Faits :
A.
A.a. Feu B.X._ était propriétaire des parcelles n os ***** et ***** de la commune de Y._ qu'il a transformées en pépinière. Il avait également érigé, sur la parcelle n° *****, une villa de 103 m2 qui a toujours servi de domicile à l'exploitant de la pépinière, ainsi qu'un bâtiment abritant les bureaux de la pépinière; ces constructions ont été dûment autorisées.
Le 7 avril 1994, les hoirs de la succession de feu B.X._ ont requis de la Commission foncière agricole de la République et canton de Genève (ci-après : la Commission agricole) que les desdites parcelles soient exclues du champ d'application de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR ou la loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11), en vue de la création sur ces biens d'une cédule hypothécaire de 2'000'000 fr.; ces biens-fonds avaient, selon les hoirs, perdu leur caractère agricole. Par décision du 3 mai 1994, la Commission agricole a accordé le non-assujettissement sollicité (sans motiver sa décision); dans ce document, sous "Motif", figure l'inscription manuscrite: "tant que la parcelle est affectée à la production d'arbres d'ornement"; suit la mention préimprimée "Le Registre foncier est requis d'inscrire la mention d'assujettissement LDFR/la mention de non assujettissement LDFR sur la parcelle", ce qui fut fait le 12 août 1994 pour chacune des parcelles susmentionnées.
A.X._, l'un des hoirs, architecte-paysagiste et vice-président de la société X._ SA active notamment dans le génie civil, les travaux publics, les parcs, les jardins, les terrains de sport et les pépinières, est devenu, en 2004, l'unique propriétaire des parcelles nos ***** et *****. La parcelle n° *****, d'une surface de 28'885 m2, était constituée d'un terrain sans construction sur lequel étaient plantés des arbres et arbustes (pépinière). La parcelle n° *****, d'une surface de 63'219 m2, comprenait, outre une pépinière, deux habitations de respectivement 352 m2 et 103 m2, un autre bâtiment de 64 m2, un garage privé de 35 m2, une serre de 102 m2, ainsi que des chemins en enrobé et en terre/gravier. En 2008, A.X._ a sollicité de pouvoir démolir et de reconstruire en l'agrandissant le bâtiment de 103 m2 sis sur la parcelle n° *****. Le projet prévoyait un nouveau bâtiment de deux étages d'une surface de 300 m2 qui accueillerait les bureaux nécessaires à l'extension de la pépinière X._. Par décision du 5 décembre 2008, le département compétent a octroyé l'autorisation requise et l'intéressé a commencé les travaux.
A.b. Dans un courrier du 10 mars 2015 à la Commission agricole, A.X._ souligne que la décision du 3 mai 1994 avait soustrait les parcelles en cause au droit foncier rural "tant que la parcelle est affectée à la production d'arbres d'ornement"; il sollicitait, "afin d'être fixé de façon certaine sur ses droits", la confirmation du fait que la décision de constatation de non assujettissement était inconditionnelle et, partant, définitivement acquise, avec pour conséquence que les immeubles des parcelles n° s ***** et ***** pouvaient être aliénés sans restriction quant à la personne de l'acquéreur et au prix d'acquisition.
La Commission agricole a, par décision du 21 avril 2015, relevé que les hoirs avaient requis d'être libéré de l'assujettissement à la loi sur le droit foncier rural, afin de pouvoir créer une cédule hypothécaire de 2'000'000 fr. sur les parcelles concernées; puis, elle a constaté qu'avec la décision du 3 mai 1994 les parcelles en cause n'avaient été soustraites à la loi sur le droit foncier que pour la durée de leur affectation à la production d'arbres d'ornement, à l'instar de la pratique adoptée pour les gravières situées en zone agricole, que ces bien-fonds n'avaient pas perdu leur vocation agricole et qu'ils pouvaient en tout temps être réaffectés à l'agriculture s'il était mis fin à la production d'arbres d'ornement; elle a transmis sa décision au registre foncier.
B.
Par arrêt du 21 juin 2016, la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours de A.X._. Elle a jugé en substance que la décision du 3 mai 1994 avait libéré les parcelles en cause de l'assujettissement au droit foncier rural aussi longtemps ("tant") que ces immeubles étaient affectés à la production d'arbres d'ornement, sans que le caractère horticole de l'usage des parcelles ait définitivement disparu; la décision du 21 avril 2015 n'avait que précisé le sens de la décision du 3 mai 1994 sans péjorer la situation de l'intéressé. En outre, les deux parcelles et les bâtiments qui y étaient érigés et qui servaient à l'exploitation de la pépinière relevaient d'un usage horticole et constituaient une entreprise d'horticulture productrice; la procédure d'autorisation de démolir et de reconstruire de 2008 n'avait pas remis en cause l'usage horticole. En tout état de cause, le laps de temps écoulé depuis 1994 était insuffisant pour soustraire à la loi sur le droit foncier rural les parcelles en cause de façon définitive.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 21 juin 2016 de la Cour de justice, puis, principalement, de prononcer le non assujettissement définitif et sans condition à la loi sur le droit foncier rural des parcelles nos ***** et ***** sises sur la commune de Y._, subsidiairement, de renvoyer l'affaire à la Commission agricole pour nouvelle décision, susceptible de recours, dans le sens des considérants.
La Commission agricole se réfère aux observations qu'elle avait déposées devant les juges précédents et dans lesquelles elle concluait au rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 100 et 46 al. 1 let. b LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) par l'intéressé qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), est recevable (art. 82 let. a et 90 LTF).
2.
2.1. Le recourant se plaint d'une application arbitraire du droit cantonal à plusieurs égards.
2.2. Il est possible de faire valoir que l'application des dispositions cantonales consacre une violation d'une norme de droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, telle que l'art. 9 Cst. garantissant la protection contre l'arbitraire.
Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat. Si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 53; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 18; <ref-ruling>7 consid. 2.1 p. 168).
3.
Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 69 al. 2 de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA; RS/GE E 5 10). Il estime que sa situation a été aggravée par la décision du 21 avril 2015 de la Commission agricole; partant, il aurait dû être avisé de cette modification en sa défaveur envisagée par ladite commission et un délai aurait dû lui être imparti pour se prononcer. En niant l'aggravation de sa situation, les juges précédents auraient appliqué l'art. 69 al. 2 LPA de façon arbitraire.
3.1. L'art. 69 LPA prévoit que la juridiction administrative chargée de statuer est liée par les conclusions des parties; elle n'est en revanche pas liée par les motifs que les parties invoquent (al. 1); toutefois, sur recours adressé au Conseil d'Etat, à l'un de ses départements ou à la chancellerie, ainsi qu'aux instances hiérarchiques supérieures des communes, établissements et corporations de droit public, l'autorité peut modifier la décision au détriment du recourant; elle doit cependant l'en aviser préalablement en indiquant les motifs qui peuvent justifier une aggravation et impartir au recourant un délai pour s'exprimer (al. 2).
3.2. Bien que le recourant se plaigne d'une application arbitraire de la disposition susmentionnée par la Cour de justice, il apparaît que celle-ci n'en fait pas mention dans son arrêt. Si elle relève effectivement que la décision du 21 avril 2015 ne fait que préciser celle du 3 mai 1994 sans péjorer la situation du recourant, elle le fait dans le cadre de l'art. 29 al. 2 Cst.
L'art. 69 LPA figure sous le "Titre IV. Procédure de recours en général" et du "Chapitre II. Effets et instruction du recours". Or, la Commission agricole n'est pas une autorité de recours et, en conséquence, l'art. 69 LPA ne lui est pas applicable.
C'est donc sans arbitraire que les juges précédents n'ont pas examiné le grief soulevé sous l'angle de l'art. 69 al. 2 LPA et le grief doit être rejeté.
4.
Citant les art. 4 (recte: 3), 9 et 10 lit. f et g de la loi genevoise du 12 février 1994 d'application de la loi fédérale sur le droit foncier rural (LaLDFR; RS/GE M 1 10), le recourant invoque une application arbitraire de celles-ci. Selon lui, la Commission agricole n'a pas la possibilité de soumettre ses décisions déclarant que des parcelles ne sont plus assujetties à la loi sur le droit foncier rural à condition; elle ne peut qu'exposer les motifs d'une telle décision. L'intéressé demandait une clarification juridique, quant à la mention manuscrite "tant que la parcelle est affectée à la production d'arbres d'ornement" figurant sur la décision du 3 mai 1994, à la Commission agricole qui se serait contentée de lui fournir une "clarification littéraire" à ce propos; il n'entendait pas remettre en cause cette décision entrée en force depuis 1994. La décision du 3 mai 1994 aurait pour conséquence que l'immeuble concerné serait définitivement exclu du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural, et la Commission agricole aurait dû déclarer que la mention en cause n'avait qu'un caractère informatif.
4.1. Afin d'analyser ce grief, il convient tout d'abord d'examiner le droit fédéral à la base de la loi cantonale d'application susmentionnée.
Selon l'article 2 al. 1 let. a et b LDFR, cette loi s'applique aux immeubles agricoles isolés ou aux immeubles agricoles qui font partie d'une entreprise agricole, qui sont situés en dehors d'une zone à bâtir et dont l'utilisation agricole est licite (champ d'application territorial); est agricole, selon l'al. 1 de l'art. 2 LDFR, l'immeuble approprié à un usage agricole ou horticole (champ d'application matériel; art. 6 al. 1 LDFR; cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 230; MARGRET HERRENSCHWAND/ BEAT STALDER, in: Das bäuerliche Bodenrecht, 2e éd., 2011, n° 5 ad art. 6 LDFR et n° 4 ad art. 84 LDFR).
Aux termes de l'art. 84 LDFR, celui qui y a un intérêt légitime peut faire constater, par exemple, si une entreprise ou un immeuble agricole est soumis à l'interdiction de partage matériel. Toutes les causes susceptibles d'être examinées en vertu des dispositions de droit public de la loi sur le droit foncier rural peuvent faire l'objet d'une décision de constatation au sens de l'art. 84 LDFR; s'y ajoutent toutes les questions en rapport avec le champ d'application à raison du lieu (art. 2-5 LDFR). L'art. 84 LDFR permet ainsi de faire constater par l'autorité compétente que l'immeuble considéré n'est pas soumis au champ d'application de la loi sur le droit foncier rural; le cas échéant, une mention sera inscrite au registre foncier (art. 86 LDFR; cf., pour le canton de Genève, art. 10 let. g LaLDFR et art. 10 al. 2 du règlement genevois du 26 janvier 1994 d'exécution de la loi d'application de la loi fédérale sur le droit foncier rural [RaLDFR; RS/GE M 1 10.01]), avec pour effet d'informer les tiers que l'immeuble en question, bien que situé hors de la zone à bâtir, n'est pas assujetti à la loi sur le droit foncier rural. En effet, certains biens-fonds situés hors des zones à bâtir - et donc présumés agricoles - ne sont en réalité d'aucune utilité à l'agriculture : ainsi, par exemple, un restaurant de montagne ou une maison d'habitation sans rapport avec une exploitation agricole ne justifie nullement des mesures particulières en faveur de l'agriculture. Cette procédure tendant à constater qu'un immeuble situé en dehors d'une zone à bâtir est exclu du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural relève, dans le canton de Genève, de l'art. 10 let. f LaLDFR (<ref-ruling> consid. 3.3.2; cf. aussi <ref-ruling> consid. 2 p. 189).
Peuvent également faire l'objet d'une décision de constatation les notions définies aux articles 6 à 10 LDFR : il est ainsi possible de faire constater s'il s'agit (ou non) d'un immeuble agricole au sens de l'art. 6 LDFR ou d'une entreprise agricole au sens de l'art. 7 LDFR, ou si une personne remplit (ou non) les conditions d'une exploitation à titre personnel conformément à l'art. 9 LDFR (<ref-ruling> consid. 2.1).
4.2. Selon l'art. 3 LaLDFR, les immeubles situés en zone agricole qui ne sont pas appropriés à un usage agricole ou horticole sont exclus du champ d'application de ladite loi par décision de l'autorité compétente, fixée à l'article 9 LaLDFR, à savoir la Commission agricole.
L'art. 10 LaLDFR prévoit que ladite commission est notamment compétente pour déterminer si un immeuble est exclu du champ d'application de la loi fédérale en application de l'article 3 (let. f), ainsi que pour requérir l'inscription au registre foncier des mentions exigées à l'article 86 de la loi fédérale et au sens des lettres e et f (let. g).
Selon l'art. 10 RaLDFR, le propriétaire d'un immeuble ou d'une entreprise agricole peut déposer une requête auprès de la commission, afin que celle-ci constate que son immeuble ou son entreprise est soumis ou n'est pas soumis à la loi fédérale (al. 1); la commission rend une décision et requiert, le cas échéant, l'une des mentions prévues à l'article 86 LDFR (al. 2).
4.3. En l'espèce, la décision du 3 mai 1994 est une décision qui constate que les biens-fonds en cause ne sont pas soumis au droit foncier rural; elle règle donc la question du "champ d'application territorial" ("örtlicher Geltungsbereich") de la loi sur le droit foncier rural défini à l'art. 2 LDFR (cf. supra consid. 4.1). Il s'agit d'une décision en constatation prise sur la base de l'art. 84 LDFR, ainsi que des art. 3 LaLDFR et 10 RaLDFR. Ce type de décision n'a pas d'effet formateur (MARGRET HERRENSCHWAND/BEAT STALDER, op. cit., n° 2 ad art. 84 LDFR). Elle fonde un droit à un traitement par l'autorité qui correspond à son contenu; elle est revêtue de l'autorité de la chose jugée, même si elle est juridiquement erronée (MARGRET HERRENSCHWAND/BEAT STALDER, op. cit., n° 1 ad art. 84 LDFR).
La décision en constatation du 3 mai 1994 est entrée en force. Le 10 mars 2015, le recourant a demandé à être fixé de façon certaine sur ses droits, car ladite décision soustrayait les parcelles en cause au droit foncier rural "tant que la parcelle est affectée à la production d'arbres d'ornement". Comme le relèvent les juges précédents, ce courrier pouvait être qualifié de demande d'interprétation. Or, le délai pour déposer une demande d'interprétation (art. 84 al. 2 LPA) est le même que celui pour un recours, à savoir 30 jours dès le lendemain de la notification de la décision attaquée (art. 62 al. 1 et 3 LPA), avec pour conséquence qu'une telle demande était irrecevable. La Commission l'a alors considérée comme une demande de constatation et a rendu une nouvelle décision.
En tant qu'il se plaint de cette façon de procéder et souligne qu'il n'entendait pas remettre en cause la décision du 3 mai 1994, le recourant perd de vue qu'en tant qu'acte unilatéral, une décision est par définition modifiable unilatéralement. Cette caractéristique permet notamment à l'administration de corriger un vice affectant la régularité de l'acte qu'elle a prononcé, dans le but de rétablir une situation conforme au droit; une base légale n'est pas requise dans un tel cas. Une telle révocation peut d'ailleurs, sous certaines conditions, être prononcée d'office, à la seule initiative de l'autorité compétente (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 71 s.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 221 s.; <ref-ruling> consid. 7a p. 313 s.; cf. aussi arrêt 1C_111/2016 du 8 décembre 2016 consid. 6.1 et les auteurs cités).
Quoi qu'il en soit, avec sa décision du 21 avril 2015, la Commission agricole n'a pas modifié la décision du 3 mai 1994; au contraire, elle l'a confirmée. En effet, la décision du 3 mai 1994 constatait que les parcelles nos ***** et ***** de la commune de Y._ étaient soustraites du champ d'application du droit foncier rural et précisait, sous la rubrique " Motif ", " tant que la parcelle est affectée à la production d'arbres d'ornement ". Or, dans le dispositif de la décision du 21 avril 2015, la Commission constate toujours que lesdites parcelles "n'ont été soustraites à la loi sur le droit foncier rural que pour la durée de leur affectation à la production d'arbres d'ornement". Cependant, de façon contradictoire, elle ajoute dans ce même dispositif que les parcelles en cause "n'ont pas perdu leur vocation agricole". De la sorte, c'est-à-dire en affirmant que ces parcelles répondent toujours à la définition de l'immeuble agricole de l'art. 6 LDFR, la Commission a, en plus de la décision relative au "champ d'application territorial" de la loi sur le droit foncier rural, rendu une seconde décision (formellement comprise dans la décision du 21 avril 2015) relative au caractère agricole et donc au champ d'application matériel de ladite loi ("sachlicher Geltungsbereich"; cf. supra consid. 4.1). Ces décisions ont été confirmées par la Cour de justice qui précise même que la pépinière constitue une entreprise d'horticulture productrice.
5.
Afin de déterminer si l'art. 3 LaLDFR, qui exclut du champ d'application de la LaLDFR les immeubles situés en zone agricole qui ne sont pas appropriés à un usage agricole ou horticole, et l'art. 10 let. f LaLDFR (cf. supra consid. 4.2) ont été appliqués de façon arbitraire, il faut analyser le droit fédéral que le Tribunal fédéral applique d'office. En effet, la notion d'usage agricole ou horticole est définie par la loi fédérale sur le droit foncier rural à l'art. 6 al. 1 LDFR; il en va de même de celle d'entreprise agricole à l'art. 7 LDFR.
Une loi cantonale d'application du droit fédéral doit être conforme au droit fédéral de fond. Dès lors, s'il s'avérait que l'arrêt attaqué ne respecte pas celui-ci, il ne serait pas nécessaire d'examiner au surplus si le droit cantonal d'application a été appliqué de façon arbitraire.
5.1.
5.1.1. L'art. 6 LDFR prévoit qu'est agricole l'immeuble approprié à un usage agricole ou horticole.
En outre, selon l'art. 7 LDFR, par entreprise agricole on entend une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production agricole et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles dans le pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard; le Conseil fédéral fixe, conformément au droit agraire, les facteurs et les valeurs servant au calcul de l'unité de main-d'oeuvre standard (al. 1); aux mêmes conditions, les entreprises d'horticulture productrice sont assimilées à des entreprises agricoles (al. 2).
5.1.2. En faisant abstraction des surfaces forestières, quasiment tous les terrains susceptibles de produire de la végétation peuvent être qualifiés d'agricoles. Toutes les surfaces qui ne sont pas boisées et qui disposent d'une couche de terre suffisante pour la végétation se prêtent en effet à un tel usage (YVES DONZALLAZ, Traité de droit agraire suisse, tome 2, 2006, n° 2043. p. 180 et MARGRET HERRENSCHWAND/ BEAT STALDER, op. cit., n° 7 ad art. 6 LDFR). L'horticulture est assimilée par extension à l'agriculture (YVES DONZALLAZ, op. cit., n° 1997, p. 162). A l'exception des bâtiments d'exploitation d'entreprises horticoles, il n'y a guère d'immeubles qui sont utilisés à des fins horticoles et qui ne pourraient pas être appropriés à un usage agricole (MARGRET HERRENSCHWAND/BEAT STALDER, op. cit., n° 6 ad art. 6 LDFR).
Sont des exploitations pratiquant l'horticulture productrice celles dans lesquelles on sème, plante et fait croître des végétaux. L'horticulture productrice doit être distinguée des entreprises actives dans les secteurs de transformations, de vente et de services en rapport avec l'horticulture (YVES DONZALLAZ, op. cit., n° 2085, p. 196). Les exploitations horticoles sont en particulier celles où les plantes sont multipliées de manière générative ou végétative, ou plantées et cultivées, telles que les exploitations de fleurs en pot, de fleurs coupées, d'arbustes, de plantes aromatiques et médicinales, les pépinières et les exploitations de production hors-sol (YVES DONZALLAZ, op. cit., n° 2088, p. 197). Sont inclues dans l'horticulture, les pépinières qui produisent des arbres d'ornement (MARGRET HERRENSCHWAND/BEAT STALDER, op. cit., n° 67 ad art. 7 LDFR).
Cette interprétation correspond à la jurisprudence établie dans le cadre de l'art. 16a al. 1 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (loi sur l'aménagement du territoire, LAT; RS 700), selon laquelle une exploitation horticole est conforme à l'affectation de la zone agricole lorsqu'une part prépondérante de la production est dépendante du sol (<ref-ruling> consid. 2 p. 268; <ref-ruling> consid. 3 p.134, arrêt 1C_561/2012 du 4 octobre 2013 consid. 2.4; pour des ouvrages relatifs à une pépinière cf.: arrêt 1C_257/2012 du 28 mars 2003; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 324).
5.2. Il ressort de l'arrêt attaqué que la parcelle n° *****, d'une surface de 28'885 m2, est constituée d'un terrain sans construction sur lequel sont plantés des arbres et arbustes (pépinière). La parcelle n° *****, d'une surface de 63'219 m2, comprend, outre une pépinière, une habitation de 352 m2, un bâtiment de 64 m2, un garage privé de 35 m2, une serre d'une surface de 102 m2, ainsi que des chemins en enrobé et en terre/gravier; le bâtiment de 103 m2 a été agrandi: il doit comprendre deux étages d'une surface totale de 300 m2 qui accueillent, en plus d'une habitation, les bureaux de la pépinière.
Il ne fait aucun doute qu'au regard de ces faits, les deux parcelles en cause sur lesquelles poussent des végétaux (y compris si ceux-ci sont des arbres d'ornement) constituent des immeubles agricoles. Le fait qu'y soient érigés des bâtiments n'y change rien. Au demeurant, l'art. 24 LAT prévoit que des autorisations peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation lorsque l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination. De plus, en l'espèce, la transformation du bâtiment a été autorisée par l'autorité compétente. Cet élément pourrait tout au plus contribuer à qualifier ces biens d'entreprise d'horticulture productrice. A cet égard, les éléments figurant dans l'arrêt attaqué ne suffisent pas pour déterminer si l'on est en présence d'une telle entreprise; il ne comporte notamment aucun élément relatif à la main-d'oeuvre. Ce point n'a cependant pas besoin d'être tranché dans le présent cas, dès lors qu'il est constaté que l'on est en présence, à tout le moins, d'immeubles agricoles. Or, qualifier un immeuble d'agricole revient à déterminer qu'il est soumis au droit foncier rural. Ainsi, comme l'a relevé la Commission foncière dans ses observations devant la Cour de justice (cf. arrêt attaqué consid. 6a), la demande de soustraction au droit foncier rural du 7 avril 1994 aurait dû être rejetée.
Compte tenu de cet élément, les parcelles en cause n'auraient pas dû être soustraites au champ d'application (territorial) du droit foncier rural (art. 2 LDFR). Toutefois, compte tenu de l'interdiction de la reformatio in pejus devant le Tribunal fédéral (cf. art. 107 al. 1 LTF), la Cour de céans ne peut modifier l'arrêt de la Cour de justice sur ce point.
6.
La recourante se plaint encore d'une application arbitraire de l'art. 9 LaLDFR. Cette disposition a trait à la façon dont est nommée la Commission foncière agricole, à sa composition et son organisation, ainsi qu'à la compétence dont elle dispose pour nommer des experts, et on ne voit pas en quoi l'autorité judiciaire précédente aurait pu l'appliquer de façon arbitraire.
7.
Il découle de ce qui précède que le recours doit être rejeté.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 aI. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à la Commission foncière agricole et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'au Département fédéral de justice et police.
Lausanne, le 7 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon