Sachverhalt:
A.
A.a. Das Kreisgericht Rheintal verurteilte X._ am 26. August 2008 unter anderem wegen sexueller Handlungen mit einem Kind, mehrfacher Pornographie, Nötigung und Drohung zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren. Auf Berufung der Verteidigung, der Privatklägerschaft und der Staatsanwaltschaft hin sprach ihn das Kantonsgericht St. Gallen am 3. Juni 2009 zusätzlich der Vergewaltigung, der sexuellen Handlungen mit einem Kind, der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von fünf Jahren und ordnete die Verwahrung an. Dagegen gelangte X._ an das Bundesgericht, das seine Beschwerde teilweise guthiess und den Schuldspruch wegen Vergewaltigung aufhob. Die Frage der ebenfalls angefochtenen Verwahrung liess es offen (Urteil 6B_777/2009 vom 25. März 2010).
Das Kantonsgericht St. Gallen sprach X._ anlässlich der Rückweisungsverhandlung vom 14. Dezember 2010 vom Vorwurf der Vergewaltigung frei. Es bestätigte die übrigen Schuldsprüche, verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> an.
A.b. Der Massnahmevollzug begann vorzeitig am 29. Dezember 2010 im Gefängnis Uznach und wurde am 31. Januar 2011 in der Justizvollzugsanstalt Pöschwies fortgesetzt.
Das Amt für Justizvollzug des Kantons St. Gallen hob die stationäre therapeutische Massnahme am 27. Januar 2012 auf, lehnte die bedingte Entlassung von X._ ab und beantragte dem Kantonsgericht St. Gallen die Umwandlung der stationären Massnahme in eine Verwahrung. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen stellte am 24. Februar 2012 dieselben Anträge.
Mit Entscheid vom 25. Februar 2013 ordnete das Kantonsgericht St. Gallen die Verwahrung von X._ an. Seine dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil vom 13. März 2014 ab (Verfahren 6B_497/2013).
B.
Der Verwahrungsvollzug begann am 13. März 2014.
Am 1. Dezember 2015 reichte die Justizvollzugsanstalt Pöschwies dem Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen einen aktuellen Vollzugsbericht ein. Dieser empfiehlt, die bedingte Entlassung und die Umwandlung in eine stationäre Massnahme abzulehnen. Die Verwahrung solle weitergeführt werden.
Das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen führte am 11. Januar 2016 eine persönliche Anhörung von X._ durch. Mit Verfügung vom 18. Mai 2016 lehnte es eine bedingte Entlassung aus der Verwahrung ab und sah von einem Antrag auf Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme ab.
Eine Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung wies die Anklagekammer des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 24. August 2016 ab.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Entscheid der Anklagekammer vom 24. August 2016 sei aufzuheben und die Sache sei zur Erstellung bzw. Anordnung eines aktuellen psychiatrischen Gutachtens sowie zur anschliessenden Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Die Anklagekammer des Kantons St. Gallen verweist auf den angefochtenen Entscheid und verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Amt für Justizvollzug des Sicherheits- und Justizdepartements sowie das Untersuchungsamt Altstätten der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. X._ verzichtet auf weitere Bemerkungen.

Erwägungen:
1.
Da der vom Beschwerdeführer und vom Beschwerdegegner 2 eingereichte Vollzugsbericht vom 20. Dezember 2016 nach dem angefochtenen Entscheid datiert (act. 10 und act. 15/1), ist er als echtes Novum im vorliegenden Verfahren unbeachtlich (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1.2; Urteil 6B_617/2016 vom 2. Dezember 2016 E. 2.1; je mit Hinweis). Gleich verhält es sich mit dem Schreiben vom 3. März 2017 (act. 15/2).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Abweisung seines Antrags auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung im vorinstanzlichen Verfahren. Ein Verfahren ohne persönliche Befragung verletze nicht nur seinen Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law>, sondern auch sein Recht auf ein faires Verfahren nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Die Verwahrung sei der gravierendste Eingriff in die persönliche Freiheit. Da sei eine umsichtige Entscheidung gestützt auf den direkten Kontakt angezeigt und die persönliche Anhörung deshalb unentbehrlich (Beschwerde S. 4).
2.2. Die Vorinstanz erwägt, im Hinblick auf die vorliegend zu fällenden Entscheide (bedingte Entlassung aus der Verwahrung, erneute stationäre Massnahme) sei eine persönliche Anhörung des Beschwerdeführers nicht erforderlich. Dieser habe seine Sicht der Dinge anlässlich der persönlichen Anhörung durch den Beschwerdegegner 2, wie auch anlässlich der Rechtsmitteleingabe genügend darlegen können. Zudem würden Berichte und Gutachten in den Akten liegen, deren fachkundige Verfasser teilweise engen und längerfristigen Kontakt mit dem Beschwerdeführer gehabt hätten und somit ihren persönlichen Eindruck in die Eingaben hätten einfliessen lassen können. Demgegenüber würde sich ein persönlicher Eindruck des Beschwerdeführers anlässlich einer mündlichen Verhandlung auf eine sehr kurze Zeit beschränken. Unter diesen Umständen könne sich der persönliche Eindruck durch die Vorinstanz für die Entscheidfindung nicht als entscheidrelevant erweisen. Es sei deshalb von der Durchführung einer mündlichen Verhandlung abzusehen (Entscheid S. 4 E. II.1.b).
2.3. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf überhaupt einzutreten ist. Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass es im vorliegenden Verfahren nicht um die Anordnung einer Verwahrung, sondern um eine allfällige Entlassung des Beschwerdeführers aus der Verwahrung geht (Entscheid S. 5 E. II.2). Dabei handelt es sich um den Entscheid einer Vollzugsbehörde (<ref-law>). Die <ref-law> betreffend Verfahren bei selbstständigen nachträglichen gerichtlichen Entscheiden und die entsprechende Rechtsprechung kommen nicht zum Tragen (vgl. <ref-ruling>; Urteile 6B_1/2017 vom 6. März 2017 E. 2; 6B_85/2016 vom 30. August 2016 E. 2; 6B_320/2016 vom 26. Mai 2016 E. 2-5; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer rügt nicht, kantonales Recht sei willkürlich angewendet worden. Eine Verfassungs- bzw. Konventionsverletzung ist nicht auszumachen. Er kann weder aus der Bundesverfassung noch aus der EMRK einen Anspruch auf persönliche mündliche Anhörung durch die Vorinstanz ableiten (siehe Urteile 6B_796/2009 vom 25. Januar 2010 E. 3.5 mit Hinweis; 6A.26/2002 vom 14. August 2002 E. 2.4).
Soweit sich der Beschwerdeführer auf <ref-law> bezieht und damit sinngemäss im bundesgerichtlichen Verfahren eine mündliche Verhandlung beantragt (Beschwerde S. 4), ist dieser Antrag abzuweisen. Vor Bundesgericht findet eine Parteiverhandlung nur ausnahmsweise statt (<ref-law>). Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf und es ist auch nicht erkennbar, weshalb die Durchführung einer Verhandlung geboten wäre. Die Sache kann aufgrund der Akten entschieden werden. Selbst wenn die Vorinstanz zu Unrecht von der Durchführung einer öffentlichen Verhandlung abgesehen hätte, würde es nicht für eine Parteiverhandlung vor Bundesgericht genügen, zumal das Bundesgericht in einem solchen Fall den angefochtenen Entscheid aufhebt und die Sache an die Vorinstanz zurückweist (<ref-ruling> E. 5).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die aktuellen Verhältnisse seien nicht genügend abgeklärt worden. Die kantonalen Instanzen stützten sich auf ein Gutachten ab, das aus dem Jahr 2007 datiere. Gemäss den Anstaltsberichten habe er sich verändert. Selbst wenn die beruflichen Belobigungen nicht eins zu eins auf die sexuelle Entwicklung übertragen werden könnten, sei eine Entspannung und Reifung nicht zu verkennen, die durchaus auch das Ergebnis der über zehnjährigen Gefangenschaft wie auch des Älterwerdens sein könne. Er habe anlässlich seiner Befragung erkennen lassen, dass er seine Persönlichkeit nun viel relativer einschätze und offen für eine Therapie wäre. Der aktuelle Stand des Beschwerdeführers bzw. seiner Persönlichkeit müsse eruiert und ein aktuelles Gutachten müsse erstellt werden. Schliesslich sei die neuere Lehre der Meinung, Gefährlichkeitsprognosen könnten lediglich für den Zeitraum eines Jahres zuverlässig gestellt werden (Beschwerde S. 4 ff.).
3.2. Die Vorinstanz hält fest, die erste Instanz habe auf eine neue sachverständige Begutachtung des Beschwerdeführers verzichtet und sich in ihrer Verfügung auf das psychiatrische Gutachten vom 30. Juli 2007 gestützt. Dieses Vorgehen sei entgegen dem Wortlaut von <ref-law> zulässig, sofern die gutachterlichen Feststellungen noch aktuell seien. Das Gutachten diagnostiziere beim Beschwerdeführer eine kombinierte Persönlichkeitsstörung mit insbesondere narzisstischen und dissozialen, aber auch schizoiden und paranoiden Anteilen sowie eine nicht näher bezeichnete Störung der Sexualpräferenz, Paraphilie, wobei der Pädophilie der gravierendste Störungsanteil zukomme. Ausserdem weise der Beschwerdeführer deutliche psychopathische Züge auf. Der Gutachter stufe die Rückfallgefahr als hoch ein. Er schätze die Behandlungsaussichten als gering ein und halte fest, dass sich beim Beschwerdeführer auch keine Behandlungsbereitschaft erkennen lasse. Die Vorinstanz erwägt, die weiteren im Vollzugsverlauf entstandenen Berichte und Abklärungen liessen diesen Befund als unverändert gültig erscheinen. Mit Schreiben vom 21. Juli 2011 habe das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich informiert, dass der Beschwerdeführer keinerlei Motivation für die angeordnete Behandlung zeige und nicht auf die Forensisch-Psychiatrische Abteilung übertreten wolle. Anlässlich der persönlichen Anhörung vom 10. Dezember 2011 habe der Beschwerdeführer angegeben, er sei nicht bereit, sich therapieren zu lassen. Mit Stellungnahme vom 19. Dezember 2011 habe das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich mitgeteilt, im Rahmen der Vorabklärungen des Psychiatrisch-Psychologischen Dienstes sei die Diagnose einer kombinierten Persönlichkeitsstörung bestätigt worden. Die Rückfallgefahr sei als sehr hoch und die Therapiefähigkeit als äusserst fraglich eingeschätzt worden. Eine Therapiemotivation sei nicht erkennbar. Die Einleitung einer deliktsorientierten Therapie sei nicht möglich gewesen, deshalb sei die Durchführung einer stationären Massnahme nicht möglich. In der ROS-Abklärung (ROS: Risikoorientierter Sanktionenvollzug) vom 4. Juni 2014 sei aufgrund der nach wie vor schlechten Legalprognose und der geringen Beeinflussbarkeit ein längerfristiger Verbleib in einem "sichernden Setting" empfohlen worden. Versuche zur Motivationsförderung und zu therapeutischen Interventionen erschienen "wenig bis nicht zielführend". Der Vollzugsbericht vom 1. Dezember 2015 weise darauf hin, dass sich der Beschwerdeführer einer therapeutischen Aufarbeitung der deliktsrelevanten Problembereiche und Risikosituationen verweigere. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, da seit der Begutachtung keine Veränderungen ersichtlich seien, sei das psychiatrische Gutachten vom 30. Juli 2007 nach wie vor aktuell. Zudem halte das Bundesgericht in seinem Entscheid vom 13. März 2014 fest, dass es sich beim Gutachter um einen ausgewiesenen Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH handle, die gutachterliche Beurteilung umfassend sei und die Begutachtung die rechtlichen Anforderungen erfülle. Auf die entsprechenden Ausführungen könne verwiesen werden. Auf eine neuerliche Begutachtung könne deshalb vorliegend verzichtet und auf die bisherige Expertise abgestellt werden (Entscheid S. 6 ff. E. II.3.b).
3.3.
3.3.1. Nach <ref-law> wird der Täter aus der Verwahrung bedingt entlassen, sobald zu erwarten ist, dass er sich in der Freiheit bewährt. Die in dieser Bestimmung vorausgesetzte Erwartung der Bewährung bezieht sich auf Straftaten im Sinne von <ref-law>. Es muss mithin die ernsthafte Gefahr bestehen, dass der Verwahrte in Freiheit weitere schwere Gewalt- und Sexualstraftaten begehen könnte, welche geeignet sind, die physische, psychische oder sexuelle Integrität der Opfer schwer zu beeinträchtigen. Dass sich der Verwahrte in Freiheit anderweitig strafbar machen könnte, steht einer bedingten Entlassung nicht entgegen (<ref-ruling> E. 2.1.1; <ref-ruling> E. 1.1.2.2; je mit Hinweisen).
Die bedingte Entlassung setzt eine günstige Prognose in Bezug auf das künftige Verhalten voraus. Der Massstab für die Beurteilung der Möglichkeit der Entlassung ist sehr streng. Es muss eine entsprechend hohe Wahrscheinlichkeit bestehen, dass sich der Verurteilte in Freiheit bewähren wird (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 2.1.1; <ref-ruling> E. 3.4.3; je mit Hinweisen; s.a Urteil 6B_90/2016 vom 18. Mai 2016 E. 3.2, mit weiteren Hinweisen). Die Entlassungsprognose hängt von einer Vielzahl von Faktoren ab. Neben allfälligen Erfahrungen mit Vollzugslockerungen sind auch das Vollzugsverhalten, die Verarbeitung der Straftaten und die zukünftige Lebenssituation zu berücksichtigen. Die Entlassung unmittelbar aus einer Verwahrung in die Freiheit ist praktisch kaum denkbar (Urteil 6B_147/2017 vom 18. Mai 2017 E. 3.1 mit Hinweis). Die Probezeit beträgt zwei bis fünf Jahre (<ref-law>). Für deren Dauer kann Bewährungshilfe angeordnet und können Weisungen erteilt werden (<ref-law>).
3.3.2. Gemäss <ref-law> prüft die zuständige Behörde, auf Gesuch hin oder von Amtes wegen: (lit. a) mindestens einmal jährlich, und erstmals nach Ablauf von zwei Jahren, ob und wann der Täter aus der Verwahrung bedingt entlassen werden kann; (lit. b) mindestens alle zwei Jahre, und erstmals vor Antritt der Verwahrung, ob die Voraussetzungen für eine stationäre therapeutische Behandlung gegeben sind und beim zuständigen Gericht entsprechend Antrag gestellt werden soll (<ref-law>). Sie trifft ihren Entscheid nach Abs. 1 gestützt auf: (lit. a) einen Bericht der Anstaltsleitung; (lit. b) eine unabhängige sachverständige Begutachtung im Sinne von <ref-law>; (lit. c) die Anhörung einer Kommission nach Art. 62d Abs. 2; (lit. d) die Anhörung des Täters (<ref-law>). Der Sachverständige hat im (Prognose-) Gutachten namentlich zum aktuellen Gesundheitszustand des Exploranden, zu seinen Verhaltensweisen, zum bisherigen Vollzugsverlauf sowie zur Rückfallgefahr und zur Legalprognose Stellung zu nehmen (Urteil 6B_1050/2013 vom 8. September 2014 E. 4.2.).
Nach <ref-law> beschliesst die zuständige Behörde, wenn der Täter eine Tat im Sinne von <ref-law> begangen hat, gestützt auf das Gutachten eines unabhängigen Sachverständigen und nach Anhörung einer Kommission aus Vertretern der Strafverfolgungsbehörden, der Vollzugsbehörden sowie der Psychiatrie über die bedingte Entlassung aus dem Massnahmevollzug. Gemäss <ref-law> beurteilt die Kommission nach <ref-law> die Gemeingefährlichkeit des Insassen unter der kumulativen Voraussetzung, dass dieser eine Katalogtat gemäss <ref-law> begangen hat (lit. a) und dass die Vollzugsbehörde die Gemeingefährlichkeit nicht eindeutig beantworten kann (lit. b).
3.3.3. Zur Beantwortung der Frage, ob ein früheres Gutachten hinreichend aktuell ist, ist nicht primär auf das formelle Kriterium des Alters des Gutachtens abzustellen. Massgeblich ist vielmehr die materielle Frage, ob Gewähr dafür besteht, dass sich die Ausgangslage seit der Erstellung des Gutachtens nicht gewandelt hat. Soweit ein früheres Gutachten mit Ablauf der Zeit und zufolge veränderter Verhältnisse an Aktualität eingebüsst hat, sind neue Abklärungen unabdingbar (<ref-ruling> E. 4.3; Urteile 6B_56/2015 vom 27. November 2015 E. 4.3.1; 6B_1230/2014 vom 20. April 2015 E. 2.3.2; je mit Hinweisen).
3.4. Der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden, wenn sie erwägt, auf eine neue Begutachtung des Beschwerdeführers könne verzichtet werden. Das forensisch-psychiatrische Gutachten über den Beschwerdeführer vom 30. Juli 2007 war im Zeitpunkt des Entscheids über die bedingte Entlassung aus der Verwahrung bzw. des vorinstanzlichen Entscheids schon fast zehn Jahre alt. Die Vorinstanz und der Beschwerdegegner 2 weisen darauf hin, dass über den Beschwerdeführer am 11. Mai 2009 ein Zusatzgutachten erstellt worden ist (act. 14 S. 2; Psychiatrische Neueinschätzung, kantonale Akten). Zudem habe der Gutachter anlässlich der Verhandlung vom 14. Dezember 2010 seine Feststellungen erläutert und bestätigt. Allerdings war der Beschwerdeführer ab November 2006 in Untersuchungshaft und befindet sich seit dem 29. Dezember 2010 im Massnahmevollzug. Dieser Zeitraum ist lang. Seit dem 13. März 2014 wird er verwahrt. Die Gutachten berücksichtigen diese lange Inhaftierung (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweis), den bisherigen Vollzugsverlauf und die (aktuellen) Verhaltensweisen des Beschwerdeführers nicht bzw. können sie angesichts ihrer Erstellungsdaten gar nicht berücksichtigen. Ferner steht die Würdigung der vom Beschwerdeführer anlässlich seiner persönlichen Anhörung durch den Beschwerdegegner 2 bekundeten, neuen Behandlungswilligkeit einem Sachverständigen und nicht einem Gericht zu. Im Urteil 6B_497/2013 vom 13. März 2014 merkte das Bundesgericht an, die Behandlungswilligkeit des Beschwerdeführers sei weiter zu fördern und Behandlungsversuche seien durchzuführen, wenn zu erwarten sei, dadurch lasse sich die Legalprognose verbessern (E. 4). Im Lichte der gesamten Umstände sind neue Abklärungen daher unabdingbar. Die Vorinstanz wird prüfen müssen, ob sie bei einem bereits tätig gewordenen Sachverständigen ein neues umfassendes Gutachten oder bei einer anderen Fachperson ein Ergänzungsgutachten einholt.
4.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton St. Gallen hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid der Anklagekammer des Kantons St. Gallen vom 24. August 2016 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton St. Gallen hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Martin Gärtl, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini