Fatti:
A.
Il 17 aprile 2015 la Sezione della circolazione ha emanato nei confronti di A._ un decreto d'accusa per una contravvenzione alla legge federale sulla circolazione stradale e ne ha proposto la condanna a una multa di fr. 100.--. Poiché l'imputato ha impugnato tale decreto il 28 aprile 2015 con un'opposizione, la Sezione della circolazione ha trasmesso gli atti alla Pretura penale per lo svolgimento della procedura dibattimentale.
B.
Il 20 agosto 2015 il Presidente della Pretura penale ha citato le parti al dibattimento per il 10 settembre 2015. L'invio postale raccomandato, contenente la citazione, non è stato ritirato dall'imputato entro il periodo di giacenza presso l'ufficio postale ed è quindi stato ritornato al tribunale di primo grado. Il 10 settembre 2015 il Presidente della Pretura penale ha preso atto che l'opponente era assente ingiustificato al dibattimento ed ha considerato ritirata l'opposizione, stralciando il procedimento penale dai ruoli.
C.
Contro la decisione di stralcio, l'opponente ha adito la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), sostenendo di non avere ricevuto dalla posta l'avviso di ritiro dell'invio raccomandato e di non avere quindi avuto conoscenza della data fissata per il dibattimento. Con sentenza del 27 novembre 2015 la Corte cantonale ha respinto il reclamo.
D.
A._ impugna questo giudizio con un ricorso al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo e di ordinare un nuovo dibattimento. Postula inoltre di essere ammesso al beneficio dell'assistenza giudiziaria. Il ricorrente fa essenzialmente valere la violazione degli art. 9, 29 e 32 Cost.
E.
La Corte cantonale e il Presidente della Pretura penale si rimettono al giudizio del Tribunale federale. La Sezione della circolazione comunica di non avere osservazioni sul ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (<ref-law>), resa in materia penale (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>), il ricorso in materia penale, tempestivo (<ref-law> in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF), è di massima ammissibile.
1.2. Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi (cfr. <ref-law>). In particolare, questa Corte non può tenere conto di fatti o mezzi di prova sopraggiunti dopo l'emanazione dell'atto impugnato, vale a dire veri nova (<ref-ruling> consid. 2.1). Le eventuali disfunzioni del servizio di distribuzione postale, addotte dal ricorrente negli scritti del 1° e del 10 febbraio 2016, non possono essere prese in considerazione in questa sede, siccome riguardano fatti successivi all'emanazione della sentenza impugnata.
1.3. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Non è quindi vincolato né agli argomenti sollevati nel gravame né ai considerandi della precedente istanza. Esso può accogliere il ricorso sulla base di un motivo non invocato, rispettivamente respingerlo con una motivazione diversa da quella addotta dalla precedente istanza (<ref-ruling> consid. 1 e rinvio).
2.
2.1. Il ricorrente contesta la finzione della notificazione ritenuta dalla Corte cantonale. Sostiene di non avere trovato nella sua bucalettere l'avviso di ritiro della raccomandata contenente la citazione al dibattimento, sicché la mancata comparsa al processo non sarebbe riconducibile a una sua colpa. Adduce che attualmente la Posta svizzera non sarebbe efficiente come in passato: il postino non sarebbe sempre la stessa persona e alcune mansioni verrebbero svolte da apprendisti, mentre gli avvisi di ritiro non sarebbero più dei cartoncini, ma dei semplici biglietti, a volte di tipo adesivo, apposti sulla bucalettere. Il ricorrente afferma inoltre di avere sempre prestato attenzione alle comunicazioni relative al procedimento penale e di non essere stato assente per vacanze durante il mese di agosto del 2015.
2.2. La Corte cantonale ha fondato il proprio giudizio sulla finzione della notificazione secondo l'<ref-law>. Ha accertato sulla base del tracciamento degli invii della posta che il ricorrente è stato avvisato il 21 agosto 2015 dell'invio da ritirare e del periodo di giacenza fino al 28 agosto 2015. Ha ritenuto ch'egli non aveva dimostrato l'assenza dell'avviso di ritiro della raccomandata nella sua buca delle lettere il giorno indicato dal postino, non avendo portato elementi che potevano rendere verosimili errori della posta al momento del deposito. La Corte cantonale ha quindi confermato la decisione del primo giudice di considerare ritirata, in virtù dell'<ref-law>, l'opposizione al decreto d'accusa, giacché l'opponente ingiustificatamente non era comparso al dibattimento.
3.
3.1. Il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che il decreto di accusa è compatibile con la garanzia della via giudiziaria (<ref-law>), rispettivamente con il diritto all'accesso a un tribunale con pieno potere d'esame (art. 6 n. 1 CEDU), soltanto per il fatto che dipende da ultimo dalla volontà dell'interessato se egli intenda accettarlo o fare uso del suo diritto di sottoporlo ad un esame giudiziario mediante opposizione. In considerazione di questa fondamentale importanza del diritto di opporsi al decreto d'accusa, un ritiro dell'opposizione per atti concludenti può essere ammesso soltanto quando, sulla base del comportamento complessivo dell'opponente, si impone la conclusione ch'egli, manifestando il suo disinteresse alla continuazione del procedimento penale, rinunci consapevolmente alla sua tutela giuridica. La finzione del ritiro dell'opposizione prevista dalla legge in caso di mancata comparizione ingiustificata (cfr. art. 355 cpv. 2 e <ref-law>), presuppone perciò che l'imputato sia consapevole delle conseguenze della sua omissione e rinunci quindi con conoscenza di causa ai suoi diritti (<ref-ruling> consid. 2.3; sentenza 6B_152/2013 del 27 maggio 2013 consid. 4.5, in: Pra 2013, n. 99, pag. 763 segg.).
3.2. L'<ref-law> prevede che la notificazione è considerata avvenuta, in caso di invio postale raccomandato non ritirato, il settimo giorno dal tentativo di consegna infruttuoso, sempre che il destinatario dovesse aspettarsi la notificazione. Si tratta di una finzione legale della notificazione, che permette di concludere sulla base di determinati fatti che l'invio è giunto a conoscenza del destinatario, anche se in realtà esso non è stato consegnato. Secondo la sistematica della legge e il suo tenore letterale, l'<ref-law> concerne la "comunicazione delle decisioni e notificazione". La nozione di "notificazione" si riferisce alle decisioni, mentre le altre comunicazioni possono essere notificate con posta personale (<ref-ruling> consid. 2.4).
Il diritto processuale penale disciplina in modo esteso la "citazione" agli art. da 201 a 206 CPP. Chi è oggetto di una citazione emessa da un'autorità penale deve darvi seguito (<ref-law>). Chi ingiustificatamente non vi dà seguito o lo fa troppo tardi, può essere punito con una multa disciplinare e tradotto all'autorità citante con le forza pubblica (<ref-law>). Sono fatte salve le disposizioni concernenti la procedura contumaciale (<ref-law>).
Per contro, giusta l'<ref-law>, se una persona che ha presentato opposizione contro un decreto d'accusa, pur essendo stata citata a un interrogatorio, non compare ingiustificatamente, "l'opposizione è considerata ritirata". Diversamente dall'<ref-law>, una mancata comparizione secondo l'<ref-law> può pertanto condurre alla perdita completa della protezione giuridica. Ciò, sebbene l'interessato abbia espressamente sollevato opposizione al decreto d'accusa, chiedendo specificamente questa tutela giuridica all'autorità competente (<ref-ruling> consid. 2.4).
3.3. Le singole disposizioni del CPP devono essere interpretate nel contesto generale della legge. Nell'ambito del diritto penale e della sua attuazione procedurale, lo Stato può utilizzare i mezzi coercitivi più incisivi per garantire l'osservanza degli obiettivi da esso perseguiti. Il CPP pone quindi tra i "principi del diritto processuale penale", il rispetto della dignità umana e la correttezza, sanciti dall'<ref-law>, all'inizio della codificazione (<ref-ruling> consid. 2.5; messaggio del 21 dicembre 2005 concernente l'unificazione del diritto processuale penale, in: FF 2006 989 pag. 1034). Quale concretizzazione di questi principi, l'<ref-law> prevede che le autorità penali si attengano segnatamente al principio della buona fede (lett. a), al divieto dell'abuso di diritto (lett. b), all'imperativo di garantire parità ed equità di trattamento a tutti i partecipanti al procedimento e di accordare loro il diritto di essere sentiti (lett. c), al divieto di utilizzare metodi probatori lesivi della dignità umana (lett. d). La ratio legis della norma vieta una valutazione strettamente formalistica di singole disposizioni (<ref-ruling> consid. 2.5).
Il Tribunale federale ha ritenuto che questi principi devono essere rispettati anche nell'ambito di applicazione dell'<ref-law>, secondo cui, se l'opponente, pur essendo stato citato a un interrogatorio, ingiustificatamente non compare, l'opposizione al decreto d'accusa è considerata ritirata. Con riferimento ai principi dell'equo processo generalmente riconosciuti, l'insorgenza della conseguenza giuridica implica che l'opponente sia effettivamente a conoscenza della citazione e delle conseguenze della mancata comparizione. Ciò presuppone che sia garantito il diritto di essere sentito. Nel decreto d'accusa sono tuttavia indicati solo gli effetti di una mancata opposizione (cfr. <ref-law>). Secondo un'interpretazione conforme alla Costituzione, la finzione legale del ritiro dell'opposizione, tenuto conto del principio della buona fede (<ref-law>), può entrare in considerazione soltanto se dall'ingiustificata mancata comparizione, può essere dedotto un disinteresse dell'opponente all'ulteriore continuazione del procedimento penale (<ref-ruling> consid. 2.5; sentenza 6B_152/2013, citata, consid. 4.5.4).
3.4. Il decreto d'accusa costituisce fondamentalmente una proposta per una regolazione extragiudiziaria della causa penale. Può quindi essere impugnato soltanto mediante l'opposizione, che non costituisce un mezzo di ricorso in senso stretto, ma consente unicamente di avviare il procedimento giudiziario in cui si stabilirà se le imputazioni del decreto d'accusa sono giustificate o meno (<ref-ruling> consid. 2.6; messaggio, citato, pag. 1194). L'autorità adita con l'opposizione nell'ambito della continuazione del procedimento è quindi tenuta a rispettare i principi del diritto processuale, sicché l'opponente può e deve in buona fede contare su una procedura conforme alle esigenze dello Stato di diritto. Soltanto l'imputato informato può rinunciare efficacemente alla protezione giudiziaria garantita dall'<ref-law> in relazione con l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.6 e riferimenti). Rimangono comunque riservati i casi di abuso di diritto (<ref-ruling> consid. 2.7).
3.5. Questa giurisprudenza, sviluppata dal Tribunale federale con particolare riferimento all'<ref-law>, non può che valere anche nell'ambito dell'applicazione dell'<ref-law>, trattandosi di norme corrispondenti (cfr. sentenza 6B_397/2015 del 26 novembre 2015 consid. 1.2). In concreto, l'invio postale raccomandato contenente la citazione al dibattimento non è stato ritirato dall'imputato entro il periodo di giacenza presso l'ufficio postale ed è perciò stato ritornato al tribunale di primo grado. Egli non era quindi a conoscenza della citazione e delle conseguenze della mancata comparizione, sicché la finzione del ritiro dell'opposizione ai sensi dell'<ref-law> non trova applicazione. Un comportamento del ricorrente costitutivo di abuso di diritto non è stato accertato dalle istanze cantonali, né risultano elementi che potrebbero permettere di ritenere ch'egli si è disinteressato alla continuazione della procedura rinunciando all'esame dell'accusa da parte dell'autorità giudiziaria. Sollevando l'opposizione il ricorrente ha per contro manifestato la propria intenzione di essere giudicato da un tribunale secondo la procedura ordinaria. In tali circostanze, non essendo informato del dibattimento, non si giustificava di opporgli un doppia finzione (della notificazione della citazione giusta l'<ref-law> e del ritiro dell'opposizione ai sensi dell'<ref-law>). Il tribunale di primo grado avrebbe dovuto inviargli una nuova citazione.
4.
Ne segue che il ricorso deve essere accolto e la sentenza impugnata annullata. La causa è pertanto rinviata alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. Visto l'esito del gravame, la domanda di assistenza giudiziaria diviene priva di oggetto. Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>), né si assegnano ripetibili al ricorrente, che non ha fatto capo al patrocinio di un avvocato (cfr. art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la sentenza emanata il 27 novembre 2015 dalla Corte dei reclami penali è annullata. La causa le è rinviata per una nuova decisione.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione al ricorrente, alla Sezione della circolazione, alla Pretura penale e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.