Faits :
A.
La caisse mutuelle X._ - Assurance (ci-après: la bailleresse) a acquis, pour un prix de 5'300'000 fr. (auquel il faut ajouter les frais d'acquisition d'un montant de 194'900 fr.), l'immeuble situé au chemin de..., dans la commune de Mont-sur-Rolle. L'entier du capital a été payé au moyen des fonds propres de la bailleresse.
Par contrat du 4 mai 2010, Y._ et Z._ (ci-après: les locataires) ont pris à bail un appartement de 4,5 pièces au 4e étage de cet immeuble, comprenant notamment un " salon avec cheminée ".
Initialement fixé à 2'050 fr., plus 210 fr. à titre d'acompte de charges, le loyer mensuel net a été abaissé à 1'894 fr. dès le 1er juillet 2013 à la requête des locataires, sur la base du taux hypothécaire de référence.
En juillet 2013, la bailleresse a informé les locataires que, pour des raisons techniques, l'utilisation de la cheminée se trouvant dans le logement n'était plus autorisée.
En 2013, la bailleresse a entrepris une rénovation de l'immeuble. Les travaux à plus-value se sont montés à 879'899 fr.
Par courrier recommandé du 10 janvier 2014, la bailleresse a notifié aux locataires une formule de hausse de loyer de 183 fr., avec effet au 1er juin 2014, le loyer net passant de 1'894 fr. à 2'077 fr.
Les locataires ont contesté cette hausse au motif qu'elle était nulle, subsidiairement abusive.
La conciliation ayant échoué, la bailleresse a reçu l'autorisation de procéder.
B.
Par demande du 1er mai 2014, la bailleresse a conclu à ce que le Tribunal des baux du canton de Vaud valide la majoration de loyer du 10 janvier 2014 et condamne les locataires à s'acquitter de toute différence de loyer depuis le mois de juin 2014 jusqu'au mois de l'entrée en force du jugement, intérêts en sus.
Les locataires ont conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à ce que le loyer mensuel net soit fixé à 1'799 fr. dès le 1er août 2013 en raison de l'interdiction de l'utilisation de la cheminée, la bailleresse leur devant le paiement immédiat des loyers perçus en trop pour la période du 1er juillet 2013 à l'entrée en force du jugement.
En audience, les locataires ont pris une nouvelle conclusion invitant le Tribunal des baux à dire que le loyer mensuel net de l'appartement de 4,5 pièces est diminué de 2,8% (baisse du taux hypothécaire) dès le 1er juin 2015, portant ainsi le loyer mensuel net à 1'748 fr.
Par jugement du 15 octobre 2014, le Tribunal des baux a réduit le loyer mensuel net de l'appartement à 1'846 fr.65 dès le 1er octobre 2013 (en raison du défaut de la cheminée), dit que la bailleresse est tenue de restituer aux locataires, créanciers solidaires, les montants versés en trop à titre de loyer jusqu'au jour de l'entrée en force du jugement, fixé le loyer mensuel net des locataires à 1'795 fr.05 dès le 1er juin 2015 (baisse du taux hypothécaire), en fonction du taux de 2%, de l'indice suisse des prix à la consommation de 103.3 points et des charges d'exploitation arrêtées au 31 décembre 2013, et rejeté toutes autres conclusions.
Par arrêt du 3 août 2015, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par la bailleresse et confirmé le jugement attaqué.
C.
La bailleresse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 3 août 2015. Elle conclut à son annulation, à ce que la majoration de loyer notifiée le 10 janvier 2014 soit validée, à ce qu'il soit dit que le loyer mensuel brut de l'appartement est fixé à 2'077 fr. dès le 1er juin 2014, sur la base d'un taux hypothécaire à 2% et d'un indice suisse des prix à la consommation de 103,3 points, à ce que les locataires soient condamnés à s'acquitter de la différence de loyer depuis le mois de juin 2014 jusqu'au mois de l'entrée en force de l'arrêt, intérêts en sus, et à ce que les locataires soient déboutés de toutes autres conclusions. Elle invoque une violation des art. 26 et 109 Cst., des art. 269 ss CO et elle se prévaut d'une constatation manifestement inexacte des faits au sens des art. 97 et 105 LTF.
Les intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions libératoires et en paiement (art. 72 al. 1 et 76 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits ainsi retenus par l'autorité cantonale que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Lorsque le recourant soutient que les faits ont été constatés de manière arbitraire, ou que les preuves ont été appréciées de manière insoutenable, il doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
1.3. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours et ne traite donc pas celles qui ne sont plus discutées par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584). Le Tribunal fédéral n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
2.
2.1. Le Tribunal des baux a considéré que le fait que la cheminée était inutilisable constituait un défaut de moyenne importance justifiant une réduction de loyer de 2,5%, dès le 1er octobre 2013, arrêtant celui-ci à 1'846 fr.65.
Les premiers juges ont également admis partiellement la conclusion reconventionnelle des locataires visant à ce que leur loyer soit diminué de 2,8%. Sur la base des critères déterminants (baisse du taux hypothécaire, hausse de l'IPC), ils ont jugé qu'une baisse de loyer de 2,794%, portant celui-ci à 1'795 fr.05 dès le 1er juin 2015, se justifiait.
Enfin, le Tribunal des baux a jugé que la hausse de loyer notifiée par la bailleresse le 10 janvier 2014 n'était pas fondée, le loyer mensuel admissible se montant à 1'264 fr.73 (cf. infra pour le calcul complet) et le loyer mensuel net des locataires, alors d'un montant de 1'894 fr., procurant dès lors déjà un rendement excessif à la bailleresse. Dans le calcul du rendement au sens de l'art. 269 CO, le Tribunal des baux a tenu compte du prix de revient de l'immeuble (5'494'900 fr.) et de l'entier du montant investi par la bailleresse dans les travaux de 2013 (879'899 fr.). Il a alors réévalué le 40% du total de ces montants en fonction de l'évolution de l'IPC. En définitive, l'investissement se montait à 6'443'604 fr. Le taux d'intérêt hypothécaire de référence déterminant étant de 2% (et, donc, le taux admissible de 2,5%), le rendement des fonds propres était de 161'090 fr.10, montant auquel il convenait d'ajouter les charges d'exploitation, soit 88'024 fr.21 en moyenne. L'état locatif annuel admissible étant de 249'114 fr.31 pour une surface de 1'625 m2 (total immeuble litigieux) et l'appartement des locataires étant de 99 m2, le loyer annuel admissible se montait à 15'176 fr.81 (soit 1'264 fr.73 par mois).
2.2. La cour cantonale a confirmé intégralement le jugement du Tribunal des baux.
S'agissant de la hausse de loyer notifiée par la bailleresse (seul point encore litigieux devant le Tribunal fédéral), elle a observé que les montants retenus à l'appui du calcul entrepris par les premiers juges n'étaient pas expressément remis en cause par la bailleresse appelante, celle-ci se bornant à critiquer, d'une part, la limitation du rendement net à un demi pour cent au-dessus du taux hypothécaire de référence, et, d'autre part, le principe selon lequel la part des fonds propres investis qui doit être réévaluée ne peut dépasser le 40% du prix de revient de l'immeuble (soit, en l'espèce, la totalité des fonds propres). La recourante (qui, devant l'instance précédente, n'a d'ailleurs pas expliqué pour quelles raisons précises les premiers juges auraient dû s'écarter de la jurisprudence du Tribunal fédéral) ne discute plus ce dernier principe devant la Cour de céans.
La cour cantonale a écarté tous les arguments avancés par la bailleresse, rappelant que, même si l'immeuble a été entièrement financé par des fonds propres, il n'y avait pas lieu de calculer le rendement de manière différente, que la limitation d'un demi pour cent au-dessus du taux hypothécaire de référence a continué à être appliquée par le Tribunal fédéral depuis que ce taux est inférieur à 4,5%, que les différences de rendement avec d'autres placements - plus risqués (actions et obligations) - ne justifiaient pas un revirement de jurisprudence, que l'argument tiré de la valeur hypothétique de l'immeuble (calculée par capitalisation du loyer moyen du quartier) ne pouvait viser que les immeubles anciens (et, partant, pas l'immeuble de la bailleresse), que celle-ci ne saurait invoquer des critères relatifs (fondés sur l'art. 269a let. b CO) pour contester le résultat du calcul du rendement net au sens de l'art. 269 CO, que le fait que les locataires n'ont pas sollicité de baisse de loyer durant les dix années précédentes ne saurait conduire à une solution différente, et que les juges précédents ont, de manière correcte, tenu compte du 100% du montant investi pour les travaux de plus-value.
2.3. La bailleresse recourante revient sur la méthode de calcul des loyers abusifs, soutenant que l'arrêt cantonal repose, à cet égard, sur des faits établis de façon manifestement inexacte (cf. infra consid. 3), que cette méthode ne peut être appliquée dans son cas (cf. infra consid. 4 et 5) et que la hausse de loyer, qu'elle a notifiée le 10 janvier 2014, était parfaitement valable (cf. infra consid. 5.8).
3.
Dans la partie " En fait " de son mémoire, la recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas retenu certains faits pourtant utiles à la résolution du litige. Elle invoque un établissement manifestement inexact des faits (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF).
3.1. On observera d'emblée à cet égard que la recourante tente de revenir sur les chiffres permettant de calculer le rendement net au sens de l'art. 269 CO. Elle requiert en particulier qu'ils soient corrigés et complétés. Or, selon les constatations cantonales, " aucun des montants retenus à l'appui de ce calcul n'est expressément remis en cause par [la bailleresse], cette dernière se bornant à critiquer un certain nombre de principes posés par le Tribunal fédéral ".
En indiquant que les juges précédents ont violé le droit fédéral (notamment l'art. 109 Cst. et l'art. 269 CO), méconnu la réalité économique, créé une inégalité de traitement et une insécurité juridique, la bailleresse ne remet pas en question le constat de la cour précédente. A défaut d'avoir invoqué devant cette autorité le moyen tiré de l'arbitraire dans l'établissement des faits, celui-ci est irrecevable devant la Cour de céans (art. 75 al. 1 LTF).
3.2. A noter encore que certains points de fait exposés par la bailleresse ont en réalité été repris dans l'arrêt attaqué et, à défaut d'une désignation précise de la recourante à cet égard, on peine à identifier ceux qui ont été passés sous silence par l'autorité cantonale, de sorte que, sous l'angle de la motivation également, le moyen tiré de l'arbitraire se révèle irrecevable (cf. art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF).
Enfin, lorsque la recourante, toujours dans la partie " En fait ", explique qu'elle entend, par son argumentation, revenir sur les principes posés par le Tribunal fédéral, elle remet en cause la jurisprudence constante de la Cour de céans (à ce sujet, cf. infra consid. 4) et ne vise plus une question de fait.
4.
La recourante remet en question la jurisprudence, rendue sous l'angle de l'art. 269 CO, selon laquelle le rendement est admissible lorsqu'il n'excède pas de plus d'un demi pour cent le taux hypothécaire de référence. Elle soutient que, dans son cas, cette jurisprudence est contraire à l'art. 269 CO, ainsi qu'aux art. 26 et 109 Cst.
4.1. Un revirement de jurisprudence est soumis à des exigences strictes. Il peut se justifier notamment lorsqu'il apparaît que les circonstances ou les conceptions juridiques ont évolué ou qu'une autre pratique respecterait mieux la volonté du législateur. Les motifs du changement doivent être objectifs et d'autant plus sérieux que la jurisprudence est ancienne afin de ne pas porter atteinte sans raison à la sécurité du droit (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3.2).
Il s'agit donc de rappeler la jurisprudence relative au calcul du rendement admissible (cf. infra consid. 4.2 et 4.6), puis d'examiner chacune des critiques de la bailleresse, afin de déterminer si elles rendent nécessaire un changement de jurisprudence (cf. infra consid. 5).
4.2. En vertu de l'art. 269 CO, le loyer est abusif lorsqu'il permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif ( ein übersetzter Ertrag, un reddito sproporzionato) de la chose louée ou lorsqu'il résulte d'un prix d'achat manifestement exagéré.
L'hypothèse du prix d'achat manifestement exagéré, explicitée à l'art. 10 OBLF, dans laquelle il sied de faire abstraction de ce prix d'achat et de considérer, dans le calcul de rendement, un prix " normal " (non exagéré) d'acquisition, peut être écartée d'entrée de jeu, du moment que la cour cantonale, pour calculer le rendement en vertu de l'art. 269 CO, est partie du prix d'achat effectivement consenti par la bailleresse, admettant implicitement qu'il n'était pas exagéré.
La seule question litigieuse est de savoir si l'immeuble, acheté à un prix " normal ", procure quand même un rendement excessif au bailleur (art. 269 in initio CO).
4.3. Par la notion de " rendement excessif ", l'art. 269 CO vise le rendement net des fonds propres investis (cf. <ref-ruling> consid. 3a). Ce rendement correspond au rapport entre les revenus nets que procure la chose louée au bailleur, après déduction de toutes les charges, et les fonds propres investis. Le loyer doit d'une part offrir un rendement raisonnable par rapport aux fonds propres investis et d'autre part couvrir les charges immobilières (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 252 et les références citées).
Par fonds propres investis ( investierte Eigenmittel, capitale proprio investito), il faut entendre la différence entre le prix de revient effectif de la chose louée et les fonds empruntés (<ref-ruling> consid. 2b).
Lorsque les fonds propres sont nuls, le revenu locatif servira exclusivement à couvrir les charges immobilières effectives (<ref-ruling> consid. 6a). Si la chose louée a été acquise uniquement par des fonds propres, il s'agit de calculer le rendement admissible de la totalité de ces fonds (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 104).
4.4. Le calcul du rendement net relève en principe de la méthode absolue, où le loyer est contrôlé sur la base de la situation financière de l'immeuble à un moment donné, sans égard aux accords antérieurs (pour les immeubles anciens, cf. toutefois infra consid. 4.6).
4.4.1. Globalement, il implique de déterminer effectivement tous les coûts d'investissement financés par les fonds propres, peu importe à cet égard la date des investissements (cf. <ref-ruling> consid. 6.6 p. 255). Il s'agit de tenir compte non seulement du coût de l'acquisition de la chose louée, mais aussi des travaux à plus-value financés par des fonds propres (<ref-ruling> consid. 6a).
A noter qu'il n'est pas possible de substituer aux coûts d'investissement d'autres valeurs, plus ou moins abstraites, telles que la valeur vénale de l'immeuble, sa valeur fiscale ou sa valeur d'assurance-incendie, celles-ci se référant à des valeurs objectives liées au marché et non aux coûts concrets (individuels) liés à l'acquisition de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 3b p. 259 s.).
Les coûts d'investissement sont déterminés au moment de l'acquisition ou de la fin de la construction de la chose louée, ou au moment des travaux à plus-value (cf. <ref-ruling> consid. 5a p. 101). A partir de ces points de référence, les fonds propres investis sont réévalués en fonction de l'évolution de l'indice suisse des prix à la consommation (IPC), étant précisé que le montant objet de la réévaluation ne peut dépasser le 40% du prix de revient de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 6a; <ref-ruling> consid. 5a p. 101 s.). Ce plafonnement de 40% s'applique quel que soit le rapport entre les fonds propres et les fonds empruntés, donc également si la chose louée a été financée entièrement par des fonds propres (sur l'ensemble de la question: ATF <ref-ruling> consid. 5 p. 101 ss).
4.4.2. Il convient ensuite d'appliquer à ces investissements (réévalués) un taux de rendement admissible, qui se définit par le taux d'intérêt hypothécaire de référence augmenté de 0,5 pour cent. Le total représente le rendement (annuel) net admissible au sens de l'art. 269 CO.
Il ressort de la jurisprudence que le fait que le taux hypothécaire de référence soit bas n'implique pas un calcul différent. Le Tribunal fédéral a en effet eu maintes fois l'occasion de procéder au calcul du rendement net alors que le taux hypothécaire déterminant était bas (taux hypothécaire de 2,5 %: <ref-ruling> consid. 3.7 p. 251; taux de 2,75 %: arrêt 4A_198/2014 du 17 juillet 2014 consid. 4.4; taux de 3,5 %: arrêt 4A_470/2009 du 18 février 2010 consid. 6).
4.4.3. Au rendement net admissible, il convient ensuite d'ajouter les charges immobilières annuelles, soit les charges financières (en particulier les intérêts hypothécaires dus sur les emprunts), les charges courantes (impôt, prime d'assurance, etc.) et les charges d'entretien (<ref-ruling> consid. 6.3).
Le résultat (de l'addition du rendement net admissible et des charges immobilières) représente l'état locatif (global, soit pour tout l'immeuble) annuel admissible qu'il s'agit ensuite de " ventiler " pour viser " la " chose louée (unité locative), en principe par l'application du critère de la pièce ou de la surface (<ref-ruling> consid. 3b).
4.5. Pour procéder au calcul du rendement net, il convient, concrètement, de rassembler les pièces comptables à disposition.
Il appartient au locataire qui conteste le loyer initial d'apporter la preuve que le loyer convenu procure au bailleur un rendement excessif. Mais, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui n'a pas la charge de la preuve (soit le bailleur) doit néanmoins collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'elle est seule à détenir (arrêts 4A_250/2012 du 28 août 2012 consid. 2.3 et les arrêts cités).
Si, sur la base des documents remis par les parties, le rendement net peut être établi, c'est en fonction de ce critère qu'il convient de déterminer si le loyer litigieux est abusif au sens de l'art. 269 CO (prééminence de principe du critère du rendement excessif: arrêt 4A_276/2011 du 11 octobre 2011 consid. 5 publié in JdT 2012 II 113; pour les immeubles anciens, cf. infra consid. 4.6).
Si aucun document n'est remis au juge, ou si les pièces fournies sont insuffisantes pour établir le rendement net, le juge doit alors statuer en faisant une appréciation globale des preuves à disposition, en tenant en particulier compte de l'attitude du bailleur dans la procédure et des éventuelles statistiques remises par les parties (sur l'ensemble de la question: arrêt 4A_461/2015 du 15 février 2016 consid. 3.3). En l'espèce, le rendement net ayant pu être établi par la cour cantonale sur la base des pièces à sa disposition, il n'y a pas lieu de s'attarder sur cette hypothèse.
4.6. Pour les immeubles anciens, la jurisprudence tient toutefois compte du fait qu'il peut s'avérer difficile, voire impossible, de déterminer les fonds propres investis. Les pièces comptables font alors parfois défaut ou elles ne reflètent plus la réalité économique actuelle.
Pour cette catégorie d'immeubles, soit pour les immeubles construits ou acquis il y a " plusieurs décennies " (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 434 ss, dans lequel le Tribunal fédéral a jugé qu'un immeuble de 26 ans ne peut être qualifié d'ancien), il n'y a pas lieu de calculer le rendement net selon la méthode absolue. Leur valeur est déterminée par référence aux loyers usuels du quartier, en comparant le loyer en cause avec le loyer moyen du quartier (cf. art. 269a let. a CO), ou en établissant, par capitalisation de celui-ci, le prix de revient théorique de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 3d et e p. 154 ss; 140 III 432 consid. 3.1 p. 434 ss).
5.
Les arguments soulevés par la recourante pour obtenir une modification de la jurisprudence doivent maintenant être examinés.
5.1. Il apparaît d'emblée que l'argument tiré de la valeur hypothétique de l'immeuble (soit la valeur de rendement obtenue par capitalisation du loyer moyen du quartier) tombe à faux puisqu'il sert à établir la valeur d'immeubles anciens. Or, l'immeuble examiné en l'espèce, acquis en 2005, n'entre pas dans la catégorie des immeubles anciens (cf. supra consid. 4.6).
5.2. C'est en se fondant sur une interprétation erronée de l'art. 269 CO que la recourante, pour autant que l'on comprenne bien son argumentation, affirme que, le prix d'achat de l'immeuble n'étant pas manifestement exagéré, cela " exclut tout abus au sens de la Constitution, de la loi et de l'Ordonnance ".
En effet, même si le prix d'achat de l'immeuble n'est pas manifestement exagéré, cela n'exclut pas que le loyer litigieux puisse procurer au bailleur un rendement abusif (cf. supra consid. 4.2).
La critique se révèle sans consistance.
5.3. La recourante s'en prend ensuite principalement à la règle selon laquelle le rendement est admissible lorsqu'il n'excède pas de plus d'un demi pour cent le taux hypothécaire de référence.
La bailleresse considère que cette méthode de calcul, qui a été appliquée par les juges cantonaux, est contraire à la volonté du législateur, telle qu'elle ressort de l'art. 269 CO et de l'art. 10 OBLF (définition du prix d'achat manifestement exagéré).
A nouveau, la bailleresse se méprend lorsqu'elle tente d'interpréter le critère du rendement net, qui permet de calculer le loyer admissible, en s'appuyant sur une (prétendue) volonté du législateur inférée d'un critère totalement distinct (la détermination " des loyers usuels " selon l'art. 10 OBLF) tendant exclusivement à établir le caractère manifestement exagéré d'un prix d'achat (art. 10 OBLF; cf. déjà supra consid. 4.2).
5.4. Dans le même contexte, la recourante soutient que la méthode appliquée par le Tribunal fédéral aurait pour conséquence d'empêcher la bailleresse de rentabiliser son investissement pour les travaux à plus-value, qu'elle souhaitait répercuter sur les locataires au moyen de la hausse litigieuse.
Son argumentation tombe à faux, car elle ne tient pas compte de toutes les exigences relatives au calcul du rendement, notamment le fait que les travaux à plus-value financés par des fonds propres sont pris en compte dans ce calcul et qu'ils doivent également faire l'objet d'une indexation (cf. supra consid. 4.4.1).
Au demeurant, on peut encore relever que l'argument de l'investissement à fonds perdus ne convainc pas en l'occurrence puisque le loyer fixé initialement par la bailleresse lui a d'ores et déjà procuré un rendement très avantageux et que le loyer fixé par les deux instances cantonales lui procure encore un loyer (1'795 fr.05) largement supérieur au loyer admissible (1'264 fr.73).
5.5. La bailleresse prétend que les arrêts traitant de la méthode du rendement net auraient été rendus à des périodes où le taux hypothécaire de référence était égal ou supérieur à 4,5%.
Le " constat " sur lequel la recourante base sa critique est erroné, puisque le Tribunal fédéral a eu maintes fois l'occasion de procéder au calcul du rendement net alors que le taux hypothécaire déterminant était inférieur à 4,5% (cf. supra consid. 4.4.2). Dans ces précédents, le Tribunal fédéral n'a pas donné le moindre indice qui permettrait de comprendre qu'il entendait modifier la méthode de calcul qui sous-tend la jurisprudence publiée.
5.6. La recourante revient à charge en déclarant que la référence au taux hypothécaire de référence est un critère artificiel, en décalage avec la réalité économique et qu'elle aboutit à un résultat choquant lorsque le taux de référence est, comme aujourd'hui, à 2%, ou en dessous, ce d'autant plus pour un bailleur ne faisant pas appel à un financement étranger.
5.6.1. Les variations du rendement des fonds propres correspondent à la logique du système des loyers calculés sur la base des coûts, que le législateur suisse a mis sur pied (cf. Message du 27 mars 1985 concernant l'initiative populaire " pour la protection des locataires ", la révision du bail à loyer et du bail à ferme dans le Code des obligations [...], FF 1985 I 1369 ch. 525 p. 1469) : le rendement net admissible diminue lorsque le taux d'intérêt de référence baisse et inversement il augmente lorsque ce taux monte (cf. récemment: la réponse du Conseil fédéral à une interpellation du Conseiller national Hugues Hiltpold déposée le 12 décembre 2014 [14.4246 - Suppression de la prise en compte du taux hypothécaire de référence dans le cadre du calcul du rendement admissible], 3e par., disponible sur le site www.parlament.ch).
On peut au demeurant observer que le taux hypothécaire de référence reflète le niveau général des taux d'intérêts, qui enregistre aujourd'hui un plus bas historique. De même, d'autres possibilités de placement, comme les obligations de la Confédération, affichent aujourd'hui des valeurs de rendement très faibles, voire négatives (cf. réponse du Conseil fédéral à l'interpellation Hiltpold précitée, 3e par.).
Le législateur était parfaitement conscient des risques inhérents à un système des loyers calculés sur la base des coûts. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle, prévoyant que l'art. 269 CO risquait de mettre un frein à la construction de nouveaux logements, il a également introduit, en 1989, la possibilité, pour les " constructions récentes ", de calculer le loyer en fonction du rendement brut, celui-ci permettant au bailleur d'obtenir un rendement supérieur à celui autorisé par les autres critères légaux (art. 269a let. c CO; <ref-ruling> consid. 4a p. 126; récemment: réponse à l'interpellation Hiltpold, déjà citée, 4e par.). Il s'agit d'une exception au rendement net prévu à l'art. 269 CO (BOHNET/BROQUET, in Bail à loyer, Bohnet/Montini [éd.], 2010, no 97 ad art. 269a CO).
5.6.2. Force est dès lors de constater, à la lumière des considérations qui précèdent, que les arguments soulevés par la bailleresse à l'encontre du couplage du taux hypothécaire et des loyers constituent une critique du système mis sur pied par le législateur. Savoir si cette réglementation est satisfaisante ou si elle consacre, comme la bailleresse le pense, une solution trop éloignée de la réalité économique, notamment pour le bailleur qui a financé le bien immobilier exclusivement par des fonds propres, est une question de politique législative, qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de trancher, mais bien au législateur fédéral.
Le Conseil fédéral a d'ailleurs soumis, ces dernières années, plusieurs projets visant à découpler les loyers des taux hypothécaires. Ces projets n'ont pas abouti pour des motifs divers (cf. réponse à l'interpellation Hiltpold précitée, 5e par.; BOHNET/DIETSCHY, in Bail à loyer, Bohnet/Montini [éd.], 2010, nos 17 ss ad Intro. gén., et les références citées).
5.6.3. Cela étant, l'opinion des quelques auteurs (cités par la recourante), qui adressent des critiques au système actuel, ne saurait justifier la modification, par le Tribunal fédéral, de la méthode de calcul du rendement net.
Force est d'ailleurs de constater que, dans l'un des trois ouvrages auquel la recourante se réfère, l'auteur, qui ne fait que recenser les critiques régulièrement adressées au critère du rendement net, relève expressément qu'une modification légale est préconisée (DAVID LACHAT, Le bail à loyer, 2008, p. 424). La mise en oeuvre de la conception (méthode de calcul différente de celle suivie par la jurisprudence) sur laquelle repose l'essentiel de l'argumentation de la recourante (BURKHALTER/MARTINEZ-FAVRE (éd.), Le droit suisse du bail à loyer, Commentaire SVIT, 2011, p. 474) présupposerait également une intervention sur le plan législatif, étant au demeurant précisé que cette conception repose aujourd'hui sur le postulat - erroné - que la notion de rendement net (qui découle de l'art. 269 CO) doit être interprétée conformément à la (prétendue) volonté du législateur résultant de l'art. 10 OBLF (cf. déjà supra consid. 5.3).
5.7. La recourante explique encore que, pour un même immeuble, le rendement net admissible est différent selon le mode de financement adopté par le propriétaire (part des fonds propres et part des fonds étrangers). Elle en déduit une inégalité de traitement entre les bailleurs dont les modes de financement sont différents.
En l'occurrence, on ne voit pas en quoi la méthode appliquée pour calculer le rendement créerait une inégalité de traitement. Si des rendements différents peuvent être admis pour deux immeubles identiques, c'est précisément parce que les bailleurs ont choisi, pour leur bien respectif, des modes de financement différents. La bailleresse n'explique pas, selon les exigences strictes de l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi il y aurait, dans ces conditions, une inégalité de traitement.
La recourante invoque également une prétendue inégalité de traitement entre les bailleurs ayant acquis leur bien récemment et ceux qui sont propriétaires depuis plusieurs années.
On ne saurait pas non plus, sans autre explication, parler d'inégalité de traitement puisque le bailleur ayant acquis son immeuble il y a longtemps bénéficie d'une adaptation au renchérissement de ses fonds propres (cf. supra consid. 4.4.1).
Quant à l'insécurité juridique (qui résulterait de la méthode de calcul actuelle) dont fait mention la bailleresse à plusieurs reprises, elle se révèle, à la suite des considérations qui précèdent, sans consistance (cf. aussi supra consid. 4.1).
5.8. Enfin, la recourante se réfère à la garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 Cst. Elle se limite à affirmer que le calcul du rendement limite la capacité du propriétaire d'obtenir la rentabilisation de son investissement de 2013 (travaux à plus-value) et qu'il serait, pour ce motif, contraire à l'art. 26 Cst. Il résulte toutefois des considérations qui précèdent que les travaux à plus-value financés par des fonds propres sont pris en compte dans le calcul du rendement, sans égard à leur date d'investissement (cf. supra consid. 4.4.1). Or, la bailleresse n'indique pas en quoi la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) pourrait être violée par ce mode de calcul qui tient compte des travaux à plus-value. La critique n'est dès lors pas recevable sous l'angle de l'art. 106 al. 2 LTF.
Quant au moyen tiré de l'art. 109 Cst., que la recourante se limite à mentionner, il n'est pas motivé selon les exigences strictes de l'art. 106 al. 2 LTF et il est donc irrecevable.
5.9. L'on ne peut en définitive que constater que les critiques de la bailleresse recourante, en tant qu'elles concernent la méthode de calcul du rendement net, ne peuvent amener le Tribunal fédéral à modifier sa jurisprudence contrairement à la volonté du législateur. Quant aux arguments plus généraux (comme l'inégalité de traitement) soulevés par la bailleresse, ils sont également impropres à démontrer l'existence de motifs objectifs sérieux qui justifieraient de modifier la jurisprudence constante du Tribunal fédéral.
L'autorité cantonale n'a donc pas enfreint le droit fédéral en calculant le rendement net sur la base de la jurisprudence actuelle. Elle n'avait donc pas, contrairement à ce que soutient la recourante, à déterminer le loyer admissible sur la base de l'art. 269a let. b CO (sur la prééminence de principe du critère du rendement excessif au sens de l'art. 269 CO, cf. supra consid. 4.5).
6.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile formé par la recourante doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 1er mars 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget