Sachverhalt:
A.
Am 30. April 2013 entschied Bezirksrichter Felix Ziltener als Einzelrichter am Bezirksgericht Zürich über die Kollokation einer Forderung der Masse en faillite ancillaire de Sabena SA (Beschwerdeführerin) gegen die Nachlassmasse der SAirGroup AG in Nachlassliquidation. Mit Beschluss vom 23. Oktober 2014 hob das Obergericht des Kantons Zürich den Entscheid auf und wies die Sache zur Ergänzung des Verfahrens und zu neuer Entscheidung an das Bezirksgericht zurück.
B.
Am 6. November 2014 stellte die Beschwerdeführerin verschiedene Anträge beim Bezirksgericht Zürich. Mit Antrag 1 verlangte sie, "das vorliegende, [...] zurückgewiesene Verfahren sei nicht von Bezirksrichter Felix Ziltener weiter zu führen, sondern von einem anderen Bezirksrichter zu übernehmen." Die Beschwerdeführerin beantragte ausserdem, dass der Antrag 1 auf Ersetzung von Bezirksrichter Ziltener dem Präsidium des Bezirksgerichts Zürich zu unterbreiten sei, sofern das zuständige Einzelgericht des Bezirksgerichts nicht von sich aus bereit sei, einen anderen Einzelrichter einzusetzen.
Am 28. Januar 2015 überwies Bezirksrichter Ziltener das Begehren samt gewissenhafter Erklärung, nicht befangen zu sein, an das Präsidium des Bezirksgerichts Zürich, das darauf am 3. Februar 2015 mangels Zuständigkeit nicht eintrat. Von einer Überweisung des Begehrens an die Verwaltungskommission des Obergerichts sah es ab.
Am 17. Februar 2015 ersuchte die Beschwerdeführerin das Präsidium des Bezirksgerichts darum, Antrag 1 in ihrer Eingabe vom 6. November 2014 als Ausstandsbegehren gegen Bezirksrichter Ziltener an die Verwaltungskommission des Obergerichts weiterzuleiten. Das Bezirksgericht tat dies am 20. Februar 2015.
C.
Nachdem die Verwaltungskommission Stellungnahmen der Beteiligten eingeholt hatte, wies sie das Ausstandsbegehren mit Beschluss vom 21. November 2015 ab.
D.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin am 4. Dezember 2015 Beschwerde an die Rekurskommission des Obergerichts. Sie verlangte die Aufhebung des angefochtenen Beschlusses und die Gutheissung des Ablehnungsbegehrens. Bezirksrichter Ziltener sei anzuweisen, in den Ausstand zu treten und sich künftig jeglicher Amtshandlung zu enthalten. Zudem sei Bezirksrichter Ziltener bereits während der Dauer des vorliegenden Verfahrens anzuweisen, keine Amtshandlungen vorzunehmen.
Mit Urteil vom 20. Januar 2016 wies die Rekurskommission die Beschwerde ab und mit damit verbundenem Beschluss schrieb es das Gesuch um Anweisung an Bezirksrichter Ziltener ab, während der Dauer des vorliegenden Verfahrens keine Amtshandlungen vorzunehmen.
E.
Am 24. Februar 2016 hat die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil der Rekurskommission sei aufzuheben. Das Sachurteil, das Bezirksrichter Ziltener während hängigem Ausstandsverfahren am 19. Januar 2016 gefällt habe, sei aufzuheben. Gegebenenfalls sei das Kollokationsverfahren zur Fortsetzung an das Bezirksgericht Zürich zurückzuweisen.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist binnen Frist (<ref-law>) ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid über den Ausstand einer Gerichtsperson (<ref-law>). Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg demjenigen der Hauptsache (<ref-ruling> E. 1.1 S. 382). In der Hauptsache geht es um die Kollokation von privatrechtlichen Ansprüchen der Beschwerdeführerin, was der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 547). Die Angelegenheit ist vermögensrechtlicher Natur, wobei der massgebliche Streitwert erreicht ist (<ref-law>). Die Rekurskommission des Obergerichts hat kantonal letztinstanzlich und auf Rechtsmittel hin entschieden (<ref-law>). <ref-law> schliesst nicht aus, dass das kantonale Rechtsmittel - wie vorliegend - von einer Einheit des oberen kantonalen Gerichts an eine andere Einheit dieses Gerichts führt (Urteil 5A_448/2012 vom 17. Januar 2013 E. 1 mit Hinweis; vgl. ferner Urteil 5A_194/2014 vom 21. Mai 2014 E. 2.2). Die Beschwerde in Zivilsachen ist insoweit grundsätzlich zulässig.
1.2. Der Antrag auf Aufhebung des Sachurteils vom 19. Januar 2016 ist neu, ebenso die Tatsache, dass Bezirksrichter Ziltener an diesem Datum in der Sache geurteilt hat. Die Berufung auf das Urteil vom 19. Januar 2016 ist unzulässig, soweit die Beschwerdeführerin aus ihm neue Ablehnungsgründe gegen Bezirksrichter Ziltener ableitet (<ref-law>). Soweit das Urteil jedoch für die Zulässigkeit der Beschwerde relevant ist, ist es zu beachten (vgl. <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129; Urteil 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.2.2). Auf das Interesse der Beschwerdeführerin an der Beschwerdeführung (<ref-law>) hat die Tatsache, dass das Sachurteil ergangen ist, keinen Einfluss. Da Bezirksrichter Ziltener aufgrund des Abschlusses des erstinstanzlichen Verfahrens mit diesem nicht mehr befasst ist, liegt das Interesse zwar nicht länger darin, ihn von der weiteren Verfahrensführung abzuhalten, sondern neu darin, kein Urteil eines - angeblich - befangenen Richters akzeptieren zu müssen und ihn gegebenenfalls von einer weiteren Fallbearbeitung nach Aufhebung dieses Urteils auszuschliessen. Dabei kann es nicht genügen, die Beschwerdeführerin auf die Anfechtung des inzwischen ergangenen erstinstanzlichen Urteils zu verweisen. Es bestünde so die Gefahr, dass das Bundesgericht die vorliegend geltend gemachten Ausstandsgründe nie überprüfen könnte. Einerseits könnten sie dem Bundesgericht nicht mit dem Endentscheid in der Sache vorgetragen werden, wenn das Obergericht diese Gründe im Rahmen seiner allfälligen Überprüfung des erstinstanzlichen Entscheids nicht erneut aufgreifen würde, da es sie bereits im Rahmen eines Zwischenentscheides behandelt hat. Andererseits ist dieser Zwischenentscheid mit der Hauptsache vor Bundesgericht nicht mehr anfechtbar (<ref-law>). Es kommt hinzu, dass die Rekurskommission die Fällung des erstinstanzlichen Entscheids überhaupt erst ermöglicht hat, indem sie den Antrag der Beschwerdeführerin auf vorsorgliche Massnahmen nicht behandelt hat. Der Antrag der Beschwerdeführerin ist vor diesem Hintergrund demnach so zu interpretieren, dass sie nach wie vor den Ausstand von Bezirksrichter Ziltener verlangt. Der Antrag auf Aufhebung des Sachurteils stellt keine unzulässige Erweiterung oder Abänderung des Streitgegenstands dar (<ref-law>; BERNARD CORBOZ, in: Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, N. 30 zu <ref-law>), sondern spiegelt bloss wieder, dass bei einer Gutheissung der Beschwerde, d.h. bei Vorliegen von Ausstandsgründen gegen Bezirksrichter Ziltener, aufgrund der Entwicklung des Verfahrens die Sache nicht mehr bloss zur weiteren Behandlung in anderer Besetzung an das Bezirksgericht zurückgewiesen werden könnte, sondern zusätzlich das Sachurteil vom 19. Januar 2016 aufgehoben werden müsste, damit das Verfahren erstinstanzlich weitergeführt werden kann. Die Beschwerdeanträge sind deshalb zulässig.
2.
2.1. Die Rekurskommission hat das Ausstandsbegehren als verspätet erachtet. Der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin habe mit Kenntnisnahme des Rückweisungsentscheids des Obergerichts vom 23. Oktober 2014 klar sein müssen, dass Bezirksrichter Ziltener voraussichtlich auch das Verfahren nach der Rückweisung leiten werde. Dies habe die Beschwerdeführerin selber eingeräumt und deshalb auch das Gesuch vom 6. November 2014 an das Bezirksgericht verfasst. Die Zuteilung an einen anderen Richter wäre zwar möglich gewesen. In der publizierten Besetzung und Geschäftsverteilung des Bezirksgerichts Zürich sei aber für SchKG-Klagen nur Bezirksrichter Ziltener als ordentlicher Richter genannt. Zudem sei es feste Praxis, dass nach einer Rückweisung die Besetzung oder das Gerichtsmitglied den Fall weiterführt, das den angefochtenen Entscheid getroffen habe. Vorliegend sei das Verfahren seit 2006 hängig, komplex und von grosser Tragweite mit umfangreichen Akten, so dass der Sach- und Dossierkenntnis besondere Bedeutung zukomme. Habe die Beschwerdeführerin demnach damit rechnen müssen, dass Bezirksrichter Ziltener das Verfahren weiterführe, sei sie verpflichtet gewesen, das Ablehnungsgesuch unverzüglich nach Kenntnisnahme des obergerichtlichen Entscheids vom 23. Oktober 2014 zu stellen, da sich die behaupteten, vorbestehenden Ablehnungsgründe nach ihrer eigenen Darstellung mit dem Rückweisungsbeschluss aktualisiert hätten.
Die Beschwerdeführerin habe mit ihrer Eingabe vom 6. November 2014 an das Bezirksgericht nun aber kein Ablehnungsgesuch gestellt. Auch in der Beschwerde vom 4. Dezember 2015 wiederhole die Beschwerdeführerin, dass sie selbst den fraglichen Antrag vom 6. November 2014 formell nicht als Ausstandsbegehren verstanden wissen wollte. Dahingehende Ausführungen habe sie schon am 17. Februar 2015 gemacht. Vielmehr habe die Beschwerdeführerin - nach ihren eigenen Angaben - am 6. November 2014 einzig um präsidiales Einschreiten bei der Zuteilung des Verfahrens nach Rückweisung durch das Obergericht ersucht. Weiter habe die Beschwerdeführerin ausdrücklich und fett hervorgehoben um Beurteilung des fraglichen Antrags durch das Präsidium des Bezirksgerichts Zürich ersucht, sofern das Einzelgericht nicht von sich aus einen anderen Richter einsetze. Dabei sei der Beschwerdeführerin aufgrund der eindeutigen gesetzlichen Regelung und ihrer Prozesserfahrung klar gewesen, dass für strittige Ausstandsbegehren die Verwaltungskommission zuständig sei. Dadurch habe sie deutlich gemacht, dass es ihr nicht um ein eigentliches Ablehnungsbegehren, sondern um eine direkte Einflussnahme ihrerseits auf die Besetzung des Spruchkörpers gegangen sei. Es habe somit auch kein Anlass bestanden, entgegen dem klar geäusserten Willen der Beschwerdeführerin die Sache an die zuständige Behörde zu überweisen. Erst in der Eingabe vom 17. Februar 2015 an das Bezirksgerichtspräsidium habe sie um Behandlung des Antrags 1 vom 6. November 2014 als Ablehnungsbegehren ersucht. Behaupte die Beschwerdeführerin im Nachhinein, dass ihre Eingabe vom 6. November 2014 einen Ablehnungsantrag enthalte, so setze sie sich in treuwidrigen Widerspruch zu ihren eigenen Ausführungen und ihrem Verhalten. Die Beschwerdeführerin habe den Ausstand von Bezirksrichter Ziltener somit erst am 17. Februar 2015 verlangt. Dies sei offenkundig verspätet.
2.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe mit dem Ausstandsbegehren nicht zu lange zugewartet. Sie habe binnen zehn Tagen nach Eingang des obergerichtlichen Rückweisungsurteils die Entfernung von Bezirksrichter Ziltener aus dem erstinstanzlichen Verfahren beantragt und diesen Antrag mit seiner Befangenheit begründet. Daran ändere nichts, dass sie aus prozessökonomischen Gründen versucht habe, das Bezirksgerichtspräsidium zum Eingreifen zu bewegen. Sie habe dem Bezirksrichter Gelegenheit geben wollen, sich selber zurückzuziehen, und falls er dies nicht tue, dem Bezirksgerichtspräsidium ermöglichen wollen, das Verfahren einem anderen Richter zu überantworten, so dass ein weiteres Ausstandsverfahren mit Rechtsmittelmöglichkeiten überflüssig geworden wäre. Da sie Bezirksrichter Ziltener schon mehrfach abgelehnt habe, habe sie anfangs November 2014 nach Treu und Glauben auch nicht zwingend damit rechnen müssen, dass er weiter amten werde, sondern habe darauf vertrauen dürfen, dass das Bezirksgerichtspräsidium ihren Antrag ernsthaft prüfen würde. Erst nach der Verfügung des Bezirksgerichtspräsidiums vom 12. Februar 2015 habe die Beschwerdeführerin die Gewissheit gehabt, dass wieder ein Ausstandsverfahren durchgeführt werden müsse. Nach der Zustellung dieser Verfügung habe sie binnen fünf Tagen die Überweisung an die Verwaltungskommission beantragt. Sodann seien die Anforderungen an die Unverzüglichkeit der Ablehnung je nach Schwere des Ausstandsgrundes zu relativieren. Diesbezüglich sei erstellt, dass Bezirksrichter Ziltener und das Bezirksgerichtspräsidium die Einwände der Beschwerdeführerin bereits vor dem 6. November 2014 gekannt hätten. Da Bezirksrichter Ziltener die Einwände bereits seit langem gekannt habe, sei ihr Gesuch auch nicht rechtsmissbräuchlich gewesen, denn Bezirksrichter Ziltener habe nicht davon ausgehen können, die Beschwerdeführerin würde hinnehmen, dass er das Verfahren weiterführe.
Die Vorinstanz sei sodann in überspitzten Formalismus und Rechtsverweigerung verfallen, indem sie das Begehren vom 6. November 2014 nicht als Ablehnungsbegehren erachtet habe. Sowohl der Einzelrichter wie auch das Bezirksgerichtspräsidium hätten ihren Antrag nämlich als Ausstandsbegehren qualifiziert. Damit handle es sich um ein Ausstandsbegehren, unabhängig davon, wie die antragstellende Partei ihre Eingabe verstanden wissen wollte. Bezirksrichter Ziltener habe sich sodann widersprüchlich verhalten, da er den Antrag als Ausstandsbegehren verstanden habe, ihn aber nicht an die Verwaltungskommission, sondern an das Bezirksgerichtspräsidium weitergeleitet habe. Auch das Bezirksgerichtspräsidium hätte den Antrag weiterleiten müssen, wenn es ihn als Ausstandsbegehren aufgefasst habe. Anderenfalls hätte es ihn materiell behandeln müssen. Das Bezirksgerichtspräsidium habe treuwidrig gehandelt, indem es zwar ein Ausstandsbegehren angenommen habe, aber einen Nichteintretensentscheid gefällt und der Beschwerdeführerin unterstellt habe, sie habe sich vorsätzlich mit einem Ausstandsbegehren an eine unzuständige Instanz gewandt.
2.3. Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Verbot des Rechtsmissbrauchs muss ein echter oder vermeintlicher Ausstandsgrund so früh wie möglich, d.h. nach dessen Kenntnis bei erster Gelegenheit, geltend gemacht werden. Wer den Mangel nicht unverzüglich vorbringt, wenn er davon Kenntnis erhält, sondern sich stillschweigend auf ein Verfahren einlässt, verwirkt den Anspruch auf spätere Anrufung der angeblich verletzten Ausstandsbestimmung (<ref-ruling> E. 4.3 S. 496 f.; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 21).
Die Beurteilung der Rekurskommission trifft zu, wonach die Beschwerdeführerin mit dem Erhalt des Rückweisungsentscheids vom 23. Oktober 2014 damit rechnen musste, dass Bezirksrichter Ziltener das Verfahren weiterführen könnte. Damit muss nach einer Rückweisung grundsätzlich immer gerechnet werden; besondere Umstände (z.B. Pensionierung der betroffenen Gerichtsperson) bleiben vorbehalten. Eine gegenteilige Praxis am Bezirksgericht Zürich weist die Beschwerdeführerin nicht nach. Die von der Beschwerdeführerin angeführten Gründe genügen nicht, um Umstände anzunehmen, dass sie nicht mehr mit einer Zuteilung an Bezirksrichter Ziltener hätte rechnen müssen. Dazu genügt nicht, dass sie ihn bereits mehrfach abgelehnt hat und er die Ablehnungsgründe angeblich gekannt hat. Da die Ablehnung bisher nicht erfolgreich war, musste die Beschwerdeführerin im Gegenteil gerade damit rechnen, dass weder Bezirksrichter Ziltener selber noch das Bezirksgericht einen Anlass für eine Neuzuteilung sehen würden. Das gilt auch unter Berücksichtigung dessen, dass ein Ablehnungsgesuch in einem Parallelverfahren damals noch vor Bundesgericht hängig war (Urteil 5A_924/2012 vom 29. Mai 2015). Desgleichen kann auch nicht genügen, dass eine Partei bekanntermassen und trotz bisher erfolgloser Ablehnung dauernd Vorbehalte gegenüber der Unbefangenheit einer Gerichtsperson hat. Es mag zwar vorkommen, dass solches im Einzelfall bei der Geschäftslastverteilung berücksichtigt wird. Damit rechnen darf eine Partei allerdings nie, zumal die Berücksichtigung solcher Umstände die Gefahr birgt, die Gegenpartei um den gesetzlich bzw. laut Geschäftsplan vorgesehenen Richter zu bringen. Die Beschwerdeführerin geht sodann nicht darauf ein, dass Bezirksrichter Ziltener nach den Erwägungen der Rekurskommission der einzige ordentliche Richter für SchKG-Klagen ist und auch Dauer, Umfang und Bedeutung des Verfahrens, also prozessökonomische Gründe, dafür sprächen, den bisher zuständigen Richter weiterhin mit dem Fall zu betrauen. Daraus folgt, dass die Beschwerdeführerin nach Erhalt des Rückweisungsentscheids vom 23. Oktober 2014 damit rechnen musste, dass Bezirksrichter Ziltener das Verfahren weiter führen würde. Die Ablehnung vom 17. Februar 2015 erfolgte somit zu spät.
Daran ändert die von der Beschwerdeführerin vertretene Theorie nichts, dass die Anforderungen an die Unverzüglichkeit der Ablehnung zu senken seien, wenn die geltend gemachten Ausstandsgründe schwer wiegen (unter anderem unter Berufung auf BGE <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 22). Wie es sich allgemein mit dieser Ansicht verhält, braucht nicht geprüft zu werden. Die von der Beschwerdeführerin konkret genannten Anwendungsfälle bzw. Umstände führen nicht dazu, dass die Ablehnung vom 17. Februar 2015 noch als rechtzeitig erachtet werden könnte. Als Anwendungsfall ihrer Theorie führt die Beschwerdeführerin an, dass der Anschein der Befangenheit derart offensichtlich auf der Hand liege, dass die Gerichtsperson von sich aus in den Ausstand treten müsste. Solches ist vorliegend weder ersichtlich noch hinreichend dargetan. Vielmehr wirft die Beschwerdeführerin Bezirksrichter Ziltener verschiedene Rechtsfehler vor (Verletzung des Rechts zur Duplik, diverse Einwände im Zusammenhang mit der Beweisführung und -würdigung, Gerichtsgebühr). Die Rekurskommission hat zu Recht festgehalten, solche Fehler seien primär auf dem Rechtsmittelweg zu beheben (<ref-ruling> E. 2.3 S. 146; Urteil 5A_924/2012 vom 29. Mai 2015 E. 2.3). Dies sei hinsichtlich der Gehörsverletzung mit der Rückweisung bereits angeordnet. Bei der Beweiswürdigung sei sich Bezirksrichter Ziltener der Problematik bewusst gewesen, da er sich in seinem Urteil damit auseinandergesetzt habe. Die Beschwerdeführerin hält eine Lockerung der Anforderungen an die Unverzüglichkeit der Ablehnung weiter für geboten, wenn das Gericht die Einwände der ablehnenden Partei kennt. Dies kann vorliegend - wie bereits gesagt - nicht entscheidend sein, da bisherige Ablehnungsanträge erfolglos geblieben sind. Auch wenn der Richter allenfalls damit rechnen muss, dass weitere Ablehnungsanträge gestellt werden könnten, ändert dies grundsätzlich nichts daran, dass diese umgehend erfolgen müssen.
Man kann sich somit einzig fragen, ob bereits im Gesuch vom 6. November 2014 ein Ausstandsbegehren zu erblicken ist. Die Haltung der Beschwerdeführerin dazu ist vor Bundesgericht ambivalent: Einerseits beharrt sie auf einer Auslegung des Gesuchs als Ausstandsbegehren (und zwar unabhängig von ihren tatsächlichen damaligen Absichten), andererseits rechtfertigt sie sich für die Wahl ihres Vorgehens und die Gründe, weshalb sie ein eigentliches Ausstandsverfahren vermeiden wollte. Wie Bezirksrichter Ziltener und das Bezirksgerichtspräsidium das Begehren vom 6. November 2014 verstanden und behandelt haben, ist dabei entgegen ihrer Ansicht nicht von Bedeutung. Massgebend ist die richtige Auslegung des Antrags, wobei insbesondere zu prüfen ist, ob diejenige der Rekurskommission zutrifft. Auszugehen ist von der unbestrittenen vorinstanzlichen Feststellung, dass die Beschwerdeführerin mit der Eingabe darauf abzielte, dass sich das Einzelgericht von sich aus neu konstituiere (d.h. wohl, dass Bezirksrichter Ziltener von sich aus auf eine weitere Führung des Verfahrens verzichte) und - falls dies nicht der Fall sein sollte - die Sache dem Bezirksgerichtspräsidium zum Entscheid zu unterbreiten sei. Unbestritten ist, dass für die Behandlung strittiger Ausstandsgesuche nach Zürcher Recht jedoch nicht das jeweilige Bezirksgerichtspräsidium zuständig ist, sondern die Verwaltungskommission des Obergerichts, und dass dies die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin auch weiss. Sie hat es sich demnach selber zuzuschreiben, wenn der Wunsch nach Überweisung an das Bezirksgerichtspräsidium bei der Auslegung der Begehren berücksichtigt und daraus abgeleitet wird, dass sie eben gerade nicht ein formelles Ausstandsverfahren anstrengen wollte, sondern einzig eine informelle Dossierumteilung als bezirksgerichtsinterne Massnahme anstrebte. Dass dies tatsächlich ihrer damaligen Absicht entsprach, wird bestätigt durch ihre - ebenfalls vor Bundesgericht nicht bestrittenen - späteren Ausführungen, wonach sie den Antrag vom 6. November 2014 nicht als formelles Ausstandsbegehren verstanden wissen wollte. Entsprechendes klingt - wie erwähnt - auch bei ihren mehrdeutigen Ausführungen vor Bundesgericht an. Daran ändert nichts, dass sie nach ihrer Darstellung den Antrag vom 6. November 2014 mit Ausstandsgründen begründet hat, die gegen Bezirksrichter Ziltener vorliegen sollen. Anträge sind zwar durchaus im Lichte ihrer Begründung auszulegen. Wie die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht jedoch unter Verweis auf die Literatur selber anführt, können zur Begründung solcher informeller Umteilungen ebenfalls Ausstandsgründe berücksichtigt werden, und zwar - so offenbar ihre Hoffnung - sogar in grösserem Umfang als in einem formellen Ausstandsverfahren. Die Erwähnung von Ausstandsgründen in der Begründung ihres Antrags lässt sich also damit vereinbaren, dass sie kein eigentliches Ausstandsgesuch gestellt hat. Schliesslich hätte sie es in der Hand gehabt, durch eine klare Formulierung ihres Antrags jeden Zweifel auszuschliessen bzw. ein formelles Ausstandsbegehren zweifelsfrei miteinzuschliessen: Dazu hätte es einzig eines weiteren Eventualantrags bedurft, nämlich dahingehend, den Antrag als Ausstandsbegehren zu behandeln, sofern weder Bezirksrichter Ziltener noch das Bezirksgerichtspräsidium zu einer informellen Umteilung Hand böten.
Demgemäss hat die Rekurskommission den Antrag vom 6. November 2014 zu Recht nicht als Ausstandsbegehren aufgefasst. Sie ist bei dieser Auslegung auch nicht in überspitzten Formalismus verfallen. Die Beschwerdeführerin ist prozessual erfahren und anwaltlich vertreten und muss sich demnach auf dem von ihr bewusst eingeschlagenen und durch spätere Verlautbarungen bestätigten Weg behaften lassen. Es darf von ihr erwartet werden, dass sie ein formelles Ausstandsbegehren als solches zu erkennen gibt, wenn sie tatsächlich eines stellen will.
Es bleibt demnach dabei, dass die Beschwerdeführerin erst am 17. Februar 2015 ein Ablehnungsgesuch gestellt hat und dieses somit zu spät erfolgt ist.
2.4. Trotz Verwirkung des Antragsrechts hat die Rekurskommission die geltend gemachten Ausstandsgründe ergänzend geprüft und verworfen. Nachdem das vorinstanzliche Urteil bereits deswegen zu schützen ist, weil die Beschwerdeführerin ihr Ablehnungsgesuch zu spät gestellt hat, besteht an einer inhaltlichen Prüfung der Ablehnungsgründe kein Interesse mehr. Auf die entsprechenden Ausführungen der Beschwerdeführerin ist nicht einzugehen.
2.5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
3.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, Rekurskommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. August 2016
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Zingg