Faits :
A.
La loi jurassienne sur les constructions et l'aménagement du territoire (LCAT, RS/JU 701.1) régit notamment la procédure d'octroi du permis de construire et celle d'établissement et d'approbation des plans communaux. L'art. 19 LCAT concerne l'opposition en droit des constructions. Il prévoit la publication des demandes avec mention du droit d'opposition (al. 1), définit la qualité pour faire opposition (al. 2) et précise que celle-ci doit être écrite et motivée (al. 3). L'art. 71 LCAT traite de la procédure d'opposition aux plans communaux. Il prévoit le dépôt des plans (al. 1) et la convocation des opposants à une séance de conciliation (al. 2). Le Décret sur le permis de construire (DPC, RS/JU 701.51) traite à ses art. 53ss, des émoluments et des frais. L'art. 54 al. 1 et 2 DPC a la teneur suivante:
1 Le requérant supporte les frais de la procédure d'octroi du permis de construire. Ces frais se composent des émoluments en la matière et des débours, en particulier pour indemnités de déplacement, taxes de témoins, examens techniques, honoraires d'experts, frais de port et de téléphone, frais d'annonce. L'alinéa 2 est réservé.
2 En procédure d'opposition (art. 22 ss), le requérant supporte les frais relatifs à la séance de conciliation. En cas d'échec de la conciliation, les frais subséquents sont mis à la charge de l'opposant qui succombe s'il les a occasionnés sans nécessité.
B.
Le 9 décembre 2015, le Parlement de la République et canton du Jura a modifié les trois dispositions précitées. Il a ajouté un alinéa 4 à l'art. 19 LCAT, dont la teneur est la suivante:
En procédure d'opposition, le requérant supporte les frais relatifs à la séance de conciliation, à moins que l'opposition soit manifestement irrecevable ou manifestement infondée, auquel cas ceux-ci sont mis à la charge de l'opposant. En cas d'échec de la conciliation, les frais subséquents sont mis à la charge de l'opposant qui succombe s'il les a occasionnés sans nécessité.
Il a également ajouté un alinéa 3 à l'art. 71 LCAT, ainsi libellé:
En cas d'opposition manifestement irrecevable ou manifestement infondée, les frais relatifs à la séance de conciliation sont mis à la charge de l'opposant. En cas d'échec de la conciliation, les frais subséquents sont mis à la charge de l'opposant qui succombe s'il les a occasionnés sans nécessité.
Il a enfin modifié l'art. 54 al. 2 DPC, dont la teneur est identique à celle de l'art. 19 al. 4 LCAT.
C.
Se fondant sur l'art. 178 let. c de la loi jurassienne de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle (code de procédure administrative - CPA; RS/JU 175.1), dix députés ont saisi la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal, lui demandant d'annuler les nouvelles dispositions pour violation du droit fédéral et de la constitution cantonale.
Par arrêt du 3 mai 2016, la Cour constitutionnelle a rejeté la requête. Le principe d'unité de la matière n'était pas applicable dans le cadre d'une procédure sans rapport avec les droits politiques. La mise à la charge des opposants des frais de conciliation en cas d'opposition manifestement irrecevable ou mal fondée ne constituait ni un formalisme excessif, ni une violation du droit d'être entendu. Le droit fédéral ou cantonal ne garantissait pas la gratuité de la procédure d'opposition. Les notions de "manifestement irrecevable ou mal fondé", certes indéterminées, étaient toutefois déjà connues et pratiquées en droit de procédure. La modification législative poursuivait un intérêt public (soit principalement dissuader les oppositions de masse ne correspondant à aucun intérêt digne de protection) et apparaissait proportionnée.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._, C._ et D._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour constitutionnelle ainsi que les art. 19 al. 4 et 71 al. 3 LCAT et 54 al. 2 DPC. Ils requièrent l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnance du 5 juillet 2016.
La cour cantonale relève que les recourants agissent devant le Tribunal fédéral non plus en tant que députés, mais comme des particuliers ayant un intérêt à l'annulation des dispositions litigieuses, alors qu'ils n'avaient pas précédemment invoqué un tel intérêt. Sur le fond, elle se réfère à son arrêt dont elle demande la confirmation. Le Gouvernement de la République et canton du Jura se réfère à l'arrêt attaqué et à ses précédentes déterminations. Les recourants ont encore produit, le 12 octobre 2016, une note d'honoraires.
Le Tribunal fédéral a statué dans sa séance publique reportée du 26 avril au 14 juin 2017.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est ouvert contre les actes normatifs cantonaux. Tel est le cas de la LCAT et du DPC.
1.1. Lorsque le droit cantonal prévoit un recours contre les actes normatifs, l'<ref-law> est applicable (<ref-law>); dans une telle hypothèse, le Tribunal fédéral ne statue qu'après épuisement des instances cantonales, en l'occurrence la Cour constitutionnelle cantonale.
1.2. Devant celle-ci, les recourants agissaient conjointement avec six autres députés en se fondant sur l'art. 178 let. c CPA, qui permet à dix députés de former une requête devant la Cour constitutionnelle. Le droit fédéral ne connaît pas cette possibilité de recours. En effet, la qualité pour recourir au Tribunal fédéral contre un acte normatif cantonal dépend, selon l'art. 89 al. 1 let. b et c LTF, d'une simple atteinte virtuelle; il suffit donc, avec un minimum de vraisemblance, que les recourants puissent être un jour touchés directement par l'acte normatif attaqué afin que ceux-ci soient à même d'agir (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 21).
Même s'ils ont agi à un autre titre devant la cour cantonale, les recourants remplissent cette exigence: résidant dans le canton du Jura, ils pourraient être amenés à faire opposition à un projet d'aménagement ou de construction et se voir appliquer les dispositions qu'ils contestent. Cela suffit pour leur reconnaître la qualité pour recourir.
1.3. Le recours a par ailleurs été déposé dans le délai prévu à l'<ref-law>, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
1.4. Dans le cadre d'un contrôle abstrait des normes, le Tribunal fédéral examine librement la conformité d'un acte normatif au droit supérieur; il s'impose cependant une certaine retenue eu égard notamment aux principes découlant du fédéralisme et de la proportionnalité. Dans ce contexte, ce qui est décisif, c'est que la norme mise en cause puisse, d'après les principes d'interprétation reconnus, se voir attribuer un sens compatible avec les droits fondamentaux invoqués (<ref-ruling> consid. 2 p. 323). Le Tribunal fédéral n'annule dès lors une norme cantonale que lorsque celle-ci ne se prête à aucune interprétation conforme à la Constitution ou au droit supérieur. Pour en juger, il faut notamment tenir compte de la portée de l'atteinte aux droits fondamentaux en cause, de la possibilité d'obtenir ultérieurement, par un contrôle concret de la norme, une protection juridique suffisante, et des circonstances concrètes dans lesquelles ladite norme sera appliquée (<ref-ruling> consid. 2 p. 39 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 248). Le juge constitutionnel ne doit pas se borner à traiter le problème de manière purement abstraite, mais il lui incombe de prendre en compte dans son analyse la vraisemblance d'une application conforme aux droits fondamentaux. Les explications de l'autorité cantonale sur la manière dont elle applique ou envisage d'appliquer la disposition mise en cause doivent également être prises en considération (<ref-ruling> consid. 2 p. 295; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 86 et les arrêts cités).
2.
Les recourants font valoir que les modifications législatives litigieuses porteraient atteinte à l'essence du droit d'opposition tel qu'il est consacré par le droit fédéral (art. 4 al. 2 LAT), ainsi qu'au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. Ils considèrent que la procédure d'opposition devrait être dans tous les cas gratuite.
2.1. En matière d'aménagement du territoire, les exigences du droit fédéral en matière d'information et de publicité sont posées aux art. 4 et 33 LAT. La disposition générale de l'art. 4 LAT prévoit que la population doit être renseignée sur les mesures de planification (al. 1) et doit pouvoir participer de manière adéquate à leur élaboration (al. 2). La participation des administrés doit intervenir dès la genèse de la planification, c'est-à-dire à un stade où celle-ci n'a pas encore de portée irréversible. Il s'agit non seulement d'asseoir la légitimité démocratique des outils de planification, mais aussi d'éviter autant que possible les diverses oppositions. En principe, toutes les personnes touchées sur le territoire concerné par la mesure d'aménagement doivent être informées, soit par le biais de séances d'information, voire par voie de publication officielle, soit par l'intermédiaire des médias. Toute personne peut par ailleurs demander des renseignements à titre individuel sans avoir à justifier d'un intérêt particulier. Le droit de participation prévu à l'art. 4 al. 2 LAT tend à éviter que les projets soient élaborés à huis-clos ou que la population soit mise devant le fait accompli. Celle-ci doit disposer d'un moyen réel d'intervenir effectivement dans le processus, en exerçant une véritable influence sur le résultat à atteindre (OFAT, Etude relative à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, Berne 1981 n° 3 ad art. 4; HÄNNI, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 6 ème éd. Berne 2016, p. 140). Les alinéas 1 et 2 de l'art. 4 LAT donnent ainsi un mandat législatif aux cantons, à qui il appartient de déterminer le type d'information et les autorités compétentes (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 290).
Dans le droit cantonal jurassien, ces exigences sont reprises à l'art. 43 LCAT, dont la teneur est la suivante: "Les autorités cantonales, régionales et communales fournissent à la population une information complète au sujet des plans, des objectifs et du déroulement des travaux d'aménagement (al. 1). La participation de la population doit être assurée dans l'établissement des plans prévus par la présente loi (al. 2). Chacun aura la faculté d'émettre des observations et des propositions motivées; celles-ci seront consignées dans un rapport et portées à la connaissance des autorités chargées de la décision et de l'approbation (al. 3) ".
2.2. Selon l'art. 33 LAT, les plans d'affectation sont mis à l'enquête publique (al. 1). Le droit cantonal prévoit au moins une voie de recours contre les décisions et les plans d'affectation fondés sur la LAT (al. 2).
L'art. 33 LAT ne comportant pas de précisions sur ce point, c'est au droit cantonal qu'il appartient d'indiquer les modalités pratiques de la mise à l'enquête (<ref-ruling> consid. 5 p. 137). Le processus de participation peut ainsi être mis sur pied au moment de l'élaboration du projet ou après la prise de décision, pour autant qu'il intervienne à un moment où la pesée des intérêts est encore possible (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 292 et 5.2 p. 294).
En ce qui concerne les modalités d'application de l'art. 33 al. 1 et 2 LAT, le droit cantonal jurassien prévoit une procédure de mise à l'enquête publique et d'opposition antérieure à la prise de décision par l'autorité compétente. Après un examen préalable (art. 70 LCAT), les plans sont déposés publiquement pendant trente jours au moins, et les oppositions peuvent être formées durant ce délai (art. 71 al. 1 LCAT). Les opposants sont convoqués à une séance de conciliation qui fait l'objet d'un procès-verbal (art. 71 al. 1 LCAT). L'autorité compétente est ensuite saisie et informée du résultat des pourparlers de conciliation (art. 72 al. 1 et 73 al. 1 LCAT). Elle statue sur les oppositions en même temps qu'elle adopte les plans (art. 73 al. 2 LCAT) et seuls les tiers opposants sont en droit de recourir (art. 73 al. 3 LCAT).
Le but de l'art. 33 LAT est de satisfaire aux exigences des art. 6 CEDH, 29 et 29a Cst. en garantissant, dans le domaine du droit de l'aménagement du territoire et des constructions, une protection juridique globale. Il s'agit en particulier de permettre à chacun de prendre connaissance du plan, de servir de point de départ de la procédure d'opposition dans les cantons qui connaissent cette institution tel le canton du Jura (art. 71 LCAT) et de permettre ainsi l'exercice du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 137; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 295; AEMISEGGER/HAAG, Commentaire LAT, Genève 2010 n° 25 ad art. 33; WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, Berne 2006 n° 8 ss ad art. 33 LAT; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001 n° 426 ss; RHINOW/KOLLER/KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, Bâle 2014 n° 1208-1209 p. 350).
Ce processus de mise à l'enquête constitue en outre pour les intéressés un élément préalable nécessaire à leur protection juridique puisque les législateurs cantonaux prévoient généralement que seuls les opposants ont qualité pour recourir contre une mesure de planification ou une autorisation de construire. Tel est le cas dans le canton du Jura (73 al. 3 LCAT). En ce sens, il s'agit d'un moyen anticipé et formalisé de satisfaire aux exigences du droit d'être entendu (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, Zurich 2016 n° 1195; HÄNNI, op. cit. p. 538).
Enfin, la planification nécessitant une pesée des intérêtsen présence, la procédure de mise à l'enquête publique, tout particulièrement dans les cantons tels que celui du Jura qui la prévoient au stade du projet, contribue à mettre ces intérêts en évidence et permet aux autorités compétentes de statuer en toute connaissance de cause en tenant compte des objections de fait, de droit ou d'opportunité des personnes intéressées. Les informations recueillies conduisent ainsi à adapter le projet de telle manière qu'il satisfasse le plus largement possible aux circonstances diverses et aux intérêts divergents. On peut parler à cet égard d'aide à la décision (<ref-ruling> consid. 4f in fine p. 146; <ref-ruling> consid. 3c in fine p. 69; WALDMANN/HÄNNI, op. cit. n° 8 ss ad art. 33 LAT; RHINOW/KOLLER/KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, op. cit. n° 1208-1209 p. 350).
2.3. Les exigences en matière de publicité et d'information décrites pour la planification valent aussi, mutatis mutandis, en matière de délivrance des permis de construire, que ce soit en application de l'art. 33 al. 3 LAT, qui n'impose certes pas de mise à l'enquête publique - et non de l'art. 33 al. 1 et 2 LAT - ou de la garantie du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 3 p. 383 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 3b p. 52; AEMISEGGER/HAAG, op. cit. n° 62 ad art. 33; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op. cit. n° 920).
S'agissant des modalités d'application des principes précités, le canton du Jura connaît, comme en matière de planification, la procédure de mise à l'enquête publique et d'opposition. Celle-ci a lieu avant la prise de décision. L'autorité compétente examine sommairement le dossier de la requête de permis de construire et vérifie sa compétence (art. 18 LCAT), puis elle procède à la publication (art. 19 LCAT et art. 19 DPC). La procédure d'opposition permet à tout intéressé de faire valoir que le projet est contraire aux prescriptions de droit public ou qu'il lèse ses intérêts dignes de protection (art. 22 al. 1 DPC). Une procédure de conciliation est mise sur pied, au terme de laquelle les oppositions peuvent être maintenues ou retirées (art. 26 DPC). L'octroi du permis de construire a lieu après une pesée globale des intérêts en cause, et les oppositions sont traitées simultanément (art. 22 al. 1 LCAT, art. 33 al. 1 let. a DPC). La voie du recours n'est ouverte aux tiers que s'ils ont préalablement formé opposition au projet (art. 23 al. 2 LCAT et 36 al. 2 DPC).
2.4. En résumé, le droit cantonal jurassien, dans le cadre du droit fédéral, impose une procédure d'opposition avec mise à l'enquête publique préalable aussi bien en matière de planification que d'autorisation de construire. Cette procédure correspond aux objectifs de participation des citoyens intéressés et satisfait aux exigences du droit d'être entendu des tiers intéressés et de leur protection juridique. Elle permet en outre à l'autorité de statuer en toute connaissance de cause en tenant compte des objections de fait, de droit ou d'opportunité des personnes intéressées, objections qui auraient pu sans cela lui échapper en particulier dans le cadre des décisions imposant une pesée des intérêts.
2.5. Ainsi définie, la procédure d'opposition, qui se déroule avant toute prise de décision, peut être définie comme non contentieuse (RHINOW ET AL., op. cit. n° 1303 p. 370; HÄNNI, op. cit. p. 538 a contrario). On peut aussi considérer qu'elle s'inscrit de façon accessoire dans le cadre d'une procédure initiée par la collectivité publique s'agissant de la planification ou par un propriétaire dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire.
Dès lors, en vertu du principe de causalité, dans le cas d'une procédure de planification, c'est la collectivité publique qui est l'initiatrice du projet et c'est donc à elle (cas échéant aux propriétaires qui ont sollicité la nouvelle planification et vont en bénéficier) d'assumer les frais de mise à l'enquête et du traitement des oppositions. En matière de mise à l'enquête d'un projet de construction, les frais de la procédure sont en principe à la charge du requérant qui sollicite une autorisation de construire, comme le prévoit du reste le droit cantonal jurassien (art. 54 al. 1 DPC). Selon le principe du perturbateur, ce n'est pas aux opposants à s'acquitter des frais de l'opposition, accessoire de la requête principale. Selon les principes généraux de procédure administrative, des frais de procédure ne peuvent être mis qu'à la charge de celui qui les a causés (cf. notamment l'art. 63 al. 1 et 3 PA). Ainsi, selon l'art. 218 CPA, les frais de procédure sont supportés par celui qui requiert un acte administratif pour s'assurer un service ou un avantage, ou le provoque par son attitude (al. 1). Des frais de procédure ne sont mis à la charge de l'opposant que s'il a violé des règles de procédure, ou si son opposition a un caractère téméraire (al. 2).
2.6. Quant à la jurisprudence, elle retient depuis longtemps que le droit de participer et d'être entendu de celui qui est impliqué dans une procédure administrative sans l'avoir initiée n'a de sens que si la faculté de s'exprimer ne comporte pas le risque d'en supporter les frais. Dans le cas contraire, la sauvegarde de ses droits se trouverait mise en péril. Ainsi, dans une procédure en constatation de la nature forestière dont le propriétaire n'a pas demandé l'ouverture, il n'est pas conforme au droit constitutionnel - sous réserve de procédés dilatoires et d'abus de droit - de lui faire supporter les frais de justice alors qu'il n'a pas été entendu avant la décision (<ref-ruling> consid. 6d p. 287 = JT 1997 I 543 p. 554).
La jurisprudence protège ainsi tout particulièrement le droit d'être entendu des opposants. Elle sanctionne là ce qu'il est convenu d'appeler l'effet dissuasif ("chilling effect") que comporterait la mise à charge de frais pour l'opposant. Elle se réfère aussi incidemment au principe de causalité.
Dès lors, contrairement à ce que retient la Cour constitutionnelle cantonale, l'opposant ne saurait en principe se voir mettre à sa charge les frais de la procédure d'opposition. En revanche, en cas de recours ultérieur, les règles ordinaires relatives à la juridiction contentieuse s'appliquent.
2.7. Les recourants ne sauraient cependant être entièrement suivis lorsqu'ils prétendent à une "gratuité" inconditionnelle de la procédure d'opposition pour les opposants. Il peut en effet être fait exception à ce principe en application de la règle générale de l'<ref-law>. La jurisprudence considère en effet que le fait pour une personne d'exercer un droit de procédure, notamment dans le cadre d'une procédure administrative, ne peut en principe entraîner la responsabilité civile de son auteur que s'il a agi par dol ou négligence grave (<ref-ruling> consid. 2a p. 35 et arrêts cités). Autrement dit, un acte procédural est susceptible d'être considéré comme illicite lorsqu'il apparaît contraire au principe de la bonne foi ou malveillant (<ref-ruling> consid. 6d p. 287; arrêt 4C_353/2002 du 3 mars 2003 consid. 5.1 et arrêts cités, soit notamment <ref-ruling> consid. 4 p. 398). Le droit cantonal peut dès lors prévoir de mettre les frais à la charge d'un opposant dont l'intervention apparaît abusive au point d'engager sa responsabilité au sens de l'<ref-law>. L'abus doit toutefois apparaître manifeste (<ref-law>), l'autorité ne pouvant se contenter de retenir qu'une opposition a été déclarée irrecevable ou mal fondée pour en mettre les frais à la charge de son auteur.
2.8. En l'occurrence, la première partie des dispositions litigieuses (première phrase des art. 19 al. 4 LCAT, 71 al. 3 LCAT et 54 al. 2 DPC), qui concerne la mise à la charge des frais relatifs à la séance de conciliation en cas d'opposition manifestement irrecevable ou manifestement mal fondée, peut faire l'objet d'une interprétation conforme aux principes décrits ci-dessus en ce sens que les frais de la procédure de conciliation, dans les cas où l'opposition apparaît d'emblée manifestement irrecevable ou manifestement infondée au sens de l'<ref-law> peuvent être mis exceptionnellement à la charge de l'opposant. Une telle interprétation n'entrave pas le droit d'opposition et ne rend pas son exercice plus difficile. Elle correspond en outre en grande partie à la volonté du législateur cantonal. Celui-ci voulait en effet prévenir les interventions abusives ou chicanières, qui ne seraient fondées sur aucun intérêt digne de protection ou émaneraient de personnes ne disposant manifestement pas de la qualité pour agir. Certes, dans certains cas, l'opposant ne peut évaluer les chances de succès de sa démarche, faute d'être préalablement suffisamment renseigné, notamment lorsque la procédure d'opposition constitue la première occasion de prendre connaissance du projet et de se déterminer à ce propos. Une exonération des frais s'imposerait alors, quand bien même il apparaîtrait après coup que son opposition est manifestement irrecevable ou mal fondée (<ref-ruling> consid. 6 p. 285). En outre, lorsqu'il apparaît d'emblée qu'une opposition est manifestement abusive, l'autorité pourrait le constater immédiatement et renoncer à la mise sur pied de la procédure de conciliation, comme le permet l'art. 26 al. 1 DPC en matière d'autorisation de construire.
Rien ne s'opposant dès lors à ce que les dispositions litigieuses précitées fassent sur ce point l'objet d'une interprétation conforme, le grief tiré des art. 4 LAT et 33 al. 1 LAT apparaît ainsi mal fondé en ce qui concerne la mise à la charge des frais relatifs à la séance de conciliation en cas d'opposition manifestement irrecevable ou mal fondée, soit la première phrase des art. 19 al. 4 LCAT, 71 al. 3 LCAT et 54 al. 2 DPC. Au demeurant, celui à la charge duquel sont mis des frais ou des émoluments garde la possibilité de les contester devant une autorité judiciaire.
3.
Il en va différemment de la seconde phrase de ces dispositions. Celles-ci prévoient en effet, en cas d'échec de la conciliation, que les frais subséquents sont mis à la charge de l'opposant qui succombe s'il les a occasionnés "sans nécessité". Une telle expression ne saurait s'interpréter comme visant l'abus caractérisé du droit d'opposition, constitutif d'un acte illicite au sens de l'<ref-law>, puisque cette interprétation est déjà réservée, on l'a vu, pour l'expression "manifestement irrecevable ou manifestement infondée". Littéralement, la notion d'absence de nécessité est en effet sans lien avec celle d'acte illicite. Matériellement, on ne voit en outre pas selon quels critères il conviendrait d'admettre que l'usage du droit d'opposition est nécessaire ou non. Un tel critère, particulièrement flou, est au demeurant inconnu dans le droit fédéral ou cantonal de l'aménagement du territoire ou de la construction. Ainsi rédigées, les normes litigieuses ne sont pas susceptibles de l'interprétation conforme dégagée ci-dessus. Il convient dès lors de les annuler.
Certes, la disposition litigieuse figurait déjà à l'art. 54 al. 2 DPC avant la modification du 9 décembre 2015. Elle est cependant nouvelle aux art. 19 al. 4 et 71 al. 3 LCAT, le législateur cantonal ayant entrepris une refonte d'ensemble des dispositions relatives aux frais d'opposition. Vu la volonté dudit législateur de réformer l'entier du concept législatif à cet égard, il ne ferait pas de sens de procéder au contrôle abstrait des trois dispositions concernées en faisant une exception pour l'art. 54 al. 2 DPC alors que ce décret ne fait que mettre en oeuvre le concept établi dans la loi.
4.
Les recourants invoquent ensuite les principes relatifs à la base légale, à l'intérêt public et à la proportionnalité. Ils estiment que la loi serait insuffisamment précise quant au montant des frais encourus, et qu'elle contiendrait des notions indéterminées. Les nouvelles dispositions répondraient à un intérêt public insuffisant, soit le transfert des frais d'opposition de la collectivité aux opposants. Enfin, l'atteinte au droit d'être entendu serait disproportionnée.
4.1. Les normes légales litigieuses, telles que subsistant après l'examen de leur conformité au droit supérieur, sont suffisamment claires pour imposer à un opposant le paiement des frais de conciliation. En tant que contribution causale, les frais en question sont soumis aux principes d'équivalence et de couverture des frais (<ref-ruling> consid. 2 p. 133). Leur montant n'a pas à être précisé dans la loi elle-même dans la mesure où, désormais limité aux frais de la tenue de la séance de conciliation aux conditions décrites ci-dessus, les frais ne peuvent être que d'ampleur réduite et sont partant suffisamment prévisibles (cf. arrêt 2C_407/2010 du 16 novembre 2010 consid. 2.3). Il n'y a pas non plus de recours abusif à des notions juridiques indéterminées. L'expression "manifestement irrecevable ou mal fondé", telle qu'interprétée ci-dessus, se retrouve fréquemment dans l'ensemble de l'ordre juridique suisse. Au demeurant, les personnes qui se verraient imposer le paiement des frais de conciliation en application des dispositions litigieuses pourront former un recours contre la décision y relative, ce qui constitue une garantie supplémentaire.
4.2. Comme cela ressort du message du Gouvernement à l'appui des modifications législatives et de l'interprétation conforme dégagée ci-dessus, l'intérêt public poursuivi est de dissuader les oppositions tombant sous le coup de l'<ref-law> en raison de leur caractère abusif ou chicanier, et ne reposant sur aucun intérêt digne de protection. Il s'agit ainsi d'éviter que des projets de planification ou de construction - qu'ils soient privés ou publics - ne se trouvent bloqués par l'intervention de personnes ne disposant manifestement pas d'un intérêt suffisant, et mues par d'autres objectifs que le respect du droit de l'aménagement ou des constructions. Il y a là un intérêt public indéniable. Les recourants ne sauraient dès lors prétendre que le but poursuivi serait un simple transfert de charges, de nature purement financière.
4.3. Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; <ref-ruling> consid. 3.5.1 p. 84 et la jurisprudence citée).
Le risque de devoir payer les frais de conciliation est, quoi qu'en disent les recourants, susceptible de dissuader certaines personnes qui seraient tentées de s'opposer à un projet de planification ou de construction sans disposer pour ce faire d'un intérêt légitime ni d'objections sérieuses. Les alternatives proposées par les recourants (amende disciplinaire d'un montant maximum de 1'000 fr., renonciation à une conciliation ou médiation) auraient certes pu être envisagées. La solution retenue telle que précisée par la cour de céans permettra tout autant que ces propositions alternatives d'obtenir le même résultat. Elle n'est en définitive que le reflet du principe selon lequel quiconque exerce ses droits procéduraux de manière abusive, délictueuse ou contraire à la bonne foi est susceptible d'en répondre conformément à la règle de l'<ref-law> (AEMISEGGER/HAAG, op. cit. n° 20 ad art. 33). L'application de ce principe à la procédure de conciliation n'apparaît en rien disproportionnée.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est admis partiellement; les art. 19 al. 4 seconde phrase LCAT, 71 al. 3 seconde phrase LCAT et 54 al. 2 seconde phrase DPC sont annulés. L'arrêt attaqué doit être réformé dans ce sens, les dispositions annulées ne pouvant être mises en vigueur. Le recours est rejeté pour le surplus. Les recourants obtiennent partiellement gain de cause. Dès lors, les frais judiciaires mis à leur charge seront réduits. Ils ont par ailleurs droit à des dépens, également réduits, à la charge du canton du Jura. Sur ce point, le Tribunal fédéral n'est pas tenu par la liste de frais produite le 12 octobre 2016.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis partiellement; les articles 19 al. 4 seconde phrase LCAT, 71 al. 3 seconde phrase LCAT et 54 al. 2 seconde phrase DPC sont annulés. L'arrêt attaqué est réformé dans ce sens. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée aux recourants, à la charge du canton du Jura.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, au Gouvernement de la République et canton du Jura et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour constitutionnelle.
Lausanne, le 14 juin 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Kurz