Faits :
A.
B._ SA est propriétaire de la parcelle n° 1551 de la commune de Carouge (GE). Cette parcelle est classée en zone de protection des eaux souterraines S2. Le 1er avril 2009, la propriétaire a déposé, par l'intermédiaire de son mandataire "A._, architecte FAS SIA" une demande d'autorisation de construire un immeuble comportant 21 logements avec un niveau en sous-sol, à 4 m de profondeur maximum par rapport à celui du terrain naturel moyen.
Le 23 décembre 2010, le Département de l'urbanisme de la République et canton de Genève a délivré l'autorisation de construire sollicitée, les conditions fixées par préavis des autorités compétentes - dont le service cantonal de géologie, sols et déchets (GESDEC) - en faisant partie intégrante.
Le 16 avril 2012, après une séance sur le chantier en présence des principaux intervenants le 12 avril précédent, l'hydrogéologue du GESDEC a adressé un courriel aux architectes. Il exigeait le plan de l'ingénieur, dès lors qu'il avait été informé que certains ouvrages seraient positionnés dans la partie saturée de l'aquifère, ce en violation du préavis du 7 mai 2009. Le 2 mai 2012, après une nouvelle séance, l'hydrogéologue cantonal a informé les architectes et l'entreprise de blindage que les travaux de mise en place des pieux (déjà commencés sans accord formel et en contradiction avec les réserves du préavis) devaient être suspendus dans l'attente d'une décision à ce sujet. Par courrier du 4 mai 2012, l'office de l'urbanisme du département a confirmé à l'architecte l'arrêt du chantier.
Sur la base d'un plan de gestion des eaux de chantier effectué par le bureau qui avait réalisé l'étude géotechnique ainsi que des plans de l'ingénieur civil relatifs à la fin des travaux de paroi, l'hydrogéologue cantonal a communiqué à l'architecte des mesures à suivre pour la reprise du chantier une fois que serait délivrée l'autorisation formelle de reprendre les travaux. Entre autres conditions, le GESDEC devait être averti, au moins trois jours avant, de la date exacte du début des travaux, le GESDEC se réservant le droit de vérifier sur le chantier la bonne exécution des mesures. Le 17 juillet 2012, le département a autorisé la reprise des travaux. Le 11 septembre 2012, le bureau auteur du plan de gestion des eaux a informé le département par courriel du suivi hydrogéologique en cours, après la reprise des travaux au 28 août 2012.
B.
Le 28 septembre 2012, la directrice générale de l'office de l'urbanisme (qui dépend du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie - DALE) a infligé à A._ une amende administrative de 150'000 francs. Le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours formé par l'intéressé contre cette décision par jugement du 19 mars 2013. La Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a statué une première fois par arrêt du 11 novembre 2014, lequel a été annulé par le Tribunal fédéral, l'une des écritures du recourant n'ayant pas été versée au dossier (arrêt 1C_10/2015 du 23 avril 2015). Par arrêt du 22 septembre 2015, la Cour de justice a admis partiellement le recours de A._ et réduit le montant de l'amende à 75'000 francs.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la cour cantonale et la décision rendue le 28 septembre 2012 par le département cantonal. Subsidiairement, le recourant conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Chambre administrative de la Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt. Le DALE se détermine et conclut au rejet du recours. Le recourant réplique et persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF). Le recourant a pris part à la procédure devant l'autorité précédente. Il est particulièrement atteint par la décision attaquée en vertu de laquelle lui est infligée une amende de 75'000 francs. Le recourant a un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de cette décision (<ref-law>).
La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) - ce que le recourant admet en dépit de son grief tendant à contester la nature administrative de l'amende - et aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée.
Le recours est dès lors recevable comme recours en matière de droit public.
2.
Dans un grief de nature formelle, qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu en raison d'un défaut de motivation. Il relève plusieurs de ses griefs qui n'auraient selon lui pas été examinés par la cour cantonale.
2.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 3a p. 117 et les références). De même, la jurisprudence a déduit du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 145; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 355). La motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (cf. arrêts 1C_167/2015 18 août 2015 consid. 3; 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434).
Selon la jurisprudence, la violation du droit d'être entendu peut être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen. La réparation de la violation du droit d'être entendu doit toutefois rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte aux droits procéduraux de la partie lésée qui n'est pas particulièrement grave. En revanche, si l'atteinte est importante, il n'est en règle générale pas possible de remédier à la violation (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 197 s.; <ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 285).
2.2. Le recourant déplore que la cour cantonale n'ait pas justifié la compétence des juridictions administratives. Les juges cantonaux ne sont en effet pas entrés en matière sur le grief du recourant qui se plaignait (recours cantonal, ch. 18.2 p. 28) que la procédure de l'ordonnance pénale, applicable selon lui par renvoi de la législation cantonale aux règles de procédure fédérale, n'avait pas été suivie. La cour cantonale a implicitement considéré que la procédure administrative était applicable et les juridictions administratives compétentes. Dans la mesure où, comme le relève le recourant, l'arrêt attaqué affirme que les amendes administratives prévues par les législations cantonales sont de nature pénale (arrêt attaqué, consid. 8b p. 24), elle devait exposer, même brièvement, pour quelles raisons elle considérait que le caractère administratif de l'amende prévalait tout de même en l'occurrence, de sorte que l'affaire ne relevait pas de la procédure ni des juridictions pénales. Cette question n'ayant effectivement pas été abordée dans l'arrêt cantonal, le droit d'être entendu du recourant a été violé.
Le recourant fait également valoir un défaut d'examen de son grief relatif à l'art. 137 al. 2 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI; RS GE L 5 05). Cette question n'a en effet pas non plus été débattue par la cour cantonale. L'art. 137 al. 2 LCI limite le montant maximum de l'amende à 20'000 fr. lorsque l'ouvrage a été entrepris sans autorisation mais que les travaux sont conformes aux prescriptions légales. En l'espèce, s'il semble établi que le recourant ne s'est pas conformé à la procédure que le GESDEC lui avait ordonné de suivre, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué qu'il soit établi que des prescriptions de droit matériel aient été violées. Selon les considérants de l'arrêt cantonal, l'hydrogéologue cantonal aurait indiqué que, du fait de l'omission du recourant d'informer de la reprise des travaux, il était devenu impossible de mettre en place un suivi de la qualité de l'eau du puits. Dans ces circonstances, la question de l'applicabilité de l'art. 137 al. 2 LCI se posait avec pertinence et la cour cantonale aurait dû l'examiner. Il y a dès lors également violation du droit d'être entendu du recourant à cet égard.
Toujours sous l'angle de la violation de son droit d'être entendu, le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir examiné son argumentation tendant à démontrer qu'il n'est pas personnellement responsable des manquements constatés par le GESDEC. Ce faisant, il conteste en réalité l'appréciation que les juges cantonaux ont faite de cette question. La cour cantonale expose en effet sur deux pages le mécanisme du droit cantonal duquel elle déduit en fin de raisonnement que l'architecte, en tant que mandataire signataire de l'autorisation de construire et responsable du projet, répondait du déroulement des travaux. Le grief a ainsi été traité et le droit d'être entendu du recourant respecté sur ce point.
Les autres critiques du recourant relatives à la violation de son droit d'être entendu relèvent en réalité de l'établissement des faits, qu'il n'y a pas lieu de revoir ici, dès lors que la cause sera retournée à la cour cantonale pour examen des griefs omis susmentionnés. Ceux-ci ne sauraient en effet être traités pour la première fois devant le Tribunal fédéral qui ne dispose pas du même pouvoir d'examen que la Cour de justice dans l'application du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 9.3 p. 470).
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, et l'arrêt attaqué annulé, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant. Le présent arrêt sera rendu sans frais (<ref-law>). Le recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires pour la procédure fédérale.
3.
Une indemnité de dépens de 2'000 francs est allouée au mandataire du recourant pour la procédure fédérale, à la charge du canton de Genève.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2 ème section.
Lausanne, le 13 octobre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali