Sachverhalt:
A.
Die B._ S.A. (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist eine als Aktiengesellschaft organisierte Bank nach spanischem Recht mit Sitz in U._. Sie hat eine Vertretung in der Schweiz und besitzt eine Bewilligung der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht (FINMA). Sie ist Inhaberin der IR-Marke Nr. 1243627 "ABANCA (fig.) ", die am 2. Oktober 2014 für die Klassen 9, 16, 35, 36, 38, 40, 41, 42 und 45 hinterlegt und deren Schutz am 23. April 2015 auf die Schweiz ausgedehnt wurde.
Die A._ d.d. (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Bank nach slowenischem Recht mit Sitz in V._. Sie hat keine Zweigniederlassung oder Vertretung in der Schweiz und beschäftigt hier kein Personal. Sie verfügt nicht über eine Bewilligung der FINMA. Sie ist Inhaberin der beiden IR-Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) ", deren Schutz am 29. September bzw. 6. Oktober 2005 auf die Schweiz ausgedehnt wurde. Sie beanspruchen beide Schutz für Dienstleistungen der Klassen 35, 36 und 38; Nr. 860632 ist zusätzlich für die Klasse 42 eingetragen.
Mit Schreiben vom 23. November 2015 an die Beklagte machte die Klägerin den Nichtgebrauch der Schweizer Anteile der Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " geltend und forderte die Beklagte auf, ihre Marken zu löschen oder deren rechtserhaltenden Gebrauch aufzuzeigen. Die Beklagte bestritt in ihrer Antwort vom 15. Dezember 2015 den Nichtgebrauch der beiden Marken in der Schweiz, ohne der Klägerin entsprechende Gebrauchsbelege zu übermitteln.
B.
Am 5. Januar 2016 beantragte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Bern, (1.) es sei festzustellen, dass der Schweizer Anteil der Internationalen Registrierung Nr. 860561 "ABANKA (fig.) " nichtig ist, sowie (2.) es sei festzustellen, dass der Schweizer Anteil der Internationalen Registrierung Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " nichtig ist.
Mit Entscheid vom 22. Februar 2017 hiess das Handelsgericht die Klage gut und stellte entsprechend den Klagebegehren die Nichtigkeit der Schweizer Anteile der beiden IR-Marken fest.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 26. April 2017 ( sic) sei aufzuheben und die Klage abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Eventualiter sei das Verfahren zur Ergänzung des Sachverhalts und zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 14. Juli 2017 wurde der Beschwerde mangels Opposition die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Es geht um eine Zivilrechtsstreitigkeit in Anwendung des Bundesgesetzes vom 28. August 1992 über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetzes; MSchG; SR 232.11). Dafür sieht das Bundesrecht (<ref-law>) eine einzige kantonale Instanz vor (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen, die sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) richtet, ist demnach unabhängig vom Streitwert zulässig (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin, deren Schweizer Anteile ihrer Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " gemäss angefochtenem Urteil für nichtig befunden wurden, ist zur Anfechtung legitimiert (<ref-law>). Unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Vorinstanz hiess das klägerische Feststellungsbegehren der Nichtigkeit der Schweizer Anteile der Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " infolge Nichtgebrauchs gestützt auf <ref-law> gut. Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine Verletzung von Bundesrecht. Konkret rügt sie eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> sowie von <ref-law>, indem die Vorinstanz den Nichtgebrauch durch die Beschwerdegegnerin für glaubhaft gemacht erachtete und sodann den Beweis des Gebrauchs durch die Beschwerdeführerin für nicht erbracht hielt.
3.
3.1. Wer ein rechtliches Interesse nachweist, kann nach <ref-law> vom Richter feststellen lassen, dass ein Recht oder ein Rechtsverhältnis nach diesem Gesetz besteht oder nicht besteht. Diese markenrechtliche Feststellungsklage erlaubt in der Form der Löschungs- oder Nichtigkeitsklage die Nichtigerklärung und Löschung einer Marke aus dem Markenregister.
Hat der Inhaber die Marke im Zusammenhang mit den Waren oder Dienstleistungen, für die sie beansprucht wird, während eines ununterbrochenen Zeitraums von fünf Jahren nach unbenütztem Ablauf der Widerspruchsfrist oder nach Abschluss des Widerspruchsverfahrens nicht gebraucht, so kann er sein Markenrecht nicht mehr geltend machen, ausser wenn wichtige Gründe für den Nichtgebrauch vorliegen (<ref-law>). Der Nichtgebrauch kann mit Löschungsklage geltend gemacht werden. Das Markenschutzgesetz erwähnt eine solche Klage zwar nicht ausdrücklich, setzt diese aber stillschweigend voraus (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 427; <ref-ruling> E. 2.2).
Zur Geltendmachung des Nichtgebrauchs einer Marke im Sinne von <ref-law> ist grundsätzlich jedermann befugt; ein spezieller Interessennachweis ist nicht erforderlich, da das allgemeine Interesse, bei der freien Zeichenbildung nicht durch zufolge Nichtgebrauchs ungültige Marken behindert zu werden, in der Regel genügt. Ausnahmsweise kann ein Rechtsschutzinteresse an der Nichtigerklärung jedoch dann fehlen, wenn die Opponentin das fragliche Zeichen oder ein diesem ähnliches Zeichen schon aus anderen Gründen selbst gar nicht benutzen kann oder benutzen darf, so dass für sie die Markeneintragung von vornherein keine weitere Behinderung in der freien Zeichenbildung bewirken kann. In einem solchen Fall kann der Nichtgebrauch nur geltend gemacht werden, wenn die Opponentin aufgrund besonderer Umstände dennoch ein schutzwürdiges Interesse daran hat, ein Wiederaufleben des zufolge Nichtgebrauchs untergegangenen Markenrechts zu verhindern (<ref-ruling> E. 3.4 S. 104; <ref-ruling> E. 2a S. 206).
3.2. Neben der Möglichkeit einer zivilprozessualen Löschungs- oder Nichtigkeitsklage steht seit kurzem ein administratives Löschungsverfahren zur Verfügung. Die entsprechenden gesetzlichen Grundlagen, die Artikel 35-35c MSchG, traten am 1. Januar 2017 in Kraft (vgl. dazu etwa DAVID ASCHMANN, Das neue administrative Löschungsverfahren im Gefüge des Markenprozessrechts, sic! 2016, S. 196 ff.). Danach kann jede Person beim Institut für Geistiges Eigentum (IGE) einen Antrag auf Löschung der Marke wegen Nichtgebrauchs nach <ref-law> stellen (<ref-law>).
3.3. Die Marke ist - nach Ablauf der gesetzlichen Schonfrist von fünf Jahren (vgl. <ref-law>) - nur soweit geschützt, als sie im Zusammenhang mit den Waren und Dienstleistungen, für die sie beansprucht wird, auch tatsächlich gebraucht wird (vgl. <ref-law>). Diese Gebrauchsobliegenheit entspricht der wettbewerbsbezogenen Funktion der Marke: Einzig bei denjenigen Zeichen, die auch effektiv benutzt werden und damit im Wettbewerb die ihr zugedachte Unterscheidungs- und Herkunftsfunktion erfüllen, rechtfertigt sich nach Ablauf der Schonfrist das markenschutzrechtliche Monopol. Mit dem Gebrauchserfordernis soll gleichzeitig verhindert werden, dass Marken gewissermassen auf Vorrat hinterlegt werden und damit der Registerbestand künstlich aufgebläht sowie die Schaffung neuer Marken behindert wird (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 426 mit Hinweisen).
3.4. Wer den Nichtgebrauch der Marke geltend macht, hat ihn glaubhaft zu machen; der Beweis des Gebrauchs obliegt sodann dem Markeninhaber (<ref-law>). Der Gesetzgeber hat mit dieser Regelung dem Umstand Rechnung getragen, dass der Gebrauch einer Marke naturgemäss bedeutend leichter zu beweisen ist als der Nichtgebrauch (vgl. Botschaft zu einem Bundesgesetz über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben [Markenschutzgesetz, MschG] vom 21. November 1990, BBl 1991 I 1, S. 26; Urteil 4A_257/2014 vom 29. September 2014 E. 3.5).
Glaubhaft gemacht ist der Nichtgebrauch der Marke dann, wenn für diese Tatsache gewisse Elemente sprechen, selbst wenn das Gericht noch mit der Möglichkeit rechnet, dass sie sich nicht verwirklicht haben könnte (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 613; <ref-ruling> E. 3.1 S. 720; Urteile 4A_253/2008 vom 14. Oktober 2008 E. 4.1; 4C.31/2003 vom 1. Mai 2003 E. 2.1). Gelingt diese Glaubhaftmachung, obliegt dem Markeninhaber der Beweis des rechtserhaltenen Markengebrauchs (Art. 12 Abs. 3 zweiter Teilsatz MschG). Dieser gilt als erbracht, wenn das Gericht nach objektiven Gesichtspunkten von der Richtigkeit der Sachbehauptung überzeugt ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 612; <ref-ruling> E. 3.1 S. 719).
4.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz willkürliche und <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> verletzende Sachverhaltsermittlung vor, indem sie zum Schluss gelangte, die Beschwerdegegnerin habe den Nichtgebrauch der streitbetroffenen Marken durch die Beschwerdeführerin glaubhaft gemacht.
4.1. Die Verletzung von <ref-law> erblickt sie darin, dass die Vorinstanz in Widerspruch zur bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach Parteigutachten blosse Parteibehauptungen darstellten, eine private Gebrauchsrecherche zur Glaubhaftmachung des Nichtgebrauchs einer Marke für geeignet gehalten und massgebend darauf abgestellt habe.
Die Rüge geht fehl. Ein Privatgutachten stellt zwar kein Beweismittel im Sinne von <ref-law> dar sondern eine blosse Parteibehauptung (<ref-ruling> E. 2.6 mit Hinweisen). Indessen werden Parteibehauptungen, denen ein Privatgutachten zugrunde liegt, meist besonders substanziiert sein (<ref-ruling> E. 2.6 S. 438). Auch können Parteigutachten unter Umständen zusammen mit - durch Beweismittel nachgewiesenen - Indizien den Beweis für eine Tatsache erbringen (<ref-ruling> E. 2.6 S. 438; Urteil 4A_301/2016 vom 15. Dezember 2016 E. 7.2.3 nicht publ. in <ref-ruling>). Dies muss umso mehr gelten, wenn nicht der strikte Beweis zu erbringen ist, sondern eine Tatsache bloss glaubhaft zu machen ist (vgl. Erwägung 3.4). Da kann eine in Form eines Privatgutachtens sehr gut substanziierte Parteibehauptung zusammen mit anderen nachgewiesenen Indizien den Wahrscheinlichkeitsbeleg erbringen.
Als Mittel zur Glaubhaftmachung des Nichtgebrauchs werden in der markenrechtlichen Literatur insbesondere Nachforschungsberichte, welche die ergebnislos gebliebene Umfrage bei den massgebenden Lieferanten und Händlern dokumentieren, ferner den relevanten Zeitraum betreffende Werbematerialien, Internetauftritte und sonstige Produkt- und Geschäftsdokumentationen des Markeninhabers oder negative Rechercheergebnisse erwähnt (MARKUS WANG, IN: NOTH UND ANDERE [HRSG.], MARKENSCHUTZGESETZ, 2. AUFL. 2017, N. 63 zu <ref-law> m.w.H.; Bernard Volken, BASLER KOMMENTAR, MARKENSCHUTZGESETZ, WAPPENSCHUTZGESETZ, 3. AUFL., BASEL 2017, a.a.O., N. 59 zu Art. 12 MschG; EUGEN MARBACH, MARKENRECHT, IN: SCHWEIZERISCHES IMMATERIALGÜTER- UND WETTBEWERBSRECHT [SIWR], BD. III/1, 2. AUFL. 2009, Rz. 1361; KARIN BÜRGI LOCATELLI, Der rechtserhaltende Markengebrauch in der Schweiz, Bern 2008, S. 195). In Betracht kommt etwa auch die Befragung einer Fachperson aus der entsprechenden Branche (vgl. Urteil 4A_128/2012 vom 7. August 2012 E. 5).
Gemäss Vorinstanz reichte die Beschwerdegegnerin zur Glaubhaftmachung des Nichtgebrauchs der streitbetroffenen Marken in der Schweiz eine Gebrauchsrecherche vom 11. April 2014 von C._, die Korrespondenz zwischen den Parteien zum (Nicht-) Gebrauch vom November/Dezember 2015 sowie eine von der Beschwerdegegnerin durchgeführte Kurzrecherche zum Gebrauch vom 30. Dezember 2015 ein. Die Vorinstanz liess offen, ob der Nichtgebrauch allein mit den Gebrauchsrecherchen glaubhaft gemacht werden kann, da diese durch andere bewiesene Indizien unterstützt würden. So sei unbestritten geblieben, dass die Beschwerdeführerin keine Zweigniederlassung, keine Vertretung und keine Mitarbeiter in der Schweiz habe. Weiter habe das Parteiverhör mit der Beschwerdeführerin ergeben, dass sie keine Werbung für ihre Produkte in der Schweiz mache. Sodann enthielten die von der Beschwerdeführerin selber durchgeführten Kurzrecherchen verschiedene Hinweise auf den Nichtgebrauch der strittigen Marken in der Schweiz, so beispielsweise die Ergebnisse der Online-Suche nach Werbe- oder anderen Aktivitäten in der Schweiz und der Online-Auftritt der Beschwerdeführerin. Der Schluss der von einem spezialisierten Drittunternehmen durchgeführten Gebrauchsrecherche, dass kein rechtserhaltender Gebrauch der Marken in der Schweiz vorliege, werde somit durch weitere unbestrittene bzw. bewiesene Indizien bestätigt.
Diese Würdigung der Vorinstanz ist vor dem Hintergrund des oben Gesagten nicht zu beanstanden. Auch wenn der Gebrauchsrecherche nicht der Beweiswert eines gerichtliches Gutachtens zukommt, ist sie als besonders substanziierte Parteibehauptung durchaus nicht unbeachtlich. Die Vorinstanz durfte sich zu Recht darauf stützen, zumal die darin enthaltenen Ergebnisse durch weitere unbestrittene bzw. bewiesene Indizien untermauert wurden.
4.2. Die Beschwerdeführerin macht zwar bezüglich dieser weiteren Indizien eine Verletzung der Verhandlungsmaxime nach <ref-law> geltend und bringt vor, es handle sich dabei um von den Parteien nicht behauptete Tatsachen bzw. nicht angerufene Beweismittel, jedoch zu Unrecht.
Die Beschwerdegegnerin weist in ihrer Beschwerdeantwort mit Aktenhinweisen nach, dass sie die von der Vorinstanz als weitere Indizien für den Nichtgebrauch berücksichtigten Umstände in ihren erstinstanzlichen Rechtsschriften behauptet hat, so dass die Beschwerdeführerin keinen Sitz, keine Niederlassung, keine Zweigniederlassung, keine Vertretung und keine Mitarbeiter in der Schweiz habe, keine Werbemassnahmen in der Schweiz mache und in der Schweiz nicht tätig sei. Dies blieb von der Beschwerdeführerin unwidersprochen. Von einer Verletzung der Verhandlungsmaxime kann mithin keine Rede sein. Ebensowenig liegt eine Rechtsverletzung vor, wenn die Vorinstanz die beschwerdegegnerische Behauptung mangelnder Werbe- und sonstiger Aktivitäten der Beschwerdeführerin in der Schweiz u.a. durch das Parteiverhör mit der Beschwerdeführerin und der von ihr selber durchgeführten Kurzrecherchen bestätigt sah, wie namentlich die negativen Ergebnisse der Onlinerecherchen.
4.3. Der Schluss der Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin habe den Nichtgebrauch der streitbetroffenen Marken der Beschwerdeführerin in der Schweiz glaubhaft gemacht, ist demnach nicht zu beanstanden. Damit oblag der strikte Beweis des Gebrauchs der Beschwerdeführerin. Die monierte Verletzung von <ref-law> wegen falscher Verteilung der Beweislast liegt nicht vor.
5.
5.1. Dem Vorhalt, dass ihr der Nachweis des rechtserhaltenden Gebrauchs der Schweizer Anteile der Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " nicht gelungen sei, tritt die Beschwerdeführerin mit den gleichen Vorbringen entgegen, die sie schon der Vorinstanz unterbreitet hat. Diese hat die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Umstände und Unterlagen sorgfältig gewürdigt und ist zum Schluss gelangt, dass damit ein ernsthafter markenmässiger Gebrauch nicht nachgewiesen sei. Indem die Beschwerdeführerin weiterhin auf ihren Vorbringen beharrt und dem Bundesgericht bloss ihre eigene Beurteilung derselben vorträgt, weist sie die Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht als willkürlich aus. Darauf ist nicht weiter einzugehen.
5.2. Soweit sie erneut eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes nach <ref-law> moniert und die Berücksichtigung der Aussagen aus der Parteibefragung beanstandet, verkennt sie, dass das ihr obliegende Beweisthema der rechtserhaltende Gebrauch ihrer Marken in der Schweiz bildete, wozu sie selbst die Parteibefragung beantragt hatte. Wenn die in der Parteibefragung zu diesem Beweisthema gemachten Aussagen nicht ihren Erwartungen entsprachen, und die Vorinstanz die Aussagen nicht zu Gunsten der Beschwerdeführerin würdigen konnte, liegt darin weder eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes noch des rechtlichen Gehörs sondern freie Beweiswürdigung. Dass diese willkürlich wäre, wird nicht aufgezeigt.
5.3. Auch trifft nicht zu, dass die Vorinstanz eine zu hohe Schwelle für den Nachweis des Markengebrauchs angewendet hätte.
Der rechtserhaltende Gebrauch muss nach Rechtsprechung und Lehre ernsthaft sein, das heisst von der Absicht getragen werden, jede Nachfrage zu befriedigen, ohne dass allerdings ein bestimmter Mindestumsatz erzielt werden muss. Um ernsthaft zu sein, muss der Gebrauch wirtschaftlich sinnvoll und nicht bloss zum Schein erfolgen (Urteil 4A_444/2013 vom 5. Februar 2014 E. 6.1). Der Gebrauch muss sodann im Inland nachgewiesen sein - und zwar muss das Kennzeichen im Wirtschaftsverkehr gebraucht werden. Schliesslich muss der Gebrauch funktionsgerecht als Mittel der Kennzeichnung für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen erfolgen, um rechtserhaltend zu sein; die Marke muss in einer Weise verwendet werden, die vom Verkehr als kennzeichnender Hinweis verstanden wird. Diese Funktion ist ohne weiteres erstellt, wenn die Marke auf der Ware oder deren Verpackung angebracht ist. Die Marke kann jedoch auch in anderer Weise im Zusammenhang mit den beanspruchten Produkten gebraucht werden, sofern der Verkehr die Verwendung konkret als Kennzeichnung versteht, z.B. in Angeboten, Rechnungen, Katalogen oder Ähnlichem (Urteile 4A_253/2008 vom 14. Oktober 2008 E. 2.1; 4C.159/2005 vom 19. August 2005 E. 2.2; MARBACH, a.a.O., Rz. 1335 ff.; WANG, a.a.O., N. 68 ff. zu <ref-law>; BÜRGI LOCATELLI, a.a.O., S. 37 ff.). Die Beurteilung, ob ein ernsthafter Markengebrauch vorliegt, richtet sich nach der Wahrnehmung der Kunden, an die sich das Angebot der beanspruchten Waren und Dienstleistungen richtet. Die Umstände des Einzelfalles sind zu berücksichtigen, namentlich die Gepflogenheiten des betreffenden Wirtschaftszweiges (Urteil 4A_257/2014 vom 29. September 2014 E. 3.2 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz stützte ihre Beurteilung zutreffend auf diese Grundsätze. Insbesondere ging sie bei der Frage, ob eine ernsthafte Marktbearbeitung in der Schweiz vorläge - wenn denn die Tätigkeit der Beschwerdeführerin in der Schweiz überhaupt als Marktbearbeitung eingestuft werden könnte - zutreffend von einem breiten Bevölkerungskreis als mögliche Kunden von Bankdienstleistungen aus und nicht allein vom "Nischenmarkt der Slowenen in der Schweiz". Die massgebenden Kundenkreise bestimmen sich nach den beanspruchten Waren und Dienstleistungen. Die Vorinstanz führte den sehr beschränkten Kundenkreis der Beschwerdeführerin auf den Umstand zurück, dass das Angebot der Beschwerdeführerin in der Schweiz nicht erkennbar sei, weshalb die Dienstleistungen nur von Kunden wahrgenommen würden, die einen Bezug zu Slowenien haben. Sie hat damit in nicht zu beanstandender Weise begründet, weshalb im vorliegenden Fall der sehr eingeschränkte Kundenkreis der Beschwerdeführerin gegen die Ernsthaftigkeit der Marktbearbeitung spricht.
Im Weiteren führte die Vorinstanz im Zusammenhang mit der Ernsthaftigkeit der allfälligen Marktbearbeitung an, dass es sich bei der Beschwerdeführerin "nicht um ein ganz kleines Unternehmen" handle und die beanspruchten Dienstleistungsklassen zumindest teilweise zum Kerngeschäft einer Bank gehörten. Die Beschwerdeführerin vermag diese Feststellung nicht zu widerlegen mit dem Vorbringen, dass die Beschwerdeführerin Ende 2015 1'248 Mitarbeiter zählte. Allein daraus ergibt sich die offensichtliche Unrichtigkeit der besagten Feststellung der Vorinstanz nicht. Schliesslich verfängt auch der Vorwurf der Beschwerdeführerin nicht, die Vorinstanz habe das "kompetitive Marktumfeld, sprich das hohe Angebot an Bankdienstleistungen in der Schweiz durch inländische wie auch ausländische Anbieter sowie die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin über keine Zweigniederlassung oder Vertretung in der Schweiz verfüge", nicht berücksichtigt. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern dies der Beschwerdeführerin helfen sollte oder die Anforderungen an die Ernsthaftigkeit der Markenbenutzung herabsetzen würde. Im Gegenteil: Soll die Marktbearbeitung so intensiv sein, dass sie geeignet erscheint, Marktanteile zu gewinnen bzw. zu erhalten (MARBACH, a.a.O. Rz. 1344), erfordert dies in einem kompetitiven Umfeld gerade erhöhte Präsenz. Die Vorinstanz durfte demnach die behauptete Markenbenutzung an den branchenüblichen Gepflogenheiten eines wirtschaftlich sinnvollen Handelns in der Bankenbranche messen. Wenn sie dabei keinen ernsthaften Gebrauch der streitbetroffenen Marken in der Schweiz erblicken konnte, hat sie <ref-law> nicht verletzt.
5.4. Somit bleibt es beim Schluss der Vorinstanz, dass der Beschwerdeführerin der strikte Beweis des rechtserhaltenden Gebrauchs der Schweizer Anteile der Marken Nr. 860561 und Nr. 860632 "ABANKA (fig.) " nicht gelungen ist.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Demnach wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Parteientschädigung wird entsprechend der bundesgerichtlichen Praxis festgelegt, wonach bei einer Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- die Entschädigung Fr. 6'000.-- beträgt. Die höhere Kostennote über Fr. 9'000.-- kann nicht zugesprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger