Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin erstattete am 29. August 2012 Strafanzeige gegen den Beschwerdegegner 2 als ehemaligen Direktor der VBG Verkehrsbetriebe Glattal AG (nachfolgend VBG AG) und Gesamtprojektleiter der Glattalbahn wegen unrechtmässiger Aneignung (<ref-law>) und schwerer Sachbeschädigung (<ref-law>). Sie wirft diesem vor, er habe sich der Sachbeschädigung schuldig gemacht, da im Zusammenhang mit dem Projekt "Glattalbahn" der Radweg süd-westlich der Haltestelle Giessen entgegen den ursprünglichen und von ihr genehmigten Plänen nicht nahe der Glatt, sondern in einer grosszügigen Schlaufenform angelegt worden sei. Der Beschwerdegegner 2 habe auf ihrer Parzelle zudem grossflächig eine ca. 40 cm dicke Humusschicht abtragen und nicht wieder instand stellen lassen.
2.
Das Obergericht des Kantons Zürich erteilte der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich mit Beschluss vom 22. Februar 2013 die Ermächtigung zum Entscheid über die Untersuchungseröffnung bzw. die Nichtanhandnahme des Verfahrens gegen den Beschwerdegegner 2. Am 16. Juli 2013 verfügte die Staatsanwaltschaft die Nichtanhandnahme der Untersuchung. Die von der Beschwerdeführerin dagegen erhobene Beschwerde hiess das Obergericht des Kantons Zürich am 23. Juni 2014 gut, woraufhin die Staatsanwaltschaft eine Strafuntersuchung gegen den Beschwerdegegner 2 eröffnete. Diese stellte sie mit Verfügung vom 24. März 2016 ein. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin gegen diesen Entscheid wies das Obergericht des Kantons Zürich am 11. April 2017 ab.
3.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Strafsache, der Beschluss vom 11. April 2017 sei aufzuheben und die Sache sei an die Staatsanwaltschaft zur Ergänzung der Untersuchung und Anklageerhebung zurückzuweisen.
4.
Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss <ref-law>, die üblicherweise vor den Zivilgerichten geltend gemacht werden müssen. Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung oder Nichtanhandnahme eines Verfahrens, hat die Privatklägerschaft nicht notwendigerweise bereits vor den kantonalen Behörden eine Zivilforderung geltend gemacht. Selbst wenn sie bereits adhäsionsweise privatrechtliche Ansprüche geltend gemacht hat, werden in der Einstellungsverfügung keine Zivilklagen behandelt (<ref-law>). In jedem Fall muss die Privatklägerschaft im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderung auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f. mit Hinweisen).
Als Zivilansprüche im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG gelten solche, die ihren Grund im Zivilrecht haben und deshalb ordentlicherweise vor dem Zivilgericht durchgesetzt werden müssen. Öffentlich-rechtliche Ansprüche, auch solche aus Staatshaftung, können nicht adhäsionsweise im Strafprozess geltend gemacht werden und zählen nicht zu den Zivilansprüchen gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG (<ref-ruling> E. 1.2.4 S. 461; <ref-ruling> E. 2.2 f. S. 191 f.; Urteil 6B_514/2017 vom 18. Mai 2017 E. 2).
5.
Das Obergericht des Kantons Zürich ging im Beschluss vom 22. Februar 2013 betreffend Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung davon aus, der Beschwerdegegner 2 sei ein Beamter im Sinne von <ref-law>. Es führte dazu aus, bei der VBG AG handle es sich um eine überwiegend im Eigentum der öffentlichen Hand befindliche Aktiengesellschaft, welche die Führung und den Betrieb eines öffentlichen Verkehrsnetzes in der Region Glattal und den angrenzenden Gebieten nach unternehmerischen Kriterien bezwecke. Des Weiteren habe sie zum Zweck, nach den Vorgaben der zuständigen Gemeinwesen die Glattalbahn zu realisieren. Auch könne sie im Rahmen des Gesellschaftszwecks beim Vollzug von Aufgaben der öffentlichen Hand mitwirken. Im Auftrag des Zürcher Verkehrsverbundes sei die VBG AG verantwortlich für den öffentlichen Nahverkehr im Glattal, Furttal und im Raum Effretikon/Volketswil. Entsprechend sei seitens des Zürcher Verkehrsverbundes das Projekt Glattalbahn der VBG AG übertragen worden. Der Zürcher Verkehrsverbund selbst sei eine unselbständige Anstalt des kantonalen öffentlichen Rechts. Im Zusammenhang mit der Realisierung des Projekts Glattalbahn, welche Gegenstand der Strafanzeige sei, sei der Beschwerdegegner 2 damit ebenfalls im Auftrag des Zürcher Verkehrsverbundes tätig geworden und habe vor diesem Hintergrund eine öffentliche Aufgabe erfüllt, womit ihm die Funktion eines funktionellen Beamten zugekommen sei und er demzufolge eine amtliche Tätigkeit ausgeübt habe. Die Beamteneigenschaft im Sinne des Strafrechts sei damit gegeben (Beschluss vom 22. Februar 2013 S. 4).
6.
Die Beschwerdeführerin setzt sich damit nicht auseinander. Im Kanton Zürich gelangt bei Haftungsansprüchen gegenüber öffentlichrechtlichen Körperschaften und Anstalten (Kanton, Gemeinden und Organisationen des kantonalen öffentlichen Rechts mit eigener Rechtspersönlichkeit) bzw. gegenüber deren Angestellten das Haftungsgesetz vom 14. September 1969 (HG/ZH) zur Anwendung (vgl. §§ 1 ff. HG/ZH). Dem Geschädigten steht kein Anspruch gegen den Angestellten zu (§ 4 i.V.m. § 6 Abs. 4 HG/ZH). Selbst wenn die Beschwerdeführerin ihre Ansprüche in erster Linie auf dem Zivilrechtsweg geltend machen müsste (vgl. § 4a Abs. 1 und 2 HG/ZH), wären die Legitimationsvoraussetzungen von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG nicht ohne Weiteres erfüllt. Erforderlich ist vielmehr, dass der Beschwerdeführerin nicht nur gegenüber der VBG AG, sondern auch gegenüber dem Beschwerdegegner 2 persönlich Zivilansprüche zustehen, da sich das von der angefochtenen Einstellung betroffene Strafverfahren nur gegen diesen richtet. Dies zeigt die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht auf. Sie macht zwar geltend, die Projektänderung beim Radweg führe zu einer beachtlichen Wertverminderung ihres Grundstücks sowie zu einem Planungs- und Mehraufwand für die Anpassung ihres eigenen Bauprojekts (Beschwerde S. 4). Die Kosten für die Wiederherstellung der Humusschicht seien bereits in der Strafanzeige auf mind. Fr. 251'939.25 geschätzt worden (Beschwerde S. 5). Wie bzw. auf welchem Weg sie diese Ansprüche geltend machen will, legt sie jedoch nicht dar. Dass ihr durch den angefochtenen Entscheid verunmöglicht werde, ihre Zivilansprüche adhäsionsweise im Strafverfahren einzuklagen, kritisiert sie nicht. Sie beanstandet vielmehr lediglich, durch den vorinstanzlichen Einstellungsentscheid würden die Haftungsvoraussetzungen von <ref-law> präjudiziert. Sodann sei die Einstellung des Strafverfahrens für die Frage der Verjährung der Ansprüche aus <ref-law> von Bedeutung (Beschwerde S. 4 f.). Dies deutet zumindest darauf hin, dass die Beschwerdeführerin ihre Ansprüche gegenüber der VBG AG auf dem Zivilweg geltend machen will, wobei sie befürchtet, dass der Entscheid des Zivilrichters durch die Einstellung des Strafverfahrens gegen den Beschwerdegegner 2 präjudiziert werden könnte. Dies genügt für die Bejahung der Beschwerdelegitimation im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG jedoch nicht. Die zu dieser Bestimmung ergangene Rechtsprechung verlangt, dass sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung der im Strafverfahren adhäsionsweise geltend gemachten bzw. noch geltend zu machenden Zivilforderungen auswirken kann (vgl. etwa Urteile 6B_1162/2016 vom 27. April 2017 E. 1.1; 6B_1063/2015 vom 5. September 2016 E. 4; 6B_133/2016 vom 3. Juni 2016 E. 3; je mit Hinweisen). Solches ist vorliegend angesichts des angezeigten Sachverhalts nicht offensichtlich und auch nicht dargetan.
7.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).
Dem Beschwerdegegner 2 ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld