Sachverhalt:
A.
Mit Kaufvertrag vom 11. September 2000 erwarb die A._ (Switzerland) SA (ursprüngliche Klägerin) von B._ (Beklagter 1, Beschwerdegegner) und C._ (Beklagter 2) per 1. Januar 2000 sämtliche Aktien der (aus sechs Gesellschaften bestehenden) D._-Gruppe mit Sitz in U._. Die ursprüngliche Klägerin wurde in der Folge von der A._ AG mit Sitz in U._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) auf dem Wege der Fusion übernommen. Die Beklagten waren vor und nach dem Verkauf ihrer Aktien Verwaltungsräte der D._-Gruppe mit Einzelunterschrift. Im Februar 2004wurden die Beklagten "fristlos entlassen".
Der Kaufpreis für die Aktien umfasste einen fixen Betrag von Fr. 7,5 Mio. und eine variable Komponente (sog. "Earn-out"). Der Earn-out hing von den zu Konsolidierungszwecken an den Konzern gemeldeten Geschäftszahlen der D._-Gruppe in den Jahren 2000 bis 2005 ab. Am 17. Juli 2003 unterzeichneten die Parteien eine Vertragsergänzung (Deed of Amendment to the Share Purchase Agreement; nachfolgend: Vertragsergänzung), in welchem die Berechnung des variablen Kaufpreisanteils für die Jahre 2003 bis 2005 neu geregelt wurde. Die A._ (Switzerland) SA zahlte den Beklagten neben dem fixen Kaufpreisanteil einen variablen Kaufpreis für die Jahre 2000 bis 2002 von insgesamt Fr. 8'897'000.-- (bzw. je Fr. 4'448'500.--). Für die Jahre 2003 bis 2005 erfolgten keine Zahlungen mehr.
B.
B.a. Nachdem die Klägerin ursprünglich mit Klage beim Bezirksgericht Zürich (Klageeingang am 24. November 2008) beide Beklagten auf Rückzahlung eines Teils des geleisteten Kaufpreises eingeklagt hatte, passte sie im Laufe des erstinstanzlichen Verfahrens ihr Rechtsbegehren an und verlangte, der Beklagte 1 sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 9'606'000.-- nebst Zins zu bezahlen.
Das Bezirksgericht schützte mit Urteil vom 17. Dezember 2014die Klage teilweise und verpflichtete den Beklagten 1, der Klägerin Fr. 3'895'207.80 nebst Zins zu bezahlen. Es gelangte nach Durchführung eines Beweisverfahrens zum Ergebnis, die Beklagten hätten ihre Pflicht zur Lieferung korrekter Zahlen als Grundlage für die Berechnung der Earn-out-Zahlung bzw. einer Kaufpreisreduktion verletzt, indem sie fiktive Rechnungen auf verschiedene Firmen erstellt und dann namens dieser Rechnungsschuldner aus eigenen Mitteln an die Klägerin Zahlungen (sog. Selbstzahlungen) geleistet hätten, um so gestützt auf zu hohe Gewinne Earn-out-Zahlungen an sich selber zu generieren. Gestützt auf diese Vertragsverletzung hätten sie den unter dem Titel Earn-out zuviel geleisteten Betrag sowie einen Teil des fixen Betrages des Kaufpreises (negative Kaufpreisanpassung) unter solidarischer Haftbarkeit zurückzuzahlen. Zwar hätten die Parteien mit Art. 6 der Vertragsergänzung eine Saldoklausel getroffen hinsichtlich der Zahlungen in den Jahren 2000, 2001 und 2002. Damit sei zum Ausdruck gebracht worden, dass mit den Zahlungen in diesen Jahren die gegenseitigen Ansprüche bereinigt seien. Diese Vereinbarung sei aber im Hinblick auf die Selbstzahlungen wegen Irrtum ungültig, weil die Klägerin im fraglichen Zeitpunkt nicht mit fiktiven Rechnungen und deren Selbstzahlung durch den Beklagten 1 rechnen musste. Als nicht erstellt betrachtete das Bezirksgericht hingegen den Vorwurf, die Beklagten hätten nie erbrachte Leistungen und nie getätigte Lizenzgeschäfte aktiviert und fiktive Rechnungen ausgestellt und auch auf diese Weise die Berechnung der Earn-out-Zahlung manipuliert.
B.b. Mit Urteil vom 22. Juli 2016 hiess das Obergericht des Kantons Zürich die vom Beklagten 1 gegen das Urteil des Bezirksgerichts erhobene Berufung gut, und wies es die Anschlussberufung der Klägerin und die Klage ab.
Das Obergericht erwog, entgegen dem Bezirksgericht sei der Beweis nicht erbracht worden, dass der Beklagte 1 die strittigen Selbstzahlungen gemacht habe. Es erübrige sich daher, auf die weiteren Voraussetzungen einer möglichen Schadenersatzpflicht einzugehen. Im Rahmen einer Eventualbegründung ging das Obergericht sodann wie das Bezirksgericht davon aus, Artikel 6 der Vertragsergänzung sei als Saldoklausel zu verstehen. Anders als das Bezirksgericht nahm es aber an, eine rechtzeitige Irrtumsanfechtung sei nicht erfolgt und es verneinte einen Irrtum der Klägerin, denn im Zeitpunkt der Vereinbarung der Vertragsergänzung seien allfällige Verfehlungen des Beklagten 1bei der Klägerin bekannt gewesen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an dieses zurückzuweisen; eventualiter verlangt sie vom Beschwerdegegner (wie bereits vor Obergericht) Fr. 4'231'207.80 nebst Zins; subeventualiter sei das Urteil des Bezirksgerichts zu bestätigen.
Der Beschwerdegegner trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 11. Januar 2017 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden. Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Erfüllt eine Beschwerde diese Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten. Die selben Begründungsanforderungen gelten auch für die Beschwerdeantwort (<ref-ruling> E. 2 S. 116 mit Hinweis).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vorinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 S. 117 mit Hinweis). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
1.3. Eine Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
2.
Die Klage war vor Inkrafttreten der Eidgenössischen Zivilprozessordnung (1. Januar 2011) anhängig gemacht worden; der erstinstanzliche Entscheid wurde nach dem Inkrafttreten gefällt. Das Verfahren vor Bezirksgericht richtete sich deshalb gemäss <ref-law> noch nach dem kantonalen Recht (Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 [ZPO/ZH, LS 271], Aufhebungsdatum: 1. Januar 2011 und Gerichtsverfassungsgesetz vom 13. Juni 1976 [GVG/ZH, LS 211.1], Aufhebungsdatum: 1. Januar 2011), während auf das Berufungsverfahren das neue Recht anwendbar war (<ref-law>).
3.
Das Bezirksgericht erachtete als erwiesen, dass der Beschwerdegegner und der Beklagte 2 zwischen dem 6. Oktober 2000 und dem 13. November 2002 Selbstzahlungen getätigt hatten. Es stützte sich dabei auf Einzahlungsscheine, aus welchen sich die aufgeführten Einzahlungen (mit Datum, Poststelle, "Absender", Betrag) ergaben, wobei die einzahlende Firma ("Absender") und der Betrag handschriftlich eingetragen waren. Diese Einzahlungen im Namen von verschiedenen Unternehmungen enthielten Beträge zwischen Fr. 8'040.-- und Fr. 115'562.50. Das Bezirksgericht erwog sodann, solche Einzahlungen bei Poststellen seien bereits für sich genommen äusserst ungewöhnlich; es sei kaum vorstellbar, dass eine Unternehmung ihre Rechnungen in dieser Weise begleiche (bzw. in den Jahren 2000 bis 2002 so beglichen habe). Dazu komme, dass regelmässig mehrere Einzahlungen am gleichen Tag erfolgt seien, teilweise mehrere Teilzahlungen im Namen des gleichen Absenders (am gleichen Tag). Die Einzahlungen seien bei Poststellen im Raume U._ und V._, also dem Wohn- und Arbeitsort des Beschwerdegegners bzw. des Beklagten 2 vorgenommen worden, wobei meistens bei einer Poststelle gleichzeitig mehrere Einzahlungen getätigt worden seien und am gleichen Tag Einzahlungen bei verschiedenen Poststellen erfolgt seien. Das Bezirksgericht berücksichtigte sodann einige grosse Bargeldbezüge des Beschwerdegegners und des Beklagten 2, die zeitgleich oder zeitnah mit der Bezahlung einzelner Rechnungen erfolgt waren, und sah in den dargelegten Umständen bereits ein starkes Indiz für die zu beweisenden Selbstzahlungen. Es stützte sich sodann auf die Zeugenaussagen von Vertretern der (angeblichen) Rechnungsschuldner, die einerseits Barzahlungen am Postschalter als für ihre Firmen unüblich bezeichneten und andererseits konkret ausschlossen, dass die streitgegenständlichen Rechnungen von ihnen bezahlt worden seien. In Bezug auf verschiedene dieser Zahlungen berücksichtigte das Bezirksgericht auch die Aussagen der Zeugin Z1._. Diese war im fraglichen Zeitraum Assistentin des Beschwerdegegners und gab auf Vorhalt diverser (bezüglich Absender und Betrag) handschriftlich ausgefüllter Einzahlungsscheine an, diese seien von ihr im Auftrag des Beschwerdegegners ausgefüllt worden, dem sie diese dann habe übergeben müssen. Dieses Vorgehen habe nicht dem Regelfall bei Erstellung einer Rechnung entsprochen. Vielmehr sei der Einzahlungsschein dann leer gewesen.
4.
Die Vorinstanz schloss sich der Beweiswürdigung des Bezirksgerichts nicht an. Sie stellte die einzelnen Indizien bzw. die entsprechenden Tatsachen als solche nicht in Frage, mass den Indizien aber weniger Beweiskraft zu als das Bezirksgericht. Die grossen Bargeldbezüge des Beschwerdegegners, die zeitgleich oder zeitnah mit der Bezahlung einzelner Rechnungen erfolgt waren, qualifizierte sie anders als das Bezirksgericht als eher schwaches Indiz, da der Beschwerdegegner insgesamt einen hohen Bargeldbedarf nachgewiesen habe. Die Aussagen der Zeugin Z1._ zu den Zahlungsbelegen akzeptierte sie als Indiz. Hinsichtlich der Zeugenaussagen der verschiedenen Firmenvertreter erwog sie, (nur) die Aussagen jener Personen, die in der kritischen Zeit in den fraglichen Firmen gearbeitet haben, seien ein Indiz für Selbstzahlungen. Insgesamt kam die Vorinstanz zum Schluss, zwar bestehe aufgrund der vom Bezirksgericht festgestellten Indizien eine gewisse Wahrscheinlichkeit für Selbstzahlungen, die Indizien reichten jedoch nicht für den erforderlichen Beweis. Dabei war für die Vorinstanz die Aussage des Zeugen Z2._ entscheidend, der bestätigt hatte, dass das Mutterhaus der Beschwerdeführerin in Frankreich unter dem früheren Management ein System von falschen Rechnungen installiert habe, um die Umsatzzahlen künstlich aufzublähen, und dieses System auch in den verschiedenen Tochtergesellschaften durchgeführt werden sollte, wobei er für die Schweiz namentlich E._, den damaligen Verwaltungsratspräsidenten der Beschwerdeführerin, als Verantwortlichen nannte. Sie verwies sodann auf die Ausführungen in der Duplik, wonach es verschiedene Vertreter des Konzerns gegeben habe, die ebenfalls die Möglichkeit und auch Gründe für solche Selbstzahlungen (im Raum U._ und V._) gehabt hätten; u.a. hätten sämtliche Sitzungen des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin, bei denen immer mindestens drei bis fünf Vertreter des Konzerns, auch E._, anwesend gewesen seien, in den Geschäftsräumlichkeiten in U._ oder V._ stattgefunden. Verschiedene Aktionäre und Konzernmitglieder hätten mit der Umsatzaufblähung mittels Provisionen und Aktienverkäufen sehr viel Geld verdient. Die Vorinstanz schloss daraus, die Möglichkeit, dass andere vom Beschwerdegegner bezeichnete Personen, insbesondere des A._-Konzerns, die Zahlungen bei den fraglichen Poststellen im Raum U._ und V._ vorgenommen hätten, sei unter Berücksichtigung von deren Interessenlage mindestens so gross wie Selbstzahlungen durch den Beschwerdegegner und den Beklagten 2.
5.
Die Beschwerdeführerin rügt in verschiedener Hinsicht eine Verletzung der Begründungspflicht und damit des Anspruchs auf rechtliches Gehör. Die Lektüre des angefochtenen Urteils erwecke den Eindruck, als ob die Beschwerdeführerin nie eine Berufungsantwort eingereicht hätte. An keiner Stelle setze sich das Obergericht mit den in der Berufungsantwort und Anschlussberufung vorgetragenen Argumenten auseinander, welche sich insbesondere gegen die eigentlich von Amtes wegen zu prüfende Zulassung der zahlreichen neuen Behauptungen und Bestreitungen in der Berufungsschrift gerichtet hätten. Es sei für sie somit nicht ersichtlich, ob sich die Vorinstanz überhaupt mit ihren Vorbringen im Berufungsverfahren auseinandergesetzt oder diese schlicht übersehen oder gar bewusst ignoriert habe. Dies sei eine Verletzung der Begründungspflicht und damit des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Bereits aus diesem Grund sei der Entscheid der Vorinstanz aufzuheben.
Der aus <ref-law> fliessende Anspruch auf rechtliches Gehör dient einerseits der Sachaufklärung und stellt andererseits ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188 mit Hinweis). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 436 mit Hinweisen).
Die Rüge der Beschwerdeführerin ist berechtigt. Es trifft zu, dass der angefochtene Entscheid auf ihre Vorbringen zu den Selbstzahlungen überhaupt nicht eingeht, namentlich nicht auf ihre Einwände betreffend unzulässige Noven, sodass die Beschwerdeführerin nicht erkennen kann, aus welchen Gründen ihren Vorbringen nicht Rechnung getragen wurde. Mit einer so weitgehenden Ignorierung der Vorbringen einer Partei wird deren persönlichkeitsbezogenem Mitwirkungsanspruch nicht mehr genügend Rechnung getragen. Da die Beschwerde aber ohnehin gutzuheissen ist, würde eine Rückweisung allein wegen ungenügender Begründung zu einem unnötigen Leerlauf führen und braucht auf die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe in Verletzung von <ref-law> auf unzulässige neue Behauptungen abgestellt, und die damit verbundene Aktenwidrigkeitsrüge nicht weiter eingegangen zu werden. In Bezug auf die Berücksichtigung von Noven ist immerhin anzumerken, dass das Gericht in der Würdigung der Beweise frei ist (<ref-law>). Es wird von den Parteien nicht verlangt, dass sie sämtliche Aspekte und Eigenheiten eines Beweismittels, die beim Entscheid über dessen Überzeugungskraft gewürdigt werden, einzeln behaupten (Urteil 4A_195/2014 vom 27. November 2014 E. 7.3.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Beruft sich daher eine Partei auf einen Kontoauszug, um gestützt auf den Umfang und den Zeitpunkt der darin aufgeführten Zahlungen etwas zu ihren Gunsten abzuleiten, kann das Gericht bei der Würdigung dieses Beweismittels die übrigen darin aufgeführten Zahlungen berücksichtigen, ohne dass die Gegenpartei diese separat behaupten müsste.
6.
Die Vorinstanz hat sich anders als das Bezirksgericht nicht mit einzelnen Zahlungen auseinandergesetzt und die Indizien nur pauschal gewürdigt. Sie hat zwar jedes Indiz für sich allein gewichtet und festgehalten, die behandelten Indizien reichten in der Gesamtbetrachtung nicht, um die dem Beschwerdegegner vorgeworfenen Selbstzahlungen als rechtsgenügend erstellt zu betrachten. Dabei hat sie aber das Zusammenspiel der verschiedenen Indizien missachtet und die von ihr zur Debatte gestellten Sachverhaltsvarianten nicht konsequent zu Ende gedacht.
Wenn man annimmt, der Beschwerdegegner habe mit den zeitgleich oder zeitnah mit der Bezahlung einzelner Rechnungen erfolgten grossen Bargeldbezügen nicht die strittigen Einzahlungen getätigt, müsste er konsequenterweise Angaben darüber machen können, wofür sonst er die Beträge verwendet haben will. Selbst wenn jemand gewohnt ist, Geldbeträge in der Grössenordnung von einigen zehntausend Franken abzuheben, ist unglaubwürdig, dass er sich nicht an den Verwendungszweck von Beträgen über Fr. 410'000.-- (6. Oktober 2000), Fr. 220'000.-- (11. März 2002) oder Fr. 150'000.-- (31. Oktober 2002) erinnert oder diesen nicht zumindest eruieren könnte, zumal die übrigen Bezüge deutlich unter diesen Beträgen lagen.
Wenn die Vorinstanz die Möglichkeit in Betracht zieht, die Einzahlungen könnten tatsächlich von den auf den Einzahlungsscheinen angegebenen Unternehmen stammen, müsste einerseits eine Erklärung für die ungewöhnliche Rechnungsstellung und Begleichung sowie die mangelnde Dokumentation des Zahlungsvorgangs bei den Rechnungsempfängern gefunden werden. Zudem müsste der Beschwerdegegner bei den von seiner Assistentin ausgefüllten Einzahlungsscheinen angeben können, warum er diesen Auftrag erteilt hat und wie die ihm übergebenen Einzahlungsscheine zu den auf den Einzahlungsscheinen genannten Unternehmen kamen. Es müsste aber auch eine ernsthafte Möglichkeit bestehen, dass verschiedene nicht miteinander verbundene Rechnungsempfänger die Rechnungen am gleichen Tag an derselben Poststelle einzahlen oder dass derselbe Rechnungsempfänger am gleichen Tag mehrere Rechnungen auf verschiedenen Poststellen einzahlt. Und es müsste realistisch davon ausgegangen werden können, dass die betroffenen Unternehmen allfällige Einzahlungen auf den tatsächlich in Anspruch genommenen Poststellen im Raum U._ oder V._ vornehmen würden. Dass es verschiedene Vertreter des A._-Konzerns gegeben haben mag, die ebenfalls die Möglichkeit und auch Gründe für solche Selbstzahlungen (im Raum U._ und V._) gehabt hätten, hilft für die Variante "Zahlung durch die auf den Einzahlungsscheinen genannten Unternehmen" nicht weiter.
Geht es dagegen alternativ um die Möglichkeit einer Einzahlung nicht durch das auf den Einzahlungsscheinen ausgewiesene Unternehmen, kann die Vorinstanz zwar berücksichtigen, dass Personen aus dem A._-Konzern ein eigenes Interesse am Ausstellen fiktiver Rechnungen auch bei der Beschwerdeführerin hätten haben können. Sie hat dieses Indiz aber nicht konkret in Bezug gesetzt zur Tatsache, dass für Zahlungen solcher Rechnungen teilweise Einzahlungsscheine verwendet wurden, welche die Assistentin des Beschwerdegegners in seinem Auftrag ausgefüllt und ihm übergeben hatte. Die Vorinstanz gibt keine Erklärung dafür, wie im Auftrag des Beschwerdegegners ausgefüllte Einzahlungsscheine von anderen Personen für Einzahlungen für fiktive Rechnungen hätten verwendet werden können, wenn er damit nichts zu tun hatte. Ohne die Auflösung solcher Widersprüche, und zwar konkret bezogen auf bestimmte Zahlungen bzw. Gruppen von Zahlungen, kann von einer willkürfreien Würdigung der Indizien nicht die Rede sein. Im Einzelnen:
6.1. Das Bezirksgericht, das die einzelnen Zahlungen gruppiert nach den auf den Einzahlungsscheinen genannten Unternehmen behandelt hat, stellte für gewisse Zahlungen wesentlich auf die Aussage der Zeugin Z1._, der Assistentin des Beschwerdegegners, ab die nach den von der Vorinstanz nicht in Frage gestellten Feststellungen des Bezirksgerichts ausgesagt hat, sie habe die entsprechenden Einzahlungsscheine im Auftrag des Beschwerdegegners ausgestellt und diesem übergeben.
6.1.1. Das sind einerseits Zahlungen vom 31. Oktober 2002 im Namen von F._ über Fr. 16'500.--, Fr. 12'400.--, Fr. 16'800.--, Fr. 17'000.--, Fr. 18'000.-- und Zahlungen vom 13. November 2002 über Fr. 18'200.--, Fr. 18'700.-- und Fr. 19'052.--. Bezüglich dieser Zahlungen hatte der Zeuge Z3._ ausgesagt, man habe im Rahmen des Strafverfahrens Abklärungen getroffen und bei den Konten von D._ keine Auszahlungen gefunden, die mit den vorgelegten Postzahlungen übereingestimmt hätten. Es sei ungewöhnlich und bizarr, dass ein Lieferant bar via Postüberweisung bezahlt werde. Das Gleiche trifft zu auf die am 8. November 2002 im Namen der G._ AG getätigten Zahlung über Fr. 8'040.--. Die Zeugin Z4._, Buchhalterin dieser Firma, war zwar in diesem Zeitpunkt noch nicht bei der G._ AG angestellt. Sie bestätigte aber, ihres Wissens sei es nie vorgekommen, dass Einzahlungen bei einer Poststelle gemacht wurden, und sie hätten (mit Blick auf das Strafverfahren) alle Akten durchgeforscht und keine Belege für eine solche Posteinzahlung gefunden.
Damit ist unmissverständlich eine Zahlung durch F._ und die G._ AG ausgeschlossen. Wenn der Beschwerdegegner die Posteinzahlungen nicht selber ausgeführt haben will (bzw. durch den Beklagten 2 ausführen liess), müsste er die Einzahlungsscheine einer Drittperson übergeben haben, welche die Zahlungen dann ausführte, oder er müsste sonst erklären können, wie ein Dritter zu den ihm überlassenen Einzahlungsscheinen gekommen ist. Die Vorinstanz äussert sich aufgrund ihrer pauschalen Begründung nicht zu diesem Punkt. Die Beschwerdeführerin rügt, der Beschwerdegegner habe selber gar nie behauptet, die von seiner Assistentin ausgefüllten Einzahlungsscheine einer andern Person übergeben zu haben. Die Vorinstanz habe daher auf einen nicht behaupteten Sachverhalt abgestellt. Der Beschwerdegegner behauptet nicht, dass er entgegen dem etwas zur Weitergabe der Einzahlungsscheine ausgeführt habe; vielmehr schweigt er sich zu diesem Punkt aus. Er weist lediglich darauf hin, dass er stets klar bestritten habe, die Einzahlungen an den Postschaltern gemacht zu haben. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist somit berechtigt. Hinzu kommt Folgendes: Der Zeuge Z2._, auf den die Vorinstanz wesentlich abstellte, gab in der von der Vorinstanz und dem Bezirksgericht zitierten Aussage an, dass im A._-Konzern ein System mit fiktiven Rechnungen zur Umsatzaufblähung installiert wurde. Dazu, wie Zahlungen getätigt wurden, sagte er in der wiedergegebenen Passage nichts. Auch ist unerheblich, wer die Selbstzahlungen am Postschalter vorgenommen hat, solange feststeht, dass der Beschwerdegegner sie veranlasst hat. Daran kann bei den ihm ausgefüllt übergebenen Einzahlungsscheinen kein ernsthafter Zweifel bestehen.
6.1.2. Auch für folgende Zahlungen hat die Zeugin Z1._ bestätigt, die Einzahlungsscheine ausgestellt und dem Beschwerdegegner übergeben zu haben: Zahlungen vom 6. Oktober 2000 im Namen von H._ über Fr. 84'384.50 und über Fr. 115'025.--, Zahlungen vom 13. November 2002 im Namen von I._ über Fr. 10'900.-- und Fr. 16'000.-- sowie im Namen von J._ am 23. Oktober 2002 über Fr. 19'500.-- und 19'200.--, am 24. Oktober 2002 über Fr. 18'600.-- und Fr. 17'400.--, am 31. Oktober 2002 über Fr. 15'000.-- und Fr. 19'020.--, am 1. November 2002 über Fr. 12'800.-- und Fr. 16'500.-- und am 6. November 2002 über Fr. 18'000.--.
Im Unterschied zu dem unter E. 6.1.1 erwähnten Zeugen haben die Zeugen Z5._ (H._), Z6._ (I._) und Z7._ (J._) nicht ausgesagt, sie hätten Abklärungen getroffen und in der Buchhaltung keine solchen Zahlungen gefunden (beziehungsweise ist nur bei einer Rechnung [act. 130/23; Zeuge Z7._] von einer [ebenfalls erfolglosen] Suche die Rede). Sie gaben aber für ihre Unternehmen an, es sei nie vorgekommen, dass Zahlungen per Einzahlung bei einer Poststelle erfolgt seien bzw. diese Zahlungen seien nicht von ihnen getätigt worden, da sie nur elektronische Zahlungen machten bzw. es werde grundsätzlich alles elektronisch überwiesen. Schlossen die Zeugen damit eigene Zahlungen per Post aus, ist die Situation im Ergebnis genau gleich wie bei den unter E. 6.1.1 erwähnten Zahlungen. Die Vorinstanz konnte nicht willkürfrei die Selbstzahlungen durch den Beschwerdegegner verneinen.
6.1.3. Die Vorinstanz sah wie erwähnt nur in jenen Zeugenaussagen ein Indiz, die von Personen stammten, welche in der kritischen Zeit in den fraglichen Firmen arbeiteten. Weil sie aber (erneut) nur diesen allgemeinen Hinweis zum Beweiswert machte, jedoch nicht auf einzelne Zahlungen einging, ist nicht ersichtlich, was sie daraus ableitet. Anders als der Hinweis auf die Möglichkeit, dass unbekannte Dritte aus dem A._-Konzern Zahlungen gemacht haben könnten (E. 4 und 6 hiervor), kann es bei dieser Begründung ja nur darum gehen, dass möglicherweise doch die jeweiligen als Einzahlende genannten Firmen diese Zahlungen getätigt haben könnten.
Nicht nachvollziehbar ist dies namentlich bezüglich jener Zahlungen, wo gemäss der Zeugenaussage Z1._ erwiesen ist, dass diese die entsprechenden Einzahlungsscheine ausgestellt und dem Beschwerdegegner übergeben hatte. Dies sind die Zahlungen vom 8. November 2002 im Namen von K._ AG über zweimal Fr. 14'526.--, Fr. 18'900.--, Fr. 19'200.--, Fr. 19'500.--, Fr. 19'600.-- und Fr. 19'640.--. Im Unterschied zu den bei E. 6.1.2 hiervor erwähnten Zeugen waren die zu K._ befragten Zeugen nicht im Zeitpunkt der strittigen Zahlungen bei dieser Firma angestellt, sondern der Zeuge Z8._ bis 2001 und der Zeuge Z9._ seit 2006. Der vorinstanzliche Einwand trifft auch zu auf die Zahlungen vom 6. Oktober 2000 im Namen der L._ über Fr. 84'925.-- und im Namen der M._direktion des Kantons U._ über Fr. 115'562.50 sowie die Zahlungen vom 31. Oktober 2002 im Namen von N._ AG über Fr. 17'000.--, Fr. 18'600.-- und Fr. 19'300.--. Die hierzu befragte Zeugin Z10._ von N._ konnte zum Jahr 2002 nichts sagen und von der L._ sowie der M._direktion des Kantons U._ wurde offenbar niemand befragt.
Die Vorinstanz übergeht mit ihrem pauschalen Hinweis, dass die Zahlungen für diese Firmen nicht mit von diesen selber ausgefüllten Einzahlungsscheinen ausgeführt wurden und damit ausgeschlossen ist, dass sie die Postzahlung von sich aus vorgenommen hätten. Vielmehr müsste wie bei den unter E. 6.1.1 und 6.1.2 genannten Fällen davon ausgegangen werden können, dass der Beschwerdegegner die von seiner Assistentin ausgefüllten und ihm übergebenen Einzahlungsscheine einem Vertreter von K._, von N._, der M._direktion des Kantons U._ oder der L._ zur Zahlung übergeben hätte. Solches wurde wie dargelegt nie behauptet. Es wäre zudem schlicht absurd anzunehmen, dass beispielsweise in der Folge am 8. November 2002 ein Angestellter von K._ mit sieben handschriftlich ausgefüllten Einzahlungsscheinen oder ein Angestellter von N._ am 31. Oktober 2002 mit drei Einzahlungsscheinen zur Poststelle U.W._ ging, um dort sieben (K._) bzw. drei (N._) Einzahlungen an den gleichen Adressaten über Beträge leicht unter Fr. 20'000.-- zu tätigen.
Hinzu kommt bezüglich der angeblichen Zahlungen von K._, dass der Zeuge Z8._ erklärte, er wisse, dass K._ nie bei einer Poststelle Einzahlungen gemacht habe. Und der Zeuge Z9._ gab an, seines Wissens sei es nie vorgekommen, dass Zahlungen per Post erfolgten. Zahlungen seien nach einem strengen Ablauf gemacht und immer über ein Bankkonto bei der Bank R._ abgewickelt worden. Indem die Zeugen ein grundsätzlich geltendes Zahlungssystem bestätigten, machten sie ebenso eine Aussage zur Zahlungsweise im Jahr 2002.
Bezüglich der Zahlungen an L._ und die M._direktion des Kantons U._ vom 6. Oktober 2000, wo keine Vertreter dieser Institutionen befragt wurden, hat das Bezirksgericht zudem zu Recht darauf hingewiesen, dass der Beschwerdegegner am 6. Oktober 2000 bei der Bank R._-Filiale in X._ Fr. 410'000.-- abhob und an diesem Tag bei der Poststelle X._ Einzahlungen von insgesamt rund Fr. 400'000.-- getätigt wurden, wofür der Beschwerdegegner keine alternative Erklärung geben konnte. Die Vorinstanz hat dieses Indiz in seiner Tragweite verkannt (vgl. E. 6 hiervor).
6.1.4. Soweit Zahlungen mit von der Assistentin des Beschwerdegegners ausgefüllten und diesem übergebenen Einzahlungsscheinen ausgeführt wurden, ist es willkürlich anzunehmen, der Beschwerdegegner habe diese nicht selber vorgenommen (bzw. durch den Beklagten 2 vornehmen lassen). Insoweit hat die Vorinstanz den erstinstanzlichen Entscheid zu Unrecht beanstandet.
6.2. Für gewisse Zahlungen liegen keine von der Assistentin des Beschwerdegegners ausgefüllten und diesem übergebene Einzahlungsscheine vor. Diese sind somit separat zu prüfen.
6.2.1. Das betrifft vorerst die Zahlungen vom 11. März 2002 im Namen von K._ über Fr. 15'000.-- und Fr. 11'900.--, im Namen von O._ (Schweiz) AG über Fr. 17'000.-- und Fr. 18'000.--, im Namen von P._ Holding AG über Fr. 17'750.-- und Fr. 18'000.-- bzw. nochmals Fr. 18'000.-- und im Namen von Q._ über Fr. 23'000.-- bzw. über Fr. 17'500.-- und Fr. 24'000.--.
Sowohl der Zeuge Z11._ (O._) wie die Zeugen Z12._ (P._) und Z13._ (Q._) sagten aus, in ihren Unternehmen würden keine Barzahlungen per Post gemacht. Die Zeugen Z12._ und Z13._ ergänzten überdies, sie hätten ihre Buchhaltung geprüft und keine Einzahlungen gefunden. Es ist damit ausgeschlossen, dass die Postzahlungen durch die angegebenen Firmen bezahlt wurden. Abgesehen davon hat die Vorinstanz auch bezüglich der Zahlungen vom 11. März 2002 zu Unrecht das Indiz, dass der Beschwerdegegner gleichentags Fr. 220'000.-- von seinem Privatkonto abhob als "eher schwach " qualifiziert (vgl. E. 4 und 6 hiervor). Berücksichtigt man schliesslich, dass bei zwei der genannten Zahlungen, nämlich jener über Fr. 23'000.-- im Namen von Q._ und jene über Fr. 18'000.-- im Namen von P._ Holding AG, beide bei der Poststelle Y._ eingezahlt, neben der jeweiligen Firma unter "einbezahlt von " "B.B._, T._-Strasse, X._" angegeben war, kann kein Zweifel bestehen, dass auch diese Einzahlungen vom Beschwerdegegner gemacht wurden. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz ist - soweit man diese aufgrund der fehlenden konkreten Begründung beurteilen kann - unhaltbar und damit willkürlich (vgl. E. 1.3 hiervor).
6.2.2. Eine weitere Gruppe sind die Zahlungen im Frühling 2002 (27. Februar bis 19. März 2002) von Poststellen im Raum V._, bei welchen das Bezirksgericht davon ausging, sie seien vom im Raum V._ wohnhaften Beklagten 2 getätigt worden im Betrag von insgesamt Fr. 279'500.-- und im Namen von O._ und Q._. Das Bezirksgericht stellte dem zu Recht die Barabhebung durch den Beklagten 2 am 27. Februar 2002 im Betrag von Fr. 286'000.-- gegenüber. Abgesehen davon, dass hier kein Einzahlungsschein neben dem Namen des angeblichen Kunden (auch) den Namen des Beklagten 2 trägt und es sich nicht um eine Abhebung des Beschwerdegegners selbst handelt, sind die Indizien wie bei den unter E. 6.2.1 hiervor beurteilten Zahlungen.
6.3. Es verbleiben die im Herbst 2002 (23. Oktober bis 6. November 2002) im Raum V._ im Namen von O._, P._ Holding AG, Q._ und J._ getätigten Zahlungen. Diesbezüglich sind die Barabhebungen geringer als die getätigten Zahlungen. Diese Einzahlungen behandelt das Bezirksgericht (mit Ausnahme derjenigen der J._; vgl. E. 6.1.2 hiervor) zusammen mit den unter 6.2 hiervor dargestellten, ohne Bezugnahme auf die Aussage der Zeugin Z1._. Dies war aber auch nicht mehr notwendig. Selbst wenn das Indiz der spiegelbildlichen Barabhebungen hier nicht gleich überzeugend ist, wie bei den unter 6.2 hiervor behandelten Einzahlungen, muss bereits ohne Berücksichtigung der Aussage der Zeugin Z1._ für die übrigen in der gleichen Art vorgenommenen Zahlungen (z.T. gleiche Poststelle, zwei Zahlungen am gleichen Tag im Namen des gleichen Kunden von der gleichen Poststelle) mit Blick auf die im Übrigen gleichermassen stichhaltigen Indizien davon ausgegangen werden, dass es sich hierbei um Selbstzahlungen handelte. Die Behauptung, die handschriftlich ausgefüllten Einzahlungen seien keine Selbstzahlungen, ist insgesamt unglaubwürdig.
6.4. Zusammenfassend ist die Vorinstanz in Willkür verfallen, indem sie entgegen dem Bezirksgericht Selbstzahlungen durch den Beschwerdegegner und den Beklagten 2 verneinte. Auf die Eventualbegründung der Beschwerdeführerin, dass bereits die Weiterleitung der für den Beschwerdegegner erkennbar falschen Berechnungsgrundlagen an die Muttergesellschaft sowie die Einforderung der darauf beruhenden überhöhten Earn-out-Zahlungen eine Vertragsverletzung darstelle, was die Vorinstanz in Verweigerung des rechtlichen Gehörs nicht geprüft habe, muss demzufolge nicht mehr eingegangen werden.
7.
7.1. Der Beschwerdegegner macht geltend, selbst wenn man ihm ein Fehlverhalten nachweisen könnte, so wäre ihm dies nicht vorwerfbar, denn die Beschwerdeführerin hätte durch ihre Vertreter solche Verfehlungen genehmigt. Die Aussagen der Konzernvertreter im Rahmen des in Frankreich durchgeführten Untersuchungsverfahrens seien Beweis dafür, dass die Beschwerdeführerin Bilanzmanipulationen selber veranlasst und durchgeführt bzw. zumindest davon gewusst habe. Die Rückforderung allfällig überhöhter Earn-out-Zahlungen sei deshalb treuwidrig.
Mit diesem Einwand der Einwilligung hat sich das Bezirksgericht auseinandergesetzt. Es liess offen, ob Organe der Klägerin bzw. des A._-Konzerns von den Manipulationen des Beschwerdegegners und des Beklagten 2 gewusst haben oder gar an ihnen beteiligt waren. Die Vorinstanz traf dazu ebenfalls keine Feststellungen. D a sie die Selbstzahlungen nicht als erwiesen erachtete, musste sie zu diesem Einwand nicht Stellung nehmen. Das Bezirksgericht wies den Einwand aus rechtlichen Überlegungen zurück: Wenn eine Genehmigung durch Organpersonen der Beschwerdeführerin bzw. des A._-Konzerns vorgelegen hätte, wären solche offensichtlich dem Gesellschaftszweck diametral entgegenlaufende Rechtshandlungen der Organe nicht durch deren Vertretungsmacht (<ref-law>) gedeckt. Vielmehr wären sie einzig dazu geeignet, die Gesellschaft zu benachteiligen. Die Beschränkung der Vertretungsmacht ziele im Interesse insbesondere des Gläubigerschutzes darauf ab, jede nicht vom Gesellschaftszweck gedeckte Vermögensverminderung zu verhindern. Helfe das Organ einer Gesellschaft einem Dritten, diese mit unlauteren Machenschaften um ihr Vermögen zu bringen, liege trotz Zustimmung dieses Organs somit keine gültige Einwilligung der Gesellschaft vor. Auf diese zutreffenden Ausführungen kann verwiesen werden (vgl. zum durch die Vertretungsmacht nicht gedeckten interessenwidrigen Verhalten auch Urteil 4A_147/2014 vom 19. November 2014 E. 3.1.1).
7.2. Weiter wendet der Beschwerdegegner ein, ihm sei "für die betreffenden Geschäftsjahre sachlich und zeitlich uneingeschränkt Décharge erteilt" und die Jahresrechnungen - "einhergehend die behaupteterweise unrechtmässigen Aufwandpositionen gutgeheissen" worden. Damit habe die Beschwerdeführerin auf sämtliche damit zusammenhängende Rückforderungen verzichtet. Er verweist in diesem Zusammenhang auf die Feststellungen im Urteil des Bundesgerichts 4A_155/2014 vom 5. August 2014 zwischen den gleichen Prozessparteien.
Das Bezirksgericht ging nicht weiter auf diesen Einwand ein, da es nicht um eine Haftung des Beschwerdegegners aus seiner Tätigkeit als Organ der Beschwerdeführerin gehe. Hiervon scheine auch der Beschwerdegegner auszugehen, beziehe er sich doch im Zusammenhang mit der Décharge nur auf überhöhte Spesenbezüge sowie nicht geschäftsmässig begründete Auslagen.
In dem zitierten Urteil 4A_155/2014, in dem es u.a. um Schadenersatzansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit im Zusammenhang mit in der Jahresrechnung der Gesellschaft ausgewiesenen Spesen und Auslagen ging, wurde zwar von einer Décharge-Erteilung für die Jahre 2000 bis 2004 ausgegangen, weil sich die Willkürrüge der Beschwerdeführerin gegen die Feststellung, die vom Beschwerdegegner behauptete Décharge-Erteilung sei nicht rechtzeitig bestritten worden, als unbegründet erwies (E. 3). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung betrifft indessen die materielle Rechtskraft, das heisst die Verbindlichkeit eines Urteils für spätere Prozesse, nur die Urteilsformel. Nicht zur Urteilsformel gehören die tatsächlichen Feststellungen und die rechtlichen Erwägungen eines Entscheids (<ref-ruling> E. 2a S. 18 f.; <ref-ruling> E. 4.a S. 478; Urteil 4A_352/2014 vom 9. Februar 2015 E. 3.1). Der Verweis des Beschwerdegegners auf die Feststellungen im zit. Urteil 4A_155/2014 ist insoweit unbehelflich. Hinzu kommt, dass es um die variable Komponente des Kaufpreises für die Aktien der D._-Gruppe geht. Manipulieren die Verkäufer die für die Bestimmung dieser Komponente massgebenden Kennzahlen durch Selbstzahlungen, wird dadurch gegen den Sinn der vertraglich vereinbarten Berechnungsmethode und damit den Vertrag selbst verstossen. Der Beschwerdegegner legt aber nicht rechtsgenüglich dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern seine Stellung als Verkäufer von der Décharge-Erteilung betroffen sein sollte.
8.
Die Stellung des Beschwerdegegners als Verkäufer betrifft dagegen die Vertragsergänzung vom 17. Juli 2003, die in Art. 6 folgende Klausel (nachfolgend: die Klausel) enthält:
"The Parties hereby declare having discussed and negotiated all arrangements and having freely accepted them. The Parties confirm by signing this Deed of Amendment that all Payments to be made for the years 2000, 2001 and 2002 under the Sale and Purchase Agreement signed on the 11th of September 2000 have been made in full and are settled".
8.1. Sowohl das Bezirksgericht wie die Vorinstanz gingen davon aus, mit dieser Klausel sollten Zahlungen in den Jahren 2000-2002 grundsätzlich nicht mehr in Frage gestellt werden können (Saldoklausel). Zur Begründung verwies die Vorinstanz auf die Erwägungen des Bezirksgerichts und wiederholte diese. Das Bezirksgericht nahm eine objektive Auslegung vor und stellte fest, der Beschwerdeführerin sei es nicht gelungen, einen ihrem eigenen Vertragsverständnis entsprechenden tatsächlichen Vertragswillen darzulegen. Für eine Saldoklausel spreche einerseits der Wortlaut, wonach die Zahlungen für die Jahre 2000-2002 vollumfänglich geleistet ("have been made in full") und erledigt ("settled") seien. Beide Parteien hätten diese Erklärung abgegeben und nicht nur der Beschwerdegegner und der Beklagte 2 anerkannt, dass sie alle (geschuldeten) Zahlungen erhalten hätten. Für eine Saldoklausel spreche sodann die Systematik, nämlich die typische Stellung am Schluss vor der Gerichtsstandsklausel, sowie der Zweck der Vereinbarung, dass es nämlich um eine Anpassung der Earn-out-Berechnung gemäss Share Purchase Agreement für die Zukunft (2003-2005) und zwar zugunsten der Beschwerdeführerin gegangen sei. Dies indiziere, dass (im Gegenzug) wenigstens die früheren Berechnungen und Zahlungen grundsätzlich nicht mehr hätten in Frage gestellt werden sollen, was mit der Wendung " (...) and are settled" ausgedrückt werden sollte. Hinzu komme die Tatsache, dass im Februar 2003 der (neue) CFO der Beschwerdeführerin, S._, die Konzernrevisorin damit beauftragt habe, die "auffallend hohen Beträge von AR der D._-Gruppe zu überprüfen". Es hätten mithin Unsicherheiten und Misstrauen bestanden in Bezug auf die in der D._-Gruppe vorgenommenen Aktivierungen von Lizenzen und Arbeiten, was dafür spreche, dass die Klausel eine "fixierende Wirkung" im Sinne eines Vergleichs haben sollte.
Während das Bezirksgericht in der Folge aber davon ausging, die Beschwerdeführerin habe sich beim Abschluss dieser Vereinbarung in einem Grundlagenirrtum befunden, denn sie habe nicht mit fiktiven Rechnungen und deren Selbstzahlung gerechnet oder rechnen müssen, verneinte die Vorinstanz einen solchen. Dies insbesondere wegen des im französischen Untersuchungsverfahren erstellten Verhaltens des Verwaltungsratspräsidenten der Beschwerdeführerin - E._ - das einzig den Schluss erlaube, dass die Saldoklausel in Kenntnis der Verfehlungen umfassend gemeint gewesen sein soll.
8.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass eine Saldoklausel vereinbart worden sei. Sinn der Klausel sei einzig gewesen zu vermeiden, dass die neue Berechnungsformel auf die bereits geleisteten Zahlungen angewendet wird. Aber selbst wenn man im Wortlaut der Vereinbarung eine Saldoklausel erkennen wollte, hätten der Beschwerdegegner und der Beklagte 2, die ja um die von ihnen selbst vorgenommenen Manipulationen gewusst hätten, die Klausel nach Treu und Glauben nicht dahingehend verstehen dürfen, dass die Beschwerdeführerin in Kenntnis der Manipulationen eine Saldoerklärung hinsichtlich der bereits geleisteten Earn-out Zahlungen habe abgeben wollen.
8.3. Eine Saldoklausel beinhaltet einen Vergleich (Urteil 4A_523/2014 vom 12. Februar 2015 E. 4.2; 4A_298/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 3.1 und 3.4). Mit dem Vergleichsvertrag legen die beteiligten Parteien einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis mit gegenseitigen Zugeständnissen bei (<ref-ruling> E. 1.3 S. 740; <ref-ruling> E. 1.2 S. 51; Urteil 4A_596/2014 vom 18. März 2015 E. 3.1).
8.3.1. Haben die Parteien eine Saldoklausel vereinbart, ist zu prüfen, welches der Gegenstand bzw. Umfang der Saldoklausel ist (zit. Urteile 4A_523/2014 E. 4.3; 4A_298/2014 E. 3; 4A_596/2014 E. 3). Dafür, wie für die Auslegung des Vergleichsvertrags überhaupt (vgl. zit. Urteile 4A_596/2014 E. 3.1; 4A_298/2014 E. 3.4), ist nach <ref-law> zunächst massgebend, was die Parteien tatsächlich gewollt haben. Hat das kantonale Gericht einen wirklichen Willen nicht feststellen können, so sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien im Rahmen der objektivierten Vertragsauslegung aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666 mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 4 S. 28, 268 E. 2.3.2 S. 274 f., 626 E. 3.1 S. 632; je mit Hinweisen).
8.3.2. Das Ziel, einen Streit oder eine Ungewissheit über ein Rechtsverhältnis zu beenden, lässt sich regelmässig nur erreichen, wenn sämtliche mit dem Streit oder der Ungewissheit zusammenhängenden Fragen geregelt werden. Dieses Anliegen ist bei der Auslegung zu berücksichtigen, auch wenn der Umfang einer vergleichsweisen Beilegung von Streitigkeiten oder Meinungsverschiedenheiten unterschiedlich weit gezogen werden kann. Wenn daher Fragen nicht ausdrücklich geregelt sind, die in engem Zusammenhang mit den vergleichsweise beigelegten Meinungsverschiedenheiten stehen und deren Beantwortung sich zur Beilegung des Streits aufdrängt, darf in der Regel davon ausgegangen werden, dass sie von den Parteien mangels eines ausdrücklichen Vorbehalts nicht vom Vergleich ausgenommen werden sollten (zit. Urteile 4A_596/2014 E. 3.1; 4A_298/2014 E. 3.4). Bei der Auslegung des Vergleichsvertrags hat das Gericht zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 2c S. 121; zit. Urteil 4A_298/2014 E. 3.4).
8.3.3. Erst wenn als Resultat der Auslegung feststeht, dass die geltend gemachten Ansprüche von der Saldoklausel erfasst werden, stellt sich die (hier von den kantonalen Instanzen unterschiedlich beurteilte) Frage einer allfälligen Irrtumsanfechtung. Als nach <ref-law> für einen Grundlagenirrtum relevante Sachverhalte kommen dabei Umstände in Betracht, die von beiden Parteien oder von der einen für die andere erkennbar dem Vergleich als feststehende Tatsachen zu Grunde gelegt worden sind. Die Berufung auf Grundlagenirrtum kann zudem nur erfolgreich sein, wenn der Anfechtende sich über einen bestimmten Sachverhalt geirrt hat, der für ihn notwendige Vertragsgrundlage bildete und der nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr als gegeben vorausgesetzt werden durfte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 740 f.). Betrifft der Irrtum demgegenüber einen zweifelhaften Punkt, der gerade verglichen und nach dem Willen der Parteien dadurch endgültig geregelt sein sollte (sog. caput controversum), so ist die Irrtumsanfechtung ausgeschlossen; andernfalls würden eben diese Fragen wieder aufgerollt, derentwegen die Beteiligten den Vergleich geschlossen haben (BGE <ref-ruling> E. 1.2 S. 52 mit Hinweis).
8.4. Die Vorinstanz hat keinen tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen festgestellt, sondern die Vereinbarung nach dem Vertrauensprinzip im Sinne des Beschwerdegegners ausgelegt. Zu prüfen bleibt, ob sie dabei Recht verletzt hat, wie die Beschwerdeführerin behauptet.
8.4.1. Gemäss der Argumentation des Bezirksgerichts, welche die Vorinstanz übernahm, bestanden Unsicherheiten und Misstrauen in Bezug auf die Aktivierungen von Lizenzen und Arbeiten. Artikel 3 der Vereinbarung bestimmt denn auch, nach welchen buchhalterischen Grundsätzen derartige Posten ab dem Jahr 2003 zu behandeln sind. Vor diesem Hintergrund und mit Blick auf Art. 6 der Vereinbarung, kamen die kantonalen Instanzen zu Recht zum Schluss, es gehe bei der Klausel um eine zeitliche Abgrenzung, nämlich eine Anpassung der Earn-out-Berechnung für die Zukunft (2003-2005) zugunsten der Beschwerdeführerin, die im Gegenzug die früheren Berechnungen nicht mehr in Frage stellt, wobei die Klausel eine "fixierende Wirkung" im Sinne eines Vergleichs haben sollte. Die Rückforderung für vergangene Jahre wurde damit ausgeschlossen, auch wenn die Kennzahlen durch die Art der Aktivierungen der Lizenzen und Arbeiten in dieser Zeit aufgebläht worden sein sollten. Insoweit ist in der Vereinbarung entgegen der Beschwerdeführerin in der Tat eine Saldoklausel zu sehen.
8.4.2. Im zu beurteilenden Fall geht es aber nicht um die Aktivierung von Lizenzen und Arbeiten, sondern um Selbstzahlungen des Beschwerdegegners und des Beklagten 2. Darauf nimmt der Wortlaut der Vereinbarung nicht Bezug. Weder wird thematisiert, ob und in welchem Umfang die Kennzahlen in der Vergangenheit in dieser Weise manipuliert worden sind, noch wird diesbezüglich eine Regelung für die Zukunft getroffen. Mit Saldoklauseln sollen zwar häufig sämtliche Rechtsbeziehungen und Streitigkeiten zwischen den Parteien geregelt werden, was bei der Auslegung zu berücksichtigen ist (vgl. E. 8.3.2 hiervor). Dass die Parteien beim Abschluss des Vergleichs an gewisse Ansprüche nicht gedacht haben, ändert in derartigen Fällen nichts daran, dass die Ansprüche grundsätzlich von der Saldoklausel erfasst werden (zit. Urteil 4A_596/2014 E. 3.4). Der zu beurteilende Fall liegt aber anders: Die Parteien wollten explizit weiter zusammenarbeiten. Es wird lediglich die Ungewissheit bezüglich der korrekten Aktivierung von Lizenzen und Arbeiten durch gegenseitige Zugeständnisse beseitigt, indem die eine Partei die bisher gehandhabte Methode für die Vergangenheit akzeptiert und die andere im Gegenzug für die Zukunft mit neuen Regeln einverstanden ist. Allfällige andere Probleme (wie Selbstzahlungen) werden in der Vereinbarung nicht aufgeworfen. Im Gesamtzusammenhang betrachtet geht es um die abschliessende Bereinigung gewisser Spezialprobleme, und nicht um eine umfassende Bereinigung der in der Vergangenheit geleisteten Zahlungen. Wenn nunmehr die Frage der Selbstzahlungen thematisiert wird, kommt die Beschwerdeführerin dadurch nicht auf Punkte zurück, die durch die Vereinbarung hätten erledigt werden sollen (vgl. demgegenüber zit. Urteil 4A_596/2014 E. 3.4), sondern sie wirft ein Problem auf, das nicht Gegenstand der getroffenen Vereinbarung bildete. Mit Blick auf den Gesamtzusammenhang kann aufgrund des Vertragstextes nach Treu und Glauben nicht davon ausgegangen werden, das Problem von Selbstzahlungen werde von der Saldoklausel erfasst, auch wenn dieser isoliert betrachtet vielleicht eine derartige Bedeutung zugemessen werden könnte.
8.5. Zu prüfen bleibt, ob ausserhalb der Vereinbarung liegende Umstände nach dem Vertrauensprinzip die Annahme erlaubten, die Saldoklausel beziehe sich auch auf allfällige Selbstzahlungen.
8.5.1. Der Beschwerdegegner wendet erneut ein, die französische Konzernspitze habe E._, den Präsidenten des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin und Mitglied der erweiterten Konzernleitung, nach dessen Aussagen vor den französischen Untersuchungsbehörden gedrängt, in seinem Zuständigkeitsbereich " (d. h. also auch in der Schweiz) " Geschäftszahlen zu generieren, die auf legalem Weg nicht erreichbar gewesen seien. Die Aufblähung der Geschäftszahlen sei somit dem Verwaltungsrat und der ganzen Konzernleitung, namentlich E._, bekannt gewesen. Die Beschwerdeführerin müsse sich dessen Verhalten anrechnen lassen. Der Satz in Art. 6 der Vertragsergänzung "The parties hereby declare having discussed and negotiated all arrangements and having freely accepted them" sei eingefügt worden, weil vorgängig der Unterzeichnung sämtliche in den Jahren 2000, 2001 und 2002 behaupteten Verfehlungen bekannt gewesen und diskutiert worden seien.
8.5.2. Die Vorinstanz ihrerseits stellte wie erwähnt (E. 8.1 hiervor) fest, es sei davon auszugehen, dass im Zeitpunkt des Abschlusses der Vertragsergänzung "die allfälligen Verfehlungen bekannt waren". "Insbesondere das im französischen Untersuchungsverfahren erstellte Verhalten des Verwaltungsratspräsidenten [...] - E._" erlaube einzig den Schluss, dass die Saldoklausel in Kenntnis der Verfehlungen umfassend gemeint gewesen sei. Im Übrigen verwies sie pauschal auf die Ausführungen des Beschwerdegegners, der auch vor Vorinstanz u.a. geltend gemacht hatte, die Beschwerdeführerin müsse sich das Wissen ihres damaligen Verwaltungsratspräsidenten anrechnen lassen. Soweit aufgrund dieser dürftigen Begründung erkennbar, scheint sie damit auf das (aufgrund der Umstände angenommene) Wissen von E._ abzustellen. Demnach wäre nicht festgestellt, dass der neue CFO, S._, der die Vertragsergänzung im Namen der Beschwerdeführerin unterzeichnete, Kenntnis von den Selbstzahlungen hatte.
8.5.3. Die Frage braucht nicht vertieft behandelt zu werden. Im Rahmen der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist, wie das Bundesgericht schon in einem frühen Entscheid formulierte, "der Erklärende nicht gebunden, weil er einen bestimmt gearteten Willen hatte, sondern weil er ein Verhalten an den Tag gelegt hat, aus dem die Gegenpartei in guten Treuen auf das Vorhandensein eines bestimmten Willens schliessen durfte" (BGE 69 II 319 E. 3 S. 322; ERNST A. KRAMER, in: Berner Kommentar, 1986, N. 45 zu <ref-law>). Mit andern Worten: Die Beschwerdeführerin wäre an das vom Beschwerdegegner behauptete Vertragsverständnis nur gebunden, sofern dieser als Gegenpartei in guten Treuen auf diesen Willen schliessen durfte. Auch einer allfälligen Wissenszurechnung innerhalb der Beschwerdeführerin kann nur in diesem Rahmen Bedeutung zukommen. Vorliegend durfte der Beschwerdegegner, der um die Selbstzahlungen wusste, aber nicht in guten Treuen darauf schliessen, die Beschwerdeführerin wolle mit Art. 6 nicht geschuldete Earn-out-Zahlungen für die Jahre 2000-2002 grundsätzlich nicht mehr in Frage stellen, selbst wenn diese auf fiktiven Rechnungen und Selbstzahlungen basierten. Geht man nämlich mit dem Beschwerdegegner davon aus, sämtliche in den Jahren 2000, 2001 und 2002 behaupteten Verfehlungen seien bekannt gewesen und diskutiert worden, bestand insoweit kein Streit und keine Ungewissheit, sondern vielmehr Gewissheit über ungerechtfertigte Bezüge seitens des Beschwerdegegners und des Beklagten 2. Bezöge sich die Saldoklausel darauf, würde der Beschwerdegegner, der die Gesellschaft mit unlauteren Machenschaften am Vermögen geschädigt hat, geschützt. Mit Blick auf die Neuregelung für die Zukunft könnte eine derartige Vereinbarung zwar auch im Interesse der Gesellschaft liegen und damit zulässig sein, aber nur, wenn dadurch namhafte prozessuale Unsicherheiten beseitigt würden oder wenn eine hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dass die durch die Neuregelungen für die Zukunft zu erwartenden Einsparungen die für die Vergangenheit zuviel bezahlten Beträge überschreiten. Dass dies der Fall wäre, zeigt der Beschwerdegegner nicht rechtsgenüglich auf. Damit durfte er nicht davon ausgehen, das handelnde Organ sei dazu ermächtigt, die Schädigung der Beschwerdeführerin durch Selbstzahlungen für die Vergangenheit zu genehmigen.
8.5.4. Zusammenfassend ergibt sich, dass der Beschwerdegegner nicht in guten Treuen davon ausgehen durfte, die Beschwerdeführerin wolle mit Art. 6 der Vertragsergänzung auch auf ungerechtfertigte Earn-out-Zahlungen zufolge fiktiver Rechnungen und Selbstzahlungen verzichten.
9.
Die Vorinstanz hat keine Ausführungen zu den weiteren Voraussetzungen des geltend gemachten Rückforderungsanspruchs (Verschulden, Schaden, Kausalzusammenhang) gemacht, weshalb die Beschwerdeführerin einen Rückweisungsantrag stellte und nur in den Eventualanträgen die Zusprechung eines bestimmten Betrages verlangte. Das Bundesgericht ist in der Tat nicht in der Lage, die Sache abschliessend zu beurteilen, weshalb diese an die Vorinstanz zur Neubeurteilung zurückgewiesen wird.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdegegner kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, vom 22. Juli 2016 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 23'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 25'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak