Faits :
A.
Par contrat du 18 juin 2014, X._ et Y._ (ci-après: les locataires) ont pris à bail un logement dans un immeuble à Lausanne, appartenant à Z._ (ci-après: la bailleresse). Le bail a été conclu pour une durée limitée du 1er juillet 2014 au 30 septembre 2019, les locataires pouvant le résilier durant cette période pour la fin des mois de septembre ou mars, moyennant un préavis de quatre mois. Le loyer initial mensuel net a été fixé à 2'140 fr., l'acompte mensuel pour les frais de chauffage et d'eau chaude de 200 fr. et l'acompte mensuel pour les frais d'exploitation de 150 fr. étant payables en sus.
B.
B.a. Le 29 juillet 2014, les locataires ont ouvert action en fixation du loyer initial et en requalification du bail en contrat de durée indéterminée, subsidiairement en prolongation de quatre ans, devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyers du district de Lausanne.
La tentative de conciliation ayant échoué, la Commission de conciliation a rendu une proposition de jugement disposant notamment que le loyer initial net est fixé à 1'940 fr. (ch. I) et que le bail, du 1er juillet 2014 au 30 septembre 2019, se renouvelle aux mêmes conditions pour cinq ans sauf avis de résiliation de l'une ou l'autre des parties donné et reçu au moins trois mois à l'avance pour la prochaine échéance et ainsi de suite de cinq ans en cinq ans, les locataires ayant par ailleurs la faculté de le résilier une fois par année pour le 30 septembre moyennant un préavis de trois mois (ch. IV).
La bailleresse ayant fait opposition à cette proposition de jugement, la Commission de conciliation lui a délivré une autorisation de procéder.
B.b. La bailleresse a déposé sa demande devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 11 novembre 2014, concluant en substance au rejet de l'action en fixation du loyer et à la nullité, subsidiairement à l'annulation de la proposition de jugement en tant qu'elle requalifie le bail de durée déterminée en bail de durée indéterminée, pour cause d'incompétence de la Commission de conciliation sur ce second point.
La procédure ayant été limitée d'abord à ce second point, le Tribunal des baux a, par jugement partiel du 5 mai 2015, admis la compétence de la Commission de conciliation pour trancher cet objet par proposition de jugement et a donc rejeté les conclusions prises par la bailleresse. Il a considéré que l'usage d'un contrat de durée déterminée pouvait constituer un artifice destiné uniquement à dissuader le locataire d'exercer ses droits, en particulier de contester le loyer initial, de sorte que ce mécanisme tombait sous le coup de l'<ref-law>.
Statuant le 13 novembre 2015, le Tribunal cantonal vaudois a admis l'appel de la bailleresse, retenu l'incompétence de la Commission de conciliation pour trancher cet objet et, réformant le jugement attaqué, a annulé la requalification du contrat de bail de la proposition de jugement (ch. IV), annulé l'autorisation de procéder délivrée à la bailleresse sur ce point et invité la Commission de conciliation à la délivrer aux locataires.
En substance, elle a considéré qu'il n'était pas possible de déduire automatiquement que le problème du contrat de durée déterminée entrerait dans la " protection contre un congé de représailles " soumis à la procédure simplifiée, mais qu'il ressortait à la procédure ordinaire.
C.
Contre cet arrêt, les locataires ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 25 janvier 2016, concluant à son annulation et à la confirmation du jugement partiel de première instance, en d'autres termes à ce que soit admise la compétence de la Commission de conciliation pour trancher la question de la requalification du contrat de bail de durée déterminée en contrat de durée indéterminée par proposition de jugement. Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal vaudois ou au Tribunal des baux. Les locataires recourants invoquent essentiellement la violation de l'<ref-law>. Ils font valoir que, alors même qu'il y a une crise du logement, la construction juridique d'un bail de durée déterminée permet au bailleur d'échapper soit aux dispositions impératives sur les loyers abusifs, soit aux dispositions impératives sur les congés et donc que l'action correspondante doit pouvoir faire l'objet d'une proposition de jugement de l'autorité de conciliation.
La bailleresse intimée conclut au rejet du recours. Elle invoque que, puisque le bail est de durée déterminée, il n'y aura pas de résiliation, l'essentiel de son argumentation consistant à se prévaloir de la légalité d'un bail de durée déterminée et de l'absence d'abus de droit à cet égard.

Considérant en droit :
1.
En tant qu'il est dirigé contre une décision admettant l'incompétence de l'autorité de conciliation pour statuer par proposition de jugement sur l'une des deux actions (celle en requalification du contrat de bail) introduites par les locataires et à laquelle la procédure a été limitée (<ref-law>), qui est un jugement partiel, le recours est recevable au regard de l'<ref-law> (sur le lien avec la décision du Tribunal des baux cf. aussi infra consid. 3.2). Interjeté pour le reste par les locataires qui ont succombé en dernière instance cantonale (<ref-law>), dirigé contre un arrêt rendu en matière de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (<ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (<ref-law>), le recours est par principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2).
3.
Est litigieuse la question de savoir si une autorité de conciliation est compétente pour statuer, par proposition de jugement (cf. art. 210 al. 1 let. b et 243 al. 2 let. c CPC), sur la requalification du contrat de bail de durée déterminée (en l'espèce de cinq ans et trois mois) en un contrat de durée indéterminée. Alors que la bailleresse soutient que la Commission de conciliation n'est pas compétente et que les locataires soutiennent qu'elle l'est, le Tribunal de première instance l'a admis et la cour cantonale l'a nié.
La présente procédure porte exclusivement sur cette question de compétence. Elle ne vise pas la question de savoir si, en général, l'autorité de conciliation et le juge peuvent entrer en matière sur une demande de " requalification du bail en contrat de durée indéterminée ".
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, l'autorité de conciliation peut soumettre aux parties une proposition de jugement dans les litiges relatifs aux baux à loyer ou à ferme d'habitations ou de locaux commerciaux et aux baux à ferme agricoles en ce qui concerne les quatre objets suivants: la consignation du loyer ou du fermage, la protection contre les loyers ou les fermages abusifs, la protection contre les congés, et la prolongation du bail à loyer ou à ferme.
Concernant ces types de baux et ces quatre objets, après opposition à la proposition de jugement et délivrance de l'autorisation de procéder, la procédure se poursuit devant le tribunal selon la procédure simplifiée (sans égard à la valeur litigieuse; art. 243 al. 2 let. c CPC) et en application de la maxime inquisitoire simple (<ref-law>; ou maxime inquisitoire sociale: <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Les art. 210 al. 1 let. b et 243 al. 2 let. c CPC posent des conditions identiques (arrêt 4A_636/2015 du 21 juin 2016 consid. 2.5.3 in fine, destiné à la publication).
A la suite d'une analyse approfondie de l'art. 243 al. 2 let. c CPC, à l'aide des travaux préparatoires, de l'ancien droit et de la doctrine, le Tribunal fédéral a jugé que la notion de " protection contre les congés " doit être comprise dans une acception large, la règle ayant pour but la protection du locataire, lequel doit bénéficier de la procédure simplifiée - moins formelle et plus rapide (<ref-law>) - et d'une plus forte implication du juge par le biais de la maxime inquisitoire simple sans égard à la valeur litigieuse (<ref-law>; arrêt 4A_636/2015 déjà cité consid. 2).
Selon le sens et l'esprit de cette jurisprudence, le litige relève donc de la " protection contre les congés " dès que le tribunal doit se prononcer sur la fin du bail, que ce soit par exemple en raison d'un congé ordinaire ou extraordinaire ou en raison de l'inexistence d'un rapport contractuel ou de l'expiration d'un contrat de bail de durée déterminée; peu importe que le juge ait été saisi par le locataire de conclusions en inefficacité, invalidité, nullité ou annulation à titre principal et/ou subsidiaire, respectivement en prolongation du bail, ou qu'il l'ait été par le bailleur de conclusions principales ou reconventionnelles en expulsion ou en constatation de la fin du bail.
Au vu de l'objectif clair poursuivi par le législateur, à savoir la protection du locataire, il ne se justifie en effet pas de traiter de manière différente, sur le plan procédural, tout particulièrement quant à l'application de la maxime inquisitoire sociale, la question de la fin d'un bail de durée déterminée. Les conséquences pour ce locataire peuvent en effet se révéler aussi lourdes que celles subies par le locataire qui, disposant d'un bail à durée indéterminée, reçoit son congé.
3.2. En l'espèce, les locataires ont ouvert action en contestation du loyer initial et en fixation judiciaire du montant de leur loyer, ainsi qu'en requalification de leur contrat de bail de durée déterminée (du 1er juillet 2014 au 30 septembre 2019), subsidiairement en prolongation de leur bail. L'autorité de conciliation en matière de bail a rendu une proposition de jugement sur ces points. Saisi par la bailleresse, le tribunal des baux a décidé de limiter d'abord la procédure à la compétence de l'autorité de conciliation; il a admis que la question de la requalification du bail de durée déterminée en bail de durée indéterminée relevait de la compétence de l'autorité de conciliation et, implicitement et indirectement, de la sienne propre en procédure simplifiée.
Au vu des principes rappelés ci-dessus, c'est à tort que la cour cantonale a annulé ce point du jugement de première instance et prononcé l'incompétence de la Commission de conciliation pour trancher cet objet.
L'admission de la compétence de l'autorité de conciliation s'impose d'ailleurs d'autant plus en l'espèce que la question de la requalification est connexe à une action en contestation du loyer initial - qualifié d'abusif - et en fixation judiciaire du loyer et qu'on ne saurait exiger des parties, en particulier des locataires, qu'ils doivent intenter deux procédures séparées pour voir tranchée la validité de leur bail.
4.
Il s'ensuit que le recours des locataires doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que la Commission de conciliation était compétente pour statuer par proposition de jugement sur la requalification du contrat de bail conclu.
La cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure d'appel, charge à elle de retourner le dossier au Tribunal des baux pour suite de la procédure.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimée, qui versera en outre une indemnité de dépens aux locataires.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la compétence de la Commission de conciliation pour statuer par proposition de jugement sur la requalification du contrat de bail de durée déterminée en contrat de bail de durée indéterminée est admise.
2.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure d'appel, à charge pour elle de retourner le dossier au Tribunal des baux pour suite de la procédure.
3.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4.
L'intimée versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 3 octobre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget