Faits :
A.
Par jugement du 3 février 2016, le Tribunal des mineurs du canton de Vaud a constaté que X._, né en 1997, s'était rendu coupable de lésions corporelles simples qualifiées, vol, dommages à la propriété, faux dans les certificats, mutinerie de détenus et contravention à la LStup. Il l'a condamné à 5 mois de privation de liberté, sous déduction de 12 jours de détention avant jugement.
B.
Par jugement du 12 mai 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._, confirmant, en particulier, la peine de 5 mois de privation de liberté sous déduction de 12 jours de détention avant jugement, soit 5 jours de détention provisoire et 7 jours en consignation stricte effectués dans le cadre du placement provisionnel. La cour cantonale n'a, en revanche, pas imputé 359 jours (366 jours de placement total moins la déduction de 7 jours) de placement provisionnel en milieu fermé, dont 32 jours d'évasion.
C.
Par arrêt du 7 décembre 2016 (6B_763/2016), le Tribunal fédéral a annulé la décision du 12 mai 2016 et renvo yé la cause à la Cour d'appel pénale pour qu'elle rende une nouvelle décision relative à l'imputation de la durée du placement provisionnel de X._ sur sa peine, après avoir instruit et apprécié les conditions effectives de son placement.
D.
Statuant sur renvoi le 7 mars 2017, la Cour d'appel pénale a partiellement admis l'appel de X._. Elle a déduit de la peine de 5 mois de privation de liberté infligée à X._ 96 jours de détention avant jugement, soit 5 jours de détention provisoire subis à l'Hôtel de police, 7 jours de consignation stricte effectués dans le cadre du placement provisionnel ainsi que 84 jours correspondant au quart de la durée de son placement provisionnel au Foyer A._, dont les 32 jours d'évasion étaient soustraits. Ainsi, 238 jours de placement provisionnel en milieu fermé n'ont pas été imputés sur la peine infligée.
E.
X._ recourt en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluan t avec suite de frais et dépens, principalement, à sa réforme en ce sens que 172 jours de détention avant jugement sont imputés sur sa peine privative de liberté, qui a ainsi déjà été entièrement exécutée. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. X._ requiert, par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire.
F.
Invités à se déterminer sur le recours, la Cour d'appel pénale y a renoncé, se référant aux considérants du jugement entrepris, et le Ministère public a conclu au rejet du recours. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recourant invoque une violation des <ref-law>, 51 et 110 al. 7 CP. Il soutient que le facteur d'imputation de la durée de son placement provisionnel sur sa peine privative de liberté ne doit pas être inférieur à 50%.
1.1. Conformément à l'<ref-law>, s'il est mis fin au placement parce qu'il a atteint son objectif, la privation de liberté n'est plus exécutée (al. 2). S'il est mis fin au placement pour un autre motif, l'autorité de jugement décide si la privation de liberté doit être exécutée et dans quelle mesure elle doit l'être. En pareil cas, la durée du placement est imputée sur la privation de liberté (al. 3). Cette norme s'applique aussi au placement ordonné à titre provisionnel (<ref-ruling> consid. 2 p. 361; <ref-ruling> consid. 1.6.2 p. 11).
Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a précisé que la durée de la privation de liberté résultant de la mesure devait, en principe, être imputée sur la peine, sans égard au motif pour lequel la mesure avait pris fin. La fraction imputable de la durée de la privation de liberté résultant de l'exécution de la mesure devait être déterminée en fonction de différents facteurs englobant notamment l'importance de la privation de liberté en résultant (soit les conditions effectives d'exécution de la mesure), les perspectives d'amendement de l'intéressé ainsi que les causes de l'échec de la mesure, attendu que lorsque l'échec du placement résultait du refus de toute coopération, le mineur ne devait pas en être récompensé par une imputation intégrale de la durée de la mesure (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 364).
Dans le cas jugé par le Tribunal fédéral, le placement provisionnel du recourant avait duré près de 14 mois au total, dont 135 jours en section fermée, le reste s'étant déroulé en section semi-ouverte. La cour cantonale avait imputé quelque 40% de la durée du placement provisionnel sur la peine (la période de fugue de 98 jours étant déduite), correspondant à la totalité de la période passée en milieu fermé, alors qu'aucune imputation n'était faite pour la période passée en milieu semi-ouvert. Le Tribunal fédéral a constaté que la restriction de la liberté de mouvement était moins astreignante en régime semi-ouvert qu'en régime fermé et que par ses fugues nombreuses et souvent prolongées, le recourant avait aménagé de manière encore moins contraignante la partie de son placement en milieu semi-ouvert. L'échec de la mesure était dans l'ensemble imputable au comportement du recourant, étant souligné qu'il avait commis des infractions pénales tant alors qu'il était privé de sa liberté qu'à l'occasion de ses fugues, et le pronostic relatif à ses possibilités d'amendement se révélait plus que mitigé. Le Tribunal fédéral a considéré que compte tenu de ces circonstances, l'imputation réduite à 40% de la durée de privation de liberté résultant du placement dans son ensemble n'apparaissait procéder ni d'un abus ni d'un excès du large pouvoir d'appréciation dont disposait l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 364 s.).
1.2. En l'espèce, la cour cantonale a constaté que le régime auquel était soumis le recourant durant son placement s'apparentait à l'exécution d'une peine privative de liberté au sens de l'<ref-law>. En effet, il ressortait du rapport du foyer d'éducation que la liberté de mouvement du recourant durant son placement était quasi nulle, qu'il n'avait bénéficié que d'une sortie sur le domaine du foyer, accompagnée d'un éducateur, et qu'il avait pu profiter d'un demi-jour de congé. A l'intérieur du foyer, la liberté de mouvement du recourant consistait pour l'essentiel à se déplacer du groupe d'habitation à l'atelier ou à la salle de fitness. Il avait en outre une heure de sortie par jour dans la cour du bâtiment de la section fermée. Il ne pouvait recevoir qu'une visite par mois. Les effets personnels autorisés étaient les habits, les livres, de quoi écrire, les journaux, les appareils radio, des CD et le nécessaire de toilette.
La cour cantonale a par ailleurs retenu que le placement prononcé à titre provisionnel avait échoué car le recourant n'était pas preneur de la mesure, qu'il n'avançait pas dans la construction de projets d'avenir et qu'il peinait à prendre ses responsabilités et à respecter les règles de base. En outre, les faits les plus graves retenus dans le jugement du Tribunal des mineurs du 3 février 2016, soit l'évasion violente, perpétrée par le recourant en compagnie de quatre autres résidents et à la suite de laquelle un agent de sécurité et une éducatrice avaient été blessés, s'étaient déroulés dans le strict cadre du placement concerné, et ce après huit mois de mesure. Les perspectives d'amendement de l'intéressé étaient mauvaises, celui-ci ayant agi avec sang-froid, et n'ayant montré aucun regret ni compassion envers ses victimes. Il était fermé et aucune relation émotionnelle, telle que la confiance ou la fiabilité, n'avait pu être entretenue avec lui. Il n'acceptait pas les critiques, devenait rapidement agressif et les discussions objectives avec lui étaient impossibles. Il avait en outre des comportements sexuels inadéquats avec les plus jeunes.
Dans ces circonstances, la cour cantonale a considéré qu'il était adéquat de tenir compte d'un facteur de réduction de la durée du placement provisionnel exécuté par le recourant de trois quart. Ainsi, il convenait d'imputer un quart de la durée de la mesure sur la peine privative de liberté de 5 mois prononcée par le Tribunal des mineurs.
1.3. S'agissant de déterminer la fraction imputable du placement provisionnel sur la peine privative de liberté, il n'apparaît pas que la cour cantonale ait tenu compte de critères non-pertinents ou qu'elle en ait omis, ce que le recourant ne prétend du reste pas. Seule demeure ainsi la question de savoir si, compte tenu des circonstances d'espèce, la cour cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation en n'imputant sur la peine que 25% de la durée totale du placement, étant précisé que la période que le recourant a passée en dehors du foyer à la suite de son évasion a d'ores et déjà été soustraite de la durée du placement pris en compte.
1.3.1. La cour cantonale a constaté que le régime auquel était soumis le recourant durant son placement s'apparentait à l'exécution d'une peine privative de liberté au sens de l'<ref-law>. Le recourant a donc déjà été privé de sa liberté comme il le serait en exécutant sa peine, et cela pendant une durée nettement supérieure, puisque son placement a duré 334 jours (hors période d'évasion) alors qu'il a été condamné à une peine privative de liberté de 5 mois. Si l'intensité de la privation de liberté subie plaide ainsi en faveur d'une imputation intégrale du placement provisionnel sur la peine, le comportement du recourant, qui a causé l'échec du placement et conduit à poser un mauvais pronostic quant à ses perspectives d'amendement, justifie cependant que l'imputation ne soit pas complète.
1.3.2. L'évasion violente du recourant constitue un élément particulièrement négatif. Cela étant, la peine privative de liberté infligée au recourant se fonde essentiellement sur les infractions commises dans le cadre de cette évasion. S'il s'agit de tenir compte de cet événement pour apprécier la cause de l'échec du placement et les perspectives d'amendement, il faut également veiller à ne pas lui attribuer un poids excessif dans le cadre de la réduction de l'imputation, sauf à pénaliser doublement le recourant (sous l'angle de la peine et sous l'angle de l'imputation du placement) pour le même motif.
1.3.3. Compte tenu du principe de l'imputation de la durée du placement sur la peine et considérant que l'intensité de la privation de liberté découlant du placement était similaire à celle subie lors de l'exécution d'une peine privative de liberté, les deux autres critères pertinents (cause de l'échec du placement et perspectives d'amendement) ne devaient pas conduire à réduire de trois quart la fraction imputable du placement sur la peine. En juger autrement revient à accorder une pondération supérieure à la moitié aux critères découlant du comportement du recourant. Or c'est la privation de liberté, et non le - bon - comportement de l'auteur qui fonde le principe de l'imputation. A cet égard, il y a lieu d'observer que dans l'affaire ayant fait l'objet de l'<ref-ruling> précité, la totalité du placement en milieu fermé avait été déduit alors même que les autres critères (cause de l'échec du placement et perspectives d'amendement) étaient défavorables. Enfin, quoi qu'en dise le Ministère public, un facteur d'imputation de 50% tel que réclamé par le recourant ne constitue pas de facto une récompense qui reviendrait à exempter le recourant de toute peine; en effet, ce dernier a été privé de sa liberté pendant une durée largement supérieure à la peine infligée, sans qu'il ne puisse pour autant se plaindre d'une détention injustifiée.
1.3.4. Il s'ensuit qu'en ne déduisant de la peine qu'un quart de la durée du placement provisionnel en milieu fermé, la cour cantonale a tenu compte de manière manifestement insuffisante du caractère complet de la privation de liberté et vidé de sa substance le principe de l'imputation.
1.4. Partant, il convient d'admettre le recours en tant qu'il conteste la déduction de 96 jours de détention avant jugement sur la peine infligée. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Le recourant, qui obtient gain de cause, ne supportera pas de frais. Le canton de Vaud n'a pas non plus à en supporter (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant a droit à des dépens à la charge du canton. Cela rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera au conseil du recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 21 septembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy