Sachverhalt:
A.
Im Zusammenhang mit einem Verfahren gegen die A._ AG betreffend Organisationsmängel entschied der Handelsgerichtspräsident des Kantons St. Gallen am 2. Oktober 2012, dass für die A._ AG ein Sachwalter eingesetzt und dieser beauftragt werde, zu einer ausserordentlichen Generalversammlung einzuladen, an der die Neuwahl des Verwaltungsrates zu traktandieren sei. Er habe eine ausserordentliche Generalversammlung durchzuführen, an welcher der gesamte Verwaltungsrat neu zu bestellen sei. Die Vollstreckung des Entscheids wurde aufgeschoben, bis die Person des Sachwalters bestimmt sei.
Am 29. November 2012 führte C._, damals noch Verwaltungsratspräsident der A._ AG, eine ausserordentliche Generalversammlung der A._ AG durch. Im Protokoll derselben wurde u.a. festgehalten, dass C._ als Präsident des Verwaltungsrats einstimmig bestätigt und D._ als Mitglied des Verwaltungsrats neu gewählt worden sei.
Bereits am 26. November 2012 hatte der Handelsgerichtspräsident Organisationsmängel der A._ AG festgehalten und das Handelsregisteramt des Kantons St. Gallen angewiesen, die im Handelsregister eingetragenen Verwaltungsräte C._, E._ und F._ aus dem Handelsregister zu streichen und G._ als Sachwalter mit den Befugnissen eines Verwaltungsrates in das Handelsregister einzutragen. Dieser Entscheid wurde rechtskräftig, nachdem das Bundesgericht auf die dagegen erhobene Beschwerde nicht eingetreten war (Urteil 4A_695/2012 vom 15. Januar 2013). Am 25. Januar 2013 wurde G._ als Sachwalter der A._ AG im Handelsregister eingetragen.
B.
Mit Klage vom 3. Dezember 2012 beantragte die B._ AG, die gemäss Vorinstanz spätestens seit dem 15. Juni 2012 Aktionärin der A._ AG ist, beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen, die am 29. November 2012 durchgeführte Generalversammlung über die A._ AG bzw. die am 29. November 2012 gefällten Beschlüsse seien für ungültig zu erklären bzw. es sei deren Nichtigkeit festzustellen. Zudem verlangte sie betreffend die Beschlüsse vom 29. November 2012 eine Registersperre.
Am 11. Dezember 2012 lud das Handelsgericht die A._ AG zur Einreichung einer Klageantwort ein. C._ reagierte darauf mit einer Eingabe vom 15. Dezember 2012, in der er verschiedene Anträge stellte. Am 12. Januar 2013 reichte er als damals noch im Handelsregister eingetragener Verwaltungsratspräsident der A._ AG eine als Klageerwiderung bezeichnete Klageantwort ein.
Nachdem die Einsetzung des Sachwalters rechtskräftig geworden war, teilte das Handelsgericht C._ am 22. Januar 2013 mit, dass von ihm unaufgefordert eingereichte Eingaben oder Korrespondenz nicht mehr berücksichtigt würden. Mit anderen Worten, betrachtete ihn das Handelsgericht nicht mehr als für die A._ AG vertretungsberechtigte Organperson. Am 29. Mai 2013 wurde den Verfahrensparteien und C._ mitgeteilt, C._ werde im Rahmen der gerichtlichen Abklärungspflichten angehört. Da er aber nicht Verfahrenspartei sei, könne er keine Anträge stellen.
Am 19. Dezember 2013 liess die A._ AG, vertreten durch ihren Sachwalter, mitteilen, sie enthalte sich eines Antrags zur Sache. In ihrer Duplik distanzierte sie sich von der Eingabe ihres ehemaligen Verwaltungsratspräsidenten vom 12. Januar 2013 und bekräftigte, keinen Antrag in der Sache zu stellen, dies im Bestreben, Kostenfolgen für die Gesellschaft zu verhindern. Sie beantragte, die Prozesskosten seien der B._ AG oder C._ aufzuerlegen und ihr sei eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen. C._ wurde die Möglichkeit einer abschliessenden Stellungnahme eingeräumt, wovon er am 15. August 2014 Gebrauch machte.
Mit Entscheid vom 16. Juni 2015 entschied das Handelsgericht, die Beschlüsse der Generalversammlung der A._ AG vom 29. November 2012 seien ungültig, soweit sie nicht aufgrund der Erwägungen ohnehin nichtig seien. Es wies das Handelsregisteramt an, die Beschlüsse definitiv nicht in das Handelsregister einzutragen. Es erkannte im Wesentlichen, dass die B._ AG den Beweis für ihre seit dem 15. Juni 2012 bestehende Aktionärseigenschaft zumindest für 380 Aktien zweifelsfrei erbracht habe. Sie hätte somit nicht von der ausserordentlichen Generalversammlung ausgeschlossen werden dürfen. Die Kosten auferlegte das Handelsgericht der A._ AG und verpflichtete diese, der obsiegenden B._ AG eine Parteientschädigung von Fr. 15'000.-- zu bezahlen. Den Antrag der A._ AG, die Prozesskosten C._ persönlich aufzuerlegen, wies es ab.
C.
Die A._ AG (Beschwerdeführerin) beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, in Abänderung der Dispositivziffern 3 und 4 des Entscheids des Handelsgerichts vom 16. Juni 2015 seien die Gerichts- und die Parteikosten statt der Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner 2 C._ aufzuerlegen.
Mit Verfügungen vom 19. Oktober 2015, 17. November 2015 und 4. Januar 2016 wurde das bundesgerichtliche Verfahren aufgrund übereinstimmender Anträge der Parteien im Hinblick auf laufende Vergleichsgespräche sistiert. Am 21. Januar 2016 teilte die B._ AG (Beschwerdegegnerin 1) mit, dass sich die Parteien nicht haben einigen können. Daraufhin wurde das Verfahren fortgeführt.
Die Beschwerdegegnerin 1 und die Vorinstanz verzichteten auf eine Vernehmlassung. Der Beschwerdegegner 2 wurde mit Formularverfügung vom 22. Januar 2016 zur Beantwortung der Beschwerde aufgefordert. Er liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist der Kostenspruchs eines verfahrensabschliessenden Endurteils (<ref-law>). Gegen Entscheide der als einzige kantonale Instanzen im Sinne von <ref-law> urteilenden Handelsgerichte (<ref-law>) ist die Beschwerde an das Bundesgericht streitwertunabhängig gegeben (<ref-ruling> E. 1.2). Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die Auflage der Prozesskosten an sie als formell unterliegende Partei, obwohl sie bzw. ihr Sachwalter sich nicht gegen die Klage gewehrt habe. Stattdessen hätte C._ als kosten- und entschädigungspflichtig erklärt werden sollen. Er sei der massgebliche Akteur im zu beurteilenden Geschehen und als angeblicher Aktionär wie auch als angebliche Organperson persönlich interessiert gewesen. Wer in einer solchen Stellung am Prozess teilnehme, müsse gestützt auf <ref-law> in den Kreis derer einbezogen werden, die ein Prozesskostenrisiko trügen. C._ sei die einzige am Verfahren beteiligte Person gewesen, die der Klage opponiert habe. Die Beschwerdeführerin habe dies nicht getan.
Die Prozesskosten könnten C._ auch gestützt auf <ref-law> auferlegt werden. Wäre er nicht (völlig treuwidrig) in Erscheinung getreten, wäre überhaupt kein Verfahrensaufwand entstanden. Dass die Beschwerdeführerin, die einzig durch das Verhalten von C._ Partei dieses Prozesses geworden sei und selbst nichts beigetragen habe, Fr. 30'000.-- Prozesskosten tragen müsse, und C._, ohne dessen missbilligendes Verhalten kein Prozess entstanden wäre, nichts, sei derart stossend, dass sich eine Korrektur aufgrund der genannten gesetzlichen Bestimmungen aufdränge.
3.
3.1. <ref-law> sieht als Regel die Kostenverteilung unter den Prozessparteien nach ihrem Obsiegen und Unterliegen im Prozess vor (vgl. <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 3.5 S. 34, 501 E. 4.1.1). Im Anschluss daran erlaubt die Bestimmung von <ref-law>, aus besonderen Gründen vom Unterliegerprinzip abzuweichen, wobei <ref-law> eine solche abweichende Kostenverteilung ermöglicht, wenn "andere besondere Umstände" (als die in lit. a-e aufgezählten) vorliegen, die eine Verteilung nach dem Ausgang des Verfahrens als unbillig erscheinen lassen.
Wie das Bundesgericht kürzlich in einem publizierten Entscheid dargelegt hat, können einem Dritten gestützt auf <ref-law> keine Verfahrenskosten auferlegt werden. Diese Bestimmung regelt einzig die vom Grundsatz gemäss <ref-law> abweichende Verteilung der Kosten unter den Prozessparteien (<ref-ruling> E. 2.3).
3.2. Da C._ nicht formell Prozesspartei war, wie die Beschwerdeführerin selber zugesteht, konnte die Vorinstanz ihm als Dritten die Prozesskosten von vornherein nicht gestützt auf <ref-law> auferlegen. Soweit die Beschwerde eben dies verlangt, ist ihr kein Erfolg beschieden.
4.
4.1. Nach <ref-law> hat unnötige Prozesskosten zu bezahlen, wer sie verursacht hat. Das Gesetz statuiert damit für unnötige Kosten das Verursacherprinzip. Gestützt auf diese Bestimmung mit ihrer offenen Umschreibung des Normadressaten ("wer"; im französischen Gesetzestext: "à la charge de la personne"; im italienischen Text: "a carico di chi") können auch Dritte, die nicht Parteien des Prozesses waren, zur Bezahlung von Prozesskosten verpflichtet werden (<ref-ruling> E. 2.4.2).
Unnötige Kosten sind in erster Linie solche, die durch das Verhalten einer Partei oder Dritter innerhalb des Prozesses zu den üblicherweise bzw. ohnehin entstehenden Prozesskosten zusätzlich hinzukommen. Unter den Begriff der unnötigen Kosten im Sinne von <ref-law> können aber auch solche fallen, die durch ein Verhalten eines Dritten ausserhalb des Prozesses verursacht wurden (<ref-ruling> E. 2.4.3).
Im zitierten Entscheid hat das Bundesgericht die vorinstanzliche Kostenauflage an einen Dritten geschützt, der den Prozess betreffend Nichtigkeit von Generalversammlungsbeschlüssen zwischen einem Aktionär und der Gesellschaft provozierte, für die er als Aussenstehender ohne Vertretungsbefugnis eine Anwaltsvollmacht ausstellte, indem er sich eine Alleinaktionärsstellung anmasste und indem er sich in der (rechtlich gar nicht stattgefundenen) Universalversammlung vom 15. August 2011 selber, unter Abwahl der bisherigen Verwaltungsräte, zum alleinigen Verwaltungsrat der Gesellschaft wählte. In dieser Situation sei es grundsätzlich nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz sämtliche Prozesskosten als unnötige Kosten betrachtete und sie diesem Dritten statt der unterliegenden Gesellschaft auferlegte (<ref-ruling> E. 2.4.3).
4.2. Die Vorinstanz wies den Antrag der Beschwerdeführerin, die Prozesskosten C._ persönlich aufzuerlegen, mit der Begründung ab, dieser habe die Klageantwort als Verwaltungsrat der A._ AG eingereicht und sei im späteren Verfahren nicht mehr Partei oder Parteivertreter gewesen. Auch habe er mit seiner abschliessenden Stellungnahme vom 15. August 2014 keine unnötigen Prozesskosten verursacht, die er nach <ref-law> zu tragen hätte.
4.3. Die Vorinstanz hat aufgrund dieser Erwägungen lediglich geprüft, ob C._ aufgrund seines Verhaltens im Prozess unnötige Kosten verursacht hat, nicht jedoch, ob solches wegen seines Verhaltens ausserhalb des Prozesses zutreffe. Die Beschwerdeführerin macht aber just dies geltend, wenn sie vorbringt, allein C._ habe verursacht, dass es zum Prozess habe kommen müssen. Es seien seine "persönlichen Machenschaften" gewesen, welche die B._ AG gezwungen hätten, zu klagen. Dass C._ dabei in vorwerfbarer Manier eigene Interessen verfolgt habe, habe die Vorinstanz selbst zu Recht hervorgehoben. Diese Umstände hätte die Vorinstanz als Verursachung unnötiger Prozesskosten im Sinne von <ref-law> berücksichtigen müssen.
4.4. Letzterer Vorwurf ist grundsätzlich insofern berechtigt, als - wie oben ausgeführt - auch ein Verhalten eines Dritten ausserhalb des Prozesses als Verursachung unnötiger Prozesskosten in Betracht kommt. Nun hat aber die Beschwerdeführerin sich vor der Vorinstanz nicht darauf berufen. In ihrer Eingabe vom 19. Dezember 2013 beantragte ihr Rechtsvertreter für den Fall, dass C._ aufgrund seiner Interventionen nicht als Nebenintervenient zu betrachten sei, ihm im Falle des Unterliegens die gesamten Prozesskosten aufzuerlegen. Eine Begründung dieses Antrags fehlt. In der Duplik vom 14. März 2014 wiederholte sie den Antrag auf Kostenauflage an C._ (oder an die B._ AG), wiederum ohne diesen Antrag zu begründen. Von daher entbehrt jener Vorwurf eines konkreten Tatsachenvortrags. Die Vorinstanz konnte und musste nicht berücksichtigen, was nicht vorgetragen worden war.
4.5. Fragt sich einzig, ob die Vorinstanz von Amtes wegen das Verhalten von C._ im Vor- und Umfeld der Generalversammlung vom 29. November 2012, deren Beschlüsse wegen Ausschlusses der Aktionärin B._ AG für ungültig, soweit nicht nichtig, erklärt wurden, wie sie es in ihrem Urteil Ziff. III 2.c.cc S. 14 schilderte, zum Anlass einer Kostenauflage an C._ gestützt auf <ref-law> hätte nehmen müssen.
Die Frage ist zu verneinen. Auch wenn das dort geschilderte Verhalten kein gutes Licht auf das Vorgehen von C._ wirft, und sich gestützt darauf allenfalls eine Kostenauflage vertreten liesse, kann umgekehrt nicht gesagt werden, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie davon absah. Nicht jedes zweifelhafte Verhalten einer Drittperson ausserhalb eines Prozesses verursacht unnötige Kosten im Sinne von <ref-law>. Dazu muss klar und eindeutig feststehen, dass das ganze Verfahren nur wegen des betreffenden Verhaltens der Drittperson veranlasst wurde. Ob dies auf das Vorgehen von C._ zutrifft, erschliesst sich aus dem doch recht komplexen vorinstanzlichen Urteil mit eingehender Würdigung betreffend die Aktionärseigenschaft der B._ AG nicht mit hinreichender Klarheit. Die Beschwerdeführerin selbst bleibt zu unbestimmt, wenn sie ausführt, es seien die "persönlichen Machenschaften" von C._ gewesen, welche die B._ AG zum Prozess veranlasst hätten. Es fehlen substantiierte Angaben, die schlüssig aufzeigen, dass der Prozess einzig durch das Verhalten von C._ veranlasst wurde. Es besteht demnach für das Bundesgericht keine genügende Handhabe, die anbegehrte Kostenauflage gestützt auf <ref-law> anzuordnen.
Die Beschwerde muss daher abgewiesen werden.
5.
Ausgangsgemäss wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Entschädigung ist nicht geschuldet, nachdem sich die Beschwerdegegner nicht vernehmen liessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger