Faits :
A.
Par ordonnance rendue le 20 avril 2016 dans la cause PS/12/2016, le Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Genève (ci-après: Tmc) a notamment constaté que les conditions dans lesquelles s'était déroulée la détention avant jugement de X._ entre le 9 mars 2015 et le 18 février 2016 avaient été illicites durant 215 nuits, a rejeté sa demande pour le surplus et invité son conseil à faire valoir l'indemnité relative à son activité dans le cadre de l'état de frais final à déposer devant l'autorité de jugement, et a laissé les frais à la charge de l'Etat.
B.
Statuant sur le recours formé par X._ contre l'ordonnance précitée, la Chambre pénale de recours de la République et canton de Genève l'a déclaré irrecevable par arrêt du 18 août 2016.
En bref, il en ressort les faits suivants.
Incarcéré depuis le 9 mars 2015 dans le cadre de la procédure pénale P/18397/2014 ouverte à son encontre, X._ a conclu, le 14 mars 2016, au constat de l'illicéité de ses conditions de détention, a réservé son droit de demander la réparation de l'atteinte subie (réduction de peine ou indemnité) lors des débats qui allaient se tenir devant le Tribunal correctionnel de la République et canton de Genève (ci-après: Tribunal correctionnel), a requis que les frais de la procédure PS/12/2016 soient laissés à la charge de l'Etat et a sollicité l'allocation d'une indemnité de 1'860 fr. à titre de dépens.
Le Tmc a rendu son ordonnance querellée le 20 avril 2016 (cf. supra let. A).
Le 26 avril 2016, X._ a requis devant le Tribunal correctionnel, s'agissant de son indemnité, le remboursement de la somme de 1'800 fr. correspondant aux honoraires de son avocat supportés dans le cadre de la procédure relative à ses conditions de détention. Aux termes de son jugement, le Tribunal correctionnel a notamment condamné X._ à une peine privative de liberté de cinq ans, sous déduction de 417 jours de détention avant jugement, précisant qu'étant au bénéfice d'une décision constatant l'illicéité de ses conditions de détention, celle-ci entraînait une réduction de la peine à titre d'indemnisation, une peine compatible avec le sursis étant toutefois exclue. Il l'a en outre débouté de ses conclusions en indemnisation (<ref-law>), spécifiant que les 1'800 fr. réclamés ne concernaient pas une taxation d'office et qu'il ne pouvait pas revoir une décision entrée en force par le Tmc. Les modalités d'appel ont été expressément mentionnées à la fin du jugement concerné, y compris que celui-là pouvait porter sur les frais, indemnités et réparation du tort moral (let. f). X._ n'a pas interjeté appel.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 18 août 2016, concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que son recours du 2 mai 2016 est déclaré recevable, que l'Etat de Genève est condamné à lui payer une indemnité de 1'860 fr. à titre de dépens pour la procédure spéciale PS/12/2016 et une juste indemnité à titre de dépens pour la procédure de recours cantonale, et que les frais de la procédure de recours cantonale sont laissés à la charge de l'Etat de Genève. Subsidiairement, il requiert l'annulation de l'arrêt précité et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire, la dispense de tous frais judiciaires et la désignation de son conseil comme avocat d'office.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée concerne la question des frais de défense réclamés par le recourant dans le cadre d'une procédure pénale. Le recours en matière pénale est ouvert (cf. <ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 45 s.).
2.
Le recourant débute son mémoire par une présentation personnelle des faits. Il ne cherche pas à démontrer que ceux-ci auraient été établis arbitrairement et ne formule de la sorte aucun grief recevable au regard des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3.
Le recourant fait ensuite valoir que la cour cantonale serait compétente pour juger son recours déposé contre l'ordonnance du 20 avril 2016 rendue par le Tmc. On ne distingue toutefois pas la pertinence de son argumentation sur ce point dans la mesure où l'autorité précédente - qui semble avoir laissé cette question ouverte - a examiné les griefs de fond de l'intéressé et que sa compétence ne fait l'objet d'aucune contestation devant la cour de céans. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner plus avant les allégations du recourant à ce sujet.
4.
Le recourant, citant les <ref-law>, 3, 13 et 41 CEDH, 7, 9 et 10 al. 3 Cst., 18, 235, 429 et 431 CPP, conteste la décision d'irrecevabilité rendue à l'encontre de son recours portant sur le refus de lui allouer une indemnité pour ses frais de défense supportés dans le cadre de la procédure en constatation de ses conditions de détention avant jugement menée devant le Tmc. Il soutient qu'au bénéfice d'un constat d'illicéité en lien avec sa détention, il avait droit, selon la jurisprudence de la CEDH et la jurisprudence fédérale, en sus du constat et de l'exemption de ses frais, à une indemnité pour ses dépens.
4.1. Lorsqu'une irrégularité constitutive d'une violation d'une garantie conventionnelle ou constitutionnelle a entaché la procédure relative à la détention provisoire, celle-ci peut être réparée par une décision de constatation (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 248 et les références citées). Une telle décision vaut notamment lorsque les conditions de détention provisoire illicites sont invoquées devant le juge de la détention, soit le Tmc (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 248; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 128). A un tel stade de la procédure, seul un constat peut donc en principe intervenir et celui-ci n'a pas pour conséquence la remise en liberté du prévenu. Il appartient ensuite à l'autorité de jugement d'examiner les possibles conséquences des violations constatées, par exemple par le biais d'une indemnisation fondée sur l'<ref-law> ou, cas échéant, par une réduction de la peine (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 248 et les références citées).
4.2. Conformément à l'<ref-law>, si le prévenu a, de manière illicite, fait l'objet de mesures de contrainte, l'autorité pénale lui alloue une juste indemnité et réparation du tort moral (al. 1). En cas de détention provisoire et de détention pour des motifs de sûreté, le prévenu a droit à une indemnité ou à une réparation du tort moral lorsque la détention a excédé la durée autorisée et que la privation de liberté excessive ne peut être imputée sur les sanctions prononcées à raison d'autres infractions (al. 2).
La notion de juste indemnité à laquelle se réfère l'<ref-law> doit être lue à la lumière de l'<ref-law>, lequel prévoit que le prévenu acquitté totalement ou en partie ou bénéficiant d'une ordonnance de classement, a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (let. a) et à une indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale (let. b); l'indemnité prévue à l'<ref-law> devra ainsi comprendre la prise en charge des frais de défense ainsi que la réparation du dommage économique subi (MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit Commentaire, Code de procédure pénale, 2 e éd. 2016, n o 6 ad <ref-law>; cf. également MIZEL/ RÉTORNAZ, in Commentaire romand, 2011, nos 8 et 10 ad <ref-law>).
4.3. La cour cantonale a en premier lieu examiné le grief de violation du droit d'être entendu soulevé par le recourant. Elle a considéré qu'il était manifeste que le Tmc ne s'était pas autrement étendu sur les motifs qui l'avaient conduit à ne pas entrer en matière sur la demande de remboursement des honoraires du conseil du recourant, préférant le renvoyer à formuler ses prétentions devant le juge du fond, ce que l'intéressé avait parfaitement compris puisqu'il avait conclu devant le Tribunal correctionnel à être indemnisé des 1'800 fr. requis par son conseil. Dans ces conditions, elle ne discernait pas, à ce stade, en quoi le droit d'être entendu du recourant avait été violé. Pour le reste, la cour cantonale a jugé que le Tmc était bien fondé à renvoyer le recourant à faire valoir ses prétentions devant le juge du fond, qui avait, par ailleurs, tenu compte de l'ordonnance constatant que durant 215 nuits consécutives, les conditions de détention du recourant n'avaient pas été conformes aux exigences de l'art. 3 CEDH, le Tribunal correctionnel ayant précisé, dans son jugement, que ce constat emportait une réduction de peine. De fait, l'intéressé avait été débouté de ses conclusions en indemnisation, mais assurément pas au motif que le Tmc avait supposé, à tort, que son conseil intervenait comme défenseur d'office. Le Tribunal correctionnel avait, certes, énoncé qu'il ne pouvait pas entrer en matière, dès lors qu'il ne s'agissait pas d'une taxation d'office. La cour cantonale, se référant à l'<ref-ruling> consid. 1, a néanmoins considéré qu'il était constant que l'<ref-law>, expressément mentionné dans le jugement du Tribunal correctionnel au regard du rejet desdites conclusions, ne visait - de même que l'<ref-law> - que les dépenses du prévenu pour un avocat de choix. Les frais imputables à la défense d'office et à l'assistance gratuite étaient, eux, des débours (<ref-law>) et constituaient, par conséquent, des frais de procédure (<ref-law>) qui devaient, conformément à l'<ref-law>, être fixés par l'autorité pénale, également, dans la décision finale au plus tard (<ref-law>). Il s'ensuivait que si le recourant estimait que les motifs avancés par le Tribunal correctionnel étaient erronés ou infondés, il lui incombait de faire appel dudit jugement, celui-ci spécifiant, expressément, que toute partie ayant un intérêt juridiquement protégé à la modification de certaines parties du jugement - ce qui, à l'évidence, incluait le recourant - avait qualité pour en appeler, la déclaration y relative devant indiquer les parties contestées soit, en l'espèce, les frais, indemnités et réparation du tort moral (let. f de l'énoncé du jugement in fine ayant trait aux conditions de l'appel). Le recourant n'ayant toutefois pas utilisé cette voie, il était désormais forclos à le faire. La cour cantonale en a conclu que la question de l'indemnisation de ses frais de défense avait été définitivement tranchée par le Tribunal correctionnel de sorte que le recourant ne pouvait rouvrir le débat devant elle, par le biais d'un recours pour une prétendue violation de son droit d'être entendu, au demeurant non réalisée dans la PS/12/2016. Sur cette base, l'autorité précédente a déclaré le recours irrecevable.
4.4. Le recourant, qui se fonde sur plusieurs jurisprudences et quelques commentaires de doctrine, objecte qu'étant au bénéfice d'un constat d'illicéité en lien avec sa détention, le Tmc ne pouvait le renvoyer à agir devant le Tribunal correctionnel et devait lui allouer immédiatement de pleins dépens dans le cadre de la procédure spéciale PS/12/2016, soit lors du prononcé de son ordonnance du 20 avril 2016. Il fait également valoir que le Tribunal correctionnel ne serait pas compétent pour se prononcer sur l'octroi des dépens dus pour une procédure distincte de la procédure pénale.
Cette argumentation est mal fondée. Le recourant fait une lecture erronée des jurisprudences qu'il cite à l'appui de son point de vue. Certes, et comme il l'allègue, la violation de règles de procédure relatives à la détention avant jugement peut être réparée d'emblée par une constatation de l'irrégularité, une admission partielle du recours sur ce point, la mise à la charge de l'Etat des frais de justice et l'octroi de pleins dépens au recourant (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 97 et les références citées, en particulier les <ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s. et 137 IV 92 consid. 3.2.3 p. 98; cf. également <ref-ruling>consid. 2.4 p. 85 qui renvoie à l'<ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s.). Si une telle décision doit être rendue immédiatement (arrêt 1B_134/2012 du 8 mai 2012consid. 1.3; cf. également <ref-ruling> consid. 2.4 p. 97; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s.), elle intervient toutefois indépendamment de la procédure d'indemnisation prévue aux <ref-law> (arrêt 1B_134/2012 du 8 mai 2012 consid. 1.3; cf. également <ref-ruling> consid. 2.4 p. 97). Les jurisprudences que le recourant cite font donc une distinction entre la procédure d'indemnisation ensuite d'une violation des règles de procédure relative à la détention avant jugement et la procédure d'indemnisation en cas de mesures de contrainte illicites, ce dont il est question ici, prévue expressément à l'<ref-law>, laquelle comprend le remboursement des frais de défense encourus par le recourant (cf. supra consid. 4.2). Bien qu'il cite plusieurs garanties de la CEDH et de la Cst., le recourant n'avance aucun motif qui justifierait de s'écarter des jurisprudences précitées, respectivement de la distinction qu'elles opèrent. C'est donc à tort qu'il prétend que, dans le cas d'espèce, une décision d'indemnisation pour ses frais de défense devait être rendue immédiatement et indépendamment de la procédure d'indemnisation prévue aux <ref-law>. On ne saurait, dans ces conditions, reprocher à la cour cantonale d'avoir considéré que le Tmc était fondé à renvoyer le recourant à faire valoir ses prétentions devant le juge du fond. Le grief du recourant doit en conséquence être rejeté.
4.5. Le recourant soutient ensuite que, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, le jugement du Tribunal correctionnel devrait tout au plus être assimilé à une décision d'incompétence et n'aurait pas définitivement tranché la question de ses dépens dans la mesure où il n'aurait pas du tout examiné sa conclusion tendant à l'octroi de dépens qui lui avait été soumise sous l'angle de l'<ref-law>, ni sous l'angle de la jurisprudence relative à la réparation d'irrégularités consacrant une violation de garanties constitutionnelles. Le Tmc n'ayant pas non plus tranché la question, on se trouverait dans une situation de conflit négatif de compétence dont il ne devrait pas subir de conséquences. De plus, la procédure de recours serait plus apte à lui permettre d'obtenir de manière immédiate les dépens auxquels il aurait droit, de sorte qu'on ne saurait lui faire grief de ne pas avoir fait appel du jugement rendu par le Tribunal correctionnel.
Le Tribunal correctionnel n'a certes pas mentionné expressément l'<ref-law> dans son dispositif. Il a toutefois débouté le recourant de ses conclusions en indemnisation, spécifiant que les 1'800 fr. réclamés - correspondant aux honoraires de son avocat dans le cadre de la procédure relative à ses conditions de détention (cf. arrêt entrepris lettre D, p. 3) - ne concernaient pas une taxation d'office et qu'il ne pouvait pas revoir une décision entrée en force par le Tmc; on comprend donc que le Tribunal correctionnel n'est pas entré en matière sur la conclusion en indemnisation du recourant. Si ce dernier estimait que cette autorité n'avait pas définitivement tranché cette question, respectivement qu'elle avait commis un déni de justice sur ce point, ou que les motifs du refus étaient erronés, il lui incombait, contrairement à ce qu'il affirme et comme l'a du reste relevé la cour cantonale, de faire appel dudit jugement, ce qu'il n'a pas fait. L'intéressé s'est contenté de recourir contre l'ordonnance rendue le 20 avril 2016 par le Tmc qui a, de manière non critiquable (cf. supra consid 4.4), renvoyé le recourant à déposer ses prétentions devant le juge du fond. Pour le reste, l'argument du recourant - selon lequel la pratique du ministère public consisterait à déclarer systématiquement appel joint, en cas d'appel du prévenu, lorsque ses réquisitions n'ont pas été entièrement suivies par l'autorité de jugement, ce qui serait le cas en l'espèce, et qu'un tel appel aurait prolongé son maintien en détention pour des motifs de sûreté -, il n'est pas pertinent, dans la mesure où il se fonde sur une hypothèse. Enfin, le recourant ne fait qu'objecter avoir un intérêt à obtenir une réparation pécuniaire rapidement, cas qui n'est pas visé par la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 356 et les références citées), qui fait uniquement référence, en cas de mauvais traitements au sens de l'art. 3 CEDH en particulier, à un intérêt à la constatation immédiate de telles violations. Ce grief doit dès lors être rejeté.
4.6. Le fait que la cour cantonale ait déclaré le recours du recourant irrecevable plutôt que de le rejeter n'a en l'espèce aucune conséquence pratique compte tenu de l'issue du litige, si bien qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant cette question, respectivement de modifier la décision sur ce point.
4.7. En définitive, on ne saurait, vu ce qui précède, reprocher à la cour cantonale d'avoir écarté les griefs du recourant relatifs à l'ordonnance du 20 avril 2016.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions étant vouées à l'échec, l'assistance judiciaire est refusée au recourant (<ref-law>). Celui-ci supportera les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 27 juillet 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel