Sachverhalt:
A.
A._ wird gestützt auf die Belastungen seiner Tochter B._ (geb. 2001) vorgeworfen, diese in der Zeit zwischen September 2014 und Dezember 2015 zu gravierenden sexuellen Handlungen gezwungen zu haben. Er bestreitet die Vorwürfe. Im Vorverfahren stellte er unter anderem den Beweisantrag, es sei das von der Tochter im mutmasslichen Tatzeitraum benutzte Mobilfunktelefon (inkl. SIM-Karte) sicherzustellen und auszuwerten. Die Staatsanwaltschaft verfügte die Ablehnung des Beweisantrags. Dieser sei nicht geeignet, hinsichtlich der im Raume stehenden Vorwürfe entlastend zu wirken.
B.
Am 25. April 2016 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich im Beschwerdeverfahren die von A._ geltend gemachte Verfahrensrelevanz der entsprechenden Kommunikationsdaten. Die Staatsanwaltschaft wurde angewiesen, das Mobilfunktelefon von B._ sicherzustellen, nicht jedoch, dieses zu beschlagnahmen oder auszuwerten, da B._ noch die Siegelung verlangen könne. In der Folge erging am 9. Mai 2016 eine Editionsverfügung der Staatsanwaltschaft. B._ übergab das Mobilfunktelefon zum Spiegeln und verlangte gleichzeitig die Siegelung.
C.
In der Folge stellte die Staatsanwaltschaft kein Entsiegelungsgesuch. Am 6. Juni 2016 beantragte A._ beim Zwangsmassnahmengericht die Entsiegelung und Durchsuchung des Mobilfunktelefons. Am 18. Juli 2016 stellte er ein zweites Entsiegelungsgesuch für das "alte" Handy, das B._ bis kurz nach Beginn der Strafuntersuchung verwendet hatte (ohne SIM-Karte; diese sei nach Angaben von B._ beim Wechseln der Karte kaputt gegangen und nicht mehr vorhanden). Das alte Mobiltelefon (sowie die bereits gespiegelten Daten des "neuen" Handys) wurden auf entsprechende Aufforderung an das Zwangsmassnahmengericht übermittelt. In ihrer Vernehmlassung vom 13. Juni 2016 führte die Staatsanwaltschaft aus, ihres Erachtens bestehe hinsichtlich der gesiegelten Unterlagen ein Verwertungsverbot. Unter diesen Umständen sei es "sinnwidrig", ein Entsiegelungsgesuch zu stellen und gleichzeitig zu beantragen, die Entsiegelung sei abzuweisen. Hingegen müsse es bei gewissen Konstellationen möglich sein, dass auch eine Partei ein entsprechendes Gesuch stellen könne. Die Staatsanwaltschaft vertrete daher die Meinung, dass - entgegen dem gesetzlichen Wortlaut - auf das Entsiegelungsbegehren von A._ einzutreten sei.
Mit Verfügung vom 18. Oktober trat das Zwangsmassnahmengericht auf die beiden Entsiegelungsgesuche von A._ mangels Gesuchslegitimation nicht ein.
D.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A._ die Aufhebung der Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts und die Rückweisung zur neuen Beurteilung.
Das Zwangsmassnahmengericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. B._ beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. A._ hat sich nicht mehr geäussert.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1.1 S. 197; <ref-ruling> E. 2 S. 59 mit Hinweisen; vgl. Art. 29 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
1.2. Das angefochtene Urteil ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Strafsache (<ref-law>). Es handelt sich nicht um einen Endentscheid (<ref-law>), sondern um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde in Strafsachen - von hier nicht gegebenen Spezialfällen abgesehen (insbesondere <ref-law>) - nur zulässig ist, wenn die rechtsuchende Person einen drohenden nicht wieder gutzumachenden Nachteil darzulegen vermag (<ref-law>; vgl. nicht publ. E. 1.3 von <ref-ruling>; Urteile 1B_85/2016 vom 20. September 2016 E. 1.4; 1B_273/2015 vom 21. Januar 2016 E. 1). Nach ständiger Praxis des Bundesgerichtes muss dabei ein konkreter rechtlicher Nachteil drohen, der auch durch einen (für die beschwerdeführende Partei günstigen) End- oder anderen Entscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 1.1-1.2 S. 291; <ref-ruling> E. 2.1 S. 173 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 95; <ref-ruling> E. 1.2 S. 263; je mit Hinweisen).
1.3. Bei Beschwerden wegen formeller Rechtsverweigerung (<ref-law>) verzichtet das Bundesgericht auf das Erfordernis eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils i.S.v. <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.1 S. 5; Urteil 1B_312/2016 vom 10. November 2016 E. 1; je mit Hinweisen). Dieses Verfahrensgrundrecht wurde vom Beschwerdeführer jedoch nicht angerufen (<ref-law>).
1.4. Der Beschwerdeführer bringt vor, wegen der Verneinung der Gesuchslegitimation durch die Vorinstanz drohe ihm ein nicht wieder gutzumachender Nachteil. Komme es nicht zur Entsiegelung der Mobiltelefone, so könne er die darauf gespeicherten Informationen nicht zu seiner Entlastung in das Verfahren einbringen. Die Geräte müssten der Eigentümerin zurückgegeben werden und diese könne danach die Informationen verändern oder vernichten, so dass sie im weiteren Verlauf des Verfahrens wahrscheinlich nicht mehr erhältlich gemacht werden könnten. Zurückgegeben werden müssten auch die Sicherungskopien.
Um den vom Beschwerdeführer geltend gemachten drohenden Beweisverlust zu verhindern, haben das Obergericht bzw. das Zwangsmassnahmengericht die Staatsanwaltschaft angewiesen, Sicherungskopien der Mobiltelefone zu veranlassen und sicherzustellen, damit der Beschwerdeführer den Antrag auf deren erneute Beschlagnahme und Auswertung ohne Rechtsnachteil auch später, namentlich vor dem erstinstanzlichen Gericht, stellen könne. Die Beschwerdegegnerin erklärte sich damit einverstanden. Dieses Vorgehen erscheint in der vorliegenden Konstellation zielführend und die Behörden sowie die Beschwerdegegnerin sind auf ihren Anordnungen bzw. Erklärungen zu behaften. Damit bleiben die Sicherungskopien bei den Akten. Bei dieser Sachlage erweisen sich die Befürchtungen des Beschwerdeführers und Beschuldigten, dass ihm als Folge des vorinstanzlichen Nichteintretensentscheids ein definitiver Beweisverlust für den Entlastungsbeweis droht, als unbegründet. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil i.S.v. <ref-law> ist somit nicht gegeben.
2.
Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trüge an sich der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, das gutzuheissen ist (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1. Es werden keine Kosten erhoben.
2.2. Rechtsanwältin Ganden Tethong wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtliche Verteidigerin eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Zwangsmassnahmengericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Misic