Faits :
A.
X._ SA (ci-après: X._ ou la Société), dont le siège est à Genève, est une Société anonyme ayant pour but l'achat, la distribution et la vente de combustibles, de produits pétroliers raffinés de tout genre ainsi que de produits semblables, de produits chimiques, de sucre et autres produits agricoles, de charbon et de certificats d'émission de carbone. Son capital-actions est de 100'000 fr. Sur le plan fiscal cantonal, elle est au bénéfice d'un statut de société auxiliaire.
La Société, qui appartient au groupe international Z._, actif dans le commerce de sucre et de matières premières, déploie ses activités presque exclusivement à l'étranger et tient sa comptabilité en dollars américains (monnaie fonctionnelle). En fin d'année, elle convertit ses comptes en francs suisses (monnaie de présentation), en appliquant la méthode dite de "cours de clôture": les éléments figurant au bilan sont convertis sur la base du cours du 31 décembre de l'année en question, alors que la conversion des comptes de produits et de charges se fait en fonction du cours moyen de l'année.
B.
B.a. Par lettre du 15 septembre 2010, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a informé la Société que le bordereau provisoire de taxation concernant les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) pour l'année fiscale 2005 était devenu définitif. Le même jour, cette autorité a déterminé le bordereau de taxation 2005 pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) de la contribuable. Le 23 septembre 2010, l'Administration cantonale a établi les bordereaux de taxation pour l'IFD et l'ICC 2006, 2007, 2008 et 2009 de X._. Pour les années en question, elle a procédé à la reprise, dans le bénéfice imposable de l'intéressée, de plusieurs pertes de conversion; elle a également repris des montants à titre de capital propre dissimulé, notamment en relation avec des dettes de la Société envers des actionnaires (des sociétés appartenant au groupe Z._). Ces opérations peuvent se résumer comme suit:
Perte de conversion reprise Capital propre dissimulé repris 2005 5'714'911 fr. 2006 1'071'807 fr. 15'058'712 fr. 2007 1'203'957 fr. 91'187'689 fr. 2008 1'037'918 fr. 2009 489'288 fr.
B.b. Le 15 octobre 2010, la Société a formé réclamation contre les bordereaux de taxation ICC 2006 à 2009 et IFD 2005 à 2009, en contestant notamment les reprises sur les écarts de conversion et la méthode de calcul utilisée pour déterminer le capital propre dissimulé (art. 105 al. 2 LTF). Par neuf décisions datées du 5 mai 2011, l'Administration cantonale a maintenu inchangés les bordereaux querellés.
B.c. Le 8 juin 2011, X._ a recouru contre ces décisions devant le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI). Le 18 septembre 2014, après avoir implicitement joint les causes, le TAPI a rejeté le recours.
B.d. Saisie d'un recours contre le jugement du TAPI, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) l'a rejeté le 28 juillet 2015. Les juges cantonaux ont retenu en substance que, conformément à la jurisprudence récente du Tribunal fédéral, les écarts de conversion - positifs ou négatifs - ne pouvaient pas être pris en compte dans la détermination du bénéfice imposable de la Société. Concernant le calcul du capital propre dissimulé, la Cour de justice a confirmé la méthode suivie par les autorités inférieures, en se référant notamment à la circulaire y relative de l'Administration fédérale des contributions du 6 juin 1997.
C.
A l'encontre de l'arrêt du 28 juillet 2015, X._ a déposé un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué tant s'agissant de l'IFD que de l'ICC et à sa réforme dans le sens où "la prise en compte d'un capital propre dissimulé" pour les années fiscales 2005, 2006 et 2007 est annulée. Subsidiairement, la contribuable a requis la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que, lors de la détermination du capital propre dissimulé pour les taxations 2005, 2006 et 2007, un "ratio de 93 % de fonds étrangers sur les débiteurs et les stocks de marchandises" soit admis et que "les dividendes", "les créances à court terme (30 jours) " et "les dettes commerciales intragroupes à court terme" ne soient pas pris en compte. Plus subsidiairement encore, elle a demandé à la Cour de céans de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Par arrêt du 17 septembre 2015 (2C_814/2015 et 2C_815/2015), le Tribunal fédéral a déclaré le recours irrecevable pour cause de tardiveté.
D.
Par mémoire du 16 octobre 2015, X._ a déposé auprès du Tribunal fédéral une demande de révision concernant l'arrêt du 17 septembre 2015 précité. Subsidiairement, elle a formé une requête de restitution de délai.
Par ordonnance du 7 janvier 2016 (2F_20/2015), le Tribunal fédéral a rejeté la demande de révision, admis la demande de restitution de délai, annulé l'arrêt 2C_814/2015 et 2C_815/2015 rendu le 17 septembre 2015, et prononcé la reprise de cette procédure de recours.
Invitées à se déterminer sur le recours en matière de droit public, l'Administration cantonale dépose des observations et conclut au rejet de celui-ci, l'Administration fédérale des contributions se rallie à la réponse de l'Administration cantonale et propose également le rejet du recours, alors que la Cour de justice renonce à formuler des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
A la suite de l'ordonnance du Tribunal fédéral du 7 janvier 2016 (cause 2F_20/2015; cf. supra let. D), la procédure de révision initiée le 16 octobre 2015 par la Société a été close et la procédure de recours relative aux causes 2C_814/2015 et 2C_815/2015 a repris son cours.
2.
L'arrêt attaqué porte sur l'ICC et l'IFD de la recourante pour les années 2005 à 2009. La Cour de justice a rendu une seule décision pour les deux catégories d'impôts. Le Tribunal fédéral a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant les impôts cantonal et communal (2C_814/2015), l'autre l'impôt fédéral direct (2C_815/2015). Il se justifie de joindre les causes.
3.
3.1. L'arrêt entrepris concerne le calcul du bénéfice imposable et la détermination du capital imposable de la Société. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant de l'ICC, l'imposition du bénéfice et celle du capital étant des matières harmonisées, respectivement, aux articles 24 ss et 29 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID.
3.2. Au surplus, déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et de l'art. 50 LTF (cf. ordonnance du 7 janvier 2016; cause 2F_20/2015), et dans les formes requises (art. 42 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Par ailleurs, il a été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Le présent recours est donc recevable.
3.3. A l'appui de son recours, la contribuable produit un "avis de droit", ce qui est en soi admissible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 220 s.; cf. aussi BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd., 2014, n. 27 ad art. 42 LTF p. 1143).
4.
L'objet du litige devant la Cour de justice concernait, pour les années fiscales 2005 à 2009, tant le calcul du bénéfice imposable de la Société, sous l'angle de la prise en compte de plusieurs écarts de conversion, que la détermination du capital imposable de celle-ci, prenant en compte l'existence de capital propre dissimulé. Devant le Tribunal fédéral, la contribuable prend des conclusions uniquement concernant les années fiscales 2005, 2006 et 2007. En outre, pour ces années, elle ne remet plus en question les reprises des pertes de conversion dans son bénéfice imposable, opérées par l'Administration cantonale et confirmées par le TAPI et par la Cour de justice. Elle affirme avoir "pris connaissance" de l'arrêt du Tribunal fédéral du 31 août 2015 (cause 2C_766/2014 et 2C_767/2014) à ce sujet et déclare ne pas "remettre [...] en question son fondement". Elle ne formule du reste aucune conclusion relative au calcul du bénéfice imposable.
Dans ces conditions, l'objet du présent litige, tel que délimité par les conclusions du recours (art. 107 al. 1 LTF), porte exclusivement sur la prise en compte de montants à titre de capital propre dissimulé dans le capital imposable de la Société recourante pour les périodes fiscales 2005 à 2007.
5.
5.1. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (arrêt 2C_1133/2015 du 11 novembre 2016 consid. 2.1). Il en va de même lorsque la loi sur l'harmonisation fiscale laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons ou lorsque l'on est en présence d'impôts purement cantonaux, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (cf. art. 95 LTF; <ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.).
En l'espèce, pour ce qui est de l'imposition du capital, l'art. 30 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RS/GE D 3 15), qui concerne le capital propre dissimulé, a la même teneur que l'art. 29a LHID. Il s'agit donc de droit cantonal harmonisé, dont le Tribunal fédéral examine librement l'application.
5.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 313 s.) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas constatés (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
La recourante invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits au sujet de "la problématique de la sous-capitalisation pour les années fiscales 2005 à 2007". Cette critique sera examinée ci-dessous (cf. infra consid. 6). Pour le reste, l'intéressée présente, dans un chapitre intitulé "En fait", une argumentation partiellement appellatoire, en opposant sa propre version des faits à celle de la Cour de justice, sans cependant invoquer ni l'arbitraire, ni une constatation manifestement inexacte des faits. Partant, la Cour de céans n'en tiendra pas compte.
6.
La recourante voit une violation de l'art. 9 Cst. dans la façon dont la Cour de justice a apprécié les "moyens de preuves qu'elle a apportés". Elle relève que, si l'instance précédente avait "correctement administré" les preuves en question, "elle serait arrivée à la seule conclusion que la recourante ne pouvait être considérée comme sous-capitalisée" (recours, p. 12 s.). La Société soutient avoir prouvé qu'elle "aurait pu se faire financer intégralement ses opérations commerciales, entre 2005 et 2007, auprès d'une banque tierce en lieu et place du financement par le groupe Z._" (recours, p. 15). Selon la recourante, ce fait serait pertinent en l'espèce, en ce sens que, faute de sous-capitalisation, il ne serait pas possible de retenir l'existence d'un capital propre dissimulé.
6.1. S'agissant de l'appréciation des preuves et des constatations de fait, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
6.2. Concernant la question de la sous-capitalisation pendant les années fiscales 2005 à 2007, la Cour de justice a constaté que la recourante n'avait produit, à titre de moyen preuve, qu'un article publié par la Swiss Trading and Shipping Association (recte: Geneva Trading and Shipping Association; ci-après: GTSA), "selon lequel il [était] usuel que les banques acceptent de financer les transactions sur les matières premières à hauteur de 100 % de la valeur des marchan-dises". A ce sujet, les juges précédents ont relevé que ledit article, qui avait été "publié par une association de défense des intérêts des sociétés d'échanges commerciaux, écrit non par un expert indépendant mais par un professionnel de ce domaine, ne saurait revêtir une valeur probante suffisante" (arrêt attaqué, p. 25). Sur cette base, la Cour de justice a constaté que la recourante n'avait pas démontré qu'elle aurait pu obtenir d'un tiers indépendant un financement dans les mêmes conditions que celui accordé par les sociétés appartenant au groupe Z._, actionnaires de l'intéressée.
6.3. En l'espèce, la Société se réfère aux "moyens de preuves" produits devant l'instance précédente, qui seraient propres à démontrer plusieurs faits ne ressortant pas de l'arrêt attaqué, tels que le fonctionnement de ses opérations commerciales ou le niveau de risque de celles-ci (recours, p. 10). En réalité, elle fonde toutefois son argumentation à ce sujet uniquement sur l'article de la GTSA précité (cf. supra consid. 6.2), sans exposer plus avant quels autres moyens de preuve elle aurait soumis à la Cour de justice, ni en quoi cette autorité n'en aurait pas tenu compte de manière arbitraire. Partant, le seul élément à examiner concerne la façon dont la Cour de justice a apprécié l'article produit par la recourante.
6.4. A la lecture de la pièce litigieuse, force est de constater qu'il s'agit d'un article en anglais, publié en septembre 2013 par une association réunissant des professionnels du commerce international, concernant les spécificités des sociétés de trading. Il ne s'agit donc pas d'un document rédigé par un expert indépendant. En outre, il ne se réfère à aucun autre moyen de preuve ou donnée de référence et ne fait qu'exposer, de manière générale, les principes de financement valables - selon son auteur - dans le domaine du trading. Dans ces circonstances, on ne voit pas en quoi il serait arbitraire de relativiser la portée de l'article en question et, en l'absence d'autres éléments de preuve, de retenir, comme l'a fait la Cour de justice, que pendant la période litigieuse la Société n'aurait pas pu obtenir d'un tiers indépendant (notamment une banque) le même financement qu'elle avait reçu de ses actionnaires.
La contribuable ne parvient pas à démontrer l'inverse dans son recours. En particulier, il n'apparaît pas arbitraire de retenir que le fait d'alléguer, de manière générale, sur la base d'un article isolé ne citant aucune donnée de référence et n'émanant pas d'un auteur indépendant, que les banques fournissent usuellement des financements de cette ampleur à des sociétés actives dans le domaine du trading, n'était pas apte à démontrer que la recourante aurait pu concrètement profiter d'un tel financement pendant les années fiscales litigieuses.
6.5. Quant à "l'avis de droit" produit devant le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 3.3), qui ne fait qu'appuyer l'argumentation juridique de la recourante (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 220 s.), il doit être relativisé. En effet, il se fonde sur de nombreux éléments de faits ne ressortant pas de l'arrêt attaqué, sans que la Société invoque une constatation manifestement inexacte des faits à ce propos. Au demeurant, on ne voit pas ce qui aurait empêché la recourante de faire valoir ces éléments lors de la procédure devant l'autorité précédente.
Le grief tiré de l'établissement manifestement inexact des faits doit partant être écarté. Le Tribunal fédéral se fondera donc exclusivement sur les faits établis par la Cour de justice.
I. Impôts cantonal et communal
7.
La recourante ne se plaint que d'une violation de la LHID (et des dispositions correspondantes de la LIPM/GE), elle ne formule en revanche aucun grief en lien avec la LIFD, ne prenant que des conclusions au sujet de cet impôt. Par conséquent, il convient de commencer par l'examen du litige sous l'angle de l'ICC. En matière d'ICC, le litige porte sur la détermination du capital imposable de la Société pour les périodes fiscales 2006 et 2007.
Concernant l'ICC 2005 de l'intéressée, force est de constater qu'il ne faisait pas l'objet de la procédure devant la Cour de justice (arrêt attaqué, p. 6), ce que la recourante semble du reste admettre (cf. recours p. 7). Partant, dans la mesure où les conclusions subsidiaires de la Société viseraient également l'ICC 2005, elles sont irrecevables (art. 99 al. 2 LTF).
Quant à l'ICC 2006 et 2007, pour établir le capital imposable de l'intéressée, la Cour de justice, en confirmant sur ce point les décisions des autorités précédentes, a repris, à titre de capital propre dissimulé, un montant de 15'058'712 fr. en 2006 et de 91'187'689 fr. en 2007. La recourante critique ces deux reprises.
7.1. Aux termes de l'art. 29 al. 1 LHID, l'impôt sur le capital a pour objet le capital propre. S'agissant des sociétés de capitaux, le capital propre imposable comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés (art. 29 al. 2 let. a LHID). Intitulé "Objet de l'impôt; capital propre dissimulé", l'art. 29a LHID dispose que le capital propre imposable des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives est augmenté de la part de leurs fonds étrangers qui est économiquement assimilable au capital propre.
Les articles 27, 28 al. 1 et 30 LIPM/GE correspondent respectivement aux articles 29 al. 1, 29 al. 2 let. a et 29a LHID (cf. aussi supra consid. 5.1).
7.2. Le financement étranger est considéré comme économiquement assimilable au capital propre lorsque la société obtient l'apport des fonds en question d'un détenteur de parts ou d'une personne qui lui est proche, qu'elle n'aurait pas pu, par ses propres moyens, obtenir les fonds nécessaires de la part de tiers et qu'elle expose les fonds au risque inhérent à la marche des affaires dans une mesure inhabituelle (arrêts 2C_419/2015 du 3 juin 2016 consid. 4.1.1, non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2016 II 449, et 2P.338/2004 du 26 avril 2006 consid. 4.2, in RDAF 2007 II 239; cf. aussi ZWAHLEN/LISSI, in ZWEIFEL/BEUSCH [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 3e éd., 2017, n. 20b ad art. 29/29a LHID p. 1078; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, §11 n. 7 p. 269; FRÉDÉRIC VUILLEUMIER, L'évasion fiscale en matière d'impôts directs - questions choisies et cas pratiques, in PIERRE-MARIE GLAUSER [éd.], Evasion fiscale, 2010, p. 77 ss, notamment p. 80 s.). Les deux dernières conditions sont interdépendantes, dans la mesure où si un tiers indépendant ne prendrait pas le risque d'accorder un prêt de cette ampleur, il en découle en principe que les fonds en cause sont exposés dans une mesure inhabituelle. Le capital propre dissimulé se détermine donc en comparant les fonds étrangers figurant au bilan avec ceux que la société, au vu de ses actifs, pourrait obtenir auprès de personnes indépendantes. Dans la mesure où les premiers dépassent les seconds et qu'ils proviennent d'une personne proche de la société, il s'agit de capital propre dissimulé (cf. arrêt 2C_77/2012 du 31 août 2012 consid. 2.1, in RDAF 2012 II 429). La preuve qu'un tiers indépendant aurait octroyé un prêt dans des circonstances identiques et que le rapport de financement est donc conforme au marché est réservée (<ref-ruling> consid. 7.5 p. 362; arrêt 2P.338/2004 du 26 avril 2006 consid. 4.2, in RDAF 2007 II 239; HONGLER/BÖHI, Unterkapitalisierung oder verdecktes Eigenkapital ?, in IFF Forum für Steuerrecht 2016/2 126, p. 130; ROLAND BÖHI, Das verdeckte Eigenkapital im Steuerrecht, 2014, p. 186 et p. 268 ss; ROBERT DANON, in YERSIN/NOËL [éd.], Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2008, n. 17 ad art. 65 LIFD p. 870).
7.3. L'art. 29a LHID est une norme correctrice fiscale à rattachement économique qui est entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (RO 1995 1450). L'existence de capital propre dissimulé doit partant être examinée sous un angle économique et ne requiert plus, comme c'était le cas avant que la question ne soit réglée dans la loi, que les conditions d'une évasion fiscale soient réunies. La notion a donc été objectivée (cf. arrêts 2C_560/2014 du 30 septembre 2015 consid. 2.1.2 et 2.1.3, in RDAF 2016 II 281; 2C_77/2012 du 31 août 2012 consid. 2.1, in RDAF 2012 II 429; 2C_259/2008 du 6 novembre 2008 consid. 2.4.1, in RDAF 2009 II 546; voir aussi, concernant la question du capital propre dissimulé sous l'angle de l'art. 65 LIFD, arrêt 2C_419/2015 du 3 juin 2016 consid. 4.1.2, non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2016 II 449, et les nombreuses références citées).
7.4. L'Administration fédérale des contributions a précisé les éléments constitutifs du capital propre dissimulé dans la Circulaire no 6 du 6 juin 1997 relative au capital propre dissimulé de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives (publiée in Archives 66 293; ci-après: la Circulaire). Bien que cette Circulaire ait été émise en relation avec l'art. 65 LIFD et l'ancien art. 75 LIFD, le Tribunal fédéral, qui n'est pas lié par ce texte (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 346; <ref-ruling> consid. 5.1.2 p. 95; arrêt 2C_419/2015 du 3 juin 2016 consid. 4.2.1, non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2016 II 449), s'y est toujours référé aussi dans le cadre de l'art. 29a LHID (cf. p. ex. arrêt 2C_560/2014 du 30 septembre 2015 consid. 2.1.4, in RDAF 2016 II 281; arrêt 2C_77/2012 du 31 août 2012 consid. 2.2, in RDAF 2012 II 429).
Pour établir si et dans quelle mesure une société possède du capital propre dissimulé, la Circulaire prévoit qu'il faut partir de la valeur vénale des actifs et fixe sur cette base les fonds étrangers que la société peut obtenir par ses propres moyens sous la forme d'un tableau. Dans ce tableau, est attribué à chaque catégorie d'actifs un pourcentage de sa valeur vénale représentant le montant maximum que la société pourrait obtenir d'un tiers (Circulaire, ch. 2.1). En particulier, les "stocks de marchandises" sont supposés permettre à la société qui en est propriétaire d'obtenir des fonds étrangers à concurrence de 85 % de leur valeur vénale, tout comme les "créances pour livraisons et prestations", les "autres créances" et les "autres actifs circulants", alors que, pour les "liquidités", ce pourcentage s'élève à 100 %. La différence entre le prêt (dette) au bilan et le montant maximum ainsi déterminé, dans la mesure où les moyens en question ont été fournis par des détenteurs de parts ou des personnes qui leur sont proches, représente le capital propre dissimulé. Concernant l'origine du financement étranger, la Circulaire retient que "seuls les fonds qui proviennent directement ou indirectement de détenteurs de parts ou de personnes qui leur sont proches peuvent constituer du capital propre dissimulé. Il n'y a pas de capital propre dissimulé si le capital étranger est fourni par des tiers indépendants et que ni les détenteurs de parts ni des personnes qui leur sont proches ne le garantissent. Demeure réservée la preuve qu'un rapport concret de financement est conforme aux conditions du marché" (Circulaire, ch. 2.1).
7.5. Les autorités cantonales ont procédé à la comparaison, prescrite par l'art. 29a LHID (cf. supra consid. 7.2), entre les fonds étrangers figurant au bilan de la recourante et ceux qu'elle aurait pu obtenir, au vu de ses actifs, auprès de personnes indépendantes. Pour l'ICC 2006 et 2007 de la contribuable, le calcul effectué par l'Administration cantonale est le suivant (art. 105 al. 2 LTF) :
2006 2007 Liquidités 367'584 fr. 3'756'009 fr. Autres actifs 186'075'504 fr. 706'649'894 fr. Endettement admis (selon la Circulaire) 367'584 fr. * 100 % + 186'075'504 fr. * 85 % = 158'531'763 fr. 3'756'009 fr. * 100 % + 706'649'894 fr. * 85 % = 604'408'419 fr. Dettes totales 173'590'475 fr. 695'596'108 fr. Capital propre dissimulé 173'590'475 fr. - 158'531'763 fr. = 15'058'712 fr. 695'596'108 fr. - 604'408'419 fr. = 91'187'689 fr.
La Cour de justice a confirmé ce calcul. En particulier, les juges précédents ont approuvé l'application des "ratios prévus par la circulaire" (arrêt attaqué, p. 25) pour la détermination du capital propre dissimulé.
7.6. La recourante ne conteste ni la qualité de "personne proche" (cf. supra consid. 7.2) des créanciers qui ont fourni les fonds litigieux, ni les montants sur lesquels se sont fondées les autorités précédentes pour calculer le capital propre dissimulé de la Société en 2006 et en 2007. Elle critique uniquement la façon dont la Cour de justice a appliqué les "ratios" prévus par la Circulaire (100 % pour les liquidités et 85 % pour les autres actifs; cf. le tableau au consid. 7.5 ci-dessus). Selon la contribuable, il ne serait pas possible de se fonder sur ces pourcentages en l'espèce, au vu de ses activités très spécifiques dans le domaine du trading. En particulier, les prêts qu'elle avait reçus de ses actionnaires (les sociétés du groupe Z._) en 2006 et 2007, auraient été conformes aux conditions du marché, ce qui serait propre à exclure l'application de la Circulaire à son cas. Finalement, si le Tribunal fédéral devait parvenir à la conclusion inverse, la recourante "estime qu'un ratio de 93 % de fonds étrangers" devrait être admis dans sa situation, "car il correspond aux conditions de marché" relatives à ses activités.
7.7. En l'occurrence, l'argumentation de la contribuable concernant l'établissement de son capital propre dissimulé pour les années fiscales 2006 et 2007, repose entièrement sur l'affirmation selon laquelle les créances contractées par la Société envers ses actionnaires pendant les années en question auraient été conformes aux conditions du marché, en l'absence de toute forme de sous-capitalisation, ce qui exclurait l'application de la Circulaire. Comme il a déjà été exposé (cf. supra consid. 7.2 et 7.4), la jurisprudence relative à la Circulaire et à la notion de capital propre dissimulé prévoit effectivement la possibilité pour le contribuable de prouver qu'un rapport concret de financement allant au-delà des taux prévus par la Circulaire est conforme aux conditions du marché. A ce sujet, la Cour de justice a toutefois constaté - sans arbitraire (cf. supra consid. 6.4 et 6.5) - que la recourante n'avait pas prouvé que, pendant la période litigieuse, elle aurait pu obtenir d'un tiers indépendant un financement dans les mêmes conditions que celui octroyé par ses actionnaires et que les fonds mis à sa disposition par les sociétés du groupe Z._ étaient donc conformes aux conditions du marché. Partant, c'est à juste titre que la Cour de justice a confirmé l'application des taux concernant les fonds étrangers admissibles prévus par la Circulaire. Pour le reste, bien que la recourante ait également pris des conclusions relatives à la prise en compte des "dividendes", des "créances à court terme (30 jours) " et des "dettes commerciales intragroupes à court terme" pour le calcul du capital propre dissimulé, elle ne motive pas plus loin ces critiques, n'explique pas en quoi cette méthode de calcul serait contraire au droit fédéral et déclare expressément que "cette problématique devient sans objet dès lors que les ratios de la Circulaire n. 6 ne devraient pas être applicables" (recours, p. 19). Il n'y a donc pas lieu d'examiner plus avant ces questions (cf. <ref-ruling> consid. 1.6 p. 280).
Il ressort de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, s'agissant des impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006 et 2007.
II. Impôt fédéral direct
8.
Comme déjà indiqué, la recourante ne remet plus en question le calcul de son bénéfice imposable (cf. supra consid. 4). Dans ses conclusions relatives à l'IFD, elle conteste seulement "la prise en compte d'un capital propre dissimulé" pour les années fiscales 2005, 2006 et 2007.
8.1. Selon l'art. 65 LIFD, les intérêts passifs imputables à la part de capital étranger économiquement assimilable au capital propre font partie du bénéfice imposable des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives. L'expression "part de capital étranger économiquement assimilable au capital propre", qui indique le capital propre dissimulé, correspond à celle prévue aux articles 29a LHID et 30 LIPM/GE (cf. supra consid. 7.1). Les considérations concernant le capital propre dissimulé développées pour l'ICC s'appliquent donc également à l'IFD relatif aux périodes fiscales sous examen. Au demeurant, la recourante ne soulève aucune violation de la LIFD, de sorte que l'on peut se demander si, sous l'angle de cette loi, le recours est recevable en lien avec l'art. 42 al. 2 LTF.
8.2. Dans ces conditions, le recours doit également être rejeté, dans la mesure où il peut être tenu pour recevable, s'agissant de l'IFD pour les périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
9.
En résumé, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, tant en ce qui concerne l'IFD 2005 à 2007 que l'ICC 2006 et 2007.
Dans ces circonstances, la recourante qui succombe doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_814/2015 et 2C_815/2015 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 20 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Ermotti