Sachverhalt:
A.
Am 4. Oktober 1988 sprach die Ausgleichskasse des Kantons Zürich A._, geboren 1964, eine Umschulung zu Lasten der Invalidenversicherung zu. Sie hob diese Leistungszusprache am 17. Oktober 1988 wieder auf, da A._ aus der Schule ausgetreten war. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sprach ihm ab 1. April 1989 eine Rente bei einer Invalidität von 15 % für die Folgen seines Unfalls vom 8. Juni 1983 zu. Die neu zuständige Ausgleichskasse Zürcher Arbeitgeber verfügte am 8. Dezember 1992 und am 1. Juni 1994 die Übernahme der Kosten der Umschulung zum technischen Kaufmann. Nachdem A._ diese Umschulung erfolgreich beendet hatte, ersuchte er um weitere Massnahmen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte zuerst einen Rentenanspruch und sprach ihm am 22. September 1999 nach erhobenen Einwänden gestützt auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums Römerhof (MZR) vom 8. Dezember 1998 ab 1. Januar 1998 eine halbe Invalidenrente zu. Dies bestätigte sie am 9. November 2001 und am 28. Juli 2005. Die SUVA hielt am 19. April 2005 an der Höhe der von ihr ausgerichteten Invalidenrente fest. Die nunmehr zuständige IV-Stelle des Kantons Thurgau bestätigte am 8. Dezember 2008 den Anspruch auf eine halbe Invalidenrente.
Am 11. April 2014 leitete sie eine erneute Rentenrevision ein. Nach Vornahme erwerblicher Abklärungen und Einholung zweier Berichte bei med. pract. B._, Facharzt für Allgemeine Medizin, vom 6. August und 12. September 2014 sowie der SUVA-Akten stellte sie am 26. Juni 2015 die Aufhebung der Invalidenrente in Aussicht. Rechtsanwalt Györffy nahm am 31. August 2015 Stellung zum Vorbescheid und ersuchte gleichzeitig um eine Fristansetzung bis 30. September 2015 zur Einreichung weiterer Unterlagen. Die IV-Stelle teilte ihm am 2. September 2015 mit, die Frist im Vorbescheidverfahren könne nicht verlängert werden und neue medizinische Berichte seien bis zum 11. September 2015 einzureichen. Am 11. September 2015 ersuchte Rechtsanwalt Györffy um Fristansetzung zur Einreichung neuer medizinischer Unterlagen sowie einer weiteren Stellungnahme bis 30. September 2015. Am 30. September 2015 beantragte er eine Fristerstreckung bis 30. Oktober 2015. Mit Verfügung vom 15. Oktober 2015 hob die IV-Stelle die Invalidenrente auf Ende des folgenden Monats auf.
B.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. April 2016 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese unter Wahrung des rechtlichen Gehörs und des Anspruchs auf ein faires Verfahren neu entscheide. Eventualiter sei ihm weiterhin eine halbe Invalidenrente auszurichten, subeventualiter sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese nach Durchführung weiterer Abklärungen neu entscheide.
Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet in seiner Vernehmlassung auf einen Antrag.
D.
A._ lässt in seiner Eingabe vom 17. November 2016 (Postaufgabe: 18. November 2016) an seinen Begehren festhalten.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, da die Beschwerde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht wurde und sich das Rechtsmittel gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>) richtet und keine der in <ref-law> erwähnten Ausnahmen greift.
2.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Trotzdem obliegt es dem Beschwerdeführer, sich in seiner Beschwerde sachbezogen mit den Darlegungen im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; siehe auch <ref-ruling> E. 1.1 S. 104).
3.
Der Versicherte rügt die Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör, weil die IV-Stelle ihm die Frist zur Stellungnahme auf den Vorbescheid nicht antragsgemäss verlängert habe; eventualiter macht er geltend, er habe weiterhin Anspruch auf eine halbe Invalidenrente.
4.
4.1. Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines solchen Entscheides zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 2.3 S. 282; <ref-ruling> E. 5.1 S. 293; <ref-ruling> E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
4.2. Bezüglich des Rechts, sich zum Vorbescheid zu äussern, konstatierte das Bundesgericht in seinem Urteil 8C_589/2014 vom 16. Juni 2015, für die IV-Stelle bestehe weder Anlass noch Pflicht, mit dem Erlass der Verfügung bis zum Ende der Frist von <ref-law> zuzuwarten, wenn sich die versicherte Person in einer ersten Stellungnahme weder eine weitere Eingabe vorbehalte noch sonst wie zu erkennen gebe, dass ihre Äusserungen nicht abschliessend seien. Im Urteil 9C_50/2008 vom 8. September 2008 liess das Bundesgericht die Frage, ob die 30-tägige Frist von <ref-law> verlängerbar sei, offen, da der Anspruch auf rechtliches Gehör vorliegend jedenfalls gewährt sei. Auch im Urteil 9C_480/2008 vom 27. Januar 2009 liess das Bundesgericht diese Frage unbeantwortet, weil die Beschwerde bereits aus materiellen Gründen gutzuheissen war. Es ist angezeigt, diese Frage nunmehr zu beantworten.
4.3.
4.3.1. Auszugehen ist vom konstanten Grundsatz, wonach gesetzliche Fristen nicht verlängert werden können, behördlich festgesetzte jedoch schon (vgl. statt vieler Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 3. Aufl. 2015, N. 2 und 12 zu <ref-law> mit weiteren Hinweisen). Dies wird denn auch explizit in Art. 40 Abs. 1 und 3 ATSG festgehalten, welche in der Invalidenversicherung anwendbar sind (<ref-law>). Solche gesetzlich bestimmte Fristen können sich nicht nur in Gesetzen, sondern auch in (gesetzeskonformen) Verordnungen finden (Kieser, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>).
4.3.2. In <ref-law> (in Kraft seit 1. Juli 2006), der Ausführungsnorm zu <ref-law>, ist eine Frist von 30 Tagen zur Stellungnahme zum Vorbescheid statuiert. Wird sie als gesetzliche Frist verstanden, ist sie grundsätzlich nicht verlängerbar (in diesem Sinne auch die Erläuterungen des BSV zur Änderung der IVV vom 26. April 2006). Dies entspräche dem Grundanliegen der 6. IV-Revision in verfahrensrechtlicher Hinsicht: Mit der erneuten Einführung des Vorbescheidverfahrens bezweckte der Gesetzgeber explizit eine Verfahrensstraffung (vgl. Botschaft vom 4. Mai 2005 betreffend die Änderung des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung, Massnahmen zur Verfahrensstraffung, BBl 2005 3079, 3084 f. Ziff. 1.3.1; AB 2005 N 1368 Voten Humbel Näf und Triponez; AB 2005 S 1011 Votum Kuprecht).
4.3.3. Ebenfalls gestützt auf die Ausführungen in der Botschaft des Bundesrates (BBl 2005 3079, 3084 f. Ziff. 1.3.1 und 3088 Ziff. 2.1) kamen das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheiden vom 21. Mai 2008 und 30. Juni 2014 sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 6. März 2008 zum Schluss, die Frist von <ref-law> könne aus zureichenden Gründen erstreckt werden; denn mit der Wiedereinführung des Vorbescheidverfahrens werde die Mitwirkung der versicherten Person im Verfahren gestärkt, so dass die verweigerte Fristerstreckung bei rechtzeitigem Gesuch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstelle. Dies entspricht der Botschaft des Bundesrates zum neuen <ref-law>, wonach für die Stellungnahme zum Vorbescheid in der Regel eine Frist von 30 Tagen gesetzt werde, welche aus zureichenden Gründen erstreckt werden könne (BBl 2005 3079, 3088 Ziff. 2.1). Weiter hat das BSV - entgegen seinen früheren Ausführungen zum Erlass der Verordnungsbestimmung - in Rz. 3013.3 seines Kreisschreibens über das Verfahren in der Invalidenversicherung (KSVI) die Erstreckbarkeit der 30-tägigen Frist angeführt. In der Praxis wird von den IV-Stellen dies (teilweise) so gehandhabt. Das mag auch daran liegen, dass <ref-law> in der bis 31. Dezember 2002 geltenden Fassung, welcher das Vorbescheidverfahren regelte, keine entsprechende Frist enthielt; aus diesem Grund kann zur Frage der Erstreckbarkeit der Frist von <ref-law> nicht an die frühere Rechtsprechung, namentlich nicht an das Urteil I 459/02 vom 29. Oktober 2002, angeknüpft werden.
4.3.4. Wegen dieser Unsicherheiten über die Natur der Frist von <ref-law> sah sich der Bundesrat veranlasst, im Rahmen der 6. IV-Revision/Zweites Massnahmenpaket einen neuen <ref-law> vorzusehen, in welchem die Frist von 30 Tagen zur Stellungnahme zum Vorbescheid statuiert wurde (Botschaft vom 11. Mai 2011 zur Änderung des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung, [6. IV-Revision, Zweites Massnahmenpaket], BBl 2011 5691, 5797 zu Art. 57a Abs. 1bis und 3 [neu] sowie 5843). Damit brachte er zum Ausdruck, dass es sich bei der Frist zum Vorbescheid um eine nicht erstreckbare gesetzliche Frist handelt. Sowohl der Ständerat wie auch der Nationalrat hiessen den neuen <ref-law> diskussionslos gut (AB 2011 S 1205; AB 2012 N 2192). Die Revision scheiterte letztlich aus anderen Gründen (vgl. AB 2013 N 1098).
4.3.5. Nach dem Gesagten ist der Wille des Gesetzgebers zwar aus den Materialien ersichtlich (vgl. v.a. E. 4.3.4), doch ist dieser Wille nicht ins IVG eingeflossen. Somit beruht die Frist von <ref-law> nicht auf einer formell gesetzlichen Grundlage (vgl. E. 4.3.1). Sie ist demnach als behördliche Frist zu verstehen, welche aus hinreichenden Gründen erstreckt werden kann. Soweit der Gesetzgeber sie als gesetzliche Frist verstanden haben will, hat er in einem erneuten Anlauf den bereits erwähnten <ref-law> ins Gesetz aufzunehmen.
Wie der Versicherte zutreffend ausführen lässt, kann seitens der Verwaltung einer ausufernden Fristerstreckung bzw. einer Fristerstreckung ohne zureichenden Grund ein Riegel geschoben werden, indem sie prüft, ob für die Erstreckung ein Grund im Sinne der Rz. 3013.3 KSVI gegeben ist; damit ist dem Postulat der Verfahrensstraffung und -beschleunigung ausreichend Genüge getan. Nach Rz. 3013.3 kann eine Fristerstreckung in gut begründeten Fällen gewährt werden; eine Fristwiederherstellung kann nur in Ausnahmefällen und bei unverschuldeter Verhinderung sowohl der versicherten Person als auch ihres Vertreters bewilligt werden (Rz. 3013.4). Somit ist die Frage zu klären, ob im zu beurteilenden Fall ein hinreichender Grund vorlag, wonach die IV-Stelle gehalten gewesen wäre, eine (zusätzliche) Fristerstreckung zu gewähren.
4.4.
4.4.1. Die Vorinstanz hat eine Verletzung des rechtlichen Gehörs infolge verweigerter Fristerstreckung verneint, da der Versicherte sich bereits am 31. August 2015 eingehend zum Vorbescheid vom 26. Juni 2015 habe vernehmen lassen können und sein Rechtsvertreter in einer sechsseitigen Eingabe Stellung bezogen habe; bereits zu jenem Zeitpunkt habe er um eine Fristerstreckung bis 30. September 2015 zur Einreichung weiterer Unterlagen und einer zusätzlichen Stellungnahme ersucht, jedoch weder innert der ordentlicherweise bis 11. September 2015 laufenden Frist noch danach Unterlagen eingereicht, obwohl er dies hätte tun können. Auch habe er im kantonalen Verfahren keine weiteren Unterlagen aufgelegt. Soweit überhaupt von einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör auszugehen sei, habe das Bundesgericht zudem wiederholt entschieden (Urteil 9C_1/2013 vom 20. Juni 2013 E. 2.4 mit Verweis auf <ref-ruling> E. 5.2 S. 390 sowie Urteil 8C_217/2012 vom 15. Januar 2013 E. 2, Urteil 8C_365/2011 vom 1. Juli 2011 E. 5.3 und Urteil 8C_120/2011 vom 23. Mai 2011 E. 3), dass mit der Anfechtung der Rentenverfügung beim kantonalen Gericht ein Mangel als geheilt betrachtet werden könne (E. 2.2 des vorinstanzlichen Entscheids).
4.4.2. Der Versicherte hat sich - vertreten durch seinen Anwalt - mit Eingabe vom 31. August 2015 einlässlich und in Kenntnis sämtlicher Akten der IV-Stelle zur Frage der Rentenaufhebung geäussert. Dem ersten Fristerstreckungsgesuch hat die IV-Stelle teilweise entsprochen und bis 11. September 2015 Frist eingeräumt, die angekündigten ärztlichen Berichte einzureichen. In der Folge legte der Versicherte die angekündigten Arztberichte nicht auf, liess jedoch weitere Fristerstreckungsgesuche stellen. Am 15. Oktober 2015 erliess die IV-Stelle die rentenaufhebende Verfügung, ohne dass der Versicherte in dieser Zeit zusätzliche medizinische Berichte eingereicht hätte. Mit Eingabe vom 15. Oktober 2015 liess der Versicherte den Bericht des Dr. med. C._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, vom 29. September 2015 auflegen, führte jedoch nicht aus, weshalb es ihm nicht möglich gewesen sei, diesen früher beizubringen. Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens vor kantonalem Gericht legte er keine neuen Unterlagen auf. Es stellt sich die Frage, inwiefern das Beharren auf einer formellen Fristerstreckung ohne Nutzung der immerhin fünf Wochen dauernden faktischen Gelegenheit zur Einreichung der angekündigten ärztlichen Berichte, nachdem bereits die Frist von 30 Tagen nach <ref-law> infolge des Fristenstillstandes tatsächlich 60 Tage betrug, einem schutzwürdigen Interesse entspricht. Jedenfalls ist unter diesen Umständen für eine weitere Fristerstreckung kein Grund im Sinne von Rz. 3013.3 ersichtlich, so dass das Vorgehen der IV-Stelle im Ergebnis nicht zu beanstanden ist. Daran ändert auch die Berufung auf die durch die Europäische Menschenrechtskonvention (EMRK) garantierten Rechte wie der Anspruch auf ein faires Verfahren oder auf Waffengleichheit nichts; denn es kann nicht gesagt werden, dass dem Versicherten in unangemessener Weise der Zugang zu einem Gericht beschnitten oder ein faires Verfahren verunmöglicht worden wäre.
4.5. Zusammenfassend bleibt festzuhalten, dass die Frist von <ref-law> eine behördliche und daher bei Vorliegen von zureichenden Gründen erstreckbare Frist ist. In casu hat die Vorinstanz aber in zutreffender Weise die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verneint.
5.
5.1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Revision einer Invalidenrente (<ref-law>), einschliesslich der massgebenden zeitlichen Vergleichspunkte sowie die Anforderungen an einen Revisionsgrund (<ref-ruling> E. 3 S. 132; <ref-ruling> E. 5.4 S. 114), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
5.2. Der Versicherte erhebt auch materielle Einwände gegen die Rentenaufhebung. Diese sind jedoch unbehelflich.
5.2.1. So hat die Vorinstanz zu Recht die Bestätigungen der Invalidenrente in den Jahren 2001, 2004 und 2008 mangels eingehender ärztlicher und erwerblicher Abklärungen als nicht massgebliche Vergleichszeitpunkte qualifiziert. Namentlich stellt der vom Versicherten erwähnte RAD-Bericht vom 11. April 2005 keine medizinische Abklärung dar, welche als Vergleichszeitpunkt im Rahmen einer Revision dienen könnte; denn dabei handelt es sich lediglich um eine Stellungnahme des RAD-Arztes zum Hausarztbericht vom 12. Februar 2005 und nicht um eine ärztliche Untersuchung des Versicherten. Auszugehen ist somit vom Gesundheitszustand, wie er gestützt auf das MZR-Gutachten vom 8. Dezember 1998 der Rentenzusprechung vom 22. September 1999 zugrunde lag.
5.2.2. Entgegen der Ansicht des Versicherten spielt es keine Rolle für die Bejahung des Revisionsgrundes, ob die somatischen und psychischen Diagnosen (un-) verändert sind; massgebend ist vielmehr, dass sich der Gesundheitszustand insgesamt verbessert hat, was gestützt auf die Berichte des Dr. med. D._, Facharzt für Chirurgie, Kreisarzt, SUVA, vom 25. September 2013 sowie des med. pract. B._ vom 6. August 2014 und vom 12. September 2014 erstellt ist. Daran ändern weder der Bericht des Dr. med. C._ vom 3. September 2013, gemäss welchem sich das Beschwerdebild in den letzten Monaten insgesamt verbessert habe, noch jener vom 29. September 2015, welcher keine Veränderung des Gesundheitszustandes gegenüber 2013 festhält, etwas. Namentlich ist die jeweilig attestierte Arbeitsunfähigkeit von 100 % resp. von 75 % nicht nachvollziehbar begründet und es lassen sich diesen Berichten auch keine konkreten und differenzierten Einwände gegen die Beurteilung durch Dr. med. D._ entnehmen, so dass sie keine Zweifel an der Einschätzung des Kreisarztes zu wecken vermögen. Somit hat die Vorinstanz zu Recht einen Revisionsgrund bejaht.
5.2.3. In der Folge haben IV-Stelle und Vorinstanz einen Einkommensvergleich vorgenommen und einen nicht mehr rentenbegründenden Invaliditätsgrad ermittelt. Die Einwände des Versicherten gegen die zugrunde gelegten Vergleichseinkommen beschränken sich auf die Rüge, er könne die im Rahmen seiner Einzelfirma verfolgte Tätigkeit nicht in einem höheren Pensum ausüben. Dabei lässt er ausser Acht, dass er über eine Ausbildung als technischer Kaufmann verfügt, welche er im Rahmen seiner Schadenminderungspflicht allenfalls auch ausserhalb seiner eigenen Firma einzusetzen hat, sofern er dadurch ein wesentlich höheres Einkommen erzielen kann. Angesichts des Alters des Versicherten, seiner Ausbildung und seiner bisherigen Tätigkeiten ist es ihm durchaus zumutbar, seine Fähigkeiten auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt einzusetzen anstatt in seiner Einzelfirma. So wie es unzulässig ist, dass ein bäuerlicher Betrieb zu Lasten der Invalidenversicherung erhalten wird, bloss weil der Betriebsinhaber seine Arbeitskraft trotz Zumutbarkeit nicht auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt einsetzen will (vgl. etwa Urteil 8C_413/2015 vom 3. November 2015 E. 3 mit zahlreichen Hinweisen), kann es nicht angehen, dass der Versicherte die Verwertung seiner Arbeitskraft auf seine Einzelfirma beschränkt.
5.3. Nach dem Gesagten ist die Rentenaufhebung per Ende November 2015 nicht zu beanstanden.
6.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Dezember 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold