Sachverhalt:
A.
Mit Strafverfügung vom 15. Juni 2015 sprach das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) X._ des Effektenhandels ohne Bewilligung, begangen vom 16. August 2007 bis zum 11. Februar 2009, schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 192 Tagessätzen zu Fr. 320.-- sowie zu einer Busse von Fr. 15'360.--.
X._ verlangte am 24. Juni 2015 die gerichtliche Beurteilung. Mit Urteil vom 3. November 2015 bestätigte das Bundesstrafgericht den Schuldspruch und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 255.--.
B.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Bundesstrafgerichts sei aufzuheben und er freizusprechen, allenfalls sei die Sache an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe zum Tatzeitpunkt nicht voraussehen können, dass der vom Bundesgericht im Rahmen der Auslegung des Bundesgesetzes vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen (Bankengesetz, BankG; SR 952.0) entwickelte Gruppenbegriff auch auf das Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel (Börsengesetz, BEHG; SR 954.1) angewendet werden könnte. Er sei in Bezug auf diese Praxisänderung einem unvermeidbaren Verbotsirrtum erlegen. Der Beschwerdeführer rügt zudem, die Vorinstanz habe sich in Verletzung der ihr obliegenden Begründungspflicht mit verschiedenen seiner Vorbringen nicht auseinandergesetzt.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, aufgrund der Vorbringen des Beschwerdeführers im verwaltungsinternen Verfahren und anlässlich der Hauptverhandlung sei "in dubio pro reo" davon auszugehen, dass er sich zur Tatzeit in einem Verbotsirrtum hinsichtlich der Geltung des Gruppenbegriffs im Bereich des Effektenhandels befunden habe. Der Irrtum wäre aber vermeidbar gewesen, da die Gruppenbetrachtung im Zusammenhang mit bewilligungspflichtigen Tätigkeiten auf dem Finanzmarkt im Tatzeitpunkt nicht neu gewesen sei. Im Bankensektor würden Gruppen bereits seit über zehn Jahren als solche erfasst und der Aufsicht unterstellt, wenn die Gruppe aufgrund ihrer Tätigkeit insgesamt die Voraussetzungen einer Unterstellung erfülle. Aus dem vom Beschwerdeführer zitierten Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Urteil B-6715/2007 vom 3. September 2008) ergebe sich, dass die Aufsichtsbehörde die Gruppenbetrachtung spätestens seit einer Verfügung vom 30. August 2007 auch im Bereich des Effektenhandels angewendet habe. Dies sei keine Praxisänderung gewesen, da kein vorangehender Entscheid (und schon gar keine konstante Praxis) ersichtlich sei, welche die Anwendung des Gruppenbegriffs auf Effektenhändler verneint hätte. Im Gegenteil sei die generelle Geltung des Gruppenbegriffs im Bereich der bewilligungspflichtigen Finanzmarkttätigkeit naheliegend gewesen.
Vor diesem Hintergrund hätte der Beschwerdeführer vor Aufnahme der Emissionshaustätigkeit im Gruppenverbund zum Beispiel durch eine einfache Anfrage bei der zuständigen Aufsichtsbehörde Sicherheit darüber erlangen können und müssen, dass der Gruppenbegriff auch im Bereich des Effektenhandels gelte. In der Folge wäre abzuklären gewesen, ob seine Tätigkeit als Emissionshaus bewilligungspflichtig zu bewerten gewesen wäre. Spätestens mit dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-6715/2007 vom 3. September 2008, welches am 17. September 2008 im Internet publiziert worden sei, wäre für den Beschwerdeführer ohne grossen Aufwand zu eruieren gewesen, wie der Gruppenbegriff im Bereich des Effektenhandels beurteilt werde. Die vom Beschwerdeführer mitzuverantwortende und nur als bewusstes Umgehen transparenter Strukturen erklärbare Komplexität der Verflechtungen in der Gruppe habe ihn nicht von der Verpflichtung befreit, sorgfältig abzuklären, ob allenfalls eine Bewilligung für die Tätigkeit erforderlich war. Als juristischer Laie wäre er im Gegenteil verpflichtet gewesen, sich proaktiv zu erkundigen.
1.3.
1.3.1. Gemäss <ref-law> ("Irrtum über die Rechtswidrigkeit", Verbotsirrtum) handelt nicht schuldhaft, wer bei Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält (Satz 1). War der Irrtum vermeidbar, so mildert das Gericht die Strafe nach freiem Ermessen (Satz 2). Einem Verbotsirrtum erliegt der Täter, der zwar alle Tatumstände kennt und somit weiss, was er tut, aber nicht weiss, dass sein Tun rechtswidrig ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 241). Ein Verbotsirrtum ist ausgeschlossen, wenn der Täter aufgrund seiner laienhaften Einschätzung weiss, dass sein Verhalten der Rechtsordnung widerspricht, wenn er also in diesem Sinne das unbestimmte Empfinden hat, etwas Unrechtes zu tun (<ref-ruling> E. 2 S. 218 f.; NIGGLI/MAEDER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, N. 13 und 15 zu <ref-law>). Unvermeidbar ist der Verbotsirrtum, wenn der Täter nicht weiss und nicht wissen kann, dass er rechtswidrig handelt. Insoweit gelten die Kriterien, welche die Praxis zur Beurteilung der "zureichenden Gründe" beim altrechtlichen Rechtsirrtum (Art. 20 aStGB) entwickelt hat (TRECHSEL/JEAN-RICHARD, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 6 zu <ref-law>; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I, Die Straftat, 4. Aufl. 2011, § 11 N. 55). Zureichend ist ein Grund, wenn dem Täter aus seinem Verbotsirrtum kein Vorwurf gemacht werden kann, weil der Irrtum auf Tatsachen beruht, durch die sich auch ein gewissenhafter Mensch hätte in die Irre führen lassen (<ref-ruling> E. 3a S. 220 f. mit Hinweis). Diese Regelung beruht auf dem Gedanken, dass sich der Rechtsunterworfene um die Kenntnis der Rechtslage zu bemühen hat und deren Unkenntnis nur in besonderen Fällen vor Strafe schützt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 241; zum Ganzen: Urteil 6B_782/2016 vom 27. September 2016 E. 3.1).
1.3.2. Die Vorinstanz prüft die Vermeidbarkeit des Verbotsirrtums eingehend und sorgfältig. Wie sie zutreffend ausführt, war der Irrtum vermeidbar, da sich der Beschwerdeführer über die Zulässigkeit seiner Tätigkeit hätte informieren können und müssen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 18; <ref-ruling> E. 5b S. 215; je mit Hinweisen). Fehl geht sein Einwand, in Bezug auf den Gruppenbegriff auf dem Gebiet des Effektenhandels könne nicht von einem dicht durchnormten Bereich gesprochen werden, da die Gruppenbetrachtung nicht in einer Rechtsnorm enthalten sei, sondern durch die Praxis entwickelt worden sei. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass die Tätigkeit im Finanzmarkt einer engmaschigen Regulierung unterliegt. Dabei kommt neben den bestehenden Rechtsnormen naturgemäss der Praxis der Aufsichtsbehörde eine wesentliche Bedeutung zu. Wer in diesem Bereich tätig ist, hat besondere Vorsicht walten zu lassen und sich gegebenenfalls proaktiv zu informieren, ob eine bestimmte Tätigkeit ohne Bewilligung zulässig ist. Inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt haben sollte, indem sie in diesem Zusammenhang ein Übernahmeverschulden des Beschwerdeführers annimmt, ist nicht ersichtlich. Sie brauchte sich nicht weiter mit der offensichtlich unbegründeten Rüge des Beschwerdeführers auseinanderzusetzen.
Die Vorinstanz setzt sich mit dem Vorbringen des Beschwerdeführers auseinander, wonach eine Gruppenbetrachtung bisher ausschliesslich im Bankensektor vorgenommen worden sei und er deshalb nicht mit einer Anwendung des Gruppenbegriffs im Bereich des Effektenhandels habe rechnen müssen. Wie sie zutreffend festhält, kann dem nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz zeigt auf, dass die Gruppenbetrachtung zum Tatzeitpunkt im Bankensektor bereits seit über zehn Jahren vorgenommen wurde (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 360 f. mit Hinweisen auf die bisherige Rechtsprechung) und die Aufsichtsbehörde diese spätestens seit einer Verfügung vom 30. August 2007 auch im Bereich des Effektenhandels angewendet hat, wie sich aus dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts B-6715/2007 vom 3. September 2008 ergibt. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers handelte es sich dabei nicht um eine überraschende Praxisänderung. Mit Blick auf den Umstand, dass die Bewilligung und Überwachung von Effektenhändlern nach dem Modell des BankG aufgebaut wurde (PETER NOBEL, Schweizerisches Finanzmarktrecht und internationale Standards, 3. Aufl. 2010, § 9 Rz. 99 S. 671 [so schon in der 2. Aufl. 2004, § 10 Rz. 57 S. 753]), war es naheliegend, ebenfalls auf dem Gebiet des Effektenhandels eine Gruppenbetrachtung vorzunehmen. Die Aufsichtsbehörde stellte ihre Praxis im Bereich Banken und Effektenhändler in ihren im Internet publizierten Jahresberichten im vorliegend interessierenden Zeitraum denn auch gemeinsam vor. Sie wies etwa im Jahresbericht 2006 darauf hin, dass es zur Klärung der Bewilligungspflicht angezeigt sein kann, die Tätigkeit in der Gesamtheit zu beurteilen, wenn zwischen verschiedenen Gesellschaften eine enge wirtschaftliche Verflechtung besteht (Jahresbericht der damaligen Eidgenössischen Bankenkommission 2006, S. 45). Es ist sodann darauf hinzuweisen, dass auf dem Gebiet des Effektenhandels bereits früher eine Gruppenbetrachtung vorgenommen wurde (vgl. Urteil 2A.65/2002 vom 22. Mai 2002 E. 5.2). Ob die Behauptung des Beschwerdeführers zutreffend ist, wonach die Lehre vor dem Jahr 2010 die Frage der Geltung des Gruppenbegriffs im Bereich des Effektenhandels nicht diskutiert habe, kann offenbleiben. Gestützt auf das vorstehend Dargelegte war die Vornahme einer Gruppenbetrachtung bei Effektenhändlern unabhängig davon voraussehbar. Die Vorinstanz hält schliesslich zu Recht fest, dass die Bewilligungspflicht und die finanzmarktrechtliche Aufsicht nicht umgangen werden können sollen, indem die bewilligungspflichtige Tätigkeit auf mehrere Personen aufgeteilt, im Resultat gemeinsam aber dennoch eine bewilligungspflichtige Tätigkeit ausgeübt wird (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 49 f. mit Hinweisen). Dies ist auch für einen Laien ohne Weiteres erkennbar.
1.3.3. Der vorinstanzliche Schluss, der Beschwerdeführer wäre vor Aufnahme der Emissionshaustätigkeit verpflichtet gewesen, sich bei der Aufsichtsbehörde über das Erfordernis einer Bewilligung zu erkundigen, ist nach dem Vorstehenden nicht zu beanstanden. Ob der Beschwerdeführer, wie von der Vorinstanz angenommen, durch Schaffung eines verschachtelten Firmenkonstrukts bewusst transparente Strukturen umgehen wollte, kann offenbleiben.
1.4. Schliesslich liegt auch kein Verstoss gegen die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) fliessende Begründungspflicht (<ref-law>) vor. Die Vorinstanz musste sich nicht mit jedem einzelnen Vorbringen des Beschwerdeführers auseinandersetzen. Vielmehr konnte sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Es müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; <ref-ruling> E. 2.2 S. 183; <ref-ruling> E. 2.2 S. 84; je mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt der vorinstanzliche Entscheid. Nicht ersichtlich ist insbesondere, inwiefern in Bezug auf das Legalitätsprinzip respektive die gemäss Beschwerdeführer damit zusammenhängende Würdigung des Verbotsirrtums eine Verletzung der Begründungspflicht vorliegen sollte. Die Vorinstanz legt dar, weshalb das Legalitätsprinzip auch mit Blick auf die Gruppenbetrachtung im Bereich des Effektenhandels nicht verletzt ist. Dass sie die vom Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang angeführten Publikationen nicht ausdrücklich würdigt, lässt für sich alleine nicht bereits auf eine unzureichende Begründung schliessen. Dies gilt umso mehr, als er gemäss den insoweit nicht beanstandeten vorinstanzlichen Erwägungen im gerichtlichen Verfahren keinen Verstoss mehr gegen das Legalitätsprinzip geltend machte. Auch in Bezug auf die Frage der Vermeidbarkeit des Verbotsirrtums ist nicht erkennbar, inwiefern gestützt auf die vom Beschwerdeführer angeführte Publikation die Rechtsauffassung der Vorinstanz in Frage zu stellen wäre. So wird darin zwar in Bezug auf <ref-ruling> aufgeführt, es erscheine erwähnenswert, dass das Bundesgericht denselben Gruppenbegriff auf die Frage der Bewilligungspflicht einer Tätigkeit als Effektenhändler und auf diejenige der Bewilligungspflicht der Entgegennahme von Publikumseinlagen anwende. Es wird aber auch festgehalten, dies sei sinnvoll, da in beiden Fällen derselbe Zweck verfolgt werde, nämlich der Schutz der Anleger und die Lauterkeit des Finanzmarktes (vgl. BLOCH/VON DER CRONE, Begriff der Gruppe in Fällen unbewilligter Effektenhändlertätigkeit, in: SZW 2/2010 S. 161 ff., S. 167 f.).
2.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: M. Widmer