Sachverhalt:
A.
Über die B._ AG in Liquidation (Klägerin) wurde am 22. November 2004 durch das Bezirksgericht Affoltern am Albis der Konkurs eröffnet.
Der Konkurseröffnung ging ein Schreiben der damaligen Revisionsstelle, der A._ AG (Beklagte und Streitverkündungsklägerin), vom 13. Oktober 2004 voraus, mit dem diese dem Gericht die Überschuldung der Gemeinschuldnerin anzeigte.
Die A._ AG war seit dem 27. Oktober 2003 Revisionsstelle der Gemeinschuldnerin. Vorher übte diese Funktion die C._ AG (Streitverkündungsbeklagte) aus.
B.
Mit Klage vom 21. Oktober 2011 beantragte die B._ AG in Liquidation dem Handelsgericht des Kantons Zürich, es sei die A._ AG zu verurteilen, ihr Fr. 445'800.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 22. November 2004 zu bezahlen.
Zur Begründung führte die Klägerin aus, die Beklagte habe ihre Pflichten als Revisionsstelle verletzt und dem Konkursrichter die Überschuldung zu spät angezeigt, wodurch ein Fortsetzungsschaden (Konkursverschleppungsschaden) entstanden sei.
Mit Klageantwort vom 23. März 2012 beantragte die Beklagte die Abweisung der Klage und stellte den Antrag auf Zulassung einer Streitverkündungsklage u.a. gegenüber der C._ AG. Die Beklagte wies die ihr vorgeworfenen Pflichtverletzungen von sich, kündigte jedoch an, sie wolle für den Fall, dass doch auf eine Verantwortlichkeit erkannt werden würde, gegenüber ihrer Vorgängerin Regress nehmen.
Mit Beschluss vom 3. Juli 2012 liess das Handelsgericht die Streitverkündungsklage gegen die C._ AG nicht zu, auferlegte die hierfür auf Fr. 2'000.-- bestimmten Gerichtskosten der Beklagten und verurteilte diese zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- an die Streitverkündungsbeklagte.
Dagegen wehrte sich die Beklagte erfolgreich beim Bundesgericht, welches mit Urteil 4A_435/2012 vom 4. Februar 2013 (<ref-ruling>) den Beschluss des Handelsgerichts aufhob, die Streitverkündungsklage gegen die C._ AG zuliess und die Sache an die Vorinstanz zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des Zulassungsverfahrens zurückwies.
Mit Beschluss vom 12. März 2013 nahm das Handelsgericht von der Zulassung der Streitverkündungsklage gegen die C._ AG durch das Bundesgericht Vormerk (Dispositiv-Ziffer 1) und behielt die Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des Zulassungsverfahrens dem Endentscheid vor (Dispositiv-Ziffer 2).
Mit Urteil vom 18. März 2016 wies das Handelsgericht die Hauptklage ab (Dispositiv-Ziffer 1) und schrieb das Verfahren betreffend die Streitverkündungsklage als gegenstandslos geworden ab (Dispositiv-Ziffer 2). Die Gerichtsgebühr für das Hauptklageverfahren, bestimmt auf Fr. 30'000.-- (Dispositiv-Ziffer 3a), auferlegte es der Klägerin (Dispositiv-Ziffer 4a) und die Gerichtsgebühr für das Streitverkündungsklageverfahren, bestimmt auf Fr. 10'000.-- (Dispositiv-Ziffer 3b), der Beklagten (Dispositiv-Ziffer 4b). Weiter verurteilte das Handelsgericht die Klägerin zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 33'500.-- an die Beklagte (Dispositiv-Ziffer 5a) und die Beklagte zur Zahlung einer Parteientschädigung von Fr. 33'500.-- an die Streitverkündungsbeklagte (Dispositiv-Ziffer 5b).
Das Handelsgericht gelangte zum Schluss, dass die Klägerin die Berechnungsgrundlagen für eine Schadensschätzung nach <ref-law> nicht hinreichend dargelegt habe, womit sich ihre Klage hinsichtlich des Schadens als nicht hinreichend substanziiert erweise und daher abzuweisen sei.
C.
C.a. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 3. Mai 2016 (Verfahren 4A_271/2016) stellt die Beklagte dem Bundesgericht folgende Anträge:
"1. Vom Urteil des Handelsgerichtes des Kantons Zürich vom 18. März 2016 seien Dispositiv Ziffern 4b und 5b aufzuheben und stattdessen seien
a1) (neu für 4b) die Kosten für das Streitverkündungsklageverfahren gegenüber der Streitverkündungsbeklagten (...) von CHF 10'000 ganz (oder nach dem Ermessen des Gerichtes teilweise) zu Lasten der Klägerin i.S.v. Art. 107 Abs. 1 Bst. e und b ZPO aufzuerlegen und es sei
a2) (neu für 5b) die Parteientschädigung von CHF 33'500 für die Streitverkündungsbeklagte (...) ganz (oder nach dem Ermessen des Gerichtes teilweise) zu Lasten der Klägerin i.S.v. Art. 107 Abs. 1 Bst. e und b ZPO aufzuerlegen (bezüglich Höhe der Parteientschädigung vgl. auch Rechtsbegehren 3) und es sei
2. a) die im Beschluss des Handelsgerichtes Zürich vom 3. Juli 2012 zulasten der Beschwerdeführerin bestimmte Gerichtsgebühr von CHF 2'000 und Parteientschädigung von CHF 3'000 (zuzüglich 8% MWST) neu anzuordnen indem der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von CHF 3'000 (zuzüglich 8% MWST) zulasten der Streitverkündungsbeklagten (...) zuzusprechen sei.
b) Eventuell sei diese Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Handelsgericht Zürich zurückzuweisen.
3. a) Vom Urteil des Handelsgerichtes des Kantons Zürich vom 18. März 2016 sei Dispositiv Ziffer 5b aufzuheben und stattdessen sei die Parteientschädigung von CHF 33'500 auf CHF 11'166 zu reduzieren (oder nach dem Ermessen des Gerichtes festzusetzen).
b) Eventuell sei diese Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Handelsgericht Zürich zurückzuweisen.
4. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (zuzüglich 8% MWST) zu Lasten der Klägerin und/oder der Streitverkündungsbeklagten (...)."
Die Klägerin und die Streitverkündungsbeklagte beantragen in ihren Beschwerdeantworten die Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde.
C.b. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Mai 2016 (Verfahren 4A_291/2016) stellt die Klägerin dem Bundesgericht folgende Anträge:
"1a. Dispositiv Ziffer 1 des Vorentscheides vom 18.03.2016 (HG110226-O) sei aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin CHF 445'800.00 nebst Zins zu 5% seit 22.11.2004 zu bezahlen.
1b. Eventualiter sei Dispositiv-Ziffer 1 des Vorentscheides vom 18.03.2016 (HG110226-O) aufzuheben und die Streitsache zur Ergänzung sowie Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2. Sämtliche in den Dispositiv Ziffern 3, 4 und 5 des Vorentscheides vom 18.03.2016 (HG110226-O) getroffenen Kostenregelungen seien aufzuheben und alle Kosten- und Entschädigungsfolgen der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen."
Die Beklagte beantragt in ihrer Beschwerdeantwort vom 15. August 2016, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei diese abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Klägerin hat mit Eingabe vom 1. September 2016 repliziert.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 14. Juni 2016 wurden das klägerische Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde im Verfahren 4A_291/2016 sowie das beklagtische Gesuch um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Beide Beschwerden richten sich gegen dasselbe Urteil des Handelsgerichts vom 18. März 2016. Es rechtfertigt sich daher, die Beschwerdeverfahren 4A_271/2016 und 4A_291/2016 zu vereinigen.
2.
Das angefochtene Urteil betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und ist von einem oberen kantonalen Gericht erlassen worden, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten als einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (<ref-law>). Sowohl die Klägerin als auch die Beklagte sind mit ihren Begehren vor der Vorinstanz ganz oder teilweise unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerden sind innert der Beschwerdefrist eingereicht worden (<ref-law>). Auf sie ist unter Vorbehalt rechtsgenüglicher Begründung (<ref-law> und <ref-law>) einzutreten.
Beschwerde der Klägerin (4A_291/2016)
3.
Gemäss <ref-law> sind alle mit der Prüfung der Jahres- und Konzernrechnung, der Gründung, der Kapitalerhöhung oder Kapitalherabsetzung befassten Personen sowohl der Gesellschaft als auch den einzelnen Aktionären und Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, den sie durch absichtliche oder fahrlässige Verletzung ihrer Pflichten verursachen. Die Verantwortlichkeit der Revisionsstelle setzt eine schuldhafte Pflichtverletzung, einen Schaden und den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem Schaden voraus (<ref-ruling> E. 5a; Urteil 4C.118/2005 vom 8. August 2005 E. 4). Entsprechend der allgemeinen Regel des Haftpflichtrechts, zu welchem die <ref-law> gehören, obliegt dem Verantwortlichkeitskläger, die Elemente des Verantwortlichkeitsanspruchs, namentlich des Schadens, zu substanziieren und zu beweisen (Urteil 4A_462/2009 vom 16. März 2010 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
3.1. Schaden ist nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts die ungewollte Verminderung des Reinvermögens. Er kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen und entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 2 mit Verweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 8.1.1 S. 188 mit Hinweisen). Besteht der Schaden - wie hier behauptet - in der Vergrösserung der Verschuldung der Konkursitin, welche durch eine verspätete Konkurserklärung entstanden ist (vgl. Art. 725 Abs. 2 und 729b Abs. 2 OR), im sogenannten Fortführungsschaden zufolge Konkursverschleppung, so ist die tatsächlich eingetretene Überschuldung der Konkursitin mit jener zu vergleichen, die bei einem Konkurs zum früheren Zeitpunkt bestanden hätte (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 348; <ref-ruling> E. 6.2 S. 575 f.). Er kann bundesrechtskonform in der Weise festgestellt werden, dass der aus den Buchhaltungsunterlagen ersichtliche Saldo im Zeitpunkt der Verletzung der Benachrichtigungspflicht zu Liquidationswerten mit dem (höheren) Verlust im Zeitpunkt der tatsächlich erfolgten Konkurseröffnung verglichen wird (Urteil 4C.263/2004 vom 23. Mai 2005 E. 3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Es gilt also, den Vermögensstand der Gesellschaft bei Konkurseröffnung mit dem Vermögen zu jenem Zeitpunkt zu vergleichen, auf welchen die eingeklagten Organe bzw. die Revisionsgesellschaft nach klägerischer Behauptung die Konkurseröffnung bei pflichtgemässem Handeln hätten herbeiführen müssen. Zu diesem Zweck kann der Überschuldungsgrad einzig gestützt auf Liquidationswerte ermittelt werden, denn die Konkurseröffnung zieht die Auflösung der Gesellschaft nach sich (<ref-law>) und deren Liquidation nach den Regeln des Konkursrechts (<ref-law>). In diesem Stadium hat der Fortführungswert, da der gewöhnliche Geschäftsbetrieb eingestellt wird, diesbezüglich seine Bedeutung verloren (<ref-ruling> E. 3.2).
3.2. Ist der Schaden ziffernmässig nicht nachweisbar, ist er nach <ref-law> nach Ermessen des Richters mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge und auf die vom Geschädigten getroffenen Massnahmen abzuschätzen. Diese Bestimmung räumt dem Sachgericht für Fälle, in denen der strikte Nachweis des Schadens, sei es ziffernmässig oder mit Bezug auf den Schadenseintritt als solchen (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 381), ausgeschlossen ist, einen erweiterten Ermessensspielraum ein, indem sie ihm gestattet, den Schaden aufgrund einer blossen Schätzung als ausgewiesen zu erachten. Allerdings soll dem Geschädigten damit nicht die Möglichkeit eröffnet werden, ohne nähere Angaben Schadenersatzforderungen in beliebiger Höhe zu stellen. <ref-law> zielt lediglich auf eine Beweiserleichterung und nicht etwa darauf ab, dem Geschädigten die Beweislast generell abzunehmen. Vielmehr hat der Geschädigte alle Umstände, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen (<ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 276 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 221). Die vom Geschädigten vorgebrachten Umstände müssen geeignet sein, den Bestand des Schadens hinreichend zu belegen und seine Grössenordnung hinreichend fassbar werden zu lassen. Der Schluss, dass tatsächlich ein Schaden vom behaupteten ungefähren Umfang eingetreten ist, muss sich dem Gericht mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 221 f. mit Hinweisen).
4.
Die Klägerin wirft der Vorinstanz vor, diese sei zu Unrecht zum Schluss gelangt, die Voraussetzungen einer Schadensschätzung nach <ref-law> seien mangels hinreichender Substanziierung der Berechnungsgrundlagen nicht gegeben. Mit ihrer Beurteilung habe die Vorinstanz "einen gesamten, zusammenhängenden String von prozessualen sowie materiellrechtlichen Bundesnormen verletzt, nämlich u.a. <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> (a fortiori), <ref-law>, <ref-law>. "
4.1. Gemäss den Feststellungen im angefochtenen Entscheid - die für das Bundesgericht verbindlich sind (<ref-law>) - machte die Klägerin in ihren Rechtsschriften vor der Vorinstanz hinsichtlich des Eintritts und Ausmasses des Fortsetzungsschadens geltend, die Beklagte als Kontrollorgan der Gemeinschuldnerin hätte den Richter spätestens am 8. Dezember 2003 über die Überschuldung benachrichtigen müssen. Sowohl für diesen wie auch den Zeitpunkt der tatsächlich erfolgten Konkursanmeldung vom 13. Oktober 2004 existiere jedoch keine Zwischenbilanz. Der "Einfachheit halber" stellte die Klägerin für den geltend gemachten Fortsetzungsschaden daher auf den Zeitraum zwischen dem 31. Dezember 2003 und dem 31. Oktober 2004 ab. Diese Zeitspanne sei zwar kürzer als die Dauer der Konkursverschleppung, erlaubt nach Auffassung der Klägerin aber eine vereinfachte und nachvollziehbare Darstellung des im Sinne von <ref-law> "annäherungsweise" zu berechnenden Fortsetzungsschadens. Als Ausgangspunkt für die Schadensberechnung zog die Klägerin die letzte geprüfte Bilanz der Gemeinschuldnerin vom 31. Dezember 2003 heran. Bei der Ermittlung des Fortsetzungsschadens wollte die Klägerin die Liquidationswerte zu den massgeblichen Zeitpunkten vergleichen. Um die fehlenden Bilanzen zu Liquidationswerten annäherungsweise herzustellen, zog sie für jede Aktivposition der Bilanz eine mutmassliche Liquidationsquote heran. Dabei wendete sie bei den Bilanzpositionen per 31. Dezember 2003 wie auch bei denjenigen per 31. Juli 2004 die gleichen Ansätze an. Diese Wertkorrekturen setzte sie mit Verweis auf von ihr in Auftrag gegebene Privatgutachten eines Wirtschaftsprüfers und Betriebsökonomen ("Kurzgutachten zu den Verantwortlichkeitsansprüchen im Konkurs B._ AG" vom 30. Juni bzw. 10. August 2008 sowie "Ergänzung zum Gutachten vom 10.8.2008" vom 15. September 2011), "entsprechend allgemeiner Erfahrung bei Liquidationssituationen" wie folgt fest:
- Für die Bilanzposition "Debitoren" eine Wertkorrektur von 10% aufgrund dessen, dass allgemein zu erwarten sei, dass die meisten Schuldner zahlen würden;
- Für die Bilanzposition "Andere Forderungen" (wie Forderungen aus Verrechnungssteuer, Vorsteuer Warenaufwand, Forderungen aus einem Insolvenzverfahren in Deutschland) eine Wertkorrektur von 20% aufgrund ausstehender Abrechnungen sowie teilweise der Abhängigkeit von Passivpositionen, die zu einem leicht höheren Ausfallrisiko führen würden;
- Für die Bilanzposition "Warenvorräte" eine Wertkorrektur von 70%, da erfahrungsgemäss bei einer Liquidation der Grossteil der Warenvorräte beinahe wertlos sei, weil hier meist Ware betroffen sei, die auf die Bedürfnisse der Gemeinschuldnerin zugeschnitten gewesen sei, weshalb kaum ein Markt bestanden habe;
- Für die Bilanzposition "Finanzanlagen" eine Wertkorrektur von 75%, da diese Position nahestehende Gesellschaften betreffe, die sich in einer ähnlichen finanziellen Situation wie die Gemeinschuldnerin befunden hätten;
- Für die Bilanzposition "Mobile Sachanlagen" eine Wertkorrektur von 60%, da erfahrungsgemäss alte, auf die Bedürfnisse der Gemeinschuldnerin zugeschnittene Einrichtungsanlagen nur mit massivem Abschlag verkäuflich seien;
- Für die Bilanzposition "Immobilien" eine Wertkorrektur von 50%, da aufgrund des Eintrags im Altlastenkataster sowie der Konkurssituation auch hier von erschwerter Verkäuflichkeit ausgegangen werden müsse;
Nach der Bereinigung der Leasingpositionen und der Auflösung der Forderungsverzichte über Fr. 194'000.-- sowie der Bilanzierung zu Liquidationswerten berechnete die Klägerin einen Bilanzverlust von Fr. 9'035'000.-- per 31. Dezember 2003 bzw. von Fr. 9'509'000.-- per 31. Juli 2004. In der Differenz zwischen der Höhe der Überschuldung zu Veräusserungswerten zwischen dem 31. Dezember 2003 (rund Fr. 7'601'000.--) und dem 31. Juli 2004 (rund Fr. 8'075'000.--) stellte sie einen (Teil-) Schaden in der Höhe von Fr. 474'000.-- fest.
4.2. Gestützt auf die klägerischen Ausführungen prüfte die Vorinstanz, ob die Voraussetzungen einer Schadensschätzung nach <ref-law> gegeben sind. Dabei erwog sie, dass für den hypothetischen Konkurseröffnungszeitpunkt keine Liquidationswerte vorliegen, weshalb der Nachweis des genauen Vermögensstands zu diesem Zeitpunkt unmöglich erscheine. Folglich sei der Klägerin der Beweis des Schadensausmasses insofern zu erleichtern, als dass die im Recht liegenden Jahresabschlüsse und Bilanzen zur Berechnung des Vermögensstandes im hypothetischen Konkurseröffnungszeitpunkt herangezogen werden dürfen. Ob die Klägerin bei der Berichtigung der einzelnen Bilanzpositionen korrekt vorgegangen sei, könne indessen offen bleiben, da die von der Klägerin zur Schadensberechnung festgesetzten Liquidationswerte nicht genügend substanziiert seien. Für die Umstellung von Fortführungswerten zu Liquidationswerten der einzelnen Bilanzpositionen habe die Klägerin nämlich Wertkorrekturen vorgenommen, ohne diese hinreichend zu begründen. So sei unklar, nach welchen Kriterien diese festgesetzt worden sind. Auch aus der Ergänzung zum Gutachten vom 10. August 2008, worauf die Klägerin verweise, lasse sich dies nicht erschliessen. Daraus gehe lediglich hervor, dass "aufgrund der Branche und der speziellen Situation die praxisnahen Abschläge und Wertkorrekturen" zu empfehlen seien. Dies genüge für eine nachvollziehbare Festlegung der Liquidationswerte und damit letztlich für die Festsetzung des Schadens jedoch nicht. So wäre nach Auffassung der Vorinstanz zu erwarten gewesen, dass die Klägerin vorträgt, gestützt auf welche Erfahrungen in welcher Branche, in welchem Zeitraum und in welcher Region sie die entsprechenden Wertkorrekturen vorgenommen habe und insbesondere, worin die "spezielle Situation" bestehe. Die Darlegung der Berechnungsgrundlagen in diesem Sinne sei für die Klägerin durchaus zumutbar gewesen. Mit einem Beweisverfahren, insbesondere der Einholung eines Gutachtens wie von der Klägerin beantragt, lasse sich diese unzureichende Substanziierung nicht nachholen. Weiter komme hinzu, dass die Klägerin von einem hypothetischen Konkurseröffnungszeitpunkt am 8. Dezember 2003 ausgehe, sich ihre Berechnung jedoch auf den 31. Dezember 2003 beziehe, ohne dass die Klägerin dartue, inwiefern und aus welchen Gründen der Schaden am 8. Dezember 2003 mindestens gleich gross gewesen sei wie am 31. Dezember 2003.
Zur Berechnung des Vermögensstandes der Gemeinschuldnerin im Zeitpunkt der tatsächlichen Konkurseröffnung hielt die Vorinstanz fest, dass diese unbestrittenermassen am 22. November 2004 erfolgt sei. Die Klägerin lege ihrer Schadensberechnung jedoch nicht die realen Liquidationswerte zugrunde, obschon es ihr möglich und zumutbar gewesen sei, diese mittels der Verteillisten und der Erlöse vorzutragen. Dass nämlich die Liquidationswerte im Zeitpunkt der tatsächlichen Konkurseröffnung noch nicht feststünden, habe die Klägerin nicht behauptet. Stattdessen mache sie geltend, dass es im Zeitpunkt der Berechnung und Behauptung des Konkursverschleppungsschadens regelmässig noch gar nicht möglich sei, den definitiven, zur Abschlags- resp. Schlussverteilung gelangenden Vermögensstand der Konkursmasse zu bestimmen, da der Wert des durch die Führung des Verantwortlichkeitsprozesses resultierenden Vermögenszuwachses noch nicht bestimmt werden könne. Damit übersehe die Klägerin aber einerseits, dass der sich aus einer Verantwortlichkeitsklage möglicherweise ergebende Vermögenszuwachs ohnehin nicht zur Bestimmung der Überschuldung im tatsächlichen Konkurseröffnungszeitpunkt hinzuzurechnen wäre. Andererseits werde die Klägerin aufgrund des Umstands, dass gewisse Bilanzpositionen bei der Festsetzung der Überschuldung nicht miteinbezogen werden können, nicht davon befreit, dennoch im Rahmen des Möglichen die realen Erlöse darzulegen und gestützt darauf die Überschuldung zum realen Konkurseröffnungszeitpunkt festzulegen. Die hierfür notwendigen Konkursakten stünden der Klägerin denn auch zur Verfügung. Mittels der von der Klägerin postulierten Schätzung können die Liquidationswerte im tatsächlichen Konkurseröffnungszeitpunkt nach Auffassung der Vorinstanz jedenfalls nicht mittels Hochrechnung ermittelt werden. Damit fehlten für den tatsächlichen Konkurseröffnungszeitpunkt die zur Berechnung des Schadens notwendigen Angaben hinsichtlich der realen Liquidationswerte. Das Gericht könne diese auch nicht durch ein Beweisverfahren, also ein Gutachten bzw. die Edition der Konkursakten feststellen lassen, würde dies doch zu einer Aushöhlung der Substanziierungspflicht und damit des Verhandlungsgrundsatzes führen. Weiter komme hinzu, dass die Klägerin für ihre Berechnung vom 31. Oktober 2004 ausgehe statt vom tatsächlichen Konkurseröffnungszeitpunkt am 22. November 2004, ohne darzutun, inwiefern und aus welchen Gründen der Schaden am 31. Oktober 2004 mindestens gleich gross gewesen sei wie am 22. November 2004.
4.3. Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Dies bedeutet, dass die Beschwerde auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids einzugehen und im Einzelnen aufzuzeigen hat, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll dabei in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Denn vor Bundesgericht wird der vorinstanzliche Prozess nicht fortgeführt oder gar wiederholt, sondern es werden die Erwägungen des angefochtenen Entscheids im Lichte gezielt dagegen formulierter Rügen überprüft (Urteile 4A_619/2015 vom 25. Mai 2016 E. 1.4.2; 6B_235/2016 vom 9. August 2016 E. 4.2). Soweit ein Entscheid auf mehreren selbständigen alternativen Begründungen beruht, ist sodann für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
4.4. Wie die Beklagte in ihrer Beschwerdeantwort zu Recht geltend macht, setzt sich die Klägerin mit den Erwägungen der Vorinstanz nicht in einer den Begründungsanforderungen nach <ref-law> genügenden Weise auseinander:
4.4.1. So behauptet die Klägerin zwar wiederholt, dass der Detaillierungsgrad der Substanziierung in den eingereichten Privatgutachten hoch sei und dass die vorinstanzliche Gerichtsdelegation anlässlich der Referentenaudienz vom 5. November 2013 die Darlegungen ihres Gutachters als "instruktiv sowie makellos" gelobt habe. Dabei handelt es sich aber um blosse Behauptungen; der Kritik der Vorinstanz, wonach nicht nachvollziehbar sei, gestützt auf welche Grundlagen die behaupteten Liquidationswerte errechnet worden sind, begegnet die Klägerin zwar mit einigen (vagen) Ausführungen. Mit dem berechtigten Vorwurf der Vorinstanz, die Klägerin habe keine konkreten Zahlen zu den Liquidationswerten im Zeitpunkt des effektiven Konkurses vorgebracht, setzt sich diese indessen überhaupt nicht bzw. nicht hinreichend substanziiert auseinander. Eine solche Auseinandersetzung ist mit Blick auf die Begründungsanforderungen nach <ref-law> aber unerlässlich und lässt sich weder mit dem mehrfachen Hinweis auf die angebliche "Gegensubstanziierung" durch die Beklagte noch mit dem Hinweis auf die angeblich lobenden Worte der Gerichtsdelegation anlässlich der Referentenaudienz ersparen. In diesem Zusammenhang scheint die Beschwerdeführerin denn auch zu verkennen, dass es an einer Referentenaudienz in erster Linie darum geht, einen Vergleich abzuschliessen. Um die Bereitschaft hierzu zu fördern, kann ein Privatgutachten nützliche Dienste leisten, was seitens des Gerichts auch lobend vermerkt werden darf, aber keineswegs bedeutet, dass dieses bereits den Anforderungen an eine substanziierte Klage genügt. Unbehelflich ist schliesslich auch der Einwand, dass die Beklagte in der Lage gewesen sei, ihre eigene Streitverkündungsklage zu substanziieren: Denn eine Streitverkündungsklägerin muss ihrer Streitverkündungsklage notgedrungen einstweilen den Standpunkt der Hauptklägerin zugrunde legen (vgl. Urteil 4A_618/2013 vom 22. April 2014 E. 1.4), womit sich aus dem blossen Umstand, dass eine Streitverkündungsklage erhoben wird, hinsichtlich der gehörigen Substanziierung der Hauptklage nichts ableiten lässt.
4.4.2. Überhaupt keine Auseinandersetzung erfolgt sodann mit dem Vorwurf der Vorinstanz, die Klägerin beziehe sich bei ihrer Schadensberechnung nicht auf die Zeitpunkte der hypothetischen Konkurseröffnung am 8. Dezember 2003 und der tatsächlichen Konkurseröffnung am 22. November 2004, sondern auf den 31. Dezember 2003 und den 31. Oktober 2004, ohne darzutun, inwiefern und aus welchen Gründen der Fortsetzungsschaden zwischen diesen beiden Zeitpunkten mindestens gleich gross gewesen sei wie zwischen dem 8. Dezember 2004 und dem 22. November 2004. Damit genügt die Klägerin den Begründungsanforderungen auch insoweit nicht, als sie sich nicht mit allen Begründungssträngen, die das vorinstanzliche Urteil stützen, auseinandersetzt.
4.5. Auf die Beschwerde der Klägerin ist damit mangels hinreichender Auseinandersetzung mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid nicht einzutreten.
Beschwerde der Beklagten (4A_271/2016)
5.
Die Beklagte wirft der Vorinstanz vor, diese habe gegen <ref-law> verstossen, indem sie die Kosten für das Streitverkündungsverfahren der Beklagten statt ganz oder zumindest teilweise der Klägerin auferlegt habe. Die Klägerin sei entgegen der Auffassung der Vorinstanz keine "Dritte" im Streitverkündungsprozess, weshalb ihr die Kosten als unterliegende Hauptpartei aufzuerlegen sei. Im Übrigen sei die Beklagte in guten Treuen zur Erhebung einer Streitverkündungsklage veranlasst gewesen, was eine Kostenverteilung nach Ermessen gestützt auf <ref-law> rechtfertige.
5.1. Die Vorinstanz erwog, dass es sich bei der Streitverkündungsklage um eine aufschiebend bedingte Klage handle, da die Ansprüche der Streitverkündungsklägerin von der Hauptklage abhingen. Werde die Hauptklage abgewiesen, so führe dies daher zur Gegenstandslosigkeit der Streitverkündungsklage. Was die Kostenverlegung für den Streitverkündungsprozess anbelangt, verwies die Vorinstanz auf verschiedene Lehrmeinungen und schloss sich dabei jener an, welche das Kostenrisiko für den gegenstandslos gewordenen Streitverkündungsprozess der Streitverkündungsklägerin auferlegen will. Denn eine Kostenauflage gemäss Art. 106 und Art. 107 ZPO setze voraus, dass zwischen den Parteien ein Prozessrechtsverhältnis bestehe, was zwischen der Hauptklägerin und der Streitverkündungsbeklagten gerade nicht der Fall sei, da die Hauptklägerin nicht am Streitverkündungsverfahren beteiligt sei. Mit Ausnahme der Bestimmung von <ref-law> gebe es keine Möglichkeit, Dritte für kostenpflichtig zu erklären. Eine Kostenauflage an die Hauptklägerin sei daher nicht angebracht. Eine Übernahme der Kosten des Streitverkündungsprozesses durch die Streitverkündungsklägerin sei auch deshalb nicht unbillig, weil diese sich darauf hätte beschränken können, der Streitverkündungsbeklagten lediglich den Streit zu verkünden bzw. den Ausgang des Hauptprozesses abzuwarten und erst nach einem allfälligen Unterliegen den Folgeprozess anzuheben.
5.2. Nach <ref-law> kann die streitverkündende Partei ihre Ansprüche, die sie im Falle des Unterliegens gegen die streitberufene Person zu haben glaubt, beim Gericht, das mit der Hauptklage befasst ist, geltend machen. Mit der Erhebung einer Streitverkündungsklage können Ansprüche verschiedener Beteiligter in einem einzigen Prozess - statt in sukzessiven Einzelverfahren - behandelt werden (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 71). Der Prozess erweitert sich dadurch zu einem Gesamt- bzw. Mehrparteienverfahren, in dem sowohl über die Leistungspflicht des Beklagten (Hauptprozess) als auch über den Anspruch der unterliegenden Partei gegenüber einem Dritten (Streitverkündungsprozess) befunden wird (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 5.3.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 71). Zu beurteilen sind zwei je selbständige Klagen (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 5.3.2), wobei die Streitverkündungsklage als solche nicht etwa bedingt ist, sondern nur der damit geltend gemachte Anspruch (BGE <ref-ruling> E. 5.3.2). Die Erweiterung zu einem Gesamtverfahren ändert nichts daran, dass mit der Haupt- und Streitverkündungsklage je eigene Prozessrechtsverhältnisse begründet werden mit unterschiedlichen Parteikonstellationen und Rechtsbegehren (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 71 mit Hinweisen). Für die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen von Streitverkündungsklagen kommen - mangels besonderer Regelung - die allgemeinen Grundsätze von <ref-law> zur Anwendung (LORENZ DROESE, Die Streitverkündungsklage nach Art. 81 f. ZPO, in: SZZP 2010, S. 319).
5.3. Die Vorinstanz ging davon aus, dass es sich bei der Streitverkündungsklage um eine bedingte Klage handle. Mit der Abweisung der Hauptklage - also dem Nichteintritt der Bedingung - falle diese dahin und werde damit gegenstandslos. Dies wird auch von jenem Teil der Lehre vertreten, welche die Streitverkündungsklage als durch die Hauptklage aufschiebend bedingte Klage betrachtet (DANIEL SCHWANDER, Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm et al. [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 24 zu <ref-law>, N. 36 zu <ref-law>; NINA J. FREI, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 11 f. und 59 zu <ref-law>; TARKAN GÖKSU, in: Brunner et al. [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung, Kommentar, 2. Aufl., 2016, N. 24 zu <ref-law>). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung handelt es sich bei der Streitverkündungsklage aber gerade nicht um eine bedingte, sondern um eine unbedingte und selbständige Klage : Bedingt ist nur der mit der Streitverkündungsklage geltend gemachte Regressanspruch (oben E. 5.2 m.H. auf BGE <ref-ruling> E. 5.3.2). Mit der Abweisung der Hauptklage entfällt damit die Bedingung für den Regressanspruch, womit die Streitverkündungsklage nicht etwa gegenstandslos wird, sondern sich als unbegründet erweist und abzuweisen ist. Die Vorinstanz hätte die Streitverkündungsklage im vorliegenden Fall daher richtigerweise abweisen müssen, statt sie als gegenstandslos abzuschreiben. Für eine ermessensweise Verteilung der Prozesskosten nach <ref-law>, wie dies in der Lehre teilweise vertreten wird (so etwa von SCHWANDER, a.a.O., N. 36 zu <ref-law>, und FREI, a.a.O., N. 63 zu <ref-law>), bleibt kein Raum. Vielmehr gelangt das Unterliegerprinzip gemäss <ref-law> zur Anwendung, was bedeutet, dass die Prozesskosten vollumfänglich der unterliegenden Streitverkündungsklägerin aufzuerlegen sind (so auch ANDREAS GÜNGERICH, Die Streitverkündungsklage in Bausachen, BR 2014, S. 119; BARBARA KLETT/YVES BIELMANN, Die Streitverkündungsklage - Segen oder Fluch?, HAVE 2013, S. 315; PETER REETZ, Der neue Bauprozess - Tiefenbohrungen in der ZPO, in: Schweizerische Baurechtstagung 2011, 2011, S. 76), wie dies die Vorinstanz im Ergebnis zutreffend entschieden hat. Erst recht kein Raum verbleibt für eine Kostenauferlegung an die Hauptklägerin, denn diese ist am Streitverkündungsprozess nicht beteiligt, weshalb ihr die daraus entstandenen Kosten auch nicht auferlegt werden können (GÜNGERICH, a.a.O., S. 119; BARBARA KLETT/YVES BIELMANN, a.a.O., S. 315). Entgegen der Auffassung der Beklagten rechtfertigt sich vorliegend auch keine Abweichung vom Unterliegerprinzip gestützt auf <ref-law>: Danach kann das Gericht die Prozesskosten nach Ermessen verteilen, wenn eine Partei in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst war. Eine solche Konstellation liegt jedoch beim Streitverkündungsprozess gerade nicht vor: Wer sich freiwillig dafür entscheidet, trotz ungewissen Ausgangs des Hauptverfahrens bereits mit der Klageantwort oder der Replik im Hauptprozess (vgl. <ref-law>) Streitverkündungsklage gegen einen Dritten zu erheben, muss die damit verbundenen Prozessrisiken auf sich nehmen, zumal diesen mit einer einfachen Streitverkündung leicht zu entgehen wäre (vgl. BGE <ref-ruling> E. 5.1). Es ist daher zumutbar, die Streitverkündungsklägerin das volle Kostenrisiko des Streitverkündungsprozesses tragen zu lassen (so auch GÜNGERICH, a.a.O., S. 119).
Die Vorinstanz hat damit die Prozesskosten des Streitverkündungsprozesses im Ergebnis zu Recht der Streitverkündungsklägerin auferlegt.
6.
Die Beklagte rügt weiter, die Vorinstanz habe "offensichtlich irrtümlich vergessen ", die Kostenverteilung des vom Bundesgericht mit Urteil 4A_435/2012 vom 4. Februar 2013 aufgehobenen Beschlusses der Vorinstanz vom 3. Juli 2012 (Nichtzulassung der Streitverkündungsklage) neu zu ordnen.
Die Rüge ist unbegründet: Im Streitverkündungsprozess wird zunächst über die Zulassung der Streitverkündungsklage, also über deren Prozessvoraussetzungen, und anschliessend über deren Begründetheit entschieden. Obwohl sich damit die Zulässigkeits- und Begründetheitsprüfung der Streitverkündungsklage klar auseinanderhalten lassen, handelt es sich dabei lediglich um zwei Phasen des gleichen Prozesses, über dessen Kostenfolgen einheitlich zu entscheiden ist. Dies hat die Vorinstanz getan, indem sie den Kostenpunkt für das Streitverkündungsverfahren im vorliegend angefochtenen Entscheid einheitlich und abschliessend geregelt hat. Dass die Streitverkündungsklägerin hinsichtlich der Zulassung zunächst durchgedrungen ist, ändert nichts daran, dass sie bezüglich der Begründetheit und damit im Streitverkündungsprozess insgesamt unterlegen ist. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die Kosten dieses Prozesses nach dem Unterliegerprinzip vollumfänglich der Streitverkündungsklägerin auferlegt hat.
7.
Die Beklagte rügt weiter, die Vorinstanz habe die Höhe der Parteientschädigung für das Streitverkündungsverfahren willkürlich festgesetzt. Die Vorinstanz habe die Gerichtskosten für das Hauptverfahren auf Fr. 30'000.-- und für das Streitverkündungsverfahren auf Fr. 10'000.-- festgelegt, was in einem angemessenen Verhältnis von 1 zu 3 stehe. Im Gegensatz dazu betrage die Parteientschädigung in beiden Verfahren Fr. 33'500.--. Dies sei willkürlich, da der Aufwand im Streitverkündungsverfahren geringer gewesen sei als im Hauptverfahren. Ausserdem wende die Vorinstanz § 11 Abs. 2 der Zürcher Verordnung über die Anwaltsgebühren (AnwGebV/ZH; LS 215.3) zu Unrecht an, da weder eine zusätzliche Verhandlung noch ein zusätzlicher Schriftenwechsel stattgefunden habe.
7.1. Willkür in der Rechtsanwendung liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; dabei ist erforderlich, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 6.1; <ref-ruling> E. 1.3).
7.2. Gemäss § 2 Abs. 1 lit. a AnwGebV/ZH bildet der Streit- bzw. Interessenwert die Grundlage für die Festsetzung der Anwaltsgebühr im Zivilprozess. Nach § 4 Abs. 1 AnwGebV/ZH liegt die Gebühr bei einem Streitwert zwischen Fr. 300'000.-- und Fr. 400'000.-- bei Fr. 19'400.-- zuzüglich 2 % des Fr. 300'000.-- übersteigenden Streitwerts. Der Anspruch auf die Gebühr entsteht mit der Erarbeitung der Begründung oder Beantwortung der Klage oder des Rechtsmittels (§ 11 Abs. 1 Satz 1 AnwGebV/ZH). Für die Teilnahme an zusätzlichen Verhandlungen und für weitere notwendige Rechtsschriften wird ein Einzelzuschlag von je höchstens der Hälfte der Gebühr berechnet (§ 11 Abs. 2 AnwGebV/ZH).
7.3. Die Vorinstanz ging sowohl für die Haupt- wie auch für die Streitverkündungsklage, mit der die Beklagte gegenüber der Streitverkündungsbeklagten Regress nehmen wollte, vom gleichen Streitwert in der Höhe von Fr. 445'800.-- aus. In Anwendung von § 2 Abs. 1 lit. a AnwGebV/ZH und § 11 Abs. 1 und Abs. 2 AnwGebV/ZH i.V.m. § 4 Abs. 1 AnwGebV/ZH berechnete die Vorinstanz eine Parteientschädigung von Fr. 33'500.--.
7.4. Diese Berechnung ist unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden: Sie stützt sich auf die klaren Vorschriften der Zürcher Anwaltsgebührenverordnung, gemäss denen für die Berechnung der Parteientschädigung vom Streitwert auszugehen ist. Dass die Vorinstanz diesen falsch berechnet hätte, macht die Beklagte zu Recht nicht geltend. Weiter ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz vorliegend auch auf § 11 Abs. 2 AnwGebV/ZH abgestellt hat, fanden doch im Streitverkündungsprozess mehrere Schriftenwechsel statt, nämlich zunächst zur Zulassung der Streitverkündungsklage und anschliessend zu deren Begründetheit. Damit rechtfertigt sich eine Erhöhung der Grundgebühr gestützt auf die genannte Norm. Die Rüge, die Vorinstanz habe die Zürcher Anwaltsgebührenverordnung willkürlich angewandt, erweist sich als unbegründet.
8.
Auf die Beschwerde der Klägerin ist nicht einzutreten und die Beschwerde der Beklagten ist abzuweisen. Ausgangsgemäss sind die bundesgerichtlichen Kosten der jeweiligen Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>) und diese zur Zahlung einer Parteientschädigung an die jeweils obsiegende Gegenpartei zu verurteilen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 4A_291/2016 und 4A_271/2016 werden vereinigt.
2.
Auf die Beschwerde im Verfahren 4A_291/2016 wird nicht eingetreten.
3.
Die Beschwerde im Verfahren 4A_271/2016 wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten für das Verfahren 4A_291/2016 von Fr. 7'000.-- werden der Klägerin auferlegt.
5.
Die Gerichtskosten für das Verfahren 4A_271/2016 von Fr. 2'500.-- werden der Beklagten auferlegt.
6.
Die Klägerin hat die Beklagte für das Verfahren 4A_291/2016 mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
7.
Die Beklagte hat die Klägerin und die Streitverkündungsbeklagte für das Verfahren 4A_271/2016 mit je Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
8.
Dieses Urteil wird den Parteien, der C._ AG, D._ und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hurni