Faits :
A.
A.a. X._, ressortissante lettone née en Russie en 1973, est entrée en Suisse pour la première fois en Suisse le 1er décembre 1995 au bénéfice d'une autorisation de séjour de courte durée, laquelle a été régulièrement renouvelée jusqu'au 30 septembre 1998. A la suite de son mariage avec un ressortissant suisse célébré le 14 janvier 2000, elle a été mise au bénéfice d'une autorisation de séjour au titre de regroupement familial. Son fils, né en 1993 d'une précédente union, a également été mis au bénéfice d'une autorisation de séjour. Le divorce des époux a été prononcé en novembre 2005. Aucun enfant n'est issu de cette union.
Le 5 octobre 2004, X._ a donné naissance en Suisse à une fille, A.Y._, dont le père, B.Y._, est de nationalité américaine. Après avoir purgé une peine privative de liberté en Suisse, celui-ci a été renvoyé en 2012 aux Etats-Unis d'Amérique, où il est actuellement détenu en attente d'être jugé par la justice américaine.
A.b. Le 18 août 2006, l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal) a accordé à l'intéressée et à ses deux enfants des autorisations de séjour UE/AELE, valables jusqu'au 31 mai 2008, lesquelles ont été renouvelées.
Depuis 2000, X._ a exercé sporadiquement une activité lucrative, notamment dans le domaine de la vente de bijouterie de luxe. Entre mars et novembre 2009, l'intéressée a été placée en détention préventive en raison d'actes liés au trafic de stupéfiants de son compagnon. Depuis lors, elle est suivie sur le plan médical et psychologique pour un état dépressif accompagné d'une dépendance à l'alcool. Elle est au bénéfice de l'aide sociale depuis le 1er décembre 2009 pour un montant mensuel de 958.10 fr.
A.c. Le 16 décembre 2010, X._ a été condamnée par la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève à une peine privative de liberté avec sursis de vingt-quatre mois pour infraction à l'art. 19 ch. 1 de la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (LStup; RS 812.121) et blanchiment d'argent aggravé. Selon l'arrêt de la Cour correctionnelle, elle avait caché un stock de marijuana et de l'argent dans sa cave et pris le risque d'entraîner son fils mineur dans ses agissements. Toutefois, selon la Cour, elle n'avait pas joué un rôle prépondérant dans le trafic de stupéfiants et avait en outre agi dans des circonstances particulières, notamment pour protéger son compagnon, B.Y._.
En mars 2011, le droit de garde sur sa fille lui a été retiré par le Tribunal tutélaire (désormais: le Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant) du canton de Genève en raison de ses problèmes d'alcool. L'enfant a été placée dans un foyer à Genève. Un mandat de curatelle de gestion, d'assistance éducative et de curatelle de droit de visite a été confié au Service de protection des mineurs. La mère exerce un droit de visite régulier sur sa fille.
B.
Par décision du 21 mars 2011, l'Office cantonal a refusé de renouveler les autorisations de séjour de X._ et de ses deux enfants.
Par jugement du 6 juillet 2012, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressée et de sa fille et déclaré celui de son fils sans objet. Celui-ci, devenu majeur, s'était vu accorder une autorisation de séjour UE/AELE avec activité lucrative.
X._ a été condamnée le 31 juillet 2013 par les autorités saint-galloises à une amende de 600 fr. pour avoir commis des vols dans un magasin et le 7 novembre 2013 par le ministère public lucernois à une amende de 100 fr. pour ivresse dans un lieu public.
Par arrêt du 6 octobre 2015, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après la Cour de justice) a admis le recours interjeté par X._ et sa fille, annulé le jugement du Tribunal administratif et renvoyé la cause à l'Office cantonal pour renouvellement des autorisations de séjour. Elle a considéré, en substance, que A.Y._ remplissait les conditions de l'art. 3 al. 6 Annexe I de I'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681). Sa mère pouvait dès lors se prévaloir d'un droit dérivé de celui de sa fille. Par ailleurs, la condamnation pénale de la mère ne permettait pas à elle seule de lui refuser une autorisation de séjour.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Secrétariat d'Etat aux migrations (ci-après: le SEM) demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 6 octobre 2015 par la Cour de justice.
La Cour de justice a renoncé à prendre position. L'Office cantonal s'est rallié aux arguments développés par le SEM. Les intimées ont conclu, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. Elles ont demandé le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
1.1. D'après l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. Selon la jurisprudence, il suffit qu'il existe un droit potentiel à l'autorisation, étayé par une motivation soutenable, pour que cette clause d'exclusion ne s'applique pas et que, partant, la voie du recours en matière de droit public soit ouverte. La question de savoir si les conditions d'un tel droit sont effectivement réunies relève du fond (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 315; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 179; cf. arrêt 2C_783/2015 du 6 janvier 2016 consid. 1.1).
En l'espèce, en leur qualité de ressortissantes de Lettonie, les intimées peuvent, en principe, prétendre à l'octroi d'une autorisation de séjour en Suisse, en vertu du droit à la libre circulation que leur confère l'ALCP (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 343; arrêt 2C_470/2014 du 29 janvier 2015 consid. 1.1). Il s'ensuit que le recours échappe au motif d'irrecevabilité de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF. Le SEM peut ainsi introduire un recours en matière de droit public afin de contester l'arrêt cantonal qui reconnaît l'existence d'un tel droit à une autorisation aux intimées (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 141; arrêts 2C_783/2015 du 6 janvier 2016 consid. 1.1; 2C_280/2014 du 22 août 2014 consid. 1.2 et 2C_390/2013 du 10 avril 2014 consid. 1.1).
1.2. Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu en dernière instance dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a au surplus été déposé en temps utile (<ref-law>) par le SEM qui a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-law> en lien avec art. 14 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 17 novembre 1999 sur l'organisation du Département fédéral de justice et police (Org DFJP; RS 172.213.1), dans le domaine du droit des étrangers (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 46). Il convient partant d'entrer en matière.
2.
Le SEM se plaint d'une violation de l'<ref-law>.
Dans la mesure où l'intimée 2, âgée de onze ans au moment de l'arrêt attaqué, est de nationalité lettone et scolarisée en Suisse, il y a lieu d'examiner, dans un premier temps, si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que celle-ci pouvait se fonder sur l'<ref-law> pour obtenir la prolongation de son autorisation de séjour.
2.1. Selon l'<ref-law>, les enfants d'un ressortissant d'une partie contractante qui exerce ou non, ou qui a exercé une activité économique sur le territoire de l'autre partie contractante, sont admis aux cours d'enseignement général, d'apprentissage et de formation professionnelle dans les mêmes conditions que les ressortissants de l'Etat d'accueil, si ces enfants résident sur son territoire. Cette réglementation a été reprise de l'art. 12 du Règlement (CEE) n°1612/68 au titre de l'"acquis communautaire" et correspond presque littéralement au texte de celui-ci. Elle accorde à ces enfants un droit à la poursuite de leur séjour dans l'Etat d'accueil, afin d'y terminer leur formation lorsqu'un retour dans leur pays d'origine ne peut pas être exigé (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 41; arrêt de la la Cour de justice des Communautés européennes [actuellement: Cour de justice de l'Union européenne; ci-après: la CJUE] du 15 mars 1989 C-389/87 et C-390/87 Echternach et Moritz, Rec. 1989-723 point 23).
Interprétant cette disposition dans l'arrêt Baumbast du 17 septembre 2002 (C-413/1999, Rec. 2002 I-7091), la CJUE a jugé que les enfants d'un citoyen de l'Union européenne qui sont venus dans un Etat membre, alors qu'un de leurs parents exerçait des droits de séjour en tant que travailleur dans cet Etat membre, sont en droit d'y séjourner, afin d'y poursuivre des cours d'enseignement général. Le fait que les parents des enfants concernés ont entre-temps divorcé ou qu'un seul des parents est un citoyen de l'Union et que ce dernier n'est plus un travailleur dans l'Etat membre d'accueil, ou encore le fait que les enfants ne sont pas eux-mêmes des citoyens de l'Union n'ont à cet égard aucune incidence (arrêt Baumbast, point 63). Elle a confirmé cette jurisprudence dans deux arrêts du 23 février 2010 (arrêts de la CJUE C-310-08 Ibrahim et C-480/08 Teixeira, point 37), en précisant que le parent qui exerçait la garde de l'enfant avait également un droit de séjour, indépendamment de ses moyens d'existence (<ref-ruling> p. 41; <ref-ruling> consid. 3.2 et 3.3 p. 396/397; arrêt 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 4.1).
2.2. Sur la base de cette jurisprudence, le Tribunal fédéral a estimé que le droit d'obtenir une autorisation de séjour en vertu de l'<ref-law> concernait les enfants ayant commencé leur formation alors que la communauté conjugale était encore intacte, dans un but d'intégration (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3.2 p. 183; arrêt 2C_195/2011 du 17 octobre 2011 consid. 1.1). Il en allait différemment des enfants en bas âge, même s'ils se trouvaient en garderie ou à l'école enfantine (ATF <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 399, où il s'agissait d'une enfant âgée de six ans; cf. également arrêt 2A.130/2005 du 12 avril 2005 consid. 1.2.1, où l'enfant fréquentait l'école enfantine). Dans un arrêt du 25 mai 2005 (2A.475/2004), le Tribunal fédéral avait aussi réservé le cas d'un enfant fréquentant les premières années d'école primaire en Suisse qui, en raison de son âge, ne devrait pas avoir de grandes difficultés à s'adapter à un autre système scolaire.
Il avait en revanche admis qu'on ne pouvait exiger d'un enfant arrivé en Suisse à l'âge de neuf ans, qui y avait terminé sa scolarité obligatoire et avait commencé un apprentissage, qu'il poursuive sa formation dans son pays d'origine (arrêt 2A.475/2004 du 25 mai 2005 consid. 4.7; cf. arrêt 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 4.1). Dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral a laissé ouverte la question de savoir si l'on pouvait exiger d'une fille de huit ans qui devait suivre la troisième année de l'école primaire qu'elle poursuive sa scolarité ailleurs qu'en Suisse (cf. arrêt 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 4.2). Le Tribunal fédéral a également rappelé que le but du droit de séjour fondé sur l'<ref-law> est d'encourager la poursuite de l'intégration des enfants en formation. Partant, un tel séjour est soumis à la condition que le retour de l'enfant dans son pays d'origine n'apparaisse pas exigible (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 399; cf. arrêt 2C_669/2015 du 30 mars 2016 consid. 6.3, dans lequel le Tribunal fédéral a laissé ouverte la question de savoir si un enfant de neuf ans avait commencé une formation au sens de cette disposition, considérant que le retour de celui-ci au Portugal avec sa mère, de nationalité portugaise, qui en avait la garde et avec laquelle celui-ci habitait, n'apparaissait pas inexigible).
3.
Le SEM soutient que l'intimée 2 ne peut pas se prévaloir de l'<ref-law>, car elle est "au tout début de sa scolarité" et n'aura aucun mal à suivre sa mère et à se réintégrer dans un système scolaire d'un autre pays, soit en Lettonie ou aux États-Unis, qui "disposent tous deux de structures d'accueil similaires à celle de Genève en ce qui concerne la prise en charge de l'enfant".
3.1. Selon les faits constatés par l'instance précédente, l'intimée 2 est née en Suisse, a toujours vécu à Genève et ne parle que le français. C'est une élève studieuse et volontaire qui entretient de bons rapports avec ses camarades de classe. Âgée de onze ans au moment de l'arrêt attaqué, elle terminait la sixième année primaire et se préparait à entrer au cycle d'orientation. L'intimée 2 ne se trouve donc pas dans les premières années de l'école primaire. Comme l'a relevé à juste titre la Cour de justice, elle est au contraire à l'aube de son adolescence, période essentielle du développement personnel et scolaire, où un soudain déplacement de son centre de vie peut constituer un véritable déracinement pour elle et s'accompagner de grandes difficultés d'intégration (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 10; <ref-ruling> consid. 4 p. 128 ss; cf. arrêts 2C_616/2012 du 1er avril 2013 consid. 2.1; 2C_645/2007 du 12 février 2008 consid. 3.2.3 et 2A.394/2003 du 16 janvier 2004 consid. 3.2). La jeune fille est par ailleurs bien encadrée dans le foyer dans lequel elle réside et suit une psychothérapie. En plus du lien étroit qu'elle entretient avec sa mère, malgré le retrait de la garde, son demi-frère, majeur et titulaire d'une autorisation UE/AELE, lui rend visite régulièrement. Ainsi, contrairement à ce que soutient le recourant, l'intéressée ne peut être considérée comme une enfant en bas âge ou au début de sa scolarité au sens de la jurisprudence qui, en raison de son jeune âge, ne devrait pas avoir de grandes difficultés à s'adapter à un autre système scolaire et à un nouvel environnement (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 155 et la référence citée; arrêts 2C_470/2014 du 29 janvier 2015 consid. 5.3 et 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 5). En outre, s'agissant d'une éventuelle réintégration de l'intéressée en Lettonie, il ressort des faits de l'arrêt attaqué que celle-ci ne parle pas le letton, ne s'est jamais rendue en Lettonie et que tous les membres de la famille de sa mère se trouvent en Russie, pays dont ni elle ni sa mère n'ont la nationalité. En effet, née en Russie, l'intimée 1 a vécu plusieurs années en Lettonie et a obtenu la nationalité lettone après avoir renoncé à la nationalité russe. Il sied également de tenir compte du fait que la jeune fille réside dans le même foyer à Genève depuis 2010 et que sa mère s'est vu retirer la garde en raison de problèmes d'alcoolisme et de dépression. Dans ces conditions, le renvoi de la jeune fille en Lettonie avec sa mère n'apparaît pas exigible, étant donné que celle-ci n'est pas en mesure de s'occuper de sa fille. On ne peut davantage suivre le recourant lorsqu'il soutient que la jeune fille n'aurait aucune difficulté à se réintégrer aux États-Unis, pays qui dispose de structures d'accueil similaires à celle dans laquelle celle-ci vit à Genève. En effet, si l'intimée 2 possède la nationalité américaine, tel n'est cependant pas le cas de sa mère, laquelle est pourtant seule détentrice de l'autorité parentale. L'enfant a certes des contacts téléphoniques occasionnels avec son père, qui l'a reconnue, mais avec lequel elle n'a jamais vécu. En tout état de cause, force est de constater, à l'instar de l'instance précédente, que le renvoi de l'enfant aux États-Unis n'apparaît pas non plus exigible dans le présent cas, dans la mesure où son père est actuellement détenu en attente d'être jugé par la justice américaine pour des infractions graves. Il ressort par ailleurs de l'arrêt attaqué que la jeune fille de onze ans n'a jamais eu de contact avec les membres de sa famille paternelle qui résident aux États-Unis, pays dont elle ne parle pas la langue.
3.2. Se référant à l'arrêt du Tribunal fédéral du 11 février 2014 dans la cause 2C_792/2013, le recourant soutient que l'intimée 2 ne peut pas se prévaloir de l'<ref-law>, dans la mesure où cette disposition ne s'appliquerait qu'aux "enfants ayant commencé leur formation alors que la communauté conjugale était encore intacte", ce qui ne serait pas le cas en l'espèce. La présente affaire n'est pas comparable à la cause jugée à l'arrêt 2C_792/2013. En effet, cette affaire concernait le cas d'une ressortissante nigériane, qui s'était séparée du père de sa fille, de nationalité italienne, alors que celle-ci avait moins de deux ans et n'allait pas encore à l'école (arrêt 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 4.2). Contrairement au présent cas, la mère n'était pas elle-même ressortissante européenne, mais une ressortissante d'un Etat tiers, dont la demande d'asile avait été refusée. La jurisprudence citée par le recourant relative à l'exigence selon laquelle la communauté conjugale doit encore être intacte (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 399 ss.) n'est pas applicable au présent cas. Comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente, l'enfant était "installée en Suisse" alors que sa mère, ressortissante européenne, exerçait des droits de séjour en tant que travailleuse au sens de la jurisprudence précitée. Il ressort en effet des faits constatés par l'instance précédente qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) que la mère a régulièrement été mise au bénéfice d'autorisations de séjour depuis 1995 à différents titres. Elle était certes à l'aide sociale depuis 2009, mais a exercé une activité lucrative sporadiquement. L'instance précédente a en particulier relevé que l'intéressée avait requis et obtenu l'autorisation de travailler de l'Office cantonal en janvier 2013, laquelle lui a été accordée jusqu'à droit connu sur son autorisation de séjour.
Contrairement à ce que semble soutenir le recourant, le fait que l'intimée 1 n'ait plus la qualité de travailleuse au sens de l'<ref-law>, ni celle de personne inactive au sens de l'<ref-law> n'a pas d'incidence sur le droit de l'enfant qui est installé dans l'Etat d'accueil d'y séjourner afin de terminer sa formation (supra consid. 2.1). Un tel raisonnement reviendrait d'ailleurs à faire dépendre le droit de l'enfant de rester en Suisse de celui de sa mère, vidant ainsi l'<ref-law> et la jurisprudence y relative de leur substance. En effet, si la mère avait le statut de travailleuse ou celui de personne inactive au sens de l'<ref-law>, sa fille aurait le droit de rester en Suisse auprès d'elle en application de l'<ref-law>, qui prévoit que les membres de la famille d'une personne ressortissant d'une partie contractante ayant un droit de séjour ont le droit de s'installer avec celle-ci.
3.3. Compte tenu de l'ensemble des éléments qui précèdent, en particulier du fait que l'intimée 2, qui est née à Genève et ne parle que le français, avait onze ans et terminé la sixième année de l'école primaire au moment de l'arrêt attaqué, réside dans le même foyer depuis 2010, où elle est encadrée et suivie psychologiquement, et que ni sa mère, ni son père n'en a la garde, la Cour de justice n'a pas violé l'<ref-law> en jugeant qu'elle remplissait les conditions de cette disposition et pouvait à ce titre bénéficier d'une autorisation de séjour jusqu'à la fin de sa formation.
4.
Reste à déterminer si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que dès lors que l'intimée 2, âgée de onze ans, disposait d'un droit propre au sens de l'ALCP pour terminer sa formation, sa mère devait être mise au bénéfice d'une autorisation de séjour de même durée au titre d'un droit dérivé.
4.1. Le recourant soutient que, dans l'hypothèse où il faut admettre que l'intimée 2 dispose d'un droit de séjour découlant de l'<ref-law>, sa mère ne peut pas se prévaloir d'un droit dérivé de celui de sa fille, car elle n'en a plus la garde.
De leur côté, les intimées relèvent que, malgré le retrait de la garde, la mère est le seul parent avec lequel l'enfant entretient des relations régulières et étroites, étant rappelé que celle-ci n'a plus de contact avec son père. L'intimée 1 serait dès lors fondée à se prévaloir d'un droit dérivé à une autorisation de séjour.
4.2. Il est vrai que la jurisprudence fait mention du droit de séjour en faveur du parent qui assure effectivement la garde de l'enfant (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3.2 et 3.3 p. 396/397; arrêt 2C_792/2013 du 11 février 2014 consid. 4.1; cf. également arrêt de la CJUE Baumbast, point 71). Ces arrêts concernaient des situations dans lesquelles l'enfant d'un ressortissant communautaire, qui était placé sous la garde du parent ressortissant d'un Etat tiers, dont il suivait le sort du point de vue du droit des étrangers. Dans l'ATF <ref-ruling>, le Tribunal fédéral a jugé que les conditions de l'<ref-law> n'étaient pas réalisées s'agissant d'une mère, ressortissante d'un Etat tiers, dont le fils aîné, né d'un premier mariage et également ressortissant d'un Etat tiers, était arrivé en Suisse et avait débuté son apprentissage en Suisse une fois que la communauté conjugale entre la recourante et son époux ressortissant européen avait pris fin; la mère n'exerçait plus de manière effective son droit de garde sur son fils, qui habitait dans un logement pour apprentis (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.2.5 p. 401).
La situation des intimées en l'espèce diffère de celle visée par les jurisprudences précitées. Le Tribunal fédéral n'a pas été amené à se prononcer sur la question de savoir si le parent européen, seul détenteur de l'autorité parentale sur un enfant européen, et qui s'est vu retirer la garde pour des raisons de santé, peut se prévaloir d'un droit dérivé sur la base de l'ALCP. La CJUE ne s'est pas non plus penchée sur un cas analogue. Dans sa jurisprudence relative au droit de séjour dans un Etat membre des enfants d'un citoyen de l'Union européenne qui y suivent des cours d'enseignement général, elle rappelle toutefois qu'il faut interpréter le Règlement (CEE) n° 1612/68 à la lumière de l'exigence du respect de la vie familiale garanti par l'art. 8 CEDH, car celui-ci fait partie des droits fondamentaux qui sont reconnus par le droit communautaire (cf. arrêts Baumbast, point 72 et Teixeira, point 39; cf. également arrêt 2A.475/2004 du 25 mai 2005 consid. 4.6).
4.3. L'art. 8 CEDH ne confère en principe pas un droit à séjourner dans un Etat déterminé. Le fait de refuser un droit de séjour à un étranger dont la famille se trouve en Suisse peut toutefois entraver sa vie familiale et porter ainsi atteinte au droit au respect de la vie privée et familiale garanti par cette disposition (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 147 et les arrêts cités). Il n'y a toutefois pas atteinte à la vie familiale si l'on peut attendre des membres de la famille qu'ils réalisent leur vie de famille à l'étranger; l'art. 8 CEDH n'est a priori pas violé si le membre de la famille jouissant d'un droit de présence en Suisse peut quitter ce pays sans difficultés avec l'étranger auquel a été refusée une autorisation de séjour (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 147; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 155). En revanche, si le départ du membre de la famille pouvant rester en Suisse ne peut d'emblée être exigé sans autres difficultés, il convient de procéder à la pesée des intérêts prévue par l'art. 8 par. 2 CEDH. Celle-ci suppose de tenir compte de l'ensemble des circonstances et de mettre en balance l'intérêt privé à l'obtention d'un titre de séjour et l'intérêt public à son refus (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 147 et les références citées). Dans la pesée des intérêts, il faut également tenir compte de l'intérêt de l'enfant à maintenir des contacts réguliers avec ses parents, ainsi que l'exige l'art. 3 de la Convention relative aux droits de l'enfant. Les dispositions de la convention ne font toutefois pas de l'intérêt de l'enfant un critère exclusif, mais un élément d'appréciation dont l'autorité doit tenir compte lorsqu'il s'agit de mettre en balance les différents intérêts en présence (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 321; arrêt 2C_851/2014 du 24 avril 2015 consid. 4.2). Cela implique notamment de se demander si un enfant a un intérêt prépondérant à pouvoir bénéficier de la présence de sa mère (cf. arrêts 2C_497/2014 du 26 octobre 2015 consid. 5.1; 2C_1142/2012 du 14 mars 2013 consid. 3.4 s. et les arrêts cités).
Le présent cas a ceci de particulier que l'intimée 2 a été placée dans un foyer en raison des problèmes de santé de sa mère. La garde n'a pas été transférée au père, la mère étant seule détentrice de l'autorité parentale. Le père de l'enfant se trouve en outre aux Etats-Unis en détention dans l'attente de son jugement. Comme relevé ci-dessus, le renvoi de l'enfant avec sa mère n'apparaît pas exigible. Il n'est pas non plus concevable qu'elle aille vivre avec son père. Il ressort enfin des faits constatés par l'instance précédente que, malgré le retrait du droit de garde, les liens entre la mère et sa fille sont forts. Selon le rapport du service de protection des mineurs, une rupture des liens avec sa mère constituerait un traumatisme pour la fille.
4.4. Dans ces conditions, l'instance précédente n'a a priori pas violé l'ALCP ni l'art. 8 CEDH en retenant que l'intimée 1 avait droit à une prolongation de son autorisation de séjour jusqu'à la majorité de sa fille ou pendant la période durant laquelle celle-ci poursuivait sa formation.
Il reste néanmoins encore à examiner si, comme le soutient le recourant, compte tenu de la condamnation pénale de la recourante, le refus de prolonger son autorisation se justifie en application de l'<ref-law>.
4.5. Comme l'ensemble des droits octroyés par l'ALCP, le droit de demeurer en Suisse ne peut être limité que par des mesures d'ordre ou de sécurité publics, au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s.). Conformément à la jurisprudence rendue en rapport avec l'<ref-law>, les limites posées au principe de la libre circulation des personnes doivent s'interpréter de manière restrictive. Ainsi, le recours par une autorité nationale à la notion d'"ordre public" pour restreindre cette liberté suppose, en dehors du trouble de l'ordre social que constitue toute infraction à la loi, l'existence d'une menace réelle et d'une certaine gravité affectant un intérêt fondamental de la société (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s. et les références citées). Il faut procéder à une appréciation spécifique du cas, portée sous l'angle des intérêts inhérents à la sauvegarde de l'ordre public, qui ne coïncide pas obligatoirement avec les appréciations à l'origine des condamnations pénales. Autrement dit, ces dernières ne sont déterminantes que si les circonstances les entourant laissent apparaître l'existence d'une menace actuelle et réelle, d'une certaine gravité pour l'ordre public (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s. et les références citées; arrêt 2C_802/2015 du 11 janvier 2016 consid. 4.3). Tel est le cas en présence d'un risque concret de récidive. Il n'est toutefois pas nécessaire d'établir avec certitude que l'étranger commettra d'autres infractions à l'avenir pour prendre une mesure d'éloignement à son encontre; inversement, ce serait aller trop loin que d'exiger que le risque de récidive soit nul pour que l'on renonce à une telle mesure. En réalité, ce risque ne doit pas être admis trop facilement et il faut l'apprécier en fonction de l'ensemble des circonstances du cas, en particulier au regard de la nature et de l'importance du bien juridique menacé, ainsi que de la gravité de l'atteinte qui pourrait y être portée. L'évaluation de ce risque sera d'autant plus rigoureuse que le bien juridique menacé est important (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s. et les références citées). A cet égard, le Tribunal fédéral se montre particulièrement rigoureux en présence d'infractions à la législation fédérale sur les stupéfiants, d'actes de violence criminelle et d'infractions contre l'intégrité sexuelle (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 125 s.; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 303s.; arrêt 2C_802/2015 du 11 janvier 2016 consid. 4.3).
4.6. En l'espèce, l'intimée 1 a été condamnée en 2010 à une peine privative de liberté de vingt-quatre mois avec sursis pour infraction à l'<ref-law> et blanchiment d'argent aggravé. Il s'agit d'une peine relativement lourde, prononcée à la suite de la commission d'une infraction grave. S'agissant du risque de récidive, il sied de relever, à l'instar de l'instance précédente, que le jugement pénal n'a pas retenu l'existence d'un pronostic défavorable et que l'intimée 1 n'a pas joué un rôle important dans le trafic de stupéfiants. En outre, l'intéressée a agi dans un contexte particulier, essentiellement dans le but de protéger son compagnon de l'époque, lequel est actuellement détenu aux Etats-Unis et avec lequel elle n'a plus de contact.
Dans ces conditions et compte tenu du fait que près de sept ans se sont écoulés depuis les faits, l'on ne saurait reprocher à l'instance précédente d'avoir nié l'existence d'un risque de récidive concret.
Le recourant relève que l'intéressée a été condamnée à deux reprises à des amendes en 2013, ce qui, selon lui, démontrerait que l'intimée 1 "peine à se conformer à l'ordre établi" et que le risque de récidive ne peut être écarté. L'instance précédente, quant à elle, retient que les deux amendes qui lui ont été infligées doivent être mises en relation avec le contexte particulier de détresse et de dépendance à l'alcool dans lequel se trouvait l'intéressée. Il ressort en outre de l'arrêt attaqué que l'intéressée collabore pleinement à son traitement et suit une thérapie intensive, afin de sortir de son alcoolisme. Elle a d'ailleurs trouvé un nouveau logement qui lui permettra d'élargir son droit de visite sur sa fille.
4.7. Bien que le cas présent soit limite en raison de la gravité de la condamnation pénale de l'intéressée en 2010, compte tenu de l'ensemble des circonstances, en particulier du contexte dans lequel l'intéressée a commis l'infraction qui a entraîné sa condamnation et du temps qui s'est écoulé depuis lors, on ne peut reprocher à la Cour de justice d'avoir violé l'<ref-law> en refusant de considérer que l'intimée 1 constituait une menace grave et actuelle pour l'ordre public.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>). Les intimées, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un mandataire professionnel, ont droit à des dépens à la charge du Secrétariat d'Etat aux migrations (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La demande d'assistance judiciaire des intimées devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le Secrétariat d'Etat aux migrations versera aux intimées une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au Secrétariat d'Etat aux migrations, au mandataire des intimées, à l'Office cantonal de la population et des migrations et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section.
Lausanne, le 30 juin 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Thalmann