Sachverhalt:
A.
Die D._ AG war für die berufliche Vorsorge an die Gemeinschaftsstiftung PK-SBV, Pensionskasse Schweizerischer Baumeisterverband (nachfolgend: Pensionskasse) angeschlossen. Deren Deckungsgrad betrug per 31. Dezember 2012 117,6 %. Die Arbeitgeberin wurde per 1. Oktober 2012 von der A._ AG übernommen. In der Folge wurden die Vorsorgeguthaben der davon betroffenen 86 Mitarbeiter per 1. Januar 2013 an die Vorsorge B._ übertragen.
Die Pensionskasse lehnte die Durchführung einer Teilliquidation ab. Die BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich (BVS) schützte diese Auffassung mit Verfügung vom 13. Juli 2015.
B.
Dagegen erhoben die A._ AG, die Vorsorge B._ und C._ (als betroffener Arbeitnehmer) Beschwerde. Diese hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 1. September 2016 teilweise gut; es hob die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache an die BVS zurück, damit sie die Pensionskasse zur Durchführung einer Teilliquidation infolge Kündigung des Anschlussvertrages seitens der D._ AG anhalte. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Die Pensionskasse lässt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen, der Entscheid vom 1. September 2016 sei aufzuheben und die Verfügung vom 13. Juli 2015 zu bestätigen; eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die BVS zurückzuweisen.
Die A._ AG, die Vorsorge B._ und C._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Sozialversicherungen und die BVS verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
1.1. Formell betrachtet handelt es sich beim angefochtenen Entscheid um einen Rückweisungsentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar ist. Da indessen die Rückweisung lediglich noch der Umsetzung des von der Vorinstanz Angeordneten dient, wobei der Verwaltung kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, liegt in Wirklichkeit ein Endentscheid nach <ref-law> vor (SVR 2017 EL Nr. 1 S. 1, 9C_333/2016 E. 1; 2015 EL Nr. 5 S. 13, 9C_620/2014 E. 1.2; Urteil 8C_183/2015 vom 17. November 2015 E. 1).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die vorgebrachten Rügen, sofern eine Rechtsverletzung nicht geradezu offensichtlich ist. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.
Zu prüfen ist, ob die Pensionskasse infolge Auflösung des Anschlussvertrages mit der D._ AG per 31. Dezember 2012 eine Teilliquidation vorzunehmen hat.
2.1. Gemäss Art. 53b Abs. 1 BVG regeln die Vorsorgeeinrichtungen in ihren Reglementen die Voraussetzungen und das Verfahren zur Teilliquidation. Die Voraussetzungen für eine Teilliquidation sind vermutungsweise erfüllt, wenn eine erhebliche Verminderung der Belegschaft erfolgt (lit. a), oder eine Unternehmung restrukturiert wird (lit. b), oder aber der Anschlussvertrag aufgelöst wird (lit. c; vgl. zur Ausschliesslichkeit und Alternativität der Tatbestandsvoraussetzungen <ref-ruling> E. 6.1 S. 362; <ref-ruling> E. 8.2 S. 325 f.).
2.2. Das ab 1. Juni 2009 geltende Reglement Teilliquidation der Pensionskasse (nachfolgend: Teilliquidationsreglement) sieht in Ziff. 3 vor, dass die Voraussetzungen für den Tatbestand der Teilliquidation im Sinne von Art. 53b Abs. 1 BVG vermutungsweise als erfüllt gelten, wenn eine erhebliche Veränderung des Versichertenbestandes erfolgt, d.h. mindestens 10 % der aktiv Versicherten ausscheiden (Ziff. 3.1), oder eine erhebliche Anzahl angeschlossener Mitgliedfirmen den Anschlussvertrag auflösen, d.h. mindestens 10 % der angeschlossenen Betriebe (Ziff. 3.2), oder eine angeschlossene Mitgliedfirma mit mindestens 500 aktiv Versicherten Restrukturierungsmassnahmen durchführt und 10 % der aktiv Versicherten dieser Mitgliedfirma dadurch unfreiwillig aus der Mitgliedfirma ausscheiden (Ziff. 3.3).
Relevanter Zeitraum für die Festlegung der Abgänge nach den Ziffern 3.1 und 3.2 ist das Geschäftsjahr der Pensionskasse (Ziff. 11 Abs. 1 Teilliquidationsreglement).
3.
Die Pensionskasse bestreitet zunächst eine gültige Auflösung des Anschlussvertrages der D._ AG per 31. Dezember 2012. Es sei eine Mindestvertragsdauer bis Ende 2014 vereinbart gewesen, weshalb der Teilliquidationstatbestand nach Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG nicht erfüllt sei.
3.1. Es steht für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 1.2) fest, dass sämtliche Angestellten der D._ AG von der A._ AG mittels Absorptionsfusion übernommen wurden. Dabei wurden neue Anstellungsverträge abgeschlossen, die einen Eintritt in die Vorsorge B._ vorsahen. An diese übertrug die Pensionskasse per 1. Januar 2013 die Vorsorgeguthaben der übernommenen Mitarbeiter. Die D._ AG wurde am xxx 2013 im Handelsregister gelöscht (vgl. zur Gerichtsnotorietät von Handelsregistereinträgen <ref-ruling> E. 4.1 S. 89 f.).
3.2. Aus dem - auch von der Pensionskasse zitierten - Urteil 2A.425/2000 vom 10. Juli 2001, das ebenfalls von einer fusionsweisen Firmenübernahme und damit verbundenen Teilliquidation handelt, insbesondere aus seiner Erwägung 2c, ergibt sich in Bezug auf den hier zu beurteilenden Sachverhalt Folgendes: Unabhängig der Vertragsbedingungen, die zwischen der Pensionskasse und der D._ AG galten, liegt infolge des Eintritts der übernommenen Arbeitnehmer in die Vorsorge B._ ein Freizügigkeitsfall gemäss Art. 2 Abs. 1 FZG (Anspruch auf eine Austrittsleistung) und Art. 3 Abs. 1 FZG (Überweisung der Austrittsleistung an die neue Vorsorgeeinrichtung) vor, der die Pensionskasse grundsätzlich verpflichtet, die entsprechenden Austrittsleistungen der Vorsorge B._ zu überweisen sowie (grundsätzlich; vgl. E. 4) eine Teilliquidation durchzuführen; über die Nichterfüllung des Anschlussvertrages mit der Pensionskasse ist nicht im aufsichtsrechtlichen Verfahren zu befinden. Beizufügen ist, dass im vorliegenden Punkt - anders als bei einem (Zwangs-) Anschluss an die Auffangeinrichtung - eine privatrechtliche Rechtsbeziehung gegeben ist (vgl. Urteil 9C_141/2013 vom 7. April 2013 E. 2.1).
Ersterer Verpflichtung - Überweisung der Austrittsleistung an die Vorsorge B._ - ist die Pensionskasse von sich aus nachgekommen. Soweit sie sich der Durchführung einer Teilliquidation mit dem (sinngemässen) Einwand zu entziehen versucht, aus dem zitierten Urteil gehe der massgebliche Teilliquidationstatbestand nach dem damals, bis Ende 2004 in Kraft gewesenen Art. 23 Abs. 4 FZG (AS 1994 2386) nicht hervor, weshalb es letztlich nicht einschlägig sein könne, so kann dem nicht gefolgt werden. Abgesehen davon, dass die altrechtlichen Tatbestände von (a) Art. 23 Abs. 4 FZG in materieller Hinsicht in Art. 53b Abs. 1 BVG übernommen wurden (<ref-ruling> E. 3.1.2 S. 78), erhellt sowohl aus Erwägung 1b als auch aus der Haupterwägung 2 des besagten Urteils 2A.425/2000, dass ausschliesslich die (vorfrageweise) Klärung des Anschlussverhältnisses über die Verpflichtung, eine Teilliquidation durchzuführen, entschied. Dies zu Recht: Sowohl hier als auch im Urteil 2A.425/2000 wird resp. wurde die berufliche Vorsorge von einer neuen, aber weiterhin für alle gleichen Vorsorgeeinrichtung abgewickelt. Demgegenüber zeichnen sich die beiden Tatbestände der erheblichen Verminderung der Belegschaft und der Restrukturierung dadurch aus, dass es für einen Teil der Angestellten keine Weiterbeschäftigung gibt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 8.3 S. 326 f.; so denn auch Ziff. 3.1 und 3.3 des Teilliquidationsreglements).
3.3. Nach dem Gesagten steht fest, dass mit dem Eintritt sämtlicher Arbeitnehmer der D._ AG in die eigene Vorsorgeeinrichtung der A._ AG der Teilliquidationstatbestand von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG erfüllt wird. Der vorinstanzliche Entscheid ist insoweit im Ergebnis zu bestätigen.
4.
Streitig ist sodann, ob die Pensionskasse den gesetzlichen Tatbestand von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG in Ziff. 3.2 Teilliquidationsreglement dahingehend konkretisieren durfte, dass eine Teilliquidation nicht schon bei Auflösung eines einzelnen Anschlussvertrages durchzuführen ist, sondern erst, wenn mindestens 10 % der angeschlossenen Arbeitgeber den Anschlussvertrag auflösen.
4.1. Anders als die Beschwerdegegner glauben zu machen versuchen, hat das Bundesgericht in BGE <ref-ruling> E. 10.2 S. 329 erwogen, dass Gemeinschaftseinrichtungen auf Grund ihrer Eigenart - insbesondere führen sie keine getrennte Rechnung je angeschlossenen Arbeitgeber (vgl. <ref-ruling> E. 6.4.1 S. 36) - zu allen drei Tatbeständen von Art. 53b Abs. 1 BVG im Teilliquidationsreglement ein ergänzendes Kriterium wie eine Verminderung des Gesamtversichertenbestandes oder des Gesamtdeckungskapitals vorsehen können. <ref-ruling> E. 6.5.3 S. 365 ändert daran nichts. Zum einen ging es in diesem Urteil nicht um eine Sonderordnung bei Gemeinschaftseinrichtungen, und der Destinatärkreis ging auch nicht über die Mitarbeitenden der Stifterfirma hinaus, d.h. keine weiteren Arbeitgeber waren der (Wohlfahrts-) Stiftung angeschlossen. Zum andern betrifft die reglementarische Präzisierung von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG - anders als jene von lit. a und b - nicht den Tatbestand. Vielmehr ist sie rechtlicher Natur und berührt das Rechtsverhältnis zwischen Vorsorgeeinrichtung und angeschlossenem Betrieb (vgl. E. 3.2 Abs. 2). Soll nicht jede Auflösung eines Anschlussvertrages zu einer Teilliquidation führen, geht es um eine widerlegbare Rechtsvermutung (vgl. dazu KURT C. SCHWEIZER, Folgen der nicht widerlegten Teilliquidationsvermutung, Labyrinth Teilliquidation, in: SPV 2017 Heft 1 S. 93 f., und SPÜHLER/DOLGE/GEHRI, Schweizerisches Zivilprozessrecht und Grundzüge des internationalen Zivilprozessrechts, 9. Aufl. 2010, S. 235 Rz. 56-60). Der Tatbestand bleibt dabei gleich: Entweder ist ein Anschlussvertrag aufgelöst oder er ist es nicht; und ist er es, so ist diese Tatsache unumstösslich.
4.2.
4.2.1. Die Vorinstanz erblickt im blossen Abstellen auf die Anzahl der austretenden Betriebe eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebotes: Die Auflösung eines einzigen Anschlussvertrages mit einer Vielzahl von Angestellten (aber weniger als 10 % der Aktivversicherten) würde gemäss Ziff. 3.1 des Teilliquidationsreglementes keine Teilliquidation nach sich ziehen, die Auflösung einer erheblichen Zahl der Anschlussverträge von Kleinstunternehmen mit einer gesamthaft viel geringeren Zahl von Angestellten dagegen schon. Die Tatbestände von Art. 53b Abs. 1 BVG sind jedoch eigenständig. Die jeweiligen Hürden können und sollen unterschiedlich sein. Entsprechend lassen sich die Voraussetzungen von Ziff. 3.1 und 3.2 Teilliquidationsreglement von vornherein nicht miteinander vergleichen.
4.2.2. Bei Gemeinschaftseinrichtungen rechtfertigen regelmässig Praktikabilitätsüberlegungen und das Verhältnismässigkeitsprinzip die Statuierung eines Zusatzkriteriums. Andernfalls befindet sich die Vorsorgeeinrichtung in einem Zustand permanenter Teilliquidation, indem bereits der mit der Auflösung eines einzigen Anschlussvertrages verbundene Austritt von wenigen Arbeitnehmenden zu einer Teilliquidation führt, was im Hinblick auf die komplexe Berechnung der freien Mittel bzw. des versicherungstechnischen Fehlbetrages und dem damit verbundenen Administrativaufwand unverhältnismässig ist (vgl. BGE <ref-ruling> E. 10.2 S. 329 f.). Soweit die Beschwerdegegner einwerfen, dem könne mit der Wahl des Stichtages per Jahresende begegnet werden, so dass sich höchstens einmal jährlich die Frage einer Teilliquidation stelle, so garantiert diese Handhabung weder, dass tatsächliche mehrere Anschlussverträge aufgelöst worden sind, noch, dass eine gewisse (Viel-) Zahl von Arbeitnehmern betroffen ist.
4.2.3. Hinter den Teilliquidationsbestimmungen von Art. 53b und 53d BVG steht ein elementarer Grundgedanke: Die freien Mittel folgen grundsätzlich dem Personal unter Gleichbehandlung aller Destinatäre, so wie diese auch gleichmässig am Defizit resp. an der Unterdeckung partizipieren (<ref-ruling> E. 3.4 S. 309, 346 E. 5.3 S. 357). Mit anderen Worten geht es um den Ausgleich der Be- oder Entreicherung unter sämtlichen Versicherten.
Nach Feststellung der Vorinstanz waren Anfang 2012 343 Unternehmen mit 4'802 Versicherten an die Pensionskasse angeschlossen. Dem Jahresbericht 2012 lässt sich entnehmen, dass sie Anfang 2012 3'927 Aktivversicherte zählte. Pro Unternehmen macht dies rund 11 Angestellte. Wird bei dieser Konstellation an die Anzahl aufgelöster Anschlussverträge angeknüpft, so erweist sich eine solche Hürde schnell als zu hoch. So müssten in concreto um die 35 Betriebe ihren Anschlussvertrag auflösen, damit es zu einer Teilliquidation käme. Ohne eine gewisse Orchestrierung ist dies kaum je zu erreichen. Jedenfalls macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, dass das jährliche Ausscheiden von 35 Unternehmen im Rahmen bzw. nahe der üblichen Fluktuationsrate liegt. Wird die Zahl der erforderlichen Vertragskündigungen gesenkt, geht damit eine Verminderung der durchschnittlich betroffenen Arbeitnehmer einher und die Durchführung einer Teilliquidation steht rasch im Missverhältnis zu ihren Zielen (vgl. E. 4.2.2 vorne). Gerade diese machen aber deutlich - wenn auch Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG den Austritt eines ganzen Unternehmens behandelt (vgl. E. 3.2 Abs. 2) -, dass es letztlich stets um die Versicherten und deren Gleichbehandlung geht. Bei Gemeinschaftseinrichtungen besteht diesbezüglich zwar, wie dargelegt, aus sachlichen Gründen kein absoluter Anspruch. Eine generelle Nichtberücksichtigung der abgehenden Destinatäre resp. des abfliessenden Deckungskapitals führt indessen auch hinsichtlich Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG zu einer Verdrehung des Grundgedankens der Teilliquidation (vgl. CHRISTINA RUGGLI-WÜEST, Ursprung und aktueller Stand der Teilliquidation, Die Gedanken hinter der Gesetzgebung, in: SPV 2010 Heft 6 S. 15). Ohne Rücksicht auf die Grösse des Abgangsbestandes der Versicherten oder des abgehenden Deckungskapitals wird nämlich eine - in Beachtung eines angemessenen Kosten-Nutzen-Verhältnisses - hinreichend grosse Belegschaft von wenigen Betrieben schlechter gestellt als die unter Umständen wohl grössere Belegschaft von jedoch einer vielfach höheren Anzahl Betrieben. So sind in concreto im Jahr 2012 wohl bloss vier Unternehmen (11,5 % der 35 notwendigen Kündigungen), aber überdurchschnittlich viele Versicherte, nämlich 168 Mitarbeitende, aus der Pensionskasse ausgetreten, was 43,5 % des auf 35 Betriebe bezogenen Mitarbeiterdurchschnitts ausmacht.
4.3. Bei dieser Sach- und Rechtslage erweist sich das von der Pensionskasse gewählte Abstellen auf eine Mindestzahl der aufgelösten Anschlussverträge als unzulässig. Der vorinstanzliche Schluss ist auch in diesem Punkt im Ergebnis zu schützen.
5.
Eine andere Frage ist diejenige nach den Folgen, die sich aus der festgestellten Rechtswidrigkeit von Ziff. 3.2 des Teilliquidationsreglements ergeben.
5.1. Die Genehmigung des Teilliquidationsreglements durch die zuständige Aufsichtsbehörde hat nur, aber immerhin, konstitutive Bedeutung. Sie schliesst eine inzidente Normenkontrolle nicht aus (<ref-ruling> E. 4 S. 81). Eine dabei festgestellte Rechtswidrigkeit führt nicht zur Aufhebung der betreffenden Regelung, sondern grundsätzlich zu ihrer Nichtanwendung im strittigen Einzelfall (<ref-ruling> E. 5.8 S. 199).
5.2.
5.2.1. Mit der Nichtanwendung von Ziff. 3.2 des Teilliquidationsreglements tut sich in Übereinstimmung mit dem Bundesverwaltungsgericht kein Interpretationsspielraum und ebenso wenig eine Lücke auf, vor allem wird kein rechtsfreier Raum geschaffen, der geeignet ist, eine komplexe Regelungsmaterie insgesamt aus den Angeln zu heben (<ref-ruling> E. 5b S. 325). Um eine Teilliquidation infolge Auflösung des Anschlussvertrages durchzuführen, bedarf es nicht zwingend einer Konkretisierung von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG. Zwar ist eine solche aus Praktikabiliäts- und Verhältnismässigkeitsüberlegungen in gewissen Fällen angezeigt (vgl. E. 4.2.2 vorne). Dass die konkreten Umstände dies vorliegend erfordern, macht die Beschwerdeführerin indessen zu Recht nicht geltend, zumal hier nicht von der Auflösung eines unbedeutenden Anschlussbestandes gesprochen werden kann (vgl. E. 4.2.3 vorne).
5.2.2. Es steht fest, dass der Anschlussvertrag aufgelöst (vgl. E. 3 vorne) und damit der Tatbestand von Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG unumstösslich erfüllt ist (vgl. E. 4.1 in fine). Unweigerliche Rechtsfolge ist die Eröffnung des Verfahrens zur Teilliquidation (<ref-ruling> E. 6.5.3 S. 365). Ob diese gesetzliche Vorgabe das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt, weil sie den Beweis des Gegenteils nicht antreten kann, entzieht sich der Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts (vgl. <ref-law>).
5.2.3. Inwieweit die Aufsichtsbehörde im Genehmigungsverfahren über repressive Befugnisse verfügt, falls sie eine rechtswidrige Reglementsbestimmung ausmacht, ist hier nicht Thema, weshalb dieser Frage nicht weiter nachgegangen zu werden braucht. Mit der "blossen" Nichtanwendung von Ziff. 3.2 des Teilliquidationsreglements wird auch nicht in den Autonomiebereich der Pensionskasse eingegriffen. Im Gegenteil wird mit dem vorliegenden Vorgehen gänzlich ihr überlassen, eine andere (rechtsgenügliche) Konkretisierungsregelung zu treffen.
5.3. Die vorinstanzliche Rückweisung der Sache an die BVS, damit diese die Pensionskasse anweise, ein Teilliquidationsverfahren einzuleiten, ist demnach nicht bundesrechtswidrig. Die Beschwerde ist unbegründet.
6.
Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Den Beschwerdegegnern ist eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich (BVS), dem Bundesverwaltungsgericht, der Oberaufsichtskommission Berufliche Vorsorge OAK BV und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Mai 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Dormann