Faits :
A.
Par jugement du 8 mai 2015, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a constaté que X._ s'était rendu coupable d'escroquerie, d'abus de confiance, de faux dans les titres, de gestion fautive, d'infraction à l'<ref-law> et d'infraction à l'<ref-law>. Il l'a condamné à 20 mois de peine privative de liberté, sous déduction de 85 jours de détention avant jugement, et a renoncé à révoquer le sursis accordé le 5 juin 2007 par le Tribunal correctionnel de la Broye et du Nord vaudois. Par ailleurs, il a alloué un montant de 8'750 fr. à titre d'indemnité de l'<ref-law> à A._ SA et donné acte de ses réserves civiles à cette dernière pour le surplus, ainsi qu'aux autres parties plaignantes.
B.
Par jugement du 16 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis l'appel interjeté par X._ en ce sens qu'elle a suspendu l'exécution de la peine portant sur 10 mois durant un délai d'épreuve de 5 ans, le sursis étant subordonné à la condition que X._ indemnise les lésés en leur consacrant la part saisissable de son revenu et la valeur nette de l'héritage qui lui serait dévolu à la suite du décès de son père le 9 mai 2015. Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus.
C.
Par arrêt du 14 décembre 2016 (6B_142/2016), le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par X._ à l'encontre de ce jugement et a renvoyé la cause à la Cour d'appel pénale pour qu'elle statue à nouveau sur l'infraction de gestion fautive, l'octroi du sursis, la règle de conduite assortissant le sursis, les conclusions civiles de A._ SA et les frais et dépens. Pour le surplus, il a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité.
D.
Par jugement du 3 avril 2017, la Cour d'appel pénale a supprimé la règle de conduite à laquelle le sursis partiel à l'exécution de la peine privative de liberté de 10 mois était subordonné et a constaté que les conclusions civiles de A._ SA étaient irrecevables, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de lui allouer des dépens. Elle a rejeté l'appel de X._ pour le surplus, confirmant ainsi en particulier sa condamnation pour gestion fautive et l'octroi d'un sursis partiel portant sur 10 mois.
En bref, alors qu'il était administrateur de la société B._ SA, active dans le commerce de produits carnés, X._ a commis de multiples fautes de gestion, tant sur les plans organisationnel que financier, qui ont conduit la société à la faillite pour un montant de 2'302'974 francs. Un mois avant la faillite prononcée le 1er septembre 2011, X._ a avisé l'un des employés de B._ SA qu'il démissionnait de son poste et a pris l'avion pour le Brésil avec sa famille. Pour le détail des faits, il y a lieu de se référer au considérant en fait B. de l'arrêt 6B_142/2016.
E.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre la décision cantonale et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est libéré de l'accusation de gestion fautive et qu'il est condamné à une peine privative de liberté de moins de 20 mois, sous déduction de 85 jours de détention avant jugement, assortie du sursis avec délai d'épreuve de 5 ans, et à ce que les frais de justice pour la première instance soient mis à sa charge pour au plus 2/5 et les frais de deuxième instance des deux jugements d'appel soient laissés à la charge de l'Etat. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le recourant discute sa condamnation pour gestion fautive.
1.1. Aux termes de l'<ref-law>, le débiteur qui, de manières autres que celles visées à l'<ref-law>, par des fautes de gestion, notamment par une dotation insuffisante en capital, par des dépenses exagérées, par des spéculations hasardeuses, par l'octroi ou l'utilisation à la légère de crédits, par le bradage de valeurs patrimoniales ou par une négligence coupable dans l'exercice de sa profession ou dans l'administration de ses biens, aura causé ou aggravé son surendettement, aura causé sa propre insolvabilité ou aggravé sa situation alors qu'il se savait insolvable, sera, s'il a été déclaré en faillite ou si un acte de défaut de biens a été dressé contre lui, puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1.2. La notion de surendettement, qui s'applique au débiteur soumis à la poursuite par la voie de la faillite - comme c'est le cas de B._ SA -, découle de l'<ref-law> et signifie que, sur le plan comptable, les dettes ne sont plus couvertes ni sur la base d'un bilan d'exploitation, ni sur la base d'un bilan de liquidation, autrement dit que les passifs excèdent les actifs (arrêts 6B_142/2016 du 14 décembre 2016 consid. 7.1; 6B_135/2014 du 30 octobre 2014 consid. 3.1; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3ème édition 2010, n. 31 ad <ref-law>). L'existence d'une situation d'insolvabilité ou d'un surendettement est une condition objective de punissabilité de l'infraction de gestion fautive (arrêts 6B_142/2016 du 14 décembre 2016 consid. 7.1; 6B_135/2014 précité consid. 3.3).
La faute de gestion peut consister en une action ou en une omission. L'omission ne peut être reprochée que s'il existait un devoir juridique d'agir. C'est en fonction des dispositions spécifiques qui définissent les devoirs de l'auteur qu'il faut déterminer si celui-ci a usé des précautions commandées par les circonstances et sa situation personnelle (<ref-ruling> consid. 2 p. 41). Dans la gestion d'une société anonyme par exemple, on doit examiner si l'accusé a violé un devoir prévu par le Code des obligations compte tenu du rôle dévolu à chaque organe (cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 29 s.)
Pour dire si l'acte a causé ou aggravé la situation, la jurisprudence se réfère à la notion de causalité adéquate. L'acte ou l'omission doit avoir contribué à causer ou à aggraver la situation, sans qu'il en soit forcément la cause unique ou directe, et doit être propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à entraîner un tel résultat (<ref-ruling> consid. 2 p. 41; arrêts 6B_135/2014 du 30 octobre 2014 consid. 3.1; 6B_433/2007 du 11 février 2008 consid. 2.1).
1.3. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 308 s.). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
2.
Dans un premier moyen, le recourant conteste la réalisation de la condition du surendettement.
2.1. Le recourant soutient que la cour cantonale n'a pas constaté le surendettement de la société B._ SA ou, à tout le moins, n'en a pas indiqué la date de survenance et le montant.
Il ressort du jugement attaqué que selon les comptes reconstitués grâce à l'expertise confiée à la fiduciaire C._, seuls fiables ou sérieux au vu de la tenue lacunaire des comptes 2010 par le recourant et de leur inexactitude, l'exercice 2010 de B._ SA s'était soldé par une perte de 55'369 fr. 08 et l'exercice 2011 par une perte de 149'100 fr. 26, après imputation du capital-actions de 100'000 fr. (pièce 181/1). Aussi apparaissait-il que les conditions de l'<ref-law> étaient déjà réalisées à la fin de l'année 2010, et que le surendettement s'était encore accru pendant les sept mois suivants (consid. 2.2 p. 16).
Ainsi, si cela ne pouvait se déduire du jugement du 16 novembre 2015, en revanche, dans sa décision du 3 avril 2017, la cour cantonale a dûment constaté que la condition du surendettement était réalisée, à savoir que les fonds propres de B._ SA étaient inférieurs à la perte. Elle en a déterminé la date du survenance ainsi que le montant (55'369 fr. 08 en 2010 et 149'100 fr. 26 en 2011). Le grief du recourant est infondé.
2.2. Le recourant s'en prend au caractère probant de l'expertise financière de C._. Il affirme qu'elle a été effectuée dans le but de déterminer s'il avait puisé dans la caisse de B._ SA. Elle n'était donc pas à même d'établir le surendettement, ce d'autant plus qu'il manquait des pièces comptables. Les résultats variaient d'ailleurs beaucoup entre le rapport initial du 17 mai 2013 et le rapport complémentaire du 28 janvier 2014. De plus, ce n'était qu'au moment où l'inventaire effectué fin juin 2011 avait révélé que le stock de viande ne valait plus rien qu'une valeur nulle correspondant au stock de marchandise pouvait être indiquée dans les comptes de B._ SA. Le bilan pour l'exercice 2010 établi par l'expert, d'où il ressortait une valeur équivalant à 0 pour le stock de marchandises, était ainsi erroné.
2.2.1. Cette critique de l'expertise relève de l'appréciation d'un moyen de preuve, que le Tribunal fédéral revoit sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. consid. 1.3).
2.2.2. Dans son rapport, l'expert indique s'être fondé sur des documents saisis et déposés en main de l'Office des Poursuites et Faillites, diverses pièces relatives aux salaires et charges sociales, l'état de collocation établi par l'Office des Poursuites et Faillites, ainsi qu'une sauvegarde des fichiers se trouvant dans l'ordinateur de la société, sans que le recourant ne démontre que ces éléments n'auraient pas été suffisants pour reconstituer une comptabilité fiable, à laquelle la cour cantonale pouvait se référer pour calculer le surendettement de la société.
Par ailleurs, les experts ont reçu des informations supplémentaires sur la base desquelles ils ont rendu un rapport d'expertise complémentaire. Faute pour le recourant de dire en quoi les différences entre le rapport initial et le rapport complémentaire seraient infondées, sa critique ne répond pas aux exigences de motivation applicables (consid. 1.3 supra). De même, les allégations du recourant sur le contenu d'un inventaire dressé fin juin 2011 ne ressortent pas de l'état de fait cantonal, sans que l'intéressé ne démontre l'arbitraire de leur omission.
Les griefs soulevés apparaissent ainsi largement appellatoires, partant irrecevables.
2.2.3. Au demeurant, à supposer que le recourant ait pris connaissance de l'état du stock de viande par l'inventaire qu'il évoque, il n'établit pas encore que le stock n'aurait pas déjà été invendable plus tôt, c'est-à-dire avant fin juin 2011. S'agissant de la valeur du stock, le recourant se limite à se référer à sa propre comptabilité pour 2010, qui ne bénéficie cependant d'aucune fiabilité comme la cour cantonale l'a relevé, étant rappelé que le recourant a été condamné pour faux dans les titres en rapport avec la tenue des comptes de B._ SA. L'expert a d'ailleurs indiqué que la valeur du stock au 31 décembre 2010 ressortissant des comptes établis par le recourant, par 398'776 fr. 27, semblait impossible au vu des décaissements et des factures (pièce 139/1, p. 1). Dans ces conditions, le recourant ne démontre pas le bien-fondé de son assertion, à savoir que le stock de marchandise aurait eu une valeur telle, à l'issue de l'exercice 2010, que la société n'aurait pas déjà été surendettée.
Quoi qu'il en soit, le recourant admet la valeur nulle du stock fin juin 2011. En l'absence de toute autre contestation sérieuse des écritures du bilan et du compte de pertes et profits de B._ SA par le recourant, il y a lieu de retenir que la société était surendettée à cette date-là au plus tard, soit avant que le recourant ne démissionne abruptement de ses fonctions, le 2 août 2011. Dans son écriture, le recourant semble d'ailleurs l'admettre (" Le recourant a quitté la société au moment où il a constaté qu'il y avait effectivement surendettement, soit que le stock ne valait plus rien ", p. 6 du recours). Cela suffit pour conclure que la condition du surendettement au sens de l'<ref-law> est satisfaite en l'espèce. C'est par ailleurs en vain que le recourant rappelle encore qu'il est possible de postposer des créances pour éviter le surendettement, conformément à l'art. 725 al. 2 in fine CO. En effet, dans la mesure où il n'a pas été fait usage de cette possibilité avant que B._ SA ne tombe en faillite, le recourant ne peut rien déduire en sa faveur de cette disposition légale.
2.3. Il découle de ce qui précède que les griefs du recourant relatifs à la contestation du surendettement sont infondés, dans la mesure de leur recevabilité.
3.
Le recourant nie avoir commis des fautes de gestion en lien de causalité avec le surendettement.
3.1. La cour cantonale a constaté que la faillite avait fait apparaître à l'état de collocation un montant de 1'725'457 fr. de créances admises. Elle a relevé les fautes de gestion commises par le recourant, à savoir le coût salarial exagéré du personnel, les défaillances comptables ainsi que la gestion calamiteuse du stock. Elle a considéré que, bien avant sa fuite au Brésil, le recourant avait prolongé artificiellement l'existence de la société en recourant systématiquement à des emprunts multiples pour injecter des liquidités. Ces fautes de gestion avaient indubitablement contribué causalement au surendettement.
3.2. En tant que le recourant se limite à faire valoir que les salaires étaient adaptés au prix du marché et qu'il pouvait être utile de payer un peu plus ses employés pour les encourager à faire du bon travail, la motivation présentée est appellatoire, partant irrecevable (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Un coût salarial excessif par rapport aux revenus de l'entreprise est par ailleurs propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à contribuer au surendettement de la société, étant rappelé que le texte légal de l'<ref-law> prend comme exemple le cas de dépenses exagérées.
Par ailleurs, en omettant de tenir des comptes complets et corrects, le recourant s'est privé de l'instrument qui lui aurait permis de connaître la véritable situation financière de la société et de prendre à temps les mesures permettant sinon d'éviter, tout au moins de limiter le surendettement (cf. arrêt 6B_433/2007 du 11 février 2008 consid. 2.2). La suppression de la fiabilité de l'outil de contrôle et d'orientation indispensable qu'est la comptabilité est ainsi en lien de causalité naturelle et adéquate avec le surendettement, respectivement avec son augmentation.
3.2.1. En tant que le recourant impute à son boucher la responsabilité des pertes en stock résultant de marchandises achetées sans assurer leur revente, il s'écarte de l'état du jugement attaqué sans en démontrer l'inexactitude manifeste (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Les éventuelles fautes du boucher ne sont en particulier pas établies. Pour le surplus, que le recourant ne se soit pas aperçu du moindre problème avant que l'inventaire de juin 2011 ne révèle que l'intégralité du stock était perdu tend à démontrer que l'intéressé n'exerçait pas ses devoirs de gestion et de surveillance de manière adéquate (cf. art. 716 al. 2 et 716a al. 1 ch. 5 CO). Pour le reste, le recourant ne remet pas en cause le lien de causalité entre la gestion désastreuse du stock et le surendettement de la société.
3.2.2. Le recourant soutient que le reproche qui lui est fait d'avoir multiplié les emprunts pour continuer de faire vivre B._ SA est infondé dans la mesure où les financements obtenus ont permis d'injecter des liquidités dans la société et, ainsi, d'éviter le surendettement. Or ces emprunts accroissaient également le montant des dettes de la société; ils ne faisaient donc nullement obstacle au surendettement.
Pour le reste, le recourant devait immédiatement aviser le juge lorsqu'il a appris que la société était surendettée (<ref-law>), ce qu'il a manqué de faire. Un tel défaut est propre, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, à aggraver le surendettement (cf. <ref-ruling>).
3.2.3. Le recourant invoque encore le fait que " Monsieur D._ " a administré la société durant les deux mois qui ont précédé la faillite.
En réalité, la période pendant laquelle le recourant n'était plus administrateur de B._ SA n'a été que d'un mois, puisqu'à teneur du registre du commerce, il a démissionné de ses fonctions le 2 août 2011 et la faillite a été prononcée le 1er septembre 2011 (jugement attaqué, consid. 2.1 p. 11). Cela étant, dès lors que le surendettement existait déjà depuis au moins fin juin 2011 (cf. consid. 2 supra), la gestion ultérieure de la société par un tiers pendant un mois est de toute évidence impropre à rompre la causalité entre les fautes de gestion du recourant et le surendettement.
3.3. Pour les motifs qui précèdent, la condamnation du recourant pour l'infraction de gestion fautive ne viole pas le droit fédéral.
4.
Le recourant se plaint du refus de l'octroi d'un sursis complet.
4.1. Dans un premier moyen, il invoque un défaut de motivation du jugement cantonal sur ce point.
4.1.1. L'obligation de motiver, telle qu'elle découle du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; cf. aussi art. 3 al. 2 let. c et 107 CPP), est respectée lorsque le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.2.4 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237).
4.1.2. Dans le jugement attaqué, la cour cantonale a précisé que l'appréciation faite dans son précédent arrêt restait inchangée malgré que le recourant n'exerçait plus la même activité professionnelle qu'en novembre 2015. Après son licenciement intervenu en mai 2016, il avait en effet débuté en août 2016 une activité de fiduciaire en tant qu'indépendant, consistant en du travail comptable (établissement de déclarations fiscales en particulier) et du courtage immobilier. Compte tenu de la situation financière et familiale difficile du recourant, le sursis partiel portant sur la moitié de la peine privative de liberté infligée devait être confirmé.
Dans le jugement du 16 novembre 2015 auquel la cour cantonale se réfère, il a été souligné que le recourant avait récidivé dans les cinq ans qui avaient précédé la commission des infractions dans une forme de délinquance comparable à celle sanctionnée en 2007 et dans un contexte personnel identique. Il n'avait de surcroît pas intégralement remboursé le dommage causé illicitement à son précédent employeur conformément aux conditions du sursis qui avaient été émises à l'époque. Le pronostic ne pouvait ainsi être considéré comme particulièrement favorable au sens de l'<ref-law>. La cour cantonale avait cependant tenu compte du fait que le recourant avait retrouvé un emploi depuis le mois de février 2014 et avait produit un certificat de travail élogieux aux débats de première instance. En outre, sa situation financière était difficile, compte tenu notamment d'une saisie de salaire, et la perte de son emploi en cas de privation de liberté aurait des conséquences lourdes pour lui et sa famille. Aussi la cour cantonale avait-elle estimé, " en opportunité et non sans hésitation ", qu'un sursis partiel portant sur la moitié de la peine privative de liberté, soit 10 mois, devait être accordé au recourant.
4.1.3. Compte tenu de ce qui précède, il apparaît que l'autorité précédente a suffisamment indiqué les motifs qui l'ont conduite à octroyer un sursis partiel plutôt qu'un sursis complet. Le grief est infondé.
4.2. Le recourant soutient qu'il aurait dû bénéficier du sursis pour l'intégralité de la peine privative de liberté, et non seulement d'un sursis partiel.
4.2.1. Selon l'<ref-law>, le juge suspend en règle générale l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détourner l'auteur d'autres crimes ou délits. L'<ref-law> prévoit que le juge peut suspendre partiellement l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté d'un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée de la faute de l'auteur.
Lorsque la durée de la peine privative de liberté se situe, comme en l'espèce, entre un et deux ans, permettant donc le choix entre le sursis complet (<ref-law>) et le sursis partiel (<ref-law>), l'octroi du sursis au sens de l'<ref-law> est la règle et le sursis partiel l'exception. Celui-ci ne doit être prononcé que si, sous l'angle de la prévention spéciale, l'octroi du sursis pour une partie de la peine ne peut se concevoir que moyennant exécution de l'autre partie. La situation est comparable à celle où il s'agit d'évaluer les perspectives d'amendement en cas de révocation du sursis. Lorsqu'il existe, notamment en raison de condamnations antérieures, de sérieux doutes sur les perspectives d'amendement de l'auteur, qui ne permettent cependant pas encore, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des circonstances, de motiver un pronostic concrètement défavorable, le tribunal peut accorder un sursis partiel au lieu du sursis total. On évite de la sorte, dans les cas de pronostics très incertains, le dilemme du " tout ou rien ". Un pronostic défavorable, en revanche, exclut tant le sursis partiel que le sursis total (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 10).
Selon la jurisprudence, les conditions subjectives auxquelles l'<ref-law> soumet l'octroi du sursis intégral s'appliquent également à l'octroi du sursis partiel (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 277; <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 10). Par conditions subjectives, il faut entendre notamment la condition posée à l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 et 4.2.3 p. 5 ss). Il s'ensuit que l'octroi du sursis partiel est exclu si, durant les cinq ans qui précèdent l'infraction, l'auteur a été condamné à une peine privative de liberté ferme ou avec sursis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire de cent quatre-vingts jours-amende au moins, sauf s'il justifie de circonstances particulièrement favorables. Dans ce dernier cas, la présomption d'un pronostic favorable, respectivement du défaut d'un pronostic défavorable, ne s'applique plus, la condamnation antérieure constituant un indice faisant craindre que l'auteur puisse commettre d'autres infractions. L'octroi du sursis n'entre donc en considération que si, malgré l'infraction commise, on peut raisonnablement supposer, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des facteurs déterminants, que le condamné s'amendera. Le juge doit examiner si la crainte de récidive fondée sur l'infraction commise peut être compensée par les circonstances particulièrement favorables, soit des circonstances qui empêchent que l'infraction antérieure ne détériore le pronostic. Tel sera notamment le cas si l'infraction à juger n'a aucun rapport avec l'infraction antérieure ou que les conditions de vie du condamné se sont modifiées de manière particulièrement positive (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 7).
Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans l'émission du pronostic. Le Tribunal fédéral n'intervient que s'il en a abusé, notamment lorsqu'il a omis de tenir compte de critères pertinents et s'est fondé exclusivement sur les antécédents du condamné (<ref-ruling>40 consid. 4.2 p. 143; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 204).
4.2.2. En l'espèce, le recourant a fait l'objet d'une condamnation à une peine privative de liberté de vingt mois avec sursis pendant un délai d'épreuve de cinq ans par jugement du 5 juin 2007 du Tribunal correctionnel de La Broye et du Nord Vaudois. Comme il a commis les infractions jugées dans la présente cause dans les cinq ans qui ont suivi ce jugement, il se trouve dans la configuration visée par l'<ref-law>, impliquant d'examiner s'il existe des circonstances particulièrement favorables.
4.2.3. Le recourant fait valoir qu'en tenant compte de ses conditions de vie positive (emploi et famille) ainsi que des conséquences lourdes de la perte de son emploi en cas de privation de liberté, non seulement pour sa famille mais également en vue du remboursement des lésés, la cour cantonale ne pouvait que conclure à l'existence d'un pronostic particulièrement favorable.
Pour autant, le recourant ne justifie pas d'une évolution particulièrement positive de ses conditions de vie, dès lors qu'il disposait d'un travail, était marié et père d'un enfant au moment des faits, même si dans l'intervalle sa famille est venue le rejoindre en Suisse. De même, son activité professionnelle, consistant en l'exercice de mandats fiduciaires en tant qu'indépendant, ne permet pas encore de conclure à l'existence de circonstances particulièrement favorables.
Par ailleurs, ses antécédents - escroquerie, faux dans les titres, abus de confiance - relevaient d'un comportement punissable comparable au cas d'espèce, étant ajouté que le recourant n'avait pas réparé totalement le dommage causé en 2007. Il y a encore lieu d'observer que le recourant ne reconnaît pas sa faute, évoquant tout au plus des " erreurs d'appréciation " et reportant systématiquement sa responsabilité sur autrui (Monsieur D._, le boucher, les E._, etc.). Dans son jugement du 16 novembre 2015, la cour cantonale a d'ailleurs conclu à une absence totale de prise de conscience.
Enfin, en tant que le recourant se prévaut de son bon comportement depuis six ans, il est sans pertinence qu'il n'ait commis aucune infraction depuis les faits jugés dans la présente affaire, dès lors qu'un tel comportement correspond à ce que l'on doit attendre de tout un chacun (arrêts 6B_740/2016 du 2 juin 2017 consid. 2.2; 6B_1249/2015 du 7 juillet 2016).
4.2.4. Compte tenu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en considérant qu'il n'existait pas en l'espèce de circonstances particulièrement favorables permettant de compenser la crainte de récidive fondée sur les infractions déjà commises. Elle a suffisamment tenu compte des éléments favorables que le recourant met en exergue en octroyant un sursis partiel au sens de l'<ref-law>. Le grief doit en conséquence être écarté.
Le recourant n'invoque aucun autre grief à l'encontre de sa peine, qui doit ainsi être confirmée.
5.
Le recourant critique la répartition des frais de la procédure de première instance.
5.1. Selon l'<ref-law>, le prévenu supporte les frais de procédure s'il est condamné. Si sa condamnation n'est que partielle, les frais ne doivent être mis à sa charge que de manière proportionnelle, en considération des frais liés à l'instruction des infractions pour lesquelles un verdict de culpabilité a été prononcé. Il s'agit de réduire les frais, sous peine de porter atteinte à la présomption d'innocence, si le point sur lequel le prévenu a été acquitté a donné lieu à des frais supplémentaires et si le prévenu n'a pas, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci (cf. <ref-law>; arrêt 6B_1085/2013 du 22 octobre 2014 consid. 6.1.1 et les références citées). Il convient de répartir les frais en fonction des différents états de fait retenus, non selon les infractions visées. Comme il est difficile de déterminer avec exactitude les frais qui relèvent de chaque fait imputable ou non au condamné, une certaine marge d'appréciation doit être laissée à la cour cantonale (arrêts 6B_136/2016 du 23 janvier 2017 consid. 4.1.1; 6B_1085/2013 du 22 octobre 2014 consid. 6.1.1 et les références citées).
5.2. Le recourant se plaint d'un défaut de motivation du jugement attaqué.
La cour cantonale a considéré que dès lors que la condamnation pour gestion fautive était confirmée, il n'y avait pas lieu de modifier la répartition des frais établie par le Tribunal correctionnel. Elle s'est référée aux considérants développés dans son arrêt du 16 novembre 2015. Dans la mesure où un tel renvoi est admissible et où le recourant ne dit pas en quoi la motivation ressortissant du jugement du 16 novembre 2015 serait insuffisante, de sorte qu'elle violerait son droit d'être entendu, le grief est irrecevable (<ref-law>).
5.3. Le recourant fait valoir que la part des frais mis à sa charge, par 8/10ème, est disproportionnée dès lors qu'il a été libéré pour la gestion déloyale de B._ SA, ainsi que sur les faits objets des plaintes de F._, D._, G._, H._ (deux cas sur trois) et I._, et qu'il a été condamné pour abus de confiance, violation de la LAVS et de la LPP, un des trois cas dénoncés par H._, fausse comptabilité et gestion fautive.
5.4. Il ressort de la procédure que les faits à l'origine des plaintes de F._, D._ et G._ ont été classés conformément à l'ordonnance du ministère public du 25 novembre 2014. Comme le relève la cour cantonale, le ministère public a laissé à la charge de l'Etat la part des frais relative aux faits instruits puis classés, soit la somme de 29'112 francs. En outre, l'expertise financière a notamment été conduite pour déterminer si le recourant s'était rendu coupable de gestion déloyale, infraction classée par le ministère public, de sorte que les frais d'enquête liés à ces faits ont été intégrés dans le montant laissé à la charge de l'Etat au stade du classement. Le recourant ne saurait par conséquent s'en prévaloir en rapport avec la répartition des frais de procédure de première instance.
La cour cantonale a constaté qu'à l'issue de la décision de première instance, le recourant avait été libéré des trois états de fait concernant I._, des deux états de fait (premier et dernier prêt) concernant H._ et condamné dans les six autres cas, dont ceux ayant trait à la comptabilité et à la gestion de la société, ce qui avait nécessité d'engager d'importants frais d'expertise. Au regard de ces éléments, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en confirmant la répartition des frais totalisant 75'870 fr. 40 à raison de 8/10ème à la charge du recourant, soit 59'852 fr. 80, le solde de 2/10ème étant laissé à la charge de l'Etat, soit 16'017 fr. 60. Le grief doit être écarté dans la mesure de sa recevabilité.
6.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 20 octobre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy