Faits :
A.
Dans le cadre d'une instruction pénale dirigée notamment contre A._ pour violation de la LStup et blanchiment d'argent, le Tribunal des mesures de contrainte du Littoral et du Val-de-Travers (Tmc) a autorisé le 21 avril 2015, puis prolongé le 29 juin 2015, une mesure d'investigation secrète avec l'engagement d'agents infiltrés, et approuvé l'anonymat garanti à ces derniers. A._ a été interpellé le 3 septembre 2015 et placé en détention provisoire. Le 9 septembre 2015, il a demandé au Ministère public l'assistance judiciaire et la nomination d'un avocat d'office.
B.
Le 8 décembre 2015, le Tmc a rejeté une demande de mise en liberté formée par le prévenu et prolongé la détention provisoire. Par arrêt du 8 janvier 2016, l'Autorité de recours en matière pénale a partiellement admis le recours formé par le prévenu et libéré celui-ci moyennant diverses mesures de substitution. Des frais judiciaires, réduits à 300 fr., ont été mis à la charge du prévenu, et une indemnité de dépens réduite de 500 fr. lui a été allouée.
Le prévenu a aussi saisi l'autorité de recours en matière pénale d'un recours dirigé contre la mesure d'investigation secrète prise à son encontre, considérant celle-ci comme illicite et demandant que les preuves obtenues soient écartées du dossier. Par arrêt du 8 janvier 2016, l'Autorité de recours a déclaré le recours irrecevable car tardif. Les frais, soit 500 fr., ont été mis à la charge du prévenu. Un recours a été formé au Tribunal fédéral contre ce prononcé, rejeté par arrêt du 12 avril 2016 (1B_40/2016).
C.
Le 14 janvier 2016, le Ministère public a accordé l'assistance judiciaire au prévenu. Il a désigné Me B._ comme défenseur d'office dès le 3 septembre 2015.
Fort de cette décision, l'avocat du prévenu s'est adressé à l'Autorité de recours afin qu'elle fixe son indemnité de défenseur d'office pour les deux procédures de recours et qu'elle modifie ses arrêts s'agissant des frais et dépens. Les 1er et 2 février 2016, le Vice-président de l'Autorité de recours (ci-après: le Vice-président) a répondu que l'intéressé n'avait pas requis l'assistance judiciaire en procédure de recours et que celle-ci n'avait été accordée qu'après le prononcé des arrêts. L'assistance judiciaire ne pouvait être accordée a posteriori. Par lettre du 17 février 2016, le prévenu fit remarquer qu'il avait requis l'assistance judiciaire le 9 septembre 2015 déjà et que malgré de nombreuses relances, le Ministère public ne l'avait accordée que le 14 janvier 2016 avec effet rétroactif. Le 19 février 2016, le Vice-président a maintenu sa position.
D.
Par actes du 2 mars 2016, A._ a recouru auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral contre les refus de fixer l'indemnité d'avocat d'office pour les deux procédures cantonales de recours. Il demande l'annulation des décisions du Vice-président et le renvoi de la cause à cette autorité afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. La cause a été transmise au Tribunal fédéral. L'Autorité de recours et le Ministère public ont renoncé à formuler des observations.

Considérant en droit :
1.
Les deux décisions attaquées concernent l'assistance judiciaire du recourant pour des procédures cantonales de recours. Les griefs soulevés sont les mêmes de sorte qu'il y a lieu de joindre les causes et de statuer par un même arrêt.
2.
Les décisions attaquées ont été rendues par une autorité statuant en dernière instance cantonale (<ref-law>) dans une cause de droit pénal et le recours en matière pénale est donc ouvert (<ref-law>).
2.1. Le refus d'accorder l'assistance judiciaire pour des procédures cantonales de recours est susceptible de causer au recourant un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4 p. 338), dès lors notamment qu'il implique le maintien des frais mis à sa charge dans les deux arrêts, et que le recourant se trouve privé du droit à la rémunération de son avocat. On peut certes se demander si le recourant ne devait pas agir directement à l'encontre de ces arrêts afin de se plaindre de l'absence de décision relative à l'assistance judiciaire. Le recourant a d'ailleurs recouru contre l'arrêt relatif aux mesures de surveillances, sans prendre de conclusion à propos de l'assistance judiciaire. Toutefois, la décision du Ministère public accordant rétroactivement l'assistance judiciaire n'a été rendue que le 14 janvier 2016, soit après les prononcés desdits arrêts, de sorte que le recourant n'aurait pas été fondé à invoquer un tel fait nouveau devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
2.2. Pour le surplus, le recours, présentant des conclusions recevables au sens de l'<ref-law>, a été déposé en temps utile au regard <ref-law>, qu'il soit dirigé contre les premières décisions du vice-président ou contre les secondes. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
3.
Invoquant les <ref-law>, le recourant relève que l'octroi de l'assistance judiciaire valait pour toutes les étapes de la procédure pénale, y compris devant l'Autorité de recours. Dès lors que l'octroi de l'assistance judiciaire, le 14 janvier 2016, rétroagissait au 3 septembre 2015, elle devait également couvrir les deux procédures de recours. Le recourant ne pourrait pas être tenu responsable du fait que le Ministère public a tardé à rendre sa décision.
3.1. Selon l'<ref-law>, le défenseur d'office est désigné par la direction de la procédure compétente au stade considéré. L'assistance judiciaire est accordée par la même autorité. En l'occurrence, il s'agit du Ministère public (<ref-law>). L'assistance judiciaire vaut pour tous les actes de procédure accomplis durant la période considérée.
3.2. Par décision du 14 janvier 2016, le Ministère public a accordé l'assistance judiciaire au recourant et lui a désigné Me B._ comme défenseur d'office dès le 3 septembre 2015. Cette décision couvre rétroactivement l'ensemble de la procédure pénale et doit par conséquent également valoir pour les deux procédures de recours devant l'autorité cantonale. Dans ces conditions, le recourant n'avait pas à requérir spécifiquement l'assistance judiciaire pour ces procédures; il n'a certes pas rendu l'Autorité de recours attentive à l'existence d'une demande d'assistance judiciaire, mais celle-ci, ainsi que les nombreuses relances adressées au Ministère public, figurait au dossier de la procédure. La situation est en définitive imputable à cette dernière autorité qui, pour des raisons inexpliquées, a mis quatre mois pour statuer sur l'octroi de l'assistance judiciaire. Le recourant n'a pas à pâtir de ce retard.
3.3. Le recourant a saisi la cour cantonale de deux recours; l'un contre le maintien et la prolongation de la détention provisoire, qui a été partiellement admis; l'autre contre les investigations secrètes, qui a été déclaré irrecevable car tardif. Il ressort de l'arrêt de la cour de céans du 12 avril 2016 que cette démarche n'était pas non plus dénuée de chances de succès. Les deux arrêts de l'autorité de recours ont été rendus le 8 janvier 2016. Contrairement à ce qu'estime le recourant, le seul président de l'autorité de recours n'était pas habilité à prendre seul une décision complémentaire statuant sur l'indemnisation de son avocat d'office car cela impliquait une modification du dispositif des arrêts, ceux-ci mettant également des frais à la charge du recourant et l'un d'eux lui allouant des dépens réduits. Il appartiendra dès lors à l'autorité de recours de considérer la demande du recourant comme une demande de révision ou de rectification des arrêts, et de fixer dans ceux-ci l'indemnité allouée à l'avocat d'office, en modifiant également les dispositifs en ce qui concerne les frais et dépens.
4.
Les recours sont par conséquent admis. Les décisions attaquées sont annulées et la cause est renvoyée à l'Autorité de recours en matière pénale pour nouvelles décisions au sens des considérants. Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à l'allocation de dépens, à la charge du canton de Neuchâtel. Cela rend sans objet la demande d'assistance judiciaire formée pour la procédure devant le Tribunal fédéral. Conformément à l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1B_81/2016 et 1B_82/2016 sont jointes.
2.
Les recours sont admis. Les décisions attaquées sont annulées et la cause est renvoyée à l'Autorité de recours en matière pénale pour nouvelles décisions au sens des considérants.
3.
Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée au recourant, à la charge du canton de Neuchâtel.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la République et canton de Neuchâtel, parquet régional, ainsi qu'au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale.
Lausanne, le 25 avril 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
Le Greffier : Kurz