Faits :
A.
A._ exerce la profession d'infirmière indépendante ASI (Association suisse des infirmières et infirmiers) dans le canton de Genève. Elle a été à plusieurs reprises interpellée par santésuisse, association faîtière des assureurs-maladie dans le domaine de l'assurance-maladie sociale, quant à l'augmentation significative de son chiffre d'affaires; santésuisse considérait que le volume de la facturation des prestations dépassait de façon notable celui des autres infirmières indépendantes du canton de Genève et était susceptible d'exposer l'intéressée au remboursement des coûts causés par une pratique non économique.
Le 2 mai 2011, plusieurs caisses-maladie ont réclamé à A._ le remboursement de la somme de 356'152 fr. représentant la différence entre le revenu annuel maximum qu'une infirmière pouvait réaliser selon l'estimation de santésuisse dans le canton de Genève (229'104 fr.) et les montants effectivement touchés par l'intéressée en 2009 (417'236 fr.) et 2010 (397'124 fr.). Le 30 septembre 2011, sur réquisition de santésuisse, l'Office des poursuites du canton de V._ a notifié un commandement de payer (poursuite n° xxx) à A._, au montant de 356'152 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 2 mai 2011, qui a été frappé d'une opposition.
B.
Plusieurs caisses-maladie, agissant par l'intermédiaire de santésuisse, ont saisi le Tribunal arbitral des assurances du canton de Genève le 18 juin 2014 et réclamé la restitution par A._ d'un montant de 581'254 fr. correspondant aux prestations indûment touchées par celle-ci durant les années statistiques 2009 (188'132 fr.), 2010 (168'020 fr.), 2011 (59'065 fr.), 2012 (69'107 fr.) et 2013 (96'930 fr.). La Présidente du Tribunal arbitral a procédé à une tentative de conciliation entre les parties les 19 août et 17 octobre 2014. Après avoir notamment requis de la Coopérative professionnelle des pharmaciens suisses (Ofac) les factures établies en 2010 et en 2013 par A._, le tribunal arbitral a, par jugement du 16 septembre 2016, partiellement admis la demande. Il a condamné A._ à restituer en mains de santésuisse, à charge pour celle-ci de procéder à la restitution entre les différentes caisses-maladie, la somme de 188'132 fr. pour l'année 2009, 168'020 fr. pour l'année 2010, et 96'930 fr. pour l'année 2013.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande la réforme en ce sens que la demande des caisses-maladie est rejetée. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Les caisses-maladie (figurant au rubrum) concluent au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.
A._ s'est encore référée à ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (<ref-law>).
2.
2.1. Le litige porte sur le bien-fondé de l'obligation de la recourante de restituer la somme globale de 453'082 fr. au titre des montants perçus à raison de traitements jugés non économiques à la charge de l'assurance obligatoire des soins pendant les années 2009, 2010 et 2013.
2.2. La juridiction arbitrale a exposé de manière complète les dispositions légales applicables, singulièrement l'<ref-law>, et la jurisprudence y relative sur les méthodes admises pour établir l'existence d'une polypragmasie (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 416 et les références). Il suffit d'y renvoyer.
2.3. On ajoutera que, selon l'art. 39 al. 1 de la loi de la République et canton de Genève du 29 mai 1997 d'application de la loi fédérale sur l'assurance-maladie (LaLAMal; rs/GE J 3 05), un tribunal arbitral est chargé aux termes, notamment, de l'<ref-law> de trancher les litiges entre assureurs et fournisseurs de prestations. Selon l'art. 41 LaLAMal, le tribunal ne peut entrer en matière avant que le cas ait été soumis à un organisme de conciliation prévu par convention ou à une tentative de conciliation conformément aux dispositions de l'art. 45 LaLAMal. Par ailleurs, l'art. 45 LaLAMal prévoit que:
"1 Le tribunal est saisi par une requête adressée au greffe.
2 Si le cas n'a pas été soumis à un organisme de conciliation prévu par convention, le président du tribunal tente de concilier les parties.
3 En cas d'échec, le tribunal statue après avoir permis aux parties de s'expliquer, soit oralement, soit par un échange de mémoires si la nécessité s'en fait sentir, et après avoir procédé à toute mesure probatoire utile. Il établit les faits d'office et apprécie librement les preuves.
4 Les règles générales de procédure de la loi [de la République et canton de Genève] sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985, s'appliquent pour le surplus, notamment en ce qui concerne la récusation des membres du tribunal et l'établissement des faits.
5 Les jugements motivés sont communiqués aux parties par écrit dans les 30 jours, ainsi qu'à l'office fédéral des assurances sociales, avec indication des voies de recours prévues à l'<ref-law> [...] ainsi que les noms des juges qui ont siégé."
Conformément à l'art. 46 al. 1 LaLAMal, les frais du tribunal et de son greffe sont à la charge des parties. Ils comprennent les débours divers (notamment indemnités de témoins, frais d'expertise, port, émoluments d'écriture), ainsi qu'un émolument global n'excédant pas 15'000 fr. Dans le jugement ou dans le procès-verbal de conciliation, le tribunal fixe le montant des frais et décide quelle partie doit les supporter (art. 46 al. 2 LaLAMal). Lorsque le tribunal est saisi d'un litige, il peut ordonner aux parties de faire les avances de frais nécessaires (art. 46 al. 3 LaLAMal).
3.
3.1. L'autorité précédente a constaté que le droit des caisses-maladie intimées de réclamer à A._ la restitution des montants indûment touchés en 2011 et 2012 était périmé. Ces dernières n'avaient en effet accompli aucun acte susceptible de préserver le délai de péremption d'un an à partir de la publication des statistiques de B._ SA, recueillies par santésuisse, soit à partir du 5 mai 2012 pour l'année 2011 et du 25 mai 2013 pour l'année 2012. Au regard des dates déterminantes pour les années 2009, 2010 et 2013, les courriers du 2 mai 2011, le commandement de payer du 30 septembre 2011 et la demande en justice du 18 juin 2014 avaient en revanche sauvegardé utilement le droit des intimées de réclamer la restitution des prestations indûment perçues par l'infirmière durant ces années.
3.2. La juridiction arbitrale a retenu que les déclarations de A._ sur ses horaires de travail et les particularités de sa pratique professionnelle n'étaient ensuite pas crédibles et que la collaboration de celle-ci avait fait totalement défaut au cours de la procédure. Même s'il n'était pas question de mettre en doute le dévouement de l'infirmière à l'égard de ses patients, celle-ci n'avait en particulier pas fourni "même un début de preuve" des particularités alléguées de son activité professionnelle et n'avait pas jugé utile de transmettre ses relevés de prestations. Après avoir requis la production des factures établies par A._ auprès de l'Ofac pour les années 2010 et 2013 et examiné un échantillon de celles-ci, les juges arbitres ont indiqué qu'ils étaient par ailleurs perplexes devant le nombre d'heures facturées (par exemple plus de 450 heures en mai 2013), qui était d'une façon générale très au-dessus de celui qu'il était possible d'imaginer qu'une personne puisse accomplir, sur un long terme qui plus est.
3.3. Puis, en se référant à la jurisprudence rendue en matière de polypragmasie des médecins, qu'elle a appliquée par analogie, la juridiction précédente a constaté que A._ avait tout d'abord été mise en situation de vérifier concrètement les données fournies par les caisses-maladie et plus particulièrement si les 117 infirmières composant le groupe de référence établi par santésuisse correspondaient bien à des personnes pratiquant dans des conditions analogues la même profession qu'elle. Elle n'avait ensuite pas rendu vraisemblable que les données fournies par santésuisse étaient entachées de défauts susceptibles de rendre nécessaire un contrôle indépendant de celles-ci ou une expertise analytique. Dans la mesure où santésuisse n'avait pas été en mesure de préciser le taux d'activité des infirmières de ce groupe de référence, les juges arbitres ont décidé de ne prendre cependant en considération que les infirmières ayant facturé les plus hauts montants, soit plus de 100'000 fr./année. Ce critère aboutissait certes à un échantillon nécessairement plus restreint - peu d'infirmières exerçant une activité indépendante à temps plein -, mais celui-ci demeurait significatif et pertinent vu le critère retenu. Puis, ils ont constaté que les revenus réalisés par A._ étaient sensiblement plus élevés que ceux du groupe de référence restreint. En dépit d'une marge de tolérance de 30 %, la différence entre le volume annuel de facturation des membres du groupe de référence restreint (composé de six infirmières en 2009, cinq en 2010 et deux en 2013) et celui de A._ s'élevait en effet à 251'513 fr. 30 en 2009 (417'236 fr. - 165'722 fr. 70), 242'374 fr. 60 en 2010 (397'124 fr. - 154'749 fr. 40) et 136'623 fr. 80 en 2013 (326'754 fr. - 190'130 fr. 20). Dans la mesure où il a considéré qu'il n'était pas en droit d'allouer aux caisses-maladie plus que ce qu'elles demandaient, le tribunal arbitral a condamné A._ à restituer les montants réclamés par les caisses-maladie, soit 188'132 fr. pour l'année 2009, 168'020 fr. pour l'année 2010 et 96'930 fr. pour l'année 2013.
4.
Dans un motif d'ordre formel, la recourante soulève le grief de violation de son droit d'être entendue, en reprochant aux premiers juges d'avoir écarté sa requête visant à ordonner la réalisation d'une expertise analytique, "à vrai dire dans un procès en polypragmasie, la seule façon pertinente et objective d'établir la réalité, l'adéquation et l'économicité d'une pratique médicale".
Dans la mesure où le grief porte sur le résultat de l'appréciation anticipée des preuves opérée par la juridiction arbitrale, le grief de violation du droit d'être entendu se confond avec celui de constatation manifestement inexacte des faits pertinents, que la recourante soulève également. Il sera examiné avec le fond du litige.
5.
La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu que le droit des caisses-maladie de demander la restitution des prestations touchées durant les années 2009 et 2010 avait été sauvegardé par le courrier de santésuisse du 2 mai 2011 ou le commandement de payer du 30 septembre 2011.
5.1. Selon la jurisprudence, le droit de demander la restitution s'éteint un an après le moment où l'assureur-maladie a eu connaissance du motif de restitution, mais au plus tard cinq ans après le versement des prestations (cf. art. 25 al. 2, 1 ère phrase, LPGA en lien avec l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 582). Malgré la terminologie légale, il s'agit de délais (relatif ou absolu) de péremption et non de prescription (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 24; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 582). Ces délais ne peuvent par conséquent être interrompus (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 192; THOMAS MEIER, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderungen, 2013, p. 262 et les références). Pour préserver le délai, il suffit de déposer une demande devant l'autorité de conciliation prévue par le droit cantonal ou les conventions tarifaires ou devant le Tribunal arbitral cantonal au sens de l'<ref-law>. Là où il n'existe pas de procédure de conciliation obligatoire et où, par conséquent, une demande doit être déposée directement devant un tribunal, le délai de péremption est sauvegardé par un acte préalable par lequel l'assureur-maladie fait valoir de manière appropriée sa créance en restitution des prestations contre le fournisseur de prestations (<ref-ruling> consid. 4.3.4 et 4.3.5 p. 585). Si l'acte conservateur a été accompli, le délai se trouve sauvegardé, cela une fois pour toutes (arrêt 9C_821/2012 du 12 avril 2013 consid. 4.2 et les références).
5.2. En application de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, l'autorité précédente a tout d'abord constaté que, si le cas n'a pas été soumis - comme en l'espèce - à un organisme de conciliation prévu par convention, le président du tribunal arbitral tente de concilier les parties (art. 41 et 45 al. 2 LaLAMal). Elle a retenu que cette procédure n'était cependant pas gratuite (art. 46 al. 2 LaLAMal) et s'ouvrait par le dépôt d'une requête devant le tribunal arbitral (art. 45 al. 1 LaLAMal). Aussi, les juges arbitres sont parvenus à la conclusion qu'aucune tentative de conciliation extrajudiciaire n'était prévue dans le canton de Genève, de sorte que le délai de péremption était sauvegardé par le dépôt d'une simple missive par laquelle l'assureur-maladie fait valoir sa créance en restitution de l'indu contre le fournisseur de prestations de façon appropriée, c'est-à-dire d'une façon qui ne laisse pas le moindre doute quant à ses intentions.
5.3. Contrairement à ce qui était le cas sous l'empire de l'ancien droit (voir <ref-ruling> consid. 1a p. 311; <ref-ruling> consid. 2 p. 149), le droit fédéral ne prévoit plus l'obligation pour les cantons d'instaurer une procédure de conciliation obligatoire préalable à la saisine du Tribunal arbitral cantonal (arrêt K 70/06 du 30 juillet 2007 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>). Il ne l'exclut cependant pas (<ref-law>; arrêt K 143/03 du 30 avril 2004 consid. 8.6, publié in SVR 2005 KV 10 35), de sorte que plusieurs cantons - dont Genève (consid. 2.3 supra) - ont conservé la voie préalable de la conciliation. Si le cas n'a pas été soumis à un organisme de conciliation prévu par convention, la tentative de conciliation intervient après le dépôt d'une requête adressée au greffe du Tribunal arbitral genevois (art. 45 al. 1 LaLAMal).
Le droit cantonal genevois prévoit dès lors une procédure de conciliation obligatoire, ce qui permet au requérant de sauvegarder le délai de péremption en saisissant l'autorité de conciliation désignée à cet effet. Le fait qu'en droit genevois la saisine intervient par une requête au Tribunal arbitral genevois, lorsque les parties n'ont pas prévu de conciliation devant un organe conventionnel, ne justifie pas d'étendre la possibilité du créancier de sauvegarder le délai de péremption par un acte préalable par lequel celui-ci ferait valoir de manière appropriée sa créance contre le fournisseur de prestations. Le droit cantonal n'indique pas ce qu'il faut entendre par le terme "requête", mais précise qu'en cas d'échec de la tentative de conciliation, le tribunal arbitral statue après avoir permis aux parties de s'expliquer, soit oralement, soit par un échange de mémoires si la nécessité s'en fait sentir, et après avoir procédé à toute mesure probatoire utile (art. 45 al. 3, 1ère phrase, LaLAMal). Il s'ensuit que la requête est un acte de procédure relativement informel qui peut être complété après son dépôt devant le tribunal arbitral, l'occasion étant offerte aux parties de s'expliquer, cas échéant au cours d'un échange d'écritures ultérieur. On ne voit par ailleurs pas que la possibilité pour le tribunal arbitral de fixer des frais de procédure pour la procédure de conciliation entraîne un risque important au niveau financier (cf. <ref-ruling> consid. 4.3.5 p. 585) et aurait, de ce fait, un effet dissuasif pour le créancier. Au demeurant, de tels frais n'ont pas été perçus en l'espèce.
Par conséquent, la juridiction cantonale a interprété de manière erronée le droit fédéral en retenant qu'un acte du droit de la poursuite ou une simple missive adressée au fournisseur de prestations permettaient de sauvegarder le délai de péremption dans le canton de Genève, alors que ce canton connaît une tentative obligatoire de conciliation. La demande en paiement déposée par les intimées devant le tribunal arbitral le 18 juin 2014 est par conséquent tardive dans la mesure où elle porte sur la restitution de prestations fournies par la recourante en 2009 et en 2010.
6.
En tant que la recourante affirme qu'aucune des caisses-maladie mentionnées au rubrum n'a établi disposer de la légitimation active, ce grief ne résiste pas à l'examen. S'il est vrai que l'autorité précédente a indiqué que les intimées n'avaient pas toutes été en mesure de produire au moins une facture pour chacune des périodes statistiques concernées, elle a constaté qu'aucun des documents versés au dossier ne permettait de remettre en cause la valeur probante du tableau récapitulatif ("Datenpool") des montants versés par chaque caisse-maladie concernée à la recourante. Il faut donc en déduire que la juridiction arbitrale a concrètement comparé les données de ce tableau avec celles qu'elle a recueillies auprès de l'Ofac et n'a pas constaté d'éléments excluant la légitimation active des intimées. Qui plus est, la recourante ne conteste nullement les montants avancés par les caisses-maladie.
7.
Il reste à examiner si la juridiction arbitrale a condamné à bon droit la recourante à restituer aux caisses-maladie la somme de 96'930 fr. pour l'année 2013. A cet égard, la recourante affirme que les conditions posées par la jurisprudence pour admettre l'emploi de la méthode statistique n'étaient "clairement" pas réunies pour trois raisons: premièrement, le taux d'occupation des infirmières pris en considération était inconnu et le volume annuel de facturation fixé par l'autorité précédente à 100'000 fr. était arbitraire, car déterminé indépendamment du taux d'occupation des infirmières concernées; deuxièmement, le tribunal arbitral s'est "affranchi" d'un groupe de comparaison d'une taille minimale de dix personnes; troisièmement, le tribunal arbitral n'a prêté aucune attention aux spécificités de sa pratique, en dépit des attestations des docteurs C._ et D._, selon lesquelles elle s'occupait de patients se trouvant "dans le grand âge et souffr[ant] de polypathologies complexes et de son engagement sans faille pour ses patients, se déplaçant également le week-end et la nuit au besoin".
7.1. La méthode statistique ou de comparaison des coûts moyens, mise en oeuvre par la juridiction arbitrale, consiste à comparer les frais moyens causés par la pratique d'un fournisseur de soins avec ceux causés par la pratique d'autres fournisseurs de soins travaillant dans des conditions semblables (pour les médecins, voir notamment arrêt K 6/06 du 9 octobre 2006 consid. 4.2, non publié in <ref-ruling>). Pour les médecins, cette méthode est concluante et peut servir comme moyen de preuve, si les caractéristiques essentielles des pratiques comparées sont similaires, si le groupe de comparaison compte au moins dix médecins, si la comparaison s'étend sur une période suffisamment longue et s'il est pris en compte un nombre assez important de cas traités par la personne contrôlée (arrêt 9C_968/2009 du 15 décembre 2010 consid. 5.3 non publié aux <ref-ruling>).
7.2. La méthode statistique appliquée dans un cas concret - ou la méthode analytique ou une combinaison des deux méthodes -constitue un mode de preuve, et non pas un élément de la définition de la polypragmasie. Elle relève donc d'une question de preuve et fait l'objet de la procédure de preuve (<ref-ruling> consid. 3 p. 197; arrêt 9C_576/2012 du 17 décembre 2012 consid. 3.1). En pareil cas, lorsque l'autorité arbitrale constate qu'en application de la méthode statistique, les prestations fournies ne présentent plus le caractère économique requis au sens de l'<ref-law>, il ne suffit pas de critiquer de manière générale l'administration des preuves en la qualifiant d'arbitraire; encore faut-il, pour que le Tribunal fédéral s'en écarte, que celle-ci conduise à un résultat qui doit être considéré comme arbitraire, c'est-à-dire non seulement critiquable ou discutable, mais comme manifestement insoutenable (sur la notion d'arbitraire, voir <ref-ruling> consid. 4.3 p. 380). La partie recourante ne saurait avec succès se livrer à une rediscussion de chaque élément ou argument ou de l'un ou de l'autre de ceux-ci en prétendant que, sauf arbitraire, il ne pouvait être apprécié ou interprété autrement que dans le sens favorable à sa thèse. Un tel procédé se réduit à une critique appellatoire, qui n'est pas susceptible de faire admettre l'arbitraire de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
7.3. En l'occurrence, la recourante ne développe aucune critique contre le résultat de l'appréciation des preuves opérée par la juridiction arbitrale. Elle ne prétend en particulier pas que, sur la base de l'ensemble des éléments de preuve recueilli par les juges arbitres, il était manifestement insoutenable de retenir une obligation de rembourser un montant de 96'930 fr. pour l'année 2013, soit le montant réclamé par les intimées, pour ne pas statuer au-delà des conclusions des parties.
7.3.1. En ce qui concerne tout d'abord la critique relative au "groupe de comparaison restreint" retenu par le Tribunal arbitral genevois (soit les infirmières qui ont facturé à l'assurance obligatoire des soins pour plus de 100'000 fr. de prestations en 2013 [141'080 fr. et 151'428 fr.]), si la référence à deux autres infirmières apparaît effectivement discutable (voir EUGSTER, Wirtschaftlichkeitskontrolle ambulanter ärzlicher Leistungen mit statistischen Methoden, 2003, p. 169 n° 467 ss), la recourante ne peut cependant rien en tirer. En se limitant à prétendre que les deux plus importants volumes de facturation ne correspondaient pas forcément à une activité exercée à plein temps, elle semble perdre de vue que l'assurance obligatoire des soins prend en charge, pour les infirmières, un montant correspondant à un coût horaire compris entre 54 fr. 60 et 79 fr. 80 (<ref-law> [RS 832.112.31]). Le volume de facturation moyen pris en considération par la juridiction arbitrale (146'254 fr.) équivaut dès lors à un volume hebdomadaire de prestations compris entre 35 heures (146'254 / 79,80 / 52) et 51 heures (146'254 / 54,60 / 52), lequel ne comprend pas les temps de déplacement, de formation, de repos et de gestion. Qui plus est, la juridiction arbitrale a encore ajouté une marge de tolérance de 30 %, ce qui porte la limite du volume de prestations à un horaire hebdomadaire compris entre 45 et 67 heures. Or la recourante n'apporte aucune précision à l'appui de son grief général selon lequel elle serait lésée par le groupe de comparaison ainsi créé et pour expliquer en quoi les éléments dénoncés seraient propres à faire apparaître le résultat de l'appréciation des preuves opéré par le tribunal arbitral comme arbitraire.
7.3.2. La recourante ne conteste ensuite pas les constatations des premiers juges, selon lesquelles les heures qu'elle avait facturées étaient "d'une façon générale, très largement au-dessus du nombre d'heures qu'il est possible d'imaginer qu'une personne puisse accomplir, sur un long terme qui plus est". A cet égard, les premiers juges ont constaté qu'elle avait par exemple facturé un total de 450 heures en mai 2013, dont 20,33 heures le 1 er mai, 21 heures le 3 mai et 20 heures le 27 mai. Contrairement à ce que la recourante affirme, les premiers juges ont par ailleurs dûment pris en considération les attestations des docteurs C._ et D._, même s'ils ne les ont pas expressément mentionnées dans le jugement, puisqu'ils ont relevé qu'ils ne mettaient pas en doute le dévouement de la recourante pour ses patients, généralement âgés de plus de 80 ans, ni que ceux-ci réclamaient que davantage de temps leur fut consacré. Les premiers juges ont considéré qu'il n'en demeurait pas moins que, sur la base de l'ensemble des éléments de preuves à disposition, le nombre d'heures facturées à l'assurance obligatoire des soins ne pouvait qu'avoir été exagéré. Or la recourante, qui n'a du reste fourni aucune facture ou relevé permettant de justifier sa pratique tout au long de la procédure de première instance, ne prétend pas, ni a fortiori n'établit que l'autorité précédente aurait fait preuve d'arbitraire sur ce point.
7.4. En conclusion, compte tenu de l'ensemble des éléments pris en considération par la juridiction arbitrale dans le cadre de l'administration et de l'appréciation des preuves recueillies, dont la recourante ne parvient pas à établir le caractère insoutenable, la mise en oeuvre d'une expertise analytique ne s'imposait pas et le Tribunal fédéral n'a pas à s'écarter du résultat auquel est parvenu l'autorité précédente.
8.
Ensuite de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis et le jugement attaqué réformé en ce sens que les conclusions de la demande portant sur les années 2009 à 2012 sont rejetées. Le recours est rejeté pour le surplus.
9.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être mis à la charge des intimées pour trois quarts et à la charge de la recourante pour un quart (<ref-law>). Les intimées supporteront également l'indemnité réduite de dépens à laquelle a droit la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Les chiffres 2 et 3 du dispositif du jugement du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève du 16 septembre 2016 sont réformés comme suit:
2. Admet partiellement la demande, en ce sens que la défenderesse est condamnée à restituer, pour l'année 2013, à CSS Assurance-maladie SA, CONCORDIA, Assurance suisse de maladie et accidents SA, Avenir Assurance Maladie SA, KPT Caisse-maladie SA, Mutuel Assurance Maladie SA, INTRAS Assurance-maladie SA, Sanitas Grundversicherungen AG, Arcosana AG, Assura-Basis SA, SUPRA-1846 SA, Helsana Assurances SA, SWICA Assurance-maladie SA et Vivao Sympany SA, prises conjointement et solidairement, la somme de 96'930 fr., en mains de santésuisse, à charge pour cette dernière de procéder à la répartition.
3. La rejette pour les années 2009 à 2012.
Le chiffre 4 du dispositif du jugement du 16 septembre 2016 est annulé. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis pour 7'500 fr. à la charge des intimées et pour 2'500 fr. à la charge de la recourante.
3.
Les intimées verseront à la recourante la somme de 3'000 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La cause est renvoyée au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 12 décembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker