Sachverhalt:
A.
Am 21. Januar 2014 reichte die H._ AG (Bauherrin) beim Gemeinderat der Gemeinde Ennetbürgen (Baubehörde) ein Baugesuch betreffend den Neubau zweier Mehrfamilienhäuser auf der Parzelle Nr. 783, GB Ennetbürgen, ein. Das Baugrundstück befindet sich an einem steil abfallenden Hang, in den die Häuser im hinteren Bereich in den Felsen hinein gebaut werden sollen.
B.
A._, B. und C. D._ und die Erbengemeinschaft E._, bestehend aus F._ und G._, sind Eigentümer von an das Baugrundstück angrenzenden Liegenschaften. Diese Nachbarn erhoben gegen das öffentlich aufgelegte Baugesuch eine Einsprache, weil sie befürchteten, die Sicherheit ihrer Liegenschaften könne durch den zum Bau der Häuser erforderlichen Einschnitt in den Hang bzw. den entsprechenden Felsabbruch gefährdet werden. Mit Schreiben vom 12. Juni 2014 teilte die Baubehörde den Nachbarn mit, die Bauherrin habe die Baubewilligungspläne im Anschluss an einen Augenschein vom 30. April 2014 betreffend den Schutz der geplanten Häuser vor Hochwasser angepasst und stellte den Nachbarn die angepassten Pläne sowie die Stellungnahmen der kantonalen Ämter zu. Die Nachbarn liessen sich, während der ihnen bis am 30. Juni 2014 erstreckten Frist zu diesen Unterlagen nicht vernehmen. Mit Beschluss vom 3. Juli 2014 wies der Gemeinderat Ennetbürgen die Einsprache der Nachbarn ab und verfügte bezüglich der Baubewilligung:
"1. Baubewilligung
Das Baugesuch wird bewilligt.
Mit den Bauarbeiten darf erst begonnen werden, wenn sämtliche noch ausstehenden Nachweise, Nutzungsvereinbarungen und Auflagen dieser Bewilligung erfüllt sind. Unterlagen welche massgebend für die Ausführung sind, müssen mindestens 4 Wochen vor Baubeginn dem Gemeinderat zur Prüfung und Genehmigung eingereicht werden.
Ausgenommen ist der Baugrubenaushub. Das Gesuch für den Baugrubenaushub ist gemäss Punkt 6 (recte: 5.6) dieser Bewilligung separat einzureichen. Mit den Bauarbeiten darf erst begonnen werden, wenn der Baugrubenaushub bewilligt ist.
-..]
5.6. Aushubarbeiten; Felsabbau
Dem Gemeinderat ist spätestens 6 Wochen vor Baubeginn das Felsabbaukonzept zur Bewilligung einzureichen. Ein reiner Felsabbau nur mit einem hydraulischen Hammer wird in der Regel nicht bewilligt (Lärmemissionen). Ausnahmen können in begründeten Fällen gestattet werden. Das Abbaukonzept ist so zu gestalten, dass der Abbaulärm auf ein technisch machbares Minimum beschränkt wird (z.B. Lockerungssprengungen etc.). Bei Verwendung von Sprengungen sind den einzureichenden Unterlagen die Auftragsbestätigung der Sprengfirma und eine Kopie der Haftpflichtversicherung der Sprengfirma des Aushubunternehmens und des Bauherrn beizulegen. Die Abbaumethode ist von einem Fachmann (Geologen) bestätigen zu lassen. Die Aushubstelle ist periodisch auf ihre Sicherheit zu überprüfen. Dem Gemeinderat ist eine Protokollkopie dieser Überprüfung zuzustellen.
Vor Beginn der Aushubarbeiten ist dem Gemeinderat eine Kopie der Auftragsbestätigung des Fachbüros über die Begleitung und Überwachung der Aushubarbeiten vorzulegen und ein geotechnisches Gutachten über die Standsicherheit des Baugrundes für die Bauphasen und den Endzustand zur Genehmigung durch die Technische Kommission einzureichen.
Der Gemeinderat kann aufgrund des Protokolls die Ausführung der vom Fachbüro allfällig vorgeschlagenen Sicherheitsmassnahmen verfügen. Ordnet das Fachbüro Sicherheitsmassnahmen an, sind diese sofort auszuführen. Die Abbauarbeiten sind bis zum Abschluss der Sicherheitsmassnahmen einzustellen.
Die Kosten für diese Gutachten und die geotechnische Beurteilung, die Begleitung und die Kontrollen sowie die Ausführung allfälliger Felssicherungsmassnahmen, gehen zu Lasten der Bauherrschaft."
Die Nachbarn fochten den Beschluss des Gemeinderats vom 3. Juli 2014 mit Verwaltungsbeschwerde an, den der Regierungsrat Nidwalden mit Beschluss vom 24. Februar 2015 abwies. Dagegen erhoben die Nachbarn eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde, die das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 31. August 2015 abwies.
C.
Die Nachbarn (Beschwerdeführer) erheben öffentlich-rechtliche Beschwerde mit den Anträgen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 31. August 2015 aufzuheben und die vom Gemeinderat erteilte Baubewilligung vom 3. Juli 2014 zu verweigern.
Der Regierungsrat des Kantons Nidwalden schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Bauherrin (Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die politische Gemeinde Ennetbürgen verzichtet auf eine Stellungnahme. In seiner Replik bestätigen die Beschwerdeführer die in ihrer Beschwerde gestellten Anträge. Die Beschwerdegegnerin hält in ihrer Duplik an ihren Anträgen gemäss der Beschwerdeantwort fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 24 mit Hinweis).
1.2. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts im Bereich des Baurechts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführer haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind als Eigentümer benachbarter Liegenschaften zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Fraglich ist jedoch, ob ein Endentscheid im Sinne von <ref-law> vorliegt, der das Verfahren abschliesst.
1.3. Die Beschwerdeführer machten im kantonalen Verfahren geltend, dass für den Baugrubenaushub keine Bewilligung erteilt worden sei und dazu ein separates Verfahren mit der Möglichkeit der Einsprache durchzuführen sei.
1.4. Das Verwaltungsgericht ging entgegen der Meinung der Beschwerdeführer davon aus, für den Baugrubenaushub müsse nicht um eine separate Baubewilligung ersucht werden. Daran vermöge auch die unglückliche und missverständliche Formulierung in Ziffer 1 der Baubewilligung nichts zu ändern, da aus dem Gesamtkontext und aus Ziffer 5.6 der Baubewilligung mit dem Titel "Aushubarbeiten; Felsabbau" klar hervorgehe, dass die Baubewilligung auch den Baugrubenaushub mit umfasse. Zwar fordere die Baubehörde mitunter, dass ihr spätestens sechs Wochen vor Baubeginn das Felsabbaukonzept zur Bewilligung einzureichen sei. Es entspreche jedoch ständiger kantonaler Verwaltungspraxis, dass die Behörden beim Erteilen von Baubewilligungen die Nachreichung von Ausführungskonzepten verfügten. Diese Praxis sei grundsätzlich rechtskonform, wenn es sich bei einem fehlenden Konzept um einen kleineren Mangel im Sinne von Art. 226 Abs. 2 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 24. April 1988 (Baugesetz; BauG) handle und die Grundlagen für das nachgesuchte Konzept vor der Erteilung der Baubewilligung bekannt sind. Die Beschwerdeführer seien zwar der Meinung, weil sich ihre Einsprache auf die Baugrube und die allgemeine Sicherheit beziehe, müsse sich die Baubehörde damit in der Baubewilligung befassen und in einem anfechtbaren Entscheid befinden. Dem sei entgegenzuhalten, dass die Beantwortung der Frage, ob das fehlende Felsabbaukonzept als kleiner Mangel im Sinne von Art. 226 Abs. 2 BauG zu qualifizieren sei, nicht davon abhängen dürfe, ob gegen ein Konzept Einsprache erhoben worden sei oder nicht. Die Anfechtung mache ein Konzept nicht automatisch zu einem grossen Mangel, der nicht über eine Nebenbestimmung behoben werden könne. Vorliegend hätten die Grundlagen für das nachgesuchte Konzept vor der Erteilung der Baubewilligung schon vorgelegen. Es sei einzig noch verlangt worden, dass spätestens sechs Wochen vor Baubeginn das Felsabbaukonzept einzureichen sei.
1.5. Dieser Auslegung des Beschlusses des Gemeinderats vom 3. Juli 2014 kann nicht gefolgt werden. Gemäss Ziffer 1 dieses Beschlusses wird der Bauaushub von der Baubewilligung ausdrücklich ausgenommen und dafür die separate Einreichung eines Gesuchs verlangt. Gemäss dem Wortlaut dieser Ziffer wurde somit über das Felsabbaukonzept noch nicht entschieden. Dies wird dadurch bestätigt, dass gemäss Ziff. 5.6 des Beschlusses vom 3. Juli 2014 dem Gemeinderat spätestens 6 Wochen vor Baubeginn das Felsabbaukonzept zur Bewilligung einzureichen und die Abbaumethode von einem Fachmann (Geologen) zu bestätigen ist. Zudem ist vor Baubeginn dem Gemeinderat eine Kopie der Auftragsbestätigung des Fachbüros über die Begleitung und Überwachung der Aushubarbeiten vorzulegen und ein geotechnisches Gutachten über die Standsicherheit des Baugrundes für die Bauphasen und den Endzustand zur Genehmigung durch die Technische Kommission einzureichen. Aus diesen Ausführungen in Ziffer 5.6 des Beschlusses vom 3. Juli 2014 geht eindeutig hervor, dass der Bauaushub bzw. das entsprechende Felsabbaukonzept noch einer separaten Bewilligung des Gemeinderats und der Genehmigung durch die Technische Kommission bedarf, wobei zuvor noch zusätzliche Unterlagen einzureichen sind. Da mit den Aushubarbeiten vor der noch ausstehenden Bewilligung nicht begonnen werden darf, stellt diese für die praktische Wirksamkeit der Baubewilligung eine Bedingung dar.
1.6. Nach der Rechtsprechung führt der noch ausstehende Entscheid über eine solche Bedingung dazu, dass das Baubewilligungsverfahren bis zum Entscheid darüber noch nicht abgeschlossen gilt, wenn der Baubehörde bei der Beurteilung der Bedingung noch ein Entscheidungsspielraum offensteht (Urteile 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2.1 und 1.2.2; 1C_109/2007 vom 30. August 2007 E. 2.5.2; 1C_563/2012 vom 26. April 2013 E. 1.1 und 1.2).
1.7. Im vorliegenden Fall steht der Gemeinde bei der Beurteilung der Zulässigkeit des noch zu bestimmenden Abbaukonzepts ein erheblicher Ermessensspielraum zu, da Ziffer 5.6 des Beschlusses des Gemeinderats vom 3. Juli 2014 ausdrücklich offen lässt, ob (ausnahmsweise) ein reiner Felsabbau nur mit einem hydraulischen Hammer oder allenfalls die Verwendung von Sprengungen bewilligt werden könne. Zudem ist offen, ob und gegebenenfalls welche Sicherheitsmassnahmen der Gemeinderat verfügen wird. Unter diesen Umständen kann nicht gesagt werden, der Gemeinderat habe das noch nicht vorgelegte Felsabbaukonzept bereits in seinem Beschluss vom 3. Juli 2014 mitbeurteilt. Das Baubewilligungsverfahren ist somit erst abgeschlossen, wenn über dieses Konzept entscheiden wurde. Demnach stellt der angefochtene Entscheid - unabhängig von seiner Qualifikation nach kantonalem Recht - einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 92 f. BGG dar (vgl. Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2.2).
1.8. Ein Zwischenentscheid ist - abgesehen von den hier nicht gegebenen Ausnahmen gemäss <ref-law> - beim Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar. Diese Voraussetzungen sollen zur Entlastung des Bundesgerichts dazu führen, dass es sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen muss. Das Bundesgericht tritt daher auf Beschwerden gegen Zwischenentscheide nicht ein, wenn allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach der Ausfällung des Endentscheids behoben werden können (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.; Urteil 1C_431/2015 vom 14. März 2016 E. 1.3).
1.9. Gemäss <ref-law> kann ein Zwischenentscheid direkt angefochten werden, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Der angefochtene Entscheid bewirkt für die Beschwerdeführer keinen solchen Nachteil, weil zum einen mit den Bauarbeiten vor der Bewilligung des Felsabbaukonzepts nicht begonnen werden darf. Zum anderen muss diese Bewilligung den Beschwerdeführern zur Wahrung ihres verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör eröffnet werden, weil sie als Nachbarn davon besonders berührt sind und gegen die Baubewilligung aufgrund der möglichen Gefährdung ihrer Häuser durch den Bauaushub eine Einsprache erhoben haben. Somit können sie sich dagegen wirksam zur Wehr setzen (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.3.1; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2). Sollten sie keine Einwände gegen die künftige Bewilligung des Felsausbaukonzepts haben, können sie zudem direkt im Anschluss daran beim Bundesgericht gegen den vorliegend angefochtenen Zwischenentscheid des Verwaltungsgerichts eine Beschwerde erheben (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.3.1 mit Hinweis).
1.10. Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid zulässig, wenn deren Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Da die vorliegende Beschwerde sich ausschliesslich auf die Frage bezieht, ob der Bauaushub bzw. der Felsabbruch die Sicherheit der Nachbargrundstücke gefährden kann, und darüber nach dem Gesagten noch gar nicht endgültig entschieden worden war, kann die Beschwerde nicht sofort einen Endentscheid herbeiführen. Demnach sind auch die Voraussetzungen gemäss <ref-law> nicht gegeben.
2.
Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer nach dem Unterliegerprinzip grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Im vorliegenden Fall rechtfertigt sich jedoch eine Abweichung von diesem Grundsatz, weil die Beschwerdeführer sich aufgrund der unzutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen zum Umfang der Baubewilligung zur Prozessführung nach Treu und Glauben veranlasst sehen durften. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, auf eine Gerichtsgebühr zu verzichten und die Parteikosten wettzuschlagen (vgl. Urteile 1A.335/2005 vom 22. März 2007 E. 5; 1P.204/1993 vom 23. Juni 1993 E. 3).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Ennetbürgen, dem Regierungsrat des Kantons Nidwalden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Gelzer