Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl wirft X._ vor, in den Räumlichkeiten der A._ AG bzw. der B._ AG an den von C._, D._ und E._ benutzten Computern heimlich und unbefugt einen Keylogger eingesetzt zu haben. Dadurch habe er die Logins und Passwörter dieser Personen erlangt und sich Zugriff auf deren Computerarbeitsbereiche verschafft. Am 8. Februar 2011 habe er diese Tasteninformationen verwendet, Zugriff auf die gesamten Daten (Geschäftsunterlagen, geschäftliche und private Ordner sowie private und geschäftliche E-Mails) von E._ genommen und Informationen aus dessen E-Mail-Konto erlangt. X._ bestreitet lediglich, unbefugt gehandelt zu haben.
B.
B.a. Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 21. Juni 2012 wegen unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem zu einer bedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 1'000.--. Auf das Schadenersatzbegehren der F._ AG trat es nicht ein. Das Verfahren hinsichtlich der Straf- und Zivilklage von E._ stellte es zufolge Fehlens eines Strafantrags ein. Die Kosten der Untersuchung und des gerichtlichen Verfahrens auferlegte es X._. Es verpflichtete ihn, der F._ für das gesamte Verfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 60'253.05 zu bezahlen.
X._ legte gegen dieses Urteil Berufung ein. Das Nichteintreten auf das Schadenersatzbegehren der F._ und die Einstellung des Verfahrens hinsichtlich E._ erwuchsen unangefochten in Rechtskraft. Am 7. Mai 2013 stellte das Obergericht des Kantons Zürich das Strafverfahren gegen X._ wegen unbefugten Eindringens in ein Datenverarbeitungssystem aufgrund der Verletzung des Anklageprinzips ein. Es bestätigte das erstinstanzliche Kosten- und Entschädigungsdispositiv.
Am 22. April 2014 hiess das Bundesgericht die Beschwerde von X._ gut und hob den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. Mai 2013 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf (Verfahren 6B_815/2013). Es wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück.
B.b. Mit Beschluss vom 30. Januar 2015 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich erneut das erstinstanzliche Kosten- und Entschädigungsdispositiv. Es beschloss, für das erste und das zweite Berufungsverfahren keine Gerichtsgebühren zu erheben. Es sprach X._ für das erste und das zweite Berufungsverfahren je eine Prozessentschädigung von Fr. 8'640.-- zu.
X._ wandte sich mit Beschwerde an das Bundesgericht. Er beantragte, die Dispositivziffer 3 (Bestätigung der erstinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen) des Beschlusses des Obergerichts des Kantons Zürich vom 30. Januar 2015 sei aufzuheben. Ihm seien keine Gerichtsgebühren aufzuerlegen. Er sei nicht zu verpflichten, der F._ für das erstinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung zu bezahlen, und ihm sei für das gesamte erstinstanzliche Verfahren eine solche zuzusprechen.
Am 26. Januar 2016 hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut und hob den Beschluss des Obergerichts vom 30. Januar 2015 wegen Verletzung von Art. 426 Abs. 2, Art. 430 Abs. 1 lit. a und <ref-law> auf (Verfahren 6B_241/2015). Es wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück.
B.c. Mit Beschluss vom 8. September 2016 stellte das Obergericht des Kantons Zürich fest, dass das Urteil des Bezirksgerichts vom 21. Juni 2014 bezüglich der Dispositivziffern 4 (Nichteintreten auf das Schadenersatzbegehren der F._) und 5 (Einstellung des Verfahrens hinsichtlich der Straf- und Zivilklage von E._) in Rechtskraft erwachsen sei (Dispo-Ziff. 1). Es stellte das Verfahren gegen X._ ein (Dispo-Ziff. 2). Das Obergericht bestätigte die erstinstanzliche Kostenfestsetzung, erhob für das erste, zweite sowie dritte Berufungsverfahren keine Gerichtsgebühren und nahm die Kosten der Untersuchung sowie des erstinstanzlichen Gerichtsverfahrens auf die Gerichtskasse (Dispo-Ziff. 3-5). Es sprach X._ für die Untersuchung sowie das erstinstanzliche Gerichtsverfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 35'640.-- für anwaltliche Verteidigung aus der Gerichtskasse zu (Dispo-Ziff. 6). Auf dessen Antrag auf Zusprechung einer Parteientschädigung für entgangenes Einkommen und auf Zusprechung einer Genugtuung trat es nicht ein (Dispo-Ziff. 7). Das Obergericht sprach X._ für das erste und zweite Berufungsverfahren eine Parteientschädigung von je Fr. 8'640.-- sowie für das dritte Berufungsverfahren eine Parteientschädigung von Fr. 5'400.-- zu (Dispo-Ziff. 8-10).
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Dispositivziffern 6 und 7 des Beschlusses des Obergerichts vom 8. September 2016 seien aufzuheben. Ihm seien (a) die Anwaltskosten in der Höhe von Fr. 100'939.40 vollumfänglich als Prozessentschädigung, (b) eine angemessene Parteientschädigung für entgangenes Einkommen und (c) eine Genugtuung für das gesamte erstinstanzliche Verfahren zuzusprechen.
D.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze das Gebot der Waffengleichheit indem sie der Privatklägerin überlange Fristerstreckungen gewährt habe (Beschwerde S. 6). Auf diese Rüge ist nicht einzutreten. Wie der Beschwerdeführer selber einräumt, hatte dieses Vorgehen keinen relevanten Einfluss auf den angefochtenen Entscheid.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze bei der Festsetzung der Entschädigung für seine anwaltschaftlichen Kosten Art. 429 Abs. 1 lit. a und Art. 81 Abs. 1 lit. b StPO, Art. 9 sowie Art. 29 Abs. 1 und 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Sie reduziere diese Entschädigung übermässig und spreche ihm nur gut die Hälfte des Betrages zu, welchen sie der Privatklägerin in den ersten beiden Beschlüssen zugesprochen habe. Für das Vorverfahren spreche ihm die Vorinstanz anstatt Fr. 77'728.15 nur Fr. 27'000.-- zu. Dabei wende sie anstelle des bezahlten durchschnittlichen Stundenansatzes von Fr. 440.-- einen Stundenansatz von Fr. 350.-- an. Sie kürze diese Prozessentschädigung weiter, indem sie unter anderem annehme, für das Verfassen von sechs Eingaben von insgesamt 70 Seiten, die Vor- und Nachbearbeitung der Einvernahmen, das Aktenstudium, die rechtlichen Abklärungen sowie die Gespräche mit dem Klienten seien pauschal Fr. 18'175.-- angemessen. Ein derartiger Betrag entspreche aber nicht der Realität. Zudem begründe die Vorinstanz den als angemessen erachteten Pauschalbetrag nicht. Aus dem Gebot der Waffengleichheit sei ihm mindestens ein Betrag in der Höhe zuzusprechen, welcher der Summe der Kosten der Privatklägerin und des Staates entspreche (Beschwerde S. 7 ff.).
2.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer beantrage für das erstinstanzliche Gerichtsverfahren eine Parteientschädigung von Fr. 100'939.40 und belege dies mit acht Rechnungen. Im Vorverfahren bemesse sich die Gebühr nach dem notwendigen Zeitaufwand der Vertretung. Es würden die Ansätze gemäss § 3 der Verordnung über die Anwaltsgebühren vom 8. September 2010 (AnwGebV/ZH; LS 215.3) (vgl. § 16 AnwGebV/ZH) gelten. Demnach betrage die Gebühr, wenn sie sich nach dem Zeitaufwand richte, in der Regel Fr. 150.-- bis Fr. 350.-- pro Stunde. Nachdem am 9. Februar 2011 der Strafantrag eingereicht worden sei, habe die Polizei die Ermittlungen aufgenommen, womit das Vorverfahren begonnen habe. Dieses habe mit der Überweisung der Anklageschrift vom 4. April 2012 an die erste Instanz geendet. Gemäss den eingereichten Rechnungen werde für das Vorverfahren insgesamt Fr. 77'728.15 geltend gemacht. Darin sei für die Aufwendungen von Rechtsanwalt Dr. G._ ein Stundenansatz von Fr. 550.-- und für Rechtsanwalt Dr. H._ ein solcher von durchschnittlich Fr. 330.77 geltend gemacht worden. Allerdings sei das zwischen dem Beschwerdeführer und dem Wahlverteidiger vereinbarte Honorar (Stundenansatzhöhe) für die Festsetzung der Parteientschädigung nicht bindend. Vielmehr richte sich die Höhe nach den kantonalen Anwaltstarifen. Es könne folglich höchstens ein Stundenansatz von Fr. 350.-- berücksichtigt werden. Aus den Rechnungen gehe der Zeitaufwand für die jeweiligen Aufwendungen nicht hervor und könne auch nicht aus den geltend gemachten Beträgen errechnet werden. Der Aufwand sei zu schätzen, da trotz hinreichender Gelegenheit keine detaillierten Rechnungen eingereicht worden seien. Die Vorinstanz berechnet sodann anhand eines durchschnittlichen Stundenansatzes für beide Rechtsanwälte jeweils die Zeitaufwände in den eingereichten Rechnungen. Sie gelangt zum Schluss, bei einem Stundenansatz von Fr. 350.-- ergebe dies für das Vorverfahren gestützt auf die eingereichten Rechnungen einen Aufwand von insgesamt Fr. 63'162.15 (inkl. Auslagen und MWST). In Anbetracht des Aktenumfangs erscheine diese korrigierte Prozessentschädigung jedoch als zu hoch. Es handle sich um keinen besonders umfangreichen Fall. Es seien auch keine besonders aufwendigen Abklärungen der Strafverfolgungsbehörden mit entsprechenden Folgekosten ersichtlich. Zudem sei die Problematik zwar verhältnismässig selten und anspruchsvoll, aber nicht überaus komplex. Zum Anklageprinzip habe im Vorverfahren, auf welches sich drei Viertel der geltend gemachten Kosten beziehe, d.h. vor Erhebung der Anklage, noch keine Ausführungen gemacht werden müssen. Aufgrund der Untersuchungsakten sei ersichtlich, dass die Verteidigung an drei Einvernahmen des Beschwerdeführers, sechs Zeugeneinvernahmen und einer Einvernahme der Privatklägerin teilgenommen habe, was - unter Berücksichtigung des Wegs von einer Stunde für die Einvernahmen, die an sechs verschiedenen Daten stattgefunden hätten - rund 19 1⁄2 Stunden ergäben. Ausgehend von einem Stundenansatz von Fr. 350.-- folge aus der Teilnahme an den Einvernahmen ein Aufwand von Fr. 6'825.--. Dazu kämen sechs Eingaben der Verteidigung im Umfang von insgesamt 70 Seiten sowie Vor- und Nachbereitung der Einvernahmen, Aktenstudium, rechtliche Abklärungen sowie Gespräche mit dem Beschwerdeführer. Insgesamt sei für das Vorverfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 25'000.-- angemessen, was zuzüglich Mehrwertsteuer Fr. 27'000.-- ergebe (Beschluss S. 15 ff. E. 2.2).
2.3.
2.3.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie gemäss <ref-law> u.a. Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte (lit. a) und der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (lit. b). Die Strafbehörde prüft den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-law>). Es obliegt der beschuldigten Person, ihre Ansprüche zu begründen und auch zu belegen. Dies entspricht der zivilrechtlichen Regel, wonach wer Schadenersatz beansprucht, den Schaden zu beweisen hat (<ref-law>; vgl. zum Ganzen: <ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
2.3.2. Das Bundesgericht prüft die Auslegung von <ref-law> frei. Es auferlegt sich indessen eine gewisse Zurückhaltung gegenüber der vorinstanzlichen Einschätzung, insbesondere hinsichtlich der Frage, welcher Aufwand der Verteidigung im konkreten Fall noch als angemessen zu bezeichnen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 47 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 2.3.6). Es ist in erster Linie Aufgabe der Strafbehörden, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen, wobei sie über ein beträchtliches Ermessen verfügen. Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn der Ermessensspielraum klarerweise überschritten wurde und die Festsetzung des Honorars ausserhalb jeden vernünftigen Verhältnisses zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. zur amtlichen Verteidigung <ref-ruling> E. 3.1 f.; Urteile 6B_264/2016 vom 8. Juni 2016 E. 2.4.3; 6B_74/2014 vom 7. Juli 2014 E. 1.4.2; je mit Hinweisen).
Das Bundesgericht überprüft die Anwendung kantonalen Rechts - von hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - nur auf Willkür (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2). Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen). Für die Rüge der Willkür gelten erhöhte Begründungsanforderungen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen).
2.4. Auf die Vorbringen des Beschwerdeführers ist nicht einzutreten, soweit er sie mit der Höhe der ursprünglich an die Privatklägerin zu leistenden Entschädigung begründet. Diese Entschädigung ist nicht mehr Gegenstand des Verfahrens und des angefochtenen Entscheids. Weiter macht der Beschwerdeführer zwar geltend, die Kürzung des Stundenansatzes auf Fr. 350.-- sei fragwürdig; dieser Ansatz sei nicht marktüblich. Er legt aber nicht dar, dass und inwiefern die in Anwendung von kantonalem Recht erfolgte Kürzung willkürlich ist. Dies ist auch nicht ersichtlich. Nicht zu beanstanden ist sodann, dass die Vorinstanz die zu vergütenden Stunden im Vorverfahren gestützt auf ihre Berechnung geschätzt hat. Der Beschwerdeführer wendet sich grundsätzlich denn auch nicht dagegen. Entgegen seiner Auffassung genügt die Vorinstanz auch bei der zweiten Annahme ihrer Begründungspflicht. Sie legt nachvollziehbar dar, welche Aufwandspositionen ihres Erachtens zu entschädigen sind und zwar, die sechs Eingaben der Verteidigung im Umfang von insgesamt 70 Seiten, die Vor- und Nachbereitung der Einvernahmen, das Aktenstudium, die rechtlichen Abklärungen und die Gespräche mit dem Beschwerdeführer. Die Vorinstanz führt das für das Vorverfahren zu entschädigende Total von Fr. 25'000.-- exkl. MWST auf. Nach Abzug des Betrags für die Einvernahmen von Fr. 6'825.-- lässt sich mit dem massgebenden Stundenansatz von Fr. 350.-- ausrechnen, welchen Aufwand die Vorinstanz für die vorgenannten Positionen als angemessen erachtet, nämlich rund 52 Stunden. Sowohl bei der Festsetzung dieses Aufwands als auch bei der Parteientschädigung insgesamt überschreitet die Vorinstanz das ihr diesbezüglich zustehende weite Ermessen nicht. Namentlich ist nicht zu beanstanden, dass sie bei den neben den Einvernahmen zu vergütenden Positionen im Vorverfahren nicht eine Stundenanzahl von 140-250 als angemessen erachtet (Beschwerde S. 8).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer führt aus, die Vorinstanz verkenne die Bindungswirkung des bundesgerichtlichen Urteils. Sie nehme zu Unrecht an, das Bundesgericht habe mit seinem Urteil die Festlegung der Prozessentschädigung auf die Beurteilung seiner Anwaltskosten i.S.v. <ref-law> beschränkt. Solche Ausführungen seien dem Entscheid aber nicht zu entnehmen. Vielmehr wäre die Frage der ihm zustehenden Prozessentschädigung nach <ref-law> vollumfänglich neu zu beurteilen gewesen. Im zweiten bundesgerichtlichen Verfahren sei es im Wesentlichen einzig darum gegangen, ob ihm trotz Verfahrenseinstellung ausnahmsweise gemäss <ref-law> die Verfahrenskosten aufzuerlegen und nach <ref-law> die Entschädigung sowie die Genugtuung vorzuenthalten seien. Verfahrensgegenstand sei somit nur die grundsätzliche Verteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen gewesen. In der Folge habe das Bundesgericht die vorinstanzliche Verteilung kassiert. Mit der Behauptung, er habe keinen Berufungsantrag für eine Prozessentschädigung nach <ref-law> gestellt, stelle die Vorinstanz schliesslich die Tatsachen aktenwidrig fest (Beschwerde S. 9 ff.).
3.2. Die Vorinstanz hält fest, im letzten Berufungsverfahren habe der Beschwerdeführer zwar gestützt auf <ref-law> bereits einen Antrag auf Zusprechung einer Prozessentschädigung für die Anwaltskosten im erstinstanzlichen Verfahren gestellt, aber keinen solchen für die Entschädigung von entgangenem Einkommen im Sinne von <ref-law> und auch keinen Antrag auf Genugtuung im Sinne von <ref-law>. Solche Anträge habe er erstmals im vorliegenden dritten Berufungsverfahren beziffert und substanziiert. Auch vor Bundesgericht habe der Beschwerdeführer diese Anträge nicht gestellt. Dementsprechend seien sie vor Bundesgericht auch nicht Thema gewesen. Die kantonale Behörde, die nach der Rückweisung neu entscheiden müsse, dürfe nur in jenen Punkten auf ihr Urteil zurückkommen, die zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids geführt hätten. Dies sei der Verstoss gegen <ref-law>, weil die Vorinstanz dem Beschwerdeführer keine Prozessentschädigung zugesprochen habe. Die Frage einer Entschädigung für entgangenen Gewinn und die Frage nach einer Genugtuung im Sinne von Art. 429 Abs. 1 lit. b und c StPO seien vom Bundesgericht nicht in Erwägung gezogen worden. Vielmehr seien die bundesgerichtlichen Ausführungen dahingehend zu verstehen, dass bezüglich <ref-law> lediglich die Prozessentschädigung im Sinne von <ref-law> Gegenstand der neuen Beurteilung zu sein habe. Dem Beschwerdeführer sei es verwehrt, Berufungsanträge zu stellen, die er im letzten Berufungsverfahren nicht beziffert bzw. nicht gestellt habe und keine zulässigen Noven seien. Im Stadium, in dem sich der Streit befunden habe, bevor der angefochtene Beschluss gefällt worden sei, und in welches der Streit mit der Rückweisung durch das Bundesgericht zurückversetzt worden sei, habe der Beschwerdeführer diese Anträge nicht gestellt, obwohl er dies hätte machen können. Die Ansprüche betreffend Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen und bezüglich Genugtuung seien auch nicht von Amtes wegen zu prüfen, da <ref-law> eine Ungleichbehandlung zwischen anwaltlich vertretenen und nicht vertretenen Personen vermeiden wolle, der Beschwerdeführer aber anwaltlich vertreten gewesen sei. Im vorliegenden Verfahren ergebe sich durch den bundesgerichtlichen Entscheid keine Konstellation, welche Raum für neue Anträge biete. Es gehe einzig um die Kostenauflage sowie um die Prozessentschädigung im Sinne von <ref-law>. Auf den Antrag des Beschwerdeführers auf Zusprechung einer Parteientschädigung für entgangenes Einkommen und auf Zusprechung einer Genugtuung sei deshalb nicht einzutreten (Beschluss S. 21 ff. E. 3.2.2).
3.3. Im Falle eines bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheids hat die mit der neuen Entscheidung befasste kantonale Instanz ihrem Urteil die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wird, zugrunde zu legen. Jene bindet auch das Bundesgericht, falls ihm die Sache erneut unterbreitet wird. Aufgrund dieser Bindungswirkung ist es den erneut mit der Sache befassten Gerichten wie auch den Parteien - abgesehen von allenfalls zulässigen Noven - verwehrt, der Überprüfung einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu Grunde zu legen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden sind. Die neue Entscheidung der kantonalen Instanz ist somit auf diejenige Thematik beschränkt, die sich aus den bundesgerichtlichen Erwägungen als Gegenstand der neuen Beurteilung ergibt. Das Verfahren wird nur insoweit neu in Gang gesetzt, als dies notwendig ist, um den verbindlichen Erwägungen des Bundesgerichts Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 mit Hinweisen; vgl. hierzu auch <ref-ruling> E. 5.3.3; Urteil 6B_1031/2016 vom 23. März 2017 E. 4.1; je mit Hinweisen). Dabei kann sich die neue Entscheidung in den Grenzen des Verbots der reformatio in peius auch auf Punkte beziehen, die vor Bundesgericht nicht angefochten waren, sofern dies der Sachzusammenhang erfordert (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 4; Urteil 6B_35/2012 vom 30. März 2012 E. 2.2; je mit Hinweisen).
Zwar prüft die Strafbehörde den Anspruch auf Entschädigung oder Genugtuung von Amtes wegen (<ref-law>). Dies bedeutet aber lediglich, dass darüber zu befinden ist, ohne dass es eines Antrages der beschuldigten Person bedarf (vgl. Urteile 6B_566/2015 vom 18. November 2015 E. 2.4.1; 6B_666/2014 vom 16. Dezember 2014 E. 4.1; je mit Hinweisen).
3.4. Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet. Die vorinstanzlichen Ausführungen zur Bindungswirkung des bundesgerichtlichen Urteils vom 26. Januar 2016 können nicht gestützt werden (Verfahren 6B_241/2015). Das Bundesgericht erwog in diesem Rückweisungsentscheid, das vom Beschwerdeführer eingestandene Verhalten sei grundsätzlich kausal für die Einleitung eines Strafverfahrens und die dadurch entstandenen Kosten gewesen. Indes sei der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem gemäss Vorinstanz zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten des Beschwerdeführers und den Kosten des Strafverfahrens nicht gegeben. Die Vorinstanz verstosse gegen <ref-law>, wenn sie dem Beschwerdeführer Verfahrenskosten auferlege, gegen <ref-law>, wenn sie ihm keine Prozessentschädigung zuspreche und gegen <ref-law>, wenn sie ihn verpflichte, der Privatklägerin eine Prozessentschädigung zu bezahlen. Bei diesem Verfahrensausgang müsse auf die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers nicht eingegangen werden (E. 1.4). Dieser weist nun zutreffend darauf hin, dass es im zweiten Rückweisungsentscheid somit einzig darum ging, ob die Vorinstanz ihm zu Recht trotz Verfahrenseinstellung ausnahmsweise gemäss <ref-law> die Verfahrenskosten auferlegte und nach <ref-law> die Entschädigung (oder Genugtuung) verweigerte. Verfahrensgegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens 6B_241/2015 war damit die grundsätzliche Verteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen. Weil der damalige Entscheid der Vorinstanz bereits aus diesem Grund aufzuheben war, stellte sich die Frage allfälliger Ansprüche, namentlich auch solche gemäss Art. 429 Abs. 1 lit. b und c StPO bzw. deren Höhe (noch) nicht. Mithin durfte die Vorinstanz im vorliegenden Verfahren nicht von einer dahingehenden einschränkenden Bindungswirkung ausgehen. Vielmehr war die Frage der dem Beschwerdeführer zustehenden Prozessentschädigung nach <ref-law> vollumfänglich neu zu beurteilen. Indem die Vorinstanz nicht auf die Anträge des Beschwerdeführers auf Zusprechung einer Parteientschädigung für wirtschaftliche Einbussen und auf Zusprechung einer Genugtuung eintritt, verletzt sie Bundesrecht. Dies ist auch der Fall, soweit sie erwägt, die Ansprüche betreffend Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen und bezüglich Genugtuung hätten auch nicht von Amtes wegen geprüft werden müssen. Dass <ref-law> eine Ungleichbehandlung zwischen anwaltlich vertretenen und anwaltlich nicht vertretenen beschuldigten Personen vermeiden möchte (WEHRENBERG/FRANK, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 31 zu <ref-law>), bedeutet nicht, dass diese Bestimmung so auszulegen ist, dass bei Fehlen entsprechender Anträge einer anwaltlich vertretenen Person immer automatisch von einem impliziten Verzicht auf Entschädigungs- und Genugtuungsansprüchen auszugehen ist. Es erübrigt sich, die Rügen des Beschwerdeführers zu behandeln, die Vorinstanz stelle mit ihrer Behauptung, er habe keinen Berufungsantrag für eine Prozessentschädigung gestützt auf <ref-law> gestellt, den Sachverhalt aktenwidrig fest (Beschwerde S. 12 f.), die Nichtzulassung der Noven betreffend Schadenshöhe sei bundesrechtswidrig (Beschwerde S. 13 f.) und die Verfahrensführung der Vorinstanz bezüglich der Berufungsanträge verstosse gegen Treu und Glauben (Beschwerde S. 14 f.).
4.
4.1. Die Vorinstanz erwägt in einer Eventualbegründung, selbst wenn der Antrag auf Entschädigung für eine wirtschaftliche Einbusse zugelassen worden wäre, fehle es an einer nachvollziehbaren Begründung, wieso es dem Beschwerdeführer nicht möglich gewesen sei, sein Tätigkeitsfeld zu erweitern und in der Schweiz anstatt in Liechtenstein einer Arbeit als Versicherungsvermittler oder einer äquivalenten Tätigkeit nachzugehen. Für die Eintragung im Register der Versicherungsvermittler und -vermittlerinnen der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht sei nicht vorausgesetzt, dass der Versicherungsvermittler erkläre, dass gegen ihn keine Strafverfahren hängig seien. Einzig eine strafrechtliche Verurteilung wegen Handlungen, die mit der Versicherungsvermittlertätigkeit nicht zu vereinbaren seien und deren Eintrag im Strafregister nicht gelöscht sei, dürfe nicht vorliegen. Der Beschwerdeführer sei nicht rechtskräftig verurteilt worden. Dementsprechend sei auch kein Eintrag im Strafregister erfolgt. Ausser ein paar wenigen Bewerbungen für Professuren seien auch keine Bemühungen des Beschwerdeführers ersichtlich, eine Arbeitsstelle zu suchen, obwohl ihm eine Schadensminderungspflicht obliege. Fraglich sei zudem, wie er in den Jahren 2011-2013, während welcher er zwei LL.M Studiengänge und ein juristisches Doktorat absolviert habe, was sehr zeitaufwändig sei, Zeit gehabt hätte, einer Arbeit nachzugehen. Selbst wenn schliesslich der Antrag auf Genugtuung zugelassen worden wäre, könne für allfällige Verletzungen der persönlichen Verhältnisse durch die Privatklägerschaft, indem sie den Beschwerdeführer gegenüber anderen Behörden in einem schlechten Licht dargestellt habe, nicht der Staat haftbar gemacht werden (Beschluss S. 23 E. 3.2.2).
4.2. Der Beschwerdeführer wendet ein, die vorinstanzliche Begründung sei aktenwidrig, verletze <ref-law> und erweise sich als willkürlich. Er sei ein hochspezialisierter Vermittler liechtensteinischer Versicherungen für besonders vermögende Personen und verfüge über keine für eine Registrierung in der Schweiz erforderliche Qualifikation. Zudem hätte er mit einer Schweizer Versicherungsvermittlungslizenz sein Geschäft nicht ausüben können: Nachweislich würden sich seine Kunden und sein Kontaktstamm ausschliesslich in Deutschland sowie Österreich befinden. Schweizerische Versicherungsvermittler hätten - im Gegensatz zu liechtensteinischen Versicherungsvermittlern - keinen Marktzugang zu Kunden in der EU, denn sie könnten keinen grenzüberschreitenden Dienstleistungsverkehr mit EU-Ländern beantragen. Schliesslich seien die fondsgebundenen Versicherungsprodukte, auf deren Vermittlung er sich spezialisiert habe, nur in Deutschland und Österreich, nicht aber in der Schweiz zum Vertrieb zugelassen. Dieses Geschäft habe er erst nach der Zulassung durch die liechtensteinische Finanzmarktaufsicht wieder ausüben können. Auch in Bezug auf seine Weiterbildungen verdrehe die Vorinstanz willkürlich die Tatsachen. Der Grund für die Weiterbildungen sei die fehlende Möglichkeit gewesen, sich als Versicherungsvermittler zu betätigen. Genau aus diesem Grund sei er heute wieder in seinem angestammten Tätigkeitsgebiet als Versicherungsvermittler tätig. Die Ausführungen zu seiner angeblich zu geringen Anzahl Bewerbungen seien zynisch (Beschwerde S. 16 ff.).
4.3.
4.3.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie u.a. Anspruch auf Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (<ref-law>). Die Gesetzesbestimmung begründet eine Kausalhaftung des Staates. Dieser muss den gesamten Schaden wiedergutmachen, der mit dem Strafverfahren in einem Kausalzusammenhang im Sinne des Haftpflichtrechts steht (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen; Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1329 Ziff. 2.10.3.1).
Unter wirtschaftlichen Einbussen nach <ref-law> sind Lohn- oder Erwerbseinbussen zu verstehen, die wegen der vorläufigen Verhaftung oder der Beteiligung an Verfahrenshandlungen erlitten wurden. Zu entschädigen ist nicht nur der unmittelbar aus einer bestimmten Verfahrenshandlung entstandene Schaden, sondern auch die mittelbar aus dem Strafverfahren sich ergebende wirtschaftliche Einbusse, beispielsweise aufgrund des Verlusts der Arbeitsstelle. Ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen der wirtschaftlichen Einbusse und dem Strafverfahren genügt dabei (<ref-ruling> E. 1.3.2 f. mit Hinweisen).
Die Höhe der wirtschaftlichen Einbussen wird nach den zivilrechtlichen Regeln berechnet. Nach konstanter Rechtsprechung entspricht der Schaden der Differenz zwischen dem gegenwärtigen - nach dem schädigenden Ereignis festgestellten - Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte. Die Strafbehörde ist nicht verpflichtet, alle für die Beurteilung des Entschädigungsanspruchs bedeutsamen Tatsachen von Amtes wegen abzuklären. Es obliegt der beschuldigten Person, ihre Ansprüche zu begründen und zu belegen. Dies entspricht der zivilrechtlichen Regel, wonach wer Schadenersatz beansprucht, den Schaden zu beweisen hat (<ref-law>). Nur wenn sich der Schaden nicht ziffernmässig nachweisen lässt, ist er gestützt auf <ref-law> nach Ermessen des Richters mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge und auf die vom Geschädigten getroffenen Massnahmen abzuschätzen. Die Beweiserleichterung gemäss <ref-law> ist restriktiv anzuwenden (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
4.3.2. Ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht, wenn das schadensstiftende Verhalten für den eingetretenen Schaden eine notwendige Bedingung (conditio sine qua non) bildet, d.h. nicht hinweggedacht werden könnte, ohne dass auch der eingetretene Erfolg entfiele. Ob ein natürlicher Kausalzusammenhang vorliegt, ist eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 1.5.1; <ref-ruling> E. 8.4.1 und E. 8.4.3; je mit Hinweisen).
Ein adäquater Kausalzusammenhang liegt vor, wenn ein Umstand nicht nur conditio sine qua non des Schadens, sondern auch nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Lebenserfahrung geeignet ist, den eingetretenen Erfolg zu bewirken, so dass der Eintritt dieses Erfolgs als durch die fragliche Bedingung wesentlich begünstigt erscheint (<ref-ruling> E. 1.5.2; <ref-ruling> E. 8.4.2; je mit Hinweisen). Die adäquate Kausalität ist eine Rechtsfrage, die vom Bundesgericht frei zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 1.5.2; <ref-ruling> E. 8.4.3; je mit Hinweisen).
Der adäquate Kausalzusammenhang wird unterbrochen, wenn zu einer an sich adäquaten Ursache eine andere Ursache hinzutritt, die einen derart hohen Wirkungsgrad aufweist, dass erstere nach wertender Betrachtungsweise als rechtlich nicht mehr beachtlich erscheint. Entscheidend ist die Intensität der beiden Ursachen (<ref-ruling> E. 1.5.2 mit Hinweisen). Erscheint die eine bei wertender Betrachtung als derart intensiv, dass sie die andere gleichsam verdrängt und als unbedeutend erscheinen lässt, wird eine Unterbrechung des Kausalzusammenhangs angenommen (<ref-ruling> E. 1.5.2; <ref-ruling> E. 5.4; je mit Hinweisen).
4.4. Gemäss ihren Ausführungen in ihrer Eventualbegründung - mögliche Erweiterung des Tätigkeitsfeldes des Beschwerdeführers, aufgrund der vielen Weiterbildungen fragliche Arbeitskapazität und die zu geringe Bewerbungsanzahl -, scheint die Vorinstanz dem Beschwerdeführer zwar ein grobes, die adäquate Kausalität unterbrechendes Selbstverschulden anzulasten. Aber die Frage, ob ihm dem Grundsatze nach ein Anspruch auf Entschädigung seiner wirtschaftlichen Einbussen im Sinne von <ref-law> zusteht, behandelt sie nicht. Die Angelegenheit ist zur vollumfänglichen Neubeurteilung des allfälligen Bestandes bzw. des Umfangs der dem Beschwerdeführer zustehenden Prozessentschädigung nach <ref-law> (E. 3.4) an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4.5. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sind die Erwägungen der Vorinstanz in Bezug auf seinen Antrag auf Genugtuung zutreffend (Beschwerde S. 18 f.). Demnach kann nicht der Staat haftbar gemacht werden für allfällige Verletzungen der persönlichen Verhältnisse durch die Privatklägerschaft, wenn sie den Beschwerdeführer gegenüber anderen Behörden in einem schlechten Licht dargestellt hat (Beschluss S. 23 E. 3.2.2).
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der obergerichtliche Beschluss ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer unterliegt, hat er für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzukommen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 8. September 2016 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini