Sachverhalt:
A.
Mit Entscheid der Einzelrichterin des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 1. April 2015 wurde die Ehe von A.A._ (Vater) und B.A._ (Mutter) geschieden. Die elterliche Sorge für den gemeinsamen Sohn der Parteien, C.A._ (2008), verblieb vereinbarungsgemäss bei beiden Eltern, wobei als Wohnsitz des Kindes jener der Mutter bestimmt wurde. Im Weiteren ordnete das Gericht eine kombinierte Beistandschaft im Sinne von Art. 308 Abs. 1 und 2 ZGB an. Es genehmigte überdies die Konvention der Parteien vom 19. März 2015 über die Nebenfolgen der Scheidung, erklärte sie zum Urteilsbestandteil und fügte sie dem Dispositiv des Scheidungsurteils an.
Gemäss Ziffer 2.a der Vereinbarung steht die Obhut über den Sohn ausdrücklich der Mutter zu. In Ziffer 2.b der Konvention regelten die Parteien ihr Besuchs- und Ferienrecht. Insbesondere wurde der Vater für berechtigt erklärt, seinen Sohn während zwei Wochen pro Jahr auf eigene Kosten zu oder mit sich in die Ferien zu nehmen. Der Vater wurde verpflichtet, der Mutter an den Unterhalt des Sohnes Fr. 850.-- pro Monat zuzüglich allfälliger Kinder- resp. Ausbildungszulagen zu bezahlen (Ziff. 4.a Abs. 1).
Im Weiteren wurde A.A._ verpflichtet, an den persönlichen Unterhalt von B.A._ monatlich und im Voraus ab Rechtskraft des Scheidungsurteils bis und mit September 2018 mit Fr. 1'550.--, ab Oktober 2018 bis und mit September 2024 mit Fr. 850.-- beizutragen (Ziff. 6. Abs. 1 lit. a und b der Konvention). In der Vereinbarung wird das Erwerbseinkommen von A.A._ mit Fr. 4'850.-- netto, jenes von B.A._ mit Fr. 0.-- angegeben. Im Weiteren wird B.A._ ab Oktober 2018 ein monatliches Erwerbseinkommen von Fr. 1'800.-- angerechnet. Festgehalten wird schliesslich, dass B.A._ ein monatlicher Betrag von Fr. 900.-- zur Deckung des gebührenden Unterhalts und einer angemessenen Altersvorsorge fehlt (Ziff. 7.a). Für den Fall des Wechsels seiner Arbeitsstelle verpflichtet sich A.A._, nach dem vollzogenen Stellenwechsel B.A._ den Fr. 4'850.-- übersteigenden Nettobetrag zusätzlich zum vereinbarten Unterhalt von Fr. 1'550.-- zu entrichten (Ziff. 7.b).
Die Vereinbarung enthält überdies folgende Regelungen: Verdient B.A._ in der Zeit zwischen Rechtskraft des Scheidungsurteils bis und mit September 2018 ein Fr. 900.-- übersteigendes monatliches Nettoerwerbseinkommen und beläuft sich der persönliche Unterhaltsbeitrag von A.A._ auf monatlich Fr. 1'550.--, so reduzieren sich die persönlichen Unterhaltsbeiträge um die Hälfte des über diesem Einkommensgrenzwert hinaus erzielten Mehreinkommens (Ziff. 6. Abs. 2). Bezahlt A.A._ einen Mehrbetrag gemäss Ziff. 7.b der Konvention, ist dieser von Fr. 900.-- abzuziehen. Übersteigt das Nettoerwerbseinkommen von B.A._ das so errechnete noch vorhandene Manko, so reduzieren sich die persönlichen Unterhaltsbeiträge um die Hälfte des über diesem Einkommensgrenzwert hinaus erzielten Mehreinkommens (Ziff. 6. Abs. 2).
B.
B.a. Am 15. Februar 2016 klagte A.A._ (Kläger) gegen B.A._ (Beklagte) beim Bezirksgericht Kreuzlingen auf Abänderung des Scheidungsurteils. Er machte geltend, er werde ab 1. April 2016 nicht mehr mit seinem Bruder zusammenwohnen, sondern eine eigene Wohnung beziehen. Ferner äusserte er sich dahingehend, es seien Fehler gemacht worden. Sein Lohn betrage nicht Fr. 4'850.--, sondern Fr. 4'810.55 netto. Zudem betrage die Krankenkassenprämie Fr. 230.75 statt Fr. 200.85. Nicht berücksichtigt worden seien die Kosten für das Fahrzeug samt aller Spesen. Ferner habe er unmittelbar nach seinem Auszug Rechnungen seiner Ehefrau übernehmen müssen. Er verlangte daher eine Anpassung seines Existenzminimums. Schliesslich machte er hohe Arztkosten geltend. Ergänzend führte er am 21. März 2016 ins Recht, seine geschiedene Frau entscheide über ihn; er könne nur Ferien ausserhalb der Schulferien nehmen. Die Beklagte war mit einer Reduktion des Unterhaltsbeitrages nicht einverstanden.
B.b. Mit Urteil vom 6. Juni 2016 änderte das Bezirksgericht Ziff. 5 des Scheidungsurteils des Bezirksgerichts Kreuzlingen vom 1. April 2015 bzw. die Ziffern 2.b, 6.a und 7.a. der damit genehmigten Konvention vom 19. März 2015 wie folgt ab: "2. Solange der Kläger in einem Betrieb arbeitet, in welchem die Arbeitgeberin in den Sommerschulferien Betriebsferien anordnet, ist er berechtigt, seinen Sohn jedes zweite Jahr, d.h. in den ungeraden Jahren, während der zweiwöchigen Sommerbetriebsferien zu oder mit sich in die Ferien zu nehmen, erstmals 2017. Im Zwischenjahr ist dem Kläger bezüglich der Festlegung der zwei mit seinem Sohn zu verbringenden Ferienwochen Vorrang einzuräumen, so dass er diese mit seinen Betriebsferien koordinieren kann. Der Kläger hat seinen Ferienantrag mindestens zwei Monate im Voraus mitzuteilen. In Abänderung von Ziff. 6. der Konvention wird der Kläger verpflichtet, ab 1. April 2016 bis und mit 30. September 2018 der Beklagten einen persönlichen nachehelichen Unterhalt von Fr. 990.-- zu bezahlen, dies jeweils pro Monat im Voraus." Im Weiteren wurden die Ziffern 6. Abs. 2 und 3 sowie Ziff. 7. der Konvention vom 19. März 2015 den Änderungen angepasst.
B.c. Der Kläger gelangte dagegen mit Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau, wobei er zusätzlich zu den Anträgen vor erster Instanz um Zuteilung der Obhut ersuchte. Am 27. Oktober 2016 wies das Obergericht die Berufung ab, soweit darauf einzutreten war, bestätigte das erstinstanzliche Urteil und auferlegte dem Kläger die Kosten der kantonalen Verfahren. Überdies wies es das sinngemäss gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
C.
Der Kläger (Beschwerdeführer) hat am 30. November 2016 (Postaufgabe) beim Bundesgericht gegen den Entscheid des Obergerichts Beschwerde erhoben. Er beantragt zusammengefasst die Zuteilung der Obhut über den Sohn, das Recht, mit seinem Sohn jährlich zwei Wochen Ferien während der Sommerbetriebsferien verbringen zu können sowie die Aufhebung der Unterhaltspflicht gegenüber der Beklagten (Beschwerdegegnerin). In diesem Zusammenhang kritisiert er den berücksichtigten Lohn sowie das angenommene Existenzminimum. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts in seiner Eigenschaft als Rechtsmittelinstanz (Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG), der das Verfahren abschliesst (<ref-law>). Er beschlägt die Unterhaltspflicht gegenüber der Beschwerdegegnerin sowie diverse Kinderbelange. Da nicht ausschliesslich finanzielle Aspekte betroffen sind, erweist sich die Beschwerde ungeachtet des Streitwertes als gegeben (<ref-law>; vgl. Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2). Der Beschwerdeführer erfüllt die Voraussetzungen von <ref-law>. Die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>).
1.2. Die Beschwerde hat einen Antrag zu enthalten (<ref-law>). In der Beschwerde ist in Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides darzulegen, welche Rechte der Beschwerde führenden Partei durch das kantonale Gericht verletzt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245), wobei eine allfällige Verletzung verfassungsmässiger Rechte vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur dann geprüft wird, wenn solche Rügen in der Beschwerdeschrift ausdrücklich erhoben und begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234). Blosse Verweise auf die Akten und andere Rechtsschriften sind unzulässig (vgl. <ref-ruling> E. 1d). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> (z.B. <ref-law> oder <ref-law>) zustande gekommen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein.
Die Beschwerde vermag über weite Strecken den vorgenannten Anforderungen nicht zu genügen. Das betrifft insbesondere den ersten Teil der Beschwerde (Detaillierte Erklärungen). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3. Gegenstand des vorliegenden Beschwerdeverfahrens ist ausschliesslich der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 27. Oktober 2016. Soweit der Beschwerdeführer andere Entscheide kritisiert, ist darauf nicht einzutreten.
2.
Strittig ist vorliegend, ob das Scheidungsurteil hinsichtlich der Regelung der Obhut für den gemeinsamen Sohn der Parteien, des Ferienrechts des Beschwerdeführers sowie des Unterhaltsbeitrages zugunsten der Beschwerdegegnerin abzuändern ist.
2.1. Nach Art. 134 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law> kann das Gericht die Obhut neu regeln, wenn dies wegen einer wesentlichen Änderung zur Wahrung des Kindeswohls nötig ist (Urteile 5A_428/2014 vom 22. Juli 2014 E. 6.2; 5A_63/2011 vom 1. Juni 2011 E. 2.4.1; 5A_697/2009 vom 4. März 2010 E. 3).
2.2. Nach <ref-law> kann eine Rente bei erheblicher und dauernder Veränderung der Verhältnisse herabgesetzt, aufgehoben oder für eine bestimmte Zeit eingestellt werden. Wie die Abänderungsklage gestützt auf <ref-law> kann der entsprechende Rechtsbehelf nach <ref-law> nicht dazu dienen, ein allenfalls fehlerhaftes rechtskräftiges Urteils zu korrigieren (<ref-ruling> E. 4.1.1; Urteil 5A_677/2016 vom 16. Februar 2017 E. 2.1.1 mit Hinweis). Keinen Grund zur Anpassung bilden ferner absehbare Veränderungen der massgeblichen Verhältnisse, die bei der Festsetzung des Unterhaltsbeitrages schon berücksichtigt worden sind (zur Abänderung vorsorglicher Massnahmen im Scheidungsverfahren: <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 378).
3.
3.1. Das Obergericht hat zur Frage der Obhut erwogen, der Beschwerdeführer begründe seinen Antrag auf Änderung der Obhutsregelung mit dem Hinweis, die Richterin habe gewusst, dass die Beschwerdegegnerin einen unordentlichen Haushalt führe und habe die Obhut dennoch bei ihr belassen. Bei diesem Vorbringen handle es sich aber nicht um eine neue Tatsache; vielmehr sei dieser Umstand von der Scheidungsrichterin berücksichtigt worden.
3.2. Der Beschwerdeführer setzt sich mit der obergerichtlichen Erwägung nicht rechtsgenügend auseinander. Er beschränkt sich vielmehr darauf, im angefochtenen Urteil nicht festgestellte und damit neue Tatsachen vorzubringen, um eine Übertragung der Obhut auf ihn zu rechtfertigen. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dass das Obergericht die behauptete, durch die Beschwerdegegnerin zu verantwortende Unordnung in der Wohnung im Rahmen des Abänderungsverfahrens nicht berücksichtigt hat, gibt zu keiner Beanstandung Anlass. Damit kritisiert der Beschwerdeführer im Ergebnis die Regelung des Scheidungsurteils, das mit der Abänderungsklage nicht korrigiert werden kann (E. 2.1 hiervor).
4.
4.1. Der Beschwerdeführer verlangt wie vor den kantonalen Instanzen, das Ferienrecht sei proportional zur effektiven Arbeitsleistung auszugestalten.
4.2. Das Obergericht erachtete eine Ferienregelung im Sinne des Beschwerdeführers als dem Kindeswohl abträglich. Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Argumentation der Vorinstanz nicht substanziiert auseinander. Im Übrigen gilt es nicht aus den Augen zu verlieren, dass auch die Beschwerdegegnerin einer ausserhäuslichen Arbeit nachgehen muss und die Hauptbetreuungsarbeit für den gemeinsamen Sohn leistet.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer beharrte vor Obergericht auf dem Umstand, dass sein Lohn Fr. 4'813.-- und nicht Fr. 4'850.-- betrage. Das Obergericht hat das im Scheidungsurteil mit Fr. 4'850.-- angegebene Einkommen entgegen dem Antrag des Beschwerdeführers nicht korrigiert mit der Begründung, es handle sich nicht um eine erhebliche Änderung im Sinne von <ref-law>. Der Beschwerdeführer beharre zwar auf einem anrechenbaren Lohn von Fr. 4'813.--, habe aber in seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege seinen Lohn mit Fr. 4'818.--- angegeben. Aus dem eingereichten Lohnausweis über Fr. 60'488.-- netto ergebe sich ein Monatslohn von Fr. 5'040.--, was abzüglich der Kinderzulage ein Nettoeinkommen von Fr. 4'840.-- pro Monat ausmache.
5.2. Der Beschwerdeführer hat im Scheidungsverfahren die Vereinbarung über die Nebenfolgen der Scheidung vom 19. März 2015 unterzeichnet, woraus sich ein monatlicher Nettolohn von Fr. 4'850.-- ergibt. Mit der Kritik am Lohn bringt er kein Novum vor, das angeblich eine Abänderung des Unterhaltsbeitrages zugunsten der Beschwerdegegnerin zu rechtfertigen vermag. Seine Rüge betrifft das Scheidungsurteil, das wie bereits mehrfach erwähnt, die Abänderungsklage nicht begründen kann. Im Übrigen legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die Lohndifferenz von Fr. 37.-- (Fr. 4'850.-- - Fr. 4'813.--) eine erhebliche Veränderung der Verhältnisse bedeuten könnte.
6.
6.1.
6.1.1. Das Obergericht hat im Existenzminimum des Beschwerdeführers die geltend gemachten Kosten für das Fahrzeug, die entsprechenden Fahrkosten und die Kosten für den Abstellplatz nicht berücksichtigt und hat dazu im Wesentlichen erwogen, gemäss Arbeitsvertrag und Bestätigung der Arbeitgeberin liege die individuelle Arbeitszeit des Beschwerdeführers im Zeitrahmen zwischen 05.00 Uhr und 23.00 Uhr, wobei die effektive Arbeitszeit von der Arbeitgeberin festgesetzt werde. Laut deren Angaben arbeite der Beschwerdeführer mehrheitlich in der Frühschicht von 05.30 Uhr bis 14.30 Uhr, womit ihm die Benutzung des öffentlichen Verkehrsmittels möglich sei. Für die Ausnahmefälle, d.h. an den Tagen, in denen der Beschwerdeführer nicht in der Frühschicht arbeite, habe die erste Instanz bereits eine Reserve im Existenzminimum vorgesehen. Im Übrigen gelte weiterhin, dass der Beschwerdeführer seinen Arbeitsweg von U._ nach V._ mit dem Moped oder mit dem Fahrrad bewältigen könne. Aus der Verwarnung der Arbeitgeberin wegen Unpünktlichkeit und Unkonzentriertheit ergebe sich einzig, dass der Beschwerdeführer trotz Benutzung des Autos verspätet zur Arbeit erschienen sei; abgesehen davon lasse sich dieser Beilage nichts Konkretes zur Schicht des Beschwerdeführers entnehmen. Die behaupteten gesundheitlichen Probleme bedingten kein Automobil. Laufe der Beschwerdeführer bei der Arbeit den ganzen Tag herum, könne er im Bus sitzen und sich ausruhen. Schliesslich sei ihm zuzumuten, den Sohn am Freitagabend mit dem Bus abzuholen und am folgenden Tag wieder mit dem Bus zurückzubringen.
6.1.2. Soweit der Beschwerdeführer eine Anpassung des Existenzminimums verlangt, weil er bei seinem Bruder habe wohnen müssen, erweist sich die Beschwerde als unverständlich. Abgesehen davon wiederholt er im Wesentlichen den vor Obergericht vertretenen Standpunkt, ohne sich allerdings in verständlicher Form und substanziiert mit den Argumenten der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Darauf ist nicht einzutreten.
6.2.
6.2.1. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich, dass die erste Instanz beim Beschwerdeführer einen monatlichen Krankenkassenbeitrag von Fr. 200.85 zugelassen hat. Sie berücksichtigte dabei namentlich, dass er im Jahr 2016 von einer jährlichen Prämienreduktion von Fr. 1'056.-- profitierte, die im Scheidungsverfahren nicht berücksichtigt worden sei, welche es indes nunmehr in die Rechnung miteinzubeziehen gelte. Das Obergericht hat dazu erwogen, der Beschwerdeführer mache geltend, seine Krankenkassenprämie betrage Fr. 230.-- nicht Fr. 200.85. Selbst wenn dies zutreffe, sei angesichts der im Scheidungsverfahren nicht berücksichtigten, nun aber mit einzubeziehenden Prämienreduktion keine Bundesrechtsverletzung auszumachen. Mit Bezug auf die geltend gemachten zusätzlichen von der Krankenkasse nicht gedeckten Arztkosten ging die Vorinstanz davon aus, die eingereichten Belege hielten sich bezüglich der geltend gemachten Arztkosten absolut unbestimmt; zudem seien diese Kosten fast allesamt erstmals im Berufungsverfahren geltend gemacht worden.
6.2.2. Der Beschwerdeführer verlangt die Berücksichtigung der Prämie in der Höhe von rund Fr. 230.-- mit dem Hinweis, man habe ihm mit der Kürzung des Existenzminimums gedroht. Zudem wiederholt er die vor Obergericht vorgetragenen Argumente, ohne sich dabei allerdings explizit mit den obergerichtlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Abgesehen davon bringt er in unzulässiger Weise (<ref-law>) neue Zahlen bezüglich seiner ungedeckten Arztkosten vor. Soweit er nunmehr behauptet, er habe 2017 keinen Anspruch auf Reduktion der Krankenkassenprämie, zeigt er nicht auf, dass er bereits im kantonalen Verfahren darauf hingewiesen hat. Der Einwand ist damit neu und unzulässig (<ref-law>).
7.
Zusammenfassend hat der Beschwerdeführer nichts vorgetragen, was den Vorwurf der Bundesrechtsverletzung zu rechtfertigen vermöchte. Erweist sich die materielle Behandlung der Berufung durch das Obergericht als bundesrechtskonform, ist auch an der kantonalen Kostenregelung des angefochtenen Entscheides, soweit diese überhaupt beanstandet wird, nichts auszusetzen. Soweit der Beschwerdeführer überhaupt die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege für das kantonale Berufungsverfahren bemängelt, ist seiner Beschwerde angesichts des bundesrechtskonformen Entscheides ebensowenig Erfolg beschieden.
8.
Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat die Gegenpartei jedoch für das bundesgerichtliche Verfahren nicht zu entschädigen, da keine Vernehmlassung eingeholt worden ist.
9.
Wie die bisherigen Ausführungen zeigen, hat sich die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos erwiesen. Fehlt es somit an einer der materiellen Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, ist das entsprechende Gesuch des Beschwerdeführers abzuweisen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zbinden