Fatti:
A.
II 28 agosto 2015, dopo l'annullamento di precedenti atti di accusa del 2014, ritornati per completazione al magistrato inquirente da parte del giudice Marco Villa, Presidente della Corte delle assise criminali, il Ministero pubblico del Cantone Ticino ha di nuovo promosso l'accusa nei confronti dell'avvocata A._ dinanzi alla Corte delle assise criminali, tra l'altro per reati contro il patrimonio. L'inizio del dibattimento, fissato per il 9 agosto 2016, poi andato contumaciale, è stato fissato per i giorni 3-5 e 10-11 ottobre 2016 (incarto n. 72.2015.133).
B.
Il 24 maggio 2016 l'imputata ha presentato alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) un reclamo "per denegata giustizia, maltrattamenti violenti e reiterate irregolarità procedurali", sollevando pregiudizialmente l'eccezione di difetto di giurisdizione della Corte delle assise criminali e la ricusazione del Presidente di detta Corte e dei Giudici a latere, chiedendo alla Corte di procedere a una serie di determinati atti. Con giudizio del 24 giugno 2016 la CRP ha respinto il reclamo (incarto n. 60.2016.150).
C.
Avverso questa decisione e due altre del 23 e del 27 giugno 2016, A._ presenta, con un unico allegato, un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo, nel senso di sospendere il procedimento penale pendente nella sede cantonale fissato dal 3 all'11 ottobre 2016, di accogliere la domanda di ricusa e di accertare la nullità, rispettivamente di annullare le citate decisioni della CRP, nonché di ordinare al Presidente di attuare determinati disposizioni.
D.
Con complementi del 28 e del 29 settembre 2016, la ricorrente chiede di accertare la nullità "per gravissima illegalità ed incostituzionalità, sub di annullamento, dei seguenti atti del giudice Villa e Corte sotto processo per ricusazione sub iudice avanti codesta Suprema Corte Federale", ossia di una decisione del 9 agosto 2016 di "ispezione/perquisizione squadrista al domicilio di A._ con un presente medico di fiducia e tutto il cucuzzaro" e una decisione dell'11 agosto 2016 con la quale il Presidente ha fissato il dibattimento dal 3 all'11 ottobre 2016".
Non sono state chieste osservazioni ai gravami.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 2 pag. 59). Spetta nondimeno alla ricorrente dimostrare l'adempimento delle condizioni di ammissibilità del gravame qualora non siano evidenti, in concreto, tra l'altro, segnatamente la tempestività del gravame, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 47).
1.2. Con un unico atto di ricorso la ricorrente contesta tre distinte decisioni della CRP emanate il 23, 24 e 27 giugno 2016, la prima concernente istanze di ricusazione e la nomina di un difensore d'ufficio, la seconda un diniego di giustizia e la terza la notifica personale di decisioni. La ricorrente mischia e confonde in maniera inammissibile procedure e decisioni chiaramente differenti che, sebbene siano attinenti al medesimo procedimento penale, devono essere esaminate separatamente. Si giustifica quindi, per evidenti motivi procedurali e di chiarezza, di disgiungere e trattare separatamente le diverse, specifiche procedure, che coinvolgono parti differenti, segnatamente quella del 23 giugno 2016 relativa alla nomina del difensore d'ufficio (incarto CRP n. 60.2016/153; causa 1B_333/2016) da una parte e quelle del 27 giugno 2016 concernente la notifica diretta di decisioni all'imputata (incarto CRP 60.2016.161; causa 1B_334/2016), nonché quella del 24 giugno 2016 attinente a un diniego di giustizia (incarto CRP 60.2016.150), oggetto del presente giudizio.
2.
2.1. La ricorrente sostiene che il ricorso sarebbe tempestivo poiché le tre decisioni impugnate le sono pervenute tutte il 4/5 luglio 2016, come risulta dalle buste da lei prodotte: precisa che, tenuto conto delle ferie giudiziarie, il termine di ricorso contro queste decisioni scade il 5 settembre 2016, data figurante sull'atto di ricorso.
2.2. L'assunto non regge. È corretto che, tenuto conto della sospensione dei termini dal 15 luglio al 15 agosto incluso (art. 46 cpv. 1 lett. b in relazione con l'<ref-law>), i termini di ricorso scadevano il 5 settembre 2016. Decisiva è tuttavia la circostanza che l'atto di ricorso è stato impostato soltanto il 6 settembre seguente, come risulta dal timbro postale. Ora, secondo l'<ref-law>, gli atti scritti devono essere consegnati alla posta svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine, ciò che non è avvenuto nel caso in esame. La ricorrente, come visto tenuta a dimostrare l'adempimento delle condizioni di ammissibilità del gravame, neppure sostiene, né tanto meno dimostra che l'avrebbe imbucato alla vigilia, fuori dagli orari di apertura della posta, se del caso provandolo facendo appello a eventuali testimoni. Ne segue che il ricorso, tardivo, è inammissibile.
3.
3.1. A titolo abbondanziale si può nondimeno rilevare che le censure ricorsuali, in larga misura inerenti a decisioni che esulano dall'oggetto del litigio, sarebbero comunque inammissibili, rispettivamente infondate.
3.2. Circa la corretta comunicazione degli atti al difensore d'ufficio in applicazione dell'<ref-law>, il Tribunale federale si è pronunciato nella sentenza 1B_334/2016.
3.3. Valutate tutte le circostanze del caso in discussione, la CRP ha rilevato che la ricorrente solleva l'eccezione di difetto di giurisdizione e si diffonde sulla sua istanza di dissequestro. Ora, su questi due questioni il Tribunale federale si è pronunciato nella sentenza 1B_327/2016, alla quale, per brevità, si rinvia. Per di più la ricorrente, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>), non si confronta con le diverse argomentazioni compiutamente poste a fondamento del giudizio impugnato, senza discutere la giurisprudenza e la dottrina sulle quali esso è fondato (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). Su questo punto il ricorso è inammissibile per carenza di motivazione. In effetti, al riguardo, ella si limita ad addurre che "rinuncia a richiamare ogni singolo punto di difesa della CRP in favore di Villa e corte, perché si commentano da soli e depongono in favore della tesi della qui ricorrente".
3.4. La CRP ha poi spiegato, rettamente, perché il Presidente della Corte non poteva pronunciarsi sulle imputazioni contenute nell'atto di accusa, che saranno oggetto del dibattimento. Su questa tematica il Tribunale federale si è espresso nell'ambito della causa 1B_326/2016, anche alla quale si rinvia. Al proposito si può nondimeno rilevare che la CRP ha ritenuto, a ragione, che la circostanza che la ricorrente non condivida l'operato del citato Presidente, peraltro conforme alle prescrizioni dell'<ref-law>, non costituisce un diniego o una denegata giustizia. Per di più, i provvedimenti adottati in tale ambito dal Presidente della Corte non comportano un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>. Per questo motivo non sono impugnabili direttamente dinanzi al Tribunale federale, osservato che la ricorrente potrà nuovamente addurre le citate argomentazioni all'inizio del dibattimento (<ref-law>; sentenza 1B_326/2016). Nel ricorso in esame la ricorrente non si confronta del tutto con queste differenti motivazioni, ragione per cui pure su questo punto il ricorso è inammissibile per carenza di motivazione (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121).
4.
4.1. Con complementi del 28 e 29 settembre 2016 la ricorrente chiede di annullare la decisione dell'11 agosto 2016 del Presidente della Corte di merito, che avrebbe fissato in maniera illegale il dibattimento dal 3 all'11 ottobre 2016. Critica pure, senza addurre una minima motivazione al riguardo, una "decisione" del 9 agosto di "ispezione/perquisizione squadrista al domicilio di A._ con un presunto medico di fiducia e tutto il cucuzzaro".
4.2. Il ricorso diretto contro queste "decisioni", peraltro di massima non impugnabili (cfr. sentenza 1B_326/2016; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 204 seg.), non emanate dall'autorità cantonale di ultima istanza, è inammissibile (<ref-law>).
5.
5.1. Il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
5.2. L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alla ricorrente, all'avv. Caterina Jaquinta Defilippi, al Ministero pubblico, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e al Tribunale penale cantonale.