Sachverhalt:
A.
Die A._ AG erstattete am 3. April 2012 bei der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt Strafanzeige gegen X._ wegen Veruntreuung, eventualiter ungetreuer Geschäftsbesorgung. X._ wurde vorgeworfen, er habe als Verwaltungsrat der X._ SA im September 2011 veranlasst, dass die B._ AG der A._ AG gehörende Säcke mit insgesamt 42,475 Tonnen Harnstoff, welche die X._ SA in dem von ihr gemieteten Silo der B._ AG in Muttenz gelagert habe, umetikettiert habe, indem diese die Etiketten der A._ AG entfernt und neu die Etiketten der X._ SA angebracht habe. Die B._ AG habe in der Folge die Herausgabe der Harnstoffsäcke verweigert, als die A._ AG diese habe abholen lassen wollen. Im Zeitpunkt der inkriminierten Tat hatten die A._ AG Sitz in Bern, die X._ SA Sitz in Chamoson, Kanton Wallis, und die B._ AG Sitz in Muttenz, Kanton Basel-Landschaft, mit einem Lager in Muttenz sowie einer Zweigniederlassung im Kanton Basel-Stadt.
Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt eröffnete eine Strafuntersuchung gegen X._. Sie bestrafte diesen mit Strafbefehl vom 23. Juli 2012 wegen unrechtmässiger Aneignung mit einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 360.-- und mit einer Busse von Fr. 2'160.-- respektive, bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse, mit einer Ersatzfreiheitsstrafe von 22 Tagen. X._ erhob gegen den Strafbefehl Einsprache. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt hielt am Strafbefehl fest und überwies diesen mit den Akten an das Strafgericht Basel-Stadt. Am 17. Juli 2013 wurde der Termin der Hauptverhandlung vor dem Strafgericht Basel-Stadt auf den 5. September 2013 angesetzt. Mit Schreiben vom 4. September 2013 an die Staatsanwaltschaft hielt die Verfahrensleiterin fest, im Rahmen der Vorbereitung habe sich aus den Akten ergeben, dass sich die Ware im Silo der B._ AG im Auhafen befunden habe und die inkriminierte Umetikettierung dort vorgenommen worden sei. Damit könne sich die Frage nach der Zuständigkeit stellen und somit auch, ob ein Urteil in der Sache ergehen könne, oder eine Verfahrenseinstellung zu prüfen wäre, wobei den Parteien das rechtliche Gehör zu gewähren sei. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt antwortete, sie sei aufgrund der Strafanzeige der (offenbar) irrigen Annahme gewesen, die fragliche Ware sei im Terminal Kleinhüningen der B._ AG im Kanton Basel-Stadt gelagert und somit umetikettiert worden. Im Falle einer Umetikettierung in Muttenz sei der Kanton Basel-Landschaft zuständig. Allerdings sei gemäss <ref-law> die Bestimmung eines abweichenden Gerichtsstandes zulässig, wenn triftige Gründe dafür sprächen. Darunter fielen auch prozessökonomische Überlegungen. Vorliegend sei davon auszugehen, dass die Behörden des Kantons Basel-Landschaft eine Übernahme des Verfahrens auch aus diesen Gründen ablehnen würden, da das Verfahren im Kanton Basel-Stadt schon weit fortgeschritten sei. Die Privatklägerin teilte mit, dass sie den Entscheid über die örtliche Zuständigkeit dem Gericht anheimstelle und an der Hauptverhandlung vom 5. September 2013 nicht teilnehmen werde.
Mit Verfügung vom 5. September 2013 wies die Strafgerichtspräsidentin das Verfahren zur Klärung des Gerichtsstandes an die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt zurück. Diese fragte die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft um Übernahme des Verfahrens an, was diese mit Schreiben vom 13. September 2013 ablehnte. Am 23. September 2013 ersuchte die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt die Staatsanwaltschaft des Kantons Wallis um Übernahme des Verfahrens, was diese mit Schreiben vom 1. Oktober 2013 ablehnte. Hierauf ersuchte die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt mit Eingabe vom 3. Oktober 2013 das Bundesstrafgericht um Festlegung des Gerichtsstandes. Mit Beschluss vom 25. Februar 2014 trat die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts auf das Gesuch nicht ein, da dieses nicht gemäss <ref-law> "vor der Anklageerhebung" eingereicht worden sei, worunter aus Gründen der Verfahrenseffizienz nur die erstmalige Anklageerhebung verstanden werden könne. Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts setzte sich also mit dem Gerichtsstandskonflikt nicht auseinander.
In der Folge erliess die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt am 28. Juli 2014 erneut einen Strafbefehl gegen X._, welcher inhaltlich dem Strafbefehl vom 23. Juli 2012 entsprach. Sowohl die Privatklägerin A._ AG als auch der Verurteilte X._ erhoben Einsprache. Die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt hielt am Strafbefehl fest und überwies diesen zusammen mit den Akten wiederum an das Strafgericht Basel-Stadt.
B.
Das Einzelgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Stadt trat mit Verfügung vom 16. Juli 2015 auf die Anklage nicht ein mit der Begründung, die Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt seien örtlich nicht zuständig.
Die von der Privatklägerschaft dagegen erhobene Beschwerde wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, mit Entscheid vom 5. August 2015 ab.
C.
Die A._ AG erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie stellt die Anträge, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt sei aufzuheben, das Strafgericht Basel-Stadt sei auf die Anklage in der Form des Strafbefehls vom 28. Juli 2014 einzutreten, eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
Das Appellationsgericht Basel-Stadt hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat auf Vernehmlassung verzichtet. X._ beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde.
Die A._ AG erhielt die Gelegenheit, zu den Vernehmlassungen Stellung zu nehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführerin hält fest, sie sei als Privatklägerin Partei. Sie habe in dieser Eigenschaft im Sinne von <ref-law> am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen. Da sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken könne, habe sie unzweifelhaft gemäss <ref-law> ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids. Sie sei daher zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt.
1.2. Die Privatklägerschaft ist gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde in Strafsachen im Strafpunkt nur berechtigt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Mit diesem Erfordernis setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie legt nicht dar, weshalb und inwiefern es erfüllt sei.
1.3. Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG entspricht hinsichtlich des Erfordernisses der Auswirkungen des Entscheids auf die Beurteilung der Zivilansprüche den diversen gesetzlichen Regelungen, die seit dem Inkrafttreten des Opferhilfegesetzes am 1. Januar 1991 bestanden. Die Privatklägerschaft ist, wie nach früheren Regelungen das Opfer beziehungsweise der Geschädigte, dann und insoweit zur Beschwerde legitimiert, wenn und als sich der Strafentscheid im Ergebnis und aufgrund der darin enthaltenen Begründung negativ auf die Beurteilung der Zivilforderung auswirken kann (<ref-ruling> E. 6; <ref-ruling> E. 1a; siehe auch <ref-ruling> E. 1.1).
1.4. Die Vorinstanz erwägt, die erste Instanz sei auf die Anklage zu Recht nicht eingetreten. Die Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt seien aufgrund der massgebenden Bestimmungen (<ref-law>) örtlich nicht zuständig, die inkriminierte Tat zu beurteilen.
Ein dergestalt begründeter Entscheid kann sich nicht auf die Beurteilung von Zivilansprüchen der Beschwerdeführerin auswirken (siehe auch <ref-ruling> E. 1). Die kantonalen Instanzen befassten sich zufolge Verneinung der örtlichen Zuständigkeit gar nicht mit der Frage, ob zum Nachteil der Beschwerdeführerin eine strafbare Handlung begangen worden sei. Die Vorinstanz und die erste Instanz setzten sich weder in tatsächlicher noch in rechtlicher Hinsicht mit der inkriminierten Tat auseinander. Der angefochtene Entscheid hat einzig zur Folge, dass die Beschwerdeführerin allfällige Zivilansprüche nicht adhäsionsweise in einem Strafverfahren vor den Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt geltend machen kann.
2.
2.1. Unbekümmert um das Fehlen der Legitimation in der Sache selbst kann die Privatklägerschaft die Verletzung von Verfahrensrechten geltend machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Das nach <ref-law> erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich in diesem Fall nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmnen. Zulässig sind Rügen, die formeller Natur sind und von der Prüfung der Sache getrennt werden können. Nicht zu hören sind jedoch Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen. Eine in der Sache nicht legitimierte Beschwerdeführerin kann deshalb weder die Beweiswürdigung kritisieren noch geltend machen, die Begründung des angefochtenen Entscheids sei materiell unzutreffend (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.4 mit Hinweisen).
2.2. Die Vorinstanz hat erkannt, dass die Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt örtlich nicht zuständig seien, da die inkriminierte Umetikettierung im Kanton Basel-Landschaft erfolgt und eine Zuständigkeit zufolge impliziter Anerkennung mangels eines örtlichen Anknüpfungspunktes nicht gegeben sei. Die Staatsanwaltschaften der Kantone Basel-Landschaft und Wallis lehnten im Rahmen des Meinungsaustausches gemäss <ref-law> ihre Zuständigkeit ab. Es ist davon auszugehen, dass die Behörden der Kantone Basel-Landschaft und Wallis ihre Auffassungen, die sie auch vor der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vertraten, in formellen Entscheiden bestätigen würden, falls die Beschwerdeführerin in diesen Kantonen Strafklage einreichen würde.
Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts ist auf das Gesuch der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt um Bestimmung des Gerichtsstandes nicht eingetreten mit der Begründung, es sei entgegen <ref-law> erst nach der Anklageerhebung und damit verspätet eingereicht worden. Ob diese Auffassung zutrifft, ist hier nicht zu prüfen.
Unter den gegebenen Umständen würde die Strafklage der Beschwerdeführerin nicht beurteilt. Dieses stossende Ergebnis kann nicht hingenommen werden. Die Beschwerdeführerin hat sich als Privatklägerschaft konstituiert. Sie hat einen Anspruch darauf, dass ihre Strafklage beurteilt und das Verfahren in den vom Gesetz vorgesehenen Formen durchgeführt und abgeschlossen wird (vgl. <ref-law>). Der angefochtene Entscheid läuft auf eine Rechtsverweigerung zum Nachteil der Beschwerdeführerin als Privatklägerin hinaus. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten, da im Falle ihrer Gutheissung die Behörden des Kantons Basel-Stadt verpflichtet wären, die Strafklage der Beschwerdeführerin zu beurteilen.
3.
3.1. Gemäss <ref-law> können die Staatsanwaltschaften untereinander einen andern als den in den Artikeln 31 - 37 vorgesehenen Gerichtsstand vereinbaren, wenn der Schwerpunkt der deliktischen Tätigkeit oder die persönlichen Verhältnisse des Beschuldigten es erfordern oder andere triftige Gründe vorliegen. Ein abweichender Gerichtsstand kann sich auch ohne Vereinbarung daraus ergeben, dass die Behörden eines Kantons ihre Zuständigkeit implizit anerkannt haben. Gründe der Verfahrensökonomie sprechen dafür, dass dieser Kanton zuständig bleibt.
Die Strafbehörden des Kantons Basel-Stadt haben sich in der Zeit ab Eingang der Strafanzeige vom 3. April 2012 bis zum Erlass des Strafbefehls vom 23. Juli 2012 eingehend mit dem Fall befasst. Nach Erhebung der Einsprache gegen den Strafbefehl wurde das Einspracheverfahren mit Akteneingang am 1. August 2012 beim Strafgericht Basel-Stadt hängig. Den Parteien wurde Frist zur Einreichung von Beweisanträgen gesetzt. Am 17. Juli 2013 wurde der Termin der Hauptverhandlung vor dem Strafgericht Basel-Stadt auf den 5. September 2013 angesetzt.
Der Strafanzeige der Beschwerdeführerin vom 3. April 2012 an die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt (kant. Akten p. 34 ff.) war unter anderem als Beilage 4 ein Schreiben der Agricura vom 16. März 2012 an die Beschwerdeführerin betreffend Pflichtlagerkontrolle vom 16. März 2012 bei der B._ AG beigelegt. Darin wird ausgeführt, anlässlich der heutigen Pflichtlagerkontrolle habe die Agricura in Bezug auf die Vertragsmenge bei der B._ AG (Muttenz-Auhafen) ein Manko festgestellt, beziehungsweise es habe die vertragliche Menge von 19,5 Tonnen Rein-N (42 Tonnen Harnstoff 46 %) gänzlich gefehlt (kant. Akten, Separatbeilagen A/7). Bei Einsicht in dieses Aktenstück, auf welches die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft in ihrem den Gerichtsstand ablehnenden Schreiben vom 13. September 2013 (kant. Akten p. 243 f.) hinwies, hätte die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt auf den Gedanken kommen müssen, dass die angeblich umetikettierte Ware möglicherweise nicht im Kanton Basel-Stadt, sondern im "Muttenz-Auhafen" und damit im Kanton Basel-Landschaft lagerte, und hätte sie weitere diesbezügliche Abklärungen treffen müssen. Dies unterblieb jedoch, was den Schluss nahelegt, die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt habe den Gerichtsstand implizit anerkannt. Hinzu kommt, dass das Verfahren im Kanton Basel-Stadt bis zur Ansetzung der erstinstanzlichen Hauptverhandlung und damit sehr weit fortgeschritten war, sodass eine Abtretung des Verfahrens an den Kanton Basel-Landschaft unter prozessökonomischen Gesichtspunkten wenig sinnvoll wäre, worauf die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft in ihrem den Gerichtsstand ablehnenden Schreiben vom 13. September 2013 an die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt ebenfalls zurecht hinwies.
3.2. Ein abweichender Gerichtsstand kann indessen nicht allein durch implizite Anerkennung beziehungsweise aus prozessökonomischen Überlegungen begründet werden. Nach Rechtsprechung und Lehre ist zudem erforderlich, dass ein örtlicher Anknüpfungspunkt besteht. Soll bei der Festlegung der Zuständigkeit eines bestimmten Kantons vom gesetzlichen Gerichtsstand abgewichen werden, kann dies nur geschehen, wenn ausser dem triftigen Grund bei diesem Kanton auch ein entsprechender Anknüpfungspunkt besteht (Beschluss der I. Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 18. Oktober 2011, BG.2011.34, E. 3.1 und E. 3.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen; Urteil 6B_825/2010 vom 27. April 2011 E. 2.3; MOSER/SCHLAPBACH, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, <ref-law> N. 2; BERNARD BERTOSSA, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, art. 38 CPP n. 2).
Ein solcher Anknüpfungspunkt ist vorliegend nach den zutreffenden Vorbringen der Beschwerdeführerin entgegen der Auffassung der Vorinstanz aus nachfolgenden Gründen gegeben. Die Kooperationsvereinbarung zwischen der X._ SA und der B._ AG unter anderem betreffend Lagern loser und gesackter Ware wurde in Basel abgeschlossen (kant. Akten, separate Beilagen OH/30 ff.). Diese Vereinbarung bezeichnet Basel als Gerichtsstand (kant. Akten, separate Beilagen OH/34). Die Ergänzung 1 zur Kooperationsvereinbarung vom 28. Februar 2002 wurde am 4. Juli 2008 ebenfalls in Basel abgeschlossen (kant. Akten, separate Beilagen OH/35 f.). Dies genügt zur Begründung eines örtlichen Anknüpfungspunktes.
4.
Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, vom 5. August 2015 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben und hat der Kanton Basel-Stadt der Beschwerdeführerin eine Entschädigung zu zahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, vom 5. August 2015 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Basel-Stadt hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu zahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Näf