Faits :
A.
Depuis le 8 juillet 2014, le Ministère public, Parquet régional de Neuchâtel, conduit une instruction pénale pour infractions graves à la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121) à l'encontre notamment de C._, B._ et A._.
Le 17 novembre 2016, le Ministère public a informé les prévenus qu'une commission rogatoire internationale avait été décernée aux autorités équatoriennes afin d'entendre, en qualité de prévenu, D._, frère de C._, soupçonné d'organiser des exportations de cocaïne d'Equateur en Europe. Saisie d'un recours des prévenus, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a notamment jugé que, vu les circonstances et le moment où elle était envisagée dans le cours de la procédure neuchâteloise, cette audition apparaissait comme tardive et inopportune, si bien qu'il fallait y renoncer. Cet arrêt, rendu le 11 janvier 2017, est exécutoire.
B.
Le 27 janvier 2017, le Ministère public a informé les prévenus que "conformément aux considérants de l'arrêt rendu le 11 janvier 2017", il formulait une demande d'entraide judiciaire internationale urgente auprès des autorités équatoriennes afin d'entendre D._ en qualité de personne appelée à donner des renseignements; comme les enquêteurs suisses pourraient se rendre en Equateur du 13 au 17 février 2017, un délai au 6 février 2017 était fixé aux prévenus pour transmettre les questions qu'ils souhaitaient voir posées à l'intéressé.
A._ et B._ ont recouru contre la décision du 27 janvier 2017 auprès du Tribunal cantonal, en demandant notamment d'ordonner au Ministère public de se conformer au dispositif et aux considérants de l'arrêt du 11 janvier 2017, de constater le déni de justice et le retard injustifié dans l'instruction menée par le Ministère public et d'ordonner à celui-ci d'annuler l'exécution de la commission rogatoire internationale précitée. La suspension immédiate du délai imparti pour déposer un questionnaire ainsi que de tous les actes de mise en oeuvre de la commission rogatoire a été ordonnée jusqu'à droit connu sur le recours.
Par arrêt du 31 mars 2017, le Tribunal cantonal a admis le recours, a invité le Ministère public à renoncer définitivement à l'audition de D._ par voie de commission rogatoire internationale, de procéder comme prévu - si ce n'est déjà fait - sans tarder à l'audition finale de C._, de mettre à disposition des parties l'entier des contrôles téléphoniques mis en oeuvre durant la procédure, d'examiner s'il entend procéder d'office aux confrontations qu'il envisageait et, cas échéant, y procéder et de délivrer l'avis de prochaine clôture aux parties, avec fixation d'un délai suffisant pour leur permettre de présenter leurs éventuelles réquisitions de preuve.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, le Ministère public demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et de rejeter les recours de A._ et de B._. Il conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invités à se déterminer, A._ et B._ concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, et sollicitent l'assistance judiciaire. Le Tribunal cantonal renonce à présenter des observations.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1. Le recours en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) - déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) - est ouvert contre une décision relative à une procédure pénale, rendue en dernière instance cantonale (art. 80 LTF).
1.2. La recevabilité du recours en matière pénale dépend notamment de l'existence d'un intérêt juridique actuel à l'annulation de la décision entreprise (art. 81 al. 1 let. b LTF). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Ainsi, une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède pas la qualité pour recourir. Il faut, en d'autres termes, que la décision de la juridiction supérieure lui procure l'avantage de droit matériel qu'il recherche. Dans la négative, un tel recours est irrecevable (arrêt 1B_56/2014 du 10 avril 2014 consid. 1).
En l'espèce, dans son arrêt du 11 janvier 2017, le Tribunal cantonal avait imposé au Ministère public de renoncer à l'audition de D._, dans la mesure où elle paraissait "tardive et au résultat si aléatoire qu'elle en devenait pour le moins inopportune". Le Ministère public n'a pas recouru contre cet arrêt qui est désormais exécutoire. Une dizaine de jours plus tard, le Ministère public a à nouveau informé les prévenus du dépôt d'une commission rogatoire internationale concernant l'audition de D._ et leur a imposé un délai pour présenter leurs questions. Il ressort de l'arrêt attaqué que la manière de procéder du Ministère public ne respecte pas le dispositif et les considérants de l'arrêt du 11 janvier 2017; il y est précisé qu' "en l'absence de toute circonstance ou de tout fait nouveau, l'Autorité de recours en matière pénale est liée par l'arrêt du 11 janvier 2017, qui n'a été frappé d'aucun recours". Ainsi, le Ministère public n'a pas suivi l'injonction du Tribunal cantonal tout en ne déposant pas de recours à son encontre; il a donc réitéré, sans se prévaloir d'un élément nouveau survenu dans la procédure, une nouvelle demande d'entraide judiciaire internationale, alors que cette mesure avait été interdite une dizaine de jours auparavant - indépendamment de la question de savoir en quelle qualité serait entendu D._ - au motif qu'elle était tardive et inopportune.
Dans ces circonstances particulières, le Ministère public n'a plus d'intérêt juridique actuel. En effet, l'admission éventuelle du présent recours ne pourrait pas conduire à l'annulation de l'arrêt du 11 janvier 2017, exécutoire. Le Ministère public ne le prétend d'ailleurs pas. Il n'a donc aucun intérêt juridique actuel à obtenir l'annulation de l'arrêt attaqué; l'admission de son recours ne lui procurerait aucun avantage de droit matériel.
2.
Il s'ensuit que le recours doit être déclaré irrecevable. Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires, le recourant ayant agi dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial soit en cause (art. 66 al. 4 LTF). Le canton de Neuchâtel versera néanmoins une indemnité à titre de dépens aux intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'avocats (art. 68 al. 1 LTF). La demande d'assistance judiciaire des intimés est ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 1'000 francs est allouée à chacun des intimés à titre de dépens, à la charge du canton de Neuchâtel.
4.
Le présent arrêt est communiqué au Ministère public, Parquet régional de Neuchâtel, aux mandataires des intimés, au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale, à C._ et à E._.
Lausanne, le 7 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
La Greffière : Tornay Schaller