Faits :
A.
A.a. A.F._ et A.H._ étaient propriétaires de quatre parcelles (n os 1 [contenant une ferme], 2, 3 et 4) situées sur la commune de....
Z._, qui venait de reprendre une exploitation agricole, a acquis les parcelles nos 3 et 4.
X._, qui désirait occuper la ferme et accueillir des animaux, a acheté les parcelles nos 1 et 2. Il était alors prévu que cette dernière parcelle soit morcelée (divisée), puis répartie entre elle et Z._.
Le 28 octobre 2005, les époux A._ et X._ ont signé l'acte de vente de la parcelle no 2 (surface totale de 40'682 m2). Le document indique qu'une partie du terrain (28'182 m2) fait l'objet d'un bail à ferme (avec les fermiers T.H._ et T.F._) intégralement repris par X._, celle-ci pouvant en revanche exploiter librement l'autre partie (12'500 m2).
A.b. Le même jour, X._ (ci-après: la promettante-venderesse ou, pour simplifier, la venderesse) et Z._ (ci-après: le promettant-acheteur, ou, pour simplifier, l'acheteur) ont signé une promesse de vente devant notaire.
Selon le texte de la promesse, " les parties s'engagent irrévocablement, dès que Monsieur le Préfet du district de... aura donné les autorisations [de morcellement et d'aliénation selon la Loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural], à conclure un contrat de vente en vertu duquel [la venderesse] vendra à [l'acheteur] une parcelle de 28'182 m2 à déduire de l'immeuble [faisant l'objet] du feuillet no 2 de... (...), les parties s'engageant également irrévocablement à faire inscrire ce contrat au registre foncier ". Le prix de vente a été fixé à 76'091 fr.40.
La promesse de vente prévoit une peine conventionnelle obligeant la partie qui ferait obstacle à la vente à payer à l'autre partie une " amende conventionnelle de CHF 76'091 fr.40 ", même si la demande de conclusion du contrat de vente finit par aboutir ou se réalise par une décision arbitrale ou par un jugement, toute action en dommages-intérêts demeurant réservée.
Si les parties n'ont pas rédigé directement un contrat de vente, c'est parce qu'elles supposaient, à cette époque, qu'une autorisation préalable du préfet était nécessaire pour opérer le morcellement de la parcelle no 2.
A.c. S'agissant de l'objet du contrat, les parties se sont mises d'accord, dans la promesse de vente, sur une surface précise (soit 28'182 m2), mais elles n'y ont joint aucun plan permettant de déterminer l'assiette de cette surface (sur l'aire de la parcelle no 2). A cet égard, la cour cantonale a jugé que l'emplacement de la surface était néanmoins déterminable, puisque les anciens fermiers (T.H._ et T.F._) exploitaient déjà une partie bien distincte de la parcelle no 2, qui correspondait précisément à celle promise à l'acheteur.
Dans sa détermination du 29 novembre 2016, l'autorité précédente est toutefois revenue sur ce constat en reconnaissant (suite aux critiques de la recourante) que la situation des anciens locataires était floue (s'agissant de l'emplacement de la parcelle louée au cours des années) et qu'on ne pouvait en inférer aucune information précise pour déterminer la forme et l'emplacement de la parcelle faisant l'objet de la promesse de vente.
Il a en revanche été retenu que, après une première correction du géomètre-conservateur (faisant passer la parcelle litigieuse de 320 ares [et non " arrhes " comme le répète la cour cantonale!] à 280 ares), l'assiette et les contours du morcellement étaient désormais déterminés en 2012 et qu'ils n'ont plus été contestés par la venderesse. La dernière intervention de la venderesse ne visait pas la forme et l'emplacement de la parcelle (dorénavant fixés), mais elle tendait à corriger les m2 de celle-ci, les faisant passer de 28'299 m2 à 28'182 m2 (soit un chiffre correspondant à celui contenu dans la promesse de vente).
A.d. Le 23 novembre 2005, les parties ont aussi signé un contrat de bail à ferme pour une durée de 30 ans et portant sur une surface de 281,82 ares, soit 28'182 m2. La venderesse s'est également engagée à résilier pour le 31 décembre 2011 le contrat de bail à ferme qui la liait à T.H._ et T.F._.
Dans une décision du 1er juin 2012, le Préfet du Jura bernois a finalement constaté que l'autorisation sollicitée par les parties n'était pas nécessaire et que l'acheteur pouvait acquérir la parcelle convenue avec la venderesse.
A.e. Par courrier du 24 août 2012, la venderesse, se rétractant soudainement, a informé l'acheteur qu'elle n'avait plus l'intention d'exécuter la promesse de vente et qu'elle entendait conserver la totalité de la parcelle no 2. Il a été retenu que, même si la venderesse a fait état des " difficultés survenues en lien avec le parcellement [de] l'immeuble ", son revirement s'explique par le fait qu'elle ne s'était pas rendue compte au cours des années qu'elle ne disposait pas de suffisamment de terrain (pour ses propres activités) avec la surface de 12'500 m2et qu'elle entendait exploiter elle-même la totalité de la parcelle, qui était dorénavant libre de tout contrat de bail à ferme.
B.
B.a. Par demande du 3 septembre 2013, l'acheteur (ci-après également: le demandeur) a sollicité du Tribunal régional Jura bernois-Seeland (Agence du Jura bernois) d'ordonner le transfert de la propriété de la parcelle litigieuse, conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005 et de condamner la venderesse (ci-après également: la défenderesse) à lui payer la somme de 76'091 fr.40 au titre de peine conventionnelle. Subsidiairement, il a conclu à ce que la défenderesse soit condamnée à exécuter en sa faveur la promesse de vente et à lui payer le montant de 76'091 fr.40 au titre de peine conventionnelle.
Par réponse du 24 décembre 2013, la défenderesse a conclu principalement à ce que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions et, à titre subsidiaire, à ce qu'il soit dit que la peine conventionnelle prévue dans la promesse de vente du 28 octobre 2005 doit être comprise dans le sens que le versement au demandeur de l'unique montant de 76'091 fr.40 la libère de tout engagement. Reconventionnellement, elle a conclu à ce qu'il soit dit que le contrat de bail conclu entre les parties le 23 novembre 2005 est nul.
Le demandeur a confirmé ses premières conclusions et sollicité le rejet de la demande reconventionnelle.
Par jugement du 9 décembre 2015, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland a prononcé le transfert de la propriété de la parcelle, alors en mains de la défenderesse, au demandeur, conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005, contre le paiement du prix de vente de 76'091 fr.40; il a également condamné la défenderesse à payer au demandeur une peine conventionnelle, qu'il a toutefois réduite à 20'000 fr.; il a rejeté, pour le surplus, la demande, ainsi que la demande reconventionnelle.
B.b. Par jugement du 1er septembre 2016, la Cour suprême du canton de Berne, 2e Chambre civile, a rejeté l'appel formé par la défenderesse, en apportant toutefois divers correctifs au dispositif rendu par la première instance s'agissant de l'objet du transfert, la formulation " conformément à la promesse de vente du 28 octobre 2005 " étant, selon elle, " trop vague " et la parcelle litigieuse étant dorénavant définie sur la base du dernier projet de mutation du géomètre-conservateur.
C.
La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 1er septembre 2016. Elle conclut à ce qu'il soit réformé en ce sens que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions principales et subsidiaires, qu'en conséquence, la nullité de la promesse de vente soit prononcée et que la nullité du contrat de bail à ferme conclu le 23 novembre 2005 soit déclarée. A titre subsidiaire, la recourante reprend les mêmes conclusions, mais, reconnaissant implicitement la validité de la peine conventionnelle, elle demande à ce qu'il soit dit qu'il lui suffit de payer celle-ci (soit 76'091 fr.40) pour se libérer de tout engagement à l'égard du demandeur. " A titre encore plus subsidiaire ", elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.

La Cour suprême du canton de Berne a déposé des observations. Elle propose des corrections de son état de fait (cf. supra let. A.c), mais considère qu'elles n'ont aucune influence sur le sort de la cause.
La recourante a encore déposé des observations.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la venderesse qui a succombé dans ses conclusions visant notamment à empêcher le transfert de la propriété de la parcelle litigieuse (art. 76 LTF) dans une contestation relevant principalement de la vente immobilière (art. 72 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
Les faits nouveaux sont irrecevables devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
2.
Est litigieuse la question de savoir si la promesse de vente désigne avec suffisamment de précision son objet lorsqu'elle indique que la promettante-venderesse vendra au promettant-acheteur une parcelle de 28'182 m2 à détacher de la parcelle no 2, en se référant à la surface exploitée par les fermiers et, par la suite, aux déclarations et à l'attitude de la venderesse lors de la délimitation de l'assiette de la parcelle par le géomètre, au regard de la forme authentique à laquelle elle est soumise (art. 216 al. 2 CO).
3.
La recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.) et de violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.).
3.1. Elle revient tout d'abord sur les différents points qui ont permis à la cour cantonale de conclure que les éléments objectivement essentiels du contrat étaient déterminables (acte de recours p. 5 ss). Elle considère que c'est en appréciant les preuves de manière insoutenable que l'autorité précédente a retenu que les fermiers (T.H._ et T.F._) exploitaient une partie de la parcelle no 2 et que son assiette correspondait à celle promise à l'acheteur.
On peut admettre, avec la recourante, que la surface de la parcelle alors exploitée par les fermiers T._ au cours des années ne peut pas être définie clairement (ce qui ne permet pas d'en tenir compte pour circonscrire la surface objet de la promesse de vente), ce que la cour cantonale admet dans sa détermination, en apportant les corrections nécessaires.
3.2. La recourante reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir mal apprécié ses déclarations et d'avoir déduit à tort de son attitude que les parties s'étaient mises d'accord sur le morcellement de la parcelle à transférer. En particulier, la cour cantonale se serait fourvoyée en retenant que la venderesse n'avait jamais soulevé de critiques à l'encontre de l'assiette et des contours du morcellement, à l'exception du nombre de m2en question. Pour elle, le conflit opposant les parties (divergence portant sur 117 m2 consécutive aux mesures effectuées par le géomètre) suffirait à démontrer l'arbitraire de l'autorité précédente.
Il résulte toutefois des constatations cantonales que cette divergence mineure était un prétexte pour se rétracter (" une échappatoire ") et que le " motif réel " pour lequel la venderesse a refusé de s'exécuter consiste en un revirement d'opinion, celle-ci ayant finalement souhaité disposer d'un terrain plus grand que les 12'500 m2 alors convenus.
Cela étant, les déclarations de la venderesse doivent être compris comme des moyens de " couvrir son revirement " et les arguments qu'elle soulève à cet égard sont impropres à démontrer que la cour cantonale aurait sombré dans l'arbitraire en appréciant les déclarations et l'attitude des parties.
3.3. Invoquant la violation de son droit d'être entendue, la recourante énumère encore une liste d'éléments, omis par la cour cantonale, qui " [parleraient] très clairement contre la déterminabilité de l'objet de la promesse de vente ".
Force est toutefois de constater que la cour cantonale n'a pas ignoré les éléments de fait dont la recourante fait état. Elle les a d'ailleurs repris explicitement (en substance) au moment d'exposer les arguments de la venderesse.
Quant à savoir si ces éléments devaient conduire la cour cantonale a suivre l'argumentation de la venderesse, il s'agit d'une question différente, ayant trait à l'appréciation des preuves. A cet égard, la recourante ne soutient pas que la cour cantonale aurait sombré dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) et il n'y a pas lieu d'entrer en matière à ce sujet.
3.4. Enfin, la recourante se plaint de ce que la cour cantonale, contrairement aux exigences posées par la jurisprudence, a ignoré qu'il ne suffit pas, au moment de conclure une vente immobilière, d'indiquer la surface de la parcelle objet du contrat, mais qu'il faut impérativement désigner sa forme et son emplacement. Selon elle, l'autorité précédente, en ne s'arrêtant pas sur ces deux derniers points, a violé son droit d'être entendue.
Son argumentation tombe toutefois à faux puisque la cour cantonale n'a pas ignoré ces éléments. La question de savoir si l'autorité précédente n'a pas respecté les règles posées par la jurisprudence est une autre question (cf. à cet égard infra consid. 4).
4.
Il s'agit tout d'abord d'examiner la validité de la promesse de vente.
4.1. La cour cantonale est d'avis que les corrections qu'elle a apportées à l'état de fait n'ont aucune incidence sur l'issue du procès puisqu'il demeure, selon la volonté réelle des parties, que l'objet du contrat était bel et bien déterminé. Elle en veut pour preuve l'attitude de la venderesse et sa participation active, dénuée de toute ambigüité: la venderesse a collaboré à l'établissement du morcellement précis, a demandé la rectification du travail du géomètre (pour corriger un détail mineur) et, lors de ses déclarations en cours d'audience, elle n'a jamais indiqué que le (nouveau) projet de morcellement ne correspondrait pas à ce qui avait été voulu au moment de la promesse de vente.
La recourante considère quant à elle que la promesse de vente ne contient pas tous les éléments objectivement essentiels du contrat de vente immobilière et que l'objet de la vente n'est quoi qu'il en soit pas déterminable sur la base de l'acte conclu par les parties, de sorte qu'il conviendrait de constater la nullité de l'acte.
4.2. La promesse de vente ( Vorvertrag ou Verkaufsversprechen) immobilière constitue un précontrat (art. 22 CO) portant sur la conclusion d'une vente immobilière (art. 216 CO) : une partie (promesse unilatérale) voire deux parties (promesse bilatérale) s'engagent à conclure ultérieurement un contrat de vente.
4.2.1. Il est de jurisprudence que la promesse (bilatérale) de vente qui contient déjà tous les éléments essentiels du contrat principal (la vente) doit être assimilée à ce contrat (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 267; <ref-ruling> consid. 3b et 3c et les références).
Une partie de la doctrine est toutefois d'avis qu'il conviendrait de distinguer ces deux formes juridiques, notamment afin de pouvoir soumettre le précontrat à un contenu moindre par rapport aux éléments du contrat principal (ADRIEN GABELLON, Le précontrat - Développements et perspectives, 2014, n. 158 ss p. 61 ss et les références; cf. TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, no 961 ad §16 et les auteurs cités). Il n'y a toutefois pas lieu de se pencher sur cette opinion en l'espèce, comme on le verra ci-dessous (cf. consid. 4.3).
4.2.2. Comme la vente d'immeubles (art. 216 al. 1 CO), la promesse de vente immobilière doit être passée en la forme authentique (art. 216 al. 2 CO; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 299 s.). Cette forme solennelle vise notamment à éviter aux parties des engagements irréfléchis en s'assurant qu'elles comprennent la portée de leurs engagements et expriment leur volonté de façon claire et complète (ATF <ref-ruling> consid. 3d p. 34).
La forme authentique doit porter sur tous les éléments objectivement essentiels du contrat, ainsi que sur les points subjectivement essentiels, pour autant que ces derniers, de par leur nature, constituent un élément du contrat de vente; il s'agit de tous les éléments qui affectent le rapport entre la prestation et la contre-prestation issues de la vente (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 299 et les arrêts cités).
L'acte authentique doit donc désigner l'objet immobilier avec une précision suffisante pour que la description ne requière pas un nouvel accord de volontés. L'indication d'une surface ne suffit pas; il faut que soient déterminés (ou à tout le moins déterminables) la forme et l'emplacement de la parcelle (<ref-ruling> consid. 3d). Les parties peuvent toutefois prévoir, dans l'acte, qu'il incombera à l'une d'elles d'indiquer ensuite l'assiette de la parcelle (<ref-ruling> consid. 1 p. 42 s.).
L'acte doit également énoncer toutes les contre-prestations promises en échange du bien immobilier, et le prix indiqué doit correspondre à celui réellement convenu; à défaut, l'acte est nul parce que simulé (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 299 et les arrêts cités).
4.2.3. La loi soumettant la validité de la promesse de vente immobilière au respect de la forme authentique, l'inobservation de celle-ci doit en soi entraîner la nullité de l'acte (art. 11 al. 2 CO), ce que le Tribunal fédéral doit constater d'office (<ref-ruling> consid. 3 p. 151).
Le respect de la forme ayant un caractère impératif et absolu, il n'y a en principe pas lieu de se demander si le but pour lequel l'exigence de forme a été instituée (protection des parties et/ou intérêt public à disposer d'un acte juridique clair et sûr) a été affecté ou non par le vice de forme (<ref-ruling> consid. 4b p. 346 s.).
4.3. En l'occurrence, il résulte des constatations cantonales que si la surface de la parcelle était arrêtée précisément (" un nombre très précis de m2 ") dans l'acte notarié (promesse de vente), le plan du morcellement (encore inexistant) n'était pas joint à l'acte et l'assiette du morcellement n'était pas encore déterminée. Les parties n'avaient pas non plus prévu, dans l'acte, qu'il incomberait à l'une d'elles de déterminer ensuite l'assiette de la parcelle.
Force est dès lors de constater que, même si les parties se sont ensuite entendues sur la forme et l'emplacement de la parcelle à transférer (éléments nécessaires du contrat), il s'agit d'un accord ultérieur impliquant nécessairement la stipulation d'un autre acte (nouveau ou complémentaire) contenant la description, en la forme authentique, de l'objet de la transaction.
Il n'importe à cet égard que le caractère déterminable de la parcelle ait finalement été admis, puisque, si les parties en ont discuté au cours de leurs négociations, la forme et l'emplacement de la parcelle n'apparaissent pas dans la promesse de vente soumise à la forme authentique.
Le fait que la cour cantonale a retenu que, après la correction mineure opérée par le géomètre-conservateur (à la demande de la venderesse), la désignation de l'immeuble correspondait à ce que les parties avaient (réellement) voulu au moment de la promesse de vente n'y change rien. Il demeure que, s'agissant d'éléments essentiels, ils devaient, en vertu de l'art. 216 CO, revêtir la forme authentique.
Enfin, il n'y a pas lieu de revenir ici sur l'opinion professée par le courant doctrinal évoqué plus haut - ni d'indiquer si la promesse de vente aurait en l'espèce été valable selon ce courant doctrinal -, puisque, comme on le verra, la nullité de la promesse de vente pour vice de forme doit quoi qu'il en soit être écartée en application du principe de l'interdiction de l'abus de droit (cf. infra consid. 5).
5.
Il s'agit d'examiner si la nullité de l'acte vicié peut être tenue en échec par l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC).
5.1. Cet examen présuppose de déterminer si le principe posé par le législateur à l'art. 2 al. 2 CC (interdiction de l'abus de droit) a été violé lorsque la venderesse a invoqué la nullité du contrat vicié. Le cas échéant, il s'agira d'en tirer les conséquences juridiques. Celles-ci ne sont pas prévues explicitement à l'art. 2 al. 2 CC, mais il incombe au juge de choisir, dans l'éventail des sanctions à sa disposition, la solution permettant au mieux d'écarter ou de corriger les effets de l'abus, ou de prévenir des conséquences indésirables à venir (VOYAME/COTTIER/ROCHA, L'abus de droit en droit comparé, in L'abus de droit et les concepts équivalents [...], 1990, p. 44; cf. MAX BAUMANN, in Zürcher Kommentar, 3e éd. 1998, no 243 ss ad art. 2 CC et les références citées).
L'abus de droit consiste notamment à exercer un droit en l'absence de tout intérêt, à l'exercer sans ménagement, ou alors en présence d'une disproportion grossière des intérêts, en adoptant une attitude contradictoire, ou en utilisant une institution juridique contrairement à son but (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 169). Les deux derniers comportements, seuls envisageables en l'espèce, seront repris ci-dessous (cf. consid. 5.2 et 5.3), puis il sera procédé à la subsomption (cf. infra consid. 5.4).
5.2. La nullité pour vice de forme peut être tenue en échec lorsque le comportement de la partie qui s'en prévaut procède d'une attitude contradictoire en ce sens qu'elle a créé une attente légitime chez son cocontractant, ou à tout le moins placé celui-ci dans une situation digne de protection (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 403 et l'arrêt cité).
5.2.1. Dans ce cas de figure, le Tribunal fédéral attache une importance particulière, mais pas nécessairement décisive, à l'exécution volontaire et réciproque du contrat entaché d'un vice de forme. Si ces circonstances sont établies, l'abus de droit est généralement reconnu et, sur le plan des conséquences juridiques, l'exécution des prestations prévues dans le contrat ne pourra pas être remise en cause (<ref-ruling> consid. 5a p. 338 s. et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 2 p. 316; <ref-ruling> consid. 1 p. 105; <ref-ruling> consid. 2a p. 157).
L'abus de droit est également admis lorsque, au moment où le vice de forme est invoqué, les parties n'ont exécuté que partiellement - mais pour l'essentiel ( " in der Hauptsache ") - leurs prestations, à condition toutefois que le début de l'exécution ait eu lieu volontairement. Comme en cas d'exécution complète, le contrat est alors maintenu et l'exécution du solde des prestations dues peut être exigée du débiteur (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 202; <ref-ruling> consid. 5a p. 338; <ref-ruling> consid. 3b p. 111 s.).
5.2.2. Ainsi, en principe, la partie qui n'a pas - ou du moins pas pour l'essentiel - exécuté le contrat ne peut pas, si elle invoque la nullité pour vice de forme, être contrainte à s'exécuter par le cocontractant qui se prévaut de l'abus de droit. Elle pourra éventuellement être tenue, en application des règles sur la culpa in contrahendo (responsabilité pré-contractuelle), de réparer le dommage éventuel causé par le vice de forme (<ref-ruling> consid. 5 p. 42; cf. PAUL-HENRI STEINAUER, Le Titre préliminaire du Code civil, in TDPS 2009, n. 598 p. 226; BAUMANN, op. cit., nos 277 ss ad art. 2 CC).
5.2.3. Il faut toutefois d'emblée ajouter que le Tribunal fédéral a toujours refusé de se soumettre à des principes rigides et qu'il apprécie librement toutes les circonstances du cas concret en s'appuyant sur le sentiment de justice, l'éthique et la sécurité juridique (ATF <ref-ruling> consid. 3b p. 111 s.).
Il n'a ainsi pas exclu que, dans des circonstances particulières, même si aucun acte d'exécution n'a été réalisé, l'abus de droit puisse être admis et, le cas échéant, l'exécution des prestations ordonnée (cf. arrêt 5A_739/2012 du 17 mai 2013 consid. 5.3.1 in fineet 5.3.2; ATF <ref-ruling> consid. 3b et 3c p. 111 s.; pour des cas examinés sous l'angle de l'abus de droit malgré l'absence d'exécution, cf. arrêt C.365/1979 du 13 mai 1980 consid. 4 non publié in <ref-ruling>, mais reproduit in RNRF 1981, p. 54; <ref-ruling> ss; <ref-ruling> ss).
5.3. Il y a également abus de droit lorsqu'une institution juridique est utilisée à des fins étrangères au but même de la disposition légale qui la consacre, c'est-à-dire quand elle est invoquée pour servir des intérêts qu'elle ne veut précisément pas protéger. C'est aussi le cas lorsqu'une partie invoque une norme de droit impératif pour protéger des intérêts qui en réalité n'existent plus, ou afin de protéger des intérêts qui ont déjà été sauvegardés d'une autre manière (<ref-ruling> consid. 2.4.1 p. 405; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 629; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 169).
Le cas particulier des vices de forme est soumis à la même règle: la partie qui invoque le vice se comporte de manière abusive si elle poursuit un but étranger à celui pour lequel l'exigence de forme a été instituée (<ref-ruling> consid. 2.4.1 et 2.4.2 p. 405 s.; <ref-ruling> consid. 3 p. 335 s.; <ref-ruling> consid. 2 et 3 p. 156 ss et les références citées).
5.4. En l'occurrence, il s'agit d'examiner si la promettante-venderesse commet un abus de droit en tenant compte de l'ensemble des circonstances établies par la cour cantonale.
5.4.1. L'exigence de forme à laquelle est soumise la promesse de vente immobilière a pour but d'offrir une protection aux parties. Or, il résulte des constatations cantonales que la collaboration (volontaire) de la venderesse a permis de définir l'assiette de la parcelle (entre les parties), celle-ci correspondant à ce qu'elles voulaient lors de la conclusion de la promesse de vente. La venderesse - qui ne démontre pas que la volonté des parties aurait été exprimée partiellement et de manière peu claire (cf. supra consid. 3.2) - n'avait, en invoquant la nullité, pas l'intention de revenir sur la volonté qu'elle avait exprimée au sujet de l'assiette de la parcelle; elle espérait en réalité pouvoir échapper à toutes ses obligations (y compris à celles qui avaient pourtant été convenues dans l'acte notarié) afin de conserver la totalité de la parcelle pour sa propre exploitation, son besoin de disposer d'une surface plus grande s'étant fait sentir au cours des années.
Partant, elle a invoqué le vice de forme dans un but étranger (but qu'elle tentera d'ailleurs de reléguer au second plan au cours de la procédure) à celui pour lequel l'exigence de forme a été instituée.
5.4.2. En ce qui concerne la collaboration de la venderesse, on peut observer qu'elle a permis d'arrêter le morcellement du terrain le 10 juillet 2012, conformément à la promesse de vente, et qu'un projet de contrat de vente et de morcellement a été préparé par le notaire. L'engagement pris par les parties dans l'acte notarié étant de conclure le contrat de vente, on peut se demander si cette collaboration, qui a permis de désigner l'un des éléments essentiels de la vente, consiste ou non techniquement (juridiquement) en un acte d'exécution.
Il n'est toutefois pas nécessaire de se prononcer sur cette question en l'espèce, étant donné, d'une part, que la venderesse a invoqué la nullité dans un but étranger à celui couvert par la forme authentique (cf. supra consid. 5.4.1) et, d'autre part, qu'elle a éveillé - comme on va le voir - une attente auprès de l'acheteur dans un contexte particulier.
Vu la collaboration active de la venderesse après la conclusion de la promesse de vente, l'acheteur pouvait légitimement, avant que la venderesse ne se rétracte soudainement le 24 août 2012, inférer de son comportement qu'elle entendait effectivement conclure la vente à l'avenir, ce d'autant plus que la venderesse n'a à aucun moment émis une quelconque opposition au projet final de mutation préparé par le géomètre. La réalité de l'attente éveillée auprès de l'acheteur est renforcée par les déclarations des parties selon lesquelles leur engagement était irrévocable, les parties prenant d'ailleurs diverses mesures contraignantes (introduction d'une clause pénale cumulative, conclusion d'un bail à ferme pour garantir l'exploitation de la parcelle par l'acheteur) pour que celui-ci, petit-cousin des propriétaires d'origine (les époux A._), soit assuré de pouvoir devenir propriétaire de la partie de la parcelle qui lui était destinée. Pour les parties, il n'était donc pas question de permettre à la venderesse de verser une indemnité pour échapper à son engagement contractuel (elles ne voulaient pas " en arriver là " [cf. encore infra consid. 6.2]).
Dans ce contexte, on peut encore mettre en évidence l'attitude déloyale affichée par la venderesse qui a pris la décision de conserver la totalité de la parcelle no 2 (pour sa propre exploitation), alors même que, depuis le début des discussions portant sur ce terrain, il n'a jamais été question qu'elle l'acquière entièrement et que les propriétaires d'origine (les époux A._) ont placé leur confiance en elle pour qu'elle procède au transfert de 28 ares à un membre de leur famille (petit cousin) qui en avait besoin pour son exploitation agricole.
En conclusion, le comportement de la venderesse est abusif et le résultat auquel est parvenu la cour cantonale peut donc être confirmé par substitution de motifs.
5.5. Il est par suite superflu d'examiner les autres griefs évoqués par la recourante dans ce contexte, qui visent à démontrer la nullité de l'acte, en particulier le fait que la promesse de vente n'aurait pas la teneur exigée par la loi bernoise sur le notariat. La critique portant sur l'application du droit cantonal bernois ne respecte d'ailleurs pas l'exigence stricte de motivation posée à l'art. 106 al. 2 LTF.
Cette exigence n'est pas non plus respectée en ce qui concerne le grief selon lequel le notaire n'aurait pas traduit fidèlement la promesse de vente, selon les exigences du décret bernois sur le notariat.
6.
Dans ses " conclusions subsidiaires ", la recourante soutient que, si la Cour de céans venait à confirmer le jugement attaqué s'agissant du transfert de la propriété de la parcelle litigieuse, il conviendrait de constater que les parties n'entendaient pas prévoir une peine conventionnelle cumulative.
6.1. A titre préalable, il faut se demander si la clause pénale, prévue dans une promesse de vente affectée d'un vice de forme (cf. supra consid. 4), peut valablement être exécutée.
6.1.1. La clause pénale (art. 160 CO), qui a pour but d'assurer l'accomplissement de l'obligation principale, est dépendante de celle-ci; elle suit dès lors le sort de l'obligation principale. La peine conventionnelle constitue un droit accessoire (Nebenrecht) de l'obligation principale (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 204 et les arrêts cités; arrêt 4A_281/2014 du 17 décembre 2014 consid. 3.2 publié in RNRF 2016 p. 188). La nullité d'une promesse de vente pour vice de forme affecte donc aussi la clause pénale qui y est prévue (cf. art. 163 al. 2 in initio CO; arrêt 4C.429/1996 du 28 avril 1997 consid. 3b). Toutefois, si l'invocation de la nullité est abusive, elle l'est aussi bien pour la promesse que pour la clause pénale et le bénéficiaire de celle-ci pourra exiger son exécution (cf. PICHONNAZ/GUISOLAN, Le contrat de réservation: outil pratique et réalités juridiques, not@lex 4/13, p. 152 et le renvoi).
Le lien d'accessoriété n'est toutefois pas le même lorsque la clause pénale a pour seul objectif de compenser un intérêt négatif, notamment en matière de culpa in contrahendo (sur la nature controversée de l'institution, cf. GASPARD COUCHEPIN, La clause pénale, 2008, n. 992 ss p. 201). S'agissant de la forme, ce type de clause pénale peut ainsi être valablement prévu dans une promesse de vente immobilière rédigée en la forme écrite simple (<ref-ruling> consid. 5 p. 202 ss).
6.1.2. En l'espèce, la clause pénale, qui vise à renforcer l'obligation principale, est accessoire, ce qui n'est d'ailleurs pas discuté par les parties.
Prévue dans une promesse de vente nulle, elle suit le sort de celle-ci; toutefois comme l'invocation de la nullité de la promesse - et donc également celle de la clause pénale - est abusive, l'acheteur conserve le droit d'exiger, de la venderesse, l'exécution de la promesse et de la clause pénale.
6.2. Il s'agit maintenant d'examiner le type de peine prévu dans la clause pénale.
Il résulte des constatations cantonales que la promesse de vente prévoit une peine conventionnelle obligeant la partie qui ferait obstacle à la vente à payer à l'autre partie une " amende conventionnelle de CHF 76'091 fr.40 (...) même si (...), la demande de conclusion du contrat de vente finit par aboutir ou se réalise par une décision arbitrale ou par un jugement. "
Le caractère cumulatif de la peine conventionnelle ressort ainsi clairement du texte de la promesse de vente. La cour cantonale a également établi qu'il s'agissait là de la volonté exprimée par les parties au notaire au moment de la signature de l'acte de vente.
6.3. La recourante soutient que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en ne retenant pas que la volonté réelle des parties était de prévoir une clause pénale alternative.
Elle s'appuie toutefois sur des extraits qui ne reflètent que partiellement le contenu des déclarations ou des courriers desquels ils sont tirés.
Il en va ainsi des deux déclarations de l'acheteur que la recourante ne reproduit que partiellement. Contrairement à ce que pense la recourante, lorsque l'acheteur indique que " le caractère cumulatif de la clause pénale reviendrait à lui remettre gratuitement la parcelle et que ce n'est pas ce qui a été voulu dans le contrat ", il ne prétend pas que le contrat prévoirait une clause pénale alternative; l'acheteur ne remet pas en question le contenu clair du contrat, mais en indiquant que ce n'est pas " ce qui a été voulu dans le contrat ", il entend dire qu'aucune des parties n'entendaient " en arriver là ", mais qu'il s'agissait de mettre la pression sur la venderesse pour qu'elle s'exécute.
L'argumentation de la recourante est donc sans consistance.
La venderesse ayant échoué à démontrer une volonté réelle de l'acheteur - donc la volonté commune des parties - allant dans le sens de sa thèse, il est superflu d'examiner les déclarations faites par la venderesse à ce sujet lors de son audition. Pour la même raison, il est inutile de revenir sur les propos tenus par les parents de la venderesse en audience.
S'agissant de l'audition du notaire, la venderesse se limite également à fournir un bref extrait (" je ne sais pas si les parties ont voulu d'un tel cumul ") qui ne donne qu'un reflet partiel de la position du notaire. Celui-ci a en effet ajouté que les explications qu'il avait données " devaient indubitablement amener les parties à comprendre [le caractère cumulatif de la clause] puisqu['il a] expliqué de manière circonstanciée que la peine était à payer même si la vente ou le transfert devait avoir lieu par jugement ". Il n'importe à cet égard qu'il ait signalé ne pas être en mesure d'apprécier ce que les parties ont ou non compris. Il demeure que celles-ci n'ont posé aucune question suite aux explications du notaire et que la recourante ne démontre pas qu'il existerait une divergence entre la volonté exprimée par les parties (établie par la cour cantonale) et leur volonté réelle.
Le fait que le notaire ait utilisé un modèle type n'est pas déterminant, le passage repris de ce modèle n'ayant pas été ignoré, ni même survolé, lors de la lecture de l'acte, mais bien expliqué aux parties.
Quant à l'avenant du 5 janvier 2006, il évoque l'hypothèse dans laquelle la venderesse voudrait renoncer à la vente (sans mentionner, comme le prétend la recourante, le fait qu'elle pourrait " choisir de se départir de la promesse de vente ". En soi, cette formulation ne permet pas d'infirmer l'existence d'une clause pénale cumulative.
Enfin, c'est en vain que la venderesse prétend que le notaire a confirmé dans un courrier que, pour se départir du contrat, il lui suffisait de payer le montant de la peine conventionnelle. Il résulte du courrier en question (daté du 31 octobre 2012, 3e par.) que le notaire s'est limité à confirmer un propos tenu par la venderesse, à savoir que, de son côté, elle était disposée à s'acquitter de la peine conventionnelle pour être libérée de l'engagement pris dans la promesse de vente. Le notaire ne donne par contre aucune autre indication susceptible de faire un lien entre cette déclaration et le contenu du précontrat et, a fortiori, de justifier une restriction des engagements pris par les parties dans l'acte notarié du 28 octobre 2005.
L'argument ne convainc donc pas et le moyen doit être rejeté.
7.
Dans un grief distinct, la recourante soutient encore que le contrat de bail à ferme est nul, aux motifs que son objet ne serait pas déterminé ni déterminable et que l'engagement pris serait excessif et, partant, violerait l'art. 27 CC.
7.1. Contrairement à la promesse de vente immobilière, dont la validité est soumise au respect de la forme authentique (art. 216 CO), le contrat de bail à ferme (art. 275 CO) est valable sans qu'il soit nécessaire de respecter une forme spéciale (art. 11 CO). L'accord des volontés peut donc être exprès, tacite ou résulter d'actes concluants.
En l'occurrence, l'accord a été valablement conclu entre les parties puisqu'il résulte des constatations cantonales que l'assiette du morcellement à opérer dans le cadre de la vente, qui correspond à l'assiette du bail, a été déterminée, à tout le moins ultérieurement, par actes concluants, entre les parties (cf. à cet égard supra consid. 3.2).
Le grief se révèle donc infondé.
7.2. S'agissant du prétendu engagement excessif, la cour cantonale a notamment retenu que la venderesse n'avait pas apporté la preuve que sa liberté économique serait supprimée ou limitée dans une mesure telle que les bases de son existence économique seraient mise en danger.
A cet égard, la recourante se borne à affirmer, de manière appellatoire, que " la Cour suprême du canton de Berne se trompe " et qu'elle " a besoin de beaucoup plus de terre que ce dont elle dispose actuellement pour pouvoir s'adonner à son activité professionnelle ", sans même prétendre que la cour précédente aurait apprécié les preuves de manière arbitraire (art. 9 Cst.) en examinant les conséquences économiques (pour la bailleresse) de la conclusion du contrat de bail à ferme, ni donner la moindre explication permettant de comprendre en quoi l'autorité cantonale aurait versé dans l'arbitraire.
Le moyen est irrecevable.
8.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties.
Lausanne, le 19 septembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget