Sachverhalt:
A.
A.a. Die damalige B._ AG und heutige B._ AG in Liquidation (vgl. unten E. 1; Verkäuferin, Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdegegnerin) war Eigentümerin der Parzellen Nr. xxx und yyy des Grundbuches C._. Auf der Parzelle Nr. xxx standen ein aus Containern bestehender Büro-Pavillon sowie drei weitere Gebäude. Aufgrund einer Abparzellierung entstand zusätzlich eine neue Parzelle Nr. zzz.
A.b. Mit Kaufvertrag vom 30. Mai 2007 erwarb die A._ AG (Käuferin, Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdeführerin) die Parzellen Nr. xxx und yyy. Im Vertrag vereinbarten die Parteien, dass die Verkäuferin den Büro-Pavillon, zwei Parkplätze vor dem Pavillon sowie drei unterirdische Parkplätze und einen Raum im Untergeschoss eines Gebäudes als Mieterin weiterhin nutzen durfte. Für den Fall einer Überbauung von Parzelle Nr. xxx bedingte sich die Käuferin aus, die gemieteten Räumlichkeiten auf demselben Areal und auf eigene Kosten zu verlegen oder gleichwertigen Ersatz anzubieten.
A.c. Von diesem Recht machte die Käuferin in der Folge Gebrauch. Die Parteien verständigten sich darauf, den Büro-Pavillon auf die im Eigentum der Verkäuferin stehenden Parzelle Nr. zzz zu verlegen und dort einen Neubau (Fixbau) zu erstellen. Die Modalitäten wurden in einer Vereinbarung vom 30. Oktober 2009 konkretisiert. Die Parteien legten u.a. fest, alle Kosten für die Errichtung des Fixbaus und die Verlegung des Büro-Pavillons seien durch die Käuferin zu tragen. Die im Kaufvertrag getroffene Mietabrede falle mit dem Tag "der rechtsgültigen Abnahme des Fixbaus und des Containers (Büro-Pavillon) " durch die Verkäuferin dahin.
A.d. Im August 2010 bezog die Verkäuferin den neuen Fixbau und den Büro-Pavillon. Letzterer wurde vor der Verlegung an den neuen Standort auf Anordnung der Käuferin bereits Ende Juni 2010 durch eine Umzugsfirma geräumt. Die Einrichtungsgegenstände der Verkäuferin wurden in Lagerräumen der D._ Ltd. zwischengelagert; diese vermietet in einem der im Eigentum der Käuferin stehenden Gebäude auf der Parzelle Nr. xxx kommerziell Lagerungseinheiten.
A.e. Die Verkäuferin beanstandete sowohl am Fixbau als auch am Büro-Pavillon zahlreiche Mängel, über deren Behebung sich die Parteien nicht einigen konnten.
B.
B.a. Die Verkäuferin reichte in der Folge ein Schlichtungsgesuch beim Friedensrichteramt Münchenstein ein. Da dieses ergebnislos verlief, reichte sie nach Erhalt der Klagebewilligung am 22. November 2011 beim damaligen Bezirksgericht Arlesheim und heutigen Zivilkreisgericht Basel-Landschaft West Klage ein. Sie beantragte, es sei zur Feststellung der Mängel vorab ein Gutachten bei einem gerichtlich bestellten Experten in Auftrag zu geben und es sei ihr - sobald das Gutachten vorliege - eine angemessene Frist für die Substantiierung ihrer Klage einzuräumen.
Die Käuferin beantragte mit ihrer Klageantwort vom 21. März 2012 u.a., es sei davon Vormerk zu nehmen, dass sie die seit 1. Juli 2011 laufenden Kosten für die Einlagerung von Material der Verkäuferin widerklageweise, evtl. verrechnungsweise, geltend mache im Umfang von Fr. 2'590.30 pro Monat (Juli 2011 bis Februar 2012 total Fr. 22'722.40).
B.b. Nachdem der gerichtlich ernannte Experte sein Gutachten samt Ergänzungsexpertise vorgelegt hatte, ergänzte die Verkäuferin mit Eingabe vom 4. Juli 2014 ihre Klage, indem sie ihre Rechtsbegehren konkret formulierte, bezifferte und eine detaillierte Begründung dazu abgab.
B.c. Mit ihrer Stellungnahme vom 5. Dezember 2014 anerkannte die Käuferin diverse Begehren der Verkäuferin betreffend Mängelbehebung. Zudem beantragte sie sinngemäss, die Klage sei im Übrigen abzuweisen und die Verkäuferin sei widerklageweise zu verpflichten, ihr mit Wirkung ab 1. Juli 2011 monatlich Fr. 2'590.30 nebst Zins zu bezahlen (Stand per 30. November 2014: Fr. 106'202.30 ohne Verzugszins).
Zur Begründung der Widerklage führte die Käuferin aus, sie habe die Verkäuferin aufgefordert, die Boxen bei der D._ Ltd. per Ende Juni 2011 zu räumen. Eine Räumung sei bis jetzt nicht erfolgt. Aufgrund der andauernden Einlagerung würden ihr Unkosten von monatlich Fr. 2'590.30 anfallen. Diesen Schaden habe ihr die Verkäuferin zu ersetzen.
Die Verkäuferin vertrat den Standpunkt, die Bauarbeiten seien noch nicht ordentlich abgeschlossen, weshalb sie keine Pflicht treffe, die Gegenstände zurückzunehmen. Trotz angekündigter Kündigung des Mietverhältnisses mit der D._ Ltd. habe die Käuferin auf den Vollzug einer Räumung verzichtet, was letztlich einer Anerkennung der andauernden Verpflichtung zur Lagerung gleichkomme.
B.d. Mit Entscheid vom 16. Oktober 2015 hiess das Zivilkreisgericht Basel-Landschaft West die Klage teilweise gut und verpflichtete die Käuferin zur Behebung zahlreicher Mängel und zur Zahlung von insgesamt Fr. 36'205.20 nebst Zins. Im Übrigen wies es die Klage ab, soweit es darauf eintrat. Die Widerklage wies es ab.
B.e. Am 14. März 2016 erhob die Käuferin Berufung beim Kantonsgericht Basel-Landschaft und beantragte die Aufhebung des erstinstanzlichen Entscheids, soweit das Zivilkreisgericht Basel-Landschaft West damit die Widerklage abgewiesen hatte. Die Käuferin beantragte, die Verkäuferin sei zur Zahlung von Fr. 134'695.60 zu verpflichten; eventualiter sei die Sache zur Bemessung des Umfangs ihrer Forderung an das Zivilkreisgericht zurückzuweisen.
B.f. Mit Entscheid vom 30. August 2016 wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft die Berufung ab, soweit es darauf eintrat.
Das Kantonsgericht kam zum Schluss, die Verkäuferin habe nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, dass eine Kostenbeteiligung für die Lagerung ihrer Gegenstände vorläufig nicht zur Debatte stehe und die Käuferin es als vertretbar erachte, die Gegenstände einstweilen im Zwischenlager zu belassen. Der Käuferin sei es nicht gelungen, Gründe vorzutragen, welche eine Ersatzforderung für entstandene Lagerkosten rechtfertigen könnten. Der Einforderung solcher Kosten hätte zudem entgegengestanden, dass die Käuferin ihre Schadenminderungsobliegenheit verletzt habe, indem sie das Mietverhältnis mit der D._ Ltd. für die Lagerräume nicht gekündigt habe. Schliesslich wäre die Widerklage auch mangels hinreichenden Schadensnachweises abzuweisen gewesen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 17. Oktober 2016 beantragt die Käuferin dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 30. August 2016 sei aufzuheben und die Verkäuferin sei in Gutheissung der Widerklage zur Zahlung von Fr. 134'695.60 zu verpflichten. Eventualiter sei die Sache zur Ergänzung des Verfahrens und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Aus dem Handelsregister geht hervor, dass die "B._ AG" mit Beschluss der Generalversammlung vom 20. Oktober 2016 aufgelöst wurde und neu als "B._ AG in Liquidation" eingetragen ist. Da die Gefahr einer Verwechslung ausgeschlossen ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 551 mit Hinweisen), kann das Rubrum von Amtes wegen berichtigt werden.
2.
Die Beschwerde betrifft eine privatrechtliche Streitigkeit (<ref-law>), richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz entschieden hat (<ref-law>) und wird von der mit ihren Begehren unterlegenen Partei erhoben (<ref-law>). Die Streitwertgrenze ist erreicht (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
3.
3.1. Die Vorinstanz hat ausgeführt, zwischen den Parteien sei unbestritten, dass mit der Verlegung des Bürocontainers auch die Zwischenlagerung der Einrichtungsgegenstände verbunden gewesen sei und dass für die dabei anfallenden Kosten die Beschwerdeführerin aufzukommen habe. Die Gegenstände sollten nach Ansicht beider Parteien bis zur Fertigstellung des Fixbaus und erfolgtem Umzug des Büro-Pavillons eingelagert bleiben. Der Zeitpunkt der Fertigstellung sei wegen bestehender Unstimmigkeiten über Mängel umstritten, weshalb auch unklar sei, wann die ursprünglich als Übergangslösung vorgesehene Einlagerung auf Kosten der Beschwerdeführerin ende. Allein aus der Tatsache, dass zahlreiche Mängel bestanden hätten, darauf zu schliessen, das Werk sei noch nicht fertiggestellt und die Lagerungspflicht auf Kosten der Beschwerdeführerin dauere an, trage dem Sinn der ursprünglichen Vereinbarung allerdings nicht hinreichend Rechnung. Denn lege man die Abrede im Kontext des gesamten Ersatzbeschaffungs- und Bauprojekts aus, habe den Parteien bewusst sein müssen, dass die Einrichtungsgegenstände solange an einem anderen Ort gelagert werden müssten, bis diese im Neubau oder im Büro-Pavillon wieder eingeräumt werden könnten. Spätestens bei Fertigstellung solle dies nach Ansicht der Parteien der Fall sein. Für die Ermittlung der vertraglich vorgesehenen Beendigung der Einlagerungspflicht sei dieser Zeitpunkt jedoch nicht massgebend. Vielmehr sei durch Auslegung nach Treu und Glauben davon auszugehen, dass eine Einlagerung nur solange andauern sollte, bis eine Rücknahme durch die Beschwerdegegnerin möglich und auch zumutbar sei. Dies müsse nicht zwingend bei Fertigstellung der Fall sein.
Mit Schreiben vom 12. Mai 2011 habe die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegnerin erstmals aufgefordert, für die Rücknahme ihrer Mobilien bis spätestens Ende Juni 2011 besorgt zu sein. Zudem habe sie die Kündigung der Boxen bei der D._ Ltd. auf Ende Juni 2011 angekündigt. Sie habe der Beschwerdegegnerin zugesichert, die Kosten der Einlagerung bis zu diesem Zeitpunkt sowie die Umzugskosten zu übernehmen. Bis zum Schriftenwechsel im vorliegenden Prozess vor erster Instanz seien dann aber keine weiteren Abmahnungen oder Schritte der Beschwerdeführerin aktenkundig, welche auf einen Vollzug der Rücknahme der Gegenstände hingewirkt hätten. Aus der Untätigkeit allein könne nicht geschlossen werden, die Beschwerdeführerin sei stillschweigend damit einverstanden gewesen, die Lagerungskosten unbefristet zu übernehmen. Allerdings müsse sich die Beschwerdeführerin den Vorwurf gefallen lassen, dass sie sich nicht widerspruchsfrei verhalten habe. Nach ihrem Schreiben vom Mai 2011 habe sie der Beschwerdegegnerin gegenüber erst im März 2012 mit der Klageantwort im erstinstanzlichen Verfahren eröffnet, dass sie rückwirkend ab Juli 2011 eine Ersatzforderung für die Einlagerungskosten geltend zu machen gedenke. Da ab Ende Juni 2011 beinahe neun Monate verstrichen seien, ohne dass die Beschwerdeführerin die Lagerungskosten je thematisiert hätte, habe die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, dass eine Kostenbeteiligung für die Lagerung der Gegenstände vorläufig nicht zur Debatte stehe, zumal die Parteien weiterhin über den Bestand und die Behebung allfälliger Mängel ausführlich korrespondiert hätten. Da die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegnerin auch nicht mehr weiter zur Rücknahme angehalten habe, habe letztere annehmen dürfen, auch ihre Vertragspartnerin erachte es als vertretbar, die Einrichtungsgegenstände einstweilen im Zwischenlager zu belassen. Zusammenfassend sei es der Beschwerdeführerin nicht gelungen, Gründe vorzutragen, welche eine Ersatzforderung gegenüber der Beschwerdegegnerin für entstandene Lagerkosten rechtfertigen könnten.
3.2. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe ihr zu Unrecht widersprüchliches Verhalten durch Zuwarten vorgeworfen. Die Vorinstanz habe willkürlich ausser Acht gelassen, dass die Beschwerdegegnerin mit ihrem Hauptbegehren im Schlichtungsgesuch und ihrer Klage den kompletten Abriss des Neubaus und die Entfernung des Bürocontainers beantragt habe. Hätte die Beschwerdegegnerin mit ihrem Hauptbegehren obsiegt, wäre offensichtlich gewesen, dass die Beschwerdeführerin bis zum Abschluss der Sanierung bzw. des Neubaus für die Einlagerungskosten hätte aufkommen müssen. Solange über das Hauptbegehren der Beschwerdegegnerin nicht entschieden gewesen sei, wären somit jegliche Massnahmen - wie Ausweisungsbegehren - der Beschwerdeführerin völlig zwecklos gewesen. Denn die Beschwerdegegnerin hätte sich mit Erfolg darauf berufen können, die Frage des Abrisses des Neubaus und die vollständige Entfernung des Bürocontainers seien vor Gericht hängig und vor deren prozessualen Klärung sei sie zur Räumung des Lagers nicht verpflichtet. Die Unterstellung einer verzögerten Geltendmachung ihres Anspruchs sei daher willkürlich. Nachdem die Beschwerdegegnerin sich derart überklagt habe (Abriss/Neubau) und damit in jenem Punkt unterlegen sei, der zur Entstehung und Vergrösserung des Schadens geführt habe, könne sie sich nicht auf Vertrauensschutz berufen.
3.3. Die Vorinstanz hat die Vereinbarung der Parteien nach dem Vertrauensprinzip so ausgelegt, dass die Einlagerung der Gegenstände der Beschwerdegegnerin solange andauern sollte, bis eine Rücknahme durch diese möglich und auch zumutbar sei. Diese Auslegung beanstandet die Beschwerdeführerin nicht. Aus den vorinstanzlichen Erwägungen geht nicht klar hervor, ob der Beschwerdegegnerin nach Ansicht der Vorinstanz eine Rücknahme nach wie vor nicht zumutbar sei, oder ob sie zwar ab einem gewissen Zeitpunkt zumutbar gewesen wäre, die Beschwerdegegnerin aber nach Treu und Glauben davon habe ausgehen dürfen, die Beschwerdeführerin sei mit einer weiteren Einlagerung ohne Kostenbeteiligung einverstanden. Es verletzt jedenfalls kein Bundesrecht, die Zumutbarkeit einer Rücknahme der Gegenstände zumindest bis zum rechtskräftigen Entscheid über das Begehren um Abriss des Neubaus und Entfernung des Bürocontainers zu verneinen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin musste die Vorinstanz aus der Tatsache, dass die Beschwerdegegnerin vor der Schlichtungsbehörde und im erstinstanzlichen Verfahren den Abriss des Neubaus und die Entfernung des Bürocontainers beantragt hat, nicht schliessen, diese habe die Lagerkosten zu tragen. Dieser Umstand spricht vielmehr dafür, dass es der Beschwerdegegnerin bis zum Entscheid über ihren Antrag nicht zumutbar war, die Einrichtungsgegenstände zurückzunehmen. Die Beschwerdeführerin führt denn auch selbst aus, bei Obsiegen der Beschwerdegegnerin wäre offensichtlich gewesen, dass die Beschwerdeführerin bis zum Abschluss der Sanierung bzw. des Neubaus für die Einlagerungskosten hätte aufkommen müssen.
3.4. Aus den vorinstanzlichen Erwägungen wird allerdings nicht klar, weshalb der Beschwerdegegnerin eine Rücknahme der Gegenstände nach dem (abschlägigen) Entscheid über ihr Hauptbegehren nicht zumutbar gewesen sein sollte. Ab diesem Zeitpunkt ist auch fraglich, ob die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben noch immer davon ausgehen durfte, die Beschwerdeführerin bestehe nicht auf einer Rücknahme oder auf einer Kostenbeteiligung. Diese Frage kann jedoch offenbleiben. Die Vorinstanz hat nämlich in einer Eventualbegründung erwogen, die Beschwerdeführerin habe den eingeklagten Schaden ohnehin nicht bewiesen. Die Beschwerdeführerin habe mit ihrer Widerklage eine periodische Forderung von monatlich Fr. 2'590.30 nebst Zins eingeklagt. Bereits mit ihrer Ankündigung einer Widerklage in der Klageantwort habe sie eine Rechnung der D._ Ltd. vom 30. September 2011 eingereicht betreffend Miete von acht Einheiten in unterschiedlichen Grössen zu verschiedenen Ansätzen für die Dauer vom 14. Oktober bis 13. November 2011 über einen Gesamtbetrag von Fr. 2'590.36. In der Stellungnahme zur Bezifferung und Ergänzung der Klage, in welcher sie dann tatsächlich Widerklage erhoben habe, habe sie zur Schadenshöhe keine weiteren Unterlagen ediert. Sie habe jedoch in Aussicht gestellt, eine aktualisierte Rechnungsübersicht der D._ Ltd. seit Juli 2011 nachzureichen. Entgegen dieser Ankündigung habe die Beschwerdeführerin in der Folge keine weiteren Beweismittel ins Recht gelegt. Nach <ref-law> wäre es aber an ihr gewesen, ihren Schaden ziffernmässig und detailliert zu beweisen. Die Beschwerdegegnerin habe nämlich in ihrer Stellungnahme zur Widerklage eingewendet, die Edition einer Rechnung für die Mietdauer eines Monats liefere weder einen Beweis für eine Schuld über die gesamte geltend gemachte Laufzeit, noch stelle sie einen Beleg für die tatsächliche Bezahlung des verrechneten Betrags dar. Spätestens nach dieser Bestreitung wäre die Beschwerdeführerin gehalten gewesen, sämtliche Rechnungen der D._ Ltd. ab Juli 2011 vorzulegen und die entsprechenden Zahlungen zu dokumentieren.
Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, überzeugt nicht. So hält sie der Vorinstanz entgegen, die Beschwerdegegnerin habe den Umfang des einzelnen Monatsbetreffnisses nie bestritten, sondern bloss das Total des Schadenquantitativs. Dies trifft nicht zu, hat die Beschwerdegegnerin doch gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz bestritten, dass mit der eingereichten Rechnung auch der Beweis für weitere Monatsmieten erbracht sei und dass zudem die (behaupteten) Rechnungen auch bezahlt worden seien. Es ist nicht willkürlich, diesfalls der Beschwerdeführerin im Rahmen der Beweiswürdigung vorzuhalten, sie habe nicht sämtliche Rechnungen für die eingeklagten Kosten eingereicht und die Zahlungen nicht dokumentiert. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin erbringt sie diesen Beweis nicht durch den blossen Hinweis, es sei gerichtsnotorisch, dass die Einlagerung von Waren bei gewerblich tätigen Vermietern kostenpflichtig sei. Der Beschwerdeführerin obliegt neben dem Beweis, dass ihr Kosten entstanden sind, auch der Beweis der Höhe dieser Kosten. Entgegen ihren Vorbringen besteht keine natürliche Vermutung in dem Sinne, dass ihr die geltend gemachten Kosten von insgesamt Fr. 134'695.60 angefallen sind. Schliesslich ist auch die Rüge unbegründet, die Vorinstanz habe eine Forderung der Beschwerdeführerin zu Unrecht selbst im Betrag abgewiesen, für welchen sie eine Rechnung eingereicht habe. Diese Rechnung für die Dauer vom 14. Oktober bis 13. November 2011 betrifft indessen den Zeitraum, in welchem der Beschwerdegegnerin eine Rücknahme ihrer Gegenstände jedenfalls (noch) nicht zumutbar war und damit ohnehin keine Forderung gegen sie besteht (vgl. oben E. 3.3).
Die Vorinstanz hat zwar erwogen, bei Bejahung eines Anspruchs der Beschwerdeführerin im Grundsatz wäre die Sache gestützt auf Art. 318 Abs. 1 lit. c Ziff. 1 ZPO an das erstinstanzliche Gericht zurückzuweisen gewesen; ihre Ausführungen zum Beweis des Schadens könnten daher anstatt als Eventualbegründung zur Abweisung der Berufung auch als blosse Ankündigung verstanden werden, im Falle eines erneuten Rechtsmittelverfahrens wie ausgeführt zu entscheiden. Bei Bejahung eines Anspruchs der Beschwerdeführerin im Grundsatz hätte es aber im Ermessen der Vorinstanz gestanden, gemäss <ref-law> direkt selbst neu zu entscheiden (vgl. Urteil 4A_460/2016 vom 5. Januar 2017 E. 1.3 mit Hinweisen). Der angefochtene Entscheid kann deshalb - soweit ein Anspruch der Beschwerdeführerin im Grundsatz überhaupt zu bejahen wäre - gestützt auf die vorinstanzlichen Ausführungen zum nicht erbrachten Beweis des Schadens bestätigt werden.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier