Faits :
A.
A._ se trouve en détention provisoire puis pour des motifs de sûreté depuis le 18 janvier 2013 au sein de la prison de Champ-Dollon, dans le cadre d'une procédure pénale dirigée contre lui notamment pour tentative d'assassinat et tentative de meurtre. Par jugement du 15 octobre 2014, le Tribunal correctionnel du canton de Genève l'a condamné à une peine privative de liberté de six ans, sous déduction de 638 jours de détention avant jugement. Ce jugement a été confirmé par la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève, le 18 mai 2015. Par arrêt du 19 mai 2016, le Tribunal fédéral a confirmé la quotité de la peine, tout en réformant partiellement l'arrêt cantonal s'agissant du nombre de jours durant lesquels les conditions de détention de l'intéressé ont été illicites; il a renvoyé la cause à la cour cantonale afin qu'elle statue sur les conséquences des violations des conditions de détention (cause 6B_688/2015).
Le 4 décembre 2014, A._ a requis du Directeur de la prison de Champ-Dollon une décision formelle motivant la fouille corporelle qu'il avait subie le 2 décembre 2014, à la suite d'un parloir avec sa compagne. Par décision du 10 décembre 2014, le Directeur a confirmé la décision de fouille du 2 décembre 2014.
Par arrêt du 27 octobre 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours interjeté par l'intéressé contre la décision du 10 décembre 2014. Elle a considéré en substance que la procédure et les modalités de fouille corporelle complète au retour de parloir reposaient sur une base légale suffisante, répondaient à un intérêt public d'ordre sécuritaire et respectaient le principe de la proportionnalité.
B.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 27 octobre 2015, de constater l'illicéité de la fouille qu'il a subie et de lui réserver la possibilité de faire valoir une indemnisation adéquate. Il requiert aussi l'octroi de l'assistance judiciaire.
Le Directeur de la prison conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Le recourant a répliqué par courrier du 1 er février 2016.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions rendues en matière pénale, dont font partie les décisions relatives aux conditions de la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté (arrêt 1B_369/2013 du 26 février 2014 consid. 1, non publié in <ref-ruling>). La recevabilité du recours en matière pénale dépend notamment de l'existence d'un intérêt juridique actuel à l'annulation de la décision entreprise (<ref-law>). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276).
En tant qu'il a vu rejetées ses conclusions en constatation du caractère irrégulier de la fouille corporelle, mesure au demeurant reproductible à chaque visite reçue, le recourant a intérêt à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Les autres conditions de recevabilité sont remplies, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
Le recourant reproche à l'autorité cantonale de recours d'avoir considéré que le caractère systématique des fouilles à nu pratiquées à la prison de Champ-Dollon à l'issue de chaque visite au parloir respectait les exigences légales, constitutionnelles et conventionnelles en matière de conditions de détention. Il affirme subir un traitement dégradant (au sens des art. 3 CEDH, 10 al. 3 Cst. et 18 al. 2 de la Constitution du canton de Genève du 14 octobre 2012 [RSG A 2 00]). Il se plaint aussi sommairement d'une violation de sa liberté personnelle (art. 5 CEDH), dès lors qu'il se voit contraint d'exposer ses parties sexuelles.
Ces griefs se confondent dans la mesure où ils tendent à démontrer l'inconstitutionnalité de la fouille corporelle au sein de la prison. Ils seront donc examinés ensemble.
2.1. Au niveau conventionnel, l'art. 3 CEDH prévoit que nul ne peut être soumis à la torture ni à des peines ou traitements inhumains ou dégradants. Sur le plan constitutionnel, l'art. 7 Cst. prescrit de son côté que la dignité humaine doit être respectée et protégée. A teneur de l'art. 10 al. 3 Cst., la torture et tout autre traitement ou peine cruels, inhumains ou dégradants sont interdits (voir également les art. 14 al. 1 et 18 al. 2 de la Constitution genevoise [Cst-GE; RSG A 2 00]). Au niveau législatif enfin, l'<ref-law> rappelle le principe du respect de la dignité humaine.
Les personnes détenues peuvent se prévaloir de la garantie de la liberté personnelle (art. 10 al. 1 Cst. et 5 CEDH) s'agissant des modalités de leur détention, dans les limites découlant de la mesure de contrainte qui leur est imposée et du rapport de sujétion spécial qui les lie à l'Etat.
2.2. La Recommandation Rec (2006) sur les Règles pénitentiaires européennes, adoptée le 11 janvier 2006 par le Comité des Ministres du Conseil de l'Europe (ci-après: RPE), s'applique aussi à la détention provisoire (règle 10.1). Les RPE n'ont certes pas de valeur contraignante pour les Etats, mais leur contenu reflète les traditions juridiques communes à ces Etats et sert de référence dans la concrétisation des droits fondamentaux (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 133 et les arrêts cités). S'agissant des fouilles corporelles, la règle 54 peut être considérée comme définissant les responsabilités des administrations pénitentiaires pour assurer le respect des droits découlant notamment de l'art. 5 CEDH dans les conditions fondamentalement restrictives de la prison.
La règle 54 prévoit que le personnel doit suivre des procédures détaillées lorsqu'il fouille des détenus (règle 54.1 let. b). Les situations dans lesquelles ces fouilles s'imposent, ainsi que leur nature, doivent être définies par le droit interne (règle 54.2). Le personnel doit être formé à mener ces fouilles en vue de détecter et de prévenir les tentatives d'évasion ou de dissimulation d'objets entrés en fraude, tout en respectant la dignité des personnes fouillées et leurs effets personnels (règle 54.3). Les personnes fouillées ne doivent pas être humiliées par le processus de fouille (règle 54.4). Les personnes peuvent uniquement être fouillées par un membre du personnel du même sexe (règle 54.5). Aucun examen des cavités corporelles ne peut être effectué par le personnel pénitentiaire (règle 54.6). Un examen intime dans le cadre d'une fouille ne peut être réalisé que par un médecin (règle 54.7).
2.3. La question des fouilles corporelles systématiques lors de l'exécution de peine a fait l'objet d'un arrêt du Tribunal fédéral, le 7 avril 2015. Se référant notamment à la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme ainsi qu'à la règle 54 des Règles pénitentiaires européennes (RPE), le Tribunal fédéral a jugé que, dans le cadre de la détention pour exécution de peine, les fouilles corporelles systématiques effectuées à l'issue de chaque visite au parloir étaient admissibles et conformes aux exigences légales, constitutionnelles et conventionnelles en matière de conditions de détention lorsqu'elles étaient justifiées par des considérations de nature sécuritaire (<ref-ruling> consid. 6 p. 143 ss).
Il ressort en particulier de cet arrêt que la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme n'a jamais remis en cause le bien-fondé des fouilles corporelles lorsque celles-ci étaient justifiées par le fait que le détenu avait pu avoir, à l'occasion d'une visite au parloir ou d'une sortie, un contact physique avec un tiers, susceptible de lui permettre de recevoir et d'introduire dans la prison des objets ou des substances potentiellement dangereux pour la sécurité du détenu ou des tiers (arrêt Frérot contre France du 12 juin 2007, n° 45; voir également la décision de la Cour européenne des droits de l'homme Schiavone contre Italie du 13 novembre 2007, p. 8).
2.4. En l'espèce, le recourant soutient que le raisonnement contenu dans l'<ref-ruling> ne s'applique qu'aux détenus en exécution de peine et non aux personnes en détention avant jugement. Il fait valoir que les fouilles corporelles qu'il a subies à la prison de Champ-Dollon lors de sa détention préventive et pour des motifs de sûreté sont dépourvues de base légale suffisante (consid. 2.5.1), ne sont pas justifiées par un intérêt public prépondérant (consid. 2.5.2) et sont disproportionnées en raison de leur caractère systématique et régulier, vu les résultats effectivement obtenus (consid. 2.5.3).
2.4.1. Lorsque les causes et la durée de la privation de la liberté sont prévues dans une loi au sens formel, les restrictions à la liberté personnelle des détenus qui découlent des conditions de détention peuvent figurer dans une loi au sens matériel, à savoir un règlement de prison, car ces personnes sont liées à l'Etat par un rapport de droit spécial (<ref-ruling> consid. 2b p. 205 s.; <ref-ruling> consid. 3r-t p. 88 ss).
De surcroît, selon l'<ref-law>, la liberté des prévenus en détention ne peut être restreinte que dans la mesure requise par le but de la détention et par le respect de l'ordre et de la sécurité dans l'établissement. Tout contact entre le prévenu en détention et des tiers est soumis à l'autorisation de la direction de la procédure. Les visites sont surveillées si nécessaire (al. 2). L'<ref-law> constitue ainsi la base légale permettant de restreindre les droits des prévenus dans la mesure où le but de la détention l'exige (Niklaus Schmid, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2013, n° 1 ad art. 235; arrêt 1B_17/2015 du 18 mars 2015 consid. 3.1). C'est au législateur cantonal qu'il appartient de régler les droits et les obligations des prévenus en détention (<ref-law>).
Dans le canton de Genève, l'art. 46 du règlement genevois du 30 septembre 1985 sur le régime intérieur de la prison et le statut des personnes incarcérées (RRIP; RSG F 1 50.04), lequel fixe le régime intérieur de la prison et le statut des personnes incarcérées dans le canton de Genève (art. 1 al. 3 de la loi genevoise du 21 juin 1984 sur l'organisation et le personnel de la prison [LOPP; RS/GE F 1 50]), prévoit que la direction de la prison peut en tout temps ordonner des fouilles corporelles et une inspection des locaux.
Sur la base de l'art. 63 RRIP, le Directeur de la prison a la compétence pour édicter les instructions complémentaires nécessaires; les ordres de service sont transmis au directeur de l'Office cantonal de la détention. Dans ce cadre, le Directeur de la prison de Champ-Dollon a édicté un ordre de service portant sur les fouilles corporelles, le 27 mars 2013. Il en ressort qu'une fouille complète consiste en un contrôle des vêtements du détenu que ce dernier aura ôtés; la fouille complète se déroule impérativement dans l'ordre suivant: il est demandé au détenu d'ôter tous les vêtements de la partie supérieure de son corps; les vêtements sont contrôlés; il peut être demandé au détenu de lever les bras; il peut être demandé au détenu de se laisser palper les cheveux; le détenu se rhabille; le détenu ôte les vêtements de la partie inférieure de son corps, sous-vêtement compris; les vêtements sont contrôlés; le détenu se rhabille; il peut être demandé au détenu d'ouvrir la bouche pour une inspection visuelle (art. 2.1.2). L'exploration des cavités naturelles est proscrite (art. 2.2).
Il résulte de ce qui précède que les fouilles corporelles dont a fait l'objet le recourant reposent sur une base légale suffisante. De plus, l'ordre de service du Directeur de la prison du 27 mars 2013 revêt une densité normative adéquate et présente des garanties suffisantes de précision, de clarté et de transparence. Il est par ailleurs conforme à la règle 54 RPE.
2.4.2. Le recourant ne parvient pas non plus à démontrer que la procédure et les modalités de fouille corporelle complète au retour de parloir ne répondent pas à un intérêt public. Il dénonce uniquement le caractère systématique des fouilles corporelles, sans contester que l'intérêt public justifiant celles-ci tend à assurer la sécurité collective et individuelle ainsi que l'ordre de l'établissement pénitentiaire. Comme les contacts physiques sont possibles entre visiteurs et détenus, il existe un intérêt public essentiel à s'assurer que des objets ou substances dangereux ou prohibés ne soient introduits dans la prison lors d'un retour de parloir. La pratique mise en place à la prison de Champ-Dollon résulte ainsi des contingences sécuritaires liées aux infrastructures à disposition (parloir ouvert), lesquelles imposent de procéder à une fouille systématique de l'ensemble des détenus. Quoi qu'en dise le recourant, les fouilles corporelles sont justifiées pour chacune d'entre elles par des considérations objectives liées à la sécurité de cet établissement pénitentiaire; pour ce motif, le nombre de fouilles corporelles subies par un détenu n'est pas déterminant. En tant qu'il implique un automatisme des fouilles corporelles à la suite d'une visite au parloir, le système mis en place à la prison de Champ-Dollon ne porte donc pas atteinte aux exigences de la CEDH. Ce système se justifie d'autant plus que le nombre de personnes incarcérées à la prison de Champ-Dollon et le nombre de visites corrélatives nécessitent inévitablement l'application d'une procédure simple et standardisée, au risque sinon de rendre excessivement difficile la gestion du droit de visite en prison. On ne saurait enfin voir dans la procédure mise en place une forme de "routine" comparable à celle condamnée par la Cour européenne des droits de l'homme dans les affaires Van der Ven ou Ciupercescu (<ref-ruling> consid. 6.5 p. 149 s.).
Le recourant se contente d'alléguer qu'"un tel système repose sur le paradigme que tout détenu qui revient d'un parloir est par nature soupçonné de dissimuler des objets interdits". Cette affirmation ne met cependant pas à néant le motif de sécurité publique justifiant le caractère systématique des fouilles corporelles. Il en va de même du caractère infructueux des fouilles corporelles dont le recourant a fait l'objet. Les critiques de celui-ci manquent d'autant plus de pertinence que les fouilles à nu dont il a fait l'objet ne trouvent leur justification que dans des impératifs de sécurité. En effet, le recourant ne prétend pas que lesdites fouilles ont été utilisées comme une forme de sanction de son comportement. Il ne soutient pas non plus avoir fait l'objet d'avilissement et d'humiliation lors de ces opérations.
2.4.3. Reste à examiner si les fouilles corporelles systématiques au retour de parloir respectent le principe de la proportionnalité. Celui-ci exige qu'une mesure restrictive, telle une fouille corporelle intégrale, soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); il interdit par ailleurs toute limitation allant au-delà du but visé et exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; <ref-ruling> consid. 4.5 p. 389).
D'abord, la fouille complète systématique est une mesure apte à contrôler qu'un détenu ayant eu des contacts physiques avec des visiteurs extérieurs n'introduise pas au sein de l'établissement pénitentiaire des objets ou substances dangereux ou prohibés. La simple allégation du recourant selon laquelle les objets prohibés sont trouvés lors des fouilles des cellules n'est pas en mesure de prouver l'inaptitude de la mesure litigieuse. Ce n'est pas parce que les fouilles à nu ne permettent pas de trouver des objets illicites qu'elles sont inefficaces: elles ont un effet préventif certain, dans la mesure où les prévenus renoncent à introduire de tels objets dans la prison lorsqu'ils savent qu'une fouille systématique intervient.
A l'instar de la cour cantonale, il faut ensuite considérer que le caractère systématique des fouilles corporelles est nécessaire, des fouilles simples ou des fouilles complètes aléatoires étant inefficaces à atteindre le but visé. Le recourant ne démontre par ailleurs pas quelles autres mesures, moins incisives, permettraient d'assurer la sécurité de l'établissement pénitentiaire, dont la surpopulation chronique exige à cet égard une attention particulière. Le simple effet dissuasif des fouilles aléatoires, mis en avant par le recourant, est au demeurant insuffisant pour assurer l'ordre au sein de la prison dans ces circonstances.
Enfin, pour les mêmes motifs, l'atteinte aux droits des individus demeure raisonnable et le principe de la proportionnalité au sens étroit est respecté.
2.4.4. Le recourant mentionne encore, très brièvement, une violation de sa liberté religieuse (art. 9 CEDH et 15 Cst.), au motif que sa foi lui proscrit la nudité publique et les contacts nus avec d'autres hommes. Insuffisamment motivé, ce grief est irrecevable (<ref-law>).
2.5. Il s'ensuit que la juridiction cantonale n'a pas violé le droit en considérant que la détention du recourant, en tant qu'elle concernait le régime de fouille corporelle systématique auquel celui-ci était soumis, respectait les exigences légales, constitutionnelles et conventionnelles en matière de conditions de détention. Le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3.
Le recours paraissait d'emblée voué à l'échec vu l'<ref-ruling>, de sorte que l'assistance judiciaire ne peut être accordée pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Il convient cependant, dans les circonstances données, de renoncer à percevoir des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Direction de la prison de Champ-Dollon et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 21 juin 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Tornay Schaller