Sachverhalt:
A.
B._ (Arbeitnehmer, Kläger, Beschwerdegegner) war ab August 2000 Geschäftsführer der C._ AG. Diese fusionierte 2007 mit der D._ AG und firmierte fortan als A._ AG (Arbeitgeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin), wobei der bisherige Direktor der D._ AG zum Direktor der Beklagten ernannt wurde. Der Kläger war neu als Projektleiter für Infrastrukturprojekte vorgesehen. Aufgrund Nichteinigung über die künftigen Anstellungsbedingungen kündigte die Beklagte das Arbeitsverhältnis per Ende April 2008. In der Folge einigten sich die Parteien auf einen neuen, per Mai 2008 in Kraft getretenen Arbeitsvertrag. Nachdem der Kläger mit einer später von der Beklagten vorgeschlagenen Lohnreduktion nicht einverstanden war, kündigte diese das Arbeitsverhältnis per Ende Mai 2010. In der Folge machte der Kläger diverse Ansprüche aus dem Arbeitsverhältnis geltend.
B.
Mit Klage vom 18. November 2011 beim Bezirksgericht Maloja verlangte der Kläger von der Beklagten insgesamt Fr. 164'636.-- nebst Zins, sich zusammensetzend aus Bonus- (Fr. 42'500.--), Überstunden - (Fr. 98'736.--) und Ferienentschädigungsansprüchen (Fr. 23'400.--). Das Bezirksgericht wies die Klage mit Urteil vom 18. Februar 2014 (mitgeteilt am 6. Januar 2015) vollumfänglich ab.
Das Kantonsgericht von Graubünden hiess die Berufung des Klägers teilweise gut und verpflichtete die Beklagte mit Urteil vom 14. Februar 2017 zur Bezahlung von insgesamt Fr. 89'318.15 nebst Zins. Wie das Bezirksgericht verneinte es Bonusansprüche. Hingegen erachtete es einen Überzeitanspruch von Fr. 77'737.05 und einen Ferienentschädigungsanspruch von Fr. 11'581.10 als ausgewiesen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 24. April 2017 beantragt die Beklagte, das Urteil des Kantonsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Klage sei, soweit Fr. 8'212.10 nebst Zins übersteigend, abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde sei kostenfällig abzuweisen. Das Kantonsgericht beantragt ebenfalls Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, verzichtet unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid jedoch auf Gegenbemerkungen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen. Dieselben Begründungsanforderungen gelten auch für die Beschwerdeantwort (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116; je mit Hinweis).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
Beide Parteien stellen in ihren Eingaben einleitend den Sachverhalt zusammengefasst aus ihrer Sicht dar. Die Voraussetzungen für Sachverhaltsvorbringen halten sie dabei allerdings nicht ein - diese Darlegungen sind unbeachtlich. Ebenso wenig zu berücksichtigen sind die weiteren Ausführungen der Parteien zum Sachverhalt, soweit sie auch dabei die Anforderungen nicht einhalten, etwa indem sie die erforderlichen Aktenhinweise nicht machen. Das betrifft insbesondere die Erörterungen des Beschwerdegegners zu seinem Arbeitseinsatz und zu einzelnen von ihm bearbeiteten Projekten.
1.3. Macht eine Partei geltend, das Willkürverbot sei verletzt, genügt es nicht, wenn sie bloss ihre eigene Darstellung derjenigen der Vorinstanz gegenüberstellt und behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Sie hat vielmehr im Einzelnen anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234; je mit Hinweisen). Es gilt auch diesbezüglich das strenge Rügeprinzip nach <ref-law>. Willkür liegt dabei nicht schon vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Der angefochtene Entscheid ist dabei nur aufzuheben, wenn er auch im Ergebnis und nicht nur in der Begründung verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; je mit Hinweisen).
Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Allein dass die vom Gericht gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt noch keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Entsprechend genügt es nicht, lediglich einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. nur etwa Urteil 4A_606/2015 vom 19. April 2016 E. 2.1).
2.
Die Beschwerdeführerin wendet sich in ihrer Beschwerde primär gegen die von der Vorinstanz - im Gegensatz zur Erstinstanz - zuerkannten Entschädigung von Fr. 77'737.05 für Überzeit. Damit habe die Vorinstanz in mehrfacher Hinsicht gegen Bundesrecht verstossen.
2.1. Die Vorinstanz hielt zu diesem Anspruch fest, zu unterscheiden sei zwischen Überstunden nach <ref-law> einerseits und Überzeit gemäss Art. 13 des Bundesgesetzes vom 13. März 1964 über die Arbeit in Industrie, Gewerbe und Handel (Arbeitsgesetz, ArG; SR 822.11) andererseits. Auf eine Entschädigung von Überstunden könne vorgängig durch schriftliche Vereinbarung verzichtet werden (vgl. <ref-law>), während dies für eine Entschädigung von Überzeit nicht bzw. - hier interessierend - nur bis maximal 60 Stunden in einem Kalenderjahr zulässig sei (vgl. <ref-law>). Auf Arbeitnehmer, die eine höhere leitende Tätigkeit ausüben würden (<ref-law>), sei das ArG jedoch nicht anwendbar. Vor diesem Hintergrund sei zu differenzieren: bis Ende Juli 2007 sei der Beschwerdegegner als Geschäftsführer tätig gewesen, was als höhere leitende Tätigkeit zu qualifizieren sei. Ab August 2007 sei er hingegen als Projektleiter Infrastruktur angestellt gewesen. Dabei sei er zwar als leitender Angestellter im Sinne des Privatrechts einzustufen, nicht aber als Arbeitnehmer, der eine höhere leitende Tätigkeit im Sinne von <ref-law> ausübt, weshalb er ab August 2007 dem ArG unterstanden habe. Diese vorinstanzliche Beurteilung wird von der Beschwerdeführerin dem Grundsatz nach ausdrücklich nicht angefochten - entsprechend hat es dabei ohne Weiteres sein Bewenden (E. 1.1).
Einen Anspruch auf Überstundenentschädigung nach <ref-law> verneinte die Vorinstanz für die gesamte Zeit, da in beiden schriftlichen Arbeitsverträgen eine Entschädigung hierfür ausdrücklich ausgeschlossen worden sei. Der Beschwerdegegner hält in seiner Beschwerdeantwort zwar daran fest, dass dieser Ausschluss nicht rechtsgültig gewesen sei. Abgesehen davon, dass er dabei den Sachverhalt erweitert, ohne die diesbezüglichen Vorgaben zu beachten (vgl. E. 1.2), setzt er sich auch nicht weiter mit den entsprechenden Erwägungen der Vorinstanz auseinander, womit er den Begründungsanforderungen nicht genügt (vgl. E. 1.1). Insofern hat es daher ohne Weiteres sein Bewenden mit der vorinstanzlichen Beurteilung.
Einen Anspruch auf Überzeitentschädigung nach <ref-law> verneinte die Vorinstanz für die Tätigkeit des Beschwerdegegners als Geschäftsführer, bejahte ihn hingegen für seine Tätigkeit als Projektleiter Infrastruktur ab August 2007. Zu prüfen bleibe, ob die Mehrarbeit des Beschwerdegegners ausgewiesen und die Überzeit entsprechend zu entschädigen sei. Dabei habe der Arbeitnehmer nachzuweisen, dass er Mehrarbeit geleistet habe und diese angeordnet oder betrieblich notwendig gewesen sei. Der Anordnung gleichgesetzt sei es, wenn der Arbeitgeber von deren Leistung Kenntnis gehabt habe oder hätte haben müssen, dagegen nicht eingeschritten sei und sie damit genehmigt habe (unter Hinweis auf Urteil 4A_42/2001 [recte: 2011] vom 15. Juli 2001 [recte: 2011] E. 5.2). Aus den Akten gehe hervor, dass der Beschwerdegegner unter dem Titel "Zuteilung Stunden-Aufwand auf Projekte" resp. "Projekt-Aufteilung" regelmässig Rapporte eingereicht habe, aus welchen u.a. auch die Anzahl der geleisteten Arbeitsstunden hervorgegangen sei. Diese Rapporte seien von der Beschwerdeführerin jeweils quittiert worden. Aus welchen Gründen die Beschwerdeführerin diese Rapporte gefordert habe, spiele keine Rolle - entscheidend sei nur, dass sie von der Leistung von Mehrarbeit Kenntnis gehabt und nicht ausdrücklich Einsprache dagegen erhoben habe. Ihr Vorbringen, wonach sie den Beschwerdegegner nie aufgefordert habe, die Arbeitsstunden zu rapportieren, stosse deshalb ebenso ins Leere, wie dass es sich bei den eingereichten Rapporten bloss um grobe Schätzungen und Aufteilungen des Aufwands auf die einzelnen Projekte gehandelt habe, die weder kontrolliert noch unterschriftlich genehmigt worden seien. Fest stehe, dass der Beschwerdegegner auf ihre Anordnung monatlich Auskunft über die für die jeweiligen Projekte aufgewendeten Arbeitsstunden gegeben habe und diese Rapporte von der Beschwerdeführerin gegengezeichnet worden seien. Wäre sie mit den Rapporten und den darin aufgeführten Arbeitsstunden nicht einverstanden gewesen, hätte sie dagegen einschreiten müssen. Da sie dies nicht gemacht habe, würden die in den eingereichten Arbeitsrapporten aufgeführten Arbeitsstunden als von ihr genehmigt gelten.
Die hier einschlägige wöchentliche Höchstarbeitszeit betrage 45 Stunden pro Woche (<ref-law>). Bei darüber hinausgehenden Arbeitsstunden handle es sich um Überzeit, die mit einem Zuschlag von mindestens 25 % zu entlöhnen sei. Allerdings seien die ersten 60 Stunden Überzeit in einem Kalenderjahr aufgrund der getroffenen schriftlichen Vereinbarung nicht zu entschädigen (<ref-law>). Dieses Regime gelte für die Arbeitstätigkeit des Beschwerdegegners ab August 2007, doch habe er nur Überzeit ab November 2007 eingeklagt. Unter dem ersten Arbeitsvertrag, gültig bis Ende April 2008, habe der durchschnittliche Stundenlohn Fr. 54.90 betragen, danach Fr. 52.12. Aus den eingereichten Rapporten ergebe sich eine gemäss ArG zu entschädigende Überzeit von insgesamt 1'285 Stunden, die sich wie folgt berechne:
- Kalenderjahr 2007 (November und Dezember) : 32 Stunden
452 Arbeitsstunden, minus Höchstarbeitszeit, minus 60 Stunden.
- Kalenderjahr 2008:
Januar bis und mit April: 216 Stunden
956 Arbeitsstunden, minus Höchstarbeitszeit, minus 20 Stunden.
Mai bis und mit Dezember: 470 Stunden
1'950 Arbeitsstunden, minus Höchstarbeitszeit, minus 40 Stunden.
- Kalenderjahr 2009: 294 Stunden
2'514 Arbeitsstunden, minus Höchstarbeitszeit, minus 60 Stunden.
- Kalenderjahr 2010 (Januar bis und mit Mai) : 273 Stunden
1'233 Arbeitsstunden, minus Höchstarbeitszeit, minus 60 Stunden.
Für die Zeit von November 2007 bis Ende April 2008 mache dies einen Betrag von Fr. 13'615.20 aus, für die Zeit von Mai 2008 bis Ende Mai 2010 einen solchen von Fr. 54'048.45. Nach Abzug der Sozialversicherungsbeiträge von insgesamt Fr. 5'474.-- resultiere ein Nettolohn von total Fr. 62'189.65, was nach Addition des gesetzlichen Zuschlags von 25 % einen Gesamtbetrag von Fr. 77'737.05 ergebe.
2.2.
2.2.1. Gegen diese Beurteilung wendet die Beschwerdeführerin zunächst ein, <ref-law> sei verletzt worden. Denn der Beschwerdegegner habe die Tatsachen, auf die er seinen Anspruch für Mehrarbeit stütze, nicht ausreichend substanziiert vorgetragen, was sie erstinstanzlich in ihrer Klageantwort und in ihrer Duplik entsprechend moniert habe. Der Beschwerdegegner habe in seiner Klage nur pauschal die von ihm in den (jeweils von November bis Oktober dauernden) Geschäftsjahren 2008, 2009 und 2010 angeblich geleistete Arbeitszeit sowie die dadurch behauptetermassen angefallenen Stunden Überzeit angegeben. Bei Überzeitarbeit handle es sich allerdings um geleistete Arbeitszeit, welche die wöchentliche Höchstarbeitszeit nach <ref-law> überschreite. Mit Behauptungen auf (Geschäfts-) Jahresbasis liessen sich von vornherein keine auf Wochenbasis zu bestimmenden Überzeitstunden ableiten, weshalb weder eine substanziierte Bestreitung noch eine gerichtliche Beurteilung möglich gewesen sei. Die Vorinstanz habe dennoch eine Berechnung gestützt auf (Kalender-) Jahresbasis vorgenommen, wobei sie das vermeintliche Tatsachenfundament hierfür selbst in den vom Beschwerdegegner eingereichten Arbeitsrapporten vom November 2007 bis Mai 2010 (Klagebeilage 23) zusammengesucht habe. Da diese Beilage jedoch einzig zum Beweis der globalen Behauptung der Arbeitszeiten in den Geschäftsjahren angerufen worden sei, hätte die Vorinstanz sie nicht zur Vervollständigung und Ergänzung fehlender Behauptungen, etwa zur pro Kalenderjahr geleisteten Arbeitszeit, beiziehen dürfen. Da in diesen Rapporten die Arbeitsstunden ohnehin nur monatsweise und nicht auf Wochen- oder Tagesbasis aufgelistet seien, wäre eine Beurteilung, die auf Wochenbasis erfolgen müsse, selbst dann nicht möglich, wenn darauf abgestützt werden dürfte.
Die Beschwerdeführerin macht damit zweierlei geltend: erstens, rechtsrelevant und entsprechend zu behaupten sei die in jeder einzelnen Woche geleistete Arbeits- und infolgedessen auch Überzeit. Ohne diese Angabe sei eine Anwendung von <ref-law> gar nicht erst möglich. Und zweitens, da der Beschwerdegegner einzig seine Arbeitszeit pro Geschäftsjahr behauptet habe, sei es der Vorinstanz verwehrt gewesen, gestützt auf die von ihm dazu eingereichten Rapporte die Arbeitszeit pro Kalenderjahr zu bestimmen und ihre Berechnungen darauf abzustützen.
2.2.2.
2.2.2.1. Wie weit anspruchsbegründende Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt das materielle Bundesrecht. Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Die Anforderungen an eine substanziierte Bestreitung sind dabei tiefer als die Anforderungen an die Substanziierung einer Behauptung. Der Grad der Substanziierung einer Behauptung beeinflusst den erforderlichen Grad an die Substanziierung einer Bestreitung (Urteil 4A_299/2015 vom 2. Februar 2016 E. 2.3 mit umfassenden Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>).
2.2.2.2. Vorliegend geht es um die Entschädigung für die Leistung von Überzeitarbeit. Anspruchsbegründend und damit vom Arbeitnehmer zunächst zu behaupten, bei Bestreitung alsdann zu substanziieren und schliesslich auch zu beweisen, ist der Umfang der von ihm geleisteten Arbeit, die über die zulässige Höchstarbeitszeit hinausgehen und zudem mehr als 60 Stunden in einem Kalenderjahr betragen muss. Die Kompensation von geleisteter Überzeit durch Freizeit von gleicher Dauer (vgl. <ref-law>) ist demgegenüber eine anspruchsvernichtende Tatsache, die von der Arbeitgeberin zu beweisen ist (siehe hierzu Urteile 4C.142/2005 vom 15. Juni 2006 E. 4.1 und 4.3; 4C.307/2006 vom 26. März 2007 E. 3).
Indem <ref-law> als Grundsatz wöchentliche Höchstarbeitszeiten festlegt, macht er die Woche zur Referenzperiode für die Bestimmung, ob Überzeit geleistet wurde. Zu verstehen ist darunter die Kalenderwoche (ADRIAN VON KAENEL, in: Arbeitsgesetz, Geiser/von Kaenel/Wyler [Hrsg.], 2005, N. 22 und 27 zu <ref-law>; SECO, Wegleitung zum ArG, Oktober 2017, Allgemeines zu <ref-law>). Vom Arbeitnehmer als rechtsbegründende Tatsachen zu behaupten sind daher seine Arbeitszeiten während denjenigen Kalenderwochen, in denen er die wöchentliche Höchstarbeitszeit überschritten haben will. Vom Arbeitgeber als rechtsvernichtende Tatsachen zu behaupten sind hingegen die Arbeitszeiten während denjenigen Kalenderwochen, in denen eine - das Einverständnis des Arbeitnehmers voraussetzende - Kompensation gemäss <ref-law> stattgefunden haben soll. Ohne Einfluss auf das Ausmass der Überzeit bleiben Kalenderwochen, in denen weder die wöchentliche Höchstarbeitszeit überschritten wurde noch eine Kompensation erfolgte. Die Arbeitsleistung ist daher grundsätzlich auf Wochenbasis zu behaupten.
Wird die Arbeitsleistung von einem Arbeitnehmer dennoch - wie hier - zusammengefasst für eine bestimmte längere Zeitspanne (z.B. Monate oder Jahre) vorgetragen, verunmöglicht dies eine Anwendung von <ref-law> allerdings entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht. Denn auch so lässt sich die in concreto massgebliche, diesfalls ebenfalls zusammengefasste Höchstarbeitszeit berechnen, die Frist gemäss Art. 25 Abs. 2 der Verordnung 1 vom 10. Mai 2000 zum Arbeitsgesetz (ArGV 1; SR 822.111) für eine mögliche Kompensation bestimmen sowie die Anzahl betroffener Kalenderjahre im Hinblick auf die 60 nicht zu entschädigenden Stunden Überzeit festsetzen. Abgesehen davon, dass die Last der Zuordnung der behaupteten Arbeitsstunden auf einzelne Kalenderwochen entfällt, ist eine solch zusammengefasste Geltendmachung für den Arbeitnehmer inhaltlich bestenfalls gleichwertig mit einer wochenbasierten Behauptung, nicht aber vorteilhafter. Denn zum einen enthält ein solch zusammengefasstes Vorbringen auch eine (zumindest implizite) Behauptung bezüglich Kalenderwochen mit Kompensationen während dieser Zeitspanne, obwohl der Arbeitnehmer diesbezüglich nicht behauptungsbelastet ist. Zum anderen wirken sich so Kalenderwochen, in denen weder Überzeit geleistet wurde noch eine Kompensation erfolgte, zum Nachteil des Arbeitnehmers aus, indem sich die Überzeit um die unter der wöchentlichen Höchstarbeitszeit liegenden Anzahl Stunden in solchen Kalenderwochen reduziert.
Ein Beispiel soll dies illustrieren : Ob ein Arbeitnehmer, bei dem die wöchentliche Höchstarbeitszeit 45 Stunden beträgt, nun in der Kalenderwoche 12 55 Stunden und in der nächsten 45 gearbeitet hat, dies gerade umgekehrt der Fall war oder er in beiden Wochen je 50 Stunden gearbeitet hat, ist - soweit den hier interessierenden Entschädigungsanspruch betreffend - einerlei (ob es sich damit bei den verwaltungs- oder strafrechtlichen Bestimmungen des ArG anders verhält, kann hier offenbleiben). Die Überzeit beläuft sich stets auf insgesamt 10 Stunden. Hat er in der Kalenderwoche 12 60 Stunden gearbeitet und in der nächsten 40, beträgt die Überzeit in der ersten Woche 15 Stunden. In der Woche mit 40 Arbeitsstunden kann eine Kompensation von 5 Stunden Überzeit erfolgt sein, muss aber nicht - das wäre gegebenenfalls vom Arbeitgeber darzutun. Bei einer solchen Aufteilung der Arbeitslast beläuft sich die Überzeit somit entweder auf 10 oder auf 15 Stunden. Macht nun ein Arbeitnehmer zusammengefasst geltend, während diesen zwei Wochen (addierte Höchstarbeitszeit von 90 Stunden) insgesamt 100 Stunden gearbeitet zu haben, behauptet er 10 Stunden Überzeit. Im Vergleich mit einer wochenweisen Behauptung kann er damit höchstens gleichziehen, nicht aber einen Vorteil erlangen.
<ref-law> dient primär den Interessen des Arbeitnehmers (<ref-ruling> E. 2.5.3 S. 543). Diesem Zweck widerspräche es, aus formalistischen Gründen eine an sich mögliche Beurteilung einer für eine längere Zeitspanne zusammengefasst geltend gemachten Arbeitsleistung abzulehnen, obwohl sich eine solche Geltendmachung rechnerisch höchstens zum Nachteil, nicht aber zum Vorteil des Arbeitnehmers auswirken kann. Dies erst recht auch mit Blick darauf, dass durch die Anwendung von <ref-law> der Beweis sowohl des Umfangs als auch des Bestehens geleisteter Mehrstundenerleichtert werden kann (zit. Urteil 4C.307/2006 E. 3.2 mit Hinweisen).
2.2.2.3. Im Kern zutreffend ist das von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang vorgebrachte Argument, viele Monate enthielten bekanntlich auch angebrochene Arbeitswochen. Wie es sich mit den einzelnen Monaten verhält, ist zwar nicht entscheidend; vielmehr kommt es auf die Zeitspanne an, für die zusammengefasst die Leistung von Überzeit behauptet wird. Bei dieser Zeitspanne muss es sich um eine Kalenderwoche oder ein Mehrfaches davon handeln, denn auch wenn die Arbeitsleistung für eine längere Zeitspanne zusammengefasst geltend gemacht wird, bleibt die Kalenderwoche die Referenzgrösse. Mit angebrochenen Wochen würde (implizit) unterstellt, dass auch in diesen angebrochenen Wochen die wöchentliche Höchstarbeitszeit insgesamt überschritten wurde. Das kann der Fall gewesen sein, muss aber nicht, wobei ohne Behauptungen zur Arbeitsleistung im Wochenteil, der ausserhalb der geltend gemachten Zeitspanne liegt, nicht zu Gunsten des hierfür die Beweislast tragenden Arbeitnehmers davon ausgegangen werden darf.
Dem trug der Beschwerdegegner nicht ausreichend Rechnung, beginnt doch die von ihm geltend gemachte Zeitperiode (1. November 2007 bis 31. Mai 2010) mit einem Donnerstag und endet an einem Montag. Allein dies führt allerdings noch nicht zu einer umfassenden Abweisung eines entsprechenden Entschädigungsanspruchs. Wie ausgeführt, kann der Beweis sowohl des Umfangs als auch des Bestehens geleisteter Mehrarbeit durch die Anwendung von <ref-law> erleichtert werden. Insbesondere in Anbetracht des Ausmasses behaupteter Überzeit sowie der Dauer der geltend gemachten Zeitperiode von insgesamt 2 Jahren und 7 Monaten im Verhältnis zu den davon zu Unrecht erfassten Tagen während angebrochenen Wochen (5 Tage, davon 3 Wochenarbeitstage) ist eine Anwendung von <ref-law> insofern angebracht. Da ohnehin eine erneute Berechnung zu erfolgen hat, wird dies in deren Rahmen entsprechend zu berücksichtigen sein (dazu nachfolgend E. 2.6).
2.2.3. Der Beschwerdegegner behauptete in seiner Klageschrift die von ihm geleistete Arbeitszeit vom 1. November 2007 bis 31. Mai 2010 aufgeteilt nach Geschäftsjahren und berechnete daraus die Überzeit pro Geschäftsjahr. Die Vorinstanz legte ihrer Berechnung der vom 1. November 2007 bis 31. Mai 2010 geleisteten Arbeitszeit hingegen Kalenderjahre zu Grunde, wobei sie diese andere Aufteilung gestützt auf die vom Beschwerdegegner als Beweismittel eingereichten Rapporte vorgenommen haben muss. Somit ging die Vorinstanz bei ihren Berechnungen letztlich von derselben Zeitspanne aus wie sie der Beschwerdegegner geltend machte. Die Anzahl Überzeitstunden ist nicht davon abhängig, ob diese Zeitspanne nun weiter unterteilt wird in Geschäfts- oder Kalenderjahre oder ob auf eine solche Unterteilung verzichtet wird. Ist das Ergebnis dasselbe, interessiert insofern nicht weiter, ob die Vorinstanz gestützt auf die Rapporte eine andere Unterteilung vornehmen durfte.
Im Hinblick auf den neuen Arbeitsvertrag des Beschwerdegegners mit einem geringeren Lohn teilte die Vorinstanz die Arbeitsstunden für das Kalenderjahr 2008 zwischen Januar bis April einerseits, Mai bis Dezember andererseits auf. In seinen Rechtsschriften machte der Beschwerdegegner allerdings zu den von ihm während einzelnen Monaten geleisteten Arbeitsstunden keine Angaben und stellte diesbezüglich keine Behauptungen auf - er wies diese bloss einzelnen Geschäftsjahren zu. Die Vorinstanz nahm ihre Aufteilung gestützt auf die eingereichten Rapporte vor, obwohl der Beschwerdegegner die Sachverhaltsgrundlage dafür nicht behauptet hatte. Mit anderen Worten stellte sie den Sachverhalt insofern von Amtes wegen fest. Obwohl eine Grundlage dafür nicht, jedenfalls nicht ohne Weiteres, ersichtlich ist (vgl. insbesondere Art. 153 und Art. 247 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 ZPO e contrario), äusserte sich die Vorinstanz im angefochtenen Urteil nicht zu ihrem Vorgehen. Mangels entsprechend aufgeschlüsselter Behauptungen des Beschwerdegegners ging es nicht an, die in der Zeit vom 1. November 2007 bis 30. April 2008 geleistete Überzeit auszuscheiden und dem damaligen höheren Stundenlohn zuzuordnen. Weil eine solche Aufteilung gestützt auf die Behauptungen des Beschwerdegegners nicht möglich und daher auch nicht statthaft war, muss dem Entschädigungsanspruch gesamthaft der tiefere Stundenansatz von Fr. 52.12 zu Grunde gelegt werden, was bei der Berechnung entsprechend zu berücksichtigen ist (E. 2.6 hiernach).
2.3.
2.3.1. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, hinsichtlich der geleisteten Arbeitsstunden habe die Vorinstanz die Beweise willkürlich gewürdigt. Entgegen den Feststellungen im vorinstanzlichen Urteil habe der Beschwerdegegner die von ihm geleisteten Arbeitsstunden nicht an die Beschwerdeführerin rapportiert und sei auch nie dazu aufgefordert worden. Eine Kontrolle oder gar Genehmigung dieser Arbeitsstunden sei nicht erfolgt. Diese Rapporte hätten nicht der Erfassung der Arbeitszeit gedient, sondern der nachträglichen groben Schätzung und anteilsmässigen Aufteilung des Aufwands des Beschwerdegegners auf die verschiedenen Projekte, damit die Lohnkosten projektbezogen hätten aktiviert werden können. Das zeige sich auch daran, dass für die Zeit von November 2008 bis Oktober 2009 und November 2009 bis Mai 2010 nur noch Monate später grobe Jahresübersichten erstellt worden seien. Dass darin nicht die effektiven Arbeitsstunden aufgelistet worden seien, werde weiter etwa dadurch belegt, dass in einem Monat trotz Ferienabwesenheit 240 Arbeitsstunden aufgeführt worden seien und die letzte Zusammenstellung bis Ende Mai 2010 bereits am 7. Mai 2010 erstellt und gegengezeichnet worden sei. Der Beschwerdegegner habe selber nicht auf diese Rapporte abgestellt, sonst hätte er nicht zunächst ganze 2'100 Stunden Überzeit behaupten können, was er anschliessend immer wieder reduziert habe. Die vom Beschwerdegegner angerufenen Zeugen hätten die behauptete Überzeitleistung nicht bestätigt. Hingegen habe der ehemalige Delegierte des Verwaltungsrates der Beschwerdeführerin und damals direkter Vorgesetzter des Beschwerdegegners den geschilderten Zweck dieser Rapporte bestätigt und ausgesagt, die effektiven Arbeitsstunden seien damit nicht erfasst oder kontrolliert worden, sondern seien für die Aufteilung irrelevant gewesen. Bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses habe kein Überstunden- oder gar Überzeitguthaben mehr bestanden. Trotz dieser gegen die Zuverlässigkeit der in den Rapporten aufgeführten Arbeitsstunden sprechenden Beweismittel habe die Vorinstanz vollumfänglich auf die dortigen Angaben abgestellt. Bei dieser Würdigung habe sie auch die im Recht liegenden Ausdrucke der elektronischen Agenda des Beschwerdegegners ausser acht gelassen. Die Vorinstanz habe bei ihrer Würdigung einerseits den Sinn und die Tragweite der Rapporte offensichtlich verkannt und andererseits die übrigen Beweismittel, insbesondere die Aussage des ehemaligen direkten Vorgesetzten, gänzlich unberücksichtigt gelassen. Damit sei sie in Willkür verfallen.
2.3.2. Für die Vorinstanz war bei der Beweiswürdigung entscheidend, dass die geleisteten Arbeitsstunden in den Rapporten aufgeführt sind, die Beschwerdeführerin diese Rapporte gegengezeichnet hat und so die Möglichkeit gehabt hätte, dagegen einzuschreiten, sofern sie damit nicht einverstanden gewesen wäre. Indem die Beschwerdeführerin die aufgeführten Stunden nicht beanstandet habe, gälten diese als von ihr genehmigt. Zu welchem Zweck die Rapporte primär erstellt worden sind, erachtete die Vorinstanz insofern als nicht erheblich.
2.3.3. Dass sie Kenntnis von den Arbeitsstunden gemäss Rapporten gehabt hatte und die Möglichkeit zum Einschreiten gehabt hätte, stellt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht in Abrede - darum, ob die Leistung von Überzeit angeordnet resp. genehmigt worden ist, geht es hier infolgedessen nicht (siehe dazu zit. Urteil 4A_42/2011 E. 5.2 mit Hinweisen). Strittig ist vielmehr die von der Vorinstanz als ausgewiesen erachtete Anzahl von Arbeits- und infolgedessen auch Überzeitstunden.
2.3.3.1. Anders als bezüglich der Anordnung resp. Genehmigung von Überzeit kann es beim Beweis von deren Umfang - entgegen der Vorinstanz, die diesbezüglich nicht differenzierte - sehr wohl darauf ankommen, aus welchem Grund Rapporte erstellt worden sind. Denn die Genauigkeit der Erfassung der Stunden kann je nach Zweck unterschiedlich sein. Bei eigentlichen Arbeitszeitkontrollen, die vom Arbeitgeber gegengezeichnet werden, dürfte die aufgeführte Anzahl Stunden regelmässig als genehmigt und auch als ausgewiesen gelten (vgl. dazu auch JUDITH BREGNARD-LUSTENBERGER, Überstunden- und Überzeitarbeit, 2006, S. 220 f.). Bei Rapporten, die erstellt werden, um den Aufwand einzelnen Projekten zuteilen zu können, steht hingegen die prozentuale Aufteilung im Vordergrund, nicht die Stundenzahl, auch wenn diese regelmässig den effektiv erbrachten Arbeitsstunden entsprechen sollte. Dem schenkte die Vorinstanz zu wenig Beachtung, indem sie (auch) bezüglich Nachweis der Anzahl Arbeitsstunden festhielt, das hinter den Rapporten stehende Motiv sei unerheblich. Damit steht allerdings noch nicht fest, dass die Vorinstanz die Tragweite dieser Beweismittel offensichtlich verkannt hat.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Rapporte hätten dazu gedient, den Aufwand auf einzelne Projekte aufzuteilen, wofür in der Tat deren Titel sprechen. Der Beschwerdegegner hatte allerdingsseine Arbeitsstunden bezogen auf die einzelnen Projekte einzutragen, gestützt darauf berechnete sich die prozentuale Aufteilung. Dass die Beschwerdeführerin dabei angeordnet hätte, die einzutragenden Stunden bräuchten nicht wenigstens ungefähr den effektiv erbrachten zu entsprechen, solange bloss die Aufteilung auf die einzelnen Projekte verhältnismässig stimmte, stellte die Vorinstanz nicht fest. Die Beschwerdeführerin bringt insofern zwar vor, es handle sich bloss um grobe Schätzungen. Dass es aber nicht die effektiv geleisteten Stunden sind, die zu schätzen waren, trägt sie nicht vor und allein aus dem Zweck der Rapporte ergibt sich solches ebenfalls nicht, zumal die Stunden einzutragen waren und nicht bloss die prozentuale Aufteilung zu erfassen war.Gegen eine Schätzung, zumindest eine allzu grobe, spricht im Übrigen, dass die Stunden in den Rapporten nicht auf 10er- oder wenigstens 5er-Schritte gerundet worden sind. Indem die Vorinstanz den Zweck dieser Rapporte auch bezüglich dem Nachweis des Umfangs der Arbeitsstunden als unerheblich erachtete anstatt zu differenzieren, hat sie diesen Beweismitteln zwar eine zu grosse Tragweite eingeräumt. Geradezu offensichtlich verkannt hat sie deren Sinn und Bedeutung im konkreten Fall damit in Anbetracht des Vorangehenden allerdings nicht.
2.3.3.2. Zu prüfen bleibt, ob die vorinstanzliche Beweiswürdigung, in der diesen Rapporten die entscheidende Bedeutung zugemessen wurde (siehe E. 2.3.2), insgesamt willkürlich ist.
Daraus, dass der Beschwerdegegner zunächst mehr Überstunden geltend gemacht hatte als in den Rapporten aufgeführt sind und diese Zahl alsdann reduzierte, kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten. Der Beschwerdegegner scheint zwar, zumindest ursprünglich, der Ansicht gewesen zu sein, mehr Arbeitsstunden geleistet zu haben als aufgeführt sind, was bedeutet, dass die Rapporte seines Erachtens zu wenig Stunden ausweisen und insofern ungenau sind. Weshalb er die behaupteten Stunden reduzierte, bleibt aber unbekannt. Nicht ableiten lässt sich daraus, dass die Rapporte aus seiner Sicht generell unzuverlässig sind und es insbesondere auch sein könnte, dass darin mehr als die effektiv geleisteten Stunden aufgeführt sind. Denn dass sich der Beschwerdegegner nunmehr auf eine geringere Anzahl Arbeitsstunden berufen würde als in den Rapporten aufgeführt sind, bringt die Beschwerdeführerin nicht vor.
Die Beschwerdeführerin beruft sich sodann darauf, die vom Beschwerdegegner angerufenen Zeugen hätten zum Umfang der geleisteten Arbeitszeit keine Angaben machen können. Der Beschwerdegegner bezeichnet dies als eine unzutreffende Behauptung. Ein Blick in die von der Beschwerdeführerin angerufenen Befragungsprotokolle zeigt, dass sie die Zeugenaussagen in ihrer Beschwerde bloss auszugsweise wiedergibt. Die Zeugen mögen zwar keine genauen Angaben zum Umfang der Arbeitszeit des Beschwerdegegners gemacht haben, doch sprechen die Aussagen beider für einen grossen Stundenaufwand ( "sicher zeitmässig sehr viel anwesend" resp. "als einen Menschen mit einem sehr grossen Arbeitspensum wahrgenommen. Seine ersten Telefonanrufe kamen so zwischen 6.30 und 7.00 Uhr am Morgen. Auch am Abend hatte ich oft noch Telefonanrufe von ihm, auch nach 18.00 Uhr.").
Unberücksichtigt gelassen habe die Vorinstanz vor allem aber die Aussage des ehemaligen Delegierten des Verwaltungsrats der Beschwerde führerin und damaligen direkten Vorgesetzten des Beschwerdegegners. Dieser habe u.a. ausgesagt, bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses habe kein Überzeitguthaben zu Gunsten des Beschwerdegegners mehr bestanden. Die geltend gemachte Stundenanzahl habe er mit deutlichen Worten als "absoluten Unfug" bezeichnet. Auch habe er bestätigt, dass die Rapporte einzig der Aufteilung des Aufwands auf die einzelnen Projekte gedient hätten, die effektiv geleisteten, wesentlich tieferen Arbeitsstunden hierfür irrelevant gewesen seien und deshalb auch weder kontrolliert noch erfasst worden seien. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, dass sich die Vorinstanz ausdrücklich zu diesem Beweismittel hätte äussern sollen, anstatt es bloss implizit als nicht ausschlaggebend zu erachten. Bezüglich dem Zweck dieser Rapporte, den der Befragte angab, kann auf bereits Gesagtes verwiesen werden (E. 2.3.3.1). Abgesehen davon erscheint es nicht als geradezu willkürlich, dass die Vorinstanz diese Aussage nicht als entscheidend erachtete. Die befragte Person war damals Delegierter des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin und direkter Vorgesetzter des Beschwerdegegners. Vor allem war er es auch, der die fraglichen Rapporte gegengezeichnet und damit legitimiert hat. Er trägt daher - zumindest moralisch - eine persönliche (Mit-) Verantwortung für die jetzige Streitigkeit und dürfte dem Verfahrensausgang nicht neutral gegenüberstehen. Zudem scheinen seine Aussagen nicht frei von Widersprüchen. So will er zwar einerseits die Leistung von Überstunden nicht kontrolliert haben, aber andererseits dennoch bestimmt wissen, dass bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses kein diesbezügliches Guthaben seitens des Beschwerdegegners mehr bestanden hat.
Soweit sich die Beschwerdeführerin darauf beruft, aus den im Recht liegenden Ausdrucken der elektronischen Agenda des Beschwerdegegners ergebe sich, dass dieser gemäss seinen eigenen Einträgen üblicherweise von 8.00 Uhr bis längstens 18.00 Uhr gearbeitet habe, mit entsprechenden Mittagspausen, verweist sie einzig auf diese Beweis mittel. An einem präzisen Aktenhinweis, wo im erstinstanzlichen Verfahren sie die entsprechenden Behauptungen aufgestellt haben will, fehlt es jedoch.
Dass es sich bei den in den Rapporten aufgeführten Stunden nicht um die effektiv geleisteten handelt, leitet die Beschwerdeführerin schliesslich daraus ab, dass in einem Monat trotz einer Woche Ferien 240 Stunden aufgelistet worden seien und dass der Rapport für die Zeit bis Ende Mai 2010 bereits am 7. Mai 2010 erstellt und gegengezeichnet worden sei. Solches wirft in der Tat gewisse Zweifel an der Verlässlichkeit sämtlicher in den Rapporten aufgeführter Stunden auf. Zu berücksichtigen ist allerdings, dass es sich beim Mai 2010 um den letzten Monat des Arbeitsverhältnisses gehandelt hat. Eine andere Handhabung in diesem Monat erscheint daher zumindest nachvollziehbar, weshalb diesbezügliche Zweifel nicht auf frühere Monate durchschlagen.
Nach dem Gesagten bestehen an der Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung Zweifel; eine andere Würdigung wäre eben falls in Betracht zu ziehen, wenn nicht gar vorzuziehen gewesen. Als geradezu willkürlich ist die Würdigungder Vorinstanz, bei der diese entscheidend auf die Stunden abstellte, die in den von der Beschwerdeführerin gegengezeichneten und von dieser nicht beanstandeten Rapporten aufgeführt sind, in Anbetracht der weiteren Beweismittel und bei einer Gesamtwürdigung gleichwohl nicht zu bezeichnen, müsste das vorinstanzliche Ergebnis mit der tatsächlichen Situation doch in klarem Widerspruch stehen.
2.4. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die Vorinstanz habe die Höchstarbeitszeit fehlerhaft berechnet. So sei diese bei ihren Berechnungen von einer Höchstarbeitszeit von 2'160 Stunden pro Kalenderjahr ausgegangen. Richtigerweise sei jedoch von einer Höchstarbeitszeit von 2'340 Stunden auszugehen, entsprechend 52 Wochen à 45 Stunden. Die Vorinstanz begründe nicht, wie sie die von ihr angenommene Höchstarbeitszeit berechnet habe. Soweit die Differenz auf einen Abzug des Ferienanspruchs des Beschwerdegegners (4 Wochen à 45 Stunden) zurückzuführen sein sollte, sei darauf hinzuweisen, dass Ferien bei der Bestimmung der Jahreshöchstarbeitszeit nicht berücksichtigt werden dürfen. Dies ergebe sich zunächst daraus, dass die Überzeit an und für sich auf Wochenbasis zu bestimmen wäre, und sodann aus dem mit der zwingenden Entschädigungsregelung primär verfolgten Zweck, dem Gesundheitsschutz des Arbeitnehmers. Einer Berücksichtigung von Ferien stehe ferner entgegen, dass Ferientage offensichtlich auch einzeln bezogen werden könnten und in den fraglichen Wochen gleichwohl Überzeit geleistet werden könnte. Es sei zudem widersprüchlich, wenn die Vorinstanz an anderer Stelle festhalte, der Beschwerdegegner habe 27.5 Ferientage nicht bezogen, und sie diese Tage bei der Berechnung der Jahreshöchstarbeitszeit dennoch nicht berücksichtige. Werde eine Jahreshöchstarbeitszeit von 2'340 Stunden zu Grunde gelegt, belaufe sich die Überzeit bei ansonsten unveränderten Zahlen auf 820 Stunden anstatt auf 1'285.
Die Vorinstanz begründete in der Tat nicht, wie sie die von ihr zu Grunde gelegte Jahreshöchstarbeitszeit berechnete, sie wies diese nicht einmal offen aus. Erst durch eine entsprechende Rückrechnung erschliesst sich, dass sie von einer Jahreshöchstarbeitszeit von 2'160 Stunden ausging, was 48 Wochen à 45 Stunden entspricht. Naheliegend erscheint die Vermutung der Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz dabei die vier vertraglich vereinbarten Wochen Ferien von den 52 Wochen pro Kalenderjahr abzog. Eine andere Erklärung ist jedenfalls nicht ersichtlich.
Wie Ferien bei der Berechnung von Überzeit grundsätzlich zu berücksichtigen sind, wenn Überzeit nicht spezifisch hinsichtlich einzelner Wochen geltend gemacht wird, sondern zusammengefasst für eine längere Zeitspanne (E. 2.2.2 hiervor), kann hier offenbleiben. Denn fest steht jedenfalls, dass dieselben Arbeitsstunden nicht gleichzeitig unter zwei verschiedenen Titeln - und damit im Ergebnis doppelt - abzugelten sind (vgl. auch Urteil 4C.310/2002 vom 14. Februar 2003 E. 6.2). Dies wäre jedoch der Fall, wenn für eine nicht bezogene Ferienwoche einerseits eine Ferienentschädigung zu bezahlen wäre und andererseits dieselbe (Ferien) Woche bei der Berechnung der Jahreshöchstarbeitszeit nicht mit 45 Stunden berücksichtigt würde. Diesfalls würde nämlich nicht nur die in dieser Woche über die wöchentliche Höchstarbeitszeit von 45 Stunden geleistete Arbeit unter dem Titel Überzeit entschädigt, sondern zudem auch die ersten 45 Stunden. Gleichzeitig käme der Arbeitnehmer in den Genuss einer Ferienentschädigung für ebendiese Woche.
Der Beschwerdegegner machte in seiner Klage geltend, während der beanspruchten Zeitspanne gar keine Ferien bezogen zu haben, und klagte dafür eine Ferienentschädigung ein. Bei seiner Berechnung der Überzeit trug er dementsprechend auch nicht vor, in dieser oder jener Woche resp. überhaupt einmal ferienabwesend gewesen zu sein und deshalb in dieser Zeit nicht gearbeitet zu haben. Konsequenz aus diesem Sachverhaltsvortrag des Beschwerdegegners muss sein, dass nicht im Widerspruch dazu bei der Berechnung der Jahreshöchstarbeitszeit Ferienwochen abzuziehen sind, sondern insofern - im Einklang mit seinen Behauptungen - mit 52 Wochen zu rechnen ist. Dass die Vorinstanz gestützt auf eine ermessensweise Schätzung nach <ref-law> zum Ergebnis gelangte, der Beschwerdegegner habe in dieser Zeit doch 21 Tage Ferien bezogen, vermag hieran nichts zu ändern. Bei der Berechnung (E. 2.6 hiernach) ist daher von einer Jahreshöchstarbeitszeit von 2'340 Stunden auszugehen.
2.5. Bezüglich der Überzeitentschädigung macht die Beschwerdeführerin schliesslich geltend, die Dispositionsmaxime sei verletzt. Der Beschwerdegegner habe für die von ihm behauptete entschädigungsrelevante Überzeit von 1'057 Stunden à Fr. 52.73 einen Betrag von Fr. 55'735.-- brutto beansprucht, ergebend einen Nettobetrag von Fr. 51'226.05. Einen Überzeitzuschlag von 25 % habe er nicht geltend gemacht. Die Vorinstanz habe ihm unter diesem Titel aber Fr. 77'737.05 netto zugesprochen, also Fr. 22'002.05 mehr als beansprucht. Dabei sei die Vorinstanz von 1'285 Stunden Überzeit ausgegangen und habe für eine erste Phase einen Stundenlohn von Fr. 54.90 zu Grunde gelegt. Zudem habe sie einen Zuschlag von 25 % zugesprochen, obwohl auf diesen verzichtet worden sei. Dass die vom Beschwerdegegner beanspruchte, von den kantonalen Instanzen aber abgelehnte Überstundenentschädigung die für die Überzeit erkannte Entschädigung von Fr. 77'737.05 netto übersteige, sei unerheblich. Denn der Beschwerdegegner habe seinen Überzeitanspruch ausdrücklich als Eventualbegehren zu jenem für die Überstunden formuliert, womit diese beiden Forderungen in einem subsidiären Verhältnis zueinander stünden.
Dieses Vorbringen der Beschwerdeführerin fusst auf der Behauptung, der Beschwerdegegner habe für die Entschädigung aus Überzeit einen Eventualantrag gestellt. Dass dies der Fall gewesen wäre, stellte die Vorinstanz jedoch nicht fest - sie ging nicht von einem Eventualbegehren aus. Die Beschwerdeführerin weicht insofern vom vorinstanzlich festgestellten Prozesssachverhalt ab. An der von ihr hierfür zum Nachweis angegebenen Stelle in der Klageschrift (Rz. 50) findet sich die vom Beschwerdegegner vorgenommene Berechnung seines Überzeitanspruchs. Dass er diesen Anspruch - im Übrigen ohne dies in seinen Anträgen eingangs der Rechtsschrift aufzunehmen - als Eventualbegehren gestellt hätte, ist dieser Randziffer aber nicht zu entnehmen. Bereits deshalb verbietet es sich, vom vorinstanzlich festgestellten Prozesssachverhalt abzuweichen bzw. diesen im Sinne der Beschwerdeführerin zu ergänzen. Im Übrigen sei auf die Berechnung des Überzeitanspruchs in E. 2.6 hingewiesen - diese fällt tiefer aus als die vom Beschwerdegegner in seiner Klage angestrengte Berechnung der Überzeitentschädigung. Selbst wenn also von einem Eventualbegehren auszugehen wäre, würde dem Beschwerdegegner damit nicht mehr zugesprochen als beantragt.
Zutreffend ist immerhin, dass der Beschwerdegegner bei dieser Berechnung an der angegebenen Stelle in der Klage den Zuschlag von 25 % nicht einkalkulierte. In der unmittelbar vorangehenden Randziffer erwähnte er diesen aber noch ausdrücklich. Ferner bezog er bei der Berechnung der Überstundenentschädigung den Zuschlag gemäss <ref-law> mit ein (Rz. 26 der Klage). Wenn die Vorinstanz bei dieser Ausgangslage nicht davon ausging, der Beschwerdegegner habe auf den Zuschlag von 25 % nach <ref-law> bei der Überzeitentschädigung verzichtet, ist dies jedenfalls nicht willkürlich - ein Versehen bei der Berechnung scheint hier naheliegender.
2.6. Der Überzeitanspruch des Beschwerdegegners berechnet sich nach dem Gesagten wie folgt: Für die gesamte beanspruchte Zeitspanne vom 1. November 2007 bis zum 31. Mai 2010 stellte die Vorinstanz willkürfrei (E. 2.3) insgesamt 7'105 Stunden geleistete Arbeit fest. Zur Bestimmung der entschädigungspflichtigen Überzeitstunden sind davon zunächst die auf Basis von 52 Wochen à 45 Stunden berechneten Höchstarbeitszeiten (E. 2.4), ausmachend insgesamt 6'045 Stunden, sowie die nicht zu entschädigenden 60 Stunden pro Kalenderjahr, ausmachend insgesamt 240 Stunden, abzuziehen. Daraus resultieren 820 Stunden Überzeit, wovon ermessensweise 6 Stunden für die zu Unrecht geltend gemachten angebrochenen Wochen abzuziehen sind (E. 2.2.2.3). Diese 814 Stunden Überzeit sind mit dem massgeblichen Stundenansatz von Fr. 52.12 (E. 2.2.3) zu multiplizieren, was Fr. 42'425.68 brutto ergibt. Nach Abzug der Sozialversicherungsbeiträge, die sich gemäss unangefochtener Feststellung der Vorinstanz auf insgesamt 8.09 % beliefen, resultiert ein Betrag von Fr. 38'993.44 netto. Unter Einschluss des Zuschlags von 25 % (E. 2.5) beläuft sich der Endbetrag somit auf Fr. 48'741.80. Damit steht dem Beschwerdegegner unter diesem Titel Fr. 28'995.25 weniger zu als ihm die Vorinstanz zusprach (Fr. 77'737.05).
3.
Hinsichtlich des Ferienanspruchs des Beschwerdegegners hielt die Vorinstanz fest, dieser habe unstreitig vier Wochen pro Jahr betragen. Während die Beschwerdeführerin behaupte, der Beschwerdegegner habe alle ihm zustehenden Ferientage und sogar darüber hinaus bezogen, solle nach dessen Vorbringen noch das gesamte Ferienguthaben offen sein.
Wie viele Ferientage der Beschwerdegegner bezogen habe, lasse sich nicht nachweisen, weshalb hier unter Würdigung der besonderen Verhältnisse des konkreten Falls der zu vergütende Entschädigungsanspruch in analoger Anwendung von <ref-law> zu schätzen sei. Der Beschwerdegegner mache seinen Ferienanspruch ab 1. November 2007 geltend. Allerdings beziehe sich der Ferienanspruch nicht auf das Geschäftsjahr, sondern auf das Kalenderjahr. Da das Arbeitsverhältnis nicht erst auf November 2007 begründet worden sei, falle eine anteilsmässige Anrechnung des Ferienanspruchs für die beiden letzten Monate 2007 ohne Einbezug der übrigen 10 Monate dieses Kalenderjahres ausser Betracht. Aufgrund der Aussagen des Beschwerdegegners, wonach er ab November 2007 keine Ferien mehr bezogen habe, müsse davon ausgegangen werden, dass er von Januar bis Oktober 2007 Ferientage in Anspruch genommen habe. Dass für die letzten zwei Monate des Jahres 2007 noch ein Restanspruch bestanden habe, behaupte der Beschwerdegegner nicht substanziiert - soweit er einen Ferienanspruch für das Jahr 2007 geltend mache, sei dieser abzuweisen. Für die Zeit von Januar 2008 bis Mai 2010 kam die Vorinstanz zum Schluss, der Beschwerdegegner habe mindestens 21 Ferientage bezogen. Sein verbleibender Ferienanspruch belaufe sich daher auf maximal 27.5 Tage, wobei die diesbezügliche Unsicherheit zu Lasten der Beschwerdeführerin gehe, welche die Beweislast für den Ferienbezug trage. Bei einem Tagesansatz von Fr. 448.25 ergebe dies Fr. 12'326.85 brutto bzw. Fr. 11'581.10 netto.
Diese ermessensweise Schätzung der bezogenen Ferientage wird in der Beschwerde nicht angefochten. Die Beschwerdeführerin macht aber geltend, der Vorinstanz sei ein offensichtliches Versehen und damit einhergehend eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung unterlaufen. Für die Berechnung einer allfälligen Ferienentschädigung sei nämlich auf die Dauer des gesamten Arbeitsverhältnisses abzustellen. In ihrer Klageantwort habe sie geltend gemacht, der Beschwerdegegner habe seine Ferien bis Ende 2006 vollumfänglich und vom 1. Januar bis 31. Oktober 2007 insgesamt 28 Ferientage bezogen. Der Beschwerdegegner habe diese Behauptung in seiner Replik zu Recht nicht bestritten, sondern - in Verkennung der Rechtslage - lediglich festgehalten, diese Zeit sei irrelevant, da er seinen Ferienanspruch erst ab 1. November 2007 geltend mache. Unter Herrschaft des Verhandlungsgrundsatzes gälten diese Behauptungen damit als anerkannt, wie dies die Erstinstanz denn auch zutreffend festgehalten habe. Das Ferienguthaben des Beschwerdegegners habe somit Ende 2007 einen Negativsaldo von acht Tagen ausgewiesen, weshalb sich sein Ferienanspruch auf maximal 19.5 Tage belaufe, nicht auf 27.5 Tage. Bei ansonsten identischer Berechnungsweise falle der Entschädigungsanspruch infolgedessen um Fr. 3'585.95 [brutto] geringer aus. Bei der Nichtberücksichtigung des unbestrittenen Ferienbezugs von 28 Tagen im Jahr 2007 und des sich daraus ergebenden Negativsaldos von acht Tagen handle es sich um ein offensichtliches Versehen der Vorinstanz und damit um eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts.
Der Beschwerdegegner führt hierzu aus, es treffe nicht zu, dass der behauptete Minussaldo von acht Tagen im Jahre 2007 unbestritten geblieben sei. Vielmehr habe er diese Behauptung erstinstanzlich sowohl in der Replik (Rz. 61) als auch im Plädoyer (Rz. 77) bestritten. Diese Behauptung sei damit gerade nicht anerkannt worden im Sinne von <ref-law>. Entsprechend könne der Vorinstanz auch nicht ein offensichtliches Versehen bei dessen Nichtberücksichtigung vorgeworfen werden. Und selbst wenn der Beschwerdegegner im Jahr 2007 28 Tage Ferien bezogen haben sollte, würde dies noch nicht einen Minussaldo begründen. Vielmehr wäre ein Feriensaldo über die gesamte frühere Anstellungszeit zu errechnen, was die Beschwerdeführerin jedoch nicht getan, ja, nicht einmal versucht habe.
Die Beschwerdeführerin stellt die diesbezüglichen prozessualen Behauptungen beider Parteien im erstinstanzlichen Verfahren zutreffend dar und belegt dies mit exakten Fundstellen. Weiter trifft zu, dass die Erstinstanz in ihrem Urteil ausdrücklich festhielt, aufgrund der Nichtbestreitung durch den Beschwerdegegner stehe in Anwendung der Verhandlungsmaxime fest, dass dieser im Jahr 2007 28 Ferientage bezogen habe. Die Vorbringen des Beschwerdegegners treffen demgegenüber nicht zu. Eine Bestreitung der Behauptung, wonach er seine Ferienansprüche bis Ende 2006 vollumfänglich bezogen und im Jahr 2007 bis Ende Oktober 28 Ferientage genommen habe, ist der von ihm hierfür angegebenen Stelle in seiner Replik nicht zu entnehmen. Eine allfällige Bestreitung im Rahmen des Plädoyers wäre - selbst wenn damit die ersten Parteivorträge an der Hauptverhandlung gemeint sein sollten - aufgrund des doppelten Schriftenwechsels nach Aktenschluss erfolgt (vgl. <ref-law>) und daher grundsätzlich verspätet. Der Beschwerdegegner führt keine Gründe nach <ref-law> an, weshalb er dannzumal noch zu einer solchen Bestreitung berechtigt gewesen sein sollte; solches liegt auch nicht auf der Hand. Bei den weiteren Ausführungen des Beschwerdegegners in der Beschwerdeantwort zu diesem Thema handelt es sich um Sachverhaltsergänzungen, ohne dass die hierfür geltenden Anforderungen berücksichtigt würden (vgl. E. 1.2) - diese Anbringen sind entsprechend unbeachtlich.
Die Vorinstanz hat die unbestrittene und daher in Anwendung der Verhandlungsmaxime und vorbehältlich <ref-law> für das Gericht verbindliche Tatsache des Bezugs von 28 Ferientagen im Jahr 2007 (sowie des vollumfänglichen Bezugs der Ferien bis Ende 2006) durch den Beschwerdegegner unberücksichtigt gelassen. Dabei handelt es sich, worauf die Beschwerdeführerin zutreffend hinweist, um ein offensichtliches Versehen (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>), das zu korrigieren ist. Der ermessensweise geschätzte Ferienanspruch beträgt unter Abzug von acht Tagen noch 19.5 Tage, ausmachend die von der Beschwerdeführerin anerkannten Fr. 8'212.10 netto. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdegegner unter diesem Titel somit Fr. 3'369.-- zu viel zugesprochen (Fr. 11'581.10).
4.
Demnach ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und das vorinstanzliche Urteil aufzuheben. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, dem Beschwerdegegner Fr. 56'953.90 (Fr. 48'741.80 plus Fr. 8'212.10) zuzüglich Zins von 5 % seit dem 9. Juni 2011 zu bezahlen. Soweit weitergehend wird die Klage abgewiesen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich für das bundesgerichtliche Verfahren, die Kosten von Fr. 4'000.-- zu drei Fünfteln der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Fr. 2'400.--) und zu zwei Fünfteln dem Beschwerdegegner (Fr. 1'600.--). Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu leisten. Die Sache ist zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, dem Beschwerdegegner Fr. 56'953.90 zuzüglich Zins von 5 % seit dem 9. Juni 2011 zu bezahlen. Soweit weitergehend wird die Klage abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden zu Fr. 2'400.-- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 1'600.-- dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des kantonalen Verfahrens an das Kantonsgericht von Graubünden, II. Zivilkammer, zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi