Sachverhalt:
A.
A.a. B._ (Kläger, Beschwerdegegner), ehemaliger Mitarbeiter der Bank C._, war involviert in die Entwicklung und Urheberschaft der Risikomanagement-Software D._ ("E._"). Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist Rechtsnachfolgerin der F._ AG, welche aus der G._ GmbH bzw. H._ AG sowie der I._ AG hervorgegangen ist. Auf Seiten der Beklagten respektive deren Rechtsvorgängerinnen war insbesondere J._, seinerseits langjähriger Geschäftspartner des Klägers, in die verschiedenen Geschäftsbeziehungen der Parteien und die Entwicklung und Vermarktung von E._ involviert.
A.b. Die G._ GmbH schloss am 2./3. Dezember 2009 mit der Bank C._ einen Lizenz- und Wartungsvertrag für E._ ab.
A.c. Der Kläger seinerseits schloss mit der G._ GmbH am 6. August 2009 bzw. am 16. Februar 2010 folgende Vereinbarungen im Zusammenhang mit der Lizenzierung, Übertragung und Wartung von E._ ab:
- Softwarekaufvertrag Nr. xxx vom 6. August 2009, mit folgenden Anlagen:
- Programmschein (Anlage 1)
- Rechnung (Anlage 2a)
- Softwarewartungsvertrag Nr. yyy (Anlage 3)
- Softwarekaufvertrag (Änderung zum Vertrag Nr. xxx vom 6. August 2009) vom 16. Februar 2010.
A.d. Mit Schreiben vom 30. September 2011 kündigte die Beklagte den Softwarewartungsvertrag Nr. yyy vom 6. August 2009 aus wichtigem Grund mit sofortiger Wirkung.
B.
Am 16. März 2015 reichte der Kläger beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. Mit im Laufe des Verfahrens geändertem Rechtsbegehren beantragte er im Wesentlichen, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihm Fr. 4'200'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 16. Februar 2010 zu bezahlen (Rechtsbegehren Ziff. 2a), eventualiter Fr. 3'010'000.-- nebst 5 % Zins seit 16. Februar 2010 (Rechtsbegehren Ziff. 2b) bzw. subeventualiter Fr. 2'744'000.-- nebst 5 % Zins ab diversen Daten (Rechtsbegehren Ziff. 2c).
Das Handelsgericht schützte mit Urteil vom 19. Dezember 2016 das Eventualbegehren teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 3'010'000.-- zuzüglich Verzugszinsen von 5 % seit dem 20. Dezember 2014 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Die Gerichtskosten verlegte es im Verhältnis von 30% (Kläger) zu 70% (Beklagte). Parteientschädigungen wurden nicht zugesprochen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2016 sei kostenfällig aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ihrem gleichzeitig gestellten Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 22. Februar 2017 stattgegeben.
Der Beschwerdegegner trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Ausserdem beantragt er, die "Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz betreffend meine Zinsforderung" sei gemäss seinen detaillierten Angaben zu berichtigen; eventualiter sei die Sache zur Berichtigung der Sachverhaltsfeststellung betreffend die Zinsforderung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdegegner beantragt mit seinem Begehren um "Berichtigung" des Sachverhalts betreffend der Zinsforderung auf dem ihm zugesprochenen Betrag von Fr. 3'010'000.-- in Wirklichkeit eine Änderung des Dispositivs. Um dies zu erreichen, hätte er selbst rechtzeitig Beschwerde erheben müssen. Im Zeitpunkt der Beschwerdeantwort war die Beschwerdefrist (<ref-law>) abgelaufen. Die Möglichkeit, im Rahmen der Beschwerdeantwort in Sinne einer "Anschlussbeschwerde" eine Abänderung des angefochtenen Entscheides zu Ungunsten der beschwerdeführenden Partei zu verlangen, ist im Gesetz nicht vorgesehen (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4342 Ziff. 4.1.4.5 zu Art. 96 E-BGG). Im Übrigen geben die Eintretensvoraussetzungen keinen Anlass für Bemerkungen.
2.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Erfüllt eine Beschwerde diese Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten.
3.
Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz ist nicht bestritten, dass dem Beschwerdegegner gestützt auf den Vertrag Nr. xxx ursprünglich ein Lizenzentgelt in Höhe von insgesamt Fr. 4'200'000.-- ( inklusive monatlicher Entschädigung für die Wartung der Software gemäss Vertrag Nr. yyy) geschuldet war, nämlich 60 Raten à Fr. 70'000.-- monatlich. Die Beschwerdeführerin machte und macht aber geltend, diese Forderung bestehe aus verschiedenen Gründen nicht mehr.
4.
Zum einen - so die Beschwerdeführerin - seien im Zusammenhang mit den Vereinbarungen bereits 18 Raten à Fr. 70'000.-- (total Fr. 1'260'000.--) an den Beschwerdegegner geleistet worden. Die Vorinstanz erachtete 17 Raten als ausgewiesen (total Fr. 1'190'000.--) und kam so auf den von ihr zugesprochenen Betrag von Fr. 3'010'000.--.
4.1. Die Vorinstanz erwog, es sei nicht bestritten, dass der Beschwerdegegner von der Beschwerdeführerin Zahlungen im Betrag von Fr. 1'190'000.-- erhalten habe; jedoch bestreite der Beschwerdegegner, dass diese an seine Forderung anrechenbar seien. Er stelle sich auf den Standpunkt, diese ihm überwiesenen Gelder als Zahlstelle für einen Dritten - die russische Gesellschaft K._ und Partner (nachfolgend: K._) - erhalten zu haben. Dies liess die Vorinstanz nicht gelten. Vielmehr stützte sie sich auf ein Schreiben des damaligen Rechtsvertreters des Beschwerdegegners vom 6. Oktober 2011, worin dieser den Erhalt von 17 Raten (total Fr. 1'190'000.--) bestätigt habe. Sie erwog sodann, der Beweis für die ebenfalls geltend gemachte achtzehnte Rate obliege der Beschwerdeführerin. Diese unterscheide aber in ihren Behauptungen und eingereichten Unterlagen nicht zwischen den vom damaligen Rechtsvertreter des Beschwerdegegners anerkannten 17 Raten und der achtzehnten. Weder der von der Beschwerdeführerin beigelegten Zahlungsübersicht noch den Belastungsanzeigen oder Kontoauszügen lasse sich nachvollziehbar entnehmen, inwiefern eine weitere Ratenzahlung erfolgt sein soll. Folglich könne auch nicht beurteilt werden, ob die fragliche Rate bezahlt worden sei oder nicht.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Grundsätze des substanziierten Bestreitens. Es sei ihr gar nicht möglich gewesen, zwischen den siebzehn vorprozessual anerkannten und der achtzehnten Rate zu unterscheiden. Nur der Beschwerdegegner hätte substanziiert angeben können, welche eine Ratenzahlung er angeblich nicht erhalten habe. Die Vorinstanz hätte daher mangels substanziierter Bestreitung davon ausgehen müssen, dass der Beschwerdegegner achtzehn Ratenzahlungen erhalten habe.
4.3. Die Rüge geht fehl. Die Beschwerdeführerin hatte in ihrer Klageantwort die achtzehn Zahlungen einzeln aufgelistet. Gleichzeitig hatte sie sich darauf berufen, dass der Rechtsvertreter des Beschwerdegegners mit dem Schreiben vom 6. Oktober 2011 siebzehn Raten anerkannt hatte und sie behielt sich für den Bestreitungsfall vor, weitere Beweismittel einzureichen. Der Beschwerdegegner weist aber zu Recht darauf hin, dass er in der Replik (u.a. Rz. 74 ff.) im Einzelnen dazu Stellung genommen habe. In der Tat listete er dort unter Rz. 80 jene Zahlungen auf, die nach seiner Darstellung den Betrag von Fr. 1'190'000.-- (treuhänderisch für K._) ergaben. Letztlich geht es bei diesem Punkt nicht um eine mangelnde Substanziierung, sondern um den fehlenden Beweis. Die Vorinstanz hielt denn auch fest, weder der Zahlungsübersicht noch den Belastungsanzeigen und Kontoauszügen lasse sich nachvollziehbar entnehmen, inwiefern eine weitere Ratenzahlung - über die mittels dem Schreiben vom 6. Oktober 2011 bewiesenen - erfolgt sein soll.
5.
Gestützt auf die von ihr mit Schreiben vom 30. September 2011 ausgesprochene fristlose Kündigung des Softwarewartungsvertrages Nr. yyy vom 6. August 2009macht die Beschwerdeführerin einen weiteren Abzug von Fr. 588'000.-- geltend, da sich die Wartungsgebühr auf Fr. 14'000.-- monatlich belaufen habe und ab Oktober 2011, das heisst für die 42 restlichen Raten keine Gebühr geschuldet sei.
5.1. Die Vorinstanz führte aus, Software-Pflegeverträge würden prinzipiell als Dauerschuldverträge qualifiziert. Bei Dauerschuldverträgen bestehe die Möglichkeit der ausserordentlichen Kündigung aus wichtigen Gründen und bei Unzumutbarkeit der Vertragserfüllung; bei weniger gravierenden Vertragsverletzungen unter Umständen erst nach vorgängiger Verwarnung oder Abmahnung. Damit vorliegend überhaupt eine ausserordentliche Kündigung aus wichtigem Grund in Betracht käme, müsste gemäss Softwarekaufvertrag vom 16. Februar 2010, neben der dort enthaltenen Globalübertragung von Nutzungsrechten an E._, die auf einen einmaligen Leistungsaustausch (Kauf) ausgerichtet sei, Raum für eine regelmässige Leistungserbringung (Softwarewartung) auf unbestimmte Zeit oder zumindest für eine gewisse Dauer bestehen. In der Folge liess sie offen, ob ein Dauerschuldvertrag vorgelegen habe, da jedenfalls kein wichtiger Grund für eine fristlose Auflösung bestanden habe.
Sie erwog, die Beschwerdeführerin berufe sich auf die Zerrüttung ihres Verhältnisses zur Bank C._ als Folge des Verhaltens des Beschwerdegegners dieser gegenüber. Das habe dazu geführt, dass die Bank C._ ihrerseits mit Schreiben vom 9. Mai 2011 die Verträge mit der Beschwerdeführerin als nicht verbindlich erklärt und sie eventualiter aus wichtigem Grund mit sofortiger Wirkung gekündigt habe, sodass als Konsequenz die monatlichen Zahlungen der Bank C._ an die Beschwerdeführerin von Fr. 100'000.-- eingestellt worden seien. Aufgrund dieses Vorgehens der Bank C._ habe die Beschwerdeführerin selber ab diesem Zeitpunkt auch keine Verwendung mehr für Wartungsarbeiten des Beschwerdegegners gehabt. Die Vorinstanz erwog dazu, zwar lasse sich den Akten entnehmen, dass es zwischen dem Beschwerdegegner und der Bank C._ zu einer Auseinandersetzung gekommen sei. Es sei aber nicht belegt, dass der Beschwerdegegner dafür letztlich die (alleinige) Verantwortung trage. Es sei nicht ersichtlich, dass die vom Beschwerdegegner gegenüber der Bank C._ erhobenen Ansprüche offensichtlich unhaltbar gewesen seien, zumal die entsprechenden strafrechtlichen Untersuchungen gegen den Beschwerdegegner nichts dergleichen zu Tage gefördert hätten. Dem Kündigungsschreiben der Bank C._ lasse sich nicht entnehmen, dass diese den Beschwerdegegner für ihre Entscheidung verantwortlich gemacht habe. Unter Hinweis auf act. 26/16 S. 2 und act. 26/21 stellte die Vorinstanz sodann fest, zumindest bis März 2011 habe offenbar auch die Beschwerdeführerin die vom Beschwerdegegner gegenüber der Bank C._ erhobenen Ansprüche nicht in Abrede gestellt. Und selbst wenn der Beschwerdegegner eine "Zerrüttung" oder "Eskalation" zwischen ihm und der Bank C._ verschuldet hätte, fehle es an einem eindeutigen Zusammenhang zwischen den Vertragsauflösungen in den je unterschiedlichen Parteiverhältnissen. Dass die Bank C._ den Vertrag mit der Beschwerdeführerin kündige, liege in deren Risikosphäre. Schliesslich habe die Beschwerdeführerin vom Zeitpunkt des geltend gemachten wichtigen Grundes (Kündigung der Bank C._ am 9. Mai 2011) bis zum Aussprechen der Kündigung gegenüber dem Beschwerdegegner (30. September 2011) über vier Monate zugewartet. Von einer unverzüglichen Kündigung könne keine Rede sein. Eine Konversion in eine ordentliche Kündigung sei ebenfalls ausgeschlossen.
5.2. Ob im Einzelfall ein wichtiger Grund vorliegt, entscheidet das Gericht nach seinem Ermessen (<ref-law>). Es geht dabei um eine Billigkeitsentscheidung, die auf objektiver Interessenabwägung unter Beachtung der Umstände des beurteilten Falles beruht (<ref-ruling> E. 4 S. 432 mit Hinweisen). Ermessensentscheide dieser Art überprüft das Bundesgericht an sich frei; es übt dabei aber Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die kantonale Instanz von dem ihr zustehenden Ermessen einen rechtsfehlerhaften Gebrauch gemacht hat, das heisst wenn sie grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen hat. Aufzuheben und zu korrigieren sind ausserdem Ermessensentscheide, die sich als im Ergebnis offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 11.2 S. 98; <ref-ruling> E. 6.6 S. 658; je mit Hinweisen).
5.3. Die Beschwerdeführerin wiederholt im Wesentlichen ihren Standpunkt, wonach der Beschwerdegegner für die Kündigung seitens der Bank C._ verantwortlich sei. Sein Verhalten gegenüber seiner Arbeitgeberin sei höchst unangebracht und illoyal gewesen, habe er doch von ihr Fr. 3'360'000.-- zuerst für sich selbst und dann für eine russische Gesellschaft (K._) verlangt. Als die Bank C._ dann auch noch erfahren habe, dass vom Betrag, den sie jeden Monat an die Beschwerdeführerin leistete (Fr. 100'000.--), Fr. 70'000.-- direkt an den Beschwerdegegner flossen, habe sie sich zur Auflösung der Zusammenarbeit mit der Beschwerdeführerin entschlossen. Die Beschwerdeführerin verweist in diesem Zusammenhang auf einen Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 16. Dezember 2015, mit dem dieses auf eine Klage der erwähnten russischen Gesellschaft gegen die Bank C._ nicht eingetreten sei und Zweifel am Bestand der (vom Beschwerdegegner behaupteten und ursprünglich für sich selber beanspruchten) Forderung dieser russischen Gesellschaft geäussert habe. Mit diesen Ausführungen genügt die Beschwerdeführerin den Rügeerfordernissen (vgl. E. 2 hiervor) nicht. Sie geht nicht auf die Feststellung der Vorinstanz ein, wonach dem Kündigungsschreiben der Bank C._ nicht zu entnehmen sei, dass diese den Beschwerdegegner für ihren Entscheid verantwortlich gemacht hätte. Und insbesondere setzt sie sich mit keinem Wort mit dem Hinweis der Vorinstanz auf ihre eigenen Schreiben vom 13. Dezember 2010 und 21. März 2011 (act. 26/16 und act. 26/21) auseinander, nach denen sie selber davon ausging, dem Beschwerdegegner stehe die behauptete Forderung gegenüber seiner Arbeitgeberin zu. Auf die Rüge ist nicht einzutreten. Ob die Kündigung verspätet gewesen wäre, ist unter diesen Umständen nicht mehr zu prüfen.
6.
Schliesslich setzt die Beschwerdeführerin dem Anspruch des Beschwerdegegners eine Darlehensforderung über Fr. 1'750'000.-- sowie fünf ausstehende Zinszahlungen à Fr. 131'250.-- (total Fr. 2'406'205.--) zur Verrechnung entgegen.
6.1. Die Vorinstanz erwog hauptsächlich, es obliege der Beschwerdeführerin als Darlehensgeberin, die vom Beschwerdegegner bestrittene Forderung auf Rückerstattung eines Darlehens zu beweisen. Hierzu berufe sie sich auf die als Darlehensvertrag bezeichnete Vereinbarung vom 22. Oktober 2004. Sie lege aber nicht dar, auf welche Weise dem Beschwerdegegner eine Darlehenssumme tatsächlich verschafft worden sein soll. Gemäss § 1 Ziff. 2 ff. dieses Vertrages sollte die für Verhandlungen zwischen dem Beschwerdegegner und dem Bankhaus L._ notwendige Implementierung von E._ durch die Beschwerdeführerin zum Pauschalbetrag von Fr. 1'750'000.-- übernommen werden. Eine Darlehensgewährung in derselben Höhe sei davon abhängig gemacht worden, ob das Bankhaus L._ in der Folge von ihrer Kaufoption für E._ Gebrauch machen würde. Bei Wahrnehmung der Kaufoption - was offenbar nicht erfolgt sei - sei vorgesehen gewesen, dass die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner für die Implementierung einen Betrag von Fr. 1'750'000.-- in Rechnung stellen würde. Bei Nicht-Wahrnehmung der Kaufoption sollte hingegen vom Beschwerdegegner der ausstehende Rechnungsbetrag (mangels genügender finanzieller Mittel des Beschwerdegegners) nicht eingefordert werden, sondern in Form eines Darlehens gewährt werden (§ 1 Ziff. 3 f. des Darlehensvertrages). Die Vorinstanz schloss daraus, dass die Darlehensgewährung massgeblich an das Erbringen von Implementierungsleistungen durch die Beschwerdeführerin gekoppelt gewesen sei und zwar nur im Sinne einer Absicherung, falls diese Leistungen nicht im Rahmen eines Vertragsschlusses mit L._ in Rechnung gestellt werden können. Mangels entsprechender Ausführungen seitens der Beschwerdeführerin könne aber nicht geprüft werden, ob sie tatsächlich Implementierungsleistungen im Sinne des Vertrages erbracht habe. Dass jemals eine Mahnung oder Zinszahlung - als Indiz für die Darlehensgewährung - erfolgt wäre, werde von der Beschwerdeführerin nicht behauptet. Nicht nachvollziehbar sei sodann, dass die von der Beschwerdeführerin ins Recht gelegte Bilanz vom 10. November 2010 keine Darlehensforderung über Fr. 1'750'000.-- enthalte. Ein Rückerstattungsanspruch sei daher nicht nachgewiesen. Daran vermöge auch die bei den Akten liegende Vereinbarung vom 14. April 2010 zwischen dem Beschwerdegegner und J._ nichts zu ändern, welche sich auf den Darlehensvertrag und die Kapitalschuld von Fr. 1'750'000.-- beziehe, denn auch diesbezüglich fehle es an relevanten Parteivorbringen.
Bei ihrer Beurteilung stützte sich die Vorinstanz auf Bestreitungen des Beschwerdegegners in dessen nachträglicher Eingabe vom 30. Mai 2016 (Poststempel 31. Mai 2016). Sie erwog, diese nachträgliche Eingabe sei zulässig. Zwar sei der Aktenschluss nach doppeltem Schriftenwechsel eingetreten. Die Beschwerdeführerin habe jedoch die Verrechnung erst mit der Duplik vom 25. April 2016 vorgebracht, weshalb die Eingabe vom 30. Mai 2016 zulässige Noven enthalten habe. Die Eingabe sei zwar erst rund 30 Tage nach Zugang der Duplik eingereicht worden, während die Rechtsprechung für das sog. (unbedingte) Replikrecht von einer zulässigen Frist zwischen 10 und 20 Tagen ausgehe, nach welcher Frist von einem Verzicht auf das Replikrecht ausgegangen werden könne. Da die praxisgemässe Bandbreite nur wenig überschritten worden sei und zufolge der fehlenden anwaltlichen Vertretung des Beschwerdegegners, sei die Eingabe noch rechtzeitig erfolgt.
6.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs.
6.2.1. Sie macht geltend, mit seiner Noveneingabe vom 30. Mai 2016 habe der Beschwerdegegner erstmals ausgeführt, aus dem Darlehensvertrag vom 22. Oktober 2004 existiere keine offene Darlehensschuld, da sämtliche Arbeiten im Zusammenhang mit der Anpassung und Weiterentwicklung der Software von den Rechtsvorgängerinnen der Beschwerdeführerin an die russische Gesellschaft (K._) ausgelagert worden seien. Sie habe die Zulässigkeit dieser Eingabe bestritten, da die von der Rechtsprechung akzeptierte Frist von 10 Tagen für eine Noveneingabe vom Beschwerdegegner nicht eingehalten worden sei. Die Vorinstanz habe sich zur Zulässigkeit der Eingabe vom 30. Mai 2016 erst im Endurteil geäussert; die Beschwerdeführerin habe keine Gelegenheit erhalten, vor Erlass des Urteils dazu Stellung zu nehmen. Die Vorinstanz habe die Beschwerdeführerin im Unklaren gelassen, ob sie die nachträgliche Eingabe vom 30. Mai 2016 berücksichtigen werde oder nicht. In der Folge habe sie die Eingabe nicht nur berücksichtigt, sondern massgeblich darauf abgestellt.
6.2.2. Vorerst ist klarzustellen, dass es bei der von der Rechtsprechung praxisgemäss angewendeten Zeitdauer, während der das Gericht die allfällige Wahrnehmung des sog. unbedingten Replikrechts (aus Art. 29 Abs. 1 und 2 BV und Art. 6 EMRK) abwarten muss, nicht darum geht, dass eine nach einer solchen Zeitspanne eingegangene nachträgliche Eingabe vom Gericht nicht mehr berücksichtigt werden darf. Eine Partei, der eine Eingabe der Gegenseite mit Hinweis auf den Aktenschluss zur Wahrung dieses Replikrechts zugestellt wird, weiss damit regelmässig, dass das Gericht die Sache als spruchreif erachtet; sie geht damit das Risiko eines raschen Entscheids ein. Aus dem Umstand aber, dass ein Gericht nach Ablauf dieser Dauer zu urteilen berechtigt ist, ohne sich dem Vorwurf einer Gehörsverletzung auszusetzen, kann nicht umgekehrt abgeleitet werden, dass nach dem fraglichen Zeitpunkt, aber vor der Urteilsfällung eintreffende Stellungnahmen generell zufolge Verspätung unberücksichtigt zu bleiben hätten (Urteile 4A_170/2015 vom 28. Oktober 2015 E. 1; 5A_155/2013 vom 17. April 2013 E. 1.4. Vgl. auch FRANÇOIS BOHNET, CPC annoté, 2016, N. 3 zu <ref-law>). Die Vorinstanz konnte somit die Noveneingabe vom 30. Mai 2016 unabhängig von der verstrichenen Zeit von rund einem Monat berücksichtigen. Dass die Noven nicht "ohne Verzug" im Sinne von <ref-law> vorgebracht worden wären, macht die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht geltend. Bereits deshalb, weil Noven auch losgelöst von einer Eingabe der Gegenseite eingebracht werden können, kann ein Vorbringen "ohne Verzug" gemäss <ref-law> nicht einfach gleichgesetzt werden mit der für die Ausübung des unbedingten Replikrechts einzuräumenden Zeitspanne. Darauf ist mangels diesbezüglicher Rügen aber nicht weiter einzugehen (vgl. E. 2). Nachdem die Beschwerdeführerin selber die Verrechnung erst in der Duplik geltend gemacht hatte, macht sie zu Recht nicht geltend, dass es sich um inhaltlich unzulässige Noven gehandelt habe.
6.2.3. Die Beschwerdeführerin ist sinngemäss der Auffassung, ihr sei ein faires Verfahren verweigert worden, weil sie über die Zulässigkeit der Noveneingabe im Unklaren gelassen und diese erst im Endentscheid beurteilt worden sei. Das wirft die von der ZPO nicht geregelte Frage auf, wie vorzugehen ist bei der Beurteilung der Zulässigkeit einer Noveneingabe. Ein Teil der Lehre stellt fest, über die Zulässigkeit von Noveneingaben - auch vor der Hauptverhandlung eingereichten - entscheide das Gericht im Endentscheid und nicht das prozessleitende Gerichtsmitglied; die gerichtliche Zurückweisung von angeblich unzulässigen Noveneingaben durch prozessleitende Verfügung sei der ZPO fremd (STAEHELIN/STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2013, S. 387 § 21 Rz. 10; ERIC PAHUD, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Brunner et al. [Hrsg.], Bd. II, 2. Aufl. 2016, N. 24 zu <ref-law>; DANIEL WILLISEGGER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N 55 zu <ref-law>). Ein anderer Teil geht davon aus, dass über die Zulässigkeit oder Unzulässigkeit einer Noveneingabe (vorweg) mittels prozessleitender Verfügung des instruierenden Gerichtsmitglieds entschieden wird (CHRISTOPH LEUENBERGER, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Sutter-Somm et al. [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 11 zu <ref-law>; LAURENT KILLIAS, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. II, 2012, N. 18 zu <ref-law>; DENIS TAPPY, in: CPC, Code de procédure civile commenté, 2011, N. 15 zu <ref-law>), wobei LEUENBERGER wie folgt präzisiert: Wenn die Verfahrensleitung an ein Gerichtsmitglied delegiert ist und eine Noveneingabe eingereicht werde, lasse dieses sie entweder zu und lasse sie der Gegenpartei zur (allfälligen) Stellungnahme zukommen, oder es weise die Noveneingabe aus dem Recht. In beiden Fällen geschehe dies mit einer prozessleitenden Verfügung. Das Kollegialgericht sei bei einer späteren Beurteilung der Streitsache jedoch nicht an den Entscheid des Instruktionsrichters gebunden. Es könne die Noveneingabe aus dem Recht weisen oder eine vom Instruktionsrichter nicht zugelassene Noveneingabe berücksichtigen. In letzterem Fall sei der Gegenpartei zunächst noch das rechtliche Gehör zu gewähren. Nach einer weiteren Auffassung ist die Noveneingabe dem Kollegialgericht einzureichen, das über die Zulassung - sofern in concreto zweckmässig - mit einer prozessleitenden Verfügung entscheidet (RAFAEL KLINGLER, Die Eventualmaxime in der Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, S. 185 f. Rz. 492 ff.).
Zutreffend und offensichtlich auch unbestritten ist, dass über die Zulässigkeit einer Noveneingabe das Kollegialgericht entscheidet. Die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage betrifft ausschliesslich die Verfahrensleitung. Die von der Lehre vorgezeichneten Arten des Vorgehens erscheinen alle als zulässig und geeignet, das rechtliche Gehör zu gewähren. Wesentlich ist allein, dass eine Gegenpartei Gelegenheit erhält, sich zu einer Noveneingabe zu äussern und nicht im Zweifel darüber sein kann, dass sie sich bei erster Gelegenheit dazu äussern muss, wenn sie etwas einzuwenden hat. Der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin wurde die nachträgliche Eingabe des Beschwerdegegners vom 30. Mai 2016 zugestellt; sie konnte sich somit dazu äussern und es war ihre Sache, zu entscheiden, ob sie eine (inhaltliche) Entgegnung für erforderlich hielt oder nicht (Urteil 4A_581/2012 vom 29. August 2013 E. 3.2.1; zit. Urteil 5A_155/2013 E. 1.4). Das rechtliche Gehör wurde nicht verletzt.
6.3. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung der bundesrechtlichen Vorschriften zur Behauptungs- und Substanziierungslast. Sie habe sich in der Duplik auf die Vereinbarung vom 14. April 2010 gestützt, die unmissverständlich eine "Kapitalschuld von CHF 1'750'000.-- unter dem Darlehensvertrag Nr. zzz vom 22.10.2004" bestätige. Sie habe daher entgegen der Vorinstanz keinen Anlass gehabt, näher darauf einzugehen, wie die Darlehenssumme tatsächlich verschafft worden sei. Erst mit seiner nachträglichen Eingabe vom 30. Mai 2016 habe der Beschwerdegegner dann die tatsächliche Einräumung eines Darlehens bestritten mit der Begründung, dass die Beschwerdeführerin gar keine Implementierungsarbeiten geleistet habe. Sollte das Bundesgericht die Auffassung vertreten, der Beschwerdegegner habe in seiner nachträglichen Eingabe die Hingabe des Darlehens genügend bestritten, wäre die Sache daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, um der Beschwerdeführerin das rechtliche Gehör in Bezug auf die Vorbringen des Beschwerdegegners zu gewähren. In Tat und Wahrheit geht es der Beschwerdeführerin mit diesen Vorbringen nicht um eine Verletzung der Bestimmungen zur Behauptungs- und Substanziierungslast; vielmehr rügt sie unter einem anderen Titel nochmals, dass sie mangels Klarheit über die Zulassung der Noveneingabe vom 30. Mai 2016 nicht inhaltlich dazu habe Stellung nehmen können. Es kann auf die obenstehenden Ausführungen (E. 6.2) verwiesen werden.
7.
7.1. Die Entscheidgebühr des angefochtenen Urteils beträgt Fr. 84'000.--. Gemäss § 4 Abs. 1 der Gebührenverordnung des Obergerichts [des Kantons Zürich] vom 8. September 2010 (GebV OG, LS 211.11) ergibt sich gestützt auf den massgeblichen Streitwert eine Gebühr von Fr. 62'750.--. Die Vorinstanz erhöhte diesen Betrag um etwas mehr als einen Drittel "in Anbetracht des Schwierigkeitsgrades und des Aufwandes". Gemäss § 4 Abs. 2 GebV OG kann die Grundgebühr "unter Berücksichtigung des Zeitaufwandes des Gerichts und der Schwierigkeit des Falls ermässigt oder um bis zu einem Drittel, in Ausnahmefällen bis auf das Doppelte, erhöht werden" (vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 336).
Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, dass von der Vorinstanz nicht dargetan wurde und auch nicht ersichtlich ist, worin der besondere Schwierigkeitsgrad oder Aufwand bestanden haben soll. Es wurde weder eine Hauptverhandlung noch ein Beweisverfahren durchgeführt. Es ist auch nicht ersichtlich, welche komplexen Rechtsfragen sich gestellt haben sollen. Die Erhöhung der Grundgebühr ist durch nichts gerechtfertigt und willkürlich (vgl. zu einem berechtigten Willkürvorwurf betreffend Kostenentscheid auch <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 341).
7.2. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz schliesslich die bundesrechtlichen Bestimmungen zur Kostenverteilung verletzt, indem sie davon ausging, der Beschwerdegegner habe zu 70 % gewonnen. Damit habe die Vorinstanz nicht berücksichtigt, dass der Beschwerdegegner mit seinem Zinsbegehren grösstenteils unterlegen sei; er habe 5 % Zins seit dem 10. Februar 2010 verlangt, jedoch nur 5 % Zins ab dem 19. Dezember 2014 zugesprochen erhalten. Diese beträchtliche Zinsdifferenz könne bei der Kostenverteilung nicht unberücksichtigt bleiben. Werde sie berücksichtigt, obsiege der Beschwerdegegner nur zu 60 %.
Hat keine Partei vollständig obsiegt, werden die Prozesskosten nach dem Ausgang des Verfahrens verteilt (<ref-law>). Diese Regelung räumt dem Gericht ein weites Ermessen ein (Urteil 4A_207/2015 vom 2. September 2015 E. 3.1 mit umfassenden Hinweisen). Ermessensentscheide prüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung (vgl. im Einzelnen E. 5.2 hiervor). Wenn die Vorinstanz für das Ausmass des Obsiegens auf den Streitwert abstellte, bei dem gemäss <ref-law> Zinsen nicht hinzugerechnet werden, kann ihr kein Ermessensmissbrauch vorgeworfen werden.
7.3. Damit ist einerseits die vorinstanzliche Gerichtsgebühr von Fr. 84'000.-- auf Fr. 62'750.-- zu reduzieren. Andererseits ist die vorinstanzliche Kostenaufteilung im Verhältnis von 70 % zu 30 % zu bestätigen. Beim Bundesgericht Beschwerde geführt hat allerdings nur die Beschwerdeführerin, nicht auch der Beschwerdegegner (siehe auch E. 1). Dieser hält im Übrigen in seiner Beschwerdeantwort ausdrücklich fest, er gehe davon aus, die Vorinstanz habe die Gerichtsgebühr korrekt berechnet. Entsprechend ist sicherzustellen, dass die mit der Beschwerde erreichte Reduktion der vorinstanzlichen Gerichtsgebühr der beschwerdeführenden Partei zu Gute kommt, indem die Reduktion von Fr. 21'250.-- ihr angerechnet wird, obwohl das Verhältnis der Kostenverteilung grundsätzlich zu bestätigen ist. So lässt sich sicherstellen, dass nicht die Vorinstanz von ihrer willkürlich hohen Gerichtsgebühr profitiert. Für den Beschwerdegegner ergibt sich dadurch kein Nachteil, beläuft sich sein Anteil an den vorinstanzlichen Gerichtskosten in absoluten Zahlen doch unverändert auf Fr. 25'200.--.
8.
Die Beschwerde ist somit in Bezug auf die Höhe der vorinstanzlichen Gerichtskosten gutzuheissen, im Übrigen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens (marginales Obsiegen) rechtfertigt es sich, der Beschwerdeführerin die Gerichtskosten vollumfänglich zu auferlegen. Der Beschwerdegegner ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihm keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-ruling> E. 4 S. 446).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Dispositiv-Ziffern 2 und 3 des Urteils des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2016 werden aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"2. Die Gerichtsgebühr wird auf Fr. 62'750.-- festgesetzt.
3. Die Kosten werden zu Fr. 37'550.-- der Beklagten und zu Fr. 25'200.-- dem Kläger auferlegt und aus dem vom Kläger geleisteten Kostenvorschuss (Fr. 63'000.--) gedeckt. Dem Kläger wird der restliche Kostenvorschuss von Fr. 250.-- zurückerstattet. Für die der Beklagten auferlegten und aus dem vom klägerischen Vorschuss bezogenen Kosten (Fr. 37'550.--) wird dem Kläger das Rückgriffsrecht auf die Beklage eingeräumt."
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. August 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi