Faits :
A.
Par jugement du 5 mars 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a libéré B._ AG ainsi que A._, qui en est l'administrateur, de l'accusation d'infraction à la loi fédérale sur la protection des marques et des indications de provenance et d'infraction à la loi fédérale sur la concurrence déloyale. Il a donné acte de ses réserves civiles à X._ SA, a alloué à A._ une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP de 6'000 fr. et laissé les frais à la charge de l'Etat.
Le Tribunal de police avait été saisi de la cause par un acte d'accusation rendu le 29 juillet 2014 par le Ministère public consécutivement à une plainte déposée le 3 octobre 2012 par X._ SA contre B._ AG, à qui elle reprochait une pratique déloyale au motif que le nom de " xxx " utilisé pour sa nouvelle école créait un risque de confusion.
B.
Le 6 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a admis l'appel formé par le Ministère public contre ce jugement et admis partiellement, en tant qu'il était recevable, l'appel joint de A._ et de D._ AG (qui est le nouveau nom de B._ AG).
Elle a modifié le jugement du Tribunal de police en ce sens qu'elle a fixé à 12'295 fr. 80 le montant de l'indemnité allouée à A._, indemnité qu'elle a mise, comme les frais de la cause, à la charge de X._ SA.
C.
X._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette décision. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à titre principal à ce que le jugement attaqué soit réformé en ce sens que les frais de procédure de première et de deuxième instance sont mis à la charge du canton de Vaud et que l'indemnité en faveur de A._ est réduite à 6'000 fr. et mise à la charge du canton. A titre subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
D.
La cour cantonale a renoncé à présenter des observations. Par ailleurs, le Ministère public central ayant été invité à présenter des observations, le Procureur général a renoncé à se déterminer alors que le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a conclu au rejet du recours, les frais étant mis à la charge du recourant. Enfin, l'intimé a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
Les observations déposées par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne ne sont pas recevables. En effet, dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral a jugé que c'est à l'aune de la LTF qu'il faut déterminer quelle autorité au sein d'un canton constitue l'accusateur public. Lorsqu'il existe un ministère public compétent pour la poursuite de toutes les infractions sur l'ensemble du territoire, seule cette autorité aura la qualité pour agir devant le Tribunal fédéral. En revanche, savoir qui, au sein de ce ministère public, a la compétence de le représenter est une question d'organisation judiciaire, soit une question qui relève du droit cantonal, conformément à l'art. 14 CPP (<ref-ruling> consid. 1.5.2). Le canton de Vaud connaît un Ministère public central, dirigé par le procureur général (art. 24 al. 1 de la loi [du canton de Vaud] sur le Ministère public; LMPu; RSV 173.21) et des ministères publics d'arrondissement, qui sont compétents selon les règles de for au sens du CPP, sous réserve des compétences du Ministère public central (art. 26 al. 1 LMPu). Le procureur général ou ses adjoints sont seuls compétents pour saisir le Tribunal fédéral (art. 27 al. 2 LMPu); c'est également à eux qu'il incombe de présenter les déterminations du ministère public dans le cadre d'un recours pendant devant cette autorité.
2.
La recourante soutient que la cour cantonale a violé les art. 427 et 432 CPP en mettant à sa charge les frais de procédure et l'indemnité allouée au prévenu. Elle reproche à cette autorité d'avoir admis à tort qu'en cas de classement ou d'acquittement les frais devraient en principe être mis à la charge de la partie plaignante alors que tel ne doit être le cas qu'en présence de circonstances particulières, qui n'existent pas en l'espèce.
2.1. Selon l'art. 427 al. 2 CPP, en cas d'infractions poursuivies sur plainte, les frais de procédure peuvent être mis à la charge de la partie plaignante ou du plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou rendu celle-ci plus difficile lorsque la procédure est classée ou le prévenu acquitté (let. a) et le prévenu n'est pas astreint au paiement des frais conformément à l'art. 426 al. 2 (let. b).
Dans ce contexte, le plaignant doit être compris comme la personne qui a déposé une plainte pénale et qui a renoncé à user des droits qui sont les siens au sens de l'art. 120 CPP, étant précisé que cette renonciation ne vaut pas retrait de la plainte pénale (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 252).
Contrairement à la version française, les versions allemande et italienne opèrent une distinction entre la partie plaignante (" Privatklägerschaft "; " accusatore privato ") et le plaignant (" antragstellende Person "; " querelante "). La condition d'avoir agi de manière téméraire ou par négligence grave et de la sorte entravé le bon déroulement de la procédure ou rendu celle-ci plus difficile ne concerne que le plaignant. Elle ne s'applique en revanche pas à la partie plaignante à la charge de qui les frais peuvent être mis sans autre condition (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 252). La personne qui porte plainte pénale et qui prend part à la procédure comme partie plaignante doit assumer entièrement le risque lié aux frais, alors que la personne qui porte plainte mais renonce à ses droits de partie ne doit supporter les frais qu'en cas de comportement téméraire (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 253). La jurisprudence a toutefois précisé qu'il n'est possible que dans des cas particuliers de mettre les frais de procédure à la charge de la partie plaignante ayant déposé une plainte pénale mais qui, hormis le dépôt de la plainte, ne participe pas activement à la procédure (<ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 254 s.).
La recourante, qui a déposé plainte, n'a pas renoncé à user des droits qui sont les siens au sens de l'art. 120 CPP et a participé à la procédure, est une partie plaignante au sens de l'art. 427 al. 2 CPP. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a admis que les frais de la procédure pouvaient être mis à sa charge sans qu'aucune autre condition ne soit requise dès lors que les prévenus avaient été libérés et pas astreints au paiement des frais conformément à l'art. 426 al. 2 CPP.
2.2. L'indemnisation du prévenu est régie par les art. 429 à 432 CPP. Conformément à l'art. 432 al. 2 CPP, lorsque le prévenu obtient gain de cause sur la question de sa culpabilité et que l'infraction est poursuivie sur plainte, la partie plaignante ou le plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou a rendu celle-ci plus difficile peut être tenu d'indemniser le prévenu pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (al. 2).
Les versions allemande et italienne de cette norme opèrent la même distinction entre la partie plaignante et le plaignant que l'art. 427 al. 2 CPP. Les conditions d'application de ces deux dispositions sont analogues et la question de l'indemnisation doit être traitée en relation avec celle des frais (voir <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 357). Lorsque la partie plaignante ou le plaignant supporte les frais en application de l'art. 427 al. 2 CPP, une éventuelle indemnité allouée au prévenu peut en principe être mise à la charge de la partie plaignante ou du plaignant en vertu de l'art. 432 al. 2 CPP.
Tel est le cas en l'espèce. La recourante elle-même ne prétend pas qu'il y aurait lieu de régler la question de l'indemnisation différemment de celle des frais.
2.3. La recourante conclut également à ce que les frais de la procédure de deuxième instance soient mis à la charge du canton de Vaud. Elle ne présente toutefois aucune motivation spécifique à cette question, de sorte qu'il est douteux que le recours satisfasse sur ce point aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 2 LTF. Par ailleurs, il appert d'emblée que la recourante a succombé dans ses conclusions tendant au rejet de l'appel et de l'appel joint. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en mettant à sa charge les frais de deuxième instance conformément à l'art. 428 al. 1 CPP.
3.
A titre très subsidiaire, la recourante soutient que l'indemnité octroyée à A._ est excessive et doit être ramenée de 12'295 fr. 80 à 6'000 francs.
La recourante conteste la durée de travail de l'avocat de l'intimé prise en compte par la cour cantonale. Elle fait valoir que les faits pertinents n'étaient pas contestés et que le travail admis par la cour cantonale avait en partie déjà été effectué dans le cadre de la procédure civile.
Savoir si le recours à un avocat procède d'un exercice raisonnable des droits de procédure et si, par conséquent, une indemnité pour les frais de défense selon l'art. 429 al. 1 let. a CPP peut être allouée au prévenu, est une question de droit fédéral que le Tribunal fédéral revoit librement (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 169). Il n'en va pas différemmenten ce qui concerne l'art. 432 al. 2 CPP, qui reprend la même notion de dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure. C'est en premier lieu aux autorités pénales qu'il appartient d'apprécier le caractère raisonnable de l'activité de l'avocat et elles disposent dans ce cadre d'un pouvoir d'appréciation considérable. Le Tribunal fédéral s'impose par conséquent une certaine retenue lors de l'examen de l'évaluation faite par l'autorité précédente; il n'intervient que lorsque celle-ci a clairement excédé son pouvoir d'appréciation et que les honoraires alloués sont hors de toute proportion raisonnable avec les prestations fournies par l'avocat (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 169).
En l'espèce, la cour cantonale s'est fondée sur la liste des opérations produite par l'avocat. Elle a ajouté le temps consacré à l'audience et à la lecture du jugement, qu'elle a réduit de 3 h 10 par rapport à ce qu'indiquait l'intimé. Elle n'a pas méconnu la question des interactions entre la procédure civile et la procédure pénale puisqu'elle a relevé, d'une part, que le premier juge avait considéré qu'une bonne partie du temps consacré à l'affaire pénale faisait double emploi avec celui consacré à la procédure civile et noté, d'autre part, que l'intimé faisait valoir que le travail effectué dans le cadre de la procédure civile avait permis de réduire les opérations liées à la procédure pénale qui sans cela auraient été plus importantes. Pour sa part, la recourante se contente d'affirmer que les lettres adressées au ministère public reprenaient pour l'essentiel l'argumentation déjà développée dans la procédure civile. Elle ne montre pas que le temps de travail admis par la cour cantonale serait hors de proportion avec les prestations exigées par l'exercice raisonnable des droits de procédure de l'intimé et il n'apparaît pas d'emblée que tel serait le cas, de sorte qu'il n'y a pas lieu de considérer que la cour cantonale a excédé le large pouvoir d'appréciation dont elle disposait sur cette question.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé, qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité pour ses dépens à la charge de la recourante (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera 2'000 fr. à l'intimé A._ à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 18 novembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Paquier-Boinay