Faits :
A.
A._ SA a entrepris des travaux de rénovation dans des appartements d'un immeuble situé sur la parcelle n o 2346 de la commune de Vernier dont elle est propriétaire. Lors d'une inspection le 20 juin 2013, le Service de toxicologie de l'environnement bâti (ci-après: STEB) a constaté que deux chantiers de rénovation avaient été entrepris aux 15ème et 22ème étages de cet immeuble, sis au 8 de l'avenue du Lignon; selon le procès-verbal d'inspection, des interventions sans précaution, en l'absence de diagnostic amiante avant travaux, avaient été entreprises sur des matériaux susceptibles de contenir de l'amiante. Le laboratoire B._ SA a procédé à l'examen d'échantillons prélevés sur place par le STEB et a constaté, dans son rapport du 26 juin 2013, la présence d'amiante chrysotile dans la colle ainsi que dans les dallettes de sol des cuisines des appartements.
Par décision du 26 juin 2013 (déclarée exécutoire nonobstant recours), le Département genevois de l'intérieur, de la mobilité et de l'environnement (devenu depuis lors le Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture [DETA]), soit pour lui le STEB, a ordonné la suspension immédiate des chantiers et la réalisation d'une expertise amiante; A._ devait mandater une entreprise de désamiantage reconnue pour retirer les matériaux amiantés qui avaient été endommagés par les travaux; la reprise des travaux était conditionnée à la remise de divers rapports. Le 16 octobre 2013, le STEB a constaté, lors d'une nouvelle inspection locale, que A._ n'avait pas réalisé d'expertise amiante et que les travaux étaient en cours d'achèvement au 15 ème étage et achevés au 22 ème étage, l'appartement étant occupé par une locataire (cf. procès-verbaux d'inspection du 16 octobre 2013).
Le même jour, le STEB a inspecté un chantier de rénovation d'un appartement du 14ème étage; il a constaté que des interventions sans précaution, en l'absence de diagnostic amiante avant travaux, avaient été entreprises sur des matériaux susceptibles de contenir de l'amiante. Le DETA a ordonné, le 18 octobre 2013, les mêmes mesures que celles exigées dans sa décision du 26 juin 2013 (suspension des travaux et réalisation d'une expertise amiante). Le DETA a ordonné, par décision du 22 octobre 2013, l'assainissement de cet appartement dès lors que de l'amiante chrysotile avait été identifiée par le laboratoire B._ dans les colles de la cuisine et de la véranda de l'appartement.
Le 13 novembre 2013, le DETA a ordonné l'assainissement d'un appartement du 19 ème étage dont la rénovation avait été entreprise sans diagnostic amiante avant travaux et dans lequel de l'amiante chrysotile avait été identifiée par le laboratoire B._ dans la colle et les dallettes de sol de la cuisine, ainsi que dans du mastic vitrier et de la poussière du sol du palier.
B.
Par décision du 26 janvier 2015, le DETA a infligé à A._ une amende administrative de 200'000 francs, en raison du non-respect des décisions des 26 juin, 18 et 22 octobre 2013.
Le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a, par jugement du 16 septembre 2015, admis partiellement le recours formé par A._ contre cette décision et a fixé le montant de l'amende à 105'000 francs.
Par arrêt du 29 novembre 2016, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ contre le jugement du 16 septembre 2015.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt entrepris en ce sens qu'aucune amende ne lui soit infligée, subsidiairement que l'amende soit fixée au maximum à 5'000 francs. A titre encore plus subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision.
La cour cantonale n'a pas d'observations à formuler et se réfère aux considérants de son arrêt. Aux termes de ses observations, le DETA a conclu au rejet du recours. La recourante n'a pas répliqué.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) et aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente. Elle est particulièrement atteinte par la décision attaquée en vertu de laquelle lui est infligée une amende de 105'000 fr. La recourante a un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de cette décision (<ref-law>). Le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Le recours est dès lors recevable.
2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Si la recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
3.
Dans son écriture, la recourante s'en prend uniquement à la quotité de l'amende prononcée à son encontre: l'instance précédente aurait violé le principe de la proportionnalité et appliqué le droit de manière totalement arbitraire en ne tenant pas compte de certaines circonstances atténuantes lors de la fixation du montant de l'amende (<ref-law>); le recourante se prévaut ainsi de sa bonne coopération, de l'absence de toute mise en danger concrète, ainsi que de l'absence d'antécédents et de volonté délictuelle.
3.1. La loi fédérale sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) prévoit l'assainissement des installations qui ne satisfont pas aux normes légales qui s'appliquent à la protection de l'environnement (<ref-law>), ainsi que l'obligation pour les utilisateurs de substances dangereuses pour l'environnement, de leurs dérivés ou de leurs déchets de procéder de manière à ce que cette utilisation ne puisse constituer une menace pour l'environnement ou, indirectement, pour l'homme (<ref-law>).
La règlement cantonal sur les substances dangereuses dans l'environnement bâti du 10 septembre 2008 (RSDEB; RS/GE K 1 70.14) prévoit qu'en cas de suspicion de présence ou de présence de substances dangereuses dans l'environnement bâti, le département peut ordonner la mesure de la concentration de fibres d'amiante respirables et ordonner notamment la prise de précautions particulières lors de travaux, l'arrêt d'un chantier et l'enlèvement des substances dangereuses (art. 4 al. 1 et 13 RSDEB). Le STEB a édicté une directive intitulée "diagnostic amiante avant travaux" en août 2013 (version 1, ci-après : la directive) qui prévoit qu'un diagnostic amiante doit être réalisé - sous la forme d'un rapport avec un contenu prescrit - avant le début de travaux touchant à des bâtiments ou parties de bâtiments construits avant 1991.
Selon l'art. 18 al. 1 de la loi cantonale d'application de la loi fédérale sur la protection de l'environnement (LaLPE; RS/GE K 1 70), à moins que des lois spéciales n'en disposent autrement, est passible d'une amende administrative de 200 à 400'000 francs tout contrevenant à la présente loi (let. a), aux règlements et arrêtés édictés en vertu de la présente loi (let. b) et aux ordres donnés par le département dans les limites de la présente loi et des règlements et arrêtés édictés en vertu de celle-ci (let. c). Aux termes de l'alinéa 2, les amendes peuvent être infligées tant à des personnes morales qu'à des personnes physiques.
3.2. Dans l'arrêt entrepris, l'instance précédente a tout d'abord retenu qu'il n'existait aucune expertise équivalant à un rapport diagnostic amiante avant travaux, tel qu'exigé par la directive en vigueur. En outre, les analyses des échantillons prélevés sur les chantiers des trois appartements, ainsi que les photographies prises sur ces chantiers prouvaient que des éléments contenant de l'amiante avaient été endommagés - volontairement ou non - lors des travaux (des dallettes contenant de l'amiante avaient été entièrement retirées dans une cuisine; des résidus de colle amiantée de carrelage et de faïence avaient été trouvés sur le sol mis à nu des cuisines et d'une véranda; des résidus de carrelage et de faïence avec leur colle amiantée avaient été entreposés dans des sacs de déchets). Au vu de ce qui précède, l'instance précédente a considéré que la mise en danger proscrite par la législation en matière d'amiante avait été réalisée sur les chantiers de la recourante, qu'elle était consécutive à l'absence de respect de la directive en la matière et notamment de l'absence d'un diagnostic avant travaux ainsi qu'à la non-exécution des mesures prescrites dans les décisions des 26 juin, 18 et 22 octobre 2013. L'instance précédente a donc confirmé le principe même d'une sanction pour ces faits (cf. arrêt entrepris consid. 5 p. 14-15).
L'instance précédente a ensuite confirmé le montant de l'amende fixée à 105'000 francs par le TAPI, lequel était proportionné à la gravité de la faute et aux circonstances du cas d'espèce. Elle a notamment considéré que la faute de la recourante liée à l'absence de diagnostic amiante préalable devait être qualifiée de grave. Celle-ci avait mis sciemment et gravement en danger la santé, non seulement des personnes travaillant sur le chantier, mais également des visiteurs et des locataires du bâtiment. Il convenait également de tenir compte du nombre de chantiers contaminés et du fait que la recourante avait violé de façon répétée les décisions du département afin de réaliser des économies (en l'espèce 35'000 francs). La recourante n'avait pas fait état de difficultés financières et elle avait même renoncé à produire ses états financiers. L'instance précédente soulignait enfin que la quotité de l'amende ne pouvait être qu'importante en l'espèce puisque la mise en danger était réalisée et qu'une pollution de l'environnement par l'amiante avait des conséquences irréversibles.
3.3. La recourante s'en prend en l'espèce uniquement à la quotité de l'amende prononcée à son encontre, celle-ci devant à ses yeux être limitée à 5'000 francs au maximum, voire même supprimée. Elle ne développe toutefois aucun argument propre à remettre en cause le raisonnement de l'instance précédente, lequel ne prête pas le flanc à la critique. En particulier, la recourante soutient en vain que l'instance précédente aurait omis de prendre en compte le fait que les travaux réalisés aux 15 èmeet 22 ème étages avaient été suspendus à la suite de la décision du 26 juin 2013. Sur ce point, elle s'écarte en effet des faits constatés par l'instance précédente qui a retenu - sans que l'arbitraire ne soit démontré s'agissant de constatations de fait (cf. supra consid. 2) - que la recourante ne s'était pas immédiatement conformée aux décisions de l'autorité lui enjoignant de prendre des mesures et a attendu, pour exécuter la décision du 7 novembre 2013, d'y être contrainte par le refus de restituer l'effet suspensif à son recours (cf. arrêt entrepris consid. 9 p. 17); il ressort clairement des procès-verbaux de l'inspection locale du 16 octobre 2013 que la recourante n'avait pas réalisé d'expertise amiante et que les travaux étaient en cours d'achèvement au 15 ème étage et achevés au 22 ème étage, l'appartement étant occupé par une locataire (cf. arrêt entrepris consid. 5 en fait p. 2). La recourante ne saurait dès lors arguer de sa coopération et de sa bonne volonté.
Elle ne saurait non plus être suivie lorsqu'elle prétend que l'instance précédente aurait dû prendre en compte l'absence dans le cas d'espèce de toute mise en danger concrète, se prévalant à cet égard du témoignage de C._ selon lequel la colle noire sous les dallettes ne représentait pas un danger si aucune intervention mécanique ne libérait les fibres d'amiante. En effet, la recourante méconnaît qu'il ressort de l'arrêt entrepris, plus particulièrement des décisions des 26 juin et 22 octobre 2013 - qui n'ont d'ailleurs pas été attaquées par l'intéressée - que des matériaux contenant de l'amiante avaient été endommagés par les travaux entrepris (cf. arrêt attaqué consid. 5 p. 14).
Par ailleurs, si la recourante n'a certes pas à proprement parler d'antécédents en la matière, il n'en reste pas moins qu'elle a, de façon répétée et délibérée, contrevenu à la réglementation en vigueur en matière de protection de l'environnement, ainsi qu'aux décisions du DETA ordonnées en lien avec les travaux de rénovation entrepris. Après avoir ignoré plusieurs décisions des autorités compétentes ordonnant la suspension des travaux et la réalisation d'une expertise amiante, la recourante ne saurait sérieusement soutenir n'avoir pas eu conscience et volonté de violer les prescriptions en vigueur. Enfin, la recourante se réfère brièvement à un arrêt genevois ATA/886/2014 dans lequel la cour cantonale a estimé qu'une sanction correspondant au 5% de la sanction maximale était proportionnée; l'intéressée n'explique toutefois absolument pas en quoi ces affaires seraient similaires, de sorte que sa critique peut être écartée sans autre développement.
Dans ces circonstances, compte tenu en particulier de la répétition des infractions et de la grave mise en danger pour la santé, la cour cantonale pouvait, sans violer le principe de la proportionnalité, confirmer le montant litigieux de l'amende, lequel ne sort pas du cadre prévu par la loi et reste largement en deçà du maximum légal.
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté pour autant qu'il est recevable. Les frais de justice sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture de la République et canton de Genève, Direction générale de l'environnement, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 19 octobre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
La Greffière : Arn