Faits :
A.
A.a. Par contrat de durée déterminée du 1 er septembre 2008, A._ a été engagée par les Chemins de fer fédéraux suisses CFF en qualité d'agente commerciale des trains nationaux, à un taux d'activité de 100 %. La durée des rapports de service était limitée à celle de la formation que devait suivre l'employée, soit jusqu'au 31 août 2009. Le 1 er septembre 2009, un contrat de travail de durée indéterminée a été conclu entre les parties. A partir du 1 er février 2011, le taux d'engagement de l'employée est passé de 100 % à 70 %.
A.b. Au cours de l'année 2010, A._ a été absente de son travail durant une période de 306 jours. C'est ainsi que du 21 septembre au 31 décembre 2010, elle a bénéficié d'un congé de maternité (101 jours). Préalablement, elle avait été empêchée de travailler pour cause de maladie pour une période de 61 jours (en février, mars et avril). En outre, afin de respecter les dispositions sur la protection de la maternité au sein des CFF, elle avait été, préalablement à son congé de maternité, libérée de l'obligation de fournir ses services à bord des trains, du 22 avril au 21 septembre 2010 (144 jours). Cette dernière période a été assimilée par l'employeur à un congé payé.
A.c. Durant l'année 2013, à la suite d'une deuxième grossesse, A._ a été absente de son travail pendant 187 jours (122 jours au titre de congé de maternité et 65 jours au titre de maladie).
Pour la période d'évaluation 2009, A._ s'est vue attribuer sur une échelle de A à F l'échelon de notation C correspondant à l'appréciation: "Répond aux exigences; prestations et résultats bons, parfois très bons" (entretien du 1 er mars 2010). Pour la période d'évaluation 2010, aucune notation ne lui a été attribuée, la feuille d'évaluation contenant la remarque "non relevant" (entretien du 7 décembre 2010). Pour l'année 2011, l'employée a obtenu l'échelon C (entretien du 22 février 2012). Pour ce qui est de l'année 2013 (l'employeur n'a fourni aucune information concernant l'année 2012), l'entretien d'évaluation a eu lieu le 28 février 2014. L'intéressée s'est vue attribuer la même notation que précédemment (C).
A.d. A._ n'a bénéficié d'aucun avancement salarial pour les années 2011 et 2014. Par courrier du 12 mars 2014, elle a demandé à son employeur de les lui accorder. Par décision du 24 septembre 2014, l'employeur lui a signifié qu'il refusait de prendre en compte l'évaluation personnelle de l'année 2013 au motif qu'elle avait été absente plus de six mois en 2013. Par conséquent, aucune augmentation salariale n'était due.
B.
A._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral en lui demandant de reconnaître son droit aux augmentations de salaire pour les années 2011 et 2014 "conformément au système applicable aux CFF".
En cours d'instance, les CFF ont précisé que leur décision du 24 septembre 2014 portait également sur le refus d'une augmentation salariale pour l'année 2011.
Statuant le 19 mai 2016, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le re-cours.
C.
Contre ce jugement, A._ forme un recours en matière de droit public dans lequel elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour qu'elle lui accorde des augmentations de salaire pour les années 2011 et 2014. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral pour instruction et nouvelle décision.
Les CFF concluent au rejet du recours. Le Bureau fédéral de l'égalité entre femmes et hommes (BFEG) conclut à l'admission du recours.
Chacune des parties a en outre déposé des observations ultérieures, dans lesquelles elles ont confirmé leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
1.1. Les CFF sont constitués sous la forme d'une société anonyme de droit public (art. 2 de la loi sur les Chemins de fer fédéraux du 20 mars 1998 [LCFF; RS 742.31]). Leurs rapports de travail avec la recourante sont régis principalement par les dispositions relatives aux rapports de service du personnel fédéral (<ref-law> et art. 2 al. 1 let. d de la loi sur le personnel de la Confédération du 20 mars 2000 [LPers; RS 172.220.1]), la Convention collective de travail CCT CFF 2015, ainsi que le contrat de travail conclu entre les parties. Le code des obligations est également applicable, mais par analogie (art. 6 al. 2 LPers; cf. art. 1 al. 3 CCT CFF). Le jugement entrepris a donc été rendu en matière de rapports de travail de droit public au sens de l'art. 83 let. g LTF (cf. aussi, parmi d'autres, arrêt 8C_554/2016 du 26 juillet 2017 consid. 1).
1.2. La contestation est de nature pécuniaire. Selon les allégués, non contestés, de la recourante, si celle-ci avait bénéficié d'une progression salariale comprenant les mesures salariales individuelles en 2011 et 2014, dans la même mesure qu'un ou une autre collègue se trouvant dans la même situation du point de vue professionnel en termes d'ancienneté et de qualifications, elle aurait touché, en 2014, un salaire annuel de 63'300 fr., au lieu de 59'583 fr. Il en résulte une différence de 3'717 fr., qui est susceptible de se reporter sur plusieurs années. On doit donc admettre que la valeur litigieuse atteint le seuil requis de 15'000 fr. ouvrant la voie du recours en matière de droit public en ce domaine (art. 51 al. 4 et 85 al. 1 let. b LTF).
2.
La décision attaquée se fonde sur la lettre j de l'annexe A de l'instruction K 140.3 des CFF du 1 er janvier 2014. Cette instruction prévoit qu'il n'y a pas d'augmentation de salaire individuelle, ni de part unique liée à la prestation en cas "d'absences de plus de 6 mois durant l'année civile précédente pour cause de congé (payé ou non), de service obligatoire suisse/ou de maladie/d'accident". Les CFF considèrent que cette énumération des causes d'absence n'est pas exhaustive et qu'elle englobe également les absences dues à la maternité. En l'espèce, le cumul des absences pour cause de maladie et de maternité était supérieur à six mois pour chacune des années 2010 et 2013. C'est la raison pour laquelle la recourante a été privée d'une augmentation salariale pour chacune des deux années suivantes.
3.
La juridiction précédente admet que cette interprétation par les CFF de l'instruction précitée consacre une discrimination indirecte liée à la qualité de femme enceinte, en tant qu'elle prend en compte le congé de maternité dans le seuil des absences de six mois au-delà duquel toute augmentation salariale est exclue. Elle est cependant de l'avis que cette discrimination est objectivement justifiée. En effet, le but général de la norme est, selon elle, de permettre aux CFF, en leur qualité d'employeur, d'évaluer leurs employés sur une période de six mois au minimum afin de déterminer quelle est l'influence, favorable ou défavorable, sur l'évolution du salaire. Il s'agit là d'un but propre à assurer l'égalité entre l'ensemble des salariés, en évitant que les employés absents plus de six mois ne soient avantagés ou désavantagés par rapport à leurs autres collègues présents, évalués quant à eux sur des périodes de référence plus longues. Toujours selon l'autorité précédente, le but recherché répond par ailleurs à un besoin de l'entreprise de connaître la qualité des prestations fournies par ses employés, leur progression dans l'exécution de leur travail, ainsi qu'à déterminer les éventuelles mesures et conséquences découlant du résultat desdites évaluations. Une évaluation sur une courte période pourrait conduire l'employeur à évaluer une employée enceinte de manière négative, par une appréciation empreinte de subjectivité. Cela pourrait même l'amener à procéder à une diminution de son salaire. L'employée, qui dans un premier temps se verrait protégée par toute une série de dispositions en raison de sa grossesse, se verrait toutefois, par la suite, clairement désavantagée par rapport à d'autres collègues ayant pu être évalués sur une période plus longue. Enfin, conclut la juridiction précédente, l'on ne peut pas attendre de l'employeur qu'il choisisse un critère moins discriminatoire afin d'atteindre le but visé, soit une évaluation objective sur la base d'un laps de temps suffisant.
4.
La recourante se prévaut, notamment, de l'art. 8 al. 3 Cst., ainsi que de l'art. 3 de la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes (loi sur l'égalité [LEg; RS 151.1]). Elle invoque également une violation des art. 8 et 14 CEDH en rapport avec l'arrêt de la Cour européenne des droits de l'homme Di Trizio contre Suisse du 2 février 2016.
5.
A titre préalable, on peut se rallier aux motifs de la juridiction précédente, selon laquelle la lettre j de l'annexe A de l'instruction K 140.3 vise tous les types d'absence et inclut donc le congé maternité. Rien ne permet de dire, en effet, que les auteurs de cette instruction auraient, par un silence qualifié, écarté sciemment de son champ d'application les congés liés à la grossesse et à la maternité.
6.
6.1. Aux termes de l'art. 8 al. 3 Cst., l'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale. D'après l'<ref-law>, qui met en oeuvre ce principe constitutionnel dans les relations de travail, il est interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement, notamment en se fondant sur leur état civil ou leur situation familiale ou, s'agissant de femmes, leur grossesse (al. 1). L'interdiction de toute discrimination s'applique notamment à l'embauche, à l'attribution des tâches, à l'aménagement des conditions de travail, à la rémunération, à la formation et au perfectionnement professionnels, à la promotion et à la résiliation des rapports de travail (al. 2).
Une discrimination est dite directe lorsqu'elle se fonde explicitement sur le critère du sexe ou sur un critère ne pouvant s'appliquer qu'à l'un des deux sexes et qu'elle n'est pas justifiée objectivement. La discrimination est en revanche qualifiée d'indirecte lorsque le critère utilisé pourrait s'appliquer à l'un ou l'autre sexe, mais qu'il a ou peut avoir pour effet de désavantager une plus grande proportion de personnes d'un sexe par rapport à l'autre, sans être justifié objectivement (<ref-ruling> et la jurisprudence citée; CLAUDIA KAUFMANN, in: Kommentar zum Gleichstellungsgesetz, n. 139 ss ad <ref-law>).
6.2. La notion de rémunération ne se limite pas au salaire au sens étroit. Elle englobe toute rémunération fournie en contrepartie du travail effectué, notamment les composantes sociales du salaire (allocations familiales et prestations versées durant le congé maternité) et les gratifications et bonus (FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Discrimination salariale: <ref-law>, in: Commentaire de la loi fédérale sur l'égalité, 2011, n. 20 ad <ref-law>). Selon la doctrine qui s'est exprimé sur la question, adopte un comportement prohibé, l'employeur qui accorde des augmentations de salaire ou des gratifications sur la base des jours d'absence ou de présence de son personnel en prenant aussi en considération des absences liées à la grossesse et au congé maternité (STEPHANIE PERRENOUD, La protection contre les discriminations fondées sur la maternité selon la LEg, in: L'égalité entre femmes et hommes dans les relations de travail 1996-2016: 20 ans d'application de la LEg, Dunand/Lempen/Mahon [éds], p. 87; CHRISTIAN GIAUQUE, Interdiction de discriminer en raison de la grossesse, in: Panorama II en droit du travail, 2012, p. 159).
6.3. On peut également observer qu'au plan international, la Convention internationale du 18 décembre 1979 sur l'élimination de toutes les formes de discrimination à l'égard des femmes (CEDEF; RS 0.108), entrée en vigueur pour la Suisse le 26 avril 1997, prévoit qu'afin de prévenir la discrimination à l'égard des femmes en raison de leur mariage ou de leur maternité et de garantir leur droit effectif au travail, les Etats parties s'engagent, notamment, à prendre des mesures appropriées ayant pour objet d'instituer l'octroi de congés de maternité payés ou ouvrant droit à des prestations sociales comparables, avec la garantie du maintien de l'emploi antérieur, des droits d'ancienneté et des avantages sociaux (art. 11 par. 2 let. b). Certaines des dispositions de cette convention sont considérées en doctrine comme directement applicables (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 318 et les références citées; voir également à ce sujet le Message du Conseil fédéral du 23 août 1995 relatif à la Convention de 1979 sur l'élimination de toutes les formes de discrimination à l'égard des femmes, FF 1995 IV 869, 893; et aussi ELISABETH FREIVOGEL, in: Kommentar zum Gleichstellungsgesetz, 2 ème éd., 2009, n. 160 ad <ref-law>).
7.
Le point de savoir si, sur la base des considérations ci-dessus, il faut admettre avec la juridiction précédente que la prise en compte des absences liées à la maternité dans la période de six mois constitue une discrimination indirecte liée à la qualité de femme enceinte de la salariée peut, en l'occurrence, rester ouvert vu ce qui suit.
7.1. Dans sa réponse, l'intimée confirme que le critère déterminant pour l'évaluation est la performance et que l'objectif premier de la règle de six mois prévue par l'instruction, en tant que condition à l'obtention d'une éventuelle augmentation de salaire individuelle, est de permettre aux supérieurs hiérarchiques de disposer de suffisamment de temps pour fonder une appréciation objective des prestations du collaborateur. Dans la mesure où cette règle fait dépendre l'augmentation de salaire de la prestation et du comportement, et que ces critères d'appréciation impliquent le recours à une période de référence suffisamment longue pour assurer une évaluation la plus représentative qui soit, on peut tirer un parallèle avec l'art. 15 al. 3 bis de l'ordonnance sur le personnel de la Confédération du 3 juillet 2001 (OPers; RS 172. 1113). Cette disposition prévoit que le salaire des employés ayant eu des absences de longue durée pendant la période d'évaluation n'évolue que s'ils ont néanmoins été présents assez longtemps pour que leurs prestations, leur comportement et leurs capacités puissent être évalués. Bien que l'OPers ne soit pas directement applicable au personnel des CFF (cf. consid. 5.3 du jugement attaqué), il apparaît fondé de s'en inspirer dans l'application de la lettre j de l'annexe A de l'instruction K 140.3 au cas d'espèce.
7.2. En ce qui concerne l'année 2013, la recourante a été absente de son travail durant 187 jours (le congé de maternité s'est étendu sur une période de 122 jours et l'intéressée a été malade durant l'année en question pendant 65 jours). Bien que l'absence ait été supérieure à six mois, l'employeur a été en mesure de faire une évaluation. Selon un document de synthèse relatif à cette évaluation, la recourante s'est vue attribuer l'échelon C (notation de A à F). Sous la rubrique "Résultats de l'évaluation du potentiel" figure la mention: "Entspricht aktueller Funktion voll". L'évaluateur a fait le commentaire suivant: "Merci pour ton investissement, continue comme ça. Merci". Aucune mesure de développement n'a été définie. L'employeur n'a pas mis en doute la fiabilité de cette qualification, ni émis de réserve à ce sujet, bien qu'elle se rapportât à une période légèrement inférieure à six mois. On doit donc admettre qu'il disposait de tous les éléments nécessaires pour procéder à une évaluation objective des prestations de la recourante. Dans ces conditions, il ne pouvait - sans enfreindre le principe de proportionnalité (<ref-ruling> consid. 9.1 p. 69) - opposer à la recourante la règle de six mois prévue par l'instruction litigieuse.
7.3. En ce qui concerne l'année 2010, la recourante a été absente de son travail pendant plus de 300 jours. Or, à supposer que la prise en compte de cette période d'absence soit constitutive d'une discrimination indirecte liée à la qualité de femme enceinte de la salariée, on devrait alors reconnaître avec les juges précédents qu'elle répond en l'occurrence à un motif objectivement fondé. En effet, une période de référence de deux mois à peine apparaît insuffisante pour permettre une évaluation suffisamment fiable et servir de fondement à une augmentation salariale. Le refus des intimés d'augmenter le salaire de la recourante pour 2011 n'apparaît dès lors pas critiquable.
7.4. Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis. La cause sera renvoyée aux CFF pour qu'ils statuent à nouveau sur l'augmentation demandée par la recourante pour l'année 2014 sur la base de l'évaluation pour l'année 2013.
8.
Vu l'issue du litige, il se justifie de répartir les frais judiciaires par moitié entre les intimés et la recourante (<ref-law>), et d'allouer à cette dernière une indemnité de dépens réduite (<ref-law>). Les intimés n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF; cf. arrêt 8C_151/2010 du 31 août 2010 consid. 6.2).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement attaqué et la décision des CFF du 24 septembre 2014 sont annulés en tant qu'ils concernent le refus d'une augmentation de salaire pour l'année 2014. La cause est renvoyée aux CFF pour qu'ils procèdent conformément aux considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis pour 500 fr. à la charge de la recourante et pour 500 fr. à la charge des intimés.
3.
Les intimés verseront à la recourante la somme de 1'600 fr. à titre de dépens réduits pour la dernière instance.
4.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau sur les dépens de la procédure devant ce tribunal.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et au Bureau fédéral de l'égalité entre femmes et hommes.
Lucerne, le 9 octobre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : von Zwehl