Faits :
A.
Par jugement du 17 septembre 2015, le Tribunal de police des Montagnes et du Val-de-Ruz a reconnu A._, né en 1995, coupable de viol au sens de l'<ref-law> sur la personne de X._, née en 1998, d'actes d'ordre sexuel sur des enfants au sens de l'<ref-law> sur les personnes de X._ et de B._, née en 1998, ainsi que de dommages à la propriété commise au préjudice de C._ à D._. Il a condamné A._ à une peine privative de liberté de deux ans avec sursis pendant deux ans et l'a informé qu'en cas de nouveau crime ou délit pendant le délai d'épreuve, le sursis pourrait être révoqué. Il l'a aussi condamné à payer à X._ une indemnité de 15'000 fr. à titre de réparation morale, a taxé les honoraires des avocats d'office et mis les frais de la procédure à la charge du prévenu condamné.
B.
Par jugement du 12 mai 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a admis partiellement un appel de A._. Elle a abandonné la prévention de viol, subsidiairement de contrainte sexuelle, prétendument commise à l'encontre de X._, estimant que A._ n'avait pas usé de contrainte à l'égard de la victime. Elle a réduit la peine infligée à celui-ci par le Tribunal de police à 210 jours-amende à 10 francs le jour, avec sursis pendant deux ans, et a fixé l'indemnité pour réparation morale à 3'000 francs. Elle a confirmé pour le surplus le jugement du Tribunal de police et mis une partie des frais de la procédure d'appel à la charge de A._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 12 mai 2016. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.

Considérant en droit :
1.
La recourante considère que la juridiction cantonale a procédé à une appréciation arbitraire des preuves.
1.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat.
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit en effet être examinée dans son ensemble. Il n'y a ainsi pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêt 6B_563/2014 du 10 juillet 2015 consid. 1.1 et l'arrêt cité).
1.2. La cour cantonale a constaté que les actes reprochés à A._ s'étaient déroulés lors d'une fête d'anniversaire à laquelle participaient une quinzaine de jeunes âgés de 17 à 22 ans. Cette fête a eu lieu en bordure d'une forêt à l'écart d'une localité. Les actes dont se plaint la recourante se sont produits à trois reprises successives dans une tente installée sur place. A chaque fois, la recourante et A._ sont ensuite sortis de la tente et ont rejoint les autres participants à la fête.
En présence incontestée d'actes sexuels et d'actes d'ordre sexuel entre la recourante et A._, la cour cantonale a estimé que les éléments manquaient pour retenir, sans qu'il ne subsiste un doute insurmontable, que A._ avait usé de contrainte à l'égard de la recourante. En application du principe « in dubio pro reo », elle a admis que les refus et craintes de la recourante n'étaient pas reconnaissables par A._ ou, en tout cas, pas de manière suffisante, pour qu'il y ait viol. S'agissant des craintes et des peurs dont a fait état la recourante pour expliquer qu'elle n'avait pas osé se débattre ou se plaindre des atteintes qu'elle subissait auprès des autres participants, la cour cantonale a constaté que ces craintes ne se mariaient pas avec le fait qu'après chaque passage dans la tente, la recourante avait pu s'éloigner de A._ et qu'elle était également retournée à chaque fois dans la tente sans que celui-ci ne fasse usage de la force et sans chercher à se protéger de ses nouvelles ardeurs en restant à proximité immédiate des autres participants à la fête. La cour cantonale a encore retenu qu'après les trois passages dans la tente, la recourante avait dormi aux côtés de A._ dans le même sac de couchage. De plus, la recourante a su dire non à une pénétration anale qu'elle ne voulait pas, ce que A._ a respecté. Enfin, la cour cantonale a retenu que la recourante avait dit à E._ en parlant d'un des passages sous la tente, « on a essayé », ce qui ne reflète pas des sentiments de crainte ou de peur. La cour cantonale a estimé que ces différents éléments n'allaient pas dans le sens d'une contrainte. Par ailleurs, la cour cantonale a retenu une attitude ambivalente de la recourante tant en public que sous la tente lorsqu'elle se trouvait seule avec A._. La cour cantonale a relevé que la situation de la recourante (jeune âge, inexpérience et présence d'une grande majorité de personnes inconnues) de même que l'insistance de A._ ne réalisaient pas à eux seuls un état de contrainte.
1.3. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir nié, de façon arbitraire et manifestement insoutenable, qu'elle avait été contrainte de subir des actes sexuels et d'autres actes d'ordre sexuel de la part de A._. La recourante met en doute le témoignage de E._, qui est sa tante mais qui n'a que 17 ans et qui est une amie de A._. La recourante estime qu'il n'a pas été tenu compte du fait qu'elle avait parlé des faits à B._ le lendemain, puis à l'infirmière scolaire et enfin à ses parents. La recourante considère que son absence de réaction immédiate est due au fait qu'elle était entourée de personnes plus âgées qu'elle, alcoolisées, qu'elle ne connaissait pas et à qui elle n'avait donc pas eu le courage de se confier sur ce qu'elle venait de subir. Elle affirme aussi qu'elle a essayé d'échapper à son « agresseur » et qu'elle a tenté de l'éviter. Pour la recourante, c'est à tort que la cour cantonale a retenu que A._ avait pu ne pas réaliser qu'elle n'était pas consentante. Elle se fonde sur ses propres déclarations dont elle estime qu'elles établissent qu'en plus du refus de la pénétration anale, elle s'est également opposée à d'autres actes. A._ n'a pas respecté son choix alors qu'il aurait dû constater qu'elle n'était pas d'accord d'aller aussi loin qu'il le voulait. Enfin, la recourante reproche encore à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte de la peur qu'elle avait ressentie et qui l'avait empêchée de s'opposer plus fermement aux agressions de A._.
1.4. La recourante se limite à prétendre que la cour cantonale devait déduire de l'ensemble des faits qu'elle avait été contrainte de subir des actes sexuels et d'autres actes d'ordre sexuel contre sa volonté. Elle fonde sa position sur sa propre version des faits et l'interprétation qu'elle en fait. Dans la mesure où celle-ci est basée sur des faits qui, pour certains, ne correspondent pas à ceux retenus par la cour cantonale, la recourante ne dit pas en quoi l'état de fait cantonal serait manifestement arbitraire. Il s'agit d'arguments de nature appellatoire qui ne sont pas recevables devant le Tribunal fédéral.
Pour le surplus, la cour cantonale a admis que la recourante s'était rendue à trois reprises avec son « agresseur » sous une tente en quittant à chaque fois un cercle de personnes auxquelles elle aurait pu dire qu'elle ne voulait plus l'accompagner. Elle pouvait refuser de le suivre sans donner de raisons aux personnes présentes, si cela la gênait comme elle le prétend. Selon l'état de fait retenu par la cour cantonale, aucun des participants à la fête n'a vu l'intimé entraîner la recourante de force dans la tente. De plus, la recourante, qui accompagnait sa tante à la fête en question, lui a uniquement dit " on a essayé ", mais ne lui a pas signalé d'actes contre sa volonté. Par ailleurs, la recourante a dormi dans le même sac de couchage que l'intimé et, le lendemain, elle l'a encore embrassé de façon telle que les autres personnes présentes n'ont relevé aucune attitude ou aucun geste de la recourante montrant sa crainte ou sa répugnance à son égard.
Ces éléments pris dans leur ensemble ne permettent pas de constater que c'est de façon arbitraire que la cour cantonale n'a pas admis que l'intimé avait usé de contrainte à l'égard de la recourante pour lui faire subir des actes sexuels et d'autres actes sexuels contre sa volonté.
2.
La recourante fonde uniquement ses prétentions civiles pour tort moral en relation avec les préventions de viol et de contrainte sexuelle. Ces préventions n'étant pas retenues, c'est de manière irrecevable que la recourante fonde son argumentation sur celles-ci. Elle ne formule par ailleurs aucun grief recevable pour dire en quoi l'indemnité de tort moral de 3'000 fr. en relation avec l'infraction réprimée par l'<ref-law> serait insuffisante.
Le recours doit donc être rejeté.
3.
La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 8 août 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy