Faits :
A.
A._ travaille comme enseignant pour l'Etat de Vaud depuis le 1 er août 2012. A ce titre, il est assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de Mutuel Assurances SA. Dans une déclaration d'accident-bagatelle LAA du 7 juin 2013, son employeur a annoncé à Mutuel Assurances SA que l'assuré avait subi une déchirure du genou droit le 25 avril 2013, décrivant en ces termes le déroulement des faits: "en voulant changer de direction, la jambe est restée droite et le genou a craqué". Le 30 avril 2013, l'assuré a consulté la doctoresse B._, spécialiste en médecine interne générale, qui a posé le diagnostic de contusion du genou droit à la suite d'un trauma du genou "en jouant au foot". Le cas a été pris en charge par l'assureur-accidents. Une imagerie par résonance magnétique (IRM) du genou a été pratiquée le 29 mai 2013 par le docteur C._, spécialiste FMH en radiologie, lequel a fait état d'une déchirure complète du ligament croisé antérieur (LCA) et de plusieurs contusions osseuses. L'assuré a informé l'assureur-accidents qu'il avait déjà subi une déchirure partielle du LCA le 8 mai 2011 également en jouant au football. Un traitement conservateur avait alors été proposé. Le 10 septembre 2013, le docteur D._, médecin adjoint au département locomoteur de l'Hôpital E._, médecin du sport, a informé Mutuel Assurances SA qu'il avait reçu l'assuré en consultation le 21 mai 2013. Il a fait état d'une re-rupture du LCA droit et indiqué qu'une intervention était prévue. L'assuré a subi une plastie du LCA droit aux tendons ischiojambiers le 6 janvier 2014 réalisée par le docteur F._, chef de clinique au service d'orthopédie et de traumatologie de l'Hôpital E._. Le 31 janvier 2014, l'Hôpital E._ a transmis à Mutuel Assurances SA un rapport du 1 er juin 2011 établi par les docteurs G._ et H._, respectivement professeur associé et médecin assistant au service de radiodiagnostic et radiologie interventionnelle de l'Hôpital E._, relatif à une IRM du genou droit de l'assuré et concluant à une déchirure en plein corps du LCA proximal et une contusion osseuse du condyle fémoral externe et du plateau externe postérieur du tibia, sans trait de fracture visible. Mutuel Assurances SA a soumis le cas à son médecin-conseil, le docteur I._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, lequel a considéré que la relation de causalité naturelle entre l'événement mineur survenu le 25 avril 2013 et l'intervention chirurgicale du 6 janvier 2014 paraissait hautement, voire très hautement improbable (cf. rapport du 16 mars 2014). Par décision du 31 mars 2014, confirmée sur opposition le 10 septembre 2014, Mutuel Assurances SA a refusé de prendre en charge les conséquences des troubles de l'assuré au genou droit, postérieurement au 30 juin 2013.
B.
A._ a déféré cette décision sur opposition à la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice du canton de Genève. Le 5 mai 2015, le juge instructeur a soumis un questionnaire au docteur D._, lequel a répondu le 13 mai 2015. Par arrêt du 9 novembre 2015, la juridiction cantonale a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 10 septembre 2014 et condamné Mutuel Assurances SA à reprendre le versement des prestations dues au recourant au-delà du 30 juin 2013.
C.
Mutuel Assurances SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation.
Tant A._ que l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le litige porte sur le point de savoir si la recourante était fondée, par sa décision sur opposition du 10 septembre 2014, à supprimer le droit de l'intimé à des prestations d'assurance (frais de traitement et indemnité journalière) pour les troubles liés à la lésion du LCA postérieurement au 30 juin 2013.
3.
3.1. Selon l'art. 6 al. 1 LAA, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Est réputée accident toute atteinte dommageable, soudaine et involontaire, portée au corps humain par une cause extérieure extraordinaire qui compromet la santé physique, mentale ou psychique ou qui entraîne la mort (art. 4 LPGA; RS 830.1).
3.2. Aux termes de l'art. 6 al. 2 LAA, le Conseil fédéral peut inclure dans l'assurance-accidents des lésions corporelles qui sont semblables aux conséquences d'un accident. En vertu de cette délégation de compétence, il a édicté l'art. 9 al. 2 OLAA (RS 832.202), selon lequel certaines lésions corporelles sont assimilées à un accident même si elles ne sont pas causées par un facteur extérieur de caractère extraordinaire, pour autant qu'elles ne soient pas manifestement imputables à une maladie ou à des phénomènes dégénératifs. A l'exception du caractère extraordinaire de la cause extérieure, toutes les autres conditions constitutives de la notion d'accident mentionnées à l'art. 4 LPGA doivent donc être réalisées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 328). La liste exhaustive de l'art. 9 al. 2 OLAA mentionne les lésions de ligaments (let. g).
4.
4.1. En l'espèce, il n'est pas contesté que la contusion subie par l'assuré le 25 avril 2013 a déclenché les symptômes ressentis par ce dernier au niveau du genou droit et que l'IRM pratiquée le 29 mai 2013 a mis en évidence une déchirure complète du LCA, soit une lésion corporelle assimilée à un accident au sens de l'art. 9 al. 2 let. g OLAA.
4.2. La recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir considéré comme établi avec un degré de vraisemblance prépondérante que l'assuré avait subi en avril 2013 une nouvelle rupture de son LCA. Il reproche en outre aux premiers juges d'avoir écarté sans motif valable l'avis du docteur I._ et de s'être essentiellement fondé sur celui du docteur D._. Or, l'avis de ce dernier avait été pris sans en informer préalablement la recourante et sans lui donner la possibilité de participer à la démarche, notamment quant à la formulation des questions.
5.
5.1.
5.1.1. La notion de lésion assimilée à un accident a pour but d'éviter, au profit de l'assuré, la distinction souvent difficile entre maladie et accident. Aussi, les assureurs-accidents LAA doivent-ils assumer un risque qui, en raison de la distinction précitée, devrait en principe être couvert par l'assurance-maladie. Les lésions mentionnées à l'art. 9 al. 2 OLAA sont assimilées à un accident même si elles ont, pour l'essentiel, une origine vraisemblablement maladive ou dégénérative, pour autant qu'une cause extérieure ait, au moins, déclenché les symptômes dont souffre l'assuré (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 328; <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2b p. 44; <ref-ruling> consid. 2c p. 147; <ref-ruling> consid. 3c p. 301).
5.1.2. On précisera qu'en ce qui concerne l'art. 9 al. 2 OLAA, on ne peut admettre qu'une lésion assimilée - malgré son origine en grande partie dégénérative - a fait place à l'état de santé dans lequel l'assuré se serait trouvé sans l'incident du 25 avril 2013 (retour au statu quo sine), tant que le caractère désormais exclusivement maladif ou dégénératif de l'atteinte à la santé n'est pas clairement établi (cf. arrêts 8C_358/2015 du 14 mars 2016 consid. 6.2.1; 8C_357/2007 du 31 janvier 2008 consid. 2; arrêt du Tribunal fédéral des assurances U 220/02 du 6 août 2003 consid. 2).
5.2. En l'espèce, le docteur I._ a constaté que l'IRM du 29 mai 2013 n'avait pas mis en évidence, hormis les contusions osseuses, de lésion traumatique aiguë, voire sub-aiguë. Il a noté que le LCA était en forme de reliquat, sans élément inflammatoire significatif et qu'il n'y avait pas eu d'épanchement significatif. Selon lui, l'épisode d'instabilité du 25 avril 2013, hormis une contusion osseuse, n'avait pas modifié de manière significative l'architecture intra-articulaire du genou, en particulier du pivot central mais avait tout au plus servi à remettre en évidence les lésions anciennes du LCA, dont l'incompétence avait conduit à l'instabilité. Le délai d'atteinte du statu quo ante/sine ne devait pas dépasser un maximum de 6 semaines, "période qui inclut ainsi l'IRM, qui constitue un élément déterminant dans l'appréciation du dossier". Au-delà de cette période, le docteur I._ a considéré que le cursus du genou était régi par son état préexistant.
Pour sa part, le docteur D._ a indiqué que l'intervention chirurgicale du 7 janvier (recte: 6 janvier) 2014 avait indubitablement été nécessitée par l'événement du 25 avril 2013. A la question de savoir si ladite intervention avait été rendue nécessaire par celui du 8 mai 2011, le docteur D._ a aussi répondu par l'affirmative, précisant qu'après ce premier événement, l'assuré avait présenté une rupture du LCA et bénéficié d'un traitement conservateur. Il a ajouté que dans trois-quarts des cas, le LCA pouvait "guérir" en se fixant sur le ligament croisé postérieur. Cependant, personne ne pouvait indiquer le degré de solidité de ce montage. En outre, dans ce cas, il existait très souvent une instabilité rotatoire résiduelle. Selon le docteur D._, tant la lésion du 8 mai 2011 que celle du 25 avril 2013 étaient à l'origine de l'intervention du 6 janvier 2014. Il n'était cependant pas en mesure de dire si l'intervention chirurgicale du 6 janvier 2014 aurait été nécessaire tôt ou tard même sans l'événement du 25 avril 2013. Il a expliqué que tel que décrit par l'assuré, celui-ci avait été un mouvement de rotation qui avait démontré l'incompétence du néo-ligament, donc une instabilité rotatoire. Il y avait un nouveau phénomène d'entorse qui se manifestait sur l'IRM par un oedème osseux.
5.3. On peut déduire de ces avis que la lésion du genou consécutive à la contusion du 25 avril 2013 est due à une instabilité rotatoire qui avait subsisté après une première déchirure survenue en 2011. L'incident du 25 avril 2013 est certes lié à cette instabilité, mais il n'en a pas moins causé une nouvelle rupture du LCA (ou une "re-rupture" selon les termes du docteur D._). Le docteur F._ s'est exprimé dans le même sens en faisant état d'une "rupture du ligament croisé antérieur du genou droit suite à une entorse en mai (recte: avril) 2013" (cf. rapport du 27 janvier 2014). Cela étant, on ne peut affirmer que l'atteinte à la santé était clairement et exclusivement due à un état antérieur après un délai de six semaines. Le docteur I._ a fixé ce délai de six semaines de manière aléatoire, uniquement en fonction de la date de l'IRM pratiquée par le docteur C._ (29 mai 2013). Or, comme le relève d'ailleurs la recourante, si le docteur C._ a décrit une déchirure complète du LCA, il n'a pas précisé si celle-ci était récente ou ancienne. On ne peut rien tirer de l'IRM quant au moment d'un retour possible au statu quo ante ou de l'émergence éventuelle d'un statu quo sine. Par conséquent, c'est à juste titre que les premiers juges ont retenu qu'il incombait à la recourante de prendre en charge les conséquences de l'événement du 25 avril 2013, en particulier les frais liés à l'intervention du 6 janvier 2014.
5.4. Quant au fait que les parties n'ont pas été invitées à participer au complément d'instruction mené par la cour cantonale, la recourante n'en tire aucune déduction juridique, de sorte qu'il n'y a pas lieu de se prononcer sur cette critique (art. 42 al. 2 LTF).
6.
La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 13 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin