Erwägungen:
1.
1.1. A._ hatte in den hier interessierenden Steuerjahren 2009 und 2010 steuerrechtlichen Wohnsitz in Spanien. Bis Ende 2009 war er Alleinaktionär der X._ AG, deren steuerrechtlicher Sitz sich in U._/BE befindet. Im Folgejahr übertrug er die Aktien an seinen Sohn, blieb aber für die X._ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige) einstweilen weiterhin erwerbstätig. Die Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit, die A._ in den Jahren 2009 und 2010 bezog, unterstellte die Steuerpflichtige mit Blick auf dessen ausländischen Wohnsitz der Quellensteuer. Darüber hinaus entrichtete die Steuerpflichtige im selben Zeitraum A._ Franchisegebühren von Fr. 50'000.-- bzw. Fr. 183'592.--. Auf diesen erhob sie keine Quellensteuer.
1.2. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern (KSTV/BE) qualifizierte die ausgerichteten Franchisegebühren ebenso als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit. Aus diesem Grund auferlegte sie der Steuerpflichtigen für die Steuerjahre 2009 und 2010 zusätzliche Quellensteuern von Fr. 16'590.-- bzw. Fr. 67'616.95 (Veranlagungsverfügung vom 20. Januar 2012). Die dagegen gerichteten Einsprachen der Steuerpflichtigen blieben erfolglos (Einspracheentscheide der KSTV/ BE vom 18. Mai 2012). In der Folge hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Bern den Rekurs und die Beschwerde der Steuerpflichtigen insoweit teilweise gut, als sie die objektive Quellensteuerpflicht im Grundsatz zwar bestätigte, gleichzeitig aber feststellte, dass die Berechnung nicht in allen Teilen einwandfrei sei. Aufgrund dessen wies die Steuerrekurskommission die Sache zur weiteren Sachverhaltsabklärung und Neufestsetzung der Quellensteuer im Sinne der Erwägungen an die KSTV/BE zurück (Entscheide vom 10. Dezember 2013).
1.3. Die Steuerpflichtige wandte sich mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, dessen Verwaltungsrechtliche Abteilung mit Entscheid 100.2014.7/8 vom 7. November 2016 auf die Sache nicht eintrat. In ausführlicher Erörterung des kantonalen Verfahrensrechts erwog das Verwaltungsgericht, der Entscheid der Steuerrekurskommission qualifiziere - dies entgegen früherer verwaltungsgerichtlicher Praxis - nicht als (selbständig anfechtbarer) Teilentscheid, sondern vielmehr als (grundsätzlich nicht anfechtbarer) Zwischenentscheid. Damit harmonisierte das Verwaltungsgericht seine Rechtsprechung mit jener des Bundesgerichts zu Art. 90-93 BGG (SR 173.110). Die Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens bemass das Verwaltungsgericht mit Fr. 3'500.-- und auferlegte den Betrag der Steuerpflichtigen.
1.4. Die Steuerpflichtige wandte sich mit Schreiben vom 14. Dezember 2016 an das Verwaltungsgericht und bemängelte, der Entscheid weise "keinen konkreten Bezug zum Rechtsbegehren" auf. Der Präsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung antwortete der Steuerpflichtigen am 20. Dezember 2016 dahingehend, dass das Verwaltungsgericht auf die Sache inhaltlich nicht habe eintreten können, dass die Sache aber nun bei der KSTV/BE liege.
1.5. Mit Eingabe beim Bundesgericht vom 13. Januar 2017 (Poststempel) erhebt die Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt sinngemäss, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, die streitbetroffenen Franchisegebühren von der Quellenbesteuerung auszunehmen und sämtliche Kosten des Verfahrens dem Kanton Bern aufzuerlegen.
1.6. Der Abteilungspräsident als Instruktionsrichter (Art. 32 Abs. 1 BGG) hat von Instruktionsmassnahmen abgesehen. Da die Beschwerde offensichtlich keine hinreichende Begründung enthält, kann die Sache im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden.
2.
2.1. Wie der vorinstanzliche Abteilungspräsident der Steuerpflichtigen mit Schreiben vom 20. Dezember 2016 bereits zutreffend erläuterte, ist der Nichteintretensentscheid aus prozessualen Gründen ergangen. Das Verwaltungsgericht erwog (einzig), die Steuerrekurskommission habe mit ihrem Rückweisungsentscheid vom 10. Dezember 2013 keinen Teilentscheid (entsprechend Art. 91 BGG), der selbständig anfechtbar wäre, sondern einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 61 des Gesetzes (des Kantons Bern) vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG/BE; BSG 155.21) gefällt. Gemäss Art. 61 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 74 Abs. 3 VRPG/BE kann ein Zwischenentscheid, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, selbständig nur angefochten werden, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Dies entspricht Art. 93 Abs. 1 BGG. Diese Voraussetzungen waren nach Ansicht des Verwaltungsgerichts im vorliegenden Fall nicht gegeben, weshalb einstweilen eine Anfechtungsmöglichkeit fehle.
2.2. Die Frage, ob der Entscheid der Steuerrekurskommission als Teil- oder Zwischenentscheid einzuordnen sei und ob selbständige Anfechtbarkeit bestehe, ist eine solche des kantonalen Rechts. Die Bundesgesetze vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) sprechen sich hierzu nicht aus. Die Auslegung und Anwendung kantonalen (und kommunalen) Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts kann das Bundesgericht nicht als solche prüfen, sondern lediglich daraufhin, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a, b und e BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 412). Dabei beschränkt sich die Überprüfung in der Regel auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 96), insbesondere auf den Aspekt der Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV; <ref-ruling> E. 5.4 S. 324). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten (einschliesslich der Grundrechte) und von kantonalem oder kommunalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht aber in jedem Fall nur, falls eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht genügt, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.7.2 S. 106).
2.3. Die Steuerpflichtige scheint davon auszugehen, dass der Vorinstanz ein selbständig anfechtbarer Entscheid vorlag, sodass sie sich in der Sache hätte äussern müssen. Da die Vorinstanz aber bei ihrer Einordnung des Entscheids, den sie als nicht selbständig anfechtbarer Zwischenentscheid einstufte, ausschliesslich kantonales Recht auslegte und anwendete, hätte die Steuerpflichtige zu rügen und zu begründen gehabt, inwiefern diese Sichtweise gegen Bundesrecht verstösst. Mit dieser prozessualen Frage setzt sie sich aber nicht auseinander. Sie argumentiert einzig materiell-rechtlich mit der angeblichen bundesrechtlichen Zulässigkeit von Franchisegebühren, die nicht als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gelten könnten und daher keiner Quellensteuerpflicht unterlägen.
2.4. Auf die Beschwerde, die am Streitgegenstand vorbeigeht, ist daher nicht einzutreten (vorne E. 2.2). Damit ist es nun Aufgabe der KSTV/BE, den Sachverhalt zu ergänzen, die Quellensteuer neu zu berechnen und alsdann neu zu verfügen. Diese Verfügung unterliegt der Einsprache und Beschwerde; sie kann - bei gegebenen Voraussetzungen - vor Bundesgericht angefochten werden. Dies gilt auch für die vorinstanzlich erhobene Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.--. Wird die von der KSTV/BE aufgrund des Rückweisungsentscheids ergangene neue Verfügung in der Sache nicht mehr angefochten, kann unmittelbar im Anschluss an diese neue Verfügung die Kostenregelung im Rückweisungsentscheid innert der Beschwerdefrist von Art. 100 BGG beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 365 f.).
3.
Nach dem Unterliegerprinzip sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens grundsätzlich der Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Mit Blick auf die gegebenen Umstände kann auf die Kostenverlegung verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Dem Kanton Bern, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher