Faits :
A.
A.X._, né en 1951, exploite en raison individuelle un cabinet de médecine dentaire et d'orthodontie dans le canton de Vaud. Son épouse, B.X._, née en 1950, y a été employée entre 2007 et 2009, ainsi que deux autres personnes, nées en 1970 et 1973. Depuis 2001, A.X._, comme indépendant assuré à titre facultatif, et son épouse sont affiliés à la Fondation C._.
Le 13 décembre 2007, A.X._ a conclu un contrat avec la fondation D._ (ci-après: l'institution de prévoyance) dont le but statutaire est notamment la prévoyance professionnelle hors obligatoire pour les employeurs et les employés, ainsi que leur proches et leurs survivants, contre les risques de la vieillesse, de l'invalidité et du décès. Ce contrat et le plan de prévoyance qui y était annexé ont pris effet au 1 er décembre 2007. Selon ce dernier, les personnes assurées sont tous les employés assujettis à la LPP du cabinet médical de A.X._, âgés de plus de 45 ans. Dès 2010, l'âge d'entrée dans le plan de prévoyance a été ramené à 35 ans.
B.
Le 1 er décembre 2008, les époux X._ ont déposé leur déclaration d'impôt pour l'année fiscale 2007. Ils ont notamment fait valoir comme déductions des rachats d'années d'assurance auprès de l'institution de prévoyance pour des montants de 200'000 fr. pour A.X._, respectivement 100'000 fr. pour B.X._. Le 27 août 2009, l'Office d'impôt compétent a taxé les époux X._ pour la période fiscale 2007 en refusant de prendre en compte la déduction opérée par les intéressés au titre des rachats d'assurances auprès de l'institution de prévoyance. Le 25 septembre 2009, les époux X._ ont élevé réclamation contre la décision de taxation 2007.
Le 23 novembre 2009, les intéressés ont déposé leur déclaration d'impôt pour l'année fiscale 2008, faisant en particulier valoir un montant de 200'000 fr. de déductions de rachats de deuxième pilier auprès de l'institution de prévoyance pour A.X._ (dont une moitié dans la comptabilité de l'activité d'indépendant). Le 13 juillet 2012, l'Office d'impôt compétent a taxé les époux X._ pour la période fiscale 2008. Pour cette année également, cet office n'a pas pris en compte la déduction précitée. Le 9 août 2012, les époux X._ ont élevé réclamation contre la décision de taxation 2008.
Le 28 décembre 2010, les intéressés ont déposé leur déclaration d'impôt pour l'année fiscale 2009, faisant notamment valoir comme déductions des rachats d'années d'assurance auprès de l'institution de prévoyance pour un montant de 375'000 fr. pour A.X._ (dont une moitié dans la comptabilité de l'activité d'indépendant) et de 25'000 fr. pour B.X._. Le 12 octobre 2012, l'Office d'impôt compétent a taxé les époux X._ pour la période fiscale 2009 en refusant les déductions de 400'000 fr. opérées par les intéressés. Le 9 novembre 2012, les époux X._ ont élevé réclamation contre la décision de taxation 2009.
Le 23 septembre 2015, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a rejeté les réclamations des 25 septembre 2009, 9 août et 9 novembre 2012, confirmant que les montants correspondant aux rachats d'années de prévoyance professionnelle selon le plan de prévoyance ne pouvaient être déduits du revenu des contribuables. Elle a ainsi arrêté le revenu imposable à 440'600 fr. et la fortune imposable à 3'474'000 fr. pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) 2007, ainsi que le revenu imposable à 443'900 fr. pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) 2007. Relativement à la période 2008, elle a fixé le revenu imposable à 415'800 fr. et la fortune imposable à 3'703'000 fr. pour l'ICC et le revenu imposable à 415'500 fr. pour l'IFD. Finalement, pour la période 2009, l'Administration cantonale a arrêté le revenu imposable à 417'800 fr. et la fortune imposable à 4'570'000 fr. pour l'ICC, ainsi que le revenu imposable à 417'200 fr. pour l'IFD. Les contribuables ont contesté ce prononcé auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal).
Par arrêt du 29 juin 2016, le Tribunal cantonal a rejeté le recours de A.X._ et B.X._. Il a jugé en bref que pour les années fiscales 2007 à 2009, les époux ne pouvaient pas faire valoir les déductions pour rachats d'années de prévoyance professionnelle selon le plan de prévoyance annexé au contrat d'affiliation du 13 décembre 2007, ce plan n'étant pas conforme au principe de la collectivité, mais représentant une mesure de prévoyance individuelle pour laquelle la déduction des rachats n'est pas possible.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 29 juin 2016 du Tribunal cantonal et d'admettre les déductions des rachats effectués auprès de leur institution de prévoyance professionnelle pour les périodes fiscales 2007, 2008 et 2009; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils se plaignent de violation du droit fédéral et en particulier d'établissement inexact des faits et de violation de leur droit d'être entendus.
Sans prendre de conclusions, le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué. L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, les époux X._ ont confirmé leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal cantonal a rendu un seul arrêt valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport aux cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_745/2016), l'autre l'IFD (2C_748/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. <ref-law> [RS 642.11], art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.). Le recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>) par les contribuables destinataires de l'acte attaqué (<ref-law>), de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
3.
Sans citer l'<ref-law>, les recourants se plaignent en premier lieu d'une constatation manifestement inexacte des faits par le Tribunal cantonal. Plus loin dans leur recours, mais en reproduisant leur motivation à l'identique, ils invoquent également une violation de leur droit d'être entendus.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 450). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 298 s. et les références citées).
3.2. Les recourants reprochent au Tribunal cantonal de ne pas avoir pris en compte un rapport d'expert rédigé le 30 juin 2010, selon lequel le principe de la collectivité prévu à l'art. 1c de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1) était respecté par le plan de prévoyance en cause, l'appartenance étant réglementée selon des critères objectifs (salaire et âge).
Contrairement à l'avis des recourants, ne pas avoir tenu compte des conclusions de ce rapport dans la présente cause ne saurait consister en un établissement inexact des faits, dès lors que la question qui y est traitée n'est pas une question de fait, mais une question de droit, en l'occurrence l'existence ou non de l'une des conditions posées au financement et à la mise en oeuvre de la prévoyance obligatoire et surobligatoire et, partant, à la déductibilité fiscale des rachats. Il n'est pas non plus question de violation du droit d'être entendu, puisque ce rapport ne constitue pas une preuve pertinente, mais un avis de droit. Au demeurant, si le Tribunal cantonal n'a pas expressément cité le rapport du 30 juin 2010 dans son arrêt, il a tout de même fait référence à une prise de position du 23 mars 2012 de l'Autorité de surveillance en matière de prévoyance professionnelle et de surveillance des fondations de la Suisse centrale allant dans le même sens et également produit par les recourants. Il a justement expliqué que cet avis de droit ne le liait pas.
3.3. Sur le vu de ce qui précède, les griefs de violation du droit d'être entendu et de constatation inexacte des faits doivent être écartés.
4.
Il ressort de l'arrêt entrepris que pour les trois périodes fiscales en cause, c'est-à-dire les années 2007, 2008 et 2009, le Tribunal cantonal a confirmé le refus de déduire les contributions volontaires effectuées par les recourants en faveur de l'institution de prévoyance auprès de laquelle le recourant a conclu un contrat d'affiliation le 13 décembre 2007. L'autorité précédente a estimé que le plan de prévoyance ne respectait pas le principe de la collectivité, mais était taillé sur mesure pour les recourants. Ceux-ci estiment quant à eux que le plan de prévoyance respecte le principe de la collectivité et que les rachats effectués durant les trois années en cause doivent être déductibles de leur revenus.
Le litige porte donc sur le point de savoir si les recourants peuvent déduire les contributions volontaires versées à l'institution de prévoyance, respectivement si le plan de prévoyance établi le 13 décembre 2007 respecte le principe de la collectivité.
I. Impôt fédéral direct
5.
5.1. Aux termes de l'<ref-law>, le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a LIFD.
Selon l'art. 27 al. 1 et 2 let. c LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel, dont notamment les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue. Pour sa part, l'art. 33 al. 1 let. d LIFD dispose que sont déduits du revenu les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l'assurance-vieillesse et survivants, à l'assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle.
L'art. 27 al. 2 let. c LIFD concerne la "part employeur" que l'indépendant verse pour lui et ses employés selon le plan de prévoyance, alors que l'art. 33 al. 1 let. d LIFD a trait aux versements de la "part employé" (cf. GLADYS LAFFELY MAILLARD, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Yersin/Noël [éd.], 2008, n° 40 ad <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, n° 52 ad <ref-law>). En rapport avec l'art. 27 al. 2 let. c LIFD, l'<ref-law> prévoit d'ailleurs que les cotisations versées par les employeurs aux institutions de prévoyance et les contributions destinées aux réserves de cotisations d'employeur de même que celles qui sont prévues à l'<ref-law> sont considérées comme des charges d'exploitation en matière d'impôts directs perçus par la Confédération, les cantons et les communes. En rapport avec l'art. 33 al. 1 let. d LIFD, l'<ref-law> dispose quant à lui que les cotisations que les salariés et les indépendants versent à des institutions de prévoyance, conformément à la loi ou aux dispositions réglementaires, sont déductibles en matière d'impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes (cf. JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, in LPP et LFLP, Schneider/ Geiser/Gächter [éd.], 2010, n° 3 et 11 ad <ref-law>; ISABELLE VETTER-SCHREIBER, BVG FZG Kommentar, 3e éd. 2013, n° 2 ad <ref-law>).
5.2. Dans la mesure où les statuts ou les règlements de l'institution de prévoyance le prévoient expressément, l'employeur peut verser, en sus des contributions ordinaires au fonds de prévoyance, des contributions extraordinaires uniques dans le but de racheter des années de cotisation des employés ou afin d'alimenter un fonds de réserve ou les moyens à la libre disposition de l'institution de prévoyance. Tant le financement que la mise en oeuvre de la prévoyance obligatoire et surobligatoire doivent être fixés à l'avance dans les statuts et les règlements selon des critères schématiques et objectifs et respecter, en particulier, les principes d'adéquation, de collectivité (solidarité), d'égalité de traitement, de planification ainsi que d'assurance (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 603 s. et la jurisprudence citée; arrêt 9C_644/2014 du 13 juillet 2015 consid. 7.2.1; LAFFELY MAILLARD, op. cit., n° 40 ss ad <ref-law>). Dans la même mesure que l'employeur, l'employé peut également s'acquitter de contributions de rachat. Ce financement doit aussi être fixé à l'avance selon les mêmes critères schématiques et objectifs et respecter les mêmes principes que ceux cités ci-dessus (LOCHER, op. cit., n° 56 ad <ref-law>)
5.3. L'<ref-law> dispose notamment que le Conseil fédéral précise les notions d'adéquation, de collectivité, d'égalité de traitement, de planification et le principe d'assurance. Sur cette base, celui-ci a arrêté l'art. 1c OPP 2 qui prévoit que le principe de la collectivité est respecté lorsque l'institution de prévoyance ou la caisse de pensions affiliée instituent une ou plusieurs collectivités d'assurés dans son règlement. L'appartenance à un collectif doit être déterminée sur la base de critères objectifs tels que, notamment, le nombre d'années de service, la fonction exercée, la situation hiérarchique, l'âge ou le niveau de salaire (al. 1). Le principe de la collectivité est également respecté lorsqu'une seule personne est assurée dans le plan de prévoyance mais que le règlement prévoit la possibilité d'assurer en principe d'autres personnes. Cet alinéa ne s'applique pas à l'assurance facultative des indépendants au sens de l'<ref-law> (al. 2).
Selon la jurisprudence, le principe de collectivité (ou encore de solidarité) est respecté lorsque l'ensemble des salariés d'une entreprise est inclus dans la prévoyance professionnelle. Ce principe s'accommode de l'existence de plusieurs plans de prévoyance établis en fonction de critères objectifs, notamment ceux décrits à l'art. 1c al. 1 OPP 2. Les dispositions réglementaires doivent définir clairement les critères selon lesquels les différents groupes (collectifs) sont formés (cf. Office fédéral des assurances sociales, bulletin de la prévoyance professionnelle n° 83 du 16 juin 2005, p. 13). Sont en revanche interdits les plans de prévoyance individuelle élaborés pour une seule personne, au sens d'une assurance "à la carte" (arrêt 2A.554/2006 du 7 mars 2007 consid. 5.3 et la référence citée, in RF 62/2007 p. 636). Le Tribunal fédéral a jugé que les actionnaires employés par une société peuvent être inclus dans un plan de prévoyance pour autant qu'ils ne soient pas traités différemment des autres employés ou que des mesures de prévoyance analogues soient octroyées aux autres employés. Un plan de prévoyance complémentaire dont bénéficient les deux seuls actionnaires employés d'une société, à l'exclusion d'un troisième employé dont le salaire ne dépasse pas la limite supérieure du salaire LPP, parce que, selon le règlement de prévoyance, tous les employés, sans exception, sont également assurés dans le cadre de la prévoyance sur-obligatoire dès que leur salaire excède la limite supérieur du salaire LPP, respecte le principe de collectivité (arrêts 2A.554/2006 du 7 mars 2007 consid. 5.3; 2A.404/2001 du 20 mars 2002 consid. 2.3.4, in RF 57/2002 p. 488, RDAF 2004 II 53). L'art. 1c al. 2 OPP 2 concrétise cette jurisprudence (principe de la collectivité virtuelle). Il faut toutefois que l'admission future d'une personne se fonde sur une possibilité réaliste. Chez les employeurs où il n'est pas réaliste qu'une autre personne puisse, dans le futur, remplir les conditions d'une admission (par exemple niveau de salaire ou appartenance aux cadres), les conditions de la collectivité (même virtuelle) ne sont pas remplies (cf. Office fédéral des assurances sociales, op. cit., p. 14).
Comme l'a expliqué le Tribunal fédéral, ce n'est pas parce que le plan de prévoyance respecte formellement le principe de la collectivité que celui-ci est forcément effectif sur le plan matériel (arrêt 2A.404/2001 du 20 mars 2002 consid. 2.3.3). Pour que l'on puisse considérer le principe de la collectivité comme étant respecté, il est donc nécessaire que le plan de prévoyance constitue aussi bien formellement que matériellement un plan collectif.
6.
6.1. En premier lieu, on peut relever qu'en rachetant des cotisations à la prévoyance professionnelle un peu moins de dix ans avant d'atteindre l'âge de la retraite, dans une assurance sur-obligatoire venant d'être constituée, la situation de fait est différente de celle traitée par le Tribunal fédéral dans l'<ref-ruling> consid. 4.4 p. 410 s. (où le rachat était intervenu un peu moins de deux ans avant l'âge de la retraite, mais plus de quatorze ans après le divorce; cf. art. 79b al. 3 et 4 LPP). En l'espèce, il ne saurait être question d'un cas d'évasion fiscale (cf. également <ref-ruling> consid. 4.2 p. 174 ss). La forme juridique choisie par les recourants ne l'a en effet pas été uniquement dans un but d'économie d'impôts, mais également dans un but de prévoyance. Il convient donc d'examiner dans quelle mesure le principe de la collectivité est respecté.
6.2. En l'occurrence, il ne fait pas de doute que le plan de prévoyance en cause, en incluant tous les employés de la société individuelle ayant plus de 45 ans, respecte formellement le principe de la collectivité. Le critère de l'âge est expressément prévu par l'art. 1c al. 1 OPP 2. On doit donc de se demander si, en fixant à 45 ans l'âge d'entrée dans le plan de prévoyance, celui-ci respecte matériellement le principe de collectivité ou si les recourants ont en réalité constitué une assurance "à la carte", comme l'a jugé le Tribunal cantonal. On ajoutera qu'il n'est pas déterminant de savoir si les déductions en cause ont été effectuées sur la base de l'art. 27 al. 2 let. c LIFD ou 33 al. 1 let. d LIFD, dès lors que le principe de la collectivité doit dans les deux cas être respecté.
6.3. En 2007, lors de la conclusion du contrat de prévoyance, les recourants étaient âgés respectivement de 56 et 57 ans. Le recourant avait ainsi encore neuf ans avant d'atteindre l'âge de la retraite et la recourante sept (cf. <ref-law> et 3 al. 1 LAVS par renvoi de l'art. 62a al. 1 OPP 2; cf. également ch. 9 du plan de prévoyance; <ref-law>). Quant à elles, les employées du recourant avaient 34 et 37 ans en 2007, ce qui signifie qu'elles devaient encore attendre respectivement onze et huit ans avant de pouvoir être admises dans la collectivité du plan de prévoyance. On constate donc que la plus âgée des employées n'aurait bénéficié qu'environ une année du plan de prévoyance avant que le recourant atteigne l'âge de la retraite, alors que la plus jeune n'aurait jamais pu entrer dans la collectivité. Outre le recourant, seule la recourante a bénéficié du plan de prévoyance depuis 2007. Dans ces conditions, à l'instar de ce qu'à retenu le Tribunal cantonal, on ne saurait admettre que le principe de la collectivité est matériellement respecté. Certes, il n'est pas exclu, comme l'avancent les recourants, que le recourant continue son activité d'indépendant au-delà de l'âge de la retraite ou qu'à un moment ou un autre, il doive augmenter son équipe ou remplacer une employée. Toutefois, il ne s'agit-là que d'éventualités exclusivement soumises à la volonté du recourant lui-même. En cas de nécessité, rien ne l'empêche au demeurant d'engager une employée qui n'atteindra pas non plus l'âge d'entrer dans le plan de prévoyance avant que lui atteigne l'âge de la retraite ou de renoncer à poursuivre son activité au-delà de cet âge. Le changement de l'âge d'entrée dans le plan de prévoyance (passage de 45 ans à 35 ans en 2010), tend d'ailleurs à démontrer que le plan en vigueur les années en cause était constitué sur mesure pour les recourants, afin qu'ils puissent procéder à des rachats dans un seul but de favoriser leurs avoirs personnels.
6.4. Le fait que la recourante soit également l'employée du recourant et qu'elle soit incluse dans la collectivité ne permet pas pour autant d'admettre que le principe de la collectivité est respecté. En effet, les revenus des époux qui vivent en ménage commun sont additionnés, quel que soit le régime matrimonial (cf. <ref-law>). Cela signifie que les éventuelles déductions de rachats d'années d'assurance de la prévoyance professionnelle réduisent le revenu imposable commun des deux époux. En outre, il ne faut pas non plus perdre de vue qu'en cas de décès de l'un des époux, le survivant percevra des prestations issues de la prévoyance professionnelle hors obligatoire conclue avec la fondation. De même, en cas de divorce, l'avoir de prévoyance est en principe partagé par moitié (cf. <ref-law>). Les époux poursuivent donc un but fiscal et de prévoyance commun qui exclut de considérer le plan de prévoyance comme étant collectif lorsque, comme en l'espèce, ils sont les seuls à faire partie de la collectivité. Ainsi, un indépendant qui, à l'instar du recourant, est assuré à titre facultatif et se trouve seul avec sa femme dans une collectivité d'assurés, tombe dans l'exception de l'art. 1c al. 2 phr. 2 OPP 2 et ne saurait invoquer une cas de collectivité virtuelle.
6.5. Sur le vu de ce qui précède, on doit retenir avec l'autorité précédente que le plan de prévoyance en cause ne respecte pas le principe de la collectivité. Les déductions effectuées durant les années 2007, 2008 et 2009 au titre de rachats de deuxième pilier ne peuvent donc être admises. Le recours doit ainsi être rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2007, 2008 et 2009.
II. Impôts cantonal et communal
7.
Les art. 29, 31 al. 2 let. c et 37 al. 1 let. d de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11), respectivement les art. 9 al. 2 let. d et 10 al. 1 let. d LHID sont libellés de manière identique aux art. 25, 27 al. 2 let. c et 33 al. 1 let. d LIFD. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (<ref-ruling> consid. 10 p. 101 s. et les références citées). Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'ICC, à la motivation développée en matière d'IFD. Le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2007, 2008 et 2009.
8.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_745/2016 et 2C_748/2016 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 6 février 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette