Faits :
A.
A.a. A._ (1975) et C._ (1985) sont les parents de B._ (2013), né hors mariage.
Ensuite de la séparation du couple au mois d'août 2014, le Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant) a attribué aux parents l'autorité parentale conjointe sur B._ et la garde de celui-ci à la mère, tout en réservant un droit de visite progressif au père.
A.b. A._ est également le père de D._ (2006), née d'un précédent mariage.
Statuant sur modification du jugement de divorce, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance) a, par jugement du 22 avril 2016, confirmé celui-ci en ce qu'il condamnait A._ à verser une pension en faveur de D._ de 950 fr. par mois de ses 10 ans jusqu'à ses 15 ans, puis de 1'000 fr. par mois jusqu'à sa majorité.
Statuant sur appel du père, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre civile) a, par arrêt du 16 décembre 2016, confirmé le montant de la contribution d'entretien.
Par arrêt de ce jour (cause 5A_104/2017), le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par le père contre l'arrêt de la Chambre civile.
A.c. Par requête déposée le 26 décembre 2014 en conciliation et introduite le 26 mai 2015 auprès du Tribunal de première instance, B._, représenté par sa mère, a formé une action alimentaire à l'encontre de son père.
Par jugement du 3 mai 2016, le Tribunal de première instance a notamment condamné le père à verser en mains de la mère, à titre de contribution à l'entretien de leur fils, la somme de 1'200 fr. par mois du 26 décembre 2014 jusqu'à la fin août 2017, de 700 fr. par mois de septembre 2017 jusqu'aux 10 ans de l'enfant et de 900 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières, mais au plus tard jusqu'à ses 25 ans (ch. 1), avec clause d'indexation (ch. 2), et condamné en tant que de besoin les parties à respecter et exécuter les dispositions de ce jugement (ch. 5).
Statuant sur appel du père, la Chambre civile a, par arrêt du 16 décembre 2016, réformé le jugement du Tribunal de première instance en ce sens que la contribution d'entretien en faveur de B._ était arrêtée à 700 fr. par mois dès le prononcé de la décision jusqu'aux 10 ans révolus de l'enfant, puis à 900 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières mais au maximum jusqu'à ses 25 ans, et que ladite contribution n'était pas indexée à l'indice genevois des prix à la consommation.
B.
Par acte du 1er février 2017, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt du 16 décembre 2016 et au renvoi de la cause à la Chambre civile pour instruction et nouveau jugement. Subsidiairement, il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens qu'il lui est donné acte de son accord de verser, à titre de contribution d'entretien mensuelle en faveur de son fils, la somme de 150 fr. dès le mois de mars 2015 jusqu'aux 8 ans révolus de l'enfant, de 250 fr. jusqu'à ses 12 ans révolus et de 350 fr. jusqu'à l'âge de 18 ans révolus et au-delà s'il poursuit des études sérieuses et régulières, mais au plus tard jusqu'à l'âge de 25 ans, qu'il est dit que ces montants ne seront pas indexés et que le ch. 5 [du dispositif du jugement de première instance] - confirmé par la juridiction précédente - est supprimé. Il requiert également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le présent recours a été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans la forme prévue par la loi (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>; arrêt 5A_64/2015 du 2 avril 2015 consid. 1.1) par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale et sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une cause de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a, 51 al. 4 et 74 al. 1 let. b LTF).
1.2. En tant que le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>), conclut à la réduction de la contribution d'entretien fixée et à la suppression du ch. 5 du dispositif du jugement de première instance - confirmé par la cour cantonale -, ou au renvoi de la cause à l'autorité précédente, le recours en matière civile est en principe recevable. La conclusion du père tendant à ce qu'il soit dit que la contribution d'entretien n'est pas indexée est en revanche irrecevable faute d'intérêt à recourir (<ref-law>), la cour cantonale ayant d'ores et déjà tranché ce point dans le sens du recourant.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'<ref-law>, il n'examine pas toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, mais seulement celles qui sont soulevées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Pour satisfaire à son obligation de motiver, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et les références). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2, 264 consid. 2.3), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1). Il ne peut en particulier pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 et les références; <ref-ruling> consid. 1.4.3).
Dans la partie " Faits " de son mémoire, le recourant - qui indique " tenir pour siens " les faits retenus par l'autorité précédente mais en préciser certains - se contente d'exposer sa propre version des faits. En tant que ces éléments complètent ceux constatés dans l'arrêt cantonal et qu'ils ne sont pas critiqués sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits ou de l'appréciation arbitraire des preuves, il n'en sera pas tenu compte.
2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décisionde l'autorité précédente (<ref-law>). Cette exception, dont il appartient au recourant dedémontrer que les conditions sont remplies, vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, par exemple concernant le déroulementde la procédure devant l'instance précédente afin d'en contester la régularité, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours (arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3 non publié in <ref-ruling>). En dehorsde ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 et les références) ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4.4.3).
Il résulte de ce qui précède que la pièce nouvellement produite par le père à l'appui de son recours (certificat médical du 27 janvier 2017) est irrecevable.
3.
3.1. L'autorité cantonale a retenu que, compte tenu d'un revenu hypothétique de 5'300 fr. par mois et de charges - non contestées - de 3'343 fr. par mois, le recourant disposait d'un solde mensuel de 1'957 fr. Après déduction des allocations familiales de 300 fr., les besoins mensuels de l'enfant se montaient à 1'829 fr. jusqu'au mois d'août 2015, à 1'645 fr. du mois de septembre 2015 au mois de juillet 2016 et à 1'727 fr. dès le mois d'août 2016, ce qui comprenait son entretien de base selon les normes OP (400 fr.), 20% du loyer effectif de sa mère (135 fr.), sa prime d'assurance-maladie (123 fr. 70), ses frais de garde (1'470 fr. jusqu'en août 2015, puis 1'286 fr.) et ses frais de cours d'anglais (82 fr. 50 depuis août 2016). L'enfant n'étant pas sous la garde du recourant, celui-ci n'assurait pas l'entretien de son fils par les soins et l'éducation, de sorte qu'il était tenu de contribuer financièrement aux besoins de celui-ci. Après déduction de la contribution d'entretien due à sa fille, le disponible du recourant se montait à environ 1'000 fr. (1'957 fr. - 950 fr.) et diminuerait à 950 fr. dès les 15 ans de celle-ci (1'957 fr. - 1'000 fr.). En équité, la contribution d'entretien en faveur de l'intimé pouvait être fixée à 700 fr. par mois à compter de l'entrée en force de l'arrêt jusqu'aux 10 ans de l'enfant, puis à 900 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières.
3.2. Le recourant reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir retenu que ses charges se montaient à 3'340 fr. Il explique que celles-ci auraient augmenté du fait qu'il a été obligé de quitter son appartement dont le loyer se montait à 675 fr. et d'emménager dans un nouveau logement au loyer de 1'571 fr. " La différence de loyer de 896 fr. [...] permettait à Monsieur A._ de s'acquitter de la contribution à l'entretien de sa fille, raison pour laquelle il a immédiatement déposé, lorsqu'il a quitté le 8 août 2014 Madame C._ qui refusait de lui restituer son appartement, une demande de garde alternée sur B._ dont il s'occupait à midi et le soir lorsque Madame C._ travaillait [...] et une demande en modification du jugement de divorce pour diminuer la contribution à l'entretien de sa fille D._ [...]. L'appréciation de ces preuves aurait, dans un premier temps, démontré que Monsieur A._ ne se dérobait pas intentionnellement à ses obligations et ne diminuait pas ses revenus ".
En l'espèce, le recourant se réfère à des faits qui ne sont nullement constatés dans la décision querellée, sans démontrer de manière conforme au principe d'allégation que ceux-ci auraient été arbitrairement écartés par la juridiction cantonale. Partant, le grief est irrecevable (cf. supra consid. 2.2). Au demeurant, il ne ressort pas de la décision attaquée que le recourant aurait fait valoir cette critique en appel (<ref-ruling> consid. 1.3.1; cf. supra consid. 2.2). Or, afin de remplir l'exigence d'épuisement matériel des instances, inspirée du principe de la bonne foi, le recourant doit avoir invoqué devant l'autorité précédente les griefs qu'il soulève devant le Tribunal fédéral, notamment lorsque ceux-ci sont soumis au principe d'allégation de l'<ref-law>, singulièrement lorsque la critique porte sur l'établissement des faits (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2; arrêt 5A_801/2016 du 29 novembre 2016 consid. 3.5). Pour ce motif également, le grief est irrecevable.
3.3. Le recourant émet par ailleurs plusieurs critiques en lien avec le revenu hypothétique que lui a imputé l'autorité cantonale.
3.3.1. La juridiction précédente a constaté que le recourant était titulaire d'un CFC d'employé de commerce et exerçait une activité de comptable fiduciaire depuis plus de 5 ans pour le compte de la société E._ Sàrl, dont il était l'associé gérant. Il se versait un salaire net d'environ 3'000 fr. par mois. Le recourant estimait ne pas être en mesure d'exercer une activité professionnelle mieux rémunérée en raison de problèmes de santé consécutifs à un accident survenu en 1990 et du manque d'expérience professionnelle stable et régulière qui en découlait. Cela étant, les certificats médicaux qu'il avait produits n'étaient pas probants. Ils décrivaient son parcours professionnel, se limitant à expliquer qu'il ne pouvait pas travailler à temps plein comme salarié, son risque d'absentéisme étant trop élevé du fait de sa santé. Or, en 2005, le recourant avait obtenu son CFC par validation des acquis, ce qui attestait une certaine expérience professionnelle. En outre, les certificats médicaux indiquaient que le recourant avait mal au genou, au poignet et était sujet aux migraines, sans autre précision ni explication médicale. Ils ne faisaient d'ailleurs pas mention d'une incapacité, même partielle, de travail et ne donnaient aucune indication quant à ses horaires d'indépendant. En se versant un salaire mensuel de 3'000 fr., le recourant ne fournissait pas tous les efforts que l'on pouvait raisonnablement exiger de lui pour subvenir aux besoins de ses deux enfants, alors qu'il avait une pleine capacité de travail. Il était ainsi en mesure d'augmenter ses gains, soit en trouvant un emploi à plein temps dans la comptabilité mieux rémunéré, soit en augmentant son activité au sein de sa propre société. Selon le calculateur de salaire en ligne du canton de Genève, le revenu médian à temps plein d'une personne ayant le profil du recourant (41 ans, sans fonction de cadre, avec une formation en entreprise, au bénéfice d'une ancienneté de 5 ans, pour une activité de 42 heures par semaine dans le domaine de la comptabilité) était de 6'090 fr. brut par mois, à savoir 5'359 fr. net. Partant, la cour cantonale a imputé au recourant un revenu hypothétique de 5'300 fr.
3.3.2. Se limitant à des considérations générales, le recourant reproche tout d'abord à la juridiction précédente d'avoir retenu qu'il pouvait obtenir des revenus supérieurs sans l'entendre lui-même ni son médecin traitant. Pour autant qu'il entende ainsi soulever le grief de violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), le recourant ne remplit manifestement pas les exigences de motivation susmentionnées, de sorte que sa critique est d'emblée irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
3.3.3. Pour peu qu'on puisse le comprendre, le recourant reproche par ailleurs à l'autorité précédente d'avoir violé la maxime inquisitoire et la maxime d'office dans la mesure où ces maximes " ne permet[tent] pas au juge d'imputer un revenu hypothétique au débirentier sans l'interroger sur les conditions auxquelles est soumis ce revenu hypothétique et sans preuves ou en interprétant les preuves d'une façon insoutenable ".
La critique portant sur l'établissement des faits et non sur l'objet du litige, la maxime d'office à laquelle se réfère le recourant n'est pas pertinente en l'espèce. S'agissant de la prétendue violation de la maxime inquisitoire, il appert que la cour cantonale a apprécié les certificats médicaux produits et, sur cette base, a estimé que l'incapacité de travail partielle du recourant n'était pas prouvée, en sorte qu'elle ne saurait se voir reprocher de n'avoir pas procédé à d'autres investigations (arrêt 5A_354/2016 du 22 novembre 2016 consid. 4.2.3).
3.3.4.
3.3.4.1. Le père reproche ensuite à l'autorité cantonale d'avoir arbitrairement apprécié les trois certificats médicaux attestant de son état de santé. Selon lui, ces pièces expliqueraient clairement qu'il ne peut pas occuper un poste fixe à 100%, qu'il est invalide à 50% et que l'obtention en 2005 de son CFC d'employé de commerce lui a permis de se mettre à son compte pour éviter les licenciements. Il pourrait ainsi gérer les plages de repos lors de céphalées et éviter les positions statiques prolongées pour ses problèmes de genou ainsi que l'usage prolongé d'un clavier d'ordinateur pour ses douleurs de poignet. Il ne lui serait dès lors pas possible d'augmenter ses revenus.
3.3.4.2. L'obligation d'entretien trouve sa limite dans la capacité contributive du débirentier, en ce sens que le minimum vital de celui-ci doit être préservé (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2). S'agissant toutefois de l'obligation d'entretien d'un enfant mineur, les exigences à l'égard des père et mère sont plus élevées, en sorte que ceux-ci doivent réellement épuiser leur capacité maximale de travail et ne peuvent pas librement choisir de modifier leurs conditions de vie si cela a une influence sur leur capacité à subvenir aux besoins de l'enfant mineur (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A_819/2016 du 21 février 2017 consid. 9.3.2.2). Il s'ensuit que lorsqu'il ressort des faits que l'un des parents, ou les deux, ne fournissent pas tous les efforts que l'on peut attendre d'eux pour assumer leur obligation d'entretien, le juge peut s'écarter du revenu effectif des parties pour fixer la contribution d'entretien, et imputer un revenu hypothétique supérieur, tant au débiteur de l'entretien qu'au parent gardien. Il s'agit ainsi d'inciter la personne à réaliser le revenu qu'elle est en mesure de se procurer et que l'on peut raisonnablement exiger d'elle afin de remplir ses obligations à l'égard du mineur (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2; <ref-ruling> consid. 4a; arrêt 5A_831/2016 du 21 mars 2017 consid. 3.3.1).
Lorsque le juge entend tenir compte d'un revenu hypothétique, il doit examiner successivement deux conditions. Il doit d'abord déterminer si l'on peut raisonnablement exiger d'une personne qu'elle exerce une activité lucrative ou augmente celle-ci, eu égard, notamment, à sa formation, à son âge et à son état de santé; il s'agit d'une question de droit. Le juge doit ensuite établir si la personne a la possibilité effective d'exercer l'activité ainsi déterminée et quel revenu elle peut en obtenir, compte tenu des circonstances subjectives susmentionnées, ainsi que du marché du travail; il s'agit là d'une question de fait (<ref-ruling> consid. 4.2.2.2; <ref-ruling> consid. 4c/bb).
3.3.4.3. En l'espèce, le recourant se contente d'opposer, de manière appellatoire, sa propre appréciation des certificats médicaux litigieux et de sa capacité de travail à celle de la cour cantonale, sans démontrer, conformément aux exigences de motivation susmentionnées, le caractère insoutenable de la décision querellée (cf. supra consid. 2.2). Il ne démontre en particulier pas en quoi il serait arbitraire de ne pas retenir son invalidité à 50%, le certificat médical du 6 juillet 2016 indiquant seulement que, grâce à son statut d'indépendant, une demande d'assurance-invalidité à 50% ou un chômage de longue durée ont été évités. Sa critique est dès lors irrecevable (cf. supra consid. 2.2).
3.3.5. Le recourant soutient par ailleurs que " pour ce qui est du marché du travail à Genève, l'Office cantonal de la statistique de Genève [...] a fourni en octobre 2016 ces chiffres concernant Genève: 13,3% des personnes morales ne paient aucun impôt sur le bénéfice et le capital; et 62,6% paient moins de 5'000 francs par an (Tribune de Genève du 31 janvier 2017), les sociétés genevoises ne sont pas florissantes ". Pour autant qu'il entende ainsi soulever qu'il n'a pas la possibilité effective de réaliser le revenu hypothétique que la cour cantonale lui a imputé (cf. supra consid. 3.3.4.2), sa critique ne remplit manifestement pas les exigences de motivation susmentionnées (<ref-law>; cf. supra consid. 2.2), partant est irrecevable, le simple renvoi général à un article de presse sur la mauvaise santé des entreprises genevoises - au demeurant postérieur à l'arrêt querellé, donc irrecevable (<ref-law>; cf. supra consid. 2.3) - n'étant à l'évidence pas suffisant.
3.4. Le recourant soutient également que " les montants du droit de garde de l'enfant " ainsi que des cours d'anglais - pour un enfant de 3 ans issus de parents " éduqués dans la langue française " - seraient excessifs. Selon lui, l'enfant aurait pu aller à la crèche, dont le prix est fixé en fonction du salaire, ou être confié au père en accord avec le Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant si la mère ne s'y était pas opposé.
S'agissant des frais de garde de l'enfant, le recourant se contente d'affirmer péremptoirement qu'ils auraient pu être réduits si l'enfant était allé à la crèche ou s'il lui avait été confié. Il ne chiffre cependant pas le montant de l'économie ainsi réalisée et son incidence sur la contribution d'entretien. Il ne s'en prend par ailleurs pas aux motifs de la décision attaquée, selon lesquels le fait que le recourant pourrait s'occuper de son fils n'est pas pertinent dans le cadre d'une action alimentaire et le fait que la mère travaille à temps plein dans la restauration (avec des horaires le soir et le week-end) justifie la prise en charge par une maman de jour. Insuffisamment motivé, le grief est irrecevable (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1 et 2.2).
Autant que recevable, la critique relative à la prise en compte des cours d'anglais de l'enfant doit être rejetée, compte tenu du pouvoir d'appréciation de l'autorité cantonale en matière de fixation de la contribution d'entretien (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2c/aa; <ref-ruling> consid. 3a) et du montant de celle-ci, arrêté en équité par la juridiction précédente.
3.5. Enfin, en tant qu'il soutient que le montant de 700 fr. qu'il a été condamné à verser à son fils, additionné à la contribution d'entretien de 950 fr. en faveur de sa fille, représente 31% de son revenu hypothétique, taux généralement retenu pour trois - et non deux - enfants selon la méthode des pourcentages, le recourant perd de vue que la cour cantonale n'a en l'espèce pas appliqué cette méthode de calcul.
4.
En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions du recourant étant d'emblée dénuées de chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire est rejetée (<ref-law>). Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à se déterminer (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 11 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Feinberg