Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der international registrierten Marke Nr. 1'157'011 "CAR-NET" mit Basiseintrag in Deutschland für Waren und Dienstleistungen der Klassen 9, 12 und 38 der Nizza-Klassifikation. Die Registrierung der Marke wurde den Behörden der Bestimmungsländer am 2. Mai 2013 notifiziert. Das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE; Beschwerdegegner) erliess am 2. Mai 2014 eine teilweise, provisorische Schutzverweigerung ("Notification de refus provisoire partiel [sur motifs absolus]") mit der Begründung, "CAR-NET" sei für die beanspruchten Waren und einen Teil der beanspruchten Dienstleistungen beschreibend und gehöre dem Gemeingut an. Es liess den Schutz einzig für die Dienstleistungen der Klasse 38 "recueil et transmission de nouvelles [agences de presse], services d'agences de presse" zu.
Mit Eingaben vom 5. September 2014 und 3. Februar 2015 bestritt die Beschwerdeführerin die vom IGE vorgebrachten Zurückweisungsgründe und beantragte, die internationale Registrierung im Zusammenhang mit allen Waren und Dienstleistungen zum Markenschutz zuzulassen. Das IGE verweigerte in der Folge mit Verfügung vom 12. Mai 2015 der Marke IR Nr. 1'157'011 den Schutz für alle beanspruchten Waren der Klassen 9 und 12 in der Schweiz. Hingegen gewährte es den Schutz für sämtliche beanspruchten Dienstleistungen der Klasse 38.
B.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht, das mit Urteil vom 21. September 2016 die Beschwerde abwies und die Verfügung des IGE bestätigte.
C.
Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, es sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und es sei das IGE anzuweisen, die internationale Registrierung Nr. 1'157'011 "CAR-NET" für sämtliche in den Klasse 9 und 12 beanspruchten Waren zum Schutz in der Schweiz zuzulassen. Es seien ihr sodann keine Gerichtskosten aufzuerlegen und es sei die Vorinstanz anzuweisen, ihr den von ihr geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 2'500.-- zu erstatten. Es sei im Weiteren der Beschwerdegegner zur Leistung einer Parteientschädigung zu verpflichten.
Das IGE beantragt unter Verweis auf ihre Verfügung vom 21. Mai 2015 die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (<ref-law>). Der Entscheid erging nicht im Rahmen eines Widerspruchsverfahrens (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren vor der Vorinstanz unterlegen und hat den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht erhalten, womit sie zur Beschwerde berechtigt ist (Art. 76 Abs. 1 lit. a und b BGG). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend die internationale Registrierung Nr. 1'157'011 "CAR-NET" ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (<ref-law>) wurde eingehalten und der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
3.
Das IGE begründete die Verweigerung des Schutzes der internationalen Registrierung Nr. 1'157'011 "CAR-NET" für alle beanspruchten Waren der Klassen 9 und 12 der Nizza-Klassifikation damit, dass die hier relevanten Verbraucher, Durchschnittskonsumenten sowie Fachleute der Automobilbranche, "CAR-NET" in Bezug auf die Waren der Klassen 9 und 12 unmittelbar als direkten Hinweis auf den Verwendungszweck und den Verkaufsort der Waren verstehen würden. Das Zeichen gehöre folglich dem Gemeingut im Sinne von Art. 2 lit. a des Bundesgesetzes vom 28. August 1992 über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben (Markenschutzgesetz, MSchG; SR 232.11) an. Die Vorinstanz bestätigte diese Auffassung des IGE im Wesentlichen und kam zusammenfassend zum Schluss, dass die Marke der internationalen Registrierung "CAR-NET" für die Waren der Klassen 9 und 12 direkt beschreibend für den Bezugsort sei.
4.
4.1. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, das Zeichenelement "CAR" werde von den Markenadressaten in der Schweiz im Sinne von "Auto" und damit grundsätzlich nur im Sinne eines motorisierten Fahrzeugs verstanden. Daran vermöge auch die von der Vorinstanz erwähnte Praxis nichts zu ändern, wonach ein Zeichen regelmässig für den gesamten Oberbegriff unzulässig sei, wenn es für bestimmte Produkte, die unter den entsprechenden Oberbegriff zu subsumieren seien, zulässig sei. Die Vorinstanz verkenne, dass sie nicht nur für den Oberbegriff Schutz beanspruche, sondern explizit auch für "remorques et semi-remorques pour véhicules, attelages de remorques pour véhicules" und für "poids lourds (camions); caravanes, motocyles, cyclomoteurs". Es könne nicht sein, dass zur Beurteilung der Unterscheidungskraft eines Zeichens in Bezug auf eine bestimmte beanspruchte Ware darauf abzustellen sei, ob dieses Zeichen für einen gleichzeitig beanspruchten Oberbegriff, der diese (auch) konkret beanspruchte Ware begriffsmässig einschliesse, nach Massgabe der von der Vorinstanz erwähnten Praxis aufgrund fehlender Unterscheidungskraft zurückzuweisen sei. Eine solche Praxis würde nämlich zum absurden und vor dem in <ref-law> statuierten Rechtsgleichheitsgebot nicht haltbaren Resultat führen, dass ein- und derselben Marke dort, wo sie neben der konkret beanspruchten Ware gleichzeitig auch Schutz für einen diese spezifische Ware umfassenden Oberbegriff nachsuche, der Schutz zu verweigern wäre, während ihr dort, wo sie für genau dieselbe Ware hinterlegt würde, ohne jedoch auch Schutz für einen solchen Oberbegriff zu beanspruchen, ein Schutz zuerkannt würde.
4.2. Die Vorinstanz erwog diesbezüglich, die Beschwerdeführerin mache geltend, nicht unter "CAR" würden Busse, Lastwagen, Wohnwagen, Anhänger, Traktoren und Auflieger fallen. Bei dieser Argumentation übersehe die Beschwerdeführerin, dass nach ständiger Rechtsprechung ein Zeichen regelmässig für den gesamten Oberbegriff unzulässig sei, wenn es für bestimmte Produkte, die unter den entsprechenden Oberbegriff zu subsumieren seien, unzulässig sei. Autobusse, Lastwagen, Wohnwagen, Anhänger und Sattelanhänger, Anhängerkupplungen für Fahrzeuge, Traktoren, Motorräder, Mopeds und Omnibusse seien partiell deckungsgleich mit dem Oberbegriff "Fahrzeuge zur Beförderung auf dem Lande" aus der Klasse 12. Vorliegend sei von einer Unzulässigkeit des Zeichens für Autos und Automobile auszugehen, welche unter den Oberbegriff "Motorfahrzeuge zur Beförderung auf dem Lande" der Klasse 12 fallen würden. Damit sei das Zeichen "CAR-NET" für die vorliegend in Klasse 12 beanspruchten Waren insgesamt unzulässig, unabhängig davon, ob sich die betreffenden Fahrzeuge aus eigener Kraft fortbewegen bzw. nicht unmittelbar unter den Begriff "Auto" subsumierbar seien.
4.3. Nach der erwähnten Praxis ist ein Zeichen vom Markenschutz ausgeschlossen, wenn es nur für einen Teil der unter den beanspruchten Oberbegriff fallenden Waren oder Dienstleistungen unzulässig ist (Eidgenössisches Institut für Geistiges Eigentum, Richtlinie in Markensachen, Version 1. Januar 2017, Teil 5, Ziff. 3.3 S. 102 [bzw. Teil 4, Ziff. 4.4.2 S. 77 in der Version vom 1. Juli 2014]; Urteile der Eidgenössischen Rekurskommission für geistiges Eigentum vom 30. April 1998 E. 2c in: sic! 1998 S. 478 und vom 29. Juli 2004 E. 12 in: sic! 2004 S. 223; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts B-1000/2007 vom 13. Februar 2008 E. 8; B-2125/2008 vom 15. Mai 2008 E. 5.2.1; B-8117/2010 vom 3. Februar 2012 E. 6.2.1; B-283/2012 vom 13. Dezember 2012 E. 7.1.2; je mit Hinweisen).
In der Lehre wird diese Praxis grössenteils kritiklos wiedergegeben (vgl. Eugen Marbach, SIWR Bd. III/1, Markenrecht, 2. Aufl. 2009, Rz. 213; Matthias Städeli / Simone Brauchbar Birkhäuser, in: Basler Kommentar Markenschutzgesetz / Wappenschutzgesetz, 3. Aufl. 2017, N. 16 zu Art. 2 MschG; Stefan Fraefel, in: Basler Kommentar Markenschutzgesetz / Wappenschutzgesetz, 3. Aufl. 2017, N. 26 zu Art. 28 MschG). Willi stimmt dem "zumindest" dann zu, "wenn es sich um für den Oberbegriff charakteristische Produkte handelt" (Christoph Willi, Markenschutzgesetz, 2002, N. 13 zu Art. 2 MschG). Das Bundesgericht erwähnte die genannte Praxis bereits in einem früheren Urteil und stellte sie nicht in Frage (vgl. Urteil 4A_528/2013 vom 21. März 2014 E. 4 und E. 5.2.2 nicht publ. in <ref-ruling>).
Dafür besteht auch kein Grund: Für die Hinterlegung einer Marke ist beim IGE unter anderem das Verzeichnis der Waren und Dienstleistungen zu hinterlegen, für welche die Marke beansprucht wird (<ref-law>). Wird das Waren- und Dienstleistungsverzeichnis mit abstrakten Oberbegriffen formuliert, so ist bei der Prüfung des Zeichens von sämtlichen denkbaren Waren und Dienstleistungen auszugehen, die unter den entsprechenden Oberbegriff subsumiert werden können (Marbach, a.a.O., Rz. 213). Erweist sich das Zeichen auch nur für bestimmte Waren oder Dienstleistungen, die unter den entsprechenden Oberbegriff zu subsumieren sind, als unzulässig, so ist es regelmässig für den gesamten Oberbegriff zurückzuweisen. Dies auch dann, wenn die Bezeichnung für andere Waren oder Dienstleistungen, die unter denselben Oberbegriff fallen, nicht unzulässig sein sollte. Ansonsten wäre es möglich, ein für eine bestimmte Ware bzw. Dienstleistung bestehendes Eintragungshindernis dadurch zu umgehen, dass für einen möglichst weit gefassten Oberbegriff der Schutz beansprucht wird (Paul Ströbele, in: Ströbele/Hacker [Hrsg.], Markengesetz, 11. Aufl. 2015, Rdn. 37, 99 und 385 zu § 8 MarkenG).
4.4. Die Beschwerdeführerin beanstandet zunächst zu Recht nicht, dass die Vorinstanz von der Unzulässigkeit (weil beschreibend) des Zeichens "CAR-NET" für Autos und Automobile ausgegangen ist, die unter den von der Beschwerdeführerin beanspruchten Oberbegriff "Fahrzeuge zur Beförderung auf dem Lande" der Klasse 12 der Nizza-Klassifikation zu subsumieren sind. Demnach steht fest, dass das Zeichen "CAR-NET" jedenfalls für die charakteristischen Produkte Autos und Automobile, die unter den genannten Oberbegriff zu subsumieren sind, unzulässig ist. Damit sind die Voraussetzungen der oben erwähnten Praxis (Erwägung 4.3) erfüllt, sodass der Schutz des Zeichens "CAR-NET" von der Vorinstanz zu Recht für den Oberbegriff "Fahrzeuge zur Beförderung auf dem Lande" der Klasse 12 verweigert wurde.
Die Vorinstanz erwog sodann, dass Autobusse, Lastwagen, Wohnwagen, Anhänger und Sattelanhänger, Anhängerkupplungen für Fahrzeuge, Traktoren, Motorräder, Mopeds und Omnibusse "partiell deckungsgleich" mit dem Oberbegriff "Fahrzeuge zur Beförderung auf dem Lande" seien, weshalb das Zeichen "CAR-NET" für die vorliegend in Klasse 12 beanspruchten Waren insgesamt unzulässig sei, unabhängig davon, ob sich die betreffenden Fahrzeuge aus eigener Kraft fortbewegen bzw. nicht unmittelbar unter den Begriff "Auto" subsumierbar seien. Indem die Beschwerdeführerin dagegen lediglich pauschal behauptet, dass "CAR" von den Markenadressaten anders verstanden werde, vermag sie nicht hinreichend aufzuzeigen, inwiefern diese Auffassung der Vorinstanz unrichtig wäre.
Schliesslich argumentiert die Beschwerdeführerin unter Berufung auf <ref-law>, dass ihre Marke einzutragen wäre, wenn sie den Schutz nur für die konkreten Waren ohne den Oberbegriff beansprucht hätte. Darauf ist nicht einzutreten. Zu beurteilen ist vorliegend einzig die von der Beschwerdeführerin konkret vorgenommene Markenanmeldung mit der sie für die Marke "CAR-NET" Schutz für den genannten Oberbegriff beanspruchte. Wie in einer hypothetischen Konstellation zu verfahren wäre, braucht nicht entschieden zu werden.
5.
5.1.
5.1.1. Die Beschwerdeführerin bringt sodann vor, wenn eine Marke für verschiedene Waren und Dienstleistungen beansprucht werde, sei für jede der beanspruchten Waren und Dienstleistungen gesondert zu prüfen, ob die erforderliche Unterscheidungskraft vorliege. Die Vorinstanz habe dem Zeichen "CAR-NET" die Unterscheidungskraft in den Klassen 9 und 12 unter Hinweis auf den Umstand abgesprochen, dass diese Marke auch Schutz für die Klasse 38 beanspruche. Die Vorinstanz habe damit ein anderes Verständnis des Zeichens "CAR-NET" seitens der Markenadressaten in Bezug auf die in den Klassen 9 und 28 [recte: Klassen 9 und 12] beanspruchten Waren abgeleitet, als jenes, das sie diesem Zeichen bei einer auf diese Waren eingeschränkten Betrachtung zumessen würde. Sie habe damit <ref-law> und Art. 2 lit. a MschG verletzt sowie willkürlich gehandelt. Sodann erlaube die Tatsache, dass sie die Marke auch für die Klasse 38 beansprucht habe, zwar den Schluss, dass sie beabsichtige, dieses Zeichen auf irgend eine Weise zu gebrauchen. Es würden sich aber keine Schlüsse auf die tatsächliche Verwendung ziehen lassen. Mit der gegenteiligen "wenigstens impliziten Feststellung" habe die Vorinstanz "Bundesrecht" verletzt, den Sachverhalt willkürlich festgestellt und ihren Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt, da ihr keine Gelegenheit gegeben worden sei, sich zur dieser Feststellung zu äussern.
5.1.2. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend erkennt, ist die Schutzfähigkeit eines Zeichens aufgrund des Spezialitätsprinzips bezogen auf die jeweilige Ware oder Dienstleistung einzeln zu prüfen (Urteile 4A_455/2008 vom 1. Dezember 2008 E. 4.3; 4A_492/2007 vom 14. Februar 2008 E. 3.4). In diesem Sinne erwog die Vorinstanz in der Erwägung 6.3.4 des angefochtenen Entscheids, in der sie die Unterscheidungskraft des Zeichens "CAR-NET" prüfte, dass die massgeblichen Verkehrskreise "ungeachtet" der zugelassenen Markeneintragung in der Klasse 38 die Marke als beschreibende Bezeichnung des in solchem Zusammenhang wahrgenommenen Internethändlerkreises und nicht als Marke dieser Waren auffassen würden. Die Vorinstanz prüfte damit entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin die Unterscheidungskraft für die Waren der Klassen 9 und 12 "ungeachtet", also unabhängig, von der Markeneintragung in der Klasse 38, wobei sich die Vorinstanz in der Tat in der Zusammenfassung ihrer Erwägungen (Erwägungen 7 des angefochtenen Entscheids) ungeschickt ausdrückte und erwog, dass die Marke "CAR-NET" für "Waren der Klassen 9 und 12 in Verbindung mit den Dienstleistungen der Klasse 38 direkt beschreibend für den Bezugsort" sei. Die entsprechenden Rügen gehen damit ins Leere.
Die Vorinstanz stellte sodann entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch nicht eine tatsächliche Verwendung der Marke "CAR-NET" fest. Vielmehr erwog sie im Konjunktiv, also der Möglichkeitsform, dass mit dem Zeichen "CAR-NET" aufgrund der vom IGE zugelassenen Eintragung für Dienstleistungen der Klasse 38 begegnet werden würde. Sie erwog damit einzig, dass dem genannten Zeichen möglicherweise in Zukunft begegnet wird. Die Rügen der Beschwerdeführerin, wonach die Vorinstanz bezüglich der Verwendung der Marke eine Feststellung getroffen habe, gehen damit fehl, ohne dass beurteilt werden müsste, ob ihre Ausführungen die Rügeanforderungen überhaupt erfüllen würden (vgl. Erwägung 2.1 und 2.2).
5.2. Die Beschwerdeführerin argumentiert schliesslich, dass dem Zeichen "CAR-NET" die Unterscheidungskraft auch in Bezug auf die Klassen 9 und 12 zuzubilligen sei. Dabei stellt sie sich bezüglich der Bedeutung des Zeichens "CAR-NET" (Auto-Netz) auf den Standpunkt, dass kein Bedarf bestehe für ein "für Autos geschaffenes Telefon- oder Computernetzwerk", für ein "mit Internet ausgestattetes Auto", für ein "Netz für ein Auto" oder für ein "aus Autos bestehendes Netz". Dies hilft nicht weiter, denn die Vorinstanz hat bereits berücksichtigt, dass die möglichen Sinngehalte "Autonetzwerk" oder "Autos, die mit Internet ausgestattet sind" mangels Bedarf zurücktreten. Inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hätte, wenn sie im Sinngehalt "Auto-Netz" einen beschreibenden Hinweis auf den Bezugsort (im Internet) der beanspruchten Waren erblickte, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Es besteht daher für das Bundesgericht kein Anlass einzugreifen.
5.3. Zuletzt verlangt die Beschwerdeführerin eine andere Kostenverteilung für das vorinstanzliche Verfahren und die Zusprechung einer Parteientschädigung. Sie begründet dies aber nur für den Fall der Gutheissung ihrer Beschwerde. Da ihre Beschwerde nach dem Gesagten nicht gutgeheissen werden kann, ist auch diesen Anträgen von vornherein nicht zu entsprechen.
6.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger