Faits :
A.
Une procédure pénale est ouverte en France contre Téodoro Obiang, Vice-président de la République de Guinée équatoriale et fils du Président de cet Etat. Il lui est reproché d'avoir détourné des fonds publics alors qu'il était ministre, de 1996 à 2016. Le 5 septembre 2016, il a fait l'objet d'un renvoi en jugement devant le Tribunal correctionnel de Paris. Une instruction pour blanchiment d'argent a été ouverte à Genève le 31 octobre 2016. Après une perquisition dans une étude d'avocats, des documents ont été saisis et mis sous scellés concernant deux navires pouvant appartenir au prévenu. Le 11 novembre 2016, la République de Guinée équatoriale est intervenue auprès du Ministère public, faisant valoir que les bateaux lui appartenaient, produisant une lettre du Ministère de la défense confirmant que l'Etat guinéen était propriétaire et utilisateur des navires. Elle invoquait l'immunité étatique. Le 2 décembre 2016, le Ministère public a adressé une commission rogatoire aux autorités néerlandaise afin de procéder au séquestre de l'un des deux bâteaux, le "B._", dans la perspective d'une éventuelle confiscation à titre de produit de l'infraction. Le navire a été arraisonné alors qu'il s'apprêtait à quitter les côtes néerlandaises.
B.
La République de Guinée équatoriale et la société A._ Ltd (Iles Marshall), propriétaire du navire, ont recouru contre le séquestre auprès de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève. Elles expliquaient que l'Etat guinéen avait acquis deux navires afin de recevoir ses hôtes officiels, compte tenu de son infrastructure hôtelière limitée. Les achats avaient été approuvés par le Ministère de la défense, lequel avait également payé le prix. La propriété avait ensuite été cédée à A._ Ltd dont le même ministère était actionnaire unique, représenté au conseil d'administration. Le pavillon choisi (Iles Cayman) avait été préféré à un pavillon national pour des raisons économiques et de sécurité. Le navire séquestré avait été acheminé de Gibraltar aux Pays-Bas pour y être rééquipé en vue de son usage officiel. Les recourantes invoquaient l'immunité de juridiction. Seul l'Etat guinéen apparaissait comme éventuel lésé, et les biens saisis devraient de toute manière lui être restitués.
Par arrêt du 1er mars 2017, la Chambre pénale de recours a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité. En tant que simple actionnaire de la société propriétaire du navire, l'Etat n'avait pas qualité pour agir. Aucune identité ne pouvait être établie entre l'Etat et la société de sorte que cette dernière ne pouvait se prévaloir de l'immunité. Si l'acquisition du navire avait eu lieu au moyen de fonds détournés par le prévenu (lequel paraissait être le réel ayant droit de la société recourante), il s'agirait d'un acte de blanchiment. Nonobstant les documents produits, le navire n'avait rien d'un vaisseau de guerre ou de défense; le choix du pavillon des Iles Marshall et du lieu de réfection ne s'expliquait pas non plus dans la perspective d'un usage officiel. La compétence du Ministère public genevois - d'ailleurs non contestée en temps utile - apparaissait donnée. Les soupçons de blanchiment justifiaient le séquestre du navire en vue d'une confiscation.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, la République de Guinée équatoriale et A._ Ltd demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Chambre pénale de recours, de reconnaître la qualité de partie à la République de Guinée équatoriale et d'ordonner la levée du séquestre, alternativement d'enjoindre le Ministère public de requérir cette levée auprès des autorités néerlandaises. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Chambre pénale de recours n'a pas formulé d'observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Dans leurs dernières observations, les recourantes concluent à l'irrecevabilité des faits nouveaux allégués dans la réponse du Ministère public, tout en persistant dans leurs motifs et leur conclusions. Il n'a pas été déposé d'autres observations.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué, qui confirme le séquestre d'un navire, est une décision rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>.
1.1. En tant que détentrice du navire séquestré, A._ Ltd peut se prévaloir d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de cette décision, de sorte qu'elle dispose de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 282 s.; <ref-ruling> consid. 1a p. 148). Il en va de même de la République de Guinée, dans la mesure où elle conteste la décision d'irrecevabilité rendue à son encontre.
1.2. La décision par laquelle le procureur prononce un séquestre pénal constitue une décision incidente. Cela étant, la jurisprudence admet que le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le propriétaire se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs ou des biens saisis (<ref-ruling> consid. 1b p. 101; voir également <ref-ruling> consid. 4 p. 141; <ref-ruling> consid. 1 p. 131).
1.3. Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.4. Conformément à l'<ref-law>, les faits nouveaux ne peuvent être invoqués. Il n'y a dès lors pas lieu de tenir compte des indications figurant dans la réponse du Ministère public dans la mesure où celles-ci font état de l'évolution du dossier depuis le prononcé de l'arrêt attaqué.
2.
Invoquant l'<ref-law>, les recourantes reprochent à la cour cantonale d'avoir considéré à tort que la République de Guinée équatoriale n'avait pas qualité pour recourir. Outre sa qualité d'actionnaire de la société, celle-ci se prévalait de sa propre immunité et d'une atteinte à sa souveraineté, car elle se retrouvait dans l'impossibilité d'utiliser un navire dont elle est l'exploitante, indépendamment de sa qualité de propriétaire. Cette seule invocation suffisait à lui conférer la qualité pour recourir.
2.1. Alors que les parties peuvent se prévaloir sans condition des droits procéduraux conférés par le CPP, les autres participants à la procédure doivent établir qu'ils sont directement touchés dans leurs droits au sens de l'<ref-law>. Pour que le participant à la procédure se voie reconnaître la qualité de partie en application de l'<ref-law>, il faut que l'atteinte à ses droits soit directe, immédiate et personnelle, une atteinte de fait ou indirecte étant insuffisante (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 283; arrêt 1B_588/2012 du 10 janvier 2013 consid. 2.2).
2.2. Un Etat bénéficie des immunités qui protègent notamment ses biens ainsi que ses représentants à l'étranger (cf. PATRICK DAILLIER/ ALAIN PELLET, Droit international public, 7e éd., p. 451). Ce principe de droit coutumier a été précisé dans la Convention de Vienne sur les relations diplomatiques, qui règle en particulier l'immunité des agents diplomatiques (art. 29 et 31) et l'inviolabilité de leur correspondance et de leurs biens (art. 30). Ces immunités sont destinées à garantir le respect de la souveraineté de l'Etat (arrêt 1B_588/2012 du 10 janvier 2013 consid. 2.1). Pour s'en prévaloir, l'Etat doit toutefois rendre suffisamment vraisemblable que les biens séquestrés peuvent être rattachés à son activité "iure imperii". Lorsqu'un Etat entend se prévaloir de l'immunité pour faire échec à une mesure prise dans le cadre d'une procédure pénale, il lui appartient d'établir - ou à tout le moins de rendre vraisemblable - que les conditions d'une telle protection sont réalisées.
2.3. En l'occurrence, les autorités cantonales considèrent que le navire séquestré ne serait pas destiné à une utilisation par l'Etat, mais par le prévenu qui aurait pu l'avoir acquis au moyen de fonds détournés. Dans la mesure où ces soupons apparaissent suffisants pour justifier un séquestre (cf. ci-dessous consid. 4.2), ils le sont aussi pour écarter en l'état l'objection tirée de l'immunité, de la part tant de l'Etat que de la société recourante. C'est dès lors avec raison que la cour cantonale a refusé d'entrer en matière sur le recours en tant qu'il était formé par la République de Guinée équatoriale. Les recourantes ne contestent pas, par ailleurs, que la simple qualité d'actionnaire de la société concernée ne suffisait pas à fonder la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>.
3.
Les recourantes se plaignent ensuite d'arbitraire dans l'établissement des faits. Elles estiment que les éléments de fait retenus pas la cour cantonale (revenus du prévenu, valeur et caractéristiques du navire, choix du pavillon et du chantier naval) ne seraient pas pertinents dès lors qu'il n'est pas contesté que c'est bien la République de Guinée équatoriale qui est l'actionnaire de la société propriétaire. Les recourantes exposent dans le détail le mode d'acquisition, les raisons de cet achat, le choix du pavillon et de la société propriétaire, le choix d'un chantier naval en Hollande. Les recourantes estiment avoir suffisamment documenté leurs explications et considèrent que les soupçons du Ministère public reposeraient sur de simples conjectures.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 24; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 10.1 p. 445; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité tombe dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les réf. cit.).
3.2. La cour cantonale rappelle clairement que la République de Guinée équatoriale est l'actionnaire de la société et que celle-ci est bien propriétaire du navire. Il n'y a aucune erreur manifeste sur ces points qui ont été considérés comme établis. Indépendamment des explications détaillées fournies par les recourantes, le Ministère public et la cour cantonale ont considéré qu'en dépit de son acquisition formelle par l'Etat, le navire pouvait en définitive être destiné à l'usage personnel du prévenu. Cela n'est pas présenté en l'état comme une certitude, mais comme une simple probabilité que les recourantes se contentent de contester, mais qui n'est en l'état pas exclue au vu des pièces du dossier. Il n'y a dès lors aucun arbitraire dans l'établissement des faits.
4.
Invoquant une violation des art. 197 et 263 CPP, les recourantes contestent la commission d'une infraction (détournements au préjudice de l'Etat) en rapport avec le navire séquestré. Elles relèvent en outre qu'en cas de confiscation, la République de Guinée équatoriale serait elle-même lésée et aurait droit à une restitution.
4.1. Le séquestre est une mesure de contrainte qui ne peut être ordonnée, en vertu de l'<ref-law>, que si elle est prévue par la loi (let. a), s'il existe des soupçons suffisants laissant présumer une infraction (let. b), si les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères (let. c) et si elle apparaît justifiée au regard de la gravité de l'infraction (let. d).
Lors de cet examen, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines. Le séquestre pénal est en effet une mesure provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer, à restituer au lésé ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (<ref-law> et 71 al. 3 CP). L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364).
Un séquestre est proportionné lorsqu'il porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une probabilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364); l'intégralité des fonds doit demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part de ceux-ci qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_145/2016 du 1 er juillet 2016 consid. 3.1 et les arrêts cités). Les probabilités d'une confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, doivent cependant se renforcer au cours de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4 p. 96; arrêt 1B_416/2012 du 30 octobre 2012 consid. 2.1). Un séquestre peut en effet apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (<ref-ruling> consid. 11.6 p. 247). En outre, pour respecter le principe de proportionnalité, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (<ref-ruling> consid. 6 p. 336).
4.2. Dans le cadre de la procédure devant la Cour correctionnelle de Paris, Téodoro Obiang se voit reprocher d'avoir détourné des fonds au préjudice du trésor public, commis des actes de corruption et de gestion déloyale. Le Ministère public genevois estime que le navire saisi sur commission rogatoire pourrait avoir été acheté au moyen de ces fonds par l'intéressé, le salaire officiel de celui-ci apparaissant manifestement insuffisant au regard de la valeur du bien. Certes, les recourantes affirment, pièces à l'appui, que le navire aurait bien été acquis par le Ministère de la défense. Compte tenu de l'étroite proximité entre le prévenu et le pouvoir en place, on ne saurait exclure que le premier ne bénéficie de l'appui du second pour justifier après-coup des acquisitions effectuées au moyen de fonds publics utilisés à des fins personnelles. En dépit des explications détaillées fournies par les recourantes, le bateau séquestré n'a encore jamais servi pour des missions officielles, et il n'est pas évident qu'il soit équipé à ces fins.
A ce stade, qui correspond encore à la première phase de l'enquête - les documents relatifs au navire, saisis auprès d'une avocate à Genève ou par voie de commission rogatoire en Hollande, n'ont pas encore pu être examinés -, les soupçons apparaissent suffisants pour retenir la probabilité d'une provenance illicite des fonds et d'une confiscation. Cela suffit pour justifier le séquestre, sans qu'il y ait à s'interroger sur une éventuelle restitution au lésé.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourantes qui succombent.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 3 juillet 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Kurz