Faits :
A.
A.a. Le 20 novembre 2009, X._ (ci-après: le maître de l'ouvrage ou la défenderesse), propriétaire de deux parcelles mitoyennes à... (Genève), a fait ériger sur celles-ci deux villas contiguës. Trois architectes successifs ont été mandatés par le maître de l'ouvrage: A._ de 2008 à janvier/février 2010, B._, qui a été contraint d'abandonner son mandat en juin 2010 pour des raisons de santé, et C._.
Sur conseil de B._, le maître de l'ouvrage s'est adressé à Z._ SA (ci-après: Z._, l'entrepreneur ou la demanderesse), pour la fabrication et la pose des fenêtres et portes-fenêtres.
Z._ a fait parvenir à l'architecte une offre de 245'000 fr. (TTC) pour des triples vitrages et de 225'000 fr. (TTC) pour des doubles vitrages.
Il n'est pas contesté que le maître de l'ouvrage voulait soumettre ses villas au standard Minergie.
Par courrier du 20 novembre 2009, l'architecte A._ a confirmé l'adjudication des fenêtres et des portes-fenêtres avec doubles vitrages pour le prix forfaitaire de 205'000 fr. (TTC), après rabais consenti par l'entreprise et renonciation à la commande des portes d'entrée. Ce document faisait état de " villas avec label Minergie standard ".
A.b. Le 21 septembre 2010, Z._ a adressé une facture de 6'879 fr. 95 pour la fourniture d'un nouveau verre pour la baie vitrée d'une des villas; le premier verre posé entrait en conflit avec le puits de lumière et l'erreur de conception était due, selon elle, à l'architecte.
A.c. Le 14 février 2012, Z._ a requis du maître de l'ouvrage le paiement du solde du prix forfaitaire de 25'000 fr., après déduction des acomptes versés (205'000 fr., sous déduction des acomptes de 140'000 et 40'000 fr.).
Après avoir mis X._ en demeure, Z._ lui a fait notifier un commandement de payer pour ces deux montants demeurés impayés. La débitrice y a fait opposition.
L'architecte Allimann est intervenu sur le chantier en 2012 à la demande du maître de l'ouvrage afin de constater les défauts des villas. Il a communiqué à Z._ un avis des défauts le 20 décembre 2012. Selon lui, il aurait fallu des triples vitrages pour pouvoir obtenir la certification Minergie. Le changement de l'ensemble des fenêtres était donc nécessaire pour que celle-ci soit attribuée.
Par courrier du 6 février 2013, Z._ a répondu avoir fidèlement exécuté la commande de l'architecte, qui portait sur des doubles vitrages. Elle n'avait pas été chargée de la certification Minergie des villas et n'avait eu aucun contact avec le bureau compétent en la matière. N'ayant pas été rendue attentive au fait que des triples vitrages auraient été nécessaires pour pallier une isolation insuffisante des autres éléments de la construction, elle ne pouvait être tenue pour responsable de la non-attribution de la certification Minergie.
B.
Par requête de conciliation du 18 avril 2013, puis, après échec de la conciliation, par demande en justice du 1er octobre 2013, Z._ a ouvert action contre X._ en paiement des montants de 25'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 14 février 2012 et de 6'879 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 21 septembre 2010, et en mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer.
La défenderesse a conclu au rejet et, reconventionnellement, au remplacement par l'entrepreneur de toutes les fenêtres par des triples vitrages. Elle reprochait à l'entrepreneur, spécialiste du label Minergie, de ne pas l'avoir informée du fait que des doubles vitrages ne permettaient pas d'obtenir la certification Minergie.
Par jugement du 2 novembre 2015, le Tribunal de première instance a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le solde du prix de l'ouvrage, soit le montant de 25'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 17 mars 2012, et la facture pour le remplacement de la baie vitrée, soit le montant de 6'879 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2010. Il a rejeté la prétention reconventionnelle - en remplacement des vitrages - de la défenderesse. Il a considéré que les fenêtres livrées et posées par la demanderesse correspondaient à la commande, qu'elles ne présentaient pas de malfaçons et, qu'en tout état de cause (si elles n'avaient pas correspondu à la commande), l'avis des défauts n'avait pas été communiqué en temps utile.
Par arrêt du 26 août 2016, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au rejet de toutes les conclusions de la demanderesse.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.
La requête d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 2 novembre 2016.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation relevant du contrat d'entreprise, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Alors qu'elle constate que le maître de l'ouvrage a renoncé en appel à ses conclusions en enlèvement et en remplacement des fenêtres, la cour cantonale n'indique pas précisément ce qu'il fait valoir, même si elle signale que l'expertise aurait été requise afin de fixer la moins-value découlant de la pose de doubles vitrages.
Quoi qu'il en soit, faute de grief de l'intimée sur ce point, on peut retenir que la recourante conclut (principalement) au rejet de l'action en paiement du solde du prix et de la facture pour travaux supplémentaires en invoquant en compensation sa contre-créance en réduction du prix en raison des défauts de l'ouvrage. Il y a donc lieu d'admettre, au vu des motifs du recours, que, bien qu'elles tendent uniquement à l'annulation de l'arrêt entrepris, les conclusions principales de la recourante visent en réalité à sa réforme dans le sens du rejet de la demande, ce que la recourante sollicite d'ailleurs explicitement dans ses conclusions subsidiaires.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.2. Sous réserve des cas dans lesquels la loi prévoit expressément la preuve par expertise ou des cas dans lesquels l'expertise est le seul mode de preuve adéquat, les parties n'ont pas un droit à la preuve par expertise (arrêt 4A_431/2015 du 19 avril 2016 consid. 5.1.3 et les arrêts cités). Le juge peut refuser une requête d'expertise lorsqu'il peut se former une conviction sur la base des moyens de preuve déjà administrés et que cette appréciation résiste au grief d'arbitraire.
3.
La cour cantonale a condamné le maître à payer à l'entrepreneur le montant de sa facture de 6'879 fr. 95 pour les travaux supplémentaires effectués en relation avec le remplacement de la baie vitrée.
3.1. Se basant sur les témoignages des deux architectes B._ et A._, auxiliaires du maître de l'ouvrage, la cour cantonale a retenu que la baie vitrée de l'une des villas présentait un défaut de conception imputable à l'architecte A._, ce qui a nécessité son remplacement. Elle a considéré qu'il n'est pas établi que ce remplacement serait également dû à une malfaçon dont répondrait l'entrepreneur, puisqu'aucun avis des défauts n'a été communiqué et qu'aucun autre élément du dossier ne vient corroborer cette thèse. La cour en a donc conclu que la baie livrée et posée initialement correspondait à la commande et que le nouveau verre de remplacement constitue une modification de la commande, dont les coûts doivent être mis à la charge du maître de l'ouvrage.
3.2. La recourante joue sur les mots lorsqu'elle soutient que la cour cantonale aurait admis une malfaçon de la baie vitrée imputable à l'entrepreneur: si la cour a admis une malfaçon, elle a estimé que ce défaut était imputable non pas à l'entrepreneur, mais à l'architecte, auxiliaire du maître et, partant, que les coûts de réfection devaient être mis à la charge de celui-ci. Lorsque la recourante ajoute, dans sa réplique, qu'un avis des défauts aurait été formé oralement (puisque l'architecte a demandé de refaire le travail), elle ne démontre de toute façon pas qu'il s'agissait d'un défaut qu'elle aurait imputé à l'entrepreneur par un tel avis. Enfin, le fait que l'entrepreneur n'ait pas adressé sa facture immédiatement n'y change rien.
4.
La cour cantonale a condamné le maître à payer à l'entrepreneur le solde du prix forfaitaire convenu par 25'000 fr.
4.1. Sur le fond, la cour cantonale a retenu en substance que le maître de l'ouvrage voulait soumettre ses villas au standard Minergie, y compris pour les fenêtres et que cet élément faisait donc partie intégrante de l'objet du contrat. Elle a constaté que l'obtention du label Minergie dépendait de la performance énergétique de l'ensemble de l'enveloppe thermique du bâtiment (qualité des façades, isolation, ventilation, nombre et taille des fenêtres). Elle a considéré que la demanderesse n'était pas chargée d'obtenir la certification Minergie globale des villas et donc de vérifier que les autres éléments de l'enveloppe du bâtiment permettaient l'obtention de ce label. Sur la base des enquêtes, elle a retenu que le contrat portait sur la livraison de doubles vitrages qui, en tant que tels, permettaient l'obtention du label Minergie, pour autant que les autres facteurs du bâtiment ne l'excluent pas (sic), question qui n'était pas du ressort de l'entrepreneur.
Elle a aussi retenu qu'en présence de doubles vitrages, une compensation (sic) sur les autres postes était nécessaire, ce qui ne semble pas avoir été le cas. Il lui est apparu que les nombreux défauts constatés dans l'enveloppe des deux villas (failles et mauvais isolement) pourraient être à l'origine du refus du label. Elle en a conclu que l'entrepreneur n'avait ni livré un aliud, ni un ouvrage défectueux et, partant, elle a confirmé la condamnation de la défenderesse à payer le solde du prix de 25'000 fr. avec intérêts.
4.2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté sa requête d'expertise judiciaire, précisant que cette expertise doit porter sur les trois questions de savoir: si le double vitrage était compatible avec le label Minergie, si d'autres éléments de la construction devaient être adaptés compte tenu de ce double vitrage et si l'entrepreneur devait attirer son attention sur la nécessité de compenser la valeur thermique réduite du double vitrage par d'autres éléments de la construction. Elle conteste premièrement avoir présenté tardivement sa requête d'expertise, invoquant la violation des <ref-law> et 229 al. 1 let. a CPC, et, deuxièmement, elle reproche à la cour cantonale d'avoir procédé à une appréciation anticipée arbitraire de l'expertise sollicitée.
4.3. L'argumentation de la cour cantonale est quelque peu contradictoire dans la mesure où elle retient tout d'abord que les doubles vitrages permettent d'obtenir le label pour autant que d'autres facteurs ne l'excluent pas et ensuite que la pose de doubles vitrages nécessite une compensation avec d'autres postes du bâtiment (façade, ventilation, isolation). C'est cette seconde constatation qui sera retenue.
Dès lors qu'il est admis que les doubles vitrages ne permettent pas d'obtenir le label Minergie si d'autres éléments d'isolation de la construction ne les compensent pas, les deux premières questions que la recourante entend poser à l'expert sont superflues.
En ce qui concerne la troisième question, force est de constater que la cour cantonale a jugé qu'il ne saurait être retenu que la demanderesse était chargée d'obtenir la certification globale Minergie des villas et donc de vérifier que les autres éléments de l'enveloppe du bâtiment permettaient l'obtention de ce label. Elle s'est basée pour l'admettre sur l'interprétation du contrat passé, résultant des offres de la demanderesse, de l'établissement des devis et de la participation à la commande de l'architecte B._ et de la conception du projet et de la commande passée par l'architecte A._, en d'autres termes sur le choix de doubles vitrages opéré par les deux architectes qui sont des auxiliaires du maître. Or, en affirmant simplement qu'elle entend soumettre cette même question à un expert judiciaire, la recourante ne démontre pas en quoi il était arbitraire pour la cour cantonale de retenir que ce nouvel avis d'un homme du métier ne pourrait modifier sa conviction. Il ne suffit en effet pas que l'expertise puisse " apporter un éclairage différent " pour que son appréciation anticipée soit arbitraire. Le grief de violation de l'art. 9 Cst. de la recourante est, partant, irrecevable.
Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner encore si cette requête d'expertise, présentée pour la première fois avec les plaidoiries finales, aurait été formée en temps utile.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable, dans la mesure où il n'est pas sans objet, aux frais de son auteur (<ref-law>). La recourante sera également condamnée à verser une indemnité de dépens à l'intimée (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 3 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget