Sachverhalt:
A.
Der 1969 geborene A._ war über seinen Arbeitgeber bei der SWICA Krankenversicherung AG (nachfolgend: SWICA) kollektiv taggeldversichert. Ab dem 8. Oktober 2008 richtete ihm die SWICA zufolge einer krankheitsbedingten Arbeitsunfähigkeit Taggelder aus. Das Arbeitsverhältnis endete am 31. Oktober 2008. Mit Wirkung ab 1. November 2008 trat A._ in die Einzel-Taggeldversicherung Salaria VVG der SWICA Gesundheitsorganisation über, welche ihm weiterhin Taggelder ausrichtete.
Mit Verfügung vom 8. Mai 2014 sprach die IV-Stelle Basel-Stadt A._ rückwirkend ab 1. November 2009 eine halbe Rente samt zwei Kinderrenten zu. Unter Hinweis auf die vertraglichen Bestimmungen machte die SWICA mit Verrechnungsantrag vom 15. April 2014 in der Zeit vom 1. November 2009 bis 9. August 2010 ausgerichtete Vorschussleistungen in Höhe von Fr. 18'469.15 geltend. Die IV-Stelle hielt am 8. Mai 2014 fest, mangels unterschriftlicher Zustimmung der leistungsansprechenden Person oder eines direkten Rückforderungsanspruchs gegenüber Leistungen der Invalidenversicherung habe die SWICA keinen Anspruch auf Verrechnung ihrer Taggeldleistungen mit Rentennachzahlungen. Sie überwies daher den Betrag an den Versicherten.
Die von der SWICA dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 21. Januar 2015 gut, bejahte das vertragliche Rückforderungsrecht der SWICA gegenüber der IV-Stelle für das von ihr erbrachte Krankentaggeld und wies die Sache zum Erlass einer neuen Verfügung im Sinne der Erwägungen an die Verwaltung zurück. Mit Urteil vom 17. November 2015 (8C_183/2015) hiess das Bundesgericht die Beschwerde des A._ gut, hob den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts auf und wies die Sache an dieses zurück, damit es den Parteien zu den von der SWICA eingeforderten Unterlagen das rechtliche Gehör gewähre und anschliessend neu entscheide.
B.
Das kantonale Gericht stellte den Parteien die von der SWICA eingereichten Unterlagen zur Stellungnahme zu. Mit Entscheid vom 9. März 2016 hiess es die von der SWICA gegen die Verfügung der IV-Stelle vom 8. Mai 2014 eingereichte Beschwerde erneut gut und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Verwaltung zurück.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben, und die Verfügung der IV-Stelle vom 8. Mai 2014 sei zu bestätigen. Zudem wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht.
Das kantonale Gericht, die SWICA, die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Der vorinstanzliche Entscheid stellt ein vertragliches Rückforderungsrecht der SWICA fest, welches dieser Anspruch auf Verrechnung und direkte Auszahlung der dem Versicherten zugesprochenen IV-Rente und der beiden Kinderrenten bis zur Höhe der für denselben Zeitraum erbrachten Taggelder zugesteht, und weist die Sache an die Verwaltung zu neuer Verfügung in diesem Sinne zurück. Dabei handelt es sich, formell, um einen Rückweisungsentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar ist. Da indessen die Rückweisung lediglich noch der Umsetzung des von der Vorinstanz Angeordneten dient, wobei der Verwaltung kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, liegt in Wirklichkeit ein Endentscheid nach <ref-law> vor (in diesem Sinne bereits Urteil 8C_183/2015 vom 17. November 2015 E. 1).
2.
Die Beschwerdelegitimation des Versicherten ist aus den in Erwägung 2 des Urteils 8C_183/2015 dargelegten Gründen auch in diesem Fall zu bejahen.
3.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
4.
4.1. Streitig ist, ob die IV-Stelle einen Teil der dem Beschwerdeführer zustehenden Rentennachzahlungen zwecks Verrechnung mit Rückforderungen an die SWICA auszuzahlen hat. Diese machte im Antrag auf Drittauszahlung vom 15. April 2014 geltend, als Kollektivtaggeldversicherer gemäss VVG (SR 221.229.1) vorschussweise Krankentaggelder ausgerichtet zu haben, welche dem Beschwerdeführer angesichts der nunmehr erfolgten Rentennachzahlung durch die Invalidenversicherung nicht zustünden. Als rechtliche Grundlage für diesen Anspruch verwies sie auf die vertraglichen Bestimmungen, aus denen sich ein direktes Rückforderungsrecht gegenüber der Invalidenversicherung ergebe. Dem Antragsformular legte sie eine Kopie von Art. 28 der allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) für die kollektive Taggeldversicherung bei.
4.2. Die Zulässigkeit der hier zur Diskussion stehenden Drittauszahlung von dem Beschwerdeführer auf privatrechtlicher Grundlage ausgerichteten Krankentaggelder nach VVG an die SWICA beurteilt sich, wie die Vorinstanz richtig erkannt hat, nach <ref-law>. Diese Bestimmung findet ihre gesetzliche Grundlage in <ref-law> (SR 830.1; <ref-ruling> E. 3.2 S. 384). Nach Abs. 1 dieser Verordnungsbestimmung können Arbeitgeber, Einrichtungen der beruflichen Vorsorge, Krankenversicherungen, öffentliche und private Fürsorgestellen oder Haftpflichtversicherungen mit Sitz in der Schweiz, welche im Hinblick auf eine Rente der Invalidenversicherung Vorschussleistungen erbracht haben, verlangen, dass die Nachzahlung dieser Rente bis zur Höhe ihrer Vorschussleistung verrechnet und an sie ausbezahlt wird (Satz 1). Die bevorschussenden Stellen haben ihren Anspruch mit besonderem Formular frühestens bei der Rentenanmeldung und spätestens im Zeitpunkt der Verfügung der IV-Stelle geltend zu machen (Satz 3). Laut Abs. 2 dieser Bestimmung gelten als Vorschussleistungen einerseits freiwillige Leistungen, sofern die versicherte Person zu deren Rückerstattung verpflichtet ist und sie der Auszahlung der Rentennachzahlung an die bevorschussende Stelle schriftlich zugestimmt hat (lit. a), und andererseits vertraglich oder aufgrund eines Gesetzes erbrachte Leistungen, soweit aus dem Vertrag oder dem Gesetz ein eindeutiges Rückforderungsrecht infolge der Rentennachzahlung abgeleitet werden kann (lit. b). <ref-law> sieht vor, dass die Nachzahlung der bevorschussenden Stelle höchstens im Betrag der Vorschussleistung und für den Zeitraum, in welchem diese erbracht worden ist, ausbezahlt werden darf.
4.3. Nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts hat die SWICA seit Beginn des Rentenanspruchs ihres Versicherten gegenüber der Invalidenversicherung am 1. November 2009 nicht freiwillige Leistungen im Sinne von <ref-law> erbracht. Vielmehr hat sie als Einzel-Krankentaggeldversicherer vertraglich geschuldete Leistungen ausgerichtet. Es stellt sich somit die Frage, ob sich aus dem massgebenden Versicherungsvertrag ein eindeutiges Rückforderungsrecht im Sinne von <ref-law> ergibt (vgl. dazu: SVR 2012 IV Nr. 16 S. 76, 9C_488/2010 E. 3.2 mit Hinweisen; Urteil 8C_42/2012 vom 4. Oktober 2012 E. 4.2).
4.4. Das kantonale Gericht bejahte dies gestützt auf den unter der Überschrift "Was geschieht, wenn der Versicherte auch Anspruch auf Leistungen von Dritten hat?" stehenden Art. 24 Abs. 2 der Zusatzbestimmungen (ZB) der Taggeldversicherung Salaria nach VVG. Diese Bestimmung lautet in der Fassung gemäss Ausgabe 2005 wie folgt: "Steht der Rentenanspruch der IV noch nicht fest, so kann SWICA das versicherte Taggeld freiwillig bevorschussen. In diesem Fall fordert SWICA die zu viel erbrachten Leistungen ab Beginn des Rentenanspruchs zurück. Die allfällige Bevorschussung erfolgt unter dem ausdrücklichen Vorbehalt der Verrechnung mit der IV-Rentennachzahlung. Die Verrechnung erfolgt im Umfang der für die gleiche Zeit zugesprochenen IV-Rente". Die Fassung 2009 enthält im Unterschied dazu lediglich noch den Zusatz: "... und kann ohne zusätzliche Vollmacht des Versicherten erfolgen".
4.5. Laut Vorinstanz bildeten die AVB 2005 und 2009 Bestandteil des Versicherungsvertrages zwischen dem Beschwerdeführer und der SWICA. Diese seien gemäss den von der SWICA am 15. Januar 2015 eingereichten Versicherungspolicen mit Gültigkeit ab Juni 2008 und ab Januar 2010 für massgebend erklärt worden. Laut bundesgerichtlicher Rechtsprechung (SVR 2012 IV Nr. 16 S. 76, 9C_488/2010 E.4) vermittle Art. 24 Abs. 2 AVB (dort in der gleichlautenden Ausgabe 2002) der SWICA ein eindeutiges Rückforderungsrecht im Sinne von <ref-law> gegenüber der Invalidenversicherung. Die SWICA habe daher einen Anspruch darauf, dass die dem Versicherten zugestandene IV-Rente (einschliesslich der beiden Kinderrenten) bis zur Höhe der von ihr für denselben Zeitraum erbrachten Taggelder verrechnet und an sie ausbezahlt werde.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe die soziale Untersuchungsmaxime überdehnt und damit <ref-law> verletzt. Zwar habe die SWICA auf Aufforderung des kantonalen Gerichts hin am 15. Januar 2015 die Policen vom Juni 2008 und vom Januar 2010 aufgelegt. Jedoch habe sie mit keinem Wort dargelegt und mit der nötigen Substanz behauptet, dass die AVB Ausgaben 2005 und 2009 Bestandteil des Versicherungsvertrages geworden seien. Damit sei sie ihrer Pflicht nicht nachgekommen, die vom Gericht bei der Entscheidfindung zu berücksichtigenden Tatsachen substanziiert zu beweisen. Mangels entsprechender Vorbringen hätte die Vorinstanz nicht von der Massgeblichkeit der AVB ausgehen dürfen.
5.2. Die Untersuchungsmaxime gemäss Art. 247 Abs. 2 lit. a in Verbindung mit <ref-law> kommt unter anderem bei Streitigkeiten aus Zusatzversicherungen zur sozialen Krankenversicherung zur Anwendung (Urteil 4A_491/2014 vom 30. März 2015 E. 2.6.1 mit Hinweisen). Die SWICA hat dem Beschwerdeführer die Taggelder jedoch gestützt auf die Taggeldversicherung Salaria nach VVG ausgerichtet. Im vorliegenden Verfahren geht es allerdings nicht um die Leistungspflicht aus diesem privatrechtlichen Versicherungsvertrag, sondern um die Drittauszahlung von Rentennachzahlungen der Invalidenversicherung nach <ref-law>. Damit liegt eine sozialversicherungsrechtliche Vorkehr vor. Auf solche Streitigkeiten findet <ref-law> keine Anwendung.
5.3. Der Sozialversicherungsprozess ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht. Danach hat das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes zu sorgen. Die Verwaltung als verfügende Instanz und - im Beschwerdefall - das Gericht dürfen eine Tatsache nur dann als bewiesen annehmen, wenn sie von ihrem Bestehen überzeugt sind. Im Sozialversicherungsrecht hat das Gericht seinen Entscheid, sofern das Gesetz nicht etwas Abweichendes vorsieht, nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zu fällen. Die blosse Möglichkeit eines bestimmten Sachverhalts genügt den Beweisanforderungen nicht. Das Gericht hat vielmehr jener Sachverhaltsdarstellung zu folgen, die es von allen möglichen Geschehensabläufen als die wahrscheinlichste würdigt (<ref-ruling> E. 6 S. 221 f. mit Hinweisen).
Der Untersuchungsgrundsatz schliesst die Beweislast im Sinne der Beweisführungslast begriffsnotwendig aus, da es Sache des Sozialversicherungsgerichts (<ref-law>) oder der verfügenden Verwaltungsstelle (<ref-law>) ist, für die Zusammentragung des Beweismaterials besorgt zu sein. Im Sozialversicherungsprozess tragen mithin die Parteien in der Regel eine Beweislast nur insofern, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zu Ungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes aufgrund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (<ref-ruling> E. 6 S. 222 mit Hinweisen).
6.
6.1. Nach Art. 11 Abs. 1 erster Satz VVG ist der Versicherer gehalten, dem Versicherungsnehmer eine Police auszuhändigen, welche die Rechte und Pflichten der Parteien feststellt. Stimmt der Inhalt der Police oder der Nachträge zu derselben mit den getroffenen Vereinbarungen nicht überein, so hat der Versicherungsnehmer binnen vier Wochen nach Empfang der Urkunde deren Berichtigung zu verlangen, widrigenfalls ihr Inhalt als von ihm genehmigt gilt (<ref-law>). Diese Bestimmung ist in ihrem Wortlaut in jede Police aufzunehmen (<ref-law>). Der Versicherungsnehmer erhält damit die Möglichkeit, den Policeninhalt auf die Übereinstimmung mit den tatsächlich getroffenen Vereinbarungen zu prüfen und dabei festgestellte Abweichungen zu rügen. Nach unbenütztem Ablauf der Frist kann davon ausgegangen werden, dass die Police den Inhalt des Versicherungsvertrages vollständig und richtig wiedergibt (Urteil 4A_219/2011 vom 16. Dezember 2011 E. 2.2). Die der Vorinstanz eingereichten Versicherungspolicen vom Juni 2008 und Januar 2010 enthalten beide folgenden Hinweis: "Stimmt der Inhalt der Police oder der Nachträge nicht mit den getroffenen Vereinbarungen überein, so hat der Versicherungsnehmer binnen vier Wochen nach Empfang der Urkunde deren Berichtigung zu verlangen. Andernfalls gilt der Inhalt als genehmigt". Die Versicherungspolicen verweisen auf die AVB 2005 bzw. 2009. Indem das kantonale Gericht von der SWICA die entsprechenden Vertragsbestimmungen eingefordert und gestützt auf Art. 24 Abs. 2 der ZB der Taggeldversicherung Salaria nach VVG das Vorliegen eines eindeutigen Rückforderungsrechts im Sinne von <ref-law> bejaht hat, erweist sich dies als bundesrechtskonform.
6.2. Der Beschwerdeführer stellt zu Recht nicht in Frage, dass mit Art. 24 Abs. 2 ZB der Taggeldversicherung Salaria nach VVG eine rechtsgenügliche vertragliche Grundlage besteht, welche ein der SWICA zustehendes Rückforderungsrecht gegen die nachzahlende Invalidenversicherung normativ festhält. Er ist weiter der Auffassung, dass der von der SWICA angerufene Art. 28 AVB für die kollektive Taggeldversicherung nach VVG, Ausgabe 2006, in der vorliegenden Konstellation keine Anwendung findet, weil diese die zur Drittauszahlung beantragten Leistungen nicht aus der Kollektivversicherung, sondern ab 1. November 2008 aus der Einzelversicherung erbracht habe. Von der Massgeblichkeit von Art. 28 AVB ging auch die Vorinstanz nicht aus. Es ist daher nicht weiter auf die von der SWICA im Verwaltungs- und im kantonalen Gerichtsverfahren angerufene Vertragsbestimmung einzugehen.
6.3. Der Beschwerdeführer hält jedoch dafür, der vorinstanzlich bejahte Anspruch der SWICA auf Drittauszahlung verletze <ref-law>. Die SWICA habe sich entgegenhalten zu lassen, dass sie der Ausgleichskasse mit der Kopie von Art. 28 AVB, Ausgabe 2006, für die kollektive Taggeldversicherung keine vertragliche Grundlage vorgelegt habe, auf welche sich ein eindeutiges Rückforderungsrecht gegenüber dem Sozialversicherungsträger hätte stützen lassen. Damit habe sie ihre Mitwirkungspflicht verletzt. Die IV-Stelle habe daher aufgrund der Akten entscheiden dürfen. Gestützt darauf habe sie die Auszahlung der Rentennachzahlungen zu Recht an den Versicherten und nicht an die SWICA getätigt. Damit vermag der Beschwerdeführer jedoch nicht durchzudringen. Laut Rz. 10072 der Wegleitung des BSV über die Renten in der Eidgenössischen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (RWL) lädt die Ausgleichskasse den bevorschussenden Dritten ein, seine Rückforderungsansprüche innert 20 Tagen betragsmässig bekanntzugeben und entweder sein Rückforderungsrecht zu belegen oder die unterschriftliche Zustimmung des Versicherten beizubringen. Inwiefern der SWICA treuwidriges Verhalten oder gar Rechtsmissbrauch vorgeworfen werden könnte, weil sie ihre Forderung auf die von ihr aufgelegte Vertragsbestimmung abstützte, ist nicht nachvollziehbar. Sie erblickte darin eine rechtsgenügliche Grundlage und verwies in ihrer Beschwerdeschrift an die Vorinstanz vom 5. Juni 2014 zur Begründung auf die Rechtsprechung. Im Falle der Beweislosigkeit riskierte sie, ihres Anspruchs verlustig zu gehen (vgl. E. 5.3 hievor). Nach <ref-law> prüft der Versicherungsträger die Begehren, nimmt die notwendigen Abklärungen von Amtes wegen vor und holt die erforderlichen Auskünfte ein. Kommen die versicherten Personen oder andere Personen, die Leistungen beanspruchen, den Auskunfts- oder Mitwirkungspflichten in unentschuldbarer Weise nicht nach, so kann der Versicherungsträger gemäss Abs. 3 dieser Bestimmung auf Grund der Akten verfügen. Da die Verwaltung sich nicht veranlasst sah, von der SWICA weitere Unterlagen einzufordern, kann der Beschwerdegegnerin auch keine Verletzung der Mitwirkungspflicht vorgeworfen werden. Leistet die Versicherung an einen Unberechtigten, hat sie grundsätzlich nicht erfüllt, und zwar auch dann, wenn sie in gutem Glauben leistet (vgl. SVR 2015 BVG Nr. 6 S. 21, 9C_634/2014 E. 3.1). Die IV-Stelle bleibt gegenüber der SWICA leistungspflichtig, obwohl sie die Rentennachzahlung dem Beschwerdeführer bereits überwiesen hat. Ob sie diese vom Versicherten zurückfordern kann, ist in diesem Verfahren nicht zu prüfen.
6.4. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz die von der SWICA beantragte Drittauszahlung der Rentennachzahlung der IV-Stelle zu Recht bejaht. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
7.
Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Advokat Guido Ehrler wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der IV-Stelle Basel-Stadt, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. August 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Hofer