Fatti:
A.
Il 17 dicembre 2012 il Consiglio comunale di X._ ha adottato una variante del piano regolatore approvato nel 1997, che prevede l'istituzione di una nuova zona artigianale in località Y._, attribuita attualmente al territorio senza destinazione specifica. La nuova zona, composta di pochi fondi, è staccata dal comprensorio edificabile e ha una superficie di 3'650 m2. Essa comprende un isolato triangolare occupato prevalentemente da A._SA (2'264 m2). Scopo della variante è di permettere il trasferimento della carrozzeria A._SA nel comparto, liberando i terreni da essa occupati in zona residenziale e di consolidare le attività che vi vengono già svolte.
B.
Con risoluzione del 30 aprile 2014 il Consiglio di Stato ha negato l'approvazione della variante. Adito da A._SA e dal Comune di X._, con giudizio del 12 ottobre 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto i ricorsi, ritenendo che nuovi azzonamenti possono essere approvati soltanto se viene dezonata almeno la stessa superficie, ciò che non è avvenuto in concreto.
C.
Avverso questa decisione A._SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare l'incarto alla Corte cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi, subordinatamente di approvare la variante di piano regolatore.
Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente, proprietaria di fondi oggetto della variante pianificatoria, è data giusta l'<ref-law>.
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Esigenze più severe valgono quando il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali e di disposizioni di diritto cantonale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.7.2 pag. 106; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 41).
2.
2.1. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 15 e 38a LPT (RS 700), nonché il divieto dell'arbitrio (<ref-law>), sostenendo che di fatto in quella località una zona artigianale esiste da decenni.
2.2. L'art. 38a LPT disciplina il regime transitorio della modifica della LPT del 15 giugno 2012, entrata in vigore il 1° maggio 2014 (RU 2014 899). Questa disposizione prevede che i Cantoni adattano i propri piani direttori ai requisiti di cui agli art. 8 e 8a cpv. 1 LPT entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica (cpv. 1). Fino all'approvazione dell'adattamento del piano direttore da parte del Consiglio federale non è consentito al Cantone interessato aumentare la superficie complessiva delle zone edificabili delimitate con decisione passata in giudicato (cpv. 2).
Questa norma è concretata dall'<ref-law> (RS 700.1), secondo cui se al momento dell'entrata in vigore della modifica del 2 aprile 2014 è pendente un ricorso contro la decisione dell'autorità cantonale secondo l'articolo 26 LPT concernente l'approvazione di un azzonamento, l'articolo 38a capoverso 2 LPT non si applica all'azzonamento quando il ricorso non porta né ad un riesame né ad una correzione materiale parziale della decisione di approvazione oppure se è stato intentato in modo temerario (cpv. 1). Durante il periodo transitorio di cui all'articolo 38a capoverso 2 LPT, possono essere approvati azzonamenti soltanto se dall'entrata in vigore di detta disposizione (ossia dal 1° maggio 2014) nel Cantone viene dezonata almeno la stessa superficie oppure il dezonamento è effettuato nel quadro della stessa decisione (cpv. 2 lett. a; su queste disposizioni transitorie vedi <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2 e 3; sentenze 1C_365/2015 del 9 dicembre 2015 consid. 4, 1C_386/2015 dell'8 dicembre 2015 consid. 2.2, 1C_490/2014 del 27 ottobre 2015 consid. 3.1 e 1C_612/2014 del 26 agosto 2015 consid. 2 in: ZBl 116/2015 pag. 607 segg.). Il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che l'art. 38a cpv. 2 LPT risponde a un interesse pubblico preponderante e dev'essere applicato immediatamente anche alle cause pendenti dinanzi alle autorità cantonali di ultima istanza, di massima a prescindere dalla formulazione poco chiara dell'<ref-law> (DTF <ref-ruling> consid. 2 e 3).
2.3. In concreto il Tribunale cantonale amministrativo ha rettamente applicato sia l'art. 38a cpv. 2 LPT, ciò che la ricorrente peraltro non contesta, sia l'<ref-law> regolante il regime transitorio i cui contenuti sono già stati esposti. Non si è espresso sull'applicazione delle eccezioni previste dall'art. 52a cpv. 2 lett. b e c OPT, ritenendo implicitamente, a ragione, che in concreto non si è manifestamente in presenza di siffatti casi, ciò che del resto la ricorrente non pretende.
3.
3.1. I giudici cantonali ne hanno concluso che l'istituzione della nuova zona artigianale, costituente un nuovo azzonamento, dev'essere compensata con un dezonamento di superficie equivalente. Non hanno condiviso la tesi dell'insorgente secondo cui non si sarebbe in presenza di un vero e proprio azzonamento, ma piuttosto di un consolidamento della situazione esistente. Hanno ritenuto determinante la circostanza che la zona in esame non è mai stata assegnata al comprensorio edificabile e dal piano regolatore in vigore è attribuita al territorio senza destinazione specifica. Hanno accertato che la variante litigiosa non affronta l'aspetto della compensazione dell'ampliamento della zona edificabile, né risulta ch'esso sarebbe interamente compensato da un dezonamento. Ha inoltre stabilito, richiamando la sentenza 1C_197/2015 del 2 febbraio 2016 consid. 2.5 e 2.6, che non occorreva esaminare se l'azzonamento è conforme all'art. 15 vLPT, poiché la variante comporta un ampliamento della zona edificabile contrario all'art. 38a cpv. 2 LPT (al riguardo vedi anche sentenze 1C_488/2014 e 1C_490/2014 del 27 ottobre 2015).
3.2. La ricorrente non si confronta, non se non in maniera del tutto generica e quindi largamente lesiva delle esigenze di motivazione (<ref-law>), con questi argomenti, limitandosi a rilevare che nel comparto in esame è ubicata la sua officina meccanica, nella quale esercita da quasi mezzo secolo la sua attività. Rileva che il piano regolatore approvato nel 1982 non prevedeva una zona artigianale in località Y._, sebbene, al suo dire, essa esistesse già "di fatto" e che il Consiglio di Stato non ha poi approvato la variante 1996/1997, che prevedeva l'istituzione di una nuova zona artigianale, poiché troppo estesa. In seguito, il comparto è stato attribuito alla zona senza destinazione specifica, nell'ipotesi, poi abbandonata, della creazione di una superficie da destinare a un campo da golf. La ricorrente ne deduce, in maniera invero difficilmente comprensibile, che pertanto in applicazione dell'art. 15v LPT tale area avrebbe dovuto essere riconosciuta di appartenenza alla zona edificabile, trattandosi di una zona interamente edificata. Aggiunge che il Dipartimento del territorio si sarebbe espresso in termini sostanzialmente possibilisti riguardo a una soluzione che tenesse conto di un utilizzo del comparto conforme alla situazione esistente. Sostiene poi che lo stato di fatto oggettivo di questa zona precluderebbe qualsiasi ipotesi di un ricupero agricolo dei relativi fondi. Questi accenni sono chiaramente ininfluenti ai fini del giudizio, poiché, ciò che è decisivo, come rettamente accertato dalla Corte cantonale il comparto in esame non è attribuito a nessuna zona edificabile, ma al territorio senza destinazione specifica. Insistendo sul fatto che questa area avrebbe da tempo dovuto essere attribuita alla zona edificabile, la ricorrente disattende che determinante è la circostanza che giuridicamente ciò non è avvenuto. Limitandosi ad addurre che, vista la collaborazione tra il Comune e il Cantone per trovare una soluzione pianificatoria del comparto, la risoluzione governativa sarebbe sorprendente e incomprensibile, la ricorrente non si confronta con la decisione impugnata, unico oggetto del litigio (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF).
3.3. La ricorrente adduce poi che la vertenza in esame sarebbe differente dalla fattispecie posta a fondamento della DTF <ref-ruling>, poiché in quella causa il comparto sarebbe stato libero da costruzioni e non urbanizzato, mentre in concreto l'azzonamento tenderebbe soltanto a codificare una situazione di fatto acquisita da oltre quarant'anni. L'assunto manifestamente non regge, ritenuto che lo scopo perseguito dall'art. 38a cpv. 2 LPT corrisponde a un interesse pubblico importante e che anche nella controversia in discussione, come nella citata causa, si è in presenza di un notorio sovradimensionamento delle zone edificabili (DTF <ref-ruling> consid. 3 pag. 399) : un loro ulteriore ampliamento non può quindi essere legittimato. Chiaramente non si è pertanto in presenza dell'asserita violazione dell'art. 15 e 38a LPT.
4.
4.1. La Corte cantonale ha aggiunto che la decisione governativa è corretta anche sotto il profilo materiale. Rilevato come in concreto parrebbe tutt'altro che scontato che la prevista pianificazione corrisponda effettivamente all'interesse pubblico, alla sua modifica si oppone comunque il principio di proporzionalità. Ciò poiché la variante in discussione prevede di istituire una zona artigianale destinata all'insediamento di attività di produzione artigianale e industriale leggere e poco moleste, nonché di depositi coperti e non di attività commerciali e di servizio, quali sono quelle prevalentemente svolte dall'insorgente.
4.2. Al riguardo la ricorrente si limita ad affermare che non si comprenderebbe sulla base di quali accertamenti la Corte cantonale giunge a tale conclusione, poiché la sua attività sarebbe artigianale, comportante l'esercizio di un'officina meccanica e accessoriamente la vendita di autoveicoli nuovi e d'occasione. La critica, comunque non decisiva riguardo alla corretta applicazione dell'art. 38a LPT da parte della Corte cantonale, non regge, in quanto la ricorrente precisa che sul comparto in esame insistono un'esposizione per veicoli e spazi per uffici, completati negli anni '90 con la creazione di un'esposizione esterna, l'ampliamento di un autolavaggio, oltre a suo tempo di una stazione di benzina. Non si è pertanto in presenza di un accertamento dei fatti addirittura insostenibile e quindi arbitrario (<ref-law> e art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), visto che le attività della ricorrente non perseguono in prevalenza una produzione artigianale o industriale.
5.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.