Faits :
A.
La société X._ SA s'est chargée d'exécuter le montage d'une grue sur un chantier de construction à A._. Elle a achevé le montage le 21 mai 2014. Une panne s'est produite le 11 juin 2014. Le même jour vers 21h30, trois de ses travailleurs étaient occupés à la réparation et au calibrage de la grue. B._ se trouvait au sol; C._ et D._ se trouvaient dans la cabine située à 40 m au-dessus du sol. Avec la grue, ils ont soulevé une charge d'essai de plus de 12 tonnes; ils ont ensuite déplacé le chariot et la charge, d'abord situés à proximité du mât, vers l'extrémité de la flèche. En déséquilibre, la grue s'est alors renversée. Cet accident a causé le décès de C._; il a causé de graves blessures à D._.
Soupçonnant un homicide par négligence et des lésions corporelles graves par négligence, le Ministère public central du canton de Vaud a ouvert une enquête et ordonné une expertise. Cette étude a mis en évidence la cause de l'accident: le poids de la charge soulevée n'avait pas été correctement paramétré dans le système de commande de la grue; celle des victimes qui avait exécuté cette tâche avait introduit la valeur de 6 tonnes alors que la charge pesait réellement 12,34 tonnes. Le calculateur interne de la grue avait ainsi autorisé un déplacement du chariot à la portée maximale de 44,33 m le long de la flèche, alors que le déplacement aurait dû être limité à 14,20 m pour une charge de 12 tonnes. L'enquête n'a pas permis de déterminer qui, des deux victimes, avait commis l'erreur. Par ailleurs, toutes les consignes de sécurité n'avaient pas été observées. C._ et D._ présentaient respectivement des alcoolémies de 0,15 et 1,69 o/oo, et ce travailleur-là se trouvait sous l'influence du cannabis.
B.
Le 8 décembre 2015, le Ministère public a ordonné le classement de la procédure sur la base de l'<ref-law>, au motif qu'il n'était pas possible d'identifier avec certitude l'auteur du comportement à l'origine de l'accident. Le Ministère public a condamné X._ SA à assumer les frais de la cause, au motif que l'accident avait été provoqué soit par C._ soit par D._, et que dans ces deux hypothèses, leur employeuse était responsable des frais au regard des <ref-law> et 55 al. 1 CO. Le montant des frais est arrêté à 155'856 fr. 05.
C.
La Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a statué le 4 mars 2016 sur le recours de X._ SA; elle a rejeté ce recours et confirmé l'ordonnance du Ministère public.
D.
X._ SA forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que les frais de procédure sont mis à la charge de l'Etat. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale y a renoncé en se référant à l'arrêt entrepris; le Ministère public a déposé des observations et a conclu au rejet du recours. Les prises de position ont été communiquées à X._ SA, qui a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 197).
Au regard de l'<ref-law>, la recourante a qualité pour recourir contre un arrêt qui confirme sa condamnation au paiement des frais de procédure.
2.
La recourante conteste que l'<ref-law> permette en l'espèce de lui imputer les frais de la cause pénale.
2.1. L'<ref-law> prévoit qu'en règle générale, sous réserve de dispositions différentes de la loi, les frais d'une procédure pénale sont mis à la charge du canton qui a conduit cette procédure. En dérogation à cette règle générale, les art. 426 et 427 CPP prévoient, à certaines conditions, respectivement l'imputation des frais au prévenu, d'une part, et à la partie plaignante ou au plaignant d'autre part.
L'<ref-law> confère au canton une " action récursoire " qui peut être intentée aussi contre des personnes qui ne sont pas parties à la procédure. La cour cantonale ne retient pas que la recourante puisse être chargée des frais sur cette base.
L'<ref-law> règle la répartition des frais lorsque ceux-ci doivent être imputés à plusieurs personnes. A teneur de l'<ref-law>, l'autorité " peut ordonner que des tiers et le prévenu répondent solidairement des frais, conformément aux principes de la responsabilité en droit civil ".
2.2. La cour cantonale a considéré qu'en application de l'<ref-law>, une personne morale (en l'occurrence l'employeur) pouvait être astreinte à supporter seule les frais de procédure, dès lors que la personne physique responsable (en l'occurrence l'employé) n'avait pas pu être identifiée, quand bien même la disposition légale ne le prévoyait pas expressément. A teneur de l'arrêt cantonal, admettre le contraire irait à l'encontre de la ratio legis de l'<ref-law>, puisque ce sont avant tout des considérations d'équité qui ont conduit le législateur à adopter cette disposition.
3.
La question qui se pose en l'espèce est de savoir si l'<ref-law> permet d'imputer les frais de la cause à un tiers exclusivement (en l'occurrence l'employeur en vertu de l'<ref-law>), en dérogation à la " solidarité " prévue par le texte légal.
L'autorité a le droit de déroger au sens littéral d'un texte apparemment clair, par la voie de l'interprétation, lorsque des raisons objectives révèlent que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent ressortir des travaux préparatoires, du but de la règle, des valeurs qui l'inspirent et de ses rapports avec d'autres dispositions légales (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 91 et les arrêts cités).
3.1. L'Assemblée fédérale a adopté l'<ref-law> tel que le Conseil fédéral le lui a proposé selon son Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale (FF 2006 p. 1057), message accompagné d'un projet de code de procédure pénale (FF 2006 p. 1373; art. 425 de ce projet). D'après l'exposé du Conseil fédéral en lien avec l'<ref-law> « l'autorité peut ordonner une responsabilité solidaire de tiers pour le paiement des frais (...) notamment lorsqu'un prévenu a commis une infraction pour l'avantage ou sur instruction d'un tiers (lui-même non impliqué dans la procédure pénale), éventuellement d'une personne morale; les art. 55 ou 333 CC, 50 ou 55 CO sont applicables par analogie » (Message, p. 1308). Selon le rapport explicatif de juin 2001 relatif à l'avant-projet d'un code de procédure pénale suisse (ci-après: rapport explicatif), " il peut s'avérer approprié de condamner ce tiers à supporter solidairement les frais "en application des dispositions civiles (rapport explicatif, p. 286).
Ces passages des travaux préparatoires permettent de comprendre le système voulu par le législateur: là où un prévenu doit assumer des frais selon l'<ref-law>, le ou les tiers dont ce prévenu engage la responsabilité selon une règle de droit civil, peuvent être tenus de les assumer solidairement avec lui. A aucun moment il n'est fait mention d'une marge d'appréciation de l'autorité quant au mode de répartition des frais lorsque la responsabilité civile d'un tiers est engagée (par ex. proportionnelle; exclusive).
3.2. Selon le rapport explicatif, certains cantons prévoyaient déjà l'imputation des frais de procédure à un tiers (cf. rapport explicatif, p. 286 n° 15, qui fait référence aux cantons suivants: BE, OW, NW, FR, SH, AR, SG, GR et TG).
A Fribourg, l'art. 233 de l'ancien code de procédure pénale (ci-après: CPP/FR), prévoyait que l'employeur du condamné, ou une société dont ce dernier était un organe, pouvait être condamné à supporter tout ou partie des frais en équité, notamment s'il avait tiré profit de l'infraction (al. 1). Il appartenait à l'autorité de décider s'il répondait solidairement ou non avec le condamné (al. 2).
Un auteur de doctrine estimait qu'il était possible, sous l'empire de l'ancien code de procédure pénale bernois (ci-après: CPP/BE), de mettre les frais à la charge exclusive d'un employeur en vertu de l'<ref-law> cum art. 387 et 390 al. 1 ch. 2 CPP/BE; cette dernière disposition impliquant toutefois l'inculpation de l'intéressé (cf. <ref-law>/BE sur la notion d'inculpé; THOMAS MAURER, Das bernische Strafverfahren, 2e éd. 2003, p. 591 s.). Se prononçant également sur la procédure bernoise, AESCHLIMANN faisait uniquement mention d'une solidarité entre la personne morale et la personne inculpée (JÜRG AESCHLIMANN, Einführung in das Strafprozessrecht, die neuen bernischen Gesetze, 1996, n° 2027). En lien avec la procédure pénale du canton de Saint-Gall, OBERHOLZER évoquait la possibilité d'imputer les frais à une personne morale en équité, sans précision sur le caractère exclusif ou solidaire (cf. NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts dargestellt am Beispiel des Kantons St. Gallen, 2e éd. 2005, n° 1816). Les anciens codes de procédure pénale des cantons de Vaud et Genève ne semblent pas avoir expressément prévu la mise à la charge des frais à un tiers.
Au vu des configurations variées prévues par les codes de procédure cantonaux en matière d'imputation des frais, l'on ne saurait en tirer une interprétation de l'<ref-law>. Il sied toutefois de relever que, lorsque la responsabilité du tiers est prévue, elle implique, dans la plupart des cas, le paiement solidaire avec le prévenu. A l'inverse du CPP/FR, l'<ref-law> ne prévoit pas expressément une marge de manoeuvre pour l'autorité de décider ou non d'une responsabilité solidaire.
3.3. Alors que le principe tiré de l'<ref-law> prévoit que l'Etat répond des frais, les exceptions ressortent des art. 426 et 427 CPP, lesquels visent le prévenu, respectivement, la partie plaignante ou le plaignant.
Figurant dans le chapitre " dispositions générales "en matière de frais, l'<ref-law> est intitulé " participation de plusieurs personnes et responsabilité de tiers " (cf. également versions allemande et italienne). Cette disposition traite de la seule question de la répartition des frais entre plusieurs personnes. Elle ne saurait être mise au rang des art. 423, 426 et 427 CPP régissant l'imputation des frais. L'art. 418 al. 1 prévoit la répartition proportionnelle (notamment entre des coauteurs; cf. Message, p. 1308) et l'al. 2, la solidarité entre plusieurs personnes astreintes au paiement des frais (par exemple l'instigateur; cf. Message, p. 1308). Quant à l'<ref-law>, il prévoit que le tiers peut répondre solidairement des frais avec le prévenu. Ce n'est donc qu'une fois que la question de l'imputation des frais est résolue (cf. art. 423, 426 et 427 CPP), que peut intervenir celle de la répartition (proportionnelle ou solidaire), en particulier entre un prévenu et un tiers. Compte tenu de la systématique légale, l'<ref-law> ne permet pas d'imputer les frais à la charge exclusive d'un tiers. L'application de cette disposition est conditionnée à la condamnation du prévenu aux frais de la procédure en vertu de l'<ref-law>.
Une telle approche ressort d'ailleurs de la procédure pénale applicable aux mineurs (loi fédérale du 20 mars 2009 sur la procédure pénale applicable aux mineurs [PPMin; RS 312.1]), laquelle prévoit que le canton supporte en premier lieu les frais de la procédure (<ref-law>) et renvoie pour le surplus aux art. 422 à 428 CPP (art. 44 al. 2). A teneur de l'<ref-law>, si les conditions sont réunies pour que les frais soient mis à la charge du prévenu mineur (<ref-law>), ses parents peuvent être déclarés solidairement responsables (cf. DIETER HABEISER, Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung Jugendstrafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 5 s. ad <ref-law>, selon lequel l'imputation des frais aux parents implique une responsabilité civile au sens de l'<ref-law>). La PPMin conditionne ainsi expressément l'imputation des frais à un tiers en raison de sa responsabilité civile, solidairement avec le prévenu, à la réalisation des conditions de l'<ref-law>.
3.4. Certes, en lien avec l'<ref-law>, des motifs d'équité commandent qu'en cas de complicité ou de participation, les intéressés soient tenus solidairement responsables pour les frais qu'ils ont provoqués ensemble (cf. rapport explicatif, p. 286; Message, p. 1308, prenant l'exemple d'un instigateur fortuné qui a poussé une personne démunie à commettre une infraction). Cette solution s'explique, en équité, dans la mesure où les intéressés sont alors tous visés par la procédure pénale. Dans le même esprit, des considérations d'équité commandent que le prévenu ne réponde pas seul des frais, lorsque la responsabilité civile d'un tiers est engagée, en vertu de l'<ref-law>. L'al. 3 introduit la responsabilité solidaire du tiers pour décharger le prévenu qui ne répondra pas seul des frais, le but n'étant toutefois pas de libérer complètement le prévenu au détriment du tiers.
3.5. La doctrine qui se prononce sur l'<ref-law> ne mentionne pas la possibilité de mettre les frais à la charge exclusive d'un tiers (cf. notamment: MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit Commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016, n° 9 ad <ref-law>; THOMAS DOMEISEN, Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 9 s. ad <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, StPO Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 5 ad <ref-law>; LE MÊME, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2e éd. 2013, n° 1765; JO PITTELOUD, Code de procédure pénale suisse, 2012, n° 1280; JEAN CREVOISIER, in Commentaire romand CPP, n° 3 ad <ref-law>). Selon OBERHOLZER, l'<ref-law> devrait, dans la pratique, rarement trouver application, notamment car il n'appartient pas au ministère public ou au tribunal pénal de traiter de questions complexes de responsabilité civile (NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3e éd. 2012, n° 1691).
Seule GRIESSER laisse indécise la question de savoir si une personne morale peut être exclusivement astreinte au paiement des frais de la procédure pénale. Elle précise toutefois que, s'il y a lieu d'admettre une responsabilité civile de la personne morale, on lui reprochera en principe un manque d'organisation au sens de l'<ref-law>, disposition qui devrait alors trouver application (YVONA GRIESSER, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER éd., Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 9 ad <ref-law>, en référence à deux auteurs de commentaires de codes de procédure cantonaux [cf. supra consid. 3.2]).
3.6. Tant du point de vue systématique, téléologique qu'historique, rien ne permet de s'écarter du sens littéral de la norme qui prévoit une responsabilité solidaire. Au vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que, si aucun prévenu n'est condamné au paiement des frais au sens de l'<ref-law>, l'<ref-law> ne permet pas d'imputer les frais de la procédure exclusivement à un tiers.
4.
En l'occurrence, les frais n'ont pas été mis à la charge d'un prévenu au sens de l'<ref-law>, ils ne sauraient donc être imputés exclusivement à la recourante. Les frais de la procédure doivent être mis à la charge du canton qui a conduit la procédure, en vertu de l'<ref-law>.
Le recours doit être admis. Il convient de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que les frais de procédure, arrêtés par 155'856 fr. 05 au ch. V de l'ordonnance de classement et confirmés par la cour cantonale sont mis à la charge du canton de Vaud (cf. <ref-law>). La cause doit être renvoyée pour le surplus à l'autorité précédente pour fixation des frais et indemnités liés aux procédures antérieures.
Il ne sera pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>). La recourante, qui obtient gain de cause peut prétendre à des dépens à la charge du canton de Vaud (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que les frais de procédure par 155'856 fr. 05 sont mis à la charge du canton de Vaud.
2.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et indemnités liés aux procédures antérieures.
3.
Il n'est pas perçu de frais pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le canton de Vaud versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 8 novembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke