Sachverhalt:
A.
A._ (geb. 1980) und B._ (geb. 1966) heirateten 2007 in Nigeria. Sie sind die Eltern von C._ (geb. 2008, in Nigeria) und D._ (geb. 2009, in der Schweiz). B._ (Vater) lebt seit 1994 in der Schweiz, A._ (Mutter) seit 2008.
B.
B.a. Die Eheleute leben seit dem 1. September 2011 getrennt. Am 12. September 2011 reichten beide Parteien beim Eheschutzrichter des Kreisgerichts St. Gallen je ein Gesuch um Eheschutzmassnahmen ein. Der Vater beantragte, ihm sei die alleinige Obhut über die Kinder zuzuweisen und der Mutter ein übliches Besuchsrecht einzuräumen. Die Mutter beanspruchte ebenfalls die alleinige Obhut über die Kinder, wobei dem Vater ein Besuchsrecht an zwei einzelnen Tagen, davon einer am Wochenende, sowie an den Feiertagen und in den Sommerferien von drei Tagen pro Woche zu gewähren sei. Mit Entscheid vom 12. Oktober 2011 stellte der Eheschutzrichter die Kinder unter die alleinige Obhut der Mutter. Der Vater wurde berechtigt und verpflichtet, die Kinder von Montag nach dem Kinderhaus E._, von 14.00 Uhr, bis Donnerstag, 19.00 Uhr, sowie zusätzlich jeden ersten Samstag im Monat von 13.00 Uhr bis 17.00 Uhr zu sich auf Besuch zu nehmen. Weiter erliess der Eheschutzrichter eine detaillierte Feiertags-/Ferienregelung.
Auf Berufung des Vaters entschied der Einzelrichter im Familienrecht am Kantonsgericht St. Gallen am 22. August 2012, die alleinige Obhut über die Kinder bei der Mutter zu belassen; er berechtigte den Vater, die Kinder jeweils von Montagmittag (Ende Kinderhort/Kindergarten bzw. 14. 00 Uhr) bis Donnerstagmorgen (Beginn Kinderhort/Kindergarten bzw. 08.00 Uhr), jedes erste Wochenende (Samstag, 10.00 Uhr, bis Montag, Beginn Kinderhort/Kindergarten bzw. 08.00 Uhr), und in einer Woche Sommerferien von Montagmittag (14.00 Uhr) bis Donnerstagmorgen (10.00 Uhr) zu betreuen. Von dieser Regelung ausgenommen sind drei Wochen Ferien, welche die Kinder mit der Mutter verbringen. Der Einzelrichter errichtete für die Kinder eine Erziehungsbeistandschaft im Sinne von Art. 308 Abs. 1 und 2 ZGB. Im Übrigen wies er die Berufung des Vaters ab.
B.b. Am 9. Januar 2014 beantragten die Eheleute beim Kreisgericht St. Gallen gemeinsam die Scheidung ihrer Ehe. Mit Entscheid vom 6. Oktober 2014 schied das Kreisgericht St. Gallen die Ehe der Parteien und regelte die Nebenfolgen der Scheidung. Beide Parteien haben diesen Entscheid beim Kantonsgericht St. Gallen mit Bezug auf die Nebenfolgen der Scheidung angefochten.
B.c. Im Herbst 2016 weigerte sich die Mutter, ab 1. November 2016 die bisherige Betreuungsregelung fortzuführen. Am 28. Oktober 2016 kündigte das Berufungsgericht, das Kantonsgericht St. Gallen, an, eine Begutachtung bei den Psychiatrischen Diensten U._ in Auftrag zu geben. Mit vorsorglicher Massnahme vom 6. Dezember 2016 entschied es über die Betreuung der Kinder wie folgt: a) Die Kinder sind von Samstag, 10.00 Uhr, bis Mittwochmorgen Schulbeginn bei der Mutter; b) von Mittwochnachmittag Schulende bis Samstag, 10.00 Uhr, sind sie beim Vater, wobei sie am Freitag jeweils den Hort besuchen; c) abwechselnd jedes zweite Wochenende sind sie bei der Mutter bzw. beim Vater; verbringen sie das Wochenende beim Vater, bleiben sie bis am Montagmorgen bei ihm und wechseln am Montagmittag zur Mutter; d) die Kinder werden jeweils dort abgeholt, wo sie sich befinden; e) die Ferien verbringen die Kinder je zur Hälfte bei Vater und Mutter; f) die Feiertage verbringen sie im Sinne der Erwägungen gleichmässig bei Vater und Mutter, wobei die Beiständin die Details regelt bzw. vorschreibt.
C.
Gegen diesen Entscheid hat die Mutter (nachfolgend Beschwerdeführerin) am 6. Januar 2017 (Postaufgabe) Beschwerde beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der Entscheid des Kantonsgerichts vom 6. Dezember 2016 sei in den Ziffern 1 lit. a bis c und lit. e aufzuheben bzw. gemäss den nachfolgenden Anträgen abzuändern (Ziff. 1), der Vater (nachfolgend Beschwerdegegner) sei dazu anzuhalten, die Kinder jeweils von Mittwochnachmittag bis Freitagmorgen bis zum Schulbeginn sowie jedes erste Wochenende im Monat von Samstag, 10.00 Uhr, bis Montag zum Schulbeginn zu betreuen (Ziff. 2), die Mutter sei zu berechtigen, die Ferien mit ihren Kindern zu verbringen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Ziff. 4). Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht die Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege (Ziff. 5). Es wurden die kantonalen Akten, jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer nicht vermögensrechtlichen Zivilsache (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 und Art. 90 BGG), mit dem die Berufungsinstanz in einer Ehescheidungssache vorsorgliche Massnahmen für die Dauer des Scheidungsverfahrens angeordnet hat. Obwohl nicht ein Entscheid einer oberen kantonalen Instanz als Rechtsmittelinstanz angefochten ist, erweist sich die Beschwerde im Lichte von Art. 75 Abs. 2 BGG als zulässig: Das Bundesgericht hat verschiedene Ausnahmen vom Grundsatz des doppelten Instanzenzuges (principe de la double Instance; Art. 75 Abs. 2 BGG) vorgesehen. Das ist z.B. der Fall, wenn ein Scheidungsurteil bei der Berufungsinstanz angefochten wird und diese vorsorgliche Massnahmen erlässt oder die von der unteren Instanz erlassenen vorsorglichen Massnahmen abändert. Dieser Entscheid der Berufungsinstanz kann direkt mit dem einschlägigen Rechtsmittel beim Bundesgericht angefochten werden (<ref-ruling> E. 1.2 S. 144 mit Hinweis auf das Urteil 5A_705/2011 vom 15. Dezember 2011 E. 1.1). Dies muss erst Recht im vorliegenden Fall gelten, in dem die Berufungsinstanz die in einem früheren Eheschutzverfahren erlassenen Eheschutzmassnahmen durch vorsorgliche Massnahmen ersetzt. Die Beschwerdeführerin erfüllt die Voraussetzungen von Art. 76 Abs. 1 BGG. Auf die innert Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) erhobene Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2. Gestützt auf Art. 276 ZPO ergangene vorsorgliche Massnahmeentscheide unterstehen Art. 98 BGG (<ref-ruling> E. 5.1 und 5.2 S. 396 f.). Liegen vorsorgliche Massnahmen im Streit, kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 98 BGG). Das Bundesgericht wendet dabei das Recht nicht von Amtes wegen an, sondern prüft die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und hinreichend begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). In der Beschwerde ist folglich klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich zustande gekommen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein.
1.3. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem angefochtenen Entscheid zutage getreten oder entstanden sind, können nicht durch den weiter gezogenen Entscheid veranlasst worden sein. Solche echte Noven sind im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.). Auf die von der Beschwerdeführerin eingereichten Schreiben des Kantonsgerichts an die Rechtsvertreter der Parteien und an die SVA je vom 7. Dezember 2016 sowie die diesbezüglichen Ausführungen der Beschwerdeführerin ist deshalb nicht einzutreten.
2.
Strittig sind vorliegend die Betreuungsanteile beider Elternteile für die gemeinsamen Kinder. Die Beschwerdeführerin rügt den Entscheid der Vorinstanz als gegen das Willkürverbot gemäss Art. 9 BV verstossend.
2.1. Die Vorinstanz erwog zusammengefasst, im September 2015 hätten die Eltern die bis dahin bestehende Kinderbetreuungsregelung mit Hilfe des Beistands abgeändert, da die Mutter neu von Mittwoch bis Freitag gearbeitet habe. Danach habe die Mutter die Kinder jeweils von Samstagmorgen, 09.00 Uhr, bis Mittwochmorgen betreut. Am Mittwoch habe der Vater die Kinder von der Schule abgeholt und sie bis Samstagmorgen, eingeschlossen ein Horttag, betreut. Die Kinder seien sodann jedes erste Wochenende im Monat von Samstag, 10.00 Uhr, bis Sonntagabend beim Vater gewesen und seien jeweils dort abgeholt worden, wo sie sich befunden hätten. Aus den Kinder- und Elternanhörungen vom Mai 2016 habe sich sodann ergeben, dass die Eltern die Kinder an den Wochenenden abwechselnd betreuen würden und die Kinder jeweils am Samstag um 10.00 Uhr zur Mutter wechselten. Am Freitag seien sie im Hort. Unerheblich sei, ob diese Regelung einvernehmlich erfolgt sei oder nicht. Relevant sei, dass die Betreuung seit Monaten effektiv so gelebt werde und den Wünschen und Bedürfnissen der Kinder entspreche. Die Kinder würden seit der Trennung von beiden Eltern gemeinsam betreut. Diese Lösung entspreche dem klaren, mehrfach geäusserten Wunsch der Kinder. Die beschriebene Betreuungsregelung habe bis dahin trotz der elterlichen Differenzen grundsätzlich auch geklappt. Den Kindern gehe es entsprechend, zumindest oberflächlich betrachtet, (noch) gut, auch wenn sich der Konflikt der Eltern zunehmend auf ihr Wohlbefinden auswirken möge. So besuchten sie regelmässig die Schule, übten in ihrer Freizeit verschiedene Aktivitäten aus und seien bei beiden Eltern in ein soziales Netz eingebunden. Sie würden von Mutter wie Vater offensichtlich ausreichend gut betreut. Es liege daher im Kindeswohl, die bisherige, seit langem gelebte Betreuungsregelung für die Übergangsphase bis zum Entscheid des Kantonsgerichts über die Nebenfolgen der Scheidung aufrecht zu erhalten. Das verleihe den Kindern in einer Phase der Unsicherheit bzw. einer Situation der Schwebe die für ihre Entwicklung notwendige Kontinuität, Sicherheit und Stabilität. Es bestehe kein Anlass, die Betreuungszeiten des Vaters bis Freitagmorgen zu beschränken. Der Horttag sei seit der Trennung der Eltern wichtiger Bestandteil im Alltag der Kinder und werde von beiden geschätzt. Auch sei der Horttag wegen der gesundheitlichen Beschwerde des Vaters eingeplant worden. Diese bzw. deren Einfluss auf die väterlichen Erziehungsmöglichkeiten schienen noch nicht geklärt, es laufe derzeit noch ein IV-Verfahren. Es bestehe daher kein Anlass, den Horttag zu streichen, wie der Vater dies wünsche. Hinsichtlich der Wochenenden ver diene die bisherige Lösung [Wochenenden alternierend] mit Blick auf die Kriterien der Kontinuität und Stabilität sowie den Wunsch der Kinder nach gleichmässiger Betreuung durch beide Elternteile der Vorzug. Es erscheine jedoch gerechtfertigt, dass die Kinder an den Wochenenden, die sie beim Vater verbrächten, bis zum Montagmorgen bei ihm bleiben und erst am Montagmittag zur Mutter wechseln würden. Das bringe zusätzliche Ruhe in den Alltag der Kinder und entspreche dem gemeinsamen Antrag der Eltern. Damit die Kinder gleich viel Zeit mit beiden Eltern verbringen könnten, hätten sie das Recht, die bevorstehenden Ferien je zur Hälfte mit der Mutter und je zur Hälfte mit dem Vater zu verbringen. Sodann hätten die Kinder das Recht, die Feiertage gleichmässig mit beiden Eltern zu verbringen, wobei die Beiständin die Details zu regeln habe. Diese sorge im Übrigen im grundsätzlich vorgegebenen Rahmen für einen reibungslosen Ablauf der persönlichen Kontakte zwischen den Eltern und den Kindern, vermittle zwischen Vater und Mutter, präzisiere die Regeln und schreibe, falls nötig, die Details vor.
2.2.
2.2.1. Die von der Vorinstanz im Sinne einer vorsorglichen Massnahme festgelegte Betreuungsregelung entspricht einer alternierenden Obhut der Eltern mit nahezu gleichen Betreuungsanteilen. Bei gegebenen Voraussetzungen kann die alternierende Obhut auch gegen den Willen eines Elternteils angeordnet werden. Deren Anordnung kommt grundsätzlich aber nur dann in Frage, wenn beide Eltern erziehungsfähig sind. Weiter erfordert die alternierende Obhut organisatorische Massnahmen und gegenseitige Informationen. Insofern setzt die praktische Umsetzung der alternierenden Obhut bzw. Betreuung voraus, dass die Eltern fähig und bereit sind, in den Kinderbelangen miteinander zu kommunizieren und zu kooperieren. Allein aus dem Umstand, dass ein Elternteil sich einer alternierenden Obhut widersetzt, kann indessen nicht ohne weiteres auf eine fehlende Kooperationsfähigkeit der Eltern geschlossen werden, die einer alternierenden Obhut im Wege steht. Ein derartiger Schluss könnte nur dort in Betracht fallen, wo die Eltern aufgrund der zwischen ihnen bestehenden Feindseligkeiten auch hinsichtlich anderer Kinderbelange nicht zusammenarbeiten können mit der Folge, dass sie ihr Kind im Szenario der alternierenden Obhut dem gravierenden Elternkonflikt in einer Weise aussetzen würden, die seinen Interessen offensichtlich zuwiderläuft. Zu berücksichtigen ist ferner die geographische Situation, namentlich die Distanz zwischen den Wohnungen der beiden Eltern, und die Stabilität, welche die Weiterführung der bisherigen Regelung für das Kind gegebenenfalls mit sich bringt. In diesem Sinne fällt die alternierende Obhut eher in Betracht, wenn die Eltern das Kind schon vor ihrer Trennung abwechselnd betreuten. Weitere Gesichtspunkte sind die Möglichkeit der Eltern, das Kind persönlich zu betreuen, das Alter des Kindes, seine Beziehungen zu (Halb- oder Stief-) Geschwistern und seine Einbettung in ein weiteres soziales Umfeld (vgl. Urteile 5A_46/2015 vom 26. Mai 2015 E. 4.4.2 und 4.4.5; 5A_345/2014 vom 4. August 2014 E. 4.2). Auch dem Wunsch des Kindes ist Beachtung zu schenken, selbst wenn es bezüglich der Frage der Betreuungsregelung (noch) nicht urteilsfähig ist. Der Richter, der den Sachverhalt von Amtes wegen erforscht (Art. 296 Abs. 1 ZPO bzw. Art. 314 Abs. 1 i.V.m. Art. 446 ZGB), wird im konkreten Fall entscheiden müssen, ob und gegebenenfalls in welcher Hinsicht Hilfe von Sachverständigen erforderlich ist, um die Aussagen des Kindes zu interpretieren, insbesondere um erkennen zu können, ob diese seinem wirklichen Wunsch entsprechen. Während die alternierende Obhut in jedem Fall die Erziehungsfähigkeit beider Eltern voraussetzt, sind die weiteren Beurteilungskriterien oft voneinander abhängig und je nach den konkreten Umständen des Einzelfalls von unterschiedlicher Bedeutung. So spielen das Kriterium der Stabilität und dasjenige der Möglichkeit zur persönlichen Betreuung des Kindes bei Säuglingen und Kleinkindern eine wichtige Rolle. Geht es hingegen um Jugendliche, kommt der Zugehörigkeit zu einem sozialen Umfeld eine grosse Bedeutung zu. Die Kooperationsfähigkeit der Eltern wiederum verdient besondere Beachtung, wenn das Kind schulpflichtig ist oder die geographische Entfernung zwischen den Wohnorten der Eltern ein Mehr an Organisation erfordert. Oberste Maxime ist das Kindeswohl (Zum Ganzen: <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 620 f.; <ref-ruling> E. 4.3 S. 615 f.).
2.2.2. Bei der Beurteilung der für die Obhutszuteilung massgebenden Kriterien verfügt das Sachgericht über grosses Ermessen. Auf Willkürbeschwerde hin greift das Bundesgericht nur ein, wenn das Sachgericht grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn es Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die kein Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn es umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen hat. Der Ermessensentscheid muss sich als im Ergebnis offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (BGE <ref-ruling> E. 4.5 S. 617; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 622, je mit Hinweisen).
2.3.
2.3.1. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides nur unzureichend auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern die von der Vorinstanz angeordnete vorläufige Betreuungsregelung angesichts der Tatsache, dass die Kinder seit der Trennung der Parteien, und sogar vor ihrer Trennung, von beiden Elternteilen betreut worden sind, im Ergebnis offensichtlich unbillig wäre und sich als in stossender Weise ungerecht erweisen würde. Ihre Vorbringen erschöpfen sich im Wesentlichen in appellatorischer Kritik, indem sie der Gewichtung der einzelnen Kriterien durch die Vorinstanz ihre Gewichtung dieser Kriterien entgegensetzt und dem Beschwerdegegner wegen einer von ihr vermuteten psychischen Erkrankung die Erziehungsfähigkeit gänzlich abspricht.
2.3.2. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin bildet der Wunsch der Kinder, von beiden Eltern betreut zu werden, nicht alleinige Grundlage der vorinstanzlichen Regelung des Betreuungs-, Besuchs- und Ferienrechts. Vielmehr hat die Vorinstanz dem Kriterium der Kontinuität und Stabilität massgebliches Gewicht beigemessen, indem sie jene Betreuungsregelung anordnete, welche von den Parteien seit Monaten effektiv gelebt wurde. Zudem zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, inwiefern die Berücksichtigung des Wunsches der Kinder, von beiden Eltern betreut zu werden, was der Beibehaltung der bisherigen Betreuungsregelung gleichkommt, willkürlich wäre.
2.3.3. Auch mit ihren Vorbringen hinsichtlich einer möglichen psychischen Erkrankung des Beschwerdegegners und ihrem Hinweis auf ihre Eingabe vom 28. November 2016 an das Kantonsgericht, mit welcher sie auf die angebliche psychische Erkrankung des Beschwerdegegners hingewiesen haben will, vermag die Beschwerdeführerin keine willkürlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz aufzuzeigen. Die Vorinstanz hat keine psychische Erkrankung des Beschwerdegegners festgestellt. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, anhand welcher objektiven Anhaltspunkte sie auf eine schwere psychische Erkrankung des Beschwerdegegners hätte schliessen müssen und diese ihn in einem Mass beeinträchtigt, dass die Betreuung der Kinder nicht gewährleistet und damit deren Wohl gefährdet wäre; in diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass die Kinder gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen von beiden Elternteilen gut betreut werden. Allein aufgrund seines Konfliktverhaltens muss unter Willkürgesichtspunkten nicht auf eine die Betreuungsfähigkeit einschränkende psychische Erkrankung des Beschwerdegegners geschlossen werden.
2.3.4. Zutreffend ist, dass die alternierende Obhut einer gewissen Zusammenarbeit der Eltern bzw. deren Kooperationsfähigkeit bedarf. Gemäss Feststellungen der Vorinstanz kann diese Zusammenarbeit indessen trotz der Konflikte der Parteien mit Hilfe der dafür eingesetzten Beiständin gewährleistet werden. Inwiefern diese Feststellung willkürlich sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar.
2.3.5. Mit den vorinstanzlichen Feststellungen ebenfalls nicht überein stimmen die Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach die Vorinstanz wegen Zweifeln an der Erziehungsfähigkeit und der psychischen Gesundheit des Beschwerdegegners ein Gutachten bei der Psychiatrischen Dienste U._ in Auftrag gegeben habe. Angesichts des Konfliktverhaltens beider Elternteile erscheint zur Klärung der künftigen Betreuungsregelung ein Gutachten zur Erziehungsfähigkeit beider Elternteile angezeigt. Die Anordnung eines entsprechenden Gutachtens ändert indessen nichts daran, dass ohne Willkür zum Wohl der Kinder einstweilen an der Fortführung der bisher gelebten Betreuungsregelung festgehalten werden kann.
2.3.6. Ebenfalls als appellatorische Kritik erweist sich der Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz verharmlose die bestehenden Konflikte. Es waren die anhaltenden Konflikte der Eltern, insbesondere der Umstand, dass sich die Beschwerdeführerin nicht mehr an die seit Monaten gelebte Betreuungsregelung halten wollte, welche die Vorinstanz dazu veranlasste, losgelöst von Parteianträgen die Betreuung der Kinder vorsorglich zu regeln und das Konfliktverhalten der Eltern bzw. dessen Auswirkungen auf ihre Erziehungsfähigkeit und das Wohl der Kinder mit einem Gutachten klären zu lassen. Appellatorischer Natur sind auch die Ausführungen der Beschwerdeführerin, ab dem Zeitpunkt der Trennung habe immer sie dafür gesorgt, dass die Kinder einen engen Kontakt zu ihrem Vater hätten aufrecht erhalten können, und mit der von ihr beantragten Besuchsregelung könnten die Kinder ihren Vater besuchen und den Kontakt zu ihm aufrechterhalten, aber seien dennoch mehrheitlich bei der Mutter, die ihnen die nötige Stabilität und Begleitung geben könne. Die Beschwerdeführerin legt lediglich ihre Sicht der Konfliktsituation dar und zeigt nicht auf, inwiefern mit der bisher gelebten Betreuungsregelung die nötige Stabilität nicht gegeben wäre. Vielmehr steht die einstweilige Beibehaltung der bisherigen Betreuungsregelung im Zeichen der Kontinuität und Stabilität. Indem die Vorinstanz auf die bisherige Betreuungsregelung verweist, die trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung des Beschwerdegegners, welche bereits seit Anfang der Ehe bestand, während welcher die Betreuung der Kinder mit Hilfe einzelner Horttage noch einvernehmlich dem Beschwerdegegner überlassen wurde, während die Beschwerdeführerin arbeitete, sieht sie einstweilen keine Auswirkungen einer allfälligen physischen und/oder psychischen Beeinträchtigung des Beschwerdegegners auf dessen Betreuungsfähigkeit.
2.3.7. Zusammengefasst vermag die Beschwerdeführerin weder darzutun, dass die Vorinstanz in Verletzung des Willkürverbots den Sachverhalt unvollständig festgestellt hätte, noch aufzuzeigen, dass die vorsorglich etablierte Betreuungsregelung auf einer willkürlichen Gewichtung der für eine alternierende Obhut entscheidenden Kriterien beruhen würde. Seit ihrer Geburt wurden die Kinder trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung des Beschwerdegegners massgeblich von beiden Eltern betreut. Die gemeinsame bzw. alternierende Betreuung wurde auch nach der Trennung gelebt. Von daher kann ohne Willkür geschlossen werden, es liege im Kindeswohl, diese Betreuungsregelung einstweilen aufrechtzuerhalten.
3.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat die Gegenpartei jedoch für das bundesgerichtliche Verfahren nicht zu entschädigen, da keine Vernehmlassung eingeholt worden ist.
4.
Die Beschwerdeführerin ersucht um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Wie die bisherigen Ausführungen zeigen, hat sich die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos erwiesen. Fehlt es somit an einer der materiellen Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, ist das entsprechende Gesuch der Beschwerdeführerin abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zbinden