Faits :
A.
B._ SA a déposé plaintes pénales les 12 juin, 10 septembre 2014 et 21 janvier 2015 contre C._, son ancien employé. Elle lui reprochait en substance d'avoir, depuis février 2010, utilisé abusivement et à des fins personnelles les cartes bancaires et de crédit mises à sa disposition pour un montant s'élevant à 277'118 fr. 60. Une instruction pour escroquerie, vol et utilisation abusive d'un ordinateur pour des faits commis entre janvier 2012 et février 2014 a été ouverte contre C._ et, depuis août 2014, celui-ci a été entendu à différentes reprises par les autorités pénales.
Le 23 février 2016, le Ministère public de la République et canton de Genève a auditionné A._, l'ex-épouse du prévenu depuis mars 2015. Celle-ci était l'ancienne propriétaire de l'appartement situé à la rue E._, à Genève - domicile un temps des époux -, bien immobilier acquis en février 2005 et revendu en février 2015. Il ressort de l'instruction, qu'en lien avec cette vente, un montant de 727'387 fr. 30 a été versé le 18 février 2015 sur le compte ouvert par A._ auprès de la banque D._ AG; trois retraits ont été effectués par la suite, à savoir 90'000 fr. le 18 février 2015, 70'000 fr. le 23 mars 2015 et 70'000 fr. le 28 mai 2015.
Par ordonnance du 23 février 2016, le Procureur a ordonné le séquestre du compte bancaire de A._ à hauteur de 363'693 fr., en vue de garantir le prononcé d'une créance compensatrice à l'encontre de C._. Selon le magistrat, il était à tout le moins vraisemblable que le prévenu puisse être, dans les faits, également le bénéficiaire économique de ce compte, eu égard à l'acquisition du bien immobilier peu après leur mariage en 2004, sa participation partielle au paiement des fonds propres, le remboursement par ses soins des intérêts hypothécaires et le versement vraisemblablement en sa faveur des trois retraits de 2015. Le 17 juillet 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours intenté par A._ contre cette décision.
B.
Par acte du 8 août 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à la levée du séquestre portant sur son compte bancaire IBAN xxx auprès de la banque D._ AG. A titre subsidiaire, elle requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Le Ministère public a conclu au rejet du recours. Quant à l'autorité précédente, elle s'est référée aux considérants de sa décision.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale (<ref-law>) est ouvert contre une décision de séquestre prise au cours de la procédure pénale et confirmée en dernière instance cantonale (<ref-law>).
Le séquestre pénal est une décision à caractère incident. Le recours n'est donc recevable que si l'acte attaqué est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60 et les références citées). Tel est le cas lorsque le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des biens et/ou valeurs saisis (<ref-ruling> consid. 1 p. 131 et les arrêts cités; cf. également arrêt 1B_145/2016 du 1er juillet 2016 consid. 1). En tant que titulaire du compte bancaire, la recourante - qui a participé à la procédure devant l'autorité cantonale - a qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours a été déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et les conclusions qui y sont prises sont recevables (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>. Elle soutient en substance que les conditions permettant, le cas échéant, le séquestre de biens de tiers en vue de garantir une créance compensatrice ne seraient pas remplies. A cet égard, elle prétend avoir été dans l'ignorance des agissements illicites que son ex-mari aurait pu commettre et que celui-ci ne pourrait avoir aucune prétention sur l'argent provenant de la vente de l'appartement dont elle était la propriétaire; l'instruction ouverte depuis deux ans et demi n'aurait d'ailleurs apporté aucun élément tendant à démontrer le contraire.
2.1. Le séquestre est une mesure de contrainte qui ne peut être ordonnée, en vertu de l'<ref-law>, que si elle est prévue par la loi (let. a), s'il existe des soupçons suffisants laissant présumer une infraction (let. b), si les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères (let. c) et si elle apparaît justifiée au regard de la gravité de l'infraction (let. d).
Lors de cet examen, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines. Le séquestre pénal est en effet une mesure provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer, à restituer au lésé ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (<ref-law> et 71 al. 3 CP). L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364 et les arrêts cités).
Un séquestre est proportionné lorsqu'il porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une probabilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364); l'intégralité des fonds doit demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part des fonds qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_145/2016 du 1er juillet 2016 consid. 3.1 et les arrêts cités). Les probabilités d'une confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, doivent cependant se renforcer au cours de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4 p. 96; arrêt 1B_416/2012 du 30 octobre 2012 consid. 2.1). Selon la jurisprudence, un séquestre peut en effet apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (<ref-ruling> consid. 11.6 p. 247). En outre, pour respecter le principe de proportionnalité, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (<ref-ruling> consid. 6 p. 336).
2.2. Lorsque l'avantage illicite doit être confisqué, mais que les valeurs patrimoniales en résultant ne sont plus disponibles - parce qu'elles ont été consommées, dissimulées ou aliénées -, le juge ordonne le remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent; elle ne peut être prononcée contre un tiers que dans la mesure où les conditions prévues à l'<ref-law> ne sont pas réalisées (<ref-law>).
Le but de cette mesure est d'éviter que celui qui a disposé des objets ou valeurs à confisquer soit privilégié par rapport à celui qui les a conservés; elle ne joue qu'un rôle de substitution de la confiscation en nature et ne doit donc, par rapport à celle-ci, engendrer ni avantage ni inconvénient. En raison de son caractère subsidiaire, la créance compensatrice ne peut être ordonnée que si, dans l'hypothèse où les valeurs patrimoniales auraient été disponibles, la confiscation eût été prononcée : elle est alors soumise aux mêmes conditions que cette mesure. Néanmoins, un lien de connexité entre les valeurs saisies et l'infraction commise n'est pas requis (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 s. et les nombreuses références citées).
Afin de garantir le prononcé d'une telle créance, l'<ref-law> permet à l'autorité de placer sous séquestre des valeurs patrimoniales sans lien de connexité avec les faits faisant l'objet de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 63). Par "personne concernée" au sens de cette disposition, on entend non seulement l'auteur, mais aussi, à certaines conditions, un tiers favorisé, d'une manière ou d'une autre, par l'infraction (cf. <ref-law> renvoyant à l'<ref-law>). La jurisprudence a aussi admis qu'un séquestre ordonné sur la base de l'<ref-law> peut viser les biens d'une société tierce, dans les cas où il convient de faire abstraction de la distinction entre l'actionnaire - auteur présumé de l'infraction - et la société qu'il détient (théorie dite de la transparence ["Durchgriff"]). Il en va de même dans l'hypothèse où le prévenu serait - dans les faits et malgré les apparences - le véritable bénéficiaire des valeurs cédées à un "homme de paille" ("Strohmann") sur la base d'un contrat simulé ("Scheingeschäft"; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 64 et les nombreuses références citées).
2.3. La cour cantonale a tout d'abord constaté que l'achat de l'appartement n'avait pas pu être financé, en 2004 ou 2005, avec le produit des infractions prétendument commises entre 2012 et 2014.
Elle a en revanche considéré qu'il était vraisemblable que la recourante ait pu être favorisée d'une manière ou d'une autre par ces infractions; en effet, à cette période, A._, bien que séparée de son époux, ne travaillait pas et prélevait régulièrement des sommes sur le compte de ce dernier pour subvenir à ses besoins et à celui de leurs enfants. L'autorité précédente a également retenu qu'il était possible que le prévenu soit l'ayant droit économique du produit de la vente de l'appartement déposé sur le compte saisi de son ex-épouse (cf. sa participation à son achat, le paiement des intérêts hypothécaires par ses soins et le versement des loyers dès 2007 sur son compte). Selon les juges cantonaux, il apparaissait de plus envisageable - même si le dossier ne le démontrait pas - que C._ ait été le bénéficiaire des trois retraits conséquents effectués par son ex-épouse en 2015; les explications données par cette dernière sur ses motifs (utilisation pour ses propres besoins et dons à sa famille en Turquie) étaient vagues et invérifiables. La Chambre pénale de recours a dès lors confirmé la mesure de séquestre du compte bancaire de la recourante afin de garantir le prononcé d'une éventuelle créance compensatrice à l'encontre du prévenu.
2.4. Ce raisonnement ne peut cependant pas être suivi. S'agissant tout d'abord des retraits effectués par la recourante sur le compte de son époux entre 2012 et 2014, la cour cantonale ne donne aucune indication quant à leur quotité et/ou leur fréquence; elle ne cite en particulier aucune pièce y relative. L'autorité précédente ne donne pas non plus d'exemple des avantages - notamment matériels - qu'aurait retirés la recourante, domiciliée alors à Zurich, et pourquoi, ainsi que comment celle-ci aurait pu ou dû se rendre compte que les fonds se trouvant sur le compte de son époux, résidant à Genève, pouvaient provenir d'activités illicites. Faute de toute motivation sur ces éléments, les circonstances d'espèce - par ailleurs relevées par l'autorité précédente (séparation des époux, recourante sans activité lucrative mais ayant leurs enfants communs à charge) - suffisent pour retenir que le but de ces prélèvements était de subvenir aux besoins de la recourante, ainsi qu'à ceux de ses enfants. De plus, on ne voit pas en quoi la participation à l'acquisition - vraisemblablement dans une faible mesure - ainsi que le paiement des intérêts hypothécaires par le prévenu permettraient de considérer que celui-ci serait l'ayant droit économique du produit de la vente du bien immobilier propriété de son épouse. En effet, le prévenu logeait avec sa famille dans ledit appartement, puis, dès 2007, il a perçu les revenus provenant de sa location, contreparties a priori adéquates tant par rapport à l'investissement consenti qu'au regard des charges assumées. Il paraît au demeurant douteux que celui-ci ait anticipé la commission d'infractions de sa part dès 2012 en mettant l'appartement au nom de son épouse lors de son achat en 2005. Quant au bénéficiaire des trois prélèvements effectués par la recourante en 2015, la cour cantonale reconnaît elle-même qu'il s'agit de simples spéculations, puisqu'elle relève expressément le défaut d'élément au dossier pour étayer sa thèse, à savoir celle d'un versement en faveur du prévenu.
Au vu de ces considérations, la Chambre pénale de recours ne pouvait pas, sans violer le droit fédéral, confirmer le séquestre du compte bancaire de la recourante en vue de garantir la créance compensatrice qui pourrait être prononcée à l'égard de son ex-mari.
3.
Il s'ensuit que le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé. Le séquestre portant sur le compte bancaire IBAN xxx détenu par la recourante auprès de la banque J. D._ AG est levé. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale de recours.
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens pour la procédure fédérale à la charge du canton de Genève (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 7 juillet 2016 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève est annulé. Le séquestre portant sur le compte bancaire IBAN xxx de la recourante auprès de la banque D._ AG est levé. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale de recours.
2.
Une indemnité de dépens de 2'500 fr. est allouée à la recourante pour la procédure fédérale, à la charge de la République et canton de Genève.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires pour la procédure fédérale.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 13 octobre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf