Sachverhalt:
A.
A._ reichte am 26. Juni 2015 Strafanzeige gegen ihren Ehemann X._ ein und stellte Strafantrag wegen einfacher Körperverletzung (evtl. Tätlichkeit), Drohung und Freiheitsberaubung (evtl. Nötigung), begangen zwischen September 2014 und März 2015.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg stellte das Verfahren gegen X._ am 16. August 2016 ein. Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Freiburg am 27. Oktober 2016 ab.
B.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Entscheide des Kantonsgerichts vom 27. Oktober 2016 und der Staatsanwaltschaft vom 16. August 2016 seien aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, das Strafverfahren fortzuführen. A._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Privatkläger ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss <ref-law>, die üblicherweise vor den Zivilgerichten geltend gemacht werden müssen. Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung oder Nichtanhandnahme eines Verfahrens, hat der Privatkläger nicht notwendigerweise bereits vor den kantonalen Behörden eine Zivilforderung geltend gemacht. Selbst wenn er bereits adhäsionsweise privatrechtliche Ansprüche geltend gemacht hat, werden in der Einstellungsverfügung keine Zivilklagen behandelt (<ref-law>). In jedem Fall muss der Privatkläger im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderung auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f. mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerdeführerin äussert sich nicht zu ihren Zivilforderungen. Sie macht jedoch häusliche Gewalt (einfache Körperverletzung, Tätlichkeiten, Drohung etc.) geltend, die Anspruch auf eine Genugtuung geben könnte. Ob dies vorliegend für die Bejahung der Beschwerdelegitimation im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG genügt, kann mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens offenbleiben.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>, des Grundsatzes "in dubio pro duriore" sowie der Untersuchungs- und Offizialmaxime. Die Staatsanwaltschaft habe den Sachverhalt nicht genügend untersucht. Sie und der Beschwerdegegner 2 seien nie einlässlich einvernommen worden. Sie sei zudem nie einzeln befragt worden. Als Opfer habe sie Anspruch auf Schutzmassnahmen im Sinne von <ref-law>. An der Konfrontationseinvernahme sei sie nicht in der Lage gewesen, den Sachverhalt einlässlich zu schildern, da sie sich vor dem Beschwerdegegner 2 gefürchtet habe. Unzutreffend und willkürlich sei, dass keine Arztberichte vorlägen. Aus den Berichten ihrer Psychiaterin ergebe sich ein hinreichender Tatverdacht. Die Staatsanwaltschaft hätte diese als Sachverständige bzw. als sachverständige Zeugin einvernehmen oder ein Gutachten bei ihr einholen müssen. Entgegen der Vorinstanz hätten durchaus weitere zielführende Ermittlungsmöglichkeiten bestanden. Es sei widersprüchlich, die Verfahrenseinstellung mit fehlenden Beweisen zu begründen, nachdem die Staatsanwaltschaft keine nennenswerten Sachverhaltsabklärungen getroffen habe. Zwar liege eine "Aussage gegen Aussage"-Situation vor, jedoch seien ihre Aussagen plausibler als diejenigen des Beschwerdegegners 2, der die von ihr geschilderten Vorfälle lediglich pauschal bestreite.
2.2.
2.2.1. Die Staatsanwaltschaft verfügt gemäss <ref-law> u.a. die Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a), wenn kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b) oder wenn Rechtfertigungsgründe einen Straftatbestand unanwendbar machen (lit. c).
Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Danach darf eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit oder offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden. Hingegen ist, sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt, Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Ist ein Freispruch genauso wahrscheinlich wie eine Verurteilung, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, eine Anklageerhebung auf. Bei zweifelhafter Beweis- oder Rechtslage hat nicht die Staatsanwaltschaft über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden, sondern das zur materiellen Beurteilung zuständige Gericht. Der Grundsatz, dass im Zweifel nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (<ref-ruling> E. 4.1, 86 E. 4.1; je mit Hinweisen; Urteile 6B_698/2016 vom 10. April 2017 E. 2.3; 6B_816/2016 vom 20. Februar 2017 E. 2.2).
2.2.2. Stehen sich gegensätzliche Aussagen gegenüber ("Aussage gegen Aussage"-Situation) und ist es nicht möglich, die einzelnen Aussagen als glaubhafter oder weniger glaubhaft zu bewerten, ist nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" in der Regel Anklage zu erheben (Urteile 6B_698/2016 vom 10. April 2017 E. 2.4.2; 6B_918/2014 vom 2. April 2015 E. 2.1.2; 6B_856/2013 vom 3. April 2014 E. 2.2). Dies gilt insbesondere, wenn typische "Vier-Augen-Delikte" zu beurteilen sind, bei denen oftmals keine objektiven Beweise vorliegen. Auf eine Anklageerhebung kann verzichtet werden, wenn der Strafkläger ein widersprüchliches Aussageverhalten offenbarte und seine Aussagen daher wenig glaubhaft sind (Urteil 6B_698/2016 vom 10. April 2017 E. 2.4.3) oder wenn eine Verurteilung unter Einbezug der gesamten Umstände aus anderen Gründen als von vornherein unwahrscheinlich erscheint (Urteile 6B_822/2016 vom 12. September 2016 E. 2.3; 1B_535/2012 vom 28. November 2012 E. 5.2).
2.3.
2.3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 324 mit Hinweisen). Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 6.3 S. 375, 305 E. 1.2 S. 308 f.; je mit Hinweisen).
2.3.2. Die Sachverhaltsfeststellung obliegt grundsätzlich dem urteilenden Gericht (vgl. Urteil 6B_698/2016 vom 10. April 2017 E. 2.4.2). Die Staatsanwaltschaft und die Beschwerdeinstanz dürfen bei Entscheiden über die Einstellung eines Strafverfahrens den Sachverhalt daher nicht wie ein urteilendes Gericht feststellen. Sachverhaltsfeststellungen müssen in Berücksichtigung des Grundsatzes "in dubio pro duriore" jedoch auch bei Einstellungen zulässig sein, soweit gewisse Tatsachen "klar" bzw. "zweifelsfrei" feststehen, so dass im Falle einer Anklage mit grosser Wahrscheinlichkeit keine abweichende Würdigung zu erwarten ist. Davon kann indes nicht ausgegangen werden, wenn eine abweichende Beweiswürdigung durch das Gericht ebenso wahrscheinlich erscheint (vgl. oben E. 2.2.1). Den Staatsanwaltschaften ist es nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" lediglich bei einer unklaren Beweislage untersagt, der Beweiswürdigung des Gerichts vorzugreifen. Sachverhaltsfeststellungen der Staatsanwaltschaften sind im Rahmen von Art. 319 Abs.1 lit. b und c StPO in der Regel gar notwendig. Auch insoweit gilt jedoch, dass der rechtlichen Würdigung der Sachverhalt "in dubio pro duriore", d.h. der klar erstellte Sachverhalt zugrunde gelegt werden muss.
<ref-law> gelangt auch bei Beschwerden gegen eine Einstellung des Strafverfahrens zur Anwendung (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 193). Die Staatsanwaltschaft und die Beschwerdeinstanz dürfen der Beweiswürdigung durch das Sachgericht bei einer unklaren Beweislage nicht vorgreifen. Das Bundesgericht prüft bei der Willkürkognition nach <ref-law> im Rahmen einer Beschwerde gegen eine Einstellung daher nicht wie beispielsweise bei einem Schuldspruch, ob die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich sind, sondern, ob die Vorinstanz willkürlich von einer "klaren Beweislage" ausging oder gewisse Tatsachen willkürlich für "klar erstellt" annahm. Dies ist der Fall, wenn offensichtlich nicht gesagt werden kann, es liege ein klarer Sachverhalt vor bzw. wenn ein solcher Schluss schlechterdings unhaltbar ist.
2.3.3. Das BGG unterscheidet für die Kognition des Bundesgerichts in Strafsachen zwischen Tat- und Rechtsfragen. <ref-law> gilt daher nicht nur, wenn Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zu beurteilen sind, sondern generell, wenn es um die Würdigung von Beweisen und damit um Tatfragen geht (vgl. etwa BERNARD CORBOZ, in: Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, N. 12 und 15 zu <ref-law>). Tatfrage ist - unabhängig von allfälligen Feststellungen der Beschwerdeinstanzen - auch, ob und in welchem Umfang ein Tatverdacht gegeben ist oder nicht. Rechtsfrage ist hingegen, was unter einem "hinreichenden" Tatverdacht im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist.
Bei der Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro duriore" ist folglich wie bei der Unschuldsvermutung (Grundsatz "in dubio pro reo"; siehe dazu <ref-ruling> E. 2a S. 40 f.) zwischen der Tat- und der Rechtsfrage zu unterscheiden, d.h. der Anwendung des Grundsatzes als Beweiswürdigungsregel einerseits und als Rechtsregel andererseits. Wie die Beweise nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu würdigen sind und ob die Vorinstanz gestützt darauf einen Tatverdacht bzw. einen hinreichenden Tatverdacht verneinen durfte, prüft das Bundesgericht nur auf Willkür (vgl. etwa Urteile 6B_491/2016 vom 13. Dezember 2016 E. 1.2.1; 6B_531/2014 vom 26. Juni 2014 E. 3). Als Rechtsfrage einer freien Prüfung durch das Bundesgericht zugänglich ist demgegenüber, ob die Vorinstanz die Tragweite des Grundsatzes "in dubio pro duriore" richtig erfasst hat und vom korrekten rechtlichen Begriff des "hinreichenden Tatverdachts" im Sinne von <ref-law> ausging. Der Grundsatz "in dubio pro duriore" als Rechtsregel ist beispielsweise verletzt, wenn die Vorinstanz in ihren Erwägungen einen hinreichenden Tatverdacht bejaht, aber aus sachfremden Gründen in Überschreitung ihres Ermessens dennoch keine Anklage erhebt, wenn aus ihren Erwägungen hervorgeht, dass sie den Sachverhalt wie ein urteilendes Gericht frei nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" feststellte oder wenn die Vorinstanz die rechtliche Tragweite des Grundsatzes "in dubio pro duriore" sonstwie verkannt hat. Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei, da Rechtsfrage. Bei der Frage, ob gestützt auf ein bestimmtes Beweisergebnis Anklage erhoben werden muss oder ob im Gegenteil in Anwendung von <ref-law> eine Einstellung ergehen darf, räumt das Bundesgericht den kantonalen Instanzen allerdings wiederum einen gewissen Ermessensspielraum ein, in den es nur mit Zurückhaltung eingreift (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 190). Bei schweren Delikten stellt die Rechtsprechung tendenziell weniger hohe Anforderungen an den Tatverdacht (siehe oben E. 2.2.1).
2.4. Die Vorinstanz erwägt, anlässlich der Konfrontationseinvernahme hätten beide Parteien Gelegenheit gehabt, sich persönlich zu äussern. Nicht zutreffend sei der Vorwurf, der zuständige Staatsanwalt habe an der Konfrontationseinvernahme keine Fragen gestellt. Die Anwälte der Parteien seien an der Einvernahme anwesend gewesen. Diese hätten ebenfalls Gelegenheit gehabt, Fragen zu stellen und dadurch weitere bzw. präzisere Ausführungen zu erhalten. Nicht ersichtlich sei, inwiefern eine weitere Einvernahme der Beschwerdeführerin neue Erkenntnisse bringen würde, habe sie doch bisher nur sehr allgemein gehaltene Auskünfte machen können, sei dies im Rahmen der Strafanzeige, an der Konfrontationseinvernahme, aber auch in der Beschwerde (angefochtener Entscheid E. 3c/aa S. 5). Eine Einvernahme der die Beschwerdeführerin behandelnden Psychiaterin oder die Einforderung eines weiteren Berichts würde keine neuen Erkenntnisse bringen, da die Ärztin ihre Meinung bereits in ihren Schreiben vom 6. Juli 2015 und 26. April 2016 ausführlich und präzise habe äussern können. Hinzu komme, dass diese erst nach der Trennung des Ehepaares aufgesucht worden sei und somit keine eigene Wahrnehmung der zu beurteilenden Taten haben könne (angefochtener Entscheid E. 3c/bb S. 6). Die weiteren von der Beschwerdeführerin geforderten Beweiserhebungen seien nicht zielführend. Nicht ersichtlich sei, inwiefern die Staatsanwaltschaft in ihren Untersuchungen präziser hätte sein können. Neben den Berichten der behandelnden psychiatrischen Ärztin lägen keine Arzt- bzw. Polizeiberichte oder Zeugenaussagen vor, welche die Vorwürfe der Beschwerdeführerin stützen würden (angefochtener Entscheid E. 3c/cc S. 6). Es seien keine weiteren Beweiserhebungen ersichtlich, welche den Tatverdacht erhärten könnten. Damit stünden sich nur die Aussagen der an der Verurteilung unmittelbar interessierten Beschwerdeführerin und jene des Beschwerdegegners 2 gegenüber. Insbesondere seien aus einer weiteren Einvernahme der Beschwerdeführerin keine weiteren bzw. neuen Erkenntnisse zu erwarten. Damit reiche die Beweislage nicht aus, um einen für die Anklageerhebung hinreichenden Verdacht zu begründen (angefochtener Entscheid E. 4 S. 6).
2.5. Die Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegner 2 wurden anlässlich einer Konfrontationseinvernahme vom 14. April 2016 von der Staatsanwaltschaft je in Anwesenheit ihres Rechtsanwalts einvernommen (kant. Akten, act. 3000 ff.). Die Beschwerdeführerin gab an, sie sei vom Beschwerdegegner 2 ab ca. Mitte September 2014 bis im März 2015 alle 3 bis 4 Tage geschlagen worden. Den Grund dafür kenne sie nicht. Als er sie geschlagen habe, sei er betrunken gewesen. Er habe sie zudem im Schlafzimmer eingesperrt und gezwungen, auf einem Bein zu stehen (kant. Akten, act. 3001 f.). Der Beschwerdegegner 2 bestritt die Vorwürfe der Beschwerdeführerin und machte seinerseits geltend, diese habe ihrer Familie im Kosovo gesagt, sie solle ihn schlagen. Er sei von deren Familie im Kosovo auf der Strasse angehalten und mit Baseballschlägern und Stöcken verprügelt worden. Er und sein Vater seien bereits zuvor von der Familie der Beschwerdeführerin bedroht worden. Der Grund dafür sei, dass er die Beschwerdeführerin verlassen habe und sie deswegen ihre Papiere nicht mehr verlängert bekäme (kant. Akten, act. 3001 ff.). Der Beschwerdegegner 2 reichte in der Folge verschiedene Unterlagen ein, die belegen, dass er am 1. Januar 2016 im Kosovo überfallen wurde und dabei zahlreiche Verletzungen erlitt (kant. Akten, act. 9018 ff.).
2.6. Vorliegend stehen sich demnach die Aussagen der Beschwerdeführerin und des Beschwerdegegners 2 gegenüber. Die Vorinstanz verfällt nicht in Willkür, wenn sie der Beschwerdeführerin vorwirft, sie habe nur sehr allgemein gehaltene Auskünfte geben können. Deren Aussagen zu den angeblichen körperlichen Übergriffen sind wenig substanziiert. Diese äusserte sich weder in der Strafanzeige noch an der Konfrontationseinvernahme oder vor der Vorinstanz detailliert zu den Vorkommnissen. Insbesondere fehlen konkrete Hinweise auf die von ihr angeblich erlittenen Körperverletzungen. Andere Beweise wie Arztberichte zu den Körperverletzungen liegen ebenfalls nicht vor. Die von der Beschwerdeführerin später aufgesuchte Psychiaterin konnte in ihren Berichten lediglich auf die Aussagen der Beschwerdeführerin abstellen und nicht aus eigener Wahrnehmung berichten. Bei dieser Sachlage durfte die Vorinstanz willkürfrei einen hinreichenden Tatverdacht verneinen. Eine Verletzung von <ref-law> oder des Grundsatzes "in dubio pro duriore" ist nicht ersichtlich. Anhaltspunkte, dass die Vorinstanz die rechtliche Tragweite dieses Grundsatzes verkannt haben könnte, liegen nicht vor.
2.7. Der Beschwerdegegner 2 hatte gestützt auf <ref-law> grundsätzlich Anspruch darauf, bei der Einvernahme der Beschwerdeführerin durch die Staatsanwaltschaft anwesend zu sein. Diese hätte als Opfer der behaupteten Straftat gemäss <ref-law> verlangen können, dass auf eine Gegenüberstellung mit dem Beschwerdegegner 2 verzichtet wird. Dass sie vor der Einvernahme vom 14. April 2016 ein solches Gesuch stellte, behauptet sie allerdings nicht. Die Einvernahme der Beschwerdeführerin vom 14. April 2016 erfolgte daher zu Recht in Anwesenheit des Beschwerdegegners 2. Ein Verzicht auf eine direkte Gegenüberstellung der Beschwerdeführerin mit dem Beschwerdegegner 2 hätte zudem eine Interessenabwägung erfordert (vgl. <ref-law>). Im Falle eines Verzichts auf eine direkte Gegenüberstellung wäre dem Anspruch des Beschwerdegegners 2 auf rechtliches Gehör auf andere Weise (vgl. <ref-law>), etwa mittels einer Videoübertragung in einen anderen Raum, Rechnung zu tragen gewesen (Urteil 6B_324/2011 vom 26. Oktober 2011 E. 1.3; WOLFGANG WOHLERS, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 10 zu <ref-law>). Die Beschwerdeführerin hätte sich daher zumindest indirekt dem Beschwerdegegner 2 stellen müssen. Die von ihr später beantragte Einzeleinvernahme wäre insofern mit Art. 147 Abs. 1 und <ref-law> nicht vereinbar gewesen. Die Vorinstanz durfte unter den konkreten Umständen einen Grund für eine Wiederholung der Einvernahme der Beschwerdeführerin verneinen.
2.8. Ebenfalls zu keiner Kritik Anlass gibt, dass die Staatsanwaltschaft die Psychiaterin der Beschwerdeführerin nicht einvernahm und keine zusätzlichen Berichte oder Sachverständigengutachten bei dieser einholte. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass es ihrer Psychiaterin als Gutachterin an der erforderlichen Unabhängigkeit mangelte (vgl. Art. 183 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>). Auf eine Zeugenbefragung der Psychiaterin durfte die Vorinstanz ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.3 S. 64; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweisen) verzichten, da diese auch als Zeugin lediglich die Schilderungen der Beschwerdeführerin hätte wiedergeben können. Die von der Beschwerdeführerin beantragte Überprüfung der Schlüsselsituation in der von ihr und dem Beschwerdegegner 2 bewohnten Liegenschaft erscheint ebenfalls nicht zwingend. Ob die Schlüssel wie von diesem behauptet zu allen Türen im Haus passen, ist für die Frage, ob die Beschwerdeführerin tatsächlich eingeschlossen war, wenig aussagekräftig (vgl. angefochtener Entscheid S. 3c/bb S. 6). Welche weiteren Ermittlungen einen hinreichenden Tatverdacht hätten erhärten können, legt die Beschwerdeführerin nicht dar.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Deren Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld