Faits :
A.
Le 26 juin 2015, X._ SA a déposé une plainte pénale contre son ex-employé, A._ et ainsi que contre d'autres personnes, identifiées ultérieurement, pour violation de domicile (<ref-law>) et vol d'usage (<ref-law>). Elle leur reproche d'avoir, sans son accord, pénétré dans ses locaux et d'avoir conduit les véhicules se trouvant à l'intérieur et à l'extérieur desdits locaux pour réaliser un clip musical. A._ a été licencié par X._ SA le 7 novembre 2014, avec effet au 31 janvier 2015 et libéré immédiatement de l'obligation de travailler. A._ a saisi la juridiction des prud'hommes à la suite de son licenciement pour faire valoir ses prétentions.
A._ a, à son tour, déposé une plainte pénale contre E._, directeur de X._ SA, à la suite d'un courrier de l'avocat de X._ SA du 21 avril 2015 le menaçant de déposer une plainte pénale contre lui, à la suite de l'utilisation sans droit de ses locaux et voitures pour le tournage du clip musical, s'il ne renonçait pas aux prétentions qu'il faisait valoir en lien avec son contrat de travail. Par ordonnance pénale du 22 janvier 2016, E._ a été reconnu coupable de tentative de contrainte. E._ a formé opposition contre cette ordonnance et la procédure suit son cours.
B.
Par ordonnance du 22 janvier 2016, après l'audition par la police des personnes visées par la plainte de X._ SA, le Ministère public a décidé de ne pas entrer en matière sur la plainte pénale (art. 310 al. 1 let. a et c CPP cum <ref-law>). Aucune des infractions dénoncées, pour des motifs divers, ne pouvait être retenue à l'encontre des mis en cause, à l'exception de A._. L'infraction de vol d'usage était bien réalisée pour ce qui le concernait mais sa culpabilité et les conséquences de ses actes étaient manifestement peu importante, de sorte qu'il n'y avait pas davantage lieu d'entrer en matière sur cet aspect de la plainte.
C.
Par arrêt du 30 juin 2016, la Chambre pénale de recours du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par X._ SA contre cette ordonnance de non-entrée en matière. La Chambre pénale a considéré qu'une non-entrée en matière se justifiait dès lors que la culpabilité des auteurs et les conséquences de leurs actes étaient de peu d'importance. Elle a souligné qu'il serait totalement disproportionné de solliciter les autorités pénales pour instruire un cas aussi insignifiant, survenu vraisemblablement plus de deux ans auparavant.
D.
X._ SA forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation partielle en tant qu'il confirme le refus d'entendre un témoin et l'ordonnance de non-entrée en matière pour le vol d'usage. Elle sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle rende un nouveau jugement, subsidiairement au Ministère public pour qu'il ouvre une instruction pénale sur l'infraction de vol d'usage.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 197).
2.
La recourante fonde sa qualité pour recourir en faisant valoir que l'arrêt querellé porte atteinte à son droit de porter plainte et de voir sa plainte instruite.
2.1. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF, le plaignant n'a qualité pour recourir en matière pénale que pour autant que la contestation porte sur son droit de porter plainte. Dans ce cadre, seuls peuvent être soulevés des griefs relatifs à l'irrégularité de ce droit et de ses conditions (art. 30 à 33 CP). En cette qualité, le plaignant ne peut s'en prendre ni à la décision rendue sur le fond, ni à la décision de non-lieu ou de classement (arrêt 6B_996/2013 du 22 janvier 2014 consid. 1.2 [avec renvoi à l'<ref-ruling> consid. 1 p. 207, rendu sous l'empire de l'ancien art. 277 let. f. PPF, qui conserve toute sa pertinence]). Par plaignant au sens de cette disposition, il faut entendre celui qui a été lésé par une infraction poursuivie uniquement sur plainte; lorsque l'infraction est poursuivie d'office, le recourant ne peut pas se prévaloir de cette disposition pour justifier sa qualité pour recourir (arrêt 6B_35/2015 du 28 janvier 2015 consid. 3; arrêt 6S.191/2005 du 20 juillet 2005 consid. 2; <ref-ruling> consid. 3 p. 38; <ref-ruling> consid. 2 p. 188/189; FERRARI, in: CORBOZ/ WURZBURGER/FERRARI/FRÉSARD/AUBRY GIRARDIN [éd.], Commentaire de la LTF, 2 e éd. 2014, n° 50 ad <ref-law>; DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, 2008, n° 2625 ad <ref-law>; THOMMEN, in: NIGGLI/UEBERSAX/WIPRÄCHTIGER [éd.], Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2011, n° 65 ad <ref-law>).
Le vol d'usage retenu par l'autorité cantonale en application de l'<ref-law> se poursuit d'office, ce qui exclut l'application de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF. La recourante ne critique pas la décision de non- entrée en matière en lien avec l'infraction de violation de domicile (<ref-law>), dans la mesure où les conclusions du recours et son contenu ont trait au vol d'usage. En tout état, sa contestation ne porte pas sur son droit de porter plainte, mais s'étend au fond de la décision, grief qu'elle n'est pas légitimée à soulever pour fonder sa qualité pour recourir sous couvert de cette même disposition.
2.2. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
Selon l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 539; <ref-ruling> consid. 1 p. 356). Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au Ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 189; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 s.).
2.3. La recourante ne prétend pas disposer de prétentions civiles à raison des infractions dénoncées. Elle reconnaît qu'aucun dégât n'a été causé. Il s'ensuit que le recours est irrecevable en tant qu'il porte sur le fond de la cause.
3.
Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel. La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, le jugement au fond (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5 et les références citées). Le recourant ne peut ni critiquer l'appréciation des preuves ni faire valoir que la motivation n'est pas correcte d'un point de vue matériel (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44 et les références citées).
3.1. En tant qu'elle se plaint de violation de son droit d'être entendue en lien avec le refus d'entendre le témoin F._, voire une collaboratrice de l'entreprise ou son administrateur, son grief est irrecevable faute d'être distinct du fond du litige.
3.2. La violation d'un intérêt relevant d'un autre sujet de droit est insuffisante pour créer la qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 1 p. 193). En l'espèce, la recourante n'est pas légitimée, faute de tout intérêt juridique personnel (<ref-law>) à invoquer une violation des droits de procédure de son directeur, E._, dans le cadre de l'instruction de la plainte parallèle qui a abouti au prononcé d'une ordonnance pénale à son encontre pour tentative de contrainte. Elle n'est ainsi pas recevable à invoquer une violation des art. 107 et 159 CPP au motif qu'E._ n'a pas été assisté lors de son audition comme personne prévenue. Il en va de même lorsqu'elle se plaint aussi de l'absence de notification de la jonction (<ref-law>) de sa plainte à celle de l'intimé. Ce grief se confond avec le précédent en tant que la recourante s'en prévaut pour le compte d'E._ et des droits procéduraux dont ce dernier aurait été frustré dans la prétendue ignorance de son statut de prévenu lors de son audition par la police. Au surplus, son grief frise la témérité en ce qu'il est contraire aux pièces du dossier. Il ressort du rapport de police auquel se réfère la recourante qu'E._, lors de son audition par la police le 15 décembre 2015, a été informé qu'il était entendu en qualité de prévenu suite à la plainte pénale de l'intimé pour tentative de contrainte. Dûment informé de ses droits et obligations, il a déclaré qu'il ne souhaitait pas la présence d'un avocat et s'est déclaré d'accord pour s'exprimer hors la présence d'un avocat.
3.3. La recourante estime que le Ministère public ne pouvait rendre une décision de non-entrée en matière au sens de l'<ref-law>. Elle invoque pêle-mêle diverses violations de règles de procédure en lien avec le prononcé de la décision querellée. En substance, elle fait valoir que, faute d'avoir pu participer à l'administration des preuves, ses droits de partie ont été violés.
3.3.1. A teneur de l'art. 310 al. 1 let. c CPP, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les conditions mentionnées à l'<ref-law> imposent de renoncer à l'ouverture d'une poursuite pénale. Selon l'<ref-law>, le ministère public et les tribunaux renoncent à toute poursuite pénale, lorsque le droit fédéral le prévoit, notamment lorsque les conditions visées aux art. 52, 53 et 54 CP sont remplies. D'après l'<ref-law>, dans ces cas, ils rendent une ordonnance de non-entrée en matière ou de classement. Le but de cette disposition est d'introduire dans la loi un tempérament au principe de la légalité des poursuites, prévu par l'<ref-law>, en autorisant les autorités de poursuite pénale à abandonner leur action en respectant certaines conditions prévues expressément par la loi (ROTH, in: KUHN/JEANNERET [éd.], Commentaire romand, Code de procédure pénale, n° 2 ad <ref-law>).
Autant que l'on comprenne le grief qu'elle formule en référence à une prétendue violation de son droit d'être entendue, la recourante considère que le ministère public, après avoir constaté la culpabilité de l'intimé pour vol d'usage, ne pouvait plus rendre de décision de non-entrée en matière fondée sur l'<ref-law>. Seul un classement au sens de l'<ref-law>, après avoir mené une instruction préalable, ou une ordonnance pénale exemptant l'intimé de toute peine aurait alors pu être prononcé. Ce faisant, la recourante méconnaît la portée de l'art. 310 al. 1 let. c CPP qui, par le renvoi à l'<ref-law>, couvre aussi les cas d'application de la renonciation à la poursuite pénale lorsque le droit fédéral le prévoit (art. 52, 53 et 54 CP) et autorise le ministère public à rendre tant une ordonnance d'entrée en matière que de classement. L'<ref-ruling> auquel elle renvoie ne lui est d'aucune utilité. Cette jurisprudence a uniquement précisé que l'<ref-law> ne concernait que la procédure préliminaire et ne s'appliquait pas devant l'instance de jugement (ATF précité consid. 3.4.3 - 3.4.7). Le grief doit ainsi être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
3.3.2. Selon l'<ref-law>, le ministère public ouvre une instruction, notamment, lorsqu'il ressort du rapport de police, des dénonciations ou de ses propres constatations des soupçons suffisants laissant présumer qu'une infraction a été commise (let. a). Il peut renvoyer à la police, pour complément d'enquête, les rapports et les dénonciations qui n'établissent pas clairement les soupçons retenus (al. 2). Il renonce à ouvrir une instruction lorsqu'il rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière ou une ordonnance pénale (al. 4). La phase qui précède l'ouverture d'une instruction au sens de l'<ref-law> constitue les investigations policières au sens des art. 306 et 307 CPP (<ref-law>). Durant cette phase, le ministère public peut donner des directives à la police ou lui confier des mandats (<ref-law> et 307 al. 2; arrêt 1B_67/2012 du 29 mai 2012 consid. 2.2). Les informations recueillies lors de ces investigations permettent au Ministère public de prendre les décisions qui s'imposent en fonction des faits dénoncés. La phase des investigations policières prend fin par l'ouverture d'une instruction (<ref-law>), ou par une ordonnance de non-entrée en matière ou une ordonnance pénale comme énoncé par l'art. 309 al. 4 1 èreet 2 e hypothèse CPP (arrêt 1B_183/2012 du 20 novembre 2012 consid. 3.2). En revanche, le ministère public ne peut pas rendre une ordonnance de non-entrée en matière après avoir ouvert une instruction au sens de l'<ref-law> (arrêt 1B_368/2012 du 13 mai 2013 consid. 3.1).
En l'espèce, à réception de la plainte de la recourante, le ministère public a transmis le dossier à la police pour investigations. Conformément à ce qui a été exposé et contrairement à ce que soutient la recourante, un rapport de police peut être requis avant l'ouverture d'une instruction par le ministère public, comme le prévoit l'<ref-law> non seulement lorsqu'il s'agit de compléter un précédent rapport de police, mais aussi pour les dénonciations qui n'établissent pas clairement les soupçons retenus (arrêt 6B_431/2013 du 18 décembre 2013 consid. 2.2). La procédure n'a donc pas dépassé le stade des premières investigations, ce qui permettait au ministère public de rendre une ordonnance de non-entrée en matière. Le grief doit être écarté.
3.3.3. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue en lien avec l'<ref-law> au motif que le ministère public aurait dû rendre un avis de prochaine clôture pour lui permettre de présenter ses réquisitions de preuve. Selon la jurisprudence constante, avant de rendre une ordonnance de non entrée en matière, le ministère public n'a pas à informer les parties ni n'a l'obligation de leur fixer un délai pour présenter d'éventuelles réquisitions de preuve, l'<ref-law> n'étant pas applicable dans ce cas (arrêt 6B_240/2015 du 23 juillet 2015 consid. 2,3; 6B_641/2013 du 12 décembre 2013 consid. 3.2; 6B_4/2013 du 11 avril 2013 consid. 2.2 et réf. citées; plus nuancé 6B_617/2016 du 2 décembre 2016 consid. 3.3.1). Dans un tel cas, le droit de proposer des preuves complémentaires peut s'exercer au moyen du recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière (arrêts 6B_892/2014 du 17 février 2015 consid. 2.1; 6B_122/2013 du 11 juillet 2013 consid. 2.1, 6B_4/2013 du 11 avril 2013 consid. 2.1). Le grief doit donc être rejeté.
4.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 6 juillet 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Dyens