Sachverhalt:
A.
Am 24. April 2009 verurteilte das Kreisgericht IV Aarwangen-Wangen A._ wegen vorsätzlicher Tötung seiner Schwägerin zu einer Freiheitsstrafe von neun Jahren. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte dieses Urteil am 23. Februar 2010. Mit Urteil 6B_781/2010 vom 13. Dezember 2010 wies das Bundesgericht eine von A._ erhobene Beschwerde ab, soweit es auf diese eintrat. Der Strafvollzug von A._ endete am 16. Januar 2017.
B.
Am 16. November 2016 beantragte das Amt für Justizvollzug des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug, dem Regionalgericht Emmental-Oberaargau die Änderung der Sanktion nach <ref-law> (stationäre therapeutische Massnahme), eventualiter nach <ref-law> (Verwahrung).
Auslöser für die Einleitung des nachträglichen Verfahrens war der Therapieverlaufsbericht von Dr. med. B._ vom 11. Juni 2016, in welchem dieser festhielt, dass er den Diagnosen der am 2. Juli 2008 bzw. 1. November 2013 verfassten Gutachten von Dr. med. C._ bzw. Dr. med. D._, die übereinstimmend von einer kombinierten Persönlichkeitsstörung paranoider, schizoider und kränkbarer Ausprägung sprächen, nicht folgen könne. Aufgrund seiner bisherigen Erfahrungen mit A._ könne ebenso gut die Diagnose einer schleichend und eher symptomarm verlaufenden Psychose aus dem Formenkreis der Schizophrenie, zu klassifizieren nach ICD-10 unter F21 "schizotype Störung", gestellt werden. Dass es unter diesen Voraussetzungen nicht zu einer stationären Massnahme nach <ref-law> oder einer Verwahrung nach <ref-law> gekommen sei, sei aus heutiger, forensisch-psychiatrischer Sicht schlicht unverständlich. Am 24. Oktober 2016 verfügte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug die Verlegung von A._ zwecks stationärer Begutachtung in die Universitären Psychiatrischen Kliniken (UPK) Basel. Dr. med. E._ erstellte am 19. Dezember 2016 einen Zwischenbericht zum aktuellen Stand der Begutachtung.
Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Emmental-Oberaargau ordnete am 11. Januar 2017, auf Antrag des Regionalgerichts vom 27. Dezember 2016, Sicherheitshaft vom 16. Januar 2017 (Ende des Strafvollzugs) bis und mit 31. März 2017 an.
Gegen diesen Entscheid reichte A._ am 23. Januar 2017 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Bern ein. Er beantragte, der Entscheid des Zwangsmassnahmengerichts sei aufzuheben, und er sei per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Mit Beschluss vom 9. Februar 2017 wies das Obergericht die Beschwerde von A._ ab und auferlegte diesem die Verfahrenskosten von Fr. 1'200.--. Das Obergericht erwog, aus dem von Dr. med. E._ von den UPK Basel verfassten Zwischenbericht vom 19. Dezember 2016 gehe hervor, dass aufgrund des andauernden Gutachtenprozesses eine fundierte Diskussion der bisherigen diagnostischen Einschätzungen (Persönlichkeitsstörung oder Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis) und insbesondere der damit verbundenen Aussagen zur Legalprognose nicht möglich sei. Nach Einschätzung von Dr. med. E._ sollten die weitere Verhaltensbeobachtung im Rahmen der stationären Begutachtung sowie die noch stattfindenden persönlichen Kontakte des Gutachters zur weiteren Prüfung der Differentialdiagnose einer Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis beitragen. Das Obergericht schloss, die Prüfung der von Dr. med. B._ gestellten Diagnose durch die UPK Basel sei damit noch ausstehend. Im Zwischenbericht werde die Einschätzung durch Dr. med. B._ nicht diskutiert und es würden keine Aussagen zur Frage der Rückfallgefahr oder zur Massnahmebedürftigkeit gemacht. Zwischen Dr. med. B._ und A._ hätten 12 Gespräche stattgefunden. Auf die Beurteilung von Dr. med. B._ dürfe bis zum Vorliegen des Gutachtens der UPK Basel abgestellt werden (vgl. Beschluss vom 9. Februar 2017 E. 6).
Am 2. März 2017 legten Dr. med. E._ und Dr. med. F._ von den UPK Basel ihr forensisch-psychiatrisches Gutachten vor. Sie kamen zum Schluss, aus forensisch-psychiatrischer Sicht sei eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoiden und schizoiden Anteilen (ICD-10 F61.0) zu diagnostizieren. Das Vorliegen einer Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis, namentlich einer schizotypen Störung (ICD-10 F21), könne mit hinreichender diagnostischer Sicherheit ausgeschlossen werden (Gutachten vom 2. März 2017 S. 71). Eine forensisch-psychotherapeutische Behandlung im Sinne einer stationären Massnahme nach <ref-law> erachten die Gutachter als nicht erfolgversprechend (Gutachten vom 2. März 2017 S. 74).
Gestützt auf diese gutachterlichen Ergebnisse vom 2. März 2017 beantragte das Regionalgericht dem Zwangsmassnahmengericht am 9. März 2017 die Entlassung von A._ aus der Sicherheitshaft.
C.
Mit Eingabe vom 15. März 2017 führt A._ gegen den Beschluss des Obergerichts vom 9. Februar 2017 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid der Vorinstanz vom 9. Februar 2017 aufzuheben und ihn per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen.
Das Obergericht und das Zwangsmassnahmengericht verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Beschwerdeabweisung.
D.
Mit Entscheid vom 28. März 2017 hiess das Zwangsmassnahmengericht den Antrag des Regionalgerichts vom 9. März 2017 gut und entliess A._ zuhanden der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Oberaargau aus der Sicherheitshaft.
Mit Eingabe vom 6. April 2017 an das Bundesgericht hält A._ an seiner Beschwerde fest. Er habe trotz seiner Haftentlassung ein rechtliches Interesse an der Behandlung seiner Beschwerde. Bei rechtswidrig angewandten Zwangsmassnahmen habe er gemäss <ref-law> einen Anspruch auf Entschädigung und Genugtuung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Beschluss des Obergerichts betrifft die Anordnung der Sicherheitshaft. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> gegeben.
1.2. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG ist zur Beschwerde berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat.
Das Interesse des Beschwerdeführers muss aktuell sein, das heisst, auch im Zeitpunkt der Urteilsfällung noch bestehen. Das Bundesgericht verzichtet lediglich ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, so wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 81 mit Hinweis). An diesen Voraussetzungen fehlt es indessen in der Regel bei Haftbeschwerden und so auch im zu beurteilenden Fall (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 397 f. mit Hinweisen; Urteil 1C_42/2014 vom 14. Februar 2014 E. 1.2).
1.3. Unter besonderen Umständen behandelt das Bundesgericht Beschwerden trotz Entlastung des Beschwerdeführers aus der Haft. Solche Umstände liegen vor, wenn eine Verletzung der Europäischen Menschenrechtskonvention offensichtlich ist und dem Beschwerdeführer durch die entsprechende Feststellung und eine für ihn vorteilhafte Kostenregelung sogleich die verlangte Wiedergutmachung verschafft werden kann (<ref-ruling>). Seit dem Urteil des EGMR i.S. Jusic gegen die Schweiz vom 2. Dezember 2010 (Nr. 4691/06) geht das Bundesgericht noch etwas weiter und prüft die Haft nach der Entlassung des Beschwerdeführers auch dann, wenn dieser bloss eine Verletzung von Bestimmungen der EMRK rügt. Es verlangt allerdings, dass der Beschwerdeführer die behauptete EMRK-Verletzung in einer Weise begründet, die den Anforderungen von <ref-law> genügt und die Rügen "défendable" erscheinen (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 302; vgl. zum Ganzen Urteil 1C_42/2014 vom 14. Februar 2014 E. 1.2).
Der Beschwerdeführer rügt keine Verletzung der EMRK und eine solche ist auch nicht ersichtlich.
1.4. Ein rechtlich geschütztes Interesse daran, die Unrechtmässigkeit der Sicherheitshaft festzustellen, ist auch im Hinblick auf allfällige Entschädigungsansprüche des Beschwerdeführers zu verneinen. Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche können vor Gericht unabhängig davon geltend gemacht werden, ob die Rechtswidrigkeit einer Zwangsmassnahme vorgängig festgestellt worden ist (<ref-ruling> E. 4a S. 397; Urteil 1B_704/2012 vom 14. Dezember 2012 E. 2.3).
1.5. Der Beschwerdeführer ist jedoch beschwert und verfügt, namentlich mit Blick auf seinen Anspruch auf eine wirksame Haftbeschwerde (Art. 5 i.V.m. Art. 13 EMRK), über ein aktuelles Interesse, soweit ihm für das vorinstanzliche Verfahren Kosten von Fr. 1'200.-- auferlegt worden sind (vgl. Urteil 1B_204/2016 vom 22. Juli 2016 E. 3.5). Insoweit ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Vorinstanz hat die Kostenauflage auf <ref-law> gestützt, wonach die Parteien die Kosten des Rechtsmittelverfahrens nach Massgabe ihres Obsiegens oder Unterliegens tragen (Beschluss vom 9. Februar 2017 E. 6).
Der Beschwerdeführer stützt sich in seiner Beschwerdebegründung an das Bundesgericht vom 15. März 2017 in der Hauptsache auf das forensisch-psychiatrische Gutachten vom 2. März 2017 (Beschwerde S. 5 ff. mit Hinweisen auf das Gutachten S. 57, 58, 69, 71 und 74). Er legt indes nicht dar, inwiefern der angefochtene Beschluss vom 9. Februar 2017, welcher die Erkenntnisse dieses Gutachtens noch nicht berücksichtigen konnte und dieses ausdrücklich vorbehielt (vgl. Sachverhalt lit. B. hiervor), gegen Bundesrecht verstossen sollte. Dies ist auch nicht ersichtlich. Die Vorinstanz ist bei ihrer Beweiswürdigung nicht in Willkür verfallen, indem sie bis zum Vorliegen des forensisch-psychiatrischen Gutachtens der UPK Basel auf die Einschätzung von Dr. med. B._ abgestellt hat. Wie von ihr dargelegt und vom Beschwerdeführer auch nicht bestritten, handelt es sich bei Dr. med. B._ um einen erfahrenen Facharzt, der mit dem Beschwerdeführer unter anderem 12 Gespräche geführt und seine Beurteilung somit insoweit breit abgestützt hat. Die Beschwerdeabweisung durch die Vorinstanz und als Folge davon die Kostenauflage nach dem Unterliegerprinzip verletzen kein Bundesrecht.
3.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
2.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2. Rechtsanwalt Ernst Reber wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Bern, der Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern, dem Regionalgericht Emmental-Oberaargau, Strafabteilung, dem Zwangsmassnahmengericht und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Stohner