Erwägungen:
Mit Strafbefehl vom 18. November 2016 verurteilte das Untersuchungsamt Altstätten A._ wegen Nötigung etc. zu einer bedingten Geldstrafe und einer Busse. A._ erhob dagegen Einsprache. Am 28. Februar 2017 stellte das Untersuchungsamt das Strafverfahren gegen A._ wegen weiterer Delikte ein und überwies dessen Einsprache ans Kreisgericht Rheintal, wo das Verfahren von Einzelrichter Dominik Gebert geführt wird.
A._ reichte ein Ausstandsgesuch gegen Dominik Gebert ein mit der Begründung, dieser habe vor der Hauptverhandlung Kenntnis der Akten, sei Mitglied einer politischen Partei und habe früher beim Untersuchungsamt Altstätten gearbeitet, weshalb er mit dem zuständigen Staatsanwalt Hess "verstrickt" sei. Die Anklagekammer beurteilte das Ausstandsgesuch sowohl als verspätet als auch unbegründet und wies es am 13. September 2017 ab, soweit sie darauf eintrat. Das Gesuch um amtliche Verteidigung wies sie ab und auferlegte A._ die Verfahrenskosten.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A._ im Wesentlichen bzw. sinngemäss, diesen Entscheid der Anklagekammer aufzuheben, das Verfahren gegen ihn in einen anderen Kanton zu verlegen, das Verfahren auf weitere Personen auszudehnen und ihn vor weiteren Rechnungen und Zahlungsaufforderungen seitens des Bundesgerichts und der Anklagekammer zu verschonen. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
Die Anklagekammer hat erwogen, Dominik Gebert habe A._ am 19. Mai 2017 per E-Mail über seine Zuständigkeit informiert. Am 13. Juni 2017 habe dieser dann per E-Mail beim Kreisgericht Rheintal den Ausstand von Dominik Gebert verlangt, was verspätet sei. Ohne sich mit der von der Anklagekammer dargelegten Rechtsprechung (angefochtener Entscheid E. II. 1a S. 3), wonach Ausstandsbegehren ohne Verzug zu stellen sind, auseinanderzusetzen, macht der Beschwerdeführer geltend, der Zeitbedarf von 3 Wochen für die Stellung des Ausstandsbegehrens sei seiner Auffassung nach "nicht viel". Damit legt er nicht in einer den gesetzlichen Anforderungen genügenden Weise (Art. 42 Abs. 1 und 2 BB; <ref-ruling> E. 2.1) dar, weshalb die Anklagekammer Bundesrecht verletzt haben soll, indem sie das Ausstandsgesuch als verspätet beurteilte. Auf die Beschwerde ist damit im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten, zumal A._ auch die Eventualbegründung der Anklagekammer, wonach das Ausstandsbegehren ebenfalls in der Sache unbegründet sei, nicht sachgerecht kritisiert, sondern sich u.a. in reinen Spekulationen darüber ergeht, dass Staatsanwalt Hess und Einzelrichter Gebert seinen Fall vorbesprechen würden.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt sich, von der Erhebung von Gerichtskosten ausnahmsweise abzusehen (<ref-law>). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Störi