Faits :
A.
A._ ou la fondation, dont le siège social est à Baden, est propriétaire de la parcelle n o 2845, feuille 91, de la commune de Genève-Plainpalais; d'une surface de 2'423 m 2, elle se situe entre l'Arve et la rue François-Dussaud. Ce bien-fonds supporte deux bâtiments de bureaux, entièrement mis en location par la fondation.
Le périmètre du quartier Praille-Acacias-Vernets (ci-après: quartier PAV) figure au plan directeur cantonal 2015 (ci-après: PDCn 2015) dans sa version mise à jour de 2006 et la fiche 2.20 y relative prévoit la densification du périmètre. Sur cette base, ont été élaborés un "Masterplan", validé le 9 mai 2007 par le Conseil d'Etat, ainsi qu'un projet de loi modifiant les limites de zones sur les territoires des communes de Genève, Carouge et Lancy. Ces démarches ont abouti à l'adoption, le 23 juin 2011, de la loi 10788 relative à l'aménagement du quartier PAV, modifiant les limites de zones sur le territoire des communes concernées (création d'une zone 2, d'une zone de développement 2, d'une zone de verdure et d'une zone de développement 2 prioritairement affectée à des activités mixtes) et approuvant le plan n o 29712A (ci-après: loi PAV). Le quartier est divisé en sept secteurs (A à G; art. 4 loi PAV).
La parcelle propriété de A._ se trouve dans le secteur "Acacias-Bord de l'Arve (G) ", en zone de développement 2, dans un secteur dévolu à une affectation mixte, logements, activités tertiaires, entreprises sans nuisances ou moyennement gênantes, ainsi qu'équipements publics, universitaires et hautes écoles (art. 4 al. 7 loi PAV).
B.
Suite à l'adoption de la loi PAV, le département, de concert avec les communes de Genève, Carouge et Lancy, a élaboré un avant-projet de plan directeur de quartier Praille-Acacias-Vernets (ci-après: PDQ PAV) n o 29951. Le périmètre couvert par le PDQ PAV, d'une surface de 230 hectares, supérieure à celle de 140 hectares couverte par la loi PAV, est délimité au nord-est par l'Arve, à l'ouest par le coteau de Lancy, au sud par la route de Saint-Julien et le Bachet-de-Pesay et au sud-est par les quartiers des Noirettes et des tours de Carouge.
Le projet de PDQ PAV est notamment constitué de vingt-et-une fiches de coordination comprenant chacune un principe, des objectifs, des mesures, des projets ainsi qu'un texte explicatif et des illustrations. Ces fiches concernent les thèmes suivants: Urbanisation (A), Mobilité (B), Environnement (C), Programmation (D) et Mise en oeuvre (E). Une carte de synthèse et une carte des grands équilibres (densité et affectations) ainsi que des documents annexes composent le reste du projet.
Pour le secteur G, la loi PAV définit une affectation mixte. La carte des grands équilibres, intégrée au PDQ PAV, indique pour ce secteur un programme de 200'000 m 2 de surface brut de plancher (ci-après: SBP), la surface des bâtiments maintenus et des équipements publics n'étant pas comprise. Le secteur G est composé de trois sous-secteurs (PDQ PAV, fiche A4: Les Vernets, le Parc de Sports et la Pointe Nord). La Pointe Nord, périmètre dans lequel se trouve la parcelle de A._, est identifiée comme emblématique et de grands équipements publics ou collectifs y sont préconisés. La fiche D5 prévoit d'analyser la possibilité de l'implantation du Pôle sciences (HES-UNI), de l'Hôtel de police et du Palais de justice, notamment. La carte des grands équilibres mentionne, pour le secteur G, un indice d'utilisation du sol (ci-après: IUS) de 2,3 et un indice de densité (ID) de 3,5. La légende précise que le calcul des indices est susceptible de varier, notamment selon le statut public ou privé des surfaces extérieures, à confirmer en fonction des projets et de choix ultérieurs. Il s'agit de moyennes sur le périmètre de chacun des secteurs. Les indices qui seront calculés sur le périmètre des plans localisés de quartier (ci-après: PLQ PAV), non définis à ce jour et qui serviront à déterminer les droits à bâtir, pourront être différents.
C.
Le projet de PDQ PAV a été soumis à la consultation publique. Aux termes des ses observations, déposées dans ce cadre, le 12 mai 2014, A._ a exposé que ce plan ne tenait pas compte de la convention intervenue avec l'Etat de Genève, garantissant notamment à son immeuble une situation acquise étendue, permettant son exploitation, sa rénovation, sa transformation ou encore sa surélévation pour des activités tertiaires. En réponse, l'Office de l'urbanisme a expliqué que le maintien du bâtiment était possible, de même que sa transformation, dans une certaine mesure, en dépit du PDQ PAV; l'office cantonal a, dans cette mesure, considéré que ce plan était compatible avec les termes de la convention.
Par résolution des 11 et 16 décembre 2014, les Conseils municipaux des communes de Lancy et de Carouge ont adopté le PDQ PAV; le Conseil municipal de la ville de Genève en a fait de même, le 21 janvier 2015. Le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève a, quant à lui, approuvé le plan par arrêté du 1 er avril 2015.
Par acte du 12 mai 2015, A._ a recouru contre cet arrêté devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par arrêt du 12 juillet 2016, la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable. L'instance précédente a en substance considéré que le PDQ PAV, en tant que plan directeur, ne pouvait faire l'objet d'un recours émanant d'un particulier; elle a, dans ce cadre, nié que ce plan corresponde matériellement à un plan d'affectation susceptible de recours conformément à l'art. 33 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700).
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de dire que le PDQ PAV est susceptible de recours, d'annuler en conséquence l'arrêt attaqué et de renvoyer le dossier à l'instance précédente pour nouvelle instruction et décision sur le fond de la cause.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat, par l'intermédiaire du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: DALE), conclut au rejet du recours. Egalement appelé à se déterminer, l'Office fédéral du développement territoriale ARE a indiqué renoncer à se prononcer tout en précisant que les propriétaires fonciers pourront en principe faire valoir leurs droits dans le cadre de la procédure de plan d'affectation. La recourante a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale; sur le fond, la contestation porte sur la conformité du plan litigieux avec les législations fédérale et cantonale sur l'aménagement du territoire. Le recours est dès lors recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions définies à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante peut se prévaloir d'un intérêt digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué, qui consacre l'irrecevabilité de son recours dirigé contre le PDQ PAV, dans le périmètre duquel est situé un immeuble dont elle est propriétaire. Elle a donc la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
A l'appui de son recours, la fondation recourante produit une brochure intitulée "Grand projet Praille Acacias Vernets, Les Vernets" publiée en juin 2016 par le DALE. La recourante soutient que cette pièce, bien qu'antérieure à l'arrêt attaqué, ne pouvait plus être produite devant l'instance précédente, l'instruction étant déjà close lors de sa publication; elle n'indique cependant pas quelles dispositions du droit cantonal de procédure lui interdisaient de produire cette pièce avant que le jugement litigieux ne soit rendu ni ne prétend qu'il en résulterait un motif de révision de l'arrêt attaqué (à ce sujet, cf. BERNARD CORBOZ, Commentaire LTF, 2 e éd. 2014, n. 26 ad <ref-law> et les arrêts cités). Rien ne commande partant de faire exception au principe de l'interdiction des nova consacré par l'<ref-law> et la brochure produite doit être déclarée irrecevable. On peut quoi qu'il en soit - avec le DALE - douter de la pertinence de ce document, celui-ci revêtant un caractère strictement informatif, sans réelle portée juridique.
3.
Dans une critique d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint de déni de justice. Elle estime que la Cour de justice aurait ignoré nombre d'éléments développés dans son recours cantonal.
Outre que ce grief - mentionné en vrac, au terme d'une argumentation de fond - apparaît insuffisamment motivé au regard des exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, il sera exposé ci-après qu'aucune des critiques formulées devant l'instance précédente, que la recourante réitère céans, n'est susceptible de conduire à une solution différente de celle à laquelle a abouti la Cour de justice. Le grief doit pour ce motif être écarté (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 248; arrêt 1C_592_2015 du 27 juillet 2016 consid.4.1).
4.
Sur le fond, dans son arrêt du 12 juillet 2016, la Cour de justice a déclaré le recours cantonal formé par la recourante irrecevable au motif que le PDQ PAV, en tant que plan directeur, n'était pas susceptible de faire l'objet d'un recours émanant de particuliers. En résumé, pour aboutir à cette conclusion, l'instance précédente a jugé que le PDQ PAV ne pouvait pas être assimilé à un plan d'affectation ni sous l'angle de sa procédure d'adoption - similaire à celle prévue en matière de planification directrice -, ni au regard de son contenu et de sa portée matérielle.
4.1. L'instrument du plan directeur cantonal est prévu aux art. 6 ss LAT. Il se définit comme un plan de gestion continue du territoire et non pas comme une conception détaillée de l'état futur de l'organisation du territoire. La planification directrice montre comment les organismes chargés de tâches d'organisation du territoire doivent exercer leurs compétences en regard de l'organisation du territoire souhaitée (cf. Pierre TSCHANNEN, Commentaire LAT, 2010, n. 20 ad art. 6-12); le plan directeur ne se limite pas à donner une image du développement souhaité, mais propose des moyens propres à atteindre ce but (art. 8 al. 1 let. c LAT; cf. arrêt 1C_472/2014 du 24 avril 2015 consid. 4.1; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, n. 225 p. 105). Cet aspect programmatique du plan correspond au contenu minimum exigé selon les art. 8 LAT et 5 al. 1 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1; cf. Pierre TSCHANNEN, op.cit., n. 20 ad art. 6-12). Cette définition générale du contenu minimum des plans cantonaux figurant à l'art. 8 al. 1 LAT n'a pas été modifiée par l'entrée en vigueur, le 1er mai 2014 (RO 2014 899), de la révision de la LAT du 15 juin 2012 (cf. Message du Conseil fédéral du 20 janvier 2010 relatif à une révision partielle de la loi sur l'aménagement du territoire, FF 2010 976 ch. 2.3.3).
Sur le niveau régional, le droit fédéral n'interdit pas aux cantons de prévoir l'introduction de plans directeurs de rang inférieur, régionaux ou communaux (cf. arrêt 1C_472/2014 du 24 avril 2015 consid. 4.1; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op.cit., n. 266 s. p. 122; PETER HÄNNI, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 6e éd. 2016, p.134). Dans le canton de Genève, le législateur a ainsi introduit le plan directeur localisé (ci-après: PDL), qui entre dans la définition du plan directeur telle que donnée par le droit fédéral (FRANÇOIS BELLANGER, Déclassement et autres mesures dans le canton de Genève, in Planification territoriale, 2013, p. 89). Ce plan a pour objet de fixer les orientations futures de l'aménagement de tout ou partie du territoire d'une ou plusieurs communes (art. 10 al. 1 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 [LaLAT; RS/GE L 1 30]).
4.2. D'un point de vue formel, il est constant que le PDQ PAV constitue un PDL au sens de l'art. 10 LaLAT et qu'il doit dès lors, sous cet angle, être assimilé à un plan directeur au sens défini par le droit fédéral. A ce titre, il acquiert force obligatoire pour les communes et le Conseil d'Etat, mais ne produit en revanche aucun effet direct à l'égard des particuliers; ces derniers ne peuvent former aucun recours à son encontre, ni à titre principal, ni à titre préjudiciel (art. 10 al. 8 LaLAT et 35 al. 1 LaLAT a contrario; art. 9 al. 1 LAT; cf. arrêt 1C_472/2014 du 24 avril 2015 consid. 4.1; voir également AEMISEGGER/HAAG, Commentaire LAT, 2010, n. 49 ad art. 33 LAT). Il s'ensuit que l'irrecevabilité du recours cantonal formé par la fondation recourante devrait en principe être confirmée. La recourante soutient cependant qu'en dépit de sa nature formelle, le PDQ PAV devrait être matériellement assimilé à un plan d'affectation (art. 14 LAT) soumis aux exigences des art. 33 al. 2 LAT et 35 al. 1 LaLAT en matière de protection juridique.
4.2.1. Aux termes de l'art. 14 LAT, les plans d'affectation règlent le mode d'utilisation du sol (al. 1). Ils délimitent en premier lieu les zones à bâtir, les zones agricoles et les zones à protéger (al. 2). Les plans d'affectation ont force obligatoire pour chacun (art. 21 al. 1 LAT), particuliers et autorités (ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op.cit., n. 404 p. 182; THIERRY TANQUEREL, Commentaire LAT, 2010, n. 15 ad art. 21 LAT). Les plans d'affectation concrétisent et précisent les plans directeurs (arrêt 1C_414/2013 du 30 avril 2014 consid. 4.1) dont ils doivent être distingués.
Selon l'art. 33 al. 1 LAT, les plans d'affectation sont mis à l'enquête publique. Le droit cantonal prévoit au moins une voie de recours contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la loi fédérale sur l'aménagement du territoire et sur les dispositions cantonales et fédérales d'exécution (art. 33 al. 2 LAT). Il prévoit également qu'une autorité de recours au moins ait un libre pouvoir d'examen (art. 33 al. 3 let. b LAT). Sur le plan cantonal, l'art. 35 al. 1 LaLAT dispose que les décisions par lesquelles le Grand Conseil, respectivement le Conseil d'Etat, adopte les plans d'affectation du sol visés aux articles 12 et 13 al. 1 let. a à f et i LaLAT loi peuvent faire l'objet d'un recours à la chambre administrative de la Cour de justice.
4.2.2. Pour procéder à la qualification du PDQ PAV, la Cour de justice a tout d'abord considéré que sa procédure d'adoption était proche de celle prévue par le droit cantonal en matière de planification directrice. Ensuite, examinant le contenu et les effets juridiques du PDQ PAV, l'instance précédente a exclu que celui-ci puisse revêtir les qualités d'un plan d'affectation. D'un point de vue général, elle a retenu que, selon la volonté du législateur, le PDQ PAV avait le caractère d'un outil de travail consensuel liant les autorités entre elles, dépourvu d'effet juridique à l'égard des tiers. Elle a ensuite indiqué que l'art. 7 du règlement d'application de la loi PAV du 18 juin 2014 (RaPAV; RS/GE L 1 30.04) définissait quels éléments étaient impératifs pour les autorités au sens de l'art. 10 al. 8 LaLAT, à savoir les textes sur fond coloré des fiches de coordination (principes, objectifs, mesures et projets), les éléments représentés sur la carte de synthèse et les chiffres sur fond coloré sur la carte des grands équilibres (densité et affectations). La cour cantonale a jugé que rien ne permettait cependant de retenir que ces différents éléments, obligatoires pour les autorités cantonales, l'étaient également pour les administrés, indépendamment de leur degré de précision. Elle a notamment considéré, s'agissant du Pôle sciences (HES-UNI), que l'implantation prévue dans le secteur Nord (où se trouve la parcelle de la recourante) n'était pas définitive; elle a également estimé que l'examen des IUS et des SBP définis par le plan litigieux était prématuré. A cet égard, l'instance précédente a rappelé que ces différents éléments, de nature programmatique, étaient amenés à être analysés de manière approfondie par les autorités compétentes dans le cadre de la procédure ultérieure d'adoption de PLQ PAV - imposée par l'art. 2 al. 1 de la loi générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; RS/GE L 1 35) et l'art. 3 al. 1 de loi PAV -, dans laquelle la participation des particuliers sera assurée conformément à l'art. 33 al. 2 LAT.
4.2.3. La recourante réitère céans ses critiques liées à la précision du contenu du PDQ PAV ainsi qu'à la portée matérielle de celui-ci pour lui prêter les qualités d'un plan d'affectation sujet à recours. Cette approche se révèle toutefois infondée, bien que l'instance précédente ait, pour répondre à ce grief, procédé à l'examen détaillé de ces différents aspects. Dans les <ref-ruling> et <ref-ruling>, sur lesquels se fonde essentiellement la recourante, les actes concernés - à savoir les modifications de la loi vaudoise sur le plan de protection de Lavaux du 12 février 1979 (LLavaux; RS/VD 701.43), à la suite de l'initiative populaire «Sauver Lavaux», d'une part, et l'ordonnance adoptée le 27 novembre 2007 par le Conseil d'Etat du canton de Fribourg relative aux chalets de vacances présents au bord du Lac de Neuchâtel, d'autre part - n'étaient certes formellement pas attaquables, à l'instar du PDQ PAV; cependant, contrairement à ce dernier, ils déployaient des effets directs immédiats sur les particuliers, sans qu'une mise en oeuvre ultérieure par le biais de l'adoption d'une planification d'affectation, soumise au contrôle de l'art. 33 al. 2 LAT, ne soit nécessaire. Dans ces circonstances, il s'imposait de déterminer si, d'un point de vue matériel, le degré de précision des instruments en cause et leurs effets équivalaient à ceux d'un plan d'affectation au sens de l'art. 14 LAT, au risque, à défaut, de contourner irrémédiablement la protection juridique offerte par l'art. 33 al. 2 LAT (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 136 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 332 s.). En l'espèce, un tel contrôle n'a en revanche pas lieu d'être. En effet, comme le rappellent non seulement le DALE, mais également, l'Office du développement territorial, la protection juridique est en l'occurrence garantie par l'adoption subséquente d'une planification d'affectation, sous forme de PLQ PAV, imposée par les art. 2 al. 1 LGZD et 3 al. 1 de loi PAV; or cette procédure permettra, le cas échéant, de procéder à un contrôle préjudiciel de la planification directrice et à la pesée des intérêts exigée dans ce cadre (cf. PIERRE TSCHANNEN, op. cit, n. 36 ss ad art. 9 LAT; cf. également arrêt 1C_630/2015 du 15 septembre 2016 consid. 7.3.1). Il sera alors loisible à la recourante de remettre en cause les options programmatiques préconisées par le PDQ PAV, sous l'angle de la conformité au droit ou encore si des intérêts opposés au plan directeur sont plus importants que ceux qui y sont indiqués (cf. PIERRE TSCHANNEN, Commentaire LAT, 2010, n. 36 ss ad art. 9 LAT; <ref-ruling> consid. 4 p. 368; <ref-ruling> consid. 3aa p. 88; cf. également arrêt 1C_630/2015 du 15 septembre 2016 consid. 7.3.1); la recourante pourra alors notamment se prévaloir du respect du principe de l'égalité de traitement (à titre d'exemple, cf. arrêt 1C_161/2010 du 21 octobre 2010 consid. 5.1 et 5.2), dont elle se plaint déjà implicitement en arguant que le PDQ PAV la priverait de toute perspective de construction sur ses parcelles au bénéfice, notamment, du projet Pôle sciences (HES-UNI), par un épuisement des SBP disponibles.
4.2.4. C'est enfin également à tort que la recourante déduit de l'arrêt 1C_276/2014 du 1er octobre 2014 que la portée matérielle du PDQ PAV correspondrait à celle d'un plan d'affectation susceptible de recours. Dans cette affaire, l'examen du Tribunal fédéral portait notamment sur la conformité d'une demande de construction avec la zone de développement 2 (cf. art. 2 al. 1 LGZD) instituée non pas par le projet de PDQ PAV, mais par la loi PAV en vigueur; le litige concernait par ailleurs la question du délai de réponse des autorités à cette demande d'autorisation de construire (cf. art. 4 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L 5 05]). Or, ces aspects, pour lesquels la cognition du Tribunal fédéral était de surcroît restreinte à l'arbitraire (à propos de la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 319), apparaissent indépendants de l'adoption du PDQ PAV et ne permettent pas de déduire que ce dernier déploierait des effets directs au-delà des seules autorités ni que la recourante serait empêchée de faire valoir ses droits au stade ultérieur de la planification de détail.
4.3. En définitive, en tant qu'il nie au PDQ PAV la qualité de plan d'affectation au sens de l'art. 14 LAT et déclare le recours cantonal irrecevable, l'arrêt attaqué doit être confirmé; la protection juridique exigée par l'art. 33 al. 2 LAT est en l'espèce garantie par la procédure de planification ultérieure.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, aux frais de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Conseil d'Etat de la République et canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 3 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez