Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.
Das Obergericht des Kantons Zürich stellte mit Urteil vom 20. April 2016 fest, dass der Beschwerdeführer die Tatbestände der mehrfachen versuchten einfachen Körperverletzung, der Drohung und des Vergehens gegen das Waffengesetz im Zustand der nicht selbst verschuldeten Schuldunfähigkeit erfüllt habe. Es sah von einer Strafe ab und ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> an. Dem Beschwerdeführer wurde der vorzeitige Antritt der Massnahme bewilligt. Er war seit dem 30. Dezember 2015 in der Psychiatrischen Klinik A._ untergebracht; zur Zeit befindet er sich in der Psychiatrischen Universitätsklinik B._.
Am 16. August und 20. Oktober 2016 ersuchte der Beschwerdeführer um Aufhebung bzw. bedingte Entlassung aus dem Vollzug der stationären Massnahme, eventualiter um Umwandlung in eine ambulante Therapie.
Das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich wies das Gesuch am 6. Dezember 2016 ab. Einen dagegen gerichteten Rekurs wies die Justizdirektion des Kantons Zürich mit Verfügung vom 20. Februar 2017 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies eine dagegen gerichtete Beschwerde am 12. April 2017 ab, soweit es darauf eintrat.
Der Beschwerdeführer wendet sich mit Eingabe vom 2. Mai 2017 an das Bundesgericht und beantragt sinngemäss die Aufhebung des Entscheids. Er führt aus, die Aufrechterhaltung der Massnahme sei weder nötig noch rechtens. Er habe keine Anzeichen einer Krankheit. Es bestehe keine Selbst- oder Fremdgefährdung. Er habe keine Motivation mehr für eine Massnahme und weigere sich, stationär behandelt zu werden. <ref-law> sei ausschliesslich für Straftäter gedacht, die an einer schweren psychischen Störung litten. Er sei symptomfrei und könne nicht gesunder werden. Ein Fortschritt in seiner Therapie sei nicht mehr möglich. Er sollte daher schon entlassen sein, zumal seine Legalprognose einwandfrei sei. Zudem sei die Dauer der Massnahme unverhältnismässig. Eine ambulante Therapie würde er auf freiwilliger Basis weiterführen.
Die Beschwerdeergänzungen des Beschwerdeführers vom 13. Juni und 7. Juli 2017 können nicht berücksichtigt werden, da sie erst nach Fristablauf eingereicht wurden (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
2.
Gegenstand des Verfahrens bildet alleine die Aufhebung der Massnahme bzw. die bedingte Entlassung aus dem Vollzug der stationären Massnahme. Soweit der Beschwerdeführer mit seinen Vorbringen und Ausführungen über den Verfahrensgegenstand hinaus geht, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das ist z. B. der Fall, soweit der Beschwerdeführer seine Unterbringung im geschlossenen Setting beanstandet.
3.
Der Täter wird gemäss <ref-law> aus dem stationären Vollzug der Massnahme bedingt entlassen, sobald sein Zustand es rechtfertigt, dass ihm Gelegenheit gegeben wird, sich in der Freiheit zu bewähren. Voraussetzung für die bedingte Entlassung ist eine günstige Prognose. Die Prognose ist günstig, wenn zu erwarten ist, dass der Betroffene keine weiteren Straftaten begehen wird, die mit der behandelten Störung in Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 1.2).
Eine Massnahme, für welche die Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sind, ist aufzuheben (<ref-law> Abs. 6 StGB). Aufgehoben wird eine Massnahme u.a. dann, wenn deren Durch- oder Fortführung als aussichtslos erscheint (<ref-law>). Dies ist namentlich der Fall, wenn sich im Laufe ihres Vollzugs herausstellt, dass eine therapeutische Besserung nicht mehr zu erwarten ist bzw. eine deutliche Verminderung der Gefahr weiterer Taten nicht mehr erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 3.7; <ref-ruling> E. 5.2).
Die Vollzugsbehörde prüft auf Gesuch hin oder von Amtes wegen, ob und wann der Täter aus dem Vollzug der Massnahme bedingt zu entlassen oder die Massnahme aufzuheben ist. Sie beschliesst darüber mindestens einmal jährlich. Vorher hört sie den Eingewiesenen an und holt einen Bericht der Leitung der Vollzugseinrichtung ein (<ref-law>).
4.
Das Verwaltungsgericht lehnt die Aufhebung der Massnahme bzw. die bedingte Entlassung des Beschwerdeführers ab. In der Sache führt es unter Verweis auf die Ausführungen der Justizdirektion aus, dass der Verlauf der Massnahme zwar positiv zu bewerten sei. Es hätten erste Schritte hin zu einer Krankheits- und Deliktseinsicht erarbeitet werden können. Im aktuellen Setting bestehe eine Medikamentencompliance und seien akutpsychotische Symptome nicht mehr erkennbar. Der Zustand des Beschwerdeführers, welchem u.a. eine paranoid-halluzinatorische Schizophrenie diagnostiziert worden sei, habe sich insofern leicht verbessert und stabilisiert. Eine bedingte Entlassung sei indessen noch verfrüht. Eine engmaschige Betreuung und Etablierung einer Tagesstruktur sei weiterhin notwendig. Es müsse auch eine tiefergehende Auseinandersetzung mit den Delikten stattfinden. Eine dauerhafte psychische Stabilität und eine deutliche Reduktion des Rückfallrisikos sei u.a. nur mit Krankheitseinsicht und Suchtmittelabstinenz möglich. Daran müsste gearbeitet werden. Anlässlich seiner Flucht im Dezember 2016 habe der Beschwerdeführer erneut Cannabis konsumiert, was angesichts seiner Diagnose besonders bedenklich sei. Auch sein erneutes Entweichen am 5. März 2017 lasse an der von ihm bekräftigten Stabilität und insbesondere daran zweifeln, dass er den Vorgaben z.B. betreffend Medikamenteneinnahme zuverlässig nachkommen werde.
Inwiefern diese Erwägungen willkürlich (vgl. <ref-law>) oder sonstwie bundesrechtswidrig sein könnten, ergibt sich aus der Beschwerde nicht und ist auch nicht ersichtlich. Dass im aktuellen Setting eine Medikamentencompliance besteht und keine akutpsychotischen Symptome mehr erkennbar sind, lässt nicht den Schluss zu, die Massnahme sei nicht mehr notwendig bzw. der Beschwerdeführer sei bedingt zu entlassen. Von der Aussichtslosigkeit der Massnahme ist, worauf das Verwaltungsgericht ohne Rechtsverletzung verweist, schon aufgrund der kurzen Behandlungsdauer noch nicht auszugehen. Unbestritten ist im Übrigen, dass die Massnahme grundsätzlich zwar positiv verläuft und sich der Zustand des Beschwerdeführers (leicht) verbessert und stabilisiert hat. Entscheidend ist jedoch, dass die mit der schweren psychischen Störung zusammenhängende Rückfallgefahr durch die Behandlung noch nicht ausreichend vermindert werden konnte. Der Vorschlag des Beschwerdeführers, sich freiwillig ambulant behandeln zu lassen, ist unbehelflich. Denn auch die Anordnung einer ambulanten Behandlung nach der bedingten Entlassung vermag nichts daran zu ändern, dass derzeit - wie das Verwaltungsgericht ohne Rechtsverletzung erwägt - noch nicht davon ausgegangen werden kann, er könnte sich in Freiheit bewähren.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
5.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands ist in Anwendung von <ref-law> wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen. Ausnahmsweise ist jedoch von einer Kostenauflage abzusehen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill