Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a notamment condamné W._ pour escroquerie, gestion déloyale aggravée et blanchiment d'argent répété et aggravé, U._, Y._ et X._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé, Z._ pour escroquerie et V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à diverses peines privatives de liberté allant de 36 à 52 mois et à différentes peines pécuniaires avec sursis. Il a acquitté U._, Y._, X._, V._ et Z._ de gestion déloyale et classé la procédure s'agissant de A._ (en raison de son décès).
Le TPF a en outre prononcé différentes créances compensatrices à l'encontre des prévenus condamnés et de la communauté héréditaire de feu A._ allant de 20'000 fr. à 383'646'706 fr. et mis une part des frais à la charge de chacun des prévenus. Il leur a également alloué différents montants à titre de dépens.
Le TPF a déclaré qu'aucun objet ou valeur patrimoniale n'était restitué en rétablissement des droits du lésé au sens de l'art. 70 al. 1 i.f. CP, prononcé la confiscation de différents montants sur divers comptes, maintenu (en vue de l'exécution de l'une ou l'autre des créances compensatrices) et levé différents séquestres.
B.
Les faits utiles pour l'examen du recours ressortant du jugement sont les suivants.
B.a. La société Mostecka Uhelna Spolecnost A.S (ci-après: MUS) était une société minière tchèque active dans la production et la distribution d'énergie charbonnière produite dans le bassin houiller de la Bohême septentrionale, autour de la ville de Most. Elle a été constituée le 1 er novembre 1993 (numéro d'identification www) par la réunion de trois anciennes entreprises d'Etat tchèques et inscrite le même jour au Registre du commerce, avec siège à Most et un capital social de 8'835'898'000 CZK divisé en 8'835'898 actions (1'502'102 actions nominatives et 7'333'796 actions au porteur) ayant chacune une valeur nominale de 1'000 CZK. Son unique fondateur était le Fonds du Patrimoine national de la République tchèque (ci-après: FNM, organisme chargé de gérer les participations de l'Etat tchèque, notamment leur transfert à des personnes privées ou à des entités publiques), lequel a libéré la totalité du capital social le 1 er novembre 1993, notamment par l'apport de biens matériels énumérés dans l'acte de fondation de MUS. Le capital social de 8'835'898'000 CZK correspondait au prix (dont l'estimation est citée dans le projet de privatisation) des biens mobiliers et d'autres biens des anciennes sociétés nationales mentionnés dans l'acte de fondation. Au jour de sa création, MUS était ainsi détenue exclusivement par l'Etat tchèque. Par la suite, le FNM a cédé 1'585'644 actions au porteur (représentant un total d'environ 17,94% du capital social) à près de 100'000 personnes physiques dans le cadre d'une privatisation dite «par coupons»; il a également cédé 2'100'183 actions au porteur (représentant un total d'environ 23.76% du capital social) à 132 fonds d'investissement. Jusqu'en février 1998, MUS était majoritairement détenue par des entités publiques tchèques. En effet, 46,29% des actions (4'089'763 actions) étaient encore détenus par l'Etat tchèque via le FNM et 8,88% (795'230 actions) par diverses villes et communes tchèques.
En substance, entre fin 1996 et mai 1998, W._, X._, A._, tous trois membres du conseil d'administration de MUS, U._ et Y._ sont parvenus à s'emparer de la quasi-majorité des actions MUS, payées grâce aux liquidités qui avaient été détournées de MUS au travers d'un contrat de crédit signé avec D._ le 2 janvier 1997, société tchèque appartenant à W._ et Y._ et dirigée par ceux-ci et U._.
Entre le printemps 1998 et août 1999, W._, X._, A._, U._ et Y._, avec l'aide de V._ et de Z._, ont fait croire à l'Etat tchèque qu'un investisseur étranger de renom, soit le groupe E._1, avait acquis la majorité des actions MUS au moyen de ses propres deniers et souhaitait acquérir la part de 46,29% appartenant au FNM, toujours grâce à ses propres deniers, incitant dit Etat à vendre ses 46,29% d'actions qui plus est à vil prix. En réalité, W._, X._, A._, U._ et Y._ étaient les véritables titulaires de la majorité des actions qu'ils avaient acquises grâce aux fonds versés par MUS elle-même (sur la base du contrat du 2 janvier 1997) et c'était eux qui cherchaient à s'emparer de la part du FNM qu'ils allaient payer à nouveau au moyen de fonds détournés de MUS. Fondé sur sa fausse représentation de la réalité, l'Etat tchèque a accepté de vendre, le 28 juillet 1999, sa part de 46,29% des actions MUS au prix de 650 mio CZK, soit un prix bien inférieur à sa valeur réelle, subissant de la sorte un dommage estimé à 97'336'600 francs.
Entre le 8 décembre 1998 et le 30 avril 2002, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ sont parvenus à s'emparer d'un montant de 150 mio USD, au travers de la société DDD._ et de nombreuses autres sociétés-écrans, provenant des liquidités de MUS qu'ils ont utilisé dans leur unique intérêt, soit pour le reverser à MUS en remboursement du prêt du 2 janvier 1997 en faveur de D._ (à hauteur de 2'343'829'703 CZK, valeur 63'751'700 USD), payer le prix d'achat de la part de 46,29% des actions MUS appartenant à la République tchèque (à hauteur de 650'000'000 CZK, valeur 18'835'100 USD) et s'approprier le solde (63'563'200 USD) au travers de nombreuses sociétés-écrans.
Après que les prévenus ont pu réunir 97,66% des actions MUS en leurs mains, ils ont procédé à la fusion par absorption de MUS qui a été radiée du Registre du commerce tchèque. La société issue de la fusion a été nommée MUS_2. Ils ont ensuite procédé à une seconde fusion qui a conduit à la radiation de MUS_2 et à la création de MUS_3.
B.b. En date du 21 novembre 2011, la République tchèque a requis sa constitution en tant que partie plaignante dans la procédure, demandant une restitution du délai prévu pour ce faire. Par décision du 19 novembre 2011, la Cour des affaires pénales du TPF a rejeté la requête de restitution de délai de la République tchèque, faute pour elle d'invoquer un empêchement valable de procéder, et déclaré la demande en constitution de partie plaignante irrecevable, parce que tardive: la loi prévoyait la constitution de partie plaignante avant la clôture de la procédure préliminaire, ce dont avait été maintes fois informée la République tchèque, depuis 2006. Le recours interjeté par la République tchèque auprès de la Cour des plaintes du TPF contre la décision du 19 décembre 2011 a été rejeté.
En date du 19 mars 2012, la République tchèque a présenté une requête de participation à la procédure en qualité de lésée. La Cour des affaires pénales du TPF a déclaré cette requête irrecevable par décision du 27 mars 2012. La Cour des plaintes du TPF a rejeté le recours interjeté par la République tchèque par décision du 26 septembre 2012.
Le 24 avril 2013, la République tchèque a adressé à la Cour des affaires pénales du TPF un mémoire intitulé " Requête de restitution ", concluant principalement à la " restitution en sa faveur " des valeurs patrimoniales saisies. Par décision du 6 mai 2013, la Cour des affaires pénales du TPF a déclaré cette requête irrecevable et l'a retournée, avec les pièces annexées, à son expéditrice. Le 21 mai 2013, la République tchèque a formé recours contre cette décision tant auprès du Tribunal fédéral que de la Cour des plaintes du TPF. La Cour des plaintes a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité par décision du 26 septembre 2013. Le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours par arrêt du 12 novembre 2013 (1B_199/2013).
C.
La République tchèque forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement au constat de la violation de son droit d'être entendue, à l'annulation du refus de la restitution au lésé, à l'annulation du prononcé des confiscations, des créances compensatrices, de la levée et du maintien des saisies et au renvoi à la Cour des affaires pénales pour instruction et nouvelle décision sur la restitution à la République tchèque dans le sens des considérants, le TPF étant enjoint d'admettre la participation de cette dernière dans la procédure avant nouvelle décision, dans la mesure nécessaire à l'exercice de son droit à la restitution. Subsidiairement, la République tchèque conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme du jugement attaqué en ce sens que la restitution en sa faveur des valeurs patrimoniales séquestrées est ordonnée à concurrence d'un montant total correspondant au prix de vente à l'investisseur final en 2005 ou 2006 des titres ayant remplacé les actions de la République tchèque dans la société MUS représentant 46,29% du capital de cette société, diminué du prix de vente reçu par la République tchèque mais au moins 8'608'000'000 CZK ou sa contre-valeur en quelque monnaie que ce soit au taux de change du jour de la décision de restitution.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé se référant à son jugement cependant que le Ministère public de la Confédération s'en est remis à justice.

Considérant en droit :
1.
1.1. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée.
Conformément à la jurisprudence, le lésé qui requiert la restitution au sens de l'art. 70 al. 1 i.f. CP (art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP) a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision qui statue sur cette question (arrêt 6B_344/2007 du 1er juillet 2008 consid. 1.4 et les références citées).
Indépendamment de sa qualité pour recourir sur le fond, celui qui se prétend lésé par une infraction peut invoquer la violation de droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40 et les références citées). Il ne peut invoquer que la violation de règles de procédure destinées à sa protection. Par exemple, il peut faire valoir que son recours a été déclaré à tort irrecevable, qu'il n'a pas été entendu, qu'on ne lui a pas donné l'occasion de présenter ses moyens de preuve ou qu'il n'a pas pu prendre connaissance du dossier.
1.2. En l'occurrence, la recourante se plaint principalement de ce que le TPF ne lui a pas reconnu le droit de participer à la procédure dans la mesure nécessaire pour lui permettre d'établir son droit à la restitution fondé sur l'art. 70 al. 1 i.f. CP et de ne pas avoir ordonné cette restitution en sa faveur. Elle remplit donc les conditions de l'art. 81 al. 1 let. a et b CP et sa qualité pour recourir doit lui être reconnue dans cette mesure.
2.
Se fondant sur les art. 29 al. 2 Cst. et 3, 105 et 107 CPP, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue dans la mesure où le TPF lui a refusé de participer à la procédure.
2.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 53 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 564).
2.2. L'<ref-law> désigne les parties à la procédure pénale, soit le prévenu, la partie plaignante et le ministère public lors des débats ou dans la procédure de recours. Quant à l'<ref-law>, il énumère les " autres participants à la procédure ", parmi lesquels figurent les lésés (let. a). Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des autres participants sont directement touchés dans leurs droits, la qualité de partie leur est reconnue dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de leurs intérêts.
Alors que les parties au sens de l'<ref-law> peuvent se prévaloir sans condition des droits procéduraux conférés par le CPP, les autres participants doivent donc établir qu'ils sont directement atteints dans leurs droits, exception étant faite lorsque des tiers sont touchés par des mesures de contrainte. Pour que le participant se voie reconnaître la qualité de partie en application de l'<ref-law>, il faut que l'atteinte à ses droits soit directe, immédiate et personnelle, une atteinte de fait ou indirecte n'étant pas suffisante (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 282 s.).
2.3. Les faits litigieux se sont déroulés entre décembre 1996 et 2007. La confiscation et la restitution au lésé étaient réglées, jusqu'au 31 décembre 2006, à l'art. 59 ch. 1 aCP, disposition qui n'a subi, lors de l'entrée en vigueur au 1 er janvier 2007 de la modification de la partie générale du code pénal, que des changements sans pertinence du point de vue de la lex mitior (cf. <ref-law>). C'est par conséquent l'art. 59 ch. 1 aCP qui s'applique aux actes commis avant le 1 er janvier 2007 puis l'<ref-law> pour les actes postérieurs.
Conformément à la jurisprudence, le lésé dispose d'un droit à la restitution fondé sur l'art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP (art. 70 al. 1 i.f. CP), dans la mesure où les conditions de cette disposition sont remplies (arrêt 6B_344/2007 précité consid. 1.4). Par conséquent, le lésé qui prétend à la restitution fondé sur cette disposition est susceptible d'être atteint de manière directe, immédiate et personnelle dans la procédure dans laquelle cette question est examinée. En application de l'<ref-law>, la qualité de partie doit lui être reconnue dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses intérêts. En l'occurrence, au vu des différentes décisions prises en cours de procédure, le TPF n'a pas autorisé la République tchèque à participer à la procédure en cause. Toutefois, dès lors qu'elle faisait valoir un droit à la restitution au sens de l'art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP (art. 70 al. 1 i.f. CP) et que la qualité de lésée ne pouvait pas d'emblée et à l'évidence être déniée, elle aurait dû être autorisée à participer à la procédure et à s'exprimer dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses intérêts en application de l'art. 105 al. 1 et 2 CPP. C'est ainsi à tort que le TPF l'a exclue de la procédure en cause, violant son droit d'être entendue.
3.
3.1. Il convient par conséquent d'annuler le jugement attaqué dans la mesure où il refuse la restitution au lésé au sens de l'art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP (art. 70 al. 1 i.f. CP) à la République tchèque (ch. VIII du dispositif attaqué). Le dossier sera renvoyé au TPF pour qu'il statue à nouveau sur la question de la qualité de lésé et de la restitution, au terme d'une procédure respectant le droit d'être entendue de la République tchèque dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses intérêts, en particulier son droit de consulter le dossier, de participer à la procédure et de s'exprimer. Dès lors que l'entier du procès s'est déjà déroulé et au vu des particularités de la présente affaire, le TPF pourra, pour des motifs d'économie de procédure, traiter cette question dans le cadre d'une procédure ultérieure indépendante au sens des <ref-law>.
Il y a lieu d'annuler le jugement en tant qu'il lève les saisies sur certains montants déposés sur différents comptes (chiffre XI du dispositif attaqué). Il incombera au TPF d'examiner si ces séquestres se justifient ou non au vu des prétentions émises par la République tchèque.
3.2. La recourante conclut également à l'annulation du jugement en ce qu'il prononce la confiscation. Selon l'art. 59 ch. 1 al. 4 aCP (<ref-law>), la décision de confiscation doit faire l'objet d'un avis officiel. Les prétentions de lésés ou de tiers s'éteignent cinq ans après l'avis officiel de confiscation. Ainsi, les lésés (qui ne seraient pas connus de l'autorité) peuvent encore prétendre à la restitution dans les cinq ans après la publication de l'avis officiel de confiscation. Il en découle que la confiscation n'empêche pas la restitution, en particulier s'agissant de choses fongibles telles que les fonds versés sur des comptes bancaires. Dès lors que la question de la restitution sera traitée dans le cadre d'une procédure ultérieure indépendante, la situation est comparable au cas où le lésé n'est connu que postérieurement au jugement pénal définitif qui prononce la confiscation. Au vu de ces éléments, il n'y a pas lieu d'annuler la confiscation dans la mesure où celle-ci n'empêche pas l'éventuelle restitution au lésé.
3.3. La recourante conclut à l'annulation du jugement en tant qu'il prononce des créances compensatrices et qu'il maintient des saisies en vue de garantir l'exécution desdites créances.
3.3.1. L'art. 59 ch. 1 al. 1 aCP (<ref-law>) autorise le juge à confisquer des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits. Inspirée de l'adage selon lequel " le crime ne paie pas ", cette mesure a pour but d'éviter qu'une personne puisse tirer avantage d'une infraction (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 184; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 109; <ref-ruling> consid. 2a p. 110). Lorsque les valeurs à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne, selon l'art. 59 ch. 2 al. 1 aCP (<ref-law>), leur remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent dont le but est d'éviter que celui qui a disposé des objets ou valeurs à confisquer soit privilégié par rapport à celui qui les a conservés (<ref-ruling> consid. 4b/bb p. 8 s.; <ref-ruling> consid. 3 p. 74). Afin d'assurer l'exécution de la créance compensatrice, le séquestre d'éléments du patrimoine peut être ordonné en vertu de l'art. 59 ch. 2 al. 3 aCP (<ref-law>). A la différence du séquestre pénal traditionnel, les effets de ce séquestre conservatoire sont maintenus, une fois le jugement en force, jusqu'à son remplacement par une mesure du droit des poursuites. Cette mesure provisoire et purement conservatoire tend à éviter que le débiteur de la créance compensatrice ne dispose de ses biens pour les soustraire à l'action future du créancier (Message du 30 juin 1993 du Conseil fédéral concernant la modification du code pénal suisse et du code pénal militaire - révision du droit de la confiscation, punissabilité de l'organisation criminelle, droit de communication du financier, FF 1993 III 305).
3.3.2. En l'occurrence, le TPF a, pour chaque prévenu, déterminé le montant de l'avantage économique qu'il a retiré des infractions commises. Il a ensuite examiné quels biens (soit des fonds déposés sur des comptes bancaires) pouvaient être confisqués auprès de chaque prévenu (ou de personnes morales dont ils sont les uniques ayants droit économiques). Il a enfin prononcé une créance compensatrice correspondant à la différence entre l'avantage retiré et les biens confisqués. Le TPF a également établi quels biens séquestrés (qui ne pouvaient faire l'objet d'une confiscation) devaient être saisis en vue de l'exécution de la créance compensatrice de chaque prévenu. S'agissant de feu A._, le TPF a également établi quel avantage économique il avait retiré des infractions, confisqué des biens auprès de sa communauté héréditaire et prononcé une créance compensatrice à l'encontre de cette communauté équivalant à la somme des biens saisis dont A._ était titulaire ou ayant droit économique (mais qui ne pouvaient être confisqués).
3.3.3. Dès lors que la recourante n'a pas requis l'allocation au lésé (art. 60 aCP; 73 al. 1 let. c CP), on ne distingue pas en quoi elle aurait un intérêt juridique à l'annulation du prononcé des créances compensatrices. Quant aux saisies, elles devront être maintenues. Toutefois, elles ne pourront servir au paiement des créances compensatrices qu'une fois que le TPF aura décidé si les montants saisis devront faire l'objet d'une éventuelle restitution au lésé.
Si les biens saisis (en vue de l'exécution de l'une des créances compensatrices prononcées [cf. ch. XII du dispositif attaqué] ou dont la levée de la saisie a été ordonnée [cf. XI du dispositif attaqué]) devaient être partiellement ou entièrement restitués à la République tchèque, le prévenu à qui la titularité de ces biens pourrait être attribuée se verrait, en raison du prononcé de la créance compensatrice, exposé au risque de devoir payer deux fois. Or, le but de la confiscation et du prononcé de la créance compensatrice est que le crime ne paie pas. En revanche, la jurisprudence a également reconnu qu'il fallait éviter que le prévenu soit exposé à payer deux fois (cf. ATF <ref-ruling> 2a et 2b p. 110 s.; arrêt 6B_326/2011 du 14 février 2012 consid. 2.3). Il convient par conséquent de maintenir le prononcé des créances compensatrices et de réformer le jugement attaqué en ce sens que les créances compensatrices sont prononcées sous réserve de restitution par le créancier à leur débiteur d'un montant équivalant à celui qui sera, le cas échéant, restitué à la République tchèque (en application de l'art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP, resp. 70 al. 1 i.f. CP) et qui proviendrait des montants saisis. Le risque de payer deux fois n'existe en revanche pas si ce sont les biens confisqués qui devaient être restitués à la République tchèque. En effet, le TPF a déjà tenu compte des montants confisqués pour calculer les différentes créances compensatrices. Dès lors, que ces montants restent en mains de l'Etat ou soient restitués à la République tchèque n'a pas d'influence sur la situation des prévenus.
3.4. Au vu du sort du recours, il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de la recourante tendant à la consultation du dossier et à l'octroi d'un délai supplémentaire afin de compléter son recours sur le fond, étant précisé qu'une telle prolongation serait de toute façon exclue dès lors que le délai de recours au Tribunal fédéral est un délai légal, qui ne peut être prolongé (<ref-law>).
3.5. Au regard de la nature procédurale du vice examiné et dans la mesure où le Tribunal fédéral n'a pas traité la cause sur le fond, ne préjugeant ainsi pas de l'issue de la cause, il peut être procédé au renvoi sans ordonner préalablement un échange d'écritures (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 296; arrêt 6B_833/2015 du 30 août 2016 consid. 5).
La recourante qui obtient gain de cause ne supporte pas de frais judiciaires (<ref-law>) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du Ministère public de la Confédération (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé en tant qu'il refuse la restitution au lésé (ch. VIII du dispositif attaqué) et qu'il lève des saisies (ch. XI du dispositif attaqué). Il est réformé à son chiffre X en ce sens que chaque créance compensatrice est prononcée " sous réserve de restitution par le créancier au débiteur de ladite créance d'un montant équivalant à celui qui sera, le cas échéant, restitué à la République tchèque (en application de l'art. 59 ch. 1 al. 1 i.f. aCP, resp. 70 al. 1 i.f. CP) et qui proviendrait des montants saisis dont ledit débiteur serait titulaire directement ou indirectement. ". Pour le surplus, le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera à la recourante une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, aux coprévenus et aux tiers séquestrés.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet