Sachverhalt:
A.
Die A._ AG ist Eigentümerin des Grundstücks Nr. xxx im Grundbuch Neuenkirch/LU, das der Arbeitszone III (mit Empfindlichkeitsstufe III) zugewiesen ist und zusammen mit den benachbarten Grundstücken Nrn. yyy und zzz im Grundbuch Neuenkirch den Perimeter des Gestaltungsplans "Seestrasse" (genehmigt vom Gemeinderat Neuenkirch am 31. Mai 2013) bildet. Am 6. Januar 2014 wurde der A._ AG der Neubau eines Gewerbegebäudes zur Abfüllung und Lagerung von Getränken mit einer Wohnung sowie das Erstellen von Erschliessungsanlagen (zehn offene Parkplätze und eine Garage im Gebäude) bewilligt. Am 17. September 2015 reichte die A._ AG bei der Gemeinde Neuenkirch ein Gesuch um Bewilligung einer Umgebungsplanänderung auf dem Grundstück Nr. xxx im Grundbuch Neuenkirch ein. Geplant sind dabei anstelle der fünf bewilligten Längsparkplätze entlang der Seestrasse zehn Querparkplätze sowie zwei Längsparkplätze. Die übrigen bereits bewilligten Parkplätze auf der Ost- und Westseite sind vom Änderungsgesuch nicht berührt. Nach Einsprache verschiedener Privatpersonen verweigerte die Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch am 16. Februar 2016 gestützt auf das einschlägige kantonale und kommunale Recht die nachgesuchte Änderungsbewilligung und ordnete an, die nicht gemäss den bewilligten Plänen ausgeführten Autoabstellplätze seien als Längsparkplätze gemäss den bewilligten Planunterlagen zu realisieren.
B.
Dagegen führte die A._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Kantonsgericht Luzern. Die privaten Einsprecher verzichteten auf eine Vernehmlassung und damit auf eine Teilnahme am Verfahren. Mit Urteil vom 12. Dezember 2016 wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Februar 2017 an das Bundesgericht beantragt die A._ AG, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und dem Gesuch um Änderung der Parkplätze auf dem Grundstück Nr. xxx im Grundbuch Neuenkirch stattzugeben; eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Zur Begründung wird in prozessualer Hinsicht ein Verstoss gegen die Rechtsweggarantie und den Anspruch auf ein faires Verfahren sowie auf rechtliches Gehör (Art. 29 und 29a BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK) geltend gemacht. In der Sache wird im Wesentlichen die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie die willkürliche Auslegung und Anwendung des kantonalen und kommunalen Rechts und damit ein Verstoss gegen <ref-law> gerügt.
Die Gemeinde Neuenkirch schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Kantonsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die A._ AG äusserte sich am 19. Mai 2017 nochmals zur Sache.

Erwägungen:
1.
1.1. Gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 34 Abs. 1 RPG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts unter anderem auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251; <ref-ruling> E. 1.1 S. 411). Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen anfechtbaren kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG).
1.2. Streitgegenstand bildet das Gesuch der Beschwerdeführerin vom 17. September 2015 um Bewilligung einer Umgebungsplanänderung auf dem Grundstück Nr. xxx im Grundbuch Neuenkirch zwecks Ersetzung der am 6. Januar 2014 bewilligten fünf Längsparkplätze entlang der Seestrasse durch zehn Querparkplätze sowie zwei Längsparkplätze.
1.3. Die Beschwerdeführerin ist als Eigentümerin des betroffenen Grundstücks, Gesuchstellerin und direkte Adressatin des angefochtenen Entscheids gemäss <ref-law> zur Beschwerde legitimiert.
1.4. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden weiteren Möglichkeiten abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht (vgl. Art. 95 lit. a und b BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. <ref-law>) gerügt werden.
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.6. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>).
1.6.1. Die Beschwerdebegründung muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Rein appellatorische Kritik ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid genügt nicht. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>, <ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.).
1.6.2. Die Gemeinde Neuenkirch wendet ein, die Beschwerdebegründung sei appellatorisch und erfülle die Voraussetzungen an eine gültige Beschwerde nicht. Indessen geht aus der Beschwerdeschrift mit genügender Klarheit hervor, welche bundesrechtlichen Bestimmungen die Beschwerdeführerin als verletzt erachtet und weshalb sie das tut. Die Beschwerdebegründung mag etwas weitschweifig sein; unzulässig ist sie jedoch nicht.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin erhebt verschiedene prozessuale Rügen. Nebst Verstössen gegen die Bundesverfassung macht sie auch eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK geltend. Dass die Menschenrechtskonvention einen über den verfassungsrechtlichen hinaus reichenden Schutz gewähren würde, legt sie jedoch nicht dar. Ob sie sich im vorliegenden baurechtlichen Zusammenhang überhaupt auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK berufen kann, kann daher offen bleiben.
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst einen Verstoss gegen Art. 29 und 29a BV, weil das Kantonsgericht die ihm obliegende Kognition nicht wahrgenommen habe.
2.2.1. Nach der Rechtsprechung liegt eine formelle Rechtsverweigerung (<ref-law>) vor, wenn eine Behörde auf eine ihr frist- und formgerecht unterbreitete Sache nicht eintritt bzw. diese nicht behandelt, obschon sie darüber befinden müsste (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2.3 S. 232; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1). Eine Behörde begeht ebenfalls eine formelle Rechtsverweigerung, wenn sie die ihr zustehende Kognition nicht ausschöpft.
2.2.2. Nach § 161a des Gesetzes vom 3. Juli 1972 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG) des Kantons Luzern prüft das Kantonsgericht auch das Ermessen, wenn es wie hier einzige kantonale Rechtsmittelinstanz ist. Damit stand der Vorinstanz grundsätzlich freie Überprüfungsbefugnis in Sachverhalts- und Rechtsfragen sowie volle Ermessenskontrolle zu (vgl. § 156 Abs. 2 i.V.m. §§ 144-147 VRG und Art. 33 Abs. 2 lit. b RPG). Im eigenen, d.h. autonomen, Wirkungsbereich der Gemeinden schränkt das Gesetz die Ermessenskontrolle allerdings wieder ein (§ 144 Abs. 2 VRG). Das Kantonsgericht auferlegt sich insbesondere, ähnlich wie das Bundesgericht, eine gewisse Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kommunalen Behörden besser kennen und überblicken, sowie bei technischen Fragen (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 222; Urteil des Bundesgerichts 1C_599/2016 vom 9. Mai 2017 E. 3.2, mit Hinweisen). Das ist angesichts der gesetzlichen Regelung nicht zu beanstanden.
2.2.3. Verschiedene Passagen in der Begründung des angefochtenen Entscheides vermögen den Eindruck zu vermitteln, das Kantonsgericht habe zu grosse Zurückhaltung geübt und seine Kognition nicht ausgeschöpft, so etwa wenn es in E. 3.4.4 schreibt, es habe die Auslegung der Sonderbauvorschriften durch die Gemeinde vorbehältlich eines unhaltbaren Ergebnisses zu respektieren. Das könnte tatsächlich, wie die Beschwerdeführerin rügt, den Anschein erwecken, das Kantonsgericht ziehe sich auf eine Willkürprüfung zurück. Dieses hat sich jedoch - ungeachtet der obigen Formulierung - vertieft mit der Streitsache befasst und alle erhobenen Rügen detailliert und mit der erforderlichen Dichte geprüft. Eine gewisse Zurückhaltung mit Blick auf die örtlichen Verhältnisse durfte es gegenüber den entsprechenden Einschätzungen der mit den lokalen Gegebenheiten besser vertrauten Gemeindebehörden ausüben. Die nicht ganz gelungene Wortwahl in der Begründung steht insofern im Widerspruch zum tatsächlichen Vorgehen der Vorinstanz. Eine zu weit gehende Zurückhaltung ist nicht ersichtlich, weshalb das Kantonsgericht seine Kognition nicht unterschritten hat.
2.3. Weiter rügt die Beschwerdeführerin eine Gehörsverletzung und eine Rechtsverweigerung und damit einen Verstoss gegen Art. 29 und 29a BV, weil das Kantonsgericht keinen Augenschein durchgeführt habe. Das Kantonsgericht begründete den Verzicht auf einen Augenschein im Wesentlichen damit, aufgrund der in den Akten vorhandenen Unterlagen sei der Sachverhalt ausreichend erstellt. Das trifft zu. Die tatsächlichen Umstände erweisen sich als in genügendem Umfange abgeklärt und sind aktenkundig. Es ist nicht davon auszugehen, dass ein Augenschein Wesentliches zur weiteren Erhellung der sachlichen Grundlagen des Rechtsstreites beitragen könnte. Das Kantonsgericht verstiess demnach nicht gegen die Verfahrensrechte der Beschwerdeführerin, indem es auf einen Augenschein verzichtete.
2.4. Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin darin eine Gehörsverletzung, dass das Kantonsgericht sein Urteil nur ungenügend begründet habe. Indessen umfasst der angefochtene Entscheid 18 Seiten und setzt sich vertieft und nachvollziehbar mit der Rechtslage und den von der Beschwerdeführerin vorgetragenen Argumenten auseinander. Diese konnte das vorinstanzliche Urteil auch sachgerecht anfechten. Das Kantonsgericht hat daher nicht wegen ungenügender Begründung seines Entscheides den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin behauptet, das Kantonsgericht habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, indem es auf einen Augenschein verzichtet habe und indem es von einer erhöhten Gefährlichkeit von Querparkplätzen insbesondere im Zusammenhang mit Zweirädern ausgegangen sei.
3.2. Eine offensichtlich unrichtige bzw. willkürliche Sachverhaltsfeststellung liegt vor, wenn diese widersprüchlich oder aktenwidrig ist oder auf einem offensichtlichen Versehen beruht bzw. klarerweise den tatsächlichen Verhältnissen widerspricht (vgl. etwa das Urteil des Bundesgerichts 1C_485/2013 vom 3. Dezember 2013 E. 4.2).
3.3. Dass die Vorinstanz ohne Rechtsverletzung von einem Augenschein absehen durfte, wurde bereits dargelegt (vgl. E. 2.3). Durfte sie darauf verzichten, liegt darin auch keine massgebliche unvollständige bzw. offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
3.4. Das Kantonsgericht stützte seine Feststellungen zur Verkehrsbelastung der fraglichen Seestrasse mit der Bewilligungsbehörde auf Erhebungen der kantonalen Dienststelle Raum und Wirtschaft (rawi) sowie auf eine entsprechende Stellungnahme der kantonalen Dienststelle Umwelt und Energie (uwe). Das Kantonsgericht hielt dazu unter anderem ausdrücklich fest, dass die Prognose zum Verkehrsaufkommen entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin den Zustand vor und nach Realisierung des Strassenprojekts berücksichtige. Die Beschwerdeführerin vermag dies nicht zu widerlegen, zumal sie sich mit blossem Bestreiten begnügt. Die entsprechenden Feststellungen sind weder widersprüchlich noch aktenwidrig, stehen nicht klarerweise im Gegensatz zu den erstellten tatsächlichen Verhältnissen und beruhen auch nicht auf einem offensichtlichen Versehen. Damit erweisen sich die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz als für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 1.5).
4.
4.1. In der Sache rügt die Beschwerdeführerin, der angefochtene Entscheid sei unter verschiedenen Gesichtspunkten willkürlich im Sinne von <ref-law>. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
4.2. Zu prüfen ist einzig, ob die Verweigerung der Abänderung der Anordnung der Parkplätze auf dem Grundstück Nr. xxx im Grundbuch Neuenkirch bundesrechtsmässig ist. Nicht angefochten und nicht Streitgegenstand bilden die am 6. Januar 2014 bewilligten Parkplätze (vgl. E. 1.2). Dieser Bewilligungsentscheid ist rechtskräftig. Bereits rund anderthalb Jahre später, am 17. September 2015, ersuchte die Beschwerdeführerin um Anpassung des Bewilligungsentscheides. Dass die Abänderung des rechtskräftigen Bewilligungsentscheides innert derart kurzer Frist wie hier nicht oder nur unter bestimmten, allenfalls fraglichen Voraussetzungen zulässig wäre (vgl. Art. 21 Abs. 2 PRG), wird von keiner Seite geltend gemacht, obwohl sich die Gemeinde in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht wiederholt auf die Rechtskraft des Bewilligungsentscheids vom 6. Januar 2014 beruft. Unter diesen Umständen ist es nicht unhaltbar, die Rechtmässigkeit des Abänderungsgesuchs wie bei einem neuen Gesuch zu prüfen; es erscheint aber auch nicht ausgeschlossen, die engen zeitlichen Verhältnisse bei der rechtlichen Beurteilung des vorliegenden Falles mitzuberücksichtigen.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin macht Willkür bei der plan- und baurechtlichen Auslegung von Art. 11 der Sonderbauvorschriften durch die Vorinstanz geltend.
5.1.1. Gemäss Art. 14 Abs. 1 RPG ordnen Nutzungspläne die zulässige Nutzung des Bodens. Nach Art. 37 Abs. 2 lit. e des Bau- und Zonenreglements der Gemeinde Neuenkirch vom 30. März 2011 ist die Anzahl der zu schaffenden Abstellplätze nach dem voraussehbaren Bedarf zu bestimmen, wobei die Richtlinien der Vereinigung Schweizerischer Strassenfachleute (VSS) wegleitend sind. Für den hier strittigen Bewilligungsentscheid ist hauptsächlich der Gestaltungsplan "Seestrasse" einschlägig, der vom Gemeinderat Neuenkirch am 31. Mai 2013 genehmigt wurde. Dazu zählen die entsprechenden Sondervorschriften in ihrer Fassung ebenfalls vom 31. Mai 2013. Beim Gestaltungsplan handelt es sich um einen für die Grundeigentümer verbindlichen Sondernutzungsplan (Art. 14 Abs. 1 i.V.m. Art. 21 Abs. 1 RPG; § 15 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 des Kantons Luzern [PBG]). Nach § 65 PBG bezweckt ein solcher namentlich die Festlegung massgeblicher Elemente einer Überbauung und des Konzepts für die Erschliessungs- und Gemeinschaftsanlagen sowie die Ausscheidung des im öffentlichen Interesse nicht zu überbauenden Gebiets (Abs. 1); überdies muss er unter anderem eine siedlungsgerechte, erschliessungsmässig gute, auf das übergeordnete Verkehrsnetz abgestimmte, der baulichen und landschaftlichen Umgebung angepasste Überbauung eines zusammenhängenden Gebiets aufzeigen und eine architektonisch hohe Qualität aufweisen (Abs. 2). Gemäss § 119 PBG sind bei Garagen Ausfahrten und Ausgänge auf Strassen und Plätze grundsätzlich so anzulegen, dass die Verkehrsteilnehmer nicht behindert oder gefährdet werden und die Fahrzeuge vor der Garage abgestellt werden können, ohne das Trottoir oder die Fahrbahn in Anspruch zu nehmen.
5.1.2. Art. 10 der Sonderbauvorschriften zum Gestaltungsplan "Seestrasse" bestimmt, an welchen Stellen eine direkte Erschliessung ab bzw. in die Seestrasse erfolgen darf und dass die Seestrasse weder zum Anhalten noch zum Parkieren von Lastwagen oder Lieferfahrzeugen benutzt werden darf. Gemäss Art. 11 der Sonderbauvorschriften wird die Zahl der Parkplätze im Rahmen der Baubewilligungen aufgrund der tatsächlichen Nutzung festgelegt. Die Flächen auf den Grundstücken Nrn. yyy und xxx entlang der Seestrasse können als Abstellflächen für Fahrzeuge verwendet werden. Lagerplätze oder Umschlagplätze sind auf diesen Flächen nicht gestattet. Bei einem Strassenabstand von 5,00 m zur Seestrasse dürfen keine Querparkplätze erstellt werden. Die Parkierung hat mittels Längsparkplätzen zu erfolgen. Abstellflächen für Fahrzeuge und für Lagerung sind innerhalb der Baufelder, der Anlieferungen und Zufahrten und der Restflächen zu erstellen. § 18 der Sonderbauvorschriften ermächtigt den Gemeinderat, von diesen abzuweichen.
5.1.3. Bei der Auslegung von Art. 11 der Sonderbauvorschriften unterschied das Kantonsgericht drei mögliche Auslegungsvarianten, wobei es sich auf die zwei aus seiner Sicht wahrscheinlicheren konzentrierte. Nach der einen Interpretation dürfen innerhalb von einem Streifen von 5,00 m ab der Strasse überhaupt keine Querparkplätze erstellt werden; nach der anderen Auslegung gilt dies lediglich, wenn sich das Gebäude nicht mehr als 5,00 m von der Strasse entfernt befindet, wohingegen bei einem grösseren Abstand auch Querparkplätze zulässig wären. Das Kantonsgericht übernahm die erste strengere Auslegungsvariante. Demgegenüber beruft sich die Beschwerdeführerin auf die zweite Möglichkeit und verweist darauf, dass der Gebäudeabstand hier durchgehend 5,11 und 5,20 m betrage.
5.1.4. Bei einer Willkürprüfung kommt es nicht darauf an, ob sich die Vorinstanz für die überzeugendste Auslegungsvariante entschieden hat, sondern einzig, ob sich die gewählte Lösung auf ernsthafte sachliche Gründe stützen kann. Das Kantonsgericht wandte die herkömmlichen Auslegungselemente an. Es interpretierte den Gestaltungsplan anhand des Genehmigungsentscheids vom 31. Mai 2013 bzw. der entsprechenden damaligen gemeinderätlichen Erwägungen und stellte fest, dass der Gemeinderat dabei von Längsparkplätzen ausgegangen sei und Querparkplätze mit direkter Ausfahrt in die Seestrasse, wie sie hier zur Diskussion stünden, im Rahmen der Sonderbauvorschriften als unzulässig erachtet habe (vgl. Art. 6.4 des Genehmigungsentscheids vom 31. Mai 2013). Ein solcher Rückgriff auf die Entstehungsgeschichte einer Bestimmung ist im Rahmen des so genannten historischen Auslegungselements durchaus verbreitet und nicht unhaltbar. Daran ändern die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur Anfechtbarkeit bzw. Verbindlichkeit von Nutzungsplänen nichts. Das Kantonsgericht stützt sich weiter auf Überlegungen der Verkehrssicherheit. In diesem Sinne soll das Verbot von Querparkplätzen Fahrmanöver rückwärts auf die Seestrasse und damit verbundene gefährliche Situationen generell verhindern. Das werde dadurch unterstrichen, dass mehrere weitere Bestimmungen der Sonderbauvorschriften denselben sicherheitsrelevanten Zusammenhang erkennen liessen, so insbesondere Art. 10 mit seinen konkreten Regelungen zur Erschliessung und zur Nutzung der Seestrasse. Analoges lasse sich sinngemäss auch aus § 119 PBG mit seiner auf Sicherheitsaspekte ausgerichteten Regelung für Garage-Ausfahrten und -Ausgänge ableiten. Bei der Seestrasse handelt es sich um eine verkehrsberuhigte Tempo-30-Zone mit einer Breite von 5,00 m. Hier angepasste besondere Anforderungen an die Verkehrssicherheit aufzustellen, ist nicht unsachlich. Auch die Erwägungen des Kantonsgerichts zur Gefährlichkeit von Querparkplätzen und den damit verbundenen Rückwärts-Manövern erweisen sich nicht als unhaltbar. Es gibt durchaus ernsthafte Gründe dafür, dass solche gefährlicher sein können als die einfacheren Fahrzeugbewegungen bei Längsparkplätzen. Die Vorinstanzen berufen sich dafür auch auf die Sichtverhältnisse und greifen auf Erhebungen der Dienststelle Raum und Wirtschaft (rawi) des Kantons Luzern zurück. Darauf und auf die Einschätzung der mit den lokalen Verhältnissen vertrauten Gemeindebehörden abzustellen, ist nicht willkürlich. Die Auslegung der Vorinstanz stützt sich somit auf sämtliche klassischen Auslegungselemente ab und konkretisiert den mehrdeutigen Wortlaut anhand des historischen, teleologischen und systematischen Ansatzes. Das ist eine sachliche Methode und das Auslegungsergebnis ist nicht unhaltbar.
5.2. Weiter beanstandet die Beschwerdeführerin die Anwendung von Art. 11 der Sonderbauvorschriften durch die Vorinstanz im Lichte der Bestimmungen des kantonalen Strassengesetzes als willkürlich.
5.2.1. Nach <ref-law> können Beschränkungen oder Anordnungen des Verkehrs erlassen werden, soweit unter anderem die Sicherheit oder andere in den örtlichen Verhältnissen liegende Gründe dies erfordern; dabei können namentlich in Wohnquartieren der Verkehr beschränkt und das Parkieren besonders geregelt werden. § 2 Abs. 2 des Strassengesetzes vom 21. März 1995 des Kantons Luzern (StrG) hebt die grundsätzliche Bedeutung der Verkehrssicherheit, insbesondere zum Schutz der schwächeren Verkehrsteilnehmer (vgl. § 2 Abs. 2 lit. e StrG), für die Planung, den Bau und den Unterhalt des Strassennetzes hervor. § 93 StrG verpflichtet in einer detaillierten Regelung die Bauherrschaft zur Erstellung von Abstellflächen, was die Gemeinde allerdings gemäss § 94 StrG aufgrund kommunaler Vorschriften unter bestimmten wie insbesondere verkehrstechnischen Gründen wiederum verbieten bzw. einschränken kann. Gemäss dem Recht des Kantons Luzern haben Abstellplätze, da es sich dabei nicht um Bauten, sondern um Anlagen handelt (vgl. Art. 22 RPG), keinen Grenzabstand zum Nachbargrundstück, jedoch den Strassenabstand nach § 84 StrG einzuhalten. Dieser beträgt für die hier fragliche, als Gemeindestrasse klassierte Seestrasse 5,00 m (§ 84 Abs. 2 lit. b StrG). Davon abweichend ist eine Ausnahmebewilligung zu erteilen, sofern dadurch insbesondere weder die Verkehrssicherheit noch der künftige Strassenausbau beeinträchtigt werden (vgl. § 88 Abs. 3 StrG). Handelt es sich wie hier nicht um eine Kantonsstrasse, ist dafür die Gemeinde zuständig (§ 88 Abs. 2 StrG). Gemäss § 90 StrG dürfen Bauten und Anlagen weder errichtet noch geändert werden, wenn dadurch die erforderlichen Sichtverhältnisse der Strassenbenützer beeinträchtigt werden (Abs. 1), wobei innerhalb der Sichtzone die freie Sicht zu gewährleisten ist (Abs. 2).
5.2.2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst die Auslegung von Art. 11 der Sonderbauvorschriften in Verbindung mit §§ 93 und 94 StrG als willkürlich. Das Kantonsgericht übernahm bei der Ermittlung der Anzahl zu errichtenden Abstellplätze die Berechnungen der Gemeinde und hielt dazu fest, dass sich diese auf Art. 37 Abs. 2 lit. e BZR und daraus abgeleitet auf die VSS-Norm SN 640 281 stützten. Dadurch ergebe sich eine minimale Anzahl Abstellplätze von insgesamt 6,90 Parkplätzen, womit der Bedarf durch die bewilligten zehn offenen und einen überdeckten Abstellplatz mehr als erfüllt sei. Ein höherer Bedarf sei nicht nachgewiesen und dürfe auch nicht durch eine erweiterte Nutzung des Grundstücks, die bisher nicht formell bewilligt worden sei, begründet werden. Auch diese Erwägungen der Vorinstanz beruhen auf sachlichen Gründen und sind nachvollziehbar. Gemäss der Beschwerdeführerin soll Art. 37 Abs. 2 lit. e BZR angesichts der kommunalen Sonderbauvorschriften nicht anwendbar sein. Diese geben jedoch keine andere Methode der Bedarfsberechnung vor. Mit der Vorinstanz spricht vielmehr einiges dafür, insofern eine harmonische Auslegung der kommunalen Sonderbauvorschriften mit dem kantonalen Recht anzustreben, solange mit den Gemeindebestimmungen nicht klarerweise davon abgewichen werden soll, wofür es hier keine überzeugenden Anhaltspunkte gibt.
5.2.3. Die Beschwerdeführerin rügt sodann die willkürliche Anwendung der §§ 84 und 88 StrG sowie von Art. 18 der Sonderbauvorschriften, erneut mit dem Hauptargument, angesichts der spezifischen Sonderbauvorschriften sei ein Rückgriff auf die allgemeine gesetzliche Regelung unzulässig. Die Beschwerdeführerin verkennt auch hier die Bedeutung einer harmonischen Rechtsordnung. Erneut ist es nicht unsachlich, wenn das Kantonsgericht die kommunalen Sonderbauvorschriften mit dem kantonalen Recht in Einklang zu bringen versucht. Im Übrigen prüfte die Vorinstanz die Anwendungsmöglichkeit der Ausnahmebestimmung von § 88 Abs. 2 und 3 StrG im Interesse der Beschwerdeführerin selbst, auch wenn sie im Ergebnis das Vorliegen eines Ausnahmegrundes, erneut gestützt auf Überlegungen der Verkehrssicherheit, verneinte. Weshalb abweichend davon zwingend ein Ausnahmegrund nach Art. 18 der Sonderbauvorschriften vorliegen sollte, ist nicht nachvollziehbar. Auch insofern liegt keine Willkür vor. Durfte das Kantonsgericht das Vorliegen eines Ausnahmegrundes willkürfrei verneinen, kommt es im Übrigen nicht darauf an, ob der Bewilligungsbehörde insofern ein Rechtsfolgeermessen zustand oder nicht, worin die Beschwerdeführerin auch noch einen Willkürzusammenhang sieht.
5.3. Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass das Kantonsgericht ausdrücklich darauf verweist, die Gemeinde lehne die Erweiterung der Anzahl Parkplätze zur Eindämmung allfälliger Parkplatznot und zur Verhinderung übermässigen Suchverkehrs im Quartier nicht kategorisch ab; Voraussetzung dafür wäre aber eine gestaltungsplankonforme und die Verkehrssicherheit wahrende Anordnung zusätzlicher Parkplätze. Darauf sind die Behörden zu behaften. Ein mit einem nachweislichen Zusatzbedarf begründetes, rechtskonformes, insbesondere mit den Sonderbauvorschriften vereinbares, Alternativprojekt liegt bisher jedoch nicht vor.
5.4. Insgesamt ist es nicht willkürlich und es verstösst nicht gegen Bundesrecht, dem im vorliegenden Verfahren massgeblichen Gesuch der Beschwerdeführerin um Änderung und Neuerstellung von Parkplätzen die Bewilligung zu verweigern.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Praxisgemäss ist der obsiegenden Gemeinde keine Parteientschädigung zuzusprechen (vgl. <ref-law> sowie <ref-ruling> E. 7 S. 118 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Geschäftsleitung der Gemeinde Neuenkirch, dem Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement des Kantons Luzern, und dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. September 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax