Sachverhalt:
A.
A.a. Mit Verfügung vom 16. März 2010 verpflichtete das Einzelgericht des Bezirkes Pfäffikon B.A._ im Rahmen von Eheschutzmassnahmen zu Unterhaltsleistungen an A.A._ für sie persönlich und die gemeinsamen Kinder. Diese Beiträge wurden durch vorsorgliche Massnahmen für die Dauer des Scheidungsverfahrens der Parteien geändert. Anfang 2014 bezifferte die Ehefrau die für den Zeitraum vom 1. April 2010 bis 1. Dezember 2013 geschuldeten Unterhaltsbeiträge auf gesamthaft Fr. 484'547.77; davon hatte der Ehemann aus der Sicht der Ehefrau bereits Fr. 384'345.55 geleistet, sodass sich ihrer Auffassung nach ein noch offener Betrag von Fr. 100'202.-- ergab.
A.b. Mit Zahlungsbefehl vom 5. Dezember 2013 betrieb A.A._ B.A._ für diesen Betrag (Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes U._). Am 29. September 2014 wurde ihr hiefür definitive Rechtsöffnung erteilt.
A.c. Mit Urteil des Einzelgerichts des Bezirksgerichts Meilen vom 30. September 2014 wurde die Ehe von A.A._ und B.A._ geschieden. Das Gericht genehmigte die Teilvereinbarung der Parteien vom 16. April 2014 betreffend das Güterrecht. Gemäss Ziffer 7 dieser im Dispositiv wiedergegebenen Konvention verzichten die Parteien auf die Geltendmachung von weiteren Ansprüchen aus Güterrecht.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 13. Oktober 2014 klagte B.A._ (fortan: Kläger) gegen A.A._ (fortan: Beklagte) beim Einzelgericht im ordentlichen Verfahren des Bezirksgerichts Meilen (sinngemäss) auf Feststellung, dass die Forderung gemäss Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes U._ (Zahlungsbefehl vom 5. Dezember 2013) im Umfang von Fr. 100'202.-- nicht (mehr) bestehe und die Betreibung daher aufzuheben sei. Er machte geltend, den geschuldeten Betrag bezahlt zu haben. Die Beklagte schloss am 1. Juni 2015 auf Abweisung der Klage und beantragte ihrerseits die Feststellung, dass die Forderung gemäss Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes U._ im Umfang von Fr. 92'580.-- weiterhin bestehe.
B.b. Mit Urteil vom 22. Dezember 2015 stellte das Einzelgericht fest, dass die Forderung in der strittigen Betreibung im Umfang von Fr. 54'760.-- nicht besteht, und hob die Betreibung in diesem Umfang auf.
B.c. Mit Berufung vom 6. Februar 2016 beantragte der Kläger, es sei festzustellen, dass die aus dem Urteil vom 22. Dezember 2015 betriebene Restforderung der strittigen Betreibung auch im Mehrumfang von Fr. 33'237.20 betreffend Schulkosten gemäss Abs. 5.2.3 nicht mehr bestehe; die Betreibung sei zusätzlich in diesem Umfang aufzuheben. Die Beklagte schloss auf Abweisung der Berufung und ersuchte ihrerseits mit Anschlussberufung vom 4. Mai 2016 um Feststellung, dass die Forderung in der strittigen Betreibung im Umfang von Fr. 40'472.35 nicht bestehe, weshalb die Betreibung in diesem Umfang aufzuheben sei.
B.d. Mit Urteil vom 21. Juni 2016 stellte das Obergericht des Kantons Zürich fest, dass die Forderung im Betrag von Fr. 87'997.20 nicht besteht, und ordnete die Aufhebung der Betreibung im genannten Umfang an.
C.
Die Beklagte (fortan: Beschwerdeführerin) hat am 29. August 2016 (Postaufgabe) beim Bundesgericht gegen das Urteil des Obergerichts Beschwerde erhoben. Sie beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben; in Gutheissung der Anschlussberufung sei das Urteil des Einzelgerichts des Bezirksgerichts Meilen vom 22. Dezember 2015 in den strittigen Punkten aufzuheben; es sei festzustellen, dass die Betreibung im Umfang von Fr. 40'472.35 nicht bestehe, und die Betreibung sei in diesem Umfang aufzuheben.
D.
Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Kläger (fortan: Beschwerdegegner) schliesst in seiner Eingabe vom 1. April 2017 (Postaufgabe) auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hat am 24. April 2017 (Postaufgabe) repliziert. Ein weiterer Schriftenwechsel fand nicht statt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonaler Endentscheid eines oberen kantonalen Gerichts als Rechtsmittelinstanz (Art. 75 Abs. 1 und 2, <ref-law>) in einer vermögensrechtlichen Zivilsache (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 und 1.2 S. 93; Urteil 5A_445/2012 vom 2. Oktober 2013 E. 1.1), deren Streitwert von Fr. 30'000.-- gegeben ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin erfüllt die Legitimationsvoraussetzungen gemäss Art. 76 Abs. 1 lit. a und b BGG. Auf die fristgerecht (<ref-law>) eingereichte Beschwerde ist somit einzutreten.
1.2. Auf die Vernehmlassung des Beschwerdegegners wird im Rahmen der Behandlung der einzelnen Rügen, soweit erforderlich, eingegangen. In der Replik wiederholt die Beschwerdeführerin ihre Standpunkte. Darauf ist nicht weiter einzugehen. Soweit darin Neues vorgebracht wird, ist darauf nicht einzutreten, kann doch die Replik nicht dazu dienen, das in der Beschwerde nicht Vorgebrachte nachzutragen.
2.
Gemäss <ref-law> kann der Betriebene jederzeit vom Gericht des Betreibungsortes feststellen lassen, dass die Schuld nicht oder nicht mehr besteht oder gestundet ist (Abs. 1). Erscheint dem Gericht die Klage als sehr wahrscheinlich begründet, so stellt es die Betreibung vorläufig ein (Abs. 2). Heisst das Gericht die Klage gut, so hebt es die Betreibung auf oder stellt sie ein (Abs. 3). Die Klage nach <ref-law> weist eine Doppelnatur auf. Wie die Aberkennungsklage bezweckt sie einerseits als materiellrechtliche Klage die Feststellung der Nichtschuld bzw. der Stundung; anderseits hat sie aber auch betreibungsrechtliche Wirkung, indem der Richter mit ihrer Gutheissung die Betreibung aufhebt oder einstellt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 92 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 151).
3.
Im Rahmen des kantonalen Verfahrens betreffend negative Feststellungsklage nach <ref-law> war strittig, ob die in Betreibung gesetzte Forderung für die während der Trennung geschuldeten Unterhaltsbeiträge in der Höhe von Fr. 100'202.-- noch besteht. Der Beschwerdegegner hatte seinerseits behauptet, die eingeforderte Unterhaltsleistung erbracht zu haben. Die erste Instanz hielt dafür, der Beschwerdegegner habe den Zahlungsnachweis für Fr. 27'494.90 nicht erbringen müssen, zumal diese Forderung von der Beschwerdeführerin nicht ausgewiesen worden sei. Im Weiteren habe er Zahlungen in der Höhe von Fr. 27'287.10 erbracht, weshalb sich laut erster Instanz insgesamt der Nichtbestand der Betreibungsforderung in der Höhe von Fr. 54'782.-- ergibt (Fr. 27'494.90 + Fr. 27'287.10). Diesen Betrag rundete die erste Instanz auf Fr. 54'760.-- ab.
Im Rahmen der Berufung an das Obergericht hatte der Beschwerdegegner beantragt, dass die Betreibungsforderung von Fr. 54'760.-- gemäss dem erstinstanzlichen Urteil aberkannt bleibt und zusätzlich im Mehrumfang von Fr. 33'237.20 als getilgt berücksichtigt wird. Gesamthaft wurde somit die Feststellung des Nichtbestandes der Forderung im Umfang von Fr. 87'997.20 (Fr. 54'760.-- + Fr. 33'237.20) verlangt.
Die Beschwerdeführerin hatte in ihrer Anschlussberufung um Feststellung ersucht, dass die Forderung lediglich im Umfang von Fr. 40'472.35 nicht besteht. Im Verhältnis zum erstinstanzlich festgestellten Betrag von Fr. 54'760.-- ergibt dies eine Kürzung der nicht bestehenden Forderung um Fr. 14'287.65 (Fr. 54'760.-- - Fr. 40'472.35). Nach Auffassung des Obergerichts entspricht dieser Betrag ziemlich genau dem Betrag für die Steuern für das Jahr 2010, welcher von der ersten Instanz nicht berücksichtigt worden ist.
4.
4.1. Das Obergericht hat die Parteien vor dem angefochtenen Urteil auf <ref-law> und die dazu ergangene Rechtsprechung des Bundesgerichts (Urteil 5A_803/2010 vom 3. Dezember 2010) hingewiesen und die Frage aufgeworfen, ob angesichts dieser Bestimmung und der Teilvereinbarung betreffend Güterrecht vom 16. April 2014 nicht auf einen Verzicht der Beschwerdeführerin auf die während der Trennung geschuldeten Unterhaltsbeiträge zu schliessen sei. Das Obergericht sah sich daraufhin mit dem Vorwurf der Beschwerdeführerin konfrontiert, es habe die Frage der Wirkung der Teilvereinbarung betreffend das Güterrecht vom 16. April 2014 zu Unrecht thematisiert; der Beschwerdegegner habe vor erster Instanz nicht behauptet, die eingeklagte Forderung sei infolge Verzichts seitens der Beschwerdeführerin untergegangen. Das Obergericht hat dazu erwogen, der Beschwerdegegner habe die besagte Teilvereinbarung bereits im erstinstanzlichen Verfahren zu den Akten gegeben, sodass kein Novum vorliege. Im Weiteren hat es auf die Ausführungen der ersten Instanz verwiesen, wonach die Frage des ausstehenden Schulgeldes, einer der strittigen Punkte, in diese Vereinbarung einbezogen worden sei. Das Obergericht führt weiter aus, mit der Berücksichtigung des in der Teilvereinbarung enthaltenen Satzes: "Die Parteien verzichten auf die Geltendmachung von weiteren Ansprüchen aus Güterrecht." habe es entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nichts erforscht und gegen den Willen der Parteien zu den Akten gezogen. Es habe lediglich ein Aktenstück nicht unbeachtet gelassen, auf das sich die Parteien nicht explizit bezogen hätten. Damit hat die Vorinstanz eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes (<ref-law>) und des Novenverbots (<ref-law>) verneint.
4.2. Die Beschwerdeführerin stellt sich auch vor Bundesgericht auf den Standpunkt, mit der Berücksichtigung der Teilvereinbarung betreffend das Güterrecht vom 16. April 2014 und insbesondere mit dem daraus gezogenen Schluss des Verzichts auf die Geltendmachung der während des Scheidungsverfahrens geschuldeten Unterhaltsbeiträge habe die Vorinstanz die Verhandlungsmaxime (<ref-law>) sowie das Novenverbot gemäss <ref-law> verletzt. Der Beschwerdegegner schliesst sich im Wesentlichen dem Standpunkt des Obergerichts an.
4.3.
4.3.1. Das Obergericht stellt sich zusammengefasst auf den Standpunkt, vorliegend sei es ausschliesslich um die Auslegung der Teilvereinbarung vom 16. April 2014 gegangen. In diesem Zusammenhang drängt sich allerdings die Frage auf, ob der Beschwerdegegner in tatsächlicher Hinsicht den Abschluss der Vereinbarung vom 16. April 2014 behauptet hat.
4.3.2. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass im Verfahren nach <ref-law> die Verhandlungsmaxime (<ref-law>) gilt. Danach haben die Parteien dem Gericht die Tatsachen, auf die sie ihre Begehren stützen, sowie die Beweismittel anzugeben. Ferner bestimmt <ref-law>, dass die Tatsachen in der Klage geltend zu machen sind. Wie das Obergericht zu Recht bemerkt, hat der Beschwerdegegner mit der Klage die Teilvereinbarung betreffend Güterrecht vom 16. April 2014 als Beweismittel ins Recht gelegt. Sie diente denn auch dazu, die Tilgung des Schulgeldes zu beweisen. Die erste Instanz hat unter Hinweis auf diese Vereinbarung erwogen, die Parteien hätten sich betreffend die Anrechnung des Schulgeldes geeinigt. Der Abschluss der Teilvereinbarung vom 16. April 2014 war somit in tatsächlicher Hinsicht vom Beschwerdegegner geltend gemacht worden. War der Abschluss der Teilvereinbarung vom 16. April 2014 vor erster Instanz vorgetragen und belegt worden, stand der obergerichtlichen Auslegung dieser Vereinbarung im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nichts im Weg. Der Vorwurf der Verletzung der Verhandlungsmaxime (<ref-law>) bzw. des Novenverbots (<ref-law>) erweist sich als unbegründet.
5.
Im vorliegenden Fall ist unter den Parteien strittig, ob die Beschwerdeführerin mit der gerichtlich genehmigten Teilvereinbarung vom 16. April 2014 auf die verfallenen Unterhaltsbeiträge für die Dauer des Scheidungsverfahrens verzichtet hat.
5.1. Das Obergericht geht in tatsächlicher Hinsicht davon aus, der Beschwerdegegner habe weitere Ansprüche der Beschwerdeführerin aus Unterhalt vehement bestritten. Nicht angenommen werden könne daher, die Parteien hätten übereinstimmend vereinbart, dass die Forderung aus verfallenem Unterhalt für die Dauer des Scheidungsverfahrens von der Teilvereinbarung vom 16. April 2014 ausgenommen werde.
5.2. Die Beschwerdeführerin macht zusammengefasst geltend, im vorliegenden Fall seien sich die Parteien darüber im Klaren gewesen, dass ihre am 16. April 2014 getroffene Vereinbarung die äusserst strittigen Unterhaltsbeiträge gerade nicht umfasste. Diese Auffassung habe auch der Beschwerdegegner in sämtlichen Rechtsschriften vertreten. Die Vorinstanz gehe zu Recht davon aus, dass sich die Parteien nicht umfassend geeinigt hätten. Der Beschwerdegegner habe nicht den Verzicht auf die Forderung durch die Beschwerdeführerin behauptet, sondern sei davon ausgegangen, die in Betreibung gesetzte Forderung sei durch Bezahlung getilgt worden. Die vom Obergericht gezogene Schlussfolgerung, die Forderung aus Unterhalt sei in die Teilvereinbarung eingeflossen bzw. sie sei von der Einigung nicht ausgenommen worden, erweise sich als willkürlich. Der Beschwerdegegner schliesst sich den obergerichtlichen Ausführungen an.
5.3. In der gerichtlich genehmigten "Teilvereinbarung" betreffend Güterrecht regeln die Parteien die güterrechtliche Auseinandersetzung und sehen in Ziff. 7 vor, auf die Geltendmachung von weiteren Ansprüchen aus Güterrecht zu verzichten. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung fallen Schulden aus der Unterhaltspflicht unter die gemäss <ref-law> zu regelnden Schulden und sind daher bei der Auflösung des Güterstandes in die güterrechtliche Auseinandersetzung miteinzubeziehen. Erklären die Parteien als Ergebnis dieses Vorgangs, dass sie "güterrechtlich auseinandergesetzt" sind, so bedeutet dies, dass keiner mehr vom anderen etwas fordern kann und dementsprechend auch Unterhaltsausstände, die während der Trennungszeit angefallen sind, nicht mehr geltend gemacht werden können (Urteil 5A_803/2010 vom 3. Dezember 2010 E. 3.3). Im vorliegenden Fall ist unter den Parteien strittig, ob die verfallenen Unterhaltsbeiträge überhaupt Gegenstand der Vereinbarung sind. Allein mit dem Hinweis auf die Rechtsprechung lässt sich die strittige Frage somit nicht beantworten.
5.4.
5.4.1. Als Willenserklärung ist die Vereinbarung über die Nebenfolgen der Scheidung nach den für die anderen Verträge aufgestellten Grundsätzen auszulegen (Urteile 5A_760/2012 vom 27. Februar 2013 E. 5.3.1; 5A_493/2011 vom 12. Dezember 2011 E. 2). Zur ergründen ist dabei in erster Linie der subjektive Wille der Parteien (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 469). Die Feststellung des tatsächlichen, wirklichen Parteiwillens bildet Tatfrage (<ref-ruling> E. 2e/aa S. 379), die der Überprüfung durch das Bundesgericht grundsätzlich entzogen ist (<ref-law>). Bleibt der tatsächliche Parteiwille unbewiesen, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 3.2 S. 413; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611). Für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses massgeblich. Nachträgliches Parteiverhalten ist dafür nicht von Bedeutung (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
5.4.2. Nach Auffassung des Obergerichts haben die Parteien die Unterhaltsbeiträge nicht von der Vereinbarung vom 16. April 2014 ausgenommen. Diese tatsächliche Schlussfolgerung bezüglich des wirklichen Willens der Parteien erweist sich als mit <ref-law> nicht vereinbar. Das Obergericht hat bei der Ermittlung des wirklichen Willens insbesondere das nachträgliche Verhalten des Beschwerdegegners nicht berücksichtigt, das nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung allenfalls auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen kann (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin hat in sämtlichen Verfahrensstadien behauptet, sie habe nicht auf die Unterhaltsforderung verzichtet. Sie bemerkt überdies zu Recht, der Beschwerdegegner habe im Verfahren nach <ref-law> seine Klage nicht mit dem Verzicht auf die Forderung aus verfallenem Unterhalt begründet, sondern vielmehr geltend gemacht, diese sei durch direkte bzw. indirekte Zahlungen untergegangen. Bei Berücksichtigung dieses Verhaltens des Beschwerdegegners in der Zeit nach der Vereinbarung vom 16. April 2014 lässt sich nicht vertreten, nach dem wirklichen Willen der Parteien seien die Unterhaltsbeiträge von der Vereinbarung vom 16. April 2014 erfasst worden. Vielmehr ist das Gegenteil der Fall; das trifft zumindest insoweit zu, als die Beträge nicht ausdrücklich in die Vereinbarung aufgenommen worden sind (ein gewisser Betrag als Schulgeld). Bei einer Annahme der obergerichtlichen Auffassung, vermöchte nicht einzuleuchten, weshalb sich der Beschwerdegegner nicht von Anfang an auf den Verzicht als Untergangsgrund der Forderung berufen hat. Aus dem Vorgehen des Beschwerdegegners ergibt sich vielmehr zwingend, dass beide Parteien ihrem wirklichen Willen zufolge die Unterhaltsleistungen (mit Ausnahme gewisser Schulkosten) von der Teilvereinbarung ausgenommen haben. Soweit der Beschwerdegegner seinen Standpunkt in der Berufung geändert und sich nunmehr ausdrücklich auf den Forderungsverzicht durch die Beschwerdeführerin berufen hat, ist dies nicht von Belang. Die Änderung der Verfahrensstrategie geschah erst, nachdem ihn die Vorinstanz in den Beschlüssen vom 4. April 2016 im Zusammenhang mit der vorläufigen Einstellung der Betreibung bzw. der unentgeltlichen Rechtspflege auf ihre Meinung zu <ref-law> und auf die zu dieser Frage ergangene Rechtsprechung des Bundesgerichts (Urteil 5A_803/2010 vom 3. Dezember 2010) hingewiesen hat. Die Änderung der Klagebegründung durch den Beschwerdegegner kann somit für die Ermittlung des wirklichen Willens der Parteien nicht massgebend sein. Ergibt sich aber aus dem korrekt ermittelten wirklichen Willen der Parteien, dass sie die während der Dauer des Scheidungsverfahrens geschuldeten Unterhaltsbeiträge grundsätzlich von der Teilvereinbarung betreffend güterrechtliche Auseinandersetzung ausgenommen haben, erübrigt sich eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip.
6.
Für den Fall, dass nicht von einem Verzicht ausgegangen werden kann, hat das Obergericht in E. 6 Eventualerwägungen zur Frage formuliert, ob die geltend gemachten Forderungen beglichen worden sind. Mit Bezug auf die Forderung von Fr. 33'237.20 betreffend die Schulkosten, die der Beschwerdegegner als nicht mehr bestehend getilgt haben will, hat das Obergericht indes nicht abschliessend beurteilt, wie es sich damit genau verhält. Es hat dazu lediglich erwogen, die erste Instanz sei davon ausgegangen, dass diese Kosten durch die Teilvereinbarung erledigt worden seien. Aus der Vereinbarung ersichtlich sei lediglich die Berücksichtigung der Höhe der Schulkosten im Umfang von Fr. 15'900.--. Die Vorinstanz hält weiter dafür, müsste die Frage der Schulkosten unabhängig vom Verzicht in der Teilvereinbarung entschieden werden, so müsste zunächst feststehen, ob die Vereinbarung der Parteien oder eine Entscheidung zur Tragung dieser wohl ausserordentlichen Kosten gemäss <ref-law> Anlass gebe. Erst wenn feststünde, wer die Kosten zu tragen habe, könne abgeklärt werden, inwieweit die aus der Aufstockung der Hypothek auf dem Miteigentumsgrundstück finanzierten Schulgeldzahlungen den Anteil des einen oder des andern Elternteils betreffe. Das Obergericht hat damit nicht abschliessend über das Los der Schulkosten von Fr. 33'237.20 entschieden. Damit liegt keine vollständige Eventualbegründung vor. Unter den gegebenen Umständen ist das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Behandlung von Berufung und Anschlussberufung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7.
Damit ist die Beschwerde im Eventualantrag gutzuheissen. Die Rückweisung der Sache zu neuem Entscheid bei offenem Ausgang gilt als Obsiegen (vgl. <ref-ruling> E. 11.1; zuletzt: Urteile 5A_577/2016 vom 13. Februar 2017 E. 4; 5A_18/2016 vom 24. November 2016 E. 7). Dementsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>), der überdies die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen hat (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Juni 2016 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zbinden