Sachverhalt:
A.
Die B._ AG (Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) und die A._ AG (Gesuchsgegnerin, Beschwerdeführerin) schlossen am 1. bzw. 2. September 2014 einen als "Sicherungsübereignung" betitelten schriftlichen Vertrag ab. Darin verpflichtete sich die Gesuchsgegnerin zur Übertragung von drei Inhaberschuldbriefen an die Gesuchstellerin zum Zwecke der Besicherung von Ansprüchen der Gesuchstellerin gegen die C._ AG. Zwei der drei im Vertrag genannten Schuldbriefe wurden bereits an die Gesuchstellerin zu Eigentum übertragen. Der dritte, auf einen Nennbetrag von Fr. 3'000'000.-- lautende Inhaberschuldbrief im 4. Rang (bei vorgehenden Pfandrechten im Umfang von Fr. 7'700'000.--) wurde bislang weder errichtet, noch an die Gesuchstellerin übertragen.
B.
Mit Eingabe vom 19. September 2016 beantragte die Gesuchstellerin dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen im Verfahren des Rechtsschutzes in klaren Fällen, die Gesuchsgegnerin sei unter Strafandrohung gemäss <ref-law> im Unterlassungsfalle gerichtlich anzuweisen, den in ihrem Rechtsbegehren spezifizierten Inhaberpapierschuldbrief über Fr. 3'000'000.-- gemäss Vertrag über die Sicherungsübereignung vom 1./2. September 2014 zu errichten und ihr sicherungshalber zu Eigentum zu übertragen.
Mit Entscheid vom 23. November 2016 hiess der Handelsgerichtspräsident den Antrag der Gesuchstellerin gut und verpflichtete die Gesuchsgegnerin, den im Dispositiv bezeichneten Schuldbrief zu errichten und der Gesuchstellerin sicherungshalber zu Eigentum zu übertragen. Sodann drohte er für den Fall der Nichtbefolgung den namentlich aufgeführten Organen der Gesuchsgegnerin die Bestrafung mit Busse wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung an.
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen und beantragt, der Entscheid des Handelsgerichtspräsidenten sei vollumfänglich aufzuheben. Das Gesuch um Rechtsschutz in klaren Fällen sei abzuweisen, sofern überhaupt darauf einzutreten sei.
Nach Einreichung der Beschwerdeschrift legte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin das Mandat nieder. Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie sich für ihre Vorbringen auf angeblich fehlerhaft ins System eingetragene Rahmenkredite, den Inhalt des E-Mail-Verkehrs zwischen den Parteien und auf eine Strafanzeige gegen D._ stützt, was sich nicht aus dem vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt ergibt, ohne dabei Sachverhaltsrügen nach den gerade genannten Grundsätzen zu erheben. Darauf kann nicht abgestellt werden.
3.
Die Vorinstanz erwog, dass unstreitig sei, dass die Parteien den als "Sicherungsübereignung" bezeichneten schriftlichen Vertrag gültig abgeschlossen hätten. Ebenfalls unstreitig sei der Inhalt der schriftlichen Vereinbarung, nämlich die unbedingte Verpflichtung der Beschwerdeführerin zur Übertragung des Eigentums an drei Inhaberschuldbriefen und - soweit erforderlich - zur vorgängigen Errichtung derselben. Die für die Gutheissung des Antrags der Beschwerdegegnerin erforderlichen tatsächlichen Grundlagen seien damit bewiesen. Zumal die schriftliche Vereinbarung der Parteien klar verständlich und nicht weiter auslegungsbedürftig sei, liege auch eine ausreichend klare Rechtslage vor. Ob, wie die Beschwerdeführerin behaupte, die im vorliegenden Verfahren streitgegenständliche Vereinbarung nur ein Teil eines umfangreichen Komplexes von besicherten Kreditgewährungen an verschiedene (wirtschaftlich eng verbundene) Gesellschaften sei, könne offen bleiben. Denn es sei weder ersichtlich, noch habe die Beschwerdeführerin dargelegt, inwiefern sich dies auf ihre vertraglichen Pflichten auswirken würde. Es handle sich offensichtlich um einen Versuch der Beschwerdeführerin, die tatsächlichen bzw. rechtlichen Klagegrundlagen komplizierter darzustellen, als sie es tatsächlich seien. Darauf sei nicht einzutreten.
Nach dem Gesagten könnten sowohl die Eintretungsvoraussetzungen als auch die materiellen Voraussetzungen des Anspruchs der Beschwerdegegnerin als grundsätzlich erfüllt gelten. Zu prüfen bleibe jedoch, ob - wie die Beschwerdeführerin geltend mache - eine die schriftliche Vereinbarung ergänzende bzw. abändernde mündliche Abrede bestehe. Nach der Darstellung der Beschwerdeführerin seien die Parteien mündlich übereingekommen, dass nur zwei der drei Schuldbriefe zu übertragen seien. Der dritte Schuldbrief mit einem Norminalwert von Fr. 3'000'000.-- sei dieser Abmachung zufolge nur "prophylaktisch" übereignet, nämlich für den Fall, dass die Sicherheiten nicht mehr ausreichen sollten. Aus diesem Grund habe die Beschwerdeführerin den dritten Schuldbrief nie errichtet und die Beschwerdegegnerin habe den Schuldbrief während zweier Jahren nie einverlangt. Die nun von der Beschwerdegegnerin begehrte Herausgabe des Schuldbriefes widerspreche der getroffenen mündlichen Vereinbarung.
Wäre die von der Beschwerdeführerin behauptete mündliche Abrede tatsächlich erfolgt, so die Vorinstanz, stünde diese einer Behandlung des Antrags der Beschwerdegegnerin im Verfahren des Rechtsschutzes in klaren Fällen entgegen. Denn einen Gegenbeweis, wonach keine mündliche Zusatzabrede getroffen worden sei, habe die Beschwerdegegnerin nicht erbracht. Letztlich könne dieser Punkt wohl nur mittels eines Beweisverfahrens, insbesondere einer Befragung von Zeugen bzw. Parteivertretern, geklärt werden, was einer Gewährung des Rechtsschutzes in klaren Fällen entgegenstehen würde. Allerdings habe die Beschwerdeführerin ihren Einwand, d.h. die Umstände, unter denen die behauptete mündliche Vereinbarung zustande gekommen sein solle, nicht ausreichend substanziiert. Insbesondere habe sie die Personen, die diese Abrede für die Parteien getroffen haben sollten, nicht (abschliessend) benannt. Die Beschwerdeführerin verweise zwar auf das Protokoll der staatsanwaltschaftlichen Befragung von E._ sowie eine Vollmachtsurkunde, die E._ als einzelzeichnungsberechtigten Generalbevollmächtigten ausweise. Daraus könne aber höchstens auf ein behauptetes Vertreterhandeln E._s für die Beschwerdeführerin geschlossen werden. Wer auf Seiten der Beschwerdegegnerin die [mündliche] Zusatzvereinbarung geschlossen haben solle, würde die Beschwerdeführerin verschweigen. Ob die für eine Verpflichtung der Beschwerdegegnerin notwendige Vertretungsmacht vorgelegen habe, bleibe damit ebenso im Dunkeln, wie Zeit und Ort der (angeblichen) mündlichen Zusatzabrede. Schliesslich könne mangels näherer Ausführungen auch nicht ergründet werden, weshalb die Parteien die behauptete Abrede nicht von Anfang an in den schriftlichen Vertrag aufgenommen hätten und weshalb sie auf die Schriftform verzichtet haben sollten. Zumal ihr die genannten Umstände bekannt sein müssten, die Beschwerdeführerin eine Substanziierung aber dennoch unterlassen habe, sei von einer weiteren Schutzbehauptung auszugehen. Damit vermöge auch dieser Einwand der Beschwerdeführerin die Überzeugungskraft des Sachvortrags der Beschwerdegegnerin nicht zu erschüttern.
4.
4.1. Dagegen beharrt die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht auf ihrer Auffassung, dass kein klarer Fall im Sinne von <ref-law> vorliege.
4.2. <ref-law> sieht vor, dass das Gericht Rechtsschutz im summarischen Verfahren gewährt, wenn zum einen der Sachverhalt unbestritten oder sofort beweisbar (lit. a) und zum anderen die Rechtslage klar ist (lit. b). Kann dieser Rechtsschutz nicht gewährt werden, so tritt das Gericht auf das Gesuch nicht ein (<ref-law>).
Ein klarer Fall setzt demnach zum einen voraus, dass der Sachverhalt unbestritten oder sofort beweisbar ist (<ref-law>). Ein Sachverhalt ist dann sofort beweisbar, wenn er ohne zeitliche Verzögerung und ohne besonderen Aufwand nachgewiesen werden kann. Der Beweis ist - entsprechend <ref-law> - in der Regel durch Urkunden zu erbringen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 26; <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 621; je mit Hinweisen). Für die Verneinung eines klaren Falls genügt es, dass die beklagte Partei substanziiert und schlüssig Einwendungen vorträgt, die in tatsächlicher Hinsicht nicht sofort widerlegt werden können und die geeignet sind, die bereits gebildete richterliche Überzeugung zu erschüttern (<ref-ruling> E. 3.2 S. 26; <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 623). Demgegenüber ist ein klarer Fall zu bejahen, wenn das Gericht aufgrund der Aktenlage zur Überzeugung gelangt, der Anspruch der klagenden Partei sei ausgewiesen und eine eingehende Abklärung der beklagtischen Einwände könne daran nichts ändern (BGE <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 623); offensichtlich unbegründete oder haltlose Bestreitungen des Anspruchs genügen für die Verneinung eines klaren Falles nicht (Urteile 4A_701/2015 vom 26. Januar 2016 E. 2.2.1; 4A_184/2015 vom 11. August 2015 E. 4.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>).
Zum anderen setzt ein klarer Fall voraus, dass die Rechtslage klar ist (<ref-law>). Dies trifft zu, wenn sich die Rechtsfolge bei der Anwendung des Gesetzes unter Berücksichtigung der Lehre und Rechtsprechung ohne Weiteres ergibt und damit die Rechtsanwendung zu einem eindeutigen Ergebnis führt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 26; <ref-ruling> E. 2.1.2; je mit Hinweisen).
4.3. Die Beschwerdeführerin argumentiert, aufgrund der mündlichen Abrede sei der Inhaberschuldbrief erst dann zu Eigentum der Beschwerdegegnerin zu übertragen, wenn die Sicherheiten der Beschwerdeführerin nicht mehr ausreichen würden. Ihre Darstellung vor der Vorinstanz sei logisch konsistent und nachvollziehbar. Es sei ohne Weiteres denkbar, dass durch die mündliche Abmachung der Inhaberschuldbrief bis dato noch nicht übertragen worden sei. Ihre Einwendungen seien nicht bloss haltlose Behauptungen, sondern substanziierte und schlüssige Vorbringen, die sich auf das Einvernahmeprotokoll von E._ abstützen würden. Demzufolge habe sie die von der Beschwerdegegnerin behaupteten anspruchsbegründenen Tatsachen substanziiert und schlüssig bestritten. Die Beschwerdegegnerin habe im Weiteren keinen vollen Beweis erbringen können, dass die Parteien keine mündliche Abrede bezüglich der Übertragung getroffen hätten. Auf ihre vorinstanzliche Einwendung, dass ohne eine mündliche Abrede die Errichtung und der Übertrag des Schuldbriefs nicht während knapp zwei Jahren unaufgefordert geblieben wären, sei seitens der Beschwerdegegnerin nicht eingegangen worden bzw. sie habe dies nicht durch Urkunden zu bescheinigen vermocht. Die Beschwerdegegnerin lege keinen Beweis in Recht, der die lange Wartefrist sofort nachvollziehen lasse.
4.4. Diese Auffassung geht fehl: Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Beschwerdeführerin habe ihre Einwendung nicht "ausreichend substantiiert" und es handle sich um eine Schutzbehauptung der Beschwerdeführerin, die nicht genüge, die Überzeugungskraft des Sachvortrags der Beschwerdegegnerin zu erschüttern (vgl. Erwägung 3). Indem die Beschwerdeführerin dagegen lediglich ihre Einwendung wiederholt, wonach die Parteien eine vom schriftlichen Vertrag vom 1./2. September 2014 abweichende mündliche Vereinbarung geschlossen hätten, und bloss unbelegt behauptet, dass es sich dabei entgegen der Auffassung der Vorinstanz um ein substanziiertes und schlüssiges Vorbringen gehandelt habe, vermag sie nicht aufzuzeigen, dass die Vorinstanz <ref-law> verletzt hätte. Vielmehr ging die Vorinstanz zu Recht davon aus, dass es sich bei diesem Vorbringen der Beschwerdeführerin um eine unsubstanziierte Einwendung handle, die nicht geeignet ist, die richterliche Überzeugung zu erschüttern.
Nicht zielführend ist schliesslich das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin habe nicht den vollen Beweis erbracht, dass keine mündliche Abrede bestanden habe. Aufgrund der unsubstanziierten Einwendung der Beschwerdeführerin brauchte die Beschwerdegegnerin den Nachweis für den Nichtbestand des dieser Einwendung zugrunde gelegten Tatsachenfundaments nicht zu erbringen (vgl. dazu BGE <ref-ruling> E. 6.2). Auch diese Rüge ist damit unbegründet.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand erwachsen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgerichtspräsident des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Februar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger