Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° 106 de la Commune de Coppet, située dans la zone de l'ancienne ville régie par le plan partiel d'affectation de l'Ancienne Ville (PPA) et son règlement (RPPA). Coppet considérée en tant que petite ville est inscrite à l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (ISOS) selon l'ordonnance du 9 septembre 1981 concernant l'ISOS (OISOS; RS 451.12). La parcelle n° 106 supporte une grange. Celle-ci a reçu la note *3* au recensement architectural de la Commune de Coppet de septembre 1974. La fiche du recensement indique que la grange a été construite dans le courant du XVIIIe siècle, que ses murs sont en "crépi ciment" et que son état de conservation est "moyen". Selon les photographies de la fiche, les murs de ce bâtiment n'étaient à certains endroits plus entièrement recouverts de crépi, laissant apparaître les moellons composant leur structure.
Le 16 janvier 2013, la Municipalité de Coppet (ci-après: la municipalité) a délivré à A._ un permis de transformer la grange en cabinet médical, prévoyant notamment ce qui suit: "tous matériaux apparents (couverture de la toiture, enduit de façade, couleur et type, y compris les murs extérieurs et autres éventuels aménagements...) doivent être soumis pour approbation à la Municipalité, ceci avant leur mise en oeuvre". Le Service cantonal Immeuble, Patrimoine et Logistique, Section Monuments et Sites (SIPAL-MS; ci-après: le SIPAL) avait préalablement délivré l'autorisation spéciale requise pour autant que les éléments charpentés soient sauvegardés davantage, que les percements créés adoptent une facture plus traditionnelle et que les jours soient dotés d'un double vantail avec volets. Le SIPAL précisait dans son autorisation que les constructions ou parties de constructions qui, par leur forme, leur volume, leurs proportions, les matériaux utilisés ou, d'une façon générale, leur apparence compromettaient l'harmonie des lieux n'étaient pas admises.
Le 11 février 2014, l'architecte de A._ a adressé à la municipalité une lettre accompagnée d'échantillons de crépi de façade et de la couleur des chevrons en avant-toit. Il y précisait que "le crépissage se fera entre les pierres comme c'est actuellement le cas". La municipalité a répondu le 24 février 2014 avoir accepté les couleurs soumises dans sa séance du 17 février 2014; elle invitait l'architecte à retirer les échantillons auprès du Greffe municipal.
Lors de la pose du crépi sur le bâtiment ECA n° 296, il est apparu que celui-ci ne couvrait pas entièrement les murs mais uniquement les interstices entre les moellons qui restaient dès lors apparents.
B.
Par décision du 2 mai 2014, la municipalité a exigé l'exécution de la finition des façades - à savoir un crépissage complet des surfaces - aux frais de la propriétaire. Celle-ci a formé un recours contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP). La cour cantonale a rejeté ce recours et confirmé la décision attaquée par arrêt du 9 février 2015.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que la décision du 2 mai 2014 est annulée, les travaux de crépissage des façades déjà effectués étant maintenus sans aucune condition supplémentaire, subsidiairement d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à la CDAP pour nouvelle instruction et nouveau jugement dans le sens des considérants. Le Tribunal cantonal renonce à déposer une réponse et se réfère aux considérants de son arrêt. Le SIPAL se détermine et qualifie les travaux effectués par la recourante de travaux inachevés. La Commune de Coppet se détermine et conclut au rejet du recours. Lors d'un second échange d'écritures, les parties confirment leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le recours est formé contre un arrêt final rendu en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public. Il est recevable au regard des art. 82 let. a, 86 al. 1 let. d et 90 LTF. La recourante, particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'ordre de réaliser des travaux complémentaires sur les façades de sa grange, a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Avec sa réplique, la recourante produit diverses pièces qui ne ressortent pas du dossier. Celles-ci sont irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
3.
La recourante se plaint d'un état de fait incomplet et établi de façon arbitraire par la cour cantonale. Toutefois, ainsi qu'on le verra ci-dessous, ces faits ne sont pas nécessaires à la résolution du litige (cf. art. 97 al. 1 in fine).
4.
La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue au motif que la cour cantonale a refusé de procéder à l'audition de témoins sans même exposer les raisons de ce refus. Il est vrai que l'arrêt attaqué n'indique pas que la recourante avait requis l'audition de témoins, moins encore les raisons pour lesquelles ce moyen de preuve devait être refusé. Ce défaut de motivation peut en soi déjà constituer une violation du droit d'être entendue de la recourante. Quant à la nécessité de procéder aux auditions requises, la recourante indique que celles-ci auraient permis de confirmer le sens dans lequel la décision du 24 février 2014 devait être comprise. Or, la recourante entendant se prévaloir du principe de la bonne foi, est décisive la façon dont elle-même, en tant que destinataire de la décision, pouvait objectivement la comprendre lorsqu'elle a entrepris les travaux. De ce point de vue, il n'est pas certain que d'éventuelles prises de position de la commune, respectivement d'employés communaux, après les travaux, soient nécessaires à la résolution du litige. Vu ce qui suit, cette question peut quoi qu'il en soit demeurer indécise.
5.
Au fond, la recourante dénonce une violation du principe de la bonne foi.
5.1. Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 3.6.3 p. 193; <ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 73; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 636 s.). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration agissant dans les limites de ses compétences peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur. Il faut pour cela que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu, qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et que l'intérêt à une correcte application du droit ne se révèle pas prépondérant sur la protection de la confiance (<ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 193; <ref-ruling> consid. 2.5.1 p. 72-73; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 637).
5.2. En l'occurrence, dans une lettre concise, la recourante a soumis à la municipalité un échantillon du crépi pour approbation, tout en précisant que le crépissage se ferait entre les pierres "comme [c'était alors] le cas". Ses intentions étaient claires et l'information de l'étendue prévue du crépissage était évidente. En réponse, la municipalité s'est adressée à la recourante en lui exposant avoir accepté la couleur choisie. Elle n'a certes pas fait mention de l'étendue du crépissage. Toutefois, l'approbation étant donnée sans réserves à une demande contenant de tels détails, il n'est pas soutenable de prétendre que la municipalité n'aurait pas approuvé le mode de crépissage prévu à cette occasion.
Il ne ressort par ailleurs pas de l'arrêt attaqué que le permis de construire contenait des indications expresses sur le mode de crépissage. En outre, cet aspect-là de la rénovation n'avait pas été mentionné par le SIPAL dans son préavis. La recourante pouvait ainsi d'autant moins s'attendre à ce qu'une approbation sans réserves, mais sans que le mode de crépissage soit mentionné, équivalait à un refus. La cour cantonale relève au demeurant que la décision litigieuse est fondée sur l'avis de la Commission communale des monuments et des sites, une expertise et les déterminations du SIPAL, soit des appréciations émises après l'approbation du crépi par la municipalité, ce en dépit de la procédure suivie en bonne et due forme par la recourante. De tels avis ne sauraient par conséquent remettre en cause a posteriori la manière dont l'autorisation de construire pouvait être comprise par sa bénéficiaire.
On ne saurait non plus déduire du fait que la recourante ait accepté de participer aux discussions sur un éventuel nouveau crépissage qu'elle aurait ainsi admis avoir effectué des travaux non autorisés par la municipalité. Il ressort au contraire de l'état de fait de l'arrêt attaqué qu'elle considérait alors que les travaux de réfection de la façade avaient été "exécutés selon l'approbation des autorités communales du 24 février 2014" (arrêt attaqué, consid. E, p. 4).
Quant à l'intérêt à la correcte application du droit, il est ténu vu les règles légales appliquées par la cour cantonale. Celle-ci se réfère en effet à l'art. 7.3 al. 2 RPPA qui prévoit que les maçonneries extérieures des bâtiments existants devront être crépies ou badigeonnées, à l'exception des cas où il peut être établi qu'une maçonnerie "à vue" correspond à l'état original, le choix des revêtements devant être compatible avec la nature de la maçonnerie et se faisant suivant les directives de la section des monuments historiques. Il existe ainsi des exceptions au crépissage. A cet égard, avec toute la retenue que lui impose l'appréciation de circonstances locales, le Tribunal fédéral constate que la cour cantonale a précisément relevé l'aspect partiellement crépi des façades sur les photographies, déjà anciennes, de la fiche du recensement cantonal. Quoi qu'il en soit, il ressort du dossier que la recourante ne s'est jamais opposée au principe d'un crépissage complet, sa contestation étant uniquement dirigée contre une mise à sa charge des coûts résultant de tels travaux. Il n'est ainsi pas exclu que, moyennant une solution alternative de financement des travaux, le traitement de la façade voulu par les autorités puisse finalement être réalisé.
En définitive, les conditions permettant à la recourante de bénéficier de la protection de la confiance qu'elle a placée dans la décision d'approbation du 24 février 2014 sont réunies. L'autorité communale ne pouvait dès lors exiger de la recourante qu'elle assume entièrement les frais des nouveaux travaux.
6.
Il résulte de ce qui précède que l'arrêt et la décision attaqués doivent être annulés. Il convient de renvoyer le dossier à la cour cantonale pour fixation des frais et dépens cantonaux, voire communaux.
La présente décision doit être rendue sans frais (art. 66 al. 4 LTF). La recourante obtenant gain de cause avec l'aide d'une avocate, elle a droit à des dépens, à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 et 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé, de même que la décision rendue le 2 mai 2014 par la Municipalité de Coppet; la cause est renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.
2.
Une indemnité de dépens de 3'000 francs est accordée à la recourante, à la charge du canton de Vaud, pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Municipalité de Coppet, au Service Immeubles, Patrimoine et Logistique du canton de Vaud, et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 6 janvier 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali