Faits :
A.
Par jugement du 21 octobre 2015, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a acquitté X._ des chefs d'accusation de dénonciation calomnieuse, séquestration et faux témoignage et admis partiellement sa demande en indemnisation en ce sens que la Confédération doit lui verser les montants de 133'065 fr. 75, TVA comprise, avec intérêts à 5% l'an dès le 20 juillet 2011, au titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure, 12'736 fr. 20, avec intérêts à 5% l'an dès le 20 juillet 2011, au titre d'indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale, et 1'500 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 20 avril 2007, à titre d'indemnité pour tort moral.
B.
Contre ce jugement, X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que la Confédération lui versera 348'741 fr. 35, TVA comprise, avec intérêts à 5% l'an dès le 20 juillet 2011, au titre d'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure, 16'687 fr. 80, avec intérêts à 5% l'an dès le 20 juillet 2011, au titre d'indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale, et 10'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 20 avril 2007, à titre d'indemnité pour tort moral. Subsidiairement, il requiert l'annulation du jugement du 21 octobre 2015 en ce qui concerne son indemnisation et le renvoi de la cause à l'instance inférieure pour nouvelle décision sur ce point.
C.
Invités à se déterminer, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral et le Ministère public de la Confédération ont conclu au rejet du recours. Le recourant a présenté des observations.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ouvert contre la décision fixant l'indemnisation prévue à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 208).
2.
2.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 352). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
2.2. Le recourant débute son mémoire de recours par un « rappel de la procédure ». Dans la mesure où il s'écarte des faits retenus par la cour fédérale sans démontrer que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire, son exposé est appellatoire, partant irrecevable.
3.
Selon l'<ref-law>, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (let. a), à une indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale (let. b) et à une réparation du tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté (let. c). L'autorité pénale examine d'office les prétentions du prévenu. Elle peut lui enjoindre de les chiffrer et de les justifier (<ref-law>).
L'<ref-law> fonde un droit à des dommages et intérêts et à une réparation du tort moral résultant d'une responsabilité causale de l'Etat. La responsabilité est encourue même si aucune faute n'est imputable aux autorités. L'Etat doit réparer la totalité du dommage qui présente un lien de causalité avec la procédure pénale, au sens du droit de la responsabilité civile (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 239). Le lien de causalité s'apprécie selon les principes de la causalité naturelle et adéquate et selon le degré de la haute vraisemblance ( arrêt 6B_928/2014 du 10 mars 2016 consid. 2, non publié in <ref-ruling> et la référence citée).
Il incombe à l'autorité pénale d'interpeller d'office le prévenu sur la question de l'indemnité (art. 429 al. 2 1 ère phrase CPP). Ignorant les opérations effectuées par l'avocat, elle sera souvent dans l'impossibilité de fixer le montant de l'indemnité. Elle devra donc enjoindre le prévenu à chiffrer et à justifier ses prétentions (art. 429 al. 2 2 ème phrase CPP; arrêt 1B_475/2011 du 11 janvier 2012 consid. 2.2 et 2.3). Le prévenu a ainsi un devoir de collaboration (arrêt 6B_928/2014 précité consid. 2, non publié in <ref-ruling> et la référence citée).
4.
Le recourant discute le montant de l'indemnité qui lui a été allouée pour les dépenses occasionnées par l'exercice de ses droits de procédure (cf. <ref-law>).
4.1. Savoir si le recours à un avocat procède d'un exercice raisonnable des droits de procédure et si, par conséquent, une indemnité pour les frais de défense selon l'<ref-law> peut être allouée au prévenu, est une question de droit fédéral que le Tribunal fédéral revoit librement. Il s'impose toutefois une certaine retenue lors de l'examen de l'évaluation faite par l'autorité précédente, particulièrement de la détermination, dans le cas concret, des dépenses qui apparaissent raisonnables (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 169).
4.2. En substance, la cour fédérale a retenu, s'agissant du détail des honoraires daté du 30 septembre 2015 de Me A._ pour l'ensemble de ses activités couvrant la période du 5 janvier 2010 au jour du jugement, qu'un certain nombre d'activités ne s'inscrivait pas dans l'exercice raisonnable des droits de procédure au sens de l'<ref-law>. Notamment, les activités déployées lors de la procédure de recours et de la demande de récusation déposées par devant la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral ne pouvaient pas être considérées dans le cadre du jugement. Celles-ci étaient donc portées en déduction de la note d'honoraires. Par ailleurs, le tarif horaire de l'avocat devait être réduit à 230 fr. par heure de travail et 200 fr. par heure de déplacement et à 100 fr. par heure pour l'avocate stagiaire. Ainsi, Me A._ et son avocate stagiaire avaient consacré respectivement 319 heures et 7 minutes et 24 heures et 43 minutes à travailler et le temps de déplacement du prénommé s'élevait à 31 heures et 5 minutes. Les frais d'hébergement n'étant pas détaillés et justifiés de manière idoine, la cour fédérale a retenu que trois nuits avaient été nécessaires pour la durée des débats au tarif de 150 fr. par nuit, correspondant au tarif en vigueur à Bellinzone, conformément au règlement du 31 août 2010 du Tribunal pénal fédéral sur les frais, émoluments, dépens et indemnités de la procédure pénale fédérale (RFPPF; RS 173.713.162). Par ailleurs, la présence de Me A._ pendant toute la durée des débats qui se sont tenus du 28 au 30 septembre 2015 avait été constatée. Un montant de 82'103 fr. 81 comprenant la TVA ainsi que 1'993 fr. 30 de frais et de débours selon la liste produite par l'avocat a ainsi été alloué. S'agissant des factures du premier conseil du recourant, Me B._, portant sur une période allant du 25 avril 2007 au 1 er décembre 2009, l'autorité précédente a constaté que le décompte produit n'indiquait ni le détail précis des opérations, ni le taux horaire de l'avocat, ni le temps consacré à chacune des activités. Malgré ce document incomplet, il apparaissait à première vue que de nombreuses activités n'entraient pas dans le cadre de l'exercice raisonnable des droits de défense (p. ex: mercredi 25 mars 2009: avant-première du film Dirty Money, mercredi 13 mai 2009: entretien avec le professeur C._; jeudi 10 septembre 2009: rédaction d'une plainte à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, etc.). Enfin, un très grand nombre, voire la majorité des activités listées avaient été entreprises par l'avocate stagiaire de l'époque (qui n'exerçait pas encore comme avocate inscrite au barreau). Les frais ainsi produits ne lui permettaient pas de statuer sur les montants qui semblaient d'ailleurs disproportionnés. Au vu de l'opacité des pièces transmises et notamment de la note transmise par le précédent conseil du recourant, la cour fédérale a estimé qu'il était équitable de retenir que les activités déployées par les deux avocats l'avaient été dans une mesure similaire. Dès lors que pour les soixante-neuf mois (sans les débats) couverts par les activités de Me A._, c'était un montant de 82'103 fr. 81 qui représentait les honoraires relatifs à l'exercice raisonnable de la défense du recourant, l'autorité précédente a retenu que c'était une somme de 36'887 fr. 22 qui devait correspondre aux trente et un mois couverts par les actes de Me B._ pour une activité similaire. C'était donc un total de 133'065 fr. 75 (TVA de 7,6% et de 8% dès le 1 er janvier 2011 comprises) qui pouvait être admis à titre d'indemnité pour les frais de défense du recourant.
4.3. Le recourant soutient, en premier lieu, que la cour fédérale aurait violé son droit d'être entendu en ce sens qu'elle n'aurait pas mentionné toutes les opérations qu'elle a retranchées, de sorte qu'il serait impossible pour lui de contrôler la décision attaquée sur ce point.
4.3.1. Lorsque le juge est amené à fixer l'indemnité pour frais de défense selon l'<ref-law> alors qu'une liste des opérations de l'avocat a été déposée, la garantie du droit d'être entendu implique qu'il doit, s'il entend s'en écarter, au moins brièvement indiquer les raisons pour lesquelles il tient certaines prétentions pour injustifiées, afin que son destinataire puisse attaquer la décision en connaissance de cause (arrêt 6B_875/2013 du 7 avril 2014 consid. 5).
4.3.2. En l'espèce, force est de constater que la motivation de la cour fédérale ne permet pas de déterminer précisément, s'agissant de la note d'honoraires du 30 septembre 2015, quelles prestations - hormis le temps déployé dans le cadre de la procédure de recours et de la demande de récusation - l'autorité précédente a considéré comme des prestations n'entrant pas dans le cadre de l'exercice raisonnable des droits de défense. Il en va de même des notes d'honoraires du premier conseil du recourant. La cour fédérale n'indique pas, de manière exhaustive, les démarches qu'elle considère comme étant superflues ni le temps qu'elle estime comme utilement consacré à l'exécution du mandat. Elle s'est contentée - pour fixer la rémunération de ce dernier - de faire une proportion entre la durée de son activité pour le compte du recourant et le montant arrêté pour le travail effectué par le second conseil, considérant que les activités déployées par les deux avocats l'avaient été dans une mesure similaire. Or, le fait que les notes de frais de Me B._ n'indiquent pas en détail le temps consacré à chaque opération, mais uniquement une liste par jour des actes effectués, n'empêchait pas la cour fédérale de procéder à une appréciation du temps qu'elle estimait employé à chaque opération et d'indiquer celui voué à des démarches superflues. Si elle considérait n'être pas assez renseignée sur ces éléments, il ne suffisait pas d'enjoindre le recourant à fournir les pièces justificatives relatives à ses prétentions sur la base de l'<ref-law>; il s'agissait de requérir qu'il précise ses prétentions, en particulier qu'il fournisse une note d'honoraires plus détaillée sur la durée consacrée à chaque opération. Il en va de même s'agissant de la séparation des heures effectuées par l'associé et celles effectuées par la stagiaire. La motivation de l'autorité précédente ne permet ainsi pas de vérifier la bonne application du droit fédéral.
4.4. En second lieu, le recourant conteste, en rapport avec la note d'honoraire du 30 septembre 2015, la fixation du tarif horaire à 230 fr. pour l'associé et à 100 fr. pour la stagiaire. Il se réfère au tarif horaire du barreau vaudois, base sur laquelle la note de frais de son défenseur a été établie. Dès lors, il requiert que le tarif horaire soit fixé à 350 fr. pour l'activité de son défenseur et à 160 fr. pour celle de la stagiaire. Il conteste que la limitation du tarif horaire figurant à l'<ref-law> soit applicable au cas d'espèce.
4.4.1. Le Tribunal fédéral a récemment statué que dans les causes jugées par le Tribunal pénal fédéral, il convenait d'appliquer le règlement édicté par la cour plénière de celui-ci (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 168). Cette jurisprudence s'applique immédiatement (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 85; arrêt 6B_310/2014 du 23 novembre 2015 consid. 4.3). Le recourant n'avance aucun argument qui n'aurait pas déjà été pris en compte. Quant au passage du Message du 10 septembre 2008 relatif à la loi fédérale du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales de la Confédération [LOAP; RS 173.71] [FF 2008 7420] auquel le recourant se réfère pour prétendre que les critères de calculs essentiels pour les dépens alloués aux parties devraient figurer dans une loi formelle, ce qui ne serait pas le cas en l'espèce, il se rapporte à l'al. 2 de l'<ref-law>, lequel traite du montant des émoluments et non des dépens alloués aux parties. Cet argument n'est dès lors pas pertinent.
S'agissant du taux horaire fixé pour l'avocat de choix à 230 fr. pour les heures de travail et à 200 fr. pour les heures de déplacement, et à 100 fr. pour les stagiaires, la cour fédérale s'est expressément référée à sa pratique (cf. jugement attaqué p. 78 ad chiffre 8.2.3). Ce faisant, elle a implicitement considéré - ce qu'elle a d'ailleurs confirmé dans ses déterminations du 8 février 2017 - que le présent cas ne présentait pas de difficultés particulières justifiant de s'écarter du taux horaire usuellement pratiqué dans ce genre d'affaire. Cette motivation est suffisante pour permettre au recourant de la comprendre et de l'attaquer utilement. On ne saurait donc le suivre lorsqu'il invoque, sur ce point, une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Pour le reste, il affirme, de manière purement appellatoire, partant irrecevable, que la complexité de l'affaire, les intérêts en cause, la nature des opérations effectuées et l'expérience de son conseil justifieraient de lui accorder un tarif horaire d'au moins 300 fr. de l'heure. Ce faisant, il ne démontre pas en quoi il se justifierait de s'écarter du taux horaire fixé par la cour fédérale.
Enfin, l'<ref-law> fixe une fourchette pour les honoraires d'avocat mais ne fait pas mention du tarif horaire des avocats stagiaires. C'est donc la règle de principe énoncée à l'<ref-law> qui s'applique, disposant que les frais d'avocat comprennent notamment les honoraires (al. 1). En l'occurrence, le recourant requiert une hausse du tarif horaire de son avocate stagiaire à 160 fr. en se fondant sur celui du barreau vaudois (cf. art. 26a al. 3 du tarif du 28 septembre 2010 des frais de procédure et indemnités en matière pénale [TFIP; RSV 312.03.1]). Or, ce tarif n'est pas applicable en l'espèce et le recourant ne prétend pas que les frais effectifs de l'activité déployée par l'avocate stagiaire pratiquant devant le Tribunal pénal fédéral ne seraient pas couverts par le tarif horaire de 100 fr. octroyé.
4.4.2. En conclusion, la cour fédérale n'a pas violé le droit fédéral en appliquant le RFPPF et en fixant, compte tenu des difficultés de l'affaire, le tarif horaire de l'avocat à 230 fr. pour les heures de travail et à 200 fr. pour les heures de déplacement, et à 100 fr. pour les heures de travail de l'avocate stagiaire. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
4.5. Le recourant conteste enfin le retranchement des heures d'activité d'avocat exercées dans le cadre de la procédure de recours et de la demande de récusation déposées devant la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
4.5.1. L'<ref-law> règle les prétentions en indemnités et en réparation du tort moral pour la procédure de recours. Il vise la procédure de recours en général, à savoir les procédures d'appel et de recours (au sens des <ref-law>). Le renvoi de l'<ref-law> aux art. 429 à 434 CPP ne signifie pas que les indemnités doivent se déterminer par rapport à l'issue de la procédure de première instance. Au contraire, elles doivent se fixer séparément pour chaque phase de la procédure, indépendamment de la procédure de première instance. Le résultat de la procédure de recours est déterminant (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 169 s.). En l'espèce, le recourant a succombé dans la procédure de recours déposée par devant la Cour des plaintes. Dès lors que les indemnités en procédure de recours sont établies de manière indépendante de la procédure au fond, l'activité de l'avocat du recourant pour la procédure de recours ne pouvait plus être couverte par le biais d'une demande d'indemnisation au sens de l'<ref-law>. C'est donc à juste titre que la cour fédérale a retranché les activités déployées dans ce cadre. Le grief soulevé doit donc être rejeté.
4.5.2. S'agissant plus particulièrement de la demande de récusation déposée par devant la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, l'<ref-law> ne donne aucune indication s'agissant des éventuelles indemnités de partie. Cette question doit être examinée au regard des règles ordinaires, soit celles figurant au Titre 10 du Code de procédure pénale (« Frais de procédure, indemnités et réparation du tort moral »). Selon l'<ref-law>, les dispositions de ce Titre s'appliquent à toutes les procédures prévues par le Code de procédure pénale. Il en résulte que les chapitres 1 (« Dispositions générales ») et 3 (« Indemnités et réparation du tort moral ») de ce Titre sont applicables à la procédure de récusation (cf. arrêt 1B_227/2013 du 15 octobre 2013 consid. 6.2 et les références citées). Ainsi, le requérant qui obtient gain de cause peut prétendre à une indemnité pour ses frais d'avocat en application analogique des <ref-law> (cf. arrêt 1B_51/2013 du 27 septembre 2013 consid. 3.2; ANDREAS J. KELLER, in Donatsch/Hansjakob/Lieber, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2 e éd. 2014, n o 14 ad <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2 e éd. 2013, n o 10 ad <ref-law>). A contrario, lorsqu'il succombe, il ne saurait prétendre à une telle indemnité. En l'espèce, la demande de récusation déposée par le recourant a été rejetée par la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (cf. p. 21 06 0070 ss du dossier de la cour fédérale). Dès lors, c'est à juste titre que la cour fédérale a retranché l'activité déployée dans ce cadre. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière sur son grief.
5.
Le recourant discute ensuite le montant de l'indemnité qui lui a été allouée en réparation de son dommage économique (cf. <ref-law>).
5.1. L'évaluation du dommage économique se fait en application des règles générales en matière de responsabilité civile (<ref-law>). Le responsable n'est tenu de réparer que le dommage qui se trouve dans un rapport de causalité naturelle et adéquate avec l'acte qui fonde sa responsabilité (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 239). Il appartient au lésé de prouver non seulement l'existence et l'étendue du dommage, mais aussi le lien de causalité entre celui-ci et l'événement à la base de son action (arrêt 6B_1026/2013 du 10 juin 2014 consid. 3.1).
Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 8.1.3 p. 188). C'est en revanche une question de droit (<ref-law>) de dire si la notion juridique du dommage a été méconnue et de déterminer si l'autorité cantonale, en l'espèce la cour fédérale, s'est fondée sur des principes de calcul admissibles pour le fixer (cf. <ref-ruling> consid. 8.1.3 p. 188).
5.2. Le recourant reproche à la cour fédérale de ne pas avoir retenu le montant de 1'080 fr. relatif aux frais de coaching. Il soutient sur ce point que la cour fédérale aurait apprécié les preuves de manière arbitraire dans la mesure où elle n'aurait pas pris en compte le contenu de l'attestation relative à ces frais, puisque celui-ci renverrait « évidemment » à ses « déboires judiciaires [...] dans le cadre de sa profession, devenue très difficile à gérer à la période précise de la clôture de l'enquête ». Ce faisant, le recourant ne fait qu'opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour fédérale, qui a considéré que le lien entre les frais de coaching et la procédure pénale n'était pas démontré par l'attestation en question (cf. jugement entrepris p. 87 ad chiffre 8.3.3 lettre b), respectivement ne démontre pas en quoi cette appréciation serait entachée d'arbitraire. Une telle démarche, appellatoire, ne répond pas aux exigences de motivation déduites de l'<ref-law> et elle est irrecevable (cf. supra consid. 2.1). Il se plaint en outre du fait que la cour fédérale n'aurait pas appliqué l'<ref-law>. En plus du fait que cette autorité semble avoir considéré qu'elle était suffisamment renseignée sur les éléments précités, cette disposition ne dispense pas le prévenu qui est acquitté de collaborer avec le juge, respectivement de lui fournir toutes les preuves pour justifier et chiffrer son préjudice en lien avec la procédure (cf. supra consid. 3 in fine et 5.1, 1 er paragraphe). Or, les éléments de preuve qu'il a fournis n'ont pas suffi à prouver l'existence d'un rapport de causalité entre les frais de coaching et sa participation à la procédure pénale, respectivement son dommage lié au paiement des franchises de son assurance-maladie pour les années 2009 et 2011. Il n'expose au demeurant pas quelles preuves supplémentaires il aurait pu apporter. C'est donc à bon droit que la cour fédérale a refusé d'allouer au recourant les montants réclamés à ce titre.
6.
Le recourant conteste enfin le montant de l'indemnité qui lui a été accordée au titre de réparation du tort moral résultant de la procédure pénale menée à son encontre (cf. art. 429 al. 1 let. c CPP).
6.1. Lorsque, du fait de la procédure, le prévenu a subi une atteinte particulièrement grave à ses intérêts personnels au sens des <ref-law> ou 49 CO, il aura droit à la réparation de son tort moral. L'intensité de l'atteinte à la personnalité doit être analogue à celle requise dans le contexte de l'<ref-law> (cf. arrêt 6B_928/2014 précité consid. 5.1, non publié in <ref-ruling> et la référence citée).
Outre la détention, peut constituer une grave atteinte à la personnalité, par exemple, une arrestation ou une perquisition menée en public ou avec un fort retentissement médiatique, une durée très longue de la procédure ou une importante exposition dans les médias, ainsi que les conséquences familiale, professionnelle ou politique d'une procédure pénale, de même que les assertions attentatoires aux droits de la personnalité qui pourraient être diffusées par les autorités pénales en cours d'enquête. En revanche, il n'y a pas lieu de prendre en compte les désagréments inhérents à toute poursuite pénale comme la charge psychique que celle-ci est censée entraîner normalement chez une personne mise en cause (cf. arrêt 6B_928/2014 précité consid. 5.1, non publié in <ref-ruling> et les références citées).
La gravité objective de l'atteinte doit être ressentie par le prévenu comme une souffrance morale. Pour apprécier cette souffrance, le juge se fondera sur la réaction de l'homme moyen dans un cas pareil, présentant les mêmes circonstances (<ref-ruling> consid. 7a p. 71). Il incombe au prévenu de faire état des circonstances qui font qu'il a ressenti l'atteinte comme étant subjectivement grave (<ref-ruling> consid. 2b p. 99). La fixation du tort moral procède d'une appréciation des circonstances et l'autorité compétente bénéficie d'un large pouvoir d'appréciation en la matière. Le Tribunal fédéral n'intervient que si l'autorité précédente a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée (arrêt 6B_928/2014 précité consid. 5.1, non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 705).
S'agissant du montant de l'indemnité, toute comparaison avec d'autres affaires doit intervenir avec prudence, dès lors que le tort moral touche aux sentiments d'une personne déterminée dans une situation donnée et que chacun réagit différemment face au malheur qui le frappe. Une comparaison avec d'autres cas similaires peut cependant, suivant les circonstances, constituer un élément d'orientation utile (cf. <ref-ruling> consid. 6.3.3 p. 345; plus récemment arrêt 6B_486/2015 du 25 mai 2016 consid. 4.1).
6.2. La cour fédérale a relevé que pendant toute la durée de la procédure, le recourant était encore en fonction au sein de la police et que sa carrière de policier en avait été prétéritée. Selon les pièces fournies en annexe à sa demande, il avait dû être pris en charge par un médecin et suivre un traitement, éléments témoignant d'une atteinte à ses droits de la personnalité. Les conséquences néfastes sur sa santé telles qu'attestées par les différents certificats médicaux impliquaient l'allocation d'un montant à hauteur de 1'500 francs.
6.2.1. Contrairement à ce qu'allègue le recourant, cette motivation permet de comprendre les raisons qui ont amené la cour fédérale à fixer le tort moral à 1'500 fr. et il a pu attaquer ce point devant le Tribunal fédéral en toute connaissance. Mal fondé, son grief tiré d'une violation de son droit d'être entendu doit donc être rejeté.
6.2.2. Le recourant requiert l'octroi avec intérêts d'une indemnité de 10'000 fr. au titre de réparation du tort moral résultant de la procédure pénale menée à son encontre. Il estime cette prétention justifiée en raison en particulier de la durée de la procédure, du nombre et de la durée des interrogatoires auxquels il a dû se soumettre, des faits et des infractions reprochés, de l'impact de la procédure sur sa vie professionnelle, sa santé et sa vie familiale, et de son exposition médiatique, ainsi que des assertions attentatoires à ses droits de la personnalité formulées au cours de l'enquête.
A comparer le contenu du jugement entrepris avec les griefs du recourant, on ne voit pas que l'autorité aurait omis de prendre en compte des éléments essentiels, étant du reste rappelé qu'il importe peu que certains d'entre eux n'apparaissent pas expressément dans la motivation de l'indemnité mais ailleurs dans le jugement, car le jugement forme un tout et le juge garde à l'esprit l'ensemble des éléments qui y figurent. En particulier, la cour fédérale n'a pas manqué de constater que sa carrière professionnelle avait été prétéritée et qu'il avait été atteint dans sa santé. En ce qui concerne les nombreux interrogatoires et leur durée allégués par le recourant, il s'agit de mesures d'instruction habituelles inhérentes à toute poursuite pénale, qui ont été ordonnées en conformité avec les règles de procédure applicables et auxquelles aucune publicité n'a été donnée. Ces éléments ne sont dès lors pas constitutifs d'une atteinte particulière à la personnalité du recourant. Ce dernier évoque également l'existence de problèmes familiaux. Ce faisant, il fait valoir des faits qui ne résultent pas du jugement attaqué sans établir l'arbitraire de leur omission, de sorte que l'on ne saurait en tenir compte.
Sur la question des articles de presse, la cour fédérale a relevé, dans ses déterminations du 8 février 2017, que la procédure menée n'avait eu que peu de répercussions dans les médias nationaux en ce qui concernait le recourant. Seuls deux articles mentionnant son nom en toutes lettres faisaient partie du dossier. Ceux-ci étaient de portée tout à fait locale (Tessin), écrits en italien et avaient pour sujet D._, co-prévenu dans ladite procédure. Le nom du recourant avait été évoqué de manière très accessoire, parmi d'autres faits et noms relatés, sans apporter un réel éclairage sur sa personne. L'autre article apporté par la défense et écrit en français ne mentionnait pas le nom du recourant mais uniquement ses initiales. Le recourant se borne à affirmer que même un article ayant une portée locale se retrouverait sur Internet et aurait, de ce fait, une portée bien plus étendue; d'autre part, même si l'article en français ne mentionnerait que ses initiales, il ne serait pas difficile, à tout le moins pour son entourage privé et professionnel, de savoir que l'article le concernait. Ce faisant, le recourant ne démontre pas - et il n'apparaît pas que tel soit le cas - que la teneur et la portée médiatique des articles de presse en question auraient gravement sali sa réputation au point de constituer une atteinte particulière à sa personnalité.
Enfin, si la comparaison avec des cas similaires peut, suivant les circonstances, constituer un élément d'orientation utile, il n'en est rien avec les jugements des tribunaux cantonaux invoqués par le recourant sans que le Tribunal fédéral ne se soit lui-même prononcé sur les indemnités arrêtées. Quoi qu'il en soit, on doit constater que les affaires auxquelles le recourant se réfèrent, soit jugent d'une autre question que celle de l'indemnité en réparation du tort moral accordée, soit diffèrent du cas présent. Le recourant ne peut dès lors rien en tirer.
Sur le vu de ce qui précède, la cour fédérale a procédé à la fixation du tort moral du recourant en intégrant tous les éléments pertinents.
6.2.3. Reste à savoir si la cour fédérale a abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant l'indemnité pour tort moral du recourant à 1'500 francs. Tel est le cas en l'espèce. En effet, ce montant ne tient pas suffisamment compte de la durée, de plus de huit ans, de la procédure pénale dirigée à l'encontre du recourant, des souffrances morales qu'il a endurées et de leurs conséquences importantes sur sa santé, respectivement apparaît manifestement trop faible au vu de ces éléments. Le grief soulevé doit donc être admis sur ce point.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, la cause renvoyée à la cour fédérale pour nouvelle décision sur l'indemnité fondée sur l'<ref-law> et le montant du tort moral qui lui a été accordé en vertu de l'art. 429 al. 1 let. c CPP. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant obtient partiellement gain de cause. Il doit supporter une partie des frais judiciaires (<ref-law>) et n'a droit qu'à une indemnité de dépens réduite, laquelle sera mise à la charge de la Confédération (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour fédérale des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera en main du conseil du recourant le montant de 2'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 20 mars 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel