Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) schloss mit der B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mündlich einen Architektenvertrag ab. Unbestritten ist, dass zwischen den Parteien ein gültiger Vertrag zustande gekommen ist und dass sich die Entschädigung der Klägerin grundsätzlich nach dem tatsächlich erbrachten Zeitaufwand für die in Auftrag gegebenen Arbeiten errechnet. Die Klägerin fordert gestützt auf diesen Vertrag ein Honorar in der Höhe von Fr. 65'997.70 für in den Jahren 2012 und 2013 erbrachte Leistungen betreffend die Umnutzung bzw. den Umbau von zwei Praxisräumen in U._.
B.
Am 23. März 2015 erhob die Klägerin am Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Beklagte und beantragte, diese sei zu verpflichten, ihr den oben genannten Betrag zuzüglich Zins zu 5 % seit 19. Juli 2014 zu bezahlen. Das Handelsgericht wies mit Urteil vom 29. September 2016 die Klage fast vollständig ab und verpflichtete die Beklagte einzig, den von ihr anerkannten Betrag von Fr. 397.70 zuzüglich Zins von 5 % seit 17. Juni 2014 an die Klägerin zu bezahlen.
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde an das Bundesgericht und beantragt, dass das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben, die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zur Behebung der prozessualen Mängel und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen sei.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Dieses ist unter Berücksichtigung der Beschwerdebegründung nach Treu und Glauben auszulegen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 136; Urteil 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 2.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1; Urteil 4A_637/2015 vom 29. Juni 2016 E. 2, nicht publ. in <ref-ruling>). Namentlich müssen Rechtsbegehren, die auf einen Geldbetrag lauten, beziffert werden (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f.; Urteil 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 2.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>). Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.; Urteil 4A_637/2015 vom 29. Juni 2016 E. 2, nicht publ. in <ref-ruling>).
1.3. Die Beschwerdeführerin beantragt einzig, dass das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. Einen materiellen Antrag stellt sie nicht; insbesondere beziffert sie das von ihr geforderte Honorar nicht. Auch aus der nach Treu und Glauben ausgelegten Beschwerdebegründung geht nicht hervor, in welchem Sinn der angefochtene Entscheid abgeändert werden soll, da die Beschwerdeführerin einzig vorbringt, dass das Urteil der Vorinstanz aufgehoben werden müsse, damit "der Weg zu einem fairen Verfahren eröffnet" werde, "an dessen Ende ein gerechtes Urteil gefällt werden" könne.
Sollte das Bundesgericht aber die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin, wonach sie ihre Behauptungen rechtsgenüglich substanziiert habe, als begründet erachten, könnte es keinen Entscheid in der Sache fällen, da die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlen. Vielmehr müsste es die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an die Vorinstanz zurückweisen. Bei dieser Sachlage genügt der blosse Rückweisungsantrag der Beschwerdeführerin.
1.4. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind und zu keinen Bemerkungen Anlass geben, ist unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (<ref-law>) auf die Beschwerde einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, so ist darauf nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.3.1). Macht die beschwerdeführende Partei eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn sie einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich (<ref-ruling> E. 3 S. 352; <ref-ruling> E. 5.5). Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339). Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Erforderlich ist zudem, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
3.
Die Vorinstanz erwog, dass von einem gültigen Architektenvertrag zwischen den Parteien auszugehen sei. Die Beschwerdegegnerin anerkenne die Vereinbarung eines Zeithonorars und pauschal die Höhe des von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Stundensatzes [von Fr. 122.75]. Damit habe die Beschwerdeführerin unstrittig einen grundsätzlichen Anspruch auf eine Vergütung der von ihr tatsächlich erbrachten Leistungen nach Zeitaufwand zum genannten Stundenansatz, sofern diese vertraglich vereinbart worden seien. Die Beschwerdeführerin habe infolge der Bestreitungen der Beschwerdegegnerin die von ihr tatsächlich erbrachten und notwendigen Arbeiten sowie ihren Zeitaufwand und dessen Angemessenheit so detailliert darzulegen, dass ein gezieltes Bestreiten durch die Beschwerdegegnerin sowie eine entsprechende Beweisabnahme möglich sei.
Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin die von ihr tatsächlich erbrachten und notwendigen Arbeiten sowie ihren Zeitaufwand und dessen Angemessenheit nicht rechtsgenüglich substanziiert habe. In einer Eventualbegründung legte die Vorinstanz sodann für gewisse beantragte Beweismittel dar, dass die Beschwerdeführerin damit den Beweis ihres Aufwandes nicht erbringen könnte, selbst wenn rechtsgenügliche Behauptungen angenommen würden.
Die Beschwerdegegnerin habe, so die Vorinstanz zusammenfassend, den Betrag von Fr. 397.70 anerkannt, womit sie verpflichtet sei, der Beschwerdeführerin diesen Betrag samt Verzugszinsen zu bezahlen. Da es der Beschwerdeführerin aber nicht gelungen sei, genügend zu behaupten und zu beweisen, welche für den Umbau notwendigen Arbeiten sie erbracht und welchen angemessenen Zeitaufwand sie dazu benötigt habe, sei die Klage im Übrigen abzuweisen.
4.
4.1.
4.1.1. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, sie habe entgegen den Ausführungen der Vorinstanz ihre Behauptungen genügend substanziiert.
4.1.2. Die Vorinstanz erwog im Einzelnen, die Beschwerdeführerin beschränke sich in ihren Rechtsschriften weitgehend auf die stichwortartige Auflistung angeblich erbrachter Arbeiten, ohne zu spezifizieren, wer diese wann genau und weshalb ausführte. Auch würden die jeweiligen Arbeitsergebnisse nicht näher individualisiert und teilweise gar nicht genannt, womit eine Überprüfung dieser Leistungen sowie deren Notwendigkeit für den Umbau bzw. ein substanziiertes Bestreiten nicht möglich sei. Einzig bezüglich der Vorprojektphase, Projektphase und Vorbereitungsphase werde wenigstens ansatzweise geschildert, welche Mitarbeiter in die entsprechenden Phasen involviert gewesen seien und in welchen Zeitraum die genannten Phasen fielen. Doch auch diese Ausführungen seien ungenügend. So werde in der Klagebegründung zwar immerhin auf die Baueingabepläne, die Kostenvorschläge sowie das Bauprogramm konkret verwiesen, doch würden diesbezüglich substanziierte Angaben fehlen, welche Person was genau, wann und weshalb tatsächlich machte. In der Replik mangle es dann wieder an jeglicher Individualisierung von Arbeitsergebnissen. Zudem werde nur selektiv bei wenigen Arbeiten erläutert, wer diese zu welcher Zeit ausgeführt habe.
Die einzigen einigermassen konkreten Angaben zu den Leistungen der Beschwerdeführerin könnten dem Zusammenzug der Leistungsnachweise (act. 19/17) entnommen werden, auf welchen die Beschwerdeführerin in der Replik verweise. Dabei handle es sich um eine Tabelle mit den Spalten "Datum", "Mitarbeiter", "Phase", "Arbeit" und "Stunden". Mit anderen Worten sei jeweils aufgelistet, an welchem Datum, welcher Mitarbeiter, in welcher Phase, welche Arbeit, zu wie vielen Stunden erbracht haben soll. Auch wenn es nicht zwingend nötig gewesen wäre, die Stundenliste im Volltext in die Rechtsschrift aufzunehmen, genüge jedoch der pauschale Verweis in der Replik nicht. Es hätten zumindest Erläuterungen und Konkretisierungen zu diesen Leistungsnachweisen in der Rechtsschrift selber erfolgen müssen. Denn die "Arbeiten" gemäss Leistungsnachweis würden sich nicht ohne Weiteres mit den in den Rechtsschriften geschilderten Leistungen in Einklang bringen lassen, womit es diesbezüglich an schlüssigen Vorbringen fehle. Zudem würden weitgehend Verweise auf spezifische Arbeitsergebnisse fehlen. Gewisse Positionen (z.B. "Besprechung", "Detailplanung" etc.) würden gar keine Rückschlüsse auf die konkret erbrachte Leistung zulassen. Schliesslich lege die Beschwerdeführerin in keiner Weise dar - und es sei auch aus dem Leistungsausweis nicht ersichtlich - dass und warum die angeblich geleisteten Arbeiten für den Umbau notwendig gewesen seien. Die Behauptung, dass keine unnötigen Arbeiten ausgeführt worden seien, würde die Expertise bestätigen, sei viel zu pauschal und genüge vor dem Hintergrund der Bestreitungen der Beschwerdegegnerin nicht. Ein Gutachten sei nur dann einzuholen, wenn substanziierte Behauptungen vorliegen würden, die zu beweisen wären, und sei nicht dazu da, solche zu ersetzen.
Abgesehen von den notwendigen Leistungen hätte die Beschwerdeführerin, da die Beschwerdegegnerin den geltend gemachten Zeitaufwand sowie dessen Angemessenheit bestritten habe, beides substanziiert darzulegen und zu beweisen gehabt. In den Rechtsschriften mache die Beschwerdeführerin jedoch nur marginale Ausführungen zum benötigten Zeitaufwand. Ausführungen dazu, ob der erbrachte Zeitaufwand angemessen gewesen sei, würden gänzlich fehlen. In der Klagebegründung würden immerhin noch konkrete Zahlen genannt werden. Allerdings beschränke sich die Beschwerdeführerin auf das pauschale Nennen des Totals der geleisteten Stunden von C._, D._ und E._ für die Vorprojektphase bzw. für die Projekt- und Vorbereitungsphase für die Ausführung. Sämtliche Vorbringen würden nur das Jahr 2012 betreffen. Zeitwand für im Jahr 2013 geleistete Arbeiten lege die Beschwerdeführerin nicht dar. Zähle man die aufgelisteten Stundenzahlen zusammen ergebe sich ein Resultat von insgesamt 216.25 Stunden, was jedoch weder dem Projekt-Rapport 2012 entspreche (den ebenfalls eingereichten Projekt-Rapport 2013 nenne die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang nicht als Beweismittel), noch mit dem mit der Replik eingereichten Leistungsnachweis (act. 19/17) übereinstimme, in welchem von 487.25 Stunden die Rede sei. Dennoch verlange die Beschwerdeführerin mit der Klage (und damit für nur 216.25 Stunden) die eingeklagte Summe. In der Replik nenne die Beschwerdeführerin dann betreffend ihrem Zeitaufwand keine einzige Zahl mehr. Für keine Leistung werde der Zeitaufwand beziffert.
Damit komme die Beschwerdeführerin, so die Vorinstanz weiter, den Substanziierungsanforderungen in ihren Rechtsschriften bei weitem nicht nach. Die einzigen genannten Stundenzahlen in der Klagebegründung seien entweder völlig unvollständig oder würden den eingereichten Beilagen widersprechen. Zudem fehle jegliche Zuordnung zu konkret erbrachten Leistungen, was sowohl für ein substanziiertes Bestreiten als auch für die Beweiserhebung zwingend erforderlich gewesen wäre. Schliesslich würden Ausführungen zur Angemessenheit des geltend gemachten Zeitaufwandes fehlen. Selbst wenn man die Ausführungen der Beschwerdeführerin, dass die Expertise bestätigen werde, dass die erbrachten Leistungen für die Realisierung des Projekts notwendig gewesen und dass keine unnötigen Arbeiten ausgeführt worden seien, auch auf die Angemessenheit des geltend gemachten Zeitaufwandes beziehen wollte, wären diese - wie dargelegt - ungenügend.
Auch diesbezüglich sei zudem der pauschale Verweis der Beschwerdeführerin in der Replik auf den von ihr eingereichten Leistungsnachweis (act. 19/17) unbehelflich. Denn auch hier hätten zumindest die grundlegenden Zeitangaben sowie gewisse Erläuterungen dazu in der Rechtsschrift erfolgen müssen. So würden sich die Arbeiten gemäss Leistungsnachweis nicht ohne Weiteres den von der Beschwerdeführerin, insbesondere in Randziffer 22 der Replik aufgelisteten Leistungen, zuordnen lassen, womit auch die Zuordnung der aufgeführten Stunden nicht möglich sei. Es hätte vielmehr für jede in der Rechtsschrift aufgelistete Leistung entweder dort dargestellt oder zumindest auf konkrete Positionen des Leistungsnachweises exakt verwiesen werden müssen. Auch würden die Arbeitsergebnisse weitgehend nicht individualisiert. Informationen zur Angemessenheit des deklarierten Zeitaufwands seien keine ersichtlich. Die Beschwerdeführerin nenne nicht einmal das Total der aufgewendeten Stunden in den Rechtsschriften selber, obwohl der Zeitaufwand unstrittig neben dem Stundenansatz die entscheidende Grösse zur Berechnung ihres Honoraranspruches sei. Selbst wenn man die 487.25 Arbeitsstunden gemäss Leistungsnachweis mit dem geltend gemachten durchschnittlichen Stundensatz von Fr. 122.75 multipliziere und die Mehrwertsteuer hinzurechne, ergebe dies nicht den eingeklagten Betrag von Fr. 65'997.70, sondern Fr. 64'594.75 und damit rund Fr. 1'400.-- weniger. Auch diesbezüglich fehle es an schlüssigen Vorbringen. Insgesamt sei die pauschale Integration des Leistungsnachweises in die Replik nicht hinreichend.
4.1.3. Die dagegen vorgebrachten Ausführungen der Beschwerdeführerin gehen fehl:
Zunächst ist es nicht zielführend, bloss zu behaupten, sie habe ein Gutachten offeriert, ohne sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen, wonach ein solcher Beweisantrag eine rechtsgenügliche Substanziierung nicht zu ersetzen vermöge. Darauf ist nicht einzutreten (vgl. Erwägung 2.1). Gleiches gilt, wenn die Beschwerdeführerin bloss weitere Beweisanträge aufzählt und der Vorinstanz vorwirft, sie hätte "zunächst die offerierten Beweise abnehmen" müssen. Auch damit lässt sie den berechtigten Vorhalt der Vorinstanz, dass Beweisanträge eine rechtsgenügliche Substanziierung nicht ersetzen können, unberührt.
Sodann kommt die Beschwerdeführerin den Rügeanforderungen nicht nach (vgl. Erwägung 2.1), indem sie bloss vorbringt, der Widerspruch zwischen den Stundenzahlen in der Klagebegründung und den eingereichten Beilagen von Fr. 1'400.-- sei "nicht derart gravierend", dass ihr "daraus ein Strick gedreht werden" dürfe, ohne sich diesbezüglich mit den Ausführungen der Vorinstanz rechtsgenüglich auseinanderzusetzen, geschweige denn hinreichend aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz hier Bundesrecht verletzt haben sollte.
Ebenso ungenügend ist es, wenn die Beschwerdeführerin lediglich entgegen der Auffassung der Vorinstanz behauptet, dass sie bezüglich der Vorprojekt-, Projekt- und Vorbereitungsphase ihrer Substanziierungspflicht nachgekommen sei und anschliessend verschiedene Beweisofferten aufzählt, auf welche sie in den vorinstanzlichen Rechtsschriften verwiesen habe. Vielmehr hätte sie mit präzisen Aktenhinweisen aufzeigen müssen, dass sie entgegen der Auffassung der Vorinstanz in ihren Rechtsschriften substanziiert behauptet habe, welche ihrer Mitarbeiter welche Arbeiten wann ausgeführt haben und weshalb diese für den Umbau notwendig gewesen waren. Dem kommt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend nach, sodass auch darauf nicht einzutreten ist.
Schliesslich ist es nicht genügend, wenn die Beschwerdeführerin bloss entgegen den Erwägungen der Vorinstanz behauptet, dass sie mit dem mit der Replik eingereichten Leistungsnachweis ihrer Substanziierungspflicht nachgekommen sei, ohne hinreichend auf die Erwägung der Vorinstanz einzugehen, dass der reine Verweis auf den Leistungsnachweis nicht genüge und zumindest Erläuterungen und Konkretisierungen zu diesem Leistungsnachweis in der Rechtsschrift selbst hätten erfolgen müssen. Auch darauf ist nicht einzutreten.
4.1.4. Nach dem Gesagten ist auf die Rüge der Beschwerdeführerin, sie habe ihre Behauptungen rechtsgenügend substanziiert, nicht einzutreten. Dass die Vorinstanz die Anforderungen an die Substanziierung verkannt hätte (vgl. dazu Urteil 4A_552/2015 vom 25. Mai 2016 E. 2.6 und 3.4 mit Hinweisen), macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Damit trägt bereits die Hauptbegründung der Vorinstanz, sodass auf die vorinstanzliche Eventualbegründung nicht eingegangen zu werden braucht, wonach selbst bei Annahme von rechtsgenüglichen Behauptungen die Beschwerdeführerin den Beweis ihres Aufwandes nicht erbringen könnte.
4.2.
4.2.1. Die Beschwerdeführerin bringt sodann vor, die Vorinstanz habe es an der nach dem ersten Schriftenwechsel durchgeführten Vergleichsverhandlung unterlassen, sie auf allfällige Mängel bzw. Unklarheiten in der Argumentation aufmerksam zu machen. Die Vorinstanz habe keine Substanziierungshinweise erteilt. Hätte die Vorinstanz sie auf die genannten Punkte aufmerksam gemacht, hätte sie in der Replik ausführliche Angaben dazu gemacht. Indem die Vorinstanz jedoch ohne jegliche Vorwarnung ihre Forderung mangels hinreichender Substanziierung abgewiesen habe und sie "direkt ins Messer" habe laufen lassen, habe sie <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> verletzt. Das willkürliche Ergebnis des von der Vorinstanz eingeschlagenen Verfahrens impliziere sodann ein willkürliches Vorgehen bei der Prozessführung, was <ref-law> verletze. Schliesslich habe die Vorinstanz ihren Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt.
4.2.2. Indem die Beschwerdeführerin einzig behauptet, dass das Verhalten der Vorinstanz willkürlich und unverhältnismässig sei sowie jeglichem Gerechtigkeitsempfinden widerspreche oder unbelegt behauptet, dass die Vorinstanz bei anderen Prozessen anders handle, genügt sie den strengen Anforderungen an eine Willkürrüge nach <ref-law> nicht (Erwägung 2.1). Gleiches gilt, wenn sie lediglich in zwei Fussnoten in ihrer Beschwerdeschrift behauptet, dass ihr Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt sei, ohne dies weiter zu begründen. Darauf ist nicht einzutreten.
4.2.3. Ist das Vorbringen einer Partei unklar, widersprüchlich, unbestimmt oder offensichtlich unvollständig, so gibt ihr das Gericht durch entsprechende Fragen Gelegenheit zur Klarstellung und zur Ergänzung (<ref-law>). Nach der Verhandlungsmaxime tragen grundsätzlich die Parteien die Verantwortung für die Beibringung des Tatsachenfundaments. Der Zweckgedanke der allgemeinen gerichtlichen Fragepflicht nach <ref-law> besteht darin, dass eine Partei nicht wegen Unbeholfenheit ihres Rechts verlustig gehen soll, indem der Richter bei klaren Mängeln der Parteivorbringen helfend eingreifen soll. Die Ausübung der gerichtlichen Fragepflicht darf keine Partei einseitig bevorzugen und nicht zu einer Verletzung des Grundsatzes der Gleichbehandlung der Parteien führen. Vor allem dient die gerichtliche Fragepflicht nicht dazu, prozessuale Nachlässigkeiten der Parteien auszugleichen (Urteile 4A_78/2014 vom 23. September 2014 E. 3.3.3; 4A_375/2015 vom 26. Januar 2016 E. 7.1 nicht publ. in <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Wie weit das Gericht eingreifen soll, hängt von den Umständen des Einzelfalls ab, namentlich von der Unbeholfenheit der betroffenen Partei. Bei anwaltlich vertretenen Parteien hat die richterliche Fragepflicht nur eine sehr eingeschränkte Tragweite (Urteile 4A_336/2014 vom 18. Dezember 2014 E. 7.6; 4A_375/2015 vom 26. Januar 2016 E. 7.1 nicht publ. in <ref-ruling>; je mit Hinweisen).
4.2.4. Die Beschwerdeführerin war im Verfahren vor der Vorinstanz von Anfang an anwaltlich vertreten. Die ebenfalls anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin machte die Beschwerdeführerin bereits in der Klageantwort auf die ungenügende Substanziierung ihrer Behauptungen aufmerksam, indem sie unter anderem erklärte, dass die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen "sehr vage und unbestimmt" bleibe, dass es ihr nicht möglich sei, die Behauptungen zu verifizieren, weshalb diese mit Nichtwissen bestritten würden und dass die Beschwerdeführerin mit ihren pauschalen Ausführungen zu den effektiv geleisteten Stunden ihrer Substanziierungspflicht nicht nachgekommen sei. Wenn die Beschwerdeführerin es trotz Hinweises der Beschwerdegegnerin unterliess, ihre Forderung rechtsgenüglich zu substanziieren, wozu in der Replik Gelegenheit bestanden hätte, hat sie dies ihrer eigenen Nachlässigkeit zuzuschreiben (vgl. Urteil 4A_57/2014 vom 8. Mai 2014 E. 1.3.3 mit Hinweisen). Es ist nicht Sache des Gerichts, im Rahmen der gerichtlichen Fragepflicht prozessuale Nachlässigkeiten der Parteien auszugleichen. Für die Vorinstanz bestand nach dem Gesagten kein Grund, die Beschwerdeführerin auf die mangelhafte Substanziierung hinzuweisen. Die Rüge einer Verletzung von <ref-law> ist daher unbegründet.
Inwiefern das Verhalten der Vorinstanz gegen den Grundsatz von Treu und Glauben nach <ref-law> oder gegen <ref-law> verstossen würde, legt die Beschwerdeführerin schliesslich nicht hinreichend dar und ist auch nicht erkennbar. Auch diese Rügen gehen fehl.
4.3. Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerde grösstenteils nicht eingetreten werden. Im Übrigen ist sie abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin, der aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand erwachsen ist, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger