Fatti:
A.
A.a. Il 10 luglio 2012 l'Ufficio di esecuzione e fallimenti di Bellinzona (UEF) ha depositato l'elenco oneri riferito alle PPP da xxx a yyy del fondo base zzz RFD di Y._, allestito nel quadro delle esecuzioni in via di realizzazione del pegno immobiliare promosse da B._ AG nei confronti di A._ e di C._. Per quanto di rilevanza nella presente fattispecie tale elenco oneri prevedeva, alle voci 2.A.1 e 2.A.2 alla rubrica ipoteche convenzionali, due crediti a favore di B._ AG: un prestito (fr. 1'418'097.45, più fr. 236'802.85 pari agli interessi di mora legali al 5 % su fr. 1'418'097.45 dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012) ed un conto corrente costruzione (fr. 2'120'699.35, più fr. 354'127.74 pari agli interessi di mora legali al 5 % su fr. 2'120'699.35 dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012).
A.b. Con scritto 23 luglio 2012 indirizzato all'UEF, A._ ha, per quanto qui di rilievo, contestato gli interessi di mora legali indicati nell'elenco oneri alle voci 2.A.1 e 2.A.2 alla rubrica ipoteche convenzionali, argomentando che tali interessi avrebbero dovuto essere calcolati per il prestito su fr. 850'000.-- (e non su fr. 1'418'097.45) e per il conto corrente costruzione su fr. 1'150'000.-- (e non su fr. 2'120'699.35).
L'UEF ha trasmesso lo scritto alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, quale autorità di vigilanza. Mediante sentenza 27 agosto 2012 quest'ultima ha parzialmente accolto il ricorso di A._ e ha modificato l'elenco oneri tenendo conto della parziale acquiescenza della banca, che ha accettato di conteggiare gli interessi di mora legali al 5 % dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012 su fr. 850'000.-- per il prestito e su fr. 1'150'000.-- per il conto corrente costruzione. Ritenendo che l'autorità di vigilanza non fosse tuttavia competente a statuire sulla contestazione degli interessi di mora legali, con sentenza 5A_653/2012 del 15 luglio 2013 il Tribunale federale ha annullato la sentenza 27 agosto 2012 nella misura in cui ha modificato l'elenco oneri, e ha trasmesso lo scritto 23 luglio 2012 all'UEF per esame.
Preso atto della contestazione di A._, in data 3 settembre 2013 l'UEF gli ha assegnato un termine di venti giorni per promuovere l'azione volta a contestare la pretesa di B._ AG. Con petizione 25 settembre 2013 A._ ha così chiesto alla Pretura del Distretto di Bellinzona di stralciare dall'elenco oneri tutte le posizioni i scritte a favore di B._ AG. Con decisione 11 febbraio 2016 il Pretore aggiunto ha parzialmente accolto tale petizione e ha modificato l'elenco oneri tenendo conto della parziale acquiescenza della banca, che ha accettato di conteggiare gli interessi di mora legali al 5 % dal 3 giugno 2009 al 4 ottobre 2012 su fr. 850'000.-- per il prestito e su fr. 1'150'000.-- per il conto corrente costruzione.
B.
Con sentenza 28 settembre 2016 la Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura della sua ricevibilità, l'appello introdotto da A._ contro la sentenza pretorile 11 febbraio 2016.
C.
Con ricorso in materia civile 3 novembre 2016, A._ ha impugnato la sentenza cantonale dinanzi al Tribunale federale, postulando in via principale di stralciare dall'elenco oneri le posizioni di B._ AG, in via subordinata di rinviare la causa in primo grado per nuova decisione. Il ricorrente chiede inoltre di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria.
Non sono state chieste determinazioni.

Diritto:
1.
1.1. La sentenza impugnata è una decisione finale (<ref-law>) che è stata emanata su ricorso dall'ultima istanza cantonale (<ref-law>) in una causa che verte sull'estensione di una pretesa civile iscritta nell'elenco oneri, ossia in una causa civile (<ref-law>; sentenza 5A_122/2009 del 2 febbraio 2010 consid. 1.1, non pubblicato in <ref-ruling>), con un valore di lite superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'<ref-law>. Inoltrato tempestivamente (<ref-law>) da un ricorrente che ha già partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (<ref-law>) uscendone soccombente (<ref-law>), il gravame si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
1.2. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). Nondimeno, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame, il Tribunale federale esamina di regola solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 2 con rinvii). Nel ricorso occorre pertanto spiegare in modo conciso, confrontandosi con i considerandi della sentenza impugnata, perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.1).
2.
2.1. Secondo l'<ref-law> (applicabile all'esecuzione in via di realizzazione del pegno su rinvio dell'<ref-law>), prima dell'incanto, l'ufficiale constata, in base alle insinuazioni presentate dagli aventi diritto e all'estratto del registro fondiario, gli oneri gravanti il fondo (servitù, oneri fondiari, pegni immobiliari, diritti personali annotati). L'ufficiale comunica l'elenco di tali oneri agli interessati; nella comunicazione sarà indicato che il termine per impugnare, presso l'ufficio di esecuzione, l'esistenza, l'estensione, il grado o l'esigibilità di una pretesa è di dieci giorni dalla comunicazione e che la contestazione dev'essere fatta per iscritto presso l'ufficio, designando esattamente la pretesa contestata, altrimenti essa si avrà per riconosciuta per quanto concerne l'esecuzione in corso (<ref-law>; art. 37 cpv. 2 del regolamento del Tribunale federale del 23 aprile 1920 concernente la realizzazione forzata di fondi [RFF; RS 281.42], applicabile all'esecuzione in via di realizzazione del pegno su rinvio dell'<ref-law>). In caso di contestazione, l'appuramento avviene secondo i principi della procedura di rivendicazione (art. 106-109 LEF; <ref-law>).
2.2. La Corte cantonale ha sottolineato che solo gli interessi di mora legali contenuti nell'elenco oneri alle voci 2.A.1 e 2.A.2 alla rubrica ipoteche convenzionali (e più precisamente gli importi sui quali calcolare tali interessi) sono stati tempestivamente contestati dal debitore dinanzi all'UEF nel termine di dieci giorni dalla comunicazione dell'elenco oneri. La domanda di stralciare dall'elenco oneri tutte le posizioni isc ritte a favore dell'opponente - proposta con la petizione - è invece tardiva in applicazione dell'<ref-law> e quindi inammissibile. Tardiva è pure la domanda subordinata - presentata in appello - di ridurre il tasso da applicare agli interessi di mora, "per tacere del fatto che lo stesso appellante nella contestazione del 23 luglio 2012 aveva espressamente riconosciuto la richiesta di interessi di mora legali al 5 %".
2.3. Il ricorrente ritiene che l'autorità inferiore sarebbe incorsa in una violazione del diritto federale. A suo dire, " determinante è il fatto che l'elenco oneri è stato contestato con riferimento alle pretese della banca (...) entro il termine indicato ". Sottolinea inoltre che né la sentenza del Tribunale federale 5A_653/2012 del 15 luglio 2013 né la conseguente comunicazione con cui l'UEF gli ha assegnato il termine di venti giorni per promuovere l'azione volta a contestare la pretesa dell'opponente limitavano l'oggetto della petizione. La domanda di stralcio di tutte le pretese dell'opponente dall'elenco oneri così come la domanda subordinata di ridurre il tasso di interesse moratorio andrebbero pertanto considerate tempestive.
2.4. L'<ref-law>, come visto, stabilisce che la pretesa contestata deve essere designata esattamente all'ufficiale. Nel quadro di un'azione di appuramento dell'elenco oneri, il giudice deve pronunciarsi soltanto sulle contestazioni per le quali, fondandosi sulla designazione della pretesa contestata, l'ufficio di esecuzione ha avviato la procedura prevista agli art. 106-109 LEF (v. <ref-ruling> consid. 5 per analogia; INGRID JENT-SØRENSEN, Die Rechtsdurchsetzung bei der Grundstückverwertung in der Spezialexecution, 2003, n. 521). Nel caso concreto, con il suo scritto 23 luglio 2012 indirizzato all'UEF il ricorrente ha unicamente contestato gli interessi di mora legali dei due crediti insinuati dall'opponente. È soltanto per tale contestazione (parziale; v. JENT-SØRENSEN, op. cit., n. 523) che l'UEF gli ha assegnato il termine di venti giorni per promuovere l'azione di appuramento dell'elenco oneri, la comunicazione 3 settembre 2013 riferendovisi peraltro espressamente. La conclusione dei Giudici cantonali, secondo cui il Pretore aggiunto a ragione non doveva pronunciarsi sulla contestazione integrale delle pretese iscritte a favore dall'opponente nell'elenco oneri, formulata dal ricorrente per la prima volta soltanto con la petizione, è perciò conforme al diritto federale.
Quanto alla richiesta presentata in appello di ridurre il tasso di interesse moratorio, il ricorrente omette del tutto di confrontarsi con la motivazione (alternativa) dell'autorità inferiore secondo cui egli stesso nello scritto 23 luglio 2012 aveva espressamente riconosciuto il tasso del 5 %.
Nella misura in cui possa dirsi sufficientemente motivata, la censura risulta quindi infondata.
3.
3.1. La Corte cantonale ha poi considerato inammissibile anche la contestazione dell'ammontare delle spese giudiziarie di primo grado, poiché il ricorrente non ha cifrato le spese e ripetibili da lui ritenute corrette, disattendendo le esigenze di motivazione dell'<ref-law>.
3.2. Il ricorrente sostiene invece di aver sufficientemente quantificato la sua conclusione di appello, dato che ha " chiesto di quantificare le spese e ripetibili sulla base dell'importo degli interessi di mora che è certo e risulta dagli atti ". Ritiene infatti che il valore di lite non possa corrispondere all'intero importo da lui contestato, ossia fr. 4'129'727.39 pari al credito complessivo dell'opponente iscritto nell'elenco oneri, ma solo agli interessi di mora, dato che il giudice di prime cure non è entrato nel merito delle altre sue contestazioni, considerate tardive.
3.3. La sentenza impugnata è conforme alla giurisprudenza secondo cui le conclusioni di appello che hanno per oggetto una somma di denaro devono essere quantificate (<ref-ruling> consid. 4.3). Contrariamente a quanto pretende il ricorrente, nemmeno dalla motivazione del suo appello era possibile risalire all'importo che egli avrebbe voluto fosse posto a suo carico per spese e ripetibili di primo grado (v. <ref-ruling> consid. 6.2) : egli ha infatti lasciato ai Giudici cantonali il compito di fissare tale ammontare "sulla base dell'importo degli interessi di mora". Anche questa censura risulta quindi infondata.
4.
Da quanto precede discende che il ricorso va respinto nella misura in cui è ammissibile. La domanda di assistenza giudiziaria del ricorrente va pure respinta, il rimedio non avendo fin dall'inizio probabilità di successo (<ref-law>). Le spese giudiziarie sono quindi poste a suo carico (<ref-law>). Non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, dato che non è stata invitata a determinarsi e non è pertanto incorsa in spese della sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria del ricorrente è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 7'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla Camera di esecuzione e fallimenti del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.