Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 26. September 2014 im Abwesenheitsverfahren wegen mehrfacher Drohung, mehrfacher (teilweise versuchter) Drohung und mehrfachen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage zu einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 30.- sowie einer Busse von Fr. 600- respektiveeiner Ersatzfreiheitsstrafe von 6 Tagen für den Fall schuldhafter Nichtbezahlung.
Die hiergegen von X._ erhobene Berufung schrieb das Obergericht mit Beschluss vom 26. Juni 2016 als durch Rückzug erledigt ab.
B.
Die Zentrale Inkassostelle der Gerichte (Inkassostelle) des Kantons Zürich informierte X._ mit Schreiben vom 26. Mai und 15. Juli 2016, dass sie die Anordnung der Vollstreckung der Freiheitsstrafe beim Vollzugszentrum Bachtel (VZB) beantragen werde, da die Busse nicht bezahlt sei und eine Betreibung aufgrund eines bestehenden Verlustscheins gegen ihn keinen Erfolg verspreche. Mit Schreiben vom 24. August 2016 übermittelte die Inkassostelle dem Amt für Justizvollzug die "Anordnung zur Vollstreckung" der Ersatzfreiheitsstrafe.
X._ erhob bei der Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Zürich Aufsichtsbeschwerde gegen unbekanntes Personal der Inkassostelle und beantragte die Feststellung der Nichtigkeit der drei "Anordnungen zum Vollzug" der Inkassostelle (vgl. separates Verfahren 6B_314/2017).
C.
Das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich lud X._ am 27. Dezember 2016 auf den 7. März 2017 zur Verbüssung der Ersatzfreiheitsstrafe vor. Den von X._ gegen die Strafantrittsverfügung erhobenen Rekurs wies die Direktion der Justiz und des Inneren des Kantons Zürich am 31. Januar 2007 ab, soweit sie darauf eintrat.
X._ erhob gegen den Entscheid der Direktion der Justiz und des Inneren Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, die angefochtene Verfügung aufzuheben. Er ersuchte um Akteneinsicht, Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und beantragte, die Fachstelle für Personensicherheitsprüfung in Bern sei im Sinne einer vorsorglichen Massnahme über das verwaltungsgerichtliche Verfahren zu informieren und darauf hinzuweisen, dass die Rechtskraft des Strafurteils vom 26. September 2014 strittig sei. Gleichzeitig stellte er im Rahmen seiner Beschwerde Strafanzeige gegen verschiedene Mitarbeiter der Direktion der Justiz und des Inneren.
Mit Verfügung vom 24. Februar 2017 wies das Verwaltungsgericht den Antrag auf Weiterleitung der Strafanzeigen und die übrigen "prozessualen Anträge" - mit Ausnahme des Gesuchs um Akteneinsicht, die X._ am Sitz des Verwaltungsgerichts wahrnahm - ab. Mit Urteil vom 5. April 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde gegen die Verfügung der Direktion der Justiz und des Inneren ab, soweit es darauf eintrat und lud X._ auf den 2. Mai 2017 zum Strafvollzug vor.
D.
Mit zahlreichen Sammeleingaben an das Bundesgericht, darunter die Strafrechtliche Abteilung, das Bundesverwaltungsgericht sowie kantonale Gerichte und Behörden wendet sich X._ sowohl gegen die Verfügung vom 24. Februar 2017 (Verfahren 6B_334/2017) als auch gegen das Urteil vom 5. April 2017 (Verfahren 6B_470/2017) des Verwaltungsgerichts. Er beantragt sinngemäss festzustellen, dass die Verfügung und das Urteil sowie sämtlicher der dem Vollzugsverfahren zugrundeliegenden gerichtlichen und behördlichen Entscheide und Anordnungen/Verfügungen rechtsfehlerhaft respektive nichtig seien. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Der Instruktionsrichter der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts erteilte mit Verfügung vom 12. April 2017 antragsgemäss der Beschwerde im Verfahren 6B_470/2017 die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten sind zwei kantonal letztinstanzliche Entscheide im selben Verfahren betreffend den Vollzug einer Ersatzfreiheitsstrafe. Der Beschwerde in Strafsachen unterliegen auch Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen (Art. 78 Abs. 2 lit. b BGG), womit entgegen der vom Beschwerdeführer geäusserten Bedenken die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts zu Beurteilung der vorliegenden Beschwerden zuständig ist (vgl. Urteil 6B_1126/2016 vom 10. Oktober 2016 E. 1.3 mit Hinweis).
Es rechtfertigt sich, beide Beschwerden zu vereinigen und in einem einzigen Entscheid zu beurteilen, da sie dasselbe Verfahren und faktisch den identischen Streitgegenstand betreffen (vgl. Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 Abs. 2 lit. b BZP; <ref-ruling> E. 1 S. 217; Urteil 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 1).
1.2.
1.2.1. Die Beschwerde ist zulässig gegen verfahrensabschliessende Entscheide letzter kantonaler Instanzen (Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG).
1.2.2. Nicht zu behandeln sind Vorbringen, die andere vom Beschwerdeführer angehobene und zum Teil bereits erledigte bundesgerichtliche und/oder kantonale Verfahren betreffen. Verfahrensgegenstand bilden ausschliesslich die Verfügung vom 24. Februar 2017 (Verfahren 6B_334/2017) und das Urteil vom 5. April 2017 (Verfahren 6B_470/2017) im vorinstanzlichen Vollzugsverfahren.
Bei der Verfügung vom 24. Februar 2017 ("Auszug aus dem Protokoll"; Verfahren 6B_334/2017) handelt es sich - mit Ausnahme der abgewiesenen Weiterleitung der gestellten Strafanzeigen des Beschwerdeführers, wozu dieser sich in seinen zahlreichen Eingaben nicht äussert - um einen prozessleitenden Zwischenentscheid, der weder die Zuständigkeit noch Ausstandsbegehren betrifft (vgl. (Art. 92 BGG). Der Beschwerdeführer zeigt entgegen der ihm obliegenden Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG nicht auf, inwieweit die prozessleitenden Anordnungen der Verfahrensleitung einen nicht wiedergutzumachenden rechtlichen Nachteil bewirken (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder die Gutheissung seiner Beschwerde einen sofortigen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen könnte (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Dies ist auch nicht ersichtlich, zumal die vom Beschwerdeführer gegen das Urteil vom 5. April 2017 erhobenen Rügen weitgehend identisch sind mit denen, die er gegen den Zwischenentscheid vorbringt. Auf die Beschwerde im Verfahren 6B_334/2017 ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 284 E. 2.3).
1.3.
1.3.1. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzen soll. Die Begründung hat sachbezogen zu sein, d.h., die Beschwerde führende Partei hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen und sich gezielt mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen auseinanderzusetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116). Soweit die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen oder die Anwendung kantonalen Rechts gerügt werden, gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.3 S. 521 f. mit Hinweisen).
1.3.2. Die zahlreichen Sammeleingaben an verschiedene Gerichte und Behörden genügen nicht den Form- und Begründungsanforderungen i.S.v. Art. 42 Abs. 2, 3, 6 und 7 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG. Dem Beschwerdeführer ist aufgrund mehrerer bundesgerichtlicher und kantonaler Entscheide sowie der in diesem Rahmen geführten Korrespondenz bekannt, dass die Art seiner Prozessführung an Rechtsmissbrauch grenzt (vgl. zuletzt: Urteile 2C_381/2017 vom 25. April 2017, 2C_223/2017 vom 24. Februar 2017; sowie bereits früher u.a.: Urteile 1B_336/2015 vom 13. Oktober 2015; 1C_94/2015 vom 4. Juni 2015 E. 3). So wurde er insbesondere mehrfach darauf aufmerksam gemacht, dass er sachbezogene Rügen vorzubringen hat und es nicht Aufgabe der Gerichte ist, die zahlreichen und sehr ausführlichen Sammeleingaben nach Vorbringen und potentielle Rügen zu durchsuchen, die ein bei ihnen hängiges Verfahren betreffen könnten.
Vorliegend wurde auf eine Rückweisung zur Nachbesserung der Eingaben verzichtet, da die Vorbringen sich als unbegründet erweisen und es sich im Hinblick auf die drohenden Vollstreckungsverjährung der Busse respektive Ersatzfreiheitsstrafe rechtfertigt, sich zu aktuell und immer wieder vom Beschwerdeführer vorgebrachten Rügen zum Zwecke der Klarstellung und Rechtssicherheit, worum der Beschwerdeführer explizit ersucht, einige Ausführungen grundsätzlicher Natur zu machen, ohne dass auf alle Rügen im Detail einzugehen ist.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer stellt in seinen Sammeleingaben an verschiedene kantonale Gerichte und Behörden als "prozessuale Anträge" bezeichnete Begehren. Soweit diese nicht das vorliegende bundesgerichtliche Verfahren betreffen, ist darauf nicht einzutreten. Es ist insbesondere nicht Aufgabe des Bundesgerichts (oder anderer Gerichte und Behörden), sich gegenseitig über nicht zusammenhängende pendente und abgeschlossene Verfahren des Beschwerdeführers zu informieren und auszutauschen.
2.2. Auf das (sinngemässe) Ausstandsgesuch des Beschwerdeführers gegen sämtliche Mitglieder der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ist nicht einzutreten. Der blosse Hinweis, ein von ihm in einem anderen und zudem bereits rechtskräftig abgeschlossenen bundesgerichtlichen Verfahren gestelltes Ausstandsbegehren gegen sämtliche Mitglieder der Strafrechtlichen Abteilung sei gerichtsnotorisch und gelte als wiederholt, ist unzulässig (vgl. Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2; Urteil 6B_1125/2016 vom vom 20. März 2017 E. 1). Dass der Beschwerdeführer mit seinen bisherigen Beschwerden am Bundesgericht erfolglos blieb, stellt ebensowenig einen Ausstandsgrund im Sinne von Art. 34 Abs. 1 lit. a und e BGG dar wie allfällig erhobene Strafanzeigen, die er im Zusammenhang mit den von ihm als unrichtig erachteten Urteilen eingereicht haben will respektive angekündigt hat.
Offensichtlich unzulässige oder rechtsmissbräuschliche Ausstandsgesuche, deren Beurteilung keinerlei Ermessensbetätigung erfordert, können nach ständiger bundesgerichtlicher Praxis ohne Durchführung eines Verfahrens gemäss Art. 37 BGG unter Mitwirkung der abgelehnten Gerichtspersonen beurteilt werden (Urteile 6B_1370/2016 vom 11. April 2017 E. 3; 6B_1003/2016 vom 28. Februar 2017 E. 9.2; 5A_533/2016 vom 7. September 2016 E. 1.1 f. mit Hinweisen). Da der Beschwerdeführer keinen tauglichen Ausstandsgrund anführt, ist auf sein Ausstandsgesuch nicht einzutreten.
2.3. Der Beschwerdeführer ersucht unter Hinweis auf die "Vielzahl" der am Bundesgericht hängigen Verfahren um Beiordnung eines Anwalts. Er verkennt, dass die Voraussetzungen gemäss Art. 64 BGG im Einzelfall erfüllt sein müssen. Eine allfällige Verbeiständung wird weder für eine Vielzahl von Verfahren gewährt noch folgt umgekehrt aus einer Vielzahl von (nicht miteinander zusammenhängenden) Verfahren (bei verschiedenen Gerichten und Behörden), dass der Beschwerdeführer zur Wahrung seiner Rechte in den jeweiligen Verfahren eines Anwalts bedarf (vgl. Art. 64 Abs. 2 Satz 1 BGG). Zudem kann entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers von einer Vielzahl beim Bundesgericht hängiger Verfahren keine Rede sein. Von den seit 2013 vom Beschwerdeführer initiierten 40 Verfahren ist neben den drei bereits erwähnten Verfahren (6B_314/2017, 6B_334/2017 und 6B_470/2017) zur Zeit "nur" noch ein weiteres Verfahren (6B_1108/2016) hängig; sämtliche bundesgerichtlichen (Verfassungs-) Beschwerden und Revisionsgesuche wurden abgewiesen, soweit überhaupt darauf einzutreten war, und sind somit rechtskräftig abgeschlossen (vgl. zur Rechtskraft bundesgerichtlicher Urteile: Art. 61 BGG; Urteil 1F_10/2014 vom 27. Mai 2014 E. 2 betreffend ein Revisionsgesuch des Beschwerdeführers). Dass der Beschwerdeführer auf die rechtskräftig beurteilten Verfahren immer wieder zurückkommt und die ergangenen Entscheide für nichtig hält bzw. bezeichnet, hemmt deren Rechtskraft nicht und lässt die Streitsache auch nicht erneut hängig werden.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, das angefochtene Urteil (Verfahren 6B_470/2017) sei nichtig, da sowohl das Strafurteil des Bezirksgerichts vom 26. September 2014 als auch die "Anordnungen" der Inkassostelle und die Verfügung der Direktion der Justiz und des Inneren formal krass fehlerhaft und nichtig seien. Sämtliche Entscheide seien unter schwerwiegender Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör zustande gekommen. Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz genüge zudem den Anforderungen gemäss Art. 112 BGG nicht. Aus der Begründung und dem Dispositiv gehe nicht hervor, warum er trotz der von der Vorinstanz festgestellten schweren Gehörsverletzung die Kosten des Rekurs- und Beschwerdeverfahrens tragen müsse.
3.2. Der angefochtene Entscheid verletzt im Ergebnis kein Bundesrecht. Die vom Beschwerdeführer zum Grossteil bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Einwendungen gegen den Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe gehen an der Sache vorbei oder erweisen sich als unbegründet.
3.2.1. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer beantrage den Ausstand gegen den Vorsitzenden respektive den Spruchkörper für den Fall, dass nicht antragsgemäss entschieden werde. Dies stelle keinen Ausstandsgrund im Sinne von § 5a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) dar und sei im Übrigen offensichtlich haltlos, weshalb auf das Begehren (durch den Spruchkörper selbst) nicht einzutreten sei.
Das prozessuale Vorgehen der Vorinstanz entspricht der kantonalen Praxis, wonach ein mit offensichtlich untauglichen Gründen beantragtes Ausstandsgesuch unzulässig und darauf nicht einzutreten ist. In Anlehnung an die bundesgerichtliche Rechtsprechung kann die Behörde in klaren Fällen unzulässiger Ablehnungsgründe selbst über ihren eigenen Ausstand bzw. über denjenigen ihrer Mitglieder bestimmen (Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. Mai 2012 E. 2.4 mit Hinweisen auf die bundesgerichtliche Praxis). Inwieweit die Vorinstanz kantonales Recht willkürlich angewendet haben soll, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Zudem verkennt er, dass ein bedingtes Ausstandsbegehren von vornherein unzulässig ist (REGINA KIENER, in: Alain Griffel [Hrsg.], Kommentar VRG, 3. Aufl. 2014, N. 42 zu § 5a VRG).
Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, die Vorinstanz habe es unterlassen, das Ausstandsgesuch im Sinne von Art. 112 Abs. 1 lit. c BGG ins Urteilsdispositiv aufzunehmen, ist er nicht zu erhören. Ob Ziff. 1 des vorinstanzlichen Dispositivs "Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird" das Nichteintreten auf das Ausstandsbegehren mitumfasst oder explizit respektive separat ins Dispositiv hätte aufgenommen werden müssen, hat das Bundesgericht vorliegend nicht zu entscheiden. Der Beschwerdeführer hat bei der Vorinstanz nicht um Berichtigung des Dispositvis ersucht (vgl. Art. 334 Abs. 1 ZPO i.V.m. § 71 VRG/ZH), weshalb es insoweit an einem letztinstanzlichen Entscheid fehlt (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG).
3.2.2. Die gegen die "Anordnungen" der Inkassostelle erhobenen Einwendungen und daraus gezogenen Schlussfolgerungen des Beschwerdeführers sind unbehelflich und gehen an der Sache vorbei.
Entgegen seiner Ansicht hat nicht die Inkassostelle und damit eine sachlich und funktional unzuständige Behörde die Vollstreckung der Ersatzfreiheitsstrafe "angeordnet" oder verfügt. Die "Vorladung in den Strafvollzug" vom 27. Dezember 2016 wurde vom hierfür zuständigen Amt für Justizvollzug erlassen (kant. Akten, act. 8), das gemäss § 5 lit. a der Justizvollzugsverordnung des Kantons Zürich vom 6. Dezember 2006 (JVV; LS 331.) i.V.m. Art. 372 Abs. 1 StGB und Art. 439 Abs. 1 StPO für den Vollzug der von den zürcherischen Gerichten und Strafverfolgungsbehörden ausgesprochenen Freiheitsstrafen zuständig ist. Soweit der Beschwerdeführer aus den Schreiben der Inkassostelle vom 26. Mai und 15. Juli 2016 an ihn sowie vom 24. August 2016 an das Amt für Justizvollzug schliesst, dieses habe die Strafantrittsverfügung nicht eigenständig (vgl. § 18 Abs. 1 JVV), sondern auf "Anordnung" oder Weisung der Inkassostelle erlassen, kann ihm nicht gefolgt werden. Als "Anordnung" oder Weisung, die Ersatzfreiheitsstrafe zu vollziehen, käme von vornherein nur das an das Amt für Vollzug gerichtete Schreiben vom 24. August 2016 in Betracht. Daher kann offenbleiben, ob es sich bei den beiden "Anordnungen" der Inkassostelle vom 26. Mai und 15. Juli 2016 um "formelle Anordnungen" i.S.v. § 10 Abs. 1 VRG/ZH handelt, wie der Beschwerdeführer vorbringt, was allerdings zweifelhaft ist. Zutreffend ist, dass die von der Inkassostelle (in allen Schreiben) verwendete Wortwahl "Anordnung zum Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe (Busse) " und "Die Ersatzfreiheitsstrafe ist zu vollziehen" den Eindruck erweckt, die Inkassostelle selbst entscheide über den Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe bzw. ordne diesen an. Das Schreiben an das Amt für Justizvollzug beinhaltet zudem - anders als diejenigen an den Beschwerdeführer - nicht mehr den Zusatz, dass gegen die Feststellungen, die Ersatzfreiheitsstrafe ist zu vollziehen und eine Betreibung verspricht aufgrund eines Verlustscheins in einem anderen Verfahren kein Ergebnis, innert 10 Tagen Einwendungen bei der Inkassostelle erhoben werden können. Jedoch bezeichnet das Amt für Justizvollzug sowohl im Schreiben vom 10. November 2016 mit dem Betreff "Vollzug einer Ersatzfreiheitsstrafe für eine nicht bezahlte Busse" (kant. Akten, act. 2), in dem es den Beschwerdeführer darauf aufmerksam macht, dass ihm in vier Wochen ein Strafantrittsbefehl zugestellt wird, als auch im Strafantrittsbefehl selbst (kant. Akten, act. 8) die mit Strafurteil des Bezirksgerichts vom 26. September 2014 ausgesprochene Ersatzfreiheitsstrafe als Vollstreckungsgrund.
Selbst wenn man mit dem Beschwerdeführer davon ausgehen würde, das Amt für Justizvollzug habe auf "Anordnung" der Inkassostelle gehandelt und somit entgegen § 18 Abs. 1 JVV nicht seine Zuständigkeit, die Vollstreckbarkeit und die Frage offener Sanktionen in anderen Kantonen geprüft und die Vollzugsübernahme oder -abtretung geregelt, wäre ein allfälliger Ermessensnichtgebrauch durch die Verfügung der Direktion der Justiz und des Inneren im Rekursverfahren geheilt. Diese schöpft das ihr zustehende Ermessen vollumfänglich aus und prüft die Voraussetzungen zur Vollstreckbarkeit der Ersatzfreiheitsstrafe selbst. Sie geht im Rahmen der ihr im Vollzugsverfahren zustehenden Kognitionsbefugnis aufgrund der vom Bezirksgericht erteilten und telefonisch bestätigten Rechtskraftbescheinigung sowie fehlender Anzeichen, dass diese zu Unrecht erteilt worden ist, von der Rechtskraft des Strafurteils aus. Sie stellt fest, dass der Beschwerdeführer die Busse unbestrittenermassen nicht bezahlt hat und eine Betreibung aufgrund vorliegender Verlustscheine aus den Jahren 2014 und 2015 sowie hoher Ausstände bei der Gerichtskasse nicht anzuheben war, weshalb sie die Vollstreckbarkeit der Ersatzfreiheitsstrafe (zutreffend) bejaht. Zudem weist sie den Beschwerdeführer ausdrücklich darauf hin, dass ein (für sie verbindlicher) Umwandlungsentscheid der Inkassostelle nicht erforderlich und von dieser entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers auch nicht erlassen worden sei, da die Busse infolge der Nichtbezahlung (automatisch) in die vom Bezirksgericht ausgesprochene Ersatzfreiheitsstrafe umgewandelt wurde. Eine allenfalls infolge mangelnder Zuständig nichtige "Anordnung" der Inkassostelle zum Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe und die nicht von ihr zu treffende Feststellung, dass oder ob die Ersatzfreiheitsstrafe zu vollziehen ist, wären somit unbeachtet geblieben und nicht Grundlage der Vorladung zum Strafantritt vom 27. Dezember 2016. Sie könnte damit entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers weder die Nichtigkeit des Strafantrittsbefehls noch des angefochtenen Urteils nach sich ziehen.
Soweit der Beschwerdeführer die Ansicht vertritt, sein Anspruch auf rechtliches Gehör sei verletzt, da ihm das Schreiben der Inkassostelle an das Amt für Justizvollzug vor Erlass der Vorladung in den Strafvollzug nicht förmlich "eröffnet" worden sei, kann auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden. Der Beschwerdeführer war nicht Adressat der "Anordnung" vom 24. August 2016; diese wurde ihm zudem von der Direktion der Justiz und des Inneren vor Erlass der Rekursverfügung zugestellt und er hat sowohl im Rekursverfahren als auch vor Vorinstanz sämtliche Einwendungen gegen die vermeintliche "Anordnung" der Inkassostelle erneut vorgebracht, so dass eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs geheilt wäre (vgl. <ref-ruling> E. 2.8.1 S. 226 f. mit Hinweisen).
3.2.3. Der Beschwerdeführer rügt, das Urteil des Bezirksgerichts vom 26. September 2014, mit dem die Busse von Fr. 600.- respektive im Falle deren schuldhafter Nichtbezahlung die Ersatzfreiheitsstrafe von sechs Tagen ausgesprochen wurde, sei infolge Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör nichtig und mangels fehlender Rechtskraftbescheinigung respektive nicht nachgewiesener Rechtskraft nicht vollstreckbar. Die Einwendungen erweisen sich als unbegründet. Der Beschwerdeführer verkennt die Prüfungsbefugnis der Vollzugsbehörden im Hinblick auf das Strafurteil sowie den Unterschied zwischen einem (allenfalls) rechtsfehlerhaften, aber gültigen und einem nichtigen Urteil.
Die Vorinstanz legt zutreffend dar, dass die Annahme absoluter Nichtigkeit nur in krassen Ausnahmefällen in Betracht kommt, bei denen schwerste Mängel oder gröbste Verstösse gegen fundamentale prozessuale Vorschriften offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar sind und die Aufrechterhaltung eines Urteils schlechthin unerträglich wäre. Inhaltliche Mängel eines Entscheids haben grundsätzlich nicht dessen Nichtigkeit zur Folge (zur Nichtigkeit: <ref-ruling> E. 3.1 S. 503; Urteil 6B_339/2012 vom 11. Oktober 2012 E. 1.2.1; je mit Hinweisen; angefochtener Entscheid E. 4.1). Nichtigkeitsgründe wie die funktionelle und sachliche Unzuständigkeit des Bezirksgerichts oder schwerwiegende Verfahrensfehler zeigt der Beschwerdeführer nicht auf und liegen auch nicht vor. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, trotz ordnungsgemässer Vorladung sowohl der erstinstanzlichen Hauptverhandlung als auch der anschliessenden Berufungsverhandlung unentschuldigt ferngeblieben zu sein. Die StPO sieht für diesem Fall erstinstanzlich ein Abwesenheitsverfahren vor (Art. 366 f. StPO), im mündlichen Berufungsverfahren gilt die Berufung bei unentschuldigtem Fernbleiben derjenigen Partei, die sie erhoben hat, als zurückgezogen (Art. 407 Abs. 1 lit. a StPO). Davon, dass das Strafverfahren unter Ausschluss der Teilnahmerechte des Beschwerdeführers in elementarster Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör durchgeführt worden sei, kann keine Rede sein. Zudem verkennt der Beschwerdeführer, dass das Strafverfahren abgeschlossen ist. Allfällige Fehler oder Unzulänglichkeiten formeller oder inhaltlicher Art sind nicht mehr Gegenstand des vorliegenden (eigenständigen) Vollzugsverfahrens. Die Vollzugsbehörden sind an die von den Strafgerichten ausgefällten Entscheide gebunden und haben diese zu vollziehen. Eine Überprüfung der Urteile ist ihnen verwehrt. Sie haben weder ein Nachprüfungsrecht noch eine Nachprüfungspflicht; die zu vollstreckenden rechtskräftigen Urteile tragen die Vermutung der Rechtswirksamkeit in sich. Die Vollzugsbehörden müssen selbst prozessual und materiell fehlerhafte Entscheide vollziehen und können nur in äussersten Ausnahmefällen von deren Vollstreckung absehen (Urteil 6B_941/2015 vom 2. März 2016 E. 3.1 mit zahlreichen Hinweisen).
Der Beschwerdeführer bestreitet (hilfsweise) die Rechtskraft des Strafurteils. Unzutreffend ist, in den Akten befinde sich keine Rechtskraftbestätigung des Urteils (vgl. kant. Akten, act. 10/10). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers hatten die Vollzugsbehörden aufgrund des bei den Akten befindlichen und mit einer Rechtskraftbestätigung versehenen Strafurteils keinen Grund, an dessen Vollstreckbarkeit zu zweifeln, zumal sie sich den Eintritt der Rechtskraft nochmals telefonisch vom Bezirksgericht haben bestätigen lassen. Er verkennt, dass weder die Vollzugsbehörden noch die Vorinstanz für die Feststellung der Rechtskraft (im engeren Sinn) und die Beurteilung diesbezüglicher Streitigkeiten zuständig sind (vgl. Art. 438 Abs. 1 und 3 StPO). Die inhaltlichen (zutreffenden) Ausführungen der Vorinstanz zur Rechtskraft im angefochtenen Entscheid und die dagegen vorgetragenen Einwände sind demnach unbeachtlich, da die Vorinstanz nur das Vorliegen des Rechtskraftvermerks der zuständigen Strafbehörde zu überprüfen hat. Zweifel an der Richtigkeit des Rechtskraftvermerks bestehen nicht. Sie weist zutreffend darauf hin, dass die erstinstanzlichen Schuldsprüche vom Beschwerdeführer vor Bundesgericht auch nicht angefochten wurden. Andere, zudem abgeschlossene bundesgerichtliche Verfahren können sich auf die Rechtskraft des Strafurteils nicht auswirken. Keines der noch beim Bundesgericht hängigen Verfahren betrifft das Strafurteil vom 26. September 2014 oder dessen Rechtskraft (vorstehend E. 2.3).
3.2.4. Unzutreffend ist, der Entscheid der Vorinstanz genüge hinsichtlich der Kostenfolgen nicht den Begründungsanforderungen gemäss Art. 112 Abs. 1 lit. b und c BGG. Die Vorinstanz legt den Sachverhalt und die darauf fussenden rechtlichen Überlegungen nachvollziehbar dar (vgl. Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 245 f; <ref-ruling> E. 2.2; je mit Hinweisen). Die zahlreichen und ausführlichen Eingaben des Beschwerdeführers belegen, dass er die entscheidrelevanten Umstände erkannt hat und auf deren Richtigkeit überprüfen und sachgemäss anfechten konnte. Ob die tatsächlichen und rechtlichen Erwägungen zutreffend sind, beschlägt nicht die Begründungspflicht. Dass die Vorinstanz einerseits zutreffend bejaht, auf die Durchführung eines Betreibungsverfahrens habe aufgrund der vorliegenden Verlustscheine und der offenen Gerichtskosten verzichtet werden können, anderseits jedoch dem Beschwerdeführer "vorwirft", er habe seine Bedürftigkeit im Rahmen des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege nicht hinreichend nachgewiesen, ist in der Tat widersprüchlich. Dies führt jedoch nicht zu einer Aufhebung des Urteils und Rückweisung der Sache, da die Vorinstanz das Gesuch zusätzlich mit der Aussichtslosigkeit der Beschwerde begründet.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdeführer sind reduzierte Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 6B_334/2017 und 6B_470/2017 werden vereinigt.
2.
Auf das Ausstandsgesuch gegen sämtliche Mitglieder der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts wird nicht eingetreten.
3.
3.1. Auf die Beschwerde im Verfahren 6B_334/2017 wird nicht eingetreten.
3.2. Die Beschwerde im Verfahren 6B_470/2017 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gesuche um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung werden abgewiesen.
5.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 1'600.- auferlegt.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juni 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held