Faits :
A.
A._ travaillait en qualité de représentante auprès de B._ SA. Indiquant souffrir des séquelles d'un accident survenu le 25 mars 2007, elle a déposé une demande de prestations auprès de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) le 28 janvier 2008. Se fondant sur les éléments recueillis au cours de l'instruction, notamment sur le dossier qui lui a été transmis par l'assurance-accidents - dont il ressort que la capacité de travail de l'assurée, dans l'activité habituelle comme dans une activité adaptée, était nulle dès le 25 mars 2007, de 60 % à partir du 1 er juin suivant et de 100 % à partir du 11 mars 2009 (date de l'examen clinique réalisé par le Centre d'expertise médicale de U._ [CEMed]) -, l'administration a rejeté la demande par décision du 5 juillet 2012. Elle a en substance constaté que le degré d'invalidité calculé (25,92 %) en application de la méthode de comparaison des revenus était insuffisant pour ouvrir le droit à une rente.
B.
L'assurée a recouru contre cette décision auprès de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Par jugement du 2 février 2016, la juridiction cantonale a admis le recours et réformé la décision rendue le 5 juillet 2012, en ce sens que A._ a droit à un quart de rente du 1er juillet 2008 au 30 juin 2009, considérant que le degré d'invalidité (40 %) devait être calculé en application de la méthode de comparaison en pour-cent.
C.
L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut en substance à la confirmation de sa décision du 5 juillet 2012.
L'assurée a conclu de manière implicite au rejet du recours et produit un certificat médical daté du 12 décembre 2010. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2.
2.1. Est litigieux le point de savoir si l'office recourant était fondé à nier le droit de l'intimée à une rente. Il s'agit en particulier de déterminer quelle méthode d'évaluation de l'invalidité devait être appliquée par le tribunal cantonal. Le jugement entrepris expose de manière complète les dispositions légales et les principes jurisprudentiels applicables en l'espèce. Il suffit d'y renvoyer.
2.2. On rappellera que le choix de la méthode d'évaluation de l'invalidité est une question de droit sur laquelle le Tribunal fédéral se prononce librement (arrêts I 701/06 du 5 janvier 2007 consid. 3.2 et I 990/06 du 28 mars 2007 consid. 4.2). Selon la jurisprudence (cf. arrêt 9C_225/2016 du 14 juillet 2016 consid. 6.2.2 et 6.2.3), il est possible de fixer la perte de gain d'un assuré directement sur la base de son incapacité de travail en faisant une comparaison en pour-cent. Cette méthode constitue une variante admissible de la comparaison des revenus basée sur des données statistiques: le revenu hypothétique réalisable sans invalidité équivaut alors à 100 %, tandis que le revenu d'invalide est estimé à un pourcentage plus bas, la différence en pour-cent entre les deux valeurs exprimant le taux d'invalidité (arrêts 8C_628/2015 du 6 avril 2016 consid. 5.3.5 et 8C_211/2013 du 3 octobre 2013 consid. 4.1 in SVR 2014 UV n° 1 p. 1; Meyer/Reichmuth, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3ème éd. 2014, n. 35 s. ad <ref-law>). L'application de cette méthode se justifie lorsque le salaire sans invalidité et celui avec invalidité sont fixés sur la base des mêmes données statistiques, lorsque les salaires avant et/ou après invalidité ne peuvent pas être déterminés, lorsque l'activité exercée précédemment est encore possible (en raison par exemple du contrat de travail qui n'a pas été résilié), ou encore lorsque cette activité offre de meilleures possibilités de réintégration professionnelle (en raison par exemple d'un salaire sans invalidité supérieur à celui avec invalidité; arrêts 9C_100/2010 du 23 mars 2010 consid. 2.1, 9C_310/2009 du 14 avril 2010 consid. 3.2 et 8C_294/2008 du 2 décembre 2008 consid. 6.4.1).
3.
3.1. La juridiction cantonale a déterminé le degré d'invalidité de l'assurée en procédant à une comparaison en pour-cent, tandis que l'office recourant soutient qu'il convenait d'appliquer la méthode de la comparaison des revenus.
3.2. Comme l'ont retenu les premiers juges, les conditions étaient réunies pour procéder à une comparaison en pour-cent. En effet, l'intimée était en mesure de reprendre l'activité qui était la sienne avant la survenance de l'atteinte à la santé - l'office AI ayant retenu une capacité de travail de 60 % dès le 2 juin 2007 dans l'activité habituelle, puis de 100 % dès le 11 mars 2009. L'assurée a par ailleurs effectivement repris cette activité après l'accident survenu le 25 mars 2007 à 60 % dès le 1 er juin 2007 (rapport d'expertise du CEMed du 25 janvier 2008 et questionnaire pour l'employeur du 23 avril 2008). Le fait que son employeur l'a ultérieurement licenciée (avec effet au 31 mai 2008) n'a pas d'incidence sur le choix de la méthode à appliquer pour calculer le taux d'invalidité puisque l'intimée avait déjà repris son ancienne activité en 2007. Elle a en outre conservé un éventail relativement large de possibilités de réintégration sur un marché du travail similaire à celui dans lequel se trouvait son activité de représentante et dont les revenus concernés auraient ainsi été fondés sur les mêmes données statistiques. En tout état de cause, il serait difficile de chiffrer les revenus de l'assurée avec et sans invalidité, le salaire de cette dernière se composant à raison de 50 % d'une part fixe et de 50 % d'une part variable en fonction des commissions perçues.
Par conséquent, dans la mesure où l'intimée était incapable de poursuivre son activité habituelle à raison de 40 % mais a continué son activité à un taux de travail réduit, la perte de gain ne pouvait que correspondre à la diminution de rendement. L'incapacité de travail se confondait ainsi avec l'incapacité de gain. C'est dès lors à bon droit que la juridiction cantonale a fixé le taux d'invalidité à 40 % sans analyse des revenus mais en procédant à la comparaison en pour-cent.
4.
Mal fondé, le recours doit être rejeté selon la procédure simplifiée de l'<ref-law>.
5.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'office recourant (art. 66 al. 1 première phrase LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 24 août 2016
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Glanzmann
La Greffière : Flury