Sachverhalt:
A.
Die 1968 geborene A._ meldete sich am 20. Februar 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Bern tätigte Abklärungen in erwerblicher und medizinischer Hinsicht; namentlich veranlasste sie ein interdisziplinäres Gutachten und holte einen Abklärungsbericht Haushalt ein. Sie sprach A._ aufgrund eines ermittelten Invaliditätsgrades von 55 % eine halbe Invalidenrente ab 1. Februar 2003 zu (Verfügung vom 10. Oktober 2003) und bestätigte diesen Anspruch mit Verfügung vom 25. September 2007. Ein Rentenerhöhungsgesuch von A._ vom 16. Oktober 2007 wies die IV-Stelle am 6. März 2009 ab.
Im Rahmen eines von Amtes wegen eingeleiteten Revisionsverfahrens im Januar 2013 machte A._ eine Gesundheitsverschlechterung geltend. Die IV-Stelle ordnete eine Begutachtung bei der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Bern an, welche Dr. med. B._, Spezialärztin FMH für Neurochirurgie, mit der neurochirurgischen Begutachtung beauftragte (MEDAS-Gutachten vom 30. Dezember 2014 und neurochirurgisches Teilgutachten vom 17. Dezember 2013). Mit Verfügung vom 16. September 2015 hob die IV-Stelle die Rente nach lit. a Abs. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung des IVG vom 18. März 2011 (6. IV-Revision, erstes Massnahmenpaket [SchlB IVG]) auf.
B.
Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 6. September 2016 ab.
C.
A._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Sachverhalt sei von Amtes wegen zu ergänzen. Der angefochtene Entscheid sowie die Verfügung der IV-Stelle vom 16. September 2015 seien aufzuheben. Die Sache sei zur erneuten Abklärung der Invalidität sowie zur Neuverfügung an die IV-Stelle zurückzuweisen und der neu festgelegte Sachverhalt zu berücksichtigen. Eventuell sei der vom Bundesgericht neu festzulegende Sachverhalt zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Indes prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236).
2.
2.1. Es ist unbestritten, dass sich die ursprüngliche Rentenzusprache auf ein pathogenetisch-ätiologisch unklares syndromales Beschwerdebild ohne nachweisbare organische Grundlage stützte und damit ein Fall von lit. a Abs. 1 SchlB IVG vorliegt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 6.2.3 S. 200). Nicht in Frage gestellt wird zudem, dass der Ausnahmetatbestand von lit. a Abs. 4 SchlB IVG hier nicht erfüllt ist.
2.2. Die Vorinstanz legte ihrem Entscheid das polydisziplinäre Gutachten der MEDAS Bern vom 30. Dezember 2014 (inkl. neurochirurgischem Teilgutachten von Dr. med. B._ vom 17. Dezember 2013) zu Grunde. Obwohl dieses noch unter der alten Rechtsprechung betreffend die psychosomatischen Leiden erging (die Änderung der Rechtsprechung datiert vom 3. Juni 2015; <ref-ruling>), erkannte sie ihm auch bezüglich der nunmehr materiell-beweisrechtlich geänderten Anforderungen vollumfänglichen Beweiswert zu. Im Rahmen der Indikatorenprüfung gelangte das kantonale Gericht sodann zum Schluss, dass die diagnostizierte chronische Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren bzw. die Fibromyalgie nicht invalidisierend sei.
2.3. Die Beschwerdeführerin stellt hauptsächlich den Beweiswert des MEDAS-Gutachtens vom 30. Dezember 2014 in Abrede, was eine frei überprüfbare Rechtsfrage bildet (vgl. statt vieler Urteil 9C_395/2016 vom 25. August 2016 E. 1.4). Eine Tatfrage, wie es u.a. die konkrete Beweiswürdigung darstellt (vgl. beispielsweise Urteil 9C_159/2016 vom 2. November 2016 E. 1.3.2), prüft das Bundesgericht dagegen mit eingeschränkter Kognition (vgl. E.1 vorne).
3.
3.1. Gemäss <ref-ruling> E. 8 S. 309 ist das vorinstanzliche Vorgehen grundsätzlich zulässig. Die geänderte Rechtsprechung zu den psychosomatischen Leiden bedingt, anders als die Beschwerdeführerin Glauben zu machen versucht, nicht per se eine Neubegutachtung. Vielmehr ist im Rahmen einer gesamthaften Prüfung des Einzelfalls mit seinen spezifischen Gegebenheiten und den erhobenen Rügen entscheidend, ob ein abschliessendes Abstellen auf die vorhandenen Beweisgrundlagen vor Bundesgericht standhält. Inwieweit durch diese Rechtsprechung das Rechtsgleichheitsgebot von <ref-law> verletzt wird, ist in der Beschwerdeschrift nicht näher dargelegt, weshalb sich diesbezügliche Weiterungen von vornherein erübrigen (vgl. <ref-law> und statt vieler Urteil 9C_664/2016 vom 18. Oktober 2016). Ebenso wenig lässt sich eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ausmachen, weil die Vorinstanz in ihrer Begründung verschiedene Sachverhaltselemente ausgeblendet habe und nicht auf vorgebrachte Rügen eingegangen sei. Die Beschwerdeführerin war ohne Weiteres in der Lage, den kantonalen Entscheid sachgerecht anzufechten. Insbesondere musste sich die Vorinstanz nicht ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen. Vielmehr konnte sie sich auf die Gesichtspunkte beschränken, die für den Entscheid wesentlich waren (vgl. statt vieler Urteil 9C_402/2016 vom 12. Oktober 2016 E. 4).
3.2. Bei der Überprüfung und Neubeurteilung von laufenden Renten, welche gestützt auf eine in lit. a SchlB IVG genannten Diagnosen gesprochen wurden, stellen sich die gleichen Fragen, wie wenn ein erstmaliges Leistungsgesuch zu beurteilen ist. Es geht somit darum, aus heutiger Sicht zu beurteilen, ob die Voraussetzungen für einen Rentenbezug im Zeitpunkt der Überprüfung - und nicht im Zeitpunkt der erstmaligen Rentenzusprache - gegeben sind oder nicht (Urteil 9C_519/2013 vom 26. Februar 2014 E. 2). Anders als im Rahmen einer revisionsweisen Überprüfung unter den (restriktiven) Voraussetzungen von <ref-law> fusst die hier anwendbare Rentenüberprüfung nicht auf einem Vergleich von verschiedenen Zeiträumen. Dies scheint die Beschwerdeführerin zu übersehen, indem sie sich auf die Begutachtung des ihres Erachtens "weitestgehend gleichen Sachverhaltes im Jahre 2003" beruft. Abgesehen davon trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz jenen gänzlich ausgeblendet hat. So hat sie in ihrer Erwägung 3.6 (Abs. 2) einlässlich begründet, weshalb die damalige Schulterproblematik nachvollziehbar keine Einschränkung der Arbeits- und Leistungsfähigkeit mehr bewirkt.
Im Übrigen übersieht die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz nicht den Bericht von Frau Dr. med. C._, FMH Rheumatologie und Innere Medizin, dem sich - nach Auffassung der Versicherten - keine Begründung für die festgestellte Arbeitsfähigkeit entnehmen lässt, als überzeugend bezeichnet hat. Als solches wurde in der soeben zitierten Erwägung des vorinstanzlichen Entscheides unmissverständlich das orthopädische Teilgutachten beschrieben.
3.3. Frau Dr. med. B._ konnte, wie die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat (vgl. <ref-law>), in neurochirurgischer Hinsicht keine Einschränkungen für eine mittelbelastende Tätigkeit sowie für Haushaltarbeiten ausmachen. Dass ihre Bemerkung, die Prognose sei ausschliesslich das neurochirurgische Fachgebiet betreffend, hiezu widersprüchlich sein soll, leuchtet nicht ein. Dazu kommt, dass der fehlende Einbezug von Frau Dr. med. B._ in die Konsensbesprechung, auf den die Beschwerdeführerin angesichts der fehlenden Unterschrift auf Seite 2 des Gutachtens schliesst, durch die Beteiligung des Neurologen Dr. med. D._ - sowohl an der Begutachtung selber als auch am Konsensgespräch - ausgeglichen bzw. mitabgedeckt wurde; ein chirurgischer Eingriff steht klarerweise nicht zur Debatte.
3.4. Rechtsprechungsgemäss kommt es für den Aussagegehalt eines medizinischen Berichts nicht in erster Linie auf die Dauer der Untersuchung an, sondern darauf, ob der Bericht inhaltlich vollständig und im Ergebnis schlüssig ist. Der für eine Untersuchung zu betreibende zeitliche Aufwand hängt stets von der Fragestellung und der zu beurteilenden Pathologie ab. Wichtigste Grundlage gutachterlicher Schlussfolgerungen bildet - gegebenenfalls neben standardisierten Tests - die klinische Untersuchung mit Anamneseerhebung, Symptomerfassung und Verhaltensbeobachtung (vgl. zum Beispiel Urteil 9C_664/2015 vom 2. Mai 2016 E. 4.2). Anhaltspunkte dafür, dass die am MEDAS-Gutachten beteiligten Fachärzte die entsprechenden Vorgaben nicht bzw. nur ungenügend beachtet haben, sind nicht erkennbar und werden von der Beschwerdeführerin auch nicht substanziiert vorgetragen.
3.5. Die Beschwerdeführerin bringt im Weiteren vor, in der Zeit vor Erstellung des MEDAS-Gutachtens sei stets auch eine Fibromyalgie - zusammen mit der Somatisierungsstörung - diagnostiziert worden. Diese Diagnose sei von zentraler Bedeutung, da sie für die Beurteilung des Indikators "Konsistenz" herangezogen werden müsse. In der Folge unternimmt die Versicherte selber den Versuch einer Klassifikation der Fibromyalgie und gelangt zum Schluss, dass die Feststellungen (der behandelnden Rheumatologen) zum entsprechenden Krankheitsbild nach wie vor medizinisch aktuell seien. Mit anderen Worten meint die Beschwerdeführerin, dass das MEDAS-Gutachten um ein rheumatologisches Teilgutachten hätte ergänzt werden müssen. Dies ist zu verneinen:
Einerseits charakterisieren sich die Diagnosen Fibromyalgie (ICD-10 M79.7) und somatoforme Schmerzstörung (ICD-10 F45.4) vergleichbar (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.1 S. 70); der im vorliegenden Fall diagnostizierten chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F45.41) kommt versicherungsmedizinisch keine selbstständige Bedeutung zu (Urteil 9C_168/2015 vom 13. April 2016 E. 3.2). Anderseits war an der Erstellung des Gutachtens je ein Facharzt für Innere Medizin und für Orthopädie beteiligt, deren Fachkompetenz sich auch auf rheumatologische Leiden wie Fibromyalgie erstreckt, zumal Gegenstand der Rheumatologie - als Teildisziplin der Inneren Medizin - (chronische) Schmerzen des Bewegungsapparates sind, was u.a. auch auf die Orthopädie zutrifft (Urteil 9C_203/2010 vom 21. September 2010 E. 4.1). Ausserdem wurde ein Facharzt für Psychiatrie beigezogen. Schliesslich ist bei einem Gutachten, das wie hier nach altem Verfahrensstandard eingeholt wurde, für die IV-rechtliche Leistungsprüfung die exakte diagnostische Einordnung der - an und für sich unbestrittenen - Schmerzproblematik als anhaltende somatoforme Schmerzstörung oder als Fibromyalgie nicht ausschlaggebend. Entscheidend ist, dass das fragliche Gutachten eine schlüssige Beurteilung im Lichte der massgeblichen Indikatoren erlaubt (<ref-ruling> E. 8 S. 309).
3.6. Der Umstand, dass Feststellungen zur medizinischen Vorgeschichte und zu den Therapieanstrengungen nur unter Hinweis auf das MEDAS-Gutachten im Rahmen der Anamnese vorgenommen worden seien, wie die Beschwerdeführerin bemängelt, berührt nicht den Beweiswert des hier fraglichen Gutachtens, sondern die vorinstanzliche Beweiswürdigung (vgl. vorinstanzliche Erwägung E. 3.7.2). Diese und der damit ins Visier genommene Aspekt der Konsistenz - wie auch die übrigen Indikatoren des Prüfungsprogramms (vgl. E. 3.7 und 3.8 nachfolgend) - unterliegen als Tatfrage der eingeschränkten Überprüfung (vgl. E. 2.3 vorne; <ref-ruling> E. 4.4 S. 303 und E. 7 S. 308). Dabei wird in der Beschwerdeschrift nicht rechtsgenüglich dargetan, inwieweit der hier fragliche Indikator offensichtlich unrichtig resp. willkürlich (vgl. statt vieler Urteil 9C_585/2016 vom 25. Oktober 2016) oder sonstwie bundesrechtswidrig festgestellt worden ist. Die Beschwerdeführerin tut insbesondere nicht dar, inwieweit die mit der Fibromyalgie einhergehenden konkreten Beeinträchtigungen der Alltagsfunktionen (vgl. E. 3.5 vorne) bei der vorinstanzlichen Konsistenzprüfung ausser Betracht gelassen wurden. Sie übt sich ausschliesslich in appellatorischer Kritik. Das Gleiche gilt hinsichtlich des angefochtenen Komplexes "sozialer Kontext".
3.7. Soweit die Vorinstanz unter der Kategorie "funktioneller Schweregrad", Komplex "Gesundheitsschädigung", festgehalten hat, die MEDAS-Gutachter hätten sich über die geringe Inanspruchnahme der medizinischen Therapiemöglichkeiten gewundert, so bezieht sich diese Aussage auf die seitens der Beschwerdeführerin geltend gemachte Verschlechterung des Gesundheitszustandes und steht nicht im Zusammenhang mit dem tatsächlich festgestellten Befund. Gleichermassen basiert die unter dem Komplex "Gesundheitsschädigung" gezogene Folgerung der Vorinstanz, es könne nicht von einem andauernden, schweren und quälenden Schmerz gesprochen werden, nicht einzig und allein auf der Frage nach den beanspruchten Therapien. Sie gründet auf verschiedenen Sachumständen und ist das (Teil-) Ergebnis einer umfassenden Beweiswürdigung, das als solches unhaltbar sein muss (vgl. statt vieler Urteil 8C_585/2016 vom 31. Oktober 2016 E. 4.1). Davon kann hier nicht die Rede sein. Denn auch die von der Vorinstanz erwähnte Befundinkonsistenz lässt sich, entgegen den Darlegungen der Beschwerdeführerin, nicht mit dem Umstand erklären, sie habe mit Blick auf die nachfolgende Untersuchung die Entstehungeines schwer behandelbaren Schmerzes vermeiden wollen. Wie sich aus dem neurologischen Gutachtensteil ergibt, wechselte die Beschwerdeführerin wegen sich bereits eingestellter Rückenschmerzen während der gesamten Untersuchungszeit zwischen Sitzen, Stehen und Liegen ab, was für den entsprechenden Facharzt hinsichtlich der zuletzt ausgeübten Betätigung in der Essensausgabe eines Selbstbedienungsrestaurants nicht nachvollziehbar war.
3.8. Was die "Behandlungsresistenz" betrifft, so ist der Beschwerdeführerin zuzustimmen, dass gemäss psychiatrischem Teilgutachten eine entsprechende Behandlung gegenwärtig nicht erforderlich ist. Auch in der Konsensbeurteilung werden "nur" resilienzfördernde Massnahmen empfohlen. Die Vorinstanz hat der Beschwerdeführerin daher in unhaltbarer Weise vorgeworfen, sie habe die psychologische Gesprächs-Therapie nicht mehr weitergeführt. Das heisst nun aber nicht, dass eine Behandlungsresistenz gegeben ist oder sämtliche Therapien erfolglos geblieben sind. Vielmehr sind die ärztlichen Empfehlungen Ausdruck des Leichtegrades der festgestellten Funktionseinschränkungen. Nach der Rechtsprechung gelten psychische Störungen der hier interessierenden Art nur als invalidisierend, wenn sie schwer sind (<ref-ruling> E. 4.3.1.2 S. 299), mithin die Versicherte mit ihrer Rüge letztlich nichts zu ihren Gunsten zu erwirken vermag.
4.
Zusammengefasst ist die Beschwerde unbegründet und der vorinstanzliche Entscheid zu bestätigen.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Februar 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Huber