Sachverhalt:
A.
Das Regionalgericht Berner Jura-Seeland verurteilte X._ am 9. Februar 2011 wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, Tätlichkeit, Sachbeschädigung und Irreführung der Rechtspflege zu einer Freiheitsstrafe von 11 Monaten. Der Vollzug der Strafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme aufgeschoben. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 24. Juni 2011 im Wesentlichen die erstinstanzlichen Schuldsprüche und erkannte auf eine Freiheitsstrafe von 14 Monaten, die es zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law> aufschob, sowie zu einer Busse von Fr. 800.--.
Das Obergericht entschied am 6. Oktober 2015, die stationäre Massnahme werde mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes aufgehoben und X._ aus der Massnahme entlassen, sofern er nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder eine andere geeignete Institution eintreten könne.
Eine dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 29. Dezember 2015 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_1147/2015).
Das Amt für Freiheitsentzug und Betreuung des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV), wies X._ am 25. Februar 2016 im Rahmen der mit Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 angeordneten stationären therapeutischen Massnahme vorübergehend in die forensisch-psychiatrische Station Etoine der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern ein. Die Versetzung von der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel in die Klinik erfolgte gleichentags.
Per 19. Mai 2016 wurde X._ in das Zentrum für stationäre forensische Therapie Rheinau eingewiesen. Am 24. Mai 2016 stellte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug dem Regionalgericht Antrag auf Verlängerung der stationären Massnahme um fünf Jahre.
B.
Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland ordnete am 13. Juni 2016 auf Antrag des Regionalgerichts Berner Jura-Seeland Sicherheitshaft bis zum 23. September 2016 an, wobei der Vollzug nach Möglichkeit in der Klinik Rheinau zu erfolgen habe. Eine dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern am 8. Juli 2016 ab.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Hauptantrag, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und er sei umgehend in Freiheit zu entlassen. Zudem ersucht er um aufschiebende Wirkung sowie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Die Generalstaatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Bern haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, es fehle an einer gesetzlichen Grundlage für die Sicherheitshaft. Er werde ohne gesetzliche Grundlage weiterhin weggesperrt, was <ref-law> und Art. 5 Ziff. 1 EMRK verletze (Beschwerde S. 8 und 13 ff.).
1.2. Über die Verlängerung der stationären Massnahme gemäss <ref-law> befindet das Gericht in einem selbständigen nachträglichen Entscheid im Sinne von <ref-law>. Gestützt auf das Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 war ein stationärer Massnahmevollzug nur noch bis Juni 2016 zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 4 und 5 S. 107 ff.). Anschliessend und bis zur Rechtskraft des neu zu treffenden Massnahmeurteils stützt sich der hier streitige Freiheitsentzug auf strafprozessuale Sicherheitshaft. <ref-law> enthalten keine besondere Regelung für die Anordnung und Fortsetzung von Sicherheitshaft bei selbständigen nachträglichen Verfahren. Nach konstanter Rechtsprechung sind die Art. 221 und Art. 229 ff. StPO analog anwendbar (<ref-ruling> E. 5.5 S. 113 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2.6 S. 53, 139 IV 175 E. 1.1 f. S. 177 f., 137 IV 333 E. 2.2.2 S. 336 f., Urteile 1B_382/2015 vom 26. November 2015 E. 2, 1B_6/2012 vom 27. Januar 2012 E. 2.4). Darauf ist nicht zurückzukommen. Der Beschwerdeführer verweist auf den Entscheid des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte in Sachen Borer gegen Schweizerische Eidgenossenschaft vom 10. Juni 2010 (Urteil des EGMR Nr. 22493/06). Das Bundesgericht hat festgehalten, dass der angerufene Entscheid des Europäischen Gerichtshofs sich nicht auf die damals noch nicht in Kraft stehende Schweizerische Strafprozessordnung, sondern auf die frühere Strafprozessordnung des Kantons Basel-Stadt bezieht und damit nicht einschlägig ist. Darauf kann verwiesen werden (Urteil 1B_6/2012 vom 27. Januar 2012 E. 2.5).
Soweit der Beschwerdeführer unter Hinweis auf <ref-law> beanstandet, das Bundesgericht verweigere durch die analoge Anwendung der Strafprozessordnung eine persönliche Anhörung durch das Gericht, ist auf die Rüge nicht einzutreten. Er legt nicht dar, inwiefern hier ein Anspruch auf eine mündliche Hauptverhandlung bestand respektive sich eine solche Verhandlung aufgedrängt hätte, nachdem er seinen Standpunkt in seiner schriftlichen Stellungnahme zum Antrag auf Anordnung von Sicherheitshaft darlegen konnte (<ref-law>). Gleiches gilt, soweit der Beschwerdeführer wie bereits im kantonalen Verfahren seinen Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht im Sinne von <ref-law> verletzt sieht. Die Vorinstanz prüft die geltend gemachte Verfassungsverletzung nicht. Vielmehr hält sie fest, diese behauptete Verletzung sei im hängigen Verfahren betreffend die Verlängerung der Massnahme zu befinden, worauf der Beschwerdeführer nicht näher eingeht.
2.
Sicherheitshaft ist unter anderem zulässig, wenn ein dringender Tatverdacht in Bezug auf ein Verbrechen oder Vergehen sowie Flucht-, Kollusions- oder Wiederholungsgefahr besteht (<ref-law>).
2.1. Wird die Sicherheitshaft im Verfahren betreffend Verlängerung der therapeutischen Massnahme angeordnet, entfällt die Prüfung des dringenden Tatverdachts, da eine rechtskräftige Verurteilung bereits vorliegt. Hingegen bedarf es für die Anordnung und die Weiterführung von Sicherheitshaft einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass das Verfahren zu einer Massnahme führt, welche die Sicherstellung des Betroffenen erfordert (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 337).
2.2. Der besondere Haftgrund der Wiederholungsgefahr ist gegeben, wenn ernsthaft zu befürchten ist, dass die beschuldigte Person durch Verbrechen oder schwere Vergehen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2 S. 85 f.) die Sicherheit anderer erheblich gefährdet, nachdem sie bereits früher gleichartige Straftaten verübt hat (<ref-law>). Nach der Praxis des Bundesgerichts kann die Anordnung bzw. Fortsetzung von strafprozessualer Haft wegen Wiederholungsgefahr dem Verfahrensziel der Beschleunigung dienen, indem verhindert wird, dass sich der Strafprozess durch immer neue Delikte kompliziert und in die Länge zieht. Auch die Wahrung des Interesses an der Verhütung weiterer schwerwiegender Delikte ist nicht verfassungs- und grundrechtswidrig. Vielmehr anerkennt Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK ausdrücklich die Notwendigkeit, Beschuldigte an der Begehung strafbarer Handlungen zu hindern, somit Spezialprävention, als Haftgrund (<ref-ruling> E. 3.2 S. 85 mit Hinweis; Urteil 1B_270/2016 vom 4. August 2016 E. 2.2).
Die Verübung der in <ref-law> genannten Delikte muss ernsthaft zu befürchten sein. Erforderlich ist eine sehr ungünstige Rückfallprognose (BGE 137IV 84 E. 3.2 S. 86).
Zu prüfen ist, ob ein besonderer Haftgrund besteht und ob die Verlängerung der stationären Massnahme als wahrscheinlich erscheint.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wurde in den Jahren 2010 bis 2012 mehrere Male verurteilt. Seine Vortaten umfassen im Wesentlichen neben Hausfriedensbruch und Sachbeschädigung auch einfache Körperverletzungen (mit gefährlichem Gegenstand) sowie Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte. Der Beschwerdeführer schlug unter anderem einem Wirt einen rund 1.3 kg schweren Aschenbecher auf den Kopf. Das Opfer musste die Wunde nähen lassen, wurde während 24 Stunden im Spital überwacht und war während vier Tagen arbeitsunfähig. Das Vortatenerfordernis ist erfüllt (vgl. Urteil 1B_372/2015 vom 11. November 2015 E. 2.2).
3.2.
3.2.1. Zu prüfen ist, ob eine Rückfallgefahr besteht. Massgebend ist, ob vom Beschwerdeführer weitere (qualifizierte) Körperverletzungsdelikte oder gleichartige Straftaten drohen.
Nach dem Gutachten des Instituts für Forensische Psychiatrie und Psychotherapie (IFPP) vom 21. Mai 2010 trete die mangelnde Impulskontrolle insbesondere bei Kritik durch andere Personen zutage. Wiederholt seien unbeteiligte Personen Opfer der Gewalthandlungen geworden. Für ähnlich gelagerte Delikte wie die zum Begutachtungszeitpunkt zu beurteilenden Taten bestehe eine hohe Rückfallgefahr. Im Gutachten vom 13. Dezember 2010 hielt das IFPP fest, ohne eine therapeutische Massnahme werde es zu weiteren Delikten der angeklagten Art kommen. Im forensisch-psychiatrischen Gutachten der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich vom 24. September 2013 wird eine deutlich erhöhte, impulsive und zuweilen ausufernde Gewaltbereitschaft beschrieben. Es bestehe ein hohes Risiko für zukünftige Delikte, dies sowohl für Sachbeschädigungen als auch für Gewaltdelikte verschiedener Art.
Die Gutachten gehen insgesamt von einer sehr ungünstigen Rückfallprognose aus. Sie stellen eine sehr hohe Rückfallgefahr auch für Gewaltdelikte fest. Verschiedene Berichte über den Vollzugs- und Therapieverlauf zeichnen ein ähnliches Bild einer unberechenbaren und gefährlichen Person, indem zahlreiche Regelverstösse und Gewaltdelikte dokumentiert werden und Drohungen sowie verbale und tätliche Aggressionen zum alltäglichen Bild gehören. Der Beschwerdeführer verübte im Vollzug nicht nur zahlreiche Sachbeschädigungen, sondern griff beispielsweise am 27. Juli 2012 einen Mitarbeiter der Therapieabteilung an und versetzte ihm einen massiven Schlag an den Kopf, wurde am 16. Juli 2013 gegenüber der mit der Begutachtung betrauten Fachperson derart ausfällig, dass das Explorationsgespräch abgebrochen werden musste, versetzte gleichentags einem Sicherheitsbeamten einen Schlag in den Bauch und drohte dem Personal Gewalt an, drohte am 6. Januar 2014 einer Anstaltsmitarbeiterin, drohte am 25. Juni 2015 einer Zahnärztin während einer Behandlung und schlug am 1. Juli 2015 mit der Rückhand dem Sicherheitschef mit voller Wucht in das Gesicht. Gemäss dem im Rahmen des Behandlungsauftrags von Dr. med. A._ erstellten Bericht vom 27. Januar 2016 wird der Beschwerdeführer als unberechenbar und gefährlich bezeichnet. Seine impulsiven Durchbrüche seien kaum durchschaubar. Nach einer Entlassung sei mit einer raschen Delinquenz in Bezug auf Gewaltdelikte zu rechnen.
3.2.2. In diesem Zusammenhang erhebt der Beschwerdeführer verschiedene Rügen (Beschwerde S. 9 ff. und 18 ff.).
Er beanstandet eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie (erneut) seines Anspruchs auf ein unparteiisches und unabhängiges Gericht, da die Vorinstanz nur verweise, sich nicht mit der Sache auseinandersetze und die "durchgehend geltend gemachten Willkürbeschwerden" nicht überprüft habe. Soweit der Beschwerdeführer nicht näher darlegt, mit welchen wesentlichen tatsächlichen Behauptungen respektive rechtlichen Einwänden er nicht gehört wurde, ist auf die Rüge der Gehörsverletzung nicht einzutreten. Im Übrigen ist sie unbegründet. Die Vorinstanz musste sich bei der Prüfung der Rückfallprognose nicht im Detail etwa mit dem Beweiswert des Berichts von Dr. med. A._ vom 27. Januar 2016 auseinandersetzen (vgl. betreffend die Anforderungen an die Entscheidmotivation <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; <ref-ruling> E. 2.2 S. 183; je mit Hinweisen). Die Würdigung der Gutachten und der verschiedenen Berichte ist in erster Linie Aufgabe des Sachgerichts (vgl. Urteil 1B_423/2011 vom 14. September 2011 E. 5.2). Der Beschwerdeführer verkennt, dass das Zwangsmassnahmengericht aufgrund des Beschleunigungsgebots in Haftsachen weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen noch dem erkennenden Sachgericht vorzugreifen hat (<ref-ruling> E. 3.2 S. 126 f. mit Hinweisen; vgl. <ref-law>). Die abschliessende Würdigung wird deshalb im Verfahren betreffend Verlängerung der stationären Massnahme vorzunehmen sein.
Stellt die Vorinstanz auf die gutachterlichen Schlussfolgerungen ab, ist dies zumindest im Rahmen des Haftprüfungsverfahrens nicht zu beanstanden. Die Ausführungen des Beschwerdeführers vermögen die gutachterliche Einschätzung nicht zu erschüttern. Sie gehen teilweise nicht über eine blosse appellatorische Kritik hinaus. Dies trifft beispielsweise auf die Beanstandung zu, das Gutachten aus dem Jahre 2013 sei deshalb nicht mehr aktuell, da es mehrere Jahre zurückliege, er mittlerweile Medikamente einnehme und ein Gutachten ohnehin nur eine Momentaufnahme darstelle. Im Übrigen vermag der Beschwerdeführer keine Zweifel an den gutachterlichen Einschätzungen zu wecken.
Es trifft zudem nicht zu, dass es die Vorinstanz bei einem blossen Verweis auf das erstinstanzliche Urteil belässt. Dass aus einer unrichtigen Wiedergabe eines Urteilsdatums nicht auf ein parteiisches und abhängiges Gericht geschlossen werden kann, steht im Übrigen entgegen der Meinung des Beschwerdeführers ausser Frage. Unbehelflich ist zudem die Rüge, derselbe Redaktionsfehler sei willkürlich im Sinne von <ref-law>. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Letzteres trifft hier nicht zu.
Schliesslich kann offenbleiben, ob vom Beschwerdeführer verfasste und im vorinstanzlichen Entscheid nicht erwähnte Briefe, wie von ihm unter Hinweis auf <ref-law> gerügt, nicht zu den Strafakten genommen wurden. Auf entsprechende Dokumente stellt die Vorinstanz nicht ab (vgl. zur Dokumentations- und Aktenführungspflicht <ref-ruling> E. 4.3 S. 66 f. mit Hinweis; Urteil 1B_171/2013 vom 11. Juni 2013 E. 2.5). Zudem müssen dem Haftgericht nur die wesentlichen Akten zur Verfügung stehen (<ref-law>). Es brauchen nicht sämtliche Akten offengelegt zu werden (NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, N. 947).
3.2.3. Gegen die sehr ungünstige Rückfallprognose wendet der Beschwerdeführer zusammenfassend nichts Substanzielles ein. Indem die Vorinstanz eine sehr ungünstige Rückfallprognose bejaht, verletzt sie kein Bundesrecht. Eine einfache Körperverletzung im Sinne von <ref-law> kann ein schweres Vergehen darstellen (Urteil 1B_372/2015 vom 11. November 2015 E. 2.2). Bei Gewaltdelikten stehen Leib und Leben auf dem Spiel. Das Gericht darf an die Annahme von Wiederholungsgefahr keinen allzu strengen Massstab anlegen. Andernfalls setzte es mögliche Opfer einer nicht verantwortbaren Gefahr aus (Urteil 6B_850/2015 vom 8. Oktober 2015 E. 4.3 mit Hinweisen). Die Wiederholungsgefahr im Sinne von <ref-law> ist erstellt.
3.3. Es ist, was durch die Vorinstanzen nicht näher beleuchtet wurde, zu prüfen, ob eine Verlängerung der stationären Massnahme als wahrscheinlich erscheint. Die im Mai und Dezember 2010 erstellten forensisch-psychiatrischen Gutachten diagnostizierten beim Beschwerdeführer eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoiden und emotional-instabilen Anteilen sowie einen schädlichen Konsum von Alkohol und Cannabis. Das Gutachten vom 24. September 2013 diagnostizierte eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit emotional-instabilen, dissozialen, paranoiden und narzisstischen Anteilen sowie eine schizotype Störung. Es hielt fest, die neu diagnostizierte schizotype Störung vermöge den bisher unbefriedigenden Therapieverlauf zu erklären. Mit der neuen Diagnose wurde die Klinik Rheinau zu einer geeigneten Einrichtung zur Behandlung des Beschwerdeführers, da diese Klinik auf Krankheiten aus dem schizophrenen Formenkreis spezialisiert ist. Nachdem sich die Klinik bereits im Mai 2014 zur Aufnahme des Beschwerdeführers bereit erklärt hatte, verzögerte sich der Übertritt aus Gründen der Kapazität. Per 19. Mai 2016 wurde der Beschwerdeführer in die Klinik Rheinau eingewiesen. Das Bundesgericht hielt im Urteil vom 29. Dezember 2015 fest, unter Berücksichtigung des Umstands, dass der Beschwerdeführer bisher noch gar nicht in einem seinem psychischen Störungsbild adäquaten Setting behandelt worden sei und in Anbetracht der Ausführungen im Gutachten vom 24. September 2013 könne nicht gesagt werden, eine Behandlung sei aussichtslos. Die kategorisch ablehnende Haltung des Beschwerdeführers gegen eine Therapie könne teilweise damit erklärt werden, dass dieser noch nie adäquat behandelt worden sei (Urteil 6B_1147/2015 E. 5.2). Damit ist im Sinne einer vorläufigen Einschätzung davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer behandelbar und auch massnahmefähig ist. Es scheint, ohne dem Sachurteil vorzugreifen, wahrscheinlich, dass die Massnahme verlängert werden könnte. Die Sicherheitshaft erweist sich deshalb als gerechtfertigt. Ob die Voraussetzungen für eine Verlängerung der Massnahme erfüllt sind, wird durch das erkennende Sachgericht abschliessend zu beurteilen sein.
3.4. Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit ist gewahrt. Aufgrund der hohen Rückfallgefahr betreffend Gewaltdelikte und der Wahrscheinlichkeit der Verlängerung einer stationären Massnahme erweist sich die Dauer der Sicherheitshaft von aktuell rund einem Monat nicht als unverhältnismässig. Daran ändert entgegen dem Dafürhalten des Beschwerdeführers nichts, dass das zuständige Amt den Antrag betreffend Verlängerung der Massnahme (welcher unmittelbar nach dem Eintritt des Beschwerdeführers in die Klinik Rheinau erfolgte) früher hätte stellen können respektive das vorliegende Verfahren überhaupt nötig wurde. Der Beschwerdeführer rügt einen Verstoss gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit und eine Verletzung des Beschleunigungsgebots ohne Grund (vgl. zum Beschleunigungsgebot in Haftsachen <ref-law>, Art. 5 Ziff. 3 EMRK, <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 275 mit Hinweisen). Sachgerichtliche Verfahren werden regelmässig erst eher gegen Ende der maximal möglichen Dauer der stationären Massnahme eingeleitet, was insofern gerechtfertigt ist, als eine möglichst aussagekräftige Beurteilungsgrundlage sichergestellt werden soll (<ref-ruling> E. 3.2 S. 54).
4.
4.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe ihm ohne Angabe von Gründen die unentgeltliche Rechtspflege verweigert und dadurch Art. 29 Abs. 1-3 BV sowie <ref-law> verletzt. Gelte die amtliche Einsetzung auch für das kantonale Beschwerdeverfahren, müssten die Kosten für das Verfahren sowie für die amtliche Vertretung vorab durch den Kanton übernommen werden, was aber nicht angeordnet worden sei (Beschwerde S. 22 ff.).
4.2. Der Gerichtspräsident des Regionalgerichts Berner Jura-Seeland setzte Rechtsanwalt Julian Burkhalter am 13. Juli 2016 rückwirkend per 30. Mai 2016 als amtlicher Verteidiger des Beschwerdeführers ein. Darauf verweisen das Regionale Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland wie auch die Vorinstanz. Diese hält fest, das amtliche Mandat gelte auch für das kantonale Beschwerdeverfahren (vgl. dazu VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 1 ff. zu <ref-law>; Leitfaden für amtliche Mandate der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich, Büro für amtliche Mandate, Ziff. 3.1.). Mithin wurde die per 30. Mai 2016 angeordnete amtliche Verteidigung vor Vorinstanz nicht aufgehoben. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, inwiefern er durch den vorinstanzlichen Entscheid, soweit er die amtliche Verteidigung betrifft, beschwert sein sollte. Auf seine Rügen ist insoweit nicht einzutreten.
Der Beschwerdeführer ersuchte vor Vorinstanz um unentgeltliche Rechtspflege im Sinne von <ref-law>. Diese bezieht sich auf die Einforderung von Kostenvorschüssen und die Überbindung von Verfahrenskosten (vgl. Gerold Steinmann, in: Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 3. Aufl. 2014, N. 62 ff. zu <ref-law>). Darauf geht die Vorinstanz nichtein, weshalb sie das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet und es erübrigt sich, auf die weiteren Rügen näher einzugehen.
5.
5.1. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 1'300.-- auferlegt. Dieser macht geltend, der Betrag sei zu hoch, werde nicht ausreichend begründet und hätte auf die Staatskasse genommen werden müssen (Beschwerde S. 24 f.).
5.2. Die Vorinstanz wird die Voraussetzungen der Kostenbefreiung gestützt auf <ref-law> prüfen müssen. Es erübrigen sich deshalb grundsätzlich Ausführungen zu den kantonalen Kostenfolgen. Für den Fall, dass die Vorinstanz den entsprechenden Anspruch verneinen sollte, gilt es Folgendes festzuhalten. Die Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 1'300.-- liegen in der unteren Hälfte des gesetzlichen Rahmens (vgl. Art. 28 in Verbindung mit Art. 4 des Dekrets betreffend die Verfahrenskosten und die Verwaltungsgebühren der Gerichtsbehörden und der Staatsanwaltschaft [Verfahrenskostendekret, VKD; BSG 161.12]). Ihre Festsetzung braucht keiner besonderen Begründung. Da der Beschwerdeführer im kantonalen Beschwerdeverfahren unterlag, ist die Kostenauflage gestützt auf <ref-law> (unter der oben genannten Prämisse) nicht zu beanstanden.
6.
Der Beschwerdeführer obsiegt teilweise, soweit er geltend macht, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege im Sinne von <ref-law> nicht geprüft (E. 4). Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens grundsätzlich kostenpflichtig. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege. Soweit er obsiegt, ist das Gesuch gegenstandslos geworden. Im Übrigen ist das Gesuch abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (<ref-law> e contrario). Dem Beschwerdeführer sind unter Berücksichtigung seiner angespannten finanziellen Verhältnisse Gerichtskosten im Umfang von Fr. 600.-- aufzuerlegen (<ref-law>). Dem Kanton Bern sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (<ref-law>).
Der Kanton Bern hat als teilweise unterliegende Partei dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Julian Burkhalter, eine Entschädigung von Fr. 600.-- zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern vom 8. Juli 2016 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 600.-- dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Der Kanton Bern hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Julian Burkhalter, eine Entschädigung von Fr. 600.-- zu bezahlen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga