Faits :
A.
A._ SA est propriétaire d'une parcelle de 58'527 m 2 affectée à la zone villas sur la commune de Pregny-Chambésy. Cette parcelle comporte une habitation à un logement, des bureaux et divers autres bâtiments de moindre importance. La parcelle est concernée par le plan directeur de quartier "Jardin des Nations", adopté par le Conseil d'Etat de la République et canton de Genève le 23 mars 2005, et est intégrée dans le projet appelé "Cours des Nobels", lequel tend à créer une large allée arborée destinée à la mobilité douce entre la route de Ferney, l'OMS et le village de Pregny.
Par décision du 25 mars 2015, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: DALE) a délivré à A._, à sa demande, l'autorisation définitive de construire lui permettant la création d'aménagements extérieurs (étang, bassin d'agrément, ruisseau, merlons. Les plans déposés mettaient en évidence une bande de terrain hachurée en vert, le long de la limite sud-est de la parcelle, et portant la mention "Cours des Nobel". La condition n° 7 de cette autorisation prévoyait que "l'inscription de la servitude de passage par le Cours des Nobels devra être inscrite au registre foncier avant l'ouverture du chantier".
Le 23 juillet 2015, A._ a transmis au DALE un avis d'ouverture du chantier. Le Département a alors fixé un délai de dix jours à la requérante pour se prononcer sur la condition n° 7 de l'autorisation de construire. Le 16 octobre 2015, A._ a répondu qu'elle n'avait entrepris que les travaux liés à l'édification d'un merlon et d'un portail d'entrée, interventions qui n'avaient pas de lien avec le Cours des Nobels.
B.
Après plusieurs échanges de correspondance, le Département a infligé à A._, par décision du 18 mai 2016, une amende administrative de 500 fr. Il lui a aussi imparti un délai de trente jours pour fournir les documents concernant l'inscription de la servitude objet de la condition n° 7 de l'autorisation de construire.
Le recours de A._ tendant à faire constater la nullité de la clause n° 7 précitée a été rejeté par le Tribunal administratif de première instance, puis par la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève par un arrêt rendu le 17 juillet 2017.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la A._ conclut à ce que soit annulé l'arrêt cantonal, à ce que soit constatée la nullité de la clause n° 7 de l'autorisation de construire du 25 mars 2015 et à ce que l'Etat de Genève soit débouté de toutes autres conclusions, avec suite de frais et dépens.
L'instance inférieure a indiqué n'avoir aucune observation à formuler et a persisté dans les considérants et le dispositif de sa décision. Dans sa réponse, le Département a conclu au rejet du recours avec suite de frais. A._ a répliqué, persistant dans ses précédentes conclusions.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) et aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente. Elle est particulièrement atteinte par la décision attaquée en vertu de laquelle, d'une part, lui est infligée une amende de 500 fr. et, d'autre part, lui sont réclamés des documents concernant une servitude qu'elle tient pour illicite. La recourante a un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de cette décision (<ref-law>). Le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Le recours est dès lors recevable.
2.
L'arrêt attaqué a constaté que l'autorisation de construire du 25 mars 2015 assortie de la condition litigieuse n'avait pas été contestée devant l'autorité de recours. Dans la mesure où personne ne soutenait qu'il existerait un motif de reconsidération, la décision ainsi que sa condition n° 7 avaient acquis la force de chose décidée.
La cour cantonale a ensuite posé que le courrier du Département du 18 mai 2016 ne constituait une décision au sens de l'art. 4 de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RS/GE E 5 10) que dans la mesure où il infligeait une amende à la recourante. En ce qui concernait l'injonction de déposer les documents démontrant l'inscription de la servitude litigieuse, il s'agissait d'une simple mesure d'exécution d'une décision en force (art. 59 let. b LPA) contre laquelle le recours n'était pas recevable.
Ces développements, fondés sur le droit de procédure cantonal, ne sont pas remis en cause par la recourante, de sorte que - reposant sur le droit cantonal - ils fixent le cadre du débat devant le Tribunal fédéral.
3.
La recourante soutient devant le Tribunal fédéral, comme elle l'a développé devant les instances cantonales, que la clause contenue dans l'autorisation de construire serait radicalement nulle, ce qui lui permettrait de faire valoir cette nullité à titre incident dans le cadre de l'examen de l'amende administrative dont elle est l'objet. Elle pointe une incompétence matérielle de l'autorité à imposer l'inscription d'une servitude de droit privé; elle dénonce aussi une violation des principes de la légalité, de la garantie de la propriété et de la proportionnalité.
3.1. La clause litigieuse impose à la recourante de faire inscrire auprès du registre foncier, avant l'ouverture du chantier, une servitude de passage définie sur les plans déposés. En ce sens, la clause accessoire impose à la recourante un devoir de faire, à l'instar de l'obligation de démolir une ancienne construction ou de procéder à une compensation écologique: il s'agit ainsi d'une charge (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 370; Stalder/Tschirky, in: Griffel/Liniger/Rausch/ Thurnherr [éd.], Fachhandbuch Öffentliches Baurecht, 2016, n. 2.42; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, n. 851). La charge n'a pas d'influence directe sur la décision qu'elle grève, car elle n'est pas un élément nécessaire de celle-ci, mais seulement un complément. Comme la validité d'une charge est indépendante de celle de la décision principale, elle peut être contestée pour elle-même (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 370; Stalder/Tschirky, op. cit., n. 2.44; Thierry Tanquerel, op. cit., ibid.).
Dans la mesure où une prestation étatique peut, si cela s'inscrit dans le cadre du pouvoir d'appréciation de l'autorité, être refusée, cette autorité doit aussi pouvoir assortir son octroi d'une charge. La doctrine estime qu'une telle charge n'a pas besoin d'être prévue par la loi. L'autorité peut ainsi, dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, créer des charges sans base légale, pour autant qu'elles respectent les autres principes constitutionnels, en particulier l'existence d'un intérêt public et le respect de la proportionnalité, et qu'elles entretiennent un certain rapport avec l'objet de la décision (Moor/Poltier, Droit administratif, volume II, 3 e éd. 2011, p. 93; Thierry Tanquerel, op. cit., n. 854; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7 e éd. 2016, n. 926; plus restrictif: Benoît Bovay, Procédure administrative, 2 e éd. 2015, p. 367). Selon la jurisprudence, l'Etat ne peut pas imposer à une entreprise désireuse d'une aide de l'Etat d'adhérer préalablement à une convention collective de travail, car cela viole le principe de la proportionnalité, d'autres mesures étant envisageables pour atteindre le même but en ménageant la liberté d'association et la liberté contractuelle des entreprises intéressées (<ref-ruling> consid. 4/c/cc p. 116). Plus récemment, le Tribunal fédéral a considéré que, à défaut de base légale, une autorisation de transformer une installation de stockage de carburant ne pouvait être assortie de la charge de constituer des servitudes foncières sur des parcelles voisines de celle des bénéficiaires de l'autorisation: la constitution de telles servitudes ne pouvait intervenir que sur une base volontaire et consensuelle des parties intéressées (arrêt 1A.14/2005 du 8 août 2006 consid. 7).
3.2. Pour que la recourante puisse obtenir l'annulation de l'amende administrative à laquelle elle a été condamnée, il ne suffit pas d'établir l'irrégularité de la clause accessoire de constitution de servitude. Comme cette charge, en l'absence d'un recours dirigé contre elle, est entrée en force de chose décidée, il s'agit pour la recourante de démontrer qu'elle serait frappée d'une nullité absolue. Une telle nullité empêche en effet la clause litigieuse d'exister et peut être invoquée en tout temps devant toute autorité ayant à en connaître, y compris devant une autorité d'exécution de cette décision (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 503; arrêt du 4A_142/2016 du 25 novembre 2016 consid. 2.2, SJ 2017 I 275).
La nullité absolue ne frappe que les décisions affectées des vices les plus graves, manifestes ou du moins facilement décelables, et pour autant que la constatation de la nullité ne mette pas sérieusement en danger la sécurité du droit. Hormis dans les cas expressément prévus par la loi, il n'y a lieu d'admettre la nullité qu'à titre exceptionnel, lorsque les circonstances sont telles que le système d'annulabilité n'offre manifestement pas la protection nécessaire. Des vices de fond n'entraînent qu'à de rares exceptions la nullité d'une décision; de graves vices de procédure, ainsi que l'incompétence qualifiée de l'autorité qui a rendu la décision sont des motifs de nullité (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 503).
3.3. La cour cantonale a considéré que l'insertion d'une clause accessoire dans une autorisation de construire, telle celle litigieuse dans le cas d'espèce, ne nécessitait pas de base légale expresse. Elle a d'ailleurs ajouté qu'une telle base légale était inexistante en droit genevois. Cette dernière affirmation est mise à mal par les observations du Département devant le Tribunal fédéral, citant l'art. 13 al. 4 du règlement genevois d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI; RS/GE L 5 05.01) qui prévoit que l'autorité peut, dans le cadre de l'octroi d'une autorisation de construire, demander la constitution de servitudes. Point n'est cependant besoin d'approfondir cette question.
Il n'est pas contesté que l'autorisation de construire assortie de la charge litigieuse a été délivrée par l'autorité compétente, à Genève le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (art. 1 al. 6 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L 5 05]). Ce dernier a imposé à la requérante, pour un motif d'intérêt public en lien avec la création d'une allée destinée à la mobilité douce, la création d'une servitude de passage. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, l'autorité n'a pas directement ordonné l'inscription d'une restriction de droit privé, mais a mis à la charge de la propriétaire d'en requérir l'inscription avant le début du chantier. Ce faisant, l'autorité n'a pas outrepassé ses compétences de manière manifeste et l'on ne saurait en tout cas parler d'incompétence qualifiée. Le grief de violation du principe de la légalité se confond avec celui lié à l'incompétence matérielle de l'autorité et aurait pu donner lieu, dans le meilleur des cas, à un contrôle juridictionnel dans le cadre de la voie ordinaire du recours contre la charge litigieuse (cf. arrêt 1A.14/2005 du 8 août 2006 consid. 7). Il en va de même pour la violation de la garantie de la propriété, critique qui relève uniquement du fond et qui n'a pas sa place dans l'examen de l'éventuelle nullité absolue d'une décision. Quant à la prétendue violation du principe de la proportionnalité, il s'agit aussi d'un vice de fond dont la recourante aurait pu saisir l'autorité de recours instituée par la loi (cf. <ref-ruling> consid. 4/c/cc p. 116).
Il apparaît en définitive que les critiques que fait valoir la recourante contre la charge assortissant l'autorisation de construire dont elle a bénéficié auraient toutes pu être traitées dans un recours cantonal contre celle-ci. Le système d'annulabilité institué par la loi offrait toute la protection nécessaire et il n'y pas lieu de s'écarter du principe de la validité de l'autorisation entrée en force.
4.
Le recours doit par conséquent être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3 ème section.
Lausanne, le 13 décembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Arn