Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität führt eine Strafuntersuchung gegen C._ wegen Konkurs- bzw. Betreibungsdelikten und weiteren Straftaten. Der Beschuldigte ist (zusammen mit einer weiteren Person) Stiftungsrat der Familienstiftung A._ (nachfolgend: Stiftung). Am 18. Februar 2015 verfügte die Staatsanwaltschaft die Sperre eines Kontos der Stiftung. Am 21. April 2015 wurden ausserdem zwei Inhaberschuldbriefe und sechs Aktienzertifikate beschlagnahmt.
B.
Am 18. Mai 2015 erhob die Stiftung gegen die Beschlagnahmen Beschwerde beim Obergericht des Kantons Thurgau. Sie beantragte die Aufhebung der Beschlagnahmen; eventualiter sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, "von Fall zu Fall auf Antrag des Stiftungsrates gewisse Beträge einzeln freizugeben" (kantonales Verfahren SW.2015.71).
C.
Am 15. Juni 2015 beantragte die Stiftung im hängigen Beschwerdeverfahren, die Beschwerde (SW.2015.71) sei mit einem anderen Verfahren (SW.2015.64) zu vereinigen. Ausserdem beantragte die Stiftung, das Obergericht habe für sie einen Rechtsvertreter zu bestimmen, sofern die Staatsanwaltschaft das Gesuch der Stiftung um Kostengutsprache für einen durch die Staatsanwaltschaft zu bestellenden Rechtsvertreter nicht bewilligen sollte, und das Beschwerdeverfahren (SW.2015.71) sei bis zur Bestellung eines Rechtsvertreters zu sistieren.
D.
Am 24. Juni 2015 stellte das Vizepräsidium des Obergerichtes fest, der Antrag der Stiftung vom 15. Juni 2015, die Verfahren SW.2015.71 und SW.2015.64 seien zu vereinigen, sei gegenstandslos geworden, nachdem das letztere Verfahren mit Nichteintretensentscheid des Obergerichtes vom 18./19. Juni 2015 erledigt worden sei.
E.
Am 25. Juni 2015 wies die Staatsanwaltschaft das Gesuch der Stiftung um Kostengutsprache für eine Rechtsvertretung von vorerst Fr. 5'000.-- zulasten des gesperrten Kontos (im Verfahren SW.2015.71) sinngemäss ab.
F.
Gegen die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 25. Juni 2015 erhob die Stiftung am 12. Juli 2015 Beschwerde beim Obergericht (Verfahren SW.2015.92). Gleichzeitig beantragte sie, das Beschwerdeverfahren in der Beschlagnahmesache selber (SW.2015.71) sei bis zum Entscheid über die separate Beschwerde betreffend Kostengutsprache bzw. Bestellung eines Rechtsvertreters zu sistieren. Die Staatsanwaltschaft stellte (im Verfahren SW.2015.92) unter anderem den Antrag, die Verfahren SW.2015.71 und SW.2015.92 seien zu vereinigen.
G.
Am 8. Oktober 2015 entschied das Obergericht des Kantons Thurgau im Verfahren SW.2015.92 wie folgt: Es wies den Antrag der Staatsanwaltschaft auf Vereinigung der Verfahren SW.2015.71 und SW.2015.92 ab (Dispositiv Ziffer 1). Die Beschwerde der Stiftung vom 12. Juli 2015 (betreffend Kostengutsprache bzw. Bestellung eines Rechtsvertreters im Verfahren SW.2015.71) wies es ab, soweit es darauf eintrat (Dispositiv Ziffer 2). Die Verfahrensgebühr von Fr. 1'500.-- (für das Verfahren SW.2015.92) legte das Obergericht der Stiftung auf (Dispositiv Ziffer 3).
H.
Gegen den Entscheid des Obergerichtes vom 8. Oktober 2015 (SW.2015.92) gelangte die Stiftung am 21. November 2015 an das Bundesgericht. Mit Urteil vom 14. Juli 2016 hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut. Es hob den obergerichtlichen Entscheid vom 8. Oktober 2015 auf und verfügte auf dem gesperrten Konto die Freigabe von Fr. 5'000.-- an die Stiftung zur Gewährleistung eines Honorarvorschusses für ihre private Rechtsvertretung im Verfahren SW.2015.71 (bundesgerichtliches Verfahren 1B_410/2015).
I.
Am 12. Januar 2017 wies das Obergericht des Kantons Thurgau im noch hängigen Verfahren SW.2015.71 die Beschwerde vom 18. Mai 2015 kostenfällig ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war.
J.
Dagegen gelangte die Stiftung mit Beschwerde vom 3. April 2017 erneut an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Herausgabe des noch beschlagnahmten Inhaberschuldbriefs und der sechs beschlagnahmten Aktienzertifikate sowie die Aufhebung der Kontensperre (Verfahren 1B_132/2017).
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft beantragen mit Stellungnahmen vom 18. bzw. 26. April 2017 je die Abweisung der Beschwerde. Der Beschuldigte beantragt deren Gutheissung, während von der ebenfalls verfahrensbeteiligten B._ AG innert angesetzter Frist keine Vernehmlassung eingetroffen ist. Die Beschwerdeführerin replizierte (innert erstreckter Frist) am 31. Mai 2017. Die Staatsanwaltschaft hat am 16. Juni 2017 auf eine weitere Stellungnahme ausdrücklich verzichtet. Vom Obergericht und den übrigen Verfahrensbeteiligten sind innert der angesetzten (fakultativen) Frist ebenfalls keine Vernehmlassungen eingegangen.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2.
Die Beschwerdeführerin bestreitet zunächst den hinreichenden Tatverdacht einer Straftat. In diesem Zusammenhang wirft sie der Vorinstanz willkürliche Tatsachenfeststellungen vor. Der angefochtene Entscheid verletze insofern <ref-law> bzw. <ref-law>.
2.1. Zwangsmassnahmen können nur ergriffen werden, wenn ein hinreichender Tatverdacht vorliegt (<ref-law>). Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das für die Beurteilung von Zwangsmassnahmen im Vorverfahren zuständige Gericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet die beschuldigte (oder eine von Zwangsmassnahmen betroffene andere) Person den Tatverdacht, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung der beschuldigten Person an dieser Tat vorliegen, die Strafbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Hinweise auf eine strafbare Handlung müssen erheblich und konkreter Natur sein, um einen hinreichenden Tatverdacht begründen zu können (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 90; <ref-ruling> E. 3.2 S. 126). Auch über die gerichtliche Verwertbarkeit von Beweismitteln ist in der Regel noch nicht im Untersuchungsverfahren abschliessend zu entscheiden (<ref-ruling> E. 1 S. 291 f. mit Hinweisen). Zur Frage des Tatverdachtes bzw. zur Schuldfrage hat das Bundesgericht weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 126 f.).
2.2. <ref-law> gelangt bei strafprozessualen Zwangsmassnahmen nicht zur Anwendung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 189; <ref-ruling> E. 2 S. 125; 340 E. 2.4 S. 346). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f.).
2.3. Die Vorinstanz erwägt zur Frage des Tatverdachtes Folgendes:
Nach den Darlegungen der Staatsanwaltschaft sei der Beschuldigte seit vielen Jahren mit einigen Millionen Franken verschuldet und mehrfach betrieben worden, woraus diverse Verlustscheine resultiert hätten. In den seit dem Jahr 2000 erfolgten Pfändungseinvernahmen habe er jeweils kein pfändbares Vermögen deklariert. In Wahrheit habe er aber über solches verfügt und gegenüber dem Betreibungsamt verschwiegen. Einen Grossteil seiner Aktiven habe er verschleiert, indem er ein undurchsichtiges Konstrukt von Gesellschaften bzw. juristischen Personen errichtet habe, die von ihm beherrscht worden seien. Zu den betreffenden juristischen Personen gehöre auch die Beschwerdeführerin.
Der Beschuldigte habe seinen Lebensunterhalt weitestgehend aus diesem Firmenkonstrukt erwirtschaftet. Mangels Buchführung und Steuererklärungen sei nicht ersichtlich, in welchem Umfang er sich (namentlich über viele Barbezüge) Gelder habe zufliessen lassen. Die innerhalb des Konstrukts (und zwischen diesem und dem Beschuldigten) erfolgten Vermögensverschiebungen seien zu einem erheblichen Teil wirtschaftlich nicht nachvollziehbar. Bei der Beschwerdeführerin handle es sich nur vordergründig um eine Familienstiftung. Nach den bisherigen Ermittlungsergebnissen habe der (bereits damals massiv überschuldete) Beschuldigte die Stiftung nur errichtet und verwaltet, um seinen Gläubigern Haftungssubstrat zu entziehen. Er sei auch der einzige gewesen, der ihr überhaupt Vermögen gewidmet habe. Mangels Buchführung, Jahresabschlüssen und Steuererklärungen habe nur er (als Zuwender und Stiftungsrat) die Übersicht über die Vermögensverhältnisse der Beschwerdeführerin gehabt. Die der Stiftung unentgeltlich gewidmeten Vermögenswerte habe er bei den Pfändungen jeweils verschwiegen. Dieses Verhalten begründe den Verdacht des betrügerischen Konkurses bzw. des Pfändungsbetrugs und der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung.
In wirtschaftlicher Hinsicht sei keine klare Grenze zwischen der Beschwerdeführerin und dem Beschuldigten erkennbar. Bei diversen ihr angeblich gehörenden Vermögenswerten sei ebenso wenig ersichtlich, ob und wann diese an sie gelangten und was der Rechtsgrund bzw. die Gegenleistung dafür gewesen sei. Der fragliche Inhaberschuldbrief sei am 28. Januar 2015 im Büro des Beschuldigten beschlagnahmt worden und seinem Eigentum zuzurechnen, was er gegenüber dem Betreibungsamt Uzwil verschwiegen habe. Selbst wenn eine gültige Übertragung an die Beschwerdeführerin stattgefunden hätte, was nicht dargetan sei, bestünde der Tatverdacht einer Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung. Beim Beschuldigten handle es sich im Übrigen sowohl um deneinzelzeichnungsberechtigten Direktor der Eigentümerin des mit dem Schuldbrief belasteten Grundstücks als auch um den einzelzeichnungsberechtigten Verwaltungsrat der Grundpfandschuld-Gläubigerin.
Was die sechs Aktienzertifikate betrifft, seien dem Beschuldigten bei der Gründung der AG im Jahr 2008 50 Namenaktien (à Fr. 100.--) zugeteilt worden. Weitere 50 Namenaktien habe er über eine Drittperson wirtschaftlich bzw. faktisch kontrolliert. Eine Gesellschaft, die ebenfalls Aktionärin und Sacheinlegerin gewesen sei, sei danach aufgelöst, eine zweite unterdessen konkursrechtlich liquidiert worden. Diese beiden Gesellschaften hätten je 145 Inhaberaktien (à Fr. 1'000.--) erhalten. Der Beschuldigte habe im Liquidationsverfahren der zweiten Gesellschaft keine Inhaberaktien deklariert, weshalb der Verdacht bestehe, dass er die Aktien selbst (oder über die Beschwerdeführerin) halte.
Bei den beschlagnahmten sechs Aktienzertifikaten handle es sich um Namenaktien. Der Beschuldigte sei darauf als Eigentümer aufgeführt. Die Rubrik "Übertragungen" auf der Rückseite der Aktienzertifikate sei leer. Selbst wenn man dennoch davon ausginge, die 100 Namenaktien seien am 15. Dezember 2008 unentgeltlich an die Beschwerdeführerin übertragen worden, bestehe ein strafrechtlicher Verdacht. Damals hätten gegen den Beschuldigten bereits 124 Verlustscheine über mehr als 5,56 Mio Fr. vorgelegen.
Ob (und wenn ja wann) die 290 Inhaberaktien an die Beschwerdeführerin übertragen worden seien, sei noch unklar. Weder im Liquidationsverfahren der zweiten Gesellschaft (am 11. Juni 2013) noch im Konkursverfahren der ersten (am 3. Mai 2011) habe der Beschuldigte gegenüber dem Konkursamt entsprechende Inhaberaktien deklariert. Daraus ergebe sich der Verdacht, dass der Beschuldigte die 290 Inhaberaktien an sich genommen und gegenüber den Behörden verheimlicht habe. Die Inhaberaktien habe er (spätestens am 30. Juli 2013) unentgeltlich an die Stiftung übertragen. Dies ergebe sich daraus, dass er damals gegenüber einer Bank die Beschwerdeführerin als Aktionärin genannt habe. Entsprechende Zessionsunterlagen oder Verträge lägen jedoch keine vor. Bei der Pfändung vom 28. Februar 2013 habe er die Aktien verschwiegen.
Was die Kontensperre betrifft, habe der Beschuldigte das Vermögen der Beschwerdeführerin (als Konteninhaberin) wirtschaftlich als sein Eigentum betrachtet und behandelt. Es bestehe der Verdacht, dass er Einkommen, Entgelte und Dividenden auf das Konto verschoben und damit dem Zugriff seiner Gläubiger entzogen habe. Am 20. Oktober 2011 habe er einen Erbanteil von Fr. 125'820.70 unentgeltlich an die Beschwerdeführerin abgetreten (dies möglicherweise nur zum Schein); der Betrag sei in der Folge auf ihr Konto geflossen. Die Erbteilung sei erst Ende 2012 abgeschlossen gewesen. Dennoch habe der Beschuldigte die Erbanwartschaft in den Pfändungseinvernahmen vom 28. Oktober 2011 und 25. September 2012 nicht deklariert.
Dem Beschuldigten werde vorgeworfen, seine Aktiven verheimlicht bzw. (durch Übertragung an die Beschwerdeführerin) zum Schaden seiner Gläubiger vermindert (oder zum Schein vermindert) zu haben. Falls die weitere Untersuchung ergebe, dass er die Übertragung der Vermögenswerte bloss vortäuschte, wäre <ref-law> anwendbar. Falls die unentgeltlichen Vermögensübertragungen hingegen zivilrechtlich gültig erfolgten, käme <ref-law> zur Anwendung.
2.4. Der Schuldner, der zum Schaden seiner Gläubiger sein Vermögen zum Scheine vermindert, namentlich Vermögenswerte beiseiteschafft oder verheimlicht, wird, wenn gegen ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist, mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>). Unter den gleichen objektiven Tatbestandsbedingungen (Verlustschein oder Konkurseröffnung) trifft denjenigen die identische Strafdrohung, der zum Schaden seiner Gläubiger sein Vermögen vermindert, indem er namentlich Vermögenswerte unentgeltlich veräussert oder ohne sachlichen Grund anfallende Rechte ausschlägt bzw. auf Rechte unentgeltlich verzichtet (<ref-law>).
2.5. Dem Beschuldigten wird vorgeworfen, er habe einen Inhaberschuldbrief, dessen Eigentümer er sei, sowie diverse Aktien gegenüber den Konkurs- und Betreibungsbehörden verschwiegen. Ausserdem habe er zum Nachteil seiner Gläubiger gewisse Aktien sowie eine Erbschaft an die Beschwerdeführerin abgetreten (dies allenfalls nur zum Schein). Die Abtretung des am 8. Oktober 2011 erworbenen Erbschaftsanspruchs sei am 20. Oktober 2011 erfolgt, nachdem bereits 132 Verlustscheine über insgesamt mehr als Fr. 5,58 Mio. gegen den Beschuldigten ausgestellt gewesen seien. Aus dieser Abtretung sei der Beschwerdeführerin im Verlauf des Jahres 2012 ein hoher Geldbetrag zugeflossen.
Aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse besteht ein hinreichender Verdacht von Pfändungsbetrug (<ref-law>) bzw. Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung (<ref-law>). Die betreffenden Erwägungen der Vorinstanz halten vor <ref-law> stand. Willkürliche entscheiderhebliche Tatsachenfeststellungen sind in diesem Zusammenhang nicht dargetan. Die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten weiteren Einwände gegen eine allfällige Strafbarkeit des Beschuldigten werden (im Falle einer strafrechtlichen Anklage bzw. eines Einziehungsurteils) vom erkennenden Sachrichter zu prüfen sein.
3.
Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, es seien hier keine strafrechtlichen Vermögenseinziehungen zulässig, weshalb die Beschlagnahmen aufzuheben seien. Sie sei rechtmässige Eigentümerin des fraglichen Inhaberschuldbriefes und Inhaberin des gesperrten Kontos. Der Beschuldigte sei nie Eigentümer der beschlagnahmten Aktienzertifikate gewesen. Er habe grossteils auch keinen Bezug zu den Überweisungen auf ihr Konto. Seine Erbschaftsansprüche habe er rechtmässig erworben und an sie abgetreten. Bei ihr als Stiftung sei es auch "völlig klar", dass sie keine Gegenleistung für die Vermögensübertragungen erbracht haben könne. Der angefochtene Entscheid verletze insofern namentlich <ref-law> i.V.m. <ref-law> bzw. das Willkürverbot.
3.1. Vermögensbeschlagnahmen sind aufzuheben, falls eine richterliche Einziehung, die Rückgabe (Restitution) an den Geschädigten bzw. die Zusprechung einer staatlichen Ersatzforderung schon im Vorverfahren als rechtlich ausgeschlossen erscheinen (<ref-ruling> E. 4.1.1-4.1.2 S. 61-64; <ref-ruling> E. 2.1 S. 252 f.; <ref-ruling> E. 6.3-6.4 S. 151 f.; je mit Hinweisen).
3.2. Das Strafgericht verfügt (unter Vorbehalt von Art. 352 Abs. 2 und Art. 376-378 StPO) die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (<ref-law>). Die Einziehung ist ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben hat und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte darstellen würde (<ref-law>). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt das Gericht auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe (gegenüber einem Dritten jedoch nur, soweit dies nicht nach <ref-law> ausgeschlossen ist).
3.3. Gegenstände und Vermögenswerte einer beschuldigten Person oder einer Drittperson können strafprozessual beschlagnahmt werden, wenn die Gegenstände und Vermögenswerte voraussichtlich den Geschädigten zurückzugeben oder einzuziehen sind (Art. 263 Abs. 1 lit. c-d StPO). Auch im Hinblick auf die Durchsetzung einer staatlichen Ersatzforderung kann die Untersuchungsbehörde Vermögenswerte des Betroffenen mit Beschlag belegen. Diese Beschlagnahme begründet bei der Zwangsvollstreckung der Ersatzforderung kein Vorzugsrecht zu Gunsten des Staates (<ref-law>). Es handelt sich mithin um eine Forderung Dritter Klasse nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 3d/dd S. 110; Urteile 1B_109/2016 vom 12. Oktober 2016 E. 4.5; 1B_114/2015 vom 1. Juli 2015 E. 4.4.1; 1B_300/2013 vom 14. April 2014 E. 5.3.1; 1B_163/2013 vom 4. November 2013 E. 4.1.5). Die Ersatzforderung des Staates kann unter den Vorschriften von <ref-law> zu Gunsten des Geschädigten verwendet werden (<ref-law>). Im Unterschied zur Einziehungs- (<ref-law>) und Restitutionsbeschlagnahme (<ref-law>) setzt der strafprozessuale Arrest gemäss <ref-law> keine Konnexität zwischen der Straftat und den mit Beschlag belegten Vermögenswerten voraus (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62 f.; vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 220; <ref-ruling> E. 4.1 S. 461).
3.4. Neben den unmittelbar aus der Straftat stammenden Vermögenswerten (Originalwerte) können nach ständiger Praxis des Bundesgerichtes auch deren unechte Surrogate (Ersatzwerte) nach <ref-law> eingezogen bzw. restituiert werden, sofern anhand einer "Papierspur" (sog. Paper Trail) nachgewiesen werden kann, dass die einzuziehenden Werte an Stelle der deliktisch erlangten Originalwerte getreten sind. Ist der Ersatzwert nicht mehr identifizierbar, ist auf eine Ersatzforderung (<ref-law>) in entsprechender Höhe zu erkennen. Die Einziehung bzw. Rückgabe der Vermögenswerte (oder eine entsprechende Ersatzforderung) ist auch gegenüber einem gutgläubigen Dritten möglich, sofern er für die empfangenen Vermögenswerte keine gleichwertige Gegenleistung (Art. 70 Abs. 2 und Art. 71 Abs. 1 StGB) erbracht hat (Urteile 1B_109/2016 vom 12. Oktober 2016 E. 4.7; 6B_369/2007 vom 14. November 2007 E. 2.3 = Pra 2008 Nr. 68 S. 447; 1S.32/2006 vom 19. September 2007 E. 3.3; 6S.68/2004 vom 9. August 2005 E. 7.2.2-7.2.3, je mit Hinweisen; s.a. <ref-ruling> E. 3e S. 110; <ref-ruling> E. 2b S. 374).
Als einziehbares (unechtes) Surrogat von Deliktserlös gilt insbesondere ein Kontenguthaben, wenn deliktisch erworbenes (z.B. gestohlenes oder veruntreutes) Bargeld auf das fragliche Konto einbezahlt wurde und eine entsprechende Transaktionsspur (aufgrund von Einzahlungsbelegen) besteht (Urteile 1B_109/2016 E. 4.7; 6B_369/2007 E. 7.2.2 = Pra 2008 Nr. 68 S. 447; 6S.68/2004 E. 7.2.2, je mit Hinweisen).
3.5. Noch streitig sind hier unbestrittenermassen die Beschlagnahmen eines Kontos, eines Inhaberschuldbriefes sowie von sechs Aktienzertifikaten. Wie bereits dargelegt (oben, E. 2.3-2.5), besteht der hinreichende Verdacht, dass der (von diversen Verlustscheinen betroffene) Beschuldigte zum Schaden seiner Gläubiger sein Vermögen (allenfalls zum Scheine) vermindert hat, indem er Vermögenswerte unentgeltlich an die Beschwerdeführerin übertrug. Ausserdem habe er eigene Vermögenswerte gegenüber den Konkurs- und Betreibungsbehörden verheimlicht. Nach den bisherigen Untersuchungsergebnissen kann nicht ausgeschlossen werden, dass der Sachrichter die beschlagnahmten Vermögenswerte als Deliktsgut einziehen bzw. als Haftungssubstrat (zugunsten der mutmasslich geschädigten Gläubiger bzw. einer staatlichen Ersatzforderung) konfiszieren könnte.
Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, lässt die Beschlagnahmen nicht als bundesrechtswidrig erscheinen:
3.6. Dass es sich bei ihr um eine Stiftung handelt, schliesst (nach dem Wortlaut sowie dem Sinn und Zweck von Art. 70-73 StGB) eine allfällige strafrechtliche Einziehung von Deliktsgut (bzw. die gesetzmässige Konfiskation von Haftungssubstrat) nicht aus. Zwar behauptet sie, sie sei rechtmässig Eigentümerin des fraglichen Inhaberschuldbriefes. Sie räumt jedoch ein, dass die Wertschrift im Büro des Beschuldigten beschlagnahmt wurde. Ihr Vorbringen, dieser habe den Schuldbrief lediglich "treuhänderisch" (bzw. als ihr Organ) für sie verwaltet, ist nicht dargetan und wird von der Vorinstanz aus nachvollziehbaren Gründen bezweifelt.
In diesem Zusammenhang ist auch den willkürfreien Darlegungen der kantonalen Instanzen Rechnung zu tragen, wonach der Beschuldigte mit der Beschwerdeführerin (und zwei weiteren im fraglichen Grundpfandgeschäft involvierten Gesellschaften) wirtschaftlich und gesellschaftsrechtlich eng verflochten ist und mangels einer entsprechenden Buchführung noch nicht abgeklärt werden konnte, welche Vermögenswerte der Stiftung unter welchen Rechtstiteln zuflossen. Aber selbst wenn die Beschwerdeführerin als Eigentümerin des Inhaberschuldbriefes anzusehen wäre, erschiene eine richterliche Einziehung hier nicht zum vornherein ausgeschlossen: Die kantonalen Instanzen legen ausreichende Verdachtsgründe dafür vor, dass der von Verlustscheinen betroffene Beschuldigte den Vermögenswert in der Absicht (unentgeltlich) an die Beschwerdeführerin übertragen haben könnte, seinen Gläubigern Haftungssubstrat zu entziehen.
3.7. Auch das Vorbringen, der Beschuldigte sei nie Eigentümer der beschlagnahmten Aktienzertifikate gewesen, bildet nach den bisherigen Untersuchungsergebnissen kein Beschlagnahmehindernis. Bei den beschlagnahmten sechs Aktienzertifikaten handelt es sich nach den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz um Namenaktien. Der Beschuldigte sei darauf als Eigentümer aufgeführt. Die Rubrik "Übertragungen" auf der Rückseite der Aktienzertifikate sei leer. Die Namenaktien seien zudem (am 28. Januar 2015) am Domizil des Beschuldigten beschlagnahmt worden.
3.8. Was die Kontensperre betrifft (mit einem Kontensaldo per 4. Februar 2015 von Fr. 75'109.45), bestreitet die Beschwerdeführerin nicht, dass dem Beschuldigten vorgeworfen wird, er habe zum Nachteil seiner Gläubiger unter anderem eine erworbene Erbschaft unentgeltlich an die Stiftung abgetreten (möglicherweise nur zum Schein), woraus Fr. 125'820.70 auf ihr gesperrtes Konto geflossen seien. Auch diesbezüglich fällt eine richterliche Einziehung (im Falle einer Verurteilung wegen Ausschlagung von anfallenden Rechten bzw. unentgeltlichen Verzichts auf Rechte ohne sachlichen Grund im Sinne von <ref-law>) nicht bereits im jetzigen Verfahrensstadium offensichtlich ausser Betracht:
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass der Verzicht auf rechtmässige Vermögensansprüche unter den Voraussetzungen von <ref-law> strafbar sein kann und entsprechende Vermögenszuflüsse nach Massgabe von Art. 70-73 StGB strafrechtlich eingezogen bzw. zugunsten der Geschädigten verwendet werden können. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass es sich bei dem gesperrten Kontenguthaben um Buchgeld handelt:
Nach der (in E. 3.4) dargelegten Praxis des Bundesgerichtes ist die Einziehung bzw. Restitution von Deliktsgut und dessen (unechten) Surrogaten grundsätzlich zulässig, wenn die von den Original- zu den Ersatzwerten führenden Transaktionen (gestützt auf verlässliche Buchungsbelege) ausreichend nachvollzogen und dokumentiert werden können. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass aus den erhobenen Kontenunterlagen ersichtlich ist, wann, in welchen Tranchen und über welchen Transaktionsweg die fraglichen vier Zahlungen auf ihr Konto erfolgten. Auf den Buchungsbelegen wird sowohl der fragliche Nachlass samt Ausgangskonto genannt, als auch die Beschwerdeführerin als Endbegünstigte. Damit besteht hier grundsätzlich ein ausreichender "Paper Trail" zwischen dem Originalwert (abgetretene Erbschaft als Forderung gegenüber dem Nachlass) und dem beschlagnahmten Ersatzwert (aktueller Saldo des Kontenguthabens). Über das Dargelegte hinaus ist dem Sach- bzw. Einziehungsrichter diesbezüglich nicht vorzugreifen.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich noch eine Verletzung der richterlichen Begründungspflicht bzw. des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Den Erwägungen des angefochtenen Entscheides lasse sich nicht entnehmen, inwiefern die vom Beschuldigten an sie erfolgten Vermögensübertragungen als missbräuchlich (oder nur zum Schein erfolgt) anzusehen wären. Ebenso wenig begründe das Obergericht seine Auffassung, wonach "keine klare Grenze" zwischen ihr und dem Beschuldigten bestehe und bei diversen Vermögenswerten auch nicht ersichtlich sei, ob und wann diese an sie übertragen worden seien bzw. was der rechtmässige Grund dafür gewesen sein könnte.
Aus diesen Vorbringen wird keine Verletzung des rechtlichen Gehörs ersichtlich. Den Erwägungen des angefochtenen Entscheides lassen sich die wesentlichen Gründe entnehmen, weshalb die Vorinstanz die Aufrechterhaltung der fraglichen Beschlagnahmen als bundesrechtskonform ansieht. Das Obergericht hat insbesondere ausführlich dargelegt, bei welchen (effektiv oder zum Schein erfolgten) Vermögensübertragungen an die Beschwerdeführerin der Verdacht einer strafbaren Handlung vorliegt und inwiefern eine enge wirtschaftliche Verflechtung zwischen dem Beschuldigten und der Beschwerdeführerin (bzw. weiteren von ihm kontrollierten Gesellschaften) besteht. Sie legt nicht nachvollziehbar dar, inwiefern die Begründung des angefochtenen Entscheides es ihr praktisch verunmöglicht hätte, die streitigen Beschlagnahmen mit Beschwerde an das Bundesgericht wirksam anzufechten. Die Gehörsrüge erweist sich als unbegründet.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen.
Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Forster