Sachverhalt:
A.
Die A._ GmbH (Patentinhaberin, Klägerin, Beschwerdeführerin) ist Inhaberin des europäischen Patents EP xxx "Schienenfahrzeug mit einer Antriebseinrichtung", für das sie Schutz in der Schweiz beansprucht. Das Patent wurde am 18. September 2007 unter Inanspruchnahme der Priorität DE yyy vom 18. September 2006 angemeldet; am 10. Juni 2009 wurde der Hinweis auf die Patenterteilung bekannt gemacht.
Die B._ AG (Beklagte 1) und die C._ AG (Beklagte 2) sind in der Schweiz domizilierte Gesellschaften, die u.a. die Fabrikation und den Umbau von sowie den Handel mit Schienenfahrzeugen und Komponenten der Antriebs- und Fördertechnik zum Zweck haben. Die D._ AG (Beklagte 3) bezweckt den Erwerb, die Veräusserung und Verwaltung von Beteiligungen an anderen Unternehmungen sowie die Errichtung von Tochtergesellschaften oder Filialen im In- und Ausland.
Die Patentinhaberin wirft den Beklagten (Beschwerdegegnerinnen) vor, ihr Patent nachzumachen. Die Beklagten bestreiten die Rechtsbeständigkeit des Patents.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 20. Dezember 2012 gelangte die Patentinhaberin an das Bundespatentgericht im Wesentlichen mit den Anträgen, der Beklagten sei die Herstellung und der Handel von Doppelstock-Triebwagen mit folgenden Merkmalen zu verbieten: (a) ein Wagenkasten mit zwei Triebdrehgestellen, umfassend jeweils zwei Achsen, wobei die Triebdrehgestelle je im Bereich der gegenüberliegenden Enden des Wagenkastens angeordnet sind, (b) eine elektrische Antriebseinrichtung, umfassend zwei Traktionstransformatoren und zwei Traktionsstromrichter, wobei jeweils einem Traktionstransformator ein Traktionsstromrichter zugeordnet ist, (c) ein Traktionstransformator und ein Traktionsstromrichter sind im Bereich oberhalb des einen Triebdrehgestells angeordnet und treiben durch einen Fahrmotor mindestens eine der Achsen dieses Triebdrehgestells an, (d) ein zweiter Traktionstransformator und ein zweiter Traktionsstromrichter sind im Bereich oberhalb des anderen Triebdrehgestells angeordnet und treiben durch einen Fahrmotor mindestens eine der Achsen dieses Treibdrehgestells an. Zudem verlangte die Patentinhaberin Rechnungslegung.
B.b. Das Bundespatentgericht wies die Klage mit Urteil vom 10. Juni 2016 ab.
Es kam zum Schluss, das Patent sei wegen fehlender Neuheit nichtig. Die Beklagten hatten in der Duplik mehrere neuheitsschädliche Vorveröffentlichungen behauptet; das Patentgericht stellte fest, dass die E._ am 17. April 2003 technische Unterlagen an F._ und am 23. Mai 2003 sowohl an F._ wie an die Beklagten übermittelt hatte, welche die patentierte Lehre offenbarten und keinen ausdrücklichen Geheimhaltungshinweis enthielten. Die von der Klägerin behauptete sinngemässe Geheimhaltungsvereinbarung verneinte das Bundespatentgericht.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Klägerin die Anträge, das Urteil des Bundespatentgerichts vom 10. Juni 2016 sei aufzuheben und die Sache sei zu erneuter Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, den Zeugen G._ einzuvernehmen (Ziffer 1), und das Bundespatentgericht sei anzuweisen, die Beweise nach Einvernahme des Zeugen G._ unter Anwendung des Regelbeweismasses, gemäss dem der Beweis erbracht ist, wenn das Gericht nach objektiven Gesichtspunkten von der Richtigkeit einer Sachbehauptung überzeugt ist, wobei absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann und es genügt, wenn das Gericht am Vorliegen der behaupteten Tatsache keine ernsthaften Zweifel mehr hat oder allenfalls verbleibende Zweifel als leicht erscheinen, zu würdigen (Ziffer 2). Die Beschwerdeführerin rügt, es sei ihr das Recht auf Beweis verweigert worden, indem der von ihr angerufene Zeuge G._ nicht angehört worden sei. Sie wendet sich namentlich dagegen, dass die Vorinstanz ihre Behauptungen zum Zusammenarbeitsverhältnis als nicht hinreichend substanziiert erachtet hat, aus dem sie eine stillschweigende Geheimhaltungsvereinbarung hergeleitet habe. Ausserdem rügt sie, die Vorinstanz habe überspannte Anforderungen an das Beweismass gestellt (S. 6).
Die Beschwerdegegner beantragen in ihrer Beschwerdeantwort die Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten.
Das Bundespatentgericht hat auf Stellungnahme verzichtet.
Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde hat eine Zivilsache zum Gegenstand (<ref-law>) und richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) des Bundespatentgerichts (<ref-law>), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>), das Erreichen eines Streitwerts ist nicht erforderlich (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt hinreichender Begründung (<ref-law> und <ref-law>) - einzutreten.
2.
Eine der unerlässlichen materiellen Voraussetzungen der Patentierbarkeit bildet gemäss <ref-law> (SR 232.14) die Neuheit der Erfindung. Sie fehlt nach der Definition in <ref-law>, wenn die Erfindung zum Stand der Technik gehört. Was vor dem Anmelde- oder dem Prioritätsdatum der Öffentlichkeit durch schriftliche oder mündliche Beschreibung, durch Benutzung oder in sonstiger Weise zugänglich gemacht worden ist, bildet den Stand der Technik (<ref-law>). Ist die Veröffentlichung schriftlich erfolgt, muss sie in einem einzigen älteren Dokument enthalten sein, das die Erfindung mit allen ihren Merkmalen beschreibt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 232 mit Verweisen; Urteil 4C.10/2003 vom 18. März 2003 E. 2). Der Neuheitsbegriff des schweizerischen Patentgesetzes entspricht materiell demjenigen des Art. 54 Abs. 1 und 2 des Übereinkommens über die Erteilung europäischer Patente (Europäisches Patentübereinkommen [EPÜ], SR 0.232.142.2; vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 481). Neuheitsschädlich ist jede Art der Veröffentlichung der Erfindung, sie muss als solche der Öffentlichkeit auf irgendeine Weise zugänglich gemacht worden sein. Der Öffentlichkeit zugänglich ist solches Wissen, wenn es den Kreis der dem Erfinder zur Geheimhaltung verpflichteten Personen verlässt und einem weiteren interessierten Publikum offen steht, das wegen seiner Grösse oder wegen der Beliebigkeit seiner Zusammensetzung für den Urheber der Information nicht mehr kontrollierbar ist (<ref-ruling> E.1a S. 482; 68 II 397; 43 II 113; 29 II 163). Die Offenbarung selbst muss nicht einem unbestimmten Personenkreis gegenüber erfolgen. Es reicht aus, dass die Weitergabe und damit die öffentliche Zugänglichkeit nicht auszuschliessen sind. Daher kann auch ein einziger Verkauf oder ein einmaliges Vorzeigen des Gegenstandes, welcher die Information verkörpert oder enthält, die Offenkundigkeit herbeiführen; bei Kundgabe an einen oder wenige bestimmte Empfänger ist danach zu fragen, ob nach den Umständen damit gerechnet werden muss, dass eine Weiterverbreitung erfolgt (Urteil 4C.88/1991 E. 2b mit Verweisen, publ. in: SMI 1991 I 129; BGE 68 II 397).
Im vorliegenden Fall steht nach den Feststellungen der Vorinstanz fest und ist unbestritten, dass die Information, welche die E._ (d.h. deren Mitarbeiter H._ und I._) im April und Mai 2003 - und damit lange vor dem Prioriätsdatum vom September 2006 - an Mitarbeiter der F._ und Organe der Beschwerdegegnerinnen weitergab, sämtliche Merkmale der Erfindung offenbarte und daher die Erfindung neuheitsschädlich vorweggenommen hat, wenn die Adressaten nicht zum Kreis von Personen gehörten, die dem Erfinder zur Geheimhaltung verpflichtet waren. Die Vorinstanz stellt im angefochtenen Entscheid fest und die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass eine ausdrückliche Geheimhaltungspficht den Adressaten der Information durch die E._ - deren Verhältnis zu den Erfindern des von der Beschwerdeführerin gehaltenen Patents im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt ist - nicht auferlegt wurde. Umstritten ist allein, ob nach den Umständen nicht mit einer Weiterverbreitung der später im Patent beanspruchten Erfindung gerechnet werden musste, weil den Empfängern der Information sinngemäss nach den Umständen eine Geheimhaltungspflicht oblag.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe überspannte Anforderungen an die Substanziierung gestellt und ihr den Beweis verweigert, indem sie den von ihr angerufenen Zeugen nicht einvernahm, den die Beschwerdeführerin zur Behauptung angerufen hatte, die von Mitarbeitern der E._ am 17. April 2003 und 23. Mai 2003 verschickten Unterlagen seien mit einer stillschweigenden Geheimhaltungsvereinbarung versehen gewesen.
3.1. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass F._ im Zusammenhang mit dem Projekt K._ eine Offert-Anfrage an die E._ richtete (wobei sie diese Anfrage mit einem Geheimhaltungsvermerk versah). Die E._ antwortete darauf nach den Feststellungen der Vorinstanz anstelle einer einfachen Offerte mit einer "gewissermassen technisch kreative (n) Rückmeldung". Sie übermittelte sehr detaillierte Unterlagen, die den Fachmann abgesehen von üblichen Anpassungen und Einstellungen in die Lage versetzten, den beschriebenen Gegenstand - ein anspruchsgemässes Schienenfahrzeug - auch tatsächlich zu bauen. Diese technische Information übermittelte die E._ gerade nicht mit Geheimhaltungsvorbehalt. Die Vorinstanz schloss daraus, die E._ habe kein Interesse daran gehabt, die angebotene Technologie als geheim zu klassifizieren oder selbst zum Patent anzumelden. Da die E._ die Information nicht nur an F._, sondern auch noch zusätzlich an die Beschwerdegegnerinnen - die keine potenziellen Vertragspartnerinnen waren und in Konkurrenz zu F._ standen - übermittelte, verneinte die Vorinstanz ein Rechts- oder Vertrauensverhältnis zwischen E._ und F._, in dessen Rahmen ein gemeinsames Geheimhaltungsinteresse oder eine Geheimhaltungsverpflichtung der F._ hätte bestehen können. Die Vorinstanz schloss vielmehr, die technische Information sei spätestens mit der Übermittlung an die Beschwerdegegnerinnen der Öffentlichkeit zugänglich gemacht worden. Den von der Beschwerdeführerin angerufenen vertraulichen Ton zwischen den Betroffenen liess die Vorinstanz nicht genügen, um eine implizite Geheimhaltung anzunehmen. Ausserdem hielt sie fest, es sei von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert behauptet und von den Beschwerdegegnerinnen bestritten worden, dass ein dieser Übermittlung übergeordnetes und klar zugeordnetes Zusammenarbeitsprojekt existiere.
3.2. Die Beschwerdeführerin weist mit Aktenzitat nach, dass sie konkret behauptet hat, zwischen den Firmen E._, F._ und den Beschwerdegegnerinnen habe eine Zusammenarbeit zur Entwicklung und Auslieferung von Triebzügen für die L._ bestanden. Dabei habe sich diese Zusammenarbeit auf die Beschwerdegegnerin 3 erstreckt, da diese von der Firma F._ hinzugezogen worden sei, um einen ausreichend hohen Wertschöpfungsanteil in der Schweiz sicher zu stellen. Die Beschwerdeführerin rügt, die Feststellung des Bundespatentgerichts treffe nicht zu, dass es sich bei der Beschwerdegegnerin 3 um einen Dritten gehandelt habe; es treffe angesichts der Zusammenarbeit in der Erfüllung des von F._ gewonnenen Auftrags auch nicht zu, dass die Beschwerdegegnerinnen und F._ in diesem Zusammenhang Konkurrenten gewesen seien. Indem die Vorinstanz einfach behaupte, die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur behaupteten Zusammenarbeit seien zu wenig substanziiert, verweigere sie ihr das Recht auf Beweis, namentlich auf Einvernahme des rechtzeitig und formgültig angerufenen Zeugen.
3.3. In Verfahren, die wie hier vom Verhandlungsgrundsatz beherrscht sind, tragen die Parteien die Verantwortung für die Beschaffung des Tatsachenstoffes. Sie haben dem Gericht die Tatsachen, auf die sie ihre Begehren stützen, darzulegen und die Beweismittel anzugeben (<ref-law>). Die Parteien trifft die sog. Behauptungslast. Welche Tatsachen zu behaupten sind, hängt vom Tatbestand der Norm ab, auf die der geltend gemachte Anspruch abgestützt wird. Die Parteien haben alle Tatbestandselemente der materiellrechtlichen Normen zu behaupten, die den geltend gemachten Anspruch begründen. Der Behauptungslast ist Genüge getan, wenn die Parteien in ihrem Tatsachenvortrag in allgemeiner Weise sämtliche Tatsachen benennen, welche unter die ihr Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind. Ein solchermassen vollständiger Tatsachenvortrag wird als schlüssig bezeichnet, da er bei Unterstellung, er sei wahr, den Schluss auf die anbegehrte Rechtsfolge zulässt. Bestreitet der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 368; Urteile 4A_1/2016 vom 25. April 2016 E. 2.1; 5A_658/2014 vom 6. Mai 2015 E. 6.3.1; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.2, je mit Hinweisen). Ein globaler Verweis auf eingereichte Unterlagen genügt den Anforderungen an Behauptung und Substanziierung nicht (Urteil 5A_61/2015 vom 20. Mai 2015 E. 4.2.1.3 mit Hinweisen).
Da sich der Gegenstand der Behauptungs- und Substanziierungslast nach der materiellrechtlichen Anspruchsgrundlage richtet, bestimmen für Rechtsverhältnisse des Bundesprivatrechts die anwendbaren Normen des Bundesrechts, welche Tatsachen zu behaupten und zu substanziieren sind (<ref-ruling> E. 3e S. 188; Urteile 5A_658/2014 vom 6. Mai 2015 E. 6.3.1; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.3).
3.4. Neuheitsschädlich vorweggenommen ist eine Erfindung, wenn die technische Information einem Dritten bekannt wird, der dem Erfinder nicht zur Geheimhaltung verpflichtet ist. Dass die Beschwerdegegnerinnen, F._ und die E._ bzw. deren Mitarbeiter im Rahmen der behaupteten Entwicklungszusammenarbeit den Erfindern des von der Beschwerdeführerin gehaltenen Patents zur Geheimhaltung verpflichtet gewesen wären, behauptete die Beschwerdeführerin nicht. Zum Verhältnis der an der Korrespondenz vom April/Mai 2003 Beteiligten zu den Erfindern ist weder den Feststellungen im angefochtenen Urteil noch der Beschwerde etwas zu entnehmen. Auch wenn die Behauptung bewiesen wäre, dass die Empfänger der technischen Information vom April/Mai 2003 zusammen mit deren Verfasser im Rahmen einer Entwicklungszusammenarbeit verbunden waren, würde dies den Schluss nicht erlauben, dass die Beteiligten dem Erfinder des von der Beschwerdeführerin gehaltenen Patents gegenüber zur Geheimhaltung verpflichtet waren. Für den Fall, dass die Beschwerdeführerin behaupten wollte, die am neuheitsschädlichen Schriftverkehr vom April/Mai 2003 Beteiligten seien dem Erfinder gegenüber sinngemäss zur Geheimhaltung verpflichtet gewesen, ist ihr Vortrag nicht schlüssig.
3.5. Wenn die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid schliesst, die E._ habe offensichtlich kein Interesse gehabt, die angebotene Technologie als geheim zu klassifizieren oder selber zum Patent anzumelden, geht sie davon aus, dass die von der Beschwerdeführerin als Erfindung beanspruchte technische Lehre unabhängig von den im Patent genannten Erfindern schon mehr als zwei Jahre vor dem Prioritätsdatum bekannt war. Dies ergibt sich auch aus der Fussnote, in der sie Lehrmeinungen zum Angebot einer technischen Entwicklung deshalb nicht als einschlägig erachtet, weil dort davon ausgegangen werde, der Anbieter melde anschliessend ein Patent an. Für den Fall einer unabhängigen früheren Erfindung könnte sich die Frage stellen, ob deshalb keine Vorveröffentlichung bzw. keine neuheitsschädliche Vorwegnahme vorliegt, weil alle Personen, die von der technischen Lehre Kenntnis hatten, diese geheim halten wollten oder zu deren Geheimhaltung verpflichtet waren und deshalb eine Weiterverbreitung als ausgeschlossen erscheint. Dafür bedürfte es mindestens des Nachweises, dass ein Geheimhaltungsinteresse tatsächlich bestand und die Geheimhaltung so abgesichert wurde, dass praktisch eine Weiterverbreitung der technischen Lehre als ausgeschlossen erscheint. Dass die Personen, die von der Lehre schon vor dem Prioritätsdatum Kenntnis hatten, im Rahmen einer Entwicklungszusammenarbeit zusammen arbeiteten, erlaubt für sich allein den Schluss nicht, dass eine Weitergabe und damit die öffentliche Zugänglichkeit der technischen Lehre auszuschliessen war. Auch die bewiesene Tatsache der Entwicklungszusammenarbeit derjenigen Personen, welche von der Lehre vor dem massgebenden Prioritätsdatum Kenntnis erlangten, führt nicht zum Schluss, dass die frühere Kenntnis der Lehre durch unbeteiligte Dritte keine neuheitsschädliche Vorveröffentlichung bedeutet. Die Vorinstanz hat die von der Beschwerdeführerin behauptete Zusammenarbeit zwischen den Beschwerdegegnerinnen, F._ und E._ im Ergebnis zutreffend als nicht hinreichend für den Schluss angesehen, dass die beanspruchte Lehre durch die Korrespondenz vom April/Mai 2003 (wegen vereinbarter Geheimhaltung) nicht neuheitsschädlich vorweggenommen ist.
3.6. Die Vorinstanz hat aus diesem Grund auch den Beweisführungsanspruch der Beschwerdeführerin nicht verletzt. Denn der Beweisführungsanspruch - der sich als Teilgehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör allgemein aus <ref-law> und für das Bundesprivatrecht besonders aus <ref-law> ergibt, sowie seit Inkrafttreten der ZPO auch in <ref-law> verankert ist - verschafft der beweispflichtigen Partei in allen bundesrechtlichen Zivilrechtsstreitigkeiten einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 7.1; Urteile 4A_607/2014 vom 9. Februar 2015 E. 2.2; 4A_452/2013 vom 31. März 2014 E. 3.1). Tatsachenbehauptungen, die den Schluss auf das Bestehen eines eingeklagten Anspruchs nicht zulassen, sind nicht rechtserheblich. Die Abweisung des Beweisantrags zur Behauptung einer Entwicklungszusammenarbeit verletzt den Anspruch der Beschwerdeführerin auf Beweis nicht.
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Diesem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin zu auferlegen (<ref-law>). Diese hat den Beschwerdegegnerinnen deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2016
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hurni