Sachverhalt:
A._ und D._ sind die getrennt lebenden Eltern von B._ (geb 2008) und C._ (geb. 2010).
Mit Entscheid vom 13. Mai 2016 entzog das Familiengericht Baden den Eltern das Aufenthaltsbestimmungsrecht und platzierte die Kinder bei E._.
Mit Entscheid vom 20. Februar 2017 erteilte das Familiengericht dem Vater übergangsweise ein Wochenendbesuchsrecht und verfügte die anschliessende Unterbringung der Kinder bei ihm. Sodann regelte es das Besuchsrecht der Mutter und weitere Belange. In Ziff. 11 des Dispositivs entzog es einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Beschwerdeweise verlangte die Mutter sinngemäss, die Kinder sofort bei ihr zu platzieren, alle Verfahrenskosten dem Vater oder dem Kanton zu überbinden, für diesen ein reduziertes begleitetes Besuchsrecht festzulegen und die aufschiebende Wirkung wieder herzustellen.
Mit Entscheid vom 28. April 2017 trat das Obergericht des Kantons Aargau auf die Beschwerde in materieller Hinsicht nicht ein, weil der bezirksgerichtliche Entscheid erst im Dispositiv, aber noch nicht mit vollständiger Begründung eröffnet worden sei. Hingegen trat es auf die Beschwerde ein, soweit sie sich gegen den verfügten Entzug der aufschiebenden Wirkung richtete, und erteilte in Bezug auf verschiedene Dispositivziffern des bezirksgerichtlichen Entscheides die aufschiebende Wirkung.
Gegen diesen Entscheid hat die Mutter eine als Einsprache bezeichnete Beschwerde erhoben. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein Zwischenentscheid betreffend die aufschiebende Wirkung der oberen kantonalen Instanz.
Der Zwischenentscheid wurde der Beschwerdeführerin am 10. Mai 2017 eröffnet. Die 30-tägige Beschwerdefrist (Art. 100 Abs. 1 BGG) endete demnach am 10. Juni 2017 und verlängerte sich auf den nächstfolgenden Werktag (Art. 45 Abs. 1 BGG), d.h. auf den 12. Juni 2017. Die Beschwerdeführerin übergab ihre Beschwerde am 8. Juni 2017 der deutschen Post und die Sendung traf am 12. Juni 2017 an der Grenzstelle bei der Schweizerischen Post ein (Art. 48 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdefrist ist somit gewahrt.
2.
Gegen Zwischenentscheide ist die Beschwerde nur gegeben, wenn ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), welcher im Einzelnen zu begründen ist (<ref-ruling> E. 6 S. 191 f.). Ausserdem muss die Beschwerde ein Rechtsbegehren enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG).
Die Beschwerdeführerin hält fest, dass der obergerichtliche Entscheid betreffend die Kindesentführung durch die Sozialarbeiter der KESB eine gesetzes- und amtsmissbräuchliche Handlung bzw. eine Mithilfe zu Verbrechen gegen die Kinder und keinesfalls akzeptabel sei.
Damit äussert sich die Beschwerdeführerin nicht dazu, ob und inwiefern durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht, und in ihren Ausführungen ist auch kein Rechtsbegehren enthalten. Sie bittet zwar am Schluss ihrer Eingabe, "die nachfolgenden Anträge zuzusprechen und dringend entsprechenden Regelungen betreffend Kindesschutz zu treffen", stellt aber wie gesagt keine Rechtsbegehren.
Soweit die Beschwerdeführerin eine ausführliche Begründung und Anträge "in den nachfolgenden Schreiben von dieser Woche" in Aussicht stellt, wären diese jedenfalls verspätet, so dass darauf ebenfalls nicht eingetreten werden könnte.
3.
Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde mit Präsidialentscheid nicht einzutreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Angesichts der konkreten Umstände rechtfertigt es sich, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bezirksgericht Baden, Familiengericht, dem Kindesvertreter RA Bulaty, D._ und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Kindes- und Erwachsenenschutz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli