Faits :
A.
Le 16 novembre 2012, le Département valaisan des transports, de l'équipement et de l'environnement (DTEE) a mis en consultation publique des plans relatifs à des travaux de renforcement de la digue du Rhône sur le territoire de la Commune de Collombey-Muraz. Cette mesure anticipée fait partie du projet de plan d'aménagement de la 3e correction du Rhône. Elle prévoit de consolider la digue du fleuve au moyen d'un rideau de palplanches sur une profondeur de 9 m entre les km 15,640 et 16,450, soit au niveau de la parcelle n° 2499 du cadastre communal, propriété de RSO Services SA, où se trouvent les installations de la raffinerie exploitée par Tamoil SA.
Des mesures d'équilibrage écologique sont également prévues par cette planification. Il s'agit d'améliorer, de part et d'autre du site industriel, les liaisons biologiques longitudinales permettant à la petite faune de transiter entre les berges du Rhône et le canal du Bras Neuf, parallèle au fleuve. La liaison aval, au nord-ouest du n° 2499, prend place dans une forêt alluviale existante, où doivent être aménagés trois milieux humides, une lisière étagée et une prairie extensive sur les parcelles nos 3438 et 2670, propriétés respectivement de RSO Services SA et de la Bourgeoisie de Collombey-Muraz. La liaison amont, au sud-est, entre la raffinerie et les installations de Satom SA (société active dans le traitement de déchets), doit être améliorée par la création, sur le n° 3439, propriété de RSO Services SA, d'un réseau de bosquets, de haies basses et de forêts extensives, ainsi que par la mise en place d'un milieu humide et le recouvrement de conduites de vapeur semi-enterrées au moyen d'une fine couche de terre. La pérennité de ces mesures d'équilibrage écologique sera garantie au moyen de servitudes et d'une convention entre l'Etat du Valais et la propriétaire.
RSO Services SA et Tamoil SA se sont opposées au projet.
B.
Par décision du 18 juin 2014, le Conseil d'Etat a approuvé le projet d'aménagement de la mesure anticipée "Raffinerie" de la 3e correction du Rhône. Statuant sur recours des deux opposantes, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du Valais a confirmé cette décision par arrêt du 3 juillet 2015.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, RSO Services SA et Tamoil SA demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au Conseil d'Etat, subsidiairement au Tribunal cantonal, pour examen du dossier au fond et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La cour cantonale et la Commune de Collombey-Muraz renoncent à se déterminer. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement renonce à prendre position, le recours ne mentionnant aucune violation de dispositions matérielles de la législation fédérale environnementale. Les recourantes n'ont pas fait usage de leur droit de réplique.
Par ordonnance du 9 octobre 2015, le Président de la Ire Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours est formé contre un arrêt final rendu en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public. Il est recevable au regard des art. 82 let. a, 86 al. 1 let. d et 90 LTF. Les recourantes sont propriétaire, respectivement utilisatrice, des parcelles concernées. Elles sont donc particulièrement touchées par l'arrêt attaqué et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Les recourantes se prévalent de la garantie de leur propriété et de leur liberté économique. Elles considèrent que le projet porterait atteinte à leurs droits fondamentaux d'une manière qui violerait le principe de proportionnalité.
2.1. La garantie de la propriété et la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. ne sont pas absolues. Comme tout droit fondamental, elles peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst. La restriction doit ainsi respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), qui exige notamment que le but visé ne puisse être atteint par une mesure moins contraignante (règle de la nécessité); il doit en outre y avoir un rapport raisonnable entre ce but et les intérêts compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts) (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 246).
2.2. Comme les recourantes le soutiennent, les mesures prévues auront pour effet de créer une barrière naturelle de part et d'autre du site de la raffinerie. Or, tel est précisément le but recherché, s'agissant de la création de nouvelles liaisons biologiques aux abord du cours d'eau, la revitalisation des cours d'eau étant prescrite par le droit fédéral (art. 38 de la loi du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20] et 41d de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux [OEaux; RS 814.201]).
Les recourantes se contentent d'insinuer qu'il existerait une alternative, sans toutefois exposer laquelle. Elles ne prétendent en particulier pas avoir demandé en vain une étude plus détaillée des besoins et possibilités en matière de revitalisation. Qu'il soit prévu d'élargir le Rhône immédiatement après le renforcement de la digue est sans incidence sur la justification du projet litigieux: cette mesure s'impose pour elle-même, conformément aux objectifs fixés par le droit fédéral, alors que les mesures contestées en l'espèce sont précisément prises en compensation du renforcement de l'endiguement le long des parcelles à vocation industrielle des recourantes.
On rappelle à cet égard que la loi fédérale du 21 juin 1991 sur l'aménagement des cours d'eau (RS 721.100), qui impose l'entretien des eaux, des rives et des ouvrages de protection contre les crues (art. 4 al. 1) prévoit que, lors d'interventions, les eaux et l'espace réservé aux eaux doivent être aménagés de façon à ce que, notamment, ils puissent accueillir une faune et une flore diversifiées (art. 4 al. 2 let. a) et à ce qu'une végétation adaptée à la station puisse croître sur les rives (art. 4 al. 2 let. c). Certes, dans les zones bâties, l'autorité peut autoriser des exceptions à ces exigences (art. 4 al. 3), mais cela suppose que des intérêts opposés à la revitalisation présentent un caractère particulièrement important. En d'autres termes, contrairement à ce qu'affirment les recourantes, l'intérêt d'une bretelle écologique dans ce secteur est présumé et il leur incombe, si elles entendent contester celle-ci, de démontrer que leurs intérêts privés opposés sont prépondérants.
En l'espèce, les terrains concernés sont colloqués en partie en zone d'affectation différée en partie en zone agricole pour l'un (n° 3438) et entièrement en zone agricole pour l'autre (n° 3439). Dans les deux cas, ils sont donc actuellement inconstructibles. Les mesures prévues n'occupent qu'une petite proportion de la parcelle n° 3439 et moins de la moitié de la parcelle n° 3438. Conformément aux prises de position du Service cantonal de l'agriculture, l'emprise de ces mesures a été réduite au minimum sur la parcelle n° 3439. Contrairement à ce qu'indiquent les recourantes, les mesures étant imposées aux extrémités les plus éloignées de la raffinerie, il subsiste d'importantes surfaces libres de part et d'autre - en particulier au sud - des installations existantes. En outre, les recourantes, lorsqu'elles déplorent les difficultés d'utilisation de la passerelle enjambant le fleuve et donnant accès à la gare de chargement située sur l'autre rive, le font de façon appellatoire, sans établir la pratique actuelle ni celle qu'il subsistera une fois le projet réalisé, de sorte qu'il n'est pas possible de tenir compte de cet élément.
Quant à une éventuelle extension de Satom SA, implantée en amont, sur des terrains directement contigus à la prairie et au terrain humide de la parcelle n° 3439, elle n'est, comme l'a relevé la cour cantonale, que très hypothétique. Si la vente du terrain a certes été envisagée par les intéressées, elle n'a pas été menée à terme - pas même à titre conditionnel en fonction de l'issue de la présente procédure. Dite extension dépendrait en outre d'un changement d'affectation du terrain, purement hypothétique également. Enfin, Satom SA, qui n'a indiqué qu'envisager de "disposer d'une surface de réserve pour toutes futures extensions" n'a pas fait valoir un besoin impérieux d'extension de ce côté-là de ses installations; elle ne s'est au demeurant pas formellement opposée au projet litigieux.
Pour tous ces motifs, l'atteinte aux droits fondamentaux des recourantes apparaît non seulement nécessaire, mais n'est en outre pas d'une gravité telle que la protection de leurs intérêts l'emporterait sur celle de la nature et des eaux.
Enfin, les considérations des recourantes relatives à l'atteinte à la substance de leurs droits en cas de restriction sans indemnisation sont sans pertinence, dès lors qu'une procédure d'expropriation - dans laquelle elles pourront faire valoir leur droit à une indemnité équitable - va être menée (cf. arrêt attaqué, consid. 5).
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, aux frais des recourantes, qui succombent (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à la Commune de Collombey-Muraz, au Conseil d'Etat du canton du Valais, au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 18 mai 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali