Faits :
A.
Par jugement du 27 mai 2015, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a notamment acquitté X._ du chef d'accusation d'entrave à la circulation publique (<ref-law>) et de celui subsidiaire de mise en danger par l'aviation (art. 90 de la loi fédérale du 21 décembre 1948 sur l'aviation [LA; RS 748.0]), et mis les frais de procédure à la charge de la Confédération.
Ce jugement repose, en substance, sur l'état de fait suivant.
En tant que commandant de bord, X._ a effectué un vol en hélicoptère entre Saanen et Nyon le 18 février 2013 en compagnie de A._, ce dernier étant l'élève pilote. Durant ce vol, l'hélicoptère a survolé le télésiège B._, dans le domaine skiable de C._, qui est exploité par D._ SA, dont E._ est le directeur. A ce moment précis, cette installation était en activité et des skieurs se trouvaient sur le télésiège et à sa station d'arrivée. L'hélicoptère a provoqué un déplacement d'air et ce déplacement a causé le vacillement de plusieurs sièges, ainsi que l'envol de luges en plastique et une « bourrasque de neige » à la station d'arrivée. En raison de ce déplacement d'air, l'agent d'exploitation F._, qui se trouvait à la station d'arrivée, a arrêté le télésiège durant une trentaine de secondes.
B.
Le Ministère public de la Confédération recourt en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 27 mai 2015. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à la condamnation de X._ pour entrave à la circulation publique par négligence à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 300 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 2'000 fr., convertible en cas de non-paiement fautif en une peine privative de liberté de substitution de six jours. A titre subsidiaire, il sollicite l'annulation du jugement précité et le renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision.

Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint d'une violation de l'<ref-law>. Il soutient que l'autorité inférieure se serait laissée guider, dans son interprétation de la notion de mise en danger concrète, par des critères dénués de pertinence ou, inversement, aurait omis de considérer des facteurs essentiels.
1.1. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, intentionnellement, aura empêché, troublé ou mis en danger la circulation publique, notamment la circulation sur la voie publique, par eau ou dans les airs, et aura par là sciemment mis en danger la vie ou l'intégrité corporelle des personnes sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. L'<ref-law> prévoit qu'encourt également cette peine celui qui a agi par négligence.
Cette disposition tend à protéger la vie et l'intégrité corporelle des personnes qui prennent part à la circulation publique (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 259; <ref-ruling> consid. 2a p. 371). Par circulation publique, elle vise le déplacement de personnes ou de biens par n'importe quel moyen, notamment sur n'importe quel type d'embarcation (cf. GERHARD FIOLKA, in Basler Kommentar, Strafrecht II, 3e éd. 2013, no 14 ad <ref-law>), en tout lieu (surface ou espace) accessible pour cet usage à un cercle indéterminé de personnes, même si les possibilités d'utilisation de ce lieu sont restreintes de par sa nature ou son but (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 259). D'après la jurisprudence, il suffit que l'entrave à la circulation publique ait mis en danger la vie ou l'intégrité corporelle d'une seule personne; il n'est pas nécessaire que la mise en danger ait un caractère collectif (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 259; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, no 16 ad <ref-law>). En revanche, il faut que la mise en danger apparaisse concrète, c'est-à-dire qu'une lésion soit sérieusement vraisemblable (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 259; BERNARD CORBOZ, op. cit., no 19 ad <ref-law>).
Ainsi, le délit d'entrave à la circulation publique par négligence est réalisé lorsque trois éléments constitutifs sont réunis: une négligence commise par l'auteur, la mise en danger concrète de la vie ou de l'intégrité corporelle d'une personne qui participe à la circulation publique et un lien de causalité naturelle et adéquate entre la négligence et la mise en danger (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 259).
1.2. En substance, l'autorité précédente a considéré que les conditions objectives de la circulation publique et du trouble de celle-ci, au sens de l'<ref-law>, étaient réunies. S'agissant de la condition objective de la mise en danger concrète, il était établi, compte tenu des déclarations des témoins présents sur les lieux, à savoir F._, G._ et H._, que l'hélicoptère avait provoqué un déplacement d'air et que ce déplacement avait causé le vacillement de plusieurs sièges, ainsi que l'envol de luges en plastique et une « bourrasque de neige » à la station d'arrivée. Cependant, il n'apparaissait pas que les effets résultant de ces turbulences avaient été suffisamment graves pour constituer un danger concret pour la vie ou l'intégrité corporelle des utilisateurs du télésiège ou des personnes s'étant trouvées à la station d'arrivée ou à proximité de celle-ci.
F._ et G._ avaient certes affirmé que l'arrivée de l'hélicoptère à la hauteur du télésiège avait entraîné un mouvement latéral des sièges. Cependant, ils n'avaient pas décrit ce mouvement comme ayant été particulièrement important ou inattendu au point d'être extraordinaire. Pour sa part, H._, qui était assis sur le télésiège et qui se trouvait proche de l'arrivée, n'avait pas pu se souvenir si son siège avait vacillé sous l'effet des turbulences. Si celles-ci avaient réellement provoqué un mouvement latéral significatif, H._ s'en serait certainement souvenu. A cela s'ajoutait qu'aucun des skieurs présents sur le télésiège ne s'était adressé aux exploitants pour signaler un fort vacillement des sièges. De surcroît, personne ne s'était plaint de l'effroi qu'aurait pu causer l'arrivée de l'hélicoptère à la hauteur du télésiège. H._ avait même déclaré que ni lui, ni son client n'avaient eu peur et qu'ils avaient continué à skier. En outre, les risques évoqués par F._ et G._ en lien avec le balancement des sièges constituaient des risques objectivement possibles, mais rien ne permettait de retenir qu'ils auraient effectivement pu se produire. Ainsi, G._ avait affirmé qu'un skieur aurait pu chuter si le garde-corps s'était ouvert. Cette affirmation n'étant toutefois pas corroborée par d'autres éléments factuels, il n'était pas établi que les garde-corps des sièges situés dans la zone de turbulences se soient effectivement ouverts sous leur effet. En ce qui concernait le risque de collision d'un siège avec les pylônes et le décrochement du siège qui aurait pu s'en suivre, respectivement le risque de déraillement du câble, les skieurs assis sur le télésiège auraient probablement été exposés à de tels dangers si les sièges avaient fortement balancé, situation qui n'était pas réalisée. En outre, si les skieurs s'étaient sentis concrètement menacés dans leur vie ou dans leur intégrité corporelle, ils s'en seraient sans doute plaints auprès des exploitants de l'installation, ce qu'ils n'avaient pas fait. Il tombait sous le sens qu'un hélicoptère se rapprochant d'un télésiège pouvait représenter un danger abstrait pour le bon fonctionnement de l'installation et pour les usagers. Dans le cas d'espèce, trop de paramètres étaient cependant inconnus pour conclure à l'existence d'un risque concret et imminent. En effet, la vitesse de l'hélicoptère, sa position et sa trajectoire exactes lors du survol du télésiège, ainsi que la pression exercée sur l'installation à ce moment précis n'étaient pas connues. Dans ces circonstances, il n'était pas possible de conclure à l'existence d'une mise en danger concrète pour les utilisateurs du télésiège qui soit consécutive au survol du télésiège par l'hélicoptère et au balancement des sièges que celui-ci a provoqué. L'absence de mise en danger concrète excluait également que le danger ait été neutralisé grâce à l'intervention de F._. A cet égard, il était notoire qu'un télésiège pouvait être arrêté plusieurs fois par jour pour de multiples raisons. Dans le cas présent, tout portait à croire que, surpris par l'arrivée de l'hélicoptère, F._ avait arrêté le télésiège par mesure de précaution, comme il était censé le faire « quand [il] détecte un problème sur le tracé du télésiège ». Le fait que le télésiège ait été arrêté ne suffisait toutefois pas à lui seul pour retenir l'existence d'un danger concret et imminent pour les utilisateurs.
S'agissant des luges en plastique qui s'étaient envolées, il ne résultait pas des explications des témoins susmentionnés, ni des autres pièces du dossier, que ces luges aient frôlé ou percuté les personnes s'étant trouvées à la station d'arrivée ou à sa proximité, et qu'elles auraient de ce fait blessé ou risqué de blesser ces personnes. Bien qu'un tel danger ait été objectivement concevable, sa survenance effective n'était pas réalisée. Enfin, le dossier présenté pour jugement ne contenait aucune donnée sur la quantité de neige soulevée par les turbulences, ni sur le fait que la « bourrasque de neige » aurait pu causer des lésions aux utilisateurs du télésiège ou aux personnes s'étant trouvées à la station d'arrivée ou à sa proximité.
En définitive, le survol du télésiège B._ ne paraissait pas avoir constitué de danger concret pour la vie ou l'intégrité corporelle des utilisateurs du télésiège ou pour les personnes s'étant trouvées à la station d'arrivée ou à proximité de celle-ci. Cette condition objective de l'<ref-law> n'était donc pas réalisée et la commission de cette infraction ne pouvait pas être imputée au recourant. Sans une mise en danger concrète, une violation de l'art. 90 LA ne pouvait pas non plus être retenue.
L'autorité précédente a encore précisé que la question de la hauteur au-dessus du sol de l'hélicoptère pendant le survol du télésiège n'était pas pertinente pour l'application de l'<ref-law> ou de l'art. 90 LA, la jurisprudence ayant retenu que le comportement punissable prévu par ces deux dispositions n'était déterminé que par ses effets et non par une manière caractéristique de se comporter.
Sur cette base, l'autorité précédente a acquitté le recourant du chef d'accusation d'entrave à la circulation publique et de celui subsidiaire de mise en danger par l'aviation.
1.3. Le recourant soutient que l'autorité précédente n'aurait pas dû évaluer la notion de mise en danger en fonction de l'appréciation ou des sentiments éprouvés par les personnes concernées.
L'importance de la mise en danger doit être appréciée au regard des circonstances spécifiques du cas d'espèce (cf. dans ce sens <ref-ruling> consid. 3.2 p. 136; <ref-ruling> consid. 3c p. 119). Afin de déterminer ce qui s'est effectivement passé, l'autorité précédente a donc, à juste titre, tenu compte des témoignages et déclarations des personnes sur place au moment des événements litigieux et du fait qu'aucun des skieurs présents sur le télésiège ne s'était adressé aux exploitants pour se plaindre de la situation, en particulier pour signaler un fort vacillement des sièges. Appréciant les différents éléments de preuve à sa disposition, elle est parvenue à la conclusion que la vitesse de l'hélicoptère, sa position ou sa trajectoire exactes lors du survol du télésiège, ainsi que la pression exercée sur l'installation à ce moment précis n'avaient pas pu être établies, mais qu'il n'apparaissait pas que le déplacement d'air ait été tel que les sièges avaient fortement balancé. Ces constatations, dont le caractère arbitraire n'a pas été allégué ni démontré, lient le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>). Déterminer si, sur la base des faits qu'elle a retenus, l'autorité précédente a nié à tort une mise en danger concrète de la vie ou de l'intégrité corporelle des utilisateurs du télésiège ou des skieurs se trouvant à la station d'arrivée ou à proximité de celle-ci, est une question de droit qui sera examinée ci-après (cf. infra, consid. 1.6).
1.4. Tout en précisant que l'<ref-law> réprime une infraction de mise en danger et non de résultat, le recourant soutient que l'autorité précédente aurait méconnu le droit fédéral en disant que le comportement punissable prévu par cette disposition n'était déterminé que par ses effets.
Sur ce point, l'autorité précédente s'est notamment référée à l'arrêt publié aux <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 41, dans lequel le Tribunal fédéral a jugé que la création d'un danger concret de la santé impliquait que les pilules de « Viagra » aient été remises à des personnes pour lesquelles la prise de ce produit pour un motif ou un autre était risquée. Cet arrêt illustre l'approche selon laquelle est déterminant pour une mise en danger concrète, non pas tout ce qui aurait pu se produire mais bien et uniquement ce qui s'est effectivement passé (cf. arrêt 6B_779/2009 du 12 avril 2010 consid. 2.2.1). L'autorité précédente l'a correctement appliqué en considérant que, certes, des risques de lésions consécutives au déplacement d'air provoqué par l'hélicoptère étaient objectivement possibles, mais qu'au vu des circonstances concrètes du cas d'espèce, rien ne permettait de retenir qu'elles auraient effectivement pu se produire. On ne saurait déduire de cette motivation qu'elle aurait exigé la réalisation d'un résultat, à savoir que des lésions aient effectivement été subies par les skieurs. Le grief est rejeté.
1.5. Le recourant fait valoir que l'autorité précédente aurait arbitrairement évalué l'ampleur de la mise en danger en fonction de la contre-mesure prise par l'agent d'exploitation F._, qui se trouvait à la station d'arrivée.
Cet argument est sans pertinence puisque l'autorité précédente a considéré qu'il n'y avait pas eu de mise en danger concrète et que dans cette mesure, l'intervention de F._ excluait sa neutralisation. Sa critique est infondée.
1.6. Pour le reste, reprenant certaines déclarations des témoins F._, G._ et A._, le recourant soutient notamment que le fait de survoler un télésiège à basse altitude constituerait un danger concret si l'installation est en activité et si des personnes se trouvent sur le télésiège et/ou sur les pistes. Il ajoute encore que ce danger aurait été neutralisé uniquement en raison de la mesure de protection prise par l'agent d'exploitation F._, qui se trouvait à la station d'arrivée.
Le recourant ne montre pas, par ses explications, en quoi l'autorité inférieure aurait, eu égard aux faits constatés, nié à tort l'existence d'une mise en danger concrète au sens de l'<ref-law>. La condamnation fondée sur cette disposition suppose, comme indiqué, que le déplacement d'air provoqué par l'hélicoptère ait effectivement et concrètement mis en danger la vie ou l'intégrité corporelle des utilisateurs du télésiège et des personnes se trouvant à la station d'arrivée ou à sa proximité. En l'occurrence, il ne résulte pas des circonstances, qui sont elles-seules déterminantes, que le câble aurait risqué de dérailler et que les sièges étaient sur le point de toucher les pylônes, partant de se décrocher, puisque les sièges n'ont pas fortement vacillé. Il ne ressort pas non plus des constatations de fait de l'autorité précédente que les garde-corps se seraient ouverts, que les luges auraient frôlé les personnes présentes à l'arrivée du télésiège ou à sa proximité, respectivement que les bourrasques de neige auraient été telles qu'elles auraient pu causer des blessures à ces personnes ainsi qu'aux utilisateurs du télésiège. Des lésions consécutives au déplacement d'air provoqué par l'hélicoptère conduit par l'intimé n'apparaissent pas, dans ces conditions, avoir été sérieusement vraisemblables. L'autorité précédente pouvait ainsi considérer que le survol du télésiège par l'hélicoptère n'avait, en soi, pas concrètement mis en danger leur vie ou leur intégrité corporelle au sens de l'<ref-law>. Le grief doit donc être rejeté.
2.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 26 mai 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel