Faits :
A.
A.a. A._ (1975) et F._ (1979) se sont mariés à Genève en 2005. Une enfant est issue de cette union: D._ (2006).
Par jugement du 5 mai 2011, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance) a prononcé le divorce des époux, attribué l'autorité parentale et la garde de D._ à la mère, réservé un large droit de visite au père et donné acte à celui-ci de son engagement de verser, à titre de contribution à l'entretien de sa fille, la somme mensuelle de 850 fr. jusqu'aux 5 ans de l'enfant, de 900 fr. de 5 à 10 ans, de 950 fr. de 10 à 15 ans, puis de 1'000 fr. dès l'âge de 15 ans révolus et jusqu'à la majorité, voire au-delà mais au maximum jusqu'à l'âge de 25 ans révolus en cas d'études ou de formation professionnelle sérieuses et suivies, avec clause d'indexation, plus une participation pour moitié aux frais extraordinaires de santé et d'éducation décidés d'un commun accord.
A.b. Le 9 mai 2013, A._ est devenu père de B._, dont la mère est C._, avec laquelle il a fait ménage commun jusqu'en été 2014.
En décembre 2014, l'enfant B._ a formé une action alimentaire à l'encontre de son père.
Par jugement du 3 mai 2016, le Tribunal de première instance a fixé la contribution d'entretien en faveur de B._ à 1'200 fr. jusqu'à la fin du mois d'août 2017, à 700 fr. du mois de septembre 2017 jusqu'aux 10 ans de l'enfant, puis à 900 fr. jusqu'à sa majorité.
Statuant sur appel du père, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre civile) a, par arrêt du 16 décembre 2016, réformé le jugement du Tribunal de première instance en ce sens que la contribution d'entretien en faveur de B._ était arrêtée à 700 fr. par mois dès le prononcé de la décision jusqu'aux 10 ans révolus de l'enfant, puis à 900 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières mais au maximum jusqu'à ses 25 ans.
Par arrêt de ce jour (cause 5A_103/2017), le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par le père contre l'arrêt de la Chambre civile.
A.c. Le 11 août 2014, A._ a requis la modification du jugement de divorce du 5 mai 2011, concluant à ce que l'autorité parentale sur l'enfant D._ soit confiée aux deux parents, la mère conservant la garde, et à ce qu'il soit dispensé de la contribution d'entretien en faveur de sa fille, avec effet rétroactif au 1 er août 2014.
Par jugement du 22 avril 2016, le Tribunal de première instance a modifié le jugement de divorce en tant qu'il attribuait l'autorité parentale exclusive sur l'enfant D._ à F._ (ch. 1), attribué l'autorité parentale conjointe aux parties (ch. 3) et confirmé pour le surplus le jugement du 5 mai 2011 (ch. 4).
Par arrêt du 16 décembre 2016, la Chambre civile a maintenu la contribution d'entretien fixée dans le jugement initial de divorce, partant a confirmé le ch. 4 du dispositif du jugement du 22 avril 2016.
B.
Par acte du 1er février 2017, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt de la Chambre civile et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour instruction et nouveau jugement. Subsidiairement, il conclut à ce qu'il soit dit qu'il est en l'état dispensé de contribuer à l'entretien de sa fille, avec effet rétroactif au 1 er août 2014, et à ce qu'il lui soit donné acte de son accord de contribuer à l'entretien de celle-ci à hauteur de 150 fr. par mois, allocations familiales non comprises, du 1 er mars 2015 jusqu'aux 11 ans de l'enfant, de 250 fr. par mois jusqu'à ses 16 ans révolus et de 350 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières mais jusqu'à ses 25 ans au plus tard. Il requiert également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans la forme légale (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), rendue par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire matrimoniale (<ref-law>), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours est donc en principe recevable.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2, 264 consid. 2.3), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1). Il ne peut en particulier pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 et les références; <ref-ruling> consid. 1.4.3).
Dans la partie " Faits " de son mémoire, le recourant - qui indique " tenir pour siens " les faits retenus par l'autorité précédente mais en préciser certains - se contente d'exposer sa propre version des faits. En tant que ces éléments complètent ceux constatés dans l'arrêt cantonal et qu'ils ne sont pas critiqués sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits ou de l'appréciation arbitraire des preuves, il n'en sera pas tenu compte.
2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décisionde l'autorité précédente (<ref-law>). Cette exception, dont il appartient au recourant dedémontrerque les conditions sont remplies, vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, par exemple concernant le déroulementde la procédure devant l'instance précédente afin d'en contester la régularité, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours (arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3 non publié in <ref-ruling>). En dehorsde ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 et les références) ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4.4.3).
Il résulte de ce qui précède que la pièce nouvellement produite par le père à l'appui de son recours (certificat médical du 27 janvier 2017) est irrecevable.
3.
3.1. L'autorité cantonale a retenu que la situation du recourant s'était notablement modifiée depuis le prononcé du jugement de divorce compte tenu de la naissance de son second enfant, de sorte qu'il se justifiait d'entrer en matière sur sa demande de modification. L'application de la méthode du minimum vital - non remise en cause par les parties - était adéquate au vu de leur situation financière serrée. En tenant compte d'un revenu hypothétique de 5'300 fr. par mois et de charges - non contestées - de 3'310 fr. par mois, le disponible mensuel du père se montait à 1'990 fr. Ce montant permettait à celui-ci de s'acquitter de la contribution d'entretien fixée par le juge du divorce, tout en lui laissant un solde d'environ 1'000 fr. pour remplir ses obligations alimentaires à l'égard de son fils, de sorte que le montant de la contribution d'entretien en faveur de D._ pouvait demeurer inchangé.
3.2. Le recourant reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir retenu que ses charges se montaient à 3'310 fr., sans " opposer " ce montant aux charges de 2'196 fr. retenues dans le jugement de divorce du 5 mai 2011. Il explique que ce changement est dû au fait qu'il a été obligé de quitter son appartement dont le loyer se montait à 675 fr. et d'emménager dans un nouveau logement au loyer de 1'571 fr. " Cette différence de loyer de 896 fr. permettait à Monsieur A._ de s'acquitter de la contribution à l'entretien de sa fille, raison pour laquelle il a immédiatement déposé, lorsqu'il a quitté le 8 août 2014 la mère de son second enfant qui refusait de lui restituer son appartement, la présente demande en modification du Jugement de divorce et en même temps une demande de garde alternée sur son second enfant dont il s'occupait à midi et le soir lorsque son amie travaillait [...]. L'appréciation de ces preuves aurait, dans un premier temps, démontré que Monsieur A._ ne se dérobait pas intentionnellement à ses obligations et ne diminuait pas ses revenus ".
En l'espèce, le recourant se réfère à des faits qui ne sont nullement constatés dans la décision querellée, sans démontrer de manière conforme au principe d'allégation que ceux-ci auraient été arbitrairement écartés par la juridiction cantonale. Partant, le grief est irrecevable (cf. supra consid. 2.2). Au demeurant, il ne ressort pas de la décision attaquée que le recourant aurait fait valoir cette critique en appel (<ref-ruling> consid. 1.3.1; cf. supra consid. 2.2). Or, afin de remplir l'exigence d'épuisement matériel des instances, inspirée du principe de la bonne foi, le recourant doit avoir invoqué devant l'autorité précédente les griefs qu'il soulève devant le Tribunal fédéral, notamment lorsque ceux-ci sont soumis au principe d'allégation de l'<ref-law>, singulièrement lorsque la critique porte sur l'établissement des faits (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2; arrêt 5A_801/2016 du 29 novembre 2016 consid. 3.5). Pour ce motif également, le grief est irrecevable.
3.3. Le recourant émet par ailleurs plusieurs critiques en lien avec le revenu hypothétique que lui a imputé l'autorité cantonale.
3.3.1. La juridiction précédente a constaté que le recourant était titulaire d'un CFC d'employé de commerce et exerçait une activité de comptable fiduciaire depuis plus de 5 ans pour le compte de la société E._ Sàrl, dont il était l'associé gérant. Il se versait un salaire net de 3'070 fr. par mois. Ses fonctions d'associé gérant d'autres sociétés en Suisse ne lui procuraient pas de rémunération supplémentaire, dès lors que celle-ci était versée à E._ Sàrl, dont les comptes ne laissaient apparaître que de faibles bénéfices, voire des pertes. Le recourant estimait ne pas être en mesure d'exercer une activité professionnelle mieux rémunérée en raison de problèmes de santé consécutifs à un accident survenu en 1990 et du manque d'expérience professionnelle stable et régulière qui en découlait. Les certificats médicaux qu'il avait produits décrivaient son parcours professionnel et ses difficultés à occuper une activité salariée à plein temps, en raison d'un risque d'absentéisme élevé du fait de ses problèmes de santé. Le recourant avait néanmoins obtenu en 2005 son CFC par validation des acquis, ce qui attestait une certaine expérience professionnelle. Les certificats médicaux indiquaient que le recourant avait mal au genou, au poignet et était sujet aux migraines, sans autre précision. Ils faisaient certes état de la difficulté du recourant à occuper une fonction salariée à plein temps en raison de son absentéisme et de l'adéquation de son activité d'indépendant lui permettant de gérer l'organisation de son travail en fonction de son état de santé. Ils ne faisaient en revanche pas mention d'une incapacité, même partielle, de travail et ne donnaient aucune indication quant à ses horaires d'indépendant. Ces pièces ne permettaient dès lors pas de retenir que l'état de santé du recourant l'empêchait de réaliser des revenus plus importants, notamment en qualité d'indépendant, dans son domaine d'activité.
La juridiction précédente a dès lors retenu qu'en percevant un salaire de 3'070 fr., le recourant ne fournissait pas tous les efforts que l'on pouvait raisonnablement exiger de lui pour subvenir aux besoins de ses deux enfants, alors qu'il avait une pleine capacité de travail. Il était ainsi en mesure d'augmenter ses gains, soit en trouvant un emploi à plein temps dans la comptabilité mieux rémunéré, soit en augmentant son activité au sein de sa propre société. Selon le calculateur de salaire en ligne du canton de Genève, le revenu médian à temps plein d'une personne ayant le profil du recourant (41 ans, sans fonction de cadre, avec une formation en entreprise, au bénéfice d'une ancienneté de 5 ans, pour une activité de 42 heures par semaine dans le domaine de la comptabilité) était de 6'090 fr. brut par mois, à savoir 5'359 fr. net. Partant, la cour cantonale a imputé au recourant un revenu hypothétique de 5'300 fr.
3.3.2. Se limitant à des considérations générales, le recourant reproche tout d'abord à la juridiction précédente d'avoir retenu qu'il pouvait obtenir des revenus supérieurs sans l'entendre lui-même ni son médecin traitant. Pour autant qu'il entende ainsi soulever le grief de violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), le recourant ne remplit manifestement pas les exigences de motivation susmentionnées, de sorte que sa critique est d'emblée irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
3.3.3. Pour peu qu'on puisse le comprendre, le recourant reproche par ailleurs à l'autorité précédente d'avoir violé la maxime inquisitoire et la maxime d'office dans la mesure où ces maximes " ne permet[tent] pas au juge d'imputer un revenu hypothétique au débirentier sans l'interroger sur les conditions auxquelles est soumis ce revenu hypothétique et sans preuves ou en interprétant les preuves d'une façon insoutenable ".
La critique portant sur l'établissement des faits et non sur l'objet du litige, la maxime d'office à laquelle se réfère le recourant n'est pas pertinente en l'espèce. S'agissant de la prétendue violation de la maxime inquisitoire, il appert que la cour cantonale a apprécié les certificats médicaux produits et, sur cette base, a estimé que l'incapacité de travail partielle du recourant n'était pas prouvée, en sorte qu'elle ne saurait se voir reprocher de n'avoir pas procédé à d'autres investigations (arrêt 5A_354/2016 du 22 novembre 2016 consid. 4.2.3).
3.3.4.
3.3.4.1. Le père reproche ensuite à l'autorité cantonale d'avoir arbitrairement apprécié les trois certificats médicaux attestant de son état de santé. Selon lui, ces pièces expliqueraient clairement qu'il ne peut pas occuper un poste fixe à 100%, qu'il est invalide à 50% et que l'obtention en 2005 de son CFC d'employé de commerce lui a permis de se mettre à son compte pour éviter les licenciements. Il pourrait ainsi gérer les plages de repos lors de céphalées et éviter les positions statiques prolongées pour ses problèmes de genou ainsi que l'usage prolongé d'un clavier d'ordinateur pour ses douleurs de poignet. Il ne lui serait dès lors pas possible d'augmenter ses revenus.
3.3.4.2. L'obligation d'entretien trouve sa limite dans la capacité contributive du débirentier, en ce sens que le minimum vital de celui-ci doit être préservé (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2). S'agissant toutefois de l'obligation d'entretien d'un enfant mineur, les exigences à l'égard des père et mère sont plus élevées, en sorte que ceux-ci doivent réellement épuiser leur capacité maximale de travail et ne peuvent pas librement choisir de modifier leurs conditions de vie si cela a une influence sur leur capacité à subvenir aux besoins de l'enfant mineur (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A_819/2016 du 21 février 2017 consid. 9.3.2.2). Il s'ensuit que lorsqu'il ressort des faits que l'un des parents, ou les deux, ne fournissent pas tous les efforts que l'on peut attendre d'eux pour assumer leur obligation d'entretien, le juge peut s'écarter du revenu effectif des parties pour fixer la contribution d'entretien, et imputer un revenu hypothétique supérieur, tant au débiteur de l'entretien qu'au parent gardien. Il s'agit ainsi d'inciter la personne à réaliser le revenu qu'elle est en mesure de se procurer et que l'on peut raisonnablement exiger d'elle afin de remplir ses obligations à l'égard du mineur (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2; <ref-ruling> consid. 4a; arrêt 5A_831/2016 du 21 mars 2017 consid. 3.3.1).
Lorsque le juge entend tenir compte d'un revenu hypothétique, il doit examiner successivement deux conditions. Il doit d'abord déterminer si l'on peut raisonnablement exiger d'une personne qu'elle exerce une activité lucrative ou augmente celle-ci, eu égard, notamment, à sa formation, à son âge et à son état de santé; il s'agit d'une question de droit. Le juge doit ensuite établir si la personne a la possibilitéeffective d'exercer l'activité ainsi déterminée et quel revenu elle peut en obtenir, compte tenu des circonstances subjectives susmentionnées, ainsi que du marché du travail; il s'agit là d'une question de fait (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2; <ref-ruling> consid. 4c/bb).
3.3.4.3. En l'espèce, le recourant se contente d'opposer, de manière appellatoire, sa propre appréciation des certificats médicaux litigieux et de sa capacité de travail à celle de la cour cantonale, sans démontrer, conformément aux exigences de motivation susmentionnées, le caractère insoutenable de la décision querellée (cf. supra consid. 2.2). Il ne démontre en particulier pas en quoi il serait arbitraire de ne pas retenir son invalidité à 50%, le certificat médical du 6 juillet 2016 indiquant seulement que, grâce à son statut d'indépendant, une demande d'assurance-invalidité à 50% ou un chômage de longue durée ont pu être évités. Sa critique est dès lors irrecevable (cf. supra consid. 2.2).
3.3.5. Le recourant soutient par ailleurs que " pour ce qui est du marché du travail à Genève, l'Office cantonal de la statistique de Genève [...] a fourni en octobre 2016 ces chiffres concernant Genève: 13,3% des personnes morales ne paient aucun impôt sur le bénéfice et le capital; et 62,6% paient moins de 5'000 francs par an (Tribune de Genève du 31 janvier 2017), les sociétés genevoises ne sont pas florissantes ". Pour autant qu'il entende ainsi soulever qu'il n'a pas la possibilité effective de réaliser le revenu hypothétique que la cour cantonale lui a imputé (cf. supra consid. 3.3.4.2), sa critique ne remplit manifestement pas les exigences de motivation susmentionnées (<ref-law>; cf. supra consid. 2.2), partant est irrecevable, le simple renvoi général à un article de presse sur la mauvaise santé des entreprises genevoises - au demeurant postérieur à l'arrêt querellé, donc irrecevable (<ref-law>; cf. supra consid. 2.3) - n'étant à l'évidence pas suffisant.
3.4. Enfin, en tant qu'il soutient que le montant de 950 fr. qu'il a été condamné à verser à sa fille, additionné à la contribution d'entretien de 700 fr. en faveur de son fils, représente 31% de son revenu hypothétique, taux généralement retenu pour trois - et non deux - enfants selon la méthode des pourcentages, le recourant perd de vue que la cour cantonale n'a en l'espèce pas appliqué cette méthode de calcul.
4.
En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions du recourant étant d'emblée dénuées de chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire est rejetée (<ref-law>). Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 11 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Feinberg