Faits :
A.
C._ et B._ sont propriétaires en communauté héréditaire de la parcelle 4264 du cadastre de la Commune de Boudry. Ce bien-fonds est affecté à la zone d'ancienne localité au sens des art. 11.1 ss du règlement d'aménagement de la Ville et commune de Boudry du 12 juin 1996 (ci-après: RA). Il supporte un bâtiment abritant les locaux exploités par la Carrosserie D._.
Le 19 mars 2012, la Carrosserie D._ (alors encore constituée sous la forme d'une société en nom collectif), représentée par C._ et B._, a déposé une demande de permis de construire (sanction de minime importance) portant sur l'installation d'une ventilation sur le toit du bâtiment. Le projet, accompagné de plans et d'un photomontage établis par un bureau d'architecture, a fait l'objet d'une mise à l'enquête publique et a été préavisé favorablement par le Service cantonal de l'aménagement du territoire (SAT), après consultation des différents services de l'Etat concernés.
A._, propriétaire du bien-fonds contigu 6586, a formé opposition à l'encontre de ce projet. Par décision du 29 avril 2015, le Conseil communal de Boudry a levé l'opposition et délivré le permis de construire requis. Le 23 mai 2016, statuant sur recours, le Conseil d'Etat de la République et canton de Neuchâtel a confirmé la décision communale.
Par acte du 21 juin 2016, A._ a recouru contre la décision du Conseil d'Etat à la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel. Par arrêt du 9 mars 2017, la cour cantonale a rejeté le recours. Cette dernière a considéré que les plans et le photomontage versés au dossier d'enquête permettaient à la recourante de cerner l'ampleur du projet, indépendamment de la question de savoir si la procédure simplifiée avait été choisie à bon escient. Le Tribunal cantonal a par ailleurs jugé que les travaux projetés relevaient de l'entretien de la ventilation existante, pour la réalisation desquels - indépendamment de leur conformité à la réglementation communale actuelle - les requérants pouvaient se prévaloir de la garantie de la situation acquise.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la recourante demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué; elle sollicite également l'annulation des décisions rendues successivement par le conseil communal, le 29 avril 2015, et le Conseil d'Etat, le 23 mai 2016.
Le Tribunal cantonal se réfère aux motifs de son arrêt et conclut au rejet du recours; il en va de même du Conseil d'Etat. Sans prendre de conclusions formelles, la Commune de Boudry se rapporte à sa propre décision. Aux termes de brèves observations, les intimés demandent également le rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Sont cependant irrecevables, compte tenu de l'effet dévolutif complet du recours cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 104 et les arrêts cités), les conclusions dirigées contre les décisions rendues successivement par la commune et le Conseil d'Etat.
La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Propriétaire d'une parcelle directement voisine du projet contesté, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui autorise la construction d'une ventilation dont elle conteste la conformité avec la réglementation en vigueur; elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à son annulation. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies si bien qu'il convient d'entrer en matière sur le recours.
2.
Il est constant que les intimés ont acquis la parcelle 4264 - et le bâtiment qu'elle supporte - par voie successorale, en 1992, avant l'entrée en vigueur du RA du 12 juin 1996. Dans ce contexte, considérant que les travaux de ventilation projetés relevaient de l'entretien d'une construction existante, la cour cantonale a jugé que les intimés pouvaient se prévaloir de la protection de la situation acquise pour procéder à leur réalisation, indépendamment de leur conformité à la réglementation communale actuelle.
Se plaignant d'arbitraire, la recourante conteste cette appréciation. Selon elle, au regard du coût et de l'ampleur de l'installation de ventilation prévue, cette dernière constituerait une construction nouvelle contraire à la réglementation de la zone, que le Tribunal cantonal ne pouvait autoriser en application de la garantie de la situation acquise.
2.1. Selon la jurisprudence, déterminer la mesure dans laquelle une construction édifiée sous l'empire de dispositions depuis lors abrogées ou modifiées peut être maintenue, entretenue, rénovée, transformée, voire reconstruite, quand bien même elle ne serait - par hypothèse - plus conforme au droit en vigueur, relève, lorsque l'ouvrage se situe à l'intérieur de la zone à bâtir, du droit cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 122 s.; arrêt 1C_326/2008 du 29 octobre 2008 consid. 2.2), sous réserve des exigences de l'art. 22 LAT (<ref-ruling> consid. 2a p. 122). La jurisprudence a en effet déduit à la fois de la garantie de la propriété et des principes de la bonne foi et de la non-rétroactivité des lois une protection de la situation acquise, qui postule que de nouvelles dispositions restrictives ne peuvent être appliquées à des constructions autorisées conformément à l'ancien droit que si un intérêt public important l'exige et si le principe de la proportionnalité est respecté (<ref-ruling> consid. 3c p. 247; <ref-ruling> consid. 2a p. 122; arrêt 1P.451/2003 du 15 mars 2004 consid. 2.2, in RtiD 2004 II p. 148 et les références; cf. aussi <ref-ruling> consid. 10a p. 125). Cette protection de la situation acquise ne constituant qu'un minimum, les cantons sont certes libres de l'assurer dans une mesure plus étendue. Ils ne sauraient cependant, en autorisant sans restriction non seulement le maintien et l'entretien normal, mais la rénovation, la transformation, l'agrandissement voire la reconstruction totale d'un ancien bâtiment, aller à l'encontre des exigences majeures de l'aménagement du territoire.
2.2. Il n'est pas contesté que le bien-fonds des intimés est situé en zone à bâtir; il est affecté à la zone d'ancienne localité au sens des art. 11.1 ss RA. Il s'ensuit que la question de la qualification des travaux de ventilation discutés relève du droit cantonal, dont le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application que sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 145).
Une décision est qualifiée d'arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale ou communale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.).
Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>; elle doit en particulier indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation.
2.3. L'arrêt attaqué précise - sans que cela ne soit discuté - que la protection offerte par le droit cantonal neuchâtelois en matière de garantie de la situation acquise ne s'étend pas au-delà du maintien et de l'entretien normal d'une construction devenue, par hypothèse, contraire aux nouvelles dispositions en vigueur (cf. RJN 2006 p. 231 consid. 3c p. 35). Dans la continuité de cette prémisse, le Tribunal cantonal a défini les contours de la notion d'entretien, laquelle comprend, selon les considérants de son arrêt, l'ensemble des travaux destinés à remédier aux atteintes causées par un usage normal de la construction, par le temps ou par une combinaison de ces deux facteurs. A la lumière de cette définition, la cour cantonale a considéré que les travaux litigieux restaient dans les limites de l'entretien, bien qu'ils soient coûteux et conséquents, dès lors que ceux-ci se limitent à l'assainissement et à la modernisation d'une installation existante, sans entraîner de changement de structure ou d'affectation ni d'accroissement de l'activité de la carrosserie; elle a partant jugé que les intimés pouvaient être mis au bénéfice de la protection de la situation acquise.
La recourante conteste cette appréciation. Elle n'explique cependant pas en quoi il serait arbitraire - alors que cette démonstration lui incombe (<ref-law>) - d'avoir jugé que les travaux litigieux relevaient encore de l'entretien. En se contentant d'affirmer qu'à la lumière du photomontage la nouvelle installation apparaîtrait plus importante que la précédente, notamment en raison de la création de cheminées d'une hauteur oscillant entre 4 et 6 m - ce que le TC a d'ailleurs reconnu, qualifiant le projet de conséquent -, la recourante ne démontre pas qu'il en découlerait un changement de structure commandant de qualifier le projet de nouvelle construction. Elle ne fournit de surcroît aucun élément commandant de s'écarter de la conception selon laquelle la modernisation, pour répondre aux standards actuels, d'une installation nécessaire à la poursuite de l'exploitation du bâtiment - en l'occurrence une ventilation vétuste -, relève en principe de l'entretien (cf. STEVE FAVEZ, La garantie des situations acquises, thèse 2013, p. 48 ss; CHRISTIAN PFAMMATTER, La protection des situations acquises en zone à bâtir selon le droit fribourgeois des constructions, in RFJ-Droit en mouvement, 2002, p. 324). La recourante ne saurait pas non plus être suivie lorsqu'elle soutient que les dimensions de la ventilation projetée impliqueraient un accroissement de l'activité: prétendre que cette installation permettra des temps de séchages raccourcis et une "rotation au sein des cabines de peinture plus rapide" ne trouve aucune assise dans le dossier et relève de la pure conjecture. C'est également en vain que la recourante se prévaut du coût prétendument élevé des travaux, estimés, selon les termes du recours, à 150'000 francs. La recourante ne prétend en effet pas que le prix d'une simple mise en conformité de l'installation avec les standards actuels serait drastiquement inférieur au coût de l'installation en cause. Par ailleurs, comme le reconnaît au demeurant la recourante - se référant à cet égard à la jurisprudence cantonale (RJN 2006 p. 226 ss) -, le coût élevé des travaux ne constitue qu'un indice qui ne permet pas à lui seul de conclure à la réalisation d'une nouvelle construction. Or, dans la mesure où les autres arguments avancés par la recourante ne résistent pas non plus à l'examen, cette argumentation ne lui est en tout état d'aucun secours.
2.4. Sur le vu de ce qui précède, il n'apparaît pas critiquable d'avoir qualifié de travaux d'entretien et d'assainissement le projet litigieux et autorisé celui-ci au nom de la garantie de la situation acquise.
2.5. Il s'ensuit que les griefs de la recourante portant sur la prétendue non-conformité de l'ouvrage projeté avec les art. 11.1 ss RA, en particulier s'agissant du manque d'harmonisation avec le milieu bâti environnant constituant le noyau historique de la ville, se révèlent sans objet et doivent, pour ce motif, être écartés. Dans ce contexte, la référence de la recourante à l'art. 17 al. 1 let. c de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700), prévoyant une protection des localités typiques et des lieux historiques, n'est pas pertinente: la recourante ne peut en effet rien déduire de cette disposition, qui relève de la planification et exige une mise en oeuvre par le biais du droit cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 et 3.2; PIERRE MOOR, Commentaire LAT, 2010, n. 29 ss ad art. 17 LAT).
2.6. Entièrement mal fondé et à la limite de la recevabilité, le grief doit être rejeté.
3.
La recourante se prévaut enfin d'une violation de l'art. 3 al. 3 let. b LAT, qui commande, à titre de principe régissant l'aménagement du territoire (cf. titre marginal), de préserver, autant que possible, les lieux d'habitation des atteintes nuisibles ou incommodantes, telles que la pollution de l'air, le bruit et les trépidations. Sans réellement motiver son propos - dont on peut ainsi douter de la recevabilité (<ref-law>) -, elle déplore qu'aucune mesure visant à garantir la protection de l'environnement et la qualité de l'air n'ait été prise. A la lumière de cette argumentation et à teneur du dossier on ne discerne cependant aucun élément invitant à réserver à cette plainte un écho favorable. Consultés en cours d'enquête, les services cantonaux compétents n'ont en effet émis aucune remarque à ce sujet; à cet égard, l'on pense en particulier au préavis du Service cantonal de l'énergie et de l'environnement (SENE), ainsi qu'à celui de l'office de l'inspection du travail (OFIT), pour ce qui relève de la protection des travailleurs. Par ailleurs, l'installation litigieuse a fait l'objet d'un rapport technique versé au dossier du SAT (pièce 25). Or, il ressort de ce document (p. 3), comme l'a souligné le Conseil d'Etat, dans sa décision du 23 mai 2016, que les valeurs fixées par l'ordonnance sur la protection de l'air du 16 décembre 1985 (OPAIR; RS 814.318.142.1), en particulier s'agissant des émissions de poussières (cf. Annexe 2 à l'OPAIR ch. 612) et de solvants ( ibid ch. 613) sont en l'occurrence observées; la recourante ne prend toutefois ni la peine de mentionner ce rapport ni, a fortiori, d'en discuter la teneur.
Dans ces circonstances, entièrement mal fondé, ce grief doit être rejeté pour autant que recevable.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Les intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, ont droit à une indemnité à titre de dépens; celle-ci sera toutefois réduite, les intimés ne s'étant que brièvement déterminés sur le recours (<ref-law>). La Commune de Boudry n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 500 fr. est allouée aux intimés à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et du Conseil communal de Boudry, au Conseil d'Etat de la République et canton de Neuchâtel, ainsi qu'au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public.
Lausanne, le 8 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
Le Greffier : Alvarez