Sachverhalt:
A.
A.a. Am 9. Juni 2015 vollzog das Betreibungsamt Nidwalden gegenüber A.A._ eine Pfändung für die Pfändungsgruppe Nr. xxx (Bank B._, Bank C._ AG und D._ AG). Gestützt auf die Angaben der Schuldnerin wurde ihr das Existenzminimum von Fr. 2'416.-- übersteigende Nettoverdienst als Fachärztin der E._ GmbH von Fr. 2'467.35 gepfändet. Dagegen erhob die Bank B._ Beschwerde, welche vom Kantonsgericht Nidwalden als untere kantonale Aufsichtsbehörde SchK am 25. November 2015 gutgeheissen wurde. Das Betreibungsamt wurde demzufolge angewiesen, von Amtes wegen die Einkommens- bzw. Verdienstverhältnisse von A.A._ abzuklären und bei ihr allenfalls eine Verdienstpfändung vorzunehmen.
A.b. Im Anschluss an diesen Entscheid vollzog das Betreibungsamt am 16. Februar 2016 erneut eine Pfändung. Gestützt auf die verfügbaren Unterlagen und ausgehend von einem vergleichbaren Jahreseinkommen nahm es bei A.A._ eine Verdienstpfändung in der Höhe von Fr. 14'760.20 pro Monat vor. Auf deren Beschwerde hin setzte die untere kantonale Aufsichtsbehörde mit Entscheid vom 12. Mai 2016 die Verdienstpfändung auf Fr. 6'810.60 herab.
A.c. Mit Eingabe vom 27. Mai 2016 verlangte A.A._ vom Obergericht des Kantons Nidwalden als obere Aufsichtsbehörde SchK im Wesentlichen die Aufhebung der Verdienstpfändung. Die Beschwerde wurde am 30. November 2016 abgewiesen.
B.
Am 2. Januar 2017 erhob A.A._ Beschwerde nach <ref-law> beim Bundesgericht. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen und des kantonsgerichtlichen Entscheides sowie der Pfändungsurkunde vom 16. Februar 2016 samt der ihr als Schuldnerin vom Betreibungsamt zugestellten Anzeige.
Mit Verfügung vom 1. Februar 2017 ist der Beschwerde die aufschiebende Wirkung insoweit erteilt worden, als dass das Betreibungsamt die gepfändeten Beträge bis zum Entscheid des Bundesgerichtes nicht an die Gläubiger auszahlen darf.
Es sind die kantonalen Akten, indes keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid einer oberen kantonalen Aufsichtsbehörde, welcher eine Verdienstpfändung zum Gegenstand hat. Die Eingabe der Beschwerdeführerin ist als Beschwerde in Zivilsachen entgegenzunehmen (<ref-law> i.V.m. Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführerin kommt als Schuldnerin ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung des aufsichtsrechtlichen Entscheides zu, zumal sie im kantonalen Verfahren unterlegen ist (<ref-law>).
1.2. Mit der vorliegenden Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1). Die Missachtung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen (<ref-law>), wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2). Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, die Vorinstanz habe sich "nicht wirklich" mit der von ihr angerufenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung auseinandergesetzt, und eine Verletzung von <ref-law> rügt, kann ihr nicht gefolgt werden. Die Begründung des angefochtenen Entscheides ist so abgefasst, dass die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Vorinstanz hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Gemäss <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts und damit die Beweiswürdigung nur gerügt werden, wenn die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.5) - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Anlass des vorliegenden Verfahrens bildet eine Verdienstpfändung.
2.1. Erwerbseinkommen jeder Art kann soweit gepfändet werden, als es nach dem Ermessen des Betreibungsamtes für den Schuldner und seine Familie nicht unbedingt notwendig ist (<ref-law>). Das Betreibungsamt berücksichtigt alle (pfändbaren) Bruttoeinkünfte, von denen es die Sozialabgaben und die Gewinnungskosten in Abzug bringt. Gepfändet wird das Nettoeinkommen, soweit es das Existenzminimum des Schuldners und seiner Familie übersteigt. Das Betreibungsamt hat im Rahmen der Pfändung von Amtes wegen den massgeblichen Sachverhalt soweit als möglich abzuklären, wobei der Schuldner auskunftspflichtig ist (<ref-law>). Es hat insbesondere auch zu prüfen, ob der Schuldner tatsächlich Lohnbezüger ist oder ob eine Verdienstpfändung vorzunehmen ist. Bei der Lohnpfändung kann sich das Betreibungsamt in der Regel an den Lohnausweis halten. Stimmen die Angaben des betriebenen Arbeitnehmers mit denjenigen des Arbeitgebers nicht überein, so ist der Lohn in der Höhe der Angaben des Gläubigers als bestrittene Forderung zu pfänden (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2; OCHSNER, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 39 zu Art. 93; VONDER MÜHLL, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 49 zu Art. 93).
Handelt es sich beim Schuldner um einen Selbständigerwerbenden, so hat sich das Betreibungsamt nach der Art der Tätigkeit und deren Umfang zu erkundigen. Es nimmt die nötigen Abklärungen vor und kann insbesondere die Buchhaltung und weitere Unterlagen des Schuldners anfordern. Ist eine zuverlässige Berechnung des pfändbaren Einkommens nicht möglich, so hat das Betreibungsamt eine Schätzung vorzunehmen, wobei der Beizug von Einkünften aus vergleichbaren Tätigkeiten hilfreich sein kann (<ref-ruling> E. 3a; Urteil 5A_16/2011 vom 2. Mai 2011 E. 2.1, SJ 2011 I S. 335; 7B.175/2005 vom 20. Dezember 2005 E. 3.1; STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Ergänzung 2017, N. 52 ad Art. 93; OCHSNER, a.a.O., N. 26 ff. zu Art. 93).
2.2. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Beschwerdeführerin Fachärztin für Innere Medizin ist. Am 21. Juni 2013 hat sie als einzige Gesellschafterin und Geschäftsführerin die E._ GmbH mit Sitz in U._ gegründet. Hauptzweck der Gesellschaft bildet der Betrieb diabetologischer und endokrinologischer Einrichtungen zuzüglich ärztlicher Leistungen. Am 11. April 2014 ist ihr Schwager, F.A._, als Gesellschafter ohne Zeichnungsberechtigung der E._ GmbH im Handelsregister eingetragen worden. Am 19. Mai 2014 hat sich die Beschwerdeführerin als Gesellschafterin im Handelsregister löschen lassen. Gleichentags ist ihr Ehemann, G.A._, als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer an ihrer Stelle im Handelsregister eingetragen worden. Seit dem 29. Juli 2015 sind G.A._ und die E._ GmbH Gesellschafter der H._ GmbH, deren Zweck die Betreibung einer zahnärztlichen Einrichtung ist. Der statutarische Sitz dieser Gesellschaft ist mit demjenigen der E._ GmbH identisch. Die Vorinstanz ging zwar davon aus, dass die Beschwerdeführerin nicht mehr im Handelsregister eingetragen ist. Indes deute ihre enge familiäre Verknüpfung mit dem Geschäftsführer und der Umstand, dass sie zu Beginn Geschäftsführerin und einzige Gesellschafterin war sowie in arbeitsorganisatorischer Hinsicht selbständig und auch ohne weitere Ärzte tätig sei, darauf hin, dass die Beschwerdeführerin faktisch nach wie vor Inhaberin der Arztpraxis sei. Die Vorinstanz kam aufgrund der zur Verfügung stehenden Buchhaltungsunterlagen zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin mit Blick auf die Einkommenspfändung als Selbständigerwerbende zu betrachten sei und die vorgenommene Verdienstpfändung zulässig war.
2.3. Die Beschwerdeführerin besteht auch vor Bundesgericht darauf, nur Arbeitnehmerin der E._ GmbH zu sein und damit nicht der Verdienstpfändung zu unterliegen. Sie wirft der Vorinstanz in allgemeiner Weise vor, den Sachverhalt gar nicht gewürdigt zu haben, sondern sich auf blosse Indizien gestützt und daraus unhaltbare rechtliche Schlüsse gezogen zu haben. Mit einer derart pauschalen Kritik an der Beweiswürdigung genügt die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in keiner Weise (E. 1.2). Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern der Schluss, dass sie als Selbständigerwerbende zu betrachten sei, auf geradezu unhaltbaren Feststellungen beruhen soll oder diese in anderer rechtsverletzender Weise getroffen worden sind (E. 1.3). Erstmals vor Bundesgericht bringt die Beschwerdeführerin vor, sie unterliege der Quellensteuerpflicht, da sie von den Steuerverwaltungen als Arbeitnehmerin behandelt werde. Inwieweit dieser Umstand für eine Einkommenspfändung spricht, kann offen gelassen werden, da das Vorbringen neu und daher unzulässig ist (E. 1.3). Aus dem selben Grund ist auf die tatbeständlichen Darlegungen der Beschwerdeführerin zu ihrem sozialversicherungsrechtlichen Status nicht einzugehen.
2.4. Die Vorinstanz hat zu Recht darauf hingewiesen, dass nicht allein die vertraglichen Verhältnisse ausschlaggebend sind, sondern es vielmehr auf die tatsächliche Stellung der Schuldnerin in der Gesellschaft ankommt. Insbesondere darf das Betreibungsamt sich bei der Feststellung des Sachverhaltes nicht einzig auf einen Arbeitsvertrag stützen, wenn Anzeichen dafür bestehen, dass der Schuldner im Gefüge der Gesellschaft eine beherrschende Stellung einnimmt, die ihn faktisch zu einem Selbständigerwerbenden machen (vgl. Urteil 7B.67/1999 vom 18. Mai 1999 E. 3b, BlSchK 2000 S. 91; OCHSNER, a.a.O., N. 28 zu Art. 93). Zudem ist nicht nur der Schuldner zur Mitwirkung bei der Klärung des Sachverhaltes verpflichtet, sondern auch Dritte wie beispielsweise der Arbeitgeber (Art. 91 Abs. 1 Ziff. 2, Abs. 4 und 5 SchKG; OCHSNER, a.a.O., N. 26 zu Art. 93; VONDER MÜHLL, a.a.O., N. 16 zu Art. 93; LEBRECHT, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 24 zu Art. 91; BOVEY, L'obligation des tiers de renseigner l'office des poursuites et des faillites [art. 91 al. 4 et 222 al. 4 LP], JdT 2009 II S. 66). Damit kann dem Standpunkt der Beschwerdeführerin, dass sich das Betreibungsamt hinsichtlich des von ihr behaupteten Angestelltenverhältnisses auf die Treuhandvereinbarung und die eidesstattliche Erklärung stützen und bloss diese Urkunden hätte würdigen müssen, statt weitere Abklärungen vorzunehmen, nicht gefolgt werden. Die Behauptung, dass der Gesellschafter F.A._ nicht nur formell, sondern auch wirtschaftlich der alleinige Inhaber der Gesellschaft sei, wird durch keine Argumente untermauert, welche die Beweiswürdigung der Vorinstanz als unhaltbar erscheinen lassen. Dass F.A._ die vom Betreibungsamt einverlangten Lohnauskünfte und Kontounterlagen verweigert hatte, bestreitet sie nicht. Sie begnügt sich an dieser Stelle mit dem Hinweis, dass sich dieser bei Herausgabe der geforderten Unterlagen strafbar gemacht hätte. Dies trifft angesichts der erwähnten gesetzlichen Auskunftspflicht nicht zu. Dass die Betreibungsbehörden im vorliegenden Fall gestützt auf die Verquickung der privaten und geschäftlichen Situation angenommen haben, dass sich analoge Fragen wie bei einer Selbständigerwerbenden stellen, und daher eine Verdienstpfändung - wie bei einer Selbständigerwerbenden - vorgenommen haben, ist mit <ref-law> vereinbar.
2.5. Wird eine Verdienstpfändung angeordnet, so ist der Schuldner gehalten, dem Betreibungsamt das von ihm festgelegte durchschnittliche Reineinkommen unter Abzug des Existenzminimums abzuliefern (sog. Durchschnittsmethode). Liegen veränderliche Einkünfte vor, so hat der Schuldner den konkreten monatlichen Überschuss über das Existenzminimum hinaus gegenüber dem Betreibungsamt abzurechnen und ihm zu überweisen. Auf jeden Fall hat das Betreibungsamt den Schuldner auf die Straffolgen von <ref-law> aufmerksam zu machen (VONDER MÜHLL, a.a.O., N. 52 zu Art. 93). Wenn die Beschwerdeführerin nun in der Anordnung der Verdienstpfändung eine Aufforderung zu einem strafbaren Verhalten gegenüber der Gesellschaft erblickt, verlangt sie nichts anderes, als statt eine Verdienstpfändung vorzunehmen, ihren Lohn als bestrittene Forderung zu pfänden. Dem Vorwurf der Beschwerdeführerin, es hätte eine Pfändung vorgenommen werden sollen, wie sie in <ref-ruling> für einen umstrittenen Lohn beurteilt worden war, ist jedoch der Boden entzogen. Dass die hierzu notwendigen Voraussetzungen - Lohn aus unselbständiger Erwerbstätigkeit - im konkreten Fall nicht gegeben sind, ist bereits ausgeführt worden; bei Selbständigerwerbenden fällt eine Pfändung eines Teils des Verdienstes als "bestrittene" Forderung schliesslich ausser Betracht (<ref-ruling> E. 2; VONDER MÜHLL, a.a.O., N. 43, 52 zu Art. 93). Damit hat die Vorinstanz durch die Anordnung einer Verdienstpfändung kein Bundesrecht verletzt.
3.
Nach dem Gesagten ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerinnen sind nicht zur Vernehmlassung eingeladen worden, womit ihnen kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden ist, der die Zusprechung einer Parteientschädigung rechtfertigen würde (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungs- und Konkursamt Nidwalden und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Zivilsachen als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde SchK, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Levante