Sachverhalt:
A.
Der 1964 geborene A._ war zuletzt als Pflegeassistent erwerbstätig gewesen, als er sich am 29. Juli 1999 unter Hinweis auf zwei im Jahre 1998 erlittene Unfälle bei der IV-Stelle das Kantons Zürich zum Leistungsbezug anmeldete. Nach medizinischen Abklärungen sprach diese dem Versicherten mit Verfügung vom 18. Juli 2001 ab Januar 2001 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu.
Mit Verfügung vom 1. September 2008 hob die IV-Stelle die laufende Rente rückwirkend per Januar 2005 auf. Auf Beschwerde des Versicherten hin wurde diese Verfügung vom Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. März 2009 aufgehoben und die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückgewiesen. Diese tätigte in der Folge weitere medizinische Abklärungen und hob nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens die Rente des Versicherten unter Hinweis auf die Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision mit Verfügung vom 12. Januar 2016 auf Ende des der Eröffnung der Verfügung folgenden Monats auf.
B.
Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Mai 2017 in Anwendung von <ref-law> ab.
C.
Mit Beschwerde beantragt A._, es seien ihm unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides dies bislang ausgerichteten Leistungen weiterhin auszurichten. Gleichzeitig stellt A._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, als sie die Rentenaufhebung auf Ende des der Zustellung der Verfügung vom 12. Januar 2016 folgenden Monats bestätigte.
3.
3.1. Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
3.2. Ändert sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich, so wird gemäss <ref-law> die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben. Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich im vorliegenden Fall unbestrittenermassen durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen zur Zeit der streitigen Revisionsverfügung (<ref-ruling> E. 3 S. 132 f.).
Eine Rentenherabsetzung oder Aufhebung im Sinne von <ref-law> setzt eine anspruchserhebliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse voraus, welche entweder in einer objektiven Verbesserung des Gesundheitszustandes mit entsprechend gesteigerter Arbeitsfähigkeit oder in geänderten erwerblichen Auswirkungen einer im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitsbeeinträchtigung liegen kann. Demgegenüber stellt eine bloss abweichende Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhaltes keine revisionsrechtlich relevante Änderung dar (<ref-ruling>E. 2b S. 372 unten; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3.2 des Urteils 8C_972/2009, publiziert in: SVR 2011 IV Nr. 1 S. 1 mit Hinweis).
4.
4.1. Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass sich der Gesundheitszustand des Versicherten seit der ursprünglichen Rentenzusprache erheblich verbessert hat und er nunmehr in der Lage ist, einer angepassten Tätigkeit zu 100 % nachzugehen.
4.2. Bei der Beurteilung der Arbeits (un) fähigkeit stützt sich die Verwaltung und im Beschwerdefall das Gericht auf Unterlagen, die von ärztlichen und gegebenenfalls auch anderen Fachleuten zur Verfügung zu stellen sind. Ärztliche Aufgabe ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
4.3. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.), die das Bundesgericht seiner Urteilsfindung zugrunde zu legen hat (E. 1.3). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen) wie auch die Frage nach der rechtlichen Relevanz einer attestierten Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling>) frei überprüfbare Rechtsfrage.
4.4. Die durch das kantonale Gericht getroffenen Tatsachenfeststellungen, namentlich die aus den medizinischen Unterlagen gewonnenen Erkenntnisse, sind im letztinstanzlichen Prozess grundsätzlich verbindlich. Im Rahmen der eingeschränkten Sachverhaltskontrolle (<ref-law>) ist es nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die schon im vorangehenden Verfahren im Recht gelegenen ärztlichen Berichte neu zu beurteilen und die rechtsfehlerfreie Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz hinsichtlich der medizinisch begründeten Verminderung des Leistungsvermögens und des Ausmasses der trotz eventueller gesundheitlicher Beeinträchtigungen verbleibenden Arbeitsfähigkeit zu korrigieren (vgl. auch Urteil 8C_537/2017 vom 29. September 2017 E. 5).
4.5. Die Vorbringen des Beschwerdeführers zeigen keine offensichtliche Unrichtigkeit der vorinstanzlichen Schlussfolgerungen auf: Das kantonale Gericht hat in sorgfältiger Würdigung der medizinischen Unterlagen unter anderem erwogen, dass sich zwischen dem Zeitpunkt der Rentenzusprache und jenem der Rentenaufhebung die neuropsychiatrischen Defizite zurückgebildet haben. Was der Versicherte gegen diese Feststellungen vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Insbesondere kann er aus dem von ihm erwähnten Bericht des Dr. med. B._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 15. Januar 2006, nichts zu seinen Gunsten ableiten: Bereits dieser Arzt ging unter Hinweis auf die Untersuchungen durch Dr. C._ (vgl. auch deren Bericht vom 2. Februar 2006) von einer Besserung der neuropsychiatrischen Defizite aus. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass der Neurologe im Widerspruch zum Urteil des ehemaligen Eidgenössischen Versicherungsgerichts U 335/02 vom 21. März 2003 von einer frühzeitigen psychogenen Überlagerung spricht; dies umso mehr, als ein krankheitswertiges psychisches Leiden im Gutachten der Ärtzlichen Begutachtungsinstituts GmbH (ABI), Basel, vom 24. März 2015 nicht mehr bestätigt wird. Entgegen den Ausführungen des Versicherten ist dieses Gutachten auch nicht in sich selber widersprüchlich.
4.6. Damit durfte die Vorinstanz, ohne Bundesrecht zu verletzten, eine Verbesserung des Gesundsheitszustandes und demnach auch einen Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> bejahen. Somit ist der Rentenanspruch des Versicherten für die Zukunft neu zu prüfen. Gemäss den nicht substantiiert bestrittenen vorinstanzlichen Erwägungen ist der Beschwerdeführer nunmehr in der Lage, einer angepassten Tätigkeit zu 100 % nachzugehen. Daraus ermittelte die Vorinstanz mittels Einkommensvergleichs für die Zukunft einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad. Da auch dieser Einkommensvergleich vom Versicherten nicht bestritten wird, erscheint die Bestätigung der Rentenaufhebung durch das kantonale Gericht als rechtens; die Beschwerde ist abzuweisen.
5.
Da die Beschwerde offensichtlich unbegründet ist, wird sie im Verfahren nach <ref-law> erledigt. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer sind demnach die Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. November 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Nabold