Sachverhalt:
A.
A._ ist Inhaber eines Mastgeflügel- und Milchwirtschaftsbetriebs mit einer Nutzfläche von 28 ha in Wuppenau im Ortsteil U._. Auf dem Betrieb werden 37 Milchkühe, 18 Rinder und Kälber sowie ca. 5'900 Mastgeflügel gehalten. A._ plant, die Anzahl Mastpoulets auf über 15'000 zu erhöhen. Dazu soll auf dem Grundstück Nr. xxx ein 62.32 m langer und 24 m breiter Geflügelmaststall mit drei ca. 8 m hohen Silos errichtet werden, dessen westlicher Teil in der Landwirtschaftszone und der östliche Teil in der Landschaftsschutzzone gemäss Art. 13 des Baureglements vom 25. September 2001 der Gemeinde Wuppenau (BauR) zu liegen käme. Der bestehende Geflügelmaststall soll zu einer Liegehalle für Milchkühe und der Rindviehstall zu einem Melkstand umgenutzt werden, wobei an Letzteren ein neuer Laufstall mit Futtertenn und Laufhof angebaut werden soll. Zudem ist ein neuer Mistplatz und eine neue Jauchegrube geplant. Das Grundstück befindet sich gemäss kantonalem Richtplan in einem Gebiet mit Vorrang Landschaft und mit Vernetzungsfunktion. Für das Projekt reichte A._ am 18. Dezember 2012 ein Baugesuch ein, wogegen die Stiftung WWF Schweiz fristgerecht Einsprache erhob.
Nachdem das Forstamt des Kantons Thurgau im Bereich der südöstlichen Ecke der geplanten Geflügelmasthalle die Herabsetzung des Waldabstands auf 10 m bewilligt, das Landwirtschaftsamt das Projekt als "tolerierbar" und das Amt für Raumentwicklung des Kantons Thurgau (ARE/TG) das Bauvorhaben als zonenkonform erachtet hatten, erteilte die Gemeinde Wuppenau am 26. September 2013 die Baubewilligung und wies die Einsprache ab.
B.
Den dagegen von der Stiftung WWF Schweiz erhobenen Rekurs wies das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU) mit Entscheid vom 17. Dezember 2014 ab. Auch die dagegen erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau blieb erfolglos.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 17. August 2015 gelangt die Stiftung WWF Schweiz an das Bundesgericht und beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2015 sei aufzuheben.
Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das DBU beantragt genauso wie A._ (Beschwerdegegner) sinngemäss, die Beschwerde sei abzuweisen. Der Gemeinderat Wuppenau stellt keinen förmlichen Antrag, tut aber kund, dass er hinter dem Bauvorhaben stehe. Dasselbe gilt für das ARE/TG, das in seiner Stellungnahme vorbringt, dem Bauvorhaben stünden aus Sicht des Landschaftsschutzes keine überwiegenden Interessen entgegen. Das Forstamt verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) beantragt, es sei die Notwendigkeit aller Bauten und Anlagen, insbesondere bestehender, sowie die Erfüllung der Voraussetzungen für die innere Aufstockung zu prüfen und eine umfassende Interessenabwägung hinsichtlich der Standortwahl vorzunehmen. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) erachtet die Erteilung einer Ausnahmebewilligung für die Unterschreitung des Waldabstands als nachvollziehbar. Indes sei das Bauprojekt nicht mit der kommunalen Landschaftsschutzzone vereinbar und die öffentlichen Interessen des Landschaftsschutzes und der Vernetzungsfunktion seien zu wenig gewürdigt worden.
Die Beteiligten halten im weiteren Schriftenwechsel an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über die Bewilligungserteilung für einen Geflügelmaststall, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen; ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
1.1. Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid die Bewilligungserteilung für den Geflügelmaststall gestützt auf Art. 16a Abs. 2 RPG (SR 700) i.V.m. Art. 34 Abs. 1 und 4 RPV (SR 700.1) bestätigt. Diese erging somit in Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von Art. 2 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451), handelt es sich dabei doch um eine bundesrechtlich geregelte Materie, die einen engen Bezug zum Natur- und Landschaftsschutz aufweist (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 272 f.; Urteil 1C_17/2015 vom 16. Dezember 2015 E. 1.1). Ausserdem macht die Beschwerdeführerin eine Umgehung der raumplanungsrechtlichen Ausnahmebewilligung für Bauten ausserhalb von Bauzonen gemäss Art. 24 RPG geltend, die eine Bundesaufgabe darstellt (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 74 ff.). Die Stiftung WWF Schweiz ist in der bundesrätlichen Verordnung über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen (VBO; SR 814.076) aufgeführt (Nr. 3 des Anhangs). Sie ist eine gesamtschweizerische Vereinigung, die sich statutengemäss für die Erhaltung der natürlichen Umwelt und ihrer verschiedenen Erscheinungsformen einsetzt (vgl. Ziff. 4 der Stiftungsurkunde). Insoweit ist sie nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert.
1.2. Die Beschwerdeführerin beantragt in ihrer Rechtsschrift allein die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Sie erfüllt damit an sich die Voraussetzung von <ref-law> nicht, wonach die Eingabe an das Bundesgericht einen Antrag in der Sache enthalten muss. Die Rechtsprechung lässt es in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten allerdings genügen, dass ausdrücklich nur ein kassatorisches Begehren gestellt wird, wenn sich aus der Begründung ergibt, was mit der Beschwerde angestrebt wird (<ref-ruling> E. 1.3 S. 317; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 414 f.). Dieser Anforderung genügt die Beschwerdebegründung, denn aus ihr geht hervor, dass der Rekursentscheid, die Baubewilligung der Gemeinde und die Verfügung des ARE/TG aufzuheben und die Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG zu verweigern seien. Insofern liegt sinngemäss ein Sachantrag vor, der es dem Bundesgericht erlauben würde, in der Sache selbst zu entscheiden und gegebenenfalls den Bauabschlag zu erteilen, sofern die Sache spruchreif sein sollte (<ref-law>), ohne damit über die Begehren der Parteien hinauszugehen (<ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Insoweit fällt der in der Duplik und damit ohnehin verspätet (<ref-law>) vorgebrachte Einwand, wonach Geflügelmasthallen auch bei einer Gesamtlänge von nur 30 m wirtschaftlich betrieben werden könnten, unter das Novenverbot vor Bundesgericht. Ohne Beachtung bleiben müssen auch die in der Stellungnahme des Beschwerdegegners vom 14. März 2016 beigelegten Unterlagen mit dem Titel "GVE: Jahresbetrieb DZ (Zusammenfassung) ". Das darin angeführte Vorbringen zur Redimensionierung der Landschaftsschutzzone und des Gebiets mit Vorrang Landschaft, ist ebenfalls unzulässig, da es über den Streitgegenstand hinausgeht.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine willkürliche Anwendung von § 18 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Februar 1981 des Kantons Thurgau (VRG/TG; RB 170.1), weil der Baubewilligungs- und Einspracheentscheid weder die Behördenmitglieder nenne, die daran mitgewirkt hätten, noch eine Unterschrift aufführe. Nach dieser Bestimmung muss ein Entscheid die Bezeichnung der entscheidenden Behörde und bei Organen der Verwaltungsrechtspflege deren Zusammensetzung (Abs. 1 Ziff. 1) und die erforderlichen Unterschriften (Abs. 1 Ziff. 8) enthalten.
2.2. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch einzig auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz erwog, die Zusammensetzung der Entscheidbehörde sei aus öffentlich zugänglichen Unterlagen und Informationen ohne Weiteres ersichtlich, so namentlich über die Homepage der Gemeinde. Würden die Behördenmitglieder nicht einzeln genannt, müsse davon ausgegangen werden, dass sämtliche Mitglieder am Entscheid mitgewirkt hätten. Sodann handle es sich bei der Beurteilung von Einsprachen durch die zuständige Gemeindebehörde nicht um Verwaltungsrechtspflege im Sinne des VRG/TG, weshalb dieses nicht anwendbar sei.
2.4. Diese Ausführungen lassen keine Willkür erkennen. Vielmehr kann der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin zugemutet werden, sich über die Zusammensetzung der entscheidenden Behörde aus einer allgemein zugänglichen Quelle zu informieren. Entgegen ihrer Auffassung ist der Anspruch auf richtige Zusammensetzung der Verwaltungsbehörde nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts ein Teilgehalt des rechtlichen Gehörs nach <ref-law> und umfasst den Anspruch auf Bekanntgabe der mitwirkenden Personen (<ref-ruling> nicht publ. E. 2.2; <ref-ruling> E. 4c S. 132; Urteil 1C_543/2013 vom 23. Juli 2014 E. 6.2). In diesem Sinne ist auch § 18 Abs. 1 Ziff. 1 VRG/TG zu verstehen; es liegen keine Anhaltspunkte dafür vor, dass diese Bestimmung über den Teilgehalt des rechtlichen Gehörs hinausgehen wollte. Im vorliegenden Fall wurde der Anspruch gewahrt, da die Zusammensetzung der Entscheidbehörde gemäss der unbestritten gebliebenen Ausführung des Verwaltungsgerichts der Homepage der Gemeinde entnommen werden konnte. Der Baubewilligungsentscheid führt zudem die Unterschrift des Gemeindeammanns und des Gemeindeschreibers auf. Inwiefern dies willkürlich sein sollte, wird weder rechtsgenüglich dargetan noch ist dies ersichtlich, verlangt § 18 Abs. 1 Ziff. 8 VRG/TG doch bloss, dass der Entscheid die erforderlichen Unterschriften enthält, nicht jedoch diejenige aller Mitglieder. Die Rüge erweist sich insoweit als unbegründet.
3.
Der geplante Geflügelmaststall steht zu einem Teil in der Landwirtschaftszone und zum anderen in der Landschaftsschutzzone. In der Landwirtschaftszone zonenkonform sind Bauten und Anlagen, die zur landwirtschaftlichen Bewirtschaftung oder für den produzierenden Gartenbau nötig sind (Art. 16a Abs. 1 Satz 1 RPG). Diese Anforderungen präzisiert <ref-law>. Danach sind insbesondere Bauten zonenkonform, die der bodenabhängigen Bewirtschaftung oder der inneren Aufstockung dienen (Abs. 1 erster Halbsatz). Das Bauvorhaben kann nur bewilligt werden, wenn es für die in Frage stehende Produktion nötig ist, ihm am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen und der Betrieb voraussichtlich längerfristig bestehen kann (<ref-law>).
Art. 17 RPG zählt in Abs. 1 lit. a-d auf, für welche Objekte Schutzzonen auszuscheiden oder andere Schutzmassnahmen zu ergreifen sind. Dazu gehören namentlich besonders schöne sowie naturkundlich oder kulturgeschichtlich wertvolle Landschaften (Abs. 1 lit. b). Als Nutzungsplan gibt die Schutzzone Aufschluss über die Art, den Ort und das Mass der zulässigen Bodennutzung (vgl. Art. 14 RPG). Für den in der Landschaftsschutzzone liegenden Teil der geplanten Geflügelmasthalle ist streitig, ob das Bauvorhaben nach dem bis 31. Dezember 2012 gültigen Planungs- und Baugesetz vom 16. August 1995 des Kantons Thurgau (aPBG/TG; RB 700) oder nach dem am 1. Januar 2013 in Kraft getretenen Planungs- und Baugesetz vom 21. Dezember 2012 (PBG/TG; RB 700) und der dazugehörigen Verordnung des Regierungsrats zum Planungs- und Baugesetz vom 18. September 2012 (PBV/TG; RB 700.1) zu beurteilen ist.
3.1. Nach der Übergangsbestimmung von § 121 PBG/TG sind bei Inkrafttreten des Gesetzes hängige Baugesuche nach altem Recht zu beurteilen, wobei sich die Hängigkeit nach dem Zeitpunkt der Einreichung bestimmt. Die Vorinstanz bemerkte dazu, gemäss dieser Bestimmung seien grundsätzlich die Vorschriften des aPBG/TG vom 16. August 1995 anwendbar, da das Baugesuch am 18. Dezember 2012 eingereicht worden war. Mit der letzten Gesetzesrevision sei aber die langjährige Praxis des ARE/TG bezüglich der Landschaftsschutzzone mit § 13 PBV/TG auf Verordnungsstufe festgelegt worden. Gemäss dieser Bestimmung umfassen Landschaftsschutzzonen Gebiete, die der dauernden Erhaltung der wertvollen Landschaftsräume in ihrer natürlichen Schönheit, Vielfalt und Eigenheit dienen (Abs. 1). Landwirtschaftliche Bauten und Anlagen sind erlaubt, sofern der Zonenzweck nicht beeinträchtigt wird (Abs. 2). Die landwirtschaftliche Bewirtschaftung ist nicht eingeschränkt (Abs. 3).
Da der Beschwerdegegner dasselbe Baugesuch noch einmal einreichen könne, ist es nach Ansicht der Vorinstanz sinnwidrig und prozessunökonomisch, § 13 PBV/TG nicht anzuwenden. Dieser müsse bei der Beurteilung der Zonenkonformität des Bauvorhabens mitberücksichtigt werden, weil er im Vergleich zu Art. 13 BauR, auf den sich die Beschwerdeführerin berufe, das neuere Recht darstelle. Nach dieser kommunalen Vorschrift bezweckt die Landschaftsschutzzone die dauernde Erhaltung der ausgeschiedenen Gebiete in ihrer natürlichen Schönheit und Eigenart (Abs. 1). Es sind nur Bauten und Anlagen zulässig, die zur Wartung oder Bewirtschaftung des Gebietes notwendig sind. Die Standorte allfälliger Bauten und Anlagen sind im Hinblick auf das Landschaftsbild und das Ortsbild (Umgebungsschutz) sorgfältig auszuwählen (Abs. 2).
3.2. Die Beschwerdeführerin erblickt darin eine Verletzung des Willkürverbots, des Legalitätsprinzips und der Gemeindeautonomie, da sich das Verwaltungsgericht über § 121 PBG/TG hinwegsetze und mit § 13 PBV/TG, der keine Grundlage im übergeordneten Gesetz habe, in eine "Urkompetenz" der Gemeinde eingegriffen werde.
3.3. Die Argumentation der Vorinstanz orientiert sich an den vom Bundesgericht entwickelten intertemporalrechtlichen Grundsätzen. Danach ist die Rechtmässigkeit von Verwaltungsakten mangels einer anderslautenden übergangsrechtlichen Regelung grundsätzlich nach der Rechtslage im Zeitpunkt ihres Ergehens zu beurteilen. Im Laufe des Rechtsmittelverfahrens eingetretene Rechtsänderungen sind nur ausnahmsweise zu berücksichtigen, wenn zwingende Gründe für die sofortige Anwendung des neuen Rechts sprechen, was insbesondere im Bereich des Gewässer-, Natur-, Heimat- und Umweltschutzrechts angenommen wird (<ref-ruling> E. 11.1 S. 259 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 390; je mit Hinweisen). Des Weiteren führte es zu nichts, eine Bewilligung aufzuheben, weil sie dem alten Recht widerspricht, während sie nach neuem Recht auf Gesuch hin zu erteilen wäre (<ref-ruling> E. 7c S. 316; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 534 f.). Das Bundesgericht hat den Grundsatz der Anwendung des für die Privaten günstigeren Rechts als Ausdruck allgemeiner intertemporalrechtlicher Erwägungen angesehen (<ref-ruling> E. 2b S. 211).
Indem die Vorinstanz sich im angefochtenen Entscheid an diese in der Rechtsprechung erarbeiteten Grundsätze anlehnt, übersieht sie aber, dass diese erst dann greifen, wenn eine anderslautende Übergangsbestimmung fehlt (Urteil 1C_23/2014 vom 24. März 2015 E. 7.4.3, in: ZBl 116/2015 S. 536; TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4. Aufl. 2014, S. 201 f.). Im hier zu beurteilenden Fall hat der kantonale Gesetzgeber eine klare Regelung getroffen und sich dafür entschieden, bei Inkrafttreten des neuen PBG/TG hängige Baugesuche nach dem alten PBG/TG vom 16. August 1995 zu beurteilen, wobei sich die Hängigkeit nach dem Zeitpunkt der Einreichung bestimmt (§ 121 PBG/TG). Er ist mithin von den vorgenannten intertemporalrechtlichen Grundsätzen abgewichen und hat eine spezielle Übergangsbestimmung erlassen, die für die rechtsanwendenden Behörden verbindlich ist. Zudem ist - wie nachfolgend noch aufzuzeigen ist - das neue Recht für den Beschwerdegegner nicht vorteilhafter (vgl. E. 4 hiernach). Insofern gebietet das Legalitätsprinzip (<ref-law>) die in § 121 PBG/TG vorgesehene Übergangsbestimmung anzuwenden. Da das Bauvorhaben demnach nicht nach § 13 PBV/TG zu beurteilen ist, kann auf die Prüfung, ob diese Bestimmung die Gemeindeautonomie verletzt, verzichtet werden.
3.4. Nach § 5 aPBG/TG erlässt die Gemeinde das Baureglement und den Zonenplan (Abs. 1 Satz 1). Sie scheidet im Zonenplan Bau- und Nichtbaugebiete aus, wobei zu Letzteren u.a. Landschaftsschutzzonen gehören (§ 13 Ziff. 2 lit. b aPBG/TG). Im Baureglement ist insbesondere der Zonenzweck zu regeln (§ 12 Abs. 2 Ziff. 1 aPBG/TG). Die Gemeinde Wuppenau sieht in Art. 13 BauR vor, dass die Landschaftsschutzzone die dauernde Erhaltung der ausgeschiedenen Gebiete in ihrer natürlichen Schönheit und Eigenart bezweckt (Abs. 1). Es sind nur Bauten und Anlagen zulässig, die zur Wartung oder Bewirtschaftung des Gebiets notwendig sind (Abs. 2 Satz 1). Der kantonale Richtplan bestimmt, dass auch im Gebiet mit Vorrang Landschaft und mit Vernetzungsfunktion - wie dem vorliegenden - baurechtlich die gleichen Vorschriften wie im Landwirtschaftsgebiet gelten. Die landwirtschaftliche Bewirtschaftung dieser Flächen ist nicht eingeschränkt; die Grundnutzung bleibt Landwirtschaft (vgl. kantonaler Richtplan Ziff. 2.3 und 2.5). Die Vorinstanz wandte diese Vorgaben, die mit der Praxis des ARE/TG übereinstimmen, auf das vorliegende Bauprojekt an. Für dessen Beurteilung bleibt jedoch in Übereinstimmung mit dem Grundsatz des planerischen Stufenbaus die Nutzungsordnung massgeblich. Auch wenn die Richtpläne als Grundlage für die übrigen Planungsmassnahmen der Gemeinde dienen (§ 10 Abs. 2 Satz 1 aPBG/TG), bedeutet dies nicht, dass diese die Richtpläne bloss vollziehen. Im Nutzungsplanverfahren werden die für die Privaten verbindlichen Nutzungsordnungen festgelegt, während der Richtplan lediglich behördenverbindlich und insbesondere nicht parzellenscharf ist. Ein Bauvorhaben kann somit nicht deshalb bewilligt werden, weil es dem Richtplan, nicht jedoch dem Nutzungsplan entspricht. Dies käme einer unzulässigen Vorwirkung des Richtplans gleich und hätte im Ergebnis eine Änderung des geltenden Nutzungsplans zur Folge (vgl. Urteil 1A.154/2002 vom 22. Januar 2003 E. 4.1, in: ZBl 105/2004 S. 107).
Für die Beurteilung der Zonenkonformität des in der Landschaftsschutzzone liegenden Teils des Vorhabens ist somit Art. 13 BauR ausschlaggebend. Da das Bauprojekt weder die Wartung noch die Bewirtschaftung dieser Zone bezweckt, sondern der landwirtschaftlichen, bodenunabhängigen Geflügelproduktion dienen soll, ist seine Zonenkonformität zu verneinen. Bei einem nicht zonenkonformen Bauvorhaben stellt sich die Frage, ob es allenfalls wegen seines Ausmasses und seiner Auswirkungen auf die Umwelt nur in einem Planungsverfahren angemessen erfasst werden kann (Art. 2 RPG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 65 f.; 321 E. 3.1 S. 326). Dies braucht hier jedoch nicht weiter vertieft zu werden, weil es namentlich keiner Umweltverträglichkeitsprüfung bedarf (vgl. Art. 1 der Verordnung über die Umweltverträglichkeitsprüfung [UVPV; SR 814.011], Ziff. 80.4 des Anhangs; Ziff. 8.3 der Verordnung über landwirtschaftliche Begriffe und die Anerkennung von Betriebsformen [LBV; SR 910.91]). Da das Bauprojekt dem im kommunalen Baureglement festgelegten Zonenzweck zuwiderläuft und der Beschwerdegegner weder eine Ausnahme von Art. 13 BauR beantragt, noch eine solche erhalten hat, kann das Vorhaben nicht nur hinsichtlich des in der Landschaftsschutzzone liegenden Teils, sondern als Ganzes nicht bewilligt werden. Auch ist vor diesem Hintergrund nicht zu prüfen, ob eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG erhältlich wäre, denn das Baureglement sieht hier für Bauten in der kommunalen Schutzzone strengere Vorschriften vor als das RPG für Bauten ausserhalb von Bauzonen. Eine solche kommunale Regelung ist nach der Rechtsprechung grundsätzlich zulässig (Urteil 1C_80/2015 vom 22. Dezember 2015 E. 2.4.3). Die Bewilligungserteilung für die geplante Geflügelmasthalle ist somit zu verweigern.
4.
Obgleich hier bereits feststeht, dass das Bauvorhaben nach dem einschlägigen Recht nicht bewilligungsfähig ist, erscheint es aus prozessökonomischen Gründen angezeigt, dessen Vereinbarkeit mit dem neuen PBG/TG zu prüfen, da der Beschwerdegegner das nämliche Baugesuch jederzeit wieder einreichen könnte.
4.1. Das neue PBG/TG räumt in § 19 Abs. 1 dem Regierungsrat die Kompetenz ein, einzelne Nutzungszonen und überlagernde Zonen, deren Zwecke sowie die Grundzüge der darin zulässigen Nutzungen zu definieren. Dies hat er in den §§ 5 bis 21 PBV/TG umgesetzt (vgl. Erläuterungen zum Planungs- und Baugesetz des DBU, Kap. 2 Rahmennutzungsplan, S. 5) und in § 13 PBV/TG die Landschaftsschutzzone geregelt. Den Gemeinden verbleibt nur die Konkretisierung der Vorgaben des Regierungsrats in ihren Rahmennutzungsplänen und die Festlegung weiterer Nutzungszonen sowie überlagernder Zonen (§ 19 Abs. 3 PBG/TG). Eine zentrale Aufgabe besteht dabei darin, das Bau- vom Nichtbaugebiet zu trennen und das Gemeindegebiet in Bau-, Landwirtschafts- und Schutzzonen zu unterteilen (§ 17 Abs. 1 PBG/TG).
Nach § 13 PBV/TG sind landwirtschaftliche Bauten und Anlagen erlaubt, sofern der Zonenzweck nicht beeinträchtigt wird (Abs. 2). Dieser besteht in der dauernden Erhaltung der wertvollen Landschaftsräume in ihrer natürlichen Schönheit, Vielfalt und Eigenart (Abs. 1). Die Vorinstanz erklärte diese Bestimmung zwar für anwendbar, prüfte in der Folge aber nicht, ob das geplante landwirtschaftliche Bauvorhaben den Zonenzweck tatsächlich gefährdet. Sie begnügte sich vielmehr mit der generellen Feststellung, die "Vorgaben des Landschaftsschutzes hinsichtlich Standort, Gestaltung und Einpassung" seien erfüllt (vgl. E. 5.4.1 und 5.4.3 des angefochtenen Entscheids). Diese Folgerung erscheint aber als geradezu unhaltbar, da das geplante Bauprojekt in der vorgesehenen Dimension und Wirkung dem in § 13 PBV/TG definierten Zweck der Landschaftsschutzzone zuwiderläuft. Wenngleich das Vorhaben nahe der bestehenden Betriebsbauten und bloss teilweise in der Landschaftsschutzzone realisiert werden soll, beeinträchtigt es aufgrund seiner Grösse und Erscheinung den geschützten Landschaftsraum im Ortsteil U._ in seiner natürlichen Eigenheit und Gestaltung (vgl. dazu auch die Ausführungen in E. 4.3 hiernach). Zudem ist der von der Vorinstanz angeführte Vergleich mit dem rund 59 m langen Schweinestall der B._ AG auf der Parzelle Nr. yyy unmassgeblich, da sich dieser gemäss kommunaler Nutzungsplanung im Gegensatz zum vorliegenden Projekt ausschliesslich in der Landwirtschaftszone befindet (vgl. öffentlich zugängliche Karten des Amts für Geoinformation des Kantons Thurgau, <geo.tg.ch>, besucht am 20. Juli 2016).
§ 13 PBV/TG erklärt landwirtschaftliche Bauten und Anlagen sowie die landwirtschaftliche Bewirtschaftung in der Landschaftsschutzzone für grundsätzlich zulässig. Es ist daher anzunehmen, dass diese Bestimmung von Landschaftsschutzzonen ausgeht, welche die Landwirtschaftszone überlagern. Mithin stellt Landwirtschaft die Grundnutzung dar, weshalb prinzipiell landwirtschaftliche Bauten aller Art zonenkonform sind.
Insoweit ist zu prüfen, ob - wie für den in der Landwirtschaftszone liegenden Teil der Geflügelmasthalle - die Voraussetzungen von Art. 16a RPG i.V.m. <ref-law> erfüllt sind.
4.2. Dabei ist zu beachten, dass <ref-law> für zonenkonforme Bauten und Anlagen eine Prüfung allenfalls entgegenstehender Interessen verlangt: Eine Bewilligung darf nur erteilt werden, wenn der Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen. Lenkender Massstab bilden dabei ebenfalls die Ziele und Grundsätze der Raumplanung (Art. 1 und 3 RPG), wobei die Anliegen des Landschaftsschutzes von besonderer Bedeutung sind (Urteil 1C_5/2015 vom 28. April 2015 E. 3 mit Hinweisen). Wird die Zonenkonformität des in der Landwirtschaftszone liegenden Teils trotz der vom ARE geäusserten Zweifel ob der Bewilligungsfähigkeit der geplanten bodenunabhängigen Geflügelmasthaltung als innere Aufstockung (Art. 16a Abs. 2 RPG i.V.m. Art. 34 Abs. 1 und 36 RPV) bejaht, ist insoweit für das gesamte Bauprojekt eine umfassende Interessenabwägung vorzunehmen. Der Richtplaninhalt kann dabei als verbindliches Ergebnis des räumlichen Abstimmungsprozesses in diese Abwägung miteinbezogen werden (Urteil 1A.154/2002 vom 22. Januar 2003 E. 4.2, in: ZBl 105/2004 S. 107).
4.3. Aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, dass der Beschwerdegegner ein beachtliches wirtschaftliches Interesse am Ausbau des Betriebszweigs Geflügelmast geltend macht (vgl. E. 5.4.5). Ein solches erscheint aufgrund der dargelegten marktwirtschaftlichen und betrieblichen Verhältnisse denn auch nachvollziehbar. Entgegen seiner Auffassung steht die geplante Masthalle aber nicht nur teilweise, sondern vollständig im Gebiet mit Vorrang Landschaft und mit Vernetzungsfunktion gemäss kantonalem Richtplan. Dieser bestimmt in Ziff. 2.3, dass die Struktur und Eigenart der Gebiete mit Vorrang Landschaft zu erhalten ist. Bei der Erstellung von Bauten und Anlagen ist auf die Landschaft Rücksicht zu nehmen und es gelten erhöhte Anforderungen an den Standort, die Gestaltung und die Einpassung. Die zuständige Abteilung Natur und Landschaft des ARE/TG erachtete das Bauprojekt lediglich als "tolerierbar" und wies in ihrer Stellungnahme vom 18. März 2014 darauf hin, dass dies nicht "als Ausdruck der Begeisterung" zu verstehen und die geplante Geflügelmasthalle von über 60 m Länge insbesondere im nordöstlichen Bereich wesentlich exponiert sei.
Das Baugrundstück gehört zum Gebiet "V._", für das besondere Schutzziele ausgewiesen sind (vgl. Objektbeschrieb Gebiet mit Vorrang Landschaft Nr. 121, S. 2). Dazu gehören insbesondere die sorgfältige landschaftliche und erholungsverträgliche Einpassung von Gebäuden, das Freihalten der noch weitgehend unverbauten Gebiete von störenden Bauten und Anlagen sowie die Verhinderung von Hochbauten und negativ in Erscheinung tretenden Anlagen in besonders exponierten Bereichen. Daraus ergibt sich im Allgemeinen, dass auf eine schonende Einordnung von Gebäuden in die empfindliche Landschaft zu achten und das Gebiet "V._" in seiner natürlichen Eigenart und Erscheinung insbesondere vor grossvolumigen und störenden Bauten zu schützen ist. Insoweit läuft die über 60 m lange und 24 m breite Geflügelmasthalle mit drei rund 8 m hohen Silos genau jenen Schutzzielen zuwider, die das Gebiet erhaltenswert machen. Im Vergleich zu den umliegenden Gebäuden des Landwirtschaftsbetriebs ist die geplante Masthalle volumenmässig erheblich grösser und wird von diesen bloss unvollständig abgeschirmt. Aufgrund ihrer Dimensionen dürfte ausserdem die Fernwirkung der Landschaft im Ortsteil U._ negativ beeinflusst werden, zumal der Hochstamm-Feldobstgarten nördlich des Bauvorhabens nicht sehr dicht ist und das Terrain dort gegen Nordosten hin abfällt. Dem Bauvorhaben ist mithin in der geplanten Ausgestaltung nicht landschaftsverträglich.
4.4. Das Baugrundstück liegt zudem gemäss Vernetzungsprojekt des Kantons Thurgau im Gebiet mit Vernetzungsfunktion "Leuberg-Mettlen". Darin sind u.a. als Ziel- bzw. Leitart die beiden Vogelarten Wendehals und Neuntöter definiert, die sich im Gebiet wieder ansiedeln bzw. deren Bestände im Vernetzungskorridor erhöht werden sollen. Gemäss Vernetzungsprojekt benutzen Neuntöter manchmal Hochstamm-Feldobstbäume. Diese erlauben es auch dem Wendehals, nahe an geeignete Wiesen zu gelangen. Der Wendehals, der gemäss Angaben des BAFU in der Roten Liste der Brutvögel der Schweiz als potenziell gefährdet geführt wird, zieht sich auf nahe Gehölze zurück, wenn er sich gestört fühlt. Ältere Obstbäume bieten zudem auch Höhlen, in denen er brütet (vgl. Objektbeschrieb Nr. 503, S. 2). Das BAFU bemerkt dazu, dass alte Hochstamm-Obstbäume wie Waldsäume und Ufervegetation als schutzwürdige Lebensräume im Sinne von <ref-law> gelten. Im hier zu beurteilenden Fall erstreckt sich nördlich der geplanten Geflügelmasthalle ein Hochstamm-Feldobstgarten, mithin ein typischer Lebensraum für den Wendehals und den Neuntöter. Aufgrund der eingereichten Planunterlagen ist nicht auszuschliessen, dass die Hochstamm-Feldobstbäume in der südlichsten, dem Betrieb zugewendeten Reihe durch den Bau der Geflügelmasthalle direkt betroffen und beeinträchtigt werden. Damit wird in den schutzwürdigen Lebensraum der genannten Vogelarten eingegriffen. Der Vernetzungskorridor soll u.a. die Wanderung von Tieren ermöglichen und zur Arterhaltung und Steigerung der Vielfalt beitragen (vgl. kantonaler Richtplan Ziff. 2.5). Diese Funktion wird durch die über 60 m lange Masthalle, die sich quer zwischen den Wald und die Gemeindestrasse schiebt, sowie durch die Versiegelung zusätzlicher Flächen stark erschwert. Dass der Vernetzungskorridor durch die bestehenden Betriebsbauten bereits eingeschränkt ist, spricht nicht für den Bau der geplanten Geflügelmasthalle. Vielmehr würde sich dadurch die jetzige Situation noch weiter verschärfen und die Vernetzungsfunktion zusätzlich beeinträchtigt. Somit ist mit dem BAFU davon auszugehen, dass die Lebensbedingungen des Wendehalses und Neuntöters durch die geplante Geflügelmasthalle wesentlich verschlechtert werden.
4.5. Schliesslich weist das geplante Bauvorhaben lediglich einen Abstand von rund 10 m zum Wald auf und unterschreitet damit den nach kantonalem Recht zulässigen Waldabstand von mindestens 25 m (§ 63 aPBG/TG resp. § 75 Abs. 1 PBG/TG). Gemäss <ref-law> sind Bauten und Anlagen in Waldesnähe nur zulässig, wenn sie die Erhaltung, Pflege und Nutzung des Waldes nicht beeinträchtigen. Dieser Bestimmung liegen baupolizeiliche und forstrechtliche Überlegungen zugrunde: Der Waldabstand dient einerseits der Abwehr polizeilicher Gefahren, die vom Wald ausgehen können (umstürzende Bäume, Schatten, Feuchtigkeit). Andererseits dient er aber auch der Walderhaltung. Durch einen genügenden Abstand kann der Wald vor natürlicher oder menschlicher Zerstörung (z.B. durch Feuer) bewahrt werden; des Weiteren ermöglicht der Waldabstand eine zweckmässige Bewirtschaftung und Erschliessung des Waldes und trägt dem ökologischen Wert des Waldrands Rechnung (Urteile 1C_415/2015 vom 1. Oktober 2015 E. 2.5; 1C_428/2014 vom 22. April 2015 E. 4.1). Unabhängig von der Frage, ob die Unterschreitung des Waldabstands bundesrechtskonform ist, besteht mithin an der Beachtung des gesetzlich vorgeschriebenen Waldabstands ein gewichtiges öffentliches Interesse.
4.6. Nach einer Gesamtwürdigung dieser Interessen erweist sich die Güterabwägung des Verwaltungsgerichts als unzureichend und sie ist im Ergebnis als bundesrechtswidrig zu betrachten. Den erheblichen öffentlichen Interessen am Erhalt der empfindlichen Landschaft und der schutzwürdigen Lebensräume des Wendehalses und Neuntöters sowie am Schutz der Waldfunktionen wurden, wie dargelegt, zu wenig Gewicht beigemessen. Demgegenüber gewichtete die Vorinstanz die wirtschaftlichen Interessen des Beschwerdegegners am Ausbau des Betriebszweigs Geflügelmast zu stark. Da die Voraussetzungen nach <ref-law> kumulativ erfüllt werden müssen, kann hier auf eine Prüfung der übrigen Erfordernisse verzichtet werden. Dasselbe gilt für die weiteren von der Beschwerdeführerin und den Bundesämtern vorgebrachten Einwände. Nach dem Gesagten wäre eine Bewilligungserteilung für die geplante Geflügelmasthalle dieser Dimension und an der vorgesehenen Lage somit auch nach neuem Recht zu verweigern.
5.
Die Beschwerde erweist sich daher als begründet und ist gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der angefochtene Entscheid ist insoweit aufzuheben, als er den Baubewilligungs- und Einspracheentscheid des Gemeinderats Wuppenau vom 26. September 2013, inklusive der darin enthaltenen Bewilligungen kantonaler Ämter, bestätigte. Die Entscheide der Vorinstanzen des Verwaltungsgerichts sind im Rahmen des Streitgegenstands durch dessen Urteil ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144). Aufgrund der vorstehenden Erwägungen ist der Bauabschlag für die geplante Geflügelmasthalle zu erteilen. Dies schliesst jedoch nicht aus, dass ein überarbeitetes Projekt gegebenenfalls bewilligt werden könnte. Dabei ist - wie dies bereits die kantonalen und kommunalen Behörden betonten - dem für Bauzonen geltenden Konzentrationsprinzip sinngemäss Rechnung zu tragen und die Geflügelmasthalle nach Möglichkeit mit den bereits bestehenden und geplanten Betriebsbauten am gleichen Standort zusammenzufassen, um eine verstreute Bebauung des Gebiets zu vermeiden (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 53 f.; Urteil 1C_892/2013 vom 1. April 2015 E. 3.1). Insoweit könnte beispielsweise geprüft werden, ob das Projekt eines redimensionierten Pouletmaststalls nördlich des und parallel zum Gebäude Nr. zzz weiterverfolgt werden könnte.
Da das Verwaltungsgericht über die Kosten und Entschädigungen im kantonalen Verfahren neu zu befinden haben wird, ist die Angelegenheit in diesem Punkt an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang obsiegt die Beschwerdeführerin. Der private Beschwerdegegner hat die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid vom 29. April 2015 des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau wird aufgehoben. Für die geplante Geflügelmasthalle wird der Bauabschlag erteilt. Die Angelegenheit wird zu neuem Entscheid im Kostenpunkt an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem privaten Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der private Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Wuppenau, dem Forstamt, dem Amt für Raumentwicklung, dem Departement für Bau und Umwelt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, dem Bundesamt für Raumentwicklung und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Pedretti