Faits :
A.
A._, née en 1965, était employée en qualité d'aide-comptable et réceptionniste par la société B._ SA et était, à ce titre, assurée contre le risque d'accidents par AXA Winterthur (ci-après: AXA). Le 6 juin 2012, l'assurée a consulté son médecin traitant, le docteur C._, en raison de "douleurs et impotence brutale de l'épaule droite suite à un faux-mouvement en juin 2012" (cf. rapport du 13 mai 2013). En raison de la persistance des douleurs, le docteur C._ a adressé l'assurée au docteur D._, spécialiste FMH en rhumatologie et médecine interne, qui a vu l'assurée à partir du 7 septembre 2012. Il a préconisé la mise en oeuvre d'une IRM de l'épaule droite, laquelle a été réalisée le 18 septembre 2012. Dans un rapport subséquent, le professeur E._, radiologue, a conclu à une lésion myo-tendineuse grade 2 du supra-épineux et à une petite déchirure partielle de la face profonde de l'enthèse distale du supra-épineux dans sa portion antérieure. L'assurée a ensuite été adressée au docteur F._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et spécialiste de l'épaule, lequel a procédé à la réparation du tendon du sus-épineux par arthroscopie le 13 août 2013. Le 24 janvier 2014, A._ a fait parvenir à AXA une déclaration d'accident en lien avec l'incident survenu en juin 2012, plus précisément le 2 de ce mois. Elle a précisé les circonstances dans lesquelles s'était produite la lésion de son épaule droite dans un questionnaire rempli le 24 mars 2014. AXA a mandaté le docteur G._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, pour une expertise (cf. rapport du 25 avril 2014).
Par décision du 3 juillet 2014, confirmée sur opposition le 13 novembre 2014, AXA a nié le droit de l'assurée à des prestations LAA pour l'événement du 2 juin 2012, au motif qu'il ne remplissait pas les critères d'un accident et que ses suites ne constituaient pas non plus une lésion corporelle assimilée à un accident.
B.
A._ a recouru contre cette décision devant la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud en concluant à son annulation, à ce qu'AXA soit tenue de prendre en charge les suites de l'événement du 2 juin 2012 et, subsidiairement, au renvoi de la cause pour complément d'instruction. AXA a conclu au rejet du recours.
Par jugement du 29 novembre 2016, la cour cantonale a réformé la décision sur opposition du 13 novembre 2014 en ce sens que les suites de la lésion à l'épaule droite consécutives à l'événement accidentel du 2 juin 2012 sont prises en charge au titre de l'assurance-accidents.
C.
AXA forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour instruction complémentaire.
L'intimée conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. La cour cantonale et l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
2.1. Le litige porte sur le point de savoir si la recourante était fondée à nier le droit de l'intimée à des prestations d'assurance pour les troubles à l'épaule droite annoncés le 24 janvier 2014.
2.2. Le 1 er janvier 2017 est entrée en vigueur la modification du 25 septembre 2015 de la LAA. Dans la mesure où l'événement litigieux est survenu avant cette date, le droit de l'intimée aux prestations d'assurance est soumis à l'ancien droit (cf. dispositions transitoires relatives à la modification du 25 septembre 2015; RO 2016 4375). Les dispositions visées seront citées ci-après dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016.
2.3. Lorsque, comme en l'espèce, le jugement entrepris porte sur des prestations en espèces et en nature de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen étendu en ce qui concerne les faits communs aux deux types de prestations (cf. arrêt 8C_584/2009 du 2 juillet 2010 consid. 4, in SVR 2011 UV n° 1 p. 2 s.).
3.
3.1. Selon l'<ref-law>, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Le droit à des prestations découlant d'un accident assuré suppose d'abord, entre l'événement dommageable de caractère accidentel et l'atteinte à la santé, un lien de causalité naturelle. Cette exigence est remplie lorsqu'il y a lieu d'admettre que, sans cet événement accidentel, le dommage ne se serait pas produit du tout, ou qu'il ne serait pas survenu de la même manière. Pour admettre l'existence d'un lien de causalité naturelle, il n'est pas nécessaire que l'accident soit la cause unique ou immédiate de l'atteinte à la santé; il faut et il suffit que l'événement dommageable, associé éventuellement à d'autres facteurs, ait provoqué l'atteinte à la santé physique ou psychique de l'assuré, c'est-à-dire qu'il se présente comme la condition sine qua non de celle-ci. Savoir si l'événement assuré et l'atteinte à la santé sont liés par un rapport de causalité naturelle est une question de fait, que l'administration ou, le cas échéant, le juge examine en se fondant essentiellement sur des renseignements d'ordre médical, et qui doit être tranchée en se conformant à la règle du degré de vraisemblance prépondérante, appliquée généralement à l'appréciation des preuves dans l'assurance sociale. Ainsi, lorsque l'existence d'un rapport de cause à effet entre l'accident et le dommage paraît possible, mais qu'elle ne peut pas être qualifiée de probable dans le cas particulier, le droit à des prestations fondées sur l'accident assuré doit être nié (<ref-ruling> consid. 3.1 p.181; p. 402 consid. 4.3.1 p. 406; <ref-ruling> consid. 1 p. 337; <ref-ruling> consid. 1b p. 289 s. et les références).
3.2. Aux termes de l'<ref-law>, le Conseil fédéral peut inclure dans l'assurance-accidents des lésions corporelles qui sont semblables aux conséquences d'un accident. En vertu de cette délégation de compétence, il a édicté l'<ref-law>, selon lequel certaines lésions corporelles sont assimilées à un accident même si elles ne sont pas causées par un facteur extérieur de caractère extraordinaire, pour autant qu'elles ne soient pas manifestement imputables à une maladie ou à des phénomènes dégénératifs. La liste exhaustive de l'<ref-law> mentionne les déchirures de tendons (let. f).
3.3. La jurisprudence (<ref-ruling>; <ref-ruling>) a précisé les conditions d'octroi des prestations en cas de lésion corporelle assimilée à un accident. C'est ainsi qu'à l'exception du caractère "extraordinaire" de la cause extérieure, toutes les autres conditions constitutives de la notion d'accident doivent être réalisées (cf. <ref-law>). En particulier, en l'absence d'une cause extérieure - soit d'un événement similaire à un accident, externe au corps humain, susceptible d'être constaté de manière objective et qui présente une certaine importance -, fût-ce comme simple facteur déclenchant des lésions corporelles énumérées à l'<ref-law>, les troubles constatés sont à la charge de l'assurance-maladie.
L'existence d'une lésion corporelle assimilée à un accident doit ainsi être niée dans tous les cas où le facteur dommageable extérieur se confond avec l'apparition (pour la première fois) de douleurs identifiées comme étant les symptômes des lésions corporelles énumérées à l'art. 9 al. 2 let. a à h OLAA (ATF <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 469). L'exigence d'un facteur dommageable extérieur n'est pas non plus donnée lorsque l'assuré fait état de douleurs apparues pour la première fois après avoir accompli un geste de la vie courante. La notion de cause extérieure présuppose qu'un événement générant un risque de lésion accru survienne. Tel est le cas lorsque l'exercice de l'activité à la suite de laquelle l'assuré a éprouvé des douleurs incite à une prise de risque accrue, à l'instar de la pratique de nombreux sports. L'existence d'un facteur extérieur comportant un risque de lésion accru doit être admise lorsque le geste quotidien en cause équivaut à une sollicitation du corps, en particulier des membres, qui est physiologiquement plus élevée que la normale et dépasse ce qui est normalement maîtrisé du point de vue psychologique (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 329). C'est la raison pour laquelle les douleurs identifiées comme étant les symptômes de lésions corporelles au sens de celles énumérées à l'<ref-law> ne sont pas prises en considération lorsqu'elles surviennent à la suite de gestes quotidiens accomplis sans qu'interfère un phénomène extérieur reconnaissable. A eux seuls, les efforts exercés sur le squelette, les articulations, les muscles, les tendons et les ligaments ne constituent pas une cause dommageable extérieure en tant qu'elle présuppose un risque de lésion non pas extraordinaire mais à tout le moins accru en regard d'une sollicitation normale de l'organisme (<ref-ruling> consid. 4.2.2).
4.
4.1. Selon les premiers juges, la déchirure partielle de tendon objectivée lors de l'intervention du 13 août 2013 constitue une lésion corporelle assimilée à un accident au sens de l'art. 9 al. 2 let. f OLAA. Ils ont retenu que l'on se trouvait en présence d'un facteur extérieur susceptible d'avoir causé la lésion, dès lors que l'action vulnérante subie par l'assurée était clairement rattachée à l'événement du 2 juin 2012, lequel avait déclenché les symptômes ressentis. Il s'agissait par ailleurs d'un changement de position du corps brusque et incontrôlé du fait d'avoir manqué sa cible, de nature à provoquer une lésion corporelle.
4.2. La recourante conteste l'existence d'une lésion corporelle assimilée à un accident au motif que la condition du facteur extérieur n'est pas donnée en l'espèce. En tout état de cause, elle fait valoir que l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les symptômes présentés par l'intimée au niveau de son épaule droite et l'événement du 2 juin 2012 fait également défaut.
5.
5.1. Dans ses explications du 24 mars 2014 décrivant l'incident du 2 juin 2012, l'assurée a indiqué qu'elle venait de déposer des courses sur le siège passager, que la porte avant était grande ouverte et qu'elle avait pris son élan en tendant le bras droit, tout en reculant pour fermer sa portière avec force. Légèrement déséquilibrée, ses doigts avaient glissé dessus et elle avait fait le mouvement dans le vide. Elle avait ensuite ressenti une douleur à l'épaule, comme une déchirure. Selon cette description des faits, il paraît difficile de se faire une idée claire sur le mouvement de l'épaule effectué par l'assurée. Il n'est toutefois pas nécessaire de compléter l'instruction sur ce point. La question de savoir si la condition du facteur extérieur est donnée en l'espèce peut en effet demeurer ouverte pour les raisons qui vont suivre.
5.2.
5.2.1. Il n'est pas contesté en l'espèce que l'on se trouve en présence d'une lésion qui entre dans la définition d'une déchirure tendineuse assimilée à un accident au sens de l'art. 9 al. 2 let. f OLAA (cf. arrêt 8C_61/2016 du 19 décembre 2016 consid. 5.1).
5.2.2. En ce qui concerne l'existence éventuelle d'un lien de causalité naturelle entre les troubles au niveau de l'épaule droite et l'incident du 2 juin 2012, le docteur G._ est d'avis qu'il est hautement improbable que la pathologie de l'épaule droite soit en relation avec l'événement du 2 juin 2012. Il a rappelé qu'il n'y avait pas eu de chute ni de mouvement forcé de l'épaule mais que l'assurée avait fait un mouvement de rotation interne dans le vide en voulant fermer une portière de voiture. En outre, il a clairement expliqué que le muscle supra-épineux et son tendon étaient essentiellement des abducteurs de l'épaule et des rotateurs externes. Il ne voyait dès lors pas comment un mouvement de rotation interne dans le vide pouvait être susceptible de provoquer une lésion du tendon du sus-épineux.
Les premiers juges considèrent à ce propos qu'il n'est nullement établi que l'origine de la lésion puisse être de nature exclusivement maladive ou dégénérative. Ils relèvent au contraire que selon le docteur F._, qui a pratiqué l'intervention au niveau de l'épaule de l'intimée, il s'agissait d'une atteinte plutôt de type traumatique.
5.2.3. D'après une jurisprudence constante, l'assureur-accidents est tenu, au stade de la procédure administrative, de confier une expertise à un médecin indépendant, si une telle mesure se révèle nécessaire. Lorsque de telles expertises sont établies par des spécialistes reconnus, sur la base d'observations approfondies et d'investigations complètes, ainsi qu'en pleine connaissance du dossier, et que les experts aboutissent à des résultats convaincants, le juge ne saurait les écarter aussi longtemps qu'aucun indice concret ne permet de douter de leur bien-fondé (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 469 s.).
5.2.4. En l'espèce, il n'y avait pas de raison de s'écarter de l'avis du docteur G._. L'avis du docteur F._ n'est pas motivé. Celui-ci s'est contenté d'affirmer: "il est clair que l'atteinte en elle-même est plutôt de type traumatique". En utilisant l'adverbe "plutôt", ce médecin ne s'est pas prononcé de manière catégorique, mais laisse au contraire planer une incertitude sur l'existence d'un lien de causalité. C'est dès lors à tort que les premiers juges n'ont pas suivi l'avis du docteur G._.
6.
En conclusion, le recours se révèle fondé et doit être admis, ce qui conduit à l'annulation du jugement attaqué.
7.
Les frais de la procédure seront supportés par l'intimée qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, du 29 novembre 2016 est annulée et la décision sur opposition d'AXA Winterthur du 13 novembre 2014 confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 5 septembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin