Sachverhalt:
A.
A.A._, Ehemann von B.A._, geht einer selbstständigen Erwerbstätigkeit als Landwirt nach. Am 5. Oktober 2006 veräusserte er sein in der Bauzone gelegenes Grundstück Grundbuch (GB) U._ Nr. xxx, Plan yyy, Parzelle Nr. zzz. In der Buchhaltung seines Landwirtschaftsbetriebs verbuchte er im Zusammenhang mit diesem Verkaufsgeschäft eine Ersatzbeschaffungsrückstellung von Fr. 236'685.--. In demselben und in den folgenden Jahren löste er im Zusammenhang mit verschiedenen Anschaffungen diese Rückstellung nach und nach auf, so dass der Bestand der Ersatzbeschaffungsrückstellung per Ende 2009 Fr. 30'855.75 betrug. Unter den Ersatzbeschaffungen befand sich auch ein Nissan X-Trail für Fr. 37'000.--. Die Steuerkommission U._ nahm während den Steuerperioden 2006-2008 diesbezüglich keine Korrekturen vor. In der Steuererklärung 2006 notierte eine Mitarbeiterin oder ein Mitarbeiter des Gemeindesteueramtes U._ hinter dem Konto "2700, Rückstell. f. Ersatzbesch. 10.9." handschriftlich "Grundstückgewinn".
Am 15. April 2011 veranlagte die Steuerkommission A.A._ und B.A._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2009, wobei sie beim Vermögen Fr. 6'650.-- für das auf die Ehefrau übertragene Fahrzeug aufrechnete. Gleichentags veranlagte die Steuerkommission A.A._ für den Verkauf des Grundstückes GB U._ Nr. xxx, Plan yyy, Parzelle Nr. zzz mit einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 5'428.--. Sämtliche Ersatzbeschaffungen mit Ausnahme des Fahrzeuges wurden anerkannt. Am 12. Mai 2011 erhoben die Steuerpflichtigen Einsprache gegen die Veranlagung der Kantons- und Gemeindesteuern 2009 und beantragten, die Vermögensaufrechnung betreffend das Fahrzeug sei aufzuheben. Gleichentags erhoben die Steuerpflichtigen auch Einsprache gegen die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer und beantragten die "Anerkennung der Ersatzbeschaffung" hinsichtlich des Fahrzeuges.
Am 10. November 2014 wies die Steuerkommission die Einsprache Kantons- und Gemeindesteuer 2009 ab und rechnete beim Einkommen einen Gewinn aus der Auflösung der Ersatzbeschaffungsrückstellung von Fr. 61'274.-- auf. Gleichentags hob sie die Grundstückgewinnsteuerveranlagung auf und setzte die Steuer auf Fr. 0.-- fest.
B.
Einen gegen den Einspracheentscheid vom 10. November 2014 betreffend Kantons- und Gemeindesteuer 2009 erhobenen Rekurs der Steuerpflichtigen wies das Spezialverwaltungsgericht Steuern des Kantons Aargau mit Urteil vom 20. August 2015 ab. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 22. September 2015 an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau beantragten die Steuerpflichtigen, das Urteil des kantonalen Spezialverwaltungsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und festzustellen, dass der veranlagte Kapitalgewinn von Fr. 61'274.-- ersatzlos gestrichen werde. Zudem sei der Vermögenswert der Fahrzeuge mit Fr. 6'600.-- ersatzlos zu streichen. Das kantonale Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 22. April 2016 kostenfällig ab.
C.
Mit Beschwerde vom 27. Mai 2016 an das Bundesgericht beantragen die Steuerpflichtigen, in kostenfälliger Aufhebung des Urteils des kantonalen Verwaltungsgerichts vom 22. April 2016 sei festzustellen, dass aus dem Kaufvertrag vom 5. Oktober 2006 ein Gewinn von Fr. 30'855.-- verblieben sei. In diesem Sinn sei festzustellen, dass die bisher anerkannten Ersatzbeschaffungen, so auch der 2006 angekaufte Nissan, für Fr. 37'000.-- mit zu berücksichtigen seien. Zudem sei grundsätzlich festzustellen, dass der Gewinn aus dem Verkauf des Jahres 2006 der nach den erfolgten Ersatz und anerkannten Ersatzbeschaffungen verblieben ist, mit Fr. 30'855.-- der Grundstückgewinnsteuer zu unterwerfen sei, eventualiter sei dieser Betrag als Kapitalgewinn festzulegen.
Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführer haben frist- (<ref-law>) und formgerecht (<ref-law>) eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten eingereicht. Diese richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz auf dem Gebiet der direkten Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2009. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 [StHG; SR 642.14]).
1.2. Die Beschwerdeführer haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind mit ihren Anträgen unterlegen. Sie haben im Sinne des unten Stehenden ein schutzwürdiges Interesse (<ref-law>) an der Aufhebung bzw. an der Abänderung des angefochtenen Urteils.
1.2.1. Im Steuerrecht wird mit der Veranlagungsverfügung Bestand und Umfang der Steuerforderung, mithin des Geldbetrages, welcher der Private dem Gemeinwesen schuldet, festgesetzt. Das Dispositiv der Veranlagungsverfügung enthält jedoch nicht nur den geschuldeten Steuerbetrag, sondern auch die Veranlagungsfaktoren (PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2015, N. 13 zu Einführung zu <ref-law>; zum Begriff der Steuerfaktoren [Einkommen, Vermögen, Gewinn, Kapital, Grundstückgewinn] MARTIN ZWEIFEL, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3. Aufl. 2017, N. 39 zu Art. 46 StHG). Anfechtbar und bei unterlassener Anfechtung der formellen Rechtskraft zugänglich sind demnach auch die im Dispositiv festgelegten Steuerfaktoren (<ref-ruling> E. 2.4.2 und E. 2.4.3 S. 120)
1.2.2. In Auslegung nach Treu und Glauben können die im bundesgerichtlichen Verfahren gestellten Anträge (vgl. oben, Sachverhalt C.) in dem Sinn entgegen genommen werden, dass das angefochtene Urteil kostenfällig aufzuheben und ein Gewinn von Fr. 30'855.-- mit der Grundstückgewinnsteuer zu erfassen, eventualiter das angefochtene Urteil kostenfällig aufzuheben und der Steuerfaktor Kapitalgewinn der Steuerperiode 2009 auf Fr. 30'855.-- festzusetzen sei, dafür die Aufrechnung aus Auflösung der Ersatzbeschaffungsrückstellung im Jahr 2009 zu unterbleiben habe. Auf die in diesem Sinn verstandenen Anträge kann eingetreten werden. Auf Grund der Möglichkeit, das angestrebte Ziel mit einem Leistungs- bzw. einem Gestaltungsbegehren zu erreichen, fehlt es den Beschwerdeführern hingegen an dem für ein Feststellungsbegehren vorausgesetzten schutzwürdigen Feststellungsinteresse (zur Subsidiarität von Feststellungsbegehren vgl. <ref-ruling> E. 2b, E. 2c S. 303 f.; Urteil 2C_620/2016 vom 30. November 2016 E. 1.2; zu Art. 25 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren [VwVG; SR 172.021] ausdrücklich ISABELLE HÄNER, Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2. Aufl. 2016, N. 21 f. zu <ref-law>), weshalb auf die Feststellungsanträge nicht einzutreten ist.
1.3. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und Art. 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Als spezialgesetzliche Bestimmung ermöglicht Art. 73 StHG dem Bundesgericht nicht nur die Prüfung der Vereinbarkeit der kantonalen Gesetzgebung mit den bundesrechtlichen Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes mit freier Kognition (wozu es sich bereits auf <ref-law> stützen könnte), sondern, zur Herstellung der Konkordanz mit dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG, SR 642.11) auch die freie Überprüfung der Auslegung und Anwendung von harmonisiertem kantonalem Gesetzesrecht. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteile 2C_693/2014 / 2C_694/2014 vom 4. März 2015 E. 2.1; 2C_153/2014 vom 4. September 2014 E. 1.2).
2.
Die Beschwerdeführer rügen, die Veranlagungsverfügung direkte Bundessteuer 2009 sei rechtskräftig, weshalb es widersprüchlich und mit dem Grundsatz von Treu und Glauben nicht zu vereinbaren sei, wenn über dieselbe Sache auf der Ebene der Kantons- und Gemeindesteuern anders geurteilt werde, zumal im Zeitpunkt der Veranlagung das Urteil 2C_708/2010 bekannt gewesen sei. Das Verfahren auf Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer im Zusammenhang mit dem im Jahr 2006 erfolgten Verkauf des Grundstückes GB U._ Nr. xxx, Plan yyy, Parzelle Nr. zzz sei ebenfalls rechtskräftig abgeschlossen; in diesem Verfahren habe sich die Steuerkommission vollumfänglich einem Bericht eines Landwirtschaftsexperten angeschlossen und keine Ankündigung einer reformatio in peius für die Einkommenssteuer in Aussicht gestellt, noch eine Revision beschlossen. Die nachträgliche Aufrechnung einer in diesem Zusammenhang - d.h. mit dem Verkauf eines land- und forstwirtschaftlichen Grundstückes - gebildeten, rechtskräftig anerkannten Ersatzbeschaffung sei nicht möglich, und der betreffende Gewinn aus dem im Jahre 2006 erfolgten Grundstückverkauf hätte in Anwendung von § 27 Abs. 4 des Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 des Kantons Aargau (StG/AG) besteuert werden müssen, ansonsten die Anerkennung der betreffenden Ersatzbeschaffung undenkbar gewesen wäre. Die Beschwerdeführer leiten aus dem handschriftlichen Vermerk "Grundstückgewinnsteuer" einer Mitarbeiterin oder eines Mitarbeiters der Steuerverwaltung ein aus dem Vertrauensschutz (<ref-law>) fliessendes Recht auf eine solche Besteuerung ab, zumal ein Recht auf Besteuerung eines Kapitalgewinnes aus dem Jahre 2006 als verwirkt zu erachten sei. Die Aufrechnung des Vermögenswertes des Fahrzeuges sei zudem deswegen falsch, weil die Ehefrau des Beschwerdeführers im Landwirtschaftsbetrieb mitarbeite und somit auch ein Geschäftsvermögen habe.
2.1. In einem ersten Schritt gilt es, den Streitgegenstand des vorliegenden bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahrens zu definieren. Der Streitgegenstand des bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahrens bestimmt sich nach dem Dispositiv des angefochtenen Entscheids und den Beschwerdeanträgen (<ref-ruling> E. 5 S. 174; Urteile 2C_961/2013 vom 29. April 2014 E. 3.3; 2C_930/2012 vom 10. Januar 2013 E. 1.1). Der Streitgegenstand kann sich im Laufe des Rechtsmittelverfahrens grundsätzlich (vgl. jedoch zur Anwendbarkeit der Offizialmaxime im Einspracheverfahren Art. 48 Abs. 4 StHG und dazu bereits grundlegend URS R. BEHNISCH, Die Verfahrensmaximen und ihre Auswirkung auf das Beweisrecht im Steuerrecht [dargestellt am Beispiel der direkten Bundessteuer], ASA 56 S. 610) nur verengen, nicht aber erweitern, weshalb Gegenstand des bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahrens nur sein kann, was bereits Gegenstand des vorangegangenen Verfahrens war oder hätte sein sollen (<ref-ruling> E. 2 S. 38; <ref-ruling> E. 2.1 S. 165; 2C_1069/2015 vom 3. November 2016 E. 1.3).
Im der Offizialmaxime unterstehenden Einspracheverfahren betreffend die Veranlagung der Kantons- und Gemeindesteuer 2009 (vgl. Art. 48 Abs. 4 StHG) rechnete die Steuerkommission einen Gewinn aus der Auflösung einer Ersatzbeschaffungsrückstellung von Fr. 61'274.-- auf (Berechnung: Anfangsbestand Ersatzbeschaffungsrückstellung Fr. 236'685.-- abzüglich Auflösung 2006 [Fr. 123'419.-- abzüglich nicht anerkannter Ersatzbeschaffung Nissan X-Trail Fr. 37'000.-- =] Fr. 86'419.-- abzüglich Ersatzbeschaffung 2007 - 2009 Fr. 82'410 = 67'856.-- abzüglich AHV-Betrag 9.7 % Fr. 6'582.-- = Fr. 61'274.--). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer war somit Gegenstand des Einspracheverfahrens (vgl. dazu oben, Sachverhalt, A) der Steuerfaktor Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit der Steuerperiode 2009, welcher im Zusammenhang mit der Auflösung einer buchhalterischen Rückstellung (vgl. dazu ausführlich unten, E. 2.2.1) um Fr. 61'274.-- auf Fr. 127'800.-- erhöht wurde, und nicht der Gewinn aus dem Verkauf des Grundstückes GB U._ Nr. xxx, Plan yyy, Parzelle Nr. zzz. Das vorliegende bundesgerichtliche Verfahren erstreckt sich demnach nicht auf die Besteuerung des aus diesem Grundstückverkauf erzielten Gewinnes, sondern bleibt auf den Steuerfaktor Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit der Steuerperiode 2009 beschränkt. Auf die Ausführungen in der Beschwerdeschrift zur Qualifikation des verkauften Grundstückes und dessen Besteuerung nach § 27 Abs. 4 StG/AG (Erfassung des Gewinns mit der Grundstückgewinnsteuer oder mit der Kapitalsteuer; Verwirkung eines Rechts zur Kapitalbesteuerung) wird nicht eingegangen, zumal ein handschriftlicher Vermerk einer unbekannten Mitarbeiterin oder Mitarbeiters des Steueramtes auf der Steuererklärung zum Vornherein nicht als eine den Vertrauensschutz (<ref-law>) auslösende individuelle Zusicherung (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_1045/2015 vom 13. April 2016 E. 3.3.3) angesehen werden kann.
2.2. Die Aufrechnung ist nicht zu beanstanden.
2.2.1. Der harmonisierte Begriff der Ersatzbeschaffung gemäss Art. 8 Abs. 4 StHG ist mit demjenigen des Rechts der direkten Bundessteuer (Art. 30 Abs. 1 DGB) identisch (Botschaft des Bundesrates vom 22. Juni 2005 zum Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen [Botschaft Unternehmenssteuerreform II], BBl 2005 4818; Votum Ständerätin Slongo für die Kommission, AB 2006 S 60). Eine Ersatzbeschaffung im Sinne der direkten Bundessteuer und des harmonisierten Steuerrechts liegt vor, wenn Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens, d.h. des betriebsnotwendigen Anlagevermögens, durch ein Surrogatersetzt werden (Urteile 2C_1118/2015 vom 10. Juni 2016 E. 2.1; 2C_142/2012 vom 12. Dezember 2013 E. 3.6). Die stillen Reserven können dabei auf die Ersatzbeschaffung übertragen werden, indem das Surrogat in deren Umfang in der Handelsbilanz abgeschrieben wird (seit Inkrafttreten am 1. Januar 2013 und Ablauf der Übergangsfrist ausdrücklich <ref-law>; ALTORFER/ DUSS/FELBER, Querschnittsthemen des Rechnungslegungsrechts: Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerbilanz, in: Rechnungslegung nach Obligationenrecht, veb.ch Praxiskommentar, 2014, S. 900). Findet die Ersatzbeschaffung nicht im gleichen Geschäftsjahr statt, so stellt sich die Frage, ob im Umfang der stillen Reserven eine Rückstellung (seit Inkrafttreten am 1. Januar 2013 und Ablauf der Übergangsfrist ausdrücklich im Sinne von <ref-law>) gebildet werden kann (vgl. dazu ALTORFER/DUSS/FELBER, a.a.O., S. 900). Rückstellungen sind vorläufige Korrekturen, weshalb deren geschäftsmässige Begründetheit in jeder Periode zu überprüfen und, falls es in der betreffenden Periode an dieser Voraussetzung fehlt, die nicht (mehr) begründete Rückstellung in der Steuerbilanz aufzulösen und der steuerbare Gewinn entsprechend zu erhöhen ist (Urteil 2C_1118/2015 vom 10. Juni 2016 E. 2.3.3; ALTORFER/DUSS/FELBER, a.a.O., S. 892 f.).
2.2.2. Auf Grund des Streitgegenstandes (vgl. dazu oben, E. 2.1) nicht zu prüfen ist, ob die Steuerbehörden die im Zusammenhang mit dem Verkauf des Grundstückes GB U._ Nr. xxx, Plan yyy, Parzelle Nr. zzz gebildete Rückstellung in den Steuerperioden 2006-2008 zu Recht als geschäftsmässig begründet angesehen haben. Im Rahmen der Veranlagung der vorliegend massgeblichen Kantons- und Gemeindesteuern 2009 konnte die Steuerkommission ohne weiteres prüfen, ob die gebildete Rückstellung in dieser Steuerperiode 2009als geschäftsmässig begründet (Art. 10 Abs. 1 StHG) zu qualifizieren sei (oben, E. 2.2.1) bzw. diese Rückstellung zur Abschreibung des Steuerwertes des betreffenden Fahrzeuges verwendet werden konnte; die Anerkennung der steuerlichen Abzugsfähigkeit dieser Rückstellung in den vorangegangenen Steuerperioden steht, entgegen der in der Beschwerdeschrift vertretenen Ansicht, einer Überprüfung nicht entgegen (vgl. oben, E. 2.2.1). Mit dieser Überprüfung hat die Vorinstanz weder das verfassungsrechtliche Prinzip von Treu und Glauben (<ref-law>) noch das Willkürverbot (<ref-law>) verletzt.
2.2.3. Im angefochtenen Urteil hat die Vorinstanz sich zwar nicht im Einzelnen mit den am 10. November 2014 auf Einsprache hin vorgenommenen Aufrechnungen auseinandergesetzt. Aus der Begründung des angefochtenen Urteils geht jedoch deutlich hervor, dass die Vorinstanz die beanstandete Aufrechnung deswegen schützte, weil der betreffende Nissan X-Trail als der Ehefrau des Beschwerdeführers gehörendes Fahrzeug bei richtiger Betrachtung niemals Gegenstand des Geschäftsvermögens des Beschwerdeführers bilden könne (angefochtenes Urteil, E. 4, S. 7). Inwiefern diese rechtliche Qualifikation unzutreffend sein sollte, ist nicht ersichtlich. Die pauschal gehaltene Aussage des Beschwerdeführers, das betreffende Fahrzeug gehöre deswegen zu seinem Geschäftsvermögen, weil seine Ehefrau in seinem Betrieb mitarbeite, enthält keinen konkreten Anhaltspunkt dafür, weshalb das zivilrechtlich nicht im Eigentum des Geschäftsinhabers stehende Fahrzeug ausnahmsweise trotzdem Bestandteil des Geschäftsvermögens bilden sollte (<ref-ruling> E. 2 S. 123 ff.). Mit den übrigen Aufrechnungen setzen sich die Beschwerdeführer nicht ansatzweise auseinander, weshalb darauf nicht weiter eingegangen wird (oben, E. 1.3).
2.3. Nichts zu ihren Gunsten ableiten können die Beschwerdeführer sodann aus dem Umstand, dass die Veranlagungsverfügung betreffend die direkte Bundessteuer 2009unangefochten in Rechtskraft erwachsen sein soll. Gemäss ständiger bundesgerichtlicher Praxis handelt es sich bei den Veranlagungen betreffend die direkte Bundessteuer und betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern um zwei unterschiedliche Steuern, die nicht von demselben Steuerträger und die, Verfahrensvereinigung vorbehalten, in unterschiedlichen Verfahren erhoben werden (vgl. ausführlich <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 261). Inwiefern in diesem Punkt eine Verletzung von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3, <ref-law>) vorliegen sollte, ist nicht nachvollziehbar. Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
3.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen werden nicht gesprochen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall