Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1961 geborene A._ war seit Dezember 1984 in der B._ AG angestellt und damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 4. Juni 1989 verletzte er sich bei einem Sturz am linken Knie. Die SUVA kam für die Heilbehandlung und das Taggeld auf. Mit Verfügung vom 20. Juli 1990 sprach sie dem Versicherten ab 1. Juli 1990 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zu. Mit Verfügung vom 4. November 1992 reduzierte sie die Rente ab 1. Dezember 1992 ausgehend von einer Erwerbsunfähigkeit von 20 %; dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 7. Januar 1993. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 1. April 1997 hielt sie revisionsweise an diesem Rentenanspruch fest.
A.b. Am 3. August 2002 verletzte sich der Versicherte bei einem Sturz an der linken Schulter. Am 6. Mai 2003 zog er sich beim Auffangen eines fallenden Rads eine Verletzung an der rechten Schulter zu. Die SUVA erbrachte für beide Unfälle Heilbehandlung und Taggeld. Mit Verfügung vom 18. Oktober 2005 eröffnete sie dem Versicherten, sie richte ihm für die Folgen des Unfalls vom 3. August 2002 eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung aus. Unter Mitberücksichtigung der Folgen des Unfalls vom 4. Juni 1989 sprach sie ihm ab 1. Januar 2005 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 25 % zu; für die Beeinträchtigung der linken Schulter gewährte sie ihm eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 5 %. Seine Einsprache wies sie mit Entscheid vom 23. Februar 2006 ab. In teilweiser Gutheissung seiner Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau diesen Entscheid auf und wies die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen im Sinne der Erwägungen und zu neuer Verfügung an die SUVA zurück (Entscheid vom 28. Februar 2007).
A.c. Am 28. Mai 2006 erlitt der Versicherte bei einem Autounfall ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Am 18. September 2013 verfügte sie die Leistungseinstellung für diesen Unfall per 31. Dezember 2013. Hieran hielt sie mit unangefochten in Rechtskraft erwachsenem Einspracheentscheid vom 4. April 2014 fest.
A.d. Gestützt auf die insbesondere im Verfahren der Eidgenössischen Invalidenversicherung getroffenen Abklärungen sprach die SUVA dem Versicherten mit Verfügung vom 5. November 2013 für die Folgen der Unfälle vom 4. Juni 1989 und 3. August 2002 ab 1. Januar 2005 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 25 % zu. Seine Einsprache wies sie mit Entscheid vom 29. Juli 2015 ab.
B.
In Abweisung der gegen diesen Einspracheentscheid geführten Beschwerde stellte das Versicherungsgericht des Kantons Aargau nach gewährter Möglichkeit zu deren Rückzug fest, der Versicherte habe aufgrund der Unfälle vom 4. Juni 1989 und 3. August 2002 weiterhin Anspruch auf eine Rente bei einem Invaliditätsgrad von 20 % (Entscheid vom 25. Februar 2016).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab 1. Januar 2005 bis 29. November 2012 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 60 % und seither eine solche bei einem Invaliditätsgrad von 40 % zuzusprechen; eventuell sei die Sache für weitere medizinische Massnahmen bzw. Abklärungen (inkl. ev. EFL) und erwerbliche Abklärungen sowie die weitere Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen bis zum definitiven Rentenentscheid an die SUVA zurückzuweisen.
Mit Verfügung vom 11. April 2016 zog das Bundesgericht die Akten der IV-Stelle des Kantons Aargau betreffend den im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren ergangenen Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 8. Januar 2015 bei. Dies wurde den Parteien mitgeteilt.
Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung. Am 3. August 2016 reicht der Versicherte Berichte des Instituts C._ vom 8. Juli 2016 und der Klinik D._ vom 20. Juli 2016 ein.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2.
Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen des Rentenanspruchs (<ref-law>), des Fallabschlusses (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 113 ff.), der Invalidität (Art. 7 f. ATSG), der Rentenrevision (<ref-law>) und der Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend die Rechtsprechung zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
3.
Strittig und zu prüfen ist als Erstes die medizinische Situation.
3.1. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, aufgrund des Berichts des Kreisarztes Dr. med. E._ vom 23. Januar 2004 hätten damals keine weiteren Behandlungsmöglichkeiten bezüglich linkes Knie und linke Schulter bestanden. Hierauf sei abzustellen. Der Grundfall betreffend den Unfall vom 3. August 2002 (linke Schulter) und das weitere Revisionsverfahren betreffend den Unfall vom 4. Juni 1989 (linkes Knie) könnten somit per 31. Dezember 2004 abgeschlossen werden. Das für die IV-Stelle erstellte polydisziplinäre (orthopädische, internistische und psychiatrische) Gutachten des Swiss Medical Assessment- and Business-Centers (SMAB), Bern, vom 26. Mai 2011 habe bezüglich der Folgen dieser Unfälle keine Therapiemöglichkeiten aufgezeigt, die eine namhafte Besserung der Arbeitsfähigkeit bewirken könnten. Die bei der kreisärztlichen Untersuchung vom 19. August 2013 festgestellten Veränderungen am linken Knie und an der linken Schulter stellten den Fallabschluss per 31. Dezember 2004 auch nicht in Frage. Gemäss dem orthopädischen Bericht der Klinik D._ vom 17. April 2015 bestünden zwar insbesondere in Bezug auf die linke Schulter neue Therapiemöglichkeiten; jedoch habe sich der Versicherte mit Schreiben vom 22. April 2014 ausdrücklich gegen eine (operative) Behandlung entschieden. Dies entspreche gemäss dem Bericht der Klinik D._ einer der möglichen Vorgehensweisen. Im Zeitpunkt des Einspracheentscheides vom 29. Juli 2015 hätten insgesamt somit keine Therapiemöglichkeiten betreffend linkes Knie und linke Schulter bestanden. Falls sich der Versicherte entsprechend seiner Eingabe vom 10. Februar 2016 dennoch für ein operatives Vorgehen entscheiden sollte, werde er auf das Rückfallrecht verwiesen. Die Durchführung eines Mahn- und Bedenkzeitverfahrens sei nicht erforderlich gewesen, da ihm kein Verstoss gegen die Mitwirkungs- oder Schadenminderungspflicht vorgeworfen werde. Es sei auf den Bericht der Klinik D._ vom 17. April 2015 abzustellen, wonach er in körperlich leicht belastenden bzw. sitzenden Arbeiten voll arbeitsfähig sei.
3.2.
3.2.1. Gegenstand des hier strittigen Einspracheentscheides vom 29. Juli 2015 war die Leistungspflicht der SUVA aus den Unfällen vom 4. Juni 1989, 3. August 2002 und 6. Mai 2003 (vgl. zum Anfechtungs- und Streitgegenstand: <ref-ruling> E. 2.1). Nicht einzutreten ist demnach auf das Vorbringen des Beschwerdeführers, aufgrund zweier weiterer Unfälle sei er wegen einer Verletzung/Erkrankung des Daumengelenks und einer längerdauernden schweren depressiven Episode eingeschränkt gewesen, wofür die SUVA bis Ende 2013 100%ige Taggelder bezahlt habe. Hievon abgesehen ist dieser Einwand zu pauschal, als dass er den angefochtenen Gerichtsentscheid in Frage stellen könnte.
3.2.2. Die vom Versicherten neu aufgelegten Berichte des Instituts C._ vom 8. Juli 2016 und der Klinik D._ vom 20. Juli 2016 sind, da erst nach dem angefochtenen Gerichtsentscheid entstanden, unzulässige echte Noven (<ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123; Urteil 8C_285/2016 vom 22. Juli 2016 E. 5.2).
3.3. Der Versicherte beruft sich auf den im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren ergangenen vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid vom 8. Januar 2015. Er rügt, die Vorinstanz verhalte sich widersprüchlich, da sie in jenem Entscheid festgestellt habe, bezüglich der unfallbedingten Verletzungen der Schulter und des Knies seien weitere Abklärungen und allenfalls Behandlungen notwendig. Dieser Einwand ist nicht stichhaltig, da das Bundesgericht an den vorinstanzlichen Entscheid vom 8. Januar 2015 nicht gebunden ist. Dieser Entscheid erging insbesondere vor dem Bericht der Klinik D._ vom 17. April 2015 (vgl. auch Urteil 8C_864/2015 vom 30. März 2016 E. 5.3.5).
3.4. Im Übrigen führt der Versicherte keine Arztberichte auf, die den vorinstanzlichen Schluss in Frage stellten, dass er aufgrund des Berichts der Klinik D._ vom 17. April 2015 in leidensangepassten Tätigkeiten zu 100 % arbeitsfähig ist. Insbesondere sind keine medizinischen Anhaltspunkte ersichtlich für seine Behauptung, betreffend die linke Schulter bestehe eine abzuklärende neurologische Problematik.
3.5. Der Versicherte rügt, der Fallabschluss sei verfrüht erfolgt und verweist auf die im Bericht der Klinik D._ vom 17. April 2015 diskutierten operativen Therapiemöglichkeiten. Hierzu ist festzuhalten, dass er laut diesem Bericht aufgrund der Schulterproblematik links auch bei einer Operation mit Sicherheit keinen körperlich belastenden Beruf mehr wird ausüben können. Selbst wenn die in diesem Bericht als weitere Therapiemöglichkeit angesprochene Knieoperation links eine Verbesserung der für körperlich leichte Tätigkeiten bestehenden Arbeitsfähigkeit bewirken würde, kann insgesamt dennoch nicht von einer namhaften Besserung des Gesundheitszustandes, namentlich einer bedeutenden Steigerung der Arbeitsfähigkeit, ausgegangen werden (Art. 19 Abs. 1, Art. 21 lit. b UVG; <ref-ruling> E. 4.3 S. 115; Urteil 8C_691/2013 vom 19. März 2014 E. 7.2).
Der Versicherte bringt zudem vor, wenn bei Verweigerung einer (ohnehin erst andiskutierten) Operation auf Eintritt des Endzustandes erkannt und damit der Anspruch auf weitere, die Arbeitsfähigkeit verbessernde Behandlungen abgelehnt werde, setze dies ein gesetzeskonformes Mahn- und Bedenkzeitverfahren voraus, das hier nicht durchgeführt worden sei. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Rentenleistungen an den Versicherten weder gekürzt noch verweigert (vgl. <ref-law>), sondern aufgrund der auch ohne Operation bestehenden Leistungsfähigkeit ermittelt wurden. Ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren war somit nicht erforderlich, wie die Vorinstanz richtig erkannt hat. Dafür bestand auch mit Blick auf weitere Taggelder und Heilbehandlung keine Veranlassung, nachdem der Beschwerdeführer von einer der gemäss dem Bericht der Klinik D._ bestehenden Optionen Gebrauch gemacht hatte. Hinsichtlich des Fallabschlusses ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis somit ebenfalls rechtens, zumal IV-Eingliederungsmassnahmen nicht zur Diskussion standen (vgl. auch Urteil 8C_765/2014 vom 9. Februar 2015 E. 9).
3.6. Da von weiteren medizinischen Abklärungen keine entscheidrelevanten Ergebnisse mehr zu erwarten sind, verzichtete die Vorinstanz darauf zu Recht (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236).
4.
4.1. Die Vorinstanz ermittelte aufgrund der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348) einen Invaliditätsgrad von 20 %.
Der Versicherte wendet ein, das kantonale Gericht habe mit dem in Rechtskraft erwachsenen Entscheid vom 28. Februar 2007 festgehalten, der Invaliditätsgrad sei nach dem Betätigungsvergleich zu ermitteln, da ihm der allgemeine Arbeitsmarkt mit einer Verweisungstätigkeit im Anstellungsverhältnis (ausserhalb der Pneumontage) nicht offenstehe bzw. nicht zumutbar sei. Im invalidenversicherungsrechtlichen Entscheid vom 29. November 2012 habe die Vorinstanz zwar festgehalten, er könne sich hierauf wegen veränderter Verhältnisse nicht mehr berufen. Zumindest aber bis zu diesem Entscheid sei aufgrund des Vertrauensschutzes der Betätigungsvergleich anzuwenden. Denn bis dahin habe die SUVA Gegenteiliges weder abgemahnt noch verfügt. Aufgrund der Beeinträchtigungen aus den weiteren zwei Unfällen habe er faktisch auch nichts Schadenminderndes unternehmen können.
4.2. Die Berufung des Versicherten auf die zwei weiteren Unfälle ist unbehelflich (vgl. E. 3.2.1 hievor).
Der vorinstanzliche Entscheid vom 28. Februar 2007 erging, als der Versicherte noch als Selbstständigerwerbender im Pneuhandel tätig war. In diesem Entscheid führte die Vorinstanz nicht aus, die Eingliederung auf dem ausgeglichen Arbeitsmarkt sei für ihn absolut unzumutbar. Vielmehr legte sie dar, aufgrund seiner Schwierigkeiten beim Lesen und Schreiben, seiner fehlenden Ausbildung und seiner bisher ausgeübten körperlichen Tätigkeiten (Bau, Pneuhandel/-montage) würde er nur für Handlangerarbeiten oder andere körperliche Hilfstätigkeiten eingestellt. In diesem Lichte kam die Vorinstanz damals zum Schluss, dass ihm die Aufgabe seiner selbstständigen Erwerbstätigkeit zu Gunsten einer unselbstständigen Arbeit nicht zumutbar sei. Indessen gab der Versicherte die selbstständige Erwerbstätigkeit Ende 2007 freiwillig auf und arbeitet seither nicht mehr. Insofern haben sich die tatsächlichen Verhältnisse seit dem kantonalen Entscheid vom 28. Februar 2007 wesentlich verändert, weshalb kein Anspruch auf Vertrauensschutz besteht.
Der relevante ausgeglichene Arbeitsmarkt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 459) beinhaltet durchaus Stellen, die für den Beschwerdeführer aufgrund des oben umschriebenen Zumutbarkeitsprofils (E. 3.1 hievor) in Frage kommen. Er umfasst insbesondere auch sogenannte Nischenarbeitsplätze, also Stellen- und Arbeitsangebote, bei welchen Behinderte mit einem sozialen Entgegenkommen von Seiten des Arbeitgebers rechnen können (Urteil 8C_345/2016 vom 1. September 2016 E. 5).
5.
Strittig ist weiter das ohne Gesundheitsschaden hypothetisch erzielbare Valideneinkommen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 300).
5.1. Der Beschwerdeführer war ab 1. Dezember 1984 in der B._ AG angestellt. Ab 1. Oktober 1991 - also nach dem Unfall vom 4. Juni 1989 - wechselte er in die F._ AG. Die Vorinstanz stellte beim Valideneinkommen auf den Lohn von Fr. 51'610.- (Fr. 3'970.- x 13) ab, den der Versicherte gemäss Angaben des Betriebsbesitzers vom 4. September 1992 im Jahre 1992 bei voller Einsetzbarkeit bei der B._ AG erzielt hätte. Unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung ermittelte sie für das Jahr 2005 ein Einkommen von Fr. 60'888.55.
Der Versicherte wendet ein, es sei auf den höheren Lohn abzustellen, den er bei der F._ AG erzielt habe. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Verantwortlichen dieses Unternehmens anlässlich der Besprechung mit der SUVA vom 6. August 1992 angaben, bei ihnen würde der Versicherte bei vollem manuellem Einsatz einen Monatsgrundlohn von Fr. 3'700.- bis Fr. 3'800.- erzielen, wobei die Gratifikation 75 % eines Monatslohnes ausmache. Im Gesundheitsfall hätte der Versicherte bei der B._ AG mithin mehr verdient, weshalb sein Einwand nicht stichhaltig ist.
5.2. Weiter bringt der Versicherte vor, abzustellen sei auf ein Valideneinkommen von zumindest Fr. 66'750.- (Fr. 53'400.- : 80 x 100), das sich aus dem Einkommen von Fr. 53'400.- ergebe, welches er als (zu 20 % eingeschränkter) Selbstständigerwerbender versichert und für das er Prämien bezahlt habe. Dem steht entgegen, dass sich der versicherte Verdienst (<ref-law>; <ref-law>) und das Valideneinkommen nicht nach den gleichen Kriterien bemessen, weshalb sie nicht notwendigerweise deckungsgleich sind (Urteile I 944/05 vom 30. Januar 2007 E. 3.3 und U 46/03 vom 13. August 2003 E. 3.1). Der Beschwerdeführer legt nicht hinreichend substanziiert dar, weshalb es angezeigt wäre, den auf freiwilliger Basis festgesetzten versicherten Verdienst dem Valideneinkommen gleichzusetzen.
6.
Beim Invalideneinkommen ging die Vorinstanz von der Tabelle TA1 der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik 2004, Total, Männer, Anforderungsniveau 4 (einfache und repetitive Tätigkeiten), aus. Unter Berücksichtigung der 100%igen Arbeitsfähigkeit des Versicherten in leidensangepassten Tätigkeiten und eines Abzugs von 12,5 % vom LSE-Tabellenlohn ermittelte sie hochgerechnet auf das Jahr 2005 ein Einkommen von Fr. 50'954.15. Der Versicherte verlangt einen Abzug von 25 %.
Die Vorinstanz hat unter Berücksichtigung der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301) und in Würdigung der massgebenden Merkmale eingehend erwogen, weshalb kein 12,5 % übersteigender Abzug gerechtfertigt ist. Der Versicherte zeigt nicht auf und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern sie das ihr diesbezüglich zustehende Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt haben soll (zur Kognition vgl. <ref-ruling> E. 3.3. S. 399). Im Übrigen ist der Einkommensvergleich, der einen Invaliditätsgrad von 20 % ergab, unbestritten, weshalb sich Weiterungen dazu erübrigen (vgl. Urteil 8C_906/2015 vom 12. Mai 2016 E. 4.3).
7.
Der unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. September 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar