Fatti:
A.
Nel 1992 A._ ha acquistato un appartamento in un condominio a Brissago, già utilizzato all'epoca come residenza secondaria (casa di vacanza), mantenendone la destinazione. Per le particelle attribuite alla zona di costruzione intensiva, dove è ubicata anche quella in questione, il nuovo piano regolatore del 1995 ha escluso di principio l'uso di alloggi a scopo di residenza secondaria (art. 46 cpv. 1 delle norme di attuazione del piano regolatore, NAPR). Il 1° marzo 2006 la figlia del proprietario ha eletto domicilio a Brissago e utilizzato il citato appartamento quale residenza primaria.
B.
Il 16 giugno 2015 il proprietario ha chiesto al Municipio quale fosse la destinazione dell'appartamento, allora ancora utilizzato dalla figlia, che con scritto del 23/25 giugno 2015 gli ha comunicato di considerarlo dal 1° marzo 2006 come una residenza primaria. Con decisione del 31 agosto 2016 il Consiglio di Stato ha confermato l'informazione. Adito dal proprietario, con giudizio del 21 agosto 2017 il Tribunale cantonale amministrativo, ritenuto che l'informazione fornita dal Comune nel quadro della procedura d'accertamento non era impugnabile, ha nondimeno respinto nel merito, in via abbondanziale, il ricorso.
C.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso che gli sia concesso di utilizzare, locare e alienare a terzi l'appartamento quale residenza secondaria (casa di vacanza).
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio ed edilizio, il ricorso, tempestivo (<ref-law>), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF. La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3. Il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 1 e 2 L TF). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.2.2). Quelle di violazione di diritti fondamentali (buona fede) e di disposizioni di diritto cantonale e comunale, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), devono inoltre adempiere le esigenze accresciute di motivazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.7.2 pag. 106). Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 324), ciò che spetta al ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72).
2.
2.1. La Corte cantonale ha ritenuto che il Municipio dapprima e il Consiglio di Stato poi avrebbero dovuto dichiarare inammissibile il ricorso, poiché il ricorrente non ha fatto capo alla procedura prevista dagli art. 4 segg. della Legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991 (LE), segnatamente a quella della licenza preliminare secondo l'art. 15 LE, che costituisce una lex specialis per rapporto alla domanda di accertamento prevista dall'art. 63 della Legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013. Ha osservato che alla domanda di licenza preliminare è applicabile la procedura ordinaria, salvo il caso in cui, come nella fattispecie, l'istante vi abbia rinunciato: in questa evenienza, la licenza preliminare ha solo valore d'informazione, senza effetti giuridici specifici (art. 15 cpv. 1 LE) e in particolare senza l'apertura della via ricorsuale prevista dall'art. 21 cpv. 1 LE per le decisioni formali, per cui il ricorso è improponibile.
I giudici cantonali hanno rilevato che la domanda del ricorrente del 16 giugno 2015 non è stata impostata come domanda di licenza preliminare, per cui, rinunciando a esperire la procedura ordinaria, ha pure rinunciato ad ottenere un accertamento vincolante, impugnabile e opponibile anche a terzi.
2.2. Il ricorrente, contravvenendo al suo obbligo di motivazione (<ref-law>), non contesta, se non in maniera del tutto generica, quest'argomentazione principale. La Corte cantonale ha comunque esaminato a titolo abbondanziale le censure ricorsuali di merito sollevate, respingendo il ricorso. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4 pag. 100; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). A proposito dell'irricevibilità del ricorso, egli si limita tuttavia a rilevare che, quand'anche tale tesi fosse corretta, il vizio formale sarebbe superato e sanato in virtù del principio della buona fede, poiché si sarebbe in presenza di informazioni asseritamente scorrette o fuorvianti rilasciate dall'autorità. Con quest'assunto, inerente al merito della vertenza, egli disattende tuttavia che, in via principale, il suo ricorso è stato ritenuto irricevibile per l'assenza di un presupposto formale (cfr. <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2).
Il rilievo è d'altra parte privo di consistenza, ritenuto che manifestamente non si è in presenza del caso in cui un'autorità avrebbe fornito a un amministrato informazioni erronee e contrarie alla regolamentazione in vigore, inducendolo ad adottare determinate disposizioni (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60), ma della presentazione spontanea di una domanda da parte di un cittadino. Sul criticato contenuto della risposta municipale si dirà in seguito.
2.3. Privo di rilevanza in concreto è pure l'accenno ricorsuale alla fattispecie relativa a un'errata indicazione dei rimedi giuridici (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3.3 in fine pag. 273; <ref-ruling> consid. 8.3.2 pag. 53). Il ricorrente invero, di per sé non contesta il fatto che a causa di ciò avrebbe adito erroneamente le istanze di ricorso cantonali o avrebbe subito un determinato pregiudizio.
3.
3.1. L'art. 46 NAPR dispone che nella zona di costruzione intensiva è escluso l'uso di alloggi a scopo di residenza secondaria (cpv. 1), riservata la facoltà del Municipio di concedere deroghe in casi particolari (cpv. 2). Non cadono sotto le prescrizioni del cpv. 1 gli edifici dati in locazione a scopo di vacanza da persone domiciliate nel Comune, le utilizzazioni fatte in base a un permesso secondo la legislazione sugli esercizi pubblici, come pure i fabbricati che non raggiungono una superficie utile lorda di 50 m2 (cpv. 3); le residenze secondarie non conformi ai disposti del cpv. 1 possono essere mantenute (cpv. 4); il Municipio allestisce un inventario.
3.2. Al riguardo la Corte cantonale ha rilevato che secondo l'art. 11 cpv. 1 della Legge federale sulle abitazioni secondarie del 20 marzo 2015 (LASec), fatte salve le limitazioni d'uso esistenti o future del diritto cantonale o comunale, il tipo di uso abitativo delle abitazioni realizzate in virtù del diritto anteriore è libero. Ha poi richiamato l'<ref-law>, secondo cui se del caso i Cantoni e i Comuni adottano le misure necessarie a impedire abusi e sviluppi indesiderati che possono risultare da un uso senza limitazioni di abitazioni realizzate in virtù del diritto anteriore a scopo di abitazioni secondarie (cpv. 1). A tal fine, i Cantoni possono limitare in modo più severo rispetto alla legge federale il cambiamento di destinazione da abitazione utilizzata fino a quel momento a scopo di abitazione primaria in abitazione utilizzata a scopo di abitazione secondaria nonché le modifiche secondo l'articolo 11 capoversi 2-4. I Cantoni possono quindi subordinare a un'autorizzazione edilizia le modifiche edilizie e i cambiamenti di destinazione per cui tale autorizzazione non è prevista.
Precisato che al momento dell'emanazione della decisione governativa la LASec, entrata in vigore il 1° gennaio 2016 (art. 25 cpv. 1 e art. 28 LASec), era già applicabile, ha ritenuto che il condominio in discussione e i suoi appartamenti devono essere considerati alla stregua di una costruzione realizzata in base al diritto anteriore, il cui uso abitativo, primario o secondario, è di massima libero. Ha osservato che la LASec riserva nondimeno le limitazioni d'uso esistenti o future del diritto cantonale o comunale; ritenuto che quest'ultime possono essere più restrittive, ne ha concluso che la tesi ricorsuale secondo cui quanto vale per la LASec, ovvero il libero uso abitativo delle costruzioni preesistenti, dovrebbe valere anche per l'art. 46 cpv. 1 NAPR, non regge.
Ha stabilito che il tenore dell'art. 46 cpv. 4 NAPR è chiaro: le residenze secondarie esistenti al momento della sua entrata in vigore (1995) potevano e possono essere mantenute. Ha però condiviso la tesi municipale e governativa secondo cui il mantenimento di tale utilizzazione presuppone che l'utilizzo, in contrasto con la zona di situazione, resti immutato nel tempo, ovvero che sia mantenuto durevolmente. Visto che la norma comunale non contempla la possibilità di modificare la destinazione, per esempio da secondaria a primaria per ristabilire in un secondo tempo quella secondaria, poiché diversamente da quanto previsto dall'<ref-law> secondo le NAPR l'uso non è completamente libero, ne ha dedotto che per essere mantenuta la destinazione secondaria deve perdurare nel tempo.
3.3. Il ricorrente, riprendendo semplicemente il testo di detta norma della LASec, non adduce alcun motivo che imporrebbe di scostarsi dal testo chiaro e univoco dell'art. 46 cpv. 4 NAPR e dall'interpretazione data dalla Corte cantonale (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 155; <ref-ruling> consid. 3.2.3 pag. 125; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 441). È infatti chiaro che l'uso abitativo di abitazioni costruite secondo il diritto anteriore, ossia che già esistevano o beneficiavano di un'autorizzazione con decisione passata in giudicato prima dell'11 marzo 2012, data in cui è stata accettata l'iniziativa popolare "Basta con la costruzione sfrenata di abitazioni secondarie!" (<ref-ruling>), è libero soltanto nella misura in cui non sussistano, come nella fattispecie, limitazioni d'uso previste dal diritto cantonale o comunale: nessun'altra conclusione è deducibile dal testo degli art. 11 e 12 LASec (Messaggio del 19 febbraio 2014 del Consiglio federale concernente la legge federale sulle abitazioni secondarie, pag. 206 seg.; ARON PFAMMATTER, in: Zweitwohnungsgesetz (ZWG) - unter Einbezug der Zweitwohnungsverordnung (ZWV), 2017, Stephan Wolf/Aron Pfammatter (ed.), n. 4 e 5 ad art. 11, nonché FABIAN MÖSCHING, n. 1, 2 e 6 ad art. 12).
4.
4.1. Il ricorrente al proposito adduce, in maniera del tutto generica, un'asserita violazione del divieto della non retroattività, poiché se l'art. 46 NAPR, sin dal 1995 vieta nel comparto in discussione la destinazione di appartamenti a residenze secondarie, il suo potrebbe beneficiare della clausola di non retroattività.
4.2. L'assunto è infondato. Secondo la giurisprudenza, vi è retroattività in senso stretto quando un nuovo regime legale viene applicato a fatti accaduti nel passato e completamente conclusi al momento dell'entrata in vigore del nuovo diritto. Una tale retroattività (propria) è di principio vietata, a meno che ricorrano presupposti del tutto particolari (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 2b/cc; <ref-ruling> consid. 4b, 254 consid. 3b). Da ciò va distinta la retroattività in senso improprio, ovvero l'applicazione del nuovo diritto a situazioni che hanno avuto origine sotto la pregressa normativa, ma perdurano ancora dopo la modifica legislativa e quindi solo per il periodo posteriore alla sua entrata in vigore. Dal profilo costituzionale, questo secondo tipo di retroattività è di massima ammissibile nel quadro di leggi cantonali, se non va ad intaccare diritti acquisiti (<ref-ruling> consid. 4a pag. 135; <ref-ruling> consid. 3b/dd pag. 124; sentenza 2P.349/2005 del 14 agosto 2006 consid. 2.2, in: RtiD I-2007 n.4 pag. 15).
Nel caso in esame l'uso dell'appartamento quale residenza secondaria è durato fino al 1° marzo 2006; la figlia del ricorrente l'ha poi utilizzato come residenza primaria sino ad almeno il 16 giugno 2015. Non si è quindi in presenza di una retroattività propria, ma impropria, di massima ammissibile. Del resto, la portata dell'art. 46 NAPR era o poteva e doveva comunque essere conosciuta al ricorrente, così come le notorie conseguenze di una differente utilizzazione, intervenuta oltre 10 anni dopo l'entrata in vigore della stessa. Né, come si vedrà, in concreto sussiste un diritto acquisito a utilizzare l'appartamento quale residenza secondaria, dopo averla trasformata in primaria.
5.
5.1. Il ricorrente insiste sul fatto che il suo appartamento sarebbe l'unico, tra i nove del condominio, al quale non è più riconosciuta la destinazione quale residenza secondaria, adducendo una lesione della garanzia dei diritti acquisiti.
5.2. Nella decisione impugnata è stato accertato, con riferimento alla dottrina (KONRAD WILLI, Die Besitzstandsgarantie für vorschriftswidrige Bauten und Anlagen innerhalb der Bauzonen, 2003, pag. 21), che la destinazione secondaria dell'appartamento, conformemente al diritto vigente, è stata abbandonata a favore di quella primaria nel marzo 2006, quando la figlia del ricorrente vi ha eletto il proprio domicilio. Questo cambiamento è durato fino almeno a giugno 2015, ossia per un periodo di circa nove anni e pertanto durevolmente, per cui non può più beneficiare della garanzia dell'art. 46 cpv. 4 NAPR. Ciò poiché di massima non è possibile invocare la tutela delle situazioni acquisite per un uso (residenza secondaria) da tempo cessato.
5.3. Al riguardo il ricorrente riproduce parzialmente i considerandi di una sentenza del 23 dicembre 1994 del Tribunale cantonale amministrativo (apparsa in: RDAT II-1995 n. 32 pag. 86), rettamente ritenuta nell'impugnato giudizio riferita a un'altra fattispecie. In quella causa si trattava infatti di un'utilizzazione sporadica di una residenza secondaria quale abitazione primaria, dalla quale non si poteva dedurre un cambiamento irreversibile di destinazione, che avrebbe comunque dovuto essere accertato nel quadro di una procedura formale di rilascio del permesso di costruzione. In quel caso, la durata dei soggiorni per ragioni di lavoro di due cittadini giapponesi sull'arco di due anni è stata soltanto di cinque, rispettivamente nove mesi e non considerata pertanto di lunga durata, ma quale occupazione temporanea e transitoria di un monolocale, tipica delle residenze secondarie. Le differenze fra questa fattispecie e il caso in esame sono palesi, per cui non si è in presenza di una disparità di trattamento. L'insorgente disattende del resto che anche nel contesto della LASec il criterio per definire le abitazioni primarie è quello dell'occupazione in modo "permanente" a scopo di lavoro o di formazione (art. 2 cpv. 3 lett. a e b), fattispecie realizzata per l'occupazione di un'abitazione utilizzata, durevolmente, quale domicilio per un periodo di circa nove anni.
5.4. È inoltre stato ritenuto che il ricorrente nulla poteva dedurre dal fatto che il cambiamento di destinazione litigioso non è mai stato formalizzato. Nel caso di specie, contrariamente alla richiamata decisione del 23 dicembre 1994, l'inattività dell'autorità comunale, che si è astenuta dal chiedere l'avvio di una procedura di rilascio del permesso di costruzione, non le preclude di prevalersi dell'intervenuta durevole modifica delle condizioni d'uso dell'appartamento, limitazione d'uso peraltro riconosciuta dall'autorità cantonale con riferimento alle NAPR non soltanto come possibile, ma auspicabile.
Al riguardo il ricorrente si limita a osservare che in assenza di una regolare licenza edilizia non potrebbe essere intervenuto alcun cambiamento di destinazione. Questo rilievo non dimostra l'arbitrarietà della pertinente e ragionevole conclusione dei giudici cantonali, che nella fattispecie non viola il principio della buona fede. Inoltre, come visto, sotto il profilo della garanzia dei diritti acquisiti, nulla impediva al ricorrente di continuare a utilizzare l'appartamento come residenza secondaria anche dopo l'entrata in vigore dell'art. 46 NAPR. In seguito al durevole cambiamento del suo uso, come rettamente stabilito dalla Corte cantonale, ciò non è tuttavia più il caso.
5.5. Anche l'assunto ricorsuale, per il quale la tipologia dell'appartamento, l'organizzazione degli spazi e le dimensioni dei vani, di meno di 60 m2, non lo renderebbero idoneo a un utilizzo quale abitazione primaria, è privo di consistenza. Esso è peraltro smentito già dal fatto che sua figlia l'ha utilizzato a tale scopo per oltre nove anni. Inoltre, come rettamente rilevato nel giudizio impugnato e non contestato dal ricorrente, poiché l'appartamento supera la superficie utile lorda di 50 m2, non può beneficiare del privilegio concesso dall'art. 46 cpv. 3 NAPR.
5.6. La Corte cantonale non ha condiviso l'obiezione del proprietario, secondo cui, se in applicazione del principio della buona fede il Municipio avesse informato lui e sua figlia delle conseguenze del cambiamento dell'uso dell'appartamento, essi avrebbero optato per un'altra soluzione. Ha infatti osservato che la conoscenza della legge è presunta, per cui incombeva al proprietario informarsi sulle norme applicabili e le conseguenze del suo agire. A ragione. In effetti, la portata dell'art. 46 NAPR, in vigore già da dieci anni quando la figlia ha eletto domicilio a Brissago, doveva essere nota al ricorrente, in particolare dopo la votazione popolare, che ha introdotto l'<ref-law>, questione più che notoria.
6.
6.1. I giudici cantonali hanno reputato che in concreto nemmeno può entrare in considerazione una deroga fondata sull'art. 46 cpv. 2 NAPR, visto che il proprietario né ha addotto né dimostrato di trovarsi in una situazione eccezionale, segnatamente in una tra quelle indicate nel commentario alle NAPR. Dallo stesso si evince in particolare che con la concessione di deroghe in casi di rigore il Legislatore comunale ha voluto salvaguardare la possibilità di mantenere la propria casa per le persone originarie di Brissago o che hanno consolidato rapporti sociali durante il loro soggiorno nel Comune e che, nel frattempo, si sono trasferite altrove.
In quest'ambito, il rilievo del ricorrente che il suo appartamento sarebbe l'unico del condominio al quale non sarebbe (più) stata riconosciuta la destinazione di residenza secondaria è ininfluente. rilevato che per di più ciò è dovuto al cambiamento di destinazione da lui scelto. Accenna poi al fatto d'essere sposato da oltre 40 anni e che la moglie è originaria di Brissago, dove ha vissuto fino al matrimonio. Egli non dimostra tuttavia che il rifiuto del Municipio di concedergli, eccezionalmente, una deroga, non ritenendo adempiuti gli estremi di un caso di rigore, sarebbe addirittura insostenibile e quindi arbitrario.
6.2. In relazione alla mancata concessione di una deroga, il ricorrente invoca la parità di trattamento nell'illegalità.
6.2.1. Il diritto all'uguaglianza di trattamento nell'illegalità può essere ammesso, in via eccezionale, soltanto quando non in un caso isolato e neppure in alcuni casi, bensì secondo una prassi costante, un'autorità deroga alla legge e dà a vedere che anche in futuro non deciderà in modo conforme alla stessa (<ref-ruling> consid. 8.6 pag. 510; sul principio di uguaglianza vedi <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 213). Date queste condizioni, un cittadino ha allora diritto di esigere di beneficiare anch'egli dell'illegalità, sempre che ciò non leda altri interessi legittimi (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 61). Secondo la costante giurisprudenza, il principio della legalità dell'attività amministrativa prevale però su quello della parità di trattamento. Qualora un'autorità riconosca esplicitamente l'illegittimità di una determinata prassi anteriore e affermi chiaramente di volersi in futuro conformare alla legge, il principio dell'uguaglianza di trattamento deve cedere il passo a quello della legalità (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 5.6 pag. 78; <ref-ruling> consid. 3.7 pag. 20).
6.2.2. Al riguardo il ricorrente rileva che nel condominio in questione sarebbero stati venduti, nel 2009 e nel 2010, due appartamenti che prima della compravendita erano destinati ad abitazione primaria, destinandoli poi a abitazione di vacanza. Il rilievo non è decisivo. Nella decisione impugnata è stato infatti accertato che per i due appartamenti indicati dal ricorrente il Municipio ha dato atto di una situazione di abuso in fase di accertamento, per cui non v'è motivo per non ritenere che se del caso non verranno adottati i provvedimenti necessari per ristabilire una situazione conforme al diritto. Un altro appartamento non è per contro soggetto alla limitazione d'uso, poiché dispone di una superficie utile lorda inferiore a 50 m2, motivo per cui la fattispecie è chiaramente differente. Conformemente alla citata prassi, il ricorrente non può pertanto appellarsi a una parità di trattamento nell'illegalità. In siffatte circostanze la Corte cantonale sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove poteva pertanto rifiutare senza arbitro di assumere le prove testimoniali offerte dal ricorrente (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 64; <ref-ruling> consid. 6.3.1 pag. 299; <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 236; <ref-ruling> consid. 5.3).
6.3. Il ricorrente fa infine valere una lesione della garanzia della proprietà (<ref-law>) poiché, al suo dire, l'imposta restrizione dovrebbe essere considerata alla stregua di un esproprio materiale, visto che il vincolo di destinazione primaria pregiudicherebbe notevolmente il valore commerciale dell'appartamento.
La critica è inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 286). In effetti il ricorrente non contesta l'argomento principale posto a fondamento del giudizio impugnato, secondo cui, richiamata la <ref-ruling> consid. 3b sulla cui portata non occorre esprimersi oltre nel caso in esame, tale critica sarebbe tardiva poiché secondo i giudici cantonali l'incostituzionalità della norma avrebbe dovuto essere eccepita al momento dell'adozione del piano regolatore. Né, sempre disattendendo le esigenze dell'<ref-law>, egli si confronta con l'ulteriore argomentazione per la quale dopo l'entrata in vigore dell'<ref-law> relativo alle abitazioni secondarie e della LASec non si potrebbe comunque dubitare della costituzionalità dell'art. 46 NAPR.
7.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Municipio di Brissago, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.