Sachverhalt:
A.
B.A._ ist Stockwerkeigentümerin von drei Wohnungen in U._. Die vierte Wohnung gehört ihrem Sohn. Nach einem Hagelschlag im Juli 2011 ersetzten die Eheleute A.A._ und B.A._ die Fenster der vier Wohnungen und bezahlten noch im Jahr 2011 die Schlussrechnung vom 12. November 2011 über Fr. 39'646.--. Mit Schadenzusammenstellung vom 13. Mai 2013 übernahm die Aargauische Gebäudeversicherung von den Kosten einen Betrag von Fr. 7'200.--. Unter anteilsmässiger Berücksichtigung dieser Rückvergütung erstattete der Sohn den Eheleuten Fr. 10'480.-- für den auf ihn entfallenden Kostenanteil.
Im Veranlagungsverfahren 2013 brachten die Eheleute als Liegenschaftskosten unter anderem den Restbetrag von Fr. 21'966.-- für den Ersatz der Fenster zum Abzug. Mit Veranlagungsentscheid für die Kantons- und Gemeindesteuern 2013 verweigerte die Steuerkommission U._ diesen Abzug als periodenfremd und veranlagte die Eheleute A._ mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 101'859.-- und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 1'361'370.--.
B.
Die Einsprache der Eheleute A._ wurde von der Steuerkommission am 1. Dezember 2015 abgewiesen. Das Spezialverwaltungsgericht und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau bestätigten den Einspracheentscheid mit Urteilen vom 24. November 2016 bzw. vom 3. April 2017.
C.
Die Eheleute A._ erhoben am 16. Mai 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben, die zusätzlichen Liegenschaftsunterhaltskosten von Fr. 21'966.-- zum Abzug zuzulassen und sie für das Steuerjahr 2013 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 79'893.-- zu veranlagen.
Das Kantonale Steueramt Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen ein letztinstanzliches kantonales Urteil in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme im Sinne von <ref-law> ist nicht gegeben. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Auf die form- und fristgerechte Beschwerde der gemäss <ref-law> legitimierten Beschwerdeführer ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Art. 9 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14). Hinsichtlich des Liegenschaftsunterhalts entspricht Art. 9 StHG inhaltlich Art. 32 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11; vgl. Art. 18 bzw. <ref-law>; SR 621.11), weshalb zur Auslegung von Art. 9 StHG auch die analoge DBG-Bestimmung und die bundesgerichtliche Rechtsprechung dazu herangezogen werden können.
2.
2.1. Nach Art. 9 Abs. 1 StHG werden von den gesamten steuerbaren Einkünften die zu ihrer Erzielung notwendigen Aufwendungen abgezogen. Dazu gehören bei Liegenschaften im Privatvermögen namentlich die Unterhaltskosten (vgl. § 39 Abs. 2 StG/AG und <ref-law>).
2.2. Der Beschwerdegegner bestreitet nicht, dass es sich bei den im Steuerjahr 2013 in Abzug gebrachten Aufwendungen von Fr. 21'966.-- um Liegenschaftskosten im Sinne von Art. 9 StHG bzw. § 39 Abs. 2 StG/AG handelt. Nicht einzugehen ist daher auf die Ausführungen der Beschwerdeführer in ihrer Beschwerdeschrift zur Frage, inwieweit Liegenschaftskosten "kausal" bzw. "final" mit Liegenschaftserträgen zusammenhängen müssen, damit sie zum Abzug qualifizieren. Strittig ist vorliegend einzig die Rechtsfrage, in welchem Steuerjahr die Unterhaltskosten zu berücksichtigen sind.
2.3. Die Beschwerdeführer brachten die Unterhaltskosten von Fr. 21'966.-- im Zusammenhang mit dem im 2011 erfolgten Fensterersatz, soweit die Kosten die Vergütung der Gebäudeversicherung im Jahr 2013 übersteigen, im Steuerjahr 2013 zum Abzug, weil erst dann ihr eigener Kostenanteil am Fensterersatz festgestanden habe. Nach Ansicht der Steuerkommission wären die Unterhaltskosten indes bereits im Steuerjahr 2011 abziehbar gewesen. Erfolgt eine Rückvergütung Dritter erst in einem Folgejahr, so ist sie nach der Praxis des Kantonalen Steueramtes Aargau in jener Steuererklärung als "übrige Einkünfte" zu deklarieren (Merkblatt Liegenschaftsunterhalt [LUK] des Kantonalen Steueramtes Aargau vom 30. September 2001, Ziff. 6 S. 12).
3.
3.1. Als Steuerperiode gilt das Kalenderjahr (<ref-law>). Die Einkommenssteuer wird für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben (<ref-law>). Einkommen gilt steuerrechtlich dann als realisiert, wenn die steuerpflichtige Person Leistungen vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den sie tatsächlich verfügen kann. Erforderlich ist ein abgeschlossener Rechtserwerb, der Forderungs- oder Eigentumserwerb sein kann. Dabei bildet der Forderungserwerb vielfach die Vorstufe des Eigentumserwerbs (vgl. Urteile 2C_734/2016 vom 20. Oktober 2016 E. 2.3 und 2C_445/2015 vom 26. August 2016 E. 6.3.3). Ab dem Zeitpunkt des Rechtserwerbes ist die Forderung grundsätzlich auch als Guthaben im Vermögen zu deklarieren.
Die zeitliche Abgrenzung des Abflusses von Vermögen wird nach den gleichen Kriterien vorgenommen wie hinsichtlich des Zuflusses. Aufwendungen fliessen grundsätzlich zu dem Zeitpunkt ab, in welchem die steuerpflichtige Person zur Zahlung verpflichtet ist. Für den Abzug der Unterhaltskosten ist praxisgemäss entweder der Zeitpunkt der Zahlung der Rechnung oder der Zeitpunkt der Rechnungsstellung massgebend (Urteil 2C_800/2016 vom 14. Februar 2017 E. 2.2 mit weiteren Hinweisen).
3.2. Dass die Kostengutsprache der Gebäudeversicherung im Betrag von Fr. 7'200.-- erst im Jahr 2013 erfolgte, ändert nichts daran, dass die strittigen Unterhaltskosten für den Fensterersatz bereits mit Schlussrechnung vom 12. November 2011 fakturiert, von den Beschwerdeführern im 2011 bezahlt und somit steuerlich in Abzug gebracht werden konnten. Die Begründung der Vorinstanz, wonach die Aufwendungen für den Fensterersatz dem Steuerjahr 2011 zuzuordnen sind, erweist sich demnach als bundesrechtskonform.
Das von den Beschwerdeführern propagierte intertemporale Nettoprinzip, wonach Unterhaltskosten eines bestimmten Kalenderjahres erst im späteren Zeitpunkt einer Rückvergütung steuerlich abziehbar sind, findet dagegen keine Stütze im Gesetz. Einzig die spätere Vergütung der Gebäudeversicherung ist nach den einschlägigen Grundsätzen steuerlich erst dann zu erfassen, wenn ein fester Rechtsanspruchentsteht. Dass die Gebäudeversicherung die vollumfängliche Vergütung im Steuerjahr 2011 zugesichert und im 2013 wieder teilweise zurückgezogen hätte, was einen Vermögensabfluss im vorliegend strittigen Steuerjahr 2013 darstellen würde, ergibt sich weder aus den Akten noch wird es von den Beschwerdeführern vorgebracht. Dafür hätten sie in der Steuererklärung 2011 ein entsprechendes Guthaben gegenüber der Gebäudeversicherung ausweisen müssen.
4.
4.1. Nach Ansicht der Beschwerdeführer führt in ihrem Fall die von den Rechtsmittelinstanzen geschützte Vorgehensweise der Steuerbehörde im Ergebnis dazu, dass im 2013 eine Schadenersatzleistung besteuert werde, obschon Schadenersatz nicht steuerbar sei. Der Beschwerdegegner hat die Vergütung im Jahr 2013 aber gar nicht im Einkommen erfasst: Nachdem die Beschwerdeführer die Kosten im Jahr 2011 nicht in Abzug gebracht hatten, handelte es sich bei der Vergütung im Jahr 2013 in der Tat um eine steuerlich unbeachtliche Schadenersatzzahlung der Gebäudeversicherung. Nur wenn steuerlich bereits in Abzug gebrachte Kosten in einem späteren Steuerjahr von einem Dritten vergütet werden, liegt ein steuerbarer Vermögenszugang vor, was eine Einkommenskorrektur für den Abzug, der sich nachträglich als zu hoch erweist, erfordert.
4.2. Die Beschwerdeführer rügen, dass der angefochtene Entscheid das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>) und den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>) verletze und gegen das Willkürverbot (<ref-law>) sowie das Prinzip des Handelns nach Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>) verstosse. Abgesehen davon, dass diese verfassungsrechtlichen Rügen den Erfordernissen an die Begründung von <ref-law> nicht durchwegs genügen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254), verfangen sie auch in der Sache nicht.
4.2.1. Das Leistungsfähigkeitsprinzip wird nicht eingeschränkt, sondern im Gegenteil verwirklicht, wenn die angefallenen Kosten sofort abgezogen werden und die spätere Vergütung dannzumal im Einkommen aufgerechnet wird, weil derart auf den tatsächlichen Vermögensabfluss und -zufluss und damit auf die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit abgestellt wird. Nach der Methode der Beschwerdeführer, die Kosten erst dann zum Abzug zu bringen, wenn sie der Höhe nach endgültig feststehen, besteht dagegen die Gefahr eines - unter Umständen erheblich - verspäteten Steuerabzuges: Bleibt eine Rückvergütung der Aufwendungen ganz oder - wie vorliegend - teilweise aus, käme es zu einer nicht periodengerechten Verschiebung von Aufwendungen in ein späteres Steuerjahr. Im vorliegenden Fall würde der Antrag der Beschwerdeführer bedeuten, dass sie erst im Steuerjahr 2013 Unterhaltskosten von Fr. 21'966.-- abziehen könnten, obschon diese bereits im Steuerjahr 2011 in Rechnung gestellt und bezahlt worden sind.
4.2.2. Die Steuerbehörde hat sich an die korrekte - bundesrechtskonforme - Vorgehensweise gehalten, die sie im einschlägigen Merkblatt beschrieben hat. Der Vorwurf der Willkür oder des treuwidrigen Verhaltens geht daher von vornherein fehl. Dass angefallene Liegenschaftskosten im Umfang von Fr. 21'966.-- nicht mehr steuermindernd berücksichtigt werden können, ist zwar in der Tat unbefriedigend, aber unter den gegebenen Umständen von den Beschwerdeführern zu vertreten. Sie haben es im Veranlagungsverfahren 2011 verpasst, die Kosten zum Abzug zu bringen. Dass dieses Versäumnis offenbar auf mangelnde Rechtskenntnis zurückgeht, haben die Beschwerdeführer sich selbst anzurechnen.
5.
Diese Erwägungen führen zur Abweisung der Beschwerde. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind den unterliegenden Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Ausgangsgemäss ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Oktober 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Matter