Faits :
A.
A.a. C._ a été engagé par l'entreprise A._ dès le 1 er juin 1972 en qualité d'ouvrier professionnel aspirant au service des locomotives.
Dans un document du 17 janvier 2002, il a été expliqué aux mécaniciens de A._ qu'en décembre 2004, l'entreprise BX._ SA, devenue B._ SA en 2006 ensuite d'une fusion - reprendrait la gestion des trains... dans la région de.... Cette modification impliquait la suppression des dépôts A._ aux emplacements de Neuchâtel et... et l'agrandissement des dépôts B._ situés dans ces mêmes villes. Les mécaniciens occupés dans l'un ou l'autre dépôt A._ avaient la possibilité de poursuivre une activité pour cet employeur à un autre lieu de dépôt ou d'entamer une activité pour B._ en restant à leur emplacement actuel. Le document précisait encore que le passage à B._ s'effectuerait « aux conditions convenues entre les deux entreprises dans le cadre des transferts de personnel prévus par la convention de base A._/B._». Les principales conditions étaient énoncées, notamment celles-ci:
« - Les années de travail sont intégralement prises en compte pour le calcul de la prime de fidélité.
- Les années prises en compte chez A._ pour l'ordre de succession sont entièrement reprises.
- C aisse de pensions: aucune perte d'années de caisse.».
Le 20 mars 2003, une offre spéciale d'emploi pour personnel de locomotives a été adressée à C._. Celui-ci a répondu en ces termes le 8 avril 2003:
« Par la présente je vous confirme que j'accepte mon transfert du dépôt de Neuchâtel de A._ au dépôt de Neuchâtel de B._ SA.
Par la même occasion, je me permets de vous rappeler quelques conditions sur lesquelles nous nous sommes déjà plusieurs fois entretenus.
Je cite: - Prise en compte de toutes mes années passées chez A._,
(...) ».
Par contrat de travail du 21 mai 2003, C._ a été engagé par B._ SA comme mécanicien dès le 14 décembre 2003.
A.b. Entre 2005 et 2006, la caisse de pensions P._ a supprimé la rente de transition AVS et abandonné le principe de la primauté des prestations au profit de la primauté des cotisations. B._ a décidé de financer elle-même une telle rente pour ses employés. Aussi a-t-elle édicté le 16 août 2006 un règlement dont le chiffre 3.6 précisait que pour obtenir une rente-pont AVS complète dès l'âge de 62 ans, il fallait avoir 25 ans de service auprès d'elle.
A.c. Par lettre du 27 octobre 2008, C._ a fait part à B._ de sa décision de faire valoir ses droits à une retraite anticipée à 100% dès le 1 er mai 2009.
Selon décision du 8 mai 2009, la caisse de pension lui a alloué une rente de vieillesse mensuelle de 3'126 fr. 25 ainsi qu'une rente-pont mensuelle de 2'280 fr., financée à raison de 20% (soit pour 456 fr.) par l'employeuse et à raison de 80% (soit pour 1'824 fr.) par l'assuré.
A.d. Il s'en est suivi un différend entre C._ et B._, le premier exigeant que la seconde répare le dommage dû au fait que la rente-pont avait été calculée sans égard à ses années d'ancienneté chez A._, ce qui l'avait contraint à financer une partie de ladite rente. Les parties ont vainement cherché une solution transactionnelle.
B.
B.a. Au bénéfice d'une autorisation de procéder, C._ a déposé une demande le 3 octobre 2011 devant le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, en concluant à ce que B._ soit condamnée à lui verser la somme de 69'052 fr. 30 plus intérêts.
A l'appui de ses conclusions, le demandeur alléguait en substance qu'en raison des engagements pris lors du transfert de personnel entre A._ et la défenderesse B._, cette dernière répondait de la perte occasionnée par le fait qu'il avait dû financer lui-même une partie de la rente-pont AVS, ce qui avait engendré une réduction à vie de sa rente à concurrence de 341 fr. 10 par mois; son dommage correspondait à une valeur capitalisée de 69'052 fr. 30.
La défenderesse a conclu au rejet de la demande, alléguant notamment qu'elle n'avait pris aucun autre engagement envers le demandeur que ceux ressortant du contrat de travail du 21 mai 2003. Or, à ce moment-là, la rente-pont AVS, dont l'octroi intégral dépendait de la longévité des rapports de travail, n'existait pas encore. La défenderesse n'avait dès lors aucune obligation particulière envers les anciens employés A._, d'autant moins en matière de caisse de pensions.
B.b. Par jugement du 6 avril 2016, le Tribunal civil a condamné la défenderesse à verser 63'813 fr. plus intérêts au demandeur.
En substance, le tribunal a considéré que si le contrat de travail conclu entre les parties ne faisait aucune référence aux années de service du demandeur auprès de A._, il ne restituait pas exactement le sens de l'accord conclu. Sur la base de témoignages et documents, le tribunal a acquis la conviction qu'au moment de signer le contrat, la volonté effective des parties était d'assurer l'égalité de traitement entre les employés provenant de A._ et ceux de B._, et plus particulièrement de garantir que l'intégralité des années de service du demandeur auprès de A._ seraient comptabilisées. L'interprétation objective conduisait au même résultat: toute personne raisonnable et honnête placée dans les mêmes circonstances que le demandeur et ses collègues aurait également compris que l'égalité de traitement était assurée entre les employés de A._ et ceux de la défenderesse. Même si l'octroi d'une rente-pont couplée avec les années de service auprès du même employeur n'avait été mis sur pied qu'en 2006, la défenderesse avait pris l'engagement de traiter ses futurs collaborateurs provenant de A._ de la même manière que ses propres employés, ce qu'elle aurait dû prendre en considération lors de l'adoption du règlement du 16 août 2006. Le demandeur totalisait 37 ans de service auprès de A._ et de la défenderesse (de 1972 à 2009), de sorte qu'il aurait pu prétendre à une rente-pont complète. La totalité de ses années de service n'ayant pas été prise en compte, sa rente vieillesse s'en trouvait réduite à vie du montant de 341 fr. 10 par mois, soit 4'093 fr. 20 par an, dès le 1 er juin 2009. En appliquant notamment un taux de capitalisation de 2,75% selon la table 20x de Stauffer/Schaetzle, le tribunal aboutissait au montant de 63'813 fr., que la défenderesse devait verser au demandeur.
B.c. Par arrêt du 8 septembre 2016, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté l'appel interjeté par la défenderesse et confirmé le jugement du 6 avril 2016 (cf. au surplus infra consid. 2.1).
C.
La défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, en concluant à ce que le demandeur soit débouté des fins de son action.
L'autorité précédente s'est référée à son arrêt.
Le demandeur a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 LTF). Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) dans une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable sur le principe.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). "Manifestement inexactes" signifie ici "arbitraires" (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'invocation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats; en d'autres termes, elle doit désigner précisément les allégués et offres de preuve présentés (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
1.3. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Cela n'implique pas qu'il examine toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, à l'instar d'un juge de première instance. Eu égard à l'obligation de motiver imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, l'autorité de céans ne traite que les questions qui sont soulevées devant elle par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2).
2.
2.1. Le litige s'inscrit dans un contexte de transferts de personnel opérés selon la convention de base A._/B._. Il porte sur le point de savoir si la défenderesse B._ s'est engagée à ce que le demandeur, employé de A._ entre 1972 et 2003, bénéficie des mêmes conditions de prévoyance professionnelle que s'il avait effectué toute sa carrière au service de la défenderesse.
A cet égard, la cour cantonale a d'abord constaté que le contrat de travail signé par les parties le 21 mai 2003 ne contenait aucune disposition relative à la prévoyance professionnelle ou à la caisse de pensions. Toutefois, dans le document adressé aux mécaniciens A._ le 17 janvier 2002, il était indiqué que «le passage à B._ s'effectuera[it] aux conditions convenues entre les deux entreprises dans le cadre des transferts de personnel prévus par la convention de base A._/B._», et parmi les principaux critères mentionnés figurait la précision «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse». En outre, lorsque le demandeur avait confirmé l'acceptation de son transfert par lettre du 8 avril 2003, il avait rappelé «quelques conditions sur lesquelles nous nous sommes déjà plusieurs fois entretenus», la première mentionnée étant la «prise en compte de toutes mes années passées chez A._».
Les juges cantonaux se sont ensuite référés aux déclarations concordantes de trois témoins, soit deux membres de syndicat ayant participé aux négociations menées en 2003 et un mécanicien retraité ayant travaillé chez A._ de 1970 à 2003, puis auprès de B._ jusqu'en 2012. Selon ces témoins, il avait été prévu que les employés A._ seraient repris par la défenderesse selon le principe «un pour un», ce qui signifiait que les employés A._ seraient engagés aux mêmes conditions que les employés de la défenderesse. Les années passées chez A._ étaient donc prises en compte et un changement de conditions dans la nouvelle caisse de pension valait pour tous les employés B._ et «ex-A._». Les juges cantonaux ont relevé à cet égard qu'il était tout à fait conforme à l'expérience de la vie qu'au moment de négocier le passage des employés A._ auprès de B._, les syndicalistes aient cherché à obtenir l'égalité de traitement, que la défenderesse elle-même était prête à offrir puisqu'elle reconnaissait avoir intérêt à s'adjoindre les services de mécaniciens de locomotive expérimentés.
La cour cantonale a par ailleurs considéré que la mention «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse» figurant dans le document du 17 janvier 2002 destiné aux mécaniciens A._ ne pouvait être interprétée raisonnablement et selon le principe de la confiance que comme un engagement général par lequel la défenderesse accordait aux mécaniciens A._ les mêmes conditions de prévoyance professionnelle que celles dont bénéficiaient les employés ayant accompli toute leur carrière à son service. La défenderesse n'avait au demeurant pas réagi au courrier du 8 avril 2003 par lequel le demandeur avait confirmé l'acceptation de son transfert en précisant que celui-ci était conditionné par la «prise en compte de toutes [s]es années passées chez A._». Or, si cette compréhension des conditions de transfert n'était pas conforme à ce qui avait été convenu, la défenderesse devait le signaler à l'intéressé. Dans la mesure où elle refusait d'accorder une égalité de traitement complète entre les mécaniciens A._ et ses propres employés s'agissant de prévoyance professionnelle, elle devait le leur indiquer clairement; la mention lapidaire et trompeuse «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse» devait être interprétée en sa défaveur et conformément à la portée que le demandeur pouvait lui accorder.
2.2. La défenderesse se plaint d'une constatation arbitraire des faits et de violations du droit matériel fédéral. Il convient donc d'examiner la question litigieuse à la lumière de ces différents griefs, qui sont résumés ci-dessous.
2.2.1. Dans un premier grief, la défenderesse reproche aux juges cantonaux d'avoir établi les faits arbitrairement en retenant que les parties avaient la volonté effective d'assurer une égalité de traitement entre les employés provenant de A._ et ceux de B._. Aucun engagement de tenir compte des années de service des ex-employés A._ de manière globale et inconditionnelle pour le futur, en vue notamment d'une éventuelle rente transitoire, ne saurait selon elle être retenu à titre de fait prouvé.
2.2.2. Dans un deuxième grief, la défenderesse dénonce une violation de l'art. 18 CO en relation avec l'interprétation des contrats. Constatant que la volonté réelle des parties n'a pas pu être établie et qu'il faut donc recourir à l'interprétation objective, elle soutient en particulier que la mention «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse» ne concernerait que les rentes ordinaires de la caisse de pensions - reflétant l'accord de régler la rente ordinaire sans perte malgré le changement d'employeur et de caisse de pension -, à l'exclusion des rentes-pont AVS.
La défenderesse fait en outre observer qu'à la conclusion du contrat, le système de prévoyance offrait des prestations en pourcentage du salaire assuré et non en fonction des cotisations perçues pendant les années de service; elle en déduit que les parties ne pouvaient de bonne foi envisager d'inclure une clause garantissant la prise en compte des années de service en prévision d'une éventuelle rente-pont liée aux années de service. Admettre que les parties voulaient reconnaître les années de service passées chez A._ pour la prévoyance professionnelle et pour une rente-pont reviendrait à retenir une volonté hypothétique par rapport à un fait futur inconnu, ce qui ne correspondrait pas à une interprétation selon le principe de la confiance, fondée uniquement sur les circonstances ayant précédé ou accompagné la manifestation de volonté.
2.2.3. Dans un troisième grief, la défenderesse se plaint d'une violation du principe de l'égalité de traitement. Rappelant que l'employeur est libre d'avantager certains travailleurs de manière objectivement inégale, la limite étant l'arbitraire, elle soutient qu'une promesse d'égalité de traitement inconditionnelle ne saurait être déduite des manifestations de volonté des parties. Interprétée à la lumière de l'art. 8 de la convention de base A._/B._, la mention «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse» signifierait selon elle uniquement que les pertes d'années de caisse pouvant survenir lors du transfert de la prestation de libre-passage d'une caisse de pension à l'autre en raison de taux techniques différents seraient supportées par moitié entre A._ et la défenderesse. On ne saurait en déduire une volonté générale de traiter tous les employés de manière égale pour le futur et pour toute éventualité.
La défenderesse en conclut que quatre ans après la réorganisation avec A._ et trois ans après l'engagement du demandeur, elle était libre d'adopter un règlement de prévoyance prévoyant l'octroi d'une rente-pont financée intégralement par l'employeur à tous les employés ayant réellement cotisé et travaillé pendant 25 ans à son service, une telle distinction se basant sur des raisons objectives.
2.2.4. Enfin, dans un quatrième et dernier grief, la défenderesse reproche aux juges cantonaux d'avoir violé le principe de la bonne foi en retenant qu'elle aurait dû réagir au courrier du demandeur du 8 avril 2003, dans lequel il confirmait l'acceptation de son transfert tout en rappelant qu'il était conditionné à la «prise en compte de toutes [s]es années passées chez A._». De son point de vue, elle devait comprendre cette phrase tout au plus comme une promesse de prise en compte des années de service pour la prime de fidélité et l'ordre de succession, soit des questions précises qui avaient été évoquées lors des négociations; tel ne saurait être le cas d'une hypothétique rente-pont AVS basée sur les années de service, à laquelle personne n'avait pensé à l'époque de la conclusion du contrat.
2.3. Pour apprécier les clauses d'un contrat, le juge doit recourir en premier lieu à l'interprétation subjective, c'est-à-dire rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir (art. 18 al. 1 CO; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611).
Si la volonté réelle des parties ne peut être établie ou si les volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations et les comportements selon le principe de la confiance (interprétation objective), c'est-à-dire rechercher le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chaque partie pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 2.3.2; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 122).
La détermination de la volonté réelle relève des constatations de fait, qui ne peuvent être remises en cause qu'aux conditions rappelées ci-dessus (consid. 1.2). En revanche, la détermination de la volonté objective, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 413). Les circonstances déterminantes à cet égard sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, à l'exclusion des événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 5.2.1 in fine).
2.4. La défenderesse elle-même plaide que la volonté réelle des parties sur le point litigieux n'a pas pu être établie et qu'il convient de recourir à l'interprétation objective. C'est précisément ce qu'ont fait les juges cantonaux, de sorte que la critique de leur analyse relève exclusivement du droit (cf. consid. 2.3 supra). La défenderesse se méprend ainsi lorsqu'elle leur reproche d'avoir constaté arbitrairement les faits en retenant une volonté effective des parties d'assurer l'égalité de traitement envers l'ensemble des employés. Il s'agit là d'une constatation du Tribunal civil qui n'a pas été reprise dans l'arrêt attaqué, sans que la défenderesse émette de critique puisqu'elle préconise elle-même le recours à l'interprétation selon le principe de la confiance.
2.5. En l'espèce, les juges d'appel ont fait les constatations suivantes:
- Le contrat de travail signé par les parties le 21 mai 2003 ne contient aucune disposition relative à la prévoyance professionnelle ou à la caisse de pensions.
- Dans le document adressé aux mécaniciens A._ le 17 janvier 2002, il était indiqué que «le passage à B._ s'effectuera[it] aux conditions convenues entre les deux entreprises dans le cadre des transferts de personnel prévus par la convention de base A._/B._», et parmi les principaux critères mentionnés figurait la précision «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse».
- Dans la lettre du 8 avril 2003 par laquelle il a confirmé à la défenderesse l'acceptation de son transfert, le demandeur a rappelé quelques conditions sur lesquelles les parties s'étaient plusieurs fois entretenues, la première mentionnée étant la «prise en compte de toutes [s]es années passées chez A._». La défenderesse n'a pas réagi à réception de cette lettre.
- Enfin, selon les dépositions concordantes des témoins entendus, il a été déclaré à l'époque que les employés de A._ étaient repris par B._ selon le système «un pour un», ce qui signifiait que les employés de A._ étaient engagés aux mêmes conditions que les employés de B._, que les années passées chez A._ étaient prises en compte et qu'un changement de conditions dans la prévoyance valait pour tous les employés B._ et «ex-A._».
2.6. Sur le vu de ces circonstances qui lient l'autorité de céans (cf. supra consid. 1.2), l'appréciation de la cour cantonale échappe à la critique. La défenderesse a émis différentes déclarations de volonté avant et dans le contexte du contrat de travail signé le 21 mai 2003. C'est ainsi que dans le document adressé aux mécaniciens A._ le 17 janvier 2002, il était écrit qu'il n'y aurait aucune perte d'années de caisse pour la caisse de pensions. La défenderesse a en outre assuré que les employés de A._ étaient engagés aux mêmes conditions que les employés de B._, à savoir que les années passées chez A._ étaient prises en compte et qu'un changement de conditions dans la prévoyance valait pour tous les employés B._ et «ex-A._». Enfin, elle s'est abstenue de réagir lorsque le demandeur a accepté son transfert aux conditions discutées, dont la première était la prise en compte de toutes ses années passées chez A._. Sur la base de ces éléments, le demandeur pouvait et devait raisonnablement comprendre qu'il serait tenu compte de ses années de service auprès de A._, en particulier en matière de prévoyance professionnelle, comme s'il avait effectué l'entier de sa carrière au service de la défenderesse.
La défenderesse doit ainsi se voir imputer le sens objectif que le demandeur pouvait de bonne foi prêter à ses déclarations, même si ce sens ne correspondait pas à sa volonté intime. Elle objecte que la mention «caisse de pensions: aucune perte d'années de caisse» devra être comprise à la lumière de l'art. 8 de la convention de base A._/B._, en ce sens qu'elle viserait uniquement les pertes d'années de caisse pouvant survenir lors du transfert de la prestation de libre-passage d'une caisse de pension à l'autre (cf. consid. 2.2.2 et 2.2.3 supra). Cette argumentation ne saurait toutefois être retenue dans la mesure où la défenderesse se fonde sur des faits non constatés dans l'arrêt attaqué sans démontrer que les conditions d'un complètement de l'état de fait seraient réunies (cf. consid. 1.2 supra). Pour le surplus, force est d'admettre que le document du 17 janvier 2002 mentionnait entre autres conditions de transfert la prise en compte des années de travail chez A._ pour le calcul de la prime de fidélité et l'ordre de succession (supra let. A.a). L'on ne saurait cependant en déduire que le demandeur visait uniquement ces deux aspects lorsqu'il a exigé la «prise en compte de toutes [s]es années passées chez A._», alors que le document du 17 janvier 2002 énonçait encore une condition distincte relative à la caisse de pension, garantissant l'absence de perte d'années de caisse, mention qui doit recevoir l'interprétation exposée ci-dessus.
Quant à l'argumentation tirée du fait que la rente-pont financée par l'employeuse n'existait pas lors de la signature du contrat de travail en 2003 (cf. consid. 2.2.2 et 2.2.4 supra), elle est dénuée de pertinence. En effet, comme l'ont relevé pertinemment les juges cantonaux, le problème du financement des prestations de retraite, au vu notamment de l'élévation de l'espérance de vie, était déjà de notoriété publique. Ainsi, l'éventualité d'une participation financière de la défenderesse à des prestations de prévoyance - telle une rente-pont AVS - susceptibles d'être accordées pour compenser d'éventuelles mesures d'assainissement apparaissait objectivement envisageable, quand bien même aucune des parties n'y avait concrètement pensé lors de la conclusion du contrat. En tous les cas, cela n'empêchait nullement la défenderesse de s'engager à traiter le demandeur, ex-employé A._, comme un employé qui aurait fait toutes ses années de service auprès d'elle, et à lui accorder les mêmes avantages en matière de prévoyance professionnelle.
Du moment qu'en 2006, la défenderesse a choisi librement - comme elle l'admet elle-même (cf. consid. 2.2.3 supra) - de financer une rente-pont AVS pour ses employés, elle devait traiter le demandeur conformément aux engagements pris lors de son transfert en 2003, soit comme un employé qui aurait oeuvré à son service dès le 1er juin 1972. A cet égard, l'argument de la défenderesse selon lequel un droit général à l'égalité de traitement n'existe pas en droit privé du travail (cf. consid. 2.2.3 supra) tombe à faux. En effet, le demandeur n'invoque pas un tel droit général, mais bien un engagement contractuel spécifique, en vertu duquel la défenderesse devait tenir compte de ses années de service auprès de A._ s'agissant notamment de la prévoyance professionnelle.
3.
La défenderesse n'a pas remis en cause le calcul arrêtant à 63'813 fr. le dommage qu'elle a fait subir au demandeur en n'exécutant pas ses obligations contractuelles. Il n'y a dès lors pas lieu d'y revenir (<ref-ruling> consid. 2.1, non publié in <ref-ruling>, et les arrêts cités).
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté.
Vu l'issue du recours, les frais de la présente procédure seront mis à la charge de la défenderesse (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci versera en outre au demandeur une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la défenderesse.
3.
La défenderesse versera au demandeur une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 16 février 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Kiss
La Greffière: Monti