Faits :
A.
Par acte d'accusation du 5 septembre 2014, X._ a été renvoyé devant le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois pour abus de confiance, escroquerie et tentative d'escroquerie au préjudice de A._ (ci-après : A._) dans huit cas différents.
Par jugement du 27 octobre 2015, ce tribunal a libéré X._ de toutes les préventions dont il était l'objet, a rejeté les conclusions civiles de A._, a ordonné la levée du séquestre imposé sur les comptes de X._, lui a alloué un montant de 26'400 francs à titre d'indemnités au sens de l'<ref-law> et a laissé les frais à la charge de l'Etat.
B.
Par jugement du 8 mars 2016, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a libéré X._ de la prévention d'escroquerie dans tous les cas et l'a condamné, pour abus de confiance dans un des cas, à une peine pécuniaire de 90 jours-amende à 70 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans. Elle a fait partiellement droit aux conclusions civiles de A._ à concurrence de 12'850 fr., a levé le séquestre ordonné sur le compte dépôt-titres no..., dont X._ est titulaire auprès de la banque B._, à concurrence de 12'850 fr. en faveur de A._ et dit, pour le surplus, que ce compte était à la libre disposition de X._. Enfin, elle a mis une partie des frais de procédure de première instance à la charge de X._, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. Une indemnité de 19'800 fr. a été allouée à l'intéressé au sens de l'<ref-law> à charge de l'Etat. Pour la procédure de seconde instance, la cour cantonale a mis trois quarts des frais d'appel à la charge de A._ et un quart à la charge de X._. Elle a accordé à ce dernier une indemnité pour ses dépenses obligatoires occasionnées par la procédure d'appel à la charge de A._. Enfin, elle a compensé les indemnités dues à X._ par l'Etat avec les frais mis à sa charge. Ce jugement repose, en substance, sur l'état de fait suivant.
X._ est arrivé en Suisse en 1995. Il a dispensé des cours de business et management. Il a créé la société C._ (ci-après : C._) à U._, dont il est l'unique associé gérant. Dès janvier 2004, il a travaillé pour le compte de A._ jusqu'au 9 août 2010, date à laquelle il a démissionné. Selon le contrat de travail liant les parties, X._ était rémunéré, d'une part, en fonction du nombre d'élèves inscrits à l'école et, d'autre part, par une commission de 10% en faveur de C._ sur les revenus d'écolages résultant des activités de promotion. De plus, l'employeur prenait à sa charge tous les frais engendrés par l'activité de promotion. La cour cantonale a retenu que A._ avait admis, ou à tout le moins toléré, que X._ perçoive en cash l'écolage de certains étudiants. Dans la mesure où le salaire dû était régulièrement payé avec retard, A._ avait admis une compensation entre ces montants et ceux dus à titre de salaire ou de remboursement de frais.
Le 7 octobre 2009, D._ a versé un montant de 30'000 fr. sur le compte de la société C._ pour les frais d'écolage de E._. De ce montant, C._ a reversé une somme de 17'150 fr. à A._ le 12 octobre 2009 et a conservé le solde.
Concernant F._, la cour cantonale a constaté que X._ avait admis avoir reçu l'écolage en question et avoir procédé à une compensation avec ce qui lui était dû. A._ ayant accepté l'encaissement d'écolages par X._, les explications peu claires de l'administrateur de l'école ne permettaient pas de mettre en doute une compensation possible. Partant, la cour cantonale n'a retenu aucune infraction à la charge de X._.
Quant au décompte de frais de promotion au Brésil, la cour cantonale a retenu que ce document contenait un montant de 4800 euros, dont X._ avait dit qu'il représentait la somme que les autorités locales auraient prélevée à son arrivée sur territoire brésilien parce qu'il était dépourvu du visa nécessaire. Aucune explication n'avait été demandée à ce sujet à X._ avant sa démission. La cour cantonale a exposé ne pas voir quelle infraction celui-ci aurait commise dans de telles circonstances.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement sur appel du 8 mars 2016 (dossier 6B_613/2016). Il conclut, avec suite de frais et dépens, à la réforme de cette décision en ce sens qu'il soit acquitté de toutes les préventions retenues contre lui, que les conclusions civiles de A._ soient rejetées, le séquestre de son dépôt-titres levé et qu'une indemnité au sens de l'<ref-law> lui soit allouée. Il requiert, par ailleurs, que l'effet suspensif soit accordé à son recours.
A._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le même jugement (dossier 6B_627/2016). Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à la réforme de cette décision dans le sens de la condamnation de X._ pour abus de confiance à une peine pécuniaire avec sursis, à l'allocation de ses conclusions civiles par 27'850 fr., à la levée du séquestre ordonné sur le compte dépôt-titres à concurrence de la même somme, à la mise à charge de X._ d'une partie des frais de première instance, au partage des frais d'appel entre les parties, à l'octroi à X._ d'une juste indemnité pour ses dépenses obligatoires occasionnées par la procédure d'appel ainsi que d'une indemnité au sens de l'<ref-law> à la charge de l'Etat. A titre subsidiaire, A._ conclut à l'annulation du jugement entrepris et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours sont dirigés contre la même décision, concernent le même complexe de faits et portent dans une large mesure sur les mêmes questions de droit. Il se justifie de les joindre et de statuer par une seul et même arrêt (<ref-law> et 24 PCF).
Recours de X._
2.
Le recourant considère que l'autorité précédente a procédé à une appréciation des preuves arbitraire et qui violerait le principe " in dubio pro reo ".
Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens de l'art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (voir sur cette notion et l'exigence que la décision soit aussi insoutenable dans son résultat : <ref-ruling> consid. 2.1 p. 18 s. et 138 III 378 consid. 6.1 p. 379 s.). Il n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 CPP, ainsi que son corollaire le principe " in dubio pro reo " concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe " in dubio pro reo ", celui-ci n'a pas une portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
3.
3.1. La cour cantonale a retenu que l'écolage dû par l'élève E._ avait été payé en totalité par D._ au recourant sur le compte de sa société C._, que le montant de cet écolage s'élevait à 30'000 fr. et que seule une somme de 17'150 fr. avait été reversée à l'intimée pour le compte de cet élève. Dans la mesure où le versement de 30'000 fr. effectué sur le compte de la société C._ par D._ constituait le paiement de l'écolage de E._, le solde non versé à l'intimée par 12'850 fr. avait été conservé par le recourant alors qu'il était destiné à l'intimée.
3.2. Le recourant conteste les faits retenus par la cour cantonale. Il considère que les documents au dossier ne permettraient pas d'affirmer que l'écolage était de 30'000 fr. alors que l'élève lui-même avait admis qu'il était de 40'000 francs. De plus, le représentant de l'intimée aurait donné plusieurs versions des faits qui enlèveraient toute valeur probante aux pièces produites, en particulier aux décomptes dont il devrait résulter que le recourant aurait conservé 12'850 fr. appartenant à l'intimée.
3.3. Il n'est pas contesté que l'écolage de E._ a effectivement été payé par D._ au recourant, selon attestation de E._ figurant au dossier. Concernant le montant de l'écolage, il ressort de la facture du 17 septembre 2009 de l'intimée qu'il s'élevait à 40'000 francs. G._, administrateur de l'intimée, a déclaré, lors de l'audition de confrontation du 18 janvier 2012 entre lui-même et le recourant, qu'à la demande de ce dernier, l'écolage avait été réduit à deux reprises, comme cela résultait de la mention sur la facture du 10 janvier 2010, pour atteindre le montant de 30'000 fr. le 5 octobre 2009. Interpellé sur cette baisse, le recourant n'a pas contesté les déclarations de G._ concernant la réduction de l'écolage. Le 7 octobre 2009, soit deux jours après la dernière baisse, le versement du montant de 30'000 fr. par D._ a été reçu sur les comptes de la société C._.
Compte tenu de ces éléments, la cour cantonale pouvait retenir sans arbitraire que l'écolage de E._ s'élevait à 30'000 fr. et qu'il avait été payé par D._ sur un compte de C._. Les allégations du recourant selon lesquelles le montant en question concernerait des prestations facturées par C._ à D._, ne reposent sur aucune pièce et le recourant n'a jamais donné la moindre explication concernant le genre de prestations et l'époque où elles auraient été effectuées. Ces développements ne sont donc pas de nature à établir que l'appréciation de la cour cantonale serait insoutenable.
S'agissant du montant de 17'150 fr. versé en cash sur le compte de l'intimée le 12 octobre 2009, il est peu important de savoir s'il provenait ou non du montant de 19'400 fr. retiré le même jour par le recourant. En effet, celui-ci a effectué le versement au nom de C._ pour E._, comme cela résulte de la pièce comptable produite. Le fait que ce versement mentionne C._ au lieu du recourant ne change rien puisque celui-ci versait un montant qu'il avait perçu et qui était destiné à l'écolage de E._. Concernant les décomptes auxquels se réfère le recourant pour tenter d'établir des variations dans les déclarations et les documents produits par l'intimée, il faut relever que l'état des frais (statement of expenses) du 20 avril 2010 ne concerne en rien l'écolage. Il s'agit de frais divers payés par l'intimée en faveur de E._. Il n'est pas exclu que le montant dû ait fait l'objet d'un paiement de 10'000 fr. laissant ainsi un solde de 2108 fr. 90. Ces montants ne sont toutefois pas en cause; ils ne font pas l'objet de l'accusation. Les divers documents auxquels se réfère le recourant ne permettent donc pas d'établir que c'est de façon arbitraire que la cour cantonale a retenu qu'il avait conservé un montant de 12'850 fr. destiné à l'intimée au titre de l'écolage de E._.
Les considérations qui précèdent conduisent au rejet du recours de X._.
Recours de A._
4.
Commet un abus de confiance au sens de l'<ref-law>, celui qui, sans droit, aura employé à son profit ou au profit d'un tiers des valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées.
Sur le plan objectif, l'infraction suppose qu'une valeur ait été confiée, autrement dit que l'auteur ait acquis la possibilité d'en disposer, mais que, conformément à un accord (exprès ou tacite) ou un autre rapport juridique, il ne puisse en faire qu'un usage déterminé, en d'autres termes, qu'il l'ait reçue à charge pour lui d'en disposer au gré d'un tiers, notamment de la conserver, de la gérer ou de la remettre (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 27). Le comportement délictueux consiste à utiliser la valeur patrimoniale contrairement aux instructions reçues, en s'écartant de la destination fixée (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 259). L'al. 2 de l'<ref-law> ne protège pas la propriété, mais le droit de celui qui a confié la valeur patrimoniale à ce que celle-ci soit utilisée dans le but qu'il a assigné et conformément aux instructions qu'il a données; est ainsi caractéristique de l'abus de confiance au sens de cette disposition le comportement par lequel l'auteur démontre clairement sa volonté de ne pas respecter les droits de celui qui lui fait confiance (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 259; <ref-ruling> consid. 1c p. 25).
Du point de vue subjectif, l'auteur doit avoir agi intentionnellement et dans un dessein d'enrichissement illégitime, lequel peut être réalisé par dol éventuel (<ref-ruling> consid. 2a p. 34). Celui qui dispose à son profit ou au profit d'un tiers d'un bien qui lui a été confié et qu'il s'est engagé à tenir en tout temps à disposition de l'ayant droit s'enrichit illégitimement s'il n'a pas la volonté et la capacité de le restituer immédiatement en tout temps. Celui qui ne s'est engagé à tenir le bien confié à disposition de l'ayant droit qu'à un moment déterminé ou à l'échéance d'un délai déterminé ne s'enrichit illégitimement que s'il n'a pas la volonté et la capacité de le restituer à ce moment précis (<ref-ruling> consid. 3a p. 29 s.). Le dessein d'enrichissement illégitime fait en revanche défaut si, au moment de l'emploi illicite de la valeur patrimoniale, l'auteur en paie la contre-valeur, s'il avait à tout moment ou, le cas échéant, à la date convenue à cet effet, la volonté et la possibilité de le faire ( "Ersatzbereitschaft "; <ref-ruling> consid. 2a p. 34) ou encore s'il était en droit de compenser (<ref-ruling> consid. 3a p. 34 s.). Cette dernière hypothèse implique que l'auteur ait une créance d'un montant au moins égal à la valeur qu'il s'est appropriée ou à la valeur patrimoniale qu'il a utilisée et qu'il ait vraiment agi en vue de se payer. L'absence ou le retard d'une déclaration de compensation, bien qu'il puisse constituer un indice important de l'absence d'une véritable volonté de compenser, n'est en revanche pas déterminant (<ref-ruling> consid. 3a p. 35).
5.
5.1. La cour cantonale a constaté que l'intimé avait admis avoir reçu de F._ une somme de 9000 fr. et qu'il avait compensé ce montant avec d'autres que lui devait la recourante. Elle a aussi retenu que celle-ci avait acquiescé à l'encaissement d'écolages directement par l'intimé et que les explications peu claires de l'administrateur de la recourante ne permettaient pas de modifier cette appréciation.
5.2. La recourante conteste l'acquittement, estimant que les éléments constitutifs de l'abus de confiance au sens de l'<ref-law> sont donnés. Elle considère que la cour cantonale ne pouvait pas, sans arbitraire, admettre l'existence d'un acquiescement de principe à l'encaissement de certains écolages par l'intimé. Celui-ci avait d'ailleurs reçu le montant de 9000 fr. le 24 juillet 2010 alors qu'il était en vacances depuis fin juin 2010 et qu'il n'avait plus eu de contacts avec la recourante depuis cette époque, ce qui exclurait que celle-ci ait pu accepter la compensation.
5.3. Il ressort de certaines pièces du dossier, en particulier des décomptes portant sur les salaires d'avril à juin 2010, que la recourante additionnait tous les montants d'écolages encaissés par l'intimé et calculait les montants dus à celui-ci à différents titres (salaires, remboursements de frais, etc.) avant d'établir le solde dû. Cette manière de faire légitimait l'intimé à procéder à certains encaissements, étant entendu qu'un décompte était établi par la suite. C'est certainement dans ce sens qu'il faut comprendre la déclaration de l'intimé à F._, lorsqu'il lui a dit qu'il " s'arrangerait avec G._ ". Dans ces conditions, la cour cantonale pouvait admettre sans arbitraire l'existence d'un accord de principe entre la recourante et l'intimé permettant à celui-ci d'encaisser des écolages avant l'établissement d'un décompte de compensation. Concernant le cas de F._, il y a lieu de préciser l'état de fait en ce sens que l'encaissement du montant de 9000 fr. a eu lieu le 24 juillet 2010 alors que l'intimé était en vacances mais encore en activité pour le compte de la recourante, puisqu'il a démissionné le 9 août 2010 pour la fin de l'année.
Les faits retenus par la cour cantonale, dont la recourante n'a pas établi qu'ils l'avaient été de façon arbitraire, conduisent à admettre que l'intimé avait la possibilité d'encaisser certains montants dus par les élèves et que ces montants faisaient l'objet d'un décompte avec compensation pour les sommes dues par la recourante. Dans ces circonstances, l'intimé était en droit d'admettre que le montant en question allait faire l'objet d'une compensation avec les salaires et autres frais qui lui seraient dus ultérieurement. Il apparaît donc que l'intimé n'a pas commis d'abus de confiance, faute de dessein d'enrichissement illégitime.
6.
6.1. S'agissant du montant de 4800 euros figurant dans le décompte de frais relatif au voyage de promotion au Brésil comme un montant retenu par les autorités de ce pays, la cour cantonale a constaté que G._ avait signé, le 22 septembre 2009, ledit décompte et que rien ne permettait d'établir qu'il avait réclamé des explications à l'intimé sur ce montant avant sa démission.
6.2. La recourante conteste l'appréciation de l'autorité précédente. Elle estime qu'il est dûment établi qu'elle n'a jamais admis les 4800 euros à titre de frais de promotion au Brésil. Elle en veut pour preuve que le décompte en question se trouve dans un document intitulé " 9) Frais de voyage indus ".
6.3. Il y a tout d'abord lieu de mentionner que le titre du document n'est pas des plus clairs. On ne voit pas en particulier à quoi correspond le chiffre 9 ni de quel document global il provient. De plus, il est très probable que le titre ait été rajouté après l'établissement du décompte. En effet, tous les frais y figurant ne sont pas " indus "; en tout cas, la recourante ne le prétend pas. Concernant le décompte lui-même, il faut constater que l'intimé a reçu 14'000 euros pour la promotion au Brésil le 17 septembre 2009. A son retour, il a établi le décompte et a restitué 8900 euros à la recourante, la différence étant constituée par les 4800 euros présentés comme " Taken by the brasilian Authorities " et 322,50 euros de frais divers. L'administrateur de la recourante a accusé réception du montant de 8900 euros en apposant le timbre " reçu le 22 septembre 2009 ", sans aucune remarque ou réserve concernant le montant de 4800 euros. La recourante n'a pas été en mesure de produire le moindre document par lequel elle aurait réclamé ou contesté le montant en question. Elle se borne à alléguer des réclamations sans pouvoir les établir. De plus, il s'est écoulé presqu'un an entre ce décompte et la plainte de la recourante. Durant ce laps de temps, celle-ci aurait eu la possibilité d'opérer une compensation du montant auquel elle estimait avoir droit avec le salaire ou d'autres montants dus à l'intimé, si celui-ci avait refusé de le restituer.
Etant rappelé que, selon les constatations de fait de la cour cantonale, l'employeur prenait en charge " tous les frais engendrés par l'activité de promotion ", l'ensemble des éléments qui précèdent ne permet pas d'admettre que le montant en question aurait été utilisé indûment par l'intimé, respectivement qu'un dessein d'enrichissement illégitime serait établi. Du moins les développements de la recourante ne démontrent-ils pas, dans cette perspective, que la décision cantonale, acquittant l'intimé, serait arbitraire dans son résultat.
7.
Les deux recours étant rejetés, il n'y a pas lieu de modifier la répartition des frais des instances précédentes ou l'allocation d'indemnités au sens de l'<ref-law>.
Chaque recourant supportera les frais de justice en rapport avec son recours (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
La demande de restitution de l'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_613/2016 et 6B_627/2016 sont jointes.
2.
Le recours de X._ est rejeté.
3.
Le recours de A._ est rejeté.
4.
Les frais du recours de X._, arrêtés à 2000 fr., sont mis à sa charge et les frais du recours de A._, arrêtés à 2000 fr., mis à la charge de celle-ci.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 1 er décembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Vallat