Faits :
A.
B._ est employé de la société A._ SA et administrateur de plusieurs sociétés genevoises. Ces sociétés sont affiliées auprès de la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes (ci-après: la caisse interprofessionnelle).
Par décisions des 15 octobre et 3 novembre 2014, la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après la caisse cantonale) a, se fondant sur une communication de l'autorité fiscale, affilié d'office B._ en tant que personne de condition indépendante dès le 1 er janvier 2009; elle a par ailleurs fixé le montant des cotisations sociales personnelles dues par l'assuré pour les années 2009 à 2011. Le prénommé était en effet associé d'une "limited liability partnership" dénommée C._, organisée selon le droit anglais.
Au vu de l'opposition de l'assuré, qui demandait à être rattaché à la caisse interprofessionnelle, la caisse cantonale l'a invité à lui faire parvenir la preuve de son affiliation à cette caisse pour l'activité indépendante litigieuse. Les 8 et 23 décembre 2014, l'assuré a produit la confirmation d'affiliation à titre rétroactif au 1 er janvier 2009, délivrée par la caisse interprofessionnelle le 27 novembre 2014. La caisse cantonale a rejeté l'opposition, le 23 septembre 2015.
B.
Par jugement du 5 avril 2016, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a, après avoir appelé en cause la caisse interprofessionnelle, admis le recours formé par l'assuré contre la décision sur opposition du 23 septembre 2015 et annulé les décisions des 15 octobre et 3 novembre 2014, ainsi que la décision sur opposition du 23 septembre 2015.
C.
La caisse cantonale forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle requiert l'annulation. Elle demande principalement au Tribunal fédéral de constater que la Cour de justice n'était pas compétente pour se prononcer en matière d'affiliation aux caisses, de constater une violation du droit fédéral et de renvoyer la cause à l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) comme objet de sa compétence.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable, tandis que l'OFAS conclut au rejet du recours en tant qu'il porte sur la compétence de la Cour de justice et s'en remet à justice sur le fond.
La caisse interprofessionnelle s'est référée aux considérants du jugement de la Cour de justice du 5 avril 2016 qu'elle approuve.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (<ref-law>).
2.
Compte tenu des motifs et conclusions du recours, le litige a d'abord pour objet la compétence de la juridiction cantonale pour statuer sur l'affiliation de l'intimé à la caisse recourante.
2.1. La recourante soutient qu'il appartenait à l'OFAS de trancher le conflit relatif à l'affiliation de l'intimé. Elle se prévaut de l'<ref-law>. Cet article prévoit qu'en dérogation à l'<ref-law> ("Compétence"), les conflits relatifs à l'affiliation aux caisses sont tranchés par l'office compétent (l'OFAS). Une décision de celui-ci peut être requise par les caisses de compensation en cause et par l'intéressé dans les trente jours dès la réception de l'avis relatif à l'affiliation. La recourante ajoute que le chiffre 3001 des directives édictées par l'OFAS sur l'affiliation des assurés et des employeurs aux caisses de compensation (DAC) précise que les tribunaux cantonaux des assurances n'ont pas le pouvoir de se prononcer en matière d'affiliation aux caisses.
2.2. Comme le rappelle l'OFAS dans sa détermination, le Tribunal fédéral a déjà statué sur la compétence en matière d'affiliation entre deux caisses de compensation. Il a jugé sous l'empire de la législation antérieure à l'entrée en vigueur de la LPGA - en particulier de l'ancien art. 127, 1ère phrase, RAVS ("[l]es conflits relatifs à l'affiliation aux caisses sont tranchés par l'office fédéral", dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002) - que la compétence pour trancher le conflit relatif à l'affiliation d'un assuré revenait à l'OFAS avant qu'une décision matérielle ne fût prise (<ref-ruling> consid. 1 p. 23 et les références; arrêt H 175/99 du 31 août 2001 consid. 1a, in VSI 2001 p. 258). En revanche, lorsque la compétence d'une caisse de compensation pour décider de l'affiliation d'un assuré était contestée conjointement à la décision matérielle sur la fixation du montant des cotisations, le juge était compétent pour trancher l'ensemble du litige (arrêts H 176/79 du 6 avril 1981 consid. 2, I 629/82 du 19 septembre 1983 consid. 2a et H 117/95 du 25 avril 1996 consid. 2b; voir également les arrêts H 53/96 du 18 juin 1996 et H 119/99 du 9 mai 2000).
Cette jurisprudence garde toute sa pertinence sous l'empire de la LPGA. L'entrée en vigueur de cette loi, au 1er janvier 2003, n'a rien changé à la situation qui prévalait jusque-là. En effet, pour s'assurer de la continuité de la réglementation en vigueur (voir rapport de la Commission du Conseil national de la sécurité sociale et de la santé du 26 mars 1999 relatif au projet de LPGA, FF 1999 4424 ch. 67), le législateur fédéral a introduit l'<ref-law>, dont la teneur est similaire à l'ancien <ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 195; UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 3ème éd. 2015, n° 25 ad art. 35) et abrogé cette disposition réglementaire.
2.3. Il s'ensuit que lorsqu'une caisse de compensation affilie une personne et fixe simultanément le montant des cotisations mises à la charge de celle-ci, le tribunal des assurances est compétent pour statuer sur l'ensemble du litige (<ref-law>). Mal fondé, le grief d'incompétence de la recourante doit être rejeté.
3.
3.1. Sur le fond, la recourante invoque une violation de l'<ref-law>, selon lequel l'acquisition de la qualité de membre d'une association fondatrice ne peut justifier le rattachement à la caisse de compensation professionnelle correspondante, si l'affiliation a eu lieu uniquement à cette fin et si la preuve d'un autre intérêt important à la qualité de membre de l'association ne peut être apportée (<ref-law>). Elle fait valoir que l'intimé a choisi de s'affilier à la caisse interprofessionnelle dans le seul but de ne pas s'acquitter de cotisations sociales à son égard. Le fait que l'assuré est déjà affilié à cette caisse ne revêt par ailleurs, selon la recourante, aucun intérêt à l'acquisition de sa qualité de membre de l'association professionnelle en cause dans la mesure où seul l'employeur est responsable du paiement des cotisations sociales.
3.2. Selon les premiers juges, après avoir découvert que l'assuré exerçait une activité indépendante, la caisse cantonale a omis de lui impartir le délai de deux mois, prévu par le chiffre 2003 DAC, pour produire une attestation certifiant qu'il était membre d'une association fondatrice et versait les cotisations à la caisse interprofessionnelle. Dans ces circonstances, qui ne sont pas contestées par la recourante, la situation de l'intimé ne relève pas d'un changement de caisse au sens de l'<ref-law>, mais d'une affiliation initiale en tant que personne de condition indépendante (cf. <ref-law>). Le grief développé par la recourante n'est dès lors pas pertinent.
Au demeurant, la recourante se borne à affirmer que l'intimé a choisi de s'affilier à la caisse interprofessionnelle dans le seul but de ne pas s'acquitter de ses cotisations à son égard. Elle ne discute en revanche pas sérieusement de l'intérêt important constaté par la juridiction cantonale en relation avec le fait que la caisse professionnelle en cause regroupe déjà l'ensemble des employeurs de l'intimé, celui-ci y étant ainsi également rattaché (cf. <ref-law>). On peut rappeler par ailleurs que l'<ref-law> ne doit pas être interprété de façon extensive, sous peine de donner la priorité aux caisses cantonales de compensation, ce que la loi ne permet pas (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 60 et les références).
4.
Au vu de ce qui précède, mal fondé, le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé la somme de 2'400 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des Entreprises Romandes (FER CIAM 106.1), à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 26 septembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Glanzmann
Le Greffier : Bleicker