Faits :
A.
A.a. Le 19 juin 2012, Y._ SA - dont A._ et B._ sont les administratrices - a déposé une action civile en paiement contre X._ SA. Par conciliation judiciaire du 5 novembre 2012, la seconde a reconnu devoir à la première 375'000 francs.
Par courrier du 21 mars 2014, Y._ SA a demandé la révision de cette transaction, alléguant avoir été trompée par X._ SA. A l'appui de sa demande, la première a produit une copie d'un courrier électronique du comptable de la seconde expédié le 30 octobre 2012 à l'attention de deux de ses administrateurs; selon la requérante, ce document démontrerait qu'au moment de la transaction, X._ SA savait lui devoir, à titre de commissions, une somme bien plus importante (1'216'9222 fr.) que celle accordée (375'000 fr.).
A.b. Le 13 mai 2014, X._ SA a déposé plainte pénale contre inconnu pour soustraction de données (<ref-law>), accès indu à un système informatique (<ref-law>) et utilisation frauduleuse d'un ordinateur (<ref-law>). Elle a notamment soutenu que le courrier électronique susmentionné avait été obtenu par la commission d'infractions pénales visant son système informatique, allégation se fondant en particulier sur les déclarations de C._, informaticien dans la société qui gérait son parc informatique, D._ SA.
Le Ministère public de la République et canton de Genève a ouvert, le 20 mai 2014, une instruction pénale contre inconnu pour soustraction de données et accès indu à un système informatique. Une perquisition a eu lieu dans les locaux de Y._ SA et au domicile de A._, conduisant notamment à la saisie de deux ordinateurs. A._, ainsi que B._ ont été entendues en qualité de personnes appelées à donner des renseignements; il ressort de leur audition - en particulier de celle de la première - que le courrier électronique en cause aurait été reçu, par la poste, le 24 décembre 2013 sans que l'expéditeur ne soit connu. Quant à C._, entendu en tant que témoin, il a notamment expliqué avoir procédé à une analyse du système informatique de X._ SA et n'avoir trouvé aucune trace de l'envoi de ce courrier électronique, étant ainsi peu probable qu'il y ait eu une intrusion dans le système informatique et que dès lors la diffusion pouvait provenir de l'un des employés de la société. L'informaticien a également déclaré avoir discuté avec B._ en vue d'un développement d'un programme de facturation et de suivi des clients et que celle-ci lui aurait dit avoir eu des contacts avec l'EPFL à ce propos; D._ SA a produit les échanges y relatifs, sur lesquels le nom de X._ SA n'apparaissait pas. Selon le rapport d'enquête du 27 novembre 2014 de la Brigade de criminalité informatique (BCI), les ordinateurs saisis ne comportaient aucun lien avec le courrier électronique litigieux et aucune trace d'utilisation du kit de "hacking" - chargé sur l'un des ordinateurs entre les 9 et 12 janvier 2011 - n'avait pu être découverte.
Le 16 janvier 2015, le Ministère public a rendu un avis de prochaine clôture, mettant le dossier pour consultation à disposition de X._ SA, ainsi que de Y._ SA. Cette dernière s'est prévalue, par fax du 21 janvier 2015, du secret des affaires et de la sphère privée pour s'opposer à la consultation par X._ SA du contenu des ordinateurs saisis. Selon la note manuscrite de la Procureure ajoutée sur ce document, "les extractions de données [ont été] placées sous inventaire mais ne figur[ai]ent pas au dossier à consulter", mention étant encore faite à un téléphone du 21 janvier 2015. Le 20 janvier, puis le 26 février 2015, X._ SA a consulté le dossier; lors de sa seconde demande de consultation, elle a sollicité l'accès aux pièces de forme et aux supports informatiques.
Par trois courriers du 26 février 2015, X._ SA a indiqué soupçonner E._; celui-ci avait été engagé en tant que stagiaire le 5 août 2013 et avait abandonné son poste le 7 novembre 2014. Selon la société, une enquête interne avait établi qu'il aurait eu des contacts avec Y._ SA pendant la durée des rapports de travail et qu'il avait fait transférer, sur ses adresses électroniques privées, une liste de clients, ainsi que les codes d'accès informatiques de la société. Celle-ci requérait en conséquence son audition, ainsi que la saisie de ses ordinateurs et comptes bancaires. X._ SA s'est également opposée à toute nouvelle consultation du dossier par Y._ SA. La première a encore souhaité avoir accès aux supports informatiques de la seconde et a requis différentes mesures d'instruction (auditions en confrontation de A._ et de B._, auditions du personnel administratif de Y._ SA et du jardinier de A._ - personne qui aurait reçu le courrier litigieux -, identification de la personne contactée à l'EPFL par B._, saisie du courrier en cause et apport à la procédure des échanges entre D._ SA et Y._ SA, ainsi que de ceux évoqués dans le rapport de la BCI). X._ SA a enfin dénoncé Y._ SA et ses organes pour recel (<ref-law>).
La BCI a établi un rapport complémentaire le 27 mai 2015, relevant en particulier que le nom de E._ ne figurait pas dans les données saisies auprès de Y._ SA, de A._ et de B._.
A.c. Le 3 novembre 2015, le Ministère public a classé cette procédure, estimant que l'instruction ne permettait pas de retenir la commission d'une infraction.
Il a considéré qu'il était impossible de déterminer si un tiers s'était connecté au système de l'entreprise, aucune intrusion ou transfert par courrier électronique du mail litigieux n'ayant été constaté. Selon la Procureure, l'auteur des faits ne pouvait pas être identifié, les personnes concernées n'ayant pas pu être mises en relation avec les faits reprochés. La magistrate a retenu que A._ s'était rendue coupable de recel, mais qu'il pouvait être fait application de l'<ref-law> vu qu'elle s'était limitée à produire le courrier électronique litigieux devant les juridictions civiles. Selon l'ordonnance de classement, Y._ SA avait été autorisée à consulter le dossier dès lors que A._ et B._ avaient été soupçonnées, mais que, faute d'élément à charge, elles devaient être considérées comme des personnes appelées à donner des renseignements et être dès lors à ce titre autorisées à prendre connaissance de la procédure dans la mesure nécessaire à sauvegarder leurs intérêts.
B.
Le 8 avril 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours intenté par X._ SA contre cette ordonnance.
S'agissant des griefs d'ordre formel, cette autorité a considéré que, faute de motivation, la demande tendant en substance à une audience publique, pouvait être rejetée. Elle a ensuite retenu qu'en agissant le 3 [recte 16] novembre 2015 pour contester le refus du Ministère public de lui donner accès aux données informatiques saisies, X._ SA était forclose. De plus, elle a relevé que l'acte d'instruction entrepris à la suite de l'avis de clôture n'imposait pas au Ministère public - qui avait maintenu son intention initiale de classer la procédure - de rendre un second avis de clôture. Quant au défaut de motivation soulevé à l'encontre du Ministère public par rapport au rejet des réquisitions de preuve déposées par la partie plaignante, la Chambre pénale a considéré que les motifs ressortaient - certes implicitement - de l'ordonnance attaquée; ceux-ci avaient été par ailleurs complétés au cours de la procédure de recours par la Procureure et la plaignante avait pu se déterminer à cet égard.
Matériellement, les juges cantonaux ont considéré qu'il n'existait aucun indice d'acte de piratage effectué par un tiers extérieur à la société plaignante, ce qui excluait des infractions au sens des art. 143, 143biset 147 CP; cela permettait également de rejeter les réquisitions de preuve tendant en substance à identifier l'auteur du piratage (auditions de A._, de B._, de C._, d'un ingénieur EPFL, du personnel administratif de Y._ SA et du jardinier de A._; production de l'original du courrier électronique et de son enveloppe; l'examen d'éventuels traces ADN sur ceux-ci; et production des échanges entre D._ SA et Y._ SA allégués non complets). Aucun élément ne permettait non plus de mettre en cause l'ancien stagiaire de la partie plaignante; tel n'était notamment pas le cas du transfert des données du wifi de l'entreprise sur son ou ses adresse (s) électronique (s) privée (s) afin de pouvoir se connecter depuis un ordinateur portable ou un téléphone sur son adresse professionnelle; il en allait de même de l'envoi d'une liste de clients, n'ayant en particulier pas été allégué que celle-ci aurait été utilisée. Au vu de ces éléments, les juges cantonaux ont considéré que les réquisitions en preuve en lien avec cette problématique ne se justifiaient pas (auditions de la supérieure et du stagiaire, séquestres de la correspondance privée et des comptes bancaires de ce dernier).
S'agissant de l'infraction de recel, la Chambre pénale en a exclu l'application dès lors que cette infraction ne pouvait porter sur une donnée (dans le cas où le courrier électronique litigieux aurait été expédié par la voie électronique) ou sur un objet de remplacement (dans l'hypothèse où le mail aurait été imprimé dans les locaux de la partie plaignante, sorti ensuite sous forme de document papier, puis photocopié sur une imprimante jet d'encre).
C.
Par acte du 11 mai 2016, X._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause au Ministère public afin qu'il procède aux actes d'enquêtes suivants : (1) auditions en contradictoire de A._, B._, C._ et E._, (2) perquisition des adresses électroniques privées de ce dernier, ainsi que de ses comptes bancaires, (3) apport à la procédure des données informatiques récupérées lors des perquisitions menées au siège de Y._ SA (ci-après l'intimée), ainsi qu'au domicile de A._ et B._, (4) identification des personnes de contact de Y._ SA auprès de l'EPFL, (5) séquestres de l'original de la pièce litigieuse et de l'intégralité des courriers électroniques entre D._ SA et Y._ SA, (6) audition de la supérieure de son ancien stagiaire, ainsi que (7) tout acte d'enquête tendu utile par l'exécution des précédentes mesures. La recourante demande également qu'ordre soit donné au Ministère public de renvoyer en jugement Y._ SA - notamment pour recel (<ref-law>) - et tout tiers identifié ayant participé aux faits litigieux. A titre préalable, la recourante demande en substance à ce que l'intimée - entendue à titre de renseignement - ne soit pas invitée à se déterminer devant le Tribunal fédéral.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
Selon l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.). Si la partie plaignante invoque des infractions distinctes, elle doit mentionner par rapport à chacune d'elles en quoi consiste son dommage. Si le dommage n'est motivé qu'en ce qui concerne l'une des infractions, le recours est irrecevable pour les autres ( arrêt 6B_697/2016 du 27 janvier 2017 consid. 2.1).
1.2. Selon la recourante, son dommage serait constitué du montant réclamé dans la procédure civile en cours à son encontre (841'922 fr. 22), des frais de défense y relatifs, des suites d'une atteinte à sa réputation, des salaires payés à un "employé félon" ayant violé ses devoirs et des frais résultant des enquêtes informatiques.
Cette motivation ne distingue toutefois ni les infractions dénoncées, ni le préjudice que ferait valoir la recourante à l'encontre de chacune des personnes qu'elle met en cause, ce qui est contraire à ses obligations prévalant en la matière. Il y a lieu de plus de relever qu'en l'état, le dommage allégué en lien avec la procédure civile (montant à payer et/ou frais de défense) n'est qu'une hypothèse future. En l'absence de préjudice effectif, on ne voit pas quelles pourraient être les conclusions civiles que prendrait la recourante dans le cadre de la procédure pénale à cet égard. Cela vaut d'autant plus que la somme demandée par l'intimée devant le juge civil découlerait de commissions alléguées non payées par la recourante à la suite de l'apport de clientèle par la première à la seconde; le montant réclamé semble ainsi avoir une autre source d'obligation (mandats) et ne paraît pas découler directement de la commission des infractions dénoncées. Faute de toute explication - notamment sur la nature et la quotité -, il n'y a pas non plus lieu de retenir que l'éventuelle atteinte à la réputation professionnelle de la recourante atteindrait la gravité nécessaire permettant d'envisager une indemnisation (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 704; <ref-ruling> consid. 3a p. 74 s.; arrêt 6B_245/2017 du 27 mars 2017 consid. 3.1). En outre, les frais allégués engendrés par les enquêtes effectuées par la société en charge du parc informatique de la recourante ne peuvent pas faire l'objet de prétentions civiles puisqu'ils ne découlent pas directement des infractions dénoncées (arrêt 6B_1148/2014 du 4 novembre 2015 consid. 1.3).
S'agissant ensuite des prétentions alléguées à l'encontre de son ancien stagiaire, le paiement du salaire ne constitue pas, sans autre explication, un dommage résultant directement des infractions dénoncées. En outre, au vu de la chronologie invoquée par la recourante (cf. ad 49 du mémoire de recours), l'éventuel litige les opposant semble plutôt démontrer des rapports de travail conflictuels, litige de nature civile.
Partant, faute d'explication suffisante sur ses prétentions civiles, la recourante ne dispose pas de la qualité pour recourir sur le fond de la cause (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF) et son recours est irrecevable à cet égard.
1.3. L'hypothèse visée à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF n'entre pas en considération, la recourante ne soulevant aucun grief recevable quant à son droit de porter plainte.
1.4. Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel.
Ce moyen ne permet cependant pas de faire valoir, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5), soit en l'occurrence notamment de contester le rejet des réquisitions de preuve. En revanche, il y a lieu d'entrer matière sur les griefs de procédure soulevés par la recourante.
2.
Invoquant l'art. 6 CEDH, la recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir refusé sans motif de tenir une audience publique.
Si la cour cantonale a mentionné la conclusion prise à cet égard par la recourante, la première a également relevé que la seconde n'avait motivé cette requête ni dans son mémoire de recours cantonal, ni dans ses déterminations subséquentes. L'autorité précédente a de plus relevé que la recourante n'avait pas requis d'administration de preuve directement devant elle. La recourante ne développe aucune argumentation tendant à remettre en cause ces constatations. En tout état de cause et contrairement à ce que semble croire la recourante, un recours contre une ordonnance de classement ne constitue pas à lui seul une raison de s'écarter de la règle générale posée à l'<ref-law> qui prévoit que la procédure de recours est en principe écrite (sur la problématique de l'audience publique, notamment en lien avec l'art. 6 CEDH, voir l'arrêt 6B_594/2015 du 29 février 2016 consid. 2).
Partant, la juridiction précédente n'a pas violé le droit en rejetant sa demande d'audience publique et ce grief peut être écarté.
3.
Invoquant l'<ref-law>, la recourante se plaint ensuite de n'avoir pas eu l'accès à l'entier des données informatiques saisies lors des perquisitions. Elle soutient en substance que cette question n'aurait pas été tranchée formellement par le Ministère public, dès lors que la note manuscrite apposée par celui-ci sur la demande de restriction déposée par l'intimée ne ferait pas courir un délai de recours.
Vu le défaut de qualité pour recourir sur le fond (cf. consid. 1.2 ci-dessus), seuls les aspects formels de ces griefs peuvent être examinés, à savoir le défaut allégué de décision et les conséquences y relatives notamment en matière de délai.
Contrairement à ce que prétend la recourante, la cour cantonale n'a pas considéré qu'un délai de recours aurait commencé à courir à la suite de la note manuscrite, puisqu'elle a constaté qu'elle ignorait si celle-ci avait été notifiée à toutes les parties. Elle a en revanche relevé que la recourante avait consulté le dossier le 26 février 2015; qu'elle avait déposé à cette même date trois courriers; et qu'elle avait mentionné, dans l'un d'eux, qu'elle avait "pris note de ce que les supports informatiques ne pouvaient être mis à [...] disposition". Selon l'arrêt attaqué, la recourante n'avait pas non plus demandé le prononcé d'une nouvelle décision sur cette question. La juridiction cantonale a ainsi estimé qu'en agissant neuf mois plus tard - soit dans son recours cantonal du 16 novembre 2015 -, la recourante avait en substance renoncé à contester ce refus et elle était donc forclose.
Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique et la recourante ne développe aucune argumentation tendant à démontrer qu'elle n'aurait pas agi tardivement en soulevant cette problématique uniquement le 16 novembre 2015. En particulier, elle ne conteste pas avoir eu connaissance du dossier pénal, ainsi que du refus de l'accès aux documents informatiques de l'intimée en date du 26 février 2015. La recourante ne soutient pas non plus avoir demandé alors ou ultérieurement une nouvelle décision sur cette question au Ministère public. Par conséquent, ce grief peut être écarté.
4.
Se référant aux <ref-law> et 9 Cst., la recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 13 al. 1 et 2 du Règlement genevois fixant le tarif des frais en matière pénale (RTFMP; RS/GE E 4 10.03). Ne contestant pas la mise à sa charge des frais judiciaires, elle reproche en revanche à l'autorité précédente leur quotité (5'000 fr.) eu égard à l'avance de frais qui lui avait été demandée (1'500 fr.).
4.1. Selon l'<ref-law>, les frais de la procédure de recours sont mis à la charge des parties dans la mesure où elles ont obtenu gain de cause ou succombé; la partie dont le recours est irrecevable ou qui retire le recours est également considérée avoir succombé. La direction de la procédure de l'autorité de recours peut astreindre la partie plaignante à fournir des sûretés dans un délai déterminé pour couvrir les frais et indemnités éventuels (art. 383 al. 1 1ère phrase CPP).
En vertu de l'art. 13 al. 1 let. c RTFMP, la Chambre pénale de recours peut prélever, outre les émoluments généraux (cf. art. 4 RTFMP), les émoluments suivants en cas de décision sur recours, 100 à 20'000 francs. Les sûretés prévues par l'article 383 CPP sont fixées par la direction de la procédure sous forme d'avance des frais encourus selon l'art. 13 al. 1 RTFMP (art. 13 al. 2 RTFMP).
Le Tribunal fédéral n'examine qu'avec retenue les décisions concernant les frais de justice, car les tribunaux ont un large pouvoir d'appréciation en la matière (<ref-ruling> consid. 3.3.2 p. 109). Selon la jurisprudence, la motivation en lien avec des telles décisions peut être très succincte, voire même inexistante lorsque les frais sont fixés, de manière forfaitaire, dans le cadre de l'application de tarifs prévus par le droit cantonal, situation qui permet une certaine systématisation de la pratique en matière de frais. Cependant, une motivation est tout de même exigée lorsque le cadre général n'est pas respecté, que ce soit à la hausse ou à la baisse, ou lorsque des circonstances particulières l'imposent (arrêt 6B_1297/2016 du 6 décembre 2016 consid. 8).
4.2. L'<ref-law> exige que les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral contiennent les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées. Une décision doit ainsi clairement exposer sur quel état de fait le tribunal s'est fondé et quelles réflexions juridiques il en a tiré. En vertu de ce devoir de motivation, le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 246; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 84). Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (<ref-law>).
4.3. En l'occurrence, la cour cantonale a demandé une avance de frais de 1'500 fr., puis a fixé les frais judiciaires à 5'000 fr. en application des <ref-law> et 13 al. 1 RTFMP.
L'autorité précédente n'a certes pas outrepassé le cadre fixé par l'art. 13 al. 1 let. c RTFMP. Il n'est pas non plus exclu que les frais d'une procédure soient finalement plus élevés que ceux envisagés au moment de la demande d'avance de frais. Cela étant, lorsque les frais dépassent le triple du montant retenu à titre d'avance de frais - censée correspondre aux frais encourus (art. 13 al. 2 RTFMP) -, l'autorité ne peut plus se limiter à renvoyer aux dispositions légales applicables à titre de motivation. En l'absence de toute indication - même succincte -, le Tribunal fédéral ne dispose donc pas des éléments nécessaires pour vérifier - sous l'angle de l'arbitraire s'agissant du droit cantonal (cf. art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 108; <ref-ruling> consid. 2 p. 15) - si la décision attaquée est conforme au - large - pouvoir d'appréciation conféré à la cour cantonale en matière de frais.
Partant, l'arrêt attaqué doit être annulé sur la question des frais (consid. 9.1) et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue de manière conforme à ses obligations sur cette question (art. 112 al. 1 let. b et 3 LTF).
5.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le considérant 9.1 de l'arrêt attaqué, relatif à la fixation des frais judiciaires, est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle complète sa décision sur cette question au sens des considérants.
Au regard de la nature procédurale du vice constaté (cf. consid. 4 ci-dessus en lien avec l'art. 112 al. 1 let. b et 3 LTF) et dans la mesure où le Tribunal fédéral n'a pas traité la cause sur le fond, ne préjugeant ainsi pas de l'issue de la cause sur la question des frais, il peut être procédé au renvoi sans ordonner préalablement un échange d'écritures (arrêt 6B_706/2014 du 28 août 2015 consid. 1.4). Pour ce même motif et dès lors que l'intimée n'est pas concernée par cette problématique, la requête tendant à ne pas l'interpeller est sans objet.
La recourante, qui n'obtient gain de cause que sur un point très accessoire, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Pour cette raison également et au regard de l'absence d'échange d'écritures, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le considérant 9.1 de l'arrêt du 8 avril 2016 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève relatif à la fixation des frais judiciaires est annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle procède au sens des considérants. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 29 mai 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kropf