Faits :
A.
Par jugement du 8 mai 2015, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a constaté que X._ s'était rendu coupable d'escroquerie, d'abus de confiance, de faux dans les titres, de gestion fautive, d'infraction à l'<ref-law> et d'infraction à l'<ref-law>. Il l'a condamné à 20 mois de peine privative de liberté, sous déduction de 85 jours de détention avant jugement, et a renoncé à révoquer le sursis accordé le 5 juin 2007 par le Tribunal correctionnel de la Broye et du Nord vaudois. Par ailleurs, il a alloué un montant de 8'750 fr. à titre d'indemnité de l'<ref-law> à A._ SA et donné acte de ses réserves civiles à cette dernière pour le surplus, ainsi qu'aux autres parties plaignantes.
B.
Par arrêt du 16 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis l'appel interjeté par X._ en ce sens qu'elle a suspendu l'exécution de la peine portant sur 10 mois durant un délai d'épreuve de 5 ans, le sursis étant subordonné à la condition que X._ indemnise les lésés en leur consacrant la part saisissable de son revenu et la valeur nette de l'héritage qui lui serait dévolu à la suite du décès de son père le 9 mai 2015. Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus.
En lien avec les infractions d'abus de confiance, escroquerie, faux dans les titres et gestion fautive, le jugement cantonal repose notamment sur les faits suivants.
B.a. X._ est au bénéfice d'une formation de comptable et d'employé de commerce. Il connaissait E.E._ depuis plusieurs années lorsqu'en 2009, tous deux ont évoqué les perspectives de reprise de la société F._ SA, dont E.E._ était administrateur. Au printemps 2010, à la suite de discussions entre les deux hommes, X._ a décidé de se lancer dans le commerce de produits carnés, au travers d'une nouvelle raison sociale. Pour ce faire, il a bénéficié du support de E.E._, lequel l'a mis en relation avec son père G.E._, et avec la société A._ SA, dont ce dernier était administrateur. A._ SA était notamment spécialisée dans le financement et le développement d'activités industrielles et commerciales. Les E._ ont mis à disposition de X._ une société dormante qu'ils détenaient, H._ SA, dont la raison sociale est devenue I._ SA. A._ SA a en outre mis à la disposition de I._ SA un crédit de 430'0000 fr., destiné à servir de fonds de roulement, ainsi qu'un capital-actions de 100'000 francs. Par ailleurs, pour démarrer l'activité de la nouvelle société, X._ a pu compter sur les infrastructures de F._ SA, qui était déjà en difficulté et que E.E._ souhaitait liquider. De la sorte, I._ SA disposait dès sa création, en avril 2010, d'un fichier clients, de locaux adaptés, du personnel nécessaire et du matériel requis. X._ est ainsi devenu directeur et administrateur de I._ SA, mais le capital-actions est demeuré en mains du prêteur A._ SA.
Par SMS daté du 2 août 2011, X._ a avisé un des employés de I._ SA qu'il démissionnait de son poste. Il a pris l'avion pour le Brésil avec sa famille. I._ SA a été déclarée en faillite le 1er septembre 2011, faillite clôturée le 4 juin 2012.
B.b. En juillet 2010, X._, qui se faisait fréquemment passer pour le propriétaire de I._ SA aux yeux des employés de cette société, a vendu à B._ 10% du capital-actions de cette entité, recevant en contrepartie, respectivement les 7 et 9 juillet 2010, les sommes de 10'000 fr. et 50'000 francs. Or les actions appartenaient en totalité à A._ SA et non à X._. B._ n'a ainsi reçu aucune action.
B.c. Pour financer sa fuite et celle de sa famille au Brésil, X._ a prélevé le 27 juillet 2011 le montant de 28'500 fr. sur le compte bancaire ouvert par I._ SA auprès de la Caisse d'épargne de J._, laissant un solde de 58 fr. 43 sur ce compte.
B.d. Dès le début de l'activité de I._ SA et jusqu'au départ de X._ au début du mois d'août 2011, la comptabilité de la société a été tenue de manière lacunaire et ce à tel point qu'il a été impossible d'en établir la situation financière réelle. De nombreuses pièces justificatives n'ont pas été retrouvées. Certaines opérations en espèces n'ont pas été entrées dans le journal de caisse et n'ont donc pas été comptabilisées. De surcroît, les comptes de I._ SA au 31 décembre 2010, tels que signés par X._, étaient erronés à plusieurs titres, comme l'a confirmé l'expertise comptable réalisée par la fiduciaire K._ SA.
B.e. La gestion opérée par X._ s'est avérée calamiteuse, tant sur les plans organisationnel que financier. Au niveau financier, X._ a notamment engagé du personnel en trop grand nombre et l'a rémunéré avec excès et ce quand bien même il devait sans cesse recourir à des financements externes pour couvrir les charges de l'entreprise. Au plan organisationnel, l'encaissement des factures et la gestion des stocks sont demeurés au stade de l'amateurisme. Toutes ces négligences ont conduit I._ SA à la faillite pour un montant de 2'302'974 francs.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre la décision cantonale et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est libéré des accusations d'escroquerie, d'abus de confiance, de faux dans les titres et de gestion fautive, et qu'il est condamné à une peine pécuniaire, subsidiairement à une peine privative de liberté de six mois au plus, sous déduction de 85 jours de détention avant jugement, assortie du sursis. Il conclut également au rejet des conclusions civiles prises par A._ SA et à ses prétentions en paiement d'une indemnité au sens de l'<ref-law> pour la première et la deuxième instance. Subsidiairement et dans l'hypothèse où il ne serait pas libéré des chefs d'accusation précités, il sollicite la réforme du jugement entrepris en ce sens que l'exécution de la peine est entièrement suspendue durant un délai d'épreuve de 5 ans et que le sursis est subordonné à la condition qu'il indemnise les lésés selon des conditions qui devront être fixées avec plus de précision en indiquant le nom des lésés, le montant à rembourser à chacun et qui doit être fixé par jugement définitif et exécutoire ou reconnaissance de dette, ainsi que les modalités de remboursement.
Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Invités à se déterminer, le ministère public et la cour cantonale y ont renoncé, cette dernière se référant aux considérants de son jugement. Les parties plaignantes ont également été invitées à se déterminer sur les points attaqués du jugement qui les concernaient. Seule A._ SA a présenté des observations dans le délai imparti. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Invoquant une violation du droit d'être entendu et du droit à la preuve, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir refusé, comme le ministère public et le tribunal de première instance avant elle, une nouvelle audition de E.E._ " après les révélations de M. L._ faites dans son audition du 8 mai 2014".
1.1. Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment celui de produire ou de faire administrer des preuves, à condition qu'elles soient pertinentes et de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 229 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64 et l'arrêt cité). L'appréciation (anticipée) des preuves n'est revue par le Tribunal fédéral que sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 157).
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
1.2. Le Président de la Cour pénale a refusé l'audition de E.E._ au motif que celui-ci avait déjà été entendu à plusieurs reprises et en contradictoire au cours de l'instruction et, qu'au surplus, les prétendus faits nouveaux invoqués à l'appui de la réquisition de preuve n'étaient pas déterminants et ne nécessitaient pas une nouvelle audition (dossier n° 245).
Le recourant se limite à faire valoir que l'audition qu'il requiert " pouvait avoir un effet sur la cause au vu de la coresponsabilité de M. E._ qui a profité dès le début de la fuite du recourant pour tout lui mettre sur le dos ". Une telle motivation est manifestement insuffisante au regard des exigences détaillées ci-dessus. Le grief est, partant, irrecevable.
2.
2.1. Le recourant affirme que la cour cantonale aurait limité son pouvoir d'examen en violation de l'<ref-law> dès lors qu'elle a considéré que " l'appelant se contente d'affirmer sa propre version des faits sans exposer sur quelles preuves les corrections qu'il présente devraient être effectuées ".
2.2. Après avoir fait cette observation, la cour cantonale a constaté que les faits allégués par le recourant ne ressortaient pas des auditions dont se prévalait ce dernier, et que le moyen soulevé apparaissait au demeurant sans pertinence s'agissant de remettre en question les éléments constitutifs d'infractions ou intéressant d'autres points du dispositif du jugement. Compte tenu de cette motivation, il n'apparaît que la cour cantonale a limité son pouvoir d'examen en violation de l'<ref-law>. Le grief est infondé.
3.
3.1. Dans une longue argumentation qui ne contient aucune référence à des dispositions légales, le recourant conteste les faits à la base de sa condamnation pour escroquerie, abus de confiance, faux dans les titres et gestion fautive.
3.1.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253 et les arrêts cités) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 324).
Le grief de l'arbitraire se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 41). Comme vu plus haut, l'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel, (<ref-law>), suppose une argumentation claire, détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253) et circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 104).
3.1.2. Le recourant se borne pour une large part à opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale. Il se contente de contredire les faits retenus, sans exposer en quoi le fait critiqué ou omis est pertinent et susceptible de rendre insoutenable et, partant, arbitraire l'appréciation des preuves effectuée par l'autorité précédente. En outre, il se prévaut d'éléments qui n'ont pas été retenus ou jugés décisifs par l'autorité précédente, sans démontrer l'arbitraire dans leur omission ou appréciation, ou passe sous silence ceux qui ne vont pas dans son sens, sans établir leur caractère insoutenable. Il en va en particulier ainsi lorsqu'il soutient que E.E._ l'aurait convaincu de se lancer dans le commerce de viande en connaissance de son manque de compétence en la matière et qu'il invoque une " coresponsabilité de M. E.E._ qui était parfaitement au courant de la manière de gérer la société par M. X._ ", sans toutefois expliquer en quoi la cour cantonale aurait erré en considérant que de tels faits étaient de toute façon sans pertinence sur la réalisation des infractions par le recourant, ou encore lorsqu'il affirme que le fonds de roulement de 430'000 fr. injecté par A._ SA était insuffisant et avait mené I._ SA à l'échec.
Son argumentation est ainsi largement appellatoire. En lien avec l'examen de chacune des infractions retenues, on se limitera dès lors à répondre aux griefs qui n'apparaissent pas d'emblée irrecevables pour ce motif, tout en indiquant généralement de quelles allégations purement appellatoires il ne sera pas tenu compte.
4.
Le recourant sollicite sa libération de l'infraction d'escroquerie. Il conteste que les éléments constitutifs de la tromperie et de l'astuce soient réalisés en l'espèce.
4.1. Il y a lieu de se référer, s'agissant des éléments constitutifs de l'escroquerie, à la jurisprudence du Tribunal fédéral publiée aux <ref-ruling>.
En l'espèce, la cour cantonale a constaté que le recourant avait activement trompé B._ par ses déclarations selon lesquelles il était propriétaire de la société, ainsi que par ses quittances - par lesquelles le recourant attestait avoir reçu 10'000 fr. et 50'000 fr. pour l'acompte puis le paiement du solde de l'achat des actions de I._ SA à hauteur de 10% du capital, les actions papiers correspondantes devant être remises au plus tard le 15 juillet 2010 à B._ -, ou à tout le moins l'avait conforté dans son erreur en lui vendant sans condition ni réserve des actions qui ne lui appartenaient pas et dont il n'avait pas le pouvoir de disposer, en en encaissant le prix et en le dépensant. Elle a qualifié ce comportement d'astucieux, considérant que le recourant avait exploité les rapports de confiance existant entre lui et B._, noués d'abord dans le cadre d'un contrat de mandat fiduciaire, puis dans le cadre des rapports de travail contemporains à la vente, B._ ayant été engagé comme chauffeur-livreur au service de I._ SA par le recourant, voire même des liens d'amitié, ce dernier disant lui-même qu'il considérait le plaignant comme un ami. En outre, le recourant avait donné la consigne à B._ de garder le secret sur la transaction, de façon à éviter que celui-ci accède à l'information que le recourant ne disposait pas des actions promises, et avait eu recours à des écrits donnant une fausse impression de sécurité. Enfin, le recourant avait promis à B._ de concrétiser toute l'opération par des écrits notariés à bref délai, assurance censée endormir sa méfiance et le tranquilliser quant à l'honnêteté et la régularité de la transaction.
4.2. En tant que le recourant affirme que ce sont les employés qui ont supposé qu'il était le propriétaire de I._ SA - alors même qu'il ne conteste pas leur avoir indiqué qu'il avait acheté la société (cf. jugement entrepris p. 17; procès-verbaux d'audition n° 13 p. 4 et 15 pp. 2 s.) -, que le fait de dire à B._ de garder le silence ne tendait nullement à éviter que celui-ci accède à l'information qu'il ne disposait pas des actions promises, et que le fait de promettre à son cocontractant de concrétiser toute l'opération par des écrits notariés à bref délai n'était pas de nature à endormir sa méfiance, le recourant présente des allégations appellatoires, nullement étayées par des pièces du dossier, respectivement substitue sa propre appréciation à celle de l'autorité cantonale. De même, en faisant valoir que la dupe avait été en mesure de rédiger des accords de prêt entre elle-même et des membres de sa famille, qu'elle était conseillée par son père et qu'elle désirait ardemment être engagée par I._ SA, le recourant avance des faits sans démontrer en quoi ils rendraient l'appréciation de la cour cantonale insoutenable. Ces éléments sont par conséquent irrecevables (consid. 3.1.1 supra).
4.3. Le recourant se prévaut du fait que B._ savait que l'argent qu'il lui remettait servirait à acheter de la marchandise pour la société. Cela est sans pertinence, étant rappelé qu'est constitutif de tromperie, en l'espèce, le fait d'avoir induit son cocontractant à lui verser le prix de la vente d'actions qu'il se savait ab initio dans l'impossibilité de lui remettre, n'en étant pas propriétaire et n'ayant pas le pouvoir d'en disposer, ce qu'il avait caché à la dupe.
4.4. Le recourant soutient encore que B._ avait accepté de réinvestir de l'argent dans la société alors que son dernier prêt n'avait pas été remboursé et que les sociétés devant être créées par le recourant grâce à ce financement ne l'avaient pas été comme convenu. La capacité d'exécution du recourant était ainsi aisément vérifiable, à savoir en exigeant déjà l'exécution du premier engagement. Or le " prêt " auquel le recourant fait référence est intervenu en juin 2010, à savoir à peine un mois plus tôt (cf. recours, p. 8, 1er paragraphe), sans que rien n'indique que les parties étaient convenues que le recourant devait rembourser ce " prêt " immédiatement, ou en juillet 2010 au plus tard. N'étant pas établi que le recourant était en défaut dans le cadre de l'exécution de ce premier contrat, on ne voit pas pour quelle raison B._ aurait dû éprouver de la méfiance vis-à-vis de la capacité d'exécution du recourant s'agissant d'une autre affaire.
4.5. Enfin, on ne voit pas en quoi le fait que la position de B._ serait meilleure dans la situation actuelle - la société ayant fait faillite - que si le recourant avait exécuté le contrat en lui remettant des actions, joue le moindre rôle en relation avec la réalisation de l'infraction. Tout au plus relèvera-t-on que le recourant admet ainsi ne pas avoir exécuté les termes de l'accord conclu avec B._.
4.6. Il s'ensuit que les preuves disponibles n'imposent pas de faire une lecture différente des agissements du recourant. Les griefs soulevés à l'encontre de sa condamnation pour escroquerie sont par conséquent rejetés, dans la mesure de leur recevabilité.
5.
Le recourant conteste s'être rendu coupable d'abus de confiance en prélevant le solde de caisse de 28'500 fr. sur le compte de I._ SA le 27 juillet 2011. Il soutient avoir remis le montant de 500 fr. à un employé, tandis que le solde de 28'000 fr. correspondait à ses honoraires dus pour son travail d'administrateur de la société.
5.1. Commet un abus de confiance au sens de l'<ref-law>, celui qui, sans droit, aura employé à son profit ou au profit d'un tiers des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées.
5.1.1. Ne s'appuyant ni sur l'état de fait cantonal ni sur aucune pièce du dossier, l'affirmation du recourant selon laquelle il aurait remis 500 fr. à un employé est purement appellatoire, partant irrecevable.
5.1.2. Que E.E._ n'ait pas contesté, lors d'une audience de confrontation, le montant des honoraires d'administrateur avancé par le recourant ne signifie certainement pas qu'il aurait admis que le recourant disposait, au 27 juillet 2011, d'une créance contre la société à hauteur de trois mois d'honoraires impayés. De même, quoi qu'en dise le recourant, il ne ressort pas de l'expertise comptable que la créance invoquée était fondée et que la somme de 28'500 fr. avait été prélevée en compensation de cette créance. L'expertise se limite à estimer le fonds de caisse en tenant compte du salaire hypothétique indiqué par le recourant, en précisant d'ailleurs qu'aucune pièce ne permet de le confirmer (pièce n° 139, p. 2). Comme la cour cantonale l'a relevé, on ne peut déduire de cette expertise ni que des honoraires étaient dus, ni qu'ils n'avaient pas été prélevés chaque mois durant le trimestre précédant le départ précipité au Brésil au début du mois d'août 2011.
Par ailleurs, le recourant ne convainc pas en se prévalant du désordre laissé dans les comptes de la société pour affirmer que celle-ci lui devait encore des honoraires, correspondant presque exactement au solde en caisse sur lequel il a mis la main au moment de sa fuite au Brésil. Enfin, il ne démontre pas en quoi le classement de la procédure pour gestion déloyale entraînerait sa non-culpabilité en relation avec l'infraction d'abus de confiance, le ministère public ayant d'ailleurs expressément précisé dans l'ordonnance de classement qu'il n'avait pas détourné de fonds au détriment de I._ SA " hormis le prélèvement final de 28'500 francs. " (ordonnance de classement du 25 novembre 2014, p. 12).
5.1.3. En définitive, c'est sans arbitraire ni violation du principe in dubio pro reo que la cour cantonale a exclu la version des faits du recourant. Les griefs portés à l'encontre de la condamnation du chef d'abus de confiance sont dès lors rejetés dans la mesure de leur recevabilité.
6.
Le recourant discute sa condamnation pour faux dans les titres.
6.1. Conformément à l'<ref-law>, commet un faux dans les titres celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite aura constaté ou fait constater faussement, dans un titre (faux intellectuel dans les titres), un fait ayant une portée juridique ou aura, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre.
6.2. Le recourant conteste la qualité de titre de la comptabilité commerciale de I._ SA, plus spécifiquement les comptes finaux de l'exercice 2010.
6.2.1. La comptabilité commerciale et ses éléments constitutifs (pièces comptables, livres, extraits de comptabilité relatifs à des comptes individuels, bilans ou comptes de résultat) sont de par la loi destinés et propres à prouver des faits ayant une portée juridique (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 376; <ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 8.1). Il y a donc faux dans les titres lorsque la comptabilité ne satisfait pas aux exigences légales requises pour assurer sa véracité et la confiance en celle-ci. Cela vaut même si la comptabilité n'a pas encore été soumise à l'organe de révision et à l'assemblée générale (<ref-ruling> consid. 2a p. 33; arrêts 6B_496/2012 du 18 avril 2013 consid. 9.4; 6B_541/2011 du 18 octobre 2011 consid. 4.2).
6.2.2. Le recourant affirme que la comptabilité de I._ SA n'était pas terminée. Selon lui, E.E._, qui fonctionnait comme réviseur de I._ SA, savait en particulier que les comptes qu'il lui avait transmis n'étaient que provisoires. Ces allégations, qui s'écartent de l'état de fait cantonal, sont irrecevables. Au demeurant, considérant que les documents incriminés sont signés de la main du recourant et que rien dans leur formulation ne laisse suggérer qu'il s'agirait de documents provisoires, qu'au contraire ils sont censés présenter la situation réelle de la société au bouclement d'un exercice, cet argument est infondé.
6.2.3. Le recourant fait valoir qu'il n'a jamais présenté les documents incriminés à des tiers, sous réserve du réviseur E.E._. Il se réfère à l'ATF <ref-ruling>, duquel il ressort que la déclaration d'intégralité adressée par le conseil d'administration à l'organe de révision n'a pas de caractère probatoire accru. Cette jurisprudence n'est toutefois d'aucune aide au recourant. En effet, comme l'a constaté la cour cantonale, il s'agit ici non d'une déclaration d'intégralité erronée, soit une simple allégation, mais de documents comptables qui sont de par la loi aptes à prouver l'exactitude de la situation et des opérations qu'ils présentent. La comptabilité commerciale de I._ SA constitue donc bien un titre, peu importe qu'elle n'ait été présentée qu'au seul organe de révision (supra consid. 6.2.1 in fine).
6.3. Le recourant soutient que la comptabilité n'est qu'incomplète et pas fausse au sens de l'<ref-law>.
6.3.1. Il y a faux intellectuel lorsque la réalité ne correspond pas à ce qui est affirmé dans le titre (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 121; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 134). La comptabilité doit fournir une image exacte et complète de la situation économique réelle de la société. Comme déjà relevé plus haut, lorsque la comptabilité ne satisfait pas aux exigences légales requises pour assurer sa véracité et la confiance en celle-ci (art. 662a ss et 958 ss CO), le faux dans les titres est réalisé (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 376). Il en va ainsi notamment lorsque des actifs sont nettement surévalués ou des passifs clairement sous-évalués, ou encore lorsque l'inscription d'engagements de la société est omise, ce qui aboutit à une présentation de la situation financière de la société plus favorable que la réalité (ATF <ref-ruling> consid. 8.3 p. 16; arrêt 6B_496/2012 précité consid. 9.5; MARKUS BOOG, Basler Kommentar StGB II, 3ème édition 2013, n° 96 ad <ref-law> et les références citées; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3ème édition 2010, n° 39 ad <ref-law>).
6.3.2. La cour cantonale a constaté que l'expertise financière établissait notamment une sous-évaluation pour plus de 150'000 fr. des postes "emprunts " et " emprunts à long terme " car ces postes ne tenaient pas compte de montants avancés à la société. L'inscription d'engagements de la société a ainsi été omise. En outre, le poste " débiteurs " ne correspondait pas à la réalité (jugement attaqué, consid. 2.3 p. 13). La cour cantonale a retenu que grâce à ces fausses indications, la situation comptable de la société avait été embellie (jugement attaqué, consid. 6.2. p. 23). Le recourant n'élève aucune critique recevable à l'encontre de ces constatations, qui permettent de conclure à la réalisation d'un faux intellectuel. Le jugement attaqué indique suffisamment en quoi les comptes étaient faux, ce qui permettait au recourant de le contester efficacement cas échéant. Le grief pris d'un défaut de motivation est, partant, infondé.
Par ailleurs, sont sans pertinence à cet égard les considérants de l'ordonnance de classement qui relèvent qu'une activité irrégulière de I._ SA n'a pas été constatée, excluant ainsi l'infraction de gestion déloyale, mais non celle de faux dans les titres.
6.4. Le recourant nie avoir utilisé les documents incriminés pour obtenir des financements et conteste avoir voulu se procurer un " enrichissement illégitime ".
6.4.1. L'état de fait de faux dans les titres suppose que l'auteur agisse dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite. L'auteur doit vouloir utiliser le titre en le faisant passer pour véridique dans les relations juridiques, ce qui présuppose l'intention de tromper. L'avantage recherché, respectivement l'atteinte, doit précisément résulter de l'usage des titres faux respectivement mensongers (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 377; <ref-ruling> c. 3.2.4 p. 141 et les références citées). En règle générale, en établissant une comptabilité inexacte, on prend en compte la possibilité de tromper autrui (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 378; <ref-ruling> c. 3.2.4 p. 3.2.4).
D'après la jurisprudence, il y a agissement dans l'intention de se procurer un avantage non seulement lorsque l'auteur recherche des intérêts de nature patrimoniale, mais toute amélioration de la situation, qu'elle soit de nature patrimoniale ou de toute autre nature constitue un avantage (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 377 s.; <ref-ruling> c. 5 et les références citées). Il n'est pas nécessaire que l'avantage crée un préjudice pour autrui (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 378; <ref-ruling> c. 2b p. 177).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral (supra consid. 3.1.1), à moins que celles-ci n'aient été établies de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375 et les arrêts cités).
6.4.2. La cour cantonale a constaté que le recourant avait présenté les faux dans un contexte d'affaires où, d'une part, il s'efforçait de convaincre des tiers d'investir ou de financer l'achat de la société et, d'autre part, où la survie de celle-ci dépendait des montants prêtés par A._ SA. Elle a ainsi retenu qu'en embellissant faussement la situation comptable, le recourant avait réalisé le dessein spécial de l'<ref-law>.
Le recourant n'établit pas l'arbitraire de cette constatation. En effet, il ne conteste pas avoir remis les comptes au réviseur, E.E._. Par ailleurs, peu importe que G.E._ ne les ait pas reçus avant le départ du recourant, dès lors que ce dernier a expliqué avoir établi les documents incriminés dans le but de " tranquilliser le père qui voulait convoquer le conseil d'administration " (recours, p. 13, avec référence au procès-verbal d'audition n° 19, lignes 200 ss), à savoir G.E._, qui décidait du financement octroyé à I._ SA par le truchement de sa société A._ SA. Sur la base des faits retenus, la cour cantonale pouvait conclure à la réalisation de l'élément subjectif de l'<ref-law>.
Considérant ce qui précède, la condamnation du recourant pour faux dans les titres ne viole pas le droit fédéral.
7.
Le recourant discute sa condamnation pour gestion fautive.
7.1. Aux termes de l'<ref-law>, le débiteur qui, de manières autres que celles visées à l'<ref-law>, par des fautes de gestion, notamment par une dotation insuffisante en capital, par des dépenses exagérées, par des spéculations hasardeuses, par l'octroi ou l'utilisation à la légère de crédits, par le bradage de valeurs patrimoniales ou par une négligence coupable dans l'exercice de sa profession ou dans l'administration de ses biens, aura causé ou aggravé son surendettement, aura causé sa propre insolvabilité ou aggravé sa situation alors qu'il se savait insolvable, sera, s'il a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui, puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
La notion de surendettement, qui s'applique au débiteur soumis à la poursuite par la voie de la faillite - comme c'est le cas de I._ SA -, découle de l'<ref-law> et signifie que, sur le plan comptable, les dettes ne sont plus couvertes ni sur la base d'un bilan d'exploitation, ni sur la base d'un bilan de liquidation, autrement dit que les passifs excèdent les actifs (arrêt 6B_135/2014 du 30 octobre 2014 consid. 3.1; BERNARD CORBOZ, op. cit., n. 31 ad <ref-law>). L'existence d'une situation d'insolvabilité ou d'un surendettement est une condition objective de punissabilité de l'infraction de gestion fautive (arrêt 6B_135/2014 précité consid. 3.3).
7.2. La cour cantonale a constaté que la faillite avait fait apparaître à l'état de collocation un montant de 1'725'457 fr. de créances admises. Elle a considéré que, bien avant sa fuite au Brésil, le recourant avait prolongé artificiellement l'existence de la société en recourant systématiquement à des emprunts multiples pour injecter des liquidités. En augmentant le passif par des dépenses de personnel exagérées, en supprimant la fiabilité de l'outil de contrôle et d'orientation indispensable qu'est la comptabilité et en multipliant les pertes en stock résultant de marchandises achetées sans assurer leur revente, le recourant n'avait pu que contribuer causalement à la " déconfiture " de la société. Partant, l'infraction de gestion fautive était réalisée.
7.3. Il découle de ce qui précède que si la cour cantonale relève les fautes de gestion commises par le recourant et mentionne la faillite de I._ SA, en revanche elle ne constate pas le surendettement de celle-ci, pas plus qu'elle ne retient les faits permettant de conclure à la réalisation de cette condition dans le cas d'espèce, en lien avec les actes qui l'auraient causé ou aggravé. En effet, ce n'est pas l'ouverture de la faillite (condition objective de punissabilité) qui constitue l'élément constitutif de l'infraction mais l'aggravation de la situation économique. Le fait que des créances pour un montant total de 1'725'457 fr. aient été admises à l'état de collocation de la faillite ne signifie pas encore que les conditions de l'<ref-law> aient été réalisées (cf. consid. 7.1 supra). En se limitant à évoquer une " déconfiture " causée par le recourant, la cour cantonale n'établit pas l'existence d'un surendettement - dont elle devait, cas échéant, indiquer le montant et la date de survenance -, ni celle d'un rapport de causalité naturelle et adéquate entre les manquements reprochés et le surendettement.
Faute d'avoir établi la réalisation de tous les éléments constitutifs de l'infraction de gestion fautive, la décision de la cour cantonale relative à la condamnation du recourant pour la commission de cette infraction doit être annulée, sans qu'il soit nécessaire d'examiner l'ensemble des griefs invoqués par le recourant sur ce point.
8.
Compte tenu de ce qui précède, il appartiendra à la cour cantonale de réexaminer l'infraction de gestion fautive et, cas échéant, de fixer une nouvelle peine. Il est par conséquent prématuré d'examiner les griefs soulevés par le recourant à l'encontre de celle-ci. Cela étant, pour ce qui concerne le sursis assorti à l'observation d'une règle de conduite telle que celle définie dans le jugement attaqué, il y a lieu d'examiner d'ores et déjà le grief du recourant relatif à la règle de conduite, par économie de procédure.
8.1. Selon l'<ref-law>, le juge qui suspend l'exécution de la peine peut imposer certaines règles de conduite au condamné pour la durée du délai d'épreuve. Ces règles doivent être adaptées au but du sursis et aux possibilités de celui qu'elles obligent, faute de quoi elles sont inadmissibles (cf. <ref-ruling>; plus récemment: arrêt 6B_849/2014 du 14 décembre 2015 consid. 3.2). Lorsque le montant du dommage causé par le condamné peut être établi avec certitude, rien n'empêche le juge d'ordonner la règle de conduite tendant à la réparation du dommage, alors même qu'il n'a pas été appelé à juger la question des dommages-intérêts et que celle-ci n'a pas encore fait l'objet d'un jugement civil ou d'une transaction (<ref-ruling> consid. 2c p. 237 ss.). L'autorité doit, en ce cas, non seulement arrêter le montant de la réparation due, mais encore déterminer le montant et l'échéance des acomptes (<ref-ruling> consid. 2b p. 206; MICHEL PERRIN, Commentaire romand, Code pénal I, n° 24 ad <ref-law> et la référence citée; Basler Kommentar n° 16 ad <ref-law>; DUPUIS/GELLER/MONNIER/MOREILLON/PIGUET, Petit commentaire du Code pénal I, n° 5 ad <ref-law>; TRECHSEL/PIETH, Schweizerisches Strafgesetzbuch, 2ème éd., n° 7 ad <ref-law>). Les acomptes doivent être fixés d'après la situation économique et personnelle du condamné (<ref-ruling> consid. 2b p. 207; <ref-ruling> consid. 3 p. 137; arrêt 6B_1/2012 du 18 avril 2012 consid. 2.3.1).
8.2. La règle de conduite litigieuse prévoit que le sursis est " subordonné à la condition que X._ indemnise les lésés en leur consacrant la part saisissable de son revenu et la valeur nette de l'héritage qui lui sera dévolu à la suite du décès de son père le 9 mai 2015. " Cette règle ne détermine ni le montant de la réparation due, ni le montant et l'échéance des acomptes. Elle se réfère à la part saisissable du revenu de X._ sans la fixer et ne prévoit aucune règle de répartition entre les lésés, qui ne sont pas nommément désignés. Dès lors, une telle règle de conduite ne répond pas aux exigences de précision rappelées ci-dessus, ce qui la rend non seulement difficile à observer pour le condamné, mais également problématique sous l'angle de la surveillance de son exécution par l'autorité compétente.
Partant, dans le cadre du renvoi, si la cour cantonale devait décider de maintenir une règle de conduite imposant la réparation du dommage des lésés, elle devra alors arrêter le montant de la réparation due à chacun des lésés et déterminer le montant et l'échéance des acomptes compte tenu de la situation économique et personnelle du condamné.
9.
On comprend que le recourant conteste la décision de la cour cantonale de donner acte à A._ SA de ses réserves civiles en ce qui concerne le prélèvement de 28'500 fr. sur le compte de I._ SA. Il conclut au rejet des conclusions civiles formulées.
9.1. En qualité de partie plaignante, le lésé peut faire valoir des conclusions civiles déduites de l'infraction par adhésion à la procédure pénale (<ref-law>). L'<ref-law> dispose qu'est lésée toute personne dont les droits ont été touchés directement par l'infraction. La jurisprudence (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 158) a précisé que lorsque le délit contre le patrimoine est commis au préjudice d'une société anonyme, ni les actionnaires ni les créanciers de la société ne sont directement lésés.
L'<ref-law> prévoit que le tribunal statue sur les conclusions civiles présentées lorsqu'il rend un verdict de culpabilité à l'encontre du prévenu. Sous réserve des exceptions prévues par la loi (art. 126 al. 2 à 4 CPP), le jugement des conclusions civiles est impératif (arrêt 6B_75/2014 du 30 septembre 2014 consid. 2.4.3 et les références citées).
9.2. A._ SA, actionnaire de I._ SA et bailleur de fonds de celle-ci, a conclu au paiement d'une somme de 28'500 fr., correspondant au montant prélevé indûment par le recourant le 27 juillet 2011 sur le compte de I._ SA (pièce n° 234). La condamnation du recourant pour abus de confiance à raison de ces faits a été confirmée, conformément au considérant 5 ci-dessus. A l'appui de ses conclusions civiles, A._ SA a fait valoir que " Pour se lancer dans le commerce de produits carnés, X._ a notamment bénéficié du support de la société A._ SA, qui a mis à disposition de I._ SA au printemps 2010 un crédit de 430'000 fr., destiné à servir de fonds de roulement, ainsi que le capital-actions de 100'000 francs ". Le contrat de prêt en question entre A._ SA et I._ SA a été versé au dossier de la procédure pénale (annexe à la plainte pénale de A._ SA du 18 août 2011, pièce 4/2/1).
Considérant qu'il n'était pas évident de déterminer à quel titre A._ SA était en droit de revendiquer la somme de 28'500 fr. et que les questions de légitimation active sur le plan civil étaient délicates, les premiers juges se sont limités à donner acte à A._ SA de ses réserves civiles à l'encontre du recourant. La cour cantonale a estimé que ce raisonnement était correct. Elle a précisé que le patrimoine lésé par l'abus de confiance était juridiquement celui de la société faillie, I._ SA, et non celui d'une société tierce se présentant comme créancière de I._ SA. La cour cantonale en a déduit qu'il convenait de renvoyer A._ SA à agir par la voie civile.
9.3. C'est à juste titre que la cour cantonale a retenu que le patrimoine lésé par l'abus de confiance pour lequel le recourant a été condamné n'était pas celui de A._ SA. En effet, le prélèvement indu du recourant sur le compte de I._ SA porte atteinte directement au patrimoine de cette dernière et indirectement à celui de l'intimée, qui fonde ses prétentions sur sa qualité d'actionnaire et de créancière de I._ SA. A._ SA n'a pas prétendu, en particulier, que le prêt qu'elle avait consenti à I._ SA était accompagné d'instructions précises sur sa destination et que le recourant, en sa qualité d'administrateur de I._ SA, aurait affecté l'argent reçu à d'autres fins que celles convenues, de tels faits ne ressortissant au demeurant pas du jugement attaqué.
Si le constat du jugement entrepris est donc exact concernant l'absence de préjudice direct subi par A._ SA, la cour cantonale n'en a cependant pas tiré les conclusions qui s'imposaient en donnant acte à l'intimée de ses réserves civiles. En effet, faute d'être lésée directement par l'infraction retenue (abus de confiance) en l'espèce (<ref-law>), A._ SA ne pouvait pas avoir la qualité de partie plaignante au sens de l'<ref-law> et faire valoir des conclusions civiles par adhésion à la procédure pénale. Les conclusions civiles étaient ainsi irrecevables. Le recours est donc admis sur ce point.
10.
Le recourant invoque une violation de l'<ref-law> en ce qui concerne les dépens accordés à A._ SA, ainsi qu'une violation de l'<ref-law> en relation avec le montant des frais de justice mis à sa charge. Compte tenu de ce qui précède, en particulier de l'admission du recours quand à la condamnation du recourant pour l'infraction de gestion fautive et de ce que A._ SA n'a pas la qualité de partie plaignante concernant l'abus de confiance retenu, ce qui exclut qu'elle ait pu obtenir gain de cause en lien avec cette infraction, il appartiendra à la cour cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens. A ce stade, il n'y a par conséquent pas lieu d'examiner plus avant les griefs du recourant.
11.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision.
Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
12.
Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite pour les griefs admis (<ref-law>), ce qui rend sa demande d'assistance judiciaire sans objet dans cette mesure. Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée dans cette mesure (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Le recourant supporte des frais réduits en raison de l'issue de la cause et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée, dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le canton de Vaud versera au conseil du recourant une indemnité réduite de 1'500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 décembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy