Faits :
A.
Par jugement du 8 février 2016, X._ a été reconnu coupable de lésions corporelles graves par négligence et condamné à une peine pécuniaire de 30 jours-amende avec sursis pendant deux ans, le montant du jour-amende étant fixé à 100 fr., peine complémentaire à celle prononcée le 26 mars 2014 par le Ministère public du Jura.
B.
Le 15 novembre 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a rejeté le recours de X._. Ce jugement se fonde en substance sur les faits suivants.
Le 17 juillet 2013, dans le cadre d'un chantier à B._, X._ et son aide-charpentier A._, engagé une dizaine de semaines plus tôt, ont déchargé des fermes de charpente d'un camion. Ils ont ensuite transporté les fermes vers la maison en construction. Pour ce faire, X._ a utilisé un Manitou qu'il avait emprunté à un agriculteur. Il était aux commandes de l'engin tandis qu'A._ était chargé d'accrocher, avec une sangle, les fermes à une fourche du Manitou. Le premier transport, effectué avec une seule ferme, s'était passé sans encombre. Pour le second voyage, comme la sangle n'avait pas été accrochée au centre de gravité, la charge n'était pas équilibrée et il a fallu reposer les fermes. Alors qu'A._ tentait de déplacer la sangle avec une latte, les fermes sont tombées sur ses jambes, le blessant grièvement.
Le 6 mai 2014, le Service des arts et métiers et du travail (SAMT), chargé de faire un rapport sur l'accident, a constaté que plusieurs normes techniques n'avaient pas été respectées par X._.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement du 15 novembre 2016 et à sa libération de la prévention de lésions corporelles graves par négligence, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement dans le sens des considérants.

Considérant en droit :
1.
Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu qu'il avait violé ses devoirs de prudence.
1.1.
1.1.1. L'<ref-law> réprime le comportement de celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé. La réalisation de l'infraction à l'<ref-law> suppose la réunion de trois conditions: une négligence commise par l'auteur, une lésion corporelle grave subie par la victime et un lien de causalité naturelle et adéquate entre la négligence et la lésion.
Agit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, commet un crime ou un délit sans se rendre compte des conséquences de son acte ou sans en tenir compte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (<ref-law>).
Deux conditions doivent être remplies pour qu'il y ait négligence. En premier lieu, il faut que l'auteur ait violé les règles de la prudence, c'est-à-dire le devoir général de diligence institué par la loi pénale, qui interdit de mettre en danger les biens d'autrui pénalement protégés contre les atteintes involontaires. Un comportement dépassant les limites du risque admissible viole le devoir de prudence s'il apparaît qu'au moment des faits, son auteur aurait dû, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 79). Pour déterminer le contenu du devoir de prudence, il faut se demander si une personne raisonnable dans la même situation et avec les mêmes aptitudes que l'auteur aurait pu prévoir, dans les grandes lignes, le déroulement des événements et, le cas échéant, quelles mesures elle pouvait prendre pour éviter la survenance du résultat dommageable. Lorsque des prescriptions légales ou administratives ont été édictées dans un but de prévention des accidents, ou lorsque des règles analogues émanant d'associations spécialisées sont généralement reconnues, leur violation fait présumer la violation du devoir général de prudence. En second lieu, pour qu'il y ait négligence, il faut que la violation du devoir de prudence soit fautive, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, une inattention ou un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 et les références citées).
L'infraction de lésions corporelles par négligence suppose en règle générale un comportement actif. Elle peut toutefois aussi être commise par un comportement passif contraire à une obligation d'agir (<ref-law>). Reste passif en violation d'une obligation d'agir celui qui n'empêche pas la mise en danger ou la lésion d'un bien juridique protégé par la loi pénale bien qu'il y soit tenu à raison de sa situation juridique. L'<ref-law> énumère plusieurs sources pouvant fonder une position de garant, à savoir la loi, un contrat, une communauté de risques librement consentie ou la création d'un risque. N'importe quelle obligation juridique ne suffit pas. Il faut qu'elle ait découlé d'une position de garant, c'est-à-dire que l'auteur se soit trouvé dans une situation qui l'obligeait à ce point à protéger un bien déterminé contre des dangers indéterminés (devoir de protection), ou à empêcher la réalisation de risques connus auxquels des biens indéterminés étaient exposés (devoir de surveillance), que son omission peut être assimilée au fait de provoquer le résultat par un comportement actif (cf. art. 11 al. 2 et 3 CP; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 251 s.; <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 259 s. et les références citées).
1.1.2. Selon l'art. 3 de l'Ordonnance du 19 décembre 1983 sur la prévention des accidents et des maladies professionnelles (OPA; RS 832.30), l'employeur est tenu, pour assurer et améliorer la sécurité au travail, de prendre toutes les dispositions et mesures de protection qui répondent aux prescriptions de la présente ordonnance, aux autres dispositions sur la sécurité au travail applicables à son entreprise et aux règles reconnues en matière de technique de sécurité et de médecine du travail. L'art. 3 de l'Ordonnance du 29 juin 2005 sur les travaux de construction (OTConst; RS 832.311.141) prescrit que les travaux de construction doivent être planifiés de façon que le risque d'accident professionnel, de maladie professionnelle ou d'atteinte à la santé soit aussi faible que possible et que les mesures de sécurité nécessaires puissent être respectées, en particulier lors de l'utilisation d'équipements de travail. Selon les art. 41 OPA et 6 de l'Ordonnance du 27 septembre 1999 sur les conditions de sécurité régissant l'utilisation des grues (Ordonnance sur les grues; RS 832.312.15), les objets et matériaux doivent être transportés et entreposés de façon qu'ils ne puissent pas se renverser, tomber ou glisser et par là constituer un danger. Des équipements de travail appropriés doivent être mis à disposition et utilisés pour lever, porter et déplacer des charges lourdes ou encombrantes, de telle sorte que la manipulation ne porte pas atteinte à la sécurité ou à la santé.
L'employeur doit veiller à ce que tous les travailleurs occupés dans son entreprise soient informés de manière suffisante et appropriée des risques auxquels ils sont exposés dans l'exercice de leur activité et instruits des mesures de sécurité au travail (art. 6 et 41 al. 2 bis OPA; <ref-law>). Conformément à l'art. 7 al. 1 OPA, lorsque l'employeur confie à un travailleur certaines tâches relatives à la sécurité au travail, il doit le former de manière appropriée, parfaire sa formation et lui donner des compétences précises et des instructions claires. Selon la directive «d'Appel à des médecins et autres spécialistes de la sécurité au travail» (MSST) édictée par la Commission fédérale de coordination pour la sécurité du travail, les travaux de construction réalisés sur un chantier doivent être considérés comme des travaux exposés à des dangers particuliers et tombent sous le coup de l'art. 8 OPA ainsi que de l'art. 6 de l'Ordonnance sur les grues et des directives de la SUVA (les dix règles vitales pour la branche de la construction au moyen d'éléments en bois, règle n° 6). Ces articles disposent que l'employeur ne confie des travaux comportant de tels dangers qu'à des travailleurs ayant été formés spécialement à cet effet et, lorsque le travail porte sur le déplacement et le transport de charges avec différents moyens de levage, la formation doit porter sur l'élingage et le déplacement de charges.
1.1.3. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 308 s.). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.2. L'autorité précédente a considéré que le recourant ne s'était pas assuré que l'intimé, simple manoeuvre sans formation professionnelle, qui n'avait jamais auparavant déplacé des fermes de charpente d'une telle dimension, disposât de la formation nécessaire pour effectuer le travail qu'il lui avait confié.
En outre, en se fondant notamment sur le rapport du SAMT, la cour cantonale a retenu que les travaux avaient été entrepris sans réflexion préalable quant à leur déroulement ou quant aux risques encourus et aux moyens de les éviter. Ainsi, les fermes avaient été déchargées du camion, pour être posées sur le sol avant d'être immédiatement reprises pour être transportées à proximité immédiate du chantier, ce qui avait occasionné des doubles manipulations qui auraient dû être évitées pour minimiser les risques. Le recourant s'était contenté de dire à l'intimé de passer une sangle autour des fermes et de l'accrocher à la fourche du Manitou sans mentionner les dangers potentiels, ni lui donner d'indications sur la manière de faire, sous réserve qu'il pouvait être admis qu'il lui avait dit de se tenir à l'extrémité des fermes. Or conformément à l'<ref-law>, l'instruction, ainsi que la planification, devaient être données avant le début des travaux pour être efficaces, empêcher les manoeuvres inadéquates, faire respecter les mesures de sécurité et éviter la survenance d'accidents. De plus, il découlait du rapport du SAMT que l'utilisation d'un Manitou pour transporter des fermes, alors que celui-ci servait exclusivement à la manutention de balles ou de palettes, était contraire aux prescriptions légales sur le transport de matériaux. En effet, cet engin ne permettait pas d'assurer l'équilibre et la stabilité de la charge transportée. Pour le travail à accomplir, l'utilisation d'un crochet autobloquant avec linguet de sécurité était ainsi recommandé. L'équipement de travail était inapproprié, ne répondait pas à l'état de la technique selon les art. 82 de la loi du 20 septembre 1981 sur l'assurance-accidents (LAA; RS 832.20) et 3 OPA et présentait un risque évident d'accident. En outre, la conduite d'un chariot élévateur constituait un travail dangereux au sens de l'art. 8 al. 1 OPA, qui nécessitait une formation correspondante conformément à l'art. 82 al. 2LAA. Or le recourant ne disposait pas du permis de cariste autorisant la conduite d'un tel engin. Il avait, de cette façon également, violé son devoir de prudence et favorisé la survenance d'un danger qui était, au demeurant, évitable.
Enfin, il ressortait des déclarations des parties que le recourant n'avait plus fait attention à ce que faisait son employé lorsque lui-même était descendu du Manitou. Compte tenu du bruit du moteur du Manitou, l'intimé n'avait certainement pas entendu le recourant lui demandant d'attendre alors qu'il incombait au recourant de s'en assurer en stoppant toute manoeuvre pendant quelques instants et en surveillant que l'intimé restait bien à l'extrémité des fermes et qu'il n'essayait pas de redresser manuellement celles-ci.
Pour ces motifs, force était d'admettre que le recourant n'avait pas satisfait à ses obligations de choisir, d'instruire, et de surveiller correctement son collaborateur. Il avait ainsi violé son devoir de diligence.
1.3. Le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu qu'il avait engagé l'intimé à l'issue de son placement par l'Office régional de placement du canton du Jura parce que son travail était satisfaisant et que l'intimé était suffisamment formé pour exécuter le travail qui lui était demandé aussi longtemps que le recourant lui indiquait en principe la manière de procéder et le surveillait. Il soutient que le déroulement des opérations était connu de l'intimé et qu'il était le même qu'avec le transport de fermes plus petites dont il s'était déjà chargé. La double manipulation des fermes était par ailleurs inévitable et l'emploi d'un Manitou pour procéder aux travaux en cause largement répandu dans le milieu. La cour cantonale aurait dû constater que le travail avait été interrompu au moment où les fermes étaient déséquilibrées et que le recourant avait demandé à l'intimé d'attendre. Enfin, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu que le bruit du Manitou avait couvert l'instruction donnée à l'intimé de se placer à l'extrémité des fermes et de ne plus bouger lorsque les fermes avaient été déséquilibrées.
1.3.1. Par cette critique, le recourant se borne essentiellement à opposer son appréciation des faits à celle de la cour cantonale, sans toutefois en démontrer le caractère arbitraire. Il en va notamment ainsi lorsqu'il soutient qu'une double manipulation des fermes était nécessaire ou encore que l'emploi d'un Manitou n'était pas risqué, alors que le contraire ressort du rapport du SAMT repris dans le jugement attaqué; il en va de même lorsqu'il se contente d'affirmer, en se référant à ses propres déclarations, qu'il avait suffisamment formé l'intimé pour l'exécution du travail en question. Son grief d'arbitraire dans l'établissement des faits repose ainsi sur une motivation largement appellatoire (consid. 1.1.3 supra). Il est, partant, irrecevable.
1.3.2. Au reste, le recourant ne soutient pas qu'il avait informé l'intimé des risques de la manoeuvre dont il était chargé, ou encore que l'intimé en aurait eu connaissance autrement. Dès lors, peu importe que l'intimé ait connu le déroulement prévu des opérations ou qu'il ait déjà transporté des fermes plus petites; dans la mesure où il ignorait les dangers potentiels de la manoeuvre et la manière de procéder pour les éviter, cela suffit déjà à admettre, au regard des prescriptions légales et administratives applicables (cf. consid. 1.1.2 supra), que le choix du collaborateur pour effectuer cette tâche était imprudent, respectivement que le collaborateur en question n'avait pas été suffisamment instruit. Par ailleurs, il n'est pas déterminant de savoir si le bruit du Manitou a empêché l'intimé d'entendre les instructions du recourant. En effet, selon l'<ref-law>, le recourant aurait dû instruire l'intimé avant le début du travail en question. En outre, comme la cour cantonale l'a retenu, le recourant aurait dû s'assurer que l'intimé avait entendu, respectivement compris les instructions données, et qu'il les avait correctement interprétées; or il n'avait ensuite plus fait attention à ce que faisait son employé lorsque lui-même était descendu du Manitou.
Ainsi, fondée sur l'état de fait du jugement attaqué, dont le caractère insoutenable n'a pas été démontré, la cour cantonale pouvait conclure à une violation des devoirs de prudence au sens de l'<ref-law>. Pour le surplus, le recourant ne discute pas le caractère fautif de cette violation.
2.
Le recourant conteste l'existence d'un lien de causalité entre la violation des devoirs de prudence et les lésions corporelles graves subies par l'intimé.
2.1. Il doit exister un rapport de causalité entre la violation fautive du devoir de prudence et les lésions de la victime. En cas de violation du devoir de prudence par omission, il faut procéder par hypothèse et se demander si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance du résultat qui s'est produit, pour des raisons en rapport avec le but protecteur de la règle de prudence violée. Pour l'analyse des conséquences de l'acte supposé, il faut appliquer les concepts généraux de la causalité naturelle et de la causalité adéquate (<ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 265). L'existence de cette causalité dite hypothétique suppose une très grande vraisemblance; autrement dit, elle n'est réalisée que lorsque l'acte attendu ne peut pas être inséré intellectuellement dans le raisonnement sans en exclure, très vraisemblablement, le résultat (<ref-ruling> consid. 4a p. 185; arrêt 6B_315/2016 du 1er novembre 2016 consid. 5). La causalité adéquate est ainsi exclue lorsque l'acte attendu n'aurait vraisemblablement pas empêché la survenance du résultat ou lorsqu'il serait simplement possible qu'il l'eût empêché (arrêts 6B_315/2016 du 1er novembre 2016 consid. 5; 6B_1165/2015 du 20 avril 2016 consid. 2.2.1 et les références citées). Il y a rupture de ce lien de causalité adéquate, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante - par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou celui d'un tiers - propre au cas d'espèce constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait pas s'y attendre. Cependant, cette imprévisibilité de l'acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le lien de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à amener celui-ci, notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 168 et les références citées).
2.2. Le recourant affirme que le fait d'avoir utilisé un Manitou pour entreprendre le déplacement des fermes n'est pas la cause de l'accident. Appellatoire, cette critique de fait est irrecevable (consid. 1.1.3 ci-dessus). Au demeurant, la cour cantonale a expliqué, en se référant au rapport du SAMT, que l'outil de levage utilisé ne correspondait manifestement pas à la technique qu'il eût fallu mettre en oeuvre. Il existait en effet un risque évident que les fermes transportées avec un Manitou ne glissent quelle que soit la position des fourches, vu que cet engin ne permettait pas d'assurer l'équilibre et la stabilité de la charge transportée et que le recourant n'avait pas utilisé de crochet autobloquant. Partant, il n'était pas arbitraire de retenir que l'usage d'un équipement inapproprié était en lien de causalité naturelle avec le déséquilibre des fermes et leur chute sur les jambes de l'intimé.
2.3. Le recourant soutient que le comportement de l'intimé consistant à se rendre sous les fermes et à tenter de remettre la sangle en place était imprévisible compte tenu des instructions données et reléguait au second plan toute éventuelle négligence de sa part.
En se servant d'un engin inapproprié pour le transport des fermes, et en ne mettant pas en place un système de blocage de la sangle permettant d'éviter que celles-ci ne glissent sur la fourche du Manitou et s'en détachent, le recourant n'a pas respecté des règles de prudence qui auraient évité, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, la survenance du résultat tel qu'il s'est produit. Même à admettre, comme le recourant le soutient, que l'intimé a provoqué la chute des charges en tentant de les rééquilibrer - ce qui n'est pas établi -, cela ne relègue pas au second plan la négligence du recourant dans le choix de l'équipement utilisé pour l'opération. En outre, que l'intimé se soit trouvé sous les fermes plutôt qu'à l'extrémité de celles-ci au moment où elles sont tombées ne revêt pas un caractère extraordinaire, insensé ou extravagant; en effet, l'intimé n'avait pas été instruit au préalable sur les dangers de la manoeuvre et les comportements à éviter, alors que le recourant savait qu'il ne disposait d'aucune formation spécifique. La survenance de l'accident lié au déséquilibre de la charge démontrait également que le recourant n'avait pas surveillé son employé avec l'attention nécessaire car il n'avait pas vérifié, au moment où le risque d'accident devenait plus concret, que ses instructions étaient comprises et suivies d'effet. Il découle de ce qui précède que le lien de causalité adéquate entre les prescriptions de sécurité violées par le recourant et la survenance de l'accident n'a pas été rompu par un acte concurrent imprévisible. Le grief est mal fondé.
2.4. La condamnation du recourant pour l'infraction de l'<ref-law> ne viole pas le droit fédéral. Le recourant ne conteste pas, au surplus, les autres conditions d'application de la norme, en particulier concernant sa position de garant et l'existence de lésions corporelles graves.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 3 octobre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy