Faits :
A.
A.a. La société X._, dite "les Etablissements A.Y._" ou encore "les ETS A.Y._" (ci-après: la société X._) est une société civile d'exploitation agricole (SCEA) de droit français, qui a pour activité l'exploitation de biens agricoles. Elle a été immatriculée au registre du commerce et des sociétés français le 27 avril 1995 et a son siège à la route de B._ à C._, en France.
Y._ est co-gérant associé de la société X._. Il est domicilié route de B._ à C._, en France (cf. <ref-law>).
A.b. La société X._ tient une exploitation horticole (plantes en pot fleuries) sur une parcelle d'une surface de 45'516 m2, située au chemin D._, sur la commune de E._ en Suisse. Selon un extrait du registre foncier, F.Y._ est propriétaire de cette parcelle, adjacente à la frontière franco-suisse.
La clientèle que la société X._ livre se trouve aussi bien en Suisse qu'en France. Les serres (situées en Suisse) sont chauffées au moyen de bois livré de France. Le matériel utilisé à la production et à l'exploitation, comme les semences et plantes, provient de Suisse et de France. Le transport de ces marchandises s'effectue par camions.
A.c. En juillet 2007, la Direction d'arrondissement des douanes de Genève (ci-après: la Direction d'arrondissement) a proposé à la "maison A.Y._" un projet de convention contenant des prescriptions sur le traitement douanier des "cultures maraichères et florales A.Y._" (cf. <ref-law>), destinées à remplacer d'anciennes prescriptions édictées en 1987 par l'Administration fédérale des douanes (ci-après: AFD). Selon ce projet de convention, tous les biens importés et exportés par la "maison A.Y._" devaient être annoncés au bureau de douane de H._, hormis les marchandises admises en franchise conditionnelle, qui pouvaient transiter par la route de E._. Par courrier du 19 novembre 2007, Y._ s'est opposé à ce projet de convention.
A.d. Le 17 octobre 2013, Y._ s'est adressé à la Direction d'arrondissement, en demandant à ce que les camions venant depuis la France en Suisse pour charger de la marchandise sur le site de son exploitation horticole, afin de la livrer ensuite dans les magasins G._, clients de son entreprise et situés en France, puissent passer par le poste frontière inoccupé de E._, à proximité immédiate de son exploitation, au lieu de celui de H._. Y._ a exposé qu'un tel arrangement éviterait 6'500 km de parcours annuel aux 320 à 350 camions circulant entre le lieu de l'exploitation et la France. Cet aménagement était également sollicité pour les camions venant de France livrer les plaquettes forestières nécessaires au chauffage de l'exploitation, le terreau et toutes marchandises destinées exclusivement à l'exploitation. Y._ a aussi requis de pouvoir être mis au bénéfice d'une redevance forfaitaire au titre de la redevance poids lourds liée aux prestations (ci-après: RPLP ou redevance poids lourds).
Par courrier du 25 novembre 2013, la Direction d'arrondissement a répondu que le poste de douane de E._ avait dû être fermé pour des raisons budgétaires. De plus, autoriser le transport de marchandises en lien direct avec les partenaires commerciaux de l'entreprise de Y._ par ce poste de douane serait contraire aux principes qui gèrent le flux des marchandises sur la frontière franco-genevoise et créerait une distorsion de concurrence inacceptable. Il n'était par ailleurs pas possible de prévoir un forfait pour la fixation du montant à payer en matière de redevance poids lourds.
Par courrier du 26 novembre 2013, les "ETS A.Y._", soit pour eux Y._, ont contesté auprès de la Direction d'arrondissement la teneur du courrier du 25 novembre 2013 et sollicité une décision.
B.
B.a. Par décision du 30 janvier 2014, notifiée à Y._, la Direction d'arrondissement a refusé "la demande de passage de Monsieur Y._ par le poste frontière inoccupé de E._ pour les marchandises destinées à l'exportation", ainsi que la "demande de paiement de la RPLP par forfait".
B.b. Contre cette décision, les "Etablissements A.Y._", respectivement Y._, ont formé, le 28 février 2014, un recours auprès de la Direction générale des douanes, demandant à celle-ci "d'autoriser le passage par la douane de E._ aux marchandises destinées à la clientèle située sur le territoire français" et l'exonération, respectivement la perception forfaitaire de la RPLP pour les camions concernés. Par décision du 27 novembre 2014, dont les "Etablissements A.Y._" sont le destinataire (cf. <ref-law>), la Direction générale des douanes a rejeté le recours.
B.c. Le 16 janvier 2015, la société X._, "agissant par Y._", a formé recours contre la décision du 27 novembre 2014 auprès du Tribunal administratif fédéral, qui l'a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, par arrêt du 28 novembre 2016. Au préalable, le Tribunal administratif fédéral a relevé que seule la société X._ avait la qualité pour recourir, Y._ n'ayant participé à la procédure antérieure qu'en tant que représentant de celle-ci. Il a ensuite déclaré irrecevable la nouvelle conclusion formulée par la recourante tendant à l'exonération de tout droit de douane. Au fond, il a rejeté la conclusion visant à ce que "soit autorisé le passage des marchandises importées de et exportées vers la France par le poste frontière de E._", ainsi que celle tendant à l'exonération de la redevance poids lourds, subsidiairement la mise au bénéfice d'une taxe forfaitaire pour cette redevance.
C.
Contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 28 novembre 2016, la société X._ (ci-après: la recourante 1) et Y._ (ci-après: le recourant 2) forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, auquel ils demandent, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 28 novembre 2016, ainsi que la décision du 27 novembre 2014 de l'Administration fédérale des douanes et celle du 30 janvier 2014 de la Direction d'arrondissement, d'autoriser le passage des marchandises d'approvisionnement importées de France, ainsi que le passage des marchandises exportées vers la France par le poste frontière de E._, et d'exonérer "les Etablissements A.Y._", respectivement Y._, de la redevance poids lourds, subsidiairement de les mettre au bénéfice d'une taxe forfaitaire.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. La Direction générale des douanes, pour l'Administration fédérale des douanes, conclut au rejet du recours. Dans leurs observations du 28 mars 2017, les recourants persistent intégralement dans les termes et conclusions de leur mémoire de recours.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. L'arrêt entrepris constitue une décision finale (<ref-law>), rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public (<ref-law>). Le litige concerne les obligations de passage en douane (cf. art. 21 ss de la loi fédérale du 18 mars 2005 sur les douanes [LD; RS 631.0]) et l'assujettissement à la redevance sur les poids lourds (cf. loi fédérale du 19 décembre 1997 concernant une redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations [LRPL; RS 641.81]). Le recours ne tombe par conséquent pas sous le coup de l'exception de l'art. 83 let. l LTF, selon laquelle le recours est irrecevable contre les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises, ni d'aucune autre clause d'irrecevabilité figurant à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte.
1.2. Le recours a en outre été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Toutefois, les conclusions en annulation des décisions des 30 janvier et 27 novembre 2014 de la Direction d'arrondissement, respectivement de la Direction générale des douanes de l'AFD, sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral (cf. art. 54 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021]; cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 543).
1.3. Reste à examiner la qualité pour recourir (<ref-law>).
1.3.1. La recourante 1, destinataire de l'arrêt entrepris (<ref-law>), est particulièrement atteinte par la décision attaquée, qui lui refuse le transit des marchandises qu'elle importe et exporte de et vers la France par l'ancien poste frontière de E._ et l'exonération, subsidiairement la perception forfaitaire, de la redevance RPLP, et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. b et c LTF). Elle dispose ainsi de la qualité pour recourir.
1.3.2. S'agissant du recourant 2, celui-ci n'a pas participé, en son nom propre, à la procédure devant le Tribunal administratif fédéral et n'est pas destinataire, en son nom propre, de l'arrêt entrepris.
Seul a en principe la qualité pour recourir celui qui apparaît formellement atteint, c'est-à-dire celui qui a participé à la procédure devant l'autorité inférieure et dont les conclusions ont été totalement ou partiellement écartées (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 311; <ref-ruling> consid. 2a p. 109 s.; arrêt 2C_364/2015 du 3 février 2017 consid. 2.2). Le recourant 2 n'a donc en principe pas la qualité pour recourir en son nom propre contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral. Dans la mesure toutefois où il fait valoir que le Tribunal administratif fédéral lui a dénié à tort la qualité de partie, on peut admettre qu'il dispose de la qualité pour recourir pour contester ce point de l'arrêt entrepris (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1 et 4 p. 311 ss; arrêt 2C_731/2011 du 8 juin 2012 consid. 2.3).
1.4. Les conditions de recevabilité étant réunies, il convient d'entrer en matière, sous la réserve énoncée ci-dessus (cf. supra consid. 1.2), ainsi que celle relative à l'objet du litige exposée ci-après (cf. infra consid. 5).
2.
2.1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral et du droit international (art. 95 let. a et b LTF). Sous réserve de la violation de droits fondamentaux et de dispositions de droit cantonal et intercantonal, qui suppose un grief invoqué et motivé (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368), le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation figurant à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine que les griefs invoqués, sauf en présence de violation du droit évidente (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 280; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156 s.), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266). La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
3.
Invoquant les art. 9 Cst. et 97 LTF, les recourants se plaignent d'un établissement arbitraire des faits.
3.1. Selon la jurisprudence, il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
3.2. Les recourants font tout d'abord grief au Tribunal administratif fédéral d'avoir retenu de manière arbitraire que le recourant 2 n'a agi au cours de la procédure devant les autorités douanières qu'en tant que représentant de la recourante 1 et non en son nom propre.
3.2.1. Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a effectivement précisé à titre liminaire que seule la recourante 1 était partie à la procédure, le recourant 2 agissant en tant que représentant de celle-ci.
3.2.2. Le Tribunal fédéral constate que les faits de l'arrêt entrepris font apparaître une grande confusion sur les parties à la procédure. Ainsi, alors que "les ETS A.Y._", soit pour eux Y._, ont sollicité une décision de la part de la Direction d'arrondissement le 26 novembre 2013, l'unique destinataire de la décision du 30 janvier 2014 est Y._, sans indication qu'il serait le représentant de la recourante 1. Contre cette décision du 30 janvier 2014, un recours a été formé par les "ETS A.Y._", respectivement par Y._. La décision du 27 novembre 2014 de la Direction générale des douanes est toutefois adressée uniquement aux "Etablissements A.Y._", dénomination usuelle de la recourante 1, mais qui ne correspond en soi à aucune entité juridique.
Dans ces circonstances, l'appréciation du Tribunal administratif fédéral selon laquelle Y._ n'a pas pris part à la procédure devant l'autorité inférieure apparaît, comme le soutiennent les recourants, en contradiction avec les faits constatés, dont il ressort que Y._ a notamment agi aux côtés de la recourante 1, et non seulement pour le compte de celle-ci, pour contester la décision du 30 janvier 2014, ce qui correspond du reste au fait qu'il était le destinataire de cette décision. En d'autres termes, il apparaît que le Tribunal administratif fédéral a tiré une conclusion insoutenable des faits en retenant que le recourant 2 n'aurait agi que pour le compte de la recourante 1 au cours de la procédure devant les autorités douanières. Cela étant, il sera vu ci-après que cette appréciation des preuves n'a pas d'incidence sur le refus du Tribunal administratif fédéral de reconnaître la qualité pour recourir au recourant 2 et partant sur le fond de la cause (cf. infra consid. 4). Il n'y a partant pas lieu de la corriger (art. 97 al. 1 in fine LTF; supra consid. 2.2).
3.3. Dans une deuxième critique relative aux faits, les recourants reprochent au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir constaté la qualité de propriétaire du recourant 2 sur le terrain de l'exploitation horticole de la recourante 1 situé en Suisse, de même que sa qualité de propriétaire d'un bien-fonds en France. Les recourants prétendent que ces deux faits seraient déterminants pour l'issue du litige. Il sera cependant vu ci-après que tel n'est pas le cas (cf. infra consid. 7). L'état de faits n'a partant pas à être complété sur ce point.
3.4. Compte tenu de ce qui précède, les griefs tirés d'un établissement des faits arbitraire sont rejetés.
4.
Les recourants allèguent que le Tribunal administratif fédéral a violé l'<ref-law> en niant la qualité pour recourir du recourant 2, respectivement en empêchant celui-ci de participer à la procédure.
4.1. A teneur de l'<ref-law>, applicable à la procédure devant le Tribunal administratif fédéral par le renvoi de l'art. 37 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est spécialement atteint par la décision attaquée (let. b), et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Celui qui a la qualité pour recourir au sens de cette disposition dispose également de la qualité de partie dans la procédure de première instance, y inclus les droits et devoirs de parties qui y sont liés (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 457). La réglementation de l'<ref-law> correspond à celle de l'<ref-law> et doit être interprétée de la même manière (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 508; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 332 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 282).
4.2. En l'occurrence, il résulte des faits de l'arrêt entrepris que le recours au Tribunal administratif fédéral contre la décision du 27 novembre 2014 de la Direction générale des douanes a été formé uniquement par la recourante 1, représentée par le recourant 2. Le recourant 2 ne conteste du reste pas ne pas avoir agi en son nom propre contre la décision du 27 novembre 2014 dans les délais de recours. Il reconnaît en effet ne s'être prévalu de sa "qualité pour recourir" que dans la réplique de la recourante 1 du 28 mai 2015. Le recourant 2 n'ayant pas agi à titre personnel dans les délais, on ne voit pas que le Tribunal administratif fédéral ait méconnu l'<ref-law> en niant la qualité pour recourir de l'intéressé.
4.3. Au surplus, il sera souligné qu'il appartenait au recourant 2, conscient de l'existence d'une procédure en cours, puisqu'il l'avait initiée, et informé du contenu de la décision du 27 novembre 2014 en tant qu'organe représentant de sa société, d'agir dans les délais contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral pour contester le cas échéant le fait qu'elle ne lui avait pas été adressée.
Il s'ensuit que le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
5.
Avant d'entrer en matière, il est nécessaire de définir l'objet du litige.
5.1. En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 164; <ref-ruling> consid. 1a p. 414). Le juge n'entre donc pas en matière, en règle générale, sur des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426; <ref-ruling> consid. 1a p. 414). L'objet du litige dans la procédure de recours est le rapport juridique qui - dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision - constitue d'après les conclusions du recours, l'objet de la décision effectivement attaqué. L'objet de la contestation et l'objet du litige sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige (cf. ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 414 ss). L'objet du litige peut donc être réduit par rapport à l'objet de la contestation. Il ne peut en revanche en principe s'étendre au-delà de celui-ci (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 463; <ref-ruling> consid. 5 p. 174; <ref-ruling> consid. 2 p. 31 s.).
5.2. En l'occurrence, le litige porte sur deux aspects; d'une part le droit de la recourante 1 de faire passer les camions qu'elle utilise par le poste frontière inoccupé de E._ et d'autre part la redevance poids lourds perçue sur ces camions.
5.3. S'agissant du premier aspect, la recourante conclut à ce que tant les camions venant de France livrer en Suisse les produits nécessaires pour l'exploitation horticole (plaquettes forestières et terreau notamment), que les camions exportant des marchandises vers sa clientèle française puissent passer par le poste frontière inoccupé de E._.
Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral s'est prononcé sur ces deux demandes (importation et exportation), ce qui correspond aux conclusions que la recourante 1 a formulées devant lui. Cela étant, il convient de relever que, d'après les faits de l'arrêt entrepris, la décision rendue par la Direction d'arrondissement le 30 janvier 2014, confirmée par la Direction générale des douanes le 27 novembre 2014, porte uniquement sur le passage par l'ancien poste frontière de E._ pour les marchandises destinées à l'exportation. Ainsi, en statuant sur la conclusion de la recourante 1 tendant à obtenir le passage par l'ancien poste frontière de E._ pour tous les camions, qu'ils importent ou exportent de la marchandise, le Tribunal administratif fédéral s'est prononcé sur une conclusion allant au-delà de l'objet de la contestation, sans expliquer pour quel motif il élargissait de la sorte celui-ci. La conclusion de la recourante 1 relative au passage par le poste frontière inoccupé de E._ pour les camions important des marchandises sur le lieu de l'exploitation excédant l'objet de la contestation, il n'y a pas lieu de la traiter.
5.4. En conclusion, le litige porte en l'espèce uniquement sur le droit de passage par le poste frontière inoccupé de E._ des camions de la recourante 1 exportant des marchandises vers la France et la redevance poids lourds les concernant.
6.
La première question à résoudre consiste à déterminer si la recourante 1 a le droit de faire passer les camions destinés à l'exportation par le poste frontière inoccupé de E._.
6.1. Selon l'art. 21 LD, quiconque introduit ou fait introduire des marchandises dans le territoire douanier ou les prend en charge par la suite doit les conduire ou les faire conduire sans délai et en l'état au bureau de douane le plus proche (al. 1) et quiconque achemine ou fait acheminer des marchandises vers le territoire douanier étranger doit préalablement les conduire au bureau de douane compétent et les exporter en l'état après la taxation (al. 2). Sont notamment réputées personnes assujetties à l'obligation de conduire les marchandises l'importateur, le destinataire, l'expéditeur et le mandant (cf. art. 75 let. c à f de l'ordonnance du 1 er novembre 2006 sur les douanes [OD; RS 631.01]). Il peut s'agir de personnes physiques ou morales (cf. Message du Conseil fédéral du 15 décembre 2003 relatif à une nouvelle loi sur les douanes, FF 2004 517, 555-557; BARBARA HENZEN, in Stämpflis Handkommentar Zollgesezt, 2009, n o 6 et 7 ad. art. 21).
Les marchandises qui traversent la frontière douanière doivent emprunter les routes désignées à cet effet par l'AFD (art. 22 al. 1 LD).
6.2. En l'occurrence, il n'est pas contesté que la recourante 1, en tant qu'elle fait acheminer des marchandises vers le territoire français, est assujettie à l'obligation de conduire ces marchandises au bureau de douane compétent. Il n'est pas non plus contesté que la route conduisant au poste frontière inoccupé de E._ n'est plus définie comme une route douanière depuis que ce poste a été supprimé. Il s'ensuit que les camions transportant des marchandises depuis l'exploitation de la recourante 1 vers la France doivent en principe passer par le poste de douane de H._. La demande de la recourante 1 visant à ce que les camions de marchandises puissent circuler par le "poste frontière de E._" revient par conséquent à solliciter une exception à l'obligation d'emprunter les routes douanières prévue par la loi sur les douanes.
6.3. La recourante 1 justifie sa demande par l'important détour pour les camions - plus de 6'500 km annuels - causé par l'obligation de passer par le poste frontière de H._. On ne comprend toutefois pas dans quelle mesure l'obligation de passer par le poste frontière de H._ pour les camions exportant de la marchandise à destination de magasins de la clientèle française de la recourante 1 constituerait un détour par rapport au fait de passer par l'ancien poste frontière de E._, qui ne serait le trajet le plus court et le plus pratique que si les véhicules se rendaient au lieu du siège de la recourante 1. Quoi qu'il en soit à cet égard, il convient de vérifier si la recourante 1 peut bénéficier d'une exception à ses obligations de passage en douane comme elle le soutient.
7.
A l'appui de sa demande de transit par l'ancien poste frontière de E._, la recourante 1 invoque l'art. XIV du Traité de Turin du 16 mars 1816 entre Sa majesté le roi de Sardaigne, la Confédération suisse et le canton de Genève (ci-après: le Traité de Turin; RS/GE A 1 07).
7.1. Le Traité de Turin du 16 mars 1816 est un traité de cession territoriale qui fait suite au Traité de Paris du 30 mai 1814 et au Congrès de Vienne (cf. la déclaration des puissances relatives à la Suisse du 20 mars 1815 et le Protocole du Congrès de Vienne du 29 mars 1815, reproduits, dans leurs dispositions pertinentes, in LUCIEN CRAMER, Genève et les Traités de 1815, correspondance diplomatique de Pictet de Rochemont, tome second, 1914, p. 525 ss.). Il a pour objet d'arrêter les conditions et l'étendue de la cession de territoires par la Sardaigne en faveur de Genève (cf. ALFRED DUFOUR, D'une annexion à l'autre: les Communes réunies et la zone franche sarde, in La Savoie, ses relations avec Genève et la Suisse, Genève, 2011, p. 61 ss, p. 64).
Le Traité de Turin fixe à son article premier la frontière politique entre les deux pays voisins. La commune de E._ est notamment cédée au canton de Genève (cf. art. I; cf. Société d'histoire de la Suisse romande, Mémoires et documents, troisième série, tome XVII, La formation territoriale des cantons romands, Fribourg, Vaud, Valais, Neuchâtel, Genève, Lausanne, 1989, p. 69; DUFOUR, op. cit., p. 65). La ligne des douanes sardes en territoire sarde est pour sa part décrite à l'art. III.
La ratification du Traité de Turin, conditionnant la remise des territoires (cf. art. XXIV du Traité de Turin), a eu lieu le 23 septembre 1816 (cf. CRAMER, op. cit., p. 562-563). Le Traité de Turin lie la France et la Confédération suisse d'après 1848 (cf. compromis d'arbitrage du 30 octobre 1924 entre la Suisse et le France au sujet des zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex [RS 0.631.256.934.95], dans lequel les gouvernements de la République française et de la Confédération suisse ont demandé à la Cour permanente de Justice internationale [ci-après: CPJI] de dire si l'article 435 al. 2 du Traité de Versailles avait abrogé ou pour but d'abroger notamment les stipulations du Traité de Turin de 1816 relatives à la structure douanière et économique des zones franches; CPJI, arrêt du 7 juin 1932 relatif aux Zones franches de la Haute-Savoie et du Pays de Gex [Recueil des arrêts, Série A/B no 46, p. 142 et p. 149], où la CPJI a répondu par la négative à la question posée).
Rien n'indique que le Traité de Turin a été dénoncé depuis l'arrêt de la CPJI ou se serait éteint du fait de la conclusion d'un traité postérieur. Il figure du reste au recueil systématique genevois. On peut donc admettre, sur le principe, qu'il peut trouver application dans la situation d'espèce.
7.2. Selon l'art. XIV du Traité de Turin, dont se prévaut la recourante 1, les propriétaires de biens-fonds dont les propriétés sont coupées par la présente délimitation, de manière que leurs habitations ou bâtiments de ferme, se trouvent sur le territoire d'un Etat et leurs pièces de terre sur l'autre, jouiront, pour l'exploitation de leurs biens, de la même liberté que si leurs propriétés étaient réunies sur le même territoire. Ils ne pourront, à raison des dites propriétés, être assujettis à de plus fortes charges que s'ils appartenaient à l'Etat où elles sont situées; et le principe des deux gouvernements, sera celui d'une protection spéciale pour les dits propriétaires, ainsi que d'un parfait accord dans les mesures de sûreté et de police.
7.3. Dans son arrêt, le Tribunal administratif fédéral a retenu que l'art. XIV du Traité de Turin était suffisamment clair et précis pour que la recourante 1 puisse s'en prévaloir, mais que la disposition ne s'appliquait pas à la situation d'espèce, car la recourante 1 n'était pas propriétaire d'un bien-fonds en France. Il n'était en outre pas établi qu'elle était propriétaire des terrains de l'exploitation horticole en Suisse, lesquels n'étaient au demeurant pas traversés par la frontière franco-suisse. Selon les précédents juges, entendre les termes "propriétaires" et "propriété coupée par la délimitation" comme englobant les cas dans lesquels l'exploitation matérielle d'une entreprise a lieu en Suisse alors que l'existence administrative est établie en France s'écarterait du sens littéral clair de l'art. XIV du Traité de Turin. En outre, selon le Tribunal administratif fédéral, la notion "d'exploitation des biens" est limitée aux transports entre les différentes composantes de la propriété, soit les terres d'une part et les bâtiments de ferme de l'autre.
7.4. La recourante 1 soutient, pour sa part, qu'avant le Traité de Turin, les bâtiments de ferme, aujourd'hui lieu de son siège et domicile du recourant 2, ainsi que les terrains agricoles, étaient situés sur le territoire du même Etat. La situation actuelle découlerait ainsi directement du Traité de Turin. La recourante 1 estime ensuite que, compte tenu notamment de la notion d'exploitation des biens, toute personne physique ou morale qui exploite la propriété, qu'elle soit propriétaire ou non des terrains concernés, devrait bénéficier des garanties de l'art. XIV du Traité de Turin. En outre, la notion d'exploitation ne saurait être limitée au seul flux de marchandises entre les "bâtiments de ferme", correspondant au siège de la recourante 1, et les terrains sis en Suisse, mais s'étendrait à toute opération commerciale.
7.5. La question de savoir si l'art. XIV du Traité de Turin confère à la recourante 1 le droit que les camions destinés à l'exportation de marchandises passent par l'ancien poste frontière de E._ nécessite d'interpréter cette disposition.
7.5.1. L'interprétation des traités internationaux est régie par les principes généraux de la Convention de Vienne du 23 mai 1969 sur le droit des traités (Convention de Vienne; RS 0.111; ci-après: CV). Pour la Suisse, cette convention est entrée en vigueur le 6 juin 1990. Cependant, en tant que les règles relatives à l'interprétation contenues dans la Convention de Vienne (cf. art. 31 ss CV) expriment des règles coutumières d'interprétation, la règle générale d'interprétation énoncée à l'art. 31 CV est applicable à l'interprétation de traités antérieurs (cf. art. 4 CV; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 526 s.; <ref-ruling> consid. 4c p. 238; arrêt 2C_907/2013 du 25 mars 2014 consid. 2.2.7; voir aussi Cour internationale de justice [CIJ], affaire de l'île de Kasikili/Sedudu [Botswana/Namibie], arrêt du 13 décembre 1999, Recueil CIJ 1999 p. 1045, p. 1059, dans lequel la CIJ applique les règles d'interprétation de l'art. 31 CV pour interpréter un traité de 1890).
7.5.2. Selon l'art. 31 par. 1 CV, un traité doit être interprété de bonne foi suivant le sens ordinaire à attribuer aux termes du traité dans leur contexte et à la lumière de son objet et de son but (cf. <ref-ruling> consid. 2.1.3 p. 167; <ref-ruling> consid. 7.2.1 p. 422 s.). En plus du contexte (cf. art. 31 par. 2 CV), il est tenu compte, notamment, de tout accord ultérieur intervenu entre les parties au sujet de l'interprétation du traité ou de l'application de ses dispositions (art. 31 par. 3 let. a CV) et de toute pratique ultérieurement suivie dans l'application du traité par laquelle est établi l'accord des parties à l'égard de l'interprétation du traité (art. 31 par. 3 let. b CV). Les travaux préparatoires et les circonstances dans lesquelles le traité a été conclu constituent des moyens complémentaires d'interprétation lorsque l'interprétation donnée conformément à l'art. 31 CV laisse le sens ambigu ou obscur ou conduit à un résultat qui est manifestement absurde ou déraisonnable (cf. art. 32 CV; cf. <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 53).
L'art. 31 par. 1 CV fixe un ordre de prise en compte des éléments de l'interprétation, sans toutefois établir une hiérarchie juridique obligatoire entre eux (arrêt 2C_893/2015 du 16 février 2017 consid. 6.3.1 destiné à la publication; arrêt 4A_736/2011 du 11 avril 2012 consid. 3.3.2). Le sens ordinaire du texte du traité constitue le point de départ de l'interprétation (cf. arrêt 2C_893/2015 du 16 février 2017 consid. 6.3.1 destiné à la publication et les références citées). Ce sens ordinaire des termes doit toutefois être dégagé de bonne foi, en tenant compte de leur contexte et à la lumière de l'objet et du but du traité (arrêt 2C_893/2015 du 16 février 2017 consid. 6.3.1 destiné à la publication et les références citées).
7.5.3. En l'occurrence, on peut admettre, avec le Tribunal administratif fédéral, que l'art. XIV du Traité de Turin énonce des droits de manière suffisamment claire et précise pour que le caractère directement applicable de cette disposition soit reconnu et que, partant, la recourante 1 puisse sur le principe s'en prévaloir (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 293). Encore faut-il toutefois que sa situation relève de cette disposition.
7.5.4. Selon le texte de la première phrase de l'art. XIV du Traité de Turin, les destinataires de cette disposition sont les propriétaires de biens-fonds dont les propriétés se sont retrouvées "coupées" par la (nouvelle) délimitation. La référence aux habitations et bâtiments de ferme d'une part et aux pièces de terre d'autre part confirme que sont uniquement visés par l'art. XIV du Traité de Turin les propriétaires d'exploitations agricoles scindées par le tracé de la nouvelle frontière.
En l'espèce, la recourante 1 fait valoir que le Traité de Turin a eu pour conséquence de "couper en deux" l'exploitation horticole de la famille Y._, ce qui expliquerait la situation actuelle. Or, ce fait ne résulte pas de l'arrêt entrepris et ne peut partant être pris en considération (cf. <ref-law>). Au contraire, selon les faits constatés dans l'arrêt entrepris, non contestés sur ce point, le terrain horticole n'est pas traversé par la frontière, mais se trouve à sa limite. De ce fait déjà, l'art. XIV du Traité de Turin n'apparaît pas applicable à la situation d'espèce. Le lieu du siège de la recourante 1, situé de l'autre côté de la frontière, en France, ne remet à l'évidence pas en cause ce point, dès lors que celui-ci a été librement choisi au moment de la création de la société en 1995, provoquant ainsi une division qui n'est qu'artificielle entre le lieu d'exploitation et le lieu d'administration des biens.
Outre que l'on ne se trouve pas en présence d'une propriété "coupée" par la frontière, il résulte des faits de l'arrêt entrepris que la recourante 1 n'est propriétaire ni de biens-fonds en France, ni du bien-fonds sur lequel se tient l'exploitation horticole en Suisse. Contrairement à ce que soutient la recourante 1, on ne voit à cet égard aucun motif de s'écarter du sens ordinaire de la notion de propriétaire énoncée à l'art. XIV du Traité de Turin, qui est une notion juridique précise et claire, et est réaffirmée par la référence à la "propriété".
Ainsi que l'a retenu le Tribunal administratif fédéral, la recourante 1 ne fait ainsi pas partie du cercle des destinataires de l'art. XIV du Traité de Turin et ne peut par conséquent se prévaloir de son application.
7.5.5. Quant au recourant 2, il n'a pas formé recours contre la décision du 27 novembre 2014 devant le Tribunal administratif fédéral, de sorte que c'est à raison que celui-ci n'a pas examiné si l'intéressé est susceptible de faire partie des destinataires de l'art. XIV du Traité de Turin. Au demeurant, le recourant 2 n'exploitant pas le domaine horticole, il conviendrait quoi qu'il en soit de rejeter ses éventuelles prétentions tirées de cette disposition.
7.5.6. S'agissant de la notion "d'exploitation des biens", il convient encore de relever que, compte tenu de la limitation des destinataires de l'art. XIV du Traité de Turin (les propriétaires de biens-fonds dont les propriétés sont coupées), de la mention des bâtiments de ferme d'une part et des pièces de terre de l'autre, ainsi que du droit qui est garanti à ces propriétaires ("jouir de la même liberté que si leur propriété était réunie sur le même territoire"), la notion d'exploitation des biens ne peut signifier toute opération commerciale, mais vise les actes directement liés à l'exploitation de la terre et qui impliquent des transits entre les différentes composantes de la propriété. En d'autres termes, l'art. XIV du Traité de Turin garantit au propriétaire le droit de circuler librement entre le bâtiment de ferme et ses pièces de terre pour cultiver la terre et en retirer les récoltes, comme si sa propriété n'avait pas été divisée. Les actes d'exportation de marchandises à destination de la clientèle française de la recourante 1, qui concernent, à teneur des faits de l'arrêt entrepris, 320 à 350 camions par année, n'entrent par conséquent pas dans les actes d'exploitation des biens visés par l'art. XIV du Traité de Turin, ainsi que l'a retenu le Tribunal administratif fédéral.
7.5.7. Enfin, l'interprétation textuelle qui précède de l'art. XIV du Traité de Turin est confirmée par le but de la disposition. Les droits octroyés aux propriétaires ("jouir de la même liberté" et "ne pas être assujettis à de plus fortes charges") rendent l'art. XIV du Traité de Turin sans équivoque quant à son objectif: cette disposition vise à garantir aux propriétaires dont les propriétés ont été divisées par le nouveau tracé de la frontière qu'ils ne subiront pas d'inconvénients du fait de cette division. Si cette disposition avait pour but plus général de faciliter le commerce comme le soutient la recourante 1, elle ne concernerait certainement pas uniquement les propriétaires de biens-fonds dont les propriétés ont été coupées par le nouveau tracé de la frontière, mais tous les propriétaires de part et d'autre de la frontière.
La demande de la recourante 1 de passage par le poste frontière inoccupé de E._ pour les camions transportant la marchandise à destination de ses clients situés en France ne revient pas à solliciter la "même liberté pour l'exploitation des biens" que celle dont jouissent les propriétaires de biens fonds réunis sur le même territoire comme le prévoit l'art. XIV du Traité de Turin, mais un avantage par rapport aux autres exploitants. Elle va donc au-delà de ce qui est garanti à l'art. XIV du Traité de Turin et y faire droit irait à l'encontre du but de cette disposition.
7.6. Il résulte de ce qui précède que le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé l'art. XIV du Traité de Turin en retenant que cette disposition ne conférait pas à la recourante 1 un droit de passage par le poste frontière inoccupé de E._ pour l'exportation de ses marchandises.
8.
On peut encore se demander, ainsi que l'a fait le Tribunal administratif fédéral, si une éventuelle exception à l'obligation pour les camions de marchandises destinés à l'exportation de la recourante 1 d'emprunter les routes douanières découle du droit interne. Dans la mesure où l'examen du Tribunal administratif fédéral des dispositions pertinentes à cet égard (cf. notamment les art. 22 al. 3 et 43 LD, ainsi que 76 et 118 à 120 OD) et sa conclusion selon laquelle aucune de ces dispositions ne confère un droit à la recourante 1 de passer par le poste frontière inoccupé de E._ ne prêtent pas le flanc à la critique, il n'y a toutefois pas lieu d'approfondir ce point, qui n'est pas contesté dans le recours (cf. supra consid. 2.1).
9.
Le deuxième aspect du litige a trait à la perception de la RPLP.
9.1. La recourante 1 requiert principalement l'exonération de la redevance poids lourds, au motif qu'en étant autorisés à passer par le poste frontière inoccupé de E._, les camions qu'elle utilise parcourraient moins de 500 mètres sur le territoire suisse avant de rejoindre la France. Dans la mesure où il a été retenu que la recourante 1 ne peut pas se prévaloir d'une exception à l'obligation de passage par un poste frontière désigné et où elle n'est donc pas autorisée à faire passer des camions d'exportation par le poste frontière inoccupé de E._, sa conclusion tendant à l'exonération de la RPLP s'agissant de ces camions doit être rejetée.
9.2. Subsidiairement, la recourante 1 sollicite le paiement d'une redevance forfaitaire, en invoquant une charge disproportionnée.
9.2.1. La redevance poids lourds est calculée sur la base du poids total autorisé du véhicule et du kilométrage (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, intitulé "taxation forfaitaire à titre exceptionnel", lorsque le calcul de la redevance sur la base des prestations s'avère impossible ou lorsqu'il entraînerait des frais disproportionnés, il est possible de percevoir, à titre exceptionnel, des redevances forfaitaires. Il ne doit en résulter ni diminution du produit de la redevance, ni distorsions de la concurrence (al. 1).
9.2.2. En l'occurrence, la recourante 1 fait valoir les frais disproportionnés que génère le paiement de la redevance, ce qui correspond au résultat final du calcul de la redevance. Dès lors que le calcul lui-même de la redevance n'entraîne pas de frais disproportionnés, il n'y a toutefois pas lieu d'envisager une perception forfaitaire. En outre, ce n'est que dans l'hypothèse où la recourante 1 serait autorisée à faire circuler les camions destinés à l'exportation par l'ancien poste frontière de E._ que la question de l'impossibilité du calcul de la redevance pourrait se poser du fait de la brièveté du trajet effectué sur le sol suisse et du fait qu'il ne s'agirait plus d'un passage officiel. Comme les camions de la recourante 1 destinés à l'exportation doivent passer par le poste frontière de H._, la question d'une taxation forfaitaire ne se pose pas non plus de ce point de vue.
9.2.3. Il s'ensuit que le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé la RPLP, en particulier son art. 9, en retenant que les conditions de la perception forfaitaire de la RPLP ne sont pas réunies en l'espèce.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. S uccombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fédérale des douanes, Direction générale des douanes, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 21 juillet 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber