Sachverhalt:
A.
A.a. Die Baukommission Rüschlikon erteilte A.A._ am 12. April 2012 die baurechtliche Bewilligung für die Erstellung eines Einfamilienhauses auf dem Grundstück Kat.-Nr. xxx an der Strasse X._ in Rüschlikon. Zusammen mit dem baurechtlichen Entscheid wurde die konzessions- und gewässerschutzrechtliche Bewilligung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 24. April 2012 eröffnet. Gemäss Disp.-Ziff. III.2 ist der Kanton berechtigt, das für die Realisierung eines öffentlichen Seewegs benötigte Land (bis zu 3.5 m Breite) auf dem Baugrundstück unentgeltlich zu beanspruchen.
A.b. Dagegen rekurrierten der Schweizer Heimatschutz (SHS) und die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) an das Baurekursgericht. Auch die Bauherrschaft (A.A._ und Mitbeteiligte) erhob Rekurs mit dem Antrag, Disp.-Ziff. III.2 der Baudirektionsverfügung (betr. Seeuferweg) sei ersatzlos aufzuheben.
Mit Entscheid vom 26. März 2013 vereinigte das Baurekursgericht die beiden Verfahren, trat auf den Rekurs des Zürcher Heimatschutzes (ZVH) nicht ein, hiess den Rekurs des Schweizer Heimatschutzes (SHS) gut und hob den Beschluss der Baukommission Rüschlikon und die Verfügung der Baudirektion auf. Den Rekurs der Bauherrschaft schrieb es als gegenstandslos geworden ab.
Gegen den Rekursentscheid erhob die Bauherrschaft Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 5. September 2013 ab (Verfahren VB.2013.00340).
Mit Urteil vom 21. Oktober 2013 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde der Bauherrschaft gut und hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts auf. Zugleich wies es die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Baudirektion des Kantons Zürich und die Baukommission Rüschlikon sowie zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurück (<ref-ruling>).
A.c. Am 23. Oktober 2014 setzte das Verwaltungsgericht die Kosten- und Entschädigungsfolgen des verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahrens VB.2013.00340 neu fest und wies die Sache im Übrigen zur Neuverlegung der Kosten im Rekursverfahren an das Baurekursgericht zurück.
Das Baurekursgericht verlegte die Kosten im Betrag von Fr. 8'420.--am 24. März 2015 im Wesentlichen dem Grundsatz nach gleich wie in seinem Entscheid vom 26. März 2013. Es auferlegte der Bauherrschaft und der Baudirektion je rund die Hälfte der Kosten, d.h. genau je einen Anteil von 1/42 zu Lasten von C.A._ und D.A._, einen solchen von je 1/63 zu Lasten von E.A._, F.A._ und G.A._, einen weiteren von 37/84 zu Lasten von A.A._; ein Anteil der Kosten von 11/28 wurde der Baudirektion des Kantons Zürich und ein solcher von 1/14 dem Zürcher Heimatschutz (ZVH), da auf dessen Rekurs nicht einzutreten war, auferlegt. Überdies verpflichtete das Baurekursgericht die Bauherrschaft zur Bezahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- an den Schweizer Heimatschutz (SHS).
B.
Mit Urteil vom 31. Dezember 2015 wies der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich eine gegen den Kosten- und Entschädigungsentscheid des Baurekursgerichts vom 24. März 2015 gerichtete Beschwerde der Bauherrschaft ab.
C.
Dagegen führt die Bauherrschaft Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit folgenden Anträgen:
"1. Das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Kosten der Rekursverfahren... vor dem Baurekursgericht des Kantons Zürich... in der Höhe von Fr. 8'420.-- seien wie folgt zu auferlegen:
- zu 1⁄4 dem Zürcher Heimatschutz ZVH
- zu 11/28 dem Schweizer Heimatschutz
- zu 1/84 C.A._
- zu 1/84 D.A._
- zu 1/126 E.A._
- zu 1/126 F.A._
- zu 1/126 G.A._
- zu 37/168 A.A._
- zu 15/56 der Baudirektion des Kantons Zürich
2. Für die Rekursverfahren... seien keine Parteientschädigungen zuzusprechen.
3. Eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen ein Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör sowie eine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts geltend gemacht.
Der Schweizer Heimatschutz (SHS) und der Zürcher Heimatschutz (ZVH) schliessen in einer gemeinsamen Stellungnahme auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion des Kantons Zürich verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Baukommission Rüschlikon beteiligte sich nicht am Verfahren.
Mit einer weiteren Eingabe vom 14. März 2016 äusserte sich die Bauherrschaft nochmals zur Sache.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft die Sachurteilsvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 59; <ref-ruling> E. 1 S. 133; je mit Hinweisen).
1.2. Die Zulässigkeit der Beschwerde an das Bundesgericht im Kostenpunkt folgt derjenigen in der Hauptsache. Da in Bezug auf die Hauptsache die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig war, steht sie auch im Kostenpunkt offen. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist einzig gegen End- und Teilentscheide ohne weiteres zulässig (Art. 90 und 91 BGG), gegen Zwischenentscheide jedoch nur unter bestimmten Voraussetzungen (Art. 92 und 93 BGG). Ein Rückweisungsentscheid gilt als Zwischenentscheid (<ref-ruling> E. 4). Ein solcher liegt auch dann vor, wenn eine Vorinstanz des Bundesgerichts im Rahmen eines Rückweisungsentscheids über Kostenfolgen befindet. Ein derartiger Zwischenentscheid verursacht keinen nicht wieder gut zu machenden Nachteil (<ref-law>), weil der Kostenentscheid im Anschluss an den aufgrund des Rückweisungsentscheids neu ergehenden Endentscheid in der Sache angefochten werden kann (<ref-law>). Entscheidet die Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wurde, in der Hauptsache voll zu Gunsten der beschwerdeführenden Person, so dass diese keinen Anlass mehr hat, diesen Entscheid in der Sache anzufechten, so kann die Kosten- oder Entschädigungsregelung im Rückweisungsentscheid direkt innerhalb der Frist von <ref-law> ab Rechtskraft des Endentscheids mit ordentlicher Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden. Dasselbe gilt, wenn wie vorliegend das Bundesgericht einen Entscheid aufhebt, die Sache zur Neubeurteilung an die Verwaltung zurückweist und zugleich die Vorinstanz anweist, die Kosten für das vorangegangene Verfahren neu festzulegen, und in der Folge die Vorinstanz diesen neuen Kostenentscheid unabhängig vom Sachentscheid fällt; auch in dieser Konstellation ist der vorinstanzliche Entscheid über die Kostenverlegung nur ein Zwischenschritt im gesamten Verfahrensablauf und kann erst im Nachgang zum Endentscheid in der Sache angefochten werden (vgl. zum Ganzen <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1 und 2; Urteil 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 1, mit Hinweisen).
1.3. Nachdem inzwischen im Anschluss an den bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid die beantragten Bewilligungen mit namentlich dem - inzwischen offenbar rechtskräftigen - Entscheid der Baudirektion des Kantons Zürich vom 2. Juli 2015 erteilt worden sind, kann gegen das erst später ergangene angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 31. Dezember 2015 über die Kosten und Entschädigungen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben werden. Die Beschwerdeführenden waren am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt und sind davon als Adressaten und als Verpflichtete besonders berührt und damit zur Beschwerdeerhebung legitimiert. Die Beschwerde ist mithin grundsätzlich zulässig.
2.
2.1. Die Beschwerdegegnerschaft wendet ein, die eingereichte Beschwerde sei nur ungenügend substantiiert. Allerdings wird von dieser Seite kein formeller Nichteintretensantrag gestellt, wohl aber von Seiten des Verwaltungsgerichts. Im Übrigen ist diese Frage ohnehin von Amtes wegen zu prüfen (vgl. E. 1.1).
2.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.3. In der Beschwerdeschrift werden die angerufenen Rügen ausreichend umschrieben. Es wird dargetan, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Bundesverfassungsrecht verstossen soll, und es ist nachvollziehbar, was die Beschwerdeführenden geltend machen wollen. Damit erweisen sich die gesetzlichen Anforderungen an die Begründung einer Beschwerde als erfüllt.
3.
3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Ein solches massgebliches Ungenügen der Sachverhaltsfeststellungen wird nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich.
3.2. Hingegen verlangen die Beschwerdeführenden, der nachmalige Verfahrensausgang in der Hauptsache sei bei der Verlegung der Kosten und Entschädigungen zu berücksichtigen. Dabei berufen sie sich auf den entsprechenden Bewilligungsentscheid vom 2. Juli 2015.
3.2.1. Nach <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
3.2.2. In der Sache ist die Anrufung des Bewilligungsentscheides neu. Die Einreichung der Baubewilligung stellt in diesem Sinne eine neue Tatsache dar. Die Beschwerdeführenden hätten ohne weiteres Gelegenheit gehabt, diesen Umstand bereits vor der Vorinstanz vorzubringen. Obwohl der Bewilligungsentscheid für die Frage der Zulässigkeit der Beschwerde an das Bundesgericht bei der Prüfung des Eintretens von Amtes wegen zu berücksichtigen ist (vgl. E. 1.1 und 1.3), kann er demnach als Novum in der Sache keine Beachtung finden. Im Übrigen wäre er insofern ohnehin grundsätzlich unmassgeblich (vgl. hinten E. 4.5).
4.
4.1. Die Beschwerdeführenden rügen einen Verstoss gegen ihren Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law>. Sie machen geltend, das Verwaltungsgericht habe nicht alle ihre Argumente bei der Entscheidfindung berücksichtigt.
4.2. Der Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> verlangt, dass das Gericht die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Damit sich sowohl die Verfahrensbeteiligten als auch die Rechtsmittelinstanz über die Tragweite des Entscheids ein Bild machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt; es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 6.2 S. 274 mit Hinweis).
4.3. Der angefochtene Entscheid genügt diesen Anforderungen. Es ist nachvollziehbar, worauf das Verwaltungsgericht seine rechtlichen Überlegungen stützt und woraus es die entsprechenden Folgerungen herleitet. Insbesondere ist erkennbar, dass die Vorinstanz die Rechtsprechung des Bundesgerichts übernommen hat, wonach es bei der Kostenverlegung im Zusammenhang mit Rückweisungsentscheiden die Fälle, in denen sich nebst den Behörden private Parteien gegenüber stehen, grundsätzlich gleich behandelt wie solche, in denen sich Private einzig mit den Behörden im Streit befinden. Es war den Beschwerdeführenden auch durchaus möglich, das vorinstanzliche Urteil sachgerecht anzufechten. Dass sich das Verwaltungsgericht allenfalls nicht ausdrücklich mit jedem einzelnen Argument auseinander gesetzt hat, das die Beschwerdeführenden bei ihm vorgebracht hatten, führt unter diesen Umständen nicht zum Ungenügen der Entscheidbegründung. Die Rüge der Gehörsverletzung erweist sich als unbegründet.
5.
5.1. Die Beschwerdeführenden behaupten, das Verwaltungsgericht habe die gesetzlichen Bestimmungen über die Kostenverlegung im Verwaltungsstreit, insbesondere § 13 Abs. 2 und § 17 Abs. 2 und 3 des zürcherischen Gesetzes vom 24. Mai 1959 über den Rechtsschutz in Verwaltungssachen (Verwaltungsrechtspflegegesetz; VRG/ZH), willkürlich angewandt.
5.2. Die Kostenverteilung im kantonalen Rechtsmittelverfahren richtet sich mangels bundesrechtlicher Vorschriften nach kantonalem Recht, dessen Anwendung das Bundesgericht nur daraufhin überprüft, ob dadurch Bundesrecht mit Einschluss der Bundesverfassung verletzt ist (<ref-law>), wozu namentlich die willkürliche Anwendung kantonalen Rechts gehört (<ref-law>).
5.3. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
5.4. Nach § 13 Abs. 2 VRG/ZH tragen mehrere am Verfahren Beteiligte die Kosten in der Regel entsprechend ihrem Unterliegen. Nach § 17 Abs. 2 VRG/ZH kann die unterliegende Partei oder Amtsstelle zu einer angemessenen Entschädigung für die Umtriebe des Gegners verpflichtet werden (Abs. 2); stehen sich private Parteien mit gegensätzlichen Begehren gegenüber, wird die Entschädigung in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Abs. 3).
5.5. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist es regelmässig willkürlich, bei der Rückweisung einer Streitsache zu erneutem Entscheid mit offenem Ausgang in der Hauptsache für die Verteilung der Kosten und Entschädigungen nicht vom gänzlichen Obsiegen auszugehen. Der spätere Ausgang in der Sache kann nur allenfalls ausnahmsweise mitberücksichtigt werden, etwa dann, wenn erst spätere Ereignisse wie namentlich eine nachträgliche Rechtsänderung den Ausgang massgeblich beeinflussen. Diese Rechtsprechung findet auch Anwendung, wenn sich in der Streitsache nebst den Behörden verschiedene private Parteien gegenüber stehen (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_161/2014 vom 31. März 2015). Sie gilt ebenso bei der Anwendung von §§ 13 und 17 VRG/ZH (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011; im Bereich des Bundesrechts vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2C_846/2013 vom 28. April 2014). Was die Beschwerdeführenden dagegen einwenden, überzeugt nicht.
5.6. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stützte sich sowohl bei seinem eigenen, hier nicht fraglichen Kostenentscheid vom 23. Oktober 2014 als auch beim vorliegend angefochtenen Beschwerdeentscheid vom 31. Dezember 2015 auf diese bundesgerichtliche Rechtsprechung. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführenden ist es nach dem Dargelegten nicht willkürlich, die bundesgerichtliche Rechtsprechung auf den vorliegenden Fall anzuwenden, in dem sich verschiedene private Parteien gegenüber stehen. Dabei ist auch zu berücksichtigen, dass die Beschwerdeführenden in der Sache vor Bundesgericht nicht uneingeschränkt durchgedrungen sind, wies dieses die Angelegenheit doch nicht zu völlig neuer Beurteilung, sondern nur zu einer solchen im Sinne der Erwägungen zurück.
5.7. Die Vorinstanzen stellten sodann im Wesentlichen darauf ab, dass der Rückweisungsentscheid an die Baukommission durch das Bundesgericht im Ergebnis zu einer Bestätigung der Aufhebung der Baubewilligung durch das Baurekursgericht im Rekursverfahren führte. Obwohl die Beschwerdeführenden vor Bundesgericht weitgehend obsiegten, was durchaus seine Auswirkungen auf ihre Rechtsposition in der Kosten- und Entschädigungsfrage vor dem Verwaltungsgericht zeitigte, änderte dies für die Vorinstanzen nichts daran, dass die materiellrechtlichen Positionen im Baurekursverfahren vorläufig grundsätzlich unverändert blieben bzw. im Ergebnis dem früheren Sachentscheid des Baurekursgerichts entsprachen. Zwar war der Ausgang des Verfahrens neu wieder weitgehend offen. Aufgrund der vorläufigen, durch das Bundesgerichtsurteil herbeigeführten Rechtslage konnte der Rekurrent vor der Baurekurskommission aber willkürfrei als im damaligen Zeitpunkt teilweise obsiegend und die Bauherrschaft und die Baudirektion als im damaligen Zeitpunkt teilweise unterliegend erachtet werden. Dass eine andere Einschätzung, insbesondere des Umfangs von Obsiegen und Unterliegen, auch denkbar wäre, führt, unter Berücksichtigung des den Behörden bei der Verlegung der Kosten und Entschädigungen zustehenden Ermessens, nicht zur Unhaltbarkeit des angefochtenen Entscheids. So ist namentlich nicht erkennbar, inwiefern die von den Beschwerdeführenden beantragte Verteilung der Kosten und Entschädigungen zu einem angemesseneren Ergebnis führen sollte. Erst recht erscheint die vom Baurekursgericht beschlossene und vom Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid geschützte Verlegung der Kosten und Entschädigungen nicht willkürlich.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die unterliegenden Beschwerdeführenden unter Solidarhaft für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie <ref-law>). Die Beschwerdeführenden haben sodann als Solidarschuldner die Beschwerdegegnerschaft als Solidargläubiger angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführenden unter Solidarhaft auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführenden haben als Solidarschuldner die Beschwerdegegner als Solidargläubiger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Baukommission Rüschlikon, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2016
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax