Sachverhalt:
A.
Nach einer längeren Vorgeschichte genehmigte der Regierungsrat des Kantons Glarus am 6. November 2012 das Ausführungsprojekt einer Umfahrung von Näfels mit zwei kleineren Änderungen. Das Vorhaben umfasst den Bau eines neuen zweispurigen Hauptverkehrsstrassenabschnitts von rund 2,8 km. Dieser schliesst im Norden von Näfels an den bestehenden Zubringer zur Autobahn A3 an, verläuft darauf auf einer Strecke von 710 m durch offenes Gelände und einer solchen von knapp 1'800 m durch einen Tunnel (Niederbergtunnel), um schliesslich nach rund 300 m wieder durch offenes Gelände in einem Kreisel in die bestehende Hauptstrasse nach Glarus einzumünden. Weiter schloss der Genehmigungsentscheid die Erteilung des Enteignungsrechts und zahlreiche ergänzende Auflagen und Bedingungen gestützt auf die Umweltweltverträglichkeitsprüfung mit ein. Ferner nahm der Regierungsrat im Genehmigungsentscheid unter Auflagen und Bedingungen Kenntnis von der Erteilung der für das Ausführungsprojekt erforderlichen Spezialbewilligungen (Rodungsbewilligung, fischereirechtliche Bewilligung, strassenrechtliche Bewilligung für die Verlegung des Landesfusswegs Nr. 30, mehrere gewässerschutzrechtliche Bewilligungen, natur- und heimatschutzrechtliche Bewilligung für das Verlegen des Mühlebachs sowie für die Beeinträchtigung schutzwürdiger Lebensräume und Deponiebewilligung). Er erklärte überdies die Umsetzung flankierender Massnahmen vor Ende des Baus der Umfahrung für verbindlich. Mit dem Genehmigungsentscheid wies der Regierungsrat zudem 51 der gegen das Ausführungsprojekt erhobenen Einsprachen grossmehrheitlich ab, 2 hiess er teilweise gut und 14 schrieb er als durch Rückzug gegenstandslos geworden ab. Einzelne der unterlegenen Einsprecher sowie der Verkehrs-Club der Schweiz VCS und die VCS-Sektion Glarus fochten den Entscheid des Regierungsrats beim Verwaltungsgericht des Kantons Glarus an. Dieses vereinigte die zwölf erhobenen Beschwerden und hiess sie am 24. April 2013 teilweise gut. Es bestätigte die Genehmigung des Ausführungsprojekts nur unter der Auflage, dass dieses vom Bund übernommen und finanziert wird. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab.
B.
Der Verkehrs-Club der Schweiz VCS beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 24. April 2013 aufzuheben und die Sache an den Regierungsrat zurückzuweisen, damit dieser insbesondere die notwendigen koordinierten Verfahren für die rechtliche und finanzielle Sicherung der zwingenden flankierenden Massnahmen durchführe und die Sache der Landsgemeinde vorlege (Verfahren 1C_556/2013). A._ erhebt ebenfalls Beschwerde und beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sowie der regierungsrätliche Genehmigungs- und Einspracheentscheid seien aufzuheben. Eventualiter verlangt er die Rückweisung der Sache an den Regierungsrat - bzw. subeventualiter an die Vorinstanz - zur Durchführung eines Augenscheins und zu neuem Entscheid (Verfahren 1C_558/2013). Schliesslich führen B._ und fünf weitere Personen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie ersuchen um Aufhebung von Ziff. 2 und 3 des Entscheids des Verwaltungsgerichts vom 24. April 2013 und um Rückweisung der Sache an den Regierungsrat. Eventualiter verlangen sie die Aufhebung des angefochtenen Entscheids mit Bezug auf die Rodungsbewilligung bzw. subeventualiter die Abänderung des regierungsrätlichen Genehmigungsentscheids in dem Sinne, dass eine allfällige Rodung erst nach Übernahme des Ausführungsprojekts durch den Bund erfolgen dürfe (Verfahren 1C_562/2013).
Der Regierungsrat beantragt, alle drei Beschwerden abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung aller drei Rechtsmittel. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt BAFU erklärt, das Ausführungsprojekt der Umfahrung Näfels stehe aus seiner Sicht mit den Bestimmungen des Umweltrechts im Einklang. Ausserdem haben sich das Bundesamt für Raumentwicklung ARE und das Bundesamt für Strassen ASTRA zum Ausführungsprojekt geäussert, ohne jedoch Anträge zu stellen.
Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat am 3. Juli 2013 das Gesuch von A._ um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
Mit Verfügung vom 22. Oktober 2015 vereinigte die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts die drei Beschwerdeverfahren und sistierte diese.
Mit Verfügung vom 5. Juli 2016 wurden die Beschwerdeverfahren wieder aufgenommen.

Erwägungen:
1. Eintreten
1.1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über ein Strassenbauprojekt und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>). Näher zu prüfen ist die Legitimation der Beschwerdeführenden.
1.2. Die privaten Beschwerdeführer 2-8 sind alle im Kanton Glarus stimmberechtigt und daher dazu berechtigt, das Fehlen eines Landsgemeindebeschlusses zu rügen.
Der Beschwerdeführer 2 ist Eigentümer eines Grundstücks, welches durch das angefochtene Strassenprojekt dauernd in Anspruch genommen werden soll. Er ist daher auch zur Erhebung von umwelt- und enteignungsrechtlichen Rügen legitimiert.
Die Beschwerdeführer 3, 4, 5, 6 und 8 sind in Näfels wohnhaft und durch die von der geplanten Umfahrungsstrasse ausgehenden Immissionen mehr als jedermann betroffen (baurechtliche Nachbarbeschwerde). Nicht legitimiert zur Erhebung umweltrechtlicher Rügen ist demgegenüber die in Niederurnen wohnhafte Beschwerdeführerin 7 (F._).
1.3.
1.3.1. Für die Beurteilung des umstrittenen Bauvorhabens war eine Umweltverträglichkeitsprüfung durchzuführen. Der Beschwerdeführer 1 zählt zu den gesamtschweizerischen Organisationen, die im Sinne von <ref-law> (SR 814.01) beschwerdeberechtigt sind (vgl. Ziff. 20 des Anhangs zur Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen [VBO; SR 814.076]). Der Beschwerdeführer ist in Anwendung dieser Bestimmung in Verbindung mit <ref-law> grundsätzlich befugt, den Entscheid der Vorinstanz anzufechten.
1.3.2. Gemäss <ref-law> steht das Beschwerderecht den Organisationen nur für Rügen in Rechtsbereichen zu, die seit mindestens zehn Jahren Gegenstand ihres statutarischen Zwecks bilden.
Der Beschwerdeführer 1 ist damit legitimiert vorzubringen, die Umsetzung der flankierenden Massnahmen sei trotz Verbindlicherklärung durch den Regierungsrat weder rechtlich noch finanziell gesichert (vgl. hierzu nachfolgend E. 14). Ob er zugleich berechtigt ist, das Fehlen eines Landsgemeindebeschlusses zu rügen, erscheint zweifelhaft, kann mit der Vorinstanz aber offen gelassen werden, da diese Rüge aufgrund der Vereinigung der Beschwerden im vorliegenden Verfahren ohnehin zu überprüfen ist (vgl. nachfolgend E. 4).
1.4. Die weiteren von den Beschwerdeführenden vorgebrachten Rügen erweisen sich entgegen der Auffassung des Regierungsrats als zulässig. Soweit einzelne Einwände erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren erhoben worden sind, handelt es sich um neue rechtliche Vorbringen. Solche fallen nicht unter das Novenverbot von <ref-law> (vgl. Urteil 1C_582/2013 vom 25. September 2013 E. 1.4).
2. Augenschein
2.1. Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie entgegen seinem Antrag keinen Augenschein durchgeführt habe.
2.2. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> ergibt sich für die Parteien das Recht, Beweisanträge zu stellen, und für die Behörden die Pflicht, rechtzeitig und formgültig angebotene Beweisbegehren entgegenzunehmen und zu berücksichtigen. Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt indes vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.2 und 5.3 S. 236 f.). Der Entscheid darüber, ob ein Augenschein angeordnet wird, steht im pflichtgemässen Ermessen der anordnenden Behörde. Eine dahin gehende Pflicht besteht nur, wenn die tatsächlichen Verhältnisse auf andere Weise nicht abgeklärt werden können (vgl. Urteil 1C_76/2012 vom 6. Juli 2012 E. 2.3 mit Hinweis).
Vorliegend ist die Sachlage in den Akten ausführlich dokumentiert (Baupläne, diverse Fachberichte usw.). Die Vorinstanz konnte daher ohne Verstoss gegen <ref-law> und <ref-law> in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung auf die Vornahme eines Augenscheins verzichten. Aus den gleichen Gründen ist auch im bundesgerichtlichen Verfahren kein Augenschein vorzunehmen. Der entsprechende Antrag des Beschwerdeführers 2 ist abzuweisen.
3. Heilung von Gehörsverletzungen durch die Vorinstanz
3.1. Der Beschwerdeführer 2 bringt weiter vor, die Vorinstanz habe zu Recht geschlossen, dass der Regierungsrat seinen Anspruch auf rechtliches Gehör mehrfach missachtet habe. Indes seien die Verletzungen derart gravierend, dass im vorinstanzlichen Verfahren keine Heilung hätte erfolgen dürfen. Selbst wenn jedoch von der Zulässigkeit der Heilung auszugehen wäre, so hätte die Vorinstanz dies zumindest im Kosten- und Entschädigungspunkt berücksichtigen müssen.
3.2. Die Vorinstanz hat erkannt, dass der Regierungsrat den Anspruch des Beschwerdeführers 2 auf rechtliches Gehör missachtete, indem er dessen Einwendungen gegen die Enteignung weder im Einspracheentscheid noch im Genehmigungsentscheid berücksichtigte. Die Vorinstanz hat die Gehörsverletzung mit der Begründung geheilt, die Zulässigkeit der Enteignung sei eine Rechtsfrage, welche das Verwaltungsgericht frei überprüfen könne, und der Beschwerdeführer 2 habe Gelegenheit erhalten, seine Einwendungen gegen die Erteilung des Enteignungsrechts vorzubringen.
Des Weiteren wurden dem Beschwerdeführer 2 entscheidrelevante Verfügungen kantonaler Behörden (insbesondere die Deponiebewilligung) nicht eröffnet; zudem enthielt der Genehmigungsentscheid des Regierungsrats keine Rechtsmittelbelehrung. Die Vorinstanz hat auch diese Gehörsverletzungen als geheilt erachtet.
3.3. Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie auch die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus - im Sinne einer Heilung des Mangels - selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 197 f.).
3.4. Die in Frage stehenden Gehörsverletzungen sind unter Berücksichtigung der gesamten Umstände und des umfangreichen Verfahrens nicht als besonders schwerwiegend zu qualifizieren. Die fehlende Rechtsmittelbelehrung im Genehmigungsentscheid stellt deshalb keinen besonders schwerwiegenden Mangel dar, weil der Genehmigungsentscheid bei einer Beschwerde gegen den Einspracheentscheid als mitangefochten gilt. Der Beschwerdeführer 2 hatte Kenntnis vom Genehmigungsentscheid und focht diesen ausdrücklich zusammen mit dem Einspracheentscheid an, weshalb ihm hieraus kein Rechtsnachteil erwachsen ist. Des Weiteren konnte er im vorinstanzlichen Verfahren in sämtliche, im Genehmigungsentscheid angeführten Verfügungen Einsicht nehmen. Keine Gehörsverletzung ist im Übrigen entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 darin zu erkennen, dass der Bericht der kantonalen Umweltschutzfachstelle und die Stellungnahme des BAFU zum Zeitpunkt der Gesuchsauflage noch nicht vorlagen. Eine solche Pflicht lässt sich aus Art. 20 der Verordnung über die Umweltverträglichkeitsprüfung vom 19. Oktober 1988 (UVPV; SR 814.011) nicht ableiten. Das Vorgehen des Regierungsrats, den Bericht der Umweltfachstelle und die Stellungnahme des BAFU erst zusammen mit dem Genehmigungsentscheid aufzulegen, ist gesetzeskonform (vgl. auch Urteil 1C_319/2013 vom 17. April 2014 E. 2.3.1).
Der Beschwerdeführer 2 konnte sich im vorinstanzlichen Verfahren umfassend zur Sache äussern. Die Vorinstanz konnte sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtslage frei überprüfen (vgl. Art. 107 Abs. 1 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 4. Mai 1986 [VRPG/GL; GS III G/1]), wobei im Zusammenhang mit der Heilung der Gehörsverletzungen ohnehin einzig Rechtsfragen zu beurteilen waren (vgl. auch Urteil 1C_40/2015 vom 18. September 2015 E. 3.2).
Die Heilung der Gehörsverletzungen erweist sich demzufolge als zulässig. Indes hätte die Vorinstanz der Gehörsverletzung im Kosten- und Entschädigungspunkt Rechnung tragen müssen. Hierauf wird zurückzukommen sein (vgl. E. 16.2 hiernach).
4. Fehlender Landsgemeindebeschluss
4.1. Sämtliche Beschwerdeführenden bringen vor, das Strassenprojekt hätte in Anwendung des kantonalen Strassengesetzes zwingend den Stimmberechtigten, d.h. der Landsgemeinde, zur Abstimmung unterbreitet werden müssen. Mangels eines Baubeschlusses erweise sich der Genehmigungsentscheid als ungültig und sei aufzuheben.
4.2. Mit der sog. Stimmrechtsbeschwerde nach <ref-law> als Form der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> kann die Verletzung von politischen Rechten gerügt werden. Bei Stimmrechtsbeschwerden prüft das Bundesgericht nicht nur die Auslegung von Bundesrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten frei, sondern auch diejenige anderer kantonaler Vorschriften, welche den Inhalt des Stimm- und Wahlrechts normieren oder mit diesem in engem Zusammenhang stehen (vgl. <ref-law>). In ausgesprochenen Zweifelsfällen schliesst es sich jedoch der von der obersten kantonalen Behörde vertretenen Auffassung an; als oberste kantonale Organe anerkennt es Volk und Parlament. Die Anwendung anderer kantonaler Vorschriften und die Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 3 S. 189 mit Hinweisen).
4.3. Die in Frage stehende Umfahrungsstrasse wurde als Kantonsstrasse geplant. Die Landsgemeinde stimmte 2009 einem Projektierungskredit über Fr. 1,2 Mio. zu, woraus sich indes nicht auf eine Zustimmung der Bevölkerung zum Bau der geplanten Umfahrungsstrasse schliessen lässt.
Zu beachten ist, dass die Ausarbeitung des Ausführungsprojekts für die Umfahrung Näfels im Hinblick darauf erfolgte, dass es nach dessen rechtskräftiger kantonaler Genehmigung vom Bund gestützt auf Art. 8a Abs. 3 des Bundesgesetzes über die Nationalstrassen vom 8. März 1960 (NSG; SR 725.11) übernommen werde. Diese Bestimmung sieht für neu ins Nationalstrassennetz aufgenommene Strassen die Regelung vor, dass die Bundesversammlung entscheidet, ob ein noch nicht ausgeführtes, aber rechtskräftig bewilligtes kantonales Projekt für eine solche Strasse vom Bund übernommen wird. Die kantonale Bewilligung gilt als Plangenehmigung im Sinne von <ref-law>. Bei einer Übernahme trägt der Bund die Kosten ab dem Zeitpunkt der Aufnahme ins Nationalstrassennetz.
Im Zeitpunkt der Genehmigung des Projekts durch den Regierungsrat stand die Übernahme und Finanzierung durch den Bund indessen noch nicht fest; diese ist auch im heutigen Zeitpunkt noch nicht gesichert (vgl. hierzu Verfügung des Bundesgerichts vom 5. Juli 2016 E. 2.3). Die Vorinstanz hat den regierungsrätlichen Genehmigungsbeschluss mit der Bedingung ergänzt, dass der Bund das Ausführungsprojekt übernehme und finanziere (vgl. angefochtener Entscheid Dispositiv-Ziffer 2). Sie hat festgehalten, dass das Projekt bei einem Ausbleiben der Übernahme durch den Bund angesichts der diesfalls durch den Kanton zu tragenden Kosten von der Landsgemeinde bewilligt werden müsste. Ein solcher Landsgemeindebeschluss liege aber nicht vor, weshalb die regierungsrätliche Genehmigung bei fehlender Übernahme des Projekts durch den Bund hinfällig würde (vgl. angefochtener Entscheid S. 18).
4.4. Es ist somit unbestritten, dass bei einer Finanzierung durch den Kanton ein Landsgemeindebeschluss notwendig wäre. Die Beschwerdeführenden sind indes der Auffassung, dass ein solcher auch bei einer Übernahme und Finanzierung durch den Bund erforderlich ist. Sie berufen sich dabei auf Art. 34 des Strassengesetzes des Kantons Glarus vom 2. Mai 1971 (StrG/GL; GS VII C/11/1). Nach dieser Bestimmung mit dem Randtitel "Baubeschlusskompetenz, jährliches Bauprogramm" beschliesst die Landsgemeinde den Bau neuer und die Korrektion bestehender Kantonsstrassen, in der Regel gestützt auf ein Mehrjahresprogramm für fünf Jahre, welches die generelle Strassenführung und die Kreditbegehren enthält (Abs. 1). Der Landrat genehmigt das jährliche Bauprogramm, welches sich über die detaillierte Strassenführung, die Art des Ausbaus und die voraussichtlichen Kosten auszusprechen hat (Abs. 2).
Strittig ist in diesem Zusammenhang des Weiteren die Auslegung und Anwendung von Art. 69 der Verfassung des Kantons Glarus vom 1. Mai 1988 (KV/GL; SR 131.217). Nach dieser Bestimmung mit dem Randtitel Gesetzgebung und Sachbefugnisse ist die Landsgemeinde zuständig für die Änderung der Kantonsverfassung. Sie erlässt zudem in der Form des Gesetzes alle grundlegenden und wichtigen Bestimmungen (Abs. 1). Sie ist im Weiteren zuständig für: Die Zustimmung zu Konkordaten und andern Verträgen, wenn diese einen Gegenstand der Verfassung oder der Gesetzgebung oder eine Ausgabe nach lit. b betreffen (Abs. 2 lit. a); Beschlüsse über alle frei bestimmbaren einmaligen Ausgaben für den gleichen Zweck von mehr als Fr. 1 Mio. und über alle frei bestimmbaren wiederkehrenden Ausgaben für den gleichen Zweck von mehr als Fr. 200'000.-- im Jahr (Abs. 2 lit. b); den freien Erwerb von Grundstücken als Anlage oder zur Vorsorge im Betrag von mehr als Fr. 5 Mio. (Abs. 2 lit. c); weitere durch den Landrat vorgelegte Beschlüsse (Abs. 2 lit. d); die Festsetzung des Steuerfusses (Abs. 2 lit. e). Die Landsgemeinde kann ihre Befugnisse dem Landrat oder dem Regierungsrat übertragen, sofern die Ermächtigung auf ein bestimmtes Gebiet beschränkt und nach Zweck und Umfang näher umschrieben wird (Abs. 3).
4.5. Die Vorinstanz hat zu Recht darauf hingewiesen, dass der Katalog der Sachbefugnisse der Landsgemeinde im Sinne von Art. 69 Abs. 1 und 2 KV/GL gemäss Wortlaut abschliessend zu verstehen ist. Insbesondere kann sich die Landsgemeinde nicht durch ein Gesetz oder einen Beschluss weitere Arten von Befugnissen zuteilen (vgl. Rainer J. Schweizer, Verfassung des Kantons Glarus, Kommentar zum Entwurf, Band I, 1981, S. 227). Mit dem Erlass des Strassengesetzes bzw. konkret von Art. 34 Abs. 1 StrG/GL konnte sich die Landsgemeinde mithin keine über Art. 69 KV/GL hinausgehenden Befugnisse einräumen. Entsprechend führt eine verfassungskonforme Auslegung zum Ergebnis, dass es sich bei der Baubeschlusskompetenz der Landsgemeinde gemäss Art. 34 Abs. 1 StrG/GL um ein obligatorisches Finanzreferendum im Sinne von Art. 69 Abs. 2 lit. b KV/GL handelt. Daran ändert nichts, dass das in der Regel zu beschliessende Mehrjahresprogramm auch die generelle Strassenführung enthält, da dies der Landsgemeinde der Entscheidfindung darüber dient, ob einem Kreditbegehren (einmalige Ausgabe von mehr als Fr. 1 Mio. oder wiederkehrende Ausgaben von mehr als Fr. 200'000.--) entsprochen werden soll oder nicht.
Wird das Strassenprojekt vom Bund übernommen, entstehen dem Kanton Glarus neben den Projektierungskosten, für welche die Landsgemeinde 2009 einen Projektierungskredit zusprach, keine weiteren Kosten. Entsprechend musste das Ausführungsprojekt auch nicht der Landsgemeinde vorgelegt werden. Nicht Bestandteil der Kosten des Strassenprojekts bilden entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 die in einem separaten Verfahren festzulegenden Enteignungsentschädigungen (vgl. auch E. 6 hiernach).
4.6. Durch die Übernahme der Strasse durch den Bund geht die Kompetenz und die Verantwortung für den Bau und die erforderlichen Ausgaben auf die Bundesbehörden über. Die eidgenössischen Räte entscheiden über die Übernahme der Strasse, womit das Projekt auch demokratisch legitimiert ist. Das eidgenössische Parlament übernimmt damit die Rolle, die bei Kantonsstrassen dem kantonalen Parlament, d.h. der Landsgemeinde, zusteht.
4.7. Soweit die Beschwerdeführenden auf eine Verfassungspraxis verweisen, wonach bisher alle Strassenbauprojekte der Landsgemeinde unterbreitet wurden, ist ihnen entgegen zu halten, dass, soweit bekannt, sämtliche dieser Vorlagen mit einer Finanzierung des Kantons verbunden und im Rahmen des als Finanzreferendum verstandenen Art. 34 Abs. 1 StrG/GL der Landsgemeinde zu unterbreiten waren (vgl. zum Ganzen angefochtener Entscheid S. 15 f.).
4.8. Die Beschwerdeführenden bringen unter Bezugnahme auf Art. 69 Abs. 2 lit. b KV/GL weiter vor, dass der Kanton Glarus Bundessubventionen von Fr. 750'000.-- pro Jahr verlieren werde.
Es trifft zu, dass der Bundesrat in der Botschaft zur Anpassung des Bundesbeschlusses über das Nationalstrassennetz und zu deren Finanzierung vom 18. Januar 2012 (BBl 2012 745 ff.) festgehalten hat, dass dem Kanton Glarus mit der Übernahme der Hauptstrasse als Nationalstrasse N 17 (Niederurnen - Näfels - Glarus) durch den Bund jährliche Bundesbeiträge von Fr. 750'000.-- entgehen werden. Dies wird damit begründet, dass die betroffenen Kantone durch die Abtretung von Hauptstrassen an den Bund von den Aufwendungen für den Betrieb, Unterhalt und Ausbau der abzutretenden Strassen entlastet werden. Zur teilweisen Kompensation dieser Entlastung sieht der Bundesrat vor, den abtretenden Kantonen die Globalbeiträge an Hauptstrassen sowie die Bundesbeiträge an Hauptstrassen in Berggebieten und Randregionen im Umfang der abzutretenden Hauptstrassenlängen zu kürzen (BBl 2012 768 f.).
Einer allfälligen Kürzung der Bundesbeiträge stehen somit verminderte Aufwendungen gegenüber. Vor allem aber stellt eine solche Kürzung von Bundesbeiträgen von jährlich Fr. 750'000.-- (Einnahmenseite) keine jährlich wiederkehrende Ausgabe im Sinne von Art. 69 Abs. 2 lit. b KV/GL dar. Diese Bestimmung ist daher insoweit nicht einschlägig.
4.9. Soweit die Beschwerdeführenden aus Art. 69 Abs. 2 lit. d KV/GL eine Kompetenz der Landsgemeinde zum Beschluss über Strassenbauprojekte unabhängig von einem allfälligen Finanzreferendum ableiten wollen, sind sie darauf hinzuweisen, dass Art. 69 Abs. 2 lit. d KV/GL ein ausserordentliches Referendumsrecht des Landrats vorsieht. Dieser kann Geschäfte aus seinem Zuständigkeitsbereich freiwillig der Landsgemeinde vorlegen. Eine Verpflichtung hierzu besteht jedoch nicht (Stefan G. Schmid, Alte Unbekannte: Das Behördenreferendum und das ausserordentliche Referendum im kantonalen Staatsrecht, in ZBI 114/2013, S. 127 ff., 141, Fn. 68).
4.10. Zusammenfassend wurde das umstrittene Strassenprojekt somit zu Recht nicht der Landsgemeinde vorgelegt.
4.11. Soweit der Beschwerdeführer 1 schliesslich in diesem Zusammenhang eine willkürliche Missachtung der Bestimmungen des kantonalen Finanzhaushaltgesetzes und des kantonalen Strassengesetzes rügt, erweisen sich seine Vorbringen als unbegründet.
Wie dargelegt (E. 4.5 hiervor), entstehen dem Kanton Glarus im Fall der Übernahme des Strassenprojekts keine Kosten. Der Verlust von Bundessubventionen stellt keine Ausgabe dar (E. 4.8 hiervor). Die flankierenden Massnahmen, die nicht im Ausführungsprojekt enthalten sind, sind in einem separaten Verfahren festzulegen und bilden daher ebenfalls nicht Teil der Kosten des Strassenprojekts (vgl. hierzu nachfolgend E. 14). Ebenso wenig ist ersichtlich, inwiefern die Kann-Bestimmung von Art. 58 StrG/GL betreffend generellem Projekt willkürlich missachtet worden sein sollte.
5. Variantenentscheid
5.1. Der Beschwerdeführer 2 wendet sich gegen den Variantenentscheid der kantonalen Behörden. Die Variante "Linth" (Linienführung der Linth entlang) sei der gewählten Variante "Berg" (Linienführung auf der Westseite der Gemeinde Näfels mittels Tunnel durch den Niederberg) in siedlungsplanerischer, verkehrstechnischer, raumplanerischer und finanzieller Hinsicht überlegen.
5.2. Die Strassenplanung setzt eine umfassende Interessenabwägung voraus, bei der unter anderem geprüft werden muss, welche Alternativen und Varianten in Betracht fallen (Art. 2 Abs. 1 lit. b der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 [RPV; SR 700.1]; zur umfassenden Interessenabwägung vgl. nachfolgend E. 15). Diese Anforderung ergibt sich auch aus Art. 3 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451; vgl. auch <ref-ruling> E. 4 S. 275) sowie aus dem Erfordernis der Standortgebundenheit des Werks für die mit dem Strassenbau erforderliche Rodung (Art. 5 Abs. 2 lit. a des Bundesgesetzes über den Wald vom 4. Oktober 1991 [WaG; SR 921.0]) und für technische Eingriffe in schützenswerte Biotope (<ref-law> i.V.m. Art. 14 Abs. 6 der Verordnung über den Natur- und Heimatschutz vom 16. Januar 1991 [NHV; SR 451.1]). Dabei ist insbesondere zu prüfen, ob andere, Landschaft bzw. Wald und Umwelt schonendere Standorte bzw. Streckenführungen vorhanden sind. Die Behörde ist allerdings nur verpflichtet, ernsthaft in Betracht fallende Varianten näher zu prüfen; Varianten, die gewichtige Nachteile oder keine wesentlichen Vorteile aufweisen, können bereits aufgrund einer summarischen Prüfung ausgeschieden werden (vgl. zum Ganzen Urteil 1C_648/2013 vom 4. Februar 2013 E. 4.1, in: URP 2014 S. 309).
Beim Variantenentscheid steht der Planungsbehörde ein Ermessensspielraum offen. Dieser Ermessensentscheid, welcher regelmässig durch die politischen Entscheidungsträger vorgeprägt wird, wird im gerichtlichen Verfahren nur mit Zurückhaltung überprüft. Das Gericht soll nicht aus eigenem Gutdünken, sondern nur aus triftigen Gründen von der Beurteilung durch die zuständige Fachbehörde abweichen (vgl. <ref-ruling> E. 9.3 S. 199 mit Hinweisen).
5.3. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid dargelegt, dass die Variante "Berg" bereits bei der Evaluation der Vorprojekte für die an der Landsgemeinde 2001 zurückgewiesene Vorlage einer Entlastungs- und Erschliessungsstrasse gegenüber einer Umfahrung entlang der Linth in umweltverträglicher Hinsicht markant besser abschnitt (angefochtener Entscheid S. 21). Im Kantonalen Richtplan, Sachbereich Verkehr, welcher vom Landrat am 23. April 2008 genehmigt wurde, wurde sodann darauf hingewiesen, dass der Bau eines Tunnels im Linthdamm umfangreiche Hochwasserschutzmassnahmen und entsprechende bauliche Eingriffe in das Linthufer erfordern würde. Dies führte zum nachvollziehbaren Schluss, dass ein Projekt entlang der Linth wohl nicht bewilligungsfähig wäre (Kantonaler Richtplan, Sachbereich Verkehr, vom 23. April 2008, S. 12). Die Bevorzugung der Variante "Berg" gegenüber der Variante "Linth" beruhte somit auf sachlichen Gründen, auch wenn bei der Variante "Linth" mit tieferen Investitionskosten zu rechnen gewesen wäre.
Im Variantenvergleich Linienführung vom 2. Juni 2010 wurden in der Folge sechs verschiedene Untervarianten "Berg" (westseitige Umfahrung von Näfels) geprüft und anhand der Kriterien Beeinträchtigung Landschaftsbild, Denkmalschutz, Verlust von schützenswerten Lebensräumen, landwirtschaftliche Nutzung und Kulturlandverlust, Verkehrsentlastung Dorf Näfels, Raumentwicklung, Immissionen Anwohner, Hochwasserschutz sowie Bau- und Betriebskosten bewertet (Variantenvergleich Linienführung vom 2. Juni 2010, S. 6 f.). Die einzelnen Kriterien wurden ihrem Stellenwert entsprechend unterschiedlich gewichtet (vgl. Variantenvergleich Linienführung vom 2. Juni 2010, S. 8 ff.). Bei der Gesamtbewertung schnitt die dem Ausführungsprojekt zu Grunde liegende Variante 2 "Tankgraben Nord" deutlich am besten ab (vgl. Variantenvergleich Linienführung vom 2. Juni 2010, S. 14 f.).
Wie die Vorinstanz erwogen hat und vom Beschwerdeführer 2 auch nicht bestritten wird, sind die Auswahl der Kriterien, deren Gewichtung und die einzelnen Bewertungen nachvollziehbar. Aufgrund der Ergebnisse des Variantenvergleichs wurde die Variante "Tankgraben Nord" als Bestvariante gewählt und entsprechend im Vorprojekt ausgearbeitet.
Mit diesem Entscheid hat die Planungsbehörde folglich ihr Ermessen nicht überschritten.
6. Enteignung
6.1. Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die Realisierung der Umfahrungsstrasse zerstöre seine wirtschaftliche Existenz. Das Projekt sehe den Abbruch seines Wohnhauses vor. Die Art und Grösse seines Landwirtschaftsbetriebs verlange indes, dass das Wohnhaus in Hofnähe liege. Die Vorinstanz habe seine privaten Interessen in der Interessenabwägung nicht hinreichend gewichtet.
6.2. Vom Land des Beschwerdeführers 2 sollen 14'775 m2 vorübergehend beansprucht und 8'955 m2 definitiv erworben werden.
Gemäss Art. 68 Abs. 1 StrG/GL wird mit der Genehmigung des Strassenplans bzw. des Ausführungsprojekts dem Träger der Strassenbaulast das Enteignungsrecht erteilt, soweit eine Enteignung zur Erfüllung der Aufgaben aus der Strassenbaulast erforderlich und ein gütliches Übereinkommen nicht erhältlich sind. Das genehmigte Ausführungsprojekt ist dem Enteignungsverfahren zu Grunde zu legen und für die Enteignungsbehörde verbindlich (Art. 68 Abs. 2 StrG/GL). Die vom Baulastträger für Landerwerb zu leistende Entschädigung wird im Enteignungsverfahren festgesetzt (Art. 69 Abs. 1 StrG/GL).
6.3. Der Beschwerdeführer 2 rügt zu Recht nicht, dass die Vorinstanz diese Bestimmungen des kantonalen Strassengesetzes willkürlich angewendet hat. Er beanstandet vielmehr die vorgenommene Interessenabwägung. Hierauf wird zurückzukommen sein (vgl. E. 15 hiernach). Jedenfalls aber ist festzuhalten, dass die Vorinstanz entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers 2 nicht verkannt hat, dass das strittige Projekt einschneidende Folgen für ihn hat, da es dazu führt, dass er seinen landwirtschaftlichen Betrieb in verschiedener Hinsicht anpassen muss und sorgfältig aufgebaute Strukturen an Wert verlieren. Indes hat die Vorinstanz auch zu Recht darauf hingewiesen, dass der Beschwerdeführer 2 Anspruch auf volle Entschädigung für das abzutretende Eigentum und für alle Nachteile hat, die infolge der Enteignung an dem ihm verbleibenden Eigentum entstehen (vgl. Art. 151 des kantonalen Einführungsgesetzes zum Zivilgesetzbuch vom 7. Mai 1911 [EG ZGB/GL; GS III B/1/1]; vgl. angefochtener Entscheid S. 27).
7. Historischer Verkehrsweg / Gutachten ENHK
7.1. Der Beschwerdeführer 2 bringt vor, die geplante Umfahrungsstrasse führe dazu, dass die Linienführung der sog. Alten Landstrasse auf einer nicht unwesentlichen Wegstrecke verändert werde. Die Alte Landstrasse sei im Bundesinventar der historischen Verkehrswege verzeichnet, weshalb zwingend ein Gutachten der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) hätte eingeholt werden müssen. Es liege eine Verletzung von <ref-law> vor.
7.2.
7.2.1. Gemäss <ref-law> sind für den Natur- und Heimatschutz grundsätzlich die Kantone zuständig; Bundeskompetenzen bestehen lediglich im Bereich des Biotop- und Artenschutzes (Abs. 4) und zum Schutz von Mooren und Moorlandschaften von nationaler Bedeutung (Abs. 5). Gemäss <ref-law> nimmt jedoch der Bund bei der Erfüllung seiner Aufgaben Rücksicht auf die Anliegen des Natur- und Heimatschutzes und schont Landschaften, Ortsbilder, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kunstdenkmäler; er erhält sie ungeschmälert, wenn das öffentliche Interesse es gebietet.
Was unter der Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist, führt <ref-law> in nicht abschliessender Weise aus: Dazu gehören insbesondere die Planung, Errichtung und Veränderung von Werken und Anlagen durch den Bund, wie z.B. Bauten und Anlagen der Bundesverwaltung, Nationalstrassen oder Bauten und Anlagen der Schweizerischen Bundesbahnen (lit. a), die Erteilung von Konzessionen und Bewilligungen, wie zum Bau und Betrieb von Verkehrsanlagen, Transportanstalten, Werken und Anlagen zur Beförderung von Energie, Flüssigkeiten oder Gasen oder zur Übermittlung von Nachrichten sowie Bewilligungen zur Vornahme von Rodungen (lit. b), die Gewährung von Beiträgen an Planungen, Werke und Anlagen, wie Meliorationen, Sanierungen landwirtschaftlicher Bauten, Gewässerkorrektionen, Anlagen des Gewässerschutzes und Verkehrsanlagen (lit. c). Entscheide kantonaler Behörden über Vorhaben, die voraussichtlich nur mit Beiträgen nach Abs. 1 lit. c verwirklicht werden, sind der Erfüllung von Bundesaufgaben gleichgestellt (<ref-law>).
7.2.2. Das umstrittene Strassenprojekt betrifft Bundesaufgaben im Sinne von <ref-law>. Einerseits soll die Umfahrungsstrasse in das Nationalstrassennetz aufgenommen und mit Bundesmitteln finanziert werden (vgl. <ref-law>), womit <ref-law> Anwendung findet. Andererseits wurde für das Projekt im Rahmen des koordinierten Verfahrens eine Rodungsbewilligung erteilt, weshalb auch <ref-law> erfüllt ist (zur Frage der Rechtmässigkeit der Rodungsbewilligung vgl. E. 13 hiernach).
7.3.
7.3.1. Bei der Erfüllung von Bundesaufgaben im Sinne von <ref-law> sorgen der Bund, seine Anstalten und Betriebe sowie die Kantone dafür, dass das heimatliche Landschafts- und Ortsbild, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kulturdenkmäler geschont werden und, wo das allgemeine Interesse an ihnen überwiegt, ungeschmälert erhalten bleiben (<ref-law>). Hierfür erstellt der Bundesrat nach Anhören der Kantone Inventare von Objekten nationaler Bedeutung (<ref-law>). Dazu zählt namentlich das Bundesinventar der historischen Verkehrswege der Schweiz (IVS) gemäss der entsprechenden Verordnung vom 14. April 2010 (VIVS; SR 451.13). Durch die Aufnahme eines Objekts von nationaler Bedeutung in ein Inventar des Bundes wird dargetan, dass es in besonderem Masse die ungeschmälerte Erhaltung, jedenfalls unter Einbezug von Wiederherstellungs- oder angemessenen Ersatzmassnahmen die grösstmögliche Schonung verdient (<ref-law>). Ein Abweichen von der ungeschmälerten Erhaltung im Sinne der Inventare darf bei Wahrnehmung einer Bundesaufgabe nur in Erwägung gezogen werden, wenn ihr bestimmte gleich- oder höherwertige Interessen von ebenfalls nationaler Bedeutung entgegenstehen (<ref-law>). Die VIVS konkretisiert <ref-law> und unterscheidet in Art. 6 zwischen Objekten mit der Klassifizierung "historischer Verlauf mit viel Substanz" (Abs. 1), welche mit ihrer ganzen Substanz ungeschmälert erhalten werden sollen, und Objekten mit der Klassierung "historischer Verlauf mit Substanz" (Abs. 2), welche mit ihren wesentlichen Substanzelementen erhalten werden sollen.
7.3.2. Die Alte Landstrasse ist als Objekt GL 1.2 im IVS verzeichnet (Schutzobjekt mit Substanz im Sinne von <ref-law>). Die Alte Landstrasse ist die Vorgängerin der im 19. Jahrhundert erbauten Kunststrasse (IVS-Objekt GL 1.3) und führt vom südlichen Teil von Näfels bis nach Reichenburg, wobei sie in Oberurnen, Niederurnen und Bilten teilweise durch die Kunststrasse überprägt ist. Sie ist zu einem überwiegenden Teil erhalten und wird hauptsächlich als Siedlungs- und Bewirtschaftungsstrasse benutzt (vgl. IVS Dokumentation Kanton Glarus, Streckenbeschrieb GL 1.2).
7.4.
7.4.1. Wenn bei der Erfüllung einer Bundesaufgabe ein inventarisiertes Objekt erheblich beeinträchtigt werden könnte oder sich in diesem Zusammenhang grundsätzliche Fragen stellen, so hat die zuständige Behörde (<ref-law>) rechtzeitig ein Gutachten durch eine Kommission nach <ref-law> einzuholen, worin darzulegen ist, ob das Objekt ungeschmälert zu erhalten oder wie es zu schonen ist (<ref-law>; siehe zum Ganzen auch Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 6. Aufl. 2008, S. 422 ff.). Soll der durch die Art. 6 und 7 NHG angestrebte verstärkte Schutz nicht unterlaufen werden, sind an das Kriterium der möglichen Beeinträchtigung geringe Anforderungen zu stellen. Es ist immer dann erfüllt, wenn die zuständige Stelle eine Beeinträchtigung (im Sinne der Inventare) nicht mit Sicherheit ausschliessen kann. Im Zweifelsfall ist somit die Kommission beizuziehen (Jörg Leimbacher, Kommentar NHG, 1997, Art. 7 N. 5).
Der Beschwerdeführer vertritt, wie dargelegt, die Auffassung, das inventarisierte Objekt Alte Landstrasse könnte durch die geplante Umfahrungsstrasse erheblich beeinträchtigt werden. Die Vorinstanz hat dies verneint.
7.4.2. Soweit der Beschwerdeführer 2 in diesem Zusammenhang eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>) behauptet, kann ihm nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat sich bei ihrer Sachverhaltsfeststellung, wonach die Alte Landstrasse im inventarisierten Bereich "nur" auf einer Länge von 50 m aufgehoben werde, auf die Planunterlagen und die Ausführungen der kantonalen IVS-Fachstelle gestützt.
Der Beschwerdeführer 2 sieht weiter seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) als verletzt an, weil erst die Vorinstanz und nicht bereits der Regierungsrat die kantonale IVS-Fachstelle in das Verfahren miteinbezogen habe. Dies ist unzutreffend. Die kantonale IVS-Fachstelle nahm bereits im Verfahren vor dem Regierungsrat am 20. Oktober 2011 zum Auflageprojekt Stellung und verlangte keine Begutachtung durch die ENHK.
7.4.3. Durch das strittige Projekt wird ein ca. 50 m langes, geschütztes Stück der Alten Landstrasse aufgrund der Verlegung des südlich des Nordportals gelegenen Feldwegs aufgehoben. Die restliche vom Projekt betroffene Strecke mit einer Länge von 150 m ist nicht im IVS verzeichnet.
Die kantonale IVS-Fachstelle kam zum Schluss, das Typische des Wegabschnitts der Alten Landstrasse beim Tankgraben/Niederberg sei lediglich der historische Verlauf. Auf diesem kurzen Streckenabschnitt seien weder Kunstbauten noch andere schützenswerte Wegelemente oder Wegbegleiter enthalten. Der Eingriff erweise sich als geringfügig bzw. leicht (Stellungnahme kantonale IVS-Fachstelle vom 15. März 2013, S. 2). Die Vorinstanz hat gestützt auf die Einschätzung der kantonalen IVS-Fachstelle gefolgert, das Projekt beeinträchtige die Alte Landstrasse nicht erheblich, weshalb sich eine Begutachtung durch die ENHK erübrige.
Im bundesgerichtlichen Verfahren ist das Bundesamt für Strassen ASTRA begrüsst worden. Dieses hat festgehalten, die Alte Landstrasse verfüge im betroffenen Abschnitt noch über einen Teil der ursprünglichen Bausubstanz in Form eines Dammes und einer natürlichen Wegoberfläche. Da der Eingriff einen verhältnismässig kurzen Abschnitt von 50 m betreffe, werde die Auffassung der kantonalen IVS-Fachstelle geteilt, dass der Beizug der ENHK nicht erforderlich sei (Stellungnahme des ASTRA vom 11. Dezember 2013im Verfahren 1C_558/2013).
7.4.4. Vorliegend besteht kein Anlass, von der Meinung der beiden Fachbehörden (kantonale IVS-Fachstelle und Bundesamt für Strassen ASTRA) abzuweichen. Die Alte Landstrasse ist ein Schutzobjekt im Sinne von <ref-law>. Die Einteilung eines Objekts in diese Kategorie bedeutet, dass der Abschnitt insgesamt durch durchschnittliche traditionelle Wegsubstanz charakterisiert wird. Der Schutzgrad für diese Objekte trägt der Tatsache Rechnung, dass sie nicht durchwegs, sondern nur partiell über ausserordentliche Wegsubstanz verfügen. Diese Abschnitte sollen daher nicht mit allen ihren Elementen einem Schutz unterliegen, wie dies für Objekte mit der Klassierung "historischer Verlauf mit viel Substanz" vorgesehen ist. Vielmehr sollen sie mit ihren wesentlichen Substanzelementen ungeschmälert erhalten werden. Dadurch soll vorab die durch diese hauptsächlichen Elemente erzielte Gesamteinheit des Wegs als lineares Schutzobjekt erhalten werden. Dieses Schutzziel erlaubt es überdies, bei diesen Objekten punktuell an jenen Stellen Anpassungen und Verbesserungen (beispielsweise der Wegoberfläche oder der Wegbegrenzung) vorzunehmen, wo bereits keine herausragende schützenswerte historische Bausubstanz mehr vorhanden ist (vgl. zum Ganzen Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK / Bundesamt für Strassen ASTRA, Verordnung über das Inventar der historischen Verkehrswege der Schweiz [VIVS], Erläuternder Bericht, Verordnungstext und Erläuterungsbericht, Bern 2010, S. 20 f.).
Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass mit der Aufhebung eines kleines Wegstücks nicht in die wesentlichen Substanzelemente des IVS-Objekts GL 1.2 eingegriffen wird, da die Gesamteinheit des Wegs und dessen Verlauf entlang des Niederbergs erhalten bleiben. Es fällt mithin keine erhebliche Beeinträchtigung der Alten Landstrasse in Betracht und es stellen sich auch keine grundsätzlichen Fragen, weshalb ohne Verletzung von <ref-law> von der Einholung eines Gutachtens der ENHK abgesehen werden konnte.
8. Zerschneidung der Landschaft / Eingriffe in geschützte Lebensräume
8.1. Der Beschwerdeführer 2 kritisiert, dass der Bau der Umfahrungsstrasse zu erheblichen Eingriffen in geschützte Lebensräume und zu einer Zerschneidung der Landschaft führe. In erster Linie beanstandet er erneut den Variantenentscheid, indem er vorbringt, andere Streckenführungen hätten geringere landschaftliche Eingriffe zur Folge. Das Projekt sei deshalb nicht standortgebunden.
8.2. Mit der geplanten Umfahrungsstrasse wird unbestrittenermassen in geschützte und schützenswerte Lebensräume eingegriffen. Betroffen sind 7'770 m2 Ufervegetation, 4'254 m2 Ahorn-Schluchtwald, 1'628 m2 Hecken und Ufergehölz, 936 m2 subatlantischer Halbtrockenrasen, 760 m2 feuchte Trittflur, 300 m2 nährstoffreicher Krautsaum und 135 m2 Auenwald (vgl. zum Ganzen Umweltverträglichkeitsbericht S. 100). Des Weiteren hat das Ausführungsprojekt Einfluss auf die Landschaft, wobei keine komplett neue Zerschneidung erfolgt, da die Strecke parallel zum sog. Tankgraben verläuft.
8.3. Gemäss <ref-law> ist dem Aussterben einheimischer Tier- und Pflanzenarten durch Erhaltung genügend grosser Lebensräume (Biotope) und andere geeignete Massnahmen entgegenzuwirken. Besonders zu schützen sind Uferbereiche, Riedgebiete und Moore, seltene Waldgesellschaften, Hecken, Feldgehölze, Trockenrasen und weitere Standorte, die eine ausgleichende Funktion im Naturhaushalt erfüllen oder besonders günstige Voraussetzungen für Lebensgemeinschaften aufweisen (<ref-law>). Lässt sich eine Beeinträchtigung schutzwürdiger Lebensräume durch technische Eingriffe unter Abwägung aller Interessen nicht vermeiden, so hat der Verursacher für besondere Massnahmen zu deren bestmöglichem Schutz, für Wiederherstellung oder ansonst für angemessenen Ersatz zu sorgen (<ref-law>). Der Ersatz für einen beeinträchtigten Lebensraum soll möglichst in derselben Gegend stattfinden. Anzustreben ist eine Gleichwertigkeit des Zerstörten mit dem neu Geschaffenen. Die Gleichwertigkeit beurteilt sich dabei sowohl nach qualitativen als auch nach quantitativen Kriterien. Das bedeutet, dass ein rein flächenmässiger Ersatz nicht genügt. Vielmehr muss das Ersatzobjekt auch ähnliche ökologische Funktionen übernehmen können wie das zerstörte (vgl. KARL LUDWIG FAHRLÄNDER, in: Kommentar NHG, 1997, Art. 18 N. 37; vgl. zum Ganzen Urteil 1C_391/2014 vom 3. März 2016 E. 5.5).
Die Schutzwürdigkeit von Biotopen wird in <ref-law> präzisiert. Ein technischer Eingriff, der schützenswerte Biotope beeinträchtigen kann, darf gemäss <ref-law> nur bewilligt werden, sofern er standortgebunden ist und einem überwiegenden Bedürfnis entspricht. Für die Bewertung des Biotops in der Interessenabwägung sind neben seiner Schutzwürdigkeit insbesondere massgebend: Seine Bedeutung für die geschützten, gefährdeten und seltenen Pflanzen- und Tierarten (lit. a); seine ausgleichende Funktion für den Naturhaushalt (lit. b); seine Bedeutung für die Vernetzung schützenswerter Biotope (lit. c) und seine biologische Eigenart oder sein typischer Charakter (lit. d).
Eine Ufervegetation darf gemäss <ref-law> weder gerodet noch überschüttet noch auf andere Weise zum Absterben gebracht werden. Die zuständige kantonale Behörde kann die Beseitigung der Ufervegetation aber in den durch die Wasserbaupolizei- oder Gewässerschutzgesetzgebung erlaubten Fällen für standortgebundene Vorhaben bewilligen (<ref-law>).
Im zu beurteilenden Fall wurden die entsprechenden Bewilligungen nach Art. 18 und Art. 21 f. NHG erteilt (vgl. Ziffer 15 des Genehmigungsentscheids des Regierungsrats vom 6. November 2012).
8.4. Im Umweltverträglichkeitsbericht von Oktober 2011 wird eine Bilanzierung der Lebensräume (Ist-Zustand und Zustand gemäss Projekt) vorgenommen. Demnach können die Auswirkungen des Vorhabens auf die Lebensräume mit den vorgesehenen ökologischen Ersatzmassnahmen ausgeglichen werden, womit längerfristig keine wesentlichen Beeinträchtigungen verbleiben (Umweltverträglichkeitsbericht S. 100 f.). Das Projekt könne aus Sicht des Naturschutzes als umweltverträglich beurteilt werden (Umweltverträglichkeitsbericht S. 103). Betreffend des Eingriffs in das Landschaftsbild wird ausgeführt, mit der zugehörigen Geländegestaltung werde das Bauwerk bestmöglich in das Landschaftsbild eingegliedert. Es sei auch unter diesem Gesichtspunkt umweltverträglich (Umweltverträglichkeitsbericht S. 112).
Das BAFU teilt diese Auffassung. Insbesondere unter Bezugnahme auf Art. 18 und Art. 21 f. NHG sowie <ref-law> hält es fest, das Projekt erfülle die naturschutzrechtlichen Anforderungen (Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013im Verfahren 1C_558/2013, S. 2 ff.).
8.5. Vorliegend besteht keine Veranlassung, von der Beurteilung im Umweltverträglichkeitsbericht und jener des BAFU als Fachbehörde abzuweichen. Die Ausführungen des Beschwerdeführers 2 sind sehr pauschal gehalten. Er kritisiert in diesem Zusammenhang erneut primär den Variantenentscheid. Zwar trifft zu, dass andere der geprüften Varianten "Berg" in Bezug auf das Kriterium des Verlusts von schützenswerten Lebensräumen vorteilhafter gewesen wären (vgl. Variantenvergleich Linienführung vom 2. Juni 2010, S. 11; Bewertung der Variante "Tankgraben Nord" mit einer 2, d.h. schlechter als der Durchschnitt aller Varianten). Bei der Evaluation des Standorts bzw. der Linienführung stellt der Landschaftsschutz indes nicht das einzige Kriterium dar. Die Auswahl der Kriterien, die Bewertungsskala und deren Gewichtung sind, wie ausgeführt, nachvollziehbar. Die gewählte Variante erzielte dabei von den geprüften sechs Varianten "Berg" in der Gesamtbeurteilung das beste Ergebnis.
Damit ist entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 auch die Standortgebundenheit des Projekts zu bejahen. Diese ist nicht in einem absoluten Sinne aufzufassen. Vielmehr genügt eine relative Standortgebundenheit (vgl. auch <ref-ruling> E. 2 und 3 S. 218 ff.). Entscheidend ist vorliegend, dass eine umfassende Abklärung von Alternativstandorten stattgefunden hat und dass der gewählte Standort bei dieser Evaluation gesamthaft am besten abschnitt (vgl. zum Ganzen E. 5 hiervor).
9. Grundwasser
9.1. Der Genehmigungsentscheid des Regierungsrats vom 6. November 2012 enthält verschiedene Auflagen. Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die tatsächlich anfallende und aus dem Niederbergtunnel abzuleitende Wassermenge sei zum heutigen Zeitpunkt nicht bekannt, weshalb auch die technische Machbarkeit des Projekts bzw. die Einhaltung der vorgeschriebenen Auflagen nicht sichergestellt sei.
Die offene Strecke der geplanten Umfahrungsstrasse führt im Norden dem sog. Tankgraben entlang, ehe sie diesen über eine neue Brücke kurz vor dem Tunnelportal Nord quert. In Zusammenhang mit dieser Brücke, welche auf Pfählen fundiert ist, die unter den mittleren Grundwasserspiegel zu liegen kommen (Tiefenfundation), rügt der Beschwerdeführer 2, es sei nicht nachgewiesen, dass die Durchflusskapazität um höchstens 10 % verringert werde.
9.2. Gemäss Art. 43 Abs. 1 des Gewässerschutzgesetzes vom 24. Januar 1991 (GSchG; SR 814.20) darf einem Grundwasservorkommen langfristig nicht mehr Wasser entnommen werden, als ihm zufliesst. Kurzfristig darf mehr Wasser entnommen werden, sofern dadurch die Qualität des Grundwassers und die Vegetation nicht beeinträchtigt werden. Speichervolumen und Durchfluss nutzbarer Grundwasservorkommen dürfen nach <ref-law> durch Einbauten nicht wesentlich und dauernd verringert werden.
<ref-law> schreibt vor, dass die Erstellung und die Änderung von Bauten und Anlagen in den besonders gefährdeten Gewässerschutzbereichen einer kantonalen Bewilligung bedürfen, wenn sie die Gewässer gefährden können. Zu den besonders gefährdeten Bereichen gehört gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. a der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201) der Gewässerschutzbereich Au zum Schutz nutzbarer unterirdischer Gewässer. Die Bewilligung wird erteilt, wenn mit Auflagen und Bedingungen ein ausreichender Schutz der Gewässer gewährleistet werden kann (Art. 32 Abs. 4 GSchV). Ge mäss Anhang 4 Ziff. 211 Abs. 2 GSchV dürfen im Gewässerschutzbereich Au keine Anlagen erstellt werden, die unter dem mittleren Grundwasserspiegel liegen. Die Behörde kann Ausnahmen bewilligen, soweit die Durchflusskapazität des Grundwassers gegenüber dem unbeeinflussten Zustand um höchstens 10 % vermindert wird.
9.3.
9.3.1. Da einem Grundwasservorkommen gemäss <ref-law> langfristig nicht mehr Wasser entnommen werden darf, als ihm zufliesst, ist bei Anlagen wie Tunneln in der Regel eine Begrenzung der abgeleiteten Wassermenge notwendig. Bei einem Karstsystem, durch welches der geplante Niederbergtunnel führt, bereitet es Schwierigkeiten, genau zu beziffern, wie viel Wasser dem Grundwasservorkommen natürlicherweise zufliesst und somit entnommen werden darf. Das BAFU hält gestützt auf Erfahrungswerte mit anderen Tunnelprojekten eine Beschränkung der maximal abzuleitenden Wassermenge auf 10 I/s und Tunnelkilometer für sinnvoll. Diese Auflage wurde auf Antrag des BAFU in den Genehmigungsentscheid des Regierungsrats vom 6. November 2012 übernommen. Ausserdem ist die Auflage enthalten, dass sämtliche grösseren Wasserzutritte um den Tunnel herumzuleiten und verkarstete Zonen abzudichten sind. Auf diese Art und Weise kann nach Auffassung des BAFU sichergestellt werden, dass keine grösseren Wassermengen langfristig durch den Tunnel abgeleitet werden müssen.
Der Beschwerdeführer 2 bestreitet die Rechtmässigkeit dieser Auflagen zum Schutz des Grundwasservorkommens nicht. Er stellt jedoch, wenn auch nur pauschal, die technische Machbarkeit in Frage.
9.3.2. Die technische Machbarkeit ist nach Auffassung des BAFU gegeben, wenn der Tunnel nicht dauerhaft unter den Grundwasserspiegel zu liegen kommt. Das BAFU hat hierzu ausgeführt, der Tunnel durchquere eine Serie von lithologisch sehr unterschiedlichen Gesteinsschichten mit grossen Unterschieden in der Zerklüftung und Verkarstung und somit auch bezüglich Wasserwegsamkeit. In solchen Situationen müsse davon ausgegangen werden, dass je nach Gesteinsschicht ein anderer Grundwasserspiegel bestehe und dass dieser ausserdem in Folge von Schneeschmelze und starken Niederschlägen stark schwanken könne. Der Umweltverträglichkeitsbericht gehe davon aus, dass der geplante Tunnel in der Regel über dem Grundwasserspiegel oder höchstens im Schwankungsbereich desselben liege und dass er nur bei ausgeprägter Schneeschmelze in Kombination mit starken Niederschlägen für einige Tage etwa 100 m über das Tunnelniveau ansteige (Umweltverträglichkeitsbericht S. 43). Diese Aussage sei unter Vorbehalt der Unsicherheiten, die jeder Aussage über Grundwasserverhältnisse in Karstgebieten inhärent sei, nachvollziehbar, weil der einzige grössere Quellaustritt in der Nähe (Mettlenquelle) sich auf einer ähnlichen Höhe wie der Tunnel befinde und daher als Hinweis für das ungefähre Niveau des Grundwasserspiegels dienen könne. Läge das Niveau des Grundwasserspiegels wesentlich höher, gäbe es mit grosser Wahrscheinlichkeit noch weitere grössere Quellaustritte, was gemäss Umweltverträglichkeitsbericht nicht der Fall sei. Zusammenfassend könne davon ausgegangen werden, dass mit den vorgesehenen Massnahmen das aus dem Tunnel stetig abgeleitete Wasser so weit beschränkt werden könne, dass dem Grundwasservorkommen langfristig nicht mehr Wasser entnommen, als ihm zugeführt werde. Die Anforderungen der Gewässerschutzgesetzgebung seien somit insoweit erfüllt (Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013 im Verfahren 1C_558/2013, S. 5 f.).
9.3.3. Es besteht kein Anlass, an diesen Ausführungen des BAFU als Fachbehörde zu zweifeln. Insbesondere wird sowohl im geologisch-geotechnischen Bericht, Stufe Vorprojekt, vom 31. August / 22. September 2010 (S. 22) als auch im Umweltverträglichkeitsbericht von Oktober 2011 (S. 44) ausgeführt, dass die tatsächlich anfallende und abzuleitende Bergwassermenge im heutigen Zeitpunkt zwar nicht bekannt sei, aber davon ausgegangen werde, dass sich der Bergwasseranfall über weite Strecken auf Nässe- und Tropfstellen (< 0,1 I/s) beschränke und an einzelnen Grossklüften mit Quellen von 1-10 l/s zu rechnen sei. Damit bestehen, wie die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat, keine gewichtigen Anhaltspunkte für die Auffassung des Beschwerdeführers 2, dass die Begrenzung der stetig abgeleiteten Wassermenge auf 10 l/s und Tunnelkilometer technisch nicht möglich ist. Auf die Einholung einer Expertise kann daher verzichtet werden; der entsprechende Antrag des Beschwerdeführers 2 ist abzuweisen.
Massgebend bleibt, dass die entsprechende Auflage im Genehmigungsentscheid festgelegt wurde und somit verbindlich ist.
9.4.
9.4.1. Umstritten ist, wie erwähnt (vgl. E. 9.1 hiervor), zudem die prozentuale Verringerung der Durchflusskapazität des Grundwassers.
Die Fundation der geplanten Brücke liegt unterhalb des mittleren Grundwasserspiegels und verringert die Durchflusskapazität ohne weitere Massnahmen um rund 17 % (Umweltverträglichkeitsbericht S. 46). Im Genehmigungsentscheid des Regierungsrats vom 6. November 2012 wird davon ausgegangen, dass die gesetzliche Vorgabe, wonach die Durchflusskapazität des Grundwassers um höchstens 10 % verringert werden darf, eingehalten werden kann; verlangt wird jedoch die Nachreichung eines entsprechenden Nachweises.
Das BAFU vertritt ebenfalls die Auffassung, dass die Einhaltung der gewässerschutzrechtlichen Anforderungen mit geeigneten Massnahmen (z.B. Einbau von hoch durchlässigen Kiespackungen zur Kompensation eines Teils des Verlusts an Durchflusskapazität oder Vergrösserung des für die Berechnung der Verminderung verwendeten Grundwasserleiter-Querschnitts in Kombination mit verbindlicher Absicherung desselben gegen zukünftige Eingriffe) möglich ist (Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013 im Verfahren 1C_558/2013, S. 6).
9.4.2. Das kantonale Amt für Bau und Umwelt hat am 3. Februar 2014 den vom Büro für Technische Geologie AG erstellten Umströmungsnachweis vom 23. Januar 2014 eingereicht. Darin wird ausgeführt, dass mit dem Einbau von Kiespackungen, die eine gering höhere Durchlässigkeit aufwiesen als diejenige der natürlich gewachsenen Linthschotter, die Durchflusskapazität des Untergrunds im Bereich der Pfahlfundationen mindestens auf das Niveau des natürlichen, unbeeinflussten Zustands angehoben werden könne.
Diese Ausführungen des Büros für Technische Geologie AG sind nachvollziehbar und werden vom Beschwerdeführer 2 auch nicht bestritten. Die Erteilung einer Ausnahmebewilligung verstösst damit nicht gegen Anhang 4 Ziff. 211 Abs. 2 GSchV.
10. Gewässerraum
10.1. Der Beschwerdeführer 2 rügt eine Missachtung der gewässerschutzrechtlichen Vorgaben über den Gewässerraum. Konkret bringt er vor, es hätte beim sog. Tankgraben nicht auf die Ausscheidung eines Gewässerraums verzichtet werden dürfen, da einem solchen Verzicht überwiegende Interessen entgegenstünden.
10.2. Beim Tankgraben handelt es sich um einen ca. 20 m breiten und rund 1'300 m langen wassergefüllten Graben, der zur Zeit des Zweiten Weltkriegs als Geländepanzerhindernis erbaut wurde. Der Tankgraben zählt zu den militärischen Denkmälern von nationaler Bedeutung (vgl. Umweltverträglichkeitsbericht S. 51).
10.3. <ref-law> verpflichtet die Kantone, den Raumbedarf der oberirdischen Gewässer festzulegen, der erforderlich ist für die Gewährleistung der natürlichen Funktionen der Gewässer, des Schutzes vor Hochwasser und der Gewässernutzung (Gewässerraum; Abs. 1). Der Bundesrat regelt die Einzelheiten (Abs. 2). Die Kantone sorgen dafür, dass der Gewässerraum bei der Richt- und Nutzungsplanung berücksichtigt sowie extensiv gestaltet und bewirtschaftet wird (vgl. Abs. 3).
Für stehende Gewässer wie den sog. Tankgraben beträgt der erforderliche Raumbedarf gemäss Art. 41b Abs. 1 GSchV mindestens 15 m, gemessen ab der Uferlinie. Er wird erhöht, soweit dies aus den in Art. 41b Abs. 2 GSchV genannten Gründen erforderlich ist. Gemäss Art. 41b Abs. 4 GSchV kann, soweit keine überwiegenden Interessen entgegenstehen, auf die Festlegung des Gewässerraums unter anderem dann verzichtet werden, wenn das Gewässer künstlich angelegt ist (lit. c).
Nach den Übergangsbestimmungen zur Änderung vom 4. Mai 2011 legen die Kantone den Gewässerraum gemäss Art. 41b GSchV bis zum 31. Dezember 2018 fest. Bis zur definitiven Festlegung der Gewässerräume, welche im Kanton Glarus noch nicht vorgenommen worden ist, sind die Nutzungseinschränkungen gemäss Art. 41c Abs. 1 und 2 GSchV bei stehenden Gewässern mit einer Wasserfläche von mehr als 0,5 ha auf einem Streifen von 20 m zu beachten (Ziff. 2 lit. c der Übergangsbestimmungen zur Änderung der GSchV vom 4. Mai 2011 [im Folgenden: ÜbBest. GSchV]).
Es ist zulässig, aktuelle Baugesuche oder Sondernutzungsplanungen zum Anlass für eine vorzeitige Festlegung des Gewässerraums zu nehmen, wobei auf eine planerisch sinnvolle Länge des einbezogenen Gewässerabschnitts zu achten ist (vgl. Christoph Fritzsche, in: Peter Hettich / Luc Jansen / Roland Norer [Hrsg.], Kommentar zum Gewässerschutzgesetz und zum Wasserbaugesetz, 2016, Art. 36a N. 69). Im zu beurteilenden Fall ist nicht zu beanstanden, dass an Stelle der Übergangsbestimmungen bereits Art. 41b GSchV auf den in Frage stehenden Gewässerabschnitt entlang des Tankgrabens angewendet worden ist.
Dies wird auch vom Beschwerdeführer 2 nicht in Frage gestellt. Umstritten ist indes, ob anstatt den Gewässerraum vorzeitig festzusetzen, auf eine Festlegung eines solchen gestützt auf Art. 41b Abs. 4 lit. c GSchV verzichtet werden durfte. Dieser Frage ist im Folgenden nachzugehen.
10.4. Der Tankgraben ist nach dem Gesagten (vgl. E. 10.2 hiervor) ein künstlich angelegtes Gewässer. Die kantonalen Behörden haben gestützt auf Art. 41 Abs. 4 lit. c GSchV auf die Ausscheidung eines Gewässerraums verzichtet und stattdessen die Bestimmungen des kantonalen Raumentwicklungs- und Baugesetzes vom 2. Mai 2010 (RBG/GL; GS VII B/1/1) angewendet. Dieses sieht einen Gewässerabstand von 10 m vor (Art. 54 Abs. 2 lit. b RBG/GL), welcher durch das strittige Projekt eingehalten ist.
Voraussetzung für einen Verzicht auf die Festlegung des Gewässerraums ist, dass keine überwiegenden Interessen entgegenstehen. Das kantonale Departement für Bau und Umwelt hat am 30. September 2014 eine Richtlinie zur Festlegung des Gewässerraums in der Ortsplanung erlassen. Darin wird ausgeführt, bei einem künstlich angelegten Gewässer könne auf eine Festlegung verzichtet werden, sofern das Gewässer keine ökologische Bedeutung aufweise. Ein Gewässer weise beispielsweise eine ökologische Bedeutung auf, wenn es als Lebensraum oder als ökologisches Vernetzungselement diene. Unabhängig davon könne auf eine Festlegung nicht verzichtet werden, wenn überwiegende Interessen wie solche des Hochwasserschutzes, des Natur- und Landschaftsschutzes, der Gewässernutzung oder der Sicherung der natürlichen Funktionen des Gewässerraums entgegenstünden (Richtlinie S. 11 und S. 21).
Der Tankgraben stellt ein Amphibienlaichgebiet von regionaler Bedeutung und aufgrund seiner Ufervegetation einen wertvollen Lebensraum für Vögel (z.B. Teichrohrsänger) und für Insekten dar (vgl. Umweltverträglichkeitsbericht S. 51 und S. 88). Indes befinden sich im Abstandsbereich zwischen 10 und 15 m keine schützenswerten Lebensräume gemäss NHG bzw. NHV, sondern lediglich landwirtschaftliche Nutzflächen. Im Umweltverträglichkeitsbericht wird gefolgert, dem Verzicht auf die Ausscheidung des Gewässerraums stünden keine überwiegenden Interessen entgegen, weshalb eine Ausnahmebewilligung für einen verminderten Gewässerabstand von 10 m beantragt werde (Umweltverträglichkeitsbericht S. 52). Diese wurde in der Folge, wie dargelegt, erteilt.
Das BAFU vertritt die Auffassung, die zuständigen Behörden hätten ihr Ermessen, im Rahmen von Art. 41c Abs. 4 GSchV auf die Festlegung des Gewässerraums zu verzichten, nicht überschritten (Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013im Verfahren 1C_558/2013, S. 7).
10.5. Der Verzicht auf die Festlegung des Gewässerraums erweist sich nicht als bundesrechtswidrig. Eine möglichst nahe Strassenführung entlang des Tankgrabens ist notwendig, um den Einschnitt in die Landschaft (vgl. E. 8.2 hiervor) und den Verlust von Fruchtfolgeflächen (vgl. E. 12 hiernach) gering zu halten. Zudem werden hierdurch keine schützenswerten Lebensräume beeinträchtigt. Für das Bundesgericht besteht daher vorliegend kein Anlass von der Meinung des BAFU als Fachbehörde, welche sich auf die Einschätzung im Umweltverträglichkeitsbericht stützt, abzuweichen. Es liegt entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 keine Verletzung von Art. 41c Abs. 4 GSchV vor.
11. Bodenveränderungen
11.1. Der Beschwerdeführer 2 rügt, Terrainveränderungen seien in der Landwirtschaftszone nur zulässig, wenn sie zur Verbesserung der landwirtschaftlichen Nutzungseignung führten. Vorliegend sei in keiner Weise dargelegt, wie das mit Fremdmaterial versetzte Erdreich die landwirtschaftliche Nutzung verbessern sollte. Vielmehr liege es auf der Hand, dass durch die geplante Verdichtung des Bodens mit einer erheblichen Zunahme der Bodennässe zu rechnen sei, welche eine landwirtschaftliche Nutzung des Gebiets im Bereich des nördlichen Tunnelportals gefährde, wenn nicht gar verunmögliche.
11.2. Nach <ref-law> darf der Boden nur so weit physikalisch belastet werden, dass seine Fruchtbarkeit nicht nachhaltig beeinträchtigt wird; dies gilt nicht für die bauliche Nutzung des Bodens. Der Bundesrat kann über Massnahmen gegen physikalische Belastungen wie die Erosion oder die Verdichtung Vorschriften oder Empfehlungen erlassen.
Insbesondere gestützt auf diese Bestimmung hat der Bundesrat die Verordnung über Belastungen des Bodens vom 1. Juli 1998 (VBBo; SR 814.12) erlassen. Gemäss <ref-law> regelt diese Verordnung zur langfristigen Erhaltung der Bodenfruchtbarkeit die Beobachtung, Überwachung und Beurteilung der chemischen, biologischen und physikalischen Belastung von Böden (lit. a), die Massnahmen zur Vermeidung nachhaltiger Bodenverdichtung und -erosion (lit. b), die Massnahmen beim Umgang mit abgetragenem Boden (lit. c) und die weitergehenden Massnahmen der Kantone bei belasteten Böden (lit. d). Wer Boden abträgt, muss gemäss <ref-law> damit so umgehen, dass dieser wieder als Boden verwendet werden kann, insbesondere müssen Ober- und Unterboden getrennt abgetragen und gelagert werden (Abs. 1). Wird abgetragener Ober- oder Unterboden wieder als Boden verwendet (z.B. für Rekultivierungen oder Terrainveränderungen), so muss er so auf- oder eingebracht werden, dass die Fruchtbarkeit des vorhandenen und die des auf- oder eingebrachten Bodens durch physikalische Belastungen höchstens kurzfristig beeinträchtigt wird (Abs. 2 lit. b).
11.3. Im Umweltverträglichkeitsbericht wird ausgeführt, für Rekultivierungen geeignetes, unbelastetes Ober- und Unterbodenmaterial werde soweit möglich innerhalb des Projekts verwendet. Dabei werde auf den rekultivierten Landwirtschaftsflächen eine Verbesserung der Bodeneigenschaften gegenüber dem heutigen Zustand angestrebt. Durch ein Gefälle der Rohplanie von 1-2 %, dem Einbau von Drainageleitungen und einem mächtigeren Bodenaufbau solle hier die landwirtschaftliche Nutzungseignung (-klasse) erhöht werden (Umweltverträglichkeitsbericht S. 66). Mit dem Einbau der Drainageleitungen solle der Stau- und Bodennässe begegnet werden. Zudem wird eine bodenkundliche Baubegleitung verlangt (Umweltverträglichkeitsbericht S. 70), um die Bodenqualität zu überwachen und bei einer Verschlechterung eingreifen zu können.
11.4. Die Ausführungen im Umweltverträglichkeitsbericht erweisen sich als schlüssig. Eine Verletzung der Bestimmungen der VBBo ist nicht ersichtlich. Insbesondere erscheint es, wie die Vorinstanz ausgeführt hat, nachvollziehbar, dass die Bodenqualität der rekultivierten Landwirtschaftsflächen durch die vorgesehenen Massnahmen im Vergleich zum bestehenden Zustand verbessert werden kann. Auf die vom Beschwerdeführer 2 beantragte Einholung eines zusätzlichen Gutachtens konnte die Vorinstanz daher in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung verzichten. Entsprechend ist der erneut gestellte Beweisantrag auf Einholung eines Gutachtens abzuweisen.
12. Fruchtfolgeflächen
12.1. Der Beschwerdeführer 2 bringt vor, die Umfahrungsstrasse beanspruche rund 0,5 ha potentielle Fruchtfolgefläche, ohne dass im Rahmen des Projekts ein gleichwertiger Ersatz geschaffen werde.
12.2. Bund, Kantone und Gemeinden sorgen dafür, dass der Boden haushälterisch genutzt wird (<ref-law>; Art. 1 Abs. 1 RPG). Sie unterstützen mit Massnahmen der Raumplanung Bestrebungen, die natürlichen Lebensgrundlagen wie Boden, Luft, Wasser, Wald und die Landschaft zu schützen (Art. 1 Abs. 2 lit. a RPG) und die ausreichende Versorgungsbasis des Landes zu sichern (Art. 1 Abs. 2 lit. d RPG). Die mit Planungsaufgaben betrauten Behörden müssen darauf achten, die Landschaft zu schonen; insbesondere sollen der Landwirtschaft genügende Flächen geeigneten Kulturlands erhalten bleiben (Art. 3 Abs. 2 lit. a RPG). Besonderen Schutz verdienen dabei die Fruchtfolgeflächen (<ref-law>). Gemäss <ref-law> legt der Bund im Sachplan Fruchtfolgeflächen den Mindestumfang der Fruchtfolgeflächen und deren Aufteilung auf die Kantone fest. Der Kanton Glarus muss danach mindestens 200 ha Fruchtfolgeflächen ausweisen (Bundesamt für Raumentwicklung ARE, Sachplan Fruchtfolgeflächen, Vollzugshilfe 2006, S. 13, mit Verweis auf BBI 1992 II 1649).
Zwar ist es nicht von vornherein ausgeschlossen, Fruchtfolgeflächen zu anderen als landwirtschaftlichen Zwecken in Anspruch zu nehmen, wenn dies durch entgegenstehende, höher zu gewichtende Interessen gerechtfertigt erscheint. Hierfür ist aber eine umfassende Abwägung aller privaten und öffentlichen Interessen erforderlich (<ref-law>). Dies setzt grundsätzlich den Nachweis der Prüfung von Alternativen ohne oder mit weniger Beanspruchung von Fruchtfolgeflächen (einschliesslich Kompensationsmöglichkeiten) voraus. Weiter muss sichergestellt sein, dass der Anteil des Kantons am Mindestumfang der Fruchtfolgeflächen dauernd erhalten bleibt (<ref-law>; vgl. zum Ganzen Urteil 1C_94/2012 vom 29. März 2012 E. 4.1 mit Hinweisen).
12.3. <ref-law> verpflichtet die Kantone, im Zuge der Richtplanung die Fruchtfolgeflächen für jede Gemeinde kartografisch und in Zahlen, Lage, Umfang und Qualität anzugeben. Der Bundesrat genehmigte am 16. April 2008 den kantonalen Richtplan nur unter dem Vorbehalt, dass der Kanton Glarus innert einer Frist von zwei Jahren seinen Verpflichtungen gemäss <ref-law> nachkomme. Dabei habe er aufzuzeigen, welche Fruchtfolgeflächen in unerschlossenen Bauzonen oder in anderen nicht für die landwirtschaftliche Nutzung bestimmten Zonen lägen. Der Kanton Glarus verpasste diese vom Bund gesetzte Frist. Am 23. Juli 2012 reichte das kantonale Departement Bau und Umwelt dem Bundesamt für Raumentwicklung ARE die vorgesehene Festsetzung der Fruchtfolgeflächen auf der Grundlage der Bodenkartierung von Dezember 2010 zur Vorprüfung ein. Am 26. August 2015 beschloss der Landrat des Kantons Glarus die Richtplananpassung 2015. Mit Schreiben vom 17. September 2015 ersuchte das kantonale Departement Bau und Umwelt das Bundesamt für Raumentwicklung ARE um Genehmigung dieser Richtplananpassung. Im Richtplan werden netto 226,8 ha Fruchtfolgeflächen ausgewiesen, davon 44 ha mit Einschränkungen infolge Schattenwurf am Abend.
Mit Prüfungsbericht vom 17. Mai 2016 hat das Bundesamt für Raumentwicklung ARE festgehalten, aufgrund der besonderen klimatischen Verhältnisse im Kanton Glarus sei der Bund mit der vollumfänglichen Anrechnung der Flächen im Schattenwurf (44 ha) einverstanden. Der Mindestumfang gemäss Sachplan Fruchtfolgeflächen von 200 ha sei damit gesichert, jedoch mit einem kleinen verbleibenden Spielraum. Bei einer Beanspruchung von Fruchtfolgeflächen müsse sichergestellt werden, dass eine umfassende Interessenabwägung unter Berücksichtigung aller relevanten Interessen vorgenommen werde - unabhängig davon, ob die Fläche kompensiert werde (vgl. zum Ganzen Bundesamt für Raumentwicklung ARE, Richtplan Kanton Glarus, Anpassungen 2015 - Genehmigung durch den Bund, Prüfungsbericht zuhanden des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK, S. 2 ff.).
Am 26. Mai 2016 hat das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation UVEK gestützt auf den Prüfungsbericht vom 17. Mai 2016 die Richtplananpassung 2015 mit einzelnen Vorbehalten genehmigt.
12.4. Aufgrund dieser in der Zwischenzeit erfolgten Genehmigung ist entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers 2 sichergestellt, dass der Anteil des Kantons am Mindestumfang der Fruchtfolgeflächen von 200 ha erhalten bleibt. Des Weiteren wurden verschiedene alternative Linienführungen geprüft, wobei die gewählte Variante "Tankgraben Nord" in der Gesamtbeurteilung wie auch beim Kriterium "landwirtschaftliche Nutzung und Kulturlandverlust" am besten abschnitt (vgl. auch E. 5 hiervor). Die umfassende Interessenabwägung wird abschliessend vorzunehmen sein (vgl. E. 15 hiernach).
13. Rodungsbewilligung
13.1. Die Beschwerdeführer 3, 4, 5, 6 und 8 rügen, die im koordinierten Verfahren erteilte Rodungsbewilligung beruhe auf einer mangelhaften Interessenabwägung. Zudem dürfe die Rodung erst erfolgen, wenn die Übernahme des Projekts durch den Bund gesichert sei. Ziffer 7.2 des Entscheids des Regierungsrats vom 6. November 2012 sei entsprechend abzuändern.
13.2. Gemäss <ref-law> sind Rodungen verboten. Eine Ausnahmebewilligung darf gemäss <ref-law> erteilt werden, wenn der Gesuchsteller nachweist, dass für die Rodung wichtige Gründe bestehen, die das Interesse an der Walderhaltung überwiegen und zudem die folgenden Voraussetzungen erfüllt sind: Das Werk, für das gerodet werden soll, muss auf den vorgesehenen Standort angewiesen sein (lit. a); das Werk muss die Voraussetzungen der Raumplanung sachlich erfüllen (lit. b) und die Rodung darf zu keiner erheblichen Gefährdung der Umwelt führen (lit. c). Dem Natur- und Heimatschutz ist Rechnung zu tragen (<ref-law>).
Für das strittige Projekt wurde eine Rodungsbewilligung nach <ref-law> im Umfang von 11'140 m2erteilt.
13.3. <ref-law> verlangt eine relative Standortgebundenheit (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 408; siehe auch Urteil 1A.168/2005 vom 1. Juni 2006 E. 3.1, in: URP 2006 S. 705 und ZBl 108/2007 S. 338; vgl. ferner E. 8.5 hiervor). Die Vorinstanz hat diese zu Recht bejaht. Die Planungsbehörden haben, wie dargelegt, der Variante "Berg" zulässigerweise den Vorzug gegenüber der Variante "Linth" gegeben. Von den sechs geprüften Varianten Berg sind sämtliche mit Rodungen verbunden, da der Berg durchwegs bewaldet ist (vgl. E. 5 hiervor zum Variantenentscheid und zur Prüfung von Alternativen). Erfüllt sind des Weiteren die Voraussetzungen von Art. 5 Abs. 2 lit. b und c WaG, was vom Beschwerdeführer 2 auch nicht bestritten wird.
Auf die vorzunehmende umfassende Interessenabwägung ist zurückzukommen (vgl. E. 15 hiernach). Jedenfalls stellt die Erstellung von Verkehrswegen ein öffentliches Interesse dar, welches das Interesse an der Walderhaltung überwiegen kann (Stefan M. Jaissle, Der dynamische Waldbegriff und die Raumplanung, 1994, S. 138).
13.4. Gemäss Bewilligung und Entscheid des Regierungsrats vom 6. November 2012 darf die Rodung erst in Angriff genommen werden, wenn die Baubewilligung bzw. die Projektgenehmigung rechtskräftig ist und das kantonale Amt für Bau und Umwelt, Abteilung Wald, mittels der Schlagbewilligung die definitive Freigabe für die Räumung der Rodungsfläche erteilt (vgl. Entscheid des Regierungsrats vom 6. November 2012 Ziff. 7.1 - 7.3).
Wie vom BAFU dargelegt, ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer hinreichend sichergestellt, dass kein Wald unnötig gerodet wird. Zwar kann eine zeitliche Differenz zwischen der rechtskräftigen Projektgenehmigung und dem Entscheid der Bundesbehörden über die Aufnahme der Umfahrungsstrasse in das Nationalstrassennetz entstehen. Wie bei jeder Rodungsbewilligung darf indes auch vorliegend erst davon Gebrauch gemacht werden, wenn das Projekt, wofür sie erteilt worden ist, auch tatsächlich realisiert wird (vgl. zum Ganzen Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013 im Verfahren 1C_562/2013, S. 3). Eine klarstellende Abänderung von Ziffer 7.2 des Entscheids des Regierungsrats vom 6. November 2012 erweist sich damit nicht als erforderlich.
14. Flankierende Massnahmen
14.1. Die Beschwerdeführer 1 und 3-8 bringen vor, die Umsetzung der flankierenden Massnahmen sei trotz Verbindlicherklärung durch den Regierungsrat bis heute weder rechtlich noch finanziell gesichert. Dies verstosse gegen das Koordinationsgebot.
14.2. Die flankierenden Massnahmen werden im Konzeptbericht "Flankierende Massnahmen" der ewp AG vom 25. Oktober 2011 umschrieben (vgl. auch ergänzende Erläuterungen zum Konzeptbericht der ewp AG vom 18. Januar 2013). Ziel ist es, mindestens 80 % des Durchgangsverkehrs durch das Dorf Näfels auf die Umfahrungsstrasse zu verlagern. Gemäss dem Ansatz "Umgestaltung / Temporeduktion" soll die Ortsdurchfahrt in der heutigen Form bestehen bleiben. Seitliche Einengungen, eine Kernfahrbahn und gegebenenfalls Rechtsvortritt an den Knoten sollen zu tieferen Geschwindigkeiten und somit zu einer längeren Fahrzeit führen. Zusätzlich soll auch die Steuerung der Lichtsignalanlage am Knoten Nord dazu beitragen, dass die Fahrt via Umfahrung schneller ist als via Ortsdurchfahrt. Im Süden soll schliesslich der Knoten als Kreisel mit Bypass ausgestaltet werden, womit leistungskritische Konfliktströme entflochten werden.
Die Lichtsignalanlage und der Kreisel im Süden bilden Teil des Ausführungsprojekts. Die verkehrsberuhigenden Massnahmen im Zentrum von Näfels (Einengungen, Kernfahrbahn und Rechtsvortritt) sollen im Rahmen eines Studienauftrags zu einem Vorprojekt weiterentwickelt werden. Gerechnet wird mit Kosten von rund Fr. 300'000.-- bis Fr. 400'000.-- (Genauigkeit von +/- 30 %; vgl. ergänzende Erläuterungen zum Konzeptbericht der ewp AG vom 18. Januar 2013, S. 6).
In seinem Entscheid vom 6. November 2012 erklärte der Regierungsrat die Umsetzung sämtlicher flankierender Massnahmen vor Ende des Baus der Umfahrung als verbindlich.
14.3. Die Vorinstanz hat erwogen, die Zulässigkeit des Ausführungsprojekts könne nicht unabhängig von den geplanten flankierenden Massnahmen beurteilt werden. Würden nämlich solche fehlen oder führten sie nicht zur gewünschten Entlastungswirkung, hätte dies zur Folge, dass das öffentliche Interesse an der Umfahrungsstrasse weit weniger stark ausfiele. Dass der Regierungsrat die Umsetzung der flankierenden Massnahmen vor Ende des Baus der Umfahrung im Genehmigungsentscheid als verbindlich erklärt habe, sei nicht unproblematisch. Die Kosten für die Hauptelemente der flankierenden Massnahmen (Lichtsignalanlage und Kreisel) seien zwar im Umfahrungsprojekt enthalten. Die verkehrsberuhigenden Massnahmen in Näfels selbst im Betrag von schätzungsweise Fr. 300'000.-- bis Fr. 400'000.-- müssten hingegen durch den Kanton bezahlt werden. Der Regierungsrat sei indes lediglich zuständig für Beschlüsse über alle frei bestimmbaren einmaligen Ausgaben für den gleichen Zweck, die Fr. 200'000.- nicht überstiegen (vgl. Art. 100 lit. b KV/GL). Es gehe nicht an, die flankierenden Massnahmen für verbindlich zu erklären, ohne die dafür notwendige finanzielle Beschlusskompetenz zu haben. Folglich vermöge die Verbindlicherklärung der Umsetzung der flankierenden Massnahmen vor Ende des Baus der Umfahrung nur den Regierungsrat zu binden, weshalb zu prüfen sei, ob er selbst wirkungsvolle flankierende Massnahmen anordnen könne.
Die Lichtsignalanlage und der Kreisel im Süden seien die wichtigsten Massnahmen zur Verlagerung des Durchgangsverkehrs. Im Dorfzentrum von Näfels könnten zudem Massnahmen bis zu einem Betrag von Fr. 200'000.- durch den Regierungsrat festgesetzt werden. Im Ergebnis erscheine es naheliegend, dass für eine spürbare Entlastung des Dorfzentrums ausreichende flankierende Massnahmen selbst dann angeordnet werden könnten, wenn der Landrat oder die Landsgemeinde einen entsprechenden Kredit verweigern würde.
14.4. Betreffend die Finanzbeschlusskompetenz des Regierungsrats hat die Vorinstanz auf Art. 100 lit. b KV/GL verwiesen.
Nach dieser Bestimmung mit dem Randtitel "Finanzbefugnisse" ist der Regierungsrat zuständig für Beschlüsse über alle frei bestimmbaren einmaligen Ausgaben für den gleichen Zweck, die Fr. 200'000.--, und über alle frei bestimmbaren wiederkehrenden Ausgaben für den gleichen Zweck, die Fr. 40'000.-- im Jahr nicht übersteigen. Nach Art. 90 lit. b KV/GL ebenfalls mit dem Randtitel "Finanzbefugnisse" fallen Beschlüsse über alle frei bestimmbaren einmaligen Ausgaben für den gleichen Zweck, die Fr. 1 Mio., und über alle frei bestimmbaren wiederkehrenden Ausgaben für den gleichen Zweck, die Fr. 200'000.-- im Jahr nicht übersteigen, in die Zuständigkeit des Landrats. Darüber hinausgehend ist die Landsgemeinde zuständig (Art. 69 Abs. 2 lit. b KV/GL; vgl. auch E. 4 hiervor).
14.5. Die Beschwerdeführenden werfen der Vorinstanz vor, sie habe mit freiem Ermessen über eine Reduktion der vom Regierungsrat als verbindlich erklärten flankierenden Massnahmen befunden, ohne hierfür über das nötige Fachwissen zu verfügen und ohne eine zusätzliche Expertise einzuholen. Die Reduktion der flankierenden Massnahmen (von Fr. 300'000.-- bis Fr. 400'000.-- auf maximal Fr. 200'000.--) erfolge dabei ohne verkehrs- oder umweltbezogene Begründung, sondern einzig aus finanziellen Überlegungen. Dies sei willkürlich. Es sei nicht ersichtlich, wie mit einer solchen Reduktion der flankierenden Massnahmen das Entlastungsziel der Verlagerung von 80 % des Durchgangsverkehrs auf die Umfahrungsstrasse noch sollte erreicht werden können. Zugleich habe die Vorinstanz hierdurch das Gebot der Koordination zwischen dem Ausführungsprojekt und dem Erlass flankierender Massnahmen missachtet und damit Art. 25a RPG verletzt. Die flankierenden Massnahmen seien unabdingbare Voraussetzung für eine umweltverträgliche Realisierung des Projekts.
14.6. Das Bundesamt für Umwelt BAFU stützt die Auffassung der Vorinstanz und hält fest, das Umweltrecht des Bundes schreibe nicht zwingend vor, dass die flankierenden Massnahmen gleichzeitig mit der geplanten Umfahrungsstrasse erlassen werden müssten. Der Entscheid der Vorinstanz stehe daher in Einklang mit den Bestimmungen des Umweltrechts (Stellungnahme des BAFU vom 29. August 2013 im Verfahren 1C_558/2013, S. 7).
Das Bundesamt für Raumentwicklung ARE vertritt in seiner Stellungnahme an das Bundesgericht vom 4. November 2013 demgegenüber die Auffassung, die flankierenden Massnahmen zur Entlastung der Dorfdurchfahrt Näfels müssten rechtlich und somit auch finanziell gesichert sein, was vorliegend nicht der Fall sei (Stellungnahme des ARE vom 4. November 2013im Verfahren 1C_556/2013).
14.7. Art. 25a RPG bestimmt, dass eine Behörde zu bezeichnen ist, welche für ausreichende Koordination sorgt, wenn die Errichtung oder die Änderung einer Baute oder Anlage Verfügungen mehrerer Behörden erfordert (Abs. 1). Die für die Koordination verantwortliche Behörde sorgt für eine inhaltliche Abstimmung sowie möglichst für eine gemeinsame oder gleichzeitige Eröffnung der Verfügungen (Abs. 2 lit. d). Die Verfügungen dürfen keine Widersprüche enthalten (Abs. 3).
Die Beschwerdeführer können aus dieser Bestimmung nichts zu ihren Gunsten ableiten. Das Ausführungsprojekt hat einzig die Umfahrungsstrasse zum Gegenstand und die hierfür erforderlichen Bewilligungen wurden unbestrittenermassen miteinander koordiniert. Die in Frage stehenden flankierenden Massnahmen (Einengungen, Kernfahrbahn und Rechtsvortritt) betreffen demgegenüber die durch Näfels führende Hauptstrasse. Eine koordinierte Bewilligungserteilung ist in solchen Fällen nicht zwingend. Vielmehr dürfen projektbezogene flankierende Massnahmen grundsätzlich auch später angeordnet werden (vgl. Urteil 1A.139/2006 vom 27. September 2006 E. 5.4.2).
14.8. Während die beiden Hauptelemente der flankierenden Massnahmen (Lichtsignalanlage und Kreisel) Bestandteil des Ausführungsprojekts bilden, wurden die verkehrsberuhigenden Massnahmen im Zentrum von Näfels bewusst in ein separates Verfahren ausgelagert. Dies ist, wie dargelegt (E. 14.7 hiervor), mangels entsprechender Koordinationspflicht bundesrechtlich zulässig. Es ist jedoch unbestritten, dass verkehrsberuhigende Massnahmen auf der Hauptstrasse in Näfels zur Erreichung des Entlastungsziels erforderlich sind. Aufgrund der Auslagerung in ein separates Verfahren bleibt indes trotz grundsätzlicher Verbindlicherklärung durch den Regierungsrat ein gewisser zeitlicher und inhaltlicher Spielraum bei der konkreten Umsetzung bzw. Ausgestaltung. Diese Flexibilität erscheint durchaus sachgerecht, erlaubt sie doch, besonderen Gegebenheiten und allfälligen Einwänden von Anwohnern Rechnung zu tragen, ohne das Ausführungsprojekt mit diesen Detailfragen weiter zu verkomplizieren.
Entscheidend und auch genügend ist vorliegend, dass der Regierungsrat die Umsetzung der flankierenden Massnahmen im Grundsatz verbindlich angeordnet hat und dass keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die Realisierung an finanziellen Hürden scheitern könnte, d.h. dass der Landrat (oder die Landsgemeinde) einen entsprechenden Kredit verweigern könnte.
14.9. Selbst wenn jedoch der Landrat einen entsprechenden Kredit ablehnen sollte, kann - auch mit Blick auf die grosse Unschärfe der Kostenschätzung - davon ausgegangen werden, dass die erforderlichen flankierenden Massnahmen vom Regierungsrat selbst getroffen werden könnten. Die geschätzten Kosten von rund Fr. 300'000.-- bis Fr. 400'000.-- (Genauigkeit +/- 30 %) für die verkehrsberuhigenden Massnahmen im Zentrum von Näfels teilen sich auf in Fr. 100'000.-- für Neumarkierungen und Fr. 200'000 bis Fr. 300'000.-- für 20 seitliche Einengungen, wobei eine Einengung Fr. 10'000.-- (mit blosser farblicher Markierung) bis Fr. 15'000.-- (mit Pflästerung) kosten soll (vgl. hierzu Konzeptbericht "Flankierende Massnahmen" der ewp AG vom 25. Oktober 2011, S. 24 f. und S. 28 f., sowie ergänzende Erläuterungen zum Konzeptbericht der ewp AG vom 18. Januar 2013, S. 6 Fn. 4). Somit kann davon ausgegangen werden, dass die 20 seitlichen Einengungen für Fr. 200'000.--, also im Rahmen der regierungsrätlichen Finanzkompetenzen, realisiert werden könnten, wenn auch nur auf baulich einfache Weise. Die Umgestaltung der Fahrbahn ihrerseits ("Optische Einengung": Entfernen der Mittelstreifenmarkierung, farbliche Gestaltung der Strassenoberfläche; vgl. hierzu Konzeptbericht "Flankierende Massnahmen" der ewp AG vom 25. Oktober 2011, S. 25) kann, allenfalls mit einer gewissen zeitlichen Verzögerung, im Rahmen des laufenden Strassenunterhalts erfolgen.
Wenn sich diese, im Konzeptbericht umschriebenen und als verbindlich erklärten Massnahmen bei späterer Evaluation als nicht ausreichend erweisen sollten, um die erforderliche Entlastungswirkung zu erzielen, wäre der Regierungsrat befugt und auch verpflichtet, weitergehende Massnahmen anzuordnen. Selbst wenn diese zusätzliche Kosten generieren sollten, würde dies keine Umgehung der Ausgabenkompetenzen von Art. 100 lit. b KV/GL darstellen, da die Notwendigkeit zum heutigen Zeitpunkt noch nicht feststeht. Es ist sinnvoll, wenn in einem ersten Schritt nicht alle denkbaren Massnahmen angeordnet werden, sondern zunächst geprüft wird, ob diese überhaupt erforderlich sind.
Eine Verletzung von Bundesrecht ist nach dem Gesagten zu verneinen.
15. Interessenabwägung / Verhältnismässigkeit
Abschliessend ist die von der Vorinstanz vorgenommene Interessenabwägung auf ihre Rechtmässigkeit zu überprüfen.
15.1. Die Vorinstanz hat das öffentliche Interesse an der Umfahrungsstrasse zu Recht als erheblich eingestuft. Die Anbindung von Kantonshauptorten wie Glarus, die nicht Kernstadt einer mittel- oder grossstädtischen Agglomeration sind, über Nationalstrassen an die nächstgelegene grossstädtische Agglomeration wird vom Bund angestrebt und liegt damit in einem nationalen Interesse. Des Weiteren ist eine gute Erschliessung für Regionen im Alpenraum wesentlich, um sich wirtschaftlich behaupten zu können. Mindestens so gewichtig wie das Interesse an der Verkehrserschliessung erscheint das Interesse an der Entlastung des Dorfzentrums von Näfels. Der durchschnittliche tägliche Verkehr durch Näfels beträgt heute rund 17'800 (Süd) bis 19'900 (Nord) Fahrzeuge pro 24 Stunden, wobei mit einer weiteren Zunahme zu rechnen ist (vgl. Umweltverträglichkeitsbericht S. 15 f.). Die Umfahrungsstrasse soll das Dorfzentrum um 30-50 % entlasten, indem 80 % des Durchgangsverkehrs auf die Umfahrungsstrasse verlagert werden. Diese Entlastung ist mit den als verbindlich erklärten flankierenden Massnahmen sicherzustellen. Die Lebensqualität der Bevölkerung von Näfels kann so gesteigert werden, wobei insgesamt mehr Personen von Verkehrsimmissionen entlastet als neu zusätzlich mit solchen belastet würden (vgl. zum Ganzen angefochtener Entscheid S. 65 f.).
15.2. Das Strassenprojekt hat indes auch vielfältige Auswirkungen auf Natur und Umwelt. Der inventarisierte historische Verkehrsweg "Alte Landstrasse" wird verlegt und teilweise aufgehoben. Die Landschaft wird teilweise zerschnitten und es werden geschützte Lebensräume tangiert. Das Projekt hat Eingriffe in das Grundwasser zur Folge und es wird auf die Ausscheidung eines Gewässerraums verzichtet. Neben Bodenveränderungen führt die Umfahrungsstrasse auch zu einem Verlust von Fruchtfolgeflächen. Ferner erweist sich die Rodung einer grösseren Fläche Wald als zur Projektrealisierung notwendig. Schliesslich werden neben den öffentlichen Interessen am Natur- und Umweltschutz auch private Interessen betroffen. So hat der geplante Bau einschneidende Eingriffe in das Eigentum von Landwirten zur Folge.
15.3. Die Belastungen für Natur und Umwelt wurden indes soweit möglich minimiert. Es wird nicht in die wesentlichen Substanzelemente des historischen Verkehrswegs "Alte Landstrasse" eingegriffen. Die offene Strecke Nord zerschneidet zwar die Landschaft, die Auswirkungen werden aber durch die Streckenführung entlang des Tankgrabens relativ gering gehalten. Es werden zwar geschützte Lebensräume zerstört, mittels ökologischer Ersatzmassnahmen wird jedoch eine positive Bilanz angestrebt. Die Eingriffe in das Grundwasser gehen zwar weit, mit der Beschränkung der stetig abgeleiteten Wassermenge auf 10 l/s und Tunnelkilometer und der Einhaltung der gesetzlichen Vorgabe, wonach die Durchflusskapazität des Grundwassers um höchstens 10 % verringert werden darf, halten sich die Auswirkungen jedoch in Grenzen. Gleiches gilt in Bezug auf den Verzicht auf die Ausscheidung eines Gewässerraums von 15 m, da insoweit keine schützenswerten Lebensräume im Sinne des NHG bzw. der NHV tangiert werden. Ferner fällt der Verlust von Fruchtfolgeflächen mit 0,46 ha gering aus.
Im Umweltverträglichkeitsbericht wird das Strassenprojekt in der Gesamtbeurteilung deshalb als umweltverträglich eingestuft und auch das BAFU als Fachbehörde vertritt die Auffassung, das Projekt stehe in Einklang mit dem Bundesumweltrecht.
15.4. Vor diesem Hintergrund verletzt es kein Bundesrecht, das erhebliche öffentliche Interesse an der Umfahrungsstrasse stärker zu gewichten als die öffentlichen Interessen am Natur- und Umweltschutz sowie die berechtigten privaten Interessen enteigneter Personen.
16. Fazit / Kosten- und Entschädigungsfolgen
16.1. Die Beschwerden des Beschwerdeführers 1 (Verfahren 1C_556/2013) und der Beschwerdeführer 3-8 (Verfahren 1C_562/2013) sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
16.2. Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 (Verfahren 1C_558/2013) ist demgegenüber teilweise gutzuheissen.
Ein Entscheid, der wie jener des Regierungsrats unter Verletzung der Gehörsansprüche des Beschwerdeführers 2 erging (vgl. hierzu E. 3hiervor), ist stets rechtsfehlerhaft, weshalb die Anfechtung grundsätzlich zu Recht erfolgt ist. Wenn - wie vorliegend - die Rechtsmittelinstanz diesen Mangel ausnahmsweise heilt, entscheidet sie im Grunde anstelle der ersten Instanz. Erst durch ihren Entscheid erfüllt sich der Anspruch auf eine formell korrekte Streitentscheidung. Erweist sich das Rechtsmittel in der Sache als unbegründet und entscheidet die Rechtsmittelinstanz neu, sind allfällige Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer 2 als unterliegende Partei aufzuerlegen. Die Gerichtskosten des zweitinstanzlichen Verfahrens sind demgegenüber vom Kanton Glarus zu tragen, welcher die Gehörsverletzung, die Anlass zur Beschwerdeführung gab, zu verantworten hat. Zudem hat er dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer 2 für das zweitinstanzliche Verfahren eine angemessene Entschädigung auszurichten (vgl. Urteile 1B_22/2012 vom 11. Mai 2012 E. 3.3; 1C_4/2012 vom 19. April 2012 E. 8; siehe zum Ganzen auch Lorenz Kneubühler, Gehörsverletzung und Heilung; in ZBl 3/1998 S. 97 ff., insb. S. 116 ff.).
Der angefochtene Entscheid ist deshalb im Kosten- und Entschädigungspunkt aufzuheben. Bei der Bemessung der Parteientschädigung kommt der Vorinstanz Ermessen zu, weshalb die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen ist.
16.3. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens werden dem Beschwerdeführer 1 Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt (Verfahren 1C_556/2013). Die Beschwerdeführer 3-8 werden zur Bezahlung von Gerichtskosten von je Fr. 1'000.--, d.h. insgesamt Fr. 6'000.--, verpflichtet (Verfahren 1C_562/2013).
Dem Beschwerdeführer 2 werden reduzierte Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- auferlegt (Verfahren 1C_558/2013). Des Weiteren hat der Kanton Glarus den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen. Die eingereichte Kostennote über Fr. 16'000.-- gibt zu keinen Bemerkungen Anlass. Da der Beschwerdeführer 2 einzig in einem untergeordneten Punkt (Kosten- und Entschädigungsfolgen der Gehörsverletzung) obsiegt, hat er Anspruch auf Ausrichtung einer Entschädigung von Fr. 2'000.--.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde im Verfahren 1C_556/2013 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Beschwerde im Verfahren 1C_562/2013 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde im Verfahren 1C_558/2013 wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen. Dispositiv-Ziffern 3 und 4 des angefochtenen Entscheids werden, soweit den Beschwerdeführer im Verfahren 1C_558/2013 betreffend, aufgehoben. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Kosten- und Entschädigungspunkt an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
4.
Dem Beschwerdeführer im Verfahren 1C_556/2013 werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
5.
Den Beschwerdeführern im Verfahren 1C_562/2013 werden Gerichtskosten von je Fr. 1'000.--, d.h. insgesamt Fr. 6'000.--, auferlegt.
6.
Dem Beschwerdeführer im Verfahren 1C_558/2013 werden reduzierte Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- auferlegt. Der Kanton Glarus hat den Beschwerdeführer im Verfahren 1C_558/2013 mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
7.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Regierungsrat des Kantons Glarus, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, I. Kammer, dem Bundesamt für Umwelt, dem Bundesamt für Raumentwicklung und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. September 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner