Erwägungen:
1.
Die Buchhaltungsstelle des Zentralgefängnisses der Justizvollzuganstalt Lenzburg (JVA Lenzburg) belastete am 15. Dezember 2015 das Sperrkonto von X._, der sich zu dieser Zeit im vorzeitigen Strafvollzug befand, mit Fr. 240.-, was der Hälfte des minimalen AHV-Betrags entspricht.
Das Gesuch von X._, den "abgezogenen Betrag" wieder gutzuschreiben, wies die Direktion der JVA Lenzburg mit Verfügung vom 29. Februar 2016 ab und führte zur Begründung aus, dass vom Sperrkonto von X._ als AHV-pflichtigen Gefangenen Ende Dezember jeweils die Hälfte des obligatorischen Minimalbetrages der Alters-, Hinterbliebenen- und Invalidenversicherung von derzeit Fr. 480.- abzuziehen sei.
Die gegen die Verfügung sowie den Beschwerdeentscheid erhobenen Beschwerden wiesen das Departement Volkswirtschaft und Inneres am 13. April 2016 sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau am 11. August 2016 ab und auferlegten X._ die Verfahrenskosten in Höhe von Fr. 200.- und Fr. 404.-.
2.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt sinngemäss, die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, seine Forderung einzustellen. Der Betrag von Fr. 220.- sei von seinem Freikonto abgezogen worden und erst auf seine Beschwerde hin sei ein Sperrkonto eröffnet worden. Das Verwaltungsgericht habe ihm mit Schreiben vom 25. Mai 2016 mitgeteilt, dass er über den auf seinem Freikonto befindlichen Betrag frei verfügen könne und seine Beschwerde demnach vollumfänglich gutgeheissen.
3.
Die Rügen sind unbegründet, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer setzt sich mit dem angefochtenen Entscheid nicht auseinander und legt nicht dar, inwieweit dieser gegen Bundesrecht verstossen soll (vgl. <ref-law>). Dies ist auch nicht ersichtlich. Dass der Beschwerdeführer als Gefangener AHV-pflichtig (vgl. Art. 1a Abs. 1 lit. a und b des Bundesgesetzes über die Alters-, Hinterbliebenen- und Invalidenversicherung [AHVG, SR 831.0]) und für die Entrichtung der Beträge verantwortlich war, wird von ihm explizit anerkannt. Nicht zutreffend ist seine Behauptung, der Betrag von Fr. 240.- sei zunächst rechtswidrig von seinem Freikonto abgezogen und ein Sperrkonto erst auf seine Beschwerde hin eröffnet worden. Hiervon geht entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers auch die Vorinstanz nicht aus. Diese hat seine Beschwerde vollumfänglich abgewiesen, da der AHV-Beitrag zu Lasten des Sperrkontos und nicht des Freikontos verbucht wurde. Gegenteiliges lässt sich auch nicht der verfahrensleitenden Verfügung vom 25. Mai 2016 entnehmen, mit der die Vorinstanz den Parteien lediglich die im kantonalen Verfahren nach Beschwerdeeinreichung zu den Akten genommen Unterlagen zukommen liess.
Ob die Vorinstanz auf eine Kostenauflage gemäss § 31 Abs. 2 VRPG hätte verzichten können, da der Beschwerdeführer nach ihren Feststellungen bezüglich Festgeld- und Sperrkonto offensichtlich einem Irrtum unterlegen ist, kann offenbleiben, da insoweit keine Willkür in der kantonalen Rechtsanwendung auszumachen ist (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1; 9C_44/2016 vom 7. Juli 2016 E. 2.2, zur Publ. vorgesehen; je mit Hinweisen).
4.
Die Beschwerde ist im Verfahren gemäss <ref-law> abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist infolge Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (<ref-law>). Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>), da er zur Begründung seiner Beschwerde lediglich die im angefochtenen Entscheid klargestellten Irrtümer bei der Kontobelastung wiederholt. Seiner finanziellen Lage ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Oktober 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held