Fatti:
A.
La B._Sagl è una società a garanzia limitata che persegue essenzialmente lo scopo di produrre, lavorare e vendere erbe e prodotti biologici. Suo socio e gerente è A._. La società è proprietaria del fondo part. yyy di X._, nella frazione di W._, situato nella zona villaggio per 1'910 m2, in quella per costruzioni accessorie per 443 m2e nell'altro territorio comunale, al di fuori della zona edificabile, per 1'429 m2. La particella è inoltre parzialmente gravata dalla zona di pericolo 2. Il 10 ottobre 2012 l'Autorità edilizia del Comune di X._ ha rilasciato alla proprietaria la licenza edilizia per la costruzione di un nuovo impianto di produzione. Il progetto prevedeva pure la costruzione di un muro di protezione dalle inondazioni situato in gran parte nel settore inedificabile della particella.
B.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, in particolare dopo che l'Autorità edilizia nel settembre del 2013 ha decretato l'immediata sospensione dei lavori di costruzione, siccome aveva tra l'altro constatato che sulla parte del fondo situata nel comparto dell'altro territorio comunale si stava edificando un muro di cinta mai approvato, la proprietaria ha presentato il 10 ottobre 2013 una domanda di costruzione retroattiva per la realizzazione di muri di cinta e la formazione di un nuovo terrapieno sul confine tra i fondi part. zzz e yyy. La domanda faceva seguito a una precedente del 19 settembre 2013, che chiedeva di potere modificare, rispetto al progetto approvato il 10 ottobre 2012, il posizionamento del muro di protezione dalle inondazioni.
C.
Con decisione del 26 maggio 2015, comunicata il 29 luglio 2015, il Consiglio comunale di X._, quale Autorità edilizia, ha respinto la domanda di costruzione a posteriori. Ha nondimeno deciso di tollerare le opere realizzate ed ha contestualmente inflitto a A._, quale committente responsabile, una multa di fr. 10'000.-- per gli abusi perpetrati e l'inosservanza dei piani di costruzione approvati il 10 ottobre 2012.
D.
Con sentenza dell'8 giugno 2016 il Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni ha respinto un ricorso di A._ contro la decisione comunale. La Corte cantonale ha confermato sia il diniego di un'autorizzazione eccezionale giusta l'art. 24 LPT, negando in particolare il presupposto dell'ubicazione vincolata, sia l'ammontare della multa.
E.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di riformarla nel senso di fissare l'importo della multa tra fr. 200.-- e fr. 800.--. In via subordinata, chiede che il giudizio impugnato sia annullato e la causa rinviata alla Corte cantonale per una nuova decisione. Il ricorrente fa valere l'applicazione arbitraria del diritto cantonale e di quello federale.
F.
La Corte cantonale e il Comune di X._ chiedono la reiezione del gravame nella misura della sua ammissibilità.
Con decreto presidenziale del 25 agosto 2016 è stato conferito effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1.
Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, concernente il diniego di una licenza edilizia e la connessa imposizione di una multa, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF, nonché in virtù dell'art. 34 cpv. 1 LPT. Il ricorrente è destinatario della sentenza impugnata ed è toccato dalla stessa in un interesse degno di protezione. È quindi legittimato a ricorrere giusta l'<ref-law> (cfr. sentenze 1C_396/2015 del 13 novembre 2015 consid. 1 e 1C_4/2012 del 19 aprile 2012 consid. 1.2).
2.
2.1. Il ricorrente fa valere la violazione dell'art. 24 LPT. Rimprovera alla Corte cantonale di avere negato a torto l'ubicazione vincolata delle opere eseguite, misconoscendo la portata di tale nozione. Sottolinea che il requisito dell'ubicazione vincolata avrebbe carattere relativo, sicché il solo fatto, rilevato dai giudici cantonali, che la realizzazione dei manufatti in quella specifica collocazione non sarebbe stata una premessa inderogabile per il rilascio dell'autorizzazione dell'Assicurazione fabbricati dei Grigioni, non consentirebbe di rifiutare il permesso di costruzione.
2.2. Al di fuori della zona edificabile, l'autorizzazione a costruire può essere rilasciata soltanto se sono adempiute le condizioni cumulative poste dall'art. 24 LPT (<ref-ruling> consid. 4), vale a dire se la destinazione esige un'ubicazione fuori della zona edificabile (lett. a) e se non vi si oppongono interessi preponderanti (lett. b).
La nozione di ubicazione vincolata secondo l'art. 24 lett. a LPT ha carattere oggettivo e per la realizzazione di tale presupposto la giurisprudenza pone esigenze severe. Occorre infatti che sia necessario costruire l'edificio o l'impianto fuori della zona a cui normalmente apparterrebbe per motivi tecnici o inerenti al suo esercizio o per la natura del terreno. Il vincolo può anche essere negativo, imposto cioè dall'esclusione di ogni altra ubicazione. Motivi puramente finanziari, personali o di comodità non bastano (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4a). Al riguardo è comunque sufficiente un'ubicazione vincolata relativa, nel senso che non occorre che quella prevista sia l'unica ubicazione possibile, ma devono essere dati motivi particolarmente importanti ed oggettivi che consentano di ritenere ch'essa appaia come molto più favorevole rispetto ad altre ubicazioni all'interno della zona edificabile (<ref-ruling> consid. 2.1 e riferimenti). La decisione sull'ubicazione vincolata relativa implica un'estesa ponderazione degli interessi che coincide in parte con quella dell'art. 24 lett. b LPT (<ref-ruling> consid. 7.6.1). Quest'ultima esige, secondo l'<ref-law> (RS 700.1), la determinazione e la ponderazione di tutti gli interessi pubblici e privati toccati dal progetto, segnatamente degli interessi perseguiti sia dalla stessa LPT sia da norme speciali concernenti la protezione dell'ambiente, della natura e del paesaggio, dell'aria e delle foreste (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.1).
2.3. La Corte cantonale ha accertato che il fondo part. yyy è in gran parte interessato dalla zona di pericolo 2 per il rischio di inondazioni in caso di piena del fiume e, richiamando l'art. 38 cpv. 3 e 5 della legge sulla pianificazione territoriale del Cantone dei Grigioni del 6 dicembre 2004 (LPTC), ha rilevato che pertanto occorreva prevedere le necessarie misure edilizie di protezione e un'autorizzazione eccezionale fuori della zona edificabile poteva essere rilasciata soltanto con l'approvazione dell'Assicurazione fabbricati dei Grigioni. I giudici cantonali hanno rilevato che in concreto il ricorrente aveva sottoposto all'Assicurazione fabbricati due diverse varianti di provvedimenti di protezione: la prima prevedeva la costruzione di un parapetto in calcestruzzo su tutto il perimetro del capannone eretto nel settore edificabile del fondo; la seconda contemplava le opere effettivamente realizzate. Stabilito che, pur consigliando l'esecuzione di quest'ultima variante, l'Assicurazione fabbricati non aveva escluso la prima alternativa, la Corte cantonale ha concluso che la costruzione del manufatto, nell'ubicazione in cui esso è effettivamente stato realizzato, non costituiva una "premessa inderogabile" per il rilascio dell'autorizzazione assicurativa. Ha quindi negato l'adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata.
2.4.
2.4.1. In concreto, non è contestato che gli interventi litigiosi sono stati eseguiti fuori della zona edificabile e sono quindi di principio soggetti all'art. 24 LPT. Secondo l'art. 80 cpv. 1 della legge edilizia del Comune di X._, "l'altro territorio comunale" comprende il territorio improduttivo e quelle superfici la cui utilizzazione di base non è ancora stata stabilita. L'art. 41 LPTC, dal titolo marginale "zone altro territorio comunale" prevede che le zone del territorio comunale rimanente includono il terreno improduttivo, le acque, nonché le superfici rimanenti per le quali non entra in questione nessun'altra zona di utilizzazione (cpv. 1). Sono ammessi progetti di costruzione che soddisfano i presupposti per un'autorizzazione d'eccezione per edifici ed impianti al di fuori delle zone edificabili (art. 41 cpv. 2 LPTC).
La Corte cantonale, come visto, ha anche richiamato l'art. 38 LPTC, che disciplina le zone di pericolo. Esse comprendono i territori minacciati da valanghe, frane, caduta massi, alluvioni o altri fenomeni naturali. Vengono suddivise secondo le direttive cantonali in una zona di pericolo elevato (zona di pericolo 1) e in una zona di pericolo limitato (zona di pericolo 2). Giusta l'art. 38 cpv. 3 LPTC, nella zona di pericolo 2, nuovi edifici ed impianti che servono per ospitare persone e animali necessitano di particolari misure edilizie di protezione. In caso di modifiche essenziali ad edifici esistenti devono essere prese le necessarie misure di protezione per tutto l'edificio. L'art. 38 cpv. 5 LPTC prevede che licenze edilizie e permessi per edifici e impianti al di fuori delle zone edificabili, per progetti di costruzione in zone di pericolo, vengono rilasciati soltanto se esiste l'autorizzazione dell'Assicurazione fabbricati del Cantone dei Grigioni. Quest'ultima emana direttive per misure edilizie di protezione e per una protezione adeguata degli oggetti. Secondo la prassi cantonale, l'autorità competente per il rilascio della licenza edilizia sottopone la domanda di costruzione per edifici e impianti nelle zone di pericolo all'Assicurazione cantonale fabbricati. Quest'ultima esamina la domanda e rilascia all'autorità una decisione di approvazione con eventuali oneri. Nell'interesse del coordinamento delle procedure, la decisione di approvazione dell'Assicurazione fabbricati deve essere notificata contestualmente alla licenza edilizia (cfr. messaggio del Governo dell'11 maggio 2004 concernente la revisione della LPTC, pag. 316).
2.4.2. In concreto, la Corte cantonale ha negato l'adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata, limitandosi a rilevare che "la costruzione del muro, nell'ubicazione in cui esso effettivamente è stato realizzato, non era [...] una premessa inderogabile per il rilascio dell'autorizzazione dell'Assicurazione fabbricati". In sostanza, la precedente istanza si è fondata esclusivamente sul fatto che sotto l'aspetto delle misure di protezione quella litigiosa non era l'unica ubicazione possibile, non avendo l'Assicurazione fabbricati escluso una soluzione alternativa. Tuttavia, come visto, la nozione di ubicazione vincolata ai sensi dell'art. 24 lett. a LPT non esige che un'altra ubicazione non entri assolutamente in considerazione. Devono per contro essere realizzati motivi particolarmente importanti ed oggettivi per ritenere che l'ubicazione in discussione appaia molto più favorevole rispetto ad altre all'interno della zona edificabile (cfr. <ref-ruling> consid. 7.6.1; <ref-ruling> consid. 2.1). Ora, nel caso in esame, la Corte cantonale non ha eseguito una valutazione puntuale degli interessi in causa con specifico riferimento alla situazione dei luoghi e al progetto edilizio litigioso. Ciò in particolare ove si consideri che, sotto il profilo tecnico, l'Assicurazione fabbricati ha ritenuto più adeguata la costruzione delle opere di protezione nell'altro territorio comunale e che anche il Comune di X._ ha considerato quest'altra soluzione maggiormente idonea sotto l'aspetto paesaggistico. Alla luce di queste circostanze, negando d'acchito l'adempimento del requisito dell'ubicazione vincolata senza eseguire un'approfondita valutazione dei motivi che giustificherebbero o meno le opere di protezione secondo le prospettate modalità, la Corte cantonale ha violato l'art. 24 lett. a LPT.
3.
3.1. Inoltre, qualora un'autorizzazione eccezionale debba essere negata, come ritenuto nel giudizio impugnato, la Corte cantonale non può prescindere dall'esame di un provvedimento di ripristino. Il Tribunale federale ha infatti già avuto modo di precisare che il ripristino della situazione di legalità riveste un'importanza determinante per una corretta attuazione del diritto sulla pianificazione del territorio. Qualora delle costruzioni illegali, in contrasto con la LPT, non vengano eliminate, bensì tollerate a tempo indeterminato, verrebbe messo in discussione il principio della separazione tra area edificabile e non edificabile e verrebbe ricompensato un comportamento illegale. Le costruzioni formalmente illecite, che non possono essere legalizzate successivamente, devono quindi di principio essere demolite (<ref-ruling> consid. 6). Ciò è del resto quanto prevede anche l'art. 94 cpv. 1 LPTC, secondo cui stati materialmente illegali sono da eliminare su ordine dell'autorità competente, indipendentemente dal fatto che in seguito alla loro produzione sia stata eseguita una procedura di contravvenzione. Un ordine di demolizione di costruzioni già eseguite può tutt'al più essere escluso (totalmente o in parte) in virtù dei principi del diritto costituzionale e amministrativo, segnatamente qualora il ripristino fosse sproporzionato, lesivo del principio della buona fede o perento a seguito del tempo trascorso (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 6; cfr. pure l'art. 94 cpv. 4 LPTC).
3.2. Nella fattispecie, nonostante il diniego di un'autorizzazione eccezionale, la Corte cantonale ha confermato la decisione dell'Autorità edilizia comunale di tollerare la formazione del muro di protezione e del terrapieno, siccome non vi sarebbero stati cambiamenti sostanziali al suolo e l'infrazione materiale sarebbe stata lieve. Le precedenti istanze al riguardo hanno richiamato l'art. 94 cpv. 4 LPTC, per il quale, se l'autorità competente per motivi di proporzionalità o di buona fede deve parzialmente o totalmente prescindere dall'ordinare provvedimenti di ripristino, emana una decisione che tollera lo stato illegale (decisione di tolleranza).
In sostanza, la Corte cantonale ha fatto astrazione da un ordine di ripristino, limitandosi ad addurre che il "muretto"edificato non comporterebbe cambiamenti sostanziali al suolo e che l'infrazione sarebbe soltanto lieve. Ha tuttavia omesso di considerare che la procedura edilizia riguardava, oltre l'edificazione del muro di protezione, anche la formazione di un terrapieno. Pure quest'ultimo intervento è infatti suscettibile di modificare considerevolmente l'aspetto esterno del fondo e può pertanto essere soggetto ad autorizzazione. Inoltre, confermando semplicemente la decisione di tolleranza dell'Autorità edilizia comunale, i giudici cantonali non si sono confrontati con i presupposti che secondo l'esposta giurisprudenza permettono di prescindere da un provvedimento di ripristino nel caso di eventuali opere edificate illegalmente fuori della zona edificabile. Come visto, si può rinunciare al ripristino unicamente quando l'opera eseguita diverge solo in modo irrilevante da quanto autorizzato, quando la demolizione non persegue scopi d'interesse pubblico, oppure se il proprietario poteva ritenere in buona fede che la costruzione fosse lecita e al mantenimento dello stato di fatto non ostino importanti interessi pubblici (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 6). Questi criteri non sono stati puntualmente esaminati dalla Corte cantonale con specifico riferimento alla fattispecie litigiosa.
Nella decisione del 26 maggio 2015, l'Autorità edilizia comunale ha invero ritenuto la demolizione sproporzionata, siccome il muro e il terrapieno servono alla protezione dell'impianto di produzione giusta le imposizioni dell'Assicurazione fabbricati. Perché un eventuale ordine di ripristino possa essere ritenuto sproporzionato, occorre tuttavia che il contrasto con la legge sia minimo e che gli interessi generali toccati non giustifichino il danno che il ripristino comporterebbe per il proprietario (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 6.4). La decisione comunale non si esprime su questi aspetti, misconoscendo la portata che assume in quest'ambito il principio della proporzionalità. Peraltro, la decisione di tollerare il mantenimento dei manufatti litigiosi avrebbe praticamente l'effetto di concedere una deroga per costruire fuori della zona edificabile ai sensi dell'art. 24 LPT (cfr. <ref-ruling> consid. 2b; sentenza 1A.180/2002 del 19 novembre 2002 consid. 2.1 in: SJ 2003 I pag. 271). È quindi come minimo dubbio che l'Autorità edilizia comunale potesse emanare tale decisione autonomamente, senza coinvolgere la competente Autorità cantonale (cfr. art. 25 cpv. 2 LPT, art. 87 LPTC).
4.
4.1. La Corte cantonale ha rilevato che invero il muro di protezione secondo il progetto iniziale, approvato dall'Autorità edilizia comunale con la licenza edilizia rilasciata il 10 ottobre 2012, avrebbe necessitato del permesso dell'Autorità cantonale competente per le costruzioni fuori dalle zone edificabili. Poiché il muro effettivamente realizzato non corrispondeva a quello inizialmente progettato, non ha tuttavia approfondito la questione relativa all'incompetenza del Comune in quest'ambito.
4.2. L'art. 25 cpv. 2 LPT prevede che per tutti i progetti edilizi fuori dalle zone edificabili, l'autorità cantonale competente decide se siano conformi alla zona o se un'eccezione può essere autorizzata. Con questa disposizione, il legislatore federale mirava ad assicurare per tali interventi edilizi un'applicazione uniforme del diritto su tutto il territorio cantonale. Quanto allo svolgimento della procedura, i Cantoni possono in particolare prevedere l'esclusiva competenza dell'autorità cantonale per il rilascio dell'autorizzazione, alla quale l'autorità comunale ordinaria in materia di licenza edilizia deve sottoporre la domanda. La norma permette comunque di mantenere la competenza dell'autorità comunale ordinaria, che deve tuttavia richiedere l'approvazione dell'autorità cantonale affinché la licenza edilizia possa crescere in giudicato (DTF <ref-ruling> consid. 3.2.1; <ref-ruling> consid. 3.1). Nel Cantone dei Grigioni, l'art. 87 cpv. 1 LPTC prevede che edifici ed impianti al di fuori delle zone edificabili (EFZ) richiedono, oltre alla licenza edilizia, un permesso cantonale (permesso EFZ). Secondo l'art. 87 cpv. 3 LPTC, l'Autorità edilizia comunale trasmette al Servizio cantonale, con una domanda motivata di rilascio del permesso EFZ, le domande per progetti di costruzione al di fuori delle zone edificabili (domanda EFZ), per i quali ritiene soddisfatti i presupposti per una licenza edilizia e un permesso EFZ. Altrimenti respinge la domanda. Giusta l'art. 87 cpv. 4 LPTC, se l'autorità EFZ rilascia il relativo permesso, ciò viene comunicato dall'autorità edilizia comunale contemporaneamente al rilascio della licenza edilizia. In tal caso, la licenza edilizia può essere impugnata direttamente al Tribunale amministrativo a prescindere da eventuali rimedi giuridici comunali.
Secondo la costante giurisprudenza, un'autorizzazione eccezionale ai sensi dell'art. 24 LPT rilasciata dall'Esecutivo comunale senza l'approvazione (costitutiva) della competente autorità cantonale giusta l'art. 25 cpv. 2 LPT è nulla, per lo meno quando la violazione materiale del diritto è chiara (DTF <ref-ruling> consid. 3.2.1 e 3.2.2; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 5; sentenza 1C_403/2008 del 23 ottobre 2008 consid. 3.3, in: RtiD I-2009, pag. 208).
4.3. In concreto, è incontestato che con la licenza edilizia rilasciata il 10 ottobre 2012 l'Autorità edilizia comunale ha pure autorizzato la costruzione di un muro di protezione situato per la maggior parte fuori della zona edificabile, senza che riguardo a questo manufatto fosse stato rilasciato un permesso EFZ da parte del Servizio cantonale competente. Nemmeno risulta, né è stato accertato dalla Corte cantonale, che tale permesso sia stato accordato successivamente. Alla luce dell'esposta giurisprudenza, la mancata approvazione dell'autorità cantonale comporta quindi la nullità della decisione del Comune nella misura in cui autorizza (anche) la costruzione di un muro di protezione fuori dalla zona edificabile. Per le sue caratteristiche, il muro in oggetto riveste infatti una portata autonoma e non può essere considerato parte costitutiva dell'impianto di produzione principale situato nel comparto edificabile del fondo. Si giustifica quindi di accertare in questa sede la parziale nullità della licenza edilizia comunale rilasciata il 10 ottobre 2012.
5.
5.1. Alla luce di quanto esposto, la sentenza impugnata deve essere annullata, siccome emanata dalla Corte cantonale in violazione dell'art. 24 LPT. Il ricorso deve quindi essere accolto nella sua domanda subordinata e la causa rinviata alla precedente istanza per una nuova decisione nel senso dei considerandi. Deve inoltre essere dichiarata nulla, nella misura in cui autorizza la costruzione di un muro di protezione fuori dalla zona edificabile, la licenza edilizia del 10 ottobre 2012. Visto l'esito del gravame, non occorre esaminare in questa sede le censure relative alla commisurazione della multa.
5.2. Non si prelevano spese giudiziarie a carico del Comune di X._, che ha partecipato alla procedura nell'ambito delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>). Soccombente, esso è nondimeno tenuto a versare un'indennità per ripetibili al ricorrente, che può essere considerato vincente nella misura in cui ha ottenuto l'annullamento completo della decisione impugnata (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la sentenza dell'8 giugno 2016 del Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni è annullata. La causa gli è rinviata per una nuova decisione nel senso dei considerandi.
2.
La licenza edilizia rilasciata il 10 ottobre 2012 dal Consiglio comunale di X._ è dichiarata nulla nella misura in cui autorizza la costruzione di un muro di protezione fuori della zona edificabile.
3.
Non si prelevano spese giudiziarie.
4.
Il Comune di X._ rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
5.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, 5a Camera.