Sachverhalt:
A.
Die B._ AG und die C._ AG (Klägerinnen, Beschwerdeführerinnen), zusammen die Arbeitsgemeinschaft "A._" bildend, schlossen mit der D._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) im Oktober 2009 einen Werkvertrag ab. Darin verpflichteten sie sich, die Baumeisterarbeiten bezüglich einer aus insgesamt 118 Wohneinheiten bestehenden Überbauung auszuführen. Als Werkpreis wurde pauschal Fr. 13,8 Mio. (exkl. MWST) resp. Fr. 14,484 Mio. (inkl. MWST) vereinbart. Nach Beendigung der Arbeiten machten die Klägerinnen noch offene Werklohnforderungen geltend, die sie nebst einer Restforderung aus der Pauschale insbesondere mit Bestellungsänderungen und Bauablaufstörungen begründeten.In einem gewissen Umfang anerkannte die Beklagte diese Forderungen, verrechnete sie aber mit eigenen strittigen Forderungen aus dem Werkvertrag.
B.
Mit Klage vom 17. Dezember 2014 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragten die Klägerinnen, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihnen Fr. 4'876'889.80 nebst 10 % Zins zu bezahlen. Das Handelsgericht erachtete eine Gesamtforderung der Klägerinnen von Fr. 825'799.55 als berechtigt. Von den Forderungen, welche die Beklagte zur Verrechnung brachte, erachtete es zwei im Gesamtbetrag von Fr. 256'684.90 als ausgewiesen. Es hiess die Klage daher mit Urteil vom 31. Januar 2017 teilweise - im Umfang von Fr. 569'114.65 nebst 5 % Zins - gut.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 6. März 2017 beantragen die Klägerinnen im Wesentlichen, das Urteil des Handelsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Klage im Umfang von Fr. 4'876'889.80 nebst 5 % Zins gutzuheissen; eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, beantragt die Beschwerdegegnerin, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Beschwerdeführerinnen haben auf freiwillige Bemerkungen zur Beschwerdeantwort verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 397 mit Hinweisen). Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Endentscheid (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> als einzige kantonale Instanz entschieden hat. Die Beschwerde in Zivilsachen ist diesfalls unabhängig des Streitwerts zulässig (<ref-law>), weshalb dessen Angabe im vorinstanzlichen Urteil nach <ref-law> nicht erforderlich ist. Auf die strittige vorinstanzliche Berechnung des Streitwerts, die im Rahmen der Bestimmung der vor Bundesgericht unangefochten gebliebenen Höhe der Prozesskosten erfolgte, braucht infolgedessen nicht eingegangen zu werden. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist - unter Vorbehalt einer genügenden Begründung (<ref-law>) - einzutreten.
1.2. Die Beschwerdeführerinnen beantragen pauschal, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben. Dieses Rechtsbegehren ist nach Treu und Glauben einschränkend dahingehend zu verstehen, dass sie die Aufhebung nur insoweit verlangen, als ihre Klage abgewiesen wurde. Soweit die Klage gutgeheissen wurde (immerhin im Umfang von Fr. 569'114.65), haben sie nämlich kein Interesse an einer Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Erfüllt eine Beschwerde diese Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
2.3. Macht eine Partei geltend, das Willkürverbot sei verletzt, genügt es nicht, wenn sie bloss ihre eigene Darstellung derjenigen der Vorinstanz gegenüberstellt und behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Sie hat vielmehr im Einzelnen anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234; je mit Hinweisen). Es gilt auch diesbezüglich das strenge Rügeprinzip nach <ref-law>. Willkür liegt dabei nicht schon vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Der angefochtene Entscheid ist dabei nur aufzuheben, wenn er auch im Ergebnis und nicht nur in der Begründung verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; je mit Hinweisen).
Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Allein dass die vom Gericht gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt noch keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Entsprechend genügt es nicht, lediglich einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. nur etwa Urteil 4A_606/2015 vom 19. April 2016 E. 2.1).
3.
3.1. Der von den Beschwerdeführerinnen eingeklagte Betrag setzt sich aus mehreren Forderungen zusammen, die drei unterschiedliche Grundlagen haben:
- Fr. 2'320'459.60 (inkl. MWST) beruhen auf Mehrforderungen zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen gemäss Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118. Dabei geht es um 22 verschiedene Zusatzleistungen.
- Fr. 1'898'640.-- (inkl. MWST) betreffen Mehrforderungen zufolge Bauablaufstörungen. Hier haben die Beschwerdeführerinnen sieben Störungspositionen unterschieden.
- Fr. 657'790.20 (inkl. MWST) basieren auf einer Restforderung aus der Pauschale.
Die Beschwerdegegnerin brachte ihrerseits acht Forderungen zur Verrechnung.
3.2. Von den Mehrforderungen aus Zusatzleistungen hat die Beschwerdegegnerin sechs vollumfänglich anerkannt (Nr. 6, 7, 12, 13, 14 und 17), ausmachend Fr. 44'737.50 (exkl. MWST). Eine weitere hat sie bereits bezahlt, weshalb diese in der Replik nicht mehr geltend gemacht wurde (Nr. 20). Drei weitere hat sie teilweise anerkannt, namentlich Zusatzleistung Nr. 5 im Umfang von Fr. 14'400.--, Zusatzleistung Nr. 8 in der Höhe von Fr. 28'216.70 und Zusatzleistung Nr. 22 im Umfang von Fr. 11'630.-- (jeweils exkl. MWST), insgesamt ausmachend Fr. 54'246.70 (exkl. MWST). Bezüglich der Zusatzleistung Nr. 11 lag ein Schuldbekenntnis von ihr im Umfang von Fr. 56'580.-- (exkl. MWST) vor, welches sie sich gemäss Vorinstanz entgegenhalten lassen muss. Im Umfang dieser (vor und während dem Prozess) anerkannten Forderungen, total ausmachend Fr. 168'009.35 (inkl. MWST), erachtete die Vorinstanz Mehrforderungen aus Zusatzleistungen als berechtigt; soweit weitergehend wies sie diese ab. Die Mehrforderungen zufolge Bauablaufstörungen wies sie allesamt ab, während sie die Restforderung aus der Pauschale guthiess.
Von den Forderungen, welche die Beschwerdegegnerin zur Verrechnung brachte, erachtete die Vorinstanz zwei als berechtigt, namentlich eine über Fr. 216'000.-- und eine über Fr. 40'684.90 (beide inkl. MWST). Die übrigen erachtete sie als unbegründet.
3.3. Vor Bundesgericht nicht mehr streitig sind zunächst die gutgeheissenen Mehrforderungen aus Zusatzleistungen sowie die Restforderung aus der Pauschale der Beschwerdeführerinnen. Insgesamt machen diese nicht mehr streitigen Positionen Fr. 825'799.55 aus. Ebenso wenig streitig sind sodann die von der Beschwerdegegnerin zur Verrechnung gestellten Forderungen, soweit diese abgewiesen worden sind.
Mangels diesbezüglicher Rüge in der Beschwerde (vgl. E. 2.1) ist ferner die vorinstanzlich gutgeheissene, von der Beschwerdegegnerin zur Verrechnung gebrachte Forderung über Fr. 40'684.90 nicht zu überprüfen; es bleibt insofern ohne Weiteres beim vorinstanzlichen Urteil. Dass die Forderungen der Beschwerdeführerinnen mit 5 % statt der beantragten 10 % zu verzinsen sind, wird ebenfalls nicht gerügt; in der Beschwerde verlangen sie vielmehr selbst einen Zins von 5 % - auch diesbezüglich hat es also sein Bewenden.
4.
Bezüglich der Mehrforderungen zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen gemäss Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 kam die Vorinstanz zum Schluss, Nachtragspreise bei einem Werkvertrag mit Pauschalpreis seien anhand des effektiven Aufwands der Unternehmerin zu bestimmen analog <ref-law>. Die Beschwerdeführerinnen bestimmten die Nachtragspreise jedoch teilweise anders - infolgedessen machten sie in ihren Rechtsschriften auch keine resp. keine den Anforderungen der Vorinstanz genügenden Angaben zu ihrem effektiven Aufwand. Gemäss Vorinstanz fehlte es daher an erforderlichen rechtserheblichen Behauptungen, weshalb sämtliche dieser Mehrforderungen, soweit nicht von der Beschwerdegegnerin anerkannt, unbegründet seien. Aufgrund dieser Einschätzung konnte die Vorinstanz u.a. die zwischen den Parteien strittige Frage offenlassen, ob den einzelnen Mehrforderungen überhaupt zu vergütende Bestellungsänderungen resp. besondere Verhältnisse gemäss Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 zu Grunde liegen. Sofern die Rechtsauffassung der Vorinstanz überzeugt, ist - entgegen den Beschwerdeführerinnen - nicht zu beanstanden, dass kein Beweisverfahren durchgeführt wurde, setzt ein solches doch substanziierte Behauptungen zu rechtserheblichen, strittigen Tatsachen voraus (Urteile 4A_504/2015 vom 28. Januar 2016 E. 2.4; 4A_696/2016 vom 21. April 2017 E. 4.1.2).
4.1. Im Einzelnen führte die Vorinstanz zunächst aus, die Parteien hätten einen Werkvertrag mit einem pauschalen Preis vereinbart. Vertragsbestandteil geworden sei u.a. die SIA-Norm 118 (Ausgabe 1977/1991), mit entsprechenden Änderungen im Vorspann zum Werkvertrag.
Bei einer pauschalen Preisabrede sei der Preis grundsätzlich unabänderlich. Betreffend den zum Pauschalpreis geschuldeten Umfang der zu erbringenden Arbeiten komme es auf die Pläne an, nicht auf die Mengen und allfälligen Mengenangaben in einem Leistungsverzeichnis. Die Bindung an den vereinbarten Pauschalpreis sei allerdings nicht absolut, sondern könne aufgrund gesetzlicher Bestimmungen oder vertraglicher Abreden durchbrochen werden. Ursachen, welche die Unternehmerin zu einer Mehrvergütung berechtigten, würden zum Risikobereich der Bestellerin gerechnet. Dies könnten etwa Bestellungsänderungen oder mangelhafte Angaben der Bestellerin über kostenbildende Faktoren sein. Gemäss Art. 84 Abs. 1 SIA-Norm 118 habe die Bestellerin ein weitgehendes Änderungsrecht, mit dessen Folgen sich die Art. 85-91 SIA-Norm 118 befassen würden. Ein Anspruch auf zusätzliche Vergütung bestehe ferner gemäss Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118, wenn die Ausführung der übernommenen Bauleistung durch besondere Verhältnisse erschwert werde, hinsichtlich der die Bestellerin ein Verschulden trage. Diese zusätzliche Vergütung bestimme sich ebenfalls nach den - hier sinngemäss anwendbaren - Art. 86-91 SIA-Norm 118.
Zur Festlegung von Nachtragspreisen hielt die Vorinstanz fest, bei pauschal zu vergütenden Leistungen bestehe die Besonderheit darin, dass bei der Nachtragspreisbildung nicht ein neuer Einheitspreis festzulegen sei, sondern der Pauschalpreis verändert werden müsse. Führe eine Bestellungsänderung zur Änderung einer pauschal zu vergütenden Leistung, sei deshalb gemäss Art. 89 Abs. 1 SIA-Norm 118 für diese Leistung ein Mehr- oder Minderpreis als Nachtragspreis zu vereinbaren. Komme bei zusätzlichen Arbeiten keine Einigung über den Nachtragspreis zustande, finde nach Art. 89 Abs. 3 SIA-Norm 118 Art. 87 Abs. 4 dieser Norm Anwendung. Die Bauleitung könne diesfalls die Arbeit in Regie ausführen lassen oder unter voller Schadloshaltung des Unternehmers an Dritte vergeben. Eine Regelung für den Fall, dass der Unternehmer die Arbeiten ausgeführt habe, ohne dass eine Vereinbarung zustandegekommen sei, enthalte die SIA-Norm 118 aber nicht und sie erweise sich insofern als lückenhaft. Auch das dispositive Gesetzesrecht enthalte keine Bestimmung, wie Pauschalpreise im Fall einer Bestellungsänderung anzupassen wären. Darüber, wie diese anzupassen seien, bestünden unterschiedliche Ansichten. Es sei aber naheliegend und gerechtfertigt, auf <ref-law> zurückzugreifen. Eine solche Berechnung nach Massgabe des Wertes der Arbeit und der Aufwendungen der Unternehmerin harmoniere auch mit der Auffangregel von Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118, wonach die Bestellerin die Arbeit in Regie ausführen lassen könne, womit letztlich ebenfalls nach Aufwand abzurechnen sei. Das Bundesgericht habe sich in seinem Urteil 4A_183/2010 vom 27. Mai 2010 ebenfalls für ein solches Vorgehen ausgesprochen. Es treffe zwar zu, dass das Bundesgericht in seinem Urteil 4A_234/2014 vom 8. September 2014 das Vorgehen der dortigen Vorinstanz geschützt habe, die den Pauschalpreis in einen Einheitspreis pro Quadratmeter umgerechnet und diesen mit der tatsächlich ausgeführten Fläche multipliziert habe. Eine solche Berechnung sei jedoch abzulehnen. Sie sei kalkulatorisch unrichtig und der effektive Aufwand lasse sich so nicht eruieren. Sodann bestehe auch kein Bedarf dafür, könne von einer Unternehmerin doch stets erwartet werden, dass sie ihren Aufwand genau beziffere. Und schliesslich kämen allfälligen Einheitspreisen, die zur Bestimmung des Pauschalpreises herangezogen worden seien, im Rahmen eines Pauschalpreisvertrags ohnehin keine Bedeutung zu.
4.2. Die Beschwerdeführerinnen bringen zunächst einige Ergänzungen zum vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt an, die in diesem Kontext von Relevanz sein könnten. Namentlich äussern sie sich zum Ablauf der Offerterstellung anhand des Ausschreibungsprojekts und der nachträglichen Pauschalisierung der Offerte. Ihre Ergänzung, wonach die SIA-Norm 118 auf den Werkvertrag Anwendung finde, ist allerdings obsolet, da dies bereits die Vorinstanz so feststellte.
In der Sache führen die Beschwerdeführerinnen zunächst unter dem Titel "Die unzutreffende Auslegung des Werkvertrags durch die Vorinstanz" aus, die vorinstanzliche Auffassung widerspreche der Rechtsprechung des Bundesgerichts. Im zit. Urteil 4A_234/2014 werde festgehalten, dass Nachtragspreise nach Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 zu berechnen seien. Dabei werde der Nachtragspreis aus dem zugehörigen Pauschalpreis hergeleitet, unter Berücksichtigung der massgeblichen Unterschiede, die sich aus der Bestellungsänderung ergäben. Ein Leistungsverzeichnis könne dabei als Hilfsmittel dienen. Aus dem von der Vorinstanz angerufenen zit. Urteil 4A_183/2010 könne nicht abgeleitet werden, die SIA-Norm 118 enthalte keine diesbezügliche Regelung und sei lückenhaft, denn dort sei diese Norm von vornherein gar nicht anwendbar gewesen. Die Auffassung der Vorinstanz widerspreche zudem ihrer eigenen Rechtsprechung und der gefestigten Lehre zu Art. 89 SIA-Norm 118. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung liesse sich auch nicht aus Art. 89 Abs. 3 oder Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118 ableiten. Denn Art. 89 Abs. 3 SIA-Norm 118 sei eng auszulegen und finde nur auf "zusätzliche Arbeiten" Anwendung; solche stünden hier mit zwei Ausnahmen nicht zur Diskussion. Eine Abrechnung nach Aufwand würde sodann voraussetzen, dass die Bestellerin dem Unternehmer vor Ausführungsbeginn mitteilt, dass sie diese Arbeiten in Regie ausgeführt resp. abgerechnet haben will. Nur so wisse der Unternehmer, dass er den Aufwand für diese Arbeit entsprechend dokumentieren müsse. Sofern die Bestellerin keine solche Erklärung abgegeben habe, bleibe es dabei, dass eine Anpassung des Werkpreises in Anlehnung an den ähnlichsten vertraglichen Einheitspreis oder unter Bildung eines neuen Einheitspreises zu erfolgen habe. Die abweichende vorinstanzliche Schlussfolgerung verletze Art. 1 und 18 OR.
Unter dem Titel "Die unvollständige Auslegung der Vorinstanz" führen sie weiter an, die Vorinstanz übersehe, dass im Vorspann zum Werkvertrag, der vorrangig zur SIA-Norm sei, explizit festgehalten werde, dass Nachtragsarbeiten "auf der Basis der Offerte des Werkvertrages zu kalkulieren" sind (Ziff. 4.2.9 des Vorspanns). Die Vorinstanz erwähne diese Vertragsbestimmung nicht einmal und würdige sie daher auch nicht, was einer Auslegung nach dem Wortlaut und nach dem Vertrauensprinzip widerspreche. Die Vorinstanz ergänze sodann von sich aus den Sachverhalt, womit sie <ref-law> und <ref-law> verletze. Dies, indem sie ohne ein Beweisverfahren folgere, es sei "naheliegend und gerechtfertigt", bei der Bemessung der Mehrvergütung auf die Aufwandregel von <ref-law> abzustellen. Diese Grundsätze verletze sie weiter dadurch, indem sie eine Anlehnung an Einheitspreise als "kalkulatorisch unrichtig"erachte, ohne ein diesbezügliches Beweisverfahren durchgeführt zu haben. Dass eine Mehrvergütung nach effektivem Aufwand erfolgen müsse, könne auch nicht daraus abgeleitet werden, dass sich die Parteien auf einen Pauschalpreis geeinigt hätten; die vorinstanzliche Interpretation entspreche keiner Auslegung "vernünftiger und korrekter" Parteien. Weiter verstosse die vorinstanzliche Schlussfolgerung gegen den Grundsatz "in dubio contra stipulatorem", habe doch die Beschwerdegegnerin Ziffer 4.2.9 des Vorspanns zum Werkvertrag veranlasst. Ferner stehe die Auffassung der Vorinstanz auch im Widerspruch zum Verhalten der Parteien nach Vertragsschluss.
Schliesslich halten die Beschwerdeführerinnen fest, selbst wenn die Mehrvergütung nach <ref-law> gebildet werden müsste, verstosse die vorinstanzliche Auffassung gegen Bundesrecht. Diese Norm lasse nämlich eine Bestimmung nach dem objektiven Leistungswert bzw. Preis zu. Bei der Bestimmung einer Mehrvergütung nach <ref-law> dürfe grundsätzlich auf ortsübliche, marktkonforme Leistungswerte bzw. Preise ("Wert der Arbeit") abgestellt werden.
4.3.
Wie die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde treffend bemerken, geht es hier um Vertragsauslegung. Einen übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien stellte die Vorinstanz nicht fest. Dass sie in ihren erstinstanzlichen Eingaben einen natürlichen Konsens bezüglich der Bestimmung der Preise für Nachtragsarbeiten ausdrücklich behauptet hätten, machen die Beschwerdeführerinnen nicht geltend. Das Bundesgericht ist an die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen gebunden, entsprechend hat es dabei sein Bewenden. Da kein natürlicher Konsens zur Prüfung steht, ist auch das Verhalten der Parteien nach dem Vertragsschluss - entgegen den Beschwerdeführerinnen - nicht weiter von Relevanz (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; ferner etwa Urteil 4C.72/2007 vom 24. April 2007 E. 3.1).
Ebenso wenig weisen die Beschwerdeführerinnen auf Passagen in ihren vorinstanzlichen Eingaben hin, wo sie sich auf einen diesbezüglichen normativen Konsens berufen und für eine Auslegung nach Vertrauensprinzip relevante Tatsachen behauptet hätten. Soweit sie sich in ihrer Beschwerde auf Ausführungen in ihren vorinstanzlichen Eingaben beziehen, ist zu konstatieren, dass diese dort jeweils in einem anderen Kontext erfolgten - um die Bestimmung der Preise für Nachtragsarbeiten resp. ein darauf bezogenes Vertragsverständnis ging es dabei nicht. Es überzeugt deshalb nicht, wenn die Beschwerdeführerinnen der Vorinstanz etwa vorhalten, bei der Auslegung Ziffer 4.2.9 des Vorspanns zum Werkvertrag nicht berücksichtigt zu haben. Damit übergehen sie nämlich, dass sie sich vorinstanzlich hinsichtlich der jetzt strittigen Auslegung ebenfalls nicht auf diese Ziffer berufen haben und dieser so eine Bedeutung im vorliegenden Kontext beigemessen hätten; jedenfalls weisen sie solches nicht nach. Vielmehr scheinen sie in ihren vorinstanzlichen Eingaben die Preise für Nachtragsarbeiten "einfach", soweit möglich, anhand des Prinzips der Preisfortschreibung bestimmt und sich dafür auf die im Leistungsverzeichnis aufgeführten Preise gestützt oder an diesen orientiert zu haben, ohne sich zur Begründung dieser Vorgehensweise auf eine Grundlage in den individuell vereinbarten werkvertraglichen Bestimmungen berufen zu haben. Vor diesem Hintergrund ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz - ebenso wie die Beschwerdeführerinnen - die massgebliche Preisbestimmungsmethode nur durch Auslegung der SIA-Norm 118 und des OR ermittelte.
4.4. Die Vorinstanz beurteilte durch Auslegung der SIA-Norm 118 sowie unter Anwendung des OR, wie bei einem Werkvertrag mit Pauschalpreis die Preise für Nachtragsarbeiten wegen einseitigen Bestellungsänderungen (Art. 84 SIA-Norm 118) resp. aufgrund vom Bauherrn verschuldeter besonderer Verhältnisse (Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118) zu bestimmen sind, wenn die Unternehmerin diese Arbeiten ausgeführt hat, ohne dass sich die Parteien vorgängig über die entsprechenden Entschädigungen geeinigt hätten oder die Bauherrin deren Ausführung in Regie angeordnet hätte. Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz dabei zu Recht von einer Lücke ausging und gegebenenfalls diese alsdann auch zutreffend füllte.
4.4.1. Gemäss Abs. 1 von Art. 89 SIA-Norm 118, der sich zusammen mit Art. 88 SIA-Norm 118 unter Ziffer 3.4 "Auswirkungen der Bestellungsänderung bei anderen Leistungen" findet und laut Randtitel die "Bestellungsänderung bei Leistungen zu Global- oder Pauschalpreisen" regelt, ist ein Mehr- oder Minderpreis als Nachtragspreis zu vereinbaren, wenn eine Bestellungsänderung zur Änderung einer pauschal zu vergütenden Leistung oder ihrer Ausführungsvoraussetzungen führt. Abs. 2 ergänzt, dass dieser Nachtragspreis bei Pauschalpreisen auf Basis jener Kostengrundlage vereinbart wird, die im Zeitpunkt der Bestellungsänderung gültig ist. Abs. 3 erklärt Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118 (Randtitel dieser Norm: "Fehlen von Einheitspreisen; veränderte Ausführungsvoraussetzungen") für anwendbar, wenn bei zusätzlichen Arbeiten keine Einigung über den Nachtragspreis zustandekommt. Dort ist vorgesehen, dass diesfalls die Bauleitung die fraglichen Arbeiten in Regie ausführen lassen oder unter voller Schadloshaltung des Unternehmers einem Dritten vergeben kann. Für die Bemessung der zusätzlichen Vergütung bei vom Bauherrn verschuldeten besonderen Verhältnissen erklärt Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 die Art. 86-91 der Norm für sinngemäss anwendbar.
Gemäss OR ist zu unterscheiden, ob die Vergütung im Voraus genau bestimmt worden ist oder nicht. Im ersten Fall ist der Unternehmer grundsätzlich verpflichtet, das Werk zum vereinbarten Preis fertigzustellen (<ref-law>). Liegen jedoch ausserordentliche Umstände vor, welche die Fertigstellung hindern oder übermässig erschweren, kann das Gericht nach seinem Ermessen eine Erhöhung des Preises bewilligen (<ref-law>). Wurde der Preis hingegen im Voraus nicht oder nur ungefähr bestimmt, ist er nach Massgabe des Wertes der Arbeit und der Aufwendungen des Unternehmers festzusetzen (<ref-law>).
4.4.2. Das Bundesgericht hat sich zu der sich hier stellenden Frage bislang noch nicht geäussert:
Das zit. Urteil 4A_183/2010 ist - entgegen der Vorinstanz - nicht vergleichbar. Zwar war die SIA-Norm 118 dort grundsätzlich ebenfalls Vertragsbestandteil geworden (Sachverhalt A). Strittig war jedoch eine einvernehmliche Bestellungsänderung, die in der SIA-Norm 118 gerade nicht geregelt ist. Da zudem nicht festgestellt war, dass sich die Parteien darauf geeinigt hätten, die Vergütung für die Arbeiten gemäss einvernehmlicher Bestellungsänderung anhand der Normen zur einseitigen Bestellungsänderung (Art. 84 ff. SIA-Norm 118) zu bestimmen, war die SIA-Norm 118 für die Preisbestimmung nicht einschlägig. Die Vergütung bemass sich daher ausschliesslich nach dem OR, namentlich <ref-law> (E. 3.2; kritisch zur Nichtanwendung der Regeln der SIA-Norm zur Preisbestimmung bei einseitigen Bestellungsänderungen auf einvernehmliche PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, S. 325 Rz. 807a; HÜRLIMANN/SIEGENTHALER, Das Werkvertragsrecht in den Entscheiden des Bundesgerichts in den Jahren 2008-2011, Jusletter vom 6. Februar 2012, Rz. 40; vgl. aber auch zit. Urteil 4A_234/2014 E. 5.1, wo allerdings nicht auf das zit. Urteil 4A_183/2010 Bezug genommen wird).
Das zit. Urteil 4A_234/2014 liegt dem vorliegenden Fall insofern näher. Dort galt es, bei einem Vertrag mit Pauschalpreis einen Minderpreis aufgrund einer Leistungsreduktion zu berechnen. Das Bundesgericht hielt fest, wenn diesbezüglich keine Einigung zwischen den Parteien zustande gekommen sei, habe das Gericht den Minderpreis sinngemäss nach Art. 89 SIA-Norm 118 zu bestimmen (E. 5.2). Es schützte dabei die Vorgehensweise der Vorinstanz, die den Minderpreis anhand eines auf der Basis der Pauschale umgerechneten Quadratmeterpreises bestimmte. Dass dies bundesrechtswidrig sei und stattdessen auf die "Budgetpreise" hätte abgestellt werden müssen, wie von der dortigen Beschwerdeführerin begehrt, sei nicht dargetan (E. 5.3). In seiner Urteilsanmerkung bezweifelt SIEGENTHALER, ob diese Lösung kalkulatorisch richtig sei, auch wenn sie den "Charme der Einfachheit" habe (THOMAS SIEGENTHALER, Bestellungsänderung bei Pauschalpreisen - die Tücke der Lücke, BR 2015 S. 149).
In <ref-ruling> waren Einheitspreise - nicht wie hier ein Pauschalpreis - vereinbart, wobei sich die Menge wesentlich änderte. Da Angaben zur ursprünglichen Kostengrundlage fehlten, um die neuen Einheitspreise gemäss Art. 86 Abs. 2 SIA-Norm 118 zu bestimmen, wurde die SIA-Norm als nicht anwendbar erachtet und die Entschädigung nach dem OR festgesetzt (<ref-ruling> E. 3a S. 515 f. = Pra 1989 Nr. 17 S. 81 f.; kritisch zu dieser Vorgehensweise PEDRAZZINI/PRADER, A propos de l'augmentation de la rémunération de l'entrepreneur, BR 1990 S. 12). Das Bundesgericht kam dabei zum Ergebnis, mangels Beweises des beanspruchten Betrags habe das Gericht die Lage nach freiem Ermessen zu würdigen. Denn es sei kein Grund ersichtlich, warum der in <ref-law> für Verträge mit Festpreisen eingeräumte Bemessungsspielraum nicht auch bei eigentlichen Änderungen des Werkvertrags gemäss <ref-law> zur Anwendung gelangen sollte (<ref-ruling> E. 5b S. 520 f. = Pra 1989 Nr. 17 S. 86 f.; kritisch zu dieser Begründung PETER GAUCH, Anmerkung zu <ref-ruling>, BR 1989 S. 71; PEDRAZZINI/PRADER, a.a.O., S. 13).
4.4.3. Zur sich stellenden Frage werden in der Lehre - nebst dem, dass Empfehlungen für diesbezügliche Vereinbarungen gegeben werden - unterschiedliche Ansichten vertreten:
Gemäss STÖCKLI bestehen (losgelöst von der SIA-Norm 118) grundsätzlich drei Optionen, wie Nachtragspreise berechnet werden können. Erstens anhand eines "cost plus fee"-Ansatzes, wobei insofern auch auf <ref-law> und die Auffangregel von Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118 verwiesen sei. Zweitens gestützt auf allgemeine Marktpreise; hierfür sei auf Art. 62 Abs. 1 SIA-Norm 118 hingewiesen. Drittens anhand der Methode der Preisfortschreibung. Danach werde, wenn eine Leistung fortbestehe, zu der sich der Unternehmer bereits verpflichtet habe, dieser Preis auch bei der Bestellungsänderung weitergeführt. Dies sei nur möglich, wenn sich im Werkvertrag ein Preis finde, an dem sich die Nachtragskalkulation orientieren könne, andernfalls eine Preisfortschreibung naturgemäss ausser Betracht falle und eine der beiden anderen Optionen anzuwenden sei. Im Gesetz sei die Preisfortschreibung nicht vorgeschrieben, doch könnten sich die Parteien darauf einigen. Ob allein in der Übernahme der SIA-Norm 118 bereits eine Einigung der Parteien auf eine Preisfortschreibung gesehen werden könne, sei jedoch sehr zweifelhaft; es empfehle sich eine klarere vertragliche Regelung. Für ein Gericht dürften sich die Regeln der SIA-Norm 118 als derart unbestimmt erweisen, dass es von einer Vertragslücke ausgehen dürfte, welche nach <ref-law> zu füllen wäre. Aufgrund dessen, dass in der SIA-Norm 118 verschiedentlich auf die Kostengrundlage verwiesen werde, seien jedoch letztlich die Marktpreise, nicht die Kosten des Unternehmers, massgeblich (HUBERT STÖCKLI, Was ist mit der Vergütung los - ein Arbeitspapier [nachfolgend: Vergütung], in: Schweizerische Baurechtstagung [nachfolgend: BRT] 2015, S. 16-20 und 23). In einer späteren Publikation fügt STÖCKLI an, seines Erachtens gehe die SIA-Norm 118 in den meisten Fällen davon aus, dass sich der Nachtrag nach dem Mehr- oder Minderaufwand des Unternehmers bestimme. Eine Berechnung anhand der Preisfortschreibung sehe nur gerade Art. 87 Abs. 2 SIA-Norm 118 vor. In anderen Bestimmungen dieser Norm, darunter auch Art. 89 Abs. 2, werde hingegen auf die ursprüngliche Kostengrundlage abgestellt und für den Fall der Nichteinigung auf Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118 verwiesen (HUBERT STÖCKLI, Zur SIA-118: Merk-Würdiges und Merkwürdiges, in: BRT 2017, S. 16 f.).
SCHUMACHER/KÖNIG ordnen Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 als antizipierte Mehrvergütungs-Absprache ein. Die Parteien hätten einen neuen Nachtragspreis zu vereinbaren, allerdings komme es aus unterschiedlichen Gründen oftmals nicht zu einer solch vorgängigen Einigung. Diesfalls habe das Gericht die Mehrvergütung nach <ref-law> zu bemessen (SCHUMACHER/KÖNIG, Die Vergütung im Bauwerkvertrag, 2. Aufl. 2017, S. 255 f. Rz. 698 ff.). Nach <ref-law> seien die tatsächlichen Kosten (inkl. indirekte Werkkosten, Endzuschläge sowie Zuschlag für Risiko und Gewinn) zu ersetzen; es gelte der "cost plus fee"-Ansatz. Eine solche Bemessung sei jedoch mit etlichen Nachteilen verbunden, weshalb in der Praxis ein grosses Bedürfnis nach vereinfachten Verfahren bestehe. Eine mögliche Vereinfachung bestehe darin, auf die Kostengrundlage abzustellen, wodurch die Mehrvergütung objektiviert werde. Diese Vorgehensweise könne für die Bildung von Nachtragspreisen massgebend sein, wenn die Art. 86-89 SIA-Norm 118 anwendbar seien. Die Kostengrundlage sei aber nicht ein "Tarif", sondern ein Hilfsmittel zur Berechnung der Mehrkosten, wobei auch Preisanalysen hilfreich sein könnten (SCHUMACHER/KÖNIG, a.a.O., S. 234 ff. Rz. 644 ff.).
Gemäss EGLI ist für die Bestimmung des Mehr- oder Minderpreises auf die allgemeinen Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung abzustellen. Eine weitergehende Anleitung, wie die Nachtragspreise im Übrigen zu bilden seien, enthalte Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 nicht. Sie gehe aber, wie die SIA-Norm 118 insgesamt, vom Prinzip der Preisfortschreibung aus. Die Nachtragspreisbildung bei Pauschalpreisen sei jedoch nicht einfach, wobei ein ausgefülltes Leistungsverzeichnis als Hilfsmittel beigezogen werden könne (ANTON EGLI, in: Kommentar zur SIA-Norm 118, Gauch/Stöckli [Hrsg.], 2. Aufl. 2017, N. 106-108, aber auch N. 113 ff. Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118 sowie N. 8 und 9.1 zu Art. 89 SIA-Norm 118). An die Berechnung nach der von ihnen in den Vertrag einbezogenen SIA-Norm 118 seien die Parteien gebunden, weshalb sie nicht im Streitfall auf die gesetzliche Regelung ausweichen und nach Aufwand abrechnen könnten (EGLI, a.a.O., N. 41 Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118). Auch ein Gericht habe den Nachtragspreis anhand der SIA-Norm festzulegen und könne ihn nicht anhand von <ref-law> bestimmen; es sei denn, der Nachtragspreis lasse sich nicht aus einem Vertragspreis herleiten und die klagende Partei habe eine entsprechende Berechnung beantragt (EGLI, a.a.O., N. 111 Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118; ferner N. 6.2 zu Art. 89 SIA-Norm 118). Ausgehend vom Grundsatz der Preisfortschreibung sei bei einer Berechnung zunächst zu ermitteln, ob der Vertrag bereits einen Referenzpreis für die fragliche Leistung enthalte, andernfalls sei die ähnlichste vertragliche Leistung festzustellen, wobei an die Ähnlichkeit keine zu strengen Anforderungen zu stellen seien. Anhand von Preisanalysen sei sodann die Referenzleistung resp. deren Preis mit der bestellten Leistung zu vergleichen und der neue Preis festzusetzen (EGLI, a.a.O., N. 73 ff. Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118). Da die SIA-Norm 118 teilweise auf die Kostengrundlage Bezug nehme, komme die Frage auf, ob bei Fehlen einer ähnlichsten vertraglichen Leistung die Marktpreise als Referenzpreise beizuziehen seien. Dies sei zu verneinen, da Marktpreise nur schwierig zu bestimmen seien und Listenpreise im Verschwinden begriffen seien (EGLI, a.a.O., N. 91 und 93 ff. Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118).
GAUCH hält bezüglich <ref-law> fest, es rechtfertige sich hier nicht, auf die "vertragliche Preisgrundlage" und damit auf die "Urkalkulation" abzustellen. Natürlich stehe es den Parteien aber frei, etwas anderes zu vereinbaren, wie dies hinsichtlich einseitiger Bestellungsänderungen durch Übernahme der SIA-Norm 118 geschehe. Basis der Nachtragspreise sei hier die Kostengrundlage, wobei bei Nichteinigung Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118 greife (GAUCH, a.a.O., S. 315 f. Rz. 785 Fn. 368 i.V.m. S. 322 Rz. 797).
Nach SPIESS/HUSER liegt die Streitfrage hinsichtlich der Ermittlung der Nachtragspreise darin, ob die vereinbarten Preise fortgeschrieben würden (Kalkulationsgrundlage) oder ob die neuen Preise aufgrund der Marktpreise am Stichtag (Kostengrundlage) zu bestimmen seien. Die SIA-Norm 118 gebe keine ausdrückliche Antwort auf diese Frage. Zwar sei der Nachtragspreis auf Basis der ursprünglichen Kostengrundlage zu vereinbaren, doch heisse dies nicht, dass er unabhängig von der Preiskalkulation des Unternehmers allein auf Grundlage der Marktpreise am Stichtag zu ermitteln sei. Denn die SIA-Norm 118 basiere auf dem Grundsatz der Preisfortschreibung, weshalb die ähnlichste vertragliche Leistung Ausgangspunkt sei. Fehle eine solche, sei der neue Preis anhand der ursprünglichen Kostengrundlage zu ermitteln (SPIESS/HUSER, Der Bau-Werkvertrag in der Praxis, 2016, S. 119 f.). In ihrer Kommentierung von Art. 89 SIA-Norm 118 halten dieselben Autoren fest, bei einer Minderleistung sei der Minderpreis auf der Basis der Kostengrundlage zu ermitteln; bei Nichteinigung der Parteien habe das Gericht nach Ermessen zu entscheiden (SPIESS/HUSER, Stämpflis Handkommentar zur Norm SIA 118, 2014, N. 8 zu Art. 89 SIA-Norm 118).
SIEGENTHALER hält dafür, die SIA-Norm 118 sei insofern lückenhaft, wobei auch eine sinngemässe Anwendung mangels Regelung nicht weiterhelfe. Das dispositive Gesetzesrecht enthalte ebenfalls keine Bestimmung dazu, wie Pauschalpreise im Fall einer Bestellungsänderung anzupassen wären. Letztlich müssten Gerichte die Vergütung in solchen Fällen auf dem Weg der richterlichen Vertragsergänzung anpassen (SIEGENTHALER, a.a.O., S. 149).
BUCHER/HENNINGER sprechen sich grundsätzlich für eine Preisfortschreibung aus. Bei einem Vertrag mit Pauschalpreis habe die Berechnung aufgrund der Kostengrundlage im Zeitpunkt der Bestellungsänderung zu erfolgen (BUCHER/HENNINGER, Kalkulation und Teuerungsabrechnung nach der SIA-Norm 118, in: BRT 2007, S. 187 und 191).
KOLLER hält fest, wenn der Bauherr von einem vertraglichen Änderungsrecht Gebrauch mache, bestimme sich primär nach der entsprechenden vertraglichen Regelung, wie die Zusatzleistung zu vergüten sei; bei einer Änderung gestützt auf Art. 84 SIA-Norm 118 also nach Art. 89 SIA-Norm 118. Subsidiär sei <ref-law> heranzuziehen (ALFRED KOLLER, Schweizerisches Werkvertragsrecht, 2015, S. 326 f. Rz. 888).
In Anbetracht dieser divergierenden Lehrmeinungen überrascht es wenig, wenn in der Lehre moniert wird, die Art. 85-91 SIA-Norm 118 seien "nicht leicht zu verstehen, jedenfalls aber auslegungsbedürftig" (GAUCH, a.a.O., S. 321 f. Rz. 796), resp. sie seien "sehr kompliziert[e] und sehr abstrakt[e]" (SCHUMACHER/KÖNIG, a.a.O., S. 256 Rz. 700); es wird gar "eine erneute Revision der Norm" als angezeigt erachtet (so EGLI, a.a.O., N. 116 Vorbem. Art. 84-91 SIA-Norm 118).
4.4.4.
4.4.4.1. Seinem Wortlaut nach regelt Art. 89 SIA-Norm 118 den vorliegenden Fall nicht. Denn Abs. 1 und 2 sehen vor, dass die Parteien einen Mehr- oder Minderpreis vereinbaren. Was gilt, wenn sie sich nicht einigen, ist in diesen Absätzen bei einem wörtlichen Verständnis nicht geregelt. Abs. 3 betrifft zwar die Nichteinigung, regelt diese aber bloss teilweise. Zum einen betrifft er nur "zusätzliche[n] Arbeiten". Zum anderen sind die Handlungsmöglichkeiten, die er dem Bauherrn bei Nichteinigung einräumt (Anordnung der Ausführung in Regie oder Vergabe an Dritte unter Schadloshaltung), dazu bestimmt, vor Ausführung der Arbeiten ausgeübt zu werden. Geschieht dies aber nicht und werden die Arbeiten dennoch ausgeführt, fehlt es wiederum an einer Regelung.
Ein derart auf den Wortlaut abstellendes Verständnis überzeugt allerdings nicht (vgl. auch <ref-law>). Art. 84 SIA-Norm 118 räumt dem Bauherrn ein einseitiges Änderungsrecht ein. Dass gestützt darauf erfolgende Bestellungsänderungen hinsichtlich der Vergütung nicht folgenlos bleiben, ist selbstverständlich. Würden Abs. 1 und 2 von Art. 89 SIA-Norm 118 nun so verstanden, dass sie einzig die Vereinbarung des Nachtragspreises durch die Parteien regeln, hätte dies unstimmige Konsequenzen: Entweder würde diesfalls die Einigung der Parteien über den Preis nämlich als eine Voraussetzung für die Pflicht zur Ausführung der Bestellungsänderung verstanden, wodurch der Unternehmer das einseitige Änderungsrecht durch Obstruktion bei der Preisverhandlung aushebeln könnte. Oder eine vorgängige Einigung würde nicht als Voraussetzung aufgefasst, mit der Folge, dass der Unternehmer trotz Nichteinigung über den Preis verpflichtet wäre, die einseitig angeordnete Bestellungsänderung auszuführen, obwohl ungeregelt bliebe, wie diese zu vergüten ist. Weder das eine noch das andere überzeugt. Vielmehr ist erforderlich, dass als Pendant zum einseitigen Änderungsrecht auch geregelt ist, wie sich die Vergütung für eine solche Änderung bemisst - und zwar nicht nur im Fall einer diesbezüglichen Einigung. Zudem wird eine antizipierte Regelung, wie Nachtragspreise zu bilden sind, vor allem dann relevant, wenn sich die Parteien später nicht einigen können oder es aus anderen Gründen vor der Arbeitsausführung nicht zu einer Einigung kommt. Andernfalls, d.h. bei einer Vereinbarung, sind die Parteien in der Preisbestimmung nämlich frei und Abs. 2, der die Kostengrundlage als Basis nennt, kann nicht mehr als eine Anregung sein. Diese Anregung würde allerdings untergraben, wenn der Preis bei Nichteinigung nach anderen Kriterien zu bestimmen wäre. Verspricht sich eine Partei von der anderen Bemessungsmethode nämlich ein für sie besseres Resultat, bestünde für sie im konkreten Fall ein Anreiz, die Verhandlung über den Preis auf der vereinbarten Basis scheitern zu lassen. Auch mit Blick darauf ist nicht davon auszugehen, dass die Klausel nur gerade die eher unproblematische Situation der Einigung regeln will, im kritischen Fall, insbesondere bei einer gerichtlichen Auseinandersetzung, hingegen nicht einschlägig sein soll. Das Bundesgericht verstand die Norm im zit. Urteil 4A_234/2014 E. 5.2 denn auch dahingehend, dass bei Nichteinigung das Gericht den Minderpreis nach Art. 89 SIA-Norm 118 zu bestimmen hat.
Entgegen der Vorinstanz ist Art. 89 SIA-Norm 118, insbesondere deren Absätze 1 und 2, nicht bereits deshalb unbeachtlich, weil sich die Parteien nicht auf einen Mehr- oder Minderpreis einigten. Vielmehr hat diesfalls das Gericht den Mehr- oder Minderpreis in sinngemässer Anwendung dieser Norm zu bestimmen, eine Lücke liegt insofern nicht vor.
4.4.4.2. Eine andere Frage ist, wie der Mehr- oder Minderpreis nach Art. 89 SIA-Norm 118 zu bestimmen ist. Der vereinbarte Pauschalpreis bleibt grundsätzlich bestehen und es ist ein Mehr- oder Minderpreis als Nachtragspreis festzusetzen. Basis für diesen ist gemäss Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 bei einem Pauschalpreis die Kostengrundlage im Zeitpunkt der Bestellungsänderung. Was als Kostengrundlage zu verstehen ist, hält Art. 62 SIA-Norm 118 fest. Es handelt sich dabei um Kostenfaktoren, die von der Kostenstruktur und dem Ermessen des konkreten Unternehmers unabhängig sind. Es liegt also eine objektive Grundlage vor (PRADER/STÖCKLI, in: Kommentar zur SIA-Norm 118, Gauch/Stöckli [Hrsg.], 2. Aufl. 2017, N. 2 und 4 Vorbem. zu Art. 62-63 SIA-Norm 118; SCHUMACHER/KÖNIG, a.a.O., S. 239 f. Rz. 654), wobei Art. 62 Abs. 1 SIA-Norm 118 an zwei Stellen ausdrücklich auf die "allgemeinen Marktpreise" verweist. Die angestrebte Objektivierung sowie die explizite Nennung der Marktpreise spricht dafür, dass demnach - gerade in Anbetracht des Rückgangs von Listen- und Richtpreisen - für die Bestimmung der Nachtragspreise bei vereinbartem Pauschalpreis generell auf die allgemeinen Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung abgestellt werden kann (STÖCKLI, Vergütung, a.a.O., S. 15 und 20; im Ergebnis ähnlich SCHUMACHER/KÖNIG, a.a.O., S. 239 f. Rz. 654; vgl. auch EGLI, a.a.O., N. 9.1 zu Art. 89 SIA-Norm 118).
In einem gewissen Widerspruch dazu sieht allerdings Art. 18 Abs. 2 SIA-Norm 118 vor, Preisanalysen würden "bei der Festlegung von Nachtragspreisen (Art. 86-89) mitberücksichtigt". Denn damit wird nicht auf den Marktpreis, sondern auf die vereinbarten Preise Bezug genommen, was für eine Preisfortschreibung spricht (vgl. EGLI, a.a.O., N. 9 zu Art. 18 SIA-Norm 118). Preisanalysen können zwar im Einzelfall bestehen, müssen aber nicht. Und anders als bei Werkverträgen mit Einheitspreisen muss bei solchen mit einem Pauschalpreis den Parteien, insbesondere dem Bauherrn, auch nicht ein mit Preisen versehenes Leistungsverzeichnis des Unternehmers vorliegen, an dem sich die Preise für eine Fortschreibung orientieren könnten (vgl. Art. 87 Abs. 2 SIA-Norm 118). Infolgedessen ist vorbehältlich einer anderslautenden Vereinbarung bei der Bestimmung von Nachtragspreisen bezüglich Werkverträgen mit Pauschalpreis nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen - es ist vielmehr, wie ausgeführt, auf die allgemeinen Marktpreise abzustellen.
Dies heisst nun aber freilich nicht, dass deshalb bei einem Werkvertrag mit Pauschalpreis ein ausgefülltes Leistungsverzeichnis oder Preisanalysen von vornherein unbeachtlich wären, insbesondere wenn diese dem Bauherrn bekannt waren. Denn der Bauherr schloss den Werkvertrag mit diesem Unternehmer ab, was dafür spricht, dass dessen Preise im Zeitpunkt der Offertstellung konkurrenzfähig waren. Dies jedenfalls dann, wenn der Bauherr - wie es üblich ist - von mehreren Unternehmern Offerten einholte und womöglich noch Abgebotsrunden durchführte. Allfällige Rabatte oder Nachlässe, die im Rahmen von Abgebotsrunden gewährt wurden, sind allerdings bei den ursprünglichen Preisangaben im Leistungsverzeichnis noch in Anschlag zu bringen, etwa durch einen entsprechenden prozentualen Abzug. Ohne anderslautende Anhaltspunkte (etwa eine negative Teuerung und/oder sinkende Lohnkosten) dürften diese Preise auch zu einem späteren Zeitpunkt (erst recht) noch als konkurrenzfähig - und damit einen allgemeinen Marktpreis reflektierend oder gar unterbietend - zu betrachten sein. Solche Unterlagen sind daher im Rahmen der gerichtlichen Bildung der Nachtragspreise sehr wohl zu berücksichtigen und können als Hilfsmittel dazu dienen (vgl. zit. Urteil 4A_234/2014 E. 5.2; EGLI, a.a.O., N. 108 Vorbem. Art. 84-89 SIA-Norm 118; betr. Preisanalysen auch Art. 18 Abs. 2 SIA-Norm 118), etwa indem sie mangels anderer Anhaltspunkte als Indizien für die allgemeinen Marktpreise verstanden werden, auch wenn als Grundsatz nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen ist.
Hingegen ist bei der Bestimmung der Nachtragspreise durch das Gericht bei einem Werkvertrag mit Pauschalpreis grundsätzlich nicht auf eine Ausführung in Regie abzustellen (nach Art. 89 Abs. 3 i.V.m. Art. 87 Abs. 4 SIA-Norm 118). Erstens könnte dies von vornherein nur für "zusätzliche[n] Arbeiten" gelten, wodurch eine dahingehende Unterscheidung erforderlich würde und das Gericht womöglich im selben Fall zwei unterschiedliche Preisbestimmungsmethoden parallel anwenden müsste. Und zweitens geht diese Norm von einer vorgängigen Anordnung von Regiearbeiten durch die Bauherrin aus (vgl. auch Art. 44 Abs. 3 SIA-Norm 118), damit dem Unternehmer bewusst ist, dass er diese Arbeiten entsprechend erfassen und dokumentieren muss (siehe auch Art. 47 SIA-Norm 118). Unterblieb eine solche Anordnung jedoch und ist es nunmehr am Gericht, die Nachtragspreise zu bestimmen, ist es offenkundig zu spät für eine zeitnahe Erfassung und Dokumentation dieser Arbeiten. Entsprechend lässt sich eine nachträgliche Preisbestimmung nicht darauf abstellen. Heranzuziehen sind vielmehr, wie hiervor ausgeführt, die allgemeinen Marktpreise - und zwar auch für "zusätzliche[n] Arbeiten", deren Ausführung in Regie nicht vorgängig angeordnet worden ist.
4.4.4.3. Bei der Bestimmung der Nachtragspreise durch das Gericht nach Art. 89 Abs. 2 SIA-Norm 118 anhand der unbestimmten, nicht näher konkretisierten "allgemeinen Marktpreise" kann es nicht das Ziel sein, das einzig richtige Ergebnis zu ermitteln, dürfte es ein solches doch gar nicht erst geben. Wäre den Parteien wichtig gewesen, dass ein Gericht bei der nachträglichen Bestimmung der Nachtragspreise an eine exakte Bemessungsmethode gebunden wäre, hätten sie eine entsprechend präzisere vertragliche Regelung treffen können und müssen. Indem sie sich stattdessen für die Übernahme der SIA-Norm 118 entschieden haben, die zur Frage, wie bei einem Vertrag mit Pauschalpreis die Preise für Nachtragsarbeiten wegen einseitigen Bestellungsänderungen resp. aufgrund vom Bauherrn verschuldeter besonderer Verhältnisse zu bilden sind, bloss eine vageVorgabe enthält, räumen sie dem Gericht einen erheblichen Beurteilungsspielraum ein. Das Gericht hat infolgedessenbei der Festsetzung der Nachtragspreise einen Ermessensentscheid zu treffen und dabei alle Preiselemente zu berücksichtigen, die aufgrund der Parteibehauptungen vorhanden sind (im Ergebnis einen Ermessensentscheid herbeiführend, wenn auch ausserhalb der SIA-Norm und unter Heranziehung von <ref-law>, bereits <ref-ruling> E. 5b S. 520 f.; vgl. dazu auch GAUCH, a.a.O., S. 316 f. Rz. 787).Das Gericht hat dieses Ermessen pflichtgemäss wahrzunehmen und die Nachtragspreise sachgerecht und mit Augenmass zu bestimmen (im Ergebnis dahingehend auch zit. Urteil 4A_234/2014 E. 5.3).
Soweit die Vorinstanz die Mehrforderungen zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen einzig mit der Begründung abgewiesen hat, es fehle an den erforderlichen rechtserheblichen Behauptungen bezüglich deren Berechnung, da der effektive Aufwand nachzuweisen gewesen wäre, ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen - es betrifft dies die Mehrforderungen aus Zusatzleistungen Nr. 5, 8, 9, 11, 15, 16 und 22. Von der Vorinstanz werden diesbezüglich einerseits, soweit erforderlich, die bislang noch nicht behandelten Punkte zu prüfen sein (etwa, ob überhaupt zu vergütende Bestellungsänderungen vorliegen) und andererseits die Nachtragspreise zu bestimmen sein. Diese Preisbestimmung setzt zunächst voraus, dass die zusätzlichen Leistungen behauptet sind (und auch bewiesen werden können). Ferner müssen nach dem Gesagten Behauptungen vorliegen, die dem Gericht ermöglichen, die Nachtragspreise für diese Leistungen in Ausübung seines Ermessens zu bestimmen, wobei grundsätzlich die Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung massgeblich sind (vgl. E. 4.4.4.2 hiervor).
5.
Zu prüfen bleiben die Eventualbegründungen der Vorinstanz, die sie bezüglich der Mehrforderungen aus Zusatzleistungen Nr. 1 + 2, 3, 4, 10, 18, 19 und 21 anführte. Diese Eventualbegründungen beschlagen stets die (ungenügende) Substanziierung, wobei die Vorinstanz bei mehreren Mehrforderungen (Nr. 1 + 2, 3, 4, 18 und 19) das Vorliegen einer Bestellungsänderung von den Beschwerdeführerinnen als ungenügend substanziiert behauptet erachtete. Sie begründete dies jeweils weitgehend deckungsgleich damit, die Beschwerdeführerinnen hätten "ausführen müssen, wann und durch wen welche Bestellungs-/Projektänderungen angeordnet worden sein sollen", resp. "wann und durch wen genau eine entsprechende Anordnung erfolgt sein soll", was jedoch unterblieben sei.
5.1. Bei den Mehrforderungen 1 + 2 handelt es sich um Kosten für den Mehraushub, der entstanden sein soll, weil dem Leistungsverzeichnis falsche Annahmen über den Baugrund zugrunde gelegen hätten und wesentlich tiefere und breitere Werkleitungs- und Kanalisationsgräben angeordnet worden sein sollen.
Die Beschwerdeführerinnen machen diesbezüglich geltend, die Vorinstanz halte selber fest, eine Bestellungsänderung könne sich auch aus der Abgabe eines Ausführungsplans ergeben, der vom Ausschreibungsplan abweiche. Offensichtlich aktenwidrig habe die Vorinstanz alsdann jedoch festgestellt, die Beschwerdeführerinnen hätten sich darauf berufen, dass die Bauleitung Bestellungs-/Projektänderungen angeordnet hätte, die nicht durch Abgabe der Ausführungspläne veranlasst worden sei. Gerade diese Behauptung hätten sie jedoch explizit aufgestellt, womit sie den Substanziierungsanforderungen Genüge getan hätten.
Hinsichtlich der Arbeiten, die den Mehrforderungen 1 + 2 zugrunde liegen, beriefen sich die Beschwerdeführerinnen in ihrer Klage in der Tat bei einigen darauf, die entsprechenden Bestellungsänderungen ergäben sich aus den Ausführungsplänen. Bei anderen Arbeiten, etwa der Ausführung zusätzlicher Meteorleitungen (Klage Rz. 92d S. 54) oder der schweren Verdichtung anstelle der leichten (Klage Rz. 93d S. 55), hielten sie allerdings ohne Präzisierung fest, die Bauleitung habe dies angeordnet. Die vorinstanzliche Feststellung, die Beschwerdeführerinnen hätten sich auf Bestellungsänderungen berufen, die nicht durch die Abgabe von Ausführungsplänen veranlasst worden seien, ist daher in dieser Absolutheit zwar unzutreffend, bezüglich einiger Arbeiten aber berechtigt. Vor allem aber lässt sich aus den von der Vorinstanz angegebenen Aktenstellen der Klage, Klageantwort und Replik ableiten, dass sie die blosse Berufung auf die Ausführungspläne als ungenügend substanziierte Behauptung für die Bestellungsänderung erachtete, auch wenn sie dies nicht mit der wünschenswerten Deutlichkeit zum Ausdruck brachte. In der Klage führten die Beschwerdeführerinnen aus, die Änderungen ergäben sich "ohne Weiteres" aus den Ausführungsplänen. Die Beschwerdegegnerin bestritt dies in der Klageantwort und hielt fest, es werde nicht substanziiert dargelegt, was sich aus den Ausführungsplänen ergeben solle. Trotzdem erläuterten die Beschwerdeführerinnen dies in ihrer Replik nicht näher, etwa durch Ausführungen zu den Differenzen zwischen den verschiedenen Plänen. In ihrer Beschwerde halten die Beschwerdeführerinnen sodann selber fest, in den Ausschreibungsplänen hätten "konkrete Angaben zu den Grabentiefen und Grabenbreiten" gefehlt. Das spricht aber dagegen, dass die Änderungen "ohne Weiteres" den Ausführungsplänen hätten entnommen werden können. Die vorinstanzliche Beurteilung, wonach die Behauptungen der Beschwerdeführerinnen insofern ungenügend substanziiert sind, ist daher nicht zu beanstanden.
Die Vorinstanz stellte sodann fest, die Beschwerdeführerinnen würden nicht unterscheiden zwischen den Mehrkosten, die auf Bestellungsänderungen basieren würden, und solchen, die auf besondere Verhältnisse i.S.v. Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 zurückzuführen seien. Infolgedessen könne sie den allenfalls von der Beschwerdegegnerin nach Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 zu vertretenden Mehraufwand nicht bestimmen. Da es für die Mehrkosten, die auf angebliche Bestellungsänderungen zurückzuführen sein sollen, an einer Anspruchsgrundlage fehle, wäre eine solche Abgrenzung aber notwendig. Die Mehrforderungen seien daher nicht hinreichend dargetan.
Es trifft zwar zu, dass die Nachtragspreise anhand derselben Regeln zu bestimmen wären, wie die Beschwerdeführerinnen vortragen. Da es bezüglich der Mehrkosten aus angeblichen Bestellungsänderungen aber, wie hiervor ausgeführt, an einer Anspruchsgrundlage fehlt, müssen die Kostenursachen abgegrenzt werden. Es geht darum, welche Ursache welche Mehrkosten verursachte, also um die Kausalität, was diesbezügliche Behauptungen voraussetzen würde, die jedoch nicht vorliegen. Dass das Gericht das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat, ist insofern ohne Belang.
Dass die Vorinstanz Mehrforderungen aus den Zusatzleistungen 1 + 2 abgewiesen hat, ist daher im Ergebnis nicht zu beanstanden.
5.2. Bei der Mehrforderung 3 handelt es sich um Kosten für die Zwischenlagerung des volumenmässig grösseren und zur Füllung grösstenteils ungeeigneten Aushubmaterials auf der Baustelle. Diese Mehrforderung steht in sehr engem Zusammenhang mit den Mehrforderungen 1 + 2, was sich auch daran zeigt, dass die Beschwerdeführerinnen hier u.a. auf ihre dortigen Ausführungen Bezug nehmen.
Die Beschwerdeführerinnen berufen sich primär darauf, die Arbeiten, um die es hier gehe, seien aus technischer Sicht unvermeidbar gewesen. Wenn Zusatzleistungen aus technischer Sicht notwendig/unvermeidbar seien, bedürfe es aber gar keiner expliziten Anordnung einer Bestellungsänderung. Zudem hätten sie auch vorgetragen, die Beschwerdegegnerin habe angeordnet, ein Teil des Felsaushubs sei wieder zu verbauen und das restliche zwischengelagerte Aushubmaterial sei von einer anderen Unternehmerin abzutransportieren. Die Beschwerdegegnerin sei über die Zwischendeponie also monatelang im Bilde gewesen, ohne dagegen zu protestieren. Mit diesem Verhalten habe sie die Zwischendeponie jedenfalls "genehmigt".
Wie es sich mit der Notwendigkeit einer Anordnung von Bestellungsänderungen bei technisch unvermeidbaren Arbeiten verhält, kann hier offenbleiben. Denn wie einleitend festgehalten, steht die Zwischenlagerung des zusätzlichen Aushubs (Mehrforderung Nr. 3) in offenkundigem Zusammenhang mit dem zusätzlichen Aushub selber (Mehrforderungen 1 + 2). Da eine Bestellungsänderung hinsichtlich des (behauptetermassen zusätzlichen) Aushubs nicht erwiesen ist (vgl. E. 5.1), kann sich allein aus der technischen Notwendigkeit, dass der entsprechende Aushub auch zwischengelagert werden muss, nicht der Nachweis einer Bestellungsänderung bezüglich der Zwischenlagerung erübrigen. Ohne Nachweis einer spezifisch angeordneten Bestellungsänderung teilt sie vielmehr dasselbe Schicksal wie die Aushubarbeiten selber. Dasselbe gilt mutatis mutandis auch für die geltend gemachte "Genehmigung". Ist eine Bestellungsänderung hinsichtlich des Aushubs resp. der "Mehrmenge" nicht dargetan, kann auch das Einverständnis mit der Zwischenlagerung noch nicht als Zustimmung zu diesbezüglichen Mehrleistungen gedeutet werden.
5.3. Bei der Mehrforderung Nr. 4 handelt es sich um die Kosten für den behaupteten Mehrverbrauch von Mager- und Sickerbeton zum Auffüllen von Werkleitungen und Kanalisationsgräben.
Die Beschwerdeführerinnen halten diesbezüglich fest, sie hätten in der Klage vorgetragen, die Werkleitungen gemäss Anordnung des zuständigen Elektrizitätswerks mit Sand, Geröll und Beton überdeckt zu haben. Dieses Vorgehen habe die Beschwerdegegnerin an der 43. Koordinationssitzung angeordnet und werde von der Beschwerdegegnerin auch nicht bestritten. Bezüglich der Kanalisationsgräben hätten sie in der Klage festgehalten, technisch bedingt sei eine Auffüllung praktisch aller Gräben mit Mager- und Hüllbeton erforderlich gewesen. Die Auffüllung mit tragfähigem Material sei jeweils in Rücksprache mit der Bauleitung erfolgt, wie sie es in der Klage behauptet hätten. Als Beweis hätten sie sich in der Klage auf das Protokoll der 11. Koordinationssitzung berufen. Dort stehe, sie würden die Kanalisation ausheben und "falls nötig beim [A]uffüllen den losen Untergrund mit tragfähige[m] Material [ersetzen] (nach Absprache Bauleitung). Vergütung nach Lieferschein/Ausmass abzüglich Hüllbeton". Eine weitergehende Substanziierung sei nicht erforderlich. Die Vorinstanz stelle überspitze Anforderungen, wenn sie verlange, dass die Beschwerdeführerinnen minuten- oder abschnittgenau hätten substanziieren müssen, wo, wann welche Ausführungen, von wem, gegenüber wem angeordnet worden seien.
Anders als die Parteien unterschied die Vorinstanz nicht zwischen dem Auffüllen von Werkleitungen (Mehrausmass gemäss Beschwerdeführerinnen 21.25 m3) und Kanalisationsgräben (Mehrausmass gemäss Beschwerdeführerinnen 2'447.9 m3). Womöglich infolgedessen übersah sie, dass die Beschwerdegegnerin gar nicht bestritten hat, dass die Beschwerdeführerinnen die Auffüllung der Werkleitungen gemäss Anordnung des Elektrizitätswerks ausgeführt haben (vgl. Klage Rz. 104c S. 69 und Klageantwort Rz. 165 S. 57). Auf das Protokoll der 43. Koordinationssitzung kommt es infolgedessen nicht weiter an. Für die behauptete Anordnung hinsichtlich des Auffüllens der Kanalisationsgräben beriefen sich die Beschwerdeführerinnen hingegen auf das zuvor zitierte Protokoll der 11. Koordinationssitzung; auf dieses geht die Vorinstanz mit keinem Wort ein.
Bei Lichte betrachtet dreht sich der Streit der Parteien aber auch gar nicht darum, ob den von den Beschwerdeführerinnen ausgeführten Arbeiten eine grundsätzliche Anordnung seitens der Beschwerdegegnerin zugrunde lag oder nicht. Die strittige Frage ist - wie auch die Ausführungen der Beschwerdegegnerin in ihrer Beschwerdeantwort vor Augen führen - vielmehr, ob es sich bei diesen Anordnungen um zu vergütende Bestellungsänderungen resp. besondere Verhältnisse i.S.v. Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 handelte oder ob es bloss nachträgliche Konkretisierungen der von den Beschwerdeführerinnen geschuldeten, im Werkvertrag aber nicht abschliessend umschriebenen Leistungen durch die Beschwerdegegnerin waren (vgl. zu dieser Abgrenzung etwa EGLI, a.a.O., N. 13 f. Vorbem. Art. 84-91 SIA Norm 118). Ausserdem dürfte zwischen den Parteien umstritten sein, was die Folge davon wäre, wenn die Beschwerdeführerinnen die Arbeiten betr. Kanalisationsgräben ohne (nachweisbare) "Absprache Bauleitung" (vgl. Protokoll der 11. Koordinationssitzung) ausgeführt haben sollten.
Nach dem Gesagten erweist sich die Eventualbegründung hinsichtlich der Mehrforderung Nr. 4 als nicht tragfähig. Das angefochtene Urteil ist bezüglich dieser Mehrforderung aufzuheben und zur Prüfung der sich effektiv stellenden Fragen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.4. Bei der Mehrforderung Nr. 10 handelt es sich um die Mehrkosten für die Verwendung von Sichtbeton der Sorte Alpin 32 anstatt der Sorte A101.
Die Vorinstanz hielt in einer Eventualbegründung fest, selbst wenn von der Berechnungsweise der Beschwerdeführerinnen auszugehen wäre, hätten diese den behaupteten Mehrpreis nicht hinreichend dargetan, da "gänzlich Angaben zu den diesem zugrunde gelegten Berechnungskriterien" fehlen würden. Die Beschwerdeführerinnen tragen in ihrer Beschwerde vor, die Vorinstanz habe abgesehen von der beanstandeten Berechnungsweise (dazu E. 4) keine weiteren Gründe zur Abweisung dieser Mehrforderung angegeben. Sie übersehen dabei diese Eventualbegründung, weshalb es auch an diesbezüglichen Rügen fehlt. Entsprechend muss es mit der vorinstanzlichen Beurteilung sein Bewenden haben (E. 2.1).
5.5. Bei der Mehrforderung Nr. 18 geht es um Mehrkosten für die Erstellung sämtlicher Balkonuntersichten und der Wände in den Innenhöfen der Doppeleinfamilienhäuser in Sichtbetonqualität.
Die Beschwerdeführerinnen tragen vor, sie hätten in der Klage ausgeführt: "Die Klägerinnen haben insgesamt 4'787.28m2 Balkonuntersichten und 623.37m2 Innenhofmauern in Sichtbeton ausgeführt. Dies kann anhand der Ausführungspläne (Sammelbeilage 51) verifiziert werden." Die bauherrenseitige Anordnung der Bestellungsänderung lasse sich folglich anhand der bauherrenseitig abgegebenen Ausführungspläne ohne Weiteres nachweisen; weitergehende Substanziierungen oder Beweise seien nicht erforderlich. Indem die Vorinstanz dies ausblende und zum Ergebnis komme, die Anordnung der Bestellungsänderung sei nicht rechtsgenüglich substanziiert worden, verletze sie <ref-law> und <ref-law>, welche auf eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung und damit eine Verletzung von <ref-law> zurückzuführen sei.
Ob die Beschwerdeführerinnen mit ihrer Passage zu den Ausführungsplänen eine bauherrenseitige Anordnung der Bestellungsänderung behauptet haben, wie sie nunmehr geltend machen, erscheint zweifelhaft, kann aber offenbleiben. Denn die von der Vorinstanz in ihren kritisierten Ausführungen angeführten Stellen der erstinstanzlichen Rechtsschriften belegen, dass zwischen den Parteien nicht streitig war, ob diese Arbeiten anordnungsgemäss ausgeführt worden waren. Der Streit drehte sich vielmehr darum, welche Leistungen vertraglich zum Pauschalpreis geschuldet waren und welche zusätzlich erbracht wurden. Es geht also um die Auslegung des Vertrags hinsichtlich des Punkts, welche Leistungen inbegriffen waren (vgl. dazu bereits E. 5.3 hiervor) - mit dieser "im Einzelfall oft nur schwierig zu entscheiden[den]" Frage (so EGLI, a.a.O., N. 14 Vorbem. Art. 84-89 SIA Norm 118) befasste sich die Vorinstanz nicht. Die Tatsache, "wann und durch wen genau eine entsprechende Anordnung erfolgt sein soll", ist für das zwischen den Parteien strittige Thema jedoch unwesentlich. Es handelt sich dabei infolgedessen nicht um eine strittige rechtsrelevante Tatsache, die substanziiert vorzutragen gewesen wäre, damit darüber Beweis hätte abgenommen werden können.
Nach dem Gesagten erweist sich die Eventualbegründung hinsichtlich der Mehrforderung Nr. 18 als nicht tragfähig. Das angefochtene Urteil ist bezüglich dieser Mehrforderung aufzuheben und zur Prüfung der sich effektiv stellenden Fragen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.6. Bei der Mehrforderung Nr. 19 geht es um Mehrkosten für die Ausführung von Streifenfundamenten im Bereich der Innenhof- und Grenzmauern und für die Erstellung von Frostriegeln unter den Bodenplatten der Doppeleinfamilienhäuser.
Die Beschwerdeführerinnen tragen vor, sie hätten in der Klage an mehreren Stellen ausgeführt, "[D]ie bauherrenseitig angeordnete Ausführung geht beispielsweise aus dem Ausführungsplan [...] hervor." In der Replik hätten sie nochmals ausdrücklich darauf hingewiesen. Die bauherrenseitige Anordnung der Bestellungsänderung lasse sich folglich anhand der bauherrenseitig abgegebenen Ausführungspläne ohne Weiteres nachweisen; weitergehende Substanziierungen oder Beweise seien nicht erforderlich. Indem die Vorinstanz dies ausblende und zum Ergebnis komme, die Anordnung der Bestellungsänderung sei nicht rechtsgenüglich substanziiert worden, verletze sie <ref-law> und <ref-law>, welche auf eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung und damit eine Verletzung von <ref-law> zurückzuführen sei.
Anders als bezüglich der Mehrforderung Nr. 18 (hiervor E. 5.5) ist hier klar, dass die Beschwerdeführerinnen behauptet haben, die bauherrenseitige Anordnung der Bestellungsänderung ergebe sich aus den Ausführungsplänen. Eine Bestellungsänderung kann auch mittels Änderung der Pläne erfolgen (vgl. nur etwa Art. 84 Abs. 1 SIA-Norm 118). "[W]ann und durch wen genau eine entsprechende Anordnung erfolgt sein soll", ist bei einer sich behauptetermassen aus Plänen ergebenden Bestellungsänderung keine rechtsrelevante Tatsache. Bereits deshalb überzeugt diese vorinstanzliche Eventualbegründung nicht. Weiter kommt hinzu, dass auch hier die von der Vorinstanz angegebenen Stellen der erstinstanzlichen Rechtsschriften zeigen, dass zwischen den Parteien nicht streitig war, ob diese Arbeiten anordnungsgemäss ausgeführt worden waren. Vielmehr ging es darum, was Vertragsinhalt ist und welche Leistungen im Pauschalpreis inbegriffen sind (vgl. dazu bereits E. 5.3 und E. 5.5 hiervor). Auch insofern überzeugt diese vorinstanzliche Begründung nicht.
Gleichwohl ist das vorinstanzliche Urteil bezüglich der Mehrforderung Nr. 19 nicht aufzuheben. Denn die Vorinstanz hielt in einer weiteren Begründung fest, die von den Beschwerdeführerinnen ins Recht gelegten Preisanalysen würden für eine substanziierte Darlegung der Mehrkosten nicht ausreichen. Auf diese Begründung gehen die Beschwerdeführerinnen nicht ein, es fehlt an diesbezüglichen Rügen. Entsprechend muss es mit der vorinstanzlichen Beurteilung sein Bewenden haben (E. 2.1).
5.7. Bei der Mehrforderung Nr. 21 handelt es sich um Mehrkosten für das längere Vorhalten der Gerüste.
Die Vorinstanz hielt in einer Eventualbegründung fest, auch hier hätten die Beschwerdeführerinnen eine Preisanalyse ins Recht gelegt, die für eine substanziierte Darlegung der Mehrkosten nicht ausreichend sei. Ergänzend verwies sie auf ihre diesbezüglichen Ausführungen zur Mehrforderung Nr. 19 (vgl. hiervor E. 5.6). Die Beschwerdeführerinnen tragen in ihrer Beschwerde vor, die Vorinstanz habe abgesehen von der beanstandeten Berechnungsweise (dazu E. 4) keine weiteren Gründe zur Abweisung dieser Mehrforderung angegeben. Sie übersehen dabei diese Eventualbegründung, weshalb es auch an diesbezüglichen Rügen fehlt. Entsprechend muss es mit der vorinstanzlichen Beurteilung sein Bewenden haben (E. 2.1).
5.8. Das angefochtene Urteil ist demnach auch (nebst den in E. 4.4.4.3 aufgeführten Mehrforderungen) hinsichtlich der Mehrforderungen Nr. 4 und 18 aufzuheben und an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung der hiervor beanstandeten Punkte sowie der bislang noch nicht behandelten zurückzuweisen.
6.
Angefochten ist sodann die Abweisung der sieben geltend gemachten Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen.
Die Beschwerdeführerinnen äussern sich in ihrer Beschwerde ausführlich dazu, ob <ref-law> bei Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen generell zur Anwendung gelangt. Darauf ist nicht einzugehen. Denn es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, abstrakte Rechtsfragen zu beantworten oder rechtstheoretische Streitigkeiten zu klären, die nicht entscheidrelevant sind. Insoweit haben die Beschwerdeführerinnen kein schützenswertes Interesse an der Behandlung ihrer Beschwerde (<ref-ruling> E. 1c S. 96; <ref-ruling> E. 2 S. 488; siehe auch <ref-ruling> E. 8.3 S. 561). Sofern dies in concreto entscheidrelevant sein sollte, wird nur, aber immerhin, zu behandeln sein, ob <ref-law> bezüglich einzelner im Streit liegender Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen Anwendung findet.
6.1. Die Vorinstanz ging davon aus, es kämen auch hier die einschlägigen Bestimmungen hinsichtlich der Bestellungsänderungen sowie des Mehraufwands aufgrund besonderer Verhältnisse i.S.v. Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118 zum Tragen. Dies wird von den Beschwerdeführerinnen nicht gerügt, weshalb es dabei sein Bewenden hat (E. 2.1).
Gestützt hierauf kam die Vorinstanz zum Schluss, die Vergütung für den Mehraufwand bestimme sich auch hier nach <ref-law>, also nach dem Aufwand, und verwies zur Begründung auf ihre Ausführungen zu den Mehrforderungen zufolge Bestellungsänderungen bzw. aufgrund besonderer Verhältnisse. Ihre diesbezügliche Rechtsauffassung hat sich allerdings nicht bestätigt (vgl. E. 4.4). Soweit sie Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen einzig damit abwies, es fehle an den erforderlichen rechtserheblichen Behauptungen bezüglich deren Berechnung, da der effektive Aufwand nachzuweisen gewesen wäre, ist der angefochtene Entscheid ohne Weiteres aufzuheben und zur neuen Beurteilung dieses Punktes sowie der bislang noch nicht behandelten Punkte an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind dies die Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen Nr. 2 und 3. Insofern erübrigt es sich, auf weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerinnen zu diesen Mehrforderungen einzugehen.
6.2. Die übrigen Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen wies die Vorinstanz entweder aus anderen Gründen ab oder führte noch weitere Gründe für deren Abweisung an.
6.2.1. Bei der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 1 geht es um die Kosten für zusätzliches Schalungsinventar, weil sich die Wand- und Deckenschalungsarbeiten zu einem grossen Teil in die Wintermonate verschoben hätten.
Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen würden diese Kosten einerseits mit einer Multiplikation von Einheitspreisen mit dem angeblichen tatsächlichen Ausmass errechnen (ergebend Fr. 77'000.--), andererseits durch Rechnungen der E._ AG über insgesamt Fr. 83'270.80 zuzüglich eines Endzuschlages angeben. Da sich offenbar beide Positionen auf das Bereitstellen von Schalungsinventar bezögen, liessen sich diese Beträge nicht zuordnen. Zudem sei den Beschwerdeführerinnen der Nachweis nicht gelungen, dass es sich bei den in Rechnung gestellten Beträgen um die Mehrbestellungen aufgrund der angeblichen Störungen gehandelt haben soll, was die Beschwerdegegnerin bestritten habe.
Auf diese Begründung gehen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde nicht ein. Entsprechend hat es dabei sein Bewenden und es bleibt bei der vorinstanzlichen Beurteilung (vgl. E. 2.1).
6.2.2. Bei der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 4 geht es um die Produktivitätsverluste auf der Baustelle, da die Werkleistung nicht stetig habe ausgeführt werden können, sondern wiederholt unterbrochen und zeitlich verschoben neu habe optimiert werden müssen.
Die Vorinstanz hielt fest, es wäre an den Beschwerdeführerinnen gewesen, dem Gericht die von ihnen herangezogenen Erfahrungswerte und Faktoren zu erläutern und darzulegen. Es genüge für die Substanziierung nicht, wenn sie bloss ausführten, der Privatgutachter könne diese dem Gericht erläutern. Vielmehr hätten diese Grundlagen in den Rechtsschriften dargelegt werden müssen. Es sei nicht am Gericht, sich durch Befragung des Privatgutachters das Behauptungssubstrat selber beschaffen zu müssen.
Auf diese Begründung gehen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde nicht ein. Entsprechend hat es dabei sein Bewenden und es bleibt bei der vorinstanzlichen Beurteilung (vgl. E. 2.1).
6.2.3. Bei der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 5 geht es um die Teuerungsmehrkosten infolge angeblicher bauherrenseitig zu vertretender Verzögerung der Leistungsausführung.
Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen würden nicht darlegen, wie sich die Beschaffungskosten berechnet hätten und auf welche Beschaffungen sich diese stützen würden. Die Beschwerdeführerinnen seien darauf hinzuweisen, dass sie eine im Privatgutachten vorgenommene Berechnung hinreichend darlegen müssten.
Die Beschwerdeführerinnen bringen dagegen vor, diese Ausführungen seien nicht nachvollziehbar. Sie hätten in der Klage darauf hingewiesen, dass der Privatgutachter die Beschaffungs- oder Teuerungsmehrkosten mit der vereinfachten Methode nach PKI-Index Bausparte 1 "Neubau MFH" berechnet habe. Diese Berechnung sei klar definiert und könne daher von einem Gerichtsexperten ohne Weiteres nachvollzogen werden. Weiter hätten sie in ihrer Klage aufgezeigt, dass ein Wahrscheinlichkeitsbeweis zulässig sei. Theoretisch hätte die Teuerung mit unverhältnismässigem Aufwand für sämtliches Personal und sämtliche Bau- und Betriebsmaterialien einzeln bestimmt werden können. Hier gehe es jedoch nicht um die eigentliche Teuerung, sondern um die infolge Verzögerung zusätzlich entstandenen Teuerungskosten. Um diese im Detail zu analysieren, müssten theoretisch das zeitliche Bau-Soll und Bau-Ist jeder einzelnen Leistung gegenübergestellt und die Teuerung separat berechnet und addiert werden; ein unverhältnismässig aufwendiges Unterfangen. Deshalb sei die Abschätzung mit dem vereinfachten PKI-Index in sinngemässer Anwendung von <ref-law> gerechtfertigt, wobei auch andere Schätzmethoden nicht ausgeschlossen wären.
Die Beschwerdeführerinnen zeigen damit auf, dass sie in der Klage ausgeführt haben, anhand welcher Methode der Privatgutachter die Teuerungsmehrkosten berechnete. Die Vorinstanz beanstandete allerdings, dass sie nicht dargelegt hätten, wie sie die Beschaffungskosten berechnet hätten, die sie dieser Teuerungsmehrkostenberechnung zugrunde gelegt haben. Dazu äusserten sich die Beschwerdeführerinnen an den von ihnen aufgeführten Stellen in der Klage nicht und auch ihre Ausführungen in der Beschwerde beziehen sich nicht, zumindest nicht hinreichend, darauf. Entsprechend hat es dabei mangels rechtsgenüglicher Rügen zu diesen vorinstanzlichen Erwägungen sein Bewenden und es bleibt bei der vorinstanzlichen Beurteilung (vgl. E. 2.1).
6.2.4. Bei der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 6 geht es um den Feststellungsmehraufwand. Die Beschwerdeführerinnen machen dabei zum einen internen Aufwand für die Aufarbeitung des Sachverhalts geltend, zum anderen die Kosten für das technische resp. baubetriebliche Privatgutachten.
6.2.4.1. Zum internen Aufwand hielt die Vorinstanz fest, den Beschwerdeführerinnen gelänge es nicht, den behaupteten Mehraufwand hinreichend darzutun. Denn sie würden trotz Bestreitung nicht darlegen, woraus sich 180 Stunden Mehraufwand ergeben sollten.
Auf diese Begründung gehen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde nicht ein. Entsprechend hat es dabei sein Bewenden und es bleibt bei der vorinstanzlichen Beurteilung (vgl. E. 2.1).
6.2.4.2. Zu den Kosten für das Privatgutachten hielt die Vorinstanz fest, es könne offengelassen werden, ob und auf welcher Grundlage diese Forderung geltend gemacht werden könnte. Denn die Beschwerdeführerinnen könnten auch unter dieser Position ihren Mehraufwand nicht hinreichend dartun. Die von ihnen eingereichten Rechnungen des Privatgutachters würden den Substanziierungsanforderungen nicht genügen, "zumal daraus weder die Stunden noch die Stundenansätze noch die Festlegung der Reisepauschalen hervorgehen". Folglich könne nicht nachvollzogen werden, worauf sich die Rechnungen bezögen, womit auch nicht geprüft werden könne, ob und inwiefern die Einholung eines Privatgutachtens notwendig gewesen sei.
Die Beschwerdeführerinnen bringen dagegen vor, diese Ausführungen seien nicht nachvollziehbar. Dass das Privatgutachten nicht nur geeignet, sondern auch notwendig und erforderlich gewesen sei, hätten sie in der Replik aufgezeigt. Um diese Frage zu beurteilen, müsse auf den Inhalt des Gutachtens abgestellt werden. Inwiefern sich diese Frage anhand von Rechnungsdetails beantworten lassen sollte, sei nicht ersichtlich. Dass die Erstellung der Gutachten einen massiven Aufwand verursacht habe, würden die Gutachten zeigen. Wenn der in Rechnung gestellte Betrag von Fr. 32'000.-- durch einen mittleren Stundenansatz von Fr. 180.-- geteilt werde, würden 177 Stunden Aufwand resultieren. Dieser Aufwand sei aufgrund der Arbeitsergebnisse mehr als nur angemessen.
In der Tat scheint die Vorinstanz zwei verschiedene Dinge zu vermengen. Die Beschwerdeführerinnen machen hier als Mehraufwand die Kosten geltend, die ihnen durch den Beizug des Privatgutachters entstanden sein sollen. Für die Substanziierung des Betrags, welcher den Beschwerdeführerinnen durch den Privatgutachter in Rechnung gestellt worden ist und für die ihnen dadurch entsprechend entstandenen Kosten, ist nicht erforderlich, dass die Stunden, Stundenansätze oder die Reisepauschale des Privatgutachters einzeln ausgewiesen würden - insofern sind diese Punkte nicht durchwegs rechtserheblich. Soweit es um die Substanziierung des Mehraufwands durch den vom Privatgutachter in Rechnung gestellten Betrag geht, erweist sich die Begründung der Vorinstanz damit als nicht tragfähig.
Eine andere Frage ist, ob der Beizug eines Privatgutachters notwendig war. Unabhängig davon, ob die Kosten für das Privatgutachten unter dem Titel Schaden oder Parteientschädigung zu prüfen wären, handelt es sich dabei um eine Anspruchsvoraussetzung (vgl. Urteil 4A_113/2017 vom 6. September 2017 E. 6.2.5). Auf diese Anspruchsvoraussetzung und die dazu ergangene Rechtsprechung des Bundesgerichts (etwa Urteil 4A_692/2015 vom 1. März 2017 E. 6.1, nicht publ. in: <ref-ruling>) geht die Vorinstanz in ihrem Urteil allerdings nicht ein, womit u.a. unbehandelt bleibt, welche Tatsachen ihres Erachtens erstellt sein müssten, um gestützt darauf die Notwendigkeit beurteilen zu können. Die Begründung des vorinstanzlichen Urteils legt nahe, dass die Vorinstanz diese Voraussetzung noch gar nicht prüfen wollte - den Anforderungen von <ref-law> vermag ihre diesbezügliche Begründung jedenfalls nicht zu genügen.
Nach dem Gesagten ist das vorinstanzliche Urteil bezüglich der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 6 aufzuheben und zu neuer Beurteilung dieses Punktes sowie der bislang noch nicht behandelten Punkte an die Vorinstanz zurückzuweisen, soweit es um die vom Privatgutachter in Rechnung gestellten Beträge geht.
6.2.5. Bei der Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 7 geht es um die Mehrkosten aufgrund von Produktivitätsverlusten auf Drittbaustellen infolge der zeitlichen Verschiebung des Ressourcenbedarfs und insbesondere des ineffizienten Einsatzes der Ressourcen.
Die Vorinstanz hielt fest, eine sinngemässe Anwendung von <ref-law> falle bei dieser Mehrforderung ausser Betracht, weil die Beschwerdeführerinnen nicht ausführen würden, inwiefern und weshalb es ihnen unmöglich oder unzumutbar gewesen sein soll, ihren Mehraufwand zu beziffern. Sie würden bloss vorbringen, der Nachweis von Verlusten sei praktisch unmöglich. Nicht nachvollziehbar erscheine dabei jedoch, weshalb es ihnen auch unmöglich oder unzumutbar gewesen sein soll, darzulegen, hinsichtlich welcher Drittbaustellen allfällige Produktivitätsverluste und hinsichtlich welcher nachträglichen, kurzfristigen Beschaffungen von zusätzlichen Ressourcen Mehrkosten entstanden sein sollen.
Die Anwendung von <ref-law> setzt voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 276). Selbst wenn diese Voraussetzung erfüllt ist, erlaubt <ref-law> dem Geschädigten nicht, ohne nähere Angaben Forderungen in beliebiger Höhe zu stellen. Vielmehr sind auch im Rahmen dieser Norm - soweit möglich und zumutbar - alle Umstände zu behaupten, die Indizien für den Bestand eines Schadens darstellen und die Schätzung des Umfangs des Schadens erlauben (<ref-ruling> E. 5.1 S. 363 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 221). Liefert die geschädigte Person nicht alle im Hinblick auf die Schätzung des Schadens notwendigen Angaben, ist eine der Voraussetzungen von <ref-law> nicht gegeben und die Beweiserleichterung kommt nicht zum Zuge (vgl. etwa Urteile 4A_397/2016 vom 30. November 2016 E. 5.1; 4A_431/2015 vom 19. April 2016 E. 5.1.2).
Die Vorinstanz nannte konkrete Angaben, die aus ihrer Sicht für die Schätzung der Forderungshöhe relevant gewesen wären und deren Behauptung den Beschwerdeführerinnen ihres Erachtens auch möglich und zumutbar gewesen wäre. Da die Beschwerdeführerinnen diese Behauptungen jedoch nicht aufgestellt haben, lehnte sie es ab, <ref-law> anzuwenden. Zu dieser spezifischen Begründung, welche zusätzlichen Angaben für eine Anwendung von <ref-law> bezüglich dieser konkreten Mehrforderung erforderlich, aber auch möglich und zumutbar, gewesen wären, äussern sich die Beschwerdeführerinnen nicht, jedenfalls nicht rechtsgenüglich. Namentlich wird dies nicht behandelt in ihren allgemeinen Ausführungen, weshalb <ref-law> bei Forderungen aus Bauablaufstörungen generell und spezifisch in vorliegendem Fall Anwendung finden soll. Mangels hinreichender Rüge hat es infolgedessen dabei sein Bewenden und es bleibt bei der vorinstanzlichen Beurteilung (vgl. E. 2.1).
7.
Angefochten ist schliesslich die Gutheissung der von der Beschwerdegegnerin zur Verrechnung gebrachten Forderung über Fr. 216'000.--. Dabei handelt es sich um eine Rückforderung des Betrags, den die Beschwerdegegnerin den Beschwerdeführerinnen gestützt auf die Rechnung vom 23. März 2011 mit der Bezeichnung "gestörter Bauablauf" leistete.
Die Vorinstanz stellte dazu fest, die Beschwerdegegnerin habe diesen Betrag am 2. Mai 2011 an die Beschwerdeführerinnen geleistet, fordere ihn nun zurück und stelle ihn sogleich zur Verrechnung. Die Beschwerdegegnerin habe ausgeführt, diese Zahlung sei nicht gerechtfertigt gewesen und habe einzig auf Kulanz basiert. Eine Anerkennung der Schuld habe schon deshalb nicht erfolgen können, weil sie damals gar nicht im Besitze der notwendigen Unterlagen gewesen sei, die eine Bauablaufstörung aufgezeigt hätten. Sie habe stets darauf beharrt, die Zahlung erfolge einzig, um die Zusammenarbeit nicht zu gefährden. Die Beschwerdeführerinnen hätten hingegen vorgebracht, dabei habe es sich um eine Abschlags- und nicht um eine Akontozahlung gehandelt. Die Rechnung sei denn auch als normale Rechnung, nicht als Akontorechnung ausgestellt worden.
Die Vorinstanz erwog, da hinsichtlich des Werkvertrags ausdrücklich und unbestritten Akontozahlungen vereinbart und geleistet worden seien, wofür sie auf den Zahlungsplan vom 12. November 2010 verwies, und die Beschwerdeführerinnen mit ihrer Klage Mehrforderungen aus diesem Vertrag geltend machen würden, trügen sie auch die Beweislast dafür, wenn sie behaupteten, den Zahlungen hätten entsprechende Forderungen gegenübergestanden oder es handle sich um die Abgeltung/Tilgung einer Schuld. Der Beweis dafür gelinge ihnen nicht. Eine ausdrückliche Anerkennung lasse sich auch der E-Mail vom 2. Mai 2011 nicht entnehmen. Im Übrigen seien ihre Ausführungen nicht nachvollziehbar, handle es sich bei Abschlagszahlungen doch ebenfalls um Akontozahlungen, womit diese ebenfalls bloss vorläufigen Charakter hätten. Somit sei davon auszugehen, dass die bezahlten Fr. 216'000.-- eine Akontozahlung - unter Vorbehalt der späteren Abrechnung - darstellen würden; der Rückforderungsanspruch sei daher vertraglicher Natur (unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 6.4 S. 512; <ref-ruling> E. 3d S. 122).
7.1. Die Beschwerdeführerinnen machen zunächst geltend, die Feststellung, wonach "ausdrücklich und unbestritten Akontozahlungen vereinbart und geleistet" worden seien, sei offensichtlich falsch und aktenwidrig. Aus dem Zahlungsplan ergebe sich eindeutig, dass es sich dabei um Teil- und nicht um Akontozahlungen gehandelt habe. Weiter hätten sie vorgetragen, Forderungen aus Nachträgen und Regieleistungen seien separat abgerechnet worden. Bezüglich Erstem weist die Beschwerdegegnerin in ihrer Beschwerdeantwort aber treffend darauf hin, dass die Beschwerdeführerinnen im vorinstanzlichen Verfahren bezüglich des Zahlungsplans gar nicht zwischen Teil- und Akontozahlungen unterschieden hätten. Die von den Beschwerdeführerinnen angegebenen Stellen in ihren vorinstanzlichen Rechtsschriften (Klage Rz. 43 ff.) belegen dies - es ging dort nicht um eine Abgrenzung von Teil- und Akontozahlungen, sondern um allgemeine Ausführungen zu den Zahlungsmodalitäten. Vor dem Hintergrund, dass von den Parteien im vorinstanzlichen Verfahren keine Behauptungen zur Natur der im Werkvertrag abgemachten Zahlungen (Teil- oder Akontozahlungen) aufgestellt worden sind, überrascht es, dass die Vorinstanz feststellte, es seien im Werkvertrag ausdrücklich und unbestritten Akontozahlungen vereinbart worden. Hierfür verwies sie einzig auf den Zahlungsplan, Fundstellen in den Rechtsschriften führte sie nicht auf. Ob die Zahlungen nach Zahlungsplan vorläufig (was Art. 147 SIA Norm 118 entspricht) oder definitiv sind, ist aber letztlich nicht entscheidend. Denn dass es sich bei der Zahlung von Fr. 216'000.-- um eine gemäss dem erwähnten Zahlungsplan geschuldete Zahlung handelte, stellte die Vorinstanz nicht fest und solches ist auch nicht ersichtlich. Zudem war vorinstanzlich unbestritten (vgl. Klage Rz. 86 und Klageantwort Rz. 111), dass Nachträge und Regiearbeiten separat abgerechnet worden sind, worauf die Beschwerdeführerinnen zutreffend hinweisen. Entscheidend ist daher, was hinsichtlich dieser konkreten Zahlung galt und insbesondere, was die Parteien diesbezüglich vereinbarten.
7.2. Die Vorinstanz auferlegte die Beweislast den Beschwerdeführerinnen, dass dieser Zahlung eine Forderung gegenübergestanden hat oder dass es sich um die Tilgung einer Schuld handelte. Bei dieser Beweislastverteilung unterstellte sie jedoch den strittigen Punkt (dass es eine Akontozahlung war) bereits, was nicht angeht. Gemäss <ref-law> hat diejenige Partei eine Tatsache zu beweisen, die aus ihrem Vorhandensein ein Recht ableitet. Hier fordert die Beschwerdegegnerin eine Rückzahlung von den Beschwerdeführerinnen - sie hat daher die Tatsachen zu beweisen, auf die sich ein solcher Rückforderungsanspruch abstützt; nicht die Beschwerdeführerinnen haben zu beweisen, dass sie diesen Betrag nicht zurückerstatten müssen, sondern behalten dürfen. Ein vertraglicher Rückzahlungsanspruch der Beschwerdegegnerin besteht, wenn eine Akontozahlung vereinbart wurde (der keine Forderung in entsprechender Höhe entgegensteht - dies wäre von den Beschwerdeführerinnen zu beweisen); ein bereicherungsrechtlicher Rückzahlungsanspruch besteht, wenn sie die Zahlung irrtümlich oder unfreiwillig vornahm (<ref-law>). Da gemäss Feststellung der Vorinstanz die Beschwerdegegnerin u.a. vortrug, die Zahlung aus Kulanz vorgenommen zu haben, fällt ein bereicherungsrechtlicher Anspruch von vornherein ausser Betracht.
7.3. Entscheidend ist daher, ob es sich bei dieser Zahlung um eine Akontozahlung handelte oder nicht. Dies bestimmt sich danach, was die Parteien diesbezüglich vereinbart haben. Da die Vorinstanz eine Akontozahlung unterstellte, äusserte sie sich nicht dazu. Sie wies bloss darauf hin, dass es sich bei Abschlagszahlungen ebenfalls um vorläufige Zahlungen handle, weshalb die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen, die sich auf Abschlagszahlungen beriefen, nicht nachvollziehbar seien. Zutreffend ist zwar, dass Abschlagszahlungen in der Terminologie der SIA-Norm 118 vorläufiger Natur sind; zutreffend ist auch, dass die Beschwerdeführerinnen geltend machten, es läge eine Abschlagszahlung vor. Ihre Ausführungen erscheinen deshalb aber nicht "nicht nachvollziehbar", sondern es war nur, aber immerhin, die von ihnen verwendete Terminologie unglücklich. In ihrer Replik stellten sie eine "normale Rechnung" einer "Akonto-Rechnung" und eine "Abschlagszahlung" einer "Akontozahlung" gegenüber, woraus ersichtlich wird, dass sie mit Abschlagszahlung nicht eine vorläufige, sondern eine definitive (Teil) Zahlung meinten.
Das Bundesgericht kann das Recht von Amtes wegen anwenden. Voraussetzung ist jedoch, dass das angefochtene Urteil den massgeblichen Sachverhalt dazu enthält, andernfalls dieser von der Vorinstanz zu ergänzen ist (Urteil 4A_523/2014 vom 12. Februar 2015 E. 5.2). Tatsachenfeststellungen im Zusammenhang mit einer subjektiven Auslegung, die Vorrang zu einer objektivierten Vertragsauslegung hat (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 148), sind nicht vorhanden. Und auch wenn ein natürlicher Konsens nicht feststellbar sein sollte (was aber von der Vorinstanz erst noch zu prüfen sein wird) und es sich bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip zur Feststellung eines normativen Konsenses um eine Rechtsfrage handelt, spielen dabei die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Parteien eine wesentliche Rolle. Feststellungen dazu liegen nicht vor, obwohl die Parteien etwa zur Natur dieser Zahlung und ihrem Hintergrund Behauptungen aufstellten und Beweismittel anriefen (siehe etwa Klageantwort Rz. 41-44 und 494, Replik Rz. 457 und Duplik Rz. 486 und v.a. auch die Beweismittel act. 11/5, 11/6, 11/20, 11/21 und 11/22). Es fehlt daher an den erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen, womit der vorinstanzliche Entscheid <ref-law> nicht genügt. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, derartige Sachverhaltsfeststellungen zu treffen und sich dadurch an die Stelle der Vorinstanz zu setzen, die ihrer Aufgabe nicht nachgekommen ist (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 246; Urteile 4A_443/2015 vom 12. April 2016 E. 4.1; 4A_461/2016 vom 10. Februar 2017 E. 4.3.1).
Das angefochtene Urteil ist daher auch in diesem Punkt aufzuheben und zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
8.
Die Beschwerde ist demnach teilweise gutzuheissen und das Urteil des Handelsgerichts ist bezüglich Ziffer 1 (soweit die Klage abweisend), Ziffer 3 und Ziffer 4 aufzuheben. Die Sache ist zur neuen Beurteilung der Mehrforderungen Nr. 4, 5, 8, 9, 11, 15, 16, 18 und 22 zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen (siehe E. 4 und 5), der Mehrforderungen Nr. 2, 3 und 6 (soweit den vom Privatgutachter in Rechnung gestellten Betrag betreffend) aufgrund Bauablaufstörungen (E. 6) sowie der zur Verrechnung gestellten Rückforderung von Fr. 216'000.-- (E. 7) an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, kein Erfolg beschieden.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Kosten den Parteien je hälftig aufzuerlegen (<ref-law>) und keine Parteientschädigungen (<ref-law>) zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird bezüglich Ziffer 1 (soweit die Klage abweisend), Ziffer 3 und Ziffer 4 aufgehoben und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 23'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit zur Hälfte den Beschwerdeführerinnen und zur Hälfte der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi