Faits :
A.
A.a. L'Etablissement cantonal d'assurance contre l'incendie et les éléments naturels du canton de Vaud (ci-après: l'ECA) est une institution de droit public ayant la personnalité morale et fonctionnant sous le contrôle de l'Etat, qui a pour but l'assurance mutuelle et obligatoire contre les pertes résultant de l'incendie et des éléments naturels causées aux bâtiments et aux biens mobiliers. La Coopérative Y._ (ci-après: la Coopérative) est une société coopérative inscrite depuis 1995 au Registre du commerce du canton de Vaud.
A.b. Le 30 juin 2006, la parcelle de base ***, sise rue A._, à Z._ (VD), a été constituée en propriété par étages (ci-après: la PPE), dont l'administratrice était B._ SA (ci-après: l'Administratrice de la PPE). La PPE comprend deux bâtiments: A et C. Selon le Registre foncier, ceux-ci se composent de deux habitations (numéros ECA ***** et *****) et de deux garages (numéros ECA *****, *****, ***** et *****). Les copropriétaires par étages (ci-après: la Communauté des copropriétaires) sont la Coopérative (parcelles ***-*, ***-* et ***-*) et la Commune de Z._ (parcelle ***-*; ci-après: la Commune). Les bâtiments A et C font l'objet d'un droit exclusif sur leur entier en faveur de la Coopérative, hormis une partie du rez-de-chaussée du bâtiment C qui fait l'objet d'un droit exclusif en faveur de la Commune. Tous les bâtiments sont assurés auprès de l'ECA sous les numéros ****, **** et ****. Les quatre parts de copropriété sont en outre couvertes par des assurances privées conclues auprès de l'assurance C._ (ci-après: l'Assureur privé), soit une assurance bâtiments et une assurance responsabilité civile pour propriétaires d'immeubles.
A.c. Le 26 juillet 2008, un violent orage a provoqué la crue de la rivière W._ qui passe, sous un "voûtage", entre les immeubles A et C, occasionnant des dégâts d'eau à la PPE. Les factures y relatives adressées à la Coopérative ou à l'Administratrice de la PPE se sont élevées à un total de 144'770 fr. 75. L'Administratrice en a sollicité le remboursement aux assureurs.
A.d. Le 12 août 2008, l'Assureur privé a informé l'Administratrice de la PPE qu'il refusait de prendre en charge le sinistre. Le 9 septembre 2008, l'ECA a refusé d'intervenir au motif qu'il ne pouvait pas indemniser les dommages causés par les infiltrations d'eau, l'engorgement et le refoulement des eaux dans les canalisations, quelle qu'en soit la cause. Selon un rapport d'expertise du 29 février 2012, au cours de l'orage, la pression de la masse d'eau passant entre les immeubles A et C, qui était accessible par un regard avec couvercle en fonte situé à côté de la rampe d'accès du parking de l'immeuble A, avait ouvert ledit couvercle, laissant sortir une grande quantité d'eau boueuse; celle-ci s'était principalement déversée dans la rampe d'accès du parking souterrain en inondant ce dernier. L'expert a conclu que l'inondation du parking de l'immeuble A provenait principalement de l'eau rejetée par le regard du "voûtage" de la rivière; il a de plus confirmé le caractère exceptionnel de l'événement.
B.
B.a. Par action du 22 octobre 2009, adressée à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la Cour civile), la Coopérative et "pour autant que de besoin [B._ SA], en sa qualité d'administrateur des PPE Commune de Z._", ont demandé la condamnation de l'ECA au paiement de 143'871 fr. 45 avec intérêt à 5% dès le jour de l'action en faveur de la "PPE Commune de Z._ ***-*, ***-*, ***-* et ***-*, soit de la Coopérative Y._". Les demanderesses ont subséquemment produit un courrier de la Commune indiquant ratifier la procédure engagée, "ainsi que les pouvoirs exercés, au nom de la communauté des copropriétaires de la PPE, par la Coopérative Y._, et/ou la Société [B._ SA], pour agir contre l'ECA". En audience de jugement, les demanderesses ont précisé leurs conclusions en ce sens que la Cour civile prononce que l'ECA était le débiteur de "la Communauté des propriétaires d'étages de la PPE Commune de Z._, lots ***-* à *". Par jugement du 26 avril 2013, la Cour civile a rejeté la demande du 22 octobre 2009, considérant que la Communauté des copropriétaires n'était pas partie à l'action et laissant ouverte la question de la couverture du sinistre.
B.b. Le 13 janvier 2014, la Coopérative et "pour autant que de besoin, B._ SA en sa qualité d'administrateur des PPE Commune de Z._ ***-*, ***-*, ***-* et ***-*" ont fait appel du jugement précité auprès de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la Cour d'appel). Par arrêt du 15 avril 2014, la Cour d'appel a considéré que la désignation des parties devait être lue en relation avec les conclusions prises, de sorte que la demande était formée de manière alternative et non solidaire par la Communauté des copropriétaires et par la Coopérative; elle a en conséquence admis l'appel, annulé le jugement attaqué et renvoyé la cause à la Cour civile pour nouvelle décision.
B.c. Par jugement du 23 mars 2015, la Cour civile a rejeté l'action ouverte par la Coopérative et la Communauté des copropriétaires contre l'ECA; elle a notamment considéré que le sinistre était en principe couvert par l'ECA, mais qu'on ignorait, du point de vue de la légitimation active pour réclamer une indemnisation pour les frais de remise en état, au nom de qui les contrats d'assurance obligatoire avaient été passés auprès de l'ECA, les parties n'ayant produit aucun document constitutif de la PPE, aucune attestation d'assurance ni aucune police d'assurance, et seul le montant des factures relatives aux travaux de remise étant connu. En outre, il était impossible de déterminer de quelles parties, privées ou communes, relevaient divers postes de frais et à quelle valeur - actuelle ou vénale à neuf - les bâtiments étaient assurés.
B.d. Le 19 janvier 2016, la Coopérative et la Communauté des copropriétaires ont fait appel de ce jugement auprès de la Cour d'appel. Par arrêt du 2 juin 2016, celle-ci a rejeté l'appel et confirmé le jugement du 23 mars 2015.
C.
Contre l'arrêt de la Cour d'appel du 2 juin 2016, la Communauté des copropriétaires et la Coopérative interjettent un recours en matière de droit public, subsidiairement un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, principalement, à la réforme de l'arrêt du 30 [recte: 2] juin 2016, en ce sens que l'ECA est reconnu débiteur du paiement à la Communauté des copropriétaires, "alternativement et subsidiairement" à la Coopérative, du montant de 143'871 fr. 45 avec intérêt à 5% dès le 22 octobre 2009; subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
La Cour d'appel se réfère aux considérants de son arrêt. Tout en contestant l'aspect du jugement de première instance relatif au principe de la couverture du sinistre par ses soins, l'ECA conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet des recours, dans la mesure où ils sont recevables.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause qui, tel que le Tribunal fédéral l'a déjà jugé, repose sur l'existence d'assurances fondées sur une loi cantonale de droit public et, en tant que le litige porte sur le versement d'une indemnité basée sur cette loi, relève du droit public cantonal (cf. <ref-law>; arrêts 2C_401/2014 du 14 janvier 2015 consid. 1.1 et 2C_653/2007 du 22 février 2008 consid. 1.2). La cause ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. En dépit des développements des recourantes à ce sujet, elle n'entre pas non plus dans les deux cas de figure envisagés par l'<ref-law>, lequel fixe une valeur litigieuse minimale s'agissant des contestations pécuniaires en matière de responsabilité étatique et de rapports de travail de droit public. En effet, malgré certaines similitudes, une demande d'indemnité d'assurance fondée sur une loi cantonale de droit public, soit la loi vaudoise du 17 novembre 1952 concernant l'assurance des bâtiments et du mobilier contre l'incendie et les éléments naturels (LAIEN/VD; RS/VD 963.41), et sur son règlement d'application du 13 novembre 1981 (RLAIEN/VD; RS/VD 963.41.1), ne relève pas de la responsabilité de droit public au sens de la LTF.
1.2. La voie du recours en matière de droit public étant en principe ouverte, le recours en matière civile que les recourantes ont formé à titre subsidiaire doit être déclaré irrecevable.
1.3. Pour le surplus, déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF), et dans les formes prescrites (<ref-law>) par les destinataires de l'acte attaqué qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut leur reconnaître la qualité pour recourir (<ref-law>), le recours en matière de droit public est recevable.
2.
2.1. Selon les art. 6 al. 1 et 6a al. 1 LAIEN/VD, tous les bâtiments construits ou en construction sur le territoire du canton de Vaud, ainsi que tous les biens mobiliers, sont obligatoirement soumis à l'assurance contre l'incendie et les éléments naturels fournie par l'ECA. S'agissant des contestations susceptibles de résulter des rapports d'assurance, l'art. 69 LAIEN/VD renvoie, de façon générale, aux règles de la procédure civile. Il en découle que, sur la base de ce renvoi, les règles de procédure civile sont applicables à la présente cause à titre de droit public cantonal supplétif (cf., par analogie, le renvoi au CPC opéré par d'autres lois cantonales de droit public examiné dans les arrêts 2C_824/2014 du 22 mai 2015 consid. 4 et 2C_940/2011 du 23 novembre 2011 consid. 5.1).
Or, sous réserve des cas non pertinents visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal (ou intercantonal) en tant que tel ne peut être invoquée devant le Tribunal fédéral. Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou la garantie d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 324; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 308). Appelé à revoir l'application d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Lorsque l'interprétation défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle est confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 324; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 516). La recevabilité du grief d'arbitraire suppose l'articulation de critiques circonstanciées répondant aux exigences de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41).
2.2. L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus par l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 144 s.), ce que la partie recourante doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law>. La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
3.
Les recourantes reprochent, en substance, à la Cour d'appel d'avoir à tort confirmé le rejet de l'action qu'elles avaient introduite en 2009 au motif, principalement, que la Communauté des copropriétaires n'avait pas établi sa légitimation active et sa qualité de lésée à l'encontre de l'ECA. A ce sujet, en invoquant une "violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire" de la part des juges cantonaux en matière d'administration des preuves (recours, p. 8), elles affirment notamment que "la titularité des contrats d'assurance ECA *****, ***** et ***** en faveur de la Communauté des copropriétaires [...] ressort à l'évidence du dossier" (recours, p. 10). Elles fondent en particulier leurs critiques sur l'art. 712m al. 2 ch. 6 (recte: 712m al. 1 ch. 6) CC.
3.1. S'agissant de l'appréciation des preuves et des constatations de fait, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
L'<ref-law>, invoqué par les recourantes, prévoit ce qui suit: "outre celles qui sont mentionnées dans d'autres dispositions, l'assemblée des copropriétaires a notamment les attributions suivantes: [...] assurer le bâtiment contre l'incendie et d'autres risques et conclure les assurances responsabilité civile usuelles [...]".
3.2. La Cour d'appel a jugé que l'identité de la partie assurée aux contrats ECA *****, ***** et ***** (cf. let. A.b supra), selon les intéressées la Communauté des copropriétaires, n'avait pas été alléguée en première instance cantonale et que les appelantes n'expliquaient pas en quoi les conditions permettant néanmoins la prise en compte en appel de ce fait nouveau seraient réalisées, de sorte que ce dernier devait être déclaré irrecevable. Au surplus, la Cour d'appel a considéré que ce fait n'avait pas été prouvé par les pièces au dossier, dès lors que ni les contrats d'assurance ni aucune police d'assurance n'avaient été produits, ni n'attestaient de manière probante, conformément aux exigences de l'<ref-law>, de l'identité de la partie assurée. Les juges cantonaux ont ainsi relevé qu'il n'était pas possible de retenir, en l'absence de preuve, que les contrats d'assurances "bâtiments" invoqués auraient nécessairement été conclus par la Communauté des copropriétaires, ce d'autant moins que seul l'un des copropriétaires par étages bénéficiait d'un droit exclusif sur le bâtiment A particulièrement endommagé.
3.3. Le raisonnement de l'instance précédente procède d'une appréciation arbitraire des pièces au dossier. Il n'est en effet pas contesté que tous les bâtiments endommagés par l'orage du 26 juillet 2008 sont assurés auprès de l'ECA sous les numéros *****, ***** et ***** (cf. supra let. A.b). Le point litigieux ne concerne ainsi pas la question de savoir si lesdits bâtiments ont été régulièrement assurés ou pas, mais au nom de qui ont été conclus les contrats d'assurance qui sont à la base des prétentions des recourantes. Or, il est vrai que, comme l'a retenu la Cour d'appel, ces contrats n'ont pas été produits en procédure cantonale. Cependant, il ressort explicitement de l'<ref-law> (cf. supra consid. 3.1 in fine) que l'assemblée des copropriétaires est compétente pour assurer le bâtiment (" l'edificio "; " das Gebäude ") contre l'incendie et d'autres risques (cf. MIHAELA AMOOS PIGUET, in PICHONNAZ/FOËX/PIOTET [éd.], Commentaire romand - Code civil II, 2016, n. 4 ad art. 712m p. 1627 s.), indépendamment de l'existence de droits exclusifs des copropriétaires d'étages sur certaines parties de celui-ci. Conformément à l'<ref-law>, la mise en oeuvre de cette décision d'assurance incombe à l'administrateur de la PPE, lequel représente ainsi dans ce cadre (qui entre dans ses attributions légales) la communauté et les copropriétaires envers l'ECA (cf. arrêt 5A_913/2012 du 24 septembre 2013 consid. 5.2.1; RENÉ BÖSCH, in HONSELL/VOGT/GEISER [éd.], Basler Kommentar - Zivilgesetzbuch II, 5e éd., 2015, n. 5 ad art. 712m p. 1380). Partant, lorsque - comme en l'espèce - il est constaté que les bâtiments sont tous assurés auprès de l'ECA, la qualité de partie aux contrats d'assurance en question ne peut appartenir qu'à la Communauté des copropriétaires, représentée en l'occurrence par l'Administratrice de la PPE. Il en découle que, sur la base des éléments en sa possession et des dispositions légales pertinentes, la Cour d'appel aurait dû constater que la titularité desdits contrats revenait à la Communauté des copropriétaires et que, en rejetant le recours au motif que ce point n'avait pas été prouvé à satisfaction de droit par les intéressées, l'instance précédente est tombée dans l'arbitraire. Le grief des recourantes concernant cette question doit dès lors être admis; il est constaté que la qualité de partie aux contrats d'assurance sur lesquels les intéressées fondent leurs prétentions appartient à la Communauté des copropriétaires.
3.4. Cela ne suffit toutefois pas pour admettre le recours. En effet, les juges précédents ont rejeté le recours formé devant eux en exposant également une motivation alternative. Or, selon la jurisprudence, lorsque la décision attaquée devant le Tribunal fédéral comporte - comme en l'espèce - plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes pour sceller le sort de la cause, la partie recourante doit, sous peine d'irrecevabilité, démontrer que chacune d'elles est contraire au droit (<ref-ruling> consid. 4.1.4 p. 100 et les arrêts cités). Les recourantes critiquent, conformément à ces exigences, la motivation alternative retenue par les juges cantonaux. Il y a ainsi lieu de l'examiner.
4.
La Cour d'appel a estimé que "même si l'on devait considérer comme établie l'identité du cocontractant de l'ECA pour les contrats allégués, force serait de constater, faute d'allégation et de production y relative (notamment allégation du contenu des contrats d'assurance ECA et production de ces contrats ou d'une police d'assurance), que l'objet assuré par les contrats allégués n'a pas été établi" (arrêt entrepris, p. 11). Les juges cantonaux ont relevé que, dans ces conditions, il n'était pas possible de savoir si les contrats d'assurance en question couvraient les dommages causés aux parties communes, ceux encourus par les parties privatives, ou les deux. En outre, on ignorait également à quelle valeur (à neuf ou actuelle; art. 22 et 22a LAIEN/VD) étaient assurés les bâtiments, de sorte qu'il était impossible de déterminer le montant des indemnités à verser.
4.1. Les recourantes estiment que le raisonnement de l'instance précédente est insoutenable. Elles considèrent que, du moment que l'existence des contrats d'assurance obligatoires portant sur les bâtiments litigieux était établie et n'était pas contestée, que le dommage résultant du sinistre avait été prouvé par expertise et que l'action en paiement avait été déposée dans les délais, la Cour d'appel ne pouvait pas - sans tomber dans l'arbitraire - confirmer le rejet de l'action prononcé par la Cour civile en considérant que la nature de l'objet assuré et l'indemnité à payer par l'ECA ne pouvaient pas être déterminées.
4.2. Le raisonnement développé dans l'arrêt attaqué est très formaliste également en ce qui concerne cette motivation alternative. En effet, tel qu'il a déjà été exposé (cf. supra consid. 3.3), il n'est pas contesté que tous les bâtiments endommagés par l'orage étaient assurés auprès de l'ECA. Les objets assurés, soit les bâtiments A et C situés sur la parcelle de base ***, étaient ainsi clairement établis. Or, en présence de dommages subis par une PPE, hormis dans les cas où il apparaît manifeste que seules des parties faisant l'objet d'un droit exclusif (<ref-law>) sont concernées par des dégâts, il est concevable que l'administrateur de la PPE s'occupe du paiement de toutes les factures relatives aux travaux de réparation et en sollicite ensuite le remboursement auprès de l'assurance. Dans une telle configuration, ce n'est que lorsque celle-ci refuse de prendre en charge (en partie ou totalement) le coût desdits travaux que, dans un deuxième temps, la Communauté des copropriétaires se trouve confrontée (sur le plan interne) à la question de savoir qui, parmi les copropriétaires, doit assumer quel poste du dommage. Exiger, comme l'a fait la Cour d'appel dans l'arrêt entrepris, une décision et une détermination en ce sens de la part de la Communauté des copropriétaires déjà dans le cadre de l'action déposée par celle-ci contre l'assurance revient à poser des conditions prohibitives à l'exercice de ladite action. Il ne faut pas confondre le point de savoir quel dommage doit être couvert par l'ECA, problème qui doit être traité dans la présente affaire, avec la question de savoir, au cas où l'entier du dommage ne devrait pas être assumé par cet établissement, qui en supporte les conséquences. Rejeter le recours des intéressées (et confirmer donc le rejet de leur action en paiement par la Cour civile) au motif que l'on ignore ce second point, revient en réalité à ne pas se prononcer sur l'objet de l'action, ce qui est arbitraire. Cette question n'ayant jamais été examinée, il convient de renvoyer la cause à la Cour civile pour qu'elle vérifie si le dommage allégué par les intéressées est couvert, en tout ou en partie, par l'ECA.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours en matière de droit public. L'arrêt attaqué sera annulé et la cause renvoyée à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (cf. art. 107 al. 2 in fine LTF) pour qu'elle procède à un nouvel examen des conditions de l'action déposée le 22 octobre 2009 par les intéressées. L'affaire sera également transmise à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge de l'intimé, qui succombe (<ref-law>), étant précisé que celui-ci est une institution de droit public ayant la personnalité morale et fonctionnant sous le contrôle de l'Etat (art. 1 LAIEN/VD; arrêt 2C_401/2014 du 14 janvier 2015 consid. 5), qui a agi dans une affaire mettant en cause son intérêt patrimonial (<ref-law> a contrario). Les recourantes, qui ont obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, ont droit à des dépens, solidairement entre elles, à la charge de l'intimé (art. 68 al. 1 et 68 al. 4 LTF par analogie; arrêt 2C_134/2013 du 6 juin 2014 consid. 3).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière civile est irrecevable.
2.
Le recours en matière de droit public est admis.
3.
L'arrêt du 2 juin 2016 est annulé et la cause renvoyée à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
5.
Une indemnité de dépens de 6'000 fr., à payer aux recourantes, créancières solidaires, est mise à la charge de l'intimé.
6.
La cause est renvoyée à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision sur les frais de la procédure antérieure.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires respectifs des recourantes et de l'intimé, ainsi qu'à la Cour civile et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 7 décembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Ermotti