'est produite résulterait d'un malentendu et qu'il n'avait pas les compétences pour le clarifier.
On observera d'emblée que le recourant s'appuie sur un constat préalable qui diverge de celui fait dans l'état de fait cantonal. La cour précédente a en effet clairement mis en évidence que la formulation de la requête en contestation du congé au nom de V._ SA ne constituait pas une erreur ou un malentendu, mais un acte volontaire.
Le locataire ne tente pas de démontrer, selon les exigences strictes des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, que la cour cantonale aurait posé ce constat de manière insoutenable. Il n'y a donc pas lieu d'examiner la question sous cet angle.
La critique est infondée.
2.2. Quant au deuxième moyen tiré de l'arbitraire dans la constatation des faits (qui vise la preuve de l'envoi de l'avis de modification de bail du 7 avril 1995), il tend à démontrer que la bailleresse aurait notifié un congé extraordinaire et non un congé ordinaire (comme l'a retenu la cour cantonale). Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner cette dernière question (cf. infra consid. 4) et la critique soulevée par le recourant est donc impropre à modifier l'issue du litige (art. 97 al. 1 LTF).
Le moyen se révèle sans consistance.
3.
Dans un grief distinct, le recourant soutient encore que la cour cantonale a fait preuve de formalisme excessif (cf. art. 29 al. 1 Cst.) en refusant d'admettre qu'il avait également signé pour lui-même (et non seulement pour le compte de la société) la requête de contestation du congé du 9 mai 2013.
3.1. Dans le contexte de la résiliation du bail, qui doit être notifiée sur formule officielle, le Tribunal fédéral a jugé que la désignation de la personne du bailleur figurant sur l'avis de résiliation doit être interprétée strictement (conformément au principe de la confiance), toute extrapolation devant être évitée (arrêt 4A_196/2016 du 24 octobre 2016 consid. 3.3.1). Il en irait de même pour la désignation de la personne du locataire.
En procédure civile, les parties demanderesse et défenderesse doivent être désignées de manière exacte dans la requête de conciliation lorsque la conciliation est obligatoire, respectivement dans la demande lorsque la conciliation est exclue. Il n'est pas possible de rectifier une erreur touchant à la qualité pour agir ou à la qualité pour défendre (pour la partie demanderesse, cf. arrêt 4A_357/2016 du 8 novembre 2016 consid. 3.1.3 destiné à la publication; pour la partie défenderesse, cf. arrêt 4A_560/2015 du 20 mai 2016 consid. 4.1).
3.2. En l'espèce, la requête de conciliation dans l'action en contestation du 9 mai 2013, sur papier à en-tête de V._ SA et signée, sous la mention V._ SA, par X._ a été déposée par V._ SA. La société seule a ouvert action en tant que demanderesse. La cour cantonale n'a donc pas fait preuve de formalisme excessif en refusant d'admettre que X._ aurait également agi à titre personnel.
Le moyen du recourant est infondé.
4.
On ne saurait donc reprocher à l'autorité précédente d'être arrivée à la conclusion que le locataire n'avait agi que pour la société V._ SA, et non également pour lui-même, et d'avoir confirmé l'irrecevabilité de la contestation du congé formée par le locataire lui-même.
Cela étant, il est superflu d'examiner les critiques du recourant qui présupposeraient une contestation valable du congé, soit le grief tiré de la violation de l'art. 257f CO selon lequel la bailleresse aurait notifié un congé extraordinaire (et non un congé ordinaire) (acte de recours p. 20 ss), le moyen pris de la transgression des art. 271 ss CO dans lequel le recourant tente de démontrer que, puisqu'il exerçait une " activité commerciale ", il occupait bien un " local commercial " (acte de recours p. 22 ss), ainsi que l'affirmation selon laquelle le locataire pourrait bénéficier d'une prolongation de bail (acte de recours p. 25).
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, qui n'a eu à se déterminer que sur la requête d'effet suspensif, a droit à des dépens réduits (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Le prononcé du présent arrêt sur le fond rend sans objet la requête d'effet suspensif.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'effet suspensif est devenue sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 7 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget