Sachverhalt:
A.
A.a. Am 8. April 2014 reichte die A._ AG (Beschwerdeführerin) beim Friedensrichteramt Zug ein Schlichtungsgesuch ein mit dem Antrag, B._ (Beschwerdegegner) sei zu verpflichten, ihr Fr. 65'706.40 nebst Zins zu 5% seit 29. Oktober 2013 zu bezahlen, und der Rechtsvorschlag in der entsprechenden Betreibung sei aufzuheben. An der Schlichtungsverhandlung vom 26. Juni 2014 schlossen die Parteien einen Vergleich. Darin verpflichtete sich der Beschwerdegegner zur Zahlung von Fr. 32'500.-- und der Hälfte der Schlichtungskosten innert 30 Tagen an die Beschwerdeführerin. Diese verpflichtete sich nach Erhalt der Summe zum Rückzug der angehobenen Betreibung. Sodann erklärten sich die Parteien mit der vollständigen Erfüllung des Vergleichs per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt.
Gestützt auf diesen Vergleich schrieb das Friedensrichteramt Zug das Verfahren ab. Der Vergleich wurde von beiden Seiten erfüllt.
A.b. Am 22. Juni 2016 klagte der Beschwerdegegner beim Kantonsgericht Zug und beantragte im Wesentlichen, die Beschwerdeführerin sei auf ihre Kosten zu verpflichten, alle Schallschutzfenster am Mehrfamilienhaus Strasse U._ in V._ durch Fenster zu ersetzen, welche die geforderten Schallschutzwerte erfüllten. In prozessualer Hinsicht stellte er den Antrag, es sei vorfrageweise zu prüfen und festzustellen, dass sich die Saldoklausel im Vergleich vom 26. Juni 2014 lediglich auf die Honorarforderung der Beschwerdeführerin beziehe. Am 11. Juli 2016 beschränkte der Referent der 2. Abteilung des Kantonsgerichts das Verfahren antragsgemäss auf die Vorfrage der Tragweite der Saldoklausel im Vergleich vom 26. Juni 2014.
Nach Eingang der Klageantwort ordnete der Referent der 2. Abteilung des Kantonsgerichts mit Entscheid vom 15. September 2016 an, dass MLaw C._ als Zeuge zur Vorfrage der Tragweite der Saldoklausel befragt werde. Die Parteien wurden aufgefordert, die Kontaktadresse des genannten Zeugen bekannt zu geben, andernfalls Verzicht auf die Zeugeneinvernahme angenommen werde. Ferner ordnete er die Befragung der Parteien, für die Beschwerdeführerin von D._ und E._, gemäss <ref-law> an. Die Abnahme weiterer Beweise wurde vorbehalten.
B.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zug mit folgenden Anträgen:
"1. Es sei im kantonsgerichtlichen Verfahren A2 2016 26 die Beweisverfügung vom 15. September 2016 aufzuheben.
2. Es sei das Kantonsgericht anzuweisen, die beschwerdegegnerische Klage (A2 2016 26) vom 22. Juni 2016 als (sinngemässes) Revisionsgesuch entgegenzunehmen und auf das Vorliegen von Revisionsgründen und die Einhaltung der Revisionsfrist zu prüfen.
3. Eventualiter sei das Kantonsgericht anzuweisen, die beschwerdegegnerische Klage vom 22. Juni 2016 (A2 2016 26) als (sinngemässes) Revisionsgesuch zuständigkeitshalber zur Prüfung auf das Vorliegen von Revisionsgründen und die Einhaltung der Revisionsfrist an das Friedensrichteramt der Stadt Zug zu überweisen.
4. Subeventualiter sei der Entscheid vom 15. September 2016 dahingehend abzuändern, dass die Beweislast für die Unwirksamkeit der Saldoklausel im Vergleich vom 26. Juni 2014 dem Beschwerdegegner und Kläger auferlegt und der Beschwerdeführerin und Beklagten abgenommen wird.
5. - 7."
Mit Beschluss vom 3. November 2016 trat das Obergericht auf die Beschwerde nicht ein. Es kam zum Schluss, der Beschwerdeführerin entstehe mit der angefochtenen Beweisverfügung kein nicht leicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law>. Es trat deshalb auf die Anträge 1 und 4, mit denen die Aufhebung bzw. Änderung dieser Verfügung verlangt wurde, nicht ein. Auf die Anträge 2 und 3 trat es mit der Begründung nicht ein, dass über die Entgegennahme als Revisionsgesuch und die Überweisung zur Prüfung als solches im angefochtenen Entscheid nicht befunden worden sei, weshalb dies nicht Gegenstand des Beschwerdeverfahrens bilden könne.
C.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Beschluss des Obergerichts vom 3. November 2016 aufzuheben. Die beschwerdegegnerische Eingabe vom 22. Juni 2016 sei als Revisionsgesuch zuständigkeitshalber zur Prüfung auf das Vorliegen von Revisionsgründen und die Einhaltung der Revisionsfrist an das Friedensrichteramt der Stadt Zug zu überweisen. Eventualiter sei die Sache zum Eintreten und zur inhaltlichen Erstbeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten sei, und den angefochtenen Beschluss zu bestätigen. Die Vorinstanz beantragt unter Verzicht auf eine Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Präsidialverfügung vom 7. Februar 2017 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
1.1. Die Vorinstanz ist auf die Beschwerde gegen die erstinstanzliche Beweisverfügung, die einen Zwischenentscheid darstellt, nicht eingetreten. Entscheide, mit denen auf ein Rechtsmittel gegen einen Zwischenentscheid nicht eingetreten wird, sind regelmässig ihrerseits Zwischenentscheide. Anders wäre lediglich dann zu entscheiden, wenn durch den Entscheid der letzten kantonalen Instanz ein Zwischenentscheid der ersten Instanz umgestossen und das Verfahren vor erster Instanz damit abgeschlossen würde (<ref-ruling> E. 3.2, 604 E. 2.1; <ref-ruling> E. 2; Urteil 4A_542/2009 vom 27. April 2010 E. 3).
1.2. Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (<ref-ruling> E. 1.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). In der Hauptsache geht es um einen Forderungsprozess, der den für die Beschwerde in Zivilsachen erforderlichen Streitwert von Fr. 30'000.-- (<ref-law>) übersteigt. Demnach kommt die Beschwerde in Zivilsachen in Betracht.
1.3. Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die zweite Variante fällt hier ausser Betracht.
Der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von <ref-law> muss rechtlicher Natur und somit auch mit einem für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar sein (<ref-ruling> E. 1.2 S. 80, 395 E. 2.5; <ref-ruling> E. 1.2, 333 E. 1.3.1). Rein tatsächliche Nachteile, etwa die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens, fallen demgegenüber nicht in Betracht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 80, 395 E. 2.5; <ref-ruling> E. 1.2.1; je mit Hinweisen).
Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 1.2 S. 81; <ref-ruling> E. 6 S. 192; <ref-ruling> E. 2.2). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 28; <ref-ruling> E. 1.2 S. 81, 395 E. 2.5 S. 400; <ref-ruling> E. 1.2 S. 47; je mit Hinweisen).
1.4. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bewirken Anordnungen betreffend die Beweisführung in aller Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, da mit Beschwerde gegen den Endentscheid für gewöhnlich erreicht werden kann, dass ein zu Unrecht verweigerter Beweis abgenommen oder ein zu Unrecht erhobener Beweis aus den Akten gewiesen wird (<ref-ruling> E. 1.2 S. 81; Urteile 5A_745/2014 vom 16. März 2015 E. 1.2.2; 5A_315/2012 vom 28. August 2012 E. 1.2.1; für die Ausnahmen vgl. Urteil 5A_745/2014 vom 16. März 2015 E. 1.2.2 mit weiteren Hinweisen).
1.5. Mit dem erstinstanzlichen Entscheid vom 15. September 2016 wurde die Befragung von MLaw C._ als Zeugen und die Parteibefragung angeordnet. Entsprechendes hatte die Beschwerdeführerin in der Klageantwort selber beantragt. Inwiefern ihr durch diese Beweisverfügung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur entstehen soll, ist nicht ersichtlich. Die Voraussetzungen nach <ref-law> sind nicht erfüllt, weshalb auf die Beschwerde unter diesem Aspekt nicht eingetreten werden kann.
1.6. In der Beweisverfügung der ersten Instanz kann entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch keine Verfügung über die Zuständigkeit des Gerichts im Sinne von <ref-law> erblickt werden: Wäre bereits mit der Beweisverfügung vom 15. September 2016 "in konkludenter Weise" ein Zwischenentscheid über die Zuständigkeit des Kantonsgerichtes gefällt worden, wäre die beklagte Partei, die das angerufene Gericht für unzuständig oder die Klage aus anderen Gründen für unzulässig hält, letztlich gezwungen, sämtliche prozessleitenden Verfügungen, die auf einer abweichenden Ansicht des Gerichts zu beruhen scheinen, anzufechten. Dies würde der restriktiven Regelung der selbständigen Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden widersprechen (vgl. Urteil 4A_291/2015 vom 3. Februar 2016 E. 3.3). Vielmehr setzt ein Zwischenentscheid "über die Zuständigkeit" voraus, dass das Gericht die Frage der Zuständigkeit behandelt, also abschliessend entscheidet, dass es sich ganz oder teilweise als zuständig erachtet (Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, Corboz und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 9 zu <ref-law>). Ausnahmsweise qualifiziert das Bundesgericht auch bestimmte Entscheide, bei denen über den Einwand der Rechtshängigkeit entschieden wurde, als Entscheide über die Zuständigkeit, sodass diese nach <ref-law> angefochten werden können (vgl. dazu BGE <ref-ruling> E. 5; Urteil 4A_341/2013 vom 18. November 2013 E. 1.2; je mit weiteren Hinweisen).
Die Beweisverfügung vom 15. September 2016 fällt in keine der beiden genannten Kategorien, ordnete das Kantonsgericht darin doch einzig eine Zeugen- und Parteibefragung an. Ohnehin behauptet die Beschwerdeführerin in der Beschwerde zu Unrecht, sie habe die Zuständigkeit des Kantonsgerichts bereits in der Klageantwort bestritten. Ein Blick in die Akten zeigt im Gegenteil auf, dass die Beschwerdeführerin die örtliche und sachliche Zuständigkeit des Kantonsgerichts in der Klageantwort ausdrücklich anerkannt hat (Klageantwort S. 3 Ziff. I.3). Der erstinstanzliche Entscheid stellt demnach bereits deshalb keinen impliziten Zuständigkeitsentscheid dar, weil die Frage der Zuständigkeit gar nicht umstritten war und kein Thema bildete.
Auf die Beschwerde kann demnach auch nicht unter dem Aspekt von <ref-law> eingetreten werden.
1.7. Unzulässig ist schliesslich das Rechtsbegehren, die beschwerdegegnerische Eingabe vom 22. Juni 2016 sei als Revisionsgesuch zuständigkeitshalber zur Prüfung auf das Vorliegen von Revisionsgründen und die Einhaltung der Revisionsfrist an das Friedensrichteramt der Stadt Zug zu überweisen. Solches bildete nicht Gegenstand der erstinstanzlichen Beweisverfügung, und die Vorinstanz ist zu Recht auf die diesbezüglichen Begehren, die den Rahmen des Beschwerdeverfahrens sprengten, nicht eingetreten.
2.
Auf die Beschwerde kann nicht eingetreten werden. Demnach wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Dem geringen Aufwand für den vorliegenden Nichteintretensentscheid wird mit einer Reduktion der Gerichtsgebühr Rechnung getragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, II. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger