Faits :
A.
A.a. Par décision du 8 mai 2013, l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers (FINMA) a retiré à la société X._ & Cie SA l'agrément en tant que société d'audit au sens de l'art. 127 al. 2 de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les placements collectifs de capitaux (LPCC; RS 951.31) en relation avec l'art. 5 de l'ancienne ordonnance fédérale du 15 octobre 2008 sur les audits des marchés financiers (RO 2008 5363), ainsi que l'agrément au sens de l'ancien art. 19b de la loi fédérale du 10 octobre 1997 sur la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme (LBA; RS 955.0; RO 2008 5207). Elle a en outre retiré l'effet suspensif au recours et mis les frais de la procédure d'un montant de 20'000 fr. à la charge de X._ & Cie SA. A l'appui de sa décision, la FINMA a invoqué l'importance et le grand nombre de fautes et omissions tant d'ordre formel que matériel commis par X._ & Cie SA dans les rapports d'audit en matière de LPCC, ainsi que les retards dans la soumission desdits rapports. En matière de LBA, elle a relevé que le peu de temps consacré à l'audit et à la rédaction des rapports, l'omission de se référer aux outils de travail prescrits et les contradictions dans les faits rapportés étaient de nature à mettre en doute la diligence de X._ & Cie SA en tant que société d'audit LBA. Compte tenu de ces manquements, l'autorité de surveillance a conclu que l'intéressée n'était pas prête à collaborer avec elle de manière fiable et ne remplissait pas son rôle de "bras prolongé" de la FINMA.
A.b. Dans le cadre d'une scission par séparation intervenue en août 2013, X._ & Cie SA est devenue X._ SA.
A.c. Le 1er janvier 2015, les compétences de la FINMA en matière de surveillance des sociétés d'audit ont été transférées à l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision (ci-après: ASR), conformément à la modification du 20 juin 2014 de la loi fédérale sur l'agrément et la surveillance des réviseurs (LSR; RS 221.302).
B.
Par arrêt du 23 novembre 2015, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que la société avait interjeté contre la décision de la FINMA du 8 mai 2013.
C.
Par acte du 8 janvier 2016, X._ SA interjette un recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral. Elle demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt attaqué dans la mesure où il confirme le retrait de l'agrément LBA, la communication y relative aux organismes d'autorégulation et les frais de procédure de 20'000 fr. Elle requiert également l'annulation, dans la même mesure, de la décision de la FINMA du 8 mai 2013. Subsidiairement, elle demande au Tribunal fédéral de renvoyer la cause à l'ASR pour nouvelle décision; plus subsidiairement, elle requiert le renvoi de la cause à l'ASR pour que celle-ci prononce un avertissement.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. La FINMA conclut au rejet du recours et l'ASR à son irrecevabilité.
X._ SA a encore déposé des observations par courrier du 4 avril 2016.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre un jugement final (<ref-law>), rendu par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. En outre, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Il est donc recevable en tant que recours en matière de droit public.
Il y a lieu de préciser que l'arrêt attaqué qui date du 23 novembre 2015 désigne en qualité de destinataire la société X._ & Cie SA. Or, celle-ci a fait l'objet d'une scission intervenue en août 2013, X._ & Cie SA étant alors devenue X._ SA. Cette dernière doit donc être considérée comme la destinataire de l'arrêt attaqué et a qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>.
Par ailleurs, l'ASR expose, dans ses déterminations devant la Cour de céans, que la recourante n'aurait plus d'intérêt actuel et pratique au recours, notamment au motif qu'elle a volontairement renoncé à l'agrément LBA à compter du 1er janvier 2014 et que, conformément à l'<ref-law>, tous les agréments délivrés par la FINMA aux sociétés d'audit en vue de l'audit prudentiel auraient, de par la loi, perdu leur validité à compter du 1er janvier 2016. Ce point peut souffrir de rester indécis, dès lors que le recours doit de toute façon être rejeté quant au fond.
1.2. La conclusion tendant à l'annulation de la décision de retrait des agréments prononcée par la FINMA est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal administratif fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543; arrêt 2C_60/2016 du 25 mai 2016 consid. 1.2).
2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Conformément aux principes qui viennent d'être rappelés, le Tribunal fédéral ne pourra pas prendre en considération les modifications, compléments ou précisions de l'état de fait retenu par le Tribunal administratif fédéral que la recourante entendait apporter dans la partie "en fait" qui s'étale sur plus de 15 pages de son mémoire de recours. La recourante se contente, en effet, d'exposer sa propre version des faits, sans toutefois démontrer en quoi celle retenue par l'autorité précédente serait insoutenable. Par conséquent, il n'y a pas lieu de s'écarter des faits constatés dans l'arrêt entrepris.
3.
3.1. Le 1er janvier 2015 sont entrées en vigueur les dispositions concrétisant le transfert des compétences relatives à la surveillance des sociétés d'audit de la FINMA à l'ASR. Celle-ci statue désormais également sur l'agrément des sociétés d'audit et des auditeurs responsables qui doivent obtenir un agrément spécifique en vertu des lois spéciales régissant les marchés financiers et assure leur surveillance (Message du 28 août 2013 concernant la concentration de la surveillance des entreprises de révision et des sociétés d'audit, FF 2013 6155 ch. 1.2). Les conditions d'agrément pour effectuer un audit selon les lois sur les marchés financiers, ainsi que les conditions du retrait sont désormais fixées dans la LSR (art. 9a et 17 LSR).
3.2. Conformément aux principes généraux concernant l'application ratione temporis du droit (cf. <ref-ruling> consid. 7.4.5 p. 417), en cas de changement de législation, sont en principe applicables les dispositions légales en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement et qui a des conséquences juridiques, sous réserve d'une réglementation transitoire contraire. Un changement de loi intervenu au cours d'une procédure de recours n'a donc pas à être pris en considération, à moins qu'une application immédiate du nouveau droit s'impose pour des motifs impératifs, par exemple pour des raisons d'ordre ou de sécurité publics ou pour la sauvegarde d'intérêts publics prépondérants; il peut notamment en aller ainsi lorsque le recours porte sur une décision fondée sur un comportement passé mais qui a des conséquences durables dans le futur; dans une telle hypothèse, la jurisprudence admet, selon les circonstances, que le tribunal saisi puisse confirmer la décision querellée sur la base du nouveau droit (cf. <ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 522 et les arrêts cités; arrêt 2C_318/2012 du 22 février 2013 consid. 3.2 non publié dans l'<ref-ruling>). Tel n'est pas le cas en l'espèce. Dès lors, en l'absence de dispositions contraires de droit transitoire, c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a examiné la décision litigieuse à l'aune du droit en vigueur au moment où celle-ci a été rendue, à savoir, notamment, la loi fédérale du 22 juin 2007 sur l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers (loi sur la surveillance des marchés financiers, LFINMA; RS 956.1) et la LBA, dans leur teneur respective en vigueur jusqu'au 31 décembre 2014.
4.
Dans un grief d'ordre formel, la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir suffisamment motivé sa décision. Elle soutient, en substance, que les manquements relevés ne porteraient pas sur des "cas concrets" et que ses explications n'auraient pas été prises en compte.
4.1. La motivation d'une décision est suffisante, au regard du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (arrêt 2C_642/2014 du 22 novembre 2015 consid. 2.1, non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237). L'essentiel est que la décision indique clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant (<ref-ruling> consid. 8.2 p. 153 et les références citées).
4.2. Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, l'instance précédente a non seulement exposé plusieurs manquements qui lui sont reprochés, mais elle a également expliqué pour quels motifs elle les jugeait propres à justifier le retrait des agréments en question. En particulier, elle a relevé que l'activité de la recourante avait donné lieu à des critiques sur plusieurs années et nécessité de nombreuses interventions de la part de la FINMA. Celle-ci a informé la recourante à plusieurs reprises que son travail ne donnait pas satisfaction et ne répondait pas aux exigences prévues par la loi; malgré cela, aucune amélioration significative de la qualité du travail de la recourante n'a pu être constatée. Compte tenu de ces circonstances, l'autorité précédente a considéré que le retrait des agréments était le seul moyen apte à rétablir une situation conforme au droit. Ce faisant, elle n'a pas méconnu les arguments de la recourante, mais les a écartés au terme d'une motivation circonstanciée. Partant, l'obligation de motiver a été respectée, la recourante étant en mesure de faire valoir ses objections en toute connaissance de cause. Le grief tiré de la violation du droit d'être entendu est donc mal fondé.
5.
Sur le fond, la recourante ne conteste plus le retrait de l'agrément en tant que société d'audit au sens de la LPCC. Elle soutient, en revanche, que c'est à tort que la FINMA lui a retiré l'agrément LBA. Elle se plaint d'une violation de l'ancien <ref-law>, ainsi que de l'<ref-law>. L'autorité précédente n'aurait pas distingué la violation des conditions donnant droit à l'agrément LPCC de celles relevant de l'agrément LBA. Contrairement aux nombreuses défaillances rapportées en matière de LPCC, les manquements reprochés à la recourante en sa qualité de réviseur LBA se limiteraient en réalité à une seule erreur, soit une indication contradictoire dans un rapport LBA. Dès lors, dans le domaine de la LBA, on ne saurait lui reprocher d'avoir adopté un comportement propre à entraîner une rupture du lien de confiance avec la FINMA. Partant, le retrait de l'agrément LBA serait arbitraire et disproportionné.
5.1. Dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2014, l'<ref-law> prévoit que l'audit au sens des lois sur les marchés financiers est effectué par la FINMA elle-même, par les tiers qu'elle a mandatés ou par la société d'audit désignée par l'assujetti, étant précisé que les sociétés d'audit sont soumises à la surveillance de la FINMA (ancien art. 3 let. c LFINMA). A teneur de l'ancien <ref-law>, les audits doivent être effectués avec la diligence requise d'un auditeur sérieux et qualifié. L'<ref-law> prévoit que la FINMA veille au rétablissement de l'ordre légal lorsqu'un assujetti enfreint la LFINMA ou une des lois sur les marchés financiers, ou si d'autres irrégularités sont constatées. Pour ce faire, elle dispose des instruments de surveillance prévus aux <ref-law>. Selon l'<ref-law>, la FINMA retire l'autorisation d'exercer, la reconnaissance, l'agrément ou l'enregistrement d'un assujetti, si celui-ci ne remplit plus les conditions requises ou s'il viole gravement le droit de la surveillance.
Les sociétés d'audit agréées accomplissent des tâches d'audit qui relèvent du droit de la surveillance et déchargent ainsi la FINMA d'une part importante de son activité de surveillance (cf. ROLF WATTER / DANIEL C. PFIFFNER, in: Commentaire bâlois, Börsengesetz/Finanzmarktaufsichtsgesetz, 2e éd. 2011, N 6 ad <ref-law>). Comme le relève avec raison l'autorité précédente, le bon fonctionnement de ce système présuppose que la FINMA puisse se fier à ces sociétés d'audit, dont le travail doit répondre à des exigences très élevées. Par ailleurs, la notion de "diligence requise" au sens de l'ancien <ref-law> est une notion juridique indéterminée qui doit être interprétée compte tenu, notamment, de l'objectif poursuivi par la loi (arrêt 2C_709/2012 du 20 juin 2013 consid. 4.2 et 4.3 avec les références citées). C'est à bon droit que l'autorité précédente a rapproché la notion de diligence de celle de réputation irréprochable et notamment de garantie d'une activité de révision irréprochable, étant rappelé qu'il s'agit là d'exigences fondamentales dans le domaine de la révision. A cet égard, il convient de souligner que l'ancien <ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2014) prévoyait que, pour obtenir l'agrément LBA, une société d'audit devait notamment "être agréée en qualité de réviseur selon l'art. 5 ou d'entreprise de révision selon l'art. 6 de la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision". L'art. 4 al. 1 de ordonnance du 22 août 2007 sur l'agrément et la surveillance des réviseurs (ordonnance sur la surveillance de la révision, OSRev; RS 221.302.3;) précise, quant à lui, que, pour être agréé, le requérant doit jouir d'une réputation irréprochable et aucune autre circonstance personnelle ne doit indiquer qu'il n'offre pas toutes les garanties d'une activité de révision irréprochable. Compte tenu du rôle fondamental des sociétés d'audit dans la surveillance des marchés financiers, celles-ci se doivent donc d'effectuer leurs tâches avec le plus grand soin et sérieux.
L'autorité de surveillance jouit d'un large pouvoir d'appréciation pour juger si les manquements d'un auditeur ou d'une société d'audit portent atteinte à la réputation ou à la garantie d'une activité irréprochable (cf. par analogie, arrêt 2C_709/2012 du 20 juin 2013 consid. 4.4). Toute mesure entreprise doit néanmoins respecter le principe de la proportionnalité (cf. <ref-ruling> consid. 7.4.3.1 p. 346 et les arrêts cités).
5.2. Il ressort de l'état de fait de l'arrêt entrepris que la recourante a reconnu l'existence d'un nombre important d'erreurs dans les rapports remis à la FINMA, notamment l'absence de diverses informations et indications (mention de l'audit approfondi de l'année précédente, indications en lien avec les actionnaires, mention relative à la garantie d'une activité irréprochable, référence au domaine de l'informatique) ou encore une incohérence dans le cadre d'un rapport LBA. Les manquements de la recourante ont engendré de nombreuses interventions de la part de la FINMA depuis 2010. Celle-ci a en outre informé la recourante à plusieurs reprises que son travail d'audit ne répondait pas aux exigences légales.
Il est vrai que les erreurs et omissions reprochées à la recourante semblent concerner principalement les audits qu'elle a effectués en sa qualité de réviseur LPCC. Il n'en demeure pas moins que, contrairement à ce qu'elle soutient, son activité dans le domaine de la LBA ne saurait être qualifiée d'irréprochable. En effet, il ressort de l'arrêt attaqué et du dossier que la FINMA a notamment reproché à la recourante le peu de temps qu'elle avait consacré aux audits et à la rédaction des rapports LBA, le manque de précision dans la description de l'activité exercée par les intermédiaires financiers, l'omission de se référer aux auxiliaires de travail (formulaires) prescrits ou encore certaines incohérences dans les rapports LBA. A cet égard, la FINMA cite l'exemple d'un rapport de la recourante attestant qu'une société ne déployait pas à proprement parler d'activité en matière de LBA tout en indiquant que le produit des activités soumises à la LBA s'élevait à plus d'un million de francs.
Comme devant l'autorité précédente, la recourante tente pour l'essentiel de relativiser l'importance de ses manquements, notamment en invoquant le fait que les sociétés contrôlées étaient de taille réduite ou que certaines erreurs constatées n'avaient aucun impact réel sur le marché financier. Or, d'une part, le fait de ne contrôler que des sociétés de petite taille ne saurait justifier un manque de précision dans l'accomplissement des tâches d'audit et la rédaction des rapports y relatifs. D'autre part, le fait qu'une erreur n'ait eu aucune incidence concrète sur le marché financier n'empêche pas qu'elle constitue une violation de l'obligation de diligence de la recourante. C'est également en vain que la recourante conteste le manquement relatif à l'omission de se référer aux auxiliaires de travail prescrits en alléguant que certains de ces auxiliaires étaient facultatifs. En effet, la décision d'accréditation en qualité d'organe de révision LBA du 20 janvier 2003 prévoit, dans les charges et conditions, que "les révisions LBA doivent être effectuées sur la base du concept de révision et des auxiliaires de travail conçus par l'Autorité de contrôle LBA". La décision de confirmation de l'accréditation en tant que réviseur LBA du 30 novembre 2004 précise, quant à elle, que les charges et conditions mentionnées dans la décision d'accréditation du 20 janvier 2003 sont toujours valables. Enfin, la décision d'accréditation complémentaire de l'Autorité de contrôle du 30 octobre 2008, concernant un autre collaborateur de la recourante, énonce explicitement que ce dernier "est tenu de se conformer au concept de révision et aux moyens auxiliaires développés par l'Autorité de contrôle". Dès lors, la recourante ne saurait nier que l'utilisation des auxiliaires de travail mis à disposition par l'Autorité de contrôle LBA était obligatoire.
Pour le surplus, il y a lieu de relever qu'il ressort tant de la décision attaquée que des divers courriers que la FINMA avait au préalable adressés à la recourante, que le manque général de diligence qui lui était reproché concernait aussi bien l'accomplissement de ses tâches d'audit dans le domaine de la LPCC que dans celui de la LBA. Dès lors, la recourante ne peut être suivie lorsqu'elle affirme que ses manquements dans le domaine de la LBA se limitent à une seule erreur.
5.3. La recourante relève avec raison que les domaines de surveillance selon les lois des marchés financiers sont séparés les uns des autres, de sorte qu'en principe l'agrément autorise une société d'audit à effectuer uniquement les audits pour lesquels il a été octroyé. La séparation des différents domaines de surveillance vise à prendre en considération les caractéristiques propres à chaque secteur d'activité, ainsi que les particularités de la mission d'audit et du rapport qui en rend compte dans chacune des catégories (DIANA KEIS/GERHARD IMBACH/HEINZ MEIER, Surveillance par l'ASR des sociétés d'audit et des auditeurs responsables, in Expert Foxus 12/15 p. 970).
Cela étant, bien qu'il existe plusieurs types d'agréments qui sont soumis à des conditions d'obtention différentes, les activités exercées en vertu des différents agréments sont des activités analogues dans la mesure où elles consistent toutes à contrôler le respect des dispositions des lois sur les marchés financiers. D'ailleurs, l'ancien <ref-law> relatif au devoir de diligence s'appliquait indifféremment à toutes les sociétés d'audit soumises à la surveillance de la FINMA, quel que soit l'agrément en vertu duquel elles effectuaient leurs contrôles. Par conséquent, le fait, pour une société, de ne pas avoir accompli ses tâches d'audit avec la diligence requise dans un domaine de surveillance particulier est de nature à mettre en doute sa capacité à effectuer ses tâches dans un domaine similaire et peut donc entraîner une rupture du lien de confiance entre l'autorité de surveillance et la société concernée.
En l'espèce, la recourante ne conteste pas que son activité de contrôle dans le domaine de la LPCC était entachée de nombreuses irrégularités sur une longue période et ne respectait pas les dispositions applicables en la matière. En dépit des manquements relevés dans ce domaine, aucune amélioration significative de la qualité de son travail n'a pu être constatée. La FINMA était dès lors légitimée à considérer que l'intéressée avait gravement violé son obligation de diligence au sens de l'ancien <ref-law> et qu'elle n'offrait plus les garanties d'une collaboration fiable. Compte tenu de ces circonstances, il ne peut être reproché aux autorités précédentes d'avoir considéré que la recourante n'offre pas non plus les garanties d'une activité irréprochable dans le domaine de la LBA, et ce nonobstant le fait que ses manquements en la matière n'atteignaient pas la gravité de ceux qu'elle a commis en sa qualité de réviseur LPCC. Cette conclusion apparaît d'autant plus justifiée que, de par leur rôle de pivot entre les entités surveillées et l'autorité de surveillance, les sociétés d'audit jouent un rôle essentiel dans l'activité de la FINMA, celle-ci devant pouvoir compter sur une activité irréprochable de ces sociétés afin d'assurer sa tâche de surveillance. Le retrait de l'agrément LBA s'avère dès lors conforme tant à l'ancien <ref-law> qu'à l'<ref-law>.
5.4. Contrairement à ce que soutient la recourante, la décision litigieuse ne contrevient pas au principe de la proportionnalité. En particulier, sur la question de savoir si d'autres mesures moins incisives se révéleraient adaptées à atteindre le but visé, il y a lieu de rappeler que les nombreuses interventions et avertissements informels de la FINMA, quand bien même elles concernaient surtout le domaine de la LPCC, n'ont pas produit l'effet escompté: ils n'ont pas abouti à une amélioration significative de la qualité de travail de la recourante ni permis de rétablir le lien de confiance entre celle-ci et l'autorité de surveillance. On voit donc mal en quoi un avertissement formel aurait été propre à atteindre le but visé. Dès lors, c'est à bon droit que l'autorité précédente a considéré que le retrait des deux agréments était propre à remédier au défaut du lien de confiance entre la FINMA et la recourante et constituait donc le seul moyen apte à rétablir une situation conforme au droit garantissant à la FINMA d'exercer de manière efficace ses tâches de surveillance. En outre, comme le relève l'autorité précédente, l'intérêt public poursuivi par la LBA résidant notamment dans la protection du marché contre le blanchiment d'argent et la bonne réputation de la place financière suisse justifie l'atteinte certes grave mais néanmoins nécessaire de la mesure aux intérêts privés de la recourante, étant par ailleurs précisé que celle-ci a renoncé elle-même à l'agrément LBA dès 2014. Le grief tiré d'une violation du principe de la proportionnalité - qui se confond en l'occurrence avec celui de l'arbitraire - doit dès lors être rejeté.
5.5. C'est également en vain que la recourante s'oppose à ce que le retrait de l'agrément LBA soit communiqué aux organismes d'autorégulation. A teneur de l'art. 11a al. 2 OSRév, les organismes d'autorégulation au sens de la LBA octroient des agréments aux sociétés d'audit et aux auditeurs responsables qui auditent exclusivement des intermédiaires financiers affiliés à un organisme d'autorégulation. Selon l'art. 24 al. 1 let. d LBA, ces organismes doivent garantir que les sociétés d'audit qu'ils ont chargé d'effectuer les contrôles remplissent les mêmes conditions d'agrément que celles requises pour les sociétés d'audit agréées pour auditer les intermédiaires financiers directement assujettis à la FINMA au sens de l'<ref-law>. Comme le relève avec raison l'autorité précédente, les organismes d'autorégulation doivent disposer des informations nécessaires afin d'examiner si une société d'audit remplit toutes les conditions pour obtenir ou conserver l'agrément. Il est donc indispensable de leur transmettre la décision pour qu'ils puissent exercer correctement leur fonction d'autorégulation.
5.6. Compte tenu de ce qui précède, force est de constater que l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en confirmant le retrait de l'agrément LBA.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure fédérale (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante. Il n'est pas alloué de dépens.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision, à l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers FINMA et au Tribunal administratif fédéral, Cour II.
Lausanne, le 3 novembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Petry