Faits :
A.
Le 7 mars 2014, X._ a déposé une plainte pénale contre inconnu pour tentative de "hacking" sur la boîte de courriers électroniques de l'un de ses journalistes, B._. Une procédure pénale a été ouverte par le Ministère public de la République et canton de Genève (P3). Au cours de l'instruction, ont notamment été mis en prévention A._ et C._. B._ a été entendu en qualité de témoin à plusieurs reprises par le Procureur. Des écoutes de conversations téléphoniques entre B._ et C._ ont été versées au dossier.
A._ a déposé plainte pénale le 19 mai 2016 contre B._ pour faux témoignage; le premier considérait que les déclarations faites sous serment par le second ne coïncidaient pas avec le contenu des écoutes téléphoniques. Une instruction pénale a été ouverte (P2). Par ordonnance du 11 juillet 2016, le Ministère public a suspendu cette cause, considérant que son sort dépendait essentiellement de l'issue de la procédure P3. Le magistrat a également retenu que les reproches soulevés par A._ concernaient principalement des appréciations subjectives du témoin, des imprécisions explicables par l'écoulement du temps ou des aspects ne paraissant pas propres à influencer la cause P3, procédure dans laquelle A._ et ses co-prévenus allaient être prochainement renvoyés en jugement.
B.
Le 9 septembre 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours intenté par A._ contre cette ordonnance. Selon l'autorité précédente, savoir comment les dépositions du témoin seraient prises en compte par le juge du fond dans la cause P3 permettrait en substance d'apprécier leur éventuelle fausseté, ainsi que, le cas d'échéant, de déterminer leur influence par rapport à la décision qui serait rendue à l'encontre du recourant. Les juges cantonaux ont de plus considéré que, par le biais du procédé utilisé par le Ministère public, les faits communs aux deux causes ne seraient instruits qu'une seule fois (principe d'économie de procédure). Selon la cour cantonale, la suspension ordonnée ne violait pas non plus le principe de célérité vu l'annonce de prochaine clôture de l'instruction dans la cause P3; le recourant n'avait enfin pas précisé pourquoi les réquisitions de preuve qu'il entendait déposer ne pourraient pas être traitées rapidement.
C.
Par acte du 12 octobre 2016, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et en substance à la reprise de la procédure P2.
La cour cantonale s'est référée à ses considérants, sans déposer de déterminations. Le Ministère public a conclu au rejet du recours et, le 21 novembre 2016, le recourant a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 397; <ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. L'arrêt attaqué confirme une décision de suspension de la procédure pénale P2 jusqu'à droit connu sur une autre procédure. La voie du recours en matière pénale selon les <ref-law> est donc en principe ouverte.
1.2. Une décision de suspension prise par le Ministère public ne met pas fin à la procédure pénale et revêt, à l'instar de l'arrêt attaqué, un caractère incident (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 524 s.). Le recours en matière pénale n'est donc recevable que si cet arrêt est de nature à causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 p. 286) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Cette dernière hypothèse n'entre pas en considération dès lors que l'admission du recours conduirait simplement à la reprise de la procédure pénale (arrêt 1B_404/2016 du 23 décembre 2016 consid. 1.2 et l'arrêt cité).
1.2.1. Le préjudice irréparable se rapporte, en matière pénale, à un dommage de nature juridique qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 287). En vertu de l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir et ceux permettant de démontrer l'existence d'un préjudice irréparable lorsque celui-ci n'est pas d'emblée évident (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 292 et les arrêts cités).
Selon la jurisprudence, une décision de suspension de la procédure peut causer un dommage irréparable au justiciable qui se plaint, pour cette raison, d'un retard injustifié à statuer sur le fond constitutif d'un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 261; <ref-ruling> consid. 2.2-2.4 p. 45 s.). Il faut toutefois que le grief soit suffisamment motivé et fasse apparaître un risque sérieux de violation du principe de célérité (<ref-ruling> consid. 6 p. 192). Ainsi, lorsque la suspension critiquée intervient à un stade de la procédure où il apparaît évident que le principe de célérité n'est pas violé, ou lorsque le recourant ne démontre pas qu'un tel risque apparaîtra nécessairement à terme, la jurisprudence s'en tient aux exigences de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 2.5 p. 47). Il s'ensuit notamment que, si l'opportunité de la suspension est seule en cause, la condition du préjudice irréparable doit être démontrée (<ref-ruling> consid. 6 p. 191 s.).
1.2.2. En l'espèce, le recourant se prévaut tout d'abord du principe de célérité (art. 29 Cst. et 5 CPP).
La procédure P2 a été suspendue jusqu'à droit connu dans la cause P3; il ne s'agit donc pas d'une suspension de durée indéterminée, hypothèse dans laquelle le recourant pourrait, le cas échéant, être exposé à un retard injustifié dans le traitement de sa plainte (ATF <ref-ruling> consid. 2.3 p. 46). Certes, les réquisitions de preuve qu'il a déposées à la suite de l'avis de clôture de la procédure P3 peuvent avoir comme conséquence, en particulier en cas d'admission, de prolonger de cette cause, respectivement de reporter la reprise de l'instruction de la procédure P2. Vu le stade avancé de l'instruction dans la cause P3 et l'absence de tout autre élément, cela ne suffit toutefois pas pour considérer que cette procédure ne pourrait pas être menée à terme dans un délai raisonnable.
Faute de violation du principe de célérité ou de déni de justice, il incombe donc au recourant de démontrer l'existence d'un préjudice irréparable.
1.2.3. Le recourant soutient à cet égard qu'en l'absence préalable de condamnation du témoin pour violation de l'<ref-law>, lui-même pourrait se voir reconnu coupable sur la base de déclarations mensongères; attendre pour statuer dans la procédure P2 qu'un jugement ait été rendu dans la cause P3 impliquerait en outre que son éventuelle condamnation dans cette seconde procédure ne pourrait être contestée que par la biais de la révision, ce qui engendrerait pour toutes les parties des délais et des frais considérables.
Selon une jurisprudence constante, un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure - qui peut d'ailleurs aussi découler des réquisitions de preuve déposées par le recourant dans la cause P3 - ou un accroissement des frais, n'est pas considéré comme un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 400; <ref-ruling> consid. 6 p. 192; <ref-ruling> consid. 4 p. 95). L'absence de condamnation du témoin dans la procédure P2 n'empêche de plus pas le recourant de faire valoir, dans le cadre de sa défense dans la cause P3, ses arguments tendant à mettre en doute la crédibilité du témoin (cf. les déclarations alléguées mensongères de ce dernier eu égard aux propos tenus lors des écoutes téléphoniques). L'avancement de la cause P3 ne dépend ainsi pas en l'espèce de la procédure P2; en revanche, les faits instruits et les résultats de la première peuvent, le cas échéant, avoir un impact sur la seconde (cf. les faits communs aux deux procédures relevés par la cour cantonale, ainsi que l'éventuelle application de l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2a p. 197 s.).
Vu ces considérations, le recourant ne subit aucun préjudice irréparable à la suite de la suspension de l'instruction de la cause à charge du témoin (P2).
2.
Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'attribuer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 24 janvier 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf