Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 24. September 2015 wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln zu einer Busse von Fr. 20.--. Ausserdem wurden ihm Auslagen von Fr. 8.60 und eine Gebühr von Fr. 200.-- auferlegt. Dieser Strafbefehl wurde ebenso wie die vorangehende Übertretungsanzeige und Mahnung an eine Adresse in Portugal gesandt, welche die Mietwagenfirma der Polizei übermittelt hatte. Mit Schreiben vom 10. Januar 2016 (Datum des Poststempels) erhob der Beschwerdeführer Einsprache gegen den Strafbefehl. Die Staatsanwaltschaft hielt am Strafbefehl fest und überwies die Akten an das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt. Dieses trat am 18. Januar 2016 nicht auf die Einsprache ein, da diese verspätet erhoben worden sei.
B.
Dagegen erhob X._ Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt und machte geltend, er habe die Übertretungsanzeige und die Mahnung nie erhalten und den Strafbefehl erst am 22. Dezember 2015 zufällig im Eingangsbereich des Wohngebäudes seiner Eltern in Portugal gefunden. Mit Verfügung vom 1. Februar 2016 setzte ihm die Verfahrensleitung des Appellationsgerichts eine Nachfrist bis zum 19. Februar 2016 zur rechtskonformen Begründung seiner Beschwerde und klärte ihn darüber auf, dass mit der Beschwerde nur geltend gemacht werden könne, die Einsprache sei rechtzeitig erfolgt oder es lägen entschuldbare Gründe für die Verspätung vor. Im zweiten Fall würde dies als Wiederherstellungsgesuch angesehen, über welches das Strafgericht zu entscheiden hätte.
Mit am 5. Februar 2016 der Post übergebenem Schreiben vom 4. Februar 2016 ergänzte X._ seine Beschwerde. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt wies die Beschwerde am 9. September 2016 ab und verzichtete umständehalber auf die Erhebung von Kosten.
C.
X._ beantragt sinngemäss mit Beschwerde in Strafsachen, der appellationsgerichtliche Entscheid sei aufzuheben und ihm sei die ursprüngliche Busse vom 23. Oktober 2014 zuzustellen, damit er diesen Betrag begleichen könne.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz stellt fest, gemäss Sendungsverfolgung der Post sei der Strafbefehl vom 24. September 2016 (recte: 2015) dem Beschwerdeführer am 8. Oktober 2015 zugestellt worden (Entscheid E. 2.3 S. 3 f.).
Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer mache glaubhaft geltend, die Briefkästen in Portugal seien nicht mit Namen, sondern Wohnungsnummern angeschrieben und der Strafbefehl sowie die Übertretungsanzeige und die Mahnung seien ohne Wohnungsnummer unvollständig adressiert gewesen. Wie es sich mit der Zustellung des Strafbefehls im Einzelnen verhalte und wie die Zustellanzeige gemäss Sendungsverfolgung der Post zustande gekommen sei, könne offenbleiben. Der Beschwerdeführer selber gebe an, den Strafbefehl am 22. Dezember 2015 zufällig im Eingangsbereich des Wohngebäudes seiner Eltern in Portugal gefunden zu haben. Somit sei erstellt, dass er ab diesem Zeitpunkt im Besitz des Strafbefehls war, weshalb dieses Datum als Zustelldatum gelte (Entscheid E. 2.4 S. 4).
1.2. Der Beschwerdeführer wendet gegen den vorinstanzlichen Entscheid ein, er habe bis am 18. Januar 2016 "weder von der Polizei, noch von der Auto-Vermietung, noch vom Gericht des Kantons Basel-Stadt eine offizielle Korrespondenz erhalten". Nie bekommen habe er insbesondere die ursprüngliche Busse vom 23. Oktober 2014, die Übertretungsanzeige vom 5. Februar 2015 und die Zahlungserinnerung vom 9. April 2015. Das "Schriftstück vom 24. September 2015 vom Gericht des Kantons Basel-Stadt" habe er erst während seiner Weihnachtsferien in Portugal am 22. Dezember 2015 per Zufall im Eingang des Wohngebäudes seiner Eltern gesehen. Die Korrespondenz der Polizei Basel-Stadt und des Gerichts Basel-Stadt sei nie zugestellt worden, weil die Adresse unvollständig gewesen sei.
1.3. Gegen einen Strafbefehl kann bei der Staatsanwaltschaft innert 10 Tagen schriftlich Einsprache erhoben werden (Art. 354 Abs. 1 StPO). Fristen, die durch eine Mitteilung oder den Eintritt eines Ereignisses ausgelöst werden, beginnen am folgenden Tag zu laufen (Art. 90 Abs. 1 StPO). Fällt der letzte Tag der Frist auf einen Samstag, einen Sonntag oder einen vom Bundesrecht oder vom kantonalen Recht anerkannten Feiertag, so endet sie am nächstfolgenden Werktag. Massgebend ist das Recht des Kantons, in dem die Partei oder ihr Rechtsbeistand den Wohnsitz oder den Sitz hat (Art. 90 Abs. 2 StPO).
1.4. Gemäss Sendungsverfolgung der Post wurde der Strafbefehl vom 24. September 2015 am 8. Oktober 2015 zugestellt. Demgegenüber gibt der Beschwerdeführer an, den Strafbefehl am 22. Dezember 2015 zufällig im Eingangsbereich des Wohngebäudes seiner Eltern in Portugal gefunden zu haben. Was die Zustellung des Strafbefehls betrifft, stellt die Vorinstanz nicht auf den 8. Oktober 2015 gemäss Sendungsverfolgung ab, sondern geht zu Gunsten des Beschwerdeführers vom 22. Dezember 2015 aus, an dem er den Strafbefehl gefunden habe. Die Vorinstanz erwägt zu Recht, die Einsprachefrist habe am 23. Dezember 2015 begonnen und unter Berücksichtigung des Feiertags am 1. Januar 2016 und des Wochenendes vom 2. und 3. Januar 2016 am Montag, den 4. Januar 2016, geendet.
Es ist unbestritten, dass die Einsprache des Beschwerdeführers auf den 7. Januar 2016 datiert. Gemäss Poststempel wurde sie der Schweizerischen Post am 11. Januar 2016 übergeben. Die Vorinstanz schliesst daraus zu Recht, dass die Einsprache verspätet erfolgte. Der Beschwerdeführer hätte die Einsprache gegen den Strafbefehl spätestens am 4. Januar 2016 bei der Strafbehörde abgeben oder zu deren Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben müssen (Art. 91 Abs. 2 StPO; vgl. zur elektronischen Einreichung Art. 91 Abs. 3 StPO). Die Frist wäre selbst dann gewahrt gewesen, wenn er die Eingabe rechtzeitig bei einer nicht zuständigen schweizerischen Behörde eingereicht hätte (Art. 91 Abs. 4 Satz 1 StPO).
Der Beschwerdeführer geht fehl, wenn er behauptet, er habe den Strafbefehl "nicht offiziell bekommen", oder wenn er vorträgt, die Vorinstanz erwäge zu Unrecht, dass er "den Widerspruch innerhalb der förmlichen Frist hätte zustellen müssen und können". Auch kann entgegen seinen Vorbringen nicht gesagt werden, dass das Bestehen auf der Einsprachefrist "dem Grundsatz der Gleichheit und des Verteidigung-Prinzips der schweizerischen Bundesverfassung" widerspreche.
2.
2.1. Hat eine Partei eine Frist versäumt und würde ihr daraus ein erheblicher und unersetzlicher Rechtsverlust erwachsen, so kann sie die Wiederherstellung der Frist verlangen; dabei hat sie glaubhaft zu machen, dass sie an der Säumnis kein Verschulden trifft (Art. 94 Abs. 1 StPO). Das Gesuch ist innert 30 Tagen nach Wegfall des Säumnisgrundes schriftlich und begründet bei der Behörde zu stellen, bei welcher die versäumte Verfahrenshandlung hätte vorgenommen werden sollen. Innert der gleichen Frist muss die versäumte Verfahrenshandlung nachgeholt werden (Art. 94 Abs. 2 StPO).
2.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe trotz des entsprechenden Hinweises in der verfahrensleitenden Verfügung vom 1. Februar 2016 keine entschuldbaren Gründe für seine Säumnis angegeben. In der ergänzenden Beschwerdebegründung vom 4. Februar 2016 erwähne er mit keinem Wort, warum er die Einsprache nicht innert der zehntägigen Frist seit dem 22. Dezember 2015 eingereicht habe. Erst in der Replik habe er erklärt, ein früheres Tätigwerden sei ihm unmöglich gewesen, da er erst am 5. Januar 2016 von einer Urlaubsreise in die Schweiz zurückgekehrt sei. Dieses Vorbringen qualifiziert die Vorinstanz als verspätet. Überdies erwägt sie, es stellte ohnehin keinen entschuldbaren Grund für die Fristsäumnis dar. Für eine Wiederherstellung der Frist werde klar unverschuldete Säumnis verlangt. Jedes noch so geringe Verschulden schliesse die Wiederherstellung der Frist aus. Dem Beschwerdeführer sei aufgrund der Rechtsmittelbelehrung auf dem Strafbefehl bekannt gewesen, dass er seine Einsprache spätestens am letzten Tag der Frist der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben muss. Es sei ihm ohne weiteres möglich und zumutbar gewesen, seine Einsprache fristgerecht beim schweizerischen Konsulat in Porto einzureichen. Dieses sei nur rund 10 km vom Wohnort seiner Eltern entfernt. Dass er dies nicht getan habe, sondern mit der Einsprache sogar nach seiner Rückkehr in die Schweiz noch fünf Tage zugewartet habe, sei ihm als Verschulden anzurechnen (Entscheid E. 2.6 S. 4 f.).
2.3. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe am 7. Januar 2016 umgehend "Widerspruch" eingelegt. Es sei ihm nicht möglich und zumutbar gewesen, dies beim Konsulat in Porto zu tun. Er habe erst nach seiner Rückkehr in die Schweiz tätig werden können, da alle seine Unterlagen dort gewesen seien. Die Einsprache sei ihm erst nach dem 5. Januar 2016 möglich gewesen.
2.4. Auf allfällige Akten in der Schweiz war der Beschwerdeführer nur schon deshalb nicht angewiesen, weil er die Einsprache nicht begründen musste (Art. 354 Abs. 2 StPO). Überdies erklärt er nicht, weshalb auch nach seiner Rückkehr in die Schweiz mehrere Tage verstrichen, bevor seine Einsprache am 11. Januar 2016 der Schweizerischen Post übergeben wurde.
2.5. Der Beschwerdeführer verweist auf einen anderen Vorfall, der ihm widerfahren sei. Am 26. Oktober 2016, als er am Flughafen Zürich durch die Grenzkontrolle gegangen sei, habe ihm die Grenzpolizei mitgeteilt, dass er eine Strafe des Gerichts Basel-Stadt von Fr. 240.-- nicht bezahlt habe. Nach Prüfung seiner Unterlagen zu Hause einen Tag später habe er beweisen können, dass die ursprüngliche Busse bezahlt worden und das Strafverfahren nicht rechtens gewesen sei. Abgesehen davon, dass es sich um ein unzulässiges Novum handelt (Art. 99 Abs. 1 BGG; vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123; <ref-ruling> E. 5.2.4 S. 229; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.; je mit Hinweisen), kann er daraus nichts für das vorliegende Verfahren ableiten.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Einzelgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. April 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres