Fatti:
A.
A._ SA è proprietaria di un vasto terreno situato a Grancia (fondo xxx), in località X._, attribuito alla zona per l'attività lavorativa intensiva, sul quale sorge un capannone industriale occupato da aziende di vario genere. Verso ovest la particella confina con la fascia di rispetto della roggia Scairolo, di proprietà del Consorzio Roggia Pian Scairolo (fondo yyy). L'area compresa tra la facciata ovest del capannone e l'antistante confine del fondo degradava verso il corso d'acqua, non era sistemata e in parte era occupata da materiali di risulta, depositati abusivamente, coperti da vegetazione spontanea. Anni fa A._ SA, senza chiedere alcun permesso, ha eretto lungo il confine ovest del suo fondo un muro alto circa 3 m, formato da elementi prefabbricati (verduro, vasche pronte a fungere da recipienti per piante varie) posati su un basamento in cemento, allo scopo di sostenere il terrapieno sistemato senza permesso a piazzale asfaltato.
B.
Sollecitata dal Municipio, il 31 ottobre 2013 A._ SA ha inoltrato una domanda di costruzione, parzialmente in sanatoria, per il terrapieno sistemato abusivamente in piazzale. I Servizi generali del Dipartimento del territorio si sono opposti, ritenendo che l'opera è sita al di fuori della zona edificabile ed è inclusa nella fascia di rispetto del corso d'acqua, larga 12.50 m dal suo asse. Il 17 aprile 2014 il Municipio ha negato la licenza edilizia, diniego confermato il 14 gennaio 2015 dal Consiglio di Stato. Adito dall'interessata, con giudizio del 20 gennaio 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso.
C.
Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Municipio, affinché rilasci la licenza edilizia.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi sottopostigli (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio e pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo, è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.3. Il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF). Il Tribunale federale esamina di massima solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando la ricorrente, come in concreto, invoca l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.7.2 pag. 106).
2.
2.1. La Corte cantonale ha rilevato che oggetto della vertenza sono da una parte il terrapieno inclinato a 45°, che il progetto edilizio prevede di costruire sul fondo yyy appartenente al Consorzio Roggia Pian Scairolo, che peraltro non ha controfirmato la domanda di costruzione, e dall'altra la porzione del terrapieno realizzato abusivamente sul fondo xxx; il muro di elementi prefabbricati costruito senza permesso sul fondo xxx concerne invece la domanda soltanto nella misura in cui non sarebbe smantellato ma inglobato nel terrapieno. Ha accertato che, contrariamente a quanto ritenuto dai Servizi generali, questo muro non è stato costruito fuori della zona edificabile, ma sulla particella xxx attribuita alla zona per l'attività lavorativa intensiva. Il muro è infatti stato eretto lungo il confine ovest del fondo, a contatto con la fascia di rispetto che il piano regolatore comunale definisce lungo la roggia Scairolo. Anche il terrapieno inclinato a 45° è compreso in questa fascia. Secondo l'art. 28 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), queste superfici, sebbene non edificabili, rientrano infatti nel computo degli indici delle zone edificabili. Ha lasciato aperta la questione della larghezza di questa striscia secondo il diritto comunale, poiché applicabili sono anzitutto le norme federali sulla protezione delle acque.
2.2. Al riguardo ha osservato che, secondo il primo capoverso delle disposizioni transitorie della modifica del 4 maggio 2011 dell'ordinanza del 28 ottobre 1998 sulla protezione delle acque (RS 814.201; OPAc), i Cantoni determinano entro il 31 dicembre 2018 lo spazio riservato alle acque conformemente agli art. 41a e 41b OPAc. Finché questo spazio non è determinato, le prescrizioni per gli impianti di cui all'art. 41c cpv. 1 e 2 OPAc si applicano a ogni lato lungo le acque in fascia larga, segnatamente 8 metri in aggiunta alla larghezza del fondo dell'alveo esistente, per i corsi d'acqua il cui fondo dell'alveo, come in concreto, non supera i 12 metri di larghezza.
Giusta l'art. 41c cpv. 1 primo periodo OPAc, nello spazio riservato alle acque è consentito realizzare esclusivamente impianti a ubicazione vincolata e d'interesse pubblico, come percorsi pedonali e sentieri, centrali idroelettriche ad acqua fluente o ponti. Sempreché non vi si oppongano interessi preponderanti, soggiunge il secondo periodo, l'autorità può inoltre autorizzare la realizzazione di determinati impianti, tra i quali figurano quelli conformi alla destinazione della zona in zone densamente edificate (lett. a) e passi carrai e strade in ghiaia agricoli e forestali a una distanza di almeno 3 m dalla linea della sponda se gli spazi sono limitati topograficamente (lett. b).
2.3. La Corte cantonale si è poi espressa, riprendendo la giurisprudenza, sulla nozione del diritto federale di zona "densamente edificata" ai sensi dell'art. 41c cpv. 1 secondo periodo lett. a OPAc. Se il requisito della zona densamente edificata è adempiuto, in una seconda fase l'autorità deve verificare se al rilascio del permesso si oppongano interessi pubblici preponderanti, quali esigenze della protezione contro le piene, la protezione della natura e del paesaggio o l'interesse della collettività a un accesso agevolato delle rive dei laghi (art. 3 cpv. 2 lett. c LPT; <ref-ruling> consid. 6 pag. 444).
Ha ricordato che il rilascio dell'autorizzazione non deve pregiudicare negativamente la futura pianificazione degli spazi riservati alle acque e alla loro rivitalizzazione. Lo spazio riservato alle acque dalle disposizioni transitorie assume infatti la funzione di una zona di pianificazione, il cui scopo è garantire che non vengano edificati nuovi impianti indesiderati, finché questa fascia non sarà definita secondo l'art. 41a OPAc (<ref-ruling> consid. 6.2 pag. 445). È stato accertato che nella fattispecie Io spazio riservato alle acque della roggia Scairolo, larga circa m 2,50, non è ancora stato determinato in conformità dell'art. 41a OPAc, visto che la linea di arretramento prevista dal piano delle zone del Piano regolatore intercomunale del Pian Scairolo dei Comuni di Collina d'Oro, Grancia e Lugano, attualmente in fase di pubblicazione, non esplica ancora effetti positivi.
Anche se la larghezza precisa del fondo dell'alveo della roggia non è nota, i giudici cantonali hanno ritenuto ch'essa è senz'altro almeno di 2 m, per cui in applicazione delle citate norme transitorie Io spazio riservato alle acque ammonta ad almeno 10 m, misurati dalla sponda sinistra del corso d'acqua. L'opera litigiosa si situa interamente all'interno di questa fascia. Non trattandosi di un'opera a ubicazione vincolata e nemmeno d'interesse pubblico, l'intera sistemazione prevista dalla domanda di costruzione non può essere autorizzata. Privo di rilievo è il fatto che il terrapieno inclinato occupa la fascia di rispetto dal corso d'acqua definita dal piano regolatore, mentre il muro e la parte retrostante del terrapieno sono compresi nella zona per l'attività lavorativa intensiva, decisivo essendo che si situino all'interno della fascia larga 10 m dal corso d'acqua.
2.4. È stato poi esaminato se la licenza potrebbe essere rilasciata sulla base dell'art. 41c cpv. 1 secondo periodo lett. a OPAc, che nello spazio riservato alle acque permette di autorizzare impianti se, cumulativamente, sono conformi alla destinazione della zona, se la zona è densamente edificata e, infine, se non vi si oppongono interessi preponderanti.
L'Ufficio corsi d'acqua e il Consiglio di Stato hanno ritenuto che la zona in cui è prevista la realizzazione del controverso terrapieno sarebbe densamente edificata. I giudici cantonali hanno stabilito che, nella misura in cui si considera l'intera zona per l'attività lavorativa intensiva definita dal piano regolatore, questa deduzione può apparire condivisibile. I terreni situati tra la riva sinistra del corso d'acqua sono in effetti edificati in larga misura con opere edilizie, soprattutto piazzali asfaltati e muri di cinta o di sostegno, che invadono Io spazio riservato alle acque. La deduzione non appare invece sostenibile, nella misura in cui per valutare la densità edificatoria locale si focalizza l'attenzione sulla sola fascia di rispetto, definita dal piano regolatore come "azzonamento ecologico" sul lato est del corso d'acqua (fondo yyy); comparto, questo, che risulta praticamente libero da costruzioni.
Nella misura in cui la sistemazione ha per oggetto il terrapieno inclinato a 45°, la licenza non può essere rilasciata, poiché l'opera, oltre a situarsi nella fascia di rispetto del corso d'acqua che non è una zona densamente edificata, neppure è conforme alla destinazione del comparto; questa destinazione, secondo l'art. 28 cpv. 1 NAPR, tende infatti a tutelare e recuperare la funzione paesaggistica ed ecologica del corso d'acqua, ricreando sponde seminaturali. Il previsto terrapieno inclinato non è in effetti volto a salvaguardare e ripristinare tale funzione, ma è destinato esclusivamente a sostenere il piazzale asfaltato, realizzato senza permesso. Anche nell'ipotesi dell'art. 28 cpv. 3 NAPR, ossia della concessione di una deroga al divieto sancito dall'art. 28 cpv. 2 NAPR di edificare all'interno della fascia di rispetto, essa non potrebbe eliminare il contrasto con la destinazione della zona di utilizzazione.
2.5. È stato ritenuto che, per di più, al rilascio della licenza si oppongono anche interessi preponderanti, poiché il terrapieno inclinato si scontra irrimediabilmente con la proposta di riservare una fascia di terreno lungo l'argine sinistro della roggia per un impianto di trasporto pubblico (tram). La proposta è contenuta nel piano regolatore intercomunale, attualmente in fase di pubblicazione.
La questione di sapere se il terrapieno sia anche esposto a un pericolo di alluvionamento, come ritenuto dal Consiglio di Stato, è stata lasciata aperta, come quella per le previsioni di rivitalizzazione dell'area, prospettate dalle istanze inferiori, ma non riprese dalla pianificazione intercomunale in via di adozione, poiché la previsione di riservare l'area occupata dal manufatto alla realizzazione di un impianto di trasporto pubblico è sorretta da un interesse pubblico preponderante e prioritario.
Diversa è invece stata ritenuta la situazione delle rimanenti parti dell'opera (muro di elementi prefabbricati e terrapieno retrostante), realizzate abusivamente sul fondo xxx, che il vigente piano regolatore include nella zona per l'attività lavorativa intensiva. Questi manufatti, benché inclusi nella fascia di protezione larga 10 m, appaiono in effetti conformi alla funzione del comparto, che risulta densamente edificato e corrispondono quindi ai primi due requisiti fissati dall'art. 41c cpv. 1 secondo periodo lett. a OPAc. Alla loro realizzazione si oppongono nondimeno interessi preponderanti, ritenuto che dal piano del traffico del piano regolatore intercomunale risulta che il muro e parte del retrostante terrapieno, pur situandosi all'interno della zona lavorativa, insistono sul sedime riservato al trasporto pubblico, all'interno della linea di arretramento parallela al corso d'acqua.
3.
3.1. La ricorrente, disattendendo il suo obbligo di motivazione (art. 42 LTF), non si confronta se non in maniera del tutto sommaria e generica con queste considerazioni, con la dottrina e la giurisprudenza posta a loro fondamento e adduce che la licenza edilizia potrebbe essere rilasciata in applicazione dell'art. 41c cpv. 1 secondo periodo OPAc: al suo dire l'impianto sarebbe conforme alla destinazione della zona, densamente edificata, e alla sua realizzazione non si opporrebbero interessi pubblici preponderanti.
3.2. Riguardo alla conformità alla destinazione della zona, ammette che l'art. 28 cpv. 1 NAPR tende a tutelare e a recuperare la funzione paesaggistica ed ecologica del corso d'acqua che lambisce il fondo in esame, ricreando sponde seminaturali. Definisce tuttavia arbitraria la conclusione ritenuta nel giudizio impugnato, perché attraverso il suo intervento sarebbe stata sistemata la scarpata, costituita da una discarica di riporto di materiale vario, tra cui lastre ondulate di eternit poi correttamente smaltite, e stabilizzato il terreno con una soletta di cemento. Il muro esistente sostituisce un muretto preesistente verso un altro fondo e la sistemazione della scarpata con elementi di verduro ha permesso di creare un sentiero pedonale molto bello. Il progetto litigioso sarebbe pure rispettoso dell'ambiente, poiché prevede di smantellare i congregati di verduro ricostruendo la scarpata con apporto di terra vegetale. È manifesto che questi rilievi non dimostrano affatto l'arbitrarietà sia nella motivazione sia nel risultato della decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 205). L'accenno al rilascio di una deroga giusta l'art. 28 cpv. 3 NAPR, applicando non meglio specificate "tecniche ingegneristiche consone agli intenti di protezione ecologica e paesaggistica" al progetto litigioso, nulla muta a tale esito.
3.3. I rilievi sulla circostanza che la Corte cantonale, contrariamente ai Servizi generali, ha ritenuto che il fondo xxx non è ubicato fuori dalla zona edificabile, che un pericolo di alluvionamento non è dimostrato e che la fascia di protezione dev'essere ancora determinata in maniera conforme alle disposizioni della OPAc, non dimostrano alcuna violazione del diritto cantonale e federale.
3.4. Sulla conclusione dei giudici cantonali, secondo cui il terrapieno in esame non è ubicato in una zona densamente edificata, nozione che dev'essere interpretata in maniera restrittiva (sentenza 1C_8/2016 del 18 gennaio 2016 consid. 3.5, in: RtiD II-2016 n. 46 pag. 256), la ricorrente osserva che, tenendo conto di un perimetro pianificatorio di osservazione sufficientemente ampio e non focalizzandosi sul lato est del corso d'acqua, da un semplice sguardo sulla mappa si evincerebbe che in quella zona ovunque sarebbero sorte abitazioni. Questo generico accenno non dimostra del tutto che in concreto la Corte cantonale, ponendo a fondamento del suo giudizio la dottrina e la giurisprudenza del Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 6 pag. 444, 428 consid. 7 pag. 434; vedi inoltre <ref-ruling> consid. 2 e la ricapitolazione della prassi al consid. 2.7; sentenza 1C_473/2015 del 22 marzo 2016 consid. 5), con la quale la ricorrente non si confronta, avrebbe misconosciuto tale nozione.
3.5. Riguardo infine agli interessi pubblici preponderanti che ostano alla realizzazione del progetto edilizio, la ricorrente rileva semplicemente che la prevista linea del tram, in fase di pubblicazione, al massimo giustificherebbe una sospensione o un blocco della domanda di costruzione. Aggiunge, senza addurre alcun indizio a sostegno del suo assunto, che si tratterrebbe infatti di un progetto osteggiato da tutti. Questi rilievi né dimostrano un accertamento arbitrario dei fatti né una qualsiasi violazione del diritto federale.
4.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di Grancia, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.