Faits :
A.
Par deux ordonnances pénales du 18 décembre 2012, le Préfet du district de Lavaux-Oron a condamné Y._ et X._ pour infraction à la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC/VD; RS/VD 700.11) à une amende de 500 fr. chacun, la peine privative de liberté de substitution étant fixée à cinq jours.
B.
Par jugement du 24 avril 2013, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois, statuant sur opposition de Y._ et X._, les a libérés de l'accusation d'infraction à l'art. 130 LATC/VD et leur a alloué une indemnité de 18'000 fr. fondée sur l'art. 429 CPP.
C.
C.a. Par jugement du 26 juin 2013, le Président de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis l'appel du ministère public, a reconnu Y._ et X._ coupables d'infraction à la LATC/VD et les a condamnés à une amende de 500 fr. chacun, la peine privative de liberté de substitution étant fixée à cinq jours.
C.b. Par arrêt 6B_942/2013 du 27 mars 2014, le Tribunal fédéral a jugé irrecevable le recours de Y._ et X._ s'agissant de leur condamnation relative à l'habillage des murs.
S'agissant de leur condamnation pour non-respect des directives visant à prévenir les incendies, le Tribunal fédéral a jugé que l'autorité d'appel, si elle s'écartait des faits retenus en première instance, ne pouvait se retrancher derrière l'art. 398 al. 4 CPP, qui exclut la production de nouvelles allégations ou preuves, pour refuser des mesures d'instruction requises. Faute pour l'autorité d'appel de justifier autrement ce rejet, il n'était pas possible de retenir que cette autorité avait procédé à une appréciation anticipée des preuves exempte d'arbitraire. Une violation du droit d'être entendus des intéressés et, avec elle, le recours, ont été admis sur ce second aspect.
D.
D.a. Par jugement du 22 mai 2014, le Président de la Cour d'appel pénale a admis l'appel du ministère public, reconnu Y._ et X._ coupables d'infraction à la LATC/VD et les a condamnés à une amende de 500 fr. chacun, la peine privative de liberté de substitution étant fixée à cinq jours.
D.b. Par arrêt 6B_736/2014 du 5 juin 2015, le Tribunal fédéral a relevé que ce jugement reprochait aux recourants d'avoir violé les " directives de protection incendie indiquées dans le permis de construire " émises par l'association des établissements cantonaux d'assurance incendie (ci-après : AEAI) et par conséquent d'avoir contrevenu à l'art. 130 LATC/VD. Le jugement du 22 mai 2014 n'indiquait toutefois ni la disposition, ni la directive qui aurait été violée, ni sur quelle base la violation de la directive reprochée, non mentionnée à l'art. 130 LATC/VD, pourrait donner lieu à l'application de cette dernière disposition. Le jugement était pour ce motif déjà arbitraire. Le refus de donner suite aux réquisitions de preuves formulées par les recourants était en outre arbitraire. Le recours a dès lors été admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité d'appel pour nouvelle décision.
E.
Par jugement du 6 juillet 2015, le Président de la Cour d'appel pénale a jugé que Y._ et X._ s'étaient rendus coupables d'une double contravention à l'art. 130 LATC/VD, soit d'une part pour non-exécution de l'habillage des murs conformément à l'autorisation de construire et d'autre part pour n'avoir pas respecté les directives de protection incendie au sens de l'art. 6.9.5 al. 3 de la directive de protection civile, Installations thermiques, émise par l'AEAI, édition du 26 mars 2003 (ci-après : DIT), les exigences de l'art. 6.9.2 DIT ne s'appliquant en revanche pas. Le Président de la Cour d'appel pénale a par conséquent admis l'appel du ministère public, condamnés Y._ et X._ à une amende de 400 fr. chacun, la peine privative de liberté de substitution étant fixée à quatre jours, et rejeté leur prétention en indemnisation de leurs frais de défense au sens de l'art. 429 CPP.
F.
Y._ et X._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 6 juillet 2015. Ils concluent, avec suite de frais et dépens, à leur acquittement de l'infraction à la LATC/VD dans la mesure où cette condamnation porte sur le fait d'avoir fait installer des conduits de cheminée qui ne répondraient pas aux normes anti-incendies. Ils sollicitent également la mise des frais à la charge de l'Etat et l'octroi de l'indemnité prévue par le jugement du 24 avril 2013 en sus d'indemnités cantonales et fédérales. Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt du 6 juillet 2015.
Le ministère public a conclu au rejet du recours. La Cour d'appel pénale s'est référée au jugement attaqué.

Considérant en droit :
1.
A la suite du premier arrêt de renvoi 6B_942/2013 du 27 mars 2014, seule restait litigieuse et contestée la condamnation des recourants, en vertu de l'art. 130 LATC/VD, pour non-respect des directives de protection incendie concernant les conduits de fumée.
1.1. Aux termes de l'art. 130 LATC/VD, celui qui contrevient à la LATC/VD, aux règlements d'application tant cantonaux que communaux ou aux décisions fondées sur ces lois et ces règlements, est passible d'une amende de deux cents francs à deux cent mille francs. La poursuite a lieu conformément à la loi vaudoise du 19 mai 2009 sur les contraventions (LContr; RS/VD 312.11).
1.2. L'autorité précédente, après avoir considéré que les conduits litigieux étaient " en façade " et non intérieurs, a estimé que la norme applicable était la norme 6.9.4 DIT et non 6.9.2 DIT et que les conduits étaient conformes à la norme 6.9.4 DIT. Contrairement à ce que retenait le jugement d'appel du 22 mai 2014, aucune contravention à l'art. 130 LATC/VD ne pouvait être retenue s'agissant du gainage des conduits.
L'autorité précédente a en revanche estimé que la partie du conduit extérieur passant par un avant-toit était soumise à l'exigence posée par la norme 6.9.5 DIT. Elle a jugé que le jugement de première instance était manifestement inexacte au sens de l'art. 398 al. 4 CPP sur ce point, le premier juge n'ayant procédé à aucun constat sur la présence de matériau incombustible dans les espaces vides, d'une largeur de 5 cm, tout autour du conduit. L'autorité précédente a par conséquent complété les faits sur ce point, se référant à des pièces au dossier, puis refusé les mesures d'instruction requises, estimant que le constat du maître-ramoneur avait une valeur probante entière et n'était infirmé par aucune autre constatation au dossier. Les recourants devaient par conséquent être condamnés pour contravention à l'art. 130 LATC/VD pour n'avoir pas respecté les conditions spéciales posées en matière de protection incendie, selon la DIT, faisant partie intégrante du permis de construire délivré le 21 février 2008, en particulier la norme 6.9.5 al. 3 DIT, pour l'absence d'obturation des espaces vides au moyen de matériau incombustible au passage du toit.
1.3. La norme 6.9.5 al. 3 DIT - retenue par l'autorité d'appel pour confirmer la condamnation des recourants en vertu de l'art. 130 LATC/VD s'agissant des conduits de fumée - ne figurait pas dans l'ordonnance pénale. Les recourants invoquent à cet égard notamment une violation de leur droit d'être entendus.
1.3.1. On comprend de l'argumentation des recourants qu'ils invoquent une violation du principe d'accusation. Ce principe, consacré par l'art. 9 CPP, lequel ne s'applique ici qu'en tant que droit cantonal supplétif s'agissant d'une infraction de droit cantonal, découle aussi de l'art. 29 al. 2 Cst. (droit d'être entendu). Selon ce principe, l'acte d'accusation définit l'objet du procès et sert également à informer le prévenu (fonction de délimitation et d'information, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 190). Ainsi d'une part le tribunal est lié par l'état de fait décrit dans l'acte d'accusation (principe de l'immutabilité de l'acte d'accusation). D'autre part, l'acte d'accusation doit décrire aussi précisément que possible dans son état de fait les délits reprochés au prévenu, de sorte à ce que ce dernier sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 190).
1.3.2. En l'espèce, les ordonnances pénales du 18 décembre 2012, valant actes d'accusation, étaient succinctes. Elles prenaient toutefois soin de préciser, s'agissant des conduits, la norme DIT selon elles violée. Elles ne mentionnaient toutefois que la norme 6.9.2 DIT et la norme 6.9.4 DIT, celle-ci étant toutefois jugée non applicable, et non la disposition distincte qu'était la norme 6.9.5 DIT. Elles ne contenaient de plus aucune mention de la nécessité d'un enchevêtrement ni aucun reproche s'agissant de l'absence d'un tel enchevêtrement, prescrit dans certaines situations par la norme 6.9.5 DIT. Les recourants devaient ainsi comprendre qu'il leur était reproché de n'avoir pas respecté la norme 6.9.2 DIT, traitant de la résistance nécessaire des conduits de fumée et gaines de ces conduits (al. 1 et 4) et de l'exigence de compartimentage au sein de la même gaine (al. 2 et 3). Ils ne devaient en revanche pas en déduire qu'il leur était également reproché une violation de la norme 6.9.5 al. 3 DIT traitant de l'enchevêtrement nécessaire autour du conduit. La seule référence au refus " d'exécuter les conditions du permis de construire et les mises en conformité ", qui ne mentionnaient pas cette norme, n'est à cet égard pas suffisante pour retenir que les recourants auraient dû comprendre en lisant l'ordonnance pénale qu'ils étaient également poursuivis pour violation de l'art. 6.9.5 al. 3 DIT. Cette interprétation des ordonnances pénales est corroborée par le jugement de première instance, qui n'analysait s'agissant des conduits que leur conformité à la norme 6.9.4 DIT et ne se posait pas la question d'un enchevêtrement nécessaire. Il en est de même des réquisitions formulées par les recourants devant l'instance précédente dont celle-ci relève qu'elles ne portaient que sur la problématique des conduits en façade et des exigences en matière de résistance au feu, et non sur l'enchevêtrement nécessaire (jugement entrepris, p. 9 i. f.).
Dès lors, l'autorité précédente, après avoir constaté que les reproches formulés à l'encontre des recourants par les ordonnances pénales étaient injustifiés s'agissant des conduits de fumée, aurait dû les acquitter sur ce point et non tenter de maintenir une condamnation en se fondant sur des faits et reproches ne résultant pas des ordonnances pénales. En confirmant la condamnation des recourants en retenant une violation par eux de la norme 6.9.5 DIT, l'autorité d'appel a violé le principe d'accusation et le droit d'être entendus des recourants.
L'autorité d'appel a conclu à la violation par les recourants des " conditions spéciales posées en matière de protection incendie, selon les directive AEAI ". Elle ne retenait toutefois à la charge des recourants qu'une violation de l'art. 6.9.5 al. 3 DIT, intenable pour les motifs qui précèdent.
2.
Il s'ensuit que le recours doit être admis. Il convient d'annuler le jugement attaqué et de prononcer l'acquittement des recourants, en application de l'art. 107 al. 2 LTF, de l'accusation de violation de l'art. 130 LATC/VD en ce qui concerne la conformité des conduits de fumée aux directives de protection incendie. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle fixation de l'amende et de la peine privative de liberté de substitution ainsi que pour nouvelle décision sur la requête en indemnisation.
Les recourants, qui obtiennent gain de cause, peuvent prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Le présent arrêt est rendu sans frais (art. 66 al. 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et le jugement attaqué est réformé en ce sens que les recourants sont acquittés de l'accusation de violation de l'art. 130 LATC/VD en ce qui concerne la conformité des conduits de fumée aux directives de protection incendie. La cause est pour le surplus renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Président de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 juillet 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod