Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Unternehmerin, Klägerin) ist die Rechtsnachfolgerin der C._ AG, die sich mit "Totalunternehmer-Vertrag" vom 31. Oktober 2005 gegenüber der B._ (Bestellerin, Beklagte) verpflichtete, den Neubau des Sportstadions D._ zum Pauschalpreis von rund 98 Millionen Franken (inkl. MwSt) zu erstellen. Aus Nachträgen 1 bis 15 zum Werkvertrag ergab sich ein zusätzlicher Werklohn von rund 6 Millionen Franken.
B.
B.a. Die Parteien erzielten über die Schlussabrechnung keine Einigung, weshalb die Unternehmerin am 3. Juni 2010 beim Bezirksgericht Zürich Klage gegen die Bestellerin einreichte, mit der sie rund 23 Millionen Franken zusätzlichen Werklohn forderte. Die Beklagte stellte ihrerseits Forderungen zur Verrechnung.
B.b. Mit Urteil vom 25. September 2015 verpflichtete das Bezirksgericht Zürich die Beklagte, der Klägerin Fr. 339'921.65 zuzüglich Zins zu 5 % auf Fr. 45'192.-- ab 17. Januar 2009 und auf Fr. 294'729.65 ab 13. August 2008 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wurde die Klage abgewiesen. Der von der Beklagten eventuell zur Verrechnung gestellte Betrag in Höhe von Fr. 2'127'331.30 wurde nur teilweise berücksichtigt.
B.c. Die Klägerin erhob gegen das Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 25. September 2015 - das ihr am 8. Oktober 2015 zuging - Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich. Sie stellte sinngemäss den Antrag, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 20'049'030.98 nebst Zins zu verpflichten.
B.d. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die Berufung mit Urteil vom 12. September 2016 ab, soweit es darauf eintrat, und bestätigte das erstinstanzliche Urteil. Die erstinstanzliche Gerichtsgebühr setzte das Obergericht von Fr. 490'000.-- auf Fr. 310'000.-- herab.
Das Obergericht holte keine Antwort ein.
Das Obergericht gelangte zum Schluss, die Klägerin könne keinen Vergütungsanspruch fordern für Mehrleistungen wegen fehlerhafter Planung, für deren Kontrolle sie die Verantwortung übernommen habe; das vertragliche Verfahren für Zusatzarbeiten sei nicht geändert worden, wobei darüber hinaus die meisten eingeklagten Einzelpositionen noch aus anderen Gründen abzuweisen seien; die Kosten für Beschleunigungsmassnahmen wies das Obergericht im Wesentlichen ab, weil die Klägerin zum konkreten Verständnis der Vereinbarungen durch die Beklagte nichts behauptet hatte.
C.
C.a. Beide Parteien haben Beschwerde in Zivilsachen eingereicht.
C.b. Die Beklagte (4A_599/2016) stellt folgende Rechtsbegehren:
"1. Hauptantrag : Es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 12. September 2016 ( ...) aufzuheben und die Sache sei
o (i) zur A nsetzung einer Frist an die Beschwerdeführerin zur Einreichung einer Berufungsantwort und damit (ii) zur Erhebung einer Anschlussberufung (durch die Beschwerdeführerin) im Berufungsverfahren vor dem Obergericht des Kantons Zürich (...) betreffend Berufung der Beschwerdegegnerin gegen ein Urteil der 1. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 25. September 2015 (...) und
o (iii) zur (erneuten) vollumfänglichen Abweisung der Berufung der Beschwerdegegnerin im Berufungsverfahren vor dem Obergericht des Kantons Zürich (...) betreffend Berufung der Beschwerdegegnerin gegen ein Urteil der 1. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 25. September 2015 (...) sowie (iv) zur - zufolge Gutheissung der Anschlussberufung der Beschwerdeführerin - vollumfänglichen Abweisung der Klage der Beschwerdegegnerin vom 3. Juni 2010 an die Vorinstanz zurückzuweisen.
(Kosten)
2. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 12. September 2016 (...) aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vom 3. Juni 2010 an das Bezirksgericht Zürich (...) sei vollumfänglich abzuweisen.
(...) "
C.b.a. Die Beklagte stellt den Eventualantrag aus Sorgfalt, ist jedoch der Ansicht, der Fall sei im Sinne des Hauptantrags an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit ihr die Gelegenheit zur Antwort und namentlich zur Anschlussberufung eröffnet werde. Sie hält dafür, sie sei angesichts der ihr verweigerten Möglichkeit zur Anschlussberufung durch den angefochtenen Entscheid genauso beschwert, wie wenn ihre (Anschluss-) Berufung abgewiesen worden wäre. Die Beklagte rügt, die Vorinstanz habe Art. 312 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 313 Abs. 1 ZPO sowie Art. 53 Abs. 1 ZPO, Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt, indem sie ihr die Berufung nicht zur Antwort zugestellt und sie damit der Möglichkeit beraubt habe, Anschlussberufung zu erheben.
C.b.b. Die Klägerin beantragt in der Antwort, die Beschwerde der Beklagten sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
C.c. Die Klägerin (4A_595/2016) stellt in ihrer Beschwerde die Rechtsbegehren:
"1. In G utheissung der Beschwerde sei das Urteil des Obergerichts Zürich (...) vom 12. September 2016 (...) aufzuheben; und es sei die Klage vom 3. Juni 2010 in Abänderung des Urteils des Bezirksgerichts Zürich (...) vom 25. September 2015 (...) im Umfang von CHF 20'049'031.00 zuzüglich 5% p.a. auf den Betrag von CHF 19'573'839.00 seit 23. April 2008, auf den Betrag von CHF 430'000.00 seit 13. August 2008 und auf den Betrag von CHF 45'192.00 seit 17. Januar 2009 gutzuheissen, respektive es sei die Streitsache, soweit nicht spruchreif, zur Neubeurteilung an die Vorinstanz bzw. an die Erstinstanz zurückzuweisen.
2. Eventualiter sei in Gutheissung der Beschwerde das Urteil des Obergerichts Zürich (...) vom 12. September 2016 (...) aufzuheben; und es sei die Streitsache zur neuen Beurteilung und zur Gutheissung der Klage vom 3. Juni 2010 im Umfang von CHF 20'049'031.00 zuzüglich 5% p.a. auf den Betrag von CHF 19'573'839.00 seit 23. April 2008, auf den Betrag von CHF 430'000.00 seit 13. August 2008 und auf den Betrag von CHF 45'192.00 seit 17. Januar 2009 an die Vorinst anz bzw. an die Erstinstanz, zurückzuweisen.
(Kosten) "
C.c.a. Nach einer Darstellung des Sachverhalts aus ihrer Sicht rügt die Klägerin, die Vorinstanz habe Ziffer 1.2.1 Abs. 3 des Werkvertrags rechtswidrig ausgelegt, sie habe zu Unrecht verneint, dass die Parteien auf den Vorbehalt der Schriftform gemäss Ziffer 8.2.2 des Werkvertrags verzichtet hätten und sie habe Bundesrecht verletzt mit der Ansicht, die Parteien hätten für Beschleunigungsmassnahmen die schriftliche Einwilligung vorbehalten; schliesslich rügt sie die Alternativbegründungen als vertragswidrig, soweit die Vorinstanz für beanspruchte Mehrvergütungen den Nachweis des tatsächlichen Aufwands verlange oder prozessual falsche Tatsachen feststelle.
C.c.b. Die Beklagte beantragt in der Antwort, es sei die Beschwerde der Klägerin vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
1.
Beide Beschwerden richten sich gegen dasselbe Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich. Sie sind praxisgemäss zu vereinigen.
2.
Die Streitsache betrifft eine Zivilsache (Art. 72 BGG), die Vorinstanz hat als oberes kantonales Gericht auf Rechtsmittel der Klägerin (Art. 75 BGG) einen Endentscheid (Art. 90 BGG) gefällt. Die Beschwerden sind fristgerecht eingereicht worden (Art. 100 Abs. 1 BGG) und der Streitwert ist offensichtlich erreicht (Art. 74 BGG). Insoweit sind die Zulässigkeitsvoraussetzungen beider Beschwerden erfüllt.
3.
3.1. Die Beklagte vertritt zunächst zutreffend die Ansicht, dass ein reformatorischer Entscheid über die Anträge, die sie in der Anschlussberufung an die Vorinstanz hätte stellen wollen, vom Bundesgericht mangels entsprechender Feststellungen im angefochtenen Entscheid nicht getroffen werden kann. Der Hauptantrag der Beklagten auf Aufhebung des angefochtenen Urteils und Rückweisung zur Zustellung der Berufung der Gegenpartei mit Eröffnung der Möglichkeit, Anschlussberufung zu erheben, ist unter diesen Umständen allein angebracht.
3.2. Nach Art. 76 Abs. 1 BGG ist zur Beschwerde in Zivilsachen berechtigt, wer (a) vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und (b) durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
Die Beklagte hat gegen das Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 25. September 2015 kein Rechtsmittel an die Vorinstanz ergriffen. Sie hat daher vor der Vorinstanz insoweit auf die Eröffnung eines Verfahrens verzichtet und der Vorinstanz keine Anträge gestellt, mit denen sie hätte unterliegen können. Sie behauptet indes, sie hätte am Verfahren beteiligt werden müssen, das die Klägerin mit ihrer Berufung eröffnet hat; sie begründet ihr schutzwürdiges Interesse an der Änderung des vorinstanzlichen Entscheids mit der Möglichkeit der Anschlussberufung, mit der sie namentlich eine Anerkennung ihrer erstinstanzlich verworfenen Verrechnungseinrede hätte erreichen wollen mit der Folge, dass die Klage vollständig abgewiesen worden wäre. Die Legitimation der Beklagten zur Beschwerde nach Art. 76 BGG ergibt sich aus ihrem Vorbringen, es hätte ihr die Teilnahme am vorinstanzlichen Verfahren eröffnet werden müssen, die Vorinstanz habe ihr mithin das Recht zur Anschlussberufung abgeschnitten.
4.
4.1. Nach Art. 312 ZPO stellt die Rechtsmittelinstanz die Berufung der Gegenpartei zur schriftlichen Stellungnahme zu, es sei denn, die Berufung sei offensichtlich unzulässig oder offensichtlich unbegründet; die Frist für die Berufungsantwort beträgt 30 Tage. Nach Art. 313 Abs. 1 ZPO kann die Gegenpartei in der Berufungsantwort Anschlussberufung erheben; diese fällt nach Art. 313 Abs. 2 ZPO dahin, wenn (a) die Rechtsmittelinstanz nicht auf die Berufung eintritt oder (b) diese als offensichtlich unbegründet abweist oder wenn (c) die Berufung vor Beginn der Urteilsberatung zurückgezogen wird.
4.2. Die Anschlussberufung ist das Rechtsmittel, mit dem der Berufungsbeklagte in einem vom Berufungskläger bereits eingeleiteten Berufungsverfahren beantragt, dass der angefochtene Entscheid zuungunsten des Berufungsklägers abgeändert wird. Die Anschlussberufung ist nicht auf den Gegenstand der Berufung beschränkt und kann sich demnach auf einen beliebigen, mit diesem nicht notwendig in Zusammenhang stehenden Teil des Urteils beziehen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 790 f.). Sie hat jedoch keine selbstständige Wirkung; zieht der Berufungskläger die Berufung zurück, fällt die Anschlussberufung dahin. Die Anschlussberufung ist deshalb ein Verteidigungs- oder Gegenangriffsmittel bzw. eine Option zum Gegenangriff der berufungsbeklagten Partei (<ref-ruling> E. 2.2 S. 305; Urteil 4A_241/2014 vom 21. November 2014 E. 2.2).
4.3. Die Anschlussberufung dient dazu, die Berufung führende Partei mit dem Risiko einer Änderung des erstinstanzlichen Entscheids zu ihren Ungunsten zu konfrontieren und sie dadurch zum Rückzug des Rechtsmittels zu bewegen (Botschaft des Bundesrats vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], BBl 2006 7374 Ziff. 5.23.1 zu Art. 309 und 310; vgl. auch SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 2017, N. 1380). Sie ist für den Fall gedacht, dass sich eine Partei grundsätzlich mit dem erstinstanzlichen Entscheid abfindet, auch wenn sie mit ihren Begehren nicht durchgedrungen ist; die verzichtende Partei soll jedoch auf ihren Entschluss, diesen Entscheid nicht anzufechten, nicht nur zurückkommen können, um die Gegenpartei zum Rückzug des Rechtsmittels zu bewegen, sondern auch, wenn sich wegen der Berufung der Gegenpartei die Gründe für ihren Verzicht nicht verwirklichen - weil namentlich die erwartete Zeitersparnis oder die erwartete Befriedung nicht eintreten (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 S. 790 f.).
4.4. Anschlussberufung kann in der Berufungsantwort während der 30-tägigen Frist seit Zustellung der Berufung zur Antwort erhoben werden. Umstritten ist, ob sie während dieser Frist in einer separaten Eingabe eingereicht werden kann (u.a. dafür etwa REETZ/HILBER, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.; im Folgenden Sutter-Somm et al.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 2016, N. 26 zu Art. 313 ZPO; dagegen etwa STERCHI, in: Berner Kommentar, 2012, N. 9 zu Art. 313 ZPO). Einhelligkeit besteht in der Doktrin jedoch darüber, dass die Anschlussberufung nur während der Frist eingereicht werden kann, die für die Berufungsantwort läuft (GASSER/RICKLI, Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, 2. Aufl. 2014, N. 3 zu Art. 312 ZPO; HUNGERBÜHLER/BUCHER, in: Brunner/Gasser/Schwander [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2016, N. 13 zu Art. 313 ZPO; JEANDIN, in: Bohnet/Haldy/Jeandin/Schweizer/Tappy [Hrsg.], Code de procédure civile commenté, 2011, N. 5 zu Art. 313 ZPO; REETZ/HILBER, a.a.O., N. 27 zu Art. 313 ZPO; SPÜHLER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 4 zu Art. 313 ZPO; STERCHI, a.a.O., N. 9 ff. zu Art. 313 ZPO). Eine Anschlussberufung kann daher frühestens nach Eröffnung der Berufungsantwortfrist eingereicht werden und die Möglichkeit zur Anschlussberufung setzt die Zustellung der Berufung zur Antwort voraus.
4.5. Nach Art. 312 Abs. 1 ZPO stellt die Rechtsmittelinstanz die Berufung der Gegenpartei zur schriftlichen Stellungnahme zu. Die Zustellung der Berufung an die Gegenpartei ist die Regel (GASSER/RICKLI, a.a.O., N. 3 zu Art. 312 ZPO; JEANDIN, a.a.O., N. 6 zu Art. 312 ZPO; SPÜHLER, a.a.O., N. 2 zu Art. 312 ZPO). Eine Fristvorgabe besteht zwar für die Zustellung nicht, aber sie sollte rasch erfolgen, zumal die gesetzliche Frist von 30 Tagen für die begründete Antwort im Interesse der Prozessbeschleunigung und der Waffengleichheit (vgl. <ref-ruling> E. 2.4 S. 557) bestimmt ist (vgl. BRUNNER, in: Oberhammer/Domej/Haas [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2. Aufl. 2014, N. 1, 2 zu Art. 312 ZPO; HUNGERBÜHLER/BUCHER, a.a.O., N. 2 zu Art. 312 ZPO; REETZ/THEILER, in: Sutter-Somm et al., N. 14 zu Art. 312 ZPO). Vom Grundsatz der Einholung einer Antwort kann nur abgesehen werden, wenn sich die Berufung als offensichtlich unzulässig oder offensichtlich unbegründet erweist (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 569). Dies hat sich im Rahmen einer Vorprüfung herauszustellen und dient ebenfalls der raschen Erledigung (HUNGERBÜHLER/BUCHER, a.a.O., N. 3 zu Art. 312 ZPO).
4.6. Als Beispiele für offensichtlich unzulässige Berufungen werden in der Literatur etwa genannt die fehlende Berufungsfähigkeit, die Nichteinhaltung der Berufungsfrist, fehlendes Rechtsschutzinteresse, Nichtleistung des Kostenvorschusses u.ä. (vgl. GASSER/RICKLI, a.a.O., N. 2 zu Art. 312 ZPO; HUNGERBÜHLER/BUCHER, a.a.O., N. 5 zu Art. 312 ZPO; JEANDIN, a.a.O., N. 7 zu Art. 312 ZPO; REETZ/THEILER, a.a.O., N. 17 zu Art. 312 ZPO; SPÜHLER, a.a.O., N. 11 zu Art. 312 ZPO; STERCHI, a.a.O., N. 3 zu Art. 312 ZPO). Als offensichtlich unbegründete Berufungen werden solche genannt, die ohne weiteres erkennbar keine stichhaltigen Beanstandungen am erstinstanzlichen Entscheid enthalten, die sich schon bei summarischer Prüfung als aussichtslos erweisen (GASSER/RICKLI, a.a.O., N. 2 zu Art. 312 ZPO; HUNGERBÜHLER/BUCHER, a.a.O., N. 7 zu Art. 312 ZPO; JEANDIN, a.a.O., N. 8 zu Art. 312 ZPO; REETZ/THEILER, a.a.O., N. 18 zu Art. 312 ZPO; SPÜHLER, a.a.O., N. 12 zu Art. 312 ZPO; STERCHI, a.a.O., N. 5 zu Art. 312 ZPO).
4.7. Die Vorinstanz begründet im angefochtenen Urteil nicht, weshalb sie die Berufung der Klägerin der Beklagten nicht zur Antwort zugestellt hat. Das Urteil umfasst 73 Seiten und setzt sich eingehend mit den Rügen der Klägerin in Bezug auf die Auslegung von Ziffer 1.2.1 des Werkvertrages, in Bezug auf die Umstände, die nach Ansicht der Klägerin zu einer Abänderung des vertraglichen Vorbehalts der Schriftlichkeit für Bestellungsänderungen geführt haben sollen sowie der Vergütung für Beschleunigungsmassnahmen auseinander. Es erscheint ausgeschlossen, dass die Vorinstanz in dieser Streitsache aufgrund einer summarischen Prüfung sämtliche Rügen der Klägerin gegen den erstinstanzlichen Entscheid als offensichtlich unbegründet beurteilen konnte. Dass die Vorinstanz keine (blosse) Vorprüfung vorgenommen haben kann, ergibt sich ausserdem aus dem zeitlichen Ablauf. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat die Klägerin die Berufung am 9. November 2015 eingereicht. Das Urteil datiert vom 12. September 2016 und wurde am 14. September 2016 versandt. Die Vorinstanz hat Art. 312 Abs. 1 ZPO verletzt, indem sie die Berufung der Klägerin der Beklagten nicht zur Antwort zustellte.
4.8. Der Klägerin kann nicht gefolgt werden, wenn sie die Ansicht vertritt, die Beklagte habe ihr Recht auf Erhebung einer Anschlussberufung verwirkt, weil sie auf die Mitteilung des Obergerichts nicht reagiert habe, dass Berufung erhoben worden sei. Der Beklagten ist die Begründung der Berufung vom Obergericht unbestritten nicht zur Kenntnis gebracht worden und es wurde ihr auch sinngemäss keine Frist zur Antwort im Sinne von Art. 312 ZPO eröffnet. Auf die blosse Mitteilung, es sei Berufung erhoben worden, musste sie nicht reagieren. Sie durfte die Zustellung der begründeten Berufung mit entsprechender Frist zur Antwort abwarten, ohne ihr Recht auf Antwort und Anschlussberufung zu verwirken. Es oblag vielmehr dem Gericht, ihr die Berufung von Amtes wegen zuzustellen, weshalb aus dem blossen Zuwarten nicht auf einen Verzicht auf Stellungnahme zur Berufung oder Anschlussberufung geschlossen werden kann.
4.9. Die Beschwerde der Beklagten ist begründet. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die durch die Klägerin erhobene Berufung der Beklagten zur Antwort zustelle.
5.
Mit der Aufhebung des angefochtenen Urteils wird die Beschwerde der Klägerin gegenstandslos. Gestützt auf Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 72 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess (BZP; SR 273) ist damit das Beschwerdeverfahren als erledigt abzuschreiben. Über die Prozesskosten ist mit summarischer Begründung aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes zu entscheiden. In dieser Hinsicht ist - wenn wie hier die Verursachung der Gegenstandslosigkeit nicht in der Verantwortung einer der beteiligten Parteien liegt - namentlich summarisch zu prüfen, ob das Rechtsmittel hätte gutgeheissen werden können (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 374 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 494). In dieser Hinsicht ist festzuhalten, dass das angefochtene Urteil überzeugend begründet ist und die Rügen der Klägerin dagegen bei summarischer Betrachtung weder einen Verstoss gegen die vertrauenstheoretische Vertragsauslegung noch Willkür in der Sachverhaltsfeststellung auszuweisen vermögen.
Die - infolge der Abschreibung reduzierten - Gerichtskosten sind der Klägerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat der Beklagten überdies deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 4A_595/2016 und 4A_599/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde der Beklagten im Verfahren 4A_599/2016 wird gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 12. September 2016 wird aufgehoben und die Sache wird zur Zustellung der Berufung und Ansetzung der Frist für die Berufungsantwort mit der Möglichkeit der Anschlussberufung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Das Verfahren 4A_595/2016 wird als gegenstandslos abgeschrieben.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- für beide Verfahren werden der Klägerin auferlegt.
5.
Die Klägerin hat die Beklagte für die Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier