Faits :
A.
Statuant sur opposition de X._, le Tribunal de police du Littoral et du Val-de-Travers a, par jugement du 5 août 2013, reconnu celle-ci coupable de diffamation (<ref-law>), de violation du devoir d'assistance ou d'éducation (<ref-law>), d'enlèvement de mineur (<ref-law>) et d'insoumission à des décisions de l'autorité (<ref-law>). Il l'a condamnée à 90 jours-amende, à 70 fr. le jour, ainsi qu'à une amende de 1500 fr., une peine privative de liberté de substitution de 15 jours étant prévue à défaut de paiement de l'amende.
B.
Par jugement du 18 mars 2015, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel formé par X._ contre le jugement du Tribunal de police.
Les faits à l'origine de cette procédure sont, en résumé, les suivants.
X._ et A._ sont engagés dans un litige matrimonial depuis plusieurs années. Ils sont les parents adoptifs de B._, née en 1999, et de C._, né en 2004. Entre décembre 2010 et avril 2011, A._ a déposé plusieurs plaintes pénales contre X._ pour violation de l'<ref-law> au motif qu'elle ne lui avait pas présenté les enfants en vue de l'exercice de son droit de visite tel qu'il avait été fixé par le Tribunal civil du district de Boudry, respectivement le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers. Lors de son audition par le procureur le 8 février 2011, X._ a relaté des faits laissant penser que le père portait atteinte à l'intégrité physique et sexuelle de ses enfants. Le 22 mars 2011, alors qu'elle était entendue par la police à ce sujet, l'intéressée a décidé de déposer plainte pénale contre A._ pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, lésions corporelles simples, violation du devoir d'assistance et d'éducation ainsi que pour négligence. Le 6 mai 2011, A._ a déposé plainte pénale contre X._ pour calomnie, subsidiairement diffamation, dénonciation calomnieuse et induction de la justice en erreur. Le 6 août 2012, le Ministère public a rendu une ordonnance de non-entrée en matière en faveur de A._ concernant les faits dénoncés par X._. Cette ordonnance est entrée en force le 28 août 2012.
Parallèment, courant août 2011, X._ a déménagé à Roscoff, en France, et y a scolarisé ses enfants. Or, par ordonnance de mesures provisoires du 14 juillet 2011, le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers avait interdit à l'intéressée de s'installer à l'étranger avec ses enfants. Cette ordonnance a été confirmée par la Cour d'appel civile le 18 août 2011 puis par le Tribunal fédéral le 22 novembre 2011. Le 8 novembre 2011, A._ a déposé plainte pénale pour violation du devoir d'assistance et d'éducation, enlèvement de mineur et insoumission à une décision de l'autorité. Il a en outre engagé une procédure de retour des enfants fondée sur la Convention de La Haye du 25 octobre 1980. Par jugement du 27 février 2012, la 3 ème Chambre civile du Tribunal de Grande Instance de Rennes a ordonné le retour immédiat des enfants en Suisse. Pour leur permettre de terminer l'année scolaire entamée en France, A._ a accepté de différer le retour des enfants jusqu'au début de l'été, sans toutefois renoncer à son droit de visite jusqu'à cette échéance. La présence de la mère en Suisse a été constatée le 11 juillet 2012.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation du jugement de la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois du 18 mars 2015 et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour complément d'instruction. Elle requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif.
D.
Par courrier du 7 janvier 2016, A._ a informé le Tribunal fédéral qu'un accord transactionnel global entre les parties était intervenu le 16 décembre 2015 dans le cadre de la procédure matrimoniale, sous l'égide du Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers. En exécution de cet accord, A._ a déclaré, par courrier du 17 décembre 2015 adressé au Ministère Public, retirer l'ensemble des plaintes pénales à l'encontre de X._.

Considérant en droit :
1.
Conformément à l'<ref-law>, l'ayant droit peut retirer sa plainte tant que le jugement de deuxième instance n'a pas été prononcé. Attendu que A._ a déclaré retirer ses plaintes pénales contre la recourante postérieurement au prononcé du jugement attaqué, ce retrait n'est pas valable. Il est par conséquent sans effet sur la présente procédure devant le Tribunal fédéral.
2.
La recourante invoque de multiples violations de son droit d'être entendue.
2.1. Eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés. Le recourant doit par conséquent critiquer les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2 p. 88 s.). De plus, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
2.2. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir rendu le jugement du 18 mars 2015 alors qu'elle n'était pas en possession des dossiers de mesures protectrices de l'union conjugale et de divorce, pourtant joints au dossier pénal. Elle aurait, pour cette raison, omis de considérer certains éléments pertinents ressortissant des dossiers en question.
Dans la mesure où le grief invoqué par la recourante, à supposer qu'il soit admis, serait susceptible de constituer un vice de procédure qui ne pouvait être invoqué avant que la décision attaquée ne soit rendue, les faits qui s'y rapportent sont recevables devant le Tribunal fédéral (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2ème éd. 2014, n° 23 ad art. 99).
L'affirmation de la recourante selon laquelle les dossiers PEBO.2008.29, PEBO.2010.32 (divorce) et MP.2007.60 (mesures protectrices) n'auraient plus été en possession de la Cour pénale depuis le 30 avril 2014 est contredite par les pièces du dossier (cf. récépissé du 11 novembre 2014 du Tribunal civil, pièce n°104, et courrier du 12 décembre 2014 du Tribunal civil laissé sans suite, pièce n°108). L'intégralité du dossier cantonal, y compris les dossiers MP.2007.60, PEBO.2008.29 et PEBO.2010.32 a d'ailleurs été transmis au Tribunal fédéral par la Cour pénale le 12 mai 2015, conformément à la requête à elle adressée le 5 mai 2015.
En tout état, il ressort du jugement attaqué qu'à de très nombreuses reprises, la cour cantonale s'est référée à des éléments des procédures de mesures protectrices et de divorce en citant les pièces visées. En ce qui concerne l'expertise prétendument incomplète du Dr D._ rendue dans le cadre de la procédure matrimoniale, les griefs de la recourante y relatifs sont traités dans les ordonnances de preuve de la vice-présidente de la cour cantonale, auxquelles la décision entreprise renvoie expressément (p. 12). Par ailleurs, il n'y a pas de conclusion à tirer du fait que la cour cantonale n'a pas discuté des violences conjugales dont la recourante s'était plainte en 2007; en effet, elle se contentait d'évoquer ce fait dans son recours cantonal, sans toutefois en déduire un grief précis. Faute d'avoir établi les faits qui sous-tendent son grief, la recourante n'est pas fondée à se plaindre d'une violation de son droit d'être entendue.
2.3. La recourante critique le rejet de ses réquisitions de preuve tendant à la production des dossiers établis en France, lors de son séjour dans ce pays avec ses enfants, ainsi que du dossier lié à sa demande de récusation de la juge en charge de la procédure matrimoniale. La cour cantonale aurait également violé son droit d'être entendue en se référant expressément au rapport d'expertise du Dr D._ dans son jugement alors que celui-ci était encore incomplet, qu'elle en contestait le contenu et qu'on lui avait dénié le droit se déterminer à son sujet.
2.3.1. Selon l'<ref-law>, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'<ref-law> règle les preuves complémentaires. Ainsi, la juridiction de recours peut administrer, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Conformément à l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité ou déjà suffisamment prouvés. Cette disposition codifie, pour la procédure pénale, la règle jurisprudentielle déduite de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'appréciation anticipée des preuves (arrêt 6B_977/2014 du 17 août 2015 consid. 1.2 et les références). Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 236 s.; <ref-ruling> consid. 3 p. 157 et les arrêts cités).
2.3.2. La cour cantonale ayant procédé à l'examen anticipé des moyens de preuve demandés par la recourante (cf. ordonnances des 7 janvier et 3 décembre 2014 de la vice-présidente, aux motifs desquels la cour cantonale a déclaré se rallier), cette dernière devait démontrer, conformément aux exigences accrues de motivation applicables aux griefs de violation de droits fondamentaux, en quoi cette appréciation était arbitraire.
Or, la recourante se contente d'affirmer qu'en renonçant à la production du dossier français, en particulier les rapports de police établis par les autorités françaises, l'autorité précédente l'aurait empêchée de démontrer " sa bonne foi " et " la réalité des faits rapportés ". De même, en refusant de requérir la production du dossier de récusation de la juge matrimoniale, elle ne lui aurait pas permis de " démontrer la réalité des faits et la situation dans laquelle elle se trouvait et se trouve encore ". Son argumentation se réduit ainsi à prétendre que son offre de preuve était pertinente, sans pour autant le démontrer. Sa critique est donc irrecevable.
Par ailleurs, conformément aux motifs de l'ordonnance de preuves du 3 décembre 2014, l'expertise du Dr D._ avait uniquement pour but de déterminer les capacités éducatives actuelles de chacun des parents, mais n'apportait aucun éclairage sur les faits dont la Cour pénale était saisie, raison pour laquelle il n'y avait pas lieu de donner suite à la requête de la recourante tendant à suspendre la procédure " tant que la reconnaissance des erreurs graves commises par le Dr D._ dans son rapport et les conclusions qu'il en a tirées ne seront pas confirmées par une contre-expertise [...] ". La recourante ne développe aucune argumentation recevable susceptible de remettre en cause ces motifs. Au surplus, il n'apparaît pas que la cour cantonale ait tenu compte de cette expertise pour rendre son verdict, de sorte que la recourante ne peut de toute façon rien déduire de son grief. Il doit donc être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.4. La recourante se plaint de n'avoir pas été auditionnée par le ministère public sur l'ensemble des faits qui lui ont été reprochés.
Le fait que la recourante n'ait pas été entendue par le ministère public sur l'ensemble des infractions retenues dans l'ordonnance pénale ne viole pas son droit d'être entendue dans la mesure où l'intéressée a pu, sur simple opposition, provoquer l'ouverture d'une procédure respectant ce droit (arrêts 6B_314/2012 du 18 février 2013 consid. 2.2.2; 6B_281/2012 du 9 octobre 2012 consid. 3.2; cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 238/239 et les références citées). La recourante ne conteste pas, d'ailleurs, avoir été entendue par le Tribunal de police sur l'intégralité des faits reprochés. Son grief est dénué de fondement.
3.
La recourante soutient que la cour cantonale aurait faussement constaté les faits. Il fallait reconnaître qu'elle était de bonne foi et n'avait eu en vue que la protection de ses enfants lorsqu'elle avait fait part de ses soupçons concernant A._ aux autorités.
3.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat. Par conséquent, le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266.
Constitue la diffamation le fait, en s'adressant à un tiers, d'accuser une personne ou de jeter sur elle le soupçon de tenir une conduite contraire à l'honneur, ou de tout autre fait propre à porter atteinte à sa considération (<ref-law>). Conformément au ch. 2 de cette disposition, l'inculpé n'encourra aucune peine s'il prouve que les allégations qu'il a articulées ou propagées sont conformes à la vérité ou qu'il avait des raisons sérieuses de les tenir de bonne foi pour vraies. La bonne foi ne suffit pas, il faut encore que le prévenu établisse qu'il avait des raisons sérieuses de croire à ce qu'il disait. Un devoir de prudence incombe à celui qui porte atteinte à l'honneur d'autrui. Pour échapper à la sanction pénale, le prévenu de bonne foi doit prouver qu'il a cru à la véracité de ses allégations après avoir fait consciencieusement tout ce que l'on pouvait attendre de lui pour s'assurer de leur exactitude. Pour dire si le prévenu avait des raisons sérieuses de tenir de bonne foi pour vrai ce qu'il a dit, il faut se fonder exclusivement sur les éléments dont il avait connaissance à l'époque de sa déclaration; il n'est pas question de prendre en compte des moyens de preuve découverts ou des faits survenus postérieurement (<ref-ruling> consid. 3b p. 151 s. et les références citées).
3.2. La recourante soutient qu'elle avait déjà exprimé ses craintes auprès de l'Office médico-psychologique en 2008, ce qui attesterait de sa bonne foi. Sa discussion, peu claire, ne permet pas de comprendre en quoi il était critiquable de retenir, comme l'a fait la cour cantonale, qu'au vu de la passivité de l'intéressée durant les années qui ont suivi, cette démarche était impropre à démontrer sa bonne foi au moment où elle a finalement communiqué ses soupçons aux autorités. Elle ne critique pas davantage les autres indices sur lesquels s'est appuyée la cour cantonale, à savoir, notamment, qu'aucun professionnel entourant les enfants - pédiatre, thérapeute et enseignant - n'avait relevé qu'ils pouvaient être victimes d'atteintes à l'intégrité sexuelle ou physique, et que B._ ne s'était jamais confiée à elle concernant des attouchements. Faute de discuter la motivation cantonale, la recourante ne soulève pas de grief recevable. Par ailleurs, elle n'est pas recevable à se prévaloir, pour justifier de sa bonne foi, des déclarations de sa fille auprès des autorités françaises en décembre 2011, qui ne ressortent pas du jugement entrepris. Au demeurant, il n'y avait pas lieu de tenir compte de cette déposition dans la mesure où elle était postérieure aux soupçons que la recourante avait articulés devant les autorités en février et mars 2011. Le grief est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
4.
La recourante invoque une violation de l'<ref-law>.
4.1. La cour cantonale a exposé les motifs pour lesquels les éléments constitutifs de l'<ref-law> étaient réalisés. En résumé, la recourante avait, de manière unilatérale et brutale, soustrait les enfants à leur environnement familial, pédagogique et thérapeutique habituel, alors que ceux-ci étaient particulièrement vulnérables, qu'ils étaient déjà durement éprouvés par le conflit parental et qu'ils bénéficiaient d'un soutien thérapeutique approprié depuis plusieurs années. En outre, ils s'étaient exprimés positivement sur les projets les concernant pour la rentrée 2011. Enfin, et alors qu'ils avaient du plaisir à voir leur père, ils avaient été privés de sa présence pendant de très nombreux mois. Si, pris isolément, ces éléments n'auraient peut-être pas suffi pour conclure à une mise en danger concrète du développement des enfants, leur conjonction ne laissait plus de doute à ce sujet.
A ces considérations, la recourante objecte uniquement que l'infraction ne serait pas réalisée. En l'absence de toute motivation, son grief est irrecevable.
4.2. L'intéressée soutient qu'elle aurait emmené ses enfants en France dans le but de les protéger. Elle se plaint ainsi d'une mauvaise appréciation des preuves ayant conduit à un établissement erroné des faits.
La cour cantonale a écarté le motif justificatif allégué par la recourante sous l'angle de l'<ref-law>. Celle-ci argumente de manière appellatoire lorsqu'elle allègue, sans plus de détail, que le dossier démontrerait que le congé sabbatique qu'elle avait obtenu de son employeur pour s'installer durant dix mois en France n'était pas constitutif d'une violation de son devoir d'assistance (consid. 3.1 supra). De même, dans la mesure où elle se limite à affirmer, en se référant à son intervention auprès du Service médico-psychologique en 2008, avoir eu en vue de protéger ses enfants, elle se borne à opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale. Or cette dernière s'est fondée sur de multiples indices convergents pour exclure la justification présentée par la recourante. Y figuraient en particulier l'engagement de la recourante de respecter le droit de visite du père pris lors d'une audience en juin 2011 sans évoquer la crainte d'abus, le jugement rendu le 14 juillet 2011 lui interdisant de quitter le territoire suisse au motif que le déménagement en France mettrait le développement des enfants en danger, ainsi que son courrier du 9 août 2011 adressé à l'Autorité de Protection de l'Enfant et de l'Adulte justifiant son départ en raison de son état d'épuisement et du manque de soutien des autorités suisses - et non au motif de prétendus abus commis par le père -, sans que la recourante ne discute aucun d'entre eux. A défaut de satisfaire aux exigences minimales de motivation, le grief invoqué est irrecevable. Au demeurant, l'élément que la recourante invoque, à savoir son intervention auprès du Service médico-psychologique, est peu pertinent puisque datant de près de 3 ans avant son départ en France. Aussi le grief invoqué apparaît-il de toute façon infondé.
5.
Bien qu'elle conclue à son acquittement sans le limiter à certaines infractions, la recourante n'élève aucun grief contre ses condamnations pour les infractions d'enlèvement d'enfants (<ref-law>) et d'insoumission aux actes d'autorité (<ref-law>). Il s'ensuit que le Tribunal fédéral n'a pas à examiner l'application de ces dispositions.
6.
Conformément aux considérants qui précèdent, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. La recourante supportera les frais judiciaires (<ref-law>).
Au vu de l'issue du recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 2 mars 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy