Sachverhalt:
A.
A._ verzeigte X._ bei der Kantonspolizei Aargau wegen mehrfacher sexueller Nötigung und konstituierte sich als Straf- und Zivilklägerin. Am 30. Juni 2016 stellte die Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau das Verfahren ein.
B.
Die dagegen gerichtete Beschwerde von A._ hiess das Obergericht des Kantons Aargau am 16. September 2016 gut. Es hob die Einstellungsverfügung auf (Dispositiv-Ziffer 1), nahm die obergerichtlichen Verfahrenskosten auf die Staatskasse (Dispositiv-Ziffer 2) und schrieb das Gesuch von A._ um unentgeltliche Rechtspflege insoweit als gegenstandslos ab (Dispositiv-Ziffer 3.1); im Übrigen wies es das Gesuch ab (Dispositiv-Ziffer 3.2).
C.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, Dispositiv-Ziffer 3 des obergerichtlichen Entscheids sei aufzuheben. Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege sei wegen Obsiegens als gegenstandslos abzuschreiben und Rechtsanwalt Julian Burkhalter sei eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- nebst MWST auszurichten. Eventualiter sei die Sache "zwecks Neubegründung und neuer Feststellung des Sachverhalts" an das Obergericht zurückzuweisen. Subeventualiter sei Dispositiv-Ziffer 3.2 des obergerichtlichen Entscheids aufzuheben, ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gutzuheissen und Rechtsanwalt Julian Burkhalter als unentgeltlicher Rechtsvertreter einzusetzen, wobei das amtliche Honorar auf Fr. 1'500.-- nebst MWST festzusetzen sei. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht A._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.2. Mit dem angefochtenen Entscheid hob die Vorinstanz die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau vom 30. Juni 2016 auf, womit das Vorverfahren wieder auflebte. Der vorinstanzliche Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab, sondern stellt einen Zwischenentscheid dar (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 524; <ref-ruling> E. 1 S. 315; <ref-ruling> E. 1.2 S. 331; je mit Hinweisen).
1.3. Gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1 S. 115; <ref-ruling> E. 1.2 S. 263; je mit Hinweisen). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben, zumal die Parteien keine Rechte verlieren, wenn sie sich nicht selbständig gegen einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG wenden können, da sie ihn mit dem Endentscheid anfechten können (Art. 93 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> E. 3.2 S. 292).
Es obliegt der Beschwerdeführerin, detailliert darzutun, dass die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind, soweit diese nicht offensichtlich vorliegen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 801; <ref-ruling> E. 1.2 S. 81; je mit Hinweisen).
Der in einem Zwischenentscheid enthaltene Kosten- und Entschädigungspunkt kann im Rahmen einer Beschwerde gegen den Hauptpunkt ans Bundesgericht weitergezogen werden, vorausgesetzt diese steht nach Art. 93 Abs. 1 BGG offen. Ansonsten können die Kosten- und Entschädigungsfolgen nur gemäss Art. 93 Abs. 3 BGG mit Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 1.2 S. 331 ff.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 647; je mit Hinweisen).
1.4. Die Beschwerdeführerin macht im Hauptpunkt geltend, die Vorinstanz habe ihren Anspruch gegenüber X._ auf angemessene Entschädigung für notwendige Aufwendungen im Verfahren verletzt. Subeventualiter verlangt sie, ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung sei gutzuheissen.
Die Regelung der Entschädigungsfolgen in einem Rückweisungserkenntnis ist kein End-, sondern ein Zwischenentscheid (vgl. Urteile 6B_321/2014 vom 7. Juli 2014 E. 1.4; 6B_983/2010 vom 19. April 2011 E. 1.2; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin kann den vorinstanzlichen Kostenentscheid somit erst mit dem Endentscheid in der Hauptsache anfechten.
Sollte das Verfahren gegen X._ mit einer Einstellung oder einem Freispruch enden, könnte die Beschwerdeführerin den Kostenentscheid nach Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs zusammen mit dem Strafurteil an das Bundesgericht weiterziehen. Sollte das Strafverfahren zu ihren Gunsten ausgehen, womit sie kein Interesse an der Weiterziehung des Entscheids in der Hauptsache hätte, könnte sie nach dessen Rechtskraft den vorinstanzlichen Kostenentscheid innerhalb der Frist von Art. 100 BGG selbstständig an das Bundesgericht weiterziehen (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 603; <ref-ruling> E. 1.1 S. 59; Urteile 1B_633/2012 vom 30. Januar 2013 E. 1.2 und 6B_720/2011 vom 27. Dezember 2011 E. 1.1; je mit Hinweisen). Das von der Beschwerdeführerin angerufene Urteil 6B_898/2010 vom 29. März 2011 betraf nicht die vorliegende Konstellation.
2.
Die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sind nicht erfüllt, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist in Anwendung von Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG abzuweisen. Auf die Erhebung von Kosten wird umständehalber verzichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. August 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini