Faits :
A.
A._ travaillait en qualité d'ouvrière au service de l'entreprise B._ SA, à C._, à un taux de 77 %. A ce titre, elle était assurée obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 11 juin 2007, alors qu'elle traversait une route sur un passage pour piétons, elle a été renversée par une voiture. Transportée aux urgences de l'hôpital de C._, le diagnostic de contusions multiples ainsi que de lésion au genou droit a été posé. Une IRM réalisée le lendemain a révélé une rupture partielle du ligament collatéral interne du genou droit. La CNA a pris en charge le cas.
Dans un rapport du 11 septembre 2008, le docteur D._, spécialiste FMH en neurologie, a fait état de céphalalgies paroxystiques à bascule et des articulations temporo-mandibulaires très douloureuses. Le 5 février 2009, par l'intermédiaire de son mandataire, l'assurée a produit un rapport du professeur E._, du Centre hospitalier F._ à G._ (France), faisant état de diverses lésions neuro-anatomiques post-traumatiques séquellaires à l'issue d'une IRM cérébrale. Du 18 mai au 16 juin 2010, l'assurée a séjourné à la Clinique romande de réadaptation (CRR), où l'on a posé le diagnostic principal de réadaptation neurologique pour contusions multiples, traumatisme crânien simple et rupture partielle du ligament latéral interne du genou droit, micro-fractures du condyle fémoral externe droit ainsi que les diagnostics supplémentaires d'antécédent de troubles anxieux mixtes et d'antécédent de syndrome fibromyalgique (rapport du 25 juin 2010). En raison de crises épileptiques, l'assurée a séjourné du 17 au 22 juin 2011 à l'Hôpital H._, puis du 24 juin au 15 juillet 2011 dans la Clinique I._, à J._. Le diagnostic de soupçon de crises non-épileptiformes d'origine psychogène a été posé. L'assurée a été examinée par le docteur K._, spécialiste FMH en neurologie ainsi qu'en psychiatrie et psychothérapie au service de compétence de médecine des assurances de la CNA. Dans son rapport du 25 octobre 2011, ce médecin a exclu toute atteinte organique d'origine accidentelle permettant d'expliquer les maux de tête de l'assurée, ses troubles épileptiques d'origine psychogène ou ses troubles psychiques ou psychiatriques. Il a en outre rappelé les atteintes préexistantes à l'accident, à savoir une fibromyalgie et des migraines cataméniales. Une IRM de la tête a été réalisée le 16 janvier 2012 à l'hôpital L._, à M._, en raison de soupçons de crises d'épilepsie. Les médecins ont relevé d'anciens et menus micro-saignements dans le gyrus frontal supérieur gauche, ainsi que de petites lésions médullaires subcorticales dans le gyrus frontal supérieur droit conciliables avec une genèse post-traumatique.
Dans une nouvelle appréciation du 16 avril 2012, le docteur K._ a considéré qu'il n'y avait aucune atteinte relevante et durable du système nerveux central ou périphérique découlant de l'accident du 11 juin 2007. D'un point de vue neurologique, il n'existait aucun signe perceptible d'une atteinte à l'intégrité découlant de l'accident. Par ailleurs, même s'il fallait considérer les constats minimes cérébraux détectés lors de l'IRM du 16 janvier 2012 comme des suites de l'accident, ils n'étaient pas à même d'expliquer les problèmes de santé allégués. Ce médecin a ainsi confirmé qu'il n'existait aucune base organique (d'origine maladive ou accidentelle) permettant d'expliquer les troubles épileptiques ou atteintes psychiques ou psychiatriques de l'assurée.
Par décision du 20 août 2012, la CNA a mis un terme à ses prestations au 31 août suivant. Elle a considéré que les troubles n'étaient pas suffisamment démontrables d'un point de vue organique, et nié l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre lesdits troubles et l'accident. Tant l'assurée que son assureur-maladie Helsana Assurances SA ont formé opposition à cette décision. Le 14 avril 2014, la CNA a rendu une nouvelle décision par laquelle elle a écarté l'opposition de la caisse-maladie et partiellement admis celle de l'assurée en ce qui concerne les troubles au niveau du genou, la rejetant pour le surplus.
B.
Par acte du 28 mai 2014, l'assurée a recouru contre la décision sur opposition de la CNA devant le Tribunal administratif du canton de Berne en concluant à son annulation et à ce que la CNA soit condamnée à lui verser les prestations légales. Par jugement du 30 novembre 2015, le Tribunal administratif a rejeté le recours.
C.
A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, elle conclut, comme en première instance, à ce que la CNA soit condamnée à lui allouer les prestations légales pour les suites de son accident; subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à la juridiction cantonale pour un complément d'instruction sous la forme d'une expertise ad hoc.
La CNA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le litige porte sur le maintien du droit de la recourante à des prestations de l'assurance-accidents au-delà du 31 août 2012 pour les troubles autres que ceux touchant au genou persistant postérieurement à cette date.
Dans la procédure de recours concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction inférieure (<ref-law>).
2.
2.1. La recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves en niant l'existence de séquelles accidentelles organiques en dépit d'éléments médicaux au dossier attestant de lésions cérébrales post-traumatiques. Elle fait valoir que lors de l'accident, elle a tapé avec la tête contre le pare-brise de la voiture puis a également tapé avec la tête contre le sol. Dans les mois ayant suivi l'accident, elle avait eu des maux de tête ainsi que des saignements subits du nez. L'instruction médicale avait également apporté la preuve, sur la base d'une IRM cérébrale conventionnelle réalisée à G._ le 14 novembre 2008, de l'existence de diverses lésions neuro-anatomiques post-traumatiques décrites avec précision par le professeur E._. Enfin, l'IRM réalisée à l'hôpital L._ le 16 janvier 2012 faisait état d'atteintes du gyrus frontal supérieur gauche et droit, notamment sous la forme de micro-saignements, compatibles avec une genèse post-traumatique. Or, de telles lésions, correspondant au choc du front de la recourante contre le pare-brise de la voiture, correspondaient à des lésions post-traumatiques organiques. A tout le moins, la mise en oeuvre d'une expertise médicale ad hoc se justifiait.
2.2. On ne peut parler de lésions traumatiques objectivables d'un point de vue organique que lorsque les résultats obtenus sont confirmés par des investigations réalisées au moyen d'appareils diagnostiques ou d'imagerie et que les méthodes utilisées sont reconnues scientifiquement (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 251; SVR 2012 UV n° 5 p. 17). Par ailleurs, la question de savoir si une atteinte à la santé se trouve en lien de causalité naturelle avec un événement accidentel doit être résolue au degré de la vraisemblance prépondérante et s'apprécie avant tout sur la base d'évaluations médicales auxquelles on peut attribuer un caractère probant suffisant selon la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 352).
2.3. En l'occurrence, la preuve de l'existence de lésions cérébrales post-traumatiques n'est pas rapportée au degré de la vraisemblance prépondérante.
2.3.1. Tout d'abord, le rapport du professeur E._, du 27 janvier 2009, se présente sous une forme qui n'est pas conforme aux exigences jurisprudentielles posées en matière de valeur probante des documents médicaux (<ref-ruling> consid. 3a p. 352), et manque singulièrement de clarté. La partie consacrée à l'interprétation des clichés IRM n'est pas rédigée en des termes intelligibles pour un non spécialiste (par exemple, page 10 ss du rapport du 27 janvier 2009: "Il existe une atteinte modérée bilatérale en hypo-hyperflash Fiesta relatif de la partie postérieure des 2 Cingulum [...], une atteinte de la partie antérieure du Corps du Trigone sur toute sa largeur+++ [...]"). Les résultats obtenus sont rapportés de manière brute, sans synthèse ni explication en quoi ceux-ci constituent une indication caractéristique d'une atteinte traumatique. Tout au plus peut-on en déduire que le professeur E._ a identifié un certain nombre de particularités morphologiques dans le cerveau de la recourante. Quant aux considérations émises dans les conclusions, notamment celles afférentes au "Trajet de l'Onde de choc", elles ne sont guère plus compréhensibles. Elles ne comportent en tout état de cause aucune discussion motivée et accessible au juge, propre à démontrer, au degré de la vraisemblance prépondérante, que l'assurée présente des lésions cérébrales causées par l'accident assuré (à l'exclusion d'autres facteurs) et que de surcroît, ces lésions sont responsables des troubles neuropsychologiques dont elle se plaint.
Ensuite, il est difficile de distinguer quelles constatations ont été décelées au moyen de l'imagerie conventionnelle et quelles autres ont été interprétées par le biais de l'imagerie non conventionnelle. On peut cependant remarquer qu'une grande partie d'entre elles se fondent sur des examens de la deuxième catégorie (à savoir l'imagerie associant la technique dite de tenseur de diffusion utilisées dans l'IRM fonctionnelle), dont le Tribunal fédéral a déjà maintes fois rappelé qu'ils ne constituent pas une méthode diagnostique éprouvée par la science médicale pour établir un rapport de causalité entre des symptômes présentés par un assuré et un traumatisme par accélération cervicale ou un traumatisme équivalent (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 234).
Il convient de relever que le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de formuler des remarques semblables dans une affaire analogue qui concernait également un rapport du professeur E._ (cf. arrêt 8C_720/2012 du 15 octobre 2013 consid. 5.1 et 5.2). Compte tenu de ce qui précède, on ne peut pas non plus, en l'espèce, déduire du rapport du professeur E._ l'existence d'une atteinte organique d'origine accidentelle.
2.3.2. D'autre part, le docteur K._ arrive à la conclusion, après avoir examiné les résultats de l'IRM du 16 janvier 2012, qu'en l'absence de lésion axonale diffuse, les constats minimes des gyrus ne peuvent être que possiblement en relation de causalité avec l'événement du 11 juin 2007. Ce point de vue corrobore l'avis des médecins ayant pratiqué l'IRM, lesquels ont considéré que ces atteintes étaient conciliables ("vereinbar") avec l'accident, ce qui signifie qu'une relation de causalité relève tout au plus du domaine du possible. Cela ne suffit pas, au degré de vraisemblance prépondérante, pour admettre l'existence d'une telle relation de causalité. Le docteur K._ rappelle également que la recourante n'a pas perdu connaissance suite à son accident et n'a pas reçu de soins en raison de problèmes d'ordre neurologique à la suite de ce dernier. Le médecin en conclut qu'il s'agit vraisemblablement d'une atteinte d'ordre maladive plutôt que d'une atteinte accidentelle. Au surplus, le docteur K._ a relevé que, même dans l'hypothèse où les constats minimes des gyrus frontaux devaient être considérés comme les conséquences d'une lésion traumatique du cerveau survenue le 11 juin 2007, ces atteintes ne pourraient nullement expliquer, d'un point de vue neurologique, les troubles cliniques, les maux de tête ou les troubles épileptiformes présentés par la recourante.
Ces explications sont convaincantes. Le Tribunal fédéral n'a pas de raisons de les mettre en doute. On peut ainsi se rallier au point de vue de la juridiction cantonale, selon lequel l'intéressée ne présente pas de séquelles organiques objectivables en relation de causalité naturelle avec l'accident du 11 juin 2007. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de compléter l'instruction comme le demande la recourante.
3.
La recourante fait également grief à la juridiction cantonale d'avoir nié l'existence d'un lien de causalité adéquate entre ses troubles résiduels et l'accident du 11 juin 2007.
3.1. Faisant application de la jurisprudence en matière de troubles psychiques consécutifs à un accident (<ref-ruling>; 403), le tribunal administratif a retenu qu'au vu de son déroulement et des blessures qu'il avait provoquées, l'accident du 11 juin 2007 devait être rangé dans la catégorie des accidents de gravité moyenne, sans être à la limite des accidents graves ni des accidents de peu de gravité. Dans une telle éventualité, il faut un cumul de trois critères sur les sept ou au moins que l'un des critères retenus se soit manifesté de manière particulièrement marquante pour l'accident pour pouvoir admettre le lien de causalité adéquate (par. ex. arrêt 8C_434/2013 du 7 mai 2014 consid. 7.1 et les arrêts cités).
3.2. En l'espèce, les premiers juges ont admis la réalisation d'un seul critère sur les sept, soit celui touchant aux douleurs physiques persistantes, voire tout au plus deux (le second touchant au degré et à la durée de l'incapacité de travail due aux lésions physiques). Sur ce point, on peut renvoyer aux considérants convaincants du jugement attaqué, la motivation du recourant étant ici insuffisante au regard des exigences de l'<ref-law>.
4.
Vu ce qui précède, la juridiction cantonale était fondée à confirmer la décision de suppression des prestations rendue par la CNA. Le recours se révèle par conséquent mal fondé.
La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 19 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin