Sachverhalt:
A.
A.a. Mit mehreren Publikationen im Amtsblatt legte die Gemeinde Wünnewil-Flamatt in den Jahren 2008 bis 2014 die Gesamtrevision der Ortsplanung ihrer Gemeinde öffentlich auf. Damit soll insbesondere die Raumplanung der Gemeinde für die nächsten 15 Jahre geregelt und an die Gesetzgebung des Bunds und des Kantons Freiburg angepasst werden. Der Gemeinderat nahm die Gesamtrevision am 23. September 2013 bzw. am 7. April 2014 an.
A.b. Mit Gesamtgenehmigungsentscheid vom 22. Juli 2015 genehmigte die Raumplanungs-, Umwelt- und Baudirektion des Kantons Freiburg (RUBD) die Gesamtrevision der Ortsplanung Wünnewil-Flamatt, teilweise verbunden mit mehreren Vorbehalten. Insbesondere verfügte die Direktion gestützt auf ein Gutachten des kantonalen Amtes für Kulturgüter vom 18. Dezember 2013 und des Gesamtgutachtens des freiburgischen Bau- und Raumplanungsamtes (BRPA) vom 25. März 2015, dass in Art. 7 des Gemeindebaureglements (GBR), worin der Ortsbildschutzperimeter geregelt wird, die Textpassage einzufügen sei, wonach:
"die spezielle (recte: speziellen) Zonenvorschriften nur nach strenger Anwendung der Vorschriften zum Ortsbildschutz gelten".
Zugleich entschied die Direktion über einzelne gegen die Gesamtrevision erhobene Beschwerden.
B.
Dagegen führten verschiedene juristische und natürliche Personen, darunter die Pfarrei Wünnewil-Flamatt und A._, Beschwerde beim Kantonsgericht Freiburg. Mit Urteil vom 7. März 2017 fällte dieses in der Sache das folgende Urteil:
"I. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen. Der Entscheid der RUBD vom 22. Juli 2015 ist aufzuheben, soweit dieser bestimmt, dass in Art. 7 GBR (betreffend den Ortsbildschutzperimeter) ein Satz mit dem Hinweis einzufügen sei, dass "die spezielle (recte: speziellen) Zonenvorschriften nur nach strenger Anwendung der Vorschriften zum Ortsbildschutz gelten" (vgl. Ziff. 1 des Entscheides in Verbindung mit dessen Erwägung IV, Ziff. 4.2). Anstelle dieses Satzes ist in Art. 7 GBR betreffend den Ortsbildschutzperimeter ein Satz mit dem folgenden Inhalt einzufügen: "Die speziellen Zonenvorschriften gelten vorbehältlich der Vorschriften zum Ortsbildschutz".
Im Übrigen wird der angefochtene Entscheid bestätigt."
Zur Begründung wird im Wesentlichen ausgeführt, die von der Direktion eingeführte ergänzende Formulierung werde ihrer geäusserten Absicht nicht gerecht; sie habe einzig klarstellen wollen, dass die Vorschriften zum Ortsbildschutz überlagernd zu den einzelnen Zonennutzungsvorschriften gälten. Die gewählte Formulierung gehe darüber hinaus und verlange eine strenge Anwendung der Bestimmungen zum Ortsbildschutz. Das stehe damit im Widerspruch, dass nach der Rechtsprechung Ausnahme- und Polizeivorschriften grundsätzlich weder extensiv noch restriktiv, sondern nach ihrem Sinn und Zweck im Rahmen der allgemeinen Regeln zutreffend auszulegen seien. Anstelle der missglückten Formulierung sei der neue, vom Kantonsgericht formulierte Wortlaut in Art. 7 GBR aufzunehmen.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 7. April 2017 an das Bundesgericht stellen die Pfarrei Wünnewil-Flamatt sowie A._ den folgenden Hauptantrag in der Sache:
"Ziffer I. des Urteils vom 7. März 2017 des II. Verwaltungsgerichtshofs des Kantonsgerichts Freiburg wird wie folgt geändert: "Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid der RUBD vom 22. Juli 2015 ist aufzuheben, soweit dieser bestimmt, dass in Art. 7 GBR (betreffend den Ortsbildschutzperimeter) ein Satz mit dem Hinweis einzufügen sei, dass "die spezielle (recte: speziellen) Zonenvorschriften nur nach strenger Anwendung der Vorschriften zum Ortsbildschutz gelten" (vgl. Ziff. 1 des Entscheides in Verbindung mit dessen Erwägung IV. Ziff. 4.2)."
Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, das Kantonsgericht habe mit der verfügten Neuformulierung den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt und kantonales Recht willkürlich angewandt.
Die Gemeinde Wünnewil-Flamatt liess sich nicht vernehmen. Die Raumplanungs-, Umwelt- und Baudirektion des Kantons Freiburg verzichtete auf eine Stellungnahme. Das Kantonsgericht beantragt ohne weitere Ausführungen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (vgl. Art. 34 Abs. 1 RPG und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 251; <ref-ruling> E. 1.1 S. 411).
1.2. Beide beschwerdeführenden Parteien waren am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt, sind als Eigentümer von im Ortsbildschutzperimeter Wünnewil liegenden Grundstücken vom angefochtenen Entscheid betroffen und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Abänderung. Sie sind damit zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.3. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden weiteren Möglichkeiten abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht (vgl. <ref-law>) gerügt werden.
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz werden hier von keiner Seite in Frage gestellt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen, der angefochtene Entscheid verstosse gegen den ihnen zustehenden Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> und wende zugleich das einschlägige kantonale Recht im Sinne von <ref-law> willkürlich an.
2.2. Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dazu zählt insbesondere im Sinne einer verfassungsmässigen Mindestgarantie (dazu <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f. mit Hinweisen) das Recht einer Person, sich vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern und mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 89; <ref-ruling> E. 2.3 S. 222 f.; je mit Hinweisen). Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich weiter unter anderem die Pflicht der Behörden, ihre Entscheide so zu begründen, dass sie sachgerecht angefochten werden können. Die Begründung muss daher kurz die Überlegungen nennen, auf welche die Behörde ihren Entscheid stützt. Dagegen ist nicht erforderlich, dass sie sich mit jeder tatsächlichen Behauptung und mit jedem rechtlichen Einwand ausdrücklich auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 9.2 S. 65; <ref-ruling> E. 3.2 S. 270; je mit Hinweisen).
2.3. <ref-law> gewährleistet eine verfassungsrechtliche Mindestgarantie. Zwar haben heute die meisten Verfahrensordnungen diese Mindestgarantien übernommen, weshalb ihre Tragweite regelmässig auch mit Rückgriff auf diese prozessualen Bestimmungen festzulegen ist. Es ist aber insbesondere den Kantonen nicht verwehrt, im Bereich ihrer prozessualen Zuständigkeit weitergehende Mitwirkungs- bzw. Gehörsrechte vorzusehen. Während die Einhaltung des verfassungsrechtlichen Minimalanspruchs vom Bundesgericht frei geprüft wird, kontrolliert es darüber hinausreichende kantonale Verfahrensrechte nur auf willkürfreie Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts hin.
2.4. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; 167 E. 2.1 S. 168; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
2.5. Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie auch die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus - im Sinne einer Heilung des Mangels - selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (BGE <ref-ruling> E. 2.8.1 S. 226; <ref-ruling>95 E. 2.3.2 S. 197 f.).
2.6. Nach Art. 83 Abs. 1 des Raumplanungs- und Baugesetzes des Kantons Freiburg vom 2. Dezember 2008 (RPBG; SGF 710.1) werden Zonennutzungspläne, Detailbebauungspläne und die dazugehörigen Vorschriften während 30 Tagen öffentlich aufgelegt. Gegen die Pläne und die dazugehörigen Vorschriften kann Einsprache erhoben werden (Art. 83 Abs. 2 und Art. 84 RPBG). Die vom Gemeinderat angenommenen Zonennutzungspläne, Detailbebauungspläne und die dazugehörigen Vorschriften bedürfen der Genehmigung durch die Raumplanungs-, Umwelt- und Baudirektion des Kantons Freiburg (Art. 86 RPBG). Im prozessualer Hinsicht bestimmt Art. 86 Abs. 2 RPBG, dass die Direktion, wenn sie beabsichtigt, Elemente der angenommenen Pläne und der Vorschriften nicht zu genehmigen oder in ihrem Genehmigungsentscheid Massnahmen aufzunehmen, die im Auflagedossier nicht aufgeführt waren, vorgängig gemäss den im Ausführungsreglement festgelegten Modalitäten die Gemeinde und die Eigentümerschaft anhört. Konkretisiert wird das Verfahren in Art. 30 ff. des Ausführungsreglements vom 1. Dezember 2009 zum Raumplanungs- und Baugesetz des Kantons Freiburg (RPBR; SGF 710.11). In Art. 34 RPBR wird ausgeführt, dass die Direktion die zu ändernden Elemente im Amtsblatt zu veröffentlichen und eine Mitteilung an die betroffene Gemeinde zu machen hat, wobei der Gemeinde und den betroffenen Personen eine Frist von 30 Tagen für allfällige Stellungnahmen einzuräumen ist.
Sodann sieht Art. 89 RPBG vor, dass für die Änderungen ein neues Auflage- und Einspracheverfahren durchgeführt werden muss, wenn Pläne oder Vorschriften während des Genehmigungsverfahrens geändert werden; dasselbe gilt für Änderungen, die sich aus der Genehmigung ergeben. In diesen Fällen kann nur gegen die Änderungen, die nicht im Rahmen einer Beschwerde gegen den Genehmigungsentscheid beim Kantonsgericht angefochten werden konnten, Einsprache erhoben werden.
3.
3.1. Im vorliegenden Fall nahm das Kantonsgericht eine Änderung vor, ohne dass die betroffenen Grundeigentümer dazu angehört worden waren. Es strich den von der Direktion in Art. 7 GBR eingefügten Satz, wonach die speziellen Zonenvorschriften nur nach strenger Anwendung der Vorschriften zum Ortsbildschutz gegolten hätten, und ersetzte ihn durch die Formulierung "Die speziellen Zonenvorschriften gelten vorbehältlich der Vorschriften zum Ortsbildschutz". Es fragt sich, ob damit der Gehörsanspruch der hier beschwerdeführenden Grundeigentümer verletzt wurde.
3.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer verstiess das Kantonsgericht in diesem Zusammenhang nicht gegen die ihm obliegende Pflicht zur ausreichenden Begründung seines Entscheids. Es hat zwar nicht näher ausgeführt, wie der Text, den es in Art. 7 GBR einfügte, genau zu verstehen sei. Aus seiner Begründung lässt sich aber ableiten, dass es die Formulierung der Direktion als zu weitgehend und über das angestrebte Ziel hinausschiessend beurteilte und entsprechend abschwächen wollte. Das Urteil kann nur so verstanden werden, dass mit dem neuen Text klargestellt werden soll, die Vorschriften zum Ortsbildschutz gingen den speziellen Zonenvorschriften vor, seien aber nicht ausdrücklich streng, sondern nach den üblichen Auslegungsregeln anzuwenden. Obwohl die Tragweite des Einschubs damit nicht genau vorgegeben ist und der Interpretation im Anwendungsfall offensteht, sind die Anforderungen an eine ausreichende Entscheidbegründung erfüllt.
3.3. Was das Recht der Beschwerdeführer auf vorgängige Stellungnahme betrifft, so hatten sie in ihrer Beschwerde an das Kantonsgericht die ersatzlose Streichung der umstrittenen Passage beantragt. Dieses hob den strittigen Text aber nicht nur auf, sondern ersetzte ihn durch die neue Formulierung. Die Direktion hatte vor dem Kantonsgericht zwar geltend gemacht, die umstrittene Formulierung habe keine rechtlichen Auswirkungen, da sie lediglich für den nicht rechtskundigen Leser des Gemeindebaureglements eine ohnehin gültige Rechtslage verdeutliche. Das Kantonsgericht liess diese Auffassung nicht gelten, sondern schrieb der strittigen Passage durchaus eine gewisse rechtliche Tragweite zu. Weil es die Formulierung jedoch als nicht geglückt und inhaltlich zu weit reichend erachtete, änderte das Gericht den Text des Einschubs ab, womit es eine Klarstellung beabsichtigte (vgl. E. 4c des angefochtenen Entscheids). Mithin handelt es sich lediglich um eine geringfügige Anpassung, die nur bezweckt, den Einschub auf den eigentlichen, von der Direktion angestrebten Gehalt bzw. Sinn zu beschränken. Das Kantonsgericht handelte damit im Übrigen weitgehend im Sinne der Beschwerdeführer, was sich auch aus seiner Kostenregelung (vgl. E. 7 des angefochtenen Entscheids) ergibt.
3.4. Das Bundesrecht schreibt nicht vor, dass eine Genehmigungsbehörde die Gemeinde und die Grundeigentümerschaft noch speziell anhören muss, wenn sie eine Reglementsvorschrift abändert. Das freiburgische Recht geht erlaubterweise weiter und sieht eine solche Anhörungspflicht für die Genehmigungsbehörde bzw. das Genehmigungsverfahren, nicht aber für das Verfahren vor dem Kantonsgericht vor. Zwar könnte sich die Frage einer analogen Anwendung stellen. Es ist aber nicht unhaltbar, dem Wortlaut den Vorrang zu geben und vom Gegenteil auszugehen und dem Kantonsgericht als Justizbehörde insofern einen grösseren Handlungsspielraum als der administrativ tätigen Direktion einzuräumen. Es ist jedenfalls nicht willkürlich, wenn das Kantonsgericht die einschlägigen Bestimmungen in diesem Sinne versteht. Dieses brauchte die Beteiligten demnach für die Änderung, die es selbst vorgenommen hat, nicht nochmals besonders anzuhören.
3.5. Die Beschwerdeführer rügen allerdings auch, bereits die Direktion hätte, dem Wortlaut von Art. 86 Abs. 2 RPBG entsprechend, allenfalls gemäss Art. 89 RPBG, die Gemeinde und die Grundeigentümer für die von ihr vorgenommene Änderung anhören müssen. Ob Art. 89 RPBG überhaupt auf den vorliegenden Sachverhalt anwendbar wäre, erscheint fraglich, kann aber offenbleiben. Die Verfahrensbeteiligten konnten ihre Vorbehalte gegen die strittige Änderung jedenfalls vor dem Kantonsgericht, das insofern über volle Kognition verfügte, geltend machen. Angesichts der in Frage stehenden konkreten Anpassung handelte es sich nicht um eine schwerwiegende Änderung des Gemeindebaureglements, die erst noch nachträglich durch die kantonsgerichtliche Korrektur entschärft wurde. Die Gehörsverletzung durch die Genehmigungsbehörde wog mithin nicht besonders schwer und konnte vom Kantonsgericht geheilt werden. Gegenüber den übrigen Grundeigentümern kann zwar nicht von einer Heilung ausgegangen werden. Die Beschwerdeführer können vor Bundesgericht aber nicht eine allfällige Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von Drittpersonen rügen, ist ihre Beschwerdeberechtigung doch auf ihre eigenen schutzwürdigen Interessen beschränkt (vgl. <ref-law>). Die Verletzung von Verfahrensrechten Dritter kann grundsätzlich nicht geltend gemacht werden, und es besteht hier kein Anlass für eine Ausnahme. Die Beschwerdeführer legen insbesondere nicht dar, dass es solchen Dritten verunmöglicht gewesen wäre, sich selbst zu beschweren. Die Gesamtrevision der kommunalen Ortsplanung war wiederholt im Gemeindeorgan publiziert worden, weshalb davon ausgegangen werden darf, dass sie allen betroffenen Grundeigentümern entweder bekannt bzw. dass es diesen zumutbar war, sich über den Verfahrensverlauf zu informieren, soweit ihre eigenen Interessen im Spiel standen.
3.6. Der angefochtene Entscheid leidet demnach nicht an einem Verfahrensmangel.
4.
4.1. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer in der Sache, der angefochtene Entscheid sei auch inhaltlich willkürlich. Die vom Kantonsgericht gewählte Formulierung stehe im Widerspruch zur dazu angeführten Begründung und die Argumentation zum Ortsbildschutzperimeter verlasse den zulässigen Streitgegenstand.
4.2. Wie bereits dargelegt (E. 3.3) bezweckte das Kantonsgericht, den strittigen ergänzenden Einschub in Art. 7 GBR auf den eigentlichen, von der Direktion angestrebten Sinn zu beschränken. Es hat damit, weitgehend der Stossrichtung der Beschwerdeführer entsprechend, dessen Gehalt bzw. Tragweite zurückgenommen, was sich nicht nur aus dem gewählten Wortlaut, sondern auch aus den Ausführungen im angefochtenen Entscheid ergibt. Die von den Beschwerdeführern behauptete Widersprüchlichkeit ist nicht ersichtlich. Jedenfalls erweist sich die Formulierung nicht als willkürlich.
4.3. Was die Frage des Ortsbildschutzperimeters betrifft, legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern sie durch die von ihnen beanstandeten Erwägungen einen Nachteil erlitten haben sollten. Sie zitieren den angefochtenen Entscheid selbst, wonach die Vorinstanz den fraglichen Perimeter als nicht durch Beschwerde angefochten bezeichnete, weshalb er im kantonsgerichtlichen Verfahren nicht weiter zu prüfen sei. Ob diese Überlegungen überflüssig waren, wie die Beschwerdeführer offenbar meinen, kann dahingestellt bleiben. Im Ergebnis sind sie, wenn auch aufgrund einer anderen Herleitung, selbst ebenfalls der Ansicht, der Ortsbildschutzperimeter habe nicht mehr Streitgegenstand bilden können. Der angefochtene Entscheid ist mithin jedenfalls im Ergebnis nicht willkürlich.
5.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den unterliegenden Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5, <ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Gemeinde Wünnewil-Flammatt, der Raumplanungs-, Umwelt- und Baudirektion des Kantons Freiburg und dem Kantonsgericht des Kantons Freiburg, II. Verwaltungsgerichtshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax