Sachverhalt:
A.
A._ ist Landwirt und Eigentümer der in der Landwirtschaftszone liegenden Parzelle Forst-Längenbühl Gbbl. Nr. 4. Er stellte im Januar 2011 bei der Einwohnergemeinde Forst-Längenbühl (nachstehend: Gemeinde) das Gesuch, auf diesem Grundstück den Abbruch eines Hauses und den Neubau eines landwirtschaftlichen Wohnhauses mit zwei Wohnungen und einem angebauten Einstellraum zu bewilligen. Zur Begründung der Zonenkonformität des Bauvorhabens brachte er vor, die geplanten Wohnungen seien für die Bewirtschaftung seines Landwirtschaftsbetriebs für ihn als Betriebsleiter und einen Angestellten erforderlich. Am 1. September 2011 bewilligte die Gemeinde das genannte Bauprojekt und eröffnete A._ gleichzeitig die Zonenkonformitäts-Bestätigung des kantonalen Amtes für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR).
B.
Mit Schreiben vom 10. Dezember 2012 und vom 10. Juli 2013 teilte die Baupolizeibehörde der Gemeinde A._ mit, sie habe festgestellt, dass das errichtete Wohnhaus verschiedene Abweichungen von der Baubewilligung aufweise. Zudem würden die beiden Wohnungen an Personen ohne Bezug zur Landwirtschaft vermietet, weshalb er entsprechende Gesuche zur Änderung des Projekts einzureichen habe. In der Folge ersuchte A._ die Gemeinde darum, verschiedene Projektänderungen nachträglich zu genehmigen. Mit Verfügung vom 16. Juni 2014 hiess die Gemeinde diese Gesuche teilweise gut. Sie verweigerte jedoch die Bewilligung von sechs an der Ost- und Westseite des Einstellraums illegal eingebauten Fenstern und ordnete deren Rückbau an. Ausserdem verweigerte die Gemeinde die nachgesuchte Ausnahmebewilligung für eine nichtlandwirtschaftliche Wohnnutzung der beiden Wohnungen und bestimmte, dass A._ innert einem Jahr ab Rechtskraft die nötigen Massnahmen für deren landwirtschaftliche Nutzung zu treffen habe. A._ focht diese Verfügung mit Beschwerde an, welche die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) mit Entscheid vom 2. November 2015 im Wesentlichen abwies. Eine Beschwerde von A._ gegen den Entscheid der BVE wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 25. Februar 2016 ab.
C.
Gegen dieses Urteil erhob A._ am 4. März 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, es sei das Benutzungsverbot für die Wohnungen aufzuheben und die Umnutzung in eine nichtlandwirtschaftliche Wohnnutzung zu bewilligen, eventuell bloss für die Wohnung im Erdgeschoss; subeventuell sei das Benutzungsverbot für nichtlandwirtschaftliche Zwecke auf drei Jahre ab Rechtskraft festzusetzen. Zudem sei auf den Rückbau der Fenster im Einstellraum zu verzichten.
D.
Das Verwaltungsgericht, die BVE und die Gemeinde beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Raumentwicklung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Mit Verfügung vom 21. April 2016 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines obersten kantonalen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zu dessen Anfechtung befugt (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es aber nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Vorliegend macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 24a RPG geltend. Diese Rüge der Verletzung von Bundesrecht ist mit freier Kognition zu prüfen (Art. 95 lit. a BGG). Verstösse gegen kantonalrechtliche Normen rügt er nicht in substanziierter Weise. Soweit sich der Beschwerdeführer auf die Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns nach Art. 5 BV beruft, handelt es sich nicht um verfassungsmässige Rechte, sondern lediglich um Verfassungsgrundsätze, deren Einhaltung das Bundesgericht im Rahmen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auch ausserhalb eines Grundrechtseingriffs als Verletzung von Bundesrecht prüft (vgl. <ref-ruling> E. 5.8.2 S. 199 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4. Anfechtungsobjekt ist ausschliesslich das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 25. Februar 2015, das aufgrund des Devolutiveffekts sämtliche Entscheide seiner Vorinstanzen ersetzt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 415; <ref-ruling> E. 1.3 S. 180 f.). Soweit der Beschwerdeführer die von den unteren kantonalen Behörden getroffenen tatsächlichen Feststellungen rügt, die von der Vorinstanz nicht übernommen wurden, ist darauf nicht einzugehen. Dies gilt namentlich bezüglich der Rüge, die Gemeinde habe fälschlicherweise festgestellt, dass im Abstellraum ein Unterlagsboden und eine Heizung bestünden. Die Vorinstanz ging bloss von entsprechenden Vorbereitungsarbeiten aus.
2.
2.1. Das Verwaltungsgericht kam zum Ergebnis, für die Umnutzung der beiden als landwirtschaftlichen Wohnraum bewilligten Wohnungen zu nichtlandwirtschaftlichen Wohnzwecken könne nach Art. 24 ff. PRG keine Ausnahmebewilligung erteilt werden.
2.2. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, es sei ihm gestützt auf Art. 24a RPG eine Bewilligung für die Umnutzung der Wohnungen zur Vermietung an nicht in der Landwirtschaft tätige Personen zu erteilen. Die im Gesetz formulierten Anforderungen seien erfüllt: Die Zweckänderung erfolge ohne bauliche Massnahmen und die Auswirkungen auf Raum, Erschliessung und Umwelt würden sich nicht von jenen unterscheiden, die sich aus einer Nutzung der Wohnungen als Betriebsleiter- bzw. Angestelltenwohnung ergäben; zudem beanspruche das heutige Wohnhaus weniger Kulturland als das frühere.
2.3. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Wie das Bundesgericht schon kurz nach dem Inkrafttreten von Art. 24a RPG festgehalten hat, ergibt sich aus dessen Entstehungsgeschichte, dass der Gesetzgeber mit dieser Bestimmung eine Umnutzung bereits bestehender landwirtschaftlicher Bauten ermöglichen wollte (<ref-ruling> E. 4b S. 223). In den Anwendungsbereich von Art. 24a RPB fällt somit namentlich die Umnutzung von ehemals landwirtschaftlich genutzten Wohnräumen in Wohnräume für Nichtlandwirte (WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, N. 4 zu Art. 24a RPG). Um einen solchen Fall handelt es sich vorliegend nicht. Dem Beschwerdeführer war im Jahr 2011 die Bewilligung zur Erstellung eines Neubaus mit zwei Wohnungen zur landwirtschaftlichen Nutzung erteilt worden, dies gestützt auf ein Betriebskonzept, das einen zusätzlichen Wohnbedarf für einen Betriebsleiter und einen Angestellten auswies. Entgegen dieser Bewilligung hat der Beschwerdeführer die Wohnungen in der Folge von Anfang an zweckwidrig an Personen vermietet, die nicht in der Landwirtschaft tätig sind. Er strebt somit die Bewilligung einer in der Landwirtschaftszone nicht zonenkonformen Nutzung einer Baute an, die für einen zonenkonformen, landwirtschaftlichen Zweck bewilligt, aber nie für einen solchen genutzt worden war. Eine derartige Zweckänderung kann nicht gestützt auf Art. 24a RPG bewilligt werden.
3.
3.1. Die Vorinstanz kam zum Ergebnis, das gemäss Art. 46 Abs. 1 des Baugesetzes des Kantons Bern vom 9. Juni 1985 (BauG) verfügte Benützungsverbot sei verhältnismässig, zumal es die mildeste Massnahme zur Durchsetzung des Zweckentfremdungsverbots darstelle. Dass die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers eine Wohnsitznahme in der Betriebsleiterwohnung zurzeit nicht erlauben würden und die Anstellung eines Mitarbeiters derzeit nicht vonnöten sei, wie er geltend mache, führe zu keinem anderen Ergebnis.
3.2. Wie der Beschwerdeführer selbst und zu Recht ausführt, ist nach Art 46 BauG bei Bauten, die ohne oder in Überschreitung der Baubewilligung ausgeführt wurden, ein Benutzungsverbot zu erlassen und es ist die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes anzuordnen. Die gesetzliche Grundlage für die strittige Wiederherstellungsverfügung ist somit nicht bestritten. Der Beschwerdeführer ist allerdings der Auffassung, das vorliegend ausgesprochene Benutzungsverbot sei unverhältnismässig, denn er habe entgegen den Feststellungen der Vorinstanzen nicht bösgläubig falsche Gründe angegeben, um die Baubewilligung zu erlangen. Zurzeit bewohne er die Betriebsleiterwohnung nicht, weil seine damalige Partnerin und er sich getrennt hätten. Mittelfristig plane er aber immer noch, eine Familie zu gründen und in die Betriebsleiterwohnung einzuziehen. Er habe nach wie vor die Absicht, nach dem Ausscheiden seines Vaters einen Angestellten in der Nähe des Betriebes unterbringen zu können. Das erhebliche öffentliche Interesse an der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet werde durch eine Übergangslösung zur Nutzung eines bestehenden Gebäudes in der Landwirtschaftszone nicht beeinträchtigt. Zwar könne gemäss der Rechtsprechung gestützt auf ungewisse Prognosen kein Bedarf nach landwirtschaftlichem Wohnraum abgeleitet werden. Vorliegend sei jedoch klar, dass sich sein Vater alters- und gesundheitsbedingt bald aus dem Betrieb zurückziehen und ab diesem Zeitpunkt die Anstellung einer Hilfskraft notwendig werde.
3.3. Die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands kann aus Gründen der Verhältnismässigkeit unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (<ref-ruling> E. 6 S. 35 mit Hinweis). Soweit eine ausschliesslich für landwirtschaftliche Zwecke bewilligte Baute bereits zu Beginn (formell und materiell) rechtswidrig für landwirtschaftsfremde Zwecke genutzt wurde, handelt es sich nicht um eine rechtmässig erstellte Baute (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 34 und E. 9 S. 46 f.). Werden in der Landwirtschaftszone illegal errichtete Bauten nicht beseitigt, sondern auf unabsehbare Zeit geduldet, so wird der Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet in Frage gestellt und rechtswidriges Verhalten belohnt. Solche formell rechtswidrigen Bauten, die auch nachträglich nicht legalisiert werden können, müssen beseitigt werden (<ref-ruling> E. 6 S. 364 mit Hinweisen; Urteil 1C_561/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4).
3.4. Da die ausschliesslich für landwirtschaftliche Zwecke bewilligten Wohnungen des Beschwerdeführers von Anfang an landwirtschaftsfremd genutzt wurden, haben sie insoweit als nicht rechtmässig erstellt zu gelten. Demnach kommt zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands in Anbetracht der andauernden schwerwiegenden Verletzung des Grundsatzes der Trennung des Bau- und Nichtbaugebiets sogar ein Abbruchbefehl in Frage. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz das Benützungsverbot als mildere Wiederherstellungsmassnahme ohne Weiteres als verhältnismässig und die vom Beschwerdeführer für die landwirtschaftsfremde Vermietung der Wohnungen angeführten Gründe als nicht entscheiderheblich qualifizieren. Diese Gründe lassen im Übrigen entgegen seiner Meinung nicht auf eine absehbar kurze Übergangsnutzung schliessen, zumal er die Eigennutzung der Betriebsleiterwohnung ohne nähere zeitliche Angabe nur "mittelfristig" in Aussicht stellt. Bezüglich der Angestelltenwohnung führt er aus, in der heutigen Zeit sei es überaus schwierig geworden, einen geeigneten Mitarbeiter in der Milchwirtschaft und speziell in der Schweinezucht zu finden, der gewillt sei, auch diese Wohnung zu mieten. Damit stellt der Beschwerdeführer die baldige landwirtschaftliche Nutzung dieser Wohnung unabhängig vom Ausscheiden seines Vaters aus dem Betrieb selber in Frage. Nach dem Gesagten erweist sich das Nutzungsverbot für beide Wohnungen als verhältnismässig, um zu verhindern, dass diese auf unabsehbare Zeit landwirtschaftsfremd genutzt werden.
3.5. Die einjährige Frist bis zum Eintritt des Benutzungsverbots erscheint gemäss der zutreffenden Annahme der Vorinstanz als sehr grosszügig, weshalb der Grundsatz der Verhältnismässigkeit auch insoweit nicht verletzt wird. Demnach ist der Antrag, diese Frist auf drei Jahre zu verlängern, abzuweisen.
4.
Bezüglich der vom Beschwerdeführer ebenfalls in Frage gestellten Verpflichtung zum Rückbau der Fenster im Einstellraum ist die Verhältnismässigkeit ebenfalls zu bejahen. Wie vorstehend ausgeführt, besteht ein erhebliches öffentliches Interesse an der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet. Dass der Einstellraum gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen aufgrund seiner Grösse, Befensterung und der Erschliessung durch eine direkte Verbindung zur Wohnung im Erdgeschoss objektiv zur Wohnnutzung geeignet oder jedenfalls mit geringem Aufwand bewohnbar gemacht werden kann, bestreitet der Beschwerdeführer nicht. Er macht bloss geltend, die Verhinderung der Wohnnutzung hätte ebenso gut durch eine entsprechende Auflage im Projektänderungsentscheid unter Androhung einer Busse gewährleistet werden können. Das Kosten-/Nutzenverhältnis des Rückbaus der Fenster sei daher unzumutbar, weil die Gemeinde keinen Anspruch habe, die Wiederherstellungsmassnahme anzuordnen, die für sie am einfachsten und günstigsten zu kontrollieren sei.
Mit diesen Angaben zeigt der Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern die vorinstanzliche Feststellung, wonach ein Benützungsverbot bezüglich einzelner Räume auf Dauer meist nur mit einem unverhältnismässigen Verwaltungsaufwand kontrollier- und durchsetzbar sei, willkürlich sein soll, was auch nicht ersichtlich ist (vgl. Urteil 1C_355/2008 vom 28. Januar 2009 E. 2.2; ZAUGG/LUDWIG, Baugesetz des Kantons Bern vom 9. Juni 1985, 4. Aufl. 2013, N. 10 zu Art. 46 BauG). Damit erweist sich der Rückbau der Fenster nicht nur als geeignet, sondern auch als erforderlich, um eine widerrechtliche Wohnnutzung des Abstellraums zu verhindern. Sodann ist auch nicht zu erkennen, weshalb der Rückbau aufgrund der Kosten nicht zumutbar sein sollte, zumal der Beschwerdeführer nicht bestreitet, dass er die Fenster gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen bösgläubig errichtet hat. Demnach sind seine mit der Wiederherstellung verbundenen Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.).
5.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden kommunalen und kantonalen Behörden haben keinen Anspruch auf Ausrichtung einer Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Forst-Längenbühl, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Eusebio
Der Gerichtsschreiber: Gelzer