Faits :
A.
En 2015, X._, agissant sans but lucratif dans le cadre de l'association dont elle est présidente, a importé vingt-trois chiens, afin de les placer dans des familles d'accueil en Suisse, sans être au bénéfice d'une autorisation du Vétérinaire cantonal. Cinq chiens ont notamment été importés le 20 janvier 2015, six le 27 février 2015 et sept le 6 mars 2015.
B.
Par ordonnance pénale du 4 décembre 2015, le Préfet du district de la Broye-Vully a reconnu X._ coupable de contravention à l'art. 28 al. 1 let. h de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA; RS 455) pour avoir enfreint les art. 13 al. 1 LPA, 103 let. a et 105 al. 1 let. a et b et al. 2 de l'ordonnance du 23 avril 2008 sur la protection des animaux (OPAn; RS 455.1).
C.
Statuant à la suite de l'opposition formée par X._ contre cette ordonnance, le Tribunal de police de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a, par jugement du 11 juillet 2016, condamné celle-ci pour contravention à l'art. 28 al. 1 let. a LPA, pour avoir violé les art. 14 al. 1 LPA, 101 let. a et c, 102 al. 2, 105 al. 1 let. a et b et al. 2 et 197 OPAn. Il a prononcé une amende de 500 fr., la peine privative de liberté de substitution étant fixée à 5 jours et les frais mis à la charge de X._.
D.
Par jugement du 22 septembre 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a jugé que le comportement de X._ violait les art. 101 let. a et c OPAn et que cette violation constituait une contravention sanctionnée par l'art. 28 al. 1 let. a LPA. Cette autorité a par conséquent rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement du 11 juillet 2016.
E.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 22 septembre 2016. Elle conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Invités à se déterminer sur le recours, la Cour d'appel pénale et le ministère public y ont renoncé.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale est une voie de réforme (<ref-law>). Le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale, mais doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à ce principe que lorsque le Tribunal fédéral, s'il admettait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (cf. arrêt 6B_111/2015 du 3 mars 2016 consid. 1.7 non publié aux <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317).
En l'occurrence, la recourante n'a pas pris de conclusions sur le fond, mais uniquement sollicité l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Une telle manière de faire n'est pas admissible. Les motifs du recours permettent toutefois de comprendre que la recourante souhaite être acquittée, respectivement être condamnée à une peine réduite, et à ce que les frais de procédure soient totalement, voire à tout le moins partiellement laissés à la charge de l'Etat, et une indemnité fondée sur l'<ref-law> à elle octroyée. Cela suffit pour satisfaire aux exigences de forme déduites de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (cf. arrêt 6B_111/2015 précité consid. 1.7; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317).
2.
La recourante conteste avoir violé une disposition relative à la détention d'animaux, celle-ci étant selon elle régie exclusivement par les art. 6 à 9 LPA et 68 à 79 OPAn. Elle nie en particulier avoir contrevenu à l'<ref-law> et invoque que l'art. 28 al. 1 let. a LPA n'était de toute façon pas applicable, notamment au vu de l'art. 206a let. g OPAn. Elle soulève une violation du principe de la légalité posé par l'<ref-law>.
2.1. L'autorité précédente retient que la recourante a violé, intentionnellement, les art. 101 al. 1 let. a et c OPAn. Elle estime que cette violation tombe sous le coup de l'art. 28 al. 1 let. a LPA.
2.2. La LPA traite à son chapitre 2 de la " manière de traiter les animaux ". La section 1 de ce chapitre (art. 6 à 9 LPA) règle la " détention des animaux ". La section 2 (art. 10 à 12 LPA) traite de l'" élevage d'animaux et modifications obtenues par génie génétique ". La section 3 (art. 13 et 14 LPA) régit la " circulation d'animaux et de produits d'origine animale ". La section 4 (art. 15 et 15a LPA) règle le " transports d'animaux ". La section 5 (art. 16 LPA) régit les "interventions sur les animaux " et la section 6 (art. 17 à 20a LPA) l' "expérimentation animale ". La section 6a (art. 20b à 20e LPA) traite du " système d'information dans le domaine de l'expérimentation animale " et la section 7 (art. 21 LPA) de l' "abattage d'animaux ".
L'art. 32 LPA, contenu dans la section 1 du chapitre 6 libellée " dispositions d'exécution ", prévoit que le Conseil fédéral édicte les dispositions d'exécution (al. 1). Il détermine en particulier dans quelle mesure les lieux servant à la détention d'animaux doivent être contrôlés (al. 3). L'art. 7 al. 3 LPA permet au Conseil fédéral de rendre obligatoires l'annonce de certaines formes de détention, l'annonce de la détention de certaines espèces animales et l'annonce de certains soins ou de les soumettre à autorisation.
Sous la section 1 régissant la " prise en charge, soins, élevage et détention des animaux " du chapitre 5 de l'OPAn, l'<ref-law> traite du " régime de l'autorisation ". Son alinéa 1 prescrit que doit être titulaire d'une autorisation cantonale quiconque exploite une pension ou un refuge pour animaux de plus de cinq places (let. a) ou remet à des tiers dans l'intervalle d'une année plus de 20 chiens ou 3 portées de chiots (let. c ch. 1).
2.3. La LPA prévoit à son chapitre 3 des " dispositions pénales ". L'art. 26 LPA déclare punissables les mauvais traitements infligés aux animaux, l'art. 27 LPA les infractions en matière de circulation d'animaux et de produits d'origine animale. L'art. 28 LPA traite des " autres infractions ".
2.3.1. Aux termes de l'art. 28 al. 1 LPA, sous réserve de l'art. 26 LPA - ici sans portée -, est puni d'une amende de 20'000 fr. au plus quiconque, intentionnellement contrevient aux dispositions concernant la détention d'animaux (let. a), contrevient aux dispositions concernant l'élevage ou la production d'animaux (let. b), contrevient aux dispositions concernant la production, l'élevage, la détention, la commercialisation ou l'utilisation d'animaux génétiquement modifiés (let. c), contrevient aux dispositions concernant le transport d'animaux (let. d), contrevient aux dispositions concernant les interventions ou les expériences sur les animaux (let. e), contrevient aux dispositions concernant l'abattage (let. f), se livre sur des animaux à d'autres pratiques interdites par la LPA ou par son ordonnance (let. g), contrevient aux dispositions concernant le commerce d'animaux à titre professionnel (let. h) ou contrevient aux dispositions concernant l'utilisation d'animaux vivants à des fins publicitaires (let. i).
L'art. 28 al. 2 LPA prévoit que la tentative, la complicité et l'instigation sont punissables. Si l'auteur agit par négligence, il est puni de l'amende.
Aux termes de l'art. 28 al. 3 LPA, est puni d'une amende quiconque, intentionnellement ou par négligence, contrevient à une disposition d'exécution dont la violation a été déclarée punissable ou à une décision qui lui a été signifiée sous la menace de la peine prévue au présent article.
2.3.2. L'art. 28 al. 3 LPA régissant expressément la répression de violations de dispositions d'exécution (cf. art. 32 LPA), l'art. 28 al. 1 LPA ne peut qu'être interprété comme ne sanctionnant en principe pas dites dispositions. Cette interprétation de l'art. 28 LPA est corroborée par la teneur de l'art. 28 al. 1 let. g LPA qui prévoit qu'est sanctionné en vertu de cette disposition celui qui se livre sur des animaux à d'autres pratiques interdites par la LPA ou par son ordonnance. En d'autres termes, lorsque le législateur entend sanctionner en vertu de l'art. 28 al. 1 LPA non seulement la violation de dispositions de la loi mais également la violation de dispositions d'exécution, il le prévoit expressément. Enfin, il ne ferait pas de sens de sanctionner d'une amende d'un maximal de 10'000 fr. en vertu de l'art. 28 al. 3 LPA en relation avec l'<ref-law> celui qui viole une disposition d'exécution dont la violation a été déclarée punissable, tandis que l'art. 28 al. 1 LPA permettrait dans le même temps de réprimer d'une amende allant jusqu'à 20'000 fr. la violation d'une disposition d'exécution, indépendamment d'une disposition déclarant celle-là punissable.
Il résulte de ce qui précède que sous réserve de sa let. g, l'art. 28 al. 1 LPA ne sanctionne pas la violation de dispositions d'exécution, celle-ci étant cas échéant réprimée par l'art. 28 al. 3 LPA, aux conditions prévues par cette dernière disposition.
2.4. Les exigences posées par l'art. 101 al. 1 let. a et c OPAn ne sont pas prévues par la LPA, mais uniquement par cette disposition d'exécution. La violation de cette disposition ne tombe par conséquent pas sous le coup de l'art. 28 al. 1 LPA. La recourante ne pouvait dès lors pas être sanctionnée pénalement en vertu de cette dernière disposition.
Au demeurant, et comme le relève la recourante, les faits tels que constatés par le jugement entrepris ne permettent pas de retenir que l'<ref-law> aurait été violé: la seule importation puis remise de plus de cinq chiens à la fois ne suffit pas pour conclure à l'exploitation par la recourante d'une pension pour un tel nombre en 2015. De plus, l'<ref-law> liste toute une série de dispositions d'exécution, notamment contenues dans l'OPAn, dont la violation, intentionnelle ou par négligence, est punie conformément à l'art. 28 al. 3 LPA et pour autant que l'art. 26 LPA ne soit pas applicable. Sa lettre g déclare ainsi punissable celui qui intentionnellement ou par négligence exerce une des activités visées à l'art. 101 let. b, c ou e OPAn et ne dispose pas d'autorisation ou ne remplit pas les conditions de l'<ref-law>. L'<ref-law> n'est en revanche pas mentionné par l'<ref-law>, de sorte que sa violation n'apparaît pas pouvoir être sanctionnée en vertu de l'art. 28 al. 3 LPA.
Seule la violation de l'art. 101 al. 1 let. c OPAn en relation avec l'<ref-law> est susceptible de tomber sous le coup de l'art. 28 al. 3 LPA en l'espèce. Savoir si cette nouvelle qualification peut entrer en considération n'a pas à être examiné ici. Il incombera le cas échéant à l'autorité précédente de reprendre cet aspect dans le respect du droit d'être entendu de la recourante et du principe d'accusation.
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, sans que les autres griefs soulevés aient besoin d'être ici examinés, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouveau jugement.
La recourante obtient gain de cause. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (<ref-law>). La recourante a droit à des dépens, à la charge du canton de Vaud (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera à la recourante une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 novembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Gehring