Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ (Bestellerin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mit Sitz in U._ bezweckt die Erbringung von Leistungen im Bereich der zivilen und militärischen Luftfahrt.
Die B._ AG (Unternehmerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in V._ bezweckt im Wesentlichen die Entwicklung, Realisierung und Nutzung von Immobilien und Bauprojekten aller Art, die Bewirtschaftung, Vermietung und Vermittlung von Liegenschaften, die Planung und Ausführung von Neu- und Umbauten, insbesondere als Total- oder Generalunternehmung auf Rechnung Dritter, das Projektmanagement sowie die Beratung und Betreuung in Erschliessungs-, Umwelt- und Finanzierungsangelegenheiten.
A.b. Mit Generalunternehmer-Werkvertrag vom 3./7. Juli 2003 betraute die Bestellerin die Unternehmerin mit dem (Neu-) Bau des Flugsicherungszentrums W._.
A.c. Die Unternehmerin stellte am 23. März 2004 den Vergabeantrag für die Sanitärinstallationen, mit der sie die "Produkteliste Sanitär D._" einreichte. Daraus ergibt sich, dass die C._ AG als Unternehmervariante in Abweichung zu den im Leistungsverzeichnis vorgesehenen Produkten des Herstellers "E._" die Produkte "F._" des Herstellers G._ AG offeriert hatte. Im April und Mai 2004 wurde die Vergabe der Sanitärinstallationen an die C._ AG von beiden Parteien sowie der von der Bestellerin beauftragten Planerin H._ AG und der von dieser für die Sanitärinstallationen beigezogenen I._ AG unterzeichnet.
A.d. In der Folge baute die Unternehmerin im Neubau Rotguss-Fittings ein. Per 30. Juni 2005 erfolgte die Abnahme des gesamten Bauwerkes. Ende des Jahres 2009 liess die Bestellerin sämtliche Rotguss-Fittings des Osmosewassersystems in den Gebäuden A, B, C, D und E durch solche aus Chromstahl ersetzen. Die Bestellerin vertritt die Ansicht, die Verbauung von Rotguss-Fittings anstelle von Chromstahl-Fittings stelle einen Mangel dar. Demgegenüber bringt die Unternehmerin vor, die Parteien hätten in Abweichung vom vertraglichen Leistungsverzeichnis eine Unternehmervariante vereinbart, welche den Einbau der Rotguss-Fittings vorgesehen habe; der Bestellerin sei die Verwendung der Rotguss-Fittings bekannt gewesen und zudem habe sie deren Einbau genehmigt.
B.
B.a. Am 29. Juni 2013 reichte die Bestellerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Unternehmerin ein. Sie stellte das folgende Rechtsbegehren:
"1. Es sei die Beklagte zu verpflichten, sämtliche Fittings/Formstücke für Pressverbindungen (Bogen, Winkel, T-Stücke, Muffen, Reduktionen, Stopfen, Kappen, Kupplungen, Verschraubungen, Übergänge etc.) der Kalt- und Warmwasserleitungen im Flugsicherungszentrum der Klägerin (...), die gemäss Leistungsverzeichnis (...) in nichtrostendem Stahl (mit der Werkstoffnummer 1.4401) hätten ausgeführt werden sollen und die stattdessen in Rotguss ausgeführt wurden, durch Fittings aus nichtrostendem Stahl mit der Werkstoffnummer 1.4401 zu ersetzen.
2. Eventualiter sei die Beklagte zu verpflichten, die unter Ziff. 1 hiervor genannten Rotguss-Fittings statt durch Fittings aus nichtrostendem Stahl mit der Werkstoffnummer 1.4401 durch solche aus einem Material zu ersetzen, das bezüglich Qualität, Auslegung und technischer Spezifikation mit nichtrostendem Stahl mit der Werkstoffnummer 1.4401 übereinstimmt.
3. Es sei die Beklagte sodann zu verpflichten, der Klägerin den Betrag von CHF 67'380.65 sowie von CHF 83'834.50 je zzgl. Verzugszins seit dem 30. Juni 2013 zu bezahlen.
4. (Kosten- und Entschädigungsfolgen)."
B.b. Die Bestellerin verkündete zudem der H._ AG den Streit. Da sich diese nicht erklärte (<ref-law>), wurde der Prozess ohne Rücksicht auf sie fortgesetzt.
B.c. Mit Urteil vom 26. September 2016 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab. Das Handelsgericht liess offen, ob die von der Unternehmerin behauptete Bestellungsänderung gültig zustande gekommen sei, denn es kam zum Schluss, die Bestellerin bzw. deren fachkundige Berater hätten die Abweichung der Materialwahl für die Fittings bei der Abnahme als offensichtlich erkennen müssen; ein allfälliger Mangel sei daher genehmigt.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 11. November 2016 beantragt die Bestellerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben und die Klage sei gutzuheissen; eventualiter sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat eine Replik eingereicht; die Beschwerdegegnerin hat Verzicht auf Duplik erklärt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten (<ref-law>) entschieden hat. Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerdefrist (<ref-law>) ist eingehalten. Auf die Beschwerde ist somit - unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2.
Nach Art. 163 der SIA-Norm 118, welche die Parteien unbestritten zum Vertragsbestandteil erklärt haben, gilt das Werk für einen Mangel, soweit er erkannt wurde, als genehmigt, wenn die Bauleitung bei der gemeinsamen Prüfung auf dessen Geltendmachung ausdrücklich oder stillschweigend verzichtet hat. Nach Art. 163 Abs. 2 der Norm wird stillschweigender Verzicht vermutet für Mängel, die bei der gemeinsamen Prüfung offensichtlich waren, jedoch nicht geltend gemacht wurden. In diesem Fall ist die Vermutung unwiderleglich.
2.1. Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass ein Mangel offensichtlich ist, wenn er bei blossem Besehen des Leistungsgegenstands ohne weiteres ins Auge fällt, wie z.B. Flecken, Verschiebungen, Verbiegungen, Rost, Mauerrisse usw., wobei sich die Frage der Offensichtlichkeit eines Mangels nach dem vom Besteller bzw. Prüfer erwarteten Sachverstand richtet. Sie hat als unbestritten und auch gerichtsnotorisch erachtet, dass sich die tatsächlich eingebauten Rotguss-Fittings farblich von den Chromstahl-Fittings unterscheiden; die aus einer Kupfer-Zinn-Zink-Legierung bestehenden Rotguss-Fittings sind kupfer- bzw. bronzefarben, während Chromstahl-Fittings silberfarben sind. Bereits aufgrund dieser augenfälligen Farbunterschiede hat die Vorinstanz den Unterschied zwischen dem als vertragsgemäss behaupteten und dem tatsächlichen Zustand als offensichtlich angesehen und erwogen, das gelte umso mehr, als die Bestellerin bei der gemeinsamen Prüfung durch ihre Planerin und deren beauftragte I._ fachkundig beraten war. Nach den Feststellungen des Handelsgerichts wurden die Sanitäranlagen in jedem der fünf Gebäude einer umfassenden Prüfung unterzogen, wobei unter anderem bei den Kalt- und den Warmwasserleitungen das Material geprüft wurde. Den Einwand der Bestellerin, dass bei der Abnahme bzw. der gemeinsamen Prüfung nur etwa 12 Rotguss-Fittings sichtbar gewesen seien, verwarf die Vorinstanz in der Erwägung, dass gemäss werkvertraglicher Vereinbarung für alle entsprechenden Fittings dasselbe Material vorgeschrieben gewesen sei. Die Bestellerin habe danach davon ausgehen dürfen und müssen, dass sämtliche sichtbaren wie verdeckten Fittings dasselbe Material aufweisen würden, weshalb auf die Offensichtlichkeit des Mangels ohne Einfluss bleibe, dass nur ein Teil der Fittings überhaupt sichtbar gewesen sei. Das Handelsgericht hielt auch fest, die Armaturen - die aus Rotguss bestehen durften - liessen sich von den Fittings klar abgrenzen. Auch hat sich die Bestellerin nach den Erwägungen im angefochtenen Entscheid entgegenhalten zu lassen, dass Rotguss-Fittings im Abnahmezeitpunkt unbestritten weit verbreitet waren, weshalb ihre Eigenschaften der fachkundig beratenen Bestellerin bekannt sein mussten.
2.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz habe den Mangel zu Unrecht als offensichtlich im Sinne von Art. 163 der SIA-Norm 118 qualifiziert. Sie rügt in dieser Hinsicht zunächst, die Vorinstanz habe die Offensichtlichkeit eines Mangels zwar richtig umschrieben, aber unvollständig verstanden, denn es müsse nicht nur "der vertragswidrige Zustand des Werkes offensichtlich sein, sondern auch der Umstand, dass dieser Zustand vertragswidrig ist". Da das Leistungsverzeichnis rund 380 Seiten und Tausende von Positionen umfasst habe, ist sie der Ansicht, sie habe nicht jede Abweichung sofort erkennen müssen. Dieses Vorbringen habe die Vorinstanz nicht beachtet und sich damit über gefestigte Lehre und Rechtsprechung hinweggesetzt.
Ausserdem bringt die Beschwerdeführerin vor, bei den streitgegenständlichen Fittings handle es sich um (mehrere tausend) Formstücke unterschiedlichster Art und Dimension, wovon bei der Abnahme nur ca. 12 Stück sichtbar gewesen seien; bei diesen habe es sich ausschliesslich um Bogenstücke mit einer Biegung von 90 Grad und einem Durchmesser von 22 mm gehandelt. Der von der Vorinstanz gezogene Schluss, sie hätte von der Abweichung dieser sichtbaren Stücke auf die Vertragswidrigkeit sämtlicher verdeckter Fittings schliessen müsse, sprenge den Begriff der Offensichtlichkeit.
Schliesslich bezieht sich die Beschwerdeführerin auf ihr Vorbringen vor der Vorinstanz, wonach nicht einmal mit Bezug auf 12 in der Sanitärzentrale des Gebäudes A sichtbaren Rotguss-Fittings der Mangel offensichtlich gewesen sei, da sie sich im Bereich von Sicherheits-, Absperr- und Zählapparaturen befänden, welche aus diesem Material hätten sein dürfen. Die Vorinstanz habe dazu festgestellt, die betreffenden Armaturen liessen sich von den Rotguss-Fittings klar abgrenzen. Indem die Vorinstanz diese Feststellung getroffen habe, ohne den beantragten Augenschein durchzuführen, habe sie das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt.
2.3. Ein Werkmangel liegt nach konstanter Rechtsprechung vor, wenn der Leistungsgegenstand vom Vertrag abweicht, wenn ihm eine zugesicherte oder nach dem Vertrauensprinzip vorausgesetzte und voraussetzbare Eigenschaft fehlt (<ref-ruling> E. 5a/aa S. 244; Urteile 4A_231/2016 vom 12. Juli 2016 E. 2.2; 4A_173/2014 vom 10. Juni 2014 E. 5.2). Entscheidend ist mithin die Abweichung der tatsächlichen Beschaffenheit von der vertraglich geschuldeten. Offensichtliche Mängel im Sinne von Art. 163 Abs. 2 SIA-Norm 118 sind dadurch charakterisiert, dass sie offen zutage liegen, weshalb sie für die an der Prüfung beteiligte Bauherrschaft oder deren Hilfspersonen ohne weiteres erkennbar sind. Offensichtlich müssen sowohl die tatsächliche Beschaffenheit des Werks wie auch der Umstand sein, dass diese Beschaffenheit vertragswidrig ist (GAUCH/STÖCKLI, Kommentar zur SIA-Norm 118, 2. Aufl. 2017, N. 16.2 zu Art. 163). Dies bedeutet entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht, dass der Besteller oder seine Hilfspersonen den Vertrag nicht zu kennen brauchten. Vielmehr ist erforderlich, dass die Abweichung vom - den Parteien und insbesondere dem Besteller selbstverständlich bekannten - Vertrag offensichtlich ist. Dies ist entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin der Fall, wenn vertraglich eine Materialwahl vorgeschrieben ist, die sich aufgrund ihrer Farbe von derjenigen des tatsächlich eingebauten Materials klar unterscheidet. Die Beschwerdeführerin stellt denn auch nicht in Abrede, dass sich der ihrer Ansicht nach vertraglich vorgeschriebene, silbergraue Chromstahl vom tatsächlich eingebauten, kupfer- oder bronzefarbenen Rotguss so deutlich unterscheidet, dass das Material auf den ersten Blick unterschieden werden kann. Die Vorinstanz hat den von den Parteien in ihren Vertrag integrierten Art. 163 Abs. 2 der SIA-Norm 118 zutreffend ausgelegt, wenn sie sowohl die Offensichtlichkeit der tatsächlichen Beschaffenheit der Fittings als auch die Offensichtlichkeit der Abweichung von der vertraglich vorgeschriebenen Materialwahl bejahte.
2.4. Der Beschwerdeführerin kann auch nicht gefolgt werden, wenn sie vorbringt, ohne Augenschein lasse sich nicht beurteilen, ob sich die 12 in der Sanitärzentrale des Gebäudes A sichtbaren Rotguss-Fittings von den Armaturen - die zulässigerweise in Rotguss ausgeführt wurden - auf den ersten Blick erkennen liessen. Das fachkundig besetzte Handelsgericht hat, wie die Beschwerdegegnerin zutreffend bemerkt, festgestellt, dass die Fittings - die von der Beschwerdeführerin selbst beschrieben werden als Bogen-Fittings mit einer Biegung von 90 Grad und einem Durchmesser von 22 mm - mit Armaturen nicht verwechselt werden können. Der Beschwerde ist nicht zu entnehmen, inwiefern mit einem Augenschein hätte festgestellt werden können, dass die fachkundig vertretene Bestellerin die Fittings als solche nicht klar und deutlich unterscheiden konnte. Schliesslich kann der Beschwerdeführerin auch nicht gefolgt werden, wenn sie die Meinung vertritt, die 12 sichtbaren Fittings seien nicht repräsentativ für die übrigen Fittings, die sich an nicht einsehbaren Stellen hinter Wänden, Mauern, Abdeckungen etc. befinden. Es ist unbestritten, dass die vertragliche Materialwahl für sämtliche Fittings einheitlich vorgeschrieben war. Weshalb aber die offensichtliche Abweichung von dieser vertraglichen Vorschrift für einen Teil dieser Fittings nicht ebenso offensichtlich auch auf die nicht sichtbaren Fittings übertragbar war, ist nicht nachvollziehbar. Dass die Fittings in grosser Anzahl und unterschiedlicher Dimension oder Form verbaut wurden, vermag jedenfalls nicht zu begründen, weshalb die fachkundigen Berater der Beschwerdeführerin bei der Abnahme hätten annehmen können, die offensichtliche Abweichung vom Vertrag in der Materialwahl beschränke sich auf die einsehbaren Fittings. Die Vorinstanz hat einen offensichtlichen Mangel im Sinne von Art. 163 Abs. 2 SIA-Norm 118 ohne Verletzung von Bundesrecht bejaht.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt weiter als Verweigerung des rechtlichen Gehörs, dass Beweise für ihre Behauptung nicht abgenommen worden seien, wonach der Wechsel vom hochwertigen Chromstahl zum weniger hochwertigen Rotguss von der Beschwerdegegnerin und der C._ AG nachträglich und heimlich vorgenommen worden sei. Die Arglist der Beschwerdegegnerin stehe der Genehmigungsfiktion nach Art. 163 Abs. 2 SIA-Norm 118 entgegen.
3.1. Für absichtlich verschwiegene Mängel haftet der Unternehmer auch bei Genehmigung des Werks; <ref-law> greift hier ergänzend ein (GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, N. 2638; GAUCH/STÖCKLI, Kommentar zur SIA-Norm 118, 2. Aufl. 2017, Anmerkung 11 zu Art. 163). Nach <ref-law> ist der Unternehmer von seiner Haftpflicht befreit, wenn das abgelieferte Werk vom Besteller ausdrücklich oder stillschweigend genehmigt wird, soweit es sich nicht um Mängel handelt, die bei der Abnahme und ordnungsgemässen Prüfung nicht erkennbar waren oder vom Unternehmer absichtlich verschwiegen wurden. Absichtlich verschweigen ist als arglistig verschweigen zu verstehen (Urteil 4A_97/2014 vom 26. Juni 2014 E. 4.1; vgl. auch CHAIX, in: Commentaire Romand, Code des obligations, 2. Aufl. 2012, N. 7 zu <ref-law>; GAUCH, a.a.O., N. 2090; HÜRLIMANN/SIEGENTHALER, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 3. Aufl. 2016, N. 3 zu <ref-law>; ZINDEL/PULVER/SCHOTT, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 6. Aufl. 2015, N. 9 zu <ref-law>).
In der Lehre ist umstritten, ob auch ein offensichtlicher Mangel arglistig verschwiegen werden kann (vgl. nur GAUCH, a.a.O., N. 2638 i.V.m. N. 2092 und dort Fn. 976 mit Hinweisen; ZINDEL/PULVER/SCHOTT, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>), was voraussetzt, dass der Besteller bewusst von der Kenntnisnahme des offensichtlichen Mangels oder der Mängelrüge abgehalten wird. Jedenfalls setzt arglistiges Verschweigen voraus, dass der Mangel dem Besteller unbekannt und dem Unternehmer bekannt ist und von diesem verschwiegen wird, obwohl er um die Unkenntnis des Bestellers weiss oder wissen muss, und dass er diesem den Mangel bewusst, mindestens eventualvorsätzlich verschweigt (Urteil 4A_97/2014 vom 26. Juni 2014 E. 4.2, 4.3). Dass der Unternehmer den Mangel verschweigt, muss sodann gegen Treu und Glauben verstossen, was namentlich zutrifft, wenn der Unternehmer damit rechnet, dass der Besteller den Mangel nicht entdeckt oder wenn er gar durch zusätzliche Vorkehren, falsche Auskünfte und Ähnliches darauf hinwirkt, dass die Entdeckung des Mangels verhindert wird (vgl. Urteile 4A_619/2013 vom 20. Mai 2014 E. 4.1 zu <ref-law>; 4A_94/2013 vom 29. August 2013 E. 3.2 zu Art. 180 SIA-Norm 118; GAUCH/STÖCKLI, Kommentar zur SIA-Norm 118, 2. Aufl. 2017, Anmerkung 19.2, 19.4 zu Art. 158). Die Beweislast für das arglistige Verschweigen liegt beim Besteller (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 409; Urteil 4A_97/2014 vom 26. Juni 2014 E. 4.1).
3.2. Die Vorinstanz hat zwar nicht abschliessend beurteilt, ob die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben davon ausgehen durfte, dass die Beschwerdeführerin mit der schriftlichen Zustimmung zur Unternehmervariante "F._" im Vergabevertrag vom 23. März/1. Mai 2004 auch die Zustimmung zu einem Materialwechsel zu Rotguss-Fittings erteilt habe. So scheine die I._, die auf Seiten der Beschwerdeführerin mit der Beschwerdegegnerin durchaus in Kontakt gestanden sei, die eingebauten Rotguss-Fittings als vertragskonform erachtet zu haben, wie aus einer Stellungnahme vom 17. Juni 2010 hervorgehe und wozu sich die Beschwerdeführerin nicht äussere, obwohl sie dazu Gelegenheit und Anlass gehabt habe. Wenig überzeugend erscheint dagegen nach den Erwägungen im angefochtenen Urteil die Behauptung der Beschwerdeführerin, dass die Beschwerdegegnerin und die C._ AG, welche die Unternehmervariante "F._" einbaute, heimlich und damit in arglistiger Weise beschlossen haben sollten, anstelle der teureren Chromstahl-Fittings die günstigeren und einfacher zu verarbeitenden Rotguss-Fittings zu verbauen. Neben dem Umstand, dass es sich bei dieser Behauptung der Beschwerdeführerin ohnehin um eine unsubstanziierte Behauptung handle, liessen sich den Akten diesbezüglich keine Anhaltspunkte entnehmen.
3.3. Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, ihre Behauptungen seien weder unsubstanziiert noch wenig überzeugend, sondern im Gegenteil begründet. So seien ihre Beweise act. 29/1 und 29/2 von der Vorinstanz offensichtlich nicht zur Kenntnis genommen worden, woraus sich ergebe, dass die C._ AG in den Nachtragsofferten nur wenige Monate nach der Haupt- oder Submissionsofferte Fittings aus Chromstahl und nicht solche aus Rotguss offeriert habe. In der Replik (act. 27) auf S. 8 f. Ziffer 8.3.2.3, auf welche sich die Vorinstanz bezieht (und deren Beilagen sich in act. 29 finden), behauptete die Beschwerdeführerin, aus den Offerten der C._ AG vom 21. Oktober 2004 sei ersichtlich, dass diese für die Kalt- und Warmwasserleitungen "Fittings/Formstücke für Pressverbindungen in nichtrostendem Stahl 1.4401 des System F._" offeriert habe und da stelle sich "natürlich die Frage, warum die C._ AG im Rahmen von zwei Nachträgen Fittings des System F._ in Chromstahl offerierte, wenn sie doch nach Darstellung der Beklagten im Rahmen der Hauptofferte (d.h. der Subunternehmer-Submission) ausschliesslich Fittings aus Rotguss offeriert haben soll". Richtig sei vielmehr, dass die C._ AG der Beklagten bereits in der Subunternehmer-Submission F._-Fittings aus Chromstahl offeriert habe. Dann habe die Beklagte heimlich und damit in arglistiger Weise beschlossen, anstelle der teureren Chromstahl-Fittings die günstigeren und einfacher zu verarbeitenden Rotguss-Fittings zu verbauen.
3.4. In Verfahren, die wie hier vom Verhandlungsgrundsatz beherrscht sind, tragen die Parteien die Verantwortung für die Beschaffung des Tatsachenstoffes. Sie haben dem Gericht die Tatsachen, auf die sie ihre Begehren stützen, darzulegen und die Beweismittel anzugeben (<ref-law>). Die Parteien trifft die sog. Behauptungslast. Welche Tatsachen zu behaupten sind, hängt vom Tatbestand der Norm ab, auf die der geltend gemachte Anspruch abgestützt wird. Die Parteien haben alle Tatbestandselemente der materiellrechtlichen Normen zu behaupten, die den geltend gemachten Anspruch begründen. Der Behauptungslast ist Genüge getan, wenn die Parteien in ihrem Tatsachenvortrag in allgemeiner Weise sämtliche Tatsachen benennen, welche unter die ihr Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind. Ein solchermassen vollständiger Tatsachenvortrag wird als schlüssig bezeichnet, da er bei Unterstellung, er sei wahr, den Schluss auf die anbegehrte Rechtsfolge zulässt. Bestreitet der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 368; Urteile 4A_1/2016 vom 25. April 2016 E. 2.1; 5A_658/2014 vom 6. Mai 2015 E. 6.3.1; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.2, je mit Hinweisen). Ein globaler Verweis auf eingereichte Unterlagen genügt den Anforderungen an Behauptung und Substanziierung nicht (Urteil 5A_61/2015 vom 20. Mai 2015 E. 4.2.1.3 mit Hinweisen). Da sich der Gegenstand der Behauptungs- und Substanziierungslast nach der materiellrechtlichen Anspruchsgrundlage richtet, bestimmen für Rechtsverhältnisse des Bundesprivatrechts die anwendbaren Normen des Bundesrechts, welche Tatsachen zu behaupten und zu substanziieren sind (<ref-ruling> E. 3e S. 188; Urteile 5A_658/2014 vom 6. Mai 2015 E. 6.3.1; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.3; zum Ganzen: Urteil 4A_427/2016 vom 28. November 2015 E. 3.3).
3.5. Es kann vorliegend offenbleiben, ob auch ein offensichtlicher Mangel arglistig verschwiegen werden kann. Denn die Beschwerdeführerin hat an der von der Vorinstanz angegebenen Stelle ohnehin nicht sämtliche Tatbestandsvoraussetzungen für die arglistige Verschweigung des Mangels durch die Beschwerdegegnerin behauptet. Ihren Ausführungen in der Replik lässt sich namentlich nicht entnehmen, inwiefern die Beschwerdegegnerin ihr arglistig verschwiegen hätte, dass die C._ AG Rotguss-Fittings verbaut habe; es finden sich keine Behauptungen, inwiefern die Beschwerdegegnerin gegen Treu und Glauben verstossen haben sollte, etwa weil sie nach den - von der beweispflichtigen Beschwerdeführerin zu behauptenden und zu beweisenden - konkreten Umständen damit rechnen konnte, dass die Beschwerdeführerin den Mangel nicht entdecken werde oder dass sie gar durch zusätzliche Vorkehren, falsche Auskünfte und Ähnliches darauf hinwirkte, dass die Entdeckung des Mangels verhindert werde (oben E. 3.1). Der Vortrag der Beschwerdeführerin war damit für die Behauptung des arglistigen Verschweigens nicht schlüssig und die Vorinstanz konnte die entsprechende Behauptung ohne Verletzung von Bundesrecht als unsubstanziiert bezeichnen. Entsprechend musste sie auch die von der Beschwerdeführerin angerufenen Beweismittel nicht abnehmen.
3.6. Die Vorinstanz hat die vertragliche Genehmigungsfiktion gemäss Art. 163 Abs. 2 SIA-Norm 118 zu Recht nicht wegen arglistigen Verschweigens des Mangels als unwirksam erachtet.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier