Faits :
A.
A._, né en 1991, a présenté le 8 octobre 2014 une demande de prestations auprès de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI). En 2011, alors qu'il suivait un apprentissage de peintre en bâtiment, il s'est blessé à la cheville gauche lors d'une partie de football. Il a interrompu son apprentissage le 28 juin 2013. Le 17 avril 2014, il a subi une arthroscopie de la cheville gauche. Estimant que l'assuré avait retrouvé une capacité de travail entière dans une activité adaptée à ses limitations fonctionnelles à partir du 1er décembre 2014 et que, de ce fait, il ne subissait pas de perte de gain, l'office AI a rejeté, par décision du 4 septembre 2015, la demande de prestations tant pour le droit à une rente d'invalidité que pour le droit au reclassement dans une nouvelle profession.
B.
Saisie d'un recours de A._, la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice de la République et canton de Genève a, par jugement du 28 novembre 2016, annulé la décision attaquée en tant qu'elle reconnaissait un degré d'invalidité nul et refusait la mesure de reclassement à laquelle l'assuré avait droit. Le Tribunal cantonal a donc renvoyé le dossier à l'office AI pour nouvelle décision au sens des considérants, en particulier pour qu'il mette en oeuvre le reclassement de A._.
C.
L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à la confirmation de sa décision du 4 septembre 2015. L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a renoncé à se déterminer, tandis que l'assuré conclut à l'irrecevabilité du recours, principalement à son rejet et subsidiairement au renvoi de la cause pour instruction complémentaire au sens des considérants. A._ demande en outre à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Bien que le dispositif du jugement entrepris, à son ch. 4, renvoie la cause à l'office recourant, il ne s'agit pas d'une décision incidente au sens de l'<ref-law> vu que la juridiction cantonale a statué définitivement sur le droit de l'intimé au reclassement dans une nouvelle profession (ch. 3 combiné avec le ch. 4 du dispositif). Le renvoi de la cause pour instruction complémentaire du point de vue médical ne vise que le droit à la rente d'invalidité (ch. 3 et 4 du dispositif renvoyant à la p. 23 de la motivation du jugement). Le recours est dès lors recevable dans la mesure où il concerne le droit au reclassement qui a fait l'objet d'un jugement final (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 127).
2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (<ref-law>).
3.
Selon l'<ref-law>, l'assuré a droit au reclassement dans une nouvelle profession si son invalidité rend cette mesure nécessaire et que sa capacité de gain peut ainsi, selon toute vraisemblance, être maintenue ou améliorée.
4.
4.1. S'agissant du droit à une mesure de reclassement, les premiers juges ont constaté que l'intéressé avait dû interrompre son apprentissage à la suite des séquelles de son accident à la cheville gauche en 2011. Un reclassement devait selon eux permettre à l'assuré d'améliorer sa capacité de gain, étant entendu que ce dernier, contrairement à ce que l'office recourant avait retenu, subissait en raison de son invalidité une perte de gain d'au moins 10 à 12 %, suffisante pour avoir droit à une telle mesure. La juridiction cantonale a en outre considéré que l'intéressé remplissait également les conditions pour bénéficier du reclassement grâce à son aptitude favorable à être reclassé.
4.2. L'office recourant soulève essentiellement deux griefs à l'encontre du jugement entrepris. Le premier concerne l'interruption de l'apprentissage de peintre en bâtiment qui ne serait pas imputable à des raisons de santé, notamment aux suites de l'accident de 2011. Le deuxième concerne les conditions de l'<ref-law> qui ne seraient pas remplies, d'une part, parce que l'intimé n'a pas subi une diminution de la perte de gain d'au moins 20 %, seuil minimum pour avoir droit au reclassement dans une nouvelle profession, sous réserve des exceptions jurisprudentielles non réalisées en l'espèce. D'autre part, même s'il a dû interrompre sa formation professionnelle initiale, l'assuré n'aurait pas droit à une nouvelle formation dans la mesure où les derniers revenus perçus étaient inférieurs à l'indemnité journalière d'invalidité. Enfin, le jugement cantonal serait contradictoire car on ne pouvait pas retenir, sans tomber dans l'arbitraire, que les conditions pour le droit au reclassement étaient remplies et, en même temps, renvoyer la cause pour instruction médicale complémentaire concernant le droit à la rente d'invalidité. L'octroi d'une mesure de reclassement pouvait en effet être influencé par le résultat de cette instruction médicale.
5.
Le grief soulevé par l'office recourant concernant le seuil du montant de l'indemnité journalière à atteindre pour avoir droit au reclassement est fondé.
5.1. Le droit au reclassement présuppose en effet que l'assuré ait obtenu, avant la survenance de l'invalidité, un revenu provenant d'une activité lucrative d'une certaine importance économique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 120; MICHEL VALTERIO, Droit de l'assurance-vieillesse et survivants [AVS] et de l'assurance-invalidité [AI], 2011, p. 451 n. 1682). Ainsi, l'<ref-law> prévoit que lorsqu'une formation initiale a dû être interrompue en raison de l'invalidité de l'assuré, une nouvelle formation professionnelle est assimilée à un reclassement, seulement si le revenu acquis en dernier lieu par l'assuré durant la formation interrompue était supérieur à l'indemnité journalière prévue par l'<ref-law>. Selon cette dernière disposition, l'indemnité de base s'élève à 30 % du montant maximum de l'indemnité journalière fixée à l'<ref-law> pour l'assuré qui a atteint l'âge de 20 ans et qui aurait entrepris une activité lucrative après avoir terminé sa formation s'il n'avait pas été invalide. Le but de l'<ref-law> est, entre autres objectifs, de distinguer le reclassement de la formation professionnelle initiale au sens de l'<ref-law> (MICHEL VALTERIO, op. cit., p. 452 n. 1685).
5.2. Le montant maximum de l'indemnité journalière était en 2013, date de l'interruption de l'apprentissage suivi par l'intimé, de 346 fr. par jour (art. 22 al. 1 de l'ordonnance sur l'assurance-accidents [OLAA; RS 832.202] du 20 décembre 1982 auquel renvoient les art. 23 al. 2 et 24 al. 1 LAI).
Or il ressort du contrat d'apprentissage conclu entre l'assuré et B._ Sàrl que son salaire horaire lors de la deuxième année d'apprentissage s'élevait à 8 fr. 65 par heure, pour 41 heures par semaine. Ce montant correspond à un salaire journalier de 70 fr. 93, auxquels on doit ajouter 8,33 % pour les vacances, soit 76 fr. 84. Ce montant est inférieur au 30 % du montant maximum de l'indemnité journalière, soit 103 fr. 80. La condition prévue à l'<ref-law> n'étant pas remplie, l'intimé n'a pas droit aux mesures de reclassement, sans qu'il soit nécessaire de se prononcer sur les autres griefs formulés par le recourant. Bien fondé, le recours doit être admis et le jugement cantonal annulé dans la mesure où la juridiction cantonale a reconnu à tort le droit aux mesures de reclassement. Le cas échéant, il est loisible à l'assuré de présenter une demande (motivée) à l'assurance-invalidité visant à être mis au bénéfice d'une mesure de formation au sens de l'<ref-law>.
6.
Les frais afférents à la présente procédure doivent être supportés par l'assuré qui succombe (<ref-law>). Ce dernier a cependant déposé une demande d'assistance judiciaire visant à la dispense des frais judiciaires et à la désignation d'un avocat d'office. Dès lors que les conditions d'octroi sont réalisées (art. 64 al. 1 et 2 LTF), l'assistance judiciaire lui est accordée. Il est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la Caisse du Tribunal fédéral, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. La décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 28 novembre 2016, est annulée en ce sens que l'intimé n'a pas droit aux mesures de reclassement. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
L'assistance judiciaire est accordée et M e Elodie Skoulikas est désignée comme avocate d'office de l'assuré.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 2'400 fr. est allouée à l'avocate de l'assuré à titre d'honoraires à payer par la Caisse du Tribunal fédéral.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 août 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
La Greffière : Flury