Faits :
A.
Dans le cadre de la débâcle du groupe B._ et des entités qui y étaient rattachées, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ouvert, le 4 août 2014, une instruction contre C.B._ pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 CP); cette procédure a été étendue à D._ également pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 CP), ainsi que faux dans les titres (<ref-law>).
Au cours de cette instruction, il est apparu que des sociétés affiliées au groupe A._ (alors A._ Holding SA) auraient rendu d'importants services financiers aux principaux dirigeants du groupe B._, dont C.B._. Le 16 septembre 2014, une perquisition a donc été effectuée dans les locaux lausannois de A._ et les éléments saisis ont permis d'identifier des nombreuses structures gérées pour le compte de la famille B._. La gestion administrative de A._ était effectuée par le biais du logiciel F._, conçu par E._. Selon l'entretien téléphonique du MPC avec le directeur de cette société, ce logiciel permettrait notamment d'avoir un accès à distance pour les employés, y compris depuis l'étranger, mais ne garantirait la conservation des données - dont l'identifiant de l'utilisateur - que de la première et ultime saisie, à l'exception des modifications intervenues dans l'intervalle. Afin d'éviter une éventuelle altération des données, le magistrat fédéral a par conséquent mandaté E._ pour procéder, chez A._, à une sauvegarde des données et extraire diverses listes qui permettraient à terme de procéder au tri. Invoquant notamment le secret des affaires, le défaut d'utilisation dudit logiciel depuis 2013 et l'utilisation à distance uniquement en lecture seule, A._ s'était opposée à cette opération.
Le 5 août 2015, le MPC a donc ordonné une seconde perquisition des locaux de A._, afin d'effectuer une copie de sauvegarde de la base de données et des programmes du logiciel F._, d'extraire - sous forme de liste - les entités gérées au moyen de ce logiciel et de produire une liste actuelle des personnes l'utilisant. Par l'intermédiaire de son conseil, A._ s'est à nouveau opposée à cette mesure. Les originaux des données informatiques saisies étant restées en mains de la détentrice, les scellés ont été apposés sur les copies forensiques de ces éléments; un inventaire a été établi.
B.
Le 24 août 2015, le MPC a demandé la levée des scellés sur les données informatiques portant les numéros de scellés xxx et yyy; il a également conclu à ce que le tri des données soit effectué en présence des autorités et de A._.
Dans le délai dûment prolongé au 19 octobre 2015, A._ a conclu, préalablement, à la nomination d'un expert pour établir un inventaire précis des données contenues dans le logiciel. A titre principal, elle a requis la constatation du défaut des conditions légales permettant la perquisition du 5 août 2015 et le maintien des scellés (1) sur les éléments concernant les entités et/ou personnes mentionnées dans les pièces - confidentielles - de ses annexes 3 à 10 (y compris celles relatives aux personnes ayant assumé des fonctions d'organes, ayants droit économiques, représentants et/ou fondés de procuration) et (2) sur toutes les données relatives à la "Messagerie" contenues dans la base de données F._; pour le surplus, les scellés pouvaient être levés. Subsidiairement, elle a demandé le tri des données en sa présence ainsi que celle des autorités.
Le 8 juillet 2016, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (Tmc) a levé les scellés portant sur la copie forensique du logiciel F._, relevant que cette mesure ne serait effective qu'une fois sa décision devenue définitive et exécutoire.
C.
Par acte du 9 août 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance, concluant au maintien des scellés apposés le 5 août 2015 et à la restitution immédiate des données la concernant. A titre subsidiaire, elle requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente. La recourante demande également que le MPC ne puisse pas avoir accès aux pièces nos 3 à 10 du bordereau produit en annexe à ses déterminations du 19 octobre 2015. Elle sollicite enfin l'effet suspensif du recours.
Le MPC a relevé qu'au regard du dispositif du Tmc, la requête d'effet suspensif était sans objet et a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Quant à la cour cantonale, elle s'en est remise à justice s'agissant de l'effet suspensif et s'est référée aux considérants de sa décision. Le 12 octobre 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions.
Par ordonnance présidentielle du 26 août 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a constaté qu'au vu du dispositif de l'ordonnance attaquée, la demande d'effet suspensif était sans objet.

Considérant en droit :
1.
Conformément à l'art. 393 al. 1 let. c CPP, un recours n'est ouvert contre les décisions du Tmc que dans les cas prévus par ledit code. Aux termes de l'<ref-law>, cette juridiction statue définitivement sur la demande de levée des scellés au stade de la procédure préliminaire. Le code ne prévoit pas de recours cantonal contre les autres décisions rendues par le Tmc dans le cadre de la procédure de levée des scellés. La voie du recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ainsi en principe directement ouverte contre de tels prononcés (art. 80 al. 2 in fine LTF).
Ne mettant pas un terme à la procédure pénale, la décision attaquée est de nature incidente. Elle est toutefois susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où la levée des scellés pourrait porter atteinte aux secrets des affaires et professionnel de l'avocat tels qu'invoqués par la recourante. Cette dernière, en tant que détentrice des données mises sous scellés, a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification de la décision entreprise (art. 81 al. 1 let. a et b LTF).
Pour le surplus, les conclusions prises sont recevables (<ref-law>) et le recours a été en outre déposé en temps utile (<ref-law>). Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante reproche tout d'abord au Tmc une violation de son droit d'être entendue; celui-ci n'aurait pas fait état du fonctionnement de la base de données F._, ainsi que de la méthodologie choisie par la recourante pour désigner les pièces bénéficiant des secrets invoqués (art. 29 al. 2 Cst., 3 al. 2 let. c et 80 al. 2 CPP).
Il ressort cependant du jugement attaqué que l'autorité précédente a fait état de ces deux éléments. Ainsi, en lien avec la demande de levée de scellés déposée par le MPC, le Tmc a indiqué quelles étaient les possibilités offertes par le logiciel F._, à savoir "tenir la comptabilité de sociétés, l'administration globale des entités (sociétés, trusts, fondations) par quoi il faut comprendre l'identification des ayants droit économiques, des ayants droit de signature, des administrateurs, des actionnaires et des bénéficiaires, ainsi que la compliance administrative, en plus de conserver une base de contacts avec une fonction de facturation des prestations effectuées pour le compte du client" (cf. ad 4b p. 4 s. de l'arrêt entrepris). Ces explications correspondent, certes dans une version résumée, à celles données par la recourante dans ses déterminations du 19 octobre 2015 (cf. p. 9 s. de cette écriture). Il est au demeurant notoire qu'une base de données ne constitue pas un fichier ordinaire, mais permet, le cas échéant, de visualiser les différentes informations concernant une même entité, ainsi que, selon les champs utilisés et/ou recherches effectuées, les liens existant entre celle-ci et d'autres entrées.
Quant à la méthodologie utilisée, elle n'a pas non plus été ignorée puisque le Tmc a rappelé les différentes catégories établies par la recourante dans ses déterminations (cf. ad 8c p. 9 s. de l'ordonnance entreprise). Certes, il retient ensuite un autre critère (protection invoquée) pour fonder son appréciation (intérêt à la vérité et défaut de précision dans la désignation des données pouvant bénéficier des secrets soulevés). Si celle-ci ne correspond pas à celle à laquelle aspire la recourante, il n'en résulte pas pour autant une violation de son droit d'être entendue, notamment en matière de motivation.
Comme les deux éléments susmentionnés ont été pris en compte par le Tmc, il n'y a pas lieu de compléter l'état de fait. Le grief soulevé à cet égard peut donc être rejeté.
3.
Devant le Tribunal fédéral, la recourante ne remet plus en cause l'existence de soupçons suffisants de la commission d'infractions, ainsi que les conditions de la perquisition (cf. ad 10/b et 10/c p. 12 s. de l'ordonnance attaquée).
Elle reproche en revanche au Tmc d'avoir considéré qu'elle n'aurait pas collaboré au tri des donnés; celui-ci aurait en effet retenu à tort qu'elle n'aurait pas indiqué précisément quelles pièces bénéficieraient des secrets invoqués ou seraient dénuées de pertinence pour l'enquête en cours. La recourante soutient toutefois avoir effectué cette tâche de manière conforme à ses obligations. De plus, au vu de son offre de compléter si nécessaire ses déterminations par rapport aux pièces devant être soustraites du dossier pénal, le Tmc aurait violé le principe de la bonne foi en statuant sans lui avoir offert une telle possibilité.
3.1. Saisi d'une demande de levée de scellés, le Tmc doit examiner, d'une part, s'il existe des soupçons suffisants de l'existence d'une infraction et, d'autre part, si les documents présentent apparemment une pertinence pour l'instruction en cours (cf. art. 197 al. 1 let. b et d CPP).
Cette seconde question ne peut être résolue dans le détail, puisque le contenu même des documents mis sous scellés n'est pas encore connu. L'autorité de levée des scellés doit s'en tenir, à ce stade, au principe de l' "utilité potentielle" (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 66 s.; arrêt 1B_258/2016 du 29 septembre 2016 consid. 3 et les arrêts cités). Les détenteurs ont l'obligation de désigner les pièces qui sont, de leur point de vue, couvertes par le secret invoqué ou qui ne présentent manifestement aucun lien avec l'enquête pénale, obligation prévalant notamment lorsque les documents ou données dont la mise sous scellés a été requise sont très nombreux ou très complexes (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 81 et 5.6 p. 87; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 229 et les arrêts cités).
En présence d'un secret professionnel avéré, au sens de l'<ref-law>, l'autorité de levée des scellés élimine les pièces couvertes par le secret professionnel. Elle prend également les mesures nécessaires pour préserver, parmi les documents remis aux enquêteurs, la confidentialité des tiers non concernés par l'enquête en cours (arrêt 1B_18/2016 du 19 avril 2016 consid. 3.1). Il en va de même lorsque des pièces et/ou objets bénéficient de la protection conférée par l'<ref-law> (arrêt 1B_168/2016 du 29 septembre 2016 consid. 3.1).
Selon l'<ref-law>, les détenteurs d'autres secrets protégés par la loi - dont notamment le secret des affaires ou un secret au sens de l'<ref-law> (arrêt 1B_447/2015 du 25 avril 2016 consid. 4) - sont tenus de déposer; la direction de la procédure peut les libérer de l'obligation de témoigner lorsqu'ils rendent vraisemblable que l'intérêt au maintien du secret l'emporte sur l'intérêt à la manifestation de la vérité. Cette disposition constitue un simple cas d'application du principe de la proportionnalité. Il appartient en outre à celui qui s'en prévaut de rendre vraisemblable l'existence d'un intérêt prépondérant au maintien du secret (arrêt 1B_352/2013 du 12 décembre 2013 consid. 4).
3.2. Le Tmc a retenu que la recourante se prévalait de deux secrets, à savoir le secret des affaires pour 98 à 99 % des données saisies, ainsi que le secret professionnel de l'avocat, constatations qui ne sont pas remises en cause devant le Tribunal fédéral.
3.2.1. S'agissant du secret des affaires, la juridiction précédente a considéré que, vu la gravité des charges pesant sur les prévenus, le secret des affaires ne constituait pas dans le cas d'espèce un motif suffisant pour le faire primer sur l'intérêt à la manifestation de la vérité (cf. ad 10d p. 14 de l'arrêt entrepris).
Sur cette première problématique, le Tmc, certes avec une motivation assez succincte, a levé les scellés indépendamment de toute considération sur la collaboration de la recourante. Vu le motif retenu et le nombre des éléments concernés, l'autorité précédente pouvait également s'estimer, sans violer le principe de la bonne foi, suffisamment informée par rapport aux données visées. Les constatations - par ailleurs générales - émises ensuite à propos du défaut de coopération ne constituent donc qu'une motivation complémentaire ou subsidiaire (cf. ad 10d p. 15 de l'ordonnance entreprise). Dans une telle situation, il appartenait à la recourante de développer une argumentation spécifique propre à démontrer que le secret des affaires l'emportait sur la recherche de la vérité (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les arrêts cités), ce qu'elle ne fait pas. En effet, tous les arguments mentionnés par la recourante tendent à établir qu'elle aurait rempli ses obligations en matière de collaboration au tri des données. On peut au demeurant légitimement en douter au regard de la proportion des données prétendument protégées par ce secret (98 à 99 %), ainsi que du critère d'exclusion utilisé par la recourante (nom des entités); ce dernier empêche l'accès à toutes les données concernant une même entrée, respectivement aux liens de celle-ci avec d'autres éléments contenus dans la base de données (cf. par exemple des administrateurs et/ou ayants droit communs). La recourante ne l'ignore d'ailleurs pas (cf. ses explications par rapport aux liens des deux prévenus avec des sociétés clientes de la recourante [p. 10 de ses déterminations du 19 octobre 2015]).
Partant, le Tmc a retenu, à juste titre, que le secret des affaires ne permettait pas de maintenir les scellés sur les données saisies.
3.2.2. Quant au secret professionnel de l'avocat invoqué par rapport à la messagerie interne avec B._, le Tmc a retenu que la recourante n'avait pas indiqué précisément quels éléments en bénéficiaient. Selon l'autorité précédente, le tri judiciaire, que ce soit par ses soins ou par le biais d'un expert, ne pouvait être effectué que dans l'hypothèse où, préalablement, l'intéressée aurait indiqué de manière circonstanciée quels documents et/ou données devraient être soustraits de la procédure (cf. ad 10d p. 14 s. de l'ordonnance entreprise).
Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. La recourante ne soutient d'ailleurs pas avoir donné de telles précisions. Or, la recourante a accès à la base de données, respectivement à la messagerie. Elle n'ignore pas non plus quel est l'interlocuteur concerné, B._; le nom de cette entité suffit au demeurant pour considérer que tout lien avec l'enquête en cours ne peut être exclu. Pourtant, la recourante n'établit aucune liste des échanges électroniques et/ou des pièces annexées allégués couverts par le secret professionnel. Elle n'indique pas non plus pourquoi elle aurait été empêchée de le faire, ce qui aurait peut-être pu justifier de donner suite à son offre de compléter ses déterminations. Il s'ensuit que, faute de toute information, le Tmc, respectivement l'expert qu'il aurait nommé, ne peut pas procéder à la vérification de ces données, notamment en examinant si les éventuelles prestations assurées par l'avocat entreraient dans le champ des activités typiques de cette profession (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 601; arrêt 1B_85/2016 du 20 septembre 2016 consid. 4.2 et 6.1 à 6.6).
Vu ces considérations et l'absence de toute indication de la part de la recourante, le Tmc n'a pas violé le droit fédéral en considérant qu'aucune pièce ne bénéficiait du secret professionnel de l'avocat.
4.
La recourante se plaint encore d'une violation du principe de célérité (<ref-law>) dès lors que le Tmc aurait rendu sa décision douze mois après la mise sous scellés. Soulever un tel reproche aurait peut-être eu un sens si la recourante s'était, dans cet intervalle, trouvée privée des données saisies. Or, tel n'est pas le cas et, faute d'intérêt, ce grief est manifestement mal fondé.
Cela vaut d'ailleurs d'autant plus que la recourante semble ensuite sous-entendre que le Tmc se serait hâté de rendre sa décision en juillet 2016 à la suite des investigations alléguées très actives menées par les autorités étrangères à la fin du printemps 2016.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf