Faits :
A.
Par jugement du 27 janvier 2011, le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève a notamment autorisé les époux A._ et B.A._ à vivre séparés et a attribué à la mère la garde des deux filles issues du mariage des parties, C._, née en 1999, et D._, née en 2001.
B.
Par courrier du 8 janvier 2016 adressé à la mère, le Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi) a prononcé une "clause-péril" et a ainsi provisoirement retiré à la mère le droit de déterminer le lieu de résidence de sa fille aînée, ainsi que sa garde de fait. Le SPMi s'opposait en outre à toute relation personnelle entre C._ et sa mère. Le SPMi a prononcé cette mesure urgente à la suite d'un retour de droit de visite des filles auprès de leur père, le 30 décembre 2015, qui s'est mal passé, en sorte que la fille aînée était finalement restée depuis lors chez son père. Entendue par le SPMi le 7 janvier 2016, C._ aurait décrit une situation tendue chez sa mère, avec de fréquentes disputes et insultes. Elle aurait indiqué ne plus avoir subi de violences physiques depuis 2014, exception faite d'un coup de ceinture quelques mois auparavant.
B.a. Le 19 janvier 2016, le SPMi a sollicité du Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant (ci-après : TPAE) qu'il ratifie la "clause-péril" et qu'il retire la garde de fait de C._ à la mère, l'adolescente devant être placée chez son père.
Le TPAE a tenu une audience le 1 er février 2016, au cours de laquelle, la mère a déclaré ne pas s'opposer à la ratification de la "clause-péril" et a donné son accord au transfert au père de la garde de sa fille aînée, jusqu'à ce que le Tribunal civil saisi de la séparation des époux statue sur cette question.
B.b. Par ordonnance du 1 er février 2016, le TPAE a ratifié la "clause-péril" prononcée le 8 janvier 2016 et, statuant sur mesures provisionnelles, donné acte à la mère de son accord quant au transfert de la garde de C._ à son père.
La mère a formé recours contre cette décision le 15 février 2016, concluant à ce que la ratification de la "clause-péril" soit refusée et, subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée au TPAE, celui-ci devant être enjoint d'entendre les deux filles et le psychiatre-psychothérapeute de sa fille aînée. Elle affirmait qu'elle n'était pas d'accord que la "clause-péril" soit ratifiée, mais avait fini par admettre que si cela était préférable pour sa fille et correspondait à ce que celle-ci souhaitait, il fallait qu'elle vive chez son père. Elle soutenait toutefois que la "clause-péril" était infondée et abusive et que le procès-verbal de l'audience devant le TPAE ne reflétait pas exactement ses dires.
Le Juge délégué de la Chambre de surveillance a tenu une audience le 21 mars 2016. A l'issue de cette audience, la cause a été gardée à juger.
B.c. Par décision du 2 mai 2016, communiquée aux parties le 3 mai 2016, la Chambre de surveillance de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours du 15 février 2015 de la mère.
C.
Par acte du 3 juin 2016, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de la décision déférée en tant qu'elle déclare irrecevable son recours du 15 février 2016 et à sa réforme en ce sens que la ratification de la "clause-péril" prise le 8 janvier 2016 est refusée, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt entrepris, qui a pour objet l'irrecevabilité du recours formé par la mère contre une décision de ratification d'une "clause-péril" et de retrait, à titre provisionnel par le TPAE, de la garde de fait d'un enfant d'époux vivant séparés, est une décision prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 6 LTF; arrêts 5A_198/2016 du 12 juillet 2016 consid. 1 et 5A_782/2013 du 9 décembre 2013 consid. 1). La question soumise au Tribunal fédéral, qui concerne la ratification de la "clause-péril" retirant la garde de fait à la mère, est de nature non pécuniaire (arrêts 5A_366/2010 du 4 janvier 2011 consid. 1.1; 5D_41/2007 du 27 novembre 2007 consid. 2.3). Par ailleurs, le recours a été interjeté dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, contre une décision finale (<ref-law>), rendue sur recours par une autorité supérieure (art. 75 al. 1 et 2 LTF). Le recours en matière civile est donc recevable au regard des dispositions qui précèdent.
1.2. Pour le surplus, la recevabilité du recours en matière civile suppose que le recourant ait pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou ait été privé de la possibilité de le faire (<ref-law>) et soit particulièrement touché par la décision attaquée et ait un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (<ref-law>). La partie recourante doit ainsi prétendre que l'arrêt attaqué viole une norme dont le but est de protéger ses intérêts et qui, par conséquent, lui accorde un droit subjectif (arrêt 5A_866/2009 du 8 mai 2009 consid. 2.1). En l'occurrence, la recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>), et, dès lors qu'elle s'en prend à une décision cantonale déclarant son recours irrecevable - faute d'intérêt au recours -, elle jouit d'un intérêt juridique à recourir dans la mesure où elle entend faire valoir la violation de ses droits procéduraux (<ref-law>).
2.
2.1. La décision portant sur la ratification ou non d'une "clause-péril" et sur le transfert, à titre de mesures provisionnelles, de la garde d'un enfant pour la durée de la procédure devant le Tribunal civil saisi de la séparation des époux, constitue, de par sa nature, des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5; arrêts 5A_198/2016 du 12 juillet 2016 consid. 2; 5A_36/2015 du 2 avril 2015 consid. 2). Dans le cas d'un recours dirigé contre une décision portant sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité, seule la violation des droits constitutionnels pouvant être dénoncée. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée ("principe d'allégation"; <ref-ruling> consid. 3.2 et les références; arrêt 5A_878/2014 du 17 juin 2015 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>).
La recourante ayant manifestement méconnu la nature de la décision attaquée, outre un grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) - a priori recevable -, elle soulève les griefs de violation de l'art. 36 al. 2 et 38 let. a LaCC, de l'<ref-law>, ainsi que de l'art. 36 al. 4 LaCC. La violation du droit cantonal et fédéral de rang infraconstitutionnel n'étant pas recevable dans le cadre d'un recours soumis, comme en l'espèce, à l'<ref-law> ( cf. supra), les griefs précités tirés de la violation de la LaCC et du CC sont donc d'emblée irrecevables.
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de fait ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 8.1; <ref-ruling> consid. 1.5, 397 consid. 1.5) - et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend se plaindre d'un établissement manifestement inexact - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.) - des faits doit satisfaire au "principe d'allégation" ( cf. supra consid. 2.1).
Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 2.1), de même que les faits et pièces postérieurs à l'arrêt entrepris (ATF <ref-ruling> consid. 2.1).
Il s'ensuit que les faits relatés par la recourante concernant les échanges entre le doyen de l'école fréquentée par sa fille aînée, son conseil et le SPMi postérieurement à l'audience du 21 mars 2016, singulièrement l'explication téléphonique du 13 mai 2016 au doyen de l'école, qualifiés de "vrai[s] nova" recevables par la recourante, sont en réalité des faits postérieurs à la décision dont est recours et sont donc d'emblée irrecevables (<ref-law>). Pour le surplus, les faits relatés par la mère dans son recours font l'objet d'une critique sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.), qui sera traitée ci-après ( cf. infra consid. 4).
3.
Au vu des conclusions, le recours a uniquement pour objet la ratification de la "clause-péril", dès lors que la mère n'a pas remis en cause le transfert, à titre provisionnel, de la garde de leur fille aînée au père.
La mère n'avait déjà pas remis en cause le transfert, à titre provisionnel, de la garde de C._ au père, devant l'autorité cantonale de recours. S'agissant de la "clause-péril", la Chambre de surveillance de la Cour de justice a estimé que le prononcé d'une telle clause, le 8 janvier 2016 était douteux, observant que la véracité des allégations de la fille concernant les violences physiques qu'elle prétendait avoir subies n'était pas établie, que, même si la jeune fille avait effectivement reçu par le passé des coups de sa mère, tel n'était plus le cas depuis plusieurs années, sous réserve d'un épisode isolé hypothétique, et que la fille ne se trouvait plus en situation de danger dès lors qu'elle s'était réfugiée chez son père. La cour cantonale a cependant jugé que le bien-fondé de la "clause-péril" pouvait rester ouverte, car l'intérêt à recourir de la mère devait être nié. Les juges précédents ont relevé que la mère avait acquiescé au transfert provisionnel de la garde de l'enfant au père et n'avait pas recouru contre ce point, en sorte que, même s'il fallait admettre que la "clause-péril" avait été prononcée à tort, ils ne seraient de toute manière pas en mesure de modifier la situation, à savoir retransférer la garde de l'adolescente à sa mère, faute de conclusion en ce sens.
4.
Dans sa seule critique recevable ( cf. supra consid. 2.1), la recourante se plaint de l'établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), exposant que la décision attaquée considère, de manière manifestement erronée, comme établi qu'elle ne s'était pas opposée à la ratification de la "clause-péril", d'une part, et que sa fille avait reçu des coups par le passé, d'autre part.
4.1. Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law> ( cf. supra consid. 2.1), la partie recourante qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que si elle démontre la violation de droits constitutionnels, conformément au "principe d'allégation" ( cf. supra consid. 2.1); les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquent pas directement (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat : le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision (<ref-ruling> consid. 1.2.2; arrêts 5A_528/2011 du 26 janvier 2012 consid. 2.1; 5A_475/2011 du 12 décembre 2011 consid. 2.2). Le recourant doit, sous peine d'irrecevabilité de sa critique, indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable ( cf. supra consid. 2.1; <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2 et 1.4.3; <ref-ruling> consid. 1.3).
4.2. En l'occurrence, l'exposé de la recourante ne démontre nullement la pertinence des éléments factuels précités sur le sort du litige, en particulier sur la décision d'irrecevabilité de son recours cantonal, faute d'intérêt audit recours ( cf. supra consid. 3 in fine). Les constatations de fait alléguées ont trait à la ratification de la "clause-péril", laquelle n'a finalement pas été tranchée, étant de surcroît précisé que cette clause ne déploie plus d'effet en tant que telle, dès lors que le transfert de la garde, ordonné à titre de mesure provisionnelle par le TPAE, lui a succédé. La critique relative à l'établissement des faits ne satisfait pas aux exigences de motivation (<ref-law>; cf. supra consid. 2 et 4.1), de sorte qu'elle est d'emblée irrecevable.
5.
En définitive, le recours doit être déclaré irrecevable. Les frais sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer une indemnité de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à déposer des observations.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Service de protection des mineurs et à la Chambre de surveillance de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 septembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin