Sachverhalt:
A.
Im Strafverfahren Nr. 300 16 253 stellte die Präsidentin des Strafgerichts Basel-Landschaft Jacqueline Kiss mit Verfügung vom 25. Juli 2016 fest, dass A._ den in der Anklageschrift vom 11. Juli 2016 nicht aufgeführten Tatbestand der Schändung oder des Versuchs dazu erfüllt haben könnte und er dazu nicht spezifisch befragt worden sei. Jacqueline Kiss wies das Verfahren unter Aufhebung der Rechtshängigkeit an die Staatsanwaltschaft zur Durchführung der notwendigen Verfahrenshandlungen und allfälliger Ergänzung der Anklageschrift zurück. Mit ergänzter Anklageschrift vom 1. September 2016 warf die Staatsanwaltschaft A._ nunmehr auch Schändung mit einem Kind (Art. 191 StGB) vor.
Mit Verfügung vom 12. September 2016 liess Strafgerichtspräsidentin Jacqueline Kiss das Strafverfahren betreffend die Anklage vom 11. Juli 2016 und die ergänzte Anklage vom 1. September 2016 als Neueingang unter der Nr. 300 16 314 erfassen. Zudem bestimmte sie, dass die bereits im Strafverfahren Nr. 300 2016 253 erlassene Beweisverfügung vom 21. Juli 2016 mit Ausnahme der darin gesetzten Fristen auch für das neue Verfahren gelte; sie setzte den Parteien eine neue Frist zur Stellung von Beweis- und Verfahrensanträgen bis zum 12. Oktober 2016 an.
Mit Schreiben vom 4. Oktober 2016 beantragte A._ beim Strafgericht, es sei Strafgerichtspräsidentin Jacqueline Kiss in den Ausstand zu versetzen. Die Strafgerichtspräsidentin überwies mit Eingabe vom 12. Oktober 2016 das Ausstandsgesuch vom 4. Oktober 2016 zur Beurteilung an das Kantonsgericht, Abteilung Strafrecht, und beantragte dessen Abweisung. Mit Replik vom 31. Oktober 2016 hielt A._ an seinem Ausstandsbegehren fest.
Mit Beschluss vom 15. November 2016 wies das Kantonsgericht das Ausstandsgesuch ab.
B.
Mit Eingabe vom 23. Januar 2017 führt A._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht mit den Anträgen, den angefochtenen Beschluss vom 15. November 2016 aufzuheben und Strafgerichtspräsidentin Jacqueline Kiss ab dem 25. Juli 2016 in den Ausstand zu versetzen. Des Weiteren stellt A._ ein Gesuch um "amtliche Verteidigung".
Das Kantonsgericht stellt mit Eingabe vom 6. Februar 2017 Antrag auf Beschwerdeabweisung. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 8. Februar 2017, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Beschwerdeführer hält mit Eingabe vom 27. März 2017 an seinen Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Entscheid über den Ausstand der Strafgerichtspräsidentin handelt es sich um einen selbständig anfechtbaren, kantonal letztinstanzlichen (vgl. Art. 59 Abs. 1 lit. b StPO) Zwischenentscheid des Kantonsgerichts, gegen den gemäss Art. 78 ff. in Verbindung mit Art. 92 BGG grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht offen steht.
1.2. Die Strafgerichtspräsidentin ist per 31. Dezember 2016 von ihrem Amt zurückgetreten. Entgegen der Auffassung der Staatsanwaltschaft in ihrer Stellungnahme an das Bundesgericht vom 8. Februar 2017 entfällt damit das aktuelle Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers an der Behandlung seiner Beschwerde jedoch nicht. Die Strafgerichtspräsidentin hat noch bis am 31. Dezember 2016 als Verfahrensleiterin geamtet und hat mehrere verfahrensleitende Verfügungen erlassen. Insbesondere hat sie Beweisanträge des Beschwerdeführers abgewiesen. Sollte sich das Ausstandsbegehren des Beschwerdeführers als begründet erweisen, so wären die Amtshandlungen, an welchen die Strafgerichtspräsidentin mitgewirkt hat, aufzuheben und zu wiederholen, sofern dies eine Partei innert 5 Tagen verlangt (Art. 60 Abs. 1 StPO).
1.3.
1.3.1. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.3.2. In seiner Beschwerde behauptet der Beschwerdeführer eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV.
Die Vorinstanz führt in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht vom 6. Februar 2017 aus, die Tatsache, dass der Beschwerdeführer keine Stellung zur Eingabe der Präsidentin des Strafgerichts vom 15. November 2016 habe beziehen können, bedeute keine Verletzung seines rechtlichen Gehörs im Ausstandsverfahren für Handlungen der Strafgerichtspräsidentin im Zeitraum zwischen dem 25. Juli 2016 und dem Zeitpunkt des Beschlusses des Kantonsgerichts vom 15. November 2016.
In seiner Stellungnahme im bundesgerichtlichen Verfahren vom 27. März 2017 anerkennt der Beschwerdeführer die Ausführungen des Kantonsgerichts in der Vernehmlassung vom 6. Februar 2017 ausdrücklich als grundsätzlich richtig an. Er kritisiert einzig, dass die Vorinstanz zur Hauptfrage des Ausstands keine weiteren Erklärungen abgegeben hat. Der Beschwerdeführer hält damit an seiner Rüge der Gehörsverletzung nicht mehr fest, weshalb sich weitere Ausführungen hierzu erübrigen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Strafgerichtspräsidentin habe in Überschreitung ihrer Kompetenzen in Widerspruch zu Art. 333 StPO alleine die Rückweisung der Anklage an die Staatsanwaltschaft veranlasst. In der Verletzung von Art. 333 StPO sei ohne Weiteres ein Umstand zu sehen, der objektiv an der Unbefangenheit der Strafgerichtspräsidentin zweifeln lasse.
2.2. Gemäss dem vom Beschwerdeführer angeführten Art. 333 StPO mit dem Randtitel "Änderung und Erweiterung der Anklage" gibt das Gericht der Staatsanwaltschaft Gelegenheit, die Anklage zu ändern, wenn nach seiner Auffassung der in der Anklageschrift umschriebene Sachverhalt einen andern Straftatbestand erfüllen könnte, die Anklageschrift aber den gesetzlichen Anforderungen nicht entspricht (Abs. 1).
2.3. Art. 56 StPO zählt verschiedene Gründe auf, die zum Ausstand von in einer Strafbehörde tätigen Personen führen. Nach Art. 56 lit. f StPO trifft dies namentlich aus anderen (als den in lit. a-e der gleichen Bestimmung genannten) Gründen zu, insbesondere wenn die in der Strafverfolgung tätige Person wegen Freundschaft oder Feindschaft mit einer Partei oder deren Rechtsbeistand befangen sein könnte. Art. 56 StPO konkretisiert die Verfassungsbestimmung von Art. 30 Abs. 1 BV. Danach hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Art. 30 Abs. 1 BV soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen. Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein (<ref-ruling> E. 3.4 S. 116). Bei der Anwendung von Art. 56 lit. f StPO ist entscheidendes Kriterium, ob bei objektiver Betrachtungsweise der Ausgang des Verfahrens noch als offen erscheint. Wird der Ausstandsgrund aus materiellen oder prozessualen Rechtsfehlern abgeleitet, so sind diese nur wesentlich, wenn sie besonders krass sind und wiederholt auftreten, sodass sie einer schweren Amtspflichtverletzung gleichkommen und sich einseitig zulasten einer der Prozessparteien auswirken; andernfalls begründen sie keinen hinreichenden Anschein der Befangenheit (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 180 [betr. Staatsanwälte]). Soweit konkrete Verfahrensfehler beanstandet werden, sind in erster Linie die entsprechenden Rechtsmittel zu ergreifen. Die Mehrfachbefassung mit derselben Angelegenheit, nicht zuletzt im Zusammenhang mit einem prozessualen Zwischenentscheid, genügt zur Annahme von Befangenheit ebenfalls nicht, solange das Verfahren noch als offen erscheint (vgl. zum Ganzen Urteil 1B_140/2016 vom 2. Juni 2016 E. 2 mit Hinweisen).
2.4. Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, legt sich das Gericht mit der Rückweisung der Anklage nach Art. 333 Abs. 1 StPO nicht in einem Mass fest, dass es nicht mehr als unvoreingenommen gelten könnte und das Verfahren nicht mehr als offen erscheinen würde (Jeremy Stephenson / Roberto Zalunardo-Walser, Basler Kommentar StPO, 2. Aufl. 2014, N. 7 zu Art. 333 StPO; vgl. in diesem Zusammenhang auch die Urteile 1B_499/2012 vom 7. November 2012 E. 2.4 und 1B_703/2011 vom 3. Februar 2012 E. 2.6, in: Pra 2012 Nr. 36 S. 243). Hätte das zuständige Gericht das Verfahren in Anwendung von Art. 333 StPO an die Staatsanwaltschaft zurückgewiesen, könnte somit keine Befangenheit der Strafgerichtspräsidentin und der mitwirkenden Richter angenommen werden. Diese Konstellation ist zwar vorliegend nicht gegeben, da Strafgerichtspräsidentin Jacqueline Kiss die Rückweisung des Verfahrens an die Staatsanwaltschaft in Überschreitung ihrer Kompetenz alleine vorgenommen hat. Diese Kompetenzüberschreitung stellt jedoch keinen besonders krassen Verfahrensfehler dar, welcher einer schweren Verletzung der Richterpflichten gleichkommt. Auch hat sich die Strafgerichtspräsidentin hierdurch nicht in einer Weise festgelegt, welche den Ausgang des Strafverfahrens Nr. 300 16 314 nicht mehr als offen erscheinen lassen würde. In der Rückweisungsverfügung vom 25. Juli 2016 hat sie einzig ausgeführt, dass sich vorliegend auch die Frage der Schändung oder des Versuchs dazu stelle, da es sich beim mutmasslichen Opfer um ein Kleinkind im Alter von 31⁄2 Jahren handle. Ob sich der Beschwerdeführer tatsächlich wegen Schändung oder Versuchs dazu schuldig gemacht hat, hat sie offen gelassen. In der verfügten Rückweisung des Verfahrens kann deshalb keine Befangenheit der Strafgerichtspräsidentin erblickt werden (vgl. zum Ganzen angefochtener Beschluss E. 2.2.3).
2.5. Zusammenfassend vermag der Beschwerdeführer die angebliche Voreingenommenheit der Strafgerichtspräsidentin nicht zu belegen. Ihre Kompetenzüberschreitung als solche stellt jedenfalls keine derart schwere Amtspflichtverletzung dar, dass darin ein Ausstandsgrund läge. Weitere Gründe für den Anschein der Befangenheit tut der Beschwerdeführer nicht substanziiert dar und sind auch nicht ersichtlich.
3.
Die Beschwerde ist aus den genannten Gründen abzuweisen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um "amtliche Verteidigung" ist als Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gemäss Art. 64 BGG entgegenzunehmen. Das Gesuch ist jedoch abzuweisen, da der im kantonalen Verfahren notwendig verteidigte Beschwerdeführer keine Bedürftigkeit behauptet. Der Beschwerdeführer trägt deshalb die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG) und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Stohner