Sachverhalt:
A.
Die A._, eine Personalfürsorgestiftung mit Sitz in Zürich, verkaufte im Jahr 2009 die in St. Gallen gelegenen Grundstücke I._strasse 16 (Grundbuch V._ Nr. xxx), F._strasse 33/35 (Grundbuch V._ Nr. xxx) und G._strasse 22 (Grundbuch W._ Nr. xxx) zum Preis von insgesamt Fr. 5'720'000.-- an die B._ AG mit Sitz in T._. Ebenfalls im Jahr 2009 veräusserte die A._ die Liegenschaft H._strasse 64 in U._ (Grundbuch U._ Nr. xxx) mit einem deklarierten Verlust von Fr. 721'580.75.
B.
Am 14. April 2010 veranlagte das Kantonale Steueramt St. Gallen die A._ für die Veräusserung der drei in St. Gallen gelegenen Grundstücke mit einem Grundstückgewinn von Fr. 2'589'370.--. Mit Einspracheentscheid vom 7. November 2012 erwog das Steueramt, die Verkäufe der drei in St. Gallen gelegenen Grundstücke seien getrennt zu besteuern, und veranlagte den steuerbaren Gewinn bezüglich der Liegenschaft I._strasse 16 auf Fr. 815'900.--. Bezüglich der beiden anderen in St. Gallen gelegenen Grundstücke erliess es separate Veranlagungsverfügungen, welche die A._ wiederum anfocht. Das Steueramt sistierte die entsprechenden Einspracheverfahren bis zur rechtskräftigen Veranlagung des Grundstückgewinns aus dem Verkauf der Liegenschaft I._strasse 16. Den gegen diese Veranlagung erhobenen Rekurs wies die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen am 27. August 2013 ab, soweit sie darauf eintrat. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 21. Oktober 2014 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Die A._ erhebt am 28. November 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit folgenden (sinngemässen) Anträgen: Der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Der im Jahr 2009 bei der Veräusserung der Liegenschaft H._strasse 64 in U._ in der Höhe von Fr. 721'580.75 entstandene Verlust sei anteilsmässig auf die drei Liegenschaften zu verteilen, die 2009 mit Gewinn verkauft worden seien. Die Verlustanteile seien mit den entsprechenden Gewinnen zu verrechnen; demgemäss sei der steuerbare Gewinn auf Fr. 1'867'789.-- festzusetzen. In Bezug auf die einzelnen Grundstücke sei der steuerbare Gewinn wie folgt festzusetzen: I._strasse 16: Fr. 129'519.--; F._strasse 33/35: Fr. 195'445; G._strasse 22: Fr. 82'749.--.
Das Verwaltungsgericht und das Steueramt schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Antragstellung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Entscheid unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2. Als Adressatin des angefochtenen Entscheids ist die Beschwerdeführerin zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>, Art. 73 Abs. 2 StHG).
1.3. Bereits in den vorangegangenen Verfahren haben die Verwaltungsrekurskommission und die Vorinstanz erwogen, dass die Beschwerdeführerin die von der Einsprachebehörde vorgenommene Aufteilung der ursprünglichen Veranlagungsverfügung in drei separate Veranlagungen akzeptiert hat. Dies führte in den Rechtsmittelverfahren dazu, dass auf die Anträge, welche die Veranlagungen aus den Verkäufen der Grundstücke F._strasse 33/35 und G._strasse 22 betrafen, nicht eingetreten wurde. Die Beschwerdeführerin hat die Nichteintretensentscheide nicht angefochten, weder vor der Vorinstanz noch vor Bundesgericht. Streitgegenstand des vorliegenden Beschwerdeverfahrens kann daher ebenfalls nur die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer aus dem Verkauf der Liegenschaft I._strasse 16 bilden. Auf die Beschwerde ist mit dieser Einschränkung einzutreten. Soweit die Anträge sich auf die beiden anderen Veranlagungen beziehen, ist darauf nicht einzutreten.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 3 S. 415). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
2.2. Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in denen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder keine Anwendung findet, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (<ref-ruling> E. 2 S. 210; Urteil 2C_837/2014 vom 23. Februar 2015 E. 2.2).
3.
3.1. Die Steuerpflicht der juristischen Personen ist in Art. 20 ff. StHG geregelt. Die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen sind von der Steuerpflicht befreit, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen (Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG). Sie unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer (Art. 23 Abs. 4 erster Satz StHG). Diese Regeln wurden in Art. 80 Abs. 1 lit. e des Steuergesetzes des Kantons St. Gallen vom 9. April 1998 (StG/SG; sGS 811.1) und Art. 80 Abs. 3 StG/SG übernommen. Gemäss Art. 130 Abs. 2 lit. c StG/SG unterliegen Gewinne aus Veräusserung von Grundstücken juristischer Personen, die nach Art. 80 Abs. 1 Bst. e bis h und j dieses Gesetzes von der Steuerpflicht befreit sind, der Grundstückgewinnsteuer. Steuerpflichtig ist der Veräusserer (Art. 133 Abs. 1 StG/SG).
3.2. Harmonisierungsrechtlich gelten die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen, über Abschreibungen, über Rückstellungen und über den Verlustabzug sinngemäss (Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG). Hinsichtlich des Verlustabzugs verweist Art. 23 Abs. 4 StHG auf Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG. Diese Bestimmung - die selbständige Erwerbstätigkeit natürlicher Personen betreffend - erklärt die eingetretenen und verbuchten Verluste auf dem Geschäftsvermögen als von der Einkommenssteuer abziehbare geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten.
3.3. Das BVG (SR 831.40) regelt im zweiten Titel die steuerrechtliche Behandlung der Vorsorge. Gemäss Art. 80 Abs. 2 BVG sind die mit Rechtspersönlichkeit ausgestatteten Vorsorgeeinrichtungen des privaten und des öffentlichen Rechts, soweit ihre Einkünfte und Vermögenswerte ausschliesslich der beruflichen Vorsorge dienen, von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und der Gemeinden und von Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden befreit. Mehrwerte aus der Veräusserung von Liegenschaften können entweder mit der allgemeinen Gewinnsteuer oder mit einer speziellen Grundstückgewinnsteuer erfasst werden; bei Fusionen und Aufteilungen von Vorsorgeeinrichtungen dürfen keine Gewinnsteuern erhoben werden (Art. 80 Abs. 4 BVG).
4.
Streitig ist die Frage, ob bei der Veranlagung der hier zu beurteilenden Grundstückgewinnsteuer der im gleichen Jahr angefallene Verlust aus dem Verkauf der Liegenschaft H._strasse 64 in U._ zur Verrechnung mit dem Grundstückgewinn gebracht werden kann.
4.1. Die Vorinstanz führt zur Begründung ihres Entscheids Folgendes an: Die Beschwerdeführerin sei eine steuerbefreite Vorsorgeeinrichtung, so dass der streitige Grundstückgewinn jedenfalls der Grundstückgewinnsteuer unterliege. Das St. Gallische Steuerrecht sehe eine Verrechnung von Verlusten aus Verkäufen anderer Grundstücke mit Grundstückgewinnen nicht vor. Weil die St. Gallische Grundstückgewinnsteuer als Objektsteuer ausgestaltet sei, werde - im Gegensatz zu anderen Kantonen - die wirtschaftliche Leistungsfähigkeit der steuerpflichtigen Person nicht berücksichtigt. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts bestimme das kantonale Recht, ob Verluste verrechnet werden könnten. Dem Liegenschaftskanton stehe grundsätzlich die Gesamtheit der Liegenschaftserträge und -gewinne zur ausschliesslichen Besteuerung zu. Nach der Rechtsprechung sei es lediglich unzulässig, dass ein Kanton die Gewinne ausserkantonaler Liegenschaftenhändler anders besteuere als die Gewinne von Liegenschaftenhändlern mit Sitz oder Betriebsstätte im Kanton. Es könne offen bleiben, ob Verlustabzüge in Art. 80 Abs. 4 BVG vorgesehen seien. Der Verweis in Art. 23 Abs. 4 StHG auf Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG sei in einem der Grundstückgewinnsteuer angepassten Sinn zu verstehen. Nach der Lehre sei eine Verlustanrechnung im Rahmen der Objektsteuer systemwidrig, weshalb Verluste aus anderen Grundstückveräusserungen bei der Grundstückgewinnsteuer nicht berücksichtigt werden dürften. Im interkantonalen Verhältnis sei die Verrechnung möglich, selbst dann, wenn sie im kantonalen Recht nicht vorgesehen sei. Die steuerliche Situation bei interkantonal tätigen Immobilienhändlern bzw. Immobiliengesellschaften sei jedoch mit jener der Beschwerdeführerin nicht vergleichbar, weil diese von Gewinn- und Kapitalsteuern befreit sei. Aus diesem Grund könne das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung nicht verletzt sein. Im Unterschied zur Beschwerdeführerin würden selbständig erwerbende ausserkantonale Liegenschaftenhändler in ihrem Wohnsitzkanton auch für das Vermögen bzw. Kapital und die Liegenschaftserträge (Mieterträge) besteuert. Eine "Überbesteuerung" der Beschwerdeführerin liege somit nicht vor.
4.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie agiere im Bereich ihres Immobilienportfolios wie ein Liegenschaftenhändler oder eine Immobiliengesellschaft. Diese könnten Gewinne und Verluste aus den Verkäufen von Immobilien miteinander verrechnen, so dass inner- und interkantonal nur deren Nettogewinne besteuert würden. Dieses Vorgehen sollte auch auf sie - die Beschwerdeführerin - Anwendung finden. Auch für sie müsse der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gelten, da sie bei allen Gewinnen aus der Veräusserung von Liegenschaften die Grundstückgewinnsteuer zu entrichten habe. Zwar handle es sich bei ihren Steuern nicht um die Einkommens- bzw. Gewinnsteuer, da sie in Bezug darauf grundsätzlich steuerbefreit sei. Art. 23 Abs. 4 StHG sehe eine Verlustverrechnung für Pensionskassen vor, um eine Überbesteuerung zu vermeiden. Unter dem Gesichtspunkt einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise sei die Grundstückgewinnsteuer ohne Weiteres mit der Gewinnsteuer einer Immobiliengesellschaft vergleichbar. Zudem würden solche Vorgänge im Kanton Zürich generell mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst. Dass sie - die Beschwerdeführerin - in anderen Sparten ihres Geschäfts von der Steuer befreit sei, ändere nichts, zumal das Immobilienportfolio von gewaltigem Umfang sei. Der Gesetzgeber habe diese Gewinne zwar besteuern wollen, spreche dabei aber von Mehrwerten aus der Veräusserung von Liegenschaften. Demnach solle ein Netto-Mehrwert besteuert werden. Der Gesetzgeber habe nicht gewollt, dass Gewinne von Vorsorgeeinrichtungen aus Liegenschaftsverkäufen unter ökonomisch schlechteren Bedingungen besteuert würden als bei den übrigen juristischen Personen.
Aufgrund des Hauptsteuerdomizils im Kanton Zürich und des Nebensteuerdomizils im Kanton St. Gallen liege ein interkantonaler Sachverhalt vor, was nicht ausgeblendet werden dürfe. Würden Verlustabzüge bereits im Nebensteuerdomizil verweigert, komme es zu einer Überbesteuerung und sei das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung nach <ref-law> verletzt.
Weil sich ihre Liegenschaften im Geschäftsvermögen befänden, sei sie als Pensionskasse gerade in den Kantonen mit dem dualistischen System als Sonderfall bei der Grundstückgewinnsteuer zu betrachten. Denn im Prinzip besteuere der Kanton St. Gallen nur die Gewinne aus Verkäufen im Privatvermögen - als Objektsteuer, aber mit der Möglichkeit der Ersatzbeschaffung und anderen Erleichterungen für natürliche Personen. Diese Erleichterungen seien auf sie - die Beschwerdeführerin - nicht anwendbar. Die Situation von natürlichen Personen mit Immobilien im Privatvermögen sei daher mit derjenigen einer rechnungslegungspflichtigen Personalvorsorgestiftung nicht zu vergleichen.
Es treffe nicht zu, dass Art. 80 Abs. 4 BVG den Regeln des StHG als lex specialis im Weg stehe. Gemäss Art. 23 Abs. 4 StHG solle eine Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit stattfinden, indem die Verlustverrechnung innerkantonal und interkantonal immer zu berücksichtigen sei.
5.
5.1. Streitig ist die Übernahme eines Verlusts aus der Veräusserung eines im gleichen Kanton gelegenen Grundstücks. Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin zur Verlustverrechnung im interkantonalen Verhältnis ist daher nicht einzugehen. Nachdem lediglich die innerkantonale Verlegung der Verluste zur Diskussion steht (vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 379 f.), ist eine Verletzung des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung nach <ref-law> zum vornherein ausgeschlossen.
5.2. Die Kantone sind frei, ob sie Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer oder nach dem monistischen System mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 382). Im dualistischen System, wie es Art. 12 Abs. 1 StHG vorsieht, erfasst der Gesetzgeber Grundstückgewinne juristischer Personen mit der Gewinnsteuer, während die Gewinne aus der Veräusserung von Grundstücken des Privatvermögens der Grundstückgewinnsteuer unterliegen (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 117). Im monistischen System nach Art. 12 Abs. 4 StHG fällt die Grundstückgewinnsteuer ungeachtet dessen an, ob Grundstücke des Privat- oder des Geschäftsvermögens veräussert wurden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 117).
5.3. Der Kanton St. Gallen erhebt die Grundstückgewinnsteuer nach dem dualistischen System, wie aus Art. 130 Abs. 1 StG/SG hervorgeht. Wäre die Beschwerdeführerin nicht steuerbefreit, würden ihre Grundstückgewinne mit der ordentlichen Gewinnsteuer erfasst, wobei Verluste mit Grundstückgewinnen verrechnet werden könnten (vgl. Art. 24 Abs. 4 StHG i.V.m. Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG). Weil Art. 23 Abs. 4 erster Satz StHG die Erhebung der Grundstückgewinnsteuer für Einrichtungen der beruflichen Vorsorge im Sinn von Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG ausdrücklich vorbehält, unterliegt die Beschwerdeführerin für ihre Grundstückgewinne aus dem Geschäftsvermögen im Kanton St. Gallen trotz des dort herrschenden dualistischen Systems nicht der Gewinnsteuer, sondern der Grundstückgewinnsteuer (vgl. auch Art. 80 Abs. 3 StG/SG und Art. 130 Abs. 2 lit. c StG/SG).
5.4. Die Grundstückgewinnsteuer ist eine Spezialeinkommenssteuer, die im Umfang ihres Steuerobjekts an die Stelle der ordentlichen Einkommens- bzw. Gewinnbesteuerung tritt. Die Verrechnung von Geschäftsverlusten mit dem Grundstückgewinn ist dem Wesen der Grundstückgewinnsteuer als Objektsteuer grundsätzlich fremd. Sofern ein Kanton derartige Verrechnungen zulässt, geschieht dies aufgrund des ihm im Rahmen der Steuerharmonisierung verbliebenen Spielraums nach kantonalem Recht (<ref-ruling> E. 3.5 S. 380; Urteil 2C_747/2010 vom 7. Oktober 2011 E. 5.2, in: ASA 80 S. 609, StR 67/2012 S. 48, StE 2012 B 44.13.7 Nr. 25).
5.4.1. Unter dem Einfluss der Rechtsprechung zur interkantonalen Verlustanrechnung haben mit Ausnahme des Kantons Zürich sämtliche Kantone mit monistischem System einen Verlustabzug bei der Grundstückgewinnsteuer eingeführt (Urteil 2C_689/2010 vom 4. April 2011 E. 4.5). Seit 2013 beabsichtigt auch der Kanton Zürich, seine gesetzliche Regelung in diesem Sinn anzupassen. Der Zürcher Regierungsrat hat dem Kantonsrat am 17. Dezember 2014 einen Entwurf für die Änderung des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) vorgelegt (vgl. Medienmitteilung des Regierungsrates des Kantons Zürich vom 8. Januar 2015, publiziert auf http://www.rr.zh.ch/internet/regierungsrat/de/aktuell.newsextern.-internet-de-aktuell-news-medienmitteilungen-2015-grundstueckgewinnsteuer.html, besucht am 13. Juni 2016).
5.4.2. Sodann haben mehrere Kantone mit dualistischem System die Verlustverrechnung bei Grundstückgewinnen steuerbefreiter juristischer Personen in ihren Steuergesetzen verankert (Kanton Aargau: § 14 Abs. 2 lit. b des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 [StG/AG; SAR 651.100]; Kanton Graubünden: Art. 41 Abs. 1 lit. c i.V.m. Art. 81 lit. e des Steuergesetzes vom 8. Juni 1986 für den Kanton Graubünden [StG/GR; BR 720.000]; Kanton Wallis: Art. 79 Abs. 3 i.V.m. Art. 27 des Steuergesetzes des Kantons Wallis vom 10. März 1976 [StG/VS; 642.1]; Kanton Waadt: Art. 90 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Waadt vom 4. Juli 2000 über die direkten kantonalen Steuern [LI/VD; 642.11]).
5.5. Der erwähnte Spielraum der Kantone hinsichtlich der Gewährung des Verlustabzugs bei der Grundstückgewinnsteuer (vgl. E. 5.4) gilt nur für steuerpflichtige juristische Personen. In Bezug auf steuerbefreite juristische Personen, welche der Grundstückgewinnsteuer unterliegen, verweist Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG auf Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG, wonach Verluste auf dem Geschäftsvermögen als geschäftsmässig begründete Kosten abgezogen werden (vgl. E. 3.2). Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG sagt ausdrücklich, dass der Verlustabzug nach Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG sinngemäss anzuwenden ist. "Sinngemäss" kann hier nur bedeuten, dass Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG auch für juristische Personen gilt, obwohl die Bestimmung im Titel "Steuerpflicht der natürlichen Personen" angesiedelt ist. Somit verpflichtet Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG i.V.m. Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG die Kantone, den Verlustabzug bei der Grundstückgewinnsteuer der (ansonsten) steuerbefreiten juristischen Personen vorzusehen. Die Bestimmung hat den einzigen Zweck, diese Personen den Regeln über den Verlustabzug zu unterstellen. Es handelt es sich bei Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG keineswegs um ein gesetzgeberisches Versehen. Die in der Lehre geäusserte Ansicht, die Bestimmung sei auf die Gewinnsteuer ausgerichtet und im System der Objektsteuer mache die Anwendung der Bestimmungen über Abschreibungen, Rückstellungen und den Verlustabzug keinen Sinn (vgl. MARCO GRETER, in: Zweifel/Athanas [Hrsg.], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2. Aufl. 2002, N. 46 zu Art. 23 StHG), greift zu kurz:
5.5.1. Der Wortlaut von Art. 23 Abs. 4 StHG legt gerade nicht nahe, dass die erwähnten Verweise auf die Gewinnsteuer zugeschnitten sind, denn diesfalls wären diese obsolet. Der inhaltliche Zusammenhang zwischen Grundstückgewinnsteuer und Anwendung der Verlustanrechnung in Art. 23 Abs. 4 StHG ergibt sich auch daraus, dass die beiden Sätze dieser Bestimmung von Beginn an in der heutigen Form redigiert waren (vgl. Art. 26 Abs. 4 E-StHG, in: Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBl 1983 III 1, hier 299). In der Erläuterung zu dieser Bestimmung wird ausdrücklich gesagt, sie gelte "nicht nur für Einrichtungen der beruflichen Vorsorge, sondern für alle unter den Buchstaben d-g von Absatz 1 erwähnten juristischen Personen" (BBl 1983 II 110). Die Auffassung der Vorinstanz, wonach der Verweis auf Art. 10 Abs. 1 lit. c StHG nicht einschlägig und der Verlustabzug nicht zu gewähren sei, würde dazu führen, dass dieser Verweis hinfällig und Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG insofern seines Anwendungsbereichs beraubt würde.
5.5.2. Für jene Kantone, die - wie der Kanton St. Gallen - das dualistische System kennen, ist die Erfassung des Grundstückgewinns einer juristischen Person mit der Grundstückgewinnsteuer ohnehin systemfremd. Auf kantonaler Ebene ist eine steigende Tendenz auszumachen, den Verlustabzug bei der Grundstückgewinnsteuer für steuerbefreite juristische Personen zuzulassen (vgl. E. 5.4.1 und 5.4.2). Die Regelung in Art. 23 Abs. 4 zweiter Satz StHG, welche für die steuerbefreiten Vorsorgeeinrichtungen im Sinn von Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG die Grundstückgewinnbesteuerung vorbehält und gleichzeitig die Verlustanrechnung vorschreibt, ist also keineswegs systemwidrig, sondern fügt sich im Gegenteil folgerichtig in das auch für die übrigen juristischen Personen geltende System ein.
5.6. Art. 80 Abs. 4 BVG ist im vorliegenden Zusammenhang nicht massgeblich. Der erste Satz dieser Bestimmung erlaubt lediglich, Mehrwerte, d.h. Gewinne aus der Veräusserung von Liegenschaften aus dem Vermögen der Vorsorgeeinrichtungen entweder mit der allgemeinen Gewinnsteuer oder mit einer speziellen Grundstückgewinnsteuer zu erfassen. Der zweite Satz von Art. 80 Abs. 4 BVG ist hier nicht einschlägig, weil es nicht um eine Fusion oder Aufteilung geht. Somit kann aus dem Urteil 2C_340/2011 vom 1. Februar 2012 E. 2.4 nichts zulasten oder zugunsten der Beschwerdeführerin abgeleitet werden. Gemäss der Botschaft vom 19. Dezember 1975 zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BBl 1976 I 149) entsprach Art. 76 E-BVG - der (mit einer redaktionellen Änderung) Gesetz gewordene Art. 80 BVG - dem (damaligen) Entwurf zum StHG (BBl 1976 I 214). Die Art. 80 Abs. 2 und 4 BVG wurden denn auch in Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG und Art. 23 Abs. 4 erster Satz StHG übernommen. Art. 80 BVG enthält Grundsätze zur steuerlichen Behandlung der beruflichen Vorsorge, aber keine Regeln zur Ausgestaltung der betreffenden Steuern. Deswegen kann daraus, dass Verlustabzüge in Art. 80 Abs. 4 BVG "nicht vorgesehen" seien, kein Schluss gezogen werden.
5.7. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz die Verrechnung des Verlusts aus dem Verkauf der Liegenschaft H._strasse 64 in U._ mit dem Gewinn aus dem Verkauf der Liegenschaft I._strasse 16 in St. Gallen zu Unrecht verneint hat.
Im St. Gallischen Steuerrecht sind lediglich bei Teilveräusserung eines Grundstücks Verluste aus früheren Teilveräusserungen als Aufwendungen an die Anlagekosten anrechenbar (Art. 137 Abs. 1 lit. g StG/SG). Eine Anrechnung von Verlusten aus der Veräusserung anderer Grundstücke ist nicht vorgesehen. Indessen ist, wie dargelegt, die Verlustverrechnung bei einer steuerbefreiten juristischen Person im Sinn von Art. 23 Abs. 1 lit. d StHG harmonisierungsrechtlich vorgeschrieben. Sie ist daher von Bundesrechts wegen anzuordnen, auch wenn eine kantonale gesetzliche Grundlage fehlt (vgl. Art. 72 Abs. 2 StHG).
6.
6.1. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben, und die Sache ist an das Kantonale Steueramt St. Gallen zurückzuweisen, damit dieses nach Vornahme des Verlustabzugs und Berechnung der Grundstückgewinnsteuer die Beschwerdeführerin für den Gewinn aus dem Verkauf der Liegenschaft I._strasse 16 in St. Gallen erneut veranlage.
6.2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'500.-- sind dem unterliegenden Kanton St. Gallen, um dessen Vermögensinteresse es geht, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton St. Gallen hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche und das vorinstanzliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 21. Oktober 2014 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinn der Erwägungen an das Kantonale Steueramt St. Gallen zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'500.-- werden dem Kanton St. Gallen auferlegt.
3.
Der Kanton St. Gallen hat der Beschwerdeführerin für die Verfahren vor dem Bundesgericht und vor der Vorinstanz eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juli 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner