Faits :
A.
X._ et Y._, tous deux de nationalité brésilienne, se sont mariés en 2001 au Brésil. De leur union est issue A._, née en 2002.
A.a. Les parties ont divorcé au Brésil en 2006 et la garde sur l'enfant a été confiée à la mère, avec un droit de visite en faveur du père. Alors que la mère était titulaire de la garde de la fille, elles ont résidé en Suisse en 2007 et sont rentrées au Brésil en mars 2008. Au cours de la période passée en Suisse, la mère a eu une deuxième fille, issue d'un nouveau mariage.
Par la suite, la mère et l'enfant ont fait plusieurs séjours en Suisse, autorisés par le père, mais celui-ci s'est opposé à un nouveau départ en février 2011, estimant que ces allers-retours n'étaient pas dans l'intérêt de leur fille.
A.b. Par " décision judiciaire brésilienne portugaise " du 3 juillet 2012, la garde de l'enfant a été transférée au père, au motif que le bien de l'enfant le nécessitait.
B.
Alors que l'enfant vivait avec son père et sa belle-mère au Brésil, à la demande de celle-ci qui souhaitait vivre en Suisse avec sa mère, le père a autorisé l'enfant à séjourner en Suisse avec sa mère pour une période de huit mois, du 31 octobre 2014 au 1 er juillet 2015.
La mère et l'enfant ne sont pas retournées au Brésil depuis lors.
B.a. Par requête reçue au greffe de la Cour de justice de la République et canton de Genève le 28 avril 2016, X._ a requis le retour immédiat de sa fille.
Par déterminations du 10 juin 2016, l'enfant représentée par sa curatrice, de même que la mère, ont toutes deux conclu au rejet de la requête en retour et au déboutement du requérant de toutes ses conclusions.
La Chambre civile de la Cour de justice a tenu audience le 24 août 2016 et a procédé à l'audition des parties. Lors de cette audience, le père a contesté avoir fait subir à sa fille de mauvais traitements et a exposé que des négociations avaient eu lieu entre les parents préalablement au dépôt de la requête en retour, ce qui expliquait le délai entre la date de retour fixée et le dépôt de la requête. La mère a soutenu que la période de huit mois prévue dans l'autorisation devait permettre de voir si leur fille s'intégrait bien dans son nouvel environnement, ce qui était le cas, mais le père est revenu sur sa promesse que l'enfant puisse rester en Suisse. Elle a affirmé qu'une plainte avait été déposée au Brésil à la suite des blessures infligées à leur enfant et que le père et la belle-mère avaient admis avoir frappé celle-ci. Enfin, l'enfant, entendue seule par la Chambre civile de la Cour de justice, s'est exprimée en français et a déclaré s'être bien intégrée à Genève, avoir beaucoup travaillé pour obtenir un bulletin scolaire excellent et souhaiter rester auprès de sa mère avec laquelle elle a d'excellentes relations.
Lors de cette audience, le conseil du requérant a remis à la cour cantonale l'autorisation requise, dont il ressort que les deux parents ont en commun la " responsabilité parentale " selon le droit brésilien, même si la garde a été accordée exclusivement à l'un d'eux, et que les parents doivent consentir à tout déplacement du lieu de résidence habituelle de l'enfant.
B.b. Statuant par arrêt du 9 septembre 2016, communiqué aux parties par plis recommandés le 14 septembre 2016, la Chambre civile de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté la demande de retour de l'enfant A._, formée le 26 avril 2016 par le père.
C.
Par acte du 26 septembre 2016, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et à sa réforme en ce sens que le retour immédiat de sa fille A._ auprès de lui au Brésil est ordonné, et que la violation de l'art. 11 de la Convention de La Haye par l'autorité précédente est constatée. A titre subsidiaire, le père conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente. Au préalable, le recourant requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale, comprenant la désignation de son avocate en qualité de conseil d'office.
Le lendemain, le 27 septembre 2016, le recourant a transmis quatre attestations de la Cour de justice de S ão Paulo, datées du 22 septembre 2016.
Invitées à déposer des observations sur le recours, la mineure - représentée par sa curatrice - a conclu au rejet du recours et requis le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale; la mère a conclu à l'irrecevabilité des pièces produites par le recourant et au rejet du recours; l'autorité précédente s'est référée aux considérants de son arrêt.
Par écritures du 28 novembre 2016, le recourant a déposé une réplique, modifiant ses conclusions subsidiaires, en ce sens qu'il conclut dorénavant à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente " pour nouvelle instruction en sollicitant la mise en oeuvre d'un rapport d'évaluation sociale auprès du Service de la protection des mineurs de la République et canton de Genève "; puis, à titre plus subsidiaire, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente. Le recourant joint à sa réplique deux courriers du Service de la protection des mineurs des 7 et 17 novembre 2016 concernant l'autre fille de l'intimée, ainsi qu'une copie du bordereau de pièces que l'intimée a produit le 21 novembre 2016 dans le cadre d'une procédure pendante devant la Chambre civile de la Cour de justice concernant sa deuxième fille.

Considérant en droit :
1.
1.1. La décision statuant sur la requête en retour d'un enfant à la suite d'un déplacement international d'enfant est une décision finale (<ref-law>) prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil, singulièrement en matière d'entraide administrative entre les États contractants pour la mise en oeuvre du droit civil étranger (art. 72 al. 2 let. b ch. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2b; arrêts 5A_429/2015 du 22 juin 2015 consid. 1; 5A_584/2014 du 3 septembre 2014 consid. 1.1; 5A_880/2013 du 16 janvier 2014 consid. 1). La Chambre civile de la Cour de justice de la République et canton de Genève a statué en instance cantonale unique conformément à l'art. 7 al. 1 de la loi fédérale sur l'enlèvement international d'enfants et les Conventions de La Haye sur la protection des enfants et des adultes du 21 décembre 2007 (LF-EEA, RS 211.222.32); il y a ainsi exception légale au principe du double degré de juridictions cantonales (<ref-law>; arrêts 5A_584/2014 du 3 septembre 2014 consid. 1; 5A_799/2013 du 2 décembre 2013 consid. 1 et 5A_822/2013 du 28 novembre 2013 consid. 1.1). Le recours a en outre été interjeté dans la forme (<ref-law>) et le délai de dix jours (art. 45 al. 1 et 100 al. 2 let. c LTF) prévus par la loi, par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et justifiant d'un intérêt digne de protection à la modification ou à l'annulation de la décision attaquée (<ref-law>), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Selon l'<ref-law>, les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 2.1), de même que les faits et pièces postérieurs à l'arrêt entrepris (ATF <ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 5A_168/2016 du 29 septembre 2016 consid. 2.3). Vu ce qui précède, les quatre attestations de la Cour de justice de São Paulo, datées du 22 septembre 2016, sont des pièces postérieures à l'arrêt déféré, partant, d'emblée irrecevables, indépendamment de leur pertinence pour la cause. Il en va de même des trois pièces produites à l'appui de la réplique, datées de novembre 2016, dont la pertinence est de surcroît d'emblée douteuse, dès lors qu'elles se rapportent non pas à la mineure sujet de la présente procédure, mais à la demi-soeur de celle-ci.
1.3. Enfin, les chefs de conclusions subsidiaires nouveaux que le recourant a formulés dans sa réplique du 28 novembre 2016, autrement dit, plus de deux mois après l'échéance du délai de recours intervenue le lundi 26 septembre 2016 (cf. supra consid. 1.1 et <ref-law>), sont d'emblée irrecevables.
2.
Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral et du droit international (art. 95 let. a et b LTF). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2 et les références). De surcroît, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé à cet égard par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 1.2, 397 consid. 1.4 in fine), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2; arrêt 5A_223/2016 du 28 juillet 2016 consid. 2.1).
3.
Le recours a pour objet le retour immédiat de l'enfant mineure A._ auprès de son père au Brésil, au regard des dispositions de la Convention de La Haye du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants (CLaH80, RS 0.211.230.02).
3.1. La CLaH80 a pour but d'assurer le retour immédiat des enfants déplacés ou retenus illicitement dans tout Etat contractant et de faire respecter de manière effective dans les autres Etats contractants les droits de garde et de visite existants dans un autre Etat contractant (art. 1 er CLaH80). A teneur de l'art. 4 de la CLaH80, la Convention s'applique à tout enfant qui avait sa résidence habituelle dans un État contractant immédiatement avant l'atteinte aux droits de garde ou de visite (art. 5 CLaH80). Le retour de l'enfant dans son pays de provenance ne peut être ordonné que si le déplacement est illicite au sens de l'art. 3 CLaH80 et si aucune des exceptions au retour prévues par l'art. 13 CLaH80 n'est réalisée, en d'autres termes, uniquement dans les cas prévus par la convention.
3.2. Il ressort des faits, non contestés, de l'arrêt entrepris que, immédiatement avant sa venue en Suisse, l'enfant vivait avec son père et sa belle-mère au Brésil. La cour cantonale a ensuite retenu que le père lui avait remis une attestation des autorités brésiliennes conforme à l'art. 15 CLaH80, indiquant que les deux parents ont en commun "la responsabilité parentale" selon le droit brésilien, même si la garde a été accordée exclusivement au père. Selon les constatations de l'arrêt attaqué, le droit brésilien prévoit que le consentement des deux parents est requis pour transférer la résidence d'un enfant brésilien du Brésil à l'étranger (art. 84 de la loi fédérale brésilienne du 13 juin 1990 sur les enfants) et une autorisation de voyage ne doit pas être considérée comme une permission de déménagement.
3.3. En l'espèce, la cour de céans constate que tant la Suisse que le Brésil ont tous deux ratifié la CLaH80 (art. 1 er CLaH80) et que l'enfant mineure A._ se trouvait au Brésil immédiatement avant le déplacement en Suisse, auprès de son père, titulaire du droit de garde (art. 4 et 5 CLaH80), selon l'attestation remise en audience ( cf. supra consid. 3.2). Il s'ensuit que les dispositions de la CLaH80 sont applicables au cas d'espèce.
4.
Le recourant fait grief à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 11 CLaH80, en ne faisant pas preuve de la célérité imposée par la cause, dès lors qu'elle a statué plus de quatre mois après avoir été saisie.
4.1. Dans les procédures relatives au retour d'enfants, les autorités compétentes de chaque Etat contractant doivent procéder d'urgence (art. 11 al. 1 CLaH80). Si l'autorité judiciaire compétente n'a pas statué dans les six semaines à partir de la saisine, le requérant peut, entre autres, demander une déclaration sur les raisons de ce retard (art. 11 al. 2 CLaH80). La convention concrétise ainsi l'obligation de diligence qui vaut de façon générale en application du droit conventionnel (art. 6 CEDH) et qui est garantie, en cas de procédure devant les autorités suisses, par la Constitution fédérale (art. 29 al. 1 Cst.; <ref-ruling> consid. 2.1).
4.2. Ce grief est d'emblée irrecevable. En tant que l'autorité cantonale unique a rendu son jugement sur la requête en retour de l'enfant, le point de savoir s'il y a eu ou non retard injustifié au sens des art. 11 CLaH80, 29 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH - soit déni de justice formel - ne présente plus d'intérêt actuel et ne saurait par conséquent faire l'objet d'un examen, cela d'autant moins que le recourant n'allègue aucun intérêt (<ref-law>) à ce que sa conclusion en constatation de la violation du principe de la célérité soit tranchée (<ref-ruling> consid. 1.3; arrêt H 259/03 du 22 décembre 2003 consid. 4 et l'ATF cité). De plus, contrairement à ce que le recourant soutient, une éventuelle violation dudit principe ne rend pas annulable la décision entreprise à ce motif.
5.
Le recourant ne conteste pas la constatation de l'autorité précédente selon laquelle le non-retour de sa fille au Brésil ne serait pas illicite au sens de l'art. 3 CLaH80, mais présente une argumentation fondée sur les trois exceptions au retour de l'enfant prévues à l'art. 13 al. 1 et 2 CLaH80, soutenant - contrairement à l'avis de la Chambre civile de la Cour de justice ( cf. infra consid. 5.1) - qu'aucune d'entre elles ne sont satisfaites. Examinant d'abord l'exception de l'art. 13 al. 1 let. a CLaH80 au regard de l'autorisation de voyage de huit mois - sur laquelle la cour cantonale ne s'est pas prononcée -, il soutient qu'il n'a pas consenti au non-retour définitif de l'enfant, partant qu'il demeure le titulaire de la garde de l'enfant et avait uniquement la volonté d'accorder une autorisation de voyage pour une période limitée. Le père affirme ensuite à la lumière de l'art. 13 al. 1 let. b CLaH80 que l'allégation que sa fille aurait subi de mauvais traitements auprès de lui n'est pas prouvée, en sorte qu'il ne peut pas, sur cette base, être retenu que sa fille encourt un risque grave pour sa santé si le retour de celle-ci au Brésil devait être ordonné. Enfin, s'agissant de l'exception de l'art. 13 al. 2 CLaH80, le recourant fait valoir que l'âge et la maturité de l'enfant ne sont pas les seuls critères permettant de tenir compte de l'avis de sa fille; il faut encore que l'objection de cette dernière soit suffisante pour fonder un refus du retour, autrement dit, l'enfant ne doit pas pouvoir choisir librement le lieu de séjour de sa famille. A cet égard, le souhait de sa fille de rester en Suisse auprès de sa mère ne serait pas fondé sur des raisons sérieuses permettant de tenir compte de cet avis, mais serait le résultat de l'aliénation parentale exercée par la mère, reconnue dans le jugement brésilien du 3 juillet 2012, mais arbitrairement (art. 9 Cst.) écarté par l'autorité précédente.
5.1. La Chambre civile de la Cour de justice a relevé que le déplacement de l'enfant du Brésil en Suisse n'était pas illicite au sens de l'art. 3 CLaH80, les parents s'étant organisés, au moyen d'une autorisation expresse et écrite délivrée par le père, détenteur de la garde, pour que leur fille accompagne sa mère en Suisse. De même, la cour cantonale a considéré que le non-retour de la fille au Brésil à l'échéance de l'autorisation n'était pas non plus illicite au sens de l'art. 3 CLaH80. Elle a estimé que l'autorisation donnée pour une période de huit mois, correspondant à une année scolaire, ne constituait pas - en dépit de sa dénomination - une "autorisation de voyage", mais un "transfert de la garde effective" et que le père avait encore tardé à requérir le retour de sa fille au Brésil, en sorte que l'enfant se trouvait dorénavant en Suisse depuis près de deux ans, partant que le père avait abandonné, de fait, la garde qu'il exerçait sur sa fille. Pour ce premier motif déjà, la cour cantonale a rejeté la demande en retour de l'enfant.
Par surabondance, l'autorité précédente a admis que "quoi qu'il en soit, à considérer le non-retour de l'enfant au 31.7.2015 comme illicite, son retour au Brésil ne devrait pas non plus être ordonné", au regard de l'art. 13 al. 1 let. b et al. 2 CLaH80. La Chambre civile de la Cour de justice a relevé que l'enfant avait quitté le Brésil avec sa mère de manière autorisée, il y avait près de deux ans, que la garde effective était ainsi passée à la mère, que la fille avait déclaré s'entendre parfaitement bien avec sa mère, qu'il ressortait en revanche du dossier que " l'enfant aurait subi des traitements inadéquats " auprès de son père, en sorte qu'il n'était pas dans l'intérêt de la fille de continuer son existence auprès de son père et que sa mère ne pouvait pas rentrer au Brésil pour s'occuper de l'enfant, au vu de sa nouvelle situation familiale. Par ailleurs, l'autorité précédente a souligné que la fille, qui a atteint un âge et une maturité appropriés pour tenir compte de son opinion, avait confirmé sa volonté de vouloir rester en Suisse auprès de sa mère, lieu où elle est pleinement intégrée. Pour tous ces motifs, la cour cantonale a estimé que la requête en retour de l'enfant devrait également être rejetée si le non-retour était qualifié d'illicite.
5.2. En principe, lorsqu'un enfant a été déplacé ou retenu illicitement, l'autorité saisie ordonne son retour immédiat (art. 1 let. a, 3 et 12 al. 1 CLaH80), à moins que l'une des exceptions prévues à l'art. 13 CLaH80 ne soit réalisée (arrêts 5A_558/2016 du 13 septembre 2016 consid. 6.1; 5A_1003/2015 du 14 janvier 2016 consid. 5.1; 5A_705/2014 du 15 octobre 2014 consid. 3.1). Les exceptions au retour prévues à l'art. 13 CLaH80 doivent être interprétées de manière restrictive, le parent ravisseur ne devant tirer aucun avantage de son comportement illégal (arrêt de la Cour EDH du 22 juillet 2014, Rouiller contre Suisse, n° 3592/08 § 67 p. 16; arrêts 5A_1003/2015 du 14 janvier 2016 consid. 5.1.3; 5A_479/2012 du 13 juillet 2012 consid. 5.1, publié in PJA 2012 p. 1630 et in SJ 2013 I p. 29; 5A_285/2007 du 16 août 2007 consid. 4.1, publié in PJA 2007 p. 1585).
Dans le contexte du rapatriement d'un enfant déplacé illicitement, aucune décision concernant le droit de garde ne doit être prise par l'État requis, cette question demeurant de la compétence des juges du pays de provenance de l'enfant (art. 16 et 19 CLaH80; arrêts 5A_584/2014 du 3 septembre 2014 consid. 6.2.3; 5A_880/2013 du 16 janvier 2014 consid. 5.1.1). Il n'y a pas lieu de procéder à un examen approfondi de la situation complète pour rendre une décision sur le fond de la cause; il suffit, dans le cadre du mécanisme de la CLaH80, que les juridictions nationales examinent et motivent succinctement les éléments plaidant en faveur du retour de l'enfant dans le pays de provenance, ainsi que les motifs invoqués d'exclusion au rapatriement de l'enfant, à la lumière de l'intérêt supérieur de l'enfant et en tenant compte des circonstances du cas d'espèce (arrêts 5A_1003/2015 du 14 janvier 2016 consid. 5.1.3; 5A_584/2014 du 3 septembre 2014 consid. 6.2.3).
5.3.
5.3.1. La première exception au retour, prévue à l'art. 13 al. 1 let. a CLaH80, stipule que l'autorité judiciaire de l'État requis n'est pas tenue d'ordonner le retour de l'enfant lorsque le parent ravisseur qui s'oppose à ce retour établit que l'autre parent, qui avait le soin de l'enfant, avait consenti ou a acquiescé postérieurement à ce déplacement ou à ce non-retour. La CLaH80 ne prévoit pas de présomption relative à l'accord au non-retour de l'enfant, mais exige la preuve de ce consentement (art. 13 al. 1 CLaH80), laquelle doit répondre à des exigences particulièrement élevées (arrêts 5A_1003/2015 du 14 janvier 2016 consid. 5.1.1; 5A_705/2014 du 15 octobre 2014 consid. 3.1 et les nombreuses références citées; 5A_577/2014 et 5A_578/2014 du 21 août 2014 consid. 4.4; 5A_822/2013 du 28 novembre 2013 consid. 3.3); des déclarations conditionnelles ne suffisent pas (arrêts 5A_705/2014 du 15 octobre 2014 consid. 3.1; 5A_577/2014 et 5A_578/2014 du 21 août 2014 consid. 4.4; 5A_520/2010 du 31 août 2010 consid. 3). Le consentement, respectivement, l'acquiescement (exprès ou par actes concluants) du parent qui avait la garde dans le pays d'origine doit être exprimé clairement (arrêts 5A_558/2016 du 13 septembre 2016 consid. 6.2.2; 5A_705/2014 du 15 octobre 2014 consid. 3.1).
5.3.2. En invoquant l'exception de l'art. 13 al. 1 let. a CLaH80, le recourant conteste en réalité la motivation de la cour cantonale qui a tenu le non-retour pour licite au sens de l'art. 3 CLaH80.
En l'occurrence, il ressort du texte de l'autorisation signée par les parties le 31 octobre 2014, qui figure au dossier de la cause, que ce document - eu égard au titre : "autorização de viagem internacional" (autorisation de voyage international), à la rubrique : "Válida até 01/07/2015" (valable jusqu'au 01/07/2015) et à la mention : "Este documento serve ainda para autorizar a mãe Y._ permanecer com a menor no exterior somente pelo tempo que durar esta autorização devendo a menor retornar ao Brasil até a data de validade deste documento" (ce document sert à autoriser la mère Y._ à demeurer avec la mineure à l'étranger uniquement pour la durée de cette autorisation, l'enfant devant retourner au Brésil à l'échéance de la date de validité de ce document) -, fait référence à un voyage de durée définie, non à un transfert de la garde de l'enfant, même à titre d'essai comme l'a soutenu la mère devant la Chambre civile de la Cour de justice ( cf. supra let. B.a). Dès lors que le texte de l'autorisation n'est pas équivoque et a été signé par les deux parties, il n'y avait pas lieu de recourir à une interprétation de ce document, au regard des circonstances d'espèce, ainsi que l'autorité précédente l'a fait ( cf. supra consid. 5.1). Au demeurant, s'agissant des circonstances, il ressort des faits que la fille avait déjà voyagé à plusieurs reprises en Suisse avec sa mère, qu'elle était toujours revenue au Brésil et que le père a requis et obtenu la garde de sa fille à la suite de ces allers-retours parce qu'il s'opposait à un nouveau voyage vers la Suisse ( cf. supra let. A.a et A.b), en sorte que l'interprétation de l'autorisation de voyage du 31 octobre 2014 comme un transfert de la garde à la mère, alors que le père venait tout juste de requérir et obtenir la garde, est contraire aux constatations de faits. En outre, la cour cantonale a elle-même rappelé qu'une autorisation de voyage ne devait pas, à la lumière du droit brésilien, être considéré comme une autorisation de déménager ( cf. supra consid. 5.1).
Quant au temps écoulé entre le non-retour de l'enfant à l'échéance de l'autorisation de voyage et le dépôt de la requête en retour de l'enfant, il reste dans le délai d'un an prévu par l'art. 12 al. 1 CLaH80 prévoyant le retour automatique de l'enfant, sous réserve des exceptions de l'art. 13 CLaH80, et le père a indiqué en audience avoir essayé de discuter avec la mère durant cette période ( cf. supra let. B.a). L'autorité précédente ne saurait donc se fonder sur le fait que huit mois se sont écoulés entre le non-retour de la fille au Brésil et la demande en retour de l'enfant pour considérer que le père avait implicitement admis le transfert de la garde de sa fille, étant rappelé que le consentement du parent à qui était précédemment attribué la garde doit être prouvé, non seulement présumé ( cf. supra consid. 5.3.1).
Il suit de ce qui précède que le "formulaire d'autorisation de voyage international" signé le 31 octobre 2014 ne saurait être compris autrement que comme dans son sens littéral, partant, ne saurait être considéré comme le consentement anticipé du père au non-retour définitif de sa fille au Brésil au terme de la validité de l'autorisation. Il n'est en outre pas contesté que la fille vivait au Brésil auprès de son père, seul titulaire de la garde, immédiatement avant le déplacement (autorisé). Le non-retour à l'échéance de la validité de l'autorisation de voyage était donc illicite (art. 3 CLaH80) et l'exception à l'ordre de retour de l'enfant dans le pays de provenance prévue par l'art. 13 al. 1 let. a CLaH80 n'est pas réalisée en l'espèce. Il faut ainsi admettre avec le recourant que l'autorité précédente a méconnu les art. 3 et 13 al. 1 let. a CLaH80 en considérant, dans la première partie de sa motivation, que l'autorisation de voyage devait être comprise comme un consentement au transfert de la garde à la mère en Suisse.
5.4.
5.4.1. En vertu de l'art. 13 al. 1 let. b CLaH80, l'autorité judiciaire de l'État requis n'est pas tenue d'ordonner le retour de l'enfant lorsque la personne qui s'oppose à son retour établit qu'il existe un risque grave que ce retour n'expose l'enfant à un danger physique ou psychique, ou de toute autre manière ne le place dans une situation intolérable. Seuls des risques graves doivent être pris en considération, à l'exclusion de motifs liés aux capacités éducatives des parents, dès lors que la CLaH80 n'a pas pour but de statuer au fond sur le sort de l'enfant, notamment sur la question de savoir quel parent serait le plus apte à l'élever et à prendre soin de lui; la décision à ce sujet revient au juge du fait de l'Etat de provenance et la procédure de retour tend uniquement à rendre possible une décision future à ce propos ( cf. art. 16 et 19 CLaH80; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 5.3; arrêt 5A_705/2014 du 15 octobre 2014 consid. 4.1 et les références citées).
L'<ref-law> précise l'application de l'art. 13 al. 1 let. b CLaH80, en énumérant une série de cas dans lesquels le retour de l'enfant ne peut plus entrer en ligne de compte parce qu'il placerait celui-ci dans une situation manifestement intolérable (Message concernant la mise en oeuvre des conventions sur l'enlèvement international d'enfants ainsi que l'approbation et la mise en oeuvre des conventions de La Haye en matière de protection des enfants et des adultes, du 28 février 2007, FF 2007 p. 2433, n° 6.4). Le retour de l'enfant ne doit pas être ordonné notamment lorsque: 1° le placement auprès du parent requérant n'est manifestement pas dans l'intérêt de l'enfant; 2° le parent ravisseur, compte tenu des circonstances, n'est pas en mesure de prendre soin de l'enfant dans l'État dans lequel l'enfant avait sa résidence habituelle au moment de l'enlèvement ou que l'on ne peut manifestement pas l'exiger de lui; 3° le placement auprès de tiers n'est manifestement pas dans l'intérêt de l'enfant (arrêts 5A_479/2012 du 13 juillet 2012 consid. 5.1, publié in PJA 2012 p. 1630 et in SJ 2013 I p. 29; 5A_583/2009 du 10 novembre 2009 consid. 4, publié in SJ 2010 I p. 151). Les conditions posées à l'<ref-law> n'ont pour objet que de clarifier les dispositions conventionnelles, et non pas de se substituer à elles. Le terme «notamment» signifie que ne sont énumérés que quelques cas de figure qui - bien qu'essentiels - n'empêchent pas que l'on se prévale de la clause prévue dans la convention (Message précité, FF 2007 p. 2433, n° 6.4).
Le caractère intolérable du retour de l'enfant doit, dans tous les cas, être établi clairement, à défaut de quoi le retour doit être ordonné (arrêts 5A_930/2014 du 23 décembre 2014 consid. 6.1.2 in fine; 5A_584/2014 du 3 septembre 2014 consid. 6.2.2 in fine; 5A_583/2009 du 10 novembre 2009 consid. 4, publié in SJ 2010 I p. 151).
5.4.2. Il apparaît également que l'hypothèse d'un retour intolérable de la fille dans son pays de provenance (art. 13 al. 1 let. b CLaH80) n'est pas non plus réalisée. L'état de fait de la décision entreprise ne constate pas que le père serait responsable d'avoir fait subir à sa fille de mauvais traitements, mais rapporte qu'il a été déclaré aux autorités brésiliennes que l'enfant "aurait" subi des traitements inadéquats auprès de son père ( cf. supra consid. 5.1). D'une part, il s'agit de simples allégations rapportées qui ne sont pas rendues vraisemblables, ni a fortiori prouvées, d'autre part, la notion de "traitements inadéquats" ne permet pas d'affirmer que la santé physique ou psychique de l'enfant serait mise en péril en cas de retour au Brésil, partant, que ces traitements atteignent un seuil de gravité suffisant pour empêcher le retour de l'enfant dans son pays de provenance, étant rappelé que les exceptions au retour sont interprétées de manière restrictive ( cf. supra consid. 5.2 et 5.4.1). Pour le surplus, les trajets entre le Brésil et la Suisse et les problèmes de scolarisation qui en sont notamment le corollaire, même s'ils ne sont manifestement pas dans l'intérêt de la fille, ne sauraient être considérés comme constitutifs d'un risque grave exposant celle-ci à un danger physique ou psychique, ou la plaçant dans une situation intolérable pour son bien-être et sa santé, faisant ainsi échec au prononcé de rapatriement de celle-ci. L'hypothèse prévue à l'art. 13 al. 1 let. b CLaH80 n'est donc pas non plus réalisée dans le cas d'espèce.
5.5.
5.5.1. Enfin, l'art. 13 al. 2 CLaH80, qui constitue la troisième exception au retour de l'enfant, dispose que l'autorité judiciaire de l'Etat requis peut refuser d'ordonner le retour de l'enfant si elle constate que celui-ci s'oppose à son retour et qu'il a atteint un âge et une maturité où il se révèle approprié de tenir compte de cette opinion. Un enfant a atteint un degré de maturité suffisant au sens de cette disposition lorsqu'il est en mesure de comprendre le sens et la problématique de la décision portant sur le retour. Il doit en particulier être capable de saisir que la procédure ne concerne ni la question du droit de garde, ni celle de l'autorité parentale, mais tend uniquement à rétablir la situation antérieure au déplacement illicite; il doit aussi être conscient que le point de savoir dans quel Etat et auprès duquel de ses parents il vivra à l'avenir sera tranché, après son retour dans le pays d'origine, par les autorités judiciaires de ce pays (<ref-ruling> consid. 2.4). L'opposition de l'enfant constitue une exception au principe du retour en cas de déplacement illicite; elle ne confère pas à l'enfant le droit de choisir librement le lieu de séjour de la famille. L'opposition au sens de l'art. 13 al. 2 CLaH80 doit être qualifiée, c'est-à-dire être exprimée avec une certaine fermeté et reposer sur des motifs particuliers et compréhensibles (<ref-ruling> consid. 4; arrêts 5A_930/2014 du 23 décembre 2014 consid. 6.1.3; 5A_799/2013 consid. 5.7).
5.5.2. En l'espèce, la fille était âgée de quatorze ans et avait manifestement la maturité suffisante pour être entendue par l'autorité cantonale, ce que le recourant ne conteste au demeurant pas. En tant que le père critique l'appréciation du jugement brésilien du 3 juillet 2012 - produit sans traduction -, il apparaît que cette pièce ne semble pas tenir pour établi l'aliénation parentale de la part de la mère, mais évoque uniquement un tel comportement d'aliénation parentale et le chantage émotionnel que la mère ferait subir à la fille, comme des éléments "allégués" et "racontés" par le père (" Alega que a mãe está praticando chantagens emocionais com a filha, entre outos atos caracterizadores de alienação parental e requerendo providências" et "conduta materna são os atos de alienação parental narrados pelo autor"). L'influence de la mère sur la volonté de la fille ne paraît ainsi pas établie par les pièces produites par le recourant, de sorte que l'appréciation des preuves effectuées par la cour cantonale ne saurait être taxée d'arbitraire (art. 9 Cst.). De surcroît, il ressort du dossier de la cause que l'enfant - qui s'exprime "parfaitement en français" - a été entendue hors de la présence de ses parents par la cour cantonale et que le procès-verbal d'audition n'a pas été porté à la connaissance de ceux-ci; mesures qui sont de nature à permettre à l'enfant de s'exprimer librement. Quant aux motifs avancés par la fille pour demeurer en Suisse et s'opposer à son retour au Brésil, à savoir son intégration sociale et scolaire depuis près de deux ans, ainsi que les relations qu'elle peut entretenir en Suisse avec sa demi-soeur qui vit avec elle et sa mère une semaine sur deux, ils ne sauraient être considérés comme un simple "souhait d'enfant", mais indiquent que la volonté de la fille est sérieuse et réfléchie et repose sur des raisons particulières et compréhensibles. Au vu de ce qui précède, l'exception prévue par l'art. 13 al. 2 CLaH80 est en l'espèce satisfaite; partant, l'opposition de l'enfant à son rapatriement au Brésil fait échec à l'obligation pour les autorités suisses d'ordonner le retour de la mineure dans son pays de provenance.
5.6. Le grief de violation des exceptions prévues à l'art. 13 CLaH80 est en fin de compte mal fondé. L'arrêt cantonal doit ainsi être confirmé en tant qu'il reconnaît qu'une exception au prononcé du rapatriement de l'enfant au Brésil est remplie et, par voie de conséquence, rejette la requête en retour déposée par le père le 26 avril 2016.
6.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les art. 26 CLaH80 et 14 LF-EEA prévoient la gratuité de la procédure; toutefois, conformément aux dispositions de l'art. 42 CLaH80 et par application de l'art. 26 al. 3 CLaH80, le Brésil a déclaré qu'il ne prendra en charge les frais visés à l'art. 26 al. 2 CLaH80 que dans la mesure où ces frais sont couverts par son système national d'aide judiciaire. La Suisse applique dans ce cas le principe de la réciprocité (art. 21 al. 1 let. b de la Convention de Vienne du 23 mai 1969 sur le droit des traités, RS 0.111), de sorte que la procédure devant le Tribunal fédéral n'est pas gratuite (arrêts 5A_1003/2015 du 14 janvier 2016 consid. 6; 5A_25/2010 du 2 février 2010 consid. 3; 5A_840/2011 du 13 janvier 2012 consid. 6). Vu les circonstances, la requête d'assistance judiciaire du recourant est admise (<ref-law>), en sorte que son avocate lui est désignée comme conseil d'office. Celle-ci sera indemnisée, à hauteur de 2'000 fr., par la Caisse du Tribunal fédéral. Les frais judiciaires (<ref-law>), arrêtés à 3'000 fr., dont font partie les frais de représentation de la mineure par 1'000 fr. (arrêts 5A_346/2012 du 12 juin 2012 consid. 6; 5A_840/2011 du 13 janvier 2012 consid. 6), sont mis à la charge du recourant qui succombe, mais sont provisoirement supportés par la Caisse du Tribunal fédéral. L'intimée, qui a été invitée à se déterminer sur le fond et a obtenu gain de cause a droit à des dépens pour la procédure fédérale (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Cette indemnité de dépens, à hauteur de 1'500 fr. (<ref-law>), est également mise à la charge du recourant, mais provisoirement supportée par la Caisse du Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire du recourant est admise et Me Valérie Pache Havel, avocate à Genève, lui est désignée comme conseil d'office. La Caisse du Tribunal fédéral versera à la mandataire du recourant une indemnité de 2'000 fr. à titre d'honoraires d'avocat d'office.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., y compris les frais de représentation de la mineure par 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant, mais ils sont provisoirement supportés par la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 1'500 fr., à payer à l'intimée, à titre de dépens pour l'instance fédérale, est mise à la charge du recourant, mais est provisoirement supportée par le Tribunal fédéral.
5.
Une indemnité de 1'000 fr. est allouée à Me Karin Grobet Thorens, curatrice de l'enfant, à titre d'honoraires, qui lui sera payée par la Caisse du Tribunal fédéral.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'enfant mineure par sa curatrice Me Karin Grobet Thorens, à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève et à l'Autorité centrale en matière d'enlèvement international d'enfants de l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 30 novembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin