Sachverhalt:
A.
Am 5. August 2016 reichte die A._ SA (Klägerin, Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich eine Klage gegen drei Beklagte ein. Die Beklagten führte sie in ihrer Klage wie folgt auf:
"E._ AG, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz)
Beklagte 1
C._, Y._ (Frankreich), Zweigniederlassung Schweiz, Z._,
Beklagte 2
D._ AG
Beklagte 3"
B.
Mit Beschluss vom 16. August 2016 trat das Handelsgericht des Kantons Zürich auf die Klagen gegen die Beklagte 1 (Beschwerdegegnerin 1) und gegen die Beklagte 2 (Beschwerdegegnerin 2) nicht ein (Dispositiv-Ziff. 3). Es setzte die Gerichtsgebühr auf Fr. 6'000.-- fest (Dispositiv-Ziff. 4) und auferlegte die Gerichtskosten der Klägerin (Dispositiv-Ziff. 5).
Das Handelsgericht korrigierte vorab von Amtes wegen die offensichtlich unrichtige Parteibezeichnung der Beklagten 1, welche sich am 28. Januar 2016 (Eintrag ins Tagesregister) von der "E._ AG, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) " habe umfirmieren lassen in "B._ SE, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz) ". Sodann führte es aus, bei den Beklagten 1 und 2 handle es sich um Zweigniederlassungen, die nicht parteifähig seien. Da es somit an einer Prozessvoraussetzung fehle, sei auf die Klagen gegen die Beklagten 1 und 2 nicht einzutreten.
C.
Gegen diesen Beschluss führt die Klägerin beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen mit folgenden Anträgen:
"1. Es seien Dispositivziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 (...) aufzuheben und auf die Klage gegen die Beschwerdegegnerinnen 1 und 2 einzutreten sowie die Streitsache zur Weiterführung des Verfahrens und zur Beurteilung in der Sache selbst an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
2. Es seien im Rubrum die Parteibezeichnungen wie folgt anzupassen:
Beschwerdegegnerin/Beklagte 1:
B._ SE, mit Sitz in W._ (Deutschland); Zustellungsdomizil: B._ SE, W._ (Deutschland), Niederlassung X._ (Schweiz)
und Beschwerdegegnerin/Beklagte 2:
C._, mit Sitz in Y._ (Frankreich); Zustellungsdomizil: C._, Y._ (Frankreich), Zweigniederlassung Schweiz, Z._.
3. Eventualiter zu Rechtsbegehren 1 und 2 seien Dispositivziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 (...) aufzuheben und das Verfahren zur neuen Entscheidung an das Handelsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
4. (Kosten- und Entschädigungsfolgen)."
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien haben repliziert und dupliziert.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und richtet sich gegen den - in Bezug auf die Beschwerdegegnerinnen verfahrensabschliessenden (<ref-law>) - Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten (<ref-law>) entschieden hat; die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>) und die Beschwerdefrist (<ref-law>) ist eingehalten. Hebt das Bundesgericht einen Nichteintretensentscheid auf, entscheidet es nicht selbst in der Sache; der gestellte Aufhebungs- und Rückweisungsantrag genügt demnach vor <ref-law> und ist einzig angebracht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 48 mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2.
Die Vorinstanz hat erwogen, bei den in der Klage aufgeführten Beklagten 1 und 2 handle es sich um Zweigniederlassungen, die allerdings nicht parteifähig, sondern rechtlich nur Teil der Hauptniederlassung seien. Fehle die Parteifähigkeit, führe dies zum Nichteintreten auf die Klage. Ergebe die Auslegung der Klage jedoch, dass sich eine Partei bloss in der Bezeichnung vergriffen habe, so sei die fehlerhafte Bezeichnung von Amtes wegen zu berichtigen. In Zweifelsfällen habe das Gericht seine Fragepflicht (<ref-law>) auszuüben, um festzustellen, wer eingeklagt werden solle. Bei anwaltlich vertretenen Parteien sei bei der gerichtlichen Fragepflicht indessen Zurückhaltung geboten; entsprechend habe die richterliche Fragepflicht bei anwaltlich vertretenen Parteien nur eine sehr eingeschränkte Tragweite. Gerade die Wahl der beklagten Partei und deren Rechtspersönlichkeit stelle ein zentrales Element jeder Klage dar.
Aus der - durch die anwaltliche Vertretung abgefassten - Klageschrift gehe unmissverständlich hervor, dass es sich bei der Beklagten 1 um die Zweigniederlassung der "B._ SE, W._ (Deutschland) " und bei der Beklagten 2 um die Zweigniederlassung der "C._, Y._ (Frankreich) " handle. So würden im Rubrum der Klageschrift die Beklagten 1 und 2 explizit als Niederlassung bzw. Zweigniederlassung bezeichnet, wobei zudem die jeweiligen Adressen der betreffenden Zweigniederlassungen aufgeführt seien. Sodann werde in der Klageschrift selbst unter Bezugnahme auf die Handelsregisterauszüge der Zweigniederlassungen (Hervorhebung im angefochtenen Beschluss) ausgeführt, dass die Beklagten 1 und 2 ihren jeweiligen Sitz im Kanton Zürich hätten. Auf die jeweiligen Hauptniederlassungen sei dagegen nie Bezug genommen worden. Auch aus der weiteren Klageschrift gehe nichts hervor, was darauf schliessen liesse, dass sich die Klägerin bloss in der Bezeichnung vergriffen hätte. Unter diesen Umständen könne nicht mehr von einem bloss redaktionellen Versehen gesprochen werden, weshalb für eine Berichtigung der Parteibezeichnung kein Raum bestehe. Da die Beklagten 1 und 2 somit nicht parteifähig seien, fehle es an einer Prozessvoraussetzung, weshalb auf die Klage gegen die Beklagten 1 und 2 nicht einzutreten sei.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe in mehrfacher Hinsicht Bundesrecht verletzt, indem sie die auf einem offensichtlichen redaktionellen Versehen beruhende Bezeichnung der Beschwerdegegnerinnen in der Klageschrift nicht berichtigt habe. Die beklagten Parteien seien erkennbar gewesen und eine Berichtigung der Parteibezeichnung führe nicht zu einer Benachteiligung der Beschwerdegegnerinnen.
3.1. Nach <ref-law> enthält die Klageschrift die Bezeichnung der Parteien und ihrer allfälligen Vertreter. Die genaue Bezeichnung der Prozessparteien ist eine zentrale Voraussetzung für die Prüfung ihrer Partei- und Prozessfähigkeit wie auch ihrer Legitimation (Urteile 4A_242/2016 vom 5. Oktober 2016 E. 3.4; 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 3.5.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Parteien und Vertreter sind daher so zu bezeichnen, dass über ihre Identität kein Zweifel besteht (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 62 f.). Eine Berichtigung der Parteibezeichnung ist zulässig, wenn jede Gefahr einer Verwechslung ausgeschlossen werden kann (<ref-ruling> E. 3.4.1 S. 551; <ref-ruling> E. 2.2 S. 63; <ref-ruling> E. 1b S. 13 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 337). Ist der Mangel in der Parteibezeichnung jedoch derart gravierend, dass die Identität der Parteien gänzlich unbestimmt bleibt, oder klagt eine nicht existierende Partei, ist auf die Klage nicht einzutreten (Urteil 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 3.5.1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die blosse Berichtigung einer Parteibezeichnung ist abzugrenzen von einem eigentlichen Parteiwechsel, der (ohne Veräusserung des Streitobjekts) nach <ref-law> grundsätzlich nur mit Zustimmung der Gegenpartei zulässig ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 63; Urteil 4A_116/2015 vom 9. November 2015 E. 3.5.1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
3.2. Eine Zweigniederlassung ist ein kaufmännischer Betrieb, der rechtlich Teil einer Hauptunternehmung ist, von der er abhängt, und der in eigenen Räumlichkeiten dauernd eine gleichartige Tätigkeit wie jene ausübt, wobei er über eine gewisse wirtschaftliche und geschäftliche Unabhängigkeit verfügt (<ref-ruling> E. 3 S. 87 mit Hinweisen). Eine Zweigniederlassung bildet mithin zusammen mit dem Hauptsitz eine rechtliche Einheit und ist selbst weder partei- noch prozessfähig (BGE <ref-ruling> E. 1a S. 13 mit Hinweisen; Urteile 2C_642/2014 vom 22. November 2015 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_129/2014 vom 1. Mai 2014 E. 2.5; 4A_27/2013 vom 6. Mai 2013 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_422/2011 vom 3. Januar 2012 E. 2.3.1). Das Bundesgericht hat bereits mehrfach ausgeführt, dass daher bei Aufführung der Zweigniederlassung im Rubrum keine Zweifel über die Identität der Partei (Hauptunternehmung) bestehen könnten (Urteile 4A_129/2014 vom 1. Mai 2014 E. 2.5; 4A_27/2013 vom 6. Mai 2013 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4C.270/2003 vom 28. November 2003 E. 1.1; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 1c S. 14 zum Betreibungsverfahren). Nachdem somit jede Gefahr einer Verwechslung ausgeschlossen werden könne, sei eine Berichtigung der Parteibezeichnung zulässig (Urteile 4A_129/2014 vom 1. Mai 2014 E. 2.5; 4A_27/2013 vom 6. Mai 2013 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Das Bundesgericht hat das Rubrum auch bereits selbst von Amtes wegen entsprechend korrigiert, mithin anstatt der Zweigniederlassung die Hauptniederlassung aufgeführt, ohne dass die Parteien überhaupt auf diesen Punkt hingewiesen hätten; es handle sich um ein blosses Redaktionsversehen und jede Verwechslungsgefahr sei ausgeschlossen (Urteil 2C_642/2014 vom 22. November 2015 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Die Vorinstanz hätte somit - nachdem auch nicht ersichtlich ist, inwiefern die Beschwerdegegnerinnen vorliegend durch eine entsprechende Berichtigung der Parteibezeichnung in ihren schutzwürdigen Interessen verletzt würden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1b f. S. 13 f.; Urteile 4A_27/2013 vom 6. Mai 2013 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4C.270/2003 vom 28. November 2003 E. 1.1; siehe auch <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 551) - die Parteibezeichnung der Beschwerdegegnerinnen berichtigen oder der Beschwerdeführerin zumindest Gelegenheit zur Berichtigung geben müssen. Im Rubrum des vorliegenden Urteils wurden die Parteibezeichnungen der Beschwerdegegnerinnen angepasst. Die Vorinstanz ist nach dem Gesagten zu Unrecht mit der Begründung der fehlenden Parteifähigkeit auf die Klage gegen die Beschwerdegegnerinnen (Beklagte 1 und 2) nicht eingetreten.
4.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, Dispositiv-Ziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 sind aufzuheben und die Sache ist zur weiteren Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdegegnerinnen unter solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, Dispositiv-Ziffern 3 bis 5 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 16. August 2016 werden aufgehoben und die Sache wird zur weiteren Beurteilung an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden den Beschwerdegegnerinnen (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerinnen haben die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der D._ AG und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier