Sachverhalt:
A.
Die B._ AG ist Eigentümerin des ehemaligen Lagerhauses an der Bürenstrasse 1 in Lyss (Parzelle Nr. 948). Das Grundstück befindet sich in der Mischzone Kern a (MKa). Im Januar 2009 reichte die A._ AG ein Baugesuch für die Umnutzung des Gebäudes in Büroräume ein. Nachdem die Baubewilligungsbehörde die Parkplatzsituation beanstandet hatte, zog sie das Gesuch am 5. März 2009 zurück und stellte sich auf den Standpunkt, die Umnutzung benötige keine Bewilligung bzw. sei bereits früher bewilligt worden. Am 26. März 2009 teilte die Einwohnergemeinde Lyss der A._ AG mit, es liege keine rechtskräftige Bewilligung für die Umnutzung des Lagerhauses in ein Bürogebäude vor, das Baugesuch könne deshalb nicht zurückgezogen werden. Am 25. Mai 2009 erteilte sie die Gesamtbewilligung für die Umnutzung, mit Auflagen namentlich betreffend Anzahl und Anordnung der Parkplätze. Die A._ AG hielt mit Schreiben vom 24. Juni 2009 daran fest, dass sie das Baugesuch zurückgezogen habe und Auflagen betreffend Parkplätze nicht akzeptiere. Mit Verfügung vom 13. November 2009 hob die Gemeinde die Gesamtbewilligung vom 25. Mai 2009 deshalb auf, schrieb das Baugesuchsverfahren ab und eröffnete mit separater Verfügung ein Baupolizeiverfahren.
Auf Ersuchen der Gemeinde stellte das Regierungsstatthalteramt Seeland am 17. Mai 2011 fest, dass die Umnutzung bewilligungspflichtig sei. Diese Verfügung wurde von der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) am 11. November 2011 bestätigt. Deren Entscheid blieb unangefochten.
Am 28. Dezember 2012 erliess die Gemeinde eine Wiederherstellungsverfügung mit - soweit hier interessierend - folgendem Wortlaut:
"1. Nach einem Wegzug der Verfügungsadressatin 3 [C._ AG] aus der Liegenschaft Bürenstrasse 1 3250 Lyss (Grundbuchblatt Lyss GB-Nr. 948) gilt für das Dachgeschoss, das 3. und das zweite Obergeschoss ein Verbot, diese Geschosse als Büroräume zu nutzen (Zweckentfremdungsverbot: ausschliesslich Gewerbe-/Lagernutzung zulässig). Die Baupolizeibehörde wird dieses Benützungsverbot im Widerhandlungsfalle mit der Abschaltung der Wasserzufuhr durchsetzen.
2. Das Untergeschoss, das Erdgeschoss und das 1. Obergeschoss dürfen nicht zu Dienstleistungszwecken genutzt werden (Zweckentfremdungsverbot: ausschliesslich Gewerbe-/Lagernutzung zulässig). Nötigenfalls wird die Baupolizeibehörde dieses Zweckentfremdungsverbot durch die Abschaltung der Wasserzufuhr ersatzvornahmeweise durchsetzen.
3. Der Vorplatz im Süden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung, das heisst ab 01. März 2013, nicht mehr für Zwecke der Zu- und Wegfahrt sowie der Parkierung benutzt werden (Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot: Abstellen von Fahrzeugen verboten). Wird der Vorplatz nach Ablauf dieser Frist weiterhin als Zu- und Wegfahrt benutzt, wird die Baupolizeibehörde das Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot durch das Anbringen eine[s] Stellstreifens, Natursteinquadern oder ähnlichem sowie einer entsprechenden Markierung auf Kosten der Verfügungsadressatin 1 (Grundeigentümerin) ersatzvornahmeweise durchsetzen.
4. Der Vorplatz im Norden des Gebäudes Bürenstrasse darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung nur zur Parkierung von Fahrzeugen benützt werden, die de[n] bewilligten Nutzungen im Hauptgebäude oder der Nutzung durch die Verfügungsadressatin 3 dienen (Zweckentfremdungsverbot: Verbot der Fremdparkierung).
5. [Strafandrohung]
6. [Anmerkung im Grundbuch]
7. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziffer 3 der vorliegenden Verfügung und der Anordnung die Zweckentfremdungsverbote im Grundbuch anzumerken (Ziffer 6 der Verfügung) wird die aufschiebende Wirkung entzogen.
8. [Hinweis auf nachträgliches Baugesuch]
9.-12. [Kosten, Rechtsmittelbelehrung, Eröffnung und Mitteilung]"
Dagegen erhoben die A._ AG und die B._ AG am 4. Februar 2013 Beschwerde bei der BVE. Ihre prozessualen Begehren um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung bzw. Erlass vorsorglicher Massnahmen wies die BVE mit Verfügung vom 1. März 2013 ab, was das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 1. Oktober 2013 und das Bundesgericht mit Urteil 1C_826/2013 vom 20. Januar 2014 bestätigten.
Mit Entscheid vom 18. September 2014 wies die BVE die Beschwerde ab und korrigierte die angefochtene Verfügung wie folgt:
"Ziff. III.3: Der Vorplatz im Süden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung, das heisst ab 01. März 2013, nur noch für Zu- und Wegfahrten im Rahmen der bewilligten Nutzungen des Hauptgebäudes genutzt werden. Das Parkieren von Fahrzeugen ist untersagt. (...) "
Gegen diesen Entscheid erhoben die A._ AG und die B._ AG am 20. Oktober 2014 Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragten sie, das Verfahren sei auf unbestimmte Zeit zu sistieren, und stellten in Aussicht, ein Baugesuch einzureichen.
Mit Urteil vom 6. Juli 2015 wies das Verwaltungsgericht sowohl das Gesuch um Sistierung des Verfahrens (Dispositiv-Ziffer 1) als auch die Beschwerde (Dispositiv-Ziffer 2) ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. September 2015 beantragen die A._ AG und die B._ AG die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils.
Das Verwaltungsgericht, die Einwohnergemeinde Lyss und die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerinnen halten in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen fest.
Mit Präsidialverfügung vom 7. Oktober 2015 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über baurechtliche Wiederherstellungsmassnahmen. Dieser unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Die Beschwerdeführerinnen sind Adressatinnen des angefochtenen Entscheids und in schutzwürdigen Interessen betroffen. Sie sind somit nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Auf ihre Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2.
Gemäss den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz wurde das Gebäude an der Bürenstrasse 1 1956 als Lagerhaus mit angebauter einstöckiger Garage bewilligt. Es diente zunächst überwiegend als Lager (und Labor) einer Drogerie. Nachdem es längere Zeit leer gestanden hatte, wurde im Jahr 2006 die Sanierung der Fassaden bewilligt. Inzwischen sind jedenfalls das zweite und dritte Stockwerk sowie das Dachgeschoss als Büroräume vermietet. Westlich des Grundstücks verläuft die Bahnlinie, östlich liegt die Bürenstrasse, die südlich durch eine Unterführung die Bahnlinie kreuzt. Nördlich und südlich des Gebäudes befinden sich zwei getrennte Vorplätze. Der nördliche Vorplatz mit Garagengebäude wird derzeit als Parkfläche genutzt, wobei zusätzlich zu den zwei Garagenplätzen neun stirnseitig angeordnete Parkfelder markiert sind. Der südliche viertelkreisförmige Vorplatz wird nördlich durch die Südfassade des Gebäudes (mit Eingangstor zum Warenlift), westlich durch die Bahnlinie und im Übrigen durch das angrenzende Trottoir der Bürenstrasse begrenzt. Auf diesem Vorplatz sind derzeit vier Parkfelder markiert.
3.
3.1. Gesetzliche Grundlage für die vom Verwaltungsgericht bestätigte Anordnung bildet Art. 46 des Baugesetzes des Kantons Bern vom 9. Juni 1985 (BauG; BSG 721.0). Danach verfügt die zuständige Baupolizeibehörde die Einstellung der Bauarbeiten, wenn ein Bauvorhaben ohne Baubewilligung oder in Überschreitung einer Baubewilligung ausgeführt wird oder bei der Ausführung eines bewilligten Vorhabens Vorschriften missachtet werden (Abs. 1). Die Baupolizeibehörde setzt sodann dem jeweiligen Grundeigentümer oder Baurechtsinhaber eine angemessene Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes unter Androhung der Ersatzvornahme (Abs. 2).
3.2. Das Verwaltungsgericht führte zusammengefasst aus, die Umnutzung der Liegenschaft sei ohne Baubewilligung vorgenommen worden. Bei der aktuellen Gestaltung des Vorplatzes beeinträchtige sie die Verkehrssicherheit, weil das Trottoir und/oder die Kantonsstrasse zum Wenden benützt werden müssten. Ohne eine verkehrssichere Anordnung der Parkplätze sei die Umnutzung des Gebäudes deshalb rechtswidrig. Die angeordneten Wiederherstellungsmassnahmen seien zudem verhältnismässig, weshalb sie zu bestätigen seien.
4.
Hiergegen bringen die Beschwerdeführerinnen zunächst vor, mit der Baubewilligung vom 17. Februar 2006 sei die Nutzung des Gebäudes für Büros mit der entsprechenden Anzahl Parkplätze genehmigt worden.
Das Verwaltungsgericht hielt im angefochtenen Entscheid fest, dass die BVE am 11. November 2011 entschieden habe, dass die Umnutzung des Gebäudes zu Büroräumen einer Bewilligung bedurft hätte. Die Beschwerdeführerinnen hätten diesen Entscheid damals nicht angefochten.
Mit diesen Erwägungen betreffend die rechtskräftige Feststellung der Bewilligungspflicht setzen sich die Beschwerdeführerinnen nicht auseinander (<ref-law>). Zudem hat das Verwaltungsgericht dargelegt, dass nicht eine Büronutzung Gegenstand der Baubewilligung vom 17. Februar 2006 war, sondern einzig eine Fassadensanierung. Die Akten bestätigen dies.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerinnen sind weiter der Auffassung, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt offensichtlich falsch und aktenwidrig festgestellt, wenn es davon ausging, dass die Parkplätze 1956 nicht bewilligt worden seien. Sie weisen darauf hin, dass der Kanton Bern damals beim Bau der Strasse den Trottoirrand im Bereich der Vorplätze abgesenkt und damit die Nutzung dieser Flächen als Parkplätze bestätigt habe.
5.2. Das Verwaltungsgericht führte aus, den Akten seien keine Hinweise darauf zu entnehmen, dass auf den Vorplätzen jemals Parkfelder bewilligt worden wären; namentlich seien solche in der Bewilligung vom 27. September 1956 nicht erwähnt und im Situationsplan nicht eingezeichnet. Dass diese Feststellungen aktenwidrig wären, ist nicht ersichtlich. Weiter hielt das Verwaltungsgericht fest, es könne im Ergebnis ohnehin offen bleiben, ob von der zuständigen Behörde Parkplätze bewilligt oder zugesichert worden seien und ob die vorhandenen Parkplätze im Zeitpunkt ihrer Erstellung oder Einrichtung überhaupt bewilligungspflichtig gewesen seien. Denn durch die Umnutzung des Gebäudes zu Büroräumen könne die Anzahl der täglichen Zu- und Wegfahrten (von Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern sowie je nach Branche insbesondere auch von der Kundschaft) gegenüber einer Nutzung als Lager- und Gewerbehaus erheblich zunehmen. Die Erschliessung und ausreichende Anzahl verkehrssicherer Abstellplätze sei daher für die Nutzung als Bürogebäude neu zu prüfen.
5.3. Die Beschwerdeführerinnen übersehen mit ihrer Kritik, dass das Verwaltungsgericht die Frage, inwiefern die bestehenden Parkplätze für die ursprüngliche Nutzung des Gebäudes als zulässig zu erachten seien, nicht für entscheidend hielt. Stattdessen ging es davon aus, dass aufgrund der bewilligungspflichtigen Umnutzung des Gebäudes (vgl. E. 4 hiervor) die Erschliessung neu zu prüfen sei. Dass es damit Bundesrecht verletzte, legen die Beschwerdeführerinnen nicht dar. Ihre Rüge erweist sich damit als unbegründet, soweit sie hinreichend substanziiert wurde.
6.
6.1. Die Beschwerdeführerinnen sind der Ansicht, es reiche nicht aus, nur den Sachverhalt ab dem Jahr 2009 zu betrachten. Inwiefern der angefochtene Entscheid in diesem Punkt Bundesrecht verletzt, legen sie jedoch nicht substanziiert dar. Stattdessen verweisen sie pauschal auf ihre Rechtsschrift im vorinstanzlichen Verfahren. Dies genügt jedoch den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 306 mit Hinweisen).
6.2. Weiter machen die Beschwerdeführerinnen geltend, das Verwaltungsgericht habe die Beweise in unzulässiger Weise antizipiert gewürdigt, indem es auf einen Augenschein verzichtete. Zur Begründung führen sie aus, das Verwaltungsgericht hätte nicht auf den Amtsbericht des Strasseninspektorats Seeland abstellen dürfen. Dieser sei überholt, weil sie den Strassenplan, "Umgestaltung Bürenstrasse, Hirschenplatz, Einmündung Rosengasse 2" erfolgreich angefochten hätten. Weshalb der erwähnte Amtsbericht damit, soweit er für den vorliegenden Fall von Bedeutung ist, nicht mehr massgebend sein soll, legen die Beschwerdeführerinnen jedoch nicht dar. Die Vorinstanz hat sich mit der Verkehrssicherheit und in diesem Zusammenhang auch mit dem Amtsbericht des Strasseninspektorats eingehend auseinandergesetzt und kam zum Schluss, dass die Verkehrssicherheit gefährdet sei. Darauf gehen die Beschwerdeführerinnen nicht ein. Auf ihre Rüge ist deshalb nicht einzutreten (<ref-law>).
7.
7.1. Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die Gemeinde Lyss habe ihnen in einem Schreiben vom 8. Januar 2009 zugesichert, dass die bestehenden Parkplätze bewilligt werden könnten. Sinngemäss berufen sie sich damit auf den verfassungsmässigen Vertrauensschutz (<ref-law>).
7.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen geht aus dem genannten Schreiben der Gemeinde keine Zusicherung hervor. Der darin enthaltene Satz "Bei der Unterführung dürfen demnach nur noch 3 Parkplätze vorgesehen werden" steht offensichtlich im Zusammenhang mit dem damaligen Baugesuch, das eine andere Anordnung der Parkplätze und eine Ein- und Ausfahrt vorsah. Davon haben die Beschwerdeführer Abstand genommen, indem sie zum einen ihr Baugesuch zurückzogen und zum andern betonen, der massgebliche Plan ("Grundriss Erdgeschoss und PP") sei gegen ihren Willen vom zuständigen Architekten zu den Akten gereicht und von ihnen nie genehmigt worden. Die Rüge erweist sich damit als unbegründet und es kann offen bleiben, wie es sich mit den weiteren Voraussetzungen des Vertrauensschutzes verhält (vgl. <ref-ruling> E. 3.6.2 S. 193 mit Hinweisen).
8.
8.1. Die Beschwerdeführerinnen kritisieren weiter, dass das Verwaltungsgericht im Rahmen seiner Ausführungen zur Besitzstandsgarantie die Investitionen für den Bau der Liegenschaft nicht berücksichtigt habe. Auch sind sie der Ansicht, dass aufgrund der Besitzstandsgarantie Massnahmen zur Gewährleistung der Verkehrssicherheit von der öffentlichen Hand zu ergreifen seien und nicht einseitig ihnen auferlegt werden könnten.
8.2. Das Verwaltungsgericht hielt in dieser Hinsicht fest, die Besitzstandsgarantie schütze nur die für die bewilligte Nutzung getätigten Investitionen. Dies ist nicht zu beanstanden. Durch die angeordnete Wiederherstellung wird weder der Bestand der Baute noch deren bewilligte Nutzung in Frage gestellt. Ein Anspruch auf Nutzungsänderung vermittelt die Besitzstandsgarantie dagegen nicht (ALDO ZAUGG/PETER LUDWIG, Baugesetz des Kantons Bern, Band I, 4. Aufl. 2013, N. 2a zu Art. 3 BauG). Das Verwaltungsgericht wies zudem darauf hin, dass es den Beschwerdeführerinnen frei stehe, nach einer Bereinigung der Zufahrts- und Parkplatzsituation erneut um eine Bewilligung für die Umnutzung zu ersuchen.
9.
9.1. Die Beschwerdeführerinnen halten die Wiederherstellungsmassnahmen schliesslich für unverhältnismässig.
9.2. Die Beschwerdeführerinnen können sich neben der Eigentumsgarantie auch auf die Wirtschaftsfreiheit berufen, zumal sie durch die Anordnung in der freien Ausübung ihrer privatwirtschaftlichen Tätigkeit tangiert werden. In beider Hinsicht muss die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands verhältnismässig sein (<ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip verlangt, dass eine Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Ziels geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar erweist (<ref-ruling> E. 9.2.2 S. 24 mit Hinweisen).
Ein Wiederherstellungsbefehl erweist sich dann als unverhältnismässig, wenn die Abweichung vom Gesetz gering ist und die berührten öffentlichen Rechtsgüter den Schaden, welcher dem Betroffenen durch die Wiederherstellung entstünde, nicht zu rechtfertigen vermögen. Auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit kann sich auch eine Bauherrin berufen, die nicht gutgläubig gehandelt hat. Sie muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die der Bauherrin allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.; Urteil 1C_489/2015 vom 25. Februar 2016 E. 3.2 mit Hinweisen).
9.3. Das Verwaltungsgericht führte zur Verhältnismässigkeit der Wiederherstellungsanordnung aus, die Gemeinde habe das Zweckentfremdungsverbot für das zweite und dritte Stockwerk sowie das Dachgeschoss nicht per sofort angeordnet, sondern dulde die Büronutzung durch die derzeitige Mieterin bis zu deren Wegzug. Zusätzlich habe sie die Nutzung der Parkplätze auf dem nördlichen Vorplatz auf Fahrzeuge begrenzt, die den bewilligten Nutzungen im Hauptgebäude oder der Nutzung durch die Mieterin der oberen Stockwerke dienten. Damit habe sie die Nutzung dieser Parkplätze nicht untersagt, aber die Zu- und Wegfahrten beschränkt, was ebenfalls der Verkehrssicherheit diene. Auf dem südlichen Vorplatz blieben Zu- und Wegfahrten im Rahmen der bewilligten Nutzungen des Hauptgebäudes erlaubt, d.h. namentlich die Anlieferung und der Abtransport von Gütern zu und von den Lagerräumen. Die BVE habe damit dem Umstand Rechnung getragen, dass die Zufahrt zum Warenlift für die bewilligte Nutzung erforderlich sei. Mit den angeordneten Benützungsverboten hätten die Gemeinde und die BVE den Interessen der Verkehrssicherheit Rechnung getragen, aber auch die Interessen der Beschwerdeführerinnen und der Mieterin der oberen Stockwerke gebührend berücksichtigt. Das öffentliche Interesse an der Verkehrssicherheit sei beträchtlich; ihm stünden keine ähnlich gewichtigen Interessen der Beschwerdeführerinnen gegenüber; namentlich seien für die (aufgeschobene) Wiederherstellung keine kostspieligen baulichen Massnahmen erforderlich. Den Beschwerdeführerinnen steht es im Übrigen frei, nach einer Bereinigung der Zufahrts- und Parkplatzsituation erneut um eine Bewilligung für die Umnutzung zu ersuchen. Insoweit sei ihnen das Benützungs- und Zweckentfremdungsverbot zumutbar.
9.4. Die Beschwerdeführerinnen halten den vorinstanzlichen Entscheid für unverhältnismässig, weil nur Massnahmen zu ihren Lasten und nicht auch zulasten der Allgemeinheit angeordnet worden seien. Zudem hätte ihrer Auffassung nach auch eine weniger einschränkende Massnahme, z.B. die Festsetzung der maximal zulässigen Zahl Parkplätze, geprüft werden müssen. Schliesslich stünden der Sicherheit von Personen vorliegend die Eigentumsgarantie, das Gebot von Treu und Glauben sowie die Besitzstandsgarantie nach bernischem Recht entgegen. Die Vorinstanz habe diese Interessen nicht in die Abwägung miteinbezogen.
9.5. Die angeordneten Wiederherstellungsmassnahmen tragen zum einen der Verkehrssicherheit, zum andern auch den Interessen der Beschwerdeführerinnen Rechnung. Das Zu- und Wegfahren sowie das Parkieren bleibt im Rahmen der bewilligten Nutzung des Gebäudes zulässig. Darüber hinaus darf die derzeitige Mieterin bis zu ihrem Wegzug nicht nur die angemieteten Büroräumlichkeiten nutzen, sondern auch den nördlichen Vorplatz, obwohl für diese Nutzung nach dem Ausgeführten keine Baubewilligung vorliegt. Das Parkieren ist lediglich auf dem südlichen Vorplatz, wo die Gefährdung der Verkehrssicherheit erheblich ist (vgl. Urteil 1C_826/2013 vom 20. Januar 2014 E. 3.3), vollständig ausgeschlossen. Auf dem nördlichen Vorplatz beschränkt sich das Zweckentfremdungsverbot auf ein Verbot der Fremdparkierung. Dies dient ebenfalls der Verkehrssicherheit, da dadurch die Nutzung des Parkplatzes zurückgeht, und schränkt gleichzeitig die Verfügungsadressatinnen nicht unverhältnismässig ein. Hinzu kommt, dass Fremdparkierer, insbesondere Kunden, die Verkehrssicherheit stärker gefährden dürften als die Mitarbeitenden, die mit der Situation besser vertraut sind. Es ist unter diesem Gesichtswinkel deshalb auch nicht zu beanstanden, dass die kantonalen Instanzen die Fremdparkierung vollständig untersagten, statt einfach eine bestimmte Anzahl Parkplätze der freien Nutzung zu überlassen. Dass nur die Beschwerdeführerinnen sowie die Mieterin in die Pflicht genommen wurden, verletzt das Verhältnismässigkeitsprinzip ebenfalls nicht. Es entspricht dem Störerprinzip, dass sich die Wiederherstellungsverfügung gegen die für eine Baurechtswidrigkeit verantwortliche Person richtet und nicht gegen Dritte bzw. die Allgemeinheit (vgl. ZAUGG/LUDWIG, a.a.O., N. 12 zu Art. 46 BauG). Dass der Grundsatz von Treu und Glauben und die Besitzstandsgarantie der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands nicht entgegenstehen, wurde bereits weiter oben dargelegt. Die Rüge der Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips ist somit unbegründet.
10.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Einwohnergemeinde Lyss, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Mai 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Dold