Faits :
A.
Par ordonnance du 10 avril 2013, le Ministère public du canton de Vaud a classé la procédure instruite sur plainte de X._ pour lésions corporelles simples et abus d'autorité. Statuant sur le recours interjeté par X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 29 avril 2013. Par arrêt 6B_769/2013 du 16 janvier 2014, la Cour de céans a annulé l'arrêt du 29 avril 2013 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
B.
Par jugement du 24 juin 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a rejeté la requête tendant à la réouverture de l'instruction déposée par X._, dans la mesure de sa recevabilité (I), a libéré A._ et B._ des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et d'abus d'autorité (II et III), a constaté que X._ s'est rendue coupable de dommages à la propriété et de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et l'a condamnée à une peine pécuniaire ferme de 90 jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à 30 fr., peine additionnelle à celle prononcée le 31 mars 2014 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne et cumulative à celle prononcée le 11 décembre 2013 par le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne (IV et V). X._ a été condamnée à verser une indemnité de 668 fr. à B._ pour le dommage subi (VI). Ses conclusions civiles ainsi que sa requête en indemnité pour ses frais de défense ont été rejetées (VII et X).
C.
Statuant sur l'appel formé par X._ contre la décision de première instance, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a très partiellement admis par jugement du 11 novembre 2015, en ce sens qu'elle a assorti la peine pécuniaire de 90 jours-amende du sursis et fixé le délai d'épreuve à 5 ans (V et V bis). Pour le surplus, elle a entièrement confirmé le jugement de première instance. Les frais d'appel ont été mis par quatre cinquièmes à la charge de X._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat.
En substance, le jugement entrepris repose sur les faits suivants.
C.a. Le 10 janvier 2012, la police lausannoise est intervenue, sur mandat du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne, dans un immeuble occupé par des squatters. L'ordre de mission portait sur une perquisition des locaux et sur la notification de plusieurs mandats de comparution à des occupants présumés des lieux. Les squatters ont refusé aux inspecteurs l'accès aux locaux en érigeant des barricades aux deux entrées du bâtiment, notamment au moyen de meubles, de palettes CFF et de matelas. Les inspecteurs ont dès lors fait appel au groupe d'intervention pour investir les lieux et procéder aux actes requis par le magistrat instructeur. Une fois entrés dans l'immeuble, les policiers ont été entravés dans leur progression par certains des occupants qui ont jeté des objets divers dans leur direction (planches, chaises, portes d'armoires et boules de pétanque).
X._ se trouvait alors dans une chambre située à l'étage supérieur, juchée sur une mezzanine aménagée en hauteur. Devant son refus de descendre malgré plusieurs injonctions verbales, deux policiers du groupe d'intervention, C._ et D._, se sont saisis de sa personne alors que X._ se débattait, tentant de leur donner des coups de pied et d'attraper leur casque et leur uniforme. Une fois acheminée en dehors de l'immeuble, X._ a été menottée et prise en charge par les agents B._ et E._ afin de la conduire à l'Hôtel de police. Elle a, en hurlant, demandé à voir les autorisations et obtenir les matricules des intervenants, puis a uriné sur le trottoir à la vue de tous.
Amenée dans le fourgon de transfert de la police, X._ a résisté en gesticulant et en s'opposant physiquement. Ensuite, elle a commencé à respirer rapidement et bruyamment, comme dans une situation d'hyperventilation. L'inspecteur F._ a dès lors décidé de l'emmener auprès des ambulanciers pour s'assurer qu'elle puisse être transférée sans danger au poste de police; ceux-ci n'ont, au terme de leur contrôle, pas estimé qu'un traitement spécifique était nécessaire. Il a toutefois été décidé que le transfert de X._ serait opéré au moyen d'un véhicule banalisé.
Arrivée au véhicule de service banalisé, X._ a refusé d'y monter en manifestant son opposition par des gesticulations et des cris. Au vu de sa résistance, B._et E._ ne sont pas parvenus à la faire entrer dans le véhicule par eux-mêmes. L'agent F._, alerté par les cris de la jeune femme, les a rejoints pour leur prêter main forte.
B._ et F._ sont parvenus à introduire X._ sur le siège arrière du véhicule. Cette dernière, qui se débattait toujours et refusait de s'asseoir dans le véhicule, s'est allongée sur la banquette et a continué à gesticuler et crier dans l'habitacle. Alors que F._ la ceinturait par le haut du corps depuis la portière arrière droite, B._ s'est rendu du côté arrière gauche du véhicule afin de la maîtriser et s'asseoir à ses côtés. Lorsqu'il a ouvert la porte, les pieds de X._ dépassaient et celle-ci essayait de donner des coups avec ses jambes. Pour parvenir à maîtriser ses jambes, B._ a donné deux coups ou atémis (geste d'art martial consistant à faire pression sur des points précis, utilisé par la police afin de faire lâcher prise et détendre une personne crispée) sur la cuisse de la jeune femme avec le poing fermé. Cette mesure n'a pas eu d'effet, de sorte que B._, ne parvenant toujours pas à entrer dans le véhicule, a exercé des points de compression sur l'un des tibias de X._ au moyen de son bâton tactique, tandis que celle-ci se débattait toujours et crachait dans sa direction. A ce moment, X._ l'a atteint au moyen d'un coup de pied au niveau du visage, ce qui a eu pour effet de propulser hors du véhicule ses lunettes médicales, qui se sont brisées.
A._, interpellé par les cris de X._ et la situation qu'il pouvait observer, s'est approché de ses collègues pour les aider. B._ s'est alors retiré et A._ a pris sa place. La jeune femme était toujours agitée et donnait des coups de jambe et de pied. A._ a donné deux coups ou atémis sur la cuisse de la prénommée avec le poing fermé et est ainsi parvenu à la repousser dans le véhicule, puis à s'asseoir à sa gauche. F._ a quant à lui pris place à sa droite.
Une fois à l'intérieur du véhicule, X._ a continué à se débattre et à cracher sur les policiers qui ont dû lui maintenir les membres inférieurs durant le trajet, effectué en urgence, jusqu'à l'Hôtel de police. Une fois sur place, X._ a été prise en charge par deux autres agents et placée en cellule de maintien en attendant son audition. Un test à l'éthylomètre a révélé une alcoolémie de 1,6 g o/oo. Elle a été entendue par les policiers et a refusé, dans une large mesure, de répondre à leurs questions, avant de quitter l'Hôtel de police vers 15h30.
Le lendemain des faits, X._ a consulté l'Unité de médecine des violences du CHUV (ci-après : UMV) qui a établi un cahier photographique et un rapport dont il ressort qu'elle a présenté de nombreuses ecchymoses et des griffures sur diverses parties du corps, en particulier sur les bras et les jambes.
C.b. Le casier judiciaire suisse de X._ comporte deux inscriptions. Elle a été condamnée le 11 décembre 2013 pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires et opposition aux actes de l'autorité à 120 heures de travail d'intérêt général avec sursis et à une amende de 100 francs. Le 31 mars 2014, elle a été condamnée pour violation de domicile à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 30 fr. avec sursis et à une amende de 300 fr., peine partiellement complémentaire à celle prononcée le 11 décembre 2013.
D.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement cantonal et conclut à sa réforme en ce sens que A._ et B._ sont condamnés des chefs d'accusation de lésions corporelles simples et d'abus d'autorité, qu'elle est acquittée des chefs de dommages à la propriété et de violence ou menace contre les fonctionnaires, que ses conclusions civiles sont admises et qu'une indemnité au sens des art. 429 et 433 CPP lui est versée, le tout, avec suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, plus subsidiairement, au renvoi de la cause avec ordre de réouverture de l'instruction. Elle sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
La recourante s'en prend tant à l'acquittement des intimés qu'à sa propre condamnation. Elle agit ainsi en qualité de partie plaignante et de prévenue.
1.1. A teneur de l'<ref-law>, la qualité pour former un recours en matière pénale appartient à toute personne qui, entre autres conditions, a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Selon la jurisprudence, cet intérêt juridique est notamment reconnu à la partie plaignante qui prétend avoir subi des traitements cruels, inhumains ou dégradants prohibés par les art. 3 CEDH et 10 al. 3 Cst., lorsque cette partie attaque une ordonnance de classement ou un jugement d'acquittement rendus en faveur des personnes censément coupables de ces traitements prohibés. La condition dont dépend la qualité de la partie plaignante pour recourir selon l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF, relative aux effets de la décision attaquée sur ses prétentions civiles, n'est alors pas applicable (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 88; arrêts 6B_1179/2015 du 4 août 2016 consid. 1; 6B_944/2015 du 25 mai 2016 consid. 1).
1.2. En l'occurrence, au regard des accusations qu'elle porte contre les intimés acquittés et de la fonction étatique que ceux-ci assumaient, la recourante a qualité pour saisir le Tribunal fédéral.
2.
La recourante s'en prend à l'instruction et à la mise en accusation menée par le Ministère public.
A l'appui de sa conclusion visant à la réouverture de l'instruction et sous couvert d'une violation de la maxime in dubio pro duriore, la recourante semble reprocher au Ministère public de n'avoir dirigé l'acte d'accusation qu'à l'encontre des intimés à l'exclusion des autres agents ayant été en contact avec elle lors de l'intervention du 10 janvier 2012. En lien avec ses griefs de fond, elle évoque la jurisprudence relative au droit à une enquête officielle et impartiale.
2.1.
2.1.1. La jurisprudence reconnaît aux personnes qui se prétendent victimes de traitements prohibés au sens des art. 10 al. 3 Cst., 7 Pacte ONU II, 3 CEDH ou 13 par. 1 de la Convention des Nations unies contre la torture et autres peines ou traitements cruels, inhumains ou dégradants conclue à New York le 10 décembre 1984 (RS 0.105), d'une part, le droit de porter plainte et, d'autre part, un droit propre à une enquête prompte et impartiale devant aboutir, s'il y a lieu, à la condamnation pénale des responsables. En particulier, l'art. 3 CEDH, combiné avec l'art. 1 CEDH ou avec l'art. 13 CEDH, confère à tout individu prétendant de manière défendable avoir été traité de façon inhumaine ou dégradante un droit à une enquête officielle approfondie et effective, qui doit permettre d'élucider les circonstances ainsi que d'identifier et de sanctionner les responsables (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 88; arrêt 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 1.2).
Le droit à une enquête officielle approfondie et effective fonde une obligation de moyens, non de résultat. Il impose aux autorités de prendre toutes les mesures raisonnables possibles pour obtenir les preuves relatives aux faits en question, telles que l'audition des personnes impliquées, les dépositions des témoins oculaires, les expertises, les certificats médicaux, etc. Toute défaillance dans les investigations qui compromet la capacité des autorités à établir les faits ou les responsabilités peut être constitutive d'une violation de l'art. 3 CEDH. Par ailleurs, les autorités doivent agir avec célérité et diligence (cf. arrêts de la CourEDH Abdu c. Bulgarie du 11 mars 2014, par. 43; Bati et autres c. Turquie du 3 juin 2004, par. 134 ss; arrêt 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 2.1 et les arrêts cités).
2.1.2. L'adage in dubio pro duriore découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 1 CPP en relation avec les art. 309 al. 1, 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91) et exige qu'en cas de doute, quant aux faits pertinents ou au droit applicable, le prévenu soit mis en accusation. En effet, en cas de doute, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer. Pratiquement, une mise en accusation s'imposera lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 90 s.).
2.2. La cour cantonale a estimé que la conclusion tendant à la réouverture de l'enquête apparaissait tardive, n'ayant pas été présentée au moment de la clôture de la phase préliminaire, ni à l'ouverture des débats de première instance, ni même renouvelée à l'audience d'appel. Pour le surplus, elle a relevé que la recourante avait requis, le 16 mai 2014, une extension de l'instruction uniquement à l'encontre du policier F._, et qu'elle n'a pas recouru contre l'ordonnance de refus d'entrée en matière du 27 juin 2014.
2.3. Dans la mesure où la recourante ne discute d'aucune manière la motivation cantonale, il est douteux que son grief soit recevable (<ref-law>).
En tout état, il est relevé que, durant la procédure, 16 témoins et personnes appelées à donner des renseignements ont été entendus, parmi lesquels comptent des squatters, des agents de police et des ambulanciers présents sur les lieux, ainsi qu'un membre de la famille de la recourante. En outre, toutes les personnes impliquées ont été auditionnées ainsi que différents responsables de l'intervention. A la suite de l'arrêt de la Cour de céans 6B_769/2013 du 16 janvier 2014, le Ministère public a à nouveau auditionné les intimés ainsi que E._, présente à proximité du véhicule banalisé. L'enquête a ainsi porté sur l'ensemble des circonstances de l'intervention du 10 janvier 2012 et a permis d'identifier les agents ayant usé de force lors de la prise en charge de la recourante. Ceux-ci ont d'ailleurs été mis en accusation devant une autorité judiciaire. A aucun moment, la recourante n'a requis une mesure d'instruction supplémentaire. Elle n'expose pas en quoi l'enquête aurait été lacunaire ou insuffisante. Dans ces circonstances, l'on ne décèle aucune défaillance dans les investigations qui pourrait consacrer une violation de l'art. 3 CEDH.
L'on ne voit pas ce que la recourante entend déduire de la maxime in dubio pro duriore s'agissant de la mise en accusation d'autres agents de police que les intimés. En effet, si la recourante a demandé au Ministère public, par courrier de son conseil du 16 mai 2014, que l'acte d'accusation porte tant sur les intimés que sur l'agent F._, elle n'a pas fait mention d'autres agents. Or, à ce stade de la procédure, elle avait assisté à l'audition des autres agents avec lesquels elle avait eu un contact physique. En outre, la plainte pénale de la recourante fait état de violences émanant de trois agents (cf. plainte pénale du 20 février 2012, ch. 8 et 13). A cela s'ajoute qu'elle n'a formulé aucune réquisition à la suite de l'avis de prochaine clôture du 14 juillet 2014, par lequel le Ministère public informait les parties de la mise en accusation des deux intimés et de la recourante. Au vu de ce qui précède, et faute pour la recourante d'avoir recouru contre l'ordonnance de non-entrée en matière en faveur de F._, elle est pour le moins malvenue de reprocher aux autorités de poursuite pénale d'avoir orienté la procédure sur les seuls intimés. En tout état, la recourante est irrecevable à prétendre à une mise en accusation de tous les agents présents sur les lieux de l'intervention. En ce sens, elle ne saurait requérir le renvoi de la cause aux autorités précédentes pour réouverture de l'instruction " si le Tribunal fédéral estime qu'il est possible que le comportement d'autres agents que les deux Intimés puisse être en cause " (mémoire de recours, p. 23).
Le grief de la recourante doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.4. La recourante s'en prend également à l'abandon par le Ministère public des accusations contre les intimés, au stade de son réquisitoire. En tant que son grief se confond avec celui tiré du droit à une enquête officielle et approfondie, il est renvoyé au considérant précédent. En tant que ses critiques tendent à remettre en cause l'impartialité du magistrat, la recourante tente de revenir sur sa demande de récusation, laquelle a été retirée par courrier du 25 mars 2014 (pièce 49). Un tel procédé est irrecevable, faute de décision attaquable (cf. <ref-law>).
Par ailleurs, c'est en vain que la recourante se prévaut sur ce point d'une violation de la maxime in dubio pro duriore, laquelle trouve application au stade du classement ou d'une non-entrée en matière. En effet, le Ministère public a valablement engagé l'accusation des intimés devant le tribunal de première instance (cf. acte d'accusation du 11 septembre 2014; <ref-law>), lequel s'est prononcé sur la culpabilité des intimés. Par conséquent, le grief de la recourante doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3.
La recourante estime que la cour cantonale a arbitrairement retenu que les griffures et ecchymoses observées sur elle pouvaient avoir une autre cause que les coups reçus durant l'intervention policière du 10 janvier 2012. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir écarté sa version des faits ainsi que celle des autres squatters au profit des déclarations des policiers.
3.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire et n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253). Pour que la décision soit annulée, il faut qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205).
La présomption d'innocence, garantie par les <ref-law>, 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH ainsi que son corollaire le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. En tant que règle sur le fardeau de la preuve, elle signifie, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter au prévenu. Comme règle sur l'appréciation des preuves, elle est violée lorsque le juge, qui s'est déclaré convaincu, aurait dû éprouver des doutes quant à la culpabilité du prévenu au vu des éléments de preuve qui lui étaient soumis (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 2a p. 88). Dans cette mesure, elle se confond avec l'interdiction générale de l'arbitraire, prohibant une appréciation reposant sur des preuves inadéquates ou sans pertinence (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
3.2. La cour cantonale n'a pas retenu l'une des différentes versions des faits défendues par la recourante, dès lors que ses déclarations étaient variables et contradictoires (nature et auteurs des coups; moments et endroits auxquels ils auraient été donnés). Lors de sa consultation à l'UMV et dans sa plainte, la recourante n'avait pas de souvenirs de ce qui s'était passé à l'intérieur de l'immeuble, elle n'avait repris conscience qu'une fois à l'extérieur et elle prétendait avoir reçu des coups de pied dans les jambes, des coups de poing dans les bras d'abord dans le fourgon cellulaire puis pour la faire sortir de celui-ci, avant de la tirer par les menottes jusqu'à la voiture de police banalisée. Lors de son audition par le Procureur, elle a soutenu que les policiers avaient été " brutaux dès le départ ", qu'elle avait le souvenir qu'ils l'avaient tirée du lit brutalement vers le bas de la mezzanine, qu'elle avait eu l'impression qu'il voulaient la " malmener ", qu'une fois à l'extérieur de la maison, elle avait été " poussée à coups de pied " dans le fourgon, puis qu'elle avait été battue par trois ou quatre agents à coups de pied et coups de poing, à un moment donné, dans la rue et qu'un policer l'avait encore frappée dans la voiture en lui donnant des coups de pied. Enfin, à l'audience de première instance, elle n'a fait état de coups qu'au moment de la prise en charge dans le véhicule banalisé. Selon la cour cantonale, ces déclarations étaient également floues et lacunaires et ne permettaient pas de se forger une conviction sur la culpabilité des policiers mis en cause.
En outre, aucun témoin ne pouvait attester des prétendues violences commises dans la rue et dans le fourgon, alors même que les portes du fourgon étaient restées ouvertes. D'ailleurs, un des témoins avait affirmé que la recourante était arrivée à la voiture tranquillement et escortée. La cour cantonale n'a pas non plus retenu que la recourante avait reçu des coups de pied avant d'entrer dans la voiture banalisée, aucun élément ne permettant d'accréditer cette version. S'agissant de cet épisode, la cour cantonale n'a pas tenu pour probantes les déclarations des trois témoins squatters, selon lesquelles plusieurs policiers avaient asséné des coups de poing, de pied et de genou à la recourante. En effet, ces dernières étaient contradictoires quant au déroulement des faits, au nombre de policiers impliqués, à leur tenue (en civil ou en uniforme) et à la nature des coups. Ces témoignages étaient d'autant moins pertinents que, du propre aveu des témoins, la vision était couverte par la voiture et par les policiers, de sorte que l' " on ne voyait pas bien ". La cour cantonale a également relevé la solidarité existante entre squatters, illustrée par leur comportement pendant l'intervention.
S'agissant en particulier de l'intervention des intimés B._ et A._ à proximité de la voiture banalisée, la cour cantonale a retenu que chacun d'eux avait donné deux coups ou atémis avec la main fermée sur la cuisse de la recourante et que l'intimé B._ avait en outre exercé des points de compression sur l'un de ses tibias au moyen de son bâton tactique. Elle s'est fondée sur les déclarations concordantes des intimés et corroborées par le témoignage de l'agent F._, relevant que les éléments au dossier n'apportaient rien de plus sur ce point. Elle a tenu pour plausible, sinon pour évident que les nombreuses ecchymoses et les traces de griffures que présentait la recourante étaient dues à sa violence et à la persistance de son attitude oppositionnelle.
3.3.
3.3.1. La recourante prétend que sa version des faits a été arbitrairement écartée en affirmant qu'une victime ne saurait relater le déroulement d'un événement de manière constante et identique lorsqu'elle est interrogée par différents interlocuteurs, et ce, à plusieurs mois d'intervalle. Cette affirmation n'explique toutefois pas les contradictions flagrantes et les ajouts et suppressions d'éléments invoqués à charge, au fil de ses récits. La recourante échoue à démontrer l'arbitraire de l'appréciation cantonale.
3.3.2. S'agissant des déclarations des squatters sur la prise en charge de la recourante dans la voiture banalisée, leurs différentes perspectives et positions ne permettent pas d'expliquer les contradictions relevées par la cour cantonale, relatives au nombre de policiers impliqués, de leur tenue et de la nature des coups. En tant que la recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir mentionné que, s'il existe une certaine solidarité entre les squatters, il y en a a fortiori une entre policiers, la recourante ne formule pas de grief recevable sous l'angle de l'<ref-law>. La recourante échoue à démontrer que la cour cantonale aurait apprécié les déclarations des squatters de manière insoutenable.
3.3.3. La recourante prétend qu'elle était davantage dans un état de surprise et d'affolement que d'opposition, qu'elle ne pouvait avoir subi les lésions constatées en se débattant et qu'en définitive, il est plus vraisemblable que les griffures et ecchymoses étaient toutes dues aux coups portés par les policiers. Ce faisant, elle oppose sa propre appréciation de son état au moment des faits à celle de la cour cantonale et échoue à en démontrer l'arbitraire, notamment sous l'angle de la présomption d'innocence. Par ailleurs, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les simples doutes émis par la recourante sur le fonctionnement de l'éthylomètre et sur son état d'alcoolisation ou d'endormissement avant et pendant les faits. En tout état, elle ne démontre pas en quoi ces éléments rendraient le raisonnement cantonal insoutenable.
Dans ses développements liés à la proportionnalité de l'intervention (mémoire de recours, p. 18), la recourante affirme qu'au vu des gabarits des inspecteurs et de la taille de l'habitacle de la voiture, elle n'avait pas la place ni la possibilité de se débattre sur la banquette arrière de la voiture. Or il ressort expressément du jugement entrepris que la recourante avait admis qu'au moment où elle avait été introduite dans la voiture, elle était dans un état d'agitation et qu'elle se débattait (jugement entrepris, consid. 3.3.2 p. 25; PV d'audition du 2 juillet 2012, lignes 106 et 146). D'ailleurs, elle ne conteste pas avoir atteint l'intimé B._ par un coup de pied au visage lorsqu'elle était sur la banquette. Pour autant qu'elle soit recevable, son allégation ne rend pas insoutenable le fait qu'elle se soit blessée lorsqu'elle se débattait tout au long des événements. Au vu de ce qui précède, c'est en vain que la recourante tente d'expliquer qu'elle ne présentait pas d'ecchymoses avant l'intervention policière.
La recourante affirme qu'elle n'aurait certainement pas pu " provoquer la marque d'une semelle de chaussure que l'on distingue sur la robe qu'elle portait lors des faits, au niveau de son bas-ventre, sur l'une des photos " (mémoire de recours, p. 21). Cet élément de fait ne ressort pas de la décision cantonale et la recourante ne soulève pas l'arbitraire de son omission (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Au demeurant, compte tenu du déroulement des événements, de l'état général d'agitation de la recourante et faute de lésion constatée au niveau de son ventre, une telle trace ne serait pas apte à rendre insoutenable l'appréciation cantonale.
3.3.4. En définitive, l'on ne discerne pas sur quels points la recourante reproche réellement aux juges cantonaux d'avoir commis une erreur certaine ou de s'être livrés à une appréciation absolument insoutenable des preuves disponibles. Sur la base de celles-ci, en particulier, du certificat médical accompagné des photos des griffures et hématomes et des différentes auditions des personnes impliquées dans l'intervention du 10 janvier 2012, la cour cantonale pouvait, sans arbitraire, retenir que les lésions autres que celles consécutives aux manipulations des intimés (coups ou atémis sur la cuisse et points de compression au tibia) ne résultaient pas de coups donnés par les policiers, mais en particulier de l'attitude oppositionnelle de la recourante.
4.
La recourante fait valoir indistinctement une violation des art. 14, 123 et 312 CP ainsi que du principe de proportionnalité (art. 5 al. 2 et 36 Cst.).
4.1.
4.1.1. L'<ref-law> réprime le fait pour un membre d'une autorité ou un fonctionnaire d'abuser des pouvoirs de sa charge dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite ou de nuire à autrui. L'infraction suppose que l'auteur agisse dans l'accomplissement ou sous le couvert de sa tâche officielle, et qu'il abuse des pouvoirs inhérents à cette tâche. L'abus est réalisé lorsque l'auteur, en vertu de sa charge officielle, décide ou use de contrainte dans un cas où il ne lui est pas permis de le faire (<ref-ruling> consid. 1a/aa p. 211); l'abus est également réalisé lorsque l'auteur poursuit un but légitime mais recourt, pour l'atteindre, à des moyens disproportionnés (<ref-ruling> consid. 1a/aa et b p. 211 ss; <ref-ruling> consid. 1 p. 30; <ref-ruling> consid. 2 p. 23). Du point de vue subjectif, l'infraction suppose un comportement intentionnel, au moins sous la forme du dol éventuel, ainsi qu'un dessein spécial, qui peut se présenter sous deux formes alternatives, soit le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, soit le dessein de nuire à autrui (arrêt 6B_615/2011 du 20 janvier 2012 consid. 3.1).
4.1.2. L'art. 123 ch. 1 et 2 al. 2 CP punit notamment celui qui, intentionnellement, fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle en faisant usage d'une arme ou d'un objet dangereux.
4.1.3. Aux termes de l'<ref-law>, quiconque agit comme la loi l'ordonne ou l'autorise se comporte de manière licite, même si l'acte est punissable en vertu du présent code ou d'une autre loi.
L'art. 24 de la loi vaudoise sur la police cantonale (RSV 133.11; LPol) interdit au fonctionnaire de police de faire subir à quiconque un outrage ou des mauvais traitements, mais prévoit que la police peut, pour l'accomplissement de son service, utiliser la force, dans une mesure proportionnée aux circonstances, lorsqu'il n'existe pas d'autre moyen d'agir.
4.1.4. Même autorisé par la loi, l'acte commis dans l'accomplissement d'un devoir de fonction doit être proportionné à son but. Pour respecter la proportionnalité, il faut pondérer les valeurs qui entrent en considération: d'une part, la fin poursuivie par l'agent, d'autre part, les moyens employés pour les réaliser (<ref-ruling> consid. 4a p. 86).
Pour être conforme au principe de la proportionnalité visé par les art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst., une restriction d'un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle de l'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de la nécessité). Il doit en outre exister un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; <ref-ruling> consid. 4.5 p. 389; <ref-ruling> consid. 6.7.1 p. 235 s.; <ref-ruling> consid. 3.6 p. 175 s.).
4.2. Considérant que les interventions des intimés étaient autorisées par la loi, notamment compte tenu de la plainte pénale déposée par la propriétaire du bâtiment occupé, la cour cantonale a admis l'application de l'<ref-law> et écarté celle des art. 312 et 123 CP. En substance, elle a retenu que les deux coups ou atémis et les points de compression exercés par l'intimé B._ au moyen de son bâton tactique, puis les deux autres coups ou atémis donnés par l'intimé A._, avaient pour but de maîtriser les jambes de la jeune femme et repousser cette dernière dans la voiture, alors qu'elle continuait de donner des coups de pied. Ces coups étaient proportionnés aux circonstances. Ils étaient strictement limités à l'entrave et permettaient, au vu de l'attitude oppositionnelle de la recourante, de l'acheminer en véhicule à l'Hôtel de police. D'ailleurs, l'atémi et l'utilisation du bâton tactique permettaient précisément de faire lâcher prise ou faire céder une personne oppositionnelle.
4.3. Sous l'angle de la proportionnalité, la recourante prétend que la cour cantonale se serait méprise en examinant la réalisation de l'infraction sur la seule base des comportements des deux intimés et non de l'intervention globale du 10 janvier 2012 (nombre de policiers, présence de l'ambulance, motif et but de l'intervention, etc.). Dans la mesure où elle fonde son argumentation sur des faits qui s'écartent de manière inadmissible de l'état de fait cantonal ou sur de simples suppositions, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur son grief (cf. mémoire de recours, p. 15 à 17). S'agissant de la présence du groupe d'intervention, il est établi qu'elle est consécutive aux barricades érigées par les occupants, obstruant les accès au bâtiment. Quant à l'ambulance, elle a permis à la recourante d'être examinée lorsqu'elle présentait des symptômes d'hyperventilation avant d'être conduite à l'Hôtel de police par un véhicule banalisé plutôt qu'en fourgon. Aussi, dans l'examen de la proportionnalité, la recourante ne saurait rien déduire en sa faveur de ces mesures de prévention. Au vu de ce qui précède et dans la mesure où seuls les intimés étaient prévenus de l'infraction en cause, la proportionnalité de leurs seuls agissements est pertinente, certes en prenant en compte les circonstances entourant l'intervention. Dans ce sens, c'est en vain que la recourante qualifie les agissements des agents C._ et D._ comme disproportionnés (cf. au surplus consid. 2.3 sur l'extension de l'instruction).
La recourante suggère à tort que son appréhension était illicite, au motif que la mission initialement donnée par le Ministère public portait sur la perquisition des locaux et la notification de mandats de comparution. D'une part les squatters faisaient l'objet d'une plainte pénale et, d'autre part, lors de l'intervention, la recourante se débattait et refusait de s'entretenir avec les policiers en crachant notamment dans leur direction. Or, la police peut arrêter provisoirement et conduire au poste toute personne surprise en flagrant délit, ou soupçonnée d'avoir commis un délit et refusant de décliner son identité (cf. <ref-law>). Par ailleurs, la recourante ne critique pas, sous l'angle de l'arbitraire, l'application par la cour cantonale de la loi vaudoise sur la police (cf. <ref-law>).
La recourante prétend que l'intimé A._ intervient de manière constante comme " l'homme effraction " dans les événements en cause et qu'il aurait outrepassé son rôle, de sorte qu'il aurait, de ce seul fait, commis un abus d'autorité. A l'appui de son grief, la recourante se fonde sur une version qui s'éloigne de manière inadmissible de l'état de faits retenu par la cour cantonale (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF). Par ailleurs, elle omet que le groupe d'intervention a été sollicité en raison du comportement des squatters dans le but d'accomplir la mission des policiers. Aussi, elle échoue à démontrer l'illicéité de l'intervention de l'intimé.
En tant qu'elle prétend qu'il y avait de nombreux autres moyens de remplir le mandat reçu, la recourante ne critique pas le raisonnement cantonal de manière qui satisfasse aux exigences minimales de motivation (<ref-law>). Pour le surplus, son grief se confond avec celui lié à l'établissement des faits de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus en avant cette question (cf. mémoire de recours p. 18 s.).
En l'espèce, il est établi et non contesté que l'intimé B._ n'est pas parvenu à placer la recourante dans la voiture. Pour ce faire, F._ a dû intervenir. Les manipulations de l'intimé B._ n'ont pas suffit à maîtriser la recourante et faire en sorte qu'elle soit assise dans la voiture. Ce ne sont que les deux coups ou atémis donnés par l'intimé A._ qui ont permis de placer la recourante dans la voiture, de sorte à ce qu'elle soit conduite au poste. Aussi, les coups, respectivement atémis et points de compression ont exclusivement été portés sur les jambes de la recourante, laquelle a présenté des ecchymoses. Or c'est précisément en donnant des coups de pied et en agitant ses jambes que la recourante entravait les policiers dans leur mission. Partant, compte tenu de l'attitude oppositionnelle de la recourante au moment de son transfert au poste, les techniques employées par les intimés, visant à lui faire lâcher prise pour qu'elle rentre dans la voiture, étaient proportionnées au but visé.
4.4. La recourante prétend que la condition subjective de l'infraction d'abus d'autorité était réalisée. Ce faisant, elle affirme de manière péremptoire que les intimés avaient accepté l'éventualité d'abuser de leurs pouvoirs. Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que celles-ci n'aient été établies de façon manifestement inexacte (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Or la cour cantonale a considéré qu'il n'était nullement établi que, par la coercition physique exercée contre la recourante, les intimés avaient eu l'intention de lui nuire. Se limiter à prétendre le contraire, sans aucun élément à l'appui, relève d'un procédé appellatoire, partant irrecevable.
4.5. Au vu de ce qui précède, dès lors qu'il entre dans les attributions légales de la police d'amener une personne au poste dans les circonstances d'espèce, si besoin par la force, et que les lésions constatées résultent en partie d'un emploi proportionné de la force par les intimés et d'autre part des actes propres de la recourante, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a nié la réalisation des infractions d'abus d'autorité (<ref-law>) et de lésions corporelles simples (<ref-law>).
5.
5.1. La recourante conteste sa condamnation des chefs de violence contre les fonctionnaires (<ref-law>) et de dommages à la propriété (<ref-law>).
S'agissant de la première infraction, la recourante ne saurait invoquer la légitime défense (<ref-law>) en se prévalant d'une attaque illicite, au vu du considérant qui précède (cf. consid. 4). Pour le surplus, elle ne conteste pas la réalisation des conditions de l'infraction.
Quant au chef de dommages à la propriété, la recourante affirme qu'elle n'envisageait pas atteindre l'intimé B._ au visage et provoquer le bris de ses lunettes. Ce faisant, elle critique de manière irrecevable l'établissement des faits (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375), selon lesquels, la recourante avait, par son comportement, accepté le risque de toucher le policier au visage, et avait ainsi agi à tout le moins par dol éventuel. Pour le reste, elle ne conteste pas la réalisation des conditions de l'infraction.
Au vu des faits retenus par la cour cantonale, cette dernière n'a pas violé le droit fédéral en reconnaissant la recourante coupable d'infractions aux art. 144 et 285 CP.
5.2. La recourante ne formule aucun grief contre la peine de 90 jours-amende avec sursis prononcée à son encontre, laquelle ne dépasse pas le cadre légal de la peine, se fonde sur des critères pertinents et n'apparaît pas excessivement sévère (cf. <ref-law>; <ref-ruling> et 134 IV 17).
5.3. Compte tenu du sort du recours, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur les conclusions civiles de la recourante ainsi que sur ses requêtes d'indemnité (art. 429 et 433 CPP).
6.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Dès lors que les conclusions étaient vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>). La recourante qui succombe supportera les frais judiciaires, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 30 novembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke