Sachverhalt:
A.
Die Miteigentümergemeinschaft A._ verwaltet das in ihrem Eigentum stehende Geschäftshaus an der B._-Gasse in U._. Sie liess im Jahr 2010 die Westfassade dieser Liegenschaft für Fr. 278'053.-- umgestalten. Per 1. Juli 2011 trug sie sich im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) ein. Am 30. August 2013 reichte die Miteigentümergemeinschaft A._ der ESTV die Abrechnung des 2. Quartals 2013 ein und machte für bereinigte Aufwendungen in Höhe von Fr. 232'968.85 (Fr. 278'053.-- abzüglich "nicht zu Besteuerndes" von Fr. 3'972.30 und Abschreibungen von Fr. 41'112.15 [15%]) eine Einlageentsteuerung von Fr. 16'455.05 geltend. Mit Ergänzungsabrechnung 036250 vom 25. März 2014 belastete die ESTV der Miteigentümergemeinschaft A._ Fr. 16'240.65 zurück mit der Begründung, dass die Kriterien für wertvermehrende Aufwendungen gemäss MWST-Info 10 Nutzungsänderung vom Januar 2010 (nachfolgend: MI 10) Ziff. 3.1.2 grösstenteils nicht erfüllt seien. Der Mehrwert liege lediglich in der grösseren Mietfläche, weshalb im Verhältnis der Mehrfläche zur Gesamtverkaufsfläche eine Einlageentsteuerung von 1.303% als gerechtfertigt betrachtet werde. Die Miteigentümergemeinschaft A._ war mit dem Standpunkt der ESTV nicht einverstanden und verlangte am 7. April 2014 eine einsprachefähige Verfügung. In der Folge korrigierte die ESTV mit Schreiben vom 2. Juni 2014 ihre Ergänzungsabrechnung 036250 vom 25. März 2014 zu Gunsten der Miteigentümergemeinschaft A._ um Fr. 17.95, da mit einer Zusatzfläche von 6 m 2 anstelle von 6.5 m 2 (Mehrfläche von 1.412%) gerechnet worden sei.
B.
Die Miteigentümergemeinschaft A._ hielt an ihrem Standpunkt fest und verlangte weiterhin eine einsprachefähige Verfügung, worauf die ESTV eine Mehrwertsteuerkontrolle betreffend die Steuerperioden 2011-2013 durchführte. Auf dieser Grundlage korrigierte die ESTV mit Verfügung vom 23. Juni 2015 die geschuldete Mehrwertsteuer für diese Perioden. Sie setzte die Steuerforderung für die Steuerperiode 3. bis 4. Quartal 2011 auf Fr. 36'356.--, für die Steuerperiode 2012 auf Fr. 92'755.-- und für die Steuerperiode 2013 auf Fr. 90'527.-- fest. Ausserdem bestätigte die ESTV die Rückforderung der Einlageentsteuerung im Umfang von Fr. 16'195.--. Die wegen der Reduktion der Abschreibungsdauer zu viel bezahlte Mehrwertsteuer in der Höhe von Fr. 28.-- hatte die ESTV bereits mit Gutschrift vom 6. November 2014 zurückerstattet. Die ESTV begründete ihren Entscheid damit, dass sie die Umgestaltung der Westfassade grundsätzlich als werterhaltende Ersatzinvestition erachte, wofür die Einlageentsteuerung nicht geltend gemacht werden könne, zumal die Ausnahmebestimmungen für Grossrenovationen angesichts des hohen Gebäudeversicherungswertes von Fr. 16'200'000.-- nicht griffen. Es sei (lediglich) eine alte Fassade durch eine neue ersetzt worden. Der Sachverhalt entspreche auch nicht dem in der Ziff. 3.1.3.2 MI 10 aufgeführten Beispiel. Lediglich die dazugewonnene Mietfläche von 6.5 m 2 sei angemessen zu berücksichtigen und betrage Fr. 260.--, weiche also um Fr. 12'195 [recte: Fr. 16'195.--] von der geltend gemachten Einlageentsteuerung in der Höhe von Fr. 16'455.-- ab; somit seien insgesamt Fr. 16'195.-- nachzubelasten.
C.
Gegen diese Verfügung reichte die Miteigentümergemeinschaft A._ am 10. August 2015 eine als "Einsprache bzw. Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichnete Eingabe bei der ESTV ein und beantragte, diese sei durch die ESTV als Sprungbeschwerde gemäss <ref-law> (SR 641.20) an das Bundesverwaltungsgericht weiterzuleiten. Das Bundesverwaltungsgericht hiess mit Urteil vom 9. Mai 2016 die Beschwerde gut, soweit es darauf eintrat, und hob die Verfügung der ESTV vom 23. Juni 2015 auf. Es wies die ESTV an, der Miteigentümergemeinschaft A._ eine Einlageentsteuerung im Betrag von Fr. 18'390.95 unter Abzug des bereits Ausbezahlten zu gewähren (inkl. gesetzlich geschuldeter Vergütungszins).
D.
Mit Eingabe vom 10. Juni 2016 erhebt die ESTV Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sowie die Verfügung der ESTV vom 23. Juni 2015 seien aufzuheben. Die Steuerforderungen der ESTV für die von ihr kontrollierten Steuerperioden seien auf Fr. 36'356.-- für die Steuerperiode 3. bis 4. Quartal 2011, Fr. 92'755.-- für die Steuerperiode 2012 und Fr. 90'787.-- für die Steuerperiode 2013 festzusetzen.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Miteigentümergemeinschaft A._ beantragt, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim streitbetroffenen Urteil handelt es sich um einen verfahrensabschliessenden Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Er kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Art. 82 lit. a, Art. 83, 86 Abs. 1 lit. a, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist dazu legitimiert (<ref-law> i.V.m. <ref-law> (SR 641.201). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde jedoch insofern, als auch die Aufhebung der Verfügung der ESTV vom 23. Juni 2015 beantragt wird. Diese ist durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ersetzt worden (sog. Devolutiveffekt); sie gilt jedoch immerhin als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.2. Die Beschwerdeführerin beantragt ausserdem die Festsetzung ihrer Steuerforderungen für die Steuerperioden, die sie am 23. Juni 2015 verfügt hat und verlangt dabei Fr. 260.-- mehr (Fr. 90'787.-- statt Fr. 90'527.--) für die Steuerperiode 2013. Sie begründet dies mit dem Verzicht auf die prozentuale Anrechnung des ihrer Ansicht nach wertvermehrenden Anteils am Umbau von 1.412% des Gesamtwertes.
1.2.1. Das Bundesgericht urteilt im Beschwerdeverfahren grundsätzlich nur über Angelegenheiten, welche von einer Vorinstanz bereits beurteilt worden sind. Neue Begehren sind unzulässig. Die Neuheit eines Begehrens bezieht sich auf den vorinstanzlich beurteilten Streitgegenstand, der sich durch die vorinstanzlich gestellten Begehren und das Dispositiv des angefochtenen Entscheids bestimmt (HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2. Aufl. 2015, N. 22 f. zu <ref-law>).
1.2.2. Der Streitgegenstand umfasst das durch die Verfügung geregelte Rechtsverhältnis, soweit dieses angefochten ist, nicht aber die rechtliche Begründung dafür. Bezogen auf die verfügte Geldleistung bedeutet dies, dass Streitgegenstand der vom Rechtsunterworfenen geschuldete oder von der öffentlichen Hand zu erbringende Geldbetrag ist, nicht hingegen die einzelnen Teilaspekte, welche zur Bestimmung des Geldbetrags herangezogen werden. Aus diesem Grund ist es den Parteien unbenommen, ihre rechtliche Argumentation im Laufe des Rechtsmittelverfahrens anzupassen, ohne dass darin eine unzulässige Veränderung des Streitgegenstandes oder gar ein unzulässiges Novum (vor Bundesgericht <ref-law>) läge (<ref-ruling> E. 4.5 S. 277 mit weiteren Hinweisen). Wenn die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht ihre Steuerforderung gestützt auf eine neue rechtliche Begründung verlangt, so liegt darin grundsätzlich keine Veränderung des Streitgegenstands und kein unzulässiges neues Begehren.
1.2.3. Allerdings können die vorinstanzlich gestellten Begehren vor Bundesgericht nur noch eingeschränkt (minus), aber nicht ausgeweitet (plus) oder geändert (aliud) werden (<ref-ruling> E. 3.4.2). Die Beschwerdeführerin hatte vor der Vorinstanz beantragt, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen, d.h. ihr Entscheid vom 23. Juni 2015, in welchem sie die Steuerforderung für die Steuerperiode 2013 auf Fr. 90'527.-- festgelegt hatte, sei zu bestätigen. Eine höhere Steuerforderung hat sie hingegen nicht geltend gemacht. Daraufhin hat die Vorinstanz nur über die Einlageentsteuerung entschieden.
1.2.4. Da die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht mehr beantragen kann als sie vor der Vorinstanz geltend gemacht hat, darf die Steuerforderung für die Steuerperiode 2013 nicht höher ausfallen als die mit dem Einspracheentscheid festgesetzten Fr. 90'527.--. Im Umfang von Fr. 260.-- liegt somit ein Begehren auf Zusprechung einer höheren als der vorinstanzlich streitigen Steuerforderung vor, welches als neu und gemäss <ref-law> unzulässig zu qualifizieren ist. Auf die Beschwerde ist daher in diesem Punkt nicht einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Trotz Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), an sich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
2.
Der Streit betrifft die Jahre 2011-2013. Er beurteilt sich nach dem neuen, am 1. Januar 2010 in Kraft getretenen Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 (vgl. <ref-law>).
2.1. Gestützt auf <ref-law> und <ref-law> erhebt der Bund eine allgemeine Verbrauchssteuer nach dem System der Netto-Allphasensteuer mit Vorsteuerabzug (Mehrwertsteuer). Damit wird die Besteuerung des nichtunternehmerischen Endverbrauchs im Inland bezweckt (<ref-law>).
2.2. Der objektiven Mehrwertsteuerpflicht (Art. 1 Abs. 2 lit. a, Art. 10 ff. MWSTG) unterliegen die im Inland durch den Unternehmensträger gegen Entgelt erbrachten Leistungen; sie sind steuerbar, soweit das Gesetz keine Ausnahme vorsieht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 186). Wer der subjektiven Mehrwertsteuerpflicht unterliegt (<ref-law>), kann im Rahmen seiner unternehmerischen Tätigkeit die in Art. 28 Abs. 1 lit. a-c MWSTG genannten und wirtschaftlich tatsächlich getragenen (<ref-law>) Vorsteuern abziehen. Die rechtliche Möglichkeit der steuerpflichtigen Person, den Vorsteuerabzug vorzunehmen, besteht freilich nicht uneingeschränkt. Der Anspruch entfällt insgesamt, soweit die vorsteuerbelastet bezogene Leistung für Leistungen verwendet wird, die von der Steuer ausgenommen sind und für deren Versteuerung nicht optiert wurde (Art. 29 Abs. 1 i. V. m. <ref-law>). Sodann ist der Vorsteuerabzug bei gemischter Verwendung (<ref-law>) und Eigenverbrauch (<ref-law>) verhältnismässig zu korrigieren. Als "gemischt verwendet" in diesem Sinne gilt eine vorsteuerbelastet bezogene Leistung, wenn sie entweder ausschliesslich ausserhalb der unternehmerischen Tätigkeit verwendet wird oder zwar innerhalb derselben, aber teils für steuerbare (<ref-law>), teils für steuerausgenommene Leistungen (<ref-law>). Schliesslich ist der Vorsteuerabzug verhältnismässig zu kürzen, soweit die steuerpflichtige Person gewisse Nichtentgelte - nämlich jene nach Art. 18 Abs. 2 lit. a-c MWSTG - erzielt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3.3 S. 494).
2.3. Treten die Voraussetzungen des Vorsteuerabzugs erst nachträglich ein, fehlen sie im Zeitpunkt des Leistungsbezugs also noch, so kann der Vorsteuerabzug in der Abrechnungsperiode vorgenommen werden, in der die Voraussetzungen hierfür gegeben sind. Im Rahmen dieser Einlageentsteuerung kann die früher nicht in Abzug gebrachte Vorsteuer, einschliesslich ihrer als Eigenverbrauch korrigierten Anteile, abgezogen werden (<ref-law>). Ein Abzug ist möglich, soweit die Vorsteuer zu diesem späteren Zeitpunkt noch nicht verjährt ist (vgl. Botschaft vom 25. Juni 2008 zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer, BBl 2008 6885 ff., 6978 zu Art. 33 E-MWSTG). Anlass für eine Einlageentsteuerung gibt zumeist eine teilweise oder vollständige positive Nutzungsänderung (Übergang vom steuerausgenommenen in den steuerbaren Bereich). Die Einlageentsteuerung stellt auf diese Weise das spiegelbildliche Gegenstück zum Eigenverbrauch dar (PHILIPP ROBINSON, in: Komm. MWSTG, a.a.O., N. 1 und 3 zu <ref-law>). Wurde ein Gegenstand oder eine Dienstleistung in der Zeit zwischen dem Empfang der Leistung bzw. der Einfuhr und dem Eintritt der Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug in Gebrauch genommen, so beschränkt sich die abziehbare Vorsteuer (bzw. hier: die Einlageentsteuerung) auf den Zeitwert des Gegenstandes oder der Dienstleistung (ROBINSON, in: Komm. MWSTG, a.a.O., N. 25 zu <ref-law>). Zur Ermittlung des Zeitwertes wird der Vorsteuerbetrag linear für jedes abgelaufene Jahr bei beweglichen Gegenständen und bei Dienstleistungen um einen Fünftel, bei unbeweglichen Gegenständen um einen Zwanzigstel reduziert. Die buchmässige Behandlung ist nicht von Bedeutung (<ref-law>; vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.3.6 f. S. 496).
2.4. Nicht zu berücksichtigen beim Vorsteuerabzug sind die werterhaltenden Aufwendungen. Werterhaltende Aufwendungen sind solche, die lediglich dazu dienen den Wert eines Gegenstands sowie seine Funktionsfähigkeit zu erhalten, namentlich Service-, Unterhalts-, Betriebs-, Reparatur- und Instandstellungskosten (<ref-law>). Gemäss Ziff. 3.1.2 MI 10 sind in der Regel, die nach den allgemeinen Grundsätzen der Buchführung aktivierbaren Anlagekosten für das Gebäude, nicht aber der Boden, steuerlich relevant. Es ist dabei nicht von Bedeutung, ob auch tatsächlich eine Aktivierung erfolgt oder die Aufwendungen (ganz oder teilweise) der Erfolgsrechnung belastet werden. Demnach ist bei den unbeweglichen Gegenständen u.a. eine Vorsteuerkorrektur vorgesehen bei den wertvermehrenden Aufwendungen zusammen mit Energiespar-, Umweltschutz- sowie denkmalpflegerischen Massnahmen. Als wertvermehrend gelten Aufwendungen mit Anlagenkostencharakter, die zu einer baulichen Verbesserung führen und den Anlagewert erhöhen. Sie dürfen nicht nur der Erhaltung der Liegenschaft und deren Nutzungsmöglichkeiten dienen. Als Beispiele werden u.a. genannt: Ersteinbau einer Klimaanlage, Erstinstallation einer Überwachungsanlage, Estrichausbau (Abstellraum zu Büroräumlichkeiten), Ersteinbau von Storen oder der Einbau zusätzlicher Heizkörper (Ziff. 3.1.2 lit. b MI 10). Als werterhaltend und steuerlich nicht relevant gelten hingegen Aufwendungen, die nicht zu einer baulichen Verbesserung führen und den Anlagewert auf Dauer nicht erhöhen. Solche Aufwendungen bezwecken nur die Erhaltung des bisherigen baulichen und nutzungsmässigen Zustandes. Als Beispiele nennt Ziff. 3.1.2 lit. d MI 10 Dachrenovationen, Fassadenrenovation (Malerarbeiten), Ersatz der Bodenbeläge, Ersatz sanitärer Installationen (ohne Komfortverbesserung), Belagsarbeiten (nur Reparaturen und gleichwertiger Ersatz), Reparaturarbeiten an bestehenden Einrichtungen. Vorbehalten bleiben jedoch Grossrenovationen von Liegenschaften (<ref-law>). Eine solche liegt vor, wenn die Renovationskosten einer Bauphase insgesamt fünf Prozent des Gebäudeversicherungswertes vor der Renovation übersteigen. In dem Fall kann der Vorsteuerabzug um die gesamten Kosten korrigiert werden, unabhängig davon, ob es sich um Kosten für wertvermehrende oder für werterhaltende Aufwendungen handelt.
3.
Die Vorinstanz führte aus, dass die Voraussetzungen für die Geltendmachung eines Vorsteuerabzugs bestünden. Die Beschwerdegegnerin sei subjektiv steuerpflichtig und die Neugestaltung der Westfassade im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeiten geschehen, womit die Anforderungen von <ref-law> grundsätzlich erfüllt seien. Durch die neue Nutzung sei das Recht auf einen Vorsteuerabzug entstanden. Da die Liegenschaft bereits in Gebrauch genommen, aber noch nicht entsteuert sei, sei die Korrektur des Vorsteuerabzugs nur auf jenen Wertanteil vorzunehmen, der für die neue, zum Vorsteuerabzug berechtigende Nutzung verbleibe. Die jährliche Abschreibung betrage 5%. Vorliegend seien die Ausgaben im Jahr 2010 erfolgt und der Zeitpunkt für den Vorsteuerabzug im Jahr 2011 gelegen, wodurch sich eine Abschreibung von 5% ergebe. Es sei unbestritten, dass das "Total der massgebenden Vorsteuern" bzw. die maximale Einlageentsteuerung Fr. 18'390.95 betrage - unter der Annahme, es handle sich vollumfänglich um wertvermehrende Aufwendungen. Ebenfalls unbestritten sei, dass die Kosten für die Umgestaltung der Westfassade in Höhe von Fr. 278'053.-- 5% des Gebäudeversicherungswertes der Liegenschaft die notwendige Voraussetzung für eine Grossrenovation nicht erreiche.
3.1. Umstritten sei hingegen, in welchem Umfang die Vorsteuerabzugskorrektur durch die vorliegende Nutzungsänderung gemäss <ref-law> geltend gemacht werden könne. Zu berechnen sei der Zeitwert auf der Grundlage des Anschaffungspreises und den gemäss <ref-law> wertvermehrenden Aufwendungen.
3.1.1. Die Vorinstanz führte aus, dass der Umbau nicht als denkmalpflegerische Massnahme gelten könne. Gemäss <ref-law> seien denkmalpflegerische Massnahmen abziehbar, die der Steuerpflichtige aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen mit den Behörden oder auf deren Anordnung vorgenommen hat, soweit diese Arbeiten nicht subventioniert sind. Zudem seien vom Begriff ausschliesslich Restaurations- bzw. Instandstellungsarbeiten erfasst (Urteil 2C_453/2009 vom 3. Februar 2010 E. 3.4). Die Schaufensterfront sei hingegen neu gestaltet worden und zwar nicht aufgrund gesetzlicher Vorschriften, im Einvernehmen oder auf Anordnung der Behörde. Sie erfülle deshalb die Anforderungen an eine denkmalpflegerische Massnahme nicht. Selbst wenn die Erneuerung der Fassade als denkmalpflegerische Massnahme gelten würde, müsste sie zudem wertvermehrenden Charakter aufweisen, was im Folgenden noch zu prüfen bleibt.
3.1.2. Die Vorinstanz erörterte, dass sich der Marktwert der Liegenschaft in den letzten Jahren zwar tatsächlich gesteigert habe. Es sei aber nicht erstellt, dass die Erhöhung durch den Umbau bzw. die zusätzlichen Mieteinnahmen von Fr. 3'900.-- durch die gewonnene Fläche erfolgten. Letztlich beruhe die ganze Betrachtungsweise auf einer Veränderung des Marktwerts im Umfeld der generellen Preisentwicklung von Liegenschaften, welcher seinerseits aber nicht dem Anlagewert der Liegenschaft entspreche. Erst wenn sich der Anlagewert der Liegenschaft erhöhe, könne von einer wertvermehrenden Aufwendung ausgegangen werden.
3.1.3. Hingegen gelte die Aktivierbarkeit im Rahmen der Rechnungslegung als starkes Indiz für eine wertvermehrende Wirkung. Vorliegend seien die Voraussetzungen zur Aktivierung der Anlagekosten erfüllt und liessen dementsprechend die getätigten Aufwendungen als wertvermehrend erscheinen. Im Weiteren sei bei der Verschiebung der Schaufensterfront auf die Vorderkante der Betonstützen 6.5 m 2 Mehrfläche entstanden und es sei nicht bloss eine alte Fassade durch eine neue ersetzt worden, sondern die komplette Wand, welche nicht zur Erneuerungssubstanz gehöre, um einige Meter versetzt worden. Es seien somit nicht lediglich Erneuerungen am Verputz, der Isolation, den Fenstern und dergleichen ausgeführt worden. Dementsprechend lägen keine blossen Service-, Unterhalts-, Betriebs-, Reparatur- oder Instandstellungskosten i.S.v. <ref-law> vor. Auch sei die Erhaltung des bisherigen baulichen und nutzungsmässigen Zustands der Liegenschaft im Vordergrund gestanden und die Wand sei nicht bereits mit der Anschaffung mehrwertsteuerlich als verbraucht zu betrachten.
3.1.4. Eine Aufwendung könne wiederum nur als Ganzes einer wertvermehrenden oder aber werterhaltenden Funktion zugewiesen werden. Dies insbesondere daher, weil eine detaillierte Aufteilung dieser Kosten die Anforderungen an den Steuerpflichtigen weiter verschärfen und dem Prinzip der Selbstveranlagung als spezialgesetzlich statuierte Mitwirkungspflicht der steuerpflichtigen Person sowie dem Grundsatz der Erhebungswirtschaftlichkeit zuwiderlaufen würde. Ziff. 3.2.1 MI 10 stufe in ihren Beispielen die Aufwendung jeweils auch als Ganzes entweder als wertvermehrend oder werterhaltend ein. Aus diesen Gründen seien die Kosten in Höhe von Fr. 278'053.-- als Ganzes den wertvermehrenden Aufwendungen zuzuweisen und der Beschwerdegegnerin eine Einlageentsteuerung von Fr. 18'390.95 unter Abzug des bereits Ausbezahlten zu gewähren.
3.2. Die Beschwerdeführerin stimmt den Ausführungen der Vorinstanz in weiten Teilen zu. So pflichtet sie ihr - im Gegensatz zu ihrer ursprünglichen Verfügung - auch bei, dass hinsichtlich Mischformen die Aufwendungen stets entweder vollumfänglich als werterhaltend oder vollumfänglich als wertvermehrend zu gelten hätten. Ebenfalls geht die Beschwerdeführerin davon aus, dass die Anlagekosten aktivierbar seien. Sie weist jedoch darauf hin, dass diese nur "in der Regel" steuerlich relevant seien (Ziff. 3.1.2 MI 10). Vorliegend überwiege der werterhaltende Charakter der Aufwendungen, weshalb die Kosten für den Umbau in ganzem Umfang als werterhaltend zu qualifzieren seien und eine Einlageentsteuerung i.S.v. <ref-law> ausser Betracht falle. Die Vorinstanz habe zwar den Sachverhalt richtig erstellt, in der entscheidenden Erwägung ihres Entscheides (E. 3.3.5 des angefochtenen Urteils) stütze sie sich jedoch nicht darauf ab. Hingegen führe sie aus, es sei die komplette Wand um einige Meter versetzt worden. Von dieser falschen Annahme ausgehend, habe sich die Vorinstanz nicht weiter damit befasst, ob werterhaltende oder wertvermehrende Elemente überwiegen würden, sondern habe fälschlicherweise das Vorliegen von werterhaltenden Elementen bei der Neugestaltung der Schaufensteranlage gänzlich ausgeschlossen.
3.3. Die Frage, ob Aufwendungen wertvermehrend sind oder nicht, bedarf grundsätzlich einer Würdigung im Einzelfall (ROBINSON, a.a.O., N. 22 zu <ref-law>). Entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin ist die Wendung "in der Regel" in Ziff. 3.2.1 MI 10 nicht so zu verstehen, dass alle nach den allgemeinen Grundsätzen der Buchführung aktivierbaren Anlagekosten für das Gebäude steuerlich relevant sind. Die Wendung "in der Regel" impliziert eine Bestimmung, die Ausnahmen ausdrücklich zulässt. Duden, Das Synonymwörterbuch, 6. Aufl. 2014, führt als Wörter mit gleicher oder ähnlicher Bedeutung u.a. "gewöhnlich", "meistens" und "üblicherweise" auf. Andernfalls wären auch die ausführlichen Beispiele, die der Formulierung in Ziff. 3.2.1 MI 10 folgen, nicht notwendig.
3.3.1. Die Vorinstanz hat verbindlich festgehalten, dass durch die Neugestaltung der Schaufensteranlage eine Zusatzfläche von 6.5 m 2 vermietet werden konnte. Bei einer Fassadenlänge von ca. 8 m lässt sich unschwer erkennen, dass die Wand zur Strasse hin zumindest nicht um mehrere Meter verschoben worden sein kann, sondern durchschnittlich um weniger als einen Meter. Diese Erkenntnis wird auch durch die in den Akten befindlichen Baupläne des Umbaus bestätigt. Alleine gestützt auf dieses Kriterium lässt sich ohnehin eine Aufwendung nicht als werterhaltend oder wertvermehrend qualifizieren. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend erwähnt, ist es nicht von entscheidender Bedeutung, um welche Distanz und in welche Richtung eine Wand verschoben wird. Ansonsten müsste es sich bei der Rückversetzung um eine werterhaltende bzw. gar wertvermindernde Massnahme handeln, weil dadurch vermietbare Fläche verloren gehen würde. Wie die Vorinstanz richtig bemerkt hat (vgl. E. 3.3.5 des angefochtenen Entscheids), kann aber auch nicht alleine auf den Vergleich der neu gewonnen Mietfläche mit der bereits bestehenden Fläche abgestellt werden. Dies würde bei einem identischen Umbau dazu führen, dass bei einer kleinen vorbestehenden Mietfläche eher eine wertvermehrende Massnahme angenommen würde als bei einer grossen.
3.3.2. Die Vorinstanz führte im angefochtenen Entscheid (E. 2.5.4) unter Verweis auf FRANCESCO CANONICA, Die Immobilienbewertung, 2009, S. 265aus, eine Wand als Ganzes (im Rohbau) gehöre nicht zur Erneuerungssubstanz eines Gebäudes. Gemäss den dortigen Ausführungen gelten als Erneuerungssubstanz die Gebäudehülle, Installationen und Ausbauteile, nicht aber der Rohbau wie das Fundament und die Tragkonstruktion. Durch den Umbau waren vorliegend die Betonsäulen als tragende Elemente nur insofern betroffen, als die Schaufensterfront auf deren Vorderkante verschoben wurde. Ansonsten blieben sie wie die gesamte Tragkonstruktion unbehelligt. Die Neugestaltung der Schaufensteranlage gleicht deshalb überwiegend einer Renovation der Fassade, d.h. der Gebäudehülle, auch wenn dabei die Aussenbegrenzung des Erdgeschosses geringfügig verschoben wurde und - in bescheidenem Umfang - neue nutzbare Fläche entstanden ist. Die neue Schaufensteranlage ist dementsprechend als werterhaltende Aufwendung zu qualifizieren und einer Einlageentsteuerung somit nicht zugänglich.
3.3.3. Diese Betrachtungsweise stimmt im Übrigen mit der Situation bei den direkten Steuern überein. Wie bereits die Vorinstanz ausgeführt hat (E. 3.3.2 des angefochtenen Urteils), kann die Praxis bei den direkten Steuern nicht alleine entscheidendes Argument zur Einordnung bei der Mehrwertsteuer sein, weil sich aufgrund der verschiedenen Zielsetzungen der einzelnen Rechtsgebiete zwischen der Beurteilung nach mehrwertsteuerlichen Überlegungen und jener betreffend direkte Steuern Abweichungen ergeben können. Dennoch ist die Qualifikation bei der direkten Steuer ein weiteres Indiz für die mehrwertsteuerliche Behandlung. Bei der direkten Steuer gelten sowohl das Herausbrechen von Wänden wie auch der Ersatz einer Verkleidung oder von Fenstern - selbst wenn diese besser gegen Immissionen schützen sollten - als werterhaltende Massnahmen (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3. Aufl. 2016, N. 79 ff. zu <ref-law>).
3.3.4. Den Erwägungen der Vorinstanz, wonach bei der Mehrwertsteuer die Aufwendungen nicht in werterhaltende und wertvermehrende Elemente aufzuteilen sind (vgl. E. 3.1.4), pflichtet auch die ESTV bei und sie sind nicht zu beanstanden. Dasselbe gilt für die Ausführungen in der einschlägigen Verwaltungsverordnung Ziff. 3.1.2 MI 10., welche die Aufwendungen ebenfalls jeweils als Ganzes entweder als wertvermehrend oder werterhaltend qualifiziert. Praxisgemäss weicht das Bundesgericht nicht von einer Verwaltungsverordnung ab, wenn der generell-abstrakte Gehalt eine dem individuell-konkreten Fall angepasste und gerecht werdende Auslegung der massgebenden Rechtssätze zulässt, welche diese überzeugend konkretisiert (<ref-ruling> E. 9.1 S. 125 f.). Vorliegend würde das wertvermehrende Element zudem nicht einmal überwiegen, wenn die nach dem Umbau erfolgte Erhöhung des Mietzinses von Fr. 3'900 pro Jahr tatsächlich in vollem Umfang auf diesen zurückzuführen wäre. Selbst nach Ablauf der mehrwertsteuerrechtlich vorgesehenen Abschreibungsdauer von 20 Jahren für unbewegliche Gegenstände (vgl. <ref-law>), hätte der höhere Mietzins noch keinen Drittel der Umbaukosten gedeckt.
3.4. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Mai 2016 aufzuheben. Die Steuerforderungen der ESTV sind auf Fr. 36'356.-- für die Steuerperiode 3. bis 4. Quartal 2011, Fr. 92'755.-- für die Steuerperiode 2012 und Fr. 90'527.-- für die Steuerperiode 2013 festzusetzen.
4.
4.1. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die unterliegende Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (<ref-law>).
4.2. Der Eidgenossenschaft, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).
4.3. Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das vorinstanzliche Verfahren wird dem Bundesverwaltungsgericht übertragen (Art. 67 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Die Steuer wird für die Periode 3. bis 4. Quartal 2011 auf Fr. 36'356.--, für die Periode 2012 auf Fr. 92'755.-- und für die Periode 2013 auf Fr. 90'527.-- zuzüglich gesetzlich geschuldetem Verzugszins festgesetzt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das vorinstanzliche Verfahren wird die Sache an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching