Fatti:
A.
Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Cantone Ticino xxx, il Comune di X._ ha indetto un pubblico concorso, retto dalla legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera, per aggiudicare le opere da impresario costruttore relative al collegamento dell'acquedotto di Y._ con quello di Z._. Il capitolato d'appalto non prevedeva particolari criteri di idoneità, limitandosi a dichiarare applicabile l'art. 34 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 12 settembre 2016 (RLCPubb/CIAP; RL 7.1.4.1.6). Specificava che la commessa sarebbe stata attribuita al miglior offerente, tenendo conto dei seguenti criteri e fattori di ponderazione: 1. Prezzo: 50 %; 2. Attendibilità dei prezzi dell'offerta: 20 %; 3. Programma lavori - termini proposti: 12.5 %; 4. Attendibilità programma lavori: 12,5 %; 5. Formazione apprendisti: 5 %. Le disposizioni particolari CPN 102, parte integrante degli atti d'appalto, precisavano nel dettaglio tutti i documenti e le informazioni che i concorrenti erano tenuti ad inoltrare con la loro offerta, fra i quali figuravano espressamente (pos. 252.120 lett. g CPN 102) la relazione tecnica ed il programma dei lavori. Quest'ultima posizione avvertiva i concorrenti che la compilazione carente o l'allestimento incompleto di uno o più documenti richiesti sarebbero stati considerati come una mancata consegna del documento stesso, con la conseguente estromissione dell'offerta dalla procedura di aggiudicazione. Non vi sono state impugnazioni del bando né delle disposizioni particolari CPN 102.
B.
Entro il termine impartito, sono giunte al committente quattro offerte. Esperite le necessarie verifiche, il 31 maggio 2016 il Municipio di X._ ha risolto di assegnare la commessa alla ditta A._ SA, che con la sua offerta per un importo complessivo di fr. 494'353.50, era giunta prima in graduatoria con 567.65 punti. Contro tale decisione, la ditta B._ SA, classificatasi seconda con 558.88 punti, è insorta davanti al Tribunale cantonale amministrativo. Con sentenza del 13 ottobre 2016, la Corte cantonale ha accolto il ricorso, annullato la decisione impugnata e, non avendo la ditta ricorrente chiesto che la commessa le fosse aggiudicata, ritornato gli atti al committente per nuova decisione.
C.
Con "ricorso di diritto costituzionale" del 18 novembre 2016, la ditta A._ SA ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale chiedendo che, in riforma dello stesso, la risoluzione del 31 maggio/1 giugno 2016 del Municipio del Comune di X._ venga confermata.
Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. L'opponente ha chiesto che il ricorso sia respinto, mentre il Comune ha ribadito la validità della propria decisione di aggiudicazione e si è rimesso al giudizio di questo Tribunale.
Con decreto presidenziale del 15 dicembre 2016, è stato rifiutato l'effetto sospensivo al gravame.

Diritto:
1.
Il litigio riguarda una commessa pubblica. Ritenuto che, per stessa ammissione della ricorrente, le condizioni dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF non sono soddisfatte, solo il ricorso sussidiario in materia costituzionale è proponibile (<ref-law>). La sentenza querelata, sebbene di rinvio, è da considerarsi finale poiché non lascia al committente nessun margine di giudizio rispetto alla ricorrente (art. 90 in relazione con l'<ref-law>) ed è stata pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 in relazione con l'<ref-law>). L'impugnativa è tempestiva (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e l'insorgente, già aggiudicataria della commessa e poi successivamente estromessa, ha un interesse giuridicamente protetto a contestare l'annullamento della delibera a suo favore (<ref-law>; sentenze 2D_17/2014 del 7 luglio 2014 consid. 1.2; 2D_15/2012 del 31 agosto 2012 consid. 1.2 e 2D_74/2010 del 31 maggio 2011 consid. 1.2). Per quanto precede, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è di massima ammissibile.
Visto l'esito della lite, la questione dell'ammissibilità della conclusione formulata nel ricorso, sollevata nella risposta dall'opponente, può essere lasciata aperta.
2.
2.1. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Occorre invece che il ricorrente specifichi quali diritti considera lesi ed esponga le sue critiche in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da una motivazione esaustiva. Nel caso lamenti una violazione del divieto d'arbitrio, deve in particolare spiegare perché la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 51; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 5; <ref-ruling> consid. 2.2.2 pag. 318 seg.; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 133).
2.2. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore, che sono di principio vincolanti (art. 105 cpv. 1 e 118 cpv. 1 LTF). Esso può scostarsene solo se il loro accertamento è stato svolto ledendo il diritto ai sensi dell'<ref-law>. A meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, condizione il cui adempimento dev'essere dimostrato nel ricorso, il Tribunale federale non tiene inoltre conto di fatti o mezzi di prova nuovi, i quali non possono in ogni caso essere posteriori al giudizio impugnato (art. 99 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 343 seg.).
2.3. Come si vedrà, l'impugnativa adempie solo parzialmente ai requisiti di motivazione esposti, in particolare poiché la ricorrente non sempre sostanzia adeguatamente la censura d'arbitrio.
3.
La sentenza impugnata ha stabilito che, nonostante la documentazione di gara lasciasse ai concorrenti un'ampia libertà nella scelta della forma per la presentazione delle informazioni richieste, era chiaro che il committente - chiedendo di allegare all'offerta il programma dei lavori comprendente il diagramma della manodopera e delle attrezzature adoperate, indicato nella pos. 252.120 lett. g CPN 102 - volesse ottenere dai concorrenti le informazioni necessarie per valutare l'attendibilità dell'offerta dal profilo delle maestranze e dei macchinari concretamente impiegati sul cantiere sull'arco dell'intera durata dei lavori. La ricorrente ha allegato all'offerta un programma dei lavori allestito nella forma di un diagramma di Gantt, nel cui asse orizzontale era rappresentato l'arco temporale totale del progetto suddiviso in fasi incrementali, mentre in quello verticale figuravano le tappe in cui sarebbero stati suddivisi i lavori. Siccome non era possibile dedurre le informazioni necessarie per valutare l'attendibilità del programma dei lavori né da questo documento né dal resto della documentazione fornita, i Giudici cantonali hanno stabilito che la delibera, avvenuta sulla base di un'offerta incompleta, andava scartata. Nel giudizio impugnato, essi richiamano l'art. 26 cpv. 1 LCPubb e l'art. 40 cpv. 1 RLCPubb, che impongono agli offerenti di inoltrare la loro offerta per iscritto, in modo completo e tempestivo e che prevedono l'esclusione dalla procedura delle offerte incomplete o che non rispondono alle esigenze del capitolato. Sottolineano altresì che la summenzionata pos. 252.120 lett. g CPN 102 indicava in calce che la compilazione carente di uno o più documenti richiesti sarebbe stata considerata come mancata consegna del documento stesso e avrebbe provocato l'estromissione dell'offerta dalla procedura di aggiudicazione.
4.
4.1. La ricorrente contesta tali conclusioni, invocando innanzitutto un accertamento arbitrario dei fatti alla base della pronuncia cantonale. Sostiene che il Tribunale amministrativo cantonale è partito dall'erroneo presupposto secondo cui la documentazione di gara avrebbe richiesto anche il diagramma delle attrezzature e della manodopera utilizzate nelle diverse fasi, al fine di esaminare l'attendibilità del programma lavori, mentre in realtà questa andava valutata solo sulla base della semplice formula matematica esplicitata tra i criteri di aggiudicazione (pos. 224.100/ p.to 4 CPN 102).
4.2. La censura della ricorrente è infondata. Da un lato, l'accertamento operato dai Giudici cantonali si è basato sulla semplice lettura testuale della documentazione di gara. Infatti, essi hanno in sintesi constatato che la pos. 252.120 lett. g CPN 102 esigeva che l'imprenditore allegasse, con l'offerta, la relazione tecnica comprendente tra l'altro "informazioni concernenti l'analisi dei lavori previsti e la descrizione dettagliata del concetto di avanzamento" indicando "tutti gli elementi necessari alla comprensione del procedimento scelto e dei relativi tempi di esecuzione", nonché un "programma dei lavori comprendente il diagramma della manodopera e delle attrezzature adoperate e indicante le fasi di lavoro dalle quali deve essere riconoscibile il percorso critico e le eventuali riserve", nel quale, sempre secondo le suddette disposizioni, "deve essere chiaramente indicato il numero complessivo dei giorni lavorativi previsti per l'esecuzione dell'opera e devono essere chiaramente indicati i termini e il procedimento dei lavori", incluse le giornate perse per intemperie. La medesima posizione delle CPN 102 prevedeva l'esclusione delle offerte incomplete. D'altro lato, la Corte cantonale ha esaminato l'offerta concretamente presentata dalla ricorrente, accertando che costei ha presentato un programma dei lavori (nella forma di un diagramma di Gantt) nel quale figuravano le varie attività (asse verticale) e la ripartizione settimanale delle varie fasi di attività (asse orizzontale), ma che non ha dato, né in quel contesto, né altrove nella documentazione prodotta, alcuna informazione in relazione al numero di operai attribuiti allo svolgimento di ogni fase e ai macchinari impiegati per ogni singola tappa. Questi fatti non sono invero nemmeno contestati dalla ricorrente, la quale non nega di non aver fornito le suddette informazioni; si limita invece, peraltro in maniera appellatoria (e quindi non conforme all'<ref-law>), senza confrontarsi puntualmente con le argomentazioni del Tribunale cantonale (<ref-law>), a sostenere che contrariamente a quanto ammesso dalla decisione impugnata il bando non prevedeva alcun tipo di ponderazione del diagramma della manodopera e delle attrezzature adoperate dal committente.
4.3. In definitiva, la censura relativa ad un accertamento arbitrario dei fatti va quindi respinta e i fatti posti alla base della sentenza impugnata vincolano il Tribunale federale (<ref-law>).
5.
Ora, preso atto delle ulteriori critiche formulate nell'impugnativa, occorre chiedersi se le mancanze riscontrate nell'offerta, di cui si è detto nel considerando precedente, giustificassero l'estromissione della gara oppure se questa conclusione costituisca un formalismo eccessivo.
5.1. Secondo un principio generale in materia di appalti pubblici, al momento della loro apertura le offerte devono essere complete, corrette e rispettose delle condizioni stabilite dal bando di concorso e dalla relativa documentazione di gara (sentenza 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 2.1). La conformità dell'offerta alle condizioni di gara costituisce dunque un requisito preliminare per l'aggiudicazione di qualsiasi commessa pubblica (sentenza 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.1). Al fine di garantire la parità di trattamento tra i concorrenti, è di regola vietato correggere le offerte dopo la loro presentazione. Un'eccezione è ammessa solo se l'offerta è viziata da errori involontari di forma, a condizione che la possibilità di rettifica non abbia effetti discriminatori nei confronti degli altri partecipanti alla gara. Il committente ha inoltre la facoltà, durante la fase di analisi delle offerte, di chiedere spiegazioni o complementi d'informazione, prestando però sempre attenzione a non disattendere il principio della parità di trattamento tra i concorrenti (sentenza 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 2.1; sentenza 2P.130/2005 del 21 novembre 2005 consid. 7, in RtiD 2006 I n. 32; sentenza 2P.339/2001 del 12 aprile 2002 consid. 5b, in RDAT 2002 II n. 47).
Come rilevato anche dalla Corte cantonale, tuttavia, la facoltà del committente di escludere un'offerta lacunosa, viziata da errori o non conforme alle prescrizioni di gara trova i suoi limiti nel divieto di formalismo eccessivo ancorato nell'<ref-law> Il formalismo eccessivo si realizza quando la stretta applicazione delle norme di procedura non si giustifica da nessun interesse degno di protezione, diviene pertanto fine a se stesso, complica in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale o l'accesso ai tribunali (<ref-ruling> consid. 5 pag. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183; <ref-ruling> consid. 2a pag. 142 con ulteriori rinvii). Anche in ambito di appalti pubblici, non ogni errore commesso da un concorrente nell'allestimento dell'offerta è di conseguenza suscettibile di cagionarne l'estromissione dalla gara. Conformemente al divieto del formalismo eccessivo, deve piuttosto trattarsi di un errore di una certa importanza, atto ad influire sull'esito della gara stessa (sentenze 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.3, 2C_197/2010 del 30 aprile 2010 consid. 6.3 e 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 3.1). Nel contempo, va considerato che le istanze cantonali godono comunque di un margine di apprezzamento, di cui il Tribunale federale tiene conto imponendosi un certo riserbo (sentenze 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.3; 2C_197/2010 del 30 aprile 2010 consid. 6.4, con numerosi rinvii; 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 3.3).
5.2. Sennonché, a differenza di quanto sostenuto nell'impugnativa, nella fattispecie non si è verificato alcun formalismo eccessivo.
5.2.1. Come rammentato, la documentazione di gara lasciava ai concorrenti un'ampia libertà nella scelta della forma del diagramma, ma esigeva ad ogni modo che lo stesso si esprimesse sulle attrezzature e sulla manodopera utilizzate nelle diverse fasi dei lavori. In effetti, è legittimo concludere - come fatto dalla Corte cantonale - che il committente intendesse ottenere dai concorrenti le informazioni necessarie per valutare l'attendibilità dell'offerta pure dal profilo delle maestranze e dei macchinari concretamente impiegati sul cantiere in tutte le fasi del lavoro: da un lato, la già menzionata pos. 252.120 lett. g CPN 102 richiedeva esplicitamente tali informazioni (precedenti consid. 3 e 4.2); e d'altro lato, la posizione 624.100 precisava, evidenziandolo in grassetto, che "il programma dei lavori dovrà dimostrare che l'impresa è in grado di completare i lavori nei termini previsti alla posizione 635" e che il documento deve essere "presentato in maniera realistica ed attendibile e in sintonia con le metodologie di lavoro". In casu, tuttavia, queste informazioni non sono state fornite (cfr. supra, consid. 4) e la Corte cantonale non poteva non trarre le debite conseguenze di tale mancanza, escludendo - come preannunciato nella documentazione di gara - l'offerta della qui ricorrente.
Sull'argomento la ricorrente non si è del resto nemmeno confrontata con i considerandi esposti nel giudizio impugnato spiegando per quali ragioni essi sarebbero manifestamente insostenibili, limitandosi di fatto a fornire una propria e personale lettura della fattispecie, che contrappongono a quella della Corte cantonale. Ciò però non basta, poiché l'arbitrio non è ravvisabile già nella possibilità che un'altra soluzione sembri possibile o addirittura preferibile, ma solo quando la decisione impugnata è manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, o in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 155; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 211).
5.2.2. D'altra parte, la richiesta di un diagramma della manodopera e delle attrezzature, non è né straordinaria né sproporzionata; è infatti ragionevole pensare che l'attendibilità del programma lavori non possa essere valutata solo in funzione della brevità dello stesso e che quindi non sia sufficiente indicare i giorni lavorativi in maniera diacronica per ogni tappa ma che, come sostiene a ragione anche la ditta opponente nella propria risposta (pag. 6), occorra far collimare il volume delle varie fasi di lavoro con una sufficiente dotazione di manodopera e attrezzature in ognuna delle fasi.
L'assenza di tali informazioni, richieste nella documentazione di gara, rende impossibile la valutazione dell'effettiva attendibilità del programma di lavoro indicato dall'offerente, e non può quindi essere considerata di scarso rilievo e nemmeno di natura meramente formale. L'esclusione dell'offerta attraverso l'annullamento della delibera da parte del Tribunale cantonale amministrativo, in questo caso, non era di conseguenza fine a sé stessa, né frutto di un formalismo eccessivo. Decretando l'esclusione della ricorrente, il Tribunale amministrativo non ha pertanto nemmeno travalicato i limiti del potere d'apprezzamento di cui disponeva per valutare se il carattere lacunoso dell'offerta fosse tale da dover ammettere un errore importante, atto ad influire sull'esito della gara stessa (cfr. supra, consid. 5.1).
6.
Per quanto precede, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto e la sentenza impugnata confermata. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). La ricorrente verserà inoltre all'opponente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF). Al Comune di X._, che ha agito nell'ambito delle sue funzioni di diritto pubblico (<ref-law>), non sono dovute ripetibili.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
La ricorrente verserà all'opponente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Comune di X._, al Tribunale amministrativo e al Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, Ufficio lavori sussidiati e appalti.