Fatti:
A.
Il 28 gennaio 2016 A._, cittadino serbo, ha impugnato dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino la decisione 17 dicembre 2015 con cui l'Ufficio della migrazione della Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni gli aveva revocato, per motivi di ordine pubblico e perché era oberato di debiti, il permesso di domicilio di cui era titolare.
Mediante lettera raccomandata del 29 gennaio 2016, ricevuta da A._ l'8 febbraio 2016, questi è stato invitato a versare entro dieci giorni (cioè entro il 18 febbraio 2016) un anticipo delle spese di fr. 600.--, con l'avvertenza che in assenza di pagamento entro il termine concesso il ricorso sarebbe stato dichiarato inammissibile (art. 11 cpv. 1 della legge di applicazione alla legislazione federale in materia di persone straniere dell'8 giugno 1998, LALPS [RL/TI 1.2.2.1]). Il 1° marzo 2016 il Consiglio di Stato ha dichiarato irricevibile il gravame, l'anticipo richiesto essendo stato fornito il 26 febbraio 2016, quindi tardivamente.
Questa decisione è stata confermata su ricorso dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo, con sentenza del 1° aprile 2016.
B.
Il 4 maggio 2016 A._ si è rivolto al Tribunale federale, chiedendo che la sentenza cantonale sia annullata e gli atti rinviati all'autorità precedente per nuovo giudizio. Censura formalismo eccessivo nonché la violazione del principio della proporzionalità. Postula inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1.
II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 44; <ref-ruling> consid. 1 pag. 369).
2.
2.1. Contro le decisioni emanate da un'autorità di ultima istanza cantonale con natura di tribunale superiore in cause di diritto pubblico è di principio dato ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale (art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF). In virtù dell'art. 83 lett. c n. 2 LTF, in ambito di polizia degli stranieri tale rimedio è tuttavia escluso contro decisioni concernenti permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto.
2.2. Sebbene oggetto di disamina sia unicamente la questione di sapere se il Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo abbia, a ragione, confermato il giudizio con cui il Governo ticinese ha dichiarato irricevibile il ricorso sottopostogli il 28 gennaio 2016, la procedura ha tuttavia preso avvio dalla revoca del permesso di domicilio a suo tempo concesso al ricorrente: è quindi di principio ammissibile il ricorso in materia di diritto pubblico, siccome concerne la revoca di un'autorizzazione che avrebbe altrimenti ancora effetti giuridici (art. 83 lett. c n. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 4).
3.
3.1. In primo luogo il Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo ha rammentato che, in virtù dell'art. 11 cpv. 1 LALPS, il Consiglio di Stato, quale autorità di ricorso, era legittimato ad esigere in materia di diritto degli stranieri il versamento di un anticipo delle spese procedurali, con la comminatoria che il mancato versamento dell'importo preteso entro il termine fissato comportava l'inammissibilità del rimedio. Nel caso concreto la somma chiesta era stata versata tardivamente, motivo per cui a ragione il gravame esperito il 28 gennaio 2016 era stato dichiarato irricevibile. Al riguardo ha osservato che il fatto che l'insorgente avesse percepito il salario solo dopo la scadenza del termine concessogli nulla mutava, poiché questi non aveva chiesto il beneficio dell'assistenza giudiziaria né una proroga del termine in questione. Richiamando poi la prassi del Tribunale federale, ha definito infondate le censure di violazione del divieto del formalismo eccessivo e del principio della proporzionalità sollevate dall'insorgente. Infatti, ai sensi della citata giurisprudenza, non costituiva formalismo eccessivo dichiarare un ricorso inammissibile quando, conformemente al diritto processuale applicabile, la sua ammissibilità dipendeva dal versamento di un anticipo delle spese entro un termine preciso sempre che, come nel caso concreto, la parte interessata fosse stata informata in modo appropriato dell'importo da versare, del termine concesso per procedervi e delle conseguenze che derivavano dal mancato rispetto del medesimo.
3.2. Dinanzi a questa Corte il ricorrente ribadisce che il pagamento tardivo è dovuto al fatto che, malgrado sua esplicita richiesta, il datore di lavoro non gli ha versato il salario prima della scadenza del termine assegnato per procedere al pagamento richiesto, che costituisce formalismo eccessivo e, di riflesso, diniego di giustizia non concedergli un termine supplementare per effettuare il versamento in questione e che, date le conseguenze che derivano per lui dalla decisione d'inammissibilità (egli è nato e cresciuto in Ticino, dove risiedono tutti i suoi parenti, non ha mai vissuto in Croazia, ove un suo trasferimento risulta improponibile), risulta disatteso anche il principio della proporzionalità.
3.3. Vi è formalismo eccessivo, che viola l'<ref-law>, qualora la stretta applicazione delle norme di procedura non è giustificata da nessun interesse degno di protezione, diviene pertanto un fine a se stante, complica in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale o l'accesso ai tribunali. L'eccesso di formalismo può risiedere sia nella regola di comportamento imposta dal diritto cantonale, sia nella sanzione che una violazione di tale regola implica (<ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 248; <ref-ruling> consid. 5 pag. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183 con rispettivi rinvii). In concreto non è ravvisabile, come già constatato dalla Corte cantonale, alcun formalismo eccessivo.
3.4. In effetti, come già precisato da questa Corte e rilevato dal Giudice delegato ticinese, non vi è alcun formalismo eccessivo nel dichiarare inammissibile un ricorso quando, conformemente al diritto procedurale applicabile, la sua ammissibilità dipende dal versamento di un anticipo delle spese entro un termine preciso. La parte interessata deve tuttavia essere stata informata in modo appropriato dell'importo da versare, del termine assegnato per effettuare il versamento e delle conseguenze che derivano dal non rispetto di quest'ultimo (sentenze 2C_361/2015 del 13 maggio 2015 consid. 2 e 2C_734/2012 del 25 marzo 2013 consid. 3.1 e riferimenti). La gravità delle conseguenze derivanti da un mancato pagamento sulla situazione della parte interessata non è invece determinante (sentenza 2C_734/2012 citata, consid. 3.1 e rinvii).
3.5. Come emerge dalla sentenza impugnata e peraltro non contestato dal ricorrente, nella richiesta di versamento di un anticipo delle spese inviatagli per raccomandata, egli è stato debitamente avvisato che il termine era reputato osservato solo se l'importo dovuto era tempestivamente versato. Egli è stato anche informato delle conseguenze derivanti dal mancato rispetto di questa scadenza, ossia che in caso di mancato pagamento nel termine assegnato, il ricorso sarebbe stato dichiarato irricevibile. Viste le difficoltà finanziarie fatte valere, gli incombeva pertanto adottare le necessarie disposizioni al fine di ossequiare il termine in questione, ad esempio richiedendo prima della sua scadenza una proroga oppure presentando una domanda di assistenza giudiziaria. Ciò che non ha fatto. Premesse queste considerazioni, la sentenza cantonale che conferma l'inammissibilità pronunciata dal Consiglio di Stato per mancato versamento dell'anticipo richiesto entro il termine fissato a tal fine va confermata, non riscontrandosi in concreto eccesso di formalismo, ancora meno una violazione del principio della proporzionalità.
Infine, il ricorrente non fa valere dinanzi al Tribunale federale elementi che permetterebbero di trattare la sua domanda alla stregua di un'istanza di restituzione dei termini da trasmettere all'autorità cantonale per competenza.
3.6. Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente infondato e va quindi respinto in base alla procedura semplificata dell'<ref-law>.
4.
4.1. Con l'evasione del ricorso, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
4.2. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Giudice delegato del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché alla Segreteria di Stato della migrazione SEM.