Sachverhalt:
A.
Der 1975 geborene A._ war vom 25. August 2000 bis 30. April 2001 als Gerüstarbeiter/Chauffeur im Betrieb B._ angestellt. Am 3. November 2000 fuhr ein Auto von hinten auf seinen Wagen auf. Das Spital C._ diagnostizierte am 14. Dezember 2000 ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS). Am 28. Mai 2001 meldete sich der Versicherte bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Leistungsbezug an. Sie sprach ihm am 25. November 2008 ab 1. November 2001 eine ganze und ab 1. Februar 2006 eine halbe Invalidenrente zu. Am 9. Dezember 2011 bestätigte sie diesen Anspruch revisionsweise. Im Rahmen einer weiteren Revision stellte sie die Rente auf Ende des auf die Verfügungszustellung folgenden Monats ein, da der Invaliditätsgrad 0 % betrage (Verfügung vom 22. Oktober 2013). Auf Beschwerde des Versicherten hin hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau diese Verfügung auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und anschliessenden Neuverfügung an die IV-Stelle zurück (Entscheid vom 14. Januar 2015). Diese holte ein Gutachten des Zentrums für versicherungsmedizinische Begutachtung (ZVMB) GmbH, Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS), Bern, vom 13. November 2015 ein. Mit Vorbescheid vom 11. Dezember 2015 stellte die IV-Stelle dem Versicherten die wiedererwägungsweise Rentenaufhebung in Aussicht. Nach seinen Einwänden zog sie eine ZVMB-Stellungnahme vom 10. August 2016 bei. Mit Verfügung vom 18. August 2016 legte sie dar, die Rente sei letztmals per 31. August 2014 ausgerichtet worden. An der Rentenaufhebung werde festgehalten, da sich der Gesundheitszustand des Versicherten verbessert habe.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. Januar 2017 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm die Rente ab 1. September 2014 wieder auszurichten; ferner verlangt er die unentgeltliche Rechtspflege.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
2.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen betreffend die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG), die Rentenrevision (Art. 17 Abs. 1 ATSG; <ref-ruling> E. 3 S. 132) und den Beweiswert von Arztberichten (E. 1 hievor; <ref-ruling> E. 4.4 S. 470, 125 V 351 E. 3a S. 352) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
Strittig und zu prüfen ist, ob die von der IV-Stelle mit Wirkung ab 1. September 2014 verfügte und vom kantonalen Gericht bestätigte Rentenaufhebung vor Bundesrecht standhält.
3.1. Im für die seinerzeitige Rentenzusprache massgeblichen orthopädischen Gutachten des Spitals D._ vom 27. Januar 2006 war ein persistierendes zervikales Schmerzsyndrom links bei Status nach Auffahrkollision vom 3. November 2000 bei Klippel-Feil-Syndrom mit Blockwirbelbildung C1/2, C5/6 diagnostiziert worden. Weiter war ausgeführt worden, in der angestammten Tätigkeit sei der Versicherte zu 100 % arbeitsunfähig. In einer leidensangepassten Tätigkeit sei er zumindest für 2 x 2 Stunden pro Tag (2 Stunden morgens, 2 Stunden nachmittags) arbeitsfähig.
3.2. Das im streitbetroffenen Revisionsverfahren eingeholte polydisziplinäre (orthopädische, psychiatrische, neurologische und allgemein internistische) ZVMB-Gutachten vom 13. November 2015/10. August 2016 stellte folgende Diagnose mit Relevanz für die angestammte Tätigkeit (Montagearbeiter/Gerüstbauer) : Zervikospondylogenes Schmerzsyndrom bei schwerer Missbildung der HWS (Blockwirbelbildung C1/2 und C5/6, schwere Deformierung von C3 bei Klippel-Feil-Syndrom) ohne neurologisch radikuläres oder myelogenes Defizit. Weiter hielt es fest, die angestammte Tätigkeit sei dem Versicherten nicht mehr zumutbar; in einer leidensangepassten Tätigkeit sei er zu 100 % arbeitsfähig.
Das kantonale Gericht erwog im Wesentlichen, dieses Gutachten erfülle die Anforderungen an eine medizinische Beurteilungsgrundlage. Gestützt hierauf sei dem Beschwerdeführer die angestammte Tätigkeit nicht mehr zumutbar. Indessen habe seit der Begutachtung im Spital D._ vom 27. Januar 2006 eine erhebliche Angewöhnung respektive Anpassung an seine Beschwerden stattgefunden. Demnach sei er in einer leidensangepassten Tätigkeit bereits seit der renteneinstellenden Verfügung vom 22. Oktober 2013 - wenn nicht schon früher - ohne Leistungseinschränkung zu 100 % arbeitsfähig. Somit bestehe ein Revisionsgrund nach Art. 17 Abs. 1 ATSG. Demnach könne offen bleiben, ob eine Wiedererwägung nach Art. 53 Abs. 2 ATSG ebenfalls zu bejahen wäre.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, im ZVMB-Gutachten vom 13. November 2015 sei festgehalten worden, die Begutachtung im Spital D._ vom 27. Januar 2006 sei unverständlich. Retrospektiv sei nicht nachvollziehbar, weshalb eine dauerhaft reduzierte Arbeitsunfähigkeit attestiert worden sei. Auch rückwirkend wäre eine leidensangepasste Tätigkeit möglich gewesen. Erst auf seinen Einwand hin habe die IV-Stelle den ZVMB-Gutachtern Zusatzfragen zur Veränderung seines Gesundheitszustands gestellt. Diese hätten am 10. August 2016 geantwortet, gestützt auf fehlende oder nur sporadische Behandlungsaktivität sei von einer deutlichen Verbesserung der Symptomatik auszugehen, die keinen Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit habe. Diese Begründung wirke äusserst "dünn". Wenn die ZVMB-Gutachter die Meinung vertreten hätten, die ursprüngliche Beurteilung der Arbeitsfähigkeit sei eindeutig unrichtig gewesen, so hätte eine trotzdem behauptete Veränderung wesentlich vertiefter abgeklärt werden müssen.
4.2.
4.2.1. Die unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts ist im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f.). Revisionsrechtlich sind indessen auch bei an sich gleich gebliebenem Gesundheitszustand veränderte Auswirkungen auf den Erwerbs- oder Aufgabenbereich von Bedeutung (<ref-ruling> E. 3 S. 132); dazu gehört die Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aufgrund einer Angewöhnung oder Anpassung an die Behinderung (SVR 2014 IV Nr. 37 S. 130, 8C_7/2014 E. 4.2.1). Die auf der Würdigung der ärztlichen Befunde beruhende vorinstanzliche Feststellung, ob seit der ursprünglichen Rentenzusprechung eine Veränderung der gesundheitlichen Verhältnisse bzw. der Arbeitsfähigkeit eingetreten ist, bindet das Bundesgericht grundsätzlich. Insoweit hat die Frage, ob im Einzelfall eine substanzielle Veränderung der Faktenlage oder aber eine abweichende Beurteilung vorliegt, tatsächlichen Charakter. Rechtlicher Natur ist hingegen, welchen Anforderungen der (gutachterliche) Beweis einer solchen Feststellung gerecht werden muss. Somit ist letztinstanzlich frei überprüfbar, ob die vorinstanzliche Beweiswürdigung diese beweisrechtlichen Vorgaben beachtet (SVR 2012 IV Nr. 18 S. 81, 9C_418/2010 E. 5.1; Urteil 9C_25/2014 vom 12. November 2014 E. 4.3.1).
4.2.2. Im ZVMB-Gutachten vom 13. November 2015 wurde interdisziplinär ausgeführt, rückblickend wäre eine leidensangepasste Tätigkeit überwiegend wahrscheinlich schon ab etwa der Beurteilung der Klinik E._ vom 29. Juni 2001 möglich gewesen. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb im Gutachten des Spitals D._ vom 27. Januar 2006 eine dauerhaft reduzierte Arbeitsunfähigkeit attestiert worden sei. Gegen die in diesem Gutachten angenommene Arbeitsunfähigkeit von 50 % in leidensangepasster Tätigkeit sprächen das gute Aktivitätsniveau im Alltag, die Ressourcen einer durchaus jugendlichen, muskelkräftigen körperlichen Konstitution, der fehlende Nachweis des angegebenen Analgetikums (zudem nur WHO-Klasse I) bzw. die insgesamt sehr geringe Behandlungsaktivität. Auch im Ausdrucksverhalten sei keine Beeinträchtigung durch Schmerz erkennbar gewesen. Rückblickend wären leidensangepasste Tätigkeiten bei dem jungen Versicherten möglich gewesen. Es erstaune, dass ein im Unfallzeitpunkt erst gerade 25-jähriger junger, muskelkräftiger Mann nicht zumindest in leidensangepasster Tätigkeit hätte arbeiten können. Dies sei weder somatisch noch psychisch hinreichend erklärbar. Diese Argumentation entspricht in der Tat einer unterschiedlichen Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts, die revisionsrechtlich unbeachtlich wäre (E. 4.2.1 hiervor).
In der Stellungnahme vom 10. August 2016 gingen die ZVMB-Gutachter indessen von einer deutlichen Verbesserung der vor dem Jahr 2006 bestehenden Symptomatik aus, wobei sie ab 2006 eine vollständige Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit bescheinigten. Insbesondere Letzteres spricht auf Anhieb gegen die Annahme einer wesentlichen Veränderung des Sachverhalts seit der rentenzusprechenden Verfügung vom 25. November 2008. Die Vorinstanz hat derlei dennoch bejaht. Dabei hat sie sich - in Anlehnung an die Beurteilung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 11. März 2016 und die Stellungnahme der Gutachter vom 10. August 2016 - insbesondere an einen Vergleich der orthopädischen und neurologischen Befunde sowie der Alltagsaktivitäten, je zur Zeit der verschiedenen Begutachtungen im Januar 2006 und im Jahr 2015, gehalten. Ebenso hat sie Diskrepanzen zwischen den subjektiven Angaben des Beschwerdeführers und der objektiven Behandlungsaktivität berücksichtigt. Ferner hat sie auf die ebenfalls schon vom RAD hervorgehobenen Inkonsistenzen verwiesen, die - wie die muskuläre Konstitution und die auffallende Beschwielung - auf ein über das Geschilderte hinaus gehendes Mass an Aktivitäten hindeuteten. Dass diese für die Annahme eines Revisionsgrundes bedeutsamen Sachverhaltselemente bereits Anfang 2006 bzw. im Zeitpunkt der Rentenzusprache am 25. November 2008 gegeben gewesen wären, ist trotz der in dieser Hinsicht missverständlichen Bestätigung der ZVMB-Gutachter nicht anzunehmen. Jedenfalls kann in diesem Zusammenhang nicht von einer offensichtlich unrichtigen tatsächlichen vorinstanzlichen Feststellung ausgegangen werden, nachdem der behandelnde Arzt (Dr. med. F._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH) noch am 4. April 2008 von einem im Wesentlichen stationären Gesundheitszustand seit April 2004 gesprochen hatte. Insgesamt ist es daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz auf eine nach Erlass der Rentenverfügung eingetretene Verbesserung des Gesundheitszustandes durch Angewöhnung bzw. Anpassung an die Beschwerden geschlossen hat.
Daran vermögen auch die weiteren Vorbringen in der Beschwerde nichts zu ändern, wie im Folgenden zu zeigen ist.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer wendet ein, die Vorinstanz sei zum Schluss gekommen, er habe eine verbesserte Schlafqualität gegenüber dem Zeitpunkt der Begutachtung im Jahr 2006. Dabei habe sie jedoch übersehen, dass er dem psychiatrischen ZVMB-Teilgutachter angegeben habe, er wache nachts manchmal wegen Schmerzen auf, wenn er sich wenden müsse. Die Schmerzsituation, die vor allem bei Belastung entstehe, habe sich beruhigen können, weil er nicht erwerbstätig sei. Es sei aber nicht geprüft worden, wie sich die Situation unter Belastung darstelle.
Damit bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was den Beweiswert des ZVMB-Gutachtens erschüttern würde oder auf offensichtlich unrichtige Feststellungen der Vorinstanz schliessen liesse. Insbesondere ist nicht dargetan, dass die Gutachter zur Einschätzung seines Leistungsvermögens nicht in der Lage gewesen sein sollten.
5.2. Der Beschwerdeführer bemängelt sodann, die Vorinstanz habe der vom neurologischen ZVMB-Gutachter festgestellten "Wirbelsäulenbeweglichkeit in unbeobachteten Momenten" Bedeutung beigemessen. Nicht erwähnt habe sie hingegen, dass die orthopädische ZVMB-Gutachterin die Rotationsmöglichkeit objektiv mit 40-0-40 angegeben und keine Abweichung ausserhalb der Untersuchungssituation festgestellt habe. Dieser Einwand ist unbeheflich. Denn entscheidend ist, dass auch Letztere im Ergebnis der 100%igen Arbeitsfähigkeit des Versicherten in leidensangepasster Tätigkeit beipflichtete.
6.
6.1. Weiter macht der Beschwerdeführer im Wesentlichen geltend, im ZVMB-Gutachten würden ihm Inkonsistenzen vorgeworfen, wobei der muskulöse Habitus, die auffällige Handbeschwielung, die niedrige (nicht überprüfte) Frequenz der medizinischen Behandlungen sowie das nicht schlüssige Laborresultat angeführt würden. Alle Faktoren, die zu seinen Gunsten sprächen, seien nicht erwähnt worden. Die Handbeschwielung habe offensichtlich bereits im Zeitpunkt der ursprünglichen Verfügung bestanden, weshalb daraus keine Schlüsse auf eine Verbesserung gezogen werden könnten. Dabei werde übersehen, dass sein Invaliditätsgrad nur 55 % betragen habe. Deshalb seien ihm gewisse Tätigkeiten möglich gewesen, die er allerdings nicht regelmässig ausgeübt und die auch nicht zu einem Erwerbseinkommen geführt hätten. Er sei zeitlebens mit grossen und starken Muskeln bestückt gewesen und habe diese trotz seiner sportlichen Inaktivität nicht verloren. Seine Behandlungsfrequenz sei zurückgegangen, nachdem er keine belastenden Tätigkeiten mehr ausgeübt habe. Zudem seien die Finanzierungsmöglichkeiten der Selbstkosten und der Krankenkasse eingeschränkt gewesen. Er habe dem psychiatrischen ZVMB-Teilgutachter angegeben, beim Hausarzt in Betreuung zu sein, was nicht überprüft worden sei. Aus einem nicht nachgewiesenen Schmerzmittelkonsum könne nichts zu seinen Ungunsten abgeleitet werden, da im Laborbericht festgehalten worden sei, die Compliance sei nicht zuverlässig beurteilbar.
6.2. Hiermit gibt der Beschwerdeführer im Wesentlichen die eigene Sichtweise wieder, wie die Akten tatsächlich und rechtlich zu würdigen seien, womit unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geübt wird. Dies genügt nicht, um die vorinstanzliche Beweiswürdigung als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. (<ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; Urteile 8C_738/2016 vom 28. März 2017 E. 3.5.2 und 8C_76/2017 vom 27. März 2017 E. 3.2.3). Festzuhalten ist im Übrigen insbesondere Folgendes:
6.2.1. Die im ZVMB-Gutachten vom 13. November 2015 festgestellten auffälligen Handflächenbeschwielungen sprechen für eine anhaltende rege körperliche Aktivität des Beschwerdeführers (vgl. auch Urteil 8C_345/2016 vom 1. September 2016 E. 4.3). Dass solche Beschwielungen schon im Kreisarztbericht vom 2. Oktober 2001 beobachtet wurden, spricht nicht gegen eine Verbesserung der Wirbelsäulenproblematik seit der Rentenzusprache (vgl. E. 3 hiervor). Denn es ist nicht anzunehmen, dass diese Beschwielung über die ganze Zeit hinweg bestanden hat.
6.2.2. Aufgrund des Laborberichts vom 13. Juli 2015 gab der psychiatrische ZVMB-Gutachter an, ein Wirkstoffnachweis von Paracetamol gelinge nicht. Wegen der kurzen Halbwertszeit (diese liege bei ca. 4.5 Stunden) sei die Compliance jedoch nicht zuverlässig beurteilbar. Hieraus kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn interdisziplinär hielten die ZVMB-Gutachter fest, er habe angegeben, täglich Dafalgan einzunehmen (immerhin 2000 mg/d). Ein Medikamentenspiegel sei jedoch nicht nachweisbar gewesen. Trotz kurzer Halbwertszeit hätten sich hier aber mindestens Spuren zeigen müssen, oder die Schmerzbehandlung wäre an sich schon insuffizient. Die Angaben des Versicherten seien deshalb als bewusste Antwortverzerrung anzusehen.
6.2.3. Der psychiatrische ZVMB-Gutachter stellte fest, der Beschwerdeführer stehe in Betreuung seines Hausarztes Dr. med. F._; ansonsten finde gegenwärtig keine andere ärztliche Behandlung statt. Was eine weitere Überprüfung der Hausarztbesuche zu Gunsten des Versicherten ergeben sollte, macht er nicht substanziiert geltend und ist auch nicht ersichtlich.
7.
Insgesamt erhebt der Beschwerdeführer keine Rügen, aus denen sich ergäbe, dass das kantonale Gericht Bundesrecht verletzt oder den Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder sonstwie bundesrechtswidrig festgestellt hätte. Da von weiteren medizinischen Abklärungen keine neuen entscheidrelevanten Ergebnisse mehr zu erwarten sind, verzichtete die Vorinstanz darauf zu Recht (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236; Urteil 8C_741/2016 vom 3. März 2017 E. 7.6).
8.
Die Vorinstanz nahm einen Einkommensvergleich vor, der keine Erwerbseinbusse ergab. Der Beschwerdeführer rügt, die IV-Stelle habe keinen Einkommensvergleich vorgenommen. Indem die Vorinstanz ihn selbst durchgeführt habe und er sich dazu nicht habe äussern können, sei sein Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verletzt worden.
Dem ist entgegenzuhalten, dass das kantonale Gericht an die Begehren des Beschwerdeführers nicht gebunden war (Art. 61 lit. d Satz 1 ATSG) und die Sache materiell beurteilen durfte. Für den Einkommensvergleich stützte es sich zum einen auf Angaben in den Akten und auf statistische Werte (LSE-Tabellenlöhne). Zusätzliche Abklärungen traf es nicht. Deshalb und weil auch keine reformatio in peius in Frage stand, war es auch nicht verpflichtet, ihm vor Erlass des angefochtenen Entscheides Gelegenheit zur Stellungnahme sowie zum Rückzug der Beschwerde zu geben (vgl. Art. 61 lit. d Satz 2 ATSG). Davon abgesehen durfte unter den gegebenen Umständen, zumal mit Blick auf die im Verwaltungsverfahren getroffenen Abklärungen, nicht damit gerechnet werden, dass die Vorinstanz von einer abschliessenden materiellen Prüfung des Rentenanspruchs absehen würde. Dass sie dabei kantonales Verfahrensrecht verfassungswidrig angewendet hätte, wird vom Beschwerdeführer nicht qualifiziert gerügt (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG; SVR 2016 IV Nr. 19 S. 56, 8C_724/2015 E. 2.2; Urteil 8C_785/2016 vom 10. Februar 2017 E. 6). Im Übrigen erhebt er gegen den Einkommensvergleich keine Einwände, weshalb sich hierzu Weiterungen erübrigen.
9.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden (Art. 64 BGG). Er hat der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Advokat Dominik Zehntner wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Mai 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar