Fatti:
A.
II 28 agosto 2015, in seguito all'annullamento di precedenti atti di accusa del 2014, ritornati al magistrato inquirente dal giudice Marco Villa per completazione, il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha promosso I'accusa dinanzi alla Corte delle assise criminali nei confronti dell'avvocata A._ per i reati di ripetuta appropriazione indebita, ripetuta sottrazione di cose requisite o sequestrate, ripetuta amministrazione infedele, (tentata) estorsione, (tentata) coazione, ripetute soppressioni di documenti, ripetuta diffamazione, ingiuria e ripetuta violazione del segreto professionale. L'inizio del dibattimento, fissato per il 9 agosto 2016, poi andato contumaciale, è stato fissato per i giorni 3-5 e 10-11 ottobre 2016 (incarto n. 72.2015.133).
B.
Con decreto del 17 marzo 2016 il Presidente della Corte Marco Villa ha respinto un'istanza di A._ tendente all'accertamento della nullità del nuovo atto di accusa. Mediante istanza del 22 marzo 2016 l'interessata ha poi chiesto la ricusazione del Presidente e, con un'ulteriore domanda del 30 aprile 2016, di Renata Loss Campana e Brenno Martignoni Polti, giudici a latere della Corte delle assise criminali (Tribunale penale cantonale).
C.
La Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), con giudizio del 23 giugno 2016 (incarto n. 60.2016.90/140), ha respinto, in quanto tempestive, le istanze di ricusazione.
D.
Avverso questa decisione, e un'altra di stessa data relativa a un'istanza di dissequestro, A._ presenta, con un unico allegato, un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo nel senso di sospendere il procedimento penale pendente nella sede cantonale fissato dal 3 all'11 ottobre 2016, di accogliere le domande di ricusa e di accertare la nullità, rispettivamente di annullare le citate decisioni della CRP.
Non sono state chieste osservazioni ai ricorsi.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 2 pag. 59). Spetta nondimeno alla ricorrente dimostrare l'adempimento delle condizioni di ammissibilità del gravame qualora non siano evidenti, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 4 pag. 95).
1.2. Con un unico atto di ricorso la ricorrente contesta due distinte decisioni della CRP emanate entrambe il 23 giugno 2016, l'una concernente due istanze di ricusazione, oggetto del presente giudizio, l'altra il mancato accoglimento di una sua istanza di dissequestro; critica inoltre ulteriori provvedimenti adottati dalla Corte delle assise criminali e decisioni prese precedentemente dal Ministero pubblico. La ricorrente mischia e confonde in maniera inammissibile procedure e decisioni chiaramente differenti che, sebbene attinenti al medesimo procedimento penale, devono essere esaminate separatamente. Si giustifica quindi, per evidenti motivi procedurali e di chiarezza, di disgiungere e trattare separatamente le diverse e specifiche procedure, che coinvolgono inoltre anche parti differenti, e meglio quelle relative alle ricusazioni (incarto CRP n. 60.2016.90/140; causa 1B_326/2016) da una parte e quelle attinenti al contestato mantenimento del sequestro dall'altra (incarto CRP 60.2016.117; causa 1B_327/2016). La richiesta della ricorrente di congiungere questa causa con quella 1F_21/2016 è priva di oggetto, ricordato che detta causa è stata decisa il 26 agosto 2016, prima dell'inoltro del gravame in esame.
1.3. Diretto contro una decisione incidentale dell'autorità cantonale di ultima istanza, notificata separatamente e riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso, tempestivo (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>), concernente una causa in materia penale è di massima ammissibile (art. 78 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>). La legittimazione della ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. a e lett. b n. 1 LTF).
2.
2.1. La CRP ha ricordato dapprima, a ragione, che in applicazione dell'<ref-law> le domande di ricusazione devono essere presentate senza indugio, non appena l'istante è a conoscenza del motivo di ricusa, pena la perenzione del diritto di ricusazione (<ref-ruling> consid. 2 pag. 4). È in effetti contrario alle regole della buona fede riservarsi d'invocare solo in un secondo tempo eventuali vizi procedurali o motivi di ricusa, quando la reiezione di un'istanza sia sfavorevole all'interessato; in tal caso, l'istante perde il diritto di prevalersi di questa lesione (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 124; <ref-ruling> consid. 2.2 in fine pag. 4, 97 consid. 4.1.5 pag. 101; sentenza 1B_14/2016 del 2 febbraio 2016 consid. 2).
Al riguardo ha ritenuto manifestamente intempestiva la domanda di ricusa in relazione alla censura secondo cui il giudice Marco Villa, nel quadro dell'esame giusta l'<ref-law> del primo atto di accusa, avrebbe già giudicato la vertenza il 17 novembre 2014: ciò perché, al più tardi quando la ricorrente ha indirizzato nominativamente a questo giudice uno scritto in data 22 settembre 2015, ella sapeva ch'egli era il Presidente della Corte.
2.2. La ricorrente, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2), non dimostra che questa conclusione su circostanze fattuali sarebbe insostenibile e quindi arbitraria (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72). Ne segue che la pretesa ricusazione del Presidente, poiché il fatto d'essersi pronunciato sui due atti di accusa comporterebbe un cumulo di funzioni "quale giudice del rinvio e di giudice del merito" che potrebbe contrastare con la garanzia di un giudice imparziale, è inammissibile. Come ancora si vedrà, la critica è inoltre infondata. Del resto, nella misura in cui la ricorrente rimprovera al Presidente ricusato di non aver rinviato il nuovo atto di accusa al Ministero pubblico per complementi probatori, ella parrebbe misconoscere che ciò è possibile solo in via del tutto eccezionale, l'assolvimento delle cui condizioni non sono da lei dimostrate nel caso di specie (<ref-ruling> consid. 1.5 e 1.6 pag. 45 segg. e rinvii; sentenza 1B_304/2011 del 26 luglio 2011 consid. 3.2.2).
3.
3.1. La CRP rileva che a giustificazione delle istanze di ricusa la ricorrente invoca il fatto che la Corte, rispettivamente il suo Presidente avrebbero emanato decisioni a lei sfavorevoli, respingendo le sue istanze, tra le quali quelle volte all'assunzione di mezzi di prova e quella tendente all'accertamento della nullità del nuovo atto di accusa. Al riguardo, ha ricordato che gli art. 339 segg. CPP disciplinano l'inizio del dibattimento e che secondo il cpv. 1 di questa norma chi dirige il procedimento lo apre, rende nota la composizione dell'autorità giudicante e accerta che le persone citate a comparire siano presenti. In seguito, il giudice e le parti possono sollevare questioni pregiudiziali concernenti tra l'altro la validità dell'accusa (cpv. 2 lett. a), i presupposti processuali (cpv. 2 lett. b) e gli impedimenti a procedere (cpv. 2 lett. c). Ha stabilito che tale esame non sfocia in una decisione impugnabile e che le parti hanno la facoltà di proporre istanze pregiudiziali e incidentali all'inizio del dibattimento. Ne ha dedotto che le decisioni conseguenti a queste verifiche sono riservate al giudice del merito, ossia alla Corte delle assise criminali.
3.2. Nella misura in cui la ricorrente contesta il fondamento delle misure istruttorie adottate dal Presidente ricusato, occorre rilevare che secondo l'<ref-law> il ricorso contro decisioni incidentali è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b). Come noto alla ricorrente, in materia penale la nozione di pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> dev'essere interpretata restrittivamente e si riferisce a un danno di natura giuridica, che non possa essere riparato ulteriormente mediante un giudizio finale o un'altra decisione a lei favorevole (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 287; <ref-ruling> consid. 4), ciò che le spetta dimostrare (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 287). Ella non adduce né dimostra l'esistenza di un tale pregiudizio, del resto non ravvisabile nella fattispecie.
3.3. In effetti, come rettamente rilevato nella decisione impugnata, la ricorrente potrà nuovamente addurre all'inizio del dibattimento le citate argomentazioni (<ref-law>), per cui in tale ambito non si è manifestamente in presenza di un pregiudizio giuridico irreparabile, come già stabilito nella sentenza 1B_266-276/2016 del 4 agosto 2016 consid. 3.4 che la interessava. Su questo punto il ricorso è quindi inammissibile. La ricorrente non si confronta infatti con la prassi e la dottrina richiamata nel giudizio impugnato, in cui veniva esposto che l'esame preliminare dell'accusa ai sensi dell'<ref-law> è un esame provvisorio, di regola sommario e limitato agli aspetti formali, che non costituisce una procedura formale di ammissione dell'accusa. Non essendo impugnabile, l'interessata non subisce alcun pregiudizio quando chi dirige il procedimento non accerti il risultato dell'esame preliminare, ma proceda direttamente a citare le parti al dibattimento (<ref-ruling> consid. 1.5.4 pag. 33). Per questo motivo anche questa censura è inammissibile.
3.4. La ricorrente disattende inoltre che, contrariamente al suo assunto, qualora chi dirige il procedimento dovesse accertare vizi o l'assenza di presupposti procedurali, spetta unicamente al Tribunale e non al Presidente adottare i provvedimenti necessari, quali la sospensione o l'abbandono del procedimento o il rinvio dell'atto di accusa, per rimediarvi (art. 329 cpv. 2 e 4 CPP). Per di più, siffatti atti preparatori e misure di istruzione, come l'esame previsto dall'<ref-law>, sono necessari nell'ambito di ogni procedimento penale e non fanno apparire colui che li adotta, segnatamente chi dirige il procedimento, come parziale e nemmeno fondano alcun motivo di ricusazione o di un'inammissibile prevenzione (sentenza 1B_703/2011 del 3 febbraio 2012 consid. 2.6 e rinvii; MARKUS BOOG, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2aed. 2014, n. 33 ad art. 56; ANDREAS J. KELLER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [ed.], 2aed. 2014, n. 35 ad art. 56). Le generiche critiche ricorsuali mosse al Presidente ricusato in tale ambito, in quanto ammissibili, sono quindi prive di fondamento, come quelle dirette contro l'impugnata decisione della CRP, fondata sulla prassi e la giurisprudenza, con la quale la ricorrente non si confronta del tutto.
3.5. Come a lei noto (cfr. sentenza 1B_50/2016 del 22 febbraio 2016 nei suoi confronti), anche l'accenno al fatto che il Presidente della Corte non avrebbe assunto le prove da lei proposte non comporta alcun pregiudizio irreparabile. In effetti, ricordato che la reiezione di istanze probatorie non è impugnabile, istanze respinte possono essere riproposte in sede di dibattimento (<ref-law>). Giova rilevare che neppure le decisioni incidentali che autorizzano l'utilizzazione di mezzi di prova, tranne eccezioni non addotte dalla ricorrente e non ravvisabili nel caso di specie, causano di principio un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2 e 2.3 pag. 287 seg.).
D'altra parte, riguardo alla citata disciplina legale e alla relativa prassi, la ricorrente si limita a sollevare, aggiuntivamente e sempre in maniera del tutto generica e lesiva delle esigenze di motivazione dell'<ref-law>, che l'<ref-law> non prevedendo che la richiesta di rinvio a giudizio contenuta nell'atto di accusa possa essere impugnata, sarebbe incostituzionale. Ora, il fatto di subire un procedimento penale e gli inconvenienti che ne derivano non costituisce un pregiudizio irreparabile di natura giuridica (<ref-ruling> consid. 2.3, 139 consid. 4, 288 consid. 3.1).
3.6. I giudici cantonali hanno poi esposto che l'adozione delle citate verifiche da parte della Corte delle assise penali, sfavorevoli alla ricorrente, non implica manifestamente la parzialità dei giudici che le hanno compiute. Ciò poiché secondo la prassi eventuali errori nel corso del procedimento non fondano di principio, tranne in presenza di errori pesanti e ripetuti, costitutivi di violazioni gravi dei doveri dei magistrati, un motivo di ricusazione, potendo essere censurati con i rimedi di diritto previsti al proposito.
Hanno ritenuto che la critica secondo cui il Presidente ricusato, fissando il dibattimento all'epoca a partire dall'8 agosto 2016, prima di avere vagliato d'ufficio in applicazione dell'<ref-law> le istanze della ricorrente, avrebbe emanato un giudizio anticipato, è inammissibile. Questo esame preliminare avviene infatti nel contesto di una procedura informale e sommaria, che non sfocia in una decisione impugnabile, ricordato che le parti hanno la facoltà di proporre istanze pregiudiziali e incidentali all'inizio del dibattimento: il Presidente poteva pertanto indire il dibattimento senza dover rispondere alle istanze dell'imputata. La ricorrente non dimostra del tutto perché questa conclusione sarebbe lesiva del diritto.
4.
4.1. La CRP, esposte correttamente la dottrina e la prassi relative alle garanzie di un giudice imparziale (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 144; sentenza 1B_328/2015 dell'11 novembre 2015 consid. 3.1), si è espressa sulla clausola generale prevista dall'art. 56 lett. f CPP. Questa concreta le garanzie derivanti dall'<ref-law> e consente alle parti di esigere la ricusazione di un giudice la cui situazione o il cui comportamento siano di natura tali da far sorgere dubbi sulla sua imparzialità. Questa garanzia vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte. Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il giudice sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità. La ricusa riveste un carattere eccezionale (<ref-ruling> consid. 1.1). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 179 e rinvii).
4.2. Insistendo in sostanza sulla pretesa incompetenza professionale del Presidente della Corte a dipendenza dei sostenuti errori da lui commessi, la ricorrente misconosce che secondo la giurisprudenza, con la quale non si confronta, eventuali errori commessi nel corso del procedimento, peraltro non ravvisabili in concreto, non fondano di massima un motivo di ricusazione (<ref-ruling> consid. 3.2.3 pag. 180; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 146 e rinvii; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit Commentaire, Code de procédure pénale, 2aed. 2016, n. 30 ad art. 56; MAURO MINI, in: Commentario, Codice svizzero di procedura penale, 2010, n. 10-12 ad art. 56), né la fonda la sua asserita incompetenza professionale (ANDREAS J. KELLER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [ed.], 2aed. 2014, n. 41 ad art. 56).
4.3. Nella misura in cui la ricorrente si diffonde a contestare l'operato del Procuratore pubblico che ha emanato l'atto di accusa, occorre rilevare che questa critica esula dall'oggetto del litigio.
5.
5.1. Riguardo alla censura secondo cui il Presidente della Corte, come del resto tutta la magistratura del Cantone Ticino essendo nominata e lottizzata dai partitici politici, sarebbe giocoforza sia controllato dal partito radicale liberale al quale apparterrebbe, sia sostenuto dalla retrostante lobby-loggia bancaria e asservito inoltre al volere della potente controparte, la CRP ha osservato che secondo la giurisprudenza e la dottrina, l'appartenenza a un determinato partito politico non è di per sé sufficiente per fondare un'apparenza di parzialità (sentenza 1C_426/2014 del 24 novembre 2014 consid. 3.3; MARKUS BOOG, loc. cit., n. 52 ad art. 56). Ha aggiunto che il generico assunto della ricorrente, secondo cui il Presidente ricusato avrebbe emanato le criticate decisioni a lei sfavorevoli, favorendo la controparte della medesima appartenenza politica, costituirebbe una mera congettura.
5.2. La ricorrente osserva che il Presidente della Corte sarebbe stato nominato dal partito liberale radicale, segnatamente dalla Commissione magistrati di tale partito al suo dire presieduta dall'avv. B._, legale che rappresenta le tre persone che l'hanno denunciata e che sarebbe un suo "accanito persecutore".
Ora la ricorrente, insistendo sul fatto che il giudice ricusato sarebbe stato nominato dal citato legale, parrebbe misconoscere che i magistrati sono eletti dal Parlamento cantonale previo concorso pubblico (art. 36 Cost./TI.; art. 2 e segg. della legge ticinese sull'organizzazione giudiziaria del 10 maggio 2006, LOG). Fondata su questo fatto notorio alla ricorrente, come d'altra parte sul criticato sistema di elezione dei giudici cantonali, la tempestività dell'istanza di ricusazione è più che dubbia. Secondo la giurisprudenza, come già visto, sulla base del principio della buona fede la parte che ha conoscenza di un motivo di ricusazione deve invocarlo senza indugio e non soltanto qualora l'esito di una procedura le sia sfavorevole, pena la decadenza del diritto di avvalersene (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 124; <ref-ruling> consid. 2.2 in fine pag. 4 e rinvii; <ref-ruling> consid. 3.2.2 pag. 609). Orbene, che i giudici ricusati sono stati eletti da parte di un'autorità politica è noto da tempo alla ricorrente. L'accenno ricorsuale all'incostituzionalità della LOG è poi inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>).
5.3. Adducendo che il fatto d'essere nominati dal potere politico sarebbe sufficiente per dubitare dell'imparzialità dei giudici, la ricorrente disattende che secondo la giurisprudenza e la dottrina, con la quale non si confronta, il criticato sistema d'elezione e la durata del mandato si fondano sul postulato che una volta eletti i magistrati sono presunti capaci di avere il necessario distacco dai loro partiti politici e si pronuncino oggettivamente e in maniera imparziale sui litigi che oppongono le parti. Solo in presenza di circostanze eccezionali e non di semplici congetture si potrebbe pensare che un giudice potrebbe subire un'influenza dalla formazione politica alla quale appartiene al punto da non apparire più come imparziale nella trattazione di una determinata causa (sentenze 1B_460/2012 del 25 settembre 2012 consid. 3.1-3.3, in: SJ 2013 I pag. 438 e 6B_582/2011 del 15 marzo 2012 consid. 2.3; ANDREAS J. KELLER, loc. cit., n. 27 ad art. 56; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, op. cit., n. 27 ad art. 56).
La ricorrente, limitandosi ad addurre le menzionate decisioni a lei sfavorevoli adottate dal Presidente ricusato, non dimostra che si sarebbe in presenza di circostanze eccezionali, che imporrebbero di scostarsi dalla menzionata prassi. Ciò vale a maggior ragione poiché la giurisprudenza ha anche stabilito che una domanda di ricusazione di giudici fondata sul fatto che il patrocinatore di una delle parti ha partecipato alla loro elezione in quanto membro del Parlamento cantonale, non costituisce di tutta evidenza un elemento suscettibile di mettere oggettivamente in dubbio l'imparzialità di un magistrato nemmeno quando tratta una causa giudiziaria nella quale lo stesso patrocinatore sia come elettore sia come responsabile di un partito politico è implicato (sentenza 1C_103/2011 del 24 giugno 2011 consid. 3, in: RtiD II-2011 pag. 16, SJ I pag. 492).
6.
6.1. Ne segue che il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
6.2. L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda d'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alla ricorrente, all'avv. Caterina Jaquinta Defilippi, al Ministero pubblico, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e al Tribunale penale cantonale.