Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Winterthur verurteilte X._ am 17. April 2013 wegen mehrfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Freiheitsstrafe von 15 Monaten und einer Busse von Fr. 300.--. Ferner ordnete es eine ambulante Behandlung im Sinne von <ref-law> an, zu deren Gunsten es den Strafvollzug aufschob.
Am 25. Februar 2016 eröffnete die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen mehrfacher Sachbeschädigung.
B.
Mit Verfügung vom 11. April 2016 hob das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich (JUV) die ambulante Massnahme auf und beantragte dem Bezirksgericht Winterthur die Anordnung einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law>, unter Aufschub des Strafvollzugs.
Die Staatsanwaltschaft Winterthur-Unterland ersuchte am 2./8. Juni 2016 darum, ein Ergänzungsgutachten einzuholen. X._ beantragte am 29. August 2016, auf den Antrag des JUV sei nicht einzutreten, eventualiter sei das Verfahren bis zum Abschluss des laufenden Strafverfahrens zu sistieren, subeventualiter sei von der Anordnung einer stationären Massnahme abzusehen und die Freiheitsstrafe unter Anrechnung der Untersuchungshaft sowie unter angemessener Anrechnung der durch die bisherige ambulante Massnahme entstandenen Freiheitsbeschränkungen zu vollziehen. Zur Begründung seines Hauptantrags führte er aus, das JUV sei sachlich nicht zuständig gewesen, über die Aufhebung der ambulanten Massnahme zu entscheiden, womit seine diesbezügliche Verfügung nichtig sei. Gemäss <ref-law> wäre die allenfalls bisher erfolglose ambulante Behandlung durch das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht aufzuheben. Folglich dürfe das Bezirksgericht auf den Antrag des JUV nicht eintreten.
C.
Das Bezirksgericht wies am 5. September 2016 den Nichteintretens- und Sistierungsantrag von X._ ab und beschloss, ein Ergänzungsgutachten einzuholen.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 6. Dezember 2016 ab.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der obergerichtliche Beschluss und Dispositiv-Ziffer 1 und 2 des bezirksgerichtlichen Beschlusses seien aufzuheben sowie auf den Antrag des JUV sei nicht einzutreten und von der Einholung eines Gutachtens sei abzusehen. Eventualiter sei der obergerichtliche Beschluss aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E.
Mit Eingabe vom 13. Februar 2017 beantragt X._, der Beschwerde in Strafsachen sei aufschiebende Wirkung zu erteilen. Die Staatsanwaltschaft Winterthur-Unterland, das Bezirksgericht Winterthur, das JUV und das Obergericht verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Beschluss vom 6. Dezember 2016 schliesst das kantonale Verfahren weder ganz noch teilweise ab. Es handelt sich folglich um einen Zwischenentscheid. Gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide über die Zuständigkeit steht gemäss <ref-law> die Beschwerde offen. Mit seiner Beschwerde wendet sich der Beschwerdeführer in erster Linie gegen die vorinstanzliche Feststellung, wonach das Bezirksgericht Winterthur für die Prüfung des Antrags des JUV zuständig ist. Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (<ref-ruling> E. 4 S. 338; <ref-ruling> E. 1.1 S. 131). In der Hauptsache geht es um die Folgen der Aufhebung der ambulanten Behandlung (vgl. <ref-law>), mithin den Vollzug von Strafen und Massnahmen, wogegen die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (vgl. <ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, der vorinstanzliche Beschluss verletze <ref-law>. Er argumentiert, da am 25. Februar 2016 gegen ihn eine Strafuntersuchung wegen mehrfacher Sachbeschädigung eröffnet worden sei, wäre gemäss <ref-law> zwingend das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht für eine allfällige Aufhebung der ambulanten Behandlung zuständig. Somit sei das JUV im Zeitpunkt seiner Verfügung vom 11. April 2016 sachlich nicht zuständig gewesen, über die Aufhebung der ambulanten Massnahme zu entscheiden und einen Antrag an das Bezirksgericht betreffend Prüfung einer Massnahme im Sinne von <ref-law> zu stellen. Die Verfügung des JUV sei daher fehlerhaft und nichtig, weshalb das Bezirksgericht - auch zufolge eigener Unzuständigkeit - nicht auf den darin gestellten Antrag hätte eintreten dürfen.
2.2. Die Vorinstanz stellt fest, das JUV habe den Vollzug der ambulanten Behandlung des Beschwerdeführers gestützt auf <ref-law> aufgehoben, da es deren Fortführung als aussichtslos betrachtete. Den Vollzugsakten sei zu entnehmen, dass die Therapeutin des Beschwerdeführers den Behandlungsauftrag bereits am 9. Dezember 2015 mangels Kooperationsbereitschaft zurückgegeben habe. Ihrer Meinung nach wäre eine stationäre Behandlung geeigneter, nachhaltige Besserungserfolge zu erzielen. Dieser Ansicht habe sich die den Beschwerdeführer nach dessen Festnahme vom 2. März 2016 in der Klinik Hard behandelnde Therapeutin angeschlossen. Am 25. Februar 2016 habe die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl gegen den Beschwerdeführer eine Strafuntersuchung wegen Sachbeschädigung, mutmasslich begangen in der Zeit vom 1. November 2015 bis 2. Februar 2016, eröffnet. Diese neuerliche Delinquenz sei jedoch für den Entscheid des JUV nicht massgebend gewesen. Dessen Erwägungen und den Vollzugsakten sei vielmehr zu entnehmen, dass die Massnahme nicht gradlinig verlaufen sowie geprägt gewesen sei von positiven Konsumkontrollen, Kontrollentzügen, Klinikeinweisungen, Kontaktabbrüchen, einem Wegzug des Beschwerdeführers und einem Strafbefehl wegen Urkundenfälschung sowie Übertretungen des Betäubungsmittelgesetzes. Die neue Strafuntersuchung werde in den Vollzugsakten nicht erwähnt und sei offensichtlich weder Ursache noch Anlass für den Therapieabbruch gewesen.
Die Vorinstanz erwägt, die Zuständigkeit zur Aufhebung einer erfolglosen ambulanten Massnahme gehe gemäss <ref-law> nur dann an das für die Beurteilung der neuen Straftat zuständige Gericht über, wenn der Täter (gerade) damit zeige, dass mit dieser Behandlung die Gefahr weiterer mit seinem Zustand in Zusammenhang stehender Taten voraussichtlich nicht abgewendet werden kann. Es handle sich um einen Sonderfall der Erfolgslosigkeit, der einen sogenannten Symptomcharakter des neuen Delikts voraussetze. Es treffe zu, dass mit der Zuständigkeitsregelung Doppelspurigkeiten abgeschafft und die Gefahr widersprechender Anordnungen vermieden werden sollten, mit dem Ziel, dass eine einzige Instanz eine zusammenfassende Beurteilung der aktuellen Situation des Täters vornehme. Sei jedoch die Aufhebung der Massnahme unabhängig von der neuerlichen Delinquenz deshalb zu prüfen, weil sie sich aufgrund mangelnder Kooperation des Verurteilten als aussichtslos oder zu seiner erfolgreichen Behandlung als ungenügend respektive nicht angezeigt erweise, könne nicht von einer zwingenden Zuständigkeit des mit der neuerlichen Delinquenz befassten (respektive noch nicht befassten) Gerichts ausgegangen werden. Vielmehr handle es sich dann um den Regelfall, bei dem die Vollzugsbehörde zur Aufhebung der erfolglosen ambulanten Massnahme zuständig sei und hinsichtlich der sich daraus ergebenden Konsequenzen Antrag beim Gericht stelle.
Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass das JUV sachlich zuständig war. Der Beschwerdeführer habe dessen Verfügung nicht angefochten und sie erweise sich auch nicht als nichtig. Ebenso wenig sei zu beanstanden, dass das Bezirksgericht Winterthur auf den Antrag des JUV betreffend Anordnung einer stationären Massnahme eingetreten sei. <ref-law> sei nicht verletzt.
2.3.
2.3.1. Die vorinstanzliche Begründung verletzt kein Bundesrecht. Sowohl das JUV als auch das Bezirksgericht sind in Anwendung von Art. 63a Abs. 2 lit. b i.V.m. <ref-law> aus nachstehenden Gründen für die Aufhebung der ambulanten Behandlung bzw. die Prüfung der Folgen der Aufhebung sachlich zuständig. Damit kann offenbleiben, ob von einer allfälligen sachlichen Unzuständigkeit des JUV auf die Nichtigkeit dessen Entscheids geschlossen werden könnte (siehe hierzu <ref-ruling> E. 11.2 S. 260; <ref-ruling> E. 3.1 S. 503; je mit Hinweisen). Da die Zuständigkeit des Bezirksgerichts von jener des JUV abhängt, ist diese ebenfalls Gegenstand der nachfolgenden Beurteilung, obwohl die Verfügung des JUV unangefochten in Rechtskraft erwuchs.
2.3.2. Die Argumentation des Beschwerdeführers würde dazu führen, dass nach der Eröffnung einer Strafuntersuchung eine bestehende ambulante Behandlung in jedem Fall nur noch durch das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht aufgehoben werden kann. Eine solche ausschliessliche Zuständigkeit ist dem Gesetz indessen nicht zu entnehmen. Dieses sieht grundsätzlich vier Gründe vor, aus denen eine ambulante Behandlung aufgehoben werden kann: 1. erfolgreicher Abschluss (<ref-law>), 2. Aussichtslosigkeit (<ref-law>), 3. Erreichen der gesetzlichen Höchstdauer im Sinne von <ref-law> und 4. Erfolglosigkeit (<ref-law>; vgl. ferner: Art. 63a Abs. 4 i.V.m. Art. 95 Abs. 3-5 und <ref-law>; SCHWARZENEGGER/HUG/JOSITSCH, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl. 2007, § 9 S. 245; kritisch hinsichtlich der Gesetzesredaktion: GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II: Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 9 N. 93 Fn. 95). Den Entscheid über die Aufhebung einer Massnahme infolge erfolgreichen Abschlusses, Aussichtslosigkeit oder Erreichen der gesetzlichen Höchstdauer trifft gemäss <ref-law> die Vollzugsbehörde. Es handelt sich dabei um eine typische Vollzugsentscheidung, die nach Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs beim Bundesgericht mit Beschwerde in Strafsachen angefochten werden kann (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 52 für die stationäre Massnahme).
Nach rechtskräftiger Aufhebung der ambulanten Behandlung durch die Vollzugsbehörde hat im Regelfall das in der Sache zuständige Gericht (vgl. <ref-law>) auf Antrag der Vollzugsbehörde über die Rechtsfolgen zu befinden. Ist die Behandlung erfolgreich abgeschlossen, wird die aufgeschobene Freiheitsstrafe nicht mehr vollzogen (<ref-law>). Wird die ambulante Behandlung wegen Aussichtslosigkeit oder Erreichen der gesetzlichen Höchstdauer aufgehoben, obliegt es dem Gericht darüber zu entscheiden, ob die aufgeschobene Strafe zu vollziehen (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>), eine stationäre therapeutische Massnahme nach den Art. 59-61 StGB (<ref-ruling> E. 3.4 S. 252) oder eine (neue) ambulante Behandlung nach <ref-law> (vgl. Urteil 6B_68/2016 vom 28. November 2016 E. 5.4, zur Publikation vorgesehen) anzuordnen ist (<ref-law>). Nach dem Gesagten sind die Kompetenzen zur Aufhebung einer Massnahme und dem Entscheid über die Konsequenzen der Aufhebung nach dem ausdrücklichen Willen des Gesetzgebers grundsätzlich zwischen der Vollzugsbehörde und dem Sachgericht zweigeteilt (vgl. <ref-ruling> E. 2.6 S. 53 für die stationäre therapeutische Massnahme).
2.3.3. Eine Ausnahme von dieser Zweiteilung ist in <ref-law> vorgesehen: Begeht der Täter während der ambulanten Behandlung eine Straftat und zeigt er damit, dass mit dieser Behandlung die Gefahr weiterer mit dem Zustand des Täters in Zusammenhang stehender Taten voraussichtlich nicht abgewendet werden kann, so wird die erfolglose ambulante Behandlung durch das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht aufgehoben. Demnach ist im Falle neuer Delinquenz während der ambulanten Behandlung das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht sowohl für die Aufhebung der erfolglosen ambulanten Behandlung als auch für die Regelung der Folgen zuständig (Art. 63a Abs. 3 i.V.m. Art. 63b Abs. 2, 4 und 5 StGB; Botschaft vom 21. September 1998 zur Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes sowie zu einem Bundesgesetz über das Jugendstrafrecht, BBl 1999 2092 f. Ziff. 213.442; vgl. auch MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht, Bd. I, 3. Aufl. 2013, N. 29 zu <ref-law>, die von einem Sonderfall hinsichtlich der Zuständigkeit schreibt).
Das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht ist folglich nur für die Aufhebung bzw. die Überprüfung der ambulanten Behandlung zuständig, wenn der Erfolg der Massnahme durch das neue Delikt in Frage gestellt wird. Jedoch führt neue Delinquenz nicht zwingend zur Aufhebung der ambulanten Behandlung (vgl. Urteil 6B_460/2011 vom 16. September 2011 E. 2.6 mit Hinweisen); es bedarf vielmehr eines Symptomcharakters des neuen Delikts, d.h. es muss zeigen, dass die Gefahr, der die Massnahme begegnen soll, durch die ambulante Behandlung voraussichtlich nicht zu beheben ist (BBl 1999 2092 Ziff. 213.442; zum Ganzen: HEER, a.a.O., N. 18 ff. zu <ref-law>). Mit dieser ausserordentlichen Zuständigkeit des für die Beurteilung der neuen Tat zuständigen Gerichts sollen Doppelspurigkeiten und Widersprüchlichkeiten vermieden werden (BBl 1999 2092 Ziff. 213.442).
2.3.4. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ergibt sich weder aus dem Gesetzeswortlaut noch aus den Materialien oder dem Sinn und Zweck der grundsätzlichen Zweiteilung der Zuständigkeit, dass die ambulante Behandlung nur noch vom Gericht aufgehoben werden kann, sobald der Täter eine neue Straftat begeht. Vielmehr lässt die Gesetzessystematik darauf schliessen, dass nach dem Grund der Aufhebung zu differenzieren ist (vgl. HEER, a.a.O., N. 23 zu <ref-law>). Bei erfolgreichem Abschluss, Aussichtslosigkeit oder Erreichen der gesetzlichen Höchstdauer ist die Vollzugsbehörde für die Aufhebung der ambulanten Behandlung zuständig (Grundsatz, <ref-law>). Einzig im gesetzlich klar umschriebenen Ausnahmefall, in dem die Massnahme allenfalls infolge neuer Delinquenz bzw. Erfolglosigkeit aufzuheben ist, ist das neue Gericht zuständig (HEER, a.a.O., N. 29 zu <ref-law>).
2.3.5. Eine ausschliessliche Zuständigkeit des neuen Gerichts nach eröffneter Strafuntersuchung wäre auch aus sachlichen Gründen nicht vertretbar. Beispielsweise müsste die Vollzugsbehörde eine ambulante Behandlung bis zum Urteil des Gerichts weiterführen, obwohl sie diese für aussichtslos erachtet oder die gesetzliche Höchstdauer erreicht ist. Im vorliegend zu beurteilenden Fall würde dies dazu führen, dass die ambulante Massnahme zwar formell weitergeführt wird, der Beschwerdeführer jedoch faktisch nicht behandelt wird. Dies wäre mit dem Sinn und Zweck des Massnahmenrechts (vgl. hierzu: <ref-ruling> E. 3b S. 251; HEER, a.a.O., N. 1 ff. Vor <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.7 S. 241 f. zu stationären Massnahmen) nicht vereinbar. Auch verlangt <ref-law>, dass eine Massnahme, für welche die Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sind, aufzuheben ist. Da das Gericht gemäss <ref-law> die ambulante Behandlung in jedem Fall nur aufheben kann, wenn es zu einem Schuldspruch gelangt, müsste im Falle einer Einstellung durch die Staatsanwaltschaft oder eines Freispruchs durch das Gericht nachträglich doch die Vollzugsbehörde über die Aufhebung befinden. Ein solches Vorgehen würde dem Beschleunigungsgebot widersprechen. Zwar ist dem Beschwerdeführer zuzustimmen, dass die beschriebene parallele Zuständigkeit unter Umständen dazu führen kann, dass zwei Behörden im selben Zeitraum die ambulante Behandlung überprüfen. Diese allfällige Doppelspurigkeit kann jedoch vermieden oder minimiert werden, indem sich die betroffenen Behörden absprechen, wie dies im vorliegend zu beurteilenden Fall auch geschah (vgl. Beschluss S. 7).
2.3.6. Das JUV erachtete die ambulante Behandlung des Beschwerdeführers insbesondere aufgrund dessen mangelnder Kooperation als aussichtlos im Sinne von <ref-law> und folgte der Ansicht der Therapeutin, wonach die Erfolgsaussichten der Suchtbehandlung und die Reduktion des Rückfallrisikos in einem stationären Setting erheblich verbessert würden (kantonale Akten, act. 9/1 S. 4 f.). Die neue Delinquenz war indessen für den Entscheid des JUV nicht massgebend (Beschluss S. 9 f.). Demnach geht die Vorinstanz zutreffend davon aus, dass es sich vorliegend um einen Regelfall handelt, bei dem die Vollzugsbehörde zur Aufhebung der ambulanten Behandlung zuständig ist und hinsichtlich der sich daraus ergebenden Konsequenzen Antrag beim Gericht stellt. <ref-law> ist nicht verletzt und die Beschwerde unbegründet.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen ist und sein Rechtsbegehren nicht aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers ist für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten.
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, dem Bezirksgericht Winterthur und der Staatsanwaltschaft Winterthur-Unterland schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres