Faits :
A.
A.A._ (1980) et B.A._ (1977) se sont mariés en 2004. Un enfant est issu de cette union: C._ (2006).
B.
Par décision du 1er juillet 2016, le Tribunal régional du Jura bernois-Seeland, Agence du Jura bernois, a, "en modification des ch. 3, 4, 5 et 6 de la décision de mesures protectrices de l'union conjugale du 16.09.16 [recte: 16.09.14] du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers, et du ch. 2 de l'arrêt du 10.03.15 de la Cour civile du Tribunal cantonal de Neuchâtel ", prononcé l'attribution de la garde sur l'enfant C._ à son père dès le 1er août 2016, réglé le droit de visite de la mère, ordonné l'instauration d'une curatelle selon l'<ref-law> et arrêté les contributions d'entretien.
Statuant sur appel de la mère, la 2e Chambre civile de la Cour suprême du canton de Berne a, par décision du 20 décembre 2016, confirmé l'attribution de la garde de C._ au père, dès le 1er février 2017 et pendant la durée de la séparation, ainsi que les modalités du droit de visite de la mère, l'instauration de la curatelle et les contributions d'entretien, dues à compter du 1 er février 2017.
C.
Par acte du 25 janvier 2017, la mère exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision de la Cour suprême " dans son entier " et au renvoi de la cause pour nouvelle décision " soit à la Cour suprême du Canton de Berne soit au Juge du Tribunal de première instance, et ordonner à cette Autorité de maintenir la garde sur l'enfant C._ [...] à sa mère, avec tous les effets accessoires y relatifs en vigueur ".
Invités à se déterminer sur la requête d'effet suspensif assortissant le recours, l'intimé a conclu à son rejet et l'autorité cantonale s'en est remise à justice.
D.
Par ordonnance du 7 février 2017, la Juge présidant la II e Cour de droit civil a admis la requête d'effet suspensif.
Des observations sur le fond n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) et dans la forme légale (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2) rendue par une autorité supérieure statuant sur recours en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire civile (<ref-law>) de nature non pécuniaire. La recourante a participé à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt digne de protection à la modification ou l'annulation de la décision entreprise (art. 76 al. 1 let. a et b LTF). Le recours est donc en principe recevable.
2.
2.1. La décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.1), en sorte que le recourant ne peut se plaindre que de la violation de ses droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (" principe d'allégation "; <ref-law>), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Le recourant doit ainsi indiquer quelle disposition constitutionnelle aurait été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 3). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF <ref-ruling> consid. 2.4 et les références).
En particulier, une décision ne peut être qualifiée d'arbitraire (art. 9 Cst.) que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 4.1 et les références).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait que s'il démontre la violation de droits constitutionnels, conformément au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Cette exception, dont il appartient au recourant de démontrer que les conditions sont remplies (arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3 non publié in <ref-ruling>), vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, par exemple concernant le déroulement de la procédure devant l'instance précédente afin d'en contester la régularité, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours. En dehors de ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 3.1.2), ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4.4.3).
Il résulte de ce qui précède que la pièce produite par la mère à l'appui de son recours (certificat médical du 12 janvier 2017 attestant qu'elle est actuellement enceinte) est irrecevable.
3.
La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement attribué la garde de l'enfant à l'intimé.
3.1. La cour cantonale a retenu que, bien que placé dans un conflit de loyauté, l'enfant avait de bonnes relations avec ses deux parents, lesquels disposaient de capacités éducatives similaires. La disponibilité du père était plus importante que celle de la mère, ce qui éviterait à l'enfant, s'il vivait chez son père, d'être pris en charge par d'autres personnes que ses parents. Cet élément n'apparaissait toutefois pas déterminant en l'espèce, car la disponibilité de la mère était aussi très étendue compte tenu du fait que l'enfant était âgé de dix ans et scolarisé, de sorte que le nombre d'heures où il serait pris en charge par d'autres personnes que la recourante serait minime si l'attribution de la garde à celle-ci était maintenue. La recourante ayant déménagé à U._ sans l'accord de l'intimé, ce qui avait eu pour conséquence une diminution des contacts père-enfant, il y avait lieu de retenir que la mère n'avait pas pour priorité de favoriser les contacts de son fils avec l'autre parent, mais la proximité avec son nouveau compagnon. Cet élément plaidait dès lors en faveur de l'octroi de la garde au père. Compte tenu de l'âge et des besoins spécifiques de l'enfant, la prise en charge de celui-ci pouvait s'effectuer aussi bien par le père que par la mère. La stabilité du cadre socio-éducatif de l'enfant plaidait plutôt en faveur de l'octroi de la garde à l'intimé, même si la mère avait été la personne de référence de l'enfant jusque-là. En effet, bien qu'installé à U._ depuis plus d'une année, C._ restait très attaché à V._, à ses amis et à son ancienne classe. L'enquêtrice sociale avait par ailleurs indiqué que dans une situation de stress et d'instabilité, les repères les plus anciens étaient certainement rassurants pour l'enfant. Certes, C._ ne retrouverait peut-être pas exactement sa classe précédente en retournant à V._, mais un environnement tout de même familier dans lequel il n'aurait pas de problèmes à se réintégrer malgré un intermède d'un peu plus d'une année à U._. Lorsque l'enquêtrice sociale avait fait remarquer à l'enfant que, contrairement à ce qu'il pensait, il ne verrait probablement plus sa mère tous les jours en allant vivre chez son père, il n'avait pas manifesté d'inquiétudes particulières à ce sujet. C._ avait par ailleurs un grand respect pour l'intimé. Bien que l'enfant n'ait pas encore atteint l'âge de douze ans fixé par la jurisprudence et qu'on ne puisse dès lors accorder une trop grande importance à sa volonté, il y avait tout de même lieu d'en tenir compte. C._ avait exprimé à plusieurs reprises le souhait de vivre avec son père, était " clair dans sa tête " et ses déclarations n'étaient pas lacunaires, de sorte qu'une expertise n'était pas nécessaire en l'espèce pour déterminer son désir.
Compte tenu de ces éléments, la garde de C._ devait être attribuée au père en confirmation de la décision de première instance, qui était conforme au droit et aux intérêts de l'enfant. Cette solution correspondait par ailleurs à celle préconisée par l'enquêtrice sociale, qui avait examiné de manière complète la situation et dont le rapport était tout à fait convaincant. Il n'y avait dès lors pas matière à s'en écarter.
3.2. La recourante soutient que la cour cantonale aurait arbitrairement attribué la garde de l'enfant au père. Selon elle, la juridiction précédente avait constaté que les parents avaient des qualités éducatives égales et une disponibilité équivalente, malgré des situations différentes. Bien que le critère de la stabilité des relations soit important et que la cour cantonale ait retenu que la mère avait jusque-là été la principale personne de référence de l'enfant, "elle n'en [avait] toutefois pas [tiré] les conséquences et a[vait] donné la préférence à des paroles d'un enfant d'à peine 10 ans ", en violation de la jurisprudence concernant l'âge à partir duquel un enfant est capable de discernement. L'autorité cantonale avait par ailleurs rejeté la réquisition d'expertise sans motivation. La solution retenue par la juridiction précédente était ainsi contraire aux intérêts de l'enfant, ce d'autant que la cour cantonale avait indiqué que rien n'empêchait que les mesures provisionnelles soient un jour modifiées, notamment en raison de l'avis de l'enfant qui serait plus à même de se prononcer clairement sur la situation ces prochaines années.
3.3.
3.3.1. Si ce n'est la compétence de déterminer le lieu de résidence de l'enfant qui fait désormais partie intégrante de l'autorité parentale (<ref-law>), le nouveau droit ne modifie ni le contenu, ni les règles d'attribution de la garde, de sorte que les critères dégagés par la jurisprudence antérieure au 1 er juillet 2014 restent applicables si les parents ne s'entendent pas sur ce point (arrêt 5A_847/2015 du 2 mars 2016 consid. 5.2.2 et les références).
La règle fondamentale pour attribuer la garde est l'intérêt de l'enfant. Au nombre des critères essentiels entrent en ligne de compte les relations personnelles entre parents et enfant, les capacités éducatives respectives des parents, leur aptitude à prendre soin de l'enfant personnellement, à s'en occuper, ainsi qu'à favoriser les contacts avec l'autre parent; il faut choisir la solution qui, au regard des données de l'espèce, est la mieux à même d'assurer à l'enfant la stabilité des relations nécessaires à un développement harmonieux des points de vue affectif, psychique, moral et intellectuel. Lorsque le père et la mère offrent des conditions équivalentes, la préférence doit être donnée, dans l'attribution d'un enfant en âge de scolarité ou qui est sur le point de l'être, à celui des parents qui s'avère le plus disponible pour l'avoir durablement sous sa propre garde, s'occuper de lui et l'élever personnellement. Si le juge ne peut se contenter d'attribuer l'enfant au parent qui en a eu la garde pendant la procédure, ce critère jouit d'un poids particulier lorsque les capacités d'éducation et de soin des parents sont similaires (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 4a; arrêt 5A_376/2016 du 1 er décembre 2016 consid. 3.1 et les références). Il faut également prendre en considération le souhait de l'enfant s'agissant de sa propre prise en charge, quand bien même il ne disposerait pas de la capacité de discernement à cet égard. Sur ce point, il appartiendra au juge du fait, qui établit les faits d'office (<ref-law>), de déterminer dans quelle mesure l'intervention d'un spécialiste, voire l'établissement d'un rapport d'évaluation sociale ou d'une expertise, est nécessaire pour interpréter le désir exprimé par l'enfant et notamment discerner s'il correspond à son désir réel (<ref-ruling> consid. 3.2.3; arrêt 5A_72/2016 du 2 novembre 2016 consid. 3.3.2).
3.3.2. Pour apprécier les critères susmentionnés, le juge du fait dispose d'un large pouvoir d'appréciation (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'intervient que s'il s'est écarté sans motif des principes établis par la doctrine et la jurisprudence, lorsqu'il s'est fondé sur des faits qui ne devaient jouer aucun rôle pour la solution du cas d'espèce, ou lorsque, au contraire, il n'a pas tenu compte de circonstances qui auraient impérativement dû être prises en considération (<ref-ruling> consid. 3.2.5 et les références).
3.4. En l'espèce, la recourante ne démontre pas, conformément aux exigences de motivation requises (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1), que l'autorité cantonale aurait manifestement commis un excès ou un abus de son pouvoir d'appréciation en attribuant la garde de l'enfant à l'intimé, mais tente de substituer sa propre appréciation à celle de la juridiction précédente. En effet, contrairement à ce que soutient la mère, la cour cantonale n'a pas tenu pour décisif l'avis de l'enfant, mais a pris en compte - parmi d'autres éléments - le souhait de celui-ci, tout en soulignant qu' " au vu de l'âge de C._ qui n'a pas atteint l'âge de douze ans fixé par la jurisprudence, on ne saurait accorder une trop grande importance à sa volonté de vivre chez son père ". Par ailleurs, en tant qu'elle soutient que la cour cantonale n'a pas tiré les conséquences de la constatation selon laquelle elle était la personne de référence de l'enfant, la recourante occulte une partie du raisonnement de la juridiction précédente, qui a retenu que le critère de la stabilité du cadre socio-éducatif parlait plutôt en faveur de l'attribution de la garde au père malgré le rôle tenu jusque-là par la mère, la relation de l'enfant avec son environnement de V._ étant beaucoup plus ancienne et intense que ses liens avec U._. La mère ne critique au demeurant pas la pertinence des autres critères examinés par la cour cantonale, leur appréciation ou leur pondération (cf. supra consid. 2.1), son argumentation selon laquelle l'attribution de la garde au père serait contraire aux intérêts de l'enfant s'épuisant en des considérations générales, qui ne remplissent pas les exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.1). Enfin, dans la mesure où elle indique, sans plus de détails, que " l'expertise requise a été rejetée sans motivation ", la recourante ne soulève aucun grief de nature constitutionnelle en lien avec ce refus (art. 98 et 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1).
Au vu de ce qui précède, la critique de la recourante est irrecevable, faute de remplir les exigences de motivation requises.
3.5. Compte tenu de l'attribution de la garde de C._ à l'intimé, il n'y a pas lieu d'examiner les autres éléments de la décision querellée (droit de visite, désignation d'un curateur, contributions d'entretien), objets d'une conclusion au demeurant non motivée plus avant par la recourante (cf. supra consid. 2.1).
4.
En conclusion, le recours est irrecevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé, qui n'a pas obtenu gain de cause s'agissant de l'effet suspensif et n'a pas été invité à se déterminer sur le fond (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Au vu du sort de la cause, il n'y a pas lieu de modifier la répartition des frais et dépens de deuxième instance cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la 2 e Chambre civile de la Cour suprême du canton de Berne et à l'Autorité de protection de l'enfant et de l'adulte du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers.
Lausanne, le 7 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Feinberg