Fatti:
A.
A._ SA, B._ SA e C._ sono proprietari di fondi ubicati nel comparto "X._" del Comune di Mendrisio. La scheda R7 del piano direttore (PD), adottata dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 20 maggio 2009, elenca detto comparto con il grado di consolidamento di risultato intermedio fra i poli di sviluppo economico (PSE).
B.
Con decisione del 18 novembre 2015 il Consiglio di Stato ha adottato il settimo pacchetto di modifiche del PD: il PSE di X._ è stato stralciato dalla scheda R7; di conseguenza sono state adattate anche altre schede. Contro questa decisione i menzionati proprietari sono insorti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 17 febbraio 2016, ritenuto che il ricorso doveva essere inoltrato al Gran Consiglio, l'ha dichiarato irricevibile, trasmettendo gli atti per competenza al Parlamento cantonale.
C.
Avverso questa sentenza A._ SA, B._ SA e C._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico, rispettivamente un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono, in via preliminare, di sospendere la procedura in attesa della decisione del Gran Consiglio, in via provvisionale, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e, nel merito, di annullare la sentenza della Corte cantonale restituendole gli atti affinché decida nel merito; in via subordinata, postulano l'annullamento della decisione del Consiglio di Stato.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF nel ricorso occorre spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto. Questa Corte non è pertanto tenuta a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.6; <ref-ruling> consid. 4.1). Per di più, quando i ricorrenti invocano, come in concreto, la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale (divieto dell'arbitrio, principio di proporzionalità, garanzia della proprietà, diritto di essere sentito), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure sollevate soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.4).
2.
2.1. In materia di piano direttore cantonale, secondo l'art. 13 della legge ticinese sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST), il Consiglio di Stato elabora le schede di dato acquisito e i piani (cpv.1), li adotta e li fa pubblicare presso i Comuni (cpv. 2); contro il contenuto di schede e piani, i Comuni e gli altri enti interessati possono presentare ricorso al Gran Consiglio entro quindici giorni dalla scadenza del termine di pubblicazione (cpv. 3).
Nella decisione impugnata la Corte cantonale ha stabilito che in applicazione di quest'ultima norma eventuali ricorsi dovevano essere presentati al Gran Consiglio. Accertata la propria incompetenza, ha quindi trasmesso gli atti al Parlamento cantonale in applicazione degli art. 4 e 6 cpv. 1 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm).
2.2. I ricorrenti, che incentrano a torto il gravame esclusivamente sulla decisione del 18 novembre 2015, con la quale il Consiglio di Stato ha adottato le citate modifiche del PD, non si confrontano del tutto con il motivo d'irricevibilità posto a fondamento della sentenza della Corte cantonale, unica decisione che può essere oggetto del litigio in esame. Essi si limitano infatti a rilevare che "nell'incertezza in merito a quella che sarà la decisione del Legislativo cantonale circa la propria competenza", ritengono di presentare il ricorso "a titolo cautelativo". Ciò poiché, qualora il Gran Consiglio dovesse negare la propria competenza, le violazioni asseritamente commesse nella procedura di modifica delle schede del PD non verrebbero esaminate da alcuna autorità, ciò che costituirebbe una lesione della garanzia della via giudiziaria ai sensi degli <ref-law> e 6 n. 1 CEDU.
2.3. Ora, contravvenendo al loro obbligo di motivazione (<ref-law>), i ricorrenti neppure tentano di spiegare perché i giudici cantonali, dichiarando irricevibile per carenza di competenza il loro gravame, avrebbero applicato l'art. 13 cpv. 3 LST, il cui tenore è peraltro chiaro, nonché gli art. 4 e 6 cpv. 1 LPAmm in maniera arbitraria, non solo nella motivazione ma anche nel risultato (sulla definizione di arbitrio vedi <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72, 49 consid. 3.4 pag. 53).
2.4. Essi disattendono infatti che secondo la giurisprudenza, ove l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso inammissibile per ragioni formali senza procedere all'esame di merito, il ricorrente deve addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe quindi a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (<ref-ruling> consid. 1b; <ref-ruling> consid. 2b, 134 consid. 2; sentenza 1C_569/2015 dell'11 novembre 2015 consid. 2.2). Se i ricorrenti non lo dimostrano, ma come in concreto ripropongono semplicemente le argomentazioni di merito addotte davanti al Governo cantonale, le critiche sono inammissibili. In effetti, se annulla una decisione d'irricevibilità, il Tribunale federale non statuisce nel merito, ma rinvia la causa all'autorità cantonale affinché il cittadino non sia privato di un grado di giurisdizione (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 48; <ref-ruling> consid. 3 e 4).
2.5. Per di più, i ricorrenti neppure cercano di spiegare, visto il chiaro tenore dell'art. 13 cpv. 3 LST, perché essi, come i Comuni e gli altri enti interessati, sarebbero legittimati a insorgere contro le contestate modifiche del PD, vincolante soltanto per le autorità, ma non per i privati (art. 9 cpv. 1 LPT).
I ricorrenti misconoscono che secondo costante giurisprudenza, il Tribunale federale di principio non entra nel merito di ricorsi presentati dai privati contro un piano direttore cantonale. Come rilevato, questo strumento pianificatorio è infatti vincolante soltanto per le autorità, in particolare per i Comuni (<ref-ruling> consid. 1.4 e rinvii) e non per i proprietari privati, nei cui confronti non regola diritti o obblighi, e che non sono quindi legittimati ad impugnarlo (cfr. <ref-ruling> consid. 1c pag. 432). Un controllo accessorio del piano direttore è per contro possibile, dandosene il caso, nell'ambito della procedura del piano regolatore o della licenza a costruire (<ref-ruling> consid. 3b pag. 289 seg.; <ref-ruling> consid. 3a pag. 130; <ref-ruling> e 93; sentenza 1C_215/2011 del 2 aprile 2012 consid. 2.3.3; PETER HÄNNI, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 6aed., 2016, pag. 138 seg., 141 seg., 543 e 545). I ricorrenti non si confrontano del tutto neppure con questa tematica, anch'essa decisiva.
2.6. D'altra parte, essi neppure provano di rendere verosimile perché la decisione del Gran Consiglio concernente la revisione del PD (art. 6 LPT) non potrebbe, qualora fossero adempiuti i necessari presupposti, essere impugnata dinanzi al Tribunale federale. Secondo l'<ref-law>, gli atti normativi cantonali sono infatti direttamente impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale se non è possibile avvalersi di alcun rimedio giuridico cantonale (<ref-law>) : il ricorso sussidiario in materia costituzionale proposto dai ricorrenti è pertanto inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 267 e rinvii e consid. 2.2 sulla portata dell'approvazione da parte del Consiglio federale). Ora, la decisione con la quale il Parlamento cantonale statuisce su un ricorso contro il PD è definitiva (cfr. sentenza 1C_215/2011, citata, consid. 2.1).
3.
3.1.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
3.2. L'emanazione del presente giudizio rende superflua sia la domanda di sospendere la procedura sia quella di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Consiglio di Stato, al Gran Consiglio, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.