Sachverhalt:
A.
X._ wird gemäss Anklage zusammengefasst vorgeworfen, seine frühere Arbeitgeberin A._ AG dadurch geschädigt zu haben, dass er als Geschäftsführer zwischen Januar 2001 und November 2010 immer wieder Zahlungen von Kunden privat einkassiert habe, indem er Barbeträge an sich genommen oder Einzahlungen auf seine privaten Konten veranlasst habe. Weiter habe er sich im Mai 2002 eine Steuerrückvergütung zugunsten der Vorgängerfirma seiner Arbeitgeberin bei der Post auszahlen lassen und für eigene Zwecke verwendet. Zwischen März 2003 und März 2010 habe X._ seiner Arbeitgeberin in zahlreichen Fällen vorgetäuscht, bereits bezahlte Sprachkurse seien annulliert oder abgebrochen worden, und den entsprechenden Kunden würde ein Teil der Kurskosten zurückerstattet. Tatsächlich habe er die entsprechenden Beträge aber auf seine privaten Konten, an seine privaten Gläubiger, an Gläubiger der B._ oder an andere ihm nahestehende Personen auszahlen lassen. Weiter habe X._ als Verantwortlicher für die Internet-Werbung von seiner Arbeitgeberin zwischen September 2003 und Oktober 2010 überhöhte Beträge für die im Internet aufgeschaltete Werbung einkassiert, indem er ihr unwahre Abrechnungen über die von ihm mit seiner privaten Kreditkarte (angeblich) bezahlten Werbekosten vorgelegt habe. Zwischen Ende 2004 und Mitte 2010 habe X._ zahlreiche Reisegutscheine auf Rechnung seiner Arbeitgeberin bestellt und ihr vorgespiegelt, diese würden an Schüler oder Dritte ausgehändigt, die die Schule weiterempfohlen und so neue Kunden gebracht hätten. In Wirklichkeit habe er die Reisegutscheine für sich selbst verwendet. Im Jahr 2006 habe X._ seinem Zahnarzt die Teilnahme an einem Englischkurs ermöglicht, wobei die Kurskosten mit ausstehenden respektive künftig anfallenden Behandlungskosten seiner Familie verrechnet worden seien. Am 8. September 2008 habe X._ einen von einer Lehrerin abgelieferten Betrag für an die Schüler abgegebene Lehrmittel an sich genommen und persönlich verwendet. Schliesslich habe X._ Ende September/Anfang November 2010 wiederum versucht, sich den ausstehenden Betrag für einen von einem Kunden gebuchten Kurs auf sein Privatkonto bezahlen zu lassen. Der Kunde habe indes bemerkt, dass der der Rechnung beigelegte Einzahlungsschein nicht auf das Lerninstitut lautete und sich an den Verwaltungsrat gewandt.
B.
Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ mit Urteil vom 5. September 2013 des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung sowie der versuchten ungetreuen Geschäftsbesorgung in Bereicherungsabsicht schuldig und bestrafte ihn mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 3 Jahren, wobei es den unbedingten Teil der Strafe auf 1 Jahr festsetzte. Es verurteilte ihn zur Zahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 611'242.90 zuzüglich 5 % Zins seit dem 29. November 2010 sowie zu einer Parteientschädigung von Fr. 38'768.70 an die A._ AG.
C.
Auf Berufung von X._ hin bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 19. Juni 2015 den erstinstanzlichen Schuldspruch im Wesentlichen, setzte für den bedingt vollziehbaren Strafteil anstelle einer Probezeit von 5 Jahren indes lediglich eine solche von 2 Jahren fest. Es verurteilte ihn zur Zahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 589'174.50 zuzüglich 5 % Zins seit dem 29. November 2010 sowie zu einer Parteientschädigung für das Berufungsverfahren von Fr. 12'941.65 an die A._ AG. Die darüber hinausgehenden Forderungen wies es ab.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Appellationsgerichts sei aufzuheben und er teilweise freizusprechen. Er sei zu einer bedingten Freiheitsstrafe von höchstens 18 Monaten zu verurteilen. Die Zivilforderung sei auf den Zivilweg zu verweisen oder eventualiter im Maximalbetrag von Fr. 396'915.80 gutzuheissen. Subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung verschiedentlich als willkürlich.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; je mit Hinweisen). Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; je mit Hinweisen).
Inwiefern das Sachgericht den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel verletzt hat, prüft das Bundesgericht ebenfalls unter dem Gesichtspunkt der Willkür. Diese aus der Unschuldsvermutung abgeleitete Maxime wurde wiederholt dargelegt, worauf zu verweisen ist (<ref-ruling> E. 7 S. 82 mit Hinweisen).
2.
2.1. Hinsichtlich der Bargeldentnahmen erwägt die Vorinstanz unter Verweis auf die Beweiswürdigung des erstinstanzlichen Gerichts, es sei erwiesen, dass der Beschwerdeführer sich immer wieder Geldbeträge habe auszahlen lassen, die Kunden für die Teilnahme an den Sprachkursen bar entrichtet hätten. Die Tatsache, dass ein Kunde in die Umsatzliste aufgenommen worden sei, bedeute nicht, dass der geschuldete Kursbeitrag Eingang in das "Konto Kasse" der Beschwerdegegnerin 2 gefunden habe. Aufgrund der Aussage der Sekretärin der Beschwerdegegnerin 2 stehe vielmehr fest, dass teilweise Kunden in den Umsatzlisten noch als "offener Debitor" geführt worden seien, obwohl sie bereits bezahlt gehabt hätten. Der Beschwerdeführer habe gemäss ihrer Aussage versprochen, die von ihm entnommenen Beträge "später auszugleichen". In einem Fall habe er sich den von einer Kundin während seiner Ferienabwesenheit bar beglichenen Kursbeitrag nachträglich von der Sekretärin aushändigen lassen. Die Vorinstanz geht gestützt auf die Aussagen der Sekretärin und eines Kundenberaters der Beschwerdegegnerin 2 davon aus, diese hätten im Jahr 2010 entschieden, dem Beschwerdeführer kein Bargeld mehr auszuhändigen.
2.2. Soweit der Beschwerdeführer auf die vorinstanzlichen Erwägungen überhaupt Bezug nimmt, beschränkt er sich über weite Strecken darauf, seine eigene Sichtweise des Geschehens darzulegen. Darauf ist nicht einzutreten. Er verkennt, dass das Bundesgericht keine Appellationsinstanz ist, die eine freie Würdigung in tatsächlicher Hinsicht vornimmt. Es ist grundsätzlich an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden und überprüft die vorinstanzliche Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung im Rahmen des Rügeprinzips nur auf Willkür (vgl. Art. 105 Abs. 1, Art. 106 Abs. 2 BGG). Dass der Beschwerdeführer aufgrund seiner eigenen Beweiswürdigung zu einem anderen Ergebnis als die Vorinstanz gelangt, bedeutet nicht, dass deren Sachverhaltsfeststellungen aktenwidrig sind. Soweit er seine Behauptung, mit den entnommenen Bargeldbeträgen teilweise Rechnungen der Beschwerdegegnerin 2 bezahlt zu haben, mit dem Verweis auf drei Zahlungen im Jahr 2007 und eine im Jahr 2008 stützt, kann ihm nicht gefolgt werden. Woraus sich ergeben sollte, dass die fraglichen Zahlungen mit den vom Beschwerdeführer entnommenen Mitteln und durch ihn vorgenommen wurden, ist nicht ersichtlich. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung verstösst weder gegen das Willkürverbot noch gegen die Unschuldsvermutung. Nicht schlechterdings unhaltbar ist die vorinstanzliche Erwägung, wonach sich der Beschwerdeführer eine während seiner Ferien eingegangene Zahlung einer Kursteilnehmerin nach seiner Rückkehr habe aushändigen lassen. Die Vorinstanz weist nachvollziehbar darauf hin, dass der Beschwerdeführer die Möglichkeit hatte, sich den Betrag auszahlen zu lassen und einige Tage später seinem Bankkonto exakt dieser Betrag gutgeschrieben worden sei.
Nicht offensichtlich unrichtig ist die vorinstanzliche Feststellung, wonach die Sekretärin und ein Kundenberater Anfang 2010 beschlossen hätten, dem Beschwerdeführer kein Geld mehr auszuhändigen. Die Vorinstanz stützt sich diesbezüglich insbesondere auf die Angaben der Sekretärin. Dass sie ebenfalls aussagte, ab seinem Hauskauf im Jahr 2007 oder 2008 und dem nachfolgenden Umbau sei gemunkelt worden, dass der Beschwerdeführer dafür Geld brauche und Geldprobleme habe, steht dem nicht entgegen. Aus ihrer Aussage, es sei dann darüber diskutiert und beschlossen worden, dem Beschwerdeführer kein Geld mehr zu geben, folgt nicht zwingend, dass dies bereits im Jahr 2007 vereinbart worden ist. Auch aus den Angaben des Kundenberaters, wonach er in den letzten Jahren bar einkassiertes Kursgeld an die Sekretärin übergeben habe und diese die Beträge direkt bei der Post einbezahlt habe, ergibt sich solches nicht. Soweit der Kundenberater von den "letzten Jahren" spricht, könnte sich dies auch auf den Zeitraum zwischen 2010 und seiner Einvernahme im Jahr 2012 beziehen. Sowohl die Sekretärin als auch der Kundenberater haben ausgesagt, der Beschwerdeführer habe bis ins Jahr 2010 Geld aus bar bezahlten Kursen an sich genommen (kantonale Akten, act. 807-812 sowie 908-914). Wenn sich die Vorinstanz darauf stützt, verfällt sie jedenfalls nicht in Willkür.
2.3.
2.3.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, der Beschwerdegegnerin 2 sei durch die Bargeldentnahmen kein Vermögensschaden entstanden, da die betroffenen Kunden trotz Bezahlung der Kursgelder in der Buchhaltung als "offene Debitoren" geführt worden seien. Die Beschwerdegegnerin 2 habe somit offene Forderungen gehabt. Ein Schaden wäre erst entstanden, wenn diese hätten abgeschrieben werden müssen. Auf der von der Beschwerdegegnerin 2 eingereichten Liste der offenen Debitoren seien zahlreiche Kunden nicht aufgelistet, deren Kursgelder er gemäss Anklage an sich genommen habe solle. Damit sei erwiesen, "dass in diesen Fällen die Kursgelder schlussendlich ausgeglichen wurden" und kein Vermögensschaden entstanden sei. Der Schaden sei überdies offensichtlich unrichtig festgestellt worden, da von den entnommenen Beträgen von der Beschwerdegegnerin 2 geschuldete Provisionszahlungen ausgerichtet worden seien. Die Vorinstanz verweise zudem auf die Aussage der Sekretärin, wonach der Beschwerdeführer ihr jeweils versprochen habe, den (entnommenen) Betrag später auszugleichen. Er habe somit auch keinen Vorsatz zur Schädigung der Beschwerdegegnerin 2 respektive keine Bereicherungsabsicht gehabt.
2.3.2. Der ungetreuen Geschäftsbesorgung nach Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 StGB macht sich strafbar, wer aufgrund des Gesetzes, eines behördlichen Auftrages oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird. Der Tatbestand ist erfüllt, wenn der Täter in der Stellung eines Geschäftsführers treuwidrig eine Schutzpflicht zur Wahrung fremder Vermögensinteressen verletzt hat und es dadurch zu einer Schädigung des anvertrauten Vermögens gekommen ist.
Ein Vermögensschaden liegt nach der Rechtsprechung vor bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nicht-Verminderung der Passiven oder Nicht-Vermehrung der Aktiven oder wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist. Letzteres ist der Fall, wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (<ref-ruling> E. 3.1 S. 125 f. mit Hinweisen zur ungetreuen Geschäftsführung gemäss Art. 159 Abs. 1 aStGB; Urteil 6B_657/2015 vom 1. Juni 2016 E. 2.2.1).
Das Bundesgericht prüft als Rechtsfrage, ob die Vorinstanz ihrem Urteil einen korrekten Rechtsbegriff des Schadens zu Grunde legt und den Schaden nach zutreffenden Rechtsgrundsätzen berechnet. Dagegen beschlagen Feststellungen zu Bestand und Umfang eines Schadens grundsätzlich vom kantonalen Gericht abschliessend zu beurteilende Tatfragen (<ref-ruling> E. 4 S. 366; 564 E. 6.2 S. 575 f.; je mit Hinweisen).
2.3.3. Der von der Vorinstanz angenommene Bestand und Umfang des Schadens ist nicht offensichtlich unrichtig (vgl. zum Willkürbegriff vorne E. 1.2). Soweit die Kunden trotz Bezahlung der Kursgelder noch als "offene Debitoren" in der Buchhaltung geführt wurden, entsprach diese offensichtlich nicht den Tatsachen. Eine korrekt geführte Buchhaltung hätte demnach mindestens eine Vermögensgefährdung ausweisen müssen, nachdem der Beschwerdeführer die entsprechenden Beträge ohne Berechtigung an sich genommen hatte. Dass auf der im Laufe des Verfahrens eingereichten Debitorenliste gewisse Personen, deren einbezahltes Kursgeld der Beschwerdeführer an sich genommen hat, nicht aufgeführt sind, vermag das Vorliegen eines Schadens nicht zu widerlegen. Ob die Liste vollständig ist, steht nicht fest. Sodann wurden die vom Beschwerdeführer angeführten Kunden, die ihre Kursgelder bereits bezahlt hatten, möglicherweise aus der Liste entfernt, da die Beschwerdegegnerin 2 ihnen gegenüber keine Forderung mehr hatte.
Eine offensichtlich falsche Feststellung des Schadens liegt auch mit Blick auf die vom Beschwerdeführer angeführten Provisionszahlungen nicht vor. Die Vorinstanz zieht bei den vom Kundenberater einkassierten und in der Folge dem Beschwerdeführer ausgehändigten Geldern die unbestrittenermassen erfolgten Provisionszahlungen in der Höhe von 10 % des Kursbeitrags vom Schaden ab, da die Provision von der Beschwerdegegnerin 2 geschuldet gewesen sei. Dass die Auszahlung der Provision an den Kundenberater durch den Beschwerdeführer nicht buchhalterisch transparent gemacht worden sei, ändere nichts daran, dass der Beschwerdegegnerin 2 insofern kein Schaden entstanden sei. Der Beschwerdeführer macht geltend, dass auch bei den Kursgeldzahlungen an ihn selbst oder die Sekretärin dem jeweiligen Mitarbeiter, der den Vertrag abgeschlossen hatte, eine Provision von 10 % zugestanden habe. Es sei deshalb auch in den Fällen, in denen er das Geld von der Sekretärin oder selbst erhalten habe, ein Abzug von 10 % bei der Schadenssumme vorzunehmen. Ob der Provisionsanspruch in jedem Fall bestand und auch dem Beschwerdeführer selbst zustand, kann offenbleiben. Weder aus dem vorinstanzlichen Entscheid noch aus den Akten ergibt sich unzweifelhaft, dass der Beschwerdeführer auch in den von ihm angeführten Fällen die Provision aus der Bargeldentnahme entrichtete respektive die Mitarbeiter, die den Vertrag abschlossen, die Provision nicht von der Beschwerdegegnerin 2 vergütet bekommen haben.
2.3.4. Schliesslich liegt auch kein Verstoss gegen die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) fliessende Begründungspflicht (Art. 81 Abs. 3 lit. a StPO) vor. Der Beschwerdeführer bringt zwar zutreffend vor, dass sich die Vorinstanz nicht explizit mit seinem Vorbringen auseinandersetzt, wonach mit dem entnommenen Bargeld teilweise auch "offene Debitoren" getilgt worden seien. Die Vorinstanz musste sich indes nicht mit jedem einzelnen Vorbringen des Beschwerdeführers auseinandersetzen. Vielmehr konnte sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Es müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 183; <ref-ruling> E. 2.2 S. 84; je mit Hinweis). Die Erwägungen im angefochtenen Entscheid sind nachvollziehbar und schlüssig. Die Vorinstanz setzt sich mit den wesentlichen Einwänden des Beschwerdeführers auseinander. Inwiefern der Entscheid nicht sachgerecht angefochten werden konnte, ist weder ersichtlich noch dargelegt. Es ist im Übrigen nicht erkennbar, inwiefern der der Beschwerdegegnerin 2 entstandene Schaden in unhaltbarer Weise festgestellt worden wäre. Aus der vom Beschwerdeführer angeführten Aktenstelle ergibt sich, dass der Beschwerdeführer in einzelnen Fällen mit frisch entnommenem Geld von ihm verursachte Ausstände aufgrund früherer Bargeldentnahmen ausgeglichen hat. Wenn durch einzelne Entnahmen von Kundengeldern frühere Bargeldentnahmen kompensiert werden, hat dies auf die Gesamthöhe des Schadens jedoch grundsätzlich keinen Einfluss.
2.3.5. Was der Täter weiss, will und in Kauf nimmt, betrifft eine innere Tatsache und ist Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, ob gestützt auf die festgestellten Tatsachen Fahrlässigkeit, Eventualvorsatz oder direkter Vorsatz gegeben ist (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 4 mit Hinweis). Soweit der Beschwerdeführer den subjektiven Tatbestand bestreitet, kann ihm nicht gefolgt werden. Aus dem blossen Umstand, dass er gegenüber der Sekretärin jeweils versprochen hat, den entnommenen Betrag später wieder auszugleichen, musste die Vorinstanz nicht auf fehlenden Vorsatz schliessen. Aufgrund der gesamten Umstände ist es nicht willkürlich, wenn sie implizit von vorsätzlichem Handeln des Beschwerdeführers ausgeht.
3.
3.1. Bezüglich der fingierten Annullierung bezahlter Kurse erwägt die Vorinstanz, es sei ausgeschlossen, dass die Rückerstattungszahlungen auf Konten des Beschwerdeführers und seiner privaten Gläubiger mit konkludenter Zustimmung der Beschwerdegegnerin 2 erfolgt seien. Es entbehre jeder Logik und sei als blosse Schutzbehauptung zu werten, wenn der Beschwerdeführer behaupte, er habe das Geld mit ihrem Einverständnis zur Bezahlung von Verpflichtungen der Beschwerdegegnerin 2 gebraucht, die deren Verwaltungsrat nicht habe bezahlen wollen. Weiter sei kein Grund ersichtlich, weshalb die Beschwerdegegnerin 2 ohne täuschende Angaben des Beschwerdeführers Zahlungen als Rückerstattung von Kursgeldern verbucht haben sollte. Ob die Täuschung des Beschwerdeführers mündlich durch falsche Angaben gegenüber der Sekretärin oder in Schriftform auf einem Rückerstattungsblatt erfolgten, sei für die rechtliche Qualifikation des Vorgehens als arglistige Täuschung unerheblich. Die Sekretärin habe auf die Weisungen des ihr vorgesetzten Beschwerdeführers vertrauen dürfen. Dass die Zahlungen unter anderem auch auf Privatkonten des Beschwerdeführers gingen, sei aus den Einzahlungsscheinen nicht ohne Weiteres ersichtlich gewesen. Auch dem Verwaltungsrat, der die Zahlungen jeweils freigegeben habe, habe dies nicht auffallen müssen.
3.2.
3.2.1. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag keine Willkür zu belegen. Entgegen seiner Ansicht stützt sich die Vorinstanz bei ihrer Beweiswürdigung nicht nur auf die Tatsache, dass die von der Beschwerdegegnerin 2 getätigten Zahlungen im "Konto Rückerstattungen" aufgeführt wurden. Sie erachtet eine bewusste Zahlung auf Konten des Beschwerdeführers und seiner privaten Gläubiger vielmehr primär deshalb als ausgeschlossen, weil es unlogisch erschiene, wenn die Beschwerdegegnerin 2 dem Beschwerdeführer bewusst Geld zur Bezahlung von gegenüber ihr erhobenen Forderungen zukommen liesse, deren Bezahlung sie selbst angeblich abgelehnt haben soll. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Mit seinen Ausführungen versucht er insbesondere aufzuzeigen, dass die Buchführung der Beschwerdegegnerin 2 nicht verlässlich ist. So seien auch in anderen Fällen Zahlungen über das "Konto Rückerstattungen" gelaufen, die etwas anderes zum Inhalt gehabt hätten, oder Abgrenzungen zu Zahlungen der Vorgängerfirma nicht sauber vorgenommen worden. Es könne aus diesem Grund nicht bereits deshalb von einer Täuschung durch den Beschwerdeführer ausgegangen werden, weil die Zahlungen der Beschwerdegegnerin 2 im Zusammenhang mit den angeblichen Rückerstattungen annullierter Kurse im "Konto Rückerstattungen" aufgeführt wurden. Die Verbuchung der fraglichen Zahlungen im "Konto Rückerstattungen" führt die Vorinstanz wie dargelegt nur als zusätzliches Indiz für die erfolgte Täuschung der Beschwerdegegnerin 2 an. Selbst wenn man mit dem Beschwerdeführer davon ausginge, dass die Buchhaltung der Beschwerdegegnerin 2 teilweise unrichtig geführt wurde, wäre die vorinstanzliche Beweiswürdigung nicht bereits deswegen schlechterdings unhaltbar.
3.2.2. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, eine irrtümliche Zahlung aufgrund seiner mündlichen Angaben sei mit der Vorschrift von Art. 957a Abs. 2 Ziff. 2 und Abs. 3 OR nicht vereinbar, wonach es für die einzelnen Buchungsvorgänge jeweils einen Belegnachweis brauche. Es liege deshalb der Schluss nahe, dass der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2, der die Zahlungen kontrolliert habe, ein schriftliches Rückerstattungsblatt verlangt hätte. Auch mute komisch an, dass sich der Verwaltungsrat in gewissen Fällen mit mündlichen Angaben des Beschwerdeführers begnügt habe solle, wenn er ansonsten jeweils einen schriftlichen Beleg erhalten habe. Dies deute darauf hin, dass die Überweisungen aufgrund gegenseitiger Absprache erfolgt seien. Auch damit vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sein sollte. So steht nicht fest, dass sich der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 des Belegprinzips bewusst war. Art. 957a OR war im Übrigen zur fraglichen Zeit noch gar nicht in Kraft (vgl. AS 2012 6697 ff.). Es ist auch denkbar, dass nachträglich ein entsprechender Beleg für die Buchhaltung erstellt worden ist. Aus dem Fehlen eines schriftlichen Rückerstattungsblatts zum Zeitpunkt der Überweisung musste die Vorinstanz nicht zwingend schliessen, die Zahlung sei mit Wissen und Einverständnis des tatsächlichen Grundes dafür erfolgt. Weshalb nicht in allen Fällen ein schriftliches Rückerstattungsblatt erstellt wurde, kann offenbleiben. Aufgrund der gesamten Umstände durfte die Vorinstanz bewusste, nicht aufgrund einer Täuschung erfolgte Zahlungen an den Beschwerdeführer respektive seine privaten Gläubiger jedenfalls willkürfrei ausschliessen. Inwiefern dadurch die Unschuldsvermutung verletzt worden sein soll, ist nicht ersichtlich.
3.2.3. Nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer, wenn er vorbringt, der Sekretärin respektive dem Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 hätte auffallen müssen, dass mehrere Zahlungen im Zusammenhang mit den fingierten Annullationen von Kursen auf seine Konten respektive zu seinen Gunsten erfolgt seien. Die Vorinstanz weist nachvollziehbar darauf hin, dies sei aus den Einzahlungsscheinen nicht ohne Weiteres ersichtlich gewesen. So sei bei den Überweisungen auf ein Konto der C._ AG die Zuordnung der Zahlung an den Endbegünstigten nur aufgrund der Referenznummer des Einzahlungsscheins möglich. Auch bei den Überweisungen an die D._ AG und die E._ Bank hätten die Einzahlungsscheine keinen Hinweis enthalten, dass es sich beim Begünstigten um den Beschwerdeführer gehandelt habe. Zudem sei nicht ausgeschlossen, dass diese Unternehmen Sprachkurse für ihre Mitarbeiter gebucht hätten. Schliesslich bestehe auch die Möglichkeit, dass Sprachschüler die Kurskosten mittels Kreditkarte bezahlten; diesfalls wäre eine Rückerstattung auf das Kreditkartenkonto naheliegend. Es mag zutreffen, wenn der Beschwerdeführer dagegen einwendet, bei der Mehrheit der Rückerstattungsblätter sei neben dem Namen des Schülers auch eine Firma aufgeführt und die genannten Finanzinstitute würden nirgends als Firmenkunden von Sprachkursen bezeichnet. Aus den Akten wie auch aus der Zusammenstellung des Beschwerdeführers selbst ergibt sich jedoch, dass die Angaben zu den Rückerstattungen nicht einheitlich waren. Entgegen seiner Auffassung mussten die Sekretärin und der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 alleine gestützt auf die vorhandenen Angaben nicht klarerweise wissen, dass es bei den Überweisungen an die fraglichen Finanzinstitute nicht um Rückerstattungen für deren Mitarbeiter ging. Die Zahlung auf ein Konto der E._ Bank mag ungewöhnlich sein, ist mit einer unbewussten Überweisung zu Gunsten des Beschwerdeführers aber nicht unvereinbar. Gleiches gilt für den Umstand, dass bei einigen Buchungen eine Jahreszahl aufgeführt wurde, die nicht mit den Angaben des Beschwerdeführers auf den Rückerstattungsblättern übereinstimmt. Selbst wenn die Konten des Beschwerdeführers bekannt waren und allenfalls bei der Überweisung via E-Banking nach Eingabe der ersten Ziffern einer Kontonummer ein bereits benutztes Konto aufschien, war für die Beschwerdegegnerin 2 nicht erkennbar, dass das Geld dem Beschwerdeführer zugute kam, wie die Vorinstanz nachvollziehbar darlegt. Der Beschwerdeführer bringt in diesem Zusammenhang vor, aus der Liste der Kursrückerstattungen sei ersichtlich, dass die Rückzahlungen jeweils eine andere Person betroffen hätten. Die Zahlungen seien jedoch immer auf die gleichen Konten erfolgt. Damit schliesst der Beschwerdeführer aus dem Wissen und den Unterlagen nach durchgeführtem, umfangreichem Verfahren auf das angebliche Wissen der Beschwerdegegnerin 2 im Zeitpunkt der Zahlungen. Dies ist offensichtlich nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich erscheinen zu lassen oder eine Verletzung der Unschuldsvermutung darzulegen.
3.2.4. Die Vorinstanz verletzt in diesem Zusammenhang ihre Begründungspflicht nicht. Aus ihren Erwägungen ergibt sich hinreichend, weshalb sie auch in den Fällen, wo kein schriftliches Rückerstattungsblatt vorliegt, von einer Täuschung ausgeht und keine willentlichen Zahlungen an den Beschwerdeführer annimmt. Zutreffend ist, dass die Vorinstanz sich nicht explizit zu den vom Beschwerdeführer im Rahmen seiner Berufungsschrift angeführten Zahlungen äussert, wo der Buchungstext nicht "Kursrückerstattung" gelautet habe. Dies brauchte sie indes auch nicht, da nicht ersichtlich ist, inwiefern dies für die Sachverhaltsfeststellung relevant sein sollte respektive eine allfällig fehlende Bezeichnung als Rückerstattung zwingend zu einem anderen Beweisergebnis hätte führen müssen. Von einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör kann keine Rede sein (vgl. dazu vorne E. 2.3.4). Dies gilt ebenso mit Blick auf die eine Zahlung, in der im Feld "Einbezahlt von" der Beschwerdeführer aufgeführt ist. Auch diesbezüglich durfte die Vorinstanz aufgrund der gesamten von ihr dargelegten Umstände implizit davon ausgehen, dass die Überweisung nur aufgrund einer Täuschung erfolgt ist.
3.2.5. Soweit der Beschwerdeführer schliesslich vorbringt, drei Rückerstattungszahlungen seien über das Konto der Vorgängerfirma der Beschwerdegegnerin 2 erfolgt, weshalb Letzterer kein Schaden entstanden sei, kann ihm nicht gefolgt werden. Wie die Vorinstanz zutreffend darlegt, ergibt sich aus der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin 2, dass die fraglichen Zahlungen bei dieser als Aufwand verbucht wurden. Auch wenn im Rahmen der Verrechnung zwischen der Beschwerdegegnerin 2 und ihrer Vorgängerfirma die einzelnen Beträge dieser Überweisungen nicht mehr eindeutig ersichtlich sind, verfällt die Vorinstanz nicht in Willkür, wenn sie die fraglichen Beträge zum Schaden der Beschwerdegegnerin 2 hinzurechnet.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verurteilung wegen Betrugs im Zusammenhang mit der fingierten Annullierung bezahlter Kurse sowie den überhöhten Rückforderungen für die Werbekosten und macht geltend, nicht arglistig getäuscht zu haben.
4.2. Die Vorinstanz erwägt zusammengefasst, der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 wie auch die Sekretärin hätten dem Beschwerdeführer und seinen Angaben vertraut. Dass ihn der Verwaltungsrat nicht für fähig gehalten habe, die Gesellschaft zu leiten, ändere daran nichts. Nicht das Vertrauen in die Fähigkeiten des Beschwerdeführers als Geschäftsführer oder seine Eignung zur Übernahme der Gesellschaft seien entscheidend, sondern das Vertrauen in seine Angaben.
4.3. Gemäss Art. 146 Abs. 1 StGB macht sich des Betrugs schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Arglist ist nach ständiger Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Bei einfachen falschen Angaben ist das Merkmal erfüllt, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, sowie dann, wenn der Täter den Getäuschten von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieser die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde (<ref-ruling> E. 5.2 S. 81 f. mit Hinweisen; Urteil 6B_887/2015 vom 8. März 2016 E. 2.2.2, zur Publ. vorgesehen).
Mit dem Tatbestandsmerkmal der Arglist verleiht das Gesetz dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung wesentliche Bedeutung. Arglist scheidet aus, wenn der Getäuschte den Irrtum mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit hätte vermeiden können. Dabei sind die jeweilige Lage und die Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall entscheidend. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Getäuschten, sondern nur bei Leichtfertigkeit, welche das betrügerische Verhalten des Täters in den Hintergrund treten lässt. Die zum Ausschluss der Strafbarkeit des Täuschenden führende Opfermitverantwortung kann nur in Ausnahmefällen bejaht werden (<ref-ruling> E. 5.2 S. 80 f. mit Hinweisen; Urteil 6B_887/2015 vom 8. März 2016 E. 2.2.2, zur Publ. vorgesehen).
4.4. Soweit der Beschwerdeführer seiner Argumentation einen Sachverhalt zugrunde legt, der vom vorinstanzlich willkürfrei festgestellten abweicht, ist darauf nicht einzugehen (vgl. vorne E. 1.2). Dies ist beispielsweise der Fall, wenn er von einer unverlässlichen Buchführung der Beschwerdegegnerin 2 ausgeht, eine mündliche Täuschung verneint oder vorbringt, aufgrund der Rückerstattungsblätter und der Kenntnis seiner Konten seien irrtümliche Überweisungen ausgeschlossen. Der Beschwerdeführer beschränkt sich im Wesentlichen darauf, seine bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Einwände zu wiederholen. Entgegen seinen Ausführungen stützt sich die Vorinstanz bei ihrer Annahme eines Vertrauensverhältnisses nicht bloss auf eine allgemeine Aussage des Verwaltungsrats der Beschwerdegegnerin 2, sondern belegt dieses mit dem Verweis auf mehrere Aktenstellen. Sie weist im Übrigen zutreffend darauf hin, dass es hinsichtlich der Prüfung der Arglist auf das Vertrauen in die Angaben des Beschwerdeführers ankommt und nicht auf seine Fähigkeiten zur Leitung oder seine Eignung zur Übernahme der Gesellschaft. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Dass der Verwaltungsrat dem Beschwerdeführer keine Zeichnungsberechtigung einräumte und die Zahlungen kontrollierte, vermag kein fehlendes Vertrauensverhältnis zu belegen. Die Vorinstanz ist zu Recht von einer arglistigen Täuschung des Beschwerdeführers ausgegangen. Dies gilt auch mit Blick auf die Abrechnung überhöhter Werbekosten. Dass die Sekretärin beim Einrichten des zu diesem Zweck eröffneten Online-Kontos dabei war und das vom Beschwerdeführer verwendete Passwort aufgeschnappt hat, ändert daran nichts. Die Sekretärin sagte aus, nie auf das entsprechende Konto zugegriffen zu haben, da dies nicht Teil ihrer Aufgaben gewesen sei (kantonale Akten, act. 930 f.). Es ist zudem nicht erstellt, dass sie auch den Benutzernamen kannte. Auch der Umstand, dass der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 keine Kreditkartenabrechnungen einforderte, stellt kein leichtfertiges Verhalten dar, das die täuschenden Machenschaften des Beschwerdeführers in den Hintergrund treten liesse. So hat der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin 2 ausgesagt, auf die manipulierten Abrechnungen des Werbeanbieters vertraut zu haben und vom Beschwerdeführer hintergangen worden zu sein (kantonale Akten, act. 684). Die Vorinstanz brauchte sich mit diesen Vorbringen des Beschwerdeführers nicht explizit auseinanderzusetzen (vgl. vorne E. 2.3.4).
5.
In Bezug auf die Finanzierung privater Reisen mit Gutscheinen seiner Arbeitgeberin, die zur Belohnung von Kundenwerbung vorgesehen waren, macht der Beschwerdeführer eine aktenwidrige Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz geltend. Entgegen den Ausführungen im Urteil habe er in seiner Berufungsbegründung nicht behauptet, die Hälfte der Gutscheine an Kunden abgegeben zu haben. Es trifft zu, dass die entsprechende Erwägung der Vorinstanz sich nicht auf die von ihr angegebene Stelle der Berufungsbegründung stützen lässt. Der Beschwerdeführer bringt indes selbst vor, dass diesem Umstand in rechtlicher Sicht keine Bedeutung zukommt. Inwiefern er dadurch negativer dargestellt würde respektive was er daraus zu seinen Gunsten ableiten könnte, ist nicht ersichtlich.
Aktenwidrig ist das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin 2 sei aufgrund einer telefonischen Nachfrage beim Reisebüro spätestens im Jahr 2008 über die tatsächliche Verwendung der Reisegutscheine im Bild gewesen. Aus der entsprechenden Einvernahme der Reisebüro-Mitarbeiterin ergibt sich vielmehr, dass damals keine telefonischen Auskünfte erteilt worden waren (kantonale Akten, act. 881 f.).
Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, wenn sie auch hinsichtlich der privaten Verwendung der Reisegutscheine von einer arglistigen Täuschung durch den Beschwerdeführer ausgeht.
6.
Seinen Antrag auf teilweisen Freispruch respektive teilweise Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung anstelle von Betrugs, stützt der Beschwerdeführer einzig auf den von ihm behaupteten Sachverhalt. Da die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht willkürlich ist, ist darauf nicht einzutreten. Gleiches gilt für sein Begehren, die Zivilforderung sei auf den Zivilweg zu verweisen oder allenfalls zu reduzieren.
Auch auf die Vorbringen zur Strafzumessung ist nicht weiter einzugehen. Die Ausführungen des Beschwerdeführers, weshalb nicht von einem gewerbsmässigen Betrug auszugehen und sein Verschulden weniger schwer wiege, als von der Vorinstanz angenommen, fussen auf seiner eigenen Sachverhaltsdarstellung. Inwiefern die Vorinstanz das ihr zustehende Ermessen (vgl. <ref-ruling> E. 5.6 S. 61 f. mit Hinweis) verletzt haben sollte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Die entsprechenden Einwände genügen den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 116 mit Hinweisen). Soweit er vorbringt, er werde mit Blick auf vergleichbare Fälle zu hart bestraft, verkennt der Beschwerdeführer schliesslich, dass nach der Rechtsprechung der Grundsatz der Individualisierung und das dem Sachgericht bei der Strafzumessung eingeräumte weite Ermessen notwendigerweise zu einer gewissen, vom Gesetzgeber in Kauf genommenen Ungleichheit führen. Selbst gleich oder ähnlich gelagerte Fälle unterscheiden sich durchwegs massgeblich in zumessungsrelevanten Punkten. Die aus diesen Umständen resultierende Ungleichheit in der Zumessung der Strafe reicht für sich allein nicht aus, um auf einen Missbrauch des Ermessens zu schliessen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 193 mit Hinweisen).
7.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: M. Widmer