Fatti:
A.
A._, ottenuto nel 2009 un master in economia presso l'Università della Svizzera italiana (USI), si è iscritto agli studi di dottorato con l'indirizzo di specializzazione in macroeconomia, per il quale sono richiesti 30 crediti ECTS. Lo studente ha contestato tale esigenza per il motivo che l'USI non organizzava corsi adatti a soddisfarla ma si limitava a proporgli corsi equivalenti presso università svizzere o estere. Il 6 marzo 2012 egli ha chiesto formalmente una deroga all'obbligo dei 30 crediti, asserendo di non potersi recare fuori Cantone per motivi personali ed economici; per il caso che tale domanda fosse respinta, ha chiesto che l'USI stessa organizzasse i corsi idonei per conseguire il dottorato.
L'istanza è stata effettivamente respinta il 30 aprile 2012 dal Consiglio della facoltà di scienze economiche dell'USI e il 26 ottobre 2012 dalla Commissione indipendente di ricorso. Il successivo gravame è stato dichiarato irricevibile con sentenza del 21 novembre 2012 del Tribunale cantonale amministrativo, il quale ha costatato che nessuna legge prevedeva la sua competenza di statuire su ricorsi volti contro le decisioni della Commissione indipendente di ricorso.
B.
A._ ha impugnato con ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale sia la decisione della Commissione indipendente di ricorso, sia quella del Tribunale cantonale amministrativo. Il Tribunale federale ha statuito con sentenza congiunta del 30 dicembre 2013. Ha costatato - in breve - che la Commissione indipendente di ricorso non era un tribunale superiore nel senso dell'art. 86 cpv. 2 LTF e ha ritornato la causa al Tribunale cantonale amministrativo affinché prevedesse una regolamentazione provvisoria, se del caso in collaborazione con il Consiglio di Stato, e esaminasse il ricorso di A._.
Poco prima, il 16 dicembre 2013, il Gran Consiglio del Cantone Ticino aveva adottato una novella legislativa di modifica della legge sull'Università della Svizzera italiana, sulla Scuola universitaria della Svizzera italiana e sugli Istituti di ricerca del 3 ottobre 1995 (LUSI; RL/TI 5.3.1.1). Il nuovo art. 11a, entrato in vigore il 1° marzo 2014, ammette ora il ricorso al Tribunale cantonale amministrativo "contro le decisioni relative ai rapporti con gli studenti, gli uditori e gli altri utenti emanate in ultima istanza secondo gli statuti o i regolamenti interni dagli organi o dalle autorità dell'USI o della SUPSI". La Commissione indipendente di ricorso è stata soppressa.
C.
Il Tribunale cantonale amministrativo si è pronunciato di nuovo il 26 giugno 2015. Ha annullato le decisioni 30 aprile 2012 del Consiglio della facoltà di scienze economiche dell'USI e 26 ottobre 2012 della Commissione indipendente di ricorso e ha retrocesso gli atti al predetto Consiglio di facoltà "affinché, posto come A._ non possa beneficiare della deroga richiesta, si adoperi ad organizzare i corsi dottorali di base necessari per l'assolvimento della formazione avanzata nell'indirizzo di specializzazione della macroeconomia oppure accerti di non poter offrire in sede il programma di dottorato nel settore prescelto dal ricorrente, pronunciandosi su di un'eventuale parziale o totale restituzione delle tasse universitarie versate da quest'ultimo a tale scopo".
D.
A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico. Chiede l'annullamento della sentenza cantonale, oltre che delle decisioni del Consiglio di facoltà e della Commissione indipendente di ricorso, e in via principale che gli sia concessa la deroga all'obbligo di conseguire 30 crediti ECTS di corsi per l'ottenimento del dottorato. In via subordinata il ricorrente domanda, nell'ordine: che sia ordinato all'USI di organizzare i corsi dottorali nei prossimi due semestri; che gli siano rifuse le tasse universitarie già pagate e finanziati i costi della formazione fuori sede; che la causa sia ritornata al Consiglio di facoltà per nuova decisione.
L'USI, tramite il Consiglio di facoltà, propone di dichiarare il ricorso irricevibile con risposta del 5 ottobre 2015. Il Tribunale cantonale amministrativo non ha preso posizione.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e liberamente la propria competenza e l'ammissibilità del ricorso (art. 29 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1 pag. 42).
1.1. La decisione del Tribunale cantonale amministrativo attiene al diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) e, contrariamente a quanto obietta l'USI, non concerne l'esito di esami o altre valutazioni di capacità (art. 83 lett. t LTF) bensì lo svolgimento di studi universitari. Accogliendo la richiesta formulata in via subordinata dal ricorrente, la decisione impugnata ritorna l'incarto per nuovo esame all'autorità inferiore, lasciando alla stessa un'ampia latitudine di giudizio (organizzazione in proprio dei corsi base o restituzione delle tasse universitarie). In questa misura, essa costituisce pertanto una decisione incidentale contro la quale un ricorso davanti al Tribunale federale non è possibile (art. 93 cpv. 1 LTF e contrario; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 148). A differenza di quanto sostenuto nell'impugnativa, un pregiudizio irreparabile non è infatti dato nemmeno in considerazione della durata della procedura (sentenza 8C_633/2014 dell'11 dicembre 2014 consid. 2.2 con rinvii). Nella misura in cui respinge la conclusione formulata in via principale di esonerare il ricorrente dall'obbligo di conseguire i crediti necessari per l'ottenimento del dottorato, la sentenza impugnata costituisce invece una decisione parziale, che si esprime in via definitiva su una specifica conclusione e contro la quale il ricorso in materia di diritto pubblico è proponibile (art. 91 lett. a LTF; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 397).
1.2. Le domande di annullamento delle decisioni del Consiglio di facoltà e della Commissione indipendente di ricorso sono prive d'oggetto, dal momento che entrambi i giudizi sono già stati annullati dalla sentenza impugnata. La conclusione riguardante la rifusione dei costi che comporterebbero studi fuori Cantone è inammissibile perché nuova (art. 99 cpv. 2 LTF). Davanti al Tribunale cantonale amministrativo il ricorrente aveva chiesto solo la restituzione delle rette già pagate all'USI. Inoltre, anch'essa esula dalla questione della deroga all'obbligo di ottenere i crediti, unico oggetto qui in discussione.
1.3. Con queste riserve il ricorso, presentato tempestivamente (art. 46 cpv. 1 lett. b in relazione con l'art. 100 cpv. 1 LTF) da colui che ha partecipato al procedimento davanti all'autorità inferiore (art. 80 cpv. 1 lett. a LTF), è ammissibile.
2.
Con il ricorso in materia di diritto pubblico può essere censurata, tra l'altro, la violazione del diritto federale, che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (art. 95 lett. a LTF). Il Tribunale federale lo applica d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, esso considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104).
La violazione del diritto cantonale o comunale non è invece motivo di ricorso; può essere censurata soltanto se è lesiva del diritto federale, in particolare se è arbitraria (art. 9 Cost.), ossia se è manifestamente insostenibile, ignora una norma o un principio giuridico chiaro e indiscusso o urta in modo scioccante il sentimento di giustizia ed equità; è necessario che l'arbitrio si manifesti anche nel risultato, non solo nella motivazione del giudizio cantonale (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 51). Il Tribunale federale esamina le decisioni cantonali sotto il profilo dei diritti fondamentali soltanto se il ricorrente solleva e motiva in modo preciso le censure (art. 106 cpv. 2 LTF).
Per quanto riguarda i fatti, in linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sugli accertamenti svolti dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). Può scostarsene o completarli solo se sono stati effettuati in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF), che significa arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.2). A questo riguardo vale di nuovo l'obbligo di motivazione accresciuto del quale si è detto (art. 106 cpv. 2 LTF).
3.
L'atto di ricorso, lungo e ripetitivo, adempie a malapena le condizioni di motivazione suesposte. È opportuno isolare preliminarmente le critiche inammissibili.
3.1. Nella parte iniziale del gravame il ricorrente ripercorre e commenta la vicenda a ruota libera, allegando fatti che per buona parte non trovano riscontri nella sentenza cantonale, senza formulare censure che rispondano alle esigenze ricordate sopra. Tali fatti non possono essere considerati.
3.2. Il ricorrente lamenta "diniego formale di giustizia, arbitrio e violazione del diritto" per avere l'autorità cantonale avallato, contraddicendosi, una "restrizione illecita" del potere cognitivo da parte della Commissione indipendente di ricorso.
La censura è inammissibile per due motivi. D'un canto, il ricorrente non menziona le norme del diritto ticinese che sarebbero state applicate arbitrariamente. Dall'altro, posto che la limitazione indebita del potere cognitivo potrebbe di per sé configurare anche una lesione del diritto di essere sentiti garantito dal diritto federale (<ref-ruling> pag. 109), le circostanze alle quali il ricorrente si riferisce non sono affatto controverse. Si trattava di stabilire se i corsi di base proposti dall'USI rispettassero i requisiti della formazione avanzata di specialità necessaria all'ottenimento del dottorato. Ora, a prescindere dalla cognizione con la quale la questione è stata valutata, il Tribunale cantonale amministrativo ha comunque dato ragione al ricorrente, accertando ch'egli "non è stato posto nella condizione di assolvere a Lugano presso l'USI questa parte della sua formazione avanzata, così come poteva attendersi di fare".
3.3. Il ricorrente afferma di avere "chiesto formalmente la testimonianza" di diversi professori dell'USI per chiarire la prassi, a suo dire elastica, vigente per l'applicazione dei regolamenti d'esame; ritiene che la Corte cantonale abbia commesso arbitrio respingendo implicitamente la domanda, senza motivare.
Di nuovo egli non indica quali norme del diritto procedurale ticinese in materia di assunzione delle prove sarebbero state applicate arbitrariamente, né si prevale della garanzia costituzionale sussidiaria; non precisa nemmeno quando e in quale forma avrebbe chiesto l'assunzione delle prove testimoniali. La censura è perciò insufficientemente motivata.
4.
Nel merito la controversia riguarda essenzialmente la richiesta di deroga all'obbligo dei dottorandi in economia di ottenere 30 crediti ECST.
4.1. Il Tribunale cantonale amministrativo ha spiegato che l'art. 5 cpv. 1 LUSI conferisce all'USI autonomia scientifica, didattica e organizzativa e che in esecuzione di questa competenza è stato adottato, tra l'altro, il regolamento degli studi di dottorato della facoltà di scienze economiche del 15 marzo 2006 (regolamento di dottorato). Esso stabilisce le condizioni e il decorso formativo per l'ottenimento del titolo e demanda alle direttive, approvate dal Consiglio di facoltà, la definizione del programma di dottorato. L'art. 6 cpv. 2 del regolamento di dottorato stabilisce che detto programma deve prevedere il conseguimento di almeno 30 crediti ECTS. Tale obbligo, aggiunge l'autorità cantonale, è ribadito nella direttiva specifica adottata dal Consiglio di facoltà. Questa direttiva - qualificata dai giudici ticinesi come "una sorta di ordinanza esecutiva del regolamento di dottorato" - struttura la formazione avanzata dei dottorandi su due livelli, di base e di approfondimento; essa specifica nel dettaglio i corsi di base che devono essere assolti, distinguendo gli ambiti micro- e macroeconomici, e lascia invece più libertà nella scelta dei corsi di approfondimento.
Fatte queste premesse l'autorità cantonale ha accertato, come detto (consid. 3.2), che i piani di studio proposti al ricorrente non rispettavano le condizioni fissate dalla suddetta direttiva, ma ciononostante ha stabilito che l'USI non era tenuta a esonerare lo studente dall'obbligo di conseguire 30 crediti ECTS, poiché le deroghe richiedono sempre una base legale e presuppongono di regola situazioni eccezionali; le disposizioni regolamentari dell'USI, in particolare l'art. 6 cpv. 2 del regolamento di dottorato, hanno concluso i giudici cantonali, non contengono una base legale simile.
4.2. Il ricorrente ritiene che la conclusione cui giunge la sentenza è arbitraria e contraddittoria. L'USI stessa istituirebbe delle deroghe, offrendo ai dottorandi corsi inappropriati. A suo parere l'assenza di una base legale non è che un "espediente" escogitato per aggirare una lacuna, che nel caso specifico i principi generali del diritto, quali il divieto d'arbitrio, impongono di colmare. In definitiva per il ricorrente il giudizio impugnato lede l'art. 9 Cost. perché è inaccettabile e in urto con il sentimento di giustizia e di equità emanare regolamenti, ammettere i dottorandi, percepire da loro le rette e incassare finanziamenti pubblici per poi offrire corsi inadeguati e proporre ai candidati di recarsi altrove.
4.3. Queste argomentazioni non tangono l'essenza della motivazione dell'autorità cantonale, ovvero la conclusione secondo la quale l'art. 6 cpv. 2 del regolamento di dottorato non permette di accordare la deroga litigiosa. Il ricorrente non pretende che questa o altre disposizioni regolamentari siano state interpretate arbitrariamente; anzi, ravvisandovi una lacuna riconosce in sostanza che la regolamentazione di dottorato dell'USI non considera affatto la possibilità di derogare al requisito dei 30 crediti ECST. Aggiungasi - sebbene la questione sia superata (cfr. consid. 3.3) - che il ricorrente non pretende nemmeno che deroghe simili siano già state concesse; i testimoni ch'egli avrebbe voluto sentire avrebbero dovuto esprimersi su di una generica e ipotetica "prassi non nota dell'USI in materia di applicazione del regolamento d'esame".
La censura d'arbitrio, nella misura in cui è riferita all'applicazione dei regolamenti di studio dell'USI da parte dell'autorità cantonale, è pertanto infondata.
4.4. A ben vedere ciò che il ricorrente definisce inaccettabile e urtante non è tanto il rifiuto della deroga in sé, quanto piuttosto l'incongruenza del percorso formativo pubblicizzato dall'USI, che prevede studi di dottorato con specializzazione in macroeconomia ma, sebbene l'iscrizione sia stata accettata, non è in grado di offrire al dottorando i corsi idonei al conseguimento del titolo. Questa incoerenza non è però sfuggita alla Corte cantonale, la quale, in accoglimento della domanda subordinata del ricorrente, ha annullato le decisioni dell'USI e della Commissione indipendente di ricorso proprio per questo motivo: ha in effetti ritornato gli atti al Consiglio di facoltà affinché prenda "eventualmente in considerazione una parziale o totale restituzione delle tasse universitarie da esso versate" oppure si adoperi "per organizzare presso la propria sede i corsi dottorali di base necessari per l'assolvimento della formazione avanzata nel settore della macroeconomia". I giudici ticinesi hanno però osservato che non è possibile "obbligare un istituto universitario ad indire dei corsi ad hoc o ad personam per soddisfare unicamente le esigenze di un solo o di pochissimi dottorandi".
In altre parole il Tribunale cantonale ha definito i termini dell'alternativa ma ha ritenuto di non potere ordinare esso medesimo l'organizzazione di corsi specifici di dottorato all'USI, che dovrà appunto valutare la questione. Contro questa parte del giudizio il ricorrente dice poco; afferma semplicemente che l'USI andava obbligata a "attivare questi corsi", critica che è lungi dal sostanziare l'arbitrio. Questa e le rimanenti sue obiezioni, riguardanti segnatamente l'entità delle spese che l'USI dovrebbe semmai restituirgli, non possono ad ogni modo essere esaminate in questa procedura (cfr. consid. 1.1).
5.
5.1. Nell'ultima parte del gravame il ricorrente rimprovera al Tribunale cantonale amministrativo di avere violato diverse norme e principi del diritto federale: la legge sulle università dell'8 ottobre 1999 (LAU; RS 414.20) e la legge sulla promozione e sul coordinamento del settore universitario svizzero del 30 settembre 2011 (LPSU; 414.20), i principi della buona fede e della parità di trattamento, la libertà economica e il diritto alla tutela della vita privata. Riprende perlopiù le censure analoghe che aveva sottoposto anche all'autorità cantonale, la quale, avendo già annullato la decisione del Consiglio di facoltà dell'USI e accolto la domanda subordinata del ricorrente, ne ha tuttavia ritenuto superfluo l'esame. Essa ha nondimeno aggiunto che "A mero titolo abbondanziale, alcune considerazioni in proposito si impongono ugualmente, senza comunque che si renda qui necessario giungere a delle conclusioni definitive".
5.2. Anche queste censure non sono tuttavia indirizzate contro il mancato esonero dall'obbligo di conseguire i crediti per l'ottenimento del dottorato, bensì contro l'offerta formativa proposta dall'USI e non vanno esaminate oltre (precedente consid. 1.1). Non è nemmeno necessario vagliare il modo di procedere adottato dai giudici ticinesi, dal momento che il ricorrente non lo critica; non fa in particolare valere un diniego di giustizia a tale riguardo.
6.
Ne viene che il gravame, nella misura in cui è ammissibile, è infondato. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). All'USI, ente autonomo di diritto pubblico (art. 1 LUSI) che ha agito nell'ambito delle sue funzioni, non sono accordate indennità per ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Consiglio di facoltà della Facoltà di scienze economiche dell'Università della Svizzera Italiana, al Tribunale cantonale amministrativo e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.