Faits :
A.
Le 11 février 2015, H.X._ (ci-après: le demandeur ou le requérant) a requis, auprès du Tribunal régional Jura bernois-Seeland, l'inscription provisoire en sa faveur d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur un immeuble propriété de B._ (ci-après: le défendeur), pour un montant de 113'352 fr.70, intérêts en sus.
A la même date, le demandeur a requis l'assistance judiciaire totale.
Par décision du 9 mars 2015, le Tribunal régional a ordonné l'inscription provisoire d'une hypothèque légale sur cet immeuble pour le montant requis et il a imparti au demandeur un délai de trois mois pour introduire une action au fond, soit jusqu'au 10 juin 2015.
Par décision du 1er juin 2015, le Tribunal régional a accordé au demandeur l'assistance judiciaire pour la procédure d'inscription provisoire, ainsi que pour l'action au fond.
Le 10 juin 2015, le demandeur a déposé auprès de la même autorité une demande d'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs contre le défendeur, ainsi qu'une demande en paiement des honoraires et du prix de l'ouvrage contre A._ SA (ci-après: la défenderesse).
Par décision du 27 août 2015, le Tribunal régional s'est déclaré incompétent et il lui a retiré l'assistance judiciaire pour l'action au fond. Il a invité le demandeur à déposer sa demande devant le tribunal compétent dans les trente jours, sous peine de perdre la litispendance.
B.
Par demande du 28 septembre 2015, le demandeur s'est adressé au Tribunal de commerce du canton de Berne, en reprenant ses conclusions du 10 juin 2015. Il a requis l'assistance judiciaire totale.
Par ordonnance du 9 décembre 2015, le Juge instructeur du Tribunal de commerce a admis partiellement la requête d'assistance judiciaire et imparti un délai de 20 jours au demandeur pour qu'il verse une avance de frais de 3'500 fr.
En substance, le juge cantonal a indiqué que la condition matérielle de l'assistance judiciaire (chances de succès) semblait, sur la base d'un examen sommaire du dossier, remplie.
Pour établir la situation financière du demandeur, le juge cantonal s'est fondé sur les charges établies par le Tribunal régional dans sa décision du 1er juin 2015, cette décision ayant été produite par le demandeur. Il y a ajouté les primes de l'assurance-maladie (qui n'avaient pas été documentées en première instance par le demandeur). Le total des charges se monte à 7'580 fr.
Le magistrat cantonal a également repris le revenu (du demandeur) établi par le Tribunal régional (soit un montant de 6'694 fr.70) en précisant toutefois - en se référant à la circulaire cantonale relative à l'indigence au sens de l'<ref-law> - qu'il convenait d'y ajouter le revenu perçu par l'épouse du demandeur (F.X._), ainsi que les allocations familiales touchées par les époux, " dès lors que pour les couples vivant en ménage commun avec des enfants communs, l'indigence de la personne requérante sera examinée sur la base d'un calcul global ". Selon le juge cantonal, l'épouse du demandeur " réalise [en 2014] un revenu annuel de 19'440 fr., soit un revenu mensuel de 1'620 fr. ". Avec les allocations familiales (460 fr. par mois), le montant total des revenus s'élève à 8'774 fr.70. Déduction faite des charges, il en résulte un surplus de 1'194 fr.70 par mois (8'774 fr.70 - 7'580 fr.).
Le juge cantonal a ensuite estimé les frais judiciaires à 15'000 fr. et les honoraires de l'avocat du demandeur à 21'500 fr (au plus) et il a jugé que le demandeur pouvait, avec un surplus mensuel de 1'194 fr.70 par mois, économiser 28'000 fr. sur deux ans (période déterminante selon la circulaire susmentionnée). Ayant ramené ce montant à 25'000 fr. pour tenir compte des imprévus, il a considéré que le demandeur pouvait assumer les honoraires de son avocat, ainsi qu'une partie (3'500 fr.) des frais judiciaires, l'autre partie (11'500 fr.) étant prise en charge par l'Etat (assistance judiciaire partielle).
C.
Contre l'ordonnance cantonale du 9 décembre 2015, le demandeur exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à sa réforme en ce sens que l'assistance judiciaire totale lui soit octroyée pour la procédure devant le Tribunal de commerce; subsidiairement, il conclut au renvoi de l'affaire devant l'autorité précédente.
Par ordonnance du 5 juillet 2016, la Cour de céans, considérant que les conditions de l'<ref-law> étaient remplies, a octroyé l'assistance judiciaire totale sollicitée par le recourant pour la procédure fédérale.
Le 26 juillet 2016, le Président e.r. du Tribunal de commerce du canton de Berne (ci-après également: le juge précédent) a pris position sur le recours.
Le 29 août 2016, le recourant a encore fait des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le refus (partiel) de l'assistance judiciaire constitue une décision incidente en tant qu'elle est l'accessoire de la demande principale (<ref-law>; arrêt 5A_380/2015 du 1er juillet 2015 consid. 1 et les arrêts cités). De jurisprudence constante, une telle décision est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 p. 338 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 283).
Le recours contre une telle décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (arrêt 5A_380/2015 déjà cité consid. 1). La cause au fond pour laquelle l'assistance judiciaire est requise porte en l'occurrence sur l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs, le paiement du prix de l'ouvrage accompli par le demandeur et le paiement de ses honoraires, à savoir une décision sujette au recours en matière civile (<ref-law>), de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse est, comme l'a constaté la cour cantonale, supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. c et al. 4, <ref-law>). Il s'ensuit que le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière civile sont par ailleurs satisfaites, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La question de fond est de savoir si l'assistance judiciaire, pour la procédure menée devant le Tribunal de commerce, doit (comme l'a décidé le juge précédent) être accordée partiellement au requérant ou si celui-ci doit être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire totale.
2.1. Le seul point litigieux consiste en la prise en compte, par l'autorité précédente, du revenu réalisé en 2014 par l'épouse du requérant dans le calcul du revenu total dont celui-ci pourra disposer pendant la durée prévisible du procès.
Le recourant ne conteste pas, sur le principe, que le revenu de l'épouse doit être pris en compte aux conditions rappelées par le juge cantonal. Dans sa situation, il reproche toutefois à celui-ci d'avoir apprécié les faits de manière inexacte (ou de manière arbitraire) et, en conséquence, d'avoir violé les <ref-law>, en ajoutant le revenu réalisé par son épouse en 2014, puisque, depuis 2015, celle-ci n'exerce plus son activité professionnelle et qu'elle ne perçoit plus aucun revenu (selon la déclaration d'impôts 2015, l'épouse a en réalité reçu un montant de 75 fr. par mois). Selon le recourant, si la cour cantonale avait des doutes sur la réalisation d'un revenu plus important par son épouse, il devait au moins lui impartir un délai pour fournir des informations complémentaires.
Le requérant indique que, si l'on fait abstraction du revenu de son épouse, les charges alors retenues (7'580 fr.60) étaient supérieures à son revenu (6'694 fr.70) et qu'il était manifestement indigent au sens de l'<ref-law>. A noter que, si l'on suit la thèse du requérant, on parvient à la même conclusion si l'on ajoute à son revenu le montant des allocations familiales (460 fr.) et le montant de 75 fr. réalisé mensuellement par son épouse.
2.2. En vertu de l'<ref-law>, l'assistance judiciaire ne peut être accordée que si la partie requérante ne dispose pas des ressources suffisantes pour assumer les frais du procès (let. a) et si la cause n'est pas dépourvue de chances de succès (let. b).
2.2.1. Savoir quels critères permettent de dire que le requérant ne dispose pas de ressources suffisantes au sens de l'<ref-law> est une question de droit. En revanche, déterminer quels sont les passifs et les actifs du requérant relève du fait (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 181).
2.2.2. La maxime inquisitoire (simple) est applicable à la procédure portant sur l'octroi ou le refus de l'assistance judiciaire (art. 119 al. 3 et 255 let. b CPC; Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse, FF 2006 6841 ch. 584 p. 6914 qui fait référence au " principe inquisitoire limité "; pour la justification de cette maxime: arrêt 4A_466/2009 du 28 octobre 2009 consid. 2.3; cf. aussi: arrêts 5A_380/2015 du 1er juillet 2015 consid. 3.2.2 publié in SJ 2016 I p. 128; 4A_114/2013 du 20 juin 2013 consid. 4.3.1 et les auteurs cités; sous l'angle de l'<ref-law>: ALFRED BÜHLER, in Berner Kommentar, ZPO, 2012, no 35 ad <ref-law>).
Les parties ont néanmoins le devoir de collaborer (<ref-ruling> consid. 2.3.1). Cela ressort en particulier de l'<ref-law> qui prévoit que le requérant doit justifier de sa situation de fortune et de ses revenus et exposer l'affaire et les moyens de preuve qu'il entend invoquer. Si le requérant ne fournit pas les pièces permettant de renseigner sur sa situation financière, l'assistance judiciaire sera refusée (cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 164 s.).
2.2.3. L'autorité saisie n'a en principe pas à faire de recherches approfondies pour établir les faits ni à instruire d'office tous les moyens de preuves produits. L'autorité saisie de la requête doit cependant instruire la cause de manière approfondie sur les points où des incertitudes et des imprécisions demeurent, peu importe à cet égard que celles-ci aient été mises en évidence par les parties ou qu'elle les ait elle-même constatées (arrêt 5A_380/2015 déjà cité consid. 3.2.2 et les arrêts cités).
Dans ce cadre, si l'autorité cantonale saisie sollicite des éclaircissements du requérant (pour établir son insolvabilité), il incombe à celui-ci de les lui donner. Le requérant ne peut s'y soustraire et communiquer les informations requises plus tard, à l'occasion de son recours au Tribunal fédéral, puisqu'il n'est pas possible d'apporter pour la première fois devant le Tribunal fédéral des preuves d'insolvabilité qui auraient pu être fournies devant l'instance précédente (<ref-law>; arrêt 9C_167/2007 du 21 juin 2007 consid. 3).
2.3. Le juge précédent, pour se déterminer sur la condition de l'indigence au moment de la requête (2015), a repris les chiffres établis par le Tribunal régional. Contrairement à cette autorité - qui avait constaté que l'épouse du requérant n'exerçait plus d'activité professionnelle en 2014 -, la cour cantonale a toutefois tenu compte du salaire réalisé par l'épouse en 2014 et l'a ajouté au revenu total du requérant. Elle a alors estimé que le demandeur pouvait, sur une durée prévisible de deux ans (soit entre décembre 2015 et décembre 2017), assumer 25'000 fr. sur les coûts de la procédure évalués à un montant approximatif de 36'500 fr.
Dans l'ordonnance entreprise, le juge précédent n'explique pas pourquoi il ne tient pas compte du fait, établi par le Tribunal régional, que l'épouse du requérant avait cessé son activité professionnelle. A cet égard, le requérant avait pourtant relevé, dans sa requête déposée devant le juge précédent, que sa situation financière n'avait pas changé depuis que le Tribunal régional avait établi son revenu (et constaté l'absence de salaire de l'épouse), de sorte que, selon lui, il s'imposait de reprendre ce revenu.
Dans sa réponse, le Président e.r. a par contre rappelé que le Tribunal de commerce était une autorité de première instance, que le dossier de la procédure initiée devant le Tribunal régional ne lui était donc pas automatiquement transmis, que le requérant n'avait d'ailleurs pas requis la production du dossier (mais qu'il s'était limité à produire la décision rendue par cette autorité), que, devant lui, le requérant n'a pas allégué que son épouse avait cessé toute activité lucrative, qu'il n'a pas produit la requête d'assistance judiciaire déposée devant le Tribunal régional (le 11 février 2015) et qu'aucune pièce au dossier ne fait état d'une perte de revenus de son épouse. Le juge précédent souligne que, dans sa décision du 1er juin 2015, le Tribunal régional a uniquement signalé que " concernant l'épouse du requérant, on constate dans la comptabilité (poste 400) qu'elle avait lors de l'exercice précédent touché un revenu d'environ CHF 20'000.00, qui est également déclaré dans la déclaration d'impôts, mais qu'elle n'a rien touché pour l'exercice 2014 ", le Président e.r. observant encore que cette dernière constatation était en contradiction avec les propres déclarations du requérant (cf. infra). Enfin, le juge précédent, observant qu'une incertitude perdurait s'agissant du revenu de l'épouse et que des documents contradictoires avaient été produits, a, par ordonnance du 12 novembre 2015, spécifiquement attiré l'attention du requérant à ce sujet; celui-ci a été invité à prendre position précisément sur la question du salaire de son épouse.
Le 23 novembre 2015, l'avocat du requérant a répondu que le salaire de l'épouse n'apparaissait plus en détail dans le compte de pertes et profits 2014 (pièce justificative no 2), mais qu'il était pris en compte dans la rubrique " salaires administratifs " d'un autre document, soit le compte de pertes et profits 2014 dans sa version contrôlée par la fiduciaire " V._ " (pièce justificative no 29). Il a mis en évidence, en lien avec l'exercice 2014, que " le total des salaires du secrétariat de l'entreprise individuelle de [son] client se compose de 19'440.00 pour F.X._ (...) ".
2.4. Il apparaît ainsi d'emblée, à la lecture de la réponse communiquée par l'autorité précédente, que cette dernière a donné l'occasion au requérant de se prononcer sur la question du salaire litigieux et que le requérant ne lui a pas signalé que son épouse avait cessé toute activité; il a au contraire confirmé qu'elle avait reçu un salaire de 19'400 fr. en 2014. La première critique soulevée par le requérant est donc infondée.
Le requérant revient toutefois à la charge en soutenant que le Président e.r, dans son ordonnance du 12 novembre 2015, souhaitait obtenir des éclaircissements pour l'année 2014 (soit l'exercice comptable précédant le dépôt de la requête), que le Tribunal régional (dans sa décision du 1er juin 2015) avait retenu l'absence de revenu également pour l'année 2015 et qu'il ne lui incombait pas, devant le juge précédent, de " démontrer ce qui n'existe pas ".
L'argument ne convainc pas. L'épouse du requérant ayant perçu un revenu régulier les années qui précédaient le dépôt de la requête d'assistance judiciaire devant le juge précédent, celui-ci pouvait légitimement en inférer (le requérant n'ayant jamais allégué que son épouse avait cessé toute activité lucrative) que cette activité était toujours exercée en 2015. C'est en vain que le requérant tente de tirer argument de la constatation du Tribunal régional (absence d'activité de l'épouse depuis 2014), celle-ci ayant été contredite par ses propres déclarations. Il appartenait au requérant, au plus tard en réponse à l'ordonnance du 12 novembre 2015, d'informer l'autorité cantonale du fait que son épouse avait cessé toute activité lucrative. Le requérant ne saurait se cacher derrière le fait que, dans cette ordonnance, l'autorité cantonale recherchait des éclaircissements exclusivement pour l'année 2014 (cf. réplique du 29 août 2016, p. 2, 2e par.). Il s'agissait évidemment, pour l'autorité précédente, de faire - sur la base des chiffres 2014 - une projection pour les années suivantes (durée de la procédure). Le requérant ne pouvait ignorer ce procédé, d'ailleurs parfaitement usuel. Comme la situation de l'épouse aurait changé depuis le début de l'année 2015 (soit depuis plus de dix mois lorsqu'il a répondu à l'ordonnance du 12 novembre 2015), il lui incombait de signaler ce changement.
Il résulte enfin de la jurisprudence rappelée ci-dessus (cf. consid. 2.2.3) que le requérant ne peut se prévaloir d'avoir fourni, à l'occasion de son recours au Tribunal fédéral, les informations sollicitées par le Président e.r. du Tribunal de commerce dans son ordonnance du 12 novembre 2015.
Cela étant, on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale d'avoir violé l'<ref-law> et le moyen soulevé par le requérant est dès lors infondé.
3.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Le recourant n'aura toutefois pas à payer les frais de la procédure fédérale puisqu'il a été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>). Les honoraires de son avocat d'office, seront supportés par la Caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
La Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Michael Imhof une indemnité de 2'000 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office.
5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Tribunal de commerce du canton de Berne, à A._ SA, et à B._.
Lausanne, le 11 octobre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget