Fatti:
A.
A._ vive in Ticino dal 2000. Per motivi che non è necessario evocare, con scritto del 18 novembre 2015 la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino gli ha prospettato la revoca del permesso di domicilio e concesso dieci giorni per esprimersi in merito.
Preso atto delle osservazioni ricevute, con decisione dell'11 gennaio 2016 la Sezione della popolazione gli ha poi revocato il permesso di domicilio, ordinandogli di lasciare la Svizzera entro il 10 marzo 2016.
B.
Per il tramite del suo legale, il 15 febbraio 2016 A._ si è rivolto al Consiglio di Stato chiedendo: che il ricorso fosse accolto (conclusione no. 1), di conseguenza: che la "decisione" del 18 novembre 2015 della Sezione della popolazione, acclusa in copia, fosse annullata (conclusione no. 2) e che l'ordine impartito di lasciare la Svizzera entro il 10 marzo 2016 fosse annullato (conclusione no. 3).
Il Governo ticinese ha dichiarato il gravame irricevibile. Esso ha infatti considerato che l'atto impugnato, ovvero lo scritto del 18 novembre 2015 della Sezione della popolazione, non era una decisione, poiché non mutava affatto la situazione del ricorrente, e che quand'anche si fosse voluto concludere il contrario, il ricorso contro tale scritto sarebbe stato tardivo. Riguardo all'ordine di lasciare la Svizzera entro il 10 marzo 2016, la decisione del Consiglio di Stato non contiene per contro nessuno specifico rilievo.
C.
A._ si è allora rivolto al Tribunale amministrativo, lamentando che il Governo cantonale era incorso in un formalismo eccessivo. Ha infatti sostenuto che l'indicazione dello scritto del 18 novembre 2015 quale atto impugnato era da ricondurre ad una svista e che, già ad una semplice lettura del ricorso, che si riferiva pure al termine di partenza fissato per il 10 marzo 2016, il Consiglio di Stato avrebbe dovuto rendersi conto che oggetto del litigio era una revoca vera e propria ed interpellarlo.
Con sentenza del 15 aprile 2016, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato la violazione del divieto del formalismo eccessivo e respinto il gravame. Questo perché, siccome l'insorgente era patrocinato da un avvocato, il Consiglio di Stato poteva ritenere che quest'ultimo, agendo con la dovuta diligenza, si fosse accertato che l'atto contestato fosse effettivamente quello indicato nel gravame ed allegato al medesimo. Sempre secondo il Tribunale amministrativo, anche il fatto che nelle motivazioni si facesse rinvio alla revoca del permesso e all'esistenza di un termine di partenza non permette di concludere altrimenti.
D.
Con ricorso di diritto pubblico (recte: ricorso in materia di diritto pubblico) del 30 maggio 2016, A._ ha impugnato quest'ultima pronuncia davanti al Tribunale federale chiedendone l'annullamento e il rinvio degli atti all'autorità cantonale, affinché si esprima di nuovo sulla fattispecie.
Il Tribunale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni della propria sentenza. Ad essa hanno fatto in sostanza rinvio anche la Sezione della popolazione e la Segreteria di Stato della migrazione. Il Governo ticinese si è invece rimesso al giudizio di questa Corte.

Diritto:
1.
Presentata nei termini (art. 45 cpv. 1 e 100 cpv. 1 LTF) dal destinatario della decisione querelata (<ref-law>), l'impugnativa è nella fattispecie ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 segg. LTF), in quanto concerne la revoca di un permesso che avrebbe altrimenti ancora effetti giuridici (art. 83 lett. c n. 2 LTF; sentenza 2C_967/2010 del 17 giugno 2011 consid. 2.3).
2.
Con ricorso in materia di diritto pubblico è tra l'altro possibile lamentare la violazione del diritto federale (<ref-law>). In via generale, il Tribunale federale applica il diritto federale d'ufficio (<ref-law>). Esigenze più severe valgono tuttavia in relazione alla denuncia della lesione di diritti fondamentali (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252).
3.
3.1. Il formalismo eccessivo, che viola l'<ref-law>, si realizza quando la stretta applicazione delle norme di procedura non è giustificata da nessun interesse degno di protezione, diviene fine a se stessa, complica in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale o l'accesso ai tribunali. L'eccesso di formalismo può risiedere sia nella regola di comportamento imposta dal diritto cantonale, sia nelle conseguenze che una violazione di tale regola implica (<ref-ruling> consid. 5 pag. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183; <ref-ruling> consid. 2a pag. 142).
Nella misura in cui sanziona un comportamento dell'autorità nella gestione delle relazioni con l'amministrato, il divieto del formalismo eccessivo persegue il medesimo scopo del principio della buona fede (art. 5 cpv. 3 e 9 Cost.). Di conseguenza, esso impone all'autorità di evitare di punire con l'irricevibilità quei vizi di carattere procedurale facilmente riconoscibili e ai quali è possibile porre rimedio per tempo, segnalandoli alla parte o al suo patrocinatore (<ref-ruling> consid. 3a pag. 170; <ref-ruling> consid. 4a pag. 270; sentenze 2D_45/2012 del 10 settembre 2012 consid. 5.1; 2C_585/2011 del 20 settembre 2011 consid. 2.1 e 2C_373/2011 del 7 settembre 2011 consid. 6).
3.2. Sennonché, a differenza di quanto concluso dal Tribunale amministrativo, proprio una simile costellazione dev'essere ravvisata anche nella fattispecie che ci occupa.
3.2.1. L'ultima istanza cantonale ha negato la violazione del divieto del formalismo eccessivo siccome, essendo l'insorgente patrocinato da un avvocato, il Consiglio di Stato poteva legittimamente considerare che il patrocinatore, agendo con la dovuta diligenza, si fosse accertato che l'atto contestato fosse quello indicato nel gravame ed allegato al medesimo.
Secondo il Tribunale amministrativo, anche il fatto che nelle motivazioni al gravame si facesse rinvio alla revoca del permesso e all'esistenza di un termine di partenza non permette di concludere altrimenti. Tale argomentazione non può tuttavia essere seguita.
3.2.2. Come osservato dalle autorità ticinesi, è vero che il ricorso davanti al Consiglio di Stato indica a più riprese che la decisione impugnata è costituita dallo scritto del 18 novembre 2015 e che questa indicazione è errata, perché l'atto citato non modifica la posizione giuridica dell'insorgente in merito al permesso di soggiorno. Vero è pure che in presenza di un ricorso redatto da un avvocato ci si può di regola attendere maggior precisione che nel caso di un ricorso redatto da una persona che non è patrocinata (sentenze 2C_1189/2014 del 26 giugno 2015 consid. 1.4 e 2C_221/2011 del 30 luglio 2011 consid. 1.2 concernenti entrambe la formulazione delle conclusioni).
Fatte queste premesse - e constatato che anche il ricorso al Tribunale federale non si contraddistingue per la sua precisione, visto che include un paragrafo che nulla ha a che fare con la questione che ci occupa - occorre tuttavia considerare che davanti al Governo ticinese l'insorgente non domandava solo l'annullamento dello scritto del 18 novembre 2015 (p.to 2 delle conclusioni), ma chiedeva nel contempo - sempre attraverso la formulazione di una vera e propria conclusione - di annullare l'ordine impartitogli di lasciare la Svizzera entro il 10 marzo 2016 (p.to 3 delle conclusioni).
3.2.3. Proprio la formulazione di tale esplicita conclusione - chiaro indizio del fatto che una decisione di revoca era già stata pronunciata - avrebbe allora imposto che il Consiglio di Stato non emanasse direttamente la decisione di inammissibilità, ma facesse precedere ogni sua pronuncia dal richiamo dell'incarto presso l'Ufficio della migrazione o assegnasse un breve termine al ricorrente, affinché precisasse le proprie intenzioni.
Già solo il compimento di uno di questi semplici atti, richiesto nelle circostanze descritte dal principio della buona fede e la cui omissione comporta una violazione del divieto del formalismo eccessivo (precedente consid. 3.1), avrebbe in effetti facilmente permesso di chiarire che la revoca dell'autorizzazione di domicilio, con assegnazione di un termine scadente il 10 marzo 2016 per lasciare la Svizzera, era stata pronunciata con decisione dell'11 gennaio 2016 e che - a differenza di quanto indicato - contro di essa si rivolgeva in realtà l'impugnativa.
4.
4.1. Per quanto precede, il ricorso è accolto. Di conseguenza, la causa è rinviata al Tribunale cantonale amministrativo, affinché si pronunci di nuovo sulle spese e sulle ripetibili per la sede cantonale, quindi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, affinché riprenda l'esame del ricorso davanti ad esso interposto, tenendo conto del fatto che l'oggetto del litigio è costituito dalla decisione di revoca del permesso di domicilio dell'11 gennaio 2016.
4.2. Soccombente, lo Stato del Cantone Ticino è dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie (<ref-law>). Esso corrisponderà al ricorrente, patrocinato da un avvocato, un'indennità per ripetibili per la sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza del 15 aprile 2016 del Tribunale amministrativo ticinese è annullata.
2.
La causa è rinviata al Tribunale amministrativo ticinese, a ffinché si pronunci di nuovo sulle spese e sulle ripetibili per la sede cantonale, quindi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, affinché riprenda l'esame del ricorso davanti ad esso interposto.
3.
Non vengono prelevate spese.
4.
Lo Stato del Cantone Ticino verserà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
5.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché alla Segreteria di Stato della migrazione.