Faits :
A.
Par ordonnance du 3 mars 2016, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte du 28 juillet 2015 de X._ pour abus d'autorité, lésions corporelles, contrainte et séquestration, dirigée contre plusieurs gendarmes.
B.
Par arrêt du 18 avril 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice genevoise a rejeté le recours formé par X._ à l'encontre de l'ordonnance précitée.
Cet arrêt retient en substance que le 6 juin 2015, aux alentours de 1h00, une patrouille de gendarmerie a trouvé X._ en train de déambuler en caleçon sur la plaine de Plainpalais. Il requérait des passants qu'ils lui donnent une fessée. La patrouille a constaté qu'il présentait un état d'ébriété avancé, le prénommé déclarant aux gendarmes qu'il souhaitait être fessé et fouetté par eux. Ceux-ci ont d'abord cherché à le ramener chez lui. Durant toute l'intervention, X._ n'a eu de cesse de tenter de caresser l'un des gendarmes, de lui demander de le fesser et de lui donner des coups avec sa matraque. A son domicile, il s'est avéré qu'il n'était pas en possession de ses clés. Après avoir envisagé de faire appel à un serrurier, les gendarmes ont décidé, compte tenu de son attitude et de son état d'ébriété avancé, de le conduire au poste de police de A._, craignant que X._ retourne sur la voie publique et s'y comporte à nouveau de façon inconvenante.
Au poste, l'éthylomètre a révélé une alcoolémie de 2.6 o/oo. L'officier de police de service a ordonné sa mise aux violons pour trois heures, en application de l'art. 21 de la loi genevoise sur la police (cf. désormais art. 51 LPol; RS GE F 1 05). Aux alentou rs de 2h00, X._ est parvenu à desceller la vitre de la porte du violon, puis à l'ouvrir. Une fois sorti, il s'est trouvé face à un gendarme, qui l'a enjoint de réintégrer sa cellule. Il a refusé d'obtempérer et a repoussé le gendarme à plusieurs reprises. Ce dernier s'est vu contraint d'appeler un collègue à l'aide, avec lequel il est parvenu à conduire le prénommé au sol et, avec l'aide de deux autres collègues appelés en renfort, à le maîtriser et à le menotter. X._ a ensuite été placé dans une autre cellule. L'officier de police a alors ordonné son arrestation en raison des dégâts qu'il avait causés en tentant de s'échapper. X._ a été transféré, vers 4h30, maintenu menotté, du poste de A._ au poste de B._. Il s'est montré très énervé durant son transport. Il est ensuite resté menotté après avoir déclaré que " beaucoup de choses pouvaient se passer dans un poste de police ". Ses liens lui ont été retirés à l'arrivée, vers 9h00, soit après sept heures environ au total, d'un médecin dont il avait requis la présence vers 6h30. Il a été libéré à 11h20 le même jour.
La Dresse C._ a examiné X._ le 6 juin 2015 à 9h00. Il souffrait d'un diabète de type II non décompensé au moment de son examen. Le prénommé présentait une bonne hydratation durant sa détention et son traitement contre le diabète devrait être pris dans la journée, au plus tard à 20h00. Son rapport ne faisait état d'aucune blessure.
A l'appui de sa plainte, X._ a produit un certificat médical daté du 11 juin 2015, dans lequel le Dr D._ expose avoir examiné le prénommé en date du 6 juin 2016 et constaté qu'il présentait un oedème du poignet droit avec une phlyctène (cloque), ainsi qu'une phlyctène au poignet gauche avec une marque circulaire qui pourrait être compatible avec des menottes trop serrées. Il présentait également de multiples hématomes aux biceps et à l'avant-bras gauche.
C.
X._ forme un recours en matière pénale et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 18 avril 2016 de la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale avec injonction d'entrer en matière. Il requiert, par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 197).
1.1. Le jugement querellé est un jugement final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit pénal. Il est donc susceptible de faire l'objet d'un recours en matière pénale (<ref-law>), qui peut notamment être formé pour violation du droit fédéral, y compris des droits constitutionnels (<ref-law>), ou violation du droit international (<ref-law>), dont la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH; RS 0.101). Le recours constitutionnel subsidiaire est donc exclu (<ref-law> a contrario).
1.2. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil, telles les prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>. Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière, la partie plaignante doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir - à moins que cela n'apparaisse évident - et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
1.3. Les actes dénoncés par le recourant sont le fait de gendarmes, soit d'agents de l'Etat. Le droit cantonal genevois instaure (cf. art. 2 de la loi genevoise sur la responsabilité de l'Etat et des communes; LREC; RS GE A 2 40), comme le permet l'<ref-law>, une responsabilité exclusive de la collectivité publique en cas d'acte illicite de ses agents. Le plaignant ne dispose donc que d'une prétention de droit public, non pas contre l'auteur présumé, mais contre l'Etat. Selon la jurisprudence constante, une telle prétention ne peut être invoquée dans le procès pénal par voie d'adhésion et ne constitue dès lors pas une prétention civile au sens des dispositions précitées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 234; <ref-ruling> consid. 2). Le recourant admet lui-même qu'il n'est pas fondé à faire valoir des prétentions civiles contre les gendarmes qu'il entend mettre en cause.
1.4. La jurisprudence reconnaît toutefois aux personnes qui se prétendent victimes de traitements cruels, inhumains ou dégradant (au sens notamment de l'art. 3 CEDH) le droit de porter plainte et d'obtenir une enquête prompte et impartiale devant aboutir, s'il y a lieu, à la condamnation pénale des responsables. La victime de tels traitements peut également bénéficier d'un droit de recours contre l'abandon des poursuites (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88; cf. récemment: arrêt 6B_123/2017 du 24 mars 2017 consid. 1.2.2).
Pour être couvert par l'art. 3 CEDH, un mauvais traitement doit en principe être intentionnel et atteindre un minimum de gravité. L'appréciation de ce minimum dépend de l'ensemble des données de la cause, notamment de la durée du traitement et de ses effets physiques ou mentaux, ainsi que, parfois, du sexe, de l'âge et de l'état de santé de la victime. Un traitement atteint le seuil requis et doit être qualifié de dégradant s'il est de nature à créer des sentiments de peur, d'angoisse et d'infériorité propres à humilier ou à avilir la victime, de façon à briser sa résistance physique ou morale ou à la conduire à agir contre sa volonté ou sa conscience. Il y a également traitement dégradant, au sens large, si l'humiliation ou l'avilissement a pour but, non d'amener la victime à agir d'une certaine manière, mais de la punir (arrêts 6B_123/2017 du 24 mars 2017 consid. 1.2.2; 6B_474/2013 du 23 août 2013 consid. 1.4 et les références citées). Lorsqu'un individu se trouve privé de sa liberté, l'utilisation à son égard de la force physique alors qu'elle n'est pas rendue strictement nécessaire par son comportement porte atteinte à la dignité humaine et constitue, en principe, une violation de la convention de New York et des art. 7 Pacte ONU II, 3 CEDH et 10 al. 3 Cst. (arrêts 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 1.2; 6B_474/2013 du 23 août 2013 consid. 1.4 et les références citées). L'allégation d'un traitement prohibé par l'art. 3 CEDH est défendable lorsqu'elle ne se révèle pas d'emblée dépourvue de crédibilité (arrêt 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 1.2; cf. aussi arrêt 6B_362/2009 du 13 juillet 2009 consid. 1.1 publié in PJA 2009 p. 1479 s.).
1.5. En l'espèce, le recourant invoque, pour fonder sa qualité pour recourir, une violation des art. 3, 5 et 13 CEDH. Il se dit victime d'un traitement inhumain et dégradant relatif à la durée de la mesure de contrainte subie, l'arrêt querellé retenant (<ref-law>) qu'il a été maintenu menotté entre 2h00 et 9h00, soit durant sept heures environ. Il se plaint également de la privation de liberté qu'il a subie.
Au stade de l'examen de la recevabilité et sans préjuger le fond, il y a lieu d'admettre, s'agissant du port des menottes, que la durée de la mesure de contrainte retenue par la cour cantonale ne prive pas d'emblée de crédibilité l'allégation d'un traitement prohibé au sens de l'art. 3 CEDH. Le recours en matière pénale doit par conséquent être déclaré recevable. Compte tenu de ce qui précède, la question de savoir si le recourant peut également fonder sa qualité pour recourir sous l'angle de l'art. 5 CEDH en rapport avec la privation de liberté dont il se plaint peut rester indécise.
2.
Le recourant invoque ensuite une violation de l'<ref-law>, mais aussi des 123 CP, 181 CP et 312 CP, en lien avec avec les <ref-law> et 200 CPP, respectivement des art. 3, 5 et 13 CEDH.
2.1.
2.1.1. Conformément à l'<ref-law>, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis. L'entrée en matière peut encore être refusée au terme des investigations policières (art. 306 et 307 CPP) - même diligentées à l'initiative du procureur - si les conditions de l'<ref-law> sont réunies (arrêt 1B_183/2012 du 20 novembre 2012 consid. 3). Selon la jurisprudence, cette disposition doit être appliquée conformément à l'adage in dubio pro duriore (arrêt 6B_127/2013 du 3 septembre 2013 consid. 4.1). Celui-ci découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 1 CPP en relation avec les art. 309 al. 1, 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91; cf. encore récemment: arrêt 6B_224/2016 du 3 janvier 2017 consid. 2.1.1) et signifie qu'en principe un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91; 186 consid. 4.1 p. 190; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 288 s.; arrêt 6B_224/2016 du 3 janvier 2017 consid. 2.1.1).
2.1.2. Selon la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme, le port des menottes ne pose normalement pas de problème au regard de l'article 3 CEDH lorsqu'il est lié à une arrestation ou à une détention légale et n'entraîne pas l'usage de la force ou une exposition publique au-delà de ce qui est raisonnablement considéré comme nécessaire dans les circonstances de l'espèce. A cet égard, il importe de déterminer si l'intéressé opposera une résistance à l'arrestation, ou tentera de fuir ou de provoquer des blessures ou des dommages (arrêts de la CourEDH Portmann c. Suisse du 11 octobre 2011, § 47; Ö calan c. Turquie du 12 mai 2005, § 182; Raninen c. Finlande du 16 décembre 1997, § 56).
2.2. Le recourant reconnaît lui-même que l'usage de la force était nécessaire pour le faire réintégrer une cellule du poste de A._ après qu'il s'en fut échappé en en descellant la vitre. De son propre aveu, cet usage de la force était légitime puisque, selon les termes qui sont les siens, il venait de commettre un dommage à la propriété justifiant son arrestation provisoire. En revanche, rien ne pouvait, selon lui, justifier qu'il restât menotté une fois placé à nouveau en cellule.
La cour cantonale a, quant à elle, rappelé que le recourant n'avait été menotté qu'après avoir tenté de s'échapper des violons du poste de A._, pour pallier un risque de récidive, puisqu'il était parvenu à desceller la vitre de la porte de sa cellule. Elle a également évoqué son état d'énervement, de même que les gestes sexuellement connotés tentés par lui durant son premier transport pour justifier le maintien des entraves durant le second, qui, d'après l'arrêt querellé, s'est déroulé aux alentours de 4h30. La cour cantonale a ensuite tenu pour constant que le recourant était resté menotté dans le violon jusqu'à l'arrivée du médecin à 9h00. Elle a considéré que cette mesure paraissait justifiée, compte tenu du contexte général de l'appréhension du recourant, de son comportement avec la première patrouille de police, puis dans la cellule de dégrisement. Les propos équivoques tenus par le recourant dès son arrivée au poste de B._ laissait entendre qu'il pourrait s'en prendre à sa propre personne ou envisager une nouvelle tentative de fuite. Pour la cour cantonale, il en résultait que, même si l'entrave incriminée avait duré plusieurs heures consécutives, elle était justifiée par les circonstances du cas d'espèce.
2.3. Au regard des circonstances propres au cas d'espèce, l'appréciation de la cour cantonale se justifie en ce qui concerne le maintien des menottes après l'arrestation de l'intéressé au poste de A._, dont il avait tenté de s'enfuir en causant des dégâts. On peut certes s'étonner de ce qu'une personne placée en cellule parvienne à s'en extraire de la façon décrite par l'arrêt querellé. Quoi qu'il en soit, le maintien des menottes pouvait, tant que le recourant se trouvait au poste de A._ et vu ce qui s'y était produit, se justifier pour prévenir une nouvelle tentative de fuite. De même, le maintien des menottes pendant son transfert au poste de B._ ne prête-t-il pas le flanc à la critique, a fortiori au regard de l'état d'énervement du recourant retenu par la cour cantonale.
En revanche, les circonstances factuelles entourant le maintien des menottes après l'arrivée du recourant poste de B._, et ce jusqu'aux alentours de 9h00 alors qu'il était placé dans une nouvelle cellule, n'apparaissent pas suffisamment claires à ce stade pour en apprécier la proportionnalité, respectivement la licéité. Les différents éléments mis en exergue par la cour cantonale ne sont certes pas exempts de pertinence. Toutefois, il est en l'occurrence question d'une personne qui, une fois au poste de B._, se trouvait dans une cellule supposée apte à pallier tout risque de fuite, mais qui est néanmoins demeurée entravée durant plusieurs heures. Or, si le recours à des mesures de contention sur une personne arrêtée et incarcérée n'apparaît pas absolument exclu (cf. à ce propos le ch. 68. 2 des Règles pénitentiaires européennes [RPE]), une telle éventualité ne saurait être admise à la légère, tant par rapport à ses motifs que par rapport à sa durée. A cet égard, l'arrêt querellé ne permet pas de comprendre avec la clarté requise comment et par qui l'existence d'un risque auto- ou hétéro-agressif a été appréciée ou comment et par qui le maintien des menottes a été décidé. Force est également de relever que l'arrêt querellé, à l'instar de l'ordonnance de non-entrée en matière, demeurent muet sur l'existence de directives ou autres ordres de service régissant ce type d'hypothèses. Ces questions doivent être instruites. Il convient a contrario de retenir que les conditions d'une ordonnance de non-entrée en matière au sens de l'<ref-law> n'étaient, en l'occurrence, pas réalisées. Le grief du recourant est donc bien fondé sur ce point. Au vu des motifs précités, il serait prématuré de se prononcer plus avant sur les griefs que le recourant formule plus particulièrement en rapport avec une prétendue violation des <ref-law>, 181 CP et 312 CP, en lien avec avec les <ref-law> et 200 CPP et 3 CEDH en ce qui concerne le port des menottes durant son placement en cellule au poste de B._.
2.4. S'agissant enfin de la privation de liberté dont se plaint le recourant en invoquant l'art. 5 CEDH, il sied de relever que sa forte alcoolisation (2.6 o/oo) et son comportement inconvenant, combinés avec le fait que les gendarmes n'ont pas été en mesure de le ramener dans son appartement, puisqu'il n'en avait pas les clés, justifiaient son placement en cellule de dégrisement pour trois heures. La mesure reposait au demeurant sur une base légale idoine (art. 21 aLPol/GE) et, au vu des circonstances, respectait le principe de proportionnalité, tant sous l'angle des maximes d'aptitude, de nécessité que de proportionnalité au sens étroit. Ses allégations relatives au caractère illicite de sa privation de liberté sont donc dépourvues de consistance. Au surplus, le recourant ne conteste pas les conditions de son arrestation, intervenue dans un second temps, en raison dégâts causés dans sa cellule. Le refus d'entrer en matière en vertu de l'<ref-law> est donc conforme au droit fédéral en tant qu'il porte sur la privation de liberté du recourant.
3.
En définitive, l'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle ordonne au ministère public d'ouvrir une instruction sur la question du maintien des menottes après l'arrivée du recourant au poste de B._. Vu le motif du renvoi, le Tribunal fédéral peut statuer sans préalablement requérir des observations (<ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 295 s.; plus récemment: arrêt 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 3). Le canton de Genève sera dispensé des frais (<ref-law>). Il versera en revanche au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
2.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
3.
La République et canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 26 juin 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Dyens