Faits :
A.
Par contrat de travail signé les 6 et 13 juin 2006, X._ (ci-après: l'employée) a été engagée par Banque A._ SA, devenue ensuite Z._ Banque SA (ci-après: l'employeuse ou la banque), en qualité de gestionnaire responsable du marché..., avec le titre de directrice, à compter du 1er novembre 2006.
A.a. La rémunération de l'employée se composait comme suit:
a) Premièrement, sur la base du contrat de travail de juin 2006, l'employée percevait un salaire fixe de 300'000 fr. Ce point n'est pas discuté par les parties.
b) Deuxièmement, aux termes de la même convention, elle recevait, toujours à titre de salaire, une part variable consistant en une participation aux résultats. Selon le contrat, la participation était de " 25% des revenus nets à partager ", sauf pour le client BBA (soit un client important attribué à l'employée lorsqu'elle a intégré la banque), qui était soumis, selon l'accord signé par les parties le 6 décembre 2006, à un pourcentage plus faible (12,5%). Il est établi que, dans un document du 20 novembre 2009 qui ne mentionnait pas le régime d'exception du client BBA, les parties ont convenu que le pourcentage passait de 25% à 30% à compter de 2010.
Les " revenus nets à partager " étaient calculés en fonction des revenus générés sur les actifs déposés par les clients apportés par l'employée et acceptés par la banque, moins les coûts. Il était précisé que les " revenus générés par les Clients [étaient] déterminés selon les chiffres du " Management Information System " [du] logiciel bancaire S2i [de la banque] ". Il résulte des constatations cantonales que le système " Management Information System " (ou IMIS) est une fonctionnalité du logiciel S2i visant (notamment) à obtenir des informations sur les actifs des clients de la banque. Le système IMIS permettait de calculer les revenus résultant des comptes des clients.
En revanche, les revenus générés par les parts (détenues par les clients) des fonds de placement (ou: fonds internes) n'étaient, quant à eux, pas calculés dans le système IMIS, mais à l'aide d'un tableau séparé; ils étaient pris en considération dans le calcul des bonus accordés aux employés (cf. infra let. c).
c) Troisièmement, l'employée a reçu des bonus extraordinaires et des bonus discrétionnaires. Au début de chaque année, des discussions avaient lieu entre les parties à ce sujet; lors de certains exercices, des bonus discrétionnaires ont été décidés. Pour 2010, le bonus discrétionnaire équivalait à 30% du revenu des fonds de placement. La participation des collaborateurs n'était pas basée uniquement sur les revenus, mais également sur le résultat global de la banque.
Les parties sont en litige au sujet des revenus générés par les fonds de placement (ou: fonds internes) pour les années 2011 et 2012. L'employée, qui tire argument du contrat de juin 2006, soutient avoir droit à une participation calculée sur ces revenus, à titre de salaire variable. L'employeuse estime au contraire que, en lien avec les fonds de placement, elle versait des bonus, qui dépendaient de son bon vouloir.
d) Quatrièmement, l'employée percevait, selon une convention du 20 novembre 2009, une part à la plus-value de la banque, son attribution étant faite de manière échelonnée. A ce titre, le montant de 216'662 fr. lui a été versé le 31 décembre 2009, puis une somme de 264'665 fr. le 28 février 2011. Cette part de la rémunération de l'employée n'est plus litigieuse devant la Cour de céans.
A.b. A partir de l'été 2011, l'employée a reçu deux avertissements de la banque, à la suite de plaintes émises par le département juridique et compliance, qui reprochait principalement à l'employée de ne pas fournir une documentation (ouverture de comptes, entrée de fonds, entretien avec les clients, aspects juridiques,...) appropriée, ce qui avait notamment pour conséquence de compliquer la défense de la banque impliquée dans un litige l'opposant à l'époque à deux clients importants.
Le 6 octobre 2011, l'employée a reçu 200'000 fr. à titre " d'avance sur bonus ".
Le 28 mars 2012, la banque a proposé à l'employée la conclusion d'un contrat de travail à de nouvelles conditions.
Par lettre du 30 avril 2012, l'employée a déclaré démissionner, ce à quoi la banque a consenti, avec effet au 31 mai 2012.
B.
B.a. Le 20 décembre 2012, la conciliation sollicitée par l'employée ayant échoué, celle-ci a actionné la banque devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, concluant à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser le montant de 1'923'267 fr.20 au titre de salaire variable pour 2011 et 2012, et de remboursement de frais.
La banque a conclu au rejet intégral de la demande et, par demande reconventionnelle, elle a conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser le montant de 265'464 fr., au titre de remboursement d'avances sur bonus (200'000 fr.), de divers paiements effectués, et de frais avancés.
L'employée a conclu au rejet de la demande reconventionnelle et elle a amplifié ses propres conclusions à 2'786'578 fr. 983, soit 1'609'440 fr. 338 au titre de salaire variable 2011, 647'808 fr. 645 au titre de salaire variable 2012, et deux fois le montant de 264'665 fr. au titre de paiement de montants complémentaires selon la convention du 20 novembre 2009.
La banque a conclu au déboutement de la demanderesse de toutes ses conclusions et persisté dans les siennes.
Par jugement du 5 novembre 2014, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné la banque à verser à l'employée les montants bruts de 1'591'920 fr.10, intérêts en sus (salaire variable 2011), et 213'888 fr.80, intérêts en sus (salaire variable 2012), ainsi que le montant net de 5'231 fr.20 (remboursement de frais), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et débouté les parties de toutes autres conclusions.
B.b. Par arrêt du 28 août 2015, la Cour de justice du canton de Genève, admettant partiellement l'appel formé par la banque, a annulé ce jugement sur les deux points visant le salaire variable (2011 et 2012) et, réformant ceux-ci, elle a abaissé les montants dus par la banque à 156'730 fr. (salaire variable 2011), et à 45'469 fr. (salaire variable 2012). Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus.
C.
L'employée exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 28 août 2015. Elle conclut à son annulation et à sa réforme en ce sens que la banque soit condamnée à lui verser le montant brut de 1'591'920 fr.10, intérêts en sus, et le montant brut de 213'888 fr.80, intérêts en sus, sous suite de frais et dépens.
La banque intimée conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours.
La recourante a encore déposé de brèves observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Déposé en temps utile (<ref-law>) par l'employée qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur recours par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.3. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
2.
La recourante relève que c'est à bon droit que la Cour de justice a reconnu l'existence d'un accord entre les parties sur une participation de l'employée aux résultats de la banque au sens de l'<ref-law>; elle considère cependant que l'autorité cantonale a transgressé les art. 1, 18, 322a et 322d CO en interprétant de manière trop restrictive l'objet de cet accord. Selon elle, une participation (soit un salaire variable) était due à l'employée sur la base du contrat, en 2011 et en 2012, non seulement sur les revenus générés par les comptes des clients - soit les revenus provenant du système IMIS -, mais également sur les revenus des fonds de placement (ou fonds internes) de la banque.
Partant, elle estime que c'est également à tort que l'autorité précédente a qualifié de bonus discrétionnaires (au bon vouloir de l'employeuse) les versements faits, en 2008, 2009 et 2010, à titre de participation aux revenus des fonds internes de la banque, et qu'elle a nié tout droit au versement de ce " bonus " en 2011 et en 2012.
2.1. Pour apprécier le contenu d'un contrat, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-law>); si elle aboutit, cette démarche conduit à une constatation de fait (<ref-ruling> consid. 2.3.2), qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elle ne soit manifestement inexacte (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
Le juge ne peut recourir à l'interprétation objective que s'il ne parvient pas à déterminer cette volonté réelle des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 286) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêt 4A_447/2015 du 31 mars 2016 consid. 4.2.1 destiné à la publication).
L'interprétation objective consiste à rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre, autrement dit conformément au principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 274 s.).
2.2. En l'occurrence, les magistrats précédents, procédant à l'interprétation du contrat, ont apprécié les preuves et les indices à leur disposition et ont retenu que l'employée a manifesté " qu'elle [avait] compris que seuls les revenus résultant du système IMIS, (...), donnaient lieu au calcul de la part variable de son salaire ".
Il résulte des constatations cantonales que le système IMIS est une fonction (ou un tableau) du logiciel S2i (permettant d'obtenir des informations concernant les actifs de la banque et les revenus associés) qui vise à calculer les revenus générés par les comptes des clients, à l'exclusion des revenus compris dans les tableaux générés par d'autres systèmes (comme c'est le cas des revenus provenant des fonds de placement) (arrêt entrepris consid. 4.2 p. 19).
Cela étant, la cour cantonale, en relevant que l'employée s'était engagée contractuellement (par la convention de 2006) en ayant compris la volonté réelle exprimée par la banque (soit la volonté de réglementer, au titre de salaire variable, exclusivement les revenus générés par le système IMIS), a de fait établi la volonté intime de l'employée.
Comme la cour précédente est parvenue à établir la réelle et commune intention des parties, il n'y a, contrairement à ce que pense la recourante, pas lieu de recourir à l'interprétation objective.
Il lui appartenait plutôt de démontrer, en respectant les exigences strictes posées aux art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, en quoi la cour cantonale aurait établi la volonté réelle et commune des parties en faisant preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.), ce qu'elle n'a pas fait. Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière sur ce point.
2.3. Au demeurant, on observera que plusieurs arguments fournis par la recourante (qui contiennent divers éléments factuels présentés pour défendre son application du principe de la confiance) représentent de simples hypothèses, parfois émises pour la première fois dans la procédure, qui ne peuvent quoi qu'il en soit remettre en question l'interprétation entreprise par la cour cantonale.
En particulier, dans sa tentative visant à démontrer qu'elle avait droit, en lien avec les revenus des fonds de placement, à une participation calculée en fonction des taux prévus dans le contrat de 2006 (25% puis 30%), elle ne parvient pas à expliquer, avec des arguments convaincants, la raison pour laquelle, en 2007, elle n'a reçu aucune participation liée à ces fonds. L'allégation selon laquelle l'employée y aurait renoncé vu la faible importance de la participation, semble fort douteuse. Elle intervient quoi qu'il en soit pour la première fois devant la Cour de céans et ne peut être prise en compte.
On peut faire le même raisonnement pour l'année 2008. Selon les constatations cantonales, cette année-là, la participation de l'employée s'est montée à 8,32 % des revenus du département fonds de placement liés aux clients apportés par l'employée, alors que le taux de participation aurait dû se monter, toujours selon la thèse défendue par l'employée, à 25 %. L'allégation selon laquelle l'employée " croit se souvenir " qu'il s'agissait-là d'une année en période de crise et que sa participation a été répartie entre elle et son ex-conjoint, alors également employé de la banque, ne convainc guère. Elle est quoi qu'il en soit introduite pour la première fois devant la Cour de céans et ne peut être prise en compte.
En ce qui concerne l'argument selon lequel " l'interprétation littérale du contrat " suffirait à établir que l'employée avait droit à une participation sur la totalité des revenus (et non sur les seuls revenus résultant du système IMIS), il consiste en une relecture du seul texte du contrat (pris dans son ensemble) et ne démontre pas en quoi la volonté commune et réelle des parties, telle qu'établie par la cour cantonale, serait arbitraire.
2.4. Enfin, dans la partie de son mémoire consacrée spécifiquement à l'établissement des faits, l'employée soutient que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en ignorant que les fonds de placement internes à la banque étaient sous sa responsabilité. Elle soutient également que, des diverses mentions sur plusieurs pièces au dossier, on doit comprendre que, même si les revenus des fonds internes à la banque étaient inscrits dans un tableau séparé, ils faisaient partie du logiciel " S2i ". La recourante, si on la comprend bien, tente de démontrer que sa responsabilité s'étendait également aux fonds de placement et que les revenus de ces fonds, générés hors système S2i, se retrouvaient finalement dans ce système, de sorte qu'ils devaient également être pris en compte pour le calcul de sa rémunération.
Cette argumentation tombe à faux. Il demeure que, même à admettre l'explication donnée par l'employée sur le logiciel Si2, les parties se sont entendues sur les revenus résultant du seul système IMIS (une des fonctions du logiciel Si2) et que, selon les constatations cantonales, les revenus des fonds de placement étaient générés par un tableau différent, non visé par l'accord des parties.
Quant à la critique de la recourante selon laquelle le raisonnement de la cour cantonale aurait pour conséquence que le choix du client (placement sur un compte ou dans un fonds de placement) donnerait droit, ou non, à une participation de l'employée, on ne voit pas en quoi elle démontrerait un établissement des faits arbitraire, ce d'autant plus que, si le client choisissait une part de fonds de placement, la banque le prenait en principe en compte dans les bonus accordés à ses employés.
Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire en omettant de retenir que les tableaux des fonds internes étaient remis aux gestionnaires chaque mois. Elle n'indique toutefois pas en quoi cette allégation aurait influencé l'issue du litige. Au demeurant, du paragraphe de la cour cantonale consacré à ce point (en lien avec les bonus 2008, 2009 et 2010), on comprend que les discussions entre les parties portaient exclusivement sur les sommes versées à titre de bonus discrétionnaires, et non sur une éventuelle participation aux résultats prévue contractuellement (cf. arrêt entrepris p. 19 s.).
On ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu que le contrat conclu entre les parties en juin 2006 ne portait pas sur les revenus du département fonds de placement.
2.5. Il en découle, comme la cour cantonale l'a observé, que le contrat de 2006 n'est pas la cause du versement des montants supplémentaires entre 2008 et 2010 (arrêt entrepris consid. 4.2 p. 19 dernier par.), et que l'employée ne peut donc s'en prévaloir pour obtenir le versement, au titre de salaire, d'une part variable pour les années 2011 et 2012.
Selon les constatations cantonales, aucune des parties n'a présenté d'allégué précis sur les circonstances d'octroi de ces montants et un témoin a révélé que la question était seulement discutée entre les parties en début d'année. Si les versements opérés en 2009 et 2010 représentaient bien le 25% et le 30% de la part des revenus des fonds de placement, la cour cantonale a toutefois retenu que les parties n'étaient pas liées par ces critères, puisque l'employée, qui ne s'en était alors pas plainte, n'a rien reçu en 2007, et seulement un montant largement inférieur au 25% de la part de ces revenus en 2008. Il résulte d'ailleurs aussi des constatations cantonales que l'employée prétend avoir droit, pour 2011, à un montant bien supérieur au 30% de cette part.
Cela étant, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir implicitement retenu que la rémunération dépendait du bon vouloir de la banque, et d'avoir qualifié ces bonus de gratification également pour les exercices 2011 et 2012 (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4.2).
3.
La cour cantonale ayant qualifié de gratifications les revenus générés par les fonds de placement perçus par l'employée pour les exercices 2011 et 2012 (période litigieuse), il y a lieu d'examiner si, par exception, ces revenus doivent être requalifiés en éléments (variables) du salaire, comme le soutient la recourante en invoquant l'<ref-law> (sur l'ensemble de la question: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 408 s. et consid. 5.3.1 p. 412).
3.1. En cas de revenus moyens et supérieurs, le Tribunal fédéral a estimé qu'un bonus très élevé en comparaison du salaire annuel, équivalent ou même supérieur à ce dernier, et versé régulièrement, doit être, par exception, considéré comme un salaire variable même si l'employeur en réservait le caractère facultatif. La gratification (<ref-law>) doit en effet rester accessoire par rapport au salaire (art. 322 s. CO); elle ne peut avoir qu'une importance secondaire dans la rétribution du travailleur, le but visé par la jurisprudence étant de répondre au besoin de protection du travailleur (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 409 et les arrêts cités). En cas de revenus modestes, un bonus proportionnellement moins élevé peut déjà avoir le caractère d'un salaire variable (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 408 s. et les arrêts cités; arrêt 4A_565/2015 du 14 avril 2016 consid. 2.2.1 destiné à la publication).
3.2. Lorsque l'employé perçoit un très haut revenu, une restriction de la liberté contractuelle des parties (fondée sur le caractère nécessairement accessoire de la gratification) n'est plus justifiée par le besoin de protection de l'employé; il n'y a alors pas lieu d'admettre une exception: le bonus reste toujours une gratification, laquelle demeure au bon vouloir de l'employeur (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 409). Le salaire d'un employé doit être qualifié de très haut lorsque la totalité de la rémunération qu'il a effectivement perçue au cours d'une année donnée équivaut ou dépasse cinq fois le salaire médian suisse (secteur privé) (<ref-ruling> consid. 5.3. et 5.4 p. 412 ss; arrêt 4A_565/2015 déjà cité consid. 2.2.2).
La jurisprudence étant fondée sur l'existence (ou l'absence) d'un besoin de protection de l'employé, il s'impose de tenir compte de la rémunération (effective) de l'employé qui est représentative des revenus qu'il a régulièrement perçus.
En règle générale, on prendra en considération les revenus effectivement perçus par l'employé durant l'année (<ref-ruling> consid. 5.3 et 5.4 p. 412 ss; arrêt 4a_565/2015 déjà cité consid. 2.2 à 2.4; approuvant cette " approche factuelle ": WYLER/HEINZER, Droit du travail, 3e éd. 2014, p. 164).
Exceptionnellement, la représentativité sera toutefois mieux assurée si l'on tient compte de la rémunération effectivement perçue durant la période litigieuse (cf. RICHA/RAEDLER, La qualification du bonus pour les très hauts revenus - suite et fin ?, GesKR 2015 ch. 2.1 p. 567, qui proposent d'examiner si, " dans l'ensemble ", la rémunération du travailleur constitue ou non un très haut revenu). La prise en considération de cette période sera en particulier plus adaptée lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, l'employé a exercé son activité professionnelle seulement pendant quelques mois durant la seconde année litigieuse.
3.3. En l'occurrence, l'employée a exercé son activité professionnelle toute l'année en 2011 et seulement cinq mois en 2012 (jusqu'au 31 mai 2012).
La rémunération perçue pendant cinq mois en 2012 n'étant pas représentative des revenus précédemment réalisés par l'employée, il convient de se fonder sur l'ensemble de la rémunération qu'elle a perçue durant la période litigieuse (de 2011 et 2012, soit 17 mois).
En 2011, l'employée a reçu, au titre de salaire, le montant de 300'000 fr., une " avance sur bonus " de 200'000 fr. (le 6 octobre 2011) et le montant de 264'665 fr. (le 28 février 2011) sur la base du contrat du 20 novembre 2009, soit une rémunération totale de 764'665 fr. A cette somme, il convient d'ajouter le montant de 125'000 fr. perçu par l'employée entre janvier et fin mai 2012. La somme totale s'élève à 889'665 fr.
Pour calculer la valeur seuil, il faut additionner la valeur seuil pour 2011 (12 mois) et celle relative à 2012 (5 mois). Pour l'année 2011, (année impaire), il n'existe pas de données statistiques sur le salaire médian suisse (secteur privé). Celui-ci peut toutefois être déterminé en partant des statistiques établies pour l'année 2010 (année paire). Il résulte des données mises à disposition sur le site internet de l'Office fédéral de la statistique que le salaire médian suisse (secteur privé) en 2010 était un salaire mensuel brut de 5'929 fr. (Tableau TA1_b " Salaire mensuel brut [valeur centrale] selon les divisions économiques, la position professionnelle et le sexe, Secteur privé, Suisse 2010 ", disponible sur le site www.bfs.admin.ch). Pour l'année 2011, le salaire médian peut alors être évalué sur la base de l'indice suisse des salaires nominaux 2011-2015 (Tableau T1.10 disponible sur le site www.bfs.admin.ch), à 5'988 fr. (chiffre arrondi) (5'929 fr. + 5'929 fr. x 1/100, soit la variation en pourcent par rapport à l'année 2010). Pour 2012, la valeur seuil doit être établie sur la base d'un salaire médian de 6'118 fr. (Tableau TA1_b " Salaire mensuel brut [valeur centrale] selon les divisions économiques, la position professionnelle et le sexe, Secteur privé, Suisse 2012 ", disponible sur le site www.bfs.admin.ch]).
Le seuil au-delà duquel on est en présence d'un très haut revenu est donc de 359'280 fr. (5'988 fr. x 12 [mois] x 5) pour 2011 et de 152'950 fr. (6'118 fr. x 5 [mois] x 5) pour 2012, soit un total de 512'230 fr. pour la période litigieuse.
Force est de constater que, pour cette période de 17 mois, la rémunération effectivement perçue par l'employée (889'665 fr.) est supérieure à la valeur seuil portant sur la même période (512'230 fr.). Partant, le bonus de l'employée reste une gratification.
Le moyen tiré de la violation de l'<ref-law> est dès lors infondé.
4.
Dans un ultime moyen, l'employée tente de démontrer que, pour le client BBA, sa participation, prévue contractuellement, est passée de 12,5% à 30% dès le début de l'année 2010. L'employée soutient que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en retenant que le taux de 12,5 % était toujours applicable après 2010.
Dans ce contexte, la recourante se borne cependant à se plaindre d'arbitraire, sans fournir une motivation respectant les exigences des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF. La seule mention de la " pièce 55 " - dont il ressortirait, selon la recourante, que le pourcentage de 30% a été appliqué en 2010 sur tous les revenus (ceux calculés dans le système IMIS et ceux portant sur les fonds internes de la banque) - n'est d'aucune utilité à l'employée, puisque la cour cantonale a retenu que cette pièce mentionne divers montants attribués, non sur la base d'un accord contractuel, mais à titre de bonus discrétionnaire.
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 13'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 15'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 22 juin 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget