Faits :
A.
Le 22 septembre 2015, X._ a déposé plainte pour l'homicide dont avait été victime son fils, A._, à la suite d'une rixe à C._, le 21 juin 2015. L'enquête menée par le Ministère public de la République et canton de Genève a conduit à prévenir B._ de meurtre pour avoir jeté une pierre sur A._ et avoir frappé celui-ci avec une bouteille. A._ était décédé dans la soirée suivant les faits.
B.
Le 9 février 2016, le Ministère public a, d'une part, prononcé le classement de la poursuite dirigée contre B._ en tant qu'elle portait sur la mort de A._, et, d'autre part, rendu une ordonnance pénale contre B._ à raison d'autres faits. Le classement partiel se fondait sur le rapport d'autopsie du 22 décembre 2015, duquel il ressortait que la cause de la mort de A._ n'avait pas pu être établie sur la base des investigations et qu'il n'était pas exclu que ce décès puisse être mis en relation avec une intoxication avec une substance qui ne pouvait pas encore être mise en évidence. Cette décision a été notifiée à X._ le 12 février 2016.
Par l'intermédiaire de son avocat, X._ a déposé le 23 février 2016 auprès du Ministère public un acte intitulé " opposition ", daté du 22 février 2016, à l'encontre de " l'ordonnance pénale " du 9 février 2016. Le Ministère public a transmis cet acte à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice pour raison de compétence.
Par ailleurs, le 3 mars 2016, X._ a formé un recours contre l'ordonnance de classement partiel du 9 février 2016 du Ministère public auprès de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice.
C.
Dans un arrêt du 3 mars 2016 (ACPR/112/2016), la Chambre pénale de recours de la Cour de justice a retenu en substance que l' "opposition " de X._ du 22 février 2016 devait être considérée comme un recours contre l'ordonnance de classement partiel du 9 février 2016. Dans la mesure où le recours avait été déposé dans le délai légal, la restitution de délai sollicitée dans cet acte n'entrait pas en considération. Suffisamment explicite sur le point contesté, le recours n'avait pas non plus besoin d'être complété. Enfin, au regard du contenu du rapport d'autopsie, c'était à juste titre que le Ministère public avait considéré qu'aucun soupçon ne permettait d'accuser B._ du meurtre de A._. Pour ces motifs, la Chambre pénale de recours a rejeté le recours.
Par ailleurs, le 21 mars 2016, la Chambre pénale de recours a prononcé l'irrecevabilité du recours expédié le 3 mars 2016 par X._ contre l'ordonnance de classement partiel du 9 février 2016, jugé tardif (ACPR/155/2016). Elle a déclaré sans objet la demande de restitution de délai qu'il contenait dans la mesure où le recours daté du 22 février 2016 avait été déposé dans le délai légal. Au demeurant, elle l'a considérée infondée.
D.
Par mémoire du 6 avril 2016, X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre les arrêts ACPR/112/2016 et ACPR/155/2016 des 3 et 21 mars 2016, dont il demande l'annulation. Il conclut également, avec suite de frais et dépens, à la restitution du délai de recours contre l'ordonnance de classement partiel du 9 février 2016 rendue par le Ministère public, à la condamnation de B._ pour le meurtre de feu A._, subsidiairement pour homicide par négligence, plus subsidiairement pour lésions corporelles graves, ainsi qu'au versement d'une indemnité de 20'000 fr. à titre d'indemnité pour tort moral. A titre subsidiaire, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision conforme à ses conclusions. Il requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
L'acte de recours vise indistinctement les deux décisions cantonales du 3 mars 2016 (6B_347/2016) et du 21 mars 2016 (6B_1254/2016) rendues par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Compte tenu des recoupements entre les questions juridiques qui se posent et par économie de procédure, il y a lieu de statuer sur celles-ci dans un seul arrêt (<ref-law> [RS 273] en relation avec l'<ref-law>).
2.
2.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
Selon l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
2.2. En l'espèce, le recourant invoque une violation de ses droits de partie en tant qu'il se plaint du rejet de sa demande de restitution du délai de recours cantonal et soulève l'interdiction du formalisme excessif. Son recours est recevable sous cet angle.
Sur le fond, le recourant, père de la victime décédée, allègue que l'ordonnance de classement partiel confirmée par l'autorité précédente a eu une incidence sur ses prétentions civiles en réparation de son tort moral. La nature de l'infraction qu'il dénonce principalement, soit l'homicide selon l'<ref-law>, subsidiairement l'<ref-law>, suffit en l'espèce pour étayer ses prétentions, en particulier en tort moral, de sorte qu'il dispose de la qualité pour recourir sous cet angle (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 189 s.; arrêt 6B_1165/2015 du 20 avril 2016 consid. 1.2.1). En revanche, en tant qu'il s'en prend au classement implicite en rapport avec des lésions corporelles, il ne dispose pas de la qualité pour recourir, faute d'explication et compte tenu notamment des critères restrictifs permettant aux proches d'une personne victime de lésions corporelles de faire valoir un tort moral (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 417 et références citées; arrêts 6B_979/2015 du 9 septembre 2016 consid. 3.2; 6B_455/2014 du 11 novembre 2014 consid. 1.1)
3.
Le recourant fait valoir que la cour cantonale a refusé à tort sa demande de restitution de délai fondée sur l'<ref-law>. Partant, elle aurait dû entrer en matière sur son recours du 3 mars 2016.
3.1. Selon l'<ref-law>, une partie est défaillante si elle n'accomplit pas un acte de procédure à temps ou ne se présente pas à l'audience fixée. Le délai peut lui être restitué si elle a été empêchée de l'observer et qu'elle est de ce fait exposée à un préjudice important et irréparable; elle doit toutefois rendre vraisemblable que le défaut n'est imputable à aucune faute de sa part (<ref-law>). Une telle demande, dûment motivée, doit être adressée par écrit dans les 30 jours à compter de celui où l'empêchement a cessé, à l'autorité auprès de laquelle l'acte de procédure aurait dû être accompli et l'acte de procédure omis doit être répété durant ce délai (al. 2).
3.2. La cour cantonale a retenu que même erronément intitulé " opposition " et dirigé à tort contre l'ordonnance pénale, le mémoire du recourant du 22 février 2016 avait été déposé à temps (<ref-law>) - certes, auprès d'une autorité incompétente, qui l'avait cependant transmis à la Chambre pénale de recours (art. 91 al. 4, 2ème phrase CPP) - et s'en prenait matériellement au classement du 9 février 2016: il devait donc être traité comme un recours contre celui-ci, au sens de l'<ref-law>. L'acte de procédure ayant été accompli à temps et le recourant ayant pu faire valoir ses moyens, aucune restitution de délai n'entrait en considération et l'acte du 3 mars 2016 était irrecevable.
3.3. Le recourant ne dit pas expressément en quoi la cour cantonale aurait erré en considérant que le délai de recours de dix jours avait été respecté, de sorte que la demande de restitution de délai n'avait simplement pas d'objet. On comprend néanmoins de son recours qu'il considère que l'acte déposé le 22 février 2016 doit être tenu pour une requête de restitution de délai pour former recours contre l'ordonnance de classement partiel au sens de l'<ref-law>, et non pour un recours contre ladite ordonnance selon les art. 393 et ss CPP. Un tel recours n'aurait été déposé qu'ultérieurement, le 3 mars 2016, et devait être jugé recevable en dépit de sa tardiveté, dès lors que toutes les conditions de l'<ref-law> étaient remplies.
Or, dans son acte du 22 février 2016 intitulé " opposition ", le recourant indiquait " faire opposition à l'ordonnance pénale du 9 février 2016" (p. 1) et ajoutait qu'il convenait " d'accorder à Monsieur X._ une restitution de délai afin de compléter la présente opposition " (p. 2 in fine). De toute évidence, le recourant considérait son acte comme une contestation de l'ordonnance de classement, quoique encore incomplète dans sa motivation. De surcroît, ses allégués permettaient de comprendre qu'il s'en prenait sur le fond à la décision de classement, puisqu'il faisait valoir qu'il peinait à concevoir que les coups portés par B._ n'aient pas été à l'origine du décès de son fils, ce d'autant plus qu'il savait celui-ci en pleine santé. Aussi la cour cantonale pouvait-elle en conclure que l'acte du 22 février 2016 constituait un recours contre l'ordonnance de classement au sens des art. 393 et ss CPP. Il s'ensuit que le délai de recours de dix jours a été respecté par le dépôt de l'acte du 22 février 2016, de sorte qu'une restitution de délai au sens de l'<ref-law> n'entre pas en ligne de compte.
3.4. Même à supposer que l'acte du 22 février 2016 ne doive pas être considéré comme un recours et la demande de restitution de délai comme dénuée d'objet, il découle des considérants qui suivent que la cour cantonale n'a pas violé l'<ref-law> en considérant que cette demande devait être rejetée, ce qui entraînait l'irrecevabilité de l'acte du 3 mars 2016.
3.4.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire et n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
En tant que le recourant allègue que son lieu de résidence en Guinée et ses faibles moyens financiers ont complexifié la recherche d'un défenseur, il n'explique pas en quoi la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant que les difficultés de communication avec l'étranger n'étaient ni étayées ni rendues vraisemblables, ce d'autant plus qu'il était parvenu à faire remettre à son nouveau conseil copie de la décision contestée quelques jours avant l'échéance du délai de recours. Ces développements qui consistent, pour l'essentiel, en la répétition de ceux soulevés devant l'autorité précédente, s'épuisent en une discussion appellatoire qui ne répond pas aux exigences de motivation précitées. Ils sont ainsi irrecevables.
3.4.2. En outre, la cour cantonale a retenu - sans que le recourant ne discute ce point - qu'il importait peu que l'accès au dossier fût en jeu aussi longtemps que le conseil du recourant ne disposait pas de la procuration de son mandant, car le recourant supportait le risque d'avoir répudié son mandataire précédent et d'en avoir choisi un nouveau pendant que le délai de recours courait, voire s'approchait de son terme. A cela s'ajoute que le ministère public avait rendu un avis de prochaine clôture de l'instruction (<ref-law>) le 17 décembre 2015, notifié au recourant, duquel il ressortait que le soupçon d'homicide pesant sur B._ n'avait pas été confirmé dans la mesure où le rapport préliminaire d'autopsie du 23 juin 2015 constatait que la cause du décès n'avait pas pu être déterminée et qu'aucune lésion traumatique pouvant être à l'origine du décès n'avait été relevée, et qu'en conséquence, le ministère public prononcerait prochainement une ordonnance de classement s'agissant de ces faits. Le recourant était donc informé du classement à venir de la procédure et de ses motifs essentiels, de sorte qu'on ne saurait admettre qu'il a été pris de court par la notification de l'ordonnance de classement du 9 février 2016 et, partant, dans l'incapacité de s'organiser à temps pour former recours.
3.4.3. Compte tenu de ce qui précède, le recourant ne rend pas vraisemblable qu'il aurait été empêché sans sa faute de respecter le délai de recours. Ainsi, même à le suivre lorsqu'il affirme que l'acte du 22 février 2016 ne constituait pas un recours contre l'ordonnance de classement, les conditions d'une restitution de délai n'étaient pas remplies, de sorte que dans cette hypothèse également, l'acte du 3 mars 2016 devait être déclaré irrecevable.
4.
Le recourant soutient que si par impossible la restitution de délai pour former recours a valablement été refusée, il n'en reste pas moins qu'un délai supplémentaire devait lui être accordé afin qu'il complète l'acte du 22 février 2016 et, notamment, indique ses motifs et conclusions au fond. En tous les cas, en sanctionnant d'irrecevabilité le " recours " du 3 mars 2016, la cour cantonale a fait preuve de formalisme excessif.
4.1. L'<ref-law> énonce que si le code exige que le recours soit motivé, la personne ou l'autorité qui recourt doit indiquer précisément, les points de la décision qu'elle attaque (let. a), les motifs qui commandent une autre décision (let. b) et les moyens de preuve qu'elle invoque (let. c). Les motifs au sens de l'<ref-law> doivent être étayés par le recourant sous l'angle des faits et du droit (arrêt 1B_363/2014 du 7 janvier 2015 consid. 2.1 et les références).
Selon l'<ref-law>, si le mémoire ne satisfait pas à ces exigences, l'autorité de recours le renvoie au recourant afin que ce dernier le complète dans un bref délai. Si, après l'expiration de ce délai supplémentaire, le mémoire ne satisfait toujours pas à ces exigences, l'autorité de recours n'entre pas en matière.
Cette disposition ne permet pas de suppléer un défaut de motivation. Elle vise uniquement à protéger le justiciable contre un formalisme excessif de la part de l'autorité (arrêts 1B_363/2014 du 7 janvier 2015 consid. 2.1; 6B_688/2013 du 28 octobre 2013 consid. 4.2 et les références citées). En effet, il est communément admis en procédure que la motivation d'un acte de recours doit être entièrement contenue dans l'acte de recours lui-même. Elle ne saurait dès lors être complétée ou corrigée ultérieurement, l'<ref-law> ne devant pas être appliqué afin de détourner la portée de l'<ref-law> qui interdit la prolongation des délais fixés par la loi (arrêts précités 1B_363/2014 consid. 2.1 et 6B_688/2013 consid. 4.2, avec les références).
4.2. Le recourant n'a certes pas exposé explicitement en quoi la décision attaquée était contraire au droit, ni pris de conclusions formelles dans l'acte de recours du 22 février 2016. Cependant, la cour cantonale a retenu que cet acte permettait suffisamment de comprendre que le recourant considérait que le classement de la poursuite pour homicide à l'encontre de B._ était injustifié. Elle est donc entrée en matière sur la contestation soulevée par le recourant. Ainsi, dans la mesure où l'autorité précédente a jugé que la motivation du recours respectait les exigences de l'<ref-law>, l'alinéa 2 de cette disposition ne trouve pas application. Accorder au recourant un délai supplémentaire pour compléter sa motivation reviendrait à détourner l'<ref-law> de son but (consid. 4.1 supra). De même, le grief pris d'un formalisme excessif se révèle infondé, la cour cantonale n'ayant précisément pas posé des exigences de forme trop strictes en tenant le recours du 22 février 2016 pour recevable et en entrant en matière sur le fond. Aussi le principe de l'interdiction du formalisme excessif, ou encore la jurisprudence invoquée dans le recours (arrêt 9C_553/2008 du 6 juillet 2009 concernant l'application d'une disposition de procédure administrative) ne sauraient-ils remettre en cause le prononcé d'irrecevabilité du complément du 3 mars 2016 que le recourant a voulu apporter au recours du 22 février 2016. Ces griefs sont par conséquent rejetés.
5.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 9 Cst. (établissement manifestement inexact des faits) ainsi que l'<ref-law> en confirmant l'ordonnance de classement de la poursuite contre B._.
5.1. Selon l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a), lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b), lorsque des faits justificatifs empêchent de retenir une infraction contre le prévenu (let. c), lorsqu'il est établi que certaines conditions à l'ouverture de l'action pénale ne peuvent pas être remplies ou que des empêchements de procéder sont apparus (let. d) ou lorsqu'on peut renoncer à toute poursuite ou à toute sanction en vertu de dispositions légales (let. e). L'<ref-law> prévoit encore deux autres motifs de classement exceptionnels (intérêt de la victime ou consentement de celle-ci).
Le principe " in dubio pro duriore " découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 2 CPP en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91). Il signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peut être prononcé par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 190; arrêt 6B_551/2015 du 24 février 2016 consid. 3).
5.2. Quoi qu'en dise le recourant, on ne voit pas quelle erreur d'appréciation la cour cantonale aurait commise en retenant qu'aucune lésion traumatique pouvant expliquer le décès n'avait été mise en évidence dans le rapport d'autopsie du 22 décembre 2015, puisque c'est textuellement ce que retient ce rapport (p. 15, section I : " Il est à relever que nous n'avons pas mis en évidence de lésions traumatiques pouvant expliquer le décès. "). Par ailleurs, en déduisant des lésions relevées au niveau du dos et de la région lombaire de A._ qu'il existait une corrélation entre les coups portés par B._ sur cette partie du corps de la victime et le décès de celle-ci, le recourant méconnaît le constat clair et sans ambiguïté du rapport selon lequel " les lésions observées (infiltrations hémorragiques dermabrasions et plaques parcheminées) sont la conséquence de traumatismes mineurs, qui n'ont pas joué de rôle dans le décè s. " (p. 15, section II). C'est ainsi en contradiction évidente avec le contenu du rapport d'autopsie, dont le recourant ne conteste pourtant pas la validité, qu'il affirme que l'examen médico-légal atteste de lésions propres à entraîner le décès de A._. Le recourant soutient encore que les conclusions du rapport d'autopsie doivent être interprétées comme une simple décharge des médecins. Cette affirmation, non étayée, ne permet pas de comprendre clairement ce à quoi le recourant fait référence, encore moins de suivre son appréciation.
5.3. Ce qui précède permettait à la cour cantonale de retenir qu'en dépit du rapport temporel étroit entre l'agression perpétrée par B._ et la mort de A._, les preuves scientifiques établissaient qu'il n'existait pas de lien causal entre ces deux événements. Pour le surplus, le recourant discute la possibilité, envisagée par les médecins-légistes, que le décès soit dû à une intoxication. La détermination de la cause du décès n'est toutefois pas décisive dans le cadre de la présente affaire, étant déjà suffisamment établi que le comportement de B._ n'a pas provoqué la mort de A._.
5.4. Les conclusions que la cour cantonale tire du rapport médico-légal rendent les probabilités d'acquittement plus vraisemblables que celles d'une condamnation. Elle n'a ainsi pas abusé de son pouvoir d'appréciation en écartant le soupçon de la commission d'un homicide, d'où il s'ensuit que les conditions posées par l'<ref-law> sont réunies. Partant, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a confirmé l'ordonnance de classement rendue par le ministère public. Au surplus, le recourant se méprend lorsqu'il soutient que les différences - mineures - entre la motivation de la décision du ministère public et celle de la cour cantonale l'ont privé d'une instance, dans la mesure où la cour cantonale disposait d'un plein pouvoir d'examen en fait et en droit, et qu'elle appliquait ce dernier d'office (<ref-law>; v. par ex.: arrêt 1B_768/2012 du 15 janvier 2013 consid. 2.1).
Ce qui précède conduit également au rejet du grief du recourant relatif à ses prétentions en réparation du tort moral, dans la mesure de leur recevabilité.
6.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Il était d'emblée dépourvu de chance de succès, de sorte que l'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice qui seront fixés en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_347/2016 et 6B_1254/2016 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 10 février 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy