Fatti:
A.
Dal 2008 A._ è proprietario del fondo xxx di Gambarogno, sezione di Magadino, sito in località "X._", attribuito alla zona agricola secondo il piano regolatore in vigore ed ubicato all'interno del perimetro della zona di protezione delle Bolle, grado di protezione A. Sullo stesso sorge una casa di abitazione. In seguito a un sopralluogo del 16 aprile 2012, il Municipio ha accertato la realizzazione, senza la necessaria autorizzazione, di una casetta da giardino (3.40 x 2.50 x 2.20 m) per il deposito di attrezzi, nonché di una piscina.
B.
Su invito del Municipio, il proprietario ha inoltrato, senza menzionare la piscina, una domanda a posteriori di riattazione/trasformazione della casetta da giardino, al suo dire esistente già prima del 1979, e ricostruita in seguito, più a monte, nel 2001 a causa di un'alluvione e sostituita in un luogo più asciutto nel 2011. Preso atto dell'avviso negativo dei servizi generali del Dipartimento del territorio, con decisione del 4 agosto 2014 il Municipio ha negato il permesso richiesto, rifiuto confermato dal Consiglio di Stato. Adito dal proprietario, con giudizio del 18 maggio 2016 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso.
C.
Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullare la sentenza impugnata, nonché la decisione municipale e di rilasciargli il permesso per costruire la baracca, subordinatamente di concedergli una deroga o un'autorizzazione a titolo precario.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale in ambito pianificatorio ed edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF. La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3. L'atto di ricorso è, legittimamente, redatto in lingua francese. Non vi sono tuttavia motivi, né il ricorrente lo pretende, di derogare alla regola secondo cui il procedimento si svolge nella lingua della decisione impugnata, in concreto quella italiana (<ref-law>).
1.4. Nelle conclusioni il ricorrente chiede anche l'annullamento della decisione municipale. Ora, quest'ultima, contrariamente a quella del Tribunale cantonale amministrativo, non costituisce una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Per l'effetto devolutivo del ricorso, le decisioni adottate dalle autorità precedenti sono infatti sostituite dalla sentenza della Corte cantonale, unico giudizio che può costituire l'oggetto del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1.2, 470 consid. 1.3, 101 consid. 1.2; sentenze 1C_142/2013 del 7 marzo 2014 consid. 1.3 e 2C_795/2012 del 1° maggio 2013 consid. 1.3, in: RtiD II-2013 n. 12). Né spetta di massima al Tribunale federale rilasciare permessi edilizi o, sostituendosi al Dipartimento del territorio, eventuali deroghe fondate sull'Ordinanza per la protezione delle Bolle di Magadino del 30 marzo 1979 (OpBM).
1.5. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2). Per di più, quando il ricorrente, come in concreto, invoca l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 41).
2.
2.1. La Corte cantonale, richiamando gli art. 16a LPT (RS 700) e 34 cpv. 3-5 OPT (RS 700.1) relativi alla conformità alla zona agricola di edifici e impianti, ha ricordato, rettamente, che la coltivazione agricola esercitata a titolo di hobby e ricreativo non è conforme alla destinazione della zona agricola.
2.2. Al riguardo il ricorrente adduce semplicemente che i giudici cantonali avrebbero applicato in maniera errata la LPT, poiché il suo fondo, di 2'300 m2e fortemente inclinato, non corrisponderebbe ai criteri della zona agricola di cui all'art. 16 cpv. 1 lett. a e b LPT, ma a quelli dell'art. 17 LPT relativo alle zone protette.
2.3. Con questa argomentazione egli misconosce che, come accertato dal Tribunale amministrativo cantonale, ciò che è decisivo, secondo il piano regolatore in vigore, il fondo litigioso è ubicato nella zona agricola. Ora, il ricorrente neppure tenta di dimostrare che questo accertamento dei fatti sarebbe arbitrario (art. 95 e 97 LTF; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560) : esso è quindi vincolante per il Tribunale federale.
3.
3.1. Il ricorrente sostiene poi che la Corte cantonale non avrebbe considerato la destinazione del fondo vigente nel 1979. Al riguardo, insiste sul fatto che all'epoca, con decisione del 7 giugno 1979 del Dipartimento dell'economia pubblica, era stata autorizzata la trasformazione della stalla ubicata sul fondo in esame quale casa di vacanza, con relativa sottrazione di 500 m2 all'agricoltura. Ne deduce che pertanto i 500 m2 attorno alla casa sarebbero stati attributi alla zona edificabile, allo scopo di permettere ai suoi abitanti di vivere secondo gli standard di vita attuali. Ammette tuttavia che la richiamata decisione non definisce l'ubicazione esatta di questi 500 m2, sostenendo nondimeno, in maniera del tutto generica, l'ipotesi che la capanna vi sarebbe inclusa. L'assunto, privo di riscontri oggettivi, manifestamente non regge.
3.2. Per di più, al riguardo il ricorrente, disattendendo le citate esigenze di motivazione (<ref-law>), non si confronta con le considerazioni esposte nel giudizio impugnato. Nello stesso si accerta infatti che sulla base di una licenza comunale e di un'autorizzazione cantonale nel 1979 è stato autorizzato il riattamento del subalterno A e la sua trasformazione da stalla in casa di vacanza. La Corte cantonale ha ritenuto che una prima casetta per gli attrezzi è stata verosimilmente eretta alla stessa epoca e ricostruita una prima volta nel 2001, dopo che l'originale era stata distrutta da un'alluvione, ed una seconda volta nel 2011, ricordando che in entrambi i casi la sua ubicazione era stata leggermente spostata; ne ha concluso che oggetto del litigio non è pertanto l'opera originaria, ma la sua ultima ricostruzione del 2011. Richiamato l'art. 24c LPT, ha stabilito che la ricostruzione del 2011 presupponeva ch'essa fosse stata eretta o modificata legalmente. Ha tuttavia rilevato, a ragione, che dagli atti non risulta che la precedente ricostruzione del 2001, che pure ha comportato una modifica dell'ubicazione, sia stata autorizzata, né ch'essa fosse autorizzabile. In effetti, anche la ricostruzione del 2011 presupponeva che nel 1979 l'opera originaria fosse stata eretta legalmente, ciò che non è il caso, poiché per la stessa agli atti non figura alcuna licenza edilizia.
Ha aggiunto che in ogni modo un permesso non poteva comunque essere rilasciato, ricordato che dal 1° luglio 1972 al 31 dicembre 1979 fuori del perimetro del progetto generale delle canalizzazioni, nel quale non risulta fosse inserito il fondo del ricorrente, potevano essere rilasciate autorizzazioni soltanto per la costruzione di edifici e impianti che rispondevano a un bisogno oggettivamente fondato, ciò che non era il caso per la capanna in questione. Ne ha concluso ch'essa non può essere oggetto di un'autorizzazione eccezionale ai sensi dell'art. 24c LPT; né può esserlo come ampliamento della casa di abitazione, poiché sorge a circa 20 m di distanza dalla stessa e costituisce pertanto un'opera a sé stante.
3.3. Il ricorrente, limitandosi ad addurre che le costruzioni realizzate nel 1979 e nel 2011 non sarebbero state oggetto di critiche da parte delle autorità comunali, per cui sarebbero legali, non contesta le considerazioni e le conclusioni della Corte cantonale appena esposte. L'accenno di critica è quindi inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>). In effetti, le licenze da lui prodotte anche in questa sede si riferiscono unicamente alla casa di vacanza e non alla capanna.
4.
4.1. Il ricorrente adduce che la Corte cantonale non avrebbe considerato l'art. 5 OpBM. L'invocata norma dispone che nei limiti dell'ordinanza la buona manutenzione dei terreni e dei canali spetta ai proprietari o agli affittuari (cpv. 1) e che i lischedi devono essere tagliati una volta all'anno, previa informazione del Dipartimento del territorio (cpv. 2). Ora, contrariamente all'assunto ricorsuale, la Corte cantonale ha vagliato questa circostanza, ritenendo tuttavia che queste attività, come la pulizia del terreno e dei muri di pietra a secco e dello stagno, esercitate nell'interesse della natura, dell'ecologia e del paesaggio, per quanto degne di considerazione, non sono suscettibili di rendere conforme alla zona agricola la costruzione in esame.
4.2. Al riguardo, il ricorrente osserva semplicemente che parte di tale attività sarebbe imposta dall'art. 5 OpBM e che pertanto non costituirebbe un hobby. Ne deduce che l'obbligo di manutenzione dei terreni e dei canali, previsto dall'invocata norma, imporrebbe di poter depositare i necessari attrezzi e un decespugliatore da qualche parte. Ora, come rettamente ritenuto nella decisione impugnata, nulla gli impedisce di depositarli nella casa d'abitazione sita a circa 20 m di distanza dalla capanna. La circostanza che l'edificio non disporrebbe di una cantina o di un locale separato per depositare gli attrezzi, perché il salotto darebbe direttamente sul giardino, non è decisiva. Come a ragione rilevato dalla Corte cantonale, meri motivi personali o di comodità non sono sufficienti per rilasciare un'autorizzazione ai sensi dell'art. 24 LPT. Siffatti motivi, contrariamente al generico assunto ricorsuale, non costituiscono una ragione oggettiva. Insistendo sull'obbligo dell'art. 5 OpBM, il ricorrente disattende inoltre che la richiamata norma prevede espressamente che i proprietari o gli affittuari che non potessero provvedere direttamente al taglio dei lischedi sono tenuti a darne comunicazione al Dipartimento del territorio (cpv. 3).
4.3. Pure a torto il ricorrente sostiene che i giudici cantonali non avrebbero considerato la possibilità prevista dall'art. 6 lett. a OpBM di concedere una deroga per costruzioni e ricostruzioni per le quali sia dimostrato un bisogno oggettivamente fondato preminente sull'interesse pubblico. Al riguardo, essi hanno stabilito rettamente che fuori dalle zone edificabili il diritto cantonale non può offrire facilitazioni maggiori rispetto a quelle previste dal diritto federale. Hanno osservato che del resto la condizione del "bisogno oggettivamente fondato" di cui all'invocata norma corrisponde in sostanza a quello dell'ubicazione vincolata dell'art. 24 lett. a LPT, presupposto non realizzato ritenuto che si è in presenza di motivi di mera comodità. Questa conclusione non muta per il semplice fatto che la casa del ricorrente si trova in una zona alluvionale e che pertanto non dispone di una cantina per riporre gli attrezzi. Per di più, chiaramente, gli interessi personali del ricorrente non sono preminenti sull'interesse della protezione.
5.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Municipio di Gambarogno, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.