Sachverhalt:
A.
Die A._ S.r.l. (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin), ein italienisches Transportunternehmen, schloss mit der B._ AG (Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdegegnerin), einem schweizerischen Eisenbahnverkehrsunternehmen, am 29. Oktober 2010 ein "Rail Traction Service Agreement" (nachfolgend: RTSA) ab. Darin verpflichtete sich die Beklagte unter anderem, Traktionsleistungen zu erbringen und Eisenbahnwagen zur Verfügung zu stellen. Für eine sog. Rundfahrt (d.h. Fahrt von Köln nach Domodossola und zurück bzw. von Domodossola nach Köln und zurück) wurde ein Preis von EUR 26'500.-- vereinbart (Annex B zum RTSA). Mengenmässig sah das RTSA 5 Rundfahrten pro Woche vor. Als minimale Menge vereinbarten die Parteien 230 Rundfahrten (Annex A zum RTSA). Aufgrund fehlender Wagen beim vertraglich vorgesehenen Projektbeginn am 10. Januar 2011 (vgl. Ziff. 1 RTSA) unterzeichneten die Parteien am 2./7. Februar 2011 noch einen Zusatz zum RTSA ("Annex 1"), der für die Zeitperiode ab dem Projektstart am 7. Februar und bis zum 27. Februar 2011 einen reduzierten Preis von EUR 24'200.-- festlegte.
Als die Klägerin im März 2011 gewisse Rechnungen nicht bezahlte, stellte die Beklagte ihre Leistungen ab 23. März 2011 ein.
B.
Mit Klage vom 26. April 2011 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 3 Mio. zu bezahlen, zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 22. März 2011. Sie machte geltend, die Beklagte habe zu keinem Zeitpunkt die versprochenen Wagen zur Verfügung stellen können. Die Beklagte habe aber weiterhin den Preis verlangt und in Rechnung gestellt, welcher während der Gültigkeitsdauer des Annex, d.h. bis und mit 27. Februar 2011, gegolten habe. Sie, die Klägerin, habe diese Rechnungen - wie vertraglich vorgesehen - bestritten. Die Beklagte sei nicht berechtigt gewesen, den Vertrag zu kündigen. Nun fordere sie von der Beklagten das Erfüllungsinteresse (entgangener Gewinn) und beschränke sich im vorliegenden Verfahren im Sinn einer Teilklage auf die Forderung von EUR 3 Mio.
Die Beklagte bestritt die Klage und beantragte widerklageweise, die Klägerin sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 280'294.56 zuzüglich Zins zu 3 % über dem 3-Monats Euribor (4.53 %) seit dem 9. September 2011 zu bezahlen. Sie bestritt, dass sie ihre Leistungen nicht vertragskonform erbracht habe. Sie habe ihre Leistungen einstellen müssen, weil die Klägerin Rechnungen nicht bezahlt habe. Mit ihrer Widerklage verlangt sie die Bezahlung dieser Rechnungen und Schadenersatz für Mietkosten und Wagenstillstand.
Das Handelsgericht des Kantons Zürich wies mit Urteil vom 13. Oktober 2015 die Klage ab und schützte die Widerklage teilweise im Betrag von EUR 254'250.04 zuzüglich Zins zu 4.53 % seit dem 9. September 2011. Die Gerichtskosten auferlegte es im Betrag von Fr. 127'794.-- der Klägerin und im Betrag von Fr. 1'291.-- der Beklagten. Die Klägerin wurde verpflichtet, der Beklagten eine Prozessentschädigung von Fr. 98'000.-- zu bezahlen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid des Handelsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an dieses zurückzuweisen.
Mit Präsidialverfügung vom 8. Februar 2016 wurde dem Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung stattgegeben und das mit der Stellungnahme zum Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung gestellte Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung abgewiesen.
Sowohl die Beschwerdegegnerin wie die Vorinstanz verzichteten auf eine Vernehmlassung in der Hauptsache.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Sie muss demnach angeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen).
Das Handelsgericht hat die Widerklage vollumfänglich und im Detail abgehandelt. Es ist nicht ersichtlich und die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern das Bundesgericht - sollte es die Würdigung der Vorinstanz nicht teilen - die Widerklage nicht beurteilen könnte. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten, falls sie die Widerklage betreffen sollte. Die Klage hat die Vorinstanz demgegenüber abgewiesen mit der Begründung, die Beschwerdeführerin habe den Schaden zu wenig substanziiert. Es bestehe aber ohnehin kein Anspruch, da die Beschwerdegegnerin berechtigt gewesen sei, ihre Leistungen per 22. März 2011 einzustellen. Sollte das Bundesgericht diese Auffassung nicht teilen, könnte es nicht selber urteilen. Diesbezüglich ist unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Vorinstanz liess im Rahmen ihrer Beurteilung der Widerklage offen, ob die Beschwerdegegnerin ein Recht auf Kündigung des Vertrages hatte, da sie jedenfalls berechtigt gewesen sei, ihre Leistungen einzustellen. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Begründungspflicht, weil sich die Vorinstanz nicht zum Kündigungsrecht äusserte. Dadurch werde auch ihr Recht auf Beweis gemäss Art. 152 ZPO verletzt. Die Beschwerdeführerin stützt den von ihr eingeklagten Erfüllungsanspruch darauf, dass die Beschwerdegegnerin nicht zur Kündigung des Vertrages berechtigt gewesen sei. Da die Vorinstanz die Klage aber abwies, weil sieeinerseits den Schaden als nicht genügend substanziiert und nachgewiesen erachtete und andererseits der Auffassung war, bereits die Berechtigung zur Leistungseinstellung stehe der Schadenersatzforderung entgegen, konnte sie im Hinblick auf die Klage die Frage des Kündigungsrechts offenlassen. Die Vorinstanz hat die Pflicht zur Begründung ihres Urteils diesbezüglich offensichtlich nicht verletzt. Sollte sich die Beschwerde gegen die Beurteilung der Widerklage richten, ist darauf wie dargelegt nicht einzutreten. Somit entfällt auch diesbezüglich eine Prüfung der Rüge.
3.
Der Schaden ist vom Geschädigten grundsätzlich ziffernmässig nachzuweisen (Art. 42 Abs. 1 OR). Ist das nicht möglich, ist der Schaden vom Richter "mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge" abzuschätzen (Art. 42 Abs. 2 OR). Die Anwendung von Art. 42 Abs. 2 OR setzt voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 276f.; <ref-ruling> E. 3a S. 221; Urteil 4A_431/2015 vom 19. April 2016 E. 5.1.2). In diesem Fall gilt für den Beweis des Bestehenseines Schadens das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (zit. Urteil 4A_431/2015 E. 5.1.2; vgl. HANS PETER WALTER, in: Berner Kommentar, 2012, N. 525 zu Art. 8 ZGB). Die ermessensweise Schadensschätzung nach Art. 42 Abs. 2 OR und damit die Bestimmung des Ausmasses des Schadens beruht auf Tatbestandsermessen. Sie beruht auf Beweiswürdigung, gehört zur Feststellung des Sachverhalts (<ref-ruling> E. 5.1 S. 364; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 277; <ref-ruling> E. 3b S. 222; je mit Hinweisen; a.A. WALTER, a.a.O., N. 525 zu Art. 8 ZGB, der darin eine Anwendung von Art. 4 ZGB sieht) und kann vom Bundesgericht nur nach Massgabe von Art. 97 und 105 Abs. 2 BGG überprüft werden. Auch im Rahmen von Art. 42 Abs. 2 OR muss der Geschädigte soweit möglich und zumutbar alle Umstände behaupten, die Indizien für den Bestand eines Schadens darstellen und die Schätzung des Umfangs des Schadens erlauben. Er kann nicht ohne nähere Angaben Schadenersatzforderungen in beliebiger Höhe stellen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 363 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 221; zit. Urteil 4A_431/2015 E. 5.1.2). Daraus folgt, dass eine der Voraussetzungen von Art. 42 Abs. 2 OR nicht gegeben ist, wenn der Geschädigte nicht alle im Hinblick auf die Abschätzung des Schadens notwendigen Angaben liefert, selbst wenn feststeht, dass ein Schaden eingetreten ist (vgl. zum Ganzen zit. Urteil 4A_431/2015 E. 5.1.2).
Nach den Grundsätzen des Obligationenrechts ist nur Ersatz für entgangenen Gewinn geschuldet, soweit es sich um einen üblichen oder sonst wie konkret in Aussicht stehenden Gewinn handelt (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 384; <ref-ruling> E. 6 S. 401 mit Hinweisen; ROLAND BREHM, Berner Kommentar, 3. Aufl., Bern 2006, Rz. 70e zu Art. 41 OR; HEINZ REY, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 4. Aufl., 2008, S. 81 f. Rz. 347 f.).
Der künftige entgangene Gewinn, um den es hier geht, kann nicht im Sinne von Art. 42 Abs. 1 OR nachgewiesen werden. Es sind daher die dargelegten Grundsätze zu Art. 42 Abs. 2 OR anwendbar.
4.
4.1. Das Handelsgericht stellte folgenden Prozesssachverhalt fest: Die Beschwerdeführerin mache das Erfüllungsinteresse aus dem Vertrag in Höhe von EUR 3 Mio. geltend. Sie behaupte, ihr Aufwand betrage pro Tag EUR 29'710.-- und ihr Gesamtertrag EUR 41'132.--. Somit hätte sie einen verbleibenden Ertrag von EUR 11'422.-- pro Tag erzielt, was bei 250 Umlaufzügen pro Jahr einen Gesamtgewinn von EUR 2'852'500.-- ergebe. Gemäss ihrem Businessplan sei vorgesehen gewesen, einen jährlichen Profit von gut EUR 2.8 Mio. zu erwirtschaften. Wenn die Beklagte ihre vertraglichen Verpflichtungen korrekt erfüllt hätte, hätte der über die Vertragsdauer erwirtschaftete Gewinn über EUR 5 Mio. betragen. Im Sinn einer Teilklage beschränke sie sich auf EUR 3 Mio. Wenn aber die Beschwerdegegnerin widerklageweise Forderungen erheben würde, würde sie ihre Forderung um diesen widerklageweise geltend gemachten Betrag erhöhen.
Es erwog sodann, die Beschwerdeführerin habe damit zwar in groben Zügen beschrieben, wie sie ihren entgangenen Gesamtgewinn pro Jahr berechne (EUR 2'852'500.--), und gehe insgesamt für die Vertragsdauer von einem solchen von mehr als EUR 5 Mio. aus. Die Beschwerdegegnerin bestreite dies aber in der Klageantwort/Widerklage und rüge ausdrücklich fehlende Nachvollziehbarkeit und Substanziierung des entgangenen Gewinns. Spätestens damit könne in den Vorbringen der Klageschrift keine schlüssige Darlegung des Klagefundaments (mehr) gesehen werden. Mit dem von ihr eingeholten Parteigutachten (Gutachten des Lehrstuhls für Logistikmanagement der Universität X._), auf das sie in der Replik verweise, komme sie ihrer Behauptungslast sodann nicht nach. Insgesamt sei nicht klar, wie sich der angebliche entgangene Gewinn von mehr als EUR 5 Mio. insgesamt bzw. EUR 3 Mio. ergebe. Es sei auch nicht restlos klar, aus welcher Zeitperiode die Klägerin den eingeklagten (Teil-) Betrag von EUR 3 Mio. ableite und, falls darin auch ein Erfüllungsinteresse für die Zeit vor Vertragskündigung enthalten sein sollte, welche Erträge sie während dieser Zeit tatsächlich erwirtschaften konnte. Die Vorinstanz bezweifelte, ob im internationalen kombinierten Verkehr tatsächlich keine mittelfristigen Buchungsverträge abgeschlossen werden, mit welchen die künftige Auslastung nachgewiesen werden könnte, wie die Beschwerdeführerin behauptet hatte. Sie liess die Frage letztlich aber offen. Denn jedenfalls fehlten konkrete nachvollziehbare Parameter, wie sich der von der Beschwerdeführerin pauschal angenommene tägliche Aufwand und Ertrag zusammensetze. Da sie über einen (beschränkten) Zeitraum tatsächlich bereits Rundfahrten durchgeführt habe, sei auch nicht ersichtlich, warum entsprechende konkrete Angaben nicht hätten vorgebracht werden können.
4.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, zwar habe es ihrer Idee entsprochen, mittel- oder auch langfristige Verträge mit Kunden abzuschliessen. Im Zeitpunkt der Klageeinreichung habe sie aber über keine Verträge verfügt, welche die künftige Auslastung der von ihr betriebenen Zugverbindungen hätte belegen können. Die kurze Zeit der Vertragsgeltung habe nicht ausgereicht, um Kunden längerfristig binden zu können. Es habe jedoch während der Dauer ihres Betriebs bereits eine gute Auslastung bestanden. Das Gutachten sei daher die einzige Möglichkeit gewesen, um den künftigen Gewinn darzulegen. Es hätte als genügende Parteibehauptung berücksichtigt werden müssen. Es ergäbe keinen Sinn, dass sie in den Rechtsschriften die Ausführungen des Gutachtens einfach noch einmal wiedergebe; diese seien ihr eins zu eins zuzurechnen. Es sei ihre eigene Behauptung. Sämtliche Kenntnisse, Fakten, Annahmen und Zahlen, die ihr zur Verfügung gestanden hätten, seien mit dem Gutachten aufgearbeitet worden. Darin würden auch die einzelnen Parameter nachvollziehbar aufgezeigt, nämlich unter Ziff. 5.1 und 5.2. Aktenwidrig sei auch die Kritik der Vorinstanz, es werde nicht restlos klar, für welchen Zeitraum der entgangene Gewinn von EUR 3 Mio. verlangt werde. Im Gutachten (unter Ziff. 5.1) werde klar auf den Zeitraum vom 22. März 2011 (vorzeitiges Vertragsende) bis Ende 2012 abgestellt. Das Handelsgericht verkenne, dass es sich beim entgangenen Gewinn um eine hypothetische Grösse handle.
4.3. Nach Art. 55 Abs. 1 ZPO haben die Parteien dem Gericht die Tatsachen darzulegen, auf die sie ihre Begehren stützen, und die Beweismittel anzugeben. Die konkreten Anforderungen an die Substanziierung ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und andererseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 328; <ref-ruling> E. 2b S. 368; Urteile 4A_264/2015 vom 10. August 2015 E. 4.2.2; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.2; je mit Hinweisen).
Ihrer Behauptungs- und Substanziierungslast hat die klagende Partei grundsätzlich in der Klageschrift nachzukommen (Art. 221 Abs. 1 lit. d und e ZPO). Der blosse Verweis auf Beilagen zur Klage erfüllt die Behauptungslast in aller Regel nicht (<ref-ruling>, nicht publ. E. 3.1; zit. Urteil 4A_264/2015 E. 4.2.2 und Urteil 4A_317/2014 vom 17. Oktober 2014 E. 2.2). Das Bundesgericht liess ausnahmsweise den Verweis auf ein Aktenstück genügen, wenn sich daraus nur noch ergänzende Behauptungen ergaben. So im Urteil 4A_146/2015 vom 19. August 2015 E. 5.1, wo die Klägerin die ihr entgangene Entschädigung aus einem aufgelösten Architektenvertrag in dem Sinn in der Klage substanziiert hatte, dass sie die von ihr bis zur Vertragsbeendigung erbrachten Leistungen im Einzelnen in der Rechtsschrift aufgeführt hatte; einzig hinsichtlich des Honorars, das sie für diese Arbeiten verlangte, verwies sie auf ihre beigelegte Rechnung (bestätigt im Urteil 4A_566/2015 vom 8. Februar 2016 E. 4.5).
4.4. Aufgrund dieser Rechtsprechung ging das Handelsgericht zutreffend davon aus, dass die Beschwerdeführerin mit einem blossen Hinweis in der Widerklageantwort/Replik auf das beigelegte Gutachten ihrer Behauptungslast nicht nachkommen konnte.
Entscheidend ist vielmehr, ob das Handelsgericht an die Substanziierung des Tatsachenfundaments in der Klage zu hohe Anforderungen stellte. Nicht berechtigt ist der Vorwurf, der zeitliche Rahmen der Klage sei unklar. Indem die Beschwerdeführerin aufgrund ihrer Annahmen von einem jährlichen Gewinn von EUR 2'852'000.-- sowie einem insgesamt möglichen Gewinn über die Vertragsdauer von über EUR 5 Mio. ausging, war klar, dass sie ihre Klage auf die ganze Vertragsdauer (ohne vorzeitige Kündigung) bis Ende Dezember 2012 bezog. Entsprechend gab sie an, die Reduktion auf EUR 3 Mio. sei als (echte) Teilklage zu verstehen; damit präzisierte sie, dass ein Teilbetrag einer Gesamtforderung eingeklagt werde (vgl. KARL SPÜHLER, in: Basler Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 5 zu Art. 86 ZPO). Dass entgegen der Überlegung des Handelsgerichts der Zeitraum vor der Kündigung nicht erfasst war, ergibt sich bereits aus der Art der Berechnung, die auf der vollständigen Kapazität für jede nicht durchgeführte Rundfahrt basiert, während für die Zeit zwischen dem 7. Februar und dem 21. März 2011 verschiedene Fahrten durchgeführt wurden, für welche die Beschwerdegegnerin Rechnung stellte und die Gegenstand der Widerklage bildeten. Die Beschwerdeführerin macht sodann zu Recht geltend, dass der entgangene Gewinn eine hypothetische Grösse ist (vgl. auch E. 3 hiervor). Das befreit sie jedoch nicht davon, alle jene konkreten Umstände zu behaupten, die sie zumutbarer Weise behaupten kann (vgl. E. 4 hiervor). Der entgangene Gewinn hängt ab von der Anzahl entfallener Transportleistungen, der dafür erzielbaren Bruttoerträge und den Kosten. Hinsichtlich der entfallenen Transportleistungen macht die Beschwerdeführerin in der Klage jährlich 250 Rundfahrten mit je 60 Stellplätzen geltend. Es kann mit der Vorinstanz offenbleiben, ob die Beschwerdeführerin tatsächlich über keine mittel- oder langfristigen Verträge mit Kunden verfügte, welche die künftige Auslastung hätten konkretisieren können, wie sie behauptet. Die Vorinstanz wies zu Recht darauf hin, dass während rund sechs Wochen Rundfahrten stattfanden, für welche die Beschwerdeführerin hätte Rechnungen einlegen können. Damit hätte sie zumindest für diesen Zeitraum konkret angeben können, inwieweit die bei der Beschwerdegegnerin gebuchten Fahrten ausgelastet waren, was wiederum Rückschlüsse auf die künftige Auslastung erlaubt hätte. Damit hätte sie auch die von ihr erzielten Preise substanziieren können, statt - lediglich theoretisch - unter Annahme eines Abschlags von 30 % und unter Berücksichtigung der Subventionen auf den Betrag abzustellen, der behauptetermassen von Kunden der Beschwerdeführerin bezahlt werden musste, nachdem die Beschwerdegegnerin ihr Angebot eingestellt hatte. Diese konkrete Substanziierung wäre der Beschwerdeführerin ohne weiteres zumutbar gewesen. Auch hinsichtlich der Kosten ist die Kritik fehlender Nachvollziehbarkeit berechtigt. Zwar sind die Kosten von EUR 26'500.-- pro Zug, die sich aus dem Vertrag ergeben, und die Terminalumschlagskosten/Sendung klar behauptet. Nicht nachvollziehbar ist aber, dass lediglich diese variablen Kosten anfallen sollen und keine Fixkosten (z.B. Personalkosten), wie die Beschwerdeführerin behauptet. Insoweit fehlt es an einer hinreichenden Darstellung der Grundlagen, die eine Schätzung des Schadens erlauben würden (vgl. E. 3 hiervor).
5.
5.1. Hat die Beschwerdeführerin somit nur ungenügende Behauptungen aufgestellt, könnte an sich offenbleiben, ob sie zudem auch keine genügenden Beweisanträge stellte, wie die Vorinstanz erwog. Auch diesbezüglich ist der angefochtene Entscheid jedoch nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz führte aus, als Beweismittel für das geltend gemachte Erfüllungsinteresse habe die Beschwerdeführerin lediglich einen Businessplan sowie das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten eingereicht. Weitere Beweismittel habe sie nicht offeriert. Sie habe im Anschluss an ihre Ausführungen den Vermerk angebracht "Die Genannten"; damit habe sie aber ebenfalls keine konkreten Beweismittel formgerecht angeboten. Es bleibe unklar, welche Beweismittel damit überhaupt gemeint seien und eine eindeutige Zuordnung von Beweismitteln zu den zu beweisenden Tatsachenbehauptungen, wie es Art. 152 Abs. 1 i.V.m. Art. 221 Abs. 1 lit. e ZPO verlangen, finde nicht statt.
5.2. Die Beschwerdeführerin rügt, sie habe in der Klage das Parteiverhör beantragt im Abschnitt, der das Unternehmen der Beschwerdeführerin beschreibe. An den folgenden (von der Vorinstanz zitierten) Stellen habe sie als Beweismittel "Die Genannten" angegeben; es sei klar, dass es sich dabei um die gleichen Personen gehandelt habe und sie sich damit in insgesamt acht folgenden Abschnitten ebenfalls auf das Beweismittel des Parteiverhörs bezogen habe. Wäre dies tatsächlich nicht klar gewesen, hätte das Handelsgericht eine entsprechende Fragepflicht (Art. 56 ZPO) gehabt. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten. Die Vorinstanz hat den Beweisantrag nämlich mit einer doppelten Begründung als nicht formgerecht angeboten qualifiziert. Auf die zweite Begründung, dass an den angegebenen Stellen keine eindeutige Zuordnung zu den zu beweisenden Tatsachen bestehe (vgl. zu diesem Erfordernis die Urteile 4A_574/2015 vom 11. April 2015 E. 6.6.4; 4A_56/2013 vom 4. Juni 2013 E. 4.4 mit umfassenden Hinweisen), geht die Beschwerdeführerin nicht ein. Soweit jedoch ein Entscheid auf mehreren selbständigen alternativen Begründungen beruht, ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin wendet sodann ein, das Parteigutachten gelte (auch) als zulässiges Beweismittel gemäss Art. 168 ZPO. Das Bundesgericht hat in seiner jüngsten Rechtsprechung klargestellt, dass ein Privatgutachten kein Beweismittel i.S.v. Art. 168 Abs. 1 ZPO ist. Als blosse Parteibehauptung möge es allenfalls zusammen mit - durch Beweismittel nachgewiesene - Indizien den Beweis erbringen. Werde ein Privatgutachten aber nicht durch Indizien gestützt, so dürfe es als bestrittene Behauptung nicht als erwiesen erachtet werden (<ref-ruling> E. 2.6 S. 438). Diese Voraussetzungen sind hier nicht gegeben. Hinzu kommt, dass das Gutachten selber einleitend feststellt, die durchgeführte Analyse basiere auf von der Beschwerdeführerin bereitgestellten Daten; für die Richtigkeit dieses bereitgestellten Zahlenmaterials könnten die Gutachter jedoch keine Gewähr übernehmen.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und es kann offenbleiben, ob sich die Beschwerde mit der Begründung der Vorinstanz, es bestehe ohnehin kein Anspruch, da die Beschwerdegegnerin berechtigt gewesen sei, ihre Leistungen per 22. März 2011 einzustellen, rechtsgenüglich (vgl. E. 5.2 hiervor) auseinandergesetzt hat. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerdegegnerin auf eine Vernehmlassung in der Sache verzichtet hat und das Bundesgericht ihren in der Stellungnahme zum Gesuch betreffend die Gewährung der aufschiebenden Wirkung gestellten Begehren (Abweisung des Gesuchs um Erteilung der aufschiebenden Wirkung sowie die Sicherstellung ihrer Parteikosten) nicht entsprochen hat, steht ihr kein Entschädigungsanspruch zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 22'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. April 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak