Erwägungen:
1.
Das Obergericht des Kantons Aargau trat am 12. Oktober 2016 auf eine Eingabe von X._ nicht ein, weil dieser auch innert der ihm gesetzten Nachfrist unter Androhung der Säumnisfolgen keine den gesetzlichen Anforderungen genügende Beschwerdeschrift eingereicht habe.
2.
X._ erhebt mit Eingabe vom 12. November 2016 "Einsprache" gegen den Entscheid des Obergerichts.
3.
Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung unter Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid darzulegen, inwieweit dieser nach Auffassung des Beschwerdeführers gegen das Recht verstossen soll.
Das Bundesgericht kann sich im vorliegenden Verfahren nur mit den Rechtsfragen befassen, die Gegenstand des angefochtenen Nichteintretensentscheids bilden. Der Beschwerdeführer äussert sich in seiner Beschwerde ans Bundesgericht vom 12. November 2016 jedoch nicht dazu, ob bzw. inwieweit die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben soll, indem sie auf seine Eingabe im kantonalen Beschwerdeverfahren mangels hinreichender Begründung gemäss Art. 396 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> nicht eingetreten ist. Allfällige Versäumnisse und Verfahrensfehler der Staatsanwaltschaft und des Bezirksgerichts Baden sind vom Bundesgericht vorliegend nicht zu überprüfen (vgl. Art. 80 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
4.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer sind reduzierte Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 500.- auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Dezember 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held