Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° 536 du registre foncier de la commune bernoise de Roches, sise en zone agricole. Par décision du 30 octobre 2003, la commune de Roches a octroyé au prénommé un permis de construire pour la transformation d'un des deux bâtiments se trouvant sur ce bien-fonds en maison d'habitation avec un abri pour voitures. Elle n'a cependant pas consulté l'instance cantonale compétente pour se prononcer sur les projets prévus hors de la zone à bâtir. A._ a par la suite réalisé son projet de construction.
Par décision du 29 juin 2007, la commune de Roches a accordé à A._ le permis de construire un court de tennis sur la parcelle n° 536, malgré le refus de la Direction de la justice, des affaires communales et des affaires ecclésiastiques du canton de Berne d'accorder une dérogation fondée sur l'art. 24 LAT. Par décision du 21 octobre 2009, sur injonction de la Préfecture de Moutier (devenue la Préfecture du Jura bernois), la commune de Roches a prononcé la révocation du permis de construire le court de tennis et a exigé que l'intéressé remette son terrain en état. Cette décision a été confirmée, le 20 octobre 2011, par la Direction des travaux publics, des transports et de l'énergie du canton de Berne (ci-après: la Direction des travaux publics), qui a en outre chargé la commune de mener une procédure de constatation de nullité ou de révocation du permis de construire du 30 octobre 2003. Par jugement du 19 septembre 2012, le Tribunal administratif du canton de Berne a rejeté le recours déposé par l'intéressé contre la décision du 20 octobre 2011.
B.
Par décision du 17 novembre 2014, la commune de Roches a constaté la nullité du permis de construire accordé le 30 octobre 2003. Elle a néanmoins renoncé à exiger le rétablissement de l'état conforme à la loi et a jugé que les constructions existantes sur la parcelle litigieuse pouvaient être entretenues et/ou réparées, mais que toute transformation et/ou démolition suivie d'une reconstruction étaient interdites. La Direction des travaux publics a confirmé la décision du 17 novembre 2014, par décision du 21 septembre 2015.
Par jugement du 25 mai 2016, le Tribunal administratif du canton de Berne a rejeté le recours dirigé contre la décision du 21 septembre 2015, dans la mesure de sa recevabilité. Il a notifié son jugement à l'Office fédéral du développement territorial.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Office fédéral du développement territorial demande au Tribunal fédéral de confirmer les décisions des trois instances précédentes en ce qui concerne la nullité du permis de construire communal du 30 octobre 2003 pour la transformation et l'agrandissement d'une grange en maison d'habitation, mais de les annuler en ce qui concerne le renoncement à des mesures de rétablissement de l'état conforme au droit relatif au fait de tolérer l'état illicite sur la parcelle précitée. Il sollicite aussi le renvoi des dossiers à la commune afin qu'elle entame une procédure de rétablissement de l'état conforme au droit.
La Direction des travaux publics et le Tribunal administratif ont renoncé à se déterminer. L'intimé et la commune concluent au rejet du recours. Un deuxième échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les parties ont maintenu leurs conclusions respectives. L'intimé a déposé d'ultimes observations, par courrier du 27 février 2017.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un jugement pris en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
L'Office fédéral du développement territorial a la qualité pour recourir (<ref-law> en relation avec l'art. 48 al. 4 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [OAT; RS 700.1]). Il dispose d'un droit d'intervention afin d'assurer une application uniforme du droit fédéral et peut recourir contre un arrêt cantonal susceptible de violer la LAT. Pour la même raison, l'interdiction de la reformatio in pejus, applicable devant la cour cantonale (art. 84 al. 2 de la loi sur la procédure et la juridiction administratives du 23 mai 1989 [LPJA; RS/BE 155.21), ne l'est pas devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 363). Le droit d'être entendu de l'intéressé doit toutefois être respecté (art. 29 al. 2 Cst.; arrêt 1C_189/2008 du 8 juillet 2008 consid. 1.2). En l'occurrence, l'intimé s'est déterminé sur le recours, ce qui satisfait à cette exigence.
Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Dans sa réponse du 7 novembre 2016, l'intimé fait valoir des faits nouveaux qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué (l'ancien maire de la commune - à qui il aurait demandé conseil - n'aurait pas su clairement quelle était l'autorité compétente pour l'octroi de la dérogation; lors de l'instruction de la procédure d'opposition en 2003 la compétence cantonale n'aurait pas été mentionnée; le contenu de la prise de position de l'Office cantonal de la protection des eaux du 18 juillet 2003; la parcelle n° 536 aurait été achetée au prix d'un terrain constructible). Ces allégations nouvelles sont irrecevables devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
3.
Il n'est pas contesté que le permis de construire octroyé le 30 octobre 2003 est nul dans la mesure où l'autorité cantonale compétente ne l'a pas approuvé conformément à l'art. 25 al. 2 LAT. Il y a en revanche lieu d'examiner si la renonciation à titre exceptionnel à l'ordre de remise en l'état viole gravement le principe de la séparation du bâti et du non-bâti, comme le fait valoir l'Office fédéral recourant.
3.1. Dans le canton de Berne, l'art. 46 de la loi sur les constructions du 9 juin 1985 (LC; RS/BE 721.0) traite du rétablissement de l'état conforme à la loi. L'al. 2 let. e de cette disposition prévoit qu'en cas de refus du permis de construire, l'autorité décide simultanément si et dans quelle mesure l'état conforme à la loi doit être rétabli. Le rétablissement de l'état conforme au droit revêt une importance particulière pour la mise en application correcte du droit des constructions et pour le respect des zones. Les constructions élevées de manière illicite et qui ne peuvent pas être légalisées ultérieurement doivent en principe être éliminées (Zaugg/Ludwig, Baugesetz des Kantons Bern, 4 ème édition 2013, n. 8 ad art. 46). Dans ce cadre, il incombe aux cantons de veiller, par une organisation appropriée de la police des constructions, à ce que le droit fédéral soit observé sur leur territoire (ROBERT MUGGLI, Commentaire pratique LAT: Construire hors zone à bâtir, 2017, n. 36 ad Remarques préliminaires art. 24 à 24e et 37a).
Selon la jurisprudence, l'intérêt public lié au respect du principe - de droit fédéral (art. 14 al. 2 et 22 al. 2 let. a LAT) - de la séparation entre les parties constructibles et non constructibles du territoire revêt un poids très important. En règle générale, les constructions érigées sans droit en zone agricole doivent être éliminées, à moins que - à titre exceptionnel - l'écart constaté par rapport à ce qu'admet le droit se révèle mineur et qu'une remise en état ne soit pas dans l'intérêt public. La jurisprudence réserve encore les situations dans lesquelles le bénéficiaire de l'autorisation de construire frappée de nullité pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire (<ref-ruling> consid. 6 p. 364 s.; <ref-ruling> consid. 6 p. 35).
3.2. En l'occurrence, après avoir procédé à une pesée des intérêts, la commune a renoncé à titre exceptionnel au rétablissement de l'état conforme à la loi, en prenant en considération le temps déjà écoulé. Elle n'a limité le droit de propriété de l'intimé qu'en ce sens où elle a interdit toute rénovation, transformation et démolition suivie d'une reconstruction du bâtiment litigieux, du couvert pour trois voitures, de l'escalier de quatre marches et du mur de soutènement, tout en autorisant leur entretien ou leur réparation. Cette appréciation a été partagée par la Direction des travaux publics, autorité cantonale compétente en matière de rétablissement de l'état conforme au droit.
Sur recours du constructeur, le Tribunal administratif a considéré que la mesure prononcée ne saurait être qualifiée de sévère puisqu'elle se limite à empêcher à l'avenir une accentuation de l'illicéité de la construction et du changement d'affectation effectués. Il a ajouté que, vu l'intérêt public majeur visant à distinguer fondamentalement entre les zones constructibles et les zones non constructibles, on pourrait même se demander si celui-ci ne justifierait pas des mesures plus incisives. Il a toutefois renoncé à trancher la question, dans la mesure où une reformatio in pejus était exclue au stade du recours devant lui (art. 84 LPJA).
3.3. Saisi d'un recours de l'Office fédéral du développement territorial, le Tribunal fédéral doit examiner si, en renonçant à ordonner la remise en état conforme au droit, la cour cantonale a violé le droit fédéral. En d'autres termes, la question est de savoir si l'autorité cantonale, dans le cas d'espèce, n'avait pas d'autre choix, en application du droit fédéral, que d'ordonner l'élimination des constructions illicites. S'agissant ici, en particulier, d'une dérogation importante au caractère non constructible de la zone agricole, l'application correcte du droit fédéral imposait à l'autorité cantonale d'ordonner le rétablissement de la situation conforme au droit.
Les travaux de transformation effectués sur le bâtiment litigieux situé en zone agricole ne sont pas susceptibles d'être reconnus comme conformes au droit, point qui n'est plus contesté devant le Tribunal fédéral. Ces travaux ont pour conséquence de tolérer un nouveau logement non agricole hors de la zone à bâtir; de par leur portée, ils ne sauraient être qualifiés de dérogation mineure au principe de séparation des zones constructibles et non constructibles (art. 75 al. 1 Cst. et 1 al. 1 LAT). Il existe en effet un intérêt public important, maintes fois rappelé par la jurisprudence, à ce que le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti soit respecté. Cette séparation doit, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (ATF <ref-ruling> consid. 6.4 p. 40; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c publié in ZBl 2002 p. 364). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, ne sont pas supprimées mais tolérées indéfiniment, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé (arrêt 1C_143/2015 du 13 novembre 2015 consid. 2.4). S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. ATF <ref-ruling> consid. 6.4 p. 40; <ref-ruling> consid. 6b p. 225; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c in ZBl 2002 p. 364) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi.
En outre, les intérêts publics lésés justifient le dommage que la remise en état causerait au propriétaire. En effet, les règles relatives à la délimitation de la zone à bâtir, respectivement à la prohibition de construire hors des zones à bâtir, répondent à une préoccupation centrale de l'aménagement du territoire (art. 75 al. 1 Cst., 1 al. 1 LAT); l'intérêt public sur lequel elles sont fondées ne peut qu'être qualifié d'important (<ref-ruling> consid. 5c p. 151). Il l'emporte sur l'intérêt privé purement financier du recourant à s'opposer au rétablissement d'une situation conforme au droit (arrêt 1C_101/2011 du 26 octobre 2011 consid. 2.4).
Enfin, l'intimé ne pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire. A cet égard, il peut être renvoyé à l'argumentation pertinente développée par l'instance précédente (cf. arrêt attaqué consid. 4; <ref-law>). L'instance précédente a en effet constaté - sans que cela ne soit désormais contesté - que l'intéressé devait se laisser imputer le fait que l'architecte qui l'a conseillé connaissait ou devait connaître l'illicéité du permis de construire octroyé par la commune. En effet, une demande de dérogation au sens de l'art. 24 LAT, visant la transformation et le changement d'affectation du bâtiment, avait été expressément formulée dans la demande de permis de construire. L'intéressé devait donc savoir que la construction litigieuse nécessitait une dérogation délivrée par une autorité cantonale. S'ajoutait à cela que l'Office des affaires communales et de l'organisation du territoire lui avait exposé les conditions d'octroi d'une autorisation de construire en zone agricole ou d'une dérogation au sens de l'art. 24 LAT, s'agissant de son projet d'aménager un court de tennis, en mars et en mai 2004, soit avant qu'il débute les travaux litigieux.
L'intimé ne conteste plus ne pas devoir connaître le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti. Il soutient uniquement qu'il pouvait de bonne foi tenir la commune pour compétente pour l'octroi de la dérogation au sens de l'art. 24 LAT, au motif qu'il n'y aurait aucune référence à l'autorité compétente pour l'octroi de la dérogation et aucun renvoi à la LC ni dans les formulaires officiels pour la demande de permis de construire ni dans la décision du 30 octobre 2003. Cet argument doit être écarté puisque, sur le formulaire de demande de permis de construire signé par l'intimé et son architecte, dans la rubrique intitulée "demande de dérogation", la case avec un renvoi aux art. 24 LAT et 81 ss LC a été cochée. Or l'art. 84 al. 1 LC indique que le service compétent de la Direction de la justice, des affaires communales et des affaires ecclésiastiques statue sur la conformité à l'affectation de la zone des projets de construction hors de la zone à bâtir et sur les demandes de dérogation au sens des articles 24 à 24e et 37a LAT.
S'ajoute à cela que le délai de péremption de trente ans auquel est soumise, selon la jurisprudence, la remise en état n'est pas échu en l'espèce (cf. ATF <ref-ruling> consid. 6.3 p. 39; arrêt 1C_318/2013 du 10 décembre 2013 consid. 4.1.2 publié in SJ 2014 I 280 et les références citées).
3.4. Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure ne pouvait pas, sans violer le droit fédéral, renoncer à titre exceptionnel au rétablissement de la situation conforme au droit. Il convient donc de lui renvoyer la cause afin qu'elle ordonne la remise en état du bâtiment litigieux. Il lui appartiendra de déterminer les modalités de cette remise en état, notamment de décider si elle doit s'opérer sous la forme d'un rétablissement de l'état initial du bâtiment non habitable ou de sa démolition totale. La commune s'assurera enfin de l'exécution de cette remise en état.
4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours de l'Office fédéral du développement territorial doit être admis. L'arrêt attaqué, la décision de la commune du 17 novembre 2014 ainsi que la décision de la Direction des travaux publics du 21 septembre 2015 sont annulés, en tant qu'ils renoncent au rétablissement conforme au droit du bâtiment litigieux. La cause est renvoyée à la commune pour nouvelle décision au sens des considérants.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision de la commune du 17 novembre 2014, la décision de la Direction des travaux publics du 21 septembre 2015 et l'arrêt attaqué sont annulés en tant qu'ils renoncent au rétablissement conforme au droit du bâtiment litigieux; la cause est renvoyée à la commune pour nouvelle décision au sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué à l'Office fédéral du développement territorial, aux mandataires de l'intimé et de la commune de Roches, à la Direction des travaux publics, des transports et de l'énergie du canton de Berne, et à la Cour des affaires de langue française du Tribunal administratif du canton de Berne.
Lausanne, le 2 juin 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
La Greffière : Tornay Schaller