Fatti:
A.
Con decisione del 26 gennaio 2012 il Municipio del Comune di X._, nel frattempo confluito per aggregazione in quello nuovo di Bellinzona, ha intimato a A._ l'ordine di demolizione parziale di un terrapieno realizzato abusivamente, decisione confermata il 14 novembre 2012 dal Consiglio di Stato e il 3 marzo 2014 dal Tribunale cantonale amministrativo. Con sentenza 1C_215/2014 dell'11 dicembre 2014 il Tribunale federale ha respinto, in quanto ammissibile, un ricorso dell'interessata.
B.
Con istanza del 20 ottobre 2015 A._, assistita da una patrocinatrice, ha chiesto al Tribunale cantonale amministrativo, in via superprovvisionale, di sospendere l'esecuzione della sentenza del 3 marzo 2014 riguardo all'ordine di demolizione e, in via principale, in accoglimento della domanda di revisione, di annullare l'ordine di ripristino. Mediante giudizio del 31 maggio 2017 la Corte cantonale, negata la propria competenza poiché l'istanza doveva essere presentata al Tribunale federale, l'ha dichiarata irricevibile.
C.
Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, in via principale di annullare la decisione impugnata e di ritornare gli atti alla Corte cantonale, affinché esamini nel merito l'istanza di revisione; in via subordinata, di ritornarglieli affinché la trasmetta per competenza al Tribunale federale e in via ancora più subordinata, formula questa conclusione anche per il ricorso sussidiario in materia costituzionale.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale. Al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo in via superprovvisionale.

Diritto:
1.
1.1. Come noto alla ricorrente (sentenza 1C_215/2014, citata, consid. 1.2), il ricorso in materia di diritto pubblico contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza in materia edilizia è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è quindi inammissibile. La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.2. Quando l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso irricevibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, la ricorrente deve addurre perché sarebbe stata accertata in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali, in concreto la propria incompetenza (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2).
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando la ricorrente, come in concreto, invoca la violazione di diritti costituzionali (buona fede), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 286).
1.4. La ricorrente adduce che la vertenza concerne in sostanza l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto cantonale, che il Tribunale federale esamina sotto il ristretto profilo dell'arbitrio. Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta alla ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72).
2.
2.1. La Corte cantonale, richiamato l'art. 57 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm) relativo alla revisione, si è ritenuta incompetente a pronunciarsi sull'istanza. Ha ricordato che il ricorso in materia di diritto pubblico costituisce un rimedio giuridico devolutivo e di massima riformatorio, richiamando al riguardo l'<ref-law> secondo cui quando il Tribunale federale accoglie un ricorso esso può statuire nel merito o rinviare la causa all'autorità inferiore, per cui la sua decisione subentra a quella impugnata. Ne ha pertanto dedotto, richiamando giurisprudenza e dottrina, che l'istanza di revisione poteva essere presentata soltanto al Tribunale federale, ultima istanza ad essersi confrontata con il merito della vertenza, il cui giudizio dell'11 dicembre 2014, vista la reiezione del ricorso, è l'unico a essere cresciuto in giudicato (<ref-law>). Ha quindi dichiarato irricevibile l'istanza di revisione.
2.2. La ricorrente sostiene che con questa argomentazione la Corte cantonale avrebbe applicato in maniera arbitraria e costitutiva di un formalismo eccessivo la normativa cantonale relativa alla revisione.
2.3. Ella ammette nondimeno, rettamente, che contrariamente al precedente ricorso di diritto pubblico dell'abrogata OG, quello in materia di diritto pubblico istituito dalla LTF ha effetto devolutivo, ciò che risulta chiaramente dalla pubblicata e quindi notoria giurisprudenza (<ref-ruling> consid. 1.5 pag. 24; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 389 seg., 169 consid. 3.3 pag. 171). Ne segue quindi che la domanda di revisione dev'essere presentata contro la sentenza del Tribunale federale e non avverso il giudizio dell'autorità cantonale. L'accenno ricorsuale che sotto l'egida dell'OG ciò era il caso soltanto per il ricorso di diritto amministrativo, ma non per quello di diritto pubblico, chiaramente non è decisivo.
2.4. Riguardo alle sentenze richiamate nel criticato giudizio (2C_462/2014 del 24 novembre 2014 consid. 2.2 e 8C_602/2011 del 30 settembre 2011 consid. 1.3), che rinviano alla prassi pubblicata e alla dottrina relativa alla LTF (al riguardo vedi inoltre PIERRE FERRARI, in: Commentaire de la LTF, 2aed., n. 6 ad art. 123), la ricorrente si limita ad addurre che tale prassi menziona anche sentenze che si riferiscono all'OG. Il rilievo è ovviamente ininfluente. D'altra parte la ricorrente, disattendendo le citate esigenze di motivazione (<ref-law>), non si confronta con la dottrina richiamata nella decisione impugnata e nelle citate sentenze.
2.5. Chiaramente a torto sostiene poi che nella citata sentenza 1C_215/2014 il Tribunale federale avrebbe definito come nuovo il tema del bosco e della sua distanza dal terrapieno litigioso. Invero al considerando 2.3 da lei richiamato, con riferimento al principio della parità di trattamento, esso ha solo rilevato che la fotografia di un muro in cemento relativo a un altro fondo costituiva un inammissibile mezzo di prova nuovo. L'assunto ricorsuale secondo cui questa censura è stata dichiarata inammissibile e il ricorso respinto, per cui il tema del bosco sarebbe stato dichiarato inammissibile con la conseguenza che su questo punto la sentenza del Tribunale federale non si sarebbe sostituita a quella della Corte cantonale, rimasta pertanto competente per la revisione, è privo di fondamento. È del resto evidente che l'effetto devolutivo subentra anche in caso di reiezione di un ricorso in materia di diritto pubblico (DTF <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 389 seg. e rinvii; sentenza 8C_602/2011, citata, consid. 1.3 e 1.4).
Nella citata sentenza 1C_215/2014 la questione della distanza minima dal bosco del manufatto litigioso è stata trattata nei considerandi 3.2 e 3.4. In tale ambito è stato ripreso quanto ritenuto dalla Corte cantonale, ossia che dopo l'annullamento della licenza in sanatoria del 13 gennaio 1999, la grave violazione del diritto materiale era stata accertata in maniera definitiva e non poteva quindi più essere rimessa in discussione considerato che l'opera litigiosa divergeva chiaramente da quanto autorizzato all'epoca e invadeva inoltre abbondantemente la fascia di rispetto del bosco, dove è esclusa la concessione di qualsiasi deroga (consid. 3.2). La ricorrente disattende anche che la sua argomentazione, secondo cui non sarebbe sussistito un interesse a ristabilire il rispetto delle distanze dal bosco era ininfluente, decisiva essendo la mancata autorizzazione dell'opera litigiosa (consid. 3.4).
3.
3.1. La ricorrente rileva che qualora la questione dell'incompetenza della Corte cantonale fosse stata chiara, essa non avrebbe dovuto procedere allo scambio degli allegati, nel cui ambito neppure il Municipio l'aveva contestata. Sostiene che con tale agire essa avrebbe violato il principio della buona fede (art. 5 cpv. 3 e 9 Cost.), facendole credere, inducendola in errore, d'essere l'autorità competente a pronunciarsi sull'istanza di revisione.
3.2. Certo, mal si comprende perché nella fattispecie i giudici cantonali hanno ordinato risposta, replica e duplica. Nel ricorso in esame la ricorrente non fa tuttavia valere d'aver subito un qualsiasi pregiudizio giuridico da questo irrito modo di agire. La sentenza 5A_28/2015 del 22 maggio 2015 consid. 3.2, da lei richiamata, non è comunque decisiva per la questione del rispetto dei termini. In quella causa, ritenuto che una corte cantonale aveva proceduto a uno scambio di scritti permettendo alla ricorrente di legittimamente pensare alla ricevibilità del suo appello, il ricorso era stato accolto e la causa rinviata all'autorità inferiore affinché istruisse proprio la questione del rispetto del termine di appello e la tempestività del ricorso, in considerazione delle contraddizioni esistenti al riguardo. Estremi che non si presentano nella causa in esame. La questione della tempestività della domanda di revisione presentata al Tribunale federale è oggetto della parallela causa 1F_21/2017.
3.3. Contrariamente all'assunto ricorsuale, la Corte cantonale non era tenuta a offrire alla ricorrente la possibilità di esprimersi sulla questione della sua competenza, quesito ch'essa deve esaminare d'ufficio (art. 5 LPAmm). Non si trattava in effetti di pronunciarsi su determinati fatti, come per esempio la data del timbro postale (<ref-ruling> consid. 3b pag. 375; sentenza 1P.446/2004 del 28 settembre 2004 consid. 2; sul diritto di essere sentito vedi <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 72) o sulla ricezione della decisione impugnata, questione litigiosa nella richiamata sentenza 5A_28/2015, ma di applicare norme e prassi, notorie, sulle quali ha fondato la propria decisione.
4.
4.1. La Corte cantonale ha deciso di non trasmettere d'ufficio la domanda di revisione al Tribunale federale per competenza, poiché l'istante si era limitata a chiedere la revisione della propria sentenza del 3 marzo 2014, ritenendo implicitamente che il Tribunale federale non avrebbe potuto andare oltre la conclusione formulata dalla ricorrente (<ref-law>).
4.2. Al riguardo, la ricorrente non fa valere una violazione dell'art. 6 cpv. 1 LPAmm, secondo cui l'autorità incompetente trasmette d'ufficio gli atti a quella competente, sia essa cantonale o federale, limitandosi a richiamare l'analoga disciplina prevista dagli <ref-law> (RS 172.021) e 48 cpv. 3 LTF, norme volte a evitare formalismi eccessivi e un diniego di giustizia (<ref-ruling> consid. 3.5 pag. 641).
Del resto, secondo la giurisprudenza, la trasmissione d'ufficio si giustifica quando l'inoltro di un ricorso a un'istanza incompetente avviene in seguito a un'indicazione dei rimedi di diritto viziata, a una svista o a dubbi di una parte, ma non di massima quando l'autorità incompetente è stata adita, come nel caso di specie, consapevolmente (<ref-ruling> consid. 3.5 in fine pag. 641 con riferimenti anche alla dottrina; sentenza 2C_610/2010 del 21 gennaio 2011 consid. 2.5).
In concreto, nell'istanza di revisione presentata alla Corte cantonale, la ricorrente, assistita da una patrocinatrice, esprimendosi sulla questione della competenza ha espressamente precisato che " allorquando il Tribunale federale respinge o dichiara irricevibile un ricorso di diritto pubblico, la sua sentenza non si sostituisce alla decisione dell'ultima istanza cantonale attaccata; questa rimane in forza di cosa e è soggetta alla revisione cantonale (cfr. STF 134 III 699, 134 III 45 consid. 2.2 e 2.3 p. 47/48, con le referenze citate, Marco Borghi e Guido Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, ed. CFPG, pag. 194") e richiamato poi l'art. 57 lett. b LPAmm, sottolineando ch'era quindi legittimo chiedere la revisione alla Corte cantonale. Ora, il richiamo dottrinale e le invocate sentenze si riferiscono chiaramente a domande di revisione di sentenze emanate in seguito all'inoltro di previgenti ricorsi di diritto pubblico, rimedio straordinario previsto dall'abrogata OG. La sentenza 1C_215/2014, citata, come doveva essere noto alla ricorrente, concerne per contro un ricorso in materia di diritto pubblico disciplinato dalla LTF, munito di effetto devolutivo (consid. 1.2, sebbene ella l'avesse erroneamente intitolato " ricorso di diritto pubblico, Art. 82 e rel. LTF "). Certo ci si potrebbe chiedere se la conclusione tratta dalla ricorrente, manifestamente errata, sia dovuta a una svista, a un errore o sia effettivamente voluta. Ora, come già stabilito dal Tribunale federale, che la revisione di una sua sentenza non può aver luogo dinanzi a un'autorità cantonale rientra nelle conoscenze elementari di un legale (sentenza 2C_462/2014 del 24 novembre 2014 consid. 3.3).
La questione non dev'essere comunque esaminata oltre, rilevato che in seguito all'emanazione della decisione impugnata la ricorrente ha inoltrato una domanda di revisione al Tribunale federale (causa 1F_21/2017, decisa in data odierna).
4.3. Giova inoltre ricordare che se un'esigenza di forma si fonda su un motivo oggettivo, la sua applicazione rigorosa di massima non contravviene al divieto del formalismo eccessivo, in particolare riguardo all'agire di specialisti, segnatamente di avvocati (cfr. <ref-ruling> consid. 3.3 in fine pag. 273; <ref-ruling> consid. 8.3.2 pag. 53; decisione della Corte europea dei diritti dell'uomo del 12 settembre 2017 nella causa Michel Clavien c. Svizzera). La ricorrente, assistita da una legale, sapeva d'aver inoltrato un ricorso in materia di diritto pubblico comportante quindi notoriamente l'effetto devolutivo. L'impugnata decisione d'irricevibilità dev'essere pertanto confermata (sentenza 8C_602/2011, citata, consid. 1.4).
5.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.