Faits :
A.
A._, citoyen guinéen né en 1991, est arrivé en Suisse le 3 juillet 2009, date à laquelle il a demandé l'asile. Le 21 avril 2010, l'Office fédéral des migrations a rendu une décision de non-entrée en matière et de renvoi de Suisse en Espagne. La procédure d'asile a été reprise le 28 juillet 2011. Une nouvelle décision de non-entrée en matière et de renvoi a été rendue le 22 août 2011. Le 20 avril 2016, l'Officier de police du canton de Genève a notifié au prénommé une interdiction d'accès au canton de Genève pour une durée de 12 mois.
Le casier judiciaire de A._ fait état de 17 condamnations entre le 13 janvier 2010 et le 30 novembre 2015, principalement pour violation des art. 115 et 119 de la loi fédérale sur les étrangers du 16 décembre 2005 (LEtr; RS 142.20). S'ajoute à cela que, par jugement du 22 septembre 2016, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné le prénommé à une peine privative de liberté de six mois, à une peine pécuniaire de 15 jours-amende ainsi qu'à une amende de 300 francs pour infractions à l'art. 19 de la loi sur les stupéfiants (LStup), séjour illégal (art. 115 LEtr), non-respect d'une interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr), empêchement d'accomplir un acte officiel (<ref-law>) et consommation de stupéfiants (<ref-law>) : l'intéressé a annoncé faire appel de ce jugement le 28 septembre 2016.
B.
Par ordonnances pénales des 19 août, 10 septembre et 26 septembre 2016, le Ministère public du canton de Genève (Tmc) a condamné A._ pour infractions aux art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr à une peine privative de liberté respectivement de 90 jours, de 80 jours et de 100 jours. L'intéressé a formé opposition à ces trois ordonnances. Par ordonnance du 27 septembre 2016, le Ministère public a joint ces procédures.
Par ordonnance du 26 septembre 2016, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Genève (Tmc) a ordonné la mise en détention provisoire du prénommé jusqu'au 26 octobre 2016. Par arrêt du 11 octobre 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formé par A._ contre l'ordonnance du 26 septembre 2016. En substance, la cour cantonale a considéré que les charges étaient suffisantes, que le risque de fuite et de réitération existait et que le principe de la proportionnalité était respecté.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 11 octobre 2016 et d'ordonner sa libération immédiate. Il conclut subsidiairement au prononcé que la mise en détention ne repose sur aucune charge suffisante. Il requiert encore l'assistance judiciaire.
La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère à l'arrêt attaqué, alors que le Ministère public conclut au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale (<ref-law>) est en principe ouvert contre une décision relative au maintien en détention provisoire au sens des <ref-law>. La détention ne se fonde plus sur l'ordonnance du Tribunal des mesures de contrainte du 26 septembre 2016, mais sur celle du 19 octobre 2016 qui ordonne la détention pour des motifs de sûreté jusqu'au 19 décembre 2016. Le recourant n'en conserve pas moins un intérêt actuel et pratique à l'annulation de la décision querellée qui repose sur les mêmes motifs (cf. <ref-law>).
Dès lors que l'acte de procédure litigieux ne met pas un terme à la procédure pénale (art. 90 s. LTF), il s'agit d'une décision incidente prise séparément au sens de l'<ref-law>. La décision ordonnant la mise en détention provisoire du prévenu étant susceptible de lui causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, elle peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et let. b ch. 1 LTF, l'accusé a qualité pour agir. Pour le surplus, le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>.
2.
Le recourant conteste l'existence de forts soupçons à son encontre au sens de l'<ref-law>. Il ne met pas en doute la validité de l'interdiction de pénétrer sur le territoire genevois du 20 avril 2016 et admet s'être trouvé sur ledit territoire depuis. Il fait uniquement valoir que sa détention ne repose sur aucune charge suffisante dans la mesure où il soutient ne pas pouvoir être condamné pénalement pour infractions aux art. 115 al. 1 let. b et 119 al. 1 LEtr: le prononcé d'une peine privative de liberté pour une infraction à la LEtr violerait la Directive 2008/115/CE du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2008 relative aux normes et procédures communes applicables dans les Etats membres au retour des ressortissants de pays tiers en séjour irrégulier (ci-après: Directive sur le retour) et la jurisprudence européenne y relative.
2.1. Une mesure de détention provisoire ou pour des motifs de sûreté n'est compatible avec la liberté personnelle garantie aux art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et art. 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'<ref-law>. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, par un risque de fuite ou par un danger de collusion ou de réitération (art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP).
Préalablement à ces conditions, il doit exister des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité, à l'égard de l'intéressé (<ref-law>; art. 5 par. 1 let. c CEDH), c'est-à-dire des raisons plausibles de le soupçonner d'avoir commis une infraction. Il n'appartient cependant pas au juge de la détention de procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge et d'apprécier la crédibilité des personnes qui mettent en cause le prévenu. Il ne lui incombe pas non plus de résoudre définitivement les questions de qualification juridique des faits poursuivis. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.). A l'instar du juge du séquestre, le juge de la détention n'est pas tenu, à ce stade de la procédure, de résoudre des questions juridiques complexes (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 364 et les arrêts cités).
2.2. Par arrêté fédéral du 18 juin 2010, l'Assemblée fédérale a approuvé la reprise de la Directive sur le retour en tant que développement de l'acquis de Schengen (RO 2010 5925). Les juridictions suisses doivent ainsi faire leur possible pour mettre en oeuvre la jurisprudence européenne relative à cette directive (arrêts 6B_1172/2014 du 23 novembre 2015 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral a déduit de la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne, d'une part, que la Directive sur le retour n'était pas applicable aux ressortissants des pays tiers qui ont commis, outre le séjour irrégulier, un ou plusieurs autres délits en dehors du droit pénal sur les étrangers (arrêt 6B_320/2013 du 29 2013 consid. 3.2; également Thomas Hugi Yar, Das Urteil El Dridi, die EU-Rückführungsrichtlinie und der Schengen-Besitzstand, Jusletter du 11 juillet 2011, note 11; Andreas Zünd, in Migrationsrecht, 4e éd. 2015, n° 12 ad art. 115 LEtr).
D'autre part, le Tribunal fédéral a considéré que la Directive sur le retour n'excluait pas l'application des dispositions pénales nationales lorsque les autorités administratives avaient entrepris toutes les mesures raisonnables pour l'exécution de la décision de retour, mais que la procédure de retour avait échoué en raison du comportement de l'intéressé (arrêts 6B_196/2012 du 24 janvier 2013 consid. 2.1.3 et 2.2; 6B_188/2012 du 17 avril 2012 consid. 5; 6B_139/2014 du 5 août 2014 consid. 2). Dans d'autres arrêts, le Tribunal fédéral a souligné qu'une sanction pénale pour séjour illicite n'entrait en considération que si le renvoi était objectivement possible et qu'une procédure administrative de renvoi avait été engagée et qu'elle apparaissait d'emblée comme dénuée de toute chance de succès (arrêt 6B_713/2012 du 19 avril 2013 consid. 1.4). Une condamnation pénale est également possible lorsque l'étranger n'a pas collaboré à son expulsion ou a évité la prise de mesures administratives en trompant les autorités de la police des étrangers sur sa volonté de quitter la Suisse (arrêt 6B_713/2012 du 19 avril 2013 consid. 5).
2.3. En l'espèce, la cour cantonale a retenu que la Directive sur le retour ne s'appliquait pas à l'infraction de violation d'une assignation à résidence ou interdiction de pénétrer dans une région déterminée (art. 119 al. 1 LEtr), question distincte de celle du séjour illégal (art. 115 LEtr). Toujours à suivre la cour cantonale, le recourant, s'il devait être reconnu coupable de cette infraction pourrait être condamné à une peine d'emprisonnement.
Pour contrer cet argument, le recourant se contente d'affirmer que la Directive sur le retour trouve application à sa situation dans la mesure où il n'entre pas dans les deux catégories définies à l'art. 2 ch. 2 de la Directive sur le retour pour lesquelles il est possible de ne pas appliquer ladite Directive. Il allègue qu'il ne fait l'objet d'aucune décision de refus d'entrée sur le territoire suisse et qu'il n'a pas été intercepté par les autorités compétentes à l'occasion du franchissement irrégulier de la frontière extérieure de la Suisse; il ne ferait pas davantage l'objet d'une sanction pénale prévoyant ou ayant pour conséquence son retour.
Partant, le recourant perd de vue qu'il incombe au juge de la détention uniquement de vérifier, sous l'angle de la vraisemblance, que le maintien en détention avant jugement repose sur des indices de culpabilité suffisants. Or en l'espèce, le recourant a été condamné 17 fois pour violations des art. 115 et 119 LEtr, entre le 13 janvier 2010 et le 30 novembre 2015. Le prénommé a notamment été condamné pour infractions à l'art. 119 al. 1 LEtr et/ou à l'art. 115 LEtr, le 23 décembre 2010 à une peine privative de liberté de 30 jours, le 8 février 2011 à une peine privative de liberté de 120 jours, le 28 avril 2011 à une peine privative de liberté de 70 jours, le 25 septembre 2012 à une peine privative de liberté de 90 jours, le 12 octobre 2012 à une peine privative de liberté de 3 mois, le 22 janvier 2013 à une peine privative de liberté de 20 jours, le 20 février 2013 à une peine privative de liberté de 6 mois, le 22 mai 2013 à une peine privative de liberté de 45 jours, le 5 août 2014 à une peine privative de liberté de 90 jours, le 30 janvier 2015 à une peine privative de liberté de 20 jours, le 30 novembre 2015 à une peine privative de liberté de 60 jours.
Vu ces nombreux antécédents, il apparaît vraisemblable que la Directive sur le retour ne trouve pas application. Au stade de la détention provisoire, il peut être admis qu'il existe des indices suffisants pour justifier un maintien en détention du recourant, étant rappelé que c'est au juge du fond et non à celui de la détention qu'il incombera de déterminer si la Directive sur le retour s'applique en l'espèce.
2.4. Par ailleurs, le recourant ne remet pas en cause les risques de fuite (dans la clandestinité) et de récidive retenus par l'autorité précédente (art. 221 al. 1 let. a et let. c CPP) et ne soutient pas non plus qu'il existerait des mesures de substitution susceptibles de le pallier (<ref-law>).
2.5. Partant, la Chambre pénale de recours n'a pas violé le droit fédéral en confirmant le refus de mise en liberté du recourant prononcé par le Tmc le 26 septembre 2016.
3.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Le recourant a demandé l'assistance judiciaire et les conditions en paraissent réunies (<ref-law>). Il y a lieu de désigner Me Jacques Emery en qualité d'avocat d'office et de fixer ses honoraires, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). Le recourant est en outre dispensé des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Jacques Emery est désigné comme avocat d'office du recourant et une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 7 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Tornay Schaller