Sachverhalt:
A.
A._ ist Eigentümer der Parzellen mit den Katasternummern WO4230, WO3917 und WO3918 in Zürich-Wollishofen (Bauparzellen). Eines der Nachbargrundstücke steht im Eigentum von B._ (Nachbar).
Auf den Baugrundstücken stehen drei zusammengebaute Mehrfamilienhäuser mit drei Vollgeschossen und einem anrechenbaren Untergeschoss, die seinerzeit gestützt auf eine Baubewilligung aus dem Jahr 1936 errichtet worden sind. Das Gesamtgebäude erreicht eine Gebäudehöhe von 10,25 m. Es wurde baurechtswidrig, als die Bauparzellen der Wohnzone W2 zugeordnet wurden, in der gemäss Art. 13 Abs. 1 der Bau- und Zonenordnung der Stadt Zürich vom 23. Oktober 1991 (BZO) die maximale Gebäudehöhe 8,5 m beträgt und maximal zwei Vollgeschosse, ein anrechenbares Untergeschoss und ein anrechenbares Obergeschoss zulässig sind.
Mit Bauentscheid Nr. 172/15 vom 11. Februar 2015 erteilte die Bausektion der Stadt Zürich A._ (Bauherr) die Bewilligung, das Gebäude auf den Bauparzellen im Inneren umzubauen und es durch den Bau eines Attikageschosses anstelle des bisherigen Walmdaches zu erweitern. Im Bauentscheid führte die Bausektion an, der projektierte Dachaufbau (bzw. das Attikageschoss) könne gestützt auf § 357 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG) bewilligt werden, weil dadurch keine neuen baurechtlichen Verstösse entstünden und die Nachbarn nicht negativ beeinträchtigt würden. Damit die zulässige Gesamtgeschosszahl durch die Aufstockung nicht überschritten werde, werde auf das Atelier im 1. Untergeschoss (Kat.-Nr. WO3918) verzichtet. Gleichermassen unzulässig sei der als Werkstatt bezeichnete Raum im Haus X._strasse "..." (Kat-.Nr. WO4230). Das ehemalige Atelier sowie die Werkstatt im 1. Untergeschoss dürften daher nicht als Wohn-, Schlaf- oder Arbeitsräume verwendet werden (lit. D/b).
B.
Der Nachbar erhob gegen diesen Bauentscheid einen Rekurs, in dem er namentlich rügte, das geplante Attikageschoss verstosse gegen die in § 357 Abs. 1 PBG geregelte erweiterte Besitzstandgarantie und gegen § 238 Abs. 2 PBG. Das Baurekursgericht kam zum Ergebnis, das geplante Attikageschoss verletze § 238 Abs. 2 PBG, weil es auf Schutzobjekte ungenügend Rücksicht nehme. Das Baurekursgericht hob daher mit Entscheid vom 6. November 2015 in Gutheissung des Rekurses den Bauentscheid bezüglich der Bewilligung des Umbaus des bestehenden Dachs in ein Attikageschoss auf, wobei es offen liess, ob dieses Geschoss gestützt auf § 357 Abs. 1 PBG bewilligt werden könnte.
Eine vom Bauherrn gegen diesen Rekursentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 31. Mai 2016 ab, weil es davon ausging, das Attikageschoss erfülle die Voraussetzungen von § 357 Abs. 1 PBG nicht.
C.
Der Bauherr (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 31. Mai 2016 aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell seien die im angefochtenen Urteil festgesetzten Gerichtskosten auf höchstens Fr. 3'000.-- herabzusetzen.
Das Verwaltungsgericht und der Nachbar (Beschwerdegegner) schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Bausektion des Stadtrats des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde gutzuheissen.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts im Bereich des Baurechts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist als unterliegender Baugesuchsteller zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
Da auch die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss <ref-law> vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.). Nach der Praxis des Bundesgerichts verstösst ein Entscheid gegen dieses Verbot, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, weil er zum Beispiel eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar erscheint, genügt nicht. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch dessen Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen).
1.3. Rügt ein Beschwerdeführer die Verletzung des Willkürverbots von <ref-law>, genügt es nicht, wenn er bloss behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Er hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf Rügen, mit denen bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geübt wird, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2.8; <ref-ruling> E. 1.3 S. 60; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Das Verwaltungsgericht führte aus, da es das Recht von Amtes wegen anwende, stehe es ihm frei, ein Bauprojekt auch unter rechtlichen Aspekten zu prüfen, die das Baurekursgericht als Vorinstanz nicht geprüft habe. Dies treffe auf die Frage zu, ob das geplante Attikageschoss gestützt auf § 357 Abs. 1 PBG hätte bewilligt werden können. Der Beschwerdegegner habe dies im Rekursverfahren verneint und der Beschwerdeführer habe hierzu Stellung genommen. Die Parteien hätten deshalb mit der Anwendung dieser Norm durch das Verwaltungsgericht rechnen müssen. Somit brauche ihnen hierzu nicht noch einmal das rechtliche Gehör gewährt zu werden.
2.2. Der Beschwerdeführer rügt, das Vorgehen des Verwaltungsgerichts verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Er habe sich in seiner Verwaltungsgerichtsbeschwerde nur mit der Frage der Rücksichtname auf die Nachbargebäude befasst, d a das Baurekursgericht den Bauabschlag einzig mit diesem Argument begründet habe. Zur Prüfung der weiteren Rügen des Beschwerdegegners habe er die Rückweisung der Angelegenheit an das Baurekursgericht verlangt. Bei der Einhaltung des kantonalen Instanzenzuges hätte sich zuerst das Baurekursgericht zur Anwendung von § 357 Abs. 1 PBG äussern müssen. Das Verwaltungsgericht hätte diese Anwendung nur erstmals prüfen dürfen, wenn die Rechtslage klar gewesen wäre und die Rückweisung an das Baurekursgericht sich als Leerlauf dargestellt hätte. Dies sei nicht der Fall gewesen, weil eine Rechtsfrage zu beurteilen gewesen sei, die das Verwaltungsgericht in seiner früheren Rechtsprechung widersprüchlich beantwortet habe. Der Beschwerdeführer habe daher einen Anspruch darauf gehabt, dass sich zunächst das Baurekursgericht mit dieser unterschiedlichen Praxis auseinandersetzte.
2.3. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung ergibt sich aus dem rechtlichen Gehör gemäss <ref-law> grundsätzlich kein Anspruch der Parteien, zur rechtlichen Würdigung des Gerichts vorweg angehört zu werden. Eine Ausnahme besteht dann, wenn das Gericht seinen Entscheid mit einem Rechtsgrund zu begründen beabsichtigt, den im bisherigen Verfahren weder die beteiligten Behörden noch die Parteien angerufen haben und mit dessen Erheblichkeit sie vernünftigerweise nicht rechnen mussten (<ref-ruling> E. 5 S. 39 mit Hinweisen). Musste dagegen mit der Anwendung einer Bestimmung gerechnet werden, darf eine kantonale Rechtsmittelinstanz den unterinstanzlichen Entscheid mit einer neuen bzw. substituierten Begründung bestätigen (Urteile 1B_460/2013 vom 22. Januar 2014 E. 3.1; 2C_1223/2013 vom 21. Januar 2014 E. 2.2; vgl. für das Verfahren vor Bundesgericht: Urteil 2C_251/2016 vom 30. Dezember 2016 E. 1.2).
2.4. In der strittigen Baubewilligung hat die Bausektion der Stadt Zürich ausgeführt, weshalb die Voraussetzungen von § 357 Abs. 1 PBG erfüllt seien (vgl. lit. A hiervor). Der Beschwerdegegner bestritt dies im Verfahren vor dem Baurekursgericht, worauf der Beschwerdeführer zur Einhaltung von § 357 Abs. 1 PBG namentlich in seiner Eingabe vom 22. Juni 2015 (Akten BRG Nr. 18a) ausführlich Stellung nahm. Er wusste daher um die Rechtserheblichkeit dieser Norm und hatte dazu seine Rechtsauffassung zum Ausdruck gebracht. Unter diesen Umständen durfte das Verwaltungsgericht seinen Entscheid auf diese Norm abstützen und den Entscheid des Baurekursgerichts mit einer substituierten Begründung bestätigen, ohne das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers zu verletzen. Dabei ist unerheblich, ob die bisherige Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts zu dieser Norm uneinheitlich ist oder nicht.
3.
3.1. Die Kantone können für Bauten innerhalb der Bauzonen eine erweiterte Besitzstandsgarantie vorsehen (vgl. Urteil 1C_326/2008 vom 29. Oktober 2008 E. 2.2). Im Kanton Zürich wird diese Garantie in § 357 Abs. 1 PBG in der Fassung vom 1. September 1991 wie folgt geregelt:
" Bestehende Bauten und Anlagen, die Bauvorschriften widersprechen, dürfen umgebaut, erweitert und anderen Nutzungen zugeführt werden, sofern sie sich für eine zonengemässe Nutzung nicht eignen, wenn keine überwiegenden öffentlichen oder nachbarlichen Interessen entgegenstehen. Für neue oder weiter gehende Abweichungen von Vorschriften bleiben die erforderlichen Ausnahmebewilligungen vorbehalten."
3.2. Bezüglich der Anwendung dieser Regelung führte das Verwaltungsgericht zusammengefasst aus, das streitgegenständliche Gebäude sei baurechtswidrig, weil es drei Vollgeschosse aufweise, obwohl in der Zone W2 nur zwei Vollgeschosse zulässig seien. Das Dachgeschoss mit dem Walmdach sei nicht anrechenbar und damit zulässig. Nach der Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts führe der Ausbau eines bisher nicht anrechenbaren Unter- oder Dachgeschosses zu einem anrechenbaren Geschoss grundsätzlich zu einer weiter gehenden Abweichung im Sinn von § 357 Abs. 1 PBG, wenn das bestehende Gebäude bereits ein Vollgeschoss zu viel aufweise (VGr, 9. April 2003, VB.2002.00413 [BEZ 2003 Nr. 23] E. 4c; 24. Oktober 2013, VB 2013.00467, E. 5.3 mit Hinweisen). In diesen Fällen bestehe die Baurechtswidrigkeit darin, dass statt (eines grundsätzlich zulässigen) anrechenbaren Unter- oder Dachgeschosses ein zusätzliches Vollgeschoss bestehe. Diese Baurechtswidrigkeit verstärke sich, weil in diesem Fall das überzählige Vollgeschoss nicht mehr anstelle, sondern zusätzlich zu einem anrechenbaren Unter- oder Dachgeschoss bestehe. Dies verstärke die bereits bestehende übergeschossige Erscheinung des Gebäudes und führe zu einer unzulässigen Privilegierung der Eigentümer, deren Gebäude bereits ein Vollgeschoss zu viel aufweise. Vorliegend würde das Gebäude mit der geplanten Erweiterung markanter in Erscheinung treten, was die bereits bestehende übergeschossige Erscheinung des Gebäudes verstärken und damit zu einer weiter gehenden Abweichung von Vorschriften führen würde. Darauf habe der Verzicht auf die anrechenbare Nutzung im Untergeschoss keinen Einfluss, weil er nichts an der bestehenden Übergeschossigkeit des Gebäudes ändere. Dass aufgrund besonderer Verhältnisse eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könne, mache der Beschwerdeführer nicht geltend und sei auch nicht ersichtlich.
3.3. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe § 357 Abs. 1 PBG willkürlich angewendet. Zwar treffe zu, dass die Aufhebung des anrechenbaren Untergeschosses nichts an der bestehenden Übergeschossigkeit seines Gebäudes ändere. Diese werde jedoch von der Besitzstandsgarantie geschützt und stelle keine Verstärkung der Rechtswidrigkeit dar. Eine solche Verstärkung liege nicht vor, weil das strittige Gebäude (bei der Berücksichtigung des Verzichts auf ein anrechenbares Untergeschoss) vor und nach dem geplanten Umbau über gleich viele Geschosse verfüge, nämlich über drei Vollgeschosse und ein anrechenbares Unter- oder Dachgeschoss. Demnach werde die bestehende Baurechtswidrigkeit der Baute durch die Umgestaltung des Dachgeschosses in ein anrechenbares Attikageschoss nicht zusätzlich "verschlimmert". Die damit neu geschaffene anrechenbare Fläche werde im gleichem Umfang durch die Aufhebung von anrechenbarer Fläche im Untergeschoss ausgeglichen, so dass im Ergebnis auch keine unzulässige "Privilegierung" des Eigentümers ersichtlich sei. Demnach könne die Bewilligung des Attikageschosses nur verweigert werden, wenn diesem überwiegende öffentliche oder nachbarliche Interessen entgegenstehen würden. Solche seien nicht ersichtlich, zumal jede Erweiterung des Gebäudes eine Veränderung des Erscheinungsbilds zur Folge habe. Sodann sähe namentlich Art. 1 Abs. 2 lit. a bis RPG als Planungsgrundsatz das verdichtete Bauen vor, weshalb ein bedeutendes öffentliches Interesse daran bestehe, Dachgeschosse, die als Estriche genutzt würden, der Wohnnutzung zuzuführen. Da die Gebäudehöhe unverändert bleibe und Attikawohnungen heute verbreitet seien, stelle diese modernere Dachgestaltung eine mit § 357 Abs. 1 PBG vereinbare massvolle Erweiterung des Gebäudes und keine neubauähnliche Baute dar. Daran ändere die allenfalls markantere Erscheinung des Gebäudes nichts. Die vorinstanzliche restriktive Handhabung von § 357 Abs. 1 PBG laufe dieser Bestimmung und den bundesrechtlichen Planungsgrundsätzen des verdichteten Bauens klar zuwider.
3.4. Die Stadt Zürich machte in ihrer Vernehmlassung vor Bundesgericht geltend, die Bausektion sei weiterhin der Auffassung, dass von keiner Bauvorschrift weitergehend abgewichen werde, wenn das bestehende Dachgeschoss durch ein Attikageschoss ersetzt werde und die Gebäudehöhe und die Anzahl Vollgeschosse und die Gesamtgeschosszahl unverändert blieben, sofern kein Raum in den Untergeschossen, die mehrheitlich unter dem gewachsenen Boden liegen, zu Wohn- und Arbeitszwecken genutzt werden.
3.5. Gemäss dem ersten Satz von § 357 Abs. 1 PBG dürfen bestehende Bauten, die Bauvorschriften widersprechen, umgebaut und erweitert werden, wenn keine überwiegenden öffentlichen oder nachbarlichen Interessen entgegenstehen. Diese Regel wird durch den zweiten Satz von § 357 Abs. 1 PBG eingeschränkt, der für neue oder weiter gehende Abweichungen von Vorschriften die erforderlichen Ausnahmebewilligungen vorbehält. Nach der Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts und des Bundesgerichts liegt im Sinne von § 357 Abs. 1 Satz 2 PBG eine weiter gehende Abweichung vor, wenn zusätzlich gegen eine bereits verletzte Bestimmung verstossen wird, also z.B. die bereits überschrittene Bauhöhe noch einmal erhöht würde (vgl. Urteile 1C_198/2007 vom 21. Dezember 2007 E. 4.1; 1C_5/2016 vom 18. Mai 2016 E. 4). Auch in der Lehre wird das Vorliegen einer weiter gehenden Abweichung von Vorschriften bejaht, wenn eine bereits bestehende Baurechtswidrigkeit einer Baute verstärkt wird, was zutreffe, wenn ein bereits unterschrittener Abstand zusätzlich unterschritten oder die schon überschrittene Baumasse oder Geschosszahl zusätzlich erhöht werde (FRITZSCHE/BÖSCH/WIPF, Zürcher Planungs- und Baurecht, 5. Aufl. 2011, Bd. 2, S. 1139). Davon geht offenbar auch der Beschwerdeführer aus, wenn er geltend macht, die Errichtung des Attikageschosses führe nicht zu einer Verstärkung der Rechtswidrigkeit.
3.6. Vorliegend würde zwar die bestehende Übergeschossigkeit des Gebäudes insoweit nicht verstärkt, als die Zahl der anrechenbaren Geschosse trotz der Errichtung eines anrechenbaren Attikageschosses gleich bleiben würde, weil zu dessen Ausgleich auf ein anrechenbares Unterschoss verzichtet würde. Dieser durch eine teilweise Nutzungsänderung des Untergeschosses erreichte Ausgleich ist jedoch von aussen betrachtet nicht erkennbar und schliesst daher nicht aus, dass das geplante Attikageschoss aufgrund seiner Position über den drei Vollgeschossen in Bezug auf die äussere Erscheinung bzw. den optischen Eindruck die bestehende Übergeschossigkeit und die Überschreitung der maximalen Gebäudehöhe verstärkt. Dass sich dies vorliegend willkürfrei vertreten lässt, bestätigen die in den Akten liegenden Fotografien, die zeigen, dass das Gebäude mit dem geplanten Attikageschoss markant höher in Erscheinung treten würde als mit dem bestehenden flachen Walmdach. Dies ist namentlich darauf zurückzuführen, dass das Attikageschoss gemäss den Bauplänen auf allen vier Seiten des Gebäudes teilweise bis zur Fassade geführt würde. Zudem würde, entgegen der Angabe des Beschwerdeführers, die neu geschaffene anrechenbare Fläche nicht im gleichem Umfang durch die Aufhebung von anrechenbarer Fläche im Untergeschoss ausgeglichen. Vielmehr ergibt sich aus den Bauplänen, dass das geplante Attikageschoss mit drei Wohnungen flächenmässig wesentlich grösser wäre als die im Untergeschoss bestehenden beiden Werkstatt- und Atelierräume, die künftig nicht mehr zu Arbeitszwecken genutzt werden dürfen. Die Schaffung des Attikageschosses würde somit zu einer wesentlichen Erhöhung der für Wohnzwecke genutzten Fläche führen. Dass diese Fläche mit einer baurechtskonformen Bauweise mit zwei (statt drei) Vollgeschossen und einer Gebäudehöhe von 8,5 m erreicht werden könnte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich. Demnach konnte das Verwaltungsgericht willkürfrei davon ausgehen, die Bewilligung des Attikageschosses würde den Beschwerdeführer bezüglich der Schaffung von Wohnfläche gegenüber Eigentümern von baurechtskonformen Bauten in der Wohnzone W2 privilegieren. Unter diesen Umständen ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen, wenn sie davon ausging, das geplante Attikageschoss verstärke die bestehende Baurechtswidrigkeit der Baute bezüglich der Übergeschossigkeit und stelle daher eine weiter gehende Abweichung von Vorschriften im Sinne von § 357 Abs. 1 PBG dar. Dass diesfalls das Attikageschoss einer Ausnahmebewilligung bedarf und die entsprechenden Voraussetzungen nicht gegeben sind, bestreitet der Beschwerdeführer nicht. Demnach hat das Verwaltungsgericht mit der Verweigerung der Bewilligung des Attikageschosses entgegen der Meinung des Beschwerdeführers weder die Besitzstandsgarantie gemäss § 357 Abs. 1 PBG noch die Eigentumsgarantie gemäss <ref-law> verletzt.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Entscheid verletze die Gemeindeautonomie gemäss <ref-law>. Er ist zu dieser Rüge befugt, da diese Autonomie Auswirkung auf seine rechtliche oder tatsächliche Stellung haben kann und die Gemeinde hoheitlich gehandelt hat (<ref-ruling> E. 1.2.4. S. 40 f.).
4.2. <ref-law> gewährleistet die Gemeindeautonomie nach Massgabe des kantonalen Rechts. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen (<ref-ruling> S. 42 f. mit Hinweisen). Den Gemeinden wird namentlich bei der Auslegung kommunaler oder kantonaler unbestimmter Rechtsbegriffe - wie zum Beispiel Ästhetikvorschriften - ein von der Gemeindeautonomie geschützter Ermessensspielraum zuerkannt (vgl. Urteile 1C_5/2016 vom 18. Mai 2016 E. 3.3; 1C_265/2014 vom 22. April 2015 E. 5.3; 2C_558/2011 vom 11. Januar 2012 E. 3.2; je mit Hinweisen). Zur Wahrung dieses Spielraums der Gemeinden ist eine richterliche Zurückhaltung bei der Überprüfung unbestimmter Rechtsbegriffe zulässig; dagegen ist die Beschränkung der Kognition des kantonalen Gerichts auf eine Willkürprüfung mit der Rechtsweggarantie (<ref-law>) nicht vereinbar (<ref-ruling> E. 2.5.2 S. 240 f.; Urteil 1C_499/2014 vom 25. März 2015 E. 4.1). Das Bundesgericht prüft frei, ob die kantonale Rechtsmittelinstanz einen in den Anwendungsbereich der Gemeindeautonomie fallenden Beurteilungsspielraum respektiert hat (<ref-ruling> E. 5.4 S. 43).
4.3. Im Einzelnen bringt der Beschwerdeführer vor, gemäss der Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich und der Lehre räume § 357 Abs. 1 PBG der örtlichen Baubehörde einen beträchtlichen Ermessens- und Entscheidungsspielraum ein. Die Stadt Zürich verfüge daher über die Autonomie, die Umnutzung von als Lagerraum genutzten Dachgeschossen in Attikawohnungen als gewichtiges öffentliches Interesse zu qualifizieren. Ebenso stehe der Entscheid darüber, ob das neue Attikageschoss das Erscheinungsbild des Gebäudes wesentlich bzw. negativ beeinträchtige, im Ermessen der Stadt Zürich. Die Vorinstanz verletze daher die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich, wenn sie das von dieser im Lichte von § 357 Abs. 1 PBG als zulässig angesehene Attikageschoss als weiter gehende Abweichung von Vorschriften im Sinne dieser Bestimmung qualifiziere.
4.4. Mit diesen Ausführungen lässt der Beschwerdeführer ausser Acht, dass die von ihm angerufene Rechtsprechung und Lehre der Gemeinde bei der Anwendung von § 357 Abs. 1 PBG nur bei der Interessenabwägung bezüglich der überwiegenden öffentlichen oder privaten Interessen eine qualifizierte Entscheidungs- und Ermessensfreiheit zuerkennen (BEZ 2004 Nr. 8 E. 2c; FRITZSCHE/BÖSCH/WIPF, a.a.O., S. 1140). Vorliegend war eine solche Interessenabwägung nicht erforderlich, weil die Vorinstanz gemäss der vorstehenden Erwägung eine weiter gehende Abweichung von Vorschriften im Sinne von § 357 Abs. 1 Satz 2 PBG bejahen durfte. Inwiefern der Stadt Zürich bezüglich dieser Frage ein erheblicher Ermessensspielraum zukommen soll, in welchen die Vorinstanz nicht hätte eingreifen dürfen, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Dies ist auch nicht ersichtlich, zumal die durch das Attikageschoss bewirkte erhebliche Verstärkung der bereits bestehenden übergeschossigen Erscheinung des streitbetroffenen Gebäudes nahe liegt und weder vom Beschwerdeführer noch von der Stadt Zürich substanziiert bestritten wird. Damit ist eine Verletzung der Gemeindeautonomie zu verneinen.
4.5. Soweit der Beschwerdeführer rügt, das Baurekursgericht habe bei der Anwendung von § 238 Abs. 2 PBG die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich verletzt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, weil diese Bestimmung für den angefochtenen Entscheid nicht entscheiderheblich ist.
5.
5.1. Das Verwaltungsgericht erhob eine Gerichtsgebühr von Fr. 7'500.--.
5.2. Der Beschwerdeführer rügt, diese Gebühr verletze das Äquivalenzprinzip. Zur Begründung führt er zusammengefasst aus, der angefochtene Entscheid umfasse sechseinhalb Seiten und gebe die eigentliche Begründung auf zweieinhalb Seiten wieder. Diese sei mehr oder weniger wörtlich aus dem früheren Entscheid VB.2013.00467 vom 24. Oktober 2013 übernommen worden, wobei die Vorinstanz sich nicht ernsthaft mit der daran geübten Kritik des Beschwerdeführers und der Gemeinde auseinandergesetzt habe. Die Vorinstanz habe sich auch mit dem Entscheid des Baurekursgerichts sowie den Schriftsätzen der Parteien im vorinstanzlichen Verfahren nicht auseinandergesetzt, weil sie diese als nicht entscheidrelevant erachtet habe. Die Beurteilung des Rechtsstreits sei daher für die Vorinstanz einfach gewesen, weshalb für sie der Aufwand im Ergebnis sehr gering gewesen sei. Damit bestehe ein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem objektiven Wert der bezogenen Leistung und der Gerichtsgebühr, weshalb diese auf den angemessen Betrag von Fr. 3000.-- zu reduzieren sei.
5.3. Gerichtskosten sind Kausalabgaben, weshalb sie dem Äquivalenzprinzip genügen müssen. Nach diesem Prinzip hat eine Gebühr in einem vernünftigem Verhältnis zum objektiven Wert der abzugeltenden Leistung zu stehen. Dieser Wert bemisst sich nach dem wirtschaftlichen Nutzen, den sie dem Pflichtigen bringt, oder nach dem Kostenaufwand der konkreten Inanspruchnahme im Verhältnis zum gesamten Aufwand des betreffenden Verwaltungszweigs. Dabei darf auf Durchschnittserfahrungen abgestellt werden, weshalb die Gebühren nicht in jedem Fall genau dem erbrachten Verwaltungsaufwand entsprechen müssen. Sie sollen jedoch nach sachlich vertretbaren Kriterien bemessen sein. Bei ihrer Festsetzung darf innerhalb eines gewissen Rahmens der wirtschaftlichen Situation des Pflichtigen und dessen Interesse am abzugeltenden Akt Rechnung getragen werden. Gerichtsgebühren dürfen die Inanspruchnahme der Justiz zur Wahrung der Rechtsweggarantie gemäss <ref-law> nicht verunmöglichen oder übermässig erschweren. Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr verfügt das Gericht über einen grossen Ermessensspielraum. Das Bundesgericht geht erst von einer Verletzung des Äquivalenzprinzips aus, wenn dieser Spielraum überschritten wurde und ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Gebühr und dem objektiven Wert der bezogenen Leistung besteht (vgl. zum Ganzen: <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 108 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 174; Urteil 1C_50/2016 vom 12. Mai 2016 E. 3.2; je mit Hinweisen). Ein solches Missverhältnis bejahte das Bundesgericht bezüglich einer Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- im einem Verfahren betreffend die abstrakte Normenkontrolle in Bezug auf eine Änderung der kantonalen Bauverfahrensverordnung (Urteil 1C_50/2016 vom 12. Mai 2016 E. 3.5). Dagegen erachtete es eine Gerichtsgebühr von Fr. 10'000.-- für einen Entscheid über einen Beitragsplan betreffend den Ausbau einer Strasse als mit dem Äquivalenzprinzip vereinbar (Urteil 2C_1131/2014 vom 5. November 2015 E. 5).
5.4. Nach § 2 der Gebührenverordnung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 23. August 2010 (GebV VGr; LS 175.252) bemisst sich die Gerichtsgebühr nach dem Zeitaufwand des Gerichts, der Schwierigkeit des Falles und dem Streitwert oder dem tatsächlichen Streitinteresse. Diese Kriterien entsprechen dem Äquivalenzprinzip. Bezüglich des Zeitaufwands der Vorinstanz ist zu berücksichtigen, dass der bei ihr angefochtene Entscheid des Baurekursgerichts den Bauabschlag mit einem Verstoss gegen § 238 Abs. 2 PBG begründete, weshalb sich die Vorinstanz bei der Behandlung der kantonalen Beschwerde zunächst mit dieser Begründung und der dagegen vorgebrachten Argumente befassen musste. Dabei ist die Vorinstanz zum Ergebnis gekommen, dass sie die Begründung des Baurekursgerichts nicht bestätigen wollte, sondern es vorzog, die Beschwerde mit einer Alternativbegründung gestützt auf § 357 Abs. 1 PBG abzuweisen. Dabei berücksichtigte die Vorinstanz die Argumente, welche die Beteiligten im Baurekursverfahren zu dieser Bestimmung vorbrachten, was ein entsprechendes Aktenstudium erforderte. Unter diesen Umständen kann aus der seitenmässig relativ kurzen Begründung des angefochtenen Urteils nicht ohne Weiteres auf einen besonders kleinen Zeitaufwand geschlossen werden. Zudem kann aus der Bestätigung der bereits ergangenen Rechtsprechung nicht abgeleitet werden, der Fall sei besonders einfach gewesen, zumal die Vorinstanz die an ihrer Rechtsprechung geübte Kritik prüfen und widerlegen musste. Bezüglich des Streitinteresses ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer mit Blick auf die strittige Erhöhung der Wohnfläche und der Zinsen, welche er bei der Vermietung der drei zusätzlich geplanten Attikawohnungen langfristig hätte erzielen können, ein erhebliches finanzielles Interesse an der Streitentscheidung hatte. Sodann macht er nicht geltend, dass die Höhe der Gerichtsgebühr für ihn die Inanspruchnahme der Justiz übermässig erschwert habe. Zusammenfassend ergibt sich, dass unter den gegebenen Umständen ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der strittigen Gerichtsgebühr und dem objektiven Wert der bezogenen Leistung nicht erkennbar ist. Demnach hat die Vorinstanz das ihr bei der Festsetzung der Höhe der Gerichtsgebühr zustehende Ermessen nicht überschritten und das Äqulvalenzprinzip nicht verletzt.
5.5. Schliesslich macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz hätte einen erheblichen Teil der Gerichtskosten der ebenfalls unterliegenden Stadt Zürich auferlegen müssen. Er legt jedoch nicht dar, inwiefern die Vorinstanz das bezüglich der Kostentragungspflicht der Gemeinden massgebende kantonale Recht willkürlich angewendet haben soll, weshalb auf diese Rüge mangels einer rechtsgenüglichen Begründung nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.3 hievor).
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat dem anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat den privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Gelzer