Sachverhalt:
A._ hat den Sohn B._, der 1999 geboren und 2017 volljährig wurde.
Am 10. Dezember 2015 gelangte der Schulleiter an die KESB Münchwilen, der Vater lasse den Sohn nicht mehr in die Wohnung. In einem Gespräch mit der KESB schilderte dieser die Probleme mit seinem Sohn.
Am 22. März 2016 errichtete die KESB Münchwilen eine Erziehungsbeistandschaft.
Mit superprovisorischem Entscheid vom 14. Oktober 2016 entzog die KESB Münchwilen dem Vater das Aufenthaltsbestimmungsrecht und platzierte den Sohn in einer Pflegefamilie.
Im Rahmen vorsorglicher Massnahmen bestätigte die KESB Münchwilen mit Entscheid vom 9. Dezember 2016 den superprovisorischen Entscheid.
Aufgrund der aufgetretenen Probleme teilte die Pflegefamilie mit, sie sei zur weiteren Beherbergung von B._ nicht mehr bereit.
Mit Entscheid vom 16. Februar 2017 entzog die KESB Münchwilen dem Vater das Aufenthaltsbestimmungsrecht und hielt fest, dass B._ nach erfolgreichem Drogenentzug frühestens ab 6. März 2017 in der Modellstation C._ in U._ unterzubringen sei.
Im Rahmen eines "runden Tisches" gab der Vater an, Schulden zu haben und den Blödsinn seines Sohnes nicht finanzieren zu können; er habe ihn aufgegeben, weil er nur Probleme mache und Kosten verursache.
Am 30. März 2017 reichte A._ gegen die beiden Entscheide der KESB Münchwilen vom 9. Dezember 2016 und vom 16. Februar 2017 Beschwerde ein.
Mit Entscheid vom 26. April 2017 trat das Obergericht des Kantons Thurgau darauf nicht ein.
Gegen diesen Entscheid hat A._ am 12. Juni 2017 eine Beschwerde eingereicht mit dem Begehren um Untersuchung des Falles und Prüfung, ob die Entscheidungen der KESB nach Schweizer Recht richtig gewesen seien. Ferner wird sinngemäss die unentgeltliche Rechtspflege verlangt. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist der kantonal letztinstanzliche Entscheid betreffend den Entzug des Aufenthaltsbestimmungsrechts im Rahmen einer kindesschutzrechtlichen Massnahme; die Beschwerde in Zivilsache ist grundsätzlich gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
2.
Das Obergericht hat begründet, wieso auf die am 30. März 2017 eingereichte Beschwerde wegen Verspätung nicht eingetreten werden konnte, und zwar soweit sie sich gegen den Massnahmeentscheid vom 9. Dezember 2016 (Meldung zur Abholung am 12. Dezember 2016; Ablauf der 7-tägigen Abholungsfrist am 19. Dezember 2016; Zustellfiktion aufgrund der vorausgegangenen Behördenkontakte im Rahmen des Verfahrens betreffend superprovisorische Massnahmen; 10-tägige Beschwerdefrist) als auch gegen den im ordentlichen Verfahren ergangenen Entscheid vom 16. Februar 2017 richtete (Meldung zur Abholung am 17. Februar 2017; Ablauf der 7-tägigen Abholungsfrist am 24. Februar 2017; Zustellfiktion aufgrund des vorausgegangenen Massnahmeverfahrens; Ablauf der 30-tägigen Beschwerdefrist am 27. März 2017).
Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Begründung muss sachbezogen sein und sich auf den Streitgegenstand beziehen und beschränken; die beschwerdeführende Partei hat in gezielter Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheides massgeblichen Erwägungen plausibel aufzuzeigen, welche Rechte bzw. Rechtsnormen die Vorinstanz verletzt haben soll (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 116).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit keinem Wort mit den vorinstanzlichen Nichteintretenserwägungen auseinander, sondern er bezieht sich einzig auf die - jedoch lediglich subsidiär erfolgten - materiellen Ausführungen des Obergerichtes. Es müsste indes mit kurzen Worten dargetan werden, inwiefern das Obergericht auf die Beschwerde hätte eintreten sollen und gegen welche Rechtssätze es verstossen hat, indem es die Beschwerde als verspätet betrachtete.
3.
Nach dem Gesagten ist durch Präsidialentscheid auf die Beschwerde nicht einzutreten (<ref-law>).
Angesichts der konkreten Umstände wird auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet (<ref-law>). Damit ist das sinngemässe Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der KESB Münchwilen und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli