Fatti:
A.
La B._ SA è proprietaria del fondo part. uuu di Collina d'Oro, ubicato nella sezione di Gentilino, al margine ovest del nucleo di Viglio, sul lato nord di via in Pasquée. Vi sorge una casa di abitazione costruita attorno al 1950. Il piano particolareggiato del nucleo di Viglio (PPNV), approvato dal Consiglio di Stato il 19 settembre 1995, consente di sopraelevare fino alla quota di gronda di 354.52 m.s.m. l'edificio, catalogato quale "casa esistente con possibilità di sopraelevazione", e di realizzare in contiguità e alla medesima quota una nuova volumetria su un'area rettangolare indicata dal PPNV quale "superficie edificabile" con allineamenti obbligatori di 3 m dal confine ovest e di 1.50 m dal confine nord.
B.
Il 1° settembre 2014 il Municipio di Collina d'Oro ha sottoposto per approvazione al Dipartimento del territorio una modifica di poco conto del PPNV, che prevede lo stralcio del vincolo "casa esistente con possibilità di sopraelevazione" e la ridefinizione della "superficie edificabile" in modo da completare il tessuto del nucleo mediante la realizzazione di un edificio a pianta rettangolare, più arretrato rispetto alla strada, in sostituzione di quello esistente ritenuto privo di qualità architettoniche tali da giustificarne il mantenimento.
C.
Contro la modifica del piano particolareggiato, approvata dall'autorità cantonale il 22 settembre 2014, A._, proprietaria del fondo confinante part. vvv ha adito il Consiglio di Stato, che ha respinto il ricorso con risoluzione del 1° marzo 2016.
D.
Con sentenza del 13 settembre 2016, il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso della vicina contro la decisione governativa, annullandola. La Corte cantonale ha ritenuto che l'arretramento di circa 10 m del volume della costruzione, previsto con la modifica, crea uno spazio libero verso via in Pasquée, che contraddice manifestamente l'obiettivo del PPNV di garantire una continuità volumetrica tra i vari edifici. Ha quindi ritenuto la contestata modifica non giustificata da un interesse pubblico sufficiente.
E.
Il Comune di Collina d'Oro impugna questa sentenza con un ricorso al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Fa valere la violazione dell'autonomia comunale e del divieto dell'arbitrio.
F.
La Corte cantonale ribadisce le proprie considerazioni, riconfermandosi nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. L'opponente chiede di respingere il ricorso nella misura della sua ammissibilità. Il ricorrente si è espresso sulla risposta della Corte cantonale, confermandosi nelle sue conclusioni.

Diritto:
1.
Presentato contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso è tempestivo (<ref-law>) ed è ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico, conformemente agli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF. Secondo l'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF, i Comuni sono legittimati a ricorrere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla Costituzione cantonale o da quella federale. È questo il caso per la garanzia della loro autonomia, sancita dagli <ref-law> e 16 cpv. 2 Cost./TI. Il Comune di Collina d'Oro in concreto è toccato quale ente pianificante nella sua veste di detentore del pubblico potere: esso è pertanto legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF per censurare una violazione della sua autonomia (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1 e rinvii). Sapere se il Comune disponga effettivamente di autonomia nel campo litigioso e se questa sia stata disattesa è questione di merito, non di ammissibilità (<ref-ruling> consid. 1.2 e rinvii).
2.
2.1. Il Comune fruisce di autonomia tutelabile in quelle materie che la legislazione cantonale non regola esaurientemente, ma lascia completamente o in parte al relativo ordinamento comunale, conferendogli una notevole libertà di decisione (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 2.2). In particolare, il Comune ticinese beneficia in linea di principio nel campo edilizio e della pianificazione del territorio di un ampio margine di decisione e di apprezzamento, che la giurisprudenza fa rientrare nell'autonomia tutelabile (<ref-ruling> consid. 3.5 e riferimenti). Nella fattispecie, il Comune di Collina d'Oro dispone quindi di autonomia nell'allestimento del proprio piano regolatore e nell'adozione delle relative norme di attuazione e pertanto nella modifica del piano particolareggiato in discussione (cfr. <ref-ruling> consid. 3.5).
2.2. Prevalendosi della sua autonomia, il Comune può tra l'altro far valere la violazione del diritto cantonale o comunale autonomo ed esigere che le autorità cantonali di ricorso o di vigilanza osservino, da un lato, i limiti formali posti dalla legge al loro intervento e, dall'altro, che applichino in modo corretto il diritto materiale determinante. Il Comune può, come in concreto, invocare anche la violazione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), purché la censura sia in stretta connessione con quella della sua autonomia (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 4.1 e rinvii).
2.3. Il Tribunale federale esamina liberamente il giudizio impugnato nella misura in cui verte sull'applicazione del diritto federale e del diritto costituzionale cantonale. Vaglia quindi liberamente se l'istanza cantonale di ricorso ha rispettato il margine di apprezzamento che rientra nel campo di applicazione dell'autonomia comunale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 pag. 374). In tale ambito, un abuso del potere di cognizione da parte dell'istanza di ricorso realizza di massima gli estremi dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 2 e riferimenti).
3.
3.1. Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere violato la propria autonomia per avere sostituito il suo apprezzamento a quello dell'autorità inferiore. Sostiene che, annullando la modifica pianificatoria in questione, il Tribunale cantonale amministrativo non avrebbe rispettato il margine di apprezzamento che spettava al Comune nell'adempimento dei propri compiti pianificatori giusta l'art. 2 cpv. 3 LPT ed avrebbe sconfinato in un controllo dell'opportunità del provvedimento adottato. Il ricorrente riconosce che, come accertato dalla Corte cantonale, nel settore ovest del nucleo di Viglio il PPNV prevede la realizzazione di una "crosta di edificazione periferica" in modo da delimitare il comparto del nucleo. Nega tuttavia che l'edificio esistente sul fondo part. uuu costituisca un elemento essenziale ed immodificabile nella definizione di tale assetto. Rileva che l'edificio è privo di particolare pregio architettonico e non è allineato né con il volume previsto sulla "superficie edificabile" verso nord né con il ciglio stradale di via in Pasquée. Il ricorrente contesta che all'abitazione esistente possa essere attribuita la funzione di "testata" verso la zona agricola (riguardo alla facciata ovest) e di delimitare via in Pasquée (per quanto concerne la facciata sud). Nega inoltre una corrispondenza dell'edificio con quelli situati sul lato opposto della strada. Siccome anche la Corte cantonale ha riconosciuto la necessità di abrogare il vincolo di mantenimento di tale stabile, sostiene che la questione si ridurrebbe in definitiva a determinare l'estensione del nuovo volume verso sud e quindi la sua distanza dalla strada. Secondo il ricorrente, la decisione di lasciare libera una fascia di terreno di circa 10 m dal ciglio di via in Pasquée sarebbe giustificata dall'esigenza di non aumentare le possibilità edificatorie del fondo, che potrebbero ripercuotersi negativamente sugli insediamenti abitativi del nucleo, di impedire la realizzazione di un blocco troppo lungo e massiccio sul versante ovest del nucleo, nonché di evitare un pregiudizio per l'abitabilità dello stabile che sorge sulla particella xxx, situata dirimpetto, sul lato opposto di via in Pasquée. Ritiene quindi che la modifica sarebbe fondata su una ponderazione dei contrapposti interessi e rientrerebbe nel margine di apprezzamento che gli spetta in virtù dell'art. 2 cpv. 3 LPT.
3.2. L'art. 33 cpv. 3 lett. b LPT prevede che il diritto cantonale deve garantire il riesame completo del piano di utilizzazione da parte di almeno un'istanza. Secondo l'art. 29 cpv. 1 della legge sullo sviluppo territoriale, del 21 giugno 2011 (LST), i ricorsi contro il piano regolatore sono in primo luogo decisi dal Consiglio di Stato, che si pronuncia sui gravami e approva il piano con pieno potere cognitivo (cfr. inoltre, per le modifiche di poco conto, l'art. 35 cpv. 3 LST). Come rilevato dalla Corte cantonale, ciò equivale ad un controllo non solo della legittimità, ma pure dell'opportunità delle scelte pianificatorie comunali. A contemperare l'estensione di questo controllo, con riferimento all'autonomia riconosciuta al Comune nell'ambito in esame, interviene il principio dell'art. 2 cpv. 3 LPT: le autorità incaricate di compiti pianificatori badano di lasciare alle autorità loro subordinate il margine d'apprezzamento necessario per adempiere ai loro compiti.
Già il Consiglio di Stato, quale prima istanza che verifica la conformità del piano regolatore con il diritto superiore, non può pertanto semplicemente sostituire il proprio apprezzamento a quello del Comune, ma deve rispettarne il diritto di scegliere tra più soluzioni adeguate quella ritenuta più opportuna. L'autorità governativa deve rifiutare l'approvazione di quelle soluzioni che disattendono i principi e gli scopi pianificatori fondamentali del diritto federale o che non assicurano una loro sufficiente attuazione, rispettivamente non tengono adeguatamente conto della pianificazione di livello cantonale, segnatamente dei dettami del piano direttore cantonale. Essa verificherà segnatamente che sia effettuata in modo corretto la ponderazione globale degli interessi richiesta dall'<ref-law> (sentenza 1C_77/2015 del 16 marzo 2015 consid. 3.2; sentenza 1A.85/1999 dell'11 dicembre 2000 consid. 6b, in: RDAT II-2001, pag. 319 segg.).
Quanto al Tribunale cantonale amministrativo, il ricorso dinanzi allo stesso è di principio proponibile unicamente per la violazione del diritto, compreso l'eccesso o l'abuso di potere di apprezzamento, nonché l'accertamento inesatto o incompleto dei fatti rilevanti (art. 30 cpv. 3 LST in relazione con l'art. 69 della legge sulla procedura amministrativa, del 24 settembre 2013). La Corte cantonale, adita con un ricorso, può quindi esaminare la decisione dell'istanza inferiore e, di riflesso quella comunale, solo nel quadro delle suddette violazioni, rispettando il margine di apprezzamento che compete all'autorità di pianificazione, rispettivamente all'autorità superiore che ha statuito con pieno potere di esame (art. 33 cpv. 3 lett. b LPT e art. 29 cpv. 1 LST). Il Tribunale cantonale amministrativo deve tenere presente il suo ruolo specifico quale autorità cantonale di ricorso, non di pianificazione, e il suo intervento è limitato dal rispetto dell'autonomia comunale nei margini indicati. Non può quindi sostituire il proprio potere di apprezzamento a quello della precedente istanza scegliendo la soluzione che a suo avviso meglio risponde alle circostanze del caso (cfr. sentenza 1C_424/2014 del 26 maggio 2015 consid. 4.1.1, in: RDAF 2015 I pag. 474 segg.; sentenza 1A.85/1999, citata, consid. 6c).
3.3. La Corte cantonale ha richiamato l'impostazione del PPNV, che prevede di integrare il settore più antico di Viglio, situato in posizione centrale, con nuovi volumi nei comparti ad est e ad ovest, disposti lungo via alla Campagna, via Cantonetto e via in Pasquée, in modo da completare la struttura del nucleo, addensandola e ridisegnandone i limiti. Ha rilevato che la collocazione dei nuovi volumi trova la sua giustificazione nell'obiettivo generale, previsto dall'art. 41 n. 1 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), di salvaguardare nella zona dei nuclei le "interrelazioni volumetriche nell'ambito del tessuto esistente che, dove è carente, viene completato da nuovi interventi". Per quanto concerne il comparto ovest, in cui è ubicato il fondo part. uuu, la Corte cantonale ha rilevato che il PPNV prevede la formazione di una "crosta di edificazione periferica", di cui solo l'edificio che sorge sulla particella yyy, situato al centro, rappresenta un'anomalia. Ha ritenuto che l'angolo formato dall'edificio esistente sul fondo litigioso, che si allinea su via in Pasquée, costituisce un elemento importante nella definizione di tutta la crosta formante un vero e proprio isolato. Secondo i giudici cantonali, la soluzione prevista con la modifica, che arretra di circa 10 m il volume della costruzione, creando un ampio spazio libero e privato verso via in Pasquée, contraddice manifestamente l'obiettivo del PPNV di una continuità volumetrica tra i vari edifici e non risulta di conseguenza sorretta da un sufficiente interesse pubblico. Ritengono che l'arretramento pregiudica la completazione dell'isolato lungo via in Pasquée, compromettendo la relazione volumetrica con gli altri edifici. Reputano inoltre lo spazio libero derivante dall'abrogazione del vincolo di mantenimento dell'edificio esistente come un vuoto privo di carattere e significato. Pur ammettendo che tale edificio è estraneo alla tipologia del nucleo e condiziona pesantemente eventuali progetti edilizi, che finora non hanno avuto esito favorevole, la Corte cantonale ha ritenuto che la modifica pianificatoria litigiosa non può essere tutelata, siccome causa un importante squilibrio nella relazione con i volumi esistenti o previsti dal PPNV.
3.4.
3.4.1. Nella sua risposta al ricorso, l'opponente sostiene che non si giustificherebbe di rivedere la pianificazione esistente solo per il motivo che non sarebbe finora stato possibile trovare una soluzione architettonica conforme al PPNV. Sottolinea che la decisione del pianificatore comunale al momento dell'adozione del PPNV, era quella di mantenere l'edificio esistente al fine di conservare le attuali fattezze del nucleo. Con questa argomentazione, in sostanza l'opponente mette in dubbio l'avvio della procedura per la modifica del piano particolareggiato.
3.4.2. L'art. 21 cpv. 2 LPT impone all'autorità incaricata della pianificazione di riesaminare e, se necessario, adattare i piani di utilizzazione in caso di notevole cambiamento delle circostanze (cfr. anche l'art. 33 LST). L'orizzonte pianificatorio della zona edificabile tiene conto di una previsione di quindici anni (cfr. art. 15 cpv. 4 lett. b LPT, art. 15 lett. b vLPT). Dopo questo termine, il piano deve di massima essere verificato e se del caso adattato (<ref-ruling> consid. 2.6 pag. 734). Ne deriva che più un piano è datato, più la stabilità di cui beneficia in virtù dell'art. 21 cpv. 1 LPT viene meno (cfr., per il caso contrario, <ref-ruling> consid. 4.2; sentenza 1C_131/2013 del 19 agosto 2013 consid. 3.2, in: RtiD I-2014, pag. 240 segg.). Ciò vale parimenti quando il suo grado di realizzazione è limitato o è addirittura inesistente (sentenza 1C_636/2015 del 26 maggio 2016 consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 4b pag. 188).
3.4.3. In concreto, il PPNV è stato approvato il 19 settembre 1995 ed ha quindi raggiunto una durata rilevante. Nell'arco di quasi un ventennio le possibilità edificatorie, di natura particolareggiata, previste per il fondo part. uuu non sono state attuate. In particolare, risulta che i diversi progetti di costruzione intrapresi dai proprietari per edificare la particella non hanno avuto esito favorevole per la difficoltà di proporre soluzioni conformi al PPNV sotto il profilo di un adeguato inserimento nel paesaggio. Gli ostacoli sarebbero riconducibili in particolare al vincolo di mantenimento dell'abitazione esistente, che per la sua conformazione rende difficoltosa l'integrazione con una nuova volumetria. Alla luce del tempo trascorso dall'approvazione del PPNV e degli impedimenti emersi riguardo alla sua attuazione, la decisione del Comune di rivalutare la giustificazione del vincolo e di adattare il piano particolareggiato non viola l'art. 21 LPT.
3.5.
3.5.1. Secondo il rapporto di pianificazione, la modifica pianificatoria fa seguito alle iniziative private volte a sopraelevare l'edificio esistente ed a realizzare l'aumento di volumetria previsto dal PPNV, che non sono state approvate dall'autorità comunale, siccome non si integravano convenientemente nel paesaggio. Essa prevede lo stralcio del vincolo di mantenimento della casa esistente, priva di qualità architettoniche tali da imporne la conservazione, e ridefinisce la superficie edificabile del fondo. La nuova volumetria mantiene l'orientamento perpendicolare alle curve di livello, ma comporta complessivamente una minore occupazione del fondo. Mantiene inoltre sia l'allineamento della facciata ovest a 3 m dal confine con il fondo part. vvv sia l'arretramento della facciata est a 3 m dal confine con la particella www. La modifica ridefinisce poi l'allineamento della facciata nord perpendicolarmente alle facciate est ed ovest e non più parallelamente al confine nord del fondo. Mantiene inoltre la medesima altezza massima alla gronda (354.52 m.s.m.) e comporta un maggiore arretramento da via in Pasquée e quindi un incremento dell'area libera da costruzioni nella parte del fondo attualmente occupata dall'edificio esistente.
Statuendo sul gravame dell'opponente contro la modifica del piano particolareggiato, il Consiglio di Stato ha rilevato che nessuno degli interventi edilizi finora promossi ha ottenuto la licenza edilizia, non essendo in armonia con il contesto circostante e risultando mal inseriti nel paesaggio. Ciò, secondo quanto riscontrato dall'autorità comunale, era dovuto principalmente alla necessità di elaborare i progetti tenendo conto dell'edificio esistente, di pianta irregolare e con caratteristiche estranee al nucleo. Il Governo ha quindi ammesso l'interesse pubblico a modificare una misura pianificatoria che nel tempo aveva palesato la sua inadeguatezza. Ha inoltre ritenuto che nella ponderazione degli interessi non erano dati motivi tali da considerare prevalente la tutela di tale edificio, il quale non era peraltro in linea con l'allineamento obbligatorio su via in Pasquée previsto per il fondo part. zzz, confinante ad est.
La Corte cantonale ha sostanzialmente condiviso lo stralcio del vincolo di mantenimento dell'edificio esistente, estraneo alla tipologia del nucleo, privo di caratteristiche architettoniche particolari e condizionante pesantemente la realizzazione di un eventuale progetto. Ha tuttavia ritenuto che l'arretramento di circa 10 m del nuovo volume da via in Pasquée forma un ampio spazio libero che contraddice la continuità volumetrica tra gli edifici perseguita dal PPNV; ha perciò considerato tale soluzione non sorretta da un sufficiente interesse pubblico.
3.5.2. Certo, la soluzione di un'edificazione più vicina a via in Pasquée potrebbe essere migliore di quella concretizzata nella modifica. Tuttavia, premesso che la decisione di non conservare l'abitazione esistente di per sé non è messa in discussione dalla Corte cantonale e dalle istanze inferiori, la modifica adottata dal Comune riguardo alla delimitazione della nuova volumetria non si scosta in modo significativo da quanto previsto dal PPNV. In sostanza, la "superficie edificabile" viene corretta leggermente per quanto concerne l'allineamento obbligatorio verso il confine nord (fissato a una distanza da 1.5 m a 2.2 m dal confine, in luogo dell'attuale distanza costante di 1.5 m dallo stesso) e viene ampliata verso sud sovrapponendosi a una parte dell'area ora occupata dall'edificio esistente. Un maggiore avanzamento della volumetria verso via in Pasquée (fronte sud) eviterebbe lo spazio libero, ma potrebbe comportare ingombri eccessivi a livello delle facciate ovest ed est. Potrebbe inoltre implicare un allontanamento del nuovo volume dal confine nord del fondo, pregiudicando l'allineamento su quel versante, che corrisponde sostanzialmente a quello obbligatorio per i volumi previsti sul fondo confinante ad est (part. www). La proprietà oggetto della modifica litigiosa è situata al margine ovest del nucleo di Viglio, fuori del centro originario. Nonostante lo spazio libero a sud, verso via in Pasquée, l'allineamento obbligatorio della nuova volumetria dal confine ovest su una lunghezza di oltre 27 m contribuisce a definire il perimetro ovest del nucleo. La modifica pianificatoria concorre inoltre a delimitare il limite nord del nucleo, essendo in relazione con l'allineamento analogo previsto su tale versante sul fondo confinante part. www. Essa può pertanto rientrare in modo tutto sommato sostenibile nella completazione dell'edificazione periferica del comparto perseguita dall'art. 41 n. 1 NAPR, norma del diritto comunale nella cui applicazione il Comune ricorrente beneficia di un proprio margine di apprezzamento.
In tali circostanze, la Corte cantonale ha sostituito il suo potere di apprezzamento a quello dell'autorità comunale, opponendo a una soluzione sostenibile una propria valutazione che terrebbe meglio conto della fattispecie. Ha quindi ecceduto nel proprio potere di cognizione, violando così l'autonomia comunale.
4.
4.1. Ne segue che il ricorso deve essere accolto e la decisione impugnata annullata. Nonostante la conclusione meramente cassatoria del ricorso, nella motivazione del gravame il ricorrente chiede in sostanza la conferma della modifica pianificatoria, approvata dall'autorità cantonale. Si giustifica quindi di confermare la risoluzione governativa del 1° marzo 2016 e di rinviare gli atti alla Corte cantonale unicamente per un nuovo giudizio sulle spese giudiziarie e le ripetibili di quella sede (<ref-law>; 68 cpv. 5 LTF).
4.2. Le spese giudiziarie della sede federale seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dell'opponente (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili al Comune ricorrente, che ha presentato il gravame nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza emanata il 13 settembre 2016 dal Tribunale cantonale amministrativo è annullata ed è confermata la decisione del 1° marzo 2016 del Consiglio di Stato.
2.
La causa è rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per un nuovo giudizio sulle spese giudiziarie e le ripetibili.
3.
Le spese giudiziarie della sede federale, di fr. 2'000.--, sono poste a carico dell'opponente.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.