Faits :
A.
Par ordonnance pénale du 1er septembre 2015, le Service des contraventions (ci-après: SdC) de la République et canton de Genève a condamné X._ pour contraventions à la loi fédérale du 20 juin 1997 sur les armes, les accessoires d'armes et les munitions sur les armes (LArm; RS 514.54) à une amende de 1'000 fr., émoluments de 500 fr. en sus, et a ordonné le séquestre ainsi que la confiscation (<ref-law>) d'armes et de munitions.
A teneur de l'ordonnance pénale, celle-ci pouvait faire l'objet d'une opposition dans un délai de 10 jours à adresser au SdC; si aucune opposition n'était valablement formée, l'ordonnance pénale était assimilée à un jugement entré en force (<ref-law>). Par ailleurs, à teneur de l'ordonnance pénale, la décision de séquestre pouvait faire l'objet d'un recours auprès de la Chambre pénale de recours (ci-après: CPR), dans un délai de 10 jours à compter de sa notification (<ref-law>).
B.
Par acte du 14 septembre 2015, X._ a formé recours contre cette ordonnance auprès de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise, concluant notamment, à titre préalable, à l'octroi de l'effet suspensif et, principalement, à la constatation qu'il n'y avait pas lieu de séquestrer et de confisquer les armes saisies le 13 mai 2015 et en ordonner la restitution.
Par ordonnance du 15 septembre 2015, la direction de la procédure a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours dans les limites de sa compétence circonscrite à la mesure de séquestre des biens.
Par lettre du 17 septembre 2015, X._ a déclaré, après avoir pris connaissance de l'ordonnance précitée, qu'il avait réalisé que l'acte qu'il entendait principalement contester était la confiscation prononcée dans l'ordonnance pénale; il y avait donc lieu de considérer que son recours était en réalité une opposition à l'ordonnance pénale adressée à une autorité incompétente à qui il incombait de le transmettre au SdC.
C.
Par arrêt du 23 septembre 2015, la cour cantonale a pris acte du retrait du recours et a rayé la cause du rôle, les frais de procédure étant mis à la charge du recourant. Elle a refusé pour le surplus de transmettre d'office le recours au SdC considérant que l'<ref-law> n'était pas applicable au cas d'espèce.
D.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut en substance, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué, en ce sens qu'il soit pris acte de ce qu'il n'a pas retiré son recours, mais qu'il a demandé à ce que son écriture du 14 septembre soit qualifiée d' "opposition" à l'ordonnance pénale et soit transmise au SdC en application de l'<ref-law>.

Considérant en droit :
1.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que son recours portait uniquement sur la décision de séquestre et ne constituait pas une opposition à l'ordonnance pénale en tant qu'elle visait la confiscation des armes et autres accessoires. Il invoque une violation de l'<ref-law>.
1.1. Le recours est ouvert contre une décision de séquestre ordonnée en vue de confiscation par le Ministère public (art. 263 al. 1 let. d et 393 al. 1 let. a CPP).
En revanche, le recours n'est pas ouvert contre une décision de confiscation, qu'elle soit prise à l'occasion d'une ordonnance pénale (art. 353 al. 1 let. h CPP et <ref-law>) ou pour elle-même (<ref-law> et 377 al. 4 CPP). Dans cette configuration, la décision portant sur la confiscation doit être contestée par la voie de l'opposition.
1.2. Conformément à l'<ref-law>, le délai de recours est réputé observé si l'acte de recours parvient au plus tard le dernier jour du délai à une autorité suisse non compétente. Celle-ci transmet alors l'écrit à l'autorité pénale compétente.
Cette norme qui concrétise le principe selon lequel les délais sont considérés comme respectés si une partie dépose un acte en temps voulu auprès d'une autorité incompétente, a été reconnu par le Tribunal fédéral comme principe général de procédure découlant des règles de la bonne foi valant pour tous les domaines du droit (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 641 s.; <ref-ruling> consid. 1d p. 95 s.; <ref-ruling> consid. 3c p. 243 s.; cf. par exemple pour la procédure administrative fédérale, art. 21 al. 2 en relation avec l'art. 8 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021], ainsi que pour la procédure devant le Tribunal fédéral, <ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 517). Ce principe permet d'éviter tout formalisme excessif et concrétise celui de l'interdiction du déni de justice (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 641 s.). Pour trouver application, ce principe suppose que la saisine de l'autorité incompétente soit le résultat des doutes que la partie peut éprouver sur l'autorité compétente ou de fausses indications sur les voies de droit ou d'indications peu claires (arrêt 2C_610/2010 du 21 janvier 2011 consid. 2.5 et références citées s'agissant en particulier de l'application de l'<ref-law>; arrêt 2C_98/2008 du 12 mars 2008 consid. 2.3). La jurisprudence a encore précisé que, de manière générale, ce principe ne saurait être invoqué par la partie qui s'adresse à une autorité qu'elle sait être incompétente (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 641 s.; arrêt 1B_39/2016 du 29 mars 2016 consid. 2.2; arrêt 2C_824/2014 du 22 mai 2015 consid. 6.2).
1.3. En l'occurrence, le SdC a notifié au recourant tant l'ordonnance pénale et de confiscation que la décision de séquestre le même jour avec indication des voies de droit et délais respectifs pour contester chacune des décisions. Le recourant ne prétend pas avoir éprouvé des doutes sur l'autorité compétente ou avoir été induit en erreur sur les voies de droit indiquées. Il ne saurait ainsi se prévaloir d'une violation des règles de la bonne foi sous cet angle.
La CPR, saisie d'un recours dirigé contre une mesure de séquestre dûment ordonnée, était fondée à se considérer compétente pour le traiter. La seule circonstance que le recourant, dans son recours cantonal, évoque à plusieurs reprises le terme confiscation ou ordonnance ne permet pas de considérer qu'il s'est adressé à la mauvaise autorité pour connaître en réalité d'une opposition à l'ordonnance de confiscation et que cette erreur était reconnaissable pour l'autorité. En outre, l'argumentation pour contester la mesure de séquestre qui préfigure la décision de confiscation se confond pour l'essentiel avec celle pour contester la confiscation. La CPR ne pouvait donc pas inférer des motifs avancés par le recourant pour expliquer que la confiscation n'était pas justifiée, qu'il ne contestait en réalité pas la décision de séquestre mais seulement la confiscation.
Le recourant ne saurait par son courrier du 17 septembre 2015 exposer rétrospectivement en quoi il fallait considérer que son recours devait être interprété comme une opposition à adresser au SdC.
En tant que le recourant indique à deux reprises dans son mémoire de recours auprès du Tribunal fédéral qu'il souhaitait contester l'ordonnance pénale dans son intégralité (mémoire de recours, B.1.1 p. 9, B.3.2 p. 16), il suggère qu'il a intentionnellement saisi la CPR (compétente en matière de séquestre) et, partant, omis de saisir le SdC (confiscation). Ce faisant, il ne prétend pas qu'il aurait saisi une autorité incompétente au sens de l'<ref-law>, de sorte qu'il ne saurait rien déduire en sa faveur de cette disposition, laquelle ne vise pas à pallier l'omission d'user d'une voie de droit. Dans ces circonstances, reconnaître que la CPR était tenue de transmettre d'office le " recours " au SdC pour les questions relevant de sa compétence, tout en statuant sur la question du séquestre, reviendrait à permettre au recourant de faire l'économie d'un acte de procédure, alors même que les différentes voies de droit étaient correctement indiquées.
En cela notamment, la présente affaire diverge de l'arrêt 6B_764/2010 du 14 avril 2011 cité par le recourant, lequel traite d'ailleurs d'une opposition à ordonnance pénale, intitulée " lettre d'opposition ", adressée par un justiciable non représenté à la bonne autorité, dans le respect du délai d'opposition.
1.4. Dans la mesure où le recourant n'a pas formé opposition dans le délai de 10 jours suivant la notification de l'ordonnance pénale (<ref-law>) et ne peut être mis au bénéfice de l'<ref-law>, les art. 29a, 30 Cst. et 6 CEDH, relatifs aux garanties procédurales ne lui sont d'aucun secours.
2.
Le recourant s'en prend à l'arrêt cantonal en tant qu'il prend acte du retrait de son recours cantonal et raie la cause du rôle.
2.1. Selon l'<ref-law>, quiconque a interjeté un recours peut le retirer. Selon la jurisprudence, le retrait d'un moyen de droit doit intervenir de manière claire, expresse et inconditionnelle (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 270; <ref-ruling> consid. 1b p. 38 et références citées).
2.2. La cour cantonale a considéré que le courrier du 17 septembre 2015 du recourant ne pouvait s'interpréter que comme un retrait, dès lors qu'il affirmait en substance que son recours était en réalité une opposition à traiter comme telle par le SdC, même si l'intitulé de l'écriture n'était pas adéquat.
2.3. A teneur de son courrier du 17 septembre 2015 (<ref-law>), le recourant suggère qu'il entendait uniquement contester la confiscation par le biais d'une opposition. Il affirme qu'à la suite de l'ordonnance de la direction de la procédure du 15 septembre 2015, il a constaté qu'il s'était adressé à une autorité incompétente. Dans ces circonstances, la cour cantonale pouvait considérer, sans violation du droit fédéral, que le recourant avait manifesté de manière claire, expresse et inconditionnelle sa volonté de retirer son recours s'agissant du séquestre. D'ailleurs, devant le Tribunal fédéral, le recourant ne conclut pas à ce que la CPR statue sur la question du séquestre. En réalité, le seul grief du recourant dirigé contre la constatation du retrait de son recours cantonal sur la question du séquestre vise à sauvegarder le délai d'opposition à l'ordonnance pénale, dans la perspective de bénéficier de la transmission de son recours à l'autorité compétente au sens de l'<ref-law>.
3.
En définitive, le recours doit être rejeté. Le recourant, qui succombe, supporte les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 28 juillet 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke