Fatti:
A.
A.a. A._, nato nel 1979, attivo quale plafonatore, ha inoltrato nel gennaio 2010 una domanda di prestazioni AI per adulti in relazione a una discopatia L2/3 + L5/S1. Con decisione del 10 marzo 2011, passata incontestata in giudicato, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (di seguito: UAI), gli ha concesso una rendita d'invalidità intera dal 1° settembre 2010 al 31 gennaio 2011).
A.b. A._, che successivamente ha esercitato l'attività di magazziniere a tempo pieno, ha inoltrato nel gennaio 2013 un'ulteriore domanda di prestazioni AI indicando soffrire di lombalgie con radiculopatie L4-L5 dx e vertigini e menzionando come causale l'infortunio del 20 febbraio 2012 e la malattia dal 28 novembre 2012. L'UAI, esperiti gli accertamenti medico amministrativi del caso, con decisione del 27 novembre 2015 ha riconosciuto a A._ una rendita d'invalidità intera dal 1° luglio 2013 al 30 aprile 2015 e un quarto di rendita dal 1° maggio 2015.
B.
L'8 gennaio 2016 A._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, cui ha chiesto in via principale l'erogazione di una rendita intera d'invalidità anche per il periodo posteriore al 30 aprile 2015 mentre in subordine l'esecuzione di nuovi accertamenti medici.
Con giudizio del 22 dicembre 2016 il Tribunale cantonale ha parzialmente accolto il gravame, la decisione del 27 novembre 2015 dell'UAI è modificata nel senso di riconoscere la rendita d'invalidità intera dal 1° febbraio 2012 al 30 aprile 2015, il quarto di rendita dal 1° maggio 2015 è stato confermato.
C.
L'UAI presenta ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale il 23 gennaio 2017 (timbro postale) chiedendo, previa concessione dell'effetto sospensivo, l'annullamento dei punti 1 e 2 del dispositivo del giudizio cantonale del 22 dicembre 2016 e la conferma della decisione dell'UAI del 27 novembre 2015.
Invitato ad esprimersi sul ricorso e sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, il 3 febbraio 2017 A._ non si oppone all'effetto sospensivo mentre conclude per la conferma del giudizio cantonale.
Il Tribunale cantonale ha rinunciato ad esprimersi e l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non ha presentato osservazioni.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>), non essendo vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il cui mancato rispetto conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), esso considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2 pag. 89 con riferimenti). Quanto ai fatti, in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo se è stato effettuato in modo manifestamente inesatto (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 18, rispettivamente 137 I 58 consid. 4.1.2 pag. 62 seg.), o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
2.
L'oggetto della lite concerne il diritto del ricorrente a una rendita dell'assicurazione invalidità e, considerate le censure sollevate, solo litigiosa è la questione del periodo di erogazione della rendita d'invalidità intera, segnatamente la decorrenza della stessa. È incontestato per contro che a far tempo dal 1° maggio 2015 l'opponente ha diritto a un quarto di rendita come deciso dall'UAI e confermato dal Tribunale cantonale.
3.
3.1. Il Tribunale cantonale ha ritenuto che la rendita intera debba iniziare a essere erogata dal 1° febbraio 2012, considerato che l'insorgere dell'invalidità sarebbe dovuto alla medesima problematica lombovertebrale all'origine della precedente decisione dell'UAI del 10 marzo 2011 (cfr. A.a) e dunque che l'opponente abbia diritto immediatamente e senza lasciar trascorrere un nuovo periodo di attesa. Il giudice di prime cure menziona l'art. 29 bis OAI in relazione all'<ref-law>.
3.2. L'UAI ha invece sostenuto che la rendita intera debba cominciare, in applicazione dell'<ref-law>, a far tempo dal 1° luglio 2013, ovvero sei mesi dalla data in cui l'assicurato ha rivendicato il diritto a prestazioni dall'assicurazione invalidità. In tal senso risultano essere manifestamente fondati gli argomenti dell'amministrazione, che rettamente indica due distinti termini di attesa menzionando le disposizioni legali (<ref-law> da un lato e art. 29 bis OAI e <ref-law> dall'altro) e la giurisprudenza (sentenza 9C_56/2016 del 24 ottobre 2016) pertinenti per la risoluzione del caso.
3.3. Nella sentenza 9C_56/2016 del 24 ottobre 2016 (destinata a pubblicazione) questa Corte ha già evidenziato come all'<ref-law> e all'<ref-law> siano previsti due diversi tipi di termini di attesa. Il termine annuale menzionato all'<ref-law> concerne il presupposto materiale del diritto alla rendita mentre il termine di sei mesi previsto nell'<ref-law> ha natura meramente formale di diritto procedurale. Tali termini hanno due funzioni completamente diverse: quello annuale, quale presupposto materiale del diritto e riferito all'incapacità al lavoro, e quello semestrale, di natura formale e riferito al momento in cui può nascere al più presto il diritto alla rendita. Non vi è alcun motivo di applicare l'art. 29 bis OAI, che prevede la possibilità di operare deduzioni sul periodo d'attesa imposto dall'<ref-law>, anche alla determinazione del termine di attesa di 6 mesi di cui all'<ref-law>, peraltro nemmeno menzionato in tale disposto (cfr. sentenza 9C_56/2016 del 24 ottobre 2016 consid. 3.2.). Detto altrimenti l'art. 29 bis OAI è applicabile solo al calcolo del periodo d'attesa secondo l'<ref-law> ma non alla determinazione del periodo d'attesa nel senso dell'<ref-law>. Al medesimo risultato conduce la gerarchia delle norme. Quale lex superior (norma di rango superiore) e lex posterior (norma più recente) l'<ref-law> prevale sull'art. 29 bis cpv. 1 OAI (su tale tema cfr. sentenza 9C_56/2016 del 24 ottobre 2016 consid. 3.3 con riferimenti).
3.4. In conclusione, il Tribunale cantonale fissando la decorrenza della rendita intera d'invalidità dell'opponente al 1° febbraio 2012, ossia alla data cui è stato fatto risalire il peggioramento valetudinario senza lasciar trascorrere un nuovo periodo d'attesa nel senso dell'<ref-law>, viola il diritto confortato dalla prassi federale. Il ricorso deve pertanto essere accolto secondo la procedura semplificata dell'<ref-law> come manifestamente fondato. La decorrenza del diritto alla rendita intera d'invalidità dal 1° luglio 2013 (in ossequio del termine semestrale di cui all'<ref-law>, ossia 6 mesi dalla rivendicazione del diritto a prestazioni dell'assicurato, in casu nel gennaio 2013), menzionata nella decisione dell'UAI del 27 novembre 2013, merita piena conferma.
4.
Le spese seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dell'opponente (<ref-law>). L'emanazione della presente sentenza rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dal ricorrente.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 22 dicembre 2016 è annullato e la decisione dell'Ufficio dell'assicurazione invalidità del Cantone Ticino del 27 novembre 2015 confermata.
2.
Le spese giudiziarie per la procedura innanzi al Tribunale federale di fr. 800.-, anticipate dal ricorrente, sono poste a carico dell'opponente.
3.
La causa viene rinviata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per nuova decisione sulle spese giudiziarie e sulle ripetibili della procedura precedente.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.