Sachverhalt:
A.
Das Regionalgericht Oberland (Einzelgericht) bestrafte am 24. Juni 2015 X._ wegen Drohung, Gewalt und Drohung gegen Beamte sowie Übertretung des BetmG (Konsum) mit Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 30.-- sowie Übertretungsbusse von Fr. 100.-- und ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme an.
B.
Im Berufungsverfahren beantragten X._ eine ambulante Massnahme und die Generalstaatsanwaltschaft eine Freiheitsstrafe von 9 Monaten mit Aufschub des Freiheitsentzugs zugunsten einer stationären Massnahme.
C.
Das Obergericht nahm Beweisergänzungen vor:
C.a. Am 18. Dezember 2015 meldete das Regionalgefängnis Burgdorf den Fund eines (ersten) Tagebuchs strafrechtlich relevanten Inhalts. Das Bundesgericht wies mit Urteil 1B_146/2016 vom 30. Mai 2016 die Beschwerde von X._ gegen die Aufhebung der Versiegelung und die Durchsuchung des Tagebuchs ab.
Mit Schreiben vom 15. Februar 2016 informierte die Abteilung für Straf- und Massnahmevollzug (ASMV), das Regionalgefängnis habe Strafanzeige wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte erhoben. In der Zelle sei ein (zweites) Tagebuch (Notizbuch) gefunden worden, in welchem Gewaltfantasien beschrieben würden. Das Zwangsmassnahmengericht wies das Entsiegelungsgesuch ab. Die Staatsanwaltschaft stellte das Verfahren ein.
Mit E-Mail vom 3. Juni 2016 teilte die ASMV mit, im Zimmer in der Klinik A._ sei ein (drittes) Tagebuch (Notizbuch) gefunden worden, welches u.a. eine "Todesliste" enthalte.
Am 9. Juni 2016 teilte das Regionalgefängnis mit, anlässlich der Rückverlegung sei ein Tagebuch (Buch) mit Tötungsfantasien gefunden worden. Wie sich herausstellte, handelte es sich um das (dritte) Tagebuch, wovon bereits in der Klinik Auszüge erstellt worden waren.
C.b. Im Rahmen des Haftentlassungsverfahrens (bundesgerichtliches Urteil 1B_444/2015 vom 13. Januar 2016) hatte die Verteidigung einen Verlaufsbericht des Forensisch-Pschiatrischen Dienstes (FPD) vom 22. Oktober 2015 sowie eine E-Mail des Instituts für Rechtsmedizin (IRM) vom 30. Oktober 2015 zur Möglichkeit einer Krisenintervention im Psychiatriezentrum Münsingen (PZM) eingereicht.
Von Amtes wegen wurden ein Führungsbericht des Regionalgefängnisses Thun vom 6. November 2015, ein Bericht des ASMV vom 10. November 2015 zu den bisherigen Bemühungen um eine effektive Platzierung und ein Bericht des FPD vom 9. November 2015 zu kurzfristigen Alternativen im Falle einer Haftentlassung eingeholt.
C.c. Am 10. Februar 2016 wies das Obergericht einen Antrag auf ein Ergänzungsgutachten und Befragung ab und holte stattdessen beim FPD einen Therapieverlaufsbericht vom 14. März 2016 ein. Dieser wurde samt den restlichen seit dem erstinstanzlichen Urteil hinzugekommenen Akten der Gutachterin Dr. med. B._ unterbreitet verbunden mit der Frage, ob sich seither Änderungen in den Schlussfolgerungen ihres Gutachtens vom 17. Februar 2015 ergäben, und es wurden ihr die Fragen von X._ unterbreitet. Sie erstellte einen ergänzenden Bericht vom 25. Mai 2016.
C.d. Im Vorfeld der Berufungsverhandlung wurden von Amtes wegen ein aktueller Zwischenbericht der Psychiatrischen Dienste Aargau über den bisherigen Massnahmeverlauf vom 3. Juni 2016 sowie ein Bericht der ASMV zum Stand der Platzierungsbemühungen vom 2. März 2016 eingeholt. Unaufgefordert gelangten weitere Dokumente seitens der Parteien und der ASMV zu den Akten, vorwiegend zum Vollzugsverlauf bzw. Vollzugsort, darunter eine Meldung über einen Vorfall in der Klinik A._ vom 1. Juni 2016 mit Zwangsmassnahmen, sowie Schreiben von X._ und seinem Vater. Ferner wurden ein Strafregisterauszug und ein aktueller Führungsbericht eingeholt.
C.e. Anlässlich der Berufungsverhandlung reichte X._ ein psychiatrisches Gutachten von med. pract. C._ vom 24. November 2015 ein. Die ASMV informierte (mit E-Mail vom 17. Juni 2016) über den Stand der Platzierungsbemühungen. X._ wurde an der Verhandlung befragt.
D.
Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 17. Juni 2016 gestützt auf die rechtskräftigen erstinstanzlichen Schuldsprüche (inkl. Übertretungsbusse) zu einer Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und ordnete eine stationäre Therapie nach <ref-law> an. Es rechnete die Untersuchungshaft von 260 Tagen mit vorzeitigem Massnahmevollzug ab 21. April 2015 im Umfang von 150 Tagessätzen auf die Geldstrafe und im Weiteren auf die Massnahme an.
E.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und anstelle der stationären eine ambulante Massnahme im Sinne von <ref-law> anzuordnen sowie die unentgeltliche Rechtspflege (und Verbeiständung) zu bewilligen.

Erwägungen:
1.
Die Vorinstanz würdigt zunächst die Anlasstaten unter dem Gesichtspunkt der Strafzumessung.
1.1. Der Beschwerdeführer hatte am 4. August 2014 eine Apothekerin verbal und dann mit einem Messer massiv bedrängt und bedroht. Er war ausser sich vor Wut und konnte sich kaum noch beherrschen. Dabei legte er eine erhebliche Gefährlichkeit an den Tag. Es ging um eine Eskalation im Rahmen der Methadon-Reduktion (Urteil S. 14 f.).
1.2. Nach dem Vorfall wurde er am Domizil festgenommen und auf den Polizeiposten verbracht. Dort drohte er den vier Polizisten mit Fäusten, schubste sie, verweigerte Atemalkohol- und Drogenschnelltests und äusserte, er habe keine Angst und nehme bei nächster Gelegenheit einem Polizisten die Pistole ab und erschiesse ihn. An der anschliessenden Vorführung bei der Notfall-Psychiaterin rastete er aus. Nach der Vorinstanz ging das Verhalten auf dem Polizeiposten und im Spital nicht weit über das Mass an Renitenz hinaus, wie es regelmässig zu beobachten sei. Bei seiner eingeschränkten Impulskontrolle und psychotischen Symptomatik sei nicht von vornherein auszuschliessen, dass er eine solche Drohung umsetze (Urteil S. 16 f.).
1.3. Weil der Beschwerdeführer im Tatzeitpunkt zwar einsichtsfähig war, aufgrund der schwer eingeschränkten Steuerungsfähigkeit aber eine verminderte Schuldfähigkeit vorlag, reduziert die Vorinstanz die Strafe im Rahmen der Tatkomponenten um etwa die Hälfte, d.h. für den ersten Vorfall auf 140 und den zweiten auf 10 Strafeinheiten, insgesamt auf 150, wobei sich die Täterkomponenten in der Folge insgesamt neutral auswirkten (Urteil S. 20, 21 und 22).
2.
2.1. Eine Massnahme ist anzuordnen, wenn eine Strafe allein nicht geeignet ist, der Gefahr weiterer Straftaten des Täters zu begegnen, ein Behandlungsbedürfnis des Täters besteht oder die öffentliche Sicherheit dies erfordert und die Voraussetzungen der Art. 59-61, 63 oder 64 erfüllt sind (<ref-law>). Die Anordnung setzt voraus, dass der damit verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Täters im Hinblick auf die Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten nicht unverhältnismässig ist (<ref-law>). Das Gericht stützt sich bei seinem Entscheid auf eine sachverständige Begutachtung (<ref-law>). Auch wenn das gerichtlich eingeholte Gutachten der freien Beweiswürdigung unterliegt, darf das Gericht in Fachfragen nicht ohne triftige Gründe von ihm abrücken und muss Abweichungen begründen (<ref-ruling> E. 6.1).
Ist der Täter psychisch schwer gestört, so kann das Gericht gemäss <ref-law> eine stationäre Behandlung anordnen, wenn der Täter ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung im Zusammenhang steht, und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung im Zusammenhang stehenden Taten begegnen.
2.2. Der Beschwerdeführer rügt, die Massnahme sei unverhältnismässig (<ref-law> und Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Dass bis auf die Frage der Verhältnismässigkeit die Voraussetzungen von <ref-law> grundsätzlich erfüllt sind, bestreitet er ausdrücklich nicht. Er leide erwiesenermassen an einer schweren psychischen Störung, die Anlasstaten stünden damit in Zusammenhang, durch eine erfolgreiche Behandlung lasse sich der Gefahr weiterer Straftaten begegnen (auch wenn er inzwischen nicht mehr motiviert sei) und beide Gutachten kämen zum Schluss, dass eine Massnahme nach <ref-law> angezeigt sei (Beschwerde S. 7 f.).
2.3. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den aktenkundigen Tatsachen auseinander und schliesst, dass keiner der Forensiker bzw. Gutachter eine erhebliche (nahe, ernsthafte) Gefahr für schwerwiegende Gewaltdelinquenz attestiere (Beschwerde S. 12). Die Aussagen der Gutachterin zu möglichen schwerwiegenden Gewaltdelikten seien rein hypothetischer Natur (Beschwerde S. 10). Soweit er sich auf das von ihm so bezeichnete "Zweitgutachten" (oben E. C.e) beruft, handelt es sich um ein Privatgutachten, das forensisch nicht den gleichen Stellenwert wie ein Gerichtsgutachten aufweist (<ref-ruling> E. 6.2). Weiter erläutert er seine kriminelle "History", relativiert die Anlasstat der Drohung mit dem Messer (oben E. 1.1), hält fest, dass in den Tagebucheinträgen bzw. Notizen "tatsächlich nicht alles angenehm zu lesen ist", und kommt zum Ergebnis, dass alle diese zusätzlichen Aspekte keine erhebliche (nahe, ernsthafte) Gefahr für schwerwiegende Gewaltdelinquenz zu untermauern vermöchten (Beschwerde S. 16).
Er stützt sich dazu auf Urteil 6B_798/2014 vom 20. Mai 2015 E. 3.3 (nicht publ. in: <ref-ruling>), wonach in casu vergleichbar mit dem dortigen Strafmass von 180 Tagessätzen eine geringfügige Delinquenz vorliege und entsprechend die Massnahme unverhältnismässig sei. Er übergeht, dass die Vorinstanz das an sich angemessene Strafmass für die Tatkomponenten "um etwa die Hälfte" reduzierte (oben E. 1.3) und das bundesgerichtliche Urteil die erhöhten Anforderungen der nachträglichen Anordnung einer stationären Massnahme (<ref-law>) betraf. Das ist hier ersichtlich nicht der Fall.
2.4. Der Beschwerdeführer müsste anhand der angefochtenen Subsumtion eine bundesrechtswidrige Beurteilung darlegen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 97 Abs. 1 und 106 Abs. 2 BGG; vgl. zur Würdigung des Gutachtens oben E. 2.1 und zur Beweiswürdigung <ref-ruling> E. 375; <ref-ruling> E. 2.3). Das Bundesgericht hebt selbst ein "offensichtlich unrichtiges" (i.e. willkürliches) Urteil nur auf, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 309).
2.4.1. Zum Beschwerdegegenstand bildenden Vorwurf der Verkennung des Verhältnismässigkeitsprinzips im Sinne von <ref-law> wird im konkreten Zusammenhang vorgetragen, zwar möge es sich bei der Anlasstat um eine nicht unerhebliche Drohung mit einem Messer gehandelt haben. Trotzdem gehe es nicht an, ihm eine "in seinem Gesundheitszustand gründende Gefährlichkeit" zu unterstellen, welche unter Heranziehen der Tagebücher die präzisen und übereinstimmenden Einschätzungen der Gutachter zur Gefährlichkeit und zum Rückfallrisiko in Frage stellen solle. Die Mutmassungen über eine mögliche Eskalation, mögliche Opferverletzungen sowie ein mögliches Worst-Case-Szenario seien rein hypothetischer Natur (Beschwerde S. 18).
Bezüglich Gefährlichkeitsprognose und Rückfallgefahr kämen die Gutachter zum Schluss, dass das Risiko für erneute Gewalthandlungen sowie für andere Straftaten im Spektrum der bisher gezeigten Delinquenz unbehandelt als hoch zu beurteilen sei (Gerichtsgutachten) bzw. ein erhöhtes Risiko für allgemeines, gewalttätiges Fehlverhalten bestehe und er bezüglich allgemeiner Gewalt in eine Gruppe mit einem mittleren Rückfall- (Gewalt-) Risiko einzuteilen sei (Privatgutachten). "Diese Gefährlichkeitsprognosen vermögen dem Verhältnismässigkeitsprinzip, bezogen auf die Anlasstaten, nicht standzuhalten". Therapiemöglichkeiten seien durchaus auch im engmaschigen ambulanten Rahmen gegeben, zumal primär die zuverlässige Behandlung der paranoiden Schizophrenie notwendig sei. Krankheitseinsicht und Einsicht in die Notwendigkeit einer antipsychotischen Medikation seien bei ihm nämlich durchaus gegeben (Beschwerde S. 19).
2.4.2. Bereits diese Ausführungen des Beschwerdeführers sprechen entgegen seiner Intention für die vorinstanzliche Entscheidung. Die nicht zu bestreitende Gefährlichkeit der Drohung mit dem Messer gegenüber einer "neutralen" Drittperson, nämlich in einer objektiv emotional nicht aufgeladenen Situation, steht im unmittelbaren Zusammenhang seiner schweren psychischen Störung und kann zweifelsfrei zu Worst-Case-Szenarien führen. Die blosse Befolgung der ärztlichen Dispensation (Methadon-Reduktion) durch die Apothekerin löste beim Beschwerdeführer einen psychotischen Schub mit schwer eingeschränkter Steuerungsfähigkeit aus (oben E. 1.3). Eine "zuverlässige Behandlung" (oben E. 2.4.1) erscheint unter diesen Umständen ausserhalb eines stationären Settings als höchst zweifelhaft. Wie er selber einräumt, mag aus psychiatrischer Sicht eine bloss ambulante Massnahme "zwar nicht den Plan A darstellen" und leuchtet ein, dass bei einer stationären Therapie ein hochwertiges und langfristiges Setting möglich wäre (Beschwerde S. 19).
2.4.3. Strafrechtlich ist in dieser Konstellation die Legalprognose ausschlaggebend. Das Gutachten diagnostizierte eine Suchtabhängigkeit infolge langjährigen multiplen Stoffmissbrauchs (Heroin, Kokain, Cannabis, Alkohol, Benzodiazepin) sowie eine dissoziale Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.2) und paranoide Schizophrenie (ICD-10 F20.0). Der Beschwerdeführer stand im Tatzeitpunkt unter der Wirkung von Cannabis, Benzodiazepinen, Ersatzdrogen und chronischer paranoider Schizophrenie. Er leidet an chronisch psychotischen Symptomen, die schon mehrfach zu psychotischen Dekompositionen geführt hatten. Das Parteigutachten spricht von akzentuierter Persönlichkeit, nicht von einer dissozialen Persönlichkeitsstörung, und bestätigt eine klar und eindeutig belegte paranoide Psychose (ICD-10 F20.0).
Nach der Gutachterin sind die schwerwiegende chronische Suchterkrankung und die chronische Erkrankung aus dem schizophrenen Formenkreis die aktuell wichtigsten Risikofaktoren. Das Risiko für Gewalthandlungen schätzt sie als "hoch" ein. Im ergänzenden Bericht (oben Bst. C.c) hält sie eine ambulante Behandlung weiterhin als unzureichend (Urteil S. 28 f., 29). Nach dem Privatgutachten zeichnet sich insgesamt ein "erhöhtes Risiko für allgemein (gewalttätiges) Fehlverhalten" ab. Der Beschwerdeführer bringe nur wenige Schutzfaktoren mit. Nach der Risikoevaluation der Klinik A._ vom 3. Juni 2016 besteht aufgrund der fehlenden Skills im Umgang mit Emotionen und Konflikten ein "hohes Risiko", dass er in Zukunft wieder straffällig wird (Urteil S. 31). Die Vorinstanz weist auf verschiedene, in den Verlaufsberichten geschilderte Vorkommnisse hin und dabei auf einen Vorfall vom 1. Juni 2016 (oben Bst. C.d) : Als der Beschwerdeführer infolge eines bei einer tätlichen Auseinandersetzung erlittenen Kieferbruchs in der Klinik erneut Flüssigkeit statt normales Essen erhielt, drohte er dem Pflegepersonal massiv, schlug in die Bürotür und gegen die Wand. Die Polizei wurde beigezogen, und im weiteren Verlauf musste er von fünf Polizisten fixiert werden (Urteil S. 33).
2.4.4. Die Vorinstanz räumt der Verteidigung ein, dass bisher noch nie etwas wirklich Gravierendes im Sinne schwerer Opferschäden passiert sei (Urteil S. 33). Dazu ist immerhin anzumerken, das die Bedrohung mit einem Messer ohne weiteres schwere Traumatisierungen bewirken kann. Solche psychischen Folgen zählen zu den "schweren Opferschäden" (der Täter kann nicht mit einem besonders robusten Opfer rechnen). Bereits durch das Nichteingehen auf seine Wünsche sah sich der Beschwerdeführer veranlasst, mit dem Messer auf die Apothekerin loszugehen. Er verfügt über keine Coping-Strategien. Es verbindet ihn nichts mit anderen Menschen. Deren Gefühle lassen ihn kalt. Gewalt sei etwas Schönes, Erlösendes, eine schnelle und direkte Sprache. Er leidet seit Kindheit an akustischen Halluzinationen mit eindrücklichen "Tötungsstimmen in seinem Kopfe". Er fürchtet nicht so sehr diese "Aufträge" als die Konsequenzen ihrer Umsetzung, da er nicht ein Leben lang im Gefängnis oder in der Therapien bleiben wolle (Urteil S. 33 und 34 f.). Auf die weiteren vorinstanzlichen Erwägungen ist zu verweisen (Urteil S. 28-38 [Rückfallgefahr], S. 38-47 [Eignung und Notwendigkeit der Massnahme], S. 47 f. [Verhältnismässigkeit]).
2.5. Die Einschränkung von Grundrechten durch die Anordnung einer stationären Massnahme muss verhältnismässig sein (<ref-law>). Das bedeutet, dass sie für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Zieles geeignet und erforderlich sein und sich für die betroffene Person in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar erweisen muss. Es muss eine vernünftige Zweck-Mittel-Relation vorliegen. Die Massnahme ist unverhältnismässig, wenn das angestrebte Ziel mit einem weniger schweren Grundrechtseingriff erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 9.2.2).
Gemäss <ref-law> entscheidet nicht das Strafmass, sondern dass die Tat mit der psychischen Störung im Zusammenhang steht (und sich der Gefahr weiterer Straftaten mit der Behandlung begegnen lässt). Es darf dem Täter in der Regel keine grössere Gefährlichkeit attestiert werden, als sich in der Anlasstat äussert (Urteil 6B_596/2011 vom 19. Januar 2012 E. 3.2.5). Jedoch sind bei Gefährdung hochwertiger Rechtsgüter wie Leib und Leben einerseits weniger hohe Anforderungen an Nähe und Ausmass der Gefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 2a S. 5 und E. 2c/cc [betreffend altrechtliche Verwahrung]; konstante Rechtspechung) und muss andererseits den zu befürchtenden Gefahren bei der Interessenabwägung grösseres Gewicht zukommen als der Schwere des mit einer Massnahme verbundenen Eingriffs (Urteil 6B_596/2011 vom 19. Januar 2012 E. 3.2.3). Untergeordnete Sachverhalte werden nach den Kriterien von Art. 59 Abs. 1 i.V. mit <ref-law> ohne weiteres aus dem Anwendungsbereich von <ref-law> ausgeschlossen. Insbesonders genügt nicht jede psychische Anomalie oder "mässig" ausgeprägte psychische Störung (Urteil 6B_290/2016 vom 15. August 2016 E. 2.3.3 und E. 2.4.4). Dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit kommt daher ähnlich dem Schuldprinzip eine Begrenzungsfunktion zu (Urteil 6B_1001/2015 vom 29. Dezember 2015 E. 4.2).
Der Beschwerdeführer leidet an chronisch multiplem Substanzmissbrauch sowie chronischen Erkrankungen aus dem schizophrenen Formenkreis, weist eine Affinität zu Waffen auf und entbehrt gleichzeitig weitgehend jeglicher Coping-Möglichkeiten. Er lebt unter der Einwirkung von psychiatrisch als akustische Halluzinationen bezeichneten "Tötungsstimmen im Kopfe", die ihn mit "Aufträgen" zu Tortur und Tötung von Menschen drängen. Der bereits durch eine neutrale Situation ausgelöste psychotische Schub mit Messereinsatz offenbart eine hohe, durchaus aleatorische, Gefährlichkeit für Leib und Leben. Angesichts dieser Befundtatsachen lässt sich nicht ernsthaft die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme als bundesrechtswidrig und eine ambulante Massnahme als "zuverlässige Behandlung" (oben E. 2.4.1), der auch nach dem Privatgutachten klar belegten, schweren kriminogenen paranoiden Psychose, behaupten.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen und das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gutzuheissen. Entsprechend sind keine Kosten zu erheben und ist der nach Einstellung der IV-Rente (<ref-ruling>; Urteil 9C_523/2016 vom 29. November 2016) mittellose Beschwerdeführer aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>). Die Parteientschädigung ist praxisgemäss der Rechtsvertreterin auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Die Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Simone Gasser, wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 3'000.-- entschädigt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw