Fatti:
A.
In vista della costruzione di un centro multifunzionale il Comune di X._ ha indetto un concorso pubblico a procedura libera per le prestazioni di ingegnere specialista nella tecnica degli edifici (RVCS). Gli sono pervenute otto offerte con prezzi compresi tra fr. 323'187.90 e fr. 449'795.60. L'8 maggio 2014 il Municipio di X._ ha deliberato la commessa alla C._ SA, prima in graduatoria.
La decisione è stata impugnata davanti al Tribunale cantonale amministrativo dalla A._ SA, classificatasi seconda, e dalla B._ SA, terza. Il Tribunale cantonale amministrativo ha statuito il 1° ottobre 2014; ha annullato la delibera della commessa a favore della C._ SA e ritornato gli atti al Municipio di X._ per nuova decisione nel senso dei considerandi.
Il 2 luglio 2015 il Tribunale federale, statuendo su ricorso della A._ SA, ha annullato la sentenza cantonale per violazione del diritto di essere sentiti (<ref-law>). In breve: alla ricorrente non era stato lasciato il tempo necessario per esprimersi su delle informazioni complementari raccolte direttamente dal tribunale (causa 2D_66/2014).
B.
Sanato il vizio, il Tribunale cantonale amministrativo si è pronunciato di nuovo il 10 agosto 2015, ribadendo l'annullamento della delibera e rinviando nuovamente gli atti al Municipio di X._ per nuova decisione nel senso dei considerandi.
La A._ SA insorge ancora davanti al Tribunale federale con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 10 settembre 2015. Chiede che le sia concesso l'effetto sospensivo, che la sentenza impugnata sia annullata e che gli atti siano rinviati all'autorità cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi, ovvero affinché respinga il ricorso della B._ SA, accolga il suo e aggiudichi a lei la commessa litigiosa.
Il 24 settembre 2015 il Comune di X._ ha dichiarato di opporsi alla concessione dell'effetto sospensivo, senza prendere posizione sul merito. La B._ SA ha chiesto la conferma della decisione impugnata con osservazioni del 12 ottobre 2015. La C._ SA e l'autorità cantonale non si sono pronunciate.
L'effetto sospensivo è stato accordato con decreto presidenziale del 15 ottobre 2015.

Diritto:
1.
Per competenza e ammissibilità del rimedio - questioni che il Tribunale federale esamina d'ufficio e liberamente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 pag. 43) - si può rinviare per brevità al considerando 1 della sentenza nella causa 2D_66/2014. Basti ribadire che solo il ricorso sussidiario in materia costituzionale è proponibile, non prevalendosi la ricorrente dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF; che la decisione impugnata, sebbene di rinvio, è da considerarsi finale poiché non lascia al committente nessun margine di giudizio; e che sono per il resto adempiute le condizioni di tempestività (art. 46 cpv. 1 lett. b in relazione con l'art. 100 cpv. 1 e l'<ref-law>) e legittimazione (art. 86 cpv. 1 lett. d, <ref-law>).
Con il ricorso sussidiario in materia costituzionale può essere censurata la violazione dei diritti costituzionali (<ref-law>). La parte ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, confrontandosi con i considerandi della sentenza cantonale, quali essi siano e come siano stati violati (art. 42 cpv. 2, 106 cpv. 2 e 117 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 234). Per la motivazione della censura d'arbitrio si veda il considerando 3.2.
I fatti accertati nel giudizio impugnato sono di principio vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>).
2.
Il Tribunale cantonale amministrativo ha premesso che il concorso pubblico è retto dal concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 7.1.4.1.3) e dal relativo regolamento di applicazione del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; 7.1.4.1.6). La controversia - per quanto interessa questa procedura di ricorso davanti al Tribunale federale - riguarda la verifica del criterio d'idoneità previsto dall'art. 13 lett. d CIAP e ripreso dall'art. 10 cpv. 2 lett. j RLCPubb/CIAP.
2.1. In un'approfondita parte introduttiva della sentenza l'autorità cantonale ha precisato la natura, la tipologia e lo scopo dei criteri d'idoneità. Essa ha in seguito ricordato che nel caso specifico le prescrizioni di gara includevano un criterio di idoneità particolare secondo cui il concorrente "deve avere progettato almeno 1 edificio di simile entità di carattere pubblico per un importo di investimento (escluso valore acquisto terreno) superiore a fr. 10 mio e un importo determinante d'opera B di sua pertinenza superiore a fr. 2 mio. Questo lavoro deve essere stato realizzato negli ultimi 10 anni o almeno in corso di realizzazione". A tale riguardo la ricorrente ha dichiarato di avere progettato e diretto i lavori per gli impianti RVCS dello stabile commerciale-abitativo del Patriziato di Y._, indicando 2.1 milioni di franchi come "importo determinate d'opera B" per il calcolo dell'onorario. I giudici cantonali hanno spiegato che, di fronte alle contestazioni dell'aggiudicataria e dell'altra ricorrente, hanno interpellato il Patriziato di Y._, il quale "ha fatto sapere che secondo il concorso di progettazione l'importo sollecitato ammontava a fr. 1'278'000.--, mentre secondo il preventivo consolidato (+/- 10 %) esso era quantificato in fr. 1'913'739.--", con la precisazione che "la somma effettiva non era accertabile in quanto i lavori erano ancora in corso".
A questo punto la sentenza rende conto della presa di posizione 1° ottobre 2014 della ricorrente - l'atto che non era stato considerato nella prima procedura di ricorso - la quale ha sostenuto che a tali cifre andavano aggiunti fr. 53'900.-- di preventivo delle "impiantistiche" dell'amministrazione cantonale, fr. 98'525.-- per costi di sistemazione degli spazi commerciali ancora liberi e una maggiorazione del 5 % per aumenti presumibili. L'autorità cantonale ha inoltre ricordato che con l'atto conclusivo la ricorrente ha confermato tali cifre e precisato che "il 24 luglio 2015 il preventivo consolidato si attesta a fr. 2'010'667.--".
2.2. In diritto la Corte ticinese ha osservato che "il criterio di idoneità in parola doveva essere adempiuto al più tardi entro il termine di presentazione delle offerte, scadente il 30 gennaio 2014 alle ore 14.00"; se così non fosse, sarebbe leso il principio della parità di trattamento tra concorrenti predisposto dall'art. 1 cpv. 3 lett. b CIAP. Il Tribunale cantonale amministrativo ha stabilito che la ricorrente non aveva rispettato questa condizione, poiché il 30 gennaio 2014 il valore determinante d'opera B era inferiore a 2 milioni. L'autorità ticinese ha aggiunto che i costi supplementari rivendicati dalla ricorrente non mutavano tale conclusione. D'un lato l'importo di fr. 53'900.-- relativo alle "impiantistiche" degli uffici è datato 14 aprile 2014"; dall'altro quello di fr. 98'525.-- concernente la sistemazione degli spazi commerciali, pur risalendo al marzo 2013, costituisce soltanto una stima esemplificativa della ricorrente, tant'è che il 1° ottobre 2014 le finiture non erano ancora state definite.
3.
La ricorrente critica in primo luogo la decisione impugnata per arbitrio. Ripercorre a sua volta i tratti essenziali della prima fase della procedura e precisa che successivamente, dopo la sentenza di rinvio del Tribunale federale, ha fatto pervenire al Tribunale cantonale amministrativo un "aggiornamento" del Patriziato di Y._, secondo il quale il valore determinante d'opera B era di fr. 2'010'667.--. La ricorrente sostiene di avere così dimostrato che, una volta terminati i lavori sul cantiere di Y._, la referenza litigiosa avrebbe superato la soglia stabilita dal committente, per cui l'autorità cantonale ha valutato in modo insostenibile le prove. A suo avviso è arbitrario anche pretendere che il valore di 2 milioni di franchi debba essere raggiunto nel momento in cui sono presentate le offerte, visto che il bando di concorso prescriveva espressamente che i lavori presentati come referenza potevano essere "in fase di realizzazione". Tanto più, conclude su questo tema, che giurisprudenza e dottrina ammettono di considerare addirittura progetti non ancora avviati.
3.1. La censura di accertamento arbitrario dei fatti, per quanto ammissibile, non è fondata.
Il Tribunale cantonale amministrativo ha accertato, sulla base delle informazioni ricevute dal Patriziato di Y._ e del documento prodotto dalla ricorrente in sede di conclusioni, che il "preventivo consolidato" ammontava a fr. 1'913'739.-- nel settembre 2014 e fr. 2'010'667.-- il 24 luglio 2015. Esso ha pertanto dato atto correttamente dei fatti addotti dalla ricorrente, in particolare dell'ultimo aggiornamento di preventivo del quale essa si è prevalsa. Ha però ritenuto questo fatto irrilevante poiché, a suo parere, il principio della parità di trattamento impone di valutare la situazione esistente alla scadenza del termine di presentazione delle offerte, ovvero il 30 gennaio 2014. Questa considerazione riguarda l'applicazione del diritto, non l'accertamento dei fatti; sarà esaminata nel considerando che segue.
Il medesimo ragionamento vale per il supplemento di fr. 53'900.-- fatto valere dalla ricorrente, che l'autorità cantonale ha scartato perché successivo alla data determinante. Nella misura in cui si riferiscono alla posizione di fr. 98'525.-- le critiche sono invece inammissibili. La ricorrente ricorda di essersi prevalsa di questo costo supplementare per dimostrare il raggiungimento della soglia richiesta, ma non si confronta con l'argomentazione con la quale i giudici cantonali non l'hanno presa in considerazione (cfr. consid. 2.2).
3.2. Una decisione non è arbitraria per il solo fatto che un'altra soluzione appare sostenibile. Per prassi costante l'arbitrio nell'applicazione del diritto si verifica quando la decisione impugnata - nella motivazione e nel suo risultato - è manifestamente insostenibile, contrasta palesemente con la situazione di fatto, lede in modo grave una norma o un principio giuridico indiscusso o si scontra con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 5 e rif.).
Chi si prevale dell'arbitrio nell'ambito del ricorso sussidiario in materia costituzionale deve spiegare in cosa esso consista, sotto pena d'inammissibilità (sopra consid. 1).
3.3. A sostegno della propria tesi la ricorrente menziona la <ref-ruling>. In quell'occasione il Tribunale federale aveva effettivamente stabilito che, siccome le regole della gara d'appalto non prevedevano il contrario, le referenze concernenti progetti non ancora ultimati potevano essere ritenute valide. Esso aveva spiegato che, in virtù dell'ampio margine di apprezzamento del quale dispone l'ente appaltante anche per riguardo alle referenze, l'idoneità di un concorrente poteva essere valutata sulla base di lavori ancora in corso (consid. 8.4.3, pag. 39; cfr. anche consid. 8.3).
Nel caso in esame la situazione, sotto questo profilo, è però chiara e non è neppure controversa. Anche la Corte cantonale ha dato atto che, secondo il capitolato d'appalto, i lavori che gli offerenti potevano proporre come referenze dovevano essere stati realizzati nei dieci anni precedenti oppure essere "almeno in corso di realizzazione". Essa non ha escluso la ricorrente poiché la referenza in discussione riguardava lavori ancora in corso, ma perché il valore determinante d'opera B non era raggiunto alla scadenza del termine per la presentazione delle offerte. Il Tribunale cantonale amministrativo ha seguito la sua prassi in tale senso, derivata dal precetto di parità di trattamento degli offerenti sancito dagli art. 1 lett. c LCPubb e 1 cpv. 3 lett. b CIAP (cfr. sentenze 52.2012.512 del 12 marzo 2013 consid. 3.2 e 52.2011.384 del 13 ottobre 2011 consid. 2.2 e 3.1; cfr. anche MATTEO CASSINA, Principali aspetti del diritto delle commesse pubbliche nel Cantone Ticino, CFPG, 2008, pag. 38).
3.4. La ricorrente non critica di per sé tale prassi, che non va pertanto vagliata. L'unico argomento che adduce per sostanziare l'arbitrio è che il bando di concorso permetteva di presentare come referenze anche lavori "in fase di realizzazione". Ma riconoscere la validità di tali referenze non significa necessariamente che debbano essere presi in considerazione i costi finali dell'opera. L'autorità cantonale, che ha chiesto chiarimenti al Patriziato di Y._ sui costi determinanti, ammette implicitamente che la prova dell'adempimento del requisito d'idoneità possa essere portata in una fase di accertamento successiva alla chiusura del concorso, anche nell'ambito della procedura di ricorso. Non è tuttavia insostenibile pretendere che, per rispettare la parità di trattamento tra concorrenti, la prova debba comunque vertere sulla situazione esistente alla scadenza del termine di presentazione delle offerte (cfr. MATTEO CASSINA, loc. cit.); considerando quindi l'opera così com'era stata progettata a quel momento, senza i cambiamenti e le aggiunte intervenute successivamente.
In concreto il suddetto termine scadeva il 30 gennaio 2014. Secondo gli accertamenti della sentenza cantonale la ricorrente ha dimostrato che la soglia di 2 milioni di franchi sarebbe stata superata, ma soltanto dopo tale data: ancora nel settembre 2014 il costo d'opera B era di fr. 1'913'739.-- (cfr. consid. 3.1). La censura d'arbitrio, così come la ricorrente l'ha motivata, è pertanto infondata.
4.
La ricorrente lamenta anche la lesione del principio della parità di trattamento, in generale (<ref-law>) e nell'ambito specifico dei "rapporti tra concorrenti diretti" (<ref-law>). Il Tribunale cantonale amministrativo non avrebbe esaminato con il medesimo rigore - d'ufficio, parrebbe di capire - l'offerta della B._ SA, la quale avrebbe presentato anch'essa referenze in corso di realizzazione, che non raggiungevano il valore richiesto e riguardavano per di più opere non di carattere pubblico. A mente della ricorrente l'assenza di accertamenti a tale riguardo, la cui "rilevanza" sarebbe emersa solo con la sentenza impugnata, andrebbe riparata dal Tribunale federale in applicazione dell'<ref-law>.
La B._ SA obietta con ragione che l'allegazione è nuova. Davanti all'autorità cantonale la ricorrente non ha mai contestato l'offerta di questa concorrente, tanto meno ha messo in dubbio le sue referenze, sebbene il tema fosse stato centrale fin dall'inizio della procedura di ricorso. La C._ SA aveva infatti contestato l'importo dichiarato dalla ricorrente per lo stabile commerciale-abitativo del Patriziato di Y._ già nelle osservazioni del 26 giugno 2014, alle quali si era associata in seguito anche la B._ SA, il 18 luglio 2014. La ricorrente non spiega nemmeno in forza di quali norme del diritto processuale ticinese il Tribunale cantonale amministrativo avrebbe dovuto esaminare d'ufficio anche l'offerta della B._ SA, la quale, come detto, non è mai stata oggetto di contestazioni. La censura è quindi inammissibile in forza dell'art. 99 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>.
5.
Da ultimo la ricorrente afferma che la sua esclusione viola il principio della buona fede e, ancora, del divieto d'arbitrio in relazione con numerose disposizioni cantonali sulle commesse pubbliche. In sostanza i giudici ticinesi, una volta stralciata la referenza del cantiere del Patriziato di Y._, avrebbero ignorato che al punto 6.1 del formulario d'offerta predisposto dal committente, intitolato "Altre referenze studio", essa aveva portato due referenze supplementari che adempivano i requisiti del capitolato: il Centro di formazione professionale di Z._ e la Scuola Media di W._.
Anche questo argomento è inammissibile, perché è basato su fatti che non risultano dal giudizio della Corte cantonale (<ref-law>; sentenza 2C_262/2015 dell'8 gennaio 2016 consid. 7.2, in cui viene indicato che è possibile prevalersi di nuovi argomenti giuridici solo se si fondano su fatti accertati). Questi fatti non possono nemmeno essere addotti in questa sede (<ref-law>). Di fronte alle contestazioni della C._ SA e della B._ SA, delle quali s'è detto, nella replica dell'11 luglio 2014, nelle osservazioni del 1° ottobre 2014 e nell'ultima presa di posizione del 27 luglio 2015 la ricorrente si è del resto sempre espressa solo sui costi determinanti del Centro patriziale di Y._; non ha mai accennato alle due opere realizzate a Z._ e W._ delle quali si prevale ora.
6.
In conclusione il ricorso è infondato, nella misura in cui è ammissibile. Gli oneri processuali sono posti a carico della parte soccombente (<ref-law>). Alla B._ SA, che non si è avvalsa di un patrocinatore (<ref-ruling> consid. 4 pag. 446) e al Comune di X._, che ha agito nell'ambito delle sue funzioni di diritto pubblico (<ref-law>), non sono assegnate ripetibili.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio lavori sussidiati e appalti, nonché al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.