Faits :
A.
A.a. A la suite de la plainte pénale déposée en 2007 par une société japonaise contre C._ et D._ - administrateur délégué et président de la société B._ Holding AG -, une procédure pénale pour abus de confiance et gestion déloyale a été ouverte à Genève (P1).
Par ordonnance du 23 mai 2008, le Procureur général genevois a classé cette procédure, faute de prévention et, subsidiairement, en opportunité vu le caractère civil prépondérant du litige; les mesures de blocage prises auprès de la banque G._, portant en particulier sur le compte de C._, ont été levées.
A.b. Le 21 décembre 2010, F._ a déposé plainte pénale contre D._ pour abus de confiance, gestion déloyale, subsidiairement escroquerie. Le plaignant soutenait en substance que les fonds du sous-compte ouvert au nom de B._ Holding AG mais dont il était l'ayant droit économique ne lui avaient pas été restitués et auraient été transférés à une société tierce en faveur de B._ Holding AG en échange d'un "bond". Le plaignant a demandé la confiscation de cette garantie et a étendu sa plainte pénale, le 22 février 2011, à la banque G._, nouvellement dénommée H._.
En mars 2011, le Ministère public de la République et canton de Genève a ouvert une instruction contre D._ et C._ (P2). Il a également repris la cause P1, procédure jointe à celle P2. Dans ce cadre, il a procédé, le 26 septembre 2012, aux séquestres des avoirs de trois relations, détenues auprès de la banque E._, par C._ (compte "X._" no xxx), D._ et B._ Management SA. Le Procureur genevois a cependant été informé que les comptes des personnes et entité susmentionnées avaient déjà été séquestrés le 30 juillet 2008 par le Ministère public III de Zurich.
A.c. Par jugement civil du 20 février 2012, le Tribunal de Zoug (Kantonsgericht) a condamné, solidairement, B._ Holding AG, B._ Management SA, C._ et D._ à verser à A._ Investments la somme de US$ 2'725'000.-, plus intérêts; cette décision a été confirmée le 11 juin 2013 par le Tribunal cantonal zougois (Obergericht).
A.d. En mai 2014, le greffe du Tribunal de district de Bülach, à Zurich, a demandé au Ministère public genevois la levée des séquestres sur les trois comptes saisis auprès de la banque E._, en vue du transfert des avoirs pour leur éventuelle confiscation, respectivement leur restitution aux parties plaignantes de la procédure pénale zurichoise. Le Procureur genevois a maintenu le séquestre et fait transférer les avoirs, le 4 juillet 2014, sur le compte de la caisse du Tribunal de Bülach. Ce magistrat a également informé le plaignant F._ de ce transfert, lui indiquant que le compte de C._ détenait encore des avoirs substantiels dont environ US$ 900'000.- provenant d'une succession.
Le 15 juillet 2014, C._ et D._ ont été reconnus coupables d'escroquerie par le Tribunal de district de Bülach. Les avoirs détenus sur le compte "X._" ont été alloués à A._ Finance AG, société plaignante à côté de A._ Holding AG, sous réserve de la levée du séquestre genevois. Les deux prévenus ont cependant été acquittés par le Tribunal cantonal de Zurich (Obergericht) le 28 janvier 2016; toujours sous réserve du séquestre genevois, les avoirs du compte "X._" en main de la caisse du Tribunal de district de Bülach ont été libérés.
A.e. Dans le cadre de la procédure pénale genevoise, un avis de recherche et d'arrestation a été émis le 14 avril 2015 à l'encontre de C._, faute de résidence connue.
Le 27 août 2015, le Procureur genevois a expliqué à A._ Finance SA, par le biais de son conseil, qu'il ne pouvait procéder à la levée du séquestre, devant localiser et entendre C._. Le Ministère public a aussi indiqué qu'il n'excluait pas qu' "au moment du jugement", les plaignants dans la procédure genevoise réclament et obtiennent l'allocation des avoirs séquestrés; la levée du séquestre requérait également le consentement des plaignants, qui, selon toute vraisemblance, le refuseraient. Le 30 septembre suivant, le Procureur a adressé à A._ Finance SA une copie de son ordonnance de séquestre du 26 septembre 2012 et a indiqué qu'une audience en vue d'entendre C._ avait été fixée au 1er octobre 2015. Par courrier du 10 novembre 2015, le Ministère public a informé la société qu'il était toujours dans l'attente de pouvoir entendre le prévenu C._.
Deux nouvelles plaintes pénales ont été déposées contre D._ les 3 et 23 mars 2016.
A._ Finance SA a demandé, le 17 mars 2016, l'annulation de la décision de séquestre du 26 septembre 2012, la libération des valeurs patrimoniales séquestrées et, à titre subsidiaire, le prononcé d'une nouvelle ordonnance de séquestre motivée. Elle soutenait notamment que le séquestre prononcé tendait à garantir une créance compensatrice, mesure pénale qui ne s'opposerait pas à la réalisation forcée demandée auprès de l'Office des poursuites de Bülach. Dans l'hypothèse d'une restitution aux lésés, la société ne voyait pas non plus de raison de privilégier le séquestre pénal par rapport à la saisie de l'exécution forcée. Le 24 suivant, A._ Finance SA a affirmé détenir la qualité de tiers touché par des actes de procédure.
Par ordonnance du 29 mars 2016, le Ministère public a considéré que le séquestre conservatoire en vue de la confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, n'empêchait pas la saisie du droit des poursuites, mais bloquait uniquement, à titre provisoire, l'avancement de cette procédure; la société ne subissait en conséquence aucun préjudice et il lui appartenait d'attendre l'issue de la procédure pénale. Le Procureur a également retenu que A._ Finance SA, au bénéfice d'une simple créance, ne se prévalait pas d'un droit de propriété ou d'un autre droit réel sur les biens du prévenu; elle n'avait ainsi pas la qualité de partie ou de tiers touché, ne pouvant donc demander la levée des scellés.
B.
Le 16 septembre 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours intenté par A._ Finance SA contre cette ordonnance. Cette autorité a retenu que la société - détentrice d'une créance dûment constatée par un jugement civil - ne bénéficiait cependant d'aucun droit préférable (gage) sur les avoirs séquestrés; elle ne pouvait en particulier pas se prévaloir d'un tel droit dans la mesure où le séquestre devait s'avérer fondé en vue d'une confiscation. Selon la cour cantonale, le séquestre afin de garantir l'exécution d'une éventuelle créance compensatrice - hypothèse la plus probable - assurait la conservation des biens en vue de l'exécution par la voie de la poursuite, procédure dans laquelle l'Etat - ou le lésé à qui pourrait être allouée cette créance - ne bénéficierait d'aucun droit de préférence par rapport à la société. Les juges cantonaux ont ainsi considéré que A._ Finance SA n'avait qu'un intérêt économique à obtenir la levée du séquestre, sa créance ne lui permettant en revanche pas de se prévaloir d'un intérêt juridiquement protégé.
C.
Par acte du 19 octobre 2016, A._ Finance SA forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle entre en matière sur le recours déposé devant elle.
Le Ministère public genevois a conclu au rejet du recours, relevant notamment l'audience du 15 septembre 2016 - avec mention de la production à titre d'annexe du procès-verbal y relatif - et le probable renvoi de D._ en jugement courant 2017. Quant à la cour cantonale, elle s'est référée aux considérants de sa décision. Par courrier du 14 novembre 2016, la recourante a demandé une copie du procès-verbal susmentionné, mesure à laquelle s'est opposé le Ministère public. Le 8 décembre 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions.
Par ordonnance présidentielle du 21 novembre 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a considéré que les conditions de l'<ref-law> n'étaient pas réalisées et a, par conséquent, retiré la copie du procès-verbal de la séance du 15 septembre 2016 du dossier.

Considérant en droit :
1.
Conformément à l'<ref-law>, le présent arrêt sera rendu en français, langue de la décision attaquée, même si le recours a été libellé en allemand comme l'autorise l'<ref-law>.
2.
Le recours est dirigé contre une décision d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale. Sur le fond, le litige porte sur le refus de lever le séquestre pénal prononcé en septembre 2012, faute en substance pour la recourante d'avoir une qualité procédurale lui permettant de faire une telle requête. Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est donc en principe ouvert.
L'autorité cantonale ayant refusé d'entrer en matière sur le recours, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral, qui n'a, à ce stade, pas à examiner le fond de la contestation. Il n'y a pas lieu de déterminer si en l'espèce l'arrêt attaqué présente un caractère incident - vu la question du séquestre en cause (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60) - ou final dans la mesure où la décision attaquée écarterait de manière définitive la recourante de la procédure pénale (cf. <ref-law>; (<ref-ruling> consid. 1 p. 312). En effet, le recours porte sur le refus de reconnaître l'existence même du droit de recourir sur le plan cantonal, ce qui équivaut à un déni de justice formel; dans une telle situation, le Tribunal fédéral renonce à l'exigence d'un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 261). La recourante a de plus pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (<ref-law>).
Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et les conclusions qui y sont prises sont recevables (<ref-law>). Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
3.
Invoquant notamment des violations des art. 5, 26 et 29a Cst., la recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir considéré qu'elle n'aurait pas d'intérêt juridiquement protégé à recourir contre la décision du Ministère public genevois refusant en substance de lever le séquestre prononcé en septembre 2012, faute notamment pour la recourante d'être partie à la procédure pénale. Selon cette dernière, elle disposerait cependant d'un tel intérêt vu en particulier sa qualité de créancière saisissante au sens du droit des poursuites.
3.1. Selon l'art. 105 al. 1 let. f CPP, participent également à la procédure les tiers touchés par des actes de procédure. Lorsqu'ils sont directement touchés dans leurs droits, la qualité de partie leur est reconnue dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de leurs intérêts (<ref-law>). Ils ne peuvent donc bénéficier des droits de parties que si cette condition est réalisée. Une exception semblable existait déjà avant l'entrée en vigueur du CPP; les tiers touchés par une mesure de contrainte avaient en effet les mêmes droits que le prévenu. Pour se voir reconnaître cette qualité, il faut que l'atteinte à ses droits soit directe, immédiate et personnelle, une atteinte de fait ou indirecte étant insuffisante (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 282 s.; arrêt 6B_654/2016 du 16 décembre 2016 consid. 3.6 destiné à la publication).
A cet égard, la doctrine retient, à titre d'atteintes directes aux droits des autres participants, celles aux libertés et droits fondamentaux, l'obligation de se soumettre à une expertise, la contestation du droit de se taire, le rejet d'une demande d'indemnité ou encore le refus d'une mesure de protection (cf. notamment MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016, n° 11 ad <ref-law>; HENRIETTE KÜFFER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Art. 1-195 StPO, vol. I, 2e éd. 2014, n° 31 ad <ref-law>; VIKTOR LIEBER, in DONATSCH/HANSJAKOB/ LIEBER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2e éd. 2014, nos 13 ss ad <ref-law>; YASMINA BENDANI, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, nos 6, 10, 14 et 22 ss ad <ref-law>). Une atteinte a notamment été retenue lors de la condamnation aux frais (arrêt 6B_654/2016 du 16 décembre 2016 consid. 3.6 destiné à la publication et les références citées) ou lorsque les biens d'un tiers sont placés sous séquestre (arrêt 1B_239/2016 du 19 août 2016 consid. 3.3 et les références citées).
3.2. Selon l'<ref-law>, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci. Cet intérêt doit être actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299; arrêt 1B_380/2016 du 6 décembre 2016 consid. 2). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 77; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 276; arrêt 6B_798/2015 du 22 juillet 2016 consid. 4.3.2). Ainsi, l'existence d'un intérêt de pur fait ou la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas (arrêts 1B_380/2016 du 6 décembre 2016 consid. 2; 1B_390/2015 du 16 décembre 2015 consid. 2.1 et les arrêts cités). Une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède donc pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (arrêts 1B_72/2014 du 15 avril 2014 consid. 2.1; 1B_669/2012 du 12 mars 2013 consid. 2.3.1 et la référence citée). Ces exigences valent également pour les tiers touchés par un acte de procédure (art. 105 al. 1 let. f et 2 CPP; arrêt 1B_242/2015 du 22 octobre 2015 consid. 4.3.1), que ce soit par exemple en cas de confiscation ou lors de séquestre (arrêt 6B_410/2013 du 5 janvier 2016 consid. 3.5 in SJ 2016 I 193).
Un intérêt juridiquement protégé est ainsi reconnu à celui qui jouit sur les valeurs confisquées d'un droit de propriété ou d'un droit réel limité (notamment un droit de gage [arrêt 1B_311/2009 du 17 février 2010 consid. 1.1]). En revanche, le tiers qui ne bénéficie sur l'objet confisqué que de droits personnels (bail, prêt, mandat, créance, etc.) n'a pas d'intérêt juridique à contester une décision de confiscation; fait toutefois exception à ce principe le tiers qui dispose d'un droit personnel, équivalant à un droit réel, sur de l'argent en espèces, tel que l'ayant droit d'un compte, d'un chèque ou d'autres valeurs destinées à circuler (arrêts 6S.365/2005 du 8 février 2006 consid. 4.2.1; 6S.667/2000 du 19 février 2001 consid. 2c).
3.3. Les prétentions ayant pour objet une somme d'argent ou des sûretés sont exécutées en application de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP; RS 281), qu'elles soient fondées sur le droit privé ou le droit public (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.6 p. 21; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 296; <ref-ruling> consid. 3 p. 2). La LP, qui consacre le principe de l'égalité des créanciers, ne reconnaît en principe aucun privilège aux créanciers de prétentions fondées sur le droit public (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 226; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 40; <ref-ruling> consid. 2 p. 23; arrêt 5A_150/2015 du 4 juin 2015 consid. 5.2.1 publié in SJ 2016 I 138).
L'<ref-law> contient toutefois une exception à ce principe (ATF <ref-ruling> consid. 3.2 p. 296; <ref-ruling> consid. 2b p. 367 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 2 s.). Selon cette disposition, la réalisation d'objets confisqués en vertu des lois fédérales ou cantonales en matière pénale ou fiscale ou en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur le blocage et la restitution des valeurs patrimoniales d'origine illicite de personnes politiquement exposées à l'étranger (LVP; RS 196.1) s'opère en conformité avec ces lois. Sur la base de la législation spéciale à laquelle cette norme renvoie, certaines prétentions de droit public sont privilégiées, en ce sens qu'elles sont exécutées en dehors du système que la LP instaure (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 47; arrêt 5A_150/2015 du 4 juin 2015 consid. 5.2.2 et les références citées publié in SJ 2016 I 138). Bien que le texte de la loi ne parle que de la réalisation, la mise sous main de justice ("Beschlagnahme") elle-même - y compris ses conditions, son exécution et ses effets - est également visée par la réserve posée à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3d/cc p. 108 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 367; <ref-ruling> consid. 3a p. 2 s.).
Les conditions et les effets de la confiscation pénale, respectivement du séquestre en vue de cette mesure, doivent être jugés uniquement par les autorités pénales compétentes. Les cas de nullité mis à part du jugement pénal (notamment si la confiscation a été prononcée sans tenir compte des droits d'un créancier-gagiste pourtant connu [arrêt 5A_893/2010 du 5 mai 2011 consid. 3.1]), les autorités de poursuite et de faillite sont liées par une décision de confiscation pénale et ne peuvent ainsi rendre un prononcé en sens contraire, qui serait ensuite susceptible d'une plainte du droit de la poursuite; les créanciers ou, selon les cas l'administration de la faillite, doivent donc s'opposer à de telles confiscations par la voie de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 656; <ref-ruling> consid. 1 p. 115; <ref-ruling> p. 3; arrêt 5A_150/2015 du 4 juin 2015 consid. 5.2.2 publié in SJ 2016 I 138; voir également, <ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 47 s.).
L'<ref-law> ne s'applique qu'à la réalisation d'objets déterminés, qui ont été mis sous main de justice directement en lien avec une procédure pénale en vertu des lois fédérales ou cantonales applicables. Il en va ainsi des biens à l'encontre ou à l'aide desquels des infractions ont été commises ou de ceux destinés à garantir le recouvrement des frais d'instruction, de procédure et d'exécution des peines (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 47; <ref-ruling> consid. 4c p. 6; arrêt 5A_150/2015 du 4 juin 2015 consid. 5.2.2 publié in SJ 2016 I 138). Une confiscation au sens de l'<ref-law> prime sur une saisie ou un séquestre en cas de faillite (<ref-ruling> consid. 3d/cc et dd p. 108 ss; arrêt 7B.106/2005 du 30 septembre 2005 consid. 3.3 et 3.5), ce qui a pour conséquence de conférer un droit de distraction ("Aussonderungsrecht") au profit de l'Etat ou du lésé par rapport aux autres créanciers (arrêt 5A_893/2010 du 5 mai 2011 consid. 2.2).
La réserve posée à l'<ref-law> ne s'applique en revanche pas s'agissant de l'exécution d'une créance compensatrice au sens de l'<ref-law>. En effet, le séquestre prononcé en application de l'<ref-law> afin de garantir cette créance est maintenu une fois le jugement entré en force jusqu'à son remplacement par une mesure du droit des poursuites; la poursuite de la créance compensatrice, la réalisation des biens séquestrés et la distribution des deniers interviennent donc conformément à la loi sur la poursuite et auprès des autorités compétentes en la matière (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 176 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 365). Lorsque des valeurs patrimoniales séquestrées en vue de l'exécution d'une créance compensatrice - mesure dans le cas d'espèce envisagée et estimée selon un jugement de première instance, certes non définitif - sont saisies par un autre créancier, l'Etat participe de plein droit à la saisie à titre provisoire en application par analogie de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 178 ss).
3.4. En l'espèce, la recourante ne prétend être ni titulaire des avoirs placés sous séquestre, ni au bénéfice d'un droit de gage ou d'un autre droit réel limité sur ceux-ci. Elle fonde en revanche ses prétentions sur le droit des poursuites, en particulier en raison de sa qualité de créancière saisissante.
Il est incontesté que la recourante est au bénéfice d'un jugement civil entré en force constatant sa créance à l'encontre du prévenu (son débiteur). Elle a également effectué une poursuite pour cette dette contre ce dernier et cette procédure a abouti à une saisie des valeurs patrimoniales du prévenu, en l'état détenues auprès de la caisse du Tribunal d'arrondissement de Bülach; celles-ci ne peuvent toutefois pas être réalisées en faveur de la recourante vu le séquestre pénal genevois (cf. le procès-verbal y relatif du 18 mai 2015).
En matière de poursuite, tant la saisie que la faillite ne confèrent au créancier aucun droit de nature privée sur les biens appréhendés; le débiteur saisi, respectivement le failli, garde la propriété de ses biens, étant uniquement limité dans sa liberté d'en disposer (art. 96 [saisie] et 204 [faillite] LP; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 435; arrêts 4A_242/2015 du 19 août 2015 consid. 2.4.2; 6B_557/2010 du 9 mars 2011 consid. 6.3.1; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, Poursuite pour dettes, exécution de jugements et faillite en droit suisse, 3e éd. 2016, § 5 no 9 p. 160 [saisie] et § 10 no 3 p. 319 [faillite]; AMONN/ WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9e éd. 2013, § 22 n° 5 p. 178, n° 67 p. 191 [saisie] et § 41 n° 5 p. 379 [faillite]; BÉNÉDICT FOËX, in Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, SchKG II, Art. 88-220, 1998, nos 8 ss ad <ref-law>; HEINER WOHLFART, in Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, SchKG II, Art. 88-220, 1998, n° 1 ad <ref-law>). Le créancier dispose toutefois d'une prétention de droit public à être désintéressé sur le produit de la réalisation des biens saisis ou entrés dans la masse de la faillite, dans la mesure - soit en particulier sous réserve de cas de participation (<ref-law>) - et selon les formes prévues par la loi sur la poursuite (<ref-ruling> consid. 2 p. 75; <ref-ruling> consid. 2 p. 133; STOFFEL/CHABLOZ, op. cit., § 5 nos 2 s. p. 158 s.; AMONN/WALTHER, op. cit., § 22 n° 72 p.192 s.).
En qualité de créancière saisissante, la recourante dispose donc d'une telle prétention. Elle peut de plus, au regard du stade de la procédure de poursuite, requérir en sa faveur la réalisation des biens saisis (<ref-law>). Or, vu le séquestre pénal portant sur les valeurs patrimoniales saisies, elle ne peut pas exercer cette prérogative. La recourante est ainsi en principe touchée dans ses intérêts juridiquement protégés - certes découlant principalement de la LP - par la mesure de contrainte pénale (art. 105 al. 1 let. f et 382 al. 1 CPP).
Cette constatation vaut d'autant plus que, selon la jurisprudence, l'administration de la faillite - respectivement le liquidateur - a qualité pour contester un séquestre pénal touchant des biens de la masse à liquider (arrêt 1B_109/2016 du 12 octobre 2016 consid. 1). Or, au regard des considérations précédentes sur les effets de la saisie sur les biens du débiteur, aucun motif ne paraît justifier une solution différente s'agissant du créancier saisissant, seul à pouvoir défendre ses intérêts à la réalisation des biens dont il a demandé la saisie.
Cela étant, le séquestre pénal - que ce soit en vue de la confiscation ou d'une créance compensatrice - ne préjuge pas du jugement au fond sur ces questions et ne modifie pas les droits civils, notamment de propriété, existant sur les biens séquestrés (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 260). Les droits - valablement - acquis par la recourante au cours de la procédure de poursuite ne sont pas non plus remis en cause par cette mesure, ce que d'ailleurs elle ne soutient pas. Le séquestre pénal - de nature conservatoire - fait uniquement obstacle à l'exercice immédiat des prétentions de la recourante. Or, cette dernière ne se prévaut d'aucune atteinte imminente à ses droits; elle n'invoque ainsi pas l'échéance d'un délai et ne soutient pas avoir un besoin urgent des valeurs saisies. Elle ne dispose dès lors pas d'un intérêt juridiquement protégé actuel à recourir contre la décision de séquestre. En tout état de cause, seul un prononcé de confiscation - hypothèse qui n'est pas exclue de manière définitive en l'occurrence (cf. a contrario <ref-ruling> consid. 3.2 p. 177 s.) - paraît susceptible de porter atteinte à ses droits de créancière saisissante, puisque cette mesure prime, au profit de l'Etat, les prétentions découlant de la LP. En revanche en cas de créance compensatrice, la recourante ne subirait qu'une atteinte à ses intérêts financiers (éventuelle diminution du montant attendu), dès lors que l'Etat (ou le lésé à qui cette créance est allouée) ne bénéficie d'aucun privilège dans la procédure de poursuite.
Au stade du séquestre pénal, la recourante ne peut en l'espèce se prévaloir d'aucun d'intérêt juridiquement protégé - notamment actuel - à obtenir la levée immédiate de cette mesure. Partant, la Chambre pénale de recours n'a pas violé le droit fédéral en refusant d'entrer en matière et ce grief doit être écarté.
4.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 6 mars 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf