Sachverhalt:
A.
X._ wird in der Anklage vom 16. Oktober 2014 vorgeworfen, am 16. Februar 2013 ein Motorfahrzeug gelenkt zu haben, obwohl ihm der Führerausweis entzogen worden war. Dabei habe er keinen Sicherheitsgurt getragen. Auf der Flucht vor einer Polizeikontrolle habe er bei einem Abbiegemanöver in eine Nebenstrasse sein Motorfahrzeug auf die Gegenfahrbahn gelenkt, wobei er auf der Fahrbahn eine Person erfasst und verletzt habe. X._ habe sich vom Unfallort entfernt, ohne sich um die Verletzte zu kümmern oder das Eintreffen der Polizei abzuwarten. Damit habe er sich der Gefährdung des Lebens, eventualiter der qualifizierten groben Verletzung der Verkehrsregeln, der einfa chen Verletzung der Verkehrsregeln, der Vereitelung von Massnahmen zur Feststellung der Fahrunfähigkeit, des pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall und des Führens eines Motorfahrzeugs trotz Entzugs oder Verweigerung des Führerausweises schuldig gemacht.
Das Bezirksgericht Rheinfelden sprach X._ am 18. Februar 2015 der groben Verletzung der Verkehrsregeln, der einfachen Verletzung der Verkehrsregeln, des pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall sowie des Führens eines Motorfahrzeugs trotz Entzugs oder Verweigerung des Führerausweises schuldig. Von der Anklage der Gefährdung des Lebens, der qualifizierten groben Verletzung der Verkehrsregeln und der Vereitelung von Massnahmen zur Feststellung der Fahrunfähigkeit sprach es ihn frei. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten sowie mit einer Busse von Fr. 200.--. Auf den Widerruf des bedingten Vollzugs der Geldstrafe von 60 Tagessätzen gemäss Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg vom 30. August 2011 verzichtete es. Weiter wurde entschieden, dass X._ die beiden beschlagnahmten Fahrzeuge, Fahrzeugschlüssel und Kontrollschilder herausgegeben werden. Das Bezirksgericht Rheinfelden auferlegte X._ die Verfahrenskosten teilweise und verpflichtete ihn, dem Kanton Aargau die Hälfte der Kosten für die amtliche Verteidigung zurückzubezahlen, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben.
B.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg und Anschlussberufung von X._ hin erklärte das Obergericht Aargau X._ am 22. September 2016 der Gefährdung des Lebens, der einfachen Verkehrsregelverletzung, des pflichtwidrigen Verhaltens bei Unfall, des Führens eines Motorfahrzeugs trotz Entzugs oder Verweigerung des Führerausweises und der Vereitelung von Massnahmen zur Feststellung der Fahrunfähigkeit schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 12 Monaten sowie einer Busse von Fr. 200.--. Es verzichtete auf den Widerruf der von der Staatsanwaltschaft Rheinfelden-Laufenburg bedingt ausgesprochenen Geldstrafe und bestätigte die Herausgabe der beschlagnahmten Fahrzeuge. Es auferlegte X._ die gesamten erstinstanzlichen Verfahrenskosten und verpflichtete ihn, dem Kanton Aargau die Kosten für die amtliche Verteidigung vollumfänglich zurückzuerstatten, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. Die Kosten des Berufungsverfahrens auferlegte das Obergericht X._ zu zwei Dritteln.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils, soweit dieses die Verlegung der erstinstanzlichen Verfahrenskosten sowie die Rückerstattung der Kosten für die amtliche Verteidigung betrifft. Die Standplatzkosten in Zusammenhang mit der Beschlagnahme der beiden Fahrzeuge seien dem Staat aufzuerlegen. Zudem habe er dem Staat lediglich die Hälfte der Kosten für die amtliche Verteidigung für das erstinstanzliche Verfahren zurückzuzahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neuverlegung der erstinstanzlichen Verfahrenskosten und zur Festsetzung des Rückforderungsanspruchs für die erstinstanzlichen amtlichen Verteidigungskosten an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
Die Oberstaatsanwaltschaft verzichtet unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung. Das Obergericht liess sich innert Frist nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Auferlegung der Standplatzkosten in Zusammenhang mit den beiden beschlagnahmten Fahrzeugen. Auf eine Einziehung sei verzichtet worden. Es werde nicht begründet, weshalb ihm dennoch die gesamten Standplatzkosten auferlegt würden. Besonders stossend sei die Auferlegung der Kosten für das zweite Fahrzeug, welches mit der Tat nichts zu tun habe. Die Vorinstanz halte selber fest, dass das Fahrzeug gestützt auf <ref-law> nicht eingezogen werden könne, da es mit der Tat in keinem Zusammenhang stehe. Auch gestützt auf <ref-law> seien die Einziehung und Verwertung nicht möglich. Die Auferlegung der Standplatzkosten verstosse gegen <ref-law>. Es fehle an einem adäquaten Kausalzusammenhang zwischen seinem Verhalten und den Kosten für die Beschlagnahme. Für die Kostenverlegung sei es gleichgültig, ob die Beschlagnahme rechtmässig erfolgt sei. Letztlich handle es sich dabei um durch unnötige Verfahrenshandlungen verursachte Kosten, welche der Kanton nach <ref-law> übernehmen müsse.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, aufgrund des im Berufungsverfahren zusätzlich erfolgten Schuldspruchs wegen Gefährdung des Lebens und Vereitelung von Massnahmen zur Feststellung der Fahrunfähigkeit werde der Beschwerdeführer gemäss Anklage schuldig gesprochen. Folglich seien ihm auch die durch das Strafverfahren verursachten Kosten wie etwa jene in Zusammenhang mit den beschlagnahmten Fahrzeugen vollständig aufzuerlegen.
1.3. Fällt die Rechtsmittelinstanz selber einen neuen Entscheid, so befindet sie darin auch über die von der Vorinstanz getroffene Kostenregelung (<ref-law>). Nach <ref-law> trägt die beschuldigte Person die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird. Von dieser Kostentragungspflicht sind jene Verfahrenskosten ausgenommen, die der Bund oder der Kanton durch unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlungen verursacht hat (<ref-law>). Diese müssen bei objektiver Betrachtungsweise schon im Voraus unnötig oder fehlerhaft sein (Urteil 6B_523/2014 vom 15. Dezember 2014 E. 5.3 mit Hinweisen). Die angefallenen Kosten sind in diesem Fall nicht mehr adäquate Folge der Straftat. Das ist beispielsweise der Fall, wenn eine Behörde einen materiell- oder verfahrensrechtlichen Verstoss begangen hat, der im Rechtsmittelverfahren korrigiert werden muss, oder wenn wegen Formfehlern Verfahrenshandlungen wiederholt werden müssen (Urteil 6B_241/2015 vom 26. Januar 2016 E. 1.3.2 mit Hinweis).
1.4. Die Staatsanwaltschaft beschlagnahmte sowohl das Tatfahrzeug (Fiat Punto) als auch das Zweitfahrzeug (Renault Twingo) des Beschwerdeführers gestützt auf <ref-law> respektive <ref-law>. Es handelte sich somit um eine Beschlagnahme im Hinblick auf eine mögliche Einziehung (vgl. <ref-law>). Strafprozessuale Beschlagnahmen im Hinblick auf eine richterliche Einziehung setzen voraus, dass ein hinreichender, objektiv begründeter konkreter Tatverdacht besteht (Art. 197 Abs. 1 lit. b i.V.m. <ref-law>). Die Zwangsmassnahme muss ausserdem verhältnismässig sein (Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO). Einziehungsbeschlagnahmen sind aufzuheben, falls eine strafrechtliche Sicherungs- oder Ausgleichseinziehung des beschlagnahmten Gegenstandes oder Vermögenswertes aus materiellrechtlichen Gründen bereits als offensichtlich unzulässig erscheint (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 4.1.1; <ref-ruling> E. 2.3.4; <ref-ruling> E. 6.4; <ref-ruling> E. 4; je mit Hinweisen).
1.5. Der Beschwerdeführer wurde im Sinne der Anklage schuldig gesprochen, womit er grundsätzlich kostenpflichtig wird, es sei denn, es liege eine unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlung seitens der Strafbehörden im Sinne von <ref-law> vor. Dies wäre in Bezug auf die beschlagnahmten Fahrzeuge der Fall, wenn von vornherein festgestanden hätte, dass deren Einziehung ausgeschlossen ist.
1.5.1. Nach <ref-law> kann der Strafrichter die Einziehung eines Motorfahrzeugs anordnen, wenn damit eine grobe Verkehrsregelverletzung in skrupelloser Weise begangen wurde (lit. a) und der Täter durch die Einziehung von weiteren groben Verkehrsregelverletzungen abgehalten werden kann (lit. b).
1.5.2. Die Vorinstanz verzichtete auf die Einziehung der beschlagnahmten Fahrzeuge. Zwar lasse sich angesichts der Umstände und der einschlägigen Vorstrafen nur schwierig etwas Günstiges für den Beschwerdeführer ableiten. Auch bestünden ernsthafte Zweifel daran, ob beim Beschwerdeführer unter Berücksichtigung der einschlägigen Vorstrafen das Vorliegen von Einsicht in sein Fehlverhalten bejaht werden könne. Ihm sei zugute zu halten, dass er sich kurz nach der Tatbegehung freiwillig in eine Therapie begeben habe. Der Therapeut habe ihm nach 49 Sitzungen attestiert, dass er bei der Aufarbeitung der Ereignisse sichtbare Fortschritte gemacht habe. Das Gutachten der Psychiatrischen Dienste Aargau attestiere ihm Einsichts- und Steuerungsfähigkeit. Er habe mittlerweile seinen Führerausweis zurückerhalten. Insgesamt sei ihm daher für die Zukunft eine günstige Prognose zu stellen. Auf eine Einziehung könne damit verzichtet werden.
1.5.3. Allein der Umstand, dass schliesslich auf eine Einziehung verzichtet und stattdessen die Herausgabe der Fahrzeuge angeordnet wurde, lässt die Beschlagnahme noch nicht als eine unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlung erscheinen, welche die Kostentragung durch den Staat zur Folge hätte. Vielmehr müsste die Verfahrenshandlung bei objektiver Betrachtungsweise von vornherein unnötig oder fehlerhaft gewesen sein. Im Zeitpunkt der Beschlagnahme bestand der Verdacht auf ein schwerwiegendes Verkehrsdelikt. Der Beschwerdeführer wurde denn auch zweitinstanzlich der Gefährdung des Lebens sowie weiterer Delikte schuldig gesprochen. Das Delikt der Gefährdung des Lebens genügt dem Kriterium von <ref-law>, wonach die Verkehrsregelverletzung in skrupelloser Weise begangen worden sein muss (Botschaft des Bundesrats zu "Via sicura", Handlungsprogramm des Bundes für mehr Sicherheit im Strassenverkehr, BBl 2010 8513). Daneben ist der Beschwerdeführer mehrfach einschlägig vorbestraft. So beging er im Jahr 2006 eine grobe Verkehrsregelverletzung und wurde des pflichtwidrigen Verhaltens nach einem Unfall schuldig gesprochen. Ihm wurde der Führerausweis für vier Monate entzogen. Im April 2012 wurde er erneut wegen einer groben Verkehrsregelverletzung verurteilt. Der Führerausweis wurde ihm zunächst auf unbestimmte Zeit entzogen. Im Oktober 2012 wurde er wegen Führens eines Motorfahrzeugs trotz Entzugs des Führerausweises schuldig gesprochen. Das Strassenverkehrsamt verfügte eine Sperrfrist des Führerausweisentzugs bis Juli 2013. Auch in dieser Zeit lenkte der Beschwerdeführer erneut ein Fahrzeug ohne Führerausweis und brachte eine Person in Lebensgefahr. Unter diesen Umständen war eine Einziehung gemäss <ref-law> durch das Gericht zunächst nicht ausgeschlossen. Dies gilt zumindest, sofern es sich um das Tatfahrzeug Fiat Punto handelt. Es liegt damit keine fehlerhafte Verfahrenshandlung vor. Auch der Einwand des Beschwerdeführers, dass sich bereits bei Eingang des Gutachtens herauskristallisiert habe, dass keine Rückfallgefahr bestehe, ändert daran nichts. Denn mit dem Eingang des Gutachtens allein ist noch nichts gewonnen. Dieses unterliegt der gerichtlichen Beweiswürdigung. Der Richter setzt das Gutachten in den Gesamtzusammenhang und hat, wie vorliegend geschehen, weitere Beweismittel für die Prognosestellung heranzuziehen. Die Beschlagnahme des Fahrzeugs Fiat Punto stellt somit keine fehlerhafte oder unnötige Verfahrenshandlung dar.
1.5.4. Wie die Vorinstanz bezüglich des Zweitfahrzeugs des Beschwerdeführers (Renault Twingo) zutreffend festhält, kann dieses gestützt auf <ref-law> von vornherein nicht eingezogen werden, da es sich nicht um das Tatfahrzeug handelt. Nebst dieser Bestimmung stützte die Staatsanwaltschaft die Beschlagnahme auf <ref-law>. Gemäss <ref-law> verfügt das Gericht ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung fällt die Sicherungseinziehung eines Motorfahrzeugs in Betracht, wenn sich der Halter ungeachtet eines gegen ihn ausgesprochenen Führerausweisentzugs immer wieder ans Steuer setzte und mit seinem Fahrzeug am öffentlichen Verkehr teilnahm (<ref-ruling> E. 4; Urteil 1B_168/2012 vom 8. Mai 2012 E. 2). Der Beschwerdeführer setzte sich bereits vor der aktuell zu beurteilenden Tat ans Steuer, obwohl ihm der Führerausweis entzogen worden war. Am 16. Februar 2013 war dies erneut der Fall, wobei er gar einen Unfall verursachte und eine Person in Lebensgefahr brachte. Würde unter diesen Umständen das Fahrzeug im Haushalt des Beschwerdeführers belassen, wäre die Versuchung gross, dieses trotz Führerausweisentzugs weiterhin zu benützen. In einem Fall wie dem vorliegenden musste anfänglich auch hinsichtlich des Renault Twingo ernsthaft mit einer Einziehung gerechnet werden. Selbst wenn sich die Gefahr, dass der Beschwerdeführer sich erneut ohne Führerausweis ans Steuer setzt und die Sicherheit von Menschen gefährdet, im Nachhinein als gering erwies und dem Beschwerdeführer beide Fahrzeuge herausgegeben wurden, kann nicht gesagt werden, die Beschlagnahme sei von vornherein eine fehlerhafte Verfahrenshandlung gewesen. Insbesondere geht aus dem vorinstanzlichen Urteil auch hervor, dass sich die Gefahr der erneuten Deliktsbegehung erst im Laufe des Verfahrens verringerte, da der Beschwerdeführer sich in eine Therapie begab.
1.5.5. Somit durfte die Vorinstanz die erstinstanzliche Kostenregelung anpassen und dem Beschwerdeführer auch die Standplatzkosten auferlegen. Dies gilt jedoch lediglich hinsichtlich der bis zum erstinstanzlichen Urteil angefallenen Kosten. Wie die Vorinstanz in E. 10.2 festhält, sind seither wiederum Kosten von Fr. 5'850.-- aufgelaufen. Diese schlägt die Vorinstanz zu den erstinstanzlichen Verfahrenskosten und auferlegt sie ebenfalls dem Beschwerdeführer. Die Kosten des Rechtsmittelverfahrens tragen die Parteien nach Massgabe ihres Obsiegens oder Unterliegens (<ref-law>). Die Verlegung der Kosten richtet sich nach dem Grundsatz, wonach Kosten zu tragen hat, wer sie verursacht. Dementsprechend ist auch mit den während des vorinstanzlichen Verfahrens angefallenen Standplatzkosten zu verfahren. Das Berufungsverfahren wurde einzig durch die Staatsanwaltschaft eingeleitet. Sie verlangte unter anderem die Einziehung und Verwertung der beiden Fahrzeuge und unterliegt in diesem Punkt vollständig. Die nach dem erstinstanzlichen Urteil angefallenen Standplatzkosten dürfen dem Beschwerdeführer gestützt auf diese Überlegungen nicht auferlegt werden.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, eine Rückerstattungspflicht hinsichtlich der Verteidigungskosten nach <ref-law> bestehe nur im Ausmass der nach <ref-law> auferlegten Verfahrenskosten. Für den Rest bestehe ein Anspruch auf definitive Übernahme durch den Bund bzw. den Kanton. Die Standplatzkosten könnten ihm nicht auferlegt werden. Somit habe er die Verfahrenskosten nicht vollständig zu tragen und er könne folglich auch nicht dazu verpflichtet werden, die erstinstanzlichen Verteidigungskosten vollumfänglich zurückzubezahlen.
2.2. Der Beschwerdeführer begründet seinen Einwand lediglich damit, dass ihm im erstinstanzlichen Verfahren nicht die gesamten Verfahrenskosten auferlegt werden dürfen, was zur Folge habe, dass auch keine vollumfängliche Rückerstattungspflicht hinsichtlich der Kosten der amtlichen Verteidigung bestehe. Es bleibt jedoch beim vorinstanzlichen Entscheid, wonach er die gesamten erstinstanzlichen Verfahrenskosten zu tragen hat und auch für bis zum erstinstanzlichen Entscheid angefallenen Standplatzkosten aufkommen muss. Insofern ist auf die Rüge nicht einzutreten.
3.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und das angefochtene Urteil hinsichtlich der Kostenregelung aufzuheben. Im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Soweit der Beschwerdeführer unterliegt, hat er für die Gerichtskosten aufzukommen (<ref-law>). Der Kanton Aargau trägt keine Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts Aargau vom 22. September 2016 wird hinsichtlich der Kostenregelung aufgehoben und die Sache wird diesbezüglich zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär