Faits :
A.
Le 10 décembre 2008, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'Office fédéral) a exempté les sociétés anonymes de droit privé X._ SA et Y._ SA de la taxe sur le dioxyde de carbone (ci-après: la taxe sur le CO2) pour la période du 1er janvier 2008 au 21 décembre 2012, en contrepartie de l'engagement formel pris par X._ SA de limiter ses émissions de CO2.
B.
Le 18 juillet 2012, X._ SA a envoyé neuf demandes de remboursement de la taxe sur le CO2 d'un montant total de 1'631'836 fr., dont une en faveur de Y._ SA, à l'Administration fédérale des douanes, Direction générale des douanes (ci-après: l'Administration fédérale), pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2011.
Par décision du 15 août 2012, l'Administration fédérale a refusé d'entrer en matière sur les neuf demandes de remboursement, au motif qu'elles n'avaient pas respecté le délai fixé au 30 juin 2012 pour les taxes versées l'année précédente. La réclamation formée par les deux sociétés à l'encontre de la décision d'irrecevabilité du 15 août 2012 a été rejetée par l'Administration fédérale le 27 février 2013. Saisi d'un recours contre cette décision sur réclamation, le Tribunal administratif fédéral a, par arrêt du 27 août 2014, rejeté le recours.
C.
Contre l'arrêt du 27 août 2014, X._ SA et Y._ SA forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à l'Administration fédérale afin qu'elle entre en matière sur les demandes de remboursement de la taxe sur le CO2 déposées pour la période de 2011. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. Tardive, la détermination de l'Administration fédérale est écart ée.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué, qui concerne le remboursement de la taxe sur le CO2 pour la période de 2011, est une décision finale (<ref-law>), rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) dans une cause de droit public (<ref-law>) et ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>) par les deux sociétés destinataires de l'acte attaqué qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut leur reconnaître la qualité pour recourir (<ref-law>), le recours en matière de droit public est recevable.
1.2. S'agissant de la contestation d'un arrêt qui confirme une décision d'irrecevabilité, les recourantes se limitent à juste titre à conclure à l'annulation dudit arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité administrative pour qu'elle entre en matière sur leurs demandes de remboursement (cf., parmi d'autres, <ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 239; arrêts 1B_363/2014 du 7 janvier 2015 consid. 1; 2C_55/2014 du 6 juin 2014 consid. 4, résumé in RDAF 2015 II 91).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (<ref-law>). Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 105; arrêt 2C_1120/2013 du 20 février 2015 consid. 2.1). Par ailleurs, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>).
3.
Les recourantes contestent la confirmation par le Tribunal administratif fédéral de la décision sur réclamation par laquelle l'Administration fédérale avait refusé de leur rembourser la taxe d'incitation sur les agents fossiles (taxe sur le CO2) pour la période 2011, au motif que ces demandes avaient été déposées tardivement, soit après le délai fixé au 30 juin 2012 pour les taxes versées l'année précédente. Or, il n'est pas contesté que les recourantes ont sollicité le remboursement de la taxe sur le CO2 une fois passés les délais prévus pour ce faire. Le litige se limite donc au point de savoir si le Conseil fédéral, en introduisant les dispositions réglementaires sur la base desquelles les neuf demandes de remboursement formées par les recourantes ont été déclarées irrecevables, n'a pas outrepassé ses compétences, en violation notamment du principe de la séparation des pouvoirs.
4.
4.1. En tant que la demande de remboursement de la taxe sur le CO2 concerne la période de 2011, les aspects matériels de la présente cause ne sont pas régis par la loi fédérale sur la réduction des émissions de CO2 du 23 décembre 2011, entrée en vigueur le 1er janvier 2013 (loi sur le CO2, cf. son art. 49; RS 641.71; RO 2012 6989), mais par l'ancienne loi fédérale du 8 octobre 1999 sur la réduction des émissions de CO2 (RO 2000 979; ci-après: aLCO2) et son ordonnance d'application du 8 juin 2007 (RO 2007 2915; ci-après: aOCO2).
4.2. Conformément à l'art. 6 aLCO2, le Conseil fédéral a introduit une taxe sur le CO2, à laquelle sont soumis, en application de l'art. 7 al. 1 aLCO2, la fabrication, l'extraction et l'importation de charbon ainsi que des combustibles et des carburants fossiles énumérés à l'art. 2 de la loi fédérale du 21 juin 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Limpmin; RS 641.61), dans la mesure où ils sont commercialisés à des fins d'utilisation énergétique. En contrepartie de leur engagement formel à limiter leurs émissions de CO2, les entreprises recourantes ont été exemptées de la taxe par l'Office fédéral de l'environnement pour la période du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2012, selon les modalités prévues à l'art. 9 aLCO2.
4.3. S'agissant du remboursement de la taxe, l'art. 11 al. 1 aLCO2 prévoit que " le Conseil fédéral règle la procédure de perception et de remboursement de la taxe sur le charbon (...) ", tandis que l'al. 2 dispose que " les dispositions de la législation sur l'imposition des huiles minérales s'appliquent à la perception et au remboursement de la taxe sur les autres agents fossiles ". A ce dernier titre, l'<ref-law> dispose que " le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement. Les montants insignifiants ne sont pas remboursés ". Sur la base de cette clause, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance du 20 novembre 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Oimpmin; RS 641.611), dont notamment l'art. 48 est consacré à la procédure de remboursement:
"<ref-law> - Extinction du droit au remboursement
al. 1 Les demandes de remboursement doivent être présentées dans les trois mois qui suivent la clôture annuelle des comptes, sauf dans les cas mentionnés à l'art. 18 al. 1 de la loi.
al. 2 Il n'existe pas de droit au remboursement de l'impôt pour les marchandises ayant été consommées plus de deux ans avant la présentation de la demande.
al. 3 La Direction générale des douanes peut, dans un cas d'espèce, prévoir le remboursement de l'impôt pour des marchandises consommées antérieurement si le requérant n'a pas observé le délai sans qu'il y ait eu faute de sa part ou au cas où le paiement de l'impôt constituerait pour lui une rigueur excessive".
L'art. 15 al. 1, 1ère phr., aLCO2, autorise encore le Conseil fédéral à assurer "l'application de la présente loi" et à édicter "les dispositions d'exécution". Aux art. 13 à 20 aOCO2, le Conseil fédéral a en outre introduit certaines règles spécifiques au remboursement en faveur des entreprises exemptées de la taxe sur le CO2 en vertu de l'art. 9 aLCO2. Fixant un délai pour requérir le remboursement de la taxe, l'art. 14 al. 2 aOCO2 est à l'origine du refus de remboursement litigieux:
"Art. 14 aOCO2 - Périodicité du remboursement
al. 1 Les demandes de remboursement peuvent porter sur des périodes allant d'un à douze mois.
al. 2 Elles doivent être déposées au plus tard le 30 juin pour les taxes versées l'année précédente ou lors de l'exercice clos l'année précédente.
al. 3 Le droit au remboursement s'éteint si la demande n'est pas présentée dans le délai imparti".
5.
5.1. Dans l'arrêt querellé du 27 août 2014, le Tribunal administratif fédéral a d'abord qualifié la taxe sur le CO2 de taxe de consommation spéciale et retenu que l'exemption, suivie de la phase du remboursement, n'intervenait fréquemment qu'après la perception. Il a ensuite considéré que si l'exemption de la taxe sur les agents fossiles était ancrée dans une loi au sens formel (cf. art. 9 aLCO2), la réglementation de "la procédure de remboursement" de la taxe avait en revanche été complètement déléguée au Conseil fédéral (cf. art. 11 al. 2 aLCO2), qui devait la concrétiser par le biais d'une ordonnance législative dépendante de substitution. Or, ces termes légaux englobaient également "toute la technique de remboursement", y compris les conditions matérielles du droit au remboursement. Il fallait partant y voir une ample clause de délégation en faveur du Conseil fédéral, qui pouvait introduire, en conformité avec le principe de la légalité, un délai de péremption du droit de revendiquer l'exemption. Ce délai répondait à un "intérêt public évident" et à "la nécessité d'assurer à la taxe sur le CO2 un rôle incitatif" (arrêt attaqué, p. 18), par le biais, en particulier, d'une redistribution diligente - dans les deux ans après le prélèvement de la taxe (cf. art. 25 aOCO2) - du produit annuel de la taxe en faveur du financement de mesures environnementales de réduction des émissions de CO2 dans le bâtiment (cf. art. 10 al. 1bis aLCO2).
5.2. Les recourantes reprochent, en substance, au Tribunal administratif fédéral d'avoir retenu que l'aLCO2 et son renvoi à la législation sur les huiles minérales autorisaient le Conseil fédéral à introduire, sur le plan réglementaire, un délai péremptoire et non un simple délai d'ordre afin de demander le remboursement de la taxe sur le CO2. En réalité, le législateur aurait uniquement autorisé le Conseil fédéral à adopter des normes secondaires venant préciser la loi, et non pas des normes primaires complétant la loi et réglementant davantage que de pures questions d'organisation et de procédure. Or, l'introduction d'un délai de péremption à l'art. 14 al. 2 et 3 aOCO2, voire à l'<ref-law>, constituerait une norme primaire dépassant le cadre fixé par la loi. Elle violerait de ce fait les droits et principes constitutionnels de la séparation des pouvoirs, de la proportionnalité et de l'interdiction de l'arbitraire, en plus de rendre vaine la possibilité prévue par l'art. 9 aLCO2 d'obtenir l'exemption de la taxe en contrepartie d'un engagement des sociétés à limiter leurs émissions de CO2.
5.3. Le grief soulevé commande tout d'abord d'examiner la portée du délai de remboursement litigieux (consid. 6), puis de déterminer la nature des clauses de délégation figurant aux art. 15 al. 1 aLCO2 et 18 al. 4 Limpmin, à laquelle renvoie l'art. 11 al. 2 aLCO2 (consid. 7). Enfin, il conviendra de vérifier que l'art. 14 al. 2 et 3 aOCO2, respectivement l'<ref-law> respectent le cadre fixé par celles-ci (consid. 8).
6.
Selon la lettre de l'art. 14 al. 2 et 3 aOCO2 ("au plus tard le 30 juin"; "le droit au remboursement s'éteint"), si l'entreprise assujettie omet de former sa demande de remboursement de la taxe sur le CO2 dans les délais prévus par le Conseil fédéral, à savoir passé la date du 30 juin pour les taxes versées l'année précédente ou lors de l'exercice clos l'année précédente, son droit à réclamer le remboursement de la créance à l'égard de la Confédération disparaît.
6.1. Lorsqu'un droit s'éteint par suite de l'expiration du délai dans lequel le titulaire doit l'exercer ou accomplir un acte nécessaire à son exercice, on se trouve en présence d'un délai de péremption ("Verwirkung"; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 246; <ref-ruling> consid. 4a p. 300; arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 6.1 et les références citées). L'absence du terme explicite de "péremption" n'y change rien; l'emploi de formules telles que "le droit s'éteint" est a priori considéré comme déterminant (cf. <ref-ruling> consid. 5a p. 263; <ref-ruling> consid. 4a p. 300; <ref-ruling> consid. 1b p. 68). En conséquence, l'art. 14 aOCO2 introduit un délai de péremption affectant le droit au remboursement de la créance que détiennent les entreprises recourantes.
6.2. La péremption se distingue généralement de la prescription ("Verjährung"), qui vise la situation où le créancier d'un droit perd la faculté d'en requérir l'exécution forcée, sans que cela n'entraîne la perte du droit lui-même, qui subsiste comme obligation naturelle sujette à compensation (<ref-law> [RS 220]; dans ce sens: <ref-ruling> consid. p. 368; arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 6.2).
Comme institution générale du droit (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 169), la prescription s'applique à toutes les prétentions, y compris à celles de droit public, qu'elles appartiennent à la collectivité publique ou aux administrés (<ref-ruling> consid. 3 p. 517). Son existence est partant indépendante d'une base légale expresse (cf. DANIEL RIEDO, Die Verjährung der Zollschuld nach dem neuen Zollgesetz, in Archives 75/2007, p. 450 ss, 452). Pour cette raison, il est arrivé au Tribunal fédéral de combler des lacunes proprement dites qu'il avait identifiées dans une loi fédérale et de considérer qu'une prétention était prescrite au-delà d'un certain délai (<ref-ruling> consid. 3 p. 6; arrêt 2C_999/2014 du 15 janvier 2015 consid. 4.3, in Archives 83, p. 516).
La péremption, de par les effets plus durs qu'elle entraîne pour le créancier, ne constitue en revanche pas une institution générale du droit qu'il serait loisible aux organes de l'Etat de déduire de l'ordre juridique en l'absence de toute base légale. L'existence d'un délai de péremption nécessite ainsi une assise normative suffisamment précise. En tant qu'elle éteint un droit qui existait auparavant, la péremption concerne un aspect essentiel des droits et obligations des particuliers (arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 6.2), de sorte que seul le législateur au sens formel peut en principe instaurer un tel délai ou, à tout le moins, en fixer les fondements dans une loi formelle, avant d'en déléguer la mise en oeuvre au Conseil fédéral (cf. art. 164 al. 2 Cst.; <ref-ruling> consid. 6.4 p. 413; <ref-ruling> consid. 6.4.4 p. 29).
6.3. En droit public, néanmoins, il n'est pas toujours aisé de distinguer si, en instaurant un délai, le législateur a opté pour l'une ou l'autre institution, c'est-à-dire celle de la prescription ou de la péremption (arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 6.3, et les références citées). La question de savoir s'il se justifie, en matière de créances de droit publicen faveur de l'Etat et/ou envers ce dernier, de maintenir une différenciation de traitement stricte du point de vue des exigences découlant du principe de la légalité (cf. art. 5 al. 1 Cst.; arrêt 2C_668/2013 du 19 juin 2014 consid. 5.1) entre les délais de péremption et de prescription souffre toutefois de demeurer indécise. D'une part, un principe général s'oppose en effet à ce que le contribuable puisse, de façon illimitée dans le temps, exiger de l'Etat qu'il lui restitue des impôts indument versés (voir, pour la prescription de ce droit, ATF 78 I 184 consid. 3 p. 191 s.). D'autre part, l'on verra ci-après que l'introduction d'un délai de péremption dans la réglementation considérée repose in casu, en tout état, sur un clause de délégation législative suffisante.
7.
Comme il a été relevé auparavant, un délai de péremption doit être en règle générale inscrit dans une loi au sens formel. Cette exigence n'exclut cependant pas catégoriquement la possibilité pour le législateur de déléguer la compétence d'édicter certaines règles de droit au Conseil fédéral, y compris dans l'un des domaines sensibles énoncés à l'art. 164 al. 1 Cst. (arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7, et les références citées). Pour qu'une telle délégation législative soit admissible, le pouvoir législatif doit toutefois respecter certaines conditions, à savoir: le droit constitutionnel n'interdit pas une délégation, elle est prévue dans un acte normatif - soit une loi formelle - soumis à référendum, elle est limitée à une matière déterminée et la loi elle-même énonce dans les grandes lignes les règles les plus importantes (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 122; <ref-ruling> consid. 4 p. 335; arrêt 2C_118/2008 du 21 novembre 2008 consid. 4.1). Il s'agit là d'exigences découlant du principe de la séparation des pouvoirs (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 279; arrêt 1C_251/2014 du 27 janvier 2015 consid. 2.2) et du principe de la légalité (art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst.; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 386; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 463).
7.1. A défaut d'une réglementation explicite d'un délai de péremption lié au remboursement de la taxe sur le CO2 tant dans l'aLCO2 que - sur renvoi par cette loi - dans la Limpmin, l'art. 14 al. 2 aOCO2 doit en principe reposer sur une clause de délégation législative qui permette au Conseil fédéral d'adopter une ordonnance législative dépendante de substitutionet non uniquement une ordonnance d'exécution. Cette dernière se limite à préciser certaines dispositions légales au moyen de normes secondaires, à en combler le cas échéant les véritables lacunes et à fixer si nécessaire des points de procédure (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 463; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 33; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 149; <ref-ruling> consid. 2a p. 194). Il sera précisé que la plupart des ordonnances énoncent à la fois des dispositions secondaires et des dispositions primaires (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 370; arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7.1).
7.2. Le Conseil fédéral a fondé l'aOCO2 sur les art. 6, 7 al. 3, 10, 11 et 15 aLCO2. L'art. 14 aOCO2 litigieux réglemente certains aspects liés à la périodicité du remboursement de la taxe et aux délais pour le requérir. Les bases légales sur lesquelles cette disposition est susceptible de s'appuyer sont l'art. 11 ["procédure"], cité au consid. 4.3 supra, et l'art. 15 aLCO2 ["exécution"], lequel prévoit à son al. 1, 1ère phr., que " le Conseil fédéral assure l'application de la présente loi et édicte les dispositions d'exécution ". Quant à l'art. 11 aLCO2, son al. 1er n'est pas applicable à la présente cause, dans la mesure où il délègue au Conseil fédéral le soin de régler la procédure de remboursement seulement en lien avec le charbon; or, il résulte notamment de la décision sur opposition rendue par l'Administration fédérale le 27 février 2013 (<ref-law>) que les demandes de remboursement formées par les recourantes pour la période de 2011 concernaient, comme combustibles, l'huile de chauffage extra-légère et le gaz naturel à l'état gazeux, et non le charbon. Seul est donc ici pertinent l'al. 2 de l'art. 11 aLCO2, qui soumet la procédure de remboursement de la taxe sur le CO2 à la Limpmin, dont l'art. 18 al. 4, 1ère phr., prévoit que " le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement ".
7.3. La clause figurant à l'art. 15 al. 1 aLCO2 n'entre pas en ligne de compte en l'espèce, dès lors que, placée sous l'intitulé "exécution" dans la section de la loi dédiée aux dispositions finales, elle se contente de rappeler (cf. art. 182 al. 2 Cst.) que le Conseil fédéral est, de manière générale, compétent pour concrétiser l'aLCO2 par le biais de "dispositions d'exécution". Or, une telle norme n'est pas suffisante pour autoriser le Conseil fédéral à adopter un délai de péremption.
Quant à l'art. 11 al. 2 aLCO2 relatif à la perception et au remboursement de la taxe, il renvoie aux "dispositions de la législation sur l'imposition des huiles minérales" pour ce qui est du remboursement de la taxe, soit en particulier à la Limpmin (cf. aussi Message du Conseil fédéral, du 17 mars 1997, relatif à la loi fédérale sur la réduction des émissions de CO2, in FF 1997 III 395, p. 448: " la procédure se fonde sur les réglementations de l a loi sur l'imposition des huiles minérales et de la législation douanière [charbon] "). L'art. 18 al. 4, 1ère phr., de cette loi prévoit que " le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement ". Il sied d'examiner cette dernière clause à l'aune des critères usuels d'interprétation (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 287; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 204) afin de déterminer le type de délégation qu'elle opère en faveur du Conseil fédéral.
7.3.1. La clause de délégation figurant à l'<ref-law>, à laquelle renvoie implicitement l'art. 11 al. 2 aLCO2, se réfère prima facie à de simples questions d'organisation ou de procédure, qui plaident en faveur d'une clause d'exécution. L'agencement des alinéas au sein de l'<ref-law> suggère cependant une ample marge normative en faveur du Conseil fédéral et corrobore ainsi la présence d'une clause de substitution. Il résulte en effet des différents alinéas de cette disposition que le législateur a entendu réglementer les points essentiels du remboursement, à savoir le principe même du remboursement (al. 1), les conditions matérielles de base auxquelles il doit être consenti (al. 3: "nécessité économique" et "affectation à un usage d'intérêt général"; al. 2) et son objet (al. 1 let. a et b et al. 2; quant aux bénéficiaires de ce remboursement, ils sont mentionnés à l'art. 17 al. 3 et d Limpmin). A contrario, l'<ref-law> autorise le Conseil fédéral à réglementer le surplus de la procédure de remboursement et de ses conditions. On ajoutera que la consécration ponctuelle des al. 4 in fine (non remboursement des "montants insignifiants") et al. 5 (non versement d'intérêts), qui limitent l'autonomie laissée au gouvernement en matière de remboursement, serait superflue si le Conseil fédéral s'était seulement vu attribuer la compétence de préciser des points d'exécution mineurs de la loi (arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7.2.1).
7.3.2. En précisant que le remboursement a posteriori de l'impôt prélevé sur les carburants en faveur, notamment, des entreprises de transport concessionnaires met en jeu " une véritable technique liée à l'imposition indirecte " (FF 1995 III 133, p. 135), le Message du Conseil fédéral concernant la loi sur l'imposition des huiles minérales du 5 avril 1995 confirme la volonté du législateur de confier au Conseil fédéral le soin d'élaborer une procédure de remboursement également susceptible de comprendre des normes primaires et affectant les droits et obligations des particuliers (cf. aussi le Message du Conseil fédéral du 3 mai 2006 relatif à la modification de la loi sur l'imposition des huiles minérales, entrée en vigueur le 1er juillet 2008, in: FF 2006 4057, p. 4088).
7.3.3. Par ailleurs, c'est à bon droit que les précédents juges ont effectué des rapprochements avec d'autres lois et règlements gouvernant des impôts de consommation spéciale (cf. art. 131 Cst.). S'il est vrai que, contrairement à la clause figurant à l'<ref-law>, l'art. 24 al. 2 de la loi fédérale du 21 mars 1969 sur l'imposition du tabac (LTab; RS 641.31) évoque explicitement la réglementation des délais de remboursement par le Conseil fédéral, cette dernière clause de délégation législative présente de fortes similitudes avec la première; ceci donne à penser que la formulation plus vague de l'<ref-law> englobe déjà la compétence de fixer des délais pour présenter les demandes de remboursement dans la notion de "procédure de remboursement" plutôt que ne soit envisagée l'existence d'un silence qualifié du législateur qui interdirait au Conseil fédéral de réglementer l'aspect des délais de procédure.
L'analogie que le Tribunal administratif fédéral trace entre l'<ref-law> et l'art. 19 de l'ordonnance sur la taxe d'incitation sur les composés organiques volatils du 12 novembre 1997 (OCOV; RS 814.018), qui instaure des délais de péremption par rapport à l'exercice du droit au remboursement de la taxe sur les composés organiques volatils, n'est pas non plus dénuée de pertinence. Sur la base des art. 35c al. 2 et 3 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), le Conseil fédéral a en effet reçu la compétence de définir les "procédures de perception et de remboursement de la taxe" ainsi que d' "exclure un remboursement si celui-ci doit entraîner des frais ou des difficultés hors de proportion". Si la possibilité d'exclure le remboursement de la taxe est certes mentionnée dans la LPE, cette dernière n'envisage toutefois pas explicitement la déchéance du droit au remboursement par suite du non-respect d'un délai; on peut en inférer que c'est la clause de délégation autorisant le Conseil fédéral à fixer la procédure de remboursement de la taxe qui a servi comme base pour l'introduction d'un tel délai péremptoire et des effets de son inobservation (cf. arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7.2.3).
7.3.4. L'introduction d'un délai de péremption a pour double finalité de garantir la sécurité juridique et de faciliter le bon fonctionnement de l'administration, en stabilisant définitivement des rapports de droit après l'écoulement d'un certain temps, sans que cette durée ne puisse être allongée par un acte interruptif du créancier (<ref-ruling> consid. 5a p. 263; arrêts 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7.2.4; 2C_756/2010 du 19 janvier 2011 consid. 3.2.2, in Archives 79 p. 855). De plus, des considérations de technique administrative justifient en principe que les délais de péremption soient relativement brefs en vue d'une liquidation diligente et bien informée des affaires. Or, un délai de péremption procédurale comme on le trouve à l'<ref-law> ou à l'art. 14 al. 3 aOCO2 vise précisément à faciliter et harmoniser le traitement des demandes de remboursement de l'impôt sur les carburants, respectivement en l'occurrence la taxe sur le CO2. Il paraît dès lors cohérent avec ces principes de même qu'avec le principe d'égalité de traitement (art. 8 Cst.) que "la procédure de remboursement" déléguée à l'exécutif puisse également inclure le droit pour ce dernier d'introduire une clause de péremption. Serait en revanche contraire au but poursuivi par la réglementation de la "procédure de remboursement", au sens de l'<ref-law>, l'interprétation qui tendrait à empêcher le Conseil fédéral d'assortir les conditions et modalités de remboursement à réglementer de clauses de déchéance ou de conséquences procédurales strictes sanctionnant leur non-respect. La circonstance que la Confédération ne subirait aucun préjudice en raison d'une demande de remboursement introduite après le délai imparti, dès lors que l'<ref-law> exclut le versement d'intérêts moratoires, ne modifie en rien cette conclusion essentiellement motivée par la sécurité juridique. Cet élément pas plus que le caractère incitatif de la taxe sur le CO2 dont se prévalent les recourantes, ne sauraient ainsi conduire à restreindre la marge de manoeuvre des autorités à l'instauration de simples délais d'ordre en matière procédurale (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 167 s.; arrêt 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7.2.4).
7.4. Au vu des éléments qui précèdent, il y a lieu de rejeter l'argument des recourantes reprochant au Tribunal administratif fédéral d'avoir assimilé l'<ref-law>, applicable sur renvoi de l'art. 11 al. 2 aLCO2, à une clause de substitution, alors qu'elle relèverait en réalité et exclusivement de la clause d'exécution.
8.
Etant donné que l'<ref-law>, sur renvoi de l'art. 11 al. 2 aLCO2, autorise le Conseil fédéral à adopter (également) des normes de substitution en matière de remboursement de la taxe sur le CO2, il sied d'examiner dans quelle mesure l'art. 14 al. 2 e t 3 aOCO2, sur la base duquel l'intimée a refusé de rembourser la taxe litigieuse aux recourantes, au motif que leur requête avait été déposée tardivement, respecte le cadre de la délégation fixé dans la loi.
8.1. A titre liminaire, il sera précisé que le renvoi que l'art. 11 al. 2 aLCO2 opère (non pas à la seule Limpmin, mais) à l'ensemble des normes juridiques gouvernant l'imposition des huiles minérales ("législation"), donc potentiellement également à la réglementation d'application de la Limpmin (Oimpmin), soulève la question de la coexistence entre l'art. 14 aOCO2 et l'<ref-law> précité (consid. 4.3 supra). Il sied de résoudre cette problématique à l'aune de l'adage "lex specialis derogat generali" (cf., à ce sujet, <ref-ruling> consid. 5.2 p. 333; <ref-ruling> consid. 3a p. 530; arrêt 4A_43/2009 du 1er avril 2009 consid. 2.3, non publié in <ref-ruling>), en ce sens que l'<ref-law> a été conçu spécifiquement pour régir le droit au remboursement en matière d'impôt sur les carburants, tandis que l'art. 14 aOCO2, qui peut se fonder sur la délégation prévue à l'<ref-law> sur renvoi de l'art. 11 al. 2 aLCO2, réglemente les particularités du remboursement de la taxe sur le CO2 et supplante donc en l'occurrence l'<ref-law> dans ce domaine.
8.2. Dans une argumentation subsidiaire qui anticipe l'hypothèse où le Conseil fédéral se serait vu attribuer le pouvoir d'introduire un délai en matière de remboursement de la taxe sur le CO2, les recourantes estiment que ce délai ne saurait être de nature péremptoire sans violer gravement le principe de proportionnalité; une telle réglementation ne poursuivrait de plus aucun intérêt public légitime. Il serait en outre choquant et contraire au principe de la confiance (art. 9 Cst.) de refuser aux recourantes le remboursement de la taxe du simple fait d'avoir dépassé de quelques jours le délai réglementaire, alors que les intéressées avaient été exemptées de la taxe par voie de décisions formelles et que toutes les conditions liées au remboursement seraient remplies.
8.3. Les griefs des recourantes tombent à faux. Il résulte de l'interprétation de l'<ref-law> à l'aune des autres alinéas de cette norme (à laquelle renvoie l'art. 11 al. 2 aLCO2) que la loi formelle fixe l'ensemble des critères de base qui sont requis par la jurisprudence rendue au sujet de l'art. 164 Cst., par le principe de la séparation des pouvoirs et par le principe de la légalité en matière fiscale pour permettre au législateur de déléguer la compétence d'édicter des normes primaires au pouvoir exécutif dans le domaine du remboursement de la taxe sur le CO2. L'interprétation a par ailleurs permis de retenir que la délégation de "la procédure de remboursement" au Conseil fédéral attribue à celui-ci la compétence de déterminer modo legislatoris de larges pans tant formels que matériels de cette procédure. Il a de surcroît été vu qu'il était à la fois logique et compatible avec les objectifs d'intérêt public que sont la sécurité du droit et le bon fonctionnement de l'administration d'affirmer que ces critères réglementaires pouvaient s'accompagner tant de conditions, incombances et délais pour faire valoir le droit au remboursement des sociétés concernées que de sanctions strictes en cas d'inobservation de ces modalités, notamment
au travers de la déchéance matérielle du droit de revendiquer ledit remboursement.
Au demeurant, contrairement à ce qu'affirment les recourantes, aucun élément ne suggère qu'en adoptant l'art. 14 aOCO2, le Conseil fédéral aurait agi de façon arbitraire, contraire à la bonne foi (voire à d'éventuels principes régissant un contrat de droit administratif, dont l'existence n'a pas été établie), inutilement formaliste (art. 9 Cst.) ou disproportionnée (cf. art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst.) ou qu'il aurait abusé du large pouvoir que le législateur fédéral lui a délégué sur le terrain du remboursement de la taxe sur le CO2. Comme il a été relevé au stade de l'interprétation de l'<ref-law>, applicable par renvoi de l'art. 11 al. 2 aLCO2, l'instauration de délais de péremption procédurale relativement brefs correspond en effet à une pratique administrative courante et légitime, qui ne crée pas en soi une obligation "excessivement contraignante". Au demeurant, il n'est pas arbitraire ni formaliste à l'excès d'exiger du justiciable qu'il respecte les règles de procédure et observe strictement un délai qui lui est imparti pour agir (par exemple, en déposant un recours contre une décision), à peine d'irrecevabilité ou d'autres conséquences juridiques désavantageuses pour lui (cf., parmi d'autres, <ref-ruling> consid. 3 p. 5; arrêts 2C_822/2008 du 18 décembre 2008 consid. 5; 1C_85/2007 du 6 septembre 2007 consid. 3.2; voir également: THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 1506 p. 502). Finalement, on eût pu attendre des sociétés anonymes recourantes qu'elles s'organisent de manière à respecter les conditions temporelles claires fixées dans l'aOCO2. Au-delà des griefs constitutionnels généraux que les recourantes font valoir, elles ne prétendent du reste point avoir été empêchées sans leur faute et de façon exceptionnelle de former leur demande de remboursement dans le délai péremptoire fixé, de sorte à justifier l'obtention d'une restitution de délai de la part de la Direction générale des douanes (comparer, en tant qu'applicable par analogie - cette question pouvant demeurer ici indécise - l'<ref-law>; cf. aussi DUBEY/ZUFFEREY, Droit administratif général, 2014, n. 2015 p. 706).
8.4. Par conséquent, l'art. 14 aOCO2 ne dépasse pas le cadre de la délégation législative fixé par l'<ref-law>, applicable sur renvoi de l'art. 11 al. 2 aLCO2 en matière de remboursement de la taxe sur le CO2. En confirmant la décision du 27 février 2013 par laquelle l'Administration fédérale a refusé de rembourser aux sociétés recourantes le montant de la taxe sur le CO2 afférent à la période du 1er janvier au 31 décembre 2011, le Tribunal administratif fédéral n'a ainsi pas violé les droits et principes constitutionnels de la séparation des pouvoirs, de la légalité, de la proportionnalité, de la bonne foi ou de l'interdiction de l'arbitraire, ni les dispositions de l'aLCO2 ou de la Limpmin. Dans ces circonstances, le recours doit être rejeté.
9.
Succombant, les recourantes doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Aucun dépens ne sera alloué (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 14'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, à l'Administration fédérale des douanes, représentée par la Direction générale des douanes, Division principale droit et redevances, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 22 avril 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Chatton