Sachverhalt:
A.
Am 11. April 1997 erteilte die Baubehörde der Gemeinde Samedan den Ehegatten B. und C. D._ die Bewilligung zum Neubau eines Einfamilienhauses in Samedan auf Parzelle 1429. Im Formular "Hauptwohnungsanteile" wurde der Erstwohnungsanteil auf 100 % festgesetzt.
B.
Am 4. Januar 2005 verkauften B. und C. D._ die Liegenschaft Parzelle 1429 an A._ zu einem Preis von Fr. 2'300'000.--. Im Kaufvertrag wurde die Hauptwohnungsverpflichtung nicht erwähnt.
2011 verlegte A._ seinen Wohnsitz von Samedan nach Luzern. Auf Nachfrage hin bestätigte ihm die Gemeindeverwaltung mit Schreiben vom 28. Februar 2011, dass auf der Liegenschaft 1429 keine Nutzungsbeschränkungen angemerkt seien und diese - aufgrund der gesamten der Bauverwaltung bekannten Umstände - nicht der Hauptwohnungsverpflichtung unterliege. Eine identische Bestätigung der Gemeindeverwaltung erfolgte am 20. März 2013 auf Nachfrage der Firma E._ AG.
Am 11. April 2013 ersuchte Rechtsanwalt F._ die Gemeinde um eine entsprechende Bestätigung, da er am Erwerb von Parzelle 1429 interessiert sei und sich deshalb vergewissern wolle, dass diese nicht der Hauptwohnungsverpflichtung unterliege. Am 17. Juni 2013 teilte die Gemeinde F._ sowie A._ und der E._ AG mit, dass die Liegenschaft als Hauptwohnung bewilligt worden sei. Die Hauptwohnungsverpflichtung sei zwar versehentlich nicht im Grundbuch angemerkt worden, bestehe zufolge der bloss deklaratorischen Natur solcher Anmerkungen aber dennoch.
Am 24. Juni 2013 ersuchte A._ die Gemeinde um Erlass einer anfechtbaren Verfügung.
Am 19. Juli 2013 beauftragte die Gemeinde das Amt für Schätzungswesen Graubünden mit der Erstellung eines Schätzungsgutachtens. Im entsprechenden Gutachten vom 28. November 2013 gab das Amt für Schätzungswesen folgende Schätzungen ab:
- Verkehrswert per 4. Januar 2005 mit Hauptwohnungsverpflichtung: Fr. 2'300'000.--
- Verkehrswert per 4. Januar 2005 ohne Hauptwohnungsverpflichtung: Fr. 2'890'000.--
- Verkehrswert per 19. Juli 2013 mit Hauptwohnungsverpflichtung: Fr. 2'640'000.--
- Verkehrswert per 19. Juli 2013 ohne Hauptwohnungsverpflichtung: Fr. 4'150'000.--.
Nach Anhörung der Beteiligten hielt die Gemeinde mit Verfügung vom 26. Mai 2014 fest, dass das bestehende Einfamilienhaus auf Parzelle 1429 nur als Hauptwohnung genutzt werden dürfe und wies das Grundbuchamt an, diese öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung im Grundbuch anzumerken.
C.
Hiergegen erhob A._ am 1. Juli 2014 Beschwerde ans Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 6. Oktober 2015 ab.
D.
Dagegen hat A._ am 5. November 2015 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der verwaltungsgerichtliche Entscheid und die Verfügung der Gemeinde Samedan vom 26. Mai 2014 seien aufzuheben und es sei festzustellen, dass das Grundstück Nr. 1429, GB Samedan, nicht der Hauptwohnungspflicht unterstehe. Eventualiter sei festzustellen, dass die Zweitwohnungsnutzung auf dem Grundstück uneingeschränkt geduldet werde. Subeventualiter sei die Sache zur nochmaligen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz oder an die Gemeinde Samedan zurückzuweisen.
E.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Gemeinde Samedan schliesst auf Abweisung des Hauptantrags Ziff. 1. Der Eventualantrag Ziff. 2 (Duldung der Zweitwohnungsnutzung) sei abzuweisen, wenn bei Durchsetzung der Hauptwohnungsverpflichtung kein Schaden zu bejahen sei oder dieser ausschliesslich nach Art. 4 des Bündner Gesetzes über die Staatshaftung vom 5. Dezember 2006 (SHG/GR; BR 170.050 (Billigkeitshaftung) zu beurteilen sei; ansonsten sei die Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen. Die Gemeinde weist darauf hin, dass sie hoch verschuldet sei, und es sich daher nicht leisten könne, die Hauptwohnungsverpflichtung durchzusetzen, wenn dies eine Staatshaftung von Fr. 1.51 Mio. auslösen würde.
B. und C. D._ verzichten auf eine Stellungnahme und betonen, dass sie nicht Partei seien, sondern lediglich "weitere Beteiligte" i.S.v. <ref-law>.
F.
In seiner Replik hält der Beschwerdeführer seine Beschwerdeanträge aufrecht und äussert sich zur Vernehmlassung der Gemeinde.
Die Gemeinde und die übrigen Verfahrensbeteiligten haben auf eine Duplik verzichtet.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Eigentümer des belasteten Grundstücks zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.2. Die Begründung der Beschwerde (unter Angabe allfälliger Beweismittel) muss bereits in der Beschwerdeschrift enthalten sein; diese kann grundsätzlich nur bis zum Ablauf der Beschwerdefrist ergänzt werden (<ref-law> und <ref-law> e contrario). Zusätzliche Ausführungen in der Replik können nur berücksichtigt werden, wenn erst die Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten dazu Anlass gibt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 21 mit Hinweisen; LAURENT MERZ in: Basler Kommentar zum BGG, N. 42 zu Art. 42).
Soweit der Beschwerdeführer erst in der Replik die Verkehrswertschätzung des Amtes für Schätzungswesen kritisiert und in diesem Zusammenhang Verfahrensrügen erhebt, sind diese Einwände verspätet und im Folgenden nicht zu berücksichtigen.
1.3. Streitgegenstand ist die vom Verwaltungsgericht bestätigte Verfügung vom 26. Mai 2014, mit der festgestellt wurde, dass das Einfamilienhaus auf Parzelle 1429 nur als Hauptwohnung genutzt werden darf und das Grundbuchamt Maloja angewiesen wurde, dies im Grundbuch anzumerken. Ob die Durchsetzung der Hauptwohnungsverpflichtung allenfalls zu einer Haftung der Gemeinde nach SHG führen könnte, wurde vom Verwaltungsgericht nicht geprüft und ist daher auch nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Die von der Gemeinde in diesem Zusammenhang aufgeworfenen Fragen (z.B. zum Schaden, zur Kausalität der unterlassenen Anmerkung im Grundbuch, zum Vertrauensschutz, etc.) sind daher im Folgenden nur zu berücksichtigen, soweit sie für die Beurteilung der Rügen des Beschwerdeführers zur Hauptwohnungsverpflichtung relevant sind.
2.
Das Verwaltungsgericht führte aus, die Hauptwohnungspflicht als öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung sei versehentlich nicht ins Grundbuch eingetragen worden. Die Grundbucheintragung habe aber lediglich deklaratorische Wirkung (<ref-law>) und nehme deshalb auch nicht am öffentlichen Glauben des Grundbuchs teil (<ref-law>), weshalb die Nutzungsbeschränkung gegenüber dem Beschwerdeführer weiterbestanden habe, der das Einfamilienhaus am 4. Januar 2005 ohne Wissen um die bestehende Eigentumsbeschränkung erworben hatte. Da dieser seinen Wohnsitz am 11. Juli 2011 nach Luzern verlegt habe und das Einfamilienhaus seither nicht mehr als Erstwohnung benutze, liege eine materielle Baurechtswidrigkeit vor. Diese könne auch nicht behoben werden, da Art. 29 des kommunalen Baugesetzes (BauG) die Umnutzung der Hauptwohnung in eine Zweitwohnung nicht zulasse. Materiell vorschriftswidrige Zustände seien auf Anordnung der zuständigen Behörde zu beseitigen (Art. 94 Abs. 1 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden [KRG; BR 801.100]). Allerdings müsse nach Art. 94 Abs. 4 KRG eine Duldungsverfügung erlassen werden, wenn die streitige Anordnung den Prinzipien der Verhältnismässigkeit oder des Vertrauensschutzes widerspreche.
Das Verwaltungsgericht verneinte dies. Es bestehe ein gewichtiges öffentliches Interesse an der Beschränkung von Zweitwohnungen im allgemeinen und im Kreis Oberengadin bzw. der Gemeinde Samedan im besonderen. Die früher bestehende Möglichkeit der finanziellen Abgeltung der Hauptwohnungsverpflichtung sei mit der Teilrevision des Baugesetzes im Jahre 2010 abgeschafft worden, was das erhebliche öffentliche Interesse an der tatsächlichen Durchsetzung der Hauptwohnungsverpflichtungen belege. Dem stünden rein pekuniäre Interessen des Beschwerdeführers gegenüber, denen kein erhebliches Gewicht zukomme. Dieser habe seit seinem Wegzug nach Luzern versucht, das Haus in Samedan zu verkaufen, d.h. er hege nicht die Absicht, es selbst als Zweitwohnung zu nutzen. Sein persönliches Interesse bestehe vielmehr darin, mit dem Weiterverkauf einen möglichst grossen Gewinn zu erzielen. Aus dem Schätzungsgutachten ergebe sich, dass in Samedan durchaus ein Markt für Erstwohnungen bestehe, weshalb er sein Einfamilienhaus auch als Erstwohnung gewinnbringend verkaufen oder vermieten könne. Unter diesen Umständen vermöchten die persönlichen Interessen des Beschwerdeführers an der Duldung der fortwährenden Nutzung seines Einfamilienhauses als Zweitwohnung nicht gegen das öffentliche Interesse an der nachträglichen Durchsetzung der im Jahre 1997 verfügten Hauptwohnungsverpflichtung aufzukommen.
3.
Der Beschwerdeführer teilt die Analyse der Rechtslage nach kantonalem Recht. Dagegen ist er der Auffassung, das Verwaltungsgericht habe bei der Verhältnismässigkeitsprüfung die privaten und öffentlichen Interessen offensichtlich unrichtig festgestellt und die Interessenabwägung willkürlich vorgenommen (<ref-law>); er rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (Art. 26 i.V.m. <ref-law>); zudem habe die Vorinstanz die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes zu Unrecht verneint.
3.1. Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst ein konkretes öffentliches Interesse an der Durchsetzung der Hauptwohnungsnutzung, habe die Gemeinde doch seit seinem Wegzug nach Luzern und dem Erlass der angefochtenen Verfügung keine Anstalten getroffen, die Erstwohnungsverpflichtung durchzusetzen.
Wie die materiell unrichtigen Auskünfte des Bauverwalters vom 28. Februar 2011 und vom 20. März 2013 zeigen, ging die Gemeinde bis ins Jahr 2013 selbst davon aus, dass keine Hauptwohnungsverpflichtung bestehe. Dieser Irrtum wurde erst aufgrund der Anfrage von F._ korrigiert (mit Schreiben vom 17. Juni 2013). Ab diesem Zeitpunkt wurde die Gemeinde aktiv, indem sie ein Schätzungsgutachten in Auftrag gab und die Parteien zur beabsichtigten Durchsetzung der Hauptwohnungsverpflichtung anhörte. Sie hat somit die baurechtswidrige Nutzung des Einfamilienhauses als Zweitwohnung nie bewusst geduldet. Unter diesen Umständen kann nicht auf ein fehlendes Durchsetzungsinteresse der Gemeinde im konkreten Einzelfall geschlossen werden.
3.2. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, dass er keinen Käufer oder Mieter finde, der bereit sei, die Liegenschaft zu einem ortsüblichen Preis zu kaufen oder zu mieten. Allerdings präzisiert er (in Ziff. 3 der Beschwerdeschrift), dass er einen ortsüblichen Preis für Zweitwohnungen meint. Das Verwaltungsgericht hatte dagegen aufgrund des Schätzungsgutachtens festgestellt, dass es möglich sei, das Haus gewinnbringend zu Erstwohnungspreisen zu verkaufen oder zu vermieten. Dies wird vom Beschwerdeführer nicht substanziiert bestritten (zu den Ausführungen in der Replik vgl. oben E. 1.2). Ist deshalb von der Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts auszugehen (<ref-law>), befindet sich der Beschwerdeführer nicht in der von ihm geschilderten "absurden Situation", sein Haus in Samedan weder verkaufen noch selbst nutzen zu können.
3.3. Der Beschwerdeführer beanstandet weiter die Feststellung des Verwaltungsgerichts als offensichtlich unrichtig, wonach das von ihm geltend gemachte Interesse an der Zweitwohnungsnutzung eine Schutzbehauptung sei. Zwar sei es von Anfang an sein Plan gewesen, die nicht mehr selbst genutzte Liegenschaft gewinnbringend zu verkaufen; bis zum beabsichtigten Verkauf habe er sie aber noch als Zweitwohnung nutzen wollen.
Die Qualifikation als Schutzbehauptung bezog sich auf die Aussage in der Beschwerdeschrift vom 1. Juli 2014 (Ziff. 4.5), wonach der Beschwerdeführer "im guten Glauben darauf, seine Liegenschaft weiterhin als Zweitwohnung nutzen zu dürfen, seinen Wohnsitz nach Luzern verlegt" habe. Da sich die Zweitnutzungsabsicht nach eigenem Bekunden des Beschwerdeführers nur auf die Übergangsfrist bis zu dem - aus wirtschaftlichen Gründen - dringenden Verkauf beschränkte, ist es nicht willkürlich, wenn das Verwaltungsgericht diesem Interesse kein erhebliches Gewicht und jedenfalls keine ausschlaggebende Bedeutung für die Wohnsitzverlegung zuerkannte.
3.4. Der Beschwerdeführer kritisiert schliesslich die Argumentation der Vorinstanz, wonach keine nachteilige Disposition als Voraussetzung für den Vertrauensschutz vorliege: Aufgrund seiner damals (im Jahr 2005) unsicheren beruflichen Situation habe er sich nicht an einen Ort binden können und hätte deshalb keinesfalls eine Liegenschaft mit einer Hauptwohnungsverpflichtung erworben, wenn er darum gewusst hätte.
Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Vorausgesetzt ist weiter, dass die Person, die sich auf Vertrauensschutz beruft, berechtigterweise auf diese Grundlage vertrauen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht ohne Nachteil rückgängig machen kann (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; je mit Hinweisen).
3.4.1. Vorliegend hat das Verwaltungsgericht die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes bereits mangels Vertrauensgrundlage verneint, weil ein gutgläubiger Erwerber aus dem Fehlen der Grundbuchanmerkung nicht ableiten dürfe, dass die Beschränkung nicht bestehe (E. 4d und 2c des angefochtenen Entscheids). Mit dieser Erwägung setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander und legt nicht dar, inwiefern sie Bundesrecht verletze. Dies ist auch nicht ersichtlich:
Zwar verpflichtet <ref-law> (seit der Änderung vom 11. Dezember 2009; AS 2011 4637; BBl 2007 5283) das Gemeinwesen, für bestimmte Grundstücke verfügte dauerhafte Nutzungs- oder Verfügungsbeschränkungen im Grundbuch anmerken zu lassen. Die Anmerkung hat aber bloss deklaratorische Bedeutung (<ref-ruling> E. 4 S. 183; Urteil 1C_151/2010 vom 21. Juni 2010 E. 2.3, in ZBGR 2011 117) und die Anmerkungen nehmen nicht an der Wirkung des öffentlichen Glaubens des Grundbuchs gemäss <ref-law> teil. Der Erwerber eines Grundstücks kann somit weder auf den wirklichen Bestand eines angemerkten Rechtsverhältnisses vertrauen noch aus dem Fehlen einer Anmerkung auf den Nichtbestand eines anmerkungsfähigen Rechtsverhältnisses schliessen (Urteil 1C_151/2010 vom 21. Juni 2010 E. 2.3 mit Hinweisen; Jürg Schmid, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 5. Aufl. 2015, N. 12 f. zu Art. 962).
3.4.2. Im Übrigen hat das Verwaltungsgericht festgestellt, dass der Beschwerdeführer die Wohnung auch als Erstwohnung gewinnbringend verkaufen könne. Diese Sachverhaltsfeststellung wird in der Beschwerdeschrift nicht substanziiert bestritten; die erst in der Replik erhobenen Rügen sind verspätetet (oben E. 1.2). Es ist deshalb davon auszugehen, dass er die Möglichkeit hat, die 2005 getroffene Disposition (Erwerb einer Liegenschaft mit Hauptwohnungsverpflichtung) ohne vermögenswerte Nachteile wieder rückgängig zu machen. Unter diesen Umständen durfte das Verwaltungsgericht auch diese Voraussetzung des Vertrauensschutzes verneinen.
3.5. Die Rügen des Beschwerdeführers erweisen sich daher als unbegründet, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen nach <ref-law> genügen.
4.
Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gemeinde Samedan unterliegt in ihrem amtlichen Wirkungsbereich und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>). Auch B. und C. D._, die sich nicht als Partei am Verfahren beteiligt haben, haben keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Samedan, B. und C. D._ und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Mai 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber