Sachverhalt:
A.
Die 1983 geborene A._ leidet seit ihrer Jugend an einer Muskeldystrophie und bezieht deswegen Hilfsmittel und seit Januar resp. April 2010 eine Entschädigung für eine Hilflosigkeit leichten resp. mittleren Grades. Vom 1. April 2010 bis zum 30. April 2014 war sie bei der B._ AG als Treuhänderin angestellt. Im März 2014 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung für "berufliche Integration/Rente" an. Nach Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens ermittelte die IV-Stelle des Kantons Zürich einen Invaliditätsgrad von 50 %, weshalb sie der Versicherten mit Verfügungen vom 1. und 29. Oktober 2015 eine halbe Invalidenrente ab 1. November 2014 zusprach.
B.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobenen Beschwerden, nachdem es die Verfahren vereinigt und A._ Gelegenheit zum Beschwerderückzug gegeben hatte, ab und änderte die Verfügungen vom 1. und 29. Oktober 2015 insoweit, als es der Versicherten eine Viertelsrente ab 1. November 2014 zusprach (Entscheid vom 6. Juni 2016).
C.
A._ lässt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen, unter Änderung des Entscheids vom 6. Juni 2016 sei ihr mindestens eine Dreiviertelsrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache unter Aufhebung des Entscheids vom 6. Juni 2016 und der angefochtenen Verfügungen, soweit sie einen eine Viertelsrente übersteigenden Anspruch verneinen, zu ergänzenden Abklärungen und anschliessendem neuen Entscheid an das kantonale Gericht oder die Verwaltung zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2.
2.1. Die Vorinstanz hat gestützt auf die Berichte des Prof. Dr. med. C._, Facharzt für Neurologie, vom 7. November 2013, 26. März und 14. Juli 2014, den Bericht der Hausärztin vom 27. November 2014, die dazu erfolgten Stellungnahmen des Regionalen Ärztlichen Dienstes und die Angaben der Versicherten gegenüber der IV-Stelle festgestellt, dass die Beschwerdeführerin seit November 2013 bis zumindest noch im Oktober 2015 in der angestammten Tätigkeit zu 60 % arbeitsfähig gewesen sei. In der Folge hat sie mittels Prozentvergleichs einen Invaliditätsgrad von 40 % ermittelt. Folglich hat sie der Versicherten eine Viertelsrente zugesprochen.
2.2. Das kantonale Gericht hat die als wesentlich und erstellt erachteten Tatsachen und die daraus gezogenen rechtlichen Schlüsse nachvollziehbar dargelegt, und eine sachgerechte Anfechtung des vorinstanzlichen Erkenntnisses war möglich (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 1a S. 181). Daher kann nicht von einer Verletzung der Prüfungs- und Begründungspflicht gesprochen werden (Urteil 9C_172/2016 vom 27. Mai 2016 E. 3.1 mit Hinweisen).
2.3. Das kantonale Gericht hat dargelegt, weshalb es nicht auf den Bericht des Prof. Dr. med. C._ vom 8. April 2016, in welchem er seine frühere Einschätzung der Arbeitsfähigkeit relativierte und nachträglich eine Einschränkung von insgesamt 70 % attestierte, abstellte. Es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht (substanziiert) geltend gemacht, dass die vorinstanzliche Beweiswürdigung und die Feststellungen betreffend die Arbeitsfähigkeit offensichtlich unrichtig (d.h. willkürlich, unhaltbar; vgl. <ref-ruling> E. 8.1 S. 153; Urteil 9C_735/2013 vom 17. April 2014 E. 3.2 mit weiteren Hinweisen) sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen sollen. Sie bleiben für das Bundesgericht verbindlich (E. 1).
Die Beschwerdeführerin beanstandet die Invaliditätsbemessung in Bezug auf die angewandte Methode und hinsichtlich des (Leidens-) Abzugs vom statistisch ermittelten Invalideneinkommen.
3.
3.1. Für die Bestimmung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen wird das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung der medizinischen Behandlung und allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wäre sie nicht invalid geworden (<ref-law>).
Der Einkommensvergleich hat in der Regel in der Weise zu erfolgen, dass die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen ziffernmässig möglichst genau ermittelt und einander gegenübergestellt werden, worauf sich aus der Einkommensdifferenz der Invaliditätsgrad bestimmen lässt. Insoweit die fraglichen Erwerbseinkommen ziffernmässig nicht genau ermittelt werden können, sind sie nach Massgabe der im Einzelfall bekannten Umstände zu schätzen und die so gewonnenen Annäherungswerte miteinander zu vergleichen. Wird eine Schätzung vorgenommen, so muss diese nicht unbedingt in einer ziffernmässigen Festlegung von Annäherungswerten bestehen. Vielmehr kann auch eine Gegenüberstellung blosser Prozentzahlen genügen. Das ohne Invalidität erzielbare hypothetische Erwerbseinkommen ist alsdann mit 100 % zu bewerten, während das Invalideneinkommen auf einen entsprechend kleineren Prozentsatz veranschlagt wird, so dass sich aus der Prozentdifferenz der Invaliditätsgrad ergibt (sogenannter Prozentvergleich; <ref-ruling> E. 3a S. 312 f.). Der Prozentvergleich bietet sich somit namentlich an, wenn Validen- und Invalideneinkommen ausgehend vom gleichen Tabellenlohn (vgl. E. 4.1.1) zu berechnen sind. Diesfalls erübrigt sich deren genaue Ermittlung: Der Invaliditätsgrad entspricht dem Grad der Arbeitsunfähigkeit, dies unter Berücksichtigung eines allfälligen Abzugs (vgl. E. 4.1.2) vom Tabellenlohn (Urteil 8C_628/2015 vom 6. April 2016 E. 5.3.5 mit Hinweisen).
3.2. Die Frage nach der im Einzelfall anwendbaren Methode der Invaliditätsbemessung (Einkommensvergleich mit den Untervarianten Schätzungs- und Prozentvergleich sowie ausserordentliches Bemessungsverfahren, Betätigungsvergleich, gemischte Methode) ist eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage (Urteile 9C_508/2014 vom 16. Oktober 2014 E. 2; 8C_25/2010 vom 21. Mai 2010 E. 4.2.2).
3.3. Das kantonale Gericht hat erwogen, es könne offenbleiben, ob das Arbeitsverhältnis bei der B._ AG aus wirtschaftlichen oder aus gesundheitlichen Gründen aufgelöst worden sei; der Einkommensvergleich laufe (so oder anders) auf einen Prozentvergleich hinaus. Dem kann nicht beigepflichtet werden, wie sich aus dem Folgenden (E. 3.4) ergibt.
3.4.
3.4.1. Das Valideneinkommen ist so konkret wie möglich zu bestimmen (E. 3.1; Urteile 9C_846/2015 vom 2. März 2016 E. 2.2 Abs. 3; 9C_796/2013 vom 28. Januar 2014 E. 2.1). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen; SVR 2016 UV Nr. 13 S. 39, 8C_215/2015 E. 4.2; 2013 UV Nr. 4 S. 13, 8C_145/2012 E. 3.1). In diesem Sinn bedarf das Abgehen vom zuletzt erzielten Verdienst besonderer Begründung (Urteil 9C_846/2015 vom 2. März 2016 E. 2.2 Abs. 3).
3.4.2. Nach diesen, der gefestigten Praxis entsprechenden Grundsätzen ist es von Bedeutung, ob das Arbeitsverhältnis der Versicherten mit der B._ AG, das zwar bei bestehendem Gesundheitsschaden, aber vor Eintritt der Arbeitsunfähigkeit begründet wurde (vgl. THOMAS ACKERMANN, Die Bemessung des Invaliditätsgrades, in: Kieser/Lendfers [Hrsg.], Sozialversicherungsrechtstagung 2012, S. 18 f.), aus wirtschaftlichen oder aus gesundheitlichen Gründen aufgelöst wurde. Im ersten Fall ist der früher erzielte Verdienst, im zweiten Fall ein statistischer Durchschnittslohn (Tabellenlohn; vgl. E. 4.1.1) Ausgangspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens. Soweit aus der nicht näher begründeten E. 4.2.6 des Urteils 8C_558/2015 vom 22. Dezember 2015 etwas anderes hervorgehen sollte, kann daran nicht festgehalten werden.
3.5. Die B._ AG verwies für die Auflösung des Arbeitsverhältnisses im Kündigungsschreiben vom 20. Februar 2014 auf "wirtschaftliche Gründe". Auf diesen Umstand berief sich die IV-Stelle erstmals in ihrer vorinstanzlichen Vernehmlassung, worauf die Versicherte geltend machte, ihre frühere Stelle sei umgehend durch eine andere (gesunde) Person mit vergleichbarer Qualifikation neu besetzt worden, was durch Zeugenbefragung bewiesen werden könne. Daher hätten nicht wirtschaftliche Gründe, sondern ihre gesundheitlichen Einschränkungen zur Kündigung geführt.
Wie es sich damit verhält, lässt sich aufgrund der Unterlagen nicht feststellen: Immerhin steht fest, dass das ursprüngliche Teilzeitpensum auf den 1. April 2013 auf ein Vollzeitpensum erhöht worden war. Konkrete Anhaltspunkte für eine wirtschaftliche Notwendigkeit der Kündigung wie Umstrukturierung o.ä. sind nicht aktenkundig. Das Arbeitsverhältnis dauerte rund vier Jahre und die Kündigung erfolgte zeitnah zum Eintritt der Arbeitsunfähigkeit (vgl. MEYER/REICHMUTH, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3. Aufl. 2014, N. 48 zu <ref-law>). Diese Umstände begründen ernsthafte Zweifel an der Angabe im Kündigungsschreiben. Diesbezüglich wird die Vorinstanz weitere Abklärungen, beispielsweise in Form einer Zeugenbefragung oder Einholung einer Auskunft der Arbeitgeberin, zu treffen und anschliessend das Valideneinkommen festzusetzen (vgl. E. 3.4.2) sowie erneut über den Rentenanspruch zu entscheiden haben.
4.
4.1.
4.1.1. Auch für die Bestimmung des Invalideneinkommens ist primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht. Übt sie nach Eintritt der Invalidität eine Erwerbstätigkeit aus, bei der - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind und anzunehmen ist, dass sie die ihr verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und erscheint zudem das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn, gilt grundsätzlich der tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn. Ist kein solches tatsächlich erzieltes Erwerbseinkommen gegeben, namentlich weil die versicherte Person nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihr an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, so können insbesondere Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen; Urteil 8C_898/2015 vom 13. Juni 2016 E. 3.2).
4.1.2. Wird das Invalideneinkommen auf der Grundlage von statistischen Durchschnittswerten ermittelt, ist der entsprechende Ausgangswert (Tabellenlohn) allenfalls zu kürzen. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa in fine S. 80). Der Abzug ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Er darf 25 % nicht übersteigen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301; <ref-ruling> E. 5b/bb-cc S. 80).
4.2. Die Frage, ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vorzunehmen sei, ist eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis; Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in: <ref-ruling>).
4.3. Die IV-Stelle ging davon aus, dass die Versicherte (noch) kein regelmässiges und festes Einkommen erziele, und zog daher für das Invalideneinkommen einen Tabellenlohn der LSE heran.
Das kantonale Gericht hat implizite, indem es einen Prozentvergleich vorgenommen hat, ebenfalls auf einen Tabellenlohn abgestellt. Einen Abzug vom Tabellenlohn (E. 4.1.2) hat es verworfen mit der Begründung, Teilzeitarbeit wirke sich bei Frauen proportional eher lohnerhöhend aus (SVR 2012 IV Nr. 17 S. 78, 8C_379/2011 E. 4.2.2.2), Einschränkungen in der Mobilität seien bereits in der attestierten Verminderung der Arbeitsfähigkeit enthalten und für den Arbeitsweg sei die Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel zumutbar.
4.4.
4.4.1. Die vorinstanzliche Feststellung, wonach die geltend gemachten Einschränkungen in der Mobilität in der anerkannten Verminderung der Arbeitsfähigkeit enthalten seien, ist nicht offensichtlich unrichtig (E. 1). Gleiches gilt für den Unterstützungsbedarf im Büro, zumal Prof. Dr. med. C._ in den Berichten vom 26. März und 14. Juli 2014 die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit mit "verminderter Mobilität und Muskelkraft, vermehrter Erschöpfbarkeit sowie Schmerzen bei längerem Sitzen" begründete. Zudem hat das kantonale Gericht zu Recht darauf verwiesen, dass bei der Arbeit als qualifizierte Treuhänderin für Hilfstätigkeiten in der Regel ein Sekretariat zur Verfügung steht. Weiter ist für die Frage nach einem Abzug nicht massgeblich, ob die Versicherte 60 % des früheren Lohnes, sondern des (gemäss Verfügungen der IV-Stelle bedeutend tieferen) Tabellenlohnes erzielen könnte. Aus den Umständen, dass bei manchen Kunden keine Besuche möglich sind, der Arbeitsplatz rollstuhlgängig sein muss und keine Überstunden geleistet werden können (vgl. Urteil 9C_596/2012 vom 30. November 2012 E. 3.1 und 3.3), kann nicht auf eine relevante Verminderung des (Durchschnitts-) Lohnes geschlossen werden.
4.4.2. Auch wenn die öffentlichen Verkehrsmittel grundsätzlich rollstuhlgängig sind, ist die Versicherte offensichtlich darauf angewiesen, ein (angepasstes) Privatfahrzeug benutzen zu können, ansonsten ihr dafür weder invaliditätsbedingte Umbaukosten noch Amortisationsbeiträge vergütet worden wären (vgl. Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. September 2015; Verfügung vom 12. Juli 2011). Dies steht denn auch im Einklang mit der Auffassung des Prof. Dr. med. C._, der die regelmässige Benutzung öffentlicher Verkehrsmittel nicht für zumutbar hielt, weil dadurch die in der Erwerbstätigkeit zu verwendenden körperlichen Ressourcen eingeschränkt würden. Sodann ist notorisch, dass die Überwindung des Arbeitsweges mit einem Privatfahrzeug anstatt mit den öffentlichen Verkehrsmitteln zu höheren Kosten führt; in concreto stehen die Ausgaben für Treibstoff, einen Parkplatz am Arbeitsort und einen Anteil an den streckenunabhängigen Betriebskosten - die anrechenbare Amortisation ist bereits über entsprechende Beiträge der Invalidenversicherung gedeckt - jenen für ein Streckenabonnement gegenüber. In diesem Rahmen entsteht eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse (vgl. ZAK 1986 S. 470, I 110/84 vom 9. April 1985 E. 2b Abs. 3; Rz. 3063-3065 des Kreisschreibens des BSV über Invalidität und Hilflosigkeit in der Invalidenversicherung [KSIH]). Ob deswegen - unter dem Titel Art und Ausmass der Behinderung - ein Tabellenlohnabzug angezeigt ist, hängt indessen davon ab, ob die Mehrkosten zu einer Einkommensminderung von erheblichem Ausmass führen (vgl. MEYER/REICHMUTH, a.a.O., N. 104 zu <ref-law>). Dies wird die Vorinstanz im Rahmen der neuerlichen Invaliditätsbemessung (E. 3.5) zu berücksichtigen haben. In diesem Sinn ist die Beschwerde teilweise begründet.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 6. Juni 2016, soweit er einen Anspruch über eine Viertelsrente hinaus verneint, aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. November 2016
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Glanzmann
Die Gerichtsschreiberin: Dormann