Faits :
A.
La société à responsabilité limitée A._ (ci-après: la société), dont le siège est à U._, a pour but, selon le registre du commerce, "l'exploitation d'un atelier de grandissage et tournage de pierres d'horlogerie, industrie et métal dur". A partir du mois d'avril 2009 jusqu'au mois de juin 2010, elle a perçu des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail en faveur de ses employés.
Lors d'un contrôle effectué par le Secrétariat d'Etat à l'économie (ci-après: le SECO) le 10 novembre 2010, il a été constaté qu'aucun système de contrôle du temps de travail n'avait été mis en place par la société durant la période de perception des indemnités pour réduction de l'horaire de travail. Par décision du 14 mars 2011, le SECO a demandé à la société le remboursement des prestations à la Caisse publique de chômage du canton du Jura, pour un montant total de 131'577 fr. 05.
Par courrier du 24 mai 2011 adressé au SECO, la société a sollicité la remise totale, voir partielle, de l'obligation de restituer le montant réclamé. Cette demande a été traitée par le SECO comme une opposition à sa décision du 14 mars 2011 et a été déclarée irrecevable pour cause de tardiveté (cf. décision du 1 er juin 2011).
Le 6 juin 2011, la société a sollicité de la part de la caisse de chômage la remise totale, voire partielle du montant de 131'577 fr. 05. Cette demande a été transmise au Service des arts et métiers et du travail de la République et canton du Jura (devenu le Service de l'économie et de l'emploi dès le 1 er juin 2015 [ci-après: le SEE]) comme objet de sa compétence.
Par décision du 30 novembre 2015, confirmée sur opposition le 23 décembre 2015, le SEE a refusé d'accorder la remise, au motif que la société ne pouvait se prévaloir de sa bonne foi. Il a précisé que le montant à restituer, après correction, s'élevait à 130'577 fr. 05.
B.
La société a déféré la décision sur opposition du 23 décembre 2015 à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura. Dans sa réponse, le SEE a conclu à l'admission partielle du recours, en ce sens que la demande de remise de l'obligation de restituer était admise à concurrence de 2'652 fr. 40, montant correspondant aux prestations versées pour le secteur d'activité "travail à domicile", et rejetée en tant qu'elle portait sur le montant de 127'924 fr. 65, correspondant aux prestations versées pour le secteur d'activité "atelier".
C.
Par arrêt du 8 novembre 2016, la juridiction cantonale a admis très partiellement le recours. Elle a modifié la décision sur opposition du 23 décembre 2015 en ce sens que la demande de remise était admise à concurrence de 2'652 fr. 40 et rejetée en tant qu'elle portait sur le montant de 127'924 fr. 65, au motif que la condition de la bonne foi n'était pas réalisée.
D.
La société interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation en tant qu'il porte sur le rejet de la remise de l'obligation de restituer le montant de 127'924 fr. 65. A titre subsidiaire, la société conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le SEE conclut au rejet du recours tandis que le SECO ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.
Le litige porte sur les conditions de la remise de l'obligation de restituer le montant de 127'924 fr. 65, singulièrement sur le point de savoir si la recourante remplit la condition de la bonne foi.
2.
Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales sur la remise de l'obligation de restituer des indemnités indûment perçues (art. 25 al. 1, 2 ème phrase, LPGA en liaison avec l'<ref-law>), ainsi que la jurisprudence concernant la condition de la bonne foi. Il rappelle, s'agissant des entreprises ayant perçu l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail, que le défaut de système permettant de contrôler les horaires de travail exclut en principe la bonne foi (DTA 2003, p. 258 consid. 2.2 in fine; voir aussi BORIS RUBIN, Commentaire de la loi sur l'assurance-chômage, 2014, n° 43 ad <ref-law>, p. 621).
3.
Les premiers juges ont retenu que la recourante avait commis une négligence grave - laquelle exclut d'emblée la bonne foi - en renonçant à mettre en place un système de contrôle du temps de travail précis de ses employés durant la période de perception de l'indemnité pour réduction de l'horaire de travail, bien qu'elle ait été dûment informée de la nécessité d'un tel contrôle. Par ailleurs, ils ont rappelé qu'il était manifeste que les pièces comptables produites par la recourante ne permettaient nullement de satisfaire les exigences de précision que devait revêtir le système de contrôle imposé par la loi.
4.
En l'espèce, la recourante ne discute pas cette argumentation. Elle se contente d'alléguer que les pertes de travail subies ont été considérables et en déduit qu'elle n'a tiré aucun avantage des indemnités perçues durant la période d'avril 2009 à juin 2010. Cet argument n'est toutefois pas pertinent pour établir sa bonne foi. Dans la mesure où elle allègue que les rapports fournis à la caisse de chômage pour l'établissement des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail étaient conformes à la réalité et qu'il est pour le moins excessif et disproportionné de demander le remboursement intégral des indemnités perçues, la recourante semble s'en prendre à la décision de restitution du 14 mars 2011, laquelle est entrée en force. Enfin, la condition de la bonne foi n'étant pas réalisée, il n'est pas nécessaire d'examiner si la restitution des prestations indûment perçues pourrait mettre la recourante dans une situation difficile (cf. art. 25 al. 1, 2 ème phrase, LPGA).
5.
Le recours, manifestement mal fondé, doit être rejeté selon la procédure simplifiée (<ref-law>). Les frais judiciaires, réduits à 2'000 fr., seront dès lors supportés par la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour des assurances, et au Secrétariat d'Etat à l'économie (SECO).
Lucerne, le 14 juillet 2017
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Frésard
La Greffière : Fretz Perrin