Faits :
A.
A.a. Z._, de nationalité russe, est propriétaire d'une parcelle d'environ 2'500 m2 dans la commune de... (Genève), sur laquelle se trouve une villa. En 2007, après avoir mis en concours plusieurs bureaux d'architectes, eu recours aux services d'architectes russes et sollicité une étude de faisabilité de la part du bureau d'architecte X._ SA (ci-après: X._), elle a opté pour la démolition et la reconstruction de la partie hors-sol de la villa.
A.b. Le 28 novembre 2007, la propriétaire a mandaté X._ pour une estimation du coût de l'ouvrage, sur la base de plans conçus par les architectes russes. X._ lui a fourni trois approches financières les 20 décembre 2007, 1er et 18 février 2008, qui évaluent toutes trois le coût de la construction à 3'000'000 fr. HT (c'est-à-dire Hors Taxes). En janvier 2008, la propriétaire a renoncé à recourir aux architectes étrangers.
Par contrat du 18 mars 2008, intégrant la norme SIA 102, Z._ a chargé X._ (ci-après: l'architecte mandataire ou la demanderesse) de la démolition partielle, de la transformation et de l'agrandissement de sa villa. En bref, il a été retenu que les honoraires de l'architecte étaient fixés pour partie de manière forfaitaire (phases 1 à 3) et devaient l'être pour partie en fonction du coût final de l'ouvrage (phases 4 à 7); ils étaient estimés à un total de 529'000 fr. HT. Ainsi, les équipements particuliers (par exemple jacuzzi) et les éléments de décoration particuliers (matériaux spécifiques, types de finitions particulières) n'étaient pas compris dans cette estimation et leur coût devait être intégré au coût de l'ouvrage donnant droit aux honoraires pour les phases 4 à 7.
Les travaux ont débuté en décembre 2008 et la fin du chantier a été reportée à plusieurs reprises. La propriétaire a emménagé en janvier 2011, avant la fin des travaux, après avoir déposé certaines affaires dans la villa en août 2010.
A.c. En cours de chantier, diverses modifications ont été apportées au projet initial, notamment un sous-sol sous le garage, des ouvrages en pierres naturelles, des installations électriques domotisées. Il y a eu des modifications dans les finitions, équipements et matériaux, dont des installations sanitaires, des agencements de cuisine, des aménagements intérieurs (dont enduits et cloisons, revêtement de sol et carrelages) et dans le coût d'aménagement du jardin. Par ailleurs, la propriétaire a fait installer un sauna et un bassin extérieur.
Au cours de l'exécution de ces travaux de démolition et rénovation, la propriétaire s'est fait assister par A._, employé de la société M._ SA, qui était son ami de longue date. Elle s'est fait également conseiller par B._, ainsi que par C._ en qualité d'architectes d'intérieur.
Le coût de la construction a été réajusté à plusieurs reprises par l'architecte, soit le 27 novembre 2008 à 3'228'000 fr., le 20 octobre 2010 à 3'990'699 fr. 15, le 4 août 2011 à 6'014'977 fr. 25, le 21 septembre 2011 à 7'018'086 fr. 55 et le 28 novembre 2012 à 7'198'304 fr. 95, honoraires de l'architecte compris.
Des défauts sont également apparus en cours de chantier et après sa clôture (en 2012 et 2013), en particulier des défauts d'étanchéité et des infiltrations d'eau au niveau des terrasses et du jacuzzi, défauts qui ont été réparés aux frais de X._.
La propriétaire a payé toutes les factures des entreprises.
A.d. En cours de travaux, la mandante a versé à son architecte le montant total de 529'000 fr. HT (avec la TVA, cela représente 569'272 fr. 75 TTC [Toutes Taxes Comprises]).
Le 5 août 2011, l'architecte mandataire a adressé à sa mandante sa facture finale: elle a procédé à une réévaluation de ses honoraires (phases 4 à 7, les phases 1 à 3 étant forfaitaires) pour tenir compte de l'augmentation du coût effectif des travaux qui avait passé de 2'280'000 à 5'922'145 fr. 20, a fixé ceux-ci à 966'994 fr. HT et, compte tenu du montant de 529'000 fr. HT déjà encaissé, lui a réclamé un solde d'honoraires arrondi de 438'000 fr. HT, soit avec la TVA à 8% un solde de 473'040 fr. TTC.
Le 27 mars 2012, après réajustement de sa facture, l'architecte mandataire a arrêté le coût total des travaux déterminant pour le calcul de ses honoraires à 5'489'828 fr., a fixé ceux-ci à 917'655 HT et, compte tenu du montant déjà encaissé, a réclamé un solde arrondi de 388'000 fr. HT, soit 419'040 fr. TTC.
Le 17 décembre 2012, X._ a fait notifier à la mandante un commandement de payer (poursuite n°... W) pour un montant de 419'040 fr. TTC, auquel celle-ci a fait opposition.
Le 15 janvier 2013, X._ a réclamé à la mandante les montants de deux factures supplémentaires, la première de 4'536 fr. pour un mur anti-bruit et la seconde de 2'835 fr. pour quatre interventions en raison d'infiltrations d'eau dans le sous-sol du garage, portant le solde de ses honoraires à 426'411 fr. TTC.
A.e. Le coût total des travaux déterminant pour le calcul des honoraires de 5'489'829 fr., le montant total des honoraires de 873'700 fr. HT et le montant de 529'000 fr. HT déjà encaissé ont été retenus, avant réduction, par la cour cantonale, soit 344'700 fr. HT avant réduction, la TVA devant être ajoutée ensuite. Le mode de calcul en fonction de l'augmentation du coût final de l'ouvrage et les chiffres susmentionnés pris en considération ne sont pas remis en cause devant le Tribunal fédéral, ni par la recourante, ni par l'intimée.
Les deux factures supplémentaires ont été écartées par la cour cantonale.
B.
Par requête de conciliation du 8 février 2013, l'architecte mandataire a ouvert action en paiement contre la mandante propriétaire et, après échec de la conciliation, a déposé sa demande devant le Tribunal de première instance, concluant au paiement de 426'411 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012, la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer étant prononcée.
La défenderesse a conclu au rejet de la demande, considérant que la mauvaise exécution du mandat justifiait la réduction totale des honoraires de l'architecte; elle a pris des conclusions reconventionnelles en paiement d'un montant compris finalement entre 515'981 fr. et 906'588 fr. 50 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 mai 2014 au titre de dommages-intérêts résultant de la mauvaise exécution du mandat.
Par jugement du 16 décembre 2015, le Tribunal de première instance a condamné la mandante défenderesse à payer à l'architecte demanderesse le montant de 279'360 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012 (ch. 1) et accordé à concurrence de ce montant la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer (poursuite n°... W) (ch. 2); il a rejeté la demande reconventionnelle de la défenderesse. Il a retenu que le coût effectif final des travaux déterminant pour le calcul des honoraires de l'architecte était de 5'489'829 fr. Se basant sur Werro (Commentaire romand, n. 35 ad art. 398 CO), il a considéré que la créance d'honoraires de l'architecte devait être réduite en raison du manquement à son devoir de diligence dans l'élaboration du devis, ainsi que dans le suivi du chantier, mais, tenant compte de la responsabilité concomitante de la mandante et de l'absence de dommage, il a estimé qu'une réduction des honoraires de 1/3 se justifiait; il a rejeté la demande reconventionnelle de la défenderesse, pour plusieurs raisons qui ne sont pas pertinentes pour la solution du litige pendant devant le Tribunal fédéral.
Statuant le 22 décembre 2016, sur appel de la mandante et appel joint de l'architecte mandataire, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a réformé les ch. 1 et 2 du premier jugement et a réduit le montant que la mandante avait été condamnée à payer à l'architecte à 57'745 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012, la mainlevée définitive étant accordée à concurrence de ce montant; le rejet de la demande reconventionnelle a été confirmé. En bref, la cour cantonale a considéré (curieusement) que l'architecte mandataire " a manqué à son devoir de diligence dans l'élaboration de son devis, même si elle n'est pas responsable de la majoration conséquente du coût des travaux ", c'est-à-dire du dépassement de devis; elle a donc réduit les honoraires convenus de 1/3, soit de 873'700 fr. HT (sur la base du coût final de 5'489'828 fr.) à 582'467 fr., d'où après versement en cours de travaux de 529'000 fr. par la mandante, un solde dû de 53'467 fr. HT, soit un montant arrondi à 57'745 fr. TTC.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 13 janvier 2017, l'architecte demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 13 février 2017, concluant à sa réforme en ce sens que la mandante défenderesse soit condamnée à lui payer le montant de 344'700 fr. HT, ce qui correspond à 372'276 fr. TTC, avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012 et que la mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer (poursuite n°... W) lui soit accordée à concurrence de ce montant; subsidiairement, elle conclut à la condamnation de la défenderesse à lui payer le montant de 310'230 fr. HT, soit 335'048 fr. 40 TTC, avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012 et à la mainlevée à due concurrence; plus subsidiairement, elle conclut à l'annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation de l'art. 394 al. 3 CO en relation avec la réduction du montant de ses honoraires, la violation de son droit d'être entendu sous son aspect de droit à une décision motivée (art. 29 al. 2 Cst.) en ce qui concerne la proportion de la réduction de ses honoraires et la base sur laquelle repose cette proportion et, à titre subsidiaire, la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), la réduction étant à son avis arbitraire.
La mandante intimée conclut en substance à l'irrecevabilité du recours et à son rejet et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties ont encore déposé de brèves observations.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par l'architecte demanderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation relevant du contrat d'architecte global, plus précisément en ce qui concerne la réduction des honoraires de l'architecte pour exécution défectueuse du mandat (art. 394 al. 3 CO), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
La défenderesse n'ayant pas recouru à titre principal, le montant de 57'745 fr. TTC avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012 qu'elle a été condamnée à payer n'est plus litigieux.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois li é ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
L'application du droit suisse, résultant de l'élection de droit prévue à l'art. 13.3 du contrat d'architecte, n'est pas contestée ni contestable.
4.
Lorsque l'architecte s'oblige à établir des plans et d'autres documents concernant des travaux de construction ou de transformation d'un immeuble, ainsi qu'à diriger ces travaux, on est en présence d'un contrat d'architecte global.
Selon la jurisprudence, il s'agit d'un contrat mixte, qui est soumis, selon les prestations à fournir par l'architecte, aux règles du mandat ou à celles du contrat d'entreprise (<ref-ruling> consid. 5.1 et 6.2.2; <ref-ruling> consid. 2a p. 545; cf. en matière de contrats d'architecte ou d'ingénieur, les arrêts 4A_252/2010 du 25 novembre 2010 consid. 4.1; 4A_55/2012 du 31 juillet 2012 consid. 4.4; 4A_90/2013 du 10 juin 2013 consid. 3; 4A_230/2013 du 17 septembre 2013 consid. 2; 4A_210/2015 du 2 octobre 2015 consid. 4, ainsi que plusieurs arrêts antérieurs cités dans l'arrêt 4A_55/2012 déjà cité, consid. 4.5). Cette qualification de contrat mixte soumet la prétention litigieuse aux règles permettant de trouver la solution la plus appropriée aux circonstances (arrêt 4A_514/2016 du 6 avril 2017 consid. 3.1.1).
Ainsi, la responsabilité de l'architecte en tant que planificateur (études préalables, avant-projets, projets et préparation des plans et des documents de soumission) relève du contrat d'entreprise (art. 363 ss CO) puisqu'il lui est possible de garantir un résultat, mesurable et objectivement constatable (arrêt 4A_514/2016 précité consid. 3.1.2); la responsabilité de l'architecte en tant que directeur des travaux en raison des coûts supplémentaires, qui sont indépendants de l'établissement du devis en tant que tel et qui résultent souvent d'une planification défectueuse, d'une adjudication défavorable des travaux, de mauvaises instructions ou encore d'un défaut de direction du chantier (Mehrkosten für vertragswidrig verursachte Zusatzkosten), relève des règles du mandat (art. 398 CO; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3d), puisqu'il ne s'engage qu'à fournir ses services, promettant toute sa diligence (obligation de moyens); la responsabilité de l'architecte pour le dépassement de devis (Überschreitung des Kostenvoranschlags) et le défaut de contrôle continu des coûts durant le chantier (mangelnde Kostenüberwachung) est également soumise aux règles du mandat, puisque l'architecte n'est pas en mesure de garantir un résultat qui serait mesurable selon des critères objectifs (arrêt 4A_210/2015 précité consid. 4.1 et 4.2.2); la résiliation du contrat d'architecte global est entièrement soumise au contrat de mandat (art. 404 CO), quelle que soit la prestation considérée (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 545).
5.
Il faut bien distinguer la responsabilité de l'architecte pour le dépassement de devis, c'est-à-dire pour le surcoût de l'ouvrage, et la rémunération de l'architecte prévue par le contrat, c'est-à-dire les honoraires de celui-ci, deux questions qui sont soumises aux règles du mandat.
5.1. La responsabilité de l'architecte pour le dépassement de devis est un cas de responsabilité au sens de l'art. 398 al. 1-2 CO. Le devis est une estimation (ou une évaluation, un pronostic) que l'architecte est tenu d'élaborer avec diligence, vu l'influence que l'information qu'il fournit aura sur les décisions successives du mandant (<ref-ruling> consid. 6.2.3 p. 365; arrêt 4A_210/2015 précité consid. 4.1).
L'art. 398 al. 1 CO renvoie aux règles régissant la responsabilité du travailleur, soit à l'art. 321e CO, qui entraîne l'obligation pour l'architecte de réparer le surcoût de l'ouvrage. Sa responsabilité de mandataire est soumise aux quatre conditions cumulatives suivantes: une violation d'un devoir de diligence, une faute, un dommage et une relation de causalité (naturelle et adéquate) entre la violation fautive du devoir de diligence et le dommage survenu. Il appartient au demandeur d'apporter la preuve des faits permettant de constater que chacune de ces conditions est remplie (art. 8 CC), sauf pour la faute qui est présumée (art. 97 al. 1 CO) (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 124; arrêt 4A_210/2015 précité consid. 4.1).
Pour satisfaire à son devoir de diligence, l'architecte doit établir le devis avec soin, donner au mandant toutes les informations nécessaires sur les coûts, en particulier sur le degré d'exactitude de son devis, et effectuer un contrôle continu des coûts afin de pouvoir lui signaler rapidement les éventuels dépassements de devis (<ref-ruling> consid. 3b/aa; arrêts 4A_210/2015 précité consid. 4.2; 4C.424/2004 du 15 mars 2005 consid. 3).
Le dépassement de devis, c'est-à-dire l'inexactitude de l'estimation du montant indiqué dans le devis, peut résulter de l'oubli de certains postes, d'une erreur de calcul, d'une connaissance insuffisante du terrain, voire de l'évaluation défectueuse de la quantité des prestations nécessaires, de l'étendue des travaux en régie ou encore des prix entrant en ligne de compte. L'architecte qui évalue mal les coûts donne une information erronée à son mandant au sujet du coût de construction prévisible et répond, en cas de faute, de la mauvaise exécution du contrat (<ref-ruling> consid. 3b/aa in fine; arrêt 4D_131/2009 du 16 décembre 2009 consid. 3.3.3). De même, l'architecte qui ne procède pas au contrôle continu des coûts durant le chantier en répond, parce qu'il donne en réalité une fausse information sur les coûts à son mandant, qui déduit du silence de l'architecte sur l'évolution des coûts que le devis sera respecté (arrêt 4A_187/2009 du 14 juillet 2009 consid. 4.1).
5.2. La rémunération de l'architecte est due en vertu de l'art. 394 al. 3 CO. Elle peut être réduite en cas d'exécution défectueuse du mandat, voire supprimée en cas d'inexécution de celui-ci.
5.2.1. Conformément à l'art. 394 al. 3 CO, les honoraires de l'architecte sont fixés en première ligne d'après la convention des parties. Ils peuvent l'être par la Norme SIA 102, si les parties ont intégré cette norme à leur contrat.
5.2.2. En cas d'exécution défectueuse, le droit du mandataire à des honoraires subsiste, mais le montant des honoraires convenus (Honorarforderung) peut être réduit pour rétablir l'équilibre des prestations contractuelles. En effet, la rémunération due au mandataire représente une contre-prestation pour l'activité diligente qu'il exerce dans l'affaire dont il est chargé et s'il n'agit pas avec le soin requis, il ne peut prétendre, au titre de l'art. 394 al. 3 CO et de la convention des parties, à l'entier des honoraires convenus, c'est-à-dire à la rémunération qui serait équitablement due à un mandataire diligent (<ref-ruling> consid. 3, rappelant un principe généralement admis dans la jurisprudence antérieure; arrêt 4A_287/2015 du 22 juillet 2015 consid. 2.1). Le droit du mandant à la réduction existe même lorsque les honoraires ont été fixés de manière forfaitaire (arrêt 4A_287/2015 précité consid. 2.1 in fine).
Il peut y avoir cumul entre ce droit du mandant à la réduction des honoraires (art. 394 al. 3 CO) et le droit du mandant à la réparation du dommage causé par la mauvaise exécution du mandat (art. 398 al. 1-2 CO; <ref-ruling> consid. 4c; arrêt 4A_364/2013 du 5 mars 2014 consid. 14.1). Ce dommage dont le mandant peut exiger la réparation ne peut évidemment être qu'un dommage consécutif à la mauvaise exécution, car la réparation du dommage ne doit pas permettre au mandant d'obtenir une seconde indemnisation pour le même objet (Tercier et al., Les contrats spéciaux, 5e éd., Zurich, n. 4594). Selon la jurisprudence, si le mandataire a réparé le dommage causé, il peut être traité comme s'il avait correctement accompli son mandat et avoir droit à ses honoraires par application par analogie de l'art. 397 al. 2 CO (<ref-ruling> consid. 4c in fine; arrêts 4A_364/2013 consid. 14.1; 4A_124/2007 consid. 6.1.1); en dépit des critiques de la doctrine, il n'y a pas lieu de réexaminer cette jurisprudence en l'occurrence (cf. Tercier et al., op. cit., n. 4595; Werro, Le mandat et ses effets, thèse Fribourg 1993, n. 1069, qui estiment que les deux prétentions sont indépendantes et que, même si le mandataire a indemnisé le mandant du dommage causé par la mauvaise exécution, il doit néanmoins supporter une réduction de ses honoraires parce qu'il a manqué de diligence; cf. également les auteurs cités dans l'arrêt 4A_364/2013 précité loc. cit.).
Les créances réciproques du mandataire (en paiement de ses honoraires réduits) et du mandant (en dommages-intérêts) seront compensées à due concurrence (art. 120 CO; <ref-ruling> consid. 4c; arrêt 4A_364/2013 précité consid. 14.1).
Ces règles et principes sont applicables à l'architecte. En particulier, les honoraires de l'architecte peuvent être réduits, en appliquant le taux stipulé pour le coût de l'ouvrage (coût effectif total) à la valeur subjective de la construction pour le mandant (arrêt 4A_124/2007 du 23 novembre 2007 consid. 6.1.1), et l'architecte peut devoir réparer le dommage subi par le mandant, soit supporter la différence entre le coût effectif de la construction (non compris ses honoraires d'architecte) et la valeur subjective de celle-ci (arrêt 4A_124/2007 précité consid. 5.3).
5.2.3. En cas d'inexécution totale, soit lorsque les prestations du mandataire se révèlent inutiles ou inutilisables (vollständig unbrauchbar), celui-ci peut perdre son droit à la rémunération (<ref-ruling> consid. 4a).
Il peut également devoir réparer le dommage (consécutif) causé si les conditions de l'art. 398 al. 1-2 CO sont remplies.
6.
En l'espèce, il faut examiner séparément le sort de ces deux questions que sont la responsabilité de l'architecte mandataire pour le dépassement de devis (art. 398 al. 2 CO) et la réduction des honoraires de l'architecte pour exécution défectueuse du mandat (art. 394 al. 3 CO).
6.1. En ce qui concerne le dépassement de devis, force est de constater que la cour cantonale a nié toute responsabilité de l'architecte demanderesse dans la majoration du coût effectif des travaux. Elle a relevé que l'architecte n'a pas commis d'erreurs de calcul ou omis de postes dans son estimation, que l'augmentation du coût effectif final des travaux est liée aux modifications du projet initial (au niveau des finitions, des équipements et de la décoration intérieure, notamment la construction d'un sous-sol sous le garage, l'installation d'un sauna et d'un bassin extérieur, la pose de pierres naturelles et des installations électriques domotisées), auxquelles la propriétaire mandante a donné son accord, que celle-ci ne prétend pas que la construction ne correspondrait pas à ses attentes, ni qu'elle aurait pris des décisions différentes en présence d'une estimation plus précise, qu'elle n'ignorait pas que les installations plus luxueuses choisies auraient pour effet d'augmenter le coût final de la construction et qu'elle n'a élevé aucune contestation, ni relevé un dépassement de devis alors que les pièces fournies évaluaient le coût des travaux à 6 puis à 7 millions de francs. La cour cantonale en a donc conclu que le dépassement du coût des travaux ne saurait être imputable à l'architecte mandataire.
En tant que l'architecte recourante se base sur la jurisprudence sur le dépassement de devis et le contrôle continu des coûts durant le chantier, elle méconnaît que ce point n'est plus litigieux puisque la cour cantonale l'a exonérée de toute responsabilité à cet égard.
De son côté, la mandante intimée confond également le dépassement de devis et la réduction des honoraires lorsqu'elle soutient dans sa réponse que l'architecte devait avoir une diligence particulière dans l'établissement de son devis et effectuer un contrôle continu des coûts afin de lui signaler d'éventuels dépassements de devis et que la Cour de justice aurait admis un dépassement de devis proprement dit et écarté un défaut de surveillance des coûts.
La question d'un dépassement de devis ne se pose donc pas.
6.2. Ensuite, en ce qui concerne la rémunération de l'architecte et sa réduction, la cour cantonale a calculé en premier lieu le montant total auquel l'architecte aurait droit en cas d'exécution parfaite et en second lieu le montant auquel il a droit en raison de son exécution défectueuse.
6.2.1. En premier lieu, la cour cantonale a calculé les honoraires de l'architecte demanderesse en fonction du coût effectif final des travaux, conformément aux formules contenues dans l'annexe 6 du contrat, en tenant compte de la hausse occasionnée par les modifications apportées au projet initial. Elle a ainsi retenu que le coût total des travaux déterminant pour le calcul des honoraires de l'architecte est de 5'489'829 fr. et que le montant total de ces honoraires, avant toute réduction, est donc de 873'700 fr. HT.
Le coût final retenu et le mode de calcul des honoraires, en particulier leur variation en fonction de l'augmentation du coût final de la construction par rapport à celui prévu initialement, ne sont pas remis en cause par les parties. Celles-ci ne contestent pas non plus que la mandante a déjà versé à l'architecte un montant de 529'000 fr. HT, ce qui, avant toute réduction, lui donnerait droit à un solde de 344'700 fr. HT.
6.2.2. En second lieu, la cour cantonale a retenu que ces honoraires devaient être réduits de 1/3 en raison de trois manquements à son devoir de diligence par l'architecte.
C'est à tort que la mandante intimée soutient dans sa réponse que la mandataire recourante n'aurait jamais contesté, ni discuté l'ampleur de la réduction de ses honoraires, puisque celle-ci refuse précisément toute réduction de ses honoraires. On ne saurait d'ailleurs reprocher à la recourante de n'avoir pas discuté plus en détail cette réduction, dès lors que la cour cantonale ne l'a pas motivée, ce que la recourante lui a reproché expressément en invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. En tant que celui-ci se base sur une doctrine qui ne lui est d'aucune utilité, son argumentation est sans pertinence; le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués par les parties.
En outre, la mandante intimée qui rappelle les trois manquements en parlant des " trois violations contractuelles ", feint d'ignorer, en insistant sur l'ensemble des circonstances, que la cour cantonale résume au consid. 3.5 de son arrêt les deux manquements qu'elle vient d'analyser, curieusement en y ajoutant sans autre motivation un troisième manquement avant de conclure que (l'ensemble de) ces circonstances justifient la réduction de 1/3.
Seuls ces trois manquements retenus par la cour cantonale doivent donc être examinés, et ce à la lumière des griefs de l'architecte recourante.
6.2.3. Premièrement, alors qu'elle a admis que l'architecte n'était pas responsable d'un dépassement de devis puisque la mandataire a demandé des modifications du projet initial et a donné son accord à toutes celles réalisées, la cour cantonale a considéré que la demanderesse avait manqué à son devoir de diligence dans l'élaboration de son devis: les trois devis établis par l'architecte demanderesse sont sommaires et elle aurait dû informer sa mandante sur les coûts et les précisions qu'elle a apportées les 20 décembre 2007 et 18 février 2008 ne sont pas suffisantes. La cour cantonale en a conclu que l'architecte demanderesse n'a pas réalisé " un devis plus conforme aux choix [de sa mandante] " ou à tout le moins ne l'a " pas rendue attentive au surcoût exact que certains équipements ou finitions pouvaient engendrer ", qu'elle a donc manqué à son devoir de diligence dans l'élaboration de son devis, même si elle n'est pas responsable de la majoration conséquente du coût des travaux.
Alors que le Tribunal de première instance se référait expressément à la thèse de Werro (Commentaire romand, n. 35 ad art. 398 CO), qui estime que la violation par le mandataire de son devoir de diligence détermine la réduction de la rémunération, indépendamment de l'utilité du travail fourni, ce qui signifie que la violation du devoir de diligence suffit, peu importe le résultat puisque le résultat est un critère étranger au régime du mandat (Werro, Le mandat et ses effets, thèse Fribourg 1993, n. 1069), on ignore quelle conception la cour cantonale a suivi. Comme le soutient l'architecte recourante, la motivation de la cour cantonale apparaît ainsi obscure, incompréhensible, contradictoire et, s'agissant d'une réduction en bloc d'un tiers des honoraires, non motivée.
La question de savoir s'il est possible d'admettre, alors que toute responsabilité pour un dépassement de devis est exclue, qu'il subsiste un droit à la réduction des honoraires pour ce même motif, relève de la cohérence (logique et juridique) de la motivation. Or, si l'architecte n'a pas violé son devoir de diligence dans l'élaboration du devis, que la mandante a donné son accord aux modifications effectuées, qu'elle n'a jamais contesté l'augmentation du prix de l'ouvrage à réception des documents faisant état de cette augmentation et qu'elle a payé le coût final de l'ouvrage, on ne peut logiquement pas reprocher à l'architecte une violation de son devoir d'information sur le coût de l'ouvrage.
Quant à l'augmentation en résultant sur les honoraires de l'architecte, elle dépend de la convention des parties. Or, ni l'intimée, ni la recourante ne contestent que le mode de calcul des honoraires dépende du coût effectif final des travaux, conformément à l'annexe 6 du contrat.
6.2.3.1. Deuxièmement, la cour cantonale considère que l'architecte demanderesse a manqué à son devoir de diligence dans le suivi du chantier " compte tenu des défauts d'étanchéité et des infiltrations d'eau apparus au niveau des terrasses et du jacuzzi ".
S'agissant de ces deux problèmes, la cour cantonale a constaté que les frais de réparation de ces défauts d'infiltrations d'eau et d'étanchéité, qui sont apparus à l'issue du chantier et ont entraîné des désagréments pour la mandante, ont été payés par l'architecte mandataire dans la mesure où elle en était responsable. L'architecte recourante lui reproche de lui infliger une double peine, puisqu'elle a réparé le dommage causé.
Dès lors que la cour cantonale s'écarte sans motivation de la jurisprudence publiée, qui exclut un enrichissement illégitime du mandant, que la mandante intimée se limite à de pures affirmations, il n'y a pas de raison de soumettre la jurisprudence publiée à un nouvel examen, ce d'autant qu'il ne résulte pas de l'écriture de l'intimée quelle part de la réduction en bloc d'un tiers il y aurait lieu d'admettre au titre du défaut de diligence dans le suivi du chantier.
6.2.3.2. Troisièmement enfin, la cour cantonale reproche à l'architecte mandataire d'avoir engagé la mandante dans des contrats d'entreprise et des avenants pour des montants conséquents, non systématiquement signés par la mandante, en violation du contrat, et estime qu'il importe peu que la mandante se soit déplacée ou non régulièrement sur le chantier et était disponible pour signer ces avenants.
Cet élément qui a été ajouté dans la conclusion tirée par la cour cantonale au consid. 3.5 de son arrêt (" Il résulte de ce qui précède [...] ") ne fait l'objet d'aucun développement antérieur, ni d'aucune autre motivation. La recourante objecte que le témoin entendu sur ce point a signalé qu'il fallait avancer et que la propriétaire s'était entourée de personnes pouvant prendre des décisions et que si les avenants n'ont pas été signés par la mandante, ils l'ont été par son architecte d'intérieur.
Comme on l'a vu ci-dessus, l'architecte mandataire n'encourt aucune responsabilité pour le coût final de l'ouvrage. Une réduction de ses honoraires pour ce même motif ne saurait donc entrer en considération. Il est dès lors superflu d'examiner le grief de fait soulevé par la recourante.
6.2.4. En conséquence, c'est à tort que la cour cantonale a retenu une réduction d'un tiers des honoraires dus à l'architecte mandataire selon le contrat.
Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante (violation du droit d'être entendu et, subsidiairement, arbitraire de la réduction) et les autres griefs de fait, à supposer qu'ils fussent suffisamment motivés.
Dès lors que le montant des honoraires convenus était de 873'700 fr. HT, que le montant encaissé de 529'000 fr. HT et le montant de la TVA ne sont pas remis en cause par la mandante intimée, celle-ci sera donc condamnée à payer à l'architecte recourante le montant du solde de ses honoraires par 344'700 fr. HT, soit avec la TVA le montant de 372'276 fr. TTC, avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012, étant précisé que ce montant comprend les 57'743 fr. déjà alloués par la cour cantonale et non remis en cause par la mandante.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à payer à la recourante le montant de 372'276 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé comme suit:
1.1. Z._ est condamnée à verser à X._ SA le montant de 372'276 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 avril 2012.
1.2. La mainlevée définitive de l'opposition au commandement de payer (poursuite n°... W) notifié à Z._ le 17 décembre 2012 est prononcée à concurrence de ce montant.
2.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 2 octobre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt