Sachverhalt:
A.
Die 1966 geborene A._ bezog vom 1. September bis 30. November 2008 eine Dreiviertelsrente und vom 1. Dezember 2008 bis 31. August 2009 eine halbe Rente der Invalidenversicherung (Verfügung vom 29. Dezember 2010). Am 14. Juli 2013 meldete sich A._ erneut bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle tätigte medizinische und berufliche Abklärungen und liess insbesondere von der ABI (Ärztliches Begutachtungs-Institut GmbH) ein polydisziplinäres Gutachten erstellen, welches am 10. November 2014 erstattet wurde. Vom 13. Oktober 2014 bis zum 5. Juni 2015 unterzog sich die Versicherte in der Klinik B._ einer teilstationären psychiatrischen Behandlung (Austrittsbericht vom 29. Mai 2015). Als Massnahme der Frühintervention übernahm die IV-Stelle die Kosten für die Weiterbildung zur Arzt- und Spitalsekretärin, welche die Versicherte vom 17. August 2015 bis 9. August 2016 absolvierte. Am 22. und 28. September 2015 wurde die Versicherte psychiatrisch begutachtet (Gutachten Dr. med. C._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 16. November 2015). Mit Mitteilung vom 4. Januar 2016 wurde ihr Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmassnahmen gewährt. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach ihr die IV-Stelle mit Verfügung vom 1. September 2016 eine Dreiviertelsrente vom 1. Januar bis 31. Dezember 2014 und eine befristete ganze Rente vom 1. Januar bis 30. September 2015 zu.
B.
Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 4. Januar 2017 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, es sei ihr in Aufhebung des angefochtenen Entscheides ab dem 1. Januar 2014 rückwirkend eine ganze Rente auszurichten; eventualiter sei ihr vom 1. Januar 2014 bis 30. September 2015 eine ganze Rente und ab 1. Oktober 2015 eine unbefristete Viertelsrente auszurichten; subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Einholung eines multidisziplinären Obergutachtens zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren beanstandeten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen sowie die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes beziehungsweise der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten. Die aufgrund dieser Berichte gerichtlich festgestellte Gesundheitslage beziehungsweise Arbeitsfähigkeit und die konkrete Beweiswürdigung sind Sachverhaltsfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 f.; Urteil 9C_204/2009 vom 6. Juli 2009 E. 4.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164).
2.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Begriffe der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
Strittig ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, als sie einen weitergehenden, insbesondere über den 30. September 2015 hinausgehenden Rentenanspruch der Versicherten verneinte. Zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht auf die vorhandenen medizinischen Grundlagen zwecks Beurteilung der Invalidität abstellen durfte und ob der Einkommensvergleich korrekt durchgeführt wurde.
4.
4.1. Das kantonale Gericht stellte im Wesentlichen gestützt auf das psychiatrische Gutachten von Dr. med. C._ vom 16. November 2015 fest, die Versicherte sei in psychischer Hinsicht in ihrer angestammten Tätigkeit als Pflegefachfrau - wegen der damit verbundenen zeitweiligen Führungsaufgaben - zu 30 % in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt, in angepassten Tätigkeiten ohne Vorgesetztenfunktion aber voll arbeitsfähig. In somatischer Hinsicht bestehe gemäss der Einschätzung der ABI-Gutachter vom 10. November 2014 in der angestammten Tätigkeit eine 50%ige Arbeitsfähigkeit; für körperlich leichte bis intermittierend mittelschwere, wechselbelastende berufliche Tätigkeiten ohne die Notwendigkeit von Überkopfarbeiten und ohne regelmässiges Heben, Stossen, Ziehen und Tragen von Lasten über Taille grösser als 10 bis 15 kg und mit der Möglichkeit von regelmässigen Positionswechseln in Bezug auf das Achsenskelett bestehe aus rheumatologischer Sicht keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit.
4.2.
4.2.1. Die Beschwerdeführerin rügt in medizinisch-psychiatrischer Hinsicht, dass sich die Vorinstanz für die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit einzig auf das monodisziplinäre psychiatrische Gutachten von Dr. med. C._ vom 16. November 2015 stütze. Die Schlussfolgerungen dieses Gutachtens stünden aber im Widerspruch zu den Ergebnissen des ABI-Gutachtens vom 10. November 2014, welches aus psychiatrischer Sicht für Tätigkeiten, welche keine hohen Anforderungen an die Konzentrationsfähigkeit stellen und in überschaubarem Rahmen durchgeführt werden können, eine Arbeitsfähigkeit von 50 % festlege. Weil der Aufenthalt in der Klinik B._ vom 13. Oktober 2014 bis zum 5. Juni 2015 gemäss den beiden Berichten dieser Klinik nicht zu einer wesentlichen Besserung des Gesundheitszustandes der Versicherten geführt habe, sei der Schluss des psychiatrischen Gutachters Dr. med. C._, in einer angepassten Tätigkeit bestehe ein 100%ige Arbeitsfähigkeit, nicht nachvollziehbar.
4.2.2. Einem ärztlichen Bericht kommt Beweiswert zu, wenn er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und der medizinischen Situation einleuchtet und wenn die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Eine abweichende fachärztliche Beurteilung allein genügt nicht, um den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens entscheidend zu mindern. Weiter kommt es im Rahmen der Invaliditätsbemessung jedenfalls im psychiatrischen Kontext grundsätzlich nicht auf die Diagnose, sondern einzig darauf an, welche Auswirkungen eine Erkrankung auf die Arbeitsfähigkeit hat. Massgebend ist in erster Linie der psychopathologische Befund und der Schweregrad der Symptomatik (SVR 2017 IV Nr. 5 S. 10, 9C_634/2015 E. 6.1 mit Hinweisen). Schliesslich kann die psychiatrische Begutachtung von der Natur der Sache her nicht ermessensfrei erfolgen; sie eröffnet der sachverständigen Person deshalb praktisch immer einen gewissen Spielraum, innerhalb welchem verschiedene Interpretationen möglich, zulässig und im Rahmen einer Exploration lege artis zu respektieren sind (vgl. statt vieler Urteil 9C_353/2015 vom 24. November 2015 E. 4.1).
4.2.3. Das kantonale Gericht begründet ausführlich und nachvollziehbar, weshalb es dem psychiatrischen Gutachten von Dr. med. C._ Beweiswert zuerkennt. Es weist unter anderem zu Recht darauf hin, dass der psychiatrische Gutachter des ABI, welcher eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit feststellte, im damaligen Zeitpunkt eine rezidivierende depressive Störung mittelgradiger Ausprägung diagnostizierte, welche als wesentlicher Grund für die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit angeführt worden war. Dr. med. C._ konnte seinerseits nur noch die Diagnose einer gegenwärtig remittierten rezidivierenden depressiven Störung stellen, was eine unterschiedliche Einschätzung der Arbeitsfähigkeit erklärt. Das kantonale Gericht weist in diesem Zusammenhang auch daraufhin, dass die Ärzte der Klinik B._ im Austrittsbericht von einer leichten Episode der depressiven Störung ausgehen, was für die Annahme einer Besserung des psychischen Gesundheitszustandes zwischen dem Zeitpunkt der ABI-Begutachtung und der Begutachtung durch Dr. med. C._ spricht. Eine solche durfte denn auch erwartet werden, hatte sich doch die Versicherte der von den ABI-Gutachtern empfohlenen halbstationären Therapie unterzogen, welche eine gewisse Wirkung zeigte, ohne allerdings zu einer vollständigen Genesung zu führen. Auch auf die Auswirkungen der kombinierten Persönlichkeitsstörung mit ängstlich-vermeidenden und abhängigen Zügen (ICD-10: F61), welche sowohl von den beiden begutachtenden wie auch von den behandelnden Psychiatern diagnostiziert wurde, ist der Gutachter eingegangen; er hat sich dabei mit den teilweise abweichenden Auffassungen des ABI-Gutachters und der behandelnden Psychiater auseinandergesetzt, indem er darauf hinwies, dass sich die Persönlichkeitsstörung vor allem zusammen mit der früher diagnostizierten, mittlerweile remittierten depressiven Störung auf die Arbeitsfähigkeit auswirke. Der Gutachter hat damit die Abweichung zu früheren psychiatrischen Begutachtungen, welche eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit nicht nur bei der Übernahme von Führungsaufgaben, sondern allgemein bei beruflichen Anforderungen in sozialer Hinsicht oder bezüglich Konzentrationsfähigkeit annehmen, hinreichend erklärt. Das kantonale Gericht wies in diesem Zusammenhang zudem zu Recht darauf hin, dass die Beschwerdeführerin trotz der seit Kindheit bestehenden Persönlichkeitsstörung frühere Ausbildungen zur Kinderpflegerin und zur diplomierten Pflegefachfrau erfolgreich absolvieren konnte und in jüngster Vergangenheit die Weiterbildung/Umschulung zur diplomierten Arzt- und Spitalsekretärin ebenfalls sehr erfolgreich abschloss. Indem das kantonale Gericht dem Gutachten von Dr. med. C._ Beweiswert zuerkannte und gestützt darauf von einer vollen Arbeitsfähigkeit der Versicherten in einer angepassten Tätigkeit ausging, hat es weder Bundesrecht verletzt noch eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen.
4.3. Die Beschwerdeführerin beanstandet zu Recht nicht, dass das kantonale Gericht zur Beurteilung der somatischen Leiden der Versicherten auf das ABI-Gutachten abstellte. Sie verlangt aber im Subeventualstandpunkt die Einholung eines multidisziplinären Obergutachtens, ohne allerdings darzulegen, inwiefern das ABI-Gutachten keine taugliche Grundlage für die Beurteilung ihres Gesundheitszustandes mehr bilden würde. Sie weist lediglich daraufhin, dass es Zweck eines interdisziplinären Gutachtens sei, alle relevanten gesundheitlichen Beeinträchtigungen zu erfassen und die Einschränkungen der Arbeitsfähigkeit in ein Gesamtergebnis zu fassen. Sie scheint daraus zu folgern, dass die Schlussfolgerungen des multidisziplinären ABI-Gutachtens vom 10. November 2014 nur durch ein neues multidisziplinäres Gutachten überprüft werden könnten. Dem kann nicht gefolgt werden. Gemäss dem somatischen Teil des ABI-Gutachtens (Rheumatologie, Neurologie) besteht aus somatischer Hinsicht in einer angepassten Tätigkeit keine Einschränkung der Arbeits- und Leistungsfähigkeit. Eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit nahmen die ABI-Gutachter in angepassten Tätigkeiten nur aus psychischen Gründen an; bei dieser Sachlage durfte sich die IV-Stelle bei der ergänzenden Abklärung des Sachverhaltes nach durchgeführter psychiatrischer Behandlung auf eine psychiatrische Begutachtung beschränken. Da von zusätzlichen beweisrechtlichen Massnahmen - wie eben der beantragten Einholung eines "multidisziplinären Obergutachtens" - keine neuen entscheidwesentlichen Aufschlüsse zu erwarten sind, kann und konnte auf weitergehende Erhebungen verzichtet werden (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweis). Ein vorinstanzlicher Verstoss gegen den Untersuchungsgrundsatz liegt entgegen der Betrachtungsweise der Beschwerdeführerin damit nicht vor.
5.
Streitig ist im Weiteren im Zusammenhang mit der Ermittlung des Invaliditätsgrades und dem dabei vorzunehmenden Einkommensvergleich einerseits die Höhe des Valideneinkommens und anderseits die Frage, ob vom herangezogenen Invaliden- (Tabellen-) Lohn ein Leidensabzug vorzunehmen ist. Beim ersten Punkt (Valideneinkommen) handelt es sich um eine Tatfrage, da ihm eine konkrete Beweiswürdigung zu Grunde liegt (vgl. statt vieler: Urteil 8C_868/2013 vom 27. Juni 2014 E. 5.1.3). Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt - im Rahmen des in E. 1 vorne Gesagten - eine vom Bundesgericht frei zu überprüfende Rechtsfrage dar (Urteile 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4, nicht publ. in: <ref-ruling>; 9C_898/2015 vom 7. April 2016 E. 3.1 in fine). Dagegen ist die Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzugs eine Ermessensfrage und daher letztinstanzlich nur bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung korrigierbar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_477/2016 vom 23. November 2016 E. 4.1).
5.1. Die Vorinstanz ermittelte das Valideneinkommen anhand der Lohnangaben im Fragebogen für Arbeitgebende. Gemäss den Angaben der Institution D._, bei welcher die Versicherte als Betreuerin bis Ende Mai 2013 angestellt war, erzielte sie im Jahre 2013 ein Einkommen von Fr. 80'665.-. Unter Berücksichtigung der Lohnentwicklung von 0,8 % ergibt sich für das Jahr 2014 (Rentenbeginn) das von der Vorinstanz errechnete Valideneinkommen von Fr. 81'310.-. Die Beschwerdeführerin geht demgegenüber in Übereinstimmung mit der Beschwerdegegnerin von einem Valideneinkommen für das Jahr 2014 von Fr. 83'797.- aus. Die Differenz rührt daher, dass die Beschwerdegegnerin und mit ihr die Beschwerdeführerin vom IK-Auszug ausgehen, welcher ein Einkommen für das Jahr 2012 von Fr. 82'554.- ausweist. Die IV-Stelle begründet in ihrer Verfügung das Abstellen auf den IK-Auszug und das Abweichen von den Angaben im Arbeitgeberfragebogen damit, dass die Beschwerdeführerin neben dem im Fragebogen genannten Lohn von Fr. 80'665.- noch Pikettzulagen in wechselnder Höhe erhalten habe. Auf welcher Grundlage das Valideneinkommen zu berechnen ist, kann letztlich offen bleiben. Auch wenn man nämlich der Berechnungsweise der IV-Stelle folgt, führt dies nicht zu einer rentenwirksamen Änderung des Invaliditätsgrades. Die IV-Stelle errechnete - insofern unbestritten - für die Phase der 50%igen Arbeitsfähigkeit der Versicherten in einer angepassten Tätigkeit einen IV-Grad von 68,8 beziehungsweise 69 % und für die Zeitperiode der vollen Arbeitsfähigkeit (ab 6. Juni 2015) einen IV-Grad von 37,69, gerundet 38 %. Es bleibt deshalb auch bei Zugrundelegung des (höheren) Valideneinkommens gemäss IK-Auszg bei der Zusprechung einer befristeten Dreiviertelsrente vom 1. Januar bis 31. Dezember 2014 und einer befristeten ganzen Rente von 1. Januar 2015 bis 30. September 2015.
5.2.
5.2.1. Gegen die Gewährung eines leidens- beziehungsweise behinderungsbedingten Abzugs vom Tabellenlohn (vgl. <ref-ruling> E. 5a/bb und E. 5b/bb S. 78 ff.) hat die Vorinstanz ins Feld geführt, dass bei der Ermittlung des Invalideneinkommens vom Anforderungsniveau 1 (gemäss LSE 2012) ausgegangen worden sei, obwohl die Beschwerdeführerin über eine Ausbildung als diplomierte Pflegefachfrau verfüge und nunmehr von der Invalidenversicherung zur diplomierten Arzt- und Spitalsekretärin umgeschult worden sei; bei einer derartigen beruflichen Qualifikation hätte ohne weiteres auf das Kompetenzniveau 2 oder gar 3 abgestellt werden können, auch wenn die Beschwerdeführerin nur in angepassten Tätigkeiten voll arbeitsfähig sei. Diese macht demgegenüber geltend, sie könne nicht als Arzt- oder Spitalsekretärin arbeiten, weil diese Tätigkeiten soziale Kontakte mit sich brächten, hektisch seien und hohe Anforderungen an die Konzentrationsfähigkeit stellen würden - Voraussetzungen, welche sie gemäss dem ABI-Gutachten nicht erfülle. Durch ihre psychische Erkrankung und die somatisch bedingten Einschränkungen sei sie auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt benachteiligt. Dem sei mit einem Abzug vom Tabellenlohn von mindestens 15 % Rechnung zu tragen.
5.2.2. Mit Bezug auf den behinderungs- beziehungsweise leidensbedingten Abzug ist zu beachten, dass das medizinische Anforderungs- und Belastungsprofil eine zum zeitlich zumutbaren Arbeitspensum tretende qualitative oder quantitative Einschränkung der Arbeitsfähigkeit darstellt, wodurch in erster Linie das Spektrum der erwerblichen Tätigkeiten (weiter) eingegrenzt wird, welche unter Berücksichtigung der Fähigkeiten, Ausbildung und Berufserfahrung der versicherten Person realistischerweise noch in Frage kommen. Davon zu unterscheiden ist die Gegenstand des Abzugs vom Tabellenlohn bildende Frage, ob mit Bezug auf eine konkret in Betracht fallende Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage verglichen mit einem gesunden Mitbewerber nur bei Inkaufnahme einer Lohneinbusse reale Chancen für eine Anstellung bestehen. Ist von einem genügend breiten Spektrum an zumutbaren Verweisungstätigkeiten auszugehen, können unter dem Titel leidensbedingter Abzug grundsätzlich nur Umstände berücksichtigt werden, die auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt als ausserordentlich zu bezeichnen sind (Urteil 9C_826/2015 vom 13. April 2016 E. 3.2.1). Dementsprechend kann nach der Gerichtspraxis in der Regel eine psychisch bedingte verstärkte Rücksichtnahme seitens Vorgesetzter und Arbeitskollegen nicht als eigenständiger Abzugsgrund anerkannt werden (SZS 2015 S. 561, 9C_366/2015 E. 4.3.1 mit Hinweisen), ebenso wenig etwa das Risiko von vermehrten gesundheitlichen Absenzen, ein grösserer Betreuungsaufwand oder weniger Flexibiltät, was das Leisten von Überstunden etwa bei Verhinderung eines Mitarbeiters anbetrifft (SVR 2010 IV Nr. 28 S. 87, 9C_708/2009 E. 2.3.2; Urteile 9C_437/2015 vom 30. November 2015 E. 2.4 und 8C_712/2012 vom 30. November 2012 E. 4.2.1).
5.2.3. Das kantonale Gericht ist zu Recht davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin als Arzt- oder Spitalsekretärin tätig sein kann. Soweit sich die Beschwerdeführerin auf einen gegenteiligen Standpunkt stellt, stützt sie sich auf das ABI-Gutachten, welches aber nach dem vorstehend Gesagten (oben E. 4.2) hinsichtlich des psychischen Gesundheitszustandes nicht mehr massgeblich ist. Nach dem einschlägigen Gutachten von Dr. med. C._ besteht in psychischer Hinsicht nur insofern eine Einschränkung, als der Beschwerdeführerin keine Arbeiten zumutbar sind, bei denen sie Führungsaufgaben zu übernehmen hat; solche sind mit der Tätigkeit als Spital- oder Arztsekretärin in der Regel nicht verbunden. Die gemäss ABI-Gutachten bestehenden Einschränkungen in somatischer Hinsicht (nur leichte bis intermittierend mittelschwere, wechselbelastende berufliche Tätigkeiten ohne Überkopfarbeiten und ohne regelmässiges Heben, Stossen, Ziehen und Tragen von Lasten grösser als 10-15 kg) wirken sich bei den vorgenannten Tätigkeiten nicht einschränkend aus, weswegen die Versicherte ja auch in diese Tätigkeiten umgeschult wurde. Die bei der Versicherten bestehenden krankheitsbedingten Einschränkungen in psychischer und somatischer Hinsicht wurden mithin im Wesentlichen bereits bei der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit berücksichtigt. Die Beschwerdeführerin vermag keine Umstände zu nennen, weshalb sie bei der Ausübung der als zumutbar betrachteten Tätigkeit als Spital- oder Arztsekretärin dergestalt beeinträchtigt wäre, dass sich dies lohnmindernd auswirken würde. Es verletzt im Lichte der in E. 5.2.2 hiervor dargelegten Rechtsprechung kein Bundesrecht, dass die Vorinstanz keinen leidensbedingten Abzug vorgenommen hat. Die Beschwerde erweist sich daher als unbegründet.
6.
Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Juli 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo