Sachverhalt:
A.
A.a. Am 18. August 2011 verurteilte das Bezirksgericht Zofingen A._ wegen einfacher Körperverletzung, mehrfachen Verabreichens gesundheitsgefährdender Stoffe an Kinder, Diebstahls, Hehlerei, Nötigung, Vorbereitungshandlungen zu bewaffnetem Raub, mehrfacher Vergehen gegen das Waffengesetz sowie verschiedener Verkehrs- und Betäubungsmitteldelikte rechtskräftig zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren und widerrief den bedingten Vollzug einer Geldstrafe von 75 Tagessätzen. Wegen Uneinbringlichkeit wurde letztere in der Folge in eine Ersatzfreiheitsstrafe von 75 Tagen umgewandelt. Am 10. August 2013 hatte der Verurteilte diese Freiheitsstrafen vollständig verbüsst.
Das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Aargau (ZMG) versetzte den Verurteilten per 11. August 2013 (im Hinblick auf ein selbstständiges gerichtliches Nachverfahren) in Sicherheitshaft.
Am 14. November 2013 verhängte das Bezirksgericht Zofingen im Nachverfahren (Art. 363-365 StPO) rechtskräftig eine stationäre Massnahme (i.S.v. Art. 65 Abs. 1 i.V.m. Art. 56 Abs. 1 und <ref-law>) für die Dauer von 1 1⁄2 Jahren gegen den Verurteilten und verlängerte die Sicherheitshaft provisorisch bis zum 13. Februar 2014.
Am 12. Mai 2014 trat der Verurteilte zum Massnahmenvollzug in die Psychiatrische Klinik Königsfelden ein. Am 1. Mai 2015 flüchtete er und wurde am 29. August 2015 wieder verhaftet und in den Massnahmenvollzug rückversetzt.
Am 3. September 2015 verweigerte das kantonale Amt für Justizvollzug (AJV) dem Verurteilten die bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme auf den Ablauf der Regelhöchstdauer per 10. März 2016 und ordnete an, er habe bis zum ausstehenden Massnahmenentscheid des Bezirksgerichts Zofingen (über eine allfällige Verlängerung) in der stationären Massnahme zu verbleiben.
Am 7. September 2015 beantragte die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm dem Bezirksgericht Zofingen, die am 14. November 2013 rechtskräftig angeordnete stationäre Massnahme sei (gemäss <ref-law>) nachträglich um fünf Jahre zu verlängern. Im Sinne eines provisorischen Zwischenentscheides sei die stationäre Massnahme für die Dauer des hängigen Nachverfahrens vorläufig zu verlängern.
Am 9. September 2015 trat die Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen auf das Gesuch um provisorische Verlängerung der Massnahme nicht ein.
Am 28. Januar 2016 verlängerte das Bezirksgericht Zofingen die stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> für die Dauer von höchstens fünf Jahren. Die Dauer der erstandenen freiheitsentziehenden Massnahmen von insgesamt 232 Tagen rechnete es nach <ref-law> auf die Dauer an.
Am 10. März 2016 wies das AJV den Verurteilten zum (vorzeitigen weiteren) Massnahmenvollzug ins Massnahmenzentrum Bitzi ein.
Am 8. April 2016 hiess das Obergericht des Kantons Aargau eine vom Verurteilten gegen den Beschluss vom 28. Januar 2016 des Bezirksgerichts Zofingen erhobene Beschwerde gut, hob den Beschluss auf und wies die Sache zu neuem Entscheid ans Bezirksgericht zurück (Dispositiv-Ziffer 1). Die Beschwerde der Staatsanwaltschaft schrieb es als gegenstandslos geworden ab (Dispositiv-Ziffer 2). Auf das Haftentlassungsgesuch des Verurteilten trat es ebensowenig ein (Dispositiv-Ziffer 3) wie auf das Gesuch um Gewährung der amtlichen Verbeiständung (Dispositiv-Ziffer 4).
A.b. Am 14. April 2016 stellte die Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen beim ZMG (im Hinblick auf das beim Bezirksgericht wieder anhängig gemachte nachträgliche Massnahmenverfahren) das Gesuch, den Verurteilten für die vorläufige Dauer von drei Monaten in Sicherheitshaft zu nehmen.
Am 16. April 2016 wies das ZMG das Gesuch ab und ordnete die Haftentlassung des Verurteilten an. Diese Verfügung wurde von der Staatsanwaltschaft gleichentags beim Obergericht angefochten mit den Anträgen, sie sei aufzuheben und es sei für die Dauer des Verfahrens Sicherheitshaft anzuordnen.
Nachdem das Obergericht den Verurteilten für die Dauer des Beschwerdeverfahrens in Sicherheitshaft versetzt hatte, hiess es am 20. Mai 2016 die Beschwerde der Staatsanwaltschaft gut und versetzte den Verurteilten (für die vorläufige Dauer von drei Monaten) bis zum 14. Juli 2016 in strafprozessuale Sicherheitshaft.
A.c. Am 7. Juni 2016 hiess das Bundesgericht eine vom Verurteilten gegen den Obergerichtsentscheid vom 8. April 2016 erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es stellte fest, dass das Obergericht eine formelle Rechtsverweigerung begangen hatte, indem es auf den Haftentlassungsantrag nicht eingetreten war; im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Verfahren 1B_31/2016).
A.d. Am 7. Juli 2016 wies das Bundesgericht eine vom Verurteilten gegen den Obergerichtsentscheid vom 20. Mai 2016 (betreffend strafprozessuale Sicherheitshaft) erhobene Beschwerde ab (Verfahren 1B_229/2016).
B.
Am 8. Juli 2016 stellte die Verfahrensleitung des Bezirksgerichts Zofingen beim ZMG das Gesuch, die Sicherheitshaft gegen den Verurteilten sei für weitere drei Monate zu verlängern. Am 22. Juli 2016 verlängerte das ZMG die Sicherheitshaft bis zum 14. Oktober 2016.
C.
Am 12. Oktober 2016 stellte der Verurteilte ein Haftentlassungsgesuch. Am 14. Oktober 2016 beantragte die Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen beim ZMG (im Hinblick auf das weiterhin beim Bezirksgericht anhängige nachträgliche Massnahmenverfahren), die Sicherheitshaft gegen den Verurteilten sei nochmals um drei Monate zu verlängern. Gleichentags verfügte das ZMG (verfahrensleitend) die provisorische Haftfortdauer bis zu seinem Haftentscheid in der Sache.
Mit Verfügung vom 27. Oktober 2016 verlängerte das ZMG die Sicherheitshaft vorläufig bis zum 14. Januar 2017.
Eine vom Verurteilten am 7. November 2016 dagegen erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, mit Entscheid vom 25. November 2016 teilweise gut. Es stellte fest, dass die Präsidentin des Bezirksgerichtes Zofingen zwischen 12. September und 14. Oktober 2016 (im hängigen gerichtlichen Verfahren betreffend nachträgliche Verlängerung der Massnahme) das Beschleunigungsgebot verletzt hat. Im Übrigen, namentlich betreffend das erhobene Haftentlassungsgesuch, wies das Obergericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Gegen den Entscheid des Obergerichtes vom 25. November 2016 gelangte A._ mit Beschwerde vom 22. Dezember 2016 ans Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und seine Haftentlassung.
Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben am 3. Januar 2017 je auf eine Stellungnahme verzichtet. Am 11. Januar 2016 verzichtete auch der Beschwerdeführer auf eine weitere Eingabe.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid betreffend Fortsetzung der Sicherheitshaft im nachträglichen gerichtlichen Verfahren betreffend Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme (Art. 220 Abs. 2, Art. 221, Art. 229-233 und Art. 363-365 StPO i.V.m. <ref-law>). Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen grundsätzlich gegeben (<ref-law>). In seinem konnexen Urteil 1B_229/2016 vom 7. Juli 2016 hat das Bundesgericht erwogen, dass die allgemeinen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt waren und die kantonalen Instanzen die strafprozessuale Sicherheitshaft in Übereinstimmung mit dem Bundesrecht verfügt hatten (Art. 230 i.V.m. <ref-law>). Die Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen weiteren Vorbemerkungen Anlass.
2.
Das Verfahren bei selbstständigen nachträglichen Massnahmenentscheiden des Gerichts (insbes. <ref-law> i.V.m. <ref-law>) richtet sich nach der StPO. Eine spezifische Regelung für die Anordnung und Fortsetzung von Sicherheitshaft enthalten die Art. 363-365 StPO nicht. Nach Einleitung des Nachverfahrens bis zur Rechtskraft des neuen Massnahmenurteils basiert die Anordnung und Fortsetzung von strafprozessualer Sicherheitshaft auf den (analog anwendbaren) Bestimmungen von Art. 229-233 i.V.m. Art. 221 und Art. 220 Abs. 2 StPO (<ref-ruling> E. 1.1-1.2 S. 178; <ref-ruling> E. 2.2-2.3 S. 336-338; je mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichtes 1B_371/2016 vom 11. November 2016 E. 4.6; 1B_382/2015 vom 26. November 2015 E. 2.2-2.3).
3.
Was das Haftprüfungsverfahren betrifft, rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe seine ausdrücklichen Vorbringen "unbeachtet" gelassen, wonach die Verfahrensleitung des (mit dem Nachverfahren befassten) Bezirksgerichtes ihr Haftverlängerungsgesuch vom 14. Oktober 2016 an das Zwangsmassnahmengericht erst am letzten Tag der laufenden bewilligten Haftdauer (und damit in Verletzung von <ref-law>) gestellt habe. Diese Verfahrens- bzw. Gehörsrüge erweist sich als unbegründet, soweit sie ausreichend substanziiert erscheint (vgl. <ref-law>) :
Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz seine prozessualen Vorbringen keineswegs unbeachtet gelassen. Vielmehr hat sie sich damit ausführlich befasst. Insbesondere hat sie (sowohl prozessual und auch inhaltlich zutreffend) erwogen, dass nicht ersichtlich sei, inwiefern dem Beschwerdeführer aus der zeitlich knappen Antragsstellung der Bezirksgerichtspräsidentin ein Rechtsnachteil erwachsen wäre (angefochtener Entscheid, S. 6 f., E. 2.4).
Der Beschwerdeführer erklärt auch vor Bundesgericht nicht, was es ihm genützt hätte, wenn die Gerichtspräsidentin ihr Haftverlängerungsgesuch ein paar Tage früher gestellt hätte. Im Übrigen handelt es sich bei der (hier analog und sinngemäss anwendbaren) Vorschrift von <ref-law> (i.V.m. Art. 230 und Art. 263-265 StPO) um eine Ordnungsvorschrift, deren primärer Zweck es ist, der Haftprüfungsinstanz (hier: dem Zwangsmassnahmengericht) ausreichend Zeit zur Prüfung des Haftverlängerungsgesuches einzuräumen. Zwar war das Zwangsmassnahmengericht (angesichts der auffallend späten Antragsstellung der Bezirksgerichtspräsidentin und des drohenden Ablaufs der Haftfrist) gezwungen, sehr rasch zu reagieren und noch gleichentags (14. Oktober 2016) verfahrensleitend die provisorische Haftfortdauer (bis zu seinem Haftentscheid vom 27. Oktober 2016 in der Sache) zu verfügen. Daraus ist dem Beschwerdeführer jedoch kein erkennbarer Rechtsnachteil entstanden.
4.
Materiell rügt der Beschwerdeführer zunächst eine bundesrechtswidrige Anwendung von <ref-law>. Er bestreitet das Vorliegen von Wiederholungsgefahr als strafprozessualer Haftgrund. Die Schwere der zu befürchtenden Delikte liege nicht an der oberen Skala; auch bestünden diesbezüglich keine Aggravationstendenzen. Der Fall liege unter dem Gesichtspunkt der Rückfallprognose "im Grenzbereich" und vermöge keinen Haftgrund zu begründen.
4.1. Der allgemeine Haftgrund (im Sinne von Art. 221 Abs. 1 Ingress StPO) bildet hier kein materielles Hafthindernis: Wird die Sicherheitshaft im selbstständigen gerichtlichen Nachverfahren (hier: nach <ref-law> i.V.m. <ref-law>) angeordnet, so entfällt die Prüfung des dringenden Tatverdachts, da eine rechtskräftige Verurteilung bereits vorliegt. Hingegen bedarf es gemäss der einschlägigen Praxis für die Anordnung und die Weiterführung von Sicherheitshaft während des Nachverfahrens eines besonderen Haftgrundes sowie einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass das Verfahren zu einer Massnahme führt, welche die Sicherstellung des Betroffenen erfordert (BGE <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 337; Urteile 1B_371/2016 vom 11. November 2016 E. 6; 1B_382/2015 vom 26. November 2015 E. 2.2; nicht amtl. publ. E. 3.5-3.6 von <ref-ruling>).
4.2. Wie im angefochtenen Entscheid (S. 8 E. 3.3) dargelegt wird, hat der Beschwerdeführer den besonderen Haftgrund der Wiederholungsgefahr (<ref-law>) im vorinstanzlichen Haftprüfungsverfahren nicht bestritten. Im Verfahren vor Bundesgericht bestreitet er die Wiederholungsgefahr ausdrücklich. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann offen bleiben ob es sich bei den betreffenden Vorbringen um unzulässige Noven handelt oder nicht (vgl. <ref-law>).
4.3. Der Wortlaut von <ref-law> ist auf das ordentliche Untersuchungs- und Hauptverfahren (mit Vortaten und neu zu untersuchenden Delikten) zugeschnitten. Im gerichtlichen Nachverfahren mit bereits rechtskräftig beurteilten Straftaten ist aufgrund einer Rückfallprognose zu prüfen, ob weitere sicherheitsrelevante Verbrechen oder schwere Vergehen (insbesondere Gewaltdelikte) drohen:
Bei Sicherheitshaft während nachträglichen richterlichen Massnahmenverfahren reicht grundsätzlich der (im Sanktionspunkt nochmals hängige) Gegenstand der bereits erfolgten Verurteilung als Vordelinquenz im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.3 S. 338; nicht amtl. publ. E. 3.5.1 von <ref-ruling>). Ausschlaggebend ist damit die Frage der potentiellen Gefährlichkeit der im Nachverfahren strafprozessual inhaftierten Person (vgl. <ref-ruling> E. 3-4 S. 18 ff.; <ref-ruling> E. 2.3.3 S. 338; E. 3.5.2 von <ref-ruling>).
Massgebliche Kriterien bei der Beurteilung der Rückfallprognose sind nach der Praxis des Bundesgerichtes insbesondere die Häufigkeit und Intensität der fraglichen Delikte. Bei dieser Bewertung sind allfällige Aggravationstendenzen, wie eine zunehmende Eskalation respektive Gewaltintensität oder eine raschere Kadenz der Taten, zu berücksichtigen. Zu würdigen sind des Weiteren die persönlichen Verhältnisse der beschuldigten bzw. verurteilten Person. Liegt bereits ein psychiatrisches Gutachten oder zumindest ein Vorabgutachten vor, ist dieses ebenfalls in die Beurteilung miteinzubeziehen.
In der Regel erscheint die Gefährdung der Sicherheit anderer umso höher, je schwerer die drohende Tat wiegt. Betreffend die Anforderungen an die Rückfallgefahr gilt hingegen eine umgekehrte Proportionalität. Dies bedeutet, je schwerer die drohenden Taten sind und je höher die Gefährdung der Sicherheit anderer ist, desto geringere Anforderungen sind an die Rückfallgefahr zu stellen. Liegen die Tatschwere und die Sicherheitsrelevanz am oberen Ende der Skala, so ist die Messlatte zur Annahme einer rechtserheblichen Rückfallgefahr tiefer anzusetzen. Zugleich ist daran festzuhalten, dass der Haftgrund der Wiederholungsgefahr restriktiv zu handhaben ist. Hieraus folgt, dass eine negative, d.h. eine ungünstige Rückfallprognose zur Annahme von Wiederholungsgefahr notwendig, grundsätzlich aber auch ausreichend ist (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil 1B_373/2016 vom 23. November 2016 E. 2 mit weiteren Hinweisen).
4.4. Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 BV) wegen strafprozessualer Haft erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffes die Auslegung und Anwendung der StPO frei. <ref-law> gelangt bei strafprozessualen Zwangsmassnahmen nicht zur Anwendung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 189; <ref-ruling> E. 2 S. 125; 340 E. 2.4 S. 346). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f.).
4.5. Schon in seinem Urteil 1B_229/2016 vom 7. Juli 2016 (E. 4) hat das Bundesgericht erwogen, dass zur Rückfallprognose drei psychiatrisch-therapeutische Beurteilungen vom 3. Januar 2013, 8. August 2014 bzw. 17. Dezember 2014 vorliegen. Diese sind zwar bereits mehrere Jahre alt, stimmen aber darin überein, es bestehe ein "hohes Risiko", dass der Beschwerdeführer "Gewaltdelikte begeht, wenn er aus der Haft entlassen wird" (insbesondere Körperverletzungen und Raubüberfälle unter Verwendung von Waffen). Zudem wurde er - neben Diebstahl, Hehlerei, Nötigung, mehrfachen Vergehen gegen das Waffengesetz sowie verschiedenen Verkehrs- und Betäubungsmitteldelikten - wegen mehrfachen Verabreichens gesundheitsgefährdender Stoffe an Kinder rechtskräftig verurteilt. Der Therapieverlaufsbericht deutet sodann darauf hin, dass der Beschwerdeführer behandelbar und damit auch massnahmenfähig ist. Zwar liegt bisher noch kein rechtsgenügliches neues Gutachten vor, aufgrund dessen über die Verlängerung der stationären Massnahme entschieden werden könnte. Dennoch erschien es dem Bundesgericht gestützt auf die bisherigen Beurteilungen jedenfalls wahrscheinlich, dass die Massnahme verlängert werden könnte, wie es das Bezirksgericht Zofingen am 28. Januar 2016 bereits anordnete (wenn auch gestützt auf ein zumindest formell untaugliches Gutachten). Aufgrund der ungünstigen Rückfallprognose wurde der Haftgrund der Wiederholungsgefahr vom Bundesgericht grundsätzlich bejaht.
Die Vorinstanz erwägt, diese Einschätzung der Wiederholungsgefahr sei "nach wie vor aktuell". Diesbezüglich sei keine wesentliche Änderung in den tatsächlichen Umständen eingetreten.
4.6. Die Annahme eines strafprozessualen Haftgrundes und einer hinreichenden Wahrscheinlichkeit, dass das Nachverfahren zu einer Massnahme führt, welche die Sicherstellung des Betroffenen erfordert, hält vor dem Bundesrecht stand. Es kann offen bleiben, ob neben der Wiederholungsgefahr auch noch der alternative Haftgrund der Fluchtgefahr (<ref-law>) zu bejahen wäre. Ebenso ist der Ansicht der Vorinstanz beizupflichten, dass derzeit keine milderen Ersatzmassnahmen ersichtlich sind, mit welchen der dargelegten Rückfallgefahr für Gewaltdelikte (und sicherheitsrelevante Straftaten gegen Kinder) ausreichend begegnet werden könnte (vgl. angefochtener Entscheid, E. 3.5). Soweit der Beschwerdeführer sich (sinngemäss) gegen die Haftbedingungen im Sicherheitsgefängnis wendet bzw. unzureichende Therapiemöglichkeiten kritisiert, ist darauf hinzuweisen, dass es ihm jederzeit frei steht, ein Gesuch um Versetzung in den vorzeitigen Massnahmenvollzug zu stellen (<ref-law>).
5.
Der Beschwerdeführer beanstandet sodann eine unverhältnismässig lange Haftdauer. Das hängige gerichtliche Nachverfahren dauere bereits seit mehr als einem Jahr an, ohne dass ein Verhandlungstermin in Sicht wäre. In seinem Urteil 1B_229/2016 vom 7. Juli 2016 habe das Bundesgericht erwogen, dass eine massvolle Verlängerung der Sicherheitshaft nur noch zulässig sei, wenn keine Verfahrensverzögerungen erfolgten. Das notwendige neue psychiatrische Gutachten sei von der Verfahrensleitung des Bezirksgerichtes erst am 27. Oktober 2016 in Auftrag gegeben worden. Die Vorinstanz habe in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes festgestellt. Seit dem 7. Juli 2016 sei die Haft bereits zwei Mal (letztmals bis 14. Januar 2017) verlängert worden.
5.1. Gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich abgeurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt (vgl. auch <ref-law>). Bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer ist namentlich der Schwere der fraglichen Straftaten Rechnung zu tragen. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung bzw. eines nachträglichen Sanktionenentscheides) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt. Die Frage, ob eine Haftdauer als übermässig bezeichnet werden muss, ist aufgrund der konkreten Verhältnisse des einzelnen Falles zu beurteilen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 275; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; 270 E. 3.4.2 S. 281; <ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; je mit Hinweisen).
5.2. Nach der Praxis des Bundesgerichtes kann nicht ohne weiteres von der Höhe einer ausgefällten schuldadäquaten Freiheitsstrafe auf die voraussichtliche Dauer einer gleichzeitig oder nachträglich angeordneten freiheitsentziehenden Massnahme geschlossen werden (vgl. <ref-ruling> E. 5d S. 178). Falls ein stationärer Massnahmenvollzug droht, ist die Fortdauer der strafprozessualen Haft verhältnismässig, wenn aufgrund der Aktenlage mit einer freiheitsentziehenden Massnahme ernsthaft zu rechnen ist, deren gesamter Vollzug deutlich länger dauern könnte als die bisherige strafprozessuale Haft (<ref-ruling> E. 5e S. 178; Urteile 1B_178/2016 vom 7. Juni 2016 E. 4.2-4.5; 1B_291/2014 vom 8. September 2014 E. 3.2).
5.3. Nach den Feststellungen der Vorinstanz, welche vom Beschwerdeführer nicht bestritten werden, wurde das selbstständige gerichtliche Verfahren betreffend nachträgliche Verlängerung der (am 14. November 2013 befristet angeordneten und vollzogenen) stationären therapeutischen Massnahme am 7. September 2015 beim Bezirksgericht Zofingen anhängig gemacht. Nach Ende des bisherigen ordentlichen Massnahmenvollzuges (Ablauf der Regelhöchstdauer per 10. März 2016) wurde der Beschwerdeführer am 10. März 2016 in den weiteren (vorzeitigen) Massnahmenvollzug eingewiesen. Nachdem das Bezirksgericht am 28. Januar 2016 die stationäre Massnahme (gemäss <ref-law>) für die Dauer von höchstens fünf Jahren verlängert hatte, wurde dieses Nachverfahren am 8. April 2016 (aufgrund des Beschwerdeentscheides des Obergerichtes) wieder beim Bezirksgericht anhängig gemacht. Am 14. April 2016 stellte die Präsidentin des Bezirksgerichts das Gesuch um Anordnung von Sicherheitshaft während des Nachverfahrens. Das Gesuch wurde vom Obergericht am 20. Mai 2016 (auf dem Beschwerdeweg) rechtskräftig gutgeheissen und unterdessen von den Haftprüfungsinstanzen mehrmals bestätigt.
Nach den vorliegenden Akten befindet sich der Beschwerdeführer wegen des aktuellen gerichtlichen Nachverfahrens seit 10. März 2016 (Ende des am 14. November 2013 angeordneten ordentlichen Massnahmenvollzuges gegenüber dem rechtskräftig Verurteilten) in strafprozessualer Haft (vorzeitiger Massnahmenvollzug bzw. Sicherheitshaft). Die Staatsanwaltschaft hat eine nachträgliche Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme um fünf Jahre beantragt. In seinem ersten Entscheid vom 28. Januar 2016 verlängerte das Bezirksgericht die Massnahme (gemäss <ref-law>) für die Dauer von höchstens fünf Jahren. Zwar wurde das Nachverfahren am 8. April 2016 vom Obergericht an das Bezirksgericht zur Neubeurteilung zurückgewiesen. Wie jedoch im angefochtenen Entscheid des Obergerichtes vom 25. November 2016 sowie im Urteil des Bundesgerichtes 1B_229/2016 vom 7. Juli 2016 (E. 4) dargelegt wird, besteht nach wie vor ein hohes Risiko, dass der Beschwerdeführer Gewaltdelikte (und andere Straftaten) begeht, wenn er aus der Haft entlassen wird. Ausserdem erscheint es wahrscheinlich, dass die therapeutische stationäre Massnahme im Nachverfahren verlängert werden könnte (vgl. dazu oben, E. 4.5).
Damit ist die bisherige (auf das aktuelle gerichtliche Nachverfahren entfallende) strafprozessuale Haftdauer von ca. 10 Monaten noch nicht in grosse Nähe des nachträglichen stationären Massnahmenvollzuges gerückt, der dem Beschwerdeführer im hängigen gerichtlichen Nachverfahren konkret droht.
Das Vorbringen des Beschwerdeführers, der ordentliche Sanktionsvollzug sei (am 10. März 2016) abgelaufen und die ausgefällten schuldadäquaten Freiheitsstrafen seien verbüsst, schliesst die Anordnung von strafprozessualer Sicherheitshaft im gerichtlichen Nachverfahren der Verlängerung (oder Umwandlung) einer freiheitsentziehenden Massnahme nicht zum Vornherein aus (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 188 f.). D ie Anordnung und Fortdauer von Sicherheitshaft in selbstständigen gerichtlichen Nachverfahren betreffend Anordnung bzw. Verlängerung einer stationären Massnahme ist jedenfalls zulässig, wenn der ordentliche Sanktionsvollzug im Zeitpunkt des Gesuches um Einleitung des Nachverfahrens noch nicht vollständig beendet war (vgl. Urteile des Bundesgerichtes 1B_371/2016 vom 11. November 2016 E. 6.6; 1B_4/2010 vom 21. Januar 2010 E. 3.2). Im vorliegenden Fall wurde der Antrag auf nachträgliche Verlängerung der stationären Massnahme am 7. September 2015 gestellt und damit sechs Monate vor dem Ende des ordentlichen Massnahmenvollzuges gegenüber dem (rechtskräftig verurteilten) Beschwerdeführer.
5.4. Im Weiteren kann eine Haft die bundesrechtskonforme Dauer auch dann überschreiten, wenn das Strafverfahren nicht genügend vorangetrieben wird (vgl. Art. 31 Abs. 3-4 BV und <ref-law>). Eine Haftentlassung kommt allerdings nur bei besonders schwer wiegenden bzw. häufigen Versäumnissen in Frage, die erkennen lassen, dass die verantwortlichen Behörden nicht gewillt oder nicht in der Lage sind, dem Beschleunigungsgebot in Haftsachen Rechnung zu tragen. Die Frage, ob eine Haftdauer als übermässig bezeichnet werden muss, ist aufgrund der konkreten Verhältnisse des einzelnen Falles zu beurteilen. Eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes ist im Dispositiv des Urteils festzustellen. Auch ist ihr bei der Auferlegung von Verfahrenskosten angemessen Rechnung zu tragen. Der Haftrichter kann nötigenfalls prozessuale Anordnungen erlassen (vgl. <ref-law>) bzw. Fristen für ausstehende Verfahrenshandlungen ansetzen (<ref-ruling> E. 3.1, 3.2.2-3.2.3 S. 96-98; <ref-ruling> E. 2.3 S. 278; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170 f.; 270 E. 3.4.2 S. 281).
5.5. In seinem Urteil 1B_229/2016 vom 7. Juli 2016 (E. 4.2) hat das Bundesgericht unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit der Haftfortdauer Folgendes erwogen: Die Sicherheitshaft erscheine zwar noch als rechtmässig. Das gelte auch noch für eine massvolle Verlängerung, sofern das Verfahren mit der unter diesen Umständen gebotenen, besonderen Beschleunigung fortgeführt werde. Die Strafbehörden dürften aber jedenfalls keine Verfahrensverzögerungen (auch nicht bei der Erstellung des Gutachtens) zulassen, wenn sie den Beschwerdeführer bis zum Entscheid über die Verlängerung der stationären Massnahme in Haft behalten wollten.
Die Vorinstanz hat im Dispositiv des angefochtenen Entscheides förmlich festgestellt, dass die Präsidentin des Bezirksgerichtes Zofingen zwischen 12. September und 14. Oktober 2016 (im hängigen gerichtlichen Verfahren betreffend nachträgliche Verlängerung der Massnahme) das Beschleunigungsgebot verletzt habe. Die Vorinstanz hat diesem Umstand auch bei der Verlegung der Verfahrenskosten angemessen Rechnung getragen.
Für die Zeit zwischen Juni und Anfang September 2016 sei dem Bezirksgericht laut Vorinstanz keine Verfahrensverschleppung vorzuwerfen. Den Beschluss betreffend psychiatrische Neubegutachtung habe dieses am 21. Juli 2016 gefasst. Zwischen dem 7. Juni 2016 und dem 21. Juli 2016 habe dessen Verfahrensleitung einen geeigneten forensischen Gutachter gesucht und den Fragenkatalog zusammengestellt. Am 4. August 2016 habe der Beschwerdeführer ein Ausstandsgesuch gegen die Gerichtspräsidentin gestellt, welches vom Obergericht zügig behandelt und am 12. September 2016 rechtskräftig abgewiesen worden sei.
Angesichts der Vorschriften von <ref-law> und des Grundsatzes von Treu und Glauben werfe der Beschwerdeführer der Präsidentin des Bezirksgerichtes zu Unrecht vor, zwischen 4. August und 12. September 2016 "untätig" geblieben zu sein. Allerdings sei kein sachlicher Grund ersichtlich, weshalb die Präsidentin anschliessend, zwischen dem Abschluss des obergerichtlichen Ausstandsverfahrens (12. September 2016) und dem 14. Oktober 2016, das Gutachten nicht zügig in Auftrag gegeben habe. Diese von der Vorinstanz erstmalig festzustellende Verletzung des Beschleunigungsgebotes ziehe jedoch nach der einschlägigen Praxis des Bundesgerichtes noch nicht zwangsläufig eine Haftentlassung nach sich. Vielmehr genüge hier eine Feststellung des Verfahrensfehlers im Dispositiv des Haftentscheides (vgl. angefochtener Entscheid, E. 3.4.2-3.4.5).
5.6. Wie bereits dargelegt, ist im vorliegenden Fall ein ausreichender gesetzlicher Haftgrund gegeben (oben, E. 4) und liegt in der vorliegenden Konstellation noch keine "Überhaft" vor (E. 5.2-5.3). Nach der oben erörterten Praxis des Bundesgerichtes führen sachlich unbegründete Verfahrensverzögerungen nur dann zwangsläufig zu einer Haftentlassung, wenn sie besonders schwer wiegen bzw. gehäuft aufgetreten sind (E. 5.4).
Der Beschwerdeführer räumt ein, dass das neue Gutachten am 27. Oktober 2016 in Auftrag gegeben wurde. Die von der Vorinstanz festgestellte ca. einmonatige Verfahrensverschleppung (im Hinblick auf die Vergabe des Gutachtens) lässt den Vorwurf noch nicht zu, das Bezirksgericht sei nicht gewillt oder nicht in der Lage, dem Beschleunigungsgebot in Haftsachen Rechnung zu tragen. Im vorliegenden Fall fällt auch ins Gewicht, dass die kantonalen Instanzen die Sicherheitshaft jeweils auf drei Monate befristet haben und dass sie davon ausgehen, dass das gerichtliche Nachverfahren nach Eingang des ausstehenden Gutachtens nun zügig abgeschlossen wird. Die Befristung der Haft erfolgte in Nachachtung (und analoger Anwendung) von <ref-law> (vgl. auch Urteile des Bundesgerichtes 1B_371/2016 vom 11. November 2016 E. 6.8; 1B_382/2015 vom 26. November 2015 E. 5). Der angefochtene Entscheid mit der Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebotes im Dispositiv wurde dem Bezirksgericht förmlich eröffnet.
5.7. Eine Haftentlassung erscheint damit von Bundesrechts wegen noch nicht geboten. Angesichts des unterdessen eingetretenen Zeitablaufs von gut 16 Monaten seit der Anhängigmachung des gerichtlichen Nachverfahrens erscheint es allerdings tunlich, die zuständigen kantonalen Strafbehörden in Nachachtung des Beschleunigungsgebotes in Haftsachen (Art. 31 Abs. 3-4 BV, Art. 5 Ziff. 3-4 EMRK, <ref-law>) zunächst nochmals ausdrücklich daran zu ermahnen, das Verfahren nun möglichst zügig durchzuführen.
Dem angefochtenen Entscheid und den Eingaben der Verfahrensbeteiligten lässt sich sodann nicht entnehmen, dass das ausstehende Gutachten unterdessen eingetroffen wäre. Bei dieser Sachlage ist der zuständigen Strafbehörde für die Einholung des Gutachtens eine angemessene Frist anzusetze n (vgl. zur betreffenden Praxis oben, E. 5.4). Unbestrittenermassen hat das Bezirksgericht den Beschluss betreffend psychiatrische Neubegutachtung am 21. Juli 2016 gefasst und die Expertise am 27. Oktober 2016 in Auftrag gegeben. Das Bundesgericht geht davon aus, dass bis spätestens 31. März 2017entweder das eingeholte Gutachten vorliegt oder zumindest ein psychiatrisches Vorabgutachten, welches zur haftrelevanten Frage der Rückfallprognose für Gewaltdelikte (und sicherheitsrelevante Straftaten gegen Kinder) Aufschluss gibt (vgl. dazu oben, E. 4.3-4.5). Dass es dem Beschwerdeführer weiterhin frei steht, jederzeit ein Gesuch um (Rück-) Versetzung in den vorzeitigen Massnahmenvollzug zu stellen (<ref-law>), wurde bereits erwähnt.
6.
Die Beschwerde ist in diesem Sinne teilweise gutzuheissen:
Dem Bezirksgericht Zofingen ist eine Frist anzusetzen bis 31. März 2017. Falls das ausstehende psychiatrische Gutachten oder wenigstens ein Vorabgutachten zur Frage der Rückfallprognose bis dahin nicht eingetroffen ist, hat das Bezirksgericht eine Haftentlassung des Beschwerdeführers (allenfalls gegen Ersatzmassnahmen für strafprozessuale Haft) zu prüfen und ein entsprechendes Haftentlassungsverfahren einzuleiten (<ref-law>). Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist zu bewilligen; die gesetzlichen Voraussetzungen sind erfüllt (<ref-law>). Sein subsidiäres Gesuch um Zusprechung einer (reduzierten) Parteientschädigung (im Hinblick auf teilweises Obsiegen) wird damit hinfällig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen.
2.
Falls bis zum 31. März 2017 das ausstehende psychiatrische Gutachten oder wenigstens ein Vorabgutachten zur Frage der Rückfallprognose nicht beim Bezirksgericht Zofingen eingetroffen ist, hat das Bezirksgericht eine Haftentlassung des Beschwerdeführers (allenfalls gegen Ersatzmassnahmen für strafprozessuale Haft) zu prüfen und ein entsprechendes Haftentlassungsverfahren (<ref-law>) einzuleiten.
3.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
4.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
4.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.2. Rechtsanwalt Konrad Jeker wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsvertreter eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- (pauschal, inkl. MWST) aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bezirksgericht Zofingen sowie dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Januar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Forster