Faits :
A.
A.a. Le 12 mars 2015, X._ Company (ci-après: X._) et Y._ ont déposé une plainte pénale contre A._.
En substance, ils accusaient A._ d'avoir indûment perçu, à Genève, sur le compte de la Banque B._ de l'association C._, une société panaméenne dont il est l'un des ayants droit économiques, une commission de 4'500'000 USD, payée en 2008 par D._, après l'obtention auprès de ce dernier du financement que les plaignants recherchaient pour la construction d'un hôpital en Arabie Saoudite.
Ils exposaient avoir déposé une plainte pénale contre X, peu auparavant, à Paris, pour des faits susceptibles d'être qualifiés, en droit suisse, de corruption privée, d'abus de confiance et de gestion déloyale. Dans les deux plaintes, A._ est présenté comme un employé salarié de la Banque B._, gestionnaire de leurs comptes.
Les plaignants expliquaient qu'en date du 10 juillet 2008, D._ avait accordé à X._ un prêt de 157'500'00 USD, en garantie duquel il avait obtenu que Y._ se portât caution et nantît ses avoirs auprès de la Banque B._ à concurrence de 40'000'000 USD.
Le 10 juillet 2008, X._ et D._ signaient aussi un accord prévoyant, notamment, le paiement, par prélèvement sur la libération de la première tranche de l'emprunt, d'une commission de placement ou de garantie (" underwriting fee "), correspondant à 3 % du montant du prêt, à savoir 4'500'000 USD.
Un litige étant né après le versement de la deuxième tranche du crédit, D._ résiliait, le 30 juillet 2009, le contrat de prêt et demandait à X._ de le lui rembourser, puis, devant le refus de cette dernière, engageait une procédure d'arbitrage contre Y._, fondée sur le cautionnement auquel il avait souscrit. Dans le cours de l'instance, une enquête journalistique était parue, faisant état de commissions occultes, et notamment d'une commission de 4'500'000 USD versée à l'association C._, dont le " gérant ", A._, était décrit comme un proche de Y._. D._ avait alors produit le contrat qu'elle avait passé le 18 juin 2008 avec l'association C._ et qui promettait à celle-ci une rémunération égale à 3 % de la valeur du financement du projet hospitalier. Pour les plaignants, ce contrat occulte, qui prévoyait une rémunération strictement identique au montant de la commission de placement, rétribuait des prestations fictives.
A.b. Par arrêt du 4 mars 2014, la Cour d'appel de Paris a rejeté le recours de X._ contre la sentence arbitrale qui l'a condamnée à rembourser le prêt. Il n'était ni allégué ni établi que A._ eût exercé une fonction de direction ou un travail pour X._, ni que Y._, actionnaire à 95 % et président-directeur général de X._, eût reçu quelque commission que ce soit, directement ou indirectement. Sur le moyen tiré d'un contrat de prêt obtenu par corruption, la cour a retenu que, contrairement à ce que soutenait X._, l'activité d'intermédiaire de A._ n'était nullement occulte, puisque l'intéressé avait participé, aux côtés des dirigeants de D._, aux négociations contractuelles avec elle et qu'il n'était nullement démontré que les commissions de placement ne correspondaient pas à une pratique bancaire. Le 24 juin 2015, la Cour de cassation française a rejeté le pourvoi intenté par X._ contre l'arrêt de la Cour d'appel.
A.c. Sans ouvrir d'instruction, le Ministère public genevois a ordonné le séquestre des avoirs de l'association C._ auprès de la Banque B._, ainsi que le dépôt de la documentation bancaire usuelle. Il en ressort que les 4'500'000 USD avaient été crédités le 25 juillet 2008 sur le compte de l'association C._, puis, dès le lendemain, transférés vers d'autres comptes.
A.d. Entendu par la police, le chef, à l'époque, de l'équipe " Moyen-Orient " chez la Banque B._ a expliqué que A._ était un apporteur d'affaires avec lequel il travaillait depuis une quinzaine d'années. C'était ce dernier qui avait introduit Y._ à la banque. Il n'avait cependant aucun pouvoir sur les comptes ouverts par celui-ci. Pour recevoir les commissions qui lui seraient versées, il avait ouvert un compte au nom de l'association C._. Les 4'500'000 USD qui y étaient parvenus avaient été payés par une filiale de D._, et non par X._; il n'était pas exclu que l'octroi d'une telle commission eût été décidé à l'insu de Y._.
A.e. Entendu par le Procureur genevois en qualité de personne appelée à donner des renseignements, le 19 août 2015, A._ a expliqué avoir introduit Y._ auprès de D._ pour obtenir le financement de la construction de l'hôpital et s'être fait promettre par D._ le versement d'une commission de 3 % sur le compte au nom de l'association C._. Il avait ensuite rétribué deux autres partenaires de l'opération, mais ne savait pas si ces derniers avaient rémunéré d'autres personnes encore. Il n'avait jamais été un employé de la Banque B._ ou de la Banque E._, même si sa carte de visite, à l'en-tête de la Banque B._, le qualifiait de " conseiller senior "; il était en réalité un conseiller externe. S'il avait été salarié de la banque, il n'aurait jamais pu encaisser de commission d'apporteur d'affaires. Il a versé au dossier une copie de l'accord passé à ce sujet le 18 juin 2008.
A.f. Interpellé sur commission rogatoire internationale, D._ a confirmé, par lettre de son directeur juridique, avoir passé un contrat d'intermédiation avec A._, joignant une copie de l'accord précité et de l'ordre de paiement, daté du 23 juillet 2008.
A.g. Par ordonnance du 29 août 2016, le Ministère public du canton de Genève a classé la plainte pénale contre A._.
B.
Par arrêt du 1er novembre 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a déclaré irrecevable le recours formé par Y._ et a admis très partiellement celui formé par X._ sur la question des frais de procédure.
C.
Contre l'arrêt cantonal du 1er novembre 2016, X._ et Y._ déposent un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Ils concluent, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et de l'ordonnance de classement ainsi qu'au renvoi de la procédure au Ministère public genevois pour mener tout acte d'instruction utile. A titre subsidiaire, ils demandent l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.

Considérant en droit :
1.
Les recours, dirigés contre le même jugement, portent sur le même complexe de faits. Il se justifie de les joindre et de statuer par une seule décision (<ref-law> et 24 PCF).
I. Recours de Y._ (recourant 2)
2.
Le recourant 2 prétend que l'autorité cantonale lui a dénié à tort la qualité pour recourir. Il soutient qu'il n'est pas seulement lésé en tant que président-directeur général et actionnaire principal de X._ (recourante 1), mais bien personnellement. En effet, il a été amené par ses conseillers mis en cause à s'engager dans des garanties exorbitantes visant ses avoirs personnels et qui ont été appelées par D._.
2.1. Selon l'<ref-law>, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci.
L'<ref-law> précise que la qualité de partie est reconnue à la partie plaignante. On entend par partie plaignante le lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil (<ref-law>). Le lésé est celui dont les droits ont été touchés directement par une infraction (<ref-law>). Lorsque la norme protège un bien juridique individuel, la qualité de lésé appartient au titulaire de ce bien (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 263; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 98 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 43-44; <ref-ruling> consid. 2a p. 137; CAMILLE PERRIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 6 et 8 ad <ref-law>). Lorsqu'une infraction est perpétrée au détriment du patrimoine d'une personne morale, seule celle-ci subit un dommage et peut donc prétendre à la qualité de lésé, à l'exclusion des actionnaires d'une société anonyme, des associés d'une société à responsabilité limitée, des ayants droit économiques et des créanciers desdites sociétés (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 158; arrêts 6B_116/2015 du 8 octobre 2015 consid. 2.1; 1B_9/2015 du 23 juin 2015 consid. 2.3.1 et 2.3.2; 6B_1207/2013 du 14 mai 2014 consid. 3.3).
2.2. Dans leur recours, les recourants reprochent à l'intimé de les avoir trompés astucieusement en s'octroyant des commissions occultes, directement imputées sur les lignes de crédit accordées à la recourante 1. En tant que président-directeur général et actionnaire principal de la recourante 1, le recourant 2 n'a été touché qu'indirectement et n'a donc pas la qualité de partie plaignante. Il ne le conteste du reste pas, mais soutient qu'il a été lésé personnellement, du fait des garanties exorbitantes qu'il a données et que D._ a appelées. Il explique ainsi qu'il a été condamné à verser 40 millions à D._ au titre du nantissement, sûreté qu'il a en son temps consentie pour garantir le premier financement de la construction de l'hôpital. En outre, D._ lui réclame aujourd'hui 157 millions USD au titre de remboursement du prêt accordé à la recourante 1 sur la base de la garantie personnelle que l'intimé lui a fait frauduleusement conclure.
L'argumentation du recourant 2 ne peut pas être suivie. En effet, la dénonciation pour escroquerie concerne l'octroi de commissions occultes et ne porte pas sur la négociation de prétendues garanties exorbitantes. Au demeurant, il ne ressort pas de l'arrêt cantonal que la résiliation du contrat de financement aurait été causée par la prétendue escroquerie. Le dommage invoqué par le recourant 2 n'est donc pas une conséquence directe de l'escroquerie dénoncée. En l'absence de lien direct entre l'infraction dénoncée et le dommage subi, c'est à juste titre que la cour cantonale a dénié au recourant 2 la qualité de partie plaignante et a déclaré son appel irrecevable. Le grief du recourant doit donc être rejeté.
2.3. Comme l'autorité précédente a refusé d'entrer en matière sur le recours du recourant 2, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral. Les griefs du recourant 2 qui portent sur le fond du litige sont irrecevables.
2.4. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant 2 qui succombe devra supporter les frais judiciaires (<ref-law>).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas été invité à déposer de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.
II. Recours de X._ Company (recourante 1)
3.
3.1. En vertu de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
Selon l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même celle-ci aurait déjà déclaré de telles prétentions (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent au plaignant d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles il entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.). En outre, si la partie plaignante invoque des infractions distinctes, elle doit mentionner par rapport à chacune d'elles en quoi consiste son dommage. Si ce dernier n'est motivé qu'en ce qui concerne l'une des infractions, le recours est irrecevable pour les autres (arrêt 6B_432/2015 du 1er février 2016 consid. 1.2).
3.2. La recourante 1 explique avoir éprouvé un dommage de 10 millions USD correspondant au montant imputé de ses lignes de crédit pour financer les commissions illicites, ce qui l'a obligée à mobiliser des liquidités propres pour combler le trou correspondant. Dans la mesure où la prétendue escroquerie touche directement la recourante 1 dans son patrimoine, sa qualité pour recourir doit être admise pour l'infraction d'escroquerie.
La recourante 1 soutient également que le dommage de dix millions est une conséquence du blanchiment d'argent ultérieur, dès lors que cette somme a ensuite transité sur différents comptes, dont certains ouverts au nom de sociétés offshore, afin d'empêcher le traçage et la saisie de ces avoirs initialement détournés à son détriment. Selon la jurisprudence, l'infraction de blanchiment d'argent est également susceptible de protéger les intérêts patrimoniaux des personnes lésées par le crime préalable (<ref-ruling>). Il y a donc également lieu d'entrer en matière sur cette infraction.
4.
La recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir constaté les faits de manière manifestement inexacte sur plusieurs points.
4.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380).
Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling> consid. 3 p. 352; <ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
4.2. La recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir refusé de tenir compte d'une seconde commission occulte de 1'712'000 USD versée par le groupe Banque F._ à l'association C._ dans le cadre du financement accordé à X._ pour l'acquisition d'un avion Dassault 900 EX.
L'autorité précédente a retenu qu' " il n'y avait pas à entrer en matière sur des faits qui n'ont pas fait l'objet de la procédure préliminaire ni, a fortiori, de la décision querellée. Ainsi en va-t-il de la narration extensive, dans l'acte de recours, des circonstances entourant le versement d'une autre commission que celle qui faisait strictement l'objet de la plainte pénale " (arrêt attaqué p. 7).
Les recourants ont déposé le 12 mars 2015 devant le Ministère public genevois une plainte pénale contre inconnu pour escroquerie, abus de confiance et gestion déloyale en lien avec une commission occulte de 4'500'000 USD versée à l'association C._ dans le cadre du financement de la construction d'un hôpital en Arabie Saoudite. La procédure préliminaire a porté sur ces faits.
La recourante 1 soutient avoir porté à la connaissance du Ministère public genevois les faits en relation avec une seconde commission occulte par une lettre du 7 juillet 2016, adressée un jour après l'avis de prochaine clôture. Par ce courrier, la recourante communiquait au Ministère public genevois un ensemble de plus de cent pièces; elle attirait son attention sur les éléments que devaient prouver ces pièces; dans ce cadre, elle relevait que le groupe G._ avait réitéré ces pratiques en versant à la même société l'association C._ une commission occulte de 1,8 millions USD dans le cadre d'un financement accordé par sa filiale H._ à X._ pour l'acquisition d'un avion Dassault Falcon EX. Vu l'ampleur du dossier et à défaut de plus amples développements, ce courrier, adressé juste avant la clôture de la procédure préliminaire, ne saurait valoir extension de la plainte/ dénonciation pénale du 12 mars 2015 et l'on ne saurait reprocher au Ministère public de ne pas avoir étendu la procédure préliminaire.
L'objet du litige, tel que fixé par la procédure préliminaire et l'arrêt attaqué, concerne donc uniquement les faits qui ont été dénoncés dans la plainte du 12 mars 2015. La recourante 1 ne peut, au stade du recours en matière pénale, élargir l'objet du litige et reprocher à l'autorité précédente de ne pas avoir retenu une commission occulte en relation avec le financement pour l'acquisition d'un avion Dassault Falcon 900 EX. Le grief soulevé est infondé.
4.3. La recourante 1 fait grief à l'autorité précédente d'avoir ignoré de manière arbitraire les agissements de deux autres individus dans l'attribution des commissions occultes, à savoir d'I._ et de J._.
La recourante 1 reproche à ces individus les mêmes faits qu'à l'intimé. Dans la mesure où l'intimé ne s'est pas rendu coupable d'escroquerie à défaut de tromperie astucieuse (cf. consid. 6), une infraction d'escroquerie ne saurait pas non plus être imputée à ces deux autres individus. On ne saurait donc reprocher à l'autorité précédente de ne pas avoir retenu les agissements de ces deux individus. Le grief soulevé doit être rejeté.
4.4. La recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu de manière manifestement inexacte que l'intimé n'était pas un conseiller de la recourante, mais qu'il exerçait une activité indépendante d'intermédiaire.
Dans son mémoire de recours, la recourante se réfère aux témoignages du recourant 2, de K._ et de L._. Ces personnes expliquent que l'intimé donnait des conseils aux recourants. Il ne ressort pas de leurs déclarations que l'intimé était un conseiller personnel des recourants, voire leur conseiller " financier et stratégique ", qui aurait travaillé à leur service et qui aurait été lié à eux par une obligation de fidélité. Par son argumentation, la recourante 1 ne démontre donc pas que l'autorité précédente aurait versé dans l'arbitraire en retenant que l'intimé exerçait une activité indépendante d'intermédiaire et notamment d'apporteur d'affaires auprès de la banque la Banque B._, en qualité de conseiller externe. Insuffisamment motivé (<ref-law>), le grief soulevé est irrecevable.
4.5. La recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir méconnu de manière arbitraire les éléments de preuve qui démontraient le caractère suspect des commissions versées.
Dans son argumentation, elle se réfère à l'analyse faite au sein de D._ par un membre du département fiscal du " Consultancy Agreement " qui aurait été remplacé par l' " Intermediation Agreement ", au prétendu caractère occulte de ces documents, ainsi qu'au fait que l'intimé aurait accompagné D._ lors de la négociation du contrat de financement conclu avec X._. Par cette argumentation, elle ne démontre toutefois pas que le raisonnement de l'autorité précédente, selon lequel les commissions avaient été convenues lors du contrat de financement, serait arbitraire. Insuffisamment motivé (<ref-law>), son argumentation est irrecevable.
5.
Se fondant sur son droit d'être entendue et la maxime d'instruction, la recourante 1 se plaint de ne pas avoir pu participer à l'administration des preuves, ni se déterminer sur son résultat ainsi que du rejet de ses réquisitions de preuves sans aucune motivation.
5.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision, celui d'avoir accès au dossier, celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 222; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299).
En procédure pénale, l'<ref-law> prévoit que le ministère public peut écarter une réquisition de preuves si celle-ci porte sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés en droit. Selon l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés. Le législateur a ainsi consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves. Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64).
Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Le droit d'être entendu n'est toutefois pas une fin en soi; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation du droit d'être entendu a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (arrêts 6B_734/2016 du 18 juillet 2017 consid. 1.1 non destiné à la publication; 6B_259/2016 du 21 mars 2017 consid. 5.1.1; 4A_153/2009 du 1er mai 2009 consid. 4.1 et les arrêts cités).
5.2. L'autorité précédente a considéré que la recourante 1 a pu s'exprimer tout au long de la procédure. C'est ainsi qu'elle a produit la transcription de la déposition de son président-directeur général à l'attention d'un tribunal arbitral. Par différents courriers, elle a exposé sa version des faits, produit de nombreuses pièces et requis divers moyens de preuve. En outre, elle pouvait consulter le dossier, ce droit ne lui ayant jamais été refusé. Enfin, s'agissant de l'audition de l'intimé, l'autorité précédente a relevé qu'elle aurait pu réparer le vice en réentendant l'intimé; elle a toutefois refusé de répéter cette audition en expliquant que celle-ci était de toute façon inutile pour l'issue de la procédure.
5.3. La recourante 1 se plaint de ne pas avoir été informée ni d'avoir eu l'occasion de se déterminer sur de nombreux actes d'instruction significatifs. Elle en cite quatre, à savoir l'ordonnance de perquisition et de séquestre du 12 mars 2015 auprès de la Banque B._, le rapport d'analyse établi le 10 août 2015 par la Brigade financière de la police judiciaire, l'audition du 31 juillet 2015 de L._ par la police et l'audition du 19 août 2015 de l'intimé par le Ministère public.
Le Ministère public a ordonné la perquisition dès la réception de la plainte, sans ouvrir d'instruction et sans en aviser les parties. On ne voit pas en quoi il aurait de la sorte violé le droit d'être entendu des parties. Il est en effet en général admis que le droit des parties de participer à l'administration des preuves ne s'étend pas aux perquisitions, fouilles et examens, qu'il faut effectuer rapidement, ce qui peut s'avérer difficile voire impossible en présence de défenseurs qui pourraient, pour des questions purement tactiques, en demander l'ajournement (MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd., 2016, n° 5 ad <ref-law>).
S'agissant du rapport de la police, il a été versé au dossier, et la recourante pouvait en tout temps demander la consultation du dossier.
Enfin, la recourante n'explique pas en quoi l'audition des deux témoins en sa présence aurait pu influencer l'issue de la procédure. Elle affirme certes qu'elle aurait pu leur poser des questions pertinentes qui n'ont pas été traitées par le Ministère public, mais ne mentionne pas ces questions. Dans cette mesure, son grief est insuffisamment motivé (<ref-law>) et, partant, irrecevable.
5.4. La recourante 1 reproche également à l'autorité précédente de n'avoir donné suite à aucune de ses réquisitions de preuve. Elle a ainsi requis, outre la réaudition de l'intimé, l'audition de sept témoins, ainsi que la production de documents internes de D._. Elle explique que l'audition des témoins aurait permis de déterminer quelles prestations pouvaient par hypothèse justifier le paiement de commissions de plusieurs millions et de clarifier en quelle qualité les conseillers des recourants étaient intervenus dans cette affaire; pour le surplus, l'article de M._ faisant état d'escroqueries se fondait sur les documents dont elle requerrait la production. En outre, la recourante 1 se plaint du fait que l'autorité précédente a rejeté ses réquisitions de preuve sans aucune motivation.
Il est vrai que la motivation de l'autorité précédente est sommaire. Elle se borne à expliquer les raisons pour lesquelles elle exclut toute tromperie astucieuse et conclut que les auditions demandées dans l'acte de recours ne permettraient pas de remettre en cause ce qui précède. Cette motivation est néanmoins suffisante, dans la mesure où elle permet de comprendre que l'autorité précédente a mis un terme à l'instruction et que les moyens de preuve requis ne lui permettraient pas de modifier son opinion.
Pour sa part, la recourante ne démontre pas que les faits sur lesquels se fonde l'autorité précédente auraient été établis de manière arbitraire. Certes, elle explique que l'audition des témoins serait utile, notamment pour clarifier le rôle de l'intimé. Sur ce point, l'autorité précédente a toutefois conclu, en se fondant notamment sur les déclarations des parties, que l'intimé n'était pas un conseiller au service de la recourante; or, la recourante ne démontre pas que le raisonnement de l'autorité précédente sur ce point serait arbitraire. Insuffisamment motivés, les griefs soulevés sont irrecevables.
6.
La recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir violé le principe " in dubio pro duriore " (<ref-law>) et l'<ref-law> (escroquerie).
6.1. Selon l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure notamment lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a) ou lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b).
Le principe " in dubio pro duriore " découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et <ref-law> en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91). Il signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91; arrêt 6B_289/2017 du 24 août 2017 consid. 3.2.1).
6.2. L'<ref-law> sanctionne celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais ou l'aura astucieusement confortée dans son erreur et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
Pour qu'il y ait escroquerie, une simple tromperie ne suffit pas. Il faut encore qu'elle soit astucieuse. Il y a tromperie astucieuse, au sens de l'<ref-law>, lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il donne simplement de fausses informations, si leur vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p.154 s.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 79 ss). Lorsque l'auteur est chargé de conseiller la dupe ou de veiller sur ses intérêts, on ne peut guère attendre de celle-ci qu'elle se méfie de celui-là même qui doit la protéger (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol I, 3e éd., Berne 2010, n° 21 ad <ref-law>).
Pour apprécier si l'auteur a usé d'astuce et si la dupe a omis de prendre des mesures de prudence élémentaires, il ne suffit pas de se demander comment une personne raisonnable et expérimentée aurait réagi à la tromperie. Il faut, au contraire, prendre en considération la situation particulière de la dupe, telle que l'auteur la connaît et l'exploite, par exemple une faiblesse d'esprit, l'inexpérience ou la sénilité, mais aussi un état de dépendance, d'infériorité ou de détresse faisant que la dupe n'est guère en mesure de se méfier de l'auteur. L'exploitation de semblables situations constitue précisément l'une des caractéristiques de l'astuce (<ref-ruling> consid. 3a p. 21; plus récemment: arrêt 6B_139/2016 du 21 novembre 2016 consid. 3.1).
6.3.
6.3.1. La recourante 1 soutient que l'intimé et ses compères I._ et J._ ont profité du rapport de confiance qui les liait aux recourants pour astucieusement les tromper sur les termes des financements conclus avec D._ et les amener à conclure un contrat de prêt sans vérifications supplémentaires. Selon elle, l'intimé aurait agi dans un dessein d'enrichissement évident, celui d'obtenir des commissions, qui ont été directement imputées sur les lignes de crédit qui lui étaient accordées, lui causant ainsi un dommage en l'obligeant à utiliser ses fonds propres pour couvrir la différence de financement.
6.3.2. L'autorité précédente a nié toute tromperie astucieuse, principalement pour les raisons suivantes.
Premièrement, elle a considéré que l'intimé exerçait une activité indépendante d'intermédiaire, et notamment d'apporteur d'affaires auprès de la banque la Banque B._, en qualité de conseiller externe. L'intimé n'était donc pas au service de la recourante et n'était lié à elle par aucune obligation de fidélité. La recourante ne pouvait donc pas partir de l'idée que l'intimé protégerait ses intérêts et s'abstenir de toute vérification.
Pour le surplus, dans le cadre du financement, la recourante a signé le 10 juillet 2008 un accord prévoyant, notamment, le paiement, par prélèvement sur la libération de la première tranche de l'emprunt, d'une commission de placement ou de garantie (" underwriting fee ") correspondant à 3% du montant du prêt, à savoir 4'500'000 USD (pièce 10'233). L'autorité précédente en a conclu que la recourante 1 ne pouvait pas sérieusement prétendre avoir été dans l'erreur sur ces deux éléments, ni que la commission litigieuse aurait été payée à son insu. La recourante 1 conteste qu'une telle commission ait été convenue lors de la conclusion du contrat de prêt. Dans son argumentation, elle ne dit toutefois mot sur cet accord; elle se réfère à un autre document, le contrat d'Intermédiation (" Intermediation Agreement "), daté du 18 juin 2008, expliquant que les recourants ignoraient l'existence de cet accord qui est le seul document révélant l'utilisation et les bénéficiaires finaux des montants imputés aux lignes de crédit. Par cette argumentation, elle ne démontre pas que l'autorité précédente serait tombée dans l'arbitraire en retenant que la recourante 1 qui avait signé le contrat du 10 juillet 2008 était au courant de cette commission. Dans la mesure où la recourante 1 a accepté le principe de la commission, celle-ci ne saurait être qualifiée d'occulte.
Enfin, l'autorité précédente s'est référée à l'arrêt de la Cour d'appel de Paris, qui relevait que la recourante 1 échouait à prouver que les commissions litigieuses n'étaient pas en usage dans les relations commerciales et bancaires.
6.3.3. En définitive, dans la mesure où l'on admet que la recourante 1 qui avait signé le contrat de financement ne pouvait pas ignorer qu'une commission serait versée, on ne voit pas sur quels points l'intimé l'aurait trompée; le fait que l'identité du destinataire n'est apparue à la recourante 1 qu'ultérieurement ne paraît pas déterminant. En l'absence de toute tromperie astucieuse, l'infraction d'escroquerie ne peut pas être retenue. En classant la procédure, l'autorité précédente n'a donc pas violé l'art. 319 al. 1 let. a et b CPP ni l'<ref-law>.
6.4. La recourante 1 soutient également que l'autorité précédente a violé l'<ref-law> et l'<ref-law>.
Dans la mesure où la commission préalable d'une escroquerie en droit suisse - à savoir d'un crime - n'a pas été retenue, l'infraction de blanchiment n'entre pas en considération. Le grief soulevé doit donc être rejeté.
7.
Dénonçant une violation de l'<ref-law>, la recourante 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir refusé de lui octroyer une indemnité de dépens. Elle explique qu'elle a conclu à l'allocation d'une indemnité de dépens dans son mémoire de recours et qu'elle prévoyait soumettre son état de frais après avoir eu l'occasion de répliquer aux éventuelles déterminations du ministère public et de l'intimé. En violation des règles de la bonne foi, l'autorité précédente ne l'a toutefois pas invitée à soumettre cet état de frais ni ne l'a informée que les autres parties ne seraient pas invitées à se déterminer.
7.1. L'<ref-law> permet à la partie plaignante de demander au prévenu une juste indemnité pour les dépenses obligatoires occasionnées par la procédure lorsqu'elle obtient gain de cause (let. a) ou lorsque le prévenu est astreint au paiement des frais conformément à l'<ref-law> (let. b). Aux termes de l'<ref-law>, la partie plaignante adresse ses prétentions à l'autorité pénale, elle doit les chiffrer et les justifier. Si elle ne s'acquitte pas de cette obligation, l'autorité pénale n'entre pas en matière sur la demande. Selon la jurisprudence, l'<ref-law> s'explique par le fait que la maxime d'instruction ne s'applique pas à l'égard de la partie plaignante: celle-ci doit demeurer active et demander elle-même une indemnisation, sous peine de péremption. Malgré l'absence de maxime d'instruction, le juge doit néanmoins rendre attentive la partie plaignante à son droit d'obtenir le cas échéant une indemnité, comme à son devoir de chiffrer et documenter celle-ci (arrêt 6B_965/2013 du 3 décembre 2013 consid. 3.1.2; arrêt 6B_233/2016 du 30 décembre 2016 consid. 2.1).
7.2. L'autorité précédente a refusé d'entrer en matière sur l'indemnisation de la recourante 1, car elle n'avait ni chiffré ni justifié ses prétentions avec le dépôt de son acte de recours. Elle ne peut être que suivie. En effet, dans son mémoire de recours cantonal, la recourante 1 a conclu à l'allocation de dépens selon état de frais à soumettre. Représentée par un avocat, elle n'ignorait ainsi pas la règle de l'<ref-law>. L'autorité précédente n'était par conséquent pas tenue de lui fournir une information complémentaire. Il incombait à la recourante 1 de chiffrer ses prétentions dans son mémoire de recours. Elle devait savoir que la procédure de recours est en principe écrite et que la juridiction de recours n'ordonne pas nécessairement un second échange d'écriture (<ref-law>). Le grief soulevé doit être rejeté.
8.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante qui succombe doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_1345/2016 et 6B_1354/2016 sont jointes.
2.
Le recours 6B_1345/2016 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours 6B_1354/2016 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Des frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de Y._.
5.
Des frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de X._ Company.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 30 novembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin