Sachverhalt:
A.
A._ (1978; Algerier) heiratete am 9. Mai 2011 eine Schweizerin, weshalb er in der Folge eine Aufenthaltsbewilligung erhielt. Ende 2014/anfangs 2015 wurde die eheliche Gemeinschaft aufgegeben. Am 27. November 2015 verweigerte das Migrationsamt des Kantons Zürich A._ den weiteren Aufenthalt und wies ihn aus der Schweiz weg. Den dagegen gerichteten Rekurs wies die Rekursabteilung der Sicherheitsdirektion am 14. März 2016 ab.
B.
Gegen den Entscheid der Sicherheitsdirektion erhob A._ am "10.04.2016" (Poststempel 30. März 2016) Beschwerde an das kantonale Verwaltungsgericht. Weil die Beschwerdeschrift nicht unterzeichnet war und die einzelnen Seiten wörtlich aus der Rekursschrift übernommen und lediglich anders angeordnet worden waren, setzte der Abteilungspräsident mit Verfügung vom 6. April 2016 ihm eine Frist bis 2. Mai 2016, um die Beschwerde zu verbessern, ansonsten darauf nicht eingetreten würde. Am 27. April 2016 reichte A._ beim Verwaltungsgericht eine originalunterzeichnete Beschwerde vom 18. April 2016 ein. Dieses trat mit Verfügung vom 3. Mai 2016 nicht darauf ein, da A._ auch bei der "verbesserten" Beschwerde die einzelnen Seiten wörtlich aus der Rekursschrift übernommen und lediglich anders angeordnet hatte.
C.
Vor Bundesgericht beantragt A._, die Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Mai 2016 aufzuheben, die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren.
Das Bundesgericht hat die Akten eingeholt.
D.
Mit Verfügung vom 22. Juni 2016 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten des hierzu legitimierten Beschwerdeführers ist einzutreten, da er gestützt auf seine aufgelöste Ehe mit einer Schweizerin einen Bewilligungsanspruch nach Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG in vertretbarer Weise geltend macht, was auch für einen Nichteintretensentscheid in derselben Sache gilt (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 373), und auch die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind (Art. 42, 82 lit. a, Art. 83 lit. c Ziff. 2 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 und 100 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 332). Streitgegenstand bildet nur die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht auf das Rechtsmittel nicht eingetreten ist.
Nicht zu berücksichtigen sind die vor Bundesgericht eingereichten echten Noven (<ref-law>).
2.
2.1. Das Verwaltungsgericht hat festgestellt, dass die bei ihr eingereichte Beschwerdebegründung sich nur in unwesentlichen Punkten von derjenigen unterscheide, welche der Beschwerdeführer bei der Sicherheitsdirektion eingereicht habe. Es handle sich wortwörtlich um dieselben Passagen, welche lediglich anders gegliedert seien. Eine Auseinandersetzung mit dem Entscheid der Sicherheitsdirektion habe nicht stattgefunden. Die Vorinstanz trat nicht auf die Beschwerde ein. Denn gestützt auf § 54 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes (VRG) vom 24. Mai 1959 (SR ZH 175.2) müsse die Beschwerdeschrift einen Antrag und dessen Begründung enthalten. Dabei sei darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem Rechtsmangel leide. Dies setze voraus, dass sich die Beschwerde substanziiert mit den massgeblichen Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetze, was von vorneherein nicht möglich sei, wenn die in der Rekursschrift vorgebrachten Rügen wörtlich wiederholt würden.
2.2. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte auf sein Rechtsmittel eintreten müssen. Denn die Beschwerdeschrift mit seinen handschriftlichen Ergänzungen würden die wesentlichsten Gründe in Auseinandersetzung mit dem vorinstanzlichen Entscheid nennen. § 54 VRG sei nicht so restriktiv wie <ref-law>. Sodann gelte nach § 60 VRG der Untersuchungsgrundsatz. Insgesamt seien die Ausführungen genügend, da er der deutschen Sprache nicht mächtig sei und sich keinen Anwalt habe leisten können.
2.3. Die Überprüfung der Anwendung und Auslegung der kantonalen Verfahrensbestimmungen durch das Bundesgericht ist nur zulässig, wenn sie zugleich eine Bundesrechtsverletzung darstellt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 41).
Diesbezüglich wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz überspitzten Formalismus vor, was eine Verletzung des bundesrechtlichen Anspruchs auf gleiche und gerechte Behandlung (<ref-law>) darstellen würde. Daneben macht er eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) geltend. Prozessuale Formen sind unerlässlich, um die ordnungsgemässe Abwicklung des Verfahrens sowie die Durchsetzung des materiellen Rechts zu gewährleisten. Eingaben an Behörden, vor allem Rechtsmittelschriften, haben daher im Allgemeinen bestimmten formellen Anforderungen zu genügen: Es soll aus ihnen hervorgehen, dass und weshalb der Rechtssuchende einen Entscheid anficht und inwieweit dieser geändert oder aufgehoben werden soll. Wird daher die Gültigkeit eines Rechtsmittels kraft ausdrücklicher gesetzlicher Bestimmung davon abhängig gemacht, dass es eine minimale Begründung enthält, so liegt darin weder eine Verweigerung des Anspruchs auf rechtliches Gehör noch kann darin ein überspitzter Formalismus gesehen werden (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 248; Urteil 2C_286/2017 vom 29. Mai 2017 E. 3.2).
Im vorliegenden Fall enthält der Entscheid der Sicherheitsdirektion eine dem rechtlichen Gehör genügende Begründung. Dem Beschwerdeführer waren deshalb die zum Entscheid führenden wesentlichen Überlegungen bekannt, um sich damit entsprechend auseinander zu setzen. Es ist den dargelegten Grundsätzen zufolge weder überspitzt formalistisch noch wird dadurch der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, wenn die Vorinstanz im Einklang mit den anwendbaren kantonalen Verfahrensbestimmungen auf das Rechtsmittel mangels genügender Begründung nicht eintritt. Das Bundesgericht hat dies zuletzt mit Bezug auf § 54 VRG im Urteil 2C_286/2017 vom 29. Mai 2017 festgehalten (siehe zuvor bereits Urteil 2C_221/2016 vom 21. März 2016).
2.4. In den beiden genannten Fällen waren die Beschwerdeführer durch Rechtsanwälte bzw. juristische Fachpersonen vertreten worden. Der Beschwerdeführer macht nun geltend, diese Rechtsprechung liesse sich nicht auf ihn übertragen, da er nicht vertreten gewesen und der deutschen Sprache kaum mächtig sei.
Warum dies so sein soll, führt der Beschwerdeführer nicht näher aus. § 54 VRG macht keinen Unterschied zwischen vertretenen und nicht vertretenen Beschwerdeführern bzw. Beschwerdeführerinnen - wie im Übrigen auch <ref-law>. Jedenfalls ist im konkreten Fall keine Verletzung des Verbots des überspitzten Formalismus nach <ref-law> ersichtlich, nachdem die Vorinstanz dem Beschwerdeführer mit Schreiben vom 7. April 2016 eine Nachfrist bis 2. Mai 2016 setzte, um die Beschwerde erstens zu unterzeichnen und zweitens zu verbessern. Die Vorinstanz machte bereits in diesem Schreiben ausdrücklich darauf aufmerksam, dass die Beschwerdeschrift beinahe eine wörtliche Kopie der Beschwerdeschrift an die Sicherheitsdirektion darstelle und dies entsprechend § 54 VRG nicht zulässig sei. Sie drohte auch an, dass auf die Beschwerde nicht eingetreten werde, wenn der Beschwerdeführer "bis 2. Mai 2016 keine Beschwerdeschrift einreicht, die eigenhändig unterzeichnet ist und sich substanziiert mit der Begründung des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt".
2.5. Der Beschwerdeführer macht ferner geltend, dass ihm ein Rechtsvertreter hätte beigestellt werden müssen, dem Richter komme in diesem Fall eine Fürsorge- und Aufklärungspflicht zu. Will der Beschwerdeführer damit eine notwendige Verbeiständung sowie eine Fürsorge- und Aufklärungspflicht für das vorliegende Verfahren reklamieren, so ist darauf hinzuweisen, dass diese nur für bestimmte Strafverfahren vorgesehen sind (vgl. Art. 31 und 32 BV; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 167; <ref-ruling> E. 4.2 S. 361). Hier handelt es sich indes um ein Verwaltungsverfahren. Gründe für eine Ausdehnung dieses Rechtsinstituts auf Verwaltungsverfahren werden keine genannt und sind nicht ersichtlich. Auch aus <ref-law> ergibt sich zudem kein Anspruch auf eine notwendige Verbeiständung (vgl. <ref-ruling>; <ref-ruling>). Will der Beschwerdeführer damit hingegen zum Ausdruck bringen, dass er infolge der mangelnden Sprachkenntnisse nicht postulationsfähig und ihm deshalb ein Rechtsvertreter beizustellen gewesen wäre (allgemeiner Rechtsgrundsatz aus <ref-law> abgeleitet [Urteil 2E_2/2013 vom 30. Oktober 2014 E. 5.4.3]), so kann er daraus ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten: Dem Gericht muss sich die Situation als offensichtlich präsentieren. Indem der Beschwerdeführer eine an sich verständliche Beschwerdebegründung einreichte, deren Mangel einzig darin lag, dass sie mit der Eingabe beim Sicherheitsdepartement beinahe identisch war, musste die Vorinstanz eine fehlende Postulationsfähigkeit nicht in Betracht ziehen. Kommt hinzu, dass das Bundesgericht im Rahmen von <ref-law> nicht von einer offensichtlichen Postulationsunfähigkeit ausgegangen ist, wenn die beschwerdeführende Person der deutschen Sprache nicht mächtig ist (Urteil 6P.95/2002 vom 2. Juni 2003 E. 9.3 i.f.).
2.6. Schliesslich liegt im vorinstanzlichen Verfahren auch keine Verletzung des Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege und unentgeltliche Verbeiständung nach <ref-law> vor. Die Unentgeltlichkeit verlangt, dass u.a. die Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheinen. Zwar setzt sich der Beschwerdeführer mit dem vorinstanzlichen Urteil nicht auseinander, weshalb sich daraus auch nicht die Nichtaussichtslosigkeit beurteilen lässt. In Konstellationen wie der vorliegenden, in welchen der Beschwerdeführer "zur Wahrung seiner Rechte" (<ref-law>) aufgrund seiner Sprachkenntnisse (vgl. <ref-ruling> E. 2b/cc S. 147) auf einen Rechtsbeistand angewiesen wäre, muss die Vorinstanz neben den Eingaben auch den Entscheid der Sicherheitsdirektion berücksichtigen, um sich in die Lage zu versetzen, die Nichtaussichtslosigkeit der Rechtsbegehren beurteilen zu können. Ob die Ablehnung des Begehrens durch die Vorinstanz wegen Aussichtslosigkeit auf einer Hauptsachenprognose beruht oder - was unzulässig wäre - lediglich darauf, dass die Rechtsschrift als ungenügend betrachtet wurde, ergibt sich nicht aus dem vorinstanzlichen Entscheid. Eine Durchsicht des Entscheides der Sicherheitsdirektion zusammen mit dem Rechtsstandpunkt, den der Beschwerdeführer vor dieser vorgetragen und vor Verwaltungsgericht bloss wiederholt hat, ergibt jedoch, dass ohne Verfassungsverletzung die Erfolgsaussichten einer Beschwerde in der Hauptsache als bescheiden betrachtet werden durften und folglich die unentgeltliche Rechtspflege nicht geboten war.
3.
Demnach erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>), da seinem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege vor Bundesgericht infolge Aussichtslosigkeit nicht zu entsprechen ist (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. August 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Errass