Sachverhalt:
A.
A.a. Am 12. Juni 2014 stellte die D._ AG U._ (nachfolgend D._ AG), mit Sitz in V._/TG, beim Bezirksgericht Münchwilen das Gesuch um provisorische Nachlassstundung. Am 23. Juni 2014 bewilligte der Einzelrichter des Bezirksgerichts als Nachlassrichter der Schuldnerin die provisorische Nachlassstundung (für 4 Monate) bis am 24. Oktober 2014; als Sachwalterin setzte er die C._ GmbH, mit Sitz in W._/ZH, ein. Weiter setzte er der D._ AG Frist zu Bezahlung des Vorschusses (Fr. 20'000.--) für das Sachwalterhonorar an.
A.b. Am 5. Dezember 2014 wies der Nachlassrichter das Gesuch um Bewilligung der definitiven Nachlassstundung ab und "gewährte die provisorische Nachlassstundung für weitere 4 Monate, d.h. bis am 6. April 2015". Er setzte wiederum die C._ GmbH als Sachwalterin der D._ AG ein und bewilligte ein Sachwalterhonorar von "Fr. 150.--/Stunde (einschliesslich Spesen für den Raum Ostschweiz, zuzüglich MWST) ".
A.c. Am 2. September 2015 eröffnete der Nachlassrichter schliesslich den Konkurs über die D._ AG. Das für die Durchführung des Konkurses zuständige Konkursamt Frauenfeld gelangte am 23. März 2016 an den Nachlassrichter und ersuchte, die von der Sachwalterin geltend gemachten Honorare im Umfang von Fr. 154'150.-- (von insgesamt Fr. 175'150.--) zu prüfen und darüber zu entscheiden.
A.d. Mit Entscheid vom 2. Juni 2016 stellte der Nachlassrichter fest, das Honorar für die "erste" provisorische Nachlassstundung sei bereits genehmigt worden, und genehmigte das Honorar für die "zweite" provisorische Nachlassstundung gemäss den (näher bezeichneten) Mandatsrechnungen.
B.
B.a. Gegen den Honorarentscheid des Nachlassrichters gelangten die A._ AG, mit Sitz in X._/TG, sowie B._, beide Gläubiger der in Konkurs gefallenen D._ AG, mit Beschwerde an das Obergericht des Kantons Thurgau. Sie beantragten, der Entscheid des Nachlassrichters sei aufzuheben, und die Mandatsrechnungen der C._ GmbH seien im Umfang von Fr. 12'900.-- und Fr. 7'500.-- nicht zu genehmigen; sodann sei die frühere Sachwalterin zu verpflichten, Fr. 20'400.-- an die Konkursitin zurückzuerstatten, und im Umfang von Fr. 153'700.-- sei die Sache zu neuer Entscheidung an den Nachlassrichter zurückzuweisen.
B.b. Das Obergericht trat mit Entscheid vom 30. August 2016 auf die Beschwerde der A._ AG und von B._ mangels Beschwerdelegitimation nicht ein.
C.
Mit Eingabe vom 30. September 2016 sind die A._ AG und B._ mit Beschwerde (in Zivilsachen) an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragen, der obergerichtliche Nichteintretensentscheid sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es sind die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid des Obergerichts als kantonaler Rechtsmittelinstanz betreffend die Festsetzung des Honorars des Sachwalters in der Nachlassstundung. Es liegt ein Entscheid in einer Schuldbetreibungs- und Konkurssache vor (<ref-law>), der unabhängig von einem Streitwert mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann (<ref-law>). Die Beschwerdeführer, deren Legitimation zur Beschwerde gegen den Entscheid des Nachlassrichters verneint worden ist, haben ohne weiteres ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Abänderung des obergerichtlichen Entscheides (<ref-law>).
1.2. Vor Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104). Die Missachtung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen (<ref-law>), wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Das Obergericht hat im Wesentlichen erwogen, dass die Entschädigung des Sachwalters lediglich für den betroffenen Schuldner oder Sachwalter unmittelbare Wirkung habe. Die Beschwerdeführer als Gläubiger und Aktionäre seien indes nur "indirekt" betroffen, da sich das Vermögen der Konkursmasse im Hinblick auf die Verteilung (durch Konkursdividende) vermindere. Zur Beschwerde gegen den Honorarentscheid des Nachlassrichters seien sie daher nicht legitimiert; vielmehr hätte die Gemeinschuldnerin D._ AG Beschwerde einreichen müssen.
Die Beschwerdeführer machen im Wesentlichen geltend, sie seien "gezwungen gewesen", gegen den Entscheid des Nachlassrichters die Beschwerde gemäss ZPO zu ergreifen, weil das Konkursamt die Anfechtung jenes "unhaltbaren Entscheides" verweigert habe. Sie seien durch den Honorarentscheid des Nachlassrichters unmittelbar, d.h. durch das Erleiden "eines realen, finanziellen Nachteils" betroffen. Wenn das Obergericht ihre Legitimation zur Beschwerde gemäss ZPO verneint habe, stelle dies eine Verletzung von Bundesrecht dar.
3.
Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt der Entscheid des Nachlassgerichts, mit welchem das Sachwalterhonorar für die Nachlassstundung festgesetzt worden ist, und welcher von Konkursgläubigern mit Beschwerde gemäss ZPO angefochten wird.
3.1. Gemäss <ref-law> setzt das Nachlassgericht das Honorar des Sachwalters im Nachlassverfahren pauschal fest. Allgemein sind Entscheide des Nachlassgerichts (vgl. <ref-law>) mit Beschwerde gemäss <ref-law> anfechtbar. Zur Beschwerde ist befugt, wer durch den angefochtenen Entscheid beschwert ist und daher ein schützenswertes Interesse an dessen Korrektur besitzt (vgl. A. STAEHELIN/D. STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2013, § 26 Rz. 30, § 25 Rz. 28 ff.). Diese Grundsätze stehen zu Recht nicht in Frage. Streitpunkt ist, ob die Beschwerdeführer als Konkursgläubiger das Recht haben, den Entscheid des Nachlassgerichts über die Festsetzung des Sachwalterhonorars anzufechten.
3.2. Die Beschwerdeführer kritisieren zunächst den Ablauf des Stundungsverfahrens und führen aus, dass die "unzulässigerweise" bewilligten Sachwalterhonorare in Leistungen gründen, welche die Sachwalterin im Rahmen von zwei aufeinanderfolgenden provisorischen Nachlassstundungen angeblich erbracht habe; richtigerweise hätte der Nachlassrichter bereits bei Ablauf der ("ersten") Nachlassstundung mangels Bewilligung der definitiven Stundung den Konkurs eröffnen müssen. In gleicher Weise hat auch das Obergericht das Vorgehen des Nachlassrichters als "unzulässig" bezeichnet und festgehalten, dass die Nachlassstundung gemäss <ref-law> höchstens für 4 Monate gewährt werden könne; der Nachlassrichter habe vor Ablauf der provisorischen Stundung über die definitive Stundung zu entscheiden, und wenn keine Aussicht auf Sanierung oder Bestätigung eines Nachlassvertrags bestehe, müsse der Konkurs von Amtes wegen eröffnet werden (unter Hinweis auf Art. 294 Abs. 1, 3 SchKG). Ob der Konkurs über die D._ AG bereits nach der erfolglosen (bis am 24. Oktober 2014, d.h. 4 Monate dauernden) provisorischen Nachlassstundung hätte eröffnet werden müssen (und nicht erst am 2. Juni 2016), ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Die Regeln betreffend das erfolglose provisorische Nachlassverfahren sind nicht weiter zu erörtern (vgl. JEANDIN, Les nouvautés du droit de l'assainissement, in: Gesellschaftsrecht und Notar, 2016, S. 332). Zutreffend hat das Obergericht das Anfechtungsrecht der Beschwerdeführer mit Bezug auf den Entscheid des Nachlassrichters über das Sachwalterhonorar vom 2. Juni 2016 geprüft. Nach Lehre und Praxis ist nicht ausgeschlossen, dass der Nachlassrichter über das Sachwalterhonorar im Nachlassverfahren in einem separaten Verfahren entscheidet (HARI, Le commissaire au sursis dans la procédure concordataire [art. 293 ss LP], 2010, Rz. 123/124); das kann auch - wie hier - nach der Konkurseröffnung sein (u.a. Urteil PS160066 des Obergerichts Zürich vom 25. Oktober 2016). Die Beschwerdeführer betonen selber, das sie Konkursgläubiger sind, und ihr Recht zur Anfechtung ist unter diesem Blickwinkel zu prüfen. Insoweit ist das Vorgehen der Vorinstanz nicht zu beanstanden.
3.3. Die Entschädigung des (provisorischen) Sachwalters geht zu Lasten des Nachlassschuldners; auf Anordnung des Nachlassgerichts ist grundsätzlich ein Vorschuss zu leisten (HUNKELER, in: Kurzkommentar SchKG, 2. Aufl. 2014, N. 30 zu Art. 293; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9. Aufl. 2013, § 54 Rz. 26; HARI, a.a.O., Rz. 123 ff., 131, 139). Sachwalterkosten, die während der Nachlassstundung ungedeckt geblieben sind, stellen in einer nachfolgenden Generalexekution nach allgemeiner Auffassung Masseverbindlichkeiten dar (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4.3; u.a. LORANDI, Masseverbindlichkeiten und ihre Entstehung, AJP 2017 S. 473; JUNOD MOSER/GAILLARD, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 21 zu Art. 319). Das Gleiche bestätigt (entgegen der Darstellung der Vorinstanz) auch HUNKELER für den Sachwalter im Nachlassverfahren (in: BlSchK 2014 S. 108, mit Abgrenzung zum Konkursaufschub nach <ref-law>). Indem der Nachlassrichter - wie hier mit Entscheid vom 2. Juni 2016 - die Entschädigung des Sachwalters aufgrund von <ref-law> festlegt, stellt er fest, dass eine in dieser Höhe berechtigte Forderung gegenüber der Masse entstanden ist (JAEGER/WALDER/KULL/KOTTMANN, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. 1997/2001, N. 40 zu Art. 295; EUGSTER, in: Kommentar GebV SchKG, 2008, N. 1 zu Art. 55).
3.4. Die Nachlassschuldnerin D._ AG, zu deren Lasten die Entschädigung der provisorischen Sachwalterin geht, ist am 2. September 2015 in Konkurs gefallen. Folglich ist es Sache der durch die Konkursverwaltung vertretenen Konkursmasse, gegenüber dem Nachlassrichter als Prozesspartei aufzutreten (<ref-law>). Zu Recht wird nicht in Frage gestellt, dass das Konkursamt zur Beschwerde gemäss ZPO befugt ist. Die Beschwerdeführer machen indes geltend, das Konkursamt habe "die Anfechtung verweigert". Wenn die Konkursverwaltung vom Rechtsmittel nicht Gebrauch macht bzw. das Sachwalterhonorar als Masseverbindlichkeit akzeptiert, so kann es - wie die Beschwerdeführer richtig bemerken - dazu kommen, dass sie als Konkursgläubiger möglicherweise zu Unrecht benachteiligt werden. Wie ihre Interessen zu wahren sind, ergibt sich aus dem SchKG.
3.4.1. Die Beschwerdeführer berufen sich auf eine dem einzelnen benachteiligten Konkursgläubiger zukommende Befugnis - gewissermassen auf ein eigenes Recht - vom Rechtsmittel Gebrauch zu machen. Damit gehen sie fehl. Es ist vorab Sache der Gläubigergesamtheit, darüber zu befinden, ob sich die Konkursmasse dem vom Nachlassrichter festgelegten Sachwalterhonorar widersetzen soll. Gemäss <ref-law> ist indes jeder Gläubiger berechtigt, die Abtretung derjenigen Rechtsansprüche der Masse zu verlangen, auf deren Geltendmachung die Gesamtheit der Gläubiger verzichtet (u.a. AMONN/ WALTHER, a.a.O., § 47 Rz. 43 ff.; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, 3. Aufl. 2016, § 11 Rz. 118 f.; BAUER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Ergänzungsband 2017, N. 4, 20, 25 zu Art. 260). Kommt es zur Abtretung gemäss <ref-law>, kann der Abtretungsgläubiger - anstelle der Masse - auf eigene Gefahr bzw. in erster Linie eigenem Nutzen (<ref-law>) und in seinem eigenem Namen vorgehen (<ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 3.2.2).
3.4.2. An diesen Grundsatz ändert nichts, dass das Sachwalterhonorar bestritten werden soll. Auch das Recht zur Bestreitung einer Masseverbindlichkeit kann Gegenstand der Abtretung nach <ref-law>, d.h. des abgetretenen Prozessführungsrechts sein (AMONN/WALTHER, a.a.O., § 47 Rz 34, 42; allgemein u.a. <ref-ruling> E. 3c; JEANNERET/ CARRON, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 10 zu Art. 260). Die Regeln zur Erlangung des Prozessführungsrechts gemäss <ref-law> gelten auch dann, wenn - wie hier zur Beschwerde gemäss ZPO gegen den Entscheid des Nachlassrichters - eine Rechtsmittelfrist zu wahren ist (<ref-ruling> E. 3d, mit Hinweis u.a. auf die Möglichkeit der Wiederherstellung einer Fristversäumnis).
3.4.3. Vorliegend handeln die Beschwerdeführer als Konkursgläubiger in eigenem Namen. Eine Abtretung gemäss <ref-law> des Recht zur Bestreitung einer Masseverbindlichkeit - des Sachwalterhonorars - hat indes nicht stattgefunden. Weder dem Sachverhalt im angefochtenen Entscheid, noch den Vorbringen der Beschwerdeführer lassen sich entsprechende Hinweise in tatsächlicher Hinsicht entnehmen. Daran vermag nichts zu ändern, dass sich die Beschwerdeführer auf die E-Mail des Konkursamtes vom 7. Juni 2016 berufen, wonach ihnen die Anfechtung "überlassen" worden sei ("Es ist Ihnen freigestellt, den Entscheid [des Nachlassrichters vom 2. Juni 2016] im Namen der Gläubiger versuchen anzufechten"). Darüber geht nichts aus dem angefochtenen Entscheid hervor. Weder behaupten die Beschwerdeführer, dass es sich hierbei um eine wirksame Abtretungsverfügung gemäss <ref-law> handle, die übergangen worden sei, noch rügen sie überhaupt, dass das Obergericht mit Bezug auf dieses Dokument den erheblichen Sachverhalt unrichtig oder rechtsverletzend festgestellt habe (<ref-law>). Da nicht erst der Entscheid des Obergerichts zum Vorbringen Anlass gegeben hat, handelt es sich um ein Novum, das im bundesgerichtlichen Verfahren nicht berücksichtigt werden kann (<ref-law>). Damit besteht kein Anlass, die rechtliche Tragweite der Erklärung des Konkursamtes zu erörtern, und es bleibt dabei, dass eine Abtretung gemäss <ref-law> des Rechts zur Bestreitung des Sachwalterhonorars nicht stattgefunden hat.
3.5. Nach dem Dargelegten fehlt den Konkursgläubigern die Prozessführungsbefugnis, m.a.W. das Recht, anstelle der Masse in eigenem Namen und auf eigenes Risiko die der Sachwalterin zugesprochene Entschädigung durch Beschwerde gemäss ZPO anzufechten. Fehlt die Prozessführungsbefugnis gemäss <ref-law>, tritt das Gericht auf eine Klage nicht ein (LORANDI, Abtretung von Rechtsansprüchen gemäss <ref-law>, in: Sviluppi e orientamenti del diritto esecutivo federale, 2012, S. 66). Wenn das Obergericht zum Ergebnis gelangt ist, die Beschwerdeführer seien zur Beschwerde gemäss ZPO gegen den Honorarentscheid des Nachlassrichters nicht berechtigt, und auf das Rechtsmittel nicht eingetreten ist, hält dies vor Bundesrecht stand.
3.6. An diesem Ergebnis ändert nichts, dass die Beschwerdeführer die Beschwerde an das Obergericht mit dem Antrag erhoben haben, das umstrittene Sachwalterhonorar sei nicht an sie selber, sondern "an die Konkursmasse" zurückzuzahlen (vgl. Lit. B.a). Der Antrag als solcher verschafft den Beschwerdeführern keine Prozessführungsbefugnis, welche - wie dargelegt - vorab der Konkursverwaltung zusteht. Schliesslich wird nicht behauptet, dass die Beschwerdeführer von der Konkursverwaltung ermächtigt worden seien, sowohl im Namen der Konkursmasse als auch auf deren Rechnung und Gefahr (als Stellvertreter der Konkursmasse) gegen den Entscheid des Nachlassrichters vorzugehen.
4.
Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Ein entschädigungspflichtiger Aufwand ist nicht entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante