Sachverhalt:
A.
Gemäss Anklage vom 14. April 2015 soll X._ mit mehreren anderen Personen am 15. August 2014 zwischen ca. 02.12 und 04.15 Uhr ein leerstehendes Mehrfamilienhaus in Zürich betreten und sich darin aufgehalten haben, ohne dazu berechtigt gewesen zu sein.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte ihn am 25. September 2015 wegen Hausfriedensbruchs zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 30.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren sowie zu einer Busse von Fr. 300.--.
Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte diesen Schuldspruch am 29. Juni 2016 und verurteilte X._ zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 30.-- bei einer Probezeit von 2 Jahren.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 2016 sei hinsichtlich Schuldspruch und Strafe sowie der Verfahrenskostenverlegung aufzuheben. Das Verfahren gegen ihn wegen Hausfriedensbruchs sei einzustellen, eventualiter sei er vom betreffenden Vorwurf freizusprechen. Subeventualiter sei die Sache zur Durchführung eines ordnungsgemässen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sämtliche Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und ihm sei eine angemessene Entschädigung zuzusprechen. X._ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt in mehrfacher Hinsicht eine Verletzung seines rechtlichen Gehörs.
1.2.
1.2.1. Zur Begründung bringt er zunächst vor (Beschwerde, S. 14 f.), der Beschwerdegegner habe vor Vorinstanz ausführen lassen, dass B._ dem zuständigen Polizeibeamten mitgeteilt habe, die besetzte Liegenschaft befinde sich im Alleineigentum des Beschwerdegegners und sie als Liegenschaftsverwalterin sei zur Erhebung einer Strafanzeige ausdrücklich beauftragt und ermächtigt worden. Als sie die vom Polizeibeamten "ausgeführte Strafanzeige" habe unterzeichnen wollen, habe sie bemerkt, dass entgegen ihrer Angabe nicht der Beschwerdegegner, sondern die C._ AG als Geschädigte aufgeführt gewesen sei. Sie habe den Polizisten darauf aufmerksam gemacht, worauf dieser das Wort "AG" durchgestrichen habe. Bei diesen Ausführungen des Beschwerdegegners handle es sich um eine eklatante Lüge, was sich bereits aus dem Polizeirapport ergebe, dem an drei verschiedenen Stellen zu entnehmen sei, dass die C._ AG die geschädigte Person sei, die durch B._ vertreten werde. Es sei nicht erklärbar, weshalb der zuständige Polizeibeamte nach entsprechendem Hinweis von B._ auf dem Strafantragsformular den Zusatz "AG" gestrichen, später bei der Rapporterstellung aber wiederum die C._ AG als geschädigte Person aufgeführt haben sollte. Der Polizist sei demnach unzweideutig der Auffassung gewesen, dass die C._ AG geschädigt sei. Dass die Vorinstanz auf dieses zentrale Argument des Beschwerdeführers nicht eingehe, sei nicht nachvollziehbar und stelle eine gravierende Verletzung seines rechtlichen Gehörs dar.
1.2.2. Die Vorinstanz erwägt, die Strafanzeige von B._ sei in Vertretung des Beschwerdegegners und nicht der C._ AG angemeldet worden; die erste Instanz habe übersehen, dass auf dem Strafantragsformular der Zusatz "AG" durchgestrichen worden sei. Weiter verweist die Vorinstanz auf ihre Präsidialverfügung vom 7. April 2016 (Urteil, S. 18). In dieser führte sie aus (act. 72), für die Bestimmung der Identität der Privatklägerschaft seien diejenigen Angaben massgebend, welche diese selbst gemacht habe, mithin jene auf dem Strafantrag sowie auf dem Formular "Geltendmachung von Rechten der Privatklägerschaft". Dazu sei in tatsächlicher Hinsicht zunächst festzuhalten, dass der interessierende Strafantrag vom 19. August 2014 von B._ als Liegenschaftsverwalterin in Vertretung der geschädigten Person gestellt und unterzeichnet worden sei. Die erstinstanzliche Feststellung, dass auf dem Strafantrag die C._ AG als Geschädigte aufgeführt sei, sei nicht zutreffend. Vielmehr sei auf der betreffenden Zeile des Strafantragsformulars zu erkennen, dass bei der Bezeichnung der geschädigten Person der Zusatz "AG" durchgestrichen worden sei. Als geschädigte Person sei " D._ " angegeben. Diese Streichung des Zusatzes "AG" zeige in aller Deutlichkeit, dass B._ gerade nicht namens der C._ AG, sondern in Vertretung des Beschwerdegegners Strafantrag gestellt habe. Bestätigt werde dies dadurch, dass auch auf dem Formular "Geltendmachung von Rechten der Privatklägerschaft", welches die Anklagebehörde an die C._ AG versandt habe, sowohl im Briefkopf als auch unterhalb der Unterschriftszeile der Zusatz "AG" mit Tipp-Ex gelöscht worden sei. Auf dem entsprechenden Formular finde sich neben der wiederum von B._ stammenden Unterschrift denn auch der Stempel des Beschwerdegegners mit dessen Adresse. Es sei daher offenkundig, dass sowohl der Strafantrag als auch die Zivilansprüche von B._ namens des Beschwerdegegners gestellt worden seien. Damit sei im vorliegenden Verfahren dieser und nicht die C._ AG als Privatkläger zu behandeln.
1.2.3. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist nicht erforderlich, dass die Vorinstanz sich mit all seinen Standpunkten ausführlich auseinandersetzt und jedes einzelne seiner Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Sie darf sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Das Urteil genügt der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) fliessenden Begründungspflicht (<ref-law>), wenn wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
Dies ist vorliegend ohne Weiteres der Fall. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, sind für die Bestimmung der Identität der Privatklägerschaft in erster Linie die Angaben auf dem Strafantragsformular sowie auf dem Formular "Geltendmachung von Rechten der Privatklägerschaft" entscheidend - und nicht allfällige Annahmen im Rapport des zuständigen Polizeibeamten. Dass die Vorinstanz im Rahmen ihrer ausführlichen Erwägungen zur Person der Privatklägerschaft nicht ausdrücklich auf den erwähnten Einwand des Beschwerdeführers eingeht, bedeutet deshalb keine Verletzung ihrer Begründungspflicht.
1.3. Gleiches gilt, soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz eine Verletzung ihrer Begründungspflicht vorwirft, weil sie im Zusammenhang mit der Zulässigkeit des polizeilichen Vorgehens (vgl. nachfolgend E. 6) bei der Zusammenfassung der Geschehnisse zwar erwähne, dass er und zwei weitere Beteiligte festgenommen worden seien, auf diesen Umstand dann aber nicht weiter eingehe (Beschwerde, S. 21). Die Vorinstanz begründet ausreichend, weshalb sie das polizeiliche Vorgehen als zulässig erachtet (vgl. nachfolgend E. 6.3). Die ausdrückliche Berücksichtigung des Umstands, dass der Beschwerdeführer (entgegen seiner Darstellung nicht festgenommen, sondern) angehalten und kurzzeitig auf den Polizeiposten verbracht wurde, würde an dieser Einschätzung nichts ändern (vgl. E. 6.4) und war demnach nicht entscheidwesentlich. Die Vorinstanz verletzt ihre Begründungspflicht folglich nicht, indem sie auf dieses Faktum nicht näher eingeht.
1.4.
1.4.1. Schliesslich bringt der Beschwerdeführer vor (Beschwerde, S. 23 f.), die Vorinstanz verletze ihre Begründungspflicht, indem sie nicht ausführe, weshalb der Tatbestand gemäss <ref-law> nicht nur durch das unrechtmässige Eindringen, sondern zusätzlich durch das zweistündige Verweilen in der Liegenschaft erfüllt sein soll. Ihren Ausführungen sei nicht im Entferntesten zu entnehmen, inwiefern die Hausbesetzer aufgefordert worden sein sollen, die Liegenschaft zu verlassen und dass sie sich trotz dieser Aufforderung weiterhin darin aufgehalten hätten.
1.4.2. Die Vorinstanz hat das zweistündige Verweilen der Hausbesetzer in keiner Weise zu deren Nachteil ausgelegt. Im Gegenteil berücksichtigt sie im Rahmen der Strafzumessung neben der "relativ kurzen Verweildauer" auch den Umstand als verschuldensmindernd, dass die Hausbesetzer die Liegenschaft allesamt "freiwillig und auf erste Aufforderung hin" wieder verlassen hätten (Urteil, S. 24). Dass sie zuvor den Tatbestand des Hausfriedensbruchs nicht nur durch das Eindringen in die Liegenschaft, sondern auch durch das Verweilen darin als erfüllt betrachtet, dürfte somit schlicht auf eine Ungenauigkeit zurückzuführen sein. Da diese keinerlei Konsequenzen für die Betroffenen nach sich zieht, bedeutet es mangels Entscheidrelevanz auch in diesem Punkt keine Verletzung der Begründungspflicht, dass die Vorinstanz auf den fraglichen Einwand des Beschwerdeführers nicht eingeht.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo", soweit die Vorinstanz festhalte, B._ habe nicht in Vertretung der C._ AG, sondern namens des Beschwerdegegners Strafantrag gestellt (Beschwerde, S. 13 ff.).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich ist und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nur vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, das heisst wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 6.3, 305 E. 1.2; je mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie beispielsweise im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. <ref-ruling> E. 6.3 mit Hinweisen).
Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in der vom Beschwerdeführer angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende selbstständige Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 7; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz erwägt zusammengefasst, der Strafantrag sei von B._ im Namen des Beschwerdegegners und nicht in Vertretung der C._ AG angemeldet worden, wie das erstinstanzliche Gericht angenommen habe. Dieses habe übersehen, dass auf dem Strafantragsformular bei der Bezeichnung der geschädigten Person der Zusatz "AG" gestrichen worden sei (Urteil, S. 18; vgl. auch vorne E. 1.2.2).
2.4. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag keine Willkür zu begründen.
2.4.1. Sein Einwand, dass die von der Vorinstanz als Streichung erachtete Linie exakt auf der Höhe des jeweiligen Querstriches der Buchstaben "A" und "G" liege und deshalb "alles andere als eindeutig" sei, dass der Zusatz "AG" gestrichen wurde, bietet lediglich eine andere mögliche Interpretation der Angaben auf dem Strafantragsformular und lässt die anderslautende Feststellung der Vorinstanz nicht gleich willkürlich erscheinen.
2.4.2. Auch der vom Beschwerdeführer als "weiteres gewichtiges Indiz" vorgebrachte Umstand, dass das Geburtsdatum des Beschwerdegegners "als Wesensmerkmal jeder natürlichen Person" - im Gegensatz zu jenem von B._ - auf dem Strafantragsformular nicht vermerkt worden sei, sagt nichts darüber aus, in wessen Namen B._ Strafantrag stellte. So kann beispielsweise ohne Weiteres sein, dass diese bei der Strafantragsstellung das Geburtsdatum des Beschwerdegegners nicht auswendig wusste und dieses allein deshalb nicht notiert wurde.
2.4.3. Ebenso wenig belegt allein die Tatsache, dass die geschädigte Person auf dem Strafantragsformular nach erfolgter Streichung des Zusatzes "AG" schliesslich etwas verwirrend mit " D._ " bezeichnet blieb, Willkür in der vorinstanzlichen Feststellung, wonach B._ den Strafantrag namens des Beschwerdegegners gestellt habe. Dies umso weniger, als B._ auf dem von ihr (notabene innerhalb der dreimonatigen Strafantragsfrist) unterzeichneten Formular "Geltendmachung von Rechten als Privatklägerschaft" sowohl eingangs wie auch zuunterst bei der Unterschrift den Beschwerdegegner als Privatkläger angab und nicht die C._ AG.
2.4.4. Dass der zuständige Polizeibeamte in seinem Rapport gleichwohl die C._ AG als Geschädigte aufführte, reicht entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers nicht aus, um die Schilderung des Beschwerdegegners, wie es zur Korrektur der Angabe zur geschädigten Person auf dem Strafantragsformular gekommen sei, als "eklatante Lüge" erscheinen zu lassen. Der fragliche Umstand könnte beispielsweise auch bloss darauf zurückzuführen sein, dass der Polizeibeamte seinen Rapport bereits vorbereitet hatte und die geschädigte Person nach entsprechendem Hinweis von B._ beim Ausfüllen des Strafantragsformulars zwar auf diesem korrigierte, im Rapport hingegen später anzupassen vergass.
2.4.5. Wenn das erstinstanzliche Gericht zum Schluss gelangte, der Strafantrag sei in Vertretung der C._ AG gestellt worden und diese habe sich als Privatklägerin konstituiert, belegt dies noch keine Willkür im anderslautenden Fazit der Vorinstanz. Die Vorinstanz ist an die erstinstanzlichen Feststellungen weder in sachverhaltlicher noch in rechtlicher Hinsicht gebunden (<ref-law>). Dass sie in Anlehnung an die Erstinstanz in ihren Verfügungen zunächst ebenfalls die C._ AG als Privatklägerin bezeichnete, lässt ihre spätere gegenteilige Auffassung ebenfalls nicht willkürlich erscheinen. Diese gründet im Gegensatz zur ersten auf einer fundierten und nicht bloss summarisch vorgenommenen Prüfung der Beweislage und ist ohne Weiteres vertretbar.
2.4.6. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die Umstände des Zustandekommens des Strafantrags zu wenig untersucht und sich schliesslich in Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" darüber hinweggesetzt, dass unüberwindbare Zweifel daran bestanden hätten, dass B._ den Strafantrag in Vertretung des Beschwerdegegners gestellt habe.
Die vorinstanzliche Auffassung in Bezug auf die Strafantragstellung lässt sich anhand von Aktenstücken ausreichend untermauern und ist insgesamt ohne Weiteres vertretbar (wie soeben aufgezeigt; vgl. E. 2.4.1 ff.). Untersuchungsgrundsatz und rechtliches Gehör verpflichten das Gericht nicht, von Amtes wegen oder auf Antrag hin Beweiserhebungen vorzunehmen, wenn es in willkürfreier Würdigung der bereits abgenommenen Beweise zur Überzeugung gelangt, der rechtlich erhebliche Sachverhalt sei genügend abgeklärt, und es überdies in willkürfreier antizipierter Würdigung der zusätzlich beantragten Beweise annehmen kann, seine Überzeugung werde durch diese nicht mehr geändert (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen). Da die Vorinstanz den Sachverhalt gestützt auf ihre willkürfreie Beweiswürdigung als genügend abgeklärt erachten durfte, war sie somit nicht verpflichtet, von Amtes wegen weitere Beweiserhebungen vorzunehmen. Dass der Beschwerdeführer solche beantragt hätte und diese abgewiesen wurden, bringt er nicht vor. Eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes ist zu verneinen.
Inwiefern betreffend den Umstand, dass B._ den Strafantrag namens des Beschwerdegegners einreichte, trotz der willkürfreien vorinstanzlichen Beweiswürdigung nach wie vor unüberwindbare Zweifel bestanden bzw. die Vorinstanz solche hätte haben sollen, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" ist nicht auszumachen.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt, es sei "ein zweimaliger unzulässiger Parteiwechsel der Privatklägerschaft von Amtes wegen ohne Gewährung des rechtlichen Gehörs" vorgenommen worden (Beschwerde, S. 9 ff.).
3.2. Von Parteiwechsel spricht man, wenn in einem hängigen Verfahren eine Hauptpartei ausscheidet und durch einen Dritten ersetzt wird (<ref-ruling> E. 2a). Im Strafverfahren ist eine solche Rechtsnachfolge vorgesehen für den Fall, dass eine geschädigte Person stirbt, ohne auf ihre Rechte verzichtet zu haben (vgl. <ref-law>; zu dessen Anwendbarkeit: <ref-ruling>). Eine solche Konstellation ist vorliegend nicht gegeben. Entgegen der Darlegung des Beschwerdeführers hat demnach kein Parteiwechsel stattgefunden bzw. wurde von den Vorinstanzen kein solcher vorgenommen. Vielmehr sind diese im Rahmen ihrer jeweiligen Prüfung der Prozessvoraussetzungen, wozu insbesondere die Eigenschaften der Prozessbeteiligten und die Existenz rechtsgültiger Strafanträge zählen (vgl. JEREMY STEPHENSON/ROBERTO ZALUNARDO-WALSER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 3 zu <ref-law>), zu einem unterschiedlichen Resultat hinsichtlich der als Privatklägerin legitimierten Person gelangt. Diese selbst hat sich jedoch nicht geändert. Es geht vorliegend folglich nicht um einen sogenannten Parteiwechsel, sondern um die Frage, in wessen Namen Strafantrag gestellt wurde und ob dieser rechtsgültig ist (vgl. dazu nachfolgend E. 4).
3.3.
3.3.1. Hinsichtlich der Gewährung des rechtlichen Gehörs in diesem Zusammenhang führt die Vorinstanz aus (Urteil, S. 18 i.f.), die Verteidigung des Beschwerdeführers habe sich zu den Wechseln bei der Bezeichnung der Privatklägerschaft mit ihren Eingaben vom 12. Februar 2016 und 2. Juni 2016 im Berufungsverfahren ausreichend äussern können, womit dem Anspruch auf rechtliches Gehör nunmehr Genüge getan sei.
3.3.2. Diese Erwägung ist zwar etwas knapp ausgefallen, im Resultat indes nicht zu beanstanden.
Selbst wenn das erstinstanzliche Gericht das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers in Bezug auf die Person der Privatklägerin verletzt hat (wovon die Vorinstanz ausgeht; vgl. Urteil S. 18), führt dies vorliegend nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann im Rechtsmittelverfahren geheilt werden, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die über dieselbe Kognition verfügt, wie die erste Instanz, und ihr durch die erst nachträgliche Gewährung des rechtlichen Gehörs kein Nachteil erwächst (<ref-ruling> E. 2.8.1; <ref-ruling> E. 2.3.2; je mit Hinweisen). Indem der Beschwerdeführer sich vor Vorinstanz ausführlich zur Person der Privatklägerschaft äussern konnte (vgl. Berufung vom 12. Februar 2016 sowie seine Eingabe vom 2. Juni 2016, act. 66 und 79), ist seinem Anspruch auf rechtliches Gehör nachträglich ausreichend Rechnung getragen worden. Die Vorinstanz verfügt sowohl hinsichtlich der Sachverhaltsfeststellung als auch in Rechtsfragen über dieselbe Kognition wie das erstinstanzliche Gericht. Die durch dieses (allenfalls) begangene Gehörsverletzung ist nicht als derart schwerwiegend einzustufen, dass die Schwere der Verletzung einer Heilung im vorinstanzlichen Verfahren entgegen stünde. Da weder vom Beschwerdeführer dargetan noch ersichtlich ist, inwiefern ihm die erst nachträgliche Gewährung des rechtlichen Gehörs zur Frage der Privatklägerschaft nachteilig sein könnte, ist eine allfällig durch die Erstinstanz begangene Gehörsverletzung als geheilt zu betrachten.
Soweit der Beschwerdeführer auch der Vorinstanz vorwirft, sie habe einen Parteiwechsel vorgenommen, ohne ihm das rechtliche Gehör zu gewähren, ist ihm entgegen zu halten, dass einerseits kein Parteiwechsel stattfand (wie bereits dargelegt, vgl. E. 3.2), und dass andererseits die Vorinstanz die fragliche Prozessvoraussetzung der Privatklägerschaft eingehend prüfte und beurteilte, nachdem er sich in seiner Berufungsbegründung vom 12. Februar 2016 bereits ausführlich dazu geäussert hatte (vgl. act. 66, S. 6 ff.). Damit konnte er sein rechtliches Gehör vor Vorinstanz ausreichend (und vor deren Entscheidfindung mit seiner Eingabe vom 2. Juni 2016 sogar ein weiteres Mal) wahrnehmen, ohne dass ihm die Vorinstanz hierfür ausdrücklich eine Frist hätte ansetzen müssen. Eine Gehörsverletzung liegt nicht vor.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt, es fehle ein rechtsgültiger Strafantrag, weil die angebliche Vertreterin B._ über keine rechtsgenügende Bevollmächtigung zur Strafantragstellung verfügt habe (Beschwerde, S. 16 ff.).
4.2. In tatsächlicher Hinsicht stellt die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich fest (vgl. vorne E. 2), dass B._ den Strafantrag nicht in Vertretung der C._ A G, sondern namens des Beschwerdegegners stellte. Weiter erwägt die Vorinstanz (Urteil, S. 19 f.), bei diesem handle es sich um den Alleineigentümer der besetzten Liegenschaft und damit um die unmittelbar geschädigte Person. Infolgedessen wäre er persönlich zweifelsohne zur Antragstellung berechtigt gewesen. Die entscheidende Frage sei somit, ob B._ al s seine Vertreterin rechtsgültig Strafantrag habe stellen können. Zwar liege keine schriftliche Vollmacht des Beschwerdegegners an sie vo r, doch sei eine solche auch nicht zwingend notwendig. Die Ermächtigung eines Vertreters zur Antragstellung dürfe in der Regel angenommen werden, wenn das betreffende Delikt Rechtsgüter verletze, mit deren Wahrung oder Verwaltung der Vertreter allgemein betraut sei. B._ sei aufgrund ihrer Funktion als Liegenschaftsverwalterin zur Wahrung des Hausrechts verpflichtet und somit zur Antragstellung im Namen des Beschwerdegegners ermächtigt gewesen. Einer speziellen schriftlichen Vollmacht habe sie nicht bedurft. Damit liege ein rechtsgültiger Strafantrag namens des Beschwerdegegners vor.
4.3.
4.3.1. Diese Ausführungen sind nicht zu beanstanden. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, darf gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung die Ermächtigung eines Vertreters zur Antragstellung grundsätzlich angenommen werden, wenn das betreffende Delikt materielle Rechtsgüter verletzt, mit deren Wahrung oder Verwaltung der Vertreter allgemein betraut ist (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b und c; Urteil 6B_334/2012 vom 26. September 2012 E. 2.2). Dass B._ für den Beschwerdegegner als Liegenschaftsverwalterin insbesondere der besetzten Liegenschaft geamtet hat (Urteil, S. 20), stellt der Beschwerdeführer nicht in Abrede (vgl. Beschwerde, insbesondere S. 16 ff.). Damit war sie zur Strafantragstellung wegen Hausfriedensbruchs ermächtigt. Der von ihr namens des Beschwerdegegners unterzeichnete Strafantrag ist folglich rechtsgültig.
4.3.2. Als haltlos erweist sich der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz befasse sich mit dem einschlägigen Leitentscheid BGE <ref-ruling> absichtlich nicht, weil dessen Anwendung für sie zu einem unerwünschten Resultat führen würde (Beschwerde, S. 17 f.). Die Vorinstanz stützt sich ausdrücklich auf <ref-ruling> E. 3c, worin mit Verweis auf BGE <ref-ruling> E. 1b und c festgehalten wird, dass die Ermächtigung eines Vertreters zur Antragstellung in der Regel angenommen werden dürfe, wenn das betreffende Delikt materielle Rechtsgüter verletzt, mit deren Wahrung oder Verwaltung der Vertreter allgemein betraut ist. Damit basiert die vorinstanzliche Schlussfolgerung auf einem Grundsatz, der im von ihr zitierten <ref-ruling> insbesondere gestützt auf BGE <ref-ruling> hergeleitet wurde und dessen Gehalt deshalb nicht dadurch geschmälert wird, dass BGE <ref-ruling> eine andere sachverhaltliche Konstellation zugrunde lag. Die ausdrückliche Berücksichtigung von BGE <ref-ruling> hätte daher entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers den Ausgang des vorliegenden Verfahrens nicht beeinflusst, weshalb der Vorinstanz nicht vorzuwerfen ist, dass sie neben <ref-ruling> nicht auch BGE <ref-ruling> explizit erwähnt. Sie setzt sich mit der einschlägigen Rechtsprechung ausreichend auseinander.
4.3.3. Der Argumentation des Beschwerdeführers kann auch nicht gefolgt werden, soweit er sich auf die allgemeinen Voraussetzungen einer gewillkürten Stellvertretung im Sinne von <ref-law> stützt und geltend macht, die Bevollmächtigung von B._ hätte innerhalb der Strafantragsfrist durch den Beschwerdegegner bestätigt werden müssen. Gemäss der zuvor wiedergegebenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung erfüllte B._ a ls Verwalterin der besetzten Liegenschaft die Voraussetzungen für die Vertretung des Beschwerdegegners bei der Strafantragstellung. Eine zusätzliche Bestätigung des Vertretungsverhältnisses durch den Beschwerdegegner war deshalb nicht erforderlich. Mit seinem Einwand, wonach somit jedermann im Namen einer beliebigen Person als deren angeblicher Vertreter rechtsmissbräuchlich Strafantrag stellen könnte, übersieht der Beschwerdeführer, dass die Ermächtigung eines Vertreters zur Antragstellung nur dann grundsätzlich angenommen werden darf, wenn der Vertreter betraut ist mit der allgemeinen Wahrung oder Verwaltung der vom betreffenden Delikt verletzten materiellen Rechtsgüter - was dem vom Beschwerdeführer gezeichneten Szenario klar entgegensteht.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer macht in zweierlei Hinsicht eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben im Sinne von <ref-law> geltend (Beschwerde, S. 11).
5.2. Mit seiner Begründung, er habe sich mehrmals und zu Unzeiten vollkommen unerwartet einer neuen Privatklägerschaft und somit einer neuen Gegenpartei gegenüber gesehen, weshalb es ihm nicht möglich gewesen sei, sich gehörig zu verteidigen, dringt der Beschwerdeführer nicht durch. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern seine Verteidigungsstrategie durch die abweichenden Auffassungen der beiden Vorinstanzen zur Identität der Privatklägerschaft beeinträchtigt gewesen sein soll. Der Beschwerdeführer hat sich von Anfang an darauf berufen, dass kein gültiger Strafantrag vorliege und das Verfahren gegen ihn deshalb einzustellen sei. Bereits an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung hatte er vorgebracht, strafantragsberechtigt sei nur der Beschwerdegegner als Alleineigentümer der Liegenschaft, und B._ sei nicht befugt gewesen, ihn bei der Antragstellung zu vertreten (vgl. Beschwerde, S. 7). Nachdem die Erstinstanz alsdann (fälschlicherweise) die C._ AG als Privatklägerin identifiziert hatte, machte der Beschwerdeführer in seiner Berufungsbegründung vom 12. Februar 2016 geltend, als Strafantragsberechtigter könne allein der Beschwerdegegner, nicht aber die C._ AG angesehen werden (act. 66, S. 7 f.). Und nachdem die Vorinstanz nun den Beschwerdegegner als Strafantragsteller und Privatkläger bezeichnet, beruft sich der Beschwerdeführer wiederum darauf, dass B._ diesen nicht habe vertreten können und deshalb kein rechtsgültiger Strafantrag vorliege. Demnach konnte er stets seine ursprüngliche Verteidigungsstrategie weiterverfolgen und hatte er lediglich den einen oder anderen Aspekt in den Vordergrund zu rücken. Ausserdem verstösst es nicht gegen Treu und Glauben, wenn erste und zweite Instanz die Beweislage in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht unterschiedlich beurteilen. Die Vorinstanz ist weder an die Sachverhaltsfeststellung noch an die rechtliche Beurteilung der prozessualen Voraussetzungen durch das erstinstanzliche Gericht gebunden (vgl. Urteile 6B_1196/2015 vom 27. Juni 2016 E. 1.3.3; 6B_557/2010 vom 9. März 2011 E. 8.4). Eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben durch die Vorinstanz liegt nicht vor.
5.3. Nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer auch, soweit er argumentiert, der Beschwerdegegner habe mit seinem Verhalten im Verfahren gegen Treu und Glauben verstossen, indem er sich bis zu seiner Berufungsantwort vom 23. Mai 2016 nie habe vernehmen lassen, weshalb diese als rechtsmissbräuchlich einzustufen sei und sich nicht erschliesse, aus welchem Grund die Vorinstanz sich gleichwohl darauf berufe (Beschwerde, S. 11 f.). Wie bereits ausgeführt (vgl. vorne E. 2 und 3.3.2), hat B._ den Beschwerdegegner bei der Strafantragstellung rechtsgültig vertreten. Damit konstituierte sich dieser auch bereits als Privatkläger (<ref-law>), was er später anhand des ebenfalls durch B._ als seine Vertreterin ausgefüllten Formulars "Geltendmachung von Rechten der Privatklägerschaft" bekräftigte. Insgesamt hat sich der Beschwerdegegner via seine Vertreterin klar und ausreichend vernehmen lassen. In seinem Verhalten kann deshalb kein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben gesehen werden, und folglich ist auch seine Berufungsantwort vom 23. Mai 2016 nicht als rechtsmissbräuchlich einzustufen. Die Vorinstanz durfte sich darauf berufen, ohne ihrerseits gegen Bundesrecht zu verstossen.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer rügt ein unzulässiges Vorgehen der Polizei, weil bei deren Eingreifen noch gar kein Strafantrag vorgelegen habe und bei Straftaten, die nur auf Antrag verfolgt werden, ein Vorverfahren erst einzuleiten sei, wenn ein Strafantrag vorliege (Beschwerde, S. 19 ff.).
6.2. Gemäss <ref-law> wird bei Straftaten, die nur auf Antrag oder nach Ermächtigung verfolgt werden, ein Vorverfahren erst eingeleitet, wenn der Strafantrag gestellt oder die Ermächtigung erteilt ist. Allerdings würde eine strikte Anwendung dieses Grundsatzes den Erfolg der späteren Untersuchung häufig in Frage stellen. Flüchtige Beweismittel würden verloren gehen und der Beschuldigte hätte ausreichend Zeit, Beweise verschwinden zu lassen. Deshalb kann die zuständige Behörde gemäss <ref-law> schon vorher die unaufschiebbaren sichernden Massnahmen treffen. Unaufschiebbar sind sichernde Massnahmen, die im Hinblick auf die Durchführung des Verfahrens sachlich notwendig sind und in zeitlicher Hinsicht keinen Aufschub dulden, also nicht nachgeholt werden können. So muss es der zuständigen Behörde insbesondere erlaubt sein, bereits vor der Erteilung der Ermächtigung bzw. der Stellung des Strafantrags allenfalls vorhandene Beweismittel sicherzustellen (vgl. Urteil 1B_424/2013 vom 22. Juli 2014 E. 4.4 mit Hinweisen).
6.3. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 17), bei den von der Stadtpolizei vorgenommenen Abklärungen, insbesondere den Personen- und Effektenkontrollen, habe es sich nicht zuletzt aufgrund der nächtlichen Uhrzeit der Geschehnisse um unaufschiebbare sichernde Massnahmen gehandelt, die zu einem späteren Zeitpunkt zweifelsohne nicht hätten nachgeholt werden können. Ausserdem hätten die Polizeibeamten mit Fug davon ausgehen dürfen, der Eigentümer sei mit der Besetzung der betreffenden Liegenschaft nicht einverstanden. Insgesamt erweise sich das Vorgehen der Polizei als gesetzeskonform.
6.4. Diese Ausführungen sind nicht zu beanstanden. Der Anruf der Nachbarin bei der Polizei erfolgte um 02.12 Uhr. Ihren Angaben zufolge verschafften sich diverse Leute Zutritt zur fraglichen Liegenschaft. Aufgrund der Uhrzeit und des Vorgehens (Einsatz von Werkzeug, Beschädigung mehrerer Türen, Aufhängen von Plakaten auf den Balkonen; vgl. Polizeirapport der Stadtpolizei Zürich vom 28. August 2014, act. 1) konnte ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass dies gegen den Willen des Eigentümers geschah. Infolgedessen musste es der Polizei erlaubt sein, bereits vor Strafantragstellung allenfalls vorhandene Beweismittel sicherzustellen, die zu einem späteren Zeitpunkt womöglich nicht mehr erhältlich gewesen wären. Hierzu ist zum Einen die Aufnahme der Personalien sämtlicher Personen zu zählen, zumal nicht mit Sicherheit davon ausgegangen werden konnte, dass auch am Folgetag noch immer alle vollzählig vor Ort anwesend sein würden. Zwar ist dem Beschwerdeführer Recht zu geben, dass das Verweilen in einem leer stehenden Haus eine Hausbesetzung ja gerade ausmache. Allerdings bedeutet dies noch nicht, dass zu jedem Zeitpunkt sämtliche Besetzer anzutreffen sind, und es ist zu bezweifeln, dass diejenigen Hausbesetzer, die von der Polizei zu einem späteren Zeitpunkt angetroffen worden wären, dieser die Personalien von vorübergehend abwesenden weiteren Beteiligten bekannt gegeben hätten. Zum Andern ist als unaufschiebbare Massnahme auch die Spurensicherung bezüglich der Sachbeschädigungen einzustufen, da diese zu einem späteren Zeitpunkt womöglich nicht mehr eindeutig den Hausbesetzern zuweisbar gewesen wären.
Der Einwand des Beschwerdeführers, wonach jedenfalls seine Festnahme unzulässig gewesen sei, solange ein Strafantrag noch nicht vorgelegen habe, greift nicht. Entgegen seiner Darstellung wurde er nicht festgenommen, sondern im Sinne von <ref-law> angehalten und für kurze Zeit auf den Polizeiposten gebracht. Zwar stellt auch die vorübergehende Verbringung auf den Posten einen grösseren Eingriff in die persönliche Freiheit dar, als die blosse Kontrolle am Anhaltungsort. Doch kann durch sie dem Persönlichkeitsrecht des Angehaltenen unter Umständen gerade auch besser Rechnung getragen werden, als während einer längeren Kontrolle in der Öffentlichkeit (GIANFRANCO ALBERTINI/THOMAS ARMBRUSTER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 17 zu Art. 215). Dies dürfte vorliegend der Fall gewesen sein, zumal es nicht nur um die Sicherstellung von Einbruchswerkzeugen, sondern auch von Kleidungsstücken ging. Jedenfalls aber handelte es sich nicht um den schwerwiegenderen Eingriff einer Festnahme. Eine Anhaltung sowie eine anschliessende kurzzeitige Verbringung auf den Polizeiposten ist unter den gegebenen Umständen als legitim zu erachten.
Das Vorgehen der Polizei war im konkreten Fall gestützt auf <ref-law> zulässig.
7.
7.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Qualifikation der Hausbesetzung als Hausfriedensbruch und macht geltend, es habe keine klare Willenskundgabe des Liegenschaftseigentümers vorgelegen (Beschwerde, S. 22).
7.2. Gegen den Willen des Berechtigten dringt im Sinne von <ref-law> ein, wer einen Raum ohne die Einwilligung des Trägers des Hausrechts betritt. Der Wille des Berechtigten, dass jemand in einen bestimmten Raum nicht eindringen soll, braucht nicht ausdrücklich erklärt zu werden, sondern kann sich auch aus den Umständen ergeben (<ref-ruling> E. 5b; <ref-ruling> E. 2b).
7.3. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 22 f.), auch ein leer stehendes Haus stelle grundsätzlich ein geschütztes Objekt dar. Entgegen der Verteidigung könne keine Rede davon sein, dass im Falle unbewohnter Liegenschaften ohne Weiteres von einer gleichgültigen Haltung des Eigentümers bezüglich einer Hausbesetzung durch Dritte oder gar von einem Einverständnis hinsichtlich eines solchen Eindringens ausgegangen werden dürfe. Im vorliegenden Fall komme hinzu, dass die Türen der betreffenden Liegenschaft verschlossen gewesen seien, wodurch der Wille des Eigentümers, ein Eindringen trotz Leerstehens zu verhindern, für jedermann deutlich erkennbar gewesen sei. Einer zusätzlichen ausdrücklichen Kundgebung habe es deshalb nicht bedurft.
7.4. Diese Erwägungen sind zutreffend. Daran ändert der Einwand des Beschwerdeführers nichts, wonach der Beschwerdegegner sich kein einziges Mal dahingehend geäussert habe, dass die Hausbesetzer sich nicht in seiner Liegenschaft hätten aufhalten dürfen (Beschwerde, S. 23). Indem die Liegenschaftsverwalterin in seinem Namen rechtsgültig Strafantrag stellte (vgl. hierzu E. 4.3), wurde seine Haltung klar und ausreichend zum Ausdruck gebracht. Nicht überzeugend ist auch das Argument des Beschwerdeführers, die verschlossenen Türen der Liegenschaft seien nicht als Ausdruck dafür zu verstehen, dass der Eigentümer ein unbefugtes Betreten habe verhindern wollen, sondern wohl vielmehr auf die Werkeigentümerhaftung nach <ref-law> zurückzuführen.
8.
8.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Kosten- und Entschädigungsfolgen (Beschwerde, S. 24 ff.).
8.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 26), die Beschuldigten seien mit ihren Berufungsanträgen gänzlich unterlegen und folglich für das Vorverfahren sowie die Verfahren vor beiden Instanzen vollumfänglich solidarisch kostenpflichtig.
8.3. Der Beschwerdeführer wendet ein, durch Strafbehörden infolge unnötiger oder fehlerhafter Verfahrenshandlungen verursachte Kosten könnten nicht der beschuldigten Person auferlegt werden. Vorliegend habe die Erstinstanz einen materiell- bzw. verfahrensrechtlichen Verstoss begangen, indem sie fälschlicherweise die C._ AG als Privatklägerschaft angenommen habe. Diese Annahme habe die Vorinstanz im Berufungsverfahren korrigieren müssen. Trotzdem erwähne sie <ref-law> nicht, womit sie bereits ihre Begründungspflicht verletze. Zudem sei die Berufung begründet gewesen, da sie die fragliche Korrektur nach sich gezogen habe. Folglich habe der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten, welche die erste Instanz durch eine fehlerhafte Verfahrenshandlung verursacht habe, nicht zu tragen.
8.4. Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden. Nach <ref-law> trägt die beschuldigte Person die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird. Von dieser Kostentragungspflicht sind jene Verfahrenskosten ausgenommen, die der Bund oder der Kanton durch unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlungen verursacht hat (<ref-law>). Die angefallenen Kosten sind in diesem Fall nicht mehr adäquate Folge der Straftat. Das ist beispielsweise der Fall, wenn eine Behörde einen materiell- oder verfahrensrechtlichen Verstoss begangen hat, der im Rechtsmittelverfahren korrigiert werden muss, oder wenn wegen Formfehlern Verfahrenshandlungen wiederholt werden müssen (Urteil 6B_241/2015 vom 26. Januar 2016 E. 1.3.2 mit Hinweis). Die Annahme einer falschen Person als Privatklägerin durch die Erstinstanz stellt entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine unnötige oder fehlerhafte Verfahrenshandlung im Sinne von <ref-law> dar. Insbesondere hat sie keine zusätzlichen Kosten verursacht, da auch die korrekte Definition der Privatklägerschaft nicht zu der vom Beschwerdeführer gewünschten Einstellung des Verfahrens führt, wie das angefochtene Urteil der Vorinstanz zeigt.
Da kein Anwendungsfall von <ref-law> vorliegt, ist der Vorinstanz auch keine Verletzung ihrer Begründungspflicht vorzuwerfen, wenn sie den Artikel nicht erwähnt (vgl. Beschwerde, S. 25).
9.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Die Kosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, weil die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Siegenthaler