Sachverhalt:
A.
A.a. Am 19. Mai 1998 verurteilte das Geschworenengericht des Kantons Zürich X._ unter anderem wegen mehrfachen versuchten Mordes, mehrfacher schwerer Körperverletzung, mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern und mehrfacher Schändung zu 17 Jahren Zuchthaus, als Zusatzstrafe zu einer in Amsterdam am 8. Juni 1994 ausgesprochenen Gefängnisstrafe von 6 Monaten. Das Geschworenengericht ordnete seine Verwahrung im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe zu diesem Zweck auf. Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies das Bundesgericht ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6S.114/1999 vom 12. Mai 2000).
X._ trat am 15. November 2000 zum Verwahrungs- und Strafvollzug in die Strafanstalt Pöschwies ein. Er befindet sich noch heute dort.
A.b. Am 5. Juni 2012 beschloss das Obergericht des Kantons Zürich nach einem Gutachten vom 4. Januar 2010, dass keine therapeutische Massnahme im Sinne von Art. 59-61 oder 63 StGB angeordnet und die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt werde. Die von X._ dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies die als Kassationsinstanz amtende II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 3. Juli 2013 ab. Die dagegen erhobenen Beschwerden von X._ wies das Bundesgericht ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6B_409/2012 und 6B_726/2013 vom 3. Februar 2014).
B.
Am 23. Juli 2016 stellte X._ ein Gesuch um bedingte Entlassung und beantragte eventualiter die Versetzung in den offenen Massnahmenvollzug sowie die Einholung eines neuen Gutachtens. Das Amt für Justizvollzug wies diese Gesuche am 23. September 2016 ab, desgleichen die Direktion der Justiz und des Innern am 15. Dezember 2016 und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 29. Mai 2017.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Mai 2017 vollumfänglich aufzuheben und ihn bedingt aus der Verwahrung zu entlassen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Das Verwaltungsgericht und das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Im Übrigen verzichten sie auf Vernehmlassung und verweisen auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer beantragt, er sei bedingt aus der Verwahrung zu entlassen. Er macht im Wesentlichen geltend, das Gutachten vom 4. Januar 2010 sei umstritten und nunmehr sieben Jahre alt. Auch dem Ergänzungsgutachten vom 20. Mai 2011 könne nichts Essentielles entnommen werden. Es handle sich bei den im Gutachten diagnostizierten Störungen nicht um medizinische Diagnosen im Sinne der Rechtsprechung des EGMR. Das Gutachten werde sodann mit den Therapieberichten des Psychiatrisch-Psychologischen Dienstes (PPD) vermengt. An Gutachten seien hohe Anforderungen zu stellen. Sie seien nur rechtstauglich, wenn sie von einem erfahrenen Psychiater erstellt würden - das sei vorliegend nicht der Fall. Ausserdem verweigere ihm der PPD eine Therapie, was eine Verletzung von Art. 3 EMRK darstelle. Ein weiterer signifikanter Grund, eine Neubegutachtung anzuordnen, sei, dass er seit über neun Jahren durchgehend Lucrin einnehme unter Inkaufnahme erheblicher Nebenwirkungen, was den Therapiebericht, wie auch die Verweigerung einer Therapie durch den PPD, wegen angeblicher mangelnder Therapiemotivation, Ignoranz strafe (Beschwerde S. 7 ff. Ziff. 11 ff.).
In seiner Eingabe an das Bundesgericht wiederholt bzw. übernimmt der Beschwerdeführer über weiteste Strecken bloss wortwörtlich seine in der Beschwerdeschrift vom 29. Dezember 2016 an die Vorinstanz gemachten Ausführungen, wenn er sich dabei auch formell gegen die Vorinstanz wendet (Beschwerde vom 29. Dezember 2016 S. 9 ff., vorinstanzliche Akten Aktennummer 2). Dabei setzt er sich mit den Erwägungen des vorinstanzlichen Urteils nicht auseinander und genügt die Beschwerdeschrift den Begründungsanforderungen nicht, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist (<ref-law>).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz gehe nicht auf die gerügten Verletzungen der EMRK ein. Stattdessen handle sie seine Vorbringen lediglich im Lichte des innerstaatlichen Rechts ab und lasse dabei <ref-law> ausser Acht. Sie verletze damit das Willkürverbot nach <ref-law> und seinen Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> (Beschwerde S. 5 f. Ziff. 9).
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gemäss Art. 5 Ziff. 4 EMRK. Er moniert, im Lichte der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte (EGMR) würden Verfahren betreffend Haftentlassungsgesuchen von Verwahrten, welche über drei Monate dauern, ohne weiteres Art. 5 Ziff. 4 EMRK verletzen. Sein Verfahren habe bis zur Erledigung durch die Vorinstanz rund elf Monate gedauert; zu beachten sei, dass die Verschiebung der Anhörung um einen Monat zu seinen Lasten gehe. Aber auch in Berücksichtigung dieses Aspekts sei die Dauer zu lang und verletze Art. 5 Ziff. 4 EMRK. Entsprechend sei er hierfür in Anlehnung an das im Urteil des EGMR Derungs gegen die Schweiz vom 10. Mai 2016 (Nr. 52089/09) verwendeten Massstab mit Fr. 8'400.-- zu entschädigen (Beschwerde S. 6 f. Ziff. 10).
2.2. Die Vorinstanz erwägt, trotz des Urteils des EGMR vom 10. Mai 2016 (Nr. 52089/09, Derungs c. Suisse) könne ohne eine Gesetzesänderung keine Instanz übersprungen werden. Auf den entsprechenden Antrag des Beschwerdeführers sei deshalb nicht einzutreten (Urteil S. 5 E. 1.2). Sodann beantrage dieser wegen der Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK eine Entschädigung von Fr. 5'000.--, da das Verfahren seit dem 23. Juli 2016 und damit länger als die vom EGMR im Fall Derungs verlangten drei Monate bis zur gerichtlichen Prüfung daure. Die Vorinstanz hält fest, gemäss § 2 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH; LS 175.2) und § 19 Abs. 1 lit. a des Haftungsgesetzes des Kantons Zürich vom 14. September 1969 (HG/ZH; LS 170.1) würden über Ansprüche Dritter gegen den Kanton die Zivilgerichte entscheiden. Nach § 22 Abs. 1 HG seien Begehren auf Feststellung, Schadenersatz und Genugtuung bei Ansprüchen gegen den Kanton schriftlich beim Regierungsrat einzureichen. Die Vorinstanz sei für die Beurteilung des Antrags des Beschwerdeführers nicht zuständig; insofern sei darauf ebenfalls nicht einzutreten (Urteil S. 6 E. 1.3).
2.3.
2.3.1. Gemäss Art. 5 Ziff. 4 EMRK hat jede Person, die festgenommen oder der die Freiheit entzogen ist, das Recht zu beantragen, dass ein Gericht innerhalb kurzer Frist über die Rechtmässigkeit der Freiheitsentziehung entscheidet und ihre Entlassung anordnet, wenn die Freiheitsentziehung nicht rechtmässig ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2.; <ref-ruling> E. 2.2.1).
Die Frage, welche Verfahrensdauer im Sinne von Art. 5 Ziff. 4 EMRK noch als angemessen erscheint, kann nicht abstrakt beantwortet werden, sondern hängt von der Würdigung der konkreten Umstände des Einzelfalles ab. Der Anspruch auf einen raschestmöglichen Entscheid wird nicht verletzt, wenn der Behörde auf Grund der Umstände des Falles ein früherer Entscheid vernünftigerweise nicht möglich war. Zu berücksichtigen sind insbesondere allfällige besondere verfahrensrechtliche oder materielle Schwierigkeiten sowie das Verhalten des Betroffenen (<ref-ruling> E. 3.a; Urteil 6B_424/2011 vom 12. September 2011 E. 1.3; je mit Hinweisen) und, dass sich die Verfahrensdauer nicht für alle Arten der Freiheitsentziehung nach den gleichen Massstäben beurteilt (<ref-ruling> E. 3a). Dabei ist nach der Natur der Freiheitsentziehung zu differenzieren (Urteil 6B_109/2013 vom 19. Juli 2013 E. 5.3 mit Hinweisen).
Im Entscheid Fuchser gegen die Schweiz befand der EGMR, die Dauer von vier Monaten und sechs Tagen bis zur gerichtlichen Beurteilung eines Gesuchs um Aufhebung einer stationären Massnahme und Entlassung aus dem Massnahmevollzug verstosse gegen Art. 5 Ziff. 4 EMRK, da keine besonderen Umstände vorgelegen hätten, welche eine solche Dauer bzw. Verzögerung hätten rechtfertigen können. Der EGMR stellte vielmehr fest, die Behörden seien im Zusammenhang mit der Einholung eines Ergänzungsgutachtens untätig geblieben (Urteil des EGMR Fuchser gegen Schweiz vom 13. Juli 2006, Nr. 55894/00, §§ 46 ff.). Da das Entlassungsgesuch im Fall Fuchser vom Gericht schliesslich gutgeheissen wurde, wirkte sich die Verfahrensverzögerung auf die Dauer des Freiheitsentzugs aus. Im Entscheid Derungs gegen die Schweiz (Urteil, a.a.O., §§ 48 ff.) bestätigte der EGMR besagte Rechtsprechung. Gleichzeitig entschied er, die Dauer von fast elf Monaten vom Gesuch um bedingte Entlassung aus der Verwahrung bis zum ersten richterlichen Entscheid sei mit Art. 5 Ziff. 4 EMRK nicht vereinbar. Dabei sah der EGMR darin, dass der Beschwerdeführer ein verwaltungsinternes Beschwerdeverfahren durchlaufen musste, bevor er ein Gericht im Sinne der EMRK anrufen konnte, keinen besonderen Umstand, der die Verfahrensdauer hätte rechtfertigen können (Urteil, a.a.O., §§ 52 ff.).
2.3.2. Gemäss konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts ist einer festgestellten Verletzung des Beschleunigungsgebotes angemessen Rechnung zu tragen. Als Folgen kommen die Berücksichtigung der Verfahrensverzögerung bei der Strafzumessung, die Schuldigsprechung unter gleichzeitigem Strafverzicht oder in extremen Fällen - als ultima ratio - die Einstellung des Verfahrens in Betracht (<ref-ruling> E. 3.6 S. 26; <ref-ruling> E. 8; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 55; <ref-ruling> E. 4d; Urteil 6B_934/2016 vom 13. Juli 2017 E. 1.4.1, zur Publ. vorgesehen; je mit Hinweisen). Bei der Frage nach der sachgerechten Folge ist zu berücksichtigen, wie schwer die beschuldigte Person durch die Verfahrensverzögerung getroffen wurde, wie gravierend die ihr vorgeworfenen Taten sind und welche Strafe ausgesprochen werden müsste, wenn das Beschleunigungsgebot nicht verletzt worden wäre. Rechnung zu tragen ist auch den Interessen der Geschädigten und der Komplexität des Falls. Schliesslich ist in Betracht zu ziehen, wer die Verfahrensverzögerung zu vertreten hat (BGE <ref-ruling> E. 4e).
Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts ist das Gericht verpflichtet, die Verletzung des Beschleunigungsgebotes im Urteilsdispositiv ausdrücklich festzuhalten und gegebenenfalls darzulegen, in welchem Ausmass es diesen Umstand berücksichtigt (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3.3.2; <ref-ruling> E. 4d).
2.4. Zwischen dem Gesuch des Beschwerdeführers um bedingte Entlassung aus der Verwahrung vom 23. Juli 2016 und dem vorinstanzlichen Urteil vom 29. Mai 2017 liegen knapp zehn Monate. Im Lichte der aktuellen, vorerwähnten Rechtsprechung ist diese Verfahrensdauer insgesamt selbst in Anbetracht der Natur des Freiheitsentzugs - Verwahrung - und unter Berücksichtigung der konkreten Umstände (kein neues Gutachten, Anhörung des Beschwerdeführers, wobei der Termin wegen ihm um einen Monat verschoben werden musste, schriftliche Gehörsgewährungen) zu lang und nicht mit Art. 5 Ziff. 4 EMRK vereinbar. Damit erübrigt sich eine nähere Prüfung der einzelnen Verfahrensabschnitte.
Die übermässig lange Verfahrensdauer verletzt das Beschleunigungsgebot. Als Folge dieser Verletzung fordert der Beschwerdeführer in Anlehnung an den Fall Derungs eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 8'400.--. Dem kann nicht entsprochen werden. Der Beschwerdeführer übersieht, dass es sich dabei um eine vom EGMR zugesprochene Entschädigung handelt. Vorliegend geht es indes darum, dem in diesem Punkt obsiegenden Beschwerdeführer jene Rechtswohltat zuzugestehen, welche die schweizerische Rechtsordnung für eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorsieht (vgl. Art. 46 Ziff. 1 EMRK; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.b, 327 E. 4.d) bb). Ausserdem verkennt der Beschwerdeführer, dass sich der Fall Derungs massgeblich von seinem unterscheidet, weil in jenem Fall ohne die Verfahrensverzögerung die Entlassung früher angeordnet worden wäre. Mit der ausdrücklichen Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebots im Urteilsdispositiv und dem Verzicht auf eine Kostenauflage wird dem Beschwerdeführer eine hinreichende Genugtuung sowie vollkommene Wiedergutmachung für die erlittene Rechtsverletzung verschafft. Seine Belastung durch die Verzögerung ist als leicht zu qualifizieren. Auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers ist nicht einzutreten. Damit war die Folge der Verfahrensverzögerung für den Beschwerdeführer lediglich, dass sein Gesuch um bedingte Entlassung aus der Verwahrung erst nach einer übermässig langen Verfahrensdauer von einem Gericht abgelehnt wurde. Inwiefern sich die Verletzung des Beschleunigungsgebots weitergehend zu seinem Nachteil auswirkt, begründet der Beschwerdeführer nicht und ist auch nicht ersichtlich.
2.5. Die Vorinstanz legt dar, weshalb sie nicht auf die Anträge des Beschwerdeführers betreffend Entschädigung wegen der Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK und betreffend direkte Anfechtung von Verfügungen des Beschwerdegegners eintritt (vgl. E. 1.2 vorstehend). Dem Beschwerdeführer ist aber beizupflichten, dass sie sich mit seinem Antrag 1 insofern nicht auseinandersetzt, als er darin auch ersucht, "Im Rahmen der Normenkontrolle sei in casu die Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK festzustellen..." (Beschwerde vom 29. Dezember 2016 S. 2, vorinstanzliche Akten Aktennummer 2). Die entsprechende Rüge des Beschwerdeführers erweist sich damit als begründet.
3.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Es ist festzustellen, dass das Beschleunigungsgebot verletzt wurde. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer grundsätzlich einen Teil der Gerichtskosten zu tragen, während dem Kanton Zürich keine Kosten aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Da die Vorinstanz eine Verletzung des Beschleunigungsgebots hätte bejahen und feststellen müssen, hätte sich dies auf ihren Kosten- und Entschädigungsentscheid auswirken können. Dies jedoch nur marginal, weil der Beschwerdeführer nur in einem Nebenpunkt obsiegt hätte, zumal im vorinstanzlichen Verfahren hauptsächlich die Verweigerung der bedingten Entlassung aus der Verwahrung streitig war. Es genügt daher, wenn im bundesgerichtlichen Verfahren von Verfahrenskosten abgesehen wird. Auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur Neuregelung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen kann verzichtet werden. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Es wird festgestellt, dass das Beschleunigungsgebot im Sinne von Art. 5 Ziff. 4 EMRK betreffend rechtzeitige Prüfung des Gesuchs vom 23. Juli 2016um bedingte Entlassung aus der Verwahrung verletzt wurde.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini