Faits :
A.
A.a. Par contrat du 30 novembre 2010, A.C._ et B.C._ ont pris à bail un appartement de six pièces au 3e étage d'un immeuble à..., appartenant à X._ SA. Le loyer a été fixé à 38'064 fr. par an, soit 3'172 fr. par mois.
Le même jour, ils ont également pris à bail une place de parking dans le sous-sol de l'immeuble pour un loyer de 1'800 fr. par an, soit 150 fr. par mois.
A.b. Par courrier du 20 novembre 2013, les locataires ont mis la bailleresse en demeure de réparer un certain nombre de défauts, dont la chaleur excessive dans l'appartement, nécessitant la pose de stores ou de toiles de tente, le manque de propreté des locaux communs de l'immeuble, des infiltrations d'eau dans le parking souterrain et un dysfonctionnement de la porte du garage, ainsi que le défaut de la porte palière, nécessitant son renforcement.
B.
Le 27 décembre 2013, par deux requêtes, l'une concernant l'appartement et l'autre la place de parking, les locataires ont ouvert action contre la bailleresse, concluant notamment à l'exécution de certains travaux et à la réduction des loyers en raison des défauts.
A la suite de l'échec de la conciliation, les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 4 août 2014.
Par jugement du 21 septembre 2015, le Tribunal a notamment condamné la bailleresse à installer des stores ou des toiles de tente sur la fenêtre du balcon sud de l'appartement (ch. 4) et accordé aux locataires une réduction du loyer de l'appartement de 5% " du 13 avril 2010 " (sans que l'on comprenne son raisonnement, le contrat de bail n'ayant été conclu que le 30 novembre 2010) jusqu'à l'installation desdits stores ou toiles (ch. 5), accordé une réduction du loyer de la place de parking de 5% du 20 novembre 2013 au 30 septembre 2014 (infiltrations d'eau) et de 5% du 28 juin 2013 au 31 octobre 2014 (porte du garage). Il a rejeté la demande de remplacement du cylindre de la porte palière et la réduction de loyer demandée pour défaut de propreté des espaces communs de l'immeuble.
Statuant le 5 septembre 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a, sur les points litigieux, réformé ce jugement en ce sens que la bailleresse doit remplacer le cylindre de la porte palière, que la réduction du loyer de l'appartement est admise à concurrence de 7,5% du 1er juillet 2014 jusqu'à l'installation de stores ou de toiles de tente sur le balcon et de 5% du 1er juillet 2013 au 31 janvier 2015 en raison du manque de propreté des locaux communs, que la réduction du loyer de la place de parking est admise à raison de 5% du 1er juin 2013 au 30 septembre 2014 (infiltrations d'eau) et de 5% du 25 juillet 2012 au 31 octobre 2014 (défaut de fermeture de la porte du garage).
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire le 10 octobre 2016, concluant en substance à ce que les conclusions des locataires en exécution de travaux et en réduction de loyers soient rejetées.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Les intimés ont conclu à l'irrecevabilité du recours en matière civile, respectivement à son rejet, et subsidiairement au rejet du recours constitutionnel subsidiaire.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.
L'effet suspensif a été attribué aux recours par ordonnance présidentielle du 7 novembre 2016.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions en libération (art. 76 al. 1 LTF) contre une décision prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (art. 75 LTF) dans une action de remise en état de la chose louée et en réduction du loyer intentée par les locataires, dont la valeur litigieuse en instance cantonale dépasse 15'000 fr. (estimation de la recourante, à laquelle il faut ajouter la pose de stores), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
Le recours constitutionnel subsidiaire, interjeté pour le cas où, par impossible, la valeur litigieuse serait considérée comme étant inférieure à 15'000 fr., est irrecevable.
1.2. Le recours doit contenir des conclusions, c'est-à-dire indiquer quels sont les points du dispositif de l'arrêt attaqué qui sont contestés, quelles sont les modifications qui sont demandées (art. 42 al. 1 LTF; arrêt 4A_330/2008 du 21 janvier 2010 consid. 2) et exposer les motifs à l'appui de chacune de ces modifications, c'est-à-dire de chacun des chefs de conclusions pris (art. 42 al. 2 LTF).
La bailleresse recourante conclut en bloc au déboutement des locataires de leurs conclusions en exécution de travaux ainsi qu'en réduction des loyers de l'appartement et de la place de parking.
En ce qui concerne l'exécution de travaux, les seuls travaux auxquels la bailleresse s'oppose dans la motivation de son recours concernent sa " condamnation à remplacer le cylindre de la porte palière en vue de sa mise en passe ". Par conséquent, son chef de conclusions visant globalement le rejet de la demande est, en tant qu'il concerne l'exécution des travaux, recevable exclusivement en lien avec sa condamnation à exécuter ce remplacement de cylindre.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 265; <ref-ruling> consid. 4.2).
Si la partie recourante entend invoquer que l'état de fait est incomplet, elle doit également satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF) : il lui incombe de désigner ces faits avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (art. 99 al. 1 LTF), partant irrecevables (arrêts 4A_593/2015 du 13 décembre 2016 consid. 2.2; 5A_436/2011 du 12 avril 2012 consid. 3.2; 5A_338/2010 du 4 octobre 2010 consid. 3, in SJ 2011 I p. 185; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c aOJ: <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée).
2.2. Le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4).
3.
La cour cantonale a admis une réduction du loyer de l'appartement de 7,5% (soit 237 fr. 90 par mois) du 1er juillet 2014 jusqu'à l'installation de stores ou de toiles de tente sur le balcon. La recourante lui reproche d'avoir admis cette réduction en méconnaissant la notion de défaut, en ne tenant pas compte du fait que le loyer (de l'appartement) convenu est inférieur à la statistique, ni du fait que les locataires connaissaient l'absence de toile solaire, en ignorant l'art. 10 des clauses particulières du contrat et en opérant une réduction de loyer exorbitante. Elle invoque la violation des art. 256 al. 1, 259a et 259d CO, de l'art. 256 al. 2 CO et de l'art. 259a CO.
3.1. Lorsqu'au moment de la délivrance de la chose louée, celle-ci présente des défauts qui restreignent l'usage pour lequel elle a été louée, sans l'exclure ni l'entraver considérablement, les règles des art. 259a à 259i CO, relatives aux défauts survenus en cours de bail, sont applicables (art. 258 al. 3 let. a CO). Le locataire peut notamment exiger du bailleur une remise en état de la chose et une réduction proportionnelle du loyer (art. 259a al. 1 let. a et b CO). La réduction du loyer est due à partir du moment où le bailleur a eu connaissance du défaut et jusqu'à l'élimination de ce dernier (art. 259d CO).
La notion de défaut doit être rapprochée de l'état approprié à l'usage pour lequel la chose a été louée, dont il est question à l'art. 256 al. 1 CO; elle suppose la comparaison entre l'état réel de la chose et l'état convenu. Il y a ainsi défaut lorsque la chose ne présente pas une qualité que le bailleur avait promise ou lorsqu'elle ne présente pas une qualité sur laquelle le locataire pouvait légitimement compter en se référant à l'état approprié à l'usage convenu (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 347; arrêts 4A_476/2015 du 11 janvier 2016 consid. 4.3.2; 4A_628/2010 du 23 février 2011 consid. 3.1). La jurisprudence distingue entre les menus défauts (art. 259 CO), les défauts de moyenne importance (art. 258 al. 3 let. a, 259b let. b et 259d CO) et les défauts graves (art. 259b let. a et 259d CO) (arrêts 4A_476/2015 précité consid. 4.3.2; 4C.97/2003 du 28 octobre 2003 consid. 3.2).
3.1.1. La cour cantonale a retenu que les locataires pouvaient s'attendre à une température dans la norme, soit, pour un appartement, entre 20 et 21° et, pour un appartement Minergie, entre 19 et 20°. Dès lors qu'au 28 janvier 2015, lors de l'inspection du tribunal, la température était de 23,5° et, dans l'appartement voisin, de 23° et, les 11 et 24 avril 2014, de 23 à 25°, la cour a retenu une chaleur excessive de 3 à 5° par rapport aux normes, laquelle restreint l'usage de l'appartement par rapport à celui auquel les locataires pouvaient s'attendre, et donc l'existence d'un défaut.
Elle a considéré que la présence d'un thermostat dans l'appartement n'était pas pertinente, son effet sur la température de la pièce étant minime. Le témoin chauffagiste ayant identifié l'origine de la température excessive dans le rayonnement sur la baie vitrée et indiqué que l'installation de stores ou de tentes à l'extérieur devant le salon était nécessaire pour y remédier, la cour cantonale a retenu cette solution de remise en état.
Cette installation devant permettre de remédier au défaut constitué par la température excessive, elle a jugé inapplicable (nul) l'art. 10 du contrat de bail qui mettait l'installation de stores et de tentes à la charge des locataires, car cela aurait pour effet de reporter sur les locataires l'obligation de la bailleresse de délivrer une chose dans un état approprié.
Enfin, la cour cantonale a fixé en équité la réduction, due à la température excessive de 3 à 5° par rapport à la norme, à 7,5% (soit 237 fr. 90 par mois), et ce à partir du moment où les locataires s'en sont plaints et jusqu'à l'élimination du défaut, réformant la réduction de 5% admise par les premiers juges.
3.1.2. Contrairement à ce que croit la bailleresse recourante, le défaut admis par la cour cantonale est la température excessive de 3 à 5° par rapport aux normes, et non l'absence de stores ou de toiles de tente. L'installation de ceux-ci n'est que le moyen de remédier au défaut, puisque le thermostat n'a qu'un effet minime sur la température excessive. La cour cantonale n'a donc pas méconnu la notion de défaut. Il s'ensuit que le grief tiré du fait que les locataires avaient visité les locaux et connaissaient l'absence de toile solaire est sans pertinence.
Lorsque la recourante soutient qu'une température de 23,2° n'est pas un défaut et que le logement est équipé d'un thermostat, qui permettrait d'effectuer des réglages de l'ordre de quelques degrés et n'aurait pas été correctement réglé par les locataires, elle se limite à des affirmations, sans formuler de grief d'arbitraire et sans démontrer en quoi les constatations et appréciations de fait de la cour cantonale seraient arbitraires.
Lorsqu'elle soutient que l'absence de toiles de tente aurait été prise en considération dans le loyer de l'appartement de 3'172 fr. par mois, qui est un loyer manifestement inférieur au loyer statistique de 3'900 fr. (pour des logements de 6 pièces situés dans un immeuble " HM " construit après 2000 en dehors de la ville de Genève), la recourante ne démontre pas où et quand elle a allégué et prouvé les faits y relatifs, ni ne reproche à la cour cantonale un défaut de motivation en violation de l'art. 29 al. 2 Cst. Il s'ensuit que son grief est irrecevable.
Enfin, la recourante qualifie d'exorbitante la réduction de 7,5% accordée aux locataires. A l'appui de son appréciation, la cour cantonale a cité un arrêt neuchâtelois, qui avait admis une réduction de 7,5% pour une température excessive de 2 à 3°. Si l'on considère que le défaut (température excessive) ne présente pas la même intensité (voire cesse d'exister) en dehors des heures ensoleillées, on peut reconnaître que le taux de réduction fixé par l'autorité précédente est élevé, sans que l'on puisse toutefois reprocher à celle-ci un excès de son pouvoir d'appréciation. La recourante tente de démontrer le contraire en invoquant un arrêt du Tribunal fédéral qui aurait accordé une baisse de 8% en raison de l'absence de stores pour 7 fenêtres. Il est toutefois rappelé qu'en l'espèce le défaut consiste dans une température excessive et on ne voit donc pas en quoi cet arrêt permettrait de qualifier l'appréciation de la cour cantonale d'infondée.
4.
La cour cantonale a admis une réduction du loyer de l'appartement de 5% entre le 1er juillet 2013 et le 31 janvier 2015 en raison du défaut de propreté des locaux communs. La recourante lui reproche d'avoir violé l'art. 8 CC et l'art. 259d CO.
4.1. La cour cantonale a retenu, en se fondant sur la pétition des locataires concernant l'insuffisance du travail de nettoyage effectué par le concierge, la persistance des plaintes après que le concierge a été averti. Au vu des photos produites et des déclarations des témoins entendus, elle a admis un manque de propreté des locaux communs de l'immeuble, constituant un défaut. Elle a fixé la réduction à 5% compte tenu de la faible diminution de jouissance causée durant la période litigieuse.
4.2. En se limitant à opposer le cahier des charges du concierge, les visites " surprise " effectuées par l'employée de la régie, dont la cour a apprécié avec retenue les déclarations en raison de ses liens avec la bailleresse, la déclaration de Mme V._, qui aurait déclaré que le nettoyage du rez-de-chaussée était correct, le fait que les photos produites ne sont pas datées, les incivilités de certains locataires et le fait que le locataire W._ n'avait pas été choisi comme concierge, la recourante se plaint en réalité de l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale, mais sans formuler de grief d'arbitraire motivé et sans parvenir à démontrer un tel arbitraire; le complément de fait demandé en ce qui concerne le témoin V._ n'y changerait rien. La cour cantonale étant parvenue à un résultat, le grief de violation de l'art. 8 CC est infondé. Pour le surplus, on ne voit pas en quoi l'art. 259d CO serait violé.
5.
La cour cantonale a admis une réduction du loyer de la place de parking au sous-sol de l'immeuble de 5% du 1er juin 2013 au 30 septembre 2014 en lien avec les infiltrations d'eau et de 5% du 25 juillet 2012 au 31 octobre 2014 en ce qui concerne la porte du garage. La recourante lui reproche d'avoir violé l'art. 8 CC et l'art. 259d CO.
5.1. La cour cantonale a retenu, sur la base de témoignages, que les infiltrations d'eau (ruissellements et sol glissant) étaient limitées aux jours de fortes pluies. Pour ce motif et en raison de l'absence de plaintes avant le 20 novembre 2012 et la faible diminution de la jouissance, la cour cantonale a réduit le loyer de 150 fr. de 5% à 142 fr. 50, ce qui représente un montant total de 120 fr. pour la période entre le début des travaux et la fin des travaux.
S'agissant de la porte du garage, qui ne fermait plus et n'a été remplacée qu'en octobre 2014, sans qu'il ait pu être déterminé si ce défaut était constant, la cour cantonale a accordé en équité une réduction du loyer de 150 fr. de 5% à 142 fr. 50, correspondant au montant de 204 fr. pour toute la période litigieuse.
5.2. En tant qu'elle se prévaut de la violation de l'art. 8 CC, la recourante méconnaît que, lorsque la cour cantonale parvient, par appréciation des preuves, à un résultat - positif ou négatif -, l'art. 8 CC sur le fardeau de la preuve est sans objet.
L'appréciation de la cour cantonale en ce qui concerne les infiltrations d'eau, même avec le complément demandé en relation avec le témoignage R._, ne peut être qualifiée d'arbitraire, grief que la recourante n'a d'ailleurs pas invoqué (art. 106 al. 2 LTF). Par ailleurs, on ne voit pas en quoi des ruissellements d'eau et un sol glissant ne seraient pas des défauts.
Il en va de même en ce qui concerne la porte du garage qui ne pouvait être fermée. Le fait que la bailleresse ait tout entrepris pour remédier au défaut de la porte n'exclut nullement une réduction de loyer.
Par ailleurs, les réductions accordées en équité ne prêtent pas le flanc à la critique.
6.
La cour cantonale a condamné la bailleresse à remplacer à ses frais le cylindre de la porte palière des locataires, en vue de sa mise en passe, par quoi il faut comprendre la pose d'un cylindre permettant d'utiliser une seule clé pour ouvrir différentes portes. La recourante lui reproche d'avoir violé l'art. 259a CO.
6.1. La cour cantonale a constaté que la porte palière était une porte coupe-feu, munie d'une serrure à trois trous offrant une sécurité suffisante et que, depuis son remplacement en juillet 2012 à la suite de l'effraction subie par les locataires, elle n'est plus mise en passe, ce dont les locataires se sont plaints. Elle a considéré que la mise en passe est une qualité promise par la bailleresse et que, si l'art. 12 des clauses particulières du bail met les travaux de remplacement du cylindre à la charge du locataire en cas de perte des clés, il ne doit pas en aller de même en cas d'effraction, car cela aurait pour effet de reporter sur les locataires l'obligation de la bailleresse de maintenir la chose louée dans un état conforme aux qualités promises.
6.2. La recourante méconnaît que la cour cantonale a interprété l'art. 12 des conditions générales et retenu que la " mise en passe " correspondait à l'état de la chose louée conforme au contrat. S'il est compréhensible que le locataire qui perd ses clés doive prendre à sa charge les frais de remplacement du cylindre, l'art. 12 ne saurait lui faire supporter ces frais s'il n'est pas responsable de la nécessité de changer le cylindre. La cour cantonale en a donc conclu que la bailleresse devait prendre à ses frais le changement du cylindre nécessité par l'effraction subie.
En tant que la recourante soutient que les locataires peuvent utiliser tant l'appartement que la cave, au moyen de deux clés différentes, et qu'il ne s'agit donc pas là d'un défaut, la mise en passe étant une pure convenance personnelle, elle méconnaît l'interprétation donnée à l'art. 12 des clauses particulières du bail.
7.
Au vu des considérants qui précèdent, le recours en matière civile doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
Les frais de la procédure sont à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF), qui devra également verser une indemnité de dépens aux intimés (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 25 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget