Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Münchwilen verurteilte X._ am 24. November 2015 wegen mehrfacher Vergewaltigung, wovon einmal versucht, und einfacher Drohung zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren. Es verpflichtete ihn, seiner ehemaligen Partnerin eine zu verzinsende Genugtuung von Fr. 8'000.-- zu bezahlen.
B.
Auf Berufung von X._ und Anschlussberufung dessen ehemaligen Partnerin sowie der Staatsanwaltschaft Frauenfeld hin bestätigte das Obergericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 26. September 2016 die erstinstanzlichen Schuldsprüche und erhöhte die Freiheitsstrafe auf 31⁄2 Jahre sowie die Genugtuung auf Fr. 12'000.--.
Dem Urteil liegt zusammengefasst folgender Sachverhalt zugrunde:
X._ vollzog in den Jahren 2011 bis 2013 sowie am 24. September 2013 gegen den Willen von A._ den Geschlechtsverkehr mit ihr und versuchte dies im Jahr 2005 einmal. Ferner versetzte er sie am 26. September 2013 in Angst und Schrecken, als er um 02.00 Uhr auf dem Balkon vor ihrem Schlafzimmer stand und ihr sagte, er werde das Fenster einschlagen, wenn sie nicht sofort öffne.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, er sei in Abänderung des obergerichtlichen Entscheids vom Vorwurf der mehrfachen Vergewaltigung, davon einmal versucht, sowie der einfachen Drohung von Schuld und Strafe freizusprechen. Ferner sei die Genugtuungsforderung seiner ehemaligen Partnerin abzuweisen.
D.
Das Obergericht, die Staatsanwaltschaft Frauenfeld und A._ verzichten auf eine Vernehmlassung, wobei das Obergericht und A._ die Abweisung der Beschwerde beantragen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, bezüglich der Vorwürfe der versuchten Vergewaltigung im Jahre 2005 und der Vergewaltigungen in den Jahren 2003 sowie 2012 bis 2014 (richtigerweise 2011 bis 2013) sei das Anklageprinzip verletzt.
1.2. Die Vorinstanz erachtet die Rüge als unbegründet. Sie erwägt, die Vorwürfe seien zwar zeitlich vage eingegrenzt und beträfen lange Zeiträume. Allerdings werde dem Anklagegrundsatz insbesondere bei gehäuften und regelmässigen Delikten Genüge getan, wenn die Handlungen in zeitlicher sowie örtlicher Hinsicht lediglich approximativ umschrieben würden und der Zeitraum auf eine bestimmte Dauer eingegrenzt werde. Da die Staatsanwaltschaft das dem Beschwerdeführer vorgeworfene Verhalten detailliert umschrieben habe, habe für diesen kein Zweifel darüber bestanden, welche Taten ihm vorgeworfen würden. Damit habe der Beschwerdeführer über alle notwendigen Informationen verfügt, um sich wirksam zu verteidigen. Eine nähere zeitliche Eingrenzung der ihm vorgeworfenen Straftaten hätte bezüglich seiner Verteidigungsstrategie nichts geändert, zumal er sich lediglich damit begnügt habe, die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 pauschal zu bestreiten. Auch die Korrektur des offensichtlichen redaktionellen Fehlers der Staatsanwaltschaft hinsichtlich der Vorwürfe vom Zeitrahmen 2012 bis 2014 auf die Jahre 2011 bis 2013 sei nicht zu beanstanden (Entscheid S. 35).
1.3. Nach dem Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion; Art. 9 und <ref-law>; Art. 29 Abs. 2 sowie Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a sowie lit. b EMRK). Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden (Immutabilitätsprinzip), nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (vgl. <ref-law>). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Das Akkusationsprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 2.2 S. 65; <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 142 f.; je mit Hinweisen). Die beschuldigte Person muss unter dem Gesichtspunkt der Informationsfunktion aus der Anklage ersehen können, wessen sie angeklagt ist. Das bedingt eine zureichende Umschreibung der Tat. Entscheidend ist, dass der Betroffene genau weiss, welcher konkreter Handlungen er beschuldigt und wie sein Verhalten rechtlich qualifiziert wird, damit er sich in seiner Verteidigung richtig vorbereiten kann. Er darf nicht Gefahr laufen, erst an der Gerichtsverhandlung mit neuen Anschuldigungen konfrontiert zu werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 65; <ref-ruling> E. 1b S. 6 f.; je mit Hinweisen).
1.4. In der Anklageschrift wirft die Staatsanwaltschaft dem Beschwerdeführer unter anderem vor, er habe zu einem nicht näher bestimmbaren Zeitpunkt im Jahr 2005, als er betrunken in die gemeinsame Wohnung gekommen sei, nach einem zunächst verbalen Streit von der Beschwerdegegnerin 2 Sex verlangt, worauf diese ins WC geflohen sei. Er sei ihr gefolgt, habe sie zu Boden gedrückt und ihr die Hosen ausziehen wollen. Sie habe sich gewehrt, worauf er sie ins Gesicht geschlagen und sie mit einer Hand von vorne mittig am Hals gewürgt habe, so dass sie beinahe ohnmächtig geworden wäre. Mit der anderen Hand habe er sie an einem Handgelenk festgehalten, worauf sie, mit einem Arm um sich schlagend, ein Parfum-Fläschchen ergriffen und dieses zur WC-Schüssel geworfen habe, worauf das Fläschchen zersprungen sei und der Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin 2 abgelassen habe (kantonale Akten, G1 S. 3 f. Ziff. 2.2.a). Ferner sei der Beschwerdeführer zu verschiedenen, nicht näher bestimmbaren Zeitpunkten, erstmals zirka im Jahr 2003, dann in den Jahren 2012 bis 2014 zirka dreimal pro Halbjahr, insgesamt etwa zehnmal, oftmals als er betrunken in die gemeinsame Wohnung gekommen sei und die Beschwerdegegnerin 2 bereits geschlafen habe, zu dieser ins Bett gestiegen, habe sie aufgeweckt und Sex von ihr verlangt, was sie abgelehnt habe. In der Folge habe er sich mit seinem Körpergewicht auf sie gelegt. Wenn sie sich jeweils gewehrt und mit den Beinen gegen ihn getreten habe, habe er sie, obwohl sie ihm mehrmals gesagt habe, dass sie keinen Sex wolle, sowie bisweilen geweint habe, am Handgelenk festgehalten, ihr die Pyjama- und die Unterhose heruntergezogen, sei mit seinem Glied vaginal in sie eingedrungen und habe während zirka zehn Minuten gegen ihren Willen den Geschlechtsverkehr vollzogen, wobei er ihr auch schon das T-Shirt oder die Unterhose zerrissen habe (kantonale Akten, G1 S. 4 Ziff. 2.2.b).
1.5.
1.5.1. Gemäss der Anklageschrift soll sich der erste Vorfall im Jahr 2003 ereignet haben. Aus der vorinstanzlichen Urteilsbegründung ergibt sich, dass diesbezüglich weder ein Schuld- noch ein Freispruch erfolgte. Die Vorinstanz geht mit der ersten Instanz davon aus, dass es sich bei den in der Anklageschrift umschriebenen Sachverhalten aus den Jahren 2003 und 2005 um den gleichen Vorfall handelt (Urteil S. 39, 42). Weil der Beschwerdeführer letztlich für den angeblichen Vorfall im Jahr 2003 nicht verurteilt wurde, ist er diesbezüglich nicht beschwert, weshalb auf seine Beschwerde in diesem Punkt nicht einzutreten ist. Ferner beanstandet er die "Korrektur des offensichtlichen redaktionellen Fehlers der Staatsanwaltschaft" hinsichtlich der Vorwürfe vom Zeitraum 2012 bis 2014 auf die Jahre 2011 bis 2013 (vgl. Urteil S. 35) nicht, weshalb darauf ebenfalls nicht einzugehen ist.
1.5.2. Betreffend die in der Anklageschrift umschriebenen Sachverhalte, die sich in den Jahren 2011 bis 2013 regelmässig ereignet haben sollen, ist das Anklageprinzip nicht verletzt.
Der Beschwerdeführer und die Vorinstanz stimmen zutreffend darin überein, dass die Vorwürfe hinsichtlich der Jahre 2011 bis 2013 zeitlich sehr vage eingegrenzt sind und weite Zeiträume betreffen. Wie dargelegt, ist unter dem Gesichtspunkt der Informationsfunktion massgebend, dass die beschuldigte Person genau weiss, was ihr angelastet wird, damit sie ihre Verteidigungsrechte angemessen ausüben kann. Ungenauigkeiten in den Zeitangaben sind solange nicht von entscheidender Bedeutung, als für die beschuldigte Person keine Zweifel darüber bestehen können, welches Verhalten ihr vorgeworfen wird (vgl. Urteile 6B_228/2015 vom 25. August 2015 E. 1.3; 6B_907/2013 vom 3. Oktober 2014 E. 1.5; 6B_441/2013 vom 4. November 2013 E. 3.2; 6B_233/2010 vom 6. Mai 2010 E. 2.3). Bei gehäuften und regelmässigen Delikten wird dem Anklagegrundsatz nach der Rechtsprechung Genüge getan, wenn die Handlungen in zeitlicher und örtlicher Hinsicht lediglich approximativ umschrieben werden. Der Zeitraum ist auf eine bestimmte Dauer einzugrenzen. Insbesondere bei Familiendelikten kann nicht erwartet werden, dass über jeden einzelnen Vorfall Buch geführt wird (Urteile 6B_228/2015 vom 25. August 2015 E. 1.3; 6B_167/2014 vom 5. Januar 2015 E. 1.5; 6B_100/2014 vom 18. Dezember 2014 E. 2.3.1; je mit Hinweis). Vorliegend sind die Vorwürfe in sachlicher und örtlicher Hinsicht genügend detailliert umschrieben, was eine hinreichende Individualisierung der zu beurteilenden Taten ermöglicht und die relative zeitliche Unbestimmtheit der Anklageschrift aufzuwiegen vermag (vgl. als Überblick über die bundesgerichtliche Rechtsprechung Urteil 6B_432/2011 vom 26. Oktober 2011 E. 2.3; siehe ferner: Urteile 6B_167/2014 vom 5. Januar 2015 E. 1; 6B_100/2014 vom 18. Dezember 2014 E. 2.3; 6B_441/2013 vom 4. November 2013 lit. A und E. 3).
Nicht entscheidend ist, ob sich der Beschwerdeführer effektiv ein Alibi beschaffen kann oder sich an den Tatzeitraum erinnert. Dies ist oftmals schon nach kurzer Frist nicht mehr der Fall. Entgegen seinem Einwand wäre es ihm durch die zeitliche Einschränkung möglich gewesen, beispielsweise anhand seiner Agenda und besonderer Ereignisse (wie spezielle Termine, Ferien, Arbeitstätigkeit) für einzelne Phasen zu rekonstruieren und zu belegen, wann er wo war (vgl. Urteile 6B_167/2014 vom 5. Januar 2015 E. 1.5; 6B_432/2011 vom 26. Oktober 2011 E. 2.5). Der Beschwerdeführer wurde in seinen Verteidigungsrechten nicht massgeblich eingeschränkt.
1.5.3. Demgegenüber sind die Einwände des Beschwerdeführers hinsichtlich des Vorwurfs, der sich im Jahr 2005 ereignet haben soll, begründet (vgl. Beschwerde S. 16 f.). Während dem Beschwerdeführer im Zeitraum von 2011 bis 2013 regelmässig verübte, gleichartige Delikte vorgeworfen werden, sieht er sich im Jahr 2005 mit einem einzelnen, von den übrigen Vorfällen unabhängigen, konkret umschriebenen Vorwurf konfrontiert. Bereits aus diesem Grunde kann die vorgenannte Rechtsprechung zu gehäuften und regelmässigen Familiendelikten auf den angeklagten Vorfall im Jahr 2005 nicht zur Anwendung gelangen.
Zudem basiert diese Rechtsprechung auf dem Umstand, dass insbesondere bei Delikten innerhalb der Familie nicht erwartet werden kann, dass über jeden Vorfall Buch geführt wird, und in diesen Fällen typischerweise eine minutiöse Aufarbeitung des Vorgefallenen für die betroffene Person schwierig ist, weshalb es der Anklagebehörde oft nicht möglich ist, die vorzuwerfende Tat detailliert zu umschrieben (vgl. Urteil 6B_379/2013 vom 4. Juli 2013 E. 1.2). Vorliegend kann sich die Beschwerdegegnerin 2 jedoch an den fraglichen Vorfall im Jahr 2005 gut erinnern, jedenfalls sind ihre diesbezüglichen Aussagen sehr detailliert, was sich auch in der Anklageschrift widerspiegelt (vgl. Urteil S. 36 f.; erstinstanzliches Urteil S. 40). Demgegenüber machte sie zum Tatzeitpunkt keine näheren Angaben. Vielmehr gab sie anlässlich ihrer Einvernahmen vom 26. September 2013, 26. Juni 2014 und 24. November 2015 stets an, der Vorfall habe sich vor zirka 10 Jahren ereignet (vgl. kantonale Akten, act. D15 f., D46, G19 S. 23 f.). Zwar ist es verständlich und nachvollziehbar, dass nach Ablauf mehrerer Jahre die Erinnerungen an ein Ereignis verblassen. Jedoch erstaunt, dass sich die Beschwerdegegnerin 2 zwar detailliert an den Tatablauf erinnert, sich jedoch nicht zu den Tatzeitpunkt einschränkenden Umständen, wie beispielsweise die Jahreszeit, Feiertage, Ferien etc. äussert. Diesbezüglich ist aber zu bemerken, dass die Beschwerdegegnerin 2 von den kantonalen Behörden soweit ersichtlich gar nicht nach dem genauen Tatzeitpunkt beziehungsweise einem diesen einschränkenden Anhaltspunkt gefragt wurde (vgl. kantonale Akten, act. D15 f., D46, G19 S. 23 f.). Ihrer Erklärung, der Beschwerdeführer und sie hätten nach dem Vorfall einige Paarsitzungen mit ihren Psychiaterinnen wahrgenommen (kantonale Akten, act. D16, G19 S. 24), scheinen die Strafverfolgungsbehörden nicht nachgegangen zu sein, obwohl dadurch der angebliche Tatzeitpunkt möglicherweise hätte eingegrenzt werden können.
Das Bundesgericht befasste sich wiederholt mit der zeitlichen Bestimmtheit der Anklage hinsichtlich eines einzelnen Tatvorwurfs: Es hielt beispielsweise eine Eingrenzung des Vorwurfs sexueller Nötigung auf drei Monate für hinreichend, weil der genaue Zeitraum wegen der mehrere Jahre zurückliegenden Tat nicht mehr eruierbar war. Auch die Angabe einer bestimmten Jahreszeit wie "Herbst 1998", "Winter 1999", die Beschränkung auf wenige Monate wie "November oder Dezember 1999" oder auf einen nicht näher bestimmten Zeitpunkt innerhalb eines einzigen Monats liess es genügen (Urteil 6B_432/2011 vom 26. Oktober 2011 E. 2.3 mit Hinweisen). In der Lehre wird die Ansicht vertreten, für ein einzelnes Delikt erscheine ein möglicher Zeitrahmen innerhalb eines ganzen Jahres in der Regel zu unbestimmt (HEIMGARTNER/NIGGLI, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 20 zu <ref-law>; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, N. 625; vgl. auch ZR 104/2005 Nr. 31).
Angesichts der konkreten Umstände, insbesondere der Möglichkeit, dass der Tatzeitpunkt durch weitere Ermittlungen hätte eingeschränkt werden können, ist der mögliche Tatzeitraum von einem Jahr vorliegend zu lang. Aufgrund der derart weit gefassten Zeitangabe wurde dem Beschwerdeführer die Möglichkeit genommen, seine Verteidigungsrechte angemessen auszuüben. Der Schuldspruch wegen versuchter Vergewaltigung verletzt den Anklagegrundsatz.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer kritisiert die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich und den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzend.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich im Sinne von <ref-law> ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; je mit Hinweisen), oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Eine entsprechende Rüge muss klar vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 5.4 S. 324, 369 E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-ruling> E. 7 S. 82; Urteile 6B_253/2016 vom 29. März 2017 E. 1.3.2; 6B_476/2016 vom 23. Februar 2017 E. 3.1; je mit Hinweisen).
2.3.
2.3.1. Soweit sich der Beschwerdeführer zu den angeblichen Vorfällen in den Jahren 2003 und 2005 äussert, ist darauf nicht einzugehen (vgl. E. 1.5.1 und 1.5.3).
2.3.2. Hinsichtlich des Vorfalls vom 24. September 2013 gibt der Beschwerdeführer seine Aussagen und jene der Beschwerdegegnerin 2 sowie mehrerer Zeugen zusammengefasst wieder und legt dar, wie diese seines Erachtens richtigerweise zu würdigen wären. Damit verkennt er, dass das Bundesgericht keine Appellationsinstanz ist, die eine freie Prüfung in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht vornimmt. Im Rahmen seiner beschränkten Kognition nimmt das Bundesgericht weder eine eigene Beweiswürdigung vor noch hat es darüber zu entscheiden, ob es die vom Beschwerdeführer vorgetragene Sachverhaltsdarstellung oder diejenige der Vorinstanz für überzeugender hält. Es hat lediglich zu überprüfen, ob die vorinstanzliche Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung unhaltbar erscheinen. Soweit der Beschwerdeführer wie in einem appellatorischen Verfahren frei plädiert und der vorinstanzlichen Beweiswürdigung lediglich seine Sicht der Dinge gegenüberstellt, ohne sich damit detailliert auseinanderzusetzen, erschöpfen sich seine Ausführungen in einer appellatorischen Kritik. Darauf ist nicht einzutreten.
Im Übrigen sind die Vorbringen des Beschwerdeführers nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich erscheinen zu lassen. Es ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz zum Schluss gelangt, das Verhalten der Beschwerdegegnerin 2 nach der angeblichen Vergewaltigung, insbesondere die Umstände, dass sie den nächsten Tag mit dem Beschwerdeführer verbrachte und auch während des Strafverfahrens weiterhin Kontakt zu diesem pflegte, sei nachvollziehbar sowie ändere nichts an der Glaubhaftigkeit deren Aussagen. Diesbezüglich kann auf die vorinstanzlichen Ausführungen verwiesen werden, zumal sich der Beschwerdeführer nur rudimentär damit auseinandersetzt und sich darauf beschränkt, die "Erklärung" der Vorinstanz als willkürlich zu bezeichnen (Urteil S. 27 ff.; Beschwerde S. 10, 12).
Soweit der Beschwerdeführer bemängelt, die Vorinstanz bewerte seine Aussagen zum Kerngeschehen einzig deshalb als unglaubhaft, weil er die Vorwürfe bestreite und dabei bleibe, dass der Geschlechtsverkehr einvernehmlich gewesen sei, verkennt er, dass die Vorinstanz in ihre Aussagewürdigung ein weiteres Element einbezieht: Sie zeigt auf, dass der Beschwerdeführer den Tagesablauf vom 25. September 2013 in einem weitgehend freien Bericht mit ausufernder Genauigkeit schilderte, während seine Ausführungen zu dem infrage stehenden Vorfall und der Nacht vom 25. auf den 26. September 2013 ausgesprochen kurzatmig sowie detailarm sind (Urteil S. 29). Die Vorinstanz verfällt nicht in Willkür, wenn sie zum Schluss gelangt, die Realkennzeichen der Konstanz und des Detaillreichtums in den Schilderungen des Kerngeschehens durch den Beschwerdeführer seien daher zu relativieren.
An der Sache vorbei geht der Einwand des Beschwerdeführers, in jedem Fall sei für ihn nicht erkennbar gewesen, dass der Geschlechtsverkehr gegen den Willen der Beschwerdegegnerin 2 erfolgt sei, da sie diesen möglicherweise einfach passiv über sich ergehen lassen habe. Damit widerspricht er der vorinstanzlichen Feststellung, wonach sich die Beschwerdegegnerin 2 mit Worten, Taten und andauerndem Weinen gegen den Geschlechtsverkehr wehrte (Urteil S. 31), ohne Willkür darzutun.
Insgesamt legt der Beschwerdeführer nicht dar, dass die vorinstanzliche Beweiswürdigung zum Vorfall vom 24. September 2013 schlechterdings unhaltbar ist und die Unschuldsvermutung verletzt. Die Beschwerde ist in diesem Punkt unbegründet.
2.3.3. Soweit sie überhaupt den qualifizierten Begründungsanforderungen genügen, sind auch die Vorbringen hinsichtlich der Vorfälle in den Jahren 2011 bis 2013 nicht geeignet, die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen. Zwar trifft zu, dass der Sohn der Beschwerdegegnerin 2 die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Vergewaltigungen nicht gesehen hat und hierzu keine konkreten Aussagen aus eigener Wahrnehmung machen kann. Jedoch ist dessen Aussage, er sei jeweils nachts aufgewacht sowie habe seine Mutter weinen und sagen gehört, der Beschwerdeführer solle aufhören (Urteil S. 41), mit den Angaben der Beschwerdegegnerin 2 vereinbar, während sie jenen des Beschwerdeführers widersprechen. Somit wertet die Vorinstanz die Schilderungen des Sohnes willkürfrei als Indiz für die Glaubhaftigkeit der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2. Ebenso wenig ist zu beanstanden, dass die Vorinstanz die Erklärung des Beschwerdeführers, er sei jeweils ins Schlafzimmer der Beschwerdegegnerin 2 gegangen, um sich über angestauten Ärger Luft zu verschaffen, als konstruiert und nicht glaubhaft wertet. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers begründet die Vorinstanz dies nachvollziehbar mit dem Umstand, dass er sich hierzu erstmals im Berufungsverfahren äusserte, während er zuvor eine Antwort auf die Frage schuldig blieb, weshalb er jeweils in das Zimmer der Beschwerdegegnerin 2 gegangen sei (Urteil S. 41).
2.3.4. Unbegründet ist auch die Rüge des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin 2 sei durch sein Verhalten in der Nacht auf den 26. September 2013 nicht in Angst und Schrecken versetzt worden (Beschwerde S. 18 f.). Wiederum beschränkt er sich darauf, der vorinstanzlichen Beweiswürdigung seine eigene Sicht der Dinge gegenüberzustellen, ohne sich damit auseinanderzusetzen. Bei seiner Analyse der Aussagen und des Verhaltens der Beschwerdegegnerin 2 lässt er ausser Betracht, dass diese angab, sie habe Panik bekommen sowie geweint. Aufgrund der Neigung des Beschwerdeführers, unter Alkoholeinfluss "auszuflippen", was der Beschwerdegegnerin 2 bekannt war, sowie aus dem Umstand, dass sich diese veranlasst sah, die Polizei zu alarmieren, schliesst die Vorinstanz frei von Willkür, die Beschwerdegegnerin 2 habe sich tatsächlich vom Beschwerdeführer bedroht gefühlt (Urteil S. 47).
2.3.5. Zusammenfassend vermag der Beschwerdeführer keine Willkür in der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung aufzuzeigen. Auch ist die Unschuldsvermutung nicht verletzt.
3.
Seinen Antrag auf Abweisung der Genugtuungsforderung der Beschwerdegegnerin 2 begründet der Beschwerdeführer einzig mit den begehrten Freisprüchen. Die Vorinstanz wird zu prüfen haben, ob und inwiefern die Gutheissung der Beschwerde hinsichtlich des angeblichen Vorfalls im Jahr 2005 Einfluss auf die Höhe der Genugtuung hat.
4.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das obergerichtliche Urteil ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 sowie 2 BGG). Die Beschwerdegegnerin 2 hat zwar einen Antrag auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde gestellt, im Übrigen jedoch von einer Vernehmlassung abgesehen. Zudem unterliegt sie lediglich in geringem Umfang. Es rechtfertigt sich daher, ausnahmsweise von der Auferlegung von Gerichtskosten und einer Entschädigungspflicht abzusehen, ihr im Gegenzug jedoch auch keine Entschädigung zuzusprechen. Der Beschwerdeführer hat für die anteilsmässigen Gerichtskosten aufzukommen. Der Kanton Thurgau hat ihm für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 26. September 2016 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'250.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Thurgau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 750.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres