Faits :
A.
Les Services industriels de Genève (ci-après: SIG) sont une entreprise de droit public dont le but est de fournir, dans le canton de Genève, l'eau, le gaz, l'électricité, de l'énergie thermique, de traiter les déchets, d'évacuer et de traiter les eaux polluées dans le cadre fixé par la loi, de développer des activités dans des domaines liés à ce but, d'exercer ses activités à l'extérieur du canton ainsi que de fournir des prestations et des services en matière de télécommunication.
Le 27 juin 2014, les unités d'affaires Eaux usées et Eau potable (ci-après: l'Unité Eaux usées et l'Unité Eau potable) des SIG ont chacune déposé, auprès de l'Office fédéral de l'énergie (ci-après: OFEN), une déclaration d'engagement, par laquelle elles indiquaient leur intention de demander le remboursement du supplément visé à l'art. 15b bis de la loi sur l'énergie du 26 juin 1998 (LEne; RS 730.0) pour l'année 2014. Par deux décisions séparées du 28 janvier 2015, l'OFEN a constaté que ni l'Unité Eux usées ni l'Unité Eau potable n'avaient droit au remboursement du supplément pour l'exercice 2014. Par actes séparés du 3 mars 2015, les SIG ont contesté ces deux prononcés auprès de la Commission fédérale de l'électricité, qui les a transmis au Tribunal administratif fédéral. Celui-ci, après avoir joint les deux causes, a rejeté le recours par arrêt du 31 août 2016.
B.
A l'encontre de cet arrêt, les SIG ont déposé, le 7 octobre 2016, un recours de droit public auprès du Tribunal fédéral. Les recourants ont en substance conclu, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 31 août 2016, à l'annulation des décisions de l'OFEN du 28 janvier 2015, au constat du droit de l'Unité Eaux usées et de l'Unité Eau potable, en leur qualité de consommatrices finales, au remboursement du supplément prévu à l'<ref-law> et au déboutement de toute autre conclusion de l'OFEN.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations et l'OFEN a implicitement conclu au rejet du recours. Dans leurs observations finales, les recourants ont maintenu les termes et conclusions de leur recours.

Considérant en droit :
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 188).
1.1. Le présent litige concerne le refus de reconnaître à l'Unité Eaux usées et à l'Unité Eau potable des recourants un droit au remboursement du supplément sur les coûts de transport des réseaux à haute tension, au motif que celles-ci ne revêtent pas la qualité de consommateur final au sens de l'<ref-law>, qui relève du droit public au sens de l'<ref-law>.
1.2. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>), le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>) par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification et qui ont de ce fait qualité pour recourir (cf. <ref-law>). En outre, il ne tombe pas sous le coup des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Par conséquent, il convient d'entrer en matière. Toutefois, la conclusion tendant à l'annulation des décisions du 28 janvier 2015 de l'Office cantonal de l'énergie est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral, l'arrêt de cette autorité se substituant aux prononcés antérieurs (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543; arrêt 2C_328/2016 du 14 novembre 2016 consid. 2.2).
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (<ref-law>). Dans ce cas, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232).
2.2. Par ailleurs, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2 p. 117). En outre, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Dans la mesure où les recourants, même s'ils affirment se référer aux faits retenus par l'instance précédente, présentent une argumentation appellatoire, en opposant leur propre version des faits à celle du Tribunal administratif fédéral ou en complétant librement l'état de fait, sans invoquer ni l'arbitraire, ni une constatation manifestement inexacte des faits, le Tribunal fédéral ne peut pas en tenir compte. Il statuera donc sur la base des faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.
3.
3.1. Le réseau électrique qui sert au transport d'électricité sur de grandes distances à l'intérieur du pays ainsi qu'à l'interconnexion avec les réseaux étrangers est exploité par la société nationale de réseau de transport Swissgrid SA (cf. art. 4 al. 1 let. h et 18 de la loi fédérale sur l'approvisionnement en électricité du 23 mars 2007 [LApEl; RS 734.7]). Dans le but de financer les coûts afférents à l'encouragement des énergies renouvelables ou à l'amélioration de l'efficacité énergétique, Swissgrid SA perçoit un supplément sur les coûts de transport des réseaux à haute tension (cf. <ref-law>). Swissgrid SA peut reporter le supplément sur les gestionnaires de réseaux situés en aval, qui peuvent eux-mêmes le reporter sur les consommateurs finaux (<ref-law>). L'<ref-law> précité est entré en vigueur le 1er janvier 2009 (RO 2007 3425). Son alinéa 3 prévoyait alors que le supplément ne pouvait dépasser 3 % des coûts de l'électricité des consommateurs finaux dont ces coûts représentaient plus de 10 % de la valeur ajoutée brute. L'alinéa en question a été abrogé et remplacé par l'<ref-law>, entré en vigueur le 1er janvier 2014. A teneur de ce dernier, les consommateurs finaux dont les coûts d'électricité représentent au moins 10 % de la valeur ajoutée brute produite obtiennent le remboursement intégral du supplément dont ils se sont acquittés. Ceux dont les coûts d'électricité représentent entre 5 % et 10 % de la valeur ajoutée brute produite obtiennent un remboursement partiel du supplément dont ils se sont acquittés; le montant du remboursement est fixé en fonction du rapport entre les coûts d'électricité et la valeur ajoutée brute (cf. al. 1). Les autres conditions que doivent remplir les consommateurs finaux pour bénéficier du remboursement figurent aux alinéas 2 à 7.
3.2. Dans l'arrêt entrepris, le Tribunal administratif fédéral estime que les unités d'une personne morale oeuvrant dans des domaines d'activités distincts et dépourvues de la personnalité juridique ne peuvent en elles-mêmes être considérées comme des consommatrices finales au sens de l'<ref-law>. Selon l'autorité précitée, seules des personnes physiques ou morales de droit public ou de droit privé, voire des collectivités - administrations fédérale, cantonale et communale au sens strict mises à part - sont susceptibles de revêtir cette qualité. Les recourants contestent cette interprétation de la notion de consommateur final et considèrent que cette qualité doit être reconnue à son Unité Eaux usées d'une part et à son Unité Eau potable d'autre part.
4.
4.1. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge doit rechercher la véritable portée de la norme au regard notamment de la volonté du législateur telle qu'elle ressort, entre autres, des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique [<ref-ruling> consid. 6.1 p. 287; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 204; arrêt 2C_354/2016 du 13 décembre 2016 consid. 5.1]).
4.2. La lettre de l'<ref-law> ne permet pas de déterminer ce qu'il faut entendre par consommateur final. Quant aux travaux préparatoires relatifs à l'adoption de l'<ref-law>, ils se réfèrent à la notion de consommateur final sans l'expliciter. Il en va de même des travaux préparatoires ayant abouti à l'adoption de l'<ref-law> dans sa version du 1er janvier 2009. Il y a donc lieu de recourir aux autres modes d'interprétation.
4.3. Il ressort des travaux préparatoires que l'allègement introduit par l'ancien <ref-law> dans sa teneur au 1er janvier 2009 était pensé comme une mesure de soutien aux entreprises à forte consommation d'énergie. Etaient mentionnées en exemple des entreprises de l'industrie sidérurgique, du papier, du verre, des fibres synthétiques, du textile, de l'aluminium et des briques/tuiles d'une part et, d'autre part, des entreprises plus petites comme les ateliers de galvanoplastie et de soudure, les fonderies et les fromageries. Le but poursuivi était de préserver les emplois dans le domaine de l'industrie et du commerce via la pérennité des entreprises (cf. interventions Schmid-Sutter, Schweiger et David, BO 2006 CE 882). C'est dans ce même souci que l'<ref-law>, introduit en 2014, a été adopté, permettant de soutenir 300 à 600 entreprises au lieu de 30, comme sous l'<ref-law> dans sa teneur au 1er janvier 2009 (cf. interventions Theiler, BO 2013 CE 375; Bischof, BO 2013 CE 377; Leuthard, BO 2013 CE 379). Les éléments téléologiques qui précèdent ne permettent pas directement d'établir ce qu'il faut entendre par consommateur final. La notion d'entreprise utilisée lors des travaux préparatoires pour se référer aux consommateurs finaux sera examinée au consid. 4.4.3 infra. Quant à la question de savoir quelles entreprises sont couvertes par le but susmentionné, elle sera abordée au consid. 4.5.1 infra.
4.4.
4.4.1. La LApEl définit, à son art. 4 al. 1 let. b, le consommateur final comme le client achetant l'électricité pour ses propres besoins. Si le Conseil national avait initialement défini le consommateur final comme "natürliche oder juristische Person, die Elektrizität für den Eigenverbrauch bezieht" (personne physique ou morale achetant de l'électricité pour ses propres besoins), le Conseil des Etats a estimé qu'il y avait également lieu de prendre en considération les collectivités de personnes achetant de l'électricité pour leurs propres besoins sans revêtir elles-mêmes la qualité de personne physique ou de personne morale ("Nun gibt es auch andere Bezüger, nämlich Personengesamtheiten, welche weder juristische noch natürliche Personen sind, aber auch Energie beziehen"). C'est donc finalement la notion non juridique de client (Kunde) qui a été retenue, celle-ci recouvrant à la fois les personnes physiques, les personnes morales ainsi que les collectivités de personnes (cf. BO 2006 CE 837). Les parlementaires ont ainsi délimité les clients susceptibles de revêtir la qualité de consommateurs finaux au sens de la LApEl de manière large mais exhaustive, ce sans égard à leur statut de droit public ou de droit privé. L'annexe (ch. 2) de la LApEl, entrée en vigueur le 1er janvier 2009, a introduit l'<ref-law> - y compris son al. 3 - dans sa teneur au 1er janvier 2009. Il y a dès lors lieu de penser que la notion de consommateur final au sens de la LEne est identique à celle de la LApEl.
4.4.2. L'ordonnance sur l'approvisionnement en électricité du 14 mars 2008 (OApEl; RS 734.71) est entrée en vigueur en principe le 1er avril 2008. Selon son art. 11 al. 1, entré en vigueur le 1er janvier 2009, la consommation annuelle des douze mois précédant le dernier relevé effectué est déterminante pour fixer le droit d'accès au réseau des consommateurs finaux. La consommation annuelle est la somme de l'énergie électrique qu'un consommateur final soutire ou produit lui-même par site de consommation et par année. Le site de consommation est le lieu d'activité d'un consommateur final qui constitue une unité économique et géographique et qui présente sa propre consommation annuelle effective, indépendamment du nombre de ses points d'injection et de soutirage. Le législateur s'est donc expressément référé aux unités économiques et géographiques d'un consommateur final lorsque cela était nécessaire. L'absence de référence aux unités du consommateur final dans les dispositions de la LEne fondant un droit au remboursement du supplément - adoptées après l'entrée en vigueur de l'OApEl - tend partant à indiquer que celles-ci ne peuvent y prétendre en tant que telles (cf. également, sur la notion de consommateur final, <ref-ruling> consid. 5.3.4 p. 156; arrêt 2C_16/2016 du 16 août 2016 consid. 3.2).
4.4.3. Dans le langage courant, l'entreprise est définie comme "affaire agricole, commerciale ou industrielle, dirigée par une personne morale ou physique privée en vue de produire des biens ou services pour le marché; unité économique de production; firme : entreprise industrielle, commerciale." (cf. http://www.larousse.fr/encyclopedie/divers/ entreprise/48402). La notion d'entreprise peut ainsi avoir une acception économique et une acception juridique. Sur le plan économique, une entreprise est une organisation économique qui a pour vocation de produire des biens et des services destinés à la consommation. Elle a pour objectif la maximalisation du profit - c'est-à-dire qu'elle doit vendre ses produits à un prix supérieur à ses coûts de production (cf. http://www.larousse.fr/encyclopedie/divers/entreprise/48402). Sous l'angle juridique, l'entreprise est synonyme d'unité institutionnelle. L'Office fédéral de la statistique (ci-après OFS) définit cette dernière comme "Plus petite unité juridiquement indépendante. Une unité institutionnelle peut être formée d'un ou de plusieurs établissements. La principale forme d'unité institutionnelle est l'entreprise marchande. Une entreprise marchande peut être de droit privé ou de droit public. Parmi les unités institutionnelles, on trouve encore les institutions sans but lucratif au service des ménages et les unités d'administration de l'administration publique au sens strict." (cf. définitions de l'OFS disponibles sur le site internet https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/ bases-statistiques/definitions.html).
Certaines lois, notamment la loi fédérale sur la réduction des émissions du CO2 du 23 décembre 2011 (loi sur le CO2; RS 641.71) et la loi fédérale sur les cartels et autres restrictions à la concurrence du 6 octobre 1995 (loi sur les cartel, LCart; RS 251), recourent à la notion d'entreprise. L'entreprise au sens de la législation sur le CO2 est définie comme un exploitant d'installations fixes sises sur un emplacement donné. Cette définition correspond à la notion d'établissement utilisée par l'OFS (à savoir une unité locale délimitée géographiquement faisant partie d'une unité institutionnelle où s'exerce une activité économique; cf. définitions disponibles sur le site internet de l'OFS à l'adresse précitée). La LCart prévoit quant à elle que toute entreprise - à l'exception des monopoles de droit, en particulier les mandats cantonaux et communaux d'approvisionnement, comme par exemple dans les domaines de l'approvisionnement en eau, en gaz ou en électricité (cf. <ref-law>; arrêt 1C_441/2011 du 9 mars 2012 consid. 7.2) - engagée dans le processus économique, qui offre ou acquiert des biens ou des services, indépendamment de son organisation ou de sa forme juridique, lui est soumise (cf. <ref-law>). Dans le cas de la législation sur le CO2, la notion d'entreprise a ainsi un contenu essentiellement géographique alors que dans la LCart, son contenu est principalement économique. Ces entreprises ne doivent en d'autres termes pas revêtir la personnalité juridique pour jouir des droits ou supporter les obligations découlant des législations les définissant, alors même qu'en droit suisse, l'aptitude à être titulaire de droits et obligations dépend de la personnalité juridique et que seules les personnes physiques et les personnes morales jouissent en principe de cette qualité (cf. art. 11 ss et 52 ss CC). Il apparaît ainsi que le législateur précise expressément les cas dans lesquels des entités dépourvues de la personnalité juridique peuvent acquérir des droits et des obligations. La société en nom collectif et la société en commandite simple ainsi que, dans le cadre délimité de la LApEl, les unités économiques et géographiques mentionnées à l'<ref-law> (cf. consid. 4.4.2 supra) en sont des exemples. Le terme entreprise ne figure ni à l'<ref-law> dans sa teneur au 1er janvier 2009 ni dans l'<ref-law>. Lors des travaux préparatoires relatifs à l'adoption desdits articles, le terme " entreprise " n'a fait l'objet d'aucune spécification. Cela étant et à défaut d'éléments permettant de déduire le contraire, l'on ne saurait retenir que les entreprises prétendant au droit au remboursement du supplément selon la LEne pourraient être dispensées de la personnalité juridique respectivement de la quasi personnalité juridique comme dans la LCart ou la Loi sur le CO2.
4.5.
4.5.1. La somme de ces éléments d'interprétation mène à la conclusion que peuvent revêtir la qualité de consommateur final au sens de l'<ref-law> les personnes et entités dotées de la personnalité juridique - ou, à tout le moins, de la quasi personnalité juridique - ainsi que les collectivités. Seuls la pérennité de ces consommateurs finaux et les emplois que ceux-ci offrent méritent d'être protégés via le droit au remboursement du supplément prévu par la LEne. Ce dernier ne saurait en aucun cas servir à une pure optimisation financière. Calculer l'intensité électrique - soit le rapport déterminant entre les coûts d'électricité et la valeur ajoutée brute mentionnés à l'<ref-law> pour établir le droit au remboursement du supplément - sur la base des données du consommateur final dans son ensemble permet d'éviter cet écueil, d'une part, et de garantir un traitement équitable de tous les consommateurs finaux, quelle que soit leur organisation interne, d'autre part. Cette question n'a toutefois pas à être examinée plus avant dès lors qu'elle ne fait pas l'objet du présent litige.
4.5.2. En l'occurrence, l'Unité Eaux usées et l'Unité Eau potable sont de simples structures organisées au sein d'un ensemble plus vaste, à savoir les recourants. Celles-là ne sont ni des personnes physiques, ni des personnes morales ni des collectivités achetant de l'énergie pour leurs propres besoins. Elles sont dépourvues de la personnalité juridique et ne jouissent pas non plus de la quasi personnalité. Les recourants ne soutiennent pas le contraire. Dans ces conditions, l'Unité Eaux usées et l'Unité Eau potable des recourants ne sauraient, en tant que telles, revêtir la qualité de consommateur final au sens de l'<ref-law> et prétendre au remboursement du supplément. Au regard de la LEne, ce sont ainsi les recourants et non pas ses unités qui achètent, consomment voire transforment l'électricité. Le fait que les unités des recourants soient obligées de tenir des comptes individuels en vertu de la législation cantonale - notamment en matière d'électricité - ne saurait modifier cette conclusion. L'usage qui est fait de ces comptes, y compris en matière de contrôle de la tarification des eaux usées, importe peu. Il en va de même de l'absence de mention, dans la directive d'exécution de l'OFEN sur le remboursement du supplément réseau, de la personnalité juridique dont doivent jouir les consommateurs finaux - collectivités exceptées - pour prétendre au remboursement du supplément. Quant au grief des recourants relatif à une violation de l'égalité de traitement par rapport à la société ProRheno SA, il est irrecevable faute de motivation suffisante (<ref-law>; consid. 2.1 supra). L'on peut toutefois relever que la situation de cette société, qui déploie une activité similaire à celle de l'Unité Eaux usées et s'est vu reconnaître la qualité de consommateur final dans son principe, se distingue de cette dernière par sa personnalité juridique.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Au vu de l'issue du litige, les frais sont mis à la charge des recourants, qui succombent (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à charge des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Office fédéral de l'énergie OFEN, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication.
Lausanne, le 30 mars 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens