Sachverhalt:
A.
A._ vermietet das Erdgeschoss seiner Liegenschaft in Dübendorf an die B._ AG zum Gebrauch als Restaurant/Bar. X._, handelnd für die B._ AG, liess an dieser Liegenschaft ohne vorgängige Einwilligung des Vermieters im Zeitraum vom 15. Juni bis 24. Juli 2015 die Fassade bis zur Höhe des ersten Stocks neu streichen, den vorhandenen Briefkasten durch einen in die Fassade eingelassenen ersetzen, eine beleuchtete Aussenanschrift und ein Leuchtsignet entfernen sowie zwei Aussenmodule einer Klimaanlage anbringen.
A._ reichte am 24. September 2015 gegen X._ Strafanzeige ein und stellte Strafantrag wegen Sachbeschädigung.
B.
Mit Verfügung vom 26. April 2016 nahm die Staatsanwaltschaft See/Oberland gegen X._ keine Strafuntersuchung an die Hand. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 24. Januar 2017 ab.
C.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Beschluss vom 24. Januar 2017 und die Nichtanhandnahmeverfügung vom 26. April 2016 seien aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, eine Untersuchung gegen X._ zu eröffnen.
D.
Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft verzichtete auf eine Vernehmlassung. X._ liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Der Privatklägerschaft wird ein rechtlich geschütztes Interesse zuerkannt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
1.2. Grundsätzlich wird von der Privatklägerschaft verlangt, dass sie bereits adhäsionsweise Zivilforderungen geltend gemacht hat. Ausnahmsweise, bei Nichtanhandnahme oder Einstellung des Strafverfahrens, ist auf dieses Erfordernis zu verzichten. Immerhin ist jedoch erforderlich, dass im Verfahren vor Bundesgericht dargelegt wird, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderungen auswirken kann (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 247 f. mit Hinweisen). Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f. mit Hinweisen).
1.3. Der Beschwerdeführer argumentiert, seine ins Inventar schützenswerter Bauten aufgenommene Liegenschaft sei durch den Beschwerdegegner 2 bis fast zur Mitte der oberen Etage in einer Fremdfarbe gestrichen worden. Abgesehen von diversen Aufwendungen, die ihm entstanden seien, da die kommunale Baubehörde den durch den Beschwerdegegner 2 geschaffenen Zustand nicht akzeptiert habe, würden ihm Kosten für die Wiederherstellung des rechtmässigen, einfarbigen Zustands entstehen, welche er als Zivilansprüche im Strafverfahren eingeben wolle. Mit diesen Ausführungen legt er dar, dass sich der Beschluss der Vorinstanz betreffend Nichtanhandnahme auf einen möglichen Schadenersatzanspruch auswirken kann. Auf die Beschwerde in Strafsachen ist betreffend den Fassadenanstrich folglich einzutreten. Die Ausführungen des Beschwerdeführers zur behaupteten Wiederherstellungspflicht aufgrund der Aufforderung durch die örtliche Baubehörde zur Einreichung eines Farb- und Materialkonzepts (vgl. Akten Vorinstanz, Urk. 19/VI, VII und VIII) beziehen sich indessen lediglich auf den Fassadenanstrich. Ob der Beschwerdeführer in der Sache auch betreffend die Veränderungen im Zusammenhang mit dem Briefkasten, der Aussenanschrift, dem Leuchtsignet und der Aussenmodule der Klimaanlage zur Beschwerde legitimiert ist, erscheint deshalb fraglich, kann aufgrund der nachstehenden Erwägungen (E. 4) aber offengelassen werden.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, sein Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt, weil die Staatsanwaltschaft zu Unrecht kein Untersuchungsverfahren eröffnet und er aufgrund der Nichtanhandnahme keine Möglichkeit gehabt habe, sich zu den Behauptungen des Beschwerdegegners 2 zu äussern und diesem Ergänzungsfragen zu stellen. Weder die Vorinstanz noch die Staatsanwaltschaft habe ihm Akteneinsicht gewährt.
2.2.
2.2.1. Die Staatsanwaltschaft verfügt nach <ref-law> die Nichtanhandnahme, sobald aufgrund der Strafanzeige oder des Polizeirapports feststeht, dass die fraglichen Straftatbestände eindeutig nicht erfüllt sind. Eine Nichtanhandnahme darf nur in sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen ergehen. Es muss sicher feststehen, dass der Sachverhalt unter keinen Straftatbestand fällt. Im Zweifelsfall ist eine Untersuchung zu eröffnen. Ergibt sich nach durchgeführter Untersuchung, dass kein Straftatbestand erfüllt ist, stellt die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren gestützt auf <ref-law> ein (<ref-ruling> E. 2.3 S. 287 f. mit Hinweisen).
2.2.2. Wurden bereits Untersuchungshandlungen vorgenommen, die grundsätzlich nach der Eröffnung des Strafverfahrens zu tätigen sind, hat die Staatsanwaltschaft, wenn sie zur Überzeugung kommt, dass kein Straftatbestand erfüllt ist, das Verfahren durch Einstellung nach <ref-law> und nicht durch Nichtanhandnahme nach <ref-law> abzuschliessen. Dies ist zum Beispiel bei einem Aktenbeizug im Sinne von <ref-law> der Fall (Urteil 1B_731/2012 vom 8. Februar 2013 E. 2). Anders verhält es sich bei der blossen Erteilung eines Ermittlungsauftrags an die Polizei nach <ref-law>. Eine Nichtanhandnahme des Strafverfahrens ist auch nach einem polizeilichen Ermittlungsverfahren im Sinne von Art. 306 f. StPO noch zulässig (Urteile 6B_617/2016 vom 2. Dezember 2016 E. 3.2.2; 6B_544/2016 vom 17. November 2016 E. 3.1; 6B_271/2016 vom 22. August 2016 E. 2.1).
2.2.3. Die Privatklägerschaft hat vor dem Erlass einer Nichtanhandnahmeverfügung keinen generellen Anspruch auf rechtliches Gehör. Fanden polizeiliche Ermittlungen statt, kann es sich je nach Umständen (Art und Umfang der polizeilichen Abklärungen) jedoch im Interesse der Wahrheitsfindung aufdrängen, der Privatklägerschaft vor der Nichtanhandnahme Akteneinsicht zu gewähren und die Möglichkeit einzuräumen, zum Ergebnis der polizeilichen Ermittlungen Stellung zu nehmen (Urteil 6B_617/2016 vom 2. Dezember 2016 E. 3.3 mit Hinweisen).
2.3. Ob der Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt wurde und ihm aufgrund der Art und des Umfangs der polizeilichen Ermittlungen die Möglichkeit zur Stellungnahme hätte eingeräumt werden müssen, kann vorliegend offengelassen werden. Der Beschwerdeführer konnte im Verfahren vor der Vorinstanz, die in rechtlicher und in tatsächlicher Hinsicht über eine volle Kognition verfügte, sämtliche Einwände gegen die Nichtanhandnahme des Strafverfahrens vorbringen. Die Vorinstanz setzte sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers auseinander. Eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs des Beschwerdeführers wäre daher spätestens im kantonalen Beschwerdeverfahren geheilt worden (vgl. <ref-ruling> E. 2.8.1 S. 226 f. mit Hinweisen). Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer zudem, soweit er kritisiert, er habe keine Akteneinsicht erhalten, da er weder behauptet noch aus den Akten ersichtlich ist, dass er ein entsprechendes Gesuch stellte. Gleiches gilt betreffend die Stellungnahme der Staatsanwaltschaft, welche laut Beschwerdeführer kein Beilagenverzeichnis enthalten habe und ihm durch die Vorinstanz ohne die betreffenden Akten zur freigestellten Replik zugestellt worden sei. Zu prüfen bleibt jedoch, ob die Vorinstanz einen hinreichenden Tatverdacht für die Eröffnung eines Strafverfahrens verneinen durfte.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe in willkürlicher Art und Weise einen klaren Sachverhalt und eine klare Rechtslage unterstellt. Ihre Erwägung, wonach der Beschwerdegegner 2 berechtigt gewesen sei, die Fassade der Liegenschaft selbst zu streichen, sei willkürlich. Der Teilanstrich bis zu einer bestimmten Höhe in einer Fremdfarbe und mit einem daraus resultierenden zweifarbigen Haus sei durch eine mietrechtliche Ersatzvornahme, welche nur zur Behebung diene und das Wiederherstellen des mängelfreien Vorzustands zum Ziel habe, nicht gedeckt. Falsch sei auch, der Beschwerdegegner 2 habe deshalb eine Berechtigung zu den vorgenommenen Handlungen annehmen dürfen, da im Zeitpunkt des Vertragsschlusses beabsichtigt gewesen sei, dass er die Liegenschaft später kaufe. Die Parteien hätten lediglich ein Vorkaufsrecht während der Mietdauer vereinbart, welches sich eindeutig aus Ziffer 28 des Mietvertrages und aus dem Grundbuch ergebe. Die Erwähnung eines Kaufrechts auf der letzten Seite des Mietvertrags sei irrtümlich erfolgt und ändere daran nichts.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdegegner 2 habe weder objektiv noch subjektiv rechtswidrig gehandelt (angefochtener Beschluss, E. II. 2.1.4). Vor dem Anstrich habe sich die Fassade in einem desolaten Zustand befunden. Die Fassade habe einen mittleren mietrechtlichen Mangel dargestellt, der die Mietsache zum vorausgesetzten Gebrauch als "Restaurant/Bar" vermindert und den der Beschwerdegegner 2 beim Beschwerdeführer moniert habe. Der Beschwerdegegner 2 sei demnach berechtigt gewesen, die Fassade selbst zu streichen. Dass er vorgängig das Zivilgericht angerufen habe, berühre sein Recht nicht, doch noch auf eigene Faust zu handeln. Die zivilrechtliche Zulässigkeit seines Verhaltens lasse auch die Strafbarkeit entfallen (vgl. angefochtener Beschluss, E. II. 2.1.1 f.). Der Beschwerdegegner 2 habe aufgrund des Zustands der Fassade zumindest begründeten Anlass gehabt, von den gegebenen Voraussetzungen einer Ersatzvornahme auszugehen. Hinzu komme, dass sich folgende handschriftliche Ergänzung im Mietvertrag als Berechtigung zu den vorgenommenen Änderungen an der Fassade verstehen liesse: "allfällige Umbauten im Restaurant gehen zu Lasten des Mieters ohne Einwilligung des Vermieters es besteht keine Rückbaupflicht". Dies ergebe sich namentlich auch vor dem Hintergrund, dass im Zeitpunkt des Vertragsschlusses ein späterer Kauf der Liegenschaft durch den Beschwerdegegner 2 bzw. die B._ AG beabsichtigt gewesen sei. Letzteres komme u.a. darin zum Ausdruck, dass im Mietvertrag auf ein Kaufrecht Bezug genommen werde ("Das Kaufrecht wird notariell im Grundbuchamt eingetragen"). Damit bestehe kein Anlass, an den Aussagen des Beschwerdegegners 2 zu zweifeln, er sei zu seinem Handeln berechtigt (angefochtener Beschluss, E. II. 2.1.2). Die Staatsanwaltschaft habe die Untersuchung zu Recht nicht an die Hand genommen (angefochtener Beschluss, E. II. 2.2).
3.3.
3.3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist. Die Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 5.4 S. 324; je mit Hinweisen).
Die Staatsanwaltschaft und die Beschwerdeinstanz dürfen der Beweiswürdigung durch das Sachgericht bei einer unklaren Beweislage nicht vorgreifen. Das Bundesgericht prüft bei der Willkürkognition nach <ref-law> im Rahmen einer Beschwerde gegen eine Einstellung daher, ob die Vorinstanz willkürlich von einer "klaren Beweislage" ausging oder gewisse Tatsachen willkürlich für "klar erstellt" annahm (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 245). Dies gilt auch, wenn sich die Beschwerde gegen eine Nichtanhandnahme des Strafverfahrens richtet.
3.3.2. Nach <ref-law> macht sich der Sachbeschädigung schuldig, wer eine Sache, an der ein fremdes Eigentums-, Gebrauchs- oder Nutzniessungsrecht besteht, beschädigt, zerstört oder unbrauchbar macht. Der Tatbestand der Sachbeschädigung dient dem Schutz des Berechtigten vor jeder mehr als nur belanglosen Beeinträchtigung seiner Sache. Als beeinträchtigt bzw. beschädigt gilt eine Sache u.a., wenn in ihr äusseres Erscheinungsbild eingegriffen bzw. ihre Ansehnlichkeit herabgesetzt wird. So erfüllt beispielsweise bereits das (unerlaubte) Bemalen oder Besprayen einer Wand den angeführten Straftatbestand. In subjektiver Hinsicht erfordert der Tatbestand der Sachbeschädigung Vorsatz. Dabei genügt Eventualvorsatz (<ref-ruling> E. 2a S. 321; Urteil 6S.388/2003 vom 3. Februar 2004 E. 2.1 f.; je mit Hinweisen).
3.4. Wie sich aus den vorinstanzlichen Akten ergibt, nahm der Beschwerdegegner 2 nicht lediglich Ausbesserungen an der zuvor rosafarbenen Fassade vor. Er strich die Liegenschaft bis auf Höhe der Fenstersimse der von der B._ AG nicht gemieteten ersten Etage. Die verwendeten Farben (weiss für die Fassade und grün für die Fensterrahmen und den Sockelbereich) weichen stark von derjenigen am oberen Teil der Liegenschaft bzw. vom früheren Erscheinungsbild ab. Dies sind gewichtige Eingriffe in das äussere Erscheinungsbild der Liegenschaft, die einer eigentlichen Neugestaltung gleichkommen. Der Anspruch des Mieters auf Mängelbeseitigung geht jedoch nur auf die volle Wiederherstellung des vertragsgemässen Zustands, der den vertragsgemässen Gebrauch erlaubt (vgl. Peter Higi, Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 1994, N. 15 zu <ref-law>). Weshalb auch ein Teilanstrich in weisser und grüner Fremdfarbe (zivilrechtlich) gerechtfertigt sein soll, ist nicht ersichtlich. Das Vorgehen des Beschwerdegegners 2 liegt zumindest nicht mehr ohne Weiteres im Rahmen einer zulässigen Mängelbeseitigung. Dies ergibt sich auch schon daraus, dass die örtliche Baubehörde aufgrund des Anstrichs durch den Beschwerdegegner 2 den Beschwerdeführer als Eigentümer der Liegenschaft mehrfach zur Einreichung eines Farb- und Materialkonzepts aufforderte (vgl. Akten Vorinstanz, Urk. 19/VI, VII und VIII). Die Ansicht der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe sich dies selbst zuzuschreiben, da er einerseits die mangelhafte Fassade nicht selbst instand gesetzt habe und andererseits konsequent jegliche Mitwirkung verweigere (angefochtener Beschluss, E. II. 2.1.3), ändert an der Frage des zulässigen Umfangs einer Mängelbeseitigung durch den Beschwerdegegner 2 nichts. Fraglich ist angesichts der Fotodokumentation auch, ob mit der Vorinstanz von einem "desolaten Zustand" der Fassade gesprochen kann, der zwingend einen Neuanstrich des gesamten Gebäudes erforderte. Der Beschwerdeführer macht zu Recht geltend, dass diesbezüglich kein klarer Sachverhalt vorliegt.
3.5. Nicht nachvollziehbar und willkürlich sind auch die Ausführungen der Vorinstanz zum subjektiven Tatbestand. Gemäss der von der Vorinstanz zitierten handschriftlichen Ergänzung des Mietvertrags sind ohne Einwilligung des Vermieters nur Umbauten im Restaurant zulässig. Die beanstandeten Änderungen betreffen aber den Aussenbereich der gemieteten Räumlichkeiten. Auch mit den Erwägungen zum Kaufrecht kann die Vorinstanz nicht zum Schluss kommen, es bestehe kein Anlass, an den Aussagen des Beschwerdegegners 2 zu zweifeln. Ein blosses Kaufrecht würde diesen zum Zeitpunkt der Vereinbarung noch nicht zu Modifikationen berechtigen. Der Beschwerdeführer argumentiert zudem, in Ziff. 28 des Mietvertrags sei lediglich ein Vorkaufsrecht vereinbart worden. Kaufrechtsverträge bedürfen zu ihrer Gültigkeit denn auch der öffentlichen Beurkundung (<ref-law>). Zur Vereinbarung eines Kaufrechts muss zudem der Kaufpreis als objektiv wesentlicher Vertragsbestandteil zumindest bestimmbar sein (vgl. Urteil 4A_24/2008 vom 12. Juni 2008 E. 3.1 mit Hinweisen). Ob diese Voraussetzungen vorliegend erfüllt sind, prüfte die Vorinstanz nicht. Grund zu Zweifeln an den Aussagen des Beschwerdegegners 2 besteht auch deshalb, weil die B._ AG bereits am 9. Februar 2015, mithin rund vier Monate bevor dieser die Änderungsarbeiten vornahm, beim zuständigen Mietgericht eine Klage einreichte und dabei u.a. darum ersuchte, den Beschwerdeführer dazu zu verpflichten, die Fassade im Bereich des Mietobjekts bis zur ersten Etage neu zu streichen, wobei die Klägerin sich selber um die notwendigen Bewilligungen zu bemühen habe (vgl. Akten Vorinstanz, Urk. 3/4, Rechtsbegehren 2.4.3). Die Notwendigkeit einer offensichtlich nicht vorliegenden öffentlichrechtlichen Bewilligung für den beabsichtigten Farbanstrich war dem Beschwerdegegner 2 somit bewusst, was sich auch aus den polizeilichen Ermittlungen ergibt (vgl. Akten Vorinstanz, Urk. 13/3, Antwort auf Frage 30). Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet.
4.
Betreffend die weiteren Tatvorwürfe (Ersatz des Briefkastens durch einen in die Fassade eingelassenen, Entfernung einer beleuchteten Aussenanschrift und eines Leuchtsignets, Anbringung zweier Aussenmodule einer Klimaanlage) legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich bzw. unzulässig sein sollen. Abgesehen davon setzt er sich auch nicht mit den übrigen vorinstanzlichen Erwägungen (angefochtener Beschluss, E. II. 2.2) auseinander und zeigt nicht auf, dass die Nichtanhandnahme in diesem Punkt im Ergebnis unzulässig gewesen wäre. Mangels hinreichend substanziierter Rüge ist auf die Beschwerde diesbezüglich nicht einzutreten.
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 24. Januar 2017 ist bezüglich des Fassadenanstrichs (vgl. E. 3) aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 sowie 2 BGG). Der Beschwerdeführer hat für die anteilsmässigen Gerichtskosten aufzukommen. Der Kanton Zürich hat ihm für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Der Beschwerdegegner 2 stellte vor Bundesgericht keine Anträge. Er kann im bundesgerichtlichen Verfahren daher nicht als unterliegende Partei gelten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 24. Januar 2017 wird teilweise aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten im Umfang von Fr. 1'000.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber