Fatti:
A.
La C._ GmbH ha ottenuto con sentenza 4 dicembre 2014 dal Pretore del distretto di Lugano il rigetto provvisorio dell'opposizione interposta dalla A._ SA al precetto esecutivo fattole notificare per l'incasso di complessivi fr. 1'161'339.04. L'escussa ha ritirato la decisione il 9 dicembre 2014.
B.
L'8 gennaio 2015 la A._ SA ha inoltrato alla Pretura di Lugano un'azione di disconoscimento del predetto debito. Dopo che la creditrice ha eccepito la tardività dell'azione, il Pretore ha emanato il 9 settembre 2015 una decisione incidentale con cui ha respinto l'eccezione.
C.
Con sentenza 1° febbraio 2016 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha accolto l'appello inoltrato dalla C._ GmbH e ha riformato la decisione pretorile nel senso che ha accolto l'eccezione di tardività e ha dichiarato la petizione irricevibile. Essa ha dapprima ritenuto, come già indicato nel giudizio di primo grado, che il termine di 20 giorni dell'<ref-law> inizia a decorrere dalla notifica della sentenza di rigetto dell'opposizione. Contrariamente al Pretore, la Corte cantonale ha però considerato che all'azione di accertamento dell'inesistenza del debito non sono applicabili le ferie giudiziarie dell'<ref-law>, ma le ferie esecutive giusta gli art. 56 e 63 LEF. Ha quindi indicato che la petizione presentata l'8 gennaio 2015 era tardiva, perché il termine per l'inoltro dell'azione di disconoscimento del debito ha iniziato a decorrere il 10 dicembre 2014 ed è scaduto, in virtù degli art. 56 e 63 LEF, mercoledì 7 gennaio 2015.
D.
Con ricorso in materia civile del 4 marzo 2016 la A._ SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la modifica della sentenza impugnata nel senso che il giudizio pretorile sia confermato. Afferma che la petizione è tempestiva, perché il termine di cui all'<ref-law> inizia a decorrere unicamente dopo la scadenza del termine per impugnare la decisione con cui è stata rigettata l'opposizione e sostiene che, in ogni caso, all'azione di disconoscimento del debito è applicabile il regime delle ferie previsto dal CPC, trattandosi di un'azione di puro diritto materiale.
Il 9 marzo 2016 l'autorità inferiore ha comunicato la rinuncia a formulare osservazioni, mentre con risposta 29 marzo 2016 la C._ GmbH propone di rigettare sia la domanda di misure d'urgenza che il ricorso e chiede che le venga accordata un'indennità per ripetibili di fr. 17'500.--.
La Presidente della Camera adita ha respinto con decreto del 31 marzo 2016 la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso.
Le parti hanno proceduto spontaneamente a un secondo scambio di scritti.
Il 27 ottobre 2016 l'opponente ha comunicato al Tribunale federale il cambiamento della propria ragione sociale in B._ GmbH.
ll 18 novembre 2016 la ricorrente ha nuovamente postulato il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso. Con scritto 23 novembre 2016 l'op ponente propone la reiezione della domanda.

Diritto:
1.
Il ricorso è presentato dalla parte soccombente nella sede cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>) con un valore di lite superiore alla soglia prevista dall'<ref-law>. Il rimedio esperito si rivela pertanto ammissibile.
2.
In virtù dell'<ref-law>, l'escusso può domandare, entro 20 giorni dal rigetto dell'opposizione, con la procedura ordinaria il disconoscimento del debito al giudice del luogo dell'esecuzione.
2.1. La Corte cantonale ha indicato che il predetto termine di 20 giorni inizia a decorrere dalla notifica della sentenza sul rigetto provvisorio dell'opposizione.
2.2. La ricorrente afferma invece, citando la <ref-ruling>, che il termine previsto dall'<ref-law> comincia a correre solo una volta spirato infruttuosamente il termine per impugnare la decisione di rigetto dell'opposizione. Per tale motivo ritiene di aver avuto tempo fino all'8 gennaio 2015 per inoltrare la propria azione.
2.3. Nella <ref-ruling> consid. 2 e 3 il Tribunale federale ha esplicitamente indicato che per avere un influsso sul computo del termine per introdurre l'azione di disconoscimento del debito, la decorrenza infruttuosa del termine per impugnare la decisione di rigetto dell'opposizione deve riguardare un rimedio ordinario. Ora, con l'entrata in vigore del CPC una sentenza di rigetto dell'opposizione non è suscettiva di appello (<ref-law>), ma unicamente di un reclamo, che costituisce un rimedio straordinario (FABIENNE HOHL, Procédure civile, vol. 2, 2aed. 2010, n. 2451). Nemmeno la successiva giurisprudenza di questo tribunale, che ha assimilato un ricorso ordinario a quello provvisto di effetto sospensivo (<ref-ruling>), soccorre la ricorrente, poiché il reclamo non ha effetto sospensivo (<ref-law>). Infine, atteso che la ricorrente non ha impugnato la sentenza di rigetto dell'opposizione, non entra nemmeno in linea di conto l'ipotesi contemplata dalla <ref-ruling> consid. 4 secondo cui l'effetto sospensivo conferito a un ricorso straordinario non fa partire il termine di 20 giorni (v. inoltre sulla citata giurisprudenza anche la sentenza 5C.161/2006 del 9 novembre 2006 consid. 2.3, in RtiD 2007 I pag. 844). Ne segue che, contrariamente a quanto ritiene la ricorrente, la (corretta) soluzione adottata dalla sentenza impugnata, secondo cui determinante per la tempestività dell'azione di disconoscimento del debito è unicamente la data di notifica della decisione di rigetto dell'opposizione e non l'infruttuosa scadenza del termine di ricorso (v. anche FABIENNE HOHL, op. cit., n. 1032 segg.), non configura nemmeno un cambiamento di giurisprudenza.
2.4. Poiché aggiungendo 20 giorni alla data da cui ha iniziato a decorrere il termine per inoltro dell'azione di disconoscimento del debito si giunge al 29 dicembre 2014, appare determinante stabilire se esso fosse sospeso dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso in ragione delle ferie giudiziarie di cui all'art. 145 cpv. 1 lett. c CPC, atteso che in caso di risposta negativa la petizione 8 gennaio 2015 sarebbe tardiva, siccome presentata dopo la proroga prevista dall'<ref-law> per i termini che scadono durante le ferie esecutive.
3.
Giusta l'<ref-law> salvo che la presente legge disponga altrimenti, al computo, all'osservanza e al decorso dei termini si applicano le disposizioni del Codice di procedura civile del 19 dicembre 2008 (CPC). L'art. 145 di quest'ultima legge, che disciplina la sospensione dei termini, prevede al cpv. 4 che sono fatte salve le disposizioni della LEF sulle ferie e sospensioni.
3.1. Dopo aver indicato che la dottrina ha dato un'interpretazione variegata all'<ref-law>, la Corte cantonale ha ritenuto applicabile alla fattispecie l'<ref-law>, atteso che ciò era già il caso sotto l'egida dei codici di procedura cantonali, che gli art. 56 segg. LEF costituiscono una lex specialis per rapporto alle ferie del CPC e che il rapporto della Commissione di esperti era superato dal Messaggio del Consiglio federale.
Secondo la ricorrente occorre invece applicare l'art. 145 cpv. 1 lett. c CPC, poiché l'azione di accertamento dell'inesistenza del debito è " un'azione di puro diritto materiale " e che si tratta di una " vera e propria causa ordinaria di merito ", la quale soggiace a tutti i dettami della legge processuale.
3.2. In concreto, come già rilevato dalla Corte cantonale, i lavori legislativi e la dottrina appaiono divisi sulla questione. Per l'applicazione delle ferie del CPC all'azione di disconoscimento del debito si pronunciano il Rapporto esplicativo del 23 giugno 2003 concernente l'avamprogetto della Commissione peritale del Codice di procedura civile svizzero (pag. 73 ad art. 141), ADRIAN STAEHELIN (in Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, a cura di Sutter-Somm/Haseböhler/Leuenberger, 3aed. 2016, n. 7 ad <ref-law>), FRANCESCO TREZZINI (in Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero, pag. 614), NINA J. FREI (Commento bernese, n. 20 ad <ref-law>) e GASSER/RICKLI (Schweizerische Zivilprozessordnung, 2aed. 2014, n. 3 ad <ref-law>). In senso contrario, oltre al Messaggio del Consiglio federale del 28 giugno 2006 concernente il Codice di diritto processuale civile svizzero (FF 2006 6593, n. 5.9.3), si esprimono invece FABIENNE HOHL (op. cit., n. 1035), DENIS TAPPY (in Code de procédure civile commenté, n. 18 ad <ref-law>), BARBARA MERZ (in Schweizerische Zivilprozessordnung, a cura di Brunner/Gasser/Schwander, 2aed. 2016, n. 33 ad <ref-law>), URS H. HOFFMANN-NOWOTNY (in Kurzkommentar Schweizerische Zivilprozessordnung, 2aed. 2014, n. 11 ad <ref-law>), DANIEL STAEHELIN (Commento basilese, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, vol. 1, 2aed. 2010, n. 26 seg. ad <ref-law>) e SAMUEL MARBACHER (in Schweizerische Zivilprozessordnung, a cura di Baker & Mckenzie, n. 9 ad <ref-law>).
Per quanto concerne invece la giurisprudenza giova innanzi tutto ricordare che già nella DTF 23 I 1277 pag. 1280 seg. questo Tribunale ha precisato che il rinvio alla procedura ordinaria previsto dall'<ref-law> non si riferisce al calcolo del termine per presentare l'azione, ma alla procedura dopo il suo inoltro ed ha così escluso l'applicazione delle ferie giudiziarie cantonali. Nella DTF 53 III 67 consid. 2 ha poi specificato che una decisione di rigetto provvisorio dell'opposizione costituisce un atto di esecuzione, motivo per cui qualora sia notificata in violazione dell'<ref-law>, essa non può dare inizio a un termine previsto da un disposto del diritto esecutivo quale l'<ref-law> durante le ferie esecutive, ma unicamente a partire dalla fine di queste. Nella <ref-ruling> il Tribunale federale ha poi indicato che se il termine per impugnare con un rimedio ordinario la decisione di rigetto dell'opposizione scade durante le ferie esecutive è applicabile l'<ref-law> e che quindi pure il termine per proporre l'azione di disconoscimento viene posticipato. Anche dopo l'entrata in vigore del CPC, il Tribunale federale ha confermato la propria giurisprudenza secondo cui la decisione di rigetto dell'opposizione è un atto esecutivo (<ref-ruling> consid. 3.1.1).
Ora, da quanto precede emerge che il termine dell'<ref-law> prende avvio da un atto esecutivo a cui, in quanto tale, sono applicabili i disposti sulle ferie e sospensioni esecutive e che queste norme influen zano anche il suo computo. Tale circostanza non è stata modificata con l'entrata in vigore del CPC in ragione dell'esplicita riserva, contenuta nell'<ref-law>, in favore delle disposizioni della LEF sulle ferie e sospensioni. Così stando le cose, per il calcolo del termine in discussione appare irrilevante che l'azione di disconoscimento del debito sia di natura materiale. Ne segue che la Corte cantonale non ha violato il diritto federale dichiarando l'azione tardiva.
4.
Il ricorso si rivela pertanto infondato e come tale va respinto. Con l'evasione del gravame la - seconda - domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta caduca. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF). Per quanto concerne l'ammontare di quest'ultime giova rilevare che non sussistono motivi per scostarsi dagli usuali criteri per la loro fissazione e accogliere l'esorbitante richiesta dell'opponente.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 9'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 10'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.