Sachverhalt:
A.
X._ erstattete am 13. Juli 2013 Strafanzeige gegen drei Polizeibeamte der Stadtpolizei Zürich wegen Amtsmissbrauchs sowie Körperverletzung. Diese sollen gegen ihn am 3. Mai 2013 während einer polizeilichen Intervention unverhältnismässig Gewalt angewendet haben, wodurch er erhebliche Verletzungen erlitten habe. Die Staatsanwaltschaft stellte das Verfahren gegen die Polizisten A._, B._ und C._ am 30. September 2015 ein.
X._ erhob Beschwerde gegen die Verfahrenseinstellung. Am 8. Juni 2016 wies das Obergericht des Kantons Zürich sowohl die Beschwerde als auch das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Prozessführung ab.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts vom 8. Juni 2016 sei aufzuheben und es sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, das Verfahren fortzuführen bzw. Anklage zu erheben. Ferner sei ihm für das vorinstanzliche Verfahren sowie für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
C.
Das Obergericht, die Oberstaatsanwaltschaft sowie C._ verzichten auf eine Vernehmlassung. A._ und B._ liessen sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG hat die Privatklägerschaft ein solches Interesse, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Keine Zivilansprüche im Sinne dieser Bestimmung sind solche, die sich - wie hier - aus dem öffentlichen Recht, nämlich aus dem Haftungsrecht des Kantons Zürich, ergeben (<ref-ruling> E. 1.2.4; Urteil 6B_121/2016 vom 12. Februar 2016 E. 2). Die Einstellung des Strafverfahrens kann sich in solchen Fällen nicht auf die Beurteilung von Zivilansprüchen auswirken.
1.2. Indessen anerkennt die Rechtsprechung gestützt auf <ref-law>, Art. 3 und 13 EMRK, Art. 7 UNO-Pakt II (SR 0.103.2) sowie Art. 13 des UN-Übereinkommens gegen Folter und andere grausame, unmenschliche oder erniedrigende Behandlung oder Strafe (SR 0.105) einen Anspruch des Betroffenen auf wirksamen Rechtsschutz (<ref-ruling> E. 3.1.1). Anspruch auf eine wirksame und vertiefte amtliche Untersuchung hat, wer in vertretbarer Weise geltend macht, von einem Polizeibeamten misshandelt worden zu sein (<ref-ruling> E. 1.2.5).
1.3. Der Beschwerdeführer beruft sich darauf, von den Beschwerdegegnern in erniedrigender Weise behandelt, beschimpft und verletzt worden zu sein. Diese hätten Gewalt gegen seinen Kopf, seinen Hals sowie den restlichen Körper angewendet. Weiter hätten sie einen Taser sowie Pfefferspray eingesetzt. Dies, obwohl er sich im Zeitpunkt der polizeilichen Intervention in einer akut psychotischen Phase befunden habe. Er habe aufgrund des groben Vorgehens der Beschwerdegegner einen doppelten Kieferbruch erlitten, was mehrere Operationen zur Folge gehabt habe. Mindestens eine weitere werde noch folgen. Zudem werde er bleibende Kaubeschwerden haben. Daneben habe er eine breitflächige, blutunterlaufene Marke von 10 Zentimetern am Hals sowie unzählige Blutergüsse, Prellungen, Quetschungen und Schürfungen am gesamten Körper aufgewiesen. Aufgrund der Tasereinsätze habe er während 24 Stunden überwacht werden müssen. Er habe zudem tiefe Einschnitte an den Hand- und Fussgelenken aufgewiesen, welche durch die Fesselung entstanden seien. Der Beschwerdeführer verweist auf das Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich vom 23. Juni 2015, den Bericht der Unfallchirurgie des Universitätsspitals Zürich vom 3. Mai 2013, den Operations- sowie den Austrittsbericht der Klinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie des Universitätsspitals Zürich sowie auf diverse Fotografien. Damit tut er in vertretbarer Weise dar, Opfer staatlicher Gewalt geworden zu sein. Der Beschwerdeführer hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe nicht eine Metallstange, sondern lediglich ein biegsames Lineal in der Hand gehalten. Für die Beschwerdegegner, welche vom Balkon her Einblick in den Wohnraum gehabt hätten, sei der Gegenstand sehr einfach als Lineal erkennbar gewesen. Damit habe er für kampfsporterprobte Polizeibeamte keine ernsthafte Gefährdung dargestellt. Er habe die Polizisten auch nicht angegriffen, was im Übrigen durch die Aussagen des Beschwerdegegners 2 bestätigt werde. Demnach habe dieser ihn aufgefordert, die Stange fallen zu lassen, was er jedoch nicht gemacht habe. Aufgrund dessen habe der Beschwerdegegner 2 Pfefferspray eingesetzt, woraufhin der Beschwerdeführer sofort zurückgewichen sei. Damit sei erstellt, dass für die Beschwerdegegner keine Gefahr (mehr) bestanden habe. Das Vorgehen der Polizei sei deshalb keinesfalls verhältnismässig gewesen. Insgesamt seien die Vorgänge in seiner Wohnung nicht ausreichend abgeklärt worden. Beispielsweise sei unklar, wie er auf den Boden gelangt sei. Diesbezüglich existierten unterschiedliche Aussagen. Weiter sei nicht geklärt worden, ob er bereits vor dem Schlag mit der Handkante Blut gespuckt habe und ob allenfalls Erstickungsgefahr gedroht habe. Wie die übrigen Verletzungen, insbesondere das Hämatom erheblicher Grösse am Hals entstanden seien, sei nicht ermittelt worden. Ein Würgen, Drosseln oder ein Schlag gegen den Hals könne nicht ausgeschlossen werden, obwohl es sich beim Hals um eine Tabuzone bei Arretierungen handle. Schliesslich sei es unzutreffend, dass er die insgesamt sieben Taserstösse nicht gespürt habe. Vielmehr habe er diese wie Messerstiche empfunden und geschrien. Die Verfahrenseinstellung verstosse gegen Bundesrecht. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro duriore", der Verfahrensfairness, des Anspruchs auf rechtliches Gehör, des Verhältnismässigkeitsprinzips und des Willkürverbots. Zudem überschreite die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen. Denn es sei nicht Aufgabe der Staatsanwaltschaft respektive der Vorinstanz, Erwägungen betreffend der Verhältnismässigkeit vorzunehmen.
2.2. Eine Einstellung des Verfahrens erfolgt insbesondere, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (<ref-law>), kein Straftatbestand erfüllt ist (<ref-law>) oder Rechtfertigungsgründe einen Straftatbestand unanwendbar machen (<ref-law>). Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Dieser ergibt sich aus dem Legalitätsprinzip. Er bedeutet, dass eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit oder offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden darf. Hingegen ist, sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt, Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Ist ein Freispruch genauso wahrscheinlich wie eine Verurteilung, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, eine Anklageerhebung auf (<ref-ruling> E. 4.1, 186 E. 4.1; je mit Hinweisen). Bei zweifelhafter Beweis- oder Rechtslage hat nicht die Staatsanwaltschaft über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden, sondern das zur materiellen Beurteilung zuständige Gericht. Der Grundsatz, dass im Zweifel nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (<ref-ruling> E. 4.1.1 mit Hinweis). Bei der Beurteilung dieser Frage verfügen die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz über einen gewissen Ermessensspielraum, den das Bundesgericht mit Zurückhaltung überprüft (<ref-ruling> E. 4.1).
2.3. Wer vorsätzlich einen Menschen an Körper oder Gesundheit schädigt, macht sich - je nach Schwere der Schädigung - der einfachen bzw. schweren Körperverletzung strafbar (Art. 122 und 123 StGB). Wer gegen jemanden Tätlichkeiten verübt, die keine Schädigung des Körpers oder der Gesundheit zur Folge haben, wird gemäss <ref-law> bestraft. Des Amtsmissbrauchs gemäss <ref-law> machen sich Mitglieder einer Behörde oder Beamte strafbar, die ihre Amtsgewalt missbrauchen, um sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen oder einem anderen einen Nachteil zuzufügen.
Nach <ref-law> verhält sich rechtmässig, wer handelt, wie es das Gesetz gebietet oder erlaubt, auch wenn die Tat nach dem Strafgesetzbuch oder einem anderen Gesetz mit Strafe bedroht ist. Polizeiliches Handeln ist im Polizeigesetz des Kantons Zürich vom 23. April 2007 (PolG/ZH; LS 550.1) geregelt, worauf die Vorinstanz verweist. Daneben wendet sie Art. 15 und Art. 16StGB an. Gemäss <ref-law> ist, wenn jemand ohne Recht angegriffen oder unmittelbar mit einem Angriff bedroht wird, der Angegriffene und jeder andere berechtigt, den Angriff in einer den Umständen angemessenen Weise abzuwehren. Überschreitet der Abwehrende die Grenzen der Notwehr nach <ref-law>, so mildert das Gericht die Strafe (<ref-law>). Überschreitet der Abwehrende die Grenzen der Notwehr in entschuldbarer Aufregung oder Bestürzung über den Angriff, so handelt er nicht schuldhaft (<ref-law>). Bei der Anwendung befugter polizeilicher Gewalt ist stets der Verhältnismässigkeitsgrundsatz zu beachten (vgl. § 10 PolG/ZH sowie <ref-ruling> E. 3.2; Urteil 6B_569/2012 vom 2. Mai 2013 E. 2.3.1 f.; je mit Hinweisen).
2.4. Die Vorinstanz erwägt, die Verfahrenseinstellung sei nach Durchführung einlässlicher staatsanwaltschaftlicher Einvernahmen der Beteiligten sowie Erstellung eines Gutachtens erfolgt. Sie gelangt, wie bereits die Staatsanwaltschaft, zum Schluss, dass die Beschwerdegegner beim Eindringen in die Wohnung des Beschwerdeführers die Vorschriften des Polizeigesetzes eingehalten haben. Die Einsatzzentrale der Stadtpolizei sei vom Betreuer des Beschwerdeführers alarmiert und darüber informiert worden, dass der psychisch kranke Beschwerdeführer sich in einem akut psychotischen Zustand befinde. Weiter habe der Betreuer ausgesagt, vom Beschwerdeführer mit einem Metallteil geschlagen worden zu sein, woraufhin er dessen Wohnung habe verlassen müssen. Ein Eindringen in die Wohnung des Beschwerdeführers habe sich aufgedrängt, nachdem dieser gemäss Angaben des Betreuers während einer psychotischen Phase unberechenbar sei. Bezüglich des Pfeffersprays erwägt die Vorinstanz, dessen Einsatz sei nicht unverhältnismässig gewesen. Der Beschwerdeführer sei von einem der Beamten zunächst aufgefordert worden, das Metallteil fallen zu lassen. Da er sich der Aufforderung widersetzt und sich den Polizisten mit besagtem Metallteil in der Hand genähert habe, sei der Pfefferspray zum Einsatz gekommen. Dabei handle es sich um ein vergleichsweise mildes Zwangsmittel. Weiter müsse wohl als erstellt gelten, dass der Handkantenschlag zum Kieferbruch geführt habe. Der Schlag mit der Handkante sei gerechtfertigt gewesen, da der Beschwerdeführer den Pfefferspray des Beschwerdegegners 3 behändigt habe. Die Verwendung des Pfeffersprays durch den Beschwerdeführer hätte den Einsatz der Polizeikräfte "torpediert" und aufgrund des unberechenbaren Zustands des Beschwerdeführers auch eine erhebliche Gefahr für diesen selbst dargestellt. Für den Beschwerdegegner 3 sei das Ausmass der durch den Handkantenschlag möglicherweise resultierenden Verletzung nicht voraussehbar gewesen. Die Staatsanwaltschaft sei aufgrund des gesammelten Beweismaterials zum Schluss gelangt, dass sich die Ereignisse in der Wohnung des Beschwerdeführers und die genauen Umstände der Entstehung der Verletzungen nicht im Detail rekonstruieren liessen, weshalb keine Anklage erhoben werden könne. Die Behauptung des Beschwerdeführers, es müsse aufgrund der Aussagen des Beschwerdegegners 3 davon ausgegangen werden, dass er bereits vor dem Handkantenschlag gegen seinen Unterkiefer massiv geblutet habe, vermöge diese Schlussfolgerung nicht in Frage zu stellen, zumal der Beschwerdegegner 3 angegeben habe, nicht sicher zu sein, dass der Beschwerdeführer bereits vorher Blut gespuckt habe. Es könne schliesslich auch nicht ermittelt werden, ob aufgrund der Fesselung Erstickungsgefahr gedroht habe. Hinweise auf eine Erstickungsgefahr gebe es nicht. Die Verfahrenseinstellung sei daher zu Recht erfolgt.
2.5. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, welche weiteren Beweiserhebungen betreffend der Geschehnisse vom 3. Mai 2013 erforderlich sein sollten. Es ist auch nicht ersichtlich, welche Abklärungen noch vorzunehmen wären. Die Vorinstanz berücksichtigt sowohl die Aussagen sämtlicher Beteiligter als auch das Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich vom 23. Juni 2015. Sie erwägt, der Beschwerdeführer selber könne sich nicht an den Vorfall erinnern, was er vorliegend auch nicht bestreitet. Die Vorgänge in der Wohnung des Beschwerdeführers wurden in ihren wesentlichen Zügen bereits in der staatsanwaltschaftlichen Einstellungsverfügung festgehalten. Die Staatsanwaltschaft unterteilte den Polizeieinsatz in zwei Phasen (1. Phase: vor der Alarmierung bis zum Betreten der Wohnung; 2. Phase: Arretierung des Beschwerdeführers). Dass gewisse Details wie etwa, wie der Beschwerdeführer auf den Küchenboden zu liegen kam, nicht abschliessend geklärt werden konnten, lässt die vorinstanzlichen Erwägungen respektive die Untersuchung nicht als unvollständig erscheinen. Selbst wenn kleine Sachverhaltslücken bestehen, sind die Abläufe in ihren wesentlichen Zügen geklärt. Ebenso stellt die Vorinstanz fest, dass dem Beschwerdeführer beim Polizeieinsatz verschiedene Verletzungen beigefügt wurden. So erwägt sie unter Verweis auf das rechtsmedizinische Gutachten, dass die gravierendste Verletzung, der doppelte Kieferbruch, sehr wahrscheinlich auf den Handkantenschlag des Beschwerdegegners 3 zurückzuführen sei. Das erwähnte Hämatom sei gemäss Gutachten durch stumpfe Gewalt, möglicherweise einen Schlag gegen den Hals oder Gewalt in Form von Würgen oder Drosseln entstanden. Die Vorinstanz erwähnt zudem den Taser- sowie den Pfeffersprayeinsatz. Die vorinstanzlichen Erwägungen zum Sachverhalt sind daher umfassend und nicht zu beanstanden.
2.6. Gemäss den Erwägungen der Vorinstanz forderte der Beschwerdegegner 2 den Beschwerdeführer zunächst auf, das "Metallteil" fallen zu lassen. Dass es sich dabei lediglich um ein dünnes, biegsames Lineal gehandelt haben soll, ist eine unsubstanziierte Behauptung des Beschwerdeführers. Dieser hatte bereits zuvor seinen Betreuer angegriffen, welcher ebenfalls von einem "Metallteil" gesprochen hatte. Jedenfalls reagierte der Beschwerdeführer auf die Aufforderung, den Gegenstand fallen zu lassen, nicht und näherte sich mit diesem in der Hand den Beschwerdegegnern. Ein polizeiliches Eingreifen war unter diesen Umständen angezeigt. In der Folge entwickelte der Beschwerdeführer enorme Kräfte, so dass selbst drei erfahrene Polizeibeamte ihn kaum zu überwältigen vermochten. Diesbezüglich verweist die Vorinstanz auf das rechtsmedizinische Gutachten, wonach die von den Beschwerdegegnern geltend gemachte enorme Kraftentwicklung des Beschwerdeführers medizinisch erklärbar sei und im psychiatrischen Alltag ein bekanntes Phänomen darstelle. Durch das Behändigen des Pfeffersprays gefährdete der Beschwerdeführer sowohl die Beschwerdegegner als auch sich selber. Die Situation erforderte eine rasche Reaktion der Beschwerdegegner. Dass aus dem Schlag mit der Handkante ein doppelter Kieferbruch resultieren würde, konnte der Beschwerdegegner 3 nach der vorinstanzlichen Feststellung nicht vorhersehen. Aus den Aussagen der Beteiligten und des Betreuers lassen sich auch keine Hinweise auf eine Erstickungsgefahr entnehmen. Dem Beschwerdeführer kann nicht gefolgt werden, sofern er geltend macht, die Vorinstanz respektive die Staatsanwaltschaft dürfe keine Verhältnismässigkeitsprüfung vornehmen. Muss die Wahrscheinlichkeit einer Verurteilung geprüft werden, sind gewisse Abwägungsfragen sachimmanent, wobei der Vorinstanz sowie der Staatsanwaltschaft ein nicht unerheblicher Ermessensspielraum zukommt. Im Lichte der genannten Umstände ist die Auffassung der Vorinstanz mit dem Grundsatz "in dubio pro duriore" vereinbar. Inwiefern die übrigen vom Beschwerdeführer geltend gemachten Grundsätze wie etwa die Verfahrensfairness, der Anspruch auf rechtliches Gehör oder das Willkürverbot verletzt sein sollen, begründet er nicht. Darauf ist nicht weiter einzugehen (vgl. <ref-law>).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtsvertretung. Die Vorinstanz verletze damit <ref-law> sowie Art. 136 f. StPO. Mit Verfügung vom 10. Oktober 2013 sei ihm die unentgeltliche Geschädigtenvertretung gewährt worden. Damit sei zwischen seiner Vertreterin und dem Staat ein öffentlich-rechtliches Verhältnis entstanden. Dieses dauere, wie die amtliche Verteidigung, im gesamten kantonalen Verfahren an und ein allfälliger Widerruf müsse als Verfügung ergehen. Seine Bedürftigkeit sei überdies ausgewiesen und die Beschwerde habe nicht von vornherein als aussichtslos bezeichnet werden können.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, der Anspruch des Beschwerdeführers auf unentgeltliche Vertretung stütze sich direkt auf <ref-law>. Wie sich aus den Erwägungen des Beschwerdeentscheids ergebe, sei die Beschwerde klarerweise als aussichtslos einzustufen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege sei daher abzuweisen.
3.3. Wie bereits die Vorinstanz zutreffend festhält, stützt sich der Anspruch auf die unentgeltliche Vertretung in Fällen, in denen der Betroffene keine privatrechtlichen Ansprüche adhäsionsweise geltend machen kann oder will, ausnahmsweise direkt auf <ref-law> (vgl. 1B_355/2012 vom 12. Oktober 2012 E. 5.1). Eine Verletzung von Art. 136 f. StPO fällt damit ausser Betracht.
Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Bedürftigkeit im Sinne von <ref-law> setzt voraus, dass die betroffene Person nicht in der Lage ist, für die durch ein Verfahren verursachten Kosten aufzukommen, ohne Mittel zu beanspruchen, die zur Deckung des Grundbedarfs für ihn und seine Familie erforderlich sind (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.5.1; je mit Hinweisen).
Als aussichtslos sind nach der Rechtsprechung Prozessbegehren anzusehen, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich die Gewinnchancen und die Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entscheiden würde; eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung und Gefahr nicht führen würde, nicht deshalb anstrengen können, weil er sie nichts kostet. Wie es sich damit verhält, prüft das Bundesgericht in rechtlicher Hinsicht mit freier Kognition. Ob im Einzelfall genügende Erfolgsaussichten bestehen, beurteilt sich nach den Verhältnissen zur Zeit, in denen das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wird, namentlich aufgrund der bis dahin vorliegenden Akten (<ref-ruling> E. 9.1 mit Hinweisen).
3.4. Die Verfahrenseinstellung verletzt zwar vorliegend kein Bundesrecht. Dies bedeutet jedoch nicht, dass die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Aufgrund der vom Beschwerdeführer beim Polizeieinsatz vom 3. Mai 2013 erlittenen, erheblichen Verletzungen (vgl. E. 1.3) konnte die Beschwerde vielmehr nicht als aussichtslos bezeichnet werden. Indem die Vorinstanz Gegenteiliges annimmt, verletzt sie Bundesrecht.
4.
4.1. Insgesamt erweist sich die Beschwerde als teilweise begründet. Der Beschluss des Obergerichts ist aufzuheben, soweit er die Verweigerung der unentgeltlichen Prozessführung betrifft. Insoweit ist die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist der Beschwerdeführer, soweit er mit seiner Beschwerde unterliegt, kostenpflichtig (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen ist und die Rechtsbegehren nicht von vornherein aussichtslos waren. Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 64 Abs. 1 und 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Diese ist praxisgemäss seiner Rechtsvertreterin auszurichten. Insoweit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Im Umfang des Unterliegens ist die Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>). Dem Kanton Zürich steht keine Entschädigung zu <ref-law>. Der Beschwerdegegner 4 verzichtete auf eine inhaltliche Stellungnahme. Die Beschwerdegegner 2 und 3 liessen sich nicht vernehmen. Es rechtfertigt sich daher nicht, den Beschwerdegegnern 2-4 eine Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 8. Juni 2016 aufgehoben, soweit er die Verweigerung der unentgeltlichen Prozessführung betrifft. Die Sache wird insoweit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen; im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos ist.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Kanton Zürich hat der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
5.
Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers wird eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Februar 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär