Faits :
A.
Statuant sur opposition à plusieurs ordonnances pénales, le Tribunal de police de Genève a acquitté A._ des chefs de séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers, [LEtr; RS 142.20]), de non-respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr) et d'infraction à l'art. 19 al. 1 de la loi fédérale sur les stupéfiants et les substances psychotropes du 3 octobre 1951 (LStup; RS 812.121), par jugement du 24 août 2015. La somme de 230 fr. lui a été allouée à titre d'indemnité pour détention injustifiée (art. 429 al. 1 let. c CPP).
B.
Statuant sur appel du ministère public remettant seulement en cause les acquittements liés aux infractions à la LEtr (art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr), la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise l'a partiellement admis. Par arrêt du 25 février 2016, elle a acquitté A._ des chefs de séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr) et d'infraction à l'<ref-law>, l'a reconnu coupable de non-respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr) et l'a exempté de toute peine. L'indemnité de 230 fr. à titre de réparation du tort moral a été maintenue.
L'arrêt repose en substance sur les faits suivants.
A._, ressortissant guinéen, a séjourné à U._ du 3 septembre 2014 au 7 avril 2015, démuni des autorisations nécessaires, de papiers d'identité et de moyens d'existence. Sa demande d'asile a été rejetée le 9 octobre 2012 et la décision de renvoi de Suisse est entrée en force le 9 novembre 2012.
Par ailleurs, il s'est rendu à U._ les 5 février et 6 avril 2015, alors qu'il faisait l'objet de décisions d'interdiction de pénétrer sur le territoire cantonal, l'une valable du 5 novembre 2012 au 4 juillet 2015, et l'autre du 4 janvier au 4 juillet 2015.
C.
Le Ministère public genevois forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut à ce que A._ est reconnu coupable de séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr), de non-respect d'une assignation à un lieu de résidence (art. 119 LEtr) et condamné à une peine privative de liberté de 8 mois. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Invité à se déterminer sur le recours, A._ a conclu, avec suite de frais et dépens, à son rejet et à la confirmation de l'arrêt cantonal. La cour cantonale a renoncé à se déterminer en se référant à son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Le Ministère public s'en prend tant à l'acquittement de l'intimé du chef de séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr) qu'à l'exemption de peine en lien avec l'infraction de violation d'une interdiction de périmètre (art. 119 LEtr). Il considère que l'acquittement contrevient à la jurisprudence fédérale rendue au sujet de la Directive 2008/115/CE du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2008 relative aux normes et procédures communes applicables dans les États membres au retour des ressortissants de pays tiers en séjour irrégulier (ci-après: Directive sur le retour) et que cette dernière ne s'oppose pas au prononcé d'une peine privative de liberté en l'espèce. Il s'oppose également à l'octroi d'une indemnité pour détention illicite.
1.1. L'art. 115 al. 1 let. b LEtr punit d'une peine privative de liberté d'un an au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque séjourne illégalement en Suisse, notamment après l'expiration de la durée du séjour non soumis à autorisation ou du séjour autorisé. En cas d'exécution immédiate du renvoi ou de l'expulsion, le juge peut renoncer à poursuivre l'étranger sorti ou entré illégalement, à le renvoyer devant le tribunal ou à lui infliger une peine (art. 115 al. 4 LEtr).
L'art. 119 al. 1 LEtr réprime la violation d'une assignation à un lieu de résidence ou une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 74) d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Selon l'al. 2, le juge peut renoncer à poursuivre l'étranger, à le renvoyer devant le tribunal ou à lui infliger une peine si le renvoi ou l'expulsion peut être exécuté immédiatement (let. a) ou s'il a été placé en détention en phase préparatoire ou en vue du renvoi ou de l'expulsion (let. b).
1.2. La cour cantonale a retenu que le comportement de l'intimé était constitutif d'infraction à l'art. 115 al. 1 let. b LEtr. Elle l'a toutefois acquitté du chef de séjour illégal, faute pour les autorités administratives compétentes du canton de Berne d'avoir entrepris les démarches pour exécuter la décision de renvoi prise à l'encontre de l'intéressé, contrevenant ainsi à la Directive sur le retour.
La cour cantonale a en outre reconnu l'intimé coupable de violation de pénétrer dans une région déterminée au sens de l'art. 119 al. 1 LEtr. Considérant dans un premier temps que cette infraction pouvait être sanctionnée par le prononcé d'une courte peine privative de liberté, elle a retenu qu'une telle solution se heurterait toutefois également aux principes dégagés par la jurisprudence relative à la Directive sur le retour, raison pour laquelle elle l'a exempté de toute peine.
1.3. En l'espèce, il est établi et non contesté que l'intimé a séjourné illégalement en Suisse du 3 septembre 2014 au 7 avril 2015. S'il ressort de l'arrêt entrepris que les renvois de demandeurs d'asile déboutés vers la Guinée ont été suspendus du 21 octobre 2014 au 19 août 2015, cela n'induit pas une impossibilité objective de retour puisqu'un retour volontaire est envisageable (cf. sur cette question notamment arrêts 6B_617/2012 du 11 mars 2013 consid. 1.4; 6B_139/2014 du 5 août 2014 consid. 2; 6B_482/2010 du 7 octobre 2010 consid. 3.2.2 et 3.2.3). L'intimé l'admet d'ailleurs (cf. mémoire de réponse, p. 2). Ce dernier ne saurait invoquer l'état de nécessité (<ref-law>) en se référant à un courrier du 2 avril 2015 par lequel il aurait sollicité une admission provisoire pour inexigibilité du renvoi en raison du virus d'Ebola, dans la mesure où ce courrier intervient à la toute fin de la période incriminée. En tout état, il n'expose d'aucune manière en quoi la situation en Guinée constituerait un danger imminent impossible à détourner autrement qu'en séjournant illégalement sur le territoire suisse.
S'agissant de l'infraction à l'art. 119 LEtr, il est établi et non contesté que, les 5 février et 6 avril 2015, l'intimé se trouvait sur le territoire genevois, alors qu'il savait faire l'objet d'une interdiction de pénétrer sur le territoire, décision entrée en force, faute d'opposition.
1.4. Au vu de ce qui précède, les conditions d'application des art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr sont réalisées. Aucun motif d'exemption de peine au sens des art. 115 al. 4 et 119 al. 2 LEtr n'a été retenu. Dans la mesure où, selon l'arrêt entrepris, l'acquittement de l'intimé, respectivement son exemption de toute peine, repose sur la Directive sur le retour, sa condamnation des chefs d'infractions en cause dépend des considérants qui suivent.
2.
Dans la configuration d'espèce, se pose la question de l'applicabilité de la Directive sur le retour lorsque, outre le séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr), une autre infraction est retenue à l'encontre du prévenu, en l'occurrence, le non respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr).
Le recourant estime que la jurisprudence européenne ne fait pas obstacle au prononcé d'une peine privative de liberté pour les deux infractions en cause, dès lors que la mesure d'interdiction de périmètre a pour but la protection de la sécurité et de l'ordre publics.
2.1. Par arrêté fédéral du 18 juin 2010, l'Assemblée fédérale a approuvé la reprise de la Directive sur le retour en tant que développement de l'acquis de Schengen (RO 2010 5925). Les juridictions suisses doivent ainsi faire leur possible pour mettre en oeuvre la jurisprudence européenne relative à cette directive (arrêts 6B_1189/2015 du 13 octobre 2016 consid. 2.1; 6B_320/2013 du 29 août 2013 consid. 3.1; 6B_173/2013 du 19 août 2013 consid. 1.4).
2.2. Selon l'art. 2 par. 2 let. b de la Directive sur le retour, les États membres peuvent décider de ne pas appliquer la présente directive aux ressortissants de pays tiers faisant l'objet d'une sanction pénale prévoyant ou ayant pour conséquence leur retour, conformément au droit national, ou faisant l'objet de procédures d'extradition.
2.3. Dans la jurisprudence européenne, seul l'arrêt Achughbabian aborde la question du concours d'infractions, ce de manière sommaire. Répondant à un argument du gouvernement en cause selon lequel la peine d'emprisonnement était rarement infligée en dehors des cas où la personne séjournant irrégulièrement avait, outre le délit de séjour irrégulier, commis un autre délit, la CJUE a retenu que cela ne changeait rien au fait qu'une telle peine pouvait retarder le retour et porter atteinte à l'effet utile de la Directive. Rappelant que les ressortissants de pays tiers ayant, outre le délit de séjour irrégulier, commis un ou plusieurs autres délits peuvent le cas échéant, en vertu de l'art. 2 par. 2 let. b de la Directive, être soustraits au champ d'application de celle-ci, la CJUE a constaté que rien dans le cas d'espèce ne suggérait que l'intéressé avait commis un autre délit que le séjour irrégulier. Elle a conclu que l'art. 2 par. 2 let. b de la Directive ne pouvait être interprété en ce sens qu'il serait loisible aux États membres de ne pas appliquer les normes et les procédures communes énoncées par ladite directive aux ressortissants de pays tiers n'ayant commis que l'infraction de séjour irrégulier (arrêt CJUE C-329/11 du 6 décembre 2011 par. 39-41).
2.4. Dans un arrêt du 29 août 2013, le Tribunal fédéral a déduit de la jurisprudence européenne que la Directive sur le retour n'était pas applicable aux ressortissants des pays tiers qui ont commis, outre le séjour irrégulier, un ou plusieurs autres délits en dehors du droit pénal sur les étrangers (arrêt 6B_320/2013 du 29 août 2013 consid. 3 en référence notamment à l'arrêt Achughbabian, arrêt commenté en doctrine, cf. infra consid. 2.5). Le Tribunal fédéral a considéré dans le cas d'espèce que l'intéressé, reconnu coupable de séjour illégal (art. 115 LEtr), infraction à l'<ref-law> et opposition aux actes de l'autorité (<ref-law>), était soustrait à l'application de la Directive sur le retour et que sa condamnation à une peine privative de liberté n'était pas contraire à celle-ci (arrêt 6B_320/2013 du 29 août 2013 consid. 3).
Cette approche a été confirmée dans un arrêt récent du 13 octobre 2016, impliquant un ressortissant étranger condamné pour infractions aux <ref-law> et 115 al. 1 let. b LEtr (arrêt 6B_1189/2015 du 13 octobre 2016 consid. 2.1).
En matière de détention provisoire, il est de jurisprudence constante que la Directive sur le retour ne s'applique pas (respectivement, peut ne pas s'appliquer) lorsque d'autres délits que le séjour irrégulier sont retenus à l'encontre du prévenu (arrêts 1B_169/2016 du 21 juillet 2016 consid. 4; 1B_270/2015 du 25 août 2015 consid. 3; 1B_68/2015 du 29 avril 2015 consid. 2.3; 1B_67/2015 du 14 avril 2015 consid. 2.3; 1B_203/2014 du 2 octobre 2014 consid. 2.3; 1B_231/2014 du 8 août 2014 consid. 2.2). Dans un arrêt récent, se prononçant au sujet d'un recourant poursuivi pour infractions aux art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr, le Tribunal fédéral a estimé qu'il apparaissait vraisemblable que la Directive sur le retour ne trouvait pas application dans cette configuration, laissant toutefois le soin au juge du fond de trancher la question (arrêt 1B_422/2016 du 7 décembre 2016 consid. 2.3).
2.5. En doctrine, HUGI YAR considère que le prononcé d'une sanction pénale est admissible lorsque le ressortissant étranger a commis, outre une infraction au sens de l'art. 115 LEtr, un autre délit (THOMAS HUGI YAR, Das Urteil El Dridi, die EU-Rückführungsrichtlinie und der Schengen-Besitzstand, in jusletter du 11 juillet 2011, n° 11). ZÜND estime que la Directive sur le retour n'est pas obligatoirement applicable (cf. art. 2 par. 2 let. b) lorsque le ressortissant étranger en séjour illégal a commis, outre celui-ci, une infraction ne relevant pas du droit pénal des étrangers (ANDREAS ZÜND, in Spescha et al. [éd.], Kommentar Migrationsrecht, 4e éd. 2015, n° 12 ad art. 115 LEtr, en se référant notamment à l'arrêt 6B_320/2013 du 29 août 2013). BÜCHLER et HAGUENAU-MOIZARD critiquent l'arrêt 6B_320/2013 du 29 août 2013 et rappellent que l'art. 2 par. 2 let. b de la Directive sur le retour permet aux États membres de ne pas l'appliquer aux étrangers uniquement s'ils font l'objet d'une sanction pénale prévoyant ou ayant pour conséquence leur retour (CATHERINE HAGUENAU-MOIZARD, La pénalisation du séjour irrégulier en droit européen, en droit français et en droit suisse, in Schengen et Dublin en pratique [Stephan Breitenmoser et al. (éd.)], 2015, p. 183 et ALEXANDRA BÜCHLER, die Konsequenzen des rechtswidrigen Aufenhalts von Drittstaatsangehörigen in der Schweiz, in Annuaire du droit de la migration 2015/2016, p. 107). Ces auteurs n'examinent toutefois pas la portée de cette disposition en cas de concours d'infractions, en particulier au regard de la jurisprudence Achughbabian.
2.6. Faute de jurisprudence européenne plus précise sur la question de l'applicabilité de la Directive sur le retour en cas de concours d'infractions, il y a lieu de s'en tenir à la jurisprudence fédérale constante et récente exposée supra, soutenue par la doctrine.
S'il ressort expressément de la jurisprudence que la Directive sur le retour n'est pas applicable aux ressortissants des pays tiers ayant commis, outre le séjour irrégulier, un ou plusieurs autres délits en dehors du droit pénal des étrangers, la question n'est pas tranchée en cas de concours d'infractions aux art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr (non-respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée; cf. art. 74 LEtr). Compte tenu des différents fondements d'une mesure d'interdiction de pénétrer dans une région déterminée au sens de l'art. 74 LEtr, il sied d'examiner si et dans quelle mesure la solution retenue dans la jurisprudence constante est applicable lorsque, outre le séjour illégal, le non-respect d'une interdiction de périmètre (art. 119 LEtr) est retenu contre le prévenu.
2.6.1. Selon l'art. 74 al. 1 LEtr, l'autorité cantonale compétente peut enjoindre à un étranger de ne pas pénétrer dans une région déterminée dans les cas suivants: l'étranger n'est pas titulaire d'une autorisation de courte durée, d'une autorisation de séjour ou d'une autorisation d'établissement et trouble ou menace la sécurité et l'ordre publics; cette mesure vise notamment à lutter contre le trafic illégal de stupéfiants (let. a); l'étranger est frappé d'une décision de renvoi ou d'expulsion entrée en force et des éléments concrets font redouter qu'il ne quittera pas la Suisse dans le délai prescrit ou il n'a pas respecté le délai qui lui était imparti pour quitter le territoire (let. b); l'exécution du renvoi ou de l'expulsion a été reportée (let. c).
2.6.2. Compte tenu des objectifs visés par la Directive sur le retour (notamment fixer des règles communes applicables au retour et à l'éloignement des ressortissants d'États tiers en séjour irrégulier, cf. notamment Directive sur le retour, consid. 20), il y a lieu de distinguer la violation d'une interdiction de périmètre prononcée en lien avec la mise en oeuvre du renvoi (art. 119 cum art. 74 al. 1 let. b et c LEtr) de celle prononcée en raison du comportement de l'intéressé troublant ou menaçant la sécurité et l'ordre publics (art. 119 cum art. 74 al. 1 let. a LEtr). Alors que le premier demeure soumis à la Directive sur le retour en vertu de la jurisprudence européenne et fédérale, le second, ayant violé une mesure visant à protéger en priorité la sécurité et l'ordre publics, en particulier en matière de stupéfiants (cf. notamment arrêt 2C_197/2013 du 31 juillet 2013 consid. 3.1) est soustrait au champ d'application de la Directive. En effet, dans cette dernière configuration, l'interdiction de périmètre n'est pas liée à la procédure de renvoi visée par la Directive.
3.
3.1. En l'espèce, il ressort du dossier cantonal que l'interdiction de pénétrer dans une région déterminée du 4 janvier au 4 juillet 2015 se fonde sur le comportement de l'intimé troublant ou menaçant la sécurité et l'ordre publics dans le canton de Genève, notamment dans le centre ville (cf. arrêt entrepris consid. 2.5; décision du 4 janvier 2015; <ref-law>). La mesure se fonde dès lors sur l'art. 74 al. 1 let. a LEtr.
3.2. Ainsi, l'infraction à l'art. 119 LEtr porte, dans le cas présent, sur la violation d'une interdiction ayant pour but la protection de la sécurité et de l'ordre publics, non la mise en oeuvre de la procédure de renvoi. Dans cette configuration, les principes tirés des arrêts 6B_320/2013 et 6B_1189/2015 précités doivent être suivis.
3.3. Il s'ensuit que l'intimé est soustrait à l'application de la Directive sur le retour et que le prononcé d'une sanction pour séjour illégal (art. 115 al. 1 let. b LEtr) et non-respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr) n'est pas contraire à celle-ci.
4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis, l'arrêt entrepris annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle reconnaisse l'intimé coupable de séjour illégal au sens de l'art. 115 al. 1 let. b LEtr. Elle devra fixer une peine sanctionnant les infractions retenues, cas échéant, dans le respect de la jurisprudence relative au délit continu (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 9; arrêt 6B_1226/2013 du 31 mars 2014 consid. 1.1).
Dans la mesure où la conclusion dirigée contre l'acquittement de l'intimé est admise, il appartiendra à la cour cantonale de statuer à nouveau sur l'indemnité allouée à titre de réparation du tort moral (art. 429 al. 1 let. c CPP).
5.
Le Ministère public, qui obtient gain de cause, ne saurait se voir allouer de dépens (<ref-law>). Il sera statué sans frais.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il est statué sans frais, ni dépens.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 15 mai 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke