Erwägungen:
1.
1.1. Die X._ AG (nachfolgend X._ AG) ist eine in U._, Kanton Zug, domizilierte Gesellschaft, wo sie auch der unbeschränkten Steuerpflicht unterliegt. Sie besitzt in V._, Kanton Luzern, Stockwerkeigentum, weswegen sie dort zunächst bis und mit 2008 beschränkt steuerpflichtig war. Der Kanton Luzern erwägt, ab 1. Januar 2009 die unbeschränkte Steuerpflicht zu beanspruchen. Dementsprechend forderte die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern nach Eingang der Steuererklärung 2009 am 19. April 2011 fehlende Kontendetails ein. Mit Ausweiseinforderung vom 8. September 2011 verlangte sie weitere Unterlagen, unter anderem die gesamte Buchhaltung der Steuerperiode 2009 inklusive Hauptbuchkonten mit sämtlichen Belegen. Nachdem die X._ AG der Aufforderung trotz Mahnung nicht nachgekommen war, auferlegte ihr die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern am 17. November 2011 eine Busse von Fr. 500.--. Eine Einsprache gegen die Bussenverfügung hiess die Steuerkommission der Dienststelle Steuern wegen Verfahrensfehlern gut, hob die Bussenverfügung auf und ordnete die Wiederholung des Auflageverfahrens an. Nach erneuter Ausweiseinforderung vom 20. Juni 2012 bestritt die X._ AG deren Rechtmässigkeit, da die Steuerperiode 2009 bereits veranlagt sei. Nach erneuter Mahnung und Androhung einer Busse sprach die Dienststelle Steuern mit Verfügung vom 17. Oktober 2012 die X._ AG der Verletzung von Verfahrenspflichten schuldig und bestrafte sie mit einer Busse von Fr. 500.--. Eine Einsprache wies die Steuerkommission mit Entscheid vom 20. Dezember 2012 ab und auferlegte der X._ AG die Verfahrenskosten von Fr. 100.--.
1.2. Das Kantonsgericht des Kantons Luzern wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 5. Februar 2014 ab. Gegen diesen Entscheid gelangte die X._ AG an das Bundesgericht, welches die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit Urteil 2C_284/2014 vom 2. Dezember 2014 guthiess. Es hob das Urteil des Kantonsgerichts Luzern auf und wies die Sache zur Weiterführung des Verfahrens und zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurück. Das Bundesgericht begründete seinen Entscheid damit, dass die Vorinstanz zwar die Notwendigkeit einer mündlichen Anhörung des einzigen Verwaltungsrates und Organs der X._ AG, A._, zurecht bejaht habe. Das Festhalten am Verhandlungstermin ohne Möglichkeit der Verschiebung wegen Abwesenheit des einzigen Organs der Beschwerdeführerin stelle aber einen Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben dar.
1.3. Im wiederaufgenommenen Verfahren erklärte die X._ AG, dass sie auf die Wahrnehmung des mündlichen Äusserungsrechts verzichte und sich mit einer schriftlichen Eingabe begnüge. In der Folge unterzeichnete sie eine Verzichtserklärung betreffend die öffentliche Verhandlung zur Gewährung des Äusserungsrechts. Das Kantonsgericht wies daraufhin die Beschwerde mit Urteil vom 13. August 2015 erneut ab. Die X._ AG legt mit Eingabe vom 18. September 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts sei aufzuheben und (die Sache) neu zu beurteilen. Eventualiter sei die Sache an das Kantonsgericht zurückzuweisen, in jedem Fall aber die Busse aufzuheben und die Beschwerdeführerin freizusprechen.
Das Bundesgericht hat die Akten eingeholt und auf die Anordnung weiterer Instruktionsmassnahmen verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat am 18. Januar 2016 eine Ergänzung eingereicht, die wegen Fristablaufs unbeachtlich ist und zudem nicht den hier zu beurteilenden Streitgegenstand betrifft.
2.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> mit summarischer Begründung und unter Verweisung auf den angefochtenen Entscheid abgewiesen wird.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen einen (End-) Entscheid einer letzten oberen kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, soweit kein Ausschlussgrund vorliegt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 Abs. 2 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
2.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen im Wesentlichen auf Willkür, und gelten die erhöhten Rügeanforderungen des <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
2.3. Die Bussenverfügung erging im Zusammenhang mit den behördlichen Abklärungen über ein allfälliges Hauptsteuerdomizil im Kanton Luzern. Das Steuerharmonisierungsgesetz enthält in den Vorschriften zum Steuerstrafrecht (Art. 55 ff. StHG) keine Bestimmungen zum Verfahren, das bei der Ahndung von Verfahrenspflichtverletzungen zur Anwendung kommt. Die Ausgestaltung des Bussenverfahrens ist somit Sache des kantonalen Gesetzgebers (ROMAN SIEBER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 4 zu Vorbemerkungen Art. 55-58 StHG). Das Bundesgericht prüft die kantonalrechtlichen Verfahrensbestimmungen und deren Anwendung durch das kantonale Gericht nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte und insbesondere des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_95/2013, 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 1.6, in: StE 2013 B 22.2 Nr. 28). Hierfür gilt die qualifizierte Rügepflicht gemäss <ref-law>.
2.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Aufgrund von <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als der angefochtene Entscheid hierzu Anlass gibt (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123 mit Hinweisen).
2.5. Sämtliche von der Beschwerdeführerin am 18. Januar 2016 neu eingereichten Beweismittel hätten entweder bereits bei der Vorinstanz vorgebracht werden können oder stellen echte Noven dar, d.h. es handelt sich um Tatsachen, die erst nach dem angefochtenen Urteil eingetreten sind. Sie bleiben im bundesgerichtlichen Verfahren in jedem Fall unberücksichtigt (<ref-ruling> E. 3.1.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.; je mit Hinweisen).
3.
Die Beschwerdeführerin erhebt im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals die Einrede, dass die ausgesprochene Busse aufgrund von <ref-law> bereits verjährt sei. Entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin richtet sich die Verjährung bei der Verletzung von Verfahrenspflichten nach Art. 58 StHG. Ist die massgebliche Verjährungsbestimmung wie hier in einem Bundesgesetz enthalten, welches das Bundesgericht gemäss <ref-law> von Amtes wegen anzuwenden hat (vgl. E. 2.2), so hätte es die Verjährung selbst ohne diesbezügliche Rüge zu berücksichtigen. Dass der Sachverhalt für das Bundesgericht durch den vorinstanzlichen Entscheid grundsätzlich bindend festgelegt ist (<ref-law>) und das Novenverbot sowohl für neue Tatsachen wie auch Rechtsbegehren gilt, steht dem nicht entgegen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 171.). Gemäss Art. 58 Abs. 1 StHG beginnt allerdings die Verjährungsfrist für die Strafverfolgung ausdrücklich erst mit dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens zu laufen, in welchem die Verfahrenspflichten verletzt wurden (vgl. Urteile 2C_476/2014 vom 21. November 2014 E. 4.4; 2C_724/2010 vom 27. Juli E. 12.1, in RDAF 2012 II 37). Die kantonale Behörde sprach die Busse im Veranlagungsverfahren für die Steuerperiode 2009 aus, für welche gemäss verbindlicher Feststellung der Vorinstanz noch keine rechtskräftige Veranlagung besteht. Die Verjährungsfrist für die Strafverfolgung hat somit noch gar nicht zu laufen begonnen.
4.
Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass ihre Verfahrensrechte nach <ref-law> aus verschiedenen Gründen verletzt worden seien.
4.1. Die kantonalen Behörden hätten sich geweigert, ihr Auskunft über den Verbleib ihrer Daten und Dokumente zu geben. Es sei ihr deshalb nicht möglich gewesen, ungehindert in ihre Unterlagen Einsicht zu nehmen und es sei anzunehmen, dass die Steuerbehörden ihre Unterlagen unbefugten Dritten zugänglich gemacht habe. Dadurch sei ihr rechtliches Gehör verletzt geworden. Die Beschwerdeführerin begnügt sich mit der Wiederholung des Vorwurfs, dass die kantonalen Behörden ihre Daten missbrauchen, kann diesen aber in keiner Weise belegen. Die Vorinstanz hat sowohl im Entscheid vom 5. Februar 2014 als auch im angefochtenen Entscheid ausführlich dargelegt (jeweils E. 5.1 f.), welche gesetzliche Mitwirkungspflichten die Beschwerdeführerin im Steuerverfahren gestützt auf Art. 42 StHG sowie § 147 StG/LU zu tragen hat. Dazu gehört auch das Zurverfügungstellen der relevanten Unterlagen an die Steuerbehörde und es ist hinzunehmen, dass die Steuerpflichtige während einer beschränkten Dauer nicht mehr jederzeit ungehindert auf die Unterlagen zugreifen kann; sie können aber weiterhin eingesehen werden (Art. 41 Abs. 1 StHG; § 139 Abs. 1 StG/LU). Durch die Abgabe von Unterlagen an die Steuerbehörden erfolgt weder eine unrechtmässige Einschränkung der Eigentumsrechte noch eine Verletzung der Privatsphäre der Beschwerdeführerin oder von Dritten.
4.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, dass die Busse ohne Namensnennung der Aussteller ausgesprochen worden sei. Dies verletze ihren Anspruch auf ein faires Verfahren, weil sie gegen die Verfahrensbeteiligten kein Ausstandsbegehren habe stellen können. Auch diesen Vorwurf hat die Vorinstanz bereits ausführlich behandelt (vgl. E. 3.1 des angefochtenen Entscheids). Bei Verwaltungsbehörden richtet sich die Zusammensetzung der Entscheidbehörde nach dem anwendbaren Verfahrensrecht (GEROLD STEINMANN, in: St.Galler Kommentar zur Schweizerischen Bundesverfassung, 3. Aufl. 2014, N. 34 zu <ref-law>). Aufgrund des kantonalen Verfahrensrechts ist es zulässig, nur den Namen der entscheidenden Behörde zu nennen, solange es keine gerichtliche Instanz ist. In der Massenverwaltung kann zudem auf Unterschriften verzichtet und die Verfügung ohne Namenszug ausgefällt werden (§ 110 Abs. 1 lit. a und g des Gesetzes [des Kantons Luzern] vom 3. Juli 1972 über die Verwaltungsrechtspflege [VRG; SRL Nr. 40]). Insofern besteht bei der Ausfällung der Busse keine Möglichkeit eine bestimmte Zusammensetzung der Entscheidbehörde zu verlangen. Eine willkürliche Handhabung dieser kantonalen Bestimmung wird nicht geltend gemacht. In der Folge stand es der Beschwerdeführerin jedoch offen, die Busse mit Einsprache anzufechten, was sie denn auch getan hat. Der Einspracheentscheid der Steuerkommission wiederum trägt die Unterschrift des Präsidenten sowie des Sekretärs und ist folglich nicht anonym. Es war der Beschwerdeführerin dementsprechend auch möglich, ein Ausstandsbegehren gegen diese Personen zu veranlassen. Die Vorinstanz wartete den diesbezüglichen Entscheid der dafür zuständigen Behörde aus prozessökonomischen Gründen jedoch nicht ab, da das Begehren offensichtlich unbegründet sei (E. 3.1.3 des angefochtenen Entscheids).
4.3. Die Beschwerdeführerin bringt zudem vor, dass die Vorinstanz ihren Entscheid nicht ausreichend begründet habe. Sie sei auf ihre Rüge, dass der Entscheid der Steuerkommission mangelhaft begründet gewesen sei, nicht weiter eingegangen. Gegenstand des Verfahrens bildet einzig die Busse im Veranlagungsverfahren für die Steuerperiode 2009. Die Vorinstanz führte in E. 3.2 des angefochtenen Entscheides aus, dass die Steuerkommission von der Beschwerdeführerin die Mitwirkung im hängigen Veranlagungsverfahren verlangt habe. Es sei deshalb nicht notwendig gewesen, dass sich die Steuerkommission zu den Ausführungen der Beschwerdeführerin äusserte, welche ausschliesslich frühere Aufforderungen zur Mitwirkung betrafen, die für das vorliegende Verfahren nicht mehr relevant waren. Im Anschluss daran legte die Vorinstanz in E. 4 die Voraussetzungen für eine Busse gemäss § 208 Abs. 1 StG/LU ausführlich dar und führte aus, aus welchen Gründen diese erfüllt sind. Die Vorinstanz hat somit den Sachverhalt, welcher der Busse zugrunde liegt und die rechtliche Würdigung, auf die sich ihr Entscheid stützt, umfassend dargelegt. Dabei darf sie sich, wie bereits die Steuerkommission, auf die wesentlichen Gesichtspunkte beschränken und braucht sich nicht mit jedem sachverhaltlichen oder rechtlichem Einwand auseinanderzusetzen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Inwiefern der angefochtene Entscheid oder derjenige der Steuerkommission ungenügend begründet sein sollten, ist nicht ersichtlich. Es war der Beschwerdeführerin ohne Weiteres möglich, sowohl den Entscheid der Steuerkommission als auch das Urteil der Vorinstanz sachgerecht anzufechten.
4.4. Im Weiteren beanstandet die Beschwerdeführerin, dass die Steuerbehörden in willkürlicher Weise ihre beschränkte Steuerpflicht in eine unbeschränkte Steuerpflicht umwandeln wollten. Jedoch sei nie ein anfechtbarer Entscheid über ihr Domizil ergangen, welcher aber eine notwendige Voraussetzung wäre, um überhaupt eine Veranlagung im Kanton Luzern vornehmen zu können. Mangels eines rechtmässigen Veranlagungsverfahren könne sie folglich auch keine Verfahrenspflichten verletzt haben. Die Vorinstanz habe sich mit den diesbezüglich Rügen nicht auseinandergesetzt. Der Vorwurf der Beschwerdeführerin zielt ins Leere. Die Vorinstanz hat in E. 4.2 des angefochtenen Entscheids, wie bereits im Urteil vom 5. Februar 2014 auf welches ebenfalls verwiesen wird, ausführlich die rechtliche Situation dargelegt. In jedem beteiligten Kanton, in dem eine Steuerpflicht gegeben ist, sei es aufgrund persönlicher oder wirtschaftlicher Zugehörigkeit, wird ein eigenständiges Verfahren durchgeführt (Art. 2 Abs. 1 der Verordnung vom 9. März 2001 über die Anwendung des Steuerharmonisierungsgesetzes im interkantonalen Verhältnis; SR 642.141). Aufgrund des Grundstückeigentums im Kanton Luzern besteht zumindest eine beschränkte Steuerpflicht der Beschwerdeführerin und sie muss folglich den Verfahrenspflichten in vollem Umfang nachkommen (Art. 42 StHG; §§ 144 ff. StG/LU).
5.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 65/66 BGG). Parteientschädigungen sind keine geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching