Sachverhalt:
A.
A.a. Die seit Jahren getrennt lebenden X._ und A._, beides nigerianische Staatsangehörige, haben zusammen zwei Söhne, geboren 2006 und 2008. Nach Auflösung der Beziehung der Eltern lebten die Kinder bei der Mutter. Der Vater hatte ein Besuchsrecht. Den Eltern stand die gemeinsame elterliche Sorge für die Kinder zu. Am 15. Oktober 2011 hatte X._ seine beiden Söhne bei sich zu Besuch. Entgegen der Vereinbarung brachte er seine Kinder nicht zurück, sondern reiste mit ihnen ohne Wissen und Zustimmung der Mutter sowie der Beiständin nach Nigeria, wo er sie bei Familienangehörigen zurückliess. Am 30. Oktober 2011 wurde X._ verhaftet.
A.b. Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte X._ zweitinstanzlich wegen mehrfacher qualifizierter Entführung und mehrfachen Entziehens von Minderjährigen zu einer Freiheitsstrafe von sieben Jahren (Urteile vom 13. Januar 2014 und 21. Oktober 2015), was das Bundesgericht mit Bezug auf den ersten Straftatbestand mit Urteil 6B_1279/2015 vom 14. April 2016 bestätigte (vgl. auch <ref-ruling>).
B.
B.a. X._ befindet sich seit dem 26. Mai 2015 in der Justizvollzugsanstalt Pöschwies. Am 8. Juli 2016 hatte er zwei Drittel seiner Freiheitsstrafe verbüsst. Das ordentliche Strafende fällt auf den 11. November 2018.
B.b. Am 9. Juni 2016 ersuchte X._ um bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug auf den frühest möglichen Termin. Mit Verfügung vom 29. Juni 2016 wies das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich das Begehren ab, was die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich auf Rekurs hin mit Verfügung vom 7. September 2016 bestätigte. Dagegen erhob X._ Beschwerde, welche das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 29. Dezember 2016 abwies, soweit darauf eingetreten wurde.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. Februar 2017 (Poststempel) beantragt X._ zur Hauptsache, das verwaltungsgerichtliche Urteil sei aufzuheben und es sei unverzüglich seine bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug anzuordnen; er sei für die erstandene Haft zu entschädigen und es sei ihm eine angemessene Genugtuung auszurichten; die Zivilforderungen würden gesamthaft und im Einzelnen bestritten und seien auf den Weg des Zivilprozesses zu verweisen. Weiter ersucht X._ um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung.
Mit einer weiteren Eingabe vom 2. Mai 2017 hat X._ den Entscheid des Amtes für Justizvollzug vom 7. April 2017 betreffend die Abweisung seines Urlaubsgesuchs vom 17. März 2017 sowie eine Kopie des dagegen erhobenen Rekurses eingereicht.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts betreffend die Nichtgewährung der bedingten Entlassung aus der Haft nach <ref-law> (Streitgegenstand) steht die Beschwerde in Strafsachen offen (Art. 78 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b BGG sowie <ref-law>). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde berechtigt, zumal er zwei Drittel seiner Strafe verbüsst hat (Sachverhalt B.a; Art. 81 Abs. 1 lit. a und lit. b Ziff. 1 BGG). Auf die rechtzeitig eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerde ohne Vertretung durch einen Anwalt eingereicht. Er war in der Lage, seine Sache selber ausreichend darzulegen. Die Beiordnung eines Rechtsbeistandes im bundesgerichtlichen Verfahren ist somit nicht notwendig und der diesbezügliche Antrag somit abzuweisen.
1.3. Die vom Beschwerdeführer nachträglich eingereichten Unterlagen betreffend das abschlägig beschiedene Urlaubsgesuch und den dagegen erhobenen Rekurs sind echte tatsächliche Noven, welche ausser Betracht zu bleiben haben (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343). Nicht zu hören sind sodann seine Rügen, soweit sie sich gegen den Schuldspruch wegen mehrfacher qualifizierter Entführung nach <ref-law> und das Strafmass richten oder die angebliche Untätigkeit der damaligen Vormundschaftsbehörde bei der Neuzuteilung des elterlichen Sorgerechts für die beiden Söhne betreffen, sodass sich ein Beizug der diesbezüglichen Akten erübrigt. Das Strafverfahren ist abgeschlossen. Das Urteil 6B_1279/2015 vom 14. April 2016 ist am Tage seiner Ausfällung in Rechtskraft erwachsen (<ref-law>; und hat das obergerichtliche Straferkenntnis vom 21. Oktober 2015 ersetzt [Urteil 2C_462/2014 vom 24. November 2014 E. 2.2 mit Hinweisen]). Dies gilt auch für die bestrittenen Zivilforderungen der damaligen Privatklägerin und Mutter der beiden vom Beschwerdeführer 2011 nach Nigeria gebrachten gemeinsamen Kinder. Schliesslich fehlt es in Bezug auf das Begehren um Entschädigung und Genugtuung für die erstandene Haft an einem Anfechtungsgegenstand (zum Begriff <ref-ruling> E. 1a S. 414; Urteil 2C_575/2016 vom 12. Juli 2016 E. 1.2).
2.
Hat der Gefangene zwei Drittel seiner Strafe, mindestens aber drei Monate verbüsst, so ist er durch die zuständige Behörde bedingt zu entlassen, wenn es sein Verhalten im Strafvollzug rechtfertigt und nicht anzunehmen ist, er werde weitere Verbrechen oder Vergehen begehen (<ref-law>).
2.1. Das Verwaltungsgericht erwägt, die begangene Straftat sei ein Dauerdelikt, welches dadurch gekennzeichnet sei, dass die zeitliche Fortdauer eines rechtswidrigen Zustands oder Verhaltens noch tatbestandsmässiges Unrecht bilde (unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 87). Dauerdelikte seien erst beendet, wenn der strafrechtswidrige Zustand aufhöre. Der Beschwerdeführer sei nicht gewillt, mit den schweizerischen Behörden zu kooperieren, um die Kinder in die Schweiz zurückzuführen. Dazu wäre er in der Lage, und zwar nach seinen Angaben aufgrund des Rechts und der Traditionen in seinem Heimatland Nigeria nur er. Mit anderen Worten hätte er es in der Hand, dem Dauerdelikt ein Ende zu setzen. Indessen stelle er Bedingungen, namentlich dass seine Ex-Partnerin und Kindsmutter wegen Drogenhandels verurteilt werde, die erhebliche Zweifel daran bestehen liessen, dass er sich ernsthaft um eine Rückführung der Kinder in die Schweiz bemühen könnte. Das gelte umso mehr, als er den "manipulierten" Strafprozess im Rückblick als Erpressung seiner Person empfinde, seine Kinder zurückzubringen. Auch dies dürfte ihn nicht ernsthaft dazu bewegen, irgendwelche Aktivitäten in diese Richtung zu unternehmen, sondern zeige vielmehr seine grundlegende Haltung, im Recht zu sein. Der Freiheitsentzug ab dem 26. Mai 2015 habe somit nicht zum Abbruch des verbotenen Verhaltens geführt (unter Hinweis auf das Urteil 6B_694/2012 vom 27. Juni 2013 E. 2.1.3). Unter diesen Umständen, so das Verwaltungsgericht, "ist aber schon die Voraussetzung von <ref-law>, wonach nicht anzunehmen ist, dass der Verurteilte in Freiheit weitere Verbrechen oder Vergehen begehen werde, nicht erfüllt. Im Moment der bedingten Entlassung würde nämlich der deliktische Zustand des Dauerdelikts wieder aufgenommen und fortgeführt, was sich mit einem deliktsfreien Verhalten nicht in Einklang bringen lässt und konsequenterweise sogleich wieder zum Widerruf der bedingten Entlassung führen müsste". Damit relativiere sich auch eine Differenzialdiagnose. "Ob der Beschwerdeführer weiterhin im Strafvollzug bleibt oder ob er bedingt entlassen wird, ist in der aktuellen Situation insofern nicht von Bedeutung, als in beiden Fällen das Dauerdelikt fortgeführt wird. Anders wäre höchstens zu befinden, wenn sich der Beschwerdeführer für die Rückführung seiner Söhne einsetzen und darum bemühen würde, woran es jedoch fehlt". Unter den gegebenen Umständen könne ihm daher keine gute Legalprognose gestellt werden.
2.2. Der Beschwerdeführer bringt vor, aus Uneinsichtigkeit in die Straftat könne nicht auf eine ungünstige Prognose geschlossen werden. Sinngemäss werde er weiterhin unzulässigerweise in Beugehaft behalten, indem die bedingte Entlassung einzig verweigert werde, um seinen Widerstand zu brechen und ihn dadurch zu einer Rückführung seiner Söhne zu bewegen. Das sei nicht Sinn und Zweck einer korrekten strafprozessualen Massnahme. Es drohe ihm ein Gefängnisaufenthalt ohne Ende. Das rechtswidrige Verhalten der Vollzugsbehörde stelle eine klare Verletzung der in <ref-law>, Art. 6 Ziff. 2 EMRK und <ref-law> verankerten Unschuldsvermutung dar. Ihm dürfe strafbares Verhalten so lange nicht zur Last gelegt werden, bis er rechtskräftig verurteilt worden sei. "Und ein solches bei der Prognosebeurteilung folglich ausser Acht gelassen werden muss". Abgesehen davon liege auf der Hand, dass seine Motivation, auf die Rückreise der Kinder hinzuwirken, mit einem noch längeren Verbleib im Gefängnis kaum steigen werde. Im Übrigen habe er schon immer geltend gemacht, dass er sich nur persönlich vor Ort in Nigeria gegenüber den Oberhäuptern seiner Stammesgemeinschaft für deren Rückkehr einsetzen könne. Im Gefängnis seien ihm die Hände gebunden. Im Falle einer bedingten Entlassung bestehe somit die konkrete Möglichkeit, dass er seine beiden Söhne nach einer Anhörung in seinem Heimatland in die Schweiz zurückbringen werde.
2.3. Der Beschwerdeführer beanstandet die Qualifikation seiner Straftat als Dauerdelikt nicht. Ein solches liegt namentlich vor, wenn die Begründung des rechtswidrigen Zustands mit der Unterlassung seiner Aufhebung eine Einheit bildet und das auf Fortführung des deliktischen Erfolgs gerichtete Verhalten vom betreffenden Straftatbestand ausdrücklich oder sinngemäss mitumfasst wird. Dauerdelikte sind mit anderen Worten dadurch gekennzeichnet, dass die zeitliche Fortdauer des rechtswidrigen Zustandes noch tatbestandsmässiges Unrecht bildet. Das Dauerdelikt ist vollendet, wenn die strafbare Handlung ausgeführt wurde. Beendet ist es mit dem Ende oder der Unterdrückung des rechtswidrigen Zustandes (<ref-ruling> E. 6.3 S. 213 mit Hinweisen). Erfasst eine strafrechtliche Verurteilung nur das Verhalten bis zum Urteilszeitpunkt, wird die Tateinheit aufgehoben, was bedeutet, dass sich für die Zeit danach bei fortbestehendem rechtswidrigem Zustand wiederum die Frage der Strafbarkeit stellen kann (<ref-ruling> E. 3.2 S. 9 mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall wurden bei der Festsetzung der (Einsatz-) Strafe für die mehrfache Entführung nach <ref-law> von fünfeinhalb Jahren die Deliksdauer von eineinhalb Jahren von der Tathandlung am 15. Oktober 2011 bis zum erstinstanzlichen Urteil vom 3. Juni 2013 (vgl. Urteil 6B_694/2012 vom 27. Juni 2013 E. 2.3.1) im Rahmen der rechtlichen Qualifikation (<ref-law> ["Erschwerende Umstände"]; vgl. <ref-ruling> E. 4.3 in fine S. 13) und im Rahmen der Strafzumessung bei der objektiven Tatschwere und beim objektiven Verschulden berücksichtigt (Urteil 6B_1279/2015 vom 14. April 2016 E. 3.3.2). Dem Umstand, dass der Beschwerdeführer weder den konkreten Aufenthaltsort seiner Kinder bekannt gab noch die Rückführungsbemühungen unterstützte, mass das Bundesgericht unter dem Titel Täterkomponenten straferhöhende Bedeutung zu (Urteil 6B_1279/2015 vom 14. April 2016 E. 3.3.4). Die allfällige Weigerung, weiterhin nichts dazu beizutragen, um den rechtswidrigen Zustand zu beenden, ist daher mit der ausgefällten Freiheitsstrafe von insgesamt sieben Jahren nicht abgegolten (anders etwa <ref-ruling> E. 4 S. 273 ff.). Nach Verbüssung der Strafe ist somit bei Fortdauer der Entführung eine erneute Bestrafung nicht ausgeschlossen. Darum geht es hier indessen nicht bzw. davon zu unterscheiden ist die Frage nach der Gewährung der bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug nach Verbüssung von zwei Drittel der Strafe, welche Bedingung unbestritten erfüllt ist.
2.4. Die bedingte Entlassung stellt die Regel dar, von der nur aus guten Gründen abgewichen werden darf. In dieser letzten Stufe des Strafvollzugs soll der zu entlassende Gefangene den Umgang mit der Freiheit erlernen. Diesem spezialpräventiven Zweck stehen die Schutzbedürfnisse der Allgemeinheit gegenüber, denen umso höheres Gewicht beizumessen ist, je hochwertiger die bei einem allfälligen Rückfall bedrohten Rechtsgüter sind. Die (Legal-) Prognose über das künftige Wohlverhalten ist in einer Gesamtwürdigung zu erstellen, welche nebst dem Vorleben, der Persönlichkeit und dem Verhalten des Gefangenen während des Strafvollzugs vor allem dessen neuere Einstellung zu seinen Taten, seine allfällige Besserung und die nach der Entlassung zu erwartenden Lebensverhältnisse berücksichtigt (<ref-ruling> E. 2.3 S. 203 mit Hinweisen; Urteil 6B_684/2015 vom 1. Oktober 2015 E. 4.2, in: SJ 2016 I S. 97). Im Sinne einer Differenzialprognose sind zudem die Vorzüge und Nachteile der Verbüssung der gesamten Strafe denjenigen einer Aussetzung eines (des letzten) Teils der Strafe gegenüberzustellen (Urteil 6B_93/2015 vom 19. Mai 2015 E. 4.1; vgl. zum Ganzen Baechtold/Weber/Hostettler, Strafvollzug, Straf- und Massnahmenvollzug an Erwachsenen in der Schweiz, 3. Aufl. 2016, S. 266 ff.). Die Verweigerung der bedingten Entlassung, die sich auf eine nicht zu beanstandende Prognosebeurteilung stützen kann, ist mit der Unschuldsvermutung nach <ref-law> vereinbar. Danach gilt jede Person bis zu ihrer rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig (vgl. auch <ref-law> und Art. 6 Ziffer 2 EMRK).
Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er sich bisher nicht um die Rückbringung seiner beiden Söhne in die Schweiz bemüht hat, was ihm auch aus dem Gefängnis heraus möglich gewesen wäre, wie das Bundesgericht im Urteil 6B_123/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 2.4 (nicht publ. in: <ref-ruling>) festgestellt hat. Ebenso wenig vermochte er bisher glaubhaft zu machen, dass er nach der (bedingten) Entlassung das ihm Mögliche unternehmen werde, um den rechtswidrigen Zustand zu beenden. Dieses Verhalten durfte das Verwaltungsgericht bei der Prognosebeurteilung mitberücksichtigen. <ref-law> differenziert in Bezug auf die für die Legalprognose massgebende Frage, ob "nicht anzunehmen ist, er werde weitere Verbrechen oder Vergehen begehen", nicht nach der Art des Delikts. Erfasst werden mithin auch Dauerdelikte, die im Zeitpunkt der Beurteilung der Voraussetzungen der bedingten Entlassung fortdauern, was, folgerichtig, zu deren Verweigerung führen kann. Dass und soweit damit indirekt auch Druck auf den Gefangenen ausgeübt wird, damit er den rechtswidrigen Zustand (hier Entführung und Entziehen von Minderjährigen) beende, ist im Gesetz selber angelegt und somit für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend (<ref-law>; Urteil 6B_896/2014 vom 16. Dezember 2015 E. 3). In diesem Sinne kann es daher im vorliegenden Fall keinen Unterschied machen, ob "der Beschwerdeführer weiterhin im Strafvollzug bleibt oder ob er bedingt entlassen wird", wie das Verwaltungsgericht erwägt, was sich indessen nicht zu seinen Gunsten auswirken kann.
2.5. Nach dem Gesagten verletzt die Verweigerung der bedingten Entlassung des Beschwerdeführers weder <ref-law> noch die Unschuldsvermutung nach <ref-law> (sowie <ref-law> und Art. 6 Ziffer 2 EMRK).
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ist abzuweisen, weil die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde in Strafsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Fessler