Faits :
A.
Statuant à la requête de C._ SA, qui se fondait sur un jugement de la High Court of Justice de Londres du 13 décembre 2010, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné les séquestres suivants à l'encontre de divers débiteurs, visant leurs créances envers E._ SA, tiers séquestré sis à Genève, en relation avec l'affrètement d'un navire:
- un séquestre à concurrence de 19'186'500 fr. au préjudice de D._, portant sur toute créance de celui-ci, notamment à travers F._ Ltd, A._ Ltd et G._ Ltd, sociétés dont il est le bénéficiaire économique ( n° xx xxx xxx x du 10 avril 2015).
- un séquestre à concurrence de 18'681'636 fr. 15 au préjudice de B._ Ltd, portant sur toute créance de D._, notamment à travers F._ Ltd, A._ Ltd, G._ Ltd, et/ou B._ Ltd, sociétés dont D._ est le bénéficiaire économique ( n° yy yyy yyy y du 4 mai 2015).
- un séquestre à concurrence de 18'482'963 fr. 11, au préjudice de A._ Ltd, portant sur toute créance de celle-ci et/ou de D._, que celui-ci détient à travers cette société, dont il est le bénéficiaire économique, en relation au droit de gage/ rétention préférentiel que A._ Ltd prétend avoir à l'égard de E._ SA sur le fret que cette dernière doit payer à B._ Ltd ( n° zz zzz zzz z du 11 juin 2015).
- un séquestre à concurrence de 18'482'963 fr. 11 au préjudice de D._, portant sur toute créance de celui-ci, détenue à travers A._ Ltd, dont il est le bénéficiaire économique, et/ou de cette société, en relation au droit de gage/rétention préférentiel que celle-ci prétend avoir à l'égard de E._ SA sur le fret que cette dernière société doit payer à B._ Ltd ( n° aa aaa aaa a du 26 juin 2015).
- un séquestre à concurrence de 18'579'114 fr. 49 au préjudice du prénommé, portant sur toute créance de celui-ci, notamment à travers F._ Ltd, A._ Ltd, G._ Ltd, ou de B._ Ltd, sociétés dont il est le bénéficiaire économique ( n° bb bbb bbb b du 26 juin 2015).
B.
B.a. L'Office des poursuites de Genève ( Office) a exécuté ces séquestres en main de E._ SA les 10 avril, 4 mai, 11 juin et 6 juillet 2015, et adressé aux parties les procès-verbaux y relatifs, en prolongeant le délai pour former opposition en raison de leur siège à l'étranger. Cette mesure a conduit B._ Ltd, puis A._ Ltd, à émettre des " avis de rétention " aux fins d'empêcher le déchargement du navire à cause du fret impayé.
B.b. Le 9 avril 2015, B._ Ltd a formé opposition au séquestre n° xx xxx xxx x, qu'elle a retirée.
Le 20 avril suivant, E._ SA a également formé opposition à ladite ordonnance, laquelle a été rejetée le 22 décembre 2015 par le Tribunal de première instance de Genève: en substance, celui-ci a retenu que l'opposante n'avait pas formellement contesté disposer d'une créance appartenant à D._ ou aux diverses sociétés visées par la mesure; de surcroît, l'obtention d'un second séquestre au préjudice de B._ Ltd ( n° yy yyy yyy y), portant sur le même montant et la même créance, ne rendait pas injustifié le séquestre n° xx xxx xxx x, car l'existence de nombreuses sociétés détenues par D._ suscitait un doute suffisamment important pour légitimer C._ SA à requérir plusieurs séquestres pour la même créance.
B.c. Le 3 mars 2016, E._ SA a avisé l'Office de la conclusion d'un accord entre B._ Ltd et H._ Ltd, d'après lequel celle-ci s'est engagée à payer à celle-là, sur un compte séquestré, le fret dont elle-même était redevable, avec effet libératoire. B._ Ltd a facturé à E._ SA un montant de 277'218,43 USD à titre notamment de " surestaries "; cette nouvelle prétention a fait l'objet d'un règlement transactionnel de 170'000 USD, versés le 16 septembre 2015 à B._ Ltd; de l'avis de E._ SA, les séquestres ne pouvaient donc plus porter en ses mains, faute d'actifs à séquestrer.
Par courrier du 21 mars 2016, C._ SA a contesté l'extinction de la créance séquestrée; le 13 mai 2016, elle a invité l'Office à ordonner à B._ Ltd et A._ Ltd de produire les pièces prouvant le paiement allégué; le 10 juin 2016, sur demande de l'Office, elle a chiffré à 2'165'498 fr.50 le montant de la créance contestée.
Les 27 et 28 juin 2016, B._ Ltd, A._ Ltd et D._ ont requis l'Office de délivrer des procès-verbaux de " non-lieu de séquestre ", voire de constater la nullité des séquestres en cause; C._ SA s'y est opposée le 29 juin 2016.
C.
C.a. Par décision du 13 juillet 2016, l'Office a maintenu les séquestres sur la créance telle qu'elle était décrite dans les cinq ordonnances de séquestre et constaté que la créance séquestrée en main de E._ SA était devenue litigieuse à concurrence de 2'165'498 fr.50.
C.b. Le 25 juillet 2016, la Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites de la Cour de justice du canton de Genève a été saisie des plaintes suivantes:
- A._ Ltd et B._ Ltd ont conclu à l'annulation de la décision de l'Office et à la constatation de la nullité de l'exécution des séquestres nos yy yyy yyy y et zz zzz zzz z;
- D._ a conclu à l'annulation de la décision de l'Office et à la constatation de la nullité de l'exécution des cinq séquestres;
- C._ SA a conclu à l'annulation de la décision de l'Office relative à l'ordonnance n° xx xxx xxx x, l'Office étant invité à rendre une nouvelle décision constatant que les cinq séquestres ont porté sur une créance non litigieuse en main de E._ SA à hauteur de 2'165'498 fr.50.
C.c. Statuant le 10 novembre 2016, la Chambre de surveillance a joint les procédures et rejeté les plaintes.
D.
Par acte expédié le 25 novembre 2016, C._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce qu'il soit constaté que les séquestres nos xx xxx xxx x, yy yyy yyy y, aa aaa aaa a, zz zzz zzz z et bb bbb bbb b ont porté sur une créance non litigieuse en main de E._ SA à hauteur de 2'165'498 fr. 50.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé à temps (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par une autorité de surveillance statuant en dernière (unique) instance cantonale (<ref-law>). Il est recevable sans égard à la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). La plaignante, qui a succombé devant l'autorité précédente et possède un intérêt digne de protection à la modification de la décision attaquée, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
La décision relative à l'exécution d'un séquestre (<ref-law>) ne porte pas sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2, avec la jurisprudence mentionnée), contrairement à l'ordonnance elle-même (<ref-ruling> consid. 1). Il s'ensuit que les recourantes peuvent invoquer tous les moyens de recours prévus aux art. 95/96 LTF, que le Tribunal fédéral revoit avec une pleine cognition (<ref-law>).
3.
3.1. L'autorité précédente a tout d'abord retenu que l'Office n'était pas compétent pour se prononcer sur l'existence de la créance saisie, de sorte qu'il n'avait pas à prendre en compte l'avis de droit produit par les parties plaignantes au sujet de la prétendue extinction de la créance séquestrée; les moyens tirés d'une violation du droit d'être entendu et d'un déni de justice sont dès lors infondés.
Les magistrats précédents ont en outre considéré que les indications multiples de la requérante sur la titularité de la créance à séquestrer dénotent qu'elle hésite à l'attribuer à l'un ou à l'autre de ses débiteurs, dont elle a confirmé à l'Office qu'elle les poursuivait solidairement. Cela étant, les ordonnances de séquestre n'apparaissent pas manifestement nulles, d'autant que le Tribunal de première instance avait déjà admis que la requérante était légitimée à solliciter plusieurs séquestres pour la même créance, vu l'identité économique des poursuivis. Le reproche d'abus de droit à l'égard de la requérante s'avère injustifié. Partant, les conclusions tendant à la délivrance de procès-verbaux de " non-lieu de séquestre " doivent être rejetées.
Enfin, selon les juges cantonaux, le tiers séquestré (E._ SA) ayant contesté sa qualité de débiteur de la créance de fret séquestrée, c'est avec raison que l'Office a décidé de maintenir les séquestres litigieux, qui frappent dorénavant une " créance contestée ", que la requérante a chiffrée à 2'156'498 fr. 50.
3.2. En outre, la cour cantonale a rejeté le moyen de la requérante pris d'une violation des " art. 95 et 96 LP ", car ce n'est pas E._ SA qui s'est acquittée de sa propre dette, mais bien la société H._ Ltd, " qui l'a a priori libérée de son obligation de paiement" à l'égard de B._ Ltd.
4.
Comme le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par la juridiction cantonale (<ref-law>), il convient d'examiner d'abord les critiques relatives à l'établissement des faits et à l'appréciation des preuves.
4.1. Dans un premier grief, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement admis que E._ SA n'avait effectué aucun paiement en faveur de B._ Ltd, tout en constatant, par ailleurs, qu'elle lui avait versé 170'000 USD " à titre de surestaries ".
La constatation incriminée se rapporte manifestement au paiement du fret, acquitté par la société H._ Ltd, et non à la " nouvelle créance " correspondant au montant de 277'218,43 USD " à titre notamment de surestaries ", que B._ Ltd a facturé à E._ SA et que cette dernière lui a réglé à titre transactionnel le 16 septembre 2015. Quoi qu'il en soit, la recourante concède elle-même que ce poste est compris dans la créance séquestrée en main de E._ SA, ce qui ressort du reste de la décision de l'Office du 13 juillet 2106. Autant qu'il n'est pas dépourvu d'incidence sur l'issue de l'affaire (<ref-law>), le moyen est dès lors infondé.
4.2. Dans un second grief, la recourante affirme que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en retenant que H._ Ltd avait opéré un versement en faveur de B._ Ltd, lequel aurait libéré le tiers débiteur (E._ SA); or, un tel paiement n'a pas été prouvé.
D'emblée, ce moyen apparaît en contradiction avec celui qui se fonde sur une violation de l'<ref-law>, dans lequel la recourante discute les conséquences du paiement du fret par la société H._ Ltd, qu'elle tient dès lors pour acquis ( cf. infra, consid. 5.1); or, le Tribunal fédéral doit résoudre des questions concrètes et n'a pas à examiner des griefs qui s'excluent au gré de l'argumentation de la partie recourante (arrêt 5P.489/1994 du 11 juillet 1995 consid. 3). Au demeurant, la juridiction précédente s'est, en réalité, bornée à rapporter l'existence d'un accord selon lequel H._ Ltd " s'est engagée à payer " à B._ Ltd le fret dont E._ SA était débitrice. C'est bien parce que la recourante a mis en doute " l'extinction de la créance séquestrée " - sans contester apparemment elle-même la réalité du paiement - que l'Office a constaté que la créance était devenue litigieuse et maintenu dans cette mesure les ordonnances de séquestre ( cf. infra, consid. 5.2).
5.
5.1. D'après l'<ref-law>, applicable en matière de séquestre par renvoi de l'<ref-law>, il est interdit au débiteur, sous la menace des peines prévues par l'<ref-law>, de disposer des biens séquestrés sans la permission du préposé (al. 1); sous réserve de la protection des tiers de bonne foi, les actes de disposition accomplis par le débiteur sont nuls dans la mesure où ils lèsent les droits que le séquestre a conférés aux créanciers (al. 2).
Comme l'a retenu la juridiction cantonale, cette disposition ne vise que les actes de disposition du " débiteur "; or, en l'occurrence, le paiement a été effectué par une société tierce (H._ Ltd), dont il n'est pas établi qu'elle aurait agi, à cette occasion, comme représentante de la débitrice séquestrée (B._ Ltd). La décision attaquée ne constate pas davantage que celle-ci aurait disposé des fonds que lui aurait versés celle-là, mais retient, au contraire, que ce versement devait être opéré sur un " compte séquestré ". L'argumentation de la recourante, qui voit dans " l'acceptation du paiement " un acte de disposition, apparaît ainsi mal fondée.
5.2. Selon la jurisprudence relative à l'<ref-law>, applicable en matière de séquestre par renvoi de l'<ref-law>, l'office des poursuites doit, sans se préoccuper des déclarations du débiteur séquestré ou du tiers débiteur, mettre sous main de justice les créances dont le créancier séquestrant allègue l'existence, alors même que le tiers débiteur nierait l'existence d'une dette à sa charge, soit parce qu'elle n'aurait jamais existé, soit parce qu'elle aurait été éteinte; l'office peut obliger le tiers débiteur à se déterminer (<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>), mais il n'a pas la compétence pour se prononcer sur l'existence de la créance séquestrée, sous réserve du cas où il apparaît clairement que les prétendus droits à séquestrer n'existent pas. Il incombera ensuite au créancier séquestrant d'établir par la voie judiciaire que le débiteur séquestré est réellement titulaire du droit qu'il lui attribue; avant d'agir, il devra se faire céder la créance, conformément à l'<ref-law>, ou se la faire adjuger aux enchères publiques (<ref-ruling> consid. 2 et la jurisprudence citée; arrêt 5A_472/2013 du 21 août 2013 consid. 4.1, avec d'autres citations).
Contrairement à ce que prétend la recourante, une créance peut être considérée comme contestée par l'office des poursuites après avoir été séquestrée (arrêt 7B.220/2005 du 2 mars 2006: séquestres ordonnés les 19/25 octobre 2004; avis adressés au tiers débiteur de la créance les 29/26 octobre suivants; décision de l'office du 13 janvier 2005 de maintenir les avis de séquestre et de considérer la créance comme litigieuse); GILLIÉRON souligne à cet égard que, en pratique, l'office des poursuites n'apprend souvent que le tiers débiteur conteste l'existence, l'exigibilité ou le montant de la créance saisie ou séquestrée qu'après que l'intéressé a reçu communication de l'avis prévu par l'<ref-law>; le cas échéant, l'office doit revoir son estimation de la créance saisie ou séquestrée, ou décider de la mettre sous main de justice en tant que créance contestée (Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. II, 2000, n° 19 ad <ref-law>).
Ces considérations s'appliquent particulièrement au séquestre. Comme l'a rappelé l'autorité précédente, l'obligation d'informer qui incombe au tiers débiteur de la créance ou au détenteur des biens séquestrés ne naît qu'après l'expiration du délai pour former opposition à l'ordonnance de séquestre, respectivement après que la décision sur opposition est devenue définitive (<ref-ruling> consid. 4.4, avec la jurisprudence citée). Il s'ensuit que la décision de l'office de considérer la créance séquestrée comme contestée ne peut, dans cette éventualité, être prise qu'après " l'obtention du séquestre ". Or, la décision attaquée retient que E._ SA a expliqué à l'Office qu'elle ne pouvait se prononcer sur l'un des séquestres litigieux en raison d'informations insuffisantes, qu'elle renseignerait l'Office à l'expiration du délai d'opposition (respectivement au terme de cette procédure) quant à deux autres séquestres et qu'elle ne pouvait déterminer qui, des sociétés B._ Ltd ou A._ Ltd, était titulaire de la créance de fret, cet aspect faisant l'objet d'une procédure arbitrale (<ref-law>; p. 4/5 let. C). Cela étant, vu la position des divers protagonistes - telle qu'elle ressort des constatations de la cour cantonale (<ref-law>) -, le procédé de l'Office ne prête pas le flanc à la critique; en le confirmant, la décision attaquée ne viole dès lors pas le droit fédéral.
5.3. La question apparaît plus délicate pour la créance correspondant au paiement des " surestaries ", sur laquelle la juridiction précédente ne s'est pas prononcée.
Il faut concéder à la recourante que l'Office a englobé ce poste dans la créance séquestrée en main de E._ SA. Il n'a toutefois procédé de la sorte qu'en raison des explications de la requérante, qui avait chiffré à 2'165'498 fr. 50 la créance contestée (dont 170'000 USD, au titre de " surestaries et d'amende "); en particulier, il ne s'est pas exprimé sur la question de savoir si, comme le prétendait l'intéressée, E._ SA avait opéré le paiement litigieux ( cf. supra, let. B.c) au mépris de l'obligation sanctionnée par l'<ref-law> (par renvoi de l'<ref-law>). Or, il résulte de la décision entreprise que la facture que E._ SA a réglée à titre transactionnel le 16 septembre 2015 est postérieure à l'obtention des séquestres, de sorte qu'il est douteux - en dépit de l'énoncé large des ordonnances - que B._ Ltd ait été titulaire de la créance en paiement des " surestaries " lorsque celles-ci ont été rendues ( cf. sur ce point: GILLIÉRON, ibidem, n° 20, pour la compensation); les explications de la recourante à cet égard ne ressortent pas de la décision attaquée et ne peuvent, partant, être prises en considération (art. 99 al. 1 et 105 al. 1 LTF). De surcroit, en parlant à ce propos de " nouvelle créance de B._ ", dans son courrier du 3 mars 2016 à l'Office ( cf. supra, let. B.c), E._ SA a implicitement exprimé l'avis que cette prétention se situait hors du cercle des créances dont elle était tenue de s'acquitter en main de l'Office ( cf. <ref-law>). En estimant que ladite créance devait être tenue pour " contestée ", la juridiction cantonale n'a donc pas (dans son résultat) violé le droit fédéral.
6.
En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'accorder des dépens aux intimés, qui n'ont pas été appelés à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève (Chambre de surveillance des Offices des poursuites et faillites).
Lausanne, le 3 juillet 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
Le Greffier : Braconi