Sachverhalt:
A.
A.a. A._ war Assistenzarzt am Spital B._ und damit bei den Winterthur Versicherungen - heute AXA Versicherungen AG (nachfolgend AXA) - obligatorisch unfallversichert. Am 23. Dezember 2003 wurde er als Fussgänger von einem Auto angefahren. Gleichentags liess er sich im Spital B._, Klinik für Unfallchirurgie, ambulant behandeln. Die dortigen Ärzte diagnostizierten am 13. Januar 2004 eine Kontusion und Schürfungen am Ober-/Unterschenkel rechts sowie an der Ferse links. Die AXA kam für die Heilbehandlung und das Taggeld auf. Am 21. November 2008 führte PD Dr. med. C._, Klinik D._, eine Hüftarthroskopie rechts durch. Mit Verfügung vom 25. Juni 2009 stellte die AXA ihre Leistungen ab 21. November 2008 mangels natürlicher Unfallkausalität der geklagten Beschwerden ein. Die Einsprache des Versicherten wies sie mit Entscheid vom 8. September 2011 ab. Seine Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich dahingehend gut, dass es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache an die AXA zurückwies, damit sie nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen über den Leistungsanspruch neu entscheide (Entscheid vom 25. September 2012). Auf die Beschwerde der AXA trat das Bundesgericht mit Urteil 8C_949/2012 vom 14. Dezember 2012 nicht ein.
A.b. Die AXA holte ein Gutachten des Dr. med. E._, Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates FMH, vom 17. November 2013 ein. Der Versicherte reichte ein Aktengutachten des Dr. med. F._, Orthopädische Chirurgie FMH, vom 1. September 2014 ein. Die AXA zog eine Stellungnahme ihres beratenden Arztes Dr. med. G._, Facharzt Orthopädische Chirurgie und Traumatologie FMH, vom 15. Dezember 2014 bei. Mit Verfügung vom 6. März 2014 stellte sie die Leistungen per 31. März 2004 ein und verzichtete auf die Rückforderung der bis Oktober 2008 erbrachten Leistungen für Heilungskosten. Hieran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 2. Juli 2014 fest.
B.
Hiegegen erhob der Versicherte beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Beschwerde. Er reichte unter anderem eine Stellungnahme des Dr. med. F._ vom 9. März 2015 ein. Die AXA legte eine Stellungnahme des Dr. med. G._ vom 7. März 2015 auf. Mit Entscheid vom 29. März 2016 wies das Sozialversicherungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm weiterhin die gesetzlichen Leistungen (namentlich Heilbehandlung, Rente und Integritätsentschädigung) zu erbringen; eventuell sei ein gerichtliches Obergutachten anzuordnen.
Die AXA schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. Mit Eingabe vom 29. Juli 2016 hält der Versicherte an den Beschwerdeanträgen fest.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2.
Die Vorinstanz hat die Grundlagen betreffend den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181) und den massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 6 S. 221) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Zur Beurteilung sozialversicherungsrechtlicher Leistungsansprüche bedarf es verlässlicher medizinischer Entscheidgrundlagen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Hinsichtlich des Beweiswertes eines Gutachtens ist demnach entscheidend, ob es für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232 mit Hinweis auf 125 V 351 E. 3a S. 352). Dabei hat es die Rechtsprechung mit dem Grundsatz der Beweiswürdigung als vereinbar erachtet, in Bezug auf bestimmte Formen medizinischer Berichte und Gutachten Richtlinien für die Beweiswürdigung aufzustellen. So darf den von Versicherungsträgern im Verfahren nach <ref-law> eingeholten, den Anforderungen der Rechtsprechung entsprechenden, Gutachten externer Spezialärzte (so genannte Administrativgutachten) voller Beweiswert zuerkannt werden, solange "nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit" der Expertise sprechen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 470 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353).
3.
3.1. Dr. med. E._ diagnostizierte im Administrativgutachten vom 17. November 2013 unter anderem chronische Hüftgelenksbeschwerden (Coxalgie) rechts (ICD-10 M25.55R) bei erstmaligem Nachweis eines Impingement-Syndroms (ICD-10 M24.85R) im Bereich des rechten Hüftgelenks im Zusammenhang mit einer MRI am 19. Januar 2005 bei gleichzeitigem Nachweis eines Einrisses der knorpeligen Gelenklippe (Labrum-Läsion) und deren Verkürzung an der Hüftgelenkspfanne rechts; anlässlich der MRI vom 17. Januar 2008 erstmalige Diagnose eines mässigen Cam-Impingements femoro-acetabulär rechts; dezent beginnende Hüftgelenksarthrose rechts (ICD-10 M16.9R).
Zu prüfen ist, ob die AXA aufgrund des Unfalls vom 23. Dezember 2003 für die Hüftproblematik rechts nach dem 31. März 2004 leistungspflichtig ist.
3.2. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, Dr. med. E._ habe im Gutachten vom 17. November 2013 Ausführungen zum konkreten Ablauf des Unfalls vom 23. Dezember 2003 gemacht und in Frage gestellt, ob der Versicherte überhaupt an der rechten Hüfte verletzt worden sei. Es könne offen bleiben, ob diese Ausführungen zuträfen. Denn aus diesem Gutachten gehe schlüssig hervor, dass die vom Versicherten nach Mitte März 2004 noch geklagten Beschwerden nicht mehr auf diesen Unfall zurückzuführen seien. Demnach sei es nicht zu beanstanden, dass die AXA gestützt auf dieses Gutachten und die es bestätigenden Stellungnahmen des Dr. med. G._ vom 15. Dezember 2014 und 7. Mai 2015 ihre Leistungen per 31. März 2004 eingestellt habe.
4.
Der Versicherte legt neu ein Protokoll betreffend die Einvernahme des Unfallverursachers vom 23. Dezember 2003 auf. Hierbei handelt es sich um ein unechtes Novum, dessen Einreichung nur im Rahmen von <ref-law> zulässig ist. Der Versicherte legt nicht dar, inwiefern erst der kantonale Entscheid zur Anrufung der obigen Urkunde Anlass gibt bzw. dass ihm deren Beibringung im vorinstanzlichen Verfahren trotz hinreichender Sorgfalt prozessual unmöglich und objektiv unzumutbar war. Sie ist somit unbeachtlich (vgl. nicht publ. E. 1.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2012 FZ Nr. 3 S. 7 [8C_690/2011]; Urteil 8C_285/2016 vom 22. Juli 2016 E. 5.1). Soweit der Versicherte neu den allgemein zugänglichen Artikel Labrumläsionen des Hüftgelenks der Autoren S.D. Steppacher/M. Tannast/K.A. Siebenrock auflegt, ist dies zulässig (nicht publ. E. 2.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2011 KV Nr. 5 S. 20 [9C_334/2010]).
5.
5.1. Die Überlegungen des Gutachters Dr. med. E._ zum Unfallablauf wurden zur Hauptsache durch die Angaben des Beschwerdeführers im Rahmen der Anamneseerhebung veranlasst, etwa in Bezug auf die angegebene Geschwindigkeit des Unfallwagens von 40 km/h. Dass der Versicherte bei einer Kollision mit diesem Tempo ganz anders verletzt worden wäre, bedarf keiner weiterer Erörterungen. Unter diesen Umständen lag es nahe, dass sich Dr. med. E._ Gedanken zum Unfallhergang machte, wobei er - entgegen der Auffassung des Versicherten - die fachlichen Grenzen nicht in unzulässiger Weise überschritt.
5.2.
5.2.1. Den Ausschluss einer "gravierenden Beteiligung des rechten Hüftgelenks" an der Kollision stützte Dr. med. E._ im Übrigen nicht ausschliesslich oder in erster Linie auf seine unfallmechanischen Überlegungen, sondern vor allem auf die bei der Erstbehandlung erhobenen Befunde. Seine abschliessende Einschätzung beruhte zudem auf einer gesamthaften Betrachtung, insbesondere den Schilderungen des behandelnden Arztes Dr. med. H._, Prävention Rehabilitation Training an der Klinik I._, im Zeitraum vom 12. Januar 2004 bis 18. März 2004, der Bildgebung und dem operativen Befund des PD Dr. med. C._ vom 21. November 2008 und 28. Januar 2009.
5.2.2. Dass bereits unmittelbar nach dem Unfall vom 23. Dezember 2003 eine starke Schwellung im Bereich der rechten Hüfte bestanden hätte, ist entgegen dem Versicherten nicht belegt. Zwar führten die Ärzte des Spitals B._, wo er am Unfalltag ambulant behandelt wurde, im Rahmen der Anamnese aus, er sei vom Auto an der rechten Hüfte erfasst worden. Eine äusserlich sichtbare Verletzung oder Beschwerden in diesem Bereich wurden jedoch nicht festgestellt (Bericht vom 13. Januar 2004). Am 12. Januar 2004 erhob der behandelnde Arzt Dr. med. H._ zwar subjektive Angaben des Versicherten betreffend vermehrte Schmerzen und eine starke Schwellung im Bereich der Hüfte, aber keinen derartigen objektiven Befund. Vielmehr stellte er fest, die Hüftbeweglichkeit sei beidseits frei und indolent.
5.2.3. Selbst wenn davon ausgegangen wird, der Versicherte habe zeitnah zum Unfall vom 23. Dezember 2003 an Hüftbeschwerden rechts gelitten, kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn am 18. März 2014 führte Dr. med. H._ aus, der Versicherte sei gemäss eigener Aussage absolut beschwerdefrei betreffend die ursprüngliche Unfallproblematik. Diesbezüglich schloss der Arzt die Behandlung ab. Danach fand sich, wie auch der Gutachter Dr. med. E._ festhielt, erst im Bericht der Klinik J._ vom 9. November 2004 über die vortags erfolgte Untersuchung des Versicherten ein Hinweis auf rechtsseitige Hüftbeschwerden. Dieser klagte damals, bei vermehrter Belastung, wie beim Kraft- oder Konditionstraining, komme es aktuell wieder zu deutlicheren Schmerzen unter anderem im Bereich der rechten Hüfte.
Je grösser der zeitliche Abstand bis zum erneuten Auftreten der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist, desto strengere Anforderungen sind an den Wahrscheinlichkeitsbeweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zu stellen (SVR 2016 UV Nr. 18 S. 55 E. 2.2.2 [8C_331/2015]). Nach dem Behandlungsabschluss vom 18. März 2004 bestand mithin ein mehrmonatiges beschwerdefreies Intervall. Auch in diesem Lichte ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz nach einlässlicher Würdigung gestützt auf das Gutachten des Dr. med. E._ die Hüftbeschwerden rechts nicht überwiegend wahrscheinlich auf den Unfall vom 23. Dezember 2003 zurückführte, und zwar nicht einmal im Sinne einer richtungweisenden Verschlimmerung des aktenmässig belegten vorbestehenden Gesundheitsschadens an der Hüfte rechts. Von einem Rückfall oder Spätfolgen (<ref-law>) kann ebenfalls nicht ausgegangen werden (vgl. auch Urteil 8C_389/2011 vom 7. Oktober 2011 E. 5.2).
5.3. Insgesamt hat die Vorinstanz richtig erkannt, dass keine Indizien ersichtlich sind, die gegen die Zuverlässigkeit des von Dr. med. E._ am 17. November 2013 erstatteten Gutachtens sprechen. An diesem Ergebnis vermögen das vom Versicherten angerufene Aktengutachten des Dr. med. F._ vom 1. September 2014 samt seiner Stellungnahme vom 9. März 2015 und das Gutachten des behandelnden Arztes PD Dr. med. C._ vom 10. November 2006 bzw. sein Bericht vom 28. Januar 2009 nichts zu ändern. Auch auf den aufgelegten Artikel aus einer medizinischen Fachzeitschrift ist nicht näher einzugehen (vgl. E. 4 hievor).
5.4. Der Versicherte rügt, die AXA habe ihre Leistungspflicht für die Hüftbeschwerden rechts bis 21. November 2008 akzeptiert, weshalb sie die Beweislast für das Fehlen der Unfallkausalität trage. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Parteien im Sozialversicherungsprozess eine Beweislast in der Regel nur insofern tragen, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zu Ungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes aufgrund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die überwiegende Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (<ref-ruling> E. 6 S. 222; SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2 [8C_354/2007]). Da die Vorinstanz zu Recht nicht von einem Zustand der Beweislosigkeit ausging, sondern zu einem Beweisergebnis gelangte, greift die Umkehr der Beweislast nicht.
5.5. Da von weiteren Abklärungen keine entscheidrelevanten Ergebnisse zu erwarten sind, verzichtete die Vorinstanz darauf zu Recht (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236).
6.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. September 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar