Sachverhalt:
A.
E._ und F._ sind die Eltern von A._, geb. 2010. Sie trugen vor Gericht zahlreiche Streitigkeiten rund um das Kind aus.
Aufgrund des Verhaltens des Vaters führten die drei Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts U._, welche im Verlauf der Zeit alle mit der einen oder anderen Streitigkeit befasst waren, mit diesem am 24. November 2014 zwecks "Deeskalation" eine Aussprache durch, worauf sich der Umgangston vorübergehend ins Positive veränderte. Bald setzten aber die Ausfälligkeiten wieder ein und steigerten sich zusehends. Nachdem sie einen Höhepunkt erreicht und Formulierungen in einem Schreiben des Vaters an das Departement Volkswirtschaft und Inneres zu Rückfragen beim Gericht und der Justizleitung geführt hatten, machten die drei Gerichtspräsidenten im Frühjahr 2015 aufgrund einer Empfehlung der Fachstelle für Personalsicherheit eine Gefährderansprache. Dem Versand weiterer Urteile folgte eine nochmalige Steigerung von mit Drohungen verbundenen E-Mails. Auf eine erneute E-Mail vom 22. Juli 2015 hin wandten sich die drei Gerichtspräsidenten an die Justizleitung, welche sich mit der Kantonspolizei Zürich in Verbindung setzte. Nach Rücksprache mit der Justizleitung und dem Polizeikommando reichten sie schliesslich am 23. Juli 2015 bzw. am 12. August 2015 eine Strafanzeige gegen den Vater ein. Die Einleitung des Strafverfahrens führte zu einer gewissen Beruhigung und mit Schreiben vom 15. März 2016 zogen die Gerichtspräsidenten ihre Strafanzeige zurück.
B.
Mit Entscheid vom 3. Juni 2016 erklärten die drei Gerichtspräsidenten im Kindesschutzverfahren xxx den Ausstand mit der Begründung, angesichts der gegen den Vater eingereichten Strafanzeige würden sie sich in den Verfahren betreffend A._, in welchen sie alle drei bereits tätig gewesen seien, nicht mehr als unbefangen betrachten. Sofern der Ausstandsgrund von den Parteien bestritten werde, wofür ihnen eine Frist von 10 Tagen gesetzt werde, würden die Akten direkt dem Obergericht zum Entscheid über das Ausstandsgesuch weitergeleitet; soweit der Ausstand nicht bestritten werde, würden die Akten direkt dem Obergericht zur weiteren Behandlung (Einsetzung eines anderen Gerichtspräsidenten oder Übertragung der Angelegenheit auf ein anderes Bezirksgericht) weitergeleitet.
Nachdem die Mutter den Ausstandsgrund unter Berufung auf die Garantie des verfassungsmässigen Richters bestritten hatte, wurde das Ausstandsgesuch dem Obergericht des Kantons Aargau übermacht. Mit Entscheid vom 21. Oktober 2016 hiess dieses das Ausstandsgesuch aller drei Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts U._ im Kindesschutzverfahren xxx bzw. allen hängigen und zukünftigen Subverfahren in der betreffenden Angelegenheit gut. In seinen Erwägungen hielt es fest, für die Ersatzlösung nicht zuständig zu sein und deshalb das Dossier nach Rechtskraft des Entscheides der Justizleitung des Kantons Aargau zuzustellen.
Auf die hiergegen erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht infolge fehlender funktioneller Zuständigkeit mangels Beachtung des Prinzipes der "double instance" nicht ein und wies die Sache mit Urteil 5A_930/2016 vom 17. Januar 2017 zur weiteren Behandlung an das Obergericht zurück. In der Folge hob das Obergericht am 6. März 2017seinen Entscheid vom 21. Oktober 2016 auf und wies die Sache an das Bezirksgericht U._ zurück zum Entscheid ohne Mitwirkung der drei betroffenen Richter.
Mit Entscheid vom 20. April 2017 hiess das Bezirksgericht U._ das Ausstandsgesuch der drei Gerichtspräsidenten für das Kindesschutzverfahren xxx bzw. alle hängigen und zukünftigen Subverfahren in der betreffenden Sache gut.
Die hiergegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht mit Entscheid vom 12. Juli 2017 ab.
C.
Gegen den obergerichtlichen Entscheid wurde am 13. September 2017 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung und Abweisung des Ausstandsgesuchs der drei Gerichtspräsidenten, eventualiter um Rückweisung des Verfahrens an das Obergericht. Am 29. September 2017 nahmen die drei Gerichtspräsidenten zum Gesuch um aufschiebende Wirkung Stellung und beantragten dessen Abweisung. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist der kantonal letztinstanzliche, selbständig eröffnete Zwischenentscheid über das Ausstandsbegehren der drei Gerichtspräsidenten der ersten Instanz in einer Kindesschutzsache; die Beschwerde in Zivilsachen steht offen (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6, Art. 75 Abs. 1 und Art. 92 Abs. 1 BGG).
In rechtlicher Hinsicht sind alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig und das Bundesgericht wendet in diesem Bereich das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit freier Kognition prüft. Hingegen ist das Bundesgericht in Bezug auf den Sachverhalt an die Feststellungen im angefochtenen Urteil gebunden (<ref-law>); sie können einzig mit Willkürrügen angefochten werden, für welche das strenge Rügeprinzip gilt und appellatorische Ausführungen unzulässig sind (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 S. 266). Das Rügeprinzip gilt sodann auch für alle anderen Verfassungsrügen (<ref-law>). Dies setzt eine saubere Trennung der Vorbringen und die Beachtung der je eigenen Begründungsanforderungen voraus, was vorliegend nicht erfolgt; Rechts- und Sachverhaltsrügen werden teilweise durcheinander vorgetragen oder gar in der gleichen Aussage verquickt, wobei die Ausführungen in Bezug auf den Sachverhalt über weite Strecken appellatorisch bleiben.
2.
Auf der Sachverhaltsebene dreht sich die Beschwerde primär um die Behauptung, im angefochtenen Entscheid sei der Umstand übergangen worden, dass die Strafanzeige der drei Gerichtspräsidenten auf Papier des Bezirksgerichts U._ erfolgt sei. Dieses Vorbringen wird indes appellatorisch vorgetragen (Beschwerde, S. 10, 15 und 18), weshalb darauf nicht eingetreten werden kann (vgl. E. 1); einzig ganz am Schluss wird im betreffenden Kontex noch ephemer eine Willkürrüge nachgeschoben, in welcher indes das spezifische Vorbringen nicht explizit wiederholt wird (Beschwerde, S. 25). So oder anders geht dieses aber an der Sache insofern vorbei, als das Obergericht ausdrücklich festgehalten hat, das Zerwürfnis sei im Rahmen der Amtstätigkeit erfolgt (angefochtener Entscheid, S. 10 oben). Indes war für das Obergericht entscheidend, dass die Erstattung der Strafanzeige durch die Gerichtspräsidenten nicht gestützt auf eine gesetzliche Anzeigepflicht, sondern aufgrund der ausgeprägten persönlichen Spannungen und Angriffe auf deren Person erfolgte (angefochtener Entscheid, S. 9). Darauf wird im Sachkontext noch zurückzukommen sein (vgl. E. 3.4).
Was sodann das Vorbringen anbelangt, das Obergericht habe sich mit verschiedenen Beschwerdevorbringen nicht oder zu wenig auseinandergesetzt, ist das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin angesprochen, ohne dass eine Gehörsrüge, d.h. eine Verfassungsrüge (Verletzung von <ref-law>) erfolgt; auf die appellatorischen Vorbringen kann nicht eingetreten werden (vgl. E. 1).
Der Vorwurf an das Obergericht, in Verletzung von <ref-law> i.V.m. <ref-law> sowie Art. 55 Abs. 2 und Art. 296 Abs. 1 ZPO den Sachverhalt nicht erforscht zu haben, indem nicht das ganze Strafverfahren und dessen Hintergründe durchleuchtet worden seien, geht insofern an der Sache vorbei, als sich die betreffenden Artikel auf die materiellen Kindesbelange und nicht auf die Sachverhaltsfeststellung im Zusammenhang mit der Befangenheitsfrage beziehen. Ebenso wenig ist zu sehen, inwiefern im vorliegend interessierenden Kontext das Recht auf Beweis verletzt sein soll.
Es ist folglich vom Sachverhalt auszugehen, so wie er im angefochtenen Entscheid dargestellt ist.
3.
In der Sache geht es um die Frage des unbefangenen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richters im Sinn von <ref-law>.
Nicht topisch ist demgegenüber die mit dem Vorbringen, in Kindesbelangen sei keine andere Zuständigkeit als am eigenen Wohnort zumutbar, verbundene Rüge der Verletzung von <ref-law> (vgl. allerdings zum Spannungsverhältnis zwischen den beiden Verfassungsgarantien E. 3.1). Das Dossier wird im Anschluss an die Klärung der Befangenheitsfrage zur Bestimmung des weiteren Vorgehens (fallweise Einsetzung eines anderen Gerichtspräsidenten für das Bezirksgericht U._ oder Zuständigerklärung eines anderen Bezirksgerichtes für die Angelegenheit oder noch andere Lösung) an die hierfür zuständige Justizleitung gehen (vgl. Lit. B). Diese Frage ist mithin nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
3.1. Die Garantie des unparteiischen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit begründen. Voreingenommenheit und Befangenheit werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn Umstände vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Solche Umstände können in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Bei der Beurteilung solcher Gegebenheiten ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken. Für den Ausstand wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 179; <ref-ruling> E. 2.2 S. 242; 326 E. 5.1 S. 328; <ref-ruling> E. 2.1 S. 144 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 229).
Der Ausstand des Richters steht in einem gewissen Spannungsverhältnis zum Anspruch auf den gesetzlichen Richter. Dies gilt insbesondere dort, wo es um den Ausstand aller Mitglieder eines Gerichtes geht. Deshalb muss nicht nur für jedes einzelne Mitglied der Anschein von Befangenheit individuell gegeben sein (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 302 f.; Urteile 1B_86/2011 vom 14. April 2011 E. 3.3.1; 2C_305/2011 vom 22. August 2011 E. 2.7), sondern gelten insgesamt strengere Anforderungen an den Ausstand (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 477; <ref-ruling> E. 6b S. 164; Urteile 5A_109/2012 vom 3. Mai 2012 E. 3.2.3; 6B_42/2009 vom 20. März 2009 E. 3.2.1).
3.2. Das Obergericht hat eine Parallele gezogen zu <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 22, wonach ein Richter gehalten war, von sich aus in den Ausstand zu treten, weil er gegen eine Partei Strafanzeigen wegen Ehrverletzung erhoben und Zivilklage auf Genugtuung eingereicht hatte. Es hat befunden, dass die zunehmende Eskalation, die sich steigernden Ausfälligkeiten und Drohungen des Vaters gegenüber den Gerichtspräsidenten, die in der Folge vorgenommene Gefährderansprache auf Polizeiebene sowie die schliesslich nach Rücksprache mit der Justizleitung und der Polizei erstattete Strafanzeige mit anschliessender Hafteinvernahme durch die Staatsanwaltschaft die drei Gerichtspräsidenten nicht mehr als subjektiv-innerlich frei erscheinen lasse, eine unvoreingenommene Würdigung vorzunehmen. Ausschlaggebend sei hierbei, dass es - obwohl im Zusammenhang mit der beruflichen Funktion erfolgt, so dass weniger schnell von einer Befangenheit auszugehen sei - um ausgeprägte persönliche Spannungen und Angriffe auf ihre Person gehe und diese eine äusserst lange Vorgeschichte mit letztlich fruchtlos verlaufenen Lösungsversuchen hätten.
3.3. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>. Dabei übersieht sie, dass im Bereich des Kindesschutzes der Kanton die Verfahrensordnung bestimmt (vgl. Art. 314 Abs. 1 i.V.m. Art. 450 f. ZGB) und für den Fall, dass der Kanton die ZPO als anwendbar erklärt, diese als subsidiäres kantonales Verfahrensrecht gilt und daher eine willkürliche Anwendung der betreffenden Normen oder eine anderweitige Verfassungsverletzung zu rügen wäre (vgl. Urteile 5A_327/2016 vom 1. Mai 2017 E. 3.1; 5A_724/2015 vom 2. Juni 2016 E. 2.2; 5A_254/2014 vom 5. September 2014 E. 2.1). Indes wird auch eine Verletzung von <ref-law> geltend gemacht. Insofern erhebt die Beschwerdeführerin eine topische Verfassungsrüge, zumal die aus <ref-law> fliessenden Grundsätze im Wesentlichen mit der gesetzlichen Umsetzung in <ref-law> übereinstimmen.
Zusammengefasst bringt die Beschwerdeführerin vor, die drei Gerichtspräsidenten hätten die Strafanzeige in amtlicher Funktion eingereicht und damit bloss die entsprechende Verwarnung an den Vater umgesetzt; die Strafanzeige sei mithin eine simple Massnahme der Verfahrensdisziplin im Rahmen des hochprofessionellen Handelns der Gerichtspräsidenten gewesen. Weiter legt sie Wert auf die Feststellung, dass der Vater gar nie ein Ausstandsbegehren gestellt habe, sondern dieses vielmehr von den Gerichtspräsidenten ausgegangen sei, und zwar erst ein Jahr nach erfolgter Strafanzeige. Dies sei viel zu spät, weil der Kindesschutz eine Dauerangelegenheit und die Zuständigkeit deshalb ununterbrochen gegeben sei.
3.4. Verbale Anfeindungen, Unterstellungen oder auch das Erheben einer Strafanzeige gegen den Richter durch eine Verfahrenspartei vermögen für sich allein nicht den Anschein von Befangenheit zu begründen; andernfalls hätte es eine Verfahrenspartei in der Hand, einen Richter in den Ausstand zu versetzen und so die Zusammensetzung des Gerichts zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 22; Urteile 1B_130/2017 vom 15. Juni 2017 E. 2.5; 1B_51/2016 vom 24. Februar 2016 E. 2.3; 6B_388/2015 vom 22. Juni 2015 E. 1.4; 1B_13/2015 vom 1. Mai 2015 E. 3.1; 1B_303/2008 vom 25. März 2009 E. 2.3.3). Massgeblich ist in derartigen Fällen die Reaktion des Richters; antwortet dieser beispielsweise mit einer Strafanzeige und Zivilforderungen, so erhält der Konflikt dadurch eine persönliche Dimension, welche seine Unbefangenheit tangiert (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 22; Urteile 1B_130/2017 vom 15. Juni 2017 E. 2.5; 6B_20/2013 vom 3. Juni 2013 E. 2.2).
Der vorliegende Fall zeichnet sich durch langjährige, zunehmende Attacken, Diffamierungen und Drohungen des Vaters gegenüber den drei Gerichtspräsidenten aus, welche diese zu stets stärkeren Reaktionen provozierten (deeskalierende Gespräche, Gefährdermeldung, Strafanzeige). Die Gerichtspräsidenten schildern in ihrer Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung, dass sie die Strafanzeige nicht aus Gründen der Verfahrensdisziplin, sondern aus persönlicher Betroffenheit eingereicht hätten; sie hätten alle langjährige Erfahrung in der Justiz und im Umgang mit nicht einfachen Personen und sie hätten auch viel zur Beruhigung der Situation unternommen, eine weitere Verfahrensführung durch ihre Person wäre kontraproduktiv.
Zwar steht die Strafanzeige vorliegend im Zusammenhang mit Vorfällen, welche den Gerichtspräsidenten in ihrer amtlichen Funktion widerfahren sind. Indes richteten sich nicht nur die Anfeindungen und Diffamierungen unmittelbar gegen die jeweilige Person, sondern auch die Waffendrohungen etc. erhielten zunehmend einen persönlichen Konnex, indem der Vater begann, diesbezüglich die privaten Wohnadressen der drei Gerichtspräsidenten zu nennen. Vor dem Hintergrund der zunehmenden und auch zunehmend persönlich werdenden Eskalation sowie den Reaktionen zu denen sich die Gerichtspräsidenten veranlasst sahen, liegt insgesamt eine singuläre Situation vor, in welcher sich der objektive Anschein, dass diese allenfalls nicht mehr völlig frei von Parteilichkeit urteilen könnten, bejahen lässt. Kern von <ref-law> ist die Garantie, dass keine sachfremden Umstände, die ausserhalb des Prozesses liegen, in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das gerichtliche Urteil einwirken; die Verfassungsnorm soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 221; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 435 f.; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 124; <ref-ruling> E. 2.2 S. 3; <ref-ruling> E. 2.1 S. 229; <ref-ruling> E. 3.1 S. 210). Diese Garantie scheint vorliegend wie gesagt nicht mehr gegeben. Dabei ist namentlich auch die Natur des zur Debatte stehenden Verfahrens zu berücksichtigen. Kindesschutzverfahren sind regelmässig mit viel Ermessen für den Richter und teilweise auch mit Emotionen für die beteiligten Akteure verbunden; sodann haben die persönlichen Eigenschaften der Eltern und die Eltern-Kind-Beziehung eine entscheidende Bedeutung, wobei die elterlichen (Charakter-) Eigenschaften bei der Beurteilung von Kindesangelegenheiten in objektiver Weise und frei von persönlichen Vorbehalten zu würdigen sind. Angesichts des konkreten Verlaufes des Geschehens besteht die Gefahr, dass dies nicht mehr uneingeschränkt der Fall sein könnte, indem es den drei betroffenen Gerichtspräsidenten allenfalls nicht mehr gelingt, dem Vater neutral zu begegnen und jegliche persönlich-negativen Gefühle aus der Entscheidungsfindung fernzuhalten. Dies muss keineswegs so sein; eine entsprechende Gefahr ist aber durchaus indiziert und eine tatsächliche Befangenheit ist nicht erforderlich. Vor diesem Hintergrund geht denn auch das Vorbringen, die Gerichtspräsidenten hätten keine hieb- und stichfesten Beweise für ihre Befangenheit erbracht, an der Sache vorbei.
Nach dem Gesagten kann der Anschein von Befangenheit aufgrund der konkreten Umstände bejaht werden. Nicht massgeblich ist, dass die Gerichtspräsidenten von sich aus den Ausstand erklärt haben und nicht der Vater ein entsprechendes Gesuch stellte. Ferner versteht sich von selbst, dass der Ausstand nicht in abstracto, sondern nur im Zusammenhang mit einem konkreten Verfahren erklärt werden kann. Dass im Zeitpunkt der Strafanzeige ein Verfahren hängig gewesen wäre, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, und es ist nicht am Bundesgericht, in den Akten danach zu forschen.
4.
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Kindes- und Erwachsenenschutz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli