Sachverhalt:
A.
Das Regionalgericht Oberland erklärte X._ am 22. Mai 2015 der Pornografie, mehrfach begangen in der Zeit vom 6. April 2012 bis 19. September 2012, durch Besitz von 19 Bildern mit sexuellen Handlungen mit Kindern, Herstellung von ca. 3'500 Bilder mit sexuellen Handlungen mit Kindern und 10 Filmen mit sexuellen Handlungen mit Gewalttätigkeiten sowie durch In-Verkehr-Bringen von 19 Bildern mit sexuellen Handlungen mit Kindern, unter Inkaufnahme, dass diese Bilder Personen unter 16 Jahren zugänglich gemacht werden, schuldig. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 96 Tagessätzen zu Fr. 180.-- bei einer Probezeit von vier Jahren und mit einer Busse von Fr. 4'320.--.
Gegen diesen Entscheid erhob X._ Berufung. Das Obergericht des Kantons Bern sprach ihn am 11. März 2016 der Pornografie (Herstellung von 549 kinderpornografischen Erzeugnissen und 10 Filmen mit sexuellen Handlungen mit Gewalttätigkeiten) schuldig, begangen bzw. festgestellt in der Zeit vom 6. April 2012 bis 19. September 2012. Es verurteilte ihn zu einer teilbedingten Geldstrafe von 70 Tagessätzen zu Fr. 180.--, wobei es die Hälfte als vollziehbar erklärte und die Probezeit auf vier Jahre festlegte. Von den Anschuldigungen der Pornografie (Besitz von 19 Bildern mit sexuellen Handlungen mit Kindern und In-Verkehr-Bringen dieser Bilder, unter Inkaufnahme, dass sie Personen unter 16 Jahren zugänglich gemacht werden), mehrfach begangen in der Zeit vom 6. April 2012 bis 19. September 2012, sprach das Obergericht ihn frei.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei hinsichtlich des Schuldspruchs sowie der Sanktion und den weiteren Verfügungen aufzuheben. Die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
C.
Die Generalstaatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Bern verzichten auf eine Vernehmlassung, letzteres mit zwei Hinweisen. X._ reicht dazu Bemerkungen ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Der angefochtene Entscheid sei nicht genügend begründet, insbesondere aufgrund eines pauschalen und nicht konkretisierten Verweises auf die erstinstanzliche Urteilsbegründung sowie auf die Eingabe der Beschwerdegegnerin zur Frage eines möglichen Fremdzugriffs auf seinen Rechner (Beschwerde S. 3 ff. Ziff. 2 ff.).
1.2. Aufgrund der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 3 Abs. 2 lit. c und Art. 107 StPO sowie <ref-law>) fliessenden Begründungspflicht (<ref-law>) ist das Gericht gehalten, sein Urteil zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass es sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken, muss jedoch wenigstens kurz die Überlegungen nennen, von denen es sich hat leiten lassen und auf die sich sein Urteil stützt. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene in voller Kenntnis der Tragweite des Entscheids die Sache weiterziehen kann und der Rechtsmittelinstanz die Überprüfung der Rechtsanwendung möglich ist (<ref-ruling> E. 3.2.4; <ref-ruling> E. 2.2; je mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> kann das Gericht im Rechtsmittelverfahren für die tatsächliche und die rechtliche Würdigung des angeklagten Sachverhalts auf die Begründung der Vorinstanz verweisen, wenn es dieser beipflichtet (<ref-ruling> E. 1.2.3).
1.3. Die Rüge ist unbegründet. Die Vorinstanz legt zunächst den unbestrittenen Sachverhalt dar (Urteil S. 6 E. 7). Danach geht sie auf die einzelnen Anschuldigungen (E. 8.1 Besitz und In-Verkehr-Bringen von 19 kinderpornografischen Erzeugnissen; E. 8.2 Herstellung von ca. 3'500 Bildern mit sexuellen Handlungen mit Kindern und 10 Filmen mit sexuellen Handlungen mit Gewalttätigkeiten) und auf die Frage eines Fremdzugriffs auf den Rechner des Beschwerdeführers (E. 8.3) ein. Dabei gibt sie jeweils die erstinstanzlichen Erwägungen, die Vorbringen des Beschwerdeführers sowie diejenigen der Beschwerdegegnerin wieder und nimmt anschliessend ihre eigene Würdigung vor (Urteil S. 6-16 E. 8). Hinsichtlich des Fremdzugriffs verweist die Vorinstanz bei ihrer eigenen Würdigung vorab auf die erstinstanzliche Beweiswürdigung, die sie als in jeder Hinsicht korrekt qualifiziert, und macht damit die diesbezüglichen Ausführungen der ersten Instanz zu ihren eigenen (Urteil S. 16 E. 8.3.4). Entgegen der Darlegung des Beschwerdeführers verweist die Vorinstanz hierauf nicht pauschal und vollumfänglich auf die Vorbringen der Beschwerdegegnerin oder übernimmt deren Äusserungen unkommentiert (Beschwerde S. 6 Ziff. 5). Vielmehr nimmt sie auch hier eine eigene Würdigung vor, indem sie festhält, die von der Beschwerdegegnerin vorgebrachten Argumente würden sie vollends überzeugen (Urteil S. 16 E. 8.3.4). Mit diesem Vorgehen verletzt die Vorinstanz weder die Begründungspflicht noch den Anspruch auf rechtliches Gehör des Beschwerdeführers (vgl. Urteil 6B_300/2015 vom 3. Dezember 2015 E. 2.3 zur vereinzelten Bezugnahme auf die Auffassung der Staatsanwaltschaft). Ergänzend legt sie sodann dar, es sei faktisch nicht möglich, den technischen Beweis zu erbringen, der einen Fremdzugriff auf ein Computer-System ausschliesse. Es bestehe regelmässig - wenn auch nur rein hypothetisch - die Möglichkeit, dass sich ein Dritter unbemerkt Zugang zu einem System verschafft habe. Entscheidend sei nur, wie wahrscheinlich ein solcher Fremdzugriff nach Würdigung der gesamten Umstände erscheine. Das Beweisverfahren liefere keine konkreten Anhaltspunkte, die auf einen Fremdzugriff auf den Rechner des Beschwerdeführers würden schliessen lassen. Auch der eingeholte Nachtragsbericht des Fachbereichs Digitale Forensik der Kantonspolizei Bern (FDF) vom 5. November 2015 komme zu keinem anderen Ergebnis. Für die Vorinstanz steht fest, dass ein Fremdzugriff zwar theoretisch möglich, trotzdem aber eine äusserst unwahrscheinliche Variante darstellt (Urteil S. 16 E. 8.3.4). Nicht zutreffend ist die Behauptung des Beschwerdeführers, die Vorinstanz würdige seine Argumente mit keinem Wort (Beschwerde S. 6 f. Ziff. 6). Diese erwägt abschliessend, sie komme in Übereinstimmung mit der ersten Instanz zum Schluss, dass es sich bei der Geltendmachung eines Fremdzugriffs um eine Schutzbehauptung des Beschwerdeführers handle (Urteil S. 16 E. 8.3.4). Ob das vorinstanzliche Urteil bzw. die Beweiswürdigung auch einer Willkürprüfung standhält, ist keine Frage der Begründungspflicht.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung (Beschwerde S. 4 Ziff. 2 und S. 8 ff. Ziff. 8 ff.).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich im Sinne von <ref-law> ist und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nur vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 6.3, 305 E. 1.2; je mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie z.B. im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6.3, 317 E. 5.4; je mit Hinweisen).
2.3. Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung vorbringt, erschöpft sich weitgehend in appellatorischer Kritik, auf die das Bundesgericht nicht eintritt. Grösstenteils setzt er sich mit den schlüssigen Ausführungen der Vorinstanz nicht bzw. nur ansatzweise auseinander und begründet nicht hinreichend, inwiefern die dem Entscheid zugrunde liegende Begründung bzw. der Entscheid im Ergebnis rechts- oder verfassungswidrig sein soll. Er beschränkt sich darauf, seine Sicht der Dinge zu schildern, diese der vorinstanzlichen Beweiswürdigung gegenüberzustellen und darzulegen, seine Auffassung sei derjenigen der Vorinstanz vorzuziehen. So bringt der Beschwerdeführer beispielsweise pauschal vor, ob Hinweise auf einen Fremdzugriff bestehen würden, habe erst die Vorinstanz abgeklärt (Beschwerde S. 12 Ziff. 12). Solche Vorbringen sind nicht geeignet, offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel am Anklagesachverhalt zu wecken. Für die Begründung von Willkür genügt nicht, dass das angefochtene Urteil nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Dies ist auch der Fall, soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Vorinstanz verkenne, dass es diverse Anhaltspunkte für einen Fremdzugriff gebe, die Download-Zeiten, die festgestellte Malware, die Probleme und Fehlermeldungen auf seinem Rechner sowie der ungeschützte Download (Beschwerde S. 12 f. Ziff. 13). So weisen zum Beispiel entgegen seiner Behauptung die sich in den Akten befindenden Downloadzeiten nicht auf einen Fremdzugriff hin (Beschwerde S. 13 f. Ziff. 14), zumal es ohne Weiteres "denkbar" ist, dass er um 1.09 Uhr und 3.57 Uhr vor dem Computer war, obwohl er am nächsten Tag zur Arbeit musste und davor eine intensive Arbeitswoche hatte. Auch ist es "vorstellbar", dass er an einem freien Samstagmorgen um 7.11 Uhr und an einem Sonntagmorgen um 6.00 Uhr verbotene Pornografie heruntergeladen hat. Hinsichtlich der Malware, dem Programm Teamviewer, den angeblichen Problemen und Fehlermeldungen beim Rechner des Beschwerdeführers sowie dem ungeschützten Download im fraglichen Zeitraum (Beschwerde S. 15 ff. Ziff. 15-18) setzt sich dieser nicht mit den einlässlichen Vorbringen der Beschwerdegegnerin auseinander (Urteil S. 14 f. E. 8.3.3), welche die Vorinstanz zu Recht als überzeugend qualifiziert (Urteil S. 16 E. 8.3.4).
2.4. Der Beschwerdeführer wendet ein, es sei falsch, zu argumentieren, ein Fremdzugriff sei unwahrscheinlich, weil ein unberechtigt zugreifender Dritter die Dateien wohl kaum auf einen (fremd-) benutzten Rechner abspeichern würde. Vorliegend habe eben gerade keine manuelle Abspeicherung statt gefunden (Beschwerde S. 9 ff. Ziff. 11).
Der sachverständige Zeuge A._ des FDF führte aus, das Fotoverwaltungsprogramm ACDSee füge automatisch Dateiinformationen und Miniaturansichten auf seiner Datenbank hinzu, während die Bilder durchgesehen würden (Protokoll erstinstanzliche Verhandlung vom 22. Mai 2015 S. 6, kantonale Akten act. 266). Dem Beschwerdeführer ist daher beizupflichten, dass ein allfälliger Fremdzugreifer die fraglichen Dateiinformationen und Miniaturansichten möglicherweise somit nicht bewusst auf der Festplatte seines Computers abspeicherte. Allerdings ist es vertretbar, dass die Vorinstanz den diesbezüglichen Einwand der Beschwerdegegnerin als überzeugend erachtet. Diese wies darauf hin, wer aufgrund seiner Fachkenntnisse in einen fremden Computer einzudringen vermöge, um über diesen Dateien herunterzuladen und auf sein eigenes System zu transferieren, würde auch gleich seine leicht zu entdeckenden Spuren in Form von Miniaturbildern löschen. Ansonsten sei dieser Weg nicht minder riskant als derjenige über eine Tauschbörse und ein solches Vorgehen würde schlicht keinen Sinn ergeben (Urteil S. 14 f.). Sodann bedeutet der Umstand, dass auf der Festplatte keine Originaldateien waren, nicht, dass keine manuelle Abspeicherung statt fand (Beschwerde S. 10 f.). Der Sachverständige gab hierzu an, es könne sein, dass die Bilder gelöscht worden seien oder dass das FDF den originalen Datenträger nicht habe. Das könne zum Beispiel ein USB-Stick sein (Protokoll erstinstanzliche Verhandlung vom 22. Mai 2015 S. 7, kantonale Akten act. 267).
2.5. Insgesamt zeigt der Beschwerdeführer nicht auf, dass und inwiefern das vorinstanzliche Beweisergebnis schlechterdings nicht mehr vertretbar sein sollte. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet, soweit sie den Begründungsanforderungen zu genügen vermag.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini