Faits :
A.
A la suite de la plainte pénale déposée par A._ AG, B._, employé précédemment par la banque précitée, a été mis, le 25 août 2015, en prévention :
(1) de gestion déloyale aggravée (<ref-law>) pour avoir, entre février 2013 et septembre 2014, modifié le profil de risque - d' "agressive" à "very agressive" - du compte d'une cliente, C._, entraînant des pertes et frais à hauteur de US$ 194'295.-;
(2) d'escroquerie (<ref-law>) pour avoir, à la même période, détourné environ 14'000 fr. de commissions payées par cette même cliente, ainsi que, partiellement à son profit, un total de 61'600 fr. de rétrocessions prétendument dues au rôle - en réalité inexistant - d'un apporteur d'affaires dans l'ouverture de trois comptes; et
(3) de faux dans les titres (<ref-law>) pour avoir ouvert un compte au nom de cet apporteur d'affaires, à l'insu de celui-ci et d'y avoir recueilli les rétrocessions précitées (procédure P1).
Dans sa plainte, A._ AG a expliqué avoir totalement indemnisé C._ et avoir diminué sa propre perte sur rétrocessions à US$ 19'549.29 par recouvrement sur le compte où elles avaient été créditées.
Au cours de la procédure, le prévenu s'est prévalu de son droit de se taire et a, par courrier du 20 mai 2016, contesté la qualité de partie plaignante de A._ AG; il soutenait à cet égard que la banque n'avait pas été directement lésée par les actes dénoncés. A._ AG a rétorqué que son patrimoine avait été à tout le moins mis en danger. Par ordonnance du 25 juin 2016, le Ministère public de la République et canton de Genève a rejeté la demande du prévenu. Le Procureur a cependant relevé que la banque n'était lésée qu'indirectement par les agissements touchant la gestion du compte au profil modifié, mais qu'elle restait débitrice des commissions dues à des tiers.
B.
Le 17 octobre 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours intenté par A._ AG contre cette décision, faute d'intérêt juridiquement protégé, pratique et actuel.
C.
Par acte du 17 novembre 2016, A._ AG forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à l'admission de sa qualité de lésée et partie plaignante dans la cause P1 en lien avec l'infraction de gestion déloyale commise sur le compte de C._ et toute autre infraction en relation, notamment celle de faux dans les titres. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Ministère public a conclu à l'irrecevabilité du recours, faute d'intérêt juridiquement protégé, ainsi que de préjudice irréparable. L'autorité précédente s'est référée à sa décision, précisant que la recourante n'avait pas été évincée de la procédure et que ses droits seront limités par les infractions que le Ministère public dira vouloir poursuivre; elle a produit la décision rendue le 17 octobre 2016 sur recours du prévenu contre l'ordonnance à l'origine du présent litige. Le prévenu intimé a conclu au rejet du recours pour déni de justice et à son irrecevabilité pour le surplus; subsidiairement, il a demandé le rejet du recours. Le 23 janvier 2017, la recourante a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. Le recours est dirigé contre une décision d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale. Sur le fond, le litige porte sur la qualité de partie plaignante de la recourante en lien avec les faits relatifs à une éventuelle infraction de gestion déloyale. Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est donc en principe ouvert. L'autorité cantonale ayant toutefois refusé d'entrer en matière, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral, qui n'a, à ce stade, pas à examiner le fond de la contestation.
1.2. Selon la jurisprudence, une décision qui rejette une demande de constitution de partie plaignante dans le procès pénal, respectivement retire cette qualité, présente, pour la partie concernée qui se trouve définitivement écartée de la procédure, les traits d'une décision finale au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 312).
En l'occurrence, l'ordonnance à l'origine de la présente cause rejette, dans son dispositif, une demande du prévenu intimé de dénier cette qualité à la recourante. Cela étant, selon la motivation de ce même prononcé, la recourante ne serait en substance partie plaignante que pour deux des chefs de prévention examinés (escroquerie et faux dans les titres) et ne serait en revanche pas lésée par l'infraction de gestion déloyale également reprochée à l'intimé. La nature de la décision - finale, partielle ou incidente - peut cependant rester indécise. En effet, le recours porte sur le refus de reconnaître l'existence même du droit de recourir sur le plan cantonal, ce qui équivaut à un déni de justice formel; dans une telle situation, le Tribunal fédéral renonce à l'exigence d'un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 261).
La recourante invoque au demeurant des droits de partie, ainsi qu'un déni de justice (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
1.3. La qualité pour recourir doit également lui être reconnue, la recourante entendant, par le biais de la procédure pénale, obtenir le remboursement du dommage allégué subi à la suite de l'indemnisation concédée à sa cliente (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.).
1.4. Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et les conclusions qui y sont prises sont recevables (<ref-law>). Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Se prévalant d'un déni de justice au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que de violations des art. 382, 115 et 118 CPP, la recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir considéré qu'elle n'aurait pas d'intérêt juridiquement protégé à contester l'ordonnance du Ministère public, dès lors que celle-ci lui reconnaissait la qualité de partie plaignante à la procédure. Selon la recourante, cette admission ne serait cependant que partielle et la qualité de lésée - dont dépend celle de partie plaignante - lui serait déniée s'agissant des actes en lien avec l'infraction de gestion déloyale.
2.1. Toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci (<ref-law>). Cet intérêt doit être actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299; arrêt 1B_380/2016 du 6 décembre 2016 consid. 2). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 77; arrêt 6B_798/2015 du 22 juillet 2016 consid. 4.3.2). Ainsi, l'existence d'un intérêt de pur fait ou la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas (arrêts 1B_380/2016 du 6 décembre 2016 consid. 2; 1B_390/2015 du 16 décembre 2015 consid. 2.1 et les arrêts cités). Une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède donc pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (arrêts 1B_72/2014 du 15 avril 2014 consid. 2.1; 1B_669/2012 du 12 mars 2013 consid. 2.3.1 et la référence citée).
2.2. Un intérêt juridiquement protégé au sens de la disposition précitée est en principe admis si un intéressé se voit dénier ou retirer la qualité de partie plaignante (<ref-law>; sur cette notion cf. consid. 2.2.2 ci-après), faute par exemple d'être lésé par l'infraction dénoncée (<ref-law>; sur cette disposition, cf. consid. 2.2.1 ci-dessous; voir également consid. 2.1 de l'arrêt attaqué). En effet, les droits, notamment de participation, d'une personne au cours d'une procédure pénale diffèrent selon la qualité procédurale qui lui est reconnue (cf. art. 104 et 105 CPP), respectivement niée.
2.2.1. La notion de lésé (<ref-law>) est définie à l'<ref-law>. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction. En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 5 s.).
Dans le cas d'infractions touchant un compte bancaire, le titulaire du compte concerné n'est pas nécessairement lésé car il dispose, en tant que client de la banque, d'une créance correspondant aux montants déposés et ne subit dès lors pas de diminution de son patrimoine. En cas de détournements, c'est en principe la banque qui apparaît lésée puisqu'elle est contractuellement tenue de restituer les fonds qui lui ont été confiés. Le client n'a par conséquent pas la qualité de lésé lorsque les agissements pénaux sont sans influence sur ses prétentions envers la banque (arrêts 1B_190/2016 du 1er septembre 2016 consid. 2.2; 6B_199/2011 et 6B_215/2011 du 10 avril 2012 consid. 5.3.5).
Dans la mesure où le lésé ne s'est pas constitué partie plaignante (cf. <ref-law> et consid. 2.2.2 ci-après), il n'a la qualité de partie que lorsque ses droits sont touchés directement et dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses intérêts (<ref-law>). Si une telle atteinte n'est pas démontrée, le lésé ne bénéficie d'aucun droit de partie et ne peut ainsi participer activement à la procédure (arrêt 1B_276/2015 du 2 décembre 2015 consid. 2.2).
2.2.2. Selon l'<ref-law>, on entend par partie plaignante (<ref-law>) le lésé (cf. consid. 2.2.1 ci-dessus) qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil.
La déclaration de partie plaignante doit avoir lieu avant la clôture de la procédure préliminaire (<ref-law>), soit à un moment où l'instruction n'est pas encore achevée. Dès lors, tant que les faits déterminants ne sont pas définitivement arrêtés sur ce point, il y a lieu de se fonder sur les allégués de celui qui se prétend lésé pour déterminer si tel est effectivement le cas. Celui qui entend se constituer partie plaignante doit toutefois rendre vraisemblable le préjudice et le lien de causalité entre celui-ci et l'infraction dénoncée (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 5 s.), ce qui exclut le dommage par ricochet (arrêt 1B_191/2014 du 14 août 2014 consid. 3.1). La partie plaignante dispose ensuite sans condition des droits procéduraux conférés par le CPP (<ref-law>; arrêt 1B_276/2015 du 2 décembre 2015 consid. 2.1). Elle peut notamment avoir accès au dossier, déposer des réquisitions de preuve et participer aux auditions, cela toutefois dans la mesure où ces moyens concernent l'infraction pour laquelle la partie plaignante est lésée dans ses droits juridiquement protégés (VIKTOR LIEBER, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER (édit.), Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2e éd. 2014, n° 3 ad <ref-law>; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3e éd. 2012, n° 548 p. 199).
2.2.3. En l'absence d'une atteinte au sens de l'<ref-law> (cf. consid. 2.2.1 ci-dessus), le dénonciateur (art. 105 al. 1 let. b et 301 al. 1 CPP) - qui n'est ni lésé, ni partie plaignante - ne jouit d'aucun autre droit en procédure (<ref-law>) que celui d'être informé, à sa demande, par l'autorité de poursuite pénale sur la suite que celle-ci a donné à sa dénonciation (<ref-law>; arrêt 1B_276/2015 du 2 décembre 2015 consid. 2.2).
2.3. La Chambre pénale de recours a considéré qu'en vertu du principe d'indivisibilité de la plainte, la banque recourante, admise en tant que partie plaignante en lien avec les infractions d'escroquerie et de faux dans les titres, participait ainsi à la procédure pénale; son éviction sur le chef de prévention de gestion déloyale, faute d'être lésée par cette infraction, n'avait donc aucune portée et la recourante ne pouvait dès lors faire valoir un un intérêt juridiquement protégé pratique à recourir. Relevant l'avis de prochaine clôture de la procédure, la cour cantonale a encore indiqué qu'il n'y avait ainsi pas lieu d'examiner les éventuelles conséquences de l'ordonnance entreprise sur les réquisitions de preuve de la banque; ces demandes pourraient en outre être réitérées devant le tribunal de première instance.
2.4. En l'occurrence, le raisonnement tenu par l'autorité précédente pour dénier à la recourante l'existence d'un intérêt juridiquement protégé pratique et actuel à recourir (<ref-law>) aurait éventuellement pu être suivi si l'infraction de gestion déloyale avait été invoquée en lien avec les mêmes faits que ceux pouvant permettre l'application des infractions d'escroquerie et de faux dans les titres (concours idéal; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 300) ou si ce chef de prévention avait été évoqué à titre subsidiaire aux deux autres chefs d'infraction.
Tel n'est toutefois pas le cas, puisque les faits examinés en lien avec l'infraction de gestion déloyale sont différents de ceux pouvant être qualifiés juridiquement d'escroquerie et de faux dans les titres. La partie plaignante pour ces deux derniers chefs d'infraction n'est ainsi pas nécessairement touchée par l'infraction de gestion déloyale reprochée certes à un même prévenu. Pour bénéficier des droits procéduraux conférés à la partie plaignante par rapport à cette troisième infraction, la personne concernée doit par conséquent démontrer que les conditions de l'<ref-law> sont également remplies, à savoir notamment celle de lésée par l'infraction en cause (<ref-law>).
Or, la cour cantonale a nié que tel soit le cas pour la recourante s'agissant de l'infraction de gestion déloyale (cf. consid. 2.2 de l'arrêt attaqué). Ce faisant, elle a confirmé la motivation retenue par le Ministère public, autorité ayant, le cas échéant, la compétence de refuser ou de retirer le statut de partie plaignante à un intéressé (cf. pour des exemples les arrêts 1B_372/2016 du 17 janvier 2017, 1B_320/2015 du 3 janvier 2017 destiné à la publication, 1B_190/2016 du 1er septembre 2016). Le défaut de qualité de lésée de la recourante ressort aussi, dans la mesure de sa recevabilité (<ref-law>), de l'arrêt de la Chambre pénale de recours en lien avec le recours déposé par le prévenu contre l'ordonnance du Ministère public à l'origine du présent litige; la cour cantonale n'est ainsi entrée en matière sur ce recours que dans la mesure où il portait sur les deux autres chefs d'infractions examinés (escroquerie et faux dans les titres), relevant que pour le troisième (gestion déloyale), la décision du Ministère public - "nonobstant la formulation, catégorique, de son dispositif" - était favorable au prévenu (cf. consid. 2.2 p. 5). Vu ces différents éléments, c'est à juste titre que la recourante pouvait dès lors considérer que, par rapport à l'infraction de gestion déloyale, elle était écartée de la procédure d'instruction.
Contrairement ensuite à ce que soutient la juridiction précédente, le défaut de qualité de lésée - certes partiel - n'est pas dénué de conséquences - en particulier immédiates - pour la recourante. En effet, seul le statut de dénonciatrice pourrait dès lors lui être reconnu s'agissant de l'infraction de gestion déloyale (<ref-law>). Or, cette position ne confère aucun droit de participer activement à l'instruction des faits relatifs à l'infraction dénoncée, notamment en déposant des réquisitions de preuve. Le défaut de qualité de lésée suffirait au demeurant pour les rejeter sans autre motivation, ce que l'autorité précédente ne semble d'ailleurs pas nier (cf. consid. 3 de l'arrêt attaqué). En outre, la participation de la recourante à l'administration des preuves qui pourraient être requises - en particulier par l'intimé - se trouverait limitée à celles en lien avec les deux autres chefs d'infraction examinés (escroquerie et faux dans les titres).
En tout état de cause, rien ne justifie de privilégier, sur le plan procédural, une personne annonçant différents comportements pénalement répréhensibles réalisés par un même prévenu du cas où ces divers faits auraient été communiqués à l'autorité pénale par des personnes distinctes. Dans une telle situation, chacune d'entre elles doit en effet démontrer sa propre qualité de lésée par rapport à l'infraction dénoncée et elle ne bénéficie pas des droits procéduraux éventuellement conférés aux autres intéressés du seul fait qu'un même prévenu est concerné.
Au regard de ces considérations, la recourante, dont la qualité de lésée est niée pour l'infraction de gestion déloyale, a un intérêt juridiquement protégé actuel et pratique à l'examen de cette question (<ref-law>). Partant, la Chambre des recours pénale viole le droit fédéral en refusant d'entrer en matière sur le recours déposé par la recourante et ce grief doit être admis.
3.
Il s'ensuit que le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle entre en matière sur le recours déposé devant elle par la recourante.
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens (<ref-law>); vu les contradictions internes des décisions à l'origine de la présente procédure, il y a lieu en l'espèce de les mettre par moitié à charge de la République et canton de Genève et, pour le solde, à celle de l'intimé. Pour ce même motif, l'intimé ne supportera que la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 17 octobre 2016 est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le recours déposé devant elle le 11 juillet 2016 par la recourante.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour moitié à la charge de l'intimé, soit 1'000 francs.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à la recourante, à charge, pour moitié, de la République et canton de Genève et, pour l'autre, de l'intimé.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 14 mars 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf