Faits :
A.
Le 22 mai 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Côte a libéré X._ de la prévention d'instigation à lésions corporelles simples.
B.
Par déclaration d'appel du 30 juin 2015, Y_, partie plaignante, a contesté cet acquittement. La Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a, par jugement du 8 octobre 2015, modifié la décision de première instance en ce sens qu'elle a reconnu X._ coupable d'instigation à lésions corporelles simples, l'a condamné à une peine de nonante jours-amende, à 30 fr. le jour avec sursis pendant deux ans, et a prononcé une amende de 300 fr. convertible en quatre jours de peine privative de liberté de substitution.
La Cour d'appel a retenu les faits suivants:
Le 15 juin 2013, entre 4h et 4h 30, à U._, X._, accompagné de deux de ses amis, A._ et B._, ont rencontré Y._ et trois de ses amies, C._, D._ et E._. Très rapidement, a éclaté une dispute au cours de laquelle A._ a insulté Y._. Dans un premier temps, X._ a tenté de calmer A._ avant de lui donner l'ordre de frapper Y._ en lui disant « ok vas-y » et en accompagnant sa parole d'un signe de la tête et d'un bras levé en direction de Y._. A._ a obéi à l'ordre donné et a couru vers Y._ pour le frapper au visage et lui asséner des coups de pied au niveau du genou gauche. Au service des urgences de l'hôpital xxx, le médecin a constaté un hématome et une tuméfaction du genou gauche réduisant la mobilité du pied et empêchant sa mise en charge.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement cantonal dont il demande, principalement, l'annulation. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à son acquittement et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Il requiert également le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.

Considérant en droit :
1.
Dans un premier grief, le recourant allègue que la juridiction cantonale a procédé à une appréciation des preuves qui viole l'interdiction de l'arbitraire et le principe « in dubio pro reo ».
1.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appelatoire (<ref-ruling>).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst et 10 CPP, ainsi que son corollaire le principe « in dubio pro reo » concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe « in dubio pro reo », celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
1.2. L'autorité précédente, après avoir constaté que les déclarations des différents protagonistes étaient divergentes, a considéré que la version donnée par l'intimé dans sa plainte et selon laquelle un des protagonistes a demandé à son ami de le frapper, était corroborée par les auditions comme témoins de C._ et de D._, qui, toutes deux, ont compris que le recourant avait dit à son ami A._ de frapper l'intimé. Elle a aussi fondé sa conviction sur la lettre du 10 mai 2014 de E._, qui maîtrise suffisamment le portugais pour comprendre une discussion et dont il ressort que le recourant a levé le bras en direction de l'intimé et a dit à son ami « vas-y frappe-le » après quoi celui-ci s'est précipité sur l'intimé pour lui mettre des coups de poing et de pied. Il faut relever que le contenu de cette lettre n'a pas été contesté par le recourant. S'agissant des déclarations de A._, l'autorité cantonale a relevé qu'elles ont varié. Il a d'abord déclaré que le recourant lui avait dit de donner une gifle à l'intimé (déclaration à la police). Ultérieurement, il a précisé que le recourant lui avait dit de donner une gifle, mais pas de frapper et qu'il n'avait pas agi sur ordre (déclaration à l'audience de première instance). De cet ensemble de faits, la juridiction cantonale a retenu que, malgré les dénégations du recourant et les déclarations de B._ qui minimisait les faits, l'auteur des lésions corporelles simples avait bien agi sur l'ordre du recourant pour frapper l'intimé.
1.3. Le recourant allègue que l'autorité précédente a substitué son appréciation à celle du premier juge, sur la base d'un état de fait incomplet et un examen erroné du premier jugement et que, de ce fait, elle était tombée dans l'arbitraire.
1.4. Le recourant ne précise pas en quoi l'état de fait retenu par l'autorité précédente serait incomplet. De plus, il prétend que cette autorité, en l'absence de mesures d'instruction complémentaires, était liée par les constatations et l'état de fait décrit par l'autorité de première instance et qu'elle ne pouvait pas refaire une interprétation des faits. Cette allégation, basée sur l'arrêt 6B_942/2013 du Tribunal fédéral du 27 mars 2014, est sans fondement dans la mesure où l'arrêt en question a été rendu en application de l'art. 398 al. 4 CPP non applicable en l'espèce vu qu'il concerne uniquement les contraventions. Pour le surplus, le recourant propose son interprétation des faits en lieu et place de celle de l'autorité précédente. Ce faisant, il fait valoir des griefs de nature appellatoire et ne démontre pas en quoi l'autorité cantonale aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves. Ce grief est donc irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
2.
2.1. L'instigation est le fait de décider intentionnellement autrui à commettre une infraction intentionnelle. Si l'infraction a été commise, l'instigateur encourt la peine applicable à l'auteur de cette infraction (art. 24 al.1 CP).
L'instigation suppose un rapport de causalité entre l'acte d'incitation de l'instigateur et la décision de l'instigué de commettre l'acte. L'instigateur doit exercer une influence psychique directe sur la formation de la volonté d'autrui. Il n'est pas nécessaire qu'il ait dû vaincre la résistance de l'instigué. La volonté d'agir peut être déterminée même chez celui qui est disposé à agir ou chez celui qui s'offre à accomplir un acte réprimé par le droit pénal et cela aussi longtemps que l'auteur de l'acte ne s'était pas encore décidé à passer à l'action concrètement. L'instigation n'est en revanche plus possible si l'auteur de l'acte était déjà décidé à le commettre (<ref-ruling> consid. 2a p. 14 s.; <ref-ruling> consid. 2b/aa p. 127 s. et la jurisprudence citée; cf. également <ref-ruling> consid. 2c p. 37 s. et les références citées). Par ailleurs, celui qui se borne à créer une situation dans laquelle une autre personne pourrait éventuellement se décider à commettre une infraction n'est pas un instigateur. L'instigation implique bien plutôt une influence psychique ou intellectuelle directe sur la formation de la volonté d'autrui (<ref-ruling> consid. 2a p. 15).
Pour qu'une instigation puisse être retenue, il faut qu'elle soit intentionnelle. L'intention doit se rapporter, d'une part, à la provocation de la décision de passer à l'acte et, d'autre part, à l'exécution de l'acte par l'instigué (ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 130). Le dol éventuel suffit. Il faut que l'instigateur ait su et voulu ou, à tout le moins, envisagé et accepté que son intervention était de nature à décider l'instigué à commettre l'infraction (<ref-ruling> consid. 2a p. 15).
2.2. Le recourant conteste qu'il soit possible de retenir une instigation à son encontre en l'absence d'un lien de dépendance matérielle et psychique entre lui-même et A._. De plus, pour lui, l'instigation ne serait intervenue qu'à la fin de l'altercation, après que A._ avait déjà eu une dispute violente avec l'intimé. Enfin, le recourant estime que la juridiction cantonale ne pouvait pas retenir qu'il avait un ascendant sur A._.
2.3. En l'espèce, il ressort des faits retenus par la juridiction cantonale et sur lesquels il y a lieu de se fonder (art. 105 al. 1 LTF), que, si le recourant a d'abord eu un rôle modérateur sur A._, il a, par la suite, dit à ce dernier de frapper l'intimé. Les termes utilisés ne sont peut-être pas décrits très précisément par les protagonistes en raison du fait qu'ils ont été prononcés en portugais, mais ils n'ont laissé aucun doute sur ce qui devait être compris par A._. En effet, dès que ces paroles ont été prononcées, celui-ci est parti en direction de l'intimé et l'a roué de coups. Cela démontre clairement que A._, qui avait montré qu'il était disposé à s'en prendre à l'intimé, n'attendait que l'ordre du recourant pour passer à l'acte. Contrairement à ce que prétend le recourant, l'instigation n'est pas intervenue à la fin de l'altercation entre l'intimé et A._, mais bien immédiatement avant que celui-ci ne passe de l'altercation verbale aux coups. Par ailleurs, l'existence d'une dépendance ou d'un ascendant entre l'instigué et l'instigateur n'est pas nécessaire pour admettre l'existence d'une instigation.
En conséquence, à l'instar de l'autorité précédente, il y a lieu de retenir un rapport de causalité entre les paroles adressées par le recourant à A._ et les lésions infligées par celui-ci à l'intimé. Partant, l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en reconnaissant le recourant coupable d'instigation à lésions corporelles simples.
3.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
L'assistance judiciaire demandée par le recourant doit lui être refusée, le recours étant dépourvu de chances de succès (art. 64 al. 1 LTF a contrario). Il supportera les frais de justice dont la quotité tiendra compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 13 avril 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod