Sachverhalt:
A.
A.a. Am 1. März 2013 erteilte der Gemeinderat Ennetbürgen der D._ GmbH, unter Auflagen und Bedingungen, die baurechtliche Bewilligung für den Neubau eines Zweifamilienhauses auf dem Grundstück Parzelle Nr. 1257 im Grundbuch Ennetbürgen. Gleichzeitig wies er mit separatem Beschluss die Einsprache von A. und B. C._ ab.
A.b. Am 28. Januar 2014 hiess der Regierungsrat des Kantons Nidwalden eine dagegen von A. und B. C._ erhobene Beschwerde gut und hob die Baubewilligung auf. Mit Urteil vom 29. September 2014 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden eine dagegen eingereichte Beschwerde der D._ GmbH gut, hob den Entscheid des Regierungsrates auf und bestätigte die vom Gemeinderat Ennetbürgen erteilte Baubewilligung.
A.c. Mit Urteil 1C_610/2014 vom 24. Juli 2015 hiess das Bundesgericht eine dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wegen eines formellen Mangels gut und wies die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück, da dieses seinen Entscheid lediglich in der Besetzung zu viert und nicht zu fünft gefällt hatte, nachdem zu Beginn der Beratung ein Richter in den Ausstand getreten war.
B.
Mit Zirkulationsbeschluss vom 15. Februar 2016 in Fünferbesetzung hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden die Beschwerde der D._ GmbH wiederum gut, hob den Entscheid des Regierungsrates auf und bestätigte die vom Gemeinderat Ennetbürgen erteilte Baubewilligung.
C.
Mit erneuter Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. April 2016 an das Bundesgericht beantragen A. und B. C._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 15. Februar 2016 aufzuheben; eventuell sei der Entscheid aufzuheben und die ihm zugrunde liegende Baubewilligung zu verweigern. In prozessualer Hinsicht stellten sie Antrag auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Zur Begründung wird im Wesentlichen ausgeführt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts leide erneut an einem formellen Mangel, weil er im Zirkulationsverfahren ergangen sei. In der Sache sei er sodann willkürlich. Schliesslich sei auch die Höhe der Kosten und Entschädigungen verfassungswidrig, die A. und B. C._ für das verwaltungsgerichtliche Verfahren auferlegt worden seien.
Die D._ GmbH und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Politische Gemeinde Ennetbürgen verzichtete auf eine Vernehmlassung. Der Regierungsrat sah von einer Stellungnahme zu den prozessualen Streitpunkten ab und verwies in der Sache unter Verzicht auf neue Ausführungen auf seinen früheren Standpunkt im bundesgerichtlichen Verfahren 1C_610/2014, woran er festhielt.
In Replik und Duplik halten A. und B. C._ einerseits sowie die D._ GmbH im Wesentlichen an ihren Standpunkten fest. Die Politische Gemeinde Ennetbürgen verzichtete erneut auf eine Vernehmlassung.
Mit als Kurzstellungnahme bezeichneter Eingabe vom 26. September 2016 äusserten sich A. und B. C._ nochmals zur Sache.
D.
Mit prozessleitender Verfügung vom 12. Mai 2016 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung unter Hinweis darauf ab, dass der Regierungsrat ein bei ihm hängiges Verfahren im Zusammenhang mit einer Beschwerde der Bauherrschaft bis zur rechtskräftigen Erledigung des vorliegenden Streites sistiert habe, womit die strittige Baute vorerst sowieso nicht erstellt werden könne.

Erwägungen:
1.
1.1. Dem angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Endentscheid liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung zugrunde. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> an das Bundesgericht offen.
1.2. Die Beschwerdeführer haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, sind als Eigentümer der Nachbarparzelle des vom Bauprojekt erfassten Grundstücks durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>).
1.3. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten (vgl. Art. 95 lit. a-c BGG) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. <ref-law>) gerügt werden. Die Auslegung und Anwendung des übrigen kantonalen Rechts überprüft das Bundesgericht hingegen nur auf Übereinstimmung mit dem Verfassungsrecht, insbesondere mit dem Willkürverbot gemäss <ref-law>, hin.
1.4. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht) gerügt wird (<ref-law>). Dies prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht behandelt in diesem Sinne nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.).
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen einen Verstoss gegen <ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK, weil das Verwaltungsgericht den angefochtenen Entscheid im Zirkulationsverfahren und ohne mündliche Beratung beschlossen habe. Dem aufgrund des bundesgerichtlichen Urteils 1C_610/2014 vom 24. Juli 2015 neu beigezogenen fünften Richter habe es dabei an der erforderlichen Unbefangenheit bzw. Neutralität gefehlt, weil die Meinung der vier anderen Richter in der Sache angesichts ihres früheren - vom Bundesgericht aus rein formellen Gründen aufgehobenen - Entscheids des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 29. September 2014 bereits gemacht gewesen sei.
2.2. Eine Rüge muss innert der, hier 30-tägigen, Beschwerdefrist nach <ref-law> erhoben und gemäss Art. 42 Abs. 2 und <ref-law> ausreichend begründet werden. Spätere Eingaben dürfen nur noch Ergänzungen enthalten, die ausschliesslich auf die Einwände der übrigen Verfahrensbeteiligten zurückzuführen sind und mit denen nicht unbedingt zu rechnen war. In der vorliegenden Beschwerdeschrift wird die formelle Rüge der Verletzung von <ref-law> und Art. 6 EMRK nur rudimentär begründet. Eine vertiefte Auseinandersetzung insbesondere mit der Einschlägigkeit von Art. 6 EMRK sowie mit dem angeblichen formellen Mangel findet sich erst in den späteren Rechtsschriften der Beschwerdeführer. Diese ausführlicheren Erwägungen wurden aber weitgehend nicht erst durch die Einwendungen der Beschwerdegegner und der Behörden veranlasst. Vielmehr hätten die Beschwerdeführer schon von Beginn an genauer darlegen müssen, worin sie den angeblichen formellen Mangel sehen. Auf die Rüge kann jedenfalls nur insofern eingetreten werden, als sie bereits in der Beschwerdeschrift begründet wird. Die in den späteren Rechtsschriften enthaltenen Ausführungen der Beschwerdeführer erweisen sich zu einem grossen Teil als verspätet und daher unbeachtlich. Im Übrigen erscheinen sie auch nicht geeignet, den behaupteten Formmangel zu belegen.
2.3. Die Beschwerdeführer vermögen nicht darzutun, weshalb der für die Neubeurteilung des Streitfalles nach Rückweisung desselben an das Verwaltungsgericht neu beigezogene fünfte Richter allein deswegen befangen bzw. in seiner Beurteilung des Falles nicht mehr frei gewesen sein sollte, weil das Urteil im Zirkulationsverfahren erging. Sie machen zwar geltend, Art. 72 des Gesetzes vom 9. Juni 2010 über die Gerichte und die Justizbehörden des Kantons Nidwalden (Gerichtsgesetz, GerG; NG 261.1) schreibe die Anwesenheit einer bestimmten Anzahl Richter vor, behaupten aber nicht einmal, die offenbar langjährige Auslegung des Verwaltungsgerichts sei willkürlich, dass das Gesetz damit auch die Mitwirkung in einem Zirkulationsverfahren zulasse. Ein solches Zirkulationsverfahren ist im Übrigen in den Justizverfahren vieler, wenn nicht aller, Kantone sowie des Bundes durchaus üblich. Erst recht wird eine willkürliche Gesetzesanwendung nicht dargetan. Ebensowenig legen die Beschwerdeführer nachvollziehbar dar, es hätte aus Kongruenzgründen nochmals eine mündliche Beratung stattfinden müssen, weil dies beim ersten Umgang der Fall gewesen sei. Schliesslich wird auch nicht substantiiert vorgebracht, weshalb es dem neu beigezogenen fünften Richter nicht möglich gewesen sein sollte, erfolgversprechend einen vom ersten Entscheid des Verwaltungsgerichts abweichenden Antrag zu stellen oder zumindest eine mündliche Beratung zu verlangen. Im Übrigen behaupten die Beschwerdeführer auch nicht einmal, eine mündliche Verhandlung und Beratung selbst beantragt zu haben.
2.4. Unter diesen Umständen ist aufgrund der in der Beschwerdeschrift enthaltenen Rüge nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid am von den Beschwerdeführern behaupteten formellen Mangel leiden bzw. <ref-law> oder Art. 6 EMRK verletzen sollte.
3.
3.1. In der Sache rügen die Beschwerdeführer eine willkürliche Anwendung des am 16. September 1997 und 6. April 1999 (Ergänzung) vom Gemeinderat Ennetbürgen genehmigten Gestaltungsplans "Stalden" und damit einen Verstoss gegen <ref-law>.
3.2. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
3.3. Die Beschwerdeführer machen im Wesentlichen geltend, die im technischen Situationsplan des Gestaltungsplans eingezeichneten Grundflächen und Baufelder seien hinsichtlich der Lage und Ausdehnung der zulässigen Bauten verbindlich. Der Gestaltungsplan lasse eine Umlagerung der Bruttogeschossfläche von bis zu 20 % zu, was eine Vergrösserung der zulässigen Grundfläche auf maximal 120 m2erlaube. Das von der Beschwerdegegnerin geplante Bauvorhaben beanspruche eine Umlagerung der Bruttogeschossfläche von 10 %, sehe aber eine Baute mit einer Grundfläche von rund 160 m2 statt der entsprechend lediglich zulässigen 110 m2 vor. Die vom Verwaltungsgericht zugelassene Abweichung verfehle den erlaubten Wert um 50 m2 bzw. um 45 %, was unhaltbar und damit willkürlich sei.
3.4. Die Beschwerdeführer gehen von einer strikten Reglementierung der zulässigen Baumöglichkeiten durch den Gestaltungsplan aus und scheinen die Bruttogeschossfläche mit der Grundfläche in rechnerischer Hinsicht weitgehend gleichzusetzen bzw. die zulässige Abweichung von 20 % auf diese beiden Messwerte anwenden zu wollen. Der Regierungsrat schreibt der Anwendung des Gestaltungsplans eine gewisse Flexibilität zu, erachtet die Abweichung im vorliegenden Fall aber als derart erheblich, dass der zulässige Rahmen gesprengt werde. Demgegenüber gehen das Verwaltungsgericht und die Gemeinde von einem grösseren Spielraum aus und trennen insbesondere die begrenzenden Wirkungen der Bruttogeschossfläche von denjenigen der Grundfläche. Im angefochtenen Entscheid wird das Verhältnis zwischen diesen baulichen Messwerten zwar nicht ausdrücklich angesprochen; es geht aber dennoch sinngemäss daraus hervor, dass die Vorinstanz die im strittigen Bauprojekt vorgesehene Grundfläche von rund 160 m2 unabhängig von der Bruttogeschossfläche beurteilte. Das Verwaltungsgericht erachtete das Bauprojekt im Wesentlichen deshalb als zulässig, weil es die vorgesehene Grundfläche von 100 m2 nicht für unabänderlich und die für die Bruttogeschossfläche geltende Maximalabweichung von 20 % nicht für darauf anwendbar hielt, währenddem die geplante Bruttogeschossfläche selbst diesen Maximalwert einhalte. Das entspricht im Wesentlichen der Beurteilung durch die Gemeinde, die in ihrem Baubewilligungsentscheid die bisherige Praxis der Behörden zur Umsetzung des Gestaltungsplans "Stadel" im Übrigen recht klar beschrieben hat. Danach wurden die Grundflächen und Baufelder bis anhin nicht als streng verbindlich verstanden, sondern als im Rahmen der bis zu 20-prozentigen Umlagerung der Bruttogeschossfläche innerhalb der zusätzlich geltenden Baulinien flexibel gehandhabt.
3.5. Beim vorliegend zu beurteilenden Bauvorhaben handelt es sich um die Überbauung der letzten vom Gestaltungsplan "Stalden" geregelten Parzelle. Es kann daher nicht ohne weiteres von der bisherigen Praxis abgesehen werden bzw. dieser kommt aus Gründen der Rechtssicherheit und Rechtsgleichheit eine nicht unerhebliche Bedeutung zu. Von der gemäss bisheriger Praxis grösseren Flexibilität bei der Auslegung des Gestaltungsplans haben im Übrigen offenbar auch die Beschwerdeführer selbst bei der Erstellung ihres Hauses profitiert. Das behauptet nicht nur die Beschwerdegegnerin, sondern dies geht auch aus den Rechtsschriften der Gemeinde und des Regierungsrates hervor. Die Beschwerdeführer bestreiten den entsprechenden Vorhalt der Beschwerdegegnerin denn auch nicht, sondern wenden dagegen einzig ein, es gehe hier nicht um ihre Liegenschaft, sondern um das neue Bauvorhaben der Beschwerdegegnerin. Das führt zwar nicht zur Rechtsmissbräuchlichkeit der Beschwerde, wie die Beschwerdegegnerin geltend macht, darf aber immerhin als klares Indiz für die bisherige grosszügigere Praxis mit berücksichtigt werden. Es bedeutet allerdings auch nicht, dass das strittige Bauvorhaben bereits deswegen zu bewilligen wäre, verhält es sich doch auch nicht so, dass es genau für die gleiche Konstruktion schon ein Präjudiz gäbe.
3.6. Der Gestaltungsplan "Stalden" lässt für das fragliche Grundstück zweigeschossige Gebäude in der Wohnzone 2 zu, wofür als Regel eine Grundfläche von 100 m2 vorgesehen ist. Daraus ergibt sich eine grundsätzlich zulässige Bruttogeschossfläche von 200 m2. Erlaubt ist eine bis zu 20-prozentige Umlagerung der Bruttogeschossfläche und damit eine solche von maximal 240 m2. Das hier fragliche Bauprojekt sieht eine Umlagerung von 10 % von der Nachbarparzelle Nr. 1256 im Grundbuch Ennetbürgen auf die Bauparzelle Nr. 1257 und damit eine Bruttogeschossfläche von 220 m2 vor. Die Zulässigkeit dieser Umlagerung bzw. der geplanten Bruttogeschossfläche als solcher ist an sich nicht umstritten. Strittig ist einzig, ob die Bruttogeschossfläche baulich wie hier so umgesetzt werden darf, dass es sich nicht um zwei Geschosse mit je 110 m2 oder allenfalls mit leicht angepassten, sondern mit deutlich unterschiedlichen Flächenwerten handelt, indem das untere Geschoss eine Grundfläche von 160 m2 beansprucht, während das obere nur noch über den Rest der zulässigen Grundfläche, d.h. hier grundsätzlich von rund 60 m2, verfügt. Allfällige kleinere Abweichungen von diesen Werten können sich rechnerisch daraus ergeben, was genau zur Bruttogeschossfläche zu zählen ist, was allerdings nicht weiter strittig ist.
3.7. Zwar mag es zutreffen, dass sich der Gestaltungsplan im Sinne der Beschwerdeführer auch anders auslegen liesse als dies die Vorinstanz tut, d.h. dass der Plan so zu verstehen wäre, dass die Umlagerung nicht nur die Bruttogeschossfläche betreffen, sondern sich auch auf die zulässige Grundfläche auswirken würde. Dies hätte aber weitgehende Folgen und würde insbesondere die baulichen Möglichkeiten erheblich einschränken. Demgegenüber erscheint es je nach Geländestruktur, etwa bei einer starken Neigung, sinnvoll oder sogar angebracht, die Kriterien der Grundfläche und der Bruttogeschossfläche getrennt zu handhaben. Analoges gilt für die Baufelder. Wären diese streng verbindlich, wie die Beschwerdeführer geltend machen, erschienen die ebenfalls im Gestaltungsplan enthaltenen Baulinien als weitgehend überflüssig. Es ist daher nicht unhaltbar, den Gestaltungsplan mit der Gemeinde und dem Verwaltungsgericht als flexibles Regelwerk zu verstehen und insbesondere die zulässige Abweichungsmöglichkeit von 20 % lediglich auf die Bruttogeschossfläche anzuwenden und bei der Grundfläche von einem grösseren Spielraum auszugehen, solange die Bruttogeschossfläche die Vorgaben einhält. Zusammen mit dem Umstand, dass die Gemeinde bisher offenbar eine weitgehend flexible Praxis in diesem Sinne verfolgt hat, erweist sich der angefochtene Entscheid insofern daher nicht als willkürlich.
4.
4.1. Die Beschwerdeführer beanstanden die vom Verwaltungsgericht für das vorinstanzliche Verfahren festgesetzte Höhe der Kosten als willkürlich im Sinne von <ref-law>. Überdies sei der angefochtene Entscheid insofern ungenügend begründet, was gegen <ref-law> verstosse.
4.2. Gemäss Art. 2 Abs. 1 des Gesetzes vom 19. Oktober 2011 über die Kosten im Verfahren vor den Gerichten und den Justizbehörden (Prozesskostengesetz, PKoG; NG 261.2) des Kantons Nidwalden sind die amtlichen Kosten innerhalb des vorgegebenen Gebührenrahmens festzusetzen und bemessen sich nach der persönlichen und wirtschaftlichen Bedeutung der Sache für die Partei, der Schwierigkeit der Sache, dem Umfang der Prozesshandlungen sowie dem Zeitaufwand für die Verfahrenserledigung. Für das Beschwerdeverfahren vor dem Verwaltungsgericht beträgt die Gebühr nach Art. 17 PKoG Fr. 100.-- bis Fr. 7'000.--. Gemäss § 56 Abs. 2 Ziff. 2 des Gesetzes vom 8. Februar 1985 über das Verwaltungsverfahren und die Verwaltungsrechtspflege (Verwaltungsrechtspflegegesetz, VRG; NG 265.1) des Kantons Nidwalden können die Parteien auf die Darstellung des Sachverhalts und eine ausführliche Urteilsbegründung verzichten. In der Praxis wird regelmässig das blosse Urteilsdispositiv zugestellt, das in Rechtskraft erwächst, wenn von den Parteien keine ausführlichere Begründung verlangt wird. Nach Art. 4 Abs. 3 PKoG ist die Gerichtsgebühr nach Ermessen des Gerichts, jedoch mindestens um 20 %, herabzusetzen, wenn ein Entscheid ohne schriftliche Begründung eröffnet wird.
4.3. Im vorliegenden Fall erachtete das Verwaltungsgericht ursprünglich wegen der wirtschaftlichen und persönlichen Bedeutung der Streitsache für die Parteien und angesichts des vom Gericht geleisteten Zeitaufwands einen Betrag von 70 % der Maximalgebühr von Fr. 7'000.--, d.h. Fr. 5'000.--, als angemessen. Für den Fall, dass auf eine schriftliche Begründung verzichtet werde, setzte es die Gebühr um 40 % auf Fr. 3'000.-- herab. Ausgangspunkt war dabei die für das begründete Urteil festgesetzte Gebühr von Fr. 5'000.--, welche die Vorinstanz dann auch, nachdem eine Begründung verlangt worden war, im ersten, später aufgehobenen Urteil vom 29. September 2014 verfügte. Nach Rückweisung der Streitsache durch das Bundesgericht setzte das Verwaltungsgericht im hier angefochtenen zweiten Entscheid vom 15. Februar 2016 erneut dieselbe Gebühr fest. Es veränderte den Betrag also nicht. Das Gericht hielt sich an den Gebührenrahmen, ohne diesen vollumfänglich auszuschöpfen, und vermag seinen Kostenentscheid auf die einschlägigen Gesetzesbestimmungen zu stützen. Angesichts des der Vorinstanz insofern zustehenden Ermessens ist der angefochtene Entscheid auch insoweit nicht willkürlich.
4.4. Den Beschwerdeführern steht gestützt auf <ref-law> ein Anspruch auf ausreichende Begründung des vorinstanzlichen Entscheids durch das Verwaltungsgericht selbst zu. Dies dient nicht nur der Sachaufklärung, sondern soll insbesondere eine sachgerechte Anfechtung des Entscheids ermöglichen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Allerdings ist es üblich, dass Gerichtsinstanzen ihre Kostenentscheide nicht ausführlich, sondern nur kurz begründen, wenn sich nicht besondere Rechtsfragen stellen oder gerade die Kosten im Streit stehen. Das Verwaltungsgericht hat dementsprechend kurz ausgeführt, auf welche Rechtsgrundlagen es seinen Kostenentscheid stützt. Das ist nicht zu beanstanden und verletzt insbesondere nicht <ref-law>. Die Beschwerdeführer vermochten den Kostenentscheid durchaus nachvollziehbar anzufechten. Auch insofern hält der angefochtene Entscheid vor Verfassungsrecht stand.
5.
5.1. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung ihres Anspruchs auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges Gericht nach <ref-law> im Zusammenhang mit der ihnen vom Verwaltungsgericht auferlegten Entschädigungspflicht gegenüber der Beschwerdegegnerin. Sie sind der Ansicht, angesichts des ihnen bekannten Verlaufs müsse der Gegenanwalt nachträglich eine Honorarnote eingereicht haben. Gestützt darauf habe nicht der Spruchkörper in Fünferbesetzung, sondern einzig der Präsident über die Entschädigungshöhe entschieden. Dafür sei dieser aber nicht allein zuständig, sondern es sei Sache des gesamten Spruchkörpers, über die Parteientschädigung zu befinden.
5.2. Das Verwaltungsgericht führt in seiner Stellungnahme an das Bundesgericht aus, dass die Honorarnote des Rechtsanwalts der Beschwerdegegnerin dem Gericht schon seit September 2014 vorgelegen habe. Nachdem das Bundesgericht am 24. Juli 2015 das erste Urteil vom 22. September 2014 aufgehoben habe, seien den Verfahrensbeteiligten keine weitern Aufwendungen entstanden. Sowohl die amtlichen Kosten als auch die Parteientschädigung seien Bestandteil der Neubeurteilung durch den gesamten Spruchkörper gewesen.
5.3. Nach Art. 41 Abs. 2 PKoG ist im mündlichen Verfahren die Kostennote bei der Schlussverhandlung bekanntzugeben; im schriftlichen Verfahren sind die Rechtsvertreter nach Abschluss des Schriftenwechsels vom zuständigen Vorsitzenden zur Einreichung einer Honorarnote aufzufordern. Wird keine Kostennote eingereicht, wird die Vergütung gemäss Art. 41 Abs. 3 PKoG nach Ermessen festgesetzt. Im vorliegenden Fall erscheint die Darstellung der Vorinstanz als glaubwürdig. Das Verwaltungsgericht verfügte seit dem ersten, später aufgehobenen Entscheid über die Honorarnote des Anwalts der Beschwerdegegnerin. Wann diese genau eingereicht wurde, spielt keine Rolle mehr. Jedenfalls hob das Bundesgericht den damaligen Entscheid bereits aus einem anderen Grund integral und damit auch im Entschädigungspunkt auf. Die Neubeurteilung auch der Vergütungsfrage wurde durch den gesamten Spruchkörper vorgenommen. Es gab dazu keinen separaten präsidialen Entschädigungsentscheid. Damit ist der Rüge der Beschwerdeführer die Grundlage entzogen und der angefochtene Entscheid erweist sich auch insofern als verfassungskonform.
6.
Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5, <ref-law>). Überdies haben sie die Beschwerdegegnerin, ebenfalls unter solidarischer Haftbarkeit, für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter Solidarhaft mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Ennetbürgen, dem Regierungsrat des Kantons Nidwalden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax