Faits :
A.
La société C._ SA (ci-après: la banque C._) est propriétaire de la parcelle n° 5'601 du registre foncier de la commune de Genève-Cité, sise en première zone de construction dans le secteur 1 du plan d'utilisation du sol adopté par règlement du Conseil municipal de la Ville de Genève du 20 février 2007 et approuvé par le Conseil d'État genevois le 27 février 2008. Ce bien-fonds, situé au 5 Quai de l'Ile, se trouve dans le quartier de l'Ile, localisé au milieu du Rhône.
Le 16 avril 2013, la banque C._ a déposé, auprès du Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (devenu le Département de l'urbanisme, ensuite le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après : le DALE ou le Département]) une demande définitive d'autorisation de construire portant sur la transformation et la surélévation de l'immeuble de bureaux dont elle est propriétaire sur la parcelle n° 5'601, ainsi que sur la pose de panneaux photovoltaïques et d'une double peau vitrée sur la façade sud pour la production d'électricité.
A la suite de projets remaniés - présentés les 19 juillet, 29 octobre et 17 décembre 2013 -, la Commission d'architecture a renouvelé sa demande de modification ou de compléments respectivement les 20 août, 29 octobre 2013 et 21 janvier 2014. Le 18 mars 2014, la Commission d'architecture a émis un préavis favorable au cinquième projet présenté le 25 février 2014, sous condition de lui remettre un prototype d'un module entier de façade avec les teintes et matériaux avant commande. Elle a aussi donné son accord à une dérogation aux dispositions sur les constructions.
Par décision du 12 août 2014, le DALE a délivré l'autorisation de construire sollicitée sur la base du cinquième projet du 25 février 2014, dont les plans ont été visés ne varietur le 5 août 2014, sous réserve des conditions particulières de l'autorisation. Il a aussi accordé la dérogation aux dispositions sur les constructions.
B.
A._ SA et B._, propriétaires d'une parcelle voisine, ainsi que l'association D._ ont chacun interjeté recours contre l'autorisation précitée auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI). Après avoir tenu une audience de comparution personnelle des parties et d'enquêtes, le Tribunal administratif de première instance a joint les causes et rejeté le recours, par jugement du 10 juin 2016.
Tant D._ que A._ SA et B._ ont recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre le jugement précité. Par arrêt du 11 avril 2017, la Cour de justice a rejeté les recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA et B._ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 11 avril 2017 et l'autorisation de construire du 12 août 2014. Ils concluent subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Cour de justice renonce à se déterminer et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département et la banque C._ concluent au rejet du recours. Les recourants ont répliqué par courrier du 28 août 2017.
D.
Par ordonnance du 20 juin 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont participé à la procédure devant l'instance précédente. En tant que propriétaires d'une parcelle directement voisine du projet, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué confirmant l'octroi d'un permis de construire pour un projet de construction qu'ils tiennent en particulier pour non conforme au règlement communal. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Ils ont dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Dans un grief d'ordre formel, les recourants se plaignent d'une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) sous deux angles différents.
2.1. Les recourants font d'abord valoir un défaut de motivation de l'arrêt attaqué.
2.1.1. Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236).
2.1.2. En l'espèce, les recourants font d'abord grief à l'instance précédente d'avoir répondu "de manière brève et expéditive" à leur argumentation relative à la violation de l'art. 14 al. 9 de la loi genevoise sur l'énergie du 18 septembre 1986 (LEn; RS/GE L 2 30). Or, la lecture de l'arrêt attaqué permet de comprendre sans difficulté les motifs qui ont fondé la réponse de la cour cantonale à ce grief (voir infra consid. 3.2). La motivation de la Cour de justice n'a d'ailleurs pas échappé aux recourants, qui sont précisément à même d'attaquer l'arrêt sur ce point. Dans la mesure où les recourants critiquent la pertinence de ces motifs, ils soulèvent une question de fond qui sera examinée ci-après.
Les recourants reprochent aussi à la cour cantonale de ne pas avoir expliqué en quoi l'octroi d'une dérogation pour dépassement du gabarit ne violait pas l'art. 11 al. 4 let. a de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE L 5 05). La Cour de justice a toutefois constaté que la Commission d'architecture, instance de préavis compétente en la matière, avait identifié dès le début de l'instruction la nécessité d'une dérogation au sens de l'art. 11 al. 4 LCI. Elle a ajouté que le fait d'avoir requis à plusieurs reprises des modifications du projet démontrait que les conditions d'octroi de la dérogation avaient été examinées avec diligence. Cette motivation, si elle ne répond pas à l'ensemble des objections soulevées par les recourants, a permis néanmoins à ceux-ci de comprendre pourquoi leur grief était rejeté et de l'attaquer en toute connaissance de cause (voir infra consid. 3.4). Cela est suffisant, sous l'angle du droit d'être entendu.
Les recourants soutiennent encore que la Cour de justice aurait ignoré leur grief tiré du dépassement de gabarit sur la façade côté quai de l'Île et aurait confondu ce grief avec celui du dépassement de gabarit sur cour. A nouveau, les recourants ne peuvent être suivis dans la mesure où l'arrêt attaqué précise que "le dépassement du gabarit légal sur la façade de l'immeuble donnant sur le quai de l'Île figure sur les plans du 18 février 2014 examinés et validés par la Commission d'architecture le 18 mars 2014".
Enfin, selon les recourants, le grief relatif au dépassement de gabarit des brise-vue a été rejeté de manière particulièrement brève par la cour cantonale. Or la cour cantonale a motivé son arrêt en faisant siens les arguments du Département. Cette manière de procéder ne viole pas le droit d'être entendu des recourants, ce d'autant moins que ceux-ci ont pu contester cette argumentation dans leur recours (cf. infra consid. 3.4.2).
2.2. Les recourants reprochent ensuite à la cour cantonale d'avoir confirmé le refus du Tribunal administratif de première instance d'ordonner une expertise sur l'ampleur de la surface de référence énergétique du bâtiment en cause.
2.2.1. Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées). Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 99 et les références citées).
2.2.2. En l'occurrence, la cour cantonale a jugé que l'ampleur de la surface de référence énergétique (SRE) était disponible dans le dossier et avait été calculée par l'Office cantonal de l'énergie (voir infra consid. 3.3). Elle a de plus expliqué que la différence entre la SRE évoquée par le Département et celle citée par l'intimée s'expliquait par la mise à jour du rapport élaboré par E._ et ne résultait pas d'une imprécision.
Ainsi, procédant à une appréciation anticipée des preuves, la cour cantonale n'a pas violé le droit d'être entendu des recourants en écartant cette demande d'expertise.
3.
Sur le fond, les recourants se plaignent d'une application arbitraire de différentes dispositions du droit cantonal.
3.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 177 et les références citées).
Les griefs de violation de dispositions cantonales sont soumis à des exigences de motivation accrue (<ref-law>); il appartient dans ce contexte à la partie recourante de citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et de démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
3.2. Les recourants font d'abord grief à la Cour de justice d'avoir admis que la vérification du respect des standards énergétiques aura lieu postérieurement à l'octroi de l'autorisation de construire, en application de l'art. 33 al. 4 du règlement d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI; RS/GE L 5 05.01). Ils estiment que cette solution n'est pas conforme à l'art. 14 al. 9 LEn.
Ils se prévalent à cet égard d'une violation du principe de la légalité. Or, le principe de la légalité, consacré à l'art. 5 al. 1 Cst., n'est pas un droit constitutionnel du citoyen. Il s'agit d'un principe constitutionnel qui ne peut pas être invoqué en tant que tel, mais seulement en relation avec la violation, notamment, du principe de la séparation des pouvoirs, de l'égalité, de l'interdiction de l'arbitraire ou la violation d'un droit fondamental spécial (<ref-ruling> consid. 2.1). Ce grief relève en réalité de l'application arbitraire du droit cantonal.
3.2.1. A teneur de l'art. 33 al. 4 RCI, au moins 30 jours avant l'ouverture d'un chantier ayant pour objet une nouvelle construction ou l'extension d'un bâtiment existant, un dossier énergétique complet, incluant le formulaire relatif à la performance énergétique de cette dernière et ses annexes, est remis au département chargé de l'énergie pour validation.
L'art. 14 al. 9 LEn prévoit que les autorités compétentes subordonnent la délivrance de l'autorisation de construire [...] au respect des normes légales et réglementaires visées à l'alinéa 1. Cet alinéa 1 précise que le règlement fixe les prescriptions et les standards énergétiques applicables notamment en matière d'isolation thermique et de protection thermique estivale, de préparation d'eau chaude sanitaire, d'aération, d'éclairage, de chauffage et de climatisation ainsi que d'indice de dépense d'énergie.
3.2.2. En l'occurrence, l'autorisation de construire a été délivrée à la condition notamment que les conditions prévues dans le préavis de l'Office cantonal de l'énergie du 16 juillet 2013 soient respectées. Or ce préavis impose le respect des prescriptions et standards énergétiques applicables et les énumère. Il prévoit en outre que les pièces énergétiques (notamment la preuve calculée du respect d'un standard de haute performance énergétique) soient remises à l'Office cantonal de l'énergie au plus tard 30 jours avant le début des travaux. Il précise enfin que la mise en oeuvre de ces conditions pourra être contrôlée en cours de chantier.
Cette manière de procéder est conforme tant à l'art. 14 al. 9 LEn qu'à l'art. 33 al. 4 RCI. En effet, d'une part, l'autorisation de construire litigieuse impose le respect des prescriptions et des standards énergétiques applicables; d'autre part, elle impose la remise des pièces énergétiques à l'Office cantonal de l'énergie 30 jours avant le début des travaux. Il n'est pas insoutenable de distinguer entre la remise du dossier énergétique au stade de l'autorisation de construire et la remise de la preuve calculée du respect d'un standard de haute performance énergétique au plus tard 30 jours avant le début du chantier. La Cour de justice n'a ainsi pas appliqué arbitrairement l'art. 33 al. 4 RCI, lequel ne déroge pas à l'art. 14 al. 9 LEn mais le précise.
3.3. Les recourants dénoncent ensuite une application arbitraire de l'art. 15 al. 7 et 8 LEn. Ils reprochent à l'instance précédente d'avoir confirmé à tort que l'intimée n'avait pas l'obligation d'élaborer un concept énergétique du bâtiment et que le standard de haute performance énergétique était respecté.
3.3.1. Selon l'art. 15 al. 7 LEn, tout projet de construction ou de rénovation de bâtiments d'importance fait l'objet d'un concept énergétique. Le règlement d'application de la loi sur l'énergie du 31 août 1988 (REn; RS/GE L 2 30.01) fixe la surface de référence énergétique (SRE) d'un bâtiment et/ou la puissance énergétique de ses installations à partir desquelles ce dernier est considéré d'importance (art. 15 al. 8 LEn). Ainsi, selon l'art. 13B al. 1 REn, sont d'importance les bâtiments dont la SRE est supérieure à 3'000 m 2 pour les bâtiments destinés au logement (let. a), 2'000 m 2 pour les bâtiments destinés à d'autres affectations (let. b).
La cour cantonale a considéré que le bâtiment en cause était destiné à une activité commerciale. Elle s'est référée au préavis de l'Office cantonal de l'énergie selon lequel, comme la SRE en cause était inférieure à 2'000 m2, l'intimée n'était pas soumise à l'obligation de présenter un concept énergique au sens de la disposition précitée; de plus, les données chiffrées figurant au dossier, notamment dans la demande d'autorisation de construire et dans les bilans thermiques de E._ des 4 avril 2013 et 12 novembre 2014, corroboraient cette appréciation. L'instance précédente a encore ajouté que la surface de 2'162 m2 alléguée par les recourants correspondait aux surfaces brutes de plancher du bâtiment en cause après surélévation et ne pouvait pas être retenue comme SRE à prendre en considération; en revanche, la SRE de 1'951,3 m2 qui n'est pas contestée par l'Office cantonal de l'énergie était conforme aux données figurant au dossier.
3.3.2. Les recourants se bornent à réaffirmer, sans le démontrer, que ni l'Office cantonal de l'énergie, ni le TAPI se prononcent sur l'ampleur de la surface de référence énergétique. Ils perdent cependant de vue que lors de son audition par le TAPI un adjoint scientifique auprès de l'Office cantonal de l'énergie a indiqué que les surfaces de références énergétiques - y compris celles créées par la surélévation - n'atteignaient pas les 2'000 m 2 prévus par le REn (voir procès-verbal d'audience du TAPI du 3 septembre 2015, p. 2).
Pour le reste, les recourants se contentent de faire valoir à nouveau que l'obligation de fournir un concept énergétique a été violée dans la mesure où le bilan thermique du bureau E._ ne peut être considérée comme répondant à la définition du concept énergétique du bâtiment au sens de la LEn. Cette critique manque de pertinence dans la mesure où les intéressés ne sont pas parvenus à démontrer que l'intimée avait l'obligation de fournir un tel concept énergétique.
3.4. Les recourants soulignent ensuite que le projet les priverait de leur vue sur la Rade et sur le jet d'eau. Ils font valoir une application insoutenable de l'art. 11 LCI, qui traite des gabarits des constructions.
3.4.1. Aux termes de l'art. 11 al. 4 LCI, le département peut, après consultation de la Commission d'architecture, autoriser un dépassement du gabarit prescrit par la loi lorsque les constructions prévues sont édifiées sur des terrains dont la surface libre est suffisante pour préserver les voisins des inconvénients que pourrait impliquer le supplément de hauteur (let. a), n'excèdent pas l'indice d'utilisation du sol qui résulterait de la stricte application de la loi (let. b), ne nuisent pas à l'harmonie de la silhouette de l'agglomération ni à la perception de sa topographie (let. c), se justifient par leur aspect esthétique et leur destination et sont compatibles avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier (let. d). Afin de permettre des solutions architecturales particulières et améliorer l'insertion dans le site, le département peut, après consultation de la Commission d'architecture, autoriser l'application de gabarits différents sur les faces d'une construction (art. 11 al. 6 LCI).
En première zone de construction, les bâtiments ne doivent en aucun cas dépasser un gabarit limité par un alignement et une ligne verticale de façade dont la hauteur est définie à l'art. 19 LCI, le même gabarit devant être appliqué à toutes les faces d'une construction, à l'exception des murs en attente (art. 18 LCI). À front ou en retrait des voies publiques ou privées, la hauteur du gabarit ne peut dépasser de plus de trois mètres les cinq quarts de la distance fixée entre alignements (art. 19 al. 1 LCI). Selon l'art. 19 al. 2 LCI, la hauteur du gabarit est calculée, par rapport aux limites de propriétés privées, conformément aux dispositions de l'art. 21 LCI. En outre, la hauteur de la ligne verticale du gabarit ne peut dépasser nulle part 24 m, sous réserve, en particulier, d'une dérogation au sens de l'art. 11 LCI (art. 19 al. 3 LCI). Lorsqu'en bordure des voies publiques et privées la distance entre alignements est inférieure à douze mètres, la hauteur du gabarit ne peut dépasser plus de 3 m les cinq tiers de cette distance; cette hauteur ne peut en aucun cas dépasser 18 m (art. 19 al. 4 LCI).
3.4.2. En l'espèce, s'agissant du dépassement du gabarit sur cour (asymétrie des gabarits des façades), les recourants font valoir que la dérogation n'a pas été motivée.
Ils ne peuvent être suivis. En effet, après avoir relevé que selon la jurisprudence cantonale, un préavis favorable n'avait en principe pas besoin d'être motivé - sauf lorsqu'une augmentation de la hauteur du gabarit légal était trop importante -, la Cour de justice s'est référée au préavis du 25 février 2014 de l'inspection de la construction, selon lequel le gabarit du bâtiment dépassait "très légèrement". La cour cantonale a ensuite constaté que la Commission d'architecture, instance de préavis compétente en la matière, avait identifié dès le début de l'instruction la nécessité d'une dérogation au sens de l'art. 11 al. 4 LCI. Elle a ajouté que le fait que la Commission d'architecture avait requis à plusieurs reprises des modifications du projet démontrait que les conditions d'octroi de la dérogation dans le préavis du 18 mars 2014 avaient été examinées avec diligence, en particulier quant à l'intégration de la surélévation autorisée dans l'ensemble des bâtiments érigés sur l'Ile: les demandes de modification et de compléments qu'elle avait requises montraient qu'elle avait examiné les conditions de l'octroi de la dérogation aux gabarits légaux sur rue et leur éventuelle asymétrie avec l'ensemble des bâtiments en jeu.
Cette argumentation, dont les recourants ne parviennent pas à démontrer l'arbitraire, vaut aussi pour le dépassement des gabarits sur la façade côté quai de l'Ile. La Cour de justice a d'ailleurs précisé à cet égard que le dépassement du gabarit légal sur la façade de l'immeuble donnant sur le quai de l'Ile figurait sur les plans de l'intimée du 18 février 2014 examinés et validés par la Commission d'architecture le 18 mars 2014.
Quant au fait que la surélévation privera l'appartement au dernier étage de l'immeuble voisin de la vue sur la Rade et sur le jet d'eau, il ressort de la jurisprudence qu'il n'est pas arbitraire d'interpréter l'art. 11 al. 4 LCI en se sens que la lettre a ne s'applique pas aux projets de surélévation de constructions existantes et de subordonner, dans cette hypothèse, l'octroi d'une dérogation aux prescriptions relatives aux gabarits aux seules conditions posées aux lettres b à d de l'art. 11 LCI (cf. arrêts 1C_362/2011 du 14 février 2012 consid. 6.1 et 1C_61/2011 du 4 mai 2011 consid. 9).
Enfin, en ce qui concerne le dépassement du gabarit légal par les brise-vue, les recourants avancent que l'octroi de la dérogation n'a pas pu être examinée par la Commission d'architecture au motif que ceux-ci ne figurent pas sur les plans. Ils perdent cependant de vue que l'installation des brise-vue constitue une condition à laquelle a été subordonnée l'autorisation de construire, raison pour laquelle ils ne sont pas représentés sur les plans. De plus, alors qu'il leur incombait de le faire, ils ne répondent pas à l'argumentation de la cour cantonale qui a expliqué pourquoi les brise-vue n'avaient pas à être pris en compte dans le calcul du gabarit légal et pourquoi aucune dérogation au sens de l'art. 11 LCI n'était nécessaire pour leur installation.
3.5. Les recourants font enfin valoir une application arbitraire de l'art. 7 du règlement relatif aux plans d'utilisation du sol de la Ville de Genève approuvé par le Conseil d'Etat genevois le 27 février 2008 (RPUS), dans la mesure où 50 % des surfaces brutes de plancher (SBP) supplémentaires consécutives à la surélévation auraient dû être affectées au logement.
3.5.1. En vertu de l'art. 7 al. 1 RPUS, les surfaces brutes de plancher supplémentaires doivent être affectées au logement à raison de 50 % au moins dans le premier secteur. S'il s'agit d'un bâtiment entièrement affecté à des activités, les taux ne sont applicables que si les surfaces brutes destinées au logement représentent, après l'opération, au minimum 10 % des surfaces brutes de l'immeuble.
Aux termes de l'art. 8 RPUS, lorsque des travaux de surélévation ou d'aménagement de combles concernent un bâtiment d'habitation, les surfaces brutes de plancher supplémentaires doivent être affectées au logement (al. 1), alors que l'affectation des autres types de bâtiments est soumise aux art. 6 et 7, sous réserve d'incompatibilité de ces logements avec la conception du bâtiment (al. 2).
3.5.2. En l'espèce, la cour cantonale a rappelé que l'immeuble de l'intimée n'était pas un bâtiment d'habitation, mais d'activités, qui ne comprenait pas de logement. Elle en a déduit que l'obligation d'affecter la moitié des SBP nouvelles au logement ne devrait s'appliquer que si les surfaces brutes qui y sont destinées représentent 10 % des surfaces brutes de l'immeuble: or la surélévation autorisée entraîne une augmentation de la SBP de 1'754 m 2 à 2'162 m 2, représentant un accroissement de 408 m 2; la moitié des surfaces supplémentaires, 204 m 2, représente 9.4 % des 2'162 m 2 de SBP après surélévation.
La Cour de justice a encore souligné que le calcul des recourants qui estiment que la moitié des SBP supplémentaires après surélévation, soit 204 m 2, représente 10.5 % de la surface totale de l'immeuble en jeu après travaux est erroné dans la mesure où il exclut une partie du sous-sol du bâtiment en cause, comprenant les locaux techniques, les caves, une salle des coffres et des locaux d'archives, non affectés au travail. De plus, la cour cantonale a ajouté que, compte tenu de l'affectation commerciale du bâtiment, exclusivement destinée à l'exploitation d'une banque, l'affectation des 204 m 2 au logement serait incompatible avec la conception de l'immeuble de l'intimée; il serait aussi disproportionné d'exiger de celle-ci de procéder à des mesures de sécurité complémentaires et des adaptations architecturales aux fins d'une affectation de cette partie au logement qu'elle ne souhaite pas.
Face à ce raisonnement, les recourants, se fondant sur l'art. 4 RPUS, se contentent de maintenir leur position, sans démontrer en quoi la position des juges cantonaux ne serait pas soutenable. Or il ne paraît pas arbitraire au sens de la jurisprudence susmentionnée de considérer que des locaux d'archives et la salle des coffres constituent des surfaces utilisées pour le travail. Le grief d'application arbitraire de l'art. 7 RPUS tombe donc à faux.
3.5.3. En définitive, les critiques des recourants ne sont pas de nature à démontrer le caractère manifestement insoutenable de l'argumentation développée par la Cour de justice.
4.
Il s'ensuit que le recours est rejeté, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Ceux-ci verseront en outre une indemnité de dépens à la société intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>). Le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles n'a en revanche pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3.
Les recourants verseront à la société intimée la somme de 3'500 francs à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et l'intimée, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, et au Patrimoine Suisse Genève, Genève.
Lausanne, le 6 décembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Tornay Schaller