Faits :
A.
Par ordonnance mixte rendue le 13 octobre 2015, le Ministère public central, division affaires spéciales, contrôle et mineurs du canton de Vaud a classé les faits instruits sur plainte de X._ contre inconnu. Par la même ordonnance mixte, le Ministère public a condamné X._ à une peine de 60 jours-amende et à une amende de 1500 fr. pour lésions corporelles graves par négligence et violation grave des règles de route de la Loi fédérale sur la navigation intérieure (RS 747.201; LNI).
L'ordonnance mixte du 13 octobre 2015 repose sur les faits suivants.
Sur les eaux vaudoises du lac Léman, le 1er septembre 2013, le bateau à vapeur de la Compagnie générale de navigation (ci-après : CGN) baptisé le Simplon a quitté le débarcadère de Nyon à 11h35, selon l'horaire, en direction d'Yvoire. Le capitaine du bateau était A._. Au large de Nyon, quelques voiliers de plaisance étaient occupés à rejoindre la ligne de départ d'une régate. Parmi ces embarcations se trouvait un voilier dont le barreur était X._. Le Simplon a alors dû modifier son cap pour les éviter. X._ a toutefois décidé d'empanner afin de se rapprocher du bateau qui donnait le départ de la régate, changeant ainsi subitement de cap. Ce faisant, il a croisé la trajectoire du Simplon. A._ a immédiatement actionné son sifflet avertisseur pour alerter l'équipage du voilier. Simultanément, il a viré à tribord tout en freinant le bateau. Malgré une tentative d'évitement de X._, le voilier a percuté de son flanc tribord le flanc bâbord du bateau de ligne. X._ et ses quatre coéquipiers ont été projetés hors du voilier. Trois membres d'équipage, dont X._, s'en sont sortis indemnes; un quatrième n'a eu que des lésions corporelles légères; le cinquième, B._, a subi des lésions graves, qui ont mis sa vie en danger.
X._ a formé une opposition à l'ordonnance pénale et un recours contre l'ordonnance de classement.
B.
Statuant sur le recours de X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a déclaré irrecevable par arrêt du 9 mars 2016. En substance, elle a considéré que, faute d'intérêt juridique, X._ ne disposait pas de la qualité pour contester le classement prononcé par le Ministère public.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut principalement, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que A._ revêt la qualité de prévenu dans la procédure PE14.001558-HRP, subsidiairement au renvoi de la cause devant la Chambre des recours pénale pour décision en ce sens.

Considérant en droit :
1.
Le constat médical produit à l'appui du recours constitue une pièce nouvelle. Elle est par conséquent irrecevable (art. 99 al. 1 LTF).
2.
La partie plaignante - indépendamment des conditions posées à l'art. 81 al. 1 ch. 5 ou 6 LTF - est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5). En l'espèce, la cour cantonale a déclaré irrecevable le recours intenté par le recourant contre la décision de classement du ministère public, faute d'intérêt juridiquement protégé. En tant que le recourant se plaint d'avoir été privé indûment d'une voie de droit, ce qui équivaut à une violation de ses droits de partie, il a qualité pour former un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il ne peut en revanche faire examiner son grief de fond (violation du principe in dubio pro duriore), sur lequel la cour cantonale n'est pas entrée en matière. Ses conclusions prises en-tête de son mémoire ne sont ainsi pas recevables, mais dans la mesure où l'on comprend suffisamment de son recours qu'il conteste la décision d'irrecevabilité de la cour cantonale, ce point sera examiné ci-après.
3.
Le recourant prétend que c'est à tort que l'instance précédente lui a dénié la qualité pour recourir à l'encontre du classement des violations alléguées des règles de route de la LNI.
3.1. Toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci (art. 382 al. 1 CPP). Tel est, en particulier, le cas du lésé qui s'est constitué demandeur au pénal, indépendamment d'éventuelles conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 3 p. 80 ss).
La notion de lésé est définie à l'art. 115 CPP. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction. En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 5 s.). Lorsque la règle légale ne protège pas en première ligne les biens juridiques individuels, seule est considérée comme lésée la personne qui est affectée dans ses droits par l'infraction visée par la norme, pour autant que l'atteinte apparaisse comme la conséquence directe du comportement de l'auteur. Il suffit, dans la règle, que le bien juridique individuel dont le lésé invoque l'atteinte soit protégé secondairement ou accessoirement, même si la disposition légale protège en première ligne des biens juridiques collectifs. En revanche, celui dont les intérêts privés ne sont atteints qu'indirectement par une infraction qui ne lèse que des intérêts publics, n'est pas lésé au sens du droit de procédure pénale (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 457).
3.2. En l'espèce, la cour cantonale a constaté que le recourant avait subi un dommage exclusivement matériel. En effet, le seul préjudice dont il était susceptible de demander réparation était constitué par les dommages subis par son voilier lors des faits incriminés, même s'il avait déposé plainte pénale également pour lésions corporelles simples et mise en danger de la vie d'autrui. Or, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral en relation avec les dispositions pénales de la LCR, la personne qui, lors d'un accident de la circulation, avait subi un dommage exclusivement matériel n'était pas touchée directement dans ses droits au sens de l'art. 115 al. 1 CPP, les règles de la LCR ne protégeant la propriété, respectivement les biens des usagers de la route, que de manière indirecte. Partant, elle n'avait pas qualité pour recourir en matière pénale sur la base de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF (<ref-ruling> consid. 2.2 à 2.4; arrêt 6B_399/2012 du 12 novembre 2012 consid. 2). Elle n'avait pas non plus qualité pour recourir contre une ordonnance de non-entrée en matière (arrêt 1B_723/2012 du 15 mars 2013 consid. 4). Selon la cour cantonale, les mêmes principes devaient également valoir pour la LNI. En effet, cette loi, relevant du droit public, poursuivait en matière de navigation des finalités identiques à celles de la LCR en matière de circulation routière. Le recourant n'était par conséquent pas touché directement dans ses droits par les infractions à la LNI dont il faisait grief à A._. Aucune autre infraction n'entrant en ligne de compte, le recours était donc irrecevable.
3.3. L'<ref-ruling> sur lequel se fonde la cour cantonale retient en substance que conformément à la volonté du législateur, les règles de la circulation routière protègent, à côté de l'intérêt public à la sécurité, tout au plus l'intégrité corporelle des usagers de la route, mais non leur patrimoine, de sorte qu'un dommage purement matériel survenu à la suite d'une violation des règles de la circulation routière selon l'art. 90 ch. 1 LCR ne représente pas une atteinte directe à un droit individuel au sens de l'art. 115 CPP, mais uniquement une conséquence indirecte de l'infraction aux règles de la circulation routière. Le Tribunal fédéral a tenu compte du fait que des dommages à la propriété au sens de l'art. 144 CP commis par négligence ne sont pas punissables et que la base légale expresse nécessaire au sens de l'art. 1 CP à une dérogation à ce principe dans le domaine des infractions à la circulation routière n'existait pas. A cela s'ajoutait qu'il existait, pour les dommages qui sont causés par des détenteurs de véhicules à moteur, une obligation générale d'assurance (art. 58 ss LCR). Celle-ci visait également à indemniser les dommages matériels survenus à la suite d'une violation des règles de la circulation routière. Il convenait d'en déduire qu'une participation supplémentaire du lésé au sens de l'art. 58 al. 1er en relation avec l'art. 65 LCR dans la procédure pénale pour violation des règles de la circulation routière n'était en règle générale pas nécessaire pour faire valoir ses prétentions civiles (ATF précité consid. 4).
3.4. La LNI règle la navigation sur les voies d'eau suisses (art. 1 al. 1 LNI). Selon le Message du Conseil fédéral du 1er mai 1974 relatif au projet de loi sur la navigation intérieure, " [l] es articles 38 à 47 LNI [relatifs aux délits et contraventions] correspondent dans une certaine mesure aux dispositions de la loi sur la circulation routière, toutefois avec quelques simplifications et modifications dues aux particularités de la navigation. " (FF 1974 1491 ss p. 1504). Ces simplifications et modifications sont détaillées dans la suite du Message, sans que l'on ne perçoive de différence dans la nature des buts poursuivis par les dispositions pénales de la LNI, respectivement de la LCR. De l'avis de la doctrine également, les actuels art. 40 et ss LNI correspondent dans une large mesure aux art. 90 et ss LCR (VOGEL/HARTMANN/SCHIB, Schifffahrtsrecht, in Verkehrsrecht, SBVR Bd. IV, 2008, n. 35 p. 466 et la référence citée).
Par ailleurs, la LNI instaure l'obligation pour le détenteur du bateau à moteur de conclure une assurance responsabilité civile et prévoit, à l'instar de la LCR, une action directe du lésé contre l'assureur (art. 31 et 33 al. 1 LNI; cf. VOGEL/HARTMANN/SCHIB, op. cit., n. 27 p. 465). Enfin, comme la LCR, la LNI ne punit pas le dommage à la propriété commis par négligence.
Compte tenu de l'objet de la LNI et des similarités qu'elle présente avec la LCR, pertinentes sous l'angle de la détermination de la protection conférée par la norme, c'est à raison que la cour cantonale a retenu que les principes développés dans l'<ref-ruling> en relation avec des infractions à la LCR devaient également s'appliquer en rapport avec les dispositions pénales de la LNI. Celles-ci visent la poursuite d'un but d'intérêt public - la sécurité de la navigation -, tandis que le patrimoine des usagers des voies de navigation n'est protégé que de manière indirecte. Il s'ensuit que le recourant n'était pas directement touché dans ses droits au sens de l'art. 115 al. 1 CPP par une éventuelle violation des règles de la LNI. La cour cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral en lui déniant la qualité pour recourir contre le classement des infractions prévues par cette loi.
4.
Le recourant fait valoir qu'il est également lésé par d'autres infractions du Code pénal, soit des lésions corporelles simples (art. 123 ch. 1 CP), des voies de fait (art. 126 CP) et des dommages à la propriété aggravés (art. 144 al. 3 CP), d'où découle son intérêt juridique à recourir contre le classement de la procédure.
4.1.
4.1.1. Dans son écriture cantonale, le recourant a indiqué avoir subi une atteinte à son intégrité corporelle, sans toutefois la détailler, et que son voilier avait été fortement endommagé. Cependant, selon l'ordonnance mixte, la procédure devant le ministère public portait sur " l'enquête instruite d'office contre X._ et sur plainte de X._ et de B._ contre inconnu pour lésions corporelles graves par négligence et violation grave des règles de route de la loi fédérale sur la navigation intérieure ". Le recourant avait été prévenu des infractions précitées, alors que A._ a participé à la procédure en qualité de partie appelée à donner des renseignements. Le ministère public n'a en revanche pas ouvert d'instruction en lien avec les infractions que fait présentement valoir le recourant et dont il aurait été la victime. Si la plainte dont le recourant a saisi le ministère public mentionne certes, parmi d'autres infractions, les art. 123 al. 1 et 144 al. 1 et 3 CP, elle ne contient toutefois aucune allégation portant sur des faits constitutifs de lésions corporelles sur la personne du recourant, ni qui pourraient correspondre à une infraction intentionnelle telle que des voies de fait ou encore des dommages à la propriété (dossier n° 10 et 16). Sur ce dernier point et comme vu ci-dessus, ce n'est en effet que si un dommage a été causé intentionnellement que l'art. 144 CP peut entrer en ligne de compte (cf. art. 12 CP); or un tel cas de figure n'a manifestement jamais été envisagé en rapport avec les faits du cas d'espèce, soit un accident de la navigation.
Que le recourant ait indiqué à la police, le jour des faits, souffrir de " contusions à la main droite, au bras gauche et à la jambe droite " n'est pas davantage déterminant (rapport de police du 9 novembre 2013 p. 6). De toute évidence, il s'agissait au plus d'atteintes très légères, que le recourant n'a pas jugé utile de mentionner dans sa plainte, ni ultérieurement lors de ses auditions devant le ministère public et dans les différents courriers adressés à cette autorité par l'intermédiaire de son conseil. Le recourant n'a par ailleurs pas cherché à établir l'existence de lésions en versant un certificat médical à la procédure.
Il en découle que le prétendu comportement pénalement répréhensible du pilote du Simplon dénoncé par le recourant, lequel a circonscrit l'étendue de l'instruction ouverte par le ministère public, n'était pas constitutif de lésions corporelles sur la personne du recourant, subsidiairement de voies de fait, ou encore de dommages à la propriété au sens du Code pénal. En conséquence, il n'apparaît pas que le ministère public aurait abandonné une partie des faits correspondant aux infractions invoquées dans le présent recours en ordonnant le classement de la plainte du recourant contre inconnu. Le recourant ne l'a au demeurant pas prétendu dans son recours cantonal, celui-ci reposant sur la prétendue violation des règles de prudence par le pilote du Simplon. Dans ces circonstances, l'ordonnance du 13 octobre 2015 ne saurait être interprétée comme un classement implicite (sur cette notion: cf. <ref-ruling> consid. 2) des infractions de lésions corporelles simples (art. 123 CP), subsidiairement voies de fait (art. 126 CP), ainsi que de dommages à la propriété (art. 144 CP), susceptible d'être contesté par la voie du recours.
4.1.2. En tant que le recourant se prévalait dans son recours cantonal des lésions corporelles graves causées à B._, il invoquait une infraction qui ne l'avait pas directement touché dans ses droits. Il n'était par conséquent pas lésé par cette infraction au sens de l'art. 115 CPP.
4.2. Compte tenu de ce qui précède, la cour cantonale pouvait retenir que la condition du préjudice direct n'était pas réalisée. En effet, les infractions classées relèvent, d'une part, des dispositions pénales de la LNI qui protègent avant tout l'intérêt collectif et, d'autre part, des atteintes à l'intégrité corporelle qui ne concernent pas le recourant, mais son co-équipier. Le recourant ne pouvait ainsi se prévaloir de sa qualité de lésé. Son recours cantonal pouvait dès lors être déclaré irrecevable pour ce motif (art. 382 al. 1 CPP). Dans son résultat l'arrêt attaqué apparaît donc conforme au droit fédéral.
5.
ll s'ensuit que le recours doit être rejeté. Le recourant qui succombe supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 5 mai 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy