Sachverhalt:
A.
Das Geschworenengericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 2. September 2008 wegen vorsätzlicher Tötung, mehrfacher Gefährdung des Lebens, Vergehens gegen das Waffengesetz und grober Verletzung von Verkehrsregeln zu 15 3/4 Jahren Freiheitsstrafe, wovon 1'726 Tage erstanden waren. Das Bundesgericht wies seine Beschwerde in Strafsachen ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6B_899/2009 vom 26. Februar 2010).
X._ befindet sich seit dem 10. Mai 2006 im Strafvollzug. Das ordentliche Strafende fällt auf den 11. September 2019.
B.
Im Hinblick auf den Zweidrittels-Termin am 11. Juni 2014 beauftragte das Amt für Justizvollzug Dr. med. A._ mit einer Begutachtung. Er erstattete ein Aktengutachten vom 16. Januar 2014 (Gutachten). X._ hatte die Mitwirkung verweigert. Das Amt lehnte am 15. April 2014 die bedingte Entlassung ab. Im Rechtsmittelverfahren wiesen die Direktion der Justiz und des Innern seinen Rekurs sowie das Verwaltungsgericht und das Bundesgericht die Beschwerden ab (Urteil 6B_93/2015 vom 19. Mai 2015).
Im Rahmen der jährlichen Überprüfung lehnte das Amt am 15. Juni 2015 die bedingte Entlassung ab. Die Direktion der Justiz und des Innern sowie das Verwaltungsgericht wiesen seine Rechtsmittel ab.
C.
Im Rahmen der jährlichen Überprüfung lehnte das Amt für Justizvollzug am 2. Juni 2016 die bedingte Entlassung erneut ab. Die Direktion der Justiz und des Innern wies am 23. August 2016 den Rekurs ab.
X._ erhob Beschwerde und legte ein Privatgutachten von PD Dr. med. B._ vom 13. Dezember 2016 ins Recht. Das Verwaltungsgericht wies am 21. Dezember 2016 die Beschwerde ab.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Beschwerde gutzuheissen, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben, die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege (und Verbeiständung) zu gewähren.

Erwägungen:
1.
1.1. Beschwerdegegenstand bildet die Rüge, die Vorinstanz verletze mit der Abweisung der beantragten bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug <ref-law>.
Die Vorinstanz stützt sich auf das Gutachten (oben Bst. B), das sich auftragsgemäss mit dem Gerichtsgutachten vom 21. Dezember 2004 auseinandersetzt. Nach dem Gutachten leidet der Beschwerdeführer an einer schweren dissozialen Persönlichkeitsstörung (ICD-10: F60.2) mit einer ausgesprochen hohen Psychopathie. Bei den deliktrelevanten Problembereichen handelt es sich fast ausschliesslich um langfristige und erheblich chronifizierte Persönlichkeitsanteile, die nur sehr schwer veränderbar sind; eine spontane Veränderung ist zudem nicht zu erwarten. Der Gutachter schätzt das Rückfallrisiko für sämtliche Deliktbereiche als sehr hoch ein, insbesondere muss von einer hohen Tötungsbereitschaft ausgegangen werden (Gutachten S. 58).
1.2. Der Beschwerdeführer bringt vor, nach der Vorinstanz sei sein Vollzugsverhalten tadellos, jedoch werde ihm zum Vorwurf gemacht, dass er eine deliktorientierte Therapie ablehne. Sein Verhalten im Vollzug sei jedoch als Gesamtheit und mit Berücksichtigung seiner Entwicklung im Zeitverlauf in die Prognose einzubeziehen (mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2 S. 9). Bei lang andauerndem Strafvollzug werde den Umständen der Tat nur noch eine eingeschränkte Aussagekraft zukommen. Statt dessen gewännen das Verhalten im Vollzug und die augenblicklichen Lebensverhältnisse an Bedeutung.
1.2.1. Dass er die Mitwirkung verweigerte, habe den Gutachter nicht davon dispensiert, aktuelle Informationen über sein Verhalten beizuziehen. Der Gutachter habe kein einziges Gespräch (mit Dritten) geführt. Er habe einzig die Akten ausgewertet. Die Vorinstanz äussere sich in einem einzigen Satz zum neuen Privatgutachten, nämlich, dass dieses nichts ändere. Nach dem Anstaltsbericht vom 18. Juli 2016 habe er sich zu Therapiegesprächen bereit erklärt, dabei aber betont, "dass er sich weiterhin als unschuldig betrachte und deshalb keine deliktorientierte Therapie absolvieren könne" (Beschwerde S. 9).
Die Vorinstanz nehme nicht zur Kenntnis, dass ihm bis zum Entscheid über die Entlassung beim Zweidrittels-Termin niemand erklärt habe, dass er eine Therapie machen solle. Er verweist dazu auf die beiden erwähnten forensischen Gutachten: Tatsächlich führte das Gutachten vom 21. Dezember 2004 (S. 37) aus, dissoziale Persönlichkeitsstörungen in der vorliegenden Art, mit der beim Exploranden vorliegenden Einstellung und mit einer hohen Übereinstimmung mit den Merkmalen des (kriminologischen) Konstrukts der "psychopathy", würden als nahezu nicht behandelbar gelten; es ergäben sich weder eine Therapiefähigkeit noch eine Therapieindikation. Auch nach dem aktuellen Gutachten (S. 60, Ziff. 10) ist mit einer positiven legalprognostischen Beeinflussbarkeit derzeit nicht zu rechnen.
Zudem habe der Fallverantwortliche des Amts für Justizvollzug am 9. Dezember 2013 seinem damaligen Verteidiger auf Anfrage erklärt, dass sich der Einstieg in eine deliktorientierte Therapie derzeit nicht stelle, "da wir noch über keine aktuelle sachverständige Einschätzung bezüglich der Behandelbarkeit" verfügen (Beschwerde S. 9 f.). Der Beschwerdeführer verweist auf das Gutachten (S. 61), das feststellt, die Aussichten für eine die Legalprognose verbessernde Behandlung seien derart gering, dass keine relevante Erfolgsprognose bestehe, und folgert, es dürfe ihm daher nicht vorgeworfen werden, er habe sich nicht freiwillig in eine Therapie begeben (Beschwerde S. 11).
1.2.2. Der Beschwerdeführer begründet, er könne nicht eine Tat aufarbeiten, die er nie begangen habe. Nur durch eine pathologische Anpassungsleistung könnte ein solches Eingeständnis erfolgen. In einem deutschen Kommentar werde die Quote der Fehlurteile auf ein Viertel geschätzt. Das dürfte in der Schweiz nicht völlig anders sein. Sich einer Tataufarbeitung zu unterziehen, bei der er zu einem Geständniszwang verpflichtet wäre, verletze seine Rechte der Persönlichkeit und der Meinungsfreiheit. Es sei sein Recht, sich der Therapie zu verweigern (Beschwerde S. 11). Ferner müsse in Erinnerung gerufen werden, dass eine Deliktaufarbeitung nicht nur in Therapien erfolgen könne. Das würde der Psychiatrie und Psychologie widersprechen. Sein verändertes Verhalten zeige, dass er sich im Strafvollzug mit seinem fehlbaren Verhalten auseinandergesetzt, daraus Lehren gezogen und sich positiv verändert habe. In der Literatur werde es als fehlerhaft bezeichnet, aus fortdauerndem Leugnen der Tat auf eine schlechte Prognose zu schliessen, denn die könne auch prognostisch indifferente Gründe haben (Beschwerde S. 12 f.).
1.2.3. Er wendet abschliessend ein, nach dem Privatgutachten würde das Vollzugsverhalten eine bedingte Entlassung rechtfertigen. Die vorinstanzliche Kritik an der Einreichung des Privatgutachtens nach der verweigerten Mitwirkung beim Gerichtsgutachten sei unbegründet. Er habe ein solches angesichts der vorliegenden Akten nicht für notwendig erachtet. Die Vorinstanz weigere sich zu Unrecht, den Entscheid unter Beachtung des aktuellen Privatgutachtens zu fällen, und verletze damit das rechtliche Gehör (Beschwerde S. 15 f.).
1.3. Zu den Voraussetzungen der bedingten Entlassung gemäss <ref-law> unter den Bedingungen der Würdigung eines Gutachtens ist auf das den Beschwerdeführer betreffende bundesgerichtliche Urteil 6B_93/2015 E. 4 (oben Bst. B) zunächst zu verweisen.
In diesem Urteil hat sich das Bundesgericht bereits mit dem Gutachten vom 21. Dezember 2004 sowie dem massgebenden Gutachten vom 16. Januar 2014 auseinandergesetzt, insbesondere mit der Frage einer auf Akten gestützten Begutachtung (Urteil 6B_93/2015 E. 5.2). Darauf ist nicht zurückzukommen. Zum Stellenwert von Privatgutachten, d.h. von Parteigutachten, sind die Ausführungen in <ref-ruling> E. 6.2 zu beachten. Danach kommt einem Parteigutachten lediglich (aber immerhin) die Bedeutung einer der freien Beweiswürdigung unterliegenden Parteibehauptung zu bzw. eines Bestandteils der Parteivorbringen, nicht die Qualität eines Beweismittels; da dem Parteiinteresse günstige Privatgutachten eingereicht werden, sind diese mit Zurückhaltung zu würdigen.
1.4. Der Entscheid über die bedingte Entlassung des Beschwerdeführers hängt weiterhin davon ab, ob ihm eine günstige Prognose im Sinne von <ref-law> gestellt werden kann (vgl. bereits Urteil 6B_93/2015 E. 5.1 sowie <ref-ruling> E. 3.2 S. 205 f.).
Die bedingte Entlassung stellt die vierte und letzte Stufe des Strafvollzuges dar und bildet die Regel, von der nur aus guten Gründen abgewichen werden darf. In dieser Stufe soll der Entlassene den Umgang mit der Freiheit erlernen, was nur in Freiheit möglich ist. Diesem rein spezialpräventiven Zweck stehen die Schutzbedürfnisse der Allgemeinheit gegenüber, welchen umso höheres Gewicht beizumessen ist, je hochwertiger die gefährdeten Rechtsgüter sind. Die Prognose über das künftige Wohlverhalten ist in einer Gesamtwürdigung zu erstellen, welche nebst dem Vorleben, der Persönlichkeit und dem Verhalten des Täters während des Strafvollzugs vor allem dessen neuere Einstellung zu seinen Taten, seine allfällige Besserung und die nach der Entlassung zu erwartenden Lebensverhältnisse berücksichtigt. Dabei steht der zuständigen Behörde ein Ermessensspielraum zu. Das Bundesgericht greift in die Beurteilung der Bewährungsaussicht nur ein, wenn sie ihr Ermessen über- oder unterschritten oder missbraucht und damit Bundesrecht verletzt hat (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 2).
1.5.
1.5.1. Der Beschwerdeführer beruft sich auf ein tadelloses Verhalten im Strafvollzug. Wie bereits im Urteil 6B_93/2015 E. 5.3 ausgeführt, reicht ein solches Verhalten für die positive Legalprognose nicht aus. Unbehelflich ist der Hinweis auf <ref-ruling> (oben E. 1.2), wo in E. 1a/aa die Frage aufgeworfen wird, ob es sich dabei überhaupt um ein selbständiges Kriterium handelt und nicht (bloss) um ein einfaches zusätzliches Element ("un simple élément supplémentaire"), das bei der Gesamtwürdigung zu berücksichtigen ist (<ref-ruling> E. 2 S. 9).
1.5.2. Der Beschwerdeführer behauptet günstige Lebensverhältnisse bei seiner Familie in Kosovo (Beschwerde S. 6), was er nicht belegt (bereits Urteil 6B_93/2015 E. 5.7). Nach dem Gutachten war bei ihm eine Motivation zu geregelter Arbeit in Freiheit bisher nur kurzfristig feststellbar; der soziale Empfangsraum bei Lockerungen erweist sich als kritisch, da Familienmitglieder delinquierten; die Eltern unterstützten seine ablehnende Haltung zu Massnahmen und Therapie; ein prosoziales Umfeld liess sich nicht feststellen (Gutachten S. 52 f.). Von günstigen Umständen kann insoweit nicht die Rede sein.
1.5.3. Das Strafurteil vom 4. Dezember 2000 ist (anders als noch im Urteil 6B_93/2015 E. 5.4) dem Beschwerdeführer nicht mehr entgegenzuhalten (Art. 369 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 7 StGB). Medizinische Sachverständige dürfen jedoch relevante Vorstrafen in ihrer Begutachtung nicht ausblenden und haben frühere Begutachtungen zu berücksichtigen. Zwischen medizinischer Realprognose und juristischer Legalprognose ist zu differenzieren. Die Realprognose hat die Rückfallgefahr in Berücksichtigung des gesamten Vorlebens wiederzugeben, während die Legalprognose im Sinne von <ref-law> ("und nicht anzunehmen ist, er werde weitere Verbrechen oder Vergehen begehen") als Rechtsfrage gerichtlich zu beurteilen ist. Aus dem Gutachten muss hervorgehen, inwiefern die frühere (aus dem Strafregister entfernte) mit der jüngeren (nicht entfernten) Delinquenz im Zusammenhang steht (Konnexität) und wie sich die aus dem Strafregister entfernten Taten noch realprognostisch auswirken (Relevanz) (<ref-ruling> E. 2.5 S. 92 f.; Urteile 6B_229/2017 vom 20. April 2017 E. 3.4.2 und 6B_1339/2016 vom 23. März 2017 E. 1.1.3).
Der Gutachter setzt sich mit der bisherigen Kriminalitätsentwicklung (und der fahrlässigen Tötung; Gutachten S. 44) auseinander. Er bewertet die Kriminalitätsentwicklung ausgesprochen kritisch. Mittlerweile gebe es aus diesen Straftaten zwei tote Opfer. Es ergäben sich allein für die erhebliche Gewaltbereitschaft drei klar von einander abgrenzbare Deliktmechanismen: strategische (kalte) Gewalt (Anlassdelikte), impulsive Gewalt (Schlägerei im Spielsalon) und "Kollateralschäden" (tote Schwester beim Autounfall, Schussabgabe beim Anlassdelikt) (Gutachten S. 50).
Angesichts der mit der psychischen Störung zusammenhängenden Delinquenz und der vorsätzlichen Tötung ist den Schutzbedürfnissen der Allgemeinheit umso höheres Gewicht beizumessen.
1.5.4. Wie der Beschwerdeführer vorbringt (oben E. 1.2.2) und bereits das Urteil 6B_93/2015 E. 5.6 festhielt, spricht die Leugnung von Straftaten nicht schon ohne Weiteres gegen eine bedingte Entlassung. Das ist hier nicht der entscheidende Punkt. Vielmehr ist dies die durch das psychische Störungsbild bedingte hochgradige Rückfallgefahr.
Therapiearbeit im Strafvollzug liegt nicht im Belieben des Insassen. Dieser ist vollzugsrechtlich dazu verpflichtet (Urteil 6B_93/2015 E. 5.6). Die Weigerung, an Resozialisierungsmassnahmen "aktiv mitzuwirken" (<ref-law>), ist als negatives Prognoseelement zu gewichten. Angesichts des psychiatrischen Befunds lässt sich nicht annehmen, der Beschwerdeführer hätte sich im Vollzug ohne professionelle Hilfe spontan therapieren können (oben E. 1.2.2). Der Entlassungsentscheid hat die konkrete Sachlage zu beurteilen.
1.5.5. Der Beschwerdeführer verweigerte eine deliktorientierte Therapie und bringt entlastend vor, die Gutachter hätten eine Therapieindikation und Beeinflussbarkeit verneint. Ihm sei nicht vorzuwerfen, er habe sich nicht freiwillig in eine Therapie begeben (oben E. 1.2.1).
Gemäss den Vollzugsgrundsätzen sind die Menschenwürde des Gefangenen zu achten (<ref-law>) und dessen Betreuung zu gewährleisten (<ref-law>). Der Gefangene hat bei den Sozialisierungsbemühungen und Entlassungsvorbereitungen aktiv mitzuwirken (<ref-law>). Dieses Konzept bedeutet, dass der Gefangene nicht a priori als nicht behandelbar ("incurable") erklärt wird, sondern ihm auch eine notwendige Betreuung angeboten wird (vgl. Urteil 6B_1203/2016 vom 16. Februar 2017 E. 4 mit Hinweisen).
Die eingeschränkte Therapieindikation ist an sich den diagnostizierten psychischen Störungen inhärent. Der Beschwerdeführer mit Jahrgang 1979 verharrt jedoch bewusst in einer Abwehrhaltung. Er delinquiert seit Beginn des Aufenthalts in der Schweiz als Zwölfjähriger. Schnell wurden erhebliche Gewaltbereitschaft und fehlende Empathie deutlich (Gutachten S. 40). Die mit einem Geständniszwang begründete Verweigerung (oben E. 1.2.2) einer jeden deliktorientierten Therapie geht an dieser Lebenswirklichkeit vorbei. Die beiden Gerichtsgutachten sind ihm längst bekannt. Angesichts der nicht bestreitbaren kriminellen Karriere mit dramatischer Deliktprogredienz greift es zu kurz, eine "deliktorientierte" Therapiearbeit mit dem (so ist anzunehmen) geleugneten vorsätzlichen Tötungsdelikt zurückweisen zu wollen. Die Therapieproblematik wird - ungeachtet des Krankheitsanteils - bewusst inszeniert. Es ist ebenso unbegründet wie unbehelflich, dem Gutachter fehlende Informationsbeschaffung vorzuwerfen. Auf den Beschwerdeführer selber kommt es an.
1.5.6. Der Beschwerdeführer beruft sich auf das Privatgutachten.
Der Privatgutachter führt aus, er könne keine klinisch relevanten psychopathologischen Auffälligkeiten feststellen; die negativen Seiten seiner Vergangenheit, vor allem sein eigenes, sich in Deliktserien manifestierendes Fehlverhalten, blende der Beschwerdeführer aus und versteife sich aber doch ganz auf sein Bestreben, eine integre und moralisch einwandfreie Lebenshaltung an den Tag zu legen (S. 16); aus den Akten ergäben sich keine Hinweise, dass die Diagnose dissoziale Persönlichkeitsstörung (ICD-10:F60.2) in Zweifel zu ziehen sei; die Diagnose stütze sich vor allem auf die Verhaltensstörungen seit dem 13. Lebensjahr, nämlich die Serie von Straftaten, Missachtung sozialer Normen, Regeln und Verpflichtungen (so wie dies im ICD-10 definiert sei); grundsätzlich bestünde bei dieser Diagnose eine Neigung zu immer wiederkehrenden Rückfällen und Chronifizierung; das tadellose Vollzugsverhalten würde eher gegen die Diagnose sprechen, eine mögliche Erklärung liege aber darin, dass er unter strenger engmaschiger Verhaltenskontrolle eines Haftregimes sich angepasst und diszipliniert zu benehmen vermöge und bei freizügigen Verhältnissen überfordert sei (S. 18); es sei anzunehmen, dass man es hier mit einem schweren "Krankheitsfall" zu tun habe, "der aus medizinischer Sicht behandelt werden müsste, um ein Delikt von jener Art zu verhüten, für welches der Expl. verurteilt worden ist (Tötungsdelikt) " (S. 19); er mache von seinem Recht Gebrauch, die Tat zu bestreiten, was bei einer deliktorientierten Therapie psychiatrie-ethische Fragen aufwerfe; seine einwandfreie Verhaltensleistung über Jahre wäre aber bei einer Persönlichkeit mit schwerer dissozialer Störung, mit starken impulsiven, aggressiven und egozentrischen Neigungen, kaum zu erbringen (S. 19); sein Verhalten im Strafvollzug rechtfertige eine bedingte Entlassung (S. 21).
Das Verhalten im Strafvollzug kann eine bedingte Entlassung nicht rechtfertigen (oben E. 1.5.1). Entscheidend ist die Legalprognose gemäss <ref-law>. Das ist Rechtsfrage, und die lässt sich auch angesichts des Privatgutachtens nicht bejahen. Dieses ist nicht geeignet, Zweifel an der Stringenz des Gutachtens aufkommen zu lassen. Die Vorinstanz geht daher willkürfrei davon aus, das Privatgutachten ändere nichts (Urteil S. 11, wo zudem auf die Würdigung eines früheren Privatgutachtens verwiesen wird). Das Privatgutachten vermag das gerichtspsychiatrische Gutachten nicht zu erschüttern (oben E. 1.3; <ref-ruling> E. 6.2 S. 374).
1.6. Nach der Vorinstanz sprach sich der Beschwerdeführer seit seinem Eintritt in die Strafanstalt im Oktober 2012 vehement gegen eine Therapie aus und lehnte sowohl sozialarbeiterische Gespräche als auch eine Deliktbearbeitung mit den Therapeuten kategorisch ab (Urteil S. 10). Der Beschwerdeführer verhielt sich im Vollzug tadellos, was denn auch als positiv zu werten ist. Zu einer Bearbeitung der seit seiner frühen Jugend virulenten kriminogenen psychischen Verfassung liess er sich nicht motivieren. In seiner Anhörung vom 23. Mai 2016 führte der Beschwerdeführer aus, wie er im Gutachten beschrieben werde, passe nicht zu seinem Leben. Bis zum Zweidrittels-Termin habe niemand gesagt, dass er Gespräche führen bzw. eine Therapie machen solle; er könne sich auch heute nicht vorstellen, Gespräche zu führen (Urteil S. 11). Wie der Privatgutachter feststellt, versteift er sich - kontrafaktisch - ganz auf eine integre und moralisch einwandfreie Lebenshaltung (oben E. 1.5.6) und blendet damit die mit der psychischen Störung zusammenhängende schwere kriminelle Problematik aus. Die Verweigerung der bedingten Entlassung verletzt kein Bundesrecht (oben E. 1.1, 1.4).
2.
Der Beschwerdeführer kritisiert die vorinstanzliche Erwägung (Urteil S. 12 ff.) zur Einlegung des Privatgutachtens (oben E. 1.2.3).
2.1. Die Vorinstanz führt aus, neue Beweismittel könnten vorgebracht werden, mithin auch das Privatgutachten, das wegen der Mitwirkung des Beschwerdeführers an sich aussagekräftiger sei. Es gehe aber nicht an, die Mitwirkung zum Gerichtsgutachten zu verweigern und in einem späteren Verfahrensstadium ein Privatgutachten vorzulegen. Anschliessend stellt die Vorinstanz sich die Frage, ob das Privatgutachten nicht als neues Gesuch um bedingte Entlassung zu verstehen wäre. Der "Beschwerdegegner" - nach dem vorinstanzlichen Rubrum der Justizvollzug Kanton Zürich - werde "demnach zu entscheiden haben, ob darin ein erneuter Antrag auf bedingte Entlassung oder mindestens auf Begutachtung zu erkennen ist und über das weitere Vorgehen zu entscheiden haben" (Urteil S. 14).
2.2. Das ist nicht nachvollziehbar. Der Beschwerdeführer legte ein Parteigutachten zur Fundierung seiner kantonalen Beschwerde ins Recht. Das war ihm unbenommen. Die Vorinstanz hatte das Privatgutachten nach dem einschlägigen Prozessrecht einzuordnen und zu würdigen. Sie nimmt das Privatgutachten zur Kenntnis und schliesst, es ändere nichts (Urteil S. 11). Die wenn auch knappe Würdigung erweist sich im Ergebnis (<ref-law>) als haltbar (<ref-ruling> E. 5.4, 369 E. 6.3) und verletzt kein Gehörsrecht (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1.3.1). Das Privatgutachten konnte das Gerichtsgutachten nicht in Zweifel ziehen oder gar erschüttern (oben E. 1.5.6). Eine weitere Rechtsfolge des Privatgutachtens ist nicht ersichtlich.
2.3. Das Urteilsdispositiv Ziff. 1 Satz 2 ("Mit Bezug auf das ins Recht gelegte private Gutachten wird der Beschwerdegegner im Sinne der Erwägungen über das weitere Vorgehen zu entscheiden haben.") ist ersatzlos aufzuheben.
3.
Das Urteilsdispositiv ist in einem für den Ausgang dieses Verfahrens nicht relevanten Punkt zu korrigieren und insoweit aufzuheben (oben E. 2.3). Im Ergebnis ist die Beschwerde abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsbegehrens abzuweisen (<ref-law>; <ref-law>). Dem Beschwerdeführer sind herabgesetzte Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Ziff. 1 Satz 2 des Dispositivs des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Dezember 2016 wird aufgehoben.
3.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4.
Dem Beschwerdeführer werden die Kosten von Fr. 1'200.-- auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw