Fatti:
A.
Con pubblicazione sul foglio ufficiale del Canton Ticino yyy il Comune di X._ ha indetto un concorso, retto dal concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL 7.1.4.1.3) ed impostato secondo la procedura libera, concernente la realizzazione e l'installazione di tre frangiflutti occorrenti al nuovo porto comunale a Z._.
Le disposizioni particolari del capitolato (CPN 102), parte integrante degli atti d'appalto, che non sono stati oggetto di nessuna impugnazione, elencavano i documenti che gli offerenti erano tenuti ad allegare; tra questi figurava il programma dei lavori, che doveva comprendere un diagramma della manodopera (subappaltatori compresi) e indicare le fasi di lavoro, dalle quali dovevano essere a loro volta riconoscibili il percorso critico e le eventuali riserve (posizione n. 252.130). La prescrizione in questione attirava l'attenzione sul fatto che la compilazione carente o l'allestimento incompleto di uno o più documenti richiesti sarebbero stati considerati come una mancata consegna del documento stesso, che avrebbe avuto come conseguenza l'estromissione dell'offerta dalla procedura di aggiudicazione.
B.
Nel termine impartito, sono giunte alla committente le offerte di quattro ditte, per importi compresi tra fr.... e fr.... Fra queste, c'erano quella del consorzio A._S.p.A. - B._S.r.l., formato dalle due omonime ditte, di fr...., e quella della C._SA, di fr....
Vagliata la situazione, il 21 luglio 2016 il committente ha risolto di assegnare la commessa al consorzio A._S.p.A. - B._S.r.l., primo in graduatoria con 5.73 punti. Contro tale decisione, la C._SA, classificatasi seconda con 5 punti, è insorta davanti al Tribunale cantonale amministrativo il quale, con sentenza del 7 febbraio 2017, ha parzialmente accolto il suo ricorso. Constatato che l'offerta del consorzio aggiudicatario avrebbe dovuto essere esclusa, poiché il programma lavori da esso presentato non conteneva nessuna indicazione sul numero delle maestranze, ha infatti annullato la decisione di aggiudicazione e rinviato l'incarto al committente, affinché decidesse se attribuire la commessa alla C._SA, unica rimasta in gara. Dato che l'offerta della ricorrente superava di circa il 25 % il preventivo del committente, ha infatti considerato di non avere gli elementi necessari per deliberare direttamente le opere alla ricorrente.
C.
Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 14 marzo 2017 al Tribunale federale, la A._S.p.A. e la B._S.r.l., componenti l'omonimo consorzio, hanno impugnato quest'ultimo giudizio chiedendo che, in riforma dello stesso, la risoluzione del 21 luglio 2016 del Comune di X._ venga convalidata. Nel merito, censurano l'interpretazione data alla posizione n. 252.130 delle CPN 102, che ritengono arbitraria, e sostengono nel contempo che la Corte cantonale abbia travalicato i limiti del potere discrezionale riservatole, ledendo così anche l'art. 16 CIAP.
Il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. L'opponente ha chiesto che il ricorso sia respinto, mentre il Comune ha ribadito la validità della propria decisione di aggiudicazione, rimettendosi al giudizio di questo Tribunale. Nell'ambito di un ulteriore scambio di scritti, le parti si sono riconfermate le proprie posizioni. In aggiunta alle critiche sollevate con il ricorso, le insorgenti hanno sostenuto che il giudizio impugnato ledesse il vieto del formalismo eccessivo.

Diritto:
1.
Il litigio riguarda una commessa pubblica. Ritenuto che, per ammissione delle stesse ricorrenti, le condizioni dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF non sono soddisfatte, solo il ricorso sussidiario in materia costituzionale è proponibile (<ref-law>). Sebbene di rinvio, la sentenza querelata è da considerarsi finale, poiché - rispetto alle insorgenti - non lascia al committente nessun margine di giudizio (art. 90 in relazione con l'<ref-law>), ed è stata pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 in relazione con l'<ref-law>). L'impugnativa è tempestiva (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e le ricorrenti, già aggiudicatarie della commessa, hanno un interesse giuridicamente protetto a contestare l'annullamento della delibera a loro favore (<ref-law>; sentenze 2D_17/2014 del 7 luglio 2014 consid. 1.2 con ulteriori rinvii). Per quanto precede, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è ammissibile.
2.
2.1. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>); in ambito di commesse pubbliche, esclusa è quindi anche la facoltà di denunciare autonomamente la lesione del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 7.1.4.1.3) o di sue disposizioni di esecuzione (sentenze 2C_671/2009 del 1° marzo 2010 consid. 3.2 e 2C_634/2008 dell'11 marzo 2009 consid. 2.3 con rinvii). Il rispetto dei diritti costituzionali non è inoltre esaminato d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>); occorre che il ricorrente specifichi quali diritti considera lesi ed esponga le sue critiche in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da una motivazione esaustiva. Nel caso lamenti una violazione del divieto d'arbitrio, deve in particolare spiegare perché la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 51; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 5; <ref-ruling> consid. 2.2.2 pag. 318 seg.; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 133).
2.2. Il Tribunale federale si fonda sui fatti accertati dall'autorità inferiore, che sono di principio vincolanti (art. 105 cpv. 1 e 118 cpv. 1 LTF). Esso può scostarsene solo se il loro accertamento è stato svolto ledendo il diritto ai sensi dell'<ref-law>. A meno che non ne dia motivo la decisione impugnata, condizione il cui adempimento dev'essere dimostrato nel ricorso, il Tribunale federale non tiene nemmeno conto di fatti o mezzi di prova nuovi, i quali non possono in ogni caso essere posteriori al giudizio impugnato (art. 99 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 343 seg.).
2.3. L'impugnativa adempie i requisiti di motivazione esposti solo in parte; nella misura in cui manifestamente non li rispetta, il suo esame è a priori escluso. Questa Corte non potrà inoltre approfondire né la critica con cui viene fatta valere una lesione dell'art. 16 CIAP, perché non rientra tra quelle proponibili con ricorso sussidiario in materia costituzionale (precedente consid. 2.1), né quella con cui viene lamentato un formalismo eccessivo, poiché è stata formulata per la prima volta in replica senza che ve ne fossero i presupposti ed è quindi tardiva (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 21; <ref-ruling> consid. 3.3.4 pag. 47, da cui risulta che la completazione dell'impugnativa in sede di replica è lecita solo se ve ne ha dato motivo la risposta della controparte).
3.
3.1. La Corte cantonale ha constato che l'offerta del consorzio aggiudicatario andava esclusa - poiché, contrariamente a quanto richiesto dalla posizione n. 252.130 delle disposizioni particolari (CPN 102), il programma lavori presentato non conteneva nessuna indicazione sul numero delle maestranze impiegate - ed ha quindi annullato l'aggiudicazione, rinviando l'incarto al committente per un nuovo esame della situazione. La menzionata posizione ha il seguente tenore:
Documenti considerati determinanti ai fini della classifica.
La mancata presentazione con l'offerta, la compilazione carente o l'allestimento incompleto di uno o più documenti richiesti sarà considerato come una mancata consegna del documento stesso. Di conseguenza l'offerta verrà estromessa dalla procedura di aggiudicazione.
f) Relazione tecnica
Informazioni concernenti:
- Descrizione opzione selezionata per il luogo di fabbricazione dei moduli prefabbricati (in stabilimento / presso l'area di cantiere a riva), descrizione fasi del procedimento costruttivo che si intende adottare e relativo programma lavori.
- Descrizione opzione selezionata per il calcestruzzo (non autocompattante/autocompattante).
- Descrizione opzione selezionata per eventuali giunti di lavoro nelle pareti dei moduli e del relativo sistema di iniezione dei giunti.
- Scelta e organizzazione delle aree di cantiere a riva e a lago che si vogliono utilizzare.
- Descrizione impianti di cantiere e attrezzature che si vogliono utilizzare.
- Organigramma operativo dell'impresa con relativo grado di occupazione previsto per l'espletamento della commessa.
g) Programma dei lavori dettagliato comprendente il diagramma della mano d'opera (subappaltatori compresi) e indicante le fasi di lavoro dalle quali devono essere riconoscibili il percorso critico e le eventuali riserve. Nell'allestimento del programma sono vincolanti i giorni lavorativi indicati nel Capitolo A "indicazioni dell'imprenditore. L'imprenditore deve rispettare i termini definiti dal committente nell'avviso del Foglio Ufficiale.
3.2. Preso atto dei contenuti della posizione n. 252.130, la Corte cantonale ha innanzitutto rilevato:
che, stando al suo chiaro testo, il programma dei lavori non poteva limitarsi ad indicare le fasi di lavoro ed i tempi, ma doveva comprendere il diagramma di tutta la manodopera impiegata (propria e di terzi);
che l'esigenza di specificare le maestranze che sarebbero state impiegate nelle singole fasi del programma lavori aveva un ruolo importante, perché doveva permettere di valutare l'offerta dal profilo di questo aspetto, soprattutto in ordine alla plausibilità dei tempi previsti;
che ciò è confermato non solo dalla posizione n. 252.130 - che ha incluso il programma lavori tra i documenti determinanti ai fini della classifica - ma anche dalla posizione n. 624.100 CPN 102, secondo cui tale programma costituisce un documento di valutazione che non può essere modificato in fase di discussione d'offerta.
3.3. Ricordato che le prescrizioni di gara sono la legge stessa del concorso e vincolano concorrenti e committente, ha quindi osservato:
che le qui ricorrenti hanno allegato all'offerta un programma lavori allestito in forma di diagramma di Gantt, strutturato in base a un asse orizzontale - a rappresentazione dell'arco temporale totale della commessa, suddiviso in fasi incrementali - e a un asse verticale - a rappresentazione delle attività in cui sono suddivisi i lavori;
che tale programma non contiene tuttavia nessuna indicazione circa il numero delle maestranze di cui è previsto l'impiego, siccome - attraverso il diverso colore delle barre orizzontali - si limita a specificare il nominativo della ditta che svolgerà una determinata attività;
che l'omissione è grave ed irrimediabile, poiché concerne un aspetto che il committente si era espressamente riservato di valutare, definendolo determinante ai fini della classifica.
3.4. Prendendo posizione sulle obiezioni formulate in risposta rispettivamente in duplica, ha infine aggiunto:
che non sopperisce al difetto riscontrato l'allegato A, poiché la scheda riporta solo la media delle unità per tutta la durata della prestazione della ditta pilota e della consorziata, senza specificare la quantità di personale impiegato nelle singole fasi dei lavori, come invece richiesto dalla posizione n. 252.130;
che identica conclusione vale per le indicazioni deducibili dalla relazione tecnica con l'organigramma del consorzio, perché si limita a riportare un elenco del personale alle dirette dipendenze delle ricorrenti, che potrà essere coinvolto nel processo produttivo e che sarà inoltre integrato dal personale delle aziende specializzate e che altrettanto prive di rilievo sono le puntualizzazioni fornite in merito ai lavori subappaltati, dato che erano più che altro volte a minimizzare la portata degli interventi di precompressione;
che, così stando le cose, l'offerta del consorzio andava estromessa, sia perché carente (art. 40 cpv. 1 RLCPubb/CIAP), sia poiché l'esclusione dalla gara in caso di allestimento incompleto del programma lavori, che doveva comprendere il diagramma della manodopera, era comminata dalla posizione 252.130, che è stata accettata da tutti i concorrenti ed è diventata vincolante (art. 40 cpv. 2 RLCPubb/ClAP).
4.
4.1. In via preliminare, le ricorrenti sostengono che la Corte cantonale non indichi in modo chiaro se a suo giudizio con "diagramma della manodopera" si dovessero specificare i nominativi di tutte le maestranze oppure il numero di tali maestranze e considerano che, già per questo motivo, la sentenza impugnata sia lesiva del senso della giustizia e dell'equità.
Tale argomentazione, la cui conformità all'<ref-law> è per lo meno dubbia, non può tuttavia essere seguita. Come emerge dal considerando 2.3 della querelata sentenza, la mancanza che viene riscontrata dalla Corte cantonale, che la stessa considera un'omissione grave e irrimediabile, riguarda il numero delle maestranze impiegate, non i nominativi.
4.2. Al punto E del ricorso le insorgenti medesime rilevano del resto che "secondo la decisione impugnata, il programma lavori dei qui ricorrenti... non conterrebbe alcuna indicazione sul numero delle maestranze, ciò che avrebbe dovuto comportare l'esclusione della loro offerta", dimostrando così che la portata del giudizio era loro chiara.
Inoltre, come già indicato nel precedente considerando 3, la Corte cantonale ha anche osservato che la specificazione delle maestranze impiegate nelle singole fasi del programma lavori aveva un ruolo importante, perché doveva permettere di valutare l'offerta in ordine alla plausibilità dei tempi previsti, ciò che di nuovo dimostra che il rimprovero mosso alle ricorrenti era di ordine quantitativo.
5.
Le ulteriori argomentazioni addotte dalle insorgenti sono volte a sostenere l'arbitrarietà dell'interpretazione data dai Giudici ticinesi alla posizione n. 252.130 delle CPN 102.
5.1. Per loro, il senso della clausola è assolutamente chiaro, univoco ed è l'unico possibile: il programma lavori doveva solo permettere alla committenza di avere un'esatta indicazione di quale ditta intervenisse in una determinata fase.
L'asserito arbitrio sarebbe dimostrato: (a) dall'utilizzo del grassetto per il "programma dei lavori dettagliato", nel senso che il documento richiesto dalla committenza era appunto il "programma lavori" e non altro; (b) dal fatto che la posizione in questione parla di "diagramma", che etimologicamente significa disegno, e non "numero"; (c) dal non pertinente richiamo alla posizione 624.100 rispettivamente dalla mancata presa in considerazione della posizione n. 229 delle CPN 102; (d) dalla mancata presa in considerazione del fatto che il numero delle maestranze previste per l'esecuzione dell'appalto era oggetto di una specifica richiesta di capitolato (allegato A, pag. 10), che non si estendeva però alla specificazione della quantità di personale necessario per ogni singola fase.
5.2. La conformità delle argomentazioni qui riportate alle qualificate esigenze di motivazione richieste dall'<ref-law> è, anche in questo caso, per lo meno dubbia.
Formulandole, le insorgenti si limitano in effetti a fornire una propria e personale lettura della fattispecie, che contrappongono a quella della Corte cantonale; ciò tuttavia non basta, poiché l'arbitrio non è ravvisabile già nella possibilità che un'altra soluzione sembri possibile o addirittura preferibile, ma solo quando la decisione impugnata è manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, o in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità, e questo sia per quanto attiene alla motivazione che al risultato nel quale essa sfocia (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 155; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 211; sentenza 2C_826/2015 del 5 gennaio 2017 consid. 4.4).
5.3. Sia come sia, va rilevato che una dimostrazione della violazione dell'<ref-law> da parte della Corte cantonale non viene fornita.
5.3.1. Il fatto che l'espressione "programma dei lavori" sia stata scritta in grassetto non dice in effetti nulla in merito ai contenuti del programma richiesto. Di conseguenza, non parla a favore né della lettura data alla posizione n. 252.130 dal Tribunale amministrativo, né di quella che vi contrappongono le ricorrenti.
5.3.2. Stessa conclusione vale nel contempo per quanto riguarda l'uso del termine "diagramma della manodopera". Come osservato dall'opponente in risposta, rifacendosi alla stessa fonte citata dalle ricorrenti nell'impugnativa, il termine di diagramma viene infatti genericamente definito come "rappresentazione simbolica di dati", quindi anche di numeri come quelli concernenti i lavoratori impiegati in una commessa (in questo senso cfr. pure la definizione del termine in questione fornita dal Duden - Deutsches Universalwörterbuch, che parla di "grafische Darstellung von Größenverhältnissen bzw. Zahlenwerten in anschaulicher, leicht überblickbarer Form").
5.3.3. Nel contempo, la semplice affermazione secondo la quale il rinvio che la Corte cantonale fa alla posizione n. 624.100 sarebbe "inconferente", non dimostra, nemmeno essa, una violazione dell'<ref-law> Questa posizione conferma in ogni caso che il committente dava grande importanza ai tempi di esecuzione, aspetto che però è verificabile solo se si conoscono (anche) le risorse umane a disposizione dell'offerente e da quest'ultimo impiegate.
5.3.4. La prova della manifesta insostenibilità del giudizio reso non viene infine fornita denunciando la mancata presa in considerazione della posizione n. 229.500 e della pagina 10 dell'allegato A. La citata posizione n. 229.500 non riguarda in effetti l'indicazione del numero di persone impiegate, bensì la notifica dei loro nominativi ed ha per obiettivo - come ben risulta dal rinvio all'art. 36 lett. c del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche del 12 settembre 2006 (RLCPubb; RL/TI 7.1.4.1.6) - la verifica che non abbia luogo un "subappalto del subappalto". Per quanto invece attiene all'allegato A, non si può che rinviare alle argomentazioni già riassunte nel precedente consid. 3.4, che la Corte cantonale ha posto a fondamento del suo giudizio e con le quali, però, le ricorrenti omettono di confrontarsi (<ref-law>).
5.4. Siccome un'interpretazione arbitraria della posizione n. 252.130 non è stata dimostrata, il querelato giudizio va quindi confermato. Così stando le cose, viene in effetti a cadere anche la critica di un'applicazione arbitraria dell'art. 40 cpv. 1 RLCPubb/CIAP, formulata partendo dal presupposto che l'obbligo di specificare il numero delle maestranze impiegate sul cantiere non fosse in realtà dato.
6.
6.1. Per quanto precede, il ricorso è respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono pertanto poste a carico delle insorgenti, in solido (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF). Sempre con vincolo di solidarietà, queste ultime verseranno all'opponente un'indennità di fr. 4'000.-- per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF). Al Comune di X._, che ha agito nell'ambito delle sue funzioni di diritto pubblico e che si è rimesso al giudizio di questa Corte non sono dovute ripetibili (<ref-law>; sentenza 2D_45/2016 del 10 luglio 2017 consid. 6).
6.2. Riguardo a spese e ripetibili occorre per altro precisare che i molteplici richiami all'<ref-law> contenuti in risposta e duplica non sono pertinenti. In effetti, la norma in questione, che viene semmai applicata d'ufficio, non concerne né le spese né le ripetibili (sentenza 5D_80/2012 del 20 luglio 2012 consid. 5).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 8'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti, in solido.
3.
Sempre con vincolo di solidarietà, le ricorrenti verseranno all'opponente un'indennità di fr. 4'000.-- per ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, alla patrocinatrice del Comune di X._, al Tribunale amministrativo e al Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, Ufficio lavori sussidiati e appalti.