Sachverhalt:
A.
Das Gebiet Geissberg/Altenwegen liegt im Nordwesten der Stadt St. Gallen. Es wird durch die Autobahn A1 von Südwesten nach Nordosten durchschnitten. Von Süden her führt die Geissbergstrasse ab der Zürcher Strasse über den Knoten Russen und den Interio-Kreisel zur Grenze der Gemeinden St. Gallen und Gaiserwald. Gemäss Zonenplan der Stadt St. Gallen vom 1. November 1980 war das Gebiet grösstenteils der Gewerbe-Industrie-Zone mit einer maximalen Gebäudehöhe von 18 m (GI H18) zugewiesen, der Weiler Altenwege sowie die Grundstücke Nrn. W2264, W2283 und W3692 dem übrigen Gemeindegebiet.
B.
Am 15. November 2005 beschloss das Stadtparlament die Teilzonenplanänderung Altenwegen. Der Weiler Altenwegen wurde vom übrigen Gemeindegebiet in die Wohn-Gewerbezone W3 (WG3) eingezont und die Grundstücke Nrn. W2264, W2283 und W3692 im Gebiet Altenwegen der GI H18 zugeteilt. Für letztere gelten folgende Nutzungsbeschränkungen:
"Zulässig sind:
a) Industrie- und Gewerbebetriebe, einschliesslich Büro- und Verwaltungsabteilungen mit höchstens 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche während der massgebenden täglichen Spitzenstunde des übergeordneten Strassennetzes (Montag bis Samstag)
b) Verkehrsextensive Dienstleistungsbetriebe wie Büro- und Verwaltungsabteilungen ohne grossen Publikumsverkehr mit höchstens 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche während der massgebenden täglichen Spitzenstunde des übergeordneten Strassennetzes (Montag bis Samstag).
Nicht zulässig sind:
a) Verkaufsbetriebe sowie Fachmärkte
b) Einkaufszentren
c) Verkehrsintensive Freizeitbetriebe
d) Verkehrsintensive Dienstleistungsbetriebe wie Büro- und Verwaltungsabteilungen mit grossem Publikumsverkehr".
Die Zonenplanänderung wurde vom Baudepartement am 23. Februar 2006 genehmigt und trat am 1. April 2006 in Kraft.
C.
Am 13. Juni 2006 erliess der Stadtrat St. Gallen eine auf drei Jahre befristete Planungszone mit dem Ziel, eine Fahrtenbegrenzung im gesamten Gebiet Geissberg/Altenwegen einzuführen. Am 11. November 2008 beantragte der Stadtrat beim Stadtparlament den Erlass einer Beschränkung pro ha Grundfläche auf 100 Fahrten während der abendlichen Spitzenstunde von Montag bis Freitag und 25 Fahrten während der Spitzenstunde am Samstag und Sonntag.
Das Stadtparlament wies die Zonenplanänderung am 16. Juni 2009 an den Stadtrat zurück und wies ihn an, auf die geplanten Fahrtenbeschränkungen von Montag bis Freitag zu verzichten.
D.
Der Stadtrat überarbeitete daraufhin die Zonenplanänderung und beantragte am 17. August 2010 folgende Nutzungsbestimmungen im Perimeter Geissberg/Altenwegen:
"Zulässig sind zonengemässe Nutzungen, wenn während den nachmittäglichen Spitzenstunden des übergeordneten Strassennetzes am Samstag und Sonntag 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche nicht überschritten werden."
Während der öffentlichen Auflage vom 30. August bis 29. September 2010 gingen 13 Einsprachen verschiedener Grundeigentümerinnen und Mieterinnen im Gebiet Geissberg/Altenwegen ein, darunter die im Rubrum genannten Beschwerdegegnerinnen.
Der Stadtrat wies die Einsprachen am 29. September 2011 ab und erliess am 22. November 2011 die Zonenplanänderung. Das fakultative Referendum wurde nicht ergriffen.
E.
Gegen den jeweiligen Einspracheentscheid rekurrierten die Einsprecherinnen beim Baudepartement. Dieses wies den Rekurs der VI Liegenschaften AG und der Lawil AG am 26. Mai 2014 ab. Die übrigen Rekurse hiess es teilweise gut und änderte den Text der Planlegende wie folgt ab (Änderungen fett) :
"Zulässig sind zonengemässe Nutzungen, wenn während den nachmittäglichen Spitzenstunden des übergeordneten Strassennetzes am Samstag zwischen 14.00 Uhr bis 15.00 Uhr und Sonntag zwischen 16.00 Uhr und 17.00 Uhr 25 Fahrten (Zu- und Wegfahrten zusammen) pro ha Grundfläche nicht überschritten werden."
F.
Gegen die Entscheide des Baudepartements erhoben die Einsprecherinnen Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Sie beantragten die Aufhebung der Zonenplanänderung Geissberg/ Altenwegen; das Baudepartement und der Stadtrat St. Gallen schlossen auf Abweisung der Beschwerden.
Am 23. Juni 2014 genehmigte das Baudepartement die Zonenplanänderung Geissberg/Altenwegen.
Am 25. Mai 2016 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden gut, soweit es darauf eintrat, und hob die angefochtenen Entscheide auf. Es befand, die angefochtene Planung verletze den Grundsatz der Planbeständigkeit.
G.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Politische Gemeinde St. Gallen am 17. August 2016 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei mit Ausnahme der Grundstücke W2264, W2283 und W3692 aufzuheben und die Einspracheentscheide des Stadtrates vom 29. September 2011 sowie die Rekursentscheide des Baudepartements vom 26. Mai 2014 (ebenfalls mit Ausnahme dieser Grundstücke) zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Politische Gemeinde St. Gallen zurückzuweisen.
H.
Die im Rubrum genannten Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die N._ AG hat sich nicht vernehmen lassen.
Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) und das kantonale Baudepartement haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
I.
Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik vom 14. November 2016 an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, und <ref-law>). Der angefochtene Entscheid beendet das hängige Zonenplanänderungsverfahren und ist daher als Endentscheid zu qualifizieren (<ref-law>).
1.1. Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften sind nach <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt. <ref-law> und Art. 89 der Verfassung des Kantons St. Gallen vom 10. Juni 2001 (KV/SG; SR 131.225) gewährleisten die Gemeindeautonomie. Die beschwerdeführende Gemeinde ist durch den angefochtenen Entscheid in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt berührt und kann damit eine Verletzung ihrer Autonomie geltend machen. Ob eine solche tatsächlich besteht oder im konkreten Fall verletzt wurde, bildet eine Frage der inhaltlichen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 412; je mit Hinweisen).
1.2. Der Beschwerdeantrag, die Zonenplanänderung nur teilweise aufzuheben und im Übrigen (mit reduziertem Perimeter) zu schützen, weitet den Streitgegenstand nicht aus, sondern stellt prozessual ein Minus gegenüber dem im kantonalen Verfahren gestellten Antrag auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerden bzw. Bestätigung der Zonenplanänderung dar. Eine derartige Reduktion der Begehren ist praxisgemäss zulässig (vgl. ULRICH MEYER/JOHANNA DORMANN, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl., Art. 99 N. 62). Eine andere (materiell-rechtliche) Frage ist, ob der Stadtrat befugt ist, den Planungsperimeter im Rechtsmittelverfahren in alleiniger Kompetenz abzuändern (vgl. dazu unten E. 5.3).
1.3. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die pauschale Aufhebung der Zonenplanänderung für den gesamten Planperimeter sei nach Art. 21 Abs. 2 RPG nicht geboten und verletze das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>) und die Gemeindeautonomie (<ref-law>). Ihres Erachtens hätte sich die Aufhebung auf das 2006 eingezonte Gebiet Altenwegen (Parzellen Nrn. W2264, W2283 und W3692) beschränken müssen.
Für den ebenfalls 2006 in die WG3 eingezonten Weiler Altenwegen hätten sich die rechtlichen Verhältnisse wesentlich geändert, weil erst die am 1. Januar 2010 in Kraft getretene Revision von Art. 28octies BauG/SG Fahrtenbeschränkungen ausserhalb von Industrie- und Intensiverholungszonen überhaupt zugelassen habe.
Für alle übrigen Parzellen sei seit ihrer Zuweisung zur GI H18 am 1. November 1980 keine Neubeurteilung des Zonenplans mehr erfolgt. Es handle sich auch nicht um eine lediglich untergeordnete Fläche; vielmehr machten diese Parzellen den Grossteil des Perimeters Geissberg/Altenwegen aus.
Das Verwaltungsgericht hätte daher die angefochtene Nutzungsplanung nur für die drei Parzellen im Gebiet Altenwegen aufheben und im Übrigen bestätigen müssen; mindestens aber hätte es eine Rückweisung an die Beschwerdeführerin aussprechen müssen, um ihr die Möglichkeit zu geben, die Aufrechterhaltung von Fahrtenbeschränkungen für das übrige Gebiet zu prüfen.
3.
Gemäss Art. 2 Abs. 1 des St. Galler Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 6. Juni 1972 (BauG/SG; sGS 731.1) sind die Ortsplanung und die örtliche Baupolizei Sache der politischen Gemeinden. Diese sind befugt, im Rahmen der gesetzlichen Bestimmungen öffentlich-rechtliche Bauvorschriften zu erlassen, um die zweckmässige Nutzung des Bodens sowie die geordnete Besiedlung und die bauliche Entwicklung des Gemeindegebietes sicherzustellen (Art. 4 BauG/SG). Dabei verfügen sie über einen erheblichen Spielraum und mithin über Autonomie (vgl. z.B. Urteil 1C_328/2007 vom 18. Dezember 2007 E. 2).
Im Folgenden ist zunächst zu prüfen, inwiefern der angefochtene Entscheid die kommunale Gestaltungsfreiheit beschränkt (E. 4) und ob dies die Gemeindeautonomie verletzt (E. 5).
4.
Das Verwaltungsgericht hielt in seinen Erwägungen fest, dass die Zonenplanänderung hinsichtlich der drei 2006 eingezonten Parzellen im Gebiet Altenwegen (Parzellen W2264, W2283 und W3692) den Grundsatz der Planbeständigkeit (Art. 21 Abs. 2 RPG) verletze, weil die streitige Zonenplanänderung weniger als sechs Jahre nach der Genehmigung der letzten Zonenplanänderung im Jahr 2006 erlassen worden sei und sich die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse seither nicht wesentlich geändert hätten; insbesondere sei die Verkehrsüberlastung auf der Geissbergstrasse bereits 2004 vorhersehbar gewesen. Es sei auch weder ersichtlich noch dargetan, dass ein Planungsfehler vorliege.
Das Verwaltungsgericht hob die Zonenplanänderung insgesamt auf, weil die drei Parzellen (W2264, W2283 und W3692) mit rund 57'000 m2 unüberbauter Fläche den wesentlichen Anteil der künftigen Verkehrszunahmen ausmachten. Es hielt jedoch ausdrücklich fest, dass es der Beschwerdeführerin freistehe, in einem nachfolgenden Verfahren den Perimeter der Zonenplanänderung neu festzulegen und dabei die Parzellen W2264, W2283 und W3692 auszunehmen (E. 8.2 S. 18 des angefochtenen Entscheids). Dies bestätigt das Verwaltungsgericht nochmals ausdrücklich in seiner Vernehmlassung vor Bundesgericht. Damit steht der angefochtene Entscheid der Einführung von Fahrtenbeschränkungen für das übrige Gebiet nicht entgegen.
4.1. Dies gilt nicht nur für die Liegenschaften, die seit 1980 unverändert der GI H18 angehören, sondern auch für die 2006 eingezonten Parzellen des Weilers Altenwegen. Dem Urteil des Verwaltungsgerichts lässt sich nichts anderes entnehmen: Es prüfte (in E. 18.2 S. 18) zwar, ob sich die rechtlichen Verhältnisse durch die Revision von Art. 28octies BauG/SG im Jahr 2009 erheblich geändert hätten und verneinte dies, weil "das Gebiet Altenwegen, soweit es im Jahr 2006 mit Fahrtenbeschränkungen belegt wurde, der Gewerbe-Industrie-Zone zugewiesen war", d. h. einer Zone, für die bereits aArt. 28octies BauG/SG Fahrtenbeschränkungen zuliess. Aus dieser Begründung lässt sich schliessen, dass sich das Verwaltungsgericht dabei nicht auf die Parzellen des Weilers Altenwegen bezogen hat: diese wurden nämlich im Jahr 2006 nicht der GI H18 zugewiesen, sondern der WG3. Für diese Zone eröffnete sich die Möglichkeit, Fahrtenbeschränkungen einzuführen, erst durch die Revision von Art. 28octies BauG/SG im Jahr 2009. Insofern liegt für den Weiler Altenwegen eine wesentliche Rechtsänderung vor.
4.2. Die Beschwerdegegnerinnen 6 und 7 machen in ihrer Vernehmlassung geltend, die streitige Zonenplanänderung verletze den Grundsatz der Planbeständigkeit auch soweit sie Parzellen betreffe, die schon 1980 der GI H18 zugewiesen wurden. Sie argumentieren, bei der Teilzonenplanänderung 2006 habe die Beschwerdeführerin bewusst darauf verzichtet, im gesamten Gebiet Geissberg/Altenwegen Fahrtenbeschränkungen einzuführen. Diese "Negativplanung" habe einen Vertrauenstatbestand begründet und dürfe deshalb nur unter den Voraussetzungen nach Art. 21 Abs. 2 RPG geändert werden.
Ihre Interpretation entspricht jedoch, wie dargelegt, nicht dem angefochtenen Entscheid und muss deshalb für die Beurteilung der vorliegenden Autonomiebeschwerde auch nicht geprüft werden. Es bleibt den Beschwerdegegnerinnen unbenommen, ihre Rügen mit Einsprache gegen eine allfällige Neuauflage von Fahrtenbeschränkungen für ihre Grundstücke vorzubringen.
4.3. Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass der angefochtene Entscheid die Änderung der geltenden Nutzungsordnung in naher Zukunft lediglich für die drei Parzellen im Gebiet Altenwegen ausschliesst, was von der Beschwerdeführerin akzeptiert wird. Im Übrigen steht es dieser (auch ohne Rückweisung) frei, eine neue Zonenplanänderung mit Fahrenbeschränkungen für einen reduzierten Perimeter einzuführen.
5.
Das Planungsermessen der Beschwerdeführerin wird somit für das übrige Gebiet Geissberg/Altenwegen inhaltlich nicht eingeschränkt. Allerdings muss sie ein neues Zonenplanänderungsverfahren einleiten, mit der Folge, dass auch die betroffenen Grundeigentümer erneut Einsprache erheben und Rechtsmittel ergreifen können. Zwar hat das Verwaltungsgericht gewisse Einwände der Beschwerdegegnerinnen aus prozessökonomischen Gründen bereits behandelt und abgewiesen (vgl. E. 9 ff. des angefochtenen Entscheids); diese Erwägungen stellen jedoch ein obiter dictum dar, das nicht in Rechtskraft erwachsen kann.
5.1. Grundsätzlich liegt es im Ermessen der Beschwerdeführerin als Planungsbehörde, die Konsequenzen aus der vom Verwaltungsgericht festgestellten Rechtswidrigkeit der Planung für die drei Parzellen im Gebiet Altenwegen zu ziehen. Sie kann für das übrige Gebiet an den geplanten Nutzungsbeschränkungen festhalten; dies hätte allerdings zur Folge, dass künftig zwei verschiedene Fahrtenregimes gelten würden: ein strengeres auf den drei Parzellen im Gebiet Altenwegen und ein weniger strenges im übrigen Gebiet Geissberg/Altenwegen. Denkbar wäre aber auch, dass sie die für drei Parzellen im Gebiet Altenwegen bereits geltende strengere Fahrtenbegrenzung auf das übrige Gebiet ausdehnt, um das Fahrtenregime im ganzen Gebiet (oder zumindest für die GI H18) zu vereinheitlichen. Sie kann aber auch auf Fahrtenbegrenzungen im übrigen Gebiet ganz oder teilweise verzichten, wie dies die Beschwerdegegnerinnen befürworten (u.a. mit Verweis auf den geplanten Ausbau der Geissbergstrasse im kantonalen Strassenbauprogramm oder die Gefahr einer raumplanungsrechtlich unerwünschten Unternutzung des Gebiets bei Fahrtenbegrenzungen pro ha Grundfläche).
5.2. Das Verwaltungsgericht hätte in dieses Ermessen der Beschwerdeführerin eingegriffen, wenn es die Zonenplanänderung nur teilweise, hinsichtlich der drei Parzellen im Gebiet Altenwegen, aufgehoben und im Übrigen bestätigt hätte. Es entsprach daher dem Grundsatz der Gemeindeautonomie, die angefochtene Zonenplanänderung vollständig aufzuheben und es der Gemeinde zu überlassen, eine neue angepasste Regelung zu treffen. Eine förmliche Rückweisung an die Beschwerdeführerin war hierfür nicht nötig (vgl. oben E. 4.5).
Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
5.3. Etwas anderes könnte gelten, wenn die Beschwerdeführerin schon im kantonalen Verfahren einen Eventualantrag auf Teilaufhebung gestellt und damit ihr Ermessen in Bezug auf die Fehlerfolgen bereits ausgeübt hätte. Dies ist jedoch nicht geschehen. Es kann daher offenbleiben, ob der Stadtrat allein berechtigt gewesen wäre, einen solchen Eventualantrag zu stellen, oder ob ein Entscheid des Stadtparlaments oder sogar der Stimmbürger nötig gewesen wäre, wie die Beschwerdegegnerinnen geltend machen.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die unterliegende Beschwerdeführerin muss jedoch die obsiegenden Beschwerdegegnerinnen für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens entschädigen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerinnen 6 und 7 haben getrennte, aber gleichlautende Vernehmlassungen eingereicht, weshalb es sich rechtfertigt, ihnen jeweils nur die Hälfte der Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Die Politische Gemeinde St. Gallen hat die privaten Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren wir folgt zu entschädigen:
- die A._ AG und die B._ AG mit ingesamt Fr. 2'500.--;
- die C._ AG, D._ und die E._ AG mit insgesamt Fr. 2'500.--;
- die F._ AG mit Fr. 1'250.--;
- die G._ AG mit Fr. 1'250.--;
- die H._ AG, die Genossenschaft I._, die J._ AG, die K._ AG, die L._ AG und die Stiftung M._, mit insgesamt Fr. 2'500.--.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der N._ AG, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber