Erwägungen:
1.
Das Bezirksgericht Winterthur eröffnete mit Urteil vom 7. August 2017 für eine Forderung der Beschwerdegegnerin von Fr. 2'082.20 einschliesslich Zinsen und bisherige Betreibungskosten den Konkurs über den Beschwerdeführer.
Dagegen erhob der Beschwerdeführer am 16. August 2017 Beschwerde. Mit Verfügung vom 18. August 2017 erkannte das Obergericht des Kantons Zürich der Beschwerde einstweilen die aufschiebende Wirkung nicht zu. Mit Urteil vom 28. August 2017 wies das Obergericht die Beschwerde ab und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts vom 7. August 2017.
Am 27. September 2017 hat der Beschwerdeführer Beschwerde an das Bundesgericht erhoben.
2.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Konkursentscheid, womit die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d, Art. 75, Art. 90 BGG).
Gemäss <ref-law> hat die Beschwerde Anträge zu enthalten und nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Begründung muss sachbezogen sein und sich auf den Streitgegenstand beziehen und beschränken; die beschwerdeführende Partei hat in gezielter Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheides massgeblichen Erwägungen plausibel aufzuzeigen, welche Rechte bzw. Rechtsnormen die Vorinstanz verletzt haben soll (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 116).
3.
Unter Hinweis auf <ref-law> hat das Obergericht erwogen, es genüge nicht, wenn der Beschwerdeführer in Aussicht stelle, er werde die Konkursforderung bezahlen. Er hätte dem Gericht vielmehr innert der Rechtsmittelfrist nachweisen müssen, dass er die Konkursforderung getilgt habe. Der Beschwerdeführer habe keinen Konkurshinderungsgrund nachweisen können. Zu seiner Zahlungsfähigkeit habe er sich nicht geäussert, womit er auch diese nicht hinreichend glaubhaft gemacht habe. Für das vorliegende Verfahren seien seine Ausführungen zu seinen psychischen Problemen und zum Klinikaufenthalt nicht von Bedeutung. Der Beschwerdeführer habe kein Gesuch um Rechtsstillstand gemäss <ref-law> gestellt.
Vor Bundesgericht schildert der Beschwerdeführer sein Krankheitsbild und wünscht die Berücksichtigung seiner Krankheit im Vorfeld des Konkurses bzw. im Konkursverfahren. Wie das Obergericht jedoch bereits ausgeführt hat, kann dies im Konkursverfahren nicht berücksichtigt werden. Entsprechende gesetzliche Grundlagen fehlen. Der Beschwerdeführer bestreitet sodann nicht, dass er kein Gesuch um Rechtsstillstand gemäss <ref-law> (Rechtsstillstand wegen schwerer Erkrankung) gestellt hat. Ausserdem wünscht der Beschwerdeführer, dass die Krankenkassen menschlicher handeln und auf Härtefälle Rücksicht nehmen. Es dürfe nicht sein, dass Krankenkassen, bei denen man sich gegen lebensbedrohliche Krankheiten versichere, ihrerseits den Versicherten mit Entzug des Lebensnotwendigen bedrohten. Bei psychischen Erkrankungen könne das Vorgehen der Krankenkassen negative Rückwirkungen haben. Die Beschwerdegegnerin habe ihre Sorgfaltspflicht missachtet, indem sie seine psychische Erkrankung nicht berücksichtigt habe. Die Vorschläge des Beschwerdeführers zielen auf eine Änderung der Geschäftspolitik der Krankenkassen und eine Anpassung der gesetzlichen Grundlagen. Dafür ist das Bundesgericht nicht zuständig. Im Übrigen bestreitet der Beschwerdeführer die Erwägungen des Obergerichts zum mangelnden Nachweis eines Konkurshinderungsgrundes nicht. Zur Zahlungsfähigkeit äussert er sich zwar, doch hätte er sich dazu vor Obergericht äussern müssen. Seine Ausführungen vor Bundesgericht sind verspätet (<ref-law>).
Die Beschwerde erweist sich damit als offensichtlich unzulässig bzw. sie enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung. Darauf ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. a und b BGG durch das präsidierende Mitglied der Abteilung nicht einzutreten.
4.
Angesichts der Umstände ist auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>). Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Grundbuch- und Konkursamt U._, dem Betreibungsamt V._, dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zingg