Faits :
A.
Par jugement du 31 octobre 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné X._ pour contrainte sexuelle (<ref-law>) à une peine privative de liberté de trente mois, dont quinze mois ferme, sous déduction de la détention avant jugement, et quinze mois avec sursis, avec un délai d'épreuve de trois ans. Il a suspendu l'exécution de la peine privative de liberté au profit d'un traitement institutionnel en milieu ouvert (<ref-law>). Le temps que la mesure puisse être mise en place, il a ordonné le maintien de l'intéressé en détention pour des motifs de sûreté.
En substance, ce jugement repose sur les faits suivants:
A.a. Il était reproché à X._ d'avoir immobilisé une patiente de la Clinique B._, où il était soigné, de lui avoir introduit la main dans le slip, puis ses doigts dans le sexe, et de l'avoir forcée à lui prodiguer une fellation.
A.b. Dans un rapport d'expertise, daté du 12 juillet 2013, l'expert posait un diagnostic de schizophrénie paranoïde, de traits de la personnalité dyssociale et d'utilisation nocive pour la santé de cannabis. Il constatait que l'expertisé présentait une certaine dangerosité et un risque de récidive réel et important. Pour diminuer ce risque, il préconisait un traitement psychiatrique visant à la stabilisation de la symptomatologie psychotique, en milieu hospitalier spécialisé ouvert, d'une durée suffisamment longue. Selon l'expert, une hospitalisation en milieu fermé ne paraissait pas adaptée, car, lors de son incarcération, l'expertisé avait présenté un épisode de décompensation aiguë.
B.
B.a. Le 28 novembre 2013, X._ a été transféré de C._ vers la Clinique B._.
B.b. Dans un rapport du 24 février 2014, puis dans un rapport du 21 juillet 2014, les médecins de la Clinique B._ ont informé le Service d'application des peines et mesures (ci-après: SAPEM) que X._ présentait un risque hétéro-agressif majeur et que le rôle thérapeutique de l'équipe infirmière n'était plus possible en raison de ce risque.
C.
C.a. Par décision du 24 juillet 2014, le SAPEM a ordonné la réintégration de X._ en milieu pénitentiaire fermé dans l'attente de la décision du Tribunal d'application des peines et des mesures (ci-après: TAPEM) au sens de l'<ref-law>. Il est indiqué que la décision est exécutoire nonobstant recours, aucune voie de droit n'étant mentionnée.
C.b. Le 25 juillet 2014, X._ a été de nouveau incarcéré à C._.
C.c. Dans un rapport du 18 novembre 2014, le Service de médecine et de psychiatrie pénitentiaires de C._ a constaté que X._ poursuivait un traitement psychiatrique et psychothérapeutique au sein de la prison et que son adhésion était satisfaisante, même s'il se montrait des fois oppositionnel et qu'il avait dû être hospitalisé à deux reprises pour cette raison. Il ajoutait que le patient demeurait dans le déni face aux infractions commises et minimisait les faits à l'origine de son incarcération et de son retour en milieu fermé.
D.
D.a. Lors de l'examen annuel de la mesure de X._ (art. 62 d CP), le TAPEM a considéré, par jugement du 19 mars 2015, qu'il n'était pas compétent pour constater l'illicéité des conditions de détention à C._ avec indemnisation. Il a admis que le SAPEM était compétent pour rendre la décision du 24 juillet 2014 et que la rétention de X._ à C._ du 18 au 29 novembre 2013 et depuis le 24 juillet 2014 était licite. Comme la situation de crise était résolue, il a ordonné la réintégration de X._ dans un établissement ouvert.
D.b. Le 22 avril 2015, X._ a été transféré en milieu ouvert.
E.
E.a. Le 27 mars 2015, X._ a déposé un recours contre la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM.
E.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par X._. En résumé, elle a considéré que le SAPEM était compétent pour rendre la décision attaquée, elle a écarté les griefs de nature formelle (violation du droit d'être entendu, l'absence de notification, de motivation, d'indication des voies de recours et de défenseur d'office) et a jugé que les conditions de l'<ref-law> étaient réalisées.
F.
F.a. Le 27 mars 2015, X._ a également formé un recours contre le jugement rendu le 19 mars 2015 par le TAPEM.
F.b. Par arrêt du 3 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a admis partiellement le recours déposé par X._, dans la mesure de sa recevabilité, et a annulé le jugement attaqué en tant que le TAPEM avait décliné sa compétence pour examiner les conditions d'exécution de la mesure subie par X._.
G.
Contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre la décision du TAPEM, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il soit constaté la nullité de la décision du SAPEM, l'illicéité de la rétention en milieu fermé subie à C._ du 31 octobre 2013 au 28 novembre 2013 et du 25 juillet 2014 au 22 avril 2015, ainsi que la violation des art. 3, 5, 6 et 13 CEDH. A titre subsidiaire, il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Parallèlement, il dépose un recours en matière pénale contre l'arrêt du 3 septembre 2015 rendu sur recours contre la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM (6B_1040/2015).

Considérant en droit :
1.
1.1.
1.1.1. Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, à savoir, en particulier, l'accusé (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF).
Le recourant doit avoir un intérêt actuel et pratique au traitement de son recours (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3). Selon la jurisprudence, lorsque la détention a pris fin, il n'y a en règle générale plus d'intérêt pratique et actuel à traiter un recours contre cette dernière (<ref-ruling> consid. 4a p. 397).
Toutefois, dans des circonstances particulières, il se justifie d'examiner le recours au fond malgré la libération du recourant (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Il en va notamment ainsi lorsque le recourant invoque une violation de l'art. 5 CEDH (<ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 302) et requiert une indemnité pour détention illicite (arrêt 6B_617/2015 du 27 août 2015 consid. 2.3).
1.1.2. Dans la mesure où le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir dénié le caractère illicite de sa détention, il a donc un intérêt à l'annulation de l'arrêt attaqué.
1.2.
1.2.1. En règle générale, une décision de renvoi ne met pas fin à la procédure et constitue une décision incidente qui ne peut faire séparément l'objet d'un recours qu'aux conditions prévues à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 101; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 216 s.; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 481). En principe, elle n'est pas susceptible de causer un préjudice irréparable aux parties, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul accroissement des frais de celle-ci n'étant pas considérés comme des éléments constitutifs d'un tel dommage (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 429 s.). En conséquence, elle ne pourra donc pas faire l'objet d'un recours direct au Tribunal fédéral, mais devra être attaquée avec la décision finale (<ref-law>).
1.2.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que la détention pour des motifs de sûreté entre le 31 octobre et le 28 novembre 2013 était licite au regard des 229 ss CPP et a en conséquence rejeté le recours sur ce point. En revanche, elle a admis le recours en tant que le TAPEM avait décliné sa compétence pour examiner les conditions d'exécution de la mesure subie par X._ du 25 juillet 2014 au 22 avril 2015, annulé l'arrêt attaqué sur ce point et renvoyé la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En conséquence, le recourant n'a pas qualité pour se plaindre devant le Tribunal fédéral de violations de la CEDH en relation avec les conditions de la détention entre le 25 juillet 2014 et le 22 avril 2015.
2.
Dénonçant la violation de son droit d'être entendu et du principe d'égalité des armes, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté sa requête tendant à la production du dossier en lien avec son arrivée à B._. Selon le recourant, le rejet des preuves sollicitées aurait pour conséquence qu'il n'a pas été en mesure de développer valablement des arguments en lien avec la conclusion en constatation de l'illicéité de la détention qu'il a subie à C._ du 31 octobre 2013 au 28 novembre 2013.
Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend celui de produire ou de faire administrer des preuves, mais à condition qu'elles soient pertinentes (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 293).
La cour cantonale a considéré que le recourant était forclos à se plaindre près de deux ans plus tard de la licéité de sa détention de sûreté, de sorte que la demande d'administration de preuves du recourant était dénuée de pertinence (arrêt attaqué p. 7). Le recourant n'explique pas en quoi le dossier dont il requiert la production pourrait, dans ces circonstances, influer sur l'issue du jugement. Insuffisamment motivé (<ref-law>), le grief soulevé est irrecevable.
3.
Dénonçant la violation des art. 3, 5, 6 et 13 CEDH, le recourant soutient que sa détention pour des motifs de sûreté à C._ entre le 31 octobre 2013 et le 28 novembre 2013 était illicite.
La cour cantonale a constaté que le recourant n'avait pas formé de recours contre la décision de mise en détention de sûreté, ni demandé sa mise en liberté, au cas où il considérait que les conditions n'en étaient plus remplies. Elle a ajouté que la détention pour des motifs de sûreté n'avait pas non plus dépassé la durée admissible de trois mois (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 97). Dans ces conditions, elle a conclu que le recourant était forclos à se plaindre près de deux ans plus tard de la licéité de sa détention de sûreté. Pour le surplus, la cour cantonale ne s'est pas prononcée sur la licéité de la détention au regard de la CEDH, considérant que le recourant n'avait pas allégué que sa détention se serait déroulée dans des conditions indignes (arrêt attaqué p. 7).
Le recourant laisse entendre qu'il aurait soulevé un tel grief en instance cantonale. Il n'établit cependant pas que son grief aurait été motivé de façon suffisante ni ne prétend que la cour cantonale aurait commis un déni de justice formel en ne le traitant pas. Dans ces conditions, le recourant ne soulève devant le Tribunal fédéral aucun grief tiré d'un déni de justice formel qui satisferait aux exigences de motivation minimale de l'<ref-law>. Il découle de cette situation que son grief tiré de la violation de la CEDH est irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales. Au demeurant, le recourant n'explique pas dans son mémoire fédéral en quoi les art. 3 et 5 CEDH seraient violés. Ses griefs sont donc aussi irrecevables faute de motivation suffisante (<ref-law>).
4.
Le recourant s'en prend à la décision du 24 juillet 2014 du SAPEM. Selon lui, le SAPEM n'était pas compétent pour ordonner son transfert en milieu fermé; en outre, cette décision serait affectée de vices formels (notamment absence de notification et d'indication des voies de recours) et serait infondée (non-réalisation des conditions de l'<ref-law>).
La cour cantonale a expliqué qu'elle seule avait la compétence de revoir les décisions du SAPEM, à l'exclusion du TAPEM; elle avait ainsi examiné cette décision dans le cadre du recours interjeté contre la décision du SAPEM. En conséquence, elle a déclaré ces griefs irrecevables dans le cadre du présent recours (arrêt attaqué p. 10 consid. 4).
Conformément à l'exigence d'épuisement des instances cantonales (<ref-law>), le recourant ne pouvait soulever que des griefs relatifs à l'irrecevabilité. Dans la mesure où il reprend les critiques qu'il a soulevées devant la cour cantonale à l'encontre de la décision du SAPEM, ses griefs sont irrecevables.
5.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé la CEDH en invitant le TAPEM à examiner les conditions de la détention dès le 25 juillet 2014, tout en constatant que la décision du SAPEM était valable.
Dans la décision attaquée, la cour cantonale ne s'est pas prononcée sur la validité de la décision du SAPEM, mais a déclaré les griefs portant sur cette question comme étant irrecevables. Conformément au principe de l'épuisement des instances cantonales, les griefs du recourant ne peuvent porter dès lors que sur la question de la recevabilité. Les griefs soulevés sont irrecevables.
6.
Le recours doit être déclaré irrecevable.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 29 juin 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin