Fatti:
A.
A._ e B._ sono comproprietari della particella yyy di X._, ubicata sulla riva del lago Ceresio, in località Z._. Il fondo di 2051 m2, dei quali 1745 inedificabili, ospita un ristorante. Il 12 gennaio 2012 il Consiglio comunale ha adottato la revisione del piano regolatore, assegnando, per quanto qui interessa, la citata particella alla zona residenziale a lago RL, alla quale si sovrappone quella della protezione della riva, gravandola inoltre da linee di arretramento di 5 m dal demanio e dall'area pubblica. L'art. 21 delle norme di attuazione del piano regolatore precisa che la distanza minima dalla riva del lago dev'essere rispettata per qualsiasi intervento.
B.
L'11 dicembre 2013 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore e la zona RL. In applicazione della legislazione federale concernente lo spazio per le acque stagnanti, l'ha tuttavia rifiutata riguardo alla linea di arretramento dal lago in corrispondenza della particella yyy, ritenendo che non si è in presenza di una zona densamente edificata. Ha quindi ordinato al Comune di elaborare una variante che determini lo spazio riservato alle acque stagnanti, ricordando che in attesa della sua adozione valgono le specifiche disposizioni transitorie, che prevedono uno spazio di 20 m. Adito dai comproprietari, con giudizio del 9 dicembre 2015 il Tribunale cantonale amministrativo, stabilito che qualora il Comune intenda riproporre una distanza ridotta da dette acque dovrà motivare tale scelta, ne ha respinto il ricorso.
C.
Avverso questa decisione A._ e B._ presentano un ricorso al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di inserire il loro fondo in zona residenziale a lago, conformemente alla decisione del 12 gennaio 2012 del Consiglio comunale.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo, è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione dei ricorrenti è pacifica.
2.
2.1. La Corte cantonale ha confermato, seppure con una motivazione parzialmente differente, la decisione governativa di non approvare la revisione del piano regolatore riguardo alla particella dei ricorrenti, ordinando al Comune di elaborare, definita la natura del comparto relativamente alla densità del tessuto edilizio, una variante che determini lo spazio riservato alle acque stagnanti. In sostanza, non si è pertanto in presenza di una decisione finale ai sensi dell'<ref-law> concernente l'assetto pianificatorio definitivo del fondo in esame, ma piuttosto della conferma, che non conclude la procedura pianificatoria, di una decisione incidentale secondo l'<ref-law>, segnatamente di una decisione di rinvio (<ref-ruling> consid. 1.2). È inoltre pacifico che in concreto al Comune rimane una certa latitudine di apprezzamento e di giudizio (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 148 in fine; sul suo margine di manovra nella materia in esame riguardo ai casi concreti vedi <ref-ruling> consid. 7 pag. 434).
2.2. Secondo l'<ref-law>, il ricorso contro una siffatta decisione è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b). L'adempimento dei citati requisiti dev'essere di principio dimostrato dai ricorrenti, a meno che non sia manifesto (<ref-ruling> consid. 1.2 in fine; 133 II 629 consid. 2.3.1). Queste condizioni mirano a sgravare il Tribunale federale, che di massima deve potersi esprimere sull'oggetto del litigio con un'unica decisione, evitando di pronunciarsi parzialmente, senza un esaustivo accertamento della fattispecie, nell'ambito di una prima fase della procedura. Il semplice prolungamento della procedura o l'aumento dei costi collegati alla causa non bastano di regola a fondare un simile pregiudizio (<ref-ruling> consid. 1.2.1). Deve trattarsi, in linea di principio, di un pregiudizio di natura giuridica (<ref-ruling> consid. 1.3.4 pag. 35).
2.3. I ricorrenti non si esprimono del tutto su questa questione. Nel caso in esame l'obbligo di procedere alla valutazione della natura del comparto e di allestire una relativa variante non costituisce di massima un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>. La decisione impugnata, in assenza dell'esperimento degli ulteriori indispensabili accertamenti, lascia infatti aperto il quesito di sapere se, per finire, si sia in presenza di una zona densamente edificata ai sensi dell'art. 41b cpv. 3 dell'ordinanza del 28 ottobre 1998 sulla protezione delle acque (OPAc; RS 814.20), norma della cui portata ancora si dirà.
2.4. Nella fattispecie, nemmeno è adempiuta la condizione di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 1.2.3 e 1.2.4, 137 consid. 1.3.3).
3.
3.1. Questa questione non dev'essere comunque approfondita oltre. In effetti, i ricorrenti, disattendendo il loro obbligo di motivazione (<ref-law>), non dimostrano del tutto che la tesi dei giudici cantonali lederebbe il diritto federale. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere infatti motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2). Per di più, quando i ricorrenti, come in concreto, invocano l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.2).
3.2. I ricorrenti contestano la mancata approvazione della linea di arretramento di 5 m dal demanio pubblico decisa dal Comune, motivo per il quale, a titolo transitorio, vige una fascia larga 20 m. Adducono, in materia del tutto generica, che il loro fondo sarebbe ubicato in una zona già densamente edificata, senza nemmeno tentare di dimostrare che si sarebbe in presenza di una zona così definibile ai sensi dell'<ref-law> e della relativa giurisprudenza.
3.3. La Corte cantonale ha richiamato l'art. 36a cpv. 1 della legge federale sulla protezione delle acque del 24 gennaio 1991 (LPAc; RS 814.20) relativo allo spazio riservato alle acque, che i Cantoni devono prendere in considerazione nei piani direttori e di utilizzazione. Ha ricordato che l'<ref-law>, concernente lo spazio riservato alle acque stagnanti, prevede una larghezza dello spazio riservato alle acque di almeno 15 metri, misurati a partire dalla linea di sponda (cpv. 1); secondo il capoverso 2, la larghezza di tale spazio dev'essere aumentata qualora ciò fosse necessario per garantire la protezione contro le piene (lett. a), lo spazio necessario per una rivitalizzazione (lett. b), interessi preponderanti della protezione della natura e del paesaggio (lett. c) o, infine, l'utilizzazione delle acque (lett. d). Nelle zone "densamente edificate", la larghezza di questo spazio può essere adeguata alla situazione di edificazione, purché sia garantita la protezione contro le piene (cpv. 2). Secondo le disposizioni transitorie della modifica del 4 maggio 2011 dell'OPAc, i Cantoni determinano entro il 31 dicembre 2018 lo spazio riservato alle acque conformemente agli art. 41ae 41b (cpv. 1) : finché esso non è determinato, per le acque stagnanti con una superficie superiore a 0,5 ettari, le prescrizioni per gli impianti di cui all'art. 41c capoversi 1 e 2, si applicano in una fascia larga 20 metri.
3.4. Il Tribunale cantonale amministrativo, richiamando la propria prassi, quella del Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 5.4) e la dottrina (RETO SCHMID, annotazione in calce a detta sentenza, in: URP 6/2014 pag. 582 segg., 584; PETER HÄNNI/TAMARA ISELI, Bauen im geschützten Gewässerraum: Erste Urteile, in Baurecht 2015 pag. 82 segg., 88; cfr. inoltre W. STUTZ, Uferstreifen und Gewässerraum - Umsetzung durch die Kantone, in: URP 2012 pag. 116 seg.; vedi inoltre BARBARA JUD, Gewässerraum beschäftigt das Bundesgericht: Ausnahmebewilligungen, in: Inforaum VLP/ASPAN, 2014 fascicolo 6 pag. 3-6; THIERRY LARGEY, nota a <ref-ruling> II 437, in: RDAF I 2015 pag. 365 seg.), ha rilevato che occorre distinguere fra la nozione di "zona densamente edificata" degli art. 41a cpv. 4, 41b cpv. 3 e 41c cpv. 1 secondo periodo OPAc e quella di "terreni già edificati in larga misura" utilizzato dalla LPT (RS 700) e, aggiungasi, dalla nozione di "comprensorio già largamente edificato" dell'art. 36 cpv. 3 LPT. Il concetto "zona densamente edificata" è infatti una nuova nozione giuridica indeterminata della LPAc e quindi del diritto federale, che dev'essere interpretata in maniera uniforme su tutto il territorio della Confederazione. Ai Cantoni, nell'ambito dell'esecuzione di queste norme, rimane un margine di manovra unicamente nel singolo caso (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 432 e consid. 7 pag. 434 seg.). I ricorrenti non criticano queste considerazioni, peraltro corrette.
Al riguardo, giova osservare che il Tribunale federale, esprimendosi sulla nozione di zona densamente edificata ai sensi delle citate norme, fondandosi sui lavori preparatori, sulla dottrina e sul prontuario ha stabilito che il perimetro pianificatorio rispettivamente di osservazione dev'essere sufficientemente ampio e includere in particolare lo spazio lungo i corsi d'acqua; il territorio dev'essere già densamente (vale a dire più che ampiamente) edificato e per l'edificazione densificata nello spazio riservato ai corsi d'acqua, ciò che vale in particolare per quartieri cittadini e nuclei di paesi attraversati da fiumi, deve sussistere un interesse pianificatorio (<ref-ruling> consid. 7 pag. 434 seg.; in un secondo tempo dev'essere poi esaminato se al rilascio di un'autorizzazione eccezionale ostino interessi pubblici prevalenti, <ref-ruling> consid. 6 pag. 444; <ref-ruling> consid. 4.5 pag. 484).
3.4.1. I giudici cantonali hanno poi rilevato che per delimitare la zona litigiosa il Comune si è fondato sul limite del demanio fissato per il Lago Ceresio in conformità della legge cantonale sul demanio pubblico, anteriore all'entrata in vigore delle citate norme federali, che stabilisce per le costruzioni una distanza minima dal lago di 5 m. Il Governo cantonale ha invece ritenuto determinante il confine tra Stato e privato riportato nella misurazione ufficiale in vigore, determinando pertanto in corrispondenza dei limiti dei fondi sia la zona edificabile sia tutti i vincoli ad essa associati, limitando solo a determinate fasce ripuali vicine al nucleo del paese la distanza dalla riva del lago a 5 m.
3.4.2. La Corte cantonale ha osservato che entrambe le precedenti istanze non hanno motivato in maniera particolare le rispettive scelte. Il Comune parrebbe aver seguito l'indicazione fornita dal Dipartimento, fondata sul diritto previgente, senza compiere una valutazione della situazione di fatto, mentre il Consiglio di Stato si è limitato ad affermare che, per le specifiche fasce ripuali vicine al nucleo " vi è una sufficiente compattazione del tessuto edilizio ", senza confrontarsi con i citati criteri. Ha ritenuto che di fronte a queste carenze di motivazione non è possibile verificare la correttezza della criticata pianificazione, ricordato che non le spetta, non essendo un'autorità di pianificazione, compiere per la prima volta una simile valutazione. Ha quindi stabilito che se il Comune intende riproporre nel comparto esaminato una distanza ridotta dalle acque stagnanti, dovrà motivare questa scelta e ha concluso che allo stadio attuale lo spazio riservato alle acque non è determinato, motivo per cui si applicano le disposizioni transitorie della modifica del 4 maggio 2011 dell'OPAc.
3.5. I ricorrenti non si confrontano con queste motivazioni e conclusioni, adducendo semplicemente che la Corte cantonale, la quale non ha parteggiato né per la soluzione adottata dal Comune né per quella governativa, ritenendole insufficientemente motivate, ha violato l'autonomia comunale in ambito pianificatorio.
La tesi è chiaramente infondata. In effetti, i giudici cantonali non hanno per nulla violato l'autonomia comunale in campo pianificatorio, ma hanno correttamente applicato la pertinente normativa federale, in particolare la nuova nozione indeterminata di zona densamente edificata, che dev'essere interpretata in modo restrittivo e in maniera uniforme su tutto il territorio della Confederazione. Hanno inoltre rettamente lasciato al Comune il compito di accertare compiutamente la fattispecie, rispettandone il margine di manovra che gli spetta nell'applicazione delle citate norme al singolo caso (<ref-ruling> consid. 5 pag. 443 e consid. 7 pag. 446; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 432, 7 pag. 434 seg.). I ricorrenti non criticano queste considerazioni, peraltro corrette.
3.6. Infine anche la critica ricorsuale, secondo cui la menzionata norma transitoria potrebbe essere applicata soltanto in mancanza di una scelta comunale in merito ma non qualora alla stessa sia negata l'approvazione sulla base di una decisione governativa carente di motivazione, è priva di consistenza. I ricorrenti sostengono a torto che l'annullata scelta comunale dovrebbe essere valida fino a quando l'autorità cantonale la sconfessi con argomentazioni pertinenti. L'annullamento della decisione comunale del 12 gennaio 2012, lesiva del diritto federale, conclusione peraltro non contestata dai ricorrenti che nemmeno si confrontano con la giurisprudenza rettamente posta a fondamento dell'impugnato giudizio (cfr. anche DTF <ref-ruling> consid. 4.5 pag. 483 seg.), comporta l'applicazione della menzionata disposizione transitoria. Lo spazio riservato alle acque del diritto transitorio assume la funzione di una zona di pianificazione: una possibile autorizzazione eccezionale non deve pertanto pregiudicare negativamente la futura pianificazione dello spazio riservato alle acque e la loro rivitalizzazione (cfr. <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 445).
4.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale e all'Ufficio federale dell'ambiente.