Faits :
A.
La société de droit espagnol A._ S.L., dont le siège est à C._, détient depuis le 12 décembre 2007 la moitié du capital-actions de la société suisse B._ SA, sise à D._. Le 13 août 2008, l'Administration fédérale des contributions a accordé à B._ SA l'autorisation, valable jusqu'au 12 août 2011, de verser les dividendes pour les actions sur lesquelles A._ S.L. avait le droit de jouissance depuis moins de deux ans en ne déduisant que l'impôt résiduel de 15 %, respectivement, le droit de verser les dividendes échus après le 11 décembre 2009 - soit après une durée de détention de deux ans - sans en déduire l'impôt anticipé.
Le 24 avril 2008, B._ SA a annoncé avoir versé à A._ S.L. un dividende de 15'000'000 fr., décidé lors de l'assemblée générale du 31 mars 2008, échu le même jour, et avoir versé à l'Administration fédérale des contributions l'impôt anticipé (résiduel) y relatif de 2'250'000 fr. Par demande du 3 février 2012, elle en a requis le remboursement.
Après avoir procédé au remboursement de l'impôt anticipé le 8 mars 2012, l'Administration fédérale des contributions a invité A._ S.L. à lui restituer le montant versé par erreur. Cette dernière a remboursé le montant le 16 mai 2012 sous réserve.
Par décision du 14 juin 2013 et décision sur réclamation du 18 août 2014, l'Administration fédérale des contributions a rejeté la demande du 3 février 2012 de la recourante au motif que le droit au remboursement était périmé. Le 15 septembre 2014, A._ S.L. a déposé un recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision sur réclamation du 18 août 2014, concluant à ce que le montant d'impôt anticipé de 2'250'000 fr. lui soit remboursé, avec intérêts à 5 % dès le 16 mai 2012.
B.
Par arrêt du 27 octobre 2015, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que A._ S.L. a déposé contre la décision sur réclamation du 18 août 2014 de l'Administration fédérale des contributions. Ni l'art. 15 par. 1 de l'Accord du 26 octobre 2004 entre la Confédération suisse et la Communauté européenne prévoyant des mesures équivalentes à celles prévues dans la directive 2003/48/CE du Conseil en matière de fiscalité des revenus de l'épargne sous forme de paiements d'intérêts (AFisE; RS 0.641.926.81), entré en vigueur le 1er juillet 2005 (cf. art. 17 al. 2 AFisE), ni l'ordonnance du 22 décembre 2004 sur le dégrèvement des dividendes suisses payés dans les cas de participations importantes détenues par des sociétés étrangères (RS 672.203; ordonnance sur le dégrèvement, entrée en vigueur le 1er janvier 2005), ne réglaient la procédure de dégrèvement de l'impôt pour les sociétés sises à l'étranger. Cette lacune (proprement dite) devait être comblée par application de l'art. 32 al. 1 de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) et le droit au remboursement s'éteindre si la demande n'était pas présentée dans les trois ans après l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation était échue. En l'espèce, le dividende était échu au 31 mars 2008, le délai de péremption avait donc commencé à courir le 1er janvier 2009 et était arrivé à expiration le 31 décembre 2011, de sorte que la demande de remboursement était périmée.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ S.L. demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer la décision du Tribunal administratif fédéral du 27 octobre 2015 en ce sens que l'Administration fédérale des contributions doit lui rembourser 2'250'000 fr. avec intérêts à 5 % dès le 16 mai 2012. Elle se plaint de la violation de l'interdiction du formalisme excessif, du principe de la bonne foi, de l'interdiction de l'arbitraire et du droit international.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours. A._ S.L. a répliqué le 5 février 2017.
Par ordonnance du 24 mars 2017, le Juge instructeur a rejeté la demande de suspension de la procédure déposée par A._ S.L. et motivée par le dépôt d'une éventuelle demande de procédure amiable, jusqu'à l'issue de dite procédure amiable.

Considérant en droit :
1.
1.1. Dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu en matière de dégrèvement de l'impôt anticipé, soit dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) échappant aux exceptions de l'<ref-law>, par le Tribunal administratif fédéral (cf. <ref-law>) sous la signature de la recourante, qui a qualité pour recourir car elle a un intérêt digne de protection à obtenir le remboursement de l'impôt anticipé (<ref-law>; cf. également arrêt 2C_176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 3.4, non publié in <ref-ruling>), le présent recours en matière de droit public est en principe recevable.
1.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>), ce que la partie recourante doit motiver conformément aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400 s.). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
2.
2.1. En vertu de l'art. 132 al. 2 Cst., la Confédération peut en particulier percevoir un impôt anticipé sur les revenus des capitaux mobiliers, comme le prévoit l'<ref-law>. L'impôt anticipé de 35 % (<ref-law>) sur les revenus de capitaux mobiliers a pour objet les participations au bénéfice notamment tous autres rendements d'action, y compris les dividendes (<ref-law> et art. 20 al. 1 de l'ordonnance sur l'impôt anticipé du 19 décembre 1966 [OIA; RS 642.211]). L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (<ref-law>). L'impôt anticipé sur les autres revenus de capitaux mobiliers échoit trente jours après la naissance de la créance fiscale (art. 16 al. let. c LIA).
L'obligation fiscale est exécutée, soit par le paiement de l'impôt, soit par la déclaration de la prestation imposable (<ref-law>), lorsqu'il apparaît que le paiement de l'impôt sur les revenus de capitaux mobiliers entraînerait des complications inutiles ou des rigueurs manifestes (<ref-law>).
Les <ref-law> précisent de manière exhaustive les conditions dans lesquelles la procédure de déclaration est admise tandis que les art. 29 ss et 48 ss LIA ainsi que 63 OIA règlent la procédure de remboursement de l'impôt anticipé lorsqu'il a été payé.
D'après la jurisprudence, toutefois, avoir un droit au remboursement fondé sur une convention de double imposition ne donne pas accès à la procédure de déclaration prévue par l'<ref-law>. En revanche, une procédure de déclaration prévue par une convention de double imposition ou une autre convention n'est pas exclue (arrêt 2C_756/2010 du 19 janvier 2011 consid. 2.2 et les références citées), comme cela ressort de ce qui suit.
2.2. En matière internationale, les art. 1 et 2 let. a de la loi fédérale du 22 juin 1951 concernant l'exécution des conventions internationales conclues par la Confédération en vue d'éviter les doubles impositions (loi sur l'exécution des CDI; RS 672.2, ainsi dénommée depuis le 1er février 2013 [RO 2013 231]), donnent mandat au Conseil fédéral d'établir les dispositions d'exécution qui sont nécessaires pour appliquer les conventions conclues par la Confédération suisse avec les Etats étrangers en vue d'éviter les doubles impositions, notamment en réglant la procédure à suivre pour le remboursement des impôts suisses perçus à la source sur les rendements de capitaux qui est garanti par une convention internationale.
L'art. 3 de l'ordonnance du 22 décembre 2004 sur le dégrèvement des dividendes suisses payés dans les cas de participations importantes détenues par des sociétés étrangères (Ordonnance sur le dégrèvement; RS 672.203) institue une procédure de déclaration permettant d'appliquer directement le dégrèvement de l'impôt anticipé sur les dividendes versés à une société étrangère, prévu dans les cas de participations importantes par une convention de double imposition ou un traité international applicable.
2.3. En raison du pays de résidence de la recourante, trouvent application, en l'espèce, la Convention du 26 avril 1966 entre la Confédération suisse et l'Espagne en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune [RS 0.672.933.21; CDI CH-ES]) ainsi que l'ancien Accord du 26 octobre 2004 entre la Confédération suisse et la Communauté européenne prévoyant des mesures équivalentes à celles prévues dans la directive 2003/48/CE du Conseil en matière de fiscalité des revenus de l'épargne sous forme de paiements d'intérêts (aAFisE; Accord sur la fiscalité de l'épargne; RS 0.641.926.81, dans sa version en vigueur du 1er juillet 2005 au 31 décembre 2016).
2.4. A la différence du taux de 35 % de l'<ref-law>, l'art. 10 al. 2 CDI CH-ES prévoit un dégrèvement (partiel) de l'impôt à la source prélevé sur les dividendes : ces derniers peuvent être imposés dans l'Etat contractant dont la société qui paie les dividendes est un résident, et selon la législation de cet Etat, mais si la personne qui perçoit les dividendes en est le bénéficiaire effectif, l'impôt ainsi établi ne peut excéder 15 % du montant brut des dividendes, tandis qu'en vertu de l'art. 15 ch. 1 aAFisE, " les dividendes payés par des sociétés filiales à leurs sociétés mères ne sont pas imposés (0 %) dans l'Etat de la source [...] " notamment lorsque, parmi d'autres conditions, la société mère, comme ici la recourante, détient directement au moins 25 % du capital de la filiale pendant au moins deux ans.
2.5. En l'espèce, le 13 août 2008, la filiale suisse de la recourante n'a obtenu de l'Administration fédérale des contributions qu'une autorisation de procédure de déclaration partielle, puisqu'elle lui permettait de verser les dividendes pour les actions sur lesquelles la recourante avait le droit de jouissance depuis moins de deux ans en ne déduisant que l'impôt résiduel de 15 %. C'est la raison pour laquelle, initialement, la filiale a prélevé sur le dividende de 15 millions destiné à la recourante un montant de 2'250'000 fr. qu'elle a versé à l'Administration fédérale des contributions. C'est également la raison pour laquelle, pour le solde qui a échappé à la procédure de déclaration, la recourante dispose, de l'avis unanime des parties, d'une prétention matérielle au remboursement de ce montant d'impôt résiduel fondée sur l'art. 15 aAfisE.
3.
Dans ce contexte, la première question litigieuse se résume à celle de savoir si, comme l'a jugé l'instance précédente, contre l'opinion de la recourante, qui se fonde sur l'effet direct de l'art. 15 aAfisE, le droit suisse peut instituer une procédure à laquelle la recourante doit nécessairement se soumettre pour obtenir le remboursement du montant d'impôt résiduel.
3.1. Invoquant la primauté du droit international sur le droit interne suisse et l'art. 27 de la Convention de Vienne du 23 mai 1961 sur le droit des traités (CV; RS 0.111), qui interdit à une partie d'invoquer les dispositions de son droit interne pour justifier la non-exécution d'un traité, la recourante soutient que l'art. 15 aAFisE est une norme suffisamment précise et claire pour en permettre l'application directe et par conséquent l'exonération à la source mettant hors jeu d'éventuelles normes d'exécution nationales.
3.2. Selon l'art. 15 par. 1 aAFisE, sans préjudice de l'application des dispositions de la législation nationale ou de conventions visant à prévenir la fraude ou les abus en Suisse et dans les États membres, les dividendes payés par des sociétés filiales à leurs sociétés mères ne sont pas imposés dans l'État de la source lorsque:
- la société mère détient directement au moins 25 % du capital de la filiale pendant au moins deux ans, et que
- une société a sa résidence fiscale dans un État membre et l'autre a sa résidence fiscale en Suisse, et que
- aux termes d'une convention en vue d'éviter les doubles impositions conclue avec un État tiers, aucune de ces sociétés n'a sa résidence fiscale dans cet État tiers, et que
- les deux sociétés sont assujetties à l'impôt sur les sociétés sans bénéficier d'une exonération et toutes deux revêtent la forme d'une société de capitaux.
3.3. La position de la recourante perd de vue que la lettre de l'art. 15 aAFisE a certes été influencée par les Directives 90/435/CEE du Conseil du 23 juillet 1990 concernant le régime fiscal commun applicable aux sociétés mères et filiales d'États membres différents (Directive mère-fille; JO L 225 du 20.8.1990, p. 6-9) et 2003/48/CE du Conseil du 3 juin 2003 en matière de fiscalité des revenus de l'épargne sous forme de paiements d'intérêts (JO L 157 du 26.6.2003, p. 38-48), mais qu'elle l'a également été par la convention modèle de l'OCDE, de sorte que, sur certains points, dite lettre s'écarte volontairement de la formulation des directives pour s'inspirer de celle retenue dans la Convention modèle de l'OCDE (S. OESTERHELT/M. WINZAP, Quellensteuerbefreiung von Dividenden, Zinsen und Lizenzen, in Arch. 74, 449, p. 453).
Ainsi, e n affirmant simplement que les dividendes " ne sont pas imposés ", la lettre de l'art. 15 aAFisE s'inspire de la formulation de l'art. 10 de la Convention modèle de l'OCDE, qui, précisément, admet l'existence d'une procédure de remboursement, et non pas de la lettre de l'art. 5 § 1 de la Directive mère-fille, qui exige l'exemption, sous réserve de cas particulier (S. OESTERHELT/M. WINZAP, op. cit., p. 484, qui exposent au préalable les méthodes d'interprétation des conventions internationales eu égard à la Convention de Vienne. La comparaison des dispositions précitées montre que la lettre de l'art. 15 aAFisE n'est pas aussi claire que le laisse entendre la recourante, à tout le moins pas dans le sens où elle le voudrait. Par conséquent, en tant qu'elle s'inspire de l'art. 10 de la Convention modèle OCDE, qui prévoit une procédure de remboursement, la lettre de l'art. 15 aAFisE n'exclut pas que soit instituée une telle procédure pour les situations qu'elle règle.
C'est du reste également la position retenue par la jurisprudence dûment rappelée par l'instance précédente, selon laquelle la procédure de dégrèvement demeure de la compétence des Etats parties à l'Accord sur la fiscalité de l'épargne (arrêt 2C_756/2010 du 19 janvier 2011 consid. 2.3 et les références citées) : en droit suisse, soit elle prend la forme de la procédure de déclaration, qui libère le contribuable du paiement de l'impôt, soit elle prend la forme de la procédure de remboursement, qui permet à ce dernier de récupérer un impôt acquitté, les deux procédures étant compatibles avec l'Accord (arrêt 2C_176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 3.4 non publié in <ref-ruling> et les références citées).
Par conséquent, en jugeant qu'une procédure de remboursement est compatible avec l'art. 15 aAFisE, l'instance précédente n'a pas violé le droit international.
4.
4.1. Après avoir constaté que l'ordonnance sur le dégrèvement règle la procédure de déclaration, mais n'aménage nullement la procédure de remboursement, ce qui, selon elle, constitue une lacune proprement dite, l'instance précédente l'a comblée par renvoi aux règles régissant la procédure de remboursement prévue par la loi sur l'impôt anticipé (cf. consid. 2.1 ci-dessus). La recourante objecte que la lacune, dont elle reconnaît pourtant l'existence, ne peut pas être comblée, puisqu'un tel comblement conduit en l'espèce à une imposition définitive des dividendes en violation de l'engagement pris par la Suisse aux termes de l'art. 15 aAFisE.
4.2. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite (apparente ou occulte) appelle l'intervention du juge, tandis qu'il lui est en principe interdit, selon la conception traditionnelle qui découle notamment du principe de la séparation des pouvoirs, de corriger les lacunes improprement dites, à moins que le fait d'invoquer le sens réputé déterminant de la norme ne constitue un abus de droit ou ne viole la Constitution (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 116). Cette jurisprudence vaut également en droit fiscal, où seules les lacunes proprement dites peuvent être comblées, sous réserve des cas d'abus de droit pouvant notamment prendre la forme de l'évasion fiscale (<ref-ruling> précité consid. 3.5 p. 567 s.).
4.3. En l'espèce, c'est à bon droit que l'instance précédente a constaté que l'ordonnance sur le dégrèvement ne règle pas du tout la procédure de remboursement, alors même qu'il subsiste, sous l'empire de l'art. 15 aAFisE, des situations, comme en l'espèce, dans lesquelles l'impôt anticipé sur la distribution de dividendes a été effectivement prélevé, démontrant par là que le législateur a omis d'adjoindre, à une règle conçue de façon générale, la restriction ou la précision que le sens et le but de la règle considérée ou d'une autre règle légale imposent dans certains cas (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 116).
Dès lors qu'il a été démontré que l'exécution de l'art. 15 aAFisE demande à être complétée par des dispositions de droit interne (cf. consid. 3.3 ci-dessus) et que l'ordonnance sur le dégrèvement, qui est le siège de la matière s'agissant de conventions de double imposition et des traités internationaux (cf. consid. 2.2 ci-dessus), omet de régler la procédure de remboursement, non seulement l'instance précédente pouvait, mais encore elle devait combler la lacune qui affecte cette ordonnance en édictant des règles instituant et régissant la procédure de remboursement de l'impôt effectivement prélevé sur les dividendes en cause. Le grief de la recourante sur ce point est rejeté.
5.
La recourante réitère les objections qu'elle avait déjà formulées devant l'instance précédente à l'encontre de la solution de comblement de la lacune telle qu'elle a été choisie par l'Administration fédérale des contributions et confirmée par l'arrêt attaqué. Celle-ci consiste à appliquer l'<ref-law> aux fins de déterminer les délais de la procédure de remboursement d'éventuels impôts perçus à la source bénéficiant du dégrèvement prévu par l'accord sur la fiscalité de l'épargne.
5.1. Selon l'<ref-law>, le droit au remboursement s'éteint si la demande n'est pas présentée dans les trois ans après l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation est échue. Il s'agit d'un délai de péremption (arrêt 2C_738/2014 du 21 août 2015 consid. 4.2). C'est en application de cette disposition que l'instance précédente a constaté que la demande de remboursement de la recourante, datée du 3 février 2012, était tardive, puisqu'elle aurait dû être déposée jusqu'au 31 décembre 2011. La demande était ainsi périmée et le remboursement de l'impôt à la source refusé.
5.2. En s'inspirant d'une disposition existante, l'instance précédente a choisi une solution qui privilégie le droit à l'égalité en matière de remboursement de l'impôt anticipé, ainsi que la sécurité juridique. Les objections de la recourante contre l'application de l'<ref-law> en l'espèce doivent être écartées.
5.2.1. La recourante soutient qu'une interprétation systématique de l'<ref-law> en lien avec l'<ref-law> et conforme à l'accord sur la fiscalité de l'épargne exige que le délai de péremption commence à courir à l'échéance de la période de détention des actions de deux ans prévue par l'art. 15aAFisE, faute de quoi il commencerait à courir avant la naissance du droit au remboursement.
Ce grief doit être écarté. Il suffit de constater à cet effet, comme l'a d'ailleurs jugé à bon droit l'instance précédente, qu'il subsiste au moins encore une année après l'écoulement de la période de deux ans de détention des actions pour déposer la demande de remboursement.
5.2.2. La recourante soutient également que la formule 70 intitulée " demande de remboursement de l'impôt anticipé suisse perçu sur les dividendes et intérêts selon article 15 alinéa 1 et 2 AFisE " n'a pas pour but " de vérifier que les conditions du droit au remboursement soient réalisées, puisque de telles vérifications auront été faites au préalable lors de l'octroi de l'autorisation générale (formule 823C) et de la déclaration des dividendes (formule 108), mais uniquement vocation à signaler à l'AFC que la condition du délai de détention de deux ans - non réalisée au moment de dépôt des formules 823C et 108 - est dorénavant remplie ". Or, selon la recourante, ce délai constitue une condition résolutoire et permet de requalifier les formules 108 et 823C en demandes de remboursement, en l'espèce déposées dans le délai de trois ans de l'<ref-law>.
Ce grief doit aussi être écarté puisque, comme l'a jugé l'instance précédente, c'est à la filiale de la recourante, débitrice de la prestation imposable (<ref-law>) qu'il incombe de déposer les formules 108 et 823C pour obtenir le droit d'utiliser la procédure de déclaration, tandis que c'est à la recourante, bénéficiaire de la prestation imposable, de demander le remboursement de l'impôt anticipé (<ref-law>) au moyen de la formule 70, lorsqu'il a dû être retenu. A cela s'ajoute qu'au moment du dépôt des formules 108 et 823C, la condition de détention des actions durant deux ans exigée par l'art. 15 aAFIsE n'est pas encore vérifiable et ne peut l'être qu'une fois cette durée échue. Il s'ensuit que ces deux formules ne peuvent être qualifiées de demande de remboursement remplaçant la formule 70.
5.2.3. Pour le surplus, il faut constater, contrairement à ce qu'affirme la recourante, que le remboursement de l'impôt anticipé, dans un premier temps, le 8 mars 2012, par l'Administration fédérale des contributions à la recourante ne nécessitait pas une décision conformément à l'<ref-law> et que, par conséquent, cette dernière pouvait procéder à un contrôle ultérieur des conditions de remboursement aux termes de l'<ref-law> et constater, comme en l'espèce, que la demande de remboursement du 3 février 2012 était tardive. Quoi qu'en pense la recourante, l'Administration fédérale des contributions pouvait donc effectuer un contrôle ultérieur et demander la restitution du montant d'impôt remboursé.
6.
Finalement la recourante invoque, mais en vain, la violation du droit à la restitution du délai de l'<ref-law> par application de l'art. 24 al. PA, ce qui est en principe possible (cf. arrêt 2C_738/2014 du 21 août 2015 consid. 4.2 et 4.4 in Arch. 84 336). L'<ref-law> exige de la recourante qu'elle expose avoir tardé à agir sans faute. Tel n'est pas le cas en l'espèce puisqu'elle connaissait le contenu de la formule 70 qui indiquait qu' " un exemplaire devait être transmis à l'Administration fédérale des contributions, [...] dans le délai fixé par le traité/loi déterminant ". Elle ne peut s'en prendre qu'à elle-même si, dans l'ignorance de la portée de cette indication, elle a fautivement tardé à se renseigner ou encore à déposer la demande de remboursement.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter les frais de justice (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale IFD, impôt anticipé, droits de timbre, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 23 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey