Faits :
A.
Par décision du 24 septembre 2013, afin de faire bénéficier le personnel privé de lumière naturelle de pauses compensatoires, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail du canton de Genève (ci-après : OCIRT) a imposé à Manor SA de
«1. Mettre en place un système d'organisation permettant d'assurer aux employés de prendre leur pause de manière effective. Ce système peut revêtir une forme alternative,
soit : a) Mettre en place des professions tournantes. Il faut entendre par professions tournantes le déploiement d'employés susceptibles de remplacer un employé à un poste de travail pendant le temps de la pause « lumière » compensatoire.
b) Planifier et organiser les pauses compensatoires « lumière » en les intégrant de façon systématique dans les plannings horaires des employés».
Par arrêt ATA/978/2014 du 9 décembre 2014, la Cour de justice du canton de Genève a réformé le point 1 de la décision de l'OCIRT du 24 septembre 2013 et imposé à Manor SA de
«1. Mettre en place un système d'organisation permettant d'assurer aux employés de prendre leurs pauses de manière effective, en planifiant et organisant les pauses compensatoires lumières de manière systématique dans le planning des employés dont les postes sont privés de lumière naturelle et de vue sur l'extérieur. Ces pauses s'ajouteront aux pauses ordinaires. Elles seront à la charge de l'employeur. Elles seront d'une durée de vingt minutes par demi-journée et par employé (temps de déplacement non inclus). Elles devront pouvoir se dérouler, au choix de l'employé, à l'extérieur ou dans un local de pause pourvu de lumière naturelle et d'une vue sur l'extérieur»; confirme la décision pour le surplus (...) ».
Par arrêt 2C_115/2015 du 6 février 2015, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours qu'avait déposé le Département de la sécurité et de l'économie du canton de Genève contre l'arrêt ATA/978/2014 rendu le 9 décembre 2014 par la Cour de justice du canton de Genève.
En exécution de l'arrêt ATA/978/2014 du 9 décembre 2014, Manor SA a intégré dans les plans de travail des pauses compensatoires lumière pour toutes personnes ayant une durée de présence ininterrompue de quatre heures, ainsi que l'adaptation des pointeuses permettant de contrôler le respect des temps de pause. Selon Manor SA, la notion de «demi-journée» contenue dans l'ATA/978/2014 signifiait une occupation ininterrompue du personnel concerné durant quatre heures, de sorte que la règle posée par l'ATA 978/2014 s'appliquait lorsque le seuil de 4h00 était atteint.
Le 22 juillet 2015, l'OCIRT a décidé qu'«une première pause compensatoire de vingt minutes devait être accordée au personnel intéressé à partir de trois heures trente de temps de travail effectif indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires. Une deuxième pause compensatoire de vingt minutes devait être accordée au personnel intéressé à partir de deux fois trois heures trente de travail effectif, soit sept heures de travail effectif, indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires. Seule la durée effective de travail est pertinente pour déterminer le droit à la pause compensatoire. Une éventuelle interruption ne saurait dès lors écarter le droit à cette pause».
Le 14 septembre 2015, Manor SA et Unia ont recouru séparément contre cette décision auprès de la Cour de justice du canton de Genève. Le 24 septembre 2015, la présidence de la chambre administrative a restitué l'effet suspensif au recours déposé par Manor SA et, le 2 novembre 2015, joint les causes.
B.
Par arrêt du 9 février 2016, la Cour de justice a partiellement admis les recours et réformé la décision rendue le 22 juillet 2015 par l'OCIRT en ce sens qu'«une première pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 3h40 de temps de travail effectif indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires. Une deuxième pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 2 x 3h40 de travail effectif, soit 7 heures 20 de travail effectif, indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires» et l'a confirmée pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle subsidiaire du recours constitutionnel, Manor SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 9 février 2016 par la Cour de justice du canton de Genève, subsidiairement, de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle demande l'effet suspensif.
Par ordonnance du 25 avril 2016, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif.
La Cour de justice du canton de Genève renonce à déposer des observations sur recours. L'OCIRT et le Syndicat Unia concluent au rejet du recours. Manor SA a renoncé à répliquer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans que l'on se trouve dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'<ref-law>.
Déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), par la destinataire de l'arrêt attaqué qui, en sa qualité d'employeur, a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le recours est en principe recevable. Il s'ensuit que le recours constitutionnel, déposé à titre subsidiaire au présent recours en matière de droit public, est irrecevable (<ref-law> a contrario).
2.
2.1. L'objet de la contestation portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par l'arrêt attaqué (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 462 s.). L'objet du litige, délimité par les conclusions des parties (<ref-law>), ne saurait s'étendre au-delà de l'objet de la contestation (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156; <ref-ruling> consid. 2a p. 415 s.). Par conséquent, devant le Tribunal fédéral, le litige peut être réduit, mais ne saurait être ni élargi, ni transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité précédente, qui l'a fixé dans le dispositif de l'arrêt entrepris (et qui est devenu l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral; <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156; <ref-ruling> consid. 3.4.2 et 3.4.3 p. 365).
2.2. En l'espèce, l'instance précédente a précisé que l'objet du litige devant elle était restreint à la décision de l'OCIRT du 22 juillet 2015, qui avait pour but la mise en oeuvre des pauses compensatoires lumière telles qu'exigées par l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 entré en force. En soutenant à titre liminaire que l'arrêt attaqué constitue une nouvelle décision parce qu'il lui impose de nouvelles obligations qui n'étaient pas prévues par l'arrêt du 9 décembre 2014, la recourante se borne à formuler en d'autres termes une éventuelle conséquence de ses griefs qui ne revêtent pas de portée propre par rapport à ses conclusions formelles.
2.3. Après avoir rappelé le contenu de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 selon lequel " les pauses compensatoires lumière seront d'une durée de vingt minutes par demi-journée (...) ", l'instance précédente a précisé que le terme de " demi-journée " faisait référence à une période d'une durée de quatre heures, qui n'était pas interrompue par la pause ordinaire, et que le terme " par " indiquait que la pause compensatoire lumière devait intervenir pendant cette période et non au terme de celle-ci.
Puis, comparant le contenu précisé de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 à la décision de l'OCIRT du 22 juillet 2015, elle a précisé que les termes " à partir de " utilisés dans la décision de l'OCIRT du 22 juillet 2015 signifiaient " pendant une période d'une durée de quatre heures " et a réformé la décision en ce sens qu'«une première pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 3h40 de temps de travail effectif indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires. Une deuxième pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 2 x 3h40 de travail effectif, soit 7 heures 20 de travail effectif, indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires» et l'a confirmée pour le surplus.
2.4. La recourante soutient que ces précisions violent les art. 6 et 51 de la loi fédérale du 13 mars 1964 sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce (Loi sur le travail, LTr; RS 822.11) et 38 al. 3 de l'Ordonnance 3 du 18 août 1993 relative à la loi sur le travail (OLT 3; Protection de la santé; RS 822.113).
En principe, l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014, qui concrétise le contenu des art. 6 et 51 LTr et 38 al. 3 OLT 3 à charge de la recourante, est entré en force de sorte que la conformité de l'arrêt attaqué aux dispositions légales et réglementaires citées ne peut plus être remise en cause. Toutefois, lorsque l'arrêt entré en force autorise plusieurs interprétations, dont l'une est conforme à la loi et l'autre ne l'est pas, seule celle qui est conforme doit être choisie, ce qui implique alors un examen de la légalité. En l'espèce toutefois, la formulation des art. 6 et 51 LTr et 38 al. 3 OLT 3 est vague, comme l'admet d'ailleurs la recourante, de sorte qu'aucune interprétation de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 ne saurait stricto sensu être contraire à ces dispositions.
Se pose en revanche la question de savoir si l'interprétation finalement donnée par l'instance précédente de son premier arrêt reflète son véritable sens ou si elle doit être écartée au profit de celui donné par la recourante : dans ce contexte, les art. 6 et 51 LTr et 38 al. 3 OLT 3 ne peuvent servir que de moyens auxiliaires d'interprétation, à l'instar des considérants de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014, dont seul le dispositif est entré en force.
3.
3.1. Les parties sont à juste titre d'accord pour dire que le terme de " demi-journée " correspond à une durée de quatre heures.
3.2. Pour la recourante, la règle énoncée dans le dispositif de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 s'applique lorsque le seuil de 4h00 de présence est atteint, de sorte que, " pour une durée de présence de 4h00, le temps de travail effectif d'un employé ne dépassera pas 3h40 [...] ". Il s'agirait d'une approche différente de celle de l'instance précédente pour qui «une première pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 3h40 de temps de travail effectif indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires. Une deuxième pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 2 x 3h40 de travail effectif, soit 7 heures 20 de travail effectif, indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires». De l'avis de la recourante, la formulation de l'instance précédente revient à accorder une pause compensatoire à des employés qui n'effectuent pas une demi-journée complète de travail, soit quatre heures, ce qui est contraire au dispositif de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 (mémoire de recours p. 13 ss, let. i et ii). La recourante semble de la sorte faire grand cas de l'usage des termes " temps de présence effective " et " temps de travail " et reproche à l'instance précédente de donner des précisions qui s'écartent du dispositif de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 en faisant usage des termes " temps de travail effectif ".
Le grief doit être écarté. Les deux parties expriment en effet la même réalité de manière différente comme le montre l'équation de mise en application de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014 telle que préconisée par les deux parties, soit :
TPI = TTE + PC
TPI étant le Temps de Présence Ininterrompu (sans déduction des pauses ordinaires) dans un local dépourvu de lumière naturelle, équivalant à 4h00 (soit une demi-journée)
TTE étant le Temps de Travail Effectif sans prise en considération d'une pause ordinaire, équivalant à 3h40
PC étant la Pause Compensatoire, équivalent à 20 minutes.
Il n'importe donc pas de transcrire cette équation d'une manière ou d'une autre, l'essentiel étant que l'addition du temps de travail effectif 3h40 et de la pause compensatoire de 20 minutes équivaut à 4h00, soit une demi journée, de présence effective. A cet égard, le temps de travail effectif peut être effectué en une traite de 3h40 ou en deux, par exemple de 2h00 + 1h40, la pause compensatoire étant alors intercalée entre les deux périodes de travail effectif.
Concrètement, cela signifie, à titre d'exemple, qu'un employé qui se trouve sur sa place de travail le matin à 8h20 et doit y rester jusqu'à 12h20, après avoir bénéficié d'une pause ordinaire à 9h15 (présence effective), ne pourra continuer à travailler qu'après avoir pris une pause compensatoire ayant lieu au plus tard à 12h00 : de 8h20 à 12h20, il y a 4h00 de TPI ou encore 3h40 de TTE + 20 minutes de PC.
3.3. En jugeant qu'«une première pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 3h40 de temps de travail effectif indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires (sur ce termes voir dispositif de l'arrêt ATA/978/2014 du 9 décembre 2014). Une deuxième pause compensatoire de 20 minutes doit être accordée au personnel intéressé à partir de 2 x 3h40 de travail effectif, soit 7 heures 20 de travail effectif, indépendamment d'éventuelles pauses ordinaires», l'instance précédente a dûment précisé et respecté le dispositif de l'ATA/978/2014 du 9 décembre 2014.
Le recours est donc rejeté sur ce point.
4.
Pour le surplus, invoquant l'art. 27 al. 1 Cst., la recourante se plaint de la violation de la liberté économique. Dans la mesure où il peut être examiné, le grief doit être rejeté pour les motifs convaincants exposés dans le considérant 13 de l'arrêt attaqué, auquel il peut être renvoyé en l'espèce.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure fédérale (<ref-law>). Bien qu'il obtienne gain de cause, aucuns dépens ne sont alloués au canton de Genève (art. 68 al. 1 et 3 LTF). En revanche, la recourante versera des dépens au syndicat Unia qui a obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.
Le recours en matière de droit public est rejeté.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
La recourante versera au syndicat Unia une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et du Syndicat UNIA, à l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section ainsi qu'au Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO).
Lausanne, le 13 juin 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey