Faits :
A.
Le plan localisé de quartier (ci-après : le PLQ) n° 29'270, adopté par le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève le 27 octobre 2004, porte sur la construction de six barres d'immeubles d'habitation dans le périmètre situé le long de l'avenue Edmond-Vaucher, au niveau du chemin du Coin-de-Terre, sur la commune de Vernier; cette portion du territoire est classée en zone 5 de développement 3.
Les trois premiers immeubles ont d'ores et déjà été construits et se situent aux n os 13 à 13C, 15 à 15C et 17 à 17C de l'avenue Edmond-Vaucher (ci-après: les bâtiments 13, 15, respectivement 17).
B.
L'Etat de Genève est propriétaire de la parcelle n° 5'357 sise dans le périmètre du PLQ précité, à l'angle de l'avenue Edmond-Vaucher et du chemin du Coin-de-Terre, à l'est du bâtiment 17, sur laquelle devrait s'ériger la quatrième barre d'immeubles.
Selon le tableau de répartition des droits à bâtir du PLQ, sur cette parcelle, totalisant une superficie de 2'864,5 m 2, la surface brute de plancher (ci-après: SBP) admissible s'élève à 3'581 m 2. Ce plan prévoit par ailleurs un indice d'utilisation du sol (ci-après: IUS) de 1,25 et limite le gabarit des constructions à trois étages sur rez (R+3).
Le 27 novembre 2012, la Fondation C._ (ci-après : la fondation) a déposé une demande définitive d'autorisation de construire quatre immeubles de type HBM (habitations à bon marché), avec parking souterrain, sur la parcelle n° 5'357, aux n os 19 à 19C de l'avenue Edmond-Vaucher (ci-après: le bâtiment 19). Ce projet prévoit, en dérogation au PLQ, l'édification d'un quatrième étage permettant la réalisation de treize logements supplémentaires et une réduction des coûts, par appartement, des éléments de construction fondamentaux (sous-sol, ascenseur, toiture).
Dans le cadre de l'instruction de cette demande, les différents services de l'Etat appelés à se prononcer ont émis des préavis favorables, respectivement favorables sous conditions. La Commission d'architecture (CA) s'est, le 22 janvier 2013, prononcée en faveur du projet à la condition qu'il réserve les zones privatives en garantissant des dégagements de quatre mètres devant l'ensemble des locaux habitables du rez-de-chaussée et une largeur minimale des portes. Quant à la direction des plans d'affectation et requête (PAR), elle a, par préavis du 31 octobre 2013, considéré que la réalisation d'un immeuble R+4 était admissible dans la mesure où la construction de logements constituait un motif d'intérêt général justifiant une dérogation au PLQ.
Le Département de l'aménagement du logement et de l'énergie (ci-après: le DALE) a, par arrêté du 15 avril 2014, autorisé l'application des normes de la troisième zone aux bâtiments à construire.
Par décision du 25 avril 2014, publiée le 2 mai 2014 dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (FAO), le DALE a délivré l'autorisation de construire requise.
C.
Le 28 mai 2014, la Communauté de la copropriété par étage de l'immeuble A._ a recouru contre l'autorisation de construire devant le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI). Ce dernier a rejeté le recours par jugement du 20 mars 2015, estimant que la réalisation d'un étage supplémentaire est admissible malgré le dépassement de la SBP et de l'IUS qui en résulte.
Par arrêt du 25 août 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a confirmé le jugement du TAPI, sous réserve de quelques erreurs de calculs, à la correction desquelles elle a procédé. La Cour de justice a en substance considéré que la réalisation d'un étage supplémentaire répond à un intérêt public à la construction de logements; elle a par ailleurs estimé que cette dérogation revêt un caractère mineur: d'une part, l'affectation à un usage d'habitation de cette extension est identique à celle de l'ensemble de l'immeuble; d'autre part, le projet respecte les hauteurs maximales des constructions pour la zone considérée.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Communauté des copropriétaires d'étages A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et, cela fait, d'annuler l'autorisation de construire délivrée par le DALE le 25 avril 2014. Elle sollicite également l'octroi de l'effet suspensif partiel, limité à l'autorisation de construire un quatrième étage.
La Chambre administrative s'en rapporte à justice s'agissant de la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département s'en remet également à justice quant à la recevabilité du recours et, au fond, demande au Tribunal fédéral de confirmer l'arrêt attaqué. L'intimée conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La recourante a répliqué.
Par ordonnance du 16 octobre 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
1.1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.2. La recourante bénéficie de la capacité d'ester en justice pour des questions qui relèvent de l'immeuble en propriété par étages (cf. <ref-law> [RS 210]; voir également arrêt 1C_423/2011 du 2 avril 2012 consid. 2.2); elle a par ailleurs pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. Réunissant des propriétaires de biens immobiliers sis dans le voisinage immédiat du projet, la recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'octroi d'une autorisation portant sur un projet de construction d'habitations de type HBM qu'elle tient pour contraire au PLQ ainsi qu'à la législation cantonale. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
1.3. La recourante demande l'annulation de l'arrêt attaqué et de l'autorisation du 25 avril 2014 délivrée par le DALE. Le recours en matière de droit public n'est toutefois pas un recours en cassation mais un recours en réforme (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 491). Il ressort néanmoins clairement de son mémoire que la recourante entend en réalité également demander le refus du permis de construire délivré par le département. Comprise dans ce sens, sa conclusion cassatoire ne s'oppose pas à l'entrée en matière sur le recours, contrairement à ce que soutient l'intimée dans sa réponse.
2.
En début de mémoire, la recourante livre un bref rappel des faits. Au contraire de ce qu'affirme l'intimée, il n'apparaît pas que ce dernier se détache des constatations cantonales et la recourante ne se prévaut d'ailleurs pas, dans ce cadre, d'un établissement inexact des faits; ce récapitulatif tend à mettre en exergue certains faits constatés par l'instance précédente sur lesquels la partie recourante entend fonder ses griefs; cette manière de procéder, qui ne revêt qu'une portée descriptive, n'est pas illicite dans la mesure où elle ne s'écarte pas des constatations cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
3.
La recourante reproche à la Chambre administrative une application arbitraire des art. 3 al. 4 et 12 al. 3 de la loi cantonale générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; RS/GE L 1 35); selon elle, l'édification d'un étage supplémentaire constituerait une dérogation substantielle - et par conséquent inadmissible - aux exigences du PLQ.
3.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme de droit cantonal sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 3.2.5 p. 339 et les références). En outre, pour qu'une décision soit annulée au titre de l'arbitraire, il ne suffit pas qu'elle se fonde sur une motivation insoutenable; encore faut-il qu'elle apparaisse arbitraire dans son résultat (136 III 552 consid. 4.2 p. 560).
Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
3.2. En vertu de la législation cantonale genevoise, les projets de construction établis selon les normes d'une zone de développement doivent être conformes aux plans localisés de quartier en vigueur. Toutefois, lors du contrôle de conformité des requêtes en autorisation de construire avec le plan localisé de quartier, le département de l'aménagement, du logement et de l'énergie peut admettre que le projet s'écarte du plan dans la mesure où la mise au point technique du dossier ou un autre motif d'intérêt général le justifie (art. 3 al. 5 LGZD dans sa teneur actuelle, entré en vigueur le 21 mars 2015, inchangé sur ce point par rapport à l'ancien art. 3 al. 4 LGZD). Quant à l'art. 12 LGZD, intitulé "disposition transitoire", il prévoit à son alinéa 3 que, dans les zones de développement 2 et 3, la surélévation d'immeubles en vue de permettre la construction de logements supplémentaires, en application des normes introduites le 22 février 2008 dans la loi sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE L 5 05), est constitutive d'un motif d'intérêt général justifiant que le projet de construction s'écarte d'un plan localisé de quartier adopté avant le 24 novembre 2009. Selon l'art. 27 al. 3 LCI, adopté le 22 février 2008, le département peut, afin de permettre la construction de logements supplémentaires, autoriser une augmentation de la hauteur du gabarit, à condition que celle-ci ne compromette pas l'harmonie urbanistique de la rue; il est notamment tenu compte du gabarit des immeubles voisins. La hauteur de la ligne verticale du gabarit ne peut dépasser nulle part 21 m; afin de permettre la construction de logements supplémentaires au sens des alinéas 3 à 5, la hauteur de la ligne verticale du gabarit ne peut dépasser nulle part 27 m (art. 27 al. 6 LCI).
3.3. S'agissant de l'art. 3 al. 5 LGZD, la Cour de justice a rappelé que, d'après la jurisprudence cantonale, cette disposition doit s'interpréter de façon à ne pas vider le PLQ de sa substance. En acceptant par le biais d'une autorisation de construire une modification importante du PLQ, la procédure d'adoption des plans d'affectation telle que prévue par le droit fédéral de l'aménagement du territoire ne serait assurément pas respectée. En conséquence, seules des modifications peu importantes peuvent être autorisées. Ainsi, les juges cantonaux ont notamment jugé que le déplacement d'un bâtiment d'un mètre, l'agrandissement de 159 m 2 d'un attique, la création d'un étage supplémentaire induisant une augmentation de la hauteur du gabarit de 2,70 m étaient des dérogations mineures du PLQ. La Chambre administrative a par ailleurs jugé que le régime dérogatoire prévu par l'art. 12 al. 3 LGZD pour les PLQ antérieurs au 24 novembre 2009 n'a pas de portée indépendante de l'art. 3 al. 5 LGZD aux conditions duquel il reste soumis (arrêt de la Cour de justice du 21 janvier 2014 ATA/39/2014 consid. 7b, cité par la recourante); il ressort en effet des travaux préparatoires que les modifications permettant de déroger à un PLQ ne doivent pas être trop importantes; une surélévation ne doit donc pas dépasser un ou deux étages pour être encore considérée comme "peu importante" (cf. Rapport du 13 mai 2009 de la Commission d'aménagement du canton chargée d'étudier le projet de loi du Conseil d'Etat modifiant la LGZD, PL 10259-A, p. 13 s.).
3.4. La recourante reproche en l'espèce à la Cour de justice d'avoir admis les dérogations au PLQ sans avoir examiné s'il s'agissait de modifications de peu d'importance. Selon elle, l'instance précédente n'aurait analysé le projet que sous l'angle du seul intérêt général à la construction de logements supplémentaires - qu'elle ne remet au demeurant pas en cause -, omettant ainsi arbitrairement l'une des conditions d'application de l'art. 3 al. 5 LGZD; la recourante estime à cet égard qu'en raison d'un dépassement de 36 % de l'IUS et 36,63 % de la SBP, l'instance précédente ne pouvait admettre l'existence d'une dérogation mineure.
3.4.1. En l'espèce, il est vrai que la Cour de justice a tout d'abord examiné le projet litigieux sous l'angle de l'intérêt général à sa réalisation; elle a ainsi jugé que l'édification d'un étage supplémentaire, permettant la création de treize appartements de type HBM, répondait non seulement à l'objectif de densification des constructions et d'utilisation rationnelle du sol imposé par la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), mais également à l'intérêt public à la construction de nouveaux logements. L'instance précédente s'est à cet égard référée aux préavis favorables, ou favorables avec réserves, émis par l'ensemble des services de l'Etat consultés; elle s'est tout particulièrement fondée sur l'avis de la Direction des plans d'affectation et requêtes (PAR), pour qui le projet peut être admis, en dépit de la dérogation au PLQ, au nom de l'intérêt général à la construction de logements, ce en application de l'art. 12 al. 3 LGZD.
Ensuite, dans le cadre de l'examen de l'importance des dérogations, il faut, avec la recourante, reconnaître que la Cour de justice ne s'est effectivement pas expressément prononcée sur le dépassement de l'IUS et de la SBP; elle a néanmoins indiqué qu'au regard de la jurisprudence cantonale, ces mesures constituent des critères parmi d'autres à prendre en considération lors de l'appréciation d'une modification apportée par un projet au PLQ. Au nombre de ces autres critères, l'instance précédente a en l'espèce retenu que la modification ne porte que sur un seul étage, que les gabarits proposés s'intègrent parfaitement avec les immeubles voisins, le projet contesté s'élevant à 14,84 m avec la surélévation, alors que la corniche de la superstructure technique du bâtiment 17, propriété de la recourante, se dresse à 14,88 m et que celle de l'immeuble 15 se monte à 14,75 m; elle a en outre relevé que les gabarits du projet respectent largement les gabarits légaux, notamment le maximum de 21 m (voire 27 m à certaines conditions), prévus pour ladite zone (cf. art. 27 al. 6 LCI). La Cour de justice a de surcroît retenu, sur la base d'une étude produite par l'intimée - que la recourante ne remet au demeurant pas en doute - que l'édification d'un quatrième étage ne porterait ombrage ni aux villas adjacentes ni aux futurs immeubles voisins (chemin du Coin-de-Terre nos 21A et 21B). Sur cette base, l'instance précédente a qualifié de minime le dépassement du gabarit exigé par le PLQ.
3.4.2. La recourante ne critique pas réellement cette appréciation; on comprend de son argumentation que les dépassements de l'IUS et de la SBP, de même que la présence d'un étage supplémentaire, équivaudraient en soi à des dérogations importantes. A l'appui de son grief, elle se limite essentiellement à comparer la proportion chiffrée des dépassements constatés à ceux retenus dans différents précédents cantonaux; elle ne prend en particulier pas la peine de discuter le raisonnement de la Cour de justice fondé sur les gabarits des constructions, se contentant à cet égard d'indiquer que le passage d'une construction R+3 à R+4 entraîne une augmentation de 33% du nombre de niveaux. Ce faisant, elle n'explique toutefois pas en quoi la Cour de justice aurait versé dans l'arbitraire en se fondant sur d'autres critères que le seul respect de ces indices pour juger de l'importance de la dérogation, alors que cette démonstration lui incombe (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF; cf. consid. 3.1).
Quoi qu'il en soit, au regard de l'identité des dimensions du projet avec celles des constructions voisines, au nombre desquelles figurent les premières réalisations bâties en application du PLQ, et du respect des hauteurs imposées dans la zone concernée, la Cour de justice pouvait, dans ces circonstances particulières, juger, sans verser dans l'arbitraire, que l'édification d'un étage supplémentaire - admissible sur le principe au titre de modification de peu d'importance (cf. consid. 3.3) - ne portait pas atteinte à la substance de la planification et pouvait de ce fait être autorisée. A cet égard, la recourante ne peut rien tirer de l'arrêt de la Cour de justice du 21 janvier 2014 (ATA/39/2014), dont la teneur tend au contraire à confirmer l'appréciation de l'instance précédente; en effet, outre que cette affaire portait sur la réalisation de deux étages et non d'un seul, le projet en cause bénéficiait déjà, lors du jugement, de l'autorisation d'édifier un premier étage supplémentaire, le litige étant pratiquement circonscrit à la réalisation du second (cf. arrêt ATA/39/2014 précité consid. 10). La substance du PLQ apparaît en l'occurrence également préservée par l'affectation de l'étage litigieux à l'habitation, affectation similaire à celle des autres étages et des constructions déjà réalisées sur la base de ce plan.
Enfin, la solution à laquelle parvient la Cour de justice n'est pas arbitraire dans son résultat et ne s'avère pas manifestement contraire au but de la législation sur la surélévation. Il ressort en effet des travaux préparatoires que non seulement les modifications du 22 février 2008 de la LCI, mais également l'introduction de l'art. 12 al. 3 LGZD, ont été guidées, d'une part, par la volonté de répondre aux exigences du droit fédéral en matière de densification des constructions et d'utilisation rationnelle du sol (cf. art. 3 al. 3 let. abis LAT) et dans l'optique, d'autre part, de créer des logements afin de lutter contre la pénurie (cf. Plan directeur cantonal adopté le 20 septembre 2013, Concept de l'aménagement cantonal, p. 3 à 5; voir également rapport du 5 février 2008 de la Commission d'aménagement du canton chargée d'étudier le projet de loi du Conseil d'Etat modifiant la LCI, PL 10088-A, p. 1 s.) tout en préservant le milieu bâti existant dans lequel ces nouvelles constructions devront prendre place (cf. rapport LCI précité, p. 2). Il n'apparaît ainsi pas insoutenable d'avoir autorisé la réalisation d'un étage supplémentaire dès lors que cette dérogation permet d'accroître le parc locatif tout en s'inscrivant dans un projet qui s'implante harmonieusement dans le milieu bâti existant, de par ses dimensions identiques à celles des constructions voisines - ce que la recourante ne conteste d'ailleurs pas - et conformes aux maxima de la zone.
3.5. Il s'ensuit que le grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal doit être écarté dans la mesure de sa recevabilité.
4.
Dans un dernier grief, la recourante dénonce une violation de l'art. 21LAT. Elle fait valoir que le PLQ a force obligatoire pour chacun et que le droit cantonal ne peut pas, sous prétexte de dérogation, le vider de son contenu. Ces critiques tombent à faux: comme il a été vu ci-dessus (consid. 3), les modifications contenues dans le projet litigieux constituent des dérogations admissibles au PLQ, qui ne s'opposent pas, en l'espèce, à l'octroi de l'autorisation de construire contestée. Au demeurant, il sied de relever que l'art. 23 LAT dispose que le droit cantonal règle les exceptions prévues à l'intérieur de la zone à bâtir. Or, comme le fait remarquer le DALE dans ses observations, c'est précisément en application des art. 21ss LAT que l'art. 3 al. 5 LGZD a été adopté, et la recourante ne conteste pas la conformité au droit fédéral de cette disposition. Il s'ensuit que l'autorisation de construire litigieuse, fondée sur l'art. 3 al. 5 LGZD, ne consacre pas une violation de l'art. 21 LAT.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Celle-ci versera en outre une indemnité de dépens à l'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens au DALE (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à l'intimée, à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, ainsi qu'à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3 ème section.
Lausanne, le 15 avril 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
Le Greffier : Alvarez