Fatti:
A.
Con decreto d'accusa del 2 novembre 2015 il Procuratore pubblico (PP) ha riconosciuto A._ autore colpevole di abuso della licenza e delle targhe, per avere a X._, il 12 agosto 2015, detenuto e alterato delle targhe di controllo, applicandole abusivamente alla propria autovettura. Ne ha proposto la condanna alla pena pecuniaria di 30 aliquote giornaliere di fr. 80.-- ciascuna, per complessivi fr. 2'400.--, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di tre anni, alla multa di fr. 300.-- e al pagamento degli oneri processuali.
B.
Il decreto d'accusa è stato spedito il 2 novembre 2015 per invio postale raccomandato all'imputato, che non lo ha tuttavia ritirato entro il periodo di giacenza presso l'ufficio postale, scadente il 10 novembre 2015. L'invio è quindi ritornato al Ministero pubblico che, il 13 novembre 2015, ha trasmesso all'imputato mediante posta semplice una copia per conoscenza del decreto d'accusa. A._ ha presentato un'opposizione il 23 novembre 2015, sicché gli atti sono stati trasmessi dal Ministero pubblico alla Pretura penale per il dibattimento.
C.
Dopo avere concesso all'imputato la possibilità di esprimersi sulla tempestività dell'opposizione, con decreto del 27 gennaio 2016 il Presidente della Pretura penale l'ha dichiarata irricevibile, siccome tardiva.
D.
Contro la decisione pretorile, A._ ha adito la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che con sentenza del 16 marzo 2016 ha respinto il reclamo. La Corte cantonale ha ritenuto conforme al diritto la decisione di primo grado, confermandola.
E.
A._ impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di riformarlo nel senso di annullare la decisione pretorile, di dichiarare tempestiva l'opposizione al decreto di accusa e di indire il dibattimento. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, in particolare dell'<ref-law>.
F.
La Corte dei reclami penali e il Presidente della Pretura penale si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre il PP postula la reiezione del ricorso.

Diritto:
1.
Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (<ref-law>), resa in materia penale (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>), il ricorso in materia penale, tempestivo (<ref-law>), è ammissibile.
2.
2.1. Il ricorrente contesta la finzione della notificazione ritenuta dalla Corte cantonale. Sostiene di non avere mai ricevuto l'invio raccomandato del 2 novembre 2015, addebitando al riguardo un errore alla Posta svizzera. Rileva che il decreto d'accusa è stato rettamente intimato dal Ministero pubblico al suo domicilio di X._, ma dal tracciamento degli invii della posta risulta essere stato recapitato a Y._, ove non avrebbe potuto attendersi una notifica.
2.2. La Corte cantonale ha fondato il proprio giudizio sulla finzione della notificazione secondo l'<ref-law>. Ha accertato, sulla base del tracciamento degli invii della posta, che il decreto di accusa del 2 novembre 2015 è stato spedito lo stesso giorno per invio postale raccomandato al ricorrente. Questi è stato avvisato il giorno successivo (3 novembre 2015) dell'invio da ritirare e del periodo di giacenza fino al 10 novembre 2015. Poiché la raccomandata non è stata ritirata, l'ufficio postale l'ha rinviata l'11 novembre 2015 al Ministero pubblico, dove è giunta il 13 novembre 2015. Il medesimo giorno, lo stesso ha trasmesso al ricorrente, per posta semplice, una copia per conoscenza del decreto d'accusa. A._ vi si è opposto il 23 novembre 2015.
La Corte cantonale ha considerato che l'invio doveva essere considerato notificato al ricorrente il 10 novembre 2015, in applicazione dell'<ref-law>. Ha di conseguenza concluso che il termine di dieci giorni per opporsi al decreto di accusa (cfr. <ref-law>) era scaduto il 20 novembre 2015, sicché l'opposizione presentata dal ricorrente il 23 novembre 2015 era tardiva. Ha altresì precisato che il secondo invio, per posta semplice, era irrilevante sotto il profilo della decorrenza del termine d'impugnazione. La precedente istanza ha infine ritenuto ch'egli non aveva portato elementi che potevano rendere verosimili errori da parte della posta, non avendo peraltro nemmeno contestato la ricezione dell'avviso di ritiro della raccomandata.
2.3. Giusta l'<ref-law>, i termini la cui decorrenza dipende da una notificazione o dal verificarsi di un evento decorrono dal giorno successivo. Secondo l'<ref-law> la notificazione è fatta mediante invio postale raccomandato o in altro modo contro ricevuta, segnatamente per il tramite della polizia. L'<ref-law> prevede che la notificazione è considerata avvenuta, in caso di invio postale raccomandato non ritirato, il settimo giorno dal tentativo di consegna infruttuoso, sempre che il destinatario dovesse aspettarsi la notificazione. Questa disposizione riprende i principi sviluppati dalla giurisprudenza prima dell'entrata in vigore del codice di diritto processuale penale svizzero, il 1° gennaio 2011 (<ref-ruling> consid. 1.1).
L'esistenza di una procedura in corso impone alle parti di comportarsi conformemente al principio della buona fede, in particolare facendo in modo che possano essere notificate loro le decisioni relative alla procedura. Questo dovere procedurale nasce con l'apertura del procedimento e vale per tutta la sua durata (sentenza 6B_314/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 1.3.1, <ref-ruling> consid. 1.2.3). A ragione il ricorrente non lo contesta, riconoscendo in sostanza che doveva aspettarsi una comunicazione da parte dell'autorità al proprio domicilio di X._, ma non a Y._, dove la posta avrebbe "girato" l'invio.
2.4. Per gli invii postali raccomandati vale la presunzione, confutabile, secondo cui l'impiegato della posta ha correttamente inserito l'avviso di ritiro nella bucalettere o nella casella postale del destinatario e che la data di tale consegna è stata registrata correttamente. Questa presunzione comporta un'inversione dell'onere della prova a sfavore del destinatario, il quale è tenuto a dimostrare l'assenza dell'avviso nella sua bucalettere, o casella postale, alla data indicata dal postino. Trattandosi di un fatto negativo, non è richiesta la prova stretta, ma è sufficiente che il destinatario provi con una verosimiglianza preponderante che degli errori si siano verificati nella notificazione (cfr. sentenze 6B_175/2016 del 2 maggio 2016 consid. 2.3 destinata a pubblicazione; 6B_463/2014 del 18 settembre 2014 consid. 2.2, 6B_1175/2013 del 18 settembre 2014 consid. 1.3 e rispettivi rinvii).
2.5. Nel giudizio impugnato, la Corte cantonale ha ritenuto una mera affermazione di parte, non minimamente sostanziata, la tesi del ricorrente secondo cui vi sarebbero stati disguidi postali imputabili alla centrale di distribuzione per il territorio di X._. Ha inoltre rilevato ch'egli non aveva mai contestato di avere ricevuto il 3 novembre 2015 l'avviso di ritiro della raccomandata nella casella. Tuttavia, il ricorrente non ha ammesso di avere trovato tale avviso nella sua casella o bucalettere e, d'altra parte, insistendo sul fatto di avere ricevuto il decreto di accusa soltanto il 14 novembre 2015, egli ha perlomeno implicitamente negato di avere avuto conoscenza del precedente invio.
Dinanzi alla CRP, il ricorrente ha poi sostenuto che l'Ufficio postale di X._ sarebbe stato chiuso (senza invero precisarne la data), che i servizi postali sarebbero stati dapprima svolti provvisoriamente dall'Ufficio postale di Z._ e in seguito trasferiti presso una farmacia situata in un centro commerciale di X._. Ha addotto che tali cambiamenti avrebbero già comportato disfunzioni nel servizio di distribuzione: produce al riguardo una lettera di reclamazione da lui inviata alla posta il 26 ottobre 2015, ossia nel periodo immediatamente precedente l'invio qui in discussione. Il giudizio impugnato non contiene minimamente accertamenti e considerazioni su questi aspetti. D'altra parte, risulta che l'invio raccomandato, indirizzato dal Ministero pubblico al domicilio del ricorrente, è stato rispedito dalla posta ad una casella postale di Y._. I motivi di questa diversa destinazione non sono chiari, né sono stati chiariti dai giudici cantonali, non essendo in particolare stato accertato se il ricorrente sia titolare della casella postale, se egli abbia impartito un eventuale ordine di rispedizione oppure se il recapito in quel luogo sia riconducibile ad uno sbaglio della posta. Allo stadio attuale, in mancanza di chiarimenti su questi aspetti, non è quindi possibile escludere che si siano verosimilmente verificati degli errori da parte del servizio di distribuzione postale al momento della notificazione. Gli atti devono quindi essere ritornati alla Corte cantonale, perché esegua ulteriori accertamenti e si pronunci in seguito nuovamente sulla tempestività dell'opposizione.
3.
Ne segue che il ricorso deve essere accolto e la sentenza impugnata annullata. La causa è pertanto rinviata alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. Non si prelevano spese giudiziarie a carico dello Stato del Cantone Ticino (<ref-law>), che è tenuto a versare al ricorrente un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la sentenza emanata il 16 marzo 2016 dalla Corte dei reclami penali è annullata. La causa le è rinviata per una nuova decisione.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico, alla Pretura penale e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.