Faits :
A.
A.a. Le 3 décembre 2014, X._, conducteur de taxi, a fait l'objet d'un contrôle de son activité professionnelle alors qu'il était en attente de clients à la station officielle des taxis sise à Lausanne. Les disques du tachygraphe, pour la période de ses activités comprises entre le 1er novembre et le 3 décembre 2014, ont été saisis.
La police a établi le 22 avril 2015 un rapport circonstancié sur les constatations effectuées le 3 décembre 2014, ainsi que sur les résultats provenant de l'analyse des enregistrements mécaniques de l'appareil tachygraphe.
A.b. Le 12 mai 2015, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a informé X._ qu'il entendait prononcer à son encontre une mesure de retrait du permis de conduire au vu des événements constatés le 3 décembre 2014; il envisageait notamment de retenir l'infraction de "conduite en état de fatigue".
La procédure a été suspendue le 4 juin 2015 jusqu'à droit connu sur l'issue de la cause pénale, étant précisé par les autorités administratives que l'état de fait serait établi par le juge pénal et que X._ était invité à faire valoir ses moyens devant celui-ci.
A.c. Par ordonnance pénale du 14 septembre 2015, le Préfet de Lausanne a reconnu le prévenu coupable d'infraction simple à la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01; art. 29 LCR, 3 al. 4 let. a, 57 al. 1 [dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2015 (RO 1962 1409; 2015 2451)] de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière [OCR; RS 741.11], 100 al. 1 let. b de l'ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers [OETV; RS 741.41], 14 al. 1 et 2, 21 al. 2 let. d de l'ordonnance du 19 juin 1995 sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules automobiles [OTR 1; RS 822.221], 6 al. 1, 7 al. 1, 8 al. 2 et 4, 9 al. 1 de l'ordonnance du 6 mai 1981 sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes et de voitures de tourisme lourdes [OTR 2; RS 822.222] et 46 du règlement intercommunal du 1er novembre 1964 sur le service des taxis de l'arrondissement de Lausanne [RIT; version en vigueur au 1er février 2013]). En application des art. 106 CP, 352 ss CPP, 93 al. 2 LCR, 96 OCR, 21 al. 2 OTR 1, 28 al. 1 OTR 2 et 97 RIT, il l'a condamné au paiement d'une amende de 1'000 francs.
Cette ordonnance n'a pas été contestée.
A.d. Par décision du 15 octobre 2015, le SAN a ordonné le retrait du permis de conduire de X._ pour une durée de douze mois en raison de la commission d'une infraction grave (art. 16c al. 1 let. c LCR) et du retrait du permis de conduire pour infraction grave de trois mois entre le 12 février et le 11 mai 2011 (art. 16c al. 2 let. c LCR). L'autorité a retenu "la conduite en état de fatigue (utilisation incorrecte de l'appareil tachygraphe analogique, inscriptions manuscrites erronées sur le disque tachygraphe, dépassement du temps de travail hebdomadaire, dépassement du temps de conduire journalier, pauses de travail non-respectées) " pour les faits commis le 3 décembre 2014, tels qu'exposés dans l'ordonnance pénale.
A la suite de la réclamation formée par l'intéressé, le SAN a confirmé sa décision le 26 novembre 2015.
B.
Par arrêt du 28 avril 2016, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours intenté par X._ contre cette décision.
C.
Par acte du 30 mai 2016, X._ forme un recours en matière de droit public contre cet arrêt, concluant à sa réforme dans ce sens qu'aucune mesure administrative ne soit rendue à son encontre et, à titre subsidiaire, au prononcé d'un avertissement. Encore plus subsidiairement, il demande son annulation et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite également l'octroi de l'effet suspensif.
L'autorité précédente a conclu au rejet du recours, renonçant à se déterminer sur l'effet suspensif. Le SAN ne s'y est pas opposé. L'Office fédéral des routes a conclu au rejet du recours. La cour cantonale et le SAN ont produit leur dossier respectif, le second contenant une copie du dossier pénal.
Par décision présidentielle du 13 juin 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss LTF, est en principe ouverte contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) au sujet d'une mesure administrative de retrait du permis de conduire (art. 82 let. a LTF), aucune des exceptions mentionnées à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Le recourant est particulièrement atteint par la décision attaquée, qui confirme le retrait de son permis de conduire pour une durée de douze mois; il a un intérêt digne de protection à son annulation. Il a donc qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité du recours sont au surplus réunies, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
Le recourant se prévaut tout d'abord d'une violation de son droit d'être entendu.
L'argumentation développée à cet égard tend cependant à démontrer que l'autorité précédente se serait distancée des faits retenus sur le plan pénal (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 101 s.). On peine dès lors à comprendre de quel (s) aspect (s) du droit d'être entendu se prévaut le recourant. En particulier, il ne se plaint pas d'un défaut de motivation du jugement attaqué (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 564 s.) ou d'avoir été privé de possibilité de s'exprimer sur les éléments pertinents du dossier avant qu'une décision ne soit rendue à son encontre (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 52 s.).
Ce grief, manifestement mal fondé, peut donc être rejeté.
3.
Il n'en va pas différemment des reproches soulevés en lien avec l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
On ne voit en effet pas quels faits, qui ne résulteraient pas de l'ordonnance pénale, auraient été pris en considération par l'autorité précédente. Le recourant n'en cite d'ailleurs aucun. La cour cantonale a ainsi mentionné les sources de l'ordonnance pénale (cf. le rapport détaillé de la police et les déclarations du recourant lors de son audition du 1er septembre 2015), ainsi que les faits retenus sur cette base par le Préfet ("Circulation au volant du taxi xxx, sans avoir introduit correctement de disque dans le tachygraphe d'un véhicule pour lequel le tachygraphe est prescrit, utilisation et manipulation incorrecte de l'appareil tachygraphe, inscriptions manuscrites erronées sur le disque tachygraphe, fraude avérée rendant le contrôle plus difficile, dépassement du temps de travail hebdomadaire et du temps de conduite journalier, pauses de travail non-respectées, repos quotidien insuffisant dans les 24 heures, nombre de temps de repos quotidiens réduits dépassés par semaine et ne pas se conformer aux dispositions fédérales, cantonales et communales en matière de circulation").
Dans le cadre de ses attributions en matière de circulation routière (cf. ci-après consid. 4.1), la juridiction précédente a ensuite procédé à sa propre appréciation de ces éléments, ainsi que des conséquences pouvant en découler. Il n'y a pas lieu à ce stade d'examiner si les conclusions auxquelles a abouti la cour cantonale sont arbitraires, dès lors que cette question se confond en l'espèce avec les griefs soulevés au fond.
4.
Invoquant des violations des art. 31 al. 2 et 91 LCR, le recourant soutient qu'il n'existerait aucun indice qui attesterait d'une incapacité de conduire de sa part; en particulier, le policier n'aurait constaté aucun signe de fatigue lors de son contrôle du 3 décembre 2014 et les erreurs de manipulation du tachygraphe, ainsi que la lecture des disques démontreraient de longues périodes durant lesquelles le véhicule n'aurait pas été en mouvement. Selon le recourant, il en résulterait que la faute commise - en lien avec l'infraction de mauvais usage du tachygraphe - ne pourrait être qualifiée de grave; en l'absence de danger, la faute légère éventuellement réalisée pourrait tout au plus entraîner un avertissement.
4.1. En matière de répression des infractions relatives à la circulation routière, le droit suisse connaît le système de la double procédure pénale et administrative : le juge pénal se prononce sur les sanctions pénales (amende, peine pécuniaire, travail d'intérêt général ou peine privative de liberté) prévues par les dispositions pénales de la LCR (art. 90 ss LCR) et par le Code pénal (art. 34 ss, 106 et 107 CP), tandis que les autorités administratives compétentes décident de mesures administratives (avertissement ou retrait de permis) prévues par les art. 16 ss LCR (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 101).
Une certaine coordination s'impose entre ces deux procédures. La jurisprudence a ainsi établi qu'en principe, l'autorité administrative statuant sur un retrait du permis de conduire ne peut pas s'écarter des constatations de fait d'un jugement pénal entré en force. La sécurité du droit commande en effet d'éviter que l'indépendance du juge pénal et du juge administratif ne conduise à des jugements opposés, rendus sur la base des mêmes faits. L'autorité administrative ne peut s'écarter du jugement pénal que si elle est en mesure de fonder sa décision sur des constatations de fait inconnues du juge pénal ou qui n'ont pas été prises en considération par celui-ci, s'il existe des preuves nouvelles dont l'appréciation conduit à un autre résultat, si l'appréciation à laquelle s'est livré le juge pénal se heurte clairement aux faits constatés, ou si le juge pénal n'a pas élucidé toutes les questions de droit, en particulier celles qui touchent à la violation des règles de la circulation (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 101 s. et les arrêts cités).
Selon l'art. 16c al. 1 let. c LCR, commet une infraction grave la personne qui conduit un véhicule automobile alors qu'elle est incapable de conduire du fait de l'absorption de stupéfiants ou de médicaments ou pour d'autres raisons. L'alinéa 2 let. c de cette disposition prévoit qu'après une infraction grave, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour douze mois au minimum si, au cours des cinq années précédentes, le permis a été retiré une fois en raison d'une infraction grave ou à deux reprises en raison d'infractions moyennement graves. Les circonstances doivent être prises en considération pour fixer la durée du retrait du permis d'élève conducteur ou du permis de conduire, notamment l'atteinte à la sécurité routière, la gravité de la faute, les antécédents en tant que conducteur ainsi que la nécessité professionnelle de conduire un véhicule automobile; la durée minimale du retrait ne peut toutefois être réduite (art. 16 al. 3 aLCR dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 juillet 2016 [RO 2002 2767, 2004 2849, FF 1999 4106; RO 2016 2429, FF 2015 2657]).
4.2. Selon l'art. 31 al. 2 LCR, toute personne qui n'a pas les capacités physiques et psychiques nécessaires pour conduire un véhicule parce qu'elle est sous l'influence de l'alcool, de stupéfiants, de médicaments ou pour d'autres raisons, est réputée incapable de conduire pendant cette période et doit s'en abstenir. Est tenu de s'abstenir de conduire quiconque n'en est pas capable parce qu'il est surmené, sous l'effet de l'alcool, d'un médicament, d'un stupéfiant ou pour toute autre raison (art. 2 al. 1 OCR).
La capacité de conduire est l'aptitude physique et psychique momentanée à conduire de manière sûre un véhicule sur l'ensemble d'un trajet. Doit être assurée une capacité générale à conduire; celle-ci comprend, outre les compétences de base, une capacité à pouvoir réagir aux difficultés qui peuvent survenir brusquement dans le trafic, sur la route et/ou en raison de l'environnement. En d'autres termes, le conducteur doit être en mesure de conduire en toute sécurité son véhicule, y compris lorsqu'une situation imprévisible se présente et/ou si le trafic est difficile (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 35). La conduite en état d'incapacité constitue une infraction grave (cf. art. 16c al. 1 let. c LCR).
Le surmenage ou une fatigue extrême est un cas d'incapacité de conduire qui se traduit en général par un assoupissement au volant (CÉDRIC MIZEL, Droit et pratique illustrée du retrait du permis de conduire, 2015, n° 45.1 p. 293 et n° 68.2 p. 498 s.). Peut aussi être considéré comme surmené le chauffeur qui est resté longtemps sans dormir, celui qui a effectué un travail physique ou psychologique intensif et/ou celui qui a poursuivi un long trajet sans effectuer de pauses (ANDREAS ROTH, in Basler Kommentar, Strassenverkehrsgesetz, 2014, n° 21 ad art. 31 LCR). Conduire dans un tel état induit une mise en danger abstraite accrue grave de la sécurité routière (<ref-ruling> consid. 1a p. 209; PHILIPPE WEISSENBERGER, Kommentar Strassenverkehrsgesetz und Ordnungsbussengesetz, 2e éd. 2015, n° 28 ad art. 31 LCR; MIZEL, op. cit., n° 45.1 p. 293 et n° 68.2 p. 498 s.), cela indépendamment de la survenance d'un accident (arrêt 6A.55/2006 du 5 février 2007 consid. 3) ou d'éventuelles mesures prises pour ne pas s'endormir (arrêt 6A.84/2006 du 27 décembre 2006 consid. 3.4).
S'il existe des signes avant-coureurs de la fatigue (troubles de la vision, courtes absences, baisse de l'attention, réactivité moindre, etc.; cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 208; ROTH, op. cit., n° 22 ad art. 31 LCR), il est en pratique difficile de prouver cet état, notamment en l'absence de déclarations de témoins (WEISSENBERGER, op. cit., n° 29 ad art. 31 LCR) ou d'indices de conduite en état d'ébriété ou sous l'influence de stupéfiants (ROTH, op. cit., n° 26 ad art. 31 LCR). Il en découle que c'est généralement à la suite d'un accident resté inexpliqué que cette question se posera; le juge examinera alors en particulier les conditions entourant le trajet effectué, ainsi que les activités de l'intéressé durant, au moins, les quarante dernières heures (ROTH, op. cit., n° 26 ad art. 31 LCR).
Selon la jurisprudence, une violation des prescriptions en matière de pauses et de temps de repos prescrites par l'OTR 1 - respectivement l'OTR 2 s'agissant des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes - peut être constitutive d'une violation des règles de la circulation si elle contrevient également aux art. 16 ss LCR. A titre d'exemple, une incapacité de conduire au sens de l'art. 31 al. 2 LCR peut être retenue en cas de violation particulièrement crasse des prescriptions sur la durée du temps de travail et de repos (OTR 1 et OTR 2; arrêt 1C_407/2015 du 25 février 2016 consid. 2).
4.3. Sur la base des faits établis par l'autorité pénale (cf. consid. 3 ci-dessus), la cour cantonale a retenu l'existence de violations crasses des dispositions sur la durée du travail et du repos (OTR 2) de la part du recourant. Selon l'autorité précédente, une telle constatation découlait notamment de l'ampleur et de la gravité des infractions commises; il ressortait ainsi du rapport détaillé de la police que le recourant avait notamment dépassé de manière très importante les heures de travail hebdomadaires autorisées (sur quatre semaines : 13h35, 31h18, 32h24 et 21h05, ce qui représentait un dépassement moyen supérieur à trois heures par jour) et n'avait pas respecté les heures de repos durant l'entier du mois contrôlé (en particulier, entre le 12 et 13 novembre 2014, il s'était contenté de 1h44 de repos en l'espace de 24h au lieu des neuf heures préconisées [cf. art. 9 OTR 2]). La cour cantonale a donc estimé que le recourant avait conduit en état d'incapacité au sens de l'art. 31 al. 2 LCR (surmenage), ce qui permettait l'application de l'art. 16c al. 1 let. c LCR.
4.4. Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. En effet, la constatation d'une incapacité de conduire pour surmenage peut reposer sur d'autres éléments que des signes de fatigue constatés lors d'un contrôle et/ou à la suite d'un accident. L'état de surmenage découle en l'espèce du travail excédentaire réalisé et du non-respect des pauses par le recourant. Ces faits ont été établis sur le plan pénal à la suite de l'analyse des disques du tachygraphe - examen par ailleurs uniquement compliqué par l'utilisation erronée et les annotations manuscrites effectuées par le recourant - et n'ont pas été remis en cause par ce dernier; l'autorité administrative y est donc liée. Vu l'importance, le nombre des violations (cf. les exemples relevés par la cour cantonale et le rapport de police), ainsi que la durée durant laquelle elles ont été commises (un mois), elles peuvent être considérées, sans arbitraire, comme crasses au sens de la jurisprudence susmentionnée. La seule affirmation du recourant de ne pas avoir été fatigué ne suffit pas pour exclure un tel état ou pour considérer que ses clients, les autres usagers de la route, ainsi que le recourant lui-même n'aient pas été mis en danger par le défaut de repos constaté.
Contrairement à ce que soutient le recourant, la cour cantonale ne rend pas une décision contradictoire, ni ne viole le principe de présomption d'innocence en retenant une infraction grave dès lors que l'autorité administrative n'est pas liée par la qualification juridique effectuée par le juge pénal, en particulier s'agissant de l'appréciation de la faute et de la mise en danger; on ne saurait en effet exclure le prononcé d'une mesure administrative pour infraction grave selon l'art. 16c al. 1 LCR du seul fait de l'existence d'une condamnation pénale uniquement pour infraction simple à la loi sur la circulation routière (arrêt 1C_72/2016 du 11 mai 2016 consid. 2.1).
Il s'ensuit que la juridiction précédente pouvait, sans violer le droit fédéral ou faire preuve d'arbitraire, considérer qu'au regard des nombreuses et conséquentes violations en matière de durée du temps de travail et de repos, le recourant se trouvait en état d'incapacité pour surmenage (art. 31 al. 2 LCR) et faire application de l'art. 16c al. 1 let. c LCR. La réalisation de cette infraction entraîne le retrait du permis de conduire pour douze mois au minimum en cas d'antécédent pour faute grave dans les cinq ans (art. 16c al. 2 let. c LCR). Cette condition étant réalisée et la durée minimale légale ayant été retenue (art. 16 al. 3 LCR), la Cour de droit administratif et public pouvait à juste titre confirmer le retrait du permis de conduire prononcé par le SAN.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud, à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 15 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf