Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich führt gegen A. A._ eine Strafuntersuchung wegen schweren Drogenhandels. Sie wirft ihm insbesondere vor, am 9. September 2008 D. B._ 5 kg Heroin übergeben zu haben. Zwischen Oktober 2013 und Januar 2014 soll er mindestens 900 g Heroin an E. C._ bzw. an einen durch diesen vermittelten Abnehmer und zwischen April und Oktober 2013 je 3 kg Heroin an F. D._ und an G. E._ verkauft haben. A. A._ wurde am 7. Januar 2015 verhaftet und am 9. Januar 2015 in Untersuchungshaft versetzt.
Am 29. August 2016 stellte A. A._ ein Haftentlassungsgesuch, welches vom Zwangsmassnahmengericht des Bezirks Zürich am 9. September 2016 abgewiesen wurde.
A. A._ focht diesen Haftentscheid an und beantragte, ihn aufzuheben und ihn, allenfalls unter Anordnung von geeigneten Ersatzmassnahmen, aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Ausserdem beantragte er, die Akten der Verfahren gegen B. A._ und C. A._, G. E._, F. D._ und D. B._ beizuziehen. Die Staatsanwaltschaft beantragte in ihrer Vernehmlassung, alle drei zurzeit beim Obergericht hängigen Beschwerdeverfahren von A. A._ zu vereinigen.
Am 7. Oktober 2016 wies das Obergericht den Antrag der Staatsanwaltschaft auf Verfahrensvereinigung ab. Den Antrag von A. A._ auf Aktenbeizug wies es ebenfalls ab. In der Sache hiess es die Beschwerde teilweise gut und stellte fest, dass die Staatsanwaltschaft das Beschleunigungsgebot verletzt habe, indem sie das Haftentlassungsgesuch vom 29. August 2016 nicht innert der gesetzlichen Dreitagesfrist ans Zwangsmassnahmengericht weiterleitete. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A. A._, diesen Beschluss des Obergerichts aufzuheben und ihn aus der Untersuchungshaft zu entlassen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Obergericht verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist der kantonal letztinstanzliche Haftentscheid des Obergerichts. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach den <ref-law> gegeben. Der Beschwerdeführer ist durch die Verweigerung der Haftentlassung in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und damit zur Beschwerde befugt (<ref-law>). Er macht die Verletzung von Bundesrecht geltend, was zulässig ist (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.
Das Haftverfahren vor dem Zwangsmassnahmengericht ist nach <ref-law> mündlich und kontradiktorisch; das Gericht kann die Staatsanwaltschaft zur Teilnahme verpflichten. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung dieser Bestimmung. Seit der Anordnung der Untersuchungshaft beschränke sich die Staatsanwaltschaft darauf, auf vergangene Entscheide zu verweisen und die Abweisung der Anträge der Verteidigung zu verlangen, ohne sich mit deren Argumentation auseinanderzusetzen. Die Staatsanwaltschaft lasse sich nicht auf den Prozess ein, was faktisch dazu führe, dass Zwangsmassnahmengericht und Obergericht den Standpunkt der Staatsanwaltschaft übernähmen, was insgesamt zu einem strafprozesswidrigen, unfairen Verfahren führe.
Es liegt allein in der Verantwortung der Staatsanwaltschaft selber, wie sie ihre Verfahren führt und wie sie ihren Standpunkt im Haftprüfungsverfahren vertritt. Tut sie dies nicht angemessen und unterlässt es, erhebliche Einwände des Beschuldigten zu widerlegen, wie der Beschwerdeführer behauptet, riskiert sie, vor dem Zwangsmassnahmengericht zu unterliegen. Inwiefern sie indessen durch ungenügende Beteiligung am Haftprüfungsverfahren den Anspruch des Beschwerdeführers auf ein kontradiktorisches Verfahren verletzen könnte, bleibt unerfindlich, ebenso wie dessen Behauptung, dadurch werde das Zwangsmassnahmengericht quasi gezwungen, die Anträge der Staatsanwaltschaft zu schützen.
3.
Der Beschwerdeführer rügt, das Obergericht habe die Weigerung des Zwangsmassnahmengerichts, die Verfahrensakten der Mitbeschuldigten B. A._ und C. A._, G. E._, F. D._ und D. B._ beizuziehen, geschützt und dadurch sein rechtliches Gehör verletzt. Wie er bereits wiederholt dargelegt habe, sei der Aktenbeizug für die Beurteilung des Tatverdachts von Bedeutung.
3.1. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) ergibt sich für den Beschwerdeführer das Recht, in alle Akten Einsicht zu nehmen, die für den Ausgang des Verfahrens erheblich sein können (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 5.1 S. 293), und für das Gericht die Pflicht, sich mit allen erheblichen Parteivorbringen auseinanderzusetzen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 237; <ref-ruling> E. 5.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen). Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist formeller Natur, seine Verletzung führt ungeachtet der Begründetheit des Rechtsmittels grundsätzlich zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis).
3.2. Das Bundesgericht ist in seinem Rückweisungsentscheid vom 12. August 2016 (Urteil 1B_124/2016 E. 6.6 S. 14) zum Schluss gekommen, "im vorliegenden Fall von koordinierten sachkonnexen Strafuntersuchungen gegen diverse Ankäufer und Verkäufer von grossen Mengen Heroin, darunter mehrere Angehörige derselben Familie, besteht die Gefahr, dass sich die verschiedenen Beschuldigten als Mittäter und Teilnehmer gegenseitig die Hauptverantwortung zuschieben bzw. dass sie sich selber lediglich als untergeordnete Akteure im Rahmen von komplexen arbeitsteilig durchgeführten Drogengeschäften darstellen könnten. Die kantonalen Instanzen legen nicht nachvollziehbar dar, inwiefern hier weder dem Grundsatz der Verfahrenseinheit Nachachtung zu verschaffen ist, noch (wenigstens) ein Anspruch des Beschwerdeführers besteht auf (vollständige oder partielle) Einsicht in die Akten von separat geführten Verfahren. Da die Sachverhaltsfeststellungen diesbezüglich lückenhaft und unklar sind, ist die Sache zur Prüfung und Neubeurteilung (im Sinne der vorstehenden Erwägungen) an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Die der Neubeurteilung zugrunde liegenden massgeblichen Untersuchungsakten werden den Verfahrensbeteiligten in geeigneter Weise zugänglich zu machen sein (<ref-law>) ".
3.3. Nach dem Rückweisungsentscheid bestehen objektiv Zweifel daran, dass die Verfahren gegen den Beschwerdeführer und weitere Beschuldigte unter dem Gesichtspunkt der Verfahrenseinheit getrennt geführt werden dürfen mit der Folge, dass dem Beschwerdeführer die Einsicht in die Verfahrensakten der Mitbeschuldigten ohne Weiteres verweigert werden kann. Ein allfälliger Aktenbeizug aus den Verfahren gegen Mitbeschuldigte dient insbesondere der Sachverhaltsermittlung und ist damit grundsätzlich geeignet, den Tatverdacht gegen den Beschwerdeführer zu erhärten oder zu entkräften. Die Akten dieser Verfahren sind somit möglicherweise für die Beurteilung des dringenden Tatverdachts und dementsprechend auch für den Ausgang des Haftprüfungsverfahrens von Bedeutung. Das Zwangsmassnahmengericht hat das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt, indem es den Beizug der Akten des Strafverfahrens gegen den mitbeschuldigten Cousin C. A._ mit der (unzutreffenden) Begründung ablehnte, sie seien für das Haftprüfungsverfahren von vornherein irrelevant. Das gilt umso mehr für die Aktenbeizugsgesuche in Bezug auf die weiteren Mitbeschuldigten B. A._, G. E._, F. D._ und D. B._, die das Zwangsmassnahmengericht mit Stillschweigen überging bzw. unbehandelt liess. Den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör hat auch das Obergericht verletzt, indem es das Vorgehen des Zwangsmassnahmengerichts schützte, die Rüge ist begründet.
3.4. Der angefochtene Entscheid ist damit wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs aufzuheben und die Sache an das Obergericht zurückzuweisen. Dieses hat in der Zwischenzeit offenbar nach Massgabe des Rückweisungsentscheids des Bundesgerichts einen neuen Entscheid gefällt und damit wohl auch die Frage von allfälligen Verfahrensvereinigungen bzw. Akteneinsichtsrechten des Beschwerdeführers in die Verfahren von Mitbeschuldigten geklärt. Es wird somit den Haftentscheid des Zwangsmassnahmengerichts im Lichte seiner gestützt auf den Rückweisungsentscheid ergangenen Entscheidung neu zu beurteilen haben. Eine Haftentlassung fällt angesichts der Schwere der Tatvorwürfe ohne materielle Prüfung der Haftgründe vorerst ausser Betracht.
4.
Die Beschwerde ist somit aus formellen Gründen gutzuheissen und die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Damit brauchen die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers nicht geprüft zu werden.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>), und der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 StPO). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. Oktober 2016 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat Rechtsanwalt Max Birkenmaier für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich, Büro B-1, und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi