Faits :
A.
A.a. Par jugement du 27 septembre 2013, le Tribunal correctionnel a reconnu X._ coupable notamment de vol, tentative de brigandage, dommages à la propriété, violation de domicile, tentative d'extorsion, désagréments causés par la confrontation à un acte d'ordre sexuel, opposition aux actes de l'autorité, violations simple et grave des règles de la circulation routière, conduite dans l'incapacité de le faire et sans permis de conduire, vol d'usage et infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants. Il a condamné l'intéressé à une peine privative de liberté de six mois, sous déduction de douze jours de détention avant jugement, suspendue au profit d'un traitement institutionnel en milieu ouvert au sens de l'<ref-law>. Pour rendre cette décision, le Tribunal correctionnel s'était en particulier fondé sur une expertise rendue le 24 février 2011 qui concluait à l'existence d'un grave trouble mental sous forme d'une schizophrénie et d'une utilisation nocive pour la santé d'alcool et de dérivés cannabiques. La diminution du risque de récidive, qualifié d'important, ne pouvait se concevoir que dans le cadre d'une mesure institutionnelle hospitalière.
A.b. Alors que X._ était hospitalisé à A._ depuis le 19 février 2012, le Service de l'application des peines et mesures (SAPEM) a ordonné, le 20 janvier 2014, sa réintégration en milieu pénitentiaire fermé, au motif qu'il ne respectait pas le cadre mis en place par le personnel soignant, n'adhérait pas au programme de soins, fuguait quotidiennement et rapportait des substances illicites en vue de les fournir à d'autres patients ou de les consommer. L'intéressé a été transféré à la prison de B._ trois jours plus tard. Le Tribunal d'application des peines et des mesures (TAPEM) a ordonné le maintien de la mesure thérapeutique institutionnelle en milieu fermé le 11 avril 2014. Le 28 août 2014, il a rejeté la demande de levée de la mesure formée par X._.
A.c. Le 20 octobre 2014, X._ a été retransféré à l'unité C._ de A._, destinée aux patients avec mesure en milieu ouvert. Le 30 avril 2015, sur la base de préavis positifs des institutions compétentes, le SAPEM a proposé l'octroi d'un régime de congés accompagnés, qui a été accordé par le Conseiller d'État chargé du Département de la sécurité et de l'économie (DSE). A partir du 12 janvier 2016, X._ a été accueilli dans une institution en milieu ouvert, la Résidence D._ des Établissements E._. Par jugement du 19 janvier 2016, le TAPEM a ordonné la poursuite du traitement institutionnel, relevant que l'intéressé avait encore manifestement besoin d'un cadre structurant et quelque peu coercitif, son évolution vers une adhésion au traitement et une diminution des errances étant récente et encore bien incomplète. Le 1er février 2016, le SAPEM a proposé l'instauration d'un régime de congés non accompagnés, qui a été accordé par le Conseiller d'État chargé du DSE.
A.d. Le 9 mai 2016, à la suite de nombreuses plaintes émanant du Foyer D._ concernant le non-respect du cadre institutionnel, notamment de multiples fugues, des entretiens thérapeutiques volontairement manqués et une consommation répétée de cannabis, le SAPEM a décidé la réintégration du recourant à l'unité C._ de la clinique de A._ à dater du 9 mai 2016. Rapidement, le SAPEM a été informé par les médecins de A._ de difficultés liées à la prise en charge de X._: même si son adhésion à la prise de son traitement était satisfaisante, les injections étaient souvent décalées en raison de ses nombreuses fugues, il refusait de participer aux activités de psychomotricité et consommait du cannabis de façon régulière. L'alliance thérapeutique était encore embryonnaire; l'intéressé éprouvait de grandes difficultés à respecter le cadre de sa prise en charge psychiatrique; par rapport aux infractions commises, il n'avait pas développé de critique et de regrets constructifs susceptibles de l'aider à en tirer un enseignement et l'on était loin d'un travail introspectif pouvant donner lieu à une authentique remise en question. Des entretiens avec le SAPEM à ce sujet et les très nombreux rappels à l'ordre du personnel soignant, notamment s'agissant de l'augmentation des fugues, n'avaient pas permis une amélioration de la situation. Un avertissement formel a été notifié à l'intéressé par le SAPEM le 12 octobre 2016.
A.e. Le 13 octobre 2016, la clinique de A._ a adressé au SAPEM un bilan de suivi, soulignant les difficultés éprouvées par X._ pour se plier aux règles communes et récapitulant les mesures prises, tant sur le plan disciplinaire que thérapeutique. Parallèlement, une nouvelle expertise psychiatrique de l'intéressé a été établie le 14 octobre 2016, à l'initiative du SAPEM. L'expert concluait que la priorité devait être donnée à une structure de soins médicaux psychiatriques dans un environnement contrôlé ne permettant ni fugue, ni manquement aux entretiens thérapeutiques ou aux activités diverses proposées. A défaut d'accueil dans une telle structure spécialisée, un placement dans l'unité Curabilis pouvait être envisagé, voire, à titre très subsidiaire, un internement dans un établissement pénitentiaire de type Champ-Dollon. Le 31 octobre 2016, le SAPEM a décidé, à titre de mesure conservatoire, la réintégration de l'intéressé en milieu pénitentiaire fermé et, après avoir obtenu confirmation de la clinique de A._ que tous les contrôles toxicologiques effectués durant son séjour s'étaient révélés positifs au cannabis, a proposé au Conseiller d'État chargé du DSE de valider cette décision. Ainsi, le 8 novembre 2016, le Conseiller d'État chargé du DSE a ordonné le placement de X._ en milieu fermé et a, ce faisant, révoqué le régime de congés non accompagnés octroyé le 10 février 2016 ainsi que tout autre allègement antérieur.
B.
Par arrêt du 30 janvier 2017, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours de X._ contre la décision rendue le 8 novembre 2016 par le Conseiller d'État chargé du DSE.
C.
Contre cet arrêt, X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à ce qu'il soit constaté que les conditions d'un placement en milieu fermé au sens de l'<ref-law> ne sont pas réalisées, que la décision du DSE du 8 novembre 2016 soit annulée, que la mesure thérapeutique institutionnelle en milieu ouvert au sens de l'<ref-law> soit poursuivie et qu'il soit immédiatement réintégré à l'unité C._ de A._ et, enfin, à ce que les allègements antérieurs, notamment le régime de congés non accompagnés octroyé le 10 février 2016 soient maintenus. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Invités à se déterminer sur le recours, le Ministère public et la cour cantonale n'ont pas présenté d'observations.

Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste la réalisation des conditions d'un placement en milieu fermé au sens de l'<ref-law>.
1.1. Selon l'<ref-law>, un traitement thérapeutique institutionnel peut être ordonné en faveur d'une personne souffrant d'un grave trouble mental (a) si elle a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble et (b) s'il est à prévoir que cette mesure la détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble. En règle générale, le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (<ref-law>).
L'<ref-law> prévoit que, tant qu'il existe un risque de fuite ou de récidive, le traitement doit être exécuté dans un établissement fermé; il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (art. 59 al. 3, 2ème phrase, CP). L'<ref-law> subordonne le traitement dans un établissement fermé à un risque de fuite ou de récidive. Selon la jurisprudence, il doit s'agir d'un risque qualifié, puisque toutes les mesures supposent un risque de récidive (cf. <ref-law>). Le risque est qualifié quand il est concret et qu'il est hautement probable que le condamné commette d'autres infractions dans l'établissement ou en dehors de celui-ci. Il s'agit d'un danger qui ne peut être combattu que par le placement dans un établissement fermé. Conformément au principe de la proportionnalité, l'exécution de la mesure dans un établissement fermé suppose une sérieuse mise en danger de biens juridiques essentiels (arrêts 6B_845/2016 du 29 juin 2017 consid. 3.1.2; 6B_1040/2015 du 29 juin 2016 consid. 5.1 et les arrêts cités).
Pour qu'un risque de fuite soit avéré, il faut que l'intéressé ait la ferme et durable intention de s'évader, en ayant recours à la force si nécessaire, et qu'il dispose des facultés intellectuelles, physiques et psychiques nécessaires pour pouvoir établir un plan et le mener à bien. Le fait que l'intéressé puisse tenter de s'enfuir sur un coup de tête et sans aucune préparation préalable ne suffit pas. Il est clair que le risque de fuite devra être lié à la peur que le condamné puisse représenter une menace envers les tiers une fois en liberté. Il s'agit ici de la dangerosité externe du prévenu (arrêts 6B_1045/2013 du 14 avril 2014 consid. 2.1.1; 6B_629/2009 du 21 décembre 2009 consid. 1.2.2.2).
Le risque de récidive doit être concret et hautement probable, c'est-à-dire résulter de l'appréciation d'une série de circonstances. Il vise cette fois la dangerosité interne du prévenu. Ce sera, par exemple, le cas d'un condamné qui profère des menaces bien précises ou qui combat sciemment l'ordre de l'établissement; en revanche, l'<ref-law> ne devrait pas s'appliquer à de simples difficultés de comportement ou à l'insoumission vis-à-vis des employés de l'établissement (arrêts 6B_538/2013 du 14 octobre 2013 consid. 3.1; 6B_372/2012 du 27 septembre 2012 consid. 2.3; 6B_629/2009 du 21 décembre 2009 consid. 1.2.2.2).
Savoir si le risque est qualifié est une question juridique (cf. sur la dangerosité: arrêts 6B_1028/2014 du 17 juillet 2015 consid. 3.5; 6B_664/2013 du 16 décembre 2013 consid. 2.4). Toutefois les questions psychiatrique et juridique sont souvent difficiles à distinguer en pratique. Il est clair que la tâche principale d'une expertise médicolégale est de clarifier l'état psychique de l'intéressé et de poser un pronostic (cf. arrêt 6B_708/2015 du 22 octobre 2015 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>). Le juge ne peut s'écarter de l'appréciation d'une expertise que pour des motifs déterminants (<ref-ruling> consid. 6.1).
1.2. La cour cantonale a constaté que les nombreuses fugues du recourant n'avaient, pour la plupart, duré que quelques heures. Elles n'apparaissaient pas liées à une quelconque volonté de se soustraire au traitement prescrit et le recourant avait toujours regagné spontanément l'établissement dans lequel il se trouvait placé. Il semblait également que le comportement de l'intéressé durant ces périodes de liberté n'eût donné lieu à aucune plainte de tiers. Il n'en demeurait pas moins que cette attitude faisait obstacle à l'administration efficace du traitement préconisé. Ainsi, ses diverses absences non annoncées avaient contraint les soignants à décaler fréquemment les injections prévues. Des entretiens thérapeutiques ou avec le SAPEM avaient par ailleurs été manqués. Il était en outre établi que, durant ses fugues, le recourant consommait régulièrement du cannabis, considéré comme un facteur aggravant de réitération d'infraction et donc de dangerosité. Dans ce contexte, le risque de récidive était bien réel. Le rapport rendu à l'issue du séjour du recourant dans le foyer D._ faisait état de nombreuses violations réglementaires, de comportements menaçants et provocateurs envers certains membres du personnel. L'expertise rendue le 14 octobre 2016 confirmait le risque qu'une rupture du lien médical thérapeutique conduise à la commission d'infractions de même nature que celles ayant mené à sa condamnation. L'expert y soulignait la nécessité d'un placement en milieu fermé, ne permettant ni fugues, ni manquements aux entretiens thérapeutiques ou aux activités proposées, considérés comme rédhibitoires pour une amélioration clinique de l'intéressé. L'amélioration du comportement de l'intéressé, durant 24 heures, mentionnée dans le bilan du 13 octobre 2016, n'était ainsi pas suffisante pour remettre en cause les constatations de l'expert. Le placement en milieu fermé ne devait, dans ces conditions, pas être conçu comme une sanction mais comme un moyen approprié de parvenir à une stabilisation de l'état du recourant et, partant, à prévenir le risque de récidive.
1.3. Il découle de ce qui précède que la cour cantonale n'a pas retenu que le recourant présentait un risque de fuite, lequel suppose une intention ferme et durable de s'évader (consid. 1.1 supra). Il convient donc d'examiner si la cour cantonale pouvait conclure à l'existence d'un risque de récidive justifiant le prononcé du placement en milieu fermé au sens de l'<ref-law>.
1.3.1. Selon le rapport d'expertise du 14 octobre 2016, l'état de santé du recourant s'était très sensiblement amélioré sous l'effet du programme de soins mis en place, malgré une adhésion fragile de l'intéressé, en partie liée à son anosognosie. Son évolution psychologique par rapport à ses actes demeurait toutefois superficielle et partielle. La concrétisation de son souhait de trouver une occupation à plein temps était par ailleurs improbable en raison de la persistance des troubles liés à un état clinique répondant aux critères d'une schizophrénie résiduelle. Les débordements récurrents du recourant dans le suivi des directives et du programme de soins étaient rédhibitoires pour une amélioration clinique de l'intéressé, et l'entité de prise en charge hospitalière était dans l'incapacité structurelle d'y répondre. Il était à craindre sérieusement qu'en cas de rupture future du lien médical thérapeutique, le condamné ne retombe dans les mêmes travers que ceux qui l'avaient conduit à la commission des faits reprochés. L'expert précisait que " [s] i, actuellement, une dangerosité d'origine psychiatrique de monsieur X._ semble ainsi écartée par l'équipe médicale, les facteurs de risque selon l'échelle HCR-20 persisteraient similaires en cas d'abstinence thérapeutique " (rapport d'expertise du 14 octobre 2016, p. 16 question 2.2).
En conclusion, l'expert préconisait le placement du recourant au sein d'une structure de soins médicaux psychiatriques dans un environnement contrôlé ne permettant ni fugue, ni manquement aux entretiens thérapeutiques médico-infirmiers ou aux activités proposées par le programme de soins du condamné. A défaut d'un accueil dans une telle structure médicalisée et médico-sociale, la structure Curabilis pourrait être proposée voire, à titre très subsidiaire, " un internement de type Champ-Dollon ". Cette dernière alternative posait néanmoins la question de la pertinence/adéquation d'une réponse carcérale à un problème de respect des consignes de sortie d'un bâtiment de soins, conjoint à la relativisation de la participation volontaire du condamné aux entretiens thérapeutiques et atelier de groupe divers (rapport d'expertise du 14 octobre 2016, p. 13-15).
1.3.2. La cour cantonale a considéré qu'il fallait retenir que le risque de récidive était " réel ". Elle ne dit pas si, par ce terme, il faut comprendre que le risque serait " concret " et la récidive " hautement probable ", comme l'exige la jurisprudence pour le placement en milieu fermé, soit un risque supérieur à celui justifiant le prononcé de toute mesure au sens de l'<ref-law>. En tous les cas, comme le relève le recourant, le risque évoqué par l'expert se fondait sur un événement futur potentiel, à savoir la rupture du lien thérapeutique. En l'état, l'expert constate que la dangerosité est écartée compte tenu des soins thérapeutiques que reçoit le recourant. Il ne dit pas que l'alliance thérapeutique serait sur le point de se rompre, et la cour cantonale a d'ailleurs constaté que les fugues du recourant n'apparaissaient pas liées à une quelconque volonté de se soustraire au traitement prescrit. Le risque de récidive n'est donc pas concret, mais seulement hypothétique à teneur de l'expertise.
Par ailleurs, l'autorité précédente a constaté que le recourant ne respectait pas les règles de l'établissement dans lequel il était placé. Il ne ressort toutefois pas de l'état de fait de l'arrêt attaqué que le rappel des règles se serait soldé par un comportement violent du recourant, au point de faire naître un sentiment d'insécurité au sein du personnel de l'unité C._ de A._. Si le recourant a fait preuve d'une attitude menaçante pendant son séjour au foyer D._, en revanche son comportement ultérieur pendant son placement à A._, du 9 mai au 31 octobre 2016, n'a donné lieu à aucune constatation similaire. De même le comportement du recourant durant ses périodes de fugue n'a-t-il pas entraîné de plainte de tiers. Sous un angle concret et actuel, l'expert ne met en avant que le " problème de respect des consignes de sortie d'un bâtiment de soins, conjoint à la relativisation de la participation volontaire du condamné aux entretiens thérapeutiques et atelier de groupe divers ". Or la seule violation de règles internes à l'établissement est en soi insuffisante pour justifier le placement en milieu fermé (consid. 1.1 supra)
1.3.3. Ainsi, on doit conclure avec le recourant que l'expertise ne permet pas encore de retenir que le risque de récidive, correspondant à la " dangerosité interne ", est concret et hautement probable; la cour cantonale ne le dit pas expressément non plus. Le risque évoqué correspond à une hypothèse abstraite dont la réalisation dépend elle-même d'un événement incertain, à savoir la rupture du lien thérapeutique. En l'absence également d'un risque de fuite, les conditions d'un placement en milieu fermé au sens de l'<ref-law> ne sont donc pas réalisées.
1.4. L'expert a certes préconisé le placement en milieu fermé pour empêcher le recourant de continuer à fuguer et à consommer du cannabis, comportements qu'il jugeait rédhibitoires pour une amélioration clinique de l'intéressé. Cependant, aux termes de l'<ref-law>, le choix d'un lieu ouvert ou fermé pour l'exécution de la mesure thérapeutique institutionnelle dépend uniquement de savoir si l'intéressé présente un danger, qu'il soit externe (risque de fuite) ou interne (risque de récidive au sein de l'établissement ou à l'extérieur de celui-ci). Aussi longtemps que le recourant ne représente pas une grave mise en danger pour la sécurité et l'ordre dans l'établissement dans lequel il se trouve, ce qui n'a pas été constaté en ce qui concerne le placement du recourant à l'unité C._ de A._, pas plus qu'à l'extérieur de l'établissement, le risque de récidive inhérent à toute personne faisant l'objet d'une mesure thérapeutique (<ref-law>) ne suffit pas à justifier un placement en milieu fermé au sens de l'<ref-law>.
Pour le surplus, l'expert a également affirmé que c'était un cadre hospitalier et non carcéral qui devait être privilégié. Il émettait des doutes sur " une réponse carcérale " à une problématique essentiellement médicale. En tous les cas, même si un placement à B._ pouvait, " à titre très subsidiaire ", être envisagé, l'expert mettait l'accent sur la nécessité que la distribution des médicaments puisse être réalisée au quotidien, en s'assurant de manière appropriée de leur ingestion correcte, et qu'elle soit assortie de consultations sanitaires (infirmière et médecin) sur une base identique à celle actuellement en place à A._. Or, il ressort de l'état de fait de l'arrêt attaqué que le recourant s'est plaint de la quasi-inexistence de sa prise en charge médicale à B._, précisant qu'il n'avait plus de contact quotidien avec les infirmiers ni d'entretiens hebdomadaires avec un médecin, qu'il n'avait vu qu'une seule fois depuis son transfert. A cet égard, la cour cantonale s'est limitée à constater que la poursuite du traitement à B._ pouvait se révéler, sous certains aspects, moins optimale qu'un suivi dans un établissement médical spécialisé. En ce sens, l'arrêt attaqué ne permet de toute façon pas de conclure indiscutablement que le placement à la prison de B._ constituerait la meilleure solution pour favoriser l'amélioration de l'état clinique du recourant.
Considérant ce qui précède, le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF) est sans objet.
2.
La décision de placement en milieu fermé du recourant a entraîné la révocation de tout allègement dans l'exécution de la mesure en milieu ouvert. Dans ses conclusions, le recourant sollicite que les allègements antérieurs, notamment le régime de congés non-accompagnés octroyé le 10 février 2016, soient maintenus. Dès lors que, conformément à ce qui précède, il apparaît que les conditions du placement en milieu fermé ne sont pas réunies, il appartiendra à la cour cantonale d'examiner le bien-fondé de la révocation des allègements en question.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il confirme le placement du recourant en milieu fermé à B._.
Le recourant obtient gain de cause. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (<ref-law>). Le recourant a droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (<ref-law>). Dans ces conditions, sa demande d'assistance judiciaire pour la présente procédure est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera en mains du conseil du recourant une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 28 septembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy