Faits :
A.
A.a. Par contrat du 8 mai 2009, B.M._ et A.M._ ont pris à bail un appartement de quatre pièces au 3e étage d'un immeuble à..., appartenant à X._ SA. Le loyer a été fixé à 20'196 fr. par an, soit 1'683 fr. par mois.
Le 31 août 2009, ils ont également pris à bail un box dans le sous-sol de l'immeuble pour un loyer de 2'400 fr. par an, soit 200 fr. par mois.
A.b. Par courrier du 20 novembre 2013, les locataires ont mis la bailleresse en demeure de réparer un certain nombre de défauts, dont la chaleur excessive dans l'appartement, nécessitant la pose de stores ou de toiles de tente, le manque de propreté des locaux communs de l'immeuble, des infiltrations d'eau dans le parking souterrain et un dysfonctionnement de la porte du garage.
B.
Le 27 décembre 2013, par deux requêtes, l'une concernant l'appartement et l'autre la place de parking, les locataires ont ouvert action contre la bailleresse, concluant notamment à l'exécution de certains travaux et à la réduction des loyers en raison des défauts.
A la suite de l'échec de la conciliation, les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 4 août 2014.
Par jugement du 21 septembre 2015, le Tribunal a notamment accordé aux locataires une réduction du loyer de l'appartement de 5% du 13 avril 2010 jusqu'à l'installation des stores ou des toiles de tente sur le balcon sud (ch. 4), accordé une réduction du loyer du box au sous-sol de 5% du 20 novembre 2013 au 30 septembre 2014 et de 5% (pour la porte du garage défectueuse) du 28 juin 2013 au 31 octobre 2014. Il a rejeté les conclusions en réfection des sols de l'appartement et en réduction pour défauts jusqu'à dite réfection.
Statuant le 5 septembre 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a, sur les points litigieux, réformé ce jugement et a (1) condamné la bailleresse à installer des stores ou des tentes à l'extérieur devant le salon de l'appartement, (2) condamné la bailleresse à procéder à la réfection des sols de l'appartement des locataires par la pose d'une couche résistante de résine qui ne se décolore pas, ni ne tache les matières en contact, (3) accordé aux locataires une réduction du loyer de leur appartement de 7,5% (soit 126 fr. 20 par mois) du 1er novembre 2009 jusqu'à l'installation desdits stores ou toiles (chaleur excessive), de 5% du 1er juillet 2013 au 31 janvier 2015 (soit 1'598 fr. 85) (défaut de propreté des locaux communs) et de 5% (soit 84 fr. 15 par mois) du 24 juin 2014 jusqu'à l'exécution des travaux de revêtement du sol de l'appartement, (4) accordé aux locataires une réduction de loyer du box au sous-sol de 5% entre le 1er juin 2013 et le 30 septembre 2014 (infiltrations d'eau) et de 5% entre le 25 juillet 2012 et le 31 octobre 2014 (défaut de la porte du garage).
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant en substance à ce que les conclusions des locataires en exécution de travaux et en réduction de loyers soient rejetées.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Les locataires intimés ont conclu au rejet du recours et à la confirmation du jugement attaqué.
Les parties ont encore chacune déposé des observations.
L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 7 novembre 2016.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions en libération (<ref-law>) contre une décision prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>) dans une action de remise en état de la chose louée et en réduction du loyer intentée par les locataires, dont la valeur litigieuse en instance cantonale dépasse 15'000 fr., le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 265; <ref-ruling> consid. 4.2).
Si la partie recourante entend invoquer que l'état de fait est incomplet, elle doit également satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>) : il lui incombe de désigner ces faits avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (<ref-law>), partant irrecevables (arrêts 4A_593/2015 du 13 décembre 2016 consid. 2.2; 5A_436/2011 du 12 avril 2012 consid. 3.2; 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3, in SJ 2011 I p. 185; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c aOJ: <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée).
3.
Dans son premier grief, la recourante se plaint de " la réduction de loyer en lien avec l'absence de stores ou de toiles de tente et de [sa] condamnation en exécution de travaux", reprochant à la cour cantonale d'avoir méconnu la notion de défaut, de n'avoir pas tenu compte du loyer (de l'appartement) convenu, inférieur à la statistique, ni du fait que les locataires savaient qu'il n'y avait pas de toile solaire, d'avoir ignoré l'art. 10 des clauses particulières du contrat et d'avoir opéré une réduction de loyer exorbitante. Elle invoque la violation des art. 256 al. 1, 259a et 259d CO, de l'art. 256 al. 2 et de l'<ref-law>.
3.1. Lorsqu'au moment de la délivrance de la chose louée, celle-ci présente des défauts qui restreignent l'usage pour lequel elle a été louée, sans l'exclure ni l'entraver considérablement, les règles des art. 259a à 259i CO, relatives aux défauts survenus en cours de bail, sont applicables. Le locataire peut notamment exiger du bailleur la remise en état de la chose et une réduction proportionnelle du loyer (art. 259a al. 1 let. a et b CO). La réduction du loyer est due à partir du moment où le bailleur a eu connaissance du défaut et jusqu'à l'élimination de ce dernier (<ref-law>).
La notion de défaut doit être rapprochée de l'état approprié à l'usage pour lequel la chose a été louée, dont il est question à l'<ref-law>; elle suppose la comparaison entre l'état réel de la chose et l'état convenu. Il y a ainsi défaut lorsque la chose ne présente pas une qualité que le bailleur avait promise ou lorsqu'elle ne présente pas une qualité sur laquelle le locataire pouvait légitimement compter en se référant à l'état approprié à l'usage convenu (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 347; arrêts 4A_476/2015 du 11 janvier 2016 consid. 4.3.2; 4A_628/2010 du 23 février 2011 consid. 3.1). La jurisprudence distingue entre les menus défauts (<ref-law>), les défauts de moyenne importance (art. 258 al. 3 let. a, 259b let. b et 259d CO) et les défauts graves (art. 259b let. a et 259d) (arrêts 4A_476/2015 précité consid. 4.3.2; 4C.97/2003 consid. 3.2).
3.2. La cour cantonale a condamné la bailleresse à installer des stores ou des tentes à l'extérieur devant le salon de l'appartement et a admis une réduction du loyer de l'appartement de 7,5% (soit 126 fr. 20 par mois) du 1er novembre 2009 jusqu'à l'installation de ces stores ou toiles de tente.
Elle a retenu que les locataires pouvaient s'attendre à une température dans la norme, soit, pour un appartement, entre 20 et 21° et, pour un appartement Minergie, entre 19 et 20°. Dès lors qu'au 28 janvier 2015, lors de l'inspection du tribunal, la température était de 23°, avec le chauffage coupé et une température extérieure de 3° et que, les 11 et 24 avril 2014, la température moyenne, chauffage coupé, oscillait entre 23 à 25°, la cour a retenu une chaleur excessive de 3 à 5° par rapport aux normes, étant précisé que des écarts allant jusqu'à 8° ont été mesurés par les locataires. Elle a considéré que cette chaleur excessive restreignait l'usage de l'appartement par rapport à celui auquel les locataires pouvaient s'attendre et constitue donc un défaut. Elle a constaté que la présence d'un thermostat dans l'appartement n'était pas déterminante, son effet sur la température de la pièce étant minime. Le témoin chauffagiste ayant identifié l'origine de la température excessive dans le rayonnement sur la baie vitrée et indiqué que l'installation de stores ou de tentes à l'extérieur devant le salon était nécessaire pour y remédier, la cour cantonale a retenu cette solution de remise en état.
Cette installation devant permettre de remédier au défaut constitué par la température excessive, la cour cantonale a jugé inapplicable (nul) l'art. 11 du contrat de bail qui mettait l'installation de stores et de tentes à la charge des locataires, car cela aurait pour effet de reporter sur les locataires l'obligation de la bailleresse de délivrer une chose dans un état approprié.
Enfin, la cour cantonale a fixé en équité la réduction, due à la température excessive de 2 à 5° par rapport à la norme, à 7,5% (soit 237 fr. 90 par mois), et ce à partir du moment où les locataires s'en sont plaints et jusqu'à l'élimination du défaut, réformant la réduction de 5% admise par les premiers juges.
3.2.1. Contrairement à ce que croit la recourante, le défaut admis par la cour cantonale est la température excessive de 3 à 5° par rapport aux normes, et non directement l'absence de stores ou de toiles de tente. L'installation de ceux-ci n'est que le moyen de remédier au défaut, selon le témoin chauffagiste, puisque le thermostat n'a qu'un effet minime sur la température excessive. La cour cantonale n'a donc pas méconnu la notion de défaut. Il s'ensuit que le grief tiré du fait que les locataires avaient visité les locaux et connaissaient l'absence de toile solaire et que l'état des locaux ainsi visités correspondait à l'état convenu, est sans pertinence.
Lorsque la recourante soutient qu'une température de 23,2° n'est pas un défaut et que le logement est équipé d'un thermostat, qui permettrait d'effectuer des réglages de l'ordre de quelques degrés et n'aurait pas été correctement réglé par les locataires, elle se limite à des affirmations, sans formuler de grief d'arbitraire et sans démontrer en quoi les constatations et appréciations de fait de la cour cantonale seraient arbitraires.
Lorsqu'elle soutient que l'absence de toiles de tente aurait été prise en considération dans le loyer de l'appartement de 1'683 fr. par mois, qui est un loyer manifestement inférieur au loyer statistique de 1'873 fr., la recourante ne démontre pas où et quand elle a allégué et prouvé les faits y relatifs, ni ne reproche à la cour cantonale un défaut de motivation en violation de l'art. 29 al. 2 Cst. Il s'ensuit que son grief est irrecevable.
Enfin, la recourante qualifie d'exorbitante la réduction de 7,5% accordée aux locataires. A l'appui de son appréciation, la cour cantonale a cité un arrêt neuchâtelois, qui avait admis une réduction de 7,5% pour une température excessive de 2 à 3°. Si l'on considère que le défaut (température excessive) ne présente pas la même intensité (voire cesse d'exister) en dehors des heures ensoleillées, on peut reconnaître que le taux de réduction fixé par l'autorité précédente est élevé, sans que l'on puisse toutefois reprocher à celle-ci un excès de son pouvoir d'appréciation. La recourante tente de démontrer le contraire en invoquant un arrêt du Tribunal fédéral qui aurait accordé une baisse de 8% en raison de l'absence de stores pour 7 fenêtres. Il est toutefois rappelé qu'en l'espèce le défaut consiste dans une température excessive et on ne voit donc pas en quoi cet arrêt permettrait de qualifier l'appréciation de la cour cantonale d'infondée.
4.
Dans un deuxième grief, la recourante se plaint de la réduction du loyer de l'appartement de 5% (soit 84 fr. 15 par mois) du 24 juin 2014 jusqu'à l'exécution de la réfection des sols de l'appartement, ainsi que de sa condamnation à cette exécution, invoquant la violation des <ref-law>.
4.1. La cour cantonale a considéré que les éventuelles traces et micro-fissures relèvent de l'usure normale et ne constituent pas un défaut; en revanche, la décoloration du sol, qui laisse des traces grisâtres sur un chiffon humide, même après plusieurs passages, constitue un défaut. Elle a donc admis la réfection des sols de l'appartement par la pose d'une couche résistante de résine qui ne se décolore pas, ni ne tache les matières en contact.
Compte tenu du fait que ce défaut ne réduit pas l'usage de l'appartement de façon importante, elle a fixé en équité la réduction de loyer à 5%, soit 84 fr. 15 par mois.
4.2. Lorsqu'elle affirme que le tribunal n'a pas constaté que la couleur des sols déteignait, mais simplement que le chiffon humide blanc se marquait de traces grisâtres, et qu'il s'agissait donc simplement de traces de poussière, la recourante se limite à des affirmations qui n'infirment en rien la constatation retenue par la cour cantonale, qui parle de décoloration.
On ne voit pas en quoi il serait contraire au droit fédéral de qualifier cette décoloration de défaut. De même, on ne voit pas en quoi il y aurait abus de droit du seul fait que les locataires s'en plaignent cinq ans après leur entrée dans l'appartement. On ne voit pas non plus en quoi il serait contraire au droit fédéral de réduire le loyer en raison de ce défaut.
5.
Dans un troisième grief, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir admis une réduction de loyer de 5% entre le 1er juillet 2013 et le 31 janvier 2015, soit un montant total de 1'598 fr. 85, en lien avec la propreté des locaux communs, invoquant la violation des <ref-law> et 259d CO.
5.1. La cour cantonale a retenu, en se fondant sur la pétition des locataires concernant l'insuffisance du travail de nettoyage effectué par le concierge, la persistance des plaintes après que le concierge ait été averti, les photos produites et les déclarations des témoins entendus, un manque de propreté des locaux communs de l'immeuble, constituant un défaut. Elle a fixé la réduction à 5% compte tenu de la faible diminution de jouissance causée durant la période litigieuse.
5.2. En se limitant à opposer le cahier des charges du concierge, les visites " surprise " effectuées par l'employée de la régie, dont la cour a apprécié avec retenue les déclarations en raison de ses liens avec la bailleresse, la déclaration de Mme V._, qui aurait déclaré que le nettoyage du rez-de-chaussée était correct, le fait que les photos produites ne sont pas datées, les incivilités de certains locataires et le fait que le locataire W._ n'avait pas été choisi comme concierge, la recourante se plaint en réalité de l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale, mais sans formuler de grief d'arbitraire motivé et sans parvenir à démontrer un tel arbitraire; le complément de fait demandé en ce qui concerne le témoin V._ n'y changerait rien. La cour cantonale étant parvenue à un résultat, le grief de violation de l'<ref-law> est infondé. Pour le surplus, on ne voit pas en quoi l'<ref-law> serait violé.
6.
Dans son quatrième et dernier grief, la recourante reproche à la cour cantonale la réduction du loyer de la place de parking au sous-sol de l'immeuble de 5% du 1er juin 2013 au 30 septembre 2014 en lien avec les infiltrations d'eau et de 5% du 25 juillet 2012 au 31 octobre 2014 en ce qui concerne la porte du garage.
6.1. La cour cantonale a retenu, sur la base de témoignages, que les infiltrations d'eau (ruissellements et sol glissant) étaient limitées aux jours de fortes pluies; le complément demandé en relation avec le témoignage R._ ne permet pas de qualifier cette appréciation d'arbitraire, grief qui n'est d'ailleurs pas invoqué. Pour ce motif et en raison de l'absence de plaintes avant le 20 novembre 2012 et la faible diminution de la jouissance, la cour cantonale a réduit le loyer du box de 5%, soit 10 fr. par mois, ce qui représente un montant total de 160 fr. pour la période entre le début des travaux et la fin des travaux.
S'agissant de la porte du garage, qui ne fermait plus et n'a été remplacée qu'en octobre 2014, sans qu'il ait pu être déterminé si ce défaut était constant, la cour cantonale a accordé en équité une réduction de 5% du loyer du box entre le 25 juillet 2012 et le 31 octobre 2014, soit 10 fr. par mois, ce qui donne un montant total de 272 fr. pour toute la période litigieuse.
6.2. En tant qu'elle se prévaut d'une violation de l'<ref-law>, la recourante méconnaît que lorsque la cour cantonale parvient, par appréciation des preuves, à un résultat - positif ou négatif -, l'<ref-law> sur le fardeau de la preuve est sans objet. Par ailleurs, on ne voit pas en quoi des ruissellements d'eau et un sol glissant, de même qu'une porte qui est censée fermer et ne peut l'être, ne seraient pas des défauts. Le fait que la bailleresse ait tout entrepris pour remédier au défaut de la porte n'exclut nullement une réduction de loyer. Par ailleurs, la réduction accordée en équité ne prête pas le flanc à la critique.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de son auteur (<ref-law>). La recourante sera également condamnée à verser aux intimés une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 25 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget