Sachverhalt:
A.
Die IV-Stelle des Kantons Freiburg sprach dem 1966 geborenen A._ mit Verfügung vom 2. April 2001 für verschiedene Perioden jeweils eine befristete ganze Invalidenrente zu. Ab Januar 2001 bestand für eine leichte, nicht kniebelastende Tätigkeit wieder eine volle Arbeitsfähigkeit. Mit Schreiben vom 4. Mai 2002 liess sich der Versicherte erneut bei der Invalidenversicherung anmelden. Er machte nun vor allem diverse Schmerzen und eine depressive Entwicklung geltend. Der mit einer Begutachtung beauftragte Dr. med. B._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, diagnostizierte eine seit Juli 2002 bestehende Somatisierungsstörung bei einer um 50 % eingeschränkten Arbeitsfähigkeit (Expertise vom 8. September 2003). Dr. med. C._, Fachärztin FMH für Rheumatologie, stellte folgende Diagnosen: chronische Knieschmerzen multifaktorieller Ätiologie, chronisches rezidivierendes cervikocephales und cervikobrachiales Schmerzsyndroms links, depressives Entwicklung bei einer psychosozialen Belastungssituation (Gutachten vom 16. August 2004). Dem Versicherten sei es ihres Erachtens während ca. 2 Stunden täglich zumutbar, eine leichte körperliche Tätigkeit in einer mehrheitlich sitzenden Position auszuüben. Die Leistungsfähigkeit sei dabei um 10 % reduziert. Mit Verfügung vom 25. Juli 2005 sprach die IV-Stelle A._ mit Wirkung ab dem 1. Juli 2002 erneut eine ganze Rente zu.
Im Rahmen eines im Januar 2009 eröffneten Rentenrevisionsverfahrens holte die IV-Stelle je ein Gutachten des Dr. med. D._, Facharzt FMH für Rheumatologie, vom 20. Mai 2010 und des Dr. med. E._, Facharzt FMH für Neurologie, Psychiatrie und Psychotherapie, vom 1. Juli 2010 ein. Am 26. Oktober 2010 bestätigte die IV-Stelle, die Weiterausrichtung der bisherigen ganzen Rente.
Am 13. Februar 2012 leitete die IV-Stelle ein weiteres Revisionsverfahren ein und hob mit Verfügung vom 9. Juli 2014 - unter Hinweis auf die am 1. Januar 2012 in Kraft getretene Schlussbestimmung zur 6. IV-Revision - den Anspruch auf die Invalidenrente auf. Gleichentags wurde dem Versicherten für die Dauer der Wiedereingliederungsmassnahmen während maximal zwei Jahren eine Rente zugesprochen (Verfügung vom 9. Juli 2014).
B.
Das Kantonsgericht Freiburg wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 24. August 2016 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel findet nicht statt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Bei den gerichtlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit bzw. deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum handelt es sich grundsätzlich um Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Gleiches gilt für die konkrete Beweiswürdigung (Urteil 9C_204/2009 vom 6. Juli 2009 E. 4.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164). Dagegen sind die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfragen (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_859/2015 vom 7. Juni 2016 E. 2.2 mit Hinweis).
2.
Die für die Beurteilung der streitigen Rentenaufhebung massgebenden gesetzlichen Grundlagen wie auch die hiezu ergangene Rechtsprechung hat das kantonale Gericht zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Die Vorinstanz hat den Rentenanspruch des Beschwerdeführers gestützt auf die Vorgaben der 6. IV-Revision überprüft. Diese Bestimmungen betreffen Renten, welche bei psychosomatischen Leiden gesprochen wurden (erstes Massnahmenpaket, Schlussbestimmungen der Änderung des IVG vom 18. März 2011, AS 2011 5659; <ref-ruling>). Massgeblich und zu beurteilen war, ob bei der Rentenzusprechung ein pathogenetisch-ätiologisch unklares syndromales Beschwerdebild ohne nachweisbare organische Grundlage vorlag - und damit die Voraussetzungen für die Anwendbarkeit der erwähnten Bestimmungen gegeben waren - und ob im Zeitpunkt der Rentenaufhebung noch eine Erwerbsunfähigkeit im Sinne von <ref-law> bestand.
Zur Beurteilung der Arbeitsfähigkeit zufolge einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung ist nunmehr <ref-ruling> massgeblich. Dabei hat sich jedoch an der Rechtsprechung zu <ref-law> nichts geändert: Es sind ausschliesslich die Folgen der gesundheitlichen Beeinträchtigung zu berücksichtigen; es ist zu prüfen, ob es dem Versicherten objektiv zuzumuten ist, eine Arbeitsleistung zu erbringen, und die materielle Beweislast liegt bei der rentenansprechenden Person (<ref-ruling>, insb. E. 3.7 S. 295 f., E. 6 S. 307 f., E. 8 S. 309).
3.
3.1. Das kantonale Gericht erkannte, die Rentenzusprache gemäss Verfügung vom 25. Juli 2005 habe sich vor allem auf die Expertisen des Dr. med. B._ vom 8. September 2003 und der Dr. med. C._ vom 16. August 2004 gestützt. Dr. med. B._ diagnostizierte eine Somatisierungsstörung (ICD-10 F45.0), Schwierigkeiten bei der kulturellen Eingewöhnung (ICD-10: Z60.3) sowie Probleme in Verbindung mit schwierigen ökonomischen Verhältnissen (ICD-10: Z59). Der Versicherte litt seit Jahren an einem subjektiv als massiv erlebten Schmerzsyndrom. Es mischten sich krankheitsfremde Faktoren mit psychosomatischen Störungen. Die Chronifizierung kostete den Versicherten viel Energie. Er zeigte nur noch wenig Willen, an der schwierigen Situation etwas zu verbessern. Die mittelgradig ausgeprägte Somatisierungsstörung schränkte die Arbeitsfähigkeit ca. zu 50 % ein. Daneben war keine psychische Krankheit mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit nachzuweisen. Die ganze Symptomatologie konnte beim Exploranden psychosomatisch erklärt werden. Ein wesentlicher Belastungsfaktor war die schwierige finanzielle Lage. Es bestanden auch krankheitsfremde Faktoren, welche dazu geführt hatten, dass der Proband seine Restarbeitsfähigkeit nicht ausgenützt hatte. Dr. med. C._ diagnostizierte chronische Knieschmerzen multifaktorieller Ätiologie, ein chronisches rezidivierendes cervikocephales und cervikobrachiales Schmerzsyndrom links und eine depressive Entwicklung. In der klinischen Befunderhebung schilderte sie ausser leichten Einschränkungen im Bewegungsumfang keine objektivierbaren Befunde. Auch in ihrer Beurteilung führte sie einzig die vom Versicherten angegebenen Schmerzen, psychosomatische und vor allem psychosoziale Symptome an. So war ihres Erachtens die Arbeitsfähigkeit durch eine erhebliche depressive Entwicklung und ein aggressives Verhalten vor allem auch gegenüber seinen Kindern, durch chronische Schmerzen im Bereiche des linken Knies, des Nackens, Schultergürtels und der Arme und durch eine zunehmende Rückzugstendenz bei erheblichen finanziellen Problemen beeinträchtigt. Die Vorinstanz schloss daraus, die mit Verfügung vom 25. Juli 2005 - erneute - Gewährung einer Invalidenrente ab dem 1. Juli 2002 habe hauptsächlich auf der diagnostizierten Somatisierungsstörung beruht, welche zur Gruppe der somatoformen Störungen gehöre.
3.2. Weiter stellte das kantonale Gericht fest, gemäss den beiden überzeugenden Gutachten der Dres. med. D._ und E._ aus dem Jahre 2010 liege ein gleichbleibendes Beschwerdebild vor. Die geltend gemachten Beschwerden könnten aus somatischer Sicht immer noch nicht erklärt werden und in psychischer Hinsicht liege namentlich eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung vor. In der Folge prüfte die Vorinstanz die zumutbare Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers im Zeitpunkt der Rentenaufhebung auch im Lichte der Rechtsprechung zu den anhaltend somatoformen Schmerzstörungen gemäss <ref-ruling>. Es erkannte unter anderem, der Versicherte zeigte eindeutige Aggravationstendenzen. So liessen sich im Urin keine Opiate feststellen, obwohl der Beschwerdeführer angegeben habe, diese täglich gegen die Schmerzen einzunehmen. Trotz des angeblichen hohen Leidensdrucks sei er seit dem Jahre 2003 weder psychiatrisch noch psychopharmakologisch behandelt worden. Schliesslich sei die ursprünglich attestierte Arbeitsunfähigkeit praktisch ausschliesslich mit krankheitsfremden, auch aktuell noch vorhandenen psychosozialen Faktoren begründet worden. Solche allein stellten keine gesundheitliche Beeinträchtigung dar, die zu einer Erwerbsunfähigkeit gemäss <ref-law> führe. Da sowohl bei der Rentengewährung als auch bei deren Aufhebung ein sogenanntes pathogenetisch-ätiologisch unklares syndromales Beschwerdebild ohne nachweisbare organische Grundlage vorgelegen habe, sei der Anspruch auf eine Rente zu Recht in Anwendung der SchlBest zur 6. IV-Revision aufgehoben worden.
4.
Der Beschwerdeführer argumentiert in erster Linie damit, sein Gesundheitszustand habe sich seit der Rentenzusprache nicht verändert, weshalb eine revisionsweise Aufhebung unrechtmässig sei.
4.1. Da die Rente in Anwendung der Schlussbestimmung zur 6. IV-Revision aufgehoben wurde, ist es gerade nicht notwendig, dass veränderte Verhältnisse, namentlich eine verbesserte gesundheitliche Situation vorliegt. Die Voraussetzungen von <ref-law> müssen nicht erfüllt sein. Weil sich die medizinischen und wirtschaftlichen Verhältnisse seit der (erneuten) Rentenzusprache ab dem 1. Juli 2002 nicht wesentlich verändert haben, und folglich kein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> vorlag, wurde der Leistungsanspruch mit Verfügung vom 26. Oktober 2010 bestätigt. Erst die Gesetzesänderung vom 18. März 2011, welche am 1. Januar 2012 in Kraft trat, bot der IV-Stelle die rechtliche Grundlage, den Anspruch neu zu überprüfen.
4.2. Auch was der Beschwerdeführer weiter vorbringt, überzeugt nicht.
4.2.1. Die Tatsache, dass der Versicherte wegen den Folgen der am 11. Oktober 1994 erlittenen Knieverletzung eine Rente der SUVA bezieht, vermag an den tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts und den daraus gezogenen rechtlichen Schlussfolgerungen, nichts zu ändern. Der Entscheid über die Höhe des Invaliditätsgrades durch die Unfallversicherung hat keine Bindungswirkung für die Invalidenversicherung (<ref-ruling> E. 6 S. 553 ff.). Für die vorliegend interessierende Frage, ob die IV-Stelle den Anspruch auf eine Rente in Anwendung der Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision zu Recht verneinte, ist zudem zu beachten, dass ein Invaliditätsgrad von 25 % - welcher gemäss Einspracheentscheid vom 6. Januar 2009 der Rentenbemessung der SUVA zu Grunde lag - keinen Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung begründet (<ref-law>).
4.2.2. Mit seinen Einwänden gegen das Gutachten des Dr. med. E._ vom 1. Juli 2010 begründet der Beschwerdeführer letztinstanzlich nicht rechtsgenüglich, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen.
4.2.3. Da der zum Verfügungszeitpunkt, mithin dem 9. Juli 2014, vorliegende Gesundheitszustand für die Beurteilung des Rentenanspruchs massgebend ist (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweis), hat das kantonale Gericht zu Recht darauf verzichtet, die Sachverhaltsentwicklung nach diesem Termin miteinzubeziehen.
4.2.4. Mit Bezug auf die Arbeitsfähigkeit des Versicherten hielt das kantonale Gericht zu Recht fest, dass die Praxisänderung gemäss <ref-ruling>, die grundsätzlich auf alle im Zeitpunkt der Rechtsänderung noch nicht erledigten Fälle anwendbar ist (ZAK 1990 S. 255), auch für Rentenüberprüfungen gemäss den Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision massgebend ist (Urteil 9C_354/2015 vom 29. Februar 2016 E. 5). Es hat die Beurteilung der Auswirkungen der somatoformen Schmerzstörung auf die Arbeitsfähigkeit alsdann zu Recht anhand der im Regelfall beachtlichen Standardindikatoren (<ref-ruling> E. 4.1.3 S. 297) vorgenommen. Dabei hat es im Einklang mit der Rechtsprechung auf die vor der Praxisänderung erstatteten Gutachten abgestellt.
5.
Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, er beziehe seit mehr als 15 Jahren eine Invalidenrente, weshalb diese in Anwendung von Abs. 4 der Schlussbestimmung zur 6. IV-Revision nicht hätte aufgehoben werden dürfen. Er übersieht dabei, dass der Zeitpunkt, in welchem die Überprüfung eingeleitet wird, für die Berechnung der Rentendauer massgebend ist. Der entsprechende Fragebogen wurde von der IV-Stelle am 13. Februar 2012 versandt. Damals bezog der Versicherte die Rente erst seit 9 Jahren und 6,5 Monaten. Selbst wenn die insgesamt 20 Monate, in welchen er in der Zeit zwischen dem 1. Januar 1997 und dem 31. Dezember 2000 jeweils befristete Renten bezog, mitberücksichtigt würden, hätte er nicht während mindestens 15 Jahren Anspruch auf eine Invalidenrente gehabt. Auch unter diesem Gesichtspunkt hat das kantonale Gericht die Verfügung vom 9. Juli 2014 zu Recht bestätigt.
6.
Der Beschwerdeführer wird damit kostenpflichtig (<ref-law>). Seinem sinngemäss gestellten Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann infolge Aussichtslosigkeit des Rechtsbegehrens nicht stattgegeben werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Freiburg, Sozialversicherungsgerichtshof, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Dezember 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer