Faits :
A.
Par ordonnance pénale du 22 juin 2015, le procureur de l'arrondissement de la Côte a reconnu X._ coupable des infractions d'usage abusif de permis et/ou de plaques de contrôle (art. 97 al. 1 let. a LCR), de contravention à la loi vaudoise sur la gestion des déchets (art. 36 LGD/VD; RSV 814.11) et de contravention à l'ordonnance sur les règles de la circulation routière (art. 96 OCR). Il l'a condamné à 20 jours-amende à 50 francs le jour avec sursis pendant deux ans et à une amende de 800 francs, convertible, en cas de non-paiement, en une peine privative de liberté de substitution de 16 jours. Il a mis les frais de la procédure par 400 francs à sa charge.
A la suite de l'opposition de X._, le procureur a confirmé les infractions retenues et les 20 jours-amende, avec sursis pendant deux ans, mais a réduit le montant du jour-amende à 30 francs le jour et l'amende à 300 francs, convertible, en cas de non-paiement, en une peine privative de liberté de substitution de 10 jours. Il a également confirmé la mise à la charge de X._ des frais de la procédure par 400 francs.
Par jugement du 12 avril 2016, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Côte a reconnu X._ coupable d'usage abusif de permis et/ou de plaques de contrôle, de contravention à la loi vaudoise sur la gestion des déchets et de contravention à l'ordonnance sur les règles de la circulation routière. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 20 jours-amende à 20 francs le jour avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 300 francs convertible, en cas de non-paiement, en 15 jours de peine privative de liberté de substitution. Il a mis les frais de justice par 800 francs à sa charge, le solde étant laissé à la charge de l'Etat.
B.
Après avoir signifié à X._ qu'elle envisageait de retenir à sa charge les art. 20 al. 1 OCR, 13 al. 1 LGD/VD et 17 RLGD/VD, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a, par jugement du 5 septembre 2016, admis partiellement l'appel de X._. Elle a réduit la peine pécuniaire à 10 jours-amende et l'amende à 150 francs, convertible, en cas de non-paiement, en une peine privative de liberté de substitution de deux jours. Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du tribunal de police et a mis la moitié des frais de l'instance d'appel à la charge de X._.
En substance, la cour cantonale a retenu que X._ avait stationné le véhicule de marque A._ à un endroit devant être considéré comme une route publique et que le véhicule en question était dépourvu de plaques de contrôle. De plus, elle a admis qu'il n'existait aucun permis de circulation valable pour le véhicule de marque A._ et qu'en conséquence on était en présence d'un véhicule hors d'usage dont le dépôt ou l'abandon est interdit sur l'ensemble du territoire cantonal.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale contre ce jugement. Il demande, principalement, une diminution de la peine et une réduction de tous les frais fixés dans les décisions précédentes. Subsidiairement, il conclut à son acquittement de l'infraction aux art. 97 al. 1 LCR et 20 al. 1 OCR. Il demande également que la teneur et l'interprétation rigoriste des art. 13 al. 1 LGD/VD et 17 RLGD/VD soient considérées comme anticonstitutionnelles lorsque ceux-ci sont appliqués à un véhicule temporairement sans permis de circulation valide en raison de défauts mineurs.

Considérant en droit :
1.
La cour cantonale a retenu que le véhicule de marque A._, qui n'était plus immatriculé après avoir échoué au contrôle technique, devait être considéré comme étant dépourvu de plaques de contrôle et qu'en conséquence, il ne pouvait plus être stationné à l'endroit où il a été vu par la gendarmerie, car il s'agissait de places de parc ou de voies publiques. De plus, elle a admis que, même si l'endroit du stationnement devait être considéré comme une place de parc accessible au public mais appartenant à des privés, le recourant n'avait pas l'autorisation du propriétaire lui permettant d'y stationner.
1.1. Le recourant ne conteste pas que le véhicule de marque A._ n'était plus immatriculé faute d'avoir passé avec succès le contrôle technique. Il estime par contre que l'endroit où le véhicule était stationné devait être considéré comme une parcelle dont le caractère et l'usage étaient clairement privés. De plus, il affirme avoir obtenu une autorisation tacite d'un membre de la municipalité pour pouvoir stationner son véhicule sur cette parcelle, qui est propriété de la commune de B._.
1.2. Aux termes de l'art. 20 al. 1 OCR, les véhicules dépourvus des plaques de contrôle prescrites ne doivent pas stationner sur les places de parc ou voies publiques; sont exceptées les places de parc accessibles au public qui appartiennent à des particuliers lorsque ceux-ci autorisent le stationnement.
L'art. 1 al. 1 et 2 OCR définit comme routes les voies de communication utilisées par des véhicules automobiles, des véhicules sans moteur ou des piétons. Il précise que sont publiques les routes qui ne servent pas exclusivement à l'usage privé.
Selon la jurisprudence, il y a lieu de retenir une conception large de la notion de route publique. Ainsi, les places, les ponts, les tunnels, etc. sont à considérer comme routes au sens de la LCR (<ref-ruling> consid. 2 p.31). Le facteur déterminant n'est pas de savoir si la surface de la route est en propriété privée ou publique, mais si elle est utilisée pour la circulation générale et si son usage est possible pour un groupe indéterminé de personnes, même si son utilisation est limitée (<ref-ruling> consid. 3 p.108; arrêt 6B_507/2012 du 1er novembre 2012 consid. 2.1).
1.3. En l'espèce, il ressort des faits retenus par la cour cantonale que l'endroit où le recourant a parqué le véhicule de marque A._ est une place dont l'usage est possible par un groupe indéterminé de personnes sans aucune restriction puisqu'elle est immédiatement accessible depuis la route. Dans ces conditions, le caractère de place publique doit être reconnu. On constate d'ailleurs que le recourant semble faire une confusion entre la route et la chaussée qui est la partie de la route qui sert à la circulation des véhicules (art. 1 al. 4 OCR).
S'agissant de l'autorisation tacite dont le recourant se prévaut pour lui permettre de stationner le véhicule sur une parcelle communale, il s'agit d'un fait contraire à ce que la cour cantonale a expressément retenu. Dans la mesure où le recourant ne prétend pas que les faits retenus par celle-ci l'auraient été de façon manifestement inexacte ou en violation du droit, le Tribunal fédéral est lié par ces faits (art. 105 al. 1 LTF). Il y a donc lieu d'admettre que le recourant ne bénéficiait d'aucune autorisation pour stationner le véhicule sur cette place. Le grief est donc rejeté.
2.
S'agissant de l'application de la législation cantonale sur la gestion des déchets, en particulier des art. 13 al. 1 LGD/VD et 17 RLGD/VD, la cour cantonale a retenu que le véhicule de marque A._ était dépourvu de permis de circulation valable, celui-ci ayant été annulé pour non conformité aux exigences lors d'un contrôle technique. De ce fait, ce véhicule constituait un véhicule hors d'usage dont le dépôt ou l'abandon était interdit sur tout le territoire du canton de Vaud.
2.1. Le recourant invoque une violation de ses droits constitutionnels, en particulier de la garantie de la propriété et de la liberté économique. Il fait valoir que la réglementation vaudoise provoquait immanquablement la mise au rebus de véhicules parfaitement aptes à rouler, qu'elle sanctionnait un propriétaire qui entend conserver un véhicule et qu'elle enfreindrait la liberté d'entreprendre en limitant le droit d'un propriétaire de stocker sur son terrain et en plein air des véhicules destinés à être restaurés.
2.2. Le droit cantonal n'est revu que sous l'angle restreint de l'arbitraire. L'art. 106 al. 2 LTF prévoit que le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
On ne voit pas en quoi le seul fait d'imposer, dans un but écologique et d'utilisation appropriée du domaine public, des emplacements pour stationner des véhicules qui ne sont plus autorisés à rouler et qui sont éventuellement destinés à la restauration, constituerait une violation des droits fondamentaux invoqués. Faute de développement spécifique, le grief est irrecevable.
2.3. Pour le surplus, le recourant ne formule aucune autre critique recevable à l'encontre de l'application des art. 97 al. 1 let a LCR, 13 al. 1 LGD/VD et 17 RLGD/VD.
3.
Le recourant conteste être le détenteur du véhicule et estime avoir donc été condamné à tort. Il affirme ne pas être responsable de l'adéquation du véhicule, ne pas en assumer les frais de fonctionnement et d'entretien, ne pas détenir le pouvoir effectif et immédiat sur le véhicule et ne pas être mentionné dans le permis de circulation comme détenteur formel.
Cette question est sans influence pour le jugement de l'affaire. En effet, le recourant a été condamné pour infractions aux art. 97 al. 1 let. a LCR, 20 al. 1 et 96 OCR, ainsi que 13 al. 1 et 36 LGD/VD et 17 RLGD/VD. Aucune de ces dispositions légales ne prévoit, comme élément constitutif de l'infraction, que celle-ci ne pourrait être commise que par le détenteur. En l'espèce, le recourant a admis être la personne qui a déposé le véhicule de marque A._ à l'endroit où il a été vu par la gendarmerie. Il y a lieu d'admettre que le recourant avait la maitrise sur le véhicule lorsqu'il l'a stationné et lorsqu'il y apposait les plaques d'un autre véhicule, ce qui est suffisant pour être reconnu comme auteur des infractions retenues.
4.
Le recourant conteste la quotité de la peine, qu'il considère comme trop sévère. En particulier, il estime que la peine infligée viole le principe de l'égalité de traitement et cite, à titre de comparaison, le cas d'une automobiliste prévenue d'homicide par négligence et de lésions corporelles graves par négligence, qui aurait été condamnée à 10 jours-amende avec sursis pour avoir provoqué un accident sur l'autoroute en ne mettant pas son clignoteur.
4.1. Aux termes de l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Celle-ci doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 66 s., 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19 s.).
Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans la fixation de la peine. Sa décision sur ce point ne viole le droit fédéral que s'il est sorti du cadre légal, s'il s'est fondé sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il a omis de prendre en considération des éléments prévus par cette disposition ou s'il a abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant une peine exagérément sévère ou excessivement clémente (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61).
4.2. La cour cantonale a admis que le recourant avait agi par négligence, que sa culpabilité restait modérée et qu'il n'avait pas d'antécédents.
La comparaison proposée par le recourant est stérile. En effet, elle ne prend pas en compte la gravité de la faute commise par l'automobiliste, mais uniquement les conséquences de celle-ci, ce qui ne permet aucune comparaison. Pour le surplus, le recourant n'invoque aucun élément important propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort par la cour cantonale. Il convient dès lors d'examiner si, au vu des circonstances, la peine apparaît exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
Il ressort des faits retenus par la cour cantonale que le recourant a fait usage d'une plaque de contrôle destinée à un autre véhicule pour laisser penser que son véhicule de marque A._ était immatriculé et pouvait rouler, alors que celui-ci n'a jamais été déplacé. Cette manière de faire a perduré pendant plus d'un an. Il ne s'agissait donc pas d'une situation temporaire, éventuellement dictée par l'urgence, permettant au recourant de remédier aux problèmes techniques rencontrés lors du contrôle. Il n'apparaît dès lors pas que la peine infligée soit exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
5.
Le recourant critique enfin le montant des frais mis à sa charge. Il se trouve que, dans toutes les décisions où il a partiellement obtenu gain de cause, il n'a eu à supporter qu'une partie des frais, ce qui est conforme aux art. 426 ss CPP. Par ailleurs, le recourant ne prétend pas que le tarif cantonal des frais judiciaires n'aurait pas été respecté. Ce grief doit donc être rejeté.
6.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant supporte les frais de la cause (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 9 novembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin