Faits :
A.
Par jugement du 8 avril 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud, à la suite d'un jugement du Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte du 19 novembre 2014, a notamment alloué à X._ une indemnité de 1'215 fr. et 567 fr. pour les dépenses occasionnées par l'exercice de ses droits de procédure (<ref-law>) respectivement en première instance et en appel et a compensé ces montants avec les frais de justice de première et deuxième instance mis à la charge de X._.
B.
Celle-ci forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant, avec suite de dépens, à sa réforme en ce sens que le chiffre du dispositif du jugement prononçant la compensation est supprimé. Elle sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
La recourante invoque une violation de l'<ref-law>. Selon elle, en référence en particulier au Message du Conseil fédéral du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale (FF 2006 1318 ch. 2.11.2), seule l'autorité de recouvrement des frais peut ordonner la compensation et non l'autorité pénale. Elle en déduit que la juridiction d'appel n'était pas compétente.
L'<ref-law> prévoit que les autorités pénales peuvent compenser les créances portant sur des frais de procédure avec les indemnités accordées à la partie débitrice dans la même procédure pénale et avec les valeurs séquestrées. Cette disposition est susceptible de s'appliquer dans l'hypothèse où le prévenu a été acquitté en tout ou partie et qu'il peut prétendre à une indemnisation sur la base de l'art. 429 al. 1 let. a ou b CPP, alors qu'il doit simultanément supporter des frais de procédure selon l'<ref-law> (une compensation est exclue en cas d'indemnité pour tort moral selon l'art. 429 al. 1 let. c CPP, <ref-ruling> consid. 5 p. 244 s.).
Alors que la teneur de l'<ref-law> donne explicitement la compétence aux autorités pénales pour ordonner la compensation, le message, dans sa version française, est contradictoire pour laisser entendre que seule une autorité de recouvrement le serait ("C'est à l'autorité chargée du recouvrement des frais de procédure et non à une autorité pénale au sens des art. 12 et 13 qu'il appartient d'ordonner ou non la compensation" [FF 2006 1318 ch. 2.11.2]). Cette approche ne se retrouve cependant pas dans les versions allemande et italienne du message, qui sont plus nuancées (" Dabei kann die Behörde, welche das Inkasso der Verfahrenskosten vornimmt und die nicht eine Strafbehörde im Sinne der Artikel 12 und 13 zu sein braucht, die Verrechnung erklären " [BBl 2006 1334 Ziff. 2.11.2]; " Spetta all'autorità incaricata della riscossione delle spese procedurali, che non deve necessariamente essere un'autorità penale ai sensi degli articoli 12 e 13, stabilire se procedere alla compensazione " [FF 2006 1236 n. 2.11.2]). La majorité de la doctrine ne conteste pas la compétence de l'autorité pénale de prononcer la compensation, relevant qu'elle n'est pas réservée aux tribunaux mais peut aussi incomber aux autorités d'exécution chargées du recouvrement des frais (cf. ANGELA CAVALLO, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 18 ad <ref-law>; JO PITTELOUD, Code de procédure pénale suisse, 2012, no 1401 dernier § p. 922; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, 2e éd. 2013, n° 8 ad <ref-law>; FRANZ RIKLIN, Kommentar StPO, 2e éd. 2014, n° 5 ad <ref-law> [ce dernier auteur met quant à lui en cause la compétence des autorités de recouvrement]). Seuls quelques auteurs francophones, en référence au message dans sa version française, signalent une compétence de l'autorité de recouvrement (cf. MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016, n° 9 ad <ref-law>; MICHEL PERRIN, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 10 ad <ref-law> p. 1944). Dans l'arrêt précité publié aux <ref-ruling> consid. 5.2, le Tribunal fédéral avait déjà laissé entendre la faculté pour les autorités pénales de prononcer la compensation, celle-ci étant cependant exclue dans le cas jugé en raison de la nature de l'indemnité (tort moral) sur laquelle elle portait.
Compte tenu de ce qui précède et en particulier de la teneur de l'<ref-law>, l'autorité de jugement est également compétente pour prononcer la compensation. Elle est d'ailleurs seule compétente pour ce faire s'agissant des valeurs séquestrées mentionnées à l'<ref-law> (cf. art. 267 al. 3 et 268 CPP). Rien ne justifie de retenir une compétence exclusive de l'autorité de recouvrement. La critique de la recourante est infondée.
2.
Le recours doit être rejeté. L'assistance judiciaire peut être accordée, l'application de l'<ref-law> n'étant pas dépourvue de difficultés. Me Mingard est désigné comme défenseur d'office (<ref-law>). Son indemnité est fixée en tenant compte de la brièveté du mémoire. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Me Fabien Mingard est désigné comme avocat d'office de la recourante et une indemnité de 500 fr., supportée par la caisse du Tribunal, lui est allouée à titre d'honoraires.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 4 avril 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel