Sachverhalt:
A.
Das Kriminalgericht Luzern sprach A._ mit Urteil vom 5. Februar 2015 vom Vorwurf der Vergewaltigung frei und verwies die Zivilforderungen der Privatklägerin X._ an den Zivilrichter. Die Kosten des Verfahrens wurden vollumfänglich dem Staat überbunden, so auch die Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatklägerin von Fr. 2'908.70 für das Untersuchungsverfahren und von Fr. 2'549.90 für das Gerichtsverfahren. Gegen den Freispruch erhoben die Staatsanwaltschaft und X._ Berufung.
B.
Das Kantonsgericht Luzern sprach A._ am 26. November 2015 vom Vorwurf der Vergewaltigung ebenfalls frei und verwies die Zivilforderungen von X._ an den Zivilrichter. Es bestätigte den erstinstanzlichen Kostenspruch und auferlegte die Kosten des Berufungsverfahrens je zur Hälfte X._ und dem Staat. Es verpflichtete X._ gestützt auf <ref-law>, dem Kantonsgericht die ihr auferlegte Hälfte der Gerichtskosten des Berufungsverfahrens (Fr. 2'000.--) sowie die gesamten Kosten ihrer unentgeltlichen Verbeiständung in allen Verfahren von Fr. 9'288.80 zu bezahlen, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 26. November 2015 sei im Kostenpunkt aufzuheben und dahingehend zu ändern, dass die Kosten des Berufungsverfahrens sowie die gesamten Kosten der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung auf die Staatskasse zu nehmen seien. Sie ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Das Kantonsgericht Luzern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit verlangt wird, dass die Kosten des Berufungsverfahrens auf die Staatskasse zu nehmen seien. Im Übrigen sei die Beschwerde gutzuheissen. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Luzern verzichtete auf eine Vernehmlassung.
E.
Das Bundesgericht hat den Entscheid öffentlich beraten (<ref-law>).

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz habe ihr zu Unrecht die Kosten des Berufungsverfahrens auferlegt. <ref-law> erlaube beim Freispruch der beschuldigten Person nur dann eine Kostenauflage an die Privatklägerschaft, wenn die Kosten durch die Anträge zum Zivilpunkt verursacht worden seien. Die im Berufungsverfahren entstandenen Kosten gingen nicht auf ihre Zivilforderungen zurück.
1.2. Die Kostenauflage im Rechtsmittelverfahren richtet sich nicht nach <ref-law>, sondern ausschliesslich nach <ref-law>. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin zu <ref-law> sind daher in diesem Zusammenhang unbehelflich. Gemäss <ref-law> tragen die Parteien die Kosten des Rechtsmittelverfahrens nach Massgabe ihres Obsiegens oder Unterliegens. Ergreifen sowohl die Staatsanwaltschaft als auch die Privatklägerschaft Berufung mit dem Antrag auf Schuldigsprechung und unterliegen sie, so tragen beide anteilsmässig die Kosten des Berufungsverfahrens (vgl. <ref-law>; THOMAS DOMEISEN, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 8 zu <ref-law>; YVONA GRIESSER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 5 zu <ref-law>). Vorliegend haben sowohl die Staatsanwaltschaft als auch die Beschwerdeführerin gegen den erstinstanzlichen Freispruch Berufung erhoben mit dem Antrag, A._ sei der Vergewaltigung schuldig zu sprechen. Da sie mit ihrem Antrag unterlagen, stellte die Vorinstanz in Anwendung von Art. 428 Abs. 1 und <ref-law> zu Recht fest, die Kosten des Berufungsverfahrens seien je zur Hälfte vom Staat und von der Beschwerdeführerin zu tragen, wobei Letztere aufgrund der ihr gewährten unentgeltlichen Rechtspflege von der Kostentragung befreit wurde (<ref-law>).
Art. 30 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Hilfe an Opfer von Straftaten (Opferhilfegesetz, OHG; SR 312.5) bezieht sich nur auf Verfahren betreffend die von den Beratungsstellen erbrachten Leistungen sowie die Entschädigung und Genugtuung nach <ref-law>. In anderen Verfahren im Zusammenhang mit der Straftat, etwa bei gegen den Täter gerichteten Zivil- oder Strafklagen, gilt die in <ref-law> statuierte Kostenfreiheit nicht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 261 f. mit Hinweisen). Die Vorinstanz durfte die Beschwerdeführerin daher in analoger Anwendung von <ref-law> verpflichten, dem Staat ihren Kostenanteil zurückzuerstatten, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen. Eine Verletzung von Bundesrecht liegt nicht vor und die Beschwerde ist diesbezüglich abzuweisen.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe sie in Verletzung von <ref-law> bzw. <ref-law> zur Rückzahlung der Kosten für die unentgeltliche Rechtsverbeiständung verpflichtet, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen. Auch diese Kosten seien nicht durch die Anträge im Zivilpunkt verursacht worden. Zudem sei es der Vorinstanz verwehrt gewesen, die Kostenregelung der Erstinstanz zu ändern und sie neu zur Rückerstattung der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung im Untersuchungsverfahren und im erstinstanzlichen Verfahren zu verpflichten, da eine solche Änderung von keiner Partei beantragt worden sei. Die Vorinstanz habe sodann ihr rechtliches Gehör gemäss <ref-law> verletzt, weil sie ihr vor der Neureglung der erstinstanzlichen Kostenfolgen keine Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben habe.
2.2. Das Berufungsgericht überprüft das erstinstanzliche Urteil gemäss <ref-law> nur in den angefochtenen Punkten. Das erstinstanzliche Urteil sah keine Verpflichtung zur Rückerstattung der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung im Untersuchungs- und erstinstanzlichen Verfahren vor. Diese Frage bildete auch nicht Gegenstand der Berufungen. Begründet ist daher der Einwand der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz hätte sich nicht dazu äussern dürfen. Ein Anwendungsfall von <ref-law>, der zugunsten der beschuldigten Person ausnahmsweise ein Abweichen von der Dispositionsmaxime rechtfertigt (siehe dazu etwa Urteile 6B_769/2016 vom 11. Januar 2017 E. 2.3; 6B_349/2016 vom 13. Dezember 2016 E. 2.3), lag offensichtlich nicht vor. Die Beschwerde ist folglich insofern gutzuheissen, als die Beschwerdeführerin in Verletzung von <ref-law> zur Rückzahlung der Kosten für ihre unentgeltliche Verbeiständung im Untersuchungsverfahren (Fr. 2'908.70) sowie im erstinstanzlichen Gerichtsverfahren (Fr. 2'549.90) verpflichtet wird, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. Dispositiv-Ziff. 5.3 des angefochtenen Urteils ist diesbezüglich aufzuheben.
2.3.
2.3.1. Zu prüfen ist sodann, ob die vorinstanzliche Verpflichtung zur Rückerstattung der Kosten der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung im Berufungsverfahren gegen <ref-law> verstösst. Gemäss dieser Bestimmung müssen das Opfer und seine Angehörigen die Kosten für einen unentgeltlichen Rechtsbeistand nicht zurückerstatten. Das Bundesgericht entschied in <ref-ruling>, es sei nicht zulässig, vom Opfer die Rückzahlung der Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes an den Staat zu verlangen, sobald es die wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. <ref-law> gehe Art. 135 Abs. 4 und Art. 138 Abs. 1 StPO als lex specialis vor (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 266 ff.).
Zur Frage, ob dies wie vorliegend auch bei einem Freispruch der beschuldigten Person gilt, äusserte sich das Bundesgericht in <ref-ruling> nicht, denn dem Entscheid lag eine grundlegend andere Konstellation zugrunde. In jenem Fall wurde der Beschuldigte zweitinstanzlich der Schändung zum Nachteil der Privatklägerin schuldig gesprochen. Bei der Fällung des zweitinstanzlichen Urteils (und somit im Zeitpunkt des Entscheids über die Kosten- und Entschädigungsfolgen) stand eine Straftat somit fest.
2.3.2. Als Opfer gilt die geschädigte Person, die durch die Straftat in ihrer körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (<ref-law>). Gleich lautet auch <ref-law>. Im Opferhilferecht gilt grundsätzlich derselbe Opferbegriff wie im Strafrecht. Das Vorliegen einer Straftat ist unabdingbare Voraussetzung für die Anerkennung der Opferqualität (<ref-ruling> E. 3.4 S. 9 mit Hinweis). Vorausgesetzt wird ein tatbestandsmässiges und rechtswidriges Verhalten. Eine schuldhafte Tatbegehung ist indessen nicht zwingend (<ref-law>). Ob der Täter die Tat schuldhaft beging, spielt im Opferhilferecht als täterbezogenes Kriterium bei der Bestimmung der Opferqualität keine Rolle (zum Ganzen <ref-ruling> E. 5.5 S. 313, 33 E. 5.4 S. 36; <ref-ruling> E. 3b S. 215). Nicht verlangt wird zudem, dass ein Täter ermittelt worden ist (vgl. <ref-law>). Nicht erforderlich ist demnach auch, dass es zu einer strafrechtlichen Verurteilung kommt.
2.3.3. Ein Anspruch auf Entschädigung und Genugtuung nach Art. 2 lit. d und e sowie <ref-law> besteht nur, wenn eine Straftat feststeht. Da es um die definitive Zusprechung von Entschädigung und Genugtuung geht, müssen alle anspruchsbegründenden Voraussetzungen erfüllt sein, auch die einer Straftat im zuvor erwähnten Sinne (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3d S. 216). Andere Leistungen des OHG wie die Beratung und Soforthilfe sowie die längerfristige Hilfe der Beratungsstellen (vgl. Art. 2 lit. a und b sowie <ref-law>) sind jedoch verfahrensrechtlicher Natur. Sie müssen, damit sie ihren Zweck erfüllen können, gewährt werden, bevor endgültig feststeht, ob ein tatbestandsmässiges und rechtswidriges Verhalten des Täters zu bejahen ist oder nicht (BGE <ref-ruling> E. 3c S. 216; siehe auch <ref-ruling> E. 5.6 S. 39). Auch für die Anerkennung der Opferstellung im Strafverfahren kann nicht verlangt werden, dass die Tatbestandsmässigkeit und die Rechtswidrigkeit einer Tat erstellt sind. Ob diese und die weiteren Voraussetzungen einer Straftat gegeben sind, bildet erst Gegenstand des Strafverfahrens. Soll das Opfer seine Rechte im diese Frage klärenden Strafverfahren wahrnehmen können, muss es genügen, dass eine die Opferstellung begründende Straftat in Betracht fällt (BGE <ref-ruling> E. 3c S. 216). Um im Strafverfahren als geschädigte Person gemäss <ref-law> bzw. als Opfers nach <ref-law> anerkannt zu werden, genügt es daher, wenn eine Schädigung im Sinne dieser Bestimmungen glaubhaft gemacht wird (siehe etwa Urteil 6B_617/2016 vom 2. Dezember 2016 E. 1.1 mit Hinweisen). Die Legitimation zur Berufung und zur Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht im Schuldpunkt hängt ebenfalls davon ab, ob die betroffene Person im Strafverfahren als Privatklägerin anerkannt wurde (vgl. Art. 382 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG).
2.3.4. Wer bedürftig ist und eine unmittelbare Beeinträchtigung in seiner körperlichen, psychischen oder sexuellen Integrität durch eine Straftat dartut, hat Anspruch darauf, seine Vorwürfe im Rahmen eines strafprozessualen Untersuchungs- und erstinstanzlichen Gerichtsverfahrens abklären zu lassen, ohne dabei das Risiko einzugehen, im Falle eines Freispruchs die Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung zurückerstatten zu müssen. <ref-law> kommt daher auch zum Tragen, wenn die geltend gemachte Straftat im erstinstanzlichen Gerichtsverfahren nicht nachgewiesen werden kann. Die Beschwerdeführerin hatte im Untersuchungs- und erstinstanzlichen Gerichtsverfahren die prozessuale Stellung eines Opfers. Nicht zulässig wäre es daher, von dieser die Kosten ihrer unentgeltlichen Rechtsverbeiständung in diesen Verfahren zurückzuverlangen. Diesbezüglich ist der angefochtene Entscheid wie dargelegt allerdings bereits wegen der Verletzung von <ref-law> aufzuheben (vgl. oben E. 2.2).
2.3.5. Anders verhält es sich bezüglich der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung im Rechtsmittelverfahren, wenn es wie vorliegend bereits erstinstanzlich zu einem Freispruch kam, der Freispruch auch im Berufungsverfahren bestätigt wurde und schliesslich in Rechtskraft erwuchs. In solchen Fällen muss es möglich sein, von der Privatklägerschaft, welche als Opfer im Sinne von <ref-law> Berufung erhob, bei verbesserten wirtschaftlichen Verhältnissen die Rückerstattung der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung im Berufungsverfahren zu verlangen, auch wenn das Rechtsbegehren auf Schuldigsprechung nicht aussichtslos erschien (was Voraussetzung dafür ist, dass der Privatklägerschaft überhaupt ein unentgeltlicher Rechtsbeistand bestellt werden kann, vgl. <ref-law>). Insoweit geht die in Art. 138 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> statuierte Pflicht zur Rückerstattung der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung im Rechtsmittelverfahren <ref-law> vor. Dies trägt dem Geiste des Opferhilfegesetzes Rechnung und leistet möglichen Missbräuchen Vorschub. <ref-law> räumt der bedürftigen Privatklägerschaft, welche eine Opferstellung geltend macht, keinen Anspruch darauf ein, ohne jegliches Kostenrisiko über alle Instanzen hinweg zu prozessieren. Die Beschwerdeführerin kann sich für die Rückerstattung der Kosten ihrer unentgeltlichen Verbeiständung im Berufungsverfahren folglich nicht auf <ref-law> berufen.
2.3.6. Die Vorinstanz entschied in Dispositiv-Ziff. 5.1, die Kosten des Berufungsverfahrens seien je zur Hälfte von der Beschwerdeführerin und vom Staat zu tragen, wobei aus den Urteilserwägungen - welche zur Auslegung des Dispositivs heranzuziehen sind - ersichtlich ist, dass sich die hälftige Kostenauflage nur auf die Gerichtskosten bezieht. Obwohl der Beschwerdeführerin nur die Hälfte der Gerichtskosten auferlegt wurde, gilt sie im Berufungsverfahren als vollumfänglich unterliegend, denn die bloss hälftige Kostenauflage ist darin begründet, dass neben ihr auch die Staatsanwaltschaft Berufung erhob. Wenn das Kantonsgericht in Dispositiv-Ziff. 5.3 anordnet, die Beschwerdeführerin habe, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen, dem Kantonsgericht gestützt auf <ref-law> die gesamten Kosten ihrer unentgeltlichen Rechtsverbeiständung im Berufungsverfahren (insgesamt Fr. 3'830.20) zurückzuzahlen, so ist dies nicht zu beanstanden und die Beschwerde diesbezüglich abzuweisen.
3.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und Dispositiv-Ziff. 5.3 des angefochtenen Urteils insofern aufzuheben, als die Beschwerdeführerin darin verpflichtet wird, die Kosten ihrer unentgeltlichen Rechtsverbeiständung im Untersuchungs- und erstinstanzlichen Verfahren zurückzuzahlen, sobald es ihre wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Der Kanton Luzern hat die Beschwerdeführerin im Umfang ihres Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Da sie um unentgeltliche Rechtspflege ersucht, ist die Entschädigung praxisgemäss ihrer Rechtsvertreterin auszurichten. Der Kanton Luzern trägt keine Verfahrenskosten (<ref-law>). Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist, da deren Bedürftigkeit erstellt scheint und die Rechtsbegehren nicht aussichtlos waren.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, Dispositiv-Ziff. 5.3 des Urteils des Kantonsgerichts Luzern vom 26. November 2015 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Der Kanton Luzern hat Rechtsanwältin Astrid David Müller für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
5.
Rechtsanwältin Astrid David Müller wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld