Sachverhalt:
A.
Die X._ AG erwarb mit Kaufvertrag vom 30. Oktober 2008 die (unbebaute) Liegenschaft Kat.-Nr. yyy in der Gemeinde U._ (ZH). Der Preis für die Fläche von 6'674 m2 betrug Fr. 5'539'420.-- (Fr. 830.--/m2). Nach Verrechnung der Entschädigungen für verschiedene Ausnützungsübertragungen zugunsten und zulasten des Grundstücks wurde der Preis des Kaufobjekts auf Fr. 5'438'610.-- festgesetzt. Die X._ AG plante, das Grundstück mit vier Mehrfamilienhäusern (mit 28 Wohnungen und zwei Disporäumen) sowie einer Tiefgarage zu überbauen und im Stockwerkeigentum zu veräussern. Zu diesem Zweck begründete sie am 6. September 2010 Stockwerkeigentum und veräusserte zwischen dem 7. und 24. September 2010 die Miteigentumsanteile mit Ausnahme des Parkplatzes Nr. 28 an verschiedene Erwerber. Diese schlossen mit der Y._ AG separate Pauschalwerkverträge ab, welche die schlüsselfertige Erstellung der Wohnungen, Nebenräume und Parkplätze samt der gemeinschaftlichen Anlagen und Einrichtungen zum Gegenstand hatten. Bezüglich des Parkplatzes Nr. 28 schloss die X._ AG mit der Y._ AG einen Werkvertrag ab.
B.
In der am 1. November 2010 eingereichten Steuererklärung deklarierte die X._ AG einen Grundstückgewinn von insgesamt Fr. 123'369.40 (resultierende Grundstückgewinnsteuer: Fr. 0.--). Nach dem Verkauf des Parkplatzes Nr. 28 reichte sie am 18. November 2010 eine Ergänzung der Steuererklärung ein.
Mit Auflage vom 9. März 2012 und Mahnung vom 11. Mai 2012 forderte das Steueramt der Stadt U._ die X._ AG auf, ein vollständiges Exemplar des Werkvertrags bezüglich der Stockwerkeinheit A7, die detaillierte Bauabrechnung der Y._ AG sowie sämtliche Verträge einzureichen, welche die X._ AG mit der Y._ AG im Zusammenhang mit dem vorliegenden Projekt abgeschlossen hatte. Die X._ AG nahm jeweils Stellung, reichte aber die eingeforderten Unterlagen nicht ein mit der Begründung, diese seien für die Einschätzung der Grundstückgewinnsteuer nicht relevant.
Am 4. Oktober 2012 schätzte die Stadt U._, Ausschuss für Grundsteuern, den steuerbaren Gewinn der X._ AG infolge nicht erfüllter Mitwirkungspflichten nach pflichtgemässem Ermessen auf total Fr. 543'816.--, und auferlegte dieser eine Grundstückgewinnsteuer von insgesamt Fr. 136'327.50. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 14. März 2013 fest.
Den dagegen erhobenen Rekurs hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 1. Oktober 2014 und erläuterndem Beschluss vom 6. November 2014 teilweise gut, indem es die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 136'327.50 auf Fr. 847.50 herabsetzte. Der zu besteuernde Grundstückgewinn betrug Fr. 5'100.--.
Die von der Stadt U._ erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 1. April 2015 gut und bestätigte den Einspracheentscheid vom 14. März 2013, mit dem die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 136'327.50 festgesetzt worden war.
C.
Die X._ AG erhebt am 18. Mai 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit den Anträgen, das angefochtene Urteil aufzuheben und den Entscheid des Steuerrekursgerichts vom 1. Oktober 2014 zu bestätigen, um die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 136'327.50 auf Fr. 847.50 herabzusetzen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Begründung und neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und das Kantonale Steueramt Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Stadt U._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde; sie beantragt zudem die Zusprechung einer Parteientschädigung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen das angefochtene Urteil ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (<ref-law> i.V.m. Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], <ref-law>, <ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist als Steuerpflichtige zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law> und Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf die frist- (<ref-law>) und formgerecht (<ref-law>) eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
1.3. Die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen wird gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition geprüft. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 210; Urteil 2C_837/2014 vom 23. Februar 2015 E. 2.2).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung geht das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 10.1 S. 445 f.).
1.5. Die Veranlagungsbehörde trägt grundsätzlich die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden, die steuerpflichtige Person jene für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252; Urteile 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.4; 2C_142/2014 vom 13. April 2015 E. 3.4.7; 2C_138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 3.4.5). Somit ist die Veranlagungsbehörde hinsichtlich der Tatsachen, welche zur Vornahme einer Ermessenseinschätzung führen (sollen), beweisbelastet. Sind die Voraussetzungen für die Ermessenstaxation erfüllt und bestreitet die steuerpflichtige Person die Höhe der Bewertungen, welche dem Ergebnis der Schätzung zugrunde liegen, hat sie die Fehlerhaftigkeit der Schätzung zu beweisen. Sie darf sich nicht darauf beschränken, die Kalkulationsgrundlagen allgemein zu kritisieren, sondern sie muss nachweisen, dass die von der Veranlagungsbehörde vorgenommene Schätzung offensichtlich unrichtig ist (Urteile 2C_950/2015 vom 11. März 2016 E. 4.6; 2C_812/2013 / 2C_813/2013 vom 28. Mai 2014 E. 2.4.3; 2C_970/2012 vom 1. April 2013 E. 4.3).
2.
2.1. Gegenstand des Verfahrens bildet die Grundstückgewinnsteuer, welche der Beschwerdeführerin infolge Veräusserung der Miteigentumsanteile an der Liegenschaft Kat.-Nr. yyy in der Gemeinde U._ auferlegt worden ist. Streitig ist zunächst die Frage, ob die Vorinstanz die Voraussetzungen für die Vornahme einer Ermessenseinschätzung zu Recht bejaht hat. Ist dies der Fall, ist noch zu prüfen, ob die Einschätzung offensichtlich unrichtig ist.
2.2. Die Vorinstanz erwog, die Mitwirkungspflicht der steuerpflichtigen Person im Einschätzungsverfahren sei grundsätzlich umfassend. Die Steuerbehörde könne Mitwirkungshandlungen verlangen, soweit diese im Interesse einer vollständigen und richtigen Einschätzung geeignet, erforderlich und der steuerpflichtigen Person zumutbar seien. Im Rahmen der Untersuchungspflicht liege die Entscheidung darüber, welche Auskünfte zu erteilen seien, im Ermessen der Steuerbehörde. Versage die steuerpflichtige Person die Mitwirkung, weil sie den abzuklärenden Sachverhalt für nicht erheblich erachte, riskiere sie, dass sich ihre Auffassung im Verlauf des Einschätzungsverfahrens als unzutreffend erweise und sie die Folgen mangelnder Mitwirkung zu tragen habe. Die "Sanktionierung" einer verweigerten Mitwirkung sei gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung nur unzulässig, wenn von vornherein erkennbar sei, dass die angeordnete Mitwirkungshandlung für eine ordnungsgemässe Einschätzung nicht notwendig sei.
2.3. Die Beschwerdeführerin trägt vor, gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts würden für die Bemessung der Grundstückgewinnsteuer bei fehlender tatsächlicher Identität von Landveräusserer (steuerpflichtige Person) und Werkunternehmer der Landpreis und der (Pauschal-) Werklohn nicht zusammengerechnet. Diese materiellrechtliche Lage bestimme, wie weit die Untersuchungsrechte der Einschätzungsbehörde gingen. Nur im Rahmen dieser Rechte bestehe gegebenenfalls auch eine Untersuchungspflicht für die Behörde. Sie - die Beschwerdeführerin - habe Ende 2008 einen Landpreis von rund Fr. 815.--/m2 bezahlt. Der Aufschlag zum Preis von Fr. 836.--/m2 für die Stockwerkeigentumsanteile habe knapp 2.5 % betragen. Aufgrund der Marktkonformität der vereinbarten Preise sei offenkundig, dass keine Verschiebung vom Landpreis in den Werklohn stattgefunden habe. Damit sei sichergestellt, dass jeder Konsorte nur auf dem ihm zustehenden Gewinn besteuert werde: die Landverkäuferin ausschliesslich auf den mit dem Landverkauf erzielten Grundstückgewinnen, die Generalunternehmerin ausschliesslich auf den mit der Erstellung der Bauten erzielten Reingewinnen. Zudem diene die rechtsgeschäftliche Verbindung in Form einer einfachen Gesellschaft in keiner Weise der Umgehung von Grundstückgewinnsteuern. Somit bestehe von vornherein kein Recht zur Untersuchung des Werklohns bzw. der von den Bestellern direkt mit der Generalunternehmerin geschlossenen (Pauschal-) Werkverträge, geschweige denn der (detaillierten) Bauabrechnung, welche von ihr - der Beschwerdeführerin - als Landverkäuferin gar nicht bereitgestellt werden könne.
3.
3.1. Von Bundesrechts wegen unterliegen der Grundstückgewinnsteuer Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG; dualistisches System der Grundstückgewinnsteuererhebung). Die Kantone können die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen oder die Grundstückgewinnsteuer auf die Einkommens- und Gewinnsteuer anrechnen (Art. 12 Abs. 4 erster Satz StHG; monistisches System der Grundstückgewinnsteuererhebung). Den kantonalen Gesetzgebern verbleibt ein recht grosser Spielraum bei der Ausgestaltung der Grundstückgewinnsteuer (MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, S. 499 Rz. 13).
3.2. Der Kanton Zürich ist dem monistischen System (Erhebung der Grundstückgewinnsteuer sowohl auf Grundstücken des Privat- und Geschäftsvermögens) gefolgt: Die Grundstückgewinnsteuer wird erhoben von den Gewinnen, die sich bei Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben (§ 216 Abs. 1 StG/ZH). Steuerpflichtig ist der Veräusserer (§ 217 StG/ZH). Grundstückgewinn ist der Betrag, um welchen der Erlös die Anlagekosten übersteigt (§ 219 Abs. 1 und 2 StG/ZH). Massgebend für die Berechnung des Gewinns und der Besitzesdauer ist die letzte Handänderung (§ 219 Abs. 2 StG/ZH). Als Erwerbspreis gilt der Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 220 Abs. 1 StG/ZH). Als Erlös gilt der Kaufpreis mit Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 222 StG/ZH). Grundstückgewinne unter Fr. 5'000.-- werden nicht besteuert (§ 225 Abs. 4 StG/ZH).
3.3. Die verfahrensrechtlichen Bestimmungen des StHG hat der Kanton Zürich im Wesentlichen unverändert übernommen.
3.3.1. Die politischen Gemeinden erheben eine Grundstückgewinnsteuer (§ 205 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1]). Die Bestimmungen über die Staatssteuern gelten sinngemäss auch für die Grundsteuern (vgl. § 206 StG/ZH). Die Steuerbehörden stellen zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest (§ 132 Abs. 1 StG/ZH). Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Einschätzung zu ermöglichen (§ 135 Abs. 1 StG/ZH; vgl. auch Art. 42 Abs. 1 StHG). Er muss auf Verlangen der Steuerbehörde insbesondere mündlich oder schriftlich Auskunft erteilen und Geschäftsbücher, Belege und weitere Bescheinigungen sowie Urkunden über den Geschäftsverkehr vorlegen (§ 135 Abs. 2 StG/ZH; vgl. auch Art. 42 Abs. 2 StHG). Gegenüber dem Steuerpflichtigen sind Personen, die mit ihm Geschäfte tätigen oder getätigt haben, zur Ausstellung schriftlicher Bescheinigungen über die beiderseitigen Ansprüche und Leistungen verpflichtet (§ 136 Abs. 1 lit. h StG/ZH; vgl. auch Art. 43 Abs. 1 StHG).
3.3.2. Im Bereich der Grundsteuern obliegt die Vorbereitung der Einschätzung dem Gemeindesteueramt (§ 209 Abs. 1 StG/ZH). Die Einschätzung erfolgt durch den Gemeinderat oder eine von ihm gewählte, unter dem Vorsitz eines seiner Mitglieder amtierende Kommission (§ 210 Abs. 1 StG/ZH). Hat der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, nimmt das kantonale Steueramt (bzw. die Behörde gemäss § 210 Abs. 1 StG/ZH) die Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor (§ 139 Abs. 2 StG/ZH; vgl. auch Art. 46 Abs. 3 StHG). Eine Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten (§ 140 Abs. 2 StG/ZH; vgl. auch Art. 48 Abs. 2 erster Satz StHG).
3.4. Die Konstellation, dass ein Grundstückeigentümer mit einer Werkherstellerin (Bauunternehmung, Generalunternehmung) zusammenwirkt, um ein Überbauungsprojekt zu realisieren, erlangte zunächst im Hinblick auf die Handänderungssteuer Bedeutung. Weil hier der Käufer, welcher das Grundstück samt Gebäude erwirbt, steuerpflichtig wird, drängt sich für die Ermittlung der Steuergrundlage unter Umständen eine Zusammenrechnung der aus dem Verkauf und der Überbauung einer Liegenschaft realisierten Gewinne ("Zusammenrechnung von Landpreis und Werklohn") auf (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 724). Bei der Grundstückgewinnsteuer ist indessen nicht der Enderwerber steuerpflichtig, sondern die Landverkäuferin. Deswegen hat das Bundesgericht entschieden, dass die Zusammenrechnungspraxis für die Handänderungssteuer nicht unbesehen auf die Grundstückgewinnsteuer übertragen werden darf (<ref-ruling> E. 3.2). Im Gegensatz zur Handänderungssteuer soll bei der Grundstückgewinnsteuer eine Zusammenrechnung von Landpreis und Werklohn nur erfolgen, wenn der Landverkäufer und der Werkunternehmer identisch sind. Bei fehlender tatsächlicher Identität zwischen Verkäufer und Werklieferant sind diese als zwei Steuersubjekte zu betrachten und für den jeweils erzielten Gewinn getrennt zu besteuern (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 726).
3.5. Die Mitwirkungspflicht der steuerpflichtigen Person im Veranlagungsverfahren ist grundsätzlich umfassend. In Konkretisierung dieser Pflicht kann die Steuerbehörde Mitwirkungshandlungen verlangen, soweit diese im Interesse einer vollständigen und richtigen Veranlagung geeignet, erforderlich und der steuerpflichtigen Person zumutbar sind. Hinsichtlich des Aspekts der Erforderlichkeit ist zu beachten, dass lediglich der für die Veranlagung der betreffenden Person erhebliche Sachverhalt abgeklärt werden darf; Auskünfte, die ausschliesslich für die Veranlagung eines Dritten bestimmt sind, dürfen nicht verlangt werden. Die Frage, welcher Sachverhalt rechtserheblich ist, wird allerdings erst mit der Veranlagungsverfügung beantwortet. Während des Veranlagungsverfahrens muss daher ein den Umständen nach hypothetisch massgeblicher Sachverhalt genügen. Im Rahmen der Untersuchungspflicht liegt somit die Entscheidung darüber, welche Auskünfte zu erteilen sind, im Ermessen der Steuerbehörde. Versagt die steuerpflichtige Person der Veranlagungsbehörde ihre Mitwirkung, weil sie den abzuklärenden Sachverhalt nicht für erheblich hält, läuft sie Gefahr, dass sich ihre Auffassung im Verlauf des Veranlagungsverfahrens als unzutreffend erweist und sie die Folgen mangelnder Mitwirkung zu tragen hat (Urteil 2C_201/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 6.2). Die Sanktionierung einer verweigerten Mitwirkung ist nur dort unzulässig, wo die angeordnete Handlung für eine ordnungsgemässe Veranlagung von vornherein in erkennbarer Weise nicht notwendig ist (Urteil 2C_201/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 8.1).
4.
4.1. Vorab ist die Rüge zu behandeln, das angefochtene Urteil verletze Art. 20 Abs. 1 StHG. Diese Bestimmung regelt die Voraussetzungen für die Steuerpflicht juristischer Personen aufgrund persönlicher Zugehörigkeit. Die Beschwerdeführerin ist hier jedoch nicht aufgrund persönlicher, sondern gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. c StHG aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig. Für die Pflicht zur Entrichtung der Grundstückgewinnsteuer ist nicht der Wohnsitz oder Sitz massgeblich; die Besteuerung greift am Ort der gelegenen Sache (MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, S. 508 Rz. 3). Die Rüge ist unbegründet.
4.2. Ausgangspunkt für die Zulässigkeit der Ermessenseinschätzung ist die Frage, ob eine (ganze oder teilweise) Zusammenrechnung von Landpreis und Werklohn aus rechtlicher Sicht von vornherein ausgeschlossen war. Diesfalls wäre die Veranlagungsbehörde nicht befugt, Unterlagen zum Verhältnis zwischen der steuerpflichtigen Person (der Landverkäuferin) und der Werkherstellerin einzufordern, und die Weigerung der steuerpflichtigen Person, entsprechende Unterlagen einzureichen, könnte nicht zu einer Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen führen. Darauf beruft sich die Beschwerdeführerin, wenn sie ausführt, es sei aufgrund der marktkonformen Preise offenkundig, dass keine Verschiebung vom Landpreis in den Werklohn stattgefunden habe.
Nicht nur der Werklohn, sondern auch Leistungen im Innenverhältnis der beteiligten Gesellschaften können Anlass bieten für eine Aufrechnung an den Gewinn aus dem Landverkauf. Dies gilt insbesondere, wenn - wie hier - die eine Gesellschaft in beträchtlichem Umfang Beteiligungsrechte der anderen Gesellschaft hält. Wenn Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Grundsatz des Drittvergleichs (vgl. <ref-ruling> E. 2.2) verletzt ist, kann die Steuerbehörde eingreifen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 726).
4.3. Kernaussage von <ref-ruling> ist, dass die Gewinne aus dem Landverkauf und der Überbauung bei der Grundstückgewinnsteuer nicht unbesehen zusammengerechnet werden dürfen. Die Begründung liegt darin, dass Landverkäuferin und Werkherstellerin zwei unabhängige Steuersubjekte sind; der Gewinn der einen steuerpflichtigen Person kann nicht der anderen zugewiesen werden (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 726). Im Unterschied zum vorliegenden Fall behaupteten die Steuerbehörden in jenem Fall jedoch nicht, es sei ein Gewinn verschoben worden (vgl. <ref-ruling> E. 4.2), weshalb die Ausgangslage hier eine andere ist. Das Erfordernis der "tatsächlichen Identität" von Landverkäuferin und Werkherstellerin muss aber ohnehin relativiert werden. Wenn nämlich Landverkäuferin und Werkherstellerin identisch sind, ist nur ein Steuersubjekt vorhanden und die Problematik löst sich auf. Da bei der Realisierung eines Bauprojekts in der Regel mehrere Akteure beteiligt sind, welche nicht "tatsächlich identisch" sind, kann das Kriterium der "fehlenden tatsächlichen Identität" nicht starr angewendet werden. Es kommt vielmehr darauf an, ob Landverkäuferin und Werkherstellerin derart miteinander verbunden sind, dass sie - bezogen auf das fragliche Bauprojekt - als wirtschaftliche Einheit auftreten. Die Art der wirtschaftlichen Beziehungen und die konkreten Umstände des Bauprojekts ergeben ein Gesamtbild, welches entweder die Möglichkeit allfälliger Gewinnverschiebungen nahelegt oder als unwahrscheinlich erscheinen lässt. Über das Verhältnis der involvierten Gesellschaften können beispielsweise personelle Übereinstimmungen oder Beteiligungsrechte Aufschluss geben. Bezogen auf das jeweilige Bauprojekt sind u.a. das Zusammenwirken der beteiligten Gesellschaften in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht (etwa beim Einholen der Baubewilligung), der zeitliche Ablauf (insbesondere die zeitliche Koordination von Veräusserung und Baubeginn) und die Ausgestaltung der Verträge mit den Kunden als Käufer bzw. Besteller von Bedeutung. Kann aufgrund der äusseren (sichtbaren) Umstände die Möglichkeit nicht ausgeschlossen werden, dass die Gewinne anders auf die beteiligten Unternehmungen verteilt werden, als es den jeweiligen Rechtsgeschäften entspricht, muss die Steuerbehörde die Zusammenarbeit der Gesellschaften bei der Realisierung des Bauprojekts untersuchen können. Erst die Kenntnis dieser Vorgänge erlaubt eine fundierte Entscheidung darüber, ob und in welchem Mass eine Zusammenrechnung der Gewinne als Berechnungsgrundlage für die Grundstückgewinnsteuer zu erfolgen hat.
4.4. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz bildete die Beschwerdeführerin zusammen mit der Y._ AG eine einfache Gesellschaft, um das Überbauungsprojekt zu realisieren. Die Y._ AG hält 47.5 % der Aktien der Beschwerdeführerin, was diese ebenfalls nicht bestreitet. Die Y._ AG verfügt somit über eine massgebliche Beteiligung an der Beschwerdeführerin. Bei dieser Ausgangslage war es nicht ausgeschlossen, dass Gewinne aus dem Landpreis in den Werklohn verschoben wurden. Die beiden Gesellschaften sind wirtschaftlich miteinander verflochten, was eine nähere Untersuchung der tatsächlichen Gewinnverteilung rechtfertigt. Die Argumentation der Beschwerdeführerin, die Verkaufspreise für das Land seien marktkonform gewesen, greift zu kurz. Der Erlös umfasst nicht nur den beurkundeten Kaufpreis, sondern auch alle weiteren Leistungen des Erwerbers (vgl. E. 3.2). Weil das Steueramt der Stadt U._ keine Einsicht in die Werkverträge hatte, konnte es nicht eruieren, ob allenfalls ein Teil des Landpreises zu Gunsten des Werklohns abgezweigt worden war. Auch in der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin für jeden einzelnen Gewinn, der aus dem Verkauf der Stockwerkeigentumsanteile resultierte, mit je ca. Fr. 4'000.-- einen Betrag knapp unter dem Freibetrag von Fr. 5'000.-- deklarierte, kann ein Indiz für eine Gewinnverschiebung erblickt werden. Schliesslich weist die Stadt U._ in ihrer Vernehmlassung zu Recht darauf hin, dass die Rechtsbeziehungen zwischen der Beschwerdeführerin und der Y._ AG als nahestehenden Personen auch unter dem Aspekt des Grundsatzes des Drittvergleichs untersucht werden müssten.
4.5. Aus den vorstehenden Erwägungen ergibt sich, dass unter den gegebenen Umständen eine (teilweise oder vollständige) Zusammenrechnung von Kaufpreis und Werklohn nicht ausgeschlossen werden konnte bzw. die Gewinnverteilung einer näheren Untersuchung bedurfte. Das Steueramt der Stadt U._ war somit berechtigt, die Bauabrechnung, einen Pauschalwerkvertrag und die Verträge zwischen der Beschwerdeführerin und der Y._ AG einzuverlangen. Es trifft im Übrigen nicht zu, dass die Beschwerdeführerin die Bauabrechnung nicht hätte vorlegen können. Aufgrund der wirtschaftlichen Verflechtung mit der Y._ AG und der gemeinsamen Projektplanung hätte sie sich ohne weiteres Zugriff auf die Bauabrechnung verschaffen können. Die Beschwerdeführerin hat ihre Mitwirkungspflicht verletzt, indem sie die Herausgabe der Unterlagen verweigerte. Nachdem sie trotz Mahnung an der Weigerung festhielt, waren die Voraussetzungen für die Vornahme der Ermessenseinschätzung erfüllt.
5.
War die Ermessenseinschätzung im Grundsatz zulässig, bleibt zu prüfen, ob die Höhe der Grundstückgewinnsteuer korrekt festgelegt worden ist.
5.1. Bereits im Einspracheverfahren kann die Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden (vgl. E. 3.3.2). Die Kognition ist demnach schon im ersten (nicht devolutiven) Rechtsmittelverfahren auf Willkür beschränkt. Das Bundesgericht, welches einen Ermessensentscheid betreffend die Grundstückgewinnsteuer im Kanton Zürich als vierte Rechtsmittelinstanz (das Einspracheverfahren mitgerechnet) überprüft, verfügt seinerseits in Bezug auf den Sachverhalt nur über Willkürkognition (vgl. E. 1.4). Daraus ergibt sich, dass das Bundesgericht nur einschreitet, wenn eine Ermessenseinschätzung ganz offensichtlich und ohne jeden Zweifel willkürlich ist. Der Beweis dafür obliegt der Beschwerdeführerin als der steuerpflichtigen Person (vgl. E. 1.5).
5.2. Die Stadt U._ hatte die Gewinne aus der Veräusserung der Stockwerkeigentumsanteile auf 10 % der jeweiligen Landerwerbspreise geschätzt. Die Vorinstanz erachtete diese Zahl trotz der kurzen Besitzesdauer als realistisch, zumal gemäss der Modellpreisstatistik des statistischen Amts des Kantons Zürich in dieser Zeitspanne allein die Landpreise um 4.4 % gestiegen seien. Angesichts der Interessen der Beschwerdeführerin und der Y._ AG, welche sich offenbar nahestünden, und mit Blick auf die unklare Aktenlage könne nicht ausgeschlossen werden, dass in den Werkverträgen weitere Leistungen der Erwerber vereinbart worden seien. Diese müssten als Erlösbestandteile in die Schätzung des Gewinns einfliessen.
5.3. Die Vorinstanz hat ohne Willkür erwogen, dass die Schätzung der Veranlagungsbehörde nicht offensichtlich unrichtig ist. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach die Modellpreisstatistik für den Einzelfall in einem bestimmten Gemeindegebiet wenig aussagekräftig sei, vermag daran nichts zu ändern. Vielmehr hätte die Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz nachweisen müssen, dass die von der Stadt U._ veranschlagten Gewinne offensichtlich übersetzt sind. Die Behauptung, eine willkürfreie Schätzung der Grundstückgewinne sei auf höchstens vier Prozent des jeweiligen Landerwerbspreises zu beschränken, ist rein appellatorisch. Die Beschwerdeführerin hat den Beweis, dass die Schätzung der Grundstückgewinne willkürlich ist, nicht erbracht.
Inwiefern der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit nach <ref-law> verletzt sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar, weshalb auf die Rüge nicht einzugehen ist (vgl. E. 1.2).
Bei diesem Ergebnis besteht kein Anlass, die Angelegenheit zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen.
6.1. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
6.2. Eine Gemeinde, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, hat in der Regel keinen Anspruch auf Parteientschädigung (vgl. <ref-law>). Zwar lässt das Gesetz Raum für die Zusprechung einer Parteientschädigung im Ausnahmefall. Von dieser Möglichkeit ist jedoch zurückhaltend Gebrauch zu machen, so etwa bei mutwilliger oder querulatorischer Prozessführung (Urteil 2C_485/2010 vom 3. Juli 2012 E. 12, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4b S. 150). Dies ist hier nicht der Fall. Für die Zusprechung einer Parteientschädigung im vorliegenden Verfahren besteht kein Anlass, weshalb der Antrag abzuweisen ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Genner