Sachverhalt:
A.
A.a. Die B._AG (Grundeigentümerin, Gesuchstellerin, Beschwerdegegnerin) hat ihren Sitz in P._ und bezweckt insbesondere den Handel mit sowie die Verwaltung, Erstellung, Renovation und Vermietung von Immobilien aller Art.
Fondation A._ (Stiftung, Vertreterin, Gesuchsgegnerin, Beschwerdeführerin) ist eine Stiftung mit Sitz in Q._, die kantonal beaufsichtigt wird. Sie bezweckt die Entwicklung der Vorsorge, indem sie Investoren ermöglicht, direkt in individuelle, durch Titel gesicherte Hypothekardarlehen zu investieren.
A.b. Die Parteien haben im Jahr 2011 mehrere Verträge abgeschlossen. Die Grundeigentümerin (die damals als C._AG firmierte) schloss zunächst am 18. April und 19. Mai 2011 zusammen mit zwei Privatpersonen als "Schuldner" mit "diversen Gläubigern", direkt vertreten durch die Stiftung, drei Hypothekardarlehensverträge für die Projekte "R._", "S._" und "T._", wofür ihr die Gläubiger Darlehen in Höhe von Fr. 10'500'000.--, Fr. 6'200'000.-- und Fr. 13'100'000.-- gewährten. Diese Darlehen sollten gesichert werden durch fiduziarische Übereignung von Inhaberschuldbriefen auf den Grundstücken, welche die Grundeigentümerin unter anderem mit den gewährten Darlehen überbauen wollte. Entsprechend wurden zwischen den Darlehensnehmern ("Schuldner" genannt) und der Stiftung ("Gläubigerin" genannt) am gleichen Tag Sicherungsübereignungen über je bestimmte Inhaberschuldbriefe auf den entsprechenden Grundstücken abgeschlossen. Schliesslich unterzeichneten die Parteien allgemeine Geschäftsbedingungen betreffend die Darlehen.
B.
Mit Eingabe vom 4. November 2015 erhob die Grundeigentümerin beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage gegen die Stiftung. Sie beantragte, die Stiftung sei zur Herausgabe der auf ihren Grundstücken lastenden Inhaberschuldbriefe zu verpflichten, eventuell sei sie zur Rechenschaft darüber zu verpflichten, wem sie diese weitergegeben hat (Klagebegehren 1); ausserdem beantragte sie, die Beklagte sei unter Vorbehalt des Nachklagerechts zu verpflichten, ihr Fr. 46'725.-- zuzüglich Zins zu 6% seit 4. November 2015 zu bezahlen (Klagebegehren 2). Ihre Klage verband sie mit Anträgen auf Erlass vorsorglicher Massnahmen wie folgt:
"a) Es sei der Beklagten unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie deren verantwortlichen Organen unter Androhung von Busse nach <ref-law> für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung zu verbieten, über die vorstehend unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) aufgeführten Inhaberschuldbriefe in irgendeiner Form, sei es entgeltlich oder unentgeltlich, zu verfügen, insbesondere diese zu übertragen, (zu Eigentum) zu begeben, zu verpfänden und zu belasten;
b) die Beklagte sei unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie deren verantwortliche Organe seien unter Androhung von Busse nach <ref-law> für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung zu verpflichten, bis am Folgetag des Tages der Kenntnisnahme der entsprechenden Verfügung die unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) vorstehend aufgeführten Inhaberschuldbriefe beim Obergericht des Kantons Aargau, Handelsgericht, zu hinterlegen sowie bis auf anders lautende Anordnung des Gerichts und längstens bis zum rechtskräftigen Abschluss in der Hauptsache beim Obergericht des Kantons Aargau, Handelsgericht, hinterlegt zu lassen;
c) eventualiter. Soweit sich die unter Rechtsbegehren Ziff. 1a) vorstehend aufgeführten Inhaberschuldbriefe im Besitze Dritter befinden, sei die Beklagte unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 5'000 für jeden Fall der Zuwiderhandlung sowie seien deren verantwortliche Organe unter Androhung von Busse nach <ref-law> für jeden Fall der Zuwiderhandlung anzuweisen, umgehend alles Notwendige vorzukehren, um die Inhaberschuldbriefe wieder zu beschaffen und beim vorliegend angerufenen Gericht zu hinterlegen; die entsprechenden Bemühungen seien gegenüber der Klägerin und dem Gericht zu belegen;
d)es seien die Betreibungsämter P._, S._ und U._ anzuweisen, vom vorläufigen Verwertungsverbot gemäss vorstehender lit. a Vormerk zu nehmen und Betreibungsbegehren auf Pfandverwertung durch die Beklagte oder verfahrensfremde Dritte zurückzuweisen resp., eventualite r, im Rahmen solcher Betreibungsbegehren gestellte Begehren auf Errichtung einer Zwangsverwaltung abzuweisen;
e) eventualiter. Soweit bis zum Zeitpunkt des Erlasses (super-) provisorischer Massnahmen gestützt auf unter Ziff. 1a) aufgeführte Inhaberschuldbriefe bereits Betreibungen auf Pfandverwertung eingeleitet worden sind, seien die Betreibungsämter P._, S._ und U._ anzuweisen, vom Verwertungsverbot gemäss vorstehender lit. a) Vormerk zu nehmen und die laufenden Betreibungen zu sistieren sowie bereits eingesetzte Zwangsverwaltungen abzuberufen."
Der Vizepräsident des Handelsgerichts Aargau erliess am 5. November 2015 superprovisorisch eine Verfügung, in der er seine Zuständigkeit feststellte (Ziffer 1), das summarische Verfahren für anwendbar erklärte (Ziffer 2) und der Beklagten bzw. deren Organe unter Strafandrohung vorsorglich verbot, über die einzeln bezeichneten Inhaberschuldbriefe entgeltlich oder unentgeltlich zu verfügen, insbesondere diese zu verpfänden, zu belasten oder verwerten zu lassen (Ziffer 3); im Übrigen wies er das Gesuch um Anordnung superprovisorischer Massnahmen ab. Danach hörte er die Parteien in einem doppelten Schriftenwechsel an.
Am 3. Februar 2016 erliess der Vizepräsident des Handelsgerichts Aargau folgenden Entscheid:
"1. 1.1. Soweit das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 4. November 2015 nicht bereits infolge Rückzugs abgeschrieben wird, wird der Gesuchsgegnerin in Gutheissung des Gesuchs im verbleibenden Umfang unter Androhung einer Ordnungsbusse von bis zu Fr. 5'000.00 für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung sowie der Bestrafung der verantwortlichen Organe für jeden einzelnen Fall der Zuwiderhandlung nach <ref-law> mit sofortiger Wirkung vorsorglich verboten, über folgende Inhaberschuldbriefe entgeltlich oder unentgeltlich, zu verfügen, insbesondere diese zu übertragen, (zu Eigentum) zu begeben, zu verpfänden, zu belasten oder verwerten zu lassen:
a) Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften an der Strasse V._, P._, Grundbuchblätter 946 und 948, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit P._/946 und P._/948, im Betrag von
- CHF 1'000'000, ID.003-2012/001473
- CHF 1'000'000, ID.003-2012/001474
- CHF 1'000'000, ID.003-2012/001475
- CHF 500'000, ID.003-2012/001476
- CHF 500'000, ID.003-2012/001477
- CHF 500'000, ID.003-2012/001478
- CHF 500'000, ID.003-2012/001479
- CHF 500'000, ID.003-2012/001480
- CHF 500'000, ID.003-2012/001481
- CHF 500'000, ID.003-2012/001482
- CHF 500'000, ID.003-2012/001483
- CHF 250'000, ID.003-2012/001484
- CHF 250'000, ID.003-2012/001485
- CHF 250'000, ID.003-2012/001486
- CHF 250'000, ID.003-2012/001487
- CHF 250'000, ID.003-2012/001488
- CHF 250'000, ID.003-2012/001489
- CHF 200'000, ID.003-2012/001490
- CHF 200'000, ID.003-2012/001491
- CHF 200'000, ID.003-2012/001493
- CHF 200'000, ID.003-2012/001494
- CHF 200'000, ID.003-2012/001496
- CHF 150'000, ID.003-2012/001497
- CHF 150'000, ID.003-2012/001499
- CHF 100'000, ID.003-2012/001500
- CHF 100'000, ID.003-2012/001501
- CHF 100'000, ID.003-2012/001502
- CHF 100'000, ID.003-2012/001503
- CHF 100'000, ID.003-2012/001504
- CHF 100'000, ID.003-2012/001505
- CHF 100'000, ID.003-2012/001506
b) sowie die Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften Strasse W._, T._, Grundbuchblätter 1560,1564,1607-001, 1608-001,1600-001,1621, 1622, 1623, 1624, 1625, 1626, 1658, 1659, 1660, 1661, 1662, 1663, 1668, 1669, 1670 und 1671, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit T._/1560, T._/1564, T._/1607-001, T._/1608-001, T._ 1609-001, T._/1621, T._/1622, T._/1623, T._/1624, T._/1625, T._/1626, T._/1658, T._/1659, T._/1660, T._/1661, T._/1662, T._/1663, T._/1668, T._/1669, T._/1670, T._/1671
- CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000009
- CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000012
- CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000013
- CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000014
- CHF 1'000'000, ID.006-P-2013/000015
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000016
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000017
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000018
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000037
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000038
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000039
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000040
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000041
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000042
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000043
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000044
- CHF 500'000, ID.006-P-2013/000045
- CHF 250'000, ID.006-P-2013/000060
- CHF 250'000, ID.006-P-2013/000061
- CHF 250'000, ID.006-P-2013/000062
- CHF 250'000, ID.006-P-2013/000063
- CHF 200'000, ID.006-P-2013/000064
- CHF 200'000, ID.006-P-2013/000070
- CHF 200'000, ID.006-P-2013/000071
- CHF 200'000, ID.006-P-2013/000072
- CHF 100'000, ID.006-P-2013/000073
- CHF 100'000, ID.006-P-2013/000074
- CHF 100'000, ID.006-P-2013/000077
c) sowie die Inhaberschuldbriefe lastend auf den klägerischen Liegenschaften X._ und Weg Y._, Z._; Grundbuchblätter 2089 und 1000, alle im 1. Rang, max. Zinsfuss 12%, Gesamtpfandrecht mit S._/2089 und Z._/1000
- CHF 200'000, ID.010-2013/010211
- CHF 200'000, ID.010-2013/010212
- CHF 200'000, ID.010-2013/010213
- CHF 200'000, ID.010-2013/010214
- CHF 200'000, ID.010-2013/010215
- CHF 200'000, ID.010-2013/010216
- CHF 1'000'000, ID.010-2013/010205
- CHF 250'000, ID.010-2013/010206
- CHF 250'000, ID.010-2013/010207
- CHF 250'000, ID.010-2013/010208
- CHF 250'000, ID.010-2013/010209
- CHF 500'000, ID.010-2013/010210
- CHF 500'000, ID.010-2013/010217
- CHF 500'000, ID.010-2013/010218
- CHF 500'000, ID.010-2013/010219
- CHF 500'000, ID.010-2013/010220
- CHF 500'000, ID.010-2013/010221;
1.2. <ref-law> lautet ()
1.2. <ref-law> lautet ()
2. Die einbezahlte Sicherheitsleistung der Gesuchstellerin in der Höhe von Fr. 100'000.00 bleibt aufrechterhalten.
(Kosten) "
In der Begründung bejahte das Handelsgericht zunächst seine Zuständigkeit, gelangte in einer Hauptsacheprognose zum Schluss, dass die Darlehensverträge sittenwidrig und folglich nichtig seien, weshalb auch das Eigentum an den Inhaberschuldbriefen nicht übergegangen sei und der Gesuchstellerin ein Vindikatonsanspruch zustehe; den nicht leicht wieder gut zu machenden Nachteil der Gesuchstellerin bejahte das Gericht aufgrund der glaubhaft gemachten drohenden Zahlungsunfähigkeit der Gesuchsgegnerin und der damit verbundenen Gefährdung allfälliger Schadenersatzansprüche sowie eines allfälligen Reputationschadens, die Dringlichkeit bejahte das Gericht, weil der Gesuchstellerin eine "flächendeckende " Einleitung von Betreibungen auf Grundpfandverwertungen drohe und auch die Verhältnismässigkeit der Massnahme bejahte das Gericht. Schliesslich lehnte es eine Erhöhung der Sicherheitsleistung ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Gesuchsgegnerin, der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 3. Februar 2016 sei aufzuheben und es sei auf das Massnahmegesuch nicht einzutreten mangels Zuständigkeit (Ziffer 1a), das Massnahmegesuch der Beschwerdegegnerin sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist (Ziffer 1b), und die mit Verfügung vom 5. November 2015 angeordneten und mit Entscheid vom 3. Februar 2016 bestätigten Massnahmen seien aufzuheben; eventualiter sei die Sicherheitsleistung auf Fr. 3'144'000.-- (Dossier "T._"), Fr. 2'520'000.-- (Dossier "R._") und Fr. 1'488'000.-- (Dossier "S._") zu erhöhen oder zur angemessenen Neufestsetzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie macht geltend, das Verbot der Verwertung von Inhaberschuldbriefen für rund 30 Darlehensgeber zur Sicherung von Krediten in Höhe von Fr. 29,8 Mio. - die zusammen mit ausstehenden Zinsen rund 35 Millionen Franken betrügen - verbiete ihr, ihren vertraglichen Verpflichtungen gegenüber den "Gläubigern " nachzukommen, deren Namen sie in Beilage 4 aufführt. Da die Darlehensforderungen schon bei Gewährung im Jahre 2011 wegen betrügerischer Expertisen (unter Beteiligung der Beschwerdegegnerin) nicht gedeckt gewesen seien, lasse sich der steigende Verlust durch einen günstigen Endentscheid nicht mehr beseitigen. Sie rügt die Verletzung von <ref-law> und die willkürliche Anwendung von Zuständigkeitsnormen der ZPO, die willkürliche Missachtung von Bundesrecht, namentlich des Vorrangs des SchKG und die Verletzung der Dispositionsmaxime, die willkürliche Anwendung von Bundesrecht sowie die Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der Sicherheitsleistung.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Beschwerdeantwort, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat repliziert, die Beschwerdegegnerin hat ausdrücklich auf Duplik verzichtet.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 59; <ref-ruling> E. 1 S. 133; je mit Hinweisen).
1.1. Der angefochtene Massnahmeentscheid ist aufgrund eines zusammen mit der Klage eingereichten Gesuchs - in Ablösung einer superprovisorisch angeordneten vorsorglichen Massnahme - ergangen und schliesst daher das Verfahren nicht ab (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 mit Verweisen). Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, der nach <ref-law> insoweit angefochten werden kann, als er die Zuständigkeit zum Gegenstand hat, und im Übrigen nach <ref-law>, wenn er einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (<ref-ruling> E. 1.1. S. 328; <ref-ruling> E. 2.5 S. 399 f.).
Die Beschwerdeführerin bestreitet einerseits die örtliche Zuständigkeit der Vorinstanz und macht andererseits geltend, angesichts des zu erwartenden Pfandausfalls werde der durch das provisorische Verwertungsverbot entstehende Schaden auch durch einen günstigen Endentscheid nicht mehr zu beseitigen sein.
Soweit die Zuständigkeit der Vorinstanz in Frage steht, ist auf die Beschwerde nach <ref-law> ohne weiteres einzutreten. Im Übrigen macht die Beschwerdeführerin zutreffend geltend, dass ihr mit der angefochtenen Massnahme die Verwertung der auf den Grundstücken der Beschwerdegegnerin haftenden Grundpfänder verweigert und daher die damit angestrebte Sicherung der verzinslichen Darlehensforderung entzogen wird, soweit ein Pfandausfall zu erwarten ist. Dass ein Pfandausfall tatsächlich zu erwarten ist, bestreitet die Beschwerdegegnerin nicht. Ihr Einwand, dass dieser wohl die Gläubiger treffe, für welche die Beschwerdeführerin handelt, ändert daran nichts. Ein nicht wieder gut zu machender Nachteil im Sinne von <ref-law> ist zu bejahen.
1.2. Die Beschwerde richtet sich im Übrigen gegen einen zivilrechtlichen Entscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten entschieden hat (<ref-law>), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerde ist fristgerecht eingereicht worden (<ref-law>). Auf die Beschwerde gegen den Massnahmeentscheid (<ref-law>) ist unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2.
Die Beschwerdegegnerin hat als Darlehensnehmerin und Grundeigentümerin Klage auf Herausgabe der auf ihren Grundstücken lastenden Inhaberschuldbriefe im Betrage von rund 29 Millionen Franken eingeleitet, die sich im Besitze der Beschwerdeführerin befinden; sie verlangt ausserdem Schadenersatz in Höhe von Fr. 46'725.-- nebst 5% Zins unter Vorbehalt des Nachklagerechts.
2.1. Die Vorinstanz hat ihre örtliche Zuständigkeit für den Erlass vorsorglicher Massnahmen mit der Begründung bejaht, ihre Zuständigkeit in der Hauptsache (<ref-law>) sei gemäss <ref-law> für die Schadenersatzforderung gegeben, weshalb nach <ref-law> auch der Vindikationsanspruch für die umstrittenen Inhaberpapiere in ihre Zuständigkeit falle. Sie hat namentlich zur behaupteten unerlaubten Handlung angeführt, es handle sich bei den Schadenspositionen um anwaltliche Aufwendungen aus den Wegfahrten nach Bern und Genf sowie für Korrespondenz. Dass sich dieser Anspruch auf eine unerlaubte Handlung stütze, hat sie als minimal plausibel erachtet mit der Begründung, es erscheine als mindestens diskutabel, dass die Anspruchsgrundlagen von Art. 39 und Art. 41 OR erfüllt seien, und es sei namentlich nicht offensichtlich, dass der Beschwerdeführerin rechtmässiges Eigentum an den umstrittenen Titeln zustehe. Eine missbräuchliche Begründung des Gerichtsstands hat sie verneint in der Erwägung, die Geltendmachung eines geringfügigen Anspruchs aus unerlaubter Handlung sei nicht ohne weiteres rechtsmissbräuchlich und es werde nicht dargelegt, worin die künstliche Kreation des Anspruchs liegen solle, da unbestritten bleibe, dass der Beschwerdegegnerin die behaupteten Schadenspositionen für anwaltliche Aufwendungen entstanden seien.
2.2. Die Vorinstanz hat zwar die in den umstrittenen Darlehens- und Sicherungsübereignungsverträgen vereinbarte Gerichtsstandsklausel (nach den allgemeinen Bedingungen der Beschwerdeführerin Q._) für die Beschwerdegegnerin nur im Verhältnis zu den nicht namentlich erwähnten "diversen Gläubiger", nicht aber im Verhältnis zur Beschwerdeführerin als verbindlich erachtet. Die Beschwerdeführerin beanstandet dies nicht. Die Vorinstanz hat indes festgehalten, dass für die Vindikation der Schuldbriefe ihre örtliche Zuständigkeit nicht bestehe, da keine Anhaltspunkte dafür beständen, dass sich diese Wertpapiere im Kanton Aargau befinden könnten. Dies wird von der Beschwerdegegnerin nicht bestritten. Die Zuständigkeit für die Hauptsache und damit für die angefochtene Massnahme stützt die Vorinstanz damit ausschliesslich auf die Schadenersatzforderung gemäss Klagebegehren 2, die sie als - behauptete - deliktische Forderung qualifiziert, für welche ein Forum am Sitz der Geschädigten besteht (<ref-law>) und die als objektiv gehäuftes Begehren gemäss <ref-law> auch die Zuständigkeit für die Vindikation begründe. Die Vorinstanz beurteilt die zum Ersatz verstellten Anwaltskosten der Beschwerdegegnerin als eigenständige deliktische Ansprüche, die in sachlichem Zusammenhang mit der Vindikationsklage stehen.
2.3. Für die Begründung der Zuständigkeit ist, wie die Vorinstanz an sich zutreffend darlegt, kein Beweisverfahren über sog. doppelrelevante Tatsachen zu führen, d.h. über solche Tatsachen, die sowohl für die Begründung der Zuständigkeit wie für die materielle Begründetheit des Anspruchs wesentlich sind (<ref-ruling> E. 5.1, 5.2 S. 297 ff. mit Verweisen). Dass die Zuständigkeit möglicherweise von doppelrelevanten Tatsachen abhängig ist, schliesst jedoch entgegen der sinngemässen Annahme der Vorinstanz nicht aus, dass die - behaupteten - Tatsachen unter der Annahme, sie seien wahr, im Blick auf die Zuständigkeit zu qualifizieren sind. Es bedarf auch für die Behauptungen zur Zuständigkeit eines schlüssigen Vortrags der klagenden Partei in dem Sinne, dass ihre Behauptungen - unter der Annahme, sie seien bewiesen - tatsächlich die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts begründen würden. Es ist daher zu prüfen, ob für die Schadenersatzforderung, wie sie die Beschwerdegegnerin behauptet, die örtliche Zuständigkeit der Vorinstanz besteht. Dabei ist nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid davon auszugehen, dass die zum Ersatz beanspruchten Anwaltskosten im Zusammenhang mit dem Streit um die umstrittenen Inhaberschuldbriefe angefallen sind, erwähnt doch die Vorinstanz als Anspruchsgrundlagen die Art. 39 und Art. 41 OR, wobei namentlich nicht offensichtlich sei, dass der Beschwerdeführerin rechtmässiges Eigentum an den umstrittenen Titeln zustehe. Diese Feststellung bestreitet die Beschwerdegegnerin nicht und legt jedenfalls in ihrer Beschwerdeantwort nicht dar, womit sie vor Vorinstanz die unerlaubte Handlung begründet hätte (dass Verweise auf Begründungen im vorinstanzlichen Verfahren unbeachtlich sind, gilt auch für die Beschwerdeantwort).
2.4. Vorprozessuale Anwaltskosten werden in der Regel mit der Parteientschädigung entgolten (<ref-ruling> E. 4.1 S. 363; <ref-ruling> E. 3 S. 395 mit Verweisen). Dies gilt namentlich im Anwendungsbereich der ZPO (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 ff. S. 192). Sie können nur ganz ausnahmsweise separat als Schaden eingeklagt werden, wobei die Widerrechtlichkeit ihrer Verursachung durch die Gegenpartei eigens begründet werden muss. Sonst gehören sie in aller Regel zu den Kosten des laufenden Verfahrens, die ebenso wenig wie die Zinsen zum Streitwert gerechnet werden (vgl. <ref-law>) und nicht als selbständiger Anspruch eingeklagt werden können. Im vorliegenden Fall ist der Begründung des angefochtenen Entscheids nicht zu entnehmen, weshalb die im Zusammenhang mit dem Streit um das Eigentum an den umstrittenen Inhaberpapieren angefallenen Anwaltskosten im Falle des Obsiegens der Beschwerdegegnerin ausnahmsweise nicht mit der Parteientschädigung abgegolten werden sollten. Der Begründung der Beschwerdegegnerin in der Beschwerdeantwort ist ebenfalls nicht zu entnehmen, inwiefern hier Anwaltskosten im Zusammenhang mit der Klage um die Herausgabe der Inhaberpapiere separat eingeklagt werden könnten. Die Beschwerdegegnerin verkennt, dass es nicht darum geht, ob die für anwaltliche Bemühungen gestellte Rechnung tatsächlich in dieser Höhe angefallen ist, sondern darum, ob sie als separater Schaden unabhängig vom Klagebegehren 1 - und damit als objektiv gehäufter Anspruch - eingeklagt werden kann. Dafür bestehen keine hinreichende Anhaltspunkte und fehlt es an einer genügenden Begründung. Es kann daher offen bleiben, ob Rechtsmissbrauch nicht zu bejahen wäre, wenn die Forderung eigenständig eingeklagt werden könnte.
3.
Die Vorinstanz hat ihre Zuständigkeit in offensichtlicher Verkennung der Rechtslage und damit in willkürlicher Anwendung von <ref-law> (i.V.m. <ref-law>) für die Anordnung der angefochtenen vorsorglichen Massnahme bejaht. Der angefochtene Entscheid ist in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und es ist in dem Sinne neu zu entscheiden, dass auf das Massnahmegesuch der Beschwerdegegnerin vom 4. November 2015 mangels Zuständigkeit nicht eingetreten wird. Damit werden die Rügen gegenstandslos, die sich gegen die materielle Begründetheit der Massnahme richten.
4.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten der Beschwerdegegnerin zu auferlegen (<ref-law>). Sie hat der Beschwerdeführerin überdies deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (<ref-law>). Kosten und Parteientschädigung richten sich grundsätzlich nach dem Streitwert. Angesichts des verhältnismässig geringen Aufwandes rechtfertigt sich für die Gerichtskosten eine Reduktion; für die Parteientschädigung ist zu berücksichtigen, dass die Rechtsvertretung der Beschwerdeführerin aus anwaltlicher Sorgfalt auch die materiellen Rügen vorbringen musste.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 3. Februar 2016 wird aufgehoben und auf das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Anordnung vorsorglicher Massnahmen vom 4. November 2015 wird mangels örtlicher Zuständigkeit des Handelsgerichts des Kantons Aargau nicht eingetreten.
2.
Die Sache wird zu neuer Verlegung der kantonalen Kosten an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4.
Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 25'000.-- zu ersetzen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. August 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hurni