Sachverhalt:
A.
A.A._ erhielt als Mitglied der Geschäftsleitung der X._ AG in den Jahren 2004-2006 folgende Optionen zugeteilt, wovon jede zum Kauf einer Namenaktie der Muttergesellschaft berechtigen:
Jahr 2004 2005 2006 Anzahl 3000 719 270 Ertrag (Fr.) 1'239'330 167'357 14'359
Gemäss dem damals gültigen Mitarbeiterbeteiligungsreglement konnten die Optionen in den ersten drei Jahren nach Zuteilung nicht veräussert, ausgeübt oder verpfändet werden (Sperrfrist). Während dieser Frist verfielen die Optionen entschädigungslos bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses mit der Gesellschaft aus anderen Gründen als Tod, Invalidität oder Pensionierung (Vesting-Klausel).
Am 11. Juli 2006 erliess der Verwaltungsrat ein neues Beteiligungsreglement, das rückwirkend auch auf die Optionsprogramme 2004-2006 anwendbar ist. Dabei wurde die Vesting-Klausel gestrichen.
Mit Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013 für die Staats- und Gemeindesteuern 2006schätzte das Kantonale Steueramt Zürich A.A._ und B.A._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 502'900.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 13'810'000.-- ein. Die Einschätzung enthielt aufgrund der weggefallenen Vesting-Klausel auch die geldwerten Leistungen aus den im Jahr 2005 und 2006 zugeteilten Mitarbeiteroptionen. Hinsichtlich der im Jahr 2004 erworbenen Titel blieb eine Aufrechnung aus, da eine solche bereits beim Erwerb im Jahr 2004 vorgenommen worden war.
Mit Schreiben vom gleichen Tag (23. Juli 2013) teilte das kantonale Steueramt den Steuerpflichtigen 2006 mit, dass hinsichtlich der direkten Bundessteuer vorgesehen sei, ein steuerbares Einkommen von Fr. 501'000.-- zu veranlagen mit der Aufrechnung der geldwerten Vorteile aus den in den Jahren 2005 und 2006 erworbenen Optionen. Eine Aufrechnung für die im Jahr 2004 erworbenen Titel unterblieb, obschon eine Aufrechnung im Jahr 2004 - im Gegensatz zur Staatssteuer - nicht erfolgt war. Die Veranlagung wurde mit Steuerrechnung vom 5. August 2013 formell eröffnet.
B.
Der weitere Verfahrensablauf bezüglich der Steuerveranlagung 2006 gestaltete sich wie folgt:
Am 22. August 2013 liessen die Steuerpflichtigen durch ihre Steuervertreterin Einsprache erheben gegen "den Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013" mit dem Antrag, der Wertschriftenertrag aus der Zuteilung von 719 Mitarbeiteroptionen (Zuteilung 2005) sei von der Einkommensbesteuerung auszunehmen.
Mit Schreiben vom 29. August 2013 bestätigte das kantonale Steueramt der Steuervertreterin den Eingang ihrer Einsprache "gegen die Einschätzung der Staats- und Gemeindesteuern".
Am 26. September 2013 unterbreitete das kantonale Steueramt im Einspracheverfahren einen Einschätzungsvorschlag betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2006.
Mit gleichem Datum stellte das kantonale Steueramt auch einen Veranlagungsvorschlag betreffend die direkte Bundessteuer 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'749'300.-- zur Stellungnahme zu (reformatio in peius). Die beabsichtigte Schlechterstellung hatte ihren Grund darin, dass die Veranlagungsbehörde zusätzlich den geldwerten Vorteil aus den im Jahre 2004 zugeteilten 3000 Mitarbeiteroptionen im Betrag von Fr. 1'239'330 aufrechnete.
Nach dreimaliger Fristverlängerung liessen die Steuerpflichtigen am 20. Januar 2013 mitteilen, dass sie "an den Einsprachen" (Plural) festhalten würden.
Mit zwei Entscheiden vom 25. April 2014 wies das kantonale Steueramt die Einsprache vom 22. August 2006 hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern 2006 und der direkten Bundessteuer 2006 ab.
C.
Gegen den Einspracheentscheid betreffend die direkte Bundessteuer führten die Steuerpflichtigen Beschwerde beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, der Einspracheentscheid sei ersatzlos aufzuheben, da sie hinsichtlich der direkten Bundessteuer nie Einsprache erhoben hätten. Mit Entscheid vom 31. Oktober 2014 bestätigte das Steuerrekursgericht (mit einer geringfügigen Korrektur) den Einspracheentscheid.
Eine Beschwerde der Steuerpflichtigen hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 11. März 2015 gut und stellte fest, dass bezüglich der direkten Bundessteuer nicht rechtsgültig Einsprache erhoben worden sei.
D.
Hiergegen führt das kantonale Steueramt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Es beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 11. März 2015 betreffend die direkte Bundessteuer 2006 sei aufzuheben und der Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 31. Oktober 2014 sei zu bestätigen.
Die Beschwerdegegner und die Vorinstanz beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Gutheissung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Endentscheid (<ref-law>) einer letzten oberen kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>), der unter keinen der Ausschlussgründe von <ref-law> fällt und gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist. Das kantonale Steueramt ist gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> (SR 642.11) zur Beschwerde berechtigt (Urteil 2C_276/2007 vom 6. Mai 2008 E. 1.1, in: StE 2008 A 32 Nr. 10, RDAF 2008 II 374; Urteil 2C_43/2010 vom 18. Juni 2010 E. 1). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-law>; Urteil 2C_596/ 2012 vom 19. März 2013 E. 1.3; 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.4). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann die Beschwerde daher auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den Entscheid mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht (Motivsubstitution, vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 252; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweis).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), sofern die diesbezüglichen Feststellungen nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Nur in diesem Rahmen kann die Feststellung des Sachverhalts auch durch die Parteien gerügt werden (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62 mit Hinweisen).
2.
Streitig ist vorliegend, ob sich die Einsprache vom 22. August 2013 nur gegen die Einschätzung betreffend die Staats- und Gemeindesteuern vom 23. Juli 2013 richtet oder auch gegen die Veranlagungsverfügung vom 5. August 2013 betreffend die direkte Bundessteuer. Liegt bezüglich der direkten Bundessteuer keine Einsprache vor, so ist die Veranlagungsverfügung vom 5. August 2013 in Rechtskraft erwachsen und wäre die Bundessteuerveranlagung - unter Vorbehalt des Vorliegens eines Revisions-, Berichtigungs- oder Nachbesteuerungsgrundes (Art. 147, 150, 151 DBG) - unabänderlich.
3.
3.1. Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben (<ref-law>). Im Übrigen ist die Einsprache an keine Form gebunden. Insbesondere braucht sie auch keinen gültigen Antrag zu enthalten. Erforderlich ist nur, dass der vorbehaltlose, ausdrücklich oder sinngemäss geäusserte Einsprachewille aus der schriftlichen Eingabe hervorgeht (ausführlich Urteil 2C_554/2013, 2C_555/2013 vom 30. Januar 2014 E. 4.1 mit Hinweisen; Urteil 2C_80/2012 vom 16. Januar 2013 E. 4.3). Massgebend ist eine Würdigung der gesamten Umstände des Einzelfalles (Richner/ Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 44 zu <ref-law>).
Bleibt dennoch unklar, ob ein solcher Wille vorliegt, ist der Einsprecher unter Fristansetzung zu befragen, ob die Eingabe als Einsprache entgegenzunehmen ist (Locher, a.a.O., N. 22 zu <ref-law>; Zweifel/Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, direkte Steuern, 2008, § 20 Rz. 12 S. 258). Dabei kann es aber nur darum gehen, den tatsächlich vorhandenen Willen zu erforschen. Ein Schreiben, das klar nicht als Einsprache gedacht ist, kann nicht im Nachhinein als Einsprache qualifiziert werden. In diesem Fall ist auch keine Nachfrist anzusetzen (Urteil 2C_859/2008 vom 3. Juni 2008, E. 2.1; Locher, a.a.O., N. 22 zu <ref-law>).
3.2. Die zürcherische Terminologie unterscheidet zwischen der Einschätzung bzw. dem Einschätzungsentscheid (für die Staats- und Gemeindesteuern) einerseits und der Veranlagung bzw. Veranlagungsverfügung (für die direkte Bundessteuer) andererseits. Mit schriftlicher Eingabe vom 22. August 2013 erhoben die Beschwerdegegner Einsprache mit dem Rechtsbegehren:
"Bezugnehmend auf den Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013 erheben wir Einsprache mit dem Antrag, vom steuerbaren Einkommen die Wertschriftenerträge 2006 der Optionen X._ (Zuteilung 2005) auszunehmen".
Fraglich ist, ob sich dieser Antrag auch auf die Veranlagungsverfügung vom 5. August 2013 für die direkte Bundessteuer bezieht.
4.
4.1. Das Verwaltungsgericht verneinte diese Frage. Es erwog, die Einsprache vom 22. August 2013 richte sich explizit gegen den "Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013". Aus der Tatsache, dass am 23. Juli 2013 nur der Entscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2006 ergangen sei, sei zu schliessen, dass sich die Einsprache nur gegen diesen Entscheid richte. Das gelte umso mehr, als der Veranlagungsentscheid betreffend die direkte Bundessteuer 2006 erst am 5. August 2013 (formell) eröffnet worden sei. Weiter sei festzustellen, dass der Einsprache inhaltlich nichts zu entnehmen sei, was darauf hindeuten würde, dass die Beschwerdegegner (damalige Beschwerdeführer) gegen die Veranlagungsverfügung hätten Einsprache erheben wollen. Sodann sei ebenfalls festzustellen, dass das kantonale Steueramt am 29. August 2013 den Beschwerdegegnern lediglich den Eingang ihrer Einsprache "gegen die Einschätzung der Staats- und Gemeindesteuern" bestätigt habe. Allein die Tatsache, dass im Zeitpunkt der Einspracheerhebung am 22. August 2013 die Veranlagungsverfügung vom 5. August 2013 bereits zugestellt worden sei, erlaube noch nicht den Schluss, dass sich die Einsprache auch gegen diese Verfügung richte; diesbezügliche Mutmassungen des kantonalen Steueramtes und des kantonalen Steuerrekursgerichts seien rein spekulativer Natur. Vielmehr wäre das kantonale Steueramt bei Zweifeln über den Einsprachewillen gehalten gewesen, Rückfrage bei den Steuerpflichtigen zu nehmen, was es unterlassen habe. Bei der Steuervertreterin handle es sich um eine national und international tätige Steuerberatungsfirma, bei der ohne Weiteres davon ausgegangen werden dürfe, dass sie gegen die Veranlagungsverfügung vom 5. August 2013 explizit Einsprache erhoben hätte, so dies in ihrer Absicht gelegen hätte. Das werde auch durch die Akten bestätigt: Für die Steuerperiode 2005 habe die Steuervertreterin für beide Steuerarten je separat Einsprache eingereicht. Da der Einsprachewille bereits aus der schriftlichen Eingabe hervorgehen müsse, könne sich dieser auch nicht aus einem späteren Verhalten ergeben.
4.2. Das Beschwerde führende Steueramt bringt demgegenüber vor, am Einsprachewillen der Beschwerdegegner bzw. der Steuervertreterin hinsichtlich der direkten Bundessteuer hätten von Anfang an keine Zweifel bestanden. Im Einschätzungsverfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern 2006 und in der Veranlagungsverfügung für die direkte Bundessteuer 2006 sei es materiell um den genau gleichen Sachverhalt gegangen. Die Veranlagung für die direkte Bundessteuer sei im Zeitpunkt der Einspracheerhebung bereits zugestellt gewesen. Die Beschwerdegegner hätten somit im Zeitpunkt der Einsprache Kenntnis gehabt, dass die Steuerbehörde die bestrittene Aufrechnung beim steuerbaren Einkommen von Fr. 181'716.-- (Zuteilungen von Mitarbeiteroptionen 2005 und 2006) nicht nur für die Staats- und Gemeindesteuern, sondern auch hinsichtlich der direkten Bundessteuer vorgenommen habe. Es sei kein Grund ersichtlich, weshalb die Beschwerdegegner bzw. deren Vertreterin mit der Eingabe vom 22. August 2013 nicht auch gegen die Veranlagung der direkten Bundessteuer Einsprache erheben wollten. Dass hinsichtlich der direkten Bundessteuer eine reformatio in peius erfolgen würde und den Beschwerdegegnern zusätzlich weitere Fr. 1'239'330.-- aus den im Jahr 2004 zugeteilten Optionen aufgerechnet würden, sei in diesem Zeitpunkt noch nicht bekannt gewesen. Unter diesen Umständen müsste der Steuervertreterin sogar mangelnde Sorgfalt vorgeworfen werden, wenn sie nicht gegen beide Steuern Einsprache erhoben hätte.
4.3. Die Beschwerdegegner legen dar, dass ihnen die Praxis der Steuerbehörden (getrennte Eröffnung der Einschätzung für die Staats- und Gemeindesteuern und der Veranlagung für die direkte Bundessteuer) bekannt gewesen sei. Im vorliegenden Fall hätten sie nur hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern Einsprache erhoben.
5.
Den grundsätzlichen Ausführungen des Verwaltungsgerichts (vorne E. 4.1) ist beizupflichten. Sie entsprechen der Praxis zur direkten Bundessteuer, wonach als Gültigkeitserfordernis der Einsprache der vorbehaltlose, ausdrücklich oder sinngemäss geäusserte Einsprachewille aus der schriftlichen Eingabe hervorgehen muss. Bei allfälligem Zweifel am Einsprachewillen ist durch Rückfrage zu klären, ob die Steuerpflichtigen Einsprache führen wollten. Nachfolgend ist näher zu prüfen, ob auch der Schluss der Vorinstanz, wonach ein Einsprachewille (hinsichtlich der direkten Bundessteuer) nicht nachzuweisen ist, zutrifft oder ob die Argumente des Beschwerde führenden Steueramts an diesem Ergebnis etwas zu ändern vermögen.
5.1. Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz sind für das Bundesgericht verbindlich, Rechtsfragen prüft es frei (vorne E. 1.2 f.). Wie die Einsprache zu verstehen ist und ob sich daraus ein genügender Einsprachewille hinsichtlich der direkten Bundessteuer ergibt, ist Auslegungsfrage und damit Rechtsfrage. Anwendung findet das Vertrauensprinzip (Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV). Welche Motive dem Handeln der Beschwerdegegner zugrundelagen, ist hingegen Tatfrage. Das gilt auch für die Feststellung, welcher Schluss sich aus den festgestellten Tatsachen natürlicherweise ziehen lässt (sog. natürliche Vermutung). Das Bundesgericht prüft diese nur innerhalb der durch Art. 97 und 105 Abs. 2 BGG gesetzten Schranken (zur Kasuistik bezüglich Unterscheidung von Tat- und Rechtsfrage ausführlich Meyer/Dormann, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 28 ff. zu <ref-law>).
5.2. Grundlage ist die schriftlich ausformulierte und eingereichte Einsprache vom 22. August 2013. Nach dem Wortlaut bezieht sich der Einspracheantrag nur auf den Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013 ("Bezugnehmend auf den Einschätzungsentscheid vom 23. Juli 2013 erheben wir Einsprache mit dem Antrag..."). Auch in der Einsprachebegründung findet nur der "Einschätzungsentscheid" Erwähnung. Zitiert wird einzig der Kommentar zur zürcherischen Einkommenssteuer. Auch der Entscheid des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 20. November 2002 (RB 2002 Nr. 96, in: StE 2003 B 21.2), auf den in der Einsprache Bezug genommen wird, hat nur diese zum Gegenstand. Auf die direkte Bundessteuer finden sich in der Einsprachebegründung keine Hinweise.
Aufgrund dieser Gegebenheiten zog die Vorinstanz den Schluss, dass sich der im schriftlichen Dokument zum Ausdruck kommende Einsprachewille nur gegen die Einschätzung der Staats- und Gemeindesteuern richtet. Diese natürliche Vermutung ist nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz hat diesbezüglich den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig festgestellt.
5.3. Für die Auslegung der Einsprache nach dem Vertrauensprinzip ist auch das Motiv der Einsprechenden zu beachten. Das kantonale Steueramt macht geltend, dass die Einspracheerhebung hinsichtlich der direkten Bundessteuer 2006 im Interesse der Beschwerdegegner lag, weshalb auf einen entsprechenden Einsprachewillen geschlossen werden muss.
Zutreffend ist, dass es bei den Staats- und Gemeindesteuern 2006 wie auch bei der direkten Bundessteuer 2006 um die gleiche Problematik geht, nämlich die einkommenssteuerliche Behandlung der im Jahr 2005 zugeteilten Optionen. Bei einer Anfechtung der Bundessteuerveranlagung mussten die Beschwerdegegner aber damit rechnen, dass die Veranlagungsbehörde die unvollständige Veranlagung bemerken und die geldwerte Leistung aus den im Jahr 2004 zugeteilten Mitarbeiteroptionen auch bei der direkten Bundessteuer erfassen werde. Diese beläuft sich auf ein Vielfaches der geldwerten Leistung der im Jahr 2005 zugeteilten Optionen. Für die Annahme, dass die Steuervertreterin solche Überlegungen nicht angestellt habe, bestehen indessen keine Anhaltspunkte. Damit besteht auch keine natürliche Vermutung für eine solche Annahme durch das Beschwerde führende Steueramt. Immerhin war die Steuervertreterin mit der Frage des Zeitpunkts der Besteuerung der von der Arbeitgeberin zugeteilten Mitarbeiteroptionen sowohl für die Beschwerdegegner wie auch für ein weiteres Mitglied der Geschäftsleitung wiederholt (so auch vor Bundesgericht, Urteil der Steuervertreterin bekannt) befasst. Wenn daher die Vorinstanz die Vermutung des Steueramtes zum Motiv der Einsprechenden, dass diese auch die direkte Bundessteuer in ihre Einsprache miteinbeziehen wollten, als blosse Spekulation zurückgewiesen hat, hat sie den Sachverhalt ebenfalls nicht offensichtlich unrichtig festgestellt.
Die weiteren von der Vorinstanz festgestellten Sachverhaltselemente gaben dem Beschwerde führenden Steueramt keinen Anlass zu Beanstandungen.
5.4. Das kantonale Steueramt bringt in rechtlicher Hinsicht vor, es hätte sich überspitzten Formalismus vorwerfen lassen müssen, wenn es bei der hier gegebenen Sach- und Rechtslage hinsichtlich der direkten Bundessteuer auf die Einsprache nicht eingetreten wäre. Der Einwand ist unbegründet. Überspitzter Formalismus als eine besondere Form der Rechtsverweigerung (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 641 mit weiteren Hinweisen) liegt vor, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt ist, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 5 S. 253; <ref-ruling> E. 5.4.1 S. 183). Von einem überspitzten Formalismus wäre vorliegend zu sprechen, wenn die Einsprachebehörde trotz erkennbarem Einsprachewillen auf die Einsprache nicht eingetreten wäre. Bei fraglichem Einsprachewillen hingegen ist durch Rückfrage beim Steuerpflichtigen der wahre Wille zu ermitteln. Ist ein Einsprachewille weder erkennbar noch fraglich fehlt es an einer Verfahrensvoraussetzung und ist auf die Einsprache nicht einzutreten. Das kantonale Steueramt kann sich nicht auf die eigene Unterlassung berufen, um einen Einsprachewillen zu bejahen.
5.5. Zuzugeben ist aber, dass sich die Beschwerdegegner widersprüchlich verhielten, wenn sie sich auf das Einspracheverfahren bei der direkten Bundessteuer einliessen. Auf die Frage, ob sich in diesem Verhalten ein Einsprachewille offenbart, wie das Beschwerde führende Steueramt annimmt, ist noch zurückzukommen (E. 5.6 hiernach). Vorerst ist auf den auch für Private im Verkehr mit den Behörden geltenden Grundsatz von Treu und Glauben und das Verbot des Rechtsmissbrauchs (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7.1 S. 403; für Verfahren: <ref-ruling> E. 2b/aa S. 375) einzugehen. Danach sind verfahrensrechtliche Einwendungen so früh wie möglich, das heisst nach Kenntnisnahme eines Mangels bei erster Gelegenheit, vorzubringen. Wer sich auf das Verfahren einlässt, ohne den Verfahrensmangel rechtzeitig vorzubringen, verwirkt in der Regel den Anspruch auf spätere Anrufung der vermeintlich verletzten Verfahrensvorschrift (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 336; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 21; <ref-ruling> E. 4.3 S. 496 f.). Vorliegend geht es allerdings nicht um die Missachtung einer Verfahrensvorschrift, sondern um das Fehlen einer Verfahrensvoraussetzung, d.h. einer gültigen Einsprache. Fehlt es bereits an dieser, kann ein Sachurteil nicht ergehen. Auch die Berufung auf den Grundsatz von Treu und Glauben ist somit nicht zielführend.
Dazu kommt, dass auch das kantonale Steueramt entgegen dem Grundsatz von Treu und Glauben gehandelt hat, indem es trotz fehlender Einsprache einen Einschätzungsvorschlag hinsichtlich der direkten Bundessteuer unterbreitet hat. Das Interesse an der Offenhaltung der Veranlagung rechtfertigt ein solches Vorgehen nicht. Bei zweifelhaftem Einsprachewillen sind vielmehr die Einsprecher unter Fristansetzung zu befragen, ob die Eingabe als Einsprache entgegenzunehmen ist.
5.6. Es stellt sich hingegen die Frage, ob die Einlassung der Beschwerdegegner auf das Einspracheverfahren auf einen Einsprachewillen schliessen lässt. Im Schreiben vom 20. Januar 2013 teilten die Beschwerdegegner dem kantonalen Steueramt mit, an den Einsprachen (Plural) festhalten zu wollen. Eine Erklärung für ihr Verhalten sind die Beschwerdegegner schuldig geblieben trotz Bestehens eines Prozessrechtsverhältnisses und der Verpflichtung der Parteien, sich nach dem Grundsatz von Treu und Glauben zu verhalten. Dieses Verhalten kann aber verschiedene Ursachen haben. Annahmen über die möglichen Gründe wären daher rein spekulativ. Auch müsste sich der Einsprachewille bereits aus der schriftlichen Eingabe ergeben und müsste er bereits im Einsprachezeitpunkt vorhanden gewesen sein. Es bedeutet daher keine unvollständige Feststellung des Sachverhalts oder Verletzung von Bundesrecht, wenn die Vorinstanz aus dem nachträglichen Verhalten keine Schlüsse für die Auslegung der Einsprache gezogen hat.
5.7. Weitere Argumente, welche die Ansicht des Beschwerde führenden kantonalen Steueramtes stützen könnten, werden nicht geltend gemacht. Es folgt aus dem Gesagten, dass die am 5. August 2013 eröffnete Veranlagung für die direkte Bundessteuer 2006 in Rechtskraft erwachsen ist und der Einschätzungsvorschlag vom 26. September 2013 materiell auf eine Nachbesteuerung abzielt. Die nach <ref-law> erforderliche Mitteilung der Einleitung eines Nachsteuerverfahrens könnte diesfalls in der Zustellung des Einschätzungsvorschlags vom 26. September 2013 erblickt werden. Diese Mitteilung ist deklaratorischer Natur und bezweckt, dass die steuerpflichtige Person ihre Rechte, und namentlich den Anspruch auf rechtliches Gehör, angemessen wahren kann (vgl. Peter Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, N. 4 f. zu <ref-law> mit Hinweis auf die Urteile 2C_533/2008 und 2C_537/ 2008, beide vom 7. August 2009). Die Frage einer allfälligen Nachbesteuerung wurde durch die Vorinstanzen bislang nicht geprüft.
6.
6.1. Eine Nachsteuer ist einzufordern, wenn sich ergibt, dass die Veranlagung aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, zu Unrecht unterblieben oder unvollständig ist (<ref-law>). Das heisst, die Veranlagung muss objektiv gesetzwidrig erscheinen. Ein Verschulden der steuerpflichtigen Person ist nicht erforderlich (Vallender/Looser, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2b, 2. Aufl. 2008, N. 5 zu <ref-law>). Eine Nachbesteuerung ist aber trotz objektiv gesetzwidriger Veranlagung ausgeschlossen, wenn die steuerpflichtige Person Einkommen und Vermögen vollständig und genau angegeben hat (<ref-law>). Nicht bekannt sind Tatsachen und Beweismittel, wenn sie der Steuerbehörde im Zeitpunkt der Veranlagung bei Anwendung von gehöriger Sorgfalt nicht bekannt sein konnten. Die Veranlagungsbehörde darf aber grundsätzlich von der Richtigkeit und Vollständigkeit der vom Steuerpflichtigen gemachten Angaben ausgehen und ist zu weitergehenden Untersuchungen nur verpflichtet, wenn konkrete Anhaltspunkte bestehen, dass die Angaben unvollständig sein könnten (ausführlich Vallender/Looser, a.a.O., N. 7 ff. zu <ref-law>; ferner RICHNER ET AL., a.a.O., N. 15 ff. zu <ref-law> mit Kasuistik; ausführlich Urteil 2A.182/2002 vom 25. April 2003, E. 3.3, in: ASA 73 S. 482, StE 2003 B 97.41 Nr. 15, RDAF 2003 II S. 622). Der Einbezug der Frage der Nachbesteuerung bedeutet keine Ausdehnung des Verfahrens über den Streit- und Anfechtungsgegenstand hinaus, sondern nur eine Beurteilung des Verfahrens- und Streitgegenstandes unter neuen rechtlichen Gesichtspunkten. Dass der Sachverhalt in der Frage der Vollständigkeit der Deklaration (<ref-law>) noch weiterer Abklärung bedarf, stellt ebenfalls keine solche Verfahrensausdehnung dar.
6.2. Ob die Voraussetzungen für die Durchführung eines Nachsteuerverfahrens vorliegend erfüllt sind, wurde durch die Vorinstanzen bisher nicht geprüft. Die Reglementsänderung mit Rückwirkung für laufende Optionsverhältnisse stellt besondere Anforderungen an die Bescheinigungspflicht der Arbeitgeberin, aber auch an die Deklarationspflicht des Arbeitnehmers, weil mit dem Wegfall der Vesting-Klausel die sofortige Steuerbarkeit der geldwerten Vorteile eintritt. Die Pflicht zur vollständigen Wahrnehmung der Bescheinigungs- und Deklarationspflichten gilt umso mehr, als Anhaltspunkte bestehen, dass der Reglementsänderung durch die Arbeitgeberin steuerliche Motive zugrunde gelegen haben könnten. Vorliegend darf aufgrund des Urteils 2C_138/ 2010, 2C_139/2010 vom 2. Juni 2010 E. 4 (in: StE 2010 B 22.2 Nr. 21) auch als bekannt vorausgesetzt werden, dass die Besteuerung sämtlicher Einkünfte aus den Optionszuteilungen 2004, 2005 und 2006 spätestens im effektiven Realisationszeitpunkt 2006 (Vesting-Zeitpunkt) erfolgen muss. Weshalb diese Besteuerung hinsichtlich der direkten Bundessteuer unterblieb, geht aus den dem Bundesgericht vorliegenden (unvollständigen) Akten nicht hervor. Es ist daher zu prüfen, ob die Arbeitgeberin und die Steuerpflichtigen ihre Bescheinigungs- und Deklarationspflichten erfüllt haben. Indem die für die direkte Bundessteuer zuständige Dienststelle auf die Einschätzung der kantonalen Steuern abgestellt hat, ohne die Besteuerung für die direkte Bundessteuer näher zu prüfen, hat möglicherweise auch sie sorglos gehandelt. Zur Abklärung dieser und weiterer Fragen rechtfertigt es sich, die Sache an das kantonale Steuerrekursgericht zurückzuweisen. Dieses wird die nötigen Abklärungen treffen und neu entscheiden müssen. Den Parteien ist das rechtliche Gehör zu gewähren.
7.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts ist aufzuheben und die Sache für die zusätzlichen Abklärungen und zu neuem Entscheid an das kantonale Steuerrekursgericht zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens dringt das Beschwerde führende Steueramt teilweise durch. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem Beschwerdeführer und den Beschwerdegegnern, diesen unter solidarischer Haftung, je zur Hälfte aufzuerlegen. Die Beschwerdegegner haben Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 11. März 2015 wird aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen. Im übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer und den Beschwerdegegnern, diesen unter solidarischer Haftung, je zur Hälfte (Fr. 2'000.--) auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich 2. Abteilung und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann