Sachverhalt:
A.
Am 16. Juni 2015 sprach das Bezirksgericht Kreuzlingen X._ der Freiheitsberaubung, der mehrfachen einfachen Körperverletzung, der mehrfachen Drohung, der Veruntreuung, der Beschäftigung von Ausländerinnen und Ausländern ohne Bewilligung, des Betruges sowie des Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage schuldig. Es verurteilte ihn als teilweise Zusatzstrafe zu einem Strafbefehl vom 9. Mai 2015 zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von dreieinhalb Jahren.
B.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft sowie von X._ hin sprach ihn das Obergericht des Kantons Thurgau am 18. Januar 2016 zusätzlich der Vergewaltigung schuldig; vom Vorwurf des Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn unter Anrechnung der erstandenen Haft zu einer Freiheitsstrafe von 5 Jahren sowie einer Geldstrafe von 210 Tagessätzen zu Fr. 100.--, als Zusatzstrafe zum vorgenannten Strafbefehl.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, er sei vom Vorwurf der Vergewaltigung, der Freiheitsberaubung und der Drohung zum Nachteil seiner damaligen Lebensgefährtin freizusprechen. Wegen mehrfacher einfacher Körperverletzung, Drohung, Veruntreuung, Betrug und Beschäftigung von Ausländerinnen und Ausländern ohne Bewilligung sei er zu einer Freiheitsstrafe von maximal zweieinhalb Jahren sowie zu einer Geldstrafe von 210 Tagessätzen zu Fr. 100.-- zu ver urteilen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung der Unschuldsvermutung. Es sei nicht erstellt, dass er am 17. März 2009 nach einem Streit gegen den Willen seiner damaligen Lebensgefährtin den Geschlechtsverkehr mit ihr vollzogen habe. Ebensowenig habe er sie in der Küche eingeschlossen oder sie mit einem Messer bedroht. Die Vorinstanz lasse ausser Acht, dass die Geschädigte ihrer Mutter gegenüber nicht von der angeblichen Vergewaltigung berichtet habe. Sie habe vielmehr bestätigt, dass sie nach den Vorfällen zusammen mit dem Beschwerdeführer zu ihrer Schwester und anschliessend mit ihm nach Hause gefahren sei. Davon ausgehend sei es realitätsfremd anzunehmen, sie sei kurz vorher eingesperrt, bedroht und vergewaltigt worden. Auch die früheren Aussagen der Geschädigten würden erhebliche Zweifel an der Glaubhaftigkeit ihrer späteren Schilderungen begründen. Trotz im Übrigen detaillierten Ausführungen habe sie den Vergewaltigungsvorwurf anfangs nicht erwähnt. Sie habe ihn - anders als die angebliche Drohung - auch weder im SMS-Verkehr mit dem Beschwerdeführer noch im Formular betreffend Entbindung von der ärztlichen Schweigepflicht erhoben. Soweit sie sich zum Vorwurf der Vergewaltigung geäussert habe, sei dies erst auf Vorhalt und nur pauschal und oberflächlich geschehen. In den streitigen Punkten habe sie keine Aussagen gemacht. Das Aussageverhalten relativiere ihre Glaubwürdigkeit zusätzlich. Die Angaben der Geschädigten enthielten weitere Widersprüche. Ihre Behauptung, wonach sie direkt nach der Auseinandersetzung zu ihrer Mutter gefahren sei, sei nachweislich falsch. Auch das Verletzungsbild, welches einzig einen gebrochenen Kiefer zeige, passe nicht zu einer mehrstündigen Misshandlung. Es bestätige vielmehr die Angaben des Beschwerdeführers, dass er sie maximal dreimal geohrfeigt habe. Dies anerkenne auch die Vorinstanz. Wenn sie dennoch global auf die Aussagen der Geschädigten abstelle, verfalle sie in Willkür. Der Beschwerdeführer habe den Sachverhalt gleichbleibend und widerspruchsfrei geschildert und die Körperverletzung stets zugestanden. Es sei unhaltbar, wenn ihm die Vorinstanz vorwerfe, er habe nur rudimentäre Angaben gemacht, sie diesen Umstand aber bei der Geschädigten nicht beanstande. Es verletze die Unschuldsvermutung, wenn sie deren Aussagen als wahrheitsgemäss betrachte, bloss weil er kein Motiv für eine Falschaussage habe nennen können. Ohnehin nehme es die Geschädigte mit der Wahrheit nicht besonders genau, wie ein Strafverfahren gegen sie zeige.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, die Aussagen des Beschwerdeführers seien knapp, zuweilen inkonstant und teilweise lebensfremd. Der von ihm genannte Grund für den Streit sei nicht nachvollziehbar. Demgegenüber habe die Geschädigte den zentralen Handlungskern konsistent geschildert, ohne stereotyp zu sein. Demnach sei es in der Küche zum Streit gekommen, nachdem der Beschwerdeführer auf ihrem Mobiltelefon eine unbekannte Nummer entdeckt habe. In der Folge habe er das Mobiltelefon beschädigt, die Küchentüre abgeschlossen und die Geschädigte mehrmals mit der flachen Hand ins Gesicht geschlagen. Er habe ihr ein auf der Ablage liegendes Messer an den Hals gehalten und gedroht, sie umzubringen oder zu entstellen. Abschliessend sei es im Flur gegen ihren Willen zum Geschlechtsverkehr gekommen. Es treffe zu, dass die Geschädigte von erzwungenem Beischlaf nur anfänglich berichtet und hierzu später keine Angaben mehr gemacht habe. Ausgehend von ihren ersten Aussagen lasse sich dieses Verhalten aber durchaus erklären. Die Geschädigte habe den Beschwerdeführer auch nicht übermässig belastet. Zwar passe das Verletzungsbild ebenso zu seiner Version, doch sprächen die Schwere der Verletzungen sowie die Striemen am Rücken eher für die Version der Geschädigten. Ein Motiv für eine Falschbezichtigung sei nicht ersichtlich. Die Strafanzeige sei nicht von ihr ausgegangen. Aufgrund der gesamten Umstände sei auf die Darstellung der Geschädigten abzustellen und der Anklagesachverhalt erstellt.
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser ist offensichtlich unrichtig oder beruht auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253). Willkür liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht. Erforderlich ist, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 168; je mit Hinweisen). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Die beschwerdeführende Person hat genau darzulegen, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich sein soll. Dazu genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten oder die eigene Beweiswürdigung zu erläutern (<ref-ruling> E. 5.1 S. 356). Dass die von den Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür. Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in der vom Beschwerdeführer angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende selbständige Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 7 S. 82 mit Hinweisen).
1.4. Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung vorbringt, belegt, soweit es den qualifizierten Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 2, Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>) genügt, keine Willkür.
1.4.1. Die Vorinstanz würdigt die Aussagen der Beteiligten ausführlich und sorgfältig. Sie legt nachvollziehbar dar, weshalb sie die Angaben der Geschädigten als glaubhafter beurteilt als diejenigen des Beschwerdeführers. Dabei setzt sie sich mit seinen Einwänden und den behaupteten Widersprüchen in den Aussagen der Geschädigten auseinander. Dies gilt namentlich für den Einwand zum Zeitpunkt, in welchem die Geschädigte in der Küche eingesperrt gewesen sein soll, sowie zur Frage, ob der Beschwerdeführer mit ihr in der Küche war. Damit ist er nicht zu hören.
Die Vorinstanz begründet auch überzeugend, dass die Geschädigte den Handlungsablauf im Kerngehalt gleichbleibend, detailliert aber nicht stereotyp schildert. Es ist nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz erwägt, ihre Einlassungen seien insgesamt plausibel und in sich stimmig. Sie enthielten "innere Momente", die sich mit aktenkundigen Tatsachen oder mit Aussagen Dritter verknüpfen liessen. Dies gelte etwa für die inkriminierte Drohung mit dem Messer, das der Beschwerdeführer von der Ablage neben der Spüle genommen haben soll und welches er im Rahmen der Auseinandersetzung ebenfalls erwähne. Auffällig sei in diesem Zusammenhang auch die Formulierung der Geschädigten, wonach der Beschwerdeführer gedroht habe, sie umzubringen oder im Gesicht zu entstellen, damit kein anderer Mann sie mehr anschaue. Es ist unbestritten, dass die Mutter der Geschädigten dasselbe Detail in der polizeilichen Einvernahme erwähnte. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz diesen Umstand als Indiz für tatsächlich Erlebtes interpretiert. Die Drohung, die Geschädigte für andere Männer unattraktiv zu machen, erscheint zudem vor dem Hintergrund vorgeworfener Untreue glaubhaft. Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, gilt dies ebenso für die Tatsache, dass die Geschädigte noch am Tatabend gegenüber ihrer Mutter und später per SMS an den Beschwerdeführer sowie Tags darauf gegenüber dem behandelnden Arzt von der Drohung berichtet hat. Die Mutter beschrieb ihre Tochter am Tatabend als "völlig aufgelöst und zitternd". Dies ist, gerade angesichts der Tatsache, dass es gemäss Aussagen der Geschädigten erstmals in der Beziehung mit dem Beschwerdeführer zu sexueller Gewalt gekommen war, und dass sie befürchtet hatte, "dieses Mal" bringe er sie um, plausibel.
Die Vorinstanz begründet auch überzeugend, dass das von der Geschädigten beschriebene wiederholte Prallen gegen den Fensterhebel, jedesmal, wenn der Beschwerdeführer sie mit der flachen Hand geschlagen habe, während sie auf dem Schüttstein gesessen habe, eine schlüssige Erklärung für die Striemen auf ihrem Rücken bilde. Demgegenüber vermöge der vom Beschwerdeführer als Grund genannte, heftige Geschlechtsverkehr, während dessen die Geschädigte an der Wand gelehnt habe, die Striemen kaum zu erklären. Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass es den Beweiswert ihrer Aussage nicht schmälert, dass die Geschädigte nicht genau sagen konnte, wie oft der Beschwerdeführer sie geschlagen hatte und wie lange der Geschlechtsverkehr dauerte. Dies überrascht angesichts der Dauer der Auseinandersetzung von mehreren Stunden nicht. Hinsichtlich des Vergewaltigungsvorwurfs fällt zudem auf, dass die Geschädigte die Vorkommnisse in direkter Rede schildert. Sie führt aus, hierzu sei es gekommen, nachdem sie die Küche verlassen und der Beschwerdeführer gesagt habe, sie habe "einen geilen Arsch". Diese Äusserung ist als Anlass für den Geschlechtsverkehr glaubhaft. Sie wirkt zudem von der Wortwahl her authentisch. Gleiches gilt für die Erklärung der Geschädigten, dass sie sich nicht gewehrt, sondern "nur" geweint habe, weil sie Angst gehabt habe, der Beschwerdeführer würde sie wieder schlagen. Die Furcht vor weiteren Misshandlungen ist nach dem Erlebten ebenso nachvollziehbar, wie die fehlende Lust auf Geschlechtsverkehr. Die Vorinstanz betrachtet diese Aussagen willkürfrei als glaubhaft.
1.4.2. Unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden ist sodann, dass die Vorinstanz die Aussagen des Beschwerdeführers als wenig überzeugend erachtet. Sie begründet dies nachvollziehbar damit, dass diese teilweise widersprüchlich und in wesentlichen Punkten nicht einleuchtend sind. Dies gilt etwa für den vom Beschwerdeführer genannten Grund für den heftigen, handgreiflichen Streit. Es ist unbestritten und erstellt, dass die Geschädigte aufgrund der Misshandlungen unter anderem einen Bruch des Unterkieferknochens erlitten hat. Dies lässt augenscheinlich auf eine heftige Gewalteinwirkung schliessen. Es ist nicht plausibel, dass es hierzu gekommen sein soll, weil der Beschwerdeführer der Geschädigten den Wunsch, gemeinsam auswärts Kaffee trinken zu gehen, abgeschlagen und sie in der Folge geschmollt hat. Wie die Vorinstanz zu Recht erwägt, erscheint dies auch angesichts der Tatsache, dass die Geschädigte ausgesagt hat, sie sei von der Arbeit müde gewesen, wenig überzeugend. Der Beschwerdeführer hat auf Vorhalt denn auch eingestanden, dass es um einen "anderen Mann" ging. Ebenso hat er letztlich eingeräumt, das Mobiltelefon der Geschädigten deswegen beschädigt zu haben. Nicht schlechterdings unhaltbar ist in diesem Zusammenhang die Argumentation der Vorinstanz, wonach es merkwürdig sei, wenn der Beschwerdeführer, der sich selber als jemanden beschreibe, der bei Verdacht auf Untreue jeweils "die Kontrolle verliere", angebe, die Diskussion sei im Anschluss an die drei zugestandenen Ohrfeigen wieder ruhig verlaufen. Dies erstaune umso mehr, als die Geschädigte beim Übergriff einen Kieferbruch erlitten habe. Auch erkläre dies nicht, warum die Geschädigte noch Stunden später über Kopfschmerzen geklagt und geweint habe, wenn abgesehen von drei Ohrfeigen keine Übergriffe stattgefunden hätten. Es ist nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz der Darstellung des Beschwerdeführers, dass er die Geschädigte höchstens dreimal geohrfeigt habe, keinen Glauben schenkt. Soweit er einwendet, deren Schilderung einer mehrstündigen Misshandlung sei angesichts der relativ leichten Verletzungen unglaubhaft, kann ihm nicht gefolgt werden. Die Geschädigte behauptet nicht, sie sei während Stunden geschlagen worden. Sie gibt an, die Diskussion mit dem Beschwerdeführer, in deren Verlauf sie mehrmals geschlagen und eingesperrt worden sei, habe Stunden gedauert. Dies entspricht unbestritten den Tatsachen.
Als nicht schlüssig erweist sich auch der Einwand des Beschwerdeführers, es sei realitätsfremd anzunehmen, die Geschädigte wäre mit ihm zusammen zu ihrer Schwester und wieder zurück gefahren, wenn sie kurz zuvor von ihm eingesperrt, bedroht und vergewaltigt worden wäre. Den Aussagen der Geschädigten ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer auf ihre Begleitung bestanden hat, um zu klären, ob "das mit der Nummer" stimme, d.h. ob die ihm unbekannte Nummer von der Schwester angerufen worden sei. Sie habe nach den Geschehnissen nur aus der Wohnung gewollt, was er mit der vorgenannten Begründung verweigert habe. Die gemeinsame Fahrt zur Schwester der Geschädigten erfolgte somit aus ihrer Sicht nicht freiwillig, sondern auf Druck des Beschwerdeführers. Diese Erklärung ist zudem nachvollziehbar angesichts der Tatsache, dass die Ursache des Streits die Eifersucht des Beschwerdeführers wegen einer ihm unbekannten Nummer im Mobiltelefon der Geschädigten war. Von einer unhaltbaren Beweiswürdigung der Vorinstanz kann keine Rede sein. Nicht einleuchtend ist ferner, weshalb es gegen die Glaubwürdigkeit der Geschädigten sprechen oder den Beschwerdeführer entlasten soll, dass er die Drohung noch am Tatabend per SMS bestritten hat.
1.4.3. Im Lichte der von der Vorinstanz nachvollziehbar als glaubhaft beurteilten Aussagen der Geschädigten ist es nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz - trotz den insoweit knappen Angaben - auch den Vorwurf der Vergewaltigung als erstellt erachtet. Sie nennt zudem hierfür eine jedenfalls nicht unhaltbare Erklärung. Sie erwägt, ausgehend von der Aussage der Geschädigten habe der Beischlaf aus einer spontanen Reaktion des Beschwerdeführers heraus stattgefunden. Es sei daher verständlich, dass sie, als sie realisiert habe, dass eine Vergewaltigung zwar fehlendes Einverständnis, nicht aber zwingend Gewalt voraussetze, den Vorwurf auf dem Formular betreffend Entbindung vom ärztlichen Berufsgeheimnis durchgestrichen und ihn später nicht mehr von sich aus erwähnt habe. Zudem ist es durchaus nicht aussergewöhnlich, dass Opfer von Sexualdelinquenz und häuslicher Gewalt aus Scham, Furcht oder Schuldgefühlen über das Vorgefallene nicht, oder nicht ausführlich sprechen können. Es spricht daher nicht gegen die Glaubhaftigkeit der Geschädigtenaussage, dass diese mit Bezug auf den Vergewaltigungsvorwurf recht knapp ausgefallen ist und dass die Geschädigte im Verfahrensverlauf keine Angaben hierzu mehr machen wollte. Zutreffend und unbestritten ist schliesslich, dass die Geschädigte den Beschwerdeführer nicht übermässig belastet hat. Sie hat ausgesagt, er habe beim Geschlechtsakt keine Gewalt angewandt und es tue ihm jeweils Leid, dass er sie geschlagen habe. Auch ein Motiv für eine Falschanzeige ist mit der Vorinstanz nicht ersichtlich. Dies ist ebenfalls unbestritten. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers verletzt es nicht die Unschuldsvermutung, diesen Umstand als Indiz für die Glaubhaftigkeit der Aussagen der Geschädigten zu werten. Soweit er deren Glaubwürdigkeit unter Hinweis auf ein Strafverfahren in Frage stellt, weist die Vorinstanz zutreffend darauf hin, dass für die Wahrheitsfindung nicht die Glaubwürdigkeit als persönliche Eigenschaft, sondern die Glaubhaftigkeit der konkreten Aussage im Vordergrund steht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 45 f.; Urteil 6B_851/2015 vom 7. März 2016 E. 3.2).
1.5. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz den Sachverhalt willkürfrei festgestellt.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung. Soweit er die Reduktion der vorinstanzlich ausgefällten Strafe mit den beantragten Freisprüchen begründet, ist auf seine Ausführungen nicht weiter einzugehen.
2.2. Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, die vorinstanzliche Strafzumessung als rechtsfehlerhaft erscheinen zu lassen. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6 mit Hinweis). Solches ist nicht ersichtlich und behauptet der Beschwerdeführer auch nicht. Er hält lediglich dafür, eine Einsatzstrafe von maximal zweieinhalb Jahren sei angemessen, ohne indes anzugeben, ob dies für die Drohung (gegenüber einem Dritten) oder die einfache Körperverletzung gegenüber der Geschädigten gelten soll. Zudem sei die Einsatzstrafe aufgrund seiner leicht verminderten Zurechnungsfähigkeit um ein halbes Jahr zu reduzieren. Wie sich aus den Erwägungen zur Strafzumessung im angefochtenen Urteil ergibt, hat die Vorinstanz aufgrund der gutachterlich attestierten "möglicherweise" leichtgradig verminderten Schuldfähigkeit mit Bezug auf die dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Gewaltdelikte zum Nachteil seiner damaligen Lebensgefährtin eine leichte Strafminderung vorgenommen. Damit hat sie der allenfalls leicht verminderten Schuldfähigkeit in nicht zu beanstandender Weise angemessen Rechnung getragen.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang hat der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten zu tragen (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer beantragt, dass sein amtlicher Verteidiger für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen sei. Er stellt indessen kein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Die unentgeltliche Rechtspflege wird unter Vorbehalt von <ref-law> nicht von Amtes wegen gewährt. Für das Verfahren vor Bundesgericht ist deshalb ein besonderes Gesuch zu stellen, auch wenn im vorinstanzlichen Verfahren ein entsprechendes Gesuch bewilligt worden ist (HANSJÖRG SEILER, in: Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, BGG, 2. Aufl., 2015, N. 8 zu <ref-law>; THOMAS GEISER, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl., 2011 N. 18 und N. 23 zu <ref-law>). Auf den Antrag des Beschwerdeführers um Entschädigung seines amtlichen Verteidigers ist daher nicht einzutreten. Im Übrigen wäre ein entsprechendes Gesuch zufolge Aussichtslosigkeit ohnehin abzuweisen gewesen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Matt