Faits :
A.
A.a. Le 28 mai 2015, à la réquisition de B._ Sàrl, l'Office des poursuites du district du Jura-Nord vaudois a notifié à A._ un commandement de payer la somme de xxxx fr. sans intérêt dans la poursuite n° xxxx, indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation: " Paiement de la facture finale de travaux effectués et terminés, avec garantie de construction déjà remise ".
Le poursuivi a formé opposition totale audit commandement de payer.
A.b. Par prononcé du 9 octobre 2015, dont l'expédition complète a été notifiée au poursuivi le 11 décembre 2015, le Juge de paix des districts du Jura-Nord vaudois et du Gros-de-Vaud a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence de xxxx fr. sans intérêt (I), a fixé les frais judiciaires à 360 fr. (II), les a mis à la charge du poursuivi (III) et a dit que celui-ci devait rembourser à la poursuivante son avance de frais, par 360 fr., sans allocation de dépens pour le surplus (IV).
B.
B.a. Par acte du 21 décembre 2015, A._ a recouru contre ce prononcé par-devant la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Tribunal cantonal), concluant à sa réforme en ce sens que la requête de mainlevée est rejetée.
B.b. Par arrêt du 25 février 2016, dont l'expédition complète a été notifiée au poursuivi le 25 avril 2016, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé le prononcé de mainlevée provisoire. Il a également mis des frais judiciaires de deuxième instance de 570 fr. à charge du recourant.
C.
Par acte du 25 mai 2016, A._ forme un " recours " au Tribunal fédéral contre cette décision dont il requiert principalement la réforme en ce sens que la requête de mainlevée est rejetée; subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Des déterminations sur le fond n'ont pas été requises.
D.
D.a. Par courrier du 1 er septembre 2016, le mandataire de B._ Sàrl a informé le Tribunal de céans que les parties avaient conclu un arrangement qu'il a produit en annexe.
D.b. Invité à se déterminer à cet égard, le mandataire de A._ a confirmé, par courrier du 13 septembre 2016, que la poursuite n° xxxx avait été retirée par B._ Sàrl et a relevé, qu'à son sens, ce retrait " met[tait] fin à la procédure ".

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral contrôle d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
1.1. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 117) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse est atteinte (<ref-law>).
1.2.
1.2.1. Selon l'<ref-law>, le recourant doit notamment avoir un intérêt digne de protection à l'annulation de la décision attaquée. L'intérêt digne de protection consiste dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait à son auteur, en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 43). L'intérêt doit être actuel, c'est-à-dire qu'il doit exister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 41). Le Tribunal fédéral déclare le recours irrecevable lorsque l'intérêt digne de protection fait défaut au moment du dépôt du recours. En revanche, si cet intérêt disparaît en cours de procédure, le recours devient sans objet (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 24 s. et les arrêts cités). Il est dérogé exceptionnellement à l'exigence d'un intérêt actuel lorsque la contestation à la base de la décision attaquée est susceptible de se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle ne perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt public suffisamment important à la solution de la question litigieuse (<ref-ruling> précité; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 103; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 81).
1.2.2. En l'occurrence, il ressort des courriers des parties des 1 eret 13 septembre 2016 qu'elles ont trouvé un accord portant sur la créance à l'origine de la poursuite litigieuse ensuite duquel la poursuite a été retirée par la créancière. Il s'agit là de nova dont la Cour de céans peut tenir compte dès lors qu'ils ont pour conséquence de rendre le recours sans objet (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 535). La poursuite à l'origine du prononcé de mainlevée contesté ayant été retirée, le poursuivi n'a plus d'intérêt au recours puisque celui-ci tendait au rejet de la requête de mainlevée. Il s'ensuit que le recours est devenu sans objet sur la question principale.
1.2.3. La décision de mainlevée attaquée met des frais judiciaires à la charge du recourant. Ce dernier a donc un intérêt légitime et actuel à obtenir l'annulation de cette condamnation. Cela ne signifie toutefois pas qu'il peut, par le biais d'une contestation de sa condamnation à des frais et dépens, faire examiner de manière indirecte des griefs sans objet ou irrecevables contre la décision au fond. Lorsqu'il ne peut pas être entré en matière sur les griefs soulevés contre la décision au fond, le recourant peut faire valoir uniquement que la décision sur les frais et dépens doit être annulée ou modifiée pour des motifs autres que ceux qu'il invoquait à propos de la question principale (arrêt 5A_672/2014 du 8 janvier 2015 consid. 1.2.3 et les références).
En l'espèce, le recours ne contient pas de moyens spécifiques contre la décision sur les frais et dépens, qui seraient différents de ceux articulés contre la décision au fond; les griefs portant sur la condamnation aux frais et dépens se confondent donc avec ceux dirigés contre la décision au fond. Le recours est dès lors irrecevable sur la question des frais et dépens.
2.
Vu ce qui précède, le recours est irrecevable dans la mesure où il n'est pas sans objet.
En règle générale, les frais judiciaires et les dépens de la partie qui a obtenu gain de cause sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 LTF). Dans la mesure où le recours est sans objet, il convient d'appliquer aux frais et dépens l'<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral statue alors par une décision sommairement motivée en tenant compte de l'état de choses existant avant le fait qui met fin au litige. Il se fonde en premier lieu sur l'issue probable qu'aurait eue la procédure. Si cette issue ne peut être déterminée dans le cas concret sans plus ample examen, les règles générales de la procédure civile s'appliquent: les frais et dépens seront mis à la charge de la partie qui a provoqué la procédure devenue sans objet ou chez laquelle sont intervenues les causes ayant conduit à ce que cette procédure devienne sans objet (<ref-ruling> consid. 4a p. 494; arrêt 5A_672/2014 du 8 janvier 2015 consid. 2 et les références).
En l'espèce, le recourant a provoqué la procédure déclarée sans objet et il n'apparaît pas sans autre que les griefs soulevés dans le recours étaient bien fondés. Bien qu'ayant connaissance du retrait de la poursuite, il n'a au surplus pas déclaré retirer son recours dans sa détermination du 13 septembre 2016, de sorte qu'une réduction des frais ne se justifie pas. En conséquence, le recourant prendra à sa charge les frais de la procédure arrêtés à 2'000 fr. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable dans la mesure où il n'est pas sans objet.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 26 septembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Hildbrand