Sachverhalt:
A.
Mit Urteil vom 18. März 2016 (SK.2015.45) verurteilte das Bundesstrafgericht, Strafkammer, A._ wegen Beteiligung an einer kriminellen Organisation und Widerhandlungen gegen das Ausländergesetz (Förderung des rechtswidrigen Aufenthaltes in der Schweiz und versuchte Förderung der rechtswidrigen Einreise in die Schweiz) zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und acht Monaten. Mit Beschluss vom gleichen Datum verfügte das Bundesstrafgericht, Strafkammer, dass der Verurteilte zur Sicherung des Strafvollzuges (vorerst befristet bis zum 17. Juni 2016) in Sicherheitshaft zu behalten sei. Mit Beschlüssen vom 14. Juni bzw. 8. September 2016 verlängerte die Strafkammer die Sicherheitshaft je bis zum 16. September bzw. 16. Dezember 2016. Das schriftlich begründete Strafurteil vom 18. März 2016 des Bundesstrafgerichtes wurde dem Verurteilten am 30. August 2016 eröffnet.
B.
Am 30. September 2016 stellte der Verurteilte beim Bundesstrafgericht ein Haftentlassungsgesuch. Am gleichen Tag erhob er gegen das Strafurteil vom 18. März 2016 Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht (Verfahren 6B_1132/2016). Mit Verfügung vom 6. Oktober 2016 wies das Bundesstrafgericht, Vorsitzender der Strafkammer, das Haftentlassungsgesuch vom 30. September 2016 ab.
C.
Gegen die Verfügung des Bundesstrafgerichtes vom 6. Oktober 2016 gelangte der Verurteilte mit Beschwerde in Strafsachen vom 2. November 2016 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und seine unverzügliche Haftentlassung.
Das Bundesstrafgericht und die Bundesanwaltschaft beantragen mit Stellungnahmen vom 8. bzw. 9. November 2016 je die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer replizierte am 15. November 2016.

Erwägungen:
1.
Die Strafkammer des Bundesstrafgerichtes hat am 18. März 2016 als erstinstanzliches Strafgericht geurteilt und am 6. Oktober 2016, auf entsprechendes Haftentlassungsgesuch des Beschwerdeführers vom 30. September 2016 hin, auch noch den hier angefochtenen Haftentscheid gefällt (vgl. Art. 231-233 StPO). Die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht ist zulässig gegen Entscheide des Bundesstrafgerichtes (Art. 80 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Es liegt ein grundsätzlich anfechtbarer Haftentscheid der Strafkammer des Bundesstrafgerichtes vor.
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Strafsachen sind ebenfalls erfüllt und geben zu keinen weiteren Vorbemerkungen Anlass.
2.
In prozessualer Hinsicht macht der Beschwerdeführer zunächst geltend, das Bundesstrafgericht sei nach Eröffnung des schriftlich begründeten Strafurteils (vom 18. März 2016) am 30. August 2016 für eine Haftprüfung gar "nicht mehr zuständig" gewesen. Seiner Ansicht nach hätte die Vorinstanz am 30. August 2016 noch "die Verlängerung der Sicherheitshaft verfügen müssen, damit er dies zusammen mit dem Urteil in der Hauptsache hätte anfechten können". "So" aber sei er "gezwungen" gewesen, "ein separates Haftentlassungsgesuch zu stellen". Auch habe "keine gesetzliche Grundlage" für die vom Bundesstrafgericht verfügte Haftfortdauer bestanden. Darin liege eine Verletzung des Willkürverbotes bzw. von <ref-law>.
Diese Argumentation hält einer Überprüfung nicht stand. Zunächst legt der Beschwerdeführer nicht dar, weshalb die Strafkammer des Bundesstrafgerichtes am 30. August 2016 eine förmliche Verlängerung der Sicherheitshaft hätte verfügen müssen. Nachdem die Strafkammer die Sicherheitshaft bereits mit Beschlüssen vom 14. Juni bzw. 8. September 2016 (und gestützt auf Art. 230 bzw. Art. 231 i.V.m. <ref-law>) je bis zum 16. September bzw. 16. Dezember 2016 förmlich verlängert hatte, lag am 30. August 2016 ein gültiger Hafttitel vor und bestand für die Strafkammer damals kein Anlass, von Amtes wegen eine weitere Haftprüfung vorzunehmen (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1-2.3.2 S. 96 f.). Eine solche erfolgte dann erst am 6. Oktober 2016 aufgrund des Haftentlassungsgesuches des Beschwerdeführers vom 30. September 2016.
Darüber hinaus steht die vom Beschwerdeführer erhobene Kritik im Widerspruch zu seinem eigenen prozessualen Verhalten: Einerseits hat er am 30. September 2016 (und damit zeitgleich mit seiner Beschwerde ans Bundesgericht gegen das Strafurteil) ein Haftentlassungsgesuch beim Bundesstrafgericht gestellt. Anderseits wirft er der Vorinstanz vor, sie habe eben dieses Haftentlassungsgesuch am 6. Oktober 2016 zu Unrecht behandelt und geprüft. Dass diese das Haftentlassungsgesuch - auch angesichts der zeitlichen Überschneidung sowie in Nachachtung des Beschleunigungsgebotes und eines wirksamen Rechtsschutzes in Haftsachen - entgegennahm und materiell behandelte, erscheint nicht bundesrechtswidrig (Art. 5 Abs. 2 und Art. 233 StPO i.V.m. <ref-law>; vgl. Urteil des Bundesgerichtes 1B_136/2013 vom 22. April 2013 E. 2.2; Marc Forster, in: Basler Kommentar StPO, 2. Aufl., Basel 2014, Art. 233 N. 1 Fn. 2 und 4; Niklaus Schmid, Praxiskommentar StPO, 2. Aufl., Zürich 2013, Art. 233 N. 1a). Ebenso wenig lässt das Vorgehen der Vorinstanz einen prozessualen Rechtsnachteil des Beschwerdeführers erkennen, welcher ihr anzulasten wäre.
3.
In materieller Hinsicht bestreitet der Beschwerdeführer den besonderen Haftgrund der Fluchtgefahr. Er rügt neben einer Verletzung von <ref-law> u.a. einen Verstoss gegen <ref-law> und Art. 5 Ziff. 1 EMRK. Den dringenden Tatverdacht eines Vergehens oder Verbrechens (als allgemeinen Haftgrund, vgl. Art. 221 Abs. 1 Ingress StPO) stellt er hingegen nicht in Abrede.
3.1. Die Annahme von Fluchtgefahr setzt ernsthafte Anhaltspunkte dafür voraus, dass die beschuldigte Person sich dem Strafverfahren oder der zu erwartenden Sanktion durch Flucht entziehen könnte (<ref-law>). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes darf die Schwere der drohenden Sanktion zwar als ein Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden. Sie genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen. Vielmehr müssen die konkreten Umstände des betreffenden Falles, insbesondere die gesamten Lebensverhältnisse der beschuldigten Person, in Betracht gezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 62; <ref-ruling> E. 4a S. 70; je mit Hinweisen). So ist es zulässig, die familiären und sozialen Bindungen des Häftlings, dessen berufliche Situation und Schulden sowie Kontakte ins Ausland und Ähnliches mitzuberücksichtigen. Auch bei einer befürchteten Ausreise in ein Land, das die beschuldigte Person grundsätzlich an die Schweiz ausliefern bzw. stellvertretend verfolgen könnte, wäre die Annahme von Fluchtgefahr nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3d S. 36 f.). Eine gewisse Erhöhung bzw. Konkretisierung der Fluchtneigung kann sich im Einzelfall auch aus dem Umstand ergeben, dass eine erstinstanzliche Verurteilung zu einer langjährigen unbedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe erfolgt ist (vgl. Urteile 1B_251/ 2015 vom 12. August 2015 E. 3.1; 1B_157/2015 vom 27. Mai 2015 E. 3.1; 1B_108/2015 vom 27. April 2015 E. 5.1; 1B_377/2014 vom 1. Dezember 2014 E. 3.1; 1B_88/2014 vom 2. April 2014 E. 4.3; je mit weiteren Hinweisen).
3.2. Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, <ref-law>) wegen strafprozessualer Haft erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffes die Auslegung und Anwendung der StPO frei. <ref-law> gelangt bei strafprozessualen Zwangsmassnahmen nicht zur Anwendung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 189; <ref-ruling> E. 2 S. 125; 340 E. 2.4 S. 346). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f.).
3.3. Die Vorinstanz begründet den Haftgrund der Fluchtgefahr wie folgt: Beim Beschwerdeführer handle es sich nach dessen Angaben um einen irakischen Staatsbürger. Im Jahre 2010 habe er sein Heimatland (aus politischen Gründen) verlassen, um nach Syrien zu gehen, wo er mehr als ein Jahr gelebt habe. Im Jahre 2012 sei er via Türkei und Italien in die Schweiz gereist. Hier habe er um Asyl ersucht, was er zuvor erfolglos in Syrien und in der Türkei versucht habe. Aufgrund einer Verletzung sei er an den Rollstuhl gebunden. Bis 2013 habe er in der Schweiz in einem Altersheim gelebt. Anschliessend sei er im Paraplegikerzentrum in Nottwil/LU medizinisch behandelt und mehrfach operiert worden. Vor seiner Verhaftung am 21. März 2014 habe er in Beringen/SH gewohnt. Seine Identität sei unklar bzw. nicht mit Sicherheit erstellt. Es drohe ihm ein längerer Strafvollzug. Seine befristete Aufenthaltsbewilligung B sei nach dem Strafurteil vom 18. März 2016 widerrufen worden; der Widerruf sei noch nicht rechtskräftig. Über eine Arbeitsbewilligung verfüge er nicht, und ein Arbeitsplatz stehe ihm auch künftig nicht in Aussicht. Soziale Bezugspunkte, welche eine Integration in der Schweiz erwarten liessen, habe er nicht. Trotz Invalidität habe er sich vor seiner Einreise in die Schweiz agil in diversen Staaten bewegt. Und vor seiner Verhaftung habe er Kontakte zu irakischen und syrischen Schleusern gepflegt.
3.4. Was der Beschwerdeführer einwendet, lässt die von der Vorinstanz dargelegte Fluchtgefahr nicht dahinfallen. Dies gilt namentlich für seine Vorbringen, die Ausführungen des angefochtenen Entscheides zu seiner "persönlichen Situation" träfen auf beliebige straffällige Ausländer in der Schweiz zu, seine Aufenthaltsbewilligung sei noch nicht rechtskräftig widerrufen worden, oder die ihm vorgeworfenen Schlepperaktivitäten bezögen sich auf Einreisen in die Schweiz und nicht auf Ausreisen bzw. eine Flucht aus der Schweiz.
Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, indem sie die dem Beschwerdeführer drohende empfindliche Freiheitsstrafe, seine Kontakte zu internationalen Schleusern, seine Reisegewandtheit, seine mangelnde soziale Integration in der Schweiz sowie seine irakische Herkunft insgesamt als ausreichend konkrete Fluchtindizien einstufte. Zwar kritisiert der Beschwerdeführer die Erwägung der Vorinstanz als willkürlich, wonach seine Identität (aufgrund der Untersuchungsergebnisse) "unklar" sei. Selbst wenn diese Erwägung unzutreffend oder unpräzise wäre, erwiese sich der angefochtene Entscheid jedoch im Ergebnis als bundesrechtskonform: Die oben genannten konkreten Indizien sprächen auch dann für eine erhöhte Fluchtneigung, wenn die Identität bzw. die echten Personalien des Beschwerdeführers mit Sicherheit feststünden.
3.5. Unbegründet ist in diesem Zusammenhang auch die beiläufig erhobene Rüge, die Entscheidbegründung der Vorinstanz halte vor <ref-law> bzw. dem Grundrecht auf rechtliches Gehör nicht stand. Dem angefochtenen Entscheid lassen sich die wesentlichen Erwägungen entnehmen, weshalb die Vorinstanz den Haftgrund der Fluchtgefahr bejaht hat. Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Begründung des angefochtenen Entscheides es dem Beschwerdeführer geradezu verunmöglicht hätte, den Rechtsweg ans Bundesgericht wirksam zu beschreiten.
4.
Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, die von ihm ausgestandene strafprozessuale Haft sei schon bei Einreichung seines Haftentlassungsgesuches "längst nicht mehr verhältnismässig" gewesen. Er habe sich damals schon seit 927 Tagen in Haft befunden. Bis zur Einreichung der Haftbeschwerde an das Bundesgericht seien noch einmal über 30 Tage hinzugekommen. Dies entspreche insgesamt fast 60 % der ihm drohenden Strafe, bei Anrechnung einer vorzeitigen bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug sogar fast 90 %.
4.1. Gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich abgeurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt (vgl. auch <ref-law>). Bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer ist namentlich der Schwere der untersuchten Straftaten Rechnung zu tragen. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 275; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; 270 E. 3.4.2 S. 281; <ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; je mit Hinweisen). Bei der Prüfung der zulässigen Haftdauer ist der Möglichkeit einer bedingten Entlassung aus dem ordentlichen Strafvollzug (nach rechtskräftiger Verurteilung, <ref-law>) nur in Ausnahmefällen Rechnung zu tragen, nämlich wenn bereits im hängigen Strafverfahren aufgrund der konkreten Umstände absehbar ist, dass (nach einer Verurteilung mit Strafvollzug) eine bedingte Entlassung mit grosser Wahrscheinlichkeit erfolgen dürfte (Urteile 1B_330/2015 vom 15. Oktober 2015 E. 4.1; 1B_250/2009 vom 24. September 2009 E. 3.4-3.5; 1B_234/2008 vom 8. September 2008 E. 3-4; vgl. BSK StPO-Forster, a.a.O., Art. 227 N. 9; Niklaus Schmid, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl., Zürich 2013, Rz. 1020).
4.2. Der Beschwerdeführer wurde zu vier Jahren und acht Monaten (d.h. ca. 1'680 Tagen) Freiheitsstrafe erstinstanzlich verurteilt. Er weist selber darauf hin, dass die bisher erlittene strafprozessuale Haft noch nicht in grosse Nähe der zu erwartenden Freiheitsstrafe gerückt ist. Die blosse Möglichkeit einer allfälligen bedingten Entlassung aus dem ordentlichen Strafvollzug ist (nach der oben dargelegten Praxis) im strafprozessualen Haftprüfungsverfahren grundsätzlich noch nicht an die erstandene Haft anzurechnen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Er ist amtlich verteidigt, befindet sich schon seit längerer Zeit in strafprozessualer Haft und legt seine finanzielle Bedürftigkeit nachvollziehbar dar. Die gesetzlichen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege sind erfüllt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
2.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2. Dem amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Remo Gilomen, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- (pauschal, inkl. MWSt) ausgerichtet.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster