Fatti:
A.
Il 23 ottobre 2006 B._, architetto, ha avviato un'azione davanti alla Pretura di Lugano chiedendo che la A._AG (in precedenza A._SA) fosse condannata a pagargli fr. 145'986.65, con interessi al 5% dal 20 aprile 2006, e che fosse rigettata l'opposizione dichiarata dalla convenuta al precetto esecutivo che le era stato notificato per quell'importo. Il credito consisteva del saldo d'onorario per prestazioni di progettazione di una palazzina a Origlio, maggiorato di un'indennità per interruzione anticipata del contratto (in tutto fr. 124'243.95), e degli interessi di mora (fr. 21'742.70).
La convenuta si è opposta interamente alla petizione. Ha eccepito l'assenza di legittimazione attiva poiché a suo parere la relazione contrat tuale non si era istaurata con l'attore ma con la società in nome collettivo ch'egli formava con la moglie; ha contestato l'applicabilità della norma SIA 102 per il calcolo dell'onorario; e ha sostenuto che tutte le prestazioni erano già state pagate.
Con sentenza del 21 novembre 2014 la Pretora aggiunta di Lugano ha accolto la petizione limitatamente a fr. 102'755.55 con interessi del 5% dal 28 giugno 2006 su fr. 86'978.60.
B.
Entrambe le parti hanno proposto appello, ribadendo le rispettive domande. Con l'appello principale la convenuta ha chiesto la reiezione della petizione, mentre l'attore, con l'appello incidentale, ha chiesto che la controparte fosse condannata a pagargli fr. 145'986.65, oltre agli interessi, e che fosse nel contempo rigettata l'opposizione al precetto esecutivo.
La II Camera civile del Tribunale d'appello ticinese si è pronunciata con sentenza del 23 settembre 2016. Essa ha respinto entrambe le impugnative con seguito di spese e ripetibili.
C.
La A._AG insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 27 ottobre 2016. Chiede che la sentenza d'appello sia riformata e che la petizione di B._ sia respinta. Questi, con risposta del 22 novembre 2016, propone di respingere il ricorso nella misura in cui fosse ammissibile. L'autorità cantonale non si è pronunciata.

Diritto:
1.
Il ricorso è presentato dalla parte soccombente nella procedura cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>) con valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- (<ref-law>). Sotto questo profilo è ammissibile.
2.
La violazione del diritto federale è motivo di ricorso secondo l'<ref-law>. Il Tribunale federale lo applica d'ufficio (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, di regola esso considera solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1).
La violazione del diritto cantonale non può invece essere fatta valere davanti al Tribunale federale, con eccezione dei casi previsti all'art. 95 lett. c, d ed e LTF. Il ricorrente può però prevalersi del fatto che la cattiva applicazione del diritto cantonale viola il diritto federale, in particolare il divieto dell'arbitrio sancito dall'<ref-law> Questa censura esige una motivazione specifica nel senso dell'<ref-law>. Non basta criticare la decisione cantonale come se ci si trovasse in istanza di appello, opponendo la propria tesi a quella dell'autorità inferiore; occorre spiegare almeno succintamente qual è il diritto costituzionale leso e in cosa consiste la violazione, per giungere a dimostrare che la decisione impugnata poggia su di un'applicazione della legge manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3).
3.
In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni. Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - che significa arbitrario (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.5) - il ricorrente deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2).
Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (e nell'apprezzamento dei fatti in genere), il ricorrente deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (DTF <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.1.2 pag. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62 con rinvii). Va inoltre dimostrato che l'eliminazione dell'asserito vizio può influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
4.
Con una prima serie di censure, attinenti al tema della legittimazione attiva, la ricorrente sostiene che la sentenza procede da accertamenti di fatto manifestamente inesatti e dall'applicazione arbitraria del diritto ai fatti determinanti e viola gli <ref-law>, 157 CPC e 9 Cost.
4.1. Per la Pretora aggiunta l'incarico d'architettura era stato dato all'attore, il quale lo aveva eseguito personalmente, appoggiandosi semplicemente all'organizzazione aziendale approntata con la moglie per svolgerlo, in particolare per l'uso della carta da lettere, del telefono, del telefax e del numero IVA; la moglie non era del resto mai stata presente in studio e non aveva avuto contatti con gli altri collaboratori né con la convenuta.
Il Tribunale di appello ha fatto sue tali considerazioni, con la precisazio ne che in quel periodo la moglie dell'attore non aveva neppure lavorato e non era iscritta né presso la cassa cantonale di compensazione né quale contribuente IVA. Esso ha aggiunto che il conto bancario sul quale la convenuta aveva eseguito versamenti era intestato all'attore. Il Tribunale di appello ha inoltre osservato che l'associazione di liberi professionisti per la condivisione di spese e onorari può, in determinate circostanze, indurre terzi di buona fede a credere di avere a che fare con una società in nome collettivo; tale eventualità, hanno concluso i giudici cantonali, può però verificarsi soltanto se " la relazione personale con il cliente è sacrificata a favore dello scopo economico perseguito dallo studio ", ipotesi che nella fattispecie manifestamente non si avvera.
4.2. La ricorrente evidenzia che i giudici cantonali medesimi hanno riconosciuto che l'incarico era stato dato allo studio C._ e che l'indicazione C._ figura sulla carta intestata di tutta la corrispondenza, sulle domande di costruzione, sul campanello, sulla targa e sulla porta dello studio, sulle intestazioni dei conti bancari e postali. L'accertamento secondo cui essa avrebbe trattato con l'attore personalmente sarebbe dunque arbitrario, perché contrario a tali " risultanze di causa ". Quanto all'organizzazione interna dello studio, la ricorrente spiega che si tratta di circostanze che non sono note né opponibili al pubblico e che ad ogni modo, nel caso specifico, le apparenze le avevano fatto credere in buona fede di trattare con una società in nome collettivo. Tanto più che si era rivolta a uno studio di più persone, non a un singolo professionista, affinché il progetto potesse avere continuità in caso di problemi economici dell'opponenteo di assenze per maternità della moglie.
La ricorrente conclude sul tema della legittimazione asserendo che la sentenza cantonale comporterebbe anche un sovvertimento dell'onere della prova lesivo dell'<ref-law>.
4.3. Nella parte iniziale della sezione " In fatto " la sentenza impugnata espone effettivamente che la convenuta aveva dato l'incarico di progettazione allo studio C._. È però evidente che si tratta di un riassunto introduttivo della vicenda, al quale il Tribunale di appello non intendeva attribuire portata giuridica. I fatti e le prove ch'esso ha considerato determinanti sono invece elencati nel considerando 2.3 della sezione " In diritto ". Alcuni sono ripresi dalla sentenza di primo grado, altri sono autonomi (cfr. consid. 4.1). La ricorrente non si confronta né con gli uni né con gli altri. Vi contrappone invece, globalmente, altri fatti che a parer suo dimostrerebbero l'arbitrarietà della sentenza cantonale. E laddove spiega i motivi di " continuità " per i quali si sarebbe rivolta a uno studio di più persone, essa adduce in modo appellatorio fatti che non trovano riscontri nel giudizio cantonale.
Questa parte del ricorso è pertanto inammissibile, come obietta correttamente l'opponente, perché non adempie l'obbligo accresciuto di motivare richiesto per le censure d'arbitrio volte contro l'accertamento dei fatti (cfr. consid. 3).
4.4. Sulla base dei fatti accertati dal Tribunale di appello, che rimangono vincolanti (<ref-law>), l'eccezione di assenza di legittimazione attiva è stata rigettata nel rispetto del diritto federale. Per la portata dell'<ref-law> si veda il considerando 5.3.
5.
Il secondo aspetto controverso davanti alle istanze cantonali riguarda l'applicabilità della norma SIA 102 per il calcolo della retribuzione dell'architetto.
5.1. La Pretora aggiunta ha ritenuto che le parti avessero inteso utilizzare la norma SIA 102, ma non l'avevano prodotta in causa. Ne ha però tenuto conto ugualmente per il calcolo della retribuzione dovuta all'architetto per le prestazioni svolte fino all'interruzione del mandato, poiché la norma SIA è stata considerata dal perito giudiziario per verificare la congruità di quella parte della retribuzione. Il perito non era invece stato interpellato in merito all'indennità forfettaria chiesta dall'attore per l'interruzione del contratto, per cui a tale riguardo la Pretora aggiunta gli ha addebitato la mancata produzione della norma SIA.
La Corte cantonale ha in sostanza condiviso la motivazione del giudizio di primo grado, sia per l'onorario di base sia per il supplemento forfet tario. Sul primo aspetto ha precisato che al perito era stato chiesto esplicitamente di verificare se la fattura contestata fosse conforme alla norma SIA 102 e che egli aveva risposto per l'affermativa, spiegando " molto diligentemente " i parametri determinanti. La Pretora aggiunta era quindi stata messa a conoscenza delle basi della fatturazione tramite l'esperto, che aveva supplito all'omessa produzione della norma SIA 102. I giudici ticinesi hanno anche evidenziato il comportamento contraddittorio della convenuta, contrario alla buona fede, che non aveva contestato le domande poste al perito di verificare l'onorario sulla base delle norme SIA.
5.2. La ricorrente ritiene arbitrario ammettere che le considerazioni del perito possano supplire alla mancata produzione di un documento, " rimasto a tutti sconosciuto ", e afferma che la sentenza cantonale viola l'<ref-law>, perché sovverte l'onere di allegare e provare a carico dell'attore. La Corte d'appello, demandando all'esperto la determinazione del contenuto delle norme SIA e della fondatezza delle pretese dell'attore, avrebbe inoltre violato l'<ref-law> Per tutti questi motivi per la ricorrente s'imporrebbe " l'intervento correttivo ex <ref-law> ".
5.3. L'<ref-law> regola in primo luogo la ripartizione dell'onere della prova; stabilisce cioè quale parte debba sopportare le conseguenze della mancata prova di un fatto rilevante. La questione diviene però priva d'oggetto quando il fatto è accertato per apprezzamento delle prove; la norma non prescrive quali prove debbano essere assunte né come esse debbano essere apprezzate (<ref-ruling> consid. 6.3; sentenza 4A_474/2013 del 10 marzo 2014 consid. 5.1).
5.4. Nei processi retti dalla massima dispositiva l'<ref-law> regola anche l'onere della parte attrice di allegare e sostanziare i fatti che pone alla base delle proprie pretese. Per definire la portata di questa norma nel caso specifico occorre tuttavia tenere presente che il processo di prima istanza era ancora disciplinato dal diritto di procedura ticinese (sentenza impugnata consid. 1). A quel momento, ovvero prima dell'entrata in vigore del codice di diritto processuale civile svizzero, era il diritto cantonale che stabiliva la forma e il momento in cui le allegazioni andavano proposte; l'applicazione dell'<ref-law> presupponeva che le allegazioni di fatto e le offerte di prova fossero avvenute nei modi e nei tempi previsti dalle disposizioni procedurali cantonali (<ref-ruling> consid. 2c pag. 340; sentenza 4A_114/2009 dell'8 giugno 2009 consid. 5.3.2).
Pertanto, la facoltà del perito giudiziario di effettuare accertamenti propri riguardanti il contenuto della norma SIA 102, e di supplire se del caso alle negligenze della parte attrice a tale riguardo, andava esaminata alla luce del diritto di procedura civile ticinese (oggi la questione è disciplinata dall'<ref-law>). La ricorrente aveva quindi l'obbligo di indicare con precisione le disposizioni che entravano in considerazione e di dimostrarne l'applicazione arbitraria da parte dell'autorità cantonale (cfr. consid. 2). Il ricorso è tuttavia completamente silente a tale riguardo, per il che, sotto questo profilo, è inammissibile. Le censure di violazione del diritto federale sono invece infondate.
6.
Per tutti questi motivi il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è infondato. Le spese seguono la soccombenza (66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 6'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.