Fatti:
A.
A.a. Con contratto 19 aprile 2013 la B._ SA ha locato alla A._ Sagl dal 1° ottobre 2013 alcuni spazi all'interno di un capannone, con annessa superficie esterna, per una durata decennale e una pigione annua di fr. 41'125.--. Poiché l'attività (garage e carrozzeria) svolta dalla conduttrice è diversa da quella (verniciatura) esercitata in precedenza nel capannone, il contratto prevede un elenco di lavori necessari al cambiamento d'uso a carico della A._ Sagl.
A.b. Dopo alcuni mesi sono sorte divergenze fra le parti, sfociate in richieste di adempimenti contrattuali. Con istanza datata 28 gennaio 2014 la A._ Sagl ha adito il competente Ufficio di conciliazione in materia di locazione, chiedendo segnatamente che venisse ordinato alla locatrice di eseguire determinati lavori di predisposizione degli spazi.
A.c. Il 4 febbraio 2014 la locatrice ha inviato alla conduttrice una prima disdetta straordinaria per il 31 marzo 2014, che è stata contestata giudizialmente.
A.d. Il 12 gennaio 2015 la locatrice ha diffidato la conduttrice a versare entro 30 giorni il saldo di fr. 18'506.25 dei corrispettivi scoperti (somma pari alle pigioni dei mesi da settembre 2014 a gennaio 2015), pena la rescissione del contratto per mora. La A._ Sagl ha contestato il credito, ribadendo le lamentele concernenti i difetti dell'ente locato e ha dichiarato di compensare eventuali canoni di locazione scoperti con il credito da lei vantato per le pigioni indebitamente versate dal 1° ottobre 2013 e la pretesa di risarcimento del danno subito per non aver potuto iniziare la sua attività. Il 3 marzo 2015 la locatrice ha disdetto per mora il contratto. La conduttrice ha chiesto, con petizione 22 maggio 2015, al Pretore del distretto di Lugano di annullare anche questa disdetta.
B.
Con istanza 15 giugno 2015 la B._ SA ha domandato al predetto Pretore di ordinare l'espulsione della A._ Sagl dalla superficie commerciale locata. Il Pretore ha accolto l'istanza con sentenza 28 ottobre 2015. Egli ha indicato che non essendosi avvalsa degli art. 107-109 CO al momento della consegna, la conduttrice doveva corrispondere le pigioni, pagandole o depositandole giusta l'<ref-law>.
C.
La II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui era ammissibile, l'appello della A._ Sagl e ha confermato la decisione di primo grado. Essa ha dapprima rilevato la carente motivazione dell'appello per poi aggiungere che il Pretore ha correttamente ritenuto che il contratto aveva "preso avvio" il 1° ottobre 2013, data a partire dalla quale la conduttrice ha segnatamente cominciato a regolarmente versare per tre mesi la pigione, senza invocare una mancata consegna dell'ente locato. La Corte cantonale ha quindi considerato l'interruzione del versamento delle pigioni illegittima e giustificata la domanda di espulsione.
D.
Con ricorso in materia civile del 16 settembre 2016 la A._ Sagl postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al ricorso, la riforma della sentenza impugnata nel senso che l'istanza di espulsione sia respinta. La ricorrente contesta di non aver sufficientemente motivato il suo appello e afferma, in estrema sintesi, che non era sorto alcun obbligo di pagare le pigioni a causa della mancata consegna dell'ente locato.
La B._ SA propone con osservazioni 7 ottobre 2016 la reiezione della domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è presentato dalla parte soccombente nella procedura cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di natura pecuniaria con un valore litigioso ampiamente superiore alla soglia di fr. 15'000.-- fissata dall'<ref-law>. Esso si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
2.
Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). A questi appartengono sia le constatazioni concernenti le circostanze relative all'oggetto del litigio sia quelle riguardanti lo svolgimento della procedura innanzi all'autorità inferiore e in prima istanza, vale a dire gli accertamenti che attengono ai fatti procedurali (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con riferimenti). Il Tribunale federale può unicamente rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se esso è manifestamente inesatto o risulta da una violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). "Manifestamente inesatto" significa in questo ambito "arbitrario" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>).
La parte che critica la fattispecie accertata nella sentenza impugnata deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3, con rinvii). Essa deve spiegare in maniera chiara e circostanziata in che modo queste condizioni sarebbero soddisfatte (<ref-ruling> consid.1.3.1 con rinvii). Se vuole completare la fattispecie deve dimostrare, con precisi rinvii agli atti della causa, di aver già presentato alle istanze inferiori, rispettando le regole della procedura, i relativi fatti giuridicamente pertinenti e le prove adeguate (<ref-ruling> consid. 2). Se la critica non soddisfa queste esigenze, le allegazioni relative a una fattispecie che si scosta da quella accertata non possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
3.
La ricorrente lamenta una carente motivazione della sentenza impugnata, perché l'autorità inferiore ha ritenuto che non era necessario indicare i dettagli della procedura con cui l'inquilina aveva contestato la (prima) disdetta del 4 febbraio 2014. Essa afferma pure che l'accoglimento delle censure proposte in tale sede sull'onere di predisporre i lavori di preparazione avrebbe potuto influenzare la vertenza in esame.
Ora la ricorrente pare misconoscere che l'obbligo di motivare le proprie decisioni codificato nell'<ref-law> non impone all'autorità di pronunciarsi su tutti gli argomenti sottopostile. Questa può occuparsi delle sole circostanze rilevanti per il giudizio, atte ad influire sulla decisione di merito. Una decisione risulta essere sufficientemente motivata, allorquando la parte interessata è messa nelle condizioni di rendersi conto della sua portata e di poter far uso con piena cognizione di causa dei rimedi di diritto a sua disposizione per impugnare la medesima dinanzi ad un'istanza giudiziaria superiore (<ref-ruling> consid. 2.2). Ora, nemmeno la ricorrente pretende che nella fattispecie ciò non sia il caso. Giova per il resto ricordare che una procedura di contestazione della disdetta ancora pendente non impone la sospensione di una procedura di espulsione basata sull'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.3).
4.
Giusta l'<ref-law> il giudice accorda tutela giurisdizionale in procedura sommaria se i fatti sono incontestati o immediatamente comprovabili (lett. a) e la situazione giuridica è chiara (lett. b).
4.1. La ricorrente incentra il suo gravame sulla tesi che, al momento della diffida, l'ente locato non le sarebbe ancora stato consegnato (essa indica di aver preso possesso dei luoghi unicamente nel mese di giugno 2015) e che per tale motivo l'obbligo di pagare le pigioni non sarebbe ancora sorto. Tuttavia con la sua argomentazione appellatoria essa non fa apparire arbitraria la constatazione dei tribunali ticinesi, secondo cui la consegna degli spazi locati sarebbe invece avvenuta alla data prevista dal contratto. La conduttrice ha infatti pacificamente versato la pigione per tre mesi e ha provveduto, come peraltro riconosce nell'impugnativa all'esame, al suo deposito durante un ulteriore lasso di tempo. Invero essa contesta che da tale fatto possa essere dedotta la consegna dell'ente locato, affermando di aver corrisposto le pigioni iniziali perché " non era a conoscenza del fatto che se la consegna dei locali non è avvenuta in modo corretto, l'obbligo di pagare la pigione non corre ". Così facendo essa conferma però l'accertamento dell'autorità inferiore secondo cui la cosa locata è stata consegnata alla conduttrice, ma che quest'ultima la considera difettosa. Il ricorso si rivela pertanto inammissibile su questo punto.
4.2. In virtù dell'<ref-law> il conduttore che accetta la cosa, nonostante difetti che ne escludono o diminuiscono notevolmente l'idoneità all'uso cui è destinata e persiste nel chiedere il perfetto adempimento del contratto, può far valere soltanto i diritti che gli competerebbero in caso di difetti della cosa sopravvenuti durante la locazione (art. 259a-259i CO).
Ora fra questi diritti non vi è quello di trattenere la pigione. Non soccorre la ricorrente nemmeno il fatto di aver sollevato la compensazione delle pigioni reclamate con quelle che afferma aver indebitamente pagato. Infatti, il conduttore che ritiene di avere il diritto a una riduzione della pigione o a un risarcimento danni a causa dei difetti della cosa locata ha unicamente la possibilità di depositare la pigione, l'<ref-law> non essendo in questi casi applicabile, poiché l'<ref-law> costituisce una lex specialis per rapporto a tale norma (sentenze 4A_140/2014/ 4A_250/2014 del 6 agosto 2014 consid. 5. 2 e 4A_472/2008 del 26 gennaio 2009 consid. 4.2.3, RtiD 2009 II pag. 681).
4.3. Ricordato che la ricorrente non solleva alcuna censura contro la diffida di pagamento e nemmeno nega di non aver versato le pigioni reclamate con quest'ultima, da quanto precede discende che i presupposti per accordare una tutela giurisdizionale nei casi manifesti erano in concreto dati.
5.
Il ricorso si rivela pertanto, nella misura in cui è ammissibile, infondato e come tale va respinto. Con l'evasione del gravame la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta caduca. Le spese e le ripetibili seguono l'esito del ricorso (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF). Atteso tuttavia che l'opponente è unicamente stata invitata a esprimersi sulla domanda di effetto sospensivo le è attribuita un'indennità ridotta (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.