Faits :
A.
Le 28 juillet 2009, le Préfet du district de la Sarine (ci-après: le Préfet) a délivré à A._ et B._ un permis de construire neuf appartements dans la ferme existante, sise sur la parcelle n° 64 du registre foncier de la commune de Marly. Il a aussi autorisé la démolition du pont de grange et de la lucarne menant au fenil. Cette ancienne ferme fait l'objet d'une mesure de protection.
Le 12 novembre 2009, la commune de Marly (ci-après: la commune) a informé le Préfet que les travaux en cours ne correspondaient pas au permis délivré et a requis l'arrêt des travaux. Par décision du 18 novembre 2009, le Préfet a ordonné la suspension immédiate de tous les travaux. Le 19 novembre 2009, il a organisé une inspection des lieux en présence notamment des prénommés ainsi que des représentants de la commune, du Service cantonal des biens culturels (SBC) et du Service cantonal des constructions et de l'aménagement (SeCA). A la suite de cette séance, l'ordre de suspension des travaux a été levé en ce qui concerne les travaux en toiture, étant précisé que la partie se situant devant le pont de grange n'était toutefois pas visée par cette mesure; pour le reste, l'arrêt des travaux était maintenu. Dans ses observations du 18 janvier 2010, le Service des biens culturels a relevé avoir pris connaissance des nouveaux plans du 24 novembre 2009 reflétant la situation de l'immeuble au moment de l'arrêt des travaux. S'agissant de la façade ouest, il a indiqué que le pont de grange était encore partiellement conservé mais que le pan de toit n'avait pas été restitué et que la lucarne avait été transformée en terrasse de toiture avec l'adjonction d'une dalle en béton. Il a jugé cette situation intolérable et a proposé deux alternatives: la suppression de la lucarne et la démolition de l'entier du pont de grange (soit respect des plans de 2009 sur la base desquels le permis avait été octroyé) ou la conservation de la lucarne et la reconstitution du pont de grange selon l'état antérieur.
Le Service des biens culturels et la commune ont préavisé défavorablement la modification de la toiture concernant l'intégration d'un balcon et d'une lucarne en toiture selon de nouveaux plans, respectivement le 8 mars 2010 et le 13 avril 2010.
Le 22 juin 2010, la commune a transmis au Préfet une dénonciation dans laquelle A.C._ et B.C._ - copropriétaires d'une parcelle adjacente - ont signalé qu'un balcon ne figurant pas sur les plans mis à l'enquête était en cours de construction sur le bâtiment de la parcelle n° 64. Dans son courrier du 22 juin 2010, le Préfet a notamment rappelé aux requérants le contenu du préavis défavorable du Service des biens culturels du 8 mars 2010, émis à l'occasion de la demande de permis de construire complémentaire. Il a indiqué que se posait la question d'une remise en état des lieux et leur a imparti un délai pour se déterminer. Dans leurs observations du 23 août 2010, les requérants ont sollicité l'octroi de l'autorisation de construire selon les plans modifiés malgré les préavis négatifs. Le 14 octobre 2010, le Préfet a constaté que la demande de permis de construire complémentaire n'avait pas été mise à l'enquête et a imparti un délai aux requérants pour y remédier.
B.
Le 3 novembre 2010, A._ et B._ ont formellement déposé une demande de permis de construire complémentaire portant sur la construction d'une lucarne en lieu et place du pont de grange, dans le cadre de la procédure de légalisation. Cette demande a suscité une opposition formée par A.C._ et B.C._. Le 21 décembre 2010, la commune a rendu un préavis en partie défavorable. Elle a en particulier préavisé négativement la modification de la toiture prévoyant l'intégration d'un balcon et d'une lucarne, en se fondant notamment sur le préavis défavorable du Service des biens culturels du 8 mars 2010.
Par décision du 11 juillet 2013, le Préfet a refusé de délivrer l'autorisation de construire complémentaire requise par A._ et B._; il a indiqué que la procédure de remise en état était ouverte. Il a considéré que les prénommés ne s'étaient pas conformés aux observations du Service des biens culturels selon lesquelles la lucarne devait être démolie et le pan de toiture restitué comme prévu sur les plans sur la base desquels le permis de construire initial avait été délivré. Il a retenu que non seulement la lucarne avait été conservée, mais qu'en plus un balcon avait été construit: les requérants avaient ainsi fait fi des exigences légales liées à la protection d'un bien culturel.
C.
Par arrêt du 7 mai 2015, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé par A._ et B._ contre cette décision préfectorale.
D.
Agissant par les voies du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel subsidiaire, A._ et B._ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 7 mai 2015 et d'accorder le permis de construire refusé par le Préfet le 11 juillet 2013. Ils concluent subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à se déterminer, le Service des biens culturels, le Tribunal cantonal et la commune de Marly concluent au rejet du recours. Les recourants ont répliqué par courrier du 10 septembre 2015.
E.
Par ordonnance du 6 juillet 2015, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif - traitée comme une requête de mesures provisionnelles -, déposée par les recourants.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que requérants de l'autorisation de construire complémentaire refusée, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué et peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Ils ont donc qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, ce qui entraîne l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'un établissement inexact des faits (<ref-law>).
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51; arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 3, non publié in <ref-ruling>) - ou en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
2.2. Les recourants reprochent d'abord au Tribunal cantonal d'avoir retenu que lors de la transformation de la lucarne en balcon une dalle en béton avait été ajoutée. Ils soutiennent au contraire que le pont de grange était en béton ainsi que l'accès au fenil par la lucarne, qui fait aujourd'hui office de balcon: la dalle en béton avait certes été adaptée mais elle était préexistante. Ils n'étaient cependant leur affirmation d'aucune preuve et n'établissent pas que la qualification opérée par l'instance précédente serait en contradiction manifeste avec la situation effective. Partant, ils se limitent à opposer leur propre appréciation à celle de la cour cantonale et ne démontrent pas en quoi celle-ci serait insoutenable. Purement appellatoire, cette critique est irrecevable.
Les recourants font ensuite grief à l'instance précédente d'avoir retenu que la lucarne avait été construite de manière surdimensionnée, alors qu'elle ne résulte pas d'un nouveau percement dans la toiture et fait partie intégrante de la charpente du toit d'origine. Ce grief doit être d'emblée rejeté, dans la mesure où ce n'est pas la lucarne que le Tribunal cantonal a qualifiée de surdimensionnée, mais le balcon-baignoire.
En définitive, le grief de l'établissement arbitraire des faits doit être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité.
3.
La ferme se situe dans un site construit d'importance locale à l'Inventaire des sites construits à protéger en Suisse (ISOS), dont le périmètre construit est soumis à un objectif de sauvegarde A. Le secteur dans lequel se trouve la parcelle litigieuse appartient à la catégorie 2 des sites construits à protéger au sens du plan directeur cantonal. Ce dernier préconise, d'une part, de conserver les objets inscrits au recensement des biens culturels immeubles, les espaces libres significatifs pour la structure et le caractère du site et, d'autre part, d'adapter les nouvelles constructions ou transformations (implantation, dimensions, matériaux et expression architecturale) et les aménagements de chaussées au caractère du site. En outre, l'immeuble litigieux est inscrit au recensement des biens culturels en valeur B. Selon l'art. 48 al. 1 du règlement d'exécution de la loi cantonale sur la protection des biens culturels (RELPBC; RSF 482.11), la valeur B indique qu'il s'agit d'un bien culturel de bonne qualité, soit d'un objet représentatif ou d'exécution soignée, dont la structure d'origine ou les éléments essentiels sont conservés.
Le règlement d'urbanisme de la commune de Marly (annexe 1: recensement des biens culturels) prévoit que le bâtiment litigieux est protégé en catégorie 3. Selon son art. 9, pour les bâtiments de catégorie 3, la protection s'étend à la conservation de l'enveloppe (façade et toiture) et de la structure porteuse intérieure de la construction.
4.
A teneur de l'art. 167 al. 1 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 2 décembre 2008 (LATeC), lorsque le ou la propriétaire exécute des travaux sans permis ou en violation des plans, des conditions du permis ou d'une mesure de protection, le préfet ordonne, d'office ou sur requête, l'arrêt total ou partiel des travaux. L'alinéa 2 précise que dans les cas visés à l'alinéa 1 et lorsque des constructions ou installations illégales sont déjà réalisées, le préfet impartit un délai convenable au ou à la propriétaire pour déposer une demande de permis de construire en vue de la légalisation des travaux effectués, à moins qu'une telle légalisation n'apparaisse d'emblée exclue.
L'objet du litige est ici uniquement le permis de construire complémentaire en vue de la légalisation - au sens de l'art. 167 al. 2 LATeC - demandant la construction de la lucarne en lieu et place du pont de grange. Ce permis, qui a été refusé par décision préfectorale du 11 juillet 2013 doit être distingué de l'ordre de remise en état, qui fait l'objet d'une (autre) procédure en cours.
5.
Les recourants se plaignent d'une violation du principe de la protection de la situation acquise (art. 5 et 26 Cst.) et d'une appréciation arbitraire des preuves. Ces griefs se confondent, de sorte qu'il y a lieu de les examiner ensemble.
5.1. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
5.2. Le Tribunal cantonal a d'abord retenu que les recourants avaient exécuté certains travaux en violation des plans et des conditions du permis de construire et qu'ils n'avaient pas respecté l'ordre de suspension des travaux qui leur avait été signifié par le Préfet. Il a rappelé qu'ils avaient expressément et à de nombreuses reprises été rendus attentifs aux exigences émises par le Service des biens culturels s'agissant de la toiture du bâtiment en question faisant l'objet d'une mesure de protection; ce nonobstant, ils avaient transformé la lucarne qui menait au fenil en terrasse de toiture avec l'ajout d'une dalle de béton.
La cour cantonale a ensuite exposé que la lucarne litigieuse ne respectait pas les dispositions relatives aux toitures (art. 64 et 65 du règlement d'exécution de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions [ReLATeC; RSF 710.11] et art. 8bis du règlement d'urbanisme communal [RCU]) : sa largeur était sensiblement plus grande que les 1,20 m autorisés au maximum; le fait que cette lucarne était préexistante n'y changeait rien, puisque d'une part elle était liée à l'existence du pont de grange qui avait été démoli et que d'autre part elle avait subi des transformations. Le Tribunal cantonal s'est aussi fondé sur l'appréciation de l'autorité spécialisée selon laquelle le balcon-baignoire réalisé était totalement surdimensionné et atypique en toiture du bâtiment protégé et que son résultat était absolument étranger au caractère du site bâti. La cour cantonale a encore précisé que le socle du balcon était constitué d'une dalle en béton: sur cet aspect, le Service des biens culturels avait indiqué que l'usage du béton au milieu des éléments en bois d'une charpente historique était totalement aberrant et contraire au principe élémentaire de respect des matériaux existants lors de transformation de bâtiments protégés.
5.3. Les recourants ne discutent pas vraiment les motifs avancés par l'instance précédente. Ils soutiennent d'abord que c'est à tort que le Tribunal cantonal a appliqué les diverses dispositions relatives aux lucarnes (art. 64 et 65 LATeC et 8bis RCU) en l'espèce, puisque ces articles ne sont applicables qu'en cas de percement nouveau dans une toiture, alors que la lucarne litigieuse (charpente, toit et dalle en béton compris) serait d'origine. Ils se plaignent à cet égard d'une violation du principe de la protection de la situation acquise (art. 5 et 26 Cst.). Ils fondent cependant leur grief sur un fait non établi par l'arrêt attaqué, à savoir que la dalle en béton du balcon-baignoire était préexistante. Ils se contentent d'ailleurs d'affirmer cet élément sans apporter une quelconque preuve, alors qu'il ressort des photos figurant au dossier que l'ancien accès au fenil, à l'emplacement de l'actuelle lucarne, était une construction en bois, sans dalle en béton. Fût-il recevable, ce grief devrait donc être rejeté.
Les recourants reprochent ensuite au Tribunal cantonal de s'être fondé arbitrairement sur la position du Service des biens culturels, lequel n'aurait jamais pris position sur la lucarne en tant que telle et n'aurait jamais analysé la situation sous un autre angle que celui de l'illégalité par rapport au premier projet. Il est douteux que les recourants satisfassent aux exigences de motivation (<ref-law>) en matière d'appréciation arbitraire des faits et des preuves, dès lors qu'ils substituent leur propre appréciation à celle effectuée par l'autorité cantonale. En outre, ils ne se prononcent pas sur les éléments qui ont conduit la cour cantonale à suivre le préavis du Service des biens culturels et n'avancent aucun indice permettant de douter de sa valeur probante. Quoi qu'il en soit, le Service des biens culturels a bel et bien pris position sur la lucarne: il a exposé que la lucarne existante n'avait rien à voir avec l'ancienne insertion du pont de grange dans la toiture du fenil et que cet élément ne pouvait en aucun cas être considéré comme d'origine et protégé: une lucarne dotée d'une dalle en béton formant un balcon était un élément totalement atypique sur la toiture d'un ancien rural réhabilité en habitation. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, le Service des biens culturels ne s'est donc pas contenté d'examiner le projet sous l'angle de son illégalité par rapport au premier projet mais s'est déterminé par rapport à la demande de permis complémentaire. De plus, les recourants perdent de vue que l'avis de l'autorité spécialisée constitue un rapport officiel au sens de l'art. 46 al. 1 let. b du code cantonal du 23 mai 1991 de procédure et de juridiction administrative (CPJA; RSF 150.1) et constitue à ce titre un moyen de preuve. Le grief doit donc être écarté dans la faible mesure de sa recevabilité.
Enfin, les recourants soutiennent que le Tribunal cantonal a jugé de manière contradictoire que la lucarne incriminée était trop grande alors que cette structure pourrait être maintenue si on y ajoutait le pont de grange. Ce grief doit être d'emblée rejeté. En effet, les recourants ne démontrent pas en quoi les deux options retenues par l'autorité spécialisée seraient insoutenables et sans fondement. Or celle-ci a expliqué qu'un pont de grange constitué d'un pont en maçonnerie et d'une partie charpentée donnant accès à la toiture représentait un élément traditionnel de l'architecture rurale, alors qu'une lucarne dotée d'une dalle en béton formant un balcon était un élément atypique sur la toiture d'un ancien rural réhabilité en habitation. Ainsi, deux alternatives avaient été proposées aux recourants, la suppression de la lucarne et la démolition de l'entier du pont de grange ou la conservation de la lucarne et la reconstruction à l'identique du pont de grange dans son ensemble (dimensions, forme et matériaux).
En définitive, l'argumentation des recourants ne va, en réalité, pas au-delà de la simple présentation, faite du reste sur un mode purement appellatoire, de sa propre version des faits et appréciation des preuves.
6.
Les recourants font enfin valoir que la procédure de remise en état résultant du refus d'octroi du permis de construire la lucarne viole le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst.). Le Tribunal cantonal a cependant retenu, à bon droit, que cette question dépassait l'objet du litige, soit le refus de délivrer une autorisation de construire complémentaire. Il a précisé qu'elle devra en revanche être traitée dans le cadre de la procédure de remise en état.
Les recourants ne discutent pas cette argumentation de l'arrêt attaqué. Comme s'ils plaidaient devant une cour d'appel, ils se contentent d'exposer à nouveau en quoi la procédure de remise en état viole le principe de la proportionnalité, sans démontrer concrètement et précisément en quoi et pour quel motif l'appréciation de la cour cantonale serait insoutenable. Faute de motivation satisfaisant aux exigences de l'<ref-law>, le grief doit être déclaré irrecevable.
7.
Il s'ensuit que le recours en matière de droit public doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (<ref-law>). La commune et le Service des biens culturels n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>). Les intimés, qui ne se sont pas déterminés dans la présente procédure, n'ont pas droit non plus à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.
Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, aux intimés, au Préfet du district de la Sarine, à la Commune de Marly, au Service des biens culturels de l'Etat de Fribourg, à D._, à E._ (pour la communauté héréditaire), à F._ et à G._, à A.H._ et B.H._, à I._ et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour administrative.
Lausanne, le 25 février 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Tornay Schaller