Faits :
A.
En sus de sa profession de médecin-dentiste, X._ est actif dans le domaine cinématographique. Seul ou avec son épouse, il est ou a été actionnaire et administrateur des sociétés suivantes, qui ont eu ou ont toutes leur siège à la même adresse à Genève :
- A._ SA (anciennement B._ SA [ci-après : B._] jusqu'au 30 octobre 2013);
- C._ SA (ci-après : C._) (anciennement D._ SA, puis E._ SA jusqu'au 28 septembre 2000), active notamment dans le domaine cinématographique. X._ détient la moitié du capital-actions, tandis que l'autre moitié se trouve aux mains de son épouse;
- F._ SA (ci-après : F._) (anciennement G._ SA [ci-après : G._] jusqu'au 10 janvier 2011), dont le but consiste notamment en la production, le commerce et l'exploitation de films, le développement et le commerce de leurs projet;
- H._ SA (ci-après : H._), active notamment dans l'immobilier. Cette société a été dissoute le 30 août 2012 et a été radiée du registre du commerce le 18 mars 2013.
Par bordereaux du 28 octobre 2005 adressés à X._, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a taxé le contribuable pour les années 2001 et 2002. Par courrier du 28 novembre 2005, le contribuable a déposé une réclamation à l'encontre de ces bordereaux.
Par décisions du 14 décembre 2012, l'Administration fiscale cantonale a rectifié les taxations 2001 à 2003 du contribuable en sa défaveur et notifié au contribuable quatre bordereaux de taxation rectificatifs pour les années 2001 et 2002. Les suppléments d'impôts s'élevaient à 13'632 fr. 95 pour l'impôt cantonal et communal 2001, à 7'771 fr. 25 pour l'impôt fédéral direct 2001, à 169 fr. 10 pour l'impôt cantonal et communal 2002, et à 1'786 fr. pour l'impôt fédéral direct 2002. Les prestations appréciables en argent qui constituaient des charges privées non justifiées commercialement dans la comptabilité des sociétés C._, H._, F._ et B._ avaient été reprises; les taxations de ces dernières étaient entrées en force.
Par jugement du 1er juin 2015, le Tribunal administratif de première instance a partiellement admis le recours de X._. Ce dernier avait certes apporté des précisions sur l'actionnariat des sociétés en cause sans toutefois apporter de pièces. Toutes les reprises concernant les frais de nature privée, notamment immobiliers et de transport, les coûts des voyages en Turquie en lien avec l'activité cinématographique, l'exploitation de cabinets dentaires par C._, étaient confirmées, faute de justificatifs. En revanche, les reprises liées à l'activité cinématographique de C._ (95'615 fr. en 2001 et 95'053 fr. en 2002), notamment les remboursements à un tiers indépendant, I._, et celles liées à l'usage d'un véhicule au service de H._ devaient être annulées, au motif que l'autorité intimée n'avait pas prouvé que H._ ne détenait pas de véhicule et n'avait fourni aucun indice démontrant que ces sommes dédiées à la production cinématographique constituaient des prestations appréciables en argent réellement versées par la société au contribuable.
B.
Par arrêt du 12 janvier 2016, la Cour de justice a partiellement admis le recours de l'Administration fiscale cantonale et celui parallèle de X._ et a renvoyé le dossier pour nouvelles décisions de taxation. Se fondant sur les règles régissant le fardeau de la preuve et la théorie du triangle en matière de prestations appréciables en argent, elle a réformé le jugement du 1er juin 2015 en ce sens que les reprises que le Tribunal administratif de première instance avait annulées s'agissant de la production cinématographique ont été rétablies : s'il n'était pas exclu que F._ avait participé à la production du film "Y._", en revanche, hormis les salaires (deux fois 3'400 fr. et une fois 3600 fr.) - commercialement justifiés et documentés - versés à I._, les reprises annulées devaient être réintégrées dans le revenu imposable parce qu'elles n'étaient pas suffisamment documentées. Les reprises de frais de transport au service de H._, annulées par le Tribunal administratif de première instance, devaient être rétablies : c'était au contribuable de prouver que la société détenait un véhicule et non pas à l'autorité fiscale de démontrer un fait négatif. Enfin, les autres reprises notamment les frais liés à un projet immobilier, les frais de restaurant, photocopies ou notaire, ont été confirmées parce qu'elles n'étaient pas non plus suffisamment documentées.
C.
Par courrier du 23 février 2016, X._ déclare recourir contre l'arrêt rendu le 12 janvier 2016 par la Cour de justice du canton de Genève. Il demande au Tribunal fédéral l'annulation de l'arrêt du 12 janvier 2016, le rétablissement du jugement du 1er juin 2015 ainsi que la correction d'une erreur de plume dans ce même jugement du 1er juin 2015, dont il explique plus loin qu'elle a été corrigée dans l'arrêt attaqué (mémoire, ch. 9).
L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. La Cour de justice s'en tient aux considérants de son arrêt.
X._ a répliqué le 27 juin 2016.

Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 ss). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_177/2016) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_178/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (<ref-law> et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
En l'espèce, le recourant se plaint de ce que l'instance précédente a mentionné le chapitre fiscal 2004 de la société F._ (anciennement G._, durant les années 2001 et 2002). Il fait aussi valoir qu'il n'était pas actionnaire ni administrateur de C._ ni de A._ en 2001 et 2002. Il n'expose toutefois pas en quoi l'instance précédente aurait établi les faits de manière arbitraire ou apprécié de manière insoutenable les affirmations de celui-ci - non prouvées par pièces - relatives à l'actionnariat des sociétés en cause. Il n'expose pas non plus en quoi la correction des vices qu'il dénonce aurait une influence sur le sort du litige. Au demeurant, la fortune imposée dans les taxations 2001 et 2002 du recourant intégrait les actions de C._ SA, ce que le recourant n'a contesté que tardivement se bornant à nier l'absence de justification commerciale des prestations appréciables en argent reprises. A cela s'ajoute qu'entre mai 2001 et décembre 2003, le recourant a procédé à un grand nombre d'actes pour C._ SA allant de la signature d'un contrat avec I._ aux versements de sommes en cash soit à ce dernier soit à la société J._. Dans ces conditions, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué.
I. Prescription
3.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 171).
3.1. En vertu de l'<ref-law>, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. En l'espèce par conséquent, le droit de taxer la période fiscale 2001 en matière d'impôt fédéral direct est prescrit depuis le 31 décembre 2016.
3.2. En vertu de l'art. 47 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. En l'espèce par conséquent, le droit de taxer la période fiscale 2001 en matière d'impôt cantonal et communal est prescrit depuis le 31 décembre 2016.
3.3. Une éventuelle correction d'erreur de plume pour la période fiscale 2001 n'a par conséquent plus d'objet.
II. Impôt fédéral direct
4.
Le recourant s'oppose à ce que les montants qui ont été payé à I._ soient ajoutés à son revenu imposable au titre de personne physique. Ce faisant, il met en cause la théorie du triangle appliquée par l'instance précédente.
4.1. En vertu de l'art. 16 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques; sont notamment les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre de rapports de travail (<ref-law>), les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (<ref-law>), ainsi que le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 let. c LIFD).
Le bénéfice net imposable des personnes morales comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. 1 let. b 5e tiret LIFD).
4.2. Selon la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 91 ss; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 ss; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 607; <ref-ruling> consid. 2 p. 119; <ref-ruling> consid. 2b p. 435,), constitue une prestation appréciable en argent :
1) celle que la société de capitaux ou la société coopérative alloue, sans contre-prestation, ou sans contre-prestation équivalente,
2) à ses actionnaires, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ainsi qu'à toute personne la ou les touchant de près,
3) qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à un tiers non participant, et
4) le caractère de la prestation étant reconnaissable pour les organes de la société de capitaux ou la société coopérative et pour son bénéficiaire.
En application de l'approche économique qui prévaut en la matière, les faits doivent être appréciés non seulement du point de vue de leur forme de droit civil, mais également du point de vue de leur contenu réel, en particulier économique (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 59; arrêt 2P.280/2001/2A.475/2001 du 30 avril 2002 consid. 2.1, in: RF 57/2002 p. 558; en ce qui concernait l'AIFD: <ref-ruling> consid. 3b p. 241). La question de savoir si la prestation appréciable en argent est intervenue suite à l'absence de comptabilisation d'un revenu ou suite à la comptabilisation d'une charge infondée est en revanche sans importance (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 24 ss). Les prestations appréciables en argent peuvent également intervenir à charge de comptes d'actifs ou de passifs (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées).
4.3. Il faut entendre par "personne la ou les touchant de près", (ci-après : personne proche), une personne physique ou morale qui entretient avec l'actionnaire, le détenteur de participations ou les organes de la société des relations personnelles étroites, par exemple, des liens de parenté ou amicaux (pour des exemples de parenté ou d'amitié, cf. Thomas Gehrig, Der Tatbestand der verdeckten Gewinnausschüttung an einen nahestenden Dritten, Thèse St Gall, 1998, p. 160 s.). Il peut aussi s'agir de relations économiques qui, au vu des circonstances globales, constituent le motif pour lequel est attribuée une prestation appréciable en argent (arrêts A 395/78 du 10 octobre 1979 in Arch. 49 211; A 28/76 du 17 septembre 1976 in Arch. 45 595; 2A.318/1990 du 6 juin 1991 consid 1a in Arch. 60 558). La notion de proche au sens fiscal du terme s'étend aux personnes auxquelles l'actionnaire permet d'utiliser la société comme si c'était la leur (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 551 et confirmé par arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110). Selon la jurisprudence, il y a lieu de voir un indice en ce sens, lorsque la comparaison "at arm's length" ("Drittvergleich"), c'est-à-dire avec des opérations usuelles semblables, démontre que la prestation en cause est à ce point inhabituelle - disproportionnée - qu'elle n'aurait pas été fournie de cette manière si le bénéficiaire n'avait pas été un proche du détenteur de parts. Le détenteur de parts doit par conséquent aussi être imposé sur des attributions de la société versées en faveur d'une autre société dominée par lui lorsqu'une justification commerciale d'un tel procédé fait totalement défaut (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 61 s.).
4.4. Si l'opération commerciale qualifiée de prestation appréciable en argent n'a été imposée ni auprès de la société de capitaux, ni auprès du détenteur de parts, il en résulte une reprise chez l'un comme chez l'autre. Cela découle de l'art. 58 al. 1 let. b et c LIFD en ce qui concerne la société effectuant la prestation, des art. 17 al. 1 et 20 al. 1 let. c LIFD en ce qui concerne l'actionnaire qui en bénéficie, dans la mesure où il s'agit d'une personne physique, respectivement de l'art. 58 al. 1 let. c LIFD dans le cas où la participation est détenue par une personne morale (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées). Cela concrétise la double imposition économique voulue par le législateur (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 76
5.
Lorsque les conditions de la prestation appréciable en argent sont réunies, il y a lieu de distinguer - à tout le moins lorsque le bénéficiaire final de la prestation n'est pas l'actionnaire détenteur de participations - les trois contribuables concernés par l'opération, raison pour laquelle en doctrine comme en jurisprudence, pareille constellation est décrite par la figure géométrique du triangle.
5.1. L'imposition intervient auprès de la société de capitauxen application de l'art. 58 al. 1 let. b, 5e tiret, LIFD selon lequel le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial.
5.2. L'imposition intervient auprès de l' actionnaire ou du détenteur de participationsen application de l'art. 17 al. 1 in fine et 20 al. 1 let. c LIFD.
Une distribution dissimulée de dividende dans le chapitre fiscal de la société ne constitue pas nécessairement un avantage appréciable en argent pour l'actionnaire. Il n'existe pas de véritable automatisme de taxation. Le versement de la prestation appréciable en argent par la société ne constitue qu'un indice important dont il faut tenir compte dans l'imposition du détenteur de parts. En effet, l'autorité de la chose jugée formelle et matérielle opposable à la société ne l'est pas à l'encontre du détenteur de parts, puisque dite autorité ne s'étend pas à l'établissement des faits ou aux considérants en droit. En dérogation aux règles habituelles concernant le fardeau de la preuve, c'est au détenteur de parts, lorsqu'il est en même temps organe de la société, de contester dans les détails la nature et le montant de la prestation appréciable en argent alléguée par l'administration fiscale (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2.3.4).
La doctrine distingue selon que la participation est détenue dans la fortune privée d'une personne physique ou dans la fortune commerciale d'une personne physique ou d'une personne morale.
5.2.1. Lorsque la participation appartient à la fortune privée, la théorie du triangle pure ("Dreieckstheorie") s'applique dans tous les cas. Suivant cette théorie, la prestation passe pendant un bref instant de la société effectuant la prestation au détenteur de parts, auprès duquel elle est considérée comme un rendement de la fortune mobilière (distribution dissimulée de dividende), puis à la personne considérée comme proche du détenteur de parts (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées; ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 61 ss; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 726 ss; arrêts 2C_476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 7.3, in: Arch. 83 p. 412; 2C_1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.4.1, in: RF 69/2014 p. 735). La manière d'effectuer le paiement ne peut rien changer à la qualification de la prestation en tant que rendement de la fortune mobilière (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées).
5.2.2. Si la participation est détenue dans la fortune commerciale d'une personne physique ou d'une personne morale, la doctrine récente invoque la théorie du triangle modifiée. Suivant cette théorie, il est possible de renoncer à l'imposition de la prestation appréciable en argent auprès du détenteur de parts, à condition que la prestation appréciable en argent ne crée pas pour le détenteur de parts la nécessité de procéder à un amortissement et à condition qu'un tel amortissement ne soit pas effectué dans les faits (Bauer-Balmelli, ibidem, no 24 ad <ref-law>; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, -ibidem, no 142 ad <ref-law>). La question de savoir si cette approche est compatible avec le droit fédéral peut rester ouverte (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées).
5.2.3. Enfin, la prestation est imposable dans le chapitre de la personne considérée comme personne proche du détenteur de parts ou des organes de la société.
5.3. Selon la théorie dite du bénéficiaire direct ("Direktbegünstigten-theorie"), qui est la règle pour l'impôt anticipé, et par opposition à la théorie du triangle pure, le détenteur de parts est d'emblée ignoré - peu importe si la participation est détenue dans la fortune privée ou commerciale - et l'imposition est effectuée auprès de la personne proche de ce dernier. Cette théorie n'a été appliquée par le Tribunal fédéral que dans un cas isolé pour une prestation appréciable en argent en matière d'impôts directs (arrêt 2A.315/1991 et 2A.320/1991 du 22 octobre 1992 in : Arch. 63 145 et RDAF 1995 II 38).
Certes, la doctrine (Bauer-Balmelli M., Änderungen in der Anwendung von Dreiecks- und Direktbegünstigtentheorie, in IFF Forum für Steuerrecht 2001, p. 58 ss; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II partie Therwil/Bâle 2004 n° 129 ad <ref-law>) mentionne encore, à tort, un cas d'application dans l'arrêt 2A.288/1998 du 31 mars 1999. Il est vrai que ce dernier arrêt cite l'arrêt 2A.315/1991 et 2A.320/1991 du 22 octobre 1992, mais n'applique pas la théorie du bénéficiaire direct. Ne faisait en effet l'objet de l'arrêt du 31 mars 1999 que l'imposition de la personne proche du détenteur de parts, dont on ignore, à la lecture des seuls faits retenus dans l'arrêt, s'il a lui-même été imposé au titre de la théorie du triangle pure, ou non. La question n'a par conséquent pas été examinée dans cet arrêt qui ne constitue pas un précédent.
5.4. Il s'ensuit que seule la théorie du triangle, en lieu et place de la théorie du bénéficiaire direct, trouve application en matière d'impôt fédéral direct. Cette conclusion est également partagée par la doctrine majoritaire (Peter Locher, Kommentar zum DBG, II partie, Therwil/ Bâle 2004 n° 130 ad <ref-law> et les nombreuses références cités).
5.5. Il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 158; arrêt 2C_445/2015 26 août 2016 consid. 7.1). Dans le domaine des prestations appréciables en argent, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF <ref-ruling> consid. 7.1 p. 66; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C_927/2013 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
6.
6.1. En l'espèce, l'instance précédente a retenu que l'autorité intimée avait établi l'existence de versements par C._ SA à I._ et qu'elle avait constaté que, malgré de nombreuses requêtes en ce sens, formulées à l'endroit du recourant, ce dernier n'avaient pas été en mesure de fournir des documents probants démontrant la justification commerciale des charges comptabilisées dans les livres de C._ SA : soit il n'existait aucun document, soit la cause ou le montant de la dépense n'étaient pas énoncés. Il est ainsi établi que C._ SA a versé des prestations appréciables en argent non justifiées par l'usage commercial. Pour que les prestations versées à I._ soient imposables dans le chapitre fiscal du recourant, la jurisprudence rappelée ci-dessus exige que le premier soit un proche du second et que les versements n'auraient pas été consentis s'il s'était agi d'un tiers. A cet égard, l'arrêt attaqué fait état, d'une part, des relations contractuelles entre deux sociétés C._ SA, agissant par le recourant, et la société turque J._, agissant par I._ (arrêt attaqué, en fait p. 11), en matière de promotions et de réalisations cinématographiques, au titre desquelles ce dernier a perçu des prestations de la part de C._ SA et, d'autre part, de relations de conseils entre C._ SA et I._ dans le domaine de la construction immobilière à l'étranger comme architecte et designer, au titre desquelles ce dernier a également perçu de C._ SA des prestations. A défaut d'élément probant établissant la justification commerciale des prestations en cause, force est de constater, comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente, que l'unique point d'ancrage commun de ce complexe de relations, qui peut seul expliquer les prestations versées à I._, réside dans la personne du recourant actionnaire de C._ SA, dont les multiples relations d'affaires avec ce dernier dans des domaines et projets étrangers les uns aux autres doivent être qualifiées de relations économiques étroites au sens où l'entend la jurisprudence relative à la notion de proches : les liens noués entre le recourant et I._ suffisent à qualifier ce dernier de proche du recourant avec lequel il a des relations étroites. Par conséquent, en confirmant que les prestations appréciables en argent et non justifiées par l'usage commercial versées à I._ par C._ SA doivent être imposées dans le chapitre du recourant en application de la théorie du triangle pure, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.
6.2. Enfin, les autres reproches du recourant tendent à mettre en cause le constat d'absence de preuve ou, lorsqu'elles existent, l'appréciation de leur valeur probante par l'instance précédente. Les griefs formulés à cet égard ne respectent pas les exigences accrues de motivation prévues par l'<ref-law> en matière de violation des droits fondamentaux, en particulier en matière de violation de l'interdiction de l'arbitraire (dans l'appréciation des preuves), de sorte qu'ils ne peuvent pas être examinés.
III. Impôt cantonal et communal
7.
L'instance précédente a correctement exposé les dispositions légales ressortant de loi sur l'harmonisation fiscale ainsi que de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur le revenu (revenu imposable) du 22 septembre 2000 (aLIPP-IV) et de la loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid du 22 septembre 2000 (aLIPP-V).
En droit cantonal genevois, la notion de prestation appréciable en argent en matière d'impôts direct cantonal et communal, et partant l'application de la théorie du triangle, est traitée de manière identique par l'instance précédente à celle qui prévaut en matière d'impôt fédéral direct, ce qui n'est remis en cause par le recourant, de sorte qu'il peut être renvoyé aux considérants et conclusions exposés ci-dessus.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, en ce sens que le droit de taxer la période fiscale 2001 pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communale est prescrit, l'arrêt attaqué étant confirmé pour le surplus. N'ayant obtenu que partiellement gain de cause, le recourant doit supporter une part des frais de justice (art. 66 al. 1 et 3 LTF). Il n'est pas alloué de dépens, dès lors que le recourant a obtenu partiellement gain de cause sans l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_177/2916 et 178/2016 sont jointes.
2.
Le recours est partiellement admis en matière d'impôt fédéral direct. Partant, l'arrêt attaqué est partiellement annulé en ce sens que le droit de taxer la période fiscale 2001 est prescrit et confirmé pour le surplus.
3.
Le recours est partiellement admis en matière d'impôt cantonal et communal. Partant, l'arrêt attaqué est partiellement annulé en ce sens que le droit de taxer la période fiscale 2001 est prescrit et confirmé pour le surplus.
4.
Les frais de justice, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du recourant à raison de 1'750 fr.
5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 30 janvier 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey