Faits :
A.
X._ est né en novembre 1947 au Portugal et vit depuis l'âge de 11 ans en Suisse. Entre le 14 mars 2011 et le 9 janvier 2014, il a occupé la fonction d'associé-gérant de la société " A._ Sàrl ", dont le but était l'exploitation d'établissements publics, la fabrication, la vente et la livraison de pizzas et d'autres produits alimentaires.
Le 9 janvier 2014, le Tribunal civil de T._ a prononcé la faillite de la société. Le 31 octobre 2014, l'Office des faillites a adressé au Ministère public une dénonciation pénale contre X._ pour avoir omis de prendre les mesures nécessaires à la conservation des pièces comptables de la société " A._ Sàrl ". Le 29 novembre 2013, X._ a été victime d'une agression visant probablement à lui soustraire de la cocaïne et d'autres biens, au cours de laquelle il a subi diverses blessures.
B.
Statuant sur opposition de X._ à l'encontre d'une ordonnance pénale du 20 juillet 2015, le Tribunal de police de S._ a, par jugement du 4 novembre 2015, condamné X._ à une peine de 60 jours-amende à 20 fr., sans sursis, peine partiellement complémentaire à celles prononcées le 1er novembre 2011 par le Tribunal criminel de U._, le 27 juillet 2012 par le Ministère public de V._ et le 27 juillet 2012 par le Ministère public, parquet régional de W._. Il a également révoqué le sursis à une peine de 180 heures de travail d'intérêt général accordé dans le cadre de la dernière condamnation précitée.
C.
Par déclaration d'appel du 30 novembre 2015, X._ a conclu principalement à l'annulation du jugement de première instance et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause au tribunal de police en invitant celui-ci à statuer après la décision à rendre par les autorités vaudoises dans une autre procédure pénale.
En cours de procédure d'appel, X._ a informé la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel que la procédure menée contre lui dans le canton de Vaud était terminée. Il avait été condamné par jugement du Tribunal criminel de Y._ du 26 juin 2015, confirmé par arrêt de la Cour d'appel pénale vaudoise du 22 janvier 2016, à une peine privative de liberté de 5 ans et à une amende de 600 fr. pour infractions graves et contraventions à la loi fédérale sur les stupéfiants.
Par jugement d'appel du 15 juin 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a partiellement admis l'appel de X._ et réformé le jugement de première instance en ce sens qu'elle l'a reconnu coupable d'infraction à l'<ref-law> et a révoqué le sursis accordé le 27 juillet 2012 par le Ministère public, parquet régional de W._. Elle l'a condamné à une peine d'ensemble de deux mois de peine privative de liberté, sans sursis, précisant que cette peine était partiellement complémentaire à celles prononcées le 1er novembre 2011 par le Tribunal criminel de T._ et le 27 juillet 2012 par le Ministère public de l'Est vaudois et entièrement complémentaire à celle prononcée le 26 juin 2015 par le Tribunal criminel de Y._.
En substance, la cour cantonale a retenu que X._ admettait ne pas avoir été en mesure de produire, sur réquisition de l'Office des faillites, une comptabilité, ni les pièces justificatives et n'avoir pris aucune précaution pour conserver les pièces comptables, alors qu'il avait conscience de ses devoirs légaux. Elle a souligné que son incarcération ne l'aurait pas empêché de prendre des mesures conservatoires. Dès lors, les éléments objectifs et subjectifs de l'infraction de l'<ref-law> étaient entièrement réalisés. Vu la condamnation prononcée par les autorités vaudoises, devenue définitive durant la procédure d'appel, la cour cantonale a, en application de l'<ref-law>, jugé que la peine devant sanctionner l'infraction à l'<ref-law> devait être complémentaire à la peine vaudoise, et l'a fixée à 30 jours fermes. Elle a de surcroît confirmé la révocation du sursis accordé le 27 juillet 2012 et, en vertu de l'<ref-law>, a transformé la peine de 180 heures de travail d'intérêt général en une peine privative de liberté de 30 jours, pour fixer en définitive une peine d'ensemble de 2 mois de peine privative de liberté ferme.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement d'appel du 15 juin 2016 et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle statue dans le sens des considérants et, au fond, à son acquittement au bénéfice du doute.
Le Ministère public a conclu à l'admission partielle du recours.

Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint d'une violation du principe " in dubio pro reo " en lien avec la réalisation de l'élément subjectif de la violation de l'obligation de tenir une comptabilité.
1.1. Selon l'<ref-law>, le débiteur qui aura contrevenu à l'obligation légale de tenir régulièrement ou de conserver ses livres de comptabilité, ou de dresser un bilan, de façon qu'il est devenu impossible d'établir sa situation ou de l'établir complètement, sera, s'il a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui, puni de l'emprisonnement ou de l'amende. L'obligation de tenir une comptabilité est violée lorsqu'aucune comptabilité n'a été tenue ou quand la comptabilité n'a pas été conservée ou encore dès que, sur la base des livres existants, un expert ne peut pas acquérir une vue d'ensemble de la situation réelle ou ne le peut que moyennant un sacrifice de temps considérable (arrêts 6B_1091/2014 du 24 novembre 2015 consid. 6; 6S.142/2003 du 4 juillet 2003 consid. 4; SCHUBARTH/ALBRECHT, Kommentar zum schweizerischen Strafrecht, vol. 2, Berne 1990, n° 16 ad art. 166 StGB). L'auteur n'est punissable que s'il sait qu'à défaut d'une comptabilité régulièrement tenue, il sera impossible d'établir ou d'établir complètement la situation de la personne en cause ou si, sous l'angle du dol éventuel, il envisage cette possibilité et s'en accommode (<ref-ruling> consid. 2b p. 164).
1.2. Déterminer ce que l'auteur sait ou envisage, soit le contenu de sa pensée, relève de l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 156). Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de faits de la décision entreprise (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit, pour l'essentiel, de la prohibition de l'arbitraire (cf. sur la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 53; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266). Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe " in dubio pro reo ", celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 41). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
1.3. Le recourant ne tente pas de démontrer, en se fondant sur l'état de fait de la décision cantonale, que la cour cantonale aurait méconnu la notion même de dol éventuel. Il se contente de soutenir que les suites de l'agression dont il avait été victime et son incarcération expliquent sa défaillance. Telle qu'elle est articulée, cette argumentation essentiellement appellatoire se révèle ainsi sans pertinence quant à l'objet du litige, dans le cadre du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral tel qu'il est délimité par l'art. 105 al. 1 et 2 LTF.
Au demeurant, la cour cantonale s'est, conformément à la jurisprudence, fondée sur les indices constatables de l'extérieur, notamment le degré de probabilité de la réalisation du risque, la gravité de la violation du devoir de diligence, les mobiles du recourant ainsi que sa façon d'agir, tous éléments qu'elle a discutés de manière détaillée. Elle a souligné que le recourant avait délibérément omis de prendre des mesures pour assurer la tenue d'une comptabilité en 2013. Elle a indiqué que l'agression dont il se prévalait pour expliquer sa défaillance ne saurait convaincre puisqu'elle s'est produite en novembre 2013. Elle a relevé que le recourant pouvait, malgré son incarcération en août 2014, agir de telle sorte que les pièces nécessaires à sa comptabilité soient sauvegardées et qu'il ne pouvait ignorer les conséquences de sa passivité.
Supposé recevable, le grief devrait ainsi, de toute manière, être rejeté.
2.
Le recourant critique ensuite la peine qui lui a été infligée et soutient que, compte tenu de l'ampleur de la peine prononcée à son encontre par la justice vaudoise, une peine complémentaire pour violation de l'<ref-law> ne se justifiait pas.
2.1. Si le juge doit prononcer une condamnation pour une infraction que l'auteur a commise avant d'avoir été condamné pour une autre infraction, il fixe la peine complémentaire de sorte que l'auteur ne soit pas puni plus sévèrement que si les diverses infractions avaient fait l'objet d'un seul jugement (<ref-law>). Cette disposition permet de garantir l'application du principe d'aggravation également en cas de concours réel rétrospectif (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 331; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 267; <ref-ruling> consid. 6.1.2 p. 67).
2.2. En l'espèce, la prise en compte du jugement vaudois entré en force en cours de procédure d'appel par la cour pénale neuchâteloise a conduit cette dernière à prononcer une peine privative de liberté de deux mois fermes en lieu et place de 60 jours-amende à 20 fr. et de 180 heures de travail d'intérêt général. Or, les jours-amende et le travail d'intérêt général découlant du jugement de première instance constituent des peines moins graves que la peine privative de liberté infligée au recourant par la juridiction d'appel. Dès lors que le recourant conteste sa peine, il convient d'examiner en priorité la problématique sous l'angle de l'interdiction de la reformatio in pejus.
La prohibition de la reformatio in pejus, dont le but est de permettre au prévenu d'exercer son droit de recours sans craindre de voir le jugement modifié en sa défaveur (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 90; <ref-ruling> consid. 2.4.3 p. 287; KOLLY, Zum Verschlechterungsverbot in schweizerischen Strafprozess, RPS 113/1995, p. 298) est consacrée par le biais de l'art. 391 al. 2 1 ère phrase CPP. Cette disposition prévoit que l'autorité de recours ne peut modifier une décision au détriment du prévenu ou du condamné si le recours a été interjeté uniquement en leur faveur. A teneur de l'art. 391 al. 2 2 ème phrase CPP, l'autorité de recours peut toutefois infliger une sanction plus sévère à la lumière de faits nouveaux qui ne pouvaient être connus du tribunal de première instance. L'interdiction de la reformatio in pejus s'en trouve tempérée, au motif qu'il " serait choquant que des faits, des documents ou des preuves dont on n'a eu connaissance qu'après le jugement du tribunal de première instance ne puissent pas être utilisés, y compris au détriment du prévenu " (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 91 avec référence au Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification de la procédure pénale, FF 2006 1295 ad art. 399). La jurisprudence a toutefois relevé que la portée de l'art. 391 al. 2 2 ème phrase CPP demeurait peu claire et son application problématique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 91 s. et les références citées). Elle a admis jusqu'ici que cette disposition permettait à l'autorité de recours de tenir compte, pour établir le pronostic relatif au sursis, de faits, par exemple d'une condamnation, qui ne pouvaient pas être connus du tribunal de première instance (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 92 s.).
On peut se demander si, dans le cas d'espèce, l'hypothèse réservée par l'art. 391 al. 2 2ème phrase CPP pour tempérer l'interdiction de la reformatio in pejus peut entrer en ligne de compte. Un jugement prononcé par une autre juridiction - en l'occurrence, le jugement vaudois - peut certes constituer un fait nouveau permettant d'aggraver la peine fixée en première instance. Les spécificités du cas d'espèce conduisent toutefois à retenir qu'une telle approche serait en l'occurrence incohérente et aboutirait à fins contraires. En effet, le jugement vaudois entré en force durant la procédure d'appel a conduit la cour pénale neuchâteloise à faire application de l'<ref-law> et à fixer, en rapport avec l'infraction à l'<ref-law>, une peine complémentaire de 30 jours fermes. Elle a ainsi prononcé une peine en réalité plus sévère que celle de 60 jours-amende à 20 fr. fixée en première instance. Or, l'<ref-law> vise à empêcher qu'en cas de concours réel rétrospectif, l'auteur soit puni plus sévèrement que si un seul juge avait eu à connaître de l'ensemble des infractions. Il n'est ainsi guère justifié d'admettre une augmentation de la peine infligée en première instance par le biais de l'art. 391 al. 2 2ème phrase CPP, sous prétexte qu'un fait nouveau - le jugement vaudois - commande d'appliquer l'<ref-law>.
Ainsi, en l'absence d'appel du Ministère public, la cour cantonale ne pouvait pas revenir librement sur le jugement de première instance et aggraver la peine. Elle devait prononcer un jugement indépendant de la condamnation vaudoise. Le recours doit donc être admis sur ce point.
3.
Le recourant conteste la révocation du sursis qui lui avait été accordé le 27 juillet 2012 par le Ministère public neuchâtelois, pour une peine de 180 heures de travail d'intérêt général prononcée, avec sursis pendant 2 ans, pour les infractions à la LEtr, à la LAVS, à la LACI et la LAA.
3.1. Selon l'<ref-law>, si durant le délai d'épreuve, le condamné commet un crime ou un délit et qu'il y a dès lors lieu de prévoir qu'il commettra de nouvelles infractions, le juge révoque le sursis ou le sursis partiel (al. 1, 1 ère phrase). S'il n'y a pas lieu de prévoir que le condamné commettra de nouvelles infractions, le juge renonce à ordonner la révocation (al. 2, 1 ère phrase).
La commission d'un crime ou d'un délit durant le délai d'épreuve n'entraîne pas nécessairement une révocation du sursis. Celle-ci ne se justifie qu'en cas de pronostic défavorable, à savoir lorsque la nouvelle infraction laisse entrevoir une réduction sensible des perspectives de succès de la mise à l'épreuve (<ref-ruling>, consid. 4.2 et 4.3, p. 142). Par analogie avec l'art. 42 al. 1 et 2 CP, le juge se fonde sur une appréciation globale des circonstances du cas d'espèce pour estimer le risque de récidive (<ref-ruling>, consid. 4.4, p. 143). En particulier, il doit prendre en considération l'effet dissuasif que la nouvelle peine peut exercer, si elle est exécutée (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 144).
3.2. Le recourant fait valoir que la nouvelle infraction (violation de l'obligation de tenir une comptabilité au sens de l'<ref-law>) représente un comportement très différent des faits pour lesquels il avait été condamné en juillet 2012 (infractions à la LEtr, la LAVS, la LACI et la LAA) ce qui devrait conduire à ne pas prononcer la révocation du sursis. Il souligne également que, compte tenu de son âge, il ne pourra probablement plus commettre de délit à sa sortie de prison, rappelant que l'<ref-law> exige un lien entre le crime ou le délit commis durant le délai d'épreuve et le risque concret de commettre de nouvelles infractions.
3.3. La cour cantonale a constaté que les faits à l'origine de la violation des dispositions des lois sur les assurances sociales étaient de même nature que ceux de la présente procédure. Il s'agit en effet de la violation par le recourant de devoirs qui lui incombent dans la gestion d'une société. Les antécédents du recourant ne sont donc pas dénués de tout rapport avec la nouvelle infraction. Elle a retenu, à l'appui de son pronostic défavorable, que les infractions reprochées au recourant dans le canton de Vaud et celle de la présente procédure ont été commises en grande partie durant le délai d'épreuve du sursis accordé le 27 juillet 2012. En effet, dans le cadre de son appréciation globale des circonstances du cas d'espèce, le juge doit procéder à une évaluation de l'ensemble du comportement du condamné pendant le délai d'épreuve, et non seulement de son comportement en relation avec le nouveau crime ou délit (<ref-ruling> consid. 4b p. 8; <ref-ruling> consid. 2 p. 139). Elle a souligné que le Tribunal criminel de Y._ avait renoncé à révoquer le sursis parce que les infractions qu'elle avait à juger étaient d'une nature différente de celles ayant donné lieu à la condamnation avec sursis du Ministère public neuchâtelois. En revanche, tel n'est pas le cas de la violation de l'<ref-law> qui, comme les infractions aux lois sur les assurances sociales, démontre d'une même volonté de ne pas respecter les obligations liées à la qualité d'entrepreneur. Quant à l'âge du recourant, il ne peut à lui seul conduire la cour cantonale à poser un pronostic favorable, ce d'autant plus que rien n'indique que le recourant ne sera pas à nouveau confronté à de telles obligations.
En définitive, la cour cantonale a pris en considération tous les éléments pertinents au moment d'établir le pronostic relatif au comportement futur du recourant. L'ensemble des circonstances permettait, sans excès ni abus du pouvoir d'appréciation, de retenir un pronostic défavorable justifiant la révocation du sursis. En revanche et compte tenu des éléments évoqués au considérant précédent au sujet de l'interdiction de la reformatio in pejus, la cour cantonale n'était pas fondée à transformer la peine de 180 heures de travail d'intérêt général en une peine privative de liberté. Le recours doit donc également être admis sous cet angle.
4.
Au vu de ce qui précède, il y a lieu d'admettre partiellement le recours dans la mesure où il est recevable et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur la peine. Le recourant, qui n'obtient que partiellement gain de cause, doit supporter une partie des frais (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il peut prétendre à des dépens réduits à la charge du canton de Neuchâtel (<ref-law>), lequel est dispensé de tout frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le canton de Neuchâtel versera en mains du conseil du recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 22 juin 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Dyens