Faits :
A.
Les époux A._ se sont mariés en 2001. Trois enfants sont issus de leur union : C._, né en 2004, D._, née en 2005 et E._, née en 2007.
Les parties vivent séparées depuis le mois de novembre 2011. Elles s'étaient convenues d'une garde alternée sur leurs enfants et ceux-ci ont été scolarisés en France voisine, au nouveau domicile du père.
A.a. Par demande unilatérale du 3 septembre 2012, le père a ouvert action en divorce.
A.b. La vie séparée des parties a été réglementée par plusieurs ordonnances de mesures provisionnelles.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 11 décembre 2012, le droit de garde sur les enfants a été attribué à la mère.
En juillet 2013, la mère a déménagé avec les enfants dans la région zurichoise, d'où elle est originaire.
Le droit de garde de la mère sur les enfants a été maintenu par ordonnance du 2 septembre 2013. Le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé cette ordonnance en appel, par arrêt du 8 janvier 2014.
Depuis la rentrée 2013, les enfants ont été scolarisés dans le canton de Zurich.
A.c. En cours d'instance de divorce, le Centre d'aide à l'enfance et à la jeunesse du canton de Zurich (Kinder- und Jugendhilfe, ci-après : Kjz) et le Service de protection de la jeunesse du canton de Vaud (ci-après : SPJ) ont été mandatés pour évaluer les conditions de vie des enfants auprès de chacun des parents. Une expertise familiale tendant a faire une évaluation globale de la situation a également été ordonnée, confiée à un spécialiste en psychologie légale. Un rapport d'expertise a ainsi été déposé le 1 er février 2016 et un complément le 6 avril 2016. Tant les deux offices que l'expert ont relevé, en substance, que l'attribution de la garde des enfants était secondaire, au contraire de la problématique des parents d'assumer leur part de responsabilité dans le conflit conjugal et de s'y désengager.
B.
Par requête de mesures provisionnelles et superprovisionnelles du 13 mai 2016, le père a conclu à l'attribution de la garde sur les trois enfants, sous réserve d'un droit de visite de la mère, à raison d'un week-end sur deux et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce qu'aucune contribution d'entretien ne soit due, sous réserve d'une éventuelle proposition de la mère en faveur des enfants.
B.a. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 19 août 2016, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte a confié la garde des trois enfants au père, réservé à la mère un droit de visite s'exerçant à raison d'un week-end sur deux, du vendredi au dimanche, et durant la moitié des vacances scolaires, le passage des enfants s'effectuant en gare de Zurich HB le vendredi soir, à charge pour le père de les y accompagner, et en gare de Genève-Aéroport le dimanche soir, à charge de la mère de les y accompagner, astreint le père à contribuer à l'entretien de la mère par le versement d'une pension mensuelle de 700 fr., dès le transfert effectif des enfants, et condamné la mère à verser, en faveur des trois enfants, le montant des éventuelles allocations familiales qu'elle percevrait, dès le transfert effectif de la garde.
Cette ordonnance a été rendue alors que les enfants se trouvaient en vacances avec leur père. A leur retour le 21 août 2016, les enfants ont passé une semaine auprès de leur mère et ont été raccompagnés par celle-ci à Genève le 28 août 2016, dans le but de préparer la rentrée scolaire du 1 er septembre 2016 en France voisine.
Le 25 août 2016, la mère a formé appel, concluant à ce que la garde sur les enfants lui soit confiée, sous réserve d'un droit de visite du père un week-end sur deux et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce que le père soit astreint à contribuer à l'entretien des siens par le versement d'une pension mensuelle de 4'400 fr., allocations familiales en sus.
B.b. Statuant par arrêt du 2 septembre 2016, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel et confirmé l'ordonnance du 19 août 2016 de la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte.
C.
Par acte du 29 septembre 2016, A.A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et, principalement, à sa réforme en ce sens que la garde sur les enfants lui est confiée, sous réserve d'un droit de visite du père un week-end sur deux du vendredi au dimanche, et durant la moitié des vacances scolaires, et à ce que le père soit astreint à contribuer à l'entretien des siens, dès et y compris le 1 er août 2016, par le versement d'une pension mensuelle de 4'400 fr., allocations familiales en sus; subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité précédente.

Considérant en droit :
1.
Le présent recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) ainsi que dans la forme légale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4) rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (<ref-law>), non pécuniaire dans son ensemble (arrêts 5A_265/2015 du 22 septembre 2015 consid. 1.1; 5A_267/2015 du 3 juillet 2015 consid. 1.2). La recourante a en outre pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>) et, ayant succombé, a un intérêt à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours en matière civile est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
Comme la décision entreprise porte sur des mesures provisionnelles (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 5), la partie recourante ne peut dénoncer que la violation de droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation"; <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3 et les références).
3.
Le recours a pour objet essentiellement l'attribution de la garde exclusive des trois enfants, accessoirement les conséquences financières que cette attribution implique, à savoir le versement d'une contribution d'entretien en faveur de ceux-ci.
4.
Dans un premier grief, la recourante dénonce la violation par la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud des art. 8 para. 1 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (RS 0.101; ci-après : CEDH) et de l'art. 13 al. 1 Cst.
L'art. 13 al. 1 Cst., qui accorde dans le domaine du droit de garde une protection qui correspond matériellement à celle de l'art. 8 para. 1 CEDH (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 7), garantit notamment le droit au respect de la vie familiale. Le Tribunal fédéral n'est tenu d'examiner le moyen tiré de la violation de cette norme constitutionnelle et du droit conventionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1).
En l'espèce, le grief de la recourante doit d'emblée être déclaré irrecevable : elle n'explique pas, même succinctement, en quoi ces dispositions auraient, dans ce contexte, une portée propre par rapport au droit fédéral topique, savoir l'<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>. Cela étant, il appert que bien qu'elle invoque la violation des art. 8 para. 1 CEDH et 13 al. 1 Cst., au vu de son argumentation sur trois pages, la recourante se plaint en réalité de la prétendue mauvaise application de l'<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>. Or, un tel grief, qui n'est pas de nature constitutionnelle, n'est pas recevable dans le cadre d'un recours soumis, comme en l'espèce, à l'<ref-law> ( cf. supra consid. 2).
5.
La recourante soulève deuxièmement le grief de violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), soutenant que l'autorité précédente n'a pas satisfait à son devoir de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre et la contester utilement. En particulier, la mère affirme que la Cour d'appel civile n'a pas motivé son appréciation des preuves, dès lors qu'elle aurait opéré une "appréciation" de l'expertise consistant à relativiser l'avis de l'expert selon lequel la volonté des enfants d'habiter chez leur père découlerait essentiellement du chantage affectif exercé par celui-ci. En définitive, la recourante fait valoir que la cour cantonale s'est écartée, par des " formules creuses ", de l'expertise et du complément qui ne permettaient pas d'affirmer que la garde devait être attribuée au père. Elle estime en outre que l'autorité précédente a omis de tenir compte de son taux d'activité professionnelle, qui lui laisse du temps pour s'occuper des enfants, pour ne prendre en considération que la volonté des enfants, laquelle serait sujette à caution en raison du conflit de loyauté.
Au vu de cette argumentation et des points précis que la recourante conteste - ainsi la portée de la volonté des enfants et son taux d'activité -, touten qualifiant la motivation cantonale de lacunaire, sous le couvert de la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), il appert que la recourante a été en mesure de comprendre et contester la motivation de la cour cantonale et qu'elle se plaint en réalité d'une appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.), grief qu'elle soulève au demeurant également dans son recours en développant une argumentation similaire ( cf. infra consid. 6), partant qui sera examiné à l'aune du grief d'arbitraire (art. 9 Cst.).
6.
Troisièmement, pour le cas où elle serait éconduite de ses deux premiers moyens, la recourante dénonce la violation de la prohibition de l'arbitraire, garantie à l'art. 9 Cst., en tant que la Cour d'appel civile aurait effectué une appréciation choquante des preuves. La mère estime que l'autorité précédente a relativisé le comportement du père sur les enfants pour nier une influence significative sur la volonté de ceux-ci. Elle soutient que, soit la volonté et les déclarations des enfants doivent être suivies, en sorte qu'elle requiert un complément d'instruction au sujet des propos tenus par ses deux enfants aînés lorsqu'ils ont pris connaissance de l'ordonnance du 19 août 2016 - faisant état d'un sentiment de haine à peine voilé et d'une disqualification de leur mère -, soit les déclarations des enfants doivent être prises avec circonspection en raison du chantage affectif effectué par le père, l'attribution de la garde à celui-ci sur cette base était dès lors arbitraire. En tout état de cause, la recourante soutient que l'autorité d'appel n'a pas compris la portée de l'expertise en relativisant de manière incompréhensible le comportement du père et en a tiré des conclusions insoutenables.
6.1. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire (art. 9 Cst.) que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-law>, cf. supra consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.3 et les références).
Lorsque la juridiction cantonale se rallie au résultat d'une expertise, le Tribunal fédéral n'admet le grief d'appréciation arbitraire des preuves que si l'expert n'a pas répondu aux questions, si ses conclusions sont contradictoires ou si, de quelque autre manière, l'expertise estentachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, que, même en l'absence de connaissances ad hoc, il n'était tout simplement pas possible de les ignorer. Il ne lui appartient pas de vérifier que toutes les affirmations de l'expert sont exemptes d'arbitraire; sa tâche se limite à examiner si l'autorité cantonale pouvait, sans arbitraire, faire siennes les conclusions de l'expertise (arrêts 5A_452/2015 du 20 novembre 2015 consid. 2.2 et les nombreuses références citées).
6.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt cantonal que, dans l'appréciation de l'expertise, les juges cantonaux n'ont pas "ignoré l'attitude influente du père mentionnée dans le rapport, mais qu'il a également été pris en compte les autres éléments figurant dans l'expertise", singulièrement les capacités éducatives égales de chaque parent, ainsi que le désir clair et unanime des enfants de vivre au lieu de vie de leur père. Il s'ensuit que la cour d'appel a tenu compte de la constatation de l'expert d'une influence paternelle sur les enfants, mais cette attitude n'empêcherait pas les enfants d'avoir pu exprimer un souhait sincère quant à leur garde. En outre, l'autorité précédente a souligné que l'expert n'avait formulé aucune recommandation s'agissant de l'attribution de la garde, qu'il avait décrit les avantages et inconvénients de chaque solution en relevant qu'il n'était " pas certain laquelle [ était] la pire ", ce qu'il avait confirmé dans son complément d'expertise. Dans ces circonstances, l'on ne saurait admettre que la cour cantonale s'est écartée du résultat de l'expertise familiale; elle n'en a pas ignoré, ni le contenu, ni la portée. Il n'apparaît pas non plus - la recourante ne le soutient au demeurant nullement - que l'expert n'aurait pas répondu aux questions posées, que ses conclusions seraient contradictoires ou que l'expertise serait entachée de défauts évidents. En définitive, l'autorité précédente, faisant usage de sa marge d'appréciation, a tenu compte des faits et preuves dans l'attribution de la garde et a motivé sa solution, en dépit de l'avis de la recourante qui considère qu'il s'agit de "formules creuses". Toutefois, la recourante n'élève aucune autre critique que celle de l'emploi de ces prétendues " formules creuses " et n'explicite pas plus avant ce grief pour contester l'appréciation effectuée par la Cour d'appel civile. Elle se limite en réalité à manifester son désaccord avec le résultat et à substituer sa propre appréciation - dans un sens qui lui est favorable - à celle de l'autorité précédente. Autant que le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves, singulièrement de l'expertise, est recevable (<ref-law>; cf. supra consid. 2 et 6.1), il doit être rejeté.
7.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans la (faible) mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont par conséquent mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à se déterminer (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud, et à la Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) Bezirk Meilen.
Lausanne, le 15 février 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin