Faits :
A.
A.a. C._ SA est une société anonyme sise à A._. Elle est propriétaire de la parcelle xxx inscrite au Registre foncier de cette commune.
A.b. Le 11 mars 1996, C._ SA a fait inscrire une cédule hypothécaire au porteur de 1 er rang n° 275429 grevant la parcelle précitée au Registre foncier de D._ pour un montant de 3'132'000 fr.
A.c. Le 24 avril 2006, C._ SA a conclu avec E._ AG, société anonyme sise à G._ (L), un contrat (n° 5688) d'hypothèque, à taux fixe de 3 % l'an, d'un montant de 1'600'000 fr., expirant le 20 mars 2011.
A cette même date, E._ AG a acquis par cession fiduciaire la cédule hypothécaire au porteur de 1 er rang n° 275429 au titre de sûretés pour toutes ses créances à l'encontre de C._ SA.
A.d.
A.d.a. Le 5 décembre 2008, l'Etat de Vaud et la Commune de A._ ont notifié à C._ SA une demande de sûretés d'un montant total en capital de 5'470'000 fr. pour garantir le paiement du rappel d'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital et le paiement des amendes pour les périodes fiscales 1999 à 2002, ainsi que de l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital pour les périodes fiscales 2003 à 2006. Le même jour, la Confédération suisse a notifié à C._ SA une demande de sûretés d'un montant total en capital de 2'960'000 fr. pour garantir le paiement du rappel d'impôt fédéral direct et des amendes pour les périodes fiscales 1995 à 2002, ainsi que de l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2003 à 2006.
A.d.b. Le 5 décembre 2008, sur requête de la Commune de A._, de l'Etat de Vaud et de la Confédération suisse, l'autorité fiscale a adressé à l'Office des poursuites du district de Morges deux ordonnances de séquestre en prestation de sûretés contre C._ SA pour les montants correspondant aux sûretés requises, soit un total de 8'430'000 fr.
A.d.c. Le 8 décembre 2008, une restriction du droit d'aliéner la parcelle xxx a été inscrite au registre foncier de la Commune de A._ afin de garantir les séquestres précités.
A.e. Le 4 mai 2009, C._ SA et E._ AG ont renouvelé le contrat n° 5688 d'hypothèque à taux fixe. Le même jour, elles ont conclu un contrat complémentaire n° 48382 d'hypothèque à taux variable d'un montant de 1'532'000 fr. Ce crédit complémentaire était garanti par la cédule hypothécaire n° 275429.
A.f. Le 18 janvier 2010, l'Office des poursuites de Morges a exécuté le séquestre. Le 12 février 2010, il a établi les procès-verbaux de séquestre. Le 6 décembre 2011, il a avisé la banque de la saisie et de la restriction du droit d'aliéner.
A.g. Le 24 mai 2013, les parties ont renouvelé les contrats d'hypothèque n° 5688 et 48382 et les ont convertis en un seul contrat d'hypothèque à taux variable n° 464443 d'un montant de 3'132'000 fr., garanti par la cédule hypothécaire n° 275429.
A.h.
A.h.a. Par publication du 31 janvier 2014, l'Office des poursuites de l'Ouest lausannois (ci-après: office) a annoncé la vente aux enchères publiques, à la demande des créanciers saisissants, de l'immeuble sis sur la parcelle xxx de la Commune de A._. Il a invité les créanciers à produire leurs droits sur l'immeuble dans un délai échéant le 20 février 2014.
A.h.b. Par courrier du 7 février 2014, E._ AG a dénoncé auprès de C._ SA l'hypothèque à taux variable prévue dans le contrat n° 464443 avec effet au 12 février 2014. Elle a ensuite, le 13 février 2014, produit à l'office les créances échues garanties par son droit de gage en y joignant l'original de la cédule hypothécaire n° 275429.
A.h.c. Le 3 mars 2014, l'office a établi l'état des charges relatif à l'immeuble et l'a communiqué aux créanciers par courrier du même jour.
La collocation n° 2 de la rubrique " A. Créances garanties par gage immobilier " fait état de la cédule hypothécaire au porteur n° 275429 grevant l'immeuble en 1 er rang, d'un montant en capital de 3'132'000 fr., inscrite le 11 mars 1996, selon le contrat n° 464443, la production étant limitée au total à 3'225'624 fr. 40 au vu du montant de la créance réellement due. La collocation n° 5 de la rubrique " B. Autres charges " fait état de la restriction du droit d'aliéner en faveur de la Confédération suisse dans la poursuite n° 5320225 pour un montant de 3'660'699 fr. 25 ainsi que de l'Etat de Vaud et de la Commune de A._ dans la poursuite n° 5320224 pour un montant de 6'747'509 fr. 20.
A.h.d. Par courrier du 14 mars 2014, l'Administration cantonale vaudoise des impôts, agissant pour le compte de la Confédération suisse, l'Etat de Vaud et la Commune de A._, a contesté la collocation n° 2 de l'état des charges auprès de l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois. Celui-ci lui a imparti un délai de vingt jours échéant le 7 avril 2014 pour ouvrir action en contestation de l'état des charges.
B.
B.a.
B.a.a. Par demande déposée le 4 avril 2014 à la Chambre patrimoniale cantonale vaudoise (ci-après: Chambre patrimoniale), la Confédération suisse, l'Etat de Vaud et la Commune de A._ ont conclu à ce que l'état des charges de l'immeuble parcelle RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois soit modifié en ce sens que, principalement, la collocation n° 5 (Créanciers n° 5320224 et 5320225 de la série n° 1) prime la production de E._ AG (EC n° 2) et ne soit primée que par les collocations n° 1, 3 et 4, subsidiairement, que la production de E._ AG (EC n° 2) soit réduite dans une mesure qui serait précisée en cours d'instance et, plus subsidiairement encore, que la collocation n° 5 (Créanciers n° 5320224 et 5320225 de la série n° 1) prime une partie de la production de E._ AG (EC n° 2) selon précisions données en cours d'instance.
B.a.b. Par acte du 14 novembre 2014, E._ AG a cédé à B._ AG sa créance à l'encontre de C._ SA. A ce titre, B._ AG a été inscrite, à sa demande, le 14 avril 2015, en qualité de créancière hypothécaire titulaire de la cédule hypothécaire sur papier au porteur n° 275429 auprès de l'Office du registre foncier du district de Lausanne-Ouest lausannois.
Par prononcé du 30 décembre 2014, le Juge délégué de la Chambre patrimoniale a constaté que B._ AG s'était substituée en qualité de défenderesse à E._ AG.
B.a.c. Par jugement du 15 janvier 2016, la Chambre patrimoniale a prononcé que l'état des charges de l'immeuble parcelle RF xxx de la Commune de A._ était modifié en ce sens que la collocation n° 5 d'un total de 10'408'208 fr. 45 primait la production de E._ AG à concurrence de 1'532'000 fr., avec les intérêts y relatifs, et n'était primée que par les collocations n° 1 et 2 à concurrence de 1'600'000 fr., avec les intérêts y relatifs, et par les collocations n° 3 et 4.
Les premiers juges ont considéré que ce n'était que lors de la conclusion des contrats d'hypothèque des 24 avril 2006 et 4 mai 2009 que la cédule hypothécaire n° 275429 avait acquis une portée pratique. Dès lors, ces dates faisaient foi pour déterminer le rang des créances dans l'état de collocation ( recte : des charges). En conséquence, l'hypothèque de 1'600'000 fr. datant du 24 avril 2006, elle primait la restriction du droit d'aliéner du 8 décembre 2008. En revanche, l'hypothèque de 1'532'000 fr. datant du 4 mai 2009, elle était postérieure à la restriction du droit d'aliéner en rang. Ils ont également considéré que le grief de la nullité des contrats de prêt hypothécaire n'avait pas à être examiné au motif qu'aucune conclusion constatatoire n'avait été prise en ce sens.
B.b.
B.b.a. Par acte du 6 avril 2016, B._ AG a formé appel contre ce jugement devant la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: Cour d'appel). Elle a conclu à sa réforme en ce sens que l'état des charges de l'immeuble xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois est confirmé, de sorte que la collocation n° 2 reste colloquée en premier rang pour un montant de 3'132'000 fr., avec intérêts y relatifs.
B.b.b. Par réponse du 28 juin 2016, la Confédération suisse, l'Etat de Vaud et la Commune de A._ ont conclu au rejet de l'appel. Par appel joint, ils ont conclu principalement à la réforme du jugement en ce sens que l'état de collocation ( recte : des charges) est modifié de sorte que la collocation n° 5 d'un total de 10'408'208 fr. 45 prime la production de E._ AG substituée par B._ AG de 3'225'624 fr. 40 et n'est primée que par les collocations n° 1, 3 et 4. Subsidiairement, ils ont conclu à l'annulation du jugement précité et au renvoi de la cause à la Chambre patrimoniale cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants de l'arrêt à intervenir.
B.b.c. Par arrêt du 10 octobre 2016, la Cour d'appel a admis l'appel interjeté par B._ AG et rejeté l'appel joint formé par la Confédération suisse, l'Etat de Vaud et la Commune de A._. Elle a en conséquence réformé la décision attaquée en confirmant l'état des charges de l'immeuble parcelle RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois.
C.
Par acte posté le 30 janvier 2017, la Confédération suisse, l'Etat de Vaud et la Commune de A._, tous représentés par l'Administration cantonale vaudoise des impôts, interjettent un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral contre cet arrêt. Principalement, ils concluent à sa réforme en ce sens que l'état des charges de l'immeuble RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois est modifié en ce sens que la collocation n° 5 (Créanciers n° 5320224 et 5320225 de la série n° 1) d'un total de 10'408'208 fr. 45 prime la production de l'intimée E._ AG (EC n° 2), substituée par B._ AG de 3'225'624 fr. 40 et n'est primée que par les collocations n° 1, 3 et 4. Subsidiairement, ils concluent à sa réforme en ce sens que l'état des charges de l'immeuble RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois est modifié en ce sens que la collocation n° 5 (Créanciers n° 5320224 et 5320225 de la série n° 1) d'un total de 10'408'208 fr. 45 prime la production de l'intimée E._ AG (EC n° 2), substituée par B._ AG à concurrence d'un montant de 1'532'000 fr. avec les intérêts y relatifs, savoir taux d'intérêts (2,25 %) du 1er janvier 2014 au 12 février 2014 et taux d'intérêts (8,089 %) du 13 février 2014 à la date de la vente aux enchères et n'est primée que par les collocations n° 1, 2 à concurrence de 1'600'000 fr. avec les intérêts y relatifs, à savoir taux d'intérêts (2,25 %) du 1er janvier 2014 au 12 février 2014 et taux d'intérêts (8,089 %) du 13 février 2014 à la date de la vente aux enchères, ainsi que par les collocations n° 3 et 4. Plus subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Ils se plaignent d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits et l'application du droit ainsi que de la violation des art. 96, 101 LP, 813 CC et 13 ORFI.
Invitées à se déterminer, l'intimée a conclu au rejet du recours et l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
D.
Par ordonnance du 15 février 2017, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé en temps utile (<ref-law>) ainsi que dans la forme légale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), tranchant le rang et le montant auxquels une créance doit être colloquée à l'état des charges, soit une décision rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1), par une autorité cantonale supérieure statuant en dernière instance et sur recours (<ref-law>). L'affaire est de nature pécuniaire et la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>); les recourants, qui ont été déboutés de leurs conclusions par la cour cantonale, ont qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-law>).
3.
L'autorité cantonale a jugé que la créance garantie par la cédule hypothécaire au porteur ne prenait naissance, et donc rang sur le plan des droits réels, que lors de la remise du titre à un tiers. En conséquence, la cédule hypothécaire ayant été transmise à un premier créancier en 1999 puis le 12 avril 2006 à E._ AG, le droit de gage immobilier était né dans tous les cas avant la restriction du droit d'aliéner inscrite le 8 décembre 2008 et primait celle-ci. C'était donc à tort que les premiers juges avaient retenu que la date de la conclusion des hypothèques faisaient foi pour déterminer le rang des créances et que l'hypothèque de 1'532'000 fr. du 4 mai 2009 était postérieure à la restriction du droit d'aliéner en date et en rang. Pour ces motifs, elle a admis l'appel de l'intimée. L'autorité cantonale a ensuite jugé que le contrat n° 5688 du 4 mai 2009 ne constituait pas un acte de disposition conclu en violation de l'<ref-law>, dès lors qu'il reconduisait un prêt préexistant à la restriction du droit d'aliéner, aux mêmes conditions. Il en allait de même du contrat n° 48382 portant sur la nouvelle hypothèque de 1'532'000 fr., puisque que la banque avait acquis la cédule de bonne foi en 2006, avant toute inscription d'une restriction du droit d'aliéner au registre foncier; vu que la cédule n'avait été ni augmentée ni transférée, on ne pouvait pas reprocher à la banque d'avoir omis de vérifier si une inscription au registre foncier avait eu lieu postérieurement. Le contrat du 24 mai 2013 ne l'était pas davantage puisqu'il s'agissait d'un acte qui renouvelait et convertissait les contrats n° 5688 et 48382 en un seul contrat d'hypothèque, garanti par la même cédule. L'appel joint des recourants devait donc être rejeté.
4.
4.1. Dans un grief où ils dénoncent l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits, les recourants soutiennent que c'est à tort que l'autorité cantonale a retenu que le contrat d'hypothèque n° 5688 a été reconduit le 4 mai 2009. A cet égard, ils prétendent que la cédule hypothécaire au porteur n° 275429 a été remise en nantissement en 2009 pour garantir deux nouveaux contrats de prêts hypothécaires de 1'600'000 fr. et 1'532'000 fr. Pour appuyer leur propos, ils se fondent sur les pièces n° 114 et 115 et ajoutent que l'intimée a refusé de produire l'acte de nantissement auquel se réfère le contrat de prêt bien qu'elle en ait été dûment requise.
4.2. En l'espèce, l'autorité cantonale a retenu que les parties n'ont pas résilié le contrat de prêt hypothécaire n° 5688 mais l'ont reconduit le 4 mai 2009 puis incorporé le 24 mai 2013 dans le contrat n° 464443. Par leur argumentation, les recourants ne démontrent pas l'arbitraire de cette constatation (cf. supra consid. 2.2). Des pièces auxquelles ils se réfèrent, il ressort seulement que les parties ont prévu un nantissement sur certaines valeurs, sans que la cédule hypothécaire au porteur n° 275426 ne soit nommée. Leur argument selon lequel l'intimée aurait refusé de produire l'acte de nantissement n'est pas pertinent à cet égard: son invocation est exorbitante de la violation de l'art. 9 Cst. dans l'établissement des faits. Pour le reste, les recourants ne présentent aucune argumentation sur le droit à la preuve ou la clôture de l'administration des preuves (cf. <ref-law>); de leur critique, il ne ressort même pas le stade de la procédure auquel ils ont offert cette preuve pour démontrer le fait invoqué.
Il suit de là que le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits doit être rejeté pour autant que recevable.
5.
5.1. Les recourants invoquent la violation des art. 96 et 101 LP. Ils soutiennent que les deux contrats d'hypothèque de mai 2009 sont nuls au regard de ces dispositions. Ils avancent qu'ils ont été conclus après l'inscription au registre foncier de l'interdiction du droit d'aliéner du 8 décembre 2008 et que l'intimée ne peut pas se prévaloir de sa bonne foi. Ils ajoutent que, si elle ne l'était pas déjà en lien avec les contrats conclus en 2009, leur argumentation devrait au moins être admise en lien avec les renouvellements et la conversion des deux contrats en un seul le 24 mai 2013.
5.2. L'intimée soutient qu'il ne ressort pas de l'état de fait que la créancière gagiste aurait été informée en décembre 2008 par l'office des poursuites de l'annotation de la restriction du droit d'aliéner. Au contraire, il en ressort qu'elle ne l'a été que le 6 décembre 2011, soit postérieurement aux contrats. Cet élément est selon elle essentiel et lui permet d'être protégée dans sa bonne foi.
6.
La question qui se pose est de savoir si, malgré l'annotation au registre foncier d'une restriction du droit d'aliéner le 8 décembre 2008, le contrat de prêt hypothécaire n° 5688 à taux fixe de 3 % l'an, d'un montant de 1'600'000 fr., reconduit le 4 mai 2009, et le contrat de prêt n° 48382 à taux variable d'un montant de 1'532'000 fr. conclu le même jour, puis tous deux renouvelés et convertis en un seul contrat n° 464443 à taux variable d'un montant de 3'132'000 fr. le 24 mai 2013, tous garantis par la cédule hypothécaire n° 275429, sont opposables aux recourants.
6.1. Si elle répond aux exigences de l'<ref-law>, la décision de sûretés, prononcée par une autorité fiscale mais mis en oeuvre par l'office des poursuites, est assimilée à une ordonnance de séquestre (arrêt 5A_150/2015 du 4 juin 2015 consid. 5.2.3, publié in SJ 2016 I p. 138). Le séquestre est exécuté en appliquant par analogie les art. 91 à 109 LP (<ref-law>). Il a ainsi, pour le débiteur, les mêmes effets qu'une saisie. Ceux-ci se produisent dès que le préposé exécute la mesure (arrêt 5A_187/2011 du 13 mai 2011 consid. 5.2, publié in SJ 2011 I p. 390).
6.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, il est interdit au débiteur, sous menace des peines prévues par la loi (<ref-law>), de disposer des biens saisis sans la permission du préposé. Le fonctionnaire qui procède à la saisie attire expressément son attention sur cette interdiction ainsi que sur les conséquences pénales de sa violation (al. 1). Sous réserve des effets de la possession acquise par les tiers de bonne foi, les actes de disposition accomplis par le débiteur sont nuls dans la mesure où ils lèsent les droits que la saisie a conférés aux créancier (al. 2).
Malgré la saisie, le débiteur conserve sa capacité civile active et, jusqu'à la vente, il reste propriétaire de ses biens (arrêt 5P.233/2001 du 10 décembre 2001 consid. 3a; DÉFAGO GAUDIN, L'immeuble dans la LP: Indisponibilité et gérance légale, thèse, 2006, n° 144). Il peut donc valablement conclure des actes juridiques impliquant les biens saisis. La seule conséquence de la mesure conservatoire est de limiter le pouvoir de disposer du débiteur (arrêt 5C.36/2006 du 1 er juin 2006 consid. 3.4.1, publié in RNRF 2008 (89) p. 51). Sans l'autorisation du préposé, la conclusion de l'acte générateur d'obligation sur un bien saisi reste valable mais son exécution - soit le transfert ou la constitution, de même que la modification, d'un droit réel limité (DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 145) - est inopposable aux créanciers saisissants (AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9 ème éd., 2013, § 22 n° 67 s.; FOËX, in Basler Kommentar, SchKG I, Staehelin et alii (éd.), 2 ème éd., 2010, n° 11 et 26 ad <ref-law>; DE GOTTRAU, in Commentaire romand, Poursuite et faillite, Dallèves et alii (éd.), 2005, n° 4 ad <ref-law>; WINKLER, KUKO, SchKG, Hunkeler (éd.), 2 ème éd., 2014, n° 3 ad <ref-law>). Elle ne l'est toutefois que dans la mesure où elle lèse les droits de ces créanciers (FOËX, op. cit., n° 28 et 33 ad <ref-law>; DE GOTTRAU, op. cit., n° 13 ad <ref-law>; WINKLER, op. cit., n° 8 ad <ref-law>), que ce soit en soustrayant le bien saisi à la réalisation ou en diminuant le produit de celle-ci (DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 176; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et faillite, Art. 89-158 LP, 2000, n° 24 ad <ref-law>). Si tel est le cas, les créanciers saisissants peuvent faire réaliser le bien concerné et se désintéresser sur le produit de la vente sans tenir compte de l'acte de disposition non autorisé (<ref-ruling> consid. 1a).
6.1.2. L'exécution de l'interdiction de l'<ref-law> est garantie par l'<ref-law> (<ref-law>; arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 3.2). A titre de mesure de sûreté, cette norme prévoit à son premier alinéa que la saisie d'un immeuble entraîne une restriction du droit d'aliéner au sens de l'<ref-law>. L'office communique sans retard la saisie au registre foncier pour annotation et avec indication de la date et de la somme pour laquelle la saisie a eu lieu.
Le débiteur propriétaire peut disposer de l'immeuble (<ref-law>; cf. parmi plusieurs: LEBRECHT, in Basler Kommentar, SchKG I, Staehelin et alii (éd.), 2 ème éd., 2010, n° 7 ad <ref-law>; MOOSER, in Commentaire romand, CC II, Pichonnaz et alii (éd.), 2016, n° 1 et 18 ad <ref-law>). En revanche, l'annotation rend inopposable aux créanciers saisissants tout droit postérieurement acquis par un tiers sur le bien saisi (arrêt 5A_394/2014 du 21 juillet 2014 consid. 4.1.1 et les références).
En effet, un principe fondamental des droits réels est celui de la publicité. Il impose que ces droits soient rendus manifestes pour les tiers. Pour les droits immobiliers, la publicité est réalisée par le registre foncier. Le tiers qui se fie de bonne foi à l'apparence créée par une inscription au registre foncier et qui, sur cette base, acquiert un droit réel est protégé dans son acquisition aux conditions des art. 933 à 935 et 973 CC. Il sera considéré comme ayant légitimement acquis son droit réel, même si l'aliénateur n'avait pas le pouvoir de disposer (p. ex. STEINAUER, Les droits réels, tome I, 5 ème éd., 2012, n° 124 ss, 527 et 919 ss).
Le principe de publicité impose aussi un devoir de consulter le registre foncier: lorsque les conditions pour consulter le registre foncier sont remplies (art. 970 al. 1 à 3 CC), l'<ref-law> instaure la fiction selon laquelle nul ne peut se prévaloir de qu'il n'a pas connu une inscription (ou une annotation: <ref-ruling> consid. 5.1) qui y est portée. Dans cette mesure, la bonne foi de celui qui prétend ignorer le contenu du registre ne peut pas être retenue, car elle est incompatible avec l'attention que les circonstances permettent d'exiger de lui (<ref-law>; arrêt 5A_227/2007 du 11 janvier 2008 consid. 2.5, publié in RNRF 2011 (92) p. 107; MOOSER, op. cit., n° 35 ss ad <ref-law>; STEINAUER, op. cit., n° 590 s.). En effet, conformément à son but conservatoire, l'annotation crée une présomption irréfragable selon laquelle il est connu que le bien grevé est saisi (<ref-law>; arrêt 5C.36/2006 du 1 er juin 2006 consid. 3.4.2, publié in RNRF 2008 (89) p. 51). Elle ne bloque pas le registre foncier mais permet d'assurer la priorité de la mesure conservatoire qu'elle rend publique sur des droits acquis postérieurement sur l'immeuble (<ref-law>; arrêt 5C.36/2006 du 1 er juin 2006 consid. 3.4.2, publié in RNRF 2008 (89) p. 51; DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 184; ZOPFI, in Commentaire ORFI, 2012, n° 3 ad <ref-law>).
En application de ces principes, l'annotation prévue à l'<ref-law> exclut, à l'égard des créanciers saisissants, la bonne foi du tiers qui acquiert des droits réels sur le fonds après la saisie (ou le séquestre; <ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.1; DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 180 et 183; FOËX, op. cit., n° 39 ad <ref-law>; DE GOTTRAU, op. cit., n° 15 ad <ref-law>). Pour les créanciers saisissants, l'exécution se poursuit sans que les droits acquis postérieurement par un tiers puissent leur être opposés (<ref-ruling> consid. 5.1; arrêt 7B.186/2001 du 8 octobre 2001 consid. 5c; cf., parmi plusieurs: LEBRECHT, op. cit., loc. cit.). En matière immobilière, la réserve de la protection d'un acquéreur de bonne foi au détriment des créanciers saisissants prévue à l'<ref-law> est très limitée. Elle ne peut valoir que pour les actes de disposition qui interviendraient entre le moment de l'exécution de la saisie et l'annotation de celle-ci au registre foncier (DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 180; cf. aussi, ZOPFI, op. cit., n° 1 et 5 ad <ref-law>).
6.2.
6.2.1. En l'occurrence, le droit de gage immobilier contesté prend la forme d'une cédule hypothécaire. Le droit de la cédule hypothécaire a été modifié lors de la révision du 11 décembre 2009, entrée en vigueur le 1er janvier 2012. Dès lors que la cédule hypothécaire a en l'espèce été remise en garantie avant l'entrée en vigueur du nouveau droit, le présent recours sera examiné sous l'angle de l'ancien droit (art. 1 al. 1 et 26 al. 1 Tit. fin. CC; <ref-ruling> consid. 3).
6.2.2. La cédule hypothécaire est une créance personnelle garantie par un gage immobilier (art. 842 aCC). La créance cédulaire et le droit de gage immobilier qui la garantit forme un tout indissociable qui est - nécessairement, jusqu'à la modification du Code civil qui a alors instauré la cédule de registre - incorporée dans un papier-valeur (cf. parmi plusieurs, STEINAUER, Les droits réels, tome III, 3 ème éd., 2003, n° 2925 et 2929). Outre l'inscription au registre foncier, un titre est créé et délivré (art. 856 al. 1 aCC) pour constituer la cédule hypothécaire. La foi publique du registre foncier se combine dès lors avec celle attachée aux papiers-valeurs qualifiés (art. 865 s. aCC). La bonne foi de l'acquéreur au moment du transfert de la cédule s'apprécie selon l'<ref-law> (STEINAUER, op. cit., n° 3000 s. et 3005).
Le propriétaire de l'immeuble peut, par réquisition unilatérale (art. 859 al. 2 aCC), constituer une cédule au porteur dont il est le premier détenteur. Il peut ensuite la céder à un tiers créancier, notamment à titre fiduciaire. Ce créancier acquiert la titularité de la créance et du droit de gage immobilier incorporé dans le titre en vue de garantir une créance distincte qui peut différer, dans son montant et ses qualités, de celle incorporée dans la cédule. La créance incorporée dans la cédule (créance abstraite) se juxtapose à la créance garantie (créance causale) en vue d'en faciliter le recouvrement. Le créancier s'engage dans un contrat de fiducie à n'utiliser la cédule que dans la mesure nécessaire pour obtenir le montant de la créance garantie (STEINAUER, op. cit., n° 2939 et 2951). C'est ainsi que, dans la poursuite en réalisation de gage immobilier pour la créance abstraite, si le créancier poursuit pour le montant de la créance abstraite incorporée dans le titre, alors que la créance causale (en capital et intérêts) est d'un montant inférieur, le débiteur poursuivi peut opposer les exceptions personnelles dont il dispose contre le poursuivant (propriétaire fiduciaire), en particulier celle consistant à exiger la limitation de la somme réclamée au montant de la créance causale (art. 855 al. 2 et 872 aCC; <ref-ruling> consid. 5.1.2).
A l'état des charges, l'office des poursuites inscrit en principe le montant du capital de la créance abstraite. En pratique, certains offices mentionnent également le montant de la créance causale (JENT-SØRENSEN, Die Rechtsdurchsetzung bei der Grundstückverwertung in der Spezialexekution, 2003, p. 97). Les créanciers gagistes peuvent se prévaloir dans la procédure en épuration de l'état des charges de l'exception précitée qui relève du droit matériel (<ref-law>; arrêt 5C.36/2006 du 1er juin 2006 consid. 3.3, publié in RNRF 2008 (89) p. 51).
6.2.3. Le Tribunal fédéral a jugé que l'interdiction de disposer d'un immeuble ensuite d'une saisie comprend également celle d'augmenter le montant de la créance garantie par une cédule hypothécaire en premier rang, même si celle-ci est déjà constituée au moment de l'annotation de la saisie. La raison en est que l'augmentation du gage porte atteinte au droit des créanciers saisissants en tant qu'elle réduit le produit de réalisation de l'immeuble qui restera à leur distribuer (arrêt 5C.36/2006 du 1er juin 2006 consid. 3.4.3 et 3.4.5, publié in RNRF 2008 (89) p. 51).
La même règle doit prévaloir lorsque la cédule hypothécaire est utilisée en garantie fiduciaire. En effet, ce mode d'utilisation lèse également les créanciers séquestrants lorsque les parties modifient, postérieurement à l'annotation de l'interdiction de droit d'aliéner, leur convention de fiducie pour permettre de garantir une créance causale plus élevée que celle qui existait auparavant. Le créancier gagiste qui entend s'assurer d'obtenir le montant de son gage en cas de vente de l'immeuble doit donc consulter le registre foncier avant d'accepter la modification de cette convention, même si la cédule hypothécaire qu'il détient déjà, mais qui n'était utilisée qu'en partie, est inscrite en premier rang.
6.3. En l'espèce, au moment où la restriction du droit d'aliéner a été annotée, la créance causale garantie par la cédule hypothécaire utilisée en garantie fiduciaire se montait à 1'600'000 fr., plus intérêt à 3 % par an. Après cette annotation, cette créance a été portée à 3'132'000 fr., plus intérêt à un taux variable, et les parties ont convenu que la cédule hypothécaire garantirait ce montant. L'annotation au registre foncier ayant été dûment effectuée avant que les parties ne modifient le contrat de prêt hypothécaire et celui de fiducie, la banque, qui n'a au demeurant même pas consulté le registre foncier, ne peut pas se prévaloir de sa bonne foi. En conséquence, le droit de gage immobilier n'est pas opposable aux recourants, dans la mesure où il excède le montant en capital de 1'600'000 fr., plus intérêt à 3 % l'an et l'état des charges doit être modifié dans ce sens. En revanche, l'intimée demeure créancière gagiste dans cette dernière mesure, étant donné que les recourants n'ont pas démontré l'arbitraire de la constatation selon laquelle les parties n'ont pas résilié le contrat de prêt n° 5688, mais l'ont seulement reconduit (cf. supra consid. 4.2). Ainsi, ce contrat existait encore au moment où la restriction du droit d'aliéner au sens de l'<ref-law> a été annotée au registre foncier.
Il suit de là que le grief de la violation des art. 96 et 101 LP doit être partiellement admis. Les autres griefs des recourants (<ref-law>, 13 ORFI) sont sans objet: ceux relatifs à la date de constitution des droits réels limités n'ont pas à être examinés étant donné qu'il est incontesté que la cédule hypothécaire était inscrite au registre foncier et a été cédée à titre fiduciaire pour garantir les créances résultant du contrat de prêt hypothécaire n° 5688 avant l'annotation de la restriction du droit d'aliéner. Les recourants admettent eux-mêmes que, jusqu'au 4 mai 2009, le droit de gage primait l'annotation; quant à celui relatif à la violation de l'art. 9 Cst. dans l'application du droit, il est sans portée dans le recours en matière civile dans la mesure où les recourants y répètent leur dénonciation de la violation du droit fédéral.
Seuls les griefs relatifs à la restriction du droit d'aliéner doivent donc être reçus. A cet égard, il faut préciser que l'<ref-law> ne conduit pas à modifier les rangs des droits réels limités, mais seulement à corriger l'état des charges dans la mesure où certains actes de disposition lèsent les droits des créanciers saisissants ou séquestrants en cédant la propriété de l'immeuble ou en grevant celui-ci de charges supplémentaires (cf. supra consid. 6.1.2).
7.
En résumé, le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'état des charges de l'immeuble parcelle RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois est modifié sous let. A. n° 2, en ce sens que la créance de la banque est colloquée à hauteur de 3'229'148 fr. 90 mais n'est opposable envers les créanciers désignés sous let. B. n° 5 qu'à hauteur de 1'600'000 fr. en capital, plus intérêts à 3 % l'an du 1er janvier 2014 au 13 juin 2014. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. Les frais judiciaires pour la procédure fédérale, arrêtés à 40'000 fr., sont mis pour 20'000 fr. solidairement à la charge des recourants et pour 20'000 fr. à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1, 4 et 5 LTF). Chaque partie supporte ses propres dépens engagés dans la procédure fédérale, étant précisé que les recourants n'ont pas recouru à un avocat mais à un service juridique étatique (art. 68 al. 1 et 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'état des charges de l'immeuble parcelle RF xxx de la Commune de A._ établi le 3 mars 2014 par l'Office des poursuites du district de l'Ouest lausannois est modifié sous let. A. n° 2, en ce sens que la créance de E._ AG est colloquée à hauteur de 3'229'148 fr. 90 mais n'est opposable envers les créanciers désignés sous let. B. n° 5 qu'à hauteur de 1'600'000 fr. en capital, plus intérêts à 3% l'an du 1er janvier 2014 au 13 juin 2014.
2.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
3.
Les frais judiciaires pour la procédure fédérale, arrêtés à 40'000 fr., sont mis pour 20'000 fr. solidairement à la charge des recourants et pour 20'000 fr. à la charge de l'intimée.
4.
Chaque partie supporte ses propres dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 20 juin 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Achtari