Fatti:
A.
A.a. Il 3 dicembre 2010 la C._SA e la A._Sagl - che agiva per sé o per una persona da designare - hanno concluso, nella semplice forma scritta, una promessa di compravendita di un fondo nel Mendrisiotto, su cui sorge un albergo, per un prezzo di fr. 4'500'000.--. Nell'accordo si dava atto del versamento di una caparra di fr. 200'000.-- in ragione di fr. 100'000.-- per parte ed era precisato che l'atto notarile avrebbe dovuto essere rogato entro il 31 ottobre 2011. Entro tale data l'immobile avrebbe pure dovuto essere rinnovato e consegnato pronto all'uso, pena la decadenza automatica del contratto e l'obbligo della venditrice di pagare il doppio della caparra convenuta.
Il 9 dicembre 2010 la C._SA ha invece venduto il menzionato fondo alla D._SA. Le due società hanno lo stesso azionariato.
Il 10 agosto 2011 B._ - che è o era stato azionista dalla C._SA - ha invano chiesto alla A._Sagl la restituzione dell'importo di fr. 50'000.-- che aveva versato il 1° dicembre 2010 a titolo di parte della caparra in vista della sottoscrizione del contratto preliminare di compravendita.
A.b. B._ ha quindi convenuto in giudizio la A._Sagl innanzi al Pretore del distretto di Lugano e ha domandato di condannare quest'ultima alla restituzione di fr. 50'000.--, oltre interessi. Il Pretore ha accolto la petizione con sentenza 16 luglio 2015, accordando all'attore l'importo richiesto, con interessi di mora a partire dalla notifica del precetto esecutivo, e ha rigettato in tale misura l'opposizione interposta a quest'ultimo.
B.
La II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha respinto, con sentenza 16 gennaio 2017, l'appello della A._Sagl. Ha respinto la censura attinente alla carenza di legittimazione attiva dell'attore, perché era stato quest'ultimo ad aver versato l'importo di cui ha chiesto la restituzione. Ha poi ritenuto che l'invocazione della nullità per vizio di forma del precontratto non fosse abusiva. Ha infine escluso che l'attore non potesse ottenere la restituzione del pagamento in virtù dell'art. 63 cpv. 1 CO, perché, confidando nella validità del contratto e potendosi escludere la volontà di fare una donazione, egli aveva pagato per errore.
C.
Con ricorso in materia civile del 22 febbraio 2017 la A._Sagl postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento delle sentenze di primo e secondo grado e il mantenimento dell'opposizione interposta al precetto esecutivo. Ha altresì chiesto di essere posta al beneficio dell'assistenza giudiziaria. Dei motivi del ricorso si dirà nei considerandi di diritto.
B._ si è opposto all'emanazione di misure d'urgenza con osservazioni 27 febbraio 2017. La ricorrente ha replicato il 13 marzo 2017.
Con decreto 15 marzo 2017 la Presidente della Corte adita ha respinto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.
L'amministratrice unica della ricorrente ha chiesto con lettera 21 marzo 2017 di riesaminare la decisione con cui non è stato attribuito effetto sospensivo al ricorso. Con scritti 23 marzo e 13 aprile 2017 la ricorrente ha rinnovato - tramite la sua patrocinatrice - la domanda di concessione dell'effetto sospensivo e ha trasmesso una serie di documenti concernenti la domanda di assistenza giudiziaria.

Diritto:
1.
Il ricorso è presentato dalla parte soccombente nella sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF), è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) ed è volto contro una sentenza finale (art. 90 LTF) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 LTF) in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF) con un valore di lite superiore alla soglia prevista dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF. Il rimedio esperito si rivela pertanto in linea di principio ammissibile.
2.
Visto il tenore dell'impugnativa occorre innanzi tutto ricordare i principi che reggono l'esame di un ricorso in materia civile.
2.1. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, di regola esso considera solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1) ed esamina la violazione di diritti costituzionali soltanto se la parte ricorrente ha sollevato e partitamente motivato tale censura (art. 106 cpv. 2 LTF). Ciò significa che essa deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che misura sarebbero stati violati diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.2).
Ne segue che la lunga elencazione di norme della Costituzione federale (art. 5 cpv. 2 e 4, art. 9, art. 8 cpv. 1, art. 29 cpv. 1 e 2 e art. 30 cpv. 1 Cost.) e della Convenzione europea dei diritti dell'uomo (art. 1, 6 n. 1, art. 13 e 14 CEDU) non costituisce un'ammissibile censura. Anche laddove la ricorrente spende qualche parola a mo' di motivazione, la stessa appare astrusa o avulsa dalla garanzia invocata. Il ricorso non contiene pertanto alcuna censura che soddisfa le esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF.
2.2. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). A questi appartengono sia le constatazioni concernenti le circostanze relative all'oggetto del litigio sia quelle riguardanti lo svolgimento della procedura innanzi all'autorità inferiore e in prima istanza, vale a dire gli accertamenti che attengono ai fatti procedurali (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con riferimenti). Il Tribunale federale può unicamente rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se esso è manifestamente inesatto o risulta da una violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF). "Manifestamente inesatto" significa in questo ambito "arbitrario" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF). La parte che critica la fattispecie accertata nella sentenza impugnata deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'art. 106 cpv. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3, con rinvii). Essa deve spiegare in maniera chiara e circostanziata in che modo queste condizioni sarebbero soddisfatte (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con rinvii). Se vuole completare la fattispecie deve dimostrare, con precisi rinvii agli atti della causa, di aver già presentato alle istanze inferiori, rispettando le regole della procedura, i relativi fatti giuridicamente pertinenti e le prove adeguate (<ref-ruling> consid. 2). Se la critica non soddisfa queste esigenze, le allegazioni relative a una fattispecie che si scosta da quella accertata non possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
In concreto la ricorrente lamenta un " mancato e manifestamente inesatto accertamento dei fatti " da parte dei Giudici d'appello, perché questi avrebbero omesso di esaminare altre censure che ha sollevato e perché non avrebbero considerato che le allegazioni dell'attore a fondamento del suo errore nel fare il pagamento non sarebbero motivate. Ora, tali doglianze non concernono un accertamento manifestamente errato dei fatti e si rilevano in questo contesto inammissibili. Non configura nemmeno un'ammissibile critica delle constatazioni di fatto della Corte cantonale quanto scritto sotto il titolo "V FATTISPECIE" del ricorso, in cui la ricorrente espone un coacervo di circostanze e personali considerazioni sulla loro valutazione giuridica. La presente sentenza sarà quindi fondata sugli accertamenti di fatto contenuti nella decisione impugnata.
3.
3.1. La Corte cantonale ha ripreso le considerazioni del Pretore sulla nullità, per vizio di forma, del precontratto di compravendita immobiliare indicando che la qui ricorrente " non mette in forse in alcun modo queste deduzioni ". L'autorità inferiore ha pure indicato che la convenuta ritiene a torto abusiva l'invocazione del vizio di forma da parte dell'attore.
3.2. La ricorrente afferma che il contratto in discussione sarebbe valido, essendo unicamente " stato stipulato nella prospettiva dell'acquisto - in futuro - di un immobile che - a spese della proprietaria - doveva essere ristrutturato e ottenere la destinazione d'utilizzo quale albergo " e perché " non era necessario alcun atto notarile per prevedere la trasformazione di un'immobile ". Essa sostiene altresì che il contratto in discussione sarebbe stato eseguito, poiché la caparra era stata pagata e asserisce che l'opponente commetteva un abuso di diritto, perché, essendo stato " fin dall'inizio " assistito da avvocati e notai, egli doveva essere a conoscenza della nullità del precontratto, qualora la forma dell'atto pubblico fosse effettivamente stata necessaria.
3.3. In concreto anche questa argomentazione ricorsuale si rivela in larga misura inammissibile. Infatti la ricorrente non censura l'assunto dei Giudici cantonali secondo cui ella non aveva contestato la nullità del precontratto, ma si era limitata a ritenere abusiva la sua invocazione. Del resto contrariamente a quanto la ricorrente sostiene in modo apodittico e contrario ai vincolanti accertamenti di fatto della Corte cantonale, il precontratto non concerneva unicamente l'obbligo della proprietaria di trasformare l'immobile prima della vendita. Neppure il fatto, posto a fondamento della censura di abuso di diritto, secondo cui l'opponente sarebbe fin dall'inizio stato consapevole della nullità del precontratto, perché assistito da legali, risulta dalla sentenza impugnata. Non è infine nemmeno ravvisabile come la ricorrente possa ritenere che, con il semplice versamento della caparra, il precontratto sarebbe stato eseguito, atteso che essa stessa menziona pure un'altra prestazione contrattuale (la trasformazione dell'immobile) rimasta ineseguita.
4.
4.1. La Corte cantonale ha respinto l'eccezione di carenza di legittimazione attiva, rilevando che il versamento - quale parte della caparra - da parte dell'attore dell'importo reclamato è assodato e che quindi spetta a quest'ultimo chiederne la restituzione in seguito alla nullità del contratto preliminare.
4.2. Nel gravame in esame la ricorrente ripropone la predetta eccezione e sostiene che con la sua decisione la Corte cantonale avrebbe gravemente violato l'art. 59 cpv. 2 lett. c CPC.
4.3. In concreto giova innanzi tutto osservare che determinare la legittimazione attiva significa stabilire chi può far valere in giudizio in proprio nome una determinata pretesa in qualità di suo titolare (<ref-ruling> consid. 1). La legittimazione attiva non è quindi disciplinata dall'art. 59 cpv. 2 lett. c CPC, norma che si occupa invece della capacità di essere parte e della capacità processuale. Per il resto si può aggiungere, ricordata la nullità del contratto per cui è stata versata la caparra di cui è chiesta la restituzione, che il Tribunale federale ha già avuto modo di precisare che quando, come nella fattispecie, una pretesa in realtà non esistente è stata pagata in proprio nome da un terzo, il credito fondato sull'indebito arricchimento spetta a quest'ultimo e non al presunto debitore (<ref-ruling> consid. 3b pag. 408). Così stando le cose è del tutto irrilevante che l'opponente non fosse parte al contratto e la censura va respinta.
5.
5.1. Infine, riferendosi all'art. 63 cpv. 1 CO, la Corte cantonale ha fatto proprie le considerazioni pretorili secondo cui dall'istruttoria non risultava che l'attore conoscesse la nullità del precontratto in funzione del quale aveva versato la caparra e che può essere esclusa la volontà di effettuare una donazione.
5.2. La ricorrente assevera che la Corte cantonale ha messo a suo carico l'onere della prova e afferma che l'attore aveva inteso effettuare il pagamento, perché se così non fosse non avrebbe atteso 9 mesi per chiedere la restituzione dell'importo versato.
5.3. In concreto la ricorrente pare misconoscere che l'errore di cui all'art. 63 cpv. 1 CO si riferisce alla causa del pagamento. Per il resto basta aggiungere che la Corte cantonale non ha messo a suo carico l'onere di provare l'errore, ma ha constatato dall'insieme delle circostanze che il pagamento era stato effettuato ignorando la nullità del precontratto. Ne segue che la censura è inammissibile.
6.
Da quanto precede discende che il ricorso va respinto nella ridotta misura in cui risulta ammissibile. Con l'evasione del gravame le istanze di riesame della decisione con cui non è stato conferito effetto sospensivo al ricorso sono diventate caduche. Respinta va infine la domanda di concessione del gratuito patrocinio. Infatti, da un lato, dalla documentazione prodotta dalla ricorrente - che è una società a garanzia limitata - non risulta che tutti i suoi soci siano nell'indigenza e, dall'altro, il ricorso - in larghissima misura inammissibile - non aveva fin dall'inizio possibilità di esito favorevole (art. 64 cpv. 1 e 2 LTF). Le spese giudiziarie e le ripetibili, ridotte perché l'opponente è unicamente stato invitato a pronunciarsi sulla domanda di conferimento dell'effetto sospensivo, seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria della ricorrente è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.