Sachverhalt:
A.
Der Kanton Bern beansprucht Land im Eigentum der A._ AG (früher: A._ Immobilien AG) für das Verzweigungsbauwerk Brüggmoos in der Gemeinde Brügg. Dieses ist Teil des Nationalstrassenprojekts Umfahrung Biel.
Am 30. September 2008 schlossen die Parteien einen Vertrag über die vorzeitige Benützung einer Fläche von 4'325 m2 der Parzelle Nr. 325 durch den Kanton Bern ("Convention de mise à disposition de terrain").
Der Kanton Bern leitete am 28. Juni 2011 bei der Eidgenössischen Schätzungskommission (ESchK) Kreis 6 das Enteignungsverfahren ein. An der Einigungsverhandlung vom 23. August 2011 (mit Augenschein) einigten sich die Parteien auf eine vorzeitige Besitzeinweisung des Kantons Bern per 1. Februar 2012 in die benötigten Grundstückteile unter Leistung einer angemessenen Abschlagszahlung. Am 4. September 2013 führte die ESchK eine erste Schätzungsverhandlung durch. Diese wurde am 19. Mai 2014 fortgesetzt. Mit Entscheid vom 20. Oktober 2014 setzte die ESchK für die dauerhaft beanspruchte Fläche von 12'923 m2 von Parzelle Nr. 325 die Entschädigung auf Fr. 5'890'000.-- fest (Stichtag 23. August 2011). Diesen Wert ermittelte sie aus dem Ertragswert der Wohnhäuser Bernstrasse 14 und 16 inkl. Landanteil von 373 m2, dem Landwert der übrigen Fläche im Umfang von 12'550 m2 inkl. Velounterstand, Parkplätze und Strassenflächen zu einem Preis von Fr. 450.--/m2, abzüglich eines Minderwerts für die Bodenbelastungen von Fr. 259'000.--. Zuzüglich der Minderwertentschädigung für den nicht enteigneten Grundstücksteil (Restgrundstück) von Fr. 158'300.-- ergab dies eine Gesamtentschädigung von Fr. 6'048'300.--.
Für die vorübergehende Beanspruchung von 7'931 m2 ab Parzelle Nr. 325 und von 770 m2 ab Parzelle Nr. 1742 setzte die ESchK eine Entschädigung von Fr. 137'041.-- pro Jahr fest. Die gemäss Vertrag vom 30. September 2008 vorübergehend beanspruchten 4'325 m2 ab Parzelle Brügg Nr. 325 seien mit Fr. 68'119 jährlich zu entschädigen. Für weitere Inkonvenienzen wurde ein Betrag von Fr. 563'000.-- zugesprochen.
B.
Am 18. November 2014 erhob der Kanton Bern gegen den Entscheid der ESchK Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Er beantragte, die zugesprochenen Entschädigungen seien wie folgt zu reduzieren:
- für die definitive Enteignung von 12'923 m2 der Parzelle Nr. 325 auf Fr. 3'938'070.--, sich zusammensetzend aus einer Entschädigung von Fr. 3'779'770.-- für den Verkehrswert und Fr. 158'300.-- für den Minderwert der Restparzelle;
- für die vorübergehende Beanspruchung von 7'931 m2 ab Parzelle Nr. 325 und von 770 m2 ab Parzelle Nr.1742 ab dem 1. Februar 2012 Fr. 21'752.50 für den Zeitraum Februar bis und mit Mai 2012; Fr. 73'414.70 für den Zeitraum Juni 2012 bis und mit August 2013; Fr. 52'206.-- pro Jahr ab September 2013;
- für die gemäss Vertrag vom 30. September 2008 vorübergehend beanspruchten 4'325 m2 ab Parzelle Brügg Nr. 325 auf Fr. 45'412.50 pro Jahr;
- für die Inkonvenienzentschädigung auf Fr. 162'640.--.
C.
Mit Verfügung vom 23. Februar 2015 stellte die ESchK fest, dass die A._ AG am 19. Februar 2015 eine nachträgliche Entschädigungsforderung gemäss Art. 41 des Bundesgesetzes über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (EntG, SR 711) angemeldet habe. Sie erklärte sich als in der Sache nicht zuständig und überwies die nachträgliche Forderung an das Bundesverwaltungsgericht.
D.
Mit Verfügung vom 22. Mai 2015 ordnete das Bundesverwaltungsgericht den Beizug von Sachverständigen aus den Mitgliedern der Oberschätzungskomission (OSchK) an. Am 21. September 2015 führte es in Anwesenheit aller Verfahrensbeteiligten sowie der zwei Sachverständigen einen Augenschein durch.
Mit Fachbericht vom 18. Januar 2016 äusserten sich die Mitglieder der OSchK zu den Fachfragen der Parteien und legten ihre Sicht der Sachlage dar. Die OSchK errechnete für die dauerhaft beanspruchte Landfläche eine Entschädigung von insgesamt Fr. 6'038'600.--.
Am 9. Januar 2017 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde des Kantons teilweise gut und änderte Ziff. 2 und 3 des Schätzungsentscheids wie folgt ab:
Der Beschwerdeführer (Enteigner) wird verpflichtet, der Beschwerdegegnerin für die Enteignung eines Anteils von 12'923 m2 von Parzelle Brügg GB Nr. 325 eine Entschädigung von Fr. 5'492'575.-- sowie eine Minderwertentschädigung für den nicht enteigneten Grundstücksteil von Fr. 158'300.--, insgesamt ausmachend Fr. 5'650'875.-- zu bezahlen. [...]
Der Beschwerdeführer wird verpflichtet, der Beschwerdegegnerin für die vorübergehende Beanspruchung von 7'931 m2 ab Parzelle Brügg GB Nr. 325 und von 770 m2 ab Parzelle Brügg GB Nr. 1742 ab vorzeitiger Inbesitznahme (1. Februar 2012) bis zur Rückgabe nach Abschluss der Bauarbeiten folgende zu verzinsende Entschädigungen zu leisten:
- Fr. 97'886.25 ab 1. Februar 2012 bis 1. Juni 2012 zu 2.5%
- Fr. 88'097.65 ab 2. Juni 2012 bis 2. September 2013 zu 2.25%
- Fr. 78'309.00 ab 3. September 2013 bis 1. Juni 2015 zu 2%
- Fr. 68'520.40 ab 2. Juni 2015 zu 1.75%.
--..]
Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen. Die nachträgliche Entschädigungsforderung vom 19. Februar 2015 wurde zuständigkeitshalber an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) überwiesen.
E.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat der Kanton Bern am 10. Februar 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben (Verfahren Nr. 1C_90/2017).
E.a. Er beantragt, in Abänderung von Disp.-Ziff. 3 sei die Entschädigung für die definitive Enteignung von 12'923 m2 von Parzelle Nr. 325 auf Fr. 4'614'075.-- sowie eine Minderwertentschädigung für den nicht enteigneten Grundstücksteil von Fr. 158'300.--, insgesamt ausmachend Fr. 4'772'375.--, festzusetzen.
In Abänderung von Ziff. 4 des angefochtenen Urteils sei die Entschädigung für die vorübergehende Beanspruchung von 7'931 m2 ab Parzelle Nr. 325 und von 770 m2 ab Parzelle Nr. 1742 wie folgt festzusetzen:
- Fr. 82'659.50 ab 1. Februar 2012 bis 1. Juni 2012
- Fr. 74'393.55 ab 2. Juni 2012 bis 2. September 2013
- Fr. 66'127.60 ab 3. September 2013 bis 1. Juni 2015
- Fr. 57'861.65 ab 2. Juni 2015.
In Abänderung des durch die Vorinstanz zu Unrecht bestätigten Entscheids der ESchK sei der Kanton zu verpflichten, der A._ AG gemäss Vertrag vom 30. September 2008 für die vorübergehende Beanspruchung von 4'325 m2 ab Parzelle Nr. 325 zwischen dem 1. November 2008 und dem 31. Januar 2012 eine jährliche Entschädigung von Fr. 57'522.50 zu bezahlen.
E.b. Die A._ AG (nachfolgend: die Enteignete) beantragt Abweisung der Beschwerde. Die ESchK und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Es wurde keine Replik eingereicht.
F.
Am 10. Februar 2017 hat auch die A._ AG Beschwerde beim Bundesgericht erhoben (Verfahren 1C_91/2017).
F.a. Sie beantragt, in Abänderung von Disp.-Ziff. 3 sei der Kanton zu verurteilen, ihr für die Enteignung von 12'923 m2 der Parzelle Nr. 325 eine Entschädigung von Fr. 6'149'000.-- (eventualiter: Fr. 5'890'000.--) sowie eine Minderwertentschädigung für den nicht enteigneten Grundstücksteil von Fr. 158'300.--, ausmachend Fr. 6'307'300.-- (eventualiter: Fr. 6'048'300.--) zu bezahlen.
Aufzuheben sei auch Disp.-Ziff. 4. Der Kanton Bern sei zu verurteilen, ihr für die vorübergehende Beanspruchung von 7'931 m2 ab Parzelle Nr. 325 und von 770 m2 ab Parzelle Nr. 1742 eine Entschädigung von Fr. 137'041.-- pro Jahr zu zahlen, ab vorzeitiger Inbesitznahme am 1. Februar 2012 bis zur Rückgabe nach Abschluss der Bauarbeiten.
F.b. Der Kanton Bern beantragt, auf Rechtsbegehren 1 (Hauptantrag betreffend die Disp.-Ziff. 3) sei nicht einzutreten; im Übrigen sei die Beschwerde abzuweisen. Die ESchK und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Es wurde keine Replik eingereicht.
G.
Das UVEK äussert sich in seinen Vernehmlassungen nur zur Überweisung der nachträglichen Entschädigungsforderung in Ziff. 1 des angefochtenen Entscheids. Es vertritt die Auffassung, nach Abschluss des Plangenehmigungsverfahrens sei nicht mehr das UVEK, sondern der Präsident der ESchK zuständig; dies sei im bundesgerichtlichen Entscheid zu berücksichtigen.

Erwägungen:
1.
Gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts über die Entschädigung für eine formelle Enteignung im Zusammenhang mit einem Nationalstrassenprojekt steht die Beschwerde ans Bundesgericht grundsätzlich offen (Art. 87 Abs. 1 EntG und <ref-law>).
1.1. Der Kanton Bern ist als Enteigneter, der zur Zahlung einer Enteignungsentschädigung verpflichtet wurde, und bereits gegen den Schätzungsentscheid Beschwerde geführt hatte, zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>).
1.2. Die Enteignete hatte dagegen den Schätzungsentscheid der ESchK akzeptiert, d.h. weder Beschwerde noch Anschlussbeschwerde dagegen erhoben. Sie ist daher nur noch insoweit formell beschwert, als ihr vor Bundesverwaltungsgericht weniger zugesprochen wurde als von der ESchK. Für die Enteignung von 12'923 m2 von Parzelle Nr. 325 können ihr daher maximal - wie vor ESchK - Fr. 6'048'300.-- zugesprochen werden; auf den überschiessenden Teil ihres Antrags ist nicht einzutreten.
1.3. Da die Beschwerden verschiedene Aspekte derselben Enteignungsentschädigung betreffen, rechtfertigt es sich, die Verfahren zu vereinigen.
1.4. Die Überweisung der nachträglichen Entschädigungsforderung an das UVEK wurde von keiner Seite angefochten und ist daher nicht Streitgegenstand. Insofern kann das Anliegen des UVEK im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden.
1.5. Bis zum 31. Dezember 2006 beurteilte das Bundesgericht gemäss Art. 77 aEntG i.V.m. Art. 104 OG nicht nur die Rechtmässigkeit, sondern auch die Angemessenheit öffentlichrechtlicher Entschädigungen und überprüfte auch den Sachverhalt frei (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 451 ff.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 432). Seit Inkrafttreten des BGG obliegt es dem Bundesverwaltungsgericht, Entscheide der Schätzungskommission frei zu überprüfen; als zweite Rechtsmittelinstanz ist das Bundesgericht auf eine Rechtskontrolle beschränkt (<ref-law>). Den Sachverhalt kann es gemäss Art. 97 und Art. 105 BGG nur noch beschränkt, auf offensichtliche Unrichtigkeit, prüfen. Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Der Kanton Bern bestreitet vor Bundesgericht nur noch den der Entschädigung zugrundegelegten Preis für unüberbautes und unbelastetes Land von Fr. 450.--/m2; er wäre allenfalls bereit, einen Quadratmeterpreis von Fr. 380.-- zu akzeptieren.
2.1. Die ESchK stützte sich - im Einverständnis der Parteien - auf die Vergleichsmethode und holte hierfür von der Steuerverwaltung des Kantons Bern eine Liste über die in den Jahren 2006 bis 2012 bezahlten Verkaufspreise in der Region ein. Von den 17 Objekten prüfte sie fünf näher (Grundstück B in Biel-Bözigen, Grundstücke B, C, D und E in Brügg-Moos). Zudem berücksichtigte sie die Kaufverträge für das Grundstück Biel Nr. 10110 und das Nachbargrundstück Brügg Nr. 1112 (sog. Z._-Areal), das vom Kanton Bern 2013 freihändig erworben worden war. Unter Berücksichtigung der Preisentwicklung zwischen 2006 und dem Stichtag (23. August 2011) schätzte die ESchK den Landwert (ohne Belastungen) auf Fr. 450.--/m2.
2.2. Diese Schlussfolgerung wurde im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht von den Sachverständigen der OSchK überprüft. Diese ermittelte auf der Basis der Vergleichsmethode einen Landwert von Fr. 440.--/m2. Dafür stützten sie sich auf
- das Grundstück B in Biel, für das im Jahr 2007 Fr. 443.55/m2 gezahlt worden seien; dieses liege zwar in der Nachbargemeinde, erweise sich aber in Sachen Nutzungsart und -möglichkeiten sowie Grundstücksform als dem zu beurteilenden Grundstück analog oder zumindest gut vergleichbar; und
- das Grundstück Brügg GB Nr. 1112 (Z._-Areal), das in unmittelbarer Nähe zum Areal der Enteigneten liege und dieser vom Kanton (vergeblich) als Realersatzfläche angeboten worden war. Hierfür habe der vom Kanton beigezogene Experte Francesco Canonica einen Wert von Fr. 400.--/m2 (vor Abzug der Sanierungskosten) ermittelt; erzielt worden seien letztlich Fr. 380.--/m2. Allerdings könne das Z._-Areal aufgrund von Grösse und Potenzial nicht demjenigen der Enteigneten gleichgestellt werden, weshalb sich eine Korrektur um 10 % auf den vom Experten ermittelten Wert von Fr. 400.--/m2 rechtfertige, was zu einem Landwert von Fr. 440.--/m2 führe.
Die übrigen, von der ESchK geprüften Vergleichsobjekte (Grundstücke B, C, D und E in Brügg und Grundstück Nr. 10110 in Biel) hielt die OSchK dagegen als Referenzwert für ungeeignet.
2.3. Das Bundesverwaltungsgericht führte aus, die OSchK übernehme vorliegend die Rolle einer Fachbehörde, deren Aufgabe es sei, als neutrale Stelle Fachfragen der Parteien zu beantworten und mit ihrem Spezialwissen Sachfragen zu beurteilen. Zumal sich der Kreis der OSchK-Mitglieder aus Sachverständigen formiere, solle das Gericht nicht aus eigenem Gutdünken, sondern nur aus triftigen Gründen von deren Fachmeinung abweichen, etwa bei offensichtlichen Mängeln oder inneren Widersprüchen, wenn der Fachbericht nicht nachvollziehbar sei oder wenn andere Indizien gegen seine Zuverlässigkeit sprächen. Dies sei vorliegend nicht der Fall. Der von der OSchK ermittelte Verkehrswert von Fr. 440.--/m2 weiche nur geringfügig von dem durch die ESchK ermittelten Wert ab und liege klar innerhalb der in der Praxis anerkannten Schätzungstoleranz von ± 10% (mit Hinweis auf das Urteil 2P.40/2002 vom 1. Mai 2002 E. 4.2; FRANCESCO CANONICA, in: Schweizerischer Immobilienschätzer-Verband SIV [Hrsg.], Die Immobilienbewertung, 2009, S. 40), weshalb die Schätzung der ESchK weder hinsichtlich Methode noch im Ergebnis zu bemängeln sei.
2.4. Hinsichtlich des Z._-Areals rügt der Kanton Bern zunächst, der Kaufpreis habe nur Fr. 380.--/m2 vor Abzug der Bodenbelastungen betragen; die höheren, von OSchK und Vorinstanz genannten Zahlen seien aktenwidrig.
Das Bundesverwaltungsgericht stellte im Sachverhalt (Abschnitt B.e) fest, dass dem Kaufvertrag über den Erwerb der Nachbarparzelle Brügg Nr. 1112 (Z._-Areal) ein Preis von Fr. 400.--/m2 zugrunde gelegen habe. Dagegen hielt es in E. 4.1.9.1 fest, dass der vom Kanton beigezogene Experte einen Preis von Fr. 400.--/m2 (vor Abzug der Sanierungskosten) ermittelt habe, letztendlich aber ein Verkaufserlös von Fr. 380.--/m2erzielt worden sei. Insofern handelt es sich im Sachverhalt möglicherweise um einen Schreibfehler; jedenfalls aber hat sich die beanstandete Feststellung im Ergebnis nicht ausgewirkt, weil die OSchK (S. 10 ihres Fachberichts) und - ihr folgend - das Bundesverwaltungsgericht (E. 4.1.9.1 und 4.1.9.2 des angefochtenen Entscheids) nicht auf den erzielten Kaufpreis, sondern auf den vom Experten des Kantons ermittelten Wert von Fr. 400.--/m2 abstellten.
2.5. Der Kanton beanstandet dieses Vorgehen, weil bei der Vergleichsmethode nur auf effektiv erzielte Preise und nicht auf blosse Offerten bzw. Verhandlungspreise abzustellen sei (<ref-ruling> E. 3c S. 175 f.).
Die Enteignete macht dagegen geltend, das Z._-Areal sei von einer nicht fachkundigen Verkäuferschaft verkauft worden, die sofort finanzielle Mittel benötigt habe, weshalb der Kaufpreis von Fr. 380.--/m2 mit Vorsicht zu betrachten sei.
Der Kaufvertrag vom 31. Oktober 2013 enthält nur einen Bruttokaufpreis von Fr. 3'940'000.--, was für 11'143 m2einem Kaufpreis von Fr. 350.--/m2 inklusive Abbruch- und Entsorgungskosten entspricht. Der Wert des unbebauten und unbelasteten Landes (bzw. die der Preiskalkulation zugrundeliegenden Abbruch- und Entsorgungskosten) werden im Vertrag nicht separat ausgewiesen. Unter diesen Umständen erscheint es nicht offensichtlich unzulässig, für den Kaufpreis des unbelasteten Landes auf die Schätzung des vom Kanton beigezogenen Experten abzustellen, statt auf den vom Kantonsvertreter an der Schätzungsverhandlung angegebenen Preis von Fr. 380.--/m2. Der geschätzte Preis von Fr. 400.--/m2 wurde auch dem Realersatzangbot des Kantons zugrundegelegt; für dessen Ablehnung waren aber andere Gründe als der Preis massgebend.
Im Übrigen weist die Enteignete zu Recht darauf hin, dass der von der ESchK geschätzte Landwert (Fr. 450.--/m2) auch dann noch innerhalb der Schätzungstoleranz von ± 10 % liegen würde, wenn von einem Preis von Fr. 380.--/m2 (statt Fr. 400.--/m2) für das Z._-Areal ausgegangen und eine Wertberichtigung von 10 % gemacht würde (Fr. 418.--/m2; Schätzungstoleranz Fr. 376.-- bis Fr. 460.--/m2).
2.6. Der Kanton macht weiter geltend, das Z._-Areal sei mit der benachbarten Parzelle der Enteigneten in jeder Hinsicht vergleichbar. Der von der OSchK vorgenommene Zuschlag von 10 % wegen schlechterer Grundstücksgeometrie sei willkürlich, handle es sich doch um eine praktisch perfekt rechteckige Parzelle (190 m x 60 m), die von der Geometrie her eher besser sei als die Parzelle Nr. 325, welche die Form eines Viertelkreises aufweise.
Die OSchK legte anhand des am Stichtag geltenden Baureglements detailliert und plausibel dar, dass das Notz-Areal vor der Enteignung eine ansprechende und zweckmässig zu überbauende Fläche aufwies; insbesondere hätten sich - aufgrund des laut Baureglement erlaubten Zusammenbaus mit Gebäuden auf dem gleichen Grundstück - auch Erweiterungen, Ergänzungen und Ersatzbauten gut realisieren lassen. Areale in der Grössenordnung des Areals Notz seien schwierig zu finden; in der Tagespresse sei nachzulesen, dass Unternehmen immer wieder gezwungen seien, mangels genügend grosser Areale wegzuziehen.
Demgegenüber weist das Z._-Areal zwar eine rechteckige Form auf; es ist jedoch wesentlich kleiner als das Areal Notz und etwa dreimal so lang wie breit. Aufgrund dieser Dimensionen ist es plausibel, dass es sich - anders als das Areal Notz - nicht für grosse Industriebetriebe eignet. Davon ging auch der vom Kanton beigezogene Experte Canonica aus, der in seiner Bewertung vom 1. November 2013 präzisierte, dass der Landwert von max. Fr. 400.--/m2 für Parzellen unter 2'000 m2 gelte, woraus geschlossen werden kann, dass für grössere Areale ein höherer Wert gerechtfertigt wäre. Der Zuschlag von 10 % kann daher nicht als offensichtlich unrichtig erachtet werden.
2.7. Weiter rügt der Kanton, der ermittelte Verkehrswert sei jedenfalls für die am Rand gelegenen Teile der Parzelle Nr. 325 zu hoch. Insbesondere sei zu berücksichtigen, dass die enteignete Parzelle mit einer Grünflächenziffer von 15 % belegt gewesen sei (heute sogar 20 %). Da sie baulich schon weitgehend ausgenützt sei, hätte der abgehende Teil nur noch beschränkt baulich genutzt werden können.
Die OSchK ging dagegen in ihrem Fachbericht (S. 10) davon aus, dass die Entschädigung über das gesamte abgehende Grundstück einheitlich gerechnet werden müsse, weil eine unterschiedliche Bemessung der Willkür Tür und Angel öffnen würde. Die gesamte Fläche sei Bauland, auch dasjenige im Baulinien- und Grenzabstandsbereich sowie der Anteil von 15 % des Grundstücks, das gemäss dem am Stichtag gültigen Reglement zu begrünen sei.
Auch die ESchK war davon ausgegangen, dass es sich aufgrund der Grösse der gesamten zu enteignenden Fläche von rund 13'000 m2, die nur auf einer Länge von 110 m von der 8 m breiten Strassenbaulinie der bestehenden Kantonsstrasse tangiert werde, nicht rechtfertige, zwischen innerhalb und ausserhalb der Baulinie gelegenem Land zu unterscheiden; der Ausgleich erfolge vielmehr bei der Beurteilung der zusätzlichen Einschränkungen durch die neue Autobahn-Baulinie (E. 10b S. 11 unten und E. 11 S. 14 f. Schätzungsentscheid). Die Grünflächenziffer sei bereits im pauschalen Landwert von Fr. 450.--/m2 mitberücksichtigt, weshalb sie beim Minderwert des Restgrundstücks nicht relevant sei (E. 11 S. 15 Schätzungsentscheid).
Hat die ESchK die Faktoren, welche die Überbaubarkeit der Randflächen einschränken (Baulinie, Grünflächenziffer), somit bei der Festsetzung der Gesamtentschädigung (beim Landwert bzw. beim Minderwert der Restparzelle) bereits berücksichtigt, erscheint es nicht offensichtlich unrichtig, für die Randflächen den pauschalen Landwert von Fr. 450.--/m2 zugrunde zu legen.
2.8. Hinsichtlich des Grundstücks B in Biel rügt der Kanton, dieses sei bezüglich Nutzungsart und -möglichkeiten dem Areal Notz weit überlegen und insofern nicht vergleichbar, bestehe doch für dieses Grundstück eine Überbauungsordnung, die auch publikumswirksame Verkaufsnutzungen zulasse. Mit diesem - schon in der Stellungnahme zur Expertise der OSchK vom 14. März 2016 vorgebrachten - Einwand habe sich die Vorinstanz nicht auseinandergesetzt. Ohnehin sei das Preisniveau in Biel nicht mit demjenigen in Brügg vergleichbar.
Da das Areal der Enteigneten in unmittelbarer Nähe zur Bieler Stadtgrenze liegt, erscheint es nicht grundsätzlich unzulässig, auf Vergleichsobjekte in der Arbeitszone von Biel abzustellen. Dagegen bestätigte die ESchK in ihrer Vernehmlassung vor Bundesverwaltungsgericht, dass sich das Grundstück Biel B von den bau- und planungsrechtlichen Randbedingungen her nicht unerheblich von demjenigen der Enteigneten unterscheide (Fahrtenkontingent von 2'900 Fahrten, publikumsintensive Nutzung zulässig).
Das Bundesverwaltungsgericht äusserte sich nicht zur Vergleichbarkeit des Grundstücks B in Biel, sondern hielt die Schätzung des Verkehrswerts gestützt auf den Vergleich mit dem Z._-Areal für zulässig, das hinsichtlich Lage und Erschliessung vollumfänglich mit dem Notz-Areal vergleichbar sei. Dies ist nicht zu beanstanden, stützte sich doch die Schätzung der OSchK (Fr. 440.--/m2) auf den vom Experten des Kantons geschätzten Wert des Z._-Areals, zuzüglich eines Zuschlags von 10 %. Die OSchK ging selbst davon aus, dass der Wert des Grundstücks B in Biel (Fr. 444.--/m2 im Jahr 2007), hochgerechnet auf den Stichtag, infolge der Teuerung höher liegen würde.
2.9. Der Kanton hält es sodann für willkürlich, dass die Objekte Brügg B-E, mit durchwegs tieferen Kaufpreisen (Fr. 120.-- bis Fr. 345.--/m2), nicht berücksichtigt worden seien. Unterschieden in Grösse und Nutzung könne mit Auf- oder Abschlägen Rechnung getragen werden.
2.9.1. Die OSchK hielt die Parzellen Brügg B-D (2'887 m2, 3'237 m2 und 4'497 m2) von der Grösse, vor allem aufgrund ihres bescheidenen Entwicklungspotenzials her für nicht vergleichbar. Sie begründete dies insbesondere damit, dass die zulässige Gebäudehöhe von 25 m nach den Vorgaben des Baureglements kaum sinnvoll genutzt werden könne, weshalb die Parzellen nur für Kleingewerbe oder Handwerksbetriebe geeignet seien. Dies wird vom Kanton nicht substanziiert bestritten.
Zudem hob die OSchK hervor, dass die unterschiedlichen Preise für die direkt angrenzenden Grundstücke (von Fr. 173.20 bis 344.65/m2) wenig nachvollziehbar seien, weshalb sie nicht als Referenzwert beizuziehen seien. Auch dies kann nicht als offensichtlich unrichtig oder methodenwidrig erachtet werden.
Würde man vom Kaufpreis für Parzelle D (als grösste Parzelle und ursprüngliche Stammparzelle) ausgehen, läge der Landwert des Notz-Areals mit Fr. 450.--/m2 rund ein Drittel höher. Ein derartiger Aufschlag erschiene angesichts der von der OSchK aufgezeigten Unterschiede nicht von vornherein willkürlich.
2.9.2. Die Parzelle E in Brügg hielt die ESchK von der Lage her als grundsätzlich vergleichbar; diese sei mit 15'012 m2 (nur) 50 % kleiner als das Notz-Areal. Trotz ihrer guten Erschliessung und der sinnvollen Grundstücksgeometrie sei sie zu einem Preis von nur 119.90/m2 verkauft worden. Die OSchK erachtete diesen Preis als nicht nachvollziehbar, d.h. er könne nicht als Marktpreis betrachtet werden. Sie verwies auf die Expertise Canonica von 2007, in der sogar für schlechte Baulandqualität infolge geringer Grösse, ungünstiger Form sowie Baugrundmängel Fr. 200.--/m2eingesetzt worden seien. Damit widerspreche der getätigte Landkauf den Gesetzen des Marktes und sei als Referenzpreis unglaubwürdig und ungeeignet. Im gleichen Sinne hatte bereits die - mit den lokalen Verhältnissen vertraute - ESchK entschieden (vgl. Schätzungsentscheid E. 9 S. 10 oben).
Zwar ist dem Kanton zuzustimmen, dass es grundsätzlich der Vergleichsmethode als statistischer Methode widerspricht, Preise, die nachweislich auf dem freien Markt gezahlt worden sind, nicht zu berücksichtigen, sofern nicht besondere Verhältnisse vorliegen (mit Hinweis auf HESS/WEIBEL, a.a.O., Art. 19 N. 80). Ein extrem niedriger Preis kann allerdings ein Indiz dafür sein, dass es sich nicht um einen Verkauf im normalen Geschäftsverkehr handelte, sondern das Geschäft durch persönliche, verwandtschaftliche oder geschäftliche Beziehungen beeinflusst wurde, so dass der Preis nicht dem Verkehrswert entspricht (FRANCESCO CANONICA, Die Immobilienbewertung, 2009, S. 32). Vorliegend hat die OSchK Indizien für das Vorliegen solcher "besonderen Verhältnisse" genannt.
2.10. Der Kanton rügt weiter, bei der nur 994 m2 grossen Parzelle Biel Nr. 10110 habe es sich um einen Arrondierungskauf gehandelt, um ein Bauprojekt realisieren zu können, weshalb auch die OSchK diesen Kauf nicht für aussagekräftig gehalten habe. Es sei daher unzulässig, wenn ihm das Bundesverwaltungsgericht "Indizwirkung" zugesprochen habe (in E. 4.1.9.2 des angefochtenen Entscheids), in Abweichung vom Gutachten der OSchK. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Vorinstanz der Schätzung der OSchK folgte und es sich damit um ein obiter dictum handelte.
2.11. Schliesslich macht der Kanton geltend, die OSchK habe das (von der Enteigneten eingeholte) Gutachten von Wüest & Partner kritisiert, weil es auf einem zu optimistischen Nutzungsszenario (Zulässigkeit von Verkaufsnutzungen) beruhe, das nicht der zum Schätzungszeitpunkt geltenden baurechtlichen Grundordnung entspreche. Der Landwert müsse deshalb tiefer liegen als die von Wüest & Partner ermittelten Fr. 450.--/m2.
Diese Kritik der OSchK betraf nur die Preisermittlung aufgrund des Residualwertes. Der so berechnete Wert wurde anschliessend noch anhand von Transaktionsdaten plausibilisiert. Die OSchK ging in ihrem Fachbericht (S. 8 oben) davon aus, dass die umfassende Datenbank der Wüest & Partner AG den hergeleiteten Werten eine "hohe Verbindlichkeit" gebe. Insofern stellt die Expertise Wüest & Partner - wie die Enteignete zu Recht geltend macht - eher eine Bestätigung des von der ESchK geschätzten Marktwerts von Fr. 450.--/m2 dar.
2.12. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Vorinstanz hinsichtlich des der Entschädigung zugrunde gelegten Landwerts weder eine Verletzung von Bundesrecht noch eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung vorgeworfen werden kann. Damit erweist sich die Beschwerde des Kantons Bern als unbegründet.
3.
Die Enteignete bestreitet zunächst den von der Vorinstanz berechneten Minderwert für Bodenbelastungen.
3.1. Sie macht geltend, es sei willkürlich und verletze Treu und Glauben und die Rechtsgleichheit, überhaupt einen Abzug für die Bodenbelastung durch Abfälle und andere Altlasten der früheren Deponie Lischenweg vorzunehmen, habe ihr doch der Kanton mehrfach zugesichert, die Entsorgungskosten zu tragen; davon sei auch die Expertise Canonica vom 10. Juli 2007 ausgegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, aus den Akten ergebe sich kein Aufschluss über eine Vereinbarung oder eine rechtswirksame Zusicherung, auf die Geltendmachung von Entsorgungskosten zu verzichten. Im Übrigen habe die Beschwerdegegnerin keine Dispositionen getroffen, die zu einem Vertrauensschutz führen würden.
Diese Erwägungen sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden; entgegen der Auffassung der Enteigneten lässt sich auch aus der Klausel "ohne Garantie" in der Vereinbarung vom 30. September 2008 nichts ableiten. Soweit die Enteignete geltend macht, sie habe es im Vertrauen auf angebliche mündliche Zusicherungen bzw. die Expertise Canonica versäumt, Beweisanträge zu stellen oder selbst Beweismassnahmen zum Umfang der Belastung durchzuführen, ist ihr entgegenzuhalten, dass nur die Kubaturen der zweiten "Sanierungs"-Etappe (Anfang 2014) streitig sind (unten E. 3.3). Die Enteignete hatte daher im Anschluss an die Schätzungsverhandlung vom 4. Dezember 2013, in welcher der Kanton ausdrücklich den Abzug der Entsorgungskosten verlangte, Gelegenheit, Beweismassnahmen zu beantragen und hat von dieser Möglichkeit auch Gebrauch gemacht (vgl. Akten ESchK act. 107).
Die Behauptung, bei anderen Objekten sei kein Abzug erfolgt, wird (wie schon vor Bundesverwaltungsgericht) nicht näher substanziiert, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
3.2. Die Beschwerdeführerin hält den Abzug auch deshalb für stossend, weil die Belastung von den Gemeinwesen Brügg und Biel als Deponiebetreiberinnen und vom Kanton als Aufsichtsbehörde verursacht worden sei, während sie (die Enteignete) beim Bodenkauf von der Belastung keine Kenntnis gehabt habe. Wenn überhaupt ein Abzug vorgenommen werde, müsse dieser wenigstens um den Kostentragungsanteil der Verursacher gemäss <ref-law> (d.h. mindestens um 80 %) reduziert werden.
3.2.1. Nach <ref-law> trägt der Inhaber der Abfälle die Kosten der Entsorgung, sofern nichts anderes bestimmt wird. Eine Sanierungspflicht besteht nach <ref-law> nur, wenn ein belasteter Standort zu schädlichen oder lästigen Einwirkungen führt oder die konkrete Gefahr besteht, dass solche Einwirkungen entstehen. Entfernt der Inhaber eines Grundstücks Material aus einem belasteten Standort, das nicht wegen einer Sanierung nach Artikel 32c entsorgt werden muss, so kann er nur unter den besonderen Voraussetzungen nach Art. 32b bis Rückgriff auf den Verursacher der Belastung nehmen, die vorliegend nicht erfüllt sind; eine Kostenteilungsverfügung nach <ref-law> kann nicht verlangt werden.
3.2.2. Vorliegend wurde der Standort "Lischenweg" nur als überwachungs- und nicht als sanierungsbedürftig qualifiziert, weshalb die OSchK (Fachbericht S. 15) zu Recht bemerkte, dass nicht von Sanierung bzw. Sanierungsetappen, sondern von Dekontamination gesprochen werden sollte. In seiner Stellungnahme vom 21. Oktober 2015 bestätigte das Berner Amt für Wasser und Abfall (AWA), dass der Aushub und die gesetzeskonforme Entsorgung von Deponiematerial keine altlasten-, sondern abfallrechtliche Massnahmen darstellten. Allerdings räumte es ein, dass der doppelte Konzentrationswert für Ammonium im Grundwasser zum Teil überschritten sei, weshalb es sich "strenggenommen" um einen sanierungsbedürftigen Standort im Sinne der Altlasten-Verordnung vom 26. August 1998 (AltlV; SR 814.680) handle. In der Praxis werde jedoch auf die Sanierung solcher Standorte verzichtet, weil das primär fischtoxische Ammonium im Kontakt mit sauerstoffreichem Grundwasser wieder zu Nitrat oxidiere, so dass sich das "Problem" in der Regel selbst löse. Nach allgemein anerkannter Praxis würden daher Deponien, welche lediglich aufgrund erhöhter Ammoniumkonzentrationen sanierungsbedürftig seien, nicht saniert.
Das Bundesverwaltungsgericht erwog, die Qualifikation des Standorts als überwachungs- oder sanierungsbedürftig betreffe nur die Frage der Tragung der Entsorgungskosten und nicht die - vorliegend relevante - Frage der Wertminderung des Bodens. Eine Unsicherheit bei der Qualifikation des Standorts würde dazu führen, dass im freihändigen Verkauf ein Erwerber auch nur bereit wäre, einen Landpreis unter Abzug sämtlicher hypothetischer Sanierungskosten zu bezahlen.
3.2.3. Diese Erwägung verletzt Bundesrecht nicht. Grundsätzlich wirkt sich eine Bodenbelastung aufgrund der erhöhten Entsorgungskosten beim Bauaushub wertmindernd aus. Die Möglichkeit, die Kosten gemäss <ref-law> auf die Verursacher abzuwälzen, kann diesen Minderwert zwar verringern; Voraussetzung ist aber, dass die Rückgriffsmöglichkeit feststeht oder zumindest sehr wahrscheinlich erscheint. Dies ist vorliegend nicht der Fall, und zwar unabhängig von einer allfälligen Sanierungspflicht wegen Ammonium nach <ref-law>: Die Kostenteilung nach <ref-law> könnte nämlich nur für diejenigen Kosten verlangt werden, die nötig sind, um die Gefahr schädlicher oder lästiger Ammoniumeinwirkungen zu beseitigen; hierfür wäre nach den insoweit unstreitigen Ausführungen des AWA nicht die Dekontamination des gesamten Standorts erforderlich.
Unter diesen Umständen erscheint es nicht bundesrechtswidrig, einen Mindertwertabzug für die belastungsbedingt erhöhten Entsorgungskosten des Aushubs vorzunehmen.
3.3. Näher zu prüfen ist die Höhe des Minderwerts.
3.3.1. Der Kanton hatte insgesamt Fr. 1'096'482.-- für die Entsorgung des belasteten Aushubs auf Parzelle Nr. 325 geltend gemacht; die von ihm im Schätzungsverfahren eingereichten Unterlagen (Bericht des Instituts Geotest AG vom 25. September 2013 sowie Situationspläne vom 25. September 2013 und 24. April 2014) belegten die Arbeiten, Erkenntnisse und Kosten der 1. "Sanierungs"-Etappe und die prognostizierten Kosten der 2. Etappe, gestützt auf die angenommene Ausdehnung und Mächtigkeit der Deponie. Die ESchK ging davon aus, der Kanton sei seiner Pflicht, die im Rahmen der zweiten Etappe, nach dem September 2013, tatsächlich entnommenen belasteten Kubaturen zu belegen, nicht nachgekommen. Die ESchK akzeptierte deshalb von den insgesamt ausgehobenen 13'479 m3 nur einen Anteil von 5'301 m3 oder 39.3 % als belastet und berechnete (nach Abzug von nicht überbaubaren Grenz- und Strassenflächen) einen Minderwert von Fr. 259'000.--.
3.3.2. Das Bundesverwaltungsgericht erwog, die ESchK stütze sich offenbar auf die Bestimmung von <ref-law>, wonach derjenige, welcher aus einem als nicht sanierungsbedürftig eingestuften Standort belastetes Material entferne, für die entstandenen Mehrkosten und deren Höhe beweispflichtig sei. Diese Bestimmung betreffe jedoch die Frage der Kostentragung und nicht den vom Enteigneten zu tragenden Minderwert. Wie der Fachbericht der OSchK darlege, entspreche es der gängigen Praxis, die Ausdehnung einer Altlast mittels Proben abzuschätzen und einen Minderwert aufgrund der so gewonnenen Prognose zu berechnen.
Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die Ausdehnung der Bodenbelastung gemäss Situationsplan vom 24. April 2014 durch einen Feldbefund und Sanierungsarbeiten bei der Erneuerung der Kanalisation 2013 sowie den Abschluss der zweiten "Sanierungs"-Etappe im März 2014 bestätigt worden sei. Es wäre deshalb unbillig und würde zu einem stossenden Ergebnis führen, ausschliesslich die Kosten der 1. Etappe zu berücksichtigen, selbst bei einer anerkanntermassen vernachlässigten Mitwirkungspflicht des Kantons betreffend den Nachweis der Kubaturen der 2. Etappe. Das Bundesverwaltungsgericht berücksichtigte daher (gemäss den Berechnungen durch die OSchK) einen Minderwert von Fr. 275.--/m2 (Fr. 1'096'482.-- : 3'987 m2) aus, was bei einer zu berücksichtigenden Fläche von 2'387 m2 zu einem Minderwert von Fr. 656'425.-- führte.
3.3.3. Die Enteignete rügt, die Berücksichtigung von nicht nachgewiesenen Sanierungskosten sei willkürlich und verstosse gegen <ref-law>. Die Ausführungen der OSchK, wonach es gängiger Praxis entspreche, die Ausdehnung einer Altlast abzuschätzen und den Minderwert aufgrund von Prognosen zu berechnen, könne nicht gelten, wenn mangels Einigung ein offizielles Enteignungs- und Schätzungsverfahren durchgeführt werden müsse. Diesfalls sei es Sache des Enteigners, der die Kosten der Dekontamination wertmindernd berücksichtigen wolle, die Kubaturen zu belegen. Eine parzellenscharfe Abgrenzung von belastetem Aushub sei möglich und im Streitfall durchaus üblich, wie die OSchK bestätigt habe.
3.3.4. Wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, geht es vorliegend nicht um die Frage der Kostentragung für die Entsorgungskosten, sondern darum, den wegen Bodenbelastungen bestehenden Minderwert zu schätzen. Es ist unstreitig, dass ein Teil der Parzelle Nr. 325 durch die Ablagerungen der ehemaligen Deponie Lischenweg belastet war; deren Ausdehnung auf dem Gelände stand spätestens seit Abschluss der 2. "Sanierungs"-Etappe im März 2014 fest, d.h. noch vor dem Abschluss des Schätzungsverfahrens. Dagegen fehlten genaue Angaben zu den auf Parzelle Nr. 325 ausgehobenen Kubaturen, weil es der Kanton unterlassen hatte, den Aushub parzellenscharf abzugrenzen. Der ESchK lag jedoch eine Mehrkostenabschätzung der Geotest AG vom 25. September 2013 vor, basierend auf der Mächtigkeit der Deponie im Bereich der 1. Etappe. Diese wurde von der OSchK als realistisch bzw. eher niedrig erachtet. Dies bestätigt auch die Aktennotiz der Geotest AG vom 12. November 2014 (d.h. nach Abschluss des Schätzungsverfahrens) : Danach seien die Annahmen zur Mächtigkeit und zum Verhältnis von schwach zu stark verschmutztem Material in der Etappe 2 bestätigt worden; dagegen sei die Ausdehnung der Deponie grösser als bisher angenommen, habe sich doch gezeigt, dass der effektive Deponierand noch rund 10 m weiter östlich liege als im Oktober 2013 angenommen.
Unter diesen Umständen ist es nicht zu beanstanden, wenn das Bundesverwaltungsgericht einen Minderwertabzug auch für die 2. Etappe zuliess. Der Mitwirkungspflicht der Parteien im Schätzungsverfahren (Art. 4 der Verordnung über das Verfahren vor der eidgenössischen Schätzungskommission vom 13. Februar 2013 [SR 711.1] in Verbindung mit <ref-law> [SR 172.021]) wird genügend Rechnung getragen, wenn allfällige Unsicherheiten über die ausgehobenen Kubaturen und die dadurch entstehenden Kosten zu Lasten des Kantons gehen, d.h. der Minderwertberechnung - wie geschehen - eine vorsichtige, eher zu tiefe Kostenschätzung zugrunde gelegt wird.
3.4. Damit erweisen sich die Rügen der Enteigneten zum Minderwertabzug als unbegründet.
4.
Weiter bestreitet die Enteignete die Entschädigung für die vorübergehende Beanspruchung des Terrains. Diese setzt sich aus dem Landwert (Fr. 450.--/m2) und einem Kapitalisierungssatz zusammen.
4.1. Die ESchK legte einen Kapitalisierungssatz von 3.5 % zugrunde, weil dies von den Parteien in ihrem Vertrag vom 30. September 2008 so vereinbart worden sei.
Dagegen entschied das Bundesverwaltungsgericht, die vertragliche Vereinbarung habe sich nur auf die damals beanspruchte Fläche von 4'325 m2 für die erste "Sanierungs"-Etappe bezogen und sei nicht für alle weiteren, noch vorübergehend zu enteignenden Flächen massgeblich. Sie orientierte sich daher für die Berechnung der übrigen Entschädigungen am jeweils gültigen hypothekarischen Referenzzinssatz bei Mietverhältnissen respektive am üblichen enteignungsrechtlichen Zinssatz.
Die Enteignete rügt, dies widerspreche dem Willen der Vertragsparteien, die - unabhängig vom Ausmass der Fläche - einen Kapitalisierungssatz von 3.5 % vereinbart hätten.
4.2. Der Vertrag vom 30. September 2008 " Convention de mise à disposition de terrain " enthält folgende Vereinbarungen (Hervorhebungen durch das Bundesgericht) :
4a. Le canton servira à Notz Immobilien AG une indemnité pour l'utilisation de ses terrains dans l'attente d'une décision de la Commission d'estimation. Cette indemnité doit être calculée sur la base des chiffres issus de l'expertise et capitalisée au taux d'une hypothèque de 1er rang.
4b. Le total des emprises de la première étapeest de 4'325 m2 au taux de Fr. 200.--/m2, ce qui donne un capital de Fr. 865'000.--. [...]. Capitalisé à 3,5%, ce montant représente une rente annuelle de Fr. [...]. Le prix de Fr. 200.--/m2 n'est fixé par le canton que comme base de calcul provisoire d'une indemnité. Ce prix est articulé sans préjudice pour Notz Immobilien AG qui base ses revendications financières sur un prix du marché de Fr. 400.--/m2, [...].
4c: Le paiement de la rente annuelle interviendra dans les 30 jours après la prise de possession du terrain fixée au 1er novembre 2008, sur un compte à désigner par Notz Immobilien AG.
4d: Au cas où la Commission fédérale d'estimation rendrait une décision modifiant l'estimation des valeurs vénales arrêtées sous lettre b, l'indemnité devra être recalculée et la différence payée, de part au d'autre avec un intérêt de 5 %.
Die Auslegung der Vorinstanz, wonach der in Ziff. 4b vereinbarte Kapitalisierungssatz sich nur auf die enteignete Fläche von 4'325 m2 bezieht, entspricht dem Wortlaut des Vertrags; dieser enthält keinen Anhaltspunkt dafür, dass er auch für weitere, künftig noch in Anspruch zu nehmende Flächen gelten solle.
Selbst wenn der Vertrag aber in diesem Sinne zu verstehen wäre, wäre nicht automatisch von einem Kapitalisierungssatz von 3,5% auszugehen, hält doch der Vertrag (in Ziff. 4a) fest, dass sich die Konditionen für die Berechnung der Entschädigung an denjenigen für eine Hypothek im ersten Rang orientieren; dieser Basiszinssatz betrug damals 3,5% und wurde am 1. Januar 2010 vom heute gebräuchlichen hypothekarischen Referenzzinssatz abgelöst. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn das Bundesverwaltungsgericht für die Berechnung der Entschädigung ab diesem Zeitpunkt - und somit ab dem Zeitpunkt der vorzeitigen Besitzeinweisung am 1. Februar 2012 - den jeweils gültigen hypothekarischen Referenzzinssatz bei Mietverhältnissen, d.h. den üblichen enteignungsrechtlichen Zinssatz, zugrunde legte.
5.
Nach dem Gesagten sind beide Beschwerden abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteikosten wettzuschlagen (Art. 116 Abs. 3 EntG i.V.m. Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 1C_90/2017 und 1C_91/2017 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte (Fr. 7'500.--) auferlegt.
4.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 6, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber