Faits :
A.
Par jugement du 11 mai 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a notamment libéré X._ des chefs de prévention de voies de fait ainsi que de lésions corporelles simples, a rappelé la convention sur intérêts civils dont il a été pris acte pour valoir jugement lors des débats du 7 mai 2015, aux termes de laquelle A._ et B._ ont versé séance tenante la somme de 2'000 fr. à X._, lequel leur en a donné immédiatement quittance, à titre de dommages et intérêts et de participation aux dépens de la procédure pénale, sans reconnaissance de responsabilité, en contrepartie de quoi B._ et X._ ont déclaré retirer réciproquement les plaintes formées à la suite des faits du 26 novembre 2011, la plainte déposée par A._ ayant déjà été considérée comme tardive par ordonnance de classement du 19 mars 2014, a rejeté la prétention de X._ tendant à l'allocation d'une indemnité fondée sur l'<ref-law> et a mis une partie des frais de la cause par 1'817 fr. 95 à la charge de ce dernier.
B.
Statuant sur l'appel formé par X._ portant sur la seule question des frais de procédure et de l'indemnité, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté par jugement du 27 juillet 2015, a confirmé la décision de première instance et a mis les frais d'appel à la charge du prénommé.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 27 juillet 2015, concluant principalement, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que l'Etat de Vaud doit lui verser un montant de 4'000 fr., TVA et débours compris, pour ses frais de défense dans la procédure de première instance, ainsi qu'un montant de 1'400 fr., TVA et débours compris, pour ses frais de défense dans la procédure cantonale de recours, qu'un montant de 1'449 fr., TVA et débours compris, lui est alloué à la charge de l'Etat de Vaud, pour ses frais de défense dans la procédure cantonale d'appel, qu'aucun frais de justice de première et de deuxième instance n'est mis à sa charge et que les frais de procédure cantonale d'appel sont laissés à la charge de l'Etat de Vaud. Subsidiairement, il requiert l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire.
Invité à se déterminer sur le recours, le Ministère public de l'arrondissement de La Côte y a renoncé, se référant à la décision attaquée. La cour cantonale ne s'est pas déterminée.

Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint en premier lieu d'une appréciation arbitraire des preuves et des faits (art. 9 Cst.).
1.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 53; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 176; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
1.2. La cour cantonale a retenu qu'il ressortait des procès-verbaux d'auditions que le recourant avait bel et bien adopté un comportement inadéquat vis-à-vis de certaines clientes de l'établissement « C._ » dans la nuit du 26 novembre 2011 et qu'il avait dès lors été prié de quitter les lieux par les agents de sécurité. L'ami du recourant, D._, dont les déclarations n'avaient pas à être mises en doute, avait d'ailleurs confirmé ce point lorsqu'il avait été entendu par les policiers le 3 novembre 2012. Il ressortait également des déclarations de plusieurs témoins que le recourant avait craché du sang sur A._ et que lorsque ce dernier lui avait dit d'arrêter, à défaut de quoi il ferait usage de son spray au poivre, le recourant avait dit « rien à foutre », avant de cracher à nouveau sur l'agent de sécurité. La thèse soutenue par le recourant selon laquelle A._ lui aurait sprayé le visage sans raison était ainsi totalement contredite. En outre, même si cela ne ressort pas clairement du jugement entrepris, on comprend que les juges cantonaux, qui ont confirmé l'appréciation des preuves effectuée par le tribunal de première instance, ont retenu que le recourant s'en était pris physiquement à B._, respectivement qu'il était à l'origine de l'altercation qui avait eu lieu avec ce dernier (cf. décision attaquée p. 5, 9 et 10 et jugement de première instance p. 29 et 30).
1.3. De manière générale, le recourant se contente de rediscuter l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale. En outre, il se prévaut d'éléments qui n'ont pas été retenus ou jugés décisifs par cette autorité, sans démontrer l'arbitraire dans leur omission ou appréciation, ou passe sous silence ceux qui ne vont pas dans son sens, sans établir leur caractère insoutenable. Il en va en particulier ainsi lorsqu'il soutient que ses déclarations n'évoqueraient pas une attitude inadéquate vis-à-vis des clientes de l'établissement, que A._ n'aurait rien constaté de lui-même dès lors qu'il était à l'entrée de la discothèque, qu'aucune fille ne serait venue se plaindre vers ce dernier de son comportement, que le témoignage de E._ aurait été arbitrairement ignoré, que les déclarations de D._ n'auraient pas dû être retenues, que seul B._ l'aurait mis en cause alors que sa version serait sujette à caution, d'abord parce qu'elle serait isolée, ensuite parce qu'il devait manifestement tenter de justifier le coup de poing qu'il lui avait donné au visage et qui lui avait fracturé le nez, et que les soi-disant crachats feraient l'objet de déclarations contradictoires des agents de sécurité. Son argumentation est ainsi largement appellatoire et irrecevable dans cette mesure.
En tout état de cause et quoi qu'en dise le recourant, l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale n'est pas arbitraire. Si A._ n'a pas constaté personnellement que le comportement du recourant à l'intérieur de la discothèque était inadéquat, il a néanmoins été immédiatement informé par B._ des agissements de l'intéressé lorsqu'il l'a sorti de l'établissement. Quant à D._, il n'était certes pas présent la nuit en question; il a toutefois hébergé le recourant par la suite et ce dernier lui a confié qu'il s'était bagarré avec la sécurité à cause d'une fille (procès-verbal d'audition n o 7 p. 2). Le recourant a d'ailleurs lui-même admis qu'il avait passé la soirée avec une fille et que lorsqu'il avait souhaité lui dire au revoir, l'agent de sécurité l'en avait empêché (procès-verbal d'audition n o 1 p. 1). Si son comportement avait été irréprochable comme il le soutient, l'agent de sécurité ne l'aurait pas contraint de sortir. En outre, E._ et F._ ont confirmé que le recourant avait craché du sang sur A._; les déclarations de B._, selon lesquelles il ne pensait pas avoir blessé le recourant qui n'avait pas de sang sur lui, respectivement de E._ qui a précisé ne pas savoir comment le recourant s'était blessé, et le fait que F._ ne se soit pas souvenu que A._ l'avait sprayé, ne suffisent pas à rendre arbitraire la constatation de fait selon laquelle le recourant a craché du sang sur le prénommé à la sortie de l'établissement. Quant à l'altercation avec B._, il n'est à tout le moins pas insoutenable de retenir que le recourant s'en est d'abord pris physiquement à celui-là, compte tenu notamment des déclarations de E._ (cf. jugement de première instance p. 10). Le fait que B._ ait eu des déclarations contradictoires sur sa consultation ou non d'un médecin à la suite des lésions qu'il allègue avoir subies peut s'expliquer par le temps écoulé entre ses auditions. Quoi qu'il en soit, cet élément ne rend pas arbitraire l'appréciation des preuves effectuée. Il en va de même de l'absence de tout certificat médical établissant ces lésions; cela ne suffit pas à mettre en doute l'existence de celles-ci. On ne distingue en effet pas les raisons qui auraient motivé B._ à agresser physiquement le recourant, sans aucune raison, alors qu'il était venu chercher sa veste, accompagné de l'agent de sécurité E._. Le grief tiré de l'arbitraire doit par conséquent être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Le recourant soutient ensuite que la cour cantonale aurait violé les art. 426 al. 2, 429 al. 1 let. a et 430 al. 1 let. a CPP.
2.1. Selon l'<ref-law>, lorsque la procédure fait l'objet d'une ordonnance de classement ou que le prévenu est acquitté, tout ou partie des frais de procédure peuvent être mis à sa charge s'il a, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci.
Un retrait de plainte, comme en l'espèce, s'apparente d'un point de vue procédural à un classement (cf. art. 319 al. 1 let. d CPP). En ce sens, l'<ref-law>, respectivement l'<ref-law>, qui est le pendant de cette première disposition (cf. infra consid. 2.2), sont susceptibles de s'appliquer dans le cadre d'un retrait de plainte pour une infraction poursuivie sur plainte (cf. arrêt 6B_87/2012 du 27 avril 2012 consid. 1.1).
La condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Celle-ci interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Une condamnation aux frais n'est ainsi admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168; plus récemment arrêt 6B_203/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.1).
Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law>. Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (ATF 119 la 332 consid. 1b p. 334; plus récemment arrêt 6B_203/2015 du 16 mars 2016 consid. 1.1). La jurisprudence a régulièrement admis qu'un comportement contraire à une disposition légale peut, sans violation de la présomption d'innocence, être retenu pour justifier la mise à charge des frais, respectivement le refus d'indemnité, même si l'action pénale pour l'infraction correspondante n'a pas abouti à une condamnation (cf. arrêts 6B_331/2012 du 22 octobre 2012 consid. 2.3; 6B_143/2010 du 22 juin 2010 consid. 3.1; 1P.584/2006 du 22 décembre 2006 consid. 9.3; 1P.543/2001 du 1 er mars 2002 consid. 1.2). En cas d'acquittement partiel, la jurisprudence a reconnu qu'une certaine marge d'appréciation devait être laissée à l'autorité parce qu'il est difficile de déterminer avec exactitude les frais qui relèvent de chaque fait imputable ou non au condamné (arrêts 6B_950/2014 du 18 septembre 2015 consid. 1.2; 6B_218/2013 du 13 juin 2013 consid. 5.2). Ce principe doit également valoir lorsque le comportement de plusieurs protagonistes est propre à justifier l'imputation des frais.
2.2. A teneur de l'<ref-law>, le prévenu acquitté totalement ou en partie ou au bénéfice d'une ordonnance de classement, a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure. Aux termes de l'art. 430 al. 1 let. a et b CPP, l'autorité pénale peut réduire ou refuser l'indemnité ou la réparation du tort moral lorsque le prévenu a provoqué illicitement et fautivement l'ouverture de la procédure ou a rendu plus difficile la conduite de celle-ci ou si la partie plaignante est astreinte à indemniser le prévenu. L'alinéa 1 let. a de cette disposition est le pendant de l'<ref-law> en matière de frais. Une mise à charge des frais selon l'art. 426 al. 1 et 2 CPP exclut en principe le droit à une indemnisation. La question de l'indemnisation doit être tranchée après la question des frais. Dans cette mesure, la décision sur les frais préjuge de la question de l'indemnisation. Il en résulte qu'en cas de condamnation aux frais, il n'y a pas lieu d'octroyer de dépens ou de réparer le tort moral alors que, lorsque les frais sont supportés par la caisse de l'Etat, le prévenu dispose d'un droit à une indemnité pour ses frais de défense et son dommage économique ou à la réparation du tort moral (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 357). Lorsque la condamnation aux frais n'est que partielle, la réduction de l'indemnité devrait s'opérer dans la même mesure (cf. YVONA GRIESSER, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/ Hansjakob/Lieber [éd.], 2e éd. 2014, nos 2 et 4 ad <ref-law>; MIZEL/RÉTORNAZ, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 5 ad <ref-law>).
2.3. La cour cantonale a considéré qu'il était suffisamment établi que le recourant avait eu une attitude globalement inadéquate. Elle a ainsi jugé que le comportement civilement illicite du recourant était bien à l'origine de l'intervention des agents de sécurité et de la poursuite pénale, étant précisé qu'en droit pénal, les fautes ne se compensaient pas. En répartissant les frais de la procédure de première instance entre les trois protagonistes, le premier juge avait correctement appliqué l'<ref-law>. S'agissant de l'indemnité réclamée, tout en rappelant que c'était le comportement inadéquat du recourant qui était à l'origine de la procédure pénale, la cour cantonale a relevé, à l'instar du premier juge, que c'était le retrait de plainte de B._ - voire la prescription s'agissant des voies de fait à l'encontre de A._ - qui avait permis d'acquitter le recourant. Le refus de lui allouer une indemnité au sens de l'<ref-law> était dès lors fondé. Ce refus se justifiait d'autant plus qu'en application du chiffre I de la convention signée par les parties le 7 mai 2015, le recourant avait déjà obtenu une compensation financière de la part de B._ et de A._ à hauteur de 2'000 fr. à titre de dommages et intérêts et de participation aux dépens de la procédure pénale.
2.3.1. Le recourant prétend qu'il n'aurait pas provoqué fautivement et illicitement l'ouverture de la procédure de sorte que ce serait en violation du droit que la cour cantonale aurait mis à sa charge les frais et qu'elle lui aurait refusé toute indemnité. La cour cantonale évoquerait uniquement un comportement inadéquat sans citer aucune disposition de droit civil qui aurait été violée. Son comportement ne serait de toute façon pas à l'origine de la poursuite pénale dès lors que cette dernière aurait été ouverte à la suite de la plainte - fondée - qu'il avait déposée. Ce serait en violation de l'<ref-law> que la cour cantonale aurait mis une partie des frais de procédure de première instance à sa charge. Il aurait également droit à une indemnité pour ses dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure au sens de l'<ref-law>. Même si son comportement devait être considéré comme fautif et illicite, il aurait droit à une indemnité à tout le moins réduite. De plus, outre que le motivation cantonale violerait la présomption d'innocence, elle ne tiendrait pas compte du fait que les événements seraient contestés et nullement établis. Enfin, l'indemnité obtenue de la part de B._ et A._ l'aurait été au titre de l'<ref-law>, soit en sa qualité de partie plaignante, et correspondrait à la moitié de ses dépens pénaux.
2.3.2. La cour cantonale a retenu que le recourant s'en était pris physiquement à B._, respectivement qu'il avait craché du sang sur A._ (cf. supra consid. 1.2). De telles atteintes, ne serait-ce que sous l'angle de l'<ref-law>, sont constitutives d'un comportement fautif et civilement répréhensible. Elles sont en outre en rapport avec l'enquête qui s'en est suivie. Le recourant ne saurait dès lors prétendre que seule sa plainte aurait provoqué l'ouverture de la procédure. Une partie des frais de procédure pouvait ainsi être mise à sa charge. Quant à l'autre part des frais, elle a été mise à la charge de B._ et A._. Le recourant ne prétend, ni ne démontre, que la répartition des frais opérée entre les protagonistes violerait la marge d'appréciation de l'autorité cantonale à cet égard.
La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en confirmant la mise à la charge du recourant d'une partie des frais de procédure et ce grief doit être rejeté.
2.3.3. Quant à l'indemnité au sens de l'<ref-law>, il n'y a pas lieu de l'allouer, d'abord parce que le recourant a déjà perçu la somme de 2'000 fr. « à titre de dommages et intérêts et de participation aux dépens de la procédure pénale » de la part de A._ et de B._ en vertu de la convention signée devant le tribunal de première instance. Le texte de dite convention ne se limite pas aux dépens assumés par le recourant en sa qualité de partie plaignante; il n'y avait donc pas lieu de l'indemniser une seconde fois pour la procédure de première instance (cf. MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2013, n o 15 ad <ref-law> et n o 13 ad <ref-law>). En tout état, au vu du comportement illicite et fautif du recourant, le refus d'une indemnité pour ses frais de défense en tant que prévenu, que ce soit en première ou en deuxième instance (cf. <ref-law>), ne prête pas le flanc à la critique. Cela peut être retenu sans violation de la présomption d'innocence, alors même que les protagonistes ont retiré leur plainte ou que la prescription concernant les infractions correspondantes était acquise. Au demeurant, la décision sur l'indemnité est conforme à celle qui concerne les frais, ceux-ci n'ayant pas été réduits mais répartis entre l'ensemble des protagonistes.
Il s'ensuit que le recourant n'est pas fondé à conclure au paiement d'une indemnité sur la base de l'<ref-law> dans la procédure de première instance et la procédure d'appel. Son moyen est dès lors rejeté.
3.
Le recourant soutient enfin qu'il aurait droit, à tout le moins, à l'indemnité réclamée de 1'400 fr. pour ses frais d'avocat liés au recours qu'il a déposé le 28 mars 2013, admis le 8 juillet 2013 par la Chambre des recours pénale.
3.1. Dans son arrêt rendu le 8 juillet 2013, la Chambre des recours pénale a admis le recours du recourant, annulé l'ordonnance de non-entrée en matière du 7 mars 2013 et renvoyé la cause au ministère public pour qu'il instruise la cause. Elle a considéré qu'il n'y avait pas lieu, à ce stade de la procédure, d'allouer une indemnité pour la procédure de recours, conformément à sa jurisprudence selon laquelle une indemnité ne peut être réclamée par le prévenu pour l'exercice raisonnable de ses droits de procédure, aux conditions de l'<ref-law>, qu'à la fin de la procédure et à l'autorité pénale qui procède à l'abandon de la poursuite pénale par un acquittement total ou partiel ou une ordonnance de classement. Quant à la Cour d'appel pénale, elle a refusé toute indemnité, y compris celle pour la procédure de recours, au motif que le recourant avait adopté un comportement fautif et illicite (cf. supra consid. 2.3).
3.2. L'<ref-law> règle les prétentions en indemnités et en réparation du tort moral pour la procédure de recours. Elle vise la procédure de recours en général, à savoir les procédures d'appel et de recours (au sens des <ref-law>). L'alinéa 1 de l'<ref-law> renvoie aux art. 429 à 434 CPP. Ce renvoi ne signifie pas que les indemnités doivent se déterminer par rapport à l'issue de la procédure de première instance. Au contraire, elles doivent être fixées séparément pour chaque phase de la procédure, indépendamment de la procédure de première instance. Le résultat de la procédure de recours est déterminant (arrêt 6B_928/2014 du 10 mars 2016 consid. 3.2.2, destiné à la publication). Cette disposition correspond à l'<ref-law> pour les frais, qui prévoit que lorsque l'autorité de recours annule une décision et renvoie la cause en première instance, la Confédération ou le canton supportent les frais de la procédure de recours et, cas échéant, aussi ceux pour la procédure de première instance (cf. MIZEL/RÉTORNAZ, op. cit., n o 7 ad <ref-law>; WEHRENBERG/FRANK, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2 e éd. 2014, n o 15 ad <ref-law>).
3.3. En l'occurrence, le recourant a obtenu gain de cause dans le cadre de la procédure de recours précitée. L'annulation de l'ordonnance de non-entrée en matière et le renvoi de l'affaire au ministère public ne lui sont dès lors pas imputables. Cela justifiait de lui allouer une juste indemnité mise à la charge de l'Etat au sens de l'<ref-law>, et ce indépendamment du sort de la procédure de première instance. La Chambre des recours pénale était dès lors tenue de se prononcer sur cette indemnité. Elle a toutefois renvoyé cette décision au sort de la cause au fond. Faute de remplir les conditions fixées à l'<ref-law>, cette décision incidente n'était pas susceptible d'un recours immédiat auprès du Tribunal fédéral. Dans cette configuration, il faut admettre que la compétence de la Cour d'appel pénale pour se prononcer sur la question de l'indemnité pour les frais de défense du recourant dans la procédure cantonale de recours était donnée. Il s'ensuit qu'en refusant l'indemnité litigieuse au recourant, l'autorité précitée a violé l'<ref-law>.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour d'appel pénale afin qu'elle statue dans le sens du considérant précité. Pour le surplus, il doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Comme le recourant obtient gain de cause sur un seul point, il doit supporter une partie des frais judiciaires (<ref-law>), et n'a droit qu'à des dépens réduits, à la charge du canton de Vaud (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire est sans objet dans la mesure où le recourant obtient gain de cause et peut prétendre à des dépens; elle doit être rejetée pour le reste, dès lors que le recours était dénué de chance de succès sur les autres aspects (<ref-law>). Le ministère public n'a pas le droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le canton de Vaud versera à l'avocat du recourant une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 15 septembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel