Faits :
A.
Depuis le 26 juin 2014, le Ministère public de la Confédération (MPC) instruit une enquête notamment contre B._ pour blanchiment d'argent (<ref-law>; cause X._). Dans ce cadre, le MPC a procédé, le 27 novembre 2015, au séquestre pénal des relations bancaires dont C._ était titulaire, ayant droit économique et/ou bénéficiaire d'un droit de signature. Cette mesure a en particulier porté sur le compte bancaire n° xxx ouvert auprès de D._ SA au nom de la société A._ SA et détenu par E._ SA, dont l'ayant droit économique principal était C._. Le 8 décembre 2015, la banque a été autorisée à communiquer à sa cliente l'existence de la mesure de séquestre.
Le 11 décembre 2015, A._ SA a saisi le MPC, afin d'être renseignée; elle soupçonnait un blocage de son compte n° xxx, dès lors que D._ SA lui avait refusé, sans justification, l'exécution de virements depuis cette relation bancaire et que C._ était visé par la procédure pénale Y._. Donnant suite à la requête du MPC du 15 décembre 2015, le conseil de A._ SA a transmis, le jour suivant, des informations sur cette société, ainsi que sur l'identité de son administrateur. Par courrier du 15 décembre 2015, la banque a informé A._ SA du séquestre de son compte. Le MPC a procédé de même, par pli recommandé du 22 décembre 2015, relevant que le séquestre des relations bancaires de C._ avait été ordonné dans le cadre de la procédure n° X._. La banque a transmis l'ordonnance de séquestre à A._ SA le 23 décembre 2015. Cette société a recouru contre ce séquestre par acte du 4 juin 2016.
B.
Le 2 juin 2016, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a déclaré irrecevables les recours intentés par A._ SA (1) contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2015 en raison de son dépôt tardif, ainsi que (2) contre le courrier du MPC du 22 décembre 2015, faute pour celui-ci d'être une décision sujette à recours.
C.
Par acte du 4 juillet 2016, A._ SA forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, à la recevabilité de son recours du 4 janvier 2016 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour jugement sur le fond.
L'autorité précédente a renoncé à se déterminer. Quant au MPC, il a conclu au rejet du recours. Le 2 août 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'une somme d'argent ou d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (<ref-ruling> consid. 2.1 et 2.2 p. 93 s.). L'arrêt attaqué déclare irrecevable le recours intenté contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2015; il peut donc faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. Vu le défaut de toute argumentation sur la question de l'éventuel caractère de décision du courrier du 22 décembre 2015 - qui confirme au demeurant l'existence de la mesure de contrainte -, il n'y a pas lieu de déterminer si cette question aurait également pu être soulevée devant le Tribunal fédéral; le jugement entrepris est dès lors définitif sur cet point.
L'arrêt attaqué constitue une décision incidente susceptible de causer un dommage irréparable à son détenteur, privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 60). La recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour recourir (<ref-law>) et son recours a été déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF).
Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle prétend en substance que l'autorité précédente aurait dû l'interpeller préalablement à son prononcé dès lors qu'elle aurait fondé son raisonnement sur un motif juridique non évoqué devant elle (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 39; <ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278; arrêt 6B_715/2015 du 21 mars 2016 consid. 1.1).
Tel n'est cependant pas le cas puisque, devant l'autorité précédente, le MPC a conclu à l'irrecevabilité pour tardiveté du recours contre l'ordonnance de séquestre au regard de la levée de l'interdiction de communication du 8 décembre 2015; il a également relevé que D._ SA avait apparemment transmis des pièces à la recourante. Partant, tant la question du début du délai de recours que la problématique des relations entre la banque et la recourante, respectivement les conséquences juridiques pouvant en découler, ont été évoquées. La recourante a pu dupliquer le 11 décembre 2015. Il s'ensuit que ce grief doit être écarté.
Ces considérations permettent également de considérer que les pièces nouvellement déposées par la recourante devant le Tribunal fédéral - qui tendent à démontrer la recevabilité de son recours (échanges de courriers électroniques et instructions données à la banque en matière de transmission) - sont irrecevables (<ref-law>).
3.
La recourante conteste ensuite la tardiveté de son recours du 4 janvier 2016 contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2015. A cet égard, elle se plaint d'un établissement inexact des faits, ainsi que de violations des art. 80, 84, 85 CPP et 5 al. 3 Cst. En particulier, elle soutient que la levée de l'interdiction de communication à la banque n'aurait été que partielle, celle-ci n'étant pas en droit de lui transmettre la décision litigieuse. Selon la recourante, le comportement adopté par le MPC serait également contraire à la bonne foi puisque, d'une part, il reprocherait à la banque de lui avoir transmis des pièces et, d'autre part, il n'aurait pas donné suite à la requête de la recourante déposée le 11 décembre 2015 afin d'obtenir, de manière urgente, toute information pertinente.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer ceux-ci que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 319) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), ce qu'il lui appartient d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée (<ref-law>). La correction du vice soulevé doit en outre être susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 324 et les arrêts cités).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
3.2. Selon l'<ref-law>, le recours est recevable contre les décisions et les actes de procédure notamment du ministère public. Le recours contre les décisions notifiées par écrit ou oralement doit être motivé et adressé par écrit, dans le délai de dix jours à l'autorité de recours (<ref-law>). Le délai commence à courir pour les autres décisions - dont celles en matière de séquestre (<ref-law>; arrêt 1B_210/2014 du 17 décembre 2014 consid. 5.4 in fine) - dès la notification de celles-ci (<ref-law>).
Selon l'<ref-law>, sauf disposition contraire du CPP, les communications des autorités pénales sont notifiées en la forme écrite (al. 1); les autorités pénales notifient leurs prononcés - dont les ordonnances (cf. art. 80 al. 1 2ème phrase CPP) - par lettre signature ou par tout autre mode de communication impliquant un accusé de réception, notamment par l'entremise de la police (al. 2); le prononcé est réputé notifié lorsqu'il est remis au destinataire, à l'un de ses employés ou à toute personne de plus de seize ans vivant dans le même ménage, les directives des autorités pénales concernant une communication à adresser personnellement au destinataire étant réservées (al. 3). Toute communication doit être notifiée au domicile, au lieu de résidence habituelle ou au siège du destinataire (<ref-law>); les parties et leur conseil qui ont leur domicile, leur résidence habituelle ou leur siège à l'étranger sont tenus de désigner un domicile de notification en Suisse, les instruments internationaux prévoyant la possibilité de notification directe étant réservés (<ref-law>); si les parties sont pourvues d'un conseil juridique, les communications sont valablement notifiées à celui-ci (<ref-law>).
De jurisprudence constante, le fardeau de la preuve de la notification et de la date de celle-ci incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique. L'autorité supporte donc les conséquences de l'absence de preuve en ce sens que si la notification ou sa date sont contestées et qu'il existe effectivement un doute à ce sujet, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi. La preuve de la notification peut néanmoins résulter d'autres indices ou de l'ensemble des circonstances, par exemple un échange de correspondance ultérieur ou le comportement du destinataire (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 128 et les arrêts cités).
3.3. En vertu de l'<ref-law>, lorsqu'une mesure de contrainte est ordonnée par écrit, une copie du mandat et une copie d'un éventuel procès-verbal d'exécution sont remis contre accusé de réception à la personne directement touchée - soit non seulement le prévenu mais également si nécessaire tout tiers spécifiquement concerné (JONAS WEBER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Art. 196-457 StPO, 2ème éd. 2014, n° 9 ad <ref-law>) -, pour autant que la mesure de contrainte ne soit pas secrète.
Le séquestre est ordonné par voie d'ordonnance écrite, brièvement motivée; en cas d'urgence, il peut être ordonné oralement; toutefois, par la suite, l'ordre doit être confirmé par écrit (<ref-law>). L'<ref-law> permet le séquestre de valeurs patrimoniales appartenant à des tiers. Ceux-ci sont ainsi directement touchés dans leurs droits par un acte de procédure (art. 105 al. 1 let. f CPP) et la qualité de partie leur est donc reconnue dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de leurs intérêts (<ref-law>; arrêts 1B_95/2016 du 28 avril 2016 consid. 1 et 3.3; 1B_212/2014 du 14 octobre 2014 consid. 2.2; 1B_264/2013 du 17 octobre 2013 consid. 1 et 2.1.2; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2ème éd. 2016, nos 9 ss ad <ref-law>; H ENRIETTE KÜFFER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Art. 1-195 StPO, 2ème éd. 2014, nos 28 ss ad <ref-law>; V IKTOR LIEBER, in DONATSCH//HANSJAKOB/LIEBER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO), 2ème éd. 2014, nos 8 et 13 ad <ref-law>; JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2013, n° 14071 p. 296). Cela présuppose en particulier qu'une copie de l'ordonnance y relative leur soit remise contre accusé de réception (cf. <ref-law>; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, op. cit., no 23 ad <ref-law>).
3.4. Sous l'ancien droit de procédure pénale fédérale, le Tribunal fédéral a considéré, en application d'une jurisprudence développée en matière d'entraide pénale internationale (<ref-ruling> consid. 2d p. 127 ss), que le moment à partir duquel le délai pour recourir commence à courir est celui où l'intéressé a eu une connaissance effective de la décision. En revanche, la notification d'une décision à une institution bancaire n'équivalait pas à la communication au titulaire du compte, puisque la banque ne pouvait être considérée, par rapport à l'autorité, comme la représentante de ses clients; le délai pour recourir ne courrait donc qu'à partir du moment où la banque avait informé son client de l'enquête en cours ou de la mesure prise à son encontre. La banque devait, en vertu des rapports contractuels la liant à son client - notamment l'obligation de diligence découlant de ses devoirs de mandataire - avertir immédiatement le titulaire de la relation mise sous séquestre, afin que ce dernier puisse se déterminer en temps utile sur la conduite à tenir (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 46).
Cette solution ne s'appliquait toutefois pas si le client avait demandé à la banque de ne pas lui transmettre les communications, mais de les tenir à sa disposition ("banque restante"). Dans une telle situation, toute communication parvenue à la banque était directement opposable au titulaire du compte et le délai de recours débutait au moment où le client aurait reçu l'information si la banque la lui avait adressée sans retard (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 46; solution critiquée, en lien avec l'<ref-ruling>, par HARARI/CORMINBOEUF, EIMP révisée : considérations critiques sur quelques arrêts récents, in PJA 2006 3 p. 139 ss, spécialement p. 150-153).
Selon le Tribunal fédéral, le moment de la connaissance effective par le titulaire du compte était donc celui de la réception de l'envoi de la banque, à condition que celle-ci ait entrepris tout ce qui était en son pouvoir pour avertir son client sans retard; en raison de circonstances particulières (éloignement ou indisponibilité temporaire), l'information au client pouvait être différée de quelques jours, ce qui ne signifiait cependant pas que l'établissement bancaire pouvait repousser sans autre la communication (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 47).
3.5. L'autorité précédente a fait application de la jurisprudence susmentionnée. Ne retenant pas l'existence d'une convention de "banque restante", elle a considéré que la banque avait été informée, par fax et par courrier prioritaire, de la levée de l'interdiction de la communication le 8 décembre 2015; dès cette date, elle était donc en mesure d'informer sa cliente - la recourante - de la décision de séquestre. La Cour des plaintes en a conclu que la recourante aurait donc dû avoir connaissance de l'ordonnance litigieuse au plus tard les 8 ou 9 décembre 2015, ce qui signifiait que le délai de recours de dix jours était arrivé à échéance avant la fin du mois de décembre 2015; le recours déposé le 4 janvier 2016 était donc tardif.
3.6. Point n'est besoin, pour trancher le présent litige, de résoudre la question de savoir si la jurisprudence retenue par l'autorité précédente est encore applicable depuis l'entrée en vigueur des règles sur la notification prévues dans le CPP (cf. consid. 3.2; arrêt 1B_210/2014 du 17 décembre 2014 consid. 5.4; voir également PATRICK GUIDON, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, 2011, n° 440 p. 208 s.).
En effet, il apparaît que le raisonnement tenu par la Cour des plaintes ne peut en tout état de cause pas être suivi au motif qu'il ne saurait être reproché à la banque de ne pas avoir procédé à la communication de l'ordonnance litigieuse à la recourante dès le 8 ou le 9 décembre 2015. Si, le mardi 8 décembre 2015, le MPC a levé l'interdiction de communication de la mesure de séquestre, le contenu de son courrier n'est de loin pas dénué de toute ambiguïté; la banque a d'ailleurs interpellé le MPC afin d'obtenir des précisions quant à l'étendue de son droit de communiquer (cf. sa lettre du jeudi 10 décembre 2015). Il lui a ainsi été confirmé qu'elle était autorisée à informer sa cliente de l'existence de la mesure, mais non pas des "décisions notifiées à [son] établissement" - dont fait manifestement partie l'ordonnance de séquestre en cause - ni de "tous [...] échanges futurs avec les autorités de poursuite pénale [qui] s'inscrivent dans une enquête pénale" (cf. le courrier du MPC du vendredi 11 décembre 2015). En s'abstenant d'adresser à sa cliente une copie de l'ordonnance de séquestre, la banque s'est donc conformée aux instructions reçues; elle s'est ainsi limitée à informer la recourante de l'existence de la saisie et l'a renvoyée pour le surplus au MPC (cf. son courrier du mardi 15 décembre 2015). Cette interprétation est d'ailleurs corroborée par les déterminations du MPC déposées devant l'instance précédente ("Concrètement, D._ avait reçu instruction, dès le 8 décembre 2015, d'informer du blocage ordonné [...] par le MPC et de renvoyer sa cliente à dite autorité pénale pour tout autre renseignement ainsi que pour obtenir copie des pièces utiles"). Partant, sauf à tomber dans l'arbitraire, la Cour des plaintes ne pouvait pas retenir qu'il incombait à la banque de transmettre à la recourante l'ordonnance de séquestre.
En outre, de manière conforme à ses obligations, la recourante n'est pas non plus restée passive dès qu'elle a soupçonné l'existence d'une mesure de séquestre à son encontre (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 232 et les arrêts cités). Elle s'est ainsi adressée tant à la banque (cf. son courrier électronique du 10 décembre 2015) qu'au MPC (cf. sa lettre du 11 décembre 2015) afin de recevoir des renseignements et d'obtenir, le cas échéant, les documents la concernant. La première - liée par les instructions du MPC - l'a, à juste titre, renvoyée à ce dernier (cf. sa lettre du 15 suivant). Quant au second, il s'est limité à confirmer l'existence de la mesure de séquestre, sans pour autant notifier à la recourante l'ordonnance y relative ou, pour le moins, lui en adresser une copie (cf. son courrier du 22 décembre 2015).
Dans ces circonstances, la recourante n'a eu une connaissance effective et complète de la mesure de séquestre que le 23 décembre 2015, date à laquelle elle a obtenu copie de l'ordonnance du 27 novembre 2015. Le délai pour recourir a débuté le jour suivant (<ref-law>) et s'est achevé le lundi 4 janvier 2016 (<ref-law>). Déposé à cette date auprès d'une Poste suisse, le recours contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2015 a donc été déposé en temps utile. En le déclarant irrecevable pour cause de tardiveté, la Cour des plaintes a violé le droit fédéral et ce grief doit être admis.
4.
Il s'ensuit que le recours est admis. L'arrêt de la Cour des plaintes du 2 juin 2016 est annulé dans la mesure où il déclare irrecevable le recours du 4 janvier 2016 intenté contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2016. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le fond.
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens pour la procédure fédérale à la charge de la Confédération (<ref-law>). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 2 juin 2016 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral est annulé dans la mesure où il déclare irrecevable le recours formé le 4 janvier 2016 contre l'ordonnance de séquestre du 27 novembre 2015 et la cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle procède au sens des considérants.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'500 fr., est allouée à la recourante à la charge de la Confédération (Ministère public de la Confédération).
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Ministère public de la Confédération et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 19 août 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Kropf