Sachverhalt:
A.
A._ ist Alleineigentümer und jeweils einziges Verwaltungsratsmitglied der X._ AG mit Sitz in U._sowie der Y._ AG mit Sitz in V._. Die X._ AG wurde am 10. März 2000 im Handelsregister des Kantons Schwyz eingetragen. Sie erbringt gemäss ihrer Zweckbestimmung im In- und Ausland die mobile und stationäre moderne Waren- und Behälterreinigung sowie der Bestandteile und Ergänzungen und sämtliche Serviceleistungen und Handels-, Beratungs- und Logistikdienstleistungen. Sie verfügt über ein Aktienkapital von Fr. 100'000.--. Die Y._ AG wurde am 13. Dezember 2006 im Handelsregister des Kantons Schwyz eingetragen. Sie bezweckt die Erbringung von Dienstleistung, insbesondere im Bereich der Reinigung von Mehrwegverpackungen und der Verpackungslogistik sowie Logistik im Allgemeinen; Beratung, Handel, Import und Export in diesen Bereichen und Entwicklung und Vergabe von Lizenzen. Sie verfügt ebenfalls über ein Aktienkapital von Fr. 100'000.--. Vom 29. Dezember 2006 datiert eine Marketing-, Know-How-, Lizenz- und Kooperationsvereinbarung zwischen der X._ AG und Y._ AG, womit die X._ AG der Y._ AG insbesondere die "tatkräftige Unterstützung in den Bereichen Marketing, Verkauf, Entwicklung, Controlling, Qualitätssicherung und Umweltmanagement" garantiert. Zudem gewährte die X._ AG der Y._ AG seit der Gründung verschiedene Darlehen. Am 24. April 2009 unterzeichneten die X._ AG und die Y._ AG eine Rangrücktrittsvereinbarung. Da die Bilanz der Y._ AG per 31. Dezember 2008 eine Überschuldung auswies, wurde mit dieser Massnahme bezweckt, dass nicht gemäss <ref-law> der Richter zu benachrichtigen war.
B.
Mit Veranlagungsverfügung für das Jahr 2009 vom 22. Januar 2013 schätzte die kantonale Steuerverwaltung/Verwaltung für die direkte Bundessteuer (nachfolgend: Steuerverwaltung) A._ bei der direkten Bundessteuer mit einem steuerbaren (und satzbestimmenden) Einkommen von Fr. 697'400.-- und bei den kantonalen Steuern mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 880'300.-- (satzbestimmend Fr. 980'300; Fr. 100'000.-- privilegiert besteuert nach alt § 36 Abs. 2a StG des Steuergesetzes des Kantons Schwyz vom 9. Februar 2000 [StG/SZ, SRSZ 172.200] [in Kraft bis 31. Dezember 2014]) sowie einem steuerbaren Vermögen von Fr. 1'162'000.-- ein. In Abweichung von der Steuererklärung wurde eine geldwerte Leistung der X._ AG von Fr. 627'618.-- aufgerechnet.
C.
Die kantonale Steuerverwaltung wies die Einsprache von A._ mit Entscheid vom 10. November 2014 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hiess die dagegen gerichtete Beschwerde am 14. April 2016 teilweise gut. Es reduzierte die Aufrechnung des geldwerten Vorteils von Fr. 627'618.-- auf Fr. 350'000.-- und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur Neuveranlagung an die Vorinstanzen zurück.
D.
A._ legt mit Eingabe vom 17. Mai 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts Schwyz sei aufzuheben und stattdessen sei er ohne Aufrechnung eines geldwerten Vorteils für die kantonale Einkommens- und Vermögenssteuer 2009 mit einem steuerbaren und satzbestimmenden Einkommen von Fr. 352'700.-- (davon Fr. 100'000.-- privilegiert) und für die direkte Bundessteuer mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 360'800.-- neu zu veranlagen. Die Steuerausscheidung sei von Amtes wegen vorzunehmen. Die Verfahrenskosten seien wie folgt neu zu verlegen: Die Kosten des (kantonalen) Einspracheverfahrens von Fr. 1'150.-- seien vollumfänglich dem Kanton Schwyz aufzuerlegen. Der Kanton Schwyz sei zu verpflichten, dem Beschwerdeführer eine volle Parteientschädigung für das kantonale Beschwerdeverfahren auszurichten. Die Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens von Fr. 3'000.-- seien dem Kanton Schwyz aufzuerlegen. Der Kanton Schwyz sei zu verpflichten, dem Beschwerdeführer eine volle Parteientschädigung für das verwaltungsgerichtliche Verfahren zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Vornahme der Steuerausscheidung und Neuveranlagung sowie Verteilung der Kosten und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Steuerverwaltung stellt den Antrag, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (nachfolgend: ESTV) beantragt die Abweisung der Beschwerde bezüglich die direkte Bundessteuer 2009, verzichtet hingegen auf die Stellung eines Antrags betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2009.

Erwägungen:
I. Formelles
1.
Die Vorinstanz hat ein einziges Urteil für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer erlassen, was zulässig ist, soweit die zu entscheidende Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 262 f.). Unter diesen Umständen ist dem Beschwerdeführer nicht vorzuwerfen, nicht zwei getrennte Beschwerden eingereicht zu haben. Aus seiner Eingabe geht deutlich hervor, dass sie beide Steuerarten betrifft (<ref-ruling> E. 1.3.3 S. 264; Urteil 2C_164/2013, 2C_165/2013 vom 28. März 2014 E. 1.1 nicht publ. in: <ref-ruling>). Das Bundesgericht hat hier für die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_443/2016) und die direkte Bundessteuer (2C_444/2016) getrennte Dossiers angelegt. Da beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde ist in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [SR 279]; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen einen (End-) Entscheid einer letzten oberen kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, soweit kein Ausschlussgrund vorliegt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]). Angefochten ist vorliegend ein Rückweisungsentscheid. Bei solchen handelt es sich um Endentscheide, wenn wie hier der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur der (rechnerischen) Umsetzung der oberinstanzlichen Anordnungen dient (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
2.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen im Wesentlichen auf Willkür, und gelten die erhöhten Rügeanforderungen des <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
II. Direkte Bundessteuer
3.
Gemäss <ref-law> sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen insbesondere steuerbar Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art.
3.1. Zu den geldwerten Vorteilen zählen unter anderem auch die so genannten "verdeckten Gewinnausschüttungen". Es handelt sich dabei um Leistungen der Gesellschaft an den Inhaber von Beteiligungsrechten (oder diesen Nahestehende), denen keine oder keine genügenden Gegenleistungen gegenüberstehen und die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht oder in wesentlich geringerem Umfang erbracht worden wären. Anzustellen ist dazu ein Drittvergleich (sog. Prinzip des "dealing at arm's length"), bei dem alle konkreten Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen sind (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 f. S. 59 f. mit umfassenden Hinweisen auf Rechtsprechung und Literatur).
3.2. Das Bundesgericht hat eine Anzahl von Kriterien entwickelt, bei deren Vorliegen ein Aktionärsdarlehen als geldwerte Leistung zu qualifizieren ist. Das ist u.a. dann der Fall, wenn das gewährte Darlehen durch den Gesellschaftszweck nicht abgedeckt oder im Rahmen der gesamten Bilanzstruktur ungewöhnlich ist (d.h. wenn das Darlehen durch die vorhandenen Mittel der Gesellschaft nicht abgedeckt werden kann oder es im Vergleich zu den übrigen Aktiven übermässig hoch erscheint und dann ein sog. Klumpenrisiko verursacht), weiter bei fehlender Bonität des Schuldners oder dann, wenn keine Sicherheiten und keine Rückzahlungsverpflichtungen bestehen, die Darlehenszinsen nicht bezahlt, sondern dem Darlehenskonto laufend belastet werden und schriftliche Vereinbarungen fehlen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 60 f.).
3.3. Bei geldwerten Leistungen zwischen Schwestergesellschaften fliesst der Vorteil an sich unmittelbar von einer Schwestergesellschaft zur anderen. Die an den Gesellschaften beteiligten Aktionäre sind mittelbar betroffen, indem der Wert der Beteiligung an der leistenden Gesellschaft abnimmt, während sich der Wert der empfangenden Gesellschaft entsprechend erhöht. Eine solche geldwerte Leistung zwischen Schwestergesellschaften fusst regelmässig auf dem gemeinsamen Beteiligungsverhältnis, weshalb sich Zuwendungen an Schwestergesellschaften als (verdeckte) Gewinnausschüttungen an die Aktionäre einerseits und als (verdeckte) Kapitaleinlagen der Aktionäre an die empfangende Gesellschaft andererseits erweisen. Dabei ist ebenfalls aufgrund eines Drittvergleichs zu untersuchen, ob die zu beurteilende Leistung im Vergleich zu üblichem Geschäftsgebaren derart ungewöhnlich ist, dass der Schluss naheliegt, sie wäre so nicht erbracht worden, wenn der Leistungsempfänger dem Anteilsinhaber nicht nahestehen würde. Der Beteiligungsinhaber ist somit auch für Zuwendungen der Gesellschaft zu besteuern, die einer von ihm beherrschten weiteren Gesellschaft zufliessen, wenn eine geschäftsmässige Begründetheit für ein solches Vorgehen fehlt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 61 f. mit Hinweisen).
3.4. Nach <ref-law> ist ein Darlehensnehmer zur Rückzahlung des Darlehens verpflichtet. Soweit der Aktionär bzw. eine weitere von ihm beherrschte Gesellschaft wie jeder aussenstehende Darlehensnehmer das von seiner (Schwester-) Gesellschaft ausgerichtete Darlehen zurückerstatten muss, fehlt es an einer unentgeltlichen Zuwendung. Anders verhält es sich dann, wenn mit der Rückzahlung des Darlehens nicht zu rechnen ist, weil ein solches nach dem Willen der Parteien nicht gewollt oder die Rückerstattung der erbrachten Leistung nicht beabsichtigt ist. Wird die äussere Form des Darlehens nur simuliert, d.h. bloss zum Schein gewählt oder gewahrt, dann handelt es sich bei der Zuwendung gar nicht wirklich um Fremdkapital, sondern um eine Kapitaleinlage bzw. einen Zuschuss. Gelegentlich werden die zur Beurteilung von Darlehen an Aktionäre im Allgemeinen entwickelten Kriterien ohne weiteres auch bei der hier wesentlichen Frage zur Anwendung gebracht, ob ein solches Darlehen simuliert ist. Diese Frage ist jedoch enger als das allgemeine Problem der Aktionärsdarlehen. Somit genügt es nicht darzulegen, dass das betreffende Darlehen zwischen einander nicht nahestehenden Dritten nicht oder aber nur unter anderen Bedingungen gewährt worden wäre. Vielmehr muss darüber hinaus aufgezeigt werden, dass aufgrund des besonderen Verhältnisses unter Nahestehenden mit der Rückzahlung des Darlehens nicht (mehr) ernstlich gerechnet werden kann (<ref-ruling> E. 5 S. 62 f. mit Hinweisen).
3.5. Ein Darlehen kann nicht bloss von Beginn weg simuliert sein, sondern es ergeben sich auch Fälle, in denen ein fehlender Rückerstattungswille nur im Nachhinein angenommen werden kann, weil die Darlehensgeberin erst in einem späteren Zeitpunkt auf ihre (bislang ernsthaft aufrechterhaltene) Forderung gegenüber dem Schuldner verzichtet. Die beiden Varianten werden in der Lehre bzw. teilweise in der Praxis mit den Begriffen der ursprünglichen und der nachträglichen Simulation bezeichnet.
3.5.1. Auch bei der Bestimmung einer allfälligen Simulation ist von dem zwischen den Beteiligten abgeschlossenen Vertrag auszugehen und die Gesamtheit der konkreten Umstände zu berücksichtigen. Je nachdem rechtfertigt es sich, besonders auf den Zeitpunkt der Darlehensgewährung abzustellen und spätere Entwicklungen nur insoweit in Betracht zu ziehen, als sie zu diesem Zeitpunkt bereits bekannt oder zumindest absehbar waren.
3.5.2. Eine Simulation muss jedoch auf klaren Indizien beruhen. Ergibt sich für den Zeitpunkt der Darlehensgewährung noch kein aussagekräftiges Bild, so hat die Steuerbehörde zuzuwarten, bis sich diese Indizien zum eindeutigen Beweis verdichtet haben. Für eine spätere Beurteilung kann wesentlich sein, dass die Darlehensschuld zumindest teilweise abgebaut wird. Umgekehrt ist je nachdem massgeblich, dass das Darlehen trotz (sehr) schwieriger Finanzverhältnisse des Schuldners noch (mehrmals) beträchtlich erhöht wird.
3.5.3. Eine erst in einem späteren Zeitpunkt als der Darlehensgewährung realisierte geldwerte Leistung liegt namentlich dann vor, wenn die Kreditgeberin im Nachhinein, um den Darlehensnehmer zu sanieren, eine vollständige Abschreibung ihrer Forderung hin- und vornimmt. In zahlreichen Fällen verdichten sich die Indizien erst dann zu einem eindeutigen Beweis, wenn der Anteilsinhaber den eindeutigen Willen äussert, die Mittel seiner Gesellschaft zu entziehen, und diese Absicht den Behörden insbesondere dadurch erkennbar wird, dass die Darlehensgeberin eben ihren bislang als gefährdete Forderung bezeichneten Kredit als wertlos geworden abschreibt. Dieser Zeitpunkt ist oft die einzige wirklich schlüssige, von aussen ersichtliche Anknüpfungsmöglichkeit, um die zu beurteilenden Rechtsgeschäfte zwischen Nahestehenden einzuschätzen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 64 f. mit Hinweisen; vgl. auch BRÜLISAUER/POLTERA, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht über die direkte Bundessteuer [DBG], Art. 1-82, N. 175 zu <ref-law>).
3.5.4. Beim fehlenden Willen zur Rückzahlung handelt es sich um ein subjektives Element, auf das nur aufgrund äusserer Umstände geschlossen werden kann. Es stellt eine steuerbegründende Tatsache dar, weshalb die Beweislast insofern bei der Steuerbehörde liegt (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 4.3 S. 158). Die Umstände der Darlehensvergabe sind dabei mit zu berücksichtigen (Urteil 2P.280/2001 vom 30. April 2002 E. 3.2.1).
4.
Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Sachverhaltsdarstellung und eine darauf beruhende Verletzung von <ref-law>. Zudem sei der Grundsatz des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt worden und die Vorinstanz habe eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen und kantonales Recht willkürlich angewendet.
4.1. Die Vorinstanz prüfte anhand der in E. 3.2 - 3.5 dargelegten Kriterien, ob die zu beurteilende Leistung im Vergleich zu üblichem Geschäftsgebaren derart ungewöhnlich ist, dass der Schluss naheliegt, sie wäre so nicht erbracht worden, wenn der Leistungsempfänger dem Anteilsinhaber nicht nahestehen würde. Sie bejahte diese Frage und stützt ihre Erkenntnis auf verschiedene Indizien ab, welche als tatsächliche Umstände für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind, solange sie sich nicht als offensichtlich unzutreffend erweisen. Bei den daraus zu ziehenden rechtlichen Schlussfolgerungen handelt es sich demgegenüber um Rechtsfragen, welche das Bundesgericht frei überprüfen kann (<ref-ruling> E. 7.2 S. 66; Urteil 2C_252/2014, 2C_257/2014 vom 12. Februar 2016 E. 3.1).
4.2. Gemäss Vorinstanz (E. 4.3 des angefochtenen Entscheids) wird in der Jahresrechnung der Y._ AG zwischen einer Kontokorrentforderung einerseits und einer Darlehensforderung andererseits differenziert. Der Beschwerdeführer habe indessen nur Kontodetails eines Kontokorrentkontos eingereicht. Das Zustandekommen der Aufteilung zwischen Kontokorrentforderung und Darlehensforderung könne nicht nachvollzogen werden. Auch die Rangrücktrittserklärung vom 29. April 2009 bringe diesbezüglich keine Klärung. Ein Darlehensvertrag sei nicht eingereicht worden. Der Rangrücktritt wird in allgemeiner Weise auf einer Forderung von Fr. 180'000.-- begründet, von einem Darlehen sei dabei nicht die Rede.
4.3. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Y._ AG bereits im Gründungsjahr 2007 bei einem Aktienkapital von Fr. 100'000.-- und einem Jahresverlust von Fr. 165'650.-- überschuldet war. Diese Überschuldung erhöhte sich in den folgen zwei Jahren auf rund Fr. 350'000.-- bzw. Fr. 440'000.-- und verblieb in den Folgejahren auf dieser Höhe. Aufgrund des Rangrücktritts der X._ AG von Fr. 180'000.-- im Jahre 2008 war das Fremdkapital durch die Aktiven knapp gedeckt. In den Folgejahren bis 2013 blieb das Fremdkapital im Umfang von rund Fr. 40'000.-- bis Fr. 50'000.-- ungedeckt. Aufgrund der bereits im Gründungsjahr prekären finanziellen Situation der Y._ AG, die sich im zweiten Jahr des Bestehens weiter verschlechterte, besteht gemäss Vorinstanz keine Überschuldung von bloss vorübergehender Natur. Eine absehbare Sanierung mit der Möglichkeit der Rückzahlung der Forderung zeichnete sich nicht ab. Es sei deshalb bereits fraglich, ob sich die Darlehensgewährung im Gründungsjahr 2007 und insbesondere im Folgejahr 2008 mit dem Ende 2008 erklärten Rangrücktritt über Fr. 180'000.-- angesichts dieser finanziellen Situation der Unternehmung aus der Optik des Drittvergleichs noch rechtfertigen lasse. Indessen könne per Ende 2008 noch nicht zwingend darauf geschlossen werden, dass die Darlehensschuldnerin nicht mehr in der Lage war oder in die Lage kommen würde, ihren Verpflichtungen nachzukommen. Dabei habe in diesem Zusammenhang auch den gesundheitlichen Problemen des Beschwerdeführers, die während dieses Zeitraums auftraten, Rechnung getragen werden dürfen. Ein ursprünglich simuliertes Darlehen habe nicht vorgelegen.
4.4. Hingegen könne nicht in Abrede gestellt werden, dass sich die Y._ AG angesichts ihrer Bilanzstruktur Ende 2008 in einer äusserst angespannten finanziellen Situation befand. Es könne ausgeschlossen werden, dass in dieser Lage ein unabhängiger Dritter der Unternehmung, die über keine nennenswerten Sicherheiten verfügte, weitere Gelder zur Verfügung gestellt hätte. Im Jahr 2009 habe sich die finanzielle Situation der Y._ AG nochmals massiv verschlechtert. Die Kontokorrentschuld gegenüber der X._ AG wuchs von Fr. 93'321.07 auf Fr. 327'618.23 an und das Darlehen wurde von Fr. 180'000.-- auf Fr. 300'000.-- (mit Rangrücktritt) erhöht. Das Total aus Kontokorrentschuld und Darlehen stieg insgesamt um ca. Fr. 350'000.-- an. Die Unternehmung sei zumindest im Umfang dieser zusätzlichen Erhöhung zu diesem Zeitpunkt nicht mehr in der Lage gewesen aus eigener Kraft ihren Darlehensverpflichtungen nachzukommen und es könne nicht davon ausgegangen werden, dass sich an dieser Situation in absehbarer Zeit aus eigener Kraft etwas geändert hätte. Seitens der X._ AG als Darlehensgeberin falle ins Gewicht, dass die Kontokorrentforderung und das Darlehen an die Y._ AG per Ende 2008 rund 72% (Fr. 502'655.60 von Fr. 700'064.98) und Ende 2009 rund 88% (Fr. 757'326.66 von Fr. 860'333.63) der Aktiven ausmachten. Ohne diese Kontokorrentguthaben sowie Darlehen auf der Aktivenseite wäre bei der X._ AG per Ende 2009 das gesamte Eigenkapital verloren und das Fremdkapital von Fr. 188'319.65 nicht mehr vollständig gedeckt gewesen. Es habe somit bei der X._ AG ein Klumpenrisiko bestanden, welches ein unabhängiger Dritter ohne jegliche Sicherheiten nicht in Kauf genommen hätte. Auch wenn die Darlehensforderung weder wertberichtigt noch abgeschrieben wurde, konnte die X._ AG per Ende 2009 in Bezug auf die im Jahr 2009 um rund Fr. 350'000.-- erhöhte Forderungen aus Kontokorrent bzw. Darlehen nicht mehr ernsthaft mit einer Rückzahlung rechnen. Aufgrund der äusseren Indizien sei es gerechtfertigt, sowohl von einem fehlenden Rückzahlungswillen der Darlehensnehmerin als auch auf einen Verzicht der Darlehensgeberin auf eine Rückforderung zu schliessen. Die Erhöhung der Kontokorrentforderung bzw. Darlehen im Umfang von Fr. 350'000.-- per Ende 2009 sei als simuliert zu qualifizieren und dem Beschwerdeführer dementsprechend als geldwerte Leistung aufzurechnen. Es gebiete sich jedoch bei der vorliegenden sukzessiven Erhöhung des Darlehens nicht, dieses im gesamten Umfang als simuliert zu qualifizieren. Der Rückzahlungswillen könne zumindest hinsichtlich eines Teilbetrages durchaus gewahrt bleiben, da - wie bereits erwähnt - kein ursprünglich simuliertes Darlehen vorliegt.
5.
Der Beschwerdeführer erachtet die Sachverhaltsdarstellung durch die Vorinstanz in verschiedener Hinsicht als willkürlich und sie sei unter Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör zustandegekommen.
5.1. Es treffe nicht zu, dass das von der X._ AG an den Beschwerdeführer gewährte Darlehen in der Höhe von Fr. 129'708.43 per 31. Dezember 2009 nicht werthaltig gewesen sei. Die darauf beruhende Annahme der Vorinstanz, dass bei der X._ AG per Ende 2009 das gesamte Eigenkapital verloren und das Fremdkapital nicht mehr vollständig gedeckt sei, sei willkürlich. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz in E. 4.4.4 des angefochtenen Entscheids keine solche Feststellungen getroffen. Sie führte nur aus, dass die X._ AG ohne die Kontokorrentguthaben/Darlehen an die Y._ AG und an den Beschwerdeführer auf der Aktivseite das gesamte Eigenkapital verloren und das Fremdkapital von Fr. 188'319.65 nicht mehr vollständig gedeckt gewesen sei. Deshalb habe durch die zusätzliche Darlehensgewährung der X._ AG an die Y._ AG ein Klumpenrisiko bestanden. Diese Erkenntnis ist nicht zu beanstanden. Im Weiteren ist die Bilanzstruktur nur ein Kriterium unter vielen zur Beurteilung von Darlehen als geldwerte Leistungen (vgl. E. 3.2) und die Vorinstanz hat sich bei der Ermittlung des Rückzahlungswillen zahlreicher anderer Indizien bedient. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers ist die Vorinstanz auch nicht davon ausgegangen, dass eine Sanierungsleistung der X._ AG an die Y._ AG stattgefunden hat. Sie hat in ihrer E. 4.5 bloss die rechtlichen Folgen eines Forderungsverzichts seitens einer Schwestergesellschaft dargelegt (vgl. dazu E. 6.2). Die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz ist somit nicht qualifiziert falsch.
5.2. Laut dem Beschwerdeführer hat die Vorinstanz verschiedene im Rahmen des Beschwerdeverfahrens vorgebrachte Tatsachen in ihren Erwägungen nicht berücksichtigt. Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.2 S. 270; <ref-ruling> E. 5.2 S. 236, je mit Hinweisen).
5.3. Wie im Folgenden kurz dargelegt wird, war sich die Vorinstanz der vorgebrachten Einwendungen des Beschwerdeführers entgegen dessen Ansicht durchaus bewusst. Sie hat ihnen aber nur eine beschränkte Tragweite zugemessen und sie deshalb nicht eingehender behandelt. Unter Berücksichtigung der angeführten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Anspruch auf rechtliches Gehör, ist dieses Vorgehen nicht zu beanstanden (Urteil 2C_843/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 2) und von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs kann daher keine Rede sein.
5.3.1. So hat die Vorinstanz die Kooperationsvereinbarung zwischen der X._ AG und der Y._ AG sowie die darauf beruhenden Leistungen im Sachverhalt festgehalten (E. 4.1.2 des vorinstanzlichen Entscheids). Der Beschwerdeführer legt wiederum nicht dar, welchen Einfluss auf die Beurteilung des Sachverhalts die Mietverhältnisse am Standort W._ und der Verkauf einer speziellen Reinigungsmaschine von der X._ AG an die Y._ AG haben sollten. Es ist der Vorinstanz folglich nicht vorzuwerfen, wenn sie darauf nicht weiter eingegangen ist.
5.3.2. Weiter darf als gerichtsnotorisch vorausgesetzt werden, dass es unsicher ist, ob und wann ein im Aufbau befindliches Unternehmen Gewinn abwirft. Es war deshalb nicht notwendig, auf die diesbezüglichen Erfahrungen des Beschwerdeführers in Deutschland näher einzugehen. Ausschlaggebend ist vielmehr, ob die Darlehenskonditionen dieses geschäftliche Risiko angemessen widerspiegeln (Urteil 2C_252/2014, 2C_257/2014 vom 12. Februar 2016 E. 3.7). Die Reduktion des Darlehens durch die Y._ AG, nachdem sie mittlerweile rentabel geworden ist, per 31. Dezember 2015 von Fr. 627'618.-- auf Fr. 274'297.34 erfolgte erst nach der Veranlagung, sodass die Vorinstanz diesem Umstand keine grosse Bedeutung zumessen musste (vgl. <ref-ruling> E. 7.3.2 S. 67). Bei den während den Jahren 2009 und 2010 erfolgten Rückzahlungen handelte es sich hingegen nur um kleinere Beträge und das Darlehen/Kontokorrent ist während dieser Zeit dennoch weiter angewachsen.
5.3.3. Ebenfalls von untergeordneter Bedeutung ist die fehlende Erwähnung, dass in der Veranlagung des Beschwerdeführers per 31. Dezember 2009 die X._ AG mit einem Wert von Fr. 1'600'000.-- eingesetzt und damit als werthaltig betrachtet worden sei. Das Reinvermögen des Beschwerdeführers wiederum sei mit Fr. 1'833'870.-- veranlagt worden. Ausschlaggebend für die vorliegende Beurteilung ist, dass die Y._ AG nicht mehr kreditwürdig war und nicht deren Alleinaktionär.
6.
Anhand des willkürfrei festgestellten Sachverhalts ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, dass ein unbeteiligter Dritter im Jahre 2009 zu einer Darlehenserhöhung im Umfang von Fr. 350'000.-- nicht bereit gewesen wäre.
6.1. Die Y._ AG war in arger finanzieller Schieflage. Dennoch hat die X._ AG ohne zusätzliche Sicherheiten zu verlangen, das Darlehen weiter erhöht, obschon die Forderungen gegenüber der Y._ AG bereits einen sehr hohen Anteil an ihren Aktiven ausmachte. Im Weiteren hat die Y._ AG, wie die ESTV zutreffend erwähnt, nie Darlehenszinsen bezahlt und diese wurden kontinuierlich zur Schuld geschlagen. Ebensowenig findet sich ein Darlehensvertrag in den Akten und auch sonst ist die Buchhaltung eher rudimentär gehalten (vgl. E. 4.3 Vorinstanz). Aufgrund dieser äusseren Umstände durfte die Vorinstanz auf einen fehlenden Rückzahlungswillen hinsichtlich der Darlehenserhöhung im Jahre 2009 von Fr. 350'000.-- schliessen und das Schuldverhältnis mutiert in diesem Umfang in ein nachträglich simuliertes Darlehen (vgl. Urteile 2C_252/2014, 2C_257/2014 vom 12. Februar 2016 E. 4.3; 2C_843/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 3.3.)
6.2. An dieser Erkenntnis ändert sich nichts, nur weil eine Wertberichtigung auf den Darlehensforderungen ausgeblieben ist, welche üblicherweise als gewichtiges Indiz für eine nachträgliche Darlehenssimulation gilt (vgl. E. 3.5.3). Zudem erklärte die X._ AG 2009 einen Rangrücktritt von Fr. 300'000.--, welcher 2010 auf Fr. 400'000.-- erhöht wurde. Zivilrechtlich bestand damit zwar weiterhin ein Guthaben gegenüber der Y._ AG. Im Falle eines Konkurses würden aber die anderen Gläubiger zuerst befriedigt, weshalb die Eintreibung für die X._ AG als unsicher und gefährdet erscheint. Aus steuerrechtlicher Sicht hätte deshalb eigentlich die Pflicht bestanden, für dieses Guthaben eine Wertberichtigung vorzunehmen (BERNHARD ZWAHLEN, Der Rangrücktritt aus steuerlicher Sicht, in: Der Schweizer Treuhänder [ST] 1988, S. 120). Mit dem Rangrücktritt kam die X._ AG nicht geschäftlichen Verpflichtungen nach, sondern verwendete ihre Mittel im Interesse ihres Aktionärs, welchem die Darlehensschuldnerin gehört.
6.3. Insgesamt liegen die notwendigen Voraussetzungen vor, um die Darlehensforderungen im Umfang von Fr. 350'000.-- als geldwerten Vorteil nach <ref-law> dem Einkommen des Beschwerdeführers aufzurechnen.
7.
Die verschiedentlich aufgeworfene Frage, ob nicht schon beim Abschluss und nicht erst bei dessen Erhöhung von einem simulierten Darlehen auszugehen ist, muss vorliegend nicht beantwortet werden. Die Rechtsanwendung durch das Bundesgericht wird durch die Rechtsbegehren der beschwerdeführenden Partei begrenzt. Ausserhalb des durch die Beschwerde bestimmten Streitgegenstandes kann das Bundesgericht nach dem Grundsatz ne eat iudex ultra petita keine Gesichtspunkte aufgreifen und regeln. In diesem Grundsatz ist auch das Verbot der reformatio in peius enthalten, die zugunsten des Beschwerdeführers gilt (NICOLAS VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2015, N. 2 f. zu <ref-law>).
III. Kantons- und Gemeindesteuern
8.
Die massgebenden kantonalrechtlichen Bestimmungen (§ 21 Abs. 1 StG/SZ) stimmen im Wesentlichen mit denjenigen bei der direkten Bundessteuer (<ref-law>) überein und gelten auch für die Besteuerung des Vermögens. In Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern ergibt sich somit kein anderes Ergebnis und es kann diesbezüglich auf die Erwägungen über die direkte Bundessteuer verwiesen werden. Demnach erweist sich die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet.
IV. Kosten und Entschädigung
9.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_443/2016 und 2C_444/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_444/2016) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_443/2016) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 7'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juli 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching