Sachverhalt:
A.
X._ wird in der Anklageschrift vom 20. August 2015 vorgeworfen, A._ am Samstag, 16. August 2014, in der von ihm bewohnten Aussenwohnung des Massnahmezentrums B._ in C._ mit einem Messer bedroht und gegen ihren Willen mit ihr den Geschlechts- sowie Oralverkehr vollzogen zu haben. Daneben wird ihm vorgeworfen, gegen das Betäubungsmittelgesetz verstossen zu haben.
Das Bezirksgericht Frauenfeld sprach X._ am 10. Dezember 2015 der qualifizierten sexuellen Nötigung, der qualifizierten Vergewaltigung sowie der Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von fünf Jahren, unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungs- und Sicherheitshaft, sowie zu einer Busse von Fr. 500.00. Das Gericht schob den Vollzug der Freiheitsstrafe zugunsten einer stationären therapeutischen Massnahme auf.
B.
X._ erhob Berufung. Das Obergericht des Kantons Thurgau bestätigte am 30. November 2016 das erstinstanzliche Urteil sowohl im Schuld- als auch im Strafpunkt.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts vom 30. November 2016 sei aufzuheben und er sei freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht beantragt er, es sei eine mündliche Parteiverhandlung im Sinne von <ref-law> anzuordnen.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer macht geltend, er wolle einen persönlichen Eindruck auf die urteilenden Bundesrichter hinterlassen und seine Geschichte persönlich vortragen. Da es sich um ein schweres Delikt handle und sich seine Vorgeschichte straferhöhend auswirke, liege ein begründeter Fall im Sinne von <ref-law> vor. Es sei daher eine mündliche Parteiverhandlung anzuordnen.
Der Beschwerdeführer hat seinen Standpunkt in seiner Rechtsschrift einlässlich dargelegt. Inwiefern im zu beurteilenden Fall besondere Umstände vorliegen sollten, welche die Durchführung einer Verhandlung gebieten würden, legt er nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Die aufgeworfenen Tat- und Rechtsfragen können ohne weiteres aufgrund der Akten entschieden werden. Der Verfahrensantrag ist daher abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
2.
Der Beschwerdeführer rügt die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als willkürlich und wendet sich gegen die Abweisung seines Antrags auf Einholung eines Glaubhaftigkeitsgutachtens.
2.1. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 7.1; je mit Hinweisen). Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 2.5; <ref-ruling> E. 1.5; je mit Hinweisen).
Das Recht auf Abnahme der rechtserheblichen Beweise ist Teil des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Nach der Praxis des Bundesgerichts ist die Prüfung der Glaubhaftigkeit von Beweisaussagen primär Sache der Gerichte (<ref-ruling> E. 4). Zu p rüfen ist, ob die Aussagen verständlich, zusammenhängend und glaubhaft sind. Ebenso ist abzuklären, ob sie mit den weiteren Beweisen in Einklang stehen (Urteil 6B_653/2016 vom 19. Januar 2017 E. 3.2 mit Hinweis). Bei Auffälligkeiten in der Person kann ein Glaubhaftigkeits- beziehungsweise Glaubwürdigkeitsgutachten als sachlich geboten erscheinen (Urteile 6B_427/2013 vom 26. Mai 2014 E. 1.4; 6B_84/2011 vom 28. Juni 2011 E. 2.3.1; je mit Hinweisen). Der Richter verfügt bei der Beantwortung der Frage, ob aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalles ein Sachverständiger beigezogen werden muss, über einen Ermessensspielraum. Eine starre Beweisregel, wonach bei streitigen Aussagen des mutmasslichen Opfers in jedem Fall ein Aussagegutachten anzuordnen wäre, widerspräche dem Grundsatz der freien richterlichen Beweiswürdigung (Urteil 6B_1294/2015 vom 18. Mai 2016 E. 5.1 mit Hinweisen). Zusätzlichen Beweisanträgen ist nur Folge zu leisten, falls weitere Abklärungen entscheiderheblich erscheinen und sich als sachlich geboten aufdrängen. Das Gericht kann das Beweisverfahren hingegen schliessen, wenn es in willkürfreier antizipierter Beweiswürdigung davon ausgehen darf, weitere Ergänzungen vermöchten am relevanten Beweisergebnis nichts Entscheidendes mehr zu ändern (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen).
2.2. Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, die Aussagen von A._ seien weder überzeugend noch genügten sie für eine Verurteilung. A._ sei auch nur oberflächlich befragt worden und nachdem die Staatsanwaltschaft Detailfragen habe stellen wollen, habe sie keine Aussagen mehr machen wollen. Insofern sei eine Konfrontation verunmöglicht worden, weshalb er ein aussagepsychologisches Gutachten beantragt habe. Die Vorinstanz habe den Antrag in antizipierter Beweiswürdigung abgewiesen, obwohl das Gericht gerade nicht über die erforderlichen Fachkenntnisse verfüge, um die Aussagen von A._ beurteilen zu können.
2.3.
2.3.1. Hinsichtlich des beantragten Glaubhaftigkeitsgutachtens erwägt die Vorinstanz, A._ habe angegeben, seit Dezember 2013 an Depressionen zu leiden und einige Zeit in einer psychiatrischen Klinik verbracht zu haben. Eine psychiatrische Diagnose lasse sich den Akten nicht entnehmen. Aus den Aussagen von A._ ergebe sich aber hinreichend, dass die psychische Beeinträchtigung nicht derart schwerwiegend gewesen sei, dass ein Glaubhaftigkeitsgutachten angezeigt gewesen wäre. Ihr Aussageverhalten liefere keine Anhaltspunkte für Auffälligkeiten. Die Aussagen seien vielmehr klar, detailliert, verständlich und zusammenhängend. Auf entsprechende Vorhalte habe sie sofort und adäquat geantwortet.
2.3.2. Der Beschwerdeführer wiederholt im bundesgerichtlichen Verfahren lediglich seinen Beweisantrag und spricht dem Gericht die Fähigkeit ab, zu beurteilen, ob das Aussageverhalten von A._ Anlass für eine Begutachtung gibt. Mit den ausführlichen Erwägungen der Vorinstanz setzt er sich hingegen nicht auseinander. So zeigt er beispielsweise nicht konkret auf, inwiefern die Aussagen von A._ schwer interpretierbar wären oder dass ihr Aussageverhalten sonstwie zu Zweifeln Anlass geben sollte. Allein die Tatsache, dass A._ zeitweise an Depressionen leidet, lässt jedenfalls nicht darauf schliessen, dass ihr jegliche Glaubwürdigkeit abzusprechen wäre. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie den Beweisantrag in antizipierter Beweiswürdigung abweist. Darüber hinaus hatte der Beschwerdeführer sehr wohl Gelegenheit, die Glaubhaftigkeit der Aussagen von A._ zu überprüfen. So machte der Verteidiger anlässlich der Einvernahme vom 12. September 2014 von der Möglichkeit Gebrauch, Ergänzungsfragen zu stellen. Bei der Einvernahme vom 29. April 2015 war der Beschwerdeführer im Übertragungsraum zugegen. Es wurde seinerseits auf Ergänzungsfragen verzichtet.
2.4.
2.4.1. Was die Aussagen von A._ betrifft, so werden diese im erstinstanzlichen Urteil detailliert wiedergegeben, worauf die Vorinstanz teilweise verweist. Zum Tatablauf habe A._ im Wesentlichen ausgeführt, in der Nacht vom 15. auf den 16. August 2014 aus dem Asylheim "rausgeworfen" worden zu sein. Sie habe nicht mehr gewusst, was sie machen soll, sei verzweifelt gewesen und habe mit jemandem reden wollen. Schliesslich sei sie auf den Beschwerdeführer und dessen Freund D._ gestossen. Diese hätten sie getröstet und beruhigt. Anschliessend sei sie in die Wohnung des Beschwerdeführers mitgegangen, wo D._ versucht habe, sich ihr körperlich anzunähern. Wegen des Verhaltens von D._ habe sie die Wohnung wieder verlassen. Später sei sie dann allerdings in die Wohnung zurückgekehrt. Als sie eine Trommel habe holen wollen, sei ihr der Beschwerdeführer ins Schlafzimmer gefolgt. Er habe sie gepackt und gesagt, jetzt sei fertig. Sie habe das Zimmer verlassen wollen und sich am Türrahmen festgehalten. Der Beschwerdeführer habe sie aber immer wieder gezerrt und am Hals gepackt. Er habe gesagt: "Fertig, jetzt musst du lutschen." Er habe sie aufs Bett gestossen. Vom Nachttisch habe er ein Messer genommen und gedroht, sie zu töten. Anschliessend habe er ein Kondom hervorgenommen und sie zum Geschlechts- und Oralverkehr gezwungen.
2.4.2. Die Vorinstanz erwägt, A._ habe zweimal umfassend ausgesagt und den Vorfall bei beiden Einvernahmen übereinstimmend geschildert. Sie habe authentisch und bildhaft ausgesagt, wie der Beschwerdeführer sich plötzlich in seinem Wesen verändert und einen irren Blick bekommen habe. Er sei überhaupt nicht mehr die gleiche Person gewesen wie vorher. Das Kerngeschehen zum Sexualkontakt habe sie widerspruchsfrei und nachvollziehbar geschildert. Die Aussagen verstiessen nicht gegen die logische Konsistenz. Weiter habe sie das vom Beschwerdeführer verwendete Messer detailliert beschreiben können. Sie habe Erinnerungslücken eingestanden und ihre eigenen psychischen Vorgänge und Emotionen geschildert. Sie habe glaubhaft ausgesagt und ihre Angaben im Lauf des Verfahrens weder ergänzt noch zu Ungunsten des Beschwerdeführers abgeändert. Sie habe auch Aussagen zu ihren Lasten gemacht und nicht versucht, sich selber besonders gut darzustellen. Es sei kein Motiv für eine Falschanzeige ersichtlich. Auf ihre Aussagen könne grundsätzlich abgestellt werden.
2.4.3. Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Aussagewürdigung vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür darzutun. Unklar ist, was der Beschwerdeführer meint, wenn er behauptet, die Aussagen von A._ vom 29. August 2014 enthielten keine in Bezug auf das Geschehen sachdienlichen Hinweise. A._ machte in der besagten Einvernahme detaillierte Angaben zur Tat sowie zu den Begleitumständen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Aussagen nicht sachdienlich sein sollten. Auch inwiefern die Befragung oberflächlich gewesen sein soll, legt der Beschwerdeführer nicht konkret dar. Gleiches gilt für die Zeugeneinvernahme vom 12. September 2014. Auch bei dieser Einvernahme hat A._ umfassend ausgesagt. Am 29. April 2015 wurde A._ erneut als Zeugin einvernommen. Sie bestätigte ihre bisherigen Aussagen, wollte jedoch nicht mehr ausführlich aussagen. Dies ändert jedoch nichts daran, dass nicht erkennbar ist, inwiefern die Aussagen von A._ für eine Verurteilung nicht ausreichend sein sollten oder inwiefern die Vorinstanz bei der Würdigung der Aussagen in Willkür verfallen sein soll.
2.5. Ferner wendet der Beschwerdeführer ein, die Vorinstanz habe seine eigenen Aussagen einseitig zu seinen Ungunsten gewürdigt. Für die Ermittlungsbehörden sei, wohl aufgrund seiner einschlägigen Vorstrafe, von Anfang an klar gewesen, dass er sich etwas zu Schulden habe kommen lassen. Sie stelle in erster Linie auf angebliche Widersprüche in seinen Aussagen ab. Dabei lasse die Vorinstanz ausser Acht, dass er sich in einer verzwickten Situation befunden habe. Denn zunächst habe er die ausserehelichen Sexualkontakte nicht zugeben wollen, um seine frische Ehe nicht zu gefährden. Dies dürfe ihm nicht nachteilig ausgelegt werden.
Auch hier belässt es der Beschwerdeführer bei pauschalen Bestreitungen, ohne sich mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Nebst der Tatsache, dass der Beschwerdeführer aussereheliche Sexualkontakte zunächst leugnete, weist die Vorinstanz auf eine Vielzahl weiterer Widersprüche hin. Dies betrifft beispielsweise seine Angaben zum Aufbewahrungsort des Messers. Wenig glaubhaft seien die Aussagen des Beschwerdeführers auch deshalb, weil er sich knapp 16 Monate nach dem Vorfall angeblich plötzlich an neue Details erinnern konnte. Weiter habe der Beschwerdeführer zunächst ausgesagt, A._ nach der Tat nicht mehr angerufen zu haben. Vielmehr sei es A._ gewesen, die ihn kontaktiert habe. Der Telefonauswertung lasse sich allerdings entnehmen, dass der Beschwerdeführer A._ einige Tage nach der Tat kontaktiert hatte. Damit konfrontiert, habe er sich plötzlich nicht mehr erinnern können. Nicht zielführend ist in diesem Zusammenhang der Einwand des Beschwerdeführers, die Ermittlungsbehörden hätten die Telefonauswertung zu seinen Lasten nicht vollständig wiedergegeben. Einerseits erwähnt die Vorinstanz explizit, dass die Kontaktversuche nach dem Übergriff teilweise auch von A._ ausgingen. Andererseits ging es der Vorinstanz vorliegend einzig darum, aufzuzeigen, dass die Behauptung des Beschwerdeführers, er habe A._ nicht mehr kontaktiert, unwahr ist. Schliesslich behauptete der Beschwerdeführer, die Initiative für den Geschlechtsverkehr sei von A._ ausgegangen. Gemäss Vorinstanz trifft dies nicht zu. Dass der Beschwerdeführer an einem sexuellen Kontakt durchaus interessiert gewesen sei, zeige sich daran, dass er A._, nachdem diese die Wohnung kurzzeitig verlassen hatte, mehrmals auf ihrem Mobiltelefon kontaktiert habe. Zudem habe der Beschwerdeführer ihr zwei SMS geschickt und sich für das Verhalten seines "Bruders" (gemeint: D._) entschuldigt. Es ergebe wenig Sinn, sich für das Verhalten seines Freundes zu entschuldigen, wenn die Annäherungsversuche tatsächlich von A._ ausgegangen wären. Vielmehr habe sich der Beschwerdeführer bei ihr entschuldigt, um bei ihr Vertrauen zu wecken. Inwiefern die vorinstanzlichen Schlussfolgerungen willkürlich sein sollten, ist nicht ersichtlich.
Dass die Vorinstanz auf die einschlägigen Vorstrafen des Beschwerdeführers verweist und erwägt, es habe sich bereits in der Vergangenheit gezeigt, dass er durchaus zu derartigen Taten in der Lage imstande sei, ist, entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers, ebenfalls nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
2.6. Schliesslich ist der Beschwerdeführer der Ansicht, das Verhalten von A._ im Nachgang zur Tat werfe Fragen auf. Einerseits sei nicht nachvollziehbar, weshalb sie ihn weiterhin angerufen habe. Andererseits sei sie erst zwei Wochen nach der Tat zur Polizei gegangen und zwar in einem ganz anderen Zusammenhang.
Auch die Vorinstanz erachtet das von A._ nach dem Vorfall gezeigte Verhalten als fragwürdig. So habe sie die Wohnung nicht umgehend verlassen und später versucht, den Beschwerdeführer telefonisch zu erreichen. Daraus könne allerdings nicht gefolgert werden, dass ihre Aussagen falsch seien. Das Verhalten von Opfern sexueller Gewalt stimme oft nicht mit alltagstheoretischen Vorstellungen überein. Sie habe die Tat zunächst verdrängen und nicht wahrhaben wollen. Die Vorinstanz bettet das Verhalten von A._ in den Gesamtzusammenhang ein und begründet es mit sachlichen Argumenten. Sie verfällt dabei nicht in Willkür.
2.7. Zusammengefasst erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Die Beweiswürdigung im angefochtenen Entscheid ist umfassend und nachvollziehbar. Die Vorinstanz setzte sich eingehend mit den Aussagen der Beteiligten auseinander und begründet in nachvollziehbarer Weise, weshalb sie die Aussagen von A._, im Gegensatz zu jenen des Beschwerdeführers, als glaubhaft erachtet. Sie geht zudem auf die Einwände des Beschwerdeführers ein. Nebst den Aussagen stützt sie sich auf verschiedene weitere Beweismittel (Spurensicherung, DNA-Proben, Telefonauswertung). Sie verurteilt den Beschwerdeführer gestützt auf eine willkürfreie Würdigung sämtlicher Beweismittel, die keinerlei Zweifel daran lassen, dass er die ihm angelastete Tat begangen hat. Soweit die Einwände des Beschwerdeführers den erhöhten Begründungsanforderungen überhaupt genügen (vgl. Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>), erweisen sie sich als unbegründet.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär