Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) bezweckt gemäss Handelsregister die Besamung von Säugetieren sowie die Produktion, Lagerung, Bearbeitung und den Verkauf von Samendosen. Im Zentrum dieser Geschäftstätigkeit steht bzw. stand der Handel mit Sperma und Embryonen hochwertiger Stiere. Am 31. Juli 2007 soll im Betriebsgelände und am 23. November 2007 an einem unterwegs parkierten Betriebsfahrzeug der Klägerin eingebrochen worden sein, wodurch sie einen Sachschaden, insbesondere an Stiersperma, und in der Folge einen Betriebsunterbrechungsschaden erlitten haben soll. Für diese beiden Schadensereignisse machte die Klägerin bei der B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) sachversicherungsrechtliche Ansprüche geltend aus der mit der Beklagten abgeschlossenen kombinierten Geschäftsversicherung (Police Nr. xxx) und aus der Transportversicherung (Police Nr. yyy).
B.
Am 20. August 2015 reichte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich eine Teilklage gegen die Beklagte ein und beantragte, diese sei zu verurteilen, ihr den Betrag von Fr. 240'000.-- zu bezahlen, zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 160'000.-- seit dem 31. Juli 2007 und Zins zu 5 % auf Fr. 80'000.-- seit dem 23. November 2007.
Die Beklagte machte mit Einreichung der Klageantwort vom 1. Dezember 2015 die Einrede der Verjährung und Verwirkung geltend und erhob zudem Widerklage. Sie beantragte, es sei festzustellen, dass die Widerklägerin der Widerbeklagten aus der Transportversicherungspolice Nr. yyy nichts schulde. Es sei sodann festzustellen, dass sämtliche Ansprüche der Widerbeklagten gegenüber der Widerklägerin aus der kombinierten Geschäftsversicherungspolice Nr. xxx verjährt seien; eventualiter sei festzustellen, dass die Widerklägerin der Widerbeklagten aus der kombinierten Geschäftsversicherungspolice Nr. xxx nichts schulde. Schliesslich ersuchte die Beklagte um Beschränkung des Verfahrens auf die Frage der Verjährung und Verwirkung.
Mit Verfügung vom 27. April 2016 gab das Handelsgericht letzterem Antrag statt und beschränkte das weitere Verfahren auf die Frage der Verjährung und Verwirkung.
Mit Urteil vom 11. Oktober 2016 kam das Handelsgericht zusammenfassend zum Schluss, dass die transportversicherungsrechtlichen Ansprüche der Klägerin erloschen und die übrigen Ansprüche [aus der kombinierten Geschäftsversicherungspolice] verjährt seien. Das Handelsgericht wies die Klage ab und hiess die negative Feststellungswiderklage gut. Es stellte fest, dass die Beklagte der Klägerin aus der Transportversicherungspolice Nr. yyy nichts schulde und dass sämtliche Ansprüche der Klägerin gegenüber der Beklagten aus der kombinierten Geschäftsversicherungspolice Nr. xxx verjährt seien.
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und beantragt, der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Bern [recte: Handelsgericht des Kantons Zürich] sei aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesgericht verzichtete auf die Einholung von Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Dieses ist unter Berücksichtigung der Beschwerdebegründung nach Treu und Glauben auszulegen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 136). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1). Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.; Urteil 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 2.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>).
1.3. Die Beschwerdeführerin beantragt einzig, dass das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. Einen materiellen Antrag stellt sie nicht. Ebenso wenig legt sie in der Beschwerdebegründung dar, warum der blosse Rückweisungsantrag ausnahmsweise genügen sollte. Sollte das Bundesgericht aber die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin, wonach ihre Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin nicht verjährt und nicht verwirkt seien, als begründet erachten, könnte es keinen Entscheid in der Sache fällen, da zufolge der Beschränkung des Verfahrens auf die Frage der Verjährung und Verwirkung die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlen würden. Es müsste die Sache entsprechend an die Vorinstanz zurückweisen. Bei dieser Sachlage genügt der blosse Rückweisungsantrag.
1.4. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind und zu keinen Bemerkungen Anlass geben, ist unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie unter dem Titel "Gegenstand des Klageverfahrens" ihre Sicht der Dinge schildert und dabei vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweicht, ohne rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen zu erheben. Darauf kann nicht abgestellt werden. Gleiches gilt, wenn sie sich zur "Frage der Verjährung" ohne Erhebung von Sachverhaltsrügen auf tatsächliche Elemente aus ihren erstinstanzlichen Klagebeilagen beruft, die im vorinstanzlichen Sachverhalt nicht festgestellt wurden.
3.
3.1.
3.1.1. Die Beschwerdeführerin argumentiert bezüglich der Verjährung der Ansprüche aus der kombinierten Geschäftsversicherung, dass die Parteien noch nicht wüssten, ob es sich bei den Ereignissen, die sich im Jahr 2007 ereignet hätten, um solche handle, die von einem versicherungsvertraglichen Deckungsanspruch erfasst seien. Bevor im Fall von umstrittenen Sachverhalten versicherungsrechtliche Leistungsansprüche entstehen würden, seien die leistungsbegründenden Tatbestandselemente rechtsverbindlich zu klären. Da auf den Eintritt der leistungsbegründenden Tatsachen abgestellt werde, damit die versicherungsvertragliche Verjährung zu laufen beginne, müssten diese Tatsachen erst geklärt werden, bevor ein noch nicht entstandener Versicherungsanspruch verjähren könnte.
3.1.2. Zu dieser bereits vor der Vorinstanz vorgebrachten Argumentation erwog diese, dass als Schadenseintritt im Sinne von Ziff. 1 der allgemeinen Bedingungen der kombinierten Geschäftsversicherung bei Sachversicherungen der Eintritt des versicherten Risikos gelte, unabhängig von der Kenntnis des Versicherungsnehmers. Für den Beginn der Verjährungsfrist genüge es vorliegend weiter, dass die Beschwerdeführerin behaupte, dass die Tatsachen, welche die Leistungspflicht begründen würden, an einem bestimmten Zeitpunkt eingetreten seien. Dies sei hier der Fall. Ob die von der Beschwerdeführerin behaupteten Tatsachen tatsächlich ein versichertes Ereignis darstellen würden oder in Tat und Wahrheit bloss fingiert seien, sei - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - nicht entscheidend, denn diese Tatsachen gelte es im Prozess überhaupt erst zu klären. Wäre dem nämlich nicht so, könnte die Verjährung erst im Urteilszeitpunkt bzw. sogar erst bei dessen Rechtskraft zu laufen beginnen. Eine solche Konzeption würde aber dem Sinn und Zweck der Verjährung diametral widersprechen, denn dadurch könnte der Gläubiger durch das Nichtklagen der Forderung deren Verjährungsbeginn beliebig hinauszögern.
Mit diesen überzeugenden Erwägungen der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auseinander. Sie beharrt vielmehr einzig auf ihrer Auffassung, dass die Verjährungsfrist noch nicht begonnen habe, da zuerst die "leistungsbegründenden Tatbestandselemente rechtsverbindlich" hätten geklärt werden müssen. Schon mangels hinreichender Auseinandersetzung mit dem vorinstanzlichen Entscheid ist daher auf die Rüge der Beschwerdeführerin nicht einzutreten (Erwägung 2.1). Unabhängig davon ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz mit den oben wiedergegebenen Erwägungen Bundesrecht verletzt hätte. Im Gegenteil ist sie zu Recht zum Schluss gekommen, dass die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Konzeption dem Sinn und Zweck der Verjährung diametral widerspricht.
3.2.
3.2.1. Die Beschwerdeführerin rügt sodann, dass die Vorinstanz bezüglich der Verwirkung ihrer Ansprüche aus der Transportversicherung die "gesamte Zeitachse gehörig durcheinander" bringe und eine "mangelhafte Aktenkenntnis" offenbare. Die Schadensereignisse hätten unbestritten im Jahr 2007 stattgefunden. Der Prozess gegen die Rechtsschutzversicherung sei von ihr im Jahr 2013 angehoben worden. Es bleibe daher völlig offen, was dies mit der Verwirkung zu tun habe bzw. zu welchem Zeitpunkt die Vorinstanz die Verwirkungsfrist beginnen lassen wolle. Der Zeitpunkt des Schadenereignisses könne offensichtlich nicht gemeint sein, sonst wäre die Verwirkung bereits im Jahre 2009 eingetreten. Allenfalls betrachte die Vorinstanz den Zeitpunkt des Schreibens der Beschwerdegegnerin vom 18. August 2011 als Beginn der Verwirkungsfrist. Insgesamt sei das Urteil diesbezüglich nicht nachvollziehbar und verletze damit die Begründungspflicht nach <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>.
3.2.2. Auch diese Rügen gehen fehl. Die Vorinstanz erwog zunächst, die Transportversicherung enthalte in Art. 28 Abs. 1 der allgemeinen Bedingungen die folgende Verwirkungsregelung: "Rechtsansprüche gegen den Versicherer erlöschen, sofern sie nicht innerhalb zweier Jahre, nachdem das Schadenereignis eingetreten ist, gerichtlich geltend gemacht werden." Zum Zeitpunkt der vorliegenden gerichtlichen Geltendmachung, so die Vorinstanz weiter, seien diese Ansprüche somit längstens erloschen. Sie erwog mit anderen Worten, dass die Rechtsansprüche aus den von der Beschwerdeführerin behaupteten Schadensereignissen, die nach unbestrittener Auffassung im Jahre 2007 stattgefunden haben sollen, im Zeitpunkt ihrer gerichtlichen Geltendmachung im Jahre 2015 erloschen seien. Damit ist es entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht "völlig unklar", zu welchem Zeitpunkt die Vorinstanz die Verwirkungsfrist beginnen lassen möchte. Vielmehr ist klar, dass sie in Übereinstimmung mit der vertraglichen Regelung auf den (behaupteten) Eintritt der Schadensereignisse abstellte. Inwiefern die Vorinstanz in diesem Zusammenhang die Begründungspflicht verletzte, sodass die Beschwerdeführerin den Entscheid nicht hätte sachgerecht anfechten können (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41 mit Hinweisen), ist weder dargetan noch ersichtlich.
Im Weiteren erwog die Vorinstanz, an der Verwirkung der Ansprüche der Beschwerdeführerin aus der Transportversicherung ändere nichts, dass die Beschwerdeführerin zunächst gegen ihre Rechtsschutzversicherung prozessiert habe. Denn die Beschwerdeführerin hätte ihre Klage gegenüber der Beschwerdegegnerin gleichwohl innert Frist anhängig machen können, um sie anschliessend bis zur Erledigung des Prozesses mit ihrer Rechtsschutzversicherung sistieren zu lassen. Die Vorinstanz brachte damit zu Recht zum Ausdruck, dass die Beschwerdeführerin unabhängig von ihrer Klage gegen ihre Rechtsschutzversicherung ihre Klage gegen die Beschwerdegegnerin "innert Frist", also innerhalb der vertraglich vereinbarten zweijährigen Verwirkungsfrist, hätte anhängig machen können. Inwiefern die Vorinstanz damit die "gesamte Zeitachse" durcheinander gebracht hätte, ist nicht erkennbar.
Schliesslich ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz davon ausgegangen wäre, dass der Zeitpunkt des Schreibens der Beschwerdegegnerin vom 18. August 2011 der Beginn der Verwirkungsfrist wäre. Vielmehr erwog sie diesbezüglich einzig, dass der Beschwerdegegnerin, die sich auf die Anspruchsverwirkung berufe, nachdem sie die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 18. August 2011 auf den Prozessweg verwiesen habe, kein "venire contra factum proprium" bzw. kein Verstoss gegen <ref-law> angelastet werden könne. Es hat dabei sein Bewenden.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin beharrt darauf, die Vorinstanz hätte nicht auf die negative Feststellungswiderklage auf den Gesamtanspruch der Beschwerdegegnerin eintreten dürfen. Die Feststellung der Verwirkung oder Verjährung (auch nur einer eingeklagten Teilforderung) würde einer späteren Geltendmachung eines Restbetrages im Wege stehen. Es werde im vorliegenden Verfahren mithin endgültig entschieden, ob allfällige Ansprüche der Beschwerdeführerin verwirkt oder verjährt seien. Ein Interesse, weshalb die Beschwerdegegnerin als Versicherungsgesellschaft ihre wirtschaftliche Macht gegenüber der Beschwerdeführerin als Versicherungsnehmerin ausspiele dürfe, sei nicht erkennbar und schon gar nicht schutzwürdig. Weil das Motiv des Gesetzgebers bei Einführung der Teilklage in der Reduktion der Prozessrisiken gelegen habe, seien nach neuem Prozessrecht verschärfte Anforderungen an die negative Feststellungswiderklage zu stellen. Dabei dürften die Voraussetzungen mindestens bei eingeklagten Versicherungen, deren Kerngeschäft die Deckung von Risiken seien, kaum je erfüllt sein.
4.2. Die Vorinstanz erwog, dass das schutzwürdige Interesse an einer negativen Feststellungswiderklage auf den Gesamtbetrag bereits aus dem Vorliegen einer Teilklage selbst resultiere. Damit folgte sie einer unter der Geltung der kantonalen Zivilprozessordnungen entwickelten, konstanten Rechtsprechung des Bundesgerichts, wonach das Feststellungsinteresse einer negativen Feststellungswiderklage als Reaktion auf eine echte Teilklage ohne weiteres zu bejahen ist (BGE 42 II 696 E. 4 S. 701; Urteile 4C.279/2003 vom 3. Mai 2005 E. 4; 5C.252/2006 vom 1. Mai 2007 E. 5.1; 2C_110/2008 vom 3. April 2009 E. 7; 4A_255/2010 vom 29. Juni 2010 E. 5.5). An dieser Praxis hat das Bundesgericht auch mit der Einführung der Schweizerischen ZPO festgehalten (Urteil 4A_414/2013 vom 28. Oktober 2013 E. 3.3; vgl. auch Urteile 4A_80/2013 vom 30. Juli 2013 E. 6.4; 4A_111/2016 vom 24. Juni 2016 E. 4.6; Botschaft zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO] vom 28. Juni 2006, BBl. 2006 S. 7221 ff., S. 7288; Fabienne Hohl, Procédure civile, Tome I, 2. Aufl. 2016, Rz. 255 und Rz. 512; Alexander R. Markus, Berner Kommentar Zivilprozessordnung, 2010, N. 9 zu <ref-law> mit Übersicht über die Literatur).
Die Beschwerdeführerin beruft sich auf abweichende Lehrmeinungen, die dem Widerkläger in gewissen Konstellationen das Feststellungsinteresse absprechen wollen mit der Begründung, dass sich die materielle Rechtskraft eines die echte Teilklage abweisenden Urteils auf den Gesamtanspruch erstrecke; mithin mit der Abweisung der echten Teilklage über den gesamten der Teilklage zugrunde liegenden materiellen Anspruch rechtskräftig entschieden werde. Die Rechtsunsicherheit werde damit durch die Abweisung der Teilklage ausgeräumt, sodass es - zumindest bis zur allfälligen Gutheissung der Teilklage - der negativen Feststellungswiderklage am Feststellungsinteresse fehlen würde (vgl. nur: Stephen V. Berti, Zur Teilklage nach <ref-law> der Schweizerischen Zivilprozessordnung [zugleich ein Beitrag zur Lehre der materiellen Rechtskraft], in: Fellmann/Weber [Hrsg.], Haftpflichtprozess 2010, 2010, S. 39 ff., S. 46 ff.; Lorenz Droese, Res iudicata ius facit, 2015, S. 337 ff.; Alain Grieder, Die Widerklage nach der Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 2016, Rz. 218 ff.).
Eine Auseinandersetzung mit dieser Ansicht kann hier unterbleiben, zumal die Beschwerdeführerin aus ihren theoretischen Ausführungen keine praktischen Konsequenzen auf den vorliegenden Fall zieht und namentlich nicht aufzeigt, was ihr eigenes schutzwürdiges Interesse wäre, dass dieser Lehrmeinung gefolgt würde, entfaltete doch diesfalls die Abweisung ihrer Teilklage materielle Rechtskraft für die gesamten Ansprüche, womit sie im Ergebnis gleich gestellt wäre wie bei Gutheissung der negativen Feststellungswiderklage.
Auch der allgemeine Hinweis, Motiv der Teilklage sei das "tiefere Prozessrisiko", hilft ihr nicht weiter, zumal sie auch daraus keine konkreten Folgen zieht und vor Bundesgericht keinen (bezifferten) Antrag stellt, die Kosten- und Entschädigungsfolgen seien anders zu regeln. Ohnehin ist die mit der Zulässigkeit der negativen Feststellungswiderklage verbundene Durchkreuzung der klägerischen Kostenmotive hinzunehmen (Urteile 5C.252/2006 vom 1. Mai 2007 E. 5.1 f.; 2C_110/2008 vom 3. April 2009 E. 7).
5.
Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerde grösstenteils nicht eingetreten werden. Im Übrigen ist sie abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand erwachsen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger