Faits :
A.
B.X._ et A.X._ (ci-après: les époux X._ ou les contribuables), domiciliés dans le canton de Genève, sont propriétaires depuis 2003 d'un terrain situé à C._, au Portugal, sur lequel ils ont fait construire une maison pour un prix de 145'000 euros. La construction a été achevée en juin 2008. En 2010, les autorités fiscales portugaises ont évalué le terrain à 4'327 euros 95 et la maison à 145'320 euros (<ref-law>).
B.
Ayant appris que la maison située à C._, Portugal, ainsi que d'autres biens, n'avaient pas été déclarés par les contribuables, l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a ouvert à leur encontre, le 15 décembre 2011, une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années fiscales 2001 à 2009.
Le 29 juin 2012, l'Administration fiscale cantonale a notifié aux contribuables des bordereaux de rappel d'impôts ainsi que d'amendes, qui ont été fixées aux trois quarts de l'impôt éludé, tant pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), que pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC), pour les années fiscales 2001B à 2009.
A la suite de la réclamation des contribuables contre les bordereaux du 29 juin 2012, l'Administration fiscale cantonale a, par décisions du 25 février 2014, modifié les bordereaux de rappel d'impôts et rectifié les amendes, notamment pour les périodes fiscales 2008 et 2009. Pour ces deux périodes, l'Administration fiscale cantonale a, dans la fixation du taux d'imposition, tenu compte, à partir du 1er juillet 2008, de la valeur locative de la maison située à C._, Portugal, qu'elle a estimée à 4,5% de la valeur fiscale en euros (145'320 euros) de la maison, soit 6'539 euros (545 euros mensuels).
Le 24 mars 2014, les contribuables ont formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre les décisions sur réclamation du 25 février 2014 portant sur les années fiscales 2008 et 2009 et les amendes y afférentes, contestant uniquement la valeur locative annuelle retenue pour la maison située à C._, Portugal. Ils ont notamment produit une attestation de l'agence immobilière portugaise ERA indiquant que le loyer mensuel d'une maison à C._ pourrait se situer entre 250 et 300 euros (cf. <ref-law>).
Par jugement du 30 mars 2015, le Tribunal administratif a rejeté le recours des époux X._. Les contribuables ont formé, le 29 avril 2015, un recours contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Le 31 août 2015, ils ont déposé la traduction d'une étude de marché effectuée par l'agence immobilière ERA, laquelle décrit leur maison et indique que le montant du loyer mensuel est estimé entre 400 et 450 euros.
Par arrêt du 26 juillet 2016, la Cour de justice a rejeté le recours des époux X._ contre le jugement du 30 mars 2015. Elle a estimé, en substance, que la valeur fiscale de la maison des contribuables n'était pas contestée et que le prix de construction de la villa avait été à la base du calcul de cette valeur et partant de la valeur locative. Or, ce prix reflétait les conditions locales et le confort de la maison. Enfin, l'absence de chauffage et d'isolation ne rendait pas la maison inhabitable une période de l'année. La Cour de justice a partant confirmé que la valeur locative devait être fixée à 4,5% de la valeur fiscale.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les époux X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 26 juillet 2016, de dire que la valeur locative de l'immeuble dont ils sont propriétaires dans la commune de C._, Portugal, doit être fixée annuellement à la contre-valeur en francs suisses de 2'400 euros, soit 3'808 fr. en 2008 et 3'624 fr. en 2009, d'ordonner la rectification dans ce sens des bordereaux de rappel d'impôts et amendes ICC et IFD 2008 et 2009 et de renvoyer le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles taxations et nouveaux calculs des bordereaux d'amendes dans le sens des considérants.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions (ci-après: AFC) conclut au rejet du recours, se ralliant intégralement au dispositif et aux considérants de l'arrêt entrepris, ainsi qu'aux observations de l'Administration fiscale cantonale.

Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu un seule décision valant tant pour l'IFD que pour les ICC, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262). La Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C_830/2016) et l'autre l'impôt cantonal et communal (2C_829/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (<ref-law> et 24 PCF [RS 273]; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 296).
2.
2.1. La décision attaquée constitue une décision finale (<ref-law>) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'impôt cantonal et communal sur le revenu).
2.2. Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>), par les contribuables destinataires de la décision attaquée, qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'ils ont la qualité pour recourir (<ref-law>), le présent recours est recevable. Il convient donc d'entrer en matière.
3.
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), mais n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. <ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 234).
3.2. Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>), ce qu'il incombe à la partie qui conteste les faits constatés de démontrer d'une manière circonstanciée (cf. <ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232; <ref-ruling> consid. 3 p. 237). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 10.1 p. 445).
3.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). En l'occurrence, il ne sera pas tenu compte de la pièce nouvelle produite par les recourants, consistant en une estimation effectuée par leurs soins de la valeur locative d'une villa située à Genève.
I. Droit d'être entendu et critiques relatives aux faits
4.
Les recourants reprochent à la Cour de justice d'avoir, sans motiver sa position, écarté de manière arbitraire la seconde "expertise" de l'agence immobilière ERA qu'ils ont produite, retenant un loyer mensuel pour leur villa situé entre 400 et 450 euros. Ils estiment en outre, dans ce contexte, que la Cour de justice a violé les règles sur la répartition du fardeau de la preuve, la confirmation du montant de la valeur locative établie par l'Administration fiscale cantonale revenant à leur appliquer une "présomption irréfragable".
4.1. Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. implique pour l'autorité de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.2.4 p. 41; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237).
Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend également le droit pour le justiciable de produire des pièces pertinentes et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 222; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 270). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF <ref-ruling> consid. 6.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 210). Il n'y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560), ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer (cf. supra consid. 3.1). Les résultats issus d'une expertise privée sont soumis au principe de la libre appréciation des preuves et sont considérés comme des simples allégués de parties (<ref-ruling> consid. 6 p. 359; <ref-ruling> consid. 6 p. 372 s).
4.2. En l'occurrence, la Cour de justice a relevé que le calcul de la valeur locative de la maison des recourants était fondé sur sa valeur fiscale. Cette valeur fiscale (145'320 euros), non contestée, avait été fixée en fonction du prix de construction de la maison (145'000 euros), lequel reflétait son confort et les conditions locales, étant précisé que la villa venait d'être achevée. Dans ces circonstances, la Cour de justice a estimé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter du calcul de la valeur locative effectué par l'Administration fiscale cantonale et a confirmé le montant de 6'539 euros annuels, correspondant à 4,5% de la valeur fiscale de la maison, retenu par celle-ci.
4.3. La Cour de justice ne s'est effectivement pas expressément prononcée dans son raisonnement juridique sur la seconde estimation de l'agence immobilière portugaise ERA produite par les recourants. Sa motivation permet toutefois de comprendre pour quel motif elle a confirmé le calcul de l'Administration fiscale cantonale, ce qui est suffisant, dès lors que cette confirmation implique, de manière implicite, mais claire, le refus de prendre en considération le montant résultant de l'estimation produite par les recourants. La critique des recourants tiré d'un défaut de motivation de l'arrêt entrepris doit partant être écartée.
4.4. Du point de vue de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves, il n'apparaît pas insoutenable, et les recourants ne démontrent pas que tel serait le cas, de considérer que l'évaluation faite, à la demande des intéressés, par une agence immobilière locale du loyer mensuel n'est pas un document propre à établir de manière objective la valeur locative, alors que cette estimation ne contient notamment aucune référence à des biens similaires loués dans la région et s'écarte en outre sensiblement de la première estimation fournie, pourtant effectuée par la même agence. Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire en ne prenant pas en compte le montant résultant de l'évaluation de l'agence immobilière ERA produite par les recourants.
4.5. Quant à la violation des règles sur la répartition du fardeau de la preuve dénoncée par les recourants, on relèvera que la confirmation par la Cour de justice du montant de la valeur locative retenu par l'Administration fiscale cantonale ne revient pas à leur appliquer une "présomption irréfragable", mais résulte de l'appréciation des preuves exposée ci-dessus, laquelle n'est pas entachée d'arbitraire. S'agissant d'un fait qui est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose plus (ATF <ref-ruling> consid. 4.3 p. 235; arrêt 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 7.2), de sorte que le grief des recourants est sans objet.
4.6. Au vu de ce qui précède, les critiques des recourants en lien avec l'estimation de loyer qu'ils ont produite doivent être écartées. En revanche, le point de savoir si les autorités genevoises étaient fondées à calculer la valeur locative de la maison des recourants en fonction d'un pourcentage de sa valeur fiscale relève du droit et sera examiné ci-après (cf. infra consid. 7).
II. Délimitation de l'objet du litige
5.
Le litige porte exclusivement sur la valeur locative de la maison des recourants située au Portugal prise en considération par l'Administration fiscale cantonale pour déterminer leur taux d'imposition pour les bordereaux de rappel d'impôts IFD et ICC pour les périodes fiscales 2008 et 2009 et les amendes y relatives.
5.1. Les recourants, domiciliés en Suisse, sont assujettis à l'impôt dans ce pays (<ref-law>; <ref-law>) de manière illimitée (<ref-law>; art. 5 al. 1 de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, objet de l'impôt - assujettissement à l'impôt [aLIPP-I], applicable aux périodes litigieuses [cf. arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1, non publié in <ref-ruling>, mais in RDAF 2014 II 40; cf. art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP; RS/GE D 3 08]). Cet assujettissement ne s'étend pas à leur immeuble situé à l'étranger (<ref-law>; art. 5 al. 1 aLIPP-I). En tant qu'élément imposable en Suisse (<ref-law>; <ref-law>; art. 7 al. 1 let. b de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable) [aLIPP-IV], applicable à la période litigieuse [cf. art. 72 al. 1 LIPP]), la valeur locative de cet immeuble entre toutefois en considération pour la détermination du taux d'imposition des contribuables, tant pour l'IFD que pour les ICC ( exemption sous réserve de progressivité; <ref-law>; art. 6 al. 1 aLIPP-I; cf. <ref-ruling> consid. 7.5 p. 163 s.).
La Convention du 26 septembre 1974 entre la Suisse et le Portugal en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune (RS 0.672.965.41) ne s'oppose pas à ce qui précède (sur le rôle des conventions de double imposition, cf. arrêt 2C_628/2016 du 10 février 2017 consid. 5.1 destiné à la publication). Elle prévoit en effet l'imposition des revenus provenant des biens immobiliers dans l'Etat contractant où ces biens sont situés (art. 6 al. 1 CDI CH-PT), tout en laissant à la Suisse la possibilité de tenir compte des revenus ou de la fortune imposables au Portugal selon la Convention pour établir le taux d'imposition sur le reste du revenu ou de la fortune (art. 23 al. 3 CDI CH-PT).
5.2. En l'occurrence, les recourants ne contestent à juste titre pas le principe de la prise en considération de la valeur locative de leur maison située au Portugal pour la détermination de leur taux d'imposition, tant en matière d'IFD que d'ICC, pour les années 2008 et 2009. Ils critiquent uniquement la méthode de calcul employée par l'Administration fiscale cantonale pour établir le montant de la valeur locative de leur maison et le résultat en découlant, qu'ils jugent contraires à l'<ref-law>, ainsi qu'aux <ref-law> et 7 al. 2 aLIPP-IV.
III. Impôt fédéral direct
6.
6.1. Se fondant sur une information de l'Administration fiscale cantonale du 1er février 1991 intitulée "Détermination de la valeur locative nette en matière d'impôt fédéral direct pour la période de taxation 1991-1992" (ci-après: l'information du 1er février 1991), l'Administration fiscale cantonale a pour pratique d'estimer la valeur locative des immeubles situés dans un pays qui, comme le Portugal, ne connaît pas l'imposition de la valeur locative, à 4,5% de la valeur fiscale du bien (villa ou appartement en PPE). Le taux de 4,5% tient déjà compte d'une déduction forfaitaire de 25% de la valeur locative brute pour les frais d'entretien, qui ne peuvent donc être déduits. L'information du 1er février 1991 ne distingue pas les immeubles situés en Suisse de ceux situés à l'étranger, précisant uniquement que, pour ces derniers, le rendement (ou la valeur locative) ne sera pris (e) en considération que pour déterminer le taux d'imposition.
6.2. Les recourants font valoir que l'information du 1er février 1991 a été abrogée et ne peut, par conséquent, être utilisée pour calculer la valeur locative de leur maison.
6.3. L'information du 1er février 1991 n'a pas force de loi et ne lie pas le Tribunal fédéral et les autres autorités d'application du droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 190 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 292; <ref-ruling> consid. 4a p. 25). Le juge peut s'en écarter s'il l'estime contraire à la loi ou à une ordonnance. Toutefois, si cette information permet une application correcte des dispositions légales dans le cas d'espèce, il y a lieu d'en tenir compte (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 190 s.; cf. arrêt 2C_757/2016 du 8 décembre 2016 au sujet d'une information de l'Administration fiscale cantonale genevoise).
En l'occurrence, rien n'indique que l'information du 1er février 1991 ait été supprimée ou remplacée s'agissant de la valeur locative des immeubles situés à l'étranger. S'il est vrai que cette information avait pour objet l'impôt fédéral direct 1991-1992, on ne voit a priori pas que l'Administration fiscale cantonale ne puisse pas s'y référer, afin de fixer une pratique uniforme en matière de calcul de la valeur locative des immeubles situés dans des pays qui ne connaissent pas l'imposition de la valeur locative. Reste toutefois à vérifier si la méthode de calcul prévue dans cette information permet d'aboutir à un calcul de la valeur locative conforme au droit.
7.
7.1. L'<ref-law> prévoit que la valeur locative est déterminée compte tenu des conditions locales et de l'utilisation effective du logement au domicile du contribuable. Selon cette disposition et la jurisprudence en matière d'impôt fédéral direct, la valeur locative doit être estimée à la valeur du marché (cf. art. 16 al. 2 in fine LIFD; <ref-ruling> consid. 4b p. 14 s., in RDAF 1997 II 457), en prenant en considération les conditions locales (arrêt 2C_757/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1). La valeur locative doit ainsi correspondre au montant que le propriétaire ou le détenteur des droits de jouissance devrait payer sur le marché pour pouvoir occuper le bien immobilier dans les mêmes conditions (cf. arrêts 2C_757/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1; 2C_886/2010 du 27 avril 2011 consid. 4.1; 2C_469/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.1; 2C_164/2007 du 17 octobre 2007 consid. 3.1). Pour les résidences principales au domicile du contribuable, il est en outre tenu compte de l'utilisation effective du logement (cf. art. 21 al. 2 in fine LIFD; cf. <ref-ruling>; arrêt 2C_279/2015 du 30 octobre 2015 consid. 2.5). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la valeur locative retenue par le canton en matière d'impôt fédéral direct ne doit pas se situer en deçà du 70% (et non pas du 60% comme cela vaut pour l'impôt cantonal et communal) de la valeur du marché (<ref-ruling> consid. 4b p. 14 s.; arrêt 2C_757/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1).
7.2. Les recourants font valoir que l'<ref-law> proscrit une méthode de calcul de la valeur locative fondée sur un pourcentage de la valeur fiscale, car un tel calcul forfaitaire ne prendrait pas en compte les conditions locales. Ce grief doit être écarté.
En effet, l'<ref-law> n'impose pas de méthode de calcul déterminée de la valeur locative, de sorte qu'un calcul fondé sur un pourcentage de la valeur fiscale n'est pas d'emblée exclu. La détermination de la valeur locative en pour-cent de la valeur fiscale ou de la valeur vénale de l'immeuble est du reste une méthode expressément envisagée dans la circulaire et les directives de l'AFC du 25 mars 1969 concernant la détermination du rendement locatif imposable des maisons d'habitation (Archives 38 p. 121 ss) et qui est appliquée dans plusieurs cantons pour les immeubles habités par leurs propriétaires (pour un état au 1er janvier 2015, voir Administration fédérale des contributions, L'imposition de la valeur locative, in Informations fiscales, Conférence suisse des impôts éd., mars 2015, p. 14 ss.). Dans la mesure où les recourants ne contestent pas que la valeur fiscale de leur maison au Portugal reflète les conditions locales, on ne voit pas pour quel motif le calcul de la valeur locative fondé sur un pourcentage de la valeur fiscale serait en l'occurrence contraire à l'<ref-law>.
7.3. Les recourants font valoir que si le principe d'un calcul forfaitaire de la valeur locative des immeubles situés à l'étranger en pourcentage de la valeur fiscale devait être confirmé, le taux à retenir devrait être adapté en fonction de l'évolution des marchés financiers et être arrêté à 2% au maximum, correspondant au taux de rendement des obligations de la Confédération.
Les recourants n'expliquent pas pour quelle raison la valeur locative de leur immeuble au Portugal devrait être fixée en fonction du rendement des obligations de la Confédération pour correspondre au prix du marché immobilier de C._. Quoi qu'il en soit à cet égard, on relèvera que, dans ses directives du 25 mars 1969, l'AFC indique que la valeur locative brute représente en général 6% de la valeur fiscale, ou, à titre de contrôle, un rendement net correspondant à 3 ou 4% du capital propre investi dans l'immeuble (Archives 38, p. 126). Au vu de ces directives, le taux de 4,5% net de la valeur fiscale appliqué par l'Administration fiscale cantonale pour les immeubles situés à l'étranger n'est pas critiquable.
7.4. Les recourants font valoir que le résultat du calcul forfaitaire de la valeur locative de leur villa s'écarte du prix du marché, dès lors qu'il ne prend pas en considération les salaires moyens réalisés dans la région et le fait que la maison n'est pas située dans une zone touristique. Le premier argument des recourants doit être écarté dans la mesure où on ne voit pas en quoi les salaires moyens d'une région seraient un indicateur plus fiable que l'évaluation fiscale de l'immeuble pour établir la valeur locative. Les salaires moyens réalisés dans une région ne font d'ailleurs pas partie des facteurs que l'AFC préconise, dans ses directives, de prendre en compte pour le calcul de la valeur locative (cf. Archives 38 p. 121 ss). Le second argument doit également être écarté. En effet, la Cour de justice a retenu que la location de la maison des recourants n'était pas limitée aux seuls habitants de la région. Or, le fait que la maison ne soit pas située en zone touristique, qui ne résulte du reste pas de l'arrêt entrepris (cf. <ref-law>), ne démontre pas que cette appréciation serait arbitraire. Au demeurant, l'évaluation fiscale de l'immeuble tient compte de sa situation géographique.
7.5. Dans un dernier argument, les recourants font valoir que les fluctuations des taux de change entre l'euro et le franc suisse ne sont pas prises en compte avec la méthode de calcul forfaitaire de la valeur locative fondée sur la valeur fiscale de l'immeuble, ce qui aboutirait partant à des résultats pouvant s'écarter du prix du marché. Les recourants précisent eux-mêmes qu'il n'y a pas de telle fluctuation dans leur situation. Il n'y a partant pas lieu d'examiner plus avant cette critique.
7.6. Il découle de ce qui précède que la méthode de calcul forfaitaire de la valeur locative utilisée par l'Administration fiscale cantonale pour les immeubles situés dans des pays qui ne connaissent pas l'imposition de la valeur locative n'apparaît pas contraire à l'<ref-law>. En outre, aucun des arguments des recourants ne démontre que le montant de la valeur locative de leur villa obtenu au terme de ce calcul violerait en l'espèce les prescriptions de l'<ref-law>.
8.
Quelle que soit la méthode de calcul applicable pour déterminer la valeur locative, les recourants estiment que leur maison au Portugal n'est habitable qu'une partie de l'année, ce qui justifierait une réduction de ladite valeur.
8.1. La valeur locative d'une maison de vacances ne se calcule pas en fonction de son utilisation effective (<ref-ruling> consid. 6 p. 166); elle ne peut être réduite proportionnellement qu'au cas où l'utilisation de la maison est pratiquement impossible une partie de l'année (<ref-ruling> consid. 5 c p. 350).
8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a constaté que l'absence de chauffage central et d'isolation ne rendait pas la maison des recourants inhabitable une partie de l'année, vu les autres moyens à disposition pour la chauffer. Les recourants critiquent cette appréciation d'une manière appellatoire, qui n'est pas acceptable (cf. supra consid. 3.2). Dans ces circonstances, et dans la mesure où il n'est pas insoutenable de considérer qu'une maison sans chauffage central peut être habitée à l'année en présence d'autres moyens de chauffage, qui plus est à C._ dans le centre du Portugal, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation de la Cour de justice. Le montant de la valeur locative retenu par l'Administration fiscale cantonale et confirmé par la Cour de justice n'a partant pas à être réduit au motif d'un usage restreint.
9.
Les recourants se plaignent d'inégalité de traitement. Ils font valoir que, depuis l'entrée en vigueur de la LIFD, la valeur locative se détermine, à Genève, uniquement d'après un questionnaire détaillé prenant en compte tous les critères déterminants (cf. "questionnaire de valeur locative destiné aux propriétaires d'appartements et de villas" édité par l'Administration fiscale cantonale). Il serait partant contraire au principe d'égalité de traitement d'appliquer une méthode forfaitaire de calcul de la valeur locative pour les immeubles situés à l'étranger.
Les recourants perdent toutefois de vue que la situation des contribuables domiciliés en Suisse, mais propriétaires d'immeubles situés à l'étranger, n'est pas comparable à celle des contribuables domiciliés en Suisse propriétaires d'immeubles situés à Genève (cf. arrêt 2C_1011/2012 du 5 mai 2014 consid. 7.4.4). Les recourants ne peuvent donc pas revendiquer un traitement similaire à celui des propriétaires d'immeubles situés à Genève. Dès lors que la valeur locative d'un immeuble situé à l'étranger n'entre pas en considération dans l'assiette de l'impôt sur le revenu, mais uniquement dans la fixation du taux d'imposition (cf. supra consid. 5.1), on peut au demeurant admettre que les administrations fiscales se montrent plus schématiques dans leur méthode de calcul (cf. <ref-ruling> consid. 7.5 p. 164), lorsque, comme en l'espèce, les contribuables n'ont pas fourni d'éléments suffisamment probants au sujet de la valeur locative de leur maison. Le grief doit partant être rejeté.
IV. Impôt cantonal et communal
10.
10.1. L'<ref-law> prévoit que l'impôt sur le revenu a notamment pour objet la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble. Cette disposition ne pose pas d'exigences allant au-delà des limites fixées par les normes constitutionnelles, en particulier par le principe d'égalité de traitement entre les propriétaires et les locataires (art. 8 al. 1 Cst.) et les principes fiscaux ancrés à l'art. 127 al. 2 Cst., s'agissant de la détermination de cette valeur locative (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 381; <ref-ruling> consid. 3c p. 153 s.). Les cantons jouissent donc d'une certaine marge de manoeuvre dans la fixation de la valeur locative (ATF <ref-ruling> consid. 3c p. 153 s.; arrêts 2C_757/2015 du 8 décembre 2016 consid. 2; 2C_994/2014 du 19 juin 2015 consid. 1.3; 2C_886/2010 du 27 avril 2011 consid. 6). Celle-ci doit correspondre au prix du marché, mais peut notamment être fixée à une valeur inférieure dans la mesure où elle ne passe pas en dessous de la limite constitutionnelle fixée à 60% du loyer du marché (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 381; <ref-ruling> consid. 4d p. 156 s.; arrêt 2C_519/2015 du 12 janvier 2017 consid. 3 destiné à la publication).
10.2. Selon l'art. 7 al. 2 aLIPP-IV, première phrase, la valeur locative est déterminée en tenant compte des conditions locales.
10.3. Il découle des dispositions qui précèdent que la LHID n'impose pas aux cantons de méthode déterminée pour le calcul de la valeur locative en matière d'ICC. Quant à la première phrase de l'art. 7 al. 2 aLIPP-IV, elle exige de la même manière que l'<ref-law> de tenir compte des conditions locales, sans imposer de méthode de calcul de la valeur locative. Partant, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct 2008 et 2009 s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal 2008 et 2009.
V. Conséquence et frais
11.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, tant en matière d'IFD 2008 et 2009 que d'ICC 2008 et 2009. Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_829/2016 et 2C_830/2016 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 10 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber