Sachverhalt:
A.
Der am 29. September 2005 geborene A._ leidet an einer angeborenen Hüftdysplasie (Ziff. 183 des Anhangs zur Verordnung über Geburtsgebrechen [GgV-Anhang]) sowie an einer Neurofibromatose (Ziff. 481 GgV-Anhang). Am 13. November 2014 musste er sich einem operativen Eingriff an der Hüfte (Pfannendachplastik) unterziehen. Danach trat eine Flexionskontraktur beider Kniegelenke auf, weshalb ihn die Ärzte am 10. Februar 2015 erneut operierten. Das Rehabilitationszentrum B._ ersuchte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen am 19. Februar 2015 um Kostenübernahme für einen anschliessenden Aufenthalt von A._ in der Rehaklinik vom 17. Februar bis 14. April 2015. Die Verwaltung kündigte an, sie werde die Kosten für den operativen Eingriff vom 10. Februar 2015 und die anschliessende Rehabilitation nicht übernehmen (Vorbescheid vom 26. März 2015), wogegen die Mutter des Versicherten und der obligatorische Krankenversicherer (SWICA Krankenversicherung AG) opponierten. Die IV-Stelle verfügte am 14. Juli 2015 im Sinne des Vorbescheids.
Die C._ GmbH reichte bei der IV-Stelle am 6. November 2015 einen Antrag um Kostenübernahme für eine Unterschenkel-Orthese mit Brunner-Gelenk rechts für A._ ein. Die Verwaltung gab am 8. Januar 2016 bekannt, sie werde die Kosten dafür nicht übernehmen. Nachdem die SWICA dagegen Einwände erhoben hatte, wies die IV-Stelle das Gesuch am 25. Februar 2016 verfügungsweise ab.
B.
Die SWICA erhob gegen die Verfügungen vom 14. Juli 2015 und 25. Februar 2016 Beschwerden an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen. Dieses vereinigte die Verfahren, hob die Verfügungen vom 14. Juli 2015 (Dispositiv-Ziffer 1) und 25. Februar 2016 (Dispositiv-Ziffer 2) auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurück.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und ihre Verfügung vom 14. Juli 2015 zu bestätigen.
Die SWICA und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. A._ sowie das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin bringt gegen die von der Vorinstanz entschiedene Aufhebung der Verfügung vom 25. Februar 2016 (Dispositiv-Ziffer 2) nichts vor, was den gesetzlichen Antrags- und Begründungsanforderungen genügte. Aus der Beschwerdebegründung, welche für die Auslegung der Rechtsbegehren heranzuziehen ist (Urteil 9C_656/2014 vom 16. Dezember 2015 E. 2.3; MEYER/DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 7 zu <ref-law>), ergibt sich vielmehr, dass der kantonale Entscheid effektiv nur betreffend die Aufhebung der Verfügung vom 14. Juli 2015 (Dispositiv-Ziffer 1) angefochten wird.
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), sowie gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren (<ref-law>). Gegen andere selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde nach <ref-law> zulässig, sofern - alternativ - der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
2.2. Beim angefochtenen Entscheid, mit welchem die Vorinstanz die Sache zu weiteren Sachverhaltsabklärungen und zur anschliessenden Neuverfügung an die IV-Stelle zurückwies, handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil ist zu bejahen, wenn der Versicherungsträger durch die Rückweisung gezwungen wird, eine seines Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.). Dies ist hier in dem von der IV-Stelle beschwerdeweise beanstandeten Punkten der Fall: Das kantonale Gericht hat entschieden, die IV-Stelle habe die Kosten für die Operation vom 10. Februar 2015 und für die anschliessende stationäre Rehabilitation zu übernehmen. Insoweit hat sie materiellrechtliche Vorgaben getroffen, welche die Beschwerdeführerin als untere Instanz binden (<ref-ruling> E. 4.2 S. 285 f. mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
3.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>).
4.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Invalidenversicherung die Kosten für die Operation vom 10. Februar 2015 sowie die anschliessende Rehabilitation im Rahmen von <ref-law> zu übernehmen hat.
4.1. Gemäss <ref-law> und <ref-law> besteht ein Anspruch auf Übernahme medizinischer Massnahmen durch die Invalidenversicherung, wenn durch diese Vorkehr stabile oder wenigstens relativ stabilisierte Folgezustände von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall - im Einzelnen: Beeinträchtigungen der Körperbewegung, der Sinneswahrnehmung oder der Kontaktfähigkeit - behoben oder gemildert werden, um die Erwerbsfähigkeit dauernd und wesentlich zu verbessern oder vor wesentlicher Beeinträchtigung zu bewahren.
4.2. Der Eingliederungserfolg ist bei jüngeren Versicherten als dauernd zu betrachten, wenn er wahrscheinlich während eines bedeutenden Teils der konkreten Aktivitätserwartung, welche ihrerseits nicht wesentlich herabgesetzt sein darf, erhalten bleiben wird (AHI 2000 S. 297, I 626/99 E. 1c mit Hinweisen). Bestehen Nebenbefunde, welche geeignet sind, die Aktivitätserwartung trotz der medizinischen Massnahme wesentlich herabzusetzen, ist die Dauerhaftigkeit des Eingliederungserfolgs zu verneinen (Urteil 9C_695/2009 vom 1. Dezember 2009 E. 2.1; bereits zitiertes Urteil I 626/99 E. 2b). Ob der Eingliederungserfolg dauerhaft sein wird, ist prognostisch zu beurteilen. Massgebend ist der medizinische Sachverhalt vor Durchführung der Massnahme in seiner Gesamtheit (bereits zitiertes Urteil 9C_695/2009 E. 2.2 mit Hinweis).
5.
5.1. Die Vorinstanz nahm an, der Versicherte leide neben den Geburtsgebrechen Ziff. 183 und 481 GgV-Anhang auch an einer verzögerten Entwicklung, welche die spätere Eingliederung in die freie Wirtschaft gefährde. Sie traf jedoch keine weiteren Feststellungen zum konkreten Entwicklungsstand, mithin sie den Sachverhalt mit Blick auf Erwägung 4.2 offensichtlich unvollständig ermittelt hat. Da die Lage in diesem Punkt liquid ist, kann das Bundesgericht den Sachverhalt selber ergänzen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 366).
5.1.1. Die Ergotherapeutin des Versicherten hielt am 16. Januar 2014 fest, je nach Tagesverfassung gelinge es ihm, mit Anforderungen und Regeln umzugehen. An guten Tagen sei es ihm möglich, sich an Spielregeln, Abmachungen und Aufträge zu halten oder mit seinen Bedürfnissen (z.B. Hunger und Durst) angemessen umzugehen. Verrichtungen (z.B. Zähne putzen, aufräumen), deren Durchführung notwendig sei, er aber nicht möge, versuche er meistens zu verweigern. Ein Nein könne er nur sehr schwer akzeptieren. Dies führe auch zu Hause häufig zu schweren Auseinandersetzungen. In solchen Situationen zeige er aggressives Verhalten. Wenn er emotional stark aufgewühlt sei, gelinge ihm kaum noch etwas. Bei all diesen Gefühlsschwankungen bestehe ein grosser Leidensdruck. Gemäss Bericht von D._, Oberärztin mbF, Kinderspital E._, vom 21. Februar 2014 liege beim Versicherten keine altersentsprechende Entwicklung vor. Er könne aufgrund seiner Mehrfachbehinderungen nicht mit Gleichaltrigen mithalten und sei in seiner Entwicklung deutlich retardiert. In Anlehnung daran kam eine Fachmitarbeiterin bei der IV-Stelle aus dem Bereich "medizinische Massnahmen" am 4. Juni 2015 zum Schluss, der Versicherte leide an schwerwiegenden Nebenbefunden, womit die Eingliederung auch mit Durchführung der Rehabilitation nicht wesentlich und dauerhaft verbessert werde könne. Dies bestätigte der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) in seiner Stellungnahme vom 13. Juli 2015. Er führte aus, die bestens dokumentierte Mehrfachbehinderung werde in dieser Ausprägung eine berufliche Eingliederung in der freien Wirtschaft aus medizinischer Sicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit verunmöglichen. Dabei sei die Entwicklungsretardierung limitierend und nicht die körperliche Bewegungseinschränkung.
5.1.2. Laut Lernbericht der vom Versicherten besuchten Heilpädagogischen Schule des Schuljahres 2014/2015 schreibe er nach wie vor nur in Grossbuchstaben. Mitteilungen, die ihm in fast zu guter Sprache gelungen seien, wiederhole er gezielt in "Baby-Sprache". Sein Sprachverständnis sei ungleich höher.
5.2. Nach dem Gesagten gehen aus den Akten im Hinblick auf den Entwicklungsstand des Versicherten grosse Defizite hervor, die keinen Eingang in die vorinstanzliche Würdigung gefunden haben. Ausserdem hat das kantonale Gericht den im Sozialversicherungsrecht herrschenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit verkannt. Danach ist derjenige Sachverhalt massgebend, der von allen möglichen Geschehensabläufen der wahrscheinlichste ist (<ref-ruling> E. 5.3 S. 186 mit Hinweisen). Die Vorinstanz erwog, die medizinischen Akten würden das Erlernen eines praktischen Berufes "durchaus noch erwarten" lassen. Die Eingliederungswirksamkeit sei gegeben, da grundsätzlich die "Möglichkeit" bestehe, den Versicherten auf dem ersten Arbeitsmarkt einzugliedern. Abgesehen davon, dass sie nicht näher ausführte, welche medizinischen Aussagen diesen Schluss zulassen, kann die Eingliederungswirksamkeit bei bloss möglicher Hypothese nicht als gegeben erachtet werden. Die Nebenbefunde lassen aufgrund der fachmedizinischen Akten und Berichte der Schule den Schluss einer Eingliederung in den ersten Arbeitsmarkt trotz der medizinischen Massnahmen (Operation vom 10. Februar 2015 und anschliessender Rehabilitationsaufenthalt) nicht überwiegend wahrscheinlich zu.
5.3. In den Vernehmlassungen machen die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz geltend, sollte der Versicherte nie in der Lage sein, auf dem ersten Arbeitsmarkt erwerbstätig zu sein, läge trotzdem ein Fall von <ref-law> vor. Personen, die immerhin in geschützten Werkstätten tätig sein könnten, würden eine ökonomisch relevante Arbeitsleistung erbringen. Es mag zutreffen, dass mit einer Eingliederung in einen geschützten Bereich ein finanzieller Mehrwert erzielt werden kann. Der allgemeine Hinweis auf diesen Umstand genügt jedoch nicht. Dass der Versicherte in einer geschützten Arbeitsstätte mehr als nur ein marginales Einkommen erzielen könnte - im Urteil I 408/06 vom 15. März 2007 E. 4.2 waren es einige hundert Franken pro Monat -, macht die Beschwerdegegnerin nicht substanziiert geltend und geht aus den Akten auch nicht hervor.
5.4. Fehlt es somit am von <ref-law> geforderten überwiegenden Eingliederungscharakter, hat das vorinstanzliche Gericht die Kosten der Operation vom 10. Februar 2015 und dem anschliessenden Rehabilitationsaufenthalt unter diesem Titel zu Unrecht der Invalidenversicherung überbunden.
6.
Zu prüfen bleibt, ob die Invalidenversicherung den Eingriff vom 10. Februar 2015 sowie den anschliessenden Rehabilitationsaufenthalt nach <ref-law> zu übernehmen hat.
6.1. Gemäss <ref-law> haben Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen notwendigen Massnahmen. Nach langjähriger Rechtsprechung erstreckt sich der Anspruch auf medizinische Massnahmen ausnahmsweise auch auf die Behandlung sekundärer Gesundheitsschäden, die zwar nicht mehr zum Symptomenkreis des Geburtsgebrechens gehören (vgl. hierzu MEYER/REICHMUTH, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung, 3. Aufl. 2014, N. 20 zu <ref-law>) aber nach medizinischer Erfahrung häufig die Folge dieses Gebrechens sind. Zwischen dem Geburtsgebrechen und dem sekundären Leiden muss demnach ein qualifizierter adäquater Kausalzusammenhang bestehen. Nur wenn im Einzelfall dieser qualifizierte ursächliche Zusammenhang zwischen sekundärem Gesundheitsschaden und Geburtsgebrechen gegeben ist und sich die Behandlung überdies als notwendig erweist, hat die Invalidenversicherung im Rahmen des <ref-law> für die medizinischen Massnahmen aufzukommen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 209; <ref-ruling> mit Hinweisen).
6.2.
6.2.1. Die Vorinstanz hat in dieser Hinsicht nicht abschliessend geurteilt, da sie eine Leistungspflicht der Invalidenversicherung nach <ref-law> bejahte. Indes hat sie Feststellungen getroffen, an welche sie aufgrund ihres Rückweisungsentscheides gebunden ist (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 484; <ref-ruling> E. 4a S. 194; SVR 2012 UV Nr. 14 S. 51, 8C_190/2011 E. 4, nicht publ. in: <ref-ruling>). Entsprechend rechtfertigt es sich, an dieser Stelle darüber (vgl. E. 6) zu befinden. Die Beschwerdegegnerin hatte hinreichend Gelegenheit, sich (vernehmlassungsweise) dazu zu äussern.
6.2.2. Die Vorinstanz erwog, die Akten würden eine Beantwortung der Frage nach dem tatsächlichen Ursprung der Flexionskontraktur beider Kniegelenke nicht zulassen. Bei keiner der möglichen Ursachen sei mit dem erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt, dass sie die Kniekontrakturen verursacht hätte. Von weiteren Abklärungen dürfte kein wesentlicher Erkenntnisgewinn zu erwarten sein.
6.2.3. Gemäss medizinischen Akten kommen folgende Ursachen für die Kniekontrakturen in Frage: Einerseits besteht gemäss Dr. med. F._, Leitender Arzt, Abteilung Kinderorthopädie im Kinderspital E._, die Möglichkeit einer ungenügenden postoperativen Behandlung (Bericht vom 12. März 2015). Der Orthopäde hielt fest, der Versicherte habe trotz Physiotherapie nicht zum Strecken seiner Kniegelenke bewegt werden können. Daher sei er tagsüber mit 90 Grad Knie- und Hüftflexion im Rollstuhl transportiert worden und nachts habe eine Lagerung in grosser Knie- und Hüftbeugung stattgefunden. Andererseits berichtete die Kinderorthopädin D._ am 13. Juli 2015, beim Versicherten sei eine absolut untypische Komplikation nach Beckenbeingipsbehandlung eingetreten. Eine solche würde das Kinderspital mehrmals im Jahr durchführen, ohne dass jemals Kontrakturen über 10 Grad bestehen blieben. Sollten dennoch Kontrakturen auftreten, seien diese innerhalb von sechs bis acht Wochen konservativ mittels Physiotherapie in den Griff zu kriegen. Daher habe zunächst eine Schädigung im Bereich der Nerven bei vorliegender Grunderkrankung (Neurofibromatose) ausgeschlossen werden müssen. Es hätten sich keine Myelon-Pathologie, kein Nachweis von Neurofibromen in der Wirbelsäule, keine Denervierungsödeme, keine erkennbare Raumforderung und ein normaler Verlauf des Ischiasnerves ohne Signalstörung gezeigt. So bestätigte der RAD bereits in seiner Stellungnahme vom 24. März 2015, die Kniegelenkskontrakturen ständen in keinem Zusammenhang mit der Neurofibromatose. Schliesslich bestehe gemäss D._ die Möglichkeit einer Beschädigung des Nervus tibialis. Diese Verletzung könnte durch die Beckenosteotomie entstanden sein. Ebenfalls komme ein Lagerungsschaden durch den angelegten Beckenbeingips in Frage (Bericht vom 23. Juli 2015).
6.2.4. Nach dem Gesagten (E. 6.2.3 hievor) sind die Operation vom 10. Februar 2015 und der anschliessende stationäre Aufenthalt in der Rehaklinik keine Begleiterscheinungen, die in den Symptomenkreis der anerkannten Geburtsgebrechen Ziff. 183 und 481 GgV-Anhang gehören. Eine Schädigung im Bereich der Nerven durch die Neurofibromatose konnte die Kinderärztin ausschliessen. Ebenso standen die medizinischen Massnahmen nicht im direkten Zusammenhang mit dem Geburtsgebrechen Ziff. 183 GgV-Anhang, da die Kniegelenkskontrakturen des Versicherten postoperativ im Rahmen der Beckenbeingipsbehandlung eingetreten sind.
6.2.5. Gemäss den zutreffenden Ausführungen der Beschwerdeführerin sind auch die Voraussetzungen für die Bejahung des von der Rechtsprechung geforderten qualifizierten adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen den anerkannten Geburtsgebrechen und dem sekundären Gesundheitsschaden (E. 6.1 hievor) nicht erfüllt. Aufgrund der medizinischen Aktenlage kann nicht gesagt werden, die Kniegelenkskontraktur stellt in dieser Ausprägung eine fast zwangsläufige Konsequenz der Neurofibromatose oder der Hüftdysplasie dar. Die Kinderorthopädin sprach gar von absolut untypischen Komplikationen nach einer Beckenbeingipsbehandlung (E. 6.2.3 hievor). Die von ihr beschriebene Möglichkeit einer Beschädigung des Nervus tibialis hält sie lediglich für möglich, was nach dem Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nicht zu genügen vermag (E. 5.2 hievor). Vielmehr haben nicht die Geburtsgebrechen, sondern die Operation vom 13. November 2014 und anschliessende Komplikationen im Rahmen der postoperativen Behandlung (Weigerung des Versicherten, seine Knie zu strecken) die Flexionskontraktur verursacht. Dass von weiteren Abklärungen kein wesentlicher Erkenntnisgewinn zu erwarten ist (E. 6.2.2 hievor), wird von der Beschwerdegegnerin nicht bestritten.
6.3. Die Invalidenversicherung hat die Kosten der Operation vom 10. Februar 2015 und des anschliessenden Rehaklinikaufenthalts demnach auch unter dem Titel von <ref-law> nicht zu übernehmen.
7.
Die Beschwerde ist begründet. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegenstandslos.
8.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Dispositiv-Ziffern 1 und 3 des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 14. November 2016 werden aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 14. Juli 2015 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, A._, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. April 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Huber