Sachverhalt:
A.
Am 26. Februar 2014 stellte die A._ AG, vertreten durch ihren Geschäftsführer B._, bei der Staatsanwaltschaft Kreuzlingen Strafantrag gegen ihren ehemaligen Mitarbeiter X._ wegen unbefugter Datenbeschaffung bzw. unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem. Sie erhob Straf- sowie Zivilklage und konstituierte sich als Privatklägerin. Sie machte geltend, X._ sei mit dem unbefugt beschafften Administratorenpasswort in ihr Datenverarbeitungssystem eingedrungen und habe sich möglicherweise Zugang zu Daten der Finanz- und Lohnbuchhaltung sowie zu Geschäftsgeheimnissen verschafft.
B.
Die Staatsanwaltschaft stellte das Strafverfahren gegen X._ am 5. Dezember 2014 ein (Ziff. 1), auferlegte die Verfahrenskosten B._, entschädigte X._ durch den Staat und verpflichtete B._, dem Staat die Entschädigung für X._ in voller Höhe zu bezahle n (Ziff. 2-4).
In Gutheissung der hiergegen erhobenen Beschwerde der A._ AG hob das Obergericht des Kantons Thurgau am 12. Februar 2015 Ziff. 2-4 der Einstellungsverfügung auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Staatsanwaltschaft zurück.
C.
Am 9. März 2015 verfügte die Staatsanwaltschaft erneut die Einstellung des Verfahrens (Ziff. 1), auferlegte die Verfahrenskosten von Fr. 622.-- dieses Mal der A._ AG (Ziff. 2), entschädigte X._ durch den Staat mit Fr. 8'768.50 (Ziff. 3) und verpflichtete die A._ AG, dem Staat die Entschädigung für X._ in voller Höhe zu erstatten (Ziff. 4).
Die dagegen erhobene Beschwerde der A._ AG hiess das Obergericht mit Entscheid vom 22. April 2015 teilweise gut, soweit es darauf eintrat (Ziff. 1). Es änderte Ziff. 4 der Einstellungsverfügung insoweit, als die A._ AG verpflichtet wird, dem Staat Fr. 4'746.60 an die Kosten der Verteidigung von X._ zu bezahlen (Ziff. 2). Es auferlegte der A._ AG die Verfahrenskosten für das Beschwerdeverfahren (Ziff. 3), bestimmte die vom Staat auszurichtende Entschädigung der A._ AG (Ziff. 4) und verpflichtete diese, X._ mit Fr. 1'030.50 (zzgl. MWSt) für das Beschwerdeverfahren zu entschädigen (Ziff. 5).
D.
Die A._ AG beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, Dispositiv-Ziff. 2, 3 und 5 des obergerichtlichen Entscheids aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung der Kosten und Parteientschädigung an das Obergericht zurückzuweisen.
E.
Das Obergericht und die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Thurgau verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Zur Beschwerde legitimiert ist unter anderem die Privatklägerschaft, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Ziff. 5; vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f. mit Hinweisen).
Unbekümmert um die fehlende Legitimation in der Sache selbst kann die Privatklägerschaft die Verletzung von Verfahrensrechten geltend machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Zulässig sind Rügen formeller Natur, die von der Prüfung der Sache selber getrennt werden können. Nicht zu hören sind Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 5 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin ist durch den vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsentscheid unmittelbar betroffen und hat ein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von <ref-law> an dessen Aufhebung (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 250; Urteil 6B_446/2015 vom 10. Juni 2015 E. 1.2). Die Beschwerdelegitimation ist gegeben und auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz verletze Art. 420 und Art. 427 StPO, indem sie ihr die Verfahrenskosten auferlege und hinsichtlich der Verteidigungskosten von X._ Rückgriff auf sie nehme. Die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, sie habe die Einleitung des Verfahrens gegen X._ grobfahrlässig bewirkt.
2.2. Gemäss <ref-law> kann der Bund oder der Kanton für die von ihm getragenen Kosten auf Personen Rückgriff nehmen, die vorsätzlich oder grobfahrlässig die Einleitung des Verfahrens bewirkt (lit. a), das Verfahren erheblich erschwert (lit. b) oder einen im Revisionsverfahren aufgehobenen Entscheid verursacht haben (lit. c).
Diese Bestimmung gibt dem Staat die Möglichkeit, auf jene Personen Rückgriff zu nehmen, die ihm vorsätzlich oder grobfahrlässig Kosten, wie Verfahrenskosten oder Entschädigung und Genugtuung an die beschuldigte Person, verursacht haben. Angesichts des Interesses der Allgemeinheit, dass strafbare Handlungen auch durch Private zur Anzeige gebracht werden, sollte der Staat nur mit Zurückhaltung von der Möglichkeit des Rückgriffs gemäss <ref-law> Gebrauch machen. Trotzdem entspricht es dem Gebot von Recht und Billigkeit, die Verfahrenskosten, Entschädigungen und Genugtuungen derjenigen Person aufzuerlegen, die ohne hinreichende Grundlage oder aus bösem Willen ein Verfahren verursacht hat (Urteile 6B_784/2014 vom 18. September 2015 E. 2.2; 6B_446/2015 vom 10. Juni 2015 E. 2.1.1; 6B_5/2013 vom 19. Februar 2013 E. 2.6 mit Hinweisen). Ein Rückgriff kommt bei haltlosen Verdächtigungen, nicht jedoch bei einer in guten Treuen erstatteten Strafanzeige in Frage. Zu denken ist vielmehr an eine falsche Anschuldigung nach <ref-law> (vgl. THOMAS DOMEISEN, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 7 zu <ref-law>; YVONA GRIESSER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 7 zu <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 5 zu <ref-law>; vgl. auch: WEHRENBERG/FRANK, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 18 zu <ref-law>). Nach der Rechtsprechung handelt beispielsweise der Anzeigeerstatter grobfahrlässig, der das Anzeigerecht für sachfremde Zwecke missbraucht (vgl. Urteile 6B_446/2015 vom 10. Juni 2015 E. 2.3; 6B_5/2013 vom 19. Februar 2013 E. 2.7).
2.3. Die Vorinstanz erwägt, die Beschwerdeführerin habe die Anzeige nicht gegen Unbekannt, sondern ausdrücklich sowie ausschliesslich gegen X._ erstattet. Dies habe sie ohne gesichertes Wissen bzw. ohne effektive Verdachtsmomente gegen X._ getan. Nur weil sie mit ihren Nachforschungen beim Unternehmen, das sie bei Fragen zur Informationstechnologie (nachfolgend: IT) unterstütze, nicht weitergekommen sei, habe sie nicht einfach Strafanzeige gegen X._ erstatten dürfen. Stattdessen hätte sie sich vor der Anzeigeerstattung über die grundlegendsten computertechnischen Begebenheiten ins Bild setzen sowie durch wenige gezielte Fragen klären müssen, wer bestätigen könne, dass X._ den Server und nicht bloss den im Serverschrank befindlichen Router neu gestartet habe. Auch habe sie bei ihrer Mitarbeiterin C._ nicht abgeklärt, was diese auf dem Bildschirm des Computers in der E-Werkstatt genau gesehen habe. Die Anzeigeerstattung sei zumindest grobfahrlässig erfolgt, weshalb es zulässig sei, die Verfahrenskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen und für die vom Kanton getragenen Verteidigungskosten von X._ auf sie Rückgriff zu nehmen (Entscheid S. 12).
2.4. Die Beschwerdeführerin führte in ihrem Strafantrag aus, X._ habe im September 2013 mit einem Mitarbeiter des von ihr beauftragten IT-Unternehmens den Computer eines ihrer Mitarbeiter in der E-Werkstatt eingerichtet. Es müsse davon ausgegangen werden, dass sich X._ dabei unbefugt das Administratorenpasswort beschafft und damit Zugang zum Server erlangt habe. So habe danach der erwähnte Computer praktisch vollen Serverzugriff gehabt, mithin auch in die Finanz- und Lohnbuchhaltung. X._ habe bei Störungen mehrmals den Server neu gestartet. Dies sei nur mit dem Administratorenpasswort möglich. Folglich müsse er sich dieses beschafft haben (kantonale Akten, act. RA2 2).
Die Vorinstanz stellt fest, X._ sei vom 15. April 2013 bis zu seiner fristlosen Entlassung am 19. November 2013 bei der Beschwerdeführerin angestellt gewesen. Dabei habe er ein lokales Administratorenpasswort gehabt, womit er auf dem lokalen Computer Programme habe installieren können. Dagegen habe er nicht über ein Server-Administrationsrecht mit Vollzugriff auf alle Systeme verfügt. Im September 2013 habe ein Mitarbeiter des IT-Unternehmens am Computer in der E-Werkstatt ein Antivirus-Programm installiert. X._ sei zu diesem Zeitpunkt im gleichen Raum gewesen (Entscheid S. 10).
2.5. Die Vorinstanz wendet <ref-law> zu extensiv an, wenn sie der Beschwerdeführerin vorwirft, sie habe grobfahrlässig gehandelt, da sie Anzeige erstattet habe, ohne den Sachverhalt näher abzuklären. Bevor die Beschwerdeführerin Anzeige erstattete, hat sie mit mehreren Mitarbeitern gesprochen und Erkundigungen bei ihrem IT-Berater eingeholt. Die Angaben von C._ deuteten zumindest darauf hin, dass sensible Informationen - sei es ein Buchhaltungsbeleg oder ein Buchhaltungsordner - auf einem Computer bzw. einem Profil zugänglich waren, auf dem sie es nicht hätten sein dürfen (Entscheid S. 11 f.; kantonale Akten, act. D18, D41). Ihr IT-Berater informierte die Beschwerdeführerin, dass er befürchte, jemand könnte unberechtigt Zugriff auf ihr System haben. Es sei Aufgabe der Polizei oder von spezialisierten Unternehmen herauszufinden, wer Änderungen am System vorgenommen haben könnte (Entscheid S. 10; kantonale Akten, Beschwerdebeilage 3). Demzufolge wurde die Beschwerdeführerin von einer Fachperson für IT indirekt an die Polizei verwiesen. Dass sie X._ verdächtigte, weil sie diesen fristlos entlassen hatte und er sich jeweils um die Computerprobleme gekümmert hatte, wobei die Mitarbeiter davon ausgingen, er habe den Server neu gestartet (kantonale Akten, act. D18 f., D40 f.), erscheint nicht abwegig. Obwohl nach den Ermittlungen der Polizei feststeht, dass X._ weder das Server-Administratorenpasswort noch vertrauliche Informationen erlangte, ist nicht davon auszugehen, dass jeder verständige Mensch in der Lage der Beschwerdeführerin und unter gleichen Umständen von einer Anzeige abgesehen hätte (vgl. Urteil 1B_523/2012 vom 24. Juni 2013 E. 2.2 zu <ref-law>). Auch liegen keine Hinweise dafür vor, dass die Beschwerdeführerin mit der Anzeige gegen X._ sachfremde Zwecke verfolgte.
Der Vorinstanz ist zwar zuzustimmen, dass die Beschwerdeführerin noch weitere Nachforschungen hätte tätigen können, die möglicherweise dazu geführt hätten, dass sie von einer Anzeige absieht. Jedoch verkennt die Vorinstanz, dass der Staat von der Möglichkeit des Rückgriffs nur mit Zurückhaltung Gebrauch machen sollte. In Berücksichtigung dieses Grundsatzes kann aufgrund der der Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Anzeige bekannten Umstände nicht gesagt werden, sie habe die Einleitung des Strafverfahrens gegen X._ grobfahrlässig bewirkt. Indem die Vorinstanz für die dem Staat auferlegten Verteidigungskosten von X._ auf die Beschwerdeführerin Rückgriff nimmt, verletzt sie <ref-law>.
Gleiches gilt für den Fall, dass die Vorinstanz der Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten gestützt auf <ref-law> überbinden sollte. Sofern sie ihr die Kosten auf der Grundlage von Art. 427 Abs. 1 oder 2 StPO auferlegt, wäre dies ebenfalls unzulässig. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich weder, dass die Verfahrenskosten durch allfällige Anträge der Beschwerdeführerin zum Zivilpunkt verursacht wurden (vgl. <ref-law>), noch, dass diese - hinsichtlich des Antragsdelikts - aktiv Einfluss auf den Gang des Verfahrens nahm (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.1 S. 254 f.; Urteile 6B_446/2015 vom 10. Juni 2015 E. 2.4.2; 6B_1114/2014 vom 6. Januar 2015 E. 3.2).
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Thurgau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 22. April 2015 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Thurgau hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Thurgau und Rechtsanwalt Roland Götte (z. Hd. von X._) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres