Faits :
A.
J._ SA (actuellement H._ SA), A._ SA, l'entreprise B._, C._ SA, D._ S.A., la commune d'Yverdon-les-Bains, E._ SA, K._ SA (actuellement F._ SA), L._ S.A., G._ SA et I._ S.A. interviennent toutes dans le cadre d'un système de collecte et de transport des déchets au moyens d'unités de chargement fournies par la société M._ AG.
En décembre 2012, les intéressées ont chacune été informées par la Direction d'arrondissement compétente de l'Administration fédérale des douanes (ci-après: la Direction d'arrondissement) de l'ouverture d'une enquête pénale douanière au sujet de demandes de remboursements de la redevance sur le trafic des poids lourds en relation avec des courses effectuées en transport combiné non accompagné (TCNA) pour les années 2007 à 2012.
B.
Par décision du 28 mai 2013, la Direction d'arrondissement a condamné J._ SA à restituer un montant de 72'761 fr. 80 perçu au titre de remboursement pour des courses effectuées en TCNA entre janvier 2008 et janvier 2013. Elle a considéré que les unités de chargement utilisées par l'intéressée pour plus de 3'218 mouvements ne remplissaient pas les conditions posées au remboursement de la redevance sur le trafic des poids lourds.
Par dix autres décisions du même jour, pour les mêmes raisons, la Direction d'arrondissement a condamné A._ SA à restituer un montant de 125'088 fr. (plus de 5'184 mouvements entre janvier 2008 et janvier 2013), l'entreprise B._ à restituer un montant de 110'016 fr. (4'584 mouvements entre janvier 2008 et janvier 2013), C._ SA à restituer un montant de 84'720 fr. (plus de 3'869 mouvements entre janvier 2008 et janvier 2013), D._ S.A. à restituer un montant de 39'157 fr. 45 (2'172 mouvements entre mai 2008 et décembre 2011), la commune d'Yverdon-les-Bains à restituer un montant de 65'374 fr. 65 (plus de 5'284 mouvements entre février 2008 et janvier 2013), E._ SA à restituer un montant de 123'926 fr. 90 (5'172 mouvements entre février 2008 et janvier 2012), K._ SA à restituer un montant de 100'728 fr. (9'439 mouvements entre juillet 2008 et décembre 2012), L._ S.A. à restituer un montant de 27'291 fr. 20 (3'480 mouvements entre janvier 2008 et décembre 2012), G._ SA à restituer un montant de 117'383 fr. 20 (5'082 mouvements entre janvier 2008 et novembre 2012) et I._ S.A. à restituer un montant de 173'616 fr. (plus de 7'182 mouvements entre janvier 2008 et janvier 2013).
Par des recours du 27 juin 2013, les intéressées ont contesté les décisions du 28 mai 2013 précitées auprès de la Direction générale des douanes. Celle-ci, après avoir suspendu les procédures en raison de causes similaires pendantes devant le Tribunal fédéral (arrêts 2C_422/2014, 2C_423/2014, 2C_424/2014 et 2C_425/2014 des 18 et 30 juillet 2015), a rejeté les recours par décisions du 11 avril 2016. Le 12 mai 2016, les intéressées ont interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral qui a joint les causes le 1er juin 2016. Par arrêt du 6 avril 2017, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours des intéressées.
C.
Dans un acte intitulé "RECOURS", A._ SA, l'entreprise B._, C._ SA, D._ S.A., la commune d'Yverdon-les-Bains, E._ SA, F._ SA, G._ SA, H._ SA et I._ S.A. demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 6 avril 2017, d'annuler les décisions de la Direction générale des douanes du 11 avril 2016 et d'annuler les décisions du 28 mai 2013 rendues par la Direction d'arrondissement; subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles se plaignent en particulier de violation de leur droit d'être entendues, ainsi que de violation des principes de la légalité et de l'égalité de traitement.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. L'Administration fédérale des douanes, par la Direction fédérale des douanes, conclut au rejet du recours. A._ SA et consorts ne se sont plus déterminées. Sur demande, le mandataire des recourantes a encore transmis au Tribunal fédéral des procurations actualisées, établies en faveur de H._ SA et F._ SA.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397).
1.1. L'absence de dénomination du recours ne saurait nuire aux recourantes si leur acte répond aux exigences de la voie de droit à disposition (cf. quant à la désignation erronée de la voie de droit: <ref-ruling> consid. 1.1 p. 370).
1.2. L'arrêt entrepris constitue une décision finale (<ref-law>), rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public (<ref-law>). Le litige concerne la restitution de remboursements de la redevance sur le trafic des poids lourds intervenus durant les années 2007 à 2012, en application des dispositions de la loi du 19 décembre 1997 concernant une redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (LRPL; RS 641.81) et de l'ordonnance du 6 mars 2000 concernant une redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (ORPL; RS 641.811), ainsi que de l'<ref-law> (RS 313.0). Il a trait plus particulièrement à la détermination de la longueur des unités de chargement utilisées par les recourantes, cette longueur déterminant l'existence, respectivement le montant du remboursement (cf. consid. 3 ci-dessous). Le recours ne tombe par conséquent pas sous le coup des exceptions figurant à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte.
1.3. Le recours a en outre été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Toutefois, les conclusions en annulation des décisions des 28 mai 2013 et 11 avril 2016 de la Direction d'arrondissement, respectivement de la Direction générale des douanes, sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral (cf. <ref-law> [RS 172.021]; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 543).
1.4. Les recourantes, destinataires de l'arrêt entrepris, sont particulièrement atteintes par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>). Elles disposent ainsi de la qualité pour recourir. On relèvera toutefois que la société L._ S.A., qui était partie à la procédure devant le Tribunal administratif fédéral, n'a pas fait recours devant le Tribunal fédéral, son nom ne figurant pas dans la liste des sociétés recourantes contenues dans l'acte de recours. Certes, le mandataire des recourantes a adressé une procuration en faveur de L._ S.A. avec l'acte de recours, qui n'exclut pas d'emblée le recours au Tribunal fédéral. Ce document est toutefois daté du 21 mars 2013 et, en l'absence de mention du nom de L._ S.A. en tête du recours et dans les motifs, ne permet pas de conclure à une volonté expresse de cette société de contester l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 6 avril 2017. Ensuite et surtout, le 13 juillet 2017, le Tribunal fédéral a transmis au mandataire des recourantes un courrier du Tribunal administratif fédéral daté du 15 juin 2017. Cette autorité a en particulier écrit ce qui suit: " En tant que L._ S.A. n'a pas recouru, le dossier A-3007/2016 ne vous est pas transmis ". Une telle phrase, claire et sans équivoque, exclut toute volonté de L._ S.A. de recourir dans la présente cause, dès lors que la société, par son mandataire, n'a jamais contesté cette affirmation.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine les moyens tirés de la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3.
Le Tribunal administratif fédéral a retenu qu'ensuite d'une enquête, l'Administration fédérale des douanes a émis l'avis selon lequel des demandes de remboursement TCNA avait été déposées par plusieurs personnes de manière indue, pour des unités de chargement ne mesurant pas la longueur légale minimale (en l'occurrence 5,5 mètres). Pour cette raison, une décision a été rendue le 28 mai 2013 contre chacune des onze sociétés examinées, sur la base de l'art. 12 al. 1 et 2 DPA et de la LRPL. Dans sa décision sur recours, l'autorité précédente, compte tenu de la jurisprudence du Tribunal fédéral rendue en matière de mesure d'unité de chargement, a jugé que les recourantes étaient effectivement redevables des montants réclamés et qu'il n'y avait pas lieu de revenir sur cette jurisprudence au motif que les recourantes soumettaient des normes techniques de la branche, qui devraient seules déterminer la méthode de calcul de la longueur des unités de chargement litigieuses. Le Tribunal administratif fédéral a encore exclu toute violation du principe de la bonne foi.
Pour leur part, les recourantes expliquent qu'en ne prenant pas en compte les divers documents techniques qu'elles ont produits au dossier de la cause, l'autorité précédente a violé leur droit d'être entendues. De plus, elles font grief à cette dernière d'avoir procédé à une application erronée des dispositions de l'ORPL et de la jurisprudence du Tribunal fédéral y relative quant à la façon de mesurer la longueur des unités de chargement. Finalement, elles estiment encore faire l'objet d'une inégalité de traitement et soutiennent que les dispositions modifiées de l'ORPL devraient être appliquées à la présente cause.
En l'espèce, il n'est pas contesté que les unités de chargement utilisées par les recourantes ont une "longueur hors tout", crochet déployé, de 5,5 mètres, tandis que la longueur calculée au bas de l'unité, sans prise en compte du crochet, est de 5,25 mètres. Le litige porte donc matériellement sur le point de savoir si le Tribunal administratif fédéral a correctement calculé la longueur des unités de chargement utilisées par les recourantes, c'est-à-dire en ne prenant pas en compte la longueur du crochet, et, partant, si c'est à raison qu'il a confirmé la restitution des remboursements de redevances sur le trafic des poids lourds en application du droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016.
4.
4.1. Selon l'art. 85 al. 1 Cst., la Confédération peut prélever sur la circulation des poids lourds une redevance proportionnelle aux prestations ou à la consommation si ce trafic entraîne pour la collectivité des coûts non couverts par d'autres prestations ou redevances. Le produit net de la redevance sert à couvrir les frais liés aux transports terrestres (art. 85 al. 2 Cst.).
4.2. La Confédération a fait usage de cette possibilité et a arrêté la LRPL. La redevance doit ainsi assurer la couverture à long terme des coûts d'infrastructure et des coûts occasionnés à la collectivité par le trafic des poids lourds, dans la mesure où celui-ci ne compense pas ces coûts par d'autres prestations ou redevances (<ref-law>). Elle doit par ailleurs contribuer à améliorer les conditions-cadre du chemin de fer sur le marché des transports et à acheminer davantage de marchandises par le rail (<ref-law>). En outre, le produit de la redevance vise également à financer des grands projets ferroviaires (<ref-law>; cf. arrêt 2C_422/2014 du 18 juillet 2015 consid. 2.2.1 et les références citées).
4.3. La redevance est perçue sur les véhicules lourds immatriculés en Suisse ou à l'étranger (suisses et étrangers), soit les véhicules à moteur et les remorques destinés au transport de personnes ou de marchandises (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, les trajets effectués dans le trafic combiné non accompagné donnent droit à un remboursement forfaitaire. Le Conseil fédéral règle les modalités.
Sur la base de cette délégation, le Conseil fédéral a arrêté les <ref-law>. Ainsi, les détenteurs de véhicules soumis à la redevance à l'aide desquels sont effectuées des courses en TCNA bénéficient d'un remboursement, sur demande présentée à l'Administration des douanes, pour les parcours initiaux ou terminaux du TCNA (<ref-law>). Sont considérés comme parcours initiaux et terminaux du TCNA les parcours que des véhicules routiers chargés d'unités de chargement (conteneurs, caisses mobiles) ou tractant des semi-remorques effectuent entre le lieu de chargement ou de déchargement et une gare de transbordement ou un port rhénan, sans que la marchandise transportée change de contenant lors du passage d'un mode de transport à l'autre (<ref-law>). L'<ref-law> dispose que le montant suivant est remboursé par unité de chargement ou semi-remorque transbordée de la route au trafic ferroviaire ou fluvial, ou du trafic ferroviaire ou fluvial à la route:
- 15 fr. pour les unités de chargement ou semi-remorques d'une longueur de 4,8 à 5,5 m (let. a);
- 22 fr. pour les unités de chargement ou semi-remorques d'une longueur de plus de 5,5 m et jusqu'à 6,1 m (let. b);
- 33 fr. pour les unités de chargement ou semi-remorques d'une longueur supérieure à 6,1 m (let. c).
Dans sa version en vigueur du 1 er janvier 2008 au 31 décembre 2016 (RO 2007 4695), l'<ref-law> prévoyait le remboursement de:
- 24 fr. pour les unités de chargement ou semi-remorques d'une longueur comprise entre 5,5 m et 6,1 m ou entre 18 pieds et 20 pieds (let. a);
- 37 fr. pour les unités de chargement ou semi-remorques d'une longueur supérieure à 6,1 m ou à 20 pieds (let. b).
L'<ref-law> prévoyait quant à lui que les unités de chargement doivent présenter une longueur minimale de 5,5 mètres ou 18 pieds et une largeur minimale de 2,1 mètres ou 7 pieds.
La demande de remboursement doit être adressée à l'Administration des douanes avec une déclaration conforme à l'<ref-law> (<ref-law>). L'<ref-law> dispose quant à lui que la personne assujettie à la redevance doit fournir à l'Administration des douanes les indications nécessaires au calcul de la redevance dans les vingt jours suivant l'expiration de la période fiscale (cf. également <ref-law>).
4.4. Sous le titre "assujettissement à une prestation ou à une restitution", l'<ref-law> prévoit que lorsque, à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale, c'est à tort qu'une contribution n'est pas perçue, est remboursée, réduite ou remise, la contribution, l'allocation, le subside ou le montant non réclamé, ainsi que les intérêts, seront perçus après coup ou restitués, alors même qu'aucune personne déterminée n'est punissable (<ref-law>). Cette disposition permet de procéder au rappel d'une contribution qui n'a pas été perçue à la suite d'une infraction à la législation administrative fédérale même si aucune personne n'est punissable (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 167; arrêt 2C_591/2015 du 5 février 2016 consid. 3.3). Est assujetti à la prestation ou à la restitution celui qui a obtenu la jouissance de l'avantage illicite, en particulier celui qui est tenu au paiement de la contribution ou celui qui a reçu l'allocation ou le subside (<ref-law>). Cet assujettissement ne dépend pas de l'existence d'une faute ou, à plus forte raison, d'une poursuite pénale. Il suffit que l'avantage illicite procuré par l'absence de perception de la contribution trouve sa source dans une violation objective de la législation administrative fédérale (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 167 et les références citées). En l'occurrence, pour la redevance sur le trafic des poids lourds, l'assujetti est le détenteur du véhicule; pour les véhicules étrangers, le conducteur est également assujetti (<ref-law>).
5.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourantes se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendues.
5.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 222 s. et les références citées). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les références citées).
5.2. Les recourantes expliquent avoir produit, devant le Tribunal administratif fédéral, divers documents qui n'auraient pas été pris en compte par celui-ci. Selon elles, l'autorité précédente n'aurait examiné aucune question technique, alors qu'elles avaient notamment remis un rapport des Chemins de fer fédéraux suisses (CFF) et un courrier des Deutsche Bahn (DB). Ces documents, en particulier le premier, exposaient les caractéristiques des unités de chargement utilisées par les recourantes et détaillaient les normes internationales qui leur étaient applicables.
5.3. Se fondant sur la jurisprudence du Tribunal fédéral (cf. arrêts 2C_422/2014, 2C_423/2014, 2C_424/2014 et 2C_425/2014 des 18 et 30 juillet 2015 consid. 3; cf. consid. 6.1 ci-dessous), le Tribunal administratif fédéral a retenu que la longueur des unités de chargement des recourantes se mesurait de bord à bord, sans prendre en considération un éventuel crochet. Dès lors que ces unités de chargement mesuraient 5,25 mètres de bord à bord (mais 5,5 mètres en tenant compte de leurs crochets), tout remboursement fondé sur l'ancien droit (qui prévoyait un tel remboursement à partir d'une longueur de 5,5 mètres; cf. consid. 4.3 ci-dessus) était exclu et la restitution des remboursements perçus à tort devait être confirmée, en application de l'<ref-law>.
C'est parce qu'elle estimait pouvoir se fonder sur la jurisprudence du Tribunal fédéral précitée que l'autorité précédente a renoncé à examiner les divers documents techniques remis par les recourantes. Il n'en demeure pas moins que ces dernières ont bel et bien versé leurs moyens de preuve au dossier. A la lecture de l'arrêt entrepris, on comprend que l'autorité précédente, si l'on peut certes regretter qu'elle n'en ait pas du tout fait mention, leur a en réalité dénié toute pertinence pour statuer sur la présente cause. Contrairement à ce que les recourantes tentent d'expliquer, le Tribunal administratif fédéral n'a donc pas refusé des moyens de preuve régulièrement offerts (<ref-law>), ni refusé de prendre en considération un allégué (<ref-law>). Ce n'est par conséquent pas d'une violation de leur droit d'être entendues dont les recourantes désirent se plaindre, mais bien plus d'une mauvaise appréciation des preuves par l'autorité précédente.
5.4. L'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables. Il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 et les références citées).
5.5. En l'espèce, les recourantes ne motivent pas à suffisance une éventuelle appréciation arbitraire des moyens de preuve par le Tribunal administratif fédéral. Elles ne font d'ailleurs valoir aucun grief à ce propos. Leur argumentation tend bien plus à substituer leur propre appréciation à celle de l'autorité précédente. C'est en particulier le cas lorsqu'elles mentionnent des normes internationales issues du rapport (que les recourantes nomment "expertise") des CFF ou qu'elles estiment que le Tribunal administratif fédéral n'a pas tenu compte des aspects techniques de leurs unités de chargement. Dans ces conditions, le Tribunal fédéral vérifiera la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
6.
Selon les recourantes, le Tribunal administratif fédéral a violé le principe de la légalité, dès lors qu'il a comblé une lacune de l'ORPL par une interprétation qui n'est pas conforme à l'avis exprimé par les CFF et les DB. Elles invoquent également une violation du principe de l'égalité de traitement.
6.1. Dans les arrêts 2C_422/2014, 2C_423/2014, 2C_424/2014 et 2C_425/2014 des 18 et 30 juillet 2015 consid. 3, le Tribunal fédéral a considéré que l'ORPL (dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016) était lacunaire en ce qu'elle ne prévoyait pas de procédure de mesure des unités de chargement (arrêt 2C_422/2014 du 18 juillet 2015 consid. 3.2.4). En présence d'une telle lacune, et pour autant que le sens et le but du droit interne ne s'y opposait pas, il a jugé qu'il était admissible de se fonder sur les méthodes de mesure spécifiques à la branche en cause, c'est-à-dire par exemple sur les normes ISO, pour palier à l'absence de dispositions topiques dans l'ORPL. L'interopérabilité technique et la compatibilité européenne devaient en effet être inhérentes au sens qu'il convenait de donner à la loi. En présence d'un conteneur respectant les normes ISO 668 et EN 284 (arrêt 2C_422/2014 du 18 juillet 2015 consid. 3.2.1), et compte tenu du fait que la première norme préconisait un calcul de la longueur intervenant de bord à bord (" von Kante zu Kante "), alors que la seconde ne prévoyait pas la présence d'un crochet pour ce calcul, le Tribunal fédéral a jugé que la longueur du conteneur en cause devait également se calculer de bord à bord, sans prendre en compte l'existence d'un éventuel crochet.
6.2. S'agissant du principe de l'égalité, les recourantes se fondent essentiellement sur les rapports des CFF et des DB pour motiver leur grief. Or, comme on l'a vu précédemment (cf. consid. 5.5 ci-dessus), ces moyens de preuve ne peuvent pas être pris en compte, dès lors qu'ils aboutissent à une nouvelle discussion de l'état de fait retenu par le Tribunal administratif fédéral. De plus, en faisant référence à la jurisprudence du Tribunal fédéral pour motiver un calcul de la longueur des unités de chargement de bord à bord, le Tribunal administratif fédéral a implicitement jugé que les unités de chargement en cause présentaient les mêmes caractéristiques que celles qui avaient fait l'objet des arrêts 2C_422/2014, 2C_423/2014, 2C_424/2014 et 2C_425/2014 des 18 et 30 juillet 2015. Il s'agit-là également d'une question de fait qui ne saurait être revue par le Tribunal fédéral en l'absence d'une motivation suffisante du recours (<ref-law>). Dans ces conditions, en présence d'une situation de fait semblable à celle prévalant dans les arrêts 2C_422/2014 et suivants, on doit exclure toute violation du principe de l'égalité de traitement. En effet, une décision viole ce principe lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 175; <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 348). On ne peut en conséquence reprocher au Tribunal administratif fédéral d'avoir appliqué la jurisprudence précitée aux unités de chargement des recourantes et d'avoir calculé leur longueur de bord à bord, sans prendre en compte les crochets dont ces unités sont munies.
6.3. Il convient en outre également d'écarter le grief de violation du principe de la légalité. Si l'ORPL présente bel et bien une lacune (cf. consid. 6.1 ci-dessus), force est de constater que le Tribunal fédéral l'a comblée dans sa jurisprudence 2C_422/2014 et suivants des 18 et 30 juillet 2015. Statuant sur un état de fait semblable à celui fondant cette jurisprudence (type d'unités de chargement), les références des recourantes à l'<ref-ruling> relatif au comblement de lacunes et à diverses normes techniques, ne leur sont d'aucune utilité. Il ressort en définitive de l'arrêt contesté que, de bord à bord, les unités de chargement des recourantes mesurent 5,25 mètres.
7.
7.1. Les recourantes sont finalement d'avis que le Tribunal administratif fédéral a faussement appliqué l'ancien droit, alors qu'il aurait dû appliquer l'<ref-law>, tel qu'il est en vigueur depuis le 1 er janvier 2017. Puisque la décision de restitution du remboursement de la redevance sur le trafic des poids lourds a été ordonnée sur la base du droit pénal administratif, elles estiment qu'il doit être fait usage du principe de la lex mitior (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 87 ss), applicable au droit pénal, et qu'il convient donc de statuer sur la base du nouveau droit, plus favorable.
7.2. Certes, l'<ref-law>, relatif à l'assujettissement à une prestation ou à une restitution en raison d'une infraction à la législation administrative fédérale, a été introduit dans le droit pénal administratif en raison de son lien avec le droit pénal (cf. FF 1971 I 1017 p. 1031). Il n'en demeure pas moins qu'il existe une différence claire entre, d'une part, la procédure administrative tendant à la détermination de la prestation ou de la restitution due, conformément à l'art. 12 al. 1 et 2 DPA et, d'autre part, la procédure pénale (cf. arrêt 2A.602/2003 du 10 mai 2004 consid. 3.2 et les références citées). En l'occurrence, c'est uniquement d'une procédure administrative tendant à la fixation du montant à restituer dont il est question, à l'exclusion de toute procédure pénale. Par conséquent, les principes de droit pénal, en particulier celui de la lex mitior, ne sauraient s'appliquer.
7.3. En l'espèce, la restitution concerne les remboursements de redevance sur les poids lourds perçus durant les années 2007 à 2012. En l'absence de dispositions transitoires topiques, et en présence d'une question d'application du droit matériel, il convient de statuer sur la base des dispositions en vigueur au moment des faits en cause (cf. HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7 e éd. 2016, n. 293 s.; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2012, n. 403), c'est-à-dire des anciens art. 8 al. 1 et 9 al. 2 ORPL, qui excluent tout remboursement pour des unités de chargement d'une longueur inférieure à 5,5 mètres. Par conséquent, en présence d'unités de chargement mesurant moins de 5,5 mètres (moins de 18 pieds), c'est sans violer le droit fédéral que le Tribunal administratif fédéral a confirmé la restitution du remboursement de la redevance sur les poids lourds, en application de l'art. 12 al. 1 et 2 DPA et des anciens art. 8 al. 1 et 9 al. 2 ORPL.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas octroyé de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 13'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à l'Administration fédérale des douanes, Direction générale des douanes, et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 20 octobre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette