Faits :
A.
A.a. Entre le 3 décembre 2009 (date figurant sur le contrat de travail) et le 31 mars 2011, X._ (ci-après: l'employée) a été engagée, dans un premier temps, par la Clinique A._ SA, puis par la Clinique U._ Sàrl (qui est ensuite devenue la Clinique B._ Sàrl) en qualité de secrétaire et de réceptionniste. Les deux sociétés (SA et Sàrl; ci-après: les employeuses) sont liées par un contrat de société simple.
L'employée recevait un salaire de 4'875 fr. brut par mois (treizième salaire compris).
Il est établi que l'employée a reçu son congé le 24 janvier 2011, avec effet au 31 mars 2011.
Le 21 mars 2011, l'employée a contesté le motif du licenciement et, par courrier du 5 mai 2011, elle a informé son employeuse de ce qu'elle était enceinte.
A cet égard, il a été retenu que la conception de l'enfant (ou fécondation de l'ovule; Befruchtung) a eu lieu avant le 31 mars 2011 à minuit. L'enfant est né le 23 décembre 2011.
A.b. L'employée est d'avis que le début de sa grossesse doit être fixé (au plus tard) au 31 mars 2011, que, partant, elle peut bénéficier de la période de protection prévue en cas de grossesse (art. 336c al. 1 let. c CO), que, en tenant compte d'une période de 16 semaines après l'accouchement, la fin des rapports de travail est ainsi reportée au 30 avril 2012 et qu'elle a droit au salaire convenu jusqu'à cette date.
Les employeuses soutiennent que le début de la grossesse correspond à l'implantation (ou nidation; Einnistung) de l'oeuf dans l'utérus (cette étape intervenant, selon les constatations cantonales, six à sept jours après la fécondation), qu'au 31 mars 2011 l'employée n'était donc pas encore enceinte, qu'elle ne peut bénéficier de la période de protection de l'art. 336c al. 1 let. c CO (en lien avec l'art. 336c al. 2 2e phr. CO) et que le contrat a pris fin le 31 mars 2011.
B.
B.a. Le 9 janvier 2012, l'employée a déposé une demande en paiement contre les employeuses devant le Tribunal des prud'hommes. Elle a conclu à ce que celles-ci soient condamnées à lui verser le montant de 63'375 fr. (4'875 fr. x 13) à titre de salaire du 1 er avril 2011 au 30 avril 2012.
B.b. La procédure a été limitée à la question de la fin des rapports de travail.
Par jugement du 15 octobre 2014, le Tribunal des prud'hommes a reconnu que la grossesse était antérieure au 31 mars 2011 à minuit et retenu que la fin des rapports de travail devait être fixée au 30 avril 2012.
La Cour de justice, par arrêt du 30 avril 2015 (soit la décision incidente qui tranche la question litigieuse), a confirmé le jugement de première instance et, par arrêt du 9 juin 2015, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours formé par les employeuses, au motif qu'il s'agissait d'une décision préjudicielle et que les conditions d'un recours immédiat (<ref-law>) n'étaient pas réalisées.
B.c. Par jugement du 7 janvier 2016, le Tribunal des prud'hommes a condamné conjointement et solidairement les employeuses à verser à leur partie adverse le montant de 57'565 fr. et elle les a invitées à opérer les déductions sociales et légales usuelles.
Par arrêt du 7 juin 2016, la Cour de justice a confirmé ce jugement.
C.
Les défenderesses exercent un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 7 juin 2016. Elles concluent à son annulation, à ce qu'il soit dit que la grossesse de l'employée n'a pas débuté avant le 31 mars 2011 à minuit et que son contrat de travail a pris fin le 31 mars 2011. Elles invoquent une violation de l'art. 336c al. 1 let. c CO.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) par les sociétés employeuses qui ont partiellement succombé dans leurs conclusions libératoires (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (art. 90 et 93 al. 3 LTF) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (<ref-law>) dans une affaire relative au droit du travail dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Le recours en matière civile est recevable notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>), sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>).
1.3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références).
2.
Il s'agit exclusivement de déterminer le dies a quo de la période de grossesse, en tant que période de protection contre les congés prévue à l'art. 336c al. 1 let. c CO (en lien avec l'art. 336c al. 2 2 e phr. CO). Les défenderesses considèrent que cette période débute au moment de l'implantation de l'ovule fécondé dans l'utérus, alors que la demanderesse soutient qu'elle correspond au jour où l'ovule est fécondé.
Il s'agit en l'espèce de trancher le litige exclusivement dans la perspective d'une fécondation naturelle. La question du point de départ d'une grossesse induite par une fécondation in vitro (cf. art. 2 let. c de la loi fédérale du 18 décembre 1998 sur la procréation médicalement assistée [LPMA]; RS 810.11) peut rester ouverte.
2.1. Il résulte de l'art. 336c al. 1 let. c CO que l'employeur ne peut pas, après le temps d'essai, résilier le contrat pendant la grossesse et au cours des seize semaines qui suivent l'accouchement.
2.1.1. Cette disposition ne contient aucune indication sur le début de la période de grossesse. Dans le Message, le législateur l'a désigné en faisant référence à la conception de l'enfant (ou, autrement dit, à la fécondation de l'ovule), le Conseil fédéral précisant qu'il n'y a pas de " certitude immédiate sur le moment de la conception " (Message du 9 mai 1984 concernant l'initiative populaire " pour la protection des travailleurs [...] et la révision des dispositions sur la résiliation du contrat de travail [...], FF 1984 II 574 ch. 620.9 p. 630; sur l'équivalence entre les notions de " fécondation " et de " conception ", cf., entre autres auteurs, STÉPHANIE PERRENOUD, La protection de la maternité, Etude de droit suisse, international et européen, in IDAT no 39, p. 5). Cette incertitude ne concerne toutefois que la détermination du moment précis de la conception et on ne saurait en tirer un quelconque argument pour remettre en question le critère de la conception (fécondation) auquel se réfère expressément le législateur.
2.1.2. La doctrine unanime reconnaît que le début de la grossesse coïncide avec la fécondation (PERRENOUD, op. cit., p. 5, et les nombreux auteurs cités aux notes 49 et 50; WYLER/HEINZER, Droit du travail, 3e éd. 2014, p. 689; ADRIAN STAEHELIN, Zürcher Kommentar, 4e éd. 2014, no 12 ad <ref-law>; JÜRG BRÜHWILER, Einzelarbeitsvertrag: Kommentar, 3e éd. 2014, no 4 ad <ref-law>; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire du contrat de travail, 2013, no 34 ad <ref-law>; implicitement: STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar, 7e éd. 2012, no 9 ad <ref-law>; REHBINDER/STÖCKLI, Berner Kommentar, 2e éd. 2014, no 4 ad <ref-law>, qui, faisant pourtant référence à la fécondation de l'ovule [ Befruchtung der Eizelle] emploient également dans ce contexte - de manière erronée - le terme de " nidation ").
2.2. A noter que la notion de grossesse (en particulier son point de départ) contenue à l'art. 336c al. 1 let. c CO revêt un sens différent de celle utilisée dans le Code pénal (art. 118 à 120 CP). Pour le droit pénal, la grossesse débute non pas au moment de la fécondation, mais lors de l'implantation de l'ovule fécondé dans l'utérus (ou nidation). En matière pénale, l'interprétation donnée à la notion de grossesse (et en particulier à son point de départ) a pour but de ne pas soumettre au champ d'application des <ref-law> les méthodes contraceptives faisant obstacle à la nidation de l'ovule fécondé (PERRENOUD, op. cit., p. 6; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3e éd. 2010, no 11 ad <ref-law>).
2.3. C'est ainsi à juste titre que la cour cantonale a considéré que, dans un cas d'application de l'art. 336c al. 1 let. c CO, la grossesse débutait au moment de la fécondation de l'ovule (conception de l'enfant) et non, comme pour l'infraction pénale réprimée à l'<ref-law>, au moment de l'implantation.
Les arguments des recourantes, qui visent à rattacher le début de la grossesse au moment de l'implantation, n'infirment pas cette interprétation.
2.3.1. On ne saurait les suivre lorsqu'elles tentent de tirer argument du fait que " ni le Conseil fédéral, ni les auteurs de doctrine ne se sont en réalité prononcés sur la distinction scientifique entre le moment de la fécondation de l'ovule et celui de son implantation dans l'utérus ".
Force est en effet de constater que le Conseil fédéral a explicitement fait référence à la conception (ou fécondation). Dans le message adressé au Parlement, il n'avait alors aucune raison de fournir des éclaircissements supplémentaires sur les étapes postérieures (comme celle de l'implantation).
Quant à l'argument selon lequel les auteurs de doctrine, en ne se prononçant pas expressément " sur la distinction scientifique " entre le moment de la fécondation et celui de l'implantation, auraient été dans l'impossibilité d'entreprendre un " choix motivé ", il est hors de propos. Il demeure en effet que les auteurs, ayant identifié la volonté du législateur, ont relevé que le moment déterminant était celui de la conception (ou fécondation).
2.3.2. Les recourantes insistent sur un passage de l'expertise judiciaire dans lequel son auteur signale que ce n'est qu'une fois que l'oeuf fécondé s'est implanté dans l'utérus " qu'une femme peut être considérée comme enceinte et qu'un test de grossesse peut être positif ". Elles estiment que l'expert a ainsi, avec " une clarté aveuglante ", défini le début de la grossesse et que " le bon sens et la sécurité juridique commandent de faire correspondre la date du début d'une grossesse au sens de l'art. 336c al. 1 let. c CO avec celle retenue par la médecine ".
Cet argument, basé sur cette unique affirmation de l'expert judiciaire, ne convainc pas.
Contrairement à ce que prétendent les recourantes, il n'est pas clairement établi que le corps médical attribuerait à la notion de grossesse un sens différent de celui donné par le législateur à l'art. 336c al. 1 let. c CO. L'avis de l'expert judiciaire ne permet pas de l'affirmer puisqu'il est ambigu à cet égard. S'il fait référence à l'implantation dans l'utérus, il laisse également entendre que le corps médical fixe le point de départ au moment de la fécondation, notamment pour calculer le terme de la grossesse (cf. également PERRENOUD, op. cit., p. 5 et le renvoi au Dictionnaire médical cité à la note no 49).
Il n'est quoi qu'il en soit pas nécessaire, ni même souhaitable, de faire correspondre le début de la grossesse dans les différents domaines (médecine, droit civil et droit pénal) évoqués dans la présente affaire, vu les contextes différents dans lesquels la notion de grossesse s'inscrit:
- Pour la médecine, il importe, d'une part, d'établir scientifiquement l'existence d'une grossesse (ce qui, selon les constatations cantonales, ne peut être fait qu'à partir de l'implantation, date à laquelle il est possible de détecter une hormone spécifique dans l'urine ou le sang de la femme enceinte) et, d'autre part (dans la perspective d'établir le déroulement de la grossesse), d'en fixer le terme en partant de la fécondation (en moyenne le 14e jour à partir des dernières règles [calcul en semaines de grossesse]) ou du premier jour des dernières règles (calcul en semaines d'aménorrhée).
- Pour l'art. 336c al. 1 let. c CO, il ne s'agissait pas pour le législateur de reprendre le moment auquel il était possible, d'un point de vue scientifique, d'établir l'état de grossesse, mais bien de désigner le début de la période de protection au moyen d'un critère reconnaissable pour les destinataires concernés. Le législateur a alors fixé le début de la protection au moment de la fécondation, ce rattachement (comme celui, intimement lié, basé sur l'aménorrhée) étant notoirement utilisé dans la pratique des médecins, en particulier en vue de communiquer à la femme enceinte (en faveur de laquelle le législateur a rédigé la disposition légale) le terme (projeté) de son accouchement.
- Pour le droit pénal, le critère de l'implantation a été retenu, afin de permettre la sanction de l'interruption de grossesse (au sens de l'<ref-law>) tout en excluant de la portée de cette infraction les méthodes de contraception alors connues.
2.3.3. Enfin, les avis doctrinaux dont se prévalent les recourantes ne leur sont d'aucune aide. Le premier ouvrage, duquel les recourantes tirent un avis favorable à leur thèse, ne fait que mentionner " le début de la grossesse qu'il est facile d'établir avec les moyens scientifiques actuels" (BRUNNER ET AL., Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 9 ad <ref-law>). Les auteurs n'indiquent toutefois pas comment déterminer ce point de départ et on ne saurait, même de manière implicite, inférer du passage mis en évidence par les recourantes l'expression d'un quelconque avis sur la question litigieuse.
En ce qui concerne le second commentaire cité, les recourantes s'appuient sur l'affirmation selon laquelle " la femme est protégée contre un licenciement dès qu'elle est enceinte, soit dans tous les cas dès qu'elle est en mesure de l'annoncer " (SUBILIA/DUC, Droit du travail, 2010, no 41 p. 598). Force est toutefois de constater que, dans le passage contenant cet extrait, les auteurs ne visent pas spécifiquement le point de départ de la protection, mais qu'ils indiquent quand la femme (enceinte) est tenue d'informer son employeur. En ce qui concerne le point de départ, les auteurs ont d'ailleurs affirmé, quelques lignes plus haut dans un passage ignoré par les recourantes, qu'il coïncidait avec la date de la conception (SUBILIA/DUC, op. cit., no 39 ad <ref-law>).
2.3.4. Dans une dernière critique, les recourantes tentent de démontrer que le rattachement au critère de la fécondation ( dies a quo de la période de grossesse) serait source d'insécurité ou d'instabilité juridique. A cet égard, elles évoquent la possibilité qu'un ovule fécondé ne parvienne pas à s'implanter dans l'utérus pour mettre en évidence qu'une femme pourrait alors revendiquer le fait d'être juridiquement en état de grossesse, alors qu'elle ne l'aurait jamais été d'un point de vue médical.
L'argumentation est sans consistance. D'une part, les recourantes partent de la prémisse - erronée (cf. supra consid. 2.3.2) - que, de l'avis du corps médical, le début de la grossesse ne peut être que rattaché à l'implantation. D'autre part, elles reconnaissent qu'il s'agit là, dans la perspective d'une fécondation naturelle (cf. supra consid. 2 2 e par.), d'un raisonnement purement théorique (puisqu'elles n'expliquent pas comment la femme concernée pourra prouver que son ovule a été fécondé, mais qu'il n'a pas pu s'implanter), impropre à démontrer que l'intention du législateur serait différente de celle qui a été reprise de manière unanime par la doctrine.
Il n'y a donc pas lieu de s'attarder sur les diverses explications fournies par les recourantes dans cette perspective.
Leurs critiques se révèlent dès lors mal fondées.
3.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté.
Les frais et dépens sont mis solidairement à la charge des recourantes, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5, art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3.
Les recourantes, débitrices solidaires, verseront à l'intimée une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 26 janvier 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget