Sachverhalt:
A.
A._ (Kläger, Beschwerdeführer) war am 10. Juli 2006 als Lenker eines Personenwagens in U._ an einer Auffahrkollision beteiligt. Die Unfallversicherung seiner damaligen Arbeitgeberin leistete daraufhin Taggelder, die sie mangels Adäquanz per Ende Oktober 2008 einstellte. Über seine Arbeitgeberin war der Kläger zudem im Rahmen einer Kollektiv-Krankenversicherung nach VVG (SR 221.229.1) bei der B._ Versicherungen AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) für ein Taggeld versichert. Nachdem das Arbeitsverhältnis per Ende 2006 gekündigt wurde, trat er in die Einzelversicherung der Beklagten über. Diese verneinte einen Anspruch auf Taggeldleistungen, da eine Arbeitsunfähigkeit ab 31. Oktober 2008 nicht ausgewiesen sei.
B.
Mit Klage vom 26. November 2014 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich verlangte der Kläger, die Beklagte habe ihm Fr. 91'735.-- nebst Zins zu bezahlen. Nach Aufforderung präzisierte er, die eingeklagte Taggeldforderung betreffe den Zeitraum von Anfangs Oktober 2012 bis Ende September 2014. Mit Urteil vom 31. Januar 2017 wies das Sozialversicherungsgericht die Klage ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, die Beschwerdegegnerin sei kostenfällig zu verpflichten, ihm Krankentaggelder im Umfang von 700 Tagen à Fr. 131.--, ausmachend Fr. 91'735.--, nebst Zins zu bezahlen. Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, beantragt die Beschwerdegegnerin, die Beschwerde sei kostenfällig abzuweisen und das Urteil des Sozialversicherungsgerichts zu bestätigen. Darauf hat der Beschwerdeführer unaufgefordert repliziert.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
1.2. Macht eine Partei geltend, das Willkürverbot sei verletzt, genügt es nicht, wenn sie bloss ihre eigene Darstellung derjenigen der Vorinstanz gegenüberstellt und behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Sie hat vielmehr im Einzelnen anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 60; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234; je mit Hinweisen). Es gilt auch diesbezüglich das strenge Rügeprinzip nach <ref-law>. Willkür liegt dabei nicht schon vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Der angefochtene Entscheid ist dabei nur aufzuheben, wenn er auch im Ergebnis und nicht nur in der Begründung verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; je mit Hinweisen).
Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Allein dass die vom Gericht gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt noch keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Entsprechend genügt es nicht, lediglich einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. nur etwa Urteil 4A_606/2015 vom 19. April 2016 E. 2.1).
1.3. Die Begründung hat in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen. Die beschwerdeführende Partei darf eine allfällige Replik nicht dazu verwenden, ihre Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern. Zulässig sind nur Vorbringen, zu denen erst die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 21; <ref-ruling> E. 3.3.4 S. 47; Urteil 4A_581/2015 vom 19. April 2016 E. 2).
Soweit der Beschwerdeführer in seiner Replik weitere Einwände gegen den Beweiswert des im IV-Verfahren eingeholten polydisziplinären Gutachtens der MEDAS Oberaargau (nachfolgend MEDAS-Gutachten) vorbringt, ist er damit nicht zu hören. Diese Kritik hätte er bereits in der Beschwerdeschrift vortragen müssen, da Anlass dazu das vorinstanzliche Urteil gab, nicht erst die Beschwerdeantwort der Beschwerdegegnerin.
2.
2.1. Die Vorinstanz legte in ihrem Entscheid zunächst einlässlich die Beweismittel und Berichte hinsichtlich des Gesundheitszustands und vor allem auch der Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers dar. Sie stellte daraufhin fest, die diversen Ärzte würden die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers aus psychischen Gründen erheblich unterschiedlich beurteilen. Auch die Beurteilung in somatischer Hinsicht falle unterschiedlich aus.
Gestützt auf <ref-ruling> E. 3.3.1.3 [recte: <ref-ruling>] hielt die Vorinstanz sodann fest, das MEDAS-Gutachten sei als gerichtliches Gutachten i.S.v. <ref-law> zu berücksichtigen.
In ihrer anschliessenden Beweiswürdigung erachtete die Vorinstanz das MEDAS-Gutachten als überzeugend. Sie wies zunächst auf die diesbezüglichen Ausführungen des Bundesgerichts in dem die Invalidenversicherung des Beschwerdeführers betreffenden Urteil hin (Urteil 9C_270/2013 vom 7. Juni 2013). In diesem Urteil, das nach dem Grundsatzentscheid <ref-ruling> betreffend Einholung von Administrativ- und Gerichtsgutachten ergangen war, hatte das Bundesgericht "im Rahmen einer gesamthaften Prüfung des Einzelfalls mit seinen spezifischen Gegebenheiten und den erhobenen Rügen zu entscheiden, ob das abschliessende Abstellen auf die vorhandenen Beweisgrundlagen im angefochtenen Entscheid vor Bundesrecht standhält (<ref-ruling> E. 6 S. 266" (zit. Urteil 9C_270/2013 E. 4.1). Das Bundesgericht stellte fest, dieses MEDAS-Gutachten, das noch vor Erlass von <ref-ruling> eingeholt worden sei, erfülle die Anforderungen in jeder Hinsicht, die an ein Administrativgutachten gestellt würden (zit. Urteil 9C_270/2013 E. 4.2). Die Vorinstanz führte anschliessend aus, im MEDAS-Gutachten werde in nachvollziehbarer Weise dargelegt, dass in somatischer Hinsicht ein wesentliches strukturelles Defizit, eine radikuläre Symptomatik oder weitere objektivierbare Befunde, welche die geklagten Beschwerden erklären könnten, nicht festzustellen seien und deshalb in somatischer Hinsicht gegenwärtig keine Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit bestehe. Auch die Beurteilung in psychischer Hinsicht, wonach kein die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigendes psychisches Leiden von Krankheitswert festgestellt werden könne, überzeuge. Insbesondere überzeuge, dass eine somatoforme Schmerzstörung nicht diagnostiziert werden könne, da weder erhebliche Konflikte noch eine gravierende psychosoziale Belastungssituation ausgewiesen seien, und ferner ein enger ursächlicher Zusammenhang zwischen einer erheblichen psychosozialen Belastungsreaktion oder einem gravierenden emotionalen Konflikt und dem Schmerzbeginn nicht gegeben sei. Dass die beim Beschwerdeführer festgestellte demonstrative Symptomausweitung bzw. Aggravation bei der Beurteilung von dessen Arbeitsfähigkeit mitberücksichtigt worden sei, überzeuge ebenso wie die attestierte vollständige Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers in seiner bisherigen Tätigkeit.
Die Vorinstanz hielt weiter fest, obwohl das MEDAS-Gutachten vom 11. Oktober 2011 datiere und damit vor dem massgeblichen Zeitraum vom 1. Oktober 2012 bis 30. September 2014 erstellt worden sei, könne darauf abgestellt werden. Denn der Beschwerdeführer begründe seinen Taggeldanspruch mit einer somatischen und psychischen Gesundheitsbeeinträchtigung, die schon im Zeitpunkt der Begutachtung durch die Ärzte der MEDAS vorgelegen haben soll.
Die Beurteilung durch die Ärzte der MEDAS werde nicht in Zweifel gezogen durch den Bericht von Dr. C._ vom 29. April 2013, wonach der Beschwerdeführer in somatischer Hinsicht unter den Folgen des Unfalls im Sinne eines zervikalen Syndroms und migräniformer Exazerbation der Kopfschmerzen mit Erbrechen leide und in seiner Arbeitsfähigkeit beeinträchtigt sei. Denn dieser Bericht enthalte keine nachvollziehbare Begründung, sondern beurteile bloss denselben Sachverhalt abweichend. Hinweise auf eine Verschlechterung des Gesundheitszustands des Beschwerdeführers seit der Begutachtung durch die Ärzte der MEDAS liessen sich ihm ebenso wenig entnehmen. Gleich verhalte es sich mit dem Bericht von Dr. D._ vom 1. April 2012, in dem eine mittelgradige bis schwere depressive Episode diagnostiziert und dem Beschwerdeführer eine vollumfängliche Arbeitsunfähigkeit attestiert worden sei. Der Bericht der Ärzte der E._ AG vom 30. April 2015 enthalte keine Anhaltspunkte für eine Verschlechterung des psychischen Gesundheitszustands des Beschwerdeführers im strittigen Zeitraum, sondern betreffe vielmehr die Zeit vom 10. März bis 5. Mai 2015.
Die Vorinstanz kam aufgrund ihrer Beweiswürdigung zum Schluss, die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers sei von Oktober 2012 bis September 2014 mit Ausnahme von zwei kurzen, die vertragliche Wartezeit nicht übersteigenden Phasen (Hospitalisierung einerseits wegen Gallenblasensteinleidens und -entzündung sowie andererseits wegen Schmerzmittelentzugs) nicht beeinträchtigt gewesen. Da das MEDAS-Gutachten die vom Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen im Wesentlichen bereits beantworte, erübrige sich auch die Erstellung eines weiteren Gutachtens. In antizipierter Beweiswürdigung sei davon auszugehen, dass von einem weiteren Gutachten keine zusätzlichen entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten seien.
2.2. Der Beschwerdeführer kritisiert diese Beweiswürdigung und insbesondere das Abstellen auf das MEDAS-Gutachten in mehrfacher Hinsicht.
2.2.1. Gegen das MEDAS-Gutachten trägt er pauschal vor, dieses könne aufgrund der wirtschaftlichen Abhängigkeit der MEDAS-Institute von den IV-Stellen weder als neutral noch als objektiv gelten. Zudem sei der konkrete Fall unter dem Aspekt des Schleudertraumas abgeklärt und auf der Basis der damaligen Änderung der Rechtsprechung auf diesem Gebiet erstellt worden. Weiter hätten die Ärzte der MEDAS auch keine Tests durchgeführt wie dies Dr. D._ in dessen Bericht gemacht habe. Offenbar sei bevorzugt worden, eine persönliche, subjektive Einschätzung abzugeben anstatt eher objektivierbare Tests zu machen, um so die Ergebnisse nach Belieben anpassen zu können.
Abgesehen davon, dass der Beschwerdeführer mit diesen Vorbringen teilweise den Sachverhalt ergänzt, ohne die Vorgaben dafür zu beachten (E. 1.1), vermag er mit derart allgemein gehaltener Kritik die Beweiskraft des im konkreten Fall massgeblichen MEDAS-Gutachtens nicht in Frage zu stellen. Ferner kommt hinzu, dass er gemäss Feststellung im angefochtenen Urteil im vorinstanzlichen Verfahren nicht geltend machte, das MEDAS-Gutachten sei nicht tauglich, um als gerichtliches Gutachten i.S.v. <ref-law> berücksichtigt zu werden. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung erscheint jedenfalls nicht als willkürlich, nur weil sie im Wesentlichen auf dieses MEDAS-Gutachten abstellte.
2.2.2. Weiter trägt der Beschwerdeführer vor, es sei sehr wohl zu einer Verschlimmerung seines Gesundheitszustands seit der Begutachtung durch die Ärzte der MEDAS gekommen. Mit seiner Eingabe vom 15. Juli 2016 habe er den Bericht vom 17. Juni 2014 bezüglich der Abklärung im Zentrum für Medizinische Radiologie eingereicht, der eine Verschlimmerung der Rückenproblematik dokumentiere. Die Vorinstanz erwähne diesen Bericht nicht einmal. Der Beschwerdeführer erblickt darin eine offensichtlich unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts.
Es trifft zu, dass die Vorinstanz den Bericht vom 17. Juni 2014 nicht erwähnt. Obschon ein Anspruch besteht, in Bezug auf Beweisanträge gehört zu werden und an der Beweiserhebung entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern (<ref-ruling> E. 2b S. 56 mit Hinweis), darf daraus aber nicht abgeleitet werden, das Gericht müsse zu jedem Argument der Parteien Stellung nehmen. Vielmehr kann es sich auf die für den Ausgang des Verfahrens wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 2b S. 103 mit Hinweis). Vergleichbares gilt für Beweismittel - ein Gericht muss in seiner Urteilsbegründung nicht zwingend auf sämtliche Beweismittel im Einzelnen eingehen; wenn es sich auf die entscheidwesentlichen konzentriert, genügt dies. Als willkürlich erweist sich die Beweiswürdigung erst, wenn ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen wird (E. 1.2).
Das ist hier offenkundig nicht der Fall. Der vom Beschwerdeführer angerufene Bericht fängt mit folgenden Worten an: "Der Patient lehnt die Gabe eines Beruhigungsmittels bei bekannter Platzangst ab. Leider ist die Beurteilbarkeit aufgrund ausgeprägter Bewegungsartefakte deutlich eingeschränkt". Soweit beurteilbar, wurde keine Neuroaffektion zervikal und keine zervikale Myelopathie festgestellt, jedoch eine beginnende degenerative Bandscheibenveränderung im Segment C6/7 und C4/5 sowie eine Facettengelenksarthrose C3/4 rechts und C6/7 beidseits. Dazu, ob und inwiefern sich dieser - wie einleitend offengelegt - unsichere Befund auf die Arbeitsfähigkeit auswirken könnte, äussert sich der Bericht nicht. Wenn die Vorinstanz trotz diesem Bericht zum Schluss kam, eine rechtserhebliche Verschlimmerung des somatischen Gesundheitszustands seit der Begutachtung durch die Ärzte der MEDAS sei nicht ausgewiesen, ist dies nicht willkürlich.
2.2.3. Der Beschwerdeführer trägt weiter vor, auch in psychischer Hinsicht habe sich sein Zustand verschlimmert. Dies zeige der Bericht von Dr. D._, der die massgebliche Zeit betreffe. Die Ärzte des Kantonsspitals V._ hätten bei ihm ebenfalls eine Depression mit Angststörung diagnostiziert und festgehalten, er leide unter rezidivierenden Kopfschmerzen und Erbrechen, Begleittinitus und Schwindel. Auch der Bericht der E._ AG beschreibe eine rezidivierende depressive Störung.
Mit dieser Argumentation widerspricht der Beschwerdeführer in appellatorischer Weise der vorinstanzlichen Würdigung. Sofern dies überhaupt als genügende Rüge zu erachten sein sollte (vgl. E. 1.2), wird damit jedenfalls nicht dargetan, dass die Beweiswürdigung der Vorinstanz willkürlich wäre. Der Beschwerdeführer spricht im Übrigen in seiner Beschwerde selber davon, "dass die Depressivität, die nun seit 6 1⁄2 Jahren andauerte, sich wohl chronifiziert hat (...) ". Damit wird jedoch ein anhaltender Zustand behauptet, nicht eine Verschlimmerung seit der Begutachtung durch die Ärzte der MEDAS.
2.2.4. Schliesslich trägt der Beschwerdeführer vor, eine "Verletzung des rechtserheblichen Sachverhalts" bestehe darin, dass weder die von ihm mehrfach beantragte Gerichtsexpertise noch wie von ihm beantragt die Akten der Arbeitslosenversicherung eingeholt worden seien.
Ein Gericht kann davon absehen, ein beantragtes Beweismittel abzunehmen, wenn es ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen darf, eine weitere Beweiserhebung würde seine Überzeugung nicht beeinflussen (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429; je mit Hinweisen). Da insofern eine Frage der Beweiswürdigung zu beurteilen ist, prüft das Bundesgericht dies einzig unter dem Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 3 S. 157).
Die Vorinstanz lehnte es in antizipierter Beweiswürdigung ausdrücklich ab, ein weiteres Gerichtsgutachten einzuholen. Mit dem MEDAS-Gutachten bestehe bereits ein Gutachten i.S.v. <ref-law>, das sich zu den aufgeworfenen Fragen äussere, weshalb nicht zu erwarten sei, dass ein weiteres Gutachten neue entscheidrelevante Erkenntnisse bringen würde. Zu dieser Erwägung äussert sich der Beschwerdeführer nicht. Er beharrt vielmehr bloss darauf, mehrmals ein gerichtliches Gutachten beantragt zu haben, was umso mehr angezeigt sei, da "derart viele Mediziner" die Arbeitsunfähigkeit bestätigen würden. Den Anforderungen an eine Willkürrüge genügt dies nicht (vgl. E. 1.2).
Zum Beweisantrag um Beizug der Akten der Arbeitslosenkasse äusserte sich die Vorinstanz demgegenüber nicht ausdrücklich. Zu prüfen bleibt, ob aus den Umständen auf eine stillschweigende Abweisung dieses Antrags geschlossen werden muss. Die Vorinstanz hielt in ihrem Urteil fest, der Beschwerdeführer habe sich im Dezember 2006 bei der Arbeitslosenversicherung zur Arbeitsvermittlung und zum Leistungsbezug angemeldet. Ein solcher Anspruch sei vom zuständigen Amt im August 2007 infolge fehlender Vermittlungsfähigkeit verneint worden. Bei den Beweismitteln bezüglich des Gesundheitszustands des Beschwerdeführers führte sie sodann u.a. drei Berichte aus dem Jahre 2008 auf. Im Rahmen der Beweiswürdigung stützte sie sich vor allem auf das spätere MEDAS-Gutachten, das dem massgeblichen Zeitraum näher liegt; auf die früheren Berichte ging sie nicht mehr explizit ein. Dies kann nicht anders verstanden werden, als dass die Vorinstanz Berichten, die zeitlich vor dem MEDAS-Gutachten erstellt worden sind, hinsichtlich der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit ab Oktober 2012 keine wesentliche Bedeutung mehr zumass. Dies sowie die damit einhergehende, in antizipierter Beweiswürdigung stillschweigend erfolgte Abweisung des Beweisantrags bezüglich Akten der Arbeitslosenkasse ist nicht willkürlich. Im Übrigen erhielt der Beschwerdeführer im Zeitpunkt, als in Bezug auf die Arbeitslosenversicherung seine fehlende Vermittlungsfähigkeit festgestellt wurde, noch Taggelder von der Unfallversicherung, was - auch losgelöst von der späteren Erstellung des MEDAS-Gutachtens - die Aussagekraft der diesbezüglichen Akten von vornherein relativiert.
2.3. Das Beweisergebnis der Vorinstanz, wonach die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers im relevanten Zeitraum (Oktober 2012 bis September 2014), abgesehen von zwei kurzen, die vertragliche Wartezeit nicht übersteigenden Phasen, nicht beeinträchtigt war, erweist sich nach dem Gesagten nicht als willkürlich. Wie es sich mit dem umstrittenen Verjährungsverzicht verhält, interessiert daher nicht weiter.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-ruling> E. 4 S. 446).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. September 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Lüthi