Erwägungen:
1.
Das Obergericht des Kantons Aargau verurteilte X._ am 17. Mai 2016 im Berufungsverfahren wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand zu einer Busse von Fr. 600.- bzw. einer Ersatzfreiheitsstrafe von sechs Tagen.
X._ beantragt mit als subsidiärer Verfassungsbeschwerde bezeichneter Eingabe vor Bundesgericht, er sei freizusprechen oder die Sache sei wegen Befangenheit an das Bezirksgericht Baden zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren.
2.
Mit Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> kann grundsätzlich jede Rechtsverletzung geltend gemacht werden, die bei der Anwendung von materiellem Strafrecht oder Strafprozessrecht begangen wird (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 41). Dies gilt auch für die Verletzung von Verfassungsrecht (<ref-law>). Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist somit ausgeschlossen (<ref-law>). Sie ist als Beschwerde in Strafsachen entgegenzunehmen. Im Übrigen ist auf sie nicht einzutreten.
3.
Gemäss <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt, andernfalls darauf nicht eingetreten wird. Die Beschwerde hat auf die Begründung des angefochtenen Entscheids einzugehen und im Einzelnen aufzuzeigen, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei kann in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116; Urteil 6B_1324/2016 vom 11. Januar 2017 E. 3).
Qualifizierte Begründungsanforderungen gelten im Rahmen der Rüge willkürlicher Sachverhaltsfeststellung (zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und überpüft diesbezügliche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 3.2 S. 228; je mit Hinweisen). Die beschwerdeführende Partei kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise ihrer Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweisen).
4.
Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen gemäss Art. 42 Abs. 2 und <ref-law> genügt.
4.1. Die gegen den von der Staatsanwaltschaft in der Anklageschrift behaupteten Sachverhalt und dessen rechtliche Würdigung sowie gegen das erstinstanzliche Urteil des Bezirksgerichts Baden vom 26. November 2015 erhobenen Rügen sind nicht zu behandeln. Anfechtungsobjekt bildet einzig der vorinstanzliche Entscheid (vgl. Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG; Urteil 6B_235/2016 vom 9. August 2016 E. 4.1).
4.2. Das kantonale Gericht weist zu Recht darauf hin, dass seine Überprüfungsbefugnis als Berufungsinstanz in Anbetracht der vorgeworfenen Übertretung eingeschränkt ist und dass neue Behauptungen und Beweise im Verfahren gemäss <ref-law> nicht vorgebracht werden können. Es verneint eine offensichtlich unrichtige oder rechtsverletzende Sachverhaltsfeststellung des Bezirksgerichts und legt mit ausführlicher und überzeugender Begründung dar, weshalb es als erstellt erachtet, dass sich der Beschwerdeführer des Fahrens in fahrunfähigem Zustand schuldig gemacht hat. Der Beschwerdeführer beschränkt sich neben nicht sachbezüglichen Ausführungen darauf, die Geschehnisse aus seiner Sicht zu schildern und rechtlich zu würdigen. Er wiederholt im Wesentlichen seine bereits im Berufungsverfahren erhobenen Rügen, ohne sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Der Beschwerdeführer weicht mit seinen rechtlichen Ausführungen gegen den Schuldspruch wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand von den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz ab, ohne begründete Sachverhaltsrügen vorzutragen. Er schildert lediglich, wie sich der Sachverhalt seiner Ansicht nach abgespielt haben soll. Soweit er auf die Beweiswürdigung der Vorinstanz und des erstinstanzlichen Gerichts (jene der Staatsanwaltschaft ist vorliegend nicht zu beurteilen) eingeht, beschränkt er sich darauf, diese pauschal zu bestreiten oder als willkürlich zu bezeichnen.
Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in der vom Beschwerdeführer angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende selbstständige Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 7 S. 82; Urteil 6B_586/2016 vom 29. November 2016 E. 4; je mit Hinweisen). Dies gilt auch, soweit der Beschwerdeführer eine Nichtberücksichtigung seiner Vorbringen und sinngemäss eine Verletzung des rechtlichen Gehörs rügt. Er zeigt nicht auf, inwieweit sich die gerügten "Mängel" in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht auf den angefochtenen Entscheid ausgewirkt haben sollen. Dies ist auch nicht ersichtlich. Der Schuldspruch wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand beruht weder auf einer willkürlichen Sachverhaltsfeststellung noch verletzt er sonstwie Bundesrecht.
5.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch