Sachverhalt:
A.
A.a. A.A._ und B.A._ (Grundeigentümer/ Bauherrschaft/ Gesuchsteller, Beklagte/Widerkläger, Beschwerdeführer) sind Eigentümer eines Grundstückes in U._.
A.b. Die Grundeigentümer wollten das bestehende Gebäude auf ihrer Liegenschaft um- und ausbauen und beauftragten im Jahre 2010 eine Architektin. Die Arbeiten begannen im Juni 2011; Ende November 2011 beendete die Architektin den Vertrag. Der von der Bauherrschaft mit der Fertigstellung der Arbeiten beauftragte Nachfolger (D._) schloss schliesslich keinen Architekturvertrag ab, sondern erstellte im April/Juni 2012 einen Bericht über die zahlreichen Mängel in der Konzeption des Werks und der Bauleitung. Andere Berichte betrafen Ingenieur-Mängel und Mängel der Heizung sowie der sanitären und elektrischen Installationen. Die Architektin wurde im Oktober 2013 aus dem Schweizerischen Ingenieur- und Architektenverein (SIA) ausgeschlossen und mit Entscheid der Architektenkammer vom 14. September 2016 auf unbestimmte Zeit von der Liste der Architekten gestrichen, die im Kanton Waadt zur Berufsausübung berechtigt sind.
A.c. Die Bauherrschaft sowie die Versicherungen der Architektin und der beteiligten Unternehmer einigten sich auf eine technische Expertise und beauftragten Dipl. Arch. E._ mit einer Expertise, welche dieser im Mai 2013 ablieferte.
A.d. Die C._ AG (Unternehmerin, Klägerin/Widerbeklagte, Beschwerdegegnerin) bezweckt namentlich den Betrieb eines Unternehmens im Holzbau sowie Generalunternehmungen. Sie schloss im August 2010 mit der Bauherrschaft einen Werkvertrag über einen Montagebau in Holz und Fenster, Aussentüren und Treppen zum Preis von Fr. 519'439.--. Als Gerichtsstand ist in Ziffer 9 dieses Vertrags der Sitz der Unternehmerin in V._ vereinbart.
B.
B.a. Am 17. Oktober 2014 erhob die Klägerin beim Bezirksgericht Willisau Klage aus Werkvertrag und beantragte, die Beklagten seien zu verpflichten, ihr unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 148'986.15 nebst 5% Zins seit dem 28. September 2013 zu bezahlen. Die Beklagten beantragten die Abweisung der Klage und erhoben Widerklage mit dem Begehren, die Widerbeklagte sei zu verpflichten, ihnen solidarisch den Betrag von Fr. 500'000.-- nebst Verzugszins zu 5 % seit 1. Dezember 2011 zu bezahlen, unter Vorbehalt der Erhöhung.
In der Klageantwort/Widerklage stellten die Beklagten gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b und 155 Abs. 2 ZPO unter anderem die Anträge, es sei bezüglich des Zustandes des Bauprojekts, Gegenstand des vorliegenden Verfahrens, ein Augenschein des Gesamtgerichts unter Beizug eines sachverständigen Zeugen sowie ein Gutachten anzuordnen. In der Duplik und Widerklagereplik erneuerten die Beklagten ihre Anträge unter Präzisierung und Einschränkung des Begehrens um vorsorgliche Beweisabnahme.
Mit Beweisverfügung vom 1. Juni 2016 wies der Bezirksgerichtspräsident den Antrag auf vorsorgliche Beweisabnahme ab.
B.b. Auf die hiergegen erhobene Beschwerde der Gesuchsteller trat das Kantonsgericht am 27. Januar 2017 nicht ein.
B.c. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde gegen diesen Entscheid am 12. Mai 2017 gut wegen Verweigerung des rechtlichen Gehörs aus der Erwägung, den Gesuchstellern sei eine sachgerechte Anfechtung mangels Begründung des erstinstanzlichen Entscheids nicht möglich gewesen (Verfahren 4A_128/2017).
B.d. Das Bezirksgericht Willisau wies das Gesuch der Bauherrschaft um vorsorgliche Beweisführung nach <ref-law> mit nunmehr begründetem Entscheid vom 13. Juli 2017 ab. Das Gericht führte aus, die Gesuchsteller hätten die Gefährdung von Beweismitteln glaubhaft zu machen, d.h. das Risiko, dass ein bestimmter, relevanter Beweis im nachfolgenden Prozess oder einem späteren Stadium des Prozesses wegen Verlust des Beweismittels oder infolge der Veränderung der Situation nicht mehr oder nur erschwert erhoben werden kann. Mit der beantragten vorsorglichen Beweisführung wollten die Gesuchsteller den heutigen Zustand der streitbetroffenen Baute ermitteln lassen. Sie würden mit ihrem Antrag auf ein gerichtliches Gutachten jedoch fundamental verkennen, dass zu den relevanten Sachverhaltsfeststellungen vor Ort bereits ein paritätisches Gutachten des Experten E._ vorliege, das im Hauptverfahren von beiden Parteien grundsätzlich anerkannt werde. Eine Beweisgefährdung oder ein sonstiger Anspruch nach <ref-law> sei weder glaubhaft gemacht noch sonstwie ersichtlich. Die Gesuchsteller hätten in keiner Weise dargelegt, inwiefern das Gutachten E._ die tatsächlichen (und prozessrelevanten) Verhältnisse vor Ort nicht vollständig festhalte. Das Bezirksgericht hielt abschliessend für jede von den Gesuchstellern beantragte Frage fest, aus welchem Grund die Voraussetzungen für die beantragte Beweisaufnahme fehle.
B.e. Mit Entscheid vom 18. August 2017 wies das Kantonsgericht des Kantons Luzern in Abweisung der Beschwerde der Gesuchsteller das Gesuch um vorsorgliche Beweisführung nach <ref-law> ab. Das Kantonsgericht pflichtete in Bezug auf die vorliegend noch in Frage stehende beantragte Expertise der ersten Instanz bei, dass die Parteien überstimmend davon ausgingen, das einvernehmlich angeordnete Gutachten E._ könne einem gerichtlichen Gutachten gleichgestellt werden und es werde als umfassend, schlüssig und sehr detailliert anerkannt. Die Gesuchsteller hätten aber nicht ausgeführt, inwiefern dieses 190-seitige Gutachten die tatsächlichen und prozessrelevanten Verhältnisse vor Ort nicht vollständig festhalten würde bzw. inwiefern die von ihnen beantragten Gutachterfragen gestützt darauf nicht zu beantworten wären.
C.
Die Gesuchsteller haben am 4. September 2017 Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit folgenden Rechtsbegehren:
"1. Es sei Dispositivziffer 1 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 aufzuheben. Es sei die vorsorgliche Beweisführung anzuordnen und das Kantonsgericht Luzern anzuweisen, das Bezirksgericht Willisau anzuweisen, die vorsorgliche Beweisführung wie folgt anzuordnen:
a) Anordnung eines Gutachtens zu den technischen Feststellungen des Experten E._, welche die Verletzungen anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit dem Bauvorhaben zum Gegenstand haben, insbesondere:
- Verletzung der Anzeige- bzw. Abmahnungspflichten der C._ AG im Zusammenhang mit dem Bauvorhaben (BG Bekl. Bel. 4, S. 73, 90 sowie S. 184-186);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Problematik des Niveaus des Erweiterungsbaus bzw. des Zwischentrakts (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.1.1 bis 5.0.1.5 sowie 5.0.2.3);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Firsthöhe des Erweiterungsbaus (BG Bek. Bel. 4, Kapitel 5.0.2.3);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit den falschen Massen des Betonsockels und dem fehlenden Frostschutz (BG Bekl. Bel.4, Kapitel 5.0.3.3.4 und 5.0.7.2);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der mangelhaften Isolierung und Dichtigkeit des Fassadenfusses des Erweiterungsbaus (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.3.3.4);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Minergie-Zertifizierung des Alt- bzw. des Erweiterungsbaus (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.3.3.4);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit den Elektroinstallationen im Gebäude (BG Bekl.Bel.4, Kapitel 5.0.7.4);
- Verletzung anerkannter Regeln der Baukunst durch C._ AG im Zusammenhang mit der Garage (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 5.0.8.1 und 5.0.8.2).
b) Anordnung eines Gutachtens zur Frage, ob es im Vergleich zu einem vollständigen oder teilweisen Abbruch und Neubau technisch möglich, praktisch machbar und wirtschaftlich sinnvoll ist, das ursprünglich vorgesehene und bewilligte Bauprojekt der Beschwerdeführer nachzubessern (BG Bekl. Bel. 4, Kapitel 11.0).
2. Eventualiter: Es sei Dispositivziffer 1 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 aufzuheben und [es] sei die Sache an die Vorinstanz zum Entscheid im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts zurückzuweisen.
3. Dispositivziffer 2 des Entscheids des Kantonsgerichts Luzern vom 18. August 2017 sei aufzuheben. Die Gerichtskosten des Verfahrens vor Kantonsgericht Luzern seien der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen und diese sei zu verpflichten, den Beschwerdeführern für das zweitinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung von CHF 3'000.-- (zuzüglich Mehrwertsteuer) zu bezahlen. Ausserdem sei festzustellen, dass die Kostenverteilung im Entscheid des Bezirksgerichts Willisau vom 13. Juli 2017 nur für das Verfahren auf vorsorgliche Beweisführung (Verfahren Nr. 2E4 17 41) Geltung hat, nicht jedoch für die Hauptsache (Verfahren Nr. 2A 14 14).
4. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (zuzüglich Mehrwertsteuer) zu Lasten der Beschwerdegegnerin."
Die Beschwerdeführer rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, willkürliche Anwendung von <ref-law>, Verletzung des Rechts auf Beweis, Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law> sowie Art. 6 EMRK). Sie fügen an, es sei auch der Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>) sowie das Recht auf ein faires Verfahren (<ref-law> sowie Art. 6 EMRK) verletzt.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen.
Die Beschwerdeführer erklären mit Schreiben vom 9. Oktober 2017 Verzicht auf Replik, weisen aber darauf hin, dass der Abbruch des Werks unmittelbar bevorstehe.
Das Kantonsgericht und das Bezirksgericht beantragen in ihren jeweiligen Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
D.
Mit Verfügung vom 6. September 2017 wies die Abteilungspräsidentin das Gesuch um superprovisorische Anordnung der beantragten Beweisführungsmassnahmen gestützt auf <ref-law> ab.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), sie richtet sich gegen den Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz das Rechtsmittel der Beschwerdeführer abgewiesen hat (<ref-law>).
1.1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide (<ref-law>), gegen Zwischenentscheide (die nicht die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen) nur unter den Voraussetzungen von <ref-law>.
1.1.1. Massnahmeentscheide, zu denen die vorsorgliche Beweisführung nach <ref-law> gehört, gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von <ref-law>, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen und dieses abschliessen (<ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen). Wie bereits im Entscheid vom 12. Mai 2017 ausgeführt, haben die Beschwerdeführer im vorliegenden Fall während der Hängigkeit der Hauptsache ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung gestellt, weshalb der Entscheid über dieses Gesuch als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist, der nur unter der Voraussetzung anfechtbar ist, dass er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen).
1.1.2. Die Beschwerdeführer bringen vor, die umstrittene Baute werde abgerissen. Beweise, die den Zustand der Baute zum Gegenstand haben, können nach dem Abbruch nicht mehr erhoben werden. Insoweit kann die Verweigerung der Beweisabnahme einen Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken und die Beschwerde ist zulässig.
1.2. Die Beschwerdeführer beantragen in Ziffer 4 der Rechtsbegehren die Feststellung, dass die Kostenverteilung im erstinstanzlichen Entscheid nur für das Verfahren auf vorsorgliche Beweisführung gelte, nicht für das Hauptverfahren. Darauf ist nicht einzutreten. Denn abgesehen davon, dass die Beschwerde nur gegen Entscheide oberer kantonaler Gerichte zulässig ist (<ref-law>), ist der nicht wieder gutzumachende Nachteil für Kostenentscheide zu verneinen, da sie im Anschluss an den Entscheid in der Sache angefochten werden können (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2; je mit Hinweisen).
1.3. Entscheide betreffend vorsorgliche Beweisführung werden als vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> qualifiziert, weshalb - auch mit Beschwerde in Zivilsachen - einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen). Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1). Macht die beschwerdeführende Partei etwa eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend, hat sie im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; <ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 3 S. 352). Diese Anforderungen gelten ebenfalls für die Kritik an den Sachverhaltsfeststellungen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18, 264 E. 2.3 S. 266).
2.
Die Vorinstanz hat die Voraussetzung für eine vorsorgliche Beweisabnahme nach <ref-law> mit der ersten Instanz als nicht glaubhaft gemacht verneint.
2.1. Mit dem Bezirksgericht Willisau hat die Vorinstanz festgehalten, dass das Gutachten E._ als paritätisches Gutachten den relevanten Sachverhalt vor Ort festhalte und das Gutachten im Hauptverfahren von den Parteien grundsätzlich ausdrücklich anerkannt worden sei. Dem einvernehmlich angeordneten und von den Parteien als umfassend, schlüssig und sehr detailliert anerkannten Gutachten komme die Beweiskraft eines gerichtlichen Gutachtens zu. Ergänzungs- und Erläuterungsfragen seien von den Beschwerdeführern im Hauptprozess verlangt worden, aber diese beträfen keine Tatsachen; eine Beweisgefährdung sei denn auch nicht erwähnt worden und die Beschwerdeführer hätten in keiner Weise dargelegt, welche tatsächlichen (prozessrelevanten) Verhältnisse vom Gutachten E._ nicht vollständig festgehalten worden seien. Deshalb sei nicht erkennbar, welche relevanten Beweistatsachen mit dem Abbruch des Gebäudes verloren gehen könnten, die noch nicht festgehalten worden wären.
2.2. Die Vorinstanz hat das Interesse der Beschwerdeführer an einer vorsorglichen Beweisführung zutreffend und jedenfalls ohne Verletzung der angerufenen verfassungsmässigen Rechte verneint. Denn wenn Beweismittel schon vorliegen, können sie nicht mehr im Sinne von <ref-law> gefährdet sein. Soweit daher der Zustand der strittigen Baute bereits durch einen Gutachter erhoben ist, besteht kein Interesse an der neuerlichen Feststellung oder Aufnahme derselben Mängel durch einen weiteren Experten. Die Vorinstanz hat insofern zutreffend das von sämtlichen Beteiligten in Auftrag gegebene und von den Parteien als grundsätzlich schlüssig und detailliert anerkannte Gutachten E._ der Tatsachenfeststellung durch ein Gerichtsgutachten im Sinne von Art. 168 Abs. 1 lit. d und Art. 183 ff. ZPO gleichgestellt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.1.3 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer behaupten zwar, das Gutachten E._ sei lückenhaft und beziehe sich nicht auf ihre Behauptungen in der Widerklage. Aber sie unterlassen es, die Lücken konkret zu bezeichnen und die angeblich fehlenden Beweise in Bezug zu setzen zur Gefährdung bei Abbruch der Bauten. So ist weder dargelegt noch ersichtlich, inwiefern die Bezifferung des Widerklageanspruchs der Beschwerdeführer Beweiserhebungen an den Gebäuden erfordern soll, deren Abbruch bevorsteht. Auch ist nicht nachvollziehbar, inwiefern eine Beweiserhebung über den Zustand der Bauten für die Frage relevant sein könnte, ob die Beschwerdegegnerin ihren Anzeige- und Abmahnungspflichten gegenüber den Beschwerdeführern nachgekommen ist. Es ist weder dargetan noch erkennbar, inwiefern strukturelle Probleme im Zusammenhang mit der Minergie-Zertifizierung die Erhebung von Beweisen über den Zustand der Bauten erfordern sollten, die aus dem Gutachten E._ nicht hervorgehen. Die Beschwerdeführer nennen mit Bezug auf den Zustand der Altbaute weder im Zusammenhang mit der Struktur der Minergie-Zertifizierung noch mit dem Parkett noch mit angeblich zu Unrecht fakturierten Mehrleistungen konkrete erhebliche Tatsachen, die sie mit dem vorhandenen Gutachten nicht belegen könnten. Sie werfen reine Rechtsfragen auf, wenn sie die Zuweisung von Verantwortlichkeiten ansprechen und sie begründen nicht, weshalb die tatsächlichen Grundlagen im Gutachten E._, welche dieser für die Kosten der Nachbesserung im Vergleich zu einer Abbruch- bzw. Neubauvariante erhob, lückenhaft sein sollen. Es genügt für den Antrag auf die Erhebung gefährdeter Beweise nicht, dass vermutungsweise eine erneute Besichtigung des Bauwerks erforderlich sei und es genügt auch die allgemeine Behauptung nicht, wonach das vorliegende Gutachten nicht sämtliche Fragen abdecke. Vielmehr wäre den Beschwerdeführern oblegen darzutun, welche konkreten Teile der bestehenden Bauten noch nicht hinreichend so dokumentiert sein sollen, um die tatsächliche Grundlage der Streitsache bilden zu können.
2.3. Den Beschwerdeführern kann nicht gefolgt werden, wenn sie die Ansicht vertreten, die von ihnen aufgeworfenen Fragen bildeten dem Beweis zugängliche Tatfragen. Sie gehen zu Unrecht davon aus, es genüge die Behauptung ganzer Tatsachenkomplexe (mit Einschluss der Rechtsfolgen) zur Abnahme von Beweisen. Für die Beweisabnahme müssen die Behauptungen derart in Einzeltatsachen zerlegt werden, dass sie dem Beweis zugänglich sind (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 119 mit Hinweisen). Da die Beschwerdeführer Beweismassnahmen an den Bauten begehren, deren Abbruch bevorsteht, hätten sie konkret behaupten müssen, welche (in der Expertise E._ nicht enthaltenen) Feststellungen an diesen Bauten sie für die von ihnen in der Widerklage behaupteten Mängel oder für die behauptete Verletzung der Regeln der Baukunde als erforderlich erachten. Die allgemeine Behauptung, die tatsächlichen Grundlagen seien im Gutachten E._ nicht hinreichend erhoben, genügt dafür nicht. Mit dem Hinweis auf entsprechende prozessuale Anforderungen, namentlich mit der Aufforderung, einen konkreten Fragenkatalog zu erstellen, haben die Vorinstanzen entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer den Grundsatz von Treu und Glauben nicht verletzt. Die Beschwerde ist - soweit sie den Rügeanforderungen überhaupt genügt - unbegründet.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern (solidarisch, intern je zur Hälfte) zu auferlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Diese haben der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren die Parteikosten zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern (solidarisch, intern je zur Hälfte) auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer (solidarisch, intern je zur Hälfte) haben der Beschwerdegegnerin deren Parteikosten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bezirksgericht Willisau und dem Kantonsgericht Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug