Faits :
A.
A.a. B.A._ et A.A._ se sont mariés en 1999. Ils ont un fils, né en 2003. Ils vivent séparés depuis le 5 mai 2009.
A.b. Les modalités de la vie séparée des parties ont été réglées par plusieurs décisions sur mesures protectrices de l'union conjugale, puis sur mesures provisionnelles de divorce. Ainsi, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: Cour de justice) a, par arrêt sur mesures provisionnelles du 25 janvier 2013, fixé la contribution d'entretien globale pour la famille due par A.A._ à 8'000 fr. par mois, allocations familiales non comprises, du 1 er janvier au 30 septembre 2012, et à 11'800 fr. par mois, allocations familiales non comprises, dès le 1 er octobre 2012.
Par arrêt du 15 mai 2015, la Cour de justice a rejeté une requête de mesures provisionnelles de A.A._ qui sollicitait que la contribution due à son ex-épouse soit arrêtée à 1'474 fr. dès le 18 mars 2015. Par arrêt du 5 novembre 2015, le Tribunal fédéral a rejeté le recours de A.A._ contre ledit arrêt (5A_437/2015).
A.c. Par jugement du 22 novembre 2012, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: Tribunal) a prononcé le divorce des parties et condamné A.A._ à payer à B.A._, jusqu'au 31 décembre 2015, par mois et d'avance, la somme de 5'000 fr. à titre de contribution post-divorce à son entretien. En outre, il l'a condamné à verser à titre de contribution à l'entretien du fils des parties, par mois et d'avance, allocations familiales ou d'études non comprises, la somme de 2'000 fr. jusqu'à l'âge de dix ans révolus, de 2'200 fr. jusqu'à l'âge de quinze ans révolus et de 2'500 fr. ensuite et jusqu'à sa majorité, respectivement jusqu'à la fin de sa formation.
Par arrêt du 22 novembre 2013, la Cour de justice a partiellement réformé le jugement du 22 novembre 2012, notamment en prolongeant l'obligation de A.A._ de verser la contribution post- divorce en faveur de B.A._, jusqu'au 31 décembre 2019. Elle a confirmé ledit jugement en ce qui concerne la contribution à l'entretien du fils des parties.
A.d. Statuant par arrêt du 2 février 2015 sur le recours en matière civile interjeté par A.A._, le Tribunal fédéral a partiellement annulé l'arrêt du 22 novembre 2013 et renvoyé la cause à la Cour de justice, notamment concernant la contribution à l'entretien de B.A._. L'arrêt de la Cour de justice a été confirmé s'agissant de la pension mensuelle due à l'entretien de l'enfant (5A_26/2014).
A.e. A la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 2 février 2015, la Cour de justice a, par arrêt du 22 janvier 2016, condamné A.A._ à verser à B.A._, par mois et d'avance, la somme de 3'000 fr. à titre de contribution post-divorce à son entretien, du prononcé dudit arrêt jusqu'au 31 août 2019.
A.f. Le 29 février 2016, A.A._ a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre ledit arrêt.
Par arrêt du 29 septembre 2016, le Tribunal fédéral a arrêté le montant des contributions d'entretien post-divorce dues par A.A._ pour la période comprise entre le 1er février 2013 et le 31 août 2019, précisant qu'aucun montant n'était plus dû pour la période du 1er février 2013 au 29 septembre 2016, les pensions que A.A._ n'avait pas versées entre le 1er février 2013 et le 30 novembre 2013 se compensant avec les montants qu'il avait versés en trop durant la période subséquente (5A_168/2016).
La demande de révision formée par A.A._ contre cet arrêt a été rejetée par arrêt du Tribunal fédéral du 20 décembre 2016 (5F_16/2016).
B.
B.a. Parallèlement, soit le 11 juillet 2015, sur réquisition de B.A._, l'Office des poursuites du canton de Genève (ci-après: l'Office) a notifié à A.A._ un commandement de payer, poursuite n° xxxxx, la somme de 97'388 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er septembre 2013, au titre des " arriérés de contribution d'entretien sur mesures provisionnelles dues pour les mois de janvier 2012 à mai 2015 inclus, selon les arrêts de la Cour de justice de Genève des 25 janvier 2013 et mai 2015 ". Le poursuivi a formé opposition.
B.b. Par requête déposée le 26 novembre 2015 devant le Tribunal, B.A._ a sollicité, avec suite de frais, la mainlevée définitive de l'opposition précitée à concurrence de 87'461 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er septembre 2013 (échéance moyenne).
B.c. Par jugement du 29 mars 2016, le Tribunal a notamment prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xxxxx, à concurrence de 51'276 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er septembre 2013 (ch. 2), mis les frais à la charge de A.A._ pour trois cinquièmes (ch. 3), arrêté les frais judiciaires à 500 fr. et compensé ceux-ci avec l'avance de frais fournie, acquise à l'Etat de Genève (ch. 4), condamné A.A._ à payer à B.A._ la somme de 300 fr. à titre de restitution partielle de l'avance fournie (ch. 5), arrêté les dépens à 2'500 fr. (ch. 6), condamné A.A._ à payer à B.A._ la somme de 1'500 fr. à titre de dépens (ch. 7) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 8).
B.d. Par acte expédié au greffe de la Cour de justice le 11 avril 2016, B.A._ a formé recours contre ce jugement, concluant, avec suite de frais et dépens, à l'annulation des chiffres 2, 3, 5 et 7 de son dispositif, au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition, à concurrence de 87'461 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er septembre 2013 (échéance moyenne), à ce que la totalité des frais de première instance soit mise à la charge de A.A._ et à la condamnation de celui-ci à lui verser les sommes de 500 fr. à titre de restitution de l'avance de frais fournie en première instance et de 2'500 fr. à titre de dépens de première instance.
B.e. Par acte expédié au greffe de la Cour de justice le 11 avril 2016, A.A._ a également formé recours contre le jugement du 29 mars 2016, concluant notamment à son annulation et au renvoi de la cause au Tribunal pour nouvelle décision. Subsidiairement, il a conclu à l'annulation du jugement et au déboutement de B.A._ des fins de sa requête en mainlevée définitive, avec suite de frais de première instance et de recours.
B.f. Par arrêt du 13 juillet 2016, communiqué aux parties le lendemain, la Cour de justice a annulé le jugement attaqué et débouté B.A._ des fins de sa requête en mainlevée définitive de l'opposition.
C.
Par acte du 24 août 2016, B.A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt dont elle requiert principalement l'annulation et la réforme en ce sens que la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xxxxx, est ordonnée à concurrence de 87'461 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2013 (date moyenne). Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt querellé et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des motifs de l'arrêt rendu par le Tribunal fédéral.
Invités à se déterminer, la Cour de justice s'est référée aux considérants de son arrêt et l'intimé a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La recourante n'a pas répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF). La valeur litigieuse est atteinte (<ref-law>). La poursuivante, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>; arrêt 5A_454/2012 du 22 août 2012 consid. 1.1). Le recours en matière civile est donc en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, tel qu'il est circonscrit par les art. 95 et 96 LTF. La décision en matière de mainlevée, définitive ou provisoire, n'est en effet pas une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, contre laquelle seule la violation des droits constitutionnels peut être invoquée (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.5). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.3; arrêt 4A_445/2015 du 23 juin 2016 consid. 1.3 non publié in <ref-ruling>). Cependant, vu l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, il n'examine en principe que les griefs soulevés en lien avec les conclusions formulées; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par la partie recourante conformément au principe d'allégation (<ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés d'une manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 1.2, 397 consid. 1.4 in fine). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 10.1 et les références). Par ailleurs, lorsqu'une décision attaquée se fonde sur plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes, le recourant doit, sous peine d'irrecevabilité, démontrer que chacune d'entre elles est contraire au droit en se conformant aux exigences de motivation requises (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 6.3).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Si le recourant entend s'en écarter, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ils ont été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 1.2.2) ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et en quoi la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Une critique de fait qui ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.1) est irrecevable (ATF <ref-ruling> consid. 1.4.3). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de nature appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 3).
3.
La recourante soutient que la mainlevée définitive de l'opposition aurait dû être prononcée à concurrence de 87'461 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er septembre 2013, correspondant à des arriérés de contribution d'entretien dus pour la période allant du 1 er janvier 2012 au 31 mai 2015. S'agissant de la contribution due à son propre entretien, elle estime que l'arrêt du 25 janvier 2013 de la Cour de justice constitue le titre à la mainlevée définitive alors que l'arrêt du 22 novembre 2013 fonde la mainlevée s'agissant des pensions dues à l'enfant. Dans sa réponse du 24 janvier 2017, l'intimé lui oppose pour l'essentiel que la question des arriérés de pension a été définitivement tranchée par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 29 septembre 2016, dans lequel il a été constaté qu'aucun des ex-époux ne devait plus rien à l'autre au 29 septembre 2016. De ce fait, la recourante ne pouvait plus exiger le versement en sa faveur d'arriérés de pension pour la période litigieuse, objet de la présente procédure de mainlevée.
Il ressort effectivement dudit arrêt que le Tribunal fédéral a définitivement arrêté le montant des contributions d'entretien post-divorce dues par A.A._ pour la période comprise entre le 1er février 2013 et le 31 août 2019 précisant qu'aucun montant n'était plus dû à titre de contributions d'entretien pour l'ex-épouse et pour l'enfant pour la période du 1er février 2013 au 29 septembre 2016, les pensions que A.A._ n'avait pas versées entre le 1er février 2013 et le 30 novembre 2013 se compensant avec les montants qu'il avait versés en trop durant la période subséquente. Dans la mesure où l'intimée sollicite la mainlevée de l'opposition pour des contributions d'entretien prétendument impayées entre le 1er janvier 2012 et le 31 mai 2015, à savoir une période recouvrant en partie celle pour laquelle le Tribunal de céans a constaté que plus aucun montant n'était dû à titre de contribution d'entretien, la question de savoir si l'arrêt du 29 septembre 2016 peut être pris en compte est déterminante pour l'issue de la présente cause.
3.1. Les faits qui sont immédiatement connus du Tribunal (" gerichtsnotorische Tatsachen "), notamment parce qu'ils ressortent d'une autre procédure entre les mêmes parties, peuvent être pris en considération même en l'absence d'allégation ou d'offre de preuve correspondante (arrêt 5P.205/2004 du 20 août 2004 consid. 3.3 et la citation doctrinale). Il s'agit en effet de faits notoires qui n'ont pas à être prouvés et ne peuvent pas être considérés comme nouveaux, de sorte qu'ils échappent à l'interdiction de l'<ref-law> (arrêt 4A_269/2010 du 23 août 2010 consid. 1.3, publié in SJ 2011 I 58; sur la notion de fait notoire en général, cf. <ref-ruling> consid. 4.1).
3.2. Il suit de ce qui précède que l'arrêt 5A_168/2016 et l'arrêt sur révision 5F_16/2016 qui s'en est suivi doivent tous deux être pris en considération nonobstant le fait qu'ils ont été rendus postérieurement à l'arrêt de la Cour de justice du 13 juillet 2016, objet de la présente procédure de recours. L'état de fait a été complété en conséquence (<ref-law>).
3.3. En l'espèce, dans la mesure où la question des effets accessoires du divorce et en particulier du dies a quo, du dies ad quemet du montant des contributions d'entretien dus par l'intimé à son ex-épouse et à son fils a été définitivement tranchée par l'arrêt du Tribunal de céans 5A_168/2016 du 29 septembre 2016, la réglementation prévue dans cet arrêt, lequel doit être pris en compte pour examiner la présente cause (cf. supra consid. 3.2), s'est substituée, dès son entrée en force au jour de son prononcé (<ref-law>), à la réglementation provisoire de l'arrêt sur mesures provisionnelles du 25 janvier 2013. Partant, la prise en compte de l'arrêt du 29 septembre 2016 rend la motivation de la recourante fondée sur les arrêts sur mesures provisionnelles des 25 janvier 2013 et 15 mai 2015 inopérante, étant précisé que ce dernier arrêt auquel la recourante se référait également à titre de cause de l'obligation sur le commandement de payer n'a jamais eu de pertinence pour le présent litige dans la mesure où la diminution de la contribution due à l'entretien de son ex-épouse que l'intimé sollicitait à titre de mesures provisionnelles y avait été refusée par la Cour de justice. Au demeurant, il convient de préciser que la recourante a eu l'occasion d'adapter sa motivation une fois l'arrêt du 29 septembre 2016 rendu puisque la réponse du 24 janvier 2017 de l'intimé, qui s'est expressément référé à cette décision pour conclure au rejet du recours, lui a été communiquée le 26 janvier 2017. Elle n'a toutefois pas répliqué suite à la communication du Tribunal de céans du 26 janvier 2017.
En outre, quand bien même la recourante aurait pris en compte l'arrêt du 29 septembre 2016 dans sa motivation, ses conclusions tendant à la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence d'un montant de 87'461 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2013 requis pour des arriérés de contributions d'entretien dus pour la période du 1er janvier 2012 au 31 mai 2015 n'auraient pas pu être accueillies puisque l'arrêt en question fixe clairement le dies a quo pour le versement des contributions d'entretien au 1er février 2013 en lieu et place du 1er janvier 2012 et prévoit que les parties ne se doivent plus rien l'une à l'autre pour la période litigieuse.
Il suit de ce qui précède que les griefs liés au refus de prononcer la mainlevée pour les arriérés de contributions prétendument dus par l'intimé doivent être rejetés par substitution de motifs.
4.
La recourante soutient encore que le montant à concurrence duquel elle sollicitait la mainlevée comprenait aussi des allocations familiales qui ne lui avaient pas été rétrocédées par l'intimé. Elle reproche à la Cour de justice d'avoir violé les règles sur le fardeau de la preuve (<ref-law>) en exigeant qu'elle démontre un fait négatif, à savoir que l'intimé ne lui avait jamais rétrocédé les allocations familiales qu'il avait perçues pour l'enfant. Elle soutient que l'arriéré d'allocations familiales pouvait, " selon une vraisemblance tout à fait prépondérante ", " aisément et notoirement être chiffré à un minimum de 200 fr. par mois du 1er janvier 2012 au 31 mai 2015 ".
La Cour de justice a toutefois fondé son argumentation sur une double motivation puisqu'elle a retenu, d'une part, que la recourante n'avait formulé aucune critique au sujet de l'argumentation du Tribunal se contentant de soutenir sans autre explication que la mainlevée aurait dû être prononcée pour " la totalité de l'arriéré dû, allocations familiales comprises " et, d'autre part que, quand bien même le grief aurait dû être examiné, il aurait dû être rejeté puisque l'objet de la prétendue condamnation et sa quotité n'étaient pas déterminables. Par son argumentation, la recourante ne s'en prend qu'au second pan de cette double motivation puisqu'elle ne dit mot sur l'insuffisance de motivation de son grief dans son recours du 11 avril 2016 si ce n'est en tentant d'apporter dans le présent recours la motivation qui y faisait défaut. Faute de s'en prendre aux deux aspects de la motivation cantonale, son grief doit être déclaré irrecevable (cf. supra consid. 2.1 in fine).
5.
La recourante critique également la répartition des frais de la procédure cantonale à laquelle a procédé la Cour de justice.
En tant qu'elle reproche à la Cour de justice de s'être fondée sur l'art. 95 al. 3 let. c CPC pour mettre les dépens de l'instance cantonale à sa charge, disposition qui ne pouvait trouver application en l'espèce puisqu'elle concernait le défraiement d'une partie agissant sans représentant professionnel, son grief est infondé puisqu'il ressort expressément de la motivation cantonale que la Cour de justice s'est fondée sur l'art. 95 al. 1 let. b et 3 let. a et b CPC pour rendre sa décision et non sur l'art. 95 al. 3 let. c CPC.
La recourante reproche aussi à la Cour de justice d'avoir mis 4'000 fr. de dépens à sa charge, incluant des dépens de première instance de 2'500 fr. qui avaient été répartis à raison de 1'500 fr. que l'intimé devait lui verser et 1'000 fr. qu'elle devait elle-même assumer en faveur de l'intimé. La recourante semble ainsi reprocher à la cour cantonale de ne pas avoir repris la répartition des dépens opérée par le Tribunal. Ce faisant, elle omet que l'autorité de première instance lui avait partiellement donné gain de cause en prononçant la mainlevée requise à hauteur d'un montant de 51'276 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er septembre 2013, raison pour laquelle chacune des parties devait des dépens à l'autre. Dès lors que cette décision a été annulée par la Cour de justice et réformée en ce sens que la mainlevée a été rejetée intégralement, l'autorité cantonale a à juste titre revu la répartition des dépens de première instance sur la base de l'<ref-law>, applicable par analogie, mettant l'intégralité de ceux-ci à la charge de la recourante.
L'argumentation de la recourante est au surplus largement appellatoire lorsqu'elle soutient que la décision de lui imputer l'ensemble des dépens serait injuste et inéquitable puisqu'elle signifierait que " toute personne au bénéfice d'un titre de mainlevée valable, agissant en justice pour le faire exécuter, risquerait de se voir reprocher d'avoir utilisé de bonne foi des moyens légaux mis à sa disposition et de se voir ainsi mettre à sa charge une indemnité de procédure valant participation aux honoraires d'avocat du poursuivi (lequel est en règle générale de mauvaise foi lorsqu'une poursuite est initiée contre lui, contrairement au poursuivant qui ne fait qu'essayer de récupérer ce qui lui est dû) ". Il en va de même lorsqu'elle affirme ne pas avoir pu " imaginer une seule seconde que sa créance serait complètement balayée " et qu'elle ne mérite pas d'être " «sanctionnée» ou considérée comme étant de «mauvaise foi» pour avoir utilisé valablement les voies de droit à sa disposition pour tenter de récupérer ce qui lui était dû ".
Enfin, la recourante reproche à la Cour de justice de ne pas s'être expliquée sur le fait qu'elle se soit " tout d'un coup " retrouvée à payer 4'000 fr. de dépens alors que seulement 1'000 fr. avaient été mis à sa charge à ce titre en première instance. Pour autant qu'il faille comprendre cette critique comme un grief de violation de son droit d'être entendue au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. faute pour la décision attaquée d'être suffisamment motivée sur ce point, celui-ci est infondé. La Cour de justice s'est en effet expressément référée aux art. 85 al. 1, 89 et 90 du Règlement genevois du 22 décembre 2010 fixant le tarif des frais en matière civile (RTFMC; RS/GE E 1 05.10), dispositions qui établissent clairement le montant des dépens à fixer dans une procédure de recours s'agissant d'une affaire judiciaire relevant de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite en fonction de la valeur litigieuse. Aucun défaut de motivation ne saurait par conséquent être admis sur ce point.
6.
Il suit de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). L'intimé, qui s'est déterminé et a obtenu gain de cause, a droit à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 3'000 fr., à verser à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Hildbrand