Sachverhalt:
A.
Die 1964 geborene Brasilianerin A._ reiste im Februar 2016 in die Schweiz und verblieb illegal hier, wobei sie ohne Bewilligung arbeitete. Sie hielt sich bei einem schweizerisch-französischen Doppelbürger in V._ auf, der gemäss ihren Angaben heute ihr Verlobter ist. Beim Zivilstandsamt in U._ (GE) sei ein Ehevorbereitungsverfahren im Gang und beim Office de la population et des migrants du canton de Genève habe sie ein Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung gestellt.
A._ wurde am 10. November 2016 bei der Passkontrolle im Flughafen Zürich angehalten, als sie nach Brasilien ausreisen wollte. Mit Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/ Unterland vom 11. November 2016 wurde sie wegen rechtswidriger Einreise, rechtswidrigen Aufenthalts und Erwerbstätigkeit ohne Bewilligung mit einer Geldstrafe von 100 Tagessätzen sanktioniert. Mit Verfügung vom 12. November 2016 wies das Migrationsamt des Kantons Zürich A._ aus der Schweiz weg und setzte eine Ausreisefrist bis zum 13. November 2016 an.
B.
Gegen diese Verfügung erhob A._ am 18. November 2016 Rekurs an die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich, wobei sie um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ersuchte. Nachdem A._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine Rechtsverzögerungsbeschwerde eingereicht hatte, wies die Sicherheitsdirektion das Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung mit Zwischenverfügung vom 13. Dezember 2016 ab. Gegen diese Zwischenverfügung erhob A._ am 30. Januar 2017 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses trat mit Verfügung des Einzelrichters vom 1. Februar 2017 auf die Beschwerde nicht ein, da das Rechtsmittel nicht innert der Frist von fünf Tagen gemäss Art. 64 Abs. 3 AuG (SR 142.20) erhoben worden sei.
C.
Am 6. März 2017 erhebt A._ beim Bundesgericht subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat dem Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. um vorläufigen Vollzugsstopp während der Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens am 8. März 2017 superprovisorisch entsprochen und alle Vollziehungsvorkehrungen bis zum Entscheid über das Gesuch untersagt. Mit Verfügung vom 12. April 2017 hat er das Gesuch abgewiesen.
Die Sicherheitsdirektion verzichtet auf Vernehmlassung. Das Verwaltungsgericht hat zur Beschwerde Stellung genommen und beantragt, diese abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Staatssekretariat für Migration (SEM) beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die Frage, ob das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Verfügung des Einzelrichters vom 1. Februar 2017 zu Recht auf die Beschwerde gegen die Zwischenverfügung der Sicherheitsdirektion vom 13. Dezember 2016 nicht eingetreten ist.
1.2. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Ebenfalls zulässig ist nach <ref-law> die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und Ausstandsbegehren. Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist - von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen - die Beschwerde in Anwendung von <ref-law> zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Selbständig eröffnete Entscheide über Gesuche um vorsorgliche Massnahmen beenden das Verfahren nicht und sind somit Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law>. Befindet das kantonale Gericht über einen Zwischenentscheid einer unteren Instanz, so stellt der Rechtsmittelentscheid regelmässig ebenfalls einen Zwischenentscheid dar (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 606).
1.3. Eine Beschwerde gegen Zwischenentscheide steht nur offen, wenn der Entscheid in der Hauptsache der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegt. Fällt eine Streitsache in den Anwendungsbereich einer Ausnahmeregelung von <ref-law>, kann der in dieser Sache ergangene Zwischenentscheid beim Bundesgericht nicht mit öffentlich-rechtlicher Beschwerde nach <ref-law> angefochten werden (vgl. Urteil 2C_819/2016 vom 14. November 2016 E. 1.1). Soweit ein materieller Entscheid dieser Einschränkung unterliegen würde, gilt dies auch für einen Nichteintretensentscheid in derselben Sache (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 373; Urteil 2C_286/2017 vom 29. Mai 2017 E. 1.2). Dies trifft im vorliegenden Fall zu: Streitgegenstand im Hauptverfahren bildet die Wegweisungsverfügung. Dagegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> unzulässig. Es steht die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen (Art. 83 lit. c Ziff. 4 i.V.m. <ref-law>).
1.4. Zur Verfassungsbeschwerde ist legitimiert, wer (a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder zu Unrecht keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und (b) ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids dartun kann (<ref-law>). Das erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich dabei nicht bereits aus dem verfassungsrechtlichen Willkürverbot oder dem Verhältnismässigkeitsprinzip. Zur Willkürrüge ist eine Partei nur legitimiert, wenn sie sich auf eine gesetzliche Norm berufen kann, die ihr im Bereich der betroffenen und angeblich verletzten Interessen einen Rechtsanspruch einräumt oder zumindest den Schutz ihrer Interessen bezweckt. Die Verletzung von Parteirechten, deren Missachtung einer formellen Rechtsverweigerung gleichkommt, können Betroffene gemäss der "Star-Praxis" auch ohne Legitimation in der Sache rügen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 308 mit Hinweisen). Gegen einen Zwischenentscheid ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde zulässig, wenn sie zudem die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt (vgl. <ref-law>).
Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 bzw. hier auch Art. 98BGG), wobei besondere Rüge- und Begründungsanforderungen gelten (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Es ist anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids und in gezielter Auseinandersetzung mit denselben detailliert aufzuzeigen, dass und inwiefern die angerufenen verfassungsmässigen Rechte verletzt worden sein sollen (BG E 142 II 369 E. 2.1 S. 372).
1.5. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn er auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen späteren Entscheid nicht mehr behoben werden kann (vgl. Urteil 2C_578/2017 vom 8. August 2017 E. 2.1 mit Hinweis). Die Verpflichtung einer Ausländerin, die Schweiz zu verlassen und das Ergebnis des ausländerrechtlichen Verfahrens im Ausland abzuwarten, bildet nur dann einen nicht wieder gutzumachenden rechtlichen Nachteil, der die Anfechtung eines entsprechenden negativen Zwischenentscheids ermöglicht, wenn in der Sache selber ein Rechtsanspruch auf Anwesenheit besteht bzw. ein solcher zumindest vertretbar dargetan wird (Urteile 2D_58/2011 vom 9. Januar 2012 E. 1.2; 2C_483/2009 vom 18. September 2009 E. 2.2; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe gestützt auf die in <ref-law> und Art. 12 EMRK garantierte Ehefreiheit Anspruch auf Anwesenheit in der Schweiz, um die geplante Ehe mit einem schweizerisch-französischen Doppelbürger einzugehen. Sie macht damit in vertretbarer Weise geltend, dass potenziell ein Bewilligungsanspruch bestehe (vgl. <ref-ruling> E. 3.7 S. 360; <ref-ruling> E. 4 S. 47; Urteil 2C_962/2013 vom 13. Februar 2015 E. 3). Die angefochtene Verfügung ist insofern geeignet, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu bewirken.
Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und rügt eine Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren (<ref-law>) und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Sie ist im Rahmen der "Star-Praxis" zu dieser Rüge legitimiert (vgl. E. 1.4 hiervor). Auf die frist- und formgerecht (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) eingereichte Verfassungsbeschwerde ist einzutreten.
1.6. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>), was die Beschwerdeführerin präzise geltend zu machen hat (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 334).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren und des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV). Aus dem Gesetz ergebe sich nicht, dass die verkürzte Rechtsmittelfrist von fünf Arbeitstagen gemäss Art. 64 Abs. 3 AuG auch für das gerichtliche Beschwerdeverfahren gelte. Der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin habe von dieser durch die Rechtsprechung geschaffenen fünftägigen Frist, welche die Vorinstanz bisher nur in einem einzigen Fall angewendet habe, keine Kenntnis haben müssen. Die Vorinstanz hätte daher auf das form- und fristgerecht erhobene Rechtsmittel eintreten müssen. Indem sie nicht darauf eingetreten sei, sei sie in überspitzten Formalismus verfallen und habe die Verfahrensgarantien der Beschwerdeführerin in krasser Weise missachtet.
2.1. Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung, auf Beurteilung innert angemessener Frist sowie auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung begeht eine Behörde eine Gehörsverletzung im Sinne einer formellen Rechtsverweigerung, wenn sie auf eine ihr frist- und formgerecht unterbreitete Sache nicht eintritt, obschon sie darüber entscheiden müsste (<ref-ruling> E. 4.2 S. 157). Ob eine Verletzung der unmittelbar aus Art. 29 Abs. 1 und 2 BV abgeleiteten Regeln vorliegt, prüft das Bundesgericht frei. Die Auslegung und Anwendung des einschlägigen kantonalen und eidgenössischen Gesetzesrechts, welches das kantonale Verfahren ordnet, überprüft es indessen im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde nur auf Willkür hin (<ref-law>; Urteile 5D_95/2015 vom 22. September 2015 E. 2.3; 2D_58/2013 vom 24. September 2014 E. 2.1 [nicht publiziert in: <ref-ruling>]).
2.2. Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung liegt vor, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt wäre, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 158 mit Hinweisen).
2.3. Das Verbot des überspitzten Formalismus weist einen engen Bezug zum Grundsatz von Treu und Glauben auf: Nach der bundesgerichtlichen Praxis erscheint es überspitzt formalistisch, eine Prozesserklärung buchstabengetreu auszulegen, ohne zu fragen, welcher Sinn ihr vernünftigerweise beizumessen sei (<ref-ruling> E. 2 S. 96 f.; Urteil 1C_33/2017 vom 23. Juni 2017 E. 2.2.3 mit Hinweisen). Aus dem Prinzip von Treu und Glauben nach Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV folgt weiter der Grundsatz, dass dem Rechtsuchenden aus einer mangelhaften Eröffnung, insbesondere einer unrichtigen oder unvollständigen Rechtsmittelbelehrung, kein Nachteil erwachsen darf (<ref-ruling> E. 8.3.2 S. 53 f.; Urteil 1C_98/2015 vom 21. Dezember 2015 E. 4). Vertrauensschutz verdient dabei nur der Rechtsuchende, der den Mangel nicht erkannte oder bei gebührender Aufmerksamkeit hätte erkennen können, wobei allerdings nur eine grobe prozessuale Unsorgfalt der betroffenen Partei oder ihres Anwalts eine unrichtige Rechtsmittelbelehrung aufzuwiegen vermag. Der Vertrauensschutz versagt zudem nur dann, wenn der Mangel in der Rechtsmittelbelehrung für den Rechtsuchenden bzw. seinen Rechtsvertreter allein schon durch Konsultierung der massgebenden Verfahrensbestimmung ersichtlich gewesen wäre (<ref-ruling> E. 8.3.2 S. 53 f.; <ref-ruling> E. 1.2.2.1 S. 376). Von Anwälten wird diesbezüglich erwartet, dass sie die Rechtsmittelbelehrung einer Grobkontrolle unterziehen. Hingegen wird nicht verlangt, dass neben den Gesetzestexten auch noch die einschlägige Rechtsprechung oder Literatur nachzuschlagen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 8.3.2 S. 53 f. mit Hinweisen). Der Grundsatz von Treu und Glauben folgt unmittelbar aus Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV und besitzt grundrechtlichen Charakter. Ob ein Verstoss gegen dieses Prinzip vorliegt, prüft das Bundesgericht daher mit freier Kognition (<ref-law>).
3.
3.1. Die Vorinstanz erwog in der angefochtenen Nichteintretensverfügung, für Zwischenentscheide gelte dieselbe Rechtsmittelfrist wie für den Entscheid in der Hauptsache. Die Beschwerdeführerin sei nach Art. 64 Abs. 1 lit. a und b AuG aus der Schweiz weggewiesen worden. Eine Beschwerde gegen diese Wegweisung sei gemäss Art. 64 Abs. 3 AuG innerhalb von fünf Arbeitstagen nach Eröffnung einzureichen. Das Verwaltungsgericht habe in einem publizierten Entscheid erwogen, dass die fünftägige Beschwerdefrist für alle kantonalen Instanzen gelte und die kantonalen Bestimmungen für den Fristenstillstand von Bundesrechts wegen nicht anwendbar seien. Die Sicherheitsdirektion habe in der Rechtsmittelbelehrung auf die Bestimmungen des AuG verwiesen. Zwar habe sie die Beschwerdefrist von fünf Arbeitstagen nicht genannt, doch habe diese dem rechtskundigen Vertreter der Beschwerdeführerin bekannt sein müssen, nachdem er sich in seiner Rechtsverzögerungsbeschwerde vor Verwaltungsgericht ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 3 AuG berufen und sich auch in der Beschwerde vom 30. Januar 2017 mit diesem Artikel auseinandergesetzt habe.
3.2. Dieser Argumentation kann nur teilweise gefolgt werden. Das Verwaltungsgericht gelangte in einem publizierten Entscheid zum Schluss, die verkürzte Beschwerdefrist von fünf Arbeitstagen bei Wegweisungen gelte für sämtliche kantonalen Instanzen und die kantonalen Regelungen zum Fristenstillstand seien nicht anwendbar. Es sei wünschenswert, dass die Vorinstanzen künftig auf diesen Umstand hinweisen würden (vgl. Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich VB.2011.00506 vom 14. Dezember 2011 E. 1.2 ff.). In der Rechtsmittelbelehrung zur Zwischenverfügung der Sicherheitsdirektion vom 13. Dezember 2016 wurde weder die Rechtsmittelfrist genannt, noch darauf hingewiesen, dass die Regelungen zum Fristenstillstand nicht zur Anwendung gelangen. Es erfolgte einzig der allgemeine Hinweis, dass nach den Bestimmungen des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) und des AuG Beschwerde erhoben werden könne. Die Anwendung der äusserst kurzen Beschwerdefrist von Art. 64 Abs. 3 AuG vor der zweiten kantonalen Rechtsmittelinstanz ergibt sich nicht bereits aus dem Wortlaut dieser Bestimmung, sondern wurde vom Verwaltungsgericht in einem Leitentscheid festgelegt (Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich VB.2011.00506 vom 14. Dezember 2011 E. 1.2). Diese Rechtsprechung ist im vorliegenden Verfahren nicht zu überprüfen. Hingegen nennt die knappe Rechtsmittelbelehrung in der Zwischenverfügung der Sicherheitsdirektion vom 13. Dezember 2016 keine Beschwerdefrist. Sie ist mit dem blossen Hinweis auf das VRG und das AuG vorliegend als Rechtsmittelbelehrung ungenügend: Für den Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin war weder aus der Rechtsmittelbelehrung noch durch Konsultierung der massgebenden Verfahrensbestimmungen zweifelsfrei erkennbar, dass für die Anfechtung der Zwischenverfügung an das Verwaltungsgericht die fünftägige Beschwerdefrist galt und die Frist während der Gerichtsferien nicht still stand.
3.3. Der Beschwerdeführerin darf aus der ungenügenden Rechtsmittelbelehrung kein Nachteil erwachsen (vgl. E. 2.3 hiervor). Angesichts des unterbliebenen Hinweises auf die spezielle Regelung durfte sie bzw. ihr Rechtsvertreter darauf vertrauen, dass die allgemein übliche Rechtsmittelfrist von 30 Tagen gelte. Dieses Vertrauen ist gemäss Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV zu schützen.
4.
Nach dem Gesagten ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gutzuheissen. Die angefochtene Nichteintretensverfügung ist aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Dabei ist das beim Office de la population et des migrants du canton de Genève im Hinblick auf die Eheschliessung eingeleitete Verfahren zu beachten und einer allfälligen Erteilung einer provisorischen Aufenthaltsbewilligung zu diesem Zwecke durch die kantonale Ausländerbehörde Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3.7 S. 360; <ref-ruling> E. 4 S. 47; Urteil 2C_950/2014 vom 9. Juli 2015 E. 6.2.1).
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird gutgeheissen. Die Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 1. Februar 2017 wird aufgehoben und die Sache zur materiellen Prüfung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
2.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.- zu entschädigen.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Straub