Sachverhalt:
A.
Mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Untersuchungsamt Uznach, vom 16. Februar 2016 wurde A._ wegen einfacher Verkehrsregelverletzung zu einer Busse von Fr. 300.-- verurteilt. Nachdem er dagegen Einsprache erhoben hatte, lud ihn das Untersuchungsamt auf den 30. Juni 2016 zur Einvernahme vor. Mit Schreiben vom 19. Juni 2016 ersuchte er um Verschiebung der Einvernahme wegen Auslandabwesenheit und um Einvernahme seines Vaters. Am 8. Juli 2016 teilte ihm das Untersuchungsamt mit, er werde auf den 5. August 2016 vorgeladen, er müsse seine geltend gemachte Auslandabwesenheit vom 30. Juni 2016 belegen und es bestehe kein Bedarf an der Einvernahme seines Vaters. Dagegen erhob A._ am 20. Juli 2016 Beschwerde beim Untersuchungsamt. Dieses leitete die Beschwerde an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen weiter mit dem Hinweis, von der Einvernahme des Beschuldigten werde abgesehen und es werde ein neuer Strafbefehl erlassen.
B.
A._ liess ein Schreiben des Präsidenten der Anklagekammer unbeantwortet, mit dem er auf die Möglichkeit des Beschwerderückzugs ohne Kostenfolgen aufmerksam gemacht worden war. Mit Entscheid vom 11. Oktober 2016 trat die Anklagekammer auf die Beschwerde nicht ein, soweit diese nicht als gegenstandslos abzuschreiben war, und auferlegte A._ eine Entscheidgebühr von Fr. 1'000.--.
C.
Mit als subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichneter Eingabe vom 27. Januar 2017 an das Bundesgericht beantragt A._, der Kostenentscheid der Anklagekammer sei aufzuheben und es sei ihm eine angemessene Entschädigung zuzusprechen; eventuell sei die Beschwerde an die kantonale Gerichtsbarkeit zur zweitinstanzlichen Beurteilung zurückzuweisen.
Das Untersuchungsamt Uznach sowie die Anklagekammer des Kantons St. Gallen verzichteten auf eine Stellungnahme.
D.
Mit Entscheid des Kreisgerichts See-Gaster vom 7. November 2016 wurde A._ vom Vorwurf der fahrlässigen einfachen Verletzung der Verkehrsregeln freigesprochen. Die entsprechenden Verfahrenskosen gingen zu Lasten des Staates.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer erhebt subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law>. Vorweg ist zu prüfen, ob die Eingabe nicht als Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> entgegengenommen werden kann.
1.2. Angefochten ist ein in einem Strafverfahren ergangener kantonal letztinstanzlicher Beschwerdeentscheid im Zusammenhang mit einem Zwischenentscheid der Staatsanwaltschaft über bestimmte Verfahrenshandlungen gemäss <ref-law>. Nach <ref-law> kann die Strafbehörde wie hier in einem solchen Zwischenentscheid auch die Kostenfolgen vor dem Endentscheid vorwegnehmen. Gemäss <ref-law> ist die kantonale Beschwerde zulässig unter anderem gegen die Verfügungen und Verfahrenshandlungen der Staatsanwaltschaft; sie ist allerdings wiederum ausgeschlossen gegen die Ablehnung von Beweisanträgen durch die Staatsanwaltschaft, wenn der Antrag ohne Rechtsnachteil vor dem erstinstanzlichen Gericht wiederholt werden kann (<ref-law>).
1.3. Nach <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Da die Nebenpunkte der Hauptsache folgen, gilt dies auch für Kostenentscheide in Strafsachen.
1.4. Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen Zwischenentscheide, von hier nicht interessierenden weiteren Ausnahmen abgesehen, nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Der Beschwerdeführer erlitt durch den angefochtenen Zwischenenscheid in der Sache keinen irreversiblen Nachteil, wurde er im Hauptentscheid doch vom Vorwurf der einfachen Verkehrsregelverletzung freigesprochen. Nach der Rechtsprechung besteht auch kein nicht wieder gutzumachender Nachteil aufgrund der Auferlegung von Kosten, wenn dies noch im Hauptverfahren angefochten werden kann (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1B_108/2012 vom 19. Juni 2012). Allerdings erging hier der Endentscheid in der Sache, der mit dem Freispruch und der entsprechenden Kostenbefreiung des Beschwerdeführers endete, schon am 7. November 2016 und damit bereits, bevor der angefochtene Zwischenentscheid dem Beschwerdeführer am 12. Dezember 2016 zugestellt wurde. Er konnte mithin im Hauptverfahren keine Kenntnis von der Kostenauflage haben und diese dort anfechten. Der Beschwerdeführer erleidet daher durch den angefochtenen Entscheid in der Kostenfrage einen irreversiblen Nachteil. Im Übrigen spielt der Verfahrensausgang im Zusammenhang mit dem vorliegend wesentlichen Streitgegenstand der staatsanwaltschaftlichen Verfahrenshandlungen indirekt ebenfalls eine Rolle für die Kostenfrage (vgl. hinten E. 3.1 und 3.2), weshalb die materielle Rechtslage insoweit nicht völlig unmassgeblich ist.
1.5. Nicht eingetreten werden kann auf die Beschwerde, soweit sich die vom Beschwerdeführer vorgetragenen Rügen auf den Endentscheid in der Sache beziehen. Streitgegenstand bildet hier nur der Zwischenentscheid. Ob insbesondere der Strafbefehl bzw. die nach Einsprache des Beschwerdeführers erhobene Anklage rechtmässig gewesen sind, ist hier genauso wenig zu beurteilen wie die Frage, ob der Entscheid des Kreisgerichts See-Gaster vom 7. November 2016 ausreichend begründet wurde.
1.6. Der Beschwerdeführer ist als Kostenpflichtiger und als direkter Adressat des angefochtenen Entscheids zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.7. Damit erweist sich die Beschwerde in Strafsachen gegen den Kostenentscheid als zulässig. Die Eingabe ist insofern als solche und nicht als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen. Da die Voraussetzung eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils bei der Anfechtung von Zwischenentscheiden auch für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gilt (vgl. <ref-law>), ist diese schon aus diesem Grund ebenfalls ausgeschlossen, soweit sich die Beschwerde in Strafsachen als unzulässig erweist. Auf die allfälligen weiteren Voraussetzungen der subsidiären Verfassungsbeschwerde ist daher nicht einzugehen.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.2. Die Beschwerdeschrift genügt in einigen Teilen der Substanziierungspflicht nicht. Das gilt insbesondere, soweit der Beschwerdeführer geltend macht, es fehle am Erfordernis der doppelten kantonalen Gerichtsbarkeit bzw. an der zweitinstanzlichen Beurteilung durch ein oberes kantonales Gericht. Der Beschwerdeführer beruft sich insofern auf <ref-law> und auf <ref-ruling>. Sowohl diese Bestimmung als auch das zitierte Urteil beziehen sich aber auf die Beschwerde in Zivilsachen und sind damit für die Beschwerde in Strafsachen nicht unmittelbar anwendbar. Die Beschwerdeschrift setzt sich weder mit dem entsprechend einschlägigen <ref-law> und der diesbezüglichen Rechtsprechung noch insbesondere mit der Tragweite der Ausnahmebestimmung von <ref-law> auseinander. Darauf ist daher nicht einzugehen, und auf die Beschwerde ist nur im nachfolgenden Umfang einzutreten.
3.
3.1. Zu prüfen ist die Frage der Rechtmässigkeit der Kostenverlegung im angefochtenen Entscheid. Nach <ref-law> tragen die Parteien die Kosten eines Rechtsmittelverfahrens nach Massgabe ihres Obsiegens oder Unterliegens. Bei Gegenstandslosigkeit ist es üblich und nicht bundesrechtswidrig, auf den mutmasslichen Prozessausgang aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes abzustellen, wie das die Vorinstanz getan hat (vgl. für das bundesgerichtliche Verfahren <ref-law> i.V.m. <ref-law>). Die Beurteilung des mutmasslichen Verfahrensausgangs beruht auf einer lediglich summarischen Prüfung der Rechtslage.
3.2. In diesem Rahmen kommt es zunächst vorfrageweise auf die Rechtmässigkeit des angefochtenen Entscheids an.
3.2.1. In formeller Hinsicht rügt der Beschwerdeführer insofern, die Strafbehörden hätten seinen Anspruch auf Beurteilung innert angemessener Frist nach <ref-law> verletzt; seine Beschwerde vom 20. Juli 2016 sei erst am 17. August 2016 an die Anklagekammer weitergeleitet worden und deren Präsident habe vor der Fällung des Entscheides versucht, ihn zu einem kostenlosen Beschwerderückzug zu "nötigen"; die Anklagekammer habe des Verfahren "vertrölt" und "amtsmissbräuchlich" gehandelt. Indessen wurde die Beschwerde innert weniger als drei Monaten behandelt; weder erscheint dies als übermässig lange noch stellt das durchaus übliche Angebot eines kostenlosen Beschwerderückzugs einen Amtsmissbrauch dar.
3.2.2. In materieller Hinsicht ergibt sich, dass die Vorinstanz auf die bei ihr erhobene Beschwerde nicht eingetreten ist, soweit der Beweisantrag des Beschwerdeführers auf Einvernahme seines Vaters von der Staatsanwaltschaft abgelehnt worden war, weil es ihm unbenommen blieb, diesen Antrag vor dem Strafgericht zu wiederholen. Dies entspricht <ref-law> und ist nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz verneinte auch ihre Zuständigkeit für diesbezügliche Weisungen an die Staatsanwaltschaft. Weshalb der angefochtene Entscheid insofern bundesrechtswidrig sein sollte, ist nicht ersichtlich. Der Beschwerdeführer behauptet diesbezüglich namentlich eine Verletzung der Begründungspflicht durch die Vorinstanz; eine solche wird aber nicht rechtsgenüglich dargetan und ist auch nicht nachvollziehbar. Soweit die Vorinstanz im Übrigen auf die Beschwerde eingetreten ist, schrieb sie sie als gegenstandslos ab. Das wird vom Beschwerdeführer ebenfalls nicht substanziiert in Frage gestellt.
3.3. Hält der angefochtene Entscheid inhaltlich einer summarischen Überprüfung stand, bleibt einzig noch zu prüfen, ob die von der Vorinstanz daraus gezogenen Folgerungen für die Kostenverlegung dem Bundesrecht entsprechen. Soweit die Anklagekammer auf die bei ihr erhobene Beschwerde nicht eingetreten ist, hat sie den Beschwerdeführer zutreffend als unterliegend betrachtet (vgl. Art. 428 Abs. 1 zweiter Satz StPO). Aber auch soweit sie auf Gegenstandslosigkeit erkannt hat, ist nicht zu beanstanden, dass sie von einem mutmasslichen Unterliegen des Beschwerdeführers ausgegangen ist. Einer Vorladung im Strafverfahren ist Folge zu leisten (<ref-law>). Wer verhindert ist, hat dies unverzüglich mitzuteilen, zu begründen und zu belegen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer belegte seinen Hinderungsgrund nicht, weshalb die Vorinstanz schon deswegen davon ausgehen durfte, er wäre in der massgeblichen Streitsache der staatsanwaltschaftlichen Verfahrenshandlungen vermutlich unterlegen. Dass es später in der Hauptsache zu einem Freispruch des Beschwerdeführers gekommen ist, spielt insofern keine Rolle. Im umgekehrten Sinne ist nicht mehr wesentlich und braucht nicht entschieden zu werden, ob die Einsprache allenfalls hätte als zurückgezogen gelten können, weil der Beschwerdeführer trotz Vorladung einer Einvernahme ohne genügende Entschuldigung fern blieb (vgl. <ref-law>). Das Strafgericht ging im Übrigen nicht von einem solchen Rückzug aus. Im Zeitpunkt, in dem der angefochtene Zwischenentscheid erging, durften die diesbezüglichen Prozesskosten schon mit Blick auf <ref-law> dem Beschwerdeführer auferlegt werden.
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer auch für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Untersuchungsamt Uznach, und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax