Faits :
A.
La Fondation collective Trianon (ci-après: la fondation) est une institution de prévoyance inscrite au registre du commerce du canton de Genève; son but est de réaliser la prévoyance professionnelle selon la LPP en faveur d'employés de sociétés et d'indépendants affiliés ayant leur siège en Suisse. Depuis le 1 er janvier 2007, D._ (Switzerland) SA (ci-après: l'employeur) est affiliée en tant qu'employeur pour la prévoyance professionnelle de ses employés auprès de la Caisse de prévoyance de D._ SA au sein de la fondation (ci-après: la caisse).
A la suite de plusieurs départs de collaborateurs en 2008, dont ceux de A._ et B._, l'employeur s'est adressé à la fondation, le 3 février 2009, pour lui faire part d'un cas de restructuration et lui a demandé de prendre toutes les mesures utiles. Dans un rapport de liquidation du 8 mars 2010, l'expert mandaté par la fondation a conclu à l'existence d'un cas de liquidation partielle au sens du règlement de liquidation partielle de la fondation, relevant que la restructuration avait impliqué une diminution des capitaux de prévoyance des assurés actifs de 59,95 % du 31 décembre 2007 au 31 octobre 2009. Le taux de couverture des prestations réglementaires atteignait 87,08 %. Ce rapport a été contesté par 13 assurés qui niaient l'existence même d'une restructuration et d'une situation de liquidation partielle. Saisi par la fondation en sa qualité d'autorité de surveillance, l'Office fédéral des assurances sociales (ci-après: l'OFAS) a invité l'expert à établir un plan de répartition et chargé le conseil de fondation de le mettre en oeuvre, par décision du 14 décembre 2011.
B.
B.a. Par trois arrêts du 16 mai 2013, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours de la fondation (C-498/2012) et partiellement les recours de deux assurés (C-541/2012 et C-543/2012) qui avait été dirigés contre la décision de l'OFAS du 14 décembre 2011. Il a reconnu un cas de liquidation partielle pour cause de restructuration pour la période du 3 février 2008 au 31 octobre 2009, date reportée au 31 décembre 2009. Le tribunal a jugé que la procédure de liquidation concernait l'ensemble des assurés sortis durant la période précitée, peu importe que les départs aient été volontaires ou non, impliquant pour chacun d'eux le versement d'une prestation de sortie établie selon le rapport de l'expert de la fondation du 8 mars 2010. L'affaire a été renvoyée pour nouvelle décision à l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de Genève (ci-après: l'autorité cantonale de surveillance), devenue compétente entretemps.
Le 16 décembre 2014, l'autorité cantonale de surveillance a rendu une décision concernant la procédure de liquidation partielle de la caisse. Elle a notamment constaté que les conditions de la liquidation partielle étaient dûment réalisées, que la période déterminante pour la restructuration portait sur les années 2008-2009, que le cercle des assurés concernés par la liquidation partielle correspondait aux assurés sortis en 2008 et 2009, y compris l'assuré sorti volontairement, et admis que la fondation était en droit de retenir le découvert, tel que déterminé par le rapport sur la liquidation partielle du 8 mars 2010, sur la prestation de libre passage des assurés sortants.
B.b. A._ et B._, qui avaient quitté l'employeur respectivement le 31 mars 2008 et le 30 avril 2008, ont déféré conjointement la décision du 16 décembre 2014 au Tribunal administratif fédéral. A titre principal, ils ont conclu à ce qu'il fût constaté que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 n'étaient pas réunies en ce qui les concerne; à titre subsidiaire, ils ont conclu à l'annulation de la décision litigieuse et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure.
Leur recours a été rejeté par jugement du Tribunal administratif fédéral du 19 décembre 2016.
C.
A._ et B._ interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement. Principalement, ils concluent à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Subsidiairement, ils demandent de réformer ce jugement et de constater que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 n'étaient pas remplies en ce qui les concerne. Très subsidiairement, ils concluent à la réforme du jugement, en ce sens que les conditions d'une liquidation partielle en 2008 sont réunies, mais au renvoi au surplus de l'affaire à l'autorité inférieure pour détermination des montants dus au titre de transfert collectif de provisions et réserves de fluctuation et de l'éventuel transfert individuel ou collectif de fonds libres.
L'autorité cantonale de surveillance et la fondation concluent au rejet du recours. L'OFAS a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>), que le Tribunal fédéral applique d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2.
2.1. Dans un moyen qu'il convient d'examiner en premier lieu étant donné que son admission pourrait conduire à accueillir le recours sans que le Tribunal fédéral ne se prononce sur le fond du litige (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 390), les recourants font valoir une violation de leur droit d'être entendu. Ils reprochent aux premiers juges d'avoir refusé d'examiner leurs griefs relatifs à l'existence d'un cas de liquidation partielle, en se limitant à renvoyer aux considérations de leurs arrêts du 16 mai 2013 et à constater que la question y avait déjà été tranchée. Dès lors qu'ils n'avaient pas eu l'occasion de contester les arrêts du 16 mai 2013 qui ne leur avaient pas été communiqués par la fondation ou la caisse, les recourants sont d'avis qu'ils étaient en droit de faire examiner des motifs liés à l'existence d'un cas de liquidation partielle par le Tribunal administratif fédéral.
2.2. La réalisation ou non d'un cas de liquidation partielle a fait l'objet d'une première décision de l'OFAS du 14 décembre 2011, qui a été notifiée aux recourants. Ceux-ci n'expliquent pas pour quelle raison ils n'ont pas contesté le principe d'une liquidation partielle reconnu par l'autorité de surveillance. Ils n'étaient, quoi qu'il en soit, pas parties aux procédures qui ont été tranchées par les arrêts du 16 mai 2013. Au moment de contester la décision subséquente du 16 décembre 2014, les recourants ne se sont toutefois pas plaints devant le Tribunal administratif fédéral de n'avoir à tort pas été impliqués, par exemple en qualité d'intéressés, aux procédures portant sur les recours contre la décision de l'OFAS. Ils ne soulèvent pas non plus de grief à cet égard en instance fédérale.
En tout état de cause, le grief tiré de la violation du droit d'être entendu en relation avec les moyens invoqués en première instance doit être rejeté. En effet, à l'inverse de ce que les recourants prétendent, ces moyens ont été pris en considération par le Tribunal administratif fédéral, certes de manière succincte mais suffisante pour qu'ils puissent attaquer en connaissance de cause les considérations correspondantes des premiers juges. En effet, bien que le Tribunal administratif ait précisé qu'il était lié par ses trois arrêts du 16 mai 2013 dans lesquels il avait admis l'existence d'un cas de liquidation partielle (consid. 1.4.3 du jugement attaqué du 19 décembre 2016), il a néanmoins rappelé les motifs de fond pour lesquels il entendait confirmer la décision du 16 décembre 2014. Les premiers juges ont fait état des griefs soulevés par les recourants et y ont apporté une réponse (consid. 1.4.2.2 du jugement), en reprenant la motivation exposée dans les arrêts du 16 mai 2013 pour expliquer en quoi les conditions d'une liquidation partielle étaient réunies en l'espèce. Ce faisant, ils n'ont pas "refusé d'examiner l'existence d'un cas de liquidation partielle".
3.
Sur le fond, le litige porte sur le point de savoir si le Tribunal administratif fédéral était en droit d'admettre un cas de liquidation partielle de la caisse pour la période 2008-2009, comprenant tous les assurés sortis en 2008 et 2009, soit également les recourants.
Comme le jugement entrepris reprend les constatations de fait et considérations juridiques des arrêts précédents du 16 mai 2013, le litige sera examiné en prenant en considération ces développements, qui sont en partie contestés par les recourants.
3.1.
3.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, les institutions de prévoyance fixent dans leurs règlements les conditions et la procédure de liquidation partielle. Les conditions pour une liquidation partielle sont présumées remplies lorsque:
a. l'effectif du personnel subit une réduction considérable;
b. une entreprise est restructurée;
c. le contrat d'affiliation est résilié.
Les prescriptions réglementaires concernant les conditions et la procédure de liquidation partielle doivent être approuvées par l'autorité de surveillance (al. 2).
3.1.2. L'énumération de ces trois états de fait est exhaustive. En outre, il suffit que l'un d'entre eux soit réalisé pour donner lieu à une liquidation partielle (UELI KIESER, in LPP et LFLP, 2010, n° 9 ad <ref-law>). Afin que les institutions de prévoyance ne procèdent pas à des liquidations partielles de façon arbitraire mais selon des principes uniformes et légaux, les conditions et la procédure de liquidation partielle doivent être fixées au préalable dans le règlement de l'institution, lequel doit être soumis à l'autorité de surveillance pour approbation constitutive (<ref-ruling> consid. 8.2 p. 325; ERICH PETER/LUKAS ROOS, Konkretisierung der Teilliquidationstatbestände im Reglement, in L'expert-comptable suisse, 9/2008, p. 694).
3.1.3. La jurisprudence a posé pour principe qu'une réduction de 10 % de l'effectif du personnel devait être considérée, de façon générale, comme une réduction considérable de l'effectif de celui-ci donnant lieu à liquidation partielle de l'institution de prévoyance, étant toutefois précisé que ce principe ne saurait être appliqué de manière schématique à toute entreprise, indépendamment de sa taille. En effet, pour une entreprise comptant peu de personnel, le chiffre de 10 % apparaît manifestement trop faible puisqu'il faudrait procéder à une liquidation partielle chaque fois que quelques collaborateurs quittent l'entreprise. A l'inverse, il serait contraire au but de la loi d'attendre qu'une grande société multinationale licencie plusieurs centaines, voire plusieurs milliers de collaborateurs avant d'opérer une liquidation partielle (<ref-ruling> consid. 8.3 p. 326 et les références, voir aussi UELI KIESER, op. cit. n° 15 s. ad <ref-law>).
Quant à la notion de "restructuration d'entreprises" au sens du droit de la prévoyance, elle contient deux aspects qui doivent être remplis de manière cumulative (UELI KIESER, op. cit., n° 17 ad <ref-law>). D'un point de vue qualitatif, on entend par restructuration une réorganisation stratégique de l'entreprise caractérisée soit par l'établissement de nouvelles activités de base, soit par l'abandon, la vente ou toute autre modification d'un ou de plusieurs domaines d'activité. Il peut également y avoir restructuration lorsqu'une entreprise abandonne certains services internes et les externalise. En revanche, le seul réaménagement des structures de direction, sans réduction du personnel, ne saurait être interprété comme une restructuration (ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Berufliche Vorsorge, 2013, n° 14 ss ad <ref-law>; FRITZ STEIGER, Die Teilliquidation nach Art. 53b BVG, in PJA 2007, p. 1055 s.). D'un point de vue quantitatif, on entend par restructuration une modification de l'effectif des assurés. Lorsque la restructuration affecte à la baisse l'effectif du personnel, on se trouve dans une situation de "réduction considérable de l'effectif du personnel" (cf. Message du Conseil fédéral du 1er mars 2000 concernant la 1ère révision de la LPP, FF 2000, 2554). Une restructuration peut cependant aussi conduire à des remplacements sans diminution de l'effectif du personnel. C'est le cas par exemple d'une réorganisation impliquant, d'une part, la vente d'une unité de l'entreprise et, d'autre part, le rachat d'une autre unité. Contrairement à l'état de fait visé par l'<ref-law>, la restructuration d'une entreprise n'exige donc pas une réduction considérable de l'effectif du personnel (<ref-ruling> consid. 8.3 p. 326 et les références).
3.1.4. La fondation a concrétisé les conditions d'une liquidation partielle ou totale dans son règlement valable dès le 1er janvier 2005 (ci-après: le règlement), lequel a été approuvé par décision de l'OFAS du 29 avril 2008.
Sous le titre "Abréviations et définitions", la restructuration désigne " l'abandon d'une activité auprès d'une entreprise ou d'un établissement affilié, le transfert d'un secteur à une entité externe ou la réduction annoncée du nombre d'employés".
Les conditions d'une liquidation partielle sont énoncées à l'art. 2.1 du règlement. Elles sont remplies "lorsque
a) une importante diminution du personnel se produit, soit pour une caisse comptant moins de 50 membres actifs, lorsqu'une diminution de 30 % au moins des capitaux de prévoyance des actifs intervient en l'espace de 12 mois, entre le début et la fin d'un exercice annuel comptable de la Fondation, ou (...)
b) une entreprise ou un établissement affilié subit une restructuration entraînant une réduction des capitaux de prévoyance dans une proportion telle que celle indiquée au point a); si plusieurs restructurations se recouvrent dans le temps au sein d'un établissement, (soit parce qu'elles sont simultanées, soit parce que l'une débute alors que l'autre n'a pas encore pris fin), le cumul des réductions est déterminant, ou (...) ".
3.2. Dans son jugement du 16 mai 2013 (C_541/2012), auquel il a fait référence au consid. 1.4.2.2 du jugement attaqué du 19 décembre 2016, le Tribunal administratif fédéral avait constaté que durant les années 2008 et 2009 D._ (Switzerland) SA avait connu 20 départs sur un effectif de 28 personnes au 1er janvier 2008, soit 13 départs en 2008 et 7 départs en 2009, alors que durant les mêmes années il y avait eu 11 engagements en 2008 et 3 engagements en 2009. Le tribunal avait aussi constaté que durant les années 2008 et 2009, bien plus d'ailleurs en 2008 qu'en 2009, la société avait mis en place une nouvelle direction, abandonné un secteur d'activités économiquement relativement important qui avait été repris par des cadres partis dans une autre société, et que la situation financière réellement incertaine tant en 2008 que 2009 n'avait pas manqué durant ces années d'inciter des collaborateurs à quitter l'entreprise, laquelle avait dû être recapitalisée de façon importante en 2010.
Sur la base de ces constatations de fait, le Tribunal administratif fédéral avait déduit que la société avait connu une situation de restructuration. Dès lors, tant sous l'angle de la restructuration (art. 2.1 let. b du règlement) que sous l'angle du critère des 30 % des capitaux de prévoyance par référence aux capitaux de prévoyance liés aux membres de la caisse au 1er janvier de chacune des années 2008 et 2009 (art. 2.1 let. a du règlement), l'existence d'un cas de liquidation partielle de la société portant sur les années 2008 et 2009 devait être admis. En effet en 2008 et 2009 la réduction des capitaux de prévoyance s'était élevée selon les modalités de calcul du règlement à respectivement 40,24 % et 30 % soit au moins à 30 % par année tels que requis. Le fait que la situation de restructuration de la société n'ait été annoncée à la fondation que le 3 février 2009 n'était pas déterminant, car en 2008 la société avait connu une situation objective de restructuration.
En ce qui concerne le cercle des assurés concernés par la liquidation partielle, le Tribunal administratif fédéral a admis que toute personne qui avait quitté l'entreprise durant la période de restructuration devait être prise en compte dans le plan de répartition; en effet, dans un cadre de restructuration, même les départs apparemment volontaires, mais résultant d'une situation économique difficile motivant l'anticipation d'une résiliation des rapports de travail et la recherche active d'un nouvel emploi devaient être assimilés aux départs induits par la restructuration.
3.3. Les recourants contestent l'existence d'un cas de liquidation partielle et invoquent une violation de l'<ref-law> et de la jurisprudence y relative. Ils soutiennent que la restructuration doit résulter d'une décision de l'employeur et qu'il ne faut pas tenir compte des départs qui ont eu lieu sur une base volontaire, sous réserve d'exception. Il faut à chaque fois examiner, dans le contexte de l'entreprise, si la diminution de l'effectif est frappante, si elle sort de l'ordinaire et si elle diffère d'une fluctuation normale du personnel. S'agissant des petites entreprises, une diminution de l'effectif de 10 % peut ainsi ne pas mener à une liquidation partielle.
En ce qui concerne la modification de l'effectif du personnel, les recourants soutiennent qu'elle ne saurait être considérée comme une restructuration (cf. <ref-law>), dès lors que pour nombre des employés, les départs ont été volontaires. Les problèmes n'étaient pas d'ordre économique, d'autant qu'une grande partie des départs a été compensée par l'arrivée de nouveaux employés. Contrairement à ce que le Tribunal administratif fédéral a retenu, le fait que leur employeur n'avait pas annoncé la réduction du personnel serait un indice évident qu'il n'y avait pas eu de restructuration.
Se référant à l'art. 2.1 al. 2 du règlement de liquidation, les recourants en déduisent que la diminution du pourcentage des capitaux de prévoyance n'est pas déterminante, mais qu'il faut tenir compte du nombre des membres. Comme la condition d'une diminution des capitaux n'est pas prévue à l'<ref-law>, ils sont d'avis que l'interprétation que le Tribunal administratif fédéral donne du règlement de prévoyance, au consid. 7.2 de l'arrêt du 16 mai 2013, ne peut être suivie, puisque le règlement fait exclusivement référence au "nombre de membres déterminants".
3.4. Devant le Tribunal fédéral, les recourants n'allèguent et ne démontrent pas que les faits auraient été établis par l'autorité judiciaire précédente de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), tant en ce qui concerne l'étendue des fluctuations du personnel que celles des capitaux de prévoyance. Ils s'en prennent aux conséquences juridiques que les premiers juges en ont tirées, savoir l'existence d'une restructuration justifiant une liquidation partielle.
A la lumière des constatations de fait de l'autorité précédente, et compte tenu de la notion de "restructuration d'entreprises" au sens du droit de la prévoyance professionnelle rappelée au consid. 3.1.3 du présent arrêt et de celle qui figure dans le règlement, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le droit fédéral en retenant l'existence d'une restructuration impliquant une liquidation partielle de la caisse (cf. <ref-law>). En effet, sans même tenir compte du critère (contesté) des fluctuations des avoirs de prévoyance, on se trouvait en présence d'une restructuration dès lors que l'entreprise avait abandonné un secteur d'activités économiquement relativement important qui avait été repris par des cadres partis dans une autre société. De surcroît, une restructuration doit être admise car la fluctuation du nombre des assurés avait été considérable (cf. <ref-ruling> consid. 8.3 p. 326) durant les deux années en cause (2008 et 2009), puisque 20 employés sur l'effectif de 28 personnes que comptait l'entreprise au 1er janvier 2008 avaient quitté leur employeur (soit 71 %), alors que 14 personnes avaient été engagées dans cette période, affectant à la baisse l'effectif du personnel (21 %). Les circonstances des départs, volontaires ou non, importent peu dans la mesure où elles ont relevé, selon les constatations des premiers juges, de la restructuration. Pour le surplus, l'allégué (n° 19) selon lequel la variation du personnel était de 7 % pour chaque année comptable déterminante n'est pas vérifiable.
Quant au moyen tiré du moment où la restructuration a été annoncée par l'employeur, il n'est d'aucun secours aux recourants, car il ne ressort pas du règlement qu'une restructuration n'existerait qu'à partir du moment où l'annonce en aurait été faite. Si l'annonce a certes eu lieu le 3 février 2009, elle portait toutefois sur des faits survenus en 2008 (cf. consid. 1.4.2.2 in fine du jugement attaqué).
Vu ce qui précède, le Tribunal administratif fédéral a admis à juste titre un cas de liquidation partielle de la caisse pour la période 2008-2009, comprenant tous les assurés sortis au cours de ces deux années, soit également les recourants.
4.
A titre subsidiaire, le litige porte sur le droit collectif de participation proportionnelle aux provisions et aux réserves de fluctuation et d'un éventuel droit individuel ou collectif à des fonds libres.
4.1.
4.1.1. Lors de la liquidation partielle ou totale de l'institution de prévoyance, le principe de l'égalité de traitement et les principes techniques reconnus doivent être respectés. Le Conseil fédéral définit les principes (<ref-law>).
En cas de liquidation partielle ou totale de l'institution de prévoyance, un droit individuel ou collectif à des fonds libres s'ajoute au droit à la prestation de sortie (<ref-law>). Lors d'une liquidation partielle ou totale, il existe un droit individuel à une part des fonds libres en cas de sortie individuelle; en cas de sortie collective, ce droit peut être individuel ou collectif (art. 27g al. 1 OPP 2).
Lorsque plusieurs assurés passent ensemble dans une autre institution de prévoyance (sortie collective), un droit collectif de participation proportionnelle aux provisions et aux réserves de fluctuation s'ajoute au droit de participation aux fonds libres. Dans la détermination de ce droit, on tient compte de la mesure dans laquelle le collectif sortant a contribué à la constitution des provisions et des réserves de fluctuation. Le droit aux provisions n'existe toutefois que si des risques actuariels sont également cédés. Le droit aux réserves de fluctuation correspond au droit au capital d'épargne et de couverture au prorata (art. 27h al. 1 OPP 2). Cette disposition réglementaire se fonde sur la volonté du législateur d'instaurer une égalité de traitement en cas de sortie collective, volonté qui s'est traduite par l'<ref-law> (Commentaire de l'OFAS du 15 juillet 2004 dans le cadre de la modification de l'OPP 2, p. 22). A cet égard, la jurisprudence a rappelé qu'en cas de liquidation partielle d'une institution de prévoyance, le principe de l'égalité de traitement de l'<ref-law> vaut aussi bien pour les membres du collectif restant que pour ceux du collectif sortant, s'agissant du droit des membres du collectif sortant au partage des réserves et des provisions (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 126).
L'art. 27h OPP 2 ne définissant pas la notion de sortie collective, il appartient aux règlements de liquidation des institutions de prévoyance de le faire, en respectant le principe de l'égalité de traitement. A cet égard, la jurisprudence accorde de l'importance à la taille des départs (arrêt 9C_489/2009 du 11 décembre 2009 consid. 4.3.1, in SVR 2010 BVG n° 13 p. 48).
4.1.2. En l'espèce, la sortie collective est définie dans le règlement. Elle désigne "une sortie de destinataires touchés par la liquidation partielle quittant ou ayant quitté la caisse en tant que groupe pour être repris ensemble dans une autre institution de prévoyance. Le terme de groupe désigne un ensemble de destinataires dont le nombre correspond à au moins 30 % du nombre de membres actifs en début d'année, mais au minimum 5 destinataires, pour une caisse comptant moins de 50 membres actifs en début d'année (...) ".
4.2. Selon les constatations de fait du Tribunal administratif fédéral (consid. 3.2 du jugement attaqué), sur le total des assurés ayant quitté l'employeur durant la période de liquidation partielle retenue, huit d'entre eux avaient rejoint C._ SA, dont les recourants, six au cours de l'année 2008 et deux autres en 2009. Les dates de transfert des prestations de libre passage n'étaient pas non plus identiques.
En examinant la question d'un droit collectif de participation proportionnelle aux provisions et aux réserves de fluctuation lors de la liquidation partielle (art. 27h OPP 2), les premiers juges ont admis que les conditions pour reconnaître une sortie collective au sens du règlement n'étaient pas satisfaites, car le départ de six assurés durant l'année 2008 représentait un peu plus de 21 % du nombre de membres actifs au début de l'année.
Quant au droit à des fonds libres en cas de liquidation partielle (art. 27g OPP 2), le tribunal a constaté que la prestation de libre passage avait été versée dans son intégralité à A._ le 16 octobre 2008 et à B._ le 4 novembre 2008, qu'au moment de ce transfert, la caisse était en découvert au sens de l'annexe 1 à l'art. 44 OPP 2 et que par conséquent, il n'y avait pas de tels fonds à distribuer.
4.3. Les recourants contestent le jugement attaqué dans la mesure où leur droit à des fonds libres ainsi qu'aux provisions et aux réserves de fluctuation lors de liquidation partielle a été nié. Ils sont d'avis qu'on ne saurait isoler la définition de groupe ou de sortie collective de la situation concrète du cas de liquidation partielle, car il serait contraire à l'égalité de traitement de considérer la période de liquidation partielle pour restructuration sur près de deux ans et limiter à une seule année la période à prendre en considération pour estimer le groupe. A défaut, on exclurait systématiquement, dans les faits, un droit collectif à des provisions et réserves de fluctuation, lorsqu'il y a liquidation partielle en raison d'une restructuration sur une période de deux ans. En présence d'une caisse comportant moins de 30 assurés, le pourcentage de 30 % paraît manifestement trop élevé et conduirait, dans les faits, à quasiment systématiquement nier le droit collectif à des provisions et réserves de fluctuation au sens de l'art. 27h OPP 2.
4.4. Pour définir le groupe des personnes quittant ou ayant quitté la caisse pour être repris par une autre institution de prévoyance et qui sont touchées par la liquidation partielle, le règlement pose un seuil quantitatif (au moins 30 % des effectifs dans le cas d'une caisse comptant moins de 50 membres actifs en début d'année) ainsi qu'une limite temporelle (une année civile). Le groupe ainsi défini par le règlement (approuvé par l'OFAS en 2008) ne coïncide donc pas entièrement avec le cercle des personnes qui résulte de la décision de l'autorité cantonale de surveillance du 16 décembre 2014, puisque ce dernier est sensiblement plus étendu.
En soi, le règlement n'instaure aucune inégalité de traitement entre divers cercles d'assurés. Quant à la décision administrative du 16 décembre 2014, elle n'engendre pas non plus une telle inégalité, car dans le cas d'espèce les assurés sortis en 2008 sont traités de façon identique à ceux qui sont partis en 2009.
Pour le surplus, les premiers juges ont appliqué correctement les dispositions réglementaires relatives au droit aux provisions et aux réserves de fluctuation lors d'une liquidation partielle, car il n'est pas possible d'assimiler les départs échelonnés dans le temps en 2008 et 2009 à une sortie d'un groupe qui aurait été repris dans son ensemble par une nouvelle institution de prévoyance. Même s'il fallait assimiler à un groupe les six personnes qui avaient rejoint C._ SA en 2008, soit 21 % des effectifs présents au 1 er janvier 2008, la limite de 30 % prévue par le règlement de la fondation pour reconnaître l'existence d'une sortie collective ne serait pas atteinte. A cet égard, il ne suffit pas d'affirmer péremptoirement, comme le font les recourants, que le pourcentage de 30 % paraît manifestement trop élevé pour établir une violation de l'art. 27h al. 1 OPP 2, étant précisé que le règlement ne prévoit l'application de ce taux qu'en présence d'un groupe restreint d'assurés.
Quant au grief relatif aux fonds libres, il n'y a pas lieu de s'écarter des constatations du Tribunal administratif fédéral, non contestées, selon lesquelles les recourants ont reçu l'intégralité de leur prestation de libre passage, alors que la caisse était en découvert au sens de l'annexe 1 à l'art. 44 OPP 2 au moment des transferts (cf. consid. 3.3 du jugement attaqué). Leur argumentation ne rend pas vraisemblable une réduction du découvert postérieure au moment du transfert de leur prestation de libre passage respective.
Le jugement attaqué n'est dès lors pas non plus critiquable sous l'angle des art. 27g et 27h OPP 2.
5.
Les recourants, qui succombent, supporteront les frais de la procédure (<ref-law>).
Les intimées n'ont pas droit aux dépens qu'elles ont demandés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 septembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Berthoud