Sachverhalt:
A.
Aufgrund einer Mitteilung der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV), Abteilung Strafsachen und Untersuchungen, vom 9. November 2007 eröffnete das Kantonale Steueramt Aargau ein Nachsteuerverfahren gegen die X._ AG wegen verdeckter Gewinnausschüttungen an ihren früheren Aktionär A.A._ (selig). In der Folge setzte das Steueramt am 27. März 2013 die Nachsteuern für die direkte Bundessteuer 1999 bis 2004 der X._ AG auf Fr. 47'262.60 (inkl. Verzugszinsen) und für die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 bis 2004 auf Fr. 50'427.55 (inkl. Verzugszinsen) fest. Am 1. Juli 2013 wies das Steueramt die Einsprachen der X._ AG gegen die Nachsteuerverfügungen ab.
B.
Mit Urteil vom 18. Dezember 2014 betreffend die direkte Bundessteuer stellte das Spezialverwaltungsgericht des Kantons Aargau, Abteilung Steuern, fest, dass das Recht zur Festsetzung der Nachsteuer für die Steuerperiode 1999 verjährt sei. Soweit sich die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde auf die Nachsteuer für das Jahr 2004 bezog, trat es mangels Beschwer nicht darauf ein. Im Übrigen setzte es die Nachsteuern für die Jahre 2000 bis 2003 in teilweiser Gutheissung der Beschwerde auf Fr. 28'582.10 (zuzüglich Verzugszinsen) fest. Betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern trat das Spezialverwaltungsgericht mit Urteil desselben Datums auf den Rekurs, soweit er sich auf die Nachsteuer für das Jahr 2004 bezog, ebenfalls mangels Beschwer nicht ein. Die Nachsteuern für die Jahre 2001 bis 2003 setzte es in teilweiser Gutheissung des Rekurses auf Fr. 32'157.45 (zuzüglich Verzugszinsen) fest.
C.
Das hiergegen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Aargau stellte im Verfahren der direkten Bundessteuer mit Urteil vom 25. Februar 2016 fest, dass das Recht zur Festsetzung der Nachsteuern nicht nur für die Steuerperiode 1999, sondern inzwischen auch für die Periode 2000 verwirkt war. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde korrigierte es die Nachsteuern für die Jahre 2001 bis 2003 daher auf Fr. 17'901.-- (zuzüglich gesetzliche Verzugszinsen auf Fr. 5'967.-- vom 1. November 2003 bis 30. Juni 2009, auf Fr. 5'967.-- vom 1. Oktober 2004 bis 30. Juni 2009 und auf Fr. 5'967.-- vom 1. Oktober 2005 bis 30. Juni 2009). Es legte die Kosten und die Parteientschädigung für das spezialverwaltungsgerichtliche Verfahren neu fest und wies im Übrigen die Beschwerde ab.
Die Beschwerde gegen die Nachsteuern für die Kantons- und Gemeindesteuern hiess das Verwaltungsgericht mit separatem Urteil desselben Tages ebenfalls teilweise gut und setzte die Nachsteuern für die Jahre 2001 bis 2003 wegen eines offensichtlichen Rechnungsfehlers bei der Addition der Teilbeträge auf Fr. 32'121.45 fest (zuzüglich gesetzliche Verzugszinsen auf Fr. 14'037.95 vom 1. Dezember 2003 bis 30. Juni 2009, auf Fr. 9'041.75 vom 1. Dezember 2004 bis 30. Juni 2009 und auf Fr. 9'041.75 vom 1. November 2005 bis 30. Juni 2009). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
Das Verwaltungsgericht hielt in seinen Urteilen im Wesentlichen fest, es sei unbestritten, dass die Beschwerdeführerin in den Jahren 1998 bis 2000 in drei Tranchen insgesamt Fr. 780'000.-- an Unternehmen der Y._ Gruppe zum Zweck der Vermögensanlage bzw. Investition übertragen habe. Ab 1. Oktober 2001 seien die Anlagen von der Z._ Ltd., Nassau (Bahamas), betreut worden. Das investierte Kapital sei ab dem Jahr 2000 bis zum 30. Juni 2004 mit 1.5% pro Quartal bzw. 6% pro Jahr verzinst worden. Diese Zinseingänge habe die Beschwerdeführerin ordnungsgemäss verbucht und versteuert. Gemäss den Nachsteuerverfügungen und Einspracheentscheiden hätte es neben den verbuchten und deklarierten Zinsen aufgrund einer separaten Vereinbarung zusätzliche Ausschüttungen der Y._ Gruppe in variabler Höhe von jährlich 9 bis 15% des investierten Kapitals gegeben. Während die festen Zinsen auf ein Konto der Beschwerdeführerin ausbezahlt worden seien, sei die Zusatzrendite in bar zu Handen von A.A._ (selig), ehemaliger Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin, an dessen Sohn B.A._ ausbezahlt worden. Es sei davon auszugehen, dass diese Zusatzrenditen auf dem investierten Kapital nicht A.A._ (selig), sondern der Beschwerdeführerin als Investorin zugestanden hätten, jedoch von diesem bzw. seinem Sohn als direkte Gewinnausschüttungen vereinnahmt worden seien. Unabhängig davon, wem die Zusatzrenditen ausbezahlt worden seien, sei davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin einen Rechtsanspruch darauf gehabt habe und das fragliche Einkommen auch ihr zuzurechnen gewesen sei. Da die entsprechenden Zinserträge von ihr nicht verbucht und auch nicht versteuert worden seien, seien ihre Steuerveranlagungen unvollständig ausgefallen und die zu wenig veranlagten Steuern als Nachsteuern zu erheben gewesen.
D.
Mit Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. April 2016 beantragt die X._ AG die Aufhebung der beiden Urteile des Verwaltungsgerichts und jeweils die Feststellung, dass keine Nachsteuer geschuldet sei. Ausserdem beantragt sie die Aufhebung der Urteile des Spezialverwaltungsgerichts und der Entscheide des Kantonalen Steueramts. Eventualiter seien die Verfahren zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Das Kantonale Steueramt beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die ESTV schliesst (bezüglich der direkten Bundessteuer) ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die vorliegenden Beschwerden richten sich gegen zwei praktisch übereinstimmende Urteile bezüglich einerseits die Kantons- und Gemeindesteuern und andererseits die direkte Bundessteuer. Die Urteile betreffen dieselben Verfahrensbeteiligten und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP [SR 273]; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis; vgl. auch Urteil 2C_693/2014 / 2C_694/2014 vom 4. März 2015 E. 1.2).
1.2. Die Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurden unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richten sich gegen Endentscheide (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] und Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist durch die angefochtenen Urteile besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerden ist - mit nachfolgenden Einschränkungen (E. 1.3 ff.) - grundsätzlich einzutreten.
1.3. Soweit das Steuerjahr 2004 betreffend, setzte sich die Vorinstanz mangels Beschwer (die Nachsteuer war für diese Steuerperiode auf Fr. 0.-- festgesetzt worden) nicht materiell mit den Beschwerden auseinander, sondern bestätigte diesbezüglich die Nichteintretensentscheide des Spezialverwaltungsgerichts. Die Beschwerdeführerin macht im vorliegenden Verfahren nicht geltend, inwiefern die Vorinstanz auf ihre Beschwerden hätte eintreten müssen. Da somit eine sachbezogene Begründung ausgeblieben ist - und es im Übrigen auch an der materiellen Beschwer fehlt -, ist in Bezug auf das Steuerjahr 2004 nicht auf die Beschwerden einzutreten.
1.4. Feststellungsbegehren sind im Verhältnis zu Leistungs- oder Gestaltungsbegehren subsidiär (<ref-ruling> E. 1.7 S. 123). Die vorliegend beantragte Feststellung, die Beschwerdeführerin schulde keine Nachsteuern, kann mit der Aufhebung der angefochtenen Urteile erreicht werden. Es fehlt somit diesbezüglich an einem schutzwürdigen Interesse im Sinne von Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG, weshalb auf die Feststellungsbegehren nicht einzutreten ist (vgl. Urteile 2C_1107/2014 vom 14. September 2015 E. 1.2; 2C_565/2011 vom 26. Oktober 2012 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2c S. 303).
1.5. Die Anträge auf Aufhebung der Einspracheentscheide und der Urteile des Spezialverwaltungsgerichts sind unzulässig. Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht bildet ausschliesslich das letztinstanzliche kantonale Urteil (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die unterinstanzlichen Entscheide sind durch die Urteile des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG). In der Beschwerde ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen; wird eine solche Verfassungsrüge nicht vorgebracht, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 232).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen grundsätzlich gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG). In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_837/2014 vom 23. Februar 2015 E. 2.2).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117).
2.3. In Bezug auf die Beweislast gilt Folgendes: Der Nachweis für steuerbegründende oder steuererhöhende Tatsachen obliegt der Steuerbehörde, der Nachweis für steueraufhebende oder steuermindernde Tatsachen der steuerpflichtigen Person; diese hat die entsprechenden Tatsachen also nicht nur zu behaupten, sondern auch zu belegen (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252 mit Hinweisen).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör, indem ihr das Kantonale Steueramt die Akteneinsicht verweigert habe. Dadurch sei auch ihr Anspruch auf Mitwirkung an der Beweiserhebung verletzt worden. Zudem habe die Vorinstanz das Recht auf Beweisabnahme verletzt, indem sie auf die beantragte Anhörung von Zeugen bzw. Auskunftspersonen verzichtet habe.
3.1. Das Recht auf Akteneinsicht bildet einen Teilgehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) und stellt eine selbständige, allgemeine Verfahrensgarantie dar. Es bezieht sich auf sämtliche verfahrensbezogenen Akten (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 467).
Schon das Verwaltungsgericht, bei dem die Beschwerdeführerin dieselben Rügen erhoben hatte, hat sich mit der angeblichen Gehörsverletzung auseinandergesetzt, die Rechtslage und bundesgerichtliche Rechtsprechung dazu zutreffend wiedergegeben - worauf an dieser Stelle verwiesen werden kann - und festgestellt, dass das Kantonale Steueramt die Beschwerdeführerin über die Eröffnung der Nachsteuerverfahren informiert und ihrem Schreiben vier Kontoauszüge beigelegt hatte. Auf Ersuchen hin habe es der Beschwerdeführerin ausserdem die von der ESTV zugestellten Akten übermittelt. Den angefochtenen Urteilen zufolge könne den Akten entnommen werden, dass das Steueramt nebst diesen Unterlagen im Nachsteuer- und anschliessenden Einspracheverfahren keine weiteren Akten von Dritten beigezogen habe (vgl. die angefochtenen Urteile E. 1.2.4). Die Beschwerdeführerin bringt nun vor, die im vorinstanzlichen Urteil genannten act. 59 und 61 nicht erhalten zu haben. Bei act. 61 handelt es sich um die letzte Seite zusammengehefteter Unterlagen der ESTV. Es geht um den Zusatz zu einer Investitionsvereinbarung, wonach der Investor zusätzlich zum vereinbarten Festzins eine Beteiligung am Geschäftsergebnis der Y._ Inc. von maximal 24% der Investitionssumme p.a. erhalten solle. Es erscheint wenig glaubwürdig, dass die Beschwerdeführerin diese letzte Seite, welche weiteren Dokumenten der ESTV angeheftet ist, nicht zur Akteneinsicht erhalten haben soll, nachdem ihr bereits durch das Kantonale Steueramt sämtliche Unterlagen zugestellt worden waren (vgl. schon die Urteile des Spezialverwaltungsgerichts, Abteilung Steuern, vom 18. Dezember 2014 E. 7.3 bzw. 5.3). Dasselbe gilt betreffend act. 59. Dabei handelt es sich um ein aus der Beschlagnahme stammendes Blatt zum Jahr 2004, welches mit handschriftlichem Vermerk Prozentsätze festhält ("X._ 1.25%, A.A._ 3.75%, B.A._ 7%, total 12%"). Während das Steueramt für die Berechnung der zusätzlichen Zinserträge des Jahres 2003 auf diese Angabe abstellte und von zusätzlichen Zinserträgen von 3.75% pro Quartal auf dem Investitionsbetrag von Fr. 780'000.-- ausging, reduzierte das Spezialverwaltungsgericht den Zinssatz für die Ausschüttungen an A.A._ (selig) gemäss den Tabellen der Vorjahre auf 2.25% (vgl. die angefochtenen Urteile E. 4.1.2.4 und die Urteile des Spezialverwaltungsgerichts E. 8.6.6 f. bzw. 6.6.6 f.). Selbst wenn sich dieses Dokument, was wenig wahrscheinlich ist, nicht in den Unterlagen befunden haben sollte, war dessen Inhalt der Beschwerdeführerin spätestens mit Erlass der Urteile des Spezialverwaltungsgerichts bekannt. Dieses - und in der Folge die Vorinstanz - haben im Übrigen ihren Entscheid gerade nicht gestützt auf Inhalte dieses Dokuments gefällt. Eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs wäre vor diesem Hintergrund auf jeden Fall geheilt (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 197 f.).
3.2. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV ergibt sich für die Parteien u.a. auch das Recht, Beweisanträge zu stellen, und für die Behörden die Pflicht, rechtzeitig und formgültig angebotene Beweisbegehren entgegenzunehmen und zu berücksichtigen. Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt indes vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 f. S. 236 f.).
Die Vorinstanz hat sich in ihren Urteilen auch mit den Anträgen um Anhörung der beiden Zeugen befasst und dargetan, inwiefern sich der Sachverhalt bereits hinreichend aus den vorliegenden Unterlagen ergebe. Was der als Zeuge aufgerufene frühere Revisor der Beschwerdeführerin zusätzlich hätte beitragen können, sei nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin habe nicht substanziiert dargelegt, inwiefern er beim Abschluss relevanter Verträge involviert gewesen sei und inwieweit er von den Vereinbarungen und Zahlungen Kenntnis gehabt habe (vgl. die angefochtenen Urteile E. 4.2.1.3). Wozu im Weiteren B.A._ befragt werden solle, habe sie in der Beschwerde nicht angeführt (vgl. die angefochtenen Urteile E. 4.2.2). Mit diesen Erwägungen setzt sich die Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren in keiner Weise auseinander, womit sie der geforderten Rüge- und Substanziierungspflicht nicht nachkommt (E. 2.1). Auf die Rüge braucht deshalb grundsätzlich nicht weiter eingegangen zu werden. Freilich ist darauf hinzuweisen, dass die Vorinstanz ihre Sachverhaltsfeststellung ausführlich begründet und dargelegt hat, weshalb weitere Zeugenbefragungen daran nichts geändert hätten. Sie durfte daher sehr wohl - und ohne Verstoss gegen Art. 9 und 29 Abs. 2 BV - in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf die beantragten Anhörungen verzichten.
4.
Weiter rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung der Regeln der Beweislastverteilung sowie eine willkürliche Beweiswürdigung. Sie macht geltend, entgegen den Behauptungen des Kantonalen Steueramts lediglich die vertraglich zugesicherten Renditezahlungen auf der Kapitalanlage erhalten und diese auch lückenlos und transparent in den jeweiligen Jahresrechnungen verbucht zu haben. Daneben sei ihr keine variable Zusatzrendite entrichtet worden, da sie keinen vertraglichen Anspruch auf eine solche gehabt habe. Ohne Anspruch und ohne Leistungszufluss habe sie nichts verbuchen oder versteuern müssen. Wenn überhaupt, sei einzig dem Vermittler, B.A._, ein einklagbarer Anspruch gegenüber der Y._ Inc. zugestanden, was sich aber der Kenntnis der Beschwerdeführerin entziehe. Nach der allgemeinen Beweislastregel trage die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende Tatsachen; es hätte daher am Kantonalen Steueramt gelegen, den angeblichen Zufluss von zusätzlichem Vermögensertrag nachzuweisen. Wiederholt habe das Steueramt die Behauptung aufgestellt, die Beschwerdeführerin habe zusätzliche Zinserträge erhalten oder darüber verfügen können, obwohl keine entsprechende schriftliche Vereinbarung über eine Zusatzrendite vorliege, dies im Gegensatz zu anderen Fällen, in denen solche Vereinbarungen vorgelegen haben sollen. Das Steueramt habe somit bei der Festsetzung der Nachsteuerfaktoren Vergleiche mit einzig ihm vorliegenden anderen "Steuerfällen" angestellt und versucht, aufgrund von Mutmassungen auf einer hypothetischen Grundlage den Nachweis des Zuflusses von zusätzlichen Renditezahlungen zugunsten der Beschwerdeführerin herbeizuführen. Auch die These, wonach sämtliche Pflichtigen neben der zugesicherten Grundrendite noch mittels einer Zusatzvereinbarung variable Zusatzrenditen vereinbart hätten, sei nachweislich falsch, da im "System-C._" keine standardisierten Verträge zur Verfügung gestanden hätten. Die vorgenommene Aufrechnung stelle einen Verstoss gegen Bundesrecht dar und sei in willkürlicher Würdigung von Beweismitteln verfolgt.
4.1. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn die Vorinstanz offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 2D_16/2015 vom 29. Oktober 2015 E. 3.1).
4.2. Die Vorinstanz hat in ihren Entscheiden festgehalten, der Nachweis für die nachsteuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen hätten die Steuerbehörden zu erbringen (vgl. vorstehend E. 2.3). Sie hat die Regeln der Beweislastverteilung sehr wohl richtig erkannt. Die Beschwerdeführerin rügt freilich im Wesentlichen - entgegen ihrer Bezeichnung - nicht eine fehlerhafte Beweislastverteilung, sondern eine willkürliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts und dessen rechtliche Würdigung.
Das Vorbringen der Beschwerdeführerin lässt allerdings auch in diesem Zusammenhang der im Verfahren vor Bundesgericht geforderten Begründungspflicht, insbesondere einer genügenden Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Ausführungen, vermissen. Die Beschwerdeschriften beschränken sich im Wesentlichen darauf, angebliche Verfehlungen des Kantonalen Steueramts zu schildern und wiederholen, was bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebracht wurde, ohne dass im Einzelnen dargetan würde, inwiefern sich die vorinstanzlichen Feststellungen und Erwägungen als willkürlich erweisen würden (vgl. E. 2.1 f., 4.1).
4.3. Im Übrigen hat die Vorinstanz ausführlich dargelegt, wie der Sachverhalt zustande gekommen ist: Neben den an die Beschwerdeführerin adressierten, quartalsweisen Abrechnungen der Y._ Inc. bzw. der Z._ Ltd. über die ordentlich verbuchten Zinszahlungen hätten auch Tabellen vorgelegen, welche den Quartalsabrechnungen beigeordnet waren. In jeder Tabelle seien die Beschwerdeführerin, A.A._ (selig) und B.A._ aufgeführt. Neben den unbestrittenen und versteuerten Zinsen zugunsten der Beschwerdeführerin seien jeweils auch zusätzliche Zinsen für A.A._ (selig) und B.A._ aufgeführt, die offensichtlich ebenfalls in Prozenten der von der Beschwerdeführerin investierten Summe berechnet worden seien. Die Y._ Inc. habe mit anderen Investoren regelmässig einen Zusatz zu den Investitionsvereinbarungen vereinbart. Danach hätten die Investoren zusätzlich zum vereinbarten Festzins eine Beteiligung am Geschäftsergebnis der Y._ Inc. von maximal 24% der Investitionssumme p.a. erhalten. Nachdem die Y._ Inc. bzw. die Z._ Ltd. auch zugunsten von A.A._ (selig) solche zusätzlichen Zinsen auf dem investierten Kapital ausbezahlt habe, sei davon auszugehen, dass im vorliegenden Fall ebenfalls eine derartige Zusatzvereinbarung zwischen der Beschwerdeführerin und der Y._ Inc. als Vertrag zugunsten Dritter geschlossen worden sei. Ein Vorgehen, bei dem die Zahlungen zugunsten von A.A._ (selig) in bar an B.A._ erfolgten, sei ohne explizite (mündliche oder schriftliche) Abrede kaum denkbar und in der Finanzbranche völlig unüblich. Gemäss der ESTV müsse zudem davon ausgegangen werden, dass Teile der Akten der Y._ Gruppe vernichtet worden seien. Deshalb könne aus dem Fehlen einer entsprechenden schriftlichen Vereinbarung in den Akten nicht geschlossen werden, es sei überhaupt keine solche abgeschlossen worden. Die Behauptung, die Zahlungen zugunsten von A.A._ (selig) seien freiwillig erfolgt, sei in Anbetracht der gesamten Umstände unglaubwürdig. Als weiteres Indiz komme hinzu, dass auch in den Jahren 1998 bis 2002 nicht nur ordentliche Zinsen von 1.25 bzw. 1.5% pro Quartal an die Beschwerdeführerin, sondern auch zusätzliche Zinsen zu 3.75, 3.5 bzw. 2.25% pro Quartal zugunsten von A.A._ (selig) ausbezahlt worden seien.
Inwiefern sich diese Ausführungen als offensichtlich haltlos und damit willkürlich erweisen sollen, ist nicht ersichtlich. Die Erwägungen sind vielmehr schlüssig und überzeugend und die Beschwerdeführerin vermag mit ihrem hauptsächlichen Vorbringen, den Behörden läge keine schriftliche Zusatzvereinbarung vor, nicht zu überzeugen.
4.4. Gestützt auf ihre Feststellungen haben die Vorinstanzen die fraglichen Beträge zu Recht als Gewinnvorwegnahmen zum Reingewinn der Beschwerdeführerin hinzugezählt (vgl. Art. 58 Abs. 1 lit. c DBG bzw. Art. 24 Abs. 1 lit. b StHG und § 68 Abs. 1 lit. c des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 [StG/AG; SAR 651.100]) und von dieser entsprechend Nachsteuern - was die Beschwerdeführerin im Übrigen nicht in Frage stellt - erhoben.
5.
Nach dem Gesagten sind sowohl die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 1999 bis 2004 als auch die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 bis 2004 abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_325/2016 und 2C_326/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 1999 bis 2004 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2001 bis 2004 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. November 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Fuchs