Sachverhalt:
A.
Mit Werkvertrag vom 1. November 2005 beauftragte B._ (Beklagter, Widerkläger, Beschwerdegegner) die Kollektivgesellschaft A._ (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin) mit den Baumeisterarbeiten für den Neubau eines Einfamilienhauses. Während der Umsetzung des Bauprojekts entstand ein Streit um die Entschädigungshöhe, in dessen Folge die Klägerin die Arbeiten einstellte und der Beklagte daraufhin die Baumeisterarbeiten durch eine Drittfirma fertigstellen liess.
B.
B.a. Mit Klage vom 23. Januar 2007 beim Bezirksgericht Baden beantragte die Klägerin im Wesentlichen die definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts für eine Pfandsumme von Fr. 102'125.80 nebst Zins zu 5 % seit 23. Mai 2005 auf dem Grundstück des Beklagten und die Verpflichtung des Beklagten zur Zahlung dieses Betrages nebst Zins.
Der Beklagte beantragte die Abweisung der Klage und verlangte widerklageweise, die Klägerin sei zu verpflichten, ihm Fr. 193'537.15 nebst Zins zu 5 % von Fr. 168'865.-- seit 30. September 2006, von Fr. 20'330.75 seit 23. Dezember 2005 und von Fr. 4'341.40 seit 5. Oktober 2006 zu bezahlen.
Am 10. November 2009 fand die Hauptverhandlung vor Bezirksgericht Baden mit Befragung der Parteien sowie acht Zeugen statt. Das Gericht tagte unter dem Präsidium von Peter Rüegg mit den Bezirksrichtern Heinz Meier und Bruno Burkart sowie den Bezirksrichterinnen Monica Benz und Barbara Funk. Es beschloss, bei C._, Mitglied der Schweizerischen Gerichtsexpertenkammer, ein gerichtliches Gutachten einzuholen.
Mit Urteil vom 19. August 2014 wies das Bezirksgericht Baden die Klage kostenfällig ab und verpflichtete die Klägerin in teilweiser Gutheissung der Widerklage, dem Beklagten Fr. 110'490.50 nebst Zins zu bezahlen. Das Grundbuchamt Baden wurde angewiesen, das zugunsten der Klägerin auf dem Grundstück des Beklagten vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht zu löschen. Das Gericht tagte unter dem Präsidium von Peter Rüegg mit den Bezirksrichterinnen Caroline Conrad und Marlies Messmer sowie den Bezirksrichtern Peter Flühmann und Gerard Hossmann.
B.b. Die Klägerin erhob Berufung und der Beklagte Anschlussberufung beim Obergericht des Kantons Aargau. Mit Urteil vom 18. März 2015 wies das Obergericht die Berufung der Klägerin kostenfällig ab, soweit darauf eingetreten werden konnte und hiess die Anschlussberufung des Beklagten teilweise gut. Es verpflichtete die Klägerin, dem Beklagten Fr. 144'655.50 nebst Zins zu bezahlen (Dispositiv-Ziff. 2.1) und wies das Grundbuchamt Baden an, das zugunsten der Klägerin auf dem Grundstück GB U._ Nr. xxx vorläufig eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht für den Betrag von Fr. 102'125.80 nebst Zins zu 5 % seit 23. Mai 2006 nach Rechtskraft dieses Entscheids zu löschen (Dispositiv-Ziff. 2.2).
B.c. Gegen diesen Entscheid erhob die Klägerin Beschwerde beim Bundesgericht. Dabei rügte sie insbesondere eine Verletzung von <ref-law> wegen überlanger Verfahrensdauer sowie von <ref-law> und <ref-law>, da während des bezirksgerichtlichen Verfahrens, zwischen der Hauptverhandlung vom 10. November 2009 und der Urteilsfällung vom 19. August 2014, ausser dem Gerichtspräsidenten, alle vier mitwirkenden Bezirksrichter ausgewechselt wurden.
Das Bundesgericht hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 29. September 2015 (4A_271/2015) gut und hob den Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 18. März 2015 auf. Es wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit diese die bereits in der Berufung geltend gemachte Verletzung von <ref-law> prüft.
B.d. In der Folge forderte das Obergericht das Bezirksgericht Baden zur Vernehmlassung darüber auf, welches die Gründe für den Wechsel der vier am Urteil vom 19. August 2014 mitwirkenden Richterinnen und Richter waren. Nach abgeschlossenem Schriftenwechsel verneinte das Obergericht eine Verletzung von <ref-law> und bestätigte mit Urteil vom 24. Februar 2016 seinen Entscheid vom 18. März 2015.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 24. Februar 2016 sei kostenfällig aufzuheben, das Grundbuchamt Baden sei anzuweisen, auf dem Grundstück des Beschwerdegegners GB U._ Nr. xxx ein Bauhandwerkerpfandrecht für eine Pfandsumme von Fr. 78'934.-- nebst Zins zu 5 % seit 23. Mai 2005 zugunsten der Beschwerdeführerin definitiv einzutragen und der Beschwerdegegner sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 78'934.-- nebst Zins zu 5 % seit 23. Mai 2005 zu bezahlen. Die Widerklage sei vollumfänglich abzuweisen.
Der Beschwerdegegner trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat eine Replik eingereicht.
D.
Mit Präsidialverfügung vom 2. Juni 2016 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen sind erfüllt. Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
Da das erstinstanzliche Verfahren noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO) eingeleitet wurde, war darauf gemäss <ref-law> noch die - zwischenzeitlich aufgehobene - Zivilprozessordnung des Kantons Aargau vom 18. Dezember 1984 (aZPO/AG) anwendbar. Das erstinstanzliche Urteil erging am 19. August 2014 und wurde somit unter der Herrschaft des neuen Rechts eröffnet, weshalb für das kantonale Rechtsmittelverfahren die ZPO galt (<ref-law>).
4.
Die Vorinstanz kam im angefochtenen Entscheid zum Schluss, dass sich die Veränderung im Spruchkörper zwischen der Hauptverhandlung vom 10. November 2009 und der Urteilsfällung vom 19. August 2014 als gesetzes- und verfassungskonform erweise. Der zuständige Bezirksgerichtspräsident habe die stattgefundene Auswechslung aller an der Hauptverhandlung beteiligten nebenamtlichen Bezirksrichter mit dem Ausscheiden zweier von ihnen aus Altersgründen sowie einer krankheitsbedingt fehlenden Einsatzfähigkeit einer dritten Richterin begründet. Dass schliesslich alle vier Richter nicht mehr der Besetzung zur Zeit der Hauptverhandlung entsprochen hätten, habe er mit der organisatorischen Umstellung als Folge des Inkrafttretens der eidgenössischen Zivilprozessordnung am 1. Januar 2011 und danach mit jener des revidierten Kindes- und Erwachsenenschutzrechts mit Einführung von familiengerichtlichen Abteilungen an den Bezirksgerichten begründet. Damit erweise sich die Veränderung im Spruchkörper während des mehrjährigen Verlaufes des Verfahrens nach der Hauptverhandlung als hinreichend begründet.
Die Beschwerdeführerin rügt im bundesgerichtlichen Verfahren abermals eine Verletzung von <ref-law> und macht geltend, die Vorinstanz habe bloss die vom Bezirksgerichtspräsidenten in seiner Stellungnahme vorgeschobenen Gründe wiedergegeben, welche den Umstand nicht entkräften könnten, dass der Spruchkörper völlig neu besetzt worden sei. Dabei handelt es sich jedoch um eine blosse Behauptung, die von der Beschwerdeführerin nicht weiter begründet wird. Sie legt weder dar, weshalb es sich bloss um "vorgeschobene" Gründe handeln, noch worin der ihrer Ansicht nach "wirkliche" Grund liegen sollte. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist eine Veränderung der Besetzung zulässig, wenn beispielsweise ein Mitglied des Gerichts aus Altersgründen ausscheidet oder wegen einer länger dauernden Krankheit das Amt nicht ausüben kann oder wenn eine Neukonstituierung des Gerichts die Auswechslung erfordert (vgl. Urteil 4A_271/2015 vom 29. September 2015 E. 6.2 mit Hinweisen). Eine Verletzung von <ref-law> ist demnach nicht dargetan, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist. Sodann bringt die Beschwerdeführerin vor, es liege überhaupt keine Begründung vor, weshalb an der Beschlussfassung vom 27. April 2010 bereits eine Auswechslung einer Richterin stattgefunden habe. Damit rügt sie wohl sinngemäss eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Doch auch damit geht ihre Rüge fehl. Wie dem angefochtenen Entscheid entnommen werden kann, wurden zwei Richter aus Altersgründen sowie eine Richterin krankheitsbedingt ersetzt. Dass schliesslich alle vier Richter ausgetauscht wurden, begründete die Vorinstanz mit der organisatorischen Umstellung als Folge der neuen eidgenössischen Zivilprozessordnung. Eine Begründung liegt somit vor. Im Rahmen des rechtlichen Gehörs besteht kein Anspruch auf die "richtige" Begründung. Massgeblich ist vielmehr, dass die Behörde in ihrer Begründung die Überlegungen nennt, von denen sie sich hat leiten lassen, damit der Entscheid sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 84; <ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweise n). Dass sie den Entscheid nicht sachgerecht hätte anfechten können, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Darüber hinaus begründet die Beschwerdeführerin auch nicht, weshalb sie den im Jahre 2010 vorgenommenen Richterwechsel nicht direkt angefochten hat, nachdem ihr dies aufgefallen ist. Indem sie sich nun erst im bundesgerichtlichen Verfahren darauf beruft, muss sie sich Verwirkung entgegenhalten lassen.
5.
5.1. Die Parteien schlossen am 18. Juni 2005 einen Werkvertrag ab. Darin wurden die Pläne vom 13. Juni 2005 als Bestandteil des Vertrages bezeichnet und ein Pauschalpreis von Fr. 170'000.-- für folgende Baumeisterarbeiten abgemacht:
- Bäume entfernen und abtransportieren, Grundstück roden
- Baugrubenaushub und eindrücken des alten Pools
- Alle Baumeisterarbeiten, inkl. Kanalisation
- Vorfabrizierte Betonelemente, Treppen
- Baugerüste
- Aussentreppen
- Stützmauer
Die Parteien unterzeichneten sodann am 1. November 2005 einen neuen Werkvertrag. Vereinbart wurde ein Pauschalpreis von Fr. 195'000.--, wobei als integrierender Bestandteil des Vertrages die Pläne vom 28. Oktober 2005 bezeichnet wurden. Neu wurden folgende Baumeisterarbeiten festgelegt:
- Bäume entfernen, abtransportieren, Grundstück roden
- Alle Baumeisterarbeiten, inkl. Kanalisation, Sickerleitungen, Kran, Baustelleneinrichtung, Böschungssicherungen, Kofferungen, Abschrankungen, Bauwasser, Bauvisiere usw.
- Vorfabrizierte Betonelemente, Treppe Eingang
- Baugerüste
- Aussentreppen in Ortbeton
- Stützmauer (diese Position für Fr. 7'000.00 wird eventuell ersetzt durch eine Steinkorbmauer)
Eingerechnet sind die Kosten für die Sichtschalung wie bereits im Ein- gangsbereich UG verlegt und ausgeführt. Eingerechnet sind alle Armie- rungen. Eingerechnet sind alle Stahlsäulen nach Plänen. Eingerechnet sind alle notwendigen Grabarbeiten mit dem eigenen Kleinbagger.
(...)
5.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, im Zeitpunkt der Vertragsunterzeichnung hätten die Baupläne vom 28. Oktober 2005 noch gar nicht vorgelegen, weshalb sie diese auf ihre Richtigkeit nicht habe überprüfen können. Diese habe sie erst später erhalten und festgestellt, dass diese im Ausmass dem vereinbarten Pauschalpreis überhaupt nicht entsprochen hätten, was denn vom Experten C._ auch bestätigt worden sei. Sie macht geltend, dass wenn sie sich über das "krasse Missverhältnis" der zu erbringenden Arbeiten mit dem vereinbarten Pauschalpreis bewusst gewesen wäre, sie den Werkvertrag nie unterschrieben hätte. Sie habe sich deshalb in einem Grundlagenirrtum befunden (<ref-law>), weshalb der Vertrag gar nicht habe verbindlich werden können. Ungültig sei der Vertrag auch, weil ein offenbares Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung vorliege (<ref-law>) und weil sie vom Beschwerdegegner über das wahre Ausmass der zu leistenden Arbeiten getäuscht worden sei (<ref-law>). Da die Pauschalabrede somit nicht verbindlich sei, seien die geleisteten Arbeiten nach dem von den Experten ermittelten Werklohn zu entschädigen.
5.3. Die Vorinstanz hielt fest, sofern die Beschwerdeführerin zur angeblichen Ungültigkeit des Werkvertrages vom 1. November 2005 eine absichtliche Täuschung rüge, sei darauf angesichts der Novenschranke von <ref-law> nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin habe im erstinstanzlichen Verfahren keine entsprechende Rüge vorgebracht. Die von ihr angegebenen Textstellen in ihren erstinstanzlichen Rechtsschriften, an welchen sie auf einen Mangel beim Vertragsschluss hingewiesen haben wolle, seien nicht einschlägig. Zwar habe sie moniert, dass die Planänderungen vom 28. Oktober 2005 ein wesentlich grösseres Ausmass für die Baumeisterarbeiten bewirkt haben sollen, als die von ihr eingereichte Offerte vorgesehen habe. Sie erwähne aber nirgends ausdrücklich, dass sie vom Beschwerdegegner getäuscht worden sei. Ohnehin seien ihre Behauptungen in Bezug auf Mängel beim Vertragsschluss ungenügend substanziiert: Es sei nicht ersichtlich, ob sie sich auf eine Täuschung, einen Grundlagenirrtum oder eine Übervorteilung zu stützen versuche, weshalb darauf nicht einzutreten sei.
5.4. Soweit sich die Beschwerdeführerin erneut darauf beruft, der Werkvertrag vom 1. November 2005 sei wegen Irrtum, Übervorteilung und Täuschung ungültig, ist ihre Rüge unbegründet. Die Beschwerdeführerin setzt sich kaum mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander, sondern begnügt sich abermals, die gleichen Abschnitte aus ihren früheren Rechtsschriften in ihre Beschwerde hinein zu kopieren, welche von der Vorinstanz ausdrücklich als nicht einschlägig angesehen wurden. Damit will sie einerseits belegen, dass sie die absichtliche Täuschung bereits im erstinstanzlichen Verfahren vorgebracht habe und andererseits wohl auch, dass ihre Vorbringen bezüglich den Mängeln beim Vertragsschluss genügend substanziiert gewesen seien. Sie unterlässt es dabei aber völlig auszuführen, inwiefern sich aus diesen Textpassagen entgegen der Ansicht der Vorinstanz sehr wohl ergeben sollte, dass sie eine absichtliche Täuschung oder andere Willensmängel geltend gemacht hat bzw. inwiefern die Vorinstanz an die Substanziierung von Sachbehauptungen überhöhte Anforderungen gestellt haben soll. Sie ist der Auffassung, sie habe im erstinstanzlichen Verfahren lediglich Tatsachen vortragen müssen und sei aufgrund des Prinzips "iura novit curia" nicht gezwungen gewesen auf Gesetzesbestimmungen hinzuweisen.
Dies trifft insoweit zu, als dass die Substanziierung die rechtliche Begründung nicht umfasst. Die Pflicht einer Prozesspartei, ihre Sachdarstellung zu substanziieren bedeutet jedoch, dass die Partei die Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen hat, dass darüber Beweis abgenommen werden kann; die Tatsachenbehauptungen müssen also so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 368; <ref-ruling> E. 2b S. 339). Inwiefern die Vorinstanz überhöhte, bundesrechtswidrige Anforderungen an die Substanziierung gestellt haben soll, ist nicht ersichtlich. Aus den von der Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift auf über vier Seiten hinein kopierten Textabschnitten aus ihren früheren Rechtsschriften geht - wie die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat - nicht hervor, dass die Beschwerdeführerin eine absichtliche Täuschung, einen wesentlichen Irrtum oder eine Übervorteilung geltend gemacht hätte. Ihre Ausführungen beziehen sich vorwiegend auf die von ihr geleisteten Arbeiten und die von ihr behauptete Bestellungsänderung. Einzig den Ziffern 2 der Klage und 13 der Replik und Widerklageantwort kann entnommen werden, dass die Beschwerdeführerin behauptet hat, von der Beschwerdegegnerin nicht darüber orientiert worden zu sein, dass die Planänderungen vom 28. Oktober 2005 ein wesentlich grösseres Ausmass für die Baumeisterarbeiten bewirkt hätten bzw. dass die neuen Pläne vom 28. Oktober 2005 durch den Pauschalpreis nicht mehr erfasst seien, was sie bei der Vertragsunterzeichnung nicht gewusst habe. Auch wenn dies auf einen Irrtum beim Vertragsschluss schliessen lassen könnte, geht aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin jedoch keineswegs hervor, dass sie bei Kenntnis der neuen Pläne den Werkvertrag vom 1. November 2005 nicht unterschrieben hätte. Ebenso wenig lässt sich ihren Ausführungen entnehmen, inwiefern die Beschwerdeführerin zum Vertragsabschluss verleitet worden wäre bzw. worin die Täuschungsabsicht des Beschwerdegegners gelegen hätte, noch worin das offenbare Missverhältnis zwischen der Leistung und der Gegenleistung gelegen hätte. Die Beschwerdeführerin legt selber dar, bereits seit Beginn der Bauarbeiten über Änderungen im Untergeschoss im Bilde gewesen zu sein, weshalb ein neuer Werkvertrag hat ausgearbeitet werden müssen. Entsprechend wurde auch von der Vorinstanz festgehalten, dass bereits vor dem 1. November 2005 mit den Arbeiten für den breiteren Keller gemäss den Plänen vom 28. Oktober 2005 begonnen wurde, weshalb der Beschwerdeführerin gestützt auf ihre Ausführungen nicht gefolgt werden kann, dargelegt zu haben, inwiefern sie einem wesentlichen Willensmangel unterlegen wäre. Entscheidend ist jedoch, dass die Beschwerdeführerin mit keinem Wort darlegt, den Vertrag wegen Willensmangel nach <ref-law> innert Jahresfrist angefochten zu haben.
Die Vorinstanzen sind mithin richtig davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin den Werkvertrag vom 1. November 2005 mit seinen Bestandteilen akzeptiert hat und dass dieser mit dem vereinbarten Pauschalpreis von Fr. 195'000.-- gültig zustandegekommen ist.
5.5. Wurde die Vergütung zum Voraus genau bestimmt, so ist der Unternehmer verpflichtet, das Werk für diese Summe fertigzustellen, und darf keine Erhöhung fordern, selbst wenn er mehr Arbeit oder grössere Auslagen gehabt hat, als vorgesehen war (<ref-law>). <ref-law> bestimmt jedoch, dass falls ausserordentliche Umstände, die nicht vorausgesehen werden konnten oder die nach den von beiden Beteiligten angenommenen Voraussetzungen ausgeschlossen waren, die Fertigstellung hindern oder übermässig erschweren, so kann der Richter nach seinem Ermessen eine Erhöhung des Preises oder die Auflösung des Vertrages bewilligen.
Soweit sich die Beschwerdeführerin erneut auf diese Bestimmung beruft und geltend macht, es würden ausserordentliche Umstände für eine Werkpreiserhöhung vorliegen, gehen ihre Vorbringen ebenfalls fehl. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin habe weder im erstinstanzlichen Verfahren noch im Berufungsverfahren dargelegt, inwiefern nicht vorhersehbare Umstände im Sinne von <ref-law> vorgelegen haben sollten. Dies sei auch nicht naheliegend, da das Ausmass der von der Beschwerdeführerin auszuführenden Baumeisterarbeiten aus dem Werkvertrag vom 1. November 2005 bzw. den im Vertrag erwähnten Plänen vom 28. Oktober 2005 eindeutig hervorgehen würden. Die Beschwerdeführerin komme daher ihren Substanziierungspflichten nicht nach, weshalb für eine Preiserhöhung nach <ref-law> kein Raum bleibe. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin mit keinem Wort auseinander. Sie legt weder dar, ihren Substanziierungspflichten nachgekommen zu sein noch, die Vorinstanz habe zu hohe Anforderungen an die Substanziierung gestellt, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist.
5.6. Auch soweit die Beschwerdeführerin im bundesgerichtlichen Verfahren aufs Neue geltend machen will, es seien im Verlaufe der Arbeiten Bestellungsänderungen erfolgt, weshalb der vereinbarte Pauschalpreis zu erhöhen sei, kann ihr nicht gefolgt werden. Sie bringt vor, entgegen der Ansicht der Vorinstanz sei auch der Beschwerdegegner davon ausgegangen, dass Bestellungsänderungen mündlich erfolgen könnten; der Beschwerdegegner habe sich nachweislich selber nicht an die Schriftform gehalten und habe die Beschwerdeführerin mündlich aufgefordert, Zusatzarbeiten zu leisten. Sinngemäss will sie damit wohl darlegen, dass der Beschwerdegegner für die ausgeführten Zusatzarbeiten bzw. Bestellungsänderungen aufzukommen habe, da diese gültig vereinbart worden seien. Dabei unterlässt sie es aber einmal mehr, sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen, weshalb sie verkennt, dass die Vorinstanz eine Mehrvergütung für Bestellungsänderungen nicht nur wegen der nicht eingehaltenen Schriftform gemäss Ziff. 4.3 der AGB verneint hat, sondern auch, weil der Beschwerdeführerin der Nachweis einer vertraglichen Abänderung nicht gelungen ist, da bezüglich eines essentialium negotii (subjektiv wesentlicher Vertragspunkt) der Abänderung, nämlich dem Preis, kein Konsens bestanden hat.
6.
Mit seiner Widerklage hat der Beschwerdegegner geltend gemacht, die Beschwerdeführerin sei mit ihren Leistungen im Verzug gewesen, weshalb der Vertrag nach den Verzugsregeln aufgelöst worden sei. Beide Vorinstanzen haben den Verzug bejaht. Die Beschwerdeführerin macht aber nach wie vor geltend, sie habe sich mit den vereinbarten Baumeisterarbeiten nicht im Verzug befunden, weshalb dem Beschwerdegegner kein Schaden entstanden sei.
6.1. Die Vorinstanz hielt fest, ein Ablieferungstermin sei im Werkvertrag vom 1. November 2005 nicht festgehalten worden, weshalb letzterer anhand des hypothetischen Parteiwillens zu eruieren sei. Dabei gelte als Regel, welche Zeit ein versierter Fachmann für die gleiche Arbeit benötigen würde.
Es sei unbestritten geblieben, dass die Beschwerdeführerin im August 2005 mit den Bauarbeiten begonnen habe und dass Fachkräfte für die gleiche Arbeiten rund vier Monate gebraucht hätten. Selbst wenn man die reduzierte Arbeit bzw. den Baustopp während den Wintermonaten Januar und Februar berücksichtige, hätten die Arbeiten spätestens sechs Monate nach Baubeginn fertiggestellt sein sollen, was jedoch offensichtlich nicht der Fall gewesen sei. Die Arbeiten seien somit im Zeitpunkt der Mahnung durch den Beschwerdegegner am 27. April 2006 fällig gewesen, was die Beschwerdeführerin nicht substanziiert bestritten habe.
6.2. Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, vermag das vorinstanzliche Urteil nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen. Sie ist im Wesentlichen der Ansicht, die Mahnung des Beschwerdegegners vom 27. April 2006 habe nicht genügt, um sie in Verzug zu setzen. In diesem Schreiben seien ihr nämlich unberechtigte Vorwürfe wegen mangelndem Baufortschritt gemacht worden, was sie bereits im erstinstanzlichen Verfahren vorgebracht habe. Die Bauverzögerung sei nicht von ihr verschuldet, was die Vorinstanz unberücksichtigt gelassen habe. Vielmehr sei die Verzögerung nebst dem Baustopp während den Wintermonaten auf die "unfähige und unerreichbare Bauleitung" zurückzuführen. Zudem seien unerwartete Probleme mit dem Baugrund entstanden und der Aushub sei nicht rechtzeitig abgeführt worden. Obwohl die Beschwerdeführerin behauptet, dies bereits in den vorinstanzlichen Verfahren vorgebracht zu haben, unterlässt sie es vollständig, dies mit Aktenhinweisen zu belegen, weshalb darauf nicht abgestellt werden kann.
Die Vorinstanzen sind richtig davon ausgegangen, dass wenn die Parteien vertraglich keinen Ablieferungstermin vereinbart haben, dem Unternehmer in der Regel sowie viel Zeit bis zur Ablieferung zusteht, wie ein versierter Fachmann nach rechtzeitigem Beginn benötigen würde, um das Werk in zügiger Arbeit und mit dem üblichen Einsatz auszuführen und abzuliefern (Urteil 4C.347/2003 vom 1. April 2004 E. 4.1.1 mit Hinweis). Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, hätten Fachkräfte 3-4 Monate für die Arbeiten gemäss Werkvertrag vom 1. November 2005 benötigt, wobei anzumerken ist, dass gemäss dem Bauplan vom ersten Werkvertrag vom 18. Juni 2005 von einer Bauzeit von nur 2,5 Monaten ausgegangen wurde. Die Vorinstanz hat somit ohne in Willkür zu verfallen festgehalten, dass selbst wenn man die reduzierte Arbeit während den Wintermonaten berücksichtigt, das Werk spätestens sechs Monate nach Baubeginn hätte beendet sein sollen. Inwiefern sodann das Mahnschreiben des Beschwerdegegners vom 27. April 2006 inhaltlich nicht genügen sollte, um die Beschwerdeführerin in Verzug zu setzen, ist nicht nachvollziehbar. Wie das erstinstanzliche Gericht festgehalten hat und was vor der Vorinstanz unbestritten geblieben ist, hat der Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 27. April 2006 die fälligen Arbeiten gemahnt und ihr bezüglich der Bodenplatte der Einliegerwohnung sowie der Rohbauarbeiten eine Frist zu deren Erstellung gesetzt. Zudem setzte er der Beschwerdeführerin eine Frist zur vorbehaltlosen Bestätigung über die Einhaltung der vorgegebenen Termine. Weiter machte er darauf aufmerksam, dass eine erneute Verschiebung nicht in Frage komme, da am 19. Juni 2006 mit den Flachdacharbeiten angefangen werde. Dabei handelt es sich - wie die Vorinstanzen zutreffend festgehalten haben - um eine Mahnung, d.h. eine unmissverständliche Aufforderung an den Schuldner, die geschuldeten Leistungen unverzüglich zu erbringen. Weshalb diese ungenügend sein sollte, tut die Beschwerdeführerin nicht dar.
7.
Alsdann macht die Beschwerdeführerin geltend, die Schadensberechnung sei willkürlich erfolgt. Das vorinstanzliche Urteil ergebe nämlich folgende Abrechnung:
- Pauschalvergütung an Drittfirma Mäder Fr. 167'000.00
- geleistete Zahlungen an die Kläger Fr. 85'000.00
- Total Zahlungen des Beklagten Fr. 252'000.00
- abzüglich widerklageweise zu leistende Zahlung Fr. 144'000.00
-ergibt Restanz Fr. 108'000.00
Würde das vorinstanzliche Urteil in Kraft treten, dann hätte der Beschwerdegegner für die Baumeisterarbeiten, für die er von einem Pauschalpreis von Fr. 195'000.-- ausgegangen sei, lediglich Fr. 108'000.-- bezahlt. Dies zeige, dass das angefochtene Urteil unhaltbar sei.
Diese von der Beschwerdeführerin vorgenommene Berechnung stimmt jedoch nicht. Sie lässt dabei völlig unberücksichtigt, dass der Beschwerdegegner neben den Fr. 167'000.-- an die Drittfirma gemäss Werkvertrag vom 16. Mai 2006 noch diverse andere Arbeiten, welche im Werkvertrag vom 1. November 2005 ebenfalls mitenthalten waren, jedoch von der Drittfirma nicht berücksichtigt wurden, an weitere Unternehmer in Auftrag geben und dafür deutlich mehr bezahlen musste. Ebenso unberücksichtigt lässt die Beschwerdeführerin, dass ihr nach den unbestritten gebliebenen Feststellungen der Vorinstanzen nebst den aus Werkvertrag vom 1. November 2005 bereits bezahlten Fr. 85'000.-- noch Fr. 10'550.-- als Werklohn zustehen. Es ergibt sich daraus ein völlig anderes Resultat, als dies die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde präsentiert, womit ihre Rüge unbegründet ist. Dass die Berechnung der einzelnen Schadenspositionen bzw. des ersatzpflichtigen Schadens im vorinstanzlichen Entscheid unrichtig wäre, tut die Beschwerdeführerin nicht dar, womit es dabei sein Bewenden hat.
8.
Die Beschwerdeführerin beantragt schliesslich, es sei im Dispositiv festzustellen, dass das Beschleunigungsgebot verletzt worden sei und es sei ihr mittels einer vorteilhaften Kostenregelung eine hinreichende Wiedergutmachung zu verschaffen. Dies kann jedoch nicht berücksichtigt werden. Bereits im ersten bundesgerichtlichen Verfahren in der gleichen Sache hat die Beschwerdeführerin eine Verletzung des von <ref-law> wegen einer überlangen Verfahrensdauer geltend gemacht. Dazu erwog das Bundesgericht, dass wenn eine Partei eine behauptete Rechtsverzögerung nicht während dem laufenden Verfahren, sondern erst nach abgeschlossenem Verfahren geltend mache, diese nicht mehr rückgängig gemacht werden könne. Diesfalls falle als Sanktion die blosse Feststellung als Wiedergutmachung in Betracht und allenfalls die Berücksichtigung bei der Kostenregelung. Die Beschwerdeführerin hatte jedoch keine entsprechende Feststellung beantragt und die Kosten gingen ohnehin nicht zu ihren Lasten (vgl. Urteil 4A_271/2015 vom 29. September 2015 E. 4). Indem die Beschwerdeführerin nun "die entsprechende Feststellung in der vorliegenden Beschwerde [ergänzen]" will, ist ihr Vorbringen verspätet, denn ihre Beschwerde kann nachträglich nicht ergänzt werden. Dass das vorinstanzliche Verfahren nach dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid vom 29. September 2015 (erneut) zu lange gedauert hätte, wird von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht und ist darüber hinaus auch nicht ersichtlich.
9.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. September 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Reitze-Page