Sachverhalt:
A.
C._ (Käufer, Kläger, Beschwerdeführer) kaufte am 12. September 2012 von B._ (Verkäufer, Beklagter, Beschwerdegegner) die Liegenschaft GB U._ Nr. xxx zum Preis von Fr. 1'200'000.--. Er leistete gestaffelte Kaufpreiszahlungen von insgesamt Fr. 1'150'000.--. Für den Restbetrag von Fr. 50'000.-- gewährte der Verkäufer dem Käufer ein Darlehen, verzinslich zu 1,5 % und rückzahlbar bis 28. Februar 2013. A._ (Lebenspartnerin, Solidarschuldnerin) verpflichtete sich in diesem Darlehensvertrag als Solidarschuldnerin.
Der Käufer blieb nach Ablauf der Zahlungsfrist Fr. 20'000.-- aus dem Darlehen schuldig. Gegen den Zahlungsbefehl Nr. yyy des Betreibungsamtes Sisseln vom 18. Oktober 2013 erhob er Rechtsvorschlag. Mit Entscheid vom 14. Mai 2014 wurde dem Verkäufer für den Betrag von Fr. 20'000.-- provisorische Rechtsöffnung erteilt.
B.
B.a. Am 16. Mai 2014 reichte der Käufer beim Bezirksgericht Laufenburg Aberkennungsklage ein mit folgendem (am 14. Juli 2014 ergänztem) Begehren:
"Die Aberkennungsklage sei gutzuheissen, d.h. die Forderung von Fr. 20'000.--, für welche mit Rechtsöffnungsentscheid des Bezirksgerichts Laufenburg provisorisch Rechtsöffnung erteilt wurde, sei abzuerkennen.
Dem Aberkennungskläger sei der Betrag zuzusprechen, den es kostet, sämtliche Mängel an der Wärmepumpe-Heizung [rektifiziert vom Kläger am 16. Juli 2014] zu beseitigen (plus die Beträge gemäss Begründung Ziff. 5a). Im Umfang des gerichtlich festgestellten Betrags sei die Forderung abzuerkennen. Übersteigt der Betrag Fr. 20'000.00, sei die Differenz dem Aberkennungskläger widerklageweise zuzusprechen. Im Betrag von Fr. 2'104.65 gemäss nachfolgender Begründung Ziffer 5c und von Fr. 849.15 gemäss Ziff. 5c ist die Forderung ohnehin abzuerkennen.
Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten des Aberkennungsbeklagten (inklusive Kosten / Aufwand des Rechtsöffnungsverfahrens).
Da ein relevanter Heizungs-Mangel besteht, seien die Kosten unabhängig vom quantitativen Ergebnis vollumfänglich dem Aberkennungsbeklagten zu auferlegen.
Der vorliegende Aberkennungsprozess sei mit dem Verfahren VZ.2014.1 (in Sachen A._ / B._) zu vereinigen."
In der Replik vom 12. Dezember 2014 stellte der Kläger das folgende Begehren:
"Die Aberkennungsklage sei gutzuheissen, d.h. die Forderung von Fr. 20'000.00, für welche mit Rechtsöffnungsentscheid des Bezirksgerichts Laufenburg provisorisch Rechtsöffnung erteilt wurde, sei abzuerkennen.
Dem Aberkennungskläger sei der Betrag zuzusprechen, den es kostet, sämtliche Mängel an der Wärmepumpe / der Heizung zu beseitigen (plus die Beträge für den Strom, mindestens Fr. 2'104.65 gemäss der damaligen Begründung Ziffer 5a; plus mindestens Fr. 1'529.50 für die beigezogenen Handwerker (also zusätzliche Fr. 680.35 im Vergleich zur Ziffer 5c in der Ergänzung Klagebegründung (damals noch geschätzt)).
Falls der zuzusprechende Betrag Fr. 20'000.00 übersteigt, sei die Differenz dem Aberkennungskläger zuzusprechen, in Anbetracht der in einem Aberkennungsprozess "vertauschten Klägerrollen" sozusagen widerklageweise. Der Betrag für die Mängelbehebung sei durch das Gericht nach erfolgtem Beweisverfahren festzusetzen.
Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten des Aberkennungsbeklagten (inklusive Kosten / Aufwand des Rechtsöffnungsverfahrens)."
Der Beklagte beantragte die Abweisung sämtlicher Anträge des Klägers, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Verfügung vom 20. Juli 2015 wies der Präsident des Bezirksgerichts Laufenburg den prozessualen Antrag auf Vereinigung der Verfahren ab.
Mit Entscheid vom 22. April 2016 wies der Präsident des Bezirksgerichts Laufenburg die Aberkennungsklage im vereinfachten Verfahren kostenfällig ab.
B.b. Der Kläger gelangte mit Berufung an das Obergericht des Kantons Aargau. Er beantragte die Gutheissung seiner erstinstanzlichen Anträge und stellte eine Vielzahl prozessualer Begehren.
Mit Urteil vom 2. November 2016 trat das Obergericht des Kantons Aargau auf das Ausstandsgesuch gegen Oberrichter Marbet nicht ein (Ziffer 1), trat auf das Protokollberichtigungsbegehren nicht ein (Ziffer 2) und wies die Berufung ab (Ziffer 3). Die Kosten auferlegte es dem Kläger (Ziffern 4 und 5). Das Obergericht erklärte das Ausstandsgesuch für missbräuchlich und stellte fest, dass das Protokollberichtigungsbegehren jeglicher Begründung entbehrte. In der Sache kam das Obergericht zum Schluss, die Rüge für allfällige Mängel an der Heizung sei verspätet erhoben worden.
C.
Der Kläger hat Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Er beantragt "es sei das obergerichtliche Urteil vollumfänglich aufzuheben und es sei den klägerischen Anträgen im obergerichtlichen Verfahren stattzugeben". Er rügt, die Vorinstanz habe die Zusammenlegung der Verfahren zu Unrecht verweigert sowie nicht begründet und damit das rechtliche Gehör und <ref-law> verletzt, auf das Ausstandsgesuch sei zu Unrecht und auf das Protokollberichtigungsbegehren überspitzt formalistisch nicht eingetreten worden und die Mängelrüge sei nicht verspätet erfolgt.
Der Beschwerdegegner beantragt in der Antwort, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.
Die Vorinstanz hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob die Beschwerde zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz entschieden hat (<ref-law>), der Beschwerdeführer ist mit seinen Anträgen unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten.
1.2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist in vermögensrechtlichen Streitsachen abgesehen von arbeits- und mietrechtlichen Fällen zulässig, wenn der Streitwert Fr. 30'000.-- erreicht (<ref-law>). Der Beschwerde ist keine Begründung darüber zu entnehmen, dass dieser Streitwert erreicht sein soll (<ref-ruling> E. 1.1.1 S. 62). Die Vorinstanz hat zwar in der Rechtsmittelbelehrung ohne jede Begründung bemerkt, der Streitwert übersteige Fr. 30'000.--. Eine falsche Rechtsmittelbelehrung vermag indes ein Rechtsmittel nicht zu begründen und bindet das Bundesgericht nicht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 473; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1.5 S. 200 f.). Dass der angegebene Streitwert nicht ohne weiteres zutrifft, musste denn auch dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer klar sein; im Parallelverfahren der Solidarschuldnerin hat er bei gleich lautenden Anträgen im kantonalen Verfahren sowohl Beschwerde in Zivilsachen wie subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingereicht.
1.2.1. Der Streitwert bestimmt sich nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben sind, ohne Nebenrechte (<ref-law>). Dafür werden mehrere in einer vermögensrechtlichen Sache von der gleichen Partei oder von Streitgenossinnen und Streitgenossen geltend gemachte Begehren zusammengerechnet, sofern sie sich nicht gegenseitig ausschliessen (<ref-law>). Der Betrag einer Widerklage wird nicht mit demjenigen der Hauptklage zusammengerechnet; schliessen sich die Ansprüche von Klage und Widerklage aus, und erreicht eine der beiden Klagen die Streitwertgrenze nicht, so gilt die Grenze auch für diese Klage als erreicht, wenn sich die Beschwerde auf beide Klagen bezieht (<ref-law>).
1.2.2. Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer Aberkennungsklage gegen die restliche Forderung des Beschwerdegegners aus Darlehen von Fr. 20'000.-- erhoben, das heisst er hat die Feststellung des Nichtbestands dieser Forderung beantragt. Dabei hat er den Bestand der restlichen Darlehensforderung nicht bestritten, sondern hat sinngemäss Gegenforderungen aus Mängeln der erworbenen Liegenschaft gestellt. Soweit er mit der Aberkennungsklage die Feststellung des Nichtbestands der vom Beschwerdegegner in Betreibung gesetzten Forderung im Umfang seiner Gegenforderungen aus Mängeln beantragte, übersteigt der massgebende Streitwert Fr. 20'000.-- nicht.
1.2.3. Der Beschwerdeführer hat zwar im ergänzten Klagebegehren vom 14. Juni bzw. 12. Dezember 2014 ein zusätzliches Leistungsbegehren für den Fall gestellt, dass seine Gegenforderung den - abzuerkennenden - Betrag Fr. 20'000.-- übersteigen sollte. Er hat jedoch für diesen Fall keinen Minimalbetrag im Sinne von <ref-law> angegeben. Mindestbeträge werden auch im Begehren vom 12. Dezember 2014 lediglich für einzelne Kostenbestandteile genannt, für die allerdings nicht ersichtlich ist, dass sie den erforderlichen Streitwert erreichen könnten, nicht jedoch für die hauptsächlich eingeklagten Kosten für die Beseitigung der Mängel. Das unbezifferte Leistungsbegehren erfüllt damit weder die Anforderungen von <ref-law> noch von <ref-law> und ist daher nicht gültig.
1.2.4. Angesichts der vom Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren rechtsgenüglich gestellten Begehren, kann der Streitwert Fr. 20'000.-- nicht übersteigen. Das erstinstanzliche Verfahren wurde denn auch gemäss <ref-law> als vereinfachtes Verfahren geführt, weil der Streitwert von Fr. 30'000.-- nicht erreicht ist. Der Streitwert der vor der Vorinstanz streitig gebliebenen Begehren (<ref-law>) bleibt unter der in <ref-law> vorgesehenen Grenze. Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher nicht zulässig.
1.3. Der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, inwiefern die Beschwerde in Zivilsachen unbesehen des Streitwerts zulässig sein sollte; namentlich wird nicht dargetan, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellen könnte (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist nicht einzutreten. Die Beschwerde kann als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen werden, insoweit sie deren Anforderungen erfüllt (<ref-law>).
2.
Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 i.V.m. <ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist mit seinen Anträgen unterlegen (<ref-law>), und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 i.V.m. <ref-law>).
2.1. Die Beschwerde hat nach der allgemeinen Bestimmung von <ref-law> die Begehren und deren Begründung zu enthalten.
2.1.1. Die Begehren sind in der Rechtsschrift an das Bundesgericht selbst zu stellen (<ref-law>); ein Verweis auf Begehren im kantonalen Verfahren ist nicht zulässig. Ausserdem gilt <ref-law> sinngemäss auch für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (<ref-law>), weshalb reformatorische Begehren zu stellen sind, andernfalls auf die Beschwerde nicht eingetreten wird (<ref-ruling> E. 2 S. 237 mit Verweis; vgl. auch BGE 141 VI 1 E. 1.1 S. 4; Urteil 5A_624/2016 vom 9. März 2017 E. 1.2, zur Publikation vorgesehen). Zwar sind die Begehren unter Berücksichtigung der Begründung auszulegen. Soweit sich jedoch nicht wenigstens aus der Begründung eindeutig ergibt, was der Beschwerdeführer beantragt, kann auf seine Vorbringen mangels bestimmter Begehren nicht eingetreten werden. Der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids genügt ausnahmsweise nur dann, wenn die Feststellungen der Vorinstanz nicht ausreichen, um einen reformatorischen Entscheid zu fällen.
2.1.2. Der Beschwerdeführer verlangt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Da die Vorinstanz seine Forderungen aus Mängeln wegen verspäteter Mängelrüge materiell nicht beurteilt hat, genügt insofern der Antrag auf Aufhebung. Im Übrigen verweist der Beschwerdeführer einfach auf seine Anträge vor der Vorinstanz, vor der er eine Vielzahl prozessualer Anträge gestellt hat, die im angefochtenen Urteil wiedergegeben werden. Auch wenn insofern aus dem angefochtenen Urteil hervorgeht, welche Begehren der Beschwerdeführer gestellt hat, genügt die Beschwerde den Anforderungen von <ref-law> nicht, soweit nicht wenigstens aus der Begründung eindeutig hervorgeht, inwiefern und weshalb der Beschwerdeführer an den Anträgen noch festhält.
2.2. Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Wird keine Verfassungsrüge erhoben, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt (<ref-ruling> E. 1.7.2; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 2.2).
2.2.1. Soweit die Beschwerde diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, ist darauf nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.7.2; <ref-ruling> E. 2 S. 116). Dies gilt zunächst für die Rüge der angeblichen Verletzung von <ref-law>, besteht doch danach ohnehin kein Anspruch auf eine Zusammenlegung der Verfahren (<ref-ruling> E. 2.3) und ist erst recht nicht dargetan, inwiefern durch die Verweigerung der Verfahrensvereinigung verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers verletzt sein könnten. Ebensowenig ergibt sich aus der Beschwerdeschrift, inwiefern die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers verletzt haben könnte, wenn sie auf ein Protokollberichtigungsbegehren nicht eintrat, dem nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz zum Prozesssachverhalt (<ref-law>) nicht zu entnehmen war, inwiefern das Protokoll berichtigt werden sollte. Inwiefern die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt haben könnte, wenn sie in der Begründung des Ausstandsgesuchs keinen Ausstandsgrund finden konnte, ist der Beschwerde ebenso wenig zu entnehmen. Dass auf haltlose Ausstandsgesuche - unter Mitwirkung der abgelehnten Gerichtspersonen - nicht eingetreten wird, entspricht konstanter Praxis des Bundesgerichts, wie im angefochtenen Urteil nachgewiesen wird (vgl. etwa Urteil 5A_605/2013 vom 11. November 2013 E. 3.5 mit Hinweisen).
3.
Der Beschwerdeführer rügt als Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), dass die Vorinstanz seine Behauptung nicht beurteilt habe, dass das Kältemittel lecke sowie dass sein Antrag auf ein Gutachten abgelehnt wurde. Er behauptet, seine Mängelrüge sei rechtzeitig erfolgt.
3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann den Sachverhalt von Amtes wegen berichtigen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht. Entsprechend kann der Sachverhalt berichtigt werden, wenn er namentlich in Verletzung des Willkürverbots festgestellt worden ist (vgl. entsprechend <ref-ruling> E. 1.3.1, 115 E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5; mit Hinweisen). Die Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich (<ref-law>), wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
3.2. Die Vorinstanz hat in Würdigung der Beweise den Schluss der ersten Instanz geschützt, dass die Mängelrüge verspätet erhoben wurde. Nach Wiedergabe der Standpunkte der Parteien stellte sie zunächst fest, dass der Beschwerdegegner jegliche Gewährleistung für die Liegenschaft vertraglich wegbedungen und einzig für die Heizung bis am 31. Dezember 2012 Garantie geleistet hat. Die Vorinstanz stellte sodann fest, dass der Beschwerdeführer und seine Lebenspartnerin im Herbst 2012 den Beschwerdegegner über Mängel telefonisch informierten und dass dieser darauf für die Behebung der Mängel sorgte. Insbesondere stellte die Vorinstanz fest, dass der Kläger nach Ausführung der letzten, aufgrund seiner Rüge erfolgten Arbeiten am 6. Dezember 2012 rund zweieinhalb Monate verstreichen liess, bis er sich am 27. Februar 2013 wieder beim Beklagten meldete und ihm ein Knallgeräusch anzeigte, während von den weiteren, in der Klage geltend gemachten Mängeln in der klägerischen E-Mail vom 27. Februar 2013 nichts zu lesen sei. Die Vorinstanz gelangte aufgrund dieser Feststellungen zum Schluss, die Mängelrüge vom 27. Februar 2013 sei verspätet, nachdem der Beklagte lediglich bis Ende 2012 das einwandfreie Funktionieren der Heizung garantierte und der Beschwerdeführer seine Rüge erst zwei Monate nach Ablauf der Garantie anbrachte - zumal das Knallgeräusch von der Lebenspartnerin des Beschwerdeführers mit E-Mail vom 1. November 2011 gerügt worden sei und die erst über drei Monate nach Auswechslung der Pumpe zwischen dem 2. und 9. November 2011 am 27. Februar 2013 erhobene Rüge damit jedenfalls verspätet sei.
3.3. Der Beschwerdeführer behauptet, es sei unzutreffend, dass erst am 27. Februar 2013 (nach der Ausführung der Reparaturen) Mängelrüge erhoben worden sei. Er zitiert einen Ausschnitt aus der E-Mail vom 27. Februar 2013, ohne zu begründen, inwiefern die Vorinstanz diese willkürlich ausgelegt hätte. Dass der Beschwerdeführer in dieser E-Mail erklärt haben will, dass die Reparaturarbeiten noch nicht beendet seien, weil er immer noch auf die Kontrolle der Heizungsfirma warte, welche die Reparaturen ausführte, vermag jedenfalls die Feststellung der Vorinstanz nicht als willkürlich auszuweisen. Dass der Beschwerdeführer im Übrigen Beweise für die Rechtzeitigkeit der Mängelrüge im kantonalen Verfahren frist- und formgerecht offeriert haben will, wie er sinngemäss vorbringt, belegt er nicht mit Aktenhinweisen. Die Vorinstanz hat die erneute Befragung der bereits von der ersten Instanz angehörten Zeugen, die Anordnung eines Gutachtens über den Zustand der Heizung im Zeitpunkt des Einzugs des Klägers in die Liegenschaft im Herbst 2012 und heute sowie den Beizug von Arbeitsprotokollen aus dem Jahre 2013 abgewiesen aus der Erwägung, dass sich Beweise zum Zustand der Heizung erübrigen, nachdem die Mängelrüge verspätet ist. Damit hat sie keine verfassungsmässigen Rechte des Beschwerdeführers verletzt. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ist gemäss <ref-law> für das Bundesgericht verbindlich.
4.
Die Beschwerde in Zivilsachen ist unzulässig. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist, soweit sie den formellen Anforderungen genügt, unbegründet. Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat dem anwaltlich vertretenen Beschwerdegegner überdies dessen Parteikosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu ersetzen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2.
Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Der Beschwerdeführer hat dem Beschwerdegegner die Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 2'500.-- zu ersetzen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Leemann