Sachverhalt:
A.
Mit Schreiben vom 13. Februar 2013 stellte die Bernische BVG- und Stiftungsaufsicht (BBSA) der Vorsorgestiftung A._ die Gebühren-Rechnung für das Aufsichtsjahr 2012 über Fr. 1'800.- zu. Mit Entscheid vom 23. Februar 2015 wies das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde ab. Mit Urteil 9C_225/2015 vom 27. August 2015 (<ref-ruling>) hob das Bundesgericht dieses Erkenntnis und die Verfügung der BBSA (Schreiben und Rechnung vom 13. Februar 2013) auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Aufsichtsbehörde zurück.
B.
Mit Schreiben vom 7. Oktober 2015 stellte die BBSA der Vorsorgestiftung A._ die (neue) Gebühren-Rechnung für die Jahre 2012 (Fr. 1'710.-), 2013 (Fr. 1'441.50) und 2014 (Fr. 1'464.-) samt Aufstellung der Betriebskosten Bereich Vorsorgeeinrichtungen zu. Dagegen erhob die Stiftung Beschwerde, welche das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 21. Dezember 2016 abwies.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Vorsorgestiftung A._, der Entscheid vom 21. Dezember 2016 und die Verfügung der BBSA (Gebühren-Rechnung für die Jahre 2012, 2013 und 2014 vom 7. Oktober 2015) seien aufzuheben und die Sache zur rechtskonformen Festsetzung der geschuldeten Gebühr an diese zurückzuweisen; eventuell sei die Gebühr auf maximal Fr. 600.- pro Geschäftsjahr festzusetzen.
Die BBSA ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Anfechtungsgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens war die Verfügung der Aufsichtsbehörde (Gebühren-Rechnung für die Jahre 2012, 2013 und 2014 vom 7. Oktober 2015). Dieser Verwaltungsakt ist durch den vorinstanzlichen Entscheid ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt im Verfahren vor Bundesgericht als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144). In diesem Sinne ist der Antrag in der Beschwerde, (auch) die dem Streit zugrunde liegende Verfügung sei aufzuheben, gegenstandslos.
2.
In der Beschwerde wird die Verletzung verschiedener Verfassungs- und Gesetzesbestimmungen des Bundesrechts (u.a. Art. 26 BV [Eigentumsgarantie], Art. 80 Abs. 2 BVG und Art. 49 lit. c VwVG) gerügt (Art. 95 lit. a BGG). Die Rügen werden indessen entweder nicht hinreichend begründet (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG), oder es werden zur Begründung Punkte aufgegriffen, über die im Urteil 9C_225/2015 vom 27. August 2015 verbindlich entschieden worden ist, etwa über die Rechtsnatur der streitigen Aufsichtsgebühr (Kausalabgabe, jedenfalls keine voraussetzungslos geschuldete Steuer; <ref-ruling> E. 6.2 S. 515; vgl. E. 3.1 hiernach). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht weiter einzugehen.
3.
Die Meinungen gehen vorab darüber auseinander, welche Tragweite das Urteil 9C_225/2015 vom 27. August 2015 (<ref-ruling>) hat, insbesondere ob das Bundesgericht in diesem Rückweisungsentscheid verbindlich erkannt hat, die streitige Gebühr beruhe auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist dem nicht so. Die Frage sei gar nicht näher zu prüfen gewesen, da die Beschwerde bereits aufgrund der Überlegungen zum Äquivalenzprinzip, welches sinngemäss in jedem Fall zu beachten ist, gutgeheissen worden sei. Die Beschwerdegegnerin vertritt den gegenteiligen Standpunkt. Gemäss Vorinstanz ist das Bundesgericht zusammengefasst zum Schluss gekommen, die betreffende Gebühr beruhe auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage, vorausgesetzt Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip seien eingehalten.
3.1. Entscheide des Bundesgerichts erwachsen am Tag ihrer Ausfällung in Rechtskraft (Art. 61 BGG). Die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wurde, ist für das weitere Verfahren massgebend, d.h. für die Vorinstanz, die Parteien und auch das allenfalls erneut mit der Sache befasste Bundesgericht verbindlich. Abgesehen von zulässigen Noven ist der neuen Entscheidung der bisherige Sachverhalt zugrundezulegen; rechtliche Gesichtspunkte, die ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen wurden, haben ausser Betracht zu bleiben; definitiv entschiedene Punkte sind nicht in Frage zu stellen. Die Tragweite des Rückweisungsentscheids ergibt sich mithin aus seiner Begründung, die in Verbindung mit den Rechtsschriften, die ihm zugrunde lagen, den Rahmen für die Neubeurteilung der Streitsache in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht vorgibt (<ref-ruling> E. 2 S. 335; Urteil 9C_124/2016 vom 31. Mai 2016 E. 2.1 mit Hinweisen).
3.2. In <ref-ruling> hat das Bundesgericht erkannt, dass die für 2012 bis 2014 geltende Regelung im Kanton Bern, wonach die Gebühr der Aufsicht über Vorsorgeeinrichtungen und Einrichtungen, die nach ihrem Zweck der beruflichen Vorsorge dienen, mit einer Bilanzsumme ab Fr. 500'001.- bis Fr. 1'000'000.- (Stichtag: 31. Dezember des Vorjahres) Fr. 1'800.- (Fr. 300.- [fixer Grundansatz (ohne Oberaufsichtsgebühr)] + Fr. 1'500.- [variabler Ansatz]) beträgt, Bundesrecht verletzt. Seine entscheidwesentlichen Erwägungen lassen sich wie folgt zusammenfassen:
Die streitige Gebühr ist den Kausalabgaben zuzurechnen, jedenfalls kann nicht von einer voraussetzungslos geschuldeten Steuer gesprochen werden (E. 6.2). Die Verpflichtung zu einer öffentlichrechtlichen Geldleistung bedarf einer formell-gesetzlichen Grundlage, welche die Leistungspflicht mindestens in den Grundzügen festlegt (Art. 127 Abs. 1 BV). Delegiert der Gesetzgeber die Kompetenz zur Festlegung einer Abgabe an eine nachgeordnete Behörde, so muss er zumindest den Kreis der Abgabepflichtigen, den Gegenstand und die Bemessungsgrundlage selber festlegen. Das Erfordernis der Bestimmtheit kann bei gewissen Arten von Kausalabgaben gelockert werden, wo das Mass der Abgabe durch überprüfbare verfassungsrechtliche Prinzipien (Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip) begrenzt wird und nicht allein der Gesetzesvorbehalt diese Schutzfunktion erfüllt (E. 7.1.1).
Das Äquivalenzprinzip konkretisiert das Verhältnismässigkeitsprinzip und das Willkürverbot für den Bereich der Kausalabgaben (Art. 5 Abs. 2 und Art. 8 BV); es bestimmt, dass eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung stehen darf und sich in vernünftigen Grenzen halten muss. Der Wert der Leistung bemisst sich entweder nach dem wirtschaftlichen Nutzen, den sie dem Bürger verschafft, oder nach dem Kostenaufwand der konkreten Inanspruchnahme im Verhältnis zum gesamten Aufwand des betreffenden Verwaltungszweigs. Aus Gründen der Verhältnismässigkeit bzw. Äquivalenz ist selbst eine gesetzes- oder reglementskonforme Gebühr dann herabzusetzen, wenn die an sich reguläre Anwendung des Tarifs im Ergebnis zu einer nicht mehr vertretbaren Abgabenhöhe führt (E. 7.1.2).
Die massgebende kantonale Verordnung umschreibt den Kreis der Abgabepflichtigen, das Abgabeobjekt und die Bemessungsgrundlage, das ist bei Vorsorgeeinrichtungen und Einrichtungen, die nach ihrem Zweck der beruflichen Vorsorge dienen, die Bilanzsumme am 31. Dezember des Vorjahres. Dabei handelt es sich in dem Masse um ein sachgerechtes Kriterium, in welchem es Einfluss auf den Umfang der Aufsichtstätigkeit hat (E. 7.3.1). Unter dem Gesichtspunkt des Kostendeckungsprinzips ist zu berücksichtigen, dass die kantonale Aufsicht im Bereich der beruflichen Vorsorge ab 1. Januar 2012 neu geordnet war. Es gab somit keine Erfahrungswerte zu den Kosten der Aufsicht. Nach der bis 2011 geltenden Verordnung vom 22. Februar 1995 über die Gebühren der Kantonsverwaltung (GebV) wurde die jährliche Grundgebühr für die Aufsicht über Stiftungen und Vorsorgeeinrichtungen nach dem Bruttovermögen bemessen. Sie betrug Fr. 500.- bzw. Fr. 700.- bei einem Vermögen von Fr. 500'001.- bis Fr. 1'000'000.- (E. 7.3.2).
"Die streitige jährliche Grundgebühr (ohne Oberaufsichtsgebühr) von Fr. 1'800.-- für das Aufsichtsjahr 2012 ist dreimal höher als bei Anwendung der für Stiftungen und Vorsorgeeinrichtungen bis und mit 2011 geltenden Gebührenverordnung vom 22. Februar 1995. Die Aufsicht im Bereich der beruflichen Vorsorge hat zwar Änderungen erfahren, insbesondere durch Verselbständigung der kantonalen Aufsichtsbehörden in rechtlicher, finanzieller und administrativer Hinsicht (...). Gleichwohl muss unter den gegebenen Umständen und unter der Annahme, dass die nach der GebV bemessenen Gebühren das Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip respektieren, von einer jedenfalls im Ergebnis nicht mehr vertretbaren Gebührenerhöhung gesprochen werden" (E. 7.3.2).
3.3. Das Bundesgericht hat nicht ausdrücklich festgestellt, die streitige Gebühr beruhe auf einer genügenden gesetzliche Grundlage. Es hat jedoch die in diesem Zusammenhang einzig fragliche Bemessungsgrundlage der Bilanzsumme "in dem Masse" als ein sachgerechtes Kriterium erachtet, "in welchem es Einfluss auf den Umfang der Aufsichtstätigkeit hat" (<ref-ruling> E. 7.3.1 S. 518). Soweit dies nicht zutreffen sollte, was es offenliess, hat es implizit die (gelockerten) Voraussetzungen bejaht, um die Rechtmässigkeit der Gebühr anhand von Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip beurteilen zu können. Folgerichtig hat es die Aufsichtsbehörde angewiesen, im dargelegten Sinne "den [einzig streitigen] variablen Ansatz der jährlichen Grundgebühr für das Aufsichtsjahr 2012 rechtskonform - gemäss Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip - neu festzusetzen" (<ref-ruling> E. 7.4 S. 521).
4.
4.1. Weiter ist zu beachten, dass das Bundesgericht lediglich die Gebührenerhöhung von 2011 auf 2012 im Ergebnis nicht mehr als vertretbar erachtete, wobei es präzisierte "unter den gegebenen Umständen und unter der Annahme, dass die nach der GebV bemessenen Gebühren das Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip respektieren" (<ref-ruling> E. 7.3.2 S. 520). Gemäss Vorinstanz ist die erste Bedingung insoweit überholt, als nunmehr die (Betriebs- und Personal-) Kosten der Beschwerdegegnerin bekannt seien. Zudem treffe die damalige Annahme nicht zu, dass der Kanton der Aufsichtsbehörde für eine Übergangszeit die Infrastruktur ihrer Vorgängerin zu denselben Konditionen zur Verfügung gestellt habe (insoweit "die Neuordnung der Aufsicht nicht mit ins Gewicht fallenden Kosten verbunden" war; <ref-ruling> E. 7.3.2 S. 519). Zur zweiten Bedingung hat die Vorinstanz erwogen, aufgrund der effektiven Kosten der Aufsichtsbehörde verletzten die streitigen Gebühren das Kostendeckungsprinzip nicht. Daraus sei zu schliessen, dass die tieferen Gebühren nach der alten GebV nicht kostendeckend gewesen seien und die vorher zuständige Behörde zu einem wesentlichen Teil aus anderen Quellen finanziert worden sei.
4.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet die vorstehenden tatsächlichen Feststellungen und rechtlichen Erwägungen der Vorinstanz nicht. Unter diesen Umständen müssen ihre Einwendungen gegen die Bilanzsumme als Bemessungsgrundlage bzw. die Vereinbarkeit der Gebühr mit dem Äquivalenzprinzip bei einer solchen ab Fr. 500'001.- bis Fr. 1'000'000.- als nicht stichhaltig bezeichnet werden. Sie beruhen hauptsächlich auf einer (eigenen) Berechnung des Prüfungsaufwands pro Vorsorgestiftung und Vollzeitsstelle. Aus dem Vergleich mit der wesentlich weiter gehenden Prüfung für eine KMU erhelle, dass ein "vollständig überzogener" Aufwand betrieben werde. Die Gebühr mache rund 20 % ihres gesamten Verwaltungsaufwandes aus. Gleichzeitig bestreitet sie die vorinstanzlichen "Überlegungen" zum Prüfungsaufwand, der "gerechtfertigt" sei.
Indes verlangt das Äquivalenzprinzip nur, dass die Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung steht und sich in vernünftigen Grenzen hält (<ref-ruling> E. 7.1.2 S. 517). Es kommt dazu, was die Beschwerdeführerin ausser Acht lässt, dass sich die Aufsichtstätigkeit nicht in der jährlichen Kontrolle von Bilanz und Erfolgsrechnung erschöpft, sondern bedeutend weiter reicht (vgl. etwa die nicht abschliessend aufgezählten, zum Teil jährlich wiederkehrenden Aufgaben der Aufsichtsbehörde in Art. 62 Abs. 1 BVG; <ref-ruling> E. 6.2 in fine S. 516). Die Beschwerdegegnerin führt dazu aus, die Aufsichtstätigkeit umfasse die Überwachung des Stiftungssystems als Ganzes. Die Aufsichtsbehörde habe für die Einhaltung der gesetzlichen Vorschriften zu schauen und dafür, dass das Stiftungsvermögen zweckgemäss verwendet werde, was im Interesse der Versicherten, der Allgemeinheit, aber auch der Stiftungen selber liege, entsprechende Sachkompetenz erfordere und Verantwortung bedeute. Der Nutzen sei nicht immer ohne Weiteres messbar. Wie im Übrigen die Vorinstanz unwidersprochen festgestellt hat, bewegen sich die Gebühren in anderen Kantonen in vergleichbarer Höhe.
5.
Nach dem Gesagten hält der angefochtene Entscheid vor Bundesrecht Stand. Die Beschwerde ist unbegründet.
6.
Ausgangsgemäss wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 600.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, der Oberaufsichtskommission Berufliche Vorsorge OAK und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 31. Mai 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Der Gerichtsschreiber: Fessler