Erwägungen:
1.
1.1. Die Eheleute A._ und B._ (geb. 1943 und 1947) hatten im hier interessierenden Steuerjahr 2011 steuerrechtlichen Wohnsitz in P._/ZH und wohnen nunmehr in Q._/ZH. Am 12. Mai 2015 erliess das Kantonale Steueramt Zürich (nachfolgend: KStA/ZH) gegenüber den Steuerpflichtigen einen Einspracheentscheid zur Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Zürich und der direkten Bundessteuer 2011. Die Steuerpflichtigen gelangten in der Folge am 9. Juni 2015 mit Bemerkungen und dem Ersuchen um nochmalige Prüfung an das KStA/ZH, das die Eingabe zuständigkeitshalber an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich weiterleitete. Das Steuerrekursgericht ersuchte die Steuerpflichtigen, sich zur Frage des Beschwerdewillens auszusprechen. Nachdem eine Antwort ausblieb, schrieb das Steuerrekursgericht die Sache am 15. Juli 2015 als gegenstandslos ab.
1.2. Bereits am 3. Juli 2015 hatten die Steuerpflichtigen sich mit einer Aufsichtsbeschwerde gegen die Leitung des KStA/ZH an die Finanzdirektion des Kantons Zürich gewandt. Diese wies die Beschwerde am 18. Mai 2016 ab, soweit sie darauf eintrat und die Beschwerde nicht gegenstandslos geworden war. Der Regierungsrat des Kantons Zürich kam am 7. September 2016 zum selben Schluss. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, teilte mit einzelrichterlicher Verfügung SB.2016.00094 vom 9. November 2016 die vom Regierungsrat eingenommene Haltung und trat auf die Beschwerde des Steuerpflichtigen nicht ein.
1.3. Der Steuerpflichtige erhebt mit Eingabe vom 12. Dezember 2016 beim Bundesgericht Beschwerde. Er beantragt, die angefochtene Verfügung vom 9. November 2016 sei aufzuheben. Die Finanzdirektion sei anzuweisen, "ihrer Aufsicht und Pflicht zur Korrektur des Verfahrens nachzukommen". Zudem sei das KStA/ZH anzuweisen, die Veranlagung 2011 "korrekt fertigzustellen".
Der Abteilungspräsident als Instruktionsrichter (Art. 32 Abs. 1 BGG [SR 173.110]) hat von Instruktionsmassnahmen abgesehen.
2.
2.1. Vor Bundesgericht kann der Streitgegenstand gegenüber dem vorinstanzlichen Verfahren weder geändert noch erweitert werden (Art. 99 Abs. 2 BGG). Ficht die beschwerdeführende Partei einen Nichteintretensentscheid oder einen Rechtsmittelentscheid an, der einen solchen bestätigt, haben ihre Rechtsbegehren und deren Begründung sich zwingend auf die vorinstanzlichen Erwägungen zu beziehen, die zum Nichteintreten bzw. zur Bestätigung des Nichteintretens geführt haben (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft in einem solchen Fall nur, ob die betreffende Instanz mit Recht auf das Rechtsmittel nicht eingetreten ist. Ist dies zu bejahen, entscheidet es reformatorisch und bestätigt es den Nichteintretensentscheid. Andernfalls urteilt es kassatorisch, weist es die Sache an die Vorinstanz zurück und sieht es von einer Beurteilung in der Sache selbst ab (Urteil 2C_372/2016 / 2C_374/2016 vom 7. Juni 2016 E. 1.2.2).
2.2. Der Eingriff in kantonales oder kommunales Recht bildet vor Bundesgericht nur insofern einen eigenständigen Beschwerdegrund, als die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte (Art. 95 lit. c BGG) oder kantonaler Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht (Art. 95 lit. d BGG) geltend gemacht wird. Abgesehen davon kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen (und kommunalen) Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts nicht als solche prüfen, sondern lediglich daraufhin, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a, b und e BGG; <ref-ruling> E. 5.4 S. 43).
2.3. Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten (einschliesslich der Grundrechte) und von kantonalem oder kommunalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht in jedem Fall nur, falls eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Unterbleibt dies, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt. Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderung nicht genügt, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.7.2 S. 106).
2.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 156). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig - das heisst willkürlich - sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 5). Zur Berichtigung oder Ergänzung ist das Bundesgericht berechtigt, nicht aber verpflichtet (<ref-ruling> E. 2.4 S. 249). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein, was die beschwerdeführende Person klar und substanziiert aufzuzeigen ist (Art. 97 Abs. 1 BGG).
3.
3.1. Die Vorinstanz fällte einen Nichteintretensentscheid. Anlass hierfür gab der Umstand, dass die Aufsichtsbeschwerde subsidiär zu ordentlichen Rechtsmitteln sei, dass die Veranlagungsverfügungen 2011 nach vorinstanzlicher Auffassung in Rechtskraft erwachsen waren, da der Steuerpflichtige darauf verzichtet habe, die Einspracheentscheide anzufechten (Abschreibungsbeschluss des Steuerrekursgerichts vom 15. Juli 2015), dass die Stornierung der Steuerrechnungen 2011 nicht in Frage komme und dass der Versand getrennter Rechnungen für die Eheleute schon gemäss Feststellung der Finanzdirektion gegenstandslos geworden sei. Dementsprechend habe der Regierungsrat, so das Verwaltungsgericht, die Aufsichtsbeschwerde zu Recht abgewiesen, soweit sie überhaupt darauf eingetreten sei.
Der Steuerpflichtige habe sich nicht ansatzweise mit den Erwägungen des Regierungsrates auseinandergesetzt, weshalb auf die Eingabe nicht eingetreten werden könne.
3.2. Streitgegenstand kann nach dem Gesagten im vorliegenden Verfahren einzig sein, ob das Verwaltungsgericht zu Recht auf die Beschwerde nicht eingetreten ist (vorne E. 2.1). Da die Aufsichtsbeschwerde dem Recht der direkten Bundessteuer nicht bekannt ist, handelt es sich bei ihr ausschliesslich um ein Institut des kantonalen Rechts (vorne E. 2.2). Vor Bundesgericht hat dies zur Folge, dass die qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit herrscht (vorne E. 2.3). Der Steuerpflichtige hätte damit in detaillierter Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid nachzuweisen gehabt, inwiefern dieser verfassungsmässige Rechte verletzt bzw. insbesondere gegen das allgemeine Willkürverbot verstösst. Der Steuerpflichtige begründet seine Eingabe im Wesentlichen aber nur damit, dass und in welcher Weise er seinen Verfahrenspflichten einwandfrei nachgekommen sei. Mit der Frage, ob die Vorinstanz verfassungskonform angenommen hat, die Veranlagungsverfügungen 2011 seien in Rechtskraft erwachsen und die Eingabe an das Verwaltungsgericht enthalte keine hinreichende Begründung, hat dies nichts zu tun.
3.3. Der Abgabepflichtige macht weiter geltend, die Beilagen, welche er der Steuererklärung 2011 beigefügt haben will, seien verschollen und - trotz eines langwierigen Verfahrens - nicht zum Vorschein gekommen. Damit behauptet er einen Sachumstand, von welchem im angefochtenen Entscheid keine Rede ist, und der zudem nicht rechtserheblich ist. Denn er ändert nichts daran, dass die Einspracheentscheide nicht angefochten wurden und die Aufsichtsbeschwerde nicht dazu dient, ordentliche Rechtsmittel zu ersetzen.
3.4. Angesichts der allgemein gehaltenen, bloss appellatorischen und nicht verfassungsbezogenen Kritik des Steuerpflichtigen am vorinstanzlichen Entscheid ist auf die Beschwerde mit Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG) nicht einzutreten (vorne E. 2.3).
4.
Nach dem Unterliegerprinzip sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens grundsätzlich dem Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Mit Blick auf die Umstände kann auf die Kostenverlegung verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Dem Kanton Zürich, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Dezember 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher