Faits :
A.
Par jugement du 24 novembre 2015, complété le 30 novembre 2015, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a reconnu X._ coupable de lésions corporelles simples qualifiées, de falsification de marchandises par métier, de violation de l'obligation de tenir une comptabilité, de violation d'une obligation d'entretien, de violation du droit à la marque par métier, de concurrence déloyale, de violation simple des règles de la circulation routière, de conduite d'un véhicule automobile malgré le refus, le retrait ou l'interdiction de l'usage du permis. Il a prononcé une peine privative de liberté de 24 mois - 12 mois fermes et 12 mois avec sursis pendant 5 ans - une peine pécuniaire de 45 jours-amende à 30 fr. le jour - 15 jours fermes et 30 jours avec sursis pendant 5 ans - peine partiellement complémentaire à celle de 15 jours-amende à 50 fr. le jour infligée le 21 septembre 2011, et une amende de 800 francs. Il a dit qu'en cas de non-paiement fautif de l'amende la peine privative de liberté de substitution sera de 8 jours. Il a révoqué le sursis octroyé le 21 septembre 2011 et ordonné l'exécution de la peine pécuniaire. Le Tribunal correctionnel a en outre condamné X._ à payer à A._ et B._ Limited un montant de 111'684 francs. Il a ordonné la confiscation et la destruction d'objets séquestrés.
B.
Par jugement du 19 mai 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis partiellement l'appel formé par X._. Elle a réformé le jugement du 24 novembre 2015 en ce sens que X._ est libéré de l'accusation de concurrence déloyale, A._ SA est renvoyée à agir devant le juge civil pour ses prétentions contre X._ et ce dernier est le débiteur d'un montant de 16'250 fr. à A._ AG au titre d'indemnité pour ses dépenses occasionnées par la procédure. La Cour d'appel a maintenu les autres prononcés de culpabilité ainsi que les peines ordonnées, la peine pécuniaire étant toutefois déclarée complémentaire non seulement à celle prononcée le 21 septembre 2011, mais également à celles infligées les 1er novembre 2011 et 21 août 2012. L'ordre de confiscation et de destruction prononcé en première instance était maintenu.
En substance, la Cour d'appel a constaté les faits suivants, ici encore pertinents pour le sort de la présente cause:
- Entre janvier 2010 et le 29 décembre 2010, X._ a mis en vente dans ses boutiques de nombreuses contrefaçons de vêtements, chaussures et accessoires de marques de luxe A._, G._, H._, I._, J._, K._, L._ et M._ en les faisant passer pour des produits originaux. Il a également conservé en dépôt de nombreuses contrefaçons d'articles des marques précitées en vue de les mettre en vente ultérieurement en les faisant passer pour des produits authentiques. 289 contrefaçons de produits des marques A._, G._, H._, I._, J._, K._ ont été séquestrées le 28 septembre 2010.
- Pendant cette période, X._, directement ou par l'intermédiaire de ses employés, a vendu en quatre fois dix contrefaçons de produits de luxe.
- En août 2013, il a en outre vendu à un tiers deux contrefaçons de ceinture N._ pour un prix total de 240 francs.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 19 mai 2016. Il conclut à sa réforme en ce sens que la peine prononcée est largement réduite à une peine pécuniaire assortie du sursis, que seules les marchandises séquestrées attestées comme étant des contrefaçons sont confisquées et détruites et qu'une partie importante des frais sont laissés à la charge de l'Etat. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement du 19 mai 2016 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite le constat de l'effet suspensif du recours et le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer sur les griefs relatifs à la peine et au refus du sursis complet uniquement, l'autorité précédente et le ministère public y ont renoncé. B._ Limited et A._ SA ont déposé une réponse au recours, sans y avoir été invitées.

Considérant en droit :
1.
Le recourant, sans conclure formellement à son acquittement de l'infraction à l'<ref-law>, requiert dans sa motivation sa libération de ce chef d'accusation.
Le recourant n'avait pas pris une telle conclusion par rapport à cette infraction dans sa déclaration d'appel au plan cantonal. La conclusion formulée dans le recours en matière pénale est donc nouvelle et par conséquent irrecevable (<ref-law>).
2.
Pour le surplus, le recourant ne conteste parmi les prononcés de culpabilité retenus à son encontre que celui de falsification de marchandises par métier au sens de l'art. 155 ch. 1 et 2 CP.
2.1. Aux termes de cette disposition, celui qui, en vue de tromper autrui dans les relations d'affaires, aura fabriqué des marchandises dont la valeur vénale réelle est moindre que ne le font croire les apparences notamment en contrefaisant ou en falsifiant ces marchandises, aura importé, pris en dépôt ou mis en circulation de telles marchandises, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire, pour autant que l'infraction ne tombe pas sous le coup d'une disposition prévoyant une peine plus sévère (ch. 1). En vertu de l'<ref-law>, si l'auteur fait métier de tels actes, la peine est une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou une peine pécuniaire, pour autant que l'infraction ne tombe pas sous le coup d'une disposition prévoyant une peine plus sévère.
Selon le Message du Conseil fédéral, l'<ref-law>, entré en vigueur dans la teneur précitée le 1er janvier 1995, représente une simplification des dispositions pénales que le droit en vigueur consacrait à la falsification de marchandises et aux infractions commises au moyen de marchandises falsifiées. L'<ref-law> réunit en effet en une seule disposition les éléments constitutifs de la falsification de marchandises (art. 153 aCP), de la mise en circulation de marchandises falsifiées (art. 154 aCP) et de l'importation et de la prise en dépôt de marchandises falsifiées (art. 155 aCP). Le terme " fabriquer " (herstellen) remplace les verbes " contrefaire " (nachmachen) et " falsifier " (verfälschen) employés dans le droit en vigueur. En ce qui concerne la punissabilité, peu importe donc que l'auteur falsifie une marchandise en modifiant l'original (falsification au sens étroit) ou en fabriquant une copie de toutes pièces à partir de matières premières sans origine particulière (contrefaçon). La nouvelle formulation met l'accent sur les apparences de la marchandise falsifiée qui laissent croire que sa valeur courante est supérieure à celle qu'elle a en réalité et créent ainsi un risque de confusion sur le marché. A cet égard, la manière dont l'auteur parvient à simuler ces apparences trompeuses est sans importance. Il peut s'agir d'une modification de la substance, comme le fait d'ajouter de l'eau au lait ou de couper du vin. La tromperie peut aussi résider dans une modification de la présentation du produit, au moyen par exemple d'un emballage qui suggère une contenance beaucoup plus importante qu'elle ne l'est en réalité. En résumé, la notion de falsification s'apprécie non plus en fonction de la modification, mais bien de la différence entre la valeur réelle et la valeur simulée d'une marchandise. L'<ref-law> entend garantir que l'acquéreur ne reçoive pas une marchandise qu'il n'aurait achetée qu'à un prix inférieur ou qu'il n'aurait pas achetée du tout si elle ne lui avait pas été présentée sous une apparence, une désignation ou un emballage trompeurs. Il est dès lors capital de savoir si la valeur vénale réelle de la marchandise correspond à sa valeur vénale apparente. Il faut partir du principe que l'imitation, même la plus fidèle, d'un article de marque a en principe une valeur inférieure à celle de l'original, dans la mesure où la copie est privée d'une caractéristique essentielle: celle, précisément, d'être un article de marque, bénéficiant généralement d'avantages non négligeables, tels que service après-vente, garantie ou vaste réseau de concessionnaires par exemple (Message concernant la modification du code pénal suisse et du code pénal militaire [infractions contre le patrimoine et faux dans les titres] ainsi que la modification de la loi fédérale sur l'approvisionnement économique du pays [dispositions pénales] du 24 avril 1991, FF 1991 II 933, p. 1006 ss, ad ch. 213.21).
2.2. Le recourant reproche à l'autorité précédente de n'avoir pas mis en oeuvre d'expertise afin d'établir le caractère authentique des articles concernés, leur prix d'achat et de vente ainsi que leur valeur intrinsèque. Il invoque l'arbitraire, ainsi que la violation de la garantie à un procès équitable, des <ref-law>, 29 al. 2 Cst. et 6 CEDH (égalité des armes).
Le recourant avait sollicité la mise en oeuvre d'une expertise à l'appui de son appel. L'autorité précédente l'a refusée par décision du 18 avril 2016. Le recourant n'indique pas, et cela ne ressort pas du procès-verbal d'audience d'appel, qu'il aurait renouvelé sa requête de mise en oeuvre d'expertise. Que ce soit sous l'angle de l'épuisement des voies de droit cantonales ou du principe de la bonne foi, son moyen est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93; cf. également arrêt 6B_728/2014 du 3 juin 2015 consid. 2).
2.3. Le recourant conteste les faits retenus par l'autorité précédente.
2.3.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel qui reverrait librement les faits. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375), ce qu'il appartient au recourant d'alléguer et d'étayer conformément aux exigences de motivation strictes posées par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375).
2.3.2. En premier lieu, le recourant conteste que les produits litigieux aient été des contrefaçons, arguant qu'il s'agissait de produits authentiques uniquement munis d'étiquettes incorrectes.
L'autorité précédente est parvenue au constat qu'il s'agit de produits faux sur la base des rapports des parties plaignantes, qu'elle a estimés motivés et circonstanciés, relevant que le recourant ne soulevait à leur encontre aucun élément permettant de mettre en cause l'appréciation qu'ils contiennent.
Le recourant oppose à ces preuves ses propres déclarations, ainsi que les témoignages de O._ et de P._. Que des usines officielles produisent des surplus authentiques munis d'étiquettes non conformes vendus ensuite au marché gris n'est toutefois pas propre à rendre arbitraire le constat que les marchandises visées concrètement par la présente procédure pénale étaient des faux, quelle que soit l'étiquette qui y était jointe. Pour le surplus, l'argumentation est appellatoire et donc irrecevable. Le recourant se réfère ensuite à " des exemples tirés de la pièce 34 (34/1, 34/6, 34/7, 34/13, 24/14, 34/21, 34/23, 34/26, etc ", sans plus de détail. Une telle référence est insuffisante au vu des exigences de motivation strictes posées par l'<ref-law>, l'autorité précédente ayant au demeurant cité précisément ces preuves pour écarter le grief du recourant qu'il ne se serait agi que d'un problème d'étiquetage sur des produits authentiques. Le grief est à cet égard irrecevable. Est également insuffisamment motivée la contestation du recourant quant au rapport des parties plaignantes.
En conséquence, le grief d'arbitraire soulevé à l'encontre de la constatation cantonale que les produits litigieux n'étaient pas des produits authentiques est infondé dans la mesure de sa recevabilité.
Dans ce contexte, le grief de violation du principe de la présomption d'innocence en tant que règle sur le fardeau de la preuve est également infondé. L'autorité précédente n'a en effet pas retenu que les produits incriminés étaient faux car le recourant n'avait pas prouvé qu'ils étaient authentiques, mais sur la base de rapports qu'elle a estimés convaincants. Qu'elle ait relevé que le recourant ne soulevait aucun grief à l'encontre de la force probante accordée à ces rapports n'est pas propre à fonder le moyen soulevé.
2.3.3. Le recourant reproche à l'autorité précédente de n'avoir pas cherché à savoir quelle était sa volonté. Il invoque avoir été persuadé d'acquérir des produits authentiques, n'escomptait aucun gain illicite de son activité et avait écarté la possibilité d'être en possession de contrefaçons, n'imaginant pas avoir payé du faux au prix du vrai.
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève de la constatation des faits (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375; également <ref-ruling> consid. 12 p. 152).
L'autorité précédente a retenu que le recourant s'était approvisionné chez des fournisseurs dont il n'avait pas vérifié qu'ils étaient livrés par des marques elles-mêmes. En tant que professionnel de la branche, il ne pouvait ignorer que des contrefaçons d'objets de luxe pouvaient circuler. Il n'a pris absolument aucune précaution pour éviter la réalisation du risque qu'il a concrétisé. Le recourant devait nécessairement être conscient qu'il risquait de se voir confronté à des faux en s'écartant des circuits de distribution traditionnels. L'autorité précédente a par conséquent jugé qu'il en avait accepté le résultat pour le cas où il se produirait.
A l'encontre de ces constatations, le recourant ne présente qu'une argumentation appellatoire, invoquant de nombreux faits s'écartant de ceux retenus par l'autorité précédente sans même indiquer quelles preuves au dossier les établiraient. Son argumentation et avec elle le grief d'arbitraire soulevé sont irrecevables.
2.4. Le recourant conteste sa condamnation en vertu de l'<ref-law> en arguant, s'agissant des éléments objectifs, qu'il ne s'agissait que d'un problème d'étiquetage de produits authentiques. En tant qu'il se fonde sur des faits non constatés par l'autorité précédente sans que l'arbitraire de leur omission ne soit démontré - l'authenticité des produits incriminés -, ce grief est irrecevable. Pour le surplus, au vu des constats de l'autorité précédente que les objets incriminés conservés en dépôt respectivement mis en vente étaient des produits faux ayant une valeur vénale réelle bien inférieure à celle d'articles authentiques pour lesquels le recourant tentait de les faire passer, les éléments objectifs de l'infraction visée par l'<ref-law> étaient tous réunis. Le grief est infondé.
2.5. Le recourant conteste la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction.
2.5.1. Il invoque que le dol éventuel retenu par l'autorité précédente n'est pas suffisant pour fonder l'infraction sanctionnée par l'<ref-law>: cette disposition exigeant que l'auteur agisse " dans le but de tromper autrui ", un tel dessein ne pourrait être réalisé par dol éventuel seulement.
Ce faisant, le recourant passe sous silence la jurisprudence qui admet dans de nombreuses infractions impliquant un dessein spécial que celui-ci peut être réalisé par dol éventuel (<ref-ruling> consid. 2a p. 34 et plus récemment arrêt 6B_356/2016 du 6 mars 2017 consid. 2.1 s'agissant du dessein d'enrichissement prévu par l'<ref-law> sanctionnant l'abus de confiance; arrêt 6B_845/2014 du 16 mars 2015 consid. 3.5 concernant le dessein d'enrichissement illégitime prévu par l'<ref-law> sanctionnant la gestion déloyale qualifiée; arrêt 6B_541/2011 du 18 octobre 2011 consid. 4.5 s'agissant du dessein de nuire ou d'obtenir un avantage illicite prévu par l'<ref-law> sanctionnant le faux dans les titres; arrêt 6B_1169/2014 du 6 octobre 2015 consid. 2.1 relatif au dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite ou de nuire à autrui prévu par l'<ref-law> sanctionnant l'abus d'autorité). Il n'y a pas lieu de s'écarter de cette jurisprudence s'agissant de l'<ref-law>. Le dessein de tromper autrui prévu par cette disposition peut être réalisé par dol éventuel. Le grief est infondé.
2.5.2. Le recourant nie pour le surplus avoir agi par dol éventuel et indique avoir uniquement fait preuve de négligence, non punissable. Fondant son grief sur des faits qui n'ont pas été constatés par l'autorité précédente sans que l'arbitraire de leur omission ne soit démontré (cf. supra consid. 2.3.3) le grief est irrecevable. L'appréciation de l'autorité précédente, au vu des faits constatés (cf. supra consid. 2.3.3 3e paragraphe), que le recourant avait agi intentionnellement, sous la forme du dol éventuel, ne prête pour le surplus pas flanc à la critique et ne viole pas l'art. 12 al. 2 et 3 CP.
2.6. Le recourant conteste que la circonstance du métier, visée par l'<ref-law>, puisse lui être imputée.
2.6.1. L'auteur agit par métier lorsqu'il résulte du temps et des moyens qu'il consacre à ses agissements délictueux, de la fréquence des actes pendant une période déterminée ainsi que des revenus envisagés ou obtenus qu'il exerce son activité coupable à la manière d'une profession, même accessoire. Il faut que l'auteur aspire à obtenir des revenus relativement réguliers représentant un apport notable au financement de son genre de vie et qu'il se soit ainsi, d'une certaine façon, installé dans la délinquance (<ref-ruling> c. 2.1 p. 254, plus récemment arrêt 6B_1240/2015 du 7 juillet 2016 consid. 1.1).
2.6.2. L'autorité précédente a souligné que la définition du métier ne se limitait pas au gain réalisé, mais s'étendait à celui escompté. Vu sa situation financière précaire, le recourant n'étant même pas en mesure de payer les contributions d'entretien mises à sa charge, la vente des centaines d'objets en cause était manifestement de nature à lui apporter une part non négligeable de la couverture de ses besoins financiers. Il ne faisait ainsi aucun doute que la circonstance aggravante du métier était réalisée.
2.6.3. Le recourant fonde son grief sur le fait qu'il aurait méconnu la nature irrégulière de son activité, de sorte qu'on ne pouvait lui imputer d'avoir escompté un gain illicite de celle-ci. Ce faisant il s'écarte de manière irrecevable des faits constatés par l'autorité précédente, soit qu'il devait nécessairement être conscient qu'il risquait de se voir confronté à des faux et en avait accepté le résultat pour le cas où il se produirait. Ce résultat était dans le cas d'espèce de prendre en dépôt, respectivement de vendre de faux produits de luxe en les présentant comme des produits authentiques, soit comme ayant une valeur vénale supérieure à celle réelle. Son grief est à cet égard irrecevable. Il l'est également dans la mesure où il se fonde sur des faits non constatés par l'autorité précédente, notamment le prix d'acquisition des produits, sans même indiquer quelles preuves établiraient ces faits.
Au demeurant, le recourant a acquis des centaines de contrefaçons différentes, de plusieurs marques de luxe distinctes, afin de les revendre dans ses magasins en faisant croire aux clients que ces produits étaient authentiques et avaient donc une valeur vénale supérieure à la valeur vénale réelle des contrefaçons que les produits étaient. Au vu des produits en cause, de leur nombre important, des faibles revenus du recourant, le revenu réalisé, respectivement escompté de la vente des contrefaçons litigieuses permettait de retenir la circonstance du métier. La condamnation du recourant en vertu de l'art. 155 ch. 1 et 2 CP ne prête pas flanc à la critique.
3.
Le recourant critique la peine prononcée. Il conteste tant la nature de la peine privative de liberté ordonnée, alors qu'une peine pécuniaire aurait selon lui suffit, que sa quotité, manifestement excessive. Il estime en outre que la peine aurait dû être réduite afin notamment de tenir compte du classement de l'accusation d'infraction à la LCD prononcé en appel. Il reproche enfin à l'autorité précédente de ne pas s'être prononcée sur le grief relatif au sursis que le recourant avait invoqué dans son appel, ce en violation des <ref-law> et 29 al. 2 Cst. Au vu de la peine privative de liberté de deux ans prononcée, l'autorité d'appel aurait dû analyser la question de l'application de l'<ref-law>, le refus du sursis intégral ou à tout le moins plus important procédant d'une appréciation arbitraire des circonstances pertinentes.
3.1.
3.1.1. La peine pécuniaire constitue la sanction principale dans le domaine de la petite et moyenne criminalité, les peines privatives de liberté ne devant être prononcées que lorsque l'Etat ne peut garantir d'une autre manière la sécurité publique. Lorsque tant une peine pécuniaire qu'une peine privative de liberté entrent en considération et que toutes deux apparaissent sanctionner de manière équivalente la faute commise, il y a en règle générale lieu, conformément au principe de la proportionnalité, d'accorder la priorité à la première, qui porte atteinte au patrimoine de l'intéressé et constitue donc une sanction plus clémente qu'une peine privative de liberté, qui l'atteint dans sa liberté personnelle (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 100 s.). Le choix de la sanction doit être opéré en tenant compte au premier chef de l'adéquation de la peine, de ses effets sur l'auteur et sur sa situation sociale ainsi que de son efficacité du point de vue de la prévention (<ref-ruling> consid. 2.3.4 p. 301; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 100). La faute de l'auteur n'est en revanche pas déterminante (<ref-ruling> consid. 2.3.4 p. 301).
3.1.2. Le juge fixe la quotité de la peine d'après la culpabilité de l'auteur (<ref-law>). Elle doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle, la vulnérabilité face à la peine et le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 66 s).
Le juge exprime dans sa décision les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.5 p. 59). La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté. Le juge n'est toutefois pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; également <ref-ruling> consid. 2.4.3 p. 271).
3.1.3. Lorsque le prévenu est condamné pour plusieurs infractions en première instance, puis qu'il est acquitté de certains chefs d'accusation en appel, sa faute est diminuée, ce qui doit entraîner en principe une réduction de la peine. La juridiction d'appel est toutefois libre de maintenir la peine infligée en première instance, mais elle doit motiver sa décision, par exemple en expliquant que les premiers juges auraient mal apprécié les faits en fixant une peine trop basse qu'il n'y aurait pas lieu de réduire encore (<ref-ruling> consid. 4 p. 397; plus récemment arrêt 6B_335/2016 du 24 janvier 2017 consid. 3.3.1).
3.1.4. Si le juge doit prononcer une condamnation pour une infraction que l'auteur a commise avant d'avoir été condamné pour une autre infraction, il fixe la peine complémentaire de sorte que l'auteur ne soit pas puni plus sévèrement que si les diverses infractions avaient fait l'objet d'un seul jugement (<ref-law>). Concrètement, le juge se demande d'abord quelle peine d'ensemble aurait été prononcée si toutes les infractions avaient été jugées simultanément. La peine complémentaire est constituée de la différence entre cette peine d'ensemble et la peine de base, à savoir celle prononcée précédemment (<ref-ruling> consid. 6.1.2 p. 67). En présence d'un concours rétrospectif, le juge doit exceptionnellement exposer au moyen de chiffres comment il a fixé la peine qu'il prononce (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 268; <ref-ruling> consid. 8.3).
3.1.5. Aux termes de l'<ref-law>, le juge suspend en règle générale l'exécution d'une peine pécuniaire ou d'une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détourner l'auteur d'autres crimes ou délits. Pour l'octroi ou le refus du sursis, le juge doit poser un pronostic quant au comportement futur de l'auteur. La question de savoir si le sursis serait de nature à détourner le prévenu de commettre de nouvelles infractions doit être tranchée sur la base d'une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments propres à éclairer l'ensemble du caractère du prévenu et ses chances d'amendement. Il n'est pas admissible d'accorder un poids particulier à certains critères et d'en négliger d'autres qui sont pertinents. Le juge doit par ailleurs motiver sa décision de manière suffisante (cf. <ref-law>). Sa motivation doit permettre de vérifier s'il a tenu compte de tous les éléments pertinents et comment ils ont été appréciés. Le sursis est la règle dont on ne peut s'écarter qu'en présence d'un pronostic défavorable. Il prime en cas d'incertitude (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 185 s. et les références citées).
Lorsque la durée de la peine pécuniaire ou de la peine privative de liberté se situe entre un et deux ans, permettant donc le choix entre le sursis complet (<ref-law>) et le sursis partiel (<ref-law>), l'octroi du sursis au sens de l'<ref-law> est la règle et le sursis partiel l'exception. Celui-ci ne doit être prononcé que si, sous l'angle de la prévention spéciale, l'octroi du sursis pour une partie de la peine ne peut se concevoir que moyennant exécution de l'autre partie. La situation est comparable à celle où il s'agit d'évaluer les perspectives d'amendement en cas de révocation du sursis. Lorsqu'il existe, notamment en raison de condamnations antérieures, de sérieux doutes sur les perspectives d'amendement de l'auteur, qui ne permettent cependant pas encore, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des circonstances, de motiver un pronostic concrètement défavorable, le tribunal peut accorder un sursis partiel au lieu du sursis total. On évite de la sorte, dans les cas de pronostics très incertains, le dilemme du " tout ou rien " (<ref-ruling> consid. 5.5.2 p. 14 s.). Un pronostic défavorable, en revanche, exclut tant le sursis partiel que le sursis total (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 10; également <ref-ruling> consid. 3.3 p. 277).
3.1.6. Lorsque la juridiction d'appel entre en matière, elle rend un nouveau jugement qui remplace le jugement de première instance (<ref-law>). La possibilité de renvoyer à l'exposé des motifs de l'autorité inférieure (<ref-law>) doit être utilisée avec réserve. Un renvoi n'entre en considération, lorsque l'état de fait ou l'application du droit est contesté, que lorsque l'autorité de recours fait totalement siennes les considérations de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 246).
3.2. En l'occurrence, l'autorité précédente a classé l'accusation de concurrence déloyale, retenant pour les mêmes faits un concours imparfait entre l'<ref-law> et les art. 23 al. 1 et 3 al. 1 LCD, la première disposition absorbant les secondes. Jugeant cette constatation académique, puisque le complexe de fait litigieux tombait déjà sous le coup des <ref-law> et 61 al. 1 et 3 LPM, elle a estimé que l'admission du grief n'emportait pas en soi une réduction de peine. Elle a ensuite admis une mauvaise application de l'<ref-law> concernant le concours rétrospectif, la peine pécuniaire étant partiellement complémentaire non seulement à la peine prononcée le 21 septembre 2011, mais également à celles infligées les 1er novembre 2011 et 21 août 2012. L'autorité précédente a estimé que ce changement n'entraînait pas non plus une modification de la peine prononcée. A l'encontre du grief du recourant que la peine était excessive, l'autorité précédente a estimé que la récidive en cours d'enquête pouvait être retenue à charge. Pour le surplus, elle a relevé que l'appréciation des premiers juges reposait sur des circonstances pertinentes dans le cadre de la fixation de la peine et s'avérait conforme aux éléments du dossier. Elle ne prêtait pas flanc à la critique et pouvait être confirmée. Cette appréciation, figurant sous " Autres " du jugement de première instance, p. 27 ch. 7, retient sans préambule que la culpabilité du recourant est très lourde, qu'on ne compte pas les récidives en cours d'enquête et les comportements délictueux qui se poursuivent malgré les perquisitions et l'intervention de la justice pénale. L'autorité de première instance illustre ensuite son propos par deux exemples et relève l'absence de regret et de prise de conscience. Elle estime ensuite ne pouvoir retenir qu'un pronostic lourdement défavorable mais met le recourant au bénéfice d'un sursis partiel pour la moitié de la peine privative de liberté. S'agissant de la quotité de la peine, elle estime les réquisitions du ministère public trop modérées et prononce une peine plus élevée, sans toutefois indiquer sa quotité dans son raisonnement. Vu le texte de l'<ref-law>, elle inflige " en outre une peine pécuniaire, ici également avec sursis partiel, partiellement complémentaire à celle de 2011, dont le sursis doit être révoqué. Il y a enfin lieu de prononcer une amende pour la contravention LCR " (jugement du 24 novembre 2015, p. 27-28).
3.3. Même si on devait considérer que l'autorité précédente a implicitement et de manière admissible renvoyé à la motivation de l'autorité de première instance, la motivation ne serait pas suffisante au regard des principes rappelés ci-dessus, ce qui empêche la vérification par le Tribunal fédéral de la correcte application du droit. L'autorité précédente n'explique ni directement ni indirectement pour quel motif elle a choisi, entre une peine privative de liberté ou une peine pécuniaire prévue alternativement pour sanctionner le crime et chacun des délits retenus, de prononcer ces deux sanctions. La motivation qui précède ne permet pas plus de suivre le raisonnement de l'autorité précédente s'agissant de la quotité des peines prononcées, conformément à la jurisprudence mentionnée ci-dessus. La durée de la peine pécuniaire n'est en particulier pas motivée. Bien que prononçant une peine complémentaire, l'autorité précédente ne respecte pas les principes arrêtés par la jurisprudence pour la fixer. Enfin, l'autorité précédente, en violation du droit d'être entendu du recourant consacré par l'art. 29 al. 2 Cst., n'a pas statué sur le grief soulevé en appel à l'encontre du refus du sursis intégral. La motivation de première instance, admettant un sursis partiel malgré un pronostic alors jugé défavorable n'est au demeurant pas conforme à la jurisprudence fédérale, l'interdiction de la reformatio in pejusempêchant toutefois qu'il puisse être revenu sur ce point en défaveur du recourant (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 91).
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis, la décision attaquée annulée et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les questions de la peine, tant dans sa nature que de sa quotité, et du sursis.
4.
Le recourant conclut à ce qu'il soit dit que seules les marchandises séquestrées, attestées comme étant des contrefaçons, sont confisquées et détruites. Faute de motivation, cette conclusion est irrecevable.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite relativement à l'admission partielle de son recours (<ref-law>), ce qui rend sa demande d'assistance judiciaire sans objet dans cette mesure. Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Le recourant supportera des frais réduits en raison de l'issue de la procédure et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Seules les questions de la peine et du sursis justifiaient, au sens de l'<ref-law>, un échange d'écritures. Les parties plaignantes et intimées, qui ne peuvent pas interjeter appel sur la question de la peine ou de la mesure prononcée (<ref-law>), n'ont ainsi pas été appelées à se déterminer sur ces points. Il ne se justifie par conséquent pas de leur allouer d'indemnités pour le travail fourni en rapport avec la réponse déposée par leur soin de manière spontanée, ni de mettre des dépens à leur charge en faveur du recourant.
L'issue du litige rend sans objet la requête d'effet suspensif.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée, dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le canton de Vaud versera en mains du conseil du recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 13 septembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod