Faits :
A.
X._ est immatriculée auprès de la Haute école supérieure de Suisse occidentale (ci-après: la HES-SO ou la haute école) dans la filière de Master of Science en Business Administration, orientation "Entrepreneurship". Le 24 janvier 2015, elle a échoué aux examens de deux modules spécifiques d'orientation, à savoir "Entrepreneurial Finance" et "Project Marketing Inventions & Field Work". Elle a contesté sans succès la note attribuée au second module.
Par courriels des 16 et 17 avril 2015, le secrétariat de la HES-SO a fait savoir à X._ qu'elle disposait de deux possibilités pour se représenter aux examens de ces deux modules: la répétition ordinaire des modules l'année académique suivante (avec suivi des cours) ou la répétition accélérée au cours de la semaine du 31 août 2015 (révision des cours par l'étudiant). Ces messages précisaient par ailleurs que la répétition accélérée devait faire l'objet d'une demande expresse de l'étudiant, présentée au moyen du formulaire "Répétition immédiate", et que la répétition ordinaire s'appliquait de manière automatique en l'absence de réponse au 30 mai 2015.
Après de nombreux échanges de courriels avec le responsable de l'orientation de la HES-SO au sujet de la répétition accélérée (rappelant à X._ qu'elle devait produire le formulaire "Répétition immédiate" si elle souhaitait s'inscrire à la répétition accélérée des modules, attirant son attention sur différents manquements quant aux formulaires remplis de façon incorrecte et lui octroyant un délai supplémentaire au 22 juin 2015 pour fournir des formulaires dûment complétés et signés), l'intéressée a rempli les formulaires d'inscription ad hoc relatifs à celle-ci.
Le 18 juin 2015, le responsable de la filière de Master of Sciences HES-SO en Business Administration et celui de l'orientation ont précisé à X._ la forme et la durée des examens prévus en septembre 2015: l'examen du module "Entrepreneurial Finance" durait habituellement 150 minutes; son contenu était directement issu des cours donnés (éléments/matières/contenus) dans le cadre de ce module durant le 3e semestre; il serait semblable en termes de forme à l'examen initial; en ce qui concernait le "Project Marketing Inventions & Field Work", le travail à réaliser devrait l'être sur deux jours durant les heures habituelles des cours. Par courriel du 23 juin 2015, l'intéressée a réaffirmé sa décision de répéter les deux modules concernés de manière accélérée. Le 5 août 2015, les dates des examens, à savoir le 2 septembre 2015 pour le module "Entrepreneurial Finance" et les 3 et 4 septembre 2015 pour le module "Project Marketing Inventions & Field Work" lui ont été communiquées. Entre le 5 août et le 1er septembre 2015, X._ a adressé divers courriels au responsable de l'orientation, visant à négocier, voire à repousser les dates des examens de répétition.
A la suite d'un incident survenu dans la matinée du 2 septembre 2015, l'intéressée s'est présentée à l'examen prévu à cette date avec un certificat médical, tout en se déclarant apte à le passer l'après-midi au lieu du matin.
X._ ayant obtenu la note de 3.3 pour le module "Entrepreneurial Finance" et de 3.0 pour le module "Project Marketing Inventions & Field Work", la HES-SO a prononcé, le 17 septembre 2015, l'échec définitif de celle-ci et son exclusion de la filière du Master of Science en Business Administration. Par décision sur réclamation du 15 octobre 2015, la HES-SO a confirmé l'échec définitif de X._. Le Rectorat de la HES-SO a rejeté le recours de l'intéressée, en date du 17 mai 2016.
B.
Par arrêt du 30 décembre 2016, la Commission intercantonale de recours HES-SO (ci-après: la Commission de recours) a également rejeté le recours de X._. Elle a retenu en substance que celle-ci avait librement et clairement choisi de repasser les modules concernés de manière accélérée; les modalités des examens selon la voie accélérée étaient décrites sur le site intranet de la haute école et les formulaires d'inscription que l'intéressée avait valablement remplis, de sorte que X._ ne pouvait exciper du principe de la bonne foi; les explications et informations fournies lui avaient permis de comprendre les erreurs et lacunes de ses examens avec pour conséquence que le droit d'être entendu n'avait pas été violé; finalement, X._ avait elle-même proposé de passer l'examen du 2 septembre 2015, malgré un certificat médical valable pour la journée.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, "accessoirement" du recours constitutionnel subsidiaire, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision du 30 décembre 2016 du Rectorat de la HES-SO (recte: de la Commission de recours) et, en conséquence, les décisions précédentes dont la décision sur réclamation du 15 octobre 2015, dans la mesure où celle-ci confirme son élimination du cursus de Master of Science en Business Administration, d'annuler les évaluations obtenues aux modules "Entrepreneurial Finance" et "Project Marketing Inventions & Field Work", de dire qu'elle reste immatriculée dans la filière susmentionnée et de lui accorder la possibilité de repasser les modules précités, puis de présenter son travail de master, d'obtenir une réévaluation de ses notes pour ces modules par les experts du corps professoral, d'obtenir les évaluations pour le module de travail de master et le module de "Research method II"; subsidiairement, d'admettre le recours et de renvoyer la cause à l'autorité intimée pour une nouvelle décision dans le sens des considérants; en tout état de cause, de lui allouer une indemnité de dépens de 3'500 fr. pour les frais de la procédure antérieure. Elle sollicite en outre l'assistance judiciaire et la dispense de l'avance de frais.
La HES-SO, son Rectorat, ainsi que la Commission de recours concluent au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. t LTF qui prévoit que le recours en matière de droit public n'est pas ouvert à l'encontre des décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession. En effet, bien que l'échec définitif découle des notes insuffisantes obtenues par l'intéressée dans deux modules et résulte donc d'une évaluation des aptitudes intellectuelles ou physiques (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 44 et les arrêts cités) de celle-ci, les griefs ne concernent pas cette évaluation mais, notamment, le droit d'être entendu de la recourante, ainsi que la légalité de la procédure de "répétition accélérée" des examens.
Le présent recours remplit au surplus les conditions des art. 42 et 82 ss LTF. La décision attaquée a en particulier été rendue par une autorité judiciaire intercantonale supérieure instaurée à l'art. 35 al. 1 de la Convention intercantonale du 26 mai 2011 sur la Haute école spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO; cf. art. 191b al. 2 Cst.), qui statue en dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; cf. arrêt 2C_934/2016 du 13 mars 2017 consid. 1.2). Le recours est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public, ce qui entraîne l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (cf. <ref-law> a contrario).
1.2. Cependant, la conclusion tendant à l'annulation des décisions des 17 septembre et 15 octobre 2015 de la HES-SO et de celle du 17 mai 2016 du Rectorat de la HES-SO est irrecevable, en raison de l'effet dévolutif du recours auprès de la Commission de recours, dont l'arrêt se substitue aux prononcés antérieurs (art. 54 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS 172.021] applicable par le renvoi de l'art. 35 al. 2 de la Convention intercantonale; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 543).
En outre, dans la mesure où la recourante conclut, parallèlement à l'annulation de l'arrêt attaqué confirmant son échec définitif et son exmatriculation, à ce que le Tribunal fédéral dise qu'elle reste immatriculée dans la filière de Master of Science en Business Administration, elle forme une conclusion constatatoire qui est irrecevable, compte tenu du caractère subsidiaire de ce type de conclusions (<ref-ruling> consid. 1.7 p. 123).
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, y compris les droits de nature constitutionnelle et le droit intercantonal (art. 95 let. a et e LTF; <ref-law>) qui comprend les conventions intercantonales (art. 48 al. 1 Cst.) et les normes juridiques édictées par les organisations intercantonales ou les institutions mises en place par les accords intercantonaux (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 439 s.).
Toutefois, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>). Cette disposition reprend le principe d'allégation selon lequel l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232). Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux. Le Tribunal fédéral n'a pas à vérifier de lui-même si l'acte entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 314 et les arrêts cités).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377). Lorsque la partie recourante entend s'en prendre aux faits ressortant de l'arrêt entrepris, elle doit établir de manière précise la réalisation de ces conditions. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
En tant que la recourante présente et complète dans son mémoire de recours les faits constatés dans l'arrêt attaqué sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, notamment quant à sa capacité à passer l'examen du 2 septembre 2015, les éléments qu'elle avance ne seront pas pris en considération. Le Tribunal fédéral statuera donc sur la base des faits retenus dans l'arrêt entrepris.
3.
Selon la recourante, son droit d'être entendue aurait été violé en ce qu'elle n'a pas pu comprendre les motifs ayant guidé l'appréciation de ses examens; elle n'aurait notamment pas saisi les raisons pour lesquelles son niveau d'anglais et de marketing ont été jugés comme étant insuffisants.
3.1. L'autorité précédente a correctement exposé le droit applicable (art. 29 al. 2 Cst.) et la jurisprudence y relative (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 564; en matière d'examens, cf. arrêt 2D_17/2013 du 21 août 2013 consid. 2.1), de sorte qu'il y est renvoyé.
3.2. Dans son arrêt du 30 décembre 2016, la Commission de recours a relevé que la décision du 15 octobre 2015 de la HES-SO répondait point par point aux griefs soulevés par la recourante à l'égard de l'appréciation des examens en cause et que, si ces explications étaient succinctes, elles permettaient de comprendre les motifs de la décision rendue. En outre, la recourante avait pu bénéficier de précisions orales et écrites (courriels) des responsables de la formation et consulter les copies de ses évaluations qui contenaient des remarques annotées apposées par les examinateurs, ainsi que les points obtenus pour chaque question. L'intéressée avait finalement pu prendre connaissance, avec l'assistance de son avocat, de son "dossier pédagogique".
3.3. Cette motivation est effectivement très générale; elle ne porte pas sur des points particuliers, tels le niveau d'anglais et de marketing de la recourante. Ceci étant, il est observé que ce n'est que dans son recours devant le Tribunal fédéral que l'intéressée se plaint plus spécifiquement du manque de motivation concernant ces deux éléments: elle ne les avait pas soulevés dans son écriture déposée devant la Commission de recours, qui n'avait donc pas à les traiter plus particulièrement.
Quant au Tribunal fédéral, il doit entrer en matière sur des nouveaux griefs constitutionnels invoqués pour la première fois devant lui, si l'autorité précédente disposait d'un plein pouvoir d'examen et devait appliquer le droit d'office; ceci pour autant que le grief soit suffisamment motivé (cf. consid. 2.1) et qu'il puisse être tranché sur la base de l'état de fait retenu par l'autorité précédente; sont réservées les situations relevant de la mauvaise foi: le Tribunal fédéral ne doit pas entrer en matière lorsque la partie recourante invoque pour la première fois la violation d'une garantie de procédure dont elle pouvait se prévaloir dans la procédure antérieure (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 155). En l'espèce, il est constaté que l'intéressée, dans son recours déposé devant la Commission de recours, se contentait de se plaindre d'une violation de l'art. 29 Cst. pour défaut de motivation et du fait que la décision sur réclamation du 15 octobre 2015 ne répondait "qu'évasivement aux problématiques soulevées"; le mémoire ne contenait donc qu'un grief pour le moins évasif et peu étayé; il ne mentionnait à aucun moment que la recourante ne comprenait pas l'évaluation opérée quant à son niveau d'anglais et de marketing. En conséquence, l'arrêt attaqué ne retient aucun fait quant à ces éléments et le Tribunal fédéral n'est donc pas à même de se prononcer sur ces questions. Au demeurant, on peut se demander si le fait d'invoquer un défaut de motivation sur des points spécifiques des examens seulement devant le tribunal de céans, alors que, comme susmentionné, le défaut de motivation n'était allégué que de façon sommaire devant la Commission de recours, n'est pas contraire au principe de la bonne foi. Partant, le grief de défaut de motivation est rejeté.
4.
4.1. La recourante se plaint de "l'illicitée de la répétition accélérée", ainsi que de la "Modularité et exigences réglementaires de systémique et de transparence non respectées". Elle soutient que cette forme de répétition et le descriptif des examens passés selon cette méthode ne sont prévues dans aucun document normatif, ce qui violerait le principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst.).
4.2. Il est douteux que l'argumentation présentée par la recourante réponde aux exigences découlant de l'<ref-law> (cf. consid. 2.1). Celle-ci ne fait, en effet, que mentionner le principe de la légalité sans exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi consiste ledit principe. De plus, l'argumentation est confuse et peu précise. Elle ne cite par exemple pas l'art. 23 al. 3 du règlement du 15 juillet 2014 sur la formation de base (bachelor et master) en HES-SO (disponible sur le site internet de la HES-SO: www.hes-so.ch) qui traite de la répétition d'examens et qui autorise l'autorité d'exécution à prévoir des modalités d'évaluation d'examens différentes en cas de répétition. Quoi qu'il en soit, la question de la motivation suffisante ou non du grief peut rester ouverte, celui-ci devant être rejeté pour la raison qui suit.
4.3. Il n'est pas contesté que la recourante devait repasser deux examens. Selon l'arrêt attaqué, la HES-SO lui a fait savoir, par courriels des 16 et 17 avril 2015, qu'elle disposait de deux possibilités pour se représenter aux examens de ces deux modules: la répétition ordinaire des modules l'année académique suivante (avec suivi des cours) ou la répétition accélérée au cours de la semaine du 31 août 2015 (révision des cours par l'étudiant). Ces messages précisaient par ailleurs que la répétition accélérée devait faire l'objet d'une demande expresse de l'étudiant, présentée au moyen du formulaire " Répétition immédiate ", alors que la répétition ordinaire s'appliquerait de manière automatique en l'absence de réponse au 30 mai 2015. Puis, de nombreux courriels ont été échangés entre la recourante et le responsable de l'orientation de la HES-SO à propos, d'une part, des modalités d'inscription à la répétition accélérée des modules et, d'autre part, de la forme et de la durée des examens selon ce mode de répétition, ainsi que de la matière sur laquelle ils porteraient. Par courriel du 23 juin 2015, l'intéressée a réaffirmé sa décision de répéter les modules "Entrepreneurial Finance" et "Project Marketing Inventions & Field Work" de manière accélérée.
Force est donc de constater que la HES-SO a spontanément présenté à la recourante les possibilités qui s'offraient à elle, afin de se représenter aux examens des modules auxquels elle avait échoué, à savoir les méthodes ordinaire et accélérée. De plus, le responsable de l'orientation lui a fourni des renseignements sur la forme, la durée et le contenu des examens. Celui-ci a encore répondu, par la suite, à la recourante qui avait des questions par rapport au déroulement (fond, forme) de ces examens. C'est donc en connaissance de cause que la recourante a choisi la méthode accélérée et qu'elle a décidé de s'inscrire aux modules qu'elle devait repasser selon ladite méthode en remplissant les formulaires ad hoc. Ce n'est qu'après avoir obtenu des notes insuffisantes à ses examens auxquels elle se présentait pour la seconde fois que la recourante a critiqué la méthode accélérée. En outre, il est constaté que la HES-SO entendait accorder des facilités à l'intéressée, dans la mesure où celle-ci ne devait pas, en choisissant ladite méthode, attendre la fin de la nouvelle année académique pour se représenter aux examens auxquels elle avait échoué. Dans de telles circonstances, il est manifestement contraire au principe de la bonne foi, comme l'exprime l'adage venire contra factum proprium, de se plaindre d'une éventuelle violation du principe de la légalité. Pareille attitude ne mérite pas de protection judiciaire (art. 5 al. 3 Cst.; <ref-ruling> consid. 3 p. 313) et prive la recourante du droit de saisir le Tribunal fédéral pour violation du principe de la légalité.
5.
5.1. La recourante invoque "l'illicité d'une non évaluation de travail de thèse et RMII dans le cadre d'un échec définitif et d'une exclusion de filière". Elle estime, à cet égard, qu'elle aurait dû être autorisée à présenter son travail de master; elle se base, à cet égard, sur les art. 18 à 22 du règlement du Master of Science HES-SO en Business Administration dans sa version du 14 juillet 2015 (disponible sur le site internet de la HES-SO).
5.2. Devant le Tribunal fédéral, l'objet du litige, délimité par les conclusions des parties (<ref-law>), ne peut excéder l'objet de la contestation qui est déterminé par l'arrêt attaqué (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156 et les références citées); par conséquent, le litige peut être réduit, mais ne saurait être ni élargi, ni transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité précédente.
La Commission de recours a jugé que seuls les modules "Entrepreneurial Finance" et "Project Marketing Inventions & Field Work" constituaient l'objet de la contestation et qu'en conséquence un grief relatif à la présentation du travail de master, qui n'avait pas été soulevé devant les instances inférieures, ne pouvait être examiné. Le présent litige peut donc porter uniquement sur la répétition des deux examens susmentionnés. En s'attaquant au fait qu'elle n'ait pas pu présenter son travail de master, la recourante formule un grief qui va au-delà. Partant, il ne sera pas entré en matière sur celui-ci.
6.
La recourante fait encore référence à l' "Obligation de l'étudiant de se tenir au courant", ainsi qu'à la prétendue invalidité de son inscription aux examens selon la méthode accélérée. Or, elle ne mentionne à cet égard aucune disposition de droit intercantonal dont elle invoquerait la violation. En conséquence, ces griefs ne sont pas motivés conformément aux exigences en la matière et ils ne seront pas traités (cf. consid. 2.1).
7.
Au regard de ce qui précède, le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Elle a demandé l'assistance judiciaire et l'exemption de l'avance de frais; le recours se révélant d'emblée dénué de chances de succès, l'intéressée ne saurait bénéficier de l'assistance judiciaire partielle (<ref-law>). Toutefois, sa situation peut justifier que le montant des frais judiciaires soit réduit. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Rectorat de la HES-SO, à la Haute école HES-SO et à la Commission intercantonale de recours HES-SO.
Lausanne, le 17 juillet 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon