Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau büsste X._ am 26. März 2014 wegen mehrfacher Widerhandlungen gegen § 160 Abs. 1, 2 und 4 BauG (Gesetz über Raumentwicklung und Bauwesen; Baugesetz, GS 713.100) mit Fr. 4'000.--. Der Strafbefehl lautete:
Mehrfache Widerhandlungen gegen das Baugesetz (§ 160 Abs. 1, Abs. 2 und Abs. 4 Satz 1 BauG). Der Beschuldigte hat vorsätzlich, d.h. mit Wissen und Willen, [a] sowohl Bauten unter Verletzung einer Bewilligung erstellt als auch [b] gegen einen auf das Baugesetz abgestützten Entscheid zuwidergehandelt.
Begangen:
Tatort: [...]
Tatzeit: ab 11.04.2011 bis 27.09.2012 (Überschreitung der Ausnützungsziffer) und ab 02.11.2012 (Nichterfüllung der Pflicht zur Fertigstellung des Bauvorhabens)
Vorgehen:
Mit Beschluss vom 11.01.1999 erteilte der Gemeinderat A._ der B._ die Baubewilligung für den Bau von vier Einfamilienhäusern mit Garagen an oben erwähnter Örtlichkeit. Das Bauprojekt wurde vom Beschuldigten als Bauherr und Geschäftsführer B._ - wegen finanzieller Schwierigkeiten - nur sehr langsam vorangetrieben. Der Gemeinderat setzte dem Beschuldigten deshalb mit Entscheid vom 11.04.2011 Frist bis am 01.11.2012, innert welcher die vier Einfamilienhäuser fertig zu erstellen seien. Dabei verwies der Gemeinderat A._ auf die Strafdrohung von § 160 BauG, sollte die Frist unbenützt ablaufen. Ein im November 2013 durchgeführter Augenschein ergab, dass die Bautätigkeiten nicht markant vorangeschritten sind und das Bauvorhaben nicht beendet wurde.
Im Rahmen der von der Bauverwaltung (C._) am 27.09.2012 durchgeführten Rohbaukontrolle wurde ausserdem festgestellt, dass das Bauvorhaben die zulässige Ausnützungsziffer (0.40) der Wohnzone W2 überschreitet und von der bewilligten Gesuchseingabe abweicht.
B.
X._ erhob Einsprache. Er wurde an der Hauptverhandlung des Bezirksgerichts Lenzburg befragt. Die Gerichtspräsidentin sprach ihn am 25. März 2015 vom Vorwurf der mehrfachen Widerhandlung gegen das BauG frei (Ziff. 1 des Dipositivs; scil. [b]) und der (einfachen) Widerhandlung gegen § 160 Abs. 1, 2 und 4 BauG schuldig (Ziff. 2; scil. [a]). Sie büsste ihn mit Fr. 2'000.-- (Ziff. 3), auferlegte ihm die Hälfte der Verfahrenskosten (Ziff. 4) und entschädigte ihm die festgesetzten Parteikosten zur Hälfte (Ziff. 5).
Das Obergericht des Kantons Aargau stellte am 17. Mai 2016 die Rechtskraft des bezirksgerichtlichen Freispruchs fest und wies die Berufung von X._ ab.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen [nachfolgend gekürzt wiedergegeben]:
I. Das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben und neu zu fassen:
1. In Gutheissung der Berufung werde das bezirksgerichtliche Urteil in den Ziff. 2 bis 5 des Dispositivs aufgehoben und neu entschieden:
1 (nicht angefochten),
2. von Schuld und Strafe freigesprochen,
3. Verfahrenskosten auf die Staatskasse genommen,
4. Parteientschädigung von Fr. 1'430.80 zugesprochen.
2. Verfahrenskosten auf die Staatskasse genommen.
3. Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- aus der Staatskasse.
II. Eventualiter sei das obergerichtliche Urteil aufzuheben und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
III. Unter Kosten und Entschädigungsfolgen.

Erwägungen:
1.
Die Vorinstanz beurteilt die Sache gestützt auf die StPO. Der Beschwerdeführer ficht das Urteil an, ohne zu problematisieren, dass in casu kantonales Strafrecht angewandt wurde. Die StPO, welche die Verfolgung und Beurteilung von Straftaten nach Bundesrecht regelt (<ref-law>), kann keine (unmittelbare) Anwendung finden.
1.1. Gemäss § 1 Abs. 2 Einführungsgesetz zur Schweizerischen Strafprozessordnung des Kantons Aargau (EG StPO/AG; GS 251.200) gelten die Bestimmungen der Schweizerischen Strafprozessordnung auch für die Verfolgung und Beurteilung kantonaler Straftatbestände. Die StPO übernimmt damit die Funktion des stellvertretenden kantonalen Rechts oder von kantonalem Ersatzrecht. Das Bundesgericht prüft die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts, einschliesslich des kantonalen Strafrechts, nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 2). Es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz in Willkür verfiel, d.h. in schlechterdings unhaltbarer Weise die Berufung abwies (Urteil 6B_843/2015 vom 24. Februar 2016 E. 2.1).
1.2. Entsprechend gelten die strengen Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> sowie Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>. Dabei ist auf die Motivation des Urteils einzugehen und daran die geltend gemachte willkürliche Entscheidung gemäss <ref-law> im Einzelnen darzulegen. Auf eine bloss appellatorische Beschwerdeführung ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3.1, 317 E. 5.4, 369 E. 6.3; <ref-ruling> E. 2.3). Im Übrigen legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht prüft somit auch die Anwendung der StPO (als kantonales Ersatzrecht) insgesamt nur unter Willkürgesichtspunkten.
Diese Rechtslage ist zu differenzieren, insoweit die Sache von der Vorinstanz gestützt auf die Rechtsprechung zu <ref-law> beurteilt wurde. Bilden nämlich nach dieser Bestimmung ausschliesslich Übertretungen Gegenstand des erstinstanzlichen Hauptverfahrens, prüft das Berufungsgericht den von der ersten Instanz festgestellten Sachverhalt nur auf Willkür. Neue Behauptungen und Beweise können nicht vorgebracht werden (<ref-law>). In diesem Fall prüft das Bundesgericht frei, ob die Vorinstanz auf eine gegen das erstinstanzliche Urteil vorgebrachte Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung hin zu Unrecht Willkür verneint und diese Verfassungsverletzung nicht behoben hat. Der Beschwerdeführer muss sich bei der Begründung der Rüge, die Vorinstanz habe Willkür zu Unrecht verneint, daher auch mit den Erwägungen der ersten Instanz auseinandersetzen (vgl. <ref-ruling> E. 1a/cc; Urteile 6B_515/2014 vom 26. August 2014 E. 2.3 und 6B_32/2016 vom 20. April 2016 E. 1.2.2).
1.4. § 160 BauG/AG ("Verwaltungsstrafen") lautet:
Wer Bauten oder Anlagen ohne Bewilligung oder unter Verletzung einer solchen erstellt, [...], wer sonst wie diesem Gesetz, den gestützt darauf erlassenen Vorschriften, Verfügungen und Entscheiden zuwiderhandelt, wird mit Busse bis zu Fr. 50'000.-- bestraft (Abs. 1).
Strafbar ist die vorsätzliche oder fahrlässige Widerhandlung, begangen durch Bauherren, Eigentümer, sonstige Berechtigte, Projektverfasser, Unternehmer und Bauleiter (Abs. 2).
Anstelle einer juristischen Person [...] sind die natürlichen Personen strafbar, die für sie gehandelt haben oder hätten handeln sollen. Können diese nicht ohne unverhältnismässigen Untersuchungsaufwand festgestellt werden, wird die juristische Person [...] zur Bezahlung der Busse verurteilt (Abs. 4).
2.
Der Beschwerdeführer behauptet den Anklagegrundsatz als verletzt.
2.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, nach der Vorinstanz sei erstellt, "dass der Beschuldigte Arbeiten vorgenommen hat, die auf die Erstellung von nicht bewilligten Wintergärten abzielten" (Urteil S. 5 f.). Die Vorinstanz verurteile ihn, weil er damit von der Baubewilligung abgewichen sei (Beschwerde S. 5).
Im Strafbefehl sei unter anderem festgestellt worden, "dass das Bauvorhaben die zulässige Ausnützungsziffer (0.40) der Wohnzone W2 überschreitet und von der bewilligten Gesuchseingabe abweicht" (vgl. oben Bst. A in fine). Unter anderem gestützt auf diesen Sachverhalt habe ihn die Erstinstanz verurteilt und ausgeführt, "[...] reichte der Beschuldigte kein Baugesuch für die Projektänderung ein. Ebenso ändert die Tatsache, dass der Bau zur Zeit der Feststellung der Überschreitung der Ausnützungsziffer noch nicht vollendet war, an der Strafbarkeit nichts...." (Beschwerde S. 7).
Dagegen habe er nach der Vorinstanz Arbeiten vorgenommen, die auf die Erstellung von nicht bewilligten Wintergärten abzielten. Von einer Überschreitung der Ausnützungsziffer sei nicht ansatzweise die Rede. Anklage- und vorinstanzlicher Sachverhalt unterschieden sich.
Prozessgegenstand sei, ob das Bauvorhaben die Ausnützungsziffer überschreite und damit von der Gesuchseingabe abweiche. Die Vorinstanz stütze sich auf seine Aussage, er habe die Betondecke über dem Sitzplatz "weiter nach aussen gezogen"; darin liege für sie die strafbare Handlung. Das sei bis anhin kein Thema gewesen. Die Vorinstanz verstosse gegen das Immutabilitätsprinzip (Beschwerde S. 8 f.). Er habe keine Möglichkeit gehabt, sich gegen diesen Vorwurf, der erstmals im vorinstanzlichen Urteil erhoben wurde, zu verteidigen. Da § 160 BauG sehr offen formuliert sei, sei zwingend erforderlich, dass der Anklage im Detail zu entnehmen sei, durch welche Handlung er sich strafbar gemacht habe (Beschwerde S. 10).
2.2. Der Beschwerdeführer brachte im Berufungsverfahren vor, die Erstinstanz übersehe, dass er lediglich Rohbauten und keine Innenausbauten erstellt habe. Es sei daher keine Absicht erkennbar, dass er in Abweichung der Baubewilligung mehr nutzbare Fläche hätte realisieren wollen. Ob die Ausnützungsziffer tatsächlich überschritten worden sei, sei nicht festgestellt. Es sei nicht nachvollziehbar, wie der Fachbericht zum Schluss gelange, dass eine Erhöhung der anrechenbaren Geschossfläche vorliege (Urteil S. 5, E. 2).
Die Vorinstanz erwägt, die Vorbringen vermöchten keine Willkür aufzuzeigen. Das habe er bereits erstinstanzlich eingewendet, und er äussere sich widersprüchlich, wenn er vorbringe, dass in der Rohbauphase noch nicht einmal die Absicht, in Abweichung der Baubewilligung zu bauen, ersichtlich sei, um an anderer Stelle der Berufungsbegründung festzuhalten, dass lediglich die Absicht bestanden habe, die Sitzplätze als Wintergärten auszubauen. Dass er nicht nur diese Absicht hatte, sondern tatsächlich mit den Ausbauarbeiten begonnen habe, indem er die Betondecke über dem Sitzplatz weiter nach aussen gezogen hatte, habe er selber in der polizeilichen Einvernahme zu Protokoll gegeben. Er habe zugegeben, dass er von der Baubewilligung abgewichen sei. Damit sei mit der Erstinstanz erstellt, dass er "Arbeiten vorgenommen hat, die auf die Erstellung von nicht bewilligten Wintergärten abzielten" (Urteil S. 5 f.). § 160 BauG schütze die Einhaltung der baugesetzlichen Vorschriften; primär werde das Errichten von Bauten ohne Bewilligung oder in Abweichung einer solchen unter Strafe gestellt (ANDREAS BAUMANN, in: Kommentar zum Baugesetz des Kantons Aargau, N. 4 zu § 160 BauG).
2.3. Die Anklageschrift bestimmt den Gegenstand des Gerichtsverfahrens und bezweckt den Schutz der Verteidigungsrechte (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.1; Urteil 6B_963/2015 vom 19. Mai 2016 E. 1.3.1). Entscheidend ist, dass für die beschuldigte Person keine Zweifel darüber bestehen, welches Verhalten ihr vorgeworfen wird. Letztlich ist es Sache des Gerichts, den Sachverhalt verbindlich festzustellen (Urteil 6B_111/2016 vom 26. April 2016 E. 1).
Nach der Anklageschrift überschritt das Bauvorhaben die zulässige Ausnützungsziffer und wich von der bewilligten Gesuchseingabe ab (oben Bst. A in fine). Die zur Begründung zitierte Firma hatte am 27. September 2012 die Rohbaukontrolle durchgeführt und festgestellt, dass der geplante überdachte Sitzplatz nicht realisiert wurde. Stattdessen sei die Fläche zum Wohnraum hinzugefügt worden. Diese bauliche Änderung ergebe eine zusätzliche anrechenbare Geschossfläche von 43.50 m2, wodurch die zulässige Ausnützungsziffer überschritten wurde. Die Bauherrschaft habe es versäumt, die Projektänderung dem Gemeinderat vorzulegen (erstinstanzliches Urteil S. 5 [act. 148] mit Hinweis auf das Protokoll des Gemeinderats [act. 27]). Der Fachbericht einer zweiten Firma vom 30. Januar 2013 stellte fest, dass die ursprünglich als gedeckt geplanten und bewilligten Gartensitzplätze als Wintergärten ausgebaut werden sollten; durch die Projektänderung, namentlich den Ausbau von Wintergärten statt Sitzplätzen, werde die allgemein zulässige Ausnützungsziffer überschritten (erstinstanzliches Urteil a.a.O. mit Hinweis auf act. 34 ff.).
Nach der Aktennotiz des Bezirksgerichts über eine Auskunft des Departements Bau, Verkehr und Umwelt, Abteilung für Baubewilligung, ist herrschende Meinung, dass zur Anwendung von § 160 BauG nicht erst das Bauende abgewartet werden muss. Die Auskunft, es bestehe keine gesetzliche Grundlage, wonach die Gemeinde eine Frist zur Bauvollendung setzen könne (act. 114), führte zum Teilfreispruch (vgl. oben Bst. A und B, betreffend Anklagesachverhalt [b]).
2.4. Der Beschwerdeführer macht eventualiter eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung geltend (Beschwerde S. 11).
Per definitionem könne nur mit baulichen Massnahmen, die über den Rohbau hinausgingen (Ausbauarbeiten), die Wohnfläche und damit die Ausnützung präjudiziert werden. Die erstinstanzliche Annahme, dass die zusätzlich anrechenbare Geschossfläche die zulässige Ausnützungsziffer überschreite, sei qualifiziert falsch, weil im Zeitpunkt der Rohbaukontrolle zur endgültigen Ausnützungsziffer noch gar keine Aussage gemacht werden könne (Beschwerde S. 12 f. sowie S. 15 ff. verbunden mit dem Vorwurf der Gehörsrechtsverletzung). Die Vorinstanz bewege sich auf dem Terrain des Gesinnungsstrafrechts, weil sie ihm vorwerfe, bereits durch die Verlängerung der Betondecke die Absicht manifestiert zu haben, gegen die in der Baubewilligung festgelegte Ausnützungsziffer verstossen zu haben (Beschwerde S. 13).
Weder Willkür noch Gesinnungsstrafrecht sind ersichtlich. Der Beschwerdeführer hatte, wie er einräumte, die Betondecke "weiter nach aussen gezogen"; sein Einwand, dass "diese Abweichung äusserst geringfügig und baurechtlich unbedeutend, weil räumlich nach aussen nicht erscheinend, ist" (Beschwerde S. 9), ist aktenwidrig (oben E. 2.3). Er hatte eine unbewilligte Projektänderung vorgenommen und damit seine Absicht (oben E. 2.2) auch äusserlich feststellbar manifestiert. Eine unvermeidbare Folge der Projektänderung war die Erhöhung der Ausnützungsziffer, wie sich den beiden unabhängigen Fachberichten entnehmen lässt (oben E. 2.3). Dass "er zum damaligen Zeitpunkt bloss die vage Idee in Erwägung gezogen hatte, möglicherweise im Rahmen des Ausbaus den Wohnraum und damit die Ausnützungsziffer zu erweitern" (Beschwerde S. 14), ist ein schön formuliertes kontrafaktisches, aber forensisch unbehelfliches Argument. Nachdem er die Bauänderung bereits ausgeführt hatte, hatte er noch immer kein Bauänderungsgesuch eingereicht gehabt (Urteil S. 5). Mit der Auskunft des Baudepartements (oben E. 2.3, letzter Abs.) setzt er sich nicht auseinander, so dass darauf nicht einzutreten ist.
2.5. Die angefochtene vorinstanzliche Erwägung, dass "der Beschuldigte Arbeiten vorgenommen hat, die auf die Erstellung von nicht bewilligten Wintergärten abzielten" (oben E. 2.1), ist nicht eine in Verkennung des Anklageprinzips der Entscheidung zugrunde gelegte Tatsache, sondern das willkürfrei erstellte Ergebnis der vorinstanzlichen Beweiswürdigung. Damit ist der Beschwerdeführer "in strafbarer Weise von der Baubewilligung abgewichen" (Urteil S. 6). Die Annahme sämtlicher kantonaler Behörden, der Beschwerdeführer habe § 160 Abs. 1 BauG zuwidergehandelt, lässt sich nicht mit Erfolg bestreiten.
2.6. Die mit Verletzungen des Anklage- oder Immutabilitätsprinzips sowie des Verteidigungsrechts argumentierende und sich im Übrigen als appellatorisch herausstellende Beschwerdeführung erweist sich als klarerweise unbegründet.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Beschwerdeführer sind die Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw