Erwägungen:
1.
1.1. A.A._ und B.A._ gelangten betreffend ihre Veranlagung 2011 an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern (StRK). Am 12. November 2015 hiess diese den Rekurs bezüglich der Kantons- und Gemeindesteuern teilweise gut, trat aber auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer nicht ein. Die Verfahrenskosten von Fr. 1'200.-- auferlegte sie den Steuerpflichtigen im Umfang von Fr. 800.--. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern (12. April 2016) wies eine ausschliesslich gegen die Kostenverlegung gerichtete Beschwerde ab.
1.2. Mit Eingabe vom 17. Mai 2015 erheben die Steuerpflichtigen Beschwerde an das Bundesgericht und beantragen sinngemäss, von den Kosten für das Verfahren vor der StRK befreit zu werden. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.
2.
2.1. Die einer konsularischen Vertretung fristgerecht eingereichte Beschwerdeschrift (Art. 100 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>), zu welcher die Steuerpflichtigen legitimiert sind (<ref-law>), ist in italienischer Sprache und mithin in einer Amtssprache redigiert (Art. 42 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>). Anders als im Verfahren im Kanton Bern genügt dies. Da indessen der angefochtene Entscheid in deutscher Sprache erging, ergeht auch das vorliegende bundesgerichtliche Urteil in dieser Sprache (Art. 54 Abs. 1 erster Satz BGG).
2.2. Die Vorinstanz hat für die direkte Bundessteuer und die Kantons- und Gemeindesteuer einen gemeinsamen Entscheid gefällt, und die Beschwerdeführer haben diesen in einer einzigen Beschwerde bezüglich beider Steuern angefochten. Praxisgemäss eröffnet das Bundesgericht in solchen Fällen zwei Dossiers, vereinigt jedoch die beiden Verfahren (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; Urteil 2C_99/2015 vom 2. Juni 2015 E. 1).
3.
Soweit darauf einzutreten ist bzw. soweit sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen genügt (Art. 42 in Verbindung mit <ref-law>), erweist sich die Eingabe als offensichtlich unbegründet und kann ohne Weiterungen im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> erledigt werden.
3.1.
3.1.1. In Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern 2011 ist das Verwaltungsgericht zum Schluss gekommen, die Beschwerdeführer seien zu Unrecht von einem gänzlichen Obsiegen im Verfahren vor der StRK ausgegangen. Zwar hätten sie nur betreffend die Mehrkosten für die auswärtige Unterkunft des Beschwerdeführers Rekurs geführt und habe ihnen die StRK diesbezüglich im Grundsatz Recht gegeben, gemessen an ihren Anträgen seien sie indes mit ihrem Rechtsmittel nur teilweise durchgedrungen. Auch wenn ihr Rekursbegehren nicht explizit beziffert gewesen sei, hätten sie in der Begründung doch klar zum Ausdruck gebracht, dass sie einen zusätzlichen Abzug für Wohnkosten in der Höhe von Fr. 12'000.-- (Fr. 1'000.-- pro Monat) verlangten. Diesem Antrag habe die StRK nur teilweise in Umfang von Fr. 5'143.-- entsprochen.
3.1.2. Die Beschwerdeführer werfen in diesem Zusammenhang der Vorinstanz eine offensichtlich unrichtige und damit willkürliche Feststellung des Sachverhalts bzw. eine willkürliche Würdigung der Akten vor. Sie beschränken sich indessen im Wesentlichen darauf, ihre Sicht der Dinge zu schildern und sie derjenigen der letzten kantonalen Instanz gegenüberzustellen.
Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn der von der Vorinstanz als erstellt erachtete Sachverhalt nicht mit der Darstellung der Rekurrenten übereinstimmt oder eine andere Sachverhaltsdarstellung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Erforderlich ist vielmehr, dass die Feststellungen bzw. die Beweiswürdigung der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sind, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzen oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen (<ref-ruling> E. 2b S. 56; <ref-ruling> E. 2a S. 168; <ref-ruling> E. 4a S. 5).
3.1.3. Soweit die Beschwerde den Begründungsanforderungen überhaupt genügt, kann von Willkür im Übrigen keine Rede sein.
Wie dem von der Vorinstanz zitierten Rekurs vom 9. Januar 2014 zu entnehmen ist, hat der Beschwerdeführer in seiner Steuererklärung 2011 einen Abzug für die Unterkunftskosten von Fr. 12'000.-- beantragt. Obwohl er sich in seiner Beschwerde an die StRK bereit erklärt, sich auch mit der Anerkennung eines tieferen Abzugs (z.B. Fr. 800.-- oder Fr. 900.-- pro Monat) abfinden zu können, bestätigt er dort weiter die Schätzung dieser Kosten auf Fr. 1'000.-- pro Monat.
Zwar ist in dem erwähnten Rechtsmittel auch zu lesen, "dass die offene Frage nun ist, wie viel der Beschwerdeführer abziehen darf und nicht, ob er überhaupt berechtigt ist, einen Teil der Mietkosten an der X._strasse, in U._, abzuziehen". Dies ändert aber nichts daran, dass der Beschwerdeführer eine klare Vorstellung seiner Unterkunftskosten hatte, der in der Folge nur teilweise entsprochen worden ist.
3.2. In Bezug auf die Bundessteuer 2011 hat das Verwaltungsgericht die Beschwerde mit einer Doppelbegründung abgelehnt.
Einerseits ist es zum Schluss gelangt, die StRK habe ohne Rechtsverletzung annehmen dürfen, die Beschwerdeführer hätten Beschwerde betreffend die Bundessteuer (nicht nur Rekurs betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern) erhoben; demnach durfte sie für ihren Nichteintretensentscheid Verfahrenskosten erheben. Andererseits hat es ausgeführt, der streitige Kostenspruch wäre selbst dann rechtmässig, wenn die Beschwerdeführer nur Rekurs und keine Beschwerde erhoben hätten, sodass bloss die Kosten des Rekursverfahrens zu verlegen gewesen wären.
Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass und inwiefern jede dieser Begründungen Recht verletzt, andernfalls kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 mit Hinweisen).
Diese Begründungsanforderungen sind hier nicht erfüllt. Die Beschwerdeführer beschränken sich darauf, die vorinstanzliche Begründung über die Annahme der Erhebung der Beschwerde anzufechten, und gehen auf die den angefochtenen Entscheid selbständig tragende Alternativbegründung nicht ein. Auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2011 ist deshalb nicht einzutreten.
4.
4.1. Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2011 (Verfahren 2C_470/2016) als unbegründet und ist abzuweisen; auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2011 (Verfahren 2C_471/2016) wird nicht eingetreten.
4.2. Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_470/2016 (Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Bern) und 2C_471/2016 (direkte Bundessteuer) werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2011 des Kantons Bern (Verfahren 2C_470/2016) wird abgewiesen.
3.
Auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2011 (Verfahren 2C_471/2016) wird nicht eingetreten.
4.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juni 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Savoldelli