Faits :
A.
Le 20 décembre 2012, la Direction générale des finances publiques françaises (ci-après: l'autorité requérante) a adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) deux demandes d'assistance administrative au sujet de la société française X._ Sàrl (ci-après: X._ France) en lien avec l'impôt sur les sociétés pour les années 2010 et 2011. L'autorité requérante exposait qu'elle avait constaté, au cours d'un contrôle fiscal dirigé contre X._ France, que celle-ci versait à deux sociétés suisses, X._ Holding Sàrl (ci-après: X._ Holding) et X._ Suisse Sàrl (ci-après: X._ Suisse) des montants à titre de rémunération de prestations de services, qu'elle déduisait de son bénéfice imposable. Or, ces trois sociétés étaient gérées par la même personne. L'autorité requérante souhaitait dès lors s'assurer de la réalité des prestations et demandait à cet effet à l'Administration fédérale les renseignements suivants, concernant respectivement X._ Holding et X._ Suisse (<ref-law>) :
- La société est-elle connue des autorités suisses?
- Est-elle soumise au régime fiscal de droit commun? Quel est le taux d'impôt qui lui est appliqué et le montant d'impôt payé? Merci de communiquer la copie des bilans et des comptes de résultats 2010 et 2011.
- Quelle est la nature de l'activité exercée par la société? Quels sont les moyens matériels et humains (locaux, personnel, actifs) dont dispose la société?
- Merci de préciser le nom et l'adresse des dirigeants et associés, ainsi que la répartition du capital entre les associés par nature de titres.
Déférant à des ordonnances de production, l'Administration fiscale du canton de Genève, X._ Holding et X._ Suisse ont transmis les informations demandées à l'Administration fédérale les 16 janvier et 22 avril 2014.
B.
Par décision finale du 14 octobre 2014, l'Administration fédérale a accordé l'assistance administrative à la France et décidé de lui transmettre en substance les informations suivantes (<ref-law>) :
- X._ Holding et X._ Suisse sont connues des autorités suisses, avec indication des dates auxquelles X._ Holding et X._ Suisse ont été inscrites au registre du commerce et une copie de leurs statuts.
- Pour les années 2010 et 2011, X._ Suisse et X._ Holding étaient assujetties à l'impôt de manière illimitée aux impôts cantonaux, communaux et fédéral direct. Ont été indiqués les taux d'impôt sur le bénéfice et le capital appliqués, ainsi que les montants d'impôt qui en découlaient et qui ressortaient des décisions de taxation déjà établies.
- X._ Suisse exerce une activité d'achat et de vente de pneumatiques en ligne en Suisse et à l'étranger. En 2010 et 2011, elle était domiciliée rue A._ à Carouge. Selon les informations reçues de la société, celle-ci disposait, pour l'année 2010, d'une surface d'environ 168 m2. Le loyer annuel s'élevait, selon les états financiers, à 65'621 francs. En 2011, la société disposait d'une surface de 238 m2 pour un loyer de 94'213 francs.
- X._ Suisse a déclaré occuper en moyenne 7.33 personnes en 2010 et 10.27 personnes en 2011.
- X._ Holding exerce une activité de société holding. En 2010 et 2011, elle occupait des locaux sis rue A._ à Carouge, que X._ Suisse a mis à sa disposition contre rémunération.
- Durant la période sous contrôle, B._, domicilié à Genève, était l'unique associé gérant de X._ Suisse et de X._ Holding.
- Une copie des bilans et comptes de résultat des sociétés pour les exercices 2010 et 2011 (sans les annexes aux comptes, jugées non pertinentes).
X._ Suisse et X._ Holding ont interjeté recours contre la décision du 14 octobre 2014 de l'Administration fédérale, en concluant au rejet des demandes d'assistance administrative. Par arrêt du 25 septembre 2015, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours et annulé la décision querellée. En substance, il a considéré que les demandes d'assistance ne remplissaient pas la condition de la pertinence vraisemblable, que la France n'avait pas respecté le principe de la subsidiarité et qu'elle avait procédé à une pêche aux renseignements.
C.
L'Administration fédérale interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 25 septembre 2015. Elle conclut principalement, sous suite de frais, à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Les intimées ont déposé une réponse et conclu à la confirmation de l'arrêt attaqué, sur laquelle l'Administration fédérale a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>), rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) émanant du Tribunal administratif fédéral (<ref-law>). Seul un recours en matière de droit public est donc envisageable (cf. <ref-law> a contrario).
1.2. Contre les décisions en matière d'assistance administrative en matière fiscale, le recours en matière de droit public n'est recevable que lorsqu'une question juridique de principe se pose ou lorsqu'il s'agit pour d'autres motifs d'un cas particulièrement important au sens de l'<ref-law> (cf. art. 83 let. h et 84a LTF; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 410; arrêt 2C_1174/2014 du 24 septembre 2015 consid. 1.2 non publié in <ref-ruling> mais in RDAF 2016 II 28 et Pra 2016/79 p. 727; 2C_963/2014 du même jour consid. 1.3 non publié in <ref-ruling> mais traduit in RADF 2016 II 374). Il suffit que la cause soulève une telle question pour que le Tribunal fédéral entre en matière et examine l'affaire en application des art. 95 ss et 105 ss LTF dans leur ensemble, sans se limiter aux seules questions juridiques de principe justifiant l'entrée en matière selon l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2.4 p. 22 et les références citées; arrêt 216/2015 du 8 novembre 2015 consid. 1.3.2).
L'Administration fédérale soutient que la présente cause pose trois questions juridiques de principe.
La première a trait à la marge de manoeuvre de l'Etat requis dans le cadre de l'examen de la condition de la pertinence vraisemblable selon l'art. 28 par. 1 de la Convention du 9 septembre 1966 entre la Suisse et la France en vue d'éliminer les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune et de prévenir la fraude et l'évasion fiscale (RS 0.672.934.91; ci-après: CDI CH-FR). Il s'agit concrètement de savoir si la condition de la pertinence vraisemblable libellée à l'art. 28 par. 1 CDI CH-FR permet à l'Etat requis de refuser de transmettre des informations, alors même que l'Etat requérant déclare expressément leur utilité pour l'imposition du contribuable visé et que cette utilité ne peut être exclue. Il s'agit là d'une question juridique de principe, qui a été tranchée dans l'arrêt du 24 septembre 2015 publié (<ref-ruling>). Les considérants de cet arrêt ont toutefois été communiqués après que le Tribunal administratif fédéral a rendu l'arrêt attaqué et après le dépôt du recours de l'Administration fédérale. Il faut dès lors admettre que l'Administration fédérale était légitimée à porter la présente cause devant la Cour de céans en se prévalant de cette question.
Il n'est dès lors pas nécessaire de déterminer si les deux autres questions soulevées (qui ont trait, pour l'une, au principe de subsidiarité et, pour l'autre, au point de savoir quand l'Etat requis doit refuser l'assistance administrative, respectivement demander des précisions à l'Etat requérant) revêtent également les caractéristiques d'une question de principe.
1.3. L'Administration fédérale, qui a qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> (cf. arrêt 2C_1174/2014 précité consid. 1.3 non publié), a formé recours en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prévues (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>), ce qu'il incombe à la partie qui conteste les faits constatés de démontrer d'une manière circonstanciée (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232; <ref-ruling> consid. 3 p. 237).
3.
S'agissant du droit applicable, les demandes d'assistance administrative litigieuses datent du 20 décembre 2012 et l'Administration fédérale y a donné suite le 14 octobre 2014. L'échange de renseignements est partant réglé à l'art. 28 CDI CH-FR dans sa version actuelle, qui résulte de l'art. 7 de l'Avenant à la Convention conclu le 27 août 2009 (RO 2010 5683; ci-après: l'Avenant), ainsi que par le chiffre XI du Protocole additionnel, introduit par l'art. 10 de l'Avenant.
3.1. La question de savoir si la demande d'assistance litigieuse doit être examinée à la lumière des dispositions du ch. XI du Protocole additionnel modifiées, en vigueur depuis le 30 mars 2016 (RO 2016 1195; cf. arrêt 2C_904/2015 du 8 décembre 2016 consid. 3.1) peut rester indécise, puisque ces modifications concernent des points qui n'ont pas de lien avec les aspects litigieux du cas d'espèce ni d'incidence sur le sort du recours (cf. arrêt 2C_893/2015 précité consid. 4).
3.2. Au plan interne, l'ordonnance du 1er septembre 2010 relative à l'assistance administrative d'après les conventions contre les doubles impositions (RO 2010 4017; ci-après: aOACDI) est applicable, les demandes d'assistance ayant été formées avant l'entrée en vigueur, le 1er février 2013, de la loi fédérale sur l'assistance administrative internationale en matière fiscale (LAAF [RS 651.1]; cf. <ref-law> et l'arrêt 2C_490/2015 du 14 mars 2016 consid. 2.2).
4.
Les juges précédents ont adopté en substance le raisonnement suivant pour annuler la décision de l'Administration fédérale du 14 octobre 2014. S'ils admettent dans un premier temps que l'assistance administrative pourrait s'avérer utile à la France, ils concluent toutefois dans un second temps que le droit interne français permet à l'autorité fiscale française de se renseigner directement auprès du contribuable dans le cadre d'une procédure de contrôle fiscal et de refuser une déduction alléguée, mais non prouvée. Les demandes d'assistance administrative ne sont donc pas utiles à la France, et quand bien même elles le seraient, l'autorité requérante devrait fournir des explications à ce sujet. Elles ne seraient donc pas vraisemblablement pertinentes et ne respecteraient pas non plus le principe de la subsidiarité. Les juges précédents retiennent encore que l'autorité requérante pourrait en réalité chercher à obtenir, par la voie de l'assistance administrative, des informations sur X._ Holding, X._ Suisse ainsi que leur administrateur, et que les demandes d'assistance relèvent de ce fait d'une pêche aux renseignements inadmissible. L'on ne se trouverait au surplus pas dans le cas d'un simple manque de précision qui pourrait être comblé par l'autorité requérante en vertu de l'<ref-law> (sic), les demandes d'assistance ne remplissant aucune des conditions matérielles requises.
5.
L'Administration fédérale conteste en premier lieu que le Tribunal administratif fédéral puisse recourir à sa propre interprétation du droit interne français pour examiner une demande d'assistance administrative. Elle voit dans le raisonnement des juges précédents une violation de l'art. 28 par. 1 CDI CH-FR et du principe de la subsidiarité à la lumière du principe de la confiance entre Etats. Ce raisonnement les aurait également conduit à retenir à tort que les demandes constituaient une pêche aux renseignements.
5.1. Selon l'art. 28 par. 1 1e phrase CDI CH-FR, les autorités compétentes des Etats contractants échangent les renseignements vraisemblablement pertinents pour appliquer les dispositions de la présente Convention ou pour l'administration ou l'application de la législation interne relative aux impôts de toute nature ou dénomination perçus pour le compte des Etats contractants, de leurs subdivisions politiques ou de leurs collectivités locales dans la mesure où l'imposition qu'elle prévoit n'est pas contraire à la Convention.
Le ch. XI par. 2 du Protocole additionnel précise que la condition de la pertinence vraisemblable a pour but d'assurer un échange de renseignements en matière fiscale qui soit le plus large possible, sans qu'il soit pour autant loisible aux Etats contractants "d'aller à la pêche aux renseignements" ou de demander des renseignements dont il est peu probable qu'ils soient pertinents pour élucider les affaires fiscales d'un contribuable déterminé.
Selon la jurisprudence de la Cour de céans, la condition de la pertinence vraisemblable est réalisée si, au moment où la demande est formulée, il existe une possibilité raisonnable que les renseignements demandés se révéleront pertinents. En revanche, peu importe qu'une fois fournis, il s'avère que l'information demandée soit finalement non pertinente. Il n'incombe pas à l'Etat requis de refuser une demande ou de transmettre les informations parce que cet Etat serait d'avis qu'elles manqueraient de pertinence pour l'enquête ou le contrôle sous-jacents. En outre, l'appréciation de la pertinence vraisemblable des informations demandées est en premier lieu du ressort de l'Etat requérant; le rôle de l'Etat requis se limite à examiner si les documents demandés ont un rapport avec l'état de fait présenté dans la demande et s'ils sont potentiellement propres à être utilisés dans la procédure étrangère. L'autorité requise n'a ainsi pas à déterminer si l'état de fait décrit dans la requête correspond absolument à la réalité, mais doit examiner si les documents demandés se rapportent bien aux faits qui figurent dans la requête et ne peut refuser de transmettre que les documents dont il apparaît avec certitude qu'ils ne sont pas déterminants (<ref-ruling> consid. 2.1, 2.1.1 et 2.1.2 p. 164 ss; cf. aussi arrêts 2C_527/2015 du 3 juin 2016 consid. 5.2, résumé in Archives 85 p. 86; 2C_289/2015 du 5 avril 2016 consid. 4.1 non publié in <ref-ruling>, mais in RF 71/2016 p. 710 et RDAF 2016 II 393).
La Cour de céans s'est déjà prononcée sur la réalisation de la condition de la pertinence vraisemblable lorsqu'une demande a pour but de vérifier la réalité de transactions entre proches. Elle a ainsi admis que les renseignements propres à déterminer si une société suisse, à qui un résident français avait transmis la propriété de marques et qui ne percevait depuis lors plus de redevances imposables, avait une existence réelle remplissaient la condition de la pertinence vraisemblable (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 75). Elle a aussi retenu que les renseignements propres à vérifier la réalité de prestations fournies par une société suisse à une société proche française (en particulier des prestations d'apports de clients), afin de vérifier la déductibilité des commissions y afférentes en France, remplissaient cette condition (arrêt 2C_690/2015 du 15 mars 2016 consid. 3.3 à 3.5).
Le ch. XI par. 3 du Protocole additionnel prévoit les indications qui doivent figurer dans une demande d'assistance. Cette liste est conçue de telle manière que si l'Etat requérant s'y conforme scrupuleusement, il est en principe censé fournir des informations qui devraient suffire à démontrer la pertinence vraisemblable de sa demande. Si, néanmoins, les informations fournies ne remplissent pas les conditions requises, l'art. 5 al. 3 aOACDI (<ref-law>) contient des règles procédurales permettant à l'AFC d'interpeller l'autorité requérante et de lui donner la possibilité de compléter sa demande par écrit (<ref-ruling> consid. 2.1.4 p. 168).
5.2. Le principe de la bonne foi consacré à l'art. 31 de la Convention de Vienne du 23 mai 1969 sur le droit des traités (RS 0.111) implique notamment qu'un Etat est présumé agir de bonne foi (cf. <ref-ruling> consid. 2.1.3 p. 167 s.). Cela signifie qu'il n'y a en principe pas lieu de remettre en cause la véracité de la présentation des faits et des explications fournies par un Etat (principe de la confiance). Dans le contexte de l'assistance administrative en matière fiscale, cela implique que l'Etat requis ne saurait en principe mettre en doute les allégations de l'Etat requérant. Ainsi, s'il ne fait pas obstacle au droit de l'Etat requis de vérifier que les renseignements demandés sont bien vraisemblablement pertinents pour servir le but fiscal recherché par la demande d'assistance, le principe de la confiance lui impose néanmoins de se fier en principe aux indications de l'Etat requérant (cf. <ref-ruling> consid. 2.1.3 p. 168; 218 consid. 3.3 p. 228). Si la Suisse conçoit des doutes sérieux à cet égard, le principe de la confiance ne fait en revanche pas obstacle à la possibilité de demander un éclaircissement sur ce point à l'Etat requérant (cf., en lien avec le principe de la subsidiarité, l'arrêt 2C_904/2015 du 8 décembre 2016 consid. 7.2; cf. aussi Commentaire OCDE du Modèle de Convention fiscale concernant le revenu et la fortune [ci-après: MC OCDE], n° 5 ad art. 26 MC OCDE). La présomption de bonne foi ne peut en tous les cas pas être renversée en l'absence d'éléments concrets et sur la base de simples suppositions de mauvaise foi. L'Etat requis qui adopterait une telle attitude de défiance méconnaîtrait la Convention de Vienne sur le droit des traités (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 172).
5.3. Selon le ch. XI par. 1 du Protocole additionnel, l'autorité compétente de l'Etat requérant formule ses demandes de renseignements après avoir utilisé les sources habituelles de renseignements prévues par sa procédure fiscale interne.
Le ch. XI par. 3 du Protocole additionnel contient la liste exhaustive des informations qui doivent figurer dans une demande d'assistance. Celle-ci ne prévoit pas que l'information selon laquelle l'Etat requérant a utilisé les sources habituelles de renseignements prévues par sa procédure fiscale interne doive y figurer. La question du respect du principe de la subsidiarité est étroitement liée au principe de la confiance, qui implique qu'à défaut d'élément concret, il n'y a pas de raison de remettre en cause la réalisation du principe de la subsidiarité lorsqu'un Etat forme une demande d'assistance administrative, en tous les cas lorsque celui-ci déclare avoir épuisé les sources habituelles de renseignements ou avoir procédé de manière conforme à la convention. Si la Suisse conçoit des doutes sérieux quant au respect du principe de la subsidiarité, le principe de la confiance ne fait en revanche pas obstacle à la possibilité de demander un éclaircissement sur ce point à l'Etat requérant (arrêt 2C_904/2015 précité consid. 7.2 et la référence).
5.4. En l'espèce, l'autorité requérante a indiqué avoir déposé les demandes d'assistance administrative litigieuses pour vérifier la réalité de transactions entre personnes proches impliquant des entités suisses et partant le bien-fondé de déductions y afférentes qu'avait fait valoir X._ France auprès du fisc français. L'autorité requérante a rendu globalement vraisemblable par là que l'assistance administrative lui était utile pour s'assurer de la réalité des prestations de services et du caractère légitime des déductions alléguées par X._ France. Dans un tel contexte, en l'absence d'éléments concrets que l'Etat requérante agirait de mauvaise foi, l'Etat requis doit se limiter à vérifier si tous les renseignements demandés à titre individuel sont vraisemblablement pertinents pour atteindre ce but (cf. sur ce point ci-après consid. 6).
5.5. En retenant que les demandes d'assistance étaient inutiles, parce que l'autorité fiscale française pourrait simplement refuser les déductions en cause en application de son droit interne, les juges précédents remettent en question les déclarations de l'autorité fiscale française sans indices concrets, sur la seule foi de leur propre interprétation du droit français. Pareil raisonnement n'est pas compatible avec le rôle qui échoit à l'Etat requis dans l'examen de la condition de la pertinence vraisemblable, limité à vérifier si les renseignements requis ont un rapport avec l'état de fait présenté par la demande (cf. supra consid. 5.2). Les juges précédents ont par ailleurs remis en cause à double titre la bonne foi de l'Etat requérant en l'absence d'élément concret permettant de le justifier. Ainsi, non seulement, ils ont contesté l'utilité des demandes d'assistance administrative alors même que l'autorité requérante a exposé en quoi elle avait besoin de l'assistance administrative, mais ils ont également avancé l'hypothèse selon laquelle le véritable objectif des demandes consisterait à obtenir en réalité des informations sur X._ Holding, X._ Suisse et leur administrateur (consid. 8 de l'arrêt attaqué). Les juges précédents ont adopté par là une posture de défiance vis-à-vis de l'Etat requérant, qui ne repose que sur des conjectures et des hypothèses non étayées et qui les a conduits à qualifier les demandes de pêches aux renseignements prohibées.
En lien avec le principe de la subsidiarité, l'affirmation de l'Etat requérant selon laquelle les demandes d'assistance ont été formées conformément aux termes de la convention suffit à présumer que ce principe a été respecté (cf. supra consid. 5.3), comme l'ont du reste aussi admis les juges précédents dans un premier temps (cf. consid. 3 p. 4 de l'arrêt). Aucun élément constaté n'est de nature à remettre en cause cette présomption. En particulier, les allégations des intimées sur ce point se fondent sur des faits non constatés dans l'arrêt attaqué et qui ne peuvent être pris en considération (cf. supra consid. 2).
Il n'est au surplus pas contesté que les demandes d'assistance litigieuses contiennent toutes les indications requises au ch. XI par. 3 du Protocole additionnel.
5.6. Dans ces circonstances, en considérant que les deux demandes devaient être entièrement rejetées pour défaut de pertinence, parce que le principe de la subsidiarité n'avait pas été respecté et qu'il y avait pêche aux renseignement prohibée sur la base d'hypothèses, le Tribunal administratif fédéral a contrevenu au principe de la bonne foi et procédé à une mauvaise application de l'art. 28 par. 1 CDI CH-FR.
5.7. Dès lors que les faits retenus dans l'arrêt attaqué, de même que le dossier du reste (cf. <ref-law>), ne révèlent aucun élément objectif permettant de douter de la bonne foi de la France, le point de savoir si, comme le soutient la recourante, il n'aurait pas fallu au préalable demander des précisions à la France, en application de l'art. 5 al. 4 OACDI (actuellement <ref-law>) au lieu de refuser purement et simplement d'entrer en matière, ce qui constitue une ultima ratio, n'a pas à être tranchée.
6.
Reste à déterminer si c'est à juste titre que l'Administration fédérale a donné suite aux demandes d'assistance administrative litigieuses. Cet examen suppose d'abord de vérifier que les renseignements requis remplissent à titre individuel les conditions de la pertinence vraisemblable, étant rappelé que les juges précédents n'ont pas examiné la problématique sous cet angle, puisqu'ils ont considéré que les demandes devaient être entièrement rejetées.
6.1. Contrairement à ce que soutiennent les intimées, il n'y a pas lieu de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour qu'il examine ce point. En effet, comme en matière d'entraide pénale internationale, le domaine de l'assistance administrative en matière fiscale n'impose pas de double degré de juridiction (arrêt 2C_527/2015 précité consid. 5.4). Partant, le fait que la question juridique du respect de la condition de la pertinence vraisemblable des renseignements requis n'ait pas été traitée par le Tribunal administratif fédéral n'implique pas de facto qu'il faille opérer un renvoi à cette instance avant que la Cour de céans ne puisse en connaître. Il faut toutefois que les faits constatés dans l'arrêt attaqué soient suffisants (cf. arrêt 2C_289/2015 précité consid. 4.2 non publié in <ref-ruling>, mais in RF 71/2016 p. 710 et RDAF 2016 II 393), étant précisé que le Tribunal fédéral peut compléter les faits constatés (cf. <ref-law>) lorsque ceux-ci ressortent à l'évidence du dossier (arrêt 2C_527/2015 précité consid. 5.5; cf. aussi <ref-ruling> consid. 2.4 p. 11; B ERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 62 ad <ref-law>). En l'occurrence, l'arrêt attaqué ne reproduit pas le contenu des demandes d'assistance formées par la France ni de la décision de l'Administration fédérale accordant l'assistance. Comme ces pièces figurent au dossier, elles peuvent être utilisées pour compléter les faits de la cause (cf. supra consid. A et B). Afin de respecter le droit d'être entendu des intimées, la Cour de céans examinera toutefois les arguments que celles-ci ont avancés devant le Tribunal administratif fédéral en lien avec cette condition.
6.2. En l'espèce, l'autorité requérante a d'abord demandé si X._ Holding et X._ Suisse étaient connues des autorités fiscales suisses. Elle a requis des informations sur les activités respectives de ces entités, leurs moyens matériels et humains, leurs états financiers pour les années 2010 et 2011, ainsi que sur l'identité de leur associé gérant.
Ces renseignements sont propres à contribuer à vérifier que les entités suisses ont une existence économique réelle, que les transactions à examiner ont bien eu lieu et qu'elles ont été conclues dans des conditions conformes au marché quand bien même elles sont intervenues entre proches (cf. ci-dessus consid. 5.2). Il faut donc admettre qu'ils présentent un lien vraisemblable avec l'objectif de l'assistance administrative en l'espèce, consistant à vérifier la réalité des prestations que X._ Holding et X._ Suisse auraient fournies à X._ France et partant le bien-fondé des déductions alléguées à ce titre en France par cette dernière. C'est donc à bon droit que l'Administration fédérale a décidé de les communiquer.
S'agissant de X._ Holding, l'Administration fédérale a décidé de transmettre les comptes déterminants pour l'imposition en Suisse pour les périodes fiscales 2010 et 2011, à savoir les comptes de l'exercice allant du 1er janvier 2010 au 31 mars 2011 et ceux de l'exercice couvrant la période du 1er avril 2011 au 31 mars 2012. Les intimées soutiennent que seuls les comptes clôturés au 31 mars 2011, couvrant la période du 1er janvier 2010 au 31 mars 2011, pourraient être transmis à l'autorité requérante en cas d'admission du recours de l'Administration fédérale.
Conformément au ch. XI par. 3 let. b du Protocole additionnel, l'autorité requérante a indiqué que les périodes visées par la demande d'assistance étaient les années 2010 et 2011. Elle a de ce fait demandé copie des bilans et comptes de résultat de X._ Holding "au titre des années 2010 et 2011". Dès lors, et contrairement à ce que soutiennent les intimées, la transmission des seuls comptes clôturés au 31 mars 2011 de X._ Holding n'est pas suffisante pour répondre à la demande d'assistance administrative, car ils ne couvrent pas la période courant du 1er avril 2011 au 31 décembre 2011. C'est donc à bon droit que la recourante a décidé de transmettre les comptes déterminants pour l'imposition en Suisse pour les périodes fiscales 2010 et 2011, à savoir les comptes de l'exercice allant du 1er janvier 2010 au 31 mars 2011 et ceux de l'exercice couvrant la période du 1er avril 2011 au 31 mars 2012. Le fait que les comptes déterminants pour l'imposition de la période fiscale 2011 en Suisse soient clos au 31 mars 2012 est une conséquence du choix de X._ Holding. Ce choix ne saurait justifier un refus de remettre les comptes de l'exercice commercial correspondant à la période fiscale 2011, car cela reviendrait à refuser l'assistance sur un renseignement demandé par l'autorité requérante. Contrairement à ce que soutiennent les intimées, il ne s'agit partant pas d'une transmission automatique de renseignements (cf. ci-après consid. 6.3).
6.3. L'Administration fédérale entend également transmettre une copie des statuts de X._ Holding et de X._ Suisse, ainsi que leur date d'inscription au registre du commerce. Or, ces renseignements n'ont pas été requis. Il faut donc vérifier s'ils peuvent néanmoins être transmis.
6.3.1. L'échange de renseignements fondé sur l'art. 26 par. 1 MC OCDE, sur lequel l'art. 28 par. 1 CDI CH-FR est calqué, peut intervenir sur demande, automatiquement ou spontanément, ces trois formes pouvant être combinées (cf. Commentaire OCDE, n° 9 ad art. 26 MC OCDE). L'échange spontané de renseignements consiste à transmettre à un Etat des renseignements vraisemblablement pertinents, mais qui n'ont pas été demandés (XAVIER OBERSON, International exchange of informations in tax matters, 2015, 27 s.; Commentaire OCDE, n° 9 let. c ad art. 26 MC OCDE). Dans le contexte franco-suisse, il ressort du ch. XI par. 1 du Protocole additionnel que l'échange de renseignements a lieu sur demande ("l'autorité compétente formule ses demandes..."). Cela correspond à la position traditionnelle de la Suisse en la matière (MARIE BONVIN, L'échange de renseignements suivant les nouvelles Conventions franco-suisse et américano-suisse: le changement que ces Conventions représentent du point de vue suisse, in Not@lex 4/2010, p. 130).
Cela étant, il est vrai que le ch. XI par. 6 du Protocole additionnel prévoit aussi que les Etats contractants ne sont "pas tenus" de procéder à un échange de renseignements spontané ou automatique. L'expression "pas tenus" signifie qu'un Etat contractant n'est pas obligé d'échanger spontanément ou automatiquement des renseignements. Le Protocole additionnel n'exclut donc pas qu'un Etat contractant procède à un échange de renseignements automatique ou spontané, dans le cadre de l'application de l'art. 28 CDI CH-FR (cf. le Message complémentaire au message du 6 mars 2009 concernant l'approbation du nouvel avenant à la convention contre les doubles impositions avec la France du 27 novembre 2009, in FF 2010 1417). Une telle démarche ne peut toutefois être laissée à la discrétion de l'Administration fédérale et doit reposer sur une base légale en droit interne (cf. aussi Message précité eo loco). Or en l'occurrence, l'art. 1 al. 3 aOACDI prévoit expressément que l'assistance administrative d'après les conventions est accordée uniquement sur demande (cf. aussi l'<ref-law> et <ref-ruling> consid. 3.2 p. 440). Partant, l'Administration fédérale ne peut pas transmettre spontanément des informations qui n'ont pas été requises, quand bien même elle jugerait qu'elles remplissent la condition de la pertinence vraisemblable, et indépendamment du point de savoir si ces informations sont par ailleurs aisément accessibles à l'Etat requérant (comme exemple les informations figurant au registre du commerce, disponibles sur internet).
6.3.2. Il s'ensuit que l'Administration fédérale ne pouvait spontanément communiquer à l'autorité requérante une copie des statuts de X._ Holding et de X._ Suisse, ni leur date d'inscription au registre du commerce.
6.4. L'Administration fédérale a également décidé de transmettre les renseignements requis concernant le type d'assujettissement de X._ Holding et de X._ Suisse, les taux d'impôt qui leur ont été appliqués et les montants d'impôts dus pour les périodes fiscales 2010 et 2011.
Selon les demandes d'assistance litigieuses, ces informations font partie des renseignements devant permettre une correcte imposition de X._ France au titre de l'impôt sur les sociétés 2010 et 2011. Dans sa décision finale du 14 octobre 2014, l'Administration fédérale a retenu que ces renseignements étaient pertinents pour permettre à l'administration française d'appliquer sa législation interne. Il n'y a pas de motif sérieux, et les intimées n'en ont du reste jamais fait valoir, qui permette de remettre en cause les déclarations de la France sur ce point (cf. supra consid. 5.2). Au surplus, l'Administration fédérale a déjà démontré, dans une situation comparable tranchée par la Cour de céans dans un arrêt (arrêt 2C_411/2016 du 13 février 2017 consid. 4.4), que ces renseignements étaient pertinents pour l'application de la législation fiscale interne française. Ces renseignements doivent donc aussi être transmis.
7.
Il faut encore vérifier que la transmission des informations qui remplissent la condition de la pertinence vraisemblable est compatible avec la réserve du droit interne prévue à l'art. 28 par. 3 let. b CDI CH-FR, qui prévoit que les dispositions du par. 1 ne peuvent en aucun cas être interprétées comme imposant à un Etat contractant l'obligation: (...) b) de fournir des renseignements qui ne pourraient être obtenus sur la base de sa législation ou dans le cadre de sa pratique administrative normale ou de celles de l'autre Etat contractant.
7.1. Sont considérés comme renseignements pouvant être obtenus selon le droit et la pratique internes ceux dont disposent les autorités fiscales ou que celles-ci peuvent obtenir par application de la procédure normale d'établissement de l'impôt en vertu de la LIFD (<ref-ruling> consid. 4 p. p. 75 s.; arrêt 2C_690/2015 précité consid. 4.2).
7.2. S'agissant des informations fournies par l'Administration cantonale genevoise, la matière est régie à l'<ref-law>.
7.3. Selon l'<ref-law>, les autorités chargées de l'application de la présente loi se prêtent mutuelle assistance dans l'accomplissement de leur tâche; elles communiquent gratuitement aux autorités fiscales de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes toute information utile (...).
La notion d'information utile s'entend de manière large, étant donné la collaboration étroite entre autorités fiscales voulue par le législateur (cf. MARTIN ZWEIFEL, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/2B, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), Art. 83-222, 2e éd. 2008, n° 4 ad art. 111 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd. 2016, n° 4 ad art. 111 DBG). Dans le contexte de l'assistance administrative internationale, il faut admettre que les informations remplissant la condition de la pertinence vraisemblable au sens de l'art. 28 par. 1 CDI CH-FR constituent des informations "utiles" au sens de l'<ref-law>, de sorte que l'autorité fiscale cantonale doit les transmettre à l'Administration fédérale, comme l'a fait l'Administration fiscale cantonale genevoise en l'espèce (arrêt 2C_904/2015 du 8 décembre 2016 consid. 7.1).
7.4. S'agissant des informations transmises par X._ Holding et X._ Suisse, la matière est réglée à l'<ref-law>. Selon la jurisprudence, l'obligation générale de collaborer du contribuable prévue à l'<ref-law> s'étend en effet aux renseignements demandés en vue d'imposer une autre personne, pour autant que cela puisse présenter de l'importance pour sa propre taxation. Tel est notamment le cas en matière de distribution dissimulée de bénéfice ou de soupçon de Durchgriff (<ref-ruling> consid. 5.1.2 à 5.1.4 p. 76 s.; arrêt 2C_690/2015 précité consid. 4.2).
En l'espèce, les demandes décrivent une situation qui est potentiellement constitutive, selon la terminologie du droit interne suisse, d'une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de X._ Holding et de X._ Suisse. En pareilles circonstances, le devoir de collaboration de ces entités serait donc régi, en droit interne suisse, par l'<ref-law>. Ces entités seraient donc tenues à un devoir de collaboration générale, afin de permettre à l'autorité fiscale de déterminer si une transaction entre personnes proches a constitué une distribution dissimulée de bénéfice.
7.5. Il s'ensuit que l'Administration fédérale pouvait obtenir les renseignements vraisemblablement pertinents de l'administration cantonale genevoise, de X._ Holding et de X._ Suisse en application du droit interne suisse, de sorte que l'art. 28 par. 3 let. b CDI CH-FR ne fait pas obstacle à leur transmission.
8.
Le Tribunal administratif fédéral a soulevé la question d'une notification irrégulière de la décision du 14 octobre 2014 à X._ France, mais l'a laissée ouverte, dès lors qu'il admettait le recours. A juste titre, les intimées relèvent que, si l'issue de la procédure devant la Cour de céans devait être différente, cette question ne pourrait être laissée ouverte. Contrairement à ce qu'elles soutiennent, il n'est toutefois pas nécessaire de retourner la cause aux juges précédents sur ce point (cf. supra consid. 6.1).
8.1. Au préalable, il convient de relever que le fait que les intimées ne se soient elles-mêmes pas plaintes d'une notification irrégulière à X._ France devant l'instance précédente n'est en soi pas un empêchement à ce qu'elles soulèvent ce grief devant le Tribunal fédéral. En effet, de nouveaux griefs de nature juridique devant le Tribunal fédéral sont admissibles, également s'ils sont de nature constitutionnelle, dans la mesure où, à l'instar du Tribunal administratif fédéral, l'autorité précédente disposait d'un plein pouvoir d'examen et devait appliquer le droit d'office, sous réserve cependant des situations relevant de la mauvaise foi (<ref-ruling> consid. 4.4.6 p. 158 s.).
8.2. Selon la jurisprudence, la personne à qui un acte n'a pas été notifié doit s'en prévaloir en temps utile dès lors que, d'une manière ou d'une autre, elle est au courant de la situation. Attendre passivement est contraire au principe de la bonne foi (arrêts 8C_130/2014 du 22 janvier 2015, in SJ 2015 I 293; 9C_202/2014 du 11 juillet 2014 consid. 4.2; 8C_188/2007 du 4 mars 2008 consid. 4.1.2 et la référence; cf. aussi <ref-ruling> consid. 3 a) aa) p. 99).
8.3. En l'occurrence, X._ France est administrée par la même personne que X._ Holding et X._ Suisse. Il ressort par ailleurs des comptes de X._ Holding que celle-ci détient X._ France. Dans ces circonstances, quand bien même X._ France ne se serait pas vu notifier la décision finale du 14 octobre 2014 (ce qui n'est pas expressément constaté dans l'arrêt attaqué), il faut néanmoins admettre qu'elle a été, d'une manière ou d'une autre, au courant de la procédure d'assistance administrative du fait de ses liens avec les deux autres intimées.
Comme il l'a déjà été indiqué, devant le Tribunal administratif fédéral, les deux sociétés suisses qui ont recouru n'ont pas soulevé la problématique de la notification à X._ France, pas plus que cette dernière, lorsqu'elle est intervenue à la procédure devant l'instance précédente. C'est d'office que le Tribunal administratif fédéral s'est interrogé sur cette question et qu'il l'a laissée ouverte. Dans ces circonstances, il convient d'admettre, conformément à la jurisprudence en matière de notification, que les intimées et en particulier X._ France ne se sont pas prévalu en temps utile d'un défaut de notification, de sorte qu'elles ne peuvent, sous l'angle de la bonne foi, remettre en cause cette notification dans le cadre de leur recours devant le Tribunal fédéral.
9.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué sera annulé et la cause renvoyée à l'Administration fédérale. Celle-ci pourra transmettre à l'autorité requérante tous les renseignements requis, mais ne pourra pas communiquer les statuts de X._ Holding et de X._ Suisse ni leur date d'inscription au registre du commerce (cf. consid. 6.3).
10.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais sont partiellement mis à la charge des intimées, solidairement entre elles (art. 66 al. 1 et 5 LTF), dans la mesure où elles succombent. Celles-ci ont droit à des dépens partiels à la charge de la Confédération, co mpte tenu du fait qu'elles ont eu partiellement gain de cause (<ref-law>). L'Administration fédérale n'a pas droit à des dépens (<ref-law>) et n'a pas à supporter de frais, son intérêt pécuniaire n'étant pas en jeu (<ref-law>).
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral, afin qu'il fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant lui, la Cour de céans renonçant à faire usage de la possibilité offerte par les art. 67 et 68 al. 5 LTF.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt du 25 septembre 2015 du Tribunal administratif fédéral est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration fédérale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires partiels, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des intimées solidairement entre elles.
3.
Une indemnité de dépens partiels, arrêtée à 1'500 fr., est allouée aux intimées, à la charge de la Confédération.
4.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire des intimées et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 13 février 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens