Sachverhalt:
A.
Die Parzelle Nr. 7510 in Kirchberg, Ortsteil Gähwil, liegt in der Landwirtschaftszone. Das Grundstück gehört gemäss Schutzplan vom 24. Januar 1997 zum Landschaftsschutzgebiet Iddaburg und befindet sich im Gebiet Nr. 1420 des Bundesinventars der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung (BLN). Darauf befanden sich ein Wohnhaus mit einer angebauten Scheune und ein Schweinestall.
B.
A._ erwarb die Parzelle Nr. 7510. Da er selbst keinen Landwirtschaftsbetrieb führt, reichte er am 3. Juni 2004 ein Gesuch für den Umbau des Wohnhauses und die Umnutzung der Ökonomiebauten für die Freizeitlandwirtschaft ein.
Am 6. September 2004 erteilte die Baubehörde Kirchberg die Baubewilligung, nachdem das kantonale Amt für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) dem Umbau gestützt auf Art. 24d RPG zugestimmt und die Nutzung von Scheune, Schweinestall und Remise für die Freizeitlandwirtschaft nach Art. 24a RPG bewilligt hatte.
C.
Am 14. Juni 2005 verfügte die Baubehörde Kirchberg einen sofortigen Baustopp, nachdem A._ sie über zahlreiche Abweichungen von der Baubewilligung informiert hatte; insbesondere sei es aufgrund der schlechten Bausubstanz notwendig gewesen, das ganze Unter, Erd- und Obergeschoss schrittweise abzubrechen und neu aufzumauern.
Am 22. Juli 2005 reichte A._ ein nachträgliches Gesuch für die bereits erfolgten Änderungen und Erweiterungen des Wohnhauses ein. Nachdem das AREG am 24. August 2005 der Baubewilligung nicht zugestimmt hatte, verweigerte die Baubehörde Kirchberg am 28. Oktober 2005 die Baubewilligung. Gleichzeitig ordnete sie die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes, dh. den Abbruch des Wohnhauses, innert sechs Monaten nach Rechtskraft an. Alle hiergegen erhobenen Rechtsmittel wurden abgewiesen, zuletzt mit Urteil des Bundesgerichts 1A.23/2007 vom 31. Juli 2007.
Dem Abbruchbefehl kam A._ in der Folge nicht nach. Er reichte mehrere Bauermittlungsgesuche ein (Kaninchenzuchtbetrieb bzw. Pferdezuchtbetrieb mit Milchschafhaltung und Himbeeranbau), die infolge Zonenwidrigkeit abschlägig beantwortet wurden.
D.
Am 15. Dezember 2012 stellte A._ ein Baugesuch für die Fertigstellung des Wohnhauses, mit Hinweis auf den per 1. November 2012 geänderten Art. 24c RPG. Er ersuchte im Wesentlichen um Bewilligung zur Vollendung der Arbeiten, für welche die nachträgliche Baubewilligung am 28. Oktober 2005 verweigert worden war.
Dagegen erhob die Stiftung WWF Schweiz (im Folgenden: WWF) am 5. Februar 2013 Einsprache.
Am 9. Juli 2013 verweigerte das AREG dem Baugesuch die Genehmigung, worauf die Baubehörde Kirchberg am 18. September 2013 das Baugesuch abwies und die Einsprache des WWF guthiess. In Bezug auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands, der im Nachgang zum Bundesgerichtsurteil vom 31. Juli 2007 hätte vollzogen werden müssen, erteilte sie einen Aufschub bis zur rechtskräftigen Erledigung des vorliegenden Verfahrens.
E.
Das Baudepartement des Kantons St. Gallen wies den von A._ erhobenen Rekurs am 26. August 2014 ab. Es auferlegte diesem die Kosten des Rekursverfahrens und sprach dem WWF (in Disp.-Ziff. 3b) eine Parteientschädigung von Fr. 2'527.20 zu.
F.
Gegen diesen Entscheid gelangte A._ mit Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses hob am 27. April 2016 Disp.-Ziff. 3b des Rekursentscheids auf, weil die Einsprache des WWF verspätet gewesen sei. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es auferlegte A._ die amtlichen Kosten des Beschwerdeverfahrens und sprach keine Parteientschädigungen zu.
G.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid haben sowohl A._ (Verfahren 1C_303/2016) als auch der WWF (Verfahren 1C_301/2016) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben.
G.a. A._ (nachfolgend: der Beschwerdeführer) beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, soweit er die Beschwerde abweist. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung und Entscheidfindung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
G.b. Der WWF beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, soweit es die Beschwerde teilweise gutheisst, d.h. Dispositiv-Ziff. 3b des Rekursentscheids vom 26. August 2014 aufhebt (Ziff. 1 Satz 1) und keine ausseramtlichen Entschädigungen zuspricht (Ziff. 3). Dem WWF sei für das verwaltungsgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zuzusprechen; eventualiter sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zu neuem Entscheid über die Entschädigungen zurückzuweisen.
H.
Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung beider Beschwerden. Die Gemeinde Kirchberg verzichtet auf eine Stellungnahme. Der Beschwerdeführer schliesst auf Abweisung der Beschwerde des WWF.
Das Baudepartement und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) beantragen, die Beschwerde 1C_301/2016 des WWF sei gutzuheissen und die Beschwerde 1C_303/2016 sei abzuweisen.
I. Es wurden keine Repliken eingereicht.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG).
1.1. Das Verwaltungsgericht sprach dem WWF wegen verspäteter Einspracheerhebung die Parteistellung ab und änderte den Kostenentscheid des Baudepartements zu dessen Lasten ab. Der WWF hat insofern ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde 1C_301/2016 ist daher einzutreten.
1.2. Der Beschwerdeführer des Verfahrens 1C_303/2016 ist als Eigentümer und Baugesuchsteller zur Beschwerde befugt, soweit das Verwaltungsgericht den Bauabschlag bestätigt hat (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auch auf diese Beschwerde ist daher einzutreten.
1.3. Da sich beide Beschwerden gegen denselben Entscheid des Verwaltungsgerichts richten, rechtfertigt es sich, die Verfahren zu vereinigen.
1.4. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.
Mit Urteil 1A.23/2007 vom 31. Juli 2007 bestätigte das Bundesgericht den Bauabschlag und den Abbruchbefehl. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, sein damaliges Baugesuch sei aufgrund der zwischenzeitlich erfolgten Änderung von Art. 24c Abs. 3 RPG bewilligungsfähig geworden. Dies ist im Folgenden zu prüfen.
2.1. Gemäss Art. 24c Abs. 2 RPG können bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzone, die nicht mehr zonenkonform sind, mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind.
Seit der Gesetzesrevision vom 23. Dez. 2011 (AS 2012 5535; BBl 2011 7083 7097; in Kraft seit 1. Nov. 2012) besteht die Möglichkeit des Wiederaufbaus nach freiwilligem Abbruch nicht nur für Bauten, die durch eine Plan- oder Rechtsänderung zonenwidrig geworden sind, sondern auch für landwirtschaftliche Wohnbauten und angebaute Ökonomiebauten, die rechtmässig erstellt oder geändert wurden, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebietes im Sinne des Bundesrechts wurde (Art. 24c Abs. 3 RPG).
Voraussetzung für einen Wiederaufbau ist, dass die Baute oder Anlage im Zeitpunkt der Zerstörung oder des Abbruchs noch bestimmungsgemäss nutzbar war und an ihrer Nutzung ein ununterbrochenes Interesse besteht (Art. 42 Abs. 4 Satz 1 RPV). Veränderungen des äusseren Erscheinungsbilds und Erweiterungen des Gebäudevolumens sind nur zulässig, wenn sie für eine zeitgemässe Wohnnutzung oder eine energetische Sanierung nötig oder darauf ausgerichtet sind, die Einpassung in die Landschaft zu verbessern (Art. 24c Abs. 4 RPG i.V.m. Art. 42 Abs. 3 lit. b und Abs. 4 Satz 2); dabei muss die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleiben (Art. 42 Abs. 1 RPV). In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten (Art. 24c Abs. 5 RPG).
2.2. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass der Beschwerdeführer das Haus nach und nach - mit Ausnahme des Dachstuhls vollständig - erneuert habe, in Abweichung von der Baubewilligung vom September 2004. Damit sei die aktuell bestehende Bausubstanz weder formell noch materiell rechtmässig erstellt worden und geniesse keinen Bestandesschutz im Sinne von Art. 24c Abs. 1 RPG.
Das ursprüngliche, vom Beschwerdeführer im Jahr 2004 erworbene Haus sei zwar vor dem massgeblichen Stichdatum des 1. Juli 1972 rechtmässig erstellt worden; dagegen fehle es schon an der Voraussetzung der bestimmungsgemässen Nutzbarkeit i.S.v. Art 24c Abs. 1 RPG und Art. 42 Abs. 4 RPV. Das Baudepartement habe gestützt auf die vom Beschwerdeführer selbst gemachten Ausführungen zur schlechten Bausubstanz einlässlich und nachvollziehbar dargelegt, dass das frühere Gebäude im Zeitpunkt des Abbruchs nicht mehr bestimmungsgemäss nutzbar gewesen sei. Daran ändere auch der Umstand nichts, dass der frühere Eigentümer bis zu dessen Tod darin gewohnt habe.
2.3. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Sie habe sich auf Aussagen aus dem Jahr 2005 gestützt, d.h. einem Zeitpunkt, in dem bereits Eingriffe in die tragende Bausubstanz vorgenommen worden seien; dies in Übereinstimmung mit der Baubewilligung 2004, die erhebliche Eingriffe in die Substanz des Wohnhauses bedingt habe, z.B. zur Erstellung der Brandschutzmauer zwischen dem Wohnhaus und dem Ökonomiegebäude. Das Wohnhaus sei bis kurz vor dem Erwerb im Jahre 2004 als landwirtschaftliches Wohnhaus genutzt worden. Zwar habe es den heutigen Anforderungen, z.B. an Wärmeisolation, Feuerschutz, sanitäre Einrichtungen, nicht mehr entsprochen; dennoch hätte es auch ohne den Umbau noch genutzt werden können. Es sei weder verfallen oder verwahrlost gewesen, noch habe es längere Zeit leergestanden.
2.4. Die vom Verwaltungsgericht bzw. vom Baudepartement zitierten Aussagen des Beschwerdeführers und von dessen Architektin stammen zwar aus dem Jahr 2005, beziehen sich aber auf die beim Umbau zu Tage getretene ursprüngliche Bausubstanz. Zur Rechtfertigung der von ihnen vorgenommenen umfangreichen Erneuerungsarbeiten machten sie geltend, dass die Decken und Wände in sehr schlechtem Zustand gewesen seien, was aufgrund der Verkleidung vorher nicht erkennbar gewesen sei (Schreiben an das AREG vom 22. Juli 2005). Erst während der Umbauarbeiten habe sich der überaus schlechte Zustand der Tragkonstruktion offenbart, der aus statischen Gründen auf keinen Fall habe belassen werden können; die bestehenden Bollensteinmauern seien am Zerfallen bzw. einsturzgefährdet gewesen; es habe keine andere Lösung gegeben, als die tragenden Teile zu erneuern (Rekursbegründung vom 8. Dezember 2005 S. 6 ff.).
Andere Beweismittel standen nicht zur Verfügung, nachdem der Beschwerdeführer die ursprüngliche Bausubstanz eigenmächtig ersetzen liess, ohne diese zuvor von den Behörden untersuchen zu lassen oder sie wenigstens zu dokumentieren: Die von ihm damals eingereichte Fotodokumentation zeigt den Zustand nach Abbruch bzw. Erneuerung der Substanz; nur in der Legende wird darauf hingewiesen, dass die Tragkonstruktion "wurmstichig und morsch" gewesen sei. Unter diesen Umständen kann keine Rede von einer offensichtlich falschen Sachverhaltsfeststellung sein. War der Zustand der tragenden Balken und Mauern so schlecht, dass sie (mit Ausnahme des Dachgeschosses) vollständig ersetzt werden mussten, ist es auch aus rechtlicher Sicht nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die bestimmungsgemässe Nutzbarkeit des Hauses im Ausgangszustand verneinte (vgl. dazu Urteile 1C_575/2014 vom 4. Januar 2016 E. 4.5, 1C_125/2012 vom 30. Oktober 2012 E. 2.3 mit Hinweis).
2.5. Dies hat zur Folge, dass der Wiederaufbau auch nach der aktuellen Fassung von Art. 24c Abs. 3 RPG nicht bewilligt werden kann. Es braucht daher nicht mehr geprüft zu werden, ob der ohne Bewilligung und damit rechtswidrig erfolgte Abbruch der Bewilligung entgegensteht (vgl. dazu Urteil 1C_575/2014 vom 4. Januar 2016 E. 4.4, 5.2 und 5.3) und die übrigen Voraussetzungen von Art. 24c RPG und Art. 42 RPV vorliegen.
2.6. Die Beschwerde im Verfahren 1C_303/2016 ist daher abzuweisen. Es wird Aufgabe der zuständigen Behörde sein, nunmehr die seit 2007 vorliegende und nicht vollzogene Abbruchsverfügung ohne weiteren Verzug durchzusetzen.
3.
Im Verfahren 1C_301/2016 geht es um die Parteistellung des WWF und damit um seinen Anspruch auf eine Parteientschädigung für das kantonale Rekurs- und Beschwerdeverfahren. Es ist unstreitig, dass der WWF seine Einsprache erst nach Ablauf der 14-tägigen Auflagefrist (gemäss Art. 82 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 83 Abs. 1 des St. Galler Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 6. Juni 1972 ([BauG/sGS 731.1]) und damit verspätet eingereicht hatte; streitig ist, ob die Gemeinde aus Gründen des Vertrauensschutzes zu Recht auf die Einsprache eingetreten ist.
3.1. Das Baudepartement bejahte dies: Die dem WWF zugestellte Bauanzeige habe das Bauvorhaben als "Umbau von Wohnhaus Versicherung Nr. 2001 mit baulichen Erweiterungen und Anpassungen nach Art. 24c des Raumplanungsgesetzes" bezeichnet; diese Bezeichnung sei klar falsch gewesen, weil es sich nicht um den Umbau eines rechtmässig erstellten Gebäudes, sondern um die Fertigstellung einer Baute gehandelt habe, für die ein rechtskräftiger Wiederherstellungsbefehl vorlag. Damit habe der WWF den eigentlichen Gegenstand des Baugesuchs nicht erkennen können. Er habe mit Mail vom 25. Januar 2013 - und damit noch innerhalb der bis 28. Januar 2013 dauernden Auflagefrist - um zusätzliche Angaben gebeten. Die verlangten Auskünfte seien jedoch erst am 29. Januar 2013 erteilt worden. Die Einsprache sei nur wenige Tage später, am 5. Februar 2013, erhoben worden. Die Gemeinde sei darauf zu Recht eingetreten, wobei offenbleiben könne, ob von der Fiktion der Fristeinhaltung auszugehen sei oder von einer stillschweigenden Wiederherstellung der Einsprachefrist (gemäss Art. 30 Abs. 1 des St. Galler Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 16. Mai 1965 [VRP/SG; sSG 951.1] i.V.m. Art. 148 Abs. 2 ZPO).
3.2. Das Verwaltungsgericht hielt die Bezeichnung "Umbau" (statt Ersatzbau) zwar ebenfalls für unzutreffend; überdies sei auch die Angabe in dem der Bauanzeige beiliegenden Formular unrichtig gewesen, wonach das Bauvorhaben nicht innerhalb eines Schutzgegenstandes liege. Dagegen habe die Bauanzeige Art. 24c RPG erwähnt und damit klar aufgezeigt, dass es um eine Ausnahmebewilligung gehe. Dies hätte nach Treu und Glauben für den WWF einen zureichenden Anlass bilden müssen, sich innert der Auflagefrist nicht nur nach den Details des Bauvorhabens zu erkundigen, sondern gleichzeitig auch vorsorglich Einsprache zu erheben.
3.3. Der WWF macht dagegen geltend, der blosse Hinweis auf die Bestimmung von Art. 24c RPG habe es nicht ermöglicht, den Gegenstand des Bauvorhabens zu erkennen, zumal widersprüchliche Angaben zur Nutzung in den der Bauanzeige beiliegenden Unterlagen gemacht worden seien (dort wurde die geplante Nutzung als "zonenkonform Wohnen" und "zonenkonform Ökonomie" angegeben). Für ihn sei neben der Zonenkonformität oder -widrigkeit eines Vorhabens auch von erheblicher Bedeutung, ob ein bestehendes Wohnhaus nur geringfügig erweitert und die bestehende Substanz erhalten werde oder ob ein Abbruch und ein Ersatzbau geplant seien: Ein Neubau verfüge über eine erheblich längere Lebensdauer und werfe grundsätzliche Fragen im Zusammenhang mit der Einordnung in die Landschaft auf. Bei jährlich rund 1'600 Bauvorhaben ausserhalb der Bauzone allein im Kanton St. Gallen müsse der WWF sich auf die Richtigkeit der Angaben in den Bauanzeigen bzw. den Mitteilungen der Gemeinden verlassen können, zumal die Einsprachefrist mit nur 14 Tagen zu kurz bemessen sei.
Aus der unrichtigen Bezeichnung des Vorhabens dürfe ihm kein Nachteil erwachsen. Das Interesse der Rechtssicherheit überwiege nicht, wenn - wie hier - noch während der öffentlichen Auflage Erkundigungen bei der Gemeinde eingeholt und sieben Tage nach Erhalt der Auskunft nachträglich Einsprache erhoben werde.
Der Hinweis auf die Möglichkeit der vorsorglichen Einspracheerhebung widerspreche der eigenen Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts, wonach eine Rechtsmittelerklärung bedingungsfeindlich sei. Zwar bestehe nach Art. 48 VRP/SG die Möglichkeit, Antrag, Sachverhalt und Begründung eines Rechtsmittels bzw. einer Einsprache nachträglich zu ergänzen; die Einspracheerklärung müsse jedoch innert 14 Tagen eingereicht werden, was voraussetze, dass Art und Tragweite des Vorhabens bekannt seien.
3.4. Der Beschwerdeführer des Verfahrens 1C_303/2015 (Beschwerdegegner im Verfahren 1C_301/2015) weist auf die handschriftliche Notiz "zonenfremd, Landschaftsschutz" auf der Bauanzeige vom 11. Januar 2013 hin. Daraus ergebe sich, dass dem Vertreter des WWF die Lage der Parzelle in einem Landschaftsschutzgebiet bekannt gewesen sei.
3.5. Gemäss Art. 12b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) müssen Verfügungen und Gesuche (wenn das kantonale Recht ein Einspracheverfahren vorsieht) den beschwerdeberechtigten Organisationen durch schriftliche Mitteilung oder durch Veröffentlichung im Bundesblatt oder im kantonalen Publikationsorgan zur Kenntnis gebracht werden; die öffentliche Auflage dauert in der Regel 30 Tage; nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2 S. 80 ff.) mindestens aber 20 Tage. Sinn und Zweck von Art. 12b NHG ist es sicherzustellen, dass das Verbandsbeschwerderecht effektiv gewährleistet ist (Entscheid 1C_630/2014 vom 18. September 2015 E. 2.3.2, in: URP 2016 S. 25). Die Veröffentlichung muss so gefasst sein, dass sich die Organisationen ein Bild von Art und Tragweite des geplanten Vorhabens machen können (Botschaft des Bundesrats vom 26. Juni 1991 über die Änderung des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz, BBl 1991 III 1140 f.; PETER M. KELLER, NHG-Kommentar, Zürich 1997, Art. 12a Rz. 13).
3.5.1. Die Vorinstanzen gingen zu Recht davon aus, dass die Bezeichnung des Bauvorhabens ("Umbau") falsch war und dessen Tragweite in baulicher und rechtlicher Hinsicht nicht erkennen liess (Ersatz der wesentlichen Bausubstanz; Vollendung einer Baute, für die ein rechtskräftiger Abbruchbefehl vorliegt). Selbst wenn der WWF die Zonenwidrigkeit des Vorhabens aufgrund des Hinweises auf Art. 24c RPG erkennen konnte, genügte dies für sich allein nicht, um das Einspracherecht sinnvoll wahrzunehmen zu können: Vom Verbandsbeschwerderecht soll nicht systematisch gegen alle Ausnahmebewilligungen ausserhalb der Bauzone Gebrauch gemacht werden, sondern es dient der Anfechtung von Vorhaben, die aus Sicht des Natur- und Landschaftsschutzes problematisch und rechtlich fragwürdig erscheinen.
3.5.2. Es entspricht einem allgemeinen, aus dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Vertrauensschutz (Art. 5 Abs. 3 und 9 BV) abgeleiteten Rechtsgrundsatz, dass einer Partei aus einer mangelhaften Eröffnung kein Nachteil erwachsen darf (<ref-ruling> E. 2 S. 298 f. mit Hinweisen; so ausdrücklich Art. 38 VwVG und Art. 49 BGG). Allerdings wird von der betroffenen Person verlangt, dass sie ihrerseits nach Treu und Glauben handelt: Sie darf nicht einfach zuwarten, sondern muss verfahrensrechtliche Einwendungen so früh wie möglich, das heisst nach Kenntnisnahme eines Mangels bei erster Gelegenheit, vorbringen. Dies gilt auch bei mangelhafter Publikation oder Anzeige gemäss Art. 12b NHG (vgl. Urteil 1C_630/2014 vom 18. September 2015 E. 3.1 mit Hinweisen, in: URP 2016 S. 2).
3.5.3. Dieser Obliegenheit ist der WWF vorliegend nachgekommen, indem er sich noch innerhalb der Auflagefrist bei der Gemeinde erkundigt und nur wenige Tage nach Eintreffen der Auskunft Einsprache erhoben hat. Zur Akteneinsicht auf der Gemeinde war er nicht verpflichtet, ist es doch gerade Zweck von Art. 12b NHG, den beschwerdeberechtigten Verbänden die Triage unter den zahlreichen Baugesuchen zu ermöglichen, ohne zuvor die Veröffentlichungen und Unterlagen in den Gemeinden einsehen zu müssen. Dies gilt erst recht mit Blick auf die (zu) kurze Auflagefrist im Kanton St. Gallen.
Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach der WWF schon vorsorglich Einsprache hätte erheben müssen, kann jedenfalls bei falscher Bezeichnung des Bauvorhabens durch die Behörde nicht zugestimmt werden: In solchen Fällen ist es sinnvoll und verletzt nicht Treu und Glauben, erst dann Einsprache zu erheben, wenn Art und Tragweite des Bauvorhabens bekannt sind. Ziel der gesetzlichen Regelung in Art. 12b und 12c NHG ist es, möglichst rasch, in der Regel schon nach Ablauf der Auflagefrist, Klarheit darüber zu gewinnen, wer sich mit welcher Zielrichtung am Verfahren beteiligt. Dieser Zweck wird mit der vorsorglichen Einspracheerhebung nicht erreicht, da für Behörden und Bauherrschaft weiter Unsicherheit darüber besteht, ob bzw. mit welchem Antrag und welcher Begründung an der Einsprache festgehalten wird. Dies ist der Rechtssicherheit nicht förderlich und liegt nicht im öffentlichen Interesse, wie das Baudepartement in seiner Vernehmlassung überzeugend darlegt.
Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht die Anforderungen von Treu und Glauben an die beschwerdebefugten Verbände bei ungenügender Bauanzeige gemäss Art. 12b NHG überspannt und damit Bundesrecht verletzt.
3.6. Die Gemeinde ist somit zu Recht auf die Einsprache des WWF eingetreten. Dieser war deshalb befugt, sich am kantonalen Rekurs- und Beschwerdeverfahren zu beteiligen und hat nach Massgabe des kantonalen Verfahrensrechts Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Die Beschwerde 1C_301/2016 ist daher gutzuheissen. Disp.-Ziff. 3b des Rekursentscheides vom 26. August 2014 ist wiederherzustellen und der angefochtene Entscheid insoweit aufzuheben. Die Sache ist an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, um die Höhe der Parteientschädigung des WWF für das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren festzulegen.
4.
Die Beschwerde 1C_301/2016 ist somit gutzuheissen und die Beschwerde 1C_303/2016 abzuweisen.
Der Beschwerdeführer unterliegt in beiden Verfahren und trägt daher die gesamten Gerichtskosten (Art. 66 BGG). Der WWF hat Anspruch auf eine Parteientschädigung im bundesgerichtlichen Verfahren 1C_301/2016 (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 1C_301/2016 und 303/2016 werden vereinigt.
2.
In Gutheissung der Beschwerde 1C_301/2016 wird das Urteil des Verwaltungsgerichts St. Gallen vom 27. April 2016 aufgehoben, soweit es die Beschwerde teilweise gutheisst und Dispositiv-Ziff. 3b des Rekursentscheids des Baudepartements des Kantons St. Gallen vom 26. August 2014 aufhebt.
Die Sache wird an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen, um eine Parteientschädigung zugunsten der Stiftung WWF Schweiz für das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren festzusetzen.
3.
Die Beschwerde 1C_303/2016 wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 5'000.-- werden A._ auferlegt.
5.
A._ hat die Stiftung WWF Schweiz für das bundesgerichtliche Verfahren 1C_301/2016 mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Kirchberg, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Januar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber