Sachverhalt:
A.
A.a. Die 1970 geborene A._ war Kundenbetreuerin bei der B._ AG und damit bei der National-Versicherungs-Gesellschaft - heute Helvetia Schweizerische Versicherungsgesellschaft AG (nachfolgend Helvetia) - obligatorisch unfallversichert. Am 16. Januar 2001 verunfallte sie mit dem Auto. Der erstbehandelnde Arzt diagnostizierte am 2. Februar 2001 ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der rechten Schulter. Am 6. Dezember 2001 erlitt sie erneut einen Autounfall, als dessen Folge ärztlicherseits ein HWS-Distorsionstrauma diagnostiziert wurde. Die Helvetia erbrachte für beide Unfälle Heilbehandlung und Taggeld. Sie beteiligte sich mit Zusatzfragen an dem von der IV-Stelle des Kantons Zürich veranlassten Gutachten der MEDAS Zentralschweiz, Luzern, vom 28. Oktober 2004. Mit Verfügung vom 30. Januar 2006 stellte die Helvetia die Taggelder per 31. Dezember 2004 ein und sprach der Versicherten ab 1. Januar 2005 eine Rente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 30 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 20 % zu; zudem übernahm sie nach <ref-law> weiter diverse Behandlungen. Dagegen erhob die Versicherte am 1. März 2006 Einsprache. Während des Einspracheverfahrens erlitt sie am 15. August 2006 einen weiteren Autounfall, für den sie als Angestellte der C._ AG bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft obligatorisch unfallversichert war. Die beteiligten Haftpflicht- und Unfallversicherer veranlassten eine Observation der Versicherten, die zwischen dem 24. November 2006 und 22. Februar 2007 stattfand (Berichte vom 8. Februar/9. März 2007). Mit Entscheid vom 11. April 2008 wies die Helvetia die Einsprache der Versicherten vom 1. März 2006 ab, nachdem diese von der gewährten Rückzugsmöglichkeit abgesehen hatte; im Sinne einer reformatio in peius der Verfügung vom 30. Januar 2006 verneinte sie den Rentenanspruch. Auf Beschwerde der Versicherten hin hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den Einspracheentscheid, soweit damit ein Rentenanspruch verneint wurde, auf und wies die Sache an die Helvetia zurück, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über diesen Anspruch neu entscheide (Entscheid vom 11. Dezember 2009).
A.b. Am 19. April 2007 reichten die involvierten Versicherungsträger - darunter die Helvetia - gegen A._ bei der Stadtpolizei Zürich Strafanzeige wegen Versicherungsbetrugs ein. Das Bezirksgericht Zürich sprach sie wegen Betrugs für die Zeit vom 15. August 2006 bis 8. Oktober 2006 nach <ref-law> schuldig und bestrafte sie mit einer Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 30.-, unter Anrechnung von 25 Tagessätzen Haft (Entscheid vom 2. Februar 2010). Dies bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 7. Oktober 2010.
A.c. Mit Verfügung vom 2. Mai 2013 verneinte die Helvetia den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen den im MEDAS Gutachten vom 28. Oktober 2004 festgehaltenen gesundheitlichen Einschränkungen der Versicherten (HWS/Kopf) und den Unfällen vom 16. Januar/6. Dezember 2001; sie stellte ihre Leistungen per 31. Dezember 2004 ein. Die Einsprache der Versicherten wies sie ab; weiter schloss sie die Rückforderung der nach 1. Januar 2015 erbrachten Leistungen aus (Entscheid vom 6. November 2013).
B.
Die hiegegen geführte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 29. Juni 2016).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Helvetia anzuweisen, ihr rückwirkend ab 1. Januar 2005 eine Rente auf der Basis eines versicherten Verdienstes von Fr. 119'328.85 nebst 5 % Zins seit 1. November 2007 auszurichten; eventuell sei sie zu verpflichten, ihre Leistungen entsprechend der Verfügung vom 30. Juni 2006 rückwirkend ab und mit November 2007 nebst 5 % Zins seit 1. November 2007 zu erbringen.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine zu lange Verfahrensdauer und damit eine Verletzung des Beschleunigungsgebots (<ref-law>). Sie legt jedoch nicht dar, eine Rechtsverzögerungsbeschwerde erhoben oder anderweitig auf eine beförderlichere Behandlung ihrer Rechtsmittel gedrängt zu haben. Ein rechtswidriger Schaden, der durch die Verfahrensdauer entstanden wäre, ist nicht ersichtlich. Da zudem auch bei übermässiger Verfahrensdauer kein Anspruch auf Wiedergutmachung in Form von Zusprache einer materiell-rechtlich nicht geschuldeten Sozialversicherungsleistung besteht (<ref-ruling> E. 3.4 S. 422; Urteil 8C_323/2010 vom 10. Mai 2011 E. 5.2), braucht nicht geprüft zu werden, ob die Verfahrensdauer tatsächlich zu lang war (Urteil 8C_130/2016 vom 16. August 2016 E. 2).
3.
Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen betreffend den für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers erforderlichen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem Gesundheitsschaden, insbesondere bei Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) oder äquivalenter Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>), richtig dargelegt. Gleiches gilt bezüglich des massgebenden Beweisgrads der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 6 S. 221). Darauf wird verwiesen.
4.
4.1. Streitig und zu prüfen sind die Leistungsansprüche der Beschwerdeführerin gegenüber der Helvetia aufgrund der Unfälle vom 16. Januar und 6. Dezember 2001, während der dritte Unfall vom 15. August 2006 nicht zum hier gegebenen Streitgegenstand gehört. Helvetia und Vorinstanz verneinten den Leistungsanspruch der Versicherten ab 1. Januar 2005 mangels adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen den beiden Unfällen und ihren gesundheitlichen Beschwerden.
4.2. Die Versicherte wendet als erstes im Wesentlichen ein, mit der Verfügung vom 30. Januar 2006 habe ihr die Helvetia eine Rente zugesprochen und damit den adäquaten Kausalzusammenhang anerkannt. Indem sie nun Jahre später das Gegenteil festhalte, handle sie widersprüchlich und verstosse gegen <ref-law>. Dies sei auch deshalb stossend, weil das kantonale Gericht im Rückweisungsentscheid vom 11. Dezember 2009 medizinische Abklärungen zur Bestimmung der Rentenhöhe als notwendig erachtet habe. Dies werde mit der Adäquanzverneinung nun für obsolet erklärt.
Diese Einwände sind nicht stichhaltig. Die Vorinstanz hat vielmehr richtig erkannt, dass zwischen den Parteien der Anspruch auf eine Invalidenrente und Integritätsentschädigung insgesamt streitig war, dies im Sinne eines Rechtsverhältnisses, das mehrere Elemente oder Teilaspekte umfasst, die in der Regel lediglich der Begründung einer Verfügung dienen, jedoch grundsätzlich nicht selbstständig anfechtbar sind (<ref-ruling> E. 2a und b S. 415 f.; SVR 2012 BVG Nr. 30 S. 121, 9C_702/2011 E. 3.2; Urteil 8C_257/2016 vom 23. August 2016 E. 4.2). Die Annahme von Teilrechtskraft hinsichtlich der Adäquanz scheidet damit aus. Insbesondere kann darin kein unzulässiges widersprüchliches Verhalten ("venire contra factum proprium") erblickt werden; dies wenigstens solange nicht, als die Neubeurteilung unter dem Eindruck zusätzlicher, in der Sache haltbarer Erkenntnis erfolgt ist. Denn die Vorinstanz wies im Rückweisungsentscheid vom 11. Dezember 2009 die Helvetia darauf hin, in der Verfügung vom 30. Januar 2006 bzw. im Einspracheentscheid vom 11. April 2008 fehlten Ausführungen zum adäquaten Kausalzusammenhang; diese Frage sei nach der Schleudertraumpraxis zu prüfen.
4.3.
4.3.1. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass und welche medizinischen Abklärungen zur Prüfung der Adäquanzfrage nötig gewesen wären. Ebenso wenig bringt sie vor, dass eine Adäquanzprüfung zufolge objektivierter organischer Unfallfolgen entbehrlich wäre (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 112). Im MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 wurde denn auch ausgeführt, beurteile man synoptisch alle bildgebenden Verfahren zusammen, finde man keine Hinweise in Richtung einer fassbaren, eindeutigen osteo-disko-ligamentären Unfallläsion.
4.3.2. Die Rückweisung gemäss Entscheid der Vorinstanz vom 11. Dezember 2009 erging unter anderem, um im Hinblick auf die bei der Observation (24. November 2006 bis 22. Februar 2007) gewonnenen Ergebnisse eine Ergänzung der medizinischen Begutachtung anzustrengen. Von einer solchen sah die Beschwerdegegnerin in der Folge ab, da sie die Adäquanz des Kausalzusammenhanges zu den streitbetroffenen Unfällen verwarf. Diese Frage beurteilt sich im Lichte der massgeblichen Kriterien (vgl. <ref-ruling> E. 10 S. 126) wesensgemäss anhand von Tatsachen, die sich bis zum Zeitpunkt der Leistungseinstellung per Ende Dezember 2004 verwirklicht haben. Dies bedeutet, dass die eingangs erwähnte Observation in diesem Zusammenhang belanglos bleibt. Aus demselben Grund erübrigen sich Weiterungen, wie sie sich im Nachgang zum Urteil (des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte) Vukota-Bojic gegen Schweiz vom 18. Oktober 2016 ergeben könnten.
5.
Die Adäquanz ist prinzipiell für jeden Unfall gesondert zu beurteilen, wenn die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten hat. In diesem Rahmen ist es jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können. Der hinreichend nachgewiesenen, durch einen früheren Unfall verursachten dauerhaften Vorschädigung der HWS kann diesfalls bei der Beurteilung der einzelnen Kriterien - beispielsweise der besonderen Art der erlittenen Verletzung, der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen oder der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung - Rechnung getragen werden (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04 E. 3.3.2 und 3.4; Urteil 8C_442/2014 vom 11. November 2014 E. 2.2.3.1).
6.
6.1. Unstrittig ist die vorinstanzliche Qualifizierung der Unfälle der Versicherten vom 16. Januar und 6. Dezember 2001 als mittelschwer an der Grenze zu den leichten Unfällen (zur Unfallschwere vgl. SVR 2013 UV Nr. 3 S. 7, 8C_398/2012 5.2). Somit kann die Adäquanz nur bejaht werden, wenn mindestens vier der sieben Adäquanzkriterien erfüllt sind oder eines besonders ausgeprägt vorliegt (<ref-ruling> E. 10.3 S. 130; SVR 2010 UV Nr. 25 S. 100, 8C_897/2009 E. 4.5; Urteil 8C_860/2015 vom 30. Juni 2016 E. 4.2.2).
6.2. Die Vorinstanz erwog, erfüllt seien höchstens die zwei Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung und der erheblichen Beschwerden, jedoch nicht in ausgeprägter Weise, weshalb sie die Adäquanz verneinte.
Unbestritten ist, dass die drei Adäquanzkriterien der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit der Unfälle, der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hätten, sowie des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen nicht erfüllt sind; hierzu erübrigen sich somit Weiterungen.
7.
Zur Bejahung des strittigen Kriteriums der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen bedarf es einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma bzw. die äquivalente Verletzung typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, die das Beschwerdebild beeinflussen können. Es kann sich dabei z.B. um eine beim Unfall eingenommene spezielle Körperhaltung und die dadurch bewirkten Komplikationen handeln (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127). Ein HWS-Schleudertrauma, das eine bereits unfallbedingt erheblich vorgeschädigte HWS betrifft, ist speziell geeignet, die "typischen" Symptome hervorzurufen und deshalb als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren (SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105, 8C_413/2008 E. 6.3.2; Urteil 8C_285/2016 vom 22. Juli 2016 E. 10).
Die vorinstanzliche Verneinung einer besonderen Kopfstellung bei den Unfällen, die zu Komplikationen geführt hätte, wird nicht beanstandet. Nach dem ersten Unfall vom 16. Januar 2001 mit HWS-Distorsion war die Beschwerdeführerin unbestrittenermassen ab 29. Januar 2001 bis zum Unfall vom 6. Dezember 2001 in der angestammten Arbeit wieder zu 50 % arbeitsfähig. Gemäss dem MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 bestand sie zudem am 16. November 2001 die Diplomprüfung im Rahmen des im Jahre 2000 begonnenen Nachdiplomstudiums im Bankmanagement. Im Weiteren zeigt der Unfall vom 6. Dezember 2001, dass die Versicherte wieder selber Auto fahren konnte. Von einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule kann unter diesen Umständen nicht gesprochen werden.
Die Versicherte beruft sich auf bildgebende Abklärungen der HWS vom 6. und 12. Dezember 2001 sowie 14. Juni 2004, neurologische Befunde (sensible Ausfälle bzw. Kribbelparästhesien) und die Feststellung im MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004, dass eine "nach kranial zunehmende Fehlrotation der HWS, insbesondere C2 und C3 nach rechts" vorliege. Dies führt indessen nicht zur Bejahung des Kriteriums, da im MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 ausgeführt wurde, es hätten keine schwerwiegenden organischen Schädigungen nachgewiesen werden können.
8.
Beim Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung bis zum Fallabschluss per Ende 2004 (<ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128) sind blosse ärztliche Verlaufskontrollen und Abklärungsmassnahmen nicht zu berücksichtigen (Urteil 8C_285/2016 E. 11). Die Beschwerdeführerin beruft sich auf ihre jahrelange Einnahme diverser Medikamente, permanente Therapien (zuerst Physiotherapie, Atlaslogie, Massage Cranio, später auch Cranio-Sakral-Therapie) sowie auf ihren sechswöchigen Aufenthalt in der Klinik D._ vom 19. September bis 31. Oktober 2001. Insgesamt und im Vergleich mit anderen Fällen lässt sich diese Behandlung aufgrund der Akten nicht als belastend im Sinne der Rechtsprechung bezeichnen. Auch waren die Vorkehren nicht mit der durch das Kriterium anvisierten, erheblichen zusätzlichen Beeinträchtigung der Lebensqualität verbunden (vgl. auch Urteil 8C_285/2016 E. 11 mit Hinweisen). Das Kriterium ist somit nicht erfüllt. Aus dem Umstand, dass es von der Helvetia im Einspracheentscheid vom 6. November 2013 bejahte wurde, kann die Versicherte nichts zu ihren Gunsten ableiten; denn hieran ist das Bundesgericht nicht gebunden.
9.
Adäquanzrelevant können nur in der Zeit zwischen dem Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Die Vorinstanz erwog, es sei fraglich, ob dieses Kriterium angesichts der Diskrepanz zwischen den geklagten Beschwerden und den attestierten Einschränkungen, erfüllt sei; jedenfalls liege es nicht ausgeprägt vor. Nach dem ersten Unfall vom 16. Januar 2001 konnte die Versicherte wieder selber Auto fahren (E. 7 hievor). Laut dem MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 begann sie am Wochenende vor der Begutachtung eine dreijährige Kinesiologie-Ausbildung, wofür ein Wochenende pro Monat einzusetzen war. Kurz vor der Begutachtung war sie zudem fähig, einer Einladung nach Wien zu folgen und dort - auch wenn es sie belastet haben soll - Ausflüge zu machen. Gemäss diesem Gutachten war sie auch in der Lage, Zeitungen zu lesen, Filme zu schauen, einzukaufen, zu waschen, zu bügeln, zu spazieren und kleine Strecken mit den Rollerblades zu fahren. Für die schwereren Arbeiten (Staubsaugen, Badezimmer- und Fensterreinigung) benötigte sie während 2 1/2 Stunden pro Woche eine Putzfrau. Unter diesen Umständen ist das Kriterium jedenfalls nicht ausgeprägt erfüllt. Die Einwände der Versicherten vermögen hieran nichts zu ändern.
10.
Das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen bis zum Fallabschluss (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.) bezieht sich nicht nur auf den angestammten Beruf, sondern auch auf alternative leidensangepasste Arbeiten (Urteile 8C_571/2015 vom 14. Oktober 2015 E. 4.2.2.5 und 8C_682/2013 vom 14. Februar 2014 E. 11.4). Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin nach dem Unfall vom 16. Januar 2001 bis 28. Januar 2001 zu 100 % arbeitsunfähig und ab 29. Januar 2001 bis zum Unfall vom 6. Dezember 2001 in der angestammten Arbeit wieder zu 50 % arbeitsfähig war. Weiter stellte das Bundesgericht im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren mit Urteil I 358/06 vom 5. Februar 2007 E. 3.5 fest, dass sie gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 75 % arbeitsfähig war; die Gutachter datierten diese Arbeitsfähigkeit ab 1. September 2004.
Für die Zeit vom 6. Dezember 2001 bis 31. August 2004 ist Folgendes festzuhalten: Die Versicherte geht gestützt auf Zeugnisse der behandelnden Ärzte bis Ende Februar 2002 von 100%iger, danach von 70%iger und ab 12. Juni 2002 von 100%iger Arbeitsunfähigkeit aus. Im MEDAS-Gutachten vom 28. Oktober 2004 wurde dagegen ohne nähere Begründung dargelegt, es seien folgende Arbeitsunfähigkeiten attestiert worden: 50 % bis 25. Februar 2002 und 70 % seit 26. Februar 2002. Diese Diskrepanz ist aber nicht von entscheidender Bedeutung. Denn selbst beim Abstellen auf die Angaben der Versicherten war insgesamt ihre Arbeitsunfähigkeit ab 16. Januar 2001 bis zum Fallabschluss per 31. Dezember 2004 nicht derart erheblich, dass das Kriterium besonders ausgeprägt vorläge.
11.
Da höchstens zwei Kriterien nicht besonders ausgeprägt erfüllt sind (E. 9 f. hievor), ist der vorinstanzliche Entscheid hinsichtlich der Adäquanzverneinung ab 1. Januar 2005 im Ergebnis nicht zu beanstanden. Eine vorinstanzliche Verletzung der Begründungspflicht liegt nicht vor (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 237).
12.
Die unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. November 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar