Fatti:
A.
Con pubblicazione sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino del [...] E._ ha indetto un concorso, regolato dalla legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera, per l'aggiudicazione dei lavori di [...].
Il bando, contro cui non è stato interposto nessun ricorso, stabiliva che le offerte dovevano essere inoltrate [...] entro le 16.00 del 26 maggio 2015, in busta chiusa e sigillata con la dicitura esterna "[...]" (cifra 15).
B.
Scaduto il concorso, il committente ha proceduto all'apertura delle tre offerte pervenute, qualificandole come segue:
offerente punteggio Consorzio A._ 5.94 Consorzio F._ 5.67 D._ SA 5.55
Condivise le considerazioni del proprio consulente - che aveva constato come le buste che contenevano le offerte del Consorzio A._ e del Consorzio F._ erano chiuse senza sigilli di ceralacca ma non mostravano segni di manomissione, e aveva quindi ritenuto che la loro esclusione avrebbe rappresentato un formalismo eccessivo - il 17 giugno 2015 la delegazione consortile ha deliberato la commessa al Consorzio A._, giunto primo in graduatoria.
C.
Contro la predetta decisione la D._ SA di X._, terza classificata con 5.55 punti, è insorta davanti al Tribunale cantonale amministrativo, postulandone l'annullamento. Detta ditta ha addotto in sostanza che le offerte pervenute in buste non sigillate, disattendendo a chiari disposti formali previsti nel bando, dovevano essere escluse dall'aggiudicazione.
Nel seguito, il Tribunale cantonale amministrativo ha statuito sull'impugnativa, ritenendola fondata. Ha quindi annullato la delibera e ritornato gli atti al committente per nuova decisione.
D.
Con ricorso in materia di diritto pubblico e, in subordine, ricorso sussidiario in materia costituzionale del 16 ottobre 2015, i membri del Consorzio A._ postulano ora l'annullamento della decisione della Corte ticinese e la conferma dell'originaria delibera.
Con il ricorso ordinario, i ricorrenti fanno valere la violazione di norme del diritto cantonale, del divieto del formalismo eccessivo, del principio di proporzionalità e di quello della buona fede. Con il ricorso sussidiario, fanno invece valere la violazione del divieto del formalismo eccessivo, del principio di proporzionalità, di quello della buona fede e del divieto d'arbitrio.
Il Tribunale cantonale amministrativo si è rimesso al giudizio di questa Corte mentre la D._ SA ha chiesto che il ricorso, per quanto ammissibile, sia respinto. Nessuna osservazione è per contro giunta dal committente e dall'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti. Con decreto del 12 novembre 2015 è stato concesso l'effetto sospensivo al gravame.

Diritto:
1.
1.1. La decisione querelata è stata pronunciata in ambito di commesse pubbliche. In primo luogo, occorrerebbe pertanto verificare se l'impugnativa sia ricevibile come ricorso in materia di diritto pubblico oppure se - giusta l'art. 83 lett. f LTF - l'inoltro di tale rimedio sia escluso. Il quesito può tuttavia essere lasciato aperto. In effetti, le critiche con cui viene fatta valere la semplice violazione di norme di diritto cantonale sono inammissibili e, per il resto, le censure formulate con i due rimedi presentati mirano tutte a denunciare la violazione di diritti costituzionali ai sensi dell'art. 106 cpv. 2 rispettivamente dell'<ref-law>.
Anche la censura con cui viene fatta valere la violazione del principio della proporzionalità senza porlo in relazione con uno specifico diritto costituzionale si confonde infatti con una critica d'arbitrio (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 157; sentenze 2C_536/2009 del 21 giugno 2010 consid. 6 e 2C_81/2008 del 21 novembre 2008 consid. 5.1), che può essere sollevata con tutti e due i rimedi, giacché la legittimazione a ricorrere dei membri del consorzio al quale era stata assegnata la commessa non va riconosciuta solo in base all'<ref-law> ma anche all'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 27; HANSJÖRG SEILER, Bundesgerichtsgesetz, 2aed. 2015, n. 24 ad <ref-law>).
1.2. Le rimanenti condizioni d'ammissibilità previste dalla legge sul Tribunale federale sono nel contempo adempiute.
Oltre alla tempestività (art. 100 cpv. 1 e 117 LTF), dati sono in particolare gli estremi per l'impugnazione di una decisione di rinvio. Il Tribunale cantonale amministrativo si è infatti pronunciato per l'esclusione delle offerte non sigillate, ovvero quella del Consorzio A._ e quella del Consorzio F._, ragione per la quale al committente non resta che aggiudicare l'appalto alla terza classificata (sentenza 2D_66/2014 del 2 luglio 2015 consid. 1).
2.
2.1. Il Tribunale federale esamina le violazioni dei diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente propone e motiva tali censure (art. 106 cpv. 2 e 117 LTF). Critiche vaghe e appellatorie non sono ammissibili; il ricorrente deve indicare in modo chiaro i diritti violati e spiegare in cosa consista la violazione (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
Nel caso faccia valere una lesione del divieto d'arbitrio, deve in particolare spiegare perché la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione, ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
2.2. I fatti che risultano dal giudizio impugnato sono di principio vincolanti (art. 105 cpv. 1 e 118 cpv. 1 LTF). Qualora il ricorrente ritenga che siano stati accertati in violazione di diritti costituzionali, deve motivare la censura in conformità con le esigenze dell'art. 106 cpv. 2 (<ref-ruling> consid. 2; <ref-law>).
A meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, condizione il cui adempimento dev'essere dimostrato nel ricorso, il Tribunale federale non tiene inoltre conto di fatti o mezzi di prova nuovi, i quali non possono in ogni caso essere posteriori al giudizio impugnato (art. 99 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 343 seg.).
2.3. L'impugnativa adempie solo parzialmente ai requisiti di motivazione esposti. Nella misura in cui non li rispetta, essa è pertanto inammissibile.
Constatato che le insorgenti non contestano l'accertamento dei fatti alla base della pronuncia cantonale e quindi non lo mettono in discussione - attraverso una motivazione conforme all'<ref-law>, che ne dimostri un accertamento arbitrario o altrimenti lesivo di un diritto costituzionale -, i fatti che emergono dal giudizio impugnato vincolano inoltre il Tribunale federale anche nel caso concreto (art. 105 cpv. 1 e 118 cpv. 1 LTF).
3.
I Giudici cantonali hanno annullato la delibera al Consorzio ricorrente; essi sono giunti a tale conclusione rilevando tra l'altro:
che solo offerte conformi alle prescrizioni di gara possono conseguire l'aggiudicazione e che la conformità deve essere data sia per quanto riguarda il concorrente, che deve adempiere i criteri d'idoneità, sia per quanto concerne l'offerta, che deve soddisfare ogni disposizione concorsuale;
che secondo la giurisprudenza del Consiglio di Stato italiano, sviluppata in materia di gare pubbliche, il termine "sigillare" una busta contenente un'offerta non impone necessariamente l'impiego della ceralacca, ma indica comunque la realizzazione di una chiusura tale da impedire ogni accesso o renderne evidenti eventuali tentativi;
che, anche a loro avviso, la sigillatura va intesa in senso lato e può essere considerato tale l'utilizzo di ogni mezzo fornito di opportuno contrassegno che abbia la funzione di impedire l'eventuale manomissione o violazione di una chiusura (ad esempio, lembo di chiusura della busta incollato, timbrato e/o firmato ed infine debitamente ricoperto da nastro adesivo trasparente);
che il bando del concorso prevedeva che le offerte dovevano essere inoltrate in busta chiusa e sigillata e non bastava quindi incollare semplicemente le buste, ma occorreva "sigillarle" nel senso indicato;
che, preso atto del fatto che erano pervenute in buste prive di qualsiasi forma di sigillatura, le offerte del consorzio ricorrente e di quello classificatosi in seconda posizione andavano scartate per disattenzione delle prescrizioni del bando regolanti le formalità del loro inoltro, rimaste incontestate e vincolanti sia per il committente che per i concorrenti (art. 40 cpv. 2 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici [RLCPubb; RL/TI 7.1.4.1.6]);
che dedurre effetti preclusivi dall'inosservanza delle prescrizioni di forma caratterizzanti le modalità di presentazione delle offerte stabilite nella lex specialis del procedimento concorsuale non costituisce affatto un formalismo eccessivo;
che, al contrario, nell'ammettere le offerte in discussione, permettendo che approdassero alla fase di valutazione e aggiudicazione, il committente ha disatteso non solo il principio di legalità, ma anche i postulati della trasparenza e della parità di trattamento governanti l'assegnazione di tutte le commesse pubbliche (art. 1 lett. a e c LCPubb).
4.
Dando per acquisito che l'offerta inoltrata fosse contenuta in una busta chiusa con due lembi autocollanti rispettivamente fosse chiusa in modo tale che ogni tentativo di apertura sarebbe stato immediatamente riconoscibile, e che la stessa sarebbe stata consegnata brevi manu poco prima delle 16.00 del 26 maggio 2015, le ricorrenti fanno dapprima valere una violazione del divieto del formalismo eccessivo così come un'applicazione arbitraria dell'art. 26 cpv. 2 LCPubb. Le loro argomentazioni non possono essere tuttavia condivise.
4.1. La sentenza impugnata non contiene in effetti nessun accertamento specifico né del fatto che la busta contenente l'offerta delle ricorrenti fosse chiusa ermeticamente e in modo tale da impedire ogni accesso o rendere evidente ogni tentativo di apertura, aspetti che per altro nemmeno la visione dell'originale agli atti permette immediatamente di chiarire, né del fatto che detta offerta sia stata consegnata brevi manu pochi minuti prima della scadenza del concorso.
4.2. Come già rilevato (precedente consid. 2.3), le insorgenti non contestano d'altra parte l'accertamento dei fatti alla base della pronuncia cantonale e quindi non lo mettono in discussione attraverso una motivazione conforme all'<ref-law>, di modo che lo stesso lega il Tribunale federale sia in ambito di ricorso ordinario che di ricorso sussidiario (art. 105 cpv. 1 e art. 118 cpv. 1 LTF).
4.3. Di conseguenza, non occorre nemmeno rispondere definitivamente alla questione a sapere se le particolari circostanze indicate avrebbero - se accertate - dovuto portare a considerare l'esclusione dell'offerta delle ricorrenti come un formalismo eccessivo oppure se - come implicitamente risulta dal giudizio impugnato rispettivamente come osservato nella risposta dell'opponente e nella presa di posizione della Corte cantonale - siano da considerare ininfluenti.
4.4. Sulla base dei fatti accertati, che indicano come l'offerta delle ricorrenti sia stata consegnata in una semplice busta chiusa, occorre ad ogni modo rilevare che il formalismo eccessivo (cfr. <ref-ruling> consid. 5 pag. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183) dev'essere negato. Come rilevato dalla Corte cantonale, che in materia di valutazione della conformità delle offerte alle prescrizioni di gara dispone di un certo margine di apprezzamento (sentenza 2C_418/2014 del 20 agosto 2014 consid. 4.1), la richiesta di una sigillatura - formulata nel bando - non è infatti fine a sé stessa ma risponde a precisi scopi, ovvero quelli di garantire la segretezza dell'offerta e di potere escludere delle manipolazioni senza lasciare tracce, che l'utilizzo di una busta non sigillata non permette necessariamente di raggiungere.
5.
Le ricorrenti lamentano poi manifeste violazioni sia dell'art. 42 cpv. 1 lett. a sia dell'art. 45 cpv. 2 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici [RLCPubb; RL/TI 7.1.4.1.6]. Nella misura in cui siano ammissibili, in quanto le norme in questione vengono di fatto semplicemente evocate, anche queste censure non possono essere tuttavia condivise.
5.1. Per l'impugnativa, il giudizio cantonale sarebbe arbitrario, perché l'art. 42 cpv. 1 lett. a RLCPubb prevede la sanzione dell'esclusione solo delle offerte "giunte in busta aperta".
Siccome l'art. 42 cpv. 1 non indica i motivi di esclusione in maniera esaustiva, bensì esemplificativa (utilizzando il termine "in particolare"), l'argomentazione addotta non è di per sé atta a dimostrare l'insostenibilità del giudizio reso.
5.2. Una violazione del divieto d'arbitrio o di un altro diritto costituzionale, non è nel contempo dimostrata con riferimento all'art. 45 cpv. 2 RLCPubb secondo cui "il committente verifica la completezza della documentazione inoltrata e tiene un verbale d'apertura nel quale vengono indicati i nomi degli offerenti, gli importi delle offerte e le eventuali osservazioni concernenti i documenti e le irregolarità già manifestatesi al momento dell'apertura".
Le insorgenti si richiamano a tale norma per sostenere che la (potenziale) aggiudicataria avrebbe dovuto denunciare la mancata sigillatura delle buste contenenti le offerte degli altri concorrenti già al momento della loro apertura. Come rilevato nella risposta al ricorso, l'art. 45 cpv. 2 RLCPubb non contiene però nessun esplicito obbligo in tal senso.
6.
A maggior fortuna non è infine destinata la denuncia della lesione del principio della buona fede.
6.1. L'<ref-law> istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede dagli organi dello Stato. In materia di diritto amministrativo, tale principio tutela l'amministrato nei confronti dell'autorità, quando, assolte determinate condizioni, il medesimo abbia agito conformemente alle istruzioni e alle dichiarazioni di quest'ultima.
Il principio tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima quando un'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente in base a fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio, e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 2.5.1 pag. 72 seg.; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636 seg.; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60 con ulteriori rinvii).
6.2. Nell'impugnativa presentata davanti al Tribunale federale, le insorgenti non sostanziano l'adempimento delle condizioni appena menzionate, limitandosi ad invocare la buona fede in via generale.
Quand'anche ammissibile dal profilo formale, la loro critica non potrebbe ad ogni modo essere condivisa. In effetti, esse sostengono certo che "l'autorità è tenuta a evitare comportamenti equivoci", così argomentando non considerano tuttavia che il rimprovero di un comportamento contrario alla buona fede non può essere indirizzato contro l'apparato amministrativo nel suo complesso ma va formulato contro un'autorità o un committente specifici. Solo in tal caso può infatti sussistere anche un comportamento su cui l'amministrato ha eventualmente il diritto di fare affidamento (sentenze 2D_33/2015 del 1° dicembre 2015 consid. 4; 2D_59/2014 del 26 novembre 2014 consid. 5.2.3 e 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 5.3.2 con rinvii). Nella fattispecie in esame non può inoltre sfuggire il fatto che la richiesta di consegna delle offerte "in busta chiusa e sigillata" era chiaramente contenuta nel bando di concorso (cifra 15), contro cui non è stato interposto nessun ricorso, ed era quindi nota a tutti i partecipanti, insorgenti comprese.
7.
Dato che l'esame di questa Corte era circoscritto alle critiche di natura costituzionale presentate con l'impugnativa e che quelle formulate dalle insorgenti, per quanto considerate ammissibili, sono state respinte, il querelato giudizio dev'essere quindi confermato.
8.
8.1. Nella misura in cui è ammissibile, l'impugnativa è respinta sia come ricorso ordinario in materia di diritto pubblico che come ricorso sussidiario in materia costituzionale.
8.2. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono poste a carico delle ricorrenti, in solido (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Sempre con vincolo di solidarietà, le stesse verseranno inoltre alla D._ SA, sola intervenuta in causa e rappresentata da un avvocato, una congrua indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico delle ricorrenti, in solido.
3.
Le ricorrenti verseranno in solido alla D._ SA un'indennità di fr. 4'500.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
4.
Comunicazione alle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio lavori sussidiati e appalti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.