Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis warf X._ mit Anklageschrift vom 8. August 2016 rechtswidrigen Aufenthalt im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG und eine Verletzung der Mitwirkungspflicht im Sinne von Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG im Zeitraum vom 21. Februar 2015 bis am 22. Juni 2016 sowie eine Übertretung des SVG im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 10 Abs. 1, 2 und 4 SVG vor.
B.
Das Bezirksgericht Dietikon sprach X._ am 2. November 2016 der ihm vorgeworfenen Widerhandlungen gegen das AuG und SVG schuldig. Es verurteilte ihn zu einer unbedingten Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 30.-- sowie einer Busse von Fr. 240.--.
Gegen dieses Urteil reichte X._ Berufung ein. Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte am 31. März 2017 den erstinstanzlichen Schuldpunkt der Widerhandlung gegen das AuG. Der Schuldspruch der Widerhandlung gegen das SVG war nicht Gegenstand des Berufungsverfahrens. Das Obergericht erkannte auf eine unbedingte Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und eine Busse von Fr. 240.--.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe unrichtig im Sinne von <ref-law> festgestellt, dass die Papierbeschaffung problemlos zu bewerkstelligen gewesen sei. Es könne ihm daher nicht vorgeworfen werden, er habe die Mitwirkungspflicht im Sinne von Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG verletzt.
1.2. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 4.1 S. 566; <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 2.5 S. 210; <ref-ruling> E. 1.5 S. 144; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Gemäss Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG wird mit Busse bestraft, wer vorsätzlich oder fahrlässig der Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung der Ausweispapiere (Art. 90 Bst. c) nicht nachkommt.
2.2. Im Zusammenhang mit dem Vorwurf der Verletzung der Mitwirkungspflicht ist es unbestritten, dass die irakische Botschaft grundsätzlich ein für die Rückkehr ausreichendes irakisches Reisedokument ("Laissez-passer") ausstellen kann (Beschwerde, II.B.3.3.). Strittig ist, ob die irakische Botschaft im tatrelevanten Zeitraum für die Ausstellung eines Laissez-passer das Vorliegen einer Aufenthaltsbewilligung voraussetzte (Beschwerde, II.B.3.3.).
2.3. Die Vorinstanz verweist auf die Auskunft des Staatssekretariates für Migration (SEM) vom 1. Juli 2016, gemäss welcher es für den Beschwerdeführer problemlos und lediglich einen Zeitaufwand von nicht länger als 30 Minuten erfordernd möglich gewesen sein soll, bei der irakischen Botschaft in Bern ein Laissez-passer für die Rückreise zu beschaffen. Der Beschwerdeführer hätte dazu einzig bei der Botschaft selbständig vorstellig werden und Kopien seiner Identitätsdokumente, welche vorgängig bei den Migrationsbehörden hätten angefordert werden können, vorlegen müssen (Urteil, S. 5). Zudem verweist die Vorinstanz auf ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, worin mit Bezug auf einen Kurden aus dem Nordirak der Vollzug der Wegschaffung unter Hinweis auf die Beschaffungspflicht als möglich bezeichnet wird (Urteil des BVGer E-6382/2015 vom 27. Februar 2017 E. 7).
Der Beschwerdeführer verweist hingegen auf ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts, worin festgehalten wird, dass die irakische Botschaft im Mai 2014 einem irakischen Staatsangehörigen mitgeteilt habe, dass er im Besitz einer Aufenthaltsbewilligung der Kategorie B sein sollte, damit ihm ein Laissez-passer ausgestellt werden könne (Urteil des BVGer C-5942/2012 vom 27. August 2014 E. 5.6). Es treffe somit zu, dass die irakische Botschaft grundsätzlich ein Laissez-passer ausstellen könne, dies werde aber offenbar an die Bedingung einer Aufenthaltsbewilligung der Kategorie B geknüpft (Beschwerde, II.B.3.2. f.). Die Auskunft des SEM vom 1. Juli 2016 vermöge nicht zu widerlegen, dass eine Aufenthaltsbewilligung notwendig sei, da sich das SEM nicht zur Frage der notwendigen Voraussetzungen geäussert habe. Bei der angeführten Stelle des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts (Urteil des BVGer E-6382/2015 vom 27. Februar 2017 E. 7) handle es sich um eine allgemeine Floskel, aus der nichts zu seinen Lasten abgeleitet werden könne.
2.4. Die Vorinstanz hält fest, dass der Beschwerdeführer gemäss Auskunft des SEM vom 1. Juli 2016 "einzig" bei der Botschaft selbständig hätte vorstellig werden und Kopien seiner Identitätsdokumente hätte vorlegen müssen. Damit hat sich das SEM mit Auskunft vom 1. Juli 2016 zu den Voraussetzungen für die Ausstellung eines Laissez-passer geäussert. Konkrete Hinweise darauf, dass die irakische Botschaft dem Beschwerdeführer mangels Aufenthaltsbewilligung die Ausstellung eines Laissez-passer im tatrelevanten Zeitraum verweigert hätte, sind nicht ersichtlich. Wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen feststellt, dass die Papierbeschaffung durch den Beschwerdeführer im tatrelevanten Zeitraum zu bewerkstelligen gewesen wäre, verfällt sie nicht in Willkür.
2.5. Massgebend ist, ob der Beschwerdeführer bei der Beschaffung der Ausweispapiere ernsthaft mitgewirkt hat. Entsprechende Bemühungen lassen sich weder dem vorinstanzlichen Entscheid noch der Beschwerde entnehmen. Die Vorinstanz stellt fest, dass die irakische ID-Karte und der irakische Nationalitätenausweis des Beschwerdeführers im tatrelevanten Zeitraum bei den Migrationsbehörden zur Beschaffung eines Reisedokuments bei der irakischen Botschaft abrufbereit gewesen wären und vom Beschwerdeführer ohne Weiteres hätten angefordert werden können. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er dies unterliess. Auch wenn in der Vergangenheit Unsicherheiten betreffend die Voraussetzungen für die Ausstellung eines Laissez-passer durch die irakische Botschaft bestanden haben mögen, entbindet dies den Beschwerdeführer nicht davon, sich im Rahmen seiner Mitwirkungspflicht im Sinne von Art. 90 lit. c AuG um die Beschaffung der Ausweispapiere zu bemühen. Die vorinstanzliche Verurteilung wegen Verletzung der Mitwirkungspflicht im Sinne von Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG ist nicht zu beanstanden.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht angenommen, dass ihm eine Rückkehr in den Irak zumutbar gewesen sei. Eine Strafbarkeit wegen rechtswidrigen Aufenthaltes im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG scheide damit aus.
3.2. Nach Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG macht sich strafbar, wer sich rechtswidrig, namentlich nach Ablauf des bewilligungsfreien oder des bewilligten Aufenthalts, in der Schweiz aufhält. Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG gelangt nicht zur Anwendung, wenn es der betroffenen ausländischen Person - etwa aufgrund einer Weigerung des Heimatlands, Staatsangehörige zurückzunehmen oder Ausweispapiere auszustellen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 61; <ref-ruling> E. 2 S. 220 f.) - objektiv unmöglich ist, legal aus der Schweiz auszureisen bzw. rechtmässig in das Heimatland zurückzukehren (Urteil 6B_118/2017 vom 14. Juli 2017 E. 5.3.1).
Das Migrationsamt des Kantons Aargau hat am 6. Juni 2014 die Wegweisung verfügt. Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer im tatrelevanten Zeitraum vom 23. Mai 2015 bis 22. Juni 2016über keine Aufenthaltsbewilligung verfügt hat. Damit ist die Tatbestandsvoraussetzung von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG erfüllt.
3.3. Von einer objektiven Unmöglichkeit im Sinne des Schuldprinzips ist gemäss der bisherigen Rechtsprechung auszugehen, wenn für die Undurchführbarkeit des Vollzugs der Wegweisung triftige Gründe sprechen oder praktisch feststeht, dass sich die Ausreise kaum realisieren lassen wird (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220 mit Hinweis). Dies ist in der Regel nur der Fall, wenn die Ausreise trotz Mitwirkung bei der Papierbeschaffung mit grosser Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen erscheint. Zu denken ist etwa an eine längerdauernde Transportunfähigkeit aus gesundheitlichen Gründen bzw. an eine ausdrückliche oder zumindest klar erkennbare und konsequent gehandhabte Weigerung eines Staates, gewisse Staatsangehörige zurückzunehmen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220 f. mit Hinweisen). Als rechtliche Gründe können der Wegweisung das Gebot des Non-refoulements oder eine Unzumutbarkeit des Vollzugs entgegenstehen, weil der Ausländer im Heimatstaat einer konkreten Gefährdung ausgesetzt wäre (Art. 83 Abs. 3 und 4 AuG; vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220). Diesbezüglich sind die Prüfungspflichten des Strafgerichts allerdings beschränkt: Gegenstand seines Verfahrens bildet ausschliesslich Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG, indessen nicht auch die Wegweisungsfrage; über diese entscheiden die zuständigen ausländerrechtlichen Behörden an sich abschliessend und verbindlich (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220 f. mit Hinweis). Das Strafgericht hat die Rechtswidrigkeit des Aufenthalts im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG diesbezüglich grundsätzlich nur zu verneinen, wenn sich der zu sichernde Wegweisungsentscheid als offensichtlich unzulässig erweist (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 61 f.; zur Überprüfungsbefugnis von Verwaltungsverfügungen durch das Strafgericht vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 f. S. 249).
Der zu sichernde Wegweisungsentscheid erweist sich nicht als offensichtlich unzulässig, wenn eine Wegweisung trotz allfälliger Unzumutbarkeit vollzogen werden soll, sofern sich der Betroffene wegen seiner Straffälligkeit nicht darauf berufen kann. Sollte der Beschwerdeführer in seiner Situation die Wegweisung beanstanden, hat er auf dem Rechtsmittelweg oder wiedererwägungsweise an die für die Wegweisung zuständigen (Asyl-) Behörden zu gelangen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 S. 220 f.).
3.4. Sofern der Beschwerdeführer die Ausreise im tatrelevanten Zeitpunkt als unzumutbar erachtete, hätte er sich an die Migrationsbehörden wenden müssen. Kann er sich aufgrund seiner Vorstrafen, insbesondere der Verurteilung in Frankreich zu einer Gefängnisstrafe von fünf Jahren wegen organisierten bandenmässigen Menschenhandels und den Verurteilungen in der Schweiz wegen Hehlerei, einfacher Körperverletzung, Vergehen gegen das Waffengesetz, Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes sowie Verstössen gegen das AuG und SVG (Urteil des Bezirksgerichts Dietikon vom 2. November 2016, III.A.2.5.), gemäss Art. 83 Abs. 7 lit. a AuG gegenüber den Migrationsbehörden nicht auf eine allfällige Unzumutbarkeit der Ausreise im Sinne von Art. 83 Abs. 1 und 4 AuG berufen, vermögen entsprechende Vorbringen auch keine objektive Unmöglichkeit der Ausreise im Sinne des strafrechtlichen Schuldprinzips zu begründen.
Der Beschwerdeführer hat nicht rechtsgenüglich dargelegt, inwiefern ihm die Ausreise im Sinne des strafrechtlichen Schuldprinzips objektiv unmöglich war. Die Strafbarkeit wegen rechtswidrigen Aufenthaltes im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG ist demnach ungeachtet der Vorbringen des Beschwerdeführers gegeben.
4.
Auf die übrigen, offensichtlich hinsichtlich einer Gutheissung gestellten und nicht weiter begründeten Rechtsbegehren ist nicht weiter einzugehen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (und Verbeiständung) ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen und angesichts seiner Mittellosigkeit praxisgemäss herabzusetzen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi