Sachverhalt:
A.
Die B._ AG war Eigentümerin der Parzelle Nr. xxx, welche an der N._-strasse in Baar liegt. Am 5. November 2014 reichte sie bei der Gemeinde Baar ein Baugesuch für ein Mehrfamilienhaus mit Unterniveaugarage auf dieser Parzelle ein. Mit Beschluss vom 13. Mai 2015 lehnte der Gemeinderat Baar das Baugesuch ab.
B.
Dagegen führte die B._ AG Verwaltungsbeschwerde beim Regierungsrat des Kantons Zug, der das Rechtsmittel am 26. Januar 2016 abwies.
Kurz darauf erwarb die A._ AG die Parzelle Nr. xxx von der B._ AG.
C.
Am 29. Februar 2016 erhoben die B._ AG und die A._ AG gemeinsam Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zug. Dieses wies die Beschwerde am 20. Juni 2016 ab.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 27. Juli 2016 beantragen die B._ AG und die A._ AG, in Abänderung des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug sei ihnen die Baubewilligung zu erteilen.
E.
Das Verwaltungsgericht und der Gemeinderat Baar beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Regierungsrat schliesst auf die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG).
Es kann offenbleiben, ob sowohl die B._ AG als Adressatinnen des angefochtenen Entscheids und die A._ AG als neue Eigentümerin beide zur Beschwerde befugt sind, oder nur eine von beiden: Da sie gemeinsam Beschwerde führen, ist auf die Beschwerde so oder anders einzutreten (<ref-law>).
1.2. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.6 S. 130). Inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen, ist daher in der Beschwerde klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 8 S. 156). Rügt ein Beschwerdeführer die Verletzung des Willkürverbots von <ref-law>, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Er hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf Rügen, mit denen bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geübt wird, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.8 S. 494; <ref-ruling> E. 1.3 S. 60; je mit Hinweisen).
1.3. Die vorliegende Beschwerdeschrift vermag den Begründungserfordernissen nur in begrenztem Ausmass zu genügen; sie ist zu einem grossen Teil appellatorischer Natur und deckt sich in weiten Teilen wortwörtlich mit der schon vor der Vorinstanz eingereichten Begründung. Auf die Beschwerde ist mithin nur soweit einzutreten, als sich die Beschwerdeführerinnen konkret zur Verletzung von Bundesrecht durch den angefochtenen Entscheid selbst äussern.
2.
2.1. Das Verwaltungsgericht hat erwogen, das Baugesuch sei vom Gemeinderat und vom Regierungsrat mit der Begründung abgewiesen worden, das Grundstück Nr. xxx sei Teil der Gesamtüberbauung N._-strasse... bis..., weshalb eine konzeptionelle Änderung der Gesamtüberbauung der Einverständnisse der übrigen Grundeigentümer im Gesamtüberbauungsperimeter bedürfe. Das Verwaltungsgericht hielt weiter fest, die Baubewilligung von 1959 sei in Anwendung der Bauordnung für die Gemeinde Baar vom 13. November 1955 (BO 1955) erteilt worden. Diese Bauordnung habe in Art. 3 vorgesehen, dass der Gemeinderat - sofern besondere Verhältnisse oder Bedürfnisse es rechtfertigten - Ausnahmen von den Vorschriften der Bauordnung bewilligen könne, insbesondere, wenn es sich um eine einheitliche Bebauung eines grösseren Gebiets nach einem Gesamtplan handle (Ziffer 2) und wenn durch die Ausnahme eine bessere Lösung in Bezug auf das Orts- und Landschaftsbild oder die hygienischen Verhältnisse erzielt werden könne (Ziffer 3). Gemäss Art. 18 BO 1955 seien in der Zone W3 maximal 3 Geschosse und eine Ausnützungsziffer von 0.75 zulässig gewesen. In Art. 19 BO 1955 sei dem Einwohnerrat die Kompetenz eingeräumt worden, bei Vorliegen eines siedlungstechnisch und architektonisch einwandfreien Gesamtplans ein Überschreiten der für die einzelnen Zonen vorgeschriebenen Geschosszahl zu bewilligen, sofern die Ausnützungsziffern das in der betreffenden Zone zulässige Mass nicht überschritten.
Die BO 1955 sei per 1. Juni 1975 durch die Ersatzbauordnung für die Gemeinde Baar und per 27. September 1981 durch die Bauordnung Baar (BO 1981) abgelöst worden. In Art. 67 BO 1981 sei ausdrücklich festgehalten worden, dass bestehende, unter der Herrschaft der BO 1955 (mit allen Abänderungen), der Ersatzbauordnung 1975 und der Teilbauordnung Allenwinden von 1977 entstandene Gesamtüberbauungs-, Arealüberbauungs- und Bebauungspläne sowie spezielle Bauvorschriften in Kraft blieben, sofern sie nicht ausdrücklich aufgehoben würden. Auch die Bauordnung vom 2. Juni 1991 enthalte eine weitgehend identische Übergangsbestimmung.
Die Überbauung N._-strasse... bis... vom 2. Juni 1959 sei gestützt auf Art. 19 BO 1955 und damit gestützt auf einen Gesamtplan bewilligt worden. Dieser Gesamtplan sei mit dem Inkrafttreten der Bauordnungen von 1981 und 1991 verlängert worden und sei nach wie vor in Kraft. Die seinerzeitige Bewilligung entspreche auch den heute geltenden Bestimmungen betreffend Arealüberbauungen. Zu Recht habe der Regierungsrat im angefochtenen Beschluss festgestellt, dass die Überbauung an der N._-strasse als Vorläufer einer heutigen Arealüberbauung betrachtet werden müsse und dass daher die heute geltenden Vorschriften betreffend die Arealüberbauung für die Beurteilung des Bauvorhabens wegleitend sein müssten.
Bei der Überbauung N._-strasse... bis... im Jahr 1959 sei eine Fläche von 10'595 m2 nach einem einheitlichen Gesamtplan bebaut worden, wobei von der Baufachkommission eine Ausnützung von 0.72 ermittelt worden sei. Die seinerzeitige Baubewilligung habe die Erlaubnis beinhaltet, ein Stockwerk höher zu bauen, als es in der Zone W3 erlaubt gewesen wäre. Der jetzt geplante Bau eines Mehrfamilienhauses mit Einstellhalle zwischen den Häusern N._-strasse... und... stelle eine wesentliche Änderung des damaligen Konzepts dar, welche nur mit der Zustimmung aller betroffenen Grundeigentümer möglich sei. Auch die grossen Grünflächen zwischen den einzelnen Gebäuden bildeten wesentliche Merkmale der Überbauung und könnten nicht durch einen einzelnen Eigentümer ohne die Zustimmung der anderen Miteigentümer überbaut werden.
2.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung der Eigentumsgarantie gemäss <ref-law>. Durch den Entscheid der Vorinstanzen werde ihnen das Recht verwehrt, das fragliche Grundstück zu überbauen. Die Beschwerdeführerinnen halten den Schluss der Vorinstanz, wonach es sich um eine einheitliche Bebauung eines grösseren Gebiets nach einem Gesamtplan handle, für willkürlich, ohne sich indessen mit den differenzierten Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Sie tun auch nicht rechtsgenüglich dar, inwiefern die Annahme des Verwaltungsgerichts willkürlich sei, wonach die geplante Überbauung zu einer wesentlichen Änderung des Arealkonzepts führe und daher nur mit Zustimmung aller Eigentümer des Areals im Rahmen einer Konzeptänderung möglich sei. Die Beschwerdeführerinnen begnügen sich vielmehr mit dem Hinweis, die Bauordnung der Gemeinde Baar aus dem Jahre 1955 habe eine solche Vorschrift nicht gekannt bzw. es sei nicht nachvollziehbar, weshalb diese erst vor wenigen Jahren neu eingeführte Regelung Anwendung auf Bauten aus den 1960er Jahren finden sollte, ohne sich indessen im Einzelnen mit der Begründung des angefochtenen Entscheides auseinanderzusetzen. Die pauschale Kritik der Beschwerdeführerinnen ist nicht geeignet, diesbezüglich eine Bundesrechtsverletzung aufzuzeigen. Die Rüge ist abzuweisen, soweit sie hinreichend substantiiert wurde.
2.3. Die Beschwerdeführerinnen machen weiter geltend, wenn die Vorinstanz bei der Beurteilung der Baute die heutigen Bedürfnisse an den Städtebau berücksichtigen wolle, so müsse sie zu einem anderen Schluss kommen und im Rahmen des verdichteten Bauens dem Baugesuch der Beschwerdeführerinnen entsprechen.
Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen, dass die Parzelle Nr. xxx in der Zone W3 liege und dort die zulässige Ausnützungsziffer lediglich 0.6 betrage. Da die Ausnützung im Gesamtüberbauungsperimeter N._-strasse 0.72 betrage, sei diese Fläche, zu welcher auch das Grundstück Nr. xxx zähle, auch nach den heutigen bau- und planungsrechtlichen Vorgaben bereits übernutzt. Vor diesem Hintergrund könne weder eine ordentliche Baubewilligung noch eine Ausnahmebewilligung nach § 31 der Verordnung zum Planungs- und Baugesetz vom 16. November 1999 (V PBG; BGS 721.111) erteilt werden, zumal es nach dieser Bestimmung keine Ausnahmen von Bauvorschriften gebe, welche die Baudichte bestimmten (Ausnützungsziffer, Baumassenziffer usw.).
Die Beschwerdeführerinnen bringen nichts vor, was geeignet wäre, die verwaltungsgerichtlichen Erwägungen verfassungswidrig erscheinen zu lassen, sondern begnügen sich mit appellatorischer Kritik am vorinstanzlichen Urteil. Darauf ist nicht einzutreten (oben E. 1.2).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerinnen machen schliesslich geltend, es liege eine Missachtung der Wirkung des Grundbuches gemäss <ref-law> vor. Die Auffassung der Vorinstanzen, wonach die Beschwerdeführerinnen sich vorgängig bei den Gemeindebehörden über die Bebaubarkeit der im Streite stehenden Parzelle hätten erkundigen müssen, sei rechtlich nicht haltbar. Zwar seien öffentlich-rechtliche Beschränkungen, welche für jeden Grundeigentümer gleich gelten (z.B. Regeln über den Ortsbildschutz oder über die zulässige Ausnützung), auch ohne Anmerkung im Grundbuch verbindlich. Anders verhalte es sich indessen bei Baubeschränkungen, die nur eine bestimmte Parzelle belasteten. Vorliegend behaupteten die Vorinstanzen, dass die Parzelle Nr. xxx im Perimeter einer Arealüberbauung liege, dass die dieser Parzelle zustehende Ausnützungsziffer bereits vollumfänglich konsumiert worden sei und dass die Parzelle deshalb nicht überbaut werden dürfe. Keine dieser Einschränkungen sei im Grundbuch ersichtlich. Die Beschwerdeführerinnen, welche die Parzelle gutgläubig erworben hätten, müssten sich daher die Baubeschränkungen, die nicht allgemein gelten, sondern spezifisch nur ihre Parzelle belasteten, nicht gegen sich gelten lassen.
3.2. Das Verwaltungsgericht hat auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung verwiesen und festgehalten, die Anmerkung öffentlich-rechtlicher Eigentumsbeschränkungen im Grundbuch habe keine rechtsbegründende, sondern bloss deklaratorische Wirkung.
3.3. Nach <ref-law> (in der Fassung vom 11. Dezember 2009; AS 2011 4637; BBl 2007 5283) ist das Gemeinwesen verpflichtet, für bestimmte Grundstücke verfügte dauerhafte Nutzungs- oder Verfügungsbeschränkungen im Grundbuch anmerken zu lassen. Die Anmerkung hat aber bloss deklaratorische Bedeutung (<ref-ruling> E. 4 S. 183; Urteil 1C_151/2010 vom 21. Juni 2010 E. 2.3, in ZBGR 2011 117) und die Anmerkungen nehmen nicht an der Wirkung des öffentlichen Glaubens des Grundbuchs gemäss <ref-law> teil. Der Erwerber eines Grundstücks kann somit weder auf den wirklichen Bestand eines angemerkten Rechtsverhältnisses vertrauen noch aus dem Fehlen einer Anmerkung auf den Nichtbestand eines anmerkungsfähigen Rechtsverhältnisses schliessen (Urteile 1C_585/ 2015 vom 9. Mai 2016, E. 3.4.1 und 1C_151/2010 vom 21. Juni 2010 E. 2.3 mit Hinweisen; JÜRG SCHMID, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 5. Aufl. 2015, N. 12 f. zu Art. 962). Das Verwaltungsgericht hat die bundesgerichtliche Rechtsprechung zutreffend wiedergegeben. Darauf kann ohne weitere Ausführungen verwiesen werden. Soweit die Beschwerdeführerinnen etwas anderes behaupten, verkennen sie die Rechtslage, namentlich bleibt kein Raum für die von ihnen vorgebrachte Unterscheidung. Damit ist eine Bundesrechtsverletzung nicht dargetan. Das angefochtene Urteil ist auch in dieser Hinsicht bundesrechtskonform.
4.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführerinnen für die bundesgerichtlichen Kosten aufzukommen (<ref-law>). Der in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Gemeinde ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law> sowie <ref-ruling> E. 7 S. 118 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Gemeinderat Baar, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber