Sachverhalt:
A.
X._ griff am 19. März 2014 in den Räumlichkeiten des Regionalen Sozialdienstes A._ seine Beiständin an, indem er sie u.a. mit beiden Händen am Hals würgte und ihren Kopf mehrmals an die Wand schlug. Diese erlitt eine Gehirnerschütterung sowie Verletzungen, Prellungen und Hautunterblutungen am Hals, insbesondere auch am Kehlkopf, am Kopf sowie an der rechten Schulter und am rechten Arm. Das Bezirksgericht Laufenburg sprach X._ deswegen mit Urteil vom 24. März 2015 der einfachen Körperverletzung gemäss <ref-law> sowie der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten und ordnete eine stationäre Massnahme im Sinne von <ref-law> an. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es zugunsten der stationären Massnahme auf. Dieses Urteil erwuchs in Rechtskraft.
B.
X._ wurde am 21. Mai 2015 zwecks Vollzugs der stationären Massnahme in die Psychiatrische Klinik Königsfelden versetzt. Am 7. Dezember 2015 ersuchte er um bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme. Das Amt für Justizvollzug (AJV) wies das Gesuch am 27. April 2016 bzw. am 10. Mai 2016 (begründete Verfügung) ab. Es wies die Psychiatrische Klinik Königsfelden jedoch an, umgehend Abklärungen für einen Übertritt von X._ in ein betreutes Wohnen einzuleiten. Gegen diesen Entscheid gelangte X._ mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, welches die Beschwerde am 11. August 2016 abwies.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 11. August 2016 sei aufzuheben und er sei aus der stationären Massnahme bedingt zu entlassen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung und Durchführung einer mündlichen Verhandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Die Vorinstanz und das AJV wurden vom Bundesgericht eingeladen, eine Vernehmlassung zur gerügten Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK einzureichen. Die Vorinstanz liess sich nicht vernehmen. Das AJV kommt in seiner Stellungnahme zum Schluss, Art. 5 Ziff. 4 EMRK sei nicht verletzt. Der Beschwerdeführer machte von seinem Replikrecht Gebrauch.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, im Urteil vom 24. März 2015 sei weder festgestellt noch begründet worden, dass er an einer schweren psychischen Störung im Sinne von <ref-law> leide. Die Verweigerung der bedingten Entlassung aus der stationären Massnahme sei bereits aufgrund der von Anfang an fehlenden Anordnungsvoraussetzung der schweren psychischen Störung im rechtlichen Sinne bundesrechtswidrig. Es liege nicht in der Zuständigkeit der Vorinstanz, die im Anordnungsentscheid fehlende rechtliche Qualifikation der psychischen Störung erstmals vorzunehmen und damit die Anordnungsvoraussetzung erstmals festzustellen und zu begründen. Abgesehen davon begründe auch die Vorinstanz nicht, weshalb die vorliegende medizinische Diagnose rechtlich als schwere Störung gelten solle. Er sei nicht zu einer Massnahme nach <ref-law> verurteilt worden, was den Verzicht auf die schriftliche Begründung des Anordnungsentscheids in Anwendung von <ref-law> ermöglicht habe. Trotzdem sei er in die geschlossene Abteilung der Psychiatrischen Klinik Königsfelden eingewiesen worden. Dies sei ein weiteres Indiz dafür, dass der Anordnungsentscheid mangels schriftlicher Begründung keine hinreichende Grundlage für eine stationäre Massnahme sein könne.
1.2.
1.2.1. Das Gericht kann gemäss <ref-law> eine stationäre Behandlung anordnen, wenn der Täter psychisch schwer gestört ist, sein Verbrechen oder Vergehen mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen. Die stationäre Behandlung erfolgt in einer geeigneten psychiatrischen Einrichtung oder einer Massnahmevollzugseinrichtung (<ref-law>). Solange die Gefahr besteht, dass der Täter flieht oder weitere Straftaten begeht, wird er in einer geschlossenen Einrichtung behandelt (<ref-law>).
1.2.2. Eine Massnahme, für welche die Voraussetzungen nicht mehr erfüllt sind, ist aufzuheben (vgl. Art. 56 Abs. 6 und Art. 62c Abs. 1 lit. a StGB). Dieser Grundsatz ist weit auszulegen. Er kommt nicht nur zur Anwendung, wenn die Anordnungsvoraussetzungen einer Massnahme nachträglich entfallen und damit nicht mehr bestehen, sondern - a fortiori - auch dann, wenn sie von Anfang an gar nie vorgelegen haben (Urteil 6B_798/2014 vom 20. Mai 2015 E. 2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
1.2.3. Die Vollzugsbehörde prüft auf Gesuch hin oder von Amtes wegen, ob und wann der Täter aus dem Vollzug der Massnahme bedingt zu entlassen oder die Massnahme aufzuheben ist. Sie beschliesst darüber mindestens einmal jährlich. Vorher hört sie den Eingewiesenen an und holt einen Bericht der Leitung der Vollzugseinrichtung ein (<ref-law>).
1.3.
1.3.1. Das Bezirksgericht Laufenburg verzichtete in Anwendung von <ref-law> auf eine schriftliche Begründung des Urteils vom 24. März 2015. Nicht nachvollzogen werden kann daher, gestützt auf welche Überlegungen dieses die stationäre Massnahme anordnete.
1.3.2. Gemäss <ref-law> verzichtet das erstinstanzliche Gericht auf eine schriftliche Begründung, wenn es das Urteil mündlich begründet (lit. a) und nicht eine Freiheitsstrafe von mehr als zwei Jahren, eine Verwahrung nach <ref-law>, eine Behandlung nach <ref-law> oder, bei gleichzeitig zu widerrufenden bedingten Sanktionen, einen Freiheitsentzug von mehr als zwei Jahren ausspricht. Das Gericht stellt den Parteien nachträglich ein begründetes Urteil zu, wenn eine Partei dies innert 10 Tagen nach Zustellung des Dispositivs verlangt oder wenn eine Partei ein Rechtsmittel ergreift (Art. 82 Abs. 2 lit. a und b StPO). Die Voraussetzungen von Art. 82 Abs. 1 lit. a und b StPO müssen kumulativ erfüllt sein (Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1085 ff., 1157; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 5 zu <ref-law>). <ref-law> ermöglicht den erstinstanzlichen Gerichten in einfacheren Fällen aus verfahrensökonomischen Gründen auf die Begründung von Urteilen zu verzichten, wenn die Parteien nicht ausdrücklich eine solche verlangen (BBl 2006 1157).
1.3.3. Bei <ref-law> handelt es sich nicht um eine eigenständige stationäre therapeutische Massnahme. Ob ein Täter gemäss <ref-law> in einer geschlossenen Einrichtung unterzubringen ist, ist eine Vollzugsfrage, die von den Vollzugsbehörden zu beurteilen ist. Das Sachgericht kann sich nach der Rechtsprechung lediglich in seinen Urteilserwägungen - nicht jedoch im Urteilsdispositiv - zur Notwendigkeit eines geschlossenen Massnahmevollzugs äussern und den Vollzugsbehörden eine geschlossene Unterbringung des Betroffenen unverbindlich empfehlen, wenn es die Voraussetzungen von <ref-law> im Urteilszeitpunkt als erfüllt erachtet (<ref-ruling> E. 2.5 S. 10 f.; gleich bereits Urteil 6B_629/2009 vom 21. Dezember 2009 E. 1.2.3).
1.3.4. Ob eine Unterbringung in einer geschlossenen Einrichtung im Sinne von <ref-law> erfolgt, betrifft demnach - entgegen Art. 19 Abs. 2 lit. b und <ref-law>, welche eine gerichtliche Anordnungszuständigkeit nahelegen (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 und 2.4.4) - eine Vollzugsfrage (oben E. 1.3.3). Im Urteilszeitpunkt steht folglich noch nicht fest, ob die stationäre Massnahme allenfalls in einer geschlossenen Einrichtung im Sinne von <ref-law> vollzogen werden wird. Das Gericht kann nach der Rechtsprechung nicht über die Anwendung von <ref-law> entscheiden. Es kann sich lediglich in seinen Urteilserwägungen zur Notwendigkeit eines geschlossenen Massnahmevollzugs äussern. <ref-law> ist daher dahingehend auszulegen, dass ein Verzicht auf die schriftliche Begründung des erstinstanzlichen Urteils unzulässig ist, wenn eine Behandlung in einer geschlossenen Einrichtung im Sinne von <ref-law> infrage kommt, was regelmässig der Fall ist. Das Bundesgericht betonte, dass es sinnvoll sein kann, dass das Sachgericht in seinen Urteilserwägungen den Vollzugsbehörden eine geschlossene Unterbringung des Betroffenen unverbindlich empfiehlt, wenn es die Voraussetzungen von <ref-law> im Urteilszeitpunkt als erfüllt erachtet (<ref-ruling> E. 2.5 S. 10 f.). Dies setzt eine schriftliche Begründung des Urteils voraus. Bei der Anordnung einer stationären Massnahme nach <ref-law>, die in der Regel bis zu fünf Jahre dauern (<ref-law>) sowie verlängert werden kann (<ref-law>) und die bei Flucht- oder Wiederholungsgefahr in einer geschlossenen Einrichtung vollzogen wird (<ref-law>), vermag bereits die Schwere des Grundrechtseingriffs einen Verzicht auf die schriftliche Urteilsbegründung aus verfahrensökonomischen Gründen nicht zu rechtfertigen. Hinzu kommt, dass die Vollzugsbehörden im Rahmen der Überprüfung der Massnahme (<ref-law>) und das Gericht bei einer allfälligen Verlängerung (vgl. <ref-law>) wissen müssen, gestützt auf welchen Sachverhalt ein Schuldspruch erfolgte und mit welchen Überlegungen die stationäre Massnahme angeordnet wurde. Ordnet das erstinstanzliche Gericht eine stationäre Massnahme an, darf es daher nicht gestützt auf <ref-law> auf eine schriftliche Begründung des Entscheids verzichten. Es muss sein Urteil zumindest insoweit schriftlich begründen, dass daraus die Beweiswürdigung und der rechtserhebliche Sachverhalt, die Strafbarkeit des Verhaltens sowie das Vorliegen der Voraussetzungen für die Anordnung einer stationären Massnahme nach <ref-law> hervorgehen, dies auch wenn keine Partei um eine schriftliche Begründung des Urteils ersuchte und kein Rechtsmittel ergriffen wurde.
1.3.5. Der Verzicht des Bezirksgerichts Laufenburg auf die schriftliche Urteilsbegründung war folglich nicht zulässig. Dies führt allerdings nicht zur Nichtigkeit der am 24. März 2015 angeordneten stationären Massnahme, zumal es dem Beschwerdeführer freistand, eine schriftliche Begründung zu beantragen (vgl. <ref-law>). Es rechtfertigt jedoch, dass die Vorinstanz auch prüfte, ob das Bezirksgericht - entgegen dem Dafürhalten des Beschwerdeführers - zu Recht eine schwere psychische Störung im Sinne von <ref-law> bejahte, auch wenn dieser formell lediglich die bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme beantragt, nicht jedoch deren Aufhebung. Eine solche Prüfung hat im Rahmen von <ref-law> durch die mit dem Vollzug befassten Behörden zu erfolgen (vgl. Urteil 6B_798/2014 vom 20. Mai 2015, teilweise publ. in: <ref-ruling>). Nicht gefolgt werden kann der Auffassung des Beschwerdeführers, die Vorinstanz hätte die Angelegenheit für die Begründung der Anordnungsvoraussetzungen für eine stationäre Massnahme an das Bezirksgericht Laufenburg überweisen müssen.
1.4.
1.4.1. Nach der Rechtsprechung zu <ref-law> genügt für eine schwere psychische Störung nicht jede geistige Anomalie im sehr weiten medizinischen Sinne. Einzig psychopathologische Zustände von einer gewissen Ausprägung oder relativ schwerwiegende Arten und Formen geistiger Erkrankungen im medizinischen Sinne vermögen diesen Anforderungen zu genügen und können als geistige Abnormität im rechtlichen Sinne von <ref-law> qualifiziert werden (Urteil 6B_290/2016 vom 15. August 2016 E. 2.3.3 mit Hinweisen).
1.4.2. Aus dem Gutachten der Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) vom 19. August 2014 geht hervor, dass der Beschwerdeführer an einer Persönlichkeitsstörung leidet, wobei die Gutachter das Ausmass der Störung als schwer einstuften. Der Beschwerdeführer sei zum Zeitpunkt der Tat fähig zur Einsicht in das Unrecht der Tat gewesen, jedoch habe wegen der psychiatrischen Störung aus forensisch-psychiatrischer Sicht eine mittelgradig verminderte Steuerungsfähigkeit bestanden. Die Gutachter erachteten daher die Anordnung einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law> als zweckmässig. Gestützt darauf bestand für die Vorinstanz kein Anlass, die vom Bezirksgericht angeordnete stationäre Massnahme infrage zu stellen, zumal die Diagnose gemäss der Vorinstanz auch durch den Therapieverlaufsbericht der Psychiatrischen Klinik Königsfelden bestätigt wird. Nicht zu beanstanden ist, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, angesichts der Erheblichkeit und der Deliktsrelevanz der diagnostizierten Defizite des Beschwerdeführers liege eine schwere psychische Störung im Sinne von <ref-law> vor (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.3.2 S. 10 f.). Der angefochtene Entscheid genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen. Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Fortsetzung der stationären Massnahme sei unverhältnismässig, da der mit ihr verbundene Freiheitsentzug weit über die ausgesprochene Freiheitsstrafe von 18 Monaten hinausgehe. Insbesondere bestehe jedoch kein hinreichendes Risiko für die Öffentlichkeit. Einem allfälligen Restrisiko könne bei einer bedingten Entlassung ohne Weiteres mit einer ambulanten Therapie begegnet werden, zumal er gemäss Therapieverlaufsbericht sowohl Therapie- als auch Einsichtsbereitschaft zeige.
2.2. Der Täter wird gemäss <ref-law> aus dem stationären Vollzug einer Massnahme bedingt entlassen, sobald sein Zustand es rechtfertigt, dass ihm Gelegenheit gegeben wird, sich in der Freiheit zu bewähren. Voraussetzung für die bedingte Entlassung ist eine günstige Prognose. Die Prognose ist günstig, wenn zu erwarten ist, dass der Betroffene keine weiteren Straftaten begehen wird, die mit der behandelten Störung in Zusammenhang stehen. Eine Heilung im medizinischen Sinn ist indes nicht erforderlich. Es genügt, dass der Betroffene gelernt hat, mit seinen Defiziten umzugehen. Entscheidend ist, dass die mit der schweren psychischen Störung zusammenhängende Rückfallgefahr durch die Behandlung ausreichend vermindert werden konnte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 202 f.; Urteile 6B_593/2012 vom 10. Juni 2013 E. 3; 6B_714/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2; je mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz stellt für die Legalprognose auf den Therapieverlaufsbericht der Psychiatrischen Klinik Königsfelden ab. Sie erwägt, vom Beschwerdeführer gehe zurzeit als Folge der zumindest schon zum Teil erfolgreichen Therapie kein unmittelbar drohendes Risiko aus, da im Fall einer sofortigen bedingten Entlassung nicht damit zu rechnen sei, dass er in sehr naher Zukunft rückfällig werde. Dieser wäre indessen zurzeit (noch) ohne strukturierte Umgebung und engmaschige Betreuung in seiner Lebensgestaltung stark überfordert. Im Therapieverlaufsbericht werde denn auch darauf aufmerksam gemacht, dass sich bei Stresserleben das Denken des Beschwerdeführers stark auf das auslösende Ereignis einenge. Es sei daher mit dem AJV davon auszugehen, dass die Gefahr gross sei, dass der Beschwerdeführer bei einer Überforderung dekompensiere, wiederum in seine rigiden Denk- und Verhaltensmuster zurückfalle und sich dadurch das Risiko für die Begehung ähnlicher Straftaten wie der vom Bezirksgericht Laufenburg beurteilten stark erhöhe. Zusätzlich sei in Betracht zu ziehen, dass bei einem Rückfall angesichts der Unvorhersehbarkeit und der Schwere eines allfälligen Angriffs des Beschwerdeführers auch weit schlimmere Folgen mit ins Kalkül einzubeziehen seien, als sie beim zur Verurteilung führenden Angriff eingetreten seien. Es erweise sich daher als verhältnismässig, den Beschwerdeführer noch nicht unmittelbar bedingt zu entlassen. Dies gelte umso mehr, als diesem mit dem angefochtenen Entscheid nicht einfach die bedingte Entlassung verweigert worden sei. Vielmehr seien nebst den schon während der Therapie gewährten höheren Ausgangsstufen bereits weitere Lockerungsschritte vorgesehen, bei denen es insbesondere auch möglich sein werde, den Beschwerdeführer bei der Bereinigung seiner Wohn-, Arbeits- und finanziellen Situation engmaschig zu begleiten und zu unterstützen (angefochtener Entscheid E. 2.3.3 S. 12 f.).
2.4. Inwiefern diese Erwägungen der Vorinstanz gegen das Recht verstossen oder willkürlich (vgl. <ref-law>) sein könnten, ergibt sich aus der Beschwerde nicht und ist auch nicht ersichtlich. Die Vorinstanz bejaht zu Recht die Verhältnismässigkeit der Massnahme, da vom Beschwerdeführer bei einer sofortigen bedingten Entlassung mittel- bzw. längerfristig nach wie vor eine Gefahr für schwere Straftaten ausgeht. Zu berücksichtigen war zudem, dass die stationäre Massnahme in der Psychiatrischen Klinik Königsfelden erst relativ kurze Zeit andauerte (rund 6,5 Monate im Zeitpunkt der Gesuchs um bedingte Entlassung bzw. elf Monate im Zeitpunkt des Entscheids des AJV) und gemäss dem Therapieverlaufsbericht noch weitere Verbesserungen zu erwarten sind.
Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer lediglich zu einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten verurteilt wurde und dass ihm im Zeitpunkt seiner Beschwerde an das Bundesgericht die Freiheit insgesamt 30 Monate entzogen war bzw. im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids rund zwei Jahre und fünf Monate. Zwar ist zutreffend, dass bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Weiterführung einer freiheitsentziehenden Massnahme auch die Schwere der verübten bzw. zu erwartenden Straftaten sowie die Dauer des bereits erfolgten Freiheitsentzugs zu berücksichtigen sind (vgl. etwa Urteil 6B_109/2013 vom 19. Juli 2013 E. 4.4; MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, N. 128 zu <ref-law>; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 9 N. 40; TRECHSEL/PAUEN BORER, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 15 zu <ref-law>). Die Vorinstanz verkennt dies nicht, sondern bejaht die Verhältnismässigkeit der Massnahme zutreffend auch unter diesem Gesichtspunkt (vgl. angefochtener Entscheid 2.3.4 S. 14). Nicht entscheidend ist in dieser Hinsicht die Länge der verhängten Freiheitsstrafe, die gerade bei einer aufgrund einer schweren psychischen Störung verminderten Schuldfähigkeit - was Anlass zu einer Massnahme geben kann - tiefer ausfällt.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, er hätte nicht nur vom AJV, sondern auch von der Vorinstanz persönlich angehört werden müssen. Er habe gestützt auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK Anspruch auf eine mündliche Verhandlung. Es handle sich nicht um ein blosses Strafvollzugsverfahren, das dem Anwendungsbereich dieser Bestimmung entzogen wäre. Es gehe um eine schwere Beschränkung der persönlichen Freiheit, welche das anordnende Gericht nicht befristet habe. Das Verfahren sei vergleichbar mit Haftentlassungsverfahren im Bereich der prozessualen Haft, die gemäss <ref-law> Anspruch auf eine Verhandlung verschaffen würden. Der Anspruch auf eine mündliche Verhandlung ergebe sich auch aus Art. 5 EMRK und dem Recht auf persönliche Anhörung. Hinzu komme, dass die Vorinstanz erstmals über die Schwere der psychischen Störung entschieden habe.
3.2. Der Beschwerdeführer beruft sich zu Unrecht auf <ref-law>, der vorliegend nicht anwendbar ist. Ob im Rahmen der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde eine mündliche Verhandlung durchzuführen ist, beurteilt sich nicht nach der StPO, sondern nach dem kantonalen Verfahrensrecht, welches das Bundesgericht nur auf auf Willkür (<ref-law>) überprüft (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372; <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; je mit Hinweisen). Willkür macht der Beschwerdeführer indes nicht geltend.
Im Verfahren betreffend die bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme wird nicht über eine strafrechtliche Anklage entschieden. Art. 6 Ziff. 1 EMRK gelangt daher ebenfalls nicht zur Anwendung. Art. 5 Ziff. 4 EMRK gewährt nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte [EGMR] keinen zwingenden Anspruch auf eine mündliche Anhörung durch den Haftrichter. Entscheidend sind die konkreten Umstände (vgl. Urteil des EGMR Derungs gegen Schweiz vom 10. Mai 2016, Nr. 52089/09, §§ 72 ff.). Vorliegend wurde der Beschwerdeführer anlässlich der vom AJV durchgeführten Sitzung in Anwesenheit seines Vertreters persönlich angehört (angefochtener Entscheid S. 6). Neue Tatsachen, welche eine mündliche Anhörung auch im Rechtsmittelverfahren erfordert hätten, macht er nicht geltend. Das AJV holte in Anwendung von <ref-law> zudem einen ausführlichen Therapieverlaufsbericht ein. Hinzu kommt, dass der Entscheid vom 24. März 2015 über die Anordnung der stationären Massnahme im Zeitpunkt des Gesuchs um bedingte Entlassung vom 7. Dezember 2015 wie erwähnt erst relativ kurze Zeit zurücklag. Zusätzliche Gutachten für die Beurteilung des Gesundheitszustands des Beschwerdeführers waren daher nicht erforderlich. Unter diesen Umständen besteht nach der Rechtsprechung des EGMR kein Anspruch auf eine mündliche Verhandlung vor dem Haftrichter (vgl. Urteil des EGMR Derungs gegen Schweiz vom 10. Mai 2016, Nr. 52089/09, §§ 72 ff.). Daran ändert nichts, dass der Entscheid über die Anordnung der stationären Massnahme nicht schriftlich begründet wurde. Entgegen dem Beschwerdeführer trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz erstmals über die Anordnungsvoraussetzung der schweren psychischen Störung entschied. Es fehlte diesbezüglich lediglich an der schriftlichen Begründung des bezirksgerichtlichen Urteils.
Die Vorinstanz verneint zu Recht einen Anspruch des Beschwerdeführers auf eine mündliche Verhandlung im kantonalen Beschwerdeverfahren.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer kritisiert schliesslich, er habe die bedingte Entlassung am 7. Dezember 2015 beantragt. Bis zum angefochtenen Gerichtsurteil seien somit über acht Monate vergangen. Dies sei mit dem in Art. 5 Ziff. 4 EMRK verankerten Anspruch auf gerichtliche Haftprüfung innerhalb kurzer Frist nicht vereinbar.
4.2. Gemäss Art. 5 Ziff. 4 EMRK hat jede Person, der die Freiheit entzogen ist, das Recht zu beantragen, dass ein Gericht innerhalb kurzer Frist über die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs entscheidet und ihre Entlassung anordnet, wenn der Freiheitsentzug nicht rechtmässig ist. Die Frage, welche Verfahrensdauer im Sinne von Art. 5 Ziff. 4 EMRK noch als angemessen erscheint, kann nicht abstrakt beantwortet werden, sondern hängt vielmehr von der Würdigung der konkreten Umstände des Einzelfalles ab. Zu berücksichtigen sind insbesondere allfällige besondere verfahrensrechtliche oder materielle Schwierigkeiten sowie das Verhalten des Betroffenen (<ref-ruling> E. 3a S. 375 f. mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 6B_424/2011 vom 12. September 2011 E. 1.3; Urteil des EGMR Derungs gegen Schweiz vom 10. Mai 2016, Nr. 52089/09, § 45). So befand der EGMR im Entscheid Fuchser gegen Schweiz, die Dauer von vier Monaten und sechs Tagen bis zur gerichtlichen Beurteilung eines Gesuchs um Aufhebung einer stationären Massnahme und Entlassung aus dem Massnahmevollzug verstosse gegen Art. 5 Ziff. 4 EMRK, da die Verzögerung weder auf die Komplexität des Falles noch verfahrensrechtliche Schwierigkeiten oder das Verhalten des Beschwerdeführers zurückzuführen sei und auch sonst keine besonderen Umstände vorgelegen hätten, welche die Verzögerung hätten rechtfertigen können. Der EGMR stellte vielmehr fest, die Behörden seien im Zusammenhang mit der Einholung eines Gutachtens untätig geblieben (Urteil des EGMR Fuchser gegen Schweiz vom 13. Juli 2006, Nr. 55894/00, §§ 46 ff.). Da das Haftentlassungsgesuch im Fall Fuchser vom Haftrichter schliesslich gutgeheissen wurde, wirkte sich die Verfahrensverzögerung auf die Dauer des Freiheitsentzugs aus. Im Entscheid Derungs gegen Schweiz (vgl. a.a.O., §§ 45 ff.) bestätigte der EGMR besagte Rechtsprechung. Gleichzeitig entschied er, die Dauer von fast elf Monaten vom Gesuch um bedingte Entlassung aus der Verwahrung bis zum ersten richterlichen Entscheid sei mit Art. 5 Ziff. 4 EMRK nicht vereinbar. Dabei sah der EGMR darin, dass der Beschwerdeführer zuerst ein verwaltungsinternes Beschwerdeverfahren durchlaufen musste, keine besonderen Umstände, welche die Verfahrensdauer hätten rechtfertigen können (Urteil, a.a.O., §§ 48 ff.).
4.3. Vorliegend verstrichen zwischen dem Gesuch um bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme vom 7. Dezember 2015 und dem angefochtenen Entscheid vom 24. März 2016 rund 8,5 Monate. Das Verfahren dauerte daher länger als die im Entscheid Fuchser gegen Schweiz vom EGMR beurteilten vier Monate und sechs Tage, jedoch weniger lang als die rund elf Monate, welche im Entscheid Derungs des EGMR am 10. Mai 2016 zu einer Verurteilung der Schweiz wegen Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK führten.
Allerdings lagen insofern besondere Umstände vor, als die stationäre Therapie des Beschwerdeführers in der Psychiatrischen Klinik Königsfelden im Zeitpunkt des Gesuchs um bedingte Entlassung lediglich 6,5 Monate andauerte. Die für eine gesetzeskonforme Prüfung des Entlassungsgesuchs erforderlichen Beurteilungsunterlagen, insbesondere der Therapieverlaufsbericht der Psychiatrischen Klinik Königsfelden, lagen daher noch nicht vor, sondern mussten zuerst eingeholt werden (vgl. act. 11, Stellungnahme AJV S. 2). Der Therapieverlaufsbericht wurde am 14. Dezember 2015 in Auftrag gegeben und ging am 1. März 2016 beim AJV ein. Die Dauer von 2,5 Monaten für die Erstellung des Berichts kann nicht als übermässig lange bezeichnet werden, da es sich um den ersten umfassenden Therapieverlaufsbericht handelte, der bereits nach kurzer Behandlungsdauer angefordert wurde. Zu berücksichtigen ist weiter, dass der Beschwerdeführer nicht nur eine bedingte Entlassung, sondern auch eine erneute Prüfung der Voraussetzungen für die Anordnung der stationären Massnahme verlangte. Auch stellte sich die Frage von allfälligen Vollzugslockerungen. Eigentliche Verfahrensverzögerungen oder ein Untätigbleiben der Behörden tut der Beschwerdeführer zudem nicht dar. Dieser setzt sich mit dem konkreten Verfahrensverlauf nicht ansatzweise auseinander, sondern schliesst einzig aufgrund der abstrakten Dauer des Verfahrens von mehr als acht Monaten auf einen Verstoss gegen Art. 5 Ziff. 4 EMRK. Der Beschwerdeführer machte während des ganzen Verfahrens auch nie eine besondere Dringlichkeit geltend. Er nutzte die ihm vom AJV angesetzte Frist von 25 Tagen für die Stellungnahme zur Frage, ob direkt eine begründete Verfügung erlassen werden soll, und die 30-tägige Frist für die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vielmehr vollständig aus (vgl. act. 11, Stellungnahme AJV S. 2; act. 13, Replik Beschwerdeführer). Zutreffend ist zwar, dass ihm dies nicht zum Vorwurf gemacht werden kann, da dies sein gutes Recht war. Dies schliesst eine Berücksichtigung dieser Tatsache bei der Frage nach der Angemessenheit der Verfahrensdauer jedoch nicht aus. Eine Verletzung des Beschleunigungsgebots muss in Anbetracht der konkreten Umstände verneint werden.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, da dessen Bedürftigkeit erstellt scheint und die Rechtsbegehren nicht aussichtlos waren.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Rechtsanwalt Konrad Jeker wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld