Faits :
A.
La parcelle n o 4706, feuille 28, du cadastre de la commune de Versoix, d'une surface de 9'112 m 2, se situe en zone 5; elle est partiellement comprise dans le périmètre protégé des rives de la Versoix.
Ce bien-fonds supporte l'ancienne maison Wartmann (bâtiment n o 231). Selon une fiche figurant dans le catalogue "Bâtir la campagne, Genève 1800-1860", réalisé par Leila El-Wakil, ce bâtiment a été construit en 1862, sur les plans de Bernard-Adolphe Reverdin, architecte. Il s'agit d'une maison cube, dotée d'un rez-de chaussée et d'un étage destinés au logement. Le jardin de cette villa figure au nombre des parcs et jardins historiques de la Suisse recensés par le Conseil international des monuments et des sites (ICOMOS).
B.
La société A._ SA a acquis cette parcelle le 12 mai 2011 pour un prix de 7'850'000 francs. Le 12 juin 2012, elle a déposé une demande portant sur la démolition du bâtiment n o 231 et de ses annexes (garage, serre et murs de soutènement). En parallèle, dite société a requis une autorisation de construire trois immeubles d'habitat groupé avec piscine, fitness, salle polyvalente, parking en sous-sol, panneaux solaires et sondes géothermiques. Ces demandes ont fait l'objet d'une publication dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève du 6 juillet 2012.
Sous réserve de quelques considérations liées au respect du terrain naturel, de l'implantation des constructions souterraines, ainsi que de l'accès pour les personnes à mobilité réduite, la Commission cantonale d'architecture s'est déclarée favorable au projet. La Commune de Versoix a également rendu un préavis favorable et inconditionnel à la démolition de la villa Wartmann.
Après avoir effectué une visite sur place et constaté, à cette occasion, que la maison Wartmann bénéficiait d'un entretien régulier, d'un excellent état de conservation ainsi que d'aménagements paysagers dignes d'intérêt, le service cantonal des monuments et des sites (ci-après: SMS) a, le 13 août 2012, préavisé défavorablement sa démolition. Le Service cantonal demandait à l'Office du patrimoine et des sites (ci-après: OPS) de prendre position quant à la pertinence de l'ouverture d'une procédure d'inscription à l'inventaire de la villa, ainsi que de son jardin.
Le 10 octobre 2012, l'OPS a ouvert une procédure en vue de l'inscription à l'inventaire du bâtiment. Le même jour, la sous-Commission monuments et antiquités (ci-après: SCMA) de la Commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après: CMNS) a préavisé favorablement cette démarche. Une étude historique approfondie devait cependant encore être réalisée afin que cet objet soit mieux connu et documenté.
C.
En décembre 2012, sur mandat du SMS, B._, historienne de l'art, a réalisé une étude sur le bâtiment n o 231.
Aux termes de son rapport, daté de décembre 2012, la maison Wartmann est caractéristique des maisons cubiques se développant dans le courant du XIX e siècle pour répondre à la demande de la bourgeoisie. Si elle est attribuée à l'architecte Reverdin, d'autres architectes ont aussi eu recours à cette formule durant ce siècle. Les maisons cubes se sont en effet répandues au XIX e siècle avec l'essor d'une classe bourgeoise désireuse de s'établir dans un périmètre suburbain ou à la campagne tout en ayant une maison fonctionnelle. Ces maisons, discrètes tant par leur dimension que leur décoration, ont souvent été modifiées au fil des ans afin de s'adapter aux nouveaux occupants; elles ont aussi été démolies pour laisser place à des immeubles. Lorsque de telles constructions ont subsisté, leur intérêt patrimonial doit être pris en considération et la question de leur conservation posée. À ce titre, la maison Wartmann mérite, selon B._, d'être mise sous protection: caractéristique des maisons cubiques s'étant développées dans le courant du XIX ème siècle de par son volume, sa distribution intérieure et ses éléments décoratifs, elle offre la particularité d'être restée proche des plans d'origine et d'être en bon état. En raison du peu de modifications subies, elle est un exemple de qualité de cette période.
L'historienne de l'art prénommée a encore relevé que plusieurs réalisations de Reverdin bénéficiaient de mesures de protection, confirmant l'intérêt patrimonial des oeuvres réalisées par cet architecte et des maisons cubes du XIX e siècle. Le rapport mentionne notamment le cas de la maison Joly, à la rue Michel-Chauvet, protégée par le biais du plan localisé de quartier "Contamines".
En janvier 2013, C._, historienne de l'art au sein de la CMNS, a rendu un avis sur la valeur patrimoniale de la villa Wartmann. Cette maison peut être considérée comme un exemple d'une rare qualité dans les constructions cubiques du XIX e siècle et doit être maintenue. Il s'agit de l'un des deux derniers témoignages de construction de ce type édifié par l'architecte Reverdin; il faut de surcroît relever son état de conservation exceptionnel, tant au niveau de l'enveloppe que de son aménagement intérieur.
Le 30 avril 2013, sur la base de ces nouveaux éléments, la Commune de Versoix a également préavisé favorablement l'inscription de la villa à l'inventaire. Elle demandait toutefois que soient étudiées toutes les possibilités permettant de respecter à la fois la valeur patrimoniale du bâtiment et la volonté de la société propriétaire de densifier sa parcelle.
D.
En parallèle aux démarches liées à l'inscription de la villa Wartmann à l'inventaire, la société propriétaire et le département compétent (actuellement le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [ci-après: le département ou DALE]) ont poursuivi leurs discussions portant sur la possibilité de densifier la parcelle; plusieurs projets alternatifs ont été élaborés dans ce cadre, le dernier en date prévoyant l'implantation de deux bâtiments en surface (A et B) et d'un bâtiment en sous-sol, tout en maintenant la villa existante. Le Conseiller d'Etat en charge du DALE a notamment indiqué qu'il n'entendait pas déroger aux normes en matière de bruit, que le projet ne respectait pas. La SCMA s'est pour sa part montrée favorable au bâtiment A; elle a par ailleurs indiqué n'être pas opposée à toute construction au sud-est de la maison Wartmann, mais demandait que soit d'abord explorée la possibilité "d'un déclassement de la zone protégée"; la sous-commission s'est en revanche prononcée défavorablement quant au bâtiment en sous-sol.
Cela étant, constatant que le délai à charge de l'autorité prévu par la loi cantonale pour répondre aux demandes d'autorisation de construire et de démolir était échu, la propriétaire a, par courrier du 1 er juillet 2014, annoncé à la direction des autorisations de construire qu'elle allait procéder à l'exécution de ces plans. N'ayant reçu aucune décision dans le délai de dix jours, la société a commencé les travaux. Par décisions des 31 juillet 2014 et 7 août 2014, le département a refusé d'accorder les demandes en autorisation de construire et en démolition. La société a interrompu les travaux entrepris à réception de ces décisions. Ces dernières font l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif de première instance (TAPI).
E.
Par arrêté du 25 février 2015, le conseiller d'État chargé du département a décidé d'inscrire à l'inventaire des immeubles dignes d'être protégés le bâtiment n o 231 et la parcelle n o 4706.
Le 27 mars 2015, A._ SA a interjeté recours contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après également: la chambre administrative ou la Cour de justice).
Dans le cadre de l'instruction, le juge délégué a effectué un transport sur place le 12 novembre 2015, en présence notamment de représentants de la société propriétaire, de la juriste ainsi que de la directrice de l'OPS, de l'adjointe scientifique au SMS chargée de ce dossier, de C._, historienne des monuments auprès de la CMNS et de B._, historienne de l'art et auteur de l'étude patrimoniale réalisée sur mandat du SMS.
Par arrêt du 20 décembre 2016, la Cour de justice a rejeté le recours. Elle a en substance considéré que la villa Wartmann constituait un objet digne de protection au sens de l'art. 4 de la loi cantonale sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 (LPMNS; RS/GE L 4 05); elle a de même jugé que son inscription à l'inventaire ne représentait pas une restriction disproportionnée à la garantie de la propriété.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que l'arrêté départemental du 25 février 2015; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La chambre administrative renonce à formuler des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DALE conclut au rejet du recours. A l'issue d'un échange d'écritures ultérieur, les parties ont confirmé leurs conclusions respectives.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. En tant que propriétaire de l'immeuble concerné par la mesure de protection litigieuse, la société recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Dans la mesure où la recourante s'en prend également à l'arrêté départemental du 25 février 2015, ses conclusions sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet des actes déposés auprès de la dernière instance cantonale (art. 67 de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA/GE; RS/GE E 5 10]; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 104). Pour le surplus, les conditions de recevabilité sont en revanche remplies si bien qu'il convient d'entrer en matière.
2.
Se plaignant d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits, la recourante demande au Tribunal fédéral de compléter les constatations cantonales en application de l'<ref-law>.
2.1. Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'<ref-law> lui permet cependant de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). L'<ref-law> vise en particulier la violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62). S'agissant d'un grief constitutionnel, la partie recourante est dans ce cadre soumise aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law>.
2.2. La recourante soutient que l'instance précédente aurait arbitrairement omis de faire état des nombreuses interventions que la villa Wartmann aurait subies au fil du temps; elle demande ainsi au Tribunal fédéral de compléter l'état de fait en constatant l'existence de transformations au niveau des combles, la création de lucarnes, de même que la modification de la typologie du rez-de-chaussée et du premier étage ou encore l'agrandissement de la cuisine. A suivre la recourante, ces différentes modifications interdisaient à la Cour de justice de retenir que le bâtiment en cause se trouvait dans un état de conservation exceptionnel, proche de celui de son état d'origine
Comme le relève à juste titre le DALE, les transformations dont se prévaut la recourante figurent de manière détaillée dans le rapport établi en décembre 2012 par l'historienne de l'art, B._ (rapport B._, p. 15 ss); cette dernière a cependant qualifié ces interventions d'"insignifiantes en regard de ce qui a été conservé et de l'état, irréprochable, de conservation de la maison". La teneur de ce rapport, versé au dossier, et duquel l'arrêt attaqué livre un résumé, était connue de l'instance précédente; celle-ci a d'ailleurs pu constater ces modifications et l'état de conservation de la villa à l'occasion du transport sur place (cf. arrêt attaqué, consid. 7c p. 19). Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher à la Cour de justice de n'avoir pas reproduit mot pour mot les termes du rapport dans son arrêt et y voir une constatation incomplète des faits (cf. arrêt 1C_32/2012 du 7 septembre 2012 consid. 2.2).
2.3. La recourante reproche encore à la chambre administrative d'avoir, à plusieurs reprises, indiqué que la villa Wartmann était emblématique des maisons cubes de la première moitié du XIX e siècle, alors qu'elle a pourtant été construite en 1862. A la comprendre, l'édification de cette bâtisse au cours de la deuxième moitié du siècle serait propre à lui nier tout intérêt patrimonial. Elle perd cependant de vue que les maisons cubes représentent, selon le rapport B._ - non contesté sur ce point - l'expression d'un style architectural développé non seulement au cours de la première moitié du XIX e, mais sur l'ensemble de ce siècle (cf. rapport B._, p. 20). L'imprécision relevée par la recourante est ainsi sans conséquence sur le sort de la cause.
2.4. En définitive, les griefs portant sur l'établissement des faits, entièrement mal fondés, doivent être écartés. Le Tribunal fédéral reste par conséquent lié aux constatations cantonales (<ref-law>).
3.
Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante fait grief à l'instance précédente d'avoir refusé d'entendre, en qualité de témoin, D._. Ancien directeur de l'Office du patrimoine et des sites et ancien conservateur cantonal, le prénommé est également l'auteur d'un rapport relatif à la valeur patrimoniale de la villa Wartmann du 18 janvier 2016, établi sur mandat de la recourante.
3.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos. Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les références citées).
3.2. En l'espèce, la Cour de justice a estimé que l'audition de D._ n'était pas nécessaire, son rapport - versé en cause - apparaissant complet et la recourante n'ayant pas motivé sa requête. L'instance précédente a par ailleurs souligné que l'analyse du prénommé portait essentiellement sur la question de la proportionnalité de la mesure, en particulier s'agissant des coûts d'une remise en état de la bâtisse qu'implique une mise sous protection; sous cet angle, l'instance précédente a considéré que les conclusions de cet expert n'entraient pas en contradiction avec les constatations du rapport B._ et de l'avis quant à l'intérêt patrimonial de la bâtisse.
Cette appréciation n'est pas réellement remise en cause par la recourante; cette dernière se contente en effet d'affirmer qu'il serait arbitraire de n'avoir auditionné que les expertes prénommées, favorables à la préservation de la villa, à l'exclusion de D._, auteur du seul rapport discordant, ce qui s'avère toutefois insuffisant au regard des exigences de motivation de l'<ref-law>. La recourante n'explique en particulier pas sur quels éléments l'audition du témoin D._ aurait été susceptible de compléter son rapport écrit ou encore de contredire les conclusions des historiennes B._ et. Dans ces circonstances et dans la mesure où ces derniers avis émanent de surcroît formellement de l'organe cantonal compétent en matière de préservation des monuments et des sites, rattaché au DALE (cf. art. 46 ss LPMNS, en particulier art. 47 al. 1 LPMNS; arrêt 1C_582/2012 du 9 juillet 2013 consid. 5.2; au sujet de l'appréciation des avis émanant des autorités cantonales spécialisées, cf. THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 508 p. 168 et les arrêts cités), l'instance précédente pouvait, sans arbitraire et sans violer le droit d'être entendue de la recourante, renoncer à l'audition du témoin D._.
Entièrement mal fondé et à la limite de la recevabilité, ce grief doit être écarté.
4.
Toujours sous l'angle du droit d'être entendu, la recourante se plaint d'un défaut de motivation de l'arrêt cantonal. Elle estime que cette décision serait insuffisamment étayée s'agissant de la question de l'intérêt public à la création de nouveaux logements en période de pénurie.
4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique, notamment, pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que la décision mentionne, au moins brièvement, les motifs sur lesquels elle se fonde, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 183).
4.2. Devant la Cour de justice, la recourante a soutenu qu'en période de pénurie de logements - dont souffre notoirement le canton de Genève - l'intérêt public à la construction d'habitations devait l'emporter. S'écartant de ce point de vue, la Cour de justice a fait prévaloir l'intérêt public à la protection de la villa Wartmann. L'instance précédente s'est à cet égard référée à la pesée des intérêts opérée par le département; elle a par ailleurs jugé que si l'on devait suivre la recourante, l'ensemble des bâtiments protégés du canton de Genève devrait être démoli afin de pouvoir répondre à la pression constante des demandes de logements dans le canton.
Quoi qu'en dise la recourante, cela constitue une motivation suffisante; l'arrêt attaqué se réfère en effet non seulement à une décision connue de la recourante, mais tient en outre expressément compte de l'intérêt public à la création de nouveaux logements, sur lequel elle a toutefois fait prévaloir l'intérêt à la préservation d'un patrimoine historique. La recourante pouvait ainsi en toute connaissance de cause contester cette appréciation, ce qu'elle ne manque au demeurant pas de faire céans. Les arguments qu'elle développe en relation avec le présent grief relèvent d'ailleurs en réalité du fond du litige; à ce titre, ils seront examinés ultérieurement, conjointement avec les critiques expressément dirigées contre la pesée des intérêts opérée par l'instance précédente (consid. 7 ci-dessous). Le grief doit dès lors être écarté.
5.
Se prévalant d'une violation de la garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 Cst. ainsi que de la LPMNS, la recourante avance que l'inscription de la villa Wartmann ne reposerait sur aucun intérêt public (consid. 6); elle serait de surcroît contraire au principe de la proportionnalité (consid. 7).
5.1. Il est indéniable que l'inscription de la villa Wartmann à l'inventaire des immeubles dignes d'êtres protégés porte une atteinte importante au droit de la propriété de la recourante (art. 26 Cst.) en tant qu'elle a pour effet d'en interdire la démolition et d'obliger la propriétaire à préserver et à entretenir les éléments dignes de protection (cf. art. 9 al. 1 LPMNS). Pour être admissible, une telle mesure doit reposer sur une base légale, être justifiée par un intérêt public et être proportionnée au but visé (cf. art. 36 al. 1 à 3 Cst.).
5.2. La recourante ne conteste pas que la mesure de protection litigieuse repose sur la LPMNS, dont l'art. 4 dispose que, sont protégés les monuments de l'histoire, de l'art ou de l'architecture et les antiquités immobilières situés ou découverts dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif, ainsi que les terrains contenant ces objets ou leurs abords (let. a) et les immeubles et les sites dignes d'intérêt, ainsi que les beautés naturelles (let. b). L'art. 7 al. 1 LPMNS prévoit qu'il est dressé un inventaire de tous les immeubles dignes d'être protégés au sens de l'art. 4 LPMNS. Lorsqu'une procédure de mise à l'inventaire est ouverte, la commune du lieu de situation est consultée (art. 8 al. 1 LPMNS et 17 al. 3 du règlement d'exécution de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 29 novembre 1976 [RPMNS - L 4 05.01]). La CMNS formule ou examine les propositions d'inscription ou de radiation d'immeubles à l'inventaire (art. 5 al. 2 let. b RPMNS).
5.3. Dans un tel contexte, il convient de rappeler que le Tribunal fédéral ne vérifie pas d'office le respect du droit cantonal et des droits constitutionnels (<ref-law>), de sorte qu'il appartient à la partie recourante de soulever le grief de leur violation et de motiver celui-ci d'une manière suffisante (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 145). Dans le cadre de la juridiction constitutionnelle, le Tribunal fédéral examine en principe librement si les mesures d'aménagement du territoire répondent à un intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de trancher de pures questions d'appréciation ou de tenir compte de circonstances locales (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 165; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416), dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, notamment en matière de protection des monuments ou des sites (ATF <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités; arrêt 1C_52/2016 du 7 septembre 2016 consid. 2).
6.
D'après la jurisprudence, les restrictions de la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis sont en principe d'intérêt public (<ref-ruling> consid. 2c p. 221; <ref-ruling> consid. 4b p. 309 et les arrêts cités). Il appartient de façon prioritaire aux autorités des cantons de définir les objets méritant protection (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 222; <ref-ruling> consid. 3b p. 275; <ref-ruling> consid. 5c/bb p. 96; <ref-ruling> consid. 2b p. 397; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.1 p. 344). Tout objet ne méritant pas une protection, il faut procéder à un examen global, objectif et basé sur des critères scientifiques, qui prenne en compte le contexte culturel, historique, artistique et urbanistique du bâtiment concerné. Les constructions qui sont les témoins et l'expression d'une situation historique, sociale, économique et technique particulière, doivent être conservés. De plus, la mesure ne doit pas être destinée à satisfaire uniquement un cercle restreint de spécialistes; elle doit au contraire apparaître légitime aux yeux du public ou d'une grande partie de la population, pour avoir en quelque sorte une valeur générale (arrêt 1P.79/2005 du 3 septembre 2005 consid 4.2, in ZBl 2007 p. 83; ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 275; <ref-ruling> consid. 5a p. 389).
6.1. En l'occurrence, la Cour de justice a validé l'arrêté de classement et reconnu que la villa Wartmann était digne de faire l'objet d'une mesure de protection. L'instance précédente a confirmé l'intérêt patrimonial des oeuvres de Reverdin et des maisons cubes du XIX e siècle, se fondant à cet égard sur le rapport B._. Son auteur a relevé que plusieurs réalisations de Reverdin bénéficiaient de mesures de protection, dont la villa Joly, protégée par le biais d'un plan de quartier; plusieurs autres bâtisses de même forme étaient en outre également inscrites à l'inventaire. Les maisons cubes ayant souvent été démolies ou transformées au fil des ans, le maintien de la villa Wartmann se justifiait d'autant plus que celle-ci offrait la particularité d'être restée proche des plans d'origine et d'être en bon état. Ce point de vue a en outre été confirmé par C._, historienne des monuments et membre de la CMNS; celle-ci a en particulier souligné l'état de conservation exceptionnel du bâtiment, tant au niveau de l'enveloppe que de son aménagement intérieur. Selon elle, la maison peut être considérée comme un exemple d'une rare qualité dans les constructions cubiques du XIX e siècle. Elle a également indiqué qu'il s'agissait d'une des deux dernières constructions de ce type édifiées par Reverdin.
6.2. Contestant ces avis, la recourante soutient que la valeur de témoignage et la rareté de la villa Wartmann devraient être niées. On ne peut toutefois la suivre dans cette voie, en particulier lorsqu'elle déduit des propos du SMS (cf. préavis SMS d'août 2012), précisant que Reverdin a réalisé une quinzaine de bâtisses, que la villa en cause n'aurait pas, au fil du temps, acquis une certaine rareté. En effet, comme l'a relevé l'historienne des monuments, la villa Wartmann est l'une des deux dernières constructions de type cube édifiées par Reverdin. Le rapport B._ ne dit pas autre chose: s'il mentionne certes dix réalisations de Reverdin, il précise cependant que quatre ont été démolies et une agrandie et modifiée; ce rapport indique encore que seuls subsistent deux maisons de type cube non démolies et sans ajout extérieur, à savoir la villa Joly et la villa Wartmann. C'est également en vain que la recourante prétend que l'architecte Reverdin serait inconnu du grand public; outre qu'il ne s'agit que d'une simple allégation, force est de reconnaître, avec le DALE, que l'importance, tant de la maison Wartmann, que de l'architecte qui l'a conçue, a été mise en évidence dans un ouvrage intitulé "Bâtir la campagne, Genève 1800-1860", paru en 1989, ce que l'historienne a d'ailleurs également mis en évidence (cf. avis du 2 janvier 2013).
6.3. Que la villa Wartmann n'ait pas été identifiée par les autorités de planification, respectivement par le législateur, lors de l'approbation du plan directeur de la Commune de Versoix le 28 février 2007 et de l'adoption de la loi sur la protection générale des rives de la Versoix du 5 décembre 2003 (LPRVers; RS/GE L 4 19) ne permet pas de déduire - comme le fait la recourante aux termes de ses observations du 1 er mai 2017 - que la villa n'apparaîtrait digne d'intérêt qu'aux yeux de spécialistes, ces autorités étant composées de "non-spécialistes", et ne présenterait aucun intérêt historique. Outre que cette argumentation relève de la conjecture, la recourante méconnaît qu'en matière de préservation du patrimoine, la protection d'un élément digne d'intérêt ne passe pas nécessairement par une mesure de planification; cette protection peut également être assurée par une mesure indépendante telle qu'une inscription dans un inventaire (art. 17 al. 2 de la loi sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 [LAT; RS 700]; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 179 et les références), intervenant, le cas échéant, dans un deuxième temps. On peine ainsi à comprendre en quoi le fait que la villa Wartmann ait été inscrite à l'inventaire cantonal, en application de l'art. 7 al. 1 LPMNS - disposition dont la recourante ne prétend au demeurant pas qu'elle aurait été appliquée arbitrairement -, postérieurement à l'adoption de la planification du secteur commanderait de lui nier tout intérêt patrimonial.
6.4. C'est par ailleurs de manière purement appellatoire que la recourante prétend que la villa Wartmann ne serait pas dans un état de conservation justifiant sa mise sous protection. Elle n'explique en particulier pas en quoi il serait critiquable d'avoir qualifié d'insignifiantes les modifications subies par la villa au cours du temps et dûment décrites dans le rapport B._. La recourante se borne en effet à décrire ces modifications, qualifiant péremptoirement celles-ci d'importantes sans toutefois prendre le soin, contrairement à l'historienne B._, suivie par la Cour de justice, d'analyser ces modifications, non pour elles-mêmes, mais au travers du prisme de l'état de conservation et d'entretien du bâtiment pris dans sa globalité. Le grief de la recourante s'avère sous cet angle d'autant moins fondé que l'appréciation de la cour procède d'une instruction complète, comprenant non seulement l'analyse des différents préavis versés au dossier, mais également des constatations opérées à l'occasion du transport sur place. Au cours de cette inspection locale, l'instance précédente a pu constater l'existence de ces transformations; elle a également pu se convaincre du bien-fondé des conclusions du rapport B._ à leur propos. Dans ces circonstances, il n'apparaît pas discutable de retenir que la substance historique du bâtiment est conservée et le Tribunal fédéral n'a pas de motif de s'écarter de l'appréciation des autorités locales sur ce point (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416).
6.5. Le rapport privé D._, dont la recourante reproduit de nombreux passages dans son mémoire, n'est, quoi qu'elle en dise, pas non plus de nature à remettre en cause la position de la Cour de justice. En effet, il faut, avec cette dernière, reconnaître que ce rapport porte essentiellement sur la question de la proportionnalité et de l'opportunité d'une mesure de protection au regard des coûts de remise en état de la villa qu'une inscription à l'inventaire implique (cf. consid. 7.2 ci-dessous). Le rapport D._ se révèle certes étoffé s'agissant de cette problématique (cf. rapport D._, p. 9 ss); la recourante perd toutefois de vue qu'il n'appartient pas à un expert, encore moins lorsque celui-ci oeuvre sur mandat d'une partie à la procédure, de se prononcer sur la proportionnalité d'une mesure de protection, cette question relevant du pouvoir d'appréciation du juge. Pour le surplus, en ce qui concerne les points relevant des connaissances d'un spécialiste, le rapport D._ ne se révèle guère documenté, en particulier s'agissant du style architectural de la villa Wartmann, qu'il qualifie, sans autre référence, de commun (cf. rapport D._, p. 6). Dans ces conditions, rien dans ce rapport privé - lequel ne constitue à ce titre qu'un simple allégué de partie (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 373 ss et les arrêt cités) -, n'imposait à l'instance précédente de s'écarter du rapport B._, quant à lui, largement documenté sur la valeur architecturale des maisons cubes (cf. rapport B._, bibliographie, p. 25).
6.6. En définitive, la recourante n'apporte aucun élément qui eût imposé à la Cour de justice de s'éloigner de l'avis du DALE quant à l'intérêt patrimonial de la villa Wartmann; la position du département repose sur les préavis des organes spécialisés - en particulier de la CMNS - favorables, dans leur ensemble à une mesure de protection -, ainsi que sur les études historiques et architecturales menées sur mandat du département. L'instance précédente n'a ainsi pas violé le droit en confirmant l'existence d'un intérêt public important au maintien de la villa en cause.
7.
Il reste dès lors à examiner si la mesure de protection envisagée au nom de l'intérêt public à la préservation du patrimoine est conforme au principe de la proportionnalité, ce que conteste la recourante.
7.1. Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive; en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173). Sous ce dernier aspect, une mesure de protection des monuments est incompatible avec la Constitution si elle produit des effets insupportables pour le propriétaire ou ne lui assure pas un rendement acceptable. Savoir ce qu'il en est dépend notamment de l'appréciation des conséquences financières de la mesure critiquée; il incombe à l'autorité d'établir les faits de telle manière qu'apparaissent clairement toutes les conséquences de la mesure, des points de vue de l'utilisation future du bâtiment et des possibilités de rendement pour son propriétaire (cf. <ref-ruling> consid. 6c in fine p. 222 et consid. 6h p. 226; arrêts 1C_52/2016 du 7 septembre 2016 consid. 3.2; 1P.842/2005 du 30 novembre 2006 consid. 2.4).
7.2. L'arrêt cantonal retient, sans que cela ne soit contesté, que, sur le plan cantonal, la mise à l'inventaire d'un bâtiment constitue la mesure de protection individuelle la moins contraignante prévue par la LPMNS. Celle-ci entraîne l'obligation de maintenir les immeubles et d'en préserver les éléments dignes d'intérêt (art. 9 al. 1 1 ère phrase. LPMNS). L'art. 90 al. 1 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE 5 05), aux termes duquel les structures porteuses, de même que les autres éléments particulièrement dignes de protection doivent, en règle générale, être sauvegardés en cas de rénovation ou de transformation, est applicable par analogie aux travaux exécutés dans ces immeubles (art. 9 al. 1 2 ème phrase LPMNS); restent réservés les cas d'intérêt public (art. 9 al. 1 3 ème phrase LPMNS).
7.3. La recourante soutient en particulier qu'en période de pénurie de logement - dont souffre notoirement le canton de Genève - l'intérêt public à la construction d'habitations devait l'emporter sur l'intérêt public à la protection d'un monument historique. A la suivre, la diminution du nombre de logements initialement prévu de trente-deux unités, entraînée par la mesure de protection litigieuse, devrait conduire à l'interdiction de celle-ci. La recourante ne fournit toutefois guère d'explication à l'appui de son propos, se limitant, pour l'essentiel, à la reproduction des dispositions constitutionnelles cantonales (art. 178 et 179 Cst-GE [RS/GE A 2 00]) et fédérales (art. 41 al. 1 let. e et 108 Cst.) consacrant l'intérêt public à la création de logements. Elle perd ce faisant en particulier de vue que l'intérêt public au logement, certes important, ne saurait en soi imposer la réalisation du projet de la recourante sans être préalablement confronté aux différents éléments justifiant la préservation de la villa Wartmann identifiés par l'arrêt attaqué.
7.3.1. La Cour de justice a ainsi en premier lieu souligné - comme le reconnaît d'ailleurs expressément la recourante - que la mesure de protection litigieuse n'empêche pas toute autre construction sur la parcelle en question. L'arrêt attaqué mentionne à ce sujet que l'inscription à l'inventaire n'empêchera pas la recourante de procéder à une densification mesurée de sa parcelle; il ressort d'ailleurs de l'arrêt attaqué que le département s'est prononcé favorablement - sous réserve du respect des normes de protection contre le bruit - sur la construction d'un bâtiment en bordure de la route de Saint-Loup, au nord-est de la villa protégée, pour autant que cela ne porte pas atteinte aux qualités patrimoniales de cette dernière. Il est ainsi erroné d'affirmer, comme le fait appellatoirement la recourante, que le maintien de la villa serait inconciliable avec la réalisation d'un projet de logements. La recourante ne peut dès lors pas non plus être suivie lorsqu'elle affirme - sans toutefois documenter son propos - que la protection de la villa Wartmann heurterait les exigences du plan directeur cantonal en matière de création de nouveaux logements d'ici 2030.
7.3.2. L'instance précédente a par ailleurs également pris soin d'opposer la mesure litigieuse aux intérêts économiques de la recourante. Sur la base du rapport établi le 12 octobre 2015 par François Hiltbrand, architecte HES et expert immobilier EPFL, versé en cause par la recourante, la Cour de justice a retenu que les coûts de rénovation pouvaient être estimés à 670'000 francs, dont le 35% représentait une plus-value pour le bâtiment. La Cour de justice a considéré qu'un sacrifice financier inférieur à 10% du prix d'achat de la propriété ne rendait pas insupportable l'atteinte portée par la mesure litigieuse à la garantie de la propriété. La recourante ne fournit pour sa part pas d'élément commandant de s'écarter de ce point de vue (<ref-law>); tout au plus se prévaut-elle des considérations du rapport D._ - qu'elle ne reproduit cependant qu'à l'appui d'un grief distinct de celui de la proportionnalité (cf. consid. 6.4) - sans prétendre ni préciser en quoi celles-ci commanderaient de remettre en cause la pondération opérée par la Cour de justice. La recourante n'allègue par ailleurs pas non plus que les coûts de rénovation ou encore la réduction du nombre de logements de son projet initial l'empêcherait d'obtenir un rendement suffisant de son investissement; quoi qu'il en soit, la seule diminution des expectatives de rendement que pourrait entraîner l'inscription à l'inventaire n'est en elle-même pas suffisante à empêcher la mesure de protection litigieuse, l'intérêt privé à une utilisation financière optimale de l'immeuble devant en principe céder le pas devant l'intérêt public lié à la protection des monuments et sites bâtis (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 221 et les arrêts cités).
7.4. C'est en définitive au terme d'une appréciation complète des circonstances que l'instance précédente a confirmé la mesure de protection de la villa Wartmann. Vu l'intérêt patrimonial de cette dernière (cf. consid. 6) et la possibilité résiduelle de la recourante de densifier sa parcelle, la Cour de justice pouvait faire prévaloir l'intérêt au maintien de ce bâtiment. Même si elle est de nature à diminuer la création de logements ainsi que les expectatives de rendement de la société propriétaire, la mesure querellée, qui répond à un intérêt public important, ne porte pas atteinte au principe de la proportionnalité. Le grief doit partant être rejeté.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, ainsi qu'à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 14 septembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez