Faits :
A.
Le 29 juillet 2014, le Service de taxation de l'Etat X._ (ci-après: l'autorité requérante) a formé une demande d'assistance administrative visant le résident A._. L'autorité requérante soupçonnait ce contribuable, qui faisait l'objet d'un contrôle fiscal, d'être le bénéficiaire d'une société étrangère qui aurait été utilisée pour réduire le montant des impôts dus en X._, et de faire usage à cet effet d'un compte bancaire ouvert le 30 janvier 2012 auprès de la Z._ SA (ci-après: la Banque). L'autorité requérante souhaitait dès lors obtenir, entre autres types de renseignements, les relevés dudit compte pour l'année 2013. Elle a également demandé si A._ avait d'autres comptes bancaires en Suisse (" Does A._ have other bank accounts in Switzerland ? "), auquel cas elle souhaitait obtenir les relevés desdits comptes pour l'année 2013.
B.
Par décision finale du 16 février 2015, l'Administration fédérale a accordé l'assistance administrative à X._. Elle a en particulier décidé de lui transmettre, d'une part, des renseignements concernant le compte bancaire dont A._ était titulaire auprès de la Banque et, d'autre part, des renseignements concernant un autre compte bancaire, également ouvert auprès de la Banque au nom de la société B._ SA, enregistrée au Panama, dont A._ était l'ayant droit économique.
S'agissant du point de savoir si A._ disposait d'autres comptes bancaires dans d'autres banques suisses, l'Administration fédérale n'a pas donné suite à la demande, mais a indiqué dans la décision finale que l'autorité requérante devait lui fournir des informations complémentaires telles que le nom, l'adresse ou le numéro du compte bancaire, afin de respecter les exigences du droit interne et le principe de la proportionnalité (<ref-law>).
Par arrêt du 15 juin 2016, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours formé par A._ et B._ SA contre la décision finale du 16 février 2015. Il a jugé que l'assistance administrative devait être accordée seulement s'agissant du compte bancaire détenu directement par le contribuable.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale demande, principalement, au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué en tant qu'il refuse la transmission des renseignements relatifs au compte bancaire dont A._ n'était que l'ayant droit économique, et de confirmer sa décision finale du 16 février 2015.
D.
Le 18 janvier 2017, l'Administration fédérale a transmis à la Cour de céans une copie du courrier du 13 décembre 2016 reçu de l'autorité requérante, l'informant de la clôture du contrôle fiscal qui était mené contre A._. En conséquence, cette autorité ne requérait plus l'assistance de la Suisse et indiquait que le dossier pouvait être clos. L'Administration fédérale était toutefois d'avis que le Tribunal fédéral devait néanmoins trancher sur son recours. Invités à se déterminer sur la portée du courrier du 13 décembre 2016, les intimés ont conclu à titre principal à ce que le recours de l'Administration fédérale soit déclaré sans objet et à ce que la cause soit rayée du rôle, l'Administration fédérale devant être condamnée au paiement des frais judiciaires et au versement de dépens.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et avec une pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 197; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 397).
1.1. La voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte en l'espèce (cf. arrêt 2C_1174/2014 du 24 septembre 2015 consid. 1.1 non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2016 II 28 et Pra 2016/79 p. 727).
1.2. Il convient toutefois de trancher le sort de la présente cause eu égard au fait que l'autorité requérante a retiré sa demande d'assistance administrative.
1.2.1. La recourante est d'avis que le Tribunal fédéral devrait se prononcer sur le fond, afin d'éviter l'entrée en force de l'arrêt attaqué, qui appliquerait de manière erronée le principe de l'interdiction de la pêche aux renseignements et qui consacrerait de manière plus générale une mauvaise application des outils d'interprétation des demandes d'assistance administrative. Les intimés soutiennent au contraire que le recours de l'Administration fédérale n'a plus d'objet et que l'arrêt attaqué ne constitue pas une décision de portée générale. La cause devrait être partant rayée du rôle.
1.2.2. Une procédure devient sans objet et la cause est rayée du rôle lorsqu'après le dépôt du recours et alors que la cause est pendante devant le Tribunal fédéral, survient une circonstance qui fait perdre tout intérêt actuel à ce qu'une décision soit rendue (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 208; <ref-ruling> consid. 1.3.1; arrêt 2C_886/2016 du 16 février 2017 consid. 2.3; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2 e éd. 2014, n° 12 ad <ref-law> et n° 23 ad <ref-law>). Cette règle n'est toutefois pas absolue. Le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle ne perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt public suffisamment important à la solution de la question litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 208 <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 25; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 103; arrêt 2C_867/2015 du 13 décembre 2016 consid. 1.2).
1.2.3. En l'espèce, le retrait de la demande d'assistance administrative par X._ fait perdre tout intérêt au recours, dès lors que le litige portait précisément sur l'ampleur des renseignements à transmettre à cet Etat. Au surplus, on ne se trouve pas dans le cadre des exceptions qui justifieraient néanmoins une entrée en matière. Le fait que le litige, au moment de son dépôt, posait des questions relevant de l'<ref-law>, de sorte que le Tribunal fédéral n'a pas rendu immédiatement une décision d'irrecevabilité, mais a procédé à un échange d'écritures (cf. <ref-law>), ne signifie pas pour autant que celui-ci doive se prononcer de manière abstraite sur la présente cause. Cela n'est pas la fonction du Tribunal fédéral (cf., en matière d'assistance administrative: <ref-ruling> consid. 3 p. 173; arrêt 2C_737/2016 du 7 septembre 2016 consid. 4.2). Par ailleurs, l'on ne se trouve pas non plus dans une contestation que l'on ne pourrait pas, par nature, trancher avant qu'elle ne perde son actualité. En effet, l'Administration fédérale pourra, le cas échéant, saisir la Cour de céans si un arrêt posant les mêmes questions de principe devait être rendu à l'avenir.
1.3. Il découle de ce qui précède que la cause doit être rayée du rôle en raison du retrait de la demande d'assistance administrative par l'autorité requérante qui a rendu le recours sans objet.
2.
Si l'<ref-law> permet au juge instructeur de statuer seul pour régler le sort des procédures devenues sans objet, il ne s'agit toutefois que d'une faculté (AUBRY GIRARDIN, in op. cit., n° 11 ad <ref-law>). En matière d'assistance administrative internationale en matière fiscale, on peut du reste se demander si l'<ref-law>, qui exige que trois juges se prononcent sur la recevabilité initiale du recours, ne l'emporte pas sur l'<ref-law> et si, en ce domaine, les causes pour lesquelles une composition à trois a choisi d'entrer en matière, parce qu'elles remplissaient les conditions de l'<ref-law>, ne doivent pas aussi être réglées à trois juges lorsqu'elles perdent leur objet en cours de procédure. La question peut demeurer indécise, dès lors que le présent arrêt est rendu à trois juges.
3.
3.1. Lorsque la cause devient sans objet ou que les parties cessent d'y avoir un intérêt juridique, le Tribunal fédéral statue néanmoins sur les frais afférents à la procédure engagée par une décision sommairement motivée, en tenant compte de l'état de fait existant avant l'événement mettant fin au litige (<ref-law> applicable par renvoi de l'<ref-law>) et de l'issue probable de celui-ci. Cette décision porte à la fois sur les frais judiciaires (cf. <ref-law>) et sur les dépens (cf. <ref-law>). La décision à prendre au sujet des frais de la procédure ne saurait toutefois conduire le Tribunal fédéral à rendre un arrêt de fond, voire à préjuger d'une question juridique sensible. Si l'issue probable de la procédure n'apparaît pas évidente, il y a lieu de recourir aux critères généraux de la procédure civile, d'après lesquels les frais et dépens seront supportés en premier lieu par la partie qui a provoqué la procédure devenue sans objet ou chez qui sont intervenues les causes qui ont conduit à ce que cette procédure devienne sans objet (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 374 s.; <ref-ruling> consid. 4a p. 494; arrêts 9C_151/2016 du 27 janvier 2017 consid. 2.3; 9C_160/2016 du 19 août 2016 consid. 8.2 destiné à la publication).
3.2. En l'occurrence, il se trouve que le recours remplit les conditions de l'<ref-law>, ce qui a justifié que le Tribunal fédéral ne déclare pas celui-ci irrecevable en application de l'art. 107 al. 3 et 109 al. 1 LTF. Dans son argumentation, l'Administration fédérale soulevait en effet deux questions juridiques de principe supposant de s'interroger sur la limite entre la recherche indéterminée de preuves prohibée (cf. art. Y de la CDI CH-X; <ref-law>) et la transmission d'informations remplissant la condition de la pertinence vraisemblable, lorsque les relations bancaires dont le contribuable ne serait que le titulaire économique ne sont pas clairement désignées. Les arrêts rendus par le Tribunal fédéral en matière d'assistance administrative traitent certes de la problématique de la transmissibilité des comptes bancaires détenus indirectement, par l'intermédiaire d'une société (<ref-ruling> consid. 4.6 p. 446; arrêts 2C_527/2015 du 3 juin 2016 consid. 5.2 et 5.7, résumé in Archives 85 p. 86; 2C_904/2015 du 8 décembre 2016 consid. 6.2; 2C_216/2015 du 8 novembre 2015 consid. 4.2). Cependant, ils ne permettent pas de donner une réponse évidente à la problématique qui se posait spécifiquement en l'espèce, qui avait trait à l'interprétation des demandes d'assistance administrative, de sorte que l'issue probable de la procédure n'apparaît pas évidente. Partant, il appartient en premier lieu à la partie qui a recouru devant le Tribunal fédéral de supporter les frais et dépens de la procédure.
3.3. Dès lors que le recours émane de l'Administration fédérale qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles, il ne sera pas perçu de frais (<ref-law>). Il appartiendra en revanche à cette autorité de verser une indemnité à titre de dépens aux intimés, qui ont agi par l'intermédiaire d'avocats (cf. ci-dessus consid. 3.1 in fine).
3.4. L'<ref-law> prévoit que si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure. L'<ref-law> suppose donc que l'arrêt soit réformé par le Tribunal fédéral, ce qui n'est pas le cas lorsque, comme en l'espèce, le Tribunal fédéral raye la cause du rôle (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, op. cit., n° 7 ad <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, in Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2015, n° 3 ad art. 67 BGG). Il n'y a donc pas lieu de se pencher sur la répartition des frais établie par le Tribunal administratif fédéral et il en va de même s'agissant des dépens octroyés aux intimés par celui-ci (cf. <ref-law> et CORBOZ, in op. cit., n° 48 ad <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
La cause, devenue sans objet, est rayée du rôle.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
L'Administration fédérale versera aux intimés la somme de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, aux mandataires des intimés et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 31 mars 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens