Faits :
A.
En 2003, A.X._ et B.X._ ont quitté le canton de Vaud pour s'installer en Valais à Y._. Ils ont cependant conservé le cabinet de physiothérapie, institut de beauté, onglerie et soins des pieds, qu'ils exploitaient à Lausanne en raison individuelle. Le 4 mai 2006, ils ont remis leur cabinet avec effet au 26 juin 2006 pour un montant de 240'000 fr. Ils se sont engagés à l'égard des repreneurs à « (...) ne pas créer un nouveau cabinet identique à celui qui est présentement cédé dans la région de Lausanne». Le 1er juin 2006, ils ont repris un cabinet de physiothérapie, onglerie, soins des mains et des pieds, à Z._, qu'ils ont ouvert le 1er juillet 2006.
Le 21 novembre 2007, ils ont demandé à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud de considérer comme remploi le produit de la vente de leur cabinet de physiothérapie, après déduction de la valeur comptable du mobilier cédé et des cotisations AVS, pour un montant net de 208'040 fr.
Par décision de taxation du 11 août 2008 en matière d'impôt cantonal et communal pour la période 2006, le bénéfice résultant de la vente du cabinet de physiothérapie a été ajouté aux revenus des époux provenant de l'exercice d'une activité indépendante imposable dans le canton de Vaud pour l'impôt cantonal et communal jusqu'au 30 juin 2006. Une réclamation contre la décision de taxation du 11 août 2008 a été rejetée le 2 décembre 2015.
B.
Par arrêt du 11 mai 2016, le Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours interjeté contre la décision sur réclamation du 2 décembre 2015. Il n'y avait pas de rapport de connexité entre les actifs faisant l'objet du remploi et l'exploitation concernée, puisque les intéressés n'avaient pas seulement acquis des biens de remplacement, mais également réalisé un investissement immobilier en faisant l'acquisition de l'appartement qui abritait le cabinet de Z._. A cela s'ajoutait que le prix de vente du cabinet de Lausanne comprenait le goodwill de l'entreprise cédée à concurrence de 85%, que les recourants s'étaient expressément engagés à ne pas faire de concurrence aux repreneurs de leur cabinet et à ne pas créer un nouveau cabinet identique dans la région de Lausanne, de sorte qu'ils n'avaient pas continué l'exploitation existante. Ces faits excluaient le remploi.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les contribuables demandent au Tribunal fédéral, au moins implicitement, de réformer l'arrêt rendu le 11 mai 2016 par le Tribunal cantonal du canton de Vaud en ce sens que les reprises fiscales effectuées par l'autorité pour les impôts fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2006 soient annulées. Il se plaignent de la violation du droit fédéral. Ils contestent le refus du remploi.
Le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration cantonale des impôts concluent au rejet du recours. Les contribuables ont répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été enregistré sous les numéros d'ordre 2C_545/2016 et 2C_546/2016 distinguant l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal. Les causes présentant toutefois les mêmes problèmes sont jointes.
2.
2.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
2.2. Dans la mesure où les recourants concluent à l'annulation de la reprise aussi en matière d'impôt fédéral direct de la période fiscale 2006 (cf. mémoire de recours, p. 2), leurs conclusions sont irrecevables, parce qu'elles sortent de l'objet du litige tel qu'il a été fixé par l'arrêt attaqué qui ne porte que sur l'impôt cantonal et communal (cf. arrêt attaqué. consid. 2).
2.3. Au surplus, le recours a été déposé en temps utile et dans les (autres) formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 <ref-law>) par les recourants, contribuables et destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'ils ont qualité pour recourir (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours, dans la mesure de sa recevabilité.
3.
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). En revanche, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. <ref-law>). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232).
3.2. L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
4.
4.1. Selon l'art. 8 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts direct des cantons et des communes (LHID, loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'<ref-law> - relatif à l'imposition des gains immobiliers - est réservé.
L'<ref-law> prohibe les dispositions cantonale instituant un impôt de départ dans les relations intercantonales. Cela résulte non seulement, a contrario, de la lettre de l'<ref-law>, mais également de la volonté d'harmonisation fiscale du législateur d'éliminer les obstacles à l'intérieur d'un espace économique unique en Suisse telle qu'elle ressort des art. 8 al. 3 et 4 ainsi que 24 al. 2 let. b et al. 3 LHID (M. REICH/J. VON AH, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, Zweifel/Beusch éd., 3e éd., Bâle 2017 n° 43 ad <ref-law>).
4.2. Selon l'<ref-law> (dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008 [RO 2008 2893] applicable à la période fiscale 2006 en cause), lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes inhérentes à ces biens peuvent être reportées, dans un délai raisonnable, sur des éléments acquis en remploi qui remplissent la même fonction; le report de réserves latentes sur des éléments de fortune sis hors de Suisse est exclu. L'art. 34 de la loi cantonale vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RSVD 642.11, dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008 applicable à la période fiscale 2006 en cause) est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale.
L'<ref-law>, dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008, consacre la "théorie de l'identité", tandis que la nouvelle version de cette disposition se réfère à la "théorie du réinvestissement limité" (cf. Message concernant la loi fédérale sur l'amélioration des conditions fiscales applicables aux activités entrepreneuriales et aux investissements [Loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II], FF 2005 4469, p. 4553), selon laquelle un remploi peut porter sur tout autre actif immobilisé nécessaire à l'exploitation. Il est exclu d'appliquer à la période fiscale 2006, soit rétroactivement les nouvelles dispositions légales qui ne sont entrées en vigueur que depuis le 1er janvier 2009.
C'est par conséquent en vain que les recourants soutiennent qu'il y a lieu de tenir compte du fait que le législateur a voulu, avec le nouveau droit, assouplir les conditions du remploi, de sorte qu'il suffit désormais que les biens immobilisés de remplacement acquis soient également nécessaires à l'exploitation, la similarité de la fonction n'étant donc plus une condition légale (cf. arrêts 2C_142/2012 du 18 septembre 2013 consid. 3.6; RDAF 2014 II p. 309 et 2C_308/2009 du 14 octobre 2009 consid. 2; RDAF 2010 II p. 429).
4.3. Comme le relève avec raison l'instance précédente, le remploi au sens des <ref-law> et 34 LI/VD, dans leur version en vigueur au moment des faits, commandait que les biens immobilisés aliénés et ceux de remplacement soient tous les deux nécessaires à l'exploitation et aient la même fonction économique et technique (cf. arrêts 2C_142/2012 du 18 septembre 2013 consid. 3.6 et 2A.586/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.2), ce qui suppose que, pour l'essentiel, le bien serve à la poursuite de la même activité dans la même entreprise (cf. Arch. 55, 438; RDAF 1988 p. 344; cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 329/330; Arch. 52, 481 et s; RDAF 1984 p. 274 consid. 5 p. 277 et s; en matière d'impôt fédéral direct, qui prévoyait une règle similaire : ROBERT DANON, in YERSIN/NOËL [éd.], Commentaire LIFD, no 15 ad art. 64 et les références citées). En revanche, conformément à la conception de l'harmonisation fiscale, il n'est pas nécessaire que les biens servent à la poursuite de la même entreprise dans le même canton. Contrairement à ce qu'affirme l'instance précédente par conséquent, le remploi de biens nécessaires à la poursuite de la même activité n'est pas exclu pour le seul motif que l'entreprise a été transférée dans un autre canton. L'identité de l'entreprise n'est pas affectée par le changement de canton.
4.4. En l'espèce, les recourants ont transféré leur entreprise de Lausanne à Y._ en Valais, mais ils ont bien conservé la même activité. Conformément à ce qui a été exposé ci-dessus, ils peuvent donc demander à bénéficier du remploi en franchise d'impôt mais uniquement s'agissant des biens nécessaires à l'exploitation ayant la même fonction économique et technique au sens de l'ancien <ref-law>. Tel n'est assurément pas le cas du produit provenant de la vente du goodwill représentant la valeur de la clientèle lausannoise ni du produit de la vente des autres biens qui a été réinvesti dans l'achat d'un immeuble à Y._, puisque les recourants n'étaient pas propriétaires du local commercial que leur exploitation occupait à Lausanne. En revanche, le remploi est possible pour les machines, les outils et le mobiliers si la même fonction économique et technique est préservée. Pour le surplus, l'arrêt attaqué ne contient pas les éléments de faits qui permettent, dans les limites qui viennent d'être précisées, de déterminer précisément si et pour quel montant des remplois doivent avoir lieu en franchise d'impôt. Il convient par conséquent de renvoyer la cause à l'instance précédente pour quelle rende une nouvelle décision dans le sens des considérants fixant la part du produit de l'aliénation de l'entreprise dans le canton de Vaud qui bénéfice du régime du remploi au sens de l'ancien <ref-law>.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours en matière d'impôt fédéral direct et à l'admission partielle du recours en matière d'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal et la cause renvoyée à l'instance précédente pour quelle rende une nouvelle décision au sens des considérants.
Succombant pour une infime part, l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu, doit supporter une part limitée des frais de la procédure fédérale, le reste étant solidairement à la charge des recourants qui succombent pour la plus grande partie (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Ces derniers, qui n'obtiennent que très partiellement gain de cause avec l'aide d'un représentant, ont droit à des dépens réduits (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_545/2016 et 2C_546/2016 sont jointes.
2.
Le recours est irrecevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt du 11 mai 2016 du Tribunal cantonal annulé en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. La cause renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à raison de 1'000 fr. à la charge du canton de Vaud et à raison de 2'000 fr. à la charge des recourants solidairement entre eux.
5.
Le canton de Vaud versera aux recourants, créanciers solidaires, une indemnité de partie de 1'000 fr.
6.
Le présent arrêt est communiqué au représentant des recourants, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 6 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey