Das präsidierende Mitglied zieht in Erwägung:
1.
Der Beschwerdeführer ersuchte am 3. Mai 2016 um Erlass der ihm mit Urteil der 2. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Bern vom 9. Oktober 2015 auferlegten Verfahrenskosten von Fr. 3'480.--. Das Obergericht wies das Gesuch mit Beschluss vom 6. Juni 2016 ab, soweit es darauf eintrat. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht am 28. November 2016 nicht ein (Urteil 6B_786/2016).
Mit Eingabe vom 26. September 2016 ersuchte der Beschwerdeführer erneut um Erlass der Verfahrenskosten von Fr. 3'480.--. Das Obergericht des Kantons Bern wies das Gesuch am 29. Dezember 2016 wiederum ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, das obergerichtliche Urteil vom 9. Oktober 2015 und damit auch die Verlegung der Verfahrenskosten seien mit dem Urteil des Bundesgerichts vom 16. Februar 2016 definitiv in Rechtskraft erwachsen (Urteil 6B_1332/2015). Auf die Eingabe des Beschwerdeführers könne daher nicht eingetreten werden, soweit er sinngemäss die Rechtmässigkeit der Forderung bestreite. Im Erlassverfahren könnten nur noch Gründe für die Stundung, Herabsetzung oder den Erlass der Verfahrenskosten geltend gemacht werden. Das Obergericht verweist hierfür auf Art. 425 StPO und Art. 10 des Verfahrenskostendekrets des Kantons Bern (VKD; BSG 161.12). Insofern lege der Beschwerdeführer in seinem neuen Gesuch jedoch nicht dar, inwiefern sich seine Verhältnisse seit dem Beschluss vom 6. Juni 2016 massgeblich verändert hätten. Es könne deshalb vollumfänglich auf den Beschluss vom 6. Juni 2016 und die damalige Begründung verwiesen werden.
Der Beschwerdeführer wendet sich mit Beschwerde an das Bundesgericht. Er verlangt die Aufhebung des Beschlusses vom 29. Dezember 2016 und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz.
2.
Der Beschwerdeführer verlangt die Überprüfung der Rechtssache durch eine unabhängige Bundesrichterin oder einen unabhängigen Bundesrichter. Es sei unzulässig, immer von der gleichen Richterperson abgehandelt zu werden. Damit stellt der Beschwerdeführer sinngemäss ein Ausstandsbegehren gegen den Präsidenten der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts. Das entsprechende Ausstandsbegehren ist gegenstandslos, da der Präsident der strafrechtlichen Abteilung am vorliegenden Verfahren nicht mitwirkt.
3.
Rechtsschriften haben ein Begehren, d.h. einen Antrag, und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid nach Auffassung des Beschwerdeführers Recht verletzt. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht) besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1).
Diesen Voraussetzungen genügt die vorliegende Beschwerde nicht. Verfahrensgegenstand vor Bundesgericht ist alleine der vorinstanzliche Beschluss vom 29. Dezember 2016. Mit seiner Kritik am Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 9. Oktober 2015 ist der Beschwerdeführer nicht zu hören. Entgegen seiner Behauptungen setzt er sich mit den Erwägungen der Vorinstanz nicht sachbezogen auseinander. Er bezeichnet in seiner Beschwerde vor Bundesgericht weder eine bundes- oder kantonalrechtliche Norm, welche die Vorinstanz bei der erneuten Beurteilung des Erlassgesuchs verletzt haben könnte, noch zeigt er eine willkürliche oder ermessensfehlerhafte Rechtsanwendung durch diese auf. Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen gemäss Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG offensichtlich nicht. Darauf ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
4.
Ausnahmsweise wird auf eine Kostenauflage verzichtet. Das sinngemässe Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Das Ausstandsbegehren gegen den Präsidenten der Strafrechtlichen Abteilung wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Oberholzer
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill