Faits :
A.
A.a. Le 4 septembre 2012, la société A._ Sàrl, représentée par son unique associée gérante, X._, domiciliée dans le canton de Genève, d'un côté, et la société Z._ SA, à Delémont (JU), de l'autre, ont signé un accord de confidentialité. Cet accord, qui avait pour objet la confidentialité que les parties devaient respecter dans le cadre de leurs pourparlers précontractuels, contient une clause d'élection de for en faveur des tribunaux genevois.
A.b. Le 22 avril 2013, Z._ SA a fait une offre à X._, qui l'a acceptée le 30 avril 2013 (<ref-law>). Z._ SA a ainsi été chargée de concevoir et d'élaborer un produit informatique, soit une plateforme Web-Advisor avec moteur de recherche.
L'offre prévoit aussi une clause spéciale relative à la confidentialité, mais celle-ci ne fait pas référence à l'accord du 4 septembre 2012. L'offre ne prévoit aucune élection de for particulière. Elle prévoit cependant que le lieu d'exécution du travail par Z._ SA se situe dans les locaux de cette société à Delémont, où celle-ci a son siège, même si ses collaborateurs peuvent se déplacer pour des séances de travail sur le site du client à Genève.
Le contrat a été résilié par X._ le 15 janvier 2014.
Z._ SA fait valoir qu'elle a exécuté sa prestation et requiert le paiement du prix de celle-ci.
Les parties divergent quant à la portée de la clause d'élection de for contenue dans l'accord du 4 septembre 2012.
B.
La tentative de conciliation ayant échoué, Z._ SA (demanderesse) a déposé le 2 décembre 2014 une demande en paiement contre X._ (défenderesse) devant le Tribunal de première instance du Jura. Elle a conclu à la condamnation de la défenderesse à lui payer le montant de 57'058 fr. 75 avec intérêts à 5% l'an dès le 10 mars 2014. Elle a allégué avoir conclu avec la défenderesse un contrat portant sur l'élaboration d'une plateforme Web-Advisor avec moteur de recherche, qu'elle a exécuté sa prestation et que celle-ci refuse de lui en payer le prix. A titre subsidiaire, la demanderesse s'est prévalue de l'<ref-law>, consacrant le for du lieu d'exécution de la prestation contractuelle caractéristique, situé en l'espèce dans le canton du Jura, la plateforme internet ayant été conçue dans ses locaux de Delémont.
La défenderesse a soulevé l'exception d'incompétence locale et, partant, a conclu à l'irrecevabilité de la demande. Admettant avoir conclu un contrat avec la demanderesse, elle a fait valoir que l'action devait être intentée à son domicile à Genève, qu'elle n'a jamais eu connaissance de conditions générales, et qu'au contraire, les parties ont expressément prévu au début de leurs relations d'affaires que le for serait à Genève.
Les parties ont été entendues sur la question de la compétence lors de l'audience du Tribunal de première instance le 17 septembre 2015.
Par décision du 17 septembre 2015, la Juge civile du Tribunal de première instance du Jura a admis sa compétence pour statuer sur la demande. Elle a considéré que les parties avaient conclu un contrat d'entreprise portant sur la conception et l'élaboration d'un produit informatique; niant que les parties soient convenues d'une clause d'élection de for, elle a admis sa compétence locale sur la base de l'<ref-law>, soit en fonction du lieu d'exécution de la prestation caractéristique du contrat.
Statuant par arrêt du 7 janvier 2016 sur l'appel de dame, la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien l'a rejeté et confirmé la décision attaquée.
C.
Contre cet arrêt, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à sa réforme en ce sens que la demande est déclarée irrecevable, pour défaut de compétence ratione loci et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimée conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable et à la confirmation de l'arrêt cantonal.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>), contre une décision incidente en matière de compétence à raison du lieu (<ref-law>), par la défenderesse qui a succombé sur son exception de déclinatoire (<ref-law>), dans une affaire civile (<ref-law>) dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions; la décision attaquée a, par ailleurs, été rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>).
1.2. L'état de fait a été complété d'office à l'aide du jugement de première instance (<ref-law>).
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). "Manifestement inexactes" signifie ici "arbitraires" (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4).
3.
3.1. Il est constant que la demanderesse a ouvert action en paiement du prix de sa prestation devant le Tribunal de première instance du Jura, conformément à ses conditions générales. A l'appui de son exception d'incompétence locale, la défenderesse se prévaut de la clause d'élection de for figurant dans l'accord de confidentialité du 4 septembre 2012; elle affirme que seuls les tribunaux genevois sont compétents.
Comme le premier juge, la cour cantonale a nié que la clause d'élection de for en faveur des tribunaux genevois contenue dans l'accord de confidentialité du 4 septembre 2012 s'applique au contrat des 22 et 30 avril 2013 et à la prétention en paiement du prix qu'en déduit la demanderesse.
3.2. En l'absence de clause d'élection de for, la cour cantonale a admis sa compétence sur la base de l'<ref-law>. Elle a considéré que la qualification du contrat des 22 et 30 avril 2013 pouvait demeurer ouverte, que le lieu d'exécution de la prestation caractéristique était dans tous les cas l'exécution de l'ouvrage, à savoir la conception et l'élaboration du produit informatique, et que dans la mesure où ledit contrat prévoyait expressément que le lieu de travail se trouvait dans les locaux de la demanderesse à Delémont, le lieu d'exécution de la prestation caractéristique se trouvait dans le canton du Jura.
4. La recourante reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir violé les <ref-law> et 29 al. 2 Cst.
4.1. Selon la recourante, la cour cantonale n'a pas établi un état de fait digne de ce nom et se serait limitée à décrire le déroulement de la procédure suivie, sans déterminer la volonté commune des parties au moment de la conclusion de la clause d'élection de for sur la base des déclarations de celles-ci tenues à l'audience du 17 septembre 2015. Elle estime que le Tribunal fédéral ne sera pas en mesure de statuer: on ignorerait en particulier si la cour cantonale a constaté la volonté subjective ou la volonté objective des parties lorsqu'elle a estimé que la clause d'élection de for figurant dans l'accord du 4 septembre 2012 ne s'appliquait pas au contrat passé en avril 2013.
L'intimée soutient que ces prétendus défauts n'empêchent pas le Tribunal fédéral de statuer puisqu'il peut compléter d'office les faits.
4.2. Il est vrai que l'état de fait de l'arrêt attaqué se limite au déroulement de la procédure et à l'exposé des allégués des parties. Toutefois, la recourante se méprend lorsqu'elle soutient que l'état de fait aurait dû contenir, au titre de la volonté réelle et commune des parties quant à la clause d'élection de for, tous les éléments qu'elle avait indiqués dans son appel, lequel contenait 110 allégués destinés à fonder l'extension de la clause d'élection de for de l'accord précontractuel au contrat conclu en avril 2013.
Dès lors que le Tribunal fédéral a pu comprendre quelle est la question litigieuse sur la base des considérants de droit de l'arrêt critiqué et qu'il a pu compléter l'état de fait à l'aide du jugement de première instance (<ref-law>), un renvoi à l'autorité cantonale pour compléter l'état de fait (<ref-law>) est superflu. Comme la recourante n'a pas été empêchée de faire valoir dans son recours ses moyens à l'encontre de la motivation de l'arrêt attaqué, il n'y a pas non plus de violation de l'art. 29 al. 2 Cst.
5.
Il y a lieu d'examiner tout d'abord si la clause d'élection de for contenue dans l'accord de confidentialité du 4 septembre 2012 relatif aux rapports précontractuels des parties s'applique également à leurs rapports contractuels découlant du contrat des 22 et 30 avril 2013. La cour cantonale a jugé que tel n'est pas le cas. La recourante lui reproche de n'avoir pas recherché la volonté réelle et commune des parties, invoquant en titre la violation des <ref-law> et 8 CC, tout en citant encore dans son argumentation les art. 29 al. 2 Cst. et 18 CO.
5.1. Selon l'<ref-law>, pour apprécier le contenu d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
Le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; <ref-ruling> consid. 4.1). Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 4a p. 342 s.). L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait (<ref-ruling> consid. 1 p. 366/367). Si sa recherche aboutit à un résultat positif, le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises. Cette constatation lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elle ne soit manifestement inexacte (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
Comme on l'a vu, les constatations de l'arrêt cantonal quant au déroulement de la procédure, qu'il s'agisse des conclusions des parties, des faits allégués ou des explications juridiques données par elles, des déclarations faites en cours de procès, des réquisitions de preuves, voire du contenu d'un témoignage, ressortissent aussi au fait et lient le Tribunal fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 286) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêts 5C.252/2004 du 30 mai 2005 consid. 4.3; 4A_210/2015 du 2 octobre 2015 consid. 6.2.1) -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 274/275, 626 consid. 3.1 p. 632). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 424 et les arrêts cités). La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).
Relève du droit le principe selon lequel l'interprétation subjective a le pas sur l'interprétation objective; dès lors, la violation de ce principe est sanctionnée par le Tribunal fédéral (ATF <ref-ruling> consid. 4.1 in fine; <ref-ruling> consid. 2b p. 308).
Le fardeau de l'allégation et le fardeau de la preuve de l'existence et du contenu d'une volonté subjective sont à la charge de la partie qui s'en prévaut (<ref-ruling> consid. 4b et les références; cf. également <ref-ruling> consid. 2b).
5.2. Certes, la cour cantonale n'a pas précisé si elle avait procédé à la détermination de la volonté réelle et commune des parties. Toutefois, il ne ressort nullement de sa motivation qu'elle ne serait pas parvenue à une conviction sur l'existence d'un accord des volontés réelles ou qu'elle aurait considéré que les parties ne se sont pas comprises, ensuite de quoi elle aurait procédé à une interprétation (objective) d'après les règles de la bonne foi.
La cour cantonale ayant été à même de déterminer la volonté réelle des parties, le principe de la priorité de la volonté réelle, garanti par l'<ref-law>, n'a pas été violé.
5.3. Il s'ensuit que le Tribunal fédéral ne peut et ne doit contrôler que si l'autorité cantonale a déterminé arbitrairement la volonté réelle et commune des parties lorsqu'elle a retenu que la clause d'élection de for contenue dans le contrat du 4 septembre 2012 ne s'applique pas aux relations contractuelles résultant de l'accord noué en avril 2013. Conformément à l'<ref-law>, il incombe à la recourante de démontrer l'arbitraire.
5.3.1. La cour cantonale a jugé que la clause de prorogation de for insérée dans l'accord du 4 septembre 2012 ne s'applique pas au contrat d'avril 2013 pour trois motifs: primo, l'accord du 4 septembre 2012 n'a trait qu'aux pourparlers précontractuels; secundo, cet accord a été passé avec la société A._ Sàrl, et non avec la défenderesse; tertio, le contrat d'avril 2013 ne se réfère pas à l'accord du 4 septembre 2012, mais prévoit une clause spéciale de confidentialité, de sorte que la clause d'élection de for contenue dans l'accord ne peut être étendue au contrat d'avril 2013 sans volonté expresse des parties dans ce sens.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir omis de tenir compte de quatre éléments de fait établis et d'avoir violé les <ref-law>, 8 CC et 29 al. 2 Cst.
5.3.2. Il faut tout d'abord donner raison à la recourante lorsqu'elle soutient qu'il était indifférent à la demanderesse de traiter avec elle ou avec sa société A._ Sàrl. Le représentant de la demanderesse dénommé B._ a en effet déclaré: " J'ai signé le contrat de confidentialité sans vraiment me rendre compte que cela concernait A._ Sàrl: Je pensais contracter avec Mme X._. Je n'ai pas fait attention en signant qu'il s'agissait d'une société " (<ref-law>). C'est donc arbitrairement que la cour cantonale a retenu que l'accord de confidentialité ne s'inscrivait pas dans le cadre des relations contractuelles nouées par les plaideurs en avril 2013.
Toutefois, même amputée de cet élément d'appréciation, la motivation de la cour cantonale n'apparaît pas indéfendable. Puisque deux conventions successives ont été passées, que toutes deux contiennent une clause de confidentialité, mais que seule la première convention prévoit une élection de for alors que la seconde convention ne fait aucun renvoi à la première, il n'est pas insoutenable de retenir que, selon la volonté réelle des parties, la première convention s'applique exclusivement aux relations précontractuelles et la seconde exclusivement aux relations juridiques issues de l'accord d'avril 2013.
Le grief de violation de l'<ref-law> doit donc être rejeté. Il en va de même du grief de violation de l'<ref-law>, la recourante ne démontrant pas en quoi son droit à la preuve aurait été violé. Quant à l'art. 29 al. 2 Cst., il n'a pas été transgressé non plus, du moment que la cour cantonale a motivé son appréciation et que la recourante a été en mesure de l'attaquer, ainsi qu'on l'a vu.
5.4. La recourante revient à la charge en se prévalant des <ref-law> et 18 CO.
Dès lors que la cour cantonale a déterminé, sans arbitraire, la réelle et commune intention des parties, il n'y a pas lieu d'examiner comment les déclarations de celles-ci auraient dû être comprises selon les règles de la bonne foi.
Quant à l'argument de la recourante d'après lequel une clause d'élection de for contenue dans une lettre d'intention précontractuelle est pleinement valable pour la suite de la procédure, il n'a aucune consistance. De fait, la clause de prorogation de for litigieuse n'a pas été insérée dans une lettre d'intention, mais dans un accord de confidentialité autonome.
6.
En l'absence de clause d'élection de for applicable au contrat d'avril 2013, la cour cantonale a examiné la compétence des juridictions jurassiennes sur la base de l'<ref-law> et l'a admise. La recourante lui reproche d'avoir violé cette disposition légale. A l'en croire, lorsque le contrat est complexe et que la situation est compliquée, le juge doit, pour des motifs de prévisibilité et de sécurité juridique, nier l'existence d'une prestation caractéristique, refuser d'appliquer l'<ref-law> et n'admettre que le seul for du domicile du défendeur (<ref-law>).
6.1. A teneur de l'<ref-law>, le tribunal du domicile ou du siège du défendeur ou celui du lieu où la prestation caractéristique doit être exécutée est compétent pour statuer sur les actions découlant d'un contrat.
Cette norme, que ne connaissait pas l'ancienne loi sur les fors et qui a été introduite par le CPC, prévoit un for alternatif soit au lieu du domicile ou du siège de la partie défenderesse, soit au lieu d'exécution de la prestation caractéristique (Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse, FF 2006 6882 ad art. 30). Le for du lieu d'exécution est connu de la majorité des législations occidentales et est consacré en droit international européen (cf. art. 5 par. 1 de la Convention de Lugano) et aussi en droit international privé suisse (<ref-law>). De façon à éviter la multiplication des fors contractuels et le forum running, le CPC définit restrictivement le lieu d'exécution, puisque seul est déterminant celui de la prestation caractéristique; or un contrat ne présente en général qu'une prestation de ce genre. Le lieu de la prestation caractéristique est déterminé par le contrat, à défaut par l'<ref-law> (cf. Message précité, FF 2006 6882-6884 ad art. 30).
L'<ref-law> correspondant à l'<ref-law>, lequel est applicable en matière internationale, on peut s'inspirer, pour l'interpréter, de la jurisprudence rendue en relation avec cette dernière disposition, ainsi qu'avec la notion de prestation caractéristique de l'<ref-law> (cf. Message précité, FF 2006 6883 ad art. 30).
6.2. En l'espèce, la prétention invoquée par la demanderesse est une prétention en paiement de la prestation qu'elle a allégué avoir exécutée conformément au contrat de conception et d'élaboration d'une plateforme Web-Advisor avec moteur de recherche.
La cour cantonale a considéré que la prestation caractéristique du contrat consiste en un résultat déterminé, à savoir la conception et l'élaboration d'un produit informatique. Après avoir estimé qu'il s'agissait là d'un indice d'un contrat d'entreprise, elle a relevé qu'étant donné que la rémunération était basée sur un tarif horaire, on pourrait aussi envisager l'exécution d'un mandat. L'autorité cantonale a finalement laissé la question ouverte, car la prestation caractéristique est dans les deux cas la prestation de service réalisée par la demanderesse, laquelle a été exécutée dans ses locaux, à Delémont.
On ne voit pas en quoi il y aurait là une violation du droit fédéral. L'art. 117 al. 3 let. c LDIP dispose en effet que la prestation caractéristique est la prestation de service dans le mandat, le contrat d'entreprise et d'autres contrats de prestation de service.
En tant que la recourante soutient qu'en raison de l'incertitude liée à la qualification du contrat et parce que la situation serait trop complexe, il y aurait lieu, pour des motifs de prévisibilité du droit et de sécurité juridique, de n'admettre que le seul for du domicile du défendeur (<ref-law>), elle ne prétend pas que le contrat litigieux aurait pour objet autre chose qu'une prestation de service au sens de l'art. 117 al. 3 let. c LDIP, laquelle est précisément la prestation caractéristique.
Lorsqu'elle reproche à la cour cantonale, sous le couvert d'une violation de l'art. 29 al. 2 Cst., de ne pas s'être prononcée sur des opinions doctrinales qu'elle cite, elle méconnaît que la cour cantonale les a implicitement écartées en retenant que la prestation caractéristique était la conception et l'élaboration du produit informatique.
Partant, la cour cantonale n'a pas enfreint l'<ref-law> en considérant que la conception et l'élaboration du produit informatique avaient été exécutées dans les locaux de la demanderesse, à Delémont, et que le for d'exécution se trouvait à cet endroit.
7.
Le recours doit être rejeté. Les frais de la procédure sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Celle-ci sera également condamnée à payer une indemnité de dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 22 août 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Ramelet