Faits :
A.
Par jugement du 25 juin 2013, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye a condamné Y._ à une peine privative de liberté ferme de quatre ans et demi et à une amende de 100 fr. pour actes d'ordre sexuel avec des enfants commis à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, contraintes sexuelles commises à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, viols commis à réitérées reprises et avec la circonstance aggravante de la commission en commun, séquestration et contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants pour les infractions postérieures au 24 juin 2010 (la prescription de l'action pénale étant atteinte pour les infractions antérieures).
B.
B.a. Par arrêt du 13 juin 2014, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel formé par Y._. Elle l'a reconnu coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants, mais l'a acquitté des chefs d'accusation de viol, de contrainte sexuelle et de séquestration. Elle lui a infligé une peine privative de liberté de vingt-huit mois, dont quatorze mois ferme, sous déduction de la détention avant jugement, et quatorze mois avec sursis, le délai d'épreuve étant de deux ans, ainsi qu'une amende de 100 fr., la peine de substitution en cas de non paiement de l'amende étant de un jour de peine privative de liberté.
B.b. Sur recours du Ministère public fribourgeois et de la victime A._, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a annulé, par arrêt du 22 mai 2015 (6B_774/2014), l'arrêt cantonal et renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement. Elle a considéré que la cour cantonale avait versé dans l'arbitraire en ne tenant pas compte de l'audition du 12 mars 2009 de la victime dont la fiabilité était établie par une expertise de crédibilité et une expertise pédopsychiatre et d'où il ressortait que la victime avait clairement montré son opposition à tout acte sexuel et d'ordre sexuel.
B.c. Par arrêt du 18 janvier 2016, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis l'appel de Y._. Elle a reconnu l'intéressé coupable de viol, de contrainte sexuelle et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants pour les faits du 3 septembre 2008, et de contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants pour les faits du 25 juin au 29 juillet 2010, mais l'a acquitté du chef d'accusation de séquestration pour les faits du 3 septembre 2008. Elle l'a condamné à une peine privative de liberté de 42 mois, sous déduction de la détention avant jugement et de la détention en exécution anticipée de peine, ainsi qu'au paiement d'une amende de 100 fr., la peine privative de liberté de substitution en l'absence de paiement étant de un jour.
En résumé, la cour cantonale a retenu les faits suivants:
Le 3 septembre 2008, A._, Y._ et X._ se sont rendus ensemble à M._, au moyen de la voiture de ce dernier, pour rencontrer la meilleure amie de A._. Arrivés en retard, à savoir vers 18 heures, ils ne l'ont pas vue et se sont rendus à O._ au domicile de X._. Y._ et X._ ont contraint la jeune fille à entretenir des relations sexuelles avec eux, d'abord avec X._, puis avec Y._, puis les trois ensemble, impliquant des fellations, pénétrations vaginales et anales, le tout sur une durée de 1h à 1h30.
C.
Contre ce dernier arrêt, Y._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, que l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens qu'il est libéré des accusations de contrainte sexuelle et condamné à une peine privative de liberté de trente-six mois, dont quatorze mois ferme, sous déduction de la détention préventive, et de vingt-deux mois avec sursis, le délai d'épreuve étant fixé à deux ans. Subsidiairement, il requiert que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste sa condamnation pour contrainte sexuelle. Il fait valoir que les actes d'ordre sexuel (fellations et pénétrations anales) ne sont que les préliminaires de l'acte sexuel proprement dit (pénétrations vaginales) et doivent donc être absorbés par le viol.
1.1.
1.1.1. Sous le titre marginal " contrainte sexuelle ", l'<ref-law> réprime le fait de contraindre une personne à subir un acte d'ordre sexuel. L'acte d'ordre sexuel suppose un acte sur le corps humain qui tend à l'excitation ou à la satisfaction de l'instinct sexuel de l'un des participants au moins (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I. 3 ème éd., 2010, n° 3 ad <ref-law>). Sont notamment des actes d'ordre sexuel les pénétrations anales et orales (cf. PHILIPP MAIER, Die Nötigungsdelikte im neuen Sexualstrafrecht, Diss. Zurich, 1994, p. 284).
1.1.2. Le viol constitue une lex specialis par rapport à la contrainte sexuelle pour le cas où la victime est une femme et qu'il lui est imposé l'acte sexuel proprement dit. Par acte sexuel, il faut entendre l'introduction, même partielle et momentanée, du pénis dans le vagin; l'éjaculation n'est pas requise (<ref-ruling> consid. 2 p. 52).
1.1.3. Un concours réel entre le viol et la contrainte sexuelle est concevable si l'acte sexuel et les autres actes d'ordre sexuel sont indépendants les uns des autres, en particulier lorsqu'ils ont été commis à des moments différents (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 99; arrêt 6S.463/2005 du 10 février 2006 consid. 2). En revanche, les actes d'ordre sexuel qui sont commis en étroite liaison avec l'acte sexuel proprement dit, en particulier ceux qui en sont des préliminaires, sont absorbés par le viol (cf. arrêts 6B_729/2011 du 17 janvier 2012 consid. 1.2; 6S.463/2005 du 10 février 2006 consid. 2; 6S.334/2003 du 10 octobre 2003 consid. 3; 6S.67/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2e; BERNARD CORBOZ, op. cit., n° 19 ad <ref-law>). Selon la jurisprudence, un rapport bucco-génital a un but de satisfaction sexuelle autonome, de sorte que l'on peut retenir le concours réel entre les art. 189 et 190 CP (arrêt 6S.67/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2e; HANS WIPRÄCHTIGER, Das geltende Sexualstrafrecht - eine kritische Standortbestimmung, in RPS 2007 p. 293; DUPUIS ET AL., Petit commentaire du Code pénal, 2 ème éd., 2012, n° 48 ad art. 189).
1.2. En l'espèce, le recourant et X._ ont entretenu avec la victime des relations sexuelles, impliquant des fellations, pénétrations vaginales et anales, le tout sur une durée de 1h à 1h30. Les pénétrations anales et les fellations, qui constituent des actes d'ordre sexuel selon l'<ref-law>, doivent être appréhendés comme des actes distincts, dans la mesure où ils poursuivent une satisfaction sexuelle autonome. Ils ne peuvent pas être assimilés à des caresses sur les seins, les jambes ou le sexe dénudé de la victime, qui pourraient être considérés comme des préliminaires ou des actes accessoires antérieurs absorbés par le viol (cf. <ref-ruling> consid. 2b). C'est donc à juste titre que la cour cantonale a retenu le viol et la contrainte sexuelle en concours réel.
2.
Condamné à une peine privative de liberté de 42 mois, le recourant critique la mesure de cette peine, qu'il qualifie d'excessivement sévère.
2.1. Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
Pour fixer la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Il y a toutefois violation du droit fédéral lorsque le juge sort du cadre légal, se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 5.6 p 61; <ref-ruling> consid. 5.3.1, p. 134 s.; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6.1 et les références citées).
2.2. Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte de l'écoulement du temps (art. 48 let. e CP). Il fait valoir que les faits reprochés datent du 3 septembre 2008, à savoir de plus de sept ans.
2.2.1. Selon l'art. 48 let. e CP, le juge atténue la peine si l'intérêt à punir a sensiblement diminué en raison du temps écoulé depuis l'infraction et que l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle.
La jurisprudence admet qu'il s'est écoulé un temps relativement long lorsque les deux tiers du délai de prescription de l'action pénale sont écoulés. Le juge peut toutefois réduire ce délai pour tenir compte de la nature et de la gravité de l'infraction (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 147 s.; <ref-ruling> consid. 6.1 et 6.2 p. 2 ss). Pour déterminer si l'action pénale est proche de la prescription, le juge doit se référer à la date à laquelle les faits ont été souverainement établis, et non au jugement de première instance (moment où cesse de courir la prescription selon l'<ref-law>). Ainsi, lorsque le condamné a fait appel, il faut prendre en considération le moment où le jugement de seconde instance a été rendu dès lors que ce recours a un effet dévolutif (cf. <ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 148; <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 30). Pour les infractions imprescriptibles, la question est réglée à l'<ref-law> qui fixe le délai à partir duquel le juge peut atténuer la peine; l'art. 48 let. e CP n'est pas applicable (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 148).
2.2.2.
2.2.2.1. Les infractions commises par le recourant, à savoir le viol (<ref-law>), la contrainte sexuelle (art. 189) et les actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>), se prescrivent par quinze ans conformément à l'<ref-law>, de sorte que les deux tiers du délai de prescription sont de dix ans.
2.2.2.2. Comme les faits se sont déroulés le 3 septembre 2008, la victime, née en 1993, avait 14 ans au moment des faits, à savoir moins de 16 ans. Or, l'<ref-law> permet d'allonger les délais de prescription prévus à l'<ref-law> pour certaines infractions dirigées contre un enfant de moins de 16 ans. Il prévoit, pour ces infractions, que la prescription de l'action pénale court en tout cas jusqu'au jour où la victime a 25 ans. Si le législateur a étendu les délais de l'<ref-law> en présence de certaines infractions, c'est pour mieux protéger la victime, notamment d'abus sexuel, qui ne parviendra souvent à s'exprimer que de longues années après les faits, en particulier lorsque l'auteur est issu de son milieu familial ou social (FF 2000 2769 2784). A la suite des diverses modifications législatives, cette disposition a toutefois perdu sa portée en ce qui concerne les infractions d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>), de contrainte sexuelle (<ref-law>) et de viol (<ref-law>), puisqu'elle ne vise plus que les enfants de 12 à 16 ans (les enfants de moins de 12 ans tombent dorénavant sous le coup de l'art. 101 al. 1 let. e CP) et que le délai de prescription a été augmenté, pour ces infractions, à quinze ans (<ref-law>); dès lors, la victime aura de toute façon dépassé l'âge de 25 ans lorsque l'infraction pénale sera prescrite (12 ans + 15 ans = 27 ans). L'âge de la victime n'aura donc en l'espèce aucune influence sur la durée ordinaire de la prescription, qui restera de quinze ans.
2.2.2.3. L'arrêt sur appel a été rendu en janvier 2016, à savoir 7,5 ans plus tard après les faits qui sont survenus en septembre 2008. Le temps écoulé depuis l'infraction (7,5 ans) est donc bien inférieur aux deux tiers (10 ans) du délai de prescription. Le grief est infondé.
2.3. Dénonçant la violation du principe de la célérité (art. 6 CEDH), le recourant fait valoir que la procédure a duré près de sept ans et sollicite une réduction de peine.
2.3.1. L'<ref-law> et l'art. 29 al. 1 Cst. garantissent notamment à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. Le principe de la célérité impose aux autorités, dès le moment où le prévenu est informé des soupçons qui pèsent contre lui, de mener la procédure pénale sans désemparer, afin de ne pas maintenir inutilement le prévenu dans les angoisses qu'elle suscite. L'autorité viole cette garantie lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331 s.). Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard notamment à la complexité de l'affaire, à l'enjeu du litige pour l'intéressé, à son comportement ainsi qu'à celui des autorités compétentes (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 277). A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 332). Enfin, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 332).
2.3.2. En l'espèce, les faits ont été dénoncés en janvier 2009 et le jugement de première instance a été rendu le 20 juin 2013, à savoir plus de quatre ans après la dénonciation. Une durée de quatre ans n'apparaît toutefois pas excessive, compte tenu notamment de l'expertise de crédibilité et des auditions des parties. Le recourant n'a au demeurant rien entrepris pour accélérer la procédure et n'a notamment pas formé un recours pour retard injustifié. Le principe de la célérité n'a donc pas été violé et le recourant ne saurait prétendre à une réduction de sa peine de ce chef. Mal fondé, son grief doit être rejeté.
2.4. En définitive, la cour cantonale n'a pas omis d'élément important lors de la fixation de la peine. Il convient encore d'examiner si, au vu des circonstances, la peine infligée apparaît sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
La faute du recourant est grave. Il a abusé sexuellement à plusieurs reprises d'une jeune fille fragile au cours d'une heure environ. Il a privilégié la satisfaction de ses pulsions sexuelles, sans tenir compte de l'impact de son comportement sur la victime. L'infraction la plus grave qui lui est reprochée est le viol (<ref-law>), dont la peine est de un an à dix ans. Elle entre en concours réel avec l'infraction de contrainte sexuelle (<ref-law>) et d'actes d'ordre sexuel commis sur une mineure (<ref-law>). Ayant agi en présence de X._ et avec sa participation, l'aggravation de la commission en commun (<ref-law>) doit en outre être retenue. A décharge, on peut tenir compte d'une bonne collaboration du recourant lors de l'enquête. En ce qui concerne sa situation personnelle, le recourant, d'origine kosovare et au bénéfice d'une autorisation de séjour, est marié et père d'un enfant (néen septembre 2015); avant son arrestation immédiate en juin 2013, il travaillait à plein temps pour le même employeur depuis huit ans; récemment il a retrouvé un travail à 80 %.
Au vu de l'ensemble de ces circonstances, une peine privative de liberté de 42 mois n'apparaît pas sévère, au point qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Le grief de violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
3.
Le recourant conclut encore à l'octroi du sursis partiel.
Dans la mesure où la peine dépasse trois ans (cf. 43 CP), la question du sursis partiel ne se pose pas.
4.
Le recours doit ainsi être rejeté.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Vu l'issue du recours, la demande d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 14 juin 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin