Faits :
A.
Le 14 octobre 2016, la République et canton de Genève a demandé à l'Office fédéral des transports (ci-après: l'Office fédéral) de fixer, respectivement de modifier des noms de stations ferroviaires situées sur son territoire. Par décision dite de détermination du 22 novembre 2016, l'Office fédéral a fixé deux noms de stations et en a modifié un. Il a notamment renommé la station "Lancy-Pont-Rouge" en "Genève-Pont-Rouge". Il a indiqué le Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après: le Département fédéral) comme autorité de recours.
B.
Le 9 janvier 2017, la Ville de Lancy a interjeté recours contre la décision de détermination précitée auprès du Tribunal administratif fédéral, estimant celui-ci compétent. Par arrêt du 21 février 2017, le Tribunal administratif fédéral a déclaré le recours de la Ville de Lancy irrecevable et a transmis la cause au Conseil fédéral comme objet de sa compétence.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Ville de Lancy demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 21 février 2017 et de renvoyer la cause à celui-ci, afin qu'il en traite au fond comme objet de sa compétence. Elle se plaint de violation du droit fédéral et en particulier d'une violation de la garantie de l'accès au juge.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. L'Office fédéral de la justice conclut implicitement au rejet du recours. Dans des observations finales, la Ville de Lancy a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 116).
1.1. La présente cause, qui concerne l'irrecevabilité d'un recours contre une décision statuant sur le changement de nom d'une station ferroviaire en application des dispositions de l'ordonnance du 21 mai 2008 sur les noms géographiques (ONGéo; RS 510.625), soit une cause de droit public (<ref-law>), a été rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>). Le présent recours, qui remplit les conditions de forme (<ref-law>) et a été déposé dans les délais (<ref-law>), ne tombe sous aucune des exceptions de l'<ref-law>.
1.2. Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>), ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence (<ref-law>). L'arrêt entrepris déclare irrecevable le recours déposé par la recourante à l'encontre de la décision de détermination du 22 novembre 2016 et transmet la cause au Conseil fédéral comme objet de sa compétence. La question de savoir si l'arrêt entrepris constitue une décision finale au sens de l'<ref-law> ou une décision incidente sur la compétence au sens de l'<ref-law> peut être laissée ouverte, dès lors que dans les deux cas le recours en matière de droit public est en principe ouvert (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 126). Lorsque l'autorité précédente n'entre pas en matière sur le recours, sans même en traiter matériellement de manière subsidiaire, seule la question de l'irrecevabilité peut être portée devant le Tribunal fédéral. Dans la mesure où le recours devait être admis, le Tribunal fédéral renverrait la cause pour un examen sur le fond (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 41). Pour cette raison, la conclusion purement cassatoire de la recourante, qui demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente, est recevable (cf. arrêt 2C_1014/2015 du 21 juillet 2016 consid. 1.2).
1.3. Le droit des collectivités publiques de former un recours en matière de droit public est visé en premier lieu par l'<ref-law>, dont seule la let. c est susceptible d'entrer en ligne de compte en l'occurrence. Cette disposition confère la qualité pour recourir notamment aux communes qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la Constitution cantonale ou la Constitution fédérale. Est en particulier visée par l'art. 89 al. 2 let. c LTF l'autonomie communale, ancrée au niveau fédéral à l'art. 50 al. 1 Cst. Pour que le recours soit ouvert sur cette base, il faut toutefois que l'autonomie communale fasse l'objet d'un grief recevable, ce qui suppose que la commune recourante l'invoque d'une manière suffisamment motivée (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 92 et les références citées; arrêt 2C_1021/2016 du 18 juillet 2017 consid. 2.2).
En l'occurrence, la recourante se prévaut à suffisance d'une violation de son autonomie communale. La décision entreprise déclare en effet irrecevable un recours contre une décision ordonnant le changement de nom d'une station ferroviaire qui se trouve sur le territoire de la recourante. Le nouveau nom n'inclurait plus celui de la recourante, portant ainsi atteinte à l'identité de cette dernière. La recourante a partant qualité pour recourir.
1.4. Sur le vu de ce qui précède, il convient d'entrer en matière sur le recours en matière de droit public.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (<ref-law>).
3.
3.1. La loi du 5 octobre 2007 sur la géoinformation (LGéo; RS 510.62) vise à ce que les autorités fédérales, cantonales et communales, les milieux économiques, la population et les milieux scientifiques disposent rapidement, simplement et durablement de géodonnées mises à jour, au niveau de qualité requis et d'un coût approprié, couvrant le territoire de la Confédération suisse en vue d'une large utilisation (art. 1 LGéo). L'art. 7 LGéo traite plus précisément des noms géographiques. Ainsi, comme on l'a vu précédemment, l'art. 7 al. 1 LGéo dispose que le Conseil fédéral édicte des dispositions visant à coordonner les noms des communes, des localités et des rues. Il réglemente les autres noms géographiques, les compétences et la procédure, ainsi que la prise en charge des coûts. L'art. 7 al. 2 LGéo prévoit que le Conseil fédéral se prononce en dernière instance en cas de litige sur l'application de l'art. 7 al. 1 LGéo.
3.2. Sur la base de la délégation de l'art. 7 al. 1 LGéo, le Conseil fédéral a arrêté l'ONGéo, afin d'utiliser uniformément les noms géographiques dans les relations officielles, ainsi que dans tous les supports d'information officiels (<ref-law>). La section 7 de cette ordonnance est dédiée aux noms des stations (<ref-law>), c'est-à-dire les gares et stations, y compris les stations amont, aval et intermédiaires, de même que les arrêts de toutes les courses régulières servant au transport des voyageurs visées à l'ancien art. 1 al. 2 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur les horaires (OH; RO 1999 698; actuellement <ref-law>; RS 745.13); cf. art. 3 let. g ONGéo).
3.3. L'Office fédéral fixe sur demande les noms des stations (<ref-law>). Cette demande peut être déposée par les entreprises de transport concessionnaires, la commune sur le territoire de laquelle se trouve la station ou le canton sur le territoire duquel se trouve la station (<ref-law>). Dans sa décision, l'Office fédéral doit vérifier le respect des principes posés à l'<ref-law>, par exemple le fait que la station se voie attribuer le nom de la localité qu'elle dessert (<ref-law>), ainsi que des directives de l'Office fédéral (<ref-law>). Sa décision doit être notifiée aux parties concernées, à savoir les entreprises de transport concessionnaires, la commune et le canton (<ref-law>). L'ordonnance prévoit encore notamment que la décision de détermination peut faire l'objet d'un recours auprès du Conseil fédéral, ce dernier statuant définitivement (<ref-law>).
4.
Dans l'arrêt entrepris, le Tribunal administratif fédéral a jugé que la décision de détermination attaquée devant lui pouvait faire l'objet d'un recours auprès du Conseil fédéral, conformément aux dispositions de la LGéo et de l'ONGéo et lui a transmis la cause comme objet de sa compétence. Sur cette base, et malgré les dispositions de la PA relatives au recours au Conseil fédéral qui ne prévoient pas le cas de figure de la fixation des noms de stations, il a exclu que la décision soit susceptible de recours auprès d'une autorité judiciaire.
Pour sa part, la recourante invoque essentiellement une violation de l'art. 29a Cst. garantissant l'accès au juge. Elle estime qu'en déclarant son recours irrecevable, le Tribunal administratif fédéral a violé cette disposition constitutionnelle et plus particulièrement que la procédure telle que prévue par la LGéo et l'ONGéo pour contester la fixation des noms de stations, notamment la compétence du Conseil fédéral en dernière instance, viole la garantie de l'accès au juge, ainsi que les art. 72 et 73 PA.
Le litige porte ainsi sur le point de savoir si le Tribunal administratif fédéral était fondé à déclarer irrecevable le recours contre la décision de détermination rendue le 22 novembre 2016 par l'Office fédéral, respectivement si cette décision d'irrecevabilité viole la garantie de l'accès au juge.
5.
5.1. Aux termes de l'art. 29a Cst., toute personne a droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire présentant les garanties requises par l'art. 30 al. 1 Cst. L'art. 29a Cst. étend donc le contrôle judiciaire en principe à toutes les contestations juridiques. Il s'agit en particulier de contestations portant sur les droits et les obligations de personnes (physiques ou morales; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 411; <ref-ruling> consid. 4.3 p.328 s. et les références citées). Le point de savoir si une collectivité publique peut invoquer l'art. 29a Cst. lorsqu'elle fait valoir une violation de son autonomie est généralement admis en doctrine (cf. HÄFELIN/HALLER/KELLER/THURNHERR, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 9 e éd. 2016, n° 846; BERNHARD WALDMANN, in Basler Kommentar, Bundesverfassung, Waldmann/ Belser/Epiney [éd.], 2015, n° 9 ad art. 29a Cst.; RHINOW ET AL., Öffentliches Prozessrecht, 3 e éd. 2014, n° 425; GIOVANNI BIAGGINI, Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 2007, n° 5 ad art. 29a Cst.; ESTHER TOPHINKE, Bedeutung der Rechtsweggarantie für die Anpassung der kantonalen Gesetzgebung, in ZBl 107/2006 p. 88, p. 92). Cette question a toutefois été laissée ouverte par le Tribunal fédéral (cf. arrêt 1C_33/2007 du 21 avril 2008 consid. 6.3). En l'occurrence, compte tenu de l'issue du litige (cf. consid. 7 ci-dessous), il n'y a pas non plus à y répondre dans la présente cause.
5.2. La Confédération et les cantons peuvent, par la loi, exclure l'accès au juge dans des cas exceptionnels (art. 29a phr. 2 Cst.; <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 180). Les cas exceptionnels visés par l'art. 29a phr. 2 Cst. concernent les décisions difficilement "justiciables", par exemple des actes gouvernementaux qui soulèvent essentiellement des questions politiques, qui ne se prêtent pas au contrôle du juge (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 446; Message du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle constitution fédérale, FF 1997 I 531 ch. 232 art. 25a).
5.3. Selon l'<ref-law>, le recours au Conseil fédéral est recevable contre les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires intéressant les relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal (let. a); les décisions rendues en première instance relatives à la composante "prestation" du salaire du personnel de la Confédération (let. b). L'<ref-law> dispose quant à lui que le recours au Conseil fédéral est recevable contre les décisions des départements et de la Chancellerie fédérale (let. a); des autorités de dernière instance des entreprises et établissements fédéraux autonomes (let. b); des autorités cantonales de dernière instance (let. c). En outre, l'art. 33 let. a et b LTAF (RS 173.32) prévoit une liste de cas dans lesquels le recours au Tribunal administratif fédéral est ouvert contre une décision du Conseil fédéral.
5.4. A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales, ce qui ne l'empêche pas d'en contrôler la constitutionnalité (" Anwendungsgebot und kein Prungsverbot "; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 358). Il peut procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens. L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 340 et les références citées).
5.5. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 397 et les références citées).
6.
6.1. En l'occurrence, on ne saurait admettre que les décisions relatives à la fixation, respectivement à la détermination des noms de stations ne sont pas justiciables. Leur contrôle est en effet relativement aisé, dès lors que l'<ref-law> pose de manière claire les principes régissant cette détermination. De plus, les directives de l'Office fédéral portant sur l'orthographe des noms de stations, auxquelles renvoie l'<ref-law> et qui doivent être prises en compte dans la détermination de l'Office fédéral (cf. <ref-law>), permettent également d'examiner l'exactitude des noms fixés par l'Office fédéral. Au demeurant, la décision fixant le nom d'une station ne soulève pas une question essentiellement politique, qui permettrait de déroger à la garantie constitutionnelle de l'accès au juge et qui ne doit trouver application que si l'aspect politique prévaut sans discussion (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 180). En conséquence, la décision de détermination ne constitue pas une cas exceptionnel dans lequel la Confédération peut exclure l'accès au juge en application de l'art. 29a phr. 2 Cst., si bien qu'à un moment dans la procédure, il existe un droit à ce que la cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial (art. 30 al. 1 Cst.).
6.2. L'art. 7 al. 2 LGéo donne la compétence au Conseil fédéral de se prononcer en dernière instance en cas de litige sur l'application de l'art. 7 al. 1 LGéo. Cette disposition ne laisse subsister aucun doute sur sa portée. Son texte est clair et sans équivoque, raison pour laquelle, il n'y a pas à lui chercher d'autres interprétations. On relèvera toutefois que l'al. 2 de l'art. 7 LGéo ne figurait ni dans le projet du Conseil fédéral (FF 2006 7477 ss), ni dans son message du 6 septembre 2006 accompagnant ce projet (FF 2006 7407 ss). Ce n'est que lors des débats parlementaires devant le Conseil des Etats (deuxième conseil) qu'il a été proposé par la Commission en charge du dossier (cf. BO 2007 CE 604). Les parlementaires Simon Epiney et Thomas Pfisterer, tous deux membres de la Commission, n'ont pas donné d'explications quant à cet ajout. Ils se sont uniquement exprimés quant à l'interprétation à donner à l'al. 1 de l'art. 7 LGéo et au contenu de l'avant-projet d'ordonnance découlant de la délégation figurant à cette disposition. Le Conseiller fédéral Samuel Schmid a quant à lui exclusivement confirmé l'interprétation donnée et relevé qu'une certaine coordination était nécessaire. Par la suite, le Conseil national a adopté cette modification sans autre discussion (cf. BO 2007 CN 1455). Aucune autre interprétation que celle ressortant clairement de la lettre de l'art. 7 al. 2 LGéo ne peut donc être donnée à cette disposition.
6.3. L'art. 7 al. 2 LGéo exclut donc expressément les décisions de détermination des noms de stations du contrôle judiciaire, puisqu'il institue le Conseil fédéral comme dernière instance de recours. Or, ces décisions ayant été considérées comme justiciables (cf. consid. 6.1 ci-dessus), l'art. 29a Cst. garantit à leurs destinataires l'accès à un juge. Il en découle que l'art. 7 al. 2 LGéo contrevient à la garantie constitutionnelle offerte par l'art. 29a Cst. Cette disposition est en outre également contraire à l'<ref-law>, qui prévoit de manière exhaustive les domaines du droit susceptibles de recours au Conseil fédéral et parmi lesquels ne figure pas la détermination de noms géographiques (cf. MARTIN SCHEYLI, in Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, Waldmann/Weissenberger [éd.], 2 e éd. 2016, n° 2 ad <ref-law>; MARINO LEBER, in VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahrent, Auer/Müller/Schindler [éd.], 2008, n° 3 ad <ref-law>).
6.4. Eu égard à l'art. 190 Cst. et malgré la conclusion qui précède, le Tribunal fédéral doit se contenter de signaler cette contrariété à la Constitution, faute d'interprétation de l'art. 7 al. 2 LGéo compatible avec celle-ci. Pour le reste, il est contraint d'assurer l'application de la loi fédérale inconstitutionnelle et ainsi de confirmer la décision d'irrecevabilité prononcée le 21 février 2017 par le Tribunal administratif fédéral. On ajoutera que la recourante ne se prévaut pas d'une disposition issue d'une convention internationale, telle la CEDH par exemple, qui permettrait au Tribunal fédéral d'écarter l'application d'une loi fédérale violant un droit fondamental garanti par cette convention (cf. <ref-ruling> consid. 3.5.3 p. 131; arrêt 4A_238/2011 du 4 janvier 2012 consid. 3.1.1).
On relèvera également que la disposition spéciale contenue à l'art. 7 LGéo est entrée en vigueur le 1 er juillet 2008, c'est-à-dire postérieurement aux dispositions générales des art. 29a Cst. (entrée en vigueur le 1 er janvier 2007) et 72 PA (dont la dernière modification est entrée en vigueur le 1 er janvier 2007 également). En l'absence de toute explication relative à l'adoption du texte de l'al. 2 de l'art. 7 LGéo, ce fait pourrait plaider en faveur d'une volonté du législateur d'exclure sciemment le domaine des noms géographiques de tout examen judiciaire, conformément à l'art. 29a phr. 2 Cst. On mentionnera tout de même que, compte tenu du caractère justiciable de la cause, une telle façon de procéder reste contraire à la Constitution. Il convient également d'attirer l'attention du législateur sur le fait que la nouvelle teneur de l'art. 7 al. 2 LGéo, telle que proposée par le Conseil fédéral dans le cadre de la modification de la LTF, prévoyant qu'en " cas de divergences d'opinion relatives à l'approbation ou à la détermination de noms géographiques, le département compétent statue définitivement " et que si " la divergence oppose des départements, le Conseil fédéral statue ", ne semble a priori pas non plus respecter l'art. 29a Cst. (cf. avant-projet de modification de la LTF soumis à la consultation du 4 novembre 2015, annexe ch. 11). Cette question peut cependant rester indécise car hors objet de la contestation (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156).
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. La recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, à l'Office fédéral de la justice et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 12 septembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette