Faits :
A.
A.a. A._ SA (ci-après: A._ ou la débitrice ou le donneur d'ordre), à Genève, société dont le but était l'achat, la vente et la distribution de différents types de biens de consommation (produits pharmaceutiques, produits de santé et d'hygiène humaine, vétérinaire et phytosanitaire, matériel médical, produits de consommation courante non réglementés, tels que produits de parfumerie, cosmétiques, denrées alimentaires, boissons et produits pour l'entretien et le nettoyage industriel et domestique) et dont l'administrateur unique était M._, a conclu le 12 novembre 2009 avec Z._ Limited (ci-après: Z._ ou la bénéficiaire ou la demanderesse), société active dans la vente en gros et dont le siège est à Londres (Royaume-Uni), un contrat portant sur l'achat de divers biens.
Il était convenu que A._ devait choisir le fournisseur, négocier avec lui le prix d'achat des marchandises et les modalités de livraison et de transport, puis s'adresser à Z._ afin que celle-ci passe commande auprès dudit fournisseur et paie ce dernier. Ce système devait permettre à A._, qui devait ensuite payer Z._, de bénéficier de délais de paiement plus longs.
A.b. Pour garantir les paiements dus à Z._, A._ a demandé et payé l'émission d'une garantie par Corporation X._ SA (ci-après: X._ ou la garante ou la défenderesse), dont le siège est à Luxembourg, et qui dispose à Genève de son principal lieu d'établissement, organisé sous forme de succursale.
X._ a émis le 12 novembre 2009 une garantie indépendante de paiement de tout montant jusqu'à 5'000'000 euros au total en faveur de la bénéficiaire Z._ pour le contrat précité et " pour tous (les) contrats futurs pour des produits de consommation et/ou pharmaceutiques et/ou cosmétiques ou sanitaires et/ou autres produits ". En substance, X._ s'est engagée irrévocablement à payer, à première demande, 30 jours après la date d'émission de la facture de Z._ à A._, le montant dû à réception d'une demande écrite de Z._ certifiant que le montant réclamé selon le contrat est dû et demeure impayé par A._, accompagnée d'une copie ou de copies de factures impayées, avec une copie ou des copies de l'accusé ou des accusés de réception des marchandises (signé (s) par un signataire autorisé de A._).
La garantie était valable jusqu'au 25 septembre 2010 à 17h. GMT.
A.c. En exécution du contrat conclu le 12 novembre 2009, A._ a demandé à Z._, les 12 novembre et 7 décembre 2009, de passer deux commandes de marchandises auprès de B._ LP (ci-après B._ ou le fournisseur), à Londres.
Les commandes ont été exécutées sans difficultés: Z._ a commandé et payé la marchandise à B._ et A._ lui a ensuite payé ses factures de 4'416'034,41 euros et 531'968,16 euros.
A.d. En février 2010, A._ a informé Z._ de ce qu'elle entendait qu'une troisième commande soit passée auprès de B._, toutes les questions relatives à la livraison ayant déjà été traitées directement entre elle et le fournisseur B._.
Le 1er mars 2010, Z._ a ainsi passé une troisième commande à B._ pour des produits de consommation et de beauté pour un total de 3'897'030,42 livres britanniques (GBP). Comme les précédentes, cette commande mentionnait que la marchandise devait être achetée par Z._ auprès de B._ et livrée chez A._, à Münchenstein (BL), en Suisse.
Le 1er mars 2010, B._ a établi une facture à l'intention de Z._, avec un rabais. La facture mentionnait que la marchandise devait être expédiée le jour même.
Le 2 mars 2010, A._ a signé un accusé de réception de la marchandise, reçue en bon état et en conformité avec la commande.
Le 8 mars 2010, Z._ a payé la facture de B._ et a établi à son tour une facture à l'intention de A._ d'un montant de 3'897'030,42 GBP, payable au 6 juin 2010.
A._ n'a pas payé la facture de Z._.
A.e. Afin d'éviter l'appel à la garantie, A._ a proposé à Z._, par courriel du 7 juin 2010, de payer le solde de sa dette en trois versements.
Par courriel du même jour, Z._ a toutefois attiré l'attention de A._ sur les pénalités de retard et demandé à X._ si elle était satisfaite de l'échéancier de paiement proposé.
Le 8 juin 2010, X._ a répondu qu'elle acceptait les conditions de paiement, précisant que si l'un des paiements n'était pas effectué, Z._ disposait toujours de sa garantie. Elle indiquait par ailleurs être prête à examiner la possibilité d'émettre une nouvelle garantie pour de futures transactions entre Z._ et A._, cette dernière bénéficiant chez X._ d'une ligne de crédit de 25'000'000 euros.
Le 8 juillet 2010, Z._ a adressé à A._ et X._ un accord destiné à formaliser les modalités de remboursement des montants et pénalités dus.
Le 14 juillet 2010, X._ a écrit à Z._ que A._ la contacterait pour définir les derniers détails de l'accord et lui a confirmé qu'elle acceptait de prolonger la garantie jusqu'au mois de décembre 2010.
A._ n'a toutefois pas signé cet accord.
A.f. Par courriel du 2 septembre 2010, Z._ a informé X._ qu'à défaut de paiement de l'intégralité du montant dû d'ici au 5 septembre 2010, elle ferait appel à la garantie.
N'ayant pas été payée par A._, Z._ a fait appel à la garantie par courrier du 6 septembre 2010, adressé le 8 septembre 2010 à X._, requérant le paiement de 5'000'000 euros et précisant que le montant impayé, y compris les pénalités de retard s'élevait à 5'106'911,45 euros. La bénéficiaire y a joint la copie de sa facture du 8 mars 2010, ainsi que la copie de l'accusé de réception de la marchandise signé par A._ le 2 mars 2010.
A.g. X._ a émis des doutes quant à la réalité de la transaction au vu de la rapidité avec laquelle les biens avaient été livrés en Suisse, probablement depuis l'Angleterre. Le 16 septembre 2010, elle a requis de Z._ la production de documents supplémentaires, singulièrement les documents de transport.
Z._ lui a répondu le même jour de s'adresser à B._ pour obtenir les documents de transport.
L'administrateur de Z._, O._, a indiqué avoir demandé les documents de transport à B._, mais que cette dernière ne les lui a pas transmis. Il a expliqué ne pas avoir insisté, car la responsabilité liée au transport et à la livraison de la marchandise incombait à A._, Z._ n'étant en charge que de l'aspect financier de l'opération.
Le 8 octobre 2010, B._ a déclaré que Z._ avait vendu et livré la marchandise à A._, qui l'avait à son tour revendue à C._ Sàrl (ci-après: C._), société sise à Templemars (France) et active en tant qu'intermédiaire du commerce en produits divers. La marchandise aurait transité par l'entrepôt de D._ SA en Belgique.
A._, alors en faillite (cf. consid. A.h infra), a demandé à D._ SA et C._ de lui fournir les documents attestant de la remise de la marchandise à C._, ainsi que la facture de A._ à C._.
La transaction entre A._ et C._ a fait l'objet d'une facture, du 26 février 2010, d'un montant de 3'956'265,74 euros, à payer directement à Z._.
Le 13 octobre 2010, C._ a informé A._, X._ et Z._ qu'elle avait refusé certains lots de marchandises, ceux-ci étant à disposition chez le transporteur contre paiement des frais de stockage et de manutention, et que le paiement du reste de la marchandise reçue n'avait pas été effectué, en raison du retour non validé de la marchandise refusée, du non-paiement des frais de stockage et des pertes engagées du fait de cette mauvaise exécution de la commande.
A.h. Dans l'intervalle, le 13 septembre 2010, A._ a été déclarée en faillite par le Tribunal de première instance de Genève. Z._ a produit une créance de 6'644'802 fr. 30, qui a été colloquée en troisième classe, et fait valoir ses droits de propriété (au vu de sa réserve de propriété) sur le stock d'articles détenu par la faillie. Z._ a reçu un dividende de 126'899 fr.15 et un acte de défaut de biens pour le solde. La faillite a été clôturée et A._ a été radiée du registre du commerce le 29 juin 2012.
A.i. Le 12 août 2011, Z._ a fait notifier à X._ un premier commandement de payer le montant de 6'412'750 fr. (contre-valeur de 5'000'000 euros) avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 et, le 17 septembre 2012, un second commandement de payer du même montant (poursuite n° xxx C). La poursuivie X._ a formé opposition à ces deux poursuites.
B.
Le 1er juillet 2013, Z._ a ouvert action contre X._ par requête de conciliation. Le 20 décembre 2013, elle a déposé sa demande devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant au paiement de 5'000'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 et à la mainlevée définitive de l'opposition formée au second commandement de payer.
Le Tribunal de première instance, par jugement du 24 novembre 2015, a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le montant (de la garantie) de 5'000'000 euros avec intérêts à 5% l'an dès le 7 septembre 2010 (ch. 1) et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par la débitrice au commandement de payer dans la poursuite n° xxx C.
Statuant par arrêt du 4 novembre 2016, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel de la défenderesse et confirmé le jugement de première instance.
C.
X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal, concluant en substance au rejet de la demande et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation des conditions formelles de l'appel à la garantie, l'abus de droit (<ref-law>) et, à cet égard, la violation des art. 3 et 8 CC, ainsi que l'arbitraire conduisant à la violation des art. 2, 3 et 8 CC.
Par ordonnance présidentielle du 16 mars 2017, l'effet suspensif a été attribué au recours.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté, en temps utile (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) prise sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire d'appel à garantie (<ref-law>), dont la valeur litigieuse dépasse largement 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266). Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations des faits et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 265; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234).
Si la partie recourante entend invoquer que l'état de fait est incomplet, il lui incombe de désigner ces faits avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (<ref-law>), partant irrecevables (arrêts 4A_593/2015 du 13 décembre 2016 consid. 2.2; 5A_436/2011 du 12 avril 2012 consid. 3.2; 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3, in SJ 2011 I p. 185).
1.3. Le recours en matière civile est recevable notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2, 115 consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2008 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter, en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4).
2.
2.1. Le 12 novembre 2009, la défenderesse a émis une garantie indépendante de paiement en faveur de la demanderesse, dont la traduction certifiée conforme est la suivante:
" Vous, Z._ LTD (le " bénéficiaire de la garantie ") avez conclu un contrat couvrant la livraison de divers biens de consommation et pharmaceutiques daté du 12 novembre 2009 avec A._ SA, rue..., CH-1204 Genève, Suisse et allez conclure des contrats similaires avec A._ SA à l'avenir. Le contrat existant et tout (tous) tel (s) contrats futur (s) pour des produits de consommation et/ou pharmaceutiques et/ou cosmétiques ou sanitaires et/ou autres produits) sont désignés dans la présente comme " le (s) contrat (s) ".
Le but de cette garantie permanente [" revolving "] est de vous garantir, Z._ LTD, pour les paiements qui vous seront dus par A._ SA conformément à un ou plusieurs des contrat (s).
Nous, CORPORATION X._ S.A., (le " garant ") nous engageons irrévocablement par les présentes à vous payer, à première demande, 30 jours calendaires après la date d'émission de votre/vos facture (s) émise (s) à A._ SA et à réception de votre demande écrite certifiant que le montant réclamé selon le/les contrat (s) est dû et demeure impayé par A._ SA, accompagnée d'une copie ou de copies de votre ou vos facture (s) impayée (s) émise (s) à A._ SA, avec une copie ou des copies de l'accusé ou des accusés de réception des marchandises (dûment signé (s) par un signataire autorisé de A._ SA) pour les marchandises qui font l'objet de la ou des facture (s) soumise (s) par vous avec votre demande écrite:
Tout montant jusqu'à:
EUR 5'000'000.- maximum (EUR cinq millions maximum) au total incluant le capital, les intérêts, les frais [" expenses "] et toutes autres charges (y compris frais juridiques).
Votre demande écrite certifiant cela aura effet obligatoire pour nous et nous n'aurons pas le droit de contester ou de discuter la déclaration contenue dans ladite demande écrite ni de vous demander d'établir votre créance ou créances selon cette garantie plus de ou de façon autre que selon la phrase qui précède mais paierons ledit [montant] immédiatement, en renonçant à tous droits d'objection, d'exception ou de défense qui résulteraient du ou des contrat (s) ou d'autre manière et indépendamment de la validité et des effets juridiques du/des contrat (s).
Vous avez entièrement discrétion pour représenter une ou plusieurs facture (s) impayée (s) simultanément.
Sous réserve uniquement du plafond maximum de notre obligation [" liability "] selon ce qui précède, cette garantie couvrira la totalité de votre ou vos créance (s) à l'encontre de A._ SA émanant d'un ou plusieurs des contrat (s), que ce soit en capital, intérêts, frais [" expenses "] et toutes autres charges (y compris frais juridiques).
Vous avez la possibilité de faire appel à cette garantie de manière répétée et tout paiement qui vous sera fait sous cette garantie viendra en réduction de notre engagement. Dans cette mesure [" accordingly "], tous paiements effectués sous cette garantie seront effectués sans aucune déduction ou retenue fiscale quelle qu'elle soit.
Notre présent engagement est valable jusqu'au 25/09/2010 à la fermeture des bureaux à 17h GMT et expirera automatiquement et en sa totalité si votre demande écrite de paiement n'est pas en notre possession à cette date ou avant cette date.
Nous avons le pouvoir d'émettre cette garantie en vertu de nos statuts et de nos règlements internes et les soussignés ont pleins pouvoirs de signer cette garantie pour notre compte.
Comme notre principal lieu d'établissement [" principal place of business "] (organisé sous forme de succursale) se trouve à Genève, cette garantie est soumise au droit matériel suisse. Tout litige en relation avec cette garantie est de la compétence du Tribunal de première instance à Genève, Suisse. Toutefois, le bénéficiaire de la garantie conserve le droit d'entamer une procédure contre nous, le garant, devant tout autre tribunal compétent, y compris sans aucune restriction les tribunaux de Luxembourg [.] Sous réserve de la réalisation des termes et conditions de cette garantie, celle-ci vaut reconnaissance de dette au sens de l'art. 82 de la " Loi sur la Poursuite pour Dettes et la Faillite " suisse ".
2.2.
2.2.1. Au vu de son texte, il s'agit-là d'une garantie indépendante (au sens de l'<ref-law>), par laquelle le garant s'engage à payer la prestation au bénéficiaire, sans égard à un éventuel litige relatif au contrat de base (ou rapport de valeur; Grundvertrag). Le garant promet une prestation en se référant au rapport de valeur, qui permet d'identifier l'obligation garantie, et s'engage à exécuter la prestation promise au créancier comme telle, indépendamment du contenu et de la validité de l'obligation découlant du contrat de base entre le bénéficiaire et le donneur d'ordre (<ref-ruling> consid. 4.2). Le garant ne peut donc pas soulever des objections ou des exceptions découlant de ce rapport de valeur (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 4.2). La garantie indépendante n'est toutefois jamais totalement séparée du contrat de base, puisque le bénéficiaire doit au moins alléguer l'inexécution de celui-ci (<ref-ruling> consid. 4.3).
Il en découle que le bénéficiaire pourra obtenir la prestation du garant également dans l'hypothèse où la dette du débiteur principal n'a pas été valablement contractée ou s'est éteinte par la suite; ainsi, le garant sera tenu de payer même s'il a été trompé par le donneur d'ordre (<ref-ruling> consid. 4.2), même s'il n'est pas couvert par le donneur d'ordre ou même si celui-ci a fait faillite (CARLO LOMBARDINI, Droit bancaire suisse, 2e éd. 2008, p. 593 ch. 68).
Le débiteur ne peut en principe pas empêcher la banque de payer.
En l'espèce, la cour cantonale a retenu qu'il n'est pas contesté que la garantie litigieuse est une garantie indépendante de paiement (Zahlungsgarantie), soumise au for genevois et au droit suisse (art. 5 al. 1 et 116 al. 1 LDIP). La recourante l'admet en outre elle-même dans son recours.
2.2.2. Au vu des documents que le bénéficiaire doit produire à l'appui de son appel à la garantie - soit une demande écrite certifiant que le montant réclamé selon le contrat de base est dû et demeure impayé par le débiteur, la copie de la ou des factures impayées par le débiteur, ainsi que la copie de l'accusé ou des accusés de réception des marchandises dûment signés par un signataire autorisé du débiteur -, il s'agit d'une garantie documentaire: le garant ne doit payer que si le bénéficiaire est à même de prouver la réalisation du cas de garantie au moyen de documents, tels qu'un jugement entré en force, une sentence arbitrale, le certificat d'un tiers attestant la survenance du dommage (TERCIER ET AL., Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 6559 p. 967; HÜSEYIN MURAT DEVELIOGLU, Les garanties indépendantes examinées à la lumière des règles relatives au cautionnement, Berne 2006, p. 55), un bulletin de livraison ou un connaissement (DEVELIOGLU, op. cit., p. 55). Dans un tel cas, le risque d'abus est faible (TERCIER ET AL., op. cit., n. 6559 p. 967; DEVELIOGLU, op. cit., p. 55).
Le garant ne peut et ne doit vérifier que les conditions formelles de la garantie, à savoir les conditions qui découlent uniquement du contenu littéral de la garantie (<ref-ruling> consid. 3.4).
En l'espèce, le bénéficiaire est tenu de produire trois documents: une demande écrite certifiant que le montant réclamé est dû et demeure impayé par le débiteur, une copie de la facture impayée et une copie de l'accusé de réception des marchandises (ou bulletin de livraison) signé par un signataire autorisé du débiteur.
2.2.3. En vertu du principe de l'indépendance de la garantie, le garant doit payer aussitôt après l'appel du bénéficiaire, si les conditions formelles telles qu'elles sont précisées par le texte de la garantie sont réunies (<ref-ruling> consid. 4a, 273 consid. 3a/aa; arrêt 4A_342/2009 du 30 novembre 2009 consid. 4.2).
En présence d'une garantie documentaire, le garant ne doit payer que sur présentation des documents énumérés dans la garantie. Il ne peut et ne doit vérifier que la stricte conformité formelle des documents produits avec ceux exigés dans la garantie (<ref-ruling> consid. 3a/aa). Il y a en effet en ce domaine un formalisme strict qui impose de ne prendre en considération que la teneur de la garantie (principe de la rigueur documentaire, Dokumentenstrenge, <ref-ruling> consid. 3a/aa).
Il en va de même pour les éventuelles conditions matérielles (ou non documentaires), par exemple des conditions suspensives d'entrée en vigueur ou de mise en oeuvre de la garantie, qui ne doivent elles aussi faire l'objet que d'un contrôle strictement formel (<ref-ruling> consid. 3a/bb; arrêts 4C.144/2003 du 10 septembre 2003 consid. 2.2; 4A_342/2009 du 30 novembre 2009 précité, consid. 3.2).
2.3. L'indépendance de la garantie cesse lorsque l'appel à la garantie du bénéficiaire est manifestement abusif (<ref-law>). L'abus de droit doit être manifeste: le refus de paiement de la garantie, au motif que le bénéficiaire y fait appel de manière abusive, doit rester exceptionnel (<ref-ruling> consid. 3.2.; <ref-ruling> consid. 4.6; arrêts 4A_111/2014 du 31 octobre 2014 consid. 3.3; 4A_463/2011 du 5 octobre 2011 consid. 3.1). Le doute ne suffit pas (arrêt 4A_111/2014 déjà cité, consid. 3.3).
Ainsi, comme on l'a vu ci-dessus (cf. consid. 2.2), il ne suffit pas que la garantie ne soit pas justifiée sous l'angle des rapports entre le donneur d'ordre et le bénéficiaire ou qu'un litige existe entre eux quant à l'exécution du contrat les liant, puisque la garantie est par nature indépendante du rapport de valeur (<ref-ruling> consid. 4.6).
Pour qu'il y ait abus, il faut que le bénéficiaire, de mauvaise foi, poursuive un objectif totalement étranger au contrat de base. Il y a notamment abus manifeste:
- si le bénéficiaire cherche à mettre en jeu la garantie pour couvrir une prétention qu'elle n'avait pas pour but d'assurer: en effet, comme la finalité du contrat de garantie est la couverture d'un risque particulier, la garantie ne peut s'appliquer à un autre contrat que le contrat de base (<ref-ruling> consid. 4a p. 322 s.; arrêts 4A_111/2014 du 31 octobre 2014 déjà cité, consid. 3.3; 4C.25/2003 du 19 mai 2003 consid. 2.1);
- si le bénéficiaire n'a aucune prétention contre le débiteur principal parce que celui-ci a indubitablement exécuté sa prestation (arrêt 4A_111/2014 du 31 octobre 2014, consid. 3.3 in medio et l'arrêt cité);
- si le montant réclamé au titre de la garantie est en disproportion manifeste avec celui du dommage subi par le créancier (arrêt 4A_111/2014 du 31 octobre 2014, ibidem).
En cas d'abus, le garant non seulement peut, mais doit refuser de verser la garantie (<ref-ruling> consid. 3.2); ce faisant, il défend les intérêts de son client et accomplit correctement son mandat (TERCIER ET AL., op. cit., n. 6593 p. 973).
Il appartient au garant qui invoque l'abus de droit du bénéficiaire de le prouver (<ref-law>; fardeau de la preuve; Beweislast) : en effet, selon la théorie des normes déduite de l'<ref-law>, l'abus de droit invoqué est un fait dirimant, dont le fardeau de la preuve incombe à la partie adverse du titulaire du droit (HANS-PETER WALTER, in Berner Kommentar, 2012, nos 350 et 291 ad <ref-law>; à propos du loyer abusif, cf. arrêt 4A_295/2016 du 29 novembre 2016, consid. 5.3.1).
3.
La recourante soutient tout d'abord que les conditions formelles de l'appel à la garantie ne seraient pas réalisées.
3.1. Selon les constatations de la cour cantonale, la bénéficiaire a fait appel à la garantie de 5'000'000 euros le 6 septembre 2010, soit pendant la durée de validité de celle-ci. Elle a précisé que le montant impayé s'élevait à 5'106'911,45 euros et a joint à son courrier la copie de la facture impayée du 8 mars 2010, ainsi que l'accusé de réception des marchandises du 2 mars 2010, signé par une personne autorisée, soit tous les documents requis par le texte de la garantie. La cour cantonale en a déduit dans un premier temps (avant d'examiner l'abus de droit) que les conditions de l'appel à la garantie étaient dès lors remplies et que la bénéficiaire n'était pas tenue de produire d'autres documents.
3.2. La recourante ne critique pas ces constatations de fait, ni ne soutient que les conditions sus-examinées, en particulier les documents qui devaient être présentés par la bénéficiaire, ne satisferaient pas aux conditions formelles prévues par la garantie.
Elle reproche à la cour cantonale d'avoir établi un état de fait lacunaire, au mépris de l'<ref-law> en relation avec l'art. 9 Cst., et, sur la base de faits nouveaux qu'elle expose, elle invoque, premièrement, que l'appel à la garantie du 6 septembre 2010 a été adressé à sa succursale en Suisse, et non à son siège à Luxembourg comme indiqué dans la garantie; deuxièmement, elle affirme qu'il n'est pas établi que le fax envoyé le 24 septembre 2010 (annonçant l'appel à la même garantie) aurait été adressé au numéro de fax de son siège à Luxembourg, ni que ce fax lui serait parvenu avant l'échéance de la garantie le 25 septembre 2010 à 17h. GMT, ni enfin que le choix du fax fût un mode adéquat pour communiquer l'appel à la garantie; enfin, troisièmement, elle fait valoir qu'il n'est pas établi que l'administrateur de l'intimée O._, qui a signé cet appel, était titulaire de la signature individuelle pour engager la bénéficiaire.
De son côté, l'intimée expose que non seulement la recourante invoque pour la première fois devant le Tribunal fédéral que ces conditions formelles de l'appel à la garantie ne seraient pas respectées, mais encore que la recourante n'a jamais allégué les éléments de fait sur lesquels elle se base.
3.3. Il ne ressort ni de l'arrêt cantonal, ni d'ailleurs de son appel, que la recourante aurait invoqué ces moyens en instance cantonale.
Comme on l'a vu ci-dessus, le complètement de l'état de fait est soumis au principe de l'allégation de l'<ref-law>, le recourant devant indiquer précisément où il a allégué et offert de prouver, en conformité avec les règles de procédure (art. 55 al. 1, 222 al. 2 et 229 al. 1 à 2 CPC), les faits en question. Or, la recourante, qui se limite à lister des faits en se référant à des pièces du dossier, ne satisfait en rien à ces exigences.
Il s'ensuit que les moyens de droit nouveaux invoqués ne peuvent être pris en considération, puisqu'ils reposent sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué (cf. <ref-ruling> consid. 4.4 p. 34 et les arrêts cités).
4.
La recourante reproche ensuite à l'autorité cantonale d'avoir nié l'abus de droit de l'appel à garantie de la bénéficiaire, en violation des art. 2, 3 et 8 CC.
4.1. Devant la cour cantonale, la garante invoquait, comme motif d'abus de droit, le caractère fictif du contrat de base, en raison de sa rapidité d'exécution et de l'absence d'éléments probants quant au transport effectif de la marchandise; la transaction fictive étant un fait négatif, elle soutenait aussi qu'il incombait à la bénéficiaire d'apporter la preuve du contraire.
Examinant successivement ces deux critiques, la cour cantonale a considéré tout d'abord que si la coïncidence des dates figurant sur la confirmation de la commande et l'accusé de réception des biens était certes surprenante, elle n'impliquait toutefois pas forcément que la transaction serait inexistante. Comme aucun élément de la procédure ne permettait de déterminer exactement le lieu de l'expédition des biens, il n'était pas possible d'évaluer le temps nécessaire au transport. Par ailleurs, le témoin O._ a affirmé qu'il n'était pas inhabituel que la marchandise soit déjà livrée lorsque le financement est mis en place. La cour cantonale a donc constaté, par appréciation des preuves, qu'il n'est pas prouvé que la transaction serait manifestement fictive.
Ensuite, après avoir rappelé que le fardeau de la preuve de l'abus de droit incombe à la garante, elle a examiné si la bénéficiaire a bien coopéré à la procédure probatoire en apportant les éléments destinés à établir la réalité de la transaction litigieuse. Elle a retenu qu'en sus des documents exigés par la garantie documentaire, la bénéficiaire a également produit les factures relatives à la transaction et les extraits de ses comptes sur lesquels on pouvait observer les mouvements d'argent correspondant aux factures produites. Il en résultait notamment que la bénéficiaire réalisait un bénéfice dans la transaction, au vu du rabais octroyé par le fournisseur, ce qui démontrait la réalité économique de la transaction. En outre, la bénéficiaire a payé la facture du fournisseur, ce qu'elle n'aurait pas fait si la transaction était fictive et, sur demande de la débitrice, elle a accepté d'entrer en matière sur des échéances de paiement, avant de faire appel à la garantie.
La cour cantonale en a inféré que le caractère fictif de la transaction ne pouvait pas être retenu, le degré de preuve requis pour retenir l'abus de droit n'étant pas atteint.
Enfin, la cour cantonale a relevé que la bénéficiaire, qui a tenté d'obtenir les documents de transport, n'a pas commis d'abus de droit du seul fait qu'elle a tenté dans un premier temps d'obtenir les documents souhaités par la garante, ce qu'elle n'avait pas l'obligation de faire, avant de finalement décider de faire valoir son droit en justice.
4.2. La recourante persiste à soutenir que le contrat de base était fictif, en se basant tout à la fois sur les faits constatés et sur des faits qui auraient été omis par la cour cantonale.
S'agissant tout d'abord des faits prétendument omis (paiement des droits de douane, des impôts, y compris la TVA, et des taxes d'importation qu'il incombait à la bénéficiaire de payer), force est de constater que la recourante ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> à cet égard. Comme on l'a déjà vu supra, il ne suffit pas de compléter les faits en indiquant les pièces du dossier supposées les établir.
4.3. En tant qu'elle se fonde sur les faits constatés, toute l'argumentation prolixe de la recourante consiste à soutenir que la vente était fictive au vu des dates de la commande, des factures et de l'accusé de réception, de l'absence de documentation confirmant la livraison des biens par la débitrice à C._, ainsi que de l'absence d'informations et de documents concernant le parcours suivi par la marchandise. Elle estime que la bénéficiaire, qui devait fournir la contre-preuve du fait négatif, n'a ainsi pas réussi à prouver la réalité de la transaction commerciale.
L'intimée relève que voir un fait négatif dans le caractère prétendument fictif de la vente ne coule pas de source, avant de se rallier à la motivation de la cour cantonale.
4.3.1. La cour cantonale a admis qu'aucun des éléments invoqués par la recourante ne permettait de retenir que la transaction serait fictive, selon le degré de la preuve exigé pour la preuve de l'abus de droit. Considérant que, pour pouvoir être retenu, l'abus de droit devait être manifeste, elle a jugé qu'il ne l'était pas, aucun indice probant n'établissant un contrat de base fictif.
4.3.2. L'opinion de la cour cantonale est conforme au droit.
Dans la mesure où elle reprend le premier élément, soit celui de la coïncidence des dates de commande, de facturation et de réception, la recourante ne démontre pas l'arbitraire de l'appréciation des preuves de la cour cantonale. Elle se limite à lancer de simples affirmations, sans même critiquer l'appréciation faite par la Cour de justice du témoignage de O._.
En tant qu'elle revient sur l'absence de documents probants quant au transport effectif de la marchandise, la recourante exerce une critique purement appellatoire des déductions tirées par la cour cantonale à partir des factures afférentes à la transaction et des extraits de compte.
La recourante ne conteste pas le paiement effectué par la bénéficiaire au fournisseur, celle-là ayant financé l'achat de la marchandise pour la débitrice, en prélevant au passage une commission. Elle n'argue pas vraiment de faux l'accusé de réception de la marchandise signé par M._ pour le donneur d'ordre, soutenant seulement qu'il n'aurait pas été présent à Münchenstein. Elle ne conteste pas non plus que la marchandise a été revendue par A._ à C._, laquelle ne l'a pas payée pour les motifs qu'elle a indiqués. Elle ne dit mot de l'échéancier de paiement qui a été convenu. Lorsqu'elle évoque des contradictions, elle joue sur les mots. En insistant exclusivement sur la preuve du parcours suivi par la marchandise, elle méconnaît que la cour cantonale a retenu que la bénéficiaire n'était pas obligée d'obtenir ces documents; de fait, les modalités de livraison et de transport avaient été traitées directement entre la débitrice et le fournisseur, la bénéficiaire n'étant chargée que du financement.
Enfin, ayant le fardeau de la preuve de l'abus de droit, la recourante ne saurait renoncer à requérir l'administration des preuves nécessaires à cette fin, pour ensuite soutenir que les éléments au dossier ne seraient pas suffisants pour admettre la réalité de la transaction.
La cour cantonale ayant retenu par appréciation des preuves l'existence d'une transaction réelle, la question de la violation de l'<ref-law>, relatif au fardeau de la preuve, devient sans objet. Enfin, on ne voit pas ce que la recourante entend tirer de son exposé relatif à l'<ref-law>.
5.
Au vu de ce qui procède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de la recourante (<ref-law>). Celle-ci sera également condamnée à verser à l'intimée une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 28'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 33'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 6 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Ramelet