Faits :
A.
A.a. A._ a été mis au bénéfice d'une rente entière d'invalidité par l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI), qui lui a également alloué une rente complémentaire pour enfant en faveur de sa fille B._ (décisions des 14 mai et 14 juin 2001).
A.b. La fille de l'assuré a entamé un apprentissage d'informaticienne en 2009 puis une formation de massothérapeute en 2010. A._ a ainsi continué à percevoir la rente complémentaire pour enfant jusqu'au 30 juin 2011 (décision du 5 août 2011). Le 10 novembre 2011, invoquant que sa fille suivait désormais une formation auprès de l'Institut C._ (ci-après: l'institut) depuis septembre 2011, il a demandé à l'office AI que la rente complémentaire lui soit à nouveau accordée. Par décision du 23 février 2012, l'office AI a rejeté la demande de l'assuré. Ce dernier a déposé une nouvelle demande le 23 décembre 2013. Par décision du 11 juillet 2014, l'office AI a refusé d'octroyer une rente complémentaire en faveur de B._, au motif que la formation entreprise ne permettait pas d'appréhender les contours d'un projet professionnel précis, ce d'autant plus que la fille de A._ ne pouvait se prévaloir d'une évaluation ou d'un examen reconnu de jure ou de facto dans une profession déterminée.
B.
L'assuré a déféré cette décision à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales. La cour cantonale a procédé le 23 février 2015 à l'audition du directeur de l'institut, D._, et de B._. Par jugement 6 juin 2016, elle a admis le recours et annulé la décision litigieuse, dit que A._ a droit à une rente complémentaire pour enfant de l'assurance-invalidité en faveur de sa fille dès le 1 er décembre 2013, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1 er décembre 2015, et renvoyé la cause à l'office AI pour calculer le montant de la rente et déterminer son étendue dans le sens des considérants.
C.
L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut en substance à la confirmation de sa décision du 11 juillet 2014. L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose l'admission du recours tandis que l'intimé conclut à son rejet, en se déterminant encore le 5 décembre 2016.

Considérant en droit :
1.
Bien que le dispositif du jugement entrepris, à son ch. 5, renvoie la cause à l'office recourant, il ne s'agit pas d'une décision incidente au sens de l'<ref-law> vu que la juridiction cantonale a statué définitivement sur le droit de l'intimé à une rente complémentaire pour enfant de l'assurance-invalidité (ch. 4 du dispositif), le renvoi de la cause ne visant que le calcul et l'étendue des prestations accordées. Le recours est dès lors recevable puisqu'il est dirigé contre un jugement final (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 127).
2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (<ref-law>).
3.
Le litige porte sur le point de savoir si l'office recourant était en droit de nier le droit de l'intimé à la rente complémentaire pour enfant de l'assurance-invalidité à partir du 1 er décembre 2013. En particulier, il s'agit de déterminer si la formation suivie par B._ au sein de l'institut pouvait être considérée comme une formation au sens de l'art. 49 bis al. 1 RAVS.
4.
4.1. Selon l'<ref-law>, les hommes et les femmes qui peuvent prétendre une rente d'invalidité ont droit à une rente pour chacun des enfants qui, au décès de ces personnes, auraient droit à la rente d'orphelin de l'assurance-vieillesse et survivants. Le droit à une rente d'orphelin prend naissance le premier jour du mois suivant le décès du père ou de la mère; il s'éteint au 18 ème anniversaire ou au décès de l'orphelin (<ref-law>). Pour les enfants qui accomplissent une formation, le droit à la rente s'étend jusqu'au terme de cette formation, mais au plus jusqu'à l'âge de 25 ans révolus; le Conseil fédéral peut définir ce que l'on entend par formation (<ref-law>).
4.2. Aux termes de l'<ref-law>, un enfant est réputé en formation s'il suit une formation régulière reconnue de jure ou de facto à laquelle il consacre la majeure partie de son temps et se prépare systématiquement à un diplôme professionnel ou obtient une formation générale qui sert de base en vue de différentes professions. Avant l'entrée en vigueur le 1er janvier 2011 de cette disposition réglementaire, il n'existait aucune disposition matérielle relative au droit à la rente d'orphelin ou à la rente complémentaire pour enfant pour les enfants qui accomplissaient une formation. La jurisprudence et la pratique administrative avaient développé des principes qui avaient trouvé leur assise au sein des directives de l'OFAS concernant les rentes (DR) de l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité fédérale. Le ch. 3358 DR précise notamment que la formation doit durer quatre semaines au moins et tendre systématiquement à l'acquisition de connaissances. Les connaissances acquises doivent soit déboucher sur l'obtention d'un diplôme professionnel spécifique, soit permettre l'exercice d'une activité professionnelle même sans diplôme professionnel à la clé, voire enfin - si elles n'ont pas été ciblées sur l'exercice d'une profession bien définie - servir pour l'exercice d'une multitude de profession ou valoir comme formation générale. La formation doit obéir à un plan de formation structuré reconnu de jure ou à tout le moins de facto. Par contre, peu importe qu'il s'agisse d'une formation initiale, d'une formation complémentaire ou d'une formation qui vise à une réorientation professionnelle.
5.
5.1. La juridiction cantonale a reconnu le droit de l'intimé à une rente complémentaire pour enfant de 18 à 25 ans en faveur de B._. Elle a considéré que la formation suivie par cette dernière au sein de l'institut, consacrée à l'acquisition de connaissances dans le domaine de la médecine traditionnelle chinoise en vue de lui permettre de pratiquer l'acupuncture, devait être admise comme une formation régulière reconnue de jure ou de facto, qui répondait en particulier aux exigences de durée, de temps consacré par l'étudiante et qui lui aurait permis d'exercer une activité professionnelle. Pour ce faire, elle s'est fondée sur les déclarations du directeur de l'institut, D._, sur celles de la fille de l'assuré ainsi que sur les attestations produites par l'institut confirmant l'agrégation de ce dernier par la Fondation suisse pour les médecines complémentaires (ci-après: l'ASCA).
5.2. L'office recourant reproche aux premiers juges d'avoir reconnu à l'intimé le droit à une rente complémentaire. Il invoque que rien ne permettait de déterminer quel était le programme détaillé de la formation de médecine traditionnelle chinoise au sein de l'institut ni quelles étaient les modalités d'évaluations ou d'examens exigées. Il soutient que cette formation ne permettait pas à B._ de se préparer de manière systématique à l'exercice de la profession d'acupuncteur (absence d'évaluation personnelle, individualisée, intermédiaire, objective et d'activité pratique).
6.
6.1. Les considérations du tribunal cantonal ne peuvent pas être suivies. Conformément à ce qu'invoque l'office recourant, et bien que l'institut soit reconnu par l'ASCA, l'absence d'évaluation personnelle et individualisée (les participants des niveaux différenciés reçoivent tous en même temps les mêmes enseignements), l'absence d'examens intermédiaires (évaluation unique à la fin des quatre premières années) ainsi que le manque d'objectivité (les étudiants ne sont jamais évalués par des enseignants neutres et extérieurs à l'institut), n'apparaissent pas comme étant les composants d'un plan de formation structuré. Ces différents éléments, qui ressortent des déclarations faites par D._ et B._ à la juridiction cantonale, font sérieusement douter de l'aspect didactique-professionnel que l'institut veut se donner. Approuvant l'argumentation de l'office recourant, l'OFAS ajoute que sans un "feed-back" constant sur la progression de l'acquisition des connaissances, il est difficile pour les élèves de bénéficier du suivi nécessaire pour l'apprentissage des techniques paramédicales qui, si elles sont appliquées de manière superficielle, pourraient provoquer des dommages considérables aux patients. L'office recourant soulève par ailleurs le fait que la formation n'est pas assortie d'exercices pratiques; les élèves participent à des stages d'observation sans procéder à l'implantation factuelle ni à la manipulation d'une seule piqûre, principal acte "médical" de l'exercice de l'acupuncture. En effet, selon les déclarations du directeur de l'institut aux premiers juges, c'est un enseignement de "théorie fondamentale" qui est dispensé durant les quatre premières années (cycle 1), correspondant à 150 heures de cours. Les principales disciplines de la "formation de base" concernent la théorie fondamentale de la médecine chinoise, l'acupuncture, la pharmacologie chinoise (ou phytothérapie chinoise) et l'étude du Tui-Na (thérapie manuelle chinoise-massages). S'il est vrai qu'une formation de base peut être reconnue au sens de l'art. 49 bis al. 1 RAVS, il convient de constater qu'en l'occurrence, comme l'a expliqué D._ en procédure cantonale, les 150 heures dispensées par l'institut (cycle 1) doivent être complétées par 300 heures supplémentaires (cycle 3). La formation nécessite 450 heures de cours sur lesquelles 150 seulement sont assurées par l'institut. Il apparaît alors peu vraisemblable que les connaissances générales en la matière puissent être acquises au moyen d'une formation de base dispensant la moitié moins d'heures de cours que la formation de spécialisation. Cet élément de fait constitue une preuve supplémentaire que le programme des cours et examens proposé par l'institut n'entre pas dans la définition de la formation au sens de l'art. 49 bis al. 1 RAVS.
6.2. Au regard de ce qui précède, l'intimé n'a pas droit à une rente complémentaire pour enfant en formation à partir du 1er décembre 2013. Bien fondé, le recours doit par conséquent être admis, le jugement entrepris annulé et la décision administrative litigieuse du 11 juillet 2014 confirmée.
7.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 6 juin 2016, est annulée et la décision de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève du 11 juillet 2014 confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 mars 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
La Greffière : Flury