Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a notamment condamné W._ pour escroquerie, gestion déloyale aggravée et blanchiment d'argent répété et aggravé, U._, Y._ et X._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé, Z._ pour escroquerie et V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à diverses peines privatives de liberté allant de 36 à 52 mois et à différentes peines pécuniaires avec sursis. Il a acquitté U._, Y._, X._, V._ et Z._ de gestion déloyale et classé la procédure s'agissant de A._ (en raison de son décès).
Le TPF a en outre prononcé différentes créances compensatrices à l'encontre des prévenus condamnés et de la communauté héréditaire de feu A._ allant de 20'000 fr. à 383'646'706 francs. En particulier, une créance compensatrice s'élevant à 383'646'706 fr. a été prononcée à l'encontre de W._. Le TPF a, par ailleurs, mis une part des frais à la charge de chacun des prévenus et leur a alloué différents montants à titre de dépens.
Le TPF a prononcé la confiscation de différents montants sur divers comptes, maintenu et levé différents séquestres. En particulier, le TPF a maintenu la saisie en vue de l'exécution de la créance compensatrice de W._ sur le solde des valeurs patrimoniales déposées sur le compte auprès de RR._ dont SSSS._ est titulaire (ch. XII, 1.1.18 du dispositif du jugement attaqué), sur 68,7% du solde des valeurs patrimoniales déposées sur le compte auprès de QQ._ dont TTTT._ est titulaire (ch. XII, 1.2.4 du dispositif du jugement attaqué), sur 68,7% du solde des valeurs patrimoniales déposées sur le compte auprès de QQ._ dont AAAAA._, est titulaire (ch. XII, 1.2.5 du dispositif du jugement attaqué) et sur le solde des valeurs patrimoniales déposées sur le compte auprès de QQ._ dont SSSS._ est titulaire (ch. XII, 1.2.6 du dispositif du jugement attaqué).
B.
Les faits utiles pour l'examen du recours ressortant du jugement sont les suivants.
B.a. La société Mostecka Uhelna Spolecnost A.S (ci-après: MUS) était une société minière tchèque active dans la production et la distribution d'énergie charbonnière produite dans le bassin houiller de la Bohême septentrionale, autour de la ville de Most. Elle a été constituée le 1er novembre 1993 (numéro d'identification www) par la réunion de trois anciennes entreprises d'Etat tchèques et inscrite le même jour au Registre du commerce, avec siège à Most et un capital social de 8'835'898'000 CZK divisé en 8'835'898 actions (1'502'102 actions nominatives et 7'333'796 actions au porteur) ayant chacune une valeur nominale de 1'000 CZK. Son unique fondateur était le Fonds du Patrimoine national de la République tchèque (ci-après: FNM, organisme chargé de gérer les participations de l'Etat tchèque, notamment leur transfert à des personnes privées ou à des entités publiques), lequel a libéré la totalité du capital social le 1er novembre 1993, notamment par l'apport de biens matériels énumérés dans l'acte de fondation de MUS. Le capital social de 8'835'898'000 CZK correspondait au prix (dont l'estimation est citée dans le projet de privatisation) des biens mobiliers et d'autres biens des anciennes sociétés nationales mentionnés dans l'acte de fondation. Au jour de sa création, MUS était ainsi détenue exclusivement par l'Etat tchèque. Par la suite, le FNM a cédé 1'585'644 actions au porteur (représentant un total d'environ 17,94% du capital social) à près de 100'000 personnes physiques dans le cadre d'une privatisation dite «par coupons»; il a également cédé 2'100'183 actions au porteur (représentant un total d'environ 23.76% du capital social) à 132 fonds d'investissement. Jusqu'en février 1998, MUS était majoritairement détenue par des entités publiques tchèques. En effet, 46,29% des actions (4'089'763 actions) étaient encore détenus par l'Etat tchèque via le FNM et 8,88% (795'230 actions) par diverses villes et communes tchèques.
En substance, entre fin 1996 et mai 1998, W._, X._, A._, tous trois membres du conseil d'administration de MUS, U._ et Y._ sont parvenus à s'emparer de la quasi-majorité des actions MUS, payées grâce aux liquidités qui avaient été détournées de MUS au travers d'un contrat de crédit signé avec D._ le 2 janvier 1997, société tchèque appartenant à W._ et Y._ et dirigée par ceux-ci et U._.
Entre le printemps 1998 et août 1999, W._, X._, A._, U._ et Y._, avec l'aide de V._ et de Z._, ont fait croire à l'Etat tchèque qu'un investisseur étranger de renom, soit le groupe E._1, avait acquis la majorité des actions MUS au moyen de ses propres deniers et souhaitait acquérir la part de 46,29% appartenant au FNM, toujours grâce à ses propres deniers, incitant dit Etat à vendre ses 46,29% d'actions qui plus est à vil prix. En réalité, W._, X._, A._, U._ et Y._ étaient les véritables titulaires de la majorité des actions qu'ils avaient acquises grâce aux fonds versés par MUS elle-même (sur la base du contrat du 2 janvier 1997) et c'était eux qui cherchaient à s'emparer de la part du FNM qu'ils allaient payer à nouveau au moyen de fonds détournés de MUS. Fondé sur sa fausse représentation de la réalité, l'Etat tchèque a accepté de vendre, le 28 juillet 1999, sa part de 46,29% des actions MUS au prix de 650 mio CZK, soit un prix bien inférieur à sa valeur réelle, subissant de la sorte un dommage estimé à 97'336'600 francs.
Entre le 8 décembre 1998 et le 30 avril 2002, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ sont parvenus à s'emparer d'un montant de 150 mio USD, au travers de la société DDD._ et de nombreuses autres sociétés-écrans, provenant des liquidités de MUS, qu'ils ont utilisé dans leur unique intérêt, soit pour le reverser à MUS en remboursement du prêt du 2 janvier 1997 en faveur de D._ (à hauteur de 2'343'829'703 CZK, valeur 63'751'700 USD), payer le prix d'achat de la part de 46,29% des actions MUS appartenant à la République tchèque (à hauteur de 650'000'000 CZK, valeur 18'835'100 USD) et s'approprier le solde (63'563'200 USD) au travers de nombreuses sociétés-écrans.
Après que les prévenus ont pu réunir 97,66% des actions MUS en leurs mains, ils ont procédé à la fusion par absorption de MUS qui a été radiée du Registre du commerce tchèque. La société issue de la fusion a été nommée MUS_2. Ils ont ensuite procédé à une seconde fusion qui a conduit à la radiation de MUS_2 et à la création de MUS_3.
B.b. En résumé, les différents prévenus ont tiré les bénéfices suivants grâce aux faits décrits ci-dessus: Y._ a perçu au moins 12'439'383 fr., X._ 500'000'000 CZK (valeur 15'878'057 EUR, respectivement 24'349'400 fr.); W._ a obtenu un avantage économique de 383'646'706 fr., A._ de 385'818'086 fr., U._ de 207'889'183 fr. et V._ de 36'707'967 francs.
C.
Z._ (6B_653/2014), V._ (6B_659/2014), Y._ (6B_663/2014), W._ (6B_668/2014), U._ (6B_688/2014) et X._ (6B_695/2014) ont tous formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013, contestant en particulier la réalisation des infractions. Par arrêts motivés de ce jour, le Tribunal fédéral a rejeté lesdits recours dans la mesure où ils portent sur la réalisation des infractions, à l'exception de trois opérations de blanchiment concernant U._ et de l'infraction d'escroquerie concernant Z._.
D.
SSSS._, TTTT._ et AAAAA._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013. Elles concluent, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation des chiffres XII 1.1.18, XII 1.2.4, XII 1.2.5 et XII 1.2.6 du dispositif du jugement attaqué et à la libération totale des montants sur les comptes y relatifs, subsidiairement à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé se référant à son jugement cependant que le Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC) a conclu à son rejet. Ces écritures ont été communiquées à SSSS._, TTTT._ et AAAAA._ par envoi du 23 mars 2017.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le jugement attaqué, en tant qu'il porte notamment sur la condamnation des prévenus et sur le maintien des séquestres en vue de l'exécution des créances compensatrices prononcées, est une décision rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>. Il émane de la Cour des affaires pénales du TPF (art. 79 et 80 al. 1 LTF). La voie du recours en matière pénale au Tribunal fédéral au sens des <ref-law> est donc ouverte.
1.2. Selon la jurisprudence, une décision portant sur le maintien ou la levée d'un séquestre est une décision incidente que le Tribunal fédéral revoit librement (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s.). Le recours portant sur une décision incidente n'est toutefois recevable que si l'acte attaqué est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>). En l'occurrence, les différentes mesures de séquestre sont maintenues dans le cadre d'un jugement au fond. Il n'est toutefois pas besoin de trancher la question de la nature de la décision attaquée dès lors que, même à supposer que ce soit les conditions plus strictes de l'<ref-law> qui s'appliquent, elles sont de toute façon remplies. En effet, le séquestre de valeurs patrimoniales cause en principe un dommage irréparable au sens de l'<ref-law>, car le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (<ref-ruling> consid. 1b p. 101 en relation avec l'<ref-ruling> consid. 4 p. 141; arrêt 1B_157/2007 du 25 octobre 2007 consid. 1.2).
1.3. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Les deux conditions sont cumulatives. La liste est exemplative et les personnes qui y sont énumérées doivent établir, dans chaque cas concret, leur intérêt juridique (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 123). Un intérêt général ou de fait ne suffit pas, l'intéressé devant au surplus être personnellement touché par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 124). La partie recourante doit avoir été affectée dans des intérêts que la norme prétendument violée a pour but de protéger (arrêt 1B_376/2013 du 18 novembre 2013 consid. 3).
Les recourantes concluent à la levée des séquestres sur les comptes bancaires dont elles sont, l'une ou l'autre, titulaires. Pour ce faire, elles contestent essentiellement la réalisation des infractions et la condamnation des prévenus à ce titre. En tant que titulaires des comptes séquestrés, les recourantes peuvent se prévaloir d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée en tant qu'elle maintient les séquestres, de sorte qu'elles disposent de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> sur cette question.
En revanche, en qualité de tiers à la procédure, il apparaît douteux qu'elles puissent justifier - ce qu'elles ne font d'ailleurs pas - d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée en tant qu'elle concerne la condamnation des prévenus, à tout le moins dans la mesure où ceux-ci ont pu eux-mêmes faire valoir l'ensemble de leurs moyens dans le cadre d'une procédure contradictoire au fond, au terme de laquelle un recours au Tribunal fédéral leur était ouvert. La question de la qualité pour recourir des recourantes s'agissant des condamnations des prévenus peut toutefois souffrir de demeurer indécise en l'espèce dans la mesure où les griefs soulevés à cet égard doivent de toute façon être rejetés pour les motifs exposés au consid. 3 infra.
2.
Les recourantes procèdent en allemand. Ce choix n'impose pas de déroger à la règle selon laquelle la langue de la procédure est généralement celle de la décision attaquée (<ref-law>), soit le français.
3.
En substance, les recourantes contestent la compétence des autorités suisses pour connaître des infractions en cause ainsi que la réalisation des infractions d'escroquerie et de gestion déloyale aggravée. Comme déjà indiqué, il apparaît douteux que les recourantes puissent soulever des griefs à l'encontre de ces différents points du jugement. Quoi qu'il en soit, les critiques des recourantes sont identiques à celles formulées par W._ dans son propre recours. Elles sont reprises, telles quelles, de cette écriture. Il suffit par conséquent de renvoyer à l'arrêt rendu ce jour dans la cause 6B_668/2014 qui traite l'ensemble des griefs soulevés par les recourantes. Ces griefs doivent par conséquent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
4.
Les recourantes concluent à la levée des séquestres sur les comptes dont elles sont, l'une ou l'autre, titulaires.
4.1. Les séquestres en question ont été maintenus en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée à l'encontre de W._. Les infractions commises par ce dernier justifiant le prononcé d'une créance compensatrice se sont déroulées en grande partie avant le 1 er janvier 2007. La confiscation et la créance compensatrice étaient alors réglées à l'art. 59 aCP, disposition qui n'a subi, lors de l'entrée en vigueur au 1 er janvier 2007 de la modification de la partie générale du code pénal, que des changements sans pertinence en l'espèce du point de vue de la lex mitior (cf. <ref-law>). Les principes régissant la confiscation et la créance compensatrice ont été repris aux art. 70 et 71 CP.
4.2. La loi autorise le juge à prononcer la confiscation de valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits (art. 59 ch. 1 al. 1 aCP; 70 al. 1 CP). Lorsque les valeurs patrimoniales à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne leur remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent (art. 59 ch. 2 al. 1 aCP; 71 al. 1 CP). L'autorité d'instruction peut placer sous séquestre, en vue de l'exécution d'une créance compensatrice, des valeurs patrimoniales appartenant à la personne concernée (art. 59 ch. 2 al. 3 aCP; <ref-law>).
Par " personne concernée " au sens des art. 59 ch. 2 al. 3 aCP, resp. 71 al. 3 CP, on entend non seulement l'auteur, mais aussi, à certaines conditions, un tiers favorisé, d'une manière ou d'une autre, par l'infraction (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 64). La jurisprudence a aussi admis qu'un séquestre ordonné sur la base de l'<ref-law> peut viser les biens d'une société tierce, dans les cas où il convient de faire abstraction de la distinction entre l'actionnaire - auteur présumé de l'infraction - et la société qu'il détient (théorie dite de la transparence [ "Durchgriff "]). Il en va de même dans l'hypothèse où le prévenu serait - dans les faits et malgré les apparences - le véritable bénéficiaire des valeurs cédées à un " homme de paille " ( "Strohmann ") sur la base d'un contrat simulé ( "Scheingeschäft "; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 64 et les références citées).
4.3. En vertu de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le recourant doit motiver son recours en exposant succinctement en quoi la décision attaquée viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245). De plus, le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus par l'arrêt entrepris (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205) dans la constatation des faits. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
4.4. En substance, le TPF a estimé, s'agissant des comptes dont la recourante 1 est titulaire, que le calcul de l'exacte proportion des valeurs patrimoniales d'origine criminelle déposées sur ces relations bancaires aurait exigé, si tant est que cela fusse possible, un travail disproportionné. Les valeurs patrimoniales séquestrées sur ces relations ne pouvaient donc être confisquées en application de l'art. 59 ch. 1 aCP, resp. 70 al. 1 CP (jugement attaqué p. 515 à 519). Pour ce qui concerne les comptes dont la recourante 2 ou la recourante 3 est titulaire, le TPF a relevé que l'origine de l'ensemble des valeurs patrimoniales ayant alimenté ces relations bancaires ne pouvait être établie. En l'absence d'un paper trail permettant de faire le lien entre ces valeurs et le produit de l'une ou l'autre des infractions en cause, les valeurs patrimoniales séquestrées sur ces relations ne pouvaient être confisquées en application de l'art. 59 ch. 1 aCP, resp. 70 al. 1 CP (jugement attaqué p. 513 à 514 et p. 515).
Le TPF a ensuite retenu que la recourante 1 était une société de domiciliation. Elle n'employait aucun salarié et ne déployait aucune activité économique propre. Son unique fonction était de détenir des valeurs patrimoniales dans l'intérêt de son unique ayant droit économique, à savoir, au jour du jugement attaqué, W._. Interrogé durant les débats au sujet de ses sources de revenu actuelles, celui-ci avait expliqué avoir gagné les fonds dont il usait pour sa vie actuelle au travers de la restructuration de MUS et de la vente subséquente de cette société, de sorte qu'il n'avait pas besoin d'autres sources de revenus. W._ avait placé lesdites économies notamment sur les comptes bancaires suisses de sa société, la recourante 1. Au travers de celle-ci, dont il était également le directeur, W._ affirmait se verser un salaire mensuel de l'ordre de 20'000 CZK. La théorie de la transparence ( "Durchgriff ") commandait d'admettre, conformément à la réalité économique, qu'il y avait identité de personne entre la recourante 1 et W._. S'agissant du solde des valeurs patrimoniales déposées sur les comptes concernés, il se justifiait de considérer, au sujet du maintien de la mesure provisoire, qu'elles appartenaient exclusivement à W._. Il y avait par conséquent lieu d'ordonner le maintien de la saisie de ces valeurs, en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre W._ (jugement attaqué p. 533 à 534).
Le TPF a encore retenu, concernant le compte dont la recourante 2 est titulaire, qu'il avait été alimenté à hauteur de 68,7% par des fonds dont W._ était le seul ayant droit économique (jugement attaqué p. 513 à 514). S'agissant du compte dont la recourante 3 est titulaire, il avait été alimenté uniquement par des fonds provenant de la recourante 2. Par conséquent, W._ était l'unique ayant droit économique d'une quote-part de 68,7% des valeurs patrimoniales déposées sur ce compte (jugement attaqué p. 515). Les recourantes 2 et 3 étaient des sociétés de domiciliation; elles n'employaient aucun salarié et ne déployaient aucune activité économique propre. Leur unique fonction était de détenir des valeurs patrimoniales dans l'intérêt de leurs ayants droit économiques, à savoir, au jour du jugement attaqué, W._ (pour une quote-part de 68,7%), et trois autres personnes (pour une quote-part de 31,3%). La théorie de la transparence ( "Durchgriff ") commandait d'admettre, conformément à la réalité économique, qu'il y avait identité de personnes entre, d'une part la recourante 2 et la recourante 3, et, d'autre part, W._ à raison d'une quote-part de 68,7%. Il se justifiait de considérer, relativement au maintien de la mesure provisoire, que les valeurs patrimoniales correspondant à cette quote-part appartenaient à W._. Il y avait par conséquent lieu d'ordonner le maintien de la saisie de cette quote-part en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre W._. S'agissant de la quote-part de 31,3%, le TPF a levé la saisie (jugement attaqué p. 532 et 533).
4.5. Les recourantes ne s'en prennent pas à cette motivation. Leurs griefs ne portent que sur la réalisation des infractions. Elles n'indiquent ainsi pas en quoi le séquestre sur leurs comptes bancaires ne se justifierait pas, pas plus d'ailleurs qu'elles ne prétendent, ni ne démontrent être les véritables ayants droit économiques des valeurs saisies. Elles ne présentent, de la sorte, aucun grief répondant aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 ou 106 al. 2 LTF, si bien que leur critique portant sur le maintien des séquestres est irrecevable.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourantes, qui succombent, supportent les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, aux coprévenus et aux tiers ayant saisi le Tribunal fédéral.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet