Sachverhalt:
A.
A.A._ reichte am 16. März 2013 bei der Einwohnergemeinde (EG) Köniz ein Baugesuch ein für die Aufstockung des Dachgeschosses ihres Einfamilienhauses und den Bau eines Wintergartens auf dem Garagendach (Parzelle Köniz Gbbl. Nr. xxx). Das Grundstück liegt in der Wohnzone W, Bauklasse IIa (W IIa). Am 15. August 2013 wurde die Baubewilligung erteilt. Nach mehrmaligen Hinweisen aus der Nachbarschaft, wonach das Bauvorhaben nicht wie bewilligt ausgeführt werde, und zwei Wiederherstellungsverfahren, führten die Verantwortlichen der Gemeinde am 8. Oktober 2014 einen Augenschein durch. Dabei stellten sie unter anderem fest, dass im Erdgeschoss südwestlich der Garage eine Wohnraumerweiterung vorgenommen worden war. Mit Wiederherstellungsverfügung vom 1. Juni 2015 ordnete die EG Köniz nebst anderen Massnahmen den Rückbau des Erweiterungsbaus im Erdgeschoss mit Entfernung der süd- und nordwestlichen Fassaden entsprechend dem bewilligten Plan Erdgeschoss an sowie die thermische Trennung des Wohnzimmers entlang der verlängerten Innenwand der Garage.
Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) wies das von A.A._erhobene Rechtsmittel, soweit den Erweiterungsbau im Erdgeschoss betreffend, mit Entscheid vom 13. Januar 2016 ab.
Am 22. Januar 2016 übertrug A.A._ das Grundeigentum an der Parzelle Nr. xxx durch Schenkung auf ihre Töchter B.A._ und C.A._.
Mit Urteil vom 20. Dezember 2016 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde von A.A._ sowie von B.A._ und C.A._ teilweise gut. Es hob den Entscheid der BVE betreffend die Wohnraumerweiterung im Erdgeschoss auf und wies die Sache an die Gemeinde zurück zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
B.
A.A._ sowie B.A._ und C.A._ führen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und begehren in der Hauptsache die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts. Die Angelegenheit sei mit Weisungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Auf die Anordnung der Wiederherstellung des ursprünglichen Zustands sei zu verzichten und nachträglich ein Baubewilligungsverfahren für den umstrittenen Anbau im Erdgeschoss anzuordnen.
Mit Verfügung vom 27. Februar 2017 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Verwaltungsgericht verweist auf sein Urteil und beantragt Nichteintreten bzw. Abweisung der Beschwerde. Die BVE schliesst auf Beschwerdeabweisung. Die EG Köniz hat Stellung genommen und beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Dazu haben sich die Beschwerdeführerinnen geäussert; sie halten vollumfänglich an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerden von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251).
1.2. In Bausachen steht gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide, die das Verfahren abschliessen (Endentscheide), grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG). Dagegen sind Zwischenentscheide nur unter besonderen Voraussetzungen unmittelbar vor Bundesgericht anfechtbar (Art. 92 und 93 BGG).
1.3. Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, schliessen das Verfahren nicht ab und sind daher grundsätzlich Zwischenentscheide, die nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG direkt mit Beschwerde angefochten werden können. Anders verhält es sich, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen).
1.4. Die Vorinstanz hat die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands nicht selbst angeordnet, sondern die Gemeinde angewiesen, den Beschwerdeführerinnen hierfür - nach Sicherstellung der Tragfähigkeit der Betondecke, auf welcher der Wintergarten im Obergeschoss stehen soll - eine Frist anzusetzen und die genauen Modalitäten der Wiederherstellung zu regeln. Es handelt sich insoweit um einen Rückweisungsentscheid. Zwar steht der Gemeinde hinsichtlich des "Ob" der Wiederherstellung kein Entscheidungsspielraum mehr zu, wohl aber hinsichtlich des "Wie". Damit ist das angefochtene Urteil rechtsprechungsgemäss als Zwischenentscheid zu qualifizieren (<ref-ruling> E. 1.2 S. 148 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgericht 1C_500/2016 vom 30. Mai 2017 E. 1.2).
1.5. Unter dem Vorbehalt der hier nicht gegebenen Fälle von Art. 92 BGG ist die Beschwerde gegen einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid nur zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn, was vorliegend von vornherein nicht zutrifft, die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die Eintretensvoraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG sollen das Bundesgericht entlasten; dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen müssen (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34). Gegen einstweilen nicht anfechtbare Zwischenentscheide steht die Beschwerde daher erst im Anschluss an den Endentscheid offen (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG).
1.6. Nach konstanter Rechtsprechung haben die Beschwerdeführerinnen im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach Art. 93 Abs. 1 BGG erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 4; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerinnen machen hierzu überhaupt keine Ausführungen. Sie legten nicht dar, inwiefern ihnen ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG entstehen könnte. Ein solcher ist auch nicht ersichtlich.
2.
Damit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen kostenpflichtig (Art. 66 BGG). Die Einwohnergemeinde Köniz hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Einwohnergemeinde Köniz, handelnd durch die Baubewilligungsbehörde, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Misic