Sachverhalt:
A.
Die A._ AG betreibt in Leibstadt eine Autogarage mit einer Tankstelle. Mit Schreiben vom 1. Februar 2011 teilte das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (nachstehend: BVU) der A._ AG mit, es fehle eine Abwasservorbehandlung für Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung, weshalb spätestens bis am 30. Juni 2011 bei der Gemeinde ein Gesuch für den Einbau einer solchen Anlage einzureichen sei. Die A._ AG teilte dem BVU mit Schreiben vom 18. Februar 2011 zusammengefasst mit, in der gesetzten Frist sei die verlangte Veränderung nicht möglich, weil der Umbau der Tankstelle sowie eine Erweiterung der Werkstatt inklusive Tiefgarage geplant seien. Das Projekt sehe eine Abwasseranlage vor und werde in den nächsten fünf Jahren realisiert.
Im Antwortschreiben vom 3. März 2011 führte das BVU namentlich aus, zur Sanierung der Entwässerung könne einer Fristerstreckung von fünf Jahren nicht zugestimmt werden.
"Entweder wird die Sanierung der Entwässerung in den nächsten Monaten realisiert oder wir müssen ein Einleitungsverbot für das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung aussprechen. Bitte teilen Sie uns mit, ob die Möglichkeit besteht, bis zum Umbau in fünf Jahren das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung zu sammeln und zu entsorgen."
Mit Schreiben vom 30. März 2011 teilte das BVU dem Geschäftsführer der A._ AG mit (act. 93 f.) :
"Am 28. März 2011 fand eine Besprechung in Ihrem Betrieb statt.
[...]
Sie machen geltend, dass
1. Die bestehende Abwasservorbehandlung (Mineralölabscheider) die Anforderungen an die Einleitung von Abwasser in die Kanalisation erfüllt und deshalb die bestehende Abwasservorbehandlung erst bei der Realisierung der zweiten Bauetappe (Umbau Garage und Tankstelle) ersetzt werden muss.
2. Da die zweite Bauetappe voraussichtlich noch im Jahr 2014 fertig gestellt werden soll, ist der Ersatz der bestehenden Abwasservorbehandlung zum jetzigen Zeitpunkt unverhältnismässig.
Weiteres Vorgehen
Analyse Kohlenwasserstoffe aus dem Mineralölabscheider
-..]
Ersatz des bestehenden Mineralölabscheiders
Der Ersatz des bestehenden Mineralölabscheiders ist in der zweiten Bauetappe vorgesehen. Den neuen Abscheider jetzt zu ersetzen und ihn dann in drei Jahren wieder zu versetzen ist unverhältnismässig."
B.
Bei einer Kontrolle vom 11. September 2014 wurden im Betrieb der A._ AG bezüglich der Entwässerung des Platzes für Motor- und Chassisreinigungen und der Tankstelle Mängel festgestellt. Am 16. Dezember 2014 verfügte die Abteilung für Umwelt des BVU gegenüber der A._ AG:
"1. Ab dem 1. Januar 2015 dürfen keine Fahrzeugreinigungen mehr durchgeführt werden, bis eine dem Stand der Technik entsprechende Entwässerung der Waschplätze vorliegt.
2. Die Entwässerung der Tankstelle muss entsprechend den geltenden Vorschriften angepasst werden. Gemäss der Schweizer Norm SN 502000 sind Vorbehandlungsanlagen bei Tankstellen und Umschlagplätzen mit einem selbsttätigen Abschluss (Überlaufsicherung) auszurüsten. Der Tankstellen- und Umschlagplatz muss dicht und mediumsbeständig sein. Die Entwässerung hat in die Schmutzwasserkanalisation zu erfolgen.
3. Ist die Tankstellenentwässerung, sowie die Abdichtung des Tankstellen- und Umschlagplatzes bis zum 31. März 2015 nicht saniert, muss die Tankstelle ab dem 1. April 2015 bis zur erfolgten Sanierung ausser Betrieb genommen werden.
4. Der Abschluss der Sanierung muss der Gemeinde und der Abteilung für Umwelt 5001 Aarau mitgeteilt werden.
5. Erst nach schriftlicher Freigabe durch die Abteilung für Umwelt darf der Betrieb der Tankstelle wieder aufgenommen werden."
Eine von der A._ AG gegen diese Verfügung eingereichte Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. Juni 2015 ab, wobei er den abgelaufenen Termin zur Umsetzung der verlangten Anpassungen bezüglich der Entwässerung des Waschplatzes auf einen Monat und für die Abdichtung der Tankstelle auf drei Monate ab Rechtskraft seines Entscheids festlegte.
Diesen Regierungsratsentscheid focht die A._ AG mit Beschwerde an, die das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 23. Februar 2016 abwies, soweit es darauf eintrat.
C.
Die A._ AG (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 24. Juni 2015, den Regierungsratsbeschluss vom 24. Juni 2015 und die Verfügung des BVU vom 16. Dezember 2014 mit Ausnahme der bereits erfüllten Verpflichtung zur Abdichtung des Tankstellenplatzes aufzuheben. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Regierungsrat des Kantons Aargau und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Stellungnahme zum Ergebnis, die Vorinstanz habe das Gewässerschutzgesetz nicht verletzt. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Ausführungen in der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Entscheid ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>), für die kein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> gegeben ist, weshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offensteht. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>; Urteil 1C_419/2011 vom 18. Juni 2012 E. 1). Da auch die anderen Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht von Amtes wegen an (<ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung ist offensichtlich unrichtig, wenn sie willkürlich ist. Eine entsprechende Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweisen).
2.
2.1. Der in <ref-law> garantierte Anspruch auf rechtliches Gehör räumt dem Betroffenen das Recht ein, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden. Diesem Recht entspricht die Pflicht der Behörden, die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 127).
2.2. In ihrer kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde verlangte die Beschwerdeführerin zum Nachweis, dass der Tankstellenplatz dicht sei und keine Risse bzw. keine nicht von der C._ GmbH sanierten Fugen aufweise, die Durchführung eines Augenscheins.
2.3. Das Verwaltungsgericht führte diesbezüglich aus, die Beschwerdeführerin habe durch Rechnungen belegt, dass sie im März 2015 Betonfugen des Tankstellenplatzes sanieren liess. Das Protokoll der Betriebskontrolle vom 31. August 2015 halte in Ziff. 9 fest, dass die Belagsrisse abgedichtet worden seien. Da diese Mängelbehebung vor der Erhebung der Beschwerde am 31. August 2015 erfolgte, habe die Beschwerdeführerin kein aktuelles Interesse mehr gehabt, den Entscheid des Regierungsrats bezüglich der verlangten Abdichtung anzufechten. Ein Augenschein hätte der Beschwerdeführerin nicht weiterhelfen können, weil nach der vorgenommenen Abdichtung des Tankstellenplatzes der frühere Zustand des Platzes gar nicht mehr hätte geprüft werden können.
2.4. Die Beschwerdeführerin wendet ein, beim Augenschein hätte nicht (nur) der frühere Zustand des Platzes, sondern dessen Sanierung überprüft werden müssen. Zudem hätten sich die involvierten Instanzen ein Bild darüber machen müssen, dass mit der Ableitung der Abwässer vom Tankstellenplatz und vom Platz für die Fahrzeugreinigung eine Gefährdung der Umwelt völlig ausgeschlossen gewesen sei. Die Vorinstanz habe daher das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> verletzt, indem sie den Antrag auf Durchführung eines Augenscheins in antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt habe.
2.5. Da die Vorinstanz die von der Beschwerdeführerin geltend gemachte nachträgliche Abdichtung des Tankstellenplatzes bestätigte bzw. feststellte, brauchte sie den dazu beantragten Augenschein nicht durchzuführen. Dass die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren zum Nachweis, dass mit der Entwässerung über einen Tank die Umwelt nicht gefährdet werde, einen Augenschein verlangte, macht sie nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich. Demnach verletzte die Vorinstanz das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin nicht, wenn sie bezüglich einer möglichen Umweltgefährdung keinen Augenschein durchführte. Dies wird dadurch bestätigt, dass namentlich die Beurteilung der Dichtigkeit eines Tanks Fachkenntnisse erfordert, weshalb insoweit eine Expertise erforderlich ist.
2.6. Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, bei einem Augenschein hätte sich die Vorinstanz auch darüber ein Bild machen können, dass die Wirtschaftslage neue Investitionen für die Beschwerdeführerin nicht leicht mache, weil sich ihre Tankstelle in unmittelbarer Nähe zur Landesgrenze befinde und mit der Änderung des Frankenkurses die Kunden seit dem Jahr 2015 vermehrt in Deutschland tanken würden.
Die Beschwerdeführerin zeigt jedoch nicht auf, dass sie zu dieser Tatsachenbehauptung die Durchführung eines Augenscheins verlangte. Hinzu kommt, dass mit einem Augenschein das wirtschaftsbedingte Verhalten der Kunden, das längere Zeitperioden umfasst, nicht nachgewiesen werden kann. Somit brauchte die Vorinstanz auch diesbezüglich keinen Augenschein durchzuführen.
3.
3.1. Die Vorinstanz führte zusammengefasst aus, die Beschwerdeführerin bestreite nicht, dass die Entwässerung der Garage mangelhaft sei, da beim Kanalisationsanschluss namentlich ein Schlammfang und eine Abscheideanlage mit selbsttätigem Abschluss fehle. Die Beschwerdeführerin bestreite auch nicht, dass die Entwässerung über einen Tank grundsätzlich unzulässig sei. Sie rechtfertige diese Art der Entwässerung einzig damit, dass sie das BVU im Schreiben vom 3. März 2011 angefragt habe, ob die Möglichkeit bestehe, bis zum Umbau in fünf Jahren das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung zu sammeln und extern zu entsorgen. Aus dieser Anfrage könne die Beschwerdeführerin jedoch nichts ableiten, weil sie in der Folge keine entsprechende Mitteilung gemacht habe. Das BVU sei daher gemäss seinem Schreiben vom 30. März 2011 weiterhin von einer Entwässerung in die Kanalisation ausgegangen und habe keinen Anlass gehabt zu prüfen, ob eine Entwässerung über einen stillgelegten Tank als Übergangslösung zugelassen werden könne.
3.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz verkenne, dass die zuständige Behörde die Entwässerung der beiden Anlagebereiche über einen Tank mit externer Entsorgung nicht als gesetzwidrig verworfen, sondern als Zwischenlösung hingenommen habe. Aus dem Schreiben des BVU vom 3. März 2011 ergebe sich, dass die zuständige Behörde über die Übergangslösung hinlänglich orientiert worden und bereit gewesen sei, diese für die Dauer von etwa fünf Jahren zu tolerieren.
3.3. Mit dieser Behauptung widerspricht die Beschwerdeführerin der vorinstanzlichen Feststellung, dass die Beschwerdeführerin die im Schreiben des BVU vom 3. März 2011 gestellte Frage, ob die Möglichkeit bestehe, bis zum Umbau in fünf Jahren das Abwasser aus der Motor- und Chassisreinigung zu sammeln und extern zu entsorgen, nicht beantwortete. Inwiefern diese Feststellung willkürlich sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar (vgl. 1.3 hievor). Dies ist auch nicht ersichtlich, zumal das BVU in seinem Schreiben vom 30. März 2011 gemäss der zutreffenden Annahme der Vorinstanz weiterhin von einer Entwässerung in die Kanalisation ausging. Zudem teilte das BVU mit Schreiben vom 17. Februar 2015 (act. 157) der Bauverwaltung der Gemeinde Leibstadt - mit Kopie an die Beschwerdeführerin - mit:
"Mit Schreiben der Firma B._ AG vom 16. Februar 2015 haben wir erfahren, dass bei der A._ AG [...] der Mineralölabscheider in einen Abscheider Klasse I (MAK NG 3-10) umgebaut wurde. Zudem wurden wir in diesem Schreiben auch informiert, dass der Tankstellenplatz in einen leeren Tank mit 10 m3 Volumen als "Totschacht" entwässert werde."
Gemäss diesem Schreiben wurde das BVU erst im Februar 2015 darüber informiert, dass der Tankstellenplatz über einen Tank entwässert wird. Dies entspricht der Angabe der Beschwerdeführerin in ihrem Schreiben vom 18. Februar 2015 an den Rechtsdienst des Regierungsrats, dass das Platzwasser der Tankstelle in einem Tank aufgefangen werde, der vor ca. 40-50 Jahren eingebaut worden und schon lange ausser Betrieb gewesen sei (act. 158). Zu dieser Angabe führte das BVU in seinem Schreiben vom 2. März 2015 im Verfahren vor dem Regierungsrat aus, das Ableiten von Wasser in einen ausser Betrieb gesetzten Tank sei so nicht bewilligungsfähig, weil zuvor die Dichtheit und Mediumsbeständigkeit des Tanks festgestellt werden müsse; zudem müsse eine Niveauüberwachung mit Alarmierung gewährleistet werden (act. 164).
Unter Berücksichtigung der genannten Schreiben durfte die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen, das BVU sei vor dem Erlass seiner Verfügung vom 16. Dezember 2014 nicht darüber informiert worden, dass die Entwässerung des Tankstellplatzes über einen Tank erfolge. Demnach konnte die Beschwerdeführerin nicht davon ausgehen, das BVU habe diese Art der Abwasserbeseitigung bisher hingenommen bzw. toleriert.
4.
4.1. Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz hätte prüfen müssen, ob eine Ausnahme im Sinne von Art. 18 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer vom 24. Januar 1991 (Gewässerschutzgesetz, GSchG) vorliege. Die Vorinstanz habe diese Bestimmung unbeachtet gelassen und verletzt, zumal feststehe, dass das Abwasser "in der Zwischenzeit auf eine andere befriedigende Weise beseitigt werde".
4.2. Das Gewässerschutzgesetz schreibt vor, dass im Bereich öffentlicher Kanalisationen das verschmutzte Abwasser in die Kanalisation eingeleitet werden muss (<ref-law>). Der Bereich öffentlicher Kanalisationen umfasst namentlich Bauzonen (<ref-law>). Baubewilligungen für Neu- und Umbauten dürfen im Bereich öffentlicher Kanalisationen nur erteilt werden, wenn gewährleistet ist, dass das verschmutzte Abwasser in die Kanalisation eingeleitet wird oder gemäss der Sonderregelung von <ref-law> landwirtschaftlich verwertet wird (<ref-law>). Als Ausnahme lässt <ref-law> zu, dass für kleinere Gebäude und Anlagen, die sich im Bereich öffentlicher Kanalisationen befinden, aber aus zwingenden Gründen noch nicht an die Kanalisation angeschlossen werden können, die Baubewilligung erteilt werden darf, wenn der Anschluss kurzfristig möglich ist und das Abwasser in der Zwischenzeit auf eine andere befriedigende Weise beseitigt wird. Bevor die Behörde die Bewilligung erteilt, hört sie die kantonale Gewässerschutzfachstelle an. Nach der Rechtsprechung und Lehre betrifft die Ausnahmeregelung in <ref-law> Baubewilligungen für Neu- und Umbauten (Urteil 1A.194/1997 vom 12. Dezember 1997 E. 3, in: RDAF 1998 I S. 266 ff.; ZUFFEREY/EGGS, in: Kommentar zum Gewässerschutzgesetz und zum Wasserbaugesetz, Peter Hettich und andere [Hrsg.], 2016, N. 4 zu <ref-law>). Die in <ref-law> genannten Voraussetzungen müssen kumulativ gegeben sein (Urteil 1C_419/2011 vom 18. Juni 2012 E. 5.3).
4.3. Mit der Streitgegenstand bildenden Verfügung vom 16. Dezember 2014 wurde die Beschwerdeführerin dazu verpflichtet, die Kanalisationsanschlüsse ihres Garagen- und Tankstellenbetriebs technisch anzupassen. Diese Verpflichtung fällt nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law>, weil sie keine Bewilligung für einen Neu- oder Umbau, sondern eine bestehende Anlage betrifft. Selbst wenn angenommen würde, diese Regelung könne gemäss dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit analog auf bereits bewilligte und erstellte Anlagen angewendet werden, müssten die entsprechenden Voraussetzungen gegeben sein. Die Beschwerdeführerin macht insoweit einzig geltend, vorliegend stehe fest, dass das Abwasser in der Zwischenzeit auf eine andere befriedigende Weise beseitigt werde. Im Sinne von <ref-law> kann eine befriedigende Weise der Beseitigung von Abwasser grundsätzlich bejaht werden, wenn es in einem Tank gesammelt und periodisch einer Kläranlage zugeführt wird (ZUFFEREY/EGGS, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; vgl. auch: Urteil 1A.131/1991 vom 10. November 1993 E. 8b, nicht publ. in: <ref-ruling>). Diese Art der Abwasserbeseitigung setzt jedoch namentlich voraus, dass der Tank dicht ist, weshalb das BVU einen entsprechenden Nachweis verlangte. Die Beschwerdeführerin behauptet vor Bundesgericht zwar, dass ihr Tank absolut dicht sei. Diese Behauptung findet jedoch im angefochten Urteil keine Stütze und die Beschwerdeführerin zeigt in ihrer Beschwerde nicht auf, dass sie den vom BVU verlangten Nachweis der Dichtigkeit erbracht hat. Demnach steht nicht fest, dass das Abwasser mit der Einleitung in einen Tank auf eine im Sinne von <ref-law> befriedigende Weise beseitigt wird.
Zudem stellte die Vorinstanz fest, es könne nicht davon ausgegangen werden, dass das Projekt "Neubau Tiefgarage mit Erweiterung Werkstatt/Ausstellung/Büro und fünf 2 1⁄2-Zimmerwohnungen" in absehbarer Zeit tatsächlich realisiert werde, da es gemäss einem Vorentscheid vom 18. August 2015 noch einer weiteren Bearbeitung bedürfe, bevor es in einem Baugesuchsverfahren eingereicht werden könne. Gemäss dieser unangefochtenen Feststellung fehlt auch die Voraussetzung, dass mit der Realisierung des in Aussicht gestellten Neu- bzw. Umbaus der rechtskonforme Anschluss an die Kanalisation kurzfristig (wieder) möglich ist, bzw. dass die Übergangslösung nur kurze Zeit dauert. Dies wird dadurch bestätigt, dass die Beschwerdeführerin angibt, für sie seien neue Investitionen nicht leicht, da sich im Jahr 2015 die wirtschaftlichen Verhältnisse drastisch verändert hätten.
Mangels der genannten Voraussetzungen könnte selbst bei einer analogen Anwendung von <ref-law> keine Ausnahme von der Anschlusspflicht an die Kanalisation gewährt werden. Demnach erweist sich Rüge der Verletzung dieser Bestimmung als unbegründet, ohne dass die weiteren Voraussetzungen geprüft werden müssen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Regierungsrat des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Gelzer