Faits :
A.
B._ a travaillé au service de l'entreprise A._ SA du 6 décembre 2011 au 31 juillet 2013. Le contrat de travail prévoyait un salaire fixe et un «plan bonus» en fonction des résultats de l'entreprise. En décembre 2012, des objectifs ont été définis quant au chiffre d'affaires total et à l'«EBITDA», soit le bénéfice avant déduction des intérêts, impôts, amortissements et provisions (Earnings Before Interest, Taxes, Depreciation and Amortization, réd.). L'employeuse a refusé de verser au prénommé un bonus pour le premier semestre de l'année 2013.
B.
B.a. Le 7 avril 2014, l'employé a actionné son ancienne employeuse devant le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz (NE). Il concluait au paiement de 5'000 fr. «valeur minimale» à titre de bonus pour le premier semestre 2013. Au préalable, il requérait que l'employeuse soit invitée à produire ses comptes consolidés bouclés au 30 juin 2013 et qu'un délai de 10 jours lui soit ensuite imparti pour chiffrer sa conclusion en paiement.
L'employeuse a déposé une réponse.
B.b. Le 5 septembre 2014, le Tribunal civil a rendu une ordonnance de preuves dans laquelle, notamment, il admettait l'audition des témoins T1._ et T2._ (ch. 2 du dispositif), réservait à ce stade l'audition du témoin T3._ (ch. 3) et invitait l'employeuse à produire dans les 10 jours les «éléments comptables ou tout autre document utile relatifs au calcul du bonus» (ch. 4).
Saisi d'un recours de l'employeuse, le Tribunal cantonal neuchâtelois a annulé le chiffre 4 du dispositif précité et renvoyé la cause au premier juge pour qu'il rende une nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, l'autorité de recours a jugé qu'en vertu de l'<ref-law>, il convenait de prendre des mesures propres à éviter que l'administration des preuves ne porte atteinte aux secrets d'affaires de l'employeuse. La mesure la plus adéquate était d'autoriser l'avocat de la partie adverse à accéder aux éléments comptables utiles au calcul de l'éventuel bonus, la consultation devant se faire au greffe du tribunal sans possibilité de faire des copies; l'avocat devait en outre être soumis à un devoir de confidentialité envers son client.
B.c. Faisant suite à cet arrêt de renvoi, le Tribunal civil a rendu le 20 octobre 2015 une ordonnance complémentaire qui reprenait en substance les mesures prescrites par l'autorité de recours, mais omettait de mentionner le devoir de confidentialité de l'avocat.
L'employeuse a recouru pour ce motif et requis des mesures de protection supplémentaires, consistant notamment à écarter l'employé de certaines auditions et des plaidoiries finales et à lui communiquer uniquement le dispositif du jugement final.
L'employé a annoncé dans sa réponse qu'il avait résilié le mandat de son avocat, de sorte que le recours était selon lui privé d'objet.
Le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours sur la question du devoir de confidentialité et renvoyé la cause au premier juge pour compléter l'ordonnance en ce sens. En revanche, il a renoncé à statuer sur les faits nouveaux invoqués par les deux parties, tout en relevant qu'il incomberait au premier juge de tenir compte de la résiliation du mandat d'avocat pour la suite de la procédure.
B.d. L'employeuse a alors présenté des réquisitions devant le Tribunal civil, exigeant en substance qu'un avocat soit nommé au profit de l'employé, que ce dernier soit écarté de diverses auditions et de la plaidoirie de la partie adverse et qu'il n'ait accès qu'au dispositif du jugement. L'employé a pour sa part confirmé qu'il avait besoin des éléments comptables de l'employeuse pour déterminer le chiffre d'affaires et l'EBITDA nécessaires au calcul du bonus.
Par ordonnance du 15 mars 2016, le Tribunal civil a rejeté ces réquisitions (ch. 1 du dispositif), maintenu l'audition des témoins T1._ et T2._ (ch. 2) et réservé l'audition du témoin T3._ (ch. 3). Il a en revanche admis la réquisition de l'employé « au sens des considérants» (ch. 4), l'employeuse devant ainsi déposer au greffe du tribunal dans les 10 jours «les comptes consolidés et révisés pour le premier semestre 2013 ou tout autre document utile relatif au calcul du bonus pour cette période, étant précisé qu'une attestation du réviseur portant sur le chiffre d'affaires et l'EBITDA pourrait s'avérer suffisante». Le ch. 5 du dispositif précise encore que l'accès à ces documents sera limité au demandeur personnellement, qui pourra les consulter au greffe du tribunal sans possibilité d'en faire des copies ou des photos.
B.e. Saisi d'un recours de l'employeuse, le Tribunal cantonal neuchâtelois a confirmé cette ordonnance par arrêt du 19 mai 2016 (pour le résumé des considérants, cf. infra consid. 2.4).
C.
L'employeuse (ci-après: la recourante) saisit le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile et d'un recours constitutionnel subsidiaire tendant tous deux à l'annulation de l'arrêt précité (let. Be) et au renvoi de la cause «à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants».
L'employé (ci-après: l'intimé) a déposé une réponse après l'expiration du délai imparti. L'autorité précédente s'est abstenue de déposer des déterminations.
Sur requête de la recourante, l'effet suspensif a été accordé par ordonnance présidentielle du 19 juillet 2016.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué n'est pas une décision finale terminant la procédure (cf. <ref-law>), mais une décision incidente pouvant faire l'objet d'un recours immédiat aux conditions des art. 92 s. LTF. En l'occurrence, entre seul en considération l'<ref-law>, qui requiert un risque de préjudice irréparable.
La recourante dénie à l'intimé le droit d'accéder personnellement à ses données comptables qui devraient permettre de chiffrer le montant du bonus réclamé; elle entend obtenir diverses mesures pour éviter que l'administration des preuves ne porte atteinte à son prétendu secret d'affaires (cf. infra consid. 1.4.2).
La cour de céans a déjà été saisie d'une cause similaire, dans laquelle une employeuse recourait contre une ordonnance l'invitant à produire ses bilans et comptes de pertes et profits afin que l'employée puisse calculer sa participation aux bénéfices. L'autorité de céans a reconnu un risque de préjudice irréparable, sans préjuger du fond, au motif que la divulgation des informations contenues dans les documents requis était définitive et irréversible (arrêt 4A_195/2010 du 8 juin 2010 consid. 1.1.2). Le recours immédiat est donc ouvert.
1.2. S'agissant d'un conflit de droit du travail, la valeur litigieuse minimale requise pour le recours en matière civile est de 15'000 fr. (<ref-law>). Celle-ci se détermine en fonction des conclusions restées litigieuses devant l'autorité compétente sur le fond (art. 51 al. 1 let. c LTF).
L'employé a intenté une action en paiement non chiffrée, en indiquant une valeur minimale de 5'000 fr. comme valeur litigieuse provisoire (art. 85 al. 1 in fine CPC). A ce stade, l'estimation de la partie demanderesse est en principe déterminante pour les différentes conséquences procédurales liées à la valeur litigieuse (cf. PASCAL LEUMANN LIEBSTER, Die Stufenklage im schweizerischen Zivilprozessrecht, 2005, p. 149 ss). La recourante admet que la valeur minimale requise pour le recours en matière civile n'est pas atteinte, ce qui clôt toute discussion (cf. au demeurant LEUMANN LIEBSTER, op. cit., p. 154 in fine et 155, qui semble d'avis de s'en tenir à la valeur indiquée). La recourante affirme cependant qu'une question juridique de principe se pose (<ref-law>), concernant le point de savoir si, en application analogique de l'<ref-law>, une partie peut être contrainte de désigner un mandataire afin d'éviter que l'administration des preuves ne porte atteinte à des intérêts dignes de protection tels que le secret d'affaires.
La jurisprudence n'applique que restrictivement l'<ref-law>, qui permet de déroger à l'exigence de la valeur litigieuse. Pour qu'il y ait question juridique de principe, il ne suffit pas qu'elle n'ait jamais été tranchée par le Tribunal fédéral. Encore faut-il que la résolution du cas d'espèce implique de résoudre une question juridique donnant lieu à une incertitude caractérisée, appelant de manière pressante un éclaircissement de la part du Tribunal fédéral en tant qu'autorité judiciaire suprême chargée de dégager une interprétation uniforme du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 161). Une telle situation n'est manifestement pas réalisée dans le cas présent, alors que la recourante entend faire contrôler l'exercice du pouvoir d'appréciation dans l'adoption de mesures destinées à respecter son intérêt à protéger certaines données comptables.
1.3. Il s'ensuit que le recours en matière civile est irrecevable. Demeure la voie subsidiaire du recours constitutionnel (<ref-law>). Ce recours peut être formé pour violation des droits constitutionnels uniquement (<ref-law>). Le recourant est soumis à une exigence de motivation plus stricte que pour le grief de violation du droit fédéral. Il s'agit d'énoncer quels principes ou droits constitutionnels ont prétendument été violés en démontrant par une argumentation circonstanciée en quoi réside la violation (<ref-law> en lien avec l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2).
1.4.
1.4.1. Le recours constitutionnel subsidiaire est également un recours en réforme (<ref-law> en lien avec l'<ref-law>; arrêt 4A_674/2015 du 22 septembre 2016 consid. 2.1). La partie recourante ne peut dès lors se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, mais doit prendre des conclusions sur le fond du litige, sous peine d'irrecevabilité; le Tribunal fédéral ne peut en effet aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il n'y a pas de présomption selon laquelle le recourant est réputé reprendre les conclusions prises devant l'autorité précédente (arrêt 4A_417/2016 du 20 octobre 2016 consid. 1.1 in fine).
Cette règle souffre toutefois quelques exceptions. Il en va ainsi lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne pourrait pas statuer lui-même sur le fond et devrait renvoyer la cause à l'autorité précédente, ce qu'il appartient au recourant de démontrer si cela ne résulte pas déjà de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 3.1 et 3.2). La pratique réserve aussi le cas où la motivation du recours fait clairement apparaître en quoi l'arrêt attaqué doit être modifié (arrêts 4A_371/2016 du 14 octobre 2016 consid. 2.1; 4A_12/2014 du 6 mars 2014 consid. 2), soit en particulier lorsque les créances pécuniaires ne sont pas chiffrées, mais que la somme à allouer est d'emblée reconnaissable au regard de la motivation du recours ou de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2 p. 236; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Au nom de la prohibition du formalisme excessif, la cour de céans est entrée en matière sur un recours constitutionnel dépourvu de conclusions en réforme, comme il ressortait clairement que le justiciable voulait reprendre les conclusions de fond prises à l'appui de son recours en matière civile (arrêt précité 4A_674/2015 consid. 2.1). Elle souligne toutefois la nécessité d'appliquer strictement l'exigence formelle de conclusions claires et précises (arrêt précité 4A_417/2016 consid. 1.1).
1.4.2. En l'occurrence, le recours en matière civile comme le recours constitutionnel contiennent uniquement des conclusions cassatoires. Il n'apparaît pas que la cour de céans serait empêchée de statuer elle-même en cas d'admission des griefs. On relève cependant que par le passé, l'autorité de recours cantonale a renoncé à réformer les ordonnances attaquées et renvoyé la cause au premier juge (supra let. Bb et Bc), considérant peut-être que celui-ci devait de toute façon préciser les modalités de la suite de la procédure.
Par ailleurs, la lecture des deux recours, qui s'étendent sur 30 pages et sont signés par un avocat, permet de discerner ce à quoi aspire la recourante: elle demande expressément que l'intimé désigne un mandataire professionnel soumis à un devoir de discrétion, qui soit seul habilité à consulter les pièces comptables au greffe, à l'instar de ce que prévoyaient les ordonnances précédentes. Ce mandataire devrait être autorisé, en lieu et place de l'intimé, à assister aux auditions des témoins ainsi qu'aux plaidoiries, et à prendre connaissance du jugement motivé.
En l'occurrence, peut rester indécise la question de savoir si un tel contexte permet de renoncer à l'exigence formelle de conclusions réformatoires. En effet, le recours constitutionnel doit de toute façon être rejeté sur le fond.
1.5. L'intimé a déposé une réponse tardive, et partant irrecevable. Le résultat serait au demeurant le même si on tenait compte de cette écriture et de ses annexes, puisque l'intimé n'a fait que renvoyer à l'argumentation présentée en appel et a procédé sans avocat, de sorte qu'il n'a pas subi de frais susceptibles d'être indemnisés.
2.
2.1. La recourante dénonce une application arbitraire de l'<ref-law>. En substance, elle reproche à l'autorité de recours d'avoir arbitrairement nié le préjudice que pouvait lui causer la révélation de données comptables relevant du secret d'affaires, sachant qu'elle est affiliée à une société-mère cotée en bourse. L'autorité de recours se serait mise en contradiction avec ses deux précédentes décisions entrées en force de chose jugée, lesquelles ordonnaient des mesures adéquates pour protéger ses intérêts. L'intimé aurait renoncé à se faire représenter par un avocat dans le seul but de contourner la protection mise en place. Il conviendrait donc que celui-ci se désigne un nouvel avocat, qu'il soit mis à l'écart des auditions et plaidoiries et qu'il ne puisse recevoir le jugement final motivé, afin d'éviter qu'il n'obtienne par ce biais des informations couvertes par le secret d'affaires.
2.2. L'art. 9 Cst. prohibe l'arbitraire. Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable ou même préférable. Le Tribunal fédéral n'admet le grief d'arbitraire que lorsque la décision attaquée est manifestement insoutenable, se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. La décision doit être arbitraire dans son résultat, et pas seulement dans sa motivation (<ref-ruling> consid. 4.2).
2.3.
2.3.1. L'<ref-law> prévoit que lorsque le contrat confère au travailleur le droit à une part du bénéfice ou du chiffre d'affaires ou une autre forme de participation au résultat de l'exploitation, l'employeur doit fournir les renseignements nécessaires au travailleur ou, à sa place, à un expert désigné en commun ou par le juge; l'employeur doit autoriser le travailleur ou l'expert à consulter les livres de comptabilité dans la mesure où le contrôle l'exige (al. 2). Si une participation aux bénéfices a été convenue, une copie du compte de résultat doit être remise au travailleur qui en fait la demande (al. 3).
Le travailleur dispose ainsi d'un droit aux renseignements et d'un droit de regard dans les livres comptables de l'employeur. Ce droit de nature matérielle peut être mis en oeuvre dans une procédure indépendante ou dans une action échelonnée (THOMAS PIETRUSZAK, in Kurzkommentar OR, [Honsell éd.] 2014, nos 11 et 13 ad <ref-law>; cf. aussi ADRIAN STAEHELIN, Zürcher Kommentar, 2006, n° 14 ad <ref-law>).
Certains commentateurs notent que lorsque des données sont indispensables pour établir la prétention du travailleur et que l'employeur fait valoir un intérêt justifié au maintien du secret, il faut ménager ces deux intérêts (REHBINDER/STÖCKLI, Berner Kommentar, 2010, n° 12 ad <ref-law> et STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7e éd. 2012, p. 318 s. n. 10, qui se réfèrent à un arrêt bâlois publié in BJM 2005 p. 221 ss et JAR 2005 p. 327 ss), ce qui peut être fait par la désignation d'un expert indépendant (REHBINDER/STÖCKLI, ibidem; cf. aussi GABRIEL AUBERT, in Commentaire romand, 2e éd. 2012, n° 2 ad <ref-law>). Cas échéant, la fourniture d'une attestation du réviseur aux comptes permet d'éviter la désignation d'un expert (AUBERT, ibidem). D'aucuns réservent les mesures de protection de l'<ref-law> (STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, op. cit., p. 319 n. 10; cf. aussi JÜRGEN BRÖNNIMANN, in Berner Kommentar, 2012, n° 8 in fine ad <ref-law>).
L'<ref-law> enjoint le tribunal d'ordonner les mesures propres à éviter que l'administration des preuves ne porte atteinte à des intérêts dignes de protection des parties ou de tiers, notamment à des secrets d'affaires. Certains auteurs mentionnent les livres comptables comme élément du secret d'affaires (CHRISTIAN LEU, in Schweizerische Zivilprozessordnung, [Brunner et alii éd.] 2e éd. 2016, n° 9 ad <ref-law>; HANS SCHMID, in Kurzkommentar ZPO, [Oberhammer et alii éd.] 2e éd. 2014, n° 2 ad <ref-law>).
Dans l'affaire précitée où l'employeuse refusait de produire ses livres de comptes (supra consid. 1.1), la cour de céans a dû contrôler sous l'angle de l'arbitraire l'application d'une règle de procédure cantonale prescrivant des mesures dans l'administration des preuves afin de sauvegarder des secrets d'affaires ou «d'autres intérêts jugés prépondérants». Son analyse peut se résumer ainsi: l'<ref-law> obligeait l'employeuse à permettre à la salariée de consulter ses livres de comptabilité dans la mesure nécessaire. En l'occurrence, les documents requis étaient nécessaires pour fixer le montant dû à la salariée. Cette nécessité découlait du mode de fixation de la rémunération prévue par le contrat, mode que l'employeuse avait accepté et dont elle devait subir les conséquences. L'unique intérêt invoqué pour s'opposer à la production de pièces comptables était le risque que des concurrents débauchent ses collaborateurs en prenant connaissance de leurs revenus. Outre que ce risque paraissait assez théorique, il ne pouvait contrebalancer l'intérêt de l'employée à obtenir la rémunération convenue (arrêt précité 4A_195/2010 consid. 2.2 et 2.3).
2.3.2. Dans ce précédent, la cour de céans n'a pas exclu de prendre en compte l'intérêt de l'employeur à sauvegarder des secrets ( contra BRÖNNIMANN, op. cit., n° 7 s. ad <ref-law>), mais a constaté que l'employeuse ne justifiait aucunement d'un intérêt qui puisse l'emporter sur l'intérêt de la travailleuse à fixer le montant de sa rémunération, l'employeuse devant assumer les conséquences d'un mode de rémunération auquel elle avait consenti.
Dans le cas présent, il n'est pas nécessaire de se prononcer sur le rapport précis entre les <ref-law> et 156 CPC. Il apparaît en effet que la décision attaquée, dont les motifs sont résumés ci-dessous (consid. 2.4), est clairement exempte d'arbitraire (consid. 2.5).
2.4. Les juges cantonaux ont retenu, sans susciter de critiques sur ce point, que les parties avaient convenu d'un bonus lié aux résultats de la recourante et que le calcul dudit bonus nécessitait de connaître le chiffre d'affaires et l'EBITDA de la recourante afférents au premier semestre 2013. Ils ont ensuite observé qu'en vertu de l'<ref-law>, l'intimé avait le droit de s'assurer de l'exactitude des montants communiqués à ce titre. Des changements étaient survenus postérieurement aux arrêts déjà rendus: l'intimé était désormais réputé se satisfaire d'une attestation remise par le réviseur des comptes, dès lors qu'il n'avait pas recouru contre l'ordonnance réservant une telle possibilité. Dans sa réponse au recours, il avait même consenti à ce que les éléments comptables soient communiqués uniquement au Tribunal civil et à ce que cette autorité procède elle-même au calcul du bonus. Forts de ces éléments, les juges cantonaux proposaient une solution pragmatique, à savoir que la recourante était invitée à fournir l'attestation de son réviseur au sujet du chiffre d'affaires et de l'EBITDA. Ils ne discernaient pas quel préjudice la révélation de ces données pourrait causer à la recourante; dans la mesure où elles se rapportaient au premier semestre 2013, elles ne permettaient pas de tirer des conclusions sur les activités et la marche des affaires actuelles de l'employeuse. Dans l'hypothèse peu vraisemblable où l'employeuse viendrait à refuser cette solution, elle devrait alors produire les pièces comptables nécessaires à l'établissement du chiffre d'affaires et de l'EBITDA, la consultation de ces pièces devant être faite selon les modalités prévues par l'ordonnance. Pour le surplus, les juges ne voyaient aucun motif d'imposer un avocat à l'employé contre son gré. Celui-ci n'avait pas non plus à être écarté de l'audition des témoins T2._ et T3._. L'employeuse avait déjà allégué les faits que ces témoins devaient établir; ces faits étaient donc déjà connus de l'employé. Le Tribunal civil veillerait à ce que ne soient pas posées des questions sortant du cadre du procès. Quant au témoin T1._, il devait être questionné sur des éléments précis concernant le paiement de bonus en 2013, et non pas sur la situation financière générale de l'entreprise. Enfin, le représentant de l'employeuse pouvait cas échéant refuser de collaborer en rendant vraisemblable un intérêt supérieur à garder le secret d'affaires. Dès lors que l'employé était autorisé à participer à l'administration des preuves, il n'y avait pas de raison de le priver des débats et de la motivation du jugement.
2.5. Selon les considérants de l'arrêt attaqué, la recourante peut, à choix, produire une attestation de son réviseur quant à son chiffre d'affaires et à son EBITDA relatifs au premier semestre 2013, ou déposer au greffe les documents comptables permettant d'établir ces deux données. Une telle décision, qui ménage les intérêts du travailleur et de l'employeuse, est clairement exempte d'arbitraire. L'exigence de produire les pièces comptables est subsidiaire, et se restreint aux éléments nécessaires à l'établissement des deux données litigieuses. En guise d'intérêt prépondérant, la recourante se borne à faire valoir qu'elle est affiliée à une société-mère cotée en bourse et que les comptes étant consolidés, le public ne pourra pas «faire la ventilation entre les diverses sociétés du groupe». Ce faisant, elle ne répond pas aux arguments des juges cantonaux selon lesquels les deux données litigieuses, qui concernent le premier semestre 2013, ne permettent pas de tirer des conclusions sur les activités et la marche actuelles de l'entreprise. Une telle réflexion est au demeurant exempte d'arbitraire. La recourante ne conteste pas davantage l'affirmation selon laquelle la production d'une attestation par son réviseur ne devrait pas poser de problème pratique. L'autorité précédente ne s'est pas mise en contradiction avec ses décisions précédentes, puisqu'elle a relevé des éléments nouveaux. Enfin, concernant la requête d'écarter l'intimé des auditions de certaines personnes, le recours ne contient aucune motivation destinée à contrer l'analyse des juges cantonaux, de sorte qu'il est irrecevable sur ce point.
En bref, l'autorité précédente n'a pas versé dans l'arbitraire en niant un intérêt prépondérant de l'employeuse à conserver des données secrètes, alors qu'il lui suffit de communiquer deux données brutes dont la révélation n'apparaît pas susceptible de causer un préjudice, et qu'elle ne conteste pas avoir convenu d'un mode de rémunération impliquant d'autoriser l'accès à ses livres comptables.
Cela étant, on ne peut ignorer que l'autorité précédente a confirmé le dispositif de l'ordonnance du 15 mars 2016 alors que la solution retenue est plus nuancée, à savoir que la recourante doit principalement fournir une attestation de son réviseur sur le chiffre d'affaires et l'EBITDA, subsidiairement déposer au greffe les pièces comptables nécessaires à l'établissement de ces deux données. Toutefois, le dispositif d'une décision doit s'interpréter à la lumière des considérants de fait et de droit de celle-ci. La recourante ne se plaint au demeurant pas de cette divergence entre les considérants et le dispositif confirmé. A cela s'ajoute qu'il reviendra à un tribunal d'appliquer l'ordonnance telle qu'interprétée par l'autorité de recours, ce qui exclut tout risque d'insécurité. Il n'y a ainsi pas matière à modifier le dispositif confirmé par l'autorité précédente.
3.
En définitive, le recours en matière civile est irrecevable, tandis que le recours constitutionnel subsidiaire doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Par conséquent, la recourante supportera les frais de la présente procédure, fixés conformément à l'art. 65 al. 4 let. c LTF. Aucuns dépens ne sont dus à l'intimé (supra consid. 1.5).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours en matière civile est irrecevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Les frais judiciaires, fixés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 18 janvier 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Kiss
La Greffière: Monti