Faits :
A.
A.a. Jusqu'en novembre 2000, D._ a été l'administrateur unique de C._, puis il a été remplacé à ce poste par A._. Dès mai 2006, ce dernier est devenu administrateur-président tandis que D._ est redevenu administrateur. B._ SA - dont l'administrateur et actionnaire est A._ - et D._ sont les actionnaires de C._, le pourcentage appartenant à chacun faisant l'objet d'un litige. Les relations entre les deux administrateurs s'étant dégradées, il a été décidé de procéder à la scission de l'entreprise C._.
Depuis 2009, des procédures civiles et pénales ont opposé, d'une part, B._ SA et A._ à, d'autre part, D._. Certaines procédures pénales ont fait l'objet d'ordonnances de classement (P1) ou de non-entrée en matière (P2). Dans le cadre civil, D._ a été condamné, le 13 octobre 2011, à remettre à B._ SA 50% des actions de C._ (C1). La dissolution de cette société a été prononcée le 4 décembre 2014 et un liquidateur a été nommé (C2); l'appel intenté contre ce jugement a été déclaré irrecevable le 12 avril 2016 par la Chambre civile de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
A.b. Le 25 juillet 2011, B._ SA et A._ ont déposé une nouvelle plainte pénale contre D._ pour faux dans les titres, obtention frauduleuse d'une constatation fausse, voire soustraction d'objet mis sous main de l'autorité. Cette cause a été confiée à la Procureure Rita Sethi-Karam (P4).
Au cours de l'instruction, D._ a été mis en prévention de tentative de contrainte le 18 juin 2013, d'abus de confiance le 7 avril 2014, de faux dans les titres et d'obtention frauduleuse d'une constatation fausse le 1er septembre 2014 et d'inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité le 22 septembre 2014. Des séquestres ont été ordonnés sur les avoirs du prévenu, ainsi que sur ceux de ses sociétés et la procédure a été suspendue entre le 25 novembre 2014 et le 5 mars 2015. Différentes décisions du Ministère public, respectivement l'absence de telles décisions, ont été portées devant l'autorité de recours (cf. le rejet du recours pour déni de justice le 24 juin 2013 par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi que ses arrêts du 22 juin 2016 concernant la qualité de personne appelée à donner des renseignements de A._ lors des auditions, ainsi que la levée des séquestres portant sur les comptes de sociétés de D._).
Les parties ont été entendues à de nombreuses reprises, notamment les 13 et 24 juin 2016. Lors de la première de ces auditions, A._ a été mis en prévention de gestion déloyale. Au cours de la seconde, le liquidateur de C._, ainsi que son comptable ont été entendus; selon le procès-verbal, les témoins ont été interrompus par A._ et par le mandataire de celui-ci; A._ a ensuite été prié de quitter la salle dans la mesure où il "invectivait" le témoin. Son avocat a alors requis la récusation de la Procureure. Cette demande - à laquelle s'est opposée la magistrate - a été complétée par courrier du 24 juin 2016.
Le 21 juillet 2016, le liquidateur de C._ a informé le Ministère public que le procès-verbal de la séance du 24 juin 2016 ne transcrivait pas correctement ses déclarations; il a également relevé que son comptable avait été interrompu lors de son témoignage. Par avis de prochaine clôture du 15 décembre 2016, la Procureure a informé les parties de son intention de classer la procédure à l'égard de A._, de rendre, s'agissant de D._, une ordonnance pénale pour inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité et de classement s'agissant des autres chefs de prévention; un délai au 30 décembre 2016 a été imparti aux parties pour déposer leurs éventuelles réquisitions de preuve.
B.
Après différents échanges d'écritures, ainsi que le dépôt de déterminations spontanées des conseils de C._, la Chambre pénale de recours a rejeté, par arrêt du 27 janvier 2017, la demande de récusation déposée dans le cadre de la procédure P3 [recte P4] par B._ SA et A._.
C.
Par acte du 22 février 2017, A._ et B._ SA forment un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à la récusation de la Procureure Rita Sethi-Karam pour la procédure P4. Subsidiairement, ils demandent le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Les recourants sollicitent, à titre de mesures provisionnelles, la suspension de la procédure P4, afin notamment d'empêcher la clôture de l'instruction annoncée pour le 28 février 2017.
Invitée à se déterminer, l'autorité précédente n'a pas formulé d'observations. Quant à la Procureure intimée, elle a conclu au rejet du recours. Le 25 avril 2017, les recourants ont persisté dans leurs conclusions.
Par ordonnance du 24 février 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la demande de mesures provisionnelles.

Considérant en droit :
1.
Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. Les recourants, auteurs de la demande de récusation qui a été rejetée, ont qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>. Pour le surplus, le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en instance cantonale unique (art. 80 al. 2 in fine LTF) et les conclusions prises sont recevables (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un premier grief, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus. Ils reprochent en substance à l'autorité précédente d'avoir limité son examen aux faits survenus lors des audiences des 13 et 24 juin 2016, sans prendre en compte que ce serait l'ensemble de la procédure, notamment les actes de procédure antérieurs à ces dates, qui fonderait leur demande de récusation.
La cour cantonale n'a cependant pas ignoré cette problématique, mais a écarté les éléments relatifs au déroulement de la procédure au motif qu'ils avaient été invoqués tardivement (cf. ad consid. 2.4 p. 17 de l'arrêt attaqué). Une motivation différente de celle à laquelle aspirent les recourants ne constitue pas une violation de leur droit d'être entendu. En tout état de cause, les recourants ne démontrent pas avoir mentionné ces faits lors du dépôt de leur requête de récusation (cf. celle effectuée lors de l'audience du 24 juin 2016 et complétée par écrit ce même jour), puisqu'ils se réfèrent à cet égard à des écritures ultérieures, à savoir celles du 22 juillet 2016 (cf. ad 27 de leur mémoire). Le défaut de tardiveté de leurs allégations n'est pas non plus démontré par les observations déposées par la Chambre pénale de recours le 6 février 2017 dans le cadre de leur recours pour déni de justice, certes en lien avec leur demande de récusation (cause 1B_28/2017); ces écritures sont en effet ultérieures au prononcé de l'arrêt entrepris dans la présente cause. Ces considérations permettent d'ailleurs d'écarter les griefs d'établissement arbitraire des faits ainsi que ceux de fond en lien avec le déroulement de la procédure (cf. en particulier ad 42 et 45, 64 ss, 75 du mémoire de recours).
Il n'y a pas non plus de violation du droit d'être entendu lorsque l'appréciation des faits dénoncés et/ou de l'éventuelle qualification juridique pouvant en découler (cf. en particulier le défaut de mise en prévention pour vol et injure de D._, respectivement le classement de certains chefs d'infraction) ne correspond pas à celle attendue par les recourants; sans autre élément, cela ne constitue au demeurant pas non plus un motif de récusation. La cour cantonale a en outre relevé à juste titre que les contestations y relatives doivent être soulevées par la voie de l'appel ou du recours selon le type de décision, respectivement en l'absence d'un tel prononcé par un recours pour déni de justice ou retard injustifié. Contrairement ainsi à ce que soutiennent les recourants, tout contrôle judiciaire n'est pas exclu; ils ont d'ailleurs su utiliser, le cas échéant, les moyens de droit à leur disposition (cf. en particulier le recours au Tribunal fédéral dans la cause 1B_28/2017 et celui nouvellement déposé le 30 janvier 2017 pour déni de justice auprès de la Chambre pénale de recours [cf. ad 82 du mémoire de recours p. 15]).
Partant, le grief de violation du droit d'être entendu peut être écarté.
3.
Invoquant un établissement arbitraire des faits et des violations des art. 30 al. 1 Cst., 6 § 1 CEDH et 56 let. f CPP, les recourants reprochent à l'autorité précédente d'avoir considéré que l'attitude alléguée adoptée par la Procureure intimée lors des audiences des 13 et 24 juin 2016 ne démontrerait pas sa prévention à l'encontre notamment de A._, respectivement à l'encontre de leur mandataire. Selon les recourants, tel serait cependant le cas au regard de la mise en prévention pour gestion déloyale du recourant A._ au cours de la première séance, ainsi que de son expulsion lors de la seconde. Les recourants prétendent également que l'avis de prochaine clôture adressé aux parties le 15 décembre 2016 serait un procédé déloyal, vu, d'une part, le défaut d'acte d'instruction entrepris depuis la demande de récusation et, d'autre part, le délai imparti au 30 décembre 2016 pour déposer d'éventuelles réquisitions de preuve.
3.1. Toute personne exerçant une fonction au sein d'une autorité pénale est récusable pour l'un des motifs prévus aux art. 56 let. a à e CPP. Elle l'est également, selon l'art. 56 let. f CPP, "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention".
3.1.1. L'art. 56 let. f CPP a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres a à e de l'<ref-law>. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 179; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 144; arrêt 1B_409/2016 du 3 janvier 2017 consid 3.2 destiné à la publication). Cet article du Code de procédure concrétise aussi les droits déduits de l'art. 29 al. 1 Cst. garantissant l'équité du procès et assure au justiciable cette protection lorsque d'autres autorités ou organes (cf. en particulier <ref-law>) que des tribunaux (cf. <ref-law>) sont concernés (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 179 s.; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 145; <ref-ruling> consid. 2b p. 198).
3.1.2. Si les art. 56 let. b à e CPP s'appliquent de manière similaire à celle prévalant pour les membres des autorités judiciaires, une appréciation différenciée peut s'imposer s'agissant de l'application de la clause générale posée à l'art. 56 let. f CPP lorsqu'une autorité au sens de l'<ref-law> est en cause. En effet, la différence de fonction existant entre une autorité judiciaire (<ref-law>) et un membre d'une autorité de poursuite pénale (<ref-law>) ne peut pas être ignorée. Les exigences de réserve, d'impartialité et d'indépendance prévalant pour la première catégorie peuvent donc ne pas être les mêmes s'agissant de la seconde (arrêt 1B_379/2016 du 19 décembre 2016 consid. 2.1.1 et les références citées).
La jurisprudence a ainsi reconnu que, durant la phase d'instruction, le ministère public peut être amené, provisoirement du moins, à adopter une attitude plus orientée à l'égard du prévenu ou à faire état de ses convictions à un moment donné de l'enquête; tout en disposant, dans le cadre de ses investigations, d'une certaine liberté, le magistrat reste cependant tenu à un devoir de réserve et doit s'abstenir de tout procédé déloyal, instruire tant à charge qu'à décharge et ne point avantager une partie au détriment d'une autre (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 179 s.; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 145).
Les parties à une procédure ont cependant le droit d'exiger la récusation d'un membre d'une autorité dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur son impartialité. Cette garantie tend notamment à éviter que des circonstances extérieures à la cause puissent influencer une appréciation en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de l'intéressé ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 179; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 144 s.; arrêt 1B_409/2016 du 3 janvier 2017 consid 3.2 destiné à la publication).
Des décisions ou des actes de procédure qui se révèlent par la suite erronés ne fondent pas en soi une apparence objective de prévention; seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées, constitutives de violations graves des devoirs du magistrat, peuvent fonder une suspicion de partialité, pour autant que les circonstances dénotent que la personne en cause est prévenue ou justifient à tout le moins objectivement l'apparence de prévention (<ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 180; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 146). Il appartient en outre aux juridictions de recours normalement compétentes de constater et de redresser les erreurs éventuellement commises dans ce cadre. La procédure de récusation n'a donc pas pour objet de permettre aux parties de contester la manière dont est menée l'instruction et de remettre en cause les différentes décisions incidentes prises par la direction de la procédure (arrêt 1B_409/2016 du 3 janvier 2017 consid 3.2 destiné à la publication).
3.2. En l'occurrence, l'autorité précédente a retenu à juste titre que le défaut allégué de compétences en matière comptable de la Procureure ne constituait pas un motif de récusation (cf. consid. 2.5.1 du jugement entrepris), appréciation que ne remettent d'ailleurs plus en cause les recourants. Ces derniers ne se prévalent plus non plus des jugements rendus sur recours de D._ par la Chambre pénale de recours modifiant les décisions de la Procureure intimée (cf. ad consid. 2.5.4 de l'arrêt attaqué), des éventuelles erreurs que contiendraient les procès-verbaux des séances du 13 et 24 juin 2016 (cf. consid. 2.5.2 du jugement entrepris) et de l'expulsion - mesure de police admissible et dès lors a priori incontestée - du recourant A._ le 24 juin 2016.
S'agissant ensuite du délai - certes court - imparti aux parties dans l'avis de prochaine clôture, les recourants ne prétendent pas qu'ils auraient été empêchés d'en demander la prolongation ou que celle-ci leur aurait été refusée (cf. dans la mesure de leur recevabilité, leurs courriers du 23 décembre 2016 et du 30 janvier 2017). Il y a lieu en outre de préciser que, comme la magistrate intimée continue en principe à exercer sa fonction durant la procédure de récusation (cf. <ref-law>), il ne peut lui être reproché de vouloir à un moment donné faire avancer l'instruction. Un motif de prévention ne découle pas non plus des observations déposées par la Procureure intimée au cours de la procédure de récusation, dès lors que celles-ci ne concernaient pas spécifiquement le mandataire des recourants, mais les avocats de l'ensemble des parties et tendaient à expliquer le climat difficile dans lequel se déroulait, selon elle, la procédure.
Quant à la mise en prévention du recourant A._, le prononcé d'un tel acte ou sa contestation ne constituent pas des motifs de récusation. Un tel prononcé ne saurait certes pas servir comme mesure de police de l'audience. Cela étant, dans la mesure où tel aurait été le cas, cette seule circonstance ne suffirait pas à démontrer que la Procureure intimée serait prévenue à l'encontre des recourants et/ou de leur mandataire; elle a d'ailleurs d'ores et déjà annoncé son intention de classer cette procédure, ce qui diminue d'autant l'éventuelle apparence de prévention à leur égard qui découlerait de son acte précédent.
3.3. Au regard de ces considérations, la Chambre pénale de recours n'a pas violé le droit fédéral en rejetant la demande de récusation de la Procureure intimée déposée par les recourants.
4.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Les recourants, qui succombent, supportent de manière solidaire les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 10 mai 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf