Faits :
A.
Statuant sur l'opposition formée par X._ contre l'ordonnance pénale du 24 janvier 2014, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a constaté, par jugement du 9 avril 2014, que X._ s'était rendu coupable de vol d'importance mineure, de dommages à la propriété et d'injure et de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires. Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 120 jours-amende à 30 fr. le jour, ainsi qu'à une amende de 300 fr. avec peine de substitution de 3 jours et a renoncé à révoquer le sursis accordé le 1 er mai 2012 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne mais a prononcé un avertissement formel et prolongé le délai d'épreuve de 18 mois. Ce jugement dit, par ailleurs, que X._ est débiteur à hauteur de 7444 fr. 85 de A._ SA, de 2348 fr. 30 de E._ SA, de 121 fr. 20 de C._ et de 544 fr. 65 de la D._.
B.
Par jugement du 11 août 2014, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a réformé ce jugement en ce sens que X._ a été acquitté du chef d'infraction de dommages à la propriété en relation avec la plainte pénale de A._ SA, jugée tardive. Elle a condamné X._ à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 10 fr. le jour et confirmé le jugement du Tribunal de police pour le surplus, notamment l'allocation des conclusions civiles de A._ SA.
Elle a retenu les faits suivants:
Le 1 er août 2012 à Lausanne, X._ s'est vigoureusement opposé à une fouille corporelle à laquelle voulaient procéder les agents de la police ferroviaire, si bien qu'il a dû être maîtrisé et menotté par ces derniers. Il s'est violemment débattu et leur a donné plusieurs coups de pied. Une fois maîtrisé, il a insulté les agents et les a menacés de se venger.
Le 3 septembre 2012 à Lausanne, X._ s'est rendu dans le magasin C._ sis à la rue yyy où il a dérobé de la nourriture et une boisson pour un montant total de 21 fr. 20.
Dans le courant du mois de février 2013, X._ a effectué des graffitis et des tags sur plusieurs immeubles sis à Lausanne, dont ceux gérés par A._ SA et E._ SA.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement attaqué et à son acquittement. Il demande également à ce que les conclusions civiles de E._ SA soient rejetées et à ce que celles de A._ SA soient déclarées irrecevables, ces sociétés devant être condamnées, conjointement avec le Ministère public du canton de Vaud, à lui verser une indemnité à hauteur de 5266 fr. 46 en application de l'article 429 al. 1 lit. a CPP. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Invités à se déterminer sur le recours, la Cour d'appel pénale et le Ministère public y ont renoncé, se référant aux considérants du jugement entrepris, et la C._ n'a pas répondu dans le délai imparti. A._ SA a conclu au rejet du recours, avec suite de frais et dépens. X._ a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et de la violation du principe in dubio pro reo.
1.1. La présomption d'innocence, garantie par les art. 32 al. 1 Cst., 10 CPP, 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205),et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité (<ref-law>).
1.2. Le recourant conteste sa condamnation du chef de dommages à la propriété (<ref-law>).
1.2.1. Le recourant soutient tout d'abord que la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en omettant de prendre en compte la mention suivante dans le procès-verbal d'audition du 20 février 2013: " [...] Vous venez de faire un test avec mon accord. Comme vous pouvez le constater, ce ne sont pas les mêmes peintures " et en concluant, à tort, que la peinture du graffiti réalisé sur le bâtiment sis à l'avenue du xxx correspondait à celle des sprays découverts en sa possession. Or, il ressort du procès-verbal d'audition du 20 février 2013 (p. 4) que le test effectué par la police avait pour but de comparer la peinture des sprays à celle maculant la doublure intérieure et le capuchon du pull du recourant, et non, comme celui-ci semble le soutenir devant le Tribunal fédéral, à celle des graffitis incriminés. Lors de cette audition, le recourant n'a d'ailleurs pas nié que la peinture des sprays correspondait à celle constatée sur ses mains, encore moins a-t-il cherché à prétendre que la peinture des graffitis ne provenait pas desdits sprays.
Par ailleurs, contrairement aux allégations du recourant, il apparaît sans la moindre ambiguïté que les photographies des graffitis contenues dans la plainte de A._ SA (pièce 23) correspondent à celles figurant en page 10 du rapport de police du 23 juillet 2013 (pièce 16), la plainte de E._ SA ne contenant au demeurant aucune photographie (pièce 19). C'est également en contradiction manifeste avec le dossier que le recourant soutient que la D._ ne serait pas partie à la procédure devant la cour cantonale ni n'aurait pris de conclusions civiles. Si elle s'est certes abstenue de formuler des conclusions en appel au sens de l'<ref-law>, il ressort du jugement de première instance du 9 avril 2014 ainsi que des pièces 22 et 37 du dossier cantonal que la D._ s'est constituée partie plaignante au pénal et au civil et qu'elle a pris des conclusions civiles.
1.2.2. Pour le surplus, le recourant tente d'imposer sa propre interprétation des preuves sur celle retenue par la cour cantonale, s'appuyant cas échéant sur des faits qui n'ont pas été constatés par le jugement entrepris sans démontrer l'arbitraire de leur omission - il en va ainsi lorsqu'il affirme, sans le développer, que l'analyse du temps et de la distance parcourue par l'auteur des graffitis exclurait sa responsabilité, ou encore que les différents tags se seraient trouvés à une hauteur qui ne permettrait pas de les réaliser sans échelle ou sans l'aide d'un tiers -, ou passant sous silence ceux qui ne vont pas dans son sens, sans toutefois établir leur caractère insoutenable. Son argumentation est ainsi appellatoire, partant irrecevable. Au demeurant, en se fondant sur les éléments qui ressortent du rapport de police, à savoir l'interpellation du recourant au milieu de la nuit à proximité du graffiti dont la peinture était encore fraîche, la correspondance entre, d'une part, la couleur des sprays retrouvés dans le sac près de lui et des taches sur ses mains et, d'autre part, la couleur du graffiti, le signalement similaire au recourant donné par le témoin, l'intérêt avoué du recourant pour ce type d'art, la photographie d'un graffiti comportant les mêmes lettres dans son téléphone et, enfin, les circonstances de temps, de proximité géographique et la concordance au niveau des couleurs et des lettres des autres graffitis, la cour cantonale pouvait conclure sans arbitraire que le recourant était l'auteur des différents graffitis incriminés. Mal fondé, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
1.3. Le recourant critique sa condamnation pour injure (<ref-law>). Il relève qu'il n'a pas confirmé avoir tenu les propos qu'on lui a prêtés, ayant simplement déclaré qu'il ne se souvenait pas. La conclusion de la cour cantonale selon laquelle, au vu des circonstances, il ne faisait aucun doute que le recourant, énervé par le comportement des policiers, les avait copieusement insultés, serait hâtive car fondée uniquement sur le rapport établi par les policiers, qui n'ont pas été entendus.
La cour cantonale a retenu que le rapport de police était détaillé et crédible. Dans ce contexte, il n'était pas utile de faire entendre les policiers qui l'avaient établi, ce que le recourant n'a au demeurant jamais requis. De même, en l'absence de tout élément qui indiquerait que les policiers auraient menti pour couvrir leurs propres fautes, il ne saurait être fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir douté de la véracité de la dénonciation. Au vu de ce qui précède, le recourant ne démontre pas en quoi il était insoutenable de conclure qu'il avait injurié des policiers en se fondant sur le rapport de police, lequel peut constituer un élément probant (arrêt 6B_685/2010 du 4 avril 2011 consid. 3.1 et la jurisprudence citée). Le grief soulevé est dépourvu de fondement.
2.
Le recourant invoque une violation des art. 285 ch. 1 et 177 CP. Il soutient, en se référant aux art. 20 et 21 de la Loi vaudoise du 17 novembre 1975 sur la police cantonale (LPol; RS/VD 133.11), que la fouille que voulaient lui imposer les agents de police était manifestement illégale dès lors que son identité n'était pas douteuse et que seul un officier de police avait compétence pour ordonner une telle mesure en cas de refus de la personne visée; en s'y opposant, il avait simplement tendu au maintien de l'ordre légal, comme le prévoit l'<ref-ruling>. Par ailleurs, la cour cantonale aurait au moins dû appliquer l'<ref-law> au motif que la fouille illégale avait directement provoqué l'injure.
2.1. Conformément à l'<ref-law>, est puni celui qui, en usant de violence ou de menace, empêche une autorité, un membre d'une autorité ou un fonctionnaire de faire un acte entrant dans ses fonctions, les contraint à faire un tel acte ou se livre à des voies de fait sur eux pendant qu'ils y procèdent. Il découle de l'<ref-ruling> consid. 4b que l'opposition aux actes de l'autorité, pour autant que ceux-là soient manifestement illégaux et que les voies de droit existantes ne donnent pas de protection suffisante, n'est pas punissable si elle tend au maintien ou au rétablissement de l'ordre légal. Il ne suffit donc pas que les conditions légales de l'acte ne soient pas remplies; encore faut-il que l'autorité ou le fonctionnaire commette un abus d'autorité, c'est-à-dire qu'il exerce ses pouvoirs coercitifs dans un but étranger à ses fonctions ou d'une manière manifestement disproportionnée (arrêt 6B_206/2010 du 2 septembre 2010 consid. 4.2; STEFAN HEIMGARTNER, in Basler Kommentar, Strafrecht II, 3e éd., 2013, n° 17 avant l'<ref-law>).
2.2. La cour cantonale a relevé que le recourant, qui avait justifié de son identité, n'était soupçonné d'aucune infraction. Il s'agissait en l'espèce d'un simple contrôle de sécurité, dont le recourant avait été avisé et auquel les agents de police pouvaient procéder, eu égard notamment à l'état dans lequel se trouvaient le recourant et son ami au moment de leur interpellation (forte odeur d'alcool, taches de terre sur les habits et de peinture sur leur visage).
Attendu que, selon les constatations cantonales, la fouille n'avait pas pour but d'établir l'identité de la personne - hypothèse visée par les art. 20 et 21 LPol/VD que cite le recourant - mais visait à garantir la sécurité, l'analyse de l'autorité précédente est conforme à l'<ref-law>, qui prévoit que la police peut fouiller une personne appréhendée ou arrêtée, notamment pour assurer la sécurité de personnes. Il est rappelé, à cet égard, que l'appréhension au sens de l'<ref-law> ne suppose pas d'emblée, au contraire de l'arrestation provisoire, que la personne concernée soit soupçonnée d'un délit (cf. <ref-ruling> consid. 1.2). Il est ainsi sans pertinence que le recourant se soit rendu volontairement au poste de police, qu'il ne fût suspecté d'aucun délit ou encore que son identité ne fût pas douteuse. En tous les cas, la fouille n'apparaissait pas manifestement illégale, de sorte que le recourant n'est pas fondé à se prévaloir de la jurisprudence de l'<ref-ruling> pour justifier son refus d'obtempérer en usant de violence à l'égard des policiers. Il s'ensuit également qu'en l'absence de conduite répréhensible de la part des policiers, l'<ref-law> qui prévoit que le juge pourra exempter le délinquant de toute peine si l'injurié a directement provoqué l'injure par une conduite répréhensibleest inapplicable au cas d'espèce. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en condamnant le recourant pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires (<ref-law>) et pour injure (<ref-law>).
3.
Contestant sa condamnation pour vol d'importance mineure (art. 139 avec 172ter CP), le recourant soutient que les faits auraient été établis de manière arbitraire dans la mesure où la cour cantonale a retenu qu'il avait été dénoncé pour ne pas avoir présenté de la marchandise à l'encaissement. En outre, il invoque une violation des art. 139 et 22 ou 23 CP, en lien avec les art. 104 et 105 al. 2 CP.
3.1. Conformément à l'<ref-law>, celui qui, pour se procurer ou procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura soustrait une chose mobilière appartenant à autrui dans le but de se l'approprier sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Selon l'art. 172 ter CP, si l'acte ne visait qu'un élément patrimonial de faible valeur ou un dommage de moindre importance, l'auteur sera, sur plainte, puni d'une amende. Un élément patrimonial est de faible valeur au sens de cette disposition s'il ne dépasse pas 300 francs (<ref-ruling> consid. 3d p. 119 et les références citées). Les infractions passibles d'une amende sont des contraventions (<ref-law>). En ce qui concerne les contraventions, la tentative et la complicité ne sont punissables que dans les cas expressément prévus par la loi (art. 104 et 105 al. 2 CP). L'<ref-law> relatif à la tentative prescrit que le juge peut atténuer la peine si l'exécution d'un crime ou d'un délit n'est pas poursuivie jusqu'à son terme ou que le résultat nécessaire à la consommation de l'infraction ne se produit pas ou ne pouvait pas se produire.
3.2. Bien que le résumé des faits du jugement entrepris suggère que le vol aurait été réalisé avec succès, la cour cantonale a conclu, à l'issue de son appréciation des preuves, que le recourant s'était rendu à la C._ avec l'intention d'y dérober de la nourriture, avait pris la marchandise qu'il souhaitait, puis avait finalement décidé de la reposer parce qu'il s'était fait surprendre par un vigile. Il n'a pas été constaté que le recourant aurait dissimulé la marchandise. Il s'ensuit que l'infraction n'a donc pas été entièrement consommée, faute de soustraction de l'objet du vol par l'auteur. Les agissements de l'auteur devraient donc être qualifiés tout au plus de tentative, sous réserve de la valeur de la marchandise - 21 fr. 20 - que le recourant entendait dérober. En effet, comme le relève le recourant, le vol d'importance mineure est une contravention et l'<ref-law> ne prévoit pas expressément la punissabilité de la tentative (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2c). Il en découle que le recourant n'est pas punissable pour avoir tenté de voler des articles d'une valeur inférieure à 300 francs (Trechsel/Crameri, in Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 8 ad art. 172ter; Stratenwerth/Jenny/Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 7e éd. 2010, n° 12 p. 554; Yvan Jeanneret, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, n°2 ad <ref-law>). La cour cantonale a violé le droit fédéral en retenant que dans la mesure où le recourant avait débuté l'exécution de son infraction, il devait être reconnu coupable de vol d'importance mineure au sens des art. 139 ch. 1 et 172ter CP. Le recours est admis sur ce point.
4.
Le recourant se plaint d'une violation des art. 9 Cst., 31 CP, 3 CPP et 122 à 126 CPP en relation avec l'allocation des conclusions civiles de A._ SA. Dans la mesure où il a été admis que la plainte pénale de A._ SA était tardive, la cour cantonale devait constater que cette société ne disposait pas de la qualité de partie plaignante, ce qui entraînait l'irrecevabilité de ses conclusions civiles.
4.1. Avant d'examiner le grief soulevé par le recourant, il convient de se pencher sur une objection de la partie intimée qui pourrait rendre ce moyen inopérant. En effet, la partie intimée qui n'a pas interjeté de recours en temps utile (<ref-law>) ne peut plus requérir la modification de la décision attaquée en sa faveur, mais elle est autorisée à formuler des griefs, à titre éventuel, contre la décision attaquée, pour le cas où les arguments du recourant seraient suivis (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 503; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 69 s.; BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 29 ad <ref-law>).
4.2. A._ SA soutient notamment que sa plainte n'aurait pas dû être jugée tardive dans la mesure où elle ne connaissait pas l'auteur du dommage lorsqu'elle l'avait déposée. Ce n'était que lors du passage de son représentant dans les immeubles tagués que celui-ci avait pu se rendre compte de l'ampleur des dégâts et avait décidé de déposer une plainte pénale, qui n'avait d'ailleurs pas été dirigée contre le recourant, mais contre inconnu.
4.3. Le délai de trois mois pour porter plainte court du jour où l'ayant droit a connu l'auteur de l'infraction (<ref-law>). Le point de départ du délai est la connaissance de l'auteur et bien entendu également de l'infraction. La connaissance par l'ayant droit doit être sûre et certaine, de sorte qu'il puisse considérer qu'une procédure dirigée contre l'auteur aura de bonnes chances de succès (<ref-ruling> consid. 2a p. 132; AUDE BICHOVSKY, in Commentaire romand, Code pénal I, 2009, n° 8 ad <ref-law>). Lorsque la plainte est - valablement - portée contre inconnu, le délai n'a pas encore commencé à courir (CHRISTOF RIEDO, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 3e éd., 2013, n° 7 ad <ref-law> et les références citées).
4.4. En l'occurrence, A._ SA a porté plainte contre inconnu le 18 juillet 2013 pour des dommages à l'immeuble sis avenue zzz (pièce 23). Les graffitis incriminés avaient été réalisés en février 2013 déjà, et le recourant interpellé à cette période. Toutefois, à teneur du rapport d'arrestation et du procès-verbal d'audition du 20 février 2013, le recourant n'était soupçonné, au moment de son interpellation, que des dommages causés sur l'immeuble sis avenue du xxx, pour lesquels la E._ SA a déposé plainte le 20 février 2013 à la suite de l'avis qu'elle a reçu de la police. En revanche, on ne voit pas comment - et le dossier ne le dit pas - A._ SA aurait pu avoir connaissance de l'identité de l'auteur des graffitis réalisés sur son immeuble en février 2013. Comme le relève l'intimée, les coordonnées des personnes interpellées ne figurent dans aucun document accessible au public. D'ailleurs, les autres parties plaignantes concernées par les graffitis réalisés par le recourant ont également déposé plainte contre inconnu (cf. pièces 19 à 22). Ce n'est que dans le cadre de l'enquête de police, dont le rapport a été établi le 23 juillet 2013 - soit après le dépôt de la plainte de A._ SA contre inconnu -, que le lien entre le recourant et les graffitis dénoncés par celle-ci a pu être fait. Par conséquent, la constatation de la cour cantonale selon laquelle A._ SA avait connaissance de l'auteur de l'infraction en février 2013 déjà est manifestement inexacte et doit être corrigée en sens que cette dernière ne connaissait pas l'auteur lorsqu'elle a porté plainte (<ref-law>). Il s'ensuit que la plainte de A._ SA n'était pas tardive.
4.5. Le principe de l'interdiction de la reformatio in pejus prohibe une modification du dispositif en défaveur du recourant. Il n'est en revanche pas interdit à l'autorité de recours de s'exprimer dans ses considérants sur la qualification juridique lorsque l'autorité précédente s'est fondée sur un autre état de fait ou des considérations juridiques erronées (<ref-ruling> consid. 2.6 p. 289). Partant, il n'y a pas lieu de revenir sur l'acquittement du recourant pour l'infraction de dommages à la propriété de A._ SA. L'allocation des conclusions civiles en faveur de cette dernière peut en revanche être confirmée dans la mesure où, étant constaté que la plainte pénale n'était pas tardive, la partie intimée disposait de la qualité de partie plaignante et de demanderesse au civil (<ref-law>). Il est encore précisé qu'il ne peut pas être reproché à A._ SA de ne pas avoir recouru contre les constatations du jugement attaqué, dans la mesure où celui-ci faisait droit à ses conclusions civiles.
Le grief du recourant relatif à l'allocation des conclusions civiles de la partie intimée pouvant être rejeté pour ce motif déjà, il n'y a pas lieu d'examiner les autres moyens invoqués par cette dernière.
5.
Au regard de ce qui précède, le recours doit être admis en lien avec la condamnation du recourant pour l'infraction de vol d'importance mineure. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
6.
Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite (<ref-law>), ce qui rend sa demande d'assistance judiciaire sans objet dans cette mesure. Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée dans cette mesure (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Le recourant supporte des frais réduits en raison de l'issue de la cause et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). A._ SA, qui a été invitée à se déterminer, a également droit à une indemnité (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée, dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3.
Le recourant versera à A._ SA une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 fr., sont mis à la charge du recourant.
5.
Le canton de Vaud versera au conseil du recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 3 mars 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy