Faits :
A.
A.a. X._ est né en 1967 en Espagne, pays dont il est ressortissant. Après un premier séjour en Suisse de septembre 1972 à septembre 1982, il y est revenu, en septembre 1983, au bénéfice d'une autorisation de séjour au titre du regroupement familial pour rejoindre son père après le décès de sa mère puis de sa grand-mère en Espagne. En 1987, X._ a épousé A._, une ressortissante chilienne née en 1966, résidant à Genève depuis 1983 et avec laquelle il a eu trois enfants, nés en 1987, 1991 et 1994. Titulaire d'un certificat fédéral de capacité de peintre en carrosserie, il a travaillé dans ce domaine jusqu'à fin juin 1989. En octobre 1989, il a repris un commerce de boissons comme gérant indépendant, qui a fait faillite.
X._ a été mis au bénéfice d'une autorisation d'établissement le 30 octobre 1990.
Il a exercé une activité lucrative jusqu'à son licenciement en 2006 ou 2007. Sa famille a été financièrement soutenue par l'Hospice général de 2001 à 2011.
Le 17 avril 2011, X._ a été interpellé par les gardes-frontières après avoir franchi la douane au volant d'une voiture contenant dix kilos et demi de cocaïne. Lors de son audition, il a reconnu avoir transporté de la cocaïne à quatre reprises depuis octobre ou novembre 2010, pour le compte d'un tiers. Au moment de son arrestation, il a indiqué vivre séparé de son épouse depuis un an et demi et être devenu le père, en 2009, de B._, née d'une relation avec une ressortissante colombienne résidant à Madrid. Il a été mis en détention préventive le 18 avril 2011.
Par jugement du 14 juin 2013, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a reconnu X._ coupable d'infractions graves à la loi fédérale sur les stupéfiants pour avoir importé environ 15 kg de cocaïne. Sa faute a été qualifiée de lourde, ses mobiles relevant de l'appât du gain facile. Il n'avait en revanche aucun antécédent judiciaire en Suisse et avait fait montre d'une très bonne collaboration : il avait reconnu les faits, s'était auto-incriminé spontanément et avait mis en cause les autres protagonistes de l'affaire. Son repentir sincère a donné lieu à une réduction de la peine de 50%, ce q ui a abouti à une peine privative de liberté de quatre ans.
X._ a été libéré conditionnellement le 14 décembre 2013. Après s'être retrouvé au chômage, il a à nouveau travaillé pour la Fondation Feux-Verts, qui l'avait déjà employé durant la part d'exécution de peine effectuée sous le régime du travail externe, et a bénéficié de prolongations de son contrat de travail jusqu'au 30 avril 2016. Aspirant à devenir chauffeur professionnel, il a réussi l'examen théorique et, au moment de l'arrêt attaqué, était inscrit à l'examen pratique. Il a repris la vie commune avec son épouse et leurs enfants communs. Il a reconnu B._, scolarisée à Genève, qu'il voit régulièrement et pour laquelle il verse une contribution d'entretien mensuelle.
B.
Par décision du 22 juillet 2014, le Département de la sécurité et de l'économie du canton de Genève (ci-après: le Département) a révoqué l'autorisation d'établissement de X._ et prononcé son renvoi de Suisse. Cette décision a été confirmée par le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le Tribunal administratif) par jugement du 16 juillet 2015.
X._ a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice). Après avoir entendu l'intéressé et son épouse, les juges cantonaux ont admis le recours par arrêt du 14 juin 2016. Les juges cantonaux ont retenu que le risque de récidive était quasiment nul et que, dans les circonstances exceptionnelles du cas d'espèce, au regard en particulier de la situation de son épouse, atteinte d'une maladie grave, la révocation de l'autorisation d'établissement de X._ était contraire à l'art. 8 CEDH et disproportionnée. Il y avait en revanche lieu de lui adresser un avertissement formel.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Secrétariat d'Etat aux migrations demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 14 juin 2016 de la Cour de justice, de confirmer la décision du Département et de renvoyer X._ de Suisse dans un délai à fixer par l'autorité cantonale.
La Cour de justice a déclaré persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département n'a pas déposé d'observations. L'intimé a conclu au rejet du recours sous suite de dépens et requis l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Dirigé en temps utile contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, le recours en matière de droit public est ouvert et peut être déposé par le Secrétariat d'Etat aux migrations, qui a qualité pour recourir (<ref-law> en lien avec l'art. 14 al. 2 de l'Ordonnance du 17 novembre 1999 sur l'organisation du Département fédéral de justice et police [RS 172.213.1]; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 203; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>).
3.
Le litige consiste à déterminer si la Cour de justice a violé le droit en retenant que l'autorisation d'établissement de l'intimé ne devait pas être révoquée.
3.1. La LEtr ne s'applique aux ressortissants des Etats membres de l'Union européenne que lorsque l'ALCP n'en dispose pas autrement ou lorsqu'elle prévoit des dispositions plus favorables (art. 2 al. 2 LEtr). Comme l'ALCP ne réglemente pas la révocation de l'autorisation d'établissement UE/AELE, c'est l'art. 63 LEtr qui est applicable (cf. art. 23 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 22 mai 2002 sur l'introduction progressive de la libre circulation des personnes entre, d'une part, la Confédération suisse et, d'autre part, l'Union européenne et ses Etats membres, ainsi qu'entre les Etats membres de l'Association européenne de libre-échange [OLCP; RS 142.203]).
3.2. A teneur de l'art. 63 al. 2 LEtr, et sous réserve de l'<ref-law> (cf. ci-après infra consid. 4), l'autorisation d'établissement d'un étranger qui séjourne en Suisse légalement et sans interruption depuis plus de quinze ans ne peut être révoquée que pour les motifs mentionnés à l'art. 63 al. 1 let. b LEtr et à l'art. 62 let. b LEtr. En l'occurrence, il n'est pas contesté que par sa condamnation le 14 juin 2013 à une peine privative de liberté de quatre ans, l'intimé remplit le motif permettant de révoquer son autorisation d'établissement en application de l'art. 62 let. b LEtr, la peine étant qualifiée de longue durée au sens de cette disposition si elle est supérieure à un an (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 18; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 32).
4.
Le premier point à trancher consiste à déterminer si le séjour de l'intimé, de nationalité espagnole, peut être limité de manière conforme à l'ALCP.
4.1. Comme l'ensemble des droits octroyés par l'ALCP, le droit de séjour découlant de cet accord ne peut être limité que par des mesures d'ordre ou de sécurité publics au sens de l'<ref-law>.
4.2. L'autorité recourante conteste que l'intimé puisse se prévaloir de l'ALCP. Il ne pourrait être qualifié de travailleur au sens des <ref-law>, 6 ss et 12 ss de l'Annexe I ALCP, car son activité pour le compte de la Fondation Feux-Verts, une entreprise sociale d'insertion par l'emploi, ne représenterait pas une activité réelle et effective au sens de la jurisprudence.
Dans l'arrêt 2C_761/2015 du 21 avril 2016, le Tribunal fédéral a retenu qu'un emploi remplissant une fonction sociale destinée à permettre la rééducation ou la réinsertion sur le marché du travail constituait une activité réelle et effective (cf. consid. 4.5). L'intimé peut donc se prévaloir de l'ALCP.
4.3. Selon la jurisprudence rendue en lien avec l'<ref-law>, les limites posées au principe de la libre circulation des personnes doivent s'interpréter de manière restrictive. Ainsi, le recours par une autorité nationale à la notion d' "ordre public" pour restreindre cette liberté suppose, en dehors du trouble de l'ordre social que constitue toute infraction à la loi, l'existence d'une menace réelle et d'une certaine gravité affectant un intérêt fondamental de la société. L'évaluation de cette menace doit se fonder exclusivement sur le comportement personnel de celui qui fait l'objet de la mesure, et non sur des motifs de prévention générale détachés du cas individuel. Il faut donc procéder à une appréciation spécifique du cas, portée sous l'angle des intérêts inhérents à la sauvegarde de l'ordre public, qui ne coïncide pas obligatoirement avec les appréciations à l'origine des condamnations pénales. Autrement dit, ces dernières ne sont déterminantes que si les circonstances les entourant laissent apparaître l'existence d'une menace actuelle et réelle et d'une certaine gravité pour l'ordre public. Il n'est pas nécessaire d'établir avec certitude que l'étranger commettra d'autres infractions à l'avenir pour prendre une mesure d'éloignement à son encontre; inversement, ce serait aller trop loin que d'exiger que le risque de récidive soit nul pour que l'on renonce à une telle mesure. En réalité, ce risque ne doit pas être admis trop facilement et il faut l'apprécier en fonction de l'ensemble des circonstances du cas, en particulier au regard de la nature et de l'importance du bien juridique menacé, ainsi que de la gravité de l'atteinte qui pourrait y être portée. Le renvoi en raison de la commission d'une seule infraction peut être prononcé en accord avec l'<ref-law> si la poursuite d'actes pénaux graves peut être déduite du comportement de l'auteur. L'évaluation de ce risque sera d'autant plus rigoureuse que le bien juridique menacé est important. A cet égard, le Tribunal fédéral se montre particulièrement rigoureux en présence d'infractions à la législation fédérale sur les stupéfiants, étant précisé que la commission d'infractions qui sont en étroite relation avec la toxicomanie du délinquant peuvent, selon les circonstances, atténuer cette position de principe (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s. et les références citées; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 20; <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 83; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 21; arrêts 2C_560/2016 du 6 octobre 2016 consid. 3.1; 2C_394/2016 du 26 août 2016 consid. 6.1; 2C_997/2015 du 30 juin 2016 consid. 4.2; 2C_406/2014 du 2 juillet 2015 consid. 2.3).
4.4. En l'espèce, l'intimé a importé d'Espagne en Suisse environ 15 kg de cocaïne. Il a agi à plusieurs reprises, effectuant quatre transports sur plusieurs mois. Il n'a cessé son activité que parce qu'il a été arrêté. Il a agi par pur appât du gain, n'étant pas lui-même consommateur, sans scrupules pour la législation en vigueur et la santé d'autrui. Ces faits sont très graves et ont donné lieu à une peine privative de liberté qui reste lourde, alors même qu'elle a été divisée par deux pour tenir compte de son repentir sincère. L'on se trouve en présence de circonstances dans lesquelles il se justifie de se montrer particulièrement rigoureux. A cela s'ajoute que le fait d'être père de famille et d'avoir eu un quatrième enfant quelques mois avant la commission de ses infractions n'ont pas dissuadé l'intimé d'agir (cf. arrêt 2C_560/2016 précité consid. 3.3 et la référence). Son acte ne peut pas non plus être mis sur le compte d'une erreur de jeunesse, puisque l'intéressé avait plus de 40 ans au moment des faits. L'on se trouve bien dans un cas d'application de l'<ref-law>.
La position de la Cour de justice n'emporte pas la conviction. Les regrets de l'intimé ont dûment été pris en compte dans la fixation de la peine initialement arrêtée à huit ans. Ensuite, le fait qu'il se soit correctement comporté en prison et depuis sa libération conditionnelle n'est pas relevant, puisque c'est le moins que l'on pouvait attendre de lui (cf. <ref-ruling> consid. 5.5.2 p. 128; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 24). Enfin, son projet professionnel de devenir chauffeur professionnel est certes louable, mais ne suffit pas à considérer qu'il ne présente pas de risque de récidive. Il s'ensuit que la gravité des actes commis durant plusieurs mois, correspondant à plusieurs transports, et qui ont permis l'introduction en Suisse d'une quantité d'environ 15 kg de cocaïne justifient l'application de l'<ref-law>.
5.
Encore faut-il se demander si la mesure d'éloignement respecte le principe de la proportionnalité. La Cour de justice l'a nié, en se fondant sur les art. 8 par. 2 CEDH et 96 LEtr.
5.1. L'examen de la proportionnalité sous l'angle de l'art. 8 CEDH se confond avec celui imposé par l'art. 96 LEtr (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 287 s.; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 38).
5.2. De jurisprudence constante, la question de la proportionnalité d'une révocation d'autorisation doit être tranchée au regard de toutes les circonstances du cas d'espèce, les critères déterminants se rapportant notamment à la gravité de l'infraction, à la culpabilité de l'auteur, au temps écoulé depuis l'infraction, au comportement de celui-ci pendant cette période, au degré de son intégration et à la durée de son séjour antérieur, ainsi qu'aux inconvénients qui le menacent, lui et sa famille, en cas de révocation. Lorsque la mesure de révocation est prononcée en raison de la commission d'une infraction, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère à utiliser pour évaluer la gravité de la faute et pour procéder à la pesée des intérêts (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 19; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 381; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 23). La durée de séjour en Suisse d'un étranger constitue un autre critère très important. Plus cette durée est longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.4 et 4.5 p. 382 s.). La révocation de l'autorisation d'établissement d'un étranger qui séjourne depuis longtemps en Suisse doit se faire avec une retenue particulière, mais n'est pas exclue en cas d'infractions graves ou répétées même dans le cas d'un étranger né en Suisse et qui y a passé l'entier de sa vie. On tiendra alors particulièrement compte de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 19 ss; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 33 ss; <ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 287; <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 190).
5.3. La Cour de justice a relevé qu'au vu de la gravité du trafic de drogue auquel l'intimé s'était adonné pour le seul appât du gain et alors qu'il était déjà marié et père de quatre enfants, ainsi que de la peine privative de liberté de quatre ans, son autorisation d'établissement devait en principe être révoquée. Les juges cantonaux ont toutefois retenu en sa faveur que l'intimé n'avait subi qu'une seule condamnation pénale, qu'il avait pris conscience de la gravité de ses actes dès son arrestation, qu'il avait veillé à avoir un emploi dès sa sortie de prison, qu'il avait commencé à mettre en oeuvre son projet de devenir chauffeur professionnel, qu'il était soucieux de retrouver une indépendance financière malgré sa situation (69 poursuites pour un montant total de 125'548.60 fr. au 18 juin 2014) et qu'il ne dépendait plus de l'aide de l'Hospice depuis le 1 er juin 2011. Sur le plan familial, son épouse et leurs enfants communs l'avaient soutenu durant son incarcération. Les époux X._, mariés depuis vingt-neuf ans, vivaient à nouveau ensemble et formaient un couple stable. Il ne pouvait être exigé de l'épouse qu'elle suive son mari en Espagne. Gravement malade, elle comptait sur le soutien moral et pratique de son mari pour la soutenir. Une mesure d'éloignement aurait des conséquences néfastes pour elle. L'intimé avait par ailleurs reconnu B._, qui vivait avec sa mère à Genève, qu'il voyait régulièrement et pour qui il versait une contribution d'entretien. Dans ces circonstances, exceptionnelles au regard de la situation de l'épouse et de son intérêt, la révocation de l'autorisation d'établissement de X._ était disproportionnée et contraire au droit.
5.4. La faute de l'intimé est lourde et l'infraction commise très grave (cf. consid. 4.4 ci-dessus). Dans ces circonstances, seuls des éléments exceptionnels permettraient de faire pencher la balance en sa faveur. Or, de tels éléments font défaut en l'espèce. L'intimé ne peut se prévaloir d'une intégration professionnelle réussie: avant son arrestation, il n'était plus actif depuis 2006 ou 2007, et il n'a pas trouvé de poste fixe depuis sa sortie de prison fin 2013. Dès lors, si son intégration professionnelle en Espagne ne sera certainement pas exempte de difficultés, notamment eu égard à son âge, on ne voit pas qu'elle serait plus difficile qu'en Suisse. Sous l'angle personnel, les trois enfants qu'il a eus avec sa femme sont majeurs; quant à B._, il l'a certes reconnue, mais n'en a pas la garde. Son long séjour en Suisse rend un départ certes difficile, mais l'Espagne n'est pas un pays qui lui est totalement étranger. Le fait qu'il doive y retourner ne signifie donc pas qu'il ne pourra pas maintenir des liens avec sa famille, par les moyens modernes de communication et par le biais de visites, étant rappelé qu'il a connu la mère de son quatrième enfant à Madrid, où elle résidait alors. Enfin, la difficulté que représentera pour son épouse un départ de l'intimé est certaine, mais son propre intérêt privé n'est pas suffisant pour contrebalancer l'intérêt public à l' éloignement de celui-ci.
5.5. Les circonstances exceptionnelles qui ont justifié, dans la cause 2C_94/2016 du 2 novembre 2016, que la Cour de céans considère comme disproportionnée la révocation de l'autorisation d'établissement d'un étranger condamné à trois reprises, et pour la dernière fois à une peine privative de liberté de 4 ans et demi, ne sont pas remplies ici. Contrairement à la cause précitée en effet, l'intimé n'est pas né en Suisse. Il ne peut se prévaloir d'une intégration professionnelle comparable. Il était déjà père de famille. Il n'a pas remboursé ses dettes quand bien même il a émis l'intention de trouver un accord avec ses créanciers lorsque sa situation le lui permettrait. Il n'a pas non plus spontanément participé à des consultations thérapeutiques, suivi un traitement de prévention des délits et établi un contact avec des jeunes pour faire un travail de prévention. Ainsi, et quand bien même il a exprimé des regrets sincères, l'intimé ne peut pas se prévaloir de circonstances exceptionnelles similaires pour échapper à la révocation de son autorisation d'établissement.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt attaqué est annulé et le jugement du 16 juillet 2015 du Tribunal administratif est confirmé. Le dossier est renvoyé au Département pour fixation d'un nouveau délai de départ.
7.
La requête d'assistance judiciaire de l'intimé est admise. Sa situation financière obérée est avérée, de sorte que la condition de l'indigence est manifestement remplie. Ses conclusions n'apparaissaient en outre pas manifestement vouées à l'échec, étant donné l'admission de son recours devant le Tribunal cantonal (<ref-law>), à l'encontre duquel le Secrétariat d'Etat aux migrations a formé recours devant le Tribunal fédéral. Il y a partant lieu de désigner Me Romain Jordan en qualité d'avocat d'office et de fixer ses honoraires, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (<ref-law>).
8.
Aucun dépens ne sera alloué au Secrétariat d'Etat aux migrations, qui obtient gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles (art. 68 al. 1 et 3 LTF). La cause sera renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure menée devant elle (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 14 juin 2016 de la Cour de justice est annulé et le jugement du Tribunal administratif du 16 juillet 2015 confirmé. Le Département de la sécurité et de l'économie est chargé de fixer un nouveau délai de départ.
2.
La demande d'assistance judiciaire de l'intimé est admise; Me Romain Jordan, avocat à Genève, lui est désigné comme avocat d'office pour la procédure fédérale et une indemnité de 2'000 fr. est allouée à ce dernier à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
3.
Il n'est pas perçu de frais ni alloué de dépens.
4.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué au Secrétariat d'Etat aux migrations, au mandataire de l'intimé, au Département de la sécurité et de l'économie de la République et canton de Genève, au Tribunal administratif de première instance du canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section.
Lausanne, le 1er décembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens