Fatti:
A.
A.a. La B._SpA è proprietaria e locatrice dell'unità di proprietà per piani in cui la conduttrice A._SA gestisce il proprio negozio a Lugano. Il 25 gennaio 2012 la B._SpA ha disdetto il contratto di locazione con effetto al 29 settembre 2012. Il 25 aprile 2012 la A._SA ha invocato la nullità della disdetta e il 21 maggio seguente ha fatto valere l'opzione di rinnovo del contratto per altri 5 anni.
A.b. Con istanza di conciliazione 27 luglio 2012, la A._SA ha postulato che sia accertata la nullità della disdetta e la validità dell'esercizio dell'opzione di rinnovo nonché, subordinatamente, che il contratto di locazione sia protratto. All'udienza del 25 settembre 2012 le parti hanno stabilito di sospendere la vertenza in vista di trattative. L'Ufficio di conciliazione in materia di locazione di Lugano Ovest ha quindi sospeso la procedura in applicazione dell'<ref-law>, riservata la riattivazione su domanda della parte più diligente e ha indicato, riferendosi all'<ref-law>, che trascorsi 12 mesi dall'introduzione dell'istanza, la procedura sarà perenta.
Il 19 luglio 2016 l'autorità di conciliazione ha stralciato dai ruoli, ad istanza della B._SpA, la causa per intervenuta perenzione.
B.
Con sentenza 30 novembre 2016 la III Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto il ricorso della A._SA. Ha ritenuto che il reclamo inoltrato da quest'ultima fosse in realtà un appello e che lo stralcio della procedura di conciliazione fosse conforme alla volontà espressa dalle parti all'udienza del 25 settembre 2012.
C.
Con ricorso in materia civile del 23 gennaio 2017 la A._SA postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento della sentenza impugnata e la sua riforma nel senso che l'appello sia accolto e gli atti rinviati all'autorità di conciliazione per il rilascio dell'autorizzazione ad agire. Ritiene che la decisione impugnata vada annullata e riformata perché, pur avendo considerato il rimedio di diritto esperito un appello, l'autorità inferiore ha dichiarato la produzione dell'istanza di sfratto nella procedura di ricorso un novum irricevibile in base alla normativa applicabile ai reclami. Asserisce poi che la procedura di conciliazione avrebbe unicamente potuto essere stralciata, se si fosse realizzata una delle ipotesi contemplate dall'<ref-law> e che tale Codice prevede quattro possibilità di come possa concludersi la procedura, fra cui non risulta quella adottata dall'autorità di conciliazione. Sostiene inoltre che in base alla volontà delle parti la procedura avrebbe unicamente dovuto essere stralciata nel caso di un accordo e che l'autorità di conciliazione avrebbe trasceso la portata dell'<ref-law>, attribuendo al decorso del termine di 12 mesi la perenzione del diritto. Afferma pure che non essendo lo stralcio intervenuto spontaneamente, ma su richiesta della locatrice, l'autorità di conciliazione avrebbe dovuto riattivare la procedura e rilasciare l'autorizzazione ad agire. Il Tribunale di appello avrebbe pure omesso di considerare che la decisione di stralcio è avvenuta in violazione del suo diritto di essere sentita.
Con risposta 6 marzo 2017 la B._SpA propone di respingere sia la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo sia il ricorso.
La Presidente della Corte adita ha respinto con decreto 30 marzo 2017 l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è presentato dalla parte soccombente nella procedura cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di natura pecuniaria con un valore litigioso ampiamente superiore alla soglia di fr. 15'000.-- fissata dall'<ref-law>. Esso si palesa pertanto in linea di principio ammissibile. Pure ricevibile si rivela il parere giuridico inoltrato con il gravame (<ref-ruling> consid. 2.4).
2.
Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). A questi appartengono sia le constatazioni concernenti le circostanze relative all'oggetto del litigio sia quelle riguardanti lo svolgimento della procedura innanzi all'autorità inferiore e in prima istanza, vale a dire gli accertamenti che attengono ai fatti procedurali (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con riferimenti). Il Tribunale federale può unicamente rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se esso è manifestamente inesatto o risulta da una violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). "Manifestamente inesatto" significa in questo ambito "arbitrario" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). La parte che critica la fattispecie accertata nella sentenza impugnata deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3, con rinvii). Essa deve spiegare in maniera chiara e circostanziata in che modo queste condizioni sarebbero soddisfatte (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con rinvii). Se vuole completare la fattispecie deve dimostrare, con precisi rinvii agli atti della causa, di aver già presentato alle istanze inferiori, rispettando le regole della procedura, i relativi fatti giuridicamente pertinenti e le prove adeguate (<ref-ruling> consid. 2). Se la critica non soddisfa queste esigenze, le allegazioni relative a una fattispecie che si scosta da quella accertata non possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
3.
3.1. Nel giudizio impugnato la Corte cantonale ha dapprima annunciato che il decreto di stralcio emanato dall'autorità di conciliazione è suscettivo di un appello, ragione per cui avrebbe trattato il reclamo inoltrato dalla convenuta come un appello. Essa ha poi indicato che in virtù dell'<ref-law> in sede di reclamo non è ammessa la produzione di nuove prove e ha dichiarato irricevibile l'istanza di sfratto prodotta dalla convenuta con la replica spontanea del 19 settembre 2016.
3.2. La ricorrente rileva l'incongruenza della predetta motivazione e indica che nella procedura di appello l'<ref-law> prevede la possibilità di produrre nuovi mezzi di prova se vengono immediatamente addotti (lett. a) e non sia stato possibile addurli dinanzi alla giurisdizione inferiore nemmeno con la diligenza ragionevolmente esigibile tenuto conto delle circostanze (lett. b). Afferma che queste condizioni sarebbero realizzate perché l'istanza di sfratto, asseritamente notificatale il 28 luglio 2016, è posteriore al decreto di stralcio e sarebbe " stata versata agli atti con appello 2 agosto 2016", ragione per cui la sentenza impugnata andrebbe annullata e riformata.
3.3. In concreto, in base ai vincolanti accertamenti della sentenza impugnata (v. sopra consid. 2), la ricorrente ha allegato l'istanza di sfratto unicamente alla replica spontanea del 19 settembre 2016 e non, come invece apoditticamente affermato nel ricorso, all'appello 2 agosto 2016, ragione per cui nemmeno la prima condizione (immediata adduzione della prova) prevista dall'<ref-law> per poter ammissibilmente produrre un nuovo mezzo di prova con un appello è soddisfatta. Non occorre quindi stabilire se la decisione di stralcio dell'autorità di conciliazione, che comporta in concreto la perdita del diritto di chiedere la protrazione della locazione, sia una decisione finale effettivamente suscettiva di un appello (cfr. sentenza 4A_137/2013 del 7 novembre 2013 consid. 7.2, non pubblicato in <ref-ruling>) oppure se essa sia invece una decisione ordinatoria processuale unicamente impugnabile con un reclamo quando vi è il rischio di un pregiudizio difficilmente riparabile nel senso dell'<ref-law> (sentenza 4A_131/2013 del 3 settembre 2013 consid. 2.2.2.2)
4.
Con l'accordo delle parti, l'autorità di conciliazione può tenere più udienze (art. 203 cpv. 4 prima frase CPC). La procedura dev'essere però chiusa entro 12 mesi (art. 203 cpv. 4 seconda frase CPC). Il Messaggio concernente il Codice di diritto processuale civile svizzero precisa che, entro questo limite, l'autorità può anche semplicemente sospendere la procedura allo scopo di permettere alle parti di negoziare per pervenire a una transazione (FF 2006 6593 pag. 6704 n. 5.13 ad art. 199-204). Il termine di 12 mesi è un termine d'ordine che si indirizza all'autorità di conciliazione (ALVAREZ/PETER, Commento bernese, n. 4 ad <ref-law>; DOMINIK INFANGER, Commento basilese, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3aed. 2017, n. 20 ad <ref-law>; FRANÇOIS BOHNET, in Code de procédure civile commenté, n. 10 ad <ref-law>), non essendo esclusa una sospensione della procedura più lunga, anche se essa va ordinata con riserbo (<ref-ruling> consid. 2.2).
4.1. La Corte cantonale ha respinto l'appello perché ha ritenuto che lo stralcio della procedura di conciliazione fosse conforme alla volontà delle parti espressa all'udienza del 25 settembre 2012, secondo cui l'autorizzazione ad agire sarebbe unicamente stata rilasciata su richiesta di una parte entro il limite temporale fissato nel decreto di sospensione. Ha indicato che dal relativo verbale risulta che le parti desideravano sospendere la procedura di conciliazione in vista di trattative, che in caso di mancato accordo esse rinunciavano a un'ulteriore convocazione prima del rilascio dell'autorizzazione ad agire e che l'autorità di conciliazione aveva "formalizzato" la situazione sospendendo la procedura in applicazione dell'<ref-law>, riservata la facoltà di chiederne la riattivazione entro 12 mesi dall'istanza, precisando però che trascorso tale periodo la procedura sarebbe stata perenta e quindi stralciata dai ruoli.
4.2. La ricorrente afferma invece che in base alla volontà delle parti la procedura avrebbe dovuto rimanere sospesa fino al raggiungimento di un accordo e qualora questo non fosse intervenuto, essa avrebbe ripreso il suo corso con il rilascio dell'autorizzazione ad agire. Assevera che la Corte cantonale non poteva ritenere che l'assenza di una richiesta di rilasciare l'autorizzazione ad agire avrebbe comportato la perenzione del diritto, conseguenza non prevista dalla legge, tanto più che l'autorità di conciliazione avrebbe trasceso la portata dell'<ref-law>, deducendo la perenzione da un termine d'ordine. L'assenza della comunicazione di un'intesa avrebbe invece dovuto portare all'emanazione dell'autorizzazione ad agire, tanto più che a causa dello scritto della controparte la procedura avrebbe dovuto essere riavviata.
4.3. In concreto, fondandosi sulla volontà delle parti, la Corte cantonale dimentica che l'<ref-law> attribuisce la direzione del processo al giudice, il quale deve pure provvedere a una sollecita conclusione della procedura (FABIENNE HOHL, Procédure civile, vol. 1, 2a ed. 2016, n. 1560). Giusta l'<ref-law> egli decide valutando se sussistono motivi d'opportunità che lo richiedono, se sospendere il procedimento e la durata di tale misura con un apposito decreto. Questo costituisce una cosiddetta disposizione ordinatoria processuale emanata dall'autorità che dirige il procedimento (<ref-ruling> consid. 3.3). La volontà delle parti d'intraprendere trattative va annoverata fra i motivi di opportunità ai sensi dell'art. 126 prima frase CPC (JULIA GSCHWEND, Commento basilese, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3aed. 2017, n. 9 ad <ref-law>). Tale ordinamento non può essere, contrariamente a quanto pare ritenere l'autorità inferiore, sostituito da un accordo fra le parti.
Rettamente, come anche rilevato dalla Corte cantonale, l'autorità di conciliazione non ha inteso sospendere la procedura sine die. Ciò non significa però che questa poteva disinteressarsi della continuazione della procedura (essa ha emanato la decisione di stralcio quando erano già trascorsi quattro anni dall'introduzione dell'istanza e dopo essere stata sollecitata in questo senso dalla locatrice), prevedendo semplicemente nel suo decreto di sospensione che la procedura sarebbe stata perenta trascorsi 12 mesi dall'introduzione dell'istanza, sanzione che non è contemplata da alcuna norma. In assenza di un esplicito ritiro dell'istanza di conciliazione, per concludere la procedura, l'autorità di conciliazione avrebbe invece dovuto accertare se le parti erano giunte o meno ad un'intesa e procedere di conseguenza (art. 208 seg. CPC), rilasciando se del caso l'autorizzazione ad agire. Tutelando la decisione con cui l'autorità di conciliazione si è invece limitata a stralciare la procedura perché il termine di 12 mesi era ampiamente trascorso, la Corte cantonale ha violato il diritto federale.
Il ricorso si rivela pertanto fondato e la sentenza impugnata va annullata e la causa rinviata al Tribunale di appello che, dopo aver annullato il decreto di stralcio in accoglimento del rimedio della conduttrice e fissato le spese e le ripetibili di seconda istanza, trasmetterà l'incarto all'autorità di conciliazione affinché questa proceda nelle summenzionate incombenze.
In queste circostanze non occorre esaminare la censura con cui la ricorrente lamenta che il Tribunale di appello non ha considerato che l'autorità di conciliazione ha deciso lo stralcio della procedura senza inviarle la relativa richiesta presentata dalla controparte.
5.
Da quanto precede discende che il ricorso si rivela fondato e come tale va accolto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto, la sentenza impugnata annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale per nuova decisione nel senso dei considerandi.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 8'500.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente fr. 9'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla III Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.