Sachverhalt:
A.
Die A._ Ltd. ist eine Gesellschaft der börsenkotierten A._-Ltd.-Gruppe mit Hauptsitz in London. Ihre Haupttätigkeit besteht darin, Börsengeschäfte zwischen Grossanlegern zu vermitteln. Für die Abwicklung der Geschäfte verfügt sie unter anderem über einen Vertrag (Securities Clearing Agreement) mit der Bank C._, welche ihrerseits ein sog. Subcustodian Agreement mit der B._ AG für den Handel mit Schweizer Wertschriften abgeschlossen hat.
B.
B.a. Im Frühjahr 2007 vermittelte die A._ Ltd. Futures auf Aktien und Genussscheinen von sechs schweizerischen börsenkotierten Gesellschaften und tätigte betreffend die Beteiligungsrechte dieser Gesell-schaften Leerverkäufe. Die Futures und die Leerverkäufe stellten Gegengeschäfte dar. Die Leerverkäufe fanden kurz vor dem jeweiligen Tag der Dividendengutschrift statt, wodurch die Dividendenfälligkeit, und damit der Anknüpfungspunkt für die Verrechnungssteuer, in den Zeitraum zwischen Leerverkauf und Lieferung der geschuldeten Titel durch die A._ Ltd. an die jeweiligen Gegenparteien fiel. Die Lieferung der Titel erfolgte am (oder nach dem) Tag, an welchem vor Handelsbeginn die Dividendengutschrift vorgenommen wurde (sog. "Dividendenstichtag" oder auch "Ex-Tag"). Einige Wochen nach der Abwicklung der Geschäfte über die B._ AG belastete diese das Konto der A._ Ltd. mit insgesamt Fr. 54'670'000.-- und überwies den Betrag an die ESTV. Sie rechtfertigte dies mit dem Zirkular Nr. 6584 der Schweizerischen Bankiervereinigung (SBVg) vom 22. Mai 1990 ("Quellensteuerregelung bei Couponabrechnungen"), dem zufolge sie verpflichtet sei, bei Leerverkäufen über den Dividendenstichtag 35 % des Dividendenbetrags direkt an die ESTV abzuführen. Damit werde verhindert, dass die einmal erhobene Verrechnungssteuer zweimal - an den alten und an den neuen Aktieninhaber - zurückerstattet werde. Bei den der A._ Ltd. belasteten Fr. 54.67 Mio. handle es sich entsprechend um Verrechnungssteuern, für deren Rückerstattung diese sich an die ESTV zu halten habe.
B.b. Die daraufhin angegangene ESTV trat - nachdem sie vom Bundesverwaltungsgericht dazu angehalten worden war (Urteil A-8595/2007 vom 21. April 2008) - mit Verfügung vom 16. Juli 2008, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 9. Dezember 2008, auf das Begehren der A._ Ltd. um Erlass einer anfechtbaren Verfügung nicht ein. Mit Urteil A-561/2009 vom 9. August 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht die ESTV an, gegenüber der A._ Ltd. eine Verfügung zu erlassen.
B.c. Mit Entscheid vom 12. Januar 2011 stellte die ESTV fest, die Belastung der B._ AG gegenüber der A._ Ltd. in der Höhe von Fr. 54.67 Mio. sei zu Recht erfolgt. Die dagegen erhobene Einsprache der A._ Ltd. wies die ESTV mit Entscheid vom 20. August 2013 ab und bestätigte die Rechtmässigkeit der Belastung. Weiter untersagte sie der B._ AG, der A._ Ltd. Bescheinigungen zwecks Geltendmachung eines Rückerstattungsanspruchs in der Höhe von Fr. 54.67 Mio. auszustellen. Den Antrag, die Differenz zwischen den auf den Leerverkäufen erhobenen Fr. 54.67 Mio. und den darauf tatsächlich geltend gemachten Rückerstattungen zu ermitteln und gestützt darauf allenfalls eine teilweise Rückerstattung vorzunehmen, wies sie ebenfalls ab.
B.d. Die dagegen erhobene Beschwerde der A._ Ltd. hat das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 17. Dezember 2015 abgewiesen. Es begründete seinen Entscheid zusammengefasst damit, dass es sich bei der Zahlung der A._ Ltd. an die Aktienkäufer in der Höhe der jeweiligen Nettodividenden weder um eine im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG; SR 642.21) verrechnungssteuerpflichtige Leistung gehandelt habe, noch gewohnheitsrechtlich oder steuerstrafrechtlich eine Steuer, ein "Steuerersatz" bzw. eine andere Abgabe geschuldet sei. Bei dem von der B._ AG an die ESTV überwiesenen Betrag von Fr. 54.67 Mio. handle es sich somit nicht um Verrechnungssteuern. Die ESTV habe rechtlich keine Möglichkeit, mittels hoheitlicher Anordnung Verrechnungssteuern oder andere Abgaben bei Leerverkäufen über den Dividendenstichtag zu erheben. Weiter schloss das Bundesverwaltungsgericht, eine Rückvergütung sei weder aufgrund von Art. 12 der Verrechnungssteuerverordnung vom 19. Dezember 1966 (VStV; SR 642.211) noch aufgrund des allgemeinen öffentlich-rechtlichen Rechtsgrundsatzes der Rückforderung einer grundlos erbrachten Leistung möglich, weshalb das Hauptbegehren, den Einspracheentscheid aufzuheben und die ESTV anzuweisen, den Betrag zurückzuzahlen, abzuweisen sei. Es wies in der Folge auch den Subeventualantrag auf Rückerstattung der Differenz zwischen den Fr. 54.67 Mio. (zuzüglich Zinsen von 5 %) und demjenigen Betrag, den die ESTV aufgrund der von der A._ Ltd. getätigten Transaktionen den berechtigten Personen im Rahmen des Rückerstattungsverfahrens vergütet habe, ab. Da keine Verrechnungssteuer auf die A._ Ltd. überwälzt worden sei, seien schliesslich auch die Voraussetzungen für eine Bescheinigung im Sinne von Art. 14 Abs. 2 VStG nicht erfüllt und der Eventualantrag, wonach die B._ AG der A._ Ltd. eine solche auszustellen habe, ebenfalls abzuweisen.
C.
Mit Eingabe vom 1. Februar 2016 erhebt die A._ Ltd. Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils. Die ESTV sei anzuweisen, den von ihr einbehaltenen Betrag von Fr. 54.67 Mio. zuzüglich Zinsen von 5 % seit 16. November 2007 vollumfänglich an die A._ Ltd. zurückzuzahlen. Eventualiter sei die ESTV anzuweisen, der A._ Ltd. die Differenz zwischen Fr. 54.67 Mio. und demjenigen Betrag, den sie aufgrund der von der A._ Ltd. getätigten Transaktionen den berechtigten Personen im Rahmen des Rückerstattungsverfahrens vergütet habe, zuzüglich Zinsen zu überweisen. Subeventualiter sei die B._ AG anzuweisen, der A._ Ltd. im Sinne von Art. 14 Abs. 2 VStG Bescheinigungen auszustellen, die die notwendigen Angaben zur Geltendmachung des Rückerstattungsanspruchs enthalten. Subsubeventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und zur Neubeurteilung an die ESTV zurückzuweisen. Zur Begründung führt sie im Wesentlichen aus, die Vorinstanz liesse un berücksichtigt, dass für das Zirkular Nr. 6584 der SBVg die gesetzliche Grundlage aus verschiedenen Gründen fehle. Weder sei die ESTV ermächtigt gewesen, das im Zirkular Geregelte an die SBVg zu delegieren noch habe diese von sich aus die Ermächtigung gehabt, von ihren Mitgliedern die Abgabe zusätzlicher Steuern zu bestimmen. Selbst im vorliegenden Fall, wo die abgeführten Gelder nicht als Steuer qualifiziert werden könnten, sei die ESTV nicht ermächtigt gewesen, diese Gelder gewinnbringend und ohne Abrechnungspflicht einzubehalten. Es fehle auch hierzu die gesetzliche Grundlage. Die strittigen Gelder seien daher ohne Weiteres an die Beschwerdeführerin zurückzuzahlen.
Die B._ AG beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und die Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die ESTV schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. In der Replik, den Dupliken und den Schlussbemerkungen halten die Beteiligten an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einem Verrechnungssteuerstreit, mithin in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig, zumal keine Ausschlussgründe nach Art. 83 BGG vorliegen. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) der nach Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist einzutreten.
1.2.
1.2.1. Über den Kreis der eigentlichen Parteien hinaus kann das Bundesgericht weitere Beteiligte in das Verfahren einbeziehen (Art. 102 Abs. 1 BGG), wenn diese durch den Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens in rechtlicher oder tatsächlicher Weise direkt oder indirekt betroffen sind, ohne indes die Intensität und Eigenschaften zu erfüllen, um formell als Gegenparteien auftreten zu können (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 387 mit Hinweisen). Letztlich ist dies Ausdruck des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV; Urteil 2C_373/2016 vom 17. November 2016 E. 2.1, in: ASA 85 S. 390).
1.2.2. Die Verfahrensbeteiligte hatte sich im vorinstanzlichen Verfahren auf unverbindliche Einladung hin freiwillig mit eigenen Anträgen beteiligt. Im vorliegenden Verfahren wurde sie vom Bundesgericht gestützt auf Art. 102 Abs. 1 BGG zur Vernehmlassung aufgefordert, da sie durch den Ausgang des Verfahrens betroffen ist. Soweit sie vorbringt, als Nebenpartei keine Verfügungsmacht über den Streitgegenstand zu haben, weshalb auf die von der Beschwerdeführerin subeventualiter beantragte Anweisung, ihr eine Bescheinigung im Sinne von Art. 14 Abs. 2 VStG auszustellen, nicht einzutreten sei, ist ihr zwar insofern zuzustimmen, als nicht sie den Streitgegenstand bestimmt - was indes auch für eine nicht beschwerdeführende Gegenpartei gelten würde. Die von der Beschwerdeführerin gestellten Rechtsbegehren können aber durchaus Auswirkungen auf die Verfahrensbeteiligte haben, weshalb sie eben gerade am Verfahren beteiligt wird bzw. am erst- und vorinstanzlichen Verfahren beteiligt wurde. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern auf den Subeventualantrag der Beschwerdeführerin, der bereits Streitgegenstand des Verfahrens vor der ESTV bildete, nicht einzutreten ist.
1.3. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 1 S. 236; <ref-ruling> E. 3 S. 415). Doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236; <ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f.). Die Verletzung von Grundrechten untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 356; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
2.
2.1. Die Vorinstanz erkannte im angefochtenen Urteil, beim von der Verfahrensbeteiligten an die ESTV überwiesenen Betrag von Fr. 54.67 Mio. handle es sich nicht um Verrechnungssteuern. Weiter gelangte sie zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin weder gestützt auf Art. 12 VStV noch nach bereicherungsrechtlichen Grundsätzen einen Anspruch auf Rückvergütung des Betrages habe.
Die ESTV und die Verfahrensbeteiligte schliessen sich zwar im Ergebnis dem vorinstanzlichen Urteil an. Allerdings vertreten sie die Ansicht, es läge ein Steuerobjekt im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG vor. Der strittige Betrag sei somit als Verrechnungssteuer geschuldet gewesen und die Beschwerde schon aus diesem Grund abzuweisen.
Demgegenüber geht die Beschwerdeführerin davon aus, dass es, wie die Vorinstanz erkannt habe, der ESTV mangels gesetzlicher Grundlage nicht möglich gewesen sei, die Beschwerdeführerin oder die Verfahrensbeteiligte zur Abgabe zu verpflichten. Im Weiteren habe die Vorinstanz aber nicht geprüft, ob die ESTV über eine gesetzliche Grundlage verfügte, die Gelder einzunehmen und zur Deckung befürchteter Steuerausfälle zu verwenden. Sie habe diese Frage umgangen mit der rechtlich irrelevanten Behauptung, die Gelder seien der ESTV "ohne deren Zutun" eingegangen.
Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet somit einerseits die Frage, ob es sich beim strittigen Betrag um Verrechnungssteuer handelt, und andererseits, ob dieser der Beschwerdeführerin zurückzuerstatten ist (Hauptbegehren). Des Weiteren ist zu klären, ob die ESTV der Beschwerdeführerin die Differenz vom einbehaltenen Betrag in der Höhe von Fr. 54.67 Mio. sowie der im Zusammenhang mit den getätigten Transaktionen gewährten Rückerstattung der Verrechnungssteuer zu erstatten hat (Eventualbegehren), und ob die Verfahrensbeteiligte der Beschwerdeführerin Bescheinigungen für die Geltendmachung des Rückerstattungsanspruchs auszustellen hat (Subeventualbegehren).
2.2. Die ESTV begründet ihre Auffassung, wonach es sich bei den bei der Beschwerdeführerin in Abzug gebrachten 35 % des Betrags der Bruttodividenden um eine Verrechnungssteuer handle, damit, dass die Zahlung des Betrages in Höhe der Nettodividende, also von 65% der Bruttodividende, welche den Leerkäufern zu Lasten des Kontos der Beschwerdeführerin überwiesen wurden, eine künstlich geschaffene Dividende sei, welche der Verrechnungssteuer unterliege. Die Verfahrensbeteiligte führt ihrerseits - im Ergebnis identisch - aus, die von der Beschwerdeführerin im Rahmen ihrer Leerverkäufe geleisteten Dividendenzahlungen seien aus steuersystematischer und teleologischer Sicht unter Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG zu subsumieren.
Ist die Zahlung im Umfang der Nettodividende als Dividende im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG zu qualifizieren, besteht keine Grundlage für einen Rückerstattungsanspruch der Beschwerdeführerin: Das System der Verrechnungssteuer sieht betreffend Kapitalerträge vor, dass der Schuldner der steuerbaren Leistung - soweit nicht das (vorliegend nicht relevante) Meldeverfahren zur Anwendung kommt (vgl. dazu Art. 20 VStG) - die steuerbare Leistung um den Steuerbetrag zu kürzen (Art. 14 Abs. 1 VStG) und diesen der ESTV zu entrichten hat (Art. 38 Abs. 2 VStG). Der Gläubiger der steuerbaren Leistung kann sodann - soweit die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind oder ein entsprechender Anspruch nach Doppelbesteuerungsabkommen besteht - die (volle oder teilweise) Rückerstattung der ihm abgezogenen Verrechnungssteuer geltend machen (vgl. Art. 21 ff. VStG). Sollte die vorliegend interessierende Zahlung von 65 % der Bruttodividende als Dividende im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG zu qualifizieren sein, wäre die Beschwerdeführerin als Schuldnerin dieser Leistung zu betrachten. Inwiefern sie in dieser Eigenschaft einen Anspruch auf Rückerstattung der abgezogenen bzw. abgelieferten Verrechnungssteuer haben sollte, ist nicht ersichtlich.
Es ist daher vorab zu prüfen, ob - entsprechend den Auffassungen der ESTV und der Verfahrensbeteiligten - die in Abzug gebrachten 35 % des Betrags der Bruttodividenden als Verrechnungssteuer zu qualifizieren sind.
3.
3.1. Der Bund erhebt gestützt auf Art. 132 Abs. 2 BV eine Verrechnungssteuer unter anderem auf dem Ertrag von beweglichem Kapitalvermögen (Art. 1 Abs. 1 VStG). Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind gemäss Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge der von einem Inländer ausgegebenen Aktien, Stammanteile an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteile, Partizipationsscheine und Genussscheine. Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung (Art. 10 Abs. 1 VStG). Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen, bei Kapitalerträgen um 35 % (Art. 13 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 14 Abs. 1 VStG).
3.2. Die Verrechnungssteuer bezweckt im inländischen Verhältnis in erster Linie, die Deklaration der Erträge beweglichen Kapitalvermögens zu sichern; dem Steuerehrlichen wird sie zurückerstattet (sog. Sicherungszweck; vgl. <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 533; <ref-ruling> E. 4 S. 352 f.; je mit Hinweisen). Im Ausland steuerpflichtige Empfänger der steuerbaren Erträge können die Rückerstattung der Verrechnungssteuer nur insoweit verlangen, als ihnen ein Doppelbesteuerungsabkommen einen entsprechenden Anspruch einräumt (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 450; Urteil 2C_404/2015 vom 15. September 2016 E. 2.3, in: ASA 85 S. 413). Die Verrechnungssteuer führt bei diesen somit grundsätzlich - vorbehältlich eines zwischenstaatlichen Abkommens - zu einer endgültigen, an der Quelle erhobenen steuerlichen Belastung und verfolgt insofern einen direkten Fiskalzweck (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 450; Urteile 2C_404/2015 vom 15. September 2016 E. 2.3; 2C_333/2007 / 2C_407/2007 vom 22. Februar 2008 E. 7.3, in: RDAF 2009 II S. 162, StR 63/2008 S. 475). Auch für den inländischen Leistungsempfänger kann die Verrechnungssteuer direkten Fiskalzweck haben, wenn diesem die Erfüllung der materiellen Anspruchsvoraussetzungen für die Rückerstattung aberkannt wird (vgl. BAUER-BALMELLI/REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2. Aufl. 2012 [nachfolgend: Kommentar VStG], Vorbemerkungen N. 71).
3.3. Steuerbarer Ertrag von Aktien (Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG) ist jede geldwerte Leistung der Gesellschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder an ihnen nahestehende Dritte, die sich nicht als Rückzahlung der im Zeitpunkt der Leistung bestehenden Anteile am einbezahlten Grund- oder Stammkapital darstellt (Dividenden, Boni, Gratisaktien, Gratis-Partizipationsscheine, Liquidationsüberschüsse und dergleichen; Art. 20 Abs. 1 VStV). Der Begriff der geldwerten Leistung nach Art. 20 Abs. 1 VStV deckt sich mit der nach Massgabe von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG (SR 642.11) als Einkommen steuerbaren geldwerten Leistung, was grundsätzlich auch dem Sicherungszweck der Verrechnungssteuer entspricht. Dementsprechend ist Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG - wie Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG, den das Bundesgericht wiederholt als eine Steuernorm mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten bezeichnet hat - unter Berücksichtigung des wirtschaftlichen Charakters auszulegen. Die Steuerbehörden sind somit bei der Interpretation dieser Vorschrift nicht strikte an die zivilrechtliche Gestaltung gebunden; vielmehr haben sie den Sachverhalt entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen (Urteil 2C_806/2013 vom 24. März 2014 E. 2.1 mit Hinweis).
4.
In einem ersten Schritt ist somit - wie dargelegt - zu prüfen, ob der strittige Betrag von Fr. 54.67 Mio. als gestützt auf Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG geschuldete Verrechnungssteuer zu qualifizieren ist.
4.1.
4.1.1. Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid zunächst die Grundlagen von Aktientransaktionen dargelegt. Auf die zutreffenden und grundsätzlich nicht bestrittenen Ausführungen kann verwiesen werden (vgl. E. 4.1-4.3 des angefochtenen Urteils).
4.1.2. Gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) hat die Beschwerdeführerin im Frühjahr 2007 verschiedene Transaktionen mit Futures auf Aktien und Genussscheinen von sechs schweizerischen börsenkotierten Gesellschaften (nachfolgend: SMI-Gesellschaften) und mit den Aktien bzw. Genussscheinen selbst getätigt. Die Transaktionen stellten Gegengeschäfte dar, erfolgten jedoch unabhängig voneinander über verschiedene Handelsplätze. Die Beschwerdeführerin tätigte Leerverkäufe (auch: "Short"-Verkauf), indem sie Aktien verkaufte, die (noch) nicht in ihrem Eigentum standen. Dabei wurden die Verkäufe (Verpflichtungsgeschäfte) ausserbörslich direkt mit anderen Dritten (meist ebenfalls Broker) vereinbart. Mit der Abwicklung betraut wurde die Verfahrensbeteiligte als Subcustodian. Diese erteilte der D._ AG (seit August 2008 E._ AG) die entsprechenden Instruktionen. Die Deckungskäufe der Beschwerdeführerin erfolgten jeweils kurz vor dem Erfüllungstermin, aber erst nach dem Dividendenstichtag der SMI-Gesellschaften. Die Verkäufe beliefen sich im Frühjahr 2007 auf insgesamt Fr. 6.63 Mrd. Als Folge der Transaktionen über den Ex-Tag nahm das Börsenabwicklungssystem D._ AG automatisch Belastungen des Kontos der Beschwerdeführerin in der Höhe der Nettodividendenzahlungen zugunsten der (Leer-) Käufer der Aktien vor. Die Leerverkäufe wurden im Abwicklungssystem demzufolge gleich behandelt, wie wenn die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Verkaufs bzw. am Dividendenstichtag bereits im Besitz der verkauften Aktien gewesen wäre (sog. "Long"-Verkauf). Anders als bei "Long"-Verkäufen hatte die Beschwerdeführerin selbst jedoch keine Nettodividendenzahlung erhalten, da sie die entsprechenden Wertschriften (noch) gar nicht erworben hatte. Bei diesen Zahlungen zulasten des Kontos der Beschwerdeführerin handelte es sich daher nicht um Weiterleitungen der ihr zugegangenen Dividenden. Zusätzlich belastete die Verfahrensbeteiligte das Konto der Beschwerdeführerin mit insgesamt Fr. 54.67 Mio., was 35 % der Dividenden der verkauften Aktien und somit in der Höhe den bei einer "normalen Dividendenausschüttung" anfallenden Verrechnungssteuern entsprach. Dieser Betrag wurde in der Folge (nebst anderen) von der Verfahrensbeteiligten mittels zweier Formulare 102M deklariert und der ESTV überwiesen. Die Verfahrensbeteiligte rechnete dabei in eigenem Namen ab (vgl. E. 4.4 des angefochtenen Urteils).
4.1.3. Die Vorinstanz stellte weiter fest, weder dem D._-AG-System noch den Käufern sei es möglich gewesen zu erkennen, dass die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses noch nicht über die Aktien verfügte, mithin Leerverkäufe tätigte (vgl. E. 4.5.1.1, 4.5.1.3 f. des angefochtenen Urteils). Das automatisierte D._-AG-System behandelte Leer- oder "Short"-Verkäufe gleich wie "Long"-Verkäufe: Bei den "Long"-Verkäufen über den Dividendenstichtag wird die dem Verkäufer gutgeschriebene Nettodividende diesem sogleich wieder belastet und dem Käufer gutgeschrieben. In gleicher Weise schreibt das System bei Leerverkäufen den Käufern die Ersatzzahlung in der Höhe der Nettodividende als "normal" weitergeleitete Nettodividende gut, mit korrespondierender Belastung des Leerverkäufers (vgl. MarketGuide Schweiz der D._ AG [Version vom 17. November 2006] Ziff. 8.4.1; JONAS MISTELI, Dividenden-Stripping, Steuerrechtliche Aspekte einer Verschiebung von Aktien über den Dividendenstichtag mittels börslicher Kassageschäfte, Sell/Buy-Back, Repo und Securities-Lending, 2001, N. 145). Dies wird auch von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Den Käufern wurden folglich im Zeitpunkt des Kaufs die in den Aktien verkörperten Rechte vermittelt. Sie hatten somit nicht nur Anspruch auf die Aktien ("ex coupon"), sondern bei Lieferung nach dem Dividendenstichtag auch auf die zwischen Verpflichtungs- und Verfügungsgeschäft ausgeschütteten Dividenden als Ersatz für den verfallenen Coupon. Soweit die Beschwerdeführerin daher (zivilrechtlich) ihren Verpflichtungen mangels Nutzungsrecht an den Aktien resp. deren Erträgen nicht nachkommen konnte, wurden diese Beträge automatisch bei der Abwicklung durch die D._ AG überwiesen.
4.2.
4.2.1. Die Vorinstanz qualifizierte diese Ersatzzahlungen als eine Art Schadenersatz (vgl. E. 4.5.1.2 des angefochtenen Urteils). Die Verfahrensbeteiligte bringt dagegen vor, die Vorinstanz hätte konsequent zum Schluss kommen müssen, dass die Beschwerdeführerin zivilrechtlich die Zahlung eines Beteiligungsertrags versprochen und diese Leistung auch erbracht habe, weshalb durchaus ein Steuerobjekt im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG vorliege.
4.2.2. Ein Steuerobjekt im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG i.V.m. Art. 20 Abs. 1 VStV setzt eine geldwerte Leistung der Gesellschaft oder Genossenschaft an die Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder ihnen nahestehende Dritte voraus. Da die Beschwerdeführerin Aktien verkaufte, in deren Besitz sie (noch) nicht war, konnte sie am Dividendenstichtag auch kein Nutzungsrecht (zum Begriff des "Rechts zur Nutzung" vgl. Urteil 2C_383/2013 vom 2. Oktober 2015 E. 3 f.) verschaffen, sondern eben lediglich, aber immerhin, eine Ersatzzahlung im Umfang der geschuldeten Aktien resp. Dividenden. Sie war damit, genauso wenig wie die Käufer, "Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte oder ihnen nahestehende Dritte". Selbst wenn das Abwicklungssystem der D._ AG nicht zwischen "Long"- und "Short"-Verkäufen unterschieden hat, sind die Verkäufe zivilrechtlich und auch wirtschaftlich gerade nicht vergleichbar.
Es ergibt sich damit, dass zwischen der Beschwerdeführerin, den Käufern der Aktien und der Verfahrensbeteiligten als Subcustodian der Beschwerdeführerin einzig vertragliche Beziehungen, nicht jedoch gesellschafts- oder beteiligungsrechtliche auszumachen sind. Die Vorinstanz durfte daher zu Recht das Vorliegen eines Steuerobjekts gemäss Art. 4 Abs. 1 VStG verneinen. Entgegen der Verfahrensbeteiligten ändert es - auch wenn die Beschwerdeführerin zivilrechtlich "die Zahlung eines Beteiligungsertrags" versprochen und diese Leistung auch erbracht hat - gerade nichts daran, dass sie den Käufern einzig "künstlich geschaffene Nettodividenden", und damit ebenfalls "künstlich geschaffene Rückerstattungsansprüche", vermittelt hat. Selbst bei einem weit gefassten Verständnis des Begriffes "bewegliches Kapitalvermögen" (Art. 4 Abs. 1 VStG) lassen sich die über den Dividendentermin fliessenden "künstlich geschaffenen" Dividenden nicht unter den "sonstigen Ertrag" subsumieren. Bei Leerverkäufen sind daher keine Erträge aus beweglichem Kapitalvermögen auszumachen. Somit kann auch der Ansicht der ESTV nicht gefolgt werden, wonach auf diese "Dividenden" Verrechnungssteuer zu zahlen sei. In diesem Sinne war im Übrigen auch das von der Beschwerdeführerin eingereichte Gutachten von Prof. Dr. F._ vom 8. Juli 2014 zum Schluss gekommen, dass die Beschwerdeführerin (mit Dazwischenschalten der Bank C._) in einem indirekten Vertragsverhältnis mit der Verfahrensbeteiligten sei. Sie habe sich Käufern gegenüber verpflichtet, SMI-Titel vor Dividendenfälligkeit und somit mit Anspruch auf Dividende zu verkaufen. Sie habe aber nur SMI-Titel ohne Anspruch auf Dividenden liefern können. Um diesen nicht vertragskonformen Zustand zu korrigieren, habe sie via die Verfahrensbeteiligte (Subcustodian) eine Ersatzzahlung geleistet. Damit habe sie den Käufern gegenüber die vertraglich korrekte Erfüllung sichergestellt (vgl. Gutachten F._ S. 6 und 16).
4.2.3. Daran vermag - entgegen den Vorbringen der ESTV und der Verfahrensbeteiligten - auch die Sicherungsfunktion der Verrechnungssteuer (E. 3.2) nichts zu ändern. Zwar bezweckt die Verrechnungssteuer auch, Steuerhinterziehung zu bekämpfen, dies jedoch bloss indem eine - nicht rückforderbare - Defraudantensteuer erhoben wird. Diese Zwecksetzung vermag aber nicht die bestehende gesetzliche Grundlage von Art. 4 VStG zu ersetzen bzw. zu ergänzen und eine Steuerpflicht - einzig gestützt auf teleologische Überlegungen - zu begründen. Das in diesem Zusammenhang vorgebrachte Argument, Erträge aus leer verkauften Titeln würden einkommens- bzw. gewinnsteuerrechtlich als steuerbarer Ertrag behandelt, trägt zudem nicht, da die Steuerpflicht insofern gerade auf entsprechenden gesetzlichen Grundlagen beruht: Mit Blick auf die Einkommenssteuer ist zu beachten, dass gemäss Art. 16 Abs. 1 DBG alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte - soweit sie nicht explizit steuerbefreit sind (vgl. Art. 16 Abs. 3 DBG sowie Art. 24 DBG) - der Einkommenssteuer unterliegen, vorausgesetzt dass damit eine Zunahme der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit des Steuerpflichtigen verbunden ist und dem Zufluss kein korrelierender, den Zufluss neutralisierender, Vermögensabgang gegenübersteht (vgl. REICH/ WEIDMANN, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 3. Aufl. 2017 [nachfolgend: Kommentar DBG], N. 17b zu Art. 16 DBG). In Bezug auf Schadenersatzleistungen bedeutet dies, dass diese dann kein steuerbares Einkommen darstellen, wenn kein Reinvermögenszugang vorliegt, weil der Zufluss durch die erlittene oder noch eintretende wirtschaftliche Einbusse neutralisiert wird. Wenn aber mit der Schadenersatzleistung wegfallende - steuerbare - Einkünfte ersetzt werden, so müssen konsequenterweise auch die sie ersetzenden Schadenersatzeinkünfte steuerbar sein (vgl. REICH/WEIDMANN, Kommentar DBG, N. 17c zu Art. 16 DBG mit Hinweisen betreffend Ersatz von Erwerbseinkünften). Mit Blick auf die Gewinnsteuer ergibt sich die Steuerbarkeit der Leistung sodann basierend auf Art. 57 f. DBG aus dem Umstand, dass die Leistung - mangels korrelierendem Vermögensabgang - erfolgswirksam zu erfassen ist.
4.2.4. Die Vorinstanz hat somit bei der Beurteilung der Vorfrage betreffend Qualifikation der Leistung in Höhe des Dividendennettobetrages zu Recht festgestellt, es könne sich nicht um einen der Verrechnungssteuer unterliegenden Ertrag auf beweglichem Kapitalvermögen im Sinne von Art. 4 VStG handeln.
4.2.5. Keine abweichende Qualifikation dieser Zahlung ergibt sich aus dem Umstand, dass sich die Verfahrensbeteiligten bei der Abwicklung des Geschäftes an das Zirkular Nr. 6584 der SBVg gehalten haben. Die in diesem Formular vorgesehene Vorgehensweise will verhindern, dass über das Abwicklungssystem der D._ AG ein Beleg für den Käufer der Aktie zur Verrechnungssteuerrückerstattung geschaffen wird, ohne dass der entsprechende Betrag an die ESTV abgeliefert wird (vgl. Gutachten von Prof. Dr. G._ vom 18. August 2008), können doch die Käufer, wie gesehen (E. 4.1.3), nicht wissen, dass sie lediglich eine Ersatzzahlung erhalten. Das Vorgehen nach Zirkular verhindert somit, dass zwei Belege für die Rückerstattung ausgestellt und die Verrechnungssteuer zwar doppelt zurückgefordert, aber nur einmal der ESTV abgeliefert wird. Bereits die Vorinstanz hat jedoch zutreffend festgehalten, die ESTV bringe zu Recht nicht vor, das Zirkular Nr. 6584 der SBVg sei eine genügende gesetzliche Grundlage für die Erhebung der Verrechnungssteuer, und hat die Berufung der ESTV auf jahrzehntelange Praxis und Gewohnheitsrecht verworfen. Der Feststellung der Vorinstanz, dass durch Gewohnheitsrecht schon grundsätzlich keine neuen Steuern oder andere steuerrechtliche Verpflichtungen auferlegt werden können, bleibt nichts beizufügen.
4.3. Können die Zahlungen in Höhe der Nettodividende demnach nicht als Kapitalerträge im Sinne von Art. 4 Abs. 1 lit. b VStG qualifiziert werden, ergibt sich folgerichtig, dass es sich beim Betrag von Fr. 54.67 Mio. nicht um Verrechnungssteuern handelt und dass der Rückerstattungsanspruch der Beschwerdeführerin nicht bereits aufgrund einer solchen Qualifikation verneint werden kann.
5.
Die Frage, ob der Beschwerdeführerin eine Rückvergütung der Fr. 54.67 Mio. zusteht, ist somit unter weiteren Gesichtspunkten zu prüfen.
5.1. Wie gesehen (E. 4.1.2), deklarierte die Verfahrensbeteiligte den Betrag von Fr. 54.67 Mio. mittels Formular 102M und überwies ihn der ESTV, wobei sie diese Zahlung in eigenem Namen leistete, den Betrag aber der Beschwerdeführerin weiterbelastete. Mit diesen Vorgängen hat sich bereits das Handelsgericht des Kantons Zürich befasst (vgl. Sachverhalt Bst. H und E. 5.2.2 des angefochtenen Urteils). Es hatte sich mit verschiedenen zivilrechtlichen Ansprüchen der Beschwerdeführerin (als Klägerin) gegenüber der Verfahrensbeteiligten (als Beklagte) auseinanderzusetzen. Dabei stellte es fest, dass eine Bank für eine einwandfreie Geschäftstätigkeit im Sinne des Bankengesetzes nicht nur die von der Eidgenössischen Bankenkommission (EBK, seit 1. Januar 2009 Eidgenössische Finanzmarktaufsicht [FINMA]) zu Mindeststandards erhobenen Selbstregulierungsbestimmungen zu beachten habe, sondern auch die Usanzen des Bankenverkehrs. Das Zirkular Nr. 6584 der SBVg beruhe auf einer langjährigen Praxis und sei daher ohne Weiteres als Geschäftsgebrauch zu betrachten. Die Verfahrensbeteiligte sei an die Einhaltung des Zirkulars gebunden (Urteil des Handelsgerichts Zürich vom 23. August 2012 S. 43 f.). Ob es auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruhe und ob es sich vorliegend um eine Verrechnungssteuer im Sinne des VStG handle, liess das Handelsgericht offen (vgl. S. 51 des Urteils des Handelsgerichts). Die Verfahrensbeteiligte sei an das Zirkular gebunden gewesen und habe sich auch vertraglich gegenüber der Bank C._ zu dessen Einhaltung verpflichtet. Indem sie sich daran gehalten habe, habe sie keine vertraglichen Pflichten gegenüber der Bank C._ oder der Beschwerdeführerin verletzt. Folglich bestehe kein vertraglicher Anspruch der Beschwerdeführerin auf Rückzahlung der geforderten Fr. 54.67 Mio. (vgl. S. 51 f. des Urteils des Handelsgerichts). Weiter verneinte das Handelsgericht auch Ansprüche aus unerlaubter Handlung (mangels Widerrechtlichkeit; S. 55 f. des Urteils des Handelsgerichts) und ungerechtfertigter Bereicherung (mangels Bereicherung; S. 57 des Urteils des Handelsgerichts). Es gelangte somit zum Ergebnis, dass keine zivilrechtlichen Ansprüche der Beschwerdeführerin gegenüber der Verfahrensbeteiligten bestünden.
Das Urteil des Handelsgerichts ist in Rechtskraft erwachsen. Die darin behandelten Fragen betreffend die zivilrechtlichen Ansprüche der Beschwerdeführerin gegenüber der Verfahrensbeteiligten, aber auch betreffend das vertragskonforme Verhalten der Verfahrensbeteiligten,erweisen sich damit als rechtskräftig entschieden und können vorliegend nicht wieder aufgenommen werden.
5.2. Im vorliegenden Verfahren noch offen und zu beurteilen ist, ob die Beschwerdeführerin eine Rückvergütung von der ESTV verlangen kann. Die Verfahrensbeteiligte, welche die Zahlungen in eigenem Namen leistete, geht davon aus, diese zu Recht an die ESTV abgeliefert zu haben.
5.2.1. Gemäss Art. 12 Abs. 1 VStV werden bezahlte Steuern und Zinsen, die nicht durch Entscheid der ESTV festgesetzt worden sind, zurückerstattet, sobald feststeht, dass sie nicht geschuldet waren. Hat somit der Steuerpflichtige irrtümlich eine gemäss Gesetz gar nicht geschuldete Steuer deklariert und bezahlt, so kann diese Steuer nach Massgabe von Art. 12 VStV zurückgefordert werden (vgl. MARKUS KÜPFER, Kommentar VStG, N. 12 zu Art. 38 VStG). Dies muss in gleicher Weise gelten, wenn wie vorliegend die Überweisung nicht durch den Schuldner der steuerbaren Leistung selber, sondern an seiner Stelle durch einen Beauftragten und im automatisierten Abwicklungssystem involvierten Subcustodian erfolgt, auf jeden Fall wenn rechtskräftig festgestellt wurde, dass sich der Subcustodian vertragskonform verhalten hat (vgl. dazu soeben E. 5.1).
Ist eine nicht geschuldete Steuer schon überwälzt worden (Art. 14 Abs. 1 VStG), wird die Rückerstattung nur gewährt, wenn feststeht, dass der von der Überwälzung Betroffene die Rückerstattung nicht im ordentlichen Rückerstattungsverfahren erlangt hat und dass er in den Genuss der Rückerstattung gemäss Abs. 1 gebracht wird (Art. 12 Abs. 2 VStV). Art. 14 Abs. 1 VStG schreibt die Pflicht zur Überwälzung der Verrechnungssteuer auf den Leistungsempfänger zwingend vor (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 549). Die strengen Voraussetzungen der Rückerstattung in Art. 12 Abs. 2 VStV (vgl. zur Terminologie "Rückerstattung" bzw. "Rückvergütung" MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 57 f.) gründen darin, dass angesichts der Überwälzungspflicht anzunehmen ist, der Steuerpflichtige überwälze auch eine nicht geschuldete Steuer auf den Leistungsempfänger und stelle diesem die nach Art. 14 Abs. 2 VStG für die Geltendmachung des Rückerstattungsanspruchs notwendigen Angaben aus. So kann es sein, dass der Leistungsempfänger die auf ihn überwälzte, zu Unrecht entrichtete Steuer im ordentlichen Rückerstattungsverfahren (nach Art. 21 ff. VStG) zurückverlangt und der Bund im Ergebnis durch die seinerzeitige Bezahlung der Nichtschuld nicht mehr unrechtmässig bereichert ist. Ist aber die zu Unrecht entrichtete Steuer im Zeitpunkt, in welchem die Bezahlung der Nichtschuld entdeckt wird, zwar überwälzt, jedoch dem Leistungsempfänger noch nicht zurückerstattet worden, oder kann dieser (z.B. als Ausländer) eine Rückerstattung nicht oder nur teilweise erlangen, so lässt sich eine Rückvergütung der Steuer an denjenigen, der sie (zu Unrecht) bezahlt und überwälzt hat, nur rechtfertigen, wenn der von der Überwälzung Betroffene (Leistungsempfänger) in den Genuss der Rückvergütung kommt; denn dieser Letztere ist der zu Unrecht Entreicherte (W. ROBERT PFUND, Die Eidgenössische Verrechnungssteuer, I. Teil, 1971, N. 6.1 Vorbem. zu Art. 17; MARKUS KÜPFER, Kommentar VStG, N. 13 zu Art. 38 VStG). Rückvergütungsberechtigt ist, wer die Nichtschuld bezahlt hat (PFUND, a.a.O., N. 9.1 Vorbem. zu Art. 17).
5.2.2. Da vorliegend feststeht, dass eine Nichtschuld bezahlt wurde (vgl. E. 4.2 ff.), ist zu prüfen, ob die weiteren Voraussetzungen von Art. 12 Abs. 2 VStV erfüllt sind. Die Vorinstanz hat dies verneint (vgl. E. 5.3.1 des angefochtenen Urteils). Sie ging von einer Überwälzung der - nicht geschuldeten - Verrechnungssteuer durch die Beschwerdeführerin auf die Aktienkäufer aus, indem die Beschwerdeführerin im Wissen darum, dass die Aktienkäufer trotz fehlender Nutzungsberechtigung am Dividendenstichtag aufgrund der durch das Abwicklungssystem generierten Dividendenabrechnung die Verrechnungssteuer zurückverlangen können würden, lediglich einen Schadenersatz in der Höhe der Nettodividenden der verkauften Aktien weiterleiten liess, anstelle eines Schadenersatzes in Höhe der Bruttodividende zu bezahlen. Die Käufer gingen davon aus, die Nettodividenden erhalten zu haben (siehe bereits vorstehend E. 4.1.3). Die Beschwerdeführerin habe demnach das Abwicklungssystem genutzt, um ihre Ersatzzahlungen zu reduzieren und die Verrechnungssteuer den Aktienkäufern zu überwälzen.
Diesen Erwägungen ist zuzustimmen. Es fällt insbesondere auf, dass den damaligen Rechtsberatern der Beschwerdeführerin sehr wohl bewusst war, dass der ESTV resp. dem Staat ein Verlust in der Höhe von 35 % entsteht, wenn die Bank C._ von der Verfahrensbeteiligten mit lediglich 65 % und nicht 100 % belastet werde (vgl. Beschwerdebeilage Nr. 13), und die Beschwerdeführerin sich zu nutze machte, selber zwar von den Käufern den vollen Preis für die Aktien ("cum coupon") zu erhalten, diesen jedoch nur eine Nettodividende von 65 % weiterzuleiten. Als Börsenspezialistin musste sie sich bewusst sein, dass die Käufer nicht nur mit einer Nettodividende von 65 %, sondern im Hinblick auf die Geltendmachung der Rückerstattung der fehlenden 35 % damit rechneten, Bescheinigungen ausgestellt zu erhalten. Das Problem liegt nicht an den Leerverkäufen an sich, sondern am bisherigen Abwicklungssystem, das keine Unterscheidung zwischen Long- und Short-Verkäufen, und damit zwischen echten Dividenden und Ersatzzahlungen, traf. Den Aktienkäufern - und der ESTV - war damit nicht ersichtlich, dass es sich bei den "Dividendenzahlungen" im Falle von Leerverkäufen über den Dividendenstichtag um Ersatzzahlungen handelte und nicht um die echten (Netto) Dividenden und sie daher im Zeitpunkt der Dividendenausschüttung noch nicht an den Erträgen nutzungsberechtigt waren, mithin die Rückerstattung der Verrechnungssteuer im Grunde nicht hätten verlangen können.
Diese "Systemlücke" ist nicht ein neues oder unerwartet auftretendes Phänomen, sondern war den Marktbeteiligten bestens bekannt. Aus diesem Grunde hatte die Schweizerische Bankiervereinigung bereits am 22. Mai 1990 das Zirkular Nr. 6584 erlassen: Die Abwicklung von Short-Verkäufen gemäss diesem Zirkular sollte einen Mechanismus zur Vermeidung von Doppelrückerstattungen der Verrechnungssteuer bei Short-Positionen schaffen, indem die Mitglieder der SBVg sich gegenüber der ESTV verpflichteten, bei Leerverkäufen über den Dividendenstichtag 35 % des Dividendenbetrages direkt an die ESTV abzuführen. Entsprechend schuf auch die ESTV ein Formular 102M, mit welchen solche "manufactured payments" deklariert werden konnten. Die Problematik der drohenden Mehrfachrückerstattung von Steuern bei Short-Verkäufen ist zudem auch international bekannt; so wurde beispielsweise in Deutschland eine intensive Diskussion über vorhandene oder nicht vorhandene Gesetzeslücken im Zusammenhang mit sog. cum-ex-Geschäften sowie deren allfälliger Strafbarkeit geführt (vgl. CHRISTOPH SPENGEL/THOMAS EISGRUBER, Die nicht vorhandene Gesetzeslücke bei Cum/Ex-Geschäften, in: Deutsches Steuerrecht [DStR] 53/2015 H. 16. S. 785 ff. mit Nachweisen).
Die vorinstanzliche Feststellung, dass sich die Beschwerdeführerin des Abwicklungssystems bediente und ihre Leistungspflicht zu vermindern versuchte bzw. in Kauf nahm, dass die ESTV für die verbleibenden 35 % aufzukommen habe, liegt bei dieser Sachlage auf der Hand. Die Frage, ob die Forderung der Beschwerdeführerin nach Rückvergütung unter diesen Umständen nicht sogar rechtsmissbräuchlich ist, kann aufgrund der nachfolgenden Erwägungen jedoch offenbleiben.
5.2.3. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, hält nicht stand. Sie argumentiert im Wesentlichen, die Rückzahlungspflicht ergebe sich direkt aus dem Legalitätsprinzip. Die Vorinstanz habe den Fehler begangen, ihre eigene Erkenntnis, dass der streitbetroffene Betrag keine Steuer sei, zu ignorieren und die Rückzahlung unter die Voraussetzungen von Art. 12 Abs. 2 VStV stellen zu wollen.
Die Vorinstanz nahm eine Überwälzung des Betrages im Sinne von Art. 12 Abs. 2 VStV an. Diese Bestimmung setzt voraus, dass die von der Überwälzung Betroffenen die Rückvergütung nicht schon erlangt haben und in den Genuss der Rückvergütung gemäss Abs. 1 gebracht werden. Beides hat die Beschwerdeführerin, wie schon die Vorinstanz festgestellt hat, entgegen der ihr obliegenden Beweislast nicht nachgewiesen (vgl. zur Beweislast nach Art. 8 ZGB <ref-ruling> E. 5.5 S. 216 f.). Der Wortlaut von Art. 12 VStV spricht zwar davon, dass bezahlte "Steuern" zurückerstattet werden, sobald feststeht, dass sie nicht geschuldet sind. Effektiv wird aber mit solchen "Steuern" gar keine Steuerforderung getilgt, denn diese besteht eben gerade nicht, weder bei einem Mehrbetrag, wenn mehr als der geschuldete Steuerbetrag bezahlt wird, noch bei Beträgen, wenn gar keine Steuer geschuldet ist. Grund für die Rückvergütung ist gerade, dass keine der Zahlung entsprechende Steuerforderung besteht (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-2483/2013 vom 17. März 2014 E. 3.3.2; vgl. auch Urteil 2A.321/2002 vom 2. Juni 2003 E. 2.3 f.; BEUSCH, a.a.O., S. 57 f.). Die Bestimmung setzt somit auch nicht voraus, dass eine Verrechnungssteuerschuld bezahlt wurde. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin erweist sich damit als unbegründet.
5.2.4. Auch die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin erweisen sich als unbegründet: Sie macht geltend, für eine Rückzahlung sei keine gesetzliche Grundlage erforderlich; die strittigen Gelder seien ihr von Amtes wegen zurückzuzahlen. Entscheidend sei, dass vorliegend gar kein Steuerrechtsverhältnis bestanden habe. Die Vorinstanz habe zutreffend festgestellt, dass es der ESTV mangels gesetzlicher Grundlage nicht möglich gewesen sei, die Beschwerdeführerin oder die Verfahrensbeteiligte zur Abgabe zu verpflichten. Die ESTV habe somit während 25 Jahren geduldet, dass Banken Gelder von den Konten ihrer Bankkunden abgebucht und an die ESTV abgeführt hätten bzw. habe sie den Zufluss der Gelder von Leerverkäufen nicht nur geduldet, sondern deren Abführung sogar aktiv verursacht und sich damit bösgläubig verhalten. Zudem habe sie bewusst mehr Gelder eingezogen, als sie brauchte. Weiter müsse die ESTV analog der Regelung in der Strafprozessordnung eine Frist zur Rückforderung der Sicherstellung im Umfang von 35 % des Dividendenbetrags, den sie an sich habe überweisen lassen, ansetzen. Es sei nicht nur verfassungsrechtlich geboten, sondern entspreche im öffentlich-rechtlichen Verhältnis einer Selbstverständlichkeit, dass das Einziehen von Sicherheiten für Steuern oder Abgaben einer gesetzlichen Grundlage bedürfe und der Staat über die tatsächliche Verwendung von Sicherheiten gegenüber dem Sicherheitsleistenden mit Verfügung abrechnen müsse. Würden die Sicherheiten nicht innert Frist verwendet oder seien sie überschiessend, müssten sie zurückerstattet werden. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin durch die Abführung und Einbehaltung der strittigen Gelder eine Verletzung der Bestandesgarantie. Eine präventive strafprozessuale Beschlagnahme stelle einen Eingriff in die durch die Eigentumsgarantie nach Art. 26 BV geschützte Position als Eigentümer oder Besitzer dar. Was für eine Beschlagnahme von Vermögenswerten gelte, müsse auch für die Erhebung von Sicherheitsleistungen gelten.
Die Vorinstanz hat den umstrittenen Betrag nicht als Verrechnungssteuer qualifiziert und das Zirkular Nr. 6584 der SBVg nicht als genügende gesetzliche Grundlage für die Erhebung einer Abgabe bezeichnet (E. 4.6.2 und 5.2.1 des angefochtenen Urteils). Weiter hat sie erkannt, dass die durch Leerverkäufe generierten "virtuellen" Dividenden insbesondere aufgrund des Legalitätsprinzips, nicht besteuert werden können (E. 4.3.1.3 des angefochtenen Urteils). In Bezug auf eine mögliche Rückvergütung des Bezahlten prüfte die Vorinstanz einerseits die Anwendbarkeit von Art. 12 Abs. 2 VStV, andererseits - wie sogleich zu sehen (E. 5.3 ff.) - den auch im öffentlichen Recht geltenden Grundsatz der Rückforderung einer grundlos erbrachten Leistung. Somit ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin nicht näher begründet, inwiefern das Legalitätsprinzip verletzt sein soll. Dass die Feststellung, die Zahlungen seien von der Verfahrensbeteiligten geleistet worden und bei der ESTV "ohne deren Zutun" eingegangen (E. 5.2.3 des angefochtenen Urteils), offensichtlich falsch sein soll, ist ebenfalls nicht nachvollziehbar. Das von der Beschwerdeführerin eingereichte Schreiben vom 11. Juli 2007 ihres Rechtsvertreters zuhanden der ESTV (Beschwerdebeilage 8) vermag diese Feststellung jedenfalls nicht umzustossen.
Die Eigentumsgarantie gemäss Art. 26 BV schützt als Bestandesgarantie konkrete Vermögenswerte des Einzelnen vor staatlichen Eingriffen. Nicht in den Schutzbereich der Eigentumsgarantie fällt indes das Vermögen an sich (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 205). Die Beschwerdeführerin vermag daher auch mit dieser Rüge nicht durchzudringen. Eine Verletzung der Institutsgarantie, welche die Eigentumsordnung in ihrem Kern schützt und es dem Gemeinwesen verbietet, den Abgabepflichtigen ihr privates Vermögen durch übermässige Besteuerung nach und nach zu entziehen (<ref-ruling> E. 6a S. 348 f.), durch eine konfiskatorisch wirkende Besteuerung, macht sie zu Recht nicht geltend. Inwieweit schliesslich die Rechtsgleichheit verletzt worden sein soll, wird von der Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich dargelegt und ist im Übrigen auch nicht erkennbar.
5.3. Die Vorinstanz verneinte im Weiteren auch einen Anspruch der Beschwerdeführerin gestützt auf den allgemeinen öffentlich-rechtlichen Rechtsgrundsatz der Rückforderung einer grundlos erbrachten Leistung. Es erscheint fraglich, ob nebst der lex specialis von Art. 12 VStV überhaupt noch Raum für einen Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung besteht. Nachdem - wie sogleich zu sehen ist - im vorliegenden Fall ein Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung jedoch ohnehin auszuschliessen ist, braucht diese Frage nicht abschliessend geklärt zu werden.
5.3.1. Entsprechend dem für das Privatrecht in Art. 62 Abs. 2 OR geregelten Grundsatz gilt auch im Verwaltungsrecht, selbst bei Fehlen positivrechtlicher Normierung, dass Zuwendungen, die aus einem nicht verwirklichten oder nachträglich weggefallenen Grund erfolgen, zurückzuerstatten sind (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 276 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 578; je mit Hinweisen; BEUSCH, a.a.O., S. 62). Zwischen der erbrachten Leistung und der Bereicherung muss ein wirtschaftlicher Zusammenhang bestehen. Mit diesem Erfordernis soll ausgeschlossen werden, dass positive und negative Vermögensveränderungen, die zwar auf eine gemeinsame Ursache zurückgehen, unter sich jedoch keinen direkten Zusammenhang aufweisen, in die Betrachtung einbezogen werden. Ein rechtlicher Zusammenhang ist hingegen nicht notwendig (<ref-ruling> E. 4.2 S. 652). Ein Bereicherungsanspruch setzt nicht voraus, dass zwischen dem Bereicherungsgläubiger und dem Bereicherungsschuldner eine unmittelbare Vermögensverschiebung stattgefunden hat; auszugleichen ist vielmehr in jedem Fall die Bereicherung, die der Schuldner auf Kosten (im französischen Gesetzestext von Art. 62 Abs. 1 OR: "aux dépens d'autrui") eines andern erlangt hat (<ref-ruling> E. 4 S. 425 mit Hinweisen). Die Bereicherung muss somit zumindest mittelbar auf Kosten des (behaupteten) Bereicherungsgläubigers gehen.
5.3.2. Die Vorinstanz erwog, eine Bereicherung des Staates läge nur vor, wenn die Beschwerdeführerin aufzeigen könne, welche Käufer nicht bzw. nur teilweise von der Rückerstattungsmöglichkeit Gebrauch gemacht hätten. Dabei sei zu bedenken, dass Marktteilnehmer, die kurz vor dem Dividendenstichtag die Beteiligungsrechte erworben hätten, sehr wahrscheinlich rückerstattungsberechtigt gewesen seien oder die Aktien sogleich an Dritte weiterverkauft hätten, die ihrerseits rückerstattungsberechtigt gewesen seien, ansonsten der Kauf wirtschaftlich wenig Sinn ergeben hätte. Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, die Bereicherung bestehe nicht im verbleibenden Saldo, sondern in den gesamten, grundlos bei ihr abgeführten und (von der ESTV) einbehaltenen strittigen Geldern. Es handle sich letztlich um nichts anderes als um Geld, das ohne gesetzliche Grundlage an den Staat geflossen sei und für dessen Verwendung keine gesetzliche Grundlage bestehe.
5.3.3. Wie gesehen, bestand kein Grund für die ESTV, die einbehaltenen Gelder zurückzuerstatten. Vielmehr ist der Beschwerdeführerin entgegen zu halten, dass nur sie wissen konnte, wem sie die Wertschriften verkauft hatte, und diese Aktienkäufer zudem sehr wahrscheinlich rückerstattungsberechtigt waren. Gleichzeitig war es für die ESTV nicht erkennbar, ob ein Rückerstattungsantrag für eine originäre oder künstlich geschaffene Dividende gestellt wurde. Es ist somit nichts daran auszusetzen, dass der Beschwerdeführerin die Beweislast auferlegt wurde, zumal sie Rechte zu ihren Gunsten ableiten will (vgl. <ref-ruling> E. 5.5 S. 216 f.). Für eine Umkehr der Beweislast ist kein Raum.
5.3.4. Im Folgenden gelingt es der Beschwerdeführerin nicht, die Anspruchsgrundlagen für eine ungerechtfertigte Bereicherung zu belegen. Zwar liegt eine Bereicherung des Staates vor, weil eine Abgabe ohne rechtskräftige, nicht in Wiedererwägung gezogene Verfügung zu Unrecht bezahlt worden ist (Urteile 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 2.3; 2C_114/2011 vom 26. August 2011 E. 2). Jedoch erfolgte die Bereicherung nicht auf Kosten der Beschwerdeführerin. Diese hat den Käufern nur 65 % der Dividenden und nicht - wie vertraglich geschuldet - 100 % übertragen (vgl. E. 5.3.1 und 5.6 des vorinstanzlichen Urteils). Inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz in dieser Hinsicht offensichtlich falsch ist, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Durch die Leistung der Verfahrensbeteiligten an die ESTV ist die Beschwerdeführerin gleichgestellt, wie wenn sie ihren Vertrag korrekt erfüllt hätte und dem entsprechend nicht entreichert. Anders würde sich die Situation nur präsentieren, wenn die Beschwerdeführerin eine allfällige Rückerstattung den Käufern der Aktien übertragen würde, was sie aber nicht belegt. Insofern fallen die Voraussetzungen der ungerechtfertigten Bereicherung weitgehend mit denjenigen von Art. 12 Abs. 2 VStV zusammen. Eine Rückerstattung auf dieser Grundlage kann ebenfalls nur gewährt werden, wenn der von der Überwälzung Betroffene in den Genuss der Vergütung kommt.
5.4. Eine Rückerstattung der durch die Verfahrensbeteiligte erbrachte Zahlung an die Beschwerdeführerin ist sowohl nach Art. 12 Abs. 2 VStV als auch nach Art. 62 OR grundsätzlich nicht möglich, weil die Beschwerdeführerin nicht belegt, dass sie eine solche Vergütung an die von der Überwälzung Betroffenen weiterleitet. Folglich ist auch der Eventualantrag um Überweisung der Differenz zu demjenigen Betrag, den die ESTV aufgrund der von der Beschwerdeführerin getätigten Transaktionen den berechtigten Personen vergütet habe, abzuweisen.
6.
6.1. Gestützt auf Art. 14 Abs. 2 VStG können die nutzungsberechtigten Empfänger von ihrer jeweiligen Zahlstelle die Ausstellung eines entsprechenden Belegs einfordern. Die Voraussetzungen für eine Bescheinigung sind allerdings schon deshalb nicht gegeben, weil keine Verrechnungssteuer auf die Beschwerdeführerin überwälzt wurde. Würden Bescheinigungen ausgestellt, käme es entgegen Art. 3 Abs. 3 VStV zu einer unzulässigen Schaffung zusätzlicher Abzugsbescheinigungen. Der Subeventualantrag ist daher ebenfalls abzuweisen.
6.2. Die von der Beschwerdeführerin gerügte Sachverhaltsfeststellung erweist sich nach dem Gesagten nicht als offensichtlich unrichtig und vor allem nicht als entscheidend für den Verfahrensausgang (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG; E. 1.4). Es braucht daher, soweit nicht schon behandelt, nicht weiter darauf eingegangen zu werden. Nach dem Gesagten ist schliesslich auch keine Verletzung des Willkürverbots auszumachen.
7.
Demnach ist der umstrittene Betrag in der Höhe von Fr. 54.67 Mio. nicht als Verrechnungssteuer zu qualifizieren. Weiter besteht keine Grundlage für eine Rückvergütung dieses Betrags an die Beschwerdeführerin. Deren Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen.
8.
8.1. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).
8.2. Die Kosten einer obsiegenden Partei sind ihr grundsätzlich von der unterliegenden Partei zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die übrigen Beteiligten nach Art. 102 Abs. 1 BGG haben nicht Parteistellung und damit für das bundesgerichtliche Verfahren grundsätzlich auch keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung nach Art. 68 BGG (HANSJÖRG SEILER, in: Seiler/von Werdt/Güngerich/Oberholzer, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Handkommentar, 2. Aufl. 2015, N. 5 zu Art. 68 BGG in Verbindung mit N. 6 und 12 zu Art. 66 BGG). Davon macht das Bundesgericht lediglich unter ausserordentlichen Umständen, etwa bei Nebenintervenienten aus Billigkeitsgründen, eine Ausnahme (vgl. Urteil 1C_273/2012 vom 7. November 2012 E. 8.3, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 6 S. 578; je mit Hinweisen). Die Verfahrensbeteiligte hat sich am vorliegenden Verfahren mit eigenen Anträgen beteiligt und sich wie eine Partei verhalten. Dazu wurde sie unter anderem veranlasst, weil die Beschwerdeführerin beantragte, die Verfahrensbeteiligte anzuweisen, ihr Abzugsbescheinigungen im Sinne von Art. 14 Abs. 2 VStG auszustellen. Es rechtfertigt sich daher ausnahmsweise, Letzterer eine Parteientschädigung zuzusprechen. Die Beschwerdeführerin hat der Verfahrensbeteiligten daher eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 90'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat der Verfahrensbeteiligten für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 15'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Beteiligten im vorliegenden Verfahren und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. November 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching