Sachverhalt:
A.
Mit Eingabe vom 12. Mai 2015 klagte B._ Ltd (Klägerin, Beschwerdegegnerin) beim Bundespatentgericht gegen A._ Corporation (Beklagte, Beschwerdeführerin) auf Nichtigerklärung des schweizerischen Teils des Europäischen Patents Nr. xxx. Die Klägerin machte zur Begründung der Nichtigkeit insbesondere geltend, das fragliche Patent sei weder neu noch erfinderisch.
Mit Verfügung vom 3. Juni 2015 wurde der Beklagten Frist gesetzt, um die Klage zu beantworten und um entweder ein Zustellungsdomizil oder einen Zustellungsempfänger in der Schweiz zu bezeichnen; Letzteres unter der Androhung, dass im Säumnisfall die Zustellung durch Publikation erfolgen werde.
Der Beklagten wurde diese Verfügung rechtshilfeweise am 24. Juni 2015 zugestellt. Sie bezeichnete innert der angesetzten Frist weder ein Zustellungsdomizil oder einen Zustellungsempfänger in der Schweiz noch reichte sie eine Klageantwort ein.
Das Bundespatentgericht setzte der Beklagten daraufhin mit Verfügung vom 15. September 2015 in Anwendung von A rt. 223 Abs. 1 ZPO eine Nachfrist bis 2. Oktober 2015 zur Erstattung der Klageantwort an; dies unter der Androhung, dass das Gericht im Säumnisfall einen Endentscheid treffe, sofern die Angelegenheit spruchreif sei, wobei andernfalls zur Hauptverhandlung vorgeladen werde. Die Zustellung erfolgte durch Publikation im Schweizerischen Handelsamtsblatt (SHAB). Auch diese Frist verstrich ungenutzt.
B.
Das Bundespatentgericht erachtete die Sache als spruchreif. Es beurteilte die von der Klägerin ins Feld geführte Veröffentlichung für alle unabhängigen Ansprüche des Patents Nr. xxx als neuheitsschädlich. Entsprechend hiess es die Klage mit Urteil vom 17. Februar 2016 gut und erklärte den Schweizer Teil des Streitpatents für nichtig.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Bundespatentgerichts vom 17. Februar 2016 aufzuheben, die Sache zur Neubeurteilung an das Bundespatentgericht zurückzuweisen und die Vorinstanz anzuweisen, ihr eine ordentliche Frist zur Beantwortung der Klage anzusetzen.
Die Vorinstanz beantragt mit ihrer Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht eine Replik, die Beschwerdegegnerin hat ihm eine Duplik eingereicht.
D.
Mit Verfügung vom 18. April 2016 setzte das Bundesgericht das Beschwerdeverfahren bis zum Entscheid über das beim Bundespatentgericht anhängig gemachte Wiederherstellungsgesuch aus.
Mit Verfügung vom 23. Mai 2016 wies das Bundespatentgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Wiederherstellung der Frist zur Erstattung einer Klageantwort ab.
Mit Schreiben vom 9. Juni 2016 teilte die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht mit, sie verzichte auf eine Beschwerde gegen die Verfügung vom 23. Mai 2016.
E.
Mit Verfügung vom 9. Mai 2016 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab, wobei die Beschwerdegegnerin auf ihrer Zusicherung behaftet wurde, dass sie bis zum Eintritt der Rechtskraft des angefochtenen Urteils darauf verzichte, beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) die Löschung des Streitpatents zu beantragen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 59; <ref-ruling> E. 1 S. 133; je mit Hinweisen).
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid des Bundespatentgerichts (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt rechtsgenügender Anträge (Art. 42 Abs. 1 BGG) und einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern sie muss einen Antrag in der Sache stellen. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung ohnehin nicht selbst in der Sache entscheiden könnte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1). Wird zur Hauptsache eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 53 ZPO [SR 272]) gerügt, ist das regelmässig der Fall (Urteile 4D_82/2015 vom 23. Mai 2016 E. 1.2; 5A_791/2010 vom 23. März 2011 E. 1.2.1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>), da aufgrund der formellen Natur des rechtlichen Gehörs dessen Verletzung ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führt; die Kassation des vorinstanzlichen Entscheids bildet diesfalls die Regel (<ref-ruling> E. 2.2 und E. 2.7).
Die Beschwerdeführerin stellt keinen Antrag in der Sache, sondern verlangt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Da das Bundesgericht nicht selbst über die Klage entscheiden könnte, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin teilen, sondern die Sache zur Behebung des angeblichen Verfahrensmangels und gegebenenfalls zur weiteren Abklärung der tatsächlichen Grundlagen an die Vorinstanz zurückweisen müsste, genügt der Rückweisungsantrag (vgl. auch Urteile 4D_82/2015 vom 23. Mai 2016 E. 1.2; 4A_311/2015 vom 21. Oktober 2015 E. 2; 4D_64/2014 vom 20. Januar 2015 E. 1.2).
2.
Anlass zur Beschwerde in Zivilsachen geben die Zustellungen der vorinstanzlichen Verfügungen vom 3. Juni 2015 und vom 15. September 2015. Die Beschwerdeführerin bringt vor, bei der betreffend das Streitpatent im Register eingetragenen Patentanwaltskanzlei handle es sich um eine Vertreterin im Sinne von Art. 137 ZPO; eventualiter müsse deren Bestellung als Zustellungsdomizil in der Schweiz im Sinne von Art. 140 und Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO gelten. Die (erste) Zustellung habe nicht auf dem Rechtshilfeweg direkt an die Beschwerdeführerin erfolgen dürfen; es sei daher zu Unrecht ein Abwesenheitsurteil ergangen.
2.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, für den schweizerischen Teil des Streitpatents sei in der Schweiz seit 2004 eine Vertreterin bestellt und im Register eingetragen. Gemäss Art. 137 ZPO müsse die Zustellung an die Vertretung erfolgen, wenn eine solche bestehe; dies gelte auch, wenn die Vertretung sich auf die blosse Entgegennahme von Schriftstücken und deren Weiterleitung an den Vertretenen beschränke. Erfolge die Zustellung trotz des Vertretungsverhältnisses direkt an eine Partei, sei die Zustellung nicht rechtsgültig erfolgt und müsse wiederholt werden. Das Patentregister erbringe als öffentliches Register für die Vertretereigenschaft bezüglich eines konkreten Schutzrechts den vollen Beweis. Art. 137 ZPO sei weit bzw. in dem Sinne zu verstehen, dass auch Registervertreter von Schutzrechten darunterfallen; dies müsse besonders dann gelten, wenn der eingetragene Vertreter bezüglich des Verfahrensgegenstands nach Art. 29 des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht (Patentgerichtsgesetz, PatGG; SR 173.41) auch zur Vertretung vor Bundespatentgericht berechtigt sei. Auch eine Auslegung unter systematischer Berücksichtigung der gesetzlichen Publizitäts- und Zustellungsordnung führe zum Ergebnis, dass die Zustellung an die schweizerische Vertretung hätte erfolgen sollen. Die im Patentregister eingetragene Adresse eines Vertreters des Patentinhabers gelte nicht nur für den Verkehr mit dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE), sondern habe weit darüber hinaus rechtliche Bedeutung. Für den schweizerischen Teil des Streitpatents sei mit der Patentanwaltskanzlei C._ AG in der Schweiz eine Vertretung bestellt und im Patentregister eingetragen. Die Wirkung des öffentlichen Glaubens des Patentregisters führe unter anderem dazu, dass ein ausländischer Patentinhaber seiner Obliegenheit nachzukommen habe, einen unrichtigen Rechtsschein durch Registeränderung zu beseitigen; er dürfe nach dem Vertrauensschutz aber auch davon ausgehen, dass behördliche oder gerichtliche Korrespondenz an den eingetragenen Vertreter gerichtet werde.
Auch nach dem Bundesgesetz über das Internationale Privatrecht (IPRG; SR 291) begründe die Eintragung eines schweizerischen Patentvertreters einen Vertrauensschutz, dass relevante Korrespondenz von Behörden und Gerichten betreffend dieses Patent an diese Zustelladresse gesendet werde. Die Eintragung eines Vertreters für ein schweizerisches Schutzrecht, dessen Inhaber seinen Wohnsitz bzw. Sitz im Ausland habe, sei nicht rein deklaratorisch, sondern habe (subsidiäre) Bedeutung für den innerschweizerischen Gerichtsstand: Habe die beklagte Partei nämlich keinen Wohnsitz in der Schweiz, so seien für Klagen betreffend die Gültigkeit oder die Eintragung von Immaterialgüterrechten in der Schweiz die schweizerischen Gerichte am Geschäftssitz des im Register eingetragenen Vertreters oder, wenn ein solcher fehle, diejenigen am Sitz der schweizerischen Registerbehörde zuständig. Nach Art. 109 Abs. 3 IPRG könne also die Vertreterregistrierung einen subsidiären Gerichtsstand am Geschäftssitz des Vertreters begründen. Der Sinn von Art. 109 Abs. 3 IPRG liege auch darin, dass der Rechtsverkehr mit den Verfahrensbeteiligten erleichtert werde und insbesondere auf die Zustellung auf dem Rechtshilfeweg verzichtet werden könne; insbesondere sollte damit dem ausländischen Schutzrechtsinhaber ermöglicht werden, den örtlichen Gerichtsstand für einen allfälligen Rechtsstreit in der Schweiz im Voraus festzulegen.
Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, in der ursprünglichen Fassung des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1954 über die Erfindungspatente (Patentgesetz, PatG; SR 232.14) habe die einschlägige Bestimmung von aArt. 13 PatG (AS 1955 874) betreffend Auslandswohnsitz auch den Vertreterzwang vor dem Richter vorgesehen. Die Aufhebung des Vertreterzwangs nach aArt. 13 PatG bzw. dessen Ersetzung durch die Pflicht zur Bestimmung eines Zustellungsdomizils sei 2011 in Angleichung an die Rechtslage insbesondere im Verwaltungsverfahren nach Art. 11b des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG; SR 172.021) erfolgt. Der Einschub in der geltenden Fassung von Art. 13 PatG ( "wer an einem Verwaltungsverfahren nach diesem Gesetz beteiligt ist") solle allein diese Angleichung verdeutlichen und diene ansonsten der Lockerung des Vertretungszwangs. Daraus folge, dass hinsichtlich der positiven Bedeutung, die sich mit der Bestimmung und/oder Registrierung eines Vertreters oder eines Zustellungsdomizils verbinde, weiterhin auf die Materialien von aArt. 13 PatG abgestellt werden könne: Der im Patentregister eingetragene Vertreter stehe nach der Botschaft zum Patentgesetz (BBl 1950 I 1013) von Gesetzes wegen in allen Aktiv- und Passivprozessen an der Stelle des auswärtigen Patentinhabers. Nach Erteilung des Patents bewirke die Vertreterregistrierung, dass Dritte jede das Patent betreffende Mitteilung rechtsgültig an den Vertreter richten könnten. Daraus lasse sich schliessen, dass ein Patentinhaber mit der (freigestellten) Bestellung eines Schweizer Vertreters in seinem Vertrauen darauf zu schützen sei, dass Gerichtsakten dorthin zugestellt werden.
Der im Patentregister eingetragene Vertreter müsse demnach als Vertretung im Sinne von Art. 137 ZPO gelten, an die Zustellungen zu erfolgen hätten. Selbst wenn er nicht vom Vertreter-Begriff nach dieser Bestimmung erfasst werden sollte, so müsse dessen kostenpflichtige Bestellung doch mindestens als Zustellungsdomizil im Sinne von Art. 140 und Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO gelten. Die Beschwerdeführerin habe mit der Patentanwaltskanzlei C._ AG über eine Zustellungsempfängerin verfügt, die zur Entgegennahme von Schriftstücken und deren Weiterleitung ermächtigt sei; diese Tatsache sei dem Bundespatentgericht bekannt gewesen und habe ihm aufgrund der Publizitätswirkung des Patentregisters auch bekannt sein müssen. Die Annahme in der Verfügung vom 3. Juni 2015, wonach sie über kein Zustellungsdomizil bzw. keinen Zustellungsempfänger in der Schweiz verfügt habe, sei deshalb unhaltbar und die Zustellung an die Beschwerdeführerin unwirksam. Damit erwiesen sich auch die weiteren Zustellungen via Schweizerisches Handelsamtsblatt als unzulässig und unwirksam. Die Vorinstanz habe Art. 137, Art. 141 und Art. 147 ZPO verletzt, indem sie dennoch ein Säumnisurteil getroffen habe.
2.2.
2.2.1. Nach Art. 136 ZPO stellt das Gericht Urkunden (in Form von Vorladungen, Verfügungen und Entscheiden sowie Eingaben der Gegenpartei) den betroffenen Personen zu. Ist eine Partei vertreten, so erfolgt die Zustellung an die Vertretung (Art. 137 ZPO). Wurde für das Verfahren rechtmässig ein Vertreter bestellt, so fällt eine direkte Zustellung an die Partei ausser Betracht und eine solche gilt grundsätzlich als nicht gehörig erfolgt (ADRIAN STAEHELIN, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm u.a. [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 4 zu Art. 137 ZPO; JULIA GSCHWEND/REMO BORNATICO, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 4 zu Art. 137 ZPO; NINA J. FREI, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. I, 2012, N. 8 zu Art. 137 ZPO; FRANÇOIS BOHNET, in: CPC, Code de procédure civile commenté, Bohnet und andere [Hrsg.], 2011, N. 8 zu Art. 137 ZPO). Die Anwendbarkeit von Art. 137 ZPO mit der Folge, dass die Zustellung von Urkunden an die Vertretung zu erfolgen hat, setzt voraus, dass die Vertretung im Zeitpunkt des Versands besteht und dem Gericht auch bekanntgegeben worden ist (GSCHWEND/BORNATICO, a.a.O., N. 3 zu Art. 137 ZPO; FREI, a.a.O., N. 1 zu Art. 137 ZPO; BOHNET, a.a.O., N. 4 zu Art. 137 ZPO).
Hat eine Partei Wohnsitz oder Sitz im Ausland, so kann das Gericht diese anweisen, ein Zustellungsdomizil in der Schweiz zu bezeichnen (Art. 140 ZPO). Hat eine Partei mit Wohnsitz oder Sitz im Ausland entgegen der Anweisung des Gerichts kein Zustellungsdomizil in der Schweiz bezeichnet, so erfolgt die Zustellung durch Publikation im kantonalen Amtsblatt oder im Schweizerischen Handelsamtsblatt (Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO). In diesem Fall gilt die Zustellung am Tag der Publikation als erfolgt (Art. 141 Abs. 2 ZPO). Bei der gerichtlichen Aufforderung zur Bezeichnung eines Zustellungsdomizils unter Androhung von Säumnisfolgen handelt es sich um einen Hoheitsakt, der nach dem völkerrechtlichen Prinzip der Souveränität nicht auf dem Gebiet eines anderen Staats vorgenommen werden darf; die Zustellung solcher Verfügungen hat demnach grundsätzlich auf dem Rechtshilfeweg zu erfolgen (Urteil 4A_141/2015 vom 25. Juni 2015 E. 5.1 mit Hinweisen).
Als Zustellungsdomizil muss eine Adresse in der Schweiz bezeichnet werden, an die Zustellungen zukünftig erfolgen können. Bei der an dieser Adresse empfangsberechtigten Person muss es sich nicht um einen Anwalt handeln (GSCHWEND/BORNATICO, a.a.O., N. 4 zu Art. 140 ZPO; vgl. auch LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 37 zu Art. 39 BGG). Lässt sich eine Partei jedoch durch einen Anwalt vertreten, besteht an dessen Geschäftsadresse immer auch ein Zustellungsdomizil (FREI, a.a.O., N. 6 zu Art. 140 ZPO; GSCHWEND/BORNATICO, a.a.O., N. 4 zu Art. 140 ZPO; vgl. auch BOHNET, a.a.O., N. 7 zu Art. 140 ZPO).
Es ist zu prüfen, ob die für das Streitpatent im Patentregister eingetragene Vertreterin für das vorinstanzliche Verfahren als Vertretung der Beschwerdeführerin im Sinne von Art. 137 ZPO bzw. die angegebene Adresse als Zustellungsdomizil nach Art. 140 ZPO zu betrachten war, wie in der Beschwerde geltend gemacht wird.
2.2.2. Als Vertretung im Sinne von Art. 137 ZPO gelten sowohl die vertraglichen (Art. 68 ZPO) als auch die gesetzlichen (Art. 67 Abs. 2 ZPO) und die vom Gericht bestellten Vertreter (Art. 69 Abs. 1, Art. 118 Abs. 1 lit. c und Art. 299 ZPO; GSCHWEND/BORNATICO, a.a.O., N. 3 zu Art. 137 ZPO; FREI, a.a.O., N 3 zu Art. 137 ZPO). Nach Art. 68 Abs. 1 ZPO kann sich jede prozessfähige Partei im Zivilprozess vertreten lassen. Für die berufsmässige Vertretung von Parteien vor Gericht sind jedoch gewisse Einschränkungen zu beachten: Dazu sind nach Art. 68 Abs. 2 lit. a ZPO in allen Verfahren Anwältinnen und Anwälte befugt, die nach dem Anwaltsgesetz vom 23. Juni 2000 (BGFA; SR 935.61) berechtigt sind, Parteien vor schweizerischen Gerichten zu vertreten. Im Bereich des Patentrechts sieht zudem Art. 29 Abs. 2 PatGG vor, dass in Verfahren betreffend den Bestand eines Patents auch Patentanwältinnen und Patentanwälte im Sinne von Art. 2 des Patentanwaltsgesetzes vom 20. März 2009 (PAG; SR 935.62) als Parteivertretung vor dem Bundespatentgericht auftreten können, sofern sie den Patentanwaltsberuf unabhängig ausüben.
Bei der betreffend das Streitpatent im Patentregister unter der Rubrik "Vertreter/in" eingetragenen Patentanwaltskanzlei handelt es sich um eine Aktiengesellschaft. Als juristische Person ist sie - im Gegensatz zum Verwaltungsverfahren vor dem IGE (PETER HEINRICH, PatG/EPÜ, 2. Aufl. 2010, N. 7 zu Art. 48a PatG; vgl. auch Art. 1 Abs. 3 PAG) - nicht zur Vertretung vor dem Bundespatentgericht befugt. Insoweit konnte es sich bei der im Patentregister eingetragenen Kanzlei bereits aus diesem Grund nicht um eine (aktive) Vertreterin im Sinne von Art. 137 ZPO handeln. Denkbar wäre lediglich eine passive Vertretung im Sinne eines Zustellungsempfängers, die sich auf die Entgegennahme von Schriftstücken und die Weiterleitung an den Vertretenen beschränkt (vgl. FREI, a.a.O, N. 3 zu Art. 137 ZPO, N. 6 zu Art. 140 ZPO; STAEHELIN, a.a.O., N. 3 zu Art. 137 ZPO).
2.2.3. Die Beschwerdeführerin beruft sich hinsichtlich der Vertretung im Zivilprozess auf die ursprüngliche Fassung von aArt. 13 PatG mit dem Randtitel "Auslandswohnsitz" (AS 1955 874), die wie folgt lautete (Hervorhebung hinzugefügt) :
" 1 Wer in der Schweiz keinen Wohnsitz hat, kann nur dann die Erteilung eines Patentes beantragen und die Rechte aus dem Patent geltend machen, wenn er einen in der Schweiz niedergelassenen Vertreter bestellt hat.
2 Dieser vertritt den Patentbewerber oder Patentinhaber in den nach Massgabe dieses Gesetzes stattfindenden Verfahren vor den Verwaltungsbehörden und vor dem Richter; vorbehalten bleiben die Bestimmungen über die berufsmässige Prozessvertretung."
Die am 17. Dezember 1976 geänderte und ab 1. Januar 1978geltende Fassung (AS 1977 1999) lautete wie folgt (Hervorhebung hinzugefügt) :
" 1 Wer in der Schweiz keinen Wohnsitz hat, muss einen in der Schweiz niedergelassenen Vertreter bestellen, der ihn in Verfahren nach diesem Gesetz vor den Verwaltungsbehörden und vor dem Richter vertritt.
2 Vorbehalten bleiben die Bestimmungen über die berufsmässige Prozessvertretung."
Die Bestimmung wurde am 22. Juni 2007 teilweise revidiert; ab 1. Juli 2008 war folgende Fassung (Hervorhebung hinzugefügt) in Kraft (AS 2008 2677) :
" 1 Wer in der Schweiz keinen Wohnsitz hat, muss einen Vertreter mit Zustelldomizil in der Schweiz bestellen, der ihn in Verfahren nach diesem Gesetz vor den Verwaltungsbehörden und vor dem Richter vertritt. Keiner Vertretung bedürfen jedoch:
a. die Einreichung eines Patentgesuchs zum Zweck der Zuerkennung eines Anmeldedatums;
b. die Bezahlung von Gebühren, die Einreichung von Übersetzungen sowie die Einreichung und Behandlung von Anträgen nach der Patenterteilung, soweit die Anträge zu keiner Beanstandung Anlass geben.
2 Vorbehalten bleiben die Bestimmungen über die berufsmässige Prozessvertretung."
Mit Erlass der Schweizerischen Zivilprozessordnung vom 19. Dezember 2008 wurde aArt. 13 PatG abermals abgeändert (Änderung in Kraft ab 1. Januar 2011 [AS 2010 1845]), indem die Formulierung "und vor dem Richter" gestrichen wurde (Hervorhebung hinzugefügt) :
" 1 Wer in der Schweiz keinen Wohnsitz hat, muss einen Vertreter mit Zustelldomizil in der Schweiz bestellen, der ihn in Verfahren nach diesem Gesetz vor den Verwaltungsbehörden vertritt. [...]."
Im Zusammenhang mit dem Erlass des Patentanwaltsgesetzes wurde schliesslich Art. 13 Abs. 1 PatG am 20. März 2009 erneut abgeändert (in Kraft seit 1. Juli 2011), der in der nunmehr geltenden Fassung (vgl. auch Art. 42 MSchG und Art. 18 DesG) wie folgt lautet (Hervorhebung hinzugefügt) :
" 1 Wer an einem Verwaltungsverfahren nach diesem Gesetz beteiligt ist und in der Schweiz keinen Wohnsitz oder Sitz hat, muss ein Zustellungsdomizil in der Schweiz bezeichnen. Ein Zustellungsdomizil in der Schweiz ist nicht erforderlich für:
a. [...]."
Vor dem Hintergrund dieser Entwicklung der Gesetzgebung kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie sich unter Hinweis auf die ursprüngliche Fassung von aArt. 13 PatG und die entsprechenden Materialien auf den Standpunkt stellt, es könne nach wie vor auf die damals geltenden Grundsätze abgestellt werden, wonach der im Patentregister eingetragene Vertreter von Gesetzes wegen auch in Zivilprozessen an der Stelle des ausländischen Patentinhabers stehe. Gegen eine solche Auslegung spricht zunächst der Wortlaut des revidierten Art. 13 Abs. 1 PatG, der nunmehr auf Verwaltungs verfahren nach dem PatG beschränkt ist und bei Auslandswohnsitz überdies lediglich noch - mit gewissen Ausnahmen (lit. a und b) - ein Zustellungsdomizil vorschreibt. Die ursprüngliche Fassung der Bestimmung, die noch von einem Vertretungszwang ausging, hatte eigens die Zuständigkeit des bestellten Vertreters für Verfahren vor den Verwaltungsbehörden und vor dem Richter vorgesehen. Entsprechendes gilt für die ab 1. Januar 1978 (AS 1977 1999) bzw. 1. Juli 2008 (AS 2008 2677) geltenden - neu formulierten - Fassungen, die ebenfalls die Vertretungsbefugnis des im Patentregister eingetragenen Vertreters (vgl. Art. 60 Abs. 1bis bzw. Art. 117 PatG) gesetzlich festlegten. Dies trifft auch für den bestellten Vertreter des ausländischen Patentinhabers nach der am 1. Januar 2011 in Kraft gesetzten Fassung (AS 2010 1845) zu, deren Wortlaut sich lediglich dahingehend von der vorangehenden Version unterschied, als die Vertretungsbefugnis (durch Streichung der Formulierung "und vor dem Richter") auf Verfahren nach dem PatG "vor den Verwaltungsbehörden" beschränkt wurde.
Ab dem 1. Januar 2011 traf demnach nicht mehr zu, dass die Bestellung eines Vertreters von Gesetzes wegen auch die Vertretung vor einem Zivilgericht umfasste. Entgegen dem, was die Beschwerdeführerin anzunehmen scheint, erfolgte die Beschränkung der Vertretungsbefugnis auf Verfahren vor Verwaltungsbehörden demnach bereits vor Inkrafttreten des (seit 1. Juli 2011) geltenden Art. 13 Abs. 1 PatG, weshalb die Ersetzung des Vertretungszwangs durch das Erfordernis zur Bezeichnung eines Zustellungsdomizils für Verwaltungsverfahren nicht dazu führen konnte, dass ein allfällig bestellter Vertreter wiederum auch in sämtlichen Gerichtsverfahren an die Stelle des auswärtigen Patentinhabers treten würde, wie dies in der Beschwerde vertreten wird. Im Gegenteil beschränkt sich die Regelung des Patentgesetzes zur Vertretung nunmehr allgemein auf Verfahren vor den Verwaltungsbehörden (Art. 48a PatG).
Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht lässt sich eine abweichende Auslegung auch nicht aus Art. 109 IPRG ableiten, der in Abs. 1 Satz 2 subsidiäre Zuständigkeiten zugunsten der schweizerischen Gerichte am Geschäftssitz des im Register eingetragenen Vertreters oder, wenn ein solcher fehlt, der Gerichte am Sitz der schweizerischen Registerbehörde vorsieht. Der Zweck dieser Ersatzzuständigkeiten besteht einzig darin, für Bestandesklagen betreffend schweizerische Immaterialgüterrechte einen örtlichen Gerichtsstand in der Schweiz sicherzustellen (GION JEGHER/DAVID VASELLA, in: Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 3. Aufl. 2013, N. 8j zu Art. 109 IPRG). Der Gerichtsstand hängt denn auch ausschliesslich von der Eintragung im Patentregister ab, nicht etwa von der tatsächlichen Vertretereigenschaft des Eingetragenen (vgl. <ref-ruling> E. 1 und 2). Abgesehen davon werden im Patentrecht die örtlichen Ersatzzuständigkeiten von Art. 109 Abs. 1 Satz 2 IPRG wohl umfassend durch die ausschliessliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts (Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG) verdrängt (JEGHER/VASELLA, a.a.O., N. 8j zu Art. 109 IPRG; PHILIPPE DUCOR, in: Commentaire romand, Propriété intellectuelle, 2013, N. 9 zu Art. 109 IPRG). Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht einwendet, lässt sich aus der Bestimmung nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ableiten.
Der Einwand der Beschwerdeführerin, die für das Streitpatent als Vertreterin im Register eingetragene Person vertrete sie von Gesetzes wegen im Zivilprozess vor dem Bundespatentgericht, weshalb gerichtliche Zustellungen nach Art. 137 ZPO an diese hätten erfolgen müssen, verfängt daher nicht.
2.2.4. Hinsichtlich der Frage, ob an der im Patentregister angegebenen Adresse des Vertreters ein Zustellungsdomizil im Sinne von Art. 140 ZPO besteht, beruft sich die Beschwerdeführerin vergeblich auf Art. 132 Abs. 3 des Vorentwurfs der Expertenkommission zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (Juni 2003), der unter der Überschrift "Zustellung ins Ausland; Zustellungsdomizil" vorgesehen hatte, dass die Zustellung bei Streitigkeiten betreffend die Gültigkeit der Eintragung von Immaterialgüterrechten an die im Register eingetragene Vertretung erfolge, solange in der Schweiz kein anderes Zustellungsdomizil bezeichnet worden sei. Zum damaligen Zeitpunkt galt aArt. 13 PatG (AS 1977 1999), wonach bei fehlendem Wohnsitz in der Schweiz für patentrechtliche Verfahren sowohl vor den Verwaltungsbehörden als auch vor dem Richter noch ein Vertreter zu bestellen war.
Angesichts dieser Regelung war die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführte Zustellungspraxis des Handelsgerichts des Kantons Zürich bei Klagen gegen ausländische Patentinhaber nachvollziehbar. Es mag zudem zutreffen, dass Art. 132 Abs. 3 VE-ZPO insoweit dem damals geltenden Recht entsprach und unter Berücksichtigung der allgemeinen Bestimmung von Art. 129 Abs. 1 VE-ZPO zur Zustellung bei Vertretung ( "Ist eine Partei vertreten, so erfolgt die Zustellung an die Vertretung."), die mit dem geltenden Art. 137 ZPO übereinstimmt, hätte als selbstverständlich betrachtet werden können. Die Beschwerdeführerin verkennt jedoch, dass in der Folge nicht nur auf die Bestimmung von Art. 132 Abs. 3 VE-ZPO verzichtet wurde, sondern dass der Gesetzgeber mit Erlass der Schweizerischen Zivilprozessordnung auch aArt. 13 Abs. 1 PatG dahingehend änderte, dass bei Auslandswohnsitz die Bestellung eines Vertreters auf patentrechtliche Verfahren vor den Verwaltungsbehörden beschränkt wurde (vgl. auch die ebenfalls im Zuge des Erlasses der ZPO geänderten Bestimmungen von aArt. 42 MSchG [AS 2010 1843], aArt. 18 DesG [AS 2010 1844] und Art. 3 des Sortenschutzgesetzes [AS 2010 1845], die den Vertretungszwang ebenfalls auf "Verwaltungsverfahren nach diesem Gesetz" bzw. "Verfahren nach diesem Gesetz vor den Verwaltungsbehörden" beschränkten). Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht entspringt der Verzicht auf die zunächst vorgeschlagene Regelung gemäss Art. 132 Abs. 3 VE-ZPO demnach der Absicht des Gesetzgebers, im Bereich der gerichtlichen Zustellung keine Sonderregelung für Streitigkeiten betreffend in einem Register eingetragene Immaterialgüterrechte vorzusehen, sondern auch diesen Bereich den allgemeinen Bestimmungen nach Art. 136 ff. ZPO (so insbesondere Art. 140 ZPO zum Zustellungsdomizil) zu unterstellen.
Daran hat auch die Revision im Zusammenhang mit dem Erlass des Patentanwaltsgesetzes, die zur geltenden Bestimmung von Art. 13 Abs. 1 PatG (AS 2011 2266) geführt hat, nichts geändert (vgl. auch Art. 42 MSchG und Art. 18 DesG). Danach wurde bei Auslandswohnsitz der Vertretungszwang (in Verfahren vor den Verwaltungsbehörden) zugunsten einer Obliegenheit zur Bezeichnung eines Zustellungsdomizils aufgehoben. Die Bestimmung ist jedoch nach wie vor auf Verwaltungsverfahren nach dem Patentgesetz beschränkt; die allgemeine Zustellungsregelung im Zivilprozess nach Art. 136 ff. ZPO bleibt auch davon unberührt.
2.2.5. Die Vorinstanz hat die fragliche Verfügung vom 3. Juni 2015 daher zutreffend nach Art. 136 ZPO unmittelbar der Beschwerdeführerin (auf dem Rechtshilfeweg) zugestellt und hat diese zu Recht gestützt auf Art. 140 ZPO aufgefordert, für den anhängig gemachten Zivilprozess ein Zustellungsdomizil in der Schweiz zu bezeichnen. Nachdem entgegen dieser Anweisung kein solches Zustellungsdomizil bezeichnet worden war, stellte sie die nachfolgenden Entscheide in Übereinstimmung mit Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO durch Publikation im Schweizerischen Handelsamtsblatt zu. Der Einwand der Beschwerdeführerin, sie habe aufgrund der Eintragung einer Vertreterin im Patentregister bereits über eine Vertretung nach Art. 137 ZPO oder über ein Zustellungsdomizil im Sinne von Art. 140 und Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO verfügt, verfängt nicht.
Erweist sich eine Zustellung an den im Register eingetragenen Vertreter aus den dargelegten Gründen als gesetzwidrig, braucht nicht darauf eingegangen zu werden, inwiefern eine solche Zustellung auch in rechtspolitischer Hinsicht als unerwünscht zu erachten (etwa im Hinblick auf mögliche Schwierigkeiten bei der Anerkennung und Vollstreckung entsprechender Urteile im Ausland) oder ob darin eine Umgehung des Übereinkommens vom 15. November 1965 über die Zustellung gerichtlicher und aussergerichtlicher Schriftstücke im Ausland in Zivil- und Handelssachen (SR 0.274.131) zu erblicken wäre, wie die Beschwerdegegnerin vorbringt.
3.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 52 ZPO) vor.
3.1. Sie führt vor Bundesgericht aus, die gegen sie gerichtete Klage sei ihr auf dem Rechtshilfeweg über die Schweizer Botschaft am 24. Juni 2015 zugestellt worden. Trotz sorgfältig ausgewählter, geschulter, instruierter und überwachter Mitarbeiter, bester Infrastruktur sowie akribischen internen Vorgaben im Zusammenhang mit der Entgegennahme, Weiterleitung und Bearbeitung postalischer Eingänge sei offenbar ein menschliches Versehen oder technischer Zwischenfall passiert, was dazu geführt habe, dass die Unterlagen intern nicht an die zuständige Stelle gelangt seien. Dies habe zum Abwesenheitsverfahren und zum angefochtenen Säumnisurteil geführt. Die Vorinstanz habe im Zeitpunkt der Nachfristansetzung für die Klageantwort bereits gewusst, dass innert der ersten Fristansetzung die Klage zwar entgegengenommen worden, aber weder ein Zustellungsbevollmächtigter ernannt noch eine Klageantwort eingereicht worden sei, also zwei Fristen verpasst wurden. Eine erneute Zustellung dieser zweiten Verfügung per Einschreiben mit Rückschein wäre auch für die Vorinstanz zumutbar gewesen und hätte die Beschwerdeführerin umgehend reagieren lassen. Es habe auch für die Vorinstanz zweifelsohne mehr als ungewöhnlich erscheinen müssen, dass sie die Mitteilung der Zustellung seitens der Schweizer Botschaft mitgeteilt erhalten "und daraufhin von der Adressatin aber rein gar nichts mehr zu hören [bekommen habe]", zumal die Adressatin in einem anderem Patentverfahren vor dem Bundespatentgericht vertreten gewesen sei, was auch zeige, dass sie auf Klagen nicht mit Untätigkeit reagiere. Falls die Nichtreaktion durch die Beschwerdeführerin und ihre für die Prozessführung verantwortliche Muttergesellschaft bewusst erfolgt wäre, hätte sie sich durch eine umgehende Anerkennung der Klage sehr viel Geld und dem Gericht entsprechenden Urteilsaufwand ersparen können.
Für eine Nichtreaktion seitens der Beschwerdeführerin gebe es daher keinen einzigen sachlichen Grund; umso eher hätte die Vorinstanz stutzig werden und sich mit einer zusätzlichen Rückfrage bei der Beschwerdeführerin oder deren Vertreterin versichern sollen, ob diese tatsächlich nicht am Verfahren teilnehmen wolle. Im Übrigen seien der Gegenpartei und der Vorinstanz die Parallelverfahren und die Haltung der Beschwerdeführerin in anderen Jurisdiktionen bekannt gewesen. Die Beschwerdegegnerin hätte die Vorinstanz darauf hinweisen können und sollen, dass sich die Beschwerdeführerin im Ausland jeweils gegen Nichtigkeitsklagen gewehrt habe und somit in der Schweiz etwas schief gelaufen sein dürfte. Auch der Umstand, dass nach dem angefochtenen Urteil anlässlich der Verhandlung in derselben Sache in den Niederlanden das (für die Beschwerdegegnerin) vorteilhafte Schweizer Säumnisurteil mit keinem Wort erwähnt worden sei, deute darauf hin, dass die Beschwerdegegnerin das Schweizer Verfahren bewusst nicht erwähnt und damit den Grundsatz von Treu und Glauben im Prozess verletzt habe.
Die Beschwerdeführerin bringt zudem vor, die zuständigen und verantwortlichen Personen ihrer Muttergesellschaft hätten am 7. Dezember 2015 vor dem Bundespatentgericht in einer anderen Patentsache (Verfahren O2015_004) verhandelt. Für die Vorinstanz habe aufgrund der Adresse klar sein müssen, dass die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren dieselbe Adresse gehabt habe wie ihre (für die Prozessführung in beiden Verfahren) verantwortliche Muttergesellschaft. In jenem Zeitpunkt sei bereits klar gewesen, dass die Beschwerdeführerin auf die Klage nicht reagierte. Selbst eine informelle Rückfrage an die anwesenden Vertreter wäre keine Amtsgeheimnisverletzung gewesen und hätte die Unwissenheit der Beschwerdeführerin unverzüglich beseitigt.
3.2. Nachdem sich ergeben hat, dass die für das Streitpatent im Register eingetragene Person im Zivilprozess vor der Vorinstanz nicht als Vertreterin im Sinne von Art. 137 ZPO und ihre Adresse auch nicht als Zustellungsdomizil nach Art. 140 ZPO zu betrachten war, fehlte es der in der Beschwerdeschrift als erforderlich erachteten Rückfrage bei dieser an der gesetzlichen Grundlage. Ebenso wenig war die Vorinstanz angesichts der klaren gesetzlichen Vorgaben nach Art. 140 f. ZPO veranlasst, eine bereits erfolgte Zustellung der Verfügung vom 15. September 2015 erneut (formell oder informell) vorzunehmen, nachdem die Beschwerdeführerin trotz entsprechender Anweisung des Gerichts kein Zustellungsdomizil in der Schweiz bezeichnet hatte.
Die Beschwerdeführerin anerkennt, dass ihr die entsprechende Verfügung vom 3. Juni 2015 (rechtshilfeweise) zugestellt worden war; nach ihren Angaben sei diese jedoch infolge eines menschlichen Versehens oder eines technischen Zwischenfalls nicht zum zuständigen Mitarbeiter gelangt. Entgegen dem, was sie anzunehmen scheint, führt der Grundsatz des Handelns nach Treu und Glauben (Art. 52 ZPO) nicht dazu, dass sich die Vorinstanz nach korrekt erfolgter Zustellung durch (formelle oder informelle) Rückfragen hätte vergewissern müssen, ob die zugestellte Verfügung innerhalb der Organisation der Beschwerdeführerin auch tatsächlich an die zuständige Stelle gelangt war. Selbst wenn sie von Verfahren in anderen europäischen Ländern Kenntnis gehabt haben sollte, wie in der Beschwerde vorgebracht, war es nicht Sache der Vorinstanz, Mutmassungen über die Gründe für die fehlende Reaktion der Beschwerdeführerin im Prozess in der Schweiz anzustellen bzw. die entsprechenden Gründe bei der Beschwerdeführerin, geschweige denn bei den Rechtsvertretern ihrer Muttergesellschaft, in Erfahrung zu bringen. Der Vorinstanz bekannte Umstände, die nach Treu und Glauben ein entsprechendes Vorgehen erfordert hätten, liegen nicht vor.
Ebenso wenig oblag es der Beschwerdegegnerin, die Vorinstanz auf mögliche Gründe für die ausbleibende Reaktion hinzuweisen, die ihr gar nicht bekannt sein konnten. Noch weniger leuchtet ein, inwiefern aus dem Umstand, dass die Beschwerdegegnerin das angefochtene Säumnisurteil in einem ausländischen Verfahren unerwähnt gelassen habe - mithin einem Verhalten, das sich erst nach Abschluss des vorinstanzlichen Verfahrens ereignen konnte - vorliegend etwas zu ihren Gunsten abzuleiten wäre.
Die korrekte Weiterleitung der zugestellten Verfügung innerhalb ihrer eigenen Organisation lag in der Verantwortung der Beschwerdeführerin. Hinsichtlich der verpassten Frist stand ihr der Behelf des Fristwiederherstellungsgesuchs nach Art. 148 ZPO offen. Ein entsprechendes Gesuch wurde mit Verfügung vom 23. Mai 2016 abgewiesen, da sie nicht glaubhaft zu machen vermochte, dass sie kein oder nur ein leichtes Verschulden an der Säumnis traf. Darauf ist nicht zurückzukommen, nachdem diese Verfügung unangefochten geblieben ist.
4.
Wurde die Verfügung vom 3. Juni 2015 der Beschwerdeführerin zu Recht auf dem Rechtshilfeweg zugestellt und bestellte diese in der Folge trotz gerichtlicher Anweisung kein Zustellungsdomizil in der Schweiz, war die Voraussetzung von Art. 141 Abs. 1 lit. c ZPO erfüllt und die weiteren Zustellungen konnten durch öffentliche Bekanntmachung erfolgen. Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht bedurfte es keiner weiteren Zustellungsversuche oder Nachforschungen. Der Vorwurf des überspitzten Formalismus (Art. 29 Abs. 1 BV) ist ebenso unbegründet wie die Rüge, mit dem Säumnisurteil seien Art. 147 und Art. 223 ZPO verletzt worden. Angesichts der tatsächlich erfolgten Zustellung der Verfügung vom 3. Juni 2015 kann der Beschwerdeführerin auch nicht gefolgt werden, wenn sie unter Berufung auf den Gehörsanspruch (Art. 29 Abs. 2 BV) vorbringt, es sei ihr faktisch die Möglichkeit genommen worden, sich zur Klage zu äussern bzw. sie habe keine Gelegenheit erhalten, am Verfahren teilzunehmen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Dezember 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Leemann