Fatti:
A.
Il 27 marzo 2007 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il nuovo piano regolatore del Comune di X._ ed ha abrogato il piano regolatore previgente, del 6 aprile 1982. Il Governo ha tuttavia negato l'approvazione di diverse zone residenziali estensive, tra cui quella di Y._, assegnata dalla pianificazione previgente alla zona residenziale estensiva di completazione. Il Comune ha quindi avviato l'elaborazione di una variante che prevedeva l'inserimento del comparto di Y._ in zona edificabile.
B.
Il 12 agosto 2008 B._, proprietario del fondo part. www di X._, situato in località Y._, ha chiesto al Municipio il permesso di costruire dei muri di sostegno a confine e una piscina interrata (di 3 m per 7 m) nel giardino antistante la sua casa di abitazione, superficie che il piano regolatore del 1982 assegnava alla zona residenziale estensiva di completazione. La domanda di costruzione non ha suscitato opposizioni. Acquisito il preavviso favorevole dell'Autorità cantonale, il 17 ottobre 2008 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, che è passata in giudicato incontestata.
C.
Il 13 febbraio 2009 B._ ha presentato al Municipio una domanda in variante nella forma della notifica, che prevedeva la costruzione di una piscina di maggiori dimensioni (4 m per 8 m) ed il suo spostamento a una distanza di 1.50 m dal confine con il fondo part. xxx, di proprietà di A._. Quest'ultima si è opposta alla domanda; ha inoltre chiesto la revoca della precedente licenza edilizia, sostenendo che la particella dedotta in edificazione era situata fuori della zona edificabile e che non erano adempiute le condizioni per il rilascio di un'autorizzazione eccezionale. Con decisione del 28 aprile 2009, l'Esecutivo comunale ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo contestualmente sia l'opposizione sia la domanda di revoca della licenza edilizia del 17 ottobre 2008.
D.
Con decisione del 23 febbraio 2010 il Consiglio di Stato ha accolto ai sensi dei considerandi un ricorso della vicina opponente contro la decisione municipale, annullandola e rinviando gli atti al Municipio affinché statuisse nuovamente sulla domanda di costruzione del 13 febbraio 2009 dopo avere raccolto l'avviso del Dipartimento del territorio. Con sentenza del 29 luglio 2010, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso di A._ contro la decisione governativa, riformandola nel senso che la licenza edilizia del 28 aprile 2009 era annullata e la domanda di costruzione del 13 febbraio 2009 era respinta. Ha inoltre disposto il rinvio degli atti al Governo affinché si pronunciasse sul gravame della vicina in quanto interposto contro la decisione del Municipio, del 28 aprile 2009, di non revocare la licenza edilizia del 17 ottobre 2008. La Corte cantonale ha pure imposto al Governo di statuire sulle ripetibili dovute alla ricorrente per la procedura ricorsuale di prima istanza.
E.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il Servizio dei ricorsi del Consiglio di Stato ha tenuto un sopralluogo l'11 ottobre 2012, dal quale è in particolare risultato che la piscina interrata non era stata realizzata, mentre i muri di sostegno erano stati eseguiti in modo parzialmente difforme rispetto a quanto autorizzato con la licenza edilizia del 17 ottobre 2008. Con decisione del 3 settembre 2013 il Consiglio di Stato ha respinto sia la domanda della vicina di accertare la nullità della licenza edilizia del 17 ottobre 2008 sia il suo ricorso contro la decisione del 28 aprile 2009 del Municipio di non revocare detta licenza. Il Governo ha accertato che il permesso di costruzione era decaduto per mancato utilizzo con riferimento alla piscina e ha confermato il diniego della revoca riguardo alla sistemazione del terreno e all'erezione di muri di sostegno a confine. Ha infine riconosciuto a A._, in quanto non compensate, ripetibili per un ammontare di fr. 1'000.--.
F.
Nel frattempo, il 27 novembre 2009 B._ ha chiesto al Municipio il permesso in sanatoria per il prolungamento di 15.70 m, rispettivamente di 2.70 m, dei muri a confine con i fondi part. yyy e zzz. Alla domanda si è nuovamente opposta A._, lamentando il fatto che non vi sarebbero contemplate tutte le opere effettivamente eseguite. Acquisito il preavviso favorevole dell'Autorità cantonale, il 31 maggio 2011 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia richiesta, respingendo l'opposizione della vicina. Adito da quest'ultima, il Consiglio di Stato ne ha accolto il ricorso con decisione del 2 ottobre 2013, annullando il permesso di costruzione. Il Governo ha accertato che il fondo dedotto in edificazione era situato fuori della zona edificabile e l'intervento non poteva beneficiare di un'autorizzazione giusta gli art. 24 e 24c LPT.
G.
Sia la decisione governativa del 3 settembre 2013 sia quella del 2 ottobre 2013 sono state impugnate dalle parti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, la prima da A._, la seconda da B._. In pendenza della procedura ricorsuale, il Consiglio di Stato ha approvato il 18 marzo 2015 le varianti di piano regolatore concernenti l'adeguamento a seguito della precedente risoluzione del 27 marzo 2007. Il comparto di Y._, ove è inserito il fondo part. www, è stato attribuito alla zona residenziale estensiva di completazione.
H.
Con sentenza del 27 luglio 2015, la Corte cantonale ha accolto il gravame di B._ contro la decisione governativa del 2 ottobre 2013, annullandola. I giudici cantonali hanno annullato la licenza edilizia del 31 maggio 2011 e hanno rinviato gli atti al Municipio affinché, dopo averli se del caso completati, si pronunciasse nuovamente sulla domanda in sanatoria sulla base della pianificazione ora vigente.
I.
Con una separata sentenza di stessa data, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il ricorso di A._ contro la decisione governativa del 3 settembre 2013. Ha rilevato che l'azzonamento del fondo in zona edificabile era stato frattanto ripristinato, sicché non v'era ragione di revocare la licenza edilizia del 17 ottobre 2008 (in quanto non già decaduta per mancato utilizzo relativamente alla piscina) fondandosi sul presupposto, ora venuto meno, che la particella era ubicata fuori della zona edificabile. La Corte cantonale ha inoltre negato un interesse della ricorrente a chiedere la revoca, giacché l'opera eseguita non era fondata sulla licenza edilizia del 17 ottobre 2008, ma semmai sull'eventuale autorizzazione rilasciata in sanatoria, oggetto della suddetta causa parallela avviata da B._. Ha infine ritenuto sostenibile l'importo di fr. 1'000.-- riconosciutole a titolo di ripetibili per la procedura ricorsuale dinanzi all'istanza inferiore.
J.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla, di dichiarare nulla la licenza edilizia del 17 ottobre 2008 e di rinviare gli atti all'Autorità inferiore perché si pronunci nuovamente sulle ripetibili. In via subordinata, chiede di revocare la licenza edilizia nella misura in cui non sia già decaduta e di ritornare gli atti all'Autorità inferiore per una nuova decisione sull'ammontare delle ripetibili. La ricorrente fa valere la violazione degli art. 24 e 25 cpv. 2 LPT e degli art. 5 cpv. 3, 9, 26, 29, 30, 35, 36 e 75 Cost.
K.
La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza e chiede che il ricorso sia respinto. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Comune di X._ chiede di respingere il gravame. B._ comunica di non presentare una risposta al ricorso, postulandone comunque la reiezione. La ricorrente si è espressa il 13 novembre 2015 sulle risposte, confermandosi nelle sue conclusioni.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
2.
Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (quest'ultimo in relazione con l'<ref-law>).
3.
3.1. Secondo l'<ref-law> ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione impugnata (lett. b) e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della stessa (lett. c). L'interesse degno di protezione all'annullamento della sentenza impugnata deve essere pratico ed attuale anche nel momento dell'emanazione del presente giudizio, essendo nell'interesse dell'economia processuale che il Tribunale federale statuisca su questioni concrete e non soltanto teoriche (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
3.2. La ricorrente ribadisce in questa sede la fondatezza della sua richiesta di dichiarare nulla la licenza edilizia del 17 ottobre 2008, rispettivamente di revocarla nella misura in cui non sia già decaduta.
3.3. La Corte cantonale ha rilevato che la richiesta di revoca era fondata sul presupposto che il fondo dedotto in edificazione (part. www) era ubicato fuori della zona edificabile. Ha tuttavia evidenziato che la situazione pianificatoria era nel frattempo cambiata, giacché con la variante di piano regolatore approvata dal Consiglio di Stato il 18 marzo 2015, il terreno è stato nuovamente inserito in una zona edificabile. Esso risulta attualmente attribuito alla zona residenziale estensiva di completazione, disciplinata dall'art. 49a delle norme di attuazione del piano regolatore, secondo cui "sono ammesse riattazioni, trasformazioni ed ampliamenti nonché nuove costruzioni, queste ultime a condizione che si possano realizzare nel rispetto di tutte le prescrizioni delle presenti norme". Questi accertamenti non sono censurati d'arbitrio, tantomeno con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, e sono pertanto vincolanti per il Tribunale federale (cfr. <ref-law>). La Corte cantonale ha conseguentemente ritenuto che, nella misura in cui la licenza edilizia non fosse già decaduta per mancato utilizzo con riferimento alla costruzione della piscina, non v'era ragione di revocarla dal momento che il fondo era nuovamente attribuito alla zona edificabile. Ha inoltre negato un interesse della ricorrente alla revoca, giacché i muri di sostegno effettivamente eseguiti non trovano legittimazione nella licenza edilizia del 17 ottobre 2008, ma semmai nell'autorizzazione che verrà rilasciata al termine della procedura in sanatoria, oggetto della parallela sentenza della Corte cantonale emanata lo stesso giorno (27 luglio 2015). La precedente istanza ha infatti accertato che B._ non si era attenuto al permesso ricevuto, ma aveva realizzato muri di sostegno più lunghi rispetto a quelli autorizzati e parzialmente o totalmente sovrapposti, anziché accostati al cordolo preesistente.
3.4. Quest'ultimo accertamento è ritenuto corretto dalla ricorrente, la quale sostiene nondimeno che la difformità dei muri realizzati riguarderebbe essenzialmente le opere a confine con i fondi part. yyy e part. zzz, mentre il muro a confine con la sua proprietà (part. xxx) sarebbe conforme alla licenza edilizia del 17 ottobre 2008. Adduce che questo manufatto sarebbe quindi definitamente sanato a seguito della mancata revoca e che la procedura in sanatoria riguarderebbe unicamente i muri a confine con gli altri due fondi vicini. A suo dire, la Corte cantonale, invece di confermare la decisione di diniego della revoca, avrebbe dovuto (analogamente a quanto riconosciuto per la piscina) dichiarare decaduta la licenza edilizia per quanto riguarda le parti del muro lungo i confini con i fondi part. yyy e zzz e disporne la revoca solo per il tratto di muro a confine con la sua particella xxx, estendendo anche a questo il rinvio degli atti al Municipio.
Tuttavia, la Corte cantonale ha rilevato che l'opera eseguita non trova legittimazione nella licenza edilizia rilasciata il 17 ottobre 2008. Nella parallela sentenza del 27 luglio 2015 ha rinviato gli atti al Municipio affinché si pronunci nuovamente sulla domanda di costruzione in sanatoria, dopo avere completato gli atti nella misura in cui i piani non riproducano fedelmente i manufatti eseguiti, raccolto un nuovo avviso cantonale e sentita l'opponente. Nella risposta al gravame in questa sede, la precedente istanza ha poi esplicitamente precisato che il rinvio e il riesame sotto il profilo della mutata situazione pianificatoria concerne tutte le opere murarie effettivamente eseguite nel loro complesso. Contrariamente a quanto paventato dalla ricorrente, la procedura in sanatoria contempla quindi anche il muro a confine con la sua proprietà.
Nelle esposte circostanze, risulta quindi che in sostanza la licenza edilizia del 17 ottobre 2008 non riveste una portata pratica, essendo decaduta con riferimento alla costruzione della piscina e non fondando l'autorizzazione dell'insieme delle opere murarie realizzate. In simili condizioni, la ricorrente difetta di un interesse degno di protezione pratico ed attuale a chiederne la revoca o l'accertamento della nullità. Su tali aspetti non è pertanto legittimata ad aggravarsi contro la decisione impugnata. La ricorrente potrà se del caso sollevare le contestazioni contro le opere murarie nell'ambito della procedura della domanda di costruzione in sanatoria ancora aperta.
4.
4.1. La ricorrente critica l'ammontare delle ripetibili (fr. 1'000.--) riconosciutole dal Consiglio di Stato per la procedura ricorsuale di prima istanza, importo considerato sostenibile dalla Corte cantonale.
4.2. In concreto, l'aspetto delle ripetibili è disciplinato dall'art. 31 della previgente legge di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm; RL 3.3.1.1) e dal regolamento sulla tariffa per i casi di patrocinio d'ufficio e di assistenza giudiziaria e per la fissazione delle ripetibili, del 19 dicembre 2007 (RL 3.1.1.7). L'applicazione del diritto cantonale è esaminata dal Tribunale federale sotto il profilo ristretto dell'arbitrio (cfr. <ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2). Per motivare l'arbitrio non basta criticare semplicemente la decisione impugnata contrapponendole una versione propria, ma occorre dimostrare per quale motivo tale decisione è manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 5.4 e rispettivi rinvii).
4.3. La ricorrente si limita ad addurre genericamente che la sentenza impugnata sarebbe arbitraria, siccome contraddirebbe quanto esposto dalla Corte cantonale nel suo precedente giudizio di rinvio del 29 luglio 2010. Adduce che nella fattispecie le spese legali sarebbero state importanti e che la procedura ricorsuale di prima istanza aveva per oggetto sia l'annullamento della licenza edilizia del 28 aprile 2009 sia la richiesta di revoca della licenza edilizia del 17 ottobre 2008. Rileva che questa licenza è comunque decaduta per quanto concerne la costruzione della piscina, non costituisce una valida autorizzazione per edificare i muri e non sarebbe stata revocata soltanto a causa dell'entrata in vigore della modifica pianificatoria in pendenza di procedura ricorsuale, circostanza a lei non ascrivibile.
Si tratta al riguardo di argomentazioni appellatorie che non sostanziano l'arbitrarietà dell'importo riconosciutole a titolo di ripetibili di prima istanza. La ricorrente si limita ad esporre il proprio diverso parere, senza dimostrare, con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, che l'istanza precedente avrebbe abusato del proprio potere di apprezzamento, fissando un importo manifestamente sproporzionato rispetto al suo grado di soccombenza. Disattende infatti di essere stata vincente in sostanza solo sull'annullamento della licenza edilizia del 28 aprile 2009, soccombendo per contro per quanto concerne la richiesta di revoca della licenza del 17 ottobre 2008. Né il giudizio impugnato contraddice quello emanato dalla Corte cantonale il 29 luglio 2010, ove era in discussione la totale mancata assegnazione di ripetibili. Insufficientemente motivata, la censura non deve essere esaminata oltre.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili al Comune di X._, che ha partecipato alla causa nell'ambito delle sue attribuzione ufficiali (<ref-law>), e a B._, che non ha presentato una compiuta risposta al ricorso, limitandosi a chiederne la reiezione (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Non si assegnano ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Comune di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.