Faits :
A.
Depuis le 19 février 2016, le Ministère public de la Confédération (MPC) mène une enquête pénale contre A._ et B._ pour participation et/ou soutien à une organisation criminelle (art. 260ter CP), ainsi que pour violation de l'art. 2 de la loi fédérale du 12 décembre 2014 interdisant les groupes "Al-Qaïda" et "Etat islamique" et les organisations apparentées (RS 122) [...].
En raison de ces soupçons, A._ a été arrêté le 9 août 2016 et, par ordonnance du 12 suivant, le Tribunal des mesures de contrainte du canton de Berne (Tmc) a ordonné son placement en détention provisoire pour trois mois. Cette mesure a été prolongée le 17 novembre 2016 jusqu'au 8 février 2017, puis le 10 février 2017 jusqu'au 8 mai 2017. Dans cette seconde ordonnance, le Tmc a retenu l'existence de forts soupçons de la commission d'infractions et celle d'un risque de collusion; cette autorité a également invité le MPC à examiner, d'ici au 24 février 2017, les conditions de détention imposées à A._ à la Prison de C._.
B.
Le 23 mars 2017, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté le recours intenté contre cette ordonnance par A._.
Cette autorité a retenu l'existence de forts soupçons de la commission d'infractions en se référant au rapport de la Police judiciaire fédérale du 10 février 2016 en lien avec les informations reçues par le Service de renseignement de la Confédération [...], aux mesures de surveillance téléphonique [...] et aux auditions effectuées par le MPC, notamment de la famille de B._ [...], de A._ [...], ainsi que de B._ [...] (cf. consid. 3.1.3 et 3.2).
Selon la Cour des plaintes, un risque de collusion - qu'aucune mesure de substitution ne permettait de pallier (cf. consid. 6) - devait être retenu dès lors que ce danger ne concernait pas uniquement le prévenu B._, mais également d'autres "nombreux individus non identifiés". L'autorité de jugement a également fait état de la commission rogatoire à l'étranger qui permettra notamment d'examiner les relations de A._ avec un prévenu dans la procédure étrangère [...]. La Cour des plaintes a encore relevé que les recherches du MPC avaient mis en lumière deux versements de EUR 4'400.- de A._ en faveur du prévenu de la procédure étrangère, faits niés dans la procédure suisse, mais finalement admis au cours de l'instruction étrangère (cf. consid. 4.1); ces contradictions laissaient à penser que A._ pouvait encore cacher certains éléments et qu'en cas de remise en liberté, il pourrait prendre contact avec des témoins et/ou des prévenus afin d'influencer leurs déclarations (cf. consid. 4.3). Selon la cour du Tribunal pénal fédéral, la durée de la détention provisoire subie ne violait pas le principe de proportionnalité (cf. consid. 7.1); tel était également le cas de celui de célérité au regard de l'avancement de la procédure (cf. consid. 7.2).
En l'absence de décision de la part du Tmc sur les conditions de détention, la Cour des plaintes a déclaré irrecevables les griefs y relatifs (cf. consid. 8).
Enfin, faute de chance de succès, l'assistance judiciaire a été refusée à A._ (cf. consid. 10); les frais judiciaires, fixés à 200 fr., ont été mis à la charge de ce dernier (cf. consid. 11).
C.
Par acte du 26 avril 2017, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, à celle de l'ordonnance du Tmc du 10 février 2017 et à sa libération immédiate. Le recourant sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer, le MPC et l'autorité précédente ont renoncé à déposer des observations. Ont été produits les dossiers de la Cour des plaintes (B_1 - lequel contient sous forme de CD le dossier du M_1 - et B_2 relatif à l'assistance judiciaire), ainsi que ceux du Tmc (T_1, T_2 et T_3).
Par courrier du 11 mai 2017, le recourant a déclaré avoir été remis en liberté le 8 mai 2017, à la suite du prononcé de mesures de substitution le 2 mai 2017 par le Tmc. Il a en conséquence déclaré retirer ses conclusions en lien avec la détention provisoire, mais maintenir celles concernant le refus de l'assistance judiciaire pour la procédure de recours et la mise à sa charge des frais judiciaires.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral qui portent sur des mesures de contrainte, dont font partie les décisions relatives à la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté au sens des art. 212 ss CPP (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 93).
L'arrêt entrepris confirme la prolongation de la détention provisoire du recourant et rejette sa demande d'assistance judiciaire pour la procédure de recours y relative. Vu le courrier du 11 mai 2017, le maintien en détention provisoire jusqu'au 8 mai 2017 n'est plus remis en cause et seul le refus de l'assistance judiciaire est encore contesté devant le Tribunal fédéral, l'objet du litige étant ainsi limité à cette problématique.
En principe, les décisions relatives à l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure d'instruction, respectivement en lien avec la portée de celle-ci, ne sont pas des mesures de contrainte au sens de l'art. 79 LTF et les recours y relatifs sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 68 s.). En l'espèce, la question de l'assistance judiciaire ne concerne cependant que la procédure de recours devant la Cour des plaintes. De plus, le refus de l'assistance judiciaire est justifié par le résultat de la procédure au fond (absence de chance de succès du recours contre le maintien en détention provisoire). Dans ces circonstances particulières où la question soulevée devant le Tribunal fédéral est étroitement liée à la mesure de contrainte, le recours en matière pénale est ouvert (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 69).
1.2. Le refus d'accorder l'assistance judiciaire pour des procédures de recours est susceptible de causer au recourant un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, dès lors notamment qu'il implique le maintien des frais de procédure mis à sa charge et qu'il se trouve privé du droit à la rémunération de son avocat (<ref-ruling> consid. 4 p. 338; arrêts 1B_488/2016 du 24 janvier 2017 consid. 1.1; 1B_81/2016 du 25 avril 2016 consid. 2.1). Le recourant dispose également d'un intérêt juridique à l'annulation ou la modification de la décision entreprise (art. 81 al. 1 LTF). Le recours, dont les conclusions sont recevables (art. 107 LTF), a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et il y a lieu par conséquent d'entrer en matière.
2.
Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir rejeté sa demande d'assistance judiciaire pour la procédure de recours, faute de chance de succès (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 139 s.; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 397 et les arrêts cités; arrêt 1B_257/2013 du 28 octobre 2013 consid. 2.1 publié in SJ 2014 I 273 en lien avec l'art. 132 CPP et <ref-ruling> consid. 3.2 p. 99 concernant l'art. 29 al. 3 Cst.).
Il ne conteste en revanche pas que cette question - certes avec une certaine retenue - doive être examinée dans le cadre d'une requête d'assistance judiciaire concernant une procédure de recours, y compris lorsque celle-ci porte sur une mesure de détention (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 214; arrêt 1B_488/2016 du 24 janvier 2017 consid. 2). Il lui appartient dès lors de développer une argumentation permettant de comprendre en quoi son recours devant la Cour des plaintes aurait pu, le cas échéant, aboutir sur la question de la détention, ce qu'il ne fait pas. En effet, se limiter à soutenir que la décision attaquée serait arbitraire, que la détention subie serait injuste et discriminatoire et que, dès lors, toute personne dans cette situation aurait déposé un recours ne remplit pas les exigences de motivation au sens de l'art. 42 al. 2 LTF. Le recourant ne mentionne d'ailleurs pas quels arguments soulevés devant la juridiction précédente, voire ceux qui auraient été ignorés par celle-ci, démontreraient avec une certaine vraisemblance que son recours au Tribunal pénal fédéral n'aurait pas été dénué de chances de succès. Sauf à considérer que l'assistance judiciaire devrait être octroyée à toutes les procédures de recours relatives à la détention - ce qui est contraire à la jurisprudence rappelée ci-dessus -, le fait de contester ladite mesure ne suffit pas; cela vaut d'autant plus lorsque les arguments développés tendent essentiellement à substituer sa propre appréciation des faits à celle retenue dans la décision attaquée.
Si le recourant semble aussi soutenir qu'il n'aurait pas été invité à motiver ses éventuelles chances de succès par l'autorité précédente - ce qui serait contraire à la bonne foi -, il a pourtant lui-même déjà évoqué cette problématique dans son mémoire de recours du 27 février 2017. De plus, l'envoi par la Cour des plaintes du formulaire d'assistance judiciaire le 28 suivant permet également de considérer que le recourant, assisté d'un mandataire professionnel, n'ignorait plus que cette question particulière allait être examinée et que le statut de défenseur d'office du second pourrait ne pas suffire pour cette procédure spécifique. Sa réponse du 9 mars suivant ne contient d'ailleurs pas que des éléments relatifs à l'indigence, mais de - certes très brèves - considérations sur le fond (détention depuis plus d'un an qui impliquerait que le recours serait "totalement justifié").
Dans la mesure où l'ordonnance du 2 mai 2017 du Tmc serait recevable - étant ultérieure au jugement attaqué (art. 99 al. 1 LTF) -, elle ne permet pas d'avoir une appréciation différente des chances de succès du recours déposé - antérieurement - devant la Cour des plaintes. En effet, la remise en liberté du recourant n'est intervenue que le 8 mai 2017, soit à l'échéance de la durée de la détention autorisée par le Tmc dans son ordonnance du 10 février 2017. De plus, l'ordonnance du 2 mai 2017 ne constate pas l'absence de soupçons suffisants de la commission d'infractions. Le Tmc ne retient pas non plus qu'il n'existerait pas ou plus de risque de collusion, mais uniquement que celui-ci ne justifie plus le maintien en détention provisoire du recourant dès lors qu'au vu de l'avancement de l'instruction (cf. notamment les auditions menées jusqu'au 10 avril 2017), des mesures de substitution paraissent à même de pouvoir - dès mai 2017 - éviter que ce danger n'entrave la suite de l'instruction.
Au regard de ces considérations, le refus par la juridiction précédente d'octroyer l'assistance judiciaire pour la procédure de recours ne viole pas le droit fédéral et, en conséquence, ce grief doit être écarté.
Le recourant ne conteste pas que les frais de la procédure doivent être dès lors mis à sa charge. Il ne remet pas non plus en cause le montant de ceux-ci.
3.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui succombe, a demandé l'octroi de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale (art. 64 al. 1 LTF). Vu l'issue du litige, le recours était cependant dénué de chances de succès et cette requête doit être rejetée. Il y a lieu cependant de statuer exceptionnellement sans frais (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas accordé de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire pour la procédure fédérale est rejetée.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens pour la procédure fédérale.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 15 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf