Sachverhalt:
A.
Mit Totalunternehmerwerkvertrag vom 6. Juni 2006 (nachfolgend: TU-Werkvertrag) betraute die B._ AG (Bestellerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) die A._ AG (Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mit der Planung und Erstellung der Überbauung C._ in U._, umfassend den Neubau von 6 Mehrfamilienhäusern mit 54 Eigentumswohnungen und 96 Parkplätzen, zu einem Globalpreis von Fr. 20'586'694.-- (Werkpreis: Fr. 19'194'546.-- plus sog. Budgetbeträge) inkl. 7,6 % MwSt. Das Bauvorhaben wurde in mehreren Etappen erstellt: 1. Etappe: Häuser C und D; 2. Etappe: Haus B; 3. Etappe: Haus E; 4. Etappe: Haus A; 5. Etappe: Haus F; die Position Infra (Infrastruktur/Umgebung) verteilte sich über mehrere Etappen. Die Wohnungen wurden teilweise verkauft, teilweise vermietet. Die Klägerin erstellte je Etappe eine eigene Schlussrechnung; jene für die erste, zweite und dritte Etappe datieren je vom 6. Juli 2010, jene für die vierte und fünfte Etappe sowie für die Infra-Position datieren je vom 22. Juni 2012. Ebenfalls am 22. Juni 2012 erstellte die Klägerin eine Schlussabrechnung für verspätete Zahlungen und eine weitere für zusätzliche Leistungen.
B.
B.a. Mit Klage vom 27. Mai 2014 beim Handelsgericht des Kantons Aargau beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'483'747.60 zuzüglich Zins zu 5 % seit Klageeinreichung zu bezahlen. Sie begründete ihre Forderung mit einem Anspruch auf Entrichtung der vereinbarten Teuerung gemäss TU-Werkvertrag vom 6. Juni 2006. Mit Replik vom 13. November 2014 zog die Klägerin ihre Klage im Umfang von Fr. 325'090.21 zurück und verlangte noch die Bezahlung von Fr. 1'158'656.79 nebst Zins. Sie beanspruchte damit die Teuerung (nur noch) auf dem Werkpreis von Fr. 19'194'546.-- (ohne Budgetbeträge und Nachträge).
B.b. Das Handelsgericht schützte die Klage mit Urteil vom 3. September 2015 im Betrag von Fr. 40'185.76 zuzüglich 5 % Verzugszins seit 27. Mai 2014. Es kam zum Schluss, teuerungsberechtigt seien Forderungen von insgesamt Fr. 8'214'291.55. Massgeblich sei der Preisstand bzw. Gesamt-Baukostenindex per 1. Januar 2008. Das ergebe einen Teuerungsanspruch von Fr. 205'185.76, von dem es eine bereits geleistete Zahlung von Fr. 165'000.-- abzog.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 3. September 2015 sei, soweit es die Klage abweist, kostenfällig aufzuheben und es sei die Klage im Betrag von Fr. 948'796.78 zuzüglich 5 % Zins seit 27. Mai 2014 gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung und zur Neuverteilung der Prozess- und Parteikosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin macht im bundesgerichtlichen Verfahren einzig geltend, als Stichtag für den Beginn der Teuerungsberechnung sei das Datum der Offertabgabe massgeblich, nicht der 1. Januar 2008.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz teilte mit zusätzlichen Hinweisen zu ihrer Begründung der Vertragsauslegung mit, dass sie an ihrem Urteil festhalte. Die Parteien haben unaufgefordert repliziert bzw. dupliziert.

Erwägungen:
1.
Die Eintretensvoraussetzungen geben keinen Anlass zu Bemerkungen. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) einzutreten.
2.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen).
Die Begründung hat in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen. Die beschwerdeführende Partei darf eine allfällige Replik nicht dazu verwenden, ihre Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern. Zulässig sind nur Vorbringen, zu denen erst die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 21; <ref-ruling> E. 3.3.4 S. 47; Urteile 4A_279/2013 vom 12. November 2013 E. 2; 4A_146/2012 vom 10. Januar 2013 E. 2.7). Ohne dies zu begründen, berücksichtigt die Beschwerdeführerin bei ihren Berechnungen in der Beschwerdeschrift den von der Vorinstanz vorgenommenen Abzug für die von der Beschwerdegegnerin bereits geleisteten Fr. 165'000.-- nicht. Erst in ihren Bemerkungen zur Beschwerdeantwort führt sie aus, weshalb dieser Abzug nicht vorzunehmen sei. Anlass zu diesbezüglichen Äusserungen hatte jedoch bereits das angefochtene Urteil gegeben. Damit fehlt es insofern an einer fristgerechten Begründung der Beschwerde, weshalb auf diesen Punkt nicht einzutreten ist.
3.
Zum strittigen Anspruch auf Teuerung bestehen folgende vertraglichen Vereinbarungen:
Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages vom 6. Juni 2006:
"TEUERUNG:
Die Teuerung ist bis zum 31.12.2007 eingerechnet. Sämtliche Leistungen die bis zum 31.12.07 in Arbeit sind unterliegen keiner Teuerungsbedingten Abrechnung. Offene Leistungen nach dem 01.01.2008 werden teuerungsbezogen hochgerechnet und der Werkpreis wird neu angesetzt (Pauschalisiert).
Die Teuerungsberechnung erfolgt nach den dazumal geltenden Vorschriften des VSGU."
Gemäss Ziff. 2.1.2.1 des TU-Werkvertrages bilden die Allgemeinen Bedingungen (Ausgabe 1995; nachfolgend AVB) des VSGU (Verband Schweizerischer Generalunternehmungen) Bestandteil des Vertrages. Ziff. 19 AVB bestimmt unter dem Titel BAUTEUERUNG:
"19.1 Die Berechnungsart der teuerungsbedingten Mehrkosten (= Bauteuerung) ist im Werkvertrag festzulegen.
19.2 Ohne anderweitige Vereinbarung gelten folgende Regeln:
Als Ausgangspunkt für die Berechnung der Bauteuerung gilt der Preisstand zum Zeitpunkt der Offertabgabe.
[...]
Die Berechnung der Bauteuerung erfolgt halbjährlich, nach Massgabe der im betreffen den Zeitraum geleisteten Zahlungen.
Für die Bestimmung des Preisstandes wird der Gesamt-Baukostenindex des Statistischen Amtes der Stadt Zürich angewendet. Der Indexstand per 1. April ist massgebend für die erste Hälfte jedes Kalenderjahres, derjenige per 1. Oktober für die zweite Hälfte.
-..]"
Ebenfalls Vertragsbestandteil bilden gemäss Ziff. 2.1.2.3 des TU-Werkvertrages die sog. Vertragsgrundlagen. Deren Ziff. 2.1.3enthält folgende Regelung:
"ETAPPIERUNGEN
Die Etappierungen gemäss Seite 3/4erfolgen nach technischen Gegebenheiten und nehmen die Schnittstellen für die problemlose Bearbeitung des Projektes auf.
Das Bauprogramm und die damit verbundenen Leistungen sind in einem Zug, resp. überschneidenden Bauauslösungen gerechnet worden. Längere Bauunterbrüche (Länger als 1 Monat) führen zu einer Anpassung der offerierten Leistungen.
- Zusatzkosten für Standzeiten der Installationen
- Teuerung ab 01.04.2008
-..]"
4.
Die Vorinstanz stellte fest, massgebendes Abgrenzungsdatum sei nach diesen Regelungen der 31. Dezember 2007 bzw. der 1. Januar 2008. Nur nach dem letztgenannten Datum begonnene Arbeiten der Beschwerdeführerin seien teuerungsberechtigt. In diesem Punkt seien sich die Parteien einig. Unbestritten sei weiter, dass die offenen Leistungen nach dem 1. Januar 2008 nie teuerungsbedingt hochgerechnet und der Werkpreis neu angesetzt bzw. pauschalisiert worden sei. Streitig sei jedoch, welches die Preis- und Kalkulationsbasis für die Berechnung der nach dem 1. Januar 2008 begonnenen, teuerungsberechtigten Leistungen sei. Die Beschwerdeführerin sei der Ansicht, gemäss Ziff. 19.2 AVB sei als Berechnungsgrundlage der Zeitpunkt der Offertabgabe massgeblich, den sie auf den 23. November 2005 datiere. Die Beschwerdegegnerin gehe demgegenüber vom 1. April 2008 als Stichtag aus gestützt auf Ziff. 2.1.3 der Vertragsgrundlagen. Teilweise gebe sie allerdings auch den 1. Januar 2008 als massgebliches Datum an, gestützt auf Ziff. 4.2 der TU-Werkvertragsurkunde. Ein tatsächlich übereinstimmender Wille liege nicht vor. Entsprechend sei der Vertrag nach Vertrauensprinzip auszulegen.
Im Rahmen ihrer vertrauenstheoretischen Auslegung stützte sich die Vorinstanz primär auf die Formulierung im ersten Satz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages, wonach die Teuerung bis zum 31. Dezember 2007"eingerechnet" sei. Das heisse, dass die Teuerung in den Preisen gemäss TU-Werkvertrag bis zum 31. Dezember 2007 enthalten sei. Dies unabhängig davon, ob die Leistungen der Beschwerdeführerin bis zu diesem Zeitpunkt vollendet seien oder nicht. Für diese Auslegung spreche auch die Entstehungsgeschichte des TU-Werkvertrages. Bereits im Vertragsentwurf sei die Teuerung bis zum 31. Dezember 2007 eingeschlossen gewesen. Im Gegensatz zur Vertrag gewordenen Regelung sei ein Teuerungsanspruch damals allerdings nur auf "offenen Leistungen" nach dem 1. Januar 2008 vorgesehen gewesen - ohne dass Leistungen, die bis zum 31. Dezember 2007 in Arbeit waren, ausdrücklich ausgeschlossen worden wären. Dass die Teuerung einberechnet sein sollte, sei kein Diskussionspunkt gewesen. Auch mit Ziff. 2.2.1 Seite 5 der Vertragsgrundlagen werde die Entstehungsgeschichte des TU-Werkvertrages aufgezeigt. Daraus ergebe sich, dass die Parteien die Teuerung unter Abkehr vom Mustervertrag des VSGU regeln wollten, auch wenn dieser Mustervertrag gemäss Ziff. 1.1.1 des TU-Werkvertrages dessen Vorbild gewesen sei. Satz 1 der jetzigen Ziff. 4.2 der TU-Werkvertragsurkunde sei damals - im Rahmen der in besagter Ziff. 2.2.1 der Vertragsgrundlagen erwähnten Gespräche vom 13. Dezember 2005 - noch nicht Vertragsbestandteil gewesen. Die spätere Aufnahme dieses Satzes 1 in den TU-Werkvertrag sei bewusst gewählt worden in der Absicht, etwas über die Sätze 2 und 3 der jetzigen Ziff. 4.2 der TU-Werkvertragsurkunde Hinausgehendes zu regeln. Ansonsten hätten es die Parteien bei der Formulierung gemäss den Gesprächen vom 13. Dezember 2005 belassen können. Diese Auslegung werde schliesslich durch den Vertragszweck bestärkt. Könnte die Beschwerdeführerin als Kalkulationsbasis für die nach dem 1. Januar 2008 begonnenen teuerungsberechtigten Leistungen auf den Zeitpunkt der Offertabgabe abstellen, hätte dies zur Folge, dass die Beschwerdegegnerin das Teuerungsrisiko rückwirkend per 23. November 2005 tragen müsste, indem die Teuerung bis zum 31. Dezember 2007 gerade nicht in den von der Klägerin offerierten Vertragspreisen eingerechnet wäre. Weil demnach die Vertragsurkunde eine abschliessende Teuerungsregelung enthalte, komme die Teuerungsabrechnung gemäss AVB nicht zur Anwendung.
Die Beschwerdeführerin rügt, diese Auslegung verletze Art. 1 Abs. 1 und Art. 18 Abs. 1 OR.
5.
Die Parteien stimmen darin überein, dass keine tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt werden konnte. Es ist somit die objektivierte Vertragsauslegung der Vorinstanz zu überprüfen. Kämen hinsichtlich des Preisstands die AVB zur Anwendung, wäre nach der klaren Regelung in Ziff. 19.2 Abs. 2 AVB der Baukostenindex zum Zeitpunkt der Offertabgabe entscheidend. Diese Regel gilt aber nur "ohne anderweitige Vereinbarung" im Werkvertrag (Ziff. 19.1 und 19.2 Abs. 1 AVB). Zu prüfen ist, ob der Werkvertrag eine anderweitige Vereinbarung enthält.
5.1. Zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens sind die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, welche jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind. Demnach ist der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste, massgebend. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666 f. mit Hinweisen).
5.2. Vorerst ist festzustellen, dass sich weder aus der Entstehungsgeschichte des Vertrages noch aus seinem Sinn und Zweck Anhaltspunkte ergeben, die klare Schlüsse zuliessen:
5.2.1. Betreffend die Entstehungsgeschichte bezieht sich die Vorinstanz zuerst auf Ziff. 4.2 Abs. 1 im Entwurf des TU-Werkvertrages vom 23. November 2005 gemäss Klageantwortbeilage 154. Diese lautet: "Die Teuerung ist bis zum 31.12.2007 eingerechnet. Offene Leistungen nach dem 01.01.2008 werden teuerungsbezogen hochgerechnet und der Werkpreis wird neu angesetzt (Pauschalisiert) ". Es fehlt somit im Vergleich zum definitiven Vertragstext der zweite Satz "Sämtliche Leistungen die bis zum 31.12.2007 in Arbeit sind unterliegen keiner Teuerungsbedingten Abrechnung". Es ist allerdings nicht ersichtlich, was daraus für die objektivierte Auslegung des endgültigen Vertrages abgeleitet werden kann, zumal der erste Satz, auf den sich die Vorinstanz ja primär stützt, gerade nicht verändert wurde.
In den Vertragsgrundlagen wird unter Ziff. 2.2 "Ergänzungen zu den Vertragsgrundlagen" in Ziff. 2.2.1 die Entstehungsgeschichte des TU-Werkvertrages nachgezeichnet. Dort wird unter dem Titel "Angebot vom 23. November 2005" festgehalten, "Im Rahmen der Gespräche vom 13. Dezember 2005 wurden folgende Leistungen verändert: [...]". Beim dritten Spiegelstrich heisst es dann: "Die Teuerung wird wie folgt geregelt; Leistungen die bis zum 31.12.2007 in Arbeit sind unterliegen nicht der Teuerung. Leistungen die noch nicht angefangen wurden werden mit der Teuerungsabrechnung nach VSGU abgerechnet". Die Vorinstanz führt dazu aus, die spätere Aufnahme des ersten Satzes in Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages zeige die bewusste Absicht, etwas über die Sätze 2 und 3 dieses Absatzes Hinausgehendes (den massgeblichen Referenzzeitpunkt für die Kostenbasis) zu regeln, ansonsten es die Parteien bei der Formulierung gemäss den Gesprächen vom 13. Dezember 2005 belassen hätten. Das rügt die Beschwerdeführerin zu Recht. Denn wie erwähnt war der erste Satz schon im von der Vorinstanz zitierten Vertragsentwurf vom 23. November 2005 enthalten. Zutreffend ist zwar, dass der erste Satz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages in der Notiz über die Gespräche vom 13. Dezember 2005 nicht erwähnt wird. Doch handelt es sich bei diesen zusammenfassenden Notizen nicht um ausformulierte Vertragsbestimmungen, sodass sich aus der nicht identischen Formulierung nichts Entscheidendes ergibt.
5.2.2. Was Sinn und Zweck von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages anbelangt, so lässt sich sowohl die Auslegung der Beschwerdegegnerin als auch jene der Beschwerdeführerin vertreten. Der Unterschied besteht darin, dass die teuerungsberechtigten Arbeiten zu einem unterschiedlichen Preis abgerechnet werden. Nach den Feststellungen der Vorinstanz betrug der massgebliche Baukostenindex (Basis April 2005 = 100 Punkte) am 1. Januar 2008 109.4 Punkte. Die Lesart der Beschwerdeführerin bedeutet somit, dass die am 1. Januar 2008 offenen Arbeiten zu Preisen abgerechnet würden, die ab diesem Datum gemäss Berechnungen der Beschwerdeführerin um 9,67 % höher sind als gemäss Pauschalwerkvertrag. Demgegenüber sind diese Arbeiten nach Auffassung der Beschwerdegegnerin zwar grundsätzlich ebenfalls teuerungsberechtigt, jedoch beginnt die Teuerung mit 0 % ab dem 1. Januar 2008. Bei der einen Interpretation trägt die Beschwerdegegnerin für am 1. Januar 2008 offene Arbeiten die gesamte Teuerung ab Offerteinreichung, während diese bei der anderen Interpretation zwischen den Parteien aufgeteilt wird - die Beschwerdeführerin trägt sie bis und mit 31. Dezember 2007, die Beschwerdegegnerin ab diesem Datum. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz führt jedoch keine der beiden Interpretationen dazu, dass auch auf vor dem 31. Dezember 2007 begonnenen Arbeiten die Teuerung erhoben werden könnte, was in der Tat Sinn und Zweck der Klausel widersprechen würde.
5.3. Entscheidend sind somit die Vertragsurkunde und die dazugehörigen Vertragsgrundlagen.
5.3.1. Die Formulierung im ersten Satz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages "Die Teuerung ist bis zum 31.12.2007 eingerechnet" spricht für die vorinstanzliche Auslegung. "Eingerechnet" bedeutet, wie die Vorinstanz zutreffend darlegt, dass die vereinbarten Preise die (geschätzte) Teuerung bis zum 31. Dezember 2007 bereits enthalten. Diese wird dadurch also gleichsam vorweg "abgedeckt". Die Beschwerdeführerin macht zu Recht geltend, im Verfahren zur Ermittlung der Bauteuerung (bei Einheits-, Global- und Pauschalpreisen) müssten nicht nur die teuerungsberechtigten Leistungen bezeichnet werden, sondern spezifisch auch die Berechnungsmethode mit dem massgeblichen Preisstand und dem Stichtag festgelegt werden. Art. 62 Abs. 1 i.V.m. Abs. 3 SIA-Norm 118 (Ausgabe 1977/1991; anlässlich der Revision 2013 insofern unverändert geblieben) legt diesen Stichtag ("ursprüngliche Kostengrundlage") als Kalkulationsbasis für die Teuerungsabrechnung auf den Tag der Einreichung des Angebots fest; eine Regelung, die mit Ziff. 19.2 AVB übereinstimmt. Aber es steht den Parteien frei, irgendeinen Zeitpunkt für die Kalkulationsbasis festzulegen, auch einen künftigen, und in dem Sinn Kostensteigerungen zu antizipieren. Die Formulierung, dass die Teuerung eingerechnet sei, darf und muss ohne entgegenstehende Anhaltspunkte vom verständigen Vertragspartner verstanden werden als i n den Preiseneingerechnet. Diese sind somit schon um die erwartete künftige Kostensteigerung erhöht und basieren nicht auf der (üblichen) Kostenbasis am Offerttag. Ein solches Verständnis impliziert, dass der Stichtag für die Teuerungsberechnung das Datum ist, bis zu welchem die Teuerung bereits in den Preisen eingerechnet wurde; mit einem früheren Stichtag würde die Teuerung doppelt entschädigt.
In einem gewissen Widerspruch zur Bedeutung des Wortes "eingerechnet" steht aber der weitere Wortlaut und die innere Systematik von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages. Darauf bezieht sich denn auch v.a. die Beschwerdeführerin. Die Sätze 2 und 3 des ersten Absatzes von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages grenzen die teuerungsberechtigten von den nicht teuerungsberechtigten Arbeiten ab. Der zweite Absatz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages verweist für die "Teuerungsberechnung" auf die AVB. Nach Ziff. 19.2 AVB gehört zur "Berechnung der Bauteuerung" unter anderem der Preisstand, von welchem als Basis auszugehen ist. Darauf basiert auch Art. 62 SIA-Norm 118. Die Auslegung der Vorinstanz bedeutet also, dass im ersten Absatz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages zwei verschiedene Fragen geregelt sind, nämlich einerseits die massgebliche Kostenbasis und andererseits die Abgrenzung der teuerungsberechtigten Arbeiten. Sie bedeutet zudem, dass im zweiten Absatz der Begriff "Teuerungsberechnung" in einem eingeschränkten Sinn zu verstehen ist, indem die hierfür massgebliche Kostenbasis nicht davon erfasst wird. Diesem Auslegungsergebnis würde systematisch eine Unterteilung in drei Absätze entsprechen, wobei im ersten Absatz lediglich festgehalten wäre "Die Teuerung ist bis zum 31.12.2007 eingerechnet". Geht man von der jetzigen Systematik der Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages aus und versteht man den ersten Absatz als zusammengehöriges Ganzes, so liesse sich die Formulierung "Die Teuerung ist bis zum 31.12.2007 eingerechnet" im Zusammenhang mit den nächsten beiden Sätzen auch so verstehen, dass einfach gesagt werden soll, für Arbeiten bis zum 31. Dezember 2007 sei keine Teuerung geschuldet. Wo genau die Grenze liegt, lässt dieser Satz offen, da er nicht präzisiert, ob auf den Arbeitsbeginn oder auf den Arbeitsabschluss abzustellen wäre. Dies wird durch Satz 2 und Satz 3 des ersten Absatzes von Ziff. 4.2 abgegrenzt und verdeutlicht. Danach wäre also der ganze erste Absatz von Ziff. 4.2 als Abgrenzung der teuerungsberechtigten Arbeitsleistungen zu verstehen, während der zweite Absatz die Teuerungsberechnung unter Verweis auf die AVB regeln würde. Bei einer systematischen Betrachtung ist nicht davon auszugehen, dass innerhalb des ersten Absatzes der erste Satz (auch noch) eine von der Regelung in Ziff. 19.2 AVB abweichende Bestimmung ("anderweitige Vereinbarung") des Referenzzeitpunkts für die Teuerungsberechnung enthalten soll. Allerdings weist der erste Satz des ersten Absatzes von Ziff. 4.2 diesfalls keinen eigenständigen, über die Sätze 2 und 3 hinausgehenden Regelungsgehalt mehr auf, was gegen diese Betrachtungsweise spricht.
Zusammenfassend ergibt sich, dass der Wortlaut und die Systematik von Ziff. 4.2 der TU-Werkvertragsurkunde in einem gewissen Widerspruch zu einander stehen und daher keinen eindeutigen Schluss zulassen.
5.3.2. Die Vorinstanz erwähnte zwar, dass die Beschwerdegegnerin als Stichtag (Preisbasis) den 1. April 2008 angegeben habe. Sie ging aber nicht weiter darauf ein bzw. führte aus, dieser Stichtag ergebe sich aus Ziff. 2.1.3 (S. 2) der Vertragsgrundlagen. Wegen der vorgesehenen Rangreihenfolge der verschiedenen Vertragsdokumente könne jedoch nicht darauf abgestellt werden.
Es ist unbestritten und ergibt sich aus dem TU-Werkvertrag (Ziff. 2.1, 2.1.1, 2.1.2.1, 2.1.2.3), dass bei inhaltlichen Widersprüchen die TU-Werkvertragsurkunde den AVB vorgeht und diese wiederum den Vertragsgrundlagen vorgehen. Die SIA-Norm 118 ist ergänzender Vertragsbestandteil, soweit sie den vorgenannten Dokumenten nicht widerspricht (Ziff. 2.3.1 TU-Werkvertrag). Hierbei handelt es sich um Widerspruchsregeln, d.h. sie gelten nur, wenn tatsächlich innervertragliche Widersprüche bestehen, was zuerst durch Auslegung festzustellen ist. Diese Auslegung, die der Anwendung der Widerspruchsregel stets vorangehen muss, nimmt keine Rücksicht auf die formelle Zugehörigkeit der auszulegenden Erklärungen. Diesbezüglich ist daher belanglos, welchen Rang die Bestandteile, denen die Abreden zugehören, einnehmen (HUBERT STÖCKLI, in: Kommentar zur SIA-Norm 118 Art. 1-37, Gauch/Stöckli [Hrsg.], 2009, N. 5.c zu Art. 21 SIA-Norm 118 S. 172). Auch aus einer nachrangigen Vorschrift können sich daher im Hinblick auf die Auslegung der vorrangigen Bestimmungen Anhaltspunkte ergeben (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, Rz. 306). Der Vorinstanz ist somit zuzustimmen, dass zwar nicht auf den sich aus den nachrangigen Vertragsgrundlagen ergebenden 1. April 2008 als Stichtag abgestellt werden kann, wenn dieser im Widerspruch zu Stichtagen gemäss vorrangigen Grundlagen - TU-Werkvertragsurkunde bzw. AVB - steht. Jedoch kann die Bestimmung "Teuerung ab 01.04.2008" in den Vertragsgrundlagen zur Auslegung auch der höherrangigen Bestimmungen herangezogen werden.
Unbestritten bestimmt sich gemäss der vertraglichen Vereinbarung (TU-Werkvertrag Ziff. 4.2 Abs. 2 i.V.m. Ziff. 19.2 AVB) der Preisstand nach dem Gesamt-Baukostenindex des Statistischen Amtes der Stadt Zürich. Der Vertrag (Ziff. 19.2 Abs. 5 AVB) sah vor, dass die Bauteuerung halbjährlich abgerechnet werde, wobei der Indexstand per 1. April massgebend sei für die erste Hälfte jedes Kalenderjahres, derjenige per 1. Oktober für die zweite Hälfte. Unberücksichtigt blieb bei dieser vertraglichen Regelung allerdings, dass der Index nur noch einmal jährlich, am 1. April, erhoben wird. Für den Fall, dass die Teuerung im Sinn der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin erst ab 1. Januar 2008 berücksichtigt werden sollte, da sie vorher in den vertraglichen Preisen enthalten war, wäre somit erstmals der Baukostenindex per 1. April 2008 für die Abrechnung der vom 1. Januar 2008 bis zum 30. Juni 2008 getätigten Zahlungen bzw. teuerungsberechtigten Leistungen zur Anwendung gekommen. Der Hinweis auf "Teuerung ab 01.04.2008" muss daher als (verkürzter) Hinweis auf den Baukostenindex von diesem Tag verstanden werden. "Ab" diesem Indexstand soll die Teuerung berücksichtigt werden. Demgegenüber macht dieser Hinweis in den Vertragsgrundlagen keinen Sinn, wenn man nach dem Verständnis der Beschwerdeführerin davon ausgeht, die Parteien hätten im ersten Absatz von Ziff. 4.2 des TU-Werkvertrages lediglich die teuerungsberechtigten Leistungen abgegrenzt und gemäss Ziff. 4.2 Abs. 2 des TU-Werkvertrages in Verbindung mit Ziff. 19.2 AVB als massgeblichen Preisstand jenen im Offertzeitpunkt vereinbart. Denn diesfalls hätte der Hinweis in den Vertragsgrundlagen lauten müssen "Teuerung ab Offertzeitpunkt".
5.4. Im Ergebnis ist daher der Vorinstanz zu folgen. Da die Beschwerdeführerin zwar die vorinstanzlichen Reduktionen der teuerungsberechtigten Leistungen kritisiert, jedoch dennoch ausdrücklich gegen sich gelten lässt, ist darauf nicht weiter einzugehen und die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
6.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. April 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi