Sachverhalt:
A.
B._ (Mieter, Kläger, Beschwerdegegner) schloss mit der C._ AG einen unbefristeten Mietvertrag (Mietbeginn 1. April 1987) für eine 4-Zimmer-Wohnung an der Strasse U._ xx in V._ ab. Seit 1999 steht das Mietobjekt im Eigentum der A._ AG (Vermieterin, Beklagte, Beschwerdeführerin). Per 1. Januar 2000 wurde die Verwaltung der Liegenschaft der D._ GmbH übertragen. Gemäss Bankauszügen des Klägers betrug der Mietzins zum damaligen Zeitpunkt Fr. 1'100.--.
Am 20. Februar 2003 fand im Restaurant E._ in V._ eine Versammlung mit den Mietern der Liegenschaften an der Strasse U._ xx-yy sowie der Verwaltung (vertreten durch die Geschäftsführerin F._) statt, wobei letztere über die geplante Renovation der Wohnungen in den Liegenschaften informierte und den Mietern dabei ein Dokument mit dem folgenden Inhalt zur Unterschrift vorlegte:
"MFH Strasse U._ xx-yy, V._
Versammlung - Mieterschaft/Verwaltung im Rest. E._, V._:
Renovationsbeginn: ca. April 2003-02-21
Renovationsumfang: total neue Küchen und Bäder inkl. Badmöbel
Korridor-, Bad- und Küchenboden neu geplättelt
Leitungen und Lüftungen neu
Briefkastenanlagen neu
Aufwand pro Wohnung: ca. 1 Woche
Es wird für die Zeit pro Wohnung eine Leer-
wohnung zur Verfügung gestellt
Mietzinserhöhung: Fr. 220.-
Eine kostendeckende Mietzinserhöhung von
ca. Fr. 340.-- pro Wohnung wird nicht vorgenommen.
Im Gegenzug werden jedoch während der Renovationszeit keine Mietzinsreduktionen
zugesprochen.
Die Mieter damit einverstanden: V._, 20.02.2003"
Das Dokument wurde von mehr als 20 Mietern unterzeichnet und enthält ebenfalls den in Blockschrift und Grossbuchstaben ( "B._") geschriebenen Namen des Klägers. Eine Unterschrift der Liegenschaftsverwaltung ist hingegen nicht vorhanden. In der Folge wurden die Wohnungen an der Strasse U._ xx-yy, unter Einschluss derjenigen des Klägers, sukzessive renoviert. Ab Mai 2005 entrichtete der Kläger einen um Fr. 220.-- erhöhten Mietzins.
Am 18. Juni 2014 forderte der klägerische Rechtsvertreter die Liegenschaftsverwaltung auf, Fr. 24'000.-- an Mietzinsen zurückzuzahlen, da diese Mietzinserhöhung ohne Verwendung des amtlichen Formulars erfolgt sei.
B.
Mit Klage vom 1. Mai 2015 beim Kreisgericht St. Gallen beantragte der Kläger, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihm Fr. 24'845.-- nebst Zins zu 5 % von Fr. 24'235.-- ab 1. Juli 2014 zu bezahlen. Das Kreisgericht St. Gallen, Einzelrichter, schützte mit Entscheid vom 9. Dezember 2015 diese Klage. Das Kantonsgericht St. Gallen wies mit Entscheid vom 4. Oktober 2016 die von der Beklagten erhobene Berufung kostenfällig ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Kantonsgerichts sei vollumfänglich aufzuheben und die Klage kostenfällig abzuweisen. Die Kosten der kantonalen Instanzen seien neu zu verlegen, eventualiter sei das Verfahren zwecks Kostenverlegung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 25. Januar 2017 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Erfüllt eine Beschwerde diese Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vorinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich im Sinne von Art. 9 BV (<ref-ruling> E. 2 S. 117 mit Hinweis). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von Art. 106 Abs. 2 BGG (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
2.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurde die Mietzinserhöhung den Mietern mit dem Schreiben angezeigt, welches an der Informationsveranstaltung vom 20. Februar 2003 zur Unterschrift aufgelegt wurde. Unbestrittenermassen handelt es sich dabei nicht um das amtliche Formular gemäss Art. 269d OR. Umstritten ist, ob eine konsensuale Mietzinserhöhung zustande gekommen ist.
2.1. Eine konsensuale Mietvertragsänderung kann zwar einen Verzicht auf die Einhaltung der Formularpflicht rechtfertigen, setzt aber voraus, dass dadurch der Schutzzweck von Art. 269d OR nicht beeinträchtigt wird (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 425 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 74; Urteile 4D_82/2015 vom 23. Mai 2016 E. 5.2; 4C.496/1994 vom 28. März 1995 E. 2b, in: Pra 1996 Nr. 129 S. 425). Nicht tangiert wird dieser Schutzzweck, wenn feststeht, dass die Mieterschaft über die Anfechtungsmöglichkeit informiert war, dass sie mit dem Verzicht auf das Formular bewusst zum Voraus auf die Anfechtung verzichtet hat und überdies ausgeschlossen werden kann, dass sie unter Druck stand (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 74; zit. Urteil 4D_82/2015 E. 5.2 und Urteile 4A_198/2008 vom 7. Juli 2008 E. 3.1; 4C.283/2002 vom 6. Januar 2003 E. 5).
2.2. Die Vorinstanz liess offen, ob mit dem Dokument vom 20. Februar 2003 ein Konsens über die vertragswesentlichen Punkte nachgewiesen ist und welchen Charakter dieses Dokument (Vertrag oder Anwesenheitsliste) hat, da sie die Voraussetzungen für eine konsensuale Mietzinserhöhung als nicht gegeben erachtete. Unter Bezug auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung erwog sie, vorliegend mangle es namentlich am Kriterium der Information über die Anfechtungsmöglichkeit und an einem bewussten Verzicht auf die Anfechtung. Die Beschwerdeführerin habe nie behauptet, dass anlässlich der Veranstaltung vom 20. Februar 2003 über die Möglichkeit zur Anfechtung informiert worden sei. Ebensowenig habe sie jemals eingewendet, der Beschwerdegegner habe bewusst auf diese Möglichkeit verzichtet. In Betracht zu ziehen sei auch die Aussage der Zeugin F._, wonach sie mit der Anrufung der Mieterschlichtungsstelle gerechnet habe, diese Möglichkeit aber mit der "Vereinbarung" habe ausschliessen wollen.
2.3. Was die Beschwerdeführerin gegen diese Begründung vorbringt, vermag offensichtlich nicht, diese als rechtsfehlerhaft auszuweisen. Die Feststellung der Vorinstanz, dass an der Veranstaltung vom 20. Februar 2003 nicht über die Möglichkeit der Anfechtung informiert wurde, bestreitet sie nicht. Auch zur von der Vorinstanz zitierten Aussage der Zeugin F._ äussert sie sich nicht. Es ist daher fraglich, ob diesbezüglich überhaupt eine genügende Rüge vorliegt (vgl. E. 1.1 hiervor). Unbehelflich ist im Übrigen ihr Hinweis, gemäss der Zeugin F._ habe man nach Fertigstellung der Renovation bewusst vier Monate mit der Mietzinserhöhung gewartet, da der Mieter ja die Möglichkeit haben musste, zu kündigen. Daraus kann zwar abgeleitet werden, dass der Beschwerdeführerin die Anfechtungsmöglichkeit bewusst war, nicht jedoch, dass auch der Beschwerdegegner darüber informiert war - und dies wäre entscheidend.
3.
Ist nicht von einer genügenden konsensualen Mietzinserhöhung auszugehen, ist weiter zu prüfen, ob ein Rückforderungsanspruch für die bezahlten, im Umfang der Erhöhung jedoch nicht geschuldeten Mietzinsen besteht. Dieser Rückforderungsanspruch stützt sich auf die Normen der ungerechtfertigten Bereicherung (Art. 62 ff. OR; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 588; <ref-ruling> E. 6.2 S. 510 f.; je mit Hinweisen). Wer eine Nichtschuld freiwillig bezahlt, kann das Geleistete zurückfordern, wenn er nachzuweisen vermag, dass er sich über die Schuldpflicht im Irrtum befunden hat. Der Mieter, der eine Klage auf Rückforderung von Mietzinsen anstrengt, weil eine Erhöhung nicht mit dem amtlichen Formular mitgeteilt worden war, muss dabei aber nicht beweisen, dass er keine Kenntnis der Rechtslage und der sich daraus ergebenden Rechte hatte, denn eine Vermutung der Rechtskenntnis liefe dem mit dem amtlichen Formular angestrebten Zweck zuwider (<ref-ruling> E. 1a S. 188 f.).
3.1. Die Vorinstanz bejahte die Voraussetzungen für die Rückerstattung der monatlich zu viel bezahlten Fr. 220.--, die im Sinn von Art. 63 OR eine Nichtschuld darstellten. Der Beschwerdegegner habe sich in einem Irrtum bezüglich der rechtlichen und formalen Anforderungen an eine Mietzinserhöhung befunden, denn es sei davon auszugehen, dass er als nicht rechtskundige Person davon keine Kenntnis gehabt habe. Dieser Umstand werde im konkreten Fall überdies dadurch bestärkt, dass er seit 1987 in derselben Wohnung eingemietet gewesen sei und sich deshalb während längerer Zeit nicht mehr mit den Gegebenheiten des Mietmarktes beschäftigt haben dürfte. So sei es denn keineswegs abwegig, dass er tatsächlich erst im Zusammenhang mit der Prüfung von Schadenersatzansprüchen gegen die Beschwerdeführerin aus Werkeigentümerhaftung wegen eines im Januar 2013 erlittenen Unfalls von seinem Anwalt auf die formellen Mängel dieser Mietzinserhöhung aufmerksam gemacht worden sei.
3.2. Wenn die Beschwerdeführerin ausführt, seit Mietbeginn 1987 sei der Mietzins mindestens einmal erhöht worden, woraus sie ableiten will, dass dem Beschwerdegegner die Formalien einer Mietzinserhöhung bekannt gewesen seien, erweitert sie unzulässig den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (vgl. E. 1.2 hiervor). Ihre weiteren Einwendungen beschränken sich darauf, dass heute aufgrund der bereits seit langem bestehenden Formularpflicht bei Mietzinserhöhungen diese dem "Durchschnittsbürger" bekannt sei und daher nicht von einem Irrtum des Beschwerdegegners ausgegangen werden könne. Massgeblich ist nicht, was der "Durchschnittsbürger" allenfalls weiss, sondern von welchen Kenntnissen man beim konkreten Mieter auszugehen hat. Diesbezüglich ist den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz nichts beizufügen.
4.
4.1. Eine Rückforderung des zu viel bezahlten Mietzinses ist nach ständiger Rechtsprechung aber ausgeschlossen, wenn sich die Berufung des Mieters auf einen Formmangel bei der Mitteilung der Mietzinserhöhung bzw. einseitigen Änderungen des Mietvertrags zu seinen Lasten als rechtsmissbräuchlich erweist (<ref-ruling> E. 3.2.4 S. 589 mit weiteren Hinweisen). Ob die Berufung auf den Formmangel gegen Treu und Glauben verstösst und damit einen offenbaren Rechtsmissbrauch gemäss Art. 2 Abs. 2 ZGB darstellt, ist in Würdigung aller Umstände des konkreten Falls und nicht nach starren Regeln zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.2.4 S. 589, 200 E. 4.2 S. 202; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 128; je mit Hinweisen). Die Beweislast für die Umstände, die auf Rechtsmissbrauch schliessen lassen, trägt derjenige, der sich auf Rechtsmissbrauch beruft (<ref-ruling> E. 5.2 S. 431; <ref-ruling> E. 2.1 S. 58 f.; je mit Hinweis).
Nach der Rechtsprechung verhält sich rechtsmissbräuchlich, wer einen Vertrag freiwillig, irrtumsfrei und mindestens zur Hauptsache erfüllt hat und hernach den Restanspruch der Gegenpartei unter Verweis auf den Formmangel verweigert. "Irrtumsfrei" bedeutet in diesem Fall in Kenntnis des Formmangels. Die Berufung auf den Formmangel kann grundsätzlich nur unstatthaft sein, wenn die Parteien bei Abschluss und Erfüllung des Vertrags wussten oder in zurechenbarer Weise wissen konnten, dass das durch sie getätigte Rechtsgeschäft der gesetzlichen Formpflicht widerspricht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 404; Urteil 4C.175/2003 vom 28. Oktober 2003 E. 3.2 a.E.; HAUSHEER/AEBI-MÜLLER, in: Berner Kommentar, 2012, N. 300 zu Art. 2 ZGB; je mit Hinweisen).
Mit anderen Worten liegt Rechtsmissbrauch vor, wenn derjenige, der sich auf den Formmangel beruft, den Mangel kannte oder nach den konkreten Umständen bei pflichtgemässer Sorgfalt kennen konnte und musste und den Vertrag dennoch freiwillig zur Hauptsache erfüllte.
Wer einen formnichtigen Vertrag freiwillig erfüllt, ohne den Mangel zu kennen oder kennen zu müssen, verhält sich dagegen nicht widersprüchlich, wenn er sich nachträglich wegen des Mangels auf Nichtigkeit beruft (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 404). Die blosse Erfüllung eines formungültigen Vertrags, ohne den Mangel zu kennen oder kennen zu müssen, genügt auch nicht zur Begründung berechtigten Vertrauens der Gegenpartei in die Gültigkeit des Rechtsgeschäfts (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 405; vgl. auch die Urteile 4A_256/2015 vom 17. September 2015 E. 3.3.2 sowie 4A_599/2015 und 4A_603/2015 vom 15. Juni 2016 E. 6.2).
4.2. Indem die Vorinstanz Rechtsmissbrauch verneinte, hat sie diese Grundsätze korrekt angewendet. Die Beschwerdeführerin hält dem entgegen, dem Zeitelement müsse bei der Prüfung von Rechtsmissbrauch eine bedeutende Rolle zukommen. In den vom Bundesgericht bisher entschiedenen Fällen sei es um vorbehaltlose Zahlungen des Mietzinses über sechs (<ref-ruling>), drei (<ref-ruling>) oder zwei Jahre (zit. Urteil 4A_198/2008, wo die Zahlungen allerdings während vierzehn Jahren erfolgt sind und nicht, wie von der Beschwerdeführerin behauptet, während zwei Jahren, vgl. E. 3 des Urteils) gegangen. Der Mieter sei aber nicht mehr schutzbedürftig, wenn er wie hier über mehr als zwölf Jahre vorbehaltlos bezahlt habe. Mit fortschreitender Zeit müsse davon ausgegangen werden, dass die berechtigten Schutzinteressen des Mieters abnehmen würden. Damit beruft sich die Beschwerdeführerin auf den Schutz berechtigten Vertrauens des Vermieters (durch Zeitablauf). Das Bundesgericht hat diesen Aspekt nicht genügen lassen, wenn kein widersprüchliches Verhalten des Mieters gegeben ist (vgl. E. 4.1 a.E.). Es besteht kein Anlass, diese Rechtsprechung in Frage zu stellen.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil eine von ihr beantragte Zeugin nicht einvernommen worden sei, die hätte bezeugen können, dass der Beschwerdegegner das Dokument vom 20. Februar 2003 an der Versammlung eigenhändig unterzeichnet habe.
Der aus Art. 29 Abs. 2 BV fliessende Anspruch auf rechtliches Gehör verleiht der betroffenen Partei das Recht, in einem Verfahren, welches in ihre Rechtsstellung eingreift, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2 S. 242; je mit Hinweisen). Wie sich aus den vorstehenden Ausführungen ergibt, ist es nicht rechtserheblich, ob die Unterschrift auf dem Dokument vom Beschwerdegegner stammt. Die Vorinstanz liess dies deshalb auch offen und wies den Beweisantrag bezüglich Zeugeneinvernahme zu Recht mangels Relevanz ab. Die Rüge ist abzuweisen.
5.2. Unbehelflich ist auch die Rüge der willkürlichen Tatsachenfeststellung, weil die Vorinstanz angenommen habe, das Dokument vom 20. Februar 2003 sei eher eine Art Anwesenheitsliste anstelle eines rechtlich bindenden Vertrages. Die Vorinstanz hat nichts solches festgestellt; vielmehr liess sie die Rechtsnatur gerade offen.
6.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Entschädigung beträgt praxisgemäss pauschal Fr. 2'500.--. Gründe für eine der eingereichten Kostennote entsprechende, höhere Entschädigung sind vom Beschwerdegegner nicht dargetan.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi