Sachverhalt:
A.
A.a. Die 1964 geborene A._ war seit 1993 als kaufmännische Einkaufsassistentin bei der B._ AG tätig und dadurch bei der Vaudoise Allgemeine Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Vaudoise) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Am 3. Februar 1994 erlitt sie eine Heckauffahrkollision, in deren Folge eine HWS-Distorsion sowie ein posttraumatisches Cervical-Syndrom diagnostiziert wurden. Die Vaudoise erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 25. März 1999 sprach sie A._ ab 1. August 1998 eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 68 % und im Mai 2000 eine Integritätsentschädigung auf der Basis eines entsprechenden Schadens von 45 % zu.
A.b. Im Februar 2010 wurde A._ als Fussgängerin von einem Motorrad angefahren und zog sich dabei einen Wirbelbruch im Bereich der BWS zu.
A.c. Die IV-Stelle Zug holte 2014 ein polydisziplinäres Gutachten (Innere Medizin, Neuropsychologie, Psychiatrie, Orthopädie und Neurologie) des medizinischen Begutachtungszentrums BEGAZ, Binningen, ein (Gutachten vom 16. September 2014). Ergänzende Fragen der Vaudoise beantwortete das BEGAZ mit Bericht vom 12. Januar 2015. Mit Verfügung vom 17. März 2015 verneinte die Vaudoise eine weitere Leistungspflicht und stellte die Rentenzahlungen per 1. April 2015 ein, da nur noch neuropsychologische Defizite bestehen würden, die nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den Unfall vom 3. Februar 1994 zurückgeführt werden könnten. An ihrem Standpunkt hielt sie mit Einspracheentscheid vom 30. November 2015 fest.
B.
Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zug mit Entscheid vom 7. Juni 2016 insoweit gut, als es die Verfügung vom 17. März 2015 und den Einspracheentscheid vom 30. November 2015 mit der Feststellung aufhob, die noch beklagten neuropsychologischen Beschwerden seien mindestens als teilkausal zum Unfallereignis vom 3. Februar 1994 anzusehen, und die Sache zu weiteren Abklärungen sowie zum anschliessenden Neuentscheid an die Vaudoise zurückwies.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Vaudoise, es seien unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihre Verfügung und ihr Einspracheentscheid zu bestätigen.
A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 608 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind grundsätzlich Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 2 S. 283 mit Hinweisen).
1.2. Beim kantonalen Entscheid vom 7. Juni 2016 handelt es sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht um einen Endentscheid, sondern um einen Zwischenentscheid: Die Vorinstanz hob den Einspracheentscheid der Vaudoise vom 30. November 2015 auf und wies die Sache zu weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen und zum anschliessenden Neuentscheid an die Versicherung zurück. Dabei stellte das kantonale Gericht für die Beschwerdeführerin verbindlich fest, dass die noch beklagten neuropsychologischen Beschwerden mindestens teilkausal zum Unfallereignis vom 3. Februar 1994 seien. Könnte die Beschwerdeführerin diesen Entscheid nicht vor Bundesgericht anfechten, so hätte dies zur Folge, dass sie unter Umständen gezwungen wäre, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.; Urteil 8C_418/2016 vom 15. November 2016 E. 1.3 mit Hinweisen). Auf die Beschwerde der Vaudoise ist demnach einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.2. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin die seit 1. August 1998 ausgerichtete Invalidenrente zu Recht per 1. April 2015 eingestellt hat.
3.1. Wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat, wird die Invalidenrente gemäss <ref-law> von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben, wenn sich der Invaliditätsgrad erheblich ändert (vgl. <ref-ruling>). Anlass zu einer solchen Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, etwa hinsichtlich des Gesundheitszustandes, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3 S. 132).
3.2. Ist eine anspruchserhebliche Änderung des Sachverhalts nicht mit dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 6 S. 221) erstellt, bleibt es nach dem Grundsatz der materiellen Beweislast beim bisherigen Rechtszustand (vgl. SVR 2013 IV Nr. 44 S. 134, 8C_441/2012 E. 3.1.3 mit Hinweis).
3.3. Die Frage der wesentlichen Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen beurteilt sich durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der ursprünglichen Rentenverfügung bestanden hat, mit demjenigen zur Zeit des streitigen Einspracheentscheids (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 132 f. mit Hinweis; Urteil 8C_829/2015 vom 27. Juni 2016 E. 3).
4.
4.1. In ihrer Verfügung vom 17. März 2015 hat die Beschwerdeführerin dargelegt, gemäss Gutachten des BEGAZ vom 16. September 2014 sowie ergänzender Stellungnahme vom 12. Januar 2015 bestünden heute bei der Versicherten nur noch neuropsychologische Defizite, welche indes nicht mit dem erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit auf das Unfallereignis vom 3. Februar 1994 zurückgeführt werden könnten. Zudem sei das Ereignis als leichter Unfall einzustufen, wobei keines der von der Rechtsprechung festgelegten Adäquanzkriterien erfüllt sei. Aus diesem Grund sei es ihr als UVG-Versicherer ab 1. April 2015 nicht möglich, für weitere Kosten aufzukommen, weshalb die Rentenzahlungen ab diesem Datum wegfielen. Im Einspracheentscheid vom 30. November 2015 hielt die Beschwerdeführerin an ihrem Standpunkt fest und führte im Wesentlichen aus, die Begutachtung des BEGAZ gehe davon aus, dass - sofern überhaupt eine Kausalität bestehe - nur ein möglicher natürlicher Kausalzusammenhang mit dem Unfall vom 3. Februar 1994 vorliege. Die Frage der natürlichen Kausalität könne jedoch offen bleiben, da der adäquate Kausalzusammenhang ebenfalls nicht gegeben sei. Die Leistungseinstellung sei somit zu Recht erfolgt.
4.2. Das kantonale Gericht hat nach Würdigung der Aktenlage namentlich gestützt auf das Gutachten des BEGAZ vom 16. September 2014 sowie die ergänzende Stellungnahme vom 12. Januar 2015, welche es als den Anforderungen der Rechtsprechung genügend und somit voll beweiskräftig erachtet hat, geprüft, ob ein Revisionsgrund im Sinne einer relevanten anspruchsbeeinflussenden Veränderung des Sachverhalts vorliege. Die Vorinstanz hat dargelegt, es gelte als unstreitig erstellt, dass 2014 bzw. 2015 ein wesentlich verändertes Beschwerdebild im Vordergrund gestanden habe und daher von einem veränderten Gesundheitszustand ausgegangen werden könne, welcher eine Revision nach <ref-law>, eine gründliche Neubeurteilung der medizinischen und allenfalls auch erwerblichen Situation, klar rechtfertige. Zusammenfassend kam das kantonale Gericht zum Schluss, ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 und den noch beklagten orthopädisch-rheumatologischen, den neurologischen und den psychiatrischen Beschwerden könne, unter anderem zufolge überholender Kausalität, nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nicht mehr bejaht werden. Hingegen seien die noch beklagten neuropsychologischen Beschwerden - trotz gewisser Unsicherheiten auch angesichts zweier wenig dokumentierter Vorfälle in der Zwischenzeit - mindestens als zum fraglichen Ereignis teilkausal zu sehen. Die Vorinstanz wies die Sache daher an den Unfallversicherer zurück, damit dieser die Arbeits- und Leistungsfähigkeit aus rein neuropsychologischer Sicht noch einmal prüfe und seine diesbezügliche Leistungspflicht festlege.
4.3. Nicht mehr streitig ist, dass ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 und den noch beklagten orthopädisch-rheumatologischen, den neurologischen und den psychiatrischen Beschwerden nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nicht mehr bejaht werden kann und insofern ein Revisionsgrund vorliegt. Die Beschwerdeführerin macht geltend, entgegen der Auffassung des kantonalen Gerichts sei auch mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt, dass kein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den neuropsychologischen Beschwerden und dem Unfall vom 3. Februar 1994 bestehe. Zudem sei auch ein adäquater Kausalzusammenhang zu verneinen, worauf die Vorinstanz nicht eingegangen sei.
5.
Vorab ist festzuhalten, dass im vorliegenden Rentenrevisionsverfahren die Frage zu beurteilen ist, ob im Vergleich der Grundlage der erstmaligen unfallversicherungsrechtlichen Rentenzusprache am 25. März 1999 mit derjenigen der Rentenaufhebung am 17. März 2015 bzw. 30. November 2015 mit überwiegender Wahrscheinlichkeit eine relevante anspruchsbeeinflussende Veränderung des Sachverhalts eingetreten ist, wobei lediglich noch neuropsychologische Beschwerden zu berücksichtigen sind.
5.1. Die Vorinstanz hat in Würdigung der gesamten medizinischen Aktenlage aufgezeigt, dass bei der erstmaligen Rentenzusprechung in neuropsychologischer Hinsicht vor dem Hintergrund eines bildungsbezogenen durchschnittlichen Gesamtleistungsniveaus insbesondere bei eher monotonen Belastungen von aussen ein relativ tiefes Abklärungsniveau festgehalten worden sei. 14 Monate nach dem Unfallereignis wurde noch von geringen Funktionsschwächen gesprochen, die zu den früher festgestellten sowie zur Unfallart passten. Allerdings ist auch bemerkt worden, dass die subjektiv geäusserten Schwierigkeiten durch die erhobenen neuropsychologischen Befunde nicht bzw. nicht gänzlich erklärt werden könnten (Bericht des Prof. Dr. phil. C._, Neuropsychologisches Institut D._, vom 4. Juni 1995). Am 8. Januar 1997 hat die Neuropsychologin Dr. phil. E._, Neuropsychologisches Ambulatorium F._, beurteilend festgehalten, die Befunde deuteten auf eine leichte neuropsychologische Funktionsstörung im Bereich tieferer Strukturen hin, im Bereich der kortikalen Leistungen zeigten sich keine Auffälligkeiten. Obschon sich die kognitiven Defizite im Vergleich mit dem sonst unauffälligen Leistungsbild als gering präsentierten, würden sie das berufliche Arbeiten erschweren. In einer stressfreien Umgebung ohne Zeit- und Leistungsdruck erscheine eine Arbeitsfähigkeit von 80 % als realistisch.
5.2. Die Rentenaufhebung sodann stützt sich auf das Gutachten des BEGAZ vom 16. September 2014 sowie die ergänzende Stellungnahme vom 12. Januar 2015. Im Gutachten wurde als neuropsychologische Diagnose eine mittelschwere neuropsychologische Störung mit subkortikalen und linksbetont bifrontalen Hirnfunktionsschwächen multifaktorieller Genese festgehalten. Die polydisziplinäre Gesamtbeurteilung attestierte unter Berücksichtigung einer mittelschweren depressiven Störung bei mittelschwerer neuropsychologischer Störung, eines generalisierten Schmerzsyndroms sowie eines Status nach Commotio cerebri am 20. März 2014 als Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit seit März 2013 für eine leichte bis intermittierend mittelschwere Tätigkeit eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit. Auf die Frage der Vaudoise, ob die heutigen Beeinträchtigungen überwiegend wahrscheinlich oder nur möglicherweise auf den Unfall vom 3. Februar 1994 zurückzuführen seien, erfolgte eine ergänzende Stellungnahme vom 12. Januar 2015. Darin wurde aus neuropsychologischer Sicht unter Berücksichtigung von seit 1994 erfolgten sechs neuropsychologischen Untersuchungen mit Blick auf den Befundverlauf im Wesentlichen aufgezeigt, dass sich die kognitive Leistungsfähigkeit nach dem Unfall und bis 1995 soweit gebessert habe, dass nur noch minimale Funktionsschwächen vorgelegen hätten. Insbesondere habe eine leichte traumatische Hirnverletzung beim Unfall von 1994 nie erstellt werden können. In der Folge sei trotzdem eine schrittweise Verschlechterung der Befundlage zu verzeichnen gewesen, was sich am ehesten aus dem Weiterbestehen eines mittlerweile chronifizierten und generalisierten Schmerzsyndroms und aus einer psychischen Fehladaption an die Unfallfolgen mit der Entwicklung einer zunächst leichten depressiven Störung erklären lasse. Letztere sei durch weitere belastende Ereignisse deutlich ausgeprägter geworden und habe auch bei der Untersuchung 2014 noch fortbestanden. Die festgestellte mittelschwere neuropsychologische Störung erkläre sich in erster Linie aus der chronischen Schmerzsymptomatik und der als mittelschwer beurteilten depressiven Störung. Sekundäre Auswirkungen des Unfalls von 1994 könnten im neuropsychologischen Befundbild im Sinne von bleibenden, minimalen bis leichten kognitiven Funktionsschwächen als Folge von chronischen Kopf-/Nackenschmerzen und der Entwicklung einer depressiven Störung noch enthalten sein. Die Frage der Vaudoise sei daher in dem Sinne zu beantworten, als die im Sommer 2014 erhobenen neuropsychologischen Befunde nur teilweise sowie mittelbar/sekundär und dann auch nur möglicherweise auf den Unfall vom 3. Februar 1994 zurückzuführen seien.
6.
6.1. Der vorinstanzlichen Beurteilung kann insoweit gefolgt werden, als bei gegebener Aktenlage in neuropsychologischer Hinsicht seit der Rentenzusprache am 25. März 1999 bis zum Einspracheentscheid vom 30. November 2015 nicht mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit von einer relevanten anspruchsbeeinflussenden Veränderung des Sachverhalts im Sinne des Wegfalls des natürlichen Kausalzusammenhangs mit dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 ausgegangen werden kann. In der ergänzenden Stellungnahme des BEGAZ vom 12. Januar 2015 wird immerhin noch von einer teilweisen und möglichen Kausalität gesprochen. Diesbezüglich fällt namentlich auch der neuropsychologische Befundverlauf ins Gewicht, der aufzeigt, dass die Versicherte durchgehend eine gewisse Limitierung beklagte und neuropsychologische Defizite aufwies. Die neuropsychologischen Probleme wurden denn auch, worauf die Vorinstanz zu Recht hinweist, zeitnah vorbehaltlos als unfallkausal angesehen. Wenn die Beschwerdeführerin eine weitere Leistungspflicht ab 1. April 2015 verneint mit der Begründung, die aktuellen neuropsychologischen Beschwerden seien nur noch möglicherweise und nicht überwiegend wahrscheinlich auf das Unfallereignis von 1994 zurückzuführen, verkennt sie, dass es vorliegend nicht um eine erstmalige Rentenzusprechung, sondern um ein Revisionsverfahren geht, bei welchem eine relevante Veränderung des Sachverhalts erstellt sein muss. Nicht stichhaltig ist auch die Argumentation bezüglich fehlenden adäquaten Kausalzusammenhangs, war die entsprechende Prüfung doch bei der erstmaligen Leistungszusprechung vorzunehmen.
6.2. Nicht gefolgt werden kann dem kantonalen Gericht jedoch darin, dass es gestützt auf das Gutachten des BEGAZ vom 16. September 2014 sowie die ergänzende Stellungnahme vom 12. Januar 2015 verbindlich festgestellt hat, die noch beklagten neuropsychologischen Beschwerden seien mindestens teilkausal zum Unfallereignis vom 3. Februar 1994. Wie in E. 5.2 in fine hievor dargelegt, äusserte sich der neuropsychologische Gutachter in der Stellungnahme vom 12. Januar 2015 dahingehend, die im Sommer 2014 erhobenen neuropsychologischen Befunde seien nur teilweise sowie mittelbar/sekundär und dann auch nur möglicherweise auf den Unfall vom 3. Februar 1994 zurückzuführen. Diese Aussage genügt nicht für eine verbindliche Feststellung einer Teilkausalität. Soweit die Vorinstanz zwar auf die diesbezüglichen Unsicherheiten hinwies, jedoch trotzdem eine bindende Feststellung traf, hält ihr Entscheid vor Bundesrecht nicht stand.
6.3. Zusammenfassend hat das kantonale Gericht die Sache zu Recht zu weiteren Abklärungen bezüglich der neuropsychologischen Beschwerden und anschliessendem Neuentscheid an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen. Diese haben sich indes entgegen dem angefochtenen Entscheid nicht auf das Ausmass der Arbeits- und Leistungsfähigkeit aus rein neuropsychologischer Sicht zu beschränken, sondern auch die Frage zu beantworten, ob der natürliche Kausalzusammenhang zwischen den neuropsychologischen Beschwerden und dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 mit überwiegender Wahrscheinlichkeit weggefallen ist. In diesem Sinne ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und der vorinstanzliche Entscheid soweit aufzuheben, als er verbindliche Feststellungen zum natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den neuropsychologischen Beschwerden und dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 trifft.
7.
Angesichts des Verfahrensausgangs sind die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, vom 7. Juni 2016 wird aufgehoben, soweit damit verbindliche Feststellungen zum natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den neuropsychologischen Beschwerden und dem Unfallereignis vom 3. Februar 1994 getroffen wurden. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden zu Fr. 400.- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 400.- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Dezember 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch