Sachverhalt:
A.
Am 9. November 2006 entdeckte der Vater von A._ eine "Chatunterhaltung" auf ihrem Computer, die sie am Vortag mit einer unbekannten Person geführt hatte. Darin erzählte sie, dass im Sommer 2005 acht Männer gegen ihren Willen mit ihr eine "Gang Bang" veranstaltet hätten, wobei sie durch K.O.-Tropfen gefügig gemacht worden sei. Der Vater von A._ meldete dies der Polizei. Die Anklage wirft X._ neben weiteren Straftaten vor, am 16. Juli 2005 unter Anwesenheit mehrerer Kollegen die damals 17 Jahre alte A._ vergewaltigt und zu weiteren sexuellen Handlungen wie Oral- und Analverkehr genötigt zu haben.
B.
B.a. Das Bezirksstrafgericht der Sense verurteilte X._ am 18. März 2008 wegen Vergewaltigung, sexueller Nötigung und versuchter Vergewaltigung, begangen am 16. Juli 2005 zum Nachteil von A._, mehrfachen sexuellen Handlungen mit zwei Kindern, begangen zwischen Dezember 2005 und November 2006, sexueller Nötigung, begangen im April/Mai 2006, Förderung der Prostitution, begangen im Herbst 2006, sowie mehrfachen Fahrens in fahrunfähigem Zustand, begangen am 9. März und 3. Juni 2007, zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Untersuchungsrichteramtes III Bern-Mittelland vom 20. Oktober 2005. Es verpflichtete ihn, verschiedene Genugtuungszahlungen zu leisten. Das Verfahren wegen einfacher Körperverletzung stellte es ein.
B.b. Das Kantonsgericht Freiburg wies am 17. September 2009 die Berufung von X._ ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil.
Das Bundesgericht hiess am 13. Dezember 2010 die Beschwerde in Strafsachen von X._ gegen dieses Urteil gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 6B_1078/2009).
B.c. Mit Urteil vom 5. März 2012 bestätigte das Kantonsgericht Freiburg die Schuldsprüche und die Genugtuungszahlungen, sprach X._ aber vom Vorwurf der vollendeten Vergewaltigung, begangen am 16. Juli 2005, frei. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 40 Monaten, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Untersuchungsrichteramtes III Bern-Mittelland vom 20. Oktober 2005.
Die von X._ gegen dieses Urteil gerichtete Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht am 28. Februar 2013 aus formellen Gründen erneut gut und wies die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Verfahren 6B_350/2012).
B.d. Mit Urteil vom 13. Oktober 2014 hiess das Kantonsgericht Freiburg die Berufung von X._ teilweise gut. Es sprach diesen von den Vorwürfen der Vergewaltigung (<ref-law>), der sexuellen Nötigung (<ref-law>), der versuchten Vergewaltigung (Art. 190 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) und der sexuellen Nötigung (Art. 189 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), begangen am 16. Juli 2005, frei und verwies die Zivilforderung von A._ auf den Zivilweg. Es stellte die Rechtskraft der übrigen Schuldsprüche gemäss Urteil des Bezirksgerichts der Sense vom 18. März 2008 sowie der Genugtuung von Fr. 10'000.-- an B._ fest und verurteilte X._ zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten.
Das Bundesgericht hiess am 16. Juli 2015 die von der Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen gut, soweit darauf einzutreten war. Die Beschwerde in Strafsachen von A._ hiess es teilweise gut und wies sie im Übrigen ab, soweit darauf einzutreten war. Es hob das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 13. Oktober 2014 auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014).
C.
Mit Urteil vom 15. April 2016 hiess das Kantonsgericht Freiburg die Berufung von X._ teilweise gut. Es erklärte diesen der sexuellen Nötigung (<ref-law>), der versuchten Vergewaltigung (Art. 190 Abs. 1 i.V.m. Art. 22 und 200 StGB) und der sexuellen Nötigung (Art. 189 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), begangen am 16. Juli 2005, der mehrfachen sexuellen Handlungen mit zwei Kindern (<ref-law>), begangen zwischen Dezember 2005 und November 2006, der sexuellen Nötigung (<ref-law>), begangen im April/Mai 2006, der Förderung der Prostitution (<ref-law>), begangen im Herbst 2006, und des mehrfachen Fahrens in fahrunfähigem Zustand (<ref-law>), begangen am 9. März und 3. Juni 2007, schuldig. Vom Vorwurf der Vergewaltigung, begangen am 16. Juli 2005, sprach es ihn frei. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 33 Monaten und gewährte ihm im Umfang von 22 Monaten den bedingten Vollzug. Zudem verpflichtete es ihn, unter solidarischer Haftung mit Y._ und Z._, A._ eine Genugtuung von Fr. 25'000.-- zu bezahlen. Es stellte weiter fest, dass die Genugtuung von Fr. 10'000.-- an B._ in Rechtskraft erwachsen ist.
Das Kantonsgericht hält für erwiesen, dass A._ Y._ am 16. Juli 2005 gegen ihren Willen oral befriedigen musste, während X._ an ihr den Analverkehr vollzog. Danach habe Z._ versucht, sie in Anwesenheit der beiden anderen Männer zum Geschlechtsverkehr zu nötigen, was sie jedoch mit einem Fusstritt habe verhindern können.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 15. April 2016 sei aufzuheben und er sei von den Vorwürfen der Vergewaltigung, der sexuellen Nötigung sowie der versuchten Vergewaltigung, begangen am 16. Juli 2005 zum Nachteil von A._, freizusprechen. Für die übrigen Straftaten sei er, teilweise als Zusatzstrafe zum Urteil des Untersuchungsrichteramtes III Bern-Mittelland vom 20. Oktober 2005, mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten zu bestrafen. Die Zivilforderung von A._ sei auf den Zivilweg zu verweisen. Subsidiär sei das Verfahren wegen sexueller Nötigung und versuchter Vergewaltigung zum Nachteil von A._ infolge Verjährung einzustellen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, bezüglich der ihm vorgeworfenen Straftaten zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 sei die Verfolgungsverjährung eingetreten. Er beruft sich hierfür auf Art. 36 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 20. Oktober 2005 über das Jugendstrafrecht (Jugendstrafgesetz, JStG; SR 311.1). Die Vorinstanz bringe zu Unrecht <ref-law> zur Anwendung, der im Jugendstrafrecht keine Geltung habe. Zwar richte sich das Verfahren vorliegend nach der StPO und nicht nach der Schweizerischen Jugendstrafprozessordnung vom 20. März 2009 (JStPO; SR 312.1). Dies habe jedoch nicht zur Folge, dass auch <ref-law> anwendbar sei.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, nachdem im früheren Jugendstrafrecht keine besonderen Verjährungsfristen vorgesehen gewesen seien, das JStG solche jedoch vorsehe, sei dieses Gesetz für die Verjährungsfrage immer die lex mitior (angefochtenes Urteil S. 5 in fine). <ref-law> sei im Jugendstrafrecht nicht anwendbar. Die Nichterwähnung von <ref-law> in <ref-law> sei kein gesetzgeberisches Versehen (angefochtenes Urteil S. 6). Der Eintritt der Verfolgungsverjährung sei ein dauerndes Prozesshindernis. In Bezug auf das anwendbare Verfahren sehe Art. 3 Abs. 2 in fine JStG für sog. Übergangstäter vor, dass es nur dann ein jugendstrafrechtliches Verfahren bleibe, wenn es eingeleitet worden sei, bevor die nach der Vollendung des 18. Altersjahres begangene Tat bekannt geworden sei. Die Vorschriften über die Verfolgungsverjährung würden zu den Verfahrensvorschriften gehören, was zur Anwendung von <ref-law> auf solche Verfahren führe, auch wenn die zu beurteilende Tat noch während der Minderheit [recte wohl: Minderjährigkeit] des Täters verübt worden sei. Das Verfahren gegen den Beschwerdeführer sei zu einem Zeitpunkt eingeleitet worden, in dem er das 18. Altersjahr längstens erreicht habe. Somit sei das ordentliche Verfahrensrecht anwendbar, so dass auch <ref-law> Anwendung finde. Das erstinstanzliche Urteil sei am 18. März 2008 ergangen, was den Eintritt der Verjährung definitiv hemme (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
1.3.
1.3.1. Gemäss der auf den 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bestimmung von <ref-law> verjährt die Strafverfolgung im Jugendstrafrecht in fünf Jahren, wenn die Tat nach dem für Erwachsene anwendbaren Recht mit einer Freiheitsstrafe von über drei Jahren bedroht ist (lit. a), in drei Jahren, wenn die Tat nach dem für Erwachsene anwendbaren Recht mit einer Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren bedroht ist (lit. b) bzw. in einem Jahr, wenn die Tat nach dem für Erwachsene anwendbaren Recht mit einer andern Strafe bedroht ist (lit. c).
Anders als das alte Jugendstrafrecht, das keine besonderen Fristen für die Verjährung der Strafverfolgung Jugendlicher, sondern lediglich den fakultativen Strafbefreiungsgrund von aArt. 88 Abs. 4 und aArt. 98 Abs. 4 StGB (sog. Quasi-Verjährung) kannte (vgl. Botschaft vom 21. September 1998 zur Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches [Allgemeine Bestimmungen, Einführung und Anwendung des Gesetzes] und des Militärstrafgesetzes sowie zu einem Bundesgesetz über das Jugendstrafrecht, BBl 1999 II 1979 ff., 2259), sieht das seit dem 1. Januar 2007 geltende Jugendstrafrecht damit für jugendliche Straftäter im Vergleich zum Erwachsenenstrafrecht (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 109 StGB) erheblich verkürzte Verjährungsfristen vor.
1.3.2. Die Bestimmungen von Art. 98, 99 Abs. 2, Art. 100 sowie 101 Abs. 1 lit. a-d, Abs. 2 und 3 StGB betreffend die Verjährung sind im Jugendstrafrecht gemäss <ref-law> sinngemäss anwendbar. Hinsichtlich der Verfolgungsverjährung erklärt <ref-law> nur <ref-law> über den Beginn der Verjährung für anwendbar, nicht jedoch <ref-law>, der deren Ende regelt. Letztere Bestimmung besagt, dass die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist. Nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind unter erstinstanzlichen Urteilen im Sinne von <ref-law> nicht nur verurteilende, sondern auch freisprechende Erkenntnisse zu verstehen (<ref-ruling> E. 1.5 S. 70 ff.). <ref-law> gelangt über den Verweis von <ref-law> zudem auch bei Übertretungen zur Anwendung (<ref-ruling> E. 2).
1.3.3. Der Beschwerdeführer beging die ihm vorgeworfenen Taten zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 am 16. Juli 2005. Das erstinstanzliche Urteil datiert vom 18. März 2008. Die Verjährung wäre bei einer Anwendung von <ref-law> daher selbst ausgehend von der kürzeren Verjährungsfrist von <ref-law> nicht eingetreten. Zu klären ist damit zunächst, ob <ref-law> entgegen dem Wortlaut von <ref-law> e contrario auch im Jugendstrafrecht Gültigkeit hat.
1.4.
1.4.1. Das Gesetz ist nach ständiger Rechtsprechung in erster Linie aus sich selbst heraus auszulegen, das heisst, nach dem Wortlaut, Sinn und Zweck und den ihm zugrunde liegenden Wertungen auf der Basis einer teleologischen Verständnismethode. Die Gesetzesauslegung hat sich vom Gedanken leiten zu lassen, dass nicht schon der Wortlaut die Norm darstellt, sondern erst das an Sachverhalten verstandene und konkretisierte Gesetz. Gefordert ist die sachlich richtige Entscheidung im normativen Gefüge, ausgerichtet auf ein befriedigendes Ergebnis der ratio legis. Dabei befolgt das Bundesgericht einen pragmatischen Methodenpluralismus und lehnt es namentlich ab, die einzelnen Auslegungselemente einer hierarchischen Prioritätsordnung zu unterstellen. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen (Urteil 6B_1226/2015 vom 5. August 2016 E. 3.3, zur Publikation vorgesehen; <ref-ruling> E. 2.4.1; je mit Hinweisen).
1.4.2. Eine Lücke im Gesetz besteht, wenn eine Regelung unvollständig ist, weil sie jede Antwort auf die sich stellende Rechtsfrage schuldig bleibt. Hat der Gesetzgeber eine Rechtsfrage nicht übersehen, sondern stillschweigend - im negativen Sinn - mitentschieden (qualifiziertes Schweigen), bleibt kein Raum für richterliche Lückenfüllung. Eine echte Gesetzeslücke, die vom Gericht zu füllen ist, liegt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts vor, wenn der Gesetzgeber etwas zu regeln unterlassen hat, was er hätte regeln sollen, und dem Gesetz diesbezüglich weder nach seinem Wortlaut noch nach dem durch Auslegung zu ermittelnden Rechtssinn eine Vorschrift entnommen werden kann (zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.1 S. 485; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 299; <ref-ruling> E. 2.1 S. 637; je mit Hinweisen). Von einer unechten oder rechtspolitischen Lücke ist demgegenüber die Rede, wenn dem Gesetz zwar eine Antwort, aber keine befriedigende, zu entnehmen ist. Echte Lücken zu füllen, ist dem Gericht aufgegeben, unechte zu korrigieren, ist ihm nach traditioneller Auffassung grundsätzlich verwehrt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 485; <ref-ruling> E. 4.2 S. 417; je mit Hinweisen). Ob eine zu füllende Lücke oder ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers vorliegt, ist durch Auslegung zu ermitteln (BGE <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 299). Ist ein lückenhaftes Gesetz zu ergänzen, gelten als Massstab die dem Gesetz selbst zugrunde liegenden Zielsetzungen und Werte (BGE <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 299; <ref-ruling> E. 2.2 S. 638; je mit Hinweisen).
1.5.
1.5.1. Die Aufzählung in <ref-law> der Bestimmungen des StGB, welche im Jungendstrafrecht sinngemäss anwendbar sind, ist grundsätzlich abschliessend (Urteil 6B_611/2016 vom 21. September 2016 E. 1.7 mit Hinweis; BBl 1999 II 2219 f.). Fraglich ist allerdings, ob die Nichterwähnung von <ref-law> in <ref-law> nicht auf ein gesetzgeberisches Versehen zurückzuführen ist.
1.5.2. Das Bundesgericht stellte sich im Urteil 6B_771/2009 vom 7. Oktober 2009 E. 3 auf den Standpunkt, <ref-law> finde im Jugendstrafrecht keine Anwendung, dies allerdings ohne sich mit der Frage nach einer möglichen Gesetzeslücke auseinanderzusetzen. Dafür bestand im Rahmen der damals zu beantwortenden Frage nach der Wirkung des Berufungsrückzugs auch kein Anlass. In der Lehre wird mehrheitlich die Auffassung vertreten, <ref-law> gelange im Jugendstrafrecht nicht zur Anwendung (vgl. C HRISTOF RIEDO, Jugendstrafrecht und Jugendstrafprozessrecht, 2013, N. 2611 S. 334; MARCEL RIESEN-KUPPER, in: Kommentar Schweizerisches Strafgesetzbuch, Andreas Donatsch [Hrsg.], 19. Aufl. 2013, N. 4 zu <ref-law>; MATTHIAS ZURBRÜGG, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, N. 51 zu <ref-law>). PETER AEBERSOLD bedauert, dass <ref-law> im Jugendstrafrecht nicht anwendbar ist (vgl. PETER AEBERSOLD, Schweizerisches Jugendstrafrecht, 2. Aufl. 2011, S. 212).
Allerdings finden sich im Schrifttum auch abweichende Meinungen. So wird neuerdings auch die Auffassung vertreten, <ref-law> müsse angesichts der im Jugendstrafrecht deutlich verkürzten Verjährungsfristen trotz des fehlenden Verweises in <ref-law> Gültigkeit haben (vgl. GÜRBER/HUG/SCHLÄFLI, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, N. 17 zu <ref-law> mit Hinweis, N. 10 zu <ref-law>; anders noch 2. Aufl. 2007, N. 10 zu <ref-law>).
1.6.
1.6.1. Die geltenden, im Vergleich zum Erwachsenenstrafrecht kürzeren Verjährungsfristen des Jugendstrafrechts von einem bzw. drei und fünf Jahren (vgl. <ref-law>) gehen auf einen Vorschlag der Expertenkommission zurück, welche im Vorentwurf aus dem Jahre 1993 zu einem Bundesgesetz über die Jugendstrafrechtspflege (VE-JStG) entsprechend verkürzte Fristen vorsah (vgl. Art. 3 VE-JStG). Art. 4 Ziff. 1 Satz 1 VE-JStG erklärte jedoch die Bestimmungen des StGB für anwendbar, soweit das JStG keine abweichenden Vorschriften aufstellt. Anders als das geltende JStG enthielt der Vorentwurf zum JStG damit einen generellen Verweis auf das StGB. Art. 95 Abs. 1 VE-StGB sah vor, dass die Verjährung ruht, solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst oder zum Vollzug einer Massnahme inhaftiert ist oder wenn das Strafverfahren aufgrund einer gesetzlichen Vorschrift nicht weitergeführt werden darf. Art. 95a VE-StGB regelte sodann die Unterbrechung der Verjährung durch Untersuchungshandlungen einer Strafverfolgungsbehörde, Verfügungen des Gerichtes gegenüber dem Täter sowie die Ergreifung von Rechtsmitteln (vgl. Art. 95a Abs. 1 VE-StGB). Gemäss Art. 95a Abs. 2 Satz 1 VE-StGB begann die Verjährungsfrist mit jeder Unterbrechung neu zu laufen. Nach Art. 95a Abs. 2 Satz 2 VE-StGB war die Strafverfolgung jedoch in jedem Fall verjährt, wenn die ordentliche Verjährungsfrist um ihre ganze Dauer überschritten war. Der Bericht zum Vorentwurf erwähnt ausdrücklich, dass die im Vorentwurf vorgesehenen Bestimmungen des Erwachsenenstrafrechts über die Unterbrechung und das Ruhen der Verjährung (Art. 95 und Art. 95a VE-StGB) auch auf die Verjährungsfristen von Art. 3 VE-JStG zur Anwendung gelangen (vgl. Bericht zur Revision des Allgemeinen Teils und des Dritten Buches des Strafgesetzbuches und zu einem Bundesgesetz über die Jugendstrafrechtspflege, S. 142). Bei den Fristen des Vorentwurfs von einem bzw. drei und fünf Jahren (Art. 3 VE-JStG) handelte es sich damit um relative Verjährungsfristen, wie sie vor dem 1. Oktober 2002 auch im StGB vorgesehen waren. Die absolute Verjährung entsprach dem Zweifachen der relativen Verjährung (Art. 4 Ziff. 1 VE-JStG i.V.m. Art. 95a Abs. 2 Satz 2 VE-StGB). Die Strafverfolgungsbehörden mussten das Strafverfahren folglich rechtzeitig innert der Fristen von Art. 3 VE-JStG einleiten. Bis zur abschliessenden Verfahrenserledigung standen ihnen - wenn sie das Verfahren anschliessend korrekt vorantrieben - nach dem Vorentwurf insgesamt jedoch zwei, sechs bzw. zehn Jahre zur Verfügung.
1.6.2. Der bundesrätliche Entwurf aus dem Jahre 1998 (E-JStG; BBl 1999 II 2400 ff.) behielt die in Art. 3 VE-JStG vorgesehenen kurzen Fristen in Art. 35 E-JStG bei. Anpassungen erfolgten lediglich insofern, als die Abstufung in Art. 35 E-JStG, anders als in Art. 3 VE-JStG, neu danach erfolgte, ob die Tat nach dem für Erwachsene anwendbaren Recht mit einer Freiheitsstrafe von über drei Jahren (lit. a), mit einer Freiheitsstrafe von über drei Monaten, aber nicht mehr als drei Jahren (lit. b) bzw. mit einer andern Strafe (lit. c) bedroht ist. Damit trug der Bundesrat einer Kritik im Vernehmlassungsverfahren Rechnung, die als unhaltbar erachtete, dass nach Art. 3 VE-JStG auch für eine Vielzahl von gravierenden Straftaten die Verjährung bereits nach einem Jahr eintreten würde (vgl. EJPD, Ergebnisse des Vernehmlassungsverfahrens über die Vorentwürfe der Expertenkommission zum Allgemeinen Teil und zum Dritten Buch des Strafgesetzbuches sowie zu einem Bundesgesetz über die Jugendstrafrechtspflege, S. 1104).
Anstelle des Ruhens und der Unterbrechung der Verjährung (Art. 95 und 95a VE-JStG) sah der bundesrätliche Entwurf für das Erwachsenenstrafrecht jedoch vor, dass die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist (vgl. Art. 97 Abs. 2 E-StGB). Entsprechend konnte für das Ruhen und die Unterbrechung der Verjährung im Jugendstrafrecht nicht mehr auf die Bestimmungen des Erwachsenenstrafrechts verwiesen werden. Auch erfolgte in Art. 1 Abs. 2 E-JStG kein Verweis auf Art. 97 Abs. 2 E-StGB, welcher die Bestimmungen über das Ruhen und die Unterbrechung der Verfolgungsverjährung ersetzte. Der Vorschlag des Bundesrates fand mit einer geringfügigen Änderung hinsichtlich Art. 35 lit. b E-JStG Eingang in das Gesetz und entspricht den heutigen Bestimmungen von <ref-law> bzw. <ref-law>.
1.6.3. Bezüglich der Frage, wann die in <ref-law> vorgesehenen Verjährungsfristen zu laufen aufhören, besteht daher eine sog. echte Gesetzeslücke, da sich das Gesetz dazu nicht äussert. Weder regelt das JStG hinsichtlich der Fristen von <ref-law> - welche gemäss dem Vorentwurf als relative Verjährungsfristen zu verstehen waren - das Ruhen, die Unterbrechung und die absolute Verjährung, noch erfolgt ein Verweis auf <ref-law>, der die früheren Bestimmungen über das Ruhen und die Unterbrechung ersetzt. Das Gesetz sieht bezüglich der Frage des Verlaufs bzw. des Endes der Verjährung nach <ref-law> gar keine, d.h. auch keine unbefriedigende Lösung vor. Folglich liegt keine sog. unechte oder rechtspolitische Lücke vor, welche vom Gesetzgeber zu füllen wäre.
1.7.
1.7.1. Von einem qualifizierten Schweigen des Gesetzgebers kann ebenfalls nicht ausgegangen werden. Nimmt man mangels einer entsprechenden Gesetzesregelung an, bezüglich der Fristen von <ref-law> gebe es weder ein Ruhen noch eine Unterbrechung, wären diese grundsätzlich als absolute Fristen zu verstehen, die erst mit dem rechtskräftigen Entscheid zu laufen aufhören (siehe dazu Art. 95 Abs. 2 VE-StGB, wonach die Verjährung während Rechtsmittelverfahren des kantonalen Rechts oder des Bundesrechts nicht ruhte und bis zur endgültigen Beurteilung weiterlief; anders RIEDO, a.a.O., N. 2612 S. 334 für das bundesgerichtliche Verfahren, allerdings in Anlehnung an das alte Recht, das ein Ruhen der Verjährung noch vorsah; offengelassen bei AEBERSOLD, a.a.O., S. 212; vgl. auch Botschaft vom 7. November 2012 zur Änderung des Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes [Verlängerung der Verfolgungsverjährung], BBl 2012 9253 ff., 9260 Ziff. 1.1.4 sowie <ref-ruling> E. 1.5.3 S. 73 mit Hinweisen). Damit wäre die Verfolgungsverjährung im Jugendstrafrecht im Vergleich zum Vorentwurf, der noch relative Fristen von identischer und absolute Fristen von doppelter Länge vorsah, zusätzlich massiv verkürzt worden. Anhaltspunkte, dass der Gesetzgeber solches beabsichtigte, liegen nicht vor. Dieser hätte daher nicht nur den Beginn, sondern auch den Verlauf der Verjährung nach <ref-law> oder wie in <ref-law> deren Ende regeln müssen.
1.7.2. Das Jugendstrafrecht wird vom Gedanken der Integration des jugendlichen Straftäters durch Erziehung geleitet (BBl 1999 II 2217 f.). Es zeichnet sich vor allem dadurch aus, dass es im Gegensatz zum Erwachsenenstrafrecht nicht als "Tatstrafrecht", sondern als "Täterstrafrecht" ausgestaltet ist. Es sieht grundsätzlich keine tatvergeltenden, auf den Ausgleich des begangenen Unrechts gerichteten Kriminalstrafen vor, sondern besondere Rechtsfolgen, die ausschliesslich spezialpräventiven Zielen dienen; die minderjährigen Täter, deren Charakterbildung sowie geistige und sittliche Entwicklung noch nicht abgeschlossen sind, sollen durch Erziehung und Besserung von weiteren Delikten abgehalten werden (zum Ganzen BBl 1999 II 2216; <ref-ruling> E. 1a S. 58; Urteil 6B_173/2015 vom 6. September 2016 E. 2.2, zur Publikation vorgesehen). Aus psychologischer und pädagogischer Sicht ist es jedoch desto problematischer, eine Straftat zum Anlass für eine erzieherische Massnahme oder eine Strafe zu nehmen, je länger diese zurückliegt (BBl 1999 II 2259; siehe auch AEBERSOLD, a.a.O., S. 209). Damit eine Sanktion gegenüber Kindern und Jugendlichen erzieherische Wirkung entfalten kann, muss sie in einem engen zeitlichen Zusammenhang mit der Tat erfolgen. Das Verfahren soll daher möglichst rasch und ohne Unterbrechung durchgeführt werden. Die Verkürzung der Verfahrensdauer ist deshalb ein generelles Anliegen des Jugendstrafverfahrens (zum Ganzen JOSITSCH/RIESEN-KUPPER/BRUNNER/MURER MIKOLÁSEK, Schweizerische Jugendstrafprozessordnung, Kommentar, 2010, Einleitung N. 20 ff.). Dem Beschleunigungsgebot kommt im Jugendstrafrecht demnach besondere Bedeutung zu. Dennoch können den Materialien keine Hinweise entnommen werden, dass der Gesetzgeber die Verjährungsfristen im Jugendstrafrecht, zusätzlich zur bereits im Vorentwurf vorgesehenen Reduktion, weiter verkürzen wollte.
1.7.3. Zu berücksichtigen ist des Weiteren, dass Jugendstrafverfahren keineswegs immer schnell erledigt werden können. Die Behörden sind verpflichtet, die persönlichen Verhältnisse des Jugendlichen abzuklären. Zu diesem Zweck können sie eine ambulante oder stationäre Beobachtung anordnen (<ref-law>). Zudem kann sich unter gewissen Umständen eine medizinische oder psychologische Begutachtung aufdrängen (<ref-law>). Dies kann zu einer Verzögerung des rechtskräftigen Urteils führen. Sodann besteht die Möglichkeit, ein Mediationsverfahren durchzuführen, wobei das Strafverfahren für diese Zeit zu sistieren ist (vgl. <ref-law>). Mit kurzen absoluten Verjährungsfristen von einem bzw. drei und fünf Jahren würden daher Anreize geschaffen, sich durch das Ergreifen von Rechtsmitteln oder absichtliche Verfahrensverzögerung seitens der Beschuldigten in die Verjährung zu retten. Dies wollte der Gesetzgeber verhindern (vgl. BBl 1999 II 2134 f.). Auch würden solche Anreize, die letztlich auf eine Verfahrensverzögerung hinauslaufen, den Zielen des Jugendstrafverfahrens diametral widersprechen. In der Lehre wird überdies darauf hingewiesen, dass die Gefahr besteht, dass ein an sich wünschbares Mediationsverfahren nicht durchgeführt wird, um die Verjährung der Straftat zu verhindern (AEBERSOLD, a.a.O., S. 210 f.; RIEDO, a.a.O., FN 19 S. 334; vgl. auch ANDRÉ KUHN, La médiation en droit pénal des mineurs, in: Le nouveau droit pénal des mineurs, 2007, N. 30 S. 71).
Ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers, welches dahingehend auszulegen wäre, dass es sich bei den Fristen von <ref-law> um absolute Fristen handelt, die weder ruhen noch unterbrochen werden und erst mit dem rechtskräftigen Urteil zu laufen aufhören, muss verneint werden.
1.8. Da eine sog. echte Gesetzeslücke vorliegt, stellt sich die Frage, wie diese zu füllen ist.
1.8.1. Mit der seit dem 1. Oktober 2002 in aArt. 70 Abs. 3 StGB und im geltenden Recht in <ref-law> verankerten Lösung, wonach die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist, wollte der Gesetzgeber eine Vereinfachung des Verjährungssystems herbeiführen und die Rechtssicherheit sowie die Rechtsgleichheit gewährleisten. Die Ruhe- und Unterbrechungsgründe stehen nach der vom Bundesrat in der Botschaft vom 21. September 1998 vertretenen Auffassung im Widerspruch zum Zweck des Instituts der Verjährung. Zudem werde durch den Mechanismus des Ruhens und des Unterbrechens die Berechnung der Verjährungsfrist oft äusserst kompliziert. Dies führe zu einer Rechtsunsicherheit, die durch die Unbestimmtheit der Handlungen, welche das Ruhen und Unterbrechen der Verjährung auslösen, noch verstärkt werde. Wichtig sei auch, dass Verurteilte, welche auf die Ergreifung eines Rechtsmittels verzichten, nicht benachteiligt seien gegenüber solchen, die ihre Rechte nur deshalb ausüben, um den Eintritt der Rechtskraft des Strafurteils hinauszuschieben und die Verjährung eintreten zu lassen (vgl. BBl 1999 II 2133 ff.). Diese Anliegen wurden anlässlich der parlamentarischen Beratungen explizit auch von der Kommission des Ständerats unterstützt; der bundesrätliche Vorschlag wurde vom Parlament ohne Gegenanträge angenommen (vgl. AB 1999 S 1135; AB 2001 N 590). Das geltende Verjährungsrecht im Erwachsenenstrafrecht kennt daher keine Bestimmungen über das Ruhen und die Unterbrechung der Verjährung mehr und unterscheidet nicht mehr zwischen absoluten und relativen Verjährungsfristen (siehe dazu auch <ref-ruling> E. 2.2 S. 149; <ref-ruling> E. 1.5.3 S. 72).
Die mit <ref-law> verfolgten Ziele der Vereinfachung sowie der Sicherstellung der Rechtssicherheit und der Rechtsgleichheit gelten auch bei der Strafverfolgung von Jugendlichen und stehen mit den Besonderheiten des Jugendstrafrechts, namentlich dem Beschleunigungsgebot (oben E. 1.7.2), nicht im Widerspruch. Da eine Gesetzeslücke nach dem Massstab der dem Gesetz selbst zugrunde liegenden Zielsetzungen und Werte zu füllen ist und Bestimmungen über das Ruhen, die Unterbrechung sowie die absolute Verjährung im geltenden Recht fehlen, muss <ref-law> auf dem Wege der Lückenfüllung auch im Jugendstrafrecht zur Anwendung gelangen.
1.8.2. Gegenüber der Gefahr, dass einem Rechtsmittelverfahren keine zeitlichen Grenzen mehr gesetzt sind, bleibt den Beschuldigten auch im Jugendstrafrecht der Schutz durch das in <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> (i.V.m. <ref-law>) verankerte Beschleunigungsgebot (siehe dazu BBl 1999 II 2134). Dieses gilt für das ganze Verfahren und verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren zügig voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen (<ref-ruling> E. 8 S. 170; <ref-ruling> E. 3.3 S. 274). Eine Verletzung des Beschleunigungsgebots führt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu einer Strafreduktion, zu einer Strafbefreiung bei gleichzeitiger Schuldigsprechung oder in extremen Fällen - als ultima ratio - zur Einstellung des Verfahrens (<ref-ruling> E. 8 S. 170 mit Hinweisen). Die Möglichkeit der Strafbefreiung ist auch in <ref-law> vorgesehen für den Fall, dass seit der Tat verhältnismässig lange Zeit verstrichen ist, der Jugendliche sich wohlverhalten hat und das Interesse der Öffentlichkeit und des Geschädigten an der Strafverfolgung gering sind. <ref-law> ergänzt die Verjährungsregelung des JStG und erlaubt, auf den Einzelfall einzugehen und der Persönlichkeitsentwicklung der jungen Delinquenten Rechnung zu tragen (vgl. BBl 1999 II 2259). Ob von einer verhältnismässig langen Zeit gesprochen werden kann, hängt vom Alter und vom Entwicklungsstand des Jugendlichen, aber auch von der Art und der Schwere des Delikts und der Betroffenheit des Opfers ab. Bei jüngeren Jugendlichen, die noch stärker im Moment leben und den Zusammenhang mit der Tat nach einiger Zeit nicht mehr herstellen können, ist die Strafbefreiung früher gerechtfertigt als bei älteren Jahrgängen (AEBERSOLD, a.a.O., S. 165 f.). Auch <ref-law> ermöglicht daher, von einer Bestrafung abzusehen, wenn die auf Erziehung ausgerichtete Sanktion angesichts der verstrichenen Zeit keinen Sinn mehr macht. Sind kurz vor der Volljährigkeit begangene schwere Straftaten zu beurteilen, sind an die Dauer des Strafverfahrens jedoch höhere Anforderungen zu stellen.
1.9. <ref-law> muss nach dem Gesagten entgegen dem Wortlaut von <ref-law> auch im Jugendstrafrecht Gültigkeit haben. Auch in einem Jugendstrafverfahren tritt die Verjährung damit nicht mehr ein, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist. Die Vorinstanz verneint zu Recht den Eintritt der Verjährung bezüglich der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Taten vom 16. Juli 2005, da das erstinstanzliche Urteil bereits am 18. März 2008 erging.
Das JStG war im Zeitpunkt der Taten des Beschwerdeführers zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 noch nicht in Kraft. Selbst wenn die Verjährungsbestimmungen des JStG vorliegend als lex mitior (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>) zur Anwendung gelangen sollten, könnte sich dieser nicht auf die Verjährung berufen. Die Rüge der Verjährung erweist sich als unbegründet.
1.10. Der Beschwerdeführer gilt als sog. Übergangstäter im Sinne von <ref-law>. Er verübte die ihm zur Last gelegten Straftaten zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 kurz vor seinem 18. Geburtstag. Nach Erreichen der Volljährigkeit beging er die weiteren, zum Teil ähnlich schweren Straftaten betreffend ebenfalls Widerhandlungen gegen die sexuelle Integrität. Die Anwendung des JStG und der JStPO auf sog. Übergangstäter bzw. in sog. "gemischten Fällen", d.h. wenn Straftaten zu beurteilen sind, welche die beschuldigte Person sowohl vor als auch nach Vollendung des 18. Altersjahres verübt hat (vgl. Urteile 1B_62/2015 vom 26. März 2015 E. 4.7; 6B_593/2011 vom 13. April 2012 E. 2.1.2), ist in <ref-law> geregelt (siehe dazu <ref-ruling> E. 2-5). Da <ref-law> auch auf Jugendliche anwendbar ist und die Verjährung demnach auf jeden Fall mit dem erstinstanzlichen Urteil zu laufen aufgehört hat, kann offenbleiben, wie <ref-law> auszulegen ist bzw. ob und inwieweit sich der Beschwerdeführer als sog. Übergangstäter überhaupt auf die günstigeren Verjährungsbestimmungen des JStG berufen kann.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung der Regeln über die Bindungswirkung von Rückweisungsentscheiden geltend. Die Vorinstanz habe sich im angefochtenen Entscheid zu Unrecht an das Bundesgerichtsurteil vom 15. Juli 2015 gebunden gefühlt. Bundesgerichtliche Rückweisungsentscheide seien nicht nur für die kantonalen Instanzen, sondern auch für das Bundesgericht selber bindend. Bei einer neuerlichen Rückweisung bestehe die Bindungswirkung daher vorab für das erste Urteil, soweit das spätere Rückweisungsurteil diesem wie vorliegend widerspreche.
Entgegen der Kritik des Beschwerdeführers widersprechen sich die Bundesgerichtsurteile vom 13. Dezember 2010 und 16. Juli 2015 nicht. Das Bundesgericht hob das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 17. September 2009 mit Entscheid vom 13. Dezember 2010 auf, weil dieses die Beweise ungenügend würdigte (Urteil 6B_1078/2009 vom 13. Dezember 2010 E. 3.4.4 in fine). Verbindliche Feststellungen, wie die Beweise anders zu würdigen gewesen wären, oder Ausführungen dazu, dass die Sachverhaltsfeststellung des Kantonsgerichts im Urteil vom 17. September 2009 im Ergebnis willkürlich sein könnte, können dem Bundesgerichtsentscheid vom 13. Dezember 2010 allerdings nicht entnommen werden. Der Kritik des Beschwerdeführers kann bereits aus diesem Grund nicht gefolgt werden.
2.2.
2.2.1. Der Beschwerdeführer argumentiert, selbst wenn die Bindungswirkung in Bezug auf das zuletzt ergangene Bundesgerichtsurteil bestehen sollte, stelle sich die Frage nach dem Gegenstand der Bindungswirkung. Da das Bundesgericht selber keine Beweiswürdigung vornehme, gebe es bezüglich tatsächlicher Erwägungen keine Bindungswirkung. Die Vorinstanz fühle sich an die Vorgaben des Bundesgerichts, welche den Sachverhalt betreffen, gebunden. Sie verweigere dementsprechend bewusst jede weitere Sachverhaltswürdigung und mache keinerlei Beweiswürdigung mehr. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung verstosse in mehrerer Hinsicht gegen das Willkürverbot und die Unschuldsvermutung.
2.2.2. Das Bundesgericht hat sich im Urteil 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 vom 16. Juli 2015 einlässlich mit der Beweislage auseinandergesetzt, wobei es zum Schluss kam, es sei mit dem Kantonsgericht grundsätzlich auf die glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 abzustellen (Urteil, a.a.O., E. 5.8.5). Das Bundesgericht befasste sich in diesem Zusammenhang auch mit den Einwänden des Beschwerdeführers und damaligen Beschwerdegegners gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung. Dieser wiederholt in der vorliegenden Beschwerde, was er bereits in seiner Stellungnahme im Verfahren 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 vorbrachte. Darauf zurückzukommen besteht jedoch kein Anlass. Zusätzliche Argumente, welche die vorinstanzliche Beweiswürdigung in einem neuen Licht erscheinen lassen könnten, trägt er nicht vor. Nicht zu beanstanden ist daher, wenn die Vorinstanz die Beweise im angefochtenen Entscheid unter Hinweis auf ihr Urteil vom 13. Oktober 2014 und das Bundesgerichtsurteil 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 nicht neu würdigte.
2.2.3. Das Bundesgericht hob das Urteil vom 13. Oktober 2014 in erster Linie wegen einer Verletzung von Bundesrecht (Art. 189 f. StGB) auf, weil das Kantonsgericht nicht prüfte, ob und welche Nötigungsmittel die Beschuldigten einsetzten, um die Beschwerdegegnerin 2 gefügig zu machen (vgl. Urteil 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 vom 16. Juli 2015 E. 5.7), bzw. eine Nötigung bereits deshalb verneinte, weil die Beschwerdegegnerin 2 Z._ am Schluss mit einem Fussstoss vom Geschlechtsverkehr abhalten konnte und die Männer ein erstes Mal auf Aufforderung der Beschwerdegegnerin 2 hin das Zimmer verliessen (Urteil, a.a.O., E. 5.3.4). Dies obschon aus den gemäss dem Kantonsgericht glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 klar und deutlich hervorging, dass sie in die sexuellen Handlungen nicht einwilligte. Die Beschwerdegegnerin 2 schilderte eindrücklich, wie sie durch Festhalten, Schläge und Herunterdrücken des Kopfes zu den sexuellen Handlungen genötigt wurde (dazu Urteil, a.a.O., E. 5.9 und 5.10). Die Vorinstanz trägt dem im angefochtenen Entscheid Rechnung. Die vorinstanzlichen Schuldsprüche wegen sexueller Nötigung und versuchter Vergewaltigung zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 verletzen kein Bundesrecht.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer ficht sodann die Strafzumessung an. Er macht geltend, die Strafe von 33 Monaten sei unverhältnismässig hoch. Die Vorinstanz lege nicht dar, welche strafmindernden und straferhöhenden Gründe sie berücksichtige. Sie äussere sich zu seinen persönlichen Verhältnissen, würdige diese bei der Strafzumessung allerdings nicht weiter. Er habe sich seit der Tat wohlverhalten, was sich strafmindernd auswirke. Die während seines zweijährigen Aufenthalts in der Türkei erfolgten familiären Resozialisierungs- resp. Erziehungsmassnahmen seien bei der Strafzumessung ebenfalls nicht berücksichtigt worden, obwohl Art. 21 Abs. 1 lit. f [recte: wohl lit. e] JStG hierfür eine obligatorische Strafbefreiung vorsehe. Der Gesetzgeber lasse bei Jugendlichen auch eine Sanktionierung durch die Familie genügen. Eine gänzliche Strafbefreiung stehe vorliegend nicht zur Diskussion. Die erwähnten Umstände seien aber strafmindernd zu berücksichtigen.
3.2. Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung nach <ref-law> wiederholt dargelegt (<ref-ruling> E. 5.4 ff.; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen). Darauf kann verwiesen werden. Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6 mit Hinweis).
Gemäss <ref-law> hat das Gericht, sofern es sein Urteil zu begründen hat, die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festzuhalten. Es hat seine Überlegungen in den Grundzügen wiederzugeben, so dass die Strafzumessung nachvollziehbar ist (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
3.3. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers kann weder die Freiheitsstrafe von 24 Monaten für die nach Erreichen der Volljährigkeit begangenen Straftaten noch die Strafe von 9 Monaten für die Taten zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 als unverhältnismässig hoch bezeichnet werden. Die Vorinstanz hat damit - auch in Berücksichtigung der langen Verfahrensdauer und des jungen Alters des Beschwerdeführers im Tatzeitpunkt - das ihr zustehende Ermessen nicht überschritten.
Der angefochtene Entscheid ist zudem ausreichend begründet. Fehl geht die Kritik des Beschwerdeführers, die Vorinstanz setze sich nicht mit den straferhöhenden und strafmindernden Faktoren auseinander. Nicht zu beanstanden ist, wenn sie dessen persönlichen Verhältnisse und sein Wohlverhalten während des hängigen Strafverfahrens im Ergebnis neutral wertet (vgl. etwa Urteil 6B_794/2014 vom 9. Februar 2015 E. 6.3.1 mit Hinweisen), zumal fraglich ist, ob Letzteres vorliegend überhaupt zutrifft. Aus dem angefochtenen Entscheid geht u.a. hervor, dass der Beschwerdeführer noch am 7. November 2010 und damit während laufendem Strafverfahren eine einfache Körperverletzung mit einer Flasche beging, wofür er mit Strafbefehl vom 29. Juni 2011 verurteilt wurde (angefochtenes Urteil S. 17).
Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer schliesslich, soweit er sich auf <ref-law> beruft, da diese Bestimmung vorliegend nicht zur Anwendung gelangt (vgl. <ref-law>). Abgesehen davon ist nicht ersichtlich, weshalb im Aufenthalt des Beschwerdeführers in der Türkei und der dort angeblich erfolgten Resozialisierung und Erziehung eine Bestrafung für die schweren Straftaten zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 erblickt werden muss. Der Beschwerdeführer zeigt dies auch nicht auf.
Die vorinstanzliche Strafzumessung ist bundesrechtskonform.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).
Der Beschwerdegegnerin 2 ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihr im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Januar 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld