Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG ist Eigentümerin der beiden Grundstücke GB-Blatt xxx und yyy in U._, welche als Grundpfand für die ihr von der Bank B._ und der C._ AG gewährten Kredite dienen. Das Betreibungsamt Dübendorf schätzte in der von der Bank B._ am 23. März 2012 und von der C._ AG am 11. April bzw. 16. Juni 2014 gegen die A._ AG angehobenen Betreibungen auf Grundpfandverwertung die beiden betroffenen Grundstücke am 5. August 2013 auf Fr. 54'000'000.--. Im Rahmen einer neuen Schätzung wurde der Wert auf Anordnung des Bezirksgerichts Uster, untere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, am 16. Mai 2014 auf Fr. 60'160'000.-- festgelegt. Die dagegen von der A._ AG eingereichten Beschwerden blieben erfolglos.
A.b. Am 13. April 2015 ersuchte die A._ AG das Betreibungsamt um die Sistierung bzw. den Aufschub der Grundpfandverwertungsverfahren, eventuell sei nach Beizug eines privaten Spezialisten ein Freihandverkauf durchzuführen. Das Betreibungsamt gab dem Antrag tags darauf einstweilen statt und setzte der Gesuchstellerin eine Frist von 90 Tagen um einen geeigneten Spezialisten zur Durchführung des Freihandverkaufs vorzuschlagen. Zudem hielt es unter anderem fest, dass die A._ AG auf allfällige Haftungsklagen für einen Mindererlös verzichte.
A.c. Dagegen gelangten sowohl die Bank B._ wie die C._ AG an das Bezirksgericht, welches ihre Beschwerden zu einem Verfahren vereinigte. Die A._ AG erhob ebenfalls Beschwerde und beantragte, den in der betreibungsamtlichen Verfügung aufgenommenen Haftungsverzicht aufzuheben bzw. für nichtig zu erklären. Mit Beschluss vom 3. August 2015 hiess das Bezirksgericht die Beschwerden der Bank B._ und der C._ AG gut und wies das Betreibungsamt an, die Verwertung der beiden verpfändeten Grundstücke unverzüglich durchzuführen. Die Beschwerde der A._ AG erachtete es mit einem eigenen Beschluss vom 3. August 2015 infolge der Aufhebung der betreibungsamtlichen Verfügung im Parallelverfahren als gegenstandslos.
B.
Die A._ AG focht die beiden bezirksgerichtlichen Beschlüsse beim Obergericht des Kantons Zürich, obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, an. Sie verlangte im Wesentlichen, die Verbindlichkeit der betreibungsamtlichen Verfügung vom 14. April 2015, mit Ausnahme des Haftungsverzichts, festzustellen. Das Obergericht vereinigte die beiden Verfahren und wies die Beschwerde am 7. Oktober 2015 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. Oktober 2015 ist die A._ AG an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils und die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz. Eventualiter erneuert sie die im kantonalen Verfahren gestellten Anträge.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet. Das Betreibungsamt und die Bank B._ (Beschwerdegegnerin 1) haben sich nicht vernehmen lassen. Die C._ AG (Beschwerdegegnerin 2) hat sich dem Gesuch widersetzt. Mit Präsidialverfügung vom 17. November 2015 ist der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.
Die Beschwerdeführerin reichte am 15. Februar 2016 eine weitere Eingabe beim Bundesgericht ein.
Es sind die kantonalen Akten, aber keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den Entscheid einer oberen kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen ist die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig eines Streitwertes gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Der Beschwerdeführerin steht ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheides zu (<ref-law>). Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde ist aus dieser Sicht einzutreten. Nicht berücksichtigt wird die nach Fristablauf erfolgte Eingabe der Beschwerdeführerin vom 15. Februar 2016 (<ref-law>).
1.2. Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht in diesem Bereich grundsätzlich von Amtes wegen und mit freier Kognition an (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen (<ref-law>), wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nicht zulässig (<ref-law>).
2.
2.1. Die obere kantonale Aufsichtsbehörde kam - wie bereits die Erstinstanz - zum Schluss, dass es keine Gründe gebe, wonach sich im konkreten Fall ein Freihandverkauf aufdränge. Der Umstand, dass das Baurekursgericht über die Beschwerde gegen den privaten Gestaltungsplan "D._", der die beiden zu verwertenden Grundstücke erfasse, noch nicht entschieden habe und dieser daher noch nicht rechtskräftig sei, bilde kein Hindernis für die Zwangsversteigerung. Die zeitlichen Vorgaben gemäss <ref-law> seien für den Freihandverkauf und für die Versteigerung die gleichen. Die Besonderheiten der zu verwertenden Grundstücke und ihr hoher Wert stellten die Zwangsversteigerung als solche noch nicht in Frage. Es gebe allerdings gute Gründe, sowohl im Hinblick auf die Versteigerung und wie auch den Freihandverkauf einen Sachverständigen mit besonderen Kenntnissen der Materie und des Marktes beizuziehen. Ob dies im konkreten Fall angebracht sei, müsse infolge des fehlenden Antrags nicht entschieden werden. Ohnehin sei es Sache des Betreibungsamtes, externe Dritte beizuziehen, wenn es dies als nötig erachte. Zudem stelle sich diese Frage zumeist erst, wenn die Beteiligten davon betroffen sind, was in aller Regel im Zusammenhang mit der Erhebung und Verlegung der diesbezüglichen Kosten der Fall ist. Schliesslich unterschied die Vorinstanz das Tätigwerden mit Blick auf den Abschluss eines Freihandverkaufs und den Abschluss als solchen. Letzterer unterliege den Voraussetzungen von <ref-law> i.V.m. <ref-law>, mithin sei die Zustimmung sämtlicher Beteiligten (ausser derjenigen, die ohnehin gedeckt sind) sowie ein konkretes Angebot mindestens in der Höhe der Schätzung erforderlich. Die Bestimmung der einzubeziehenden Beteiligten setze wiederum ein rechtskräftiges Lastenverzeichnis voraus.
2.2. Die Beschwerdeführerin besteht darauf, dass ihre zur Verwertung gelangenden Grundstücke nur im Rahmen eines Freihandverkaufs das bestmögliche Ergebnis erzielen können. Der Vorinstanz wirft sie einen Ermessensmissbrauch vor, da sie in Abweichung von der betreibungsamtlichen Verfügung die Zwangsversteigerung angeordnet habe.
3.
Die Beschwerdeführerin kritisiert zunächst das Verfahren vor der Vorinstanz.
3.1. Die Vorinstanz hat auf die Einholung einer Stellungnahme bei den Gegenparteien verzichtet, da sie die Beschwerde als offensichtlich unbegründet einstufte und den Handel als spruchreif erachtete (<ref-law> i.V.m. Art. 20a Abs. 3 und Art. 84 GOG). Die Beschwerdeführerin bestreitet die Voraussetzungen für den Verzicht auf eine Beschwerdeantwort. Ihrer Ansicht nach hat die Vorinstanz zu Unrecht eine offensichtlich unbegründete Beschwerde angenommen. Dadurch sei ihr als Beschwerdeführerin die Kenntnisnahme der gegnerischen Argumente vorenthalten worden und es habe kein zweiter Schriftenwechsel stattgefunden. Das Verfahren sei nicht korrekt durchgeführt und stelle eine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar.
3.2. Die Beschwerdeführerin behauptet zu Recht nicht, dass sie ihren Standpunkt gegenüber der Vorinstanz nicht umfassend habe darlegen können. Damit kann von einer Verweigerung ihres rechtlichen Gehörs und einer Verletzung von <ref-law> keine Rede sein. Ob den Gegenparteien das rechtliche Gehör hätte gewährt werden müssen, betrifft die Beschwerdeführerin nicht. Sie hat insoweit kein schutzwürdiges Interesse an der Prüfung dieser Rüge (<ref-law>).
4.
Anlass zur vorliegenden Beschwerde bildet die Verwertungsart für zwei pfandbelastete Grundstücke.
4.1. Das SchKG kennt als ordentliche Verwertungsart die öffentliche Versteigerung der Vermögenswerte, weil diese in der Regel am meisten Gewähr dafür bietet, dass ein objektiver Erlös erzielt werden kann (<ref-ruling> E. 1 S. 132). In der Regel werden auch Grundstücke auf dem Wege der Zwangsversteigerung versilbert. Dies gilt für die Betreibung auf Pfändung, die Betreibung auf Pfandverwertung und das Konkursverfahren sowie das Nachlassverfahren (Art. 133 Abs. 1, Art. 156 Abs. 1, Art. 256 und Art. 322 ff. SchKG), wobei das jeweilige Verfahren Besonderheiten kennt. Daneben besteht unter bestimmten Voraussetzungen die Möglichkeit des Freihandverkaufs. Diese ausserordentliche Verwertungsart untersteht nur dem Vollstreckungsrecht und ist vom Schuldrecht klar abzugrenzen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 239 mit Hinweisen; LORANDI, Freihandverkauf von Grundstücken im Betreibungs- und Konkursverfahren, BlSchK 2006 S. 1/2; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, 3. Aufl. 2016, Rz. 159). Sie setzt besondere Umstände voraus, die eine öffentliche Versteigerung als unangemessen erscheinen lassen. Dem Betreibungsamt kommt bei der Durchführung des Freihandverkaufs mit Blick auf die Ausgestaltung des Verfahrens weitgehende Freiheit zu (LORANDI, a.a.O., S. 3; STAIBLE, Verwertung von Vollstreckungssubstrat durch Betreibungs- und Konkursämter über private Auktionsplattformen im Internet, BlSchK 2012 S. 87). So ist bei Grundstücken aufgrund ihres Wertes und der besonderen Ausstattung allenfalls nur ein beschränkter Interessenkreis vorhanden, welcher Umstand die Erzielung eines bestmöglichen Erlöses erschweren kann. Dazu könnten (gemäss der im Urteil erwähnten Kurzbeurteilung LORANDI vom 8. April 2015 zuhanden der Beschwerdeführerin) beispielsweise Kunstsammlungen, Schlösser, Industriekomplexe, Infrastrukturanlagen, von raumplanerischen Verfahren erfasste Bauparzellen gehören. Ob der Anordnung des Freihandverkaufs statt der Durchführung der Zwangsversteigerung der Vorzug zu geben ist, hängt vom konkreten Fall ab, wobei dem Betreibungsamt ein erhebliches Ermessen eingeräumt ist.
4.2. In der Sache bestreitet die Beschwerdeführerin, dass das Verfahren überlang gedauert habe. Sie schildert die einzelnen Etappen und sieht die Verantwortung bei den Beschwerdegegnerinnen. Dabei übergeht sie, dass die Vorinstanz sich zum zeitlichen Moment einzig im Rahmen der Verwertungsart äusserte und mit Hinweis auf die Lehre festhielt, dass die in <ref-law> statuierte Ordnungsfrist von drei Monaten sowohl für die Versteigerung wie für den Freihandverkauf gelte. Dem kann nur beigepflichtet werden (vgl. u.a. PIOTET, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 2 zu Art. 133; STÖCKLI/DUC, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 3 zu Art. 133). Insoweit erweist sich das zeitliche Moment für die Frage, ob sich ein Freihandverkauf statt einer Versteigerung aufdrängt, nicht als massgebend. Die Frage eines Verwertungsaufschubs bildete zudem nicht mehr Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens, auch wenn sich im angefochtenen Urteil Ausführungen zu diesem Thema finden. Auf die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang beiläufig geäusserte Kritik am erstinstanzlichen Entscheid, der ohnehin nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens bildet, ist daher nicht einzugehen.
4.3. Die Beschwerdeführerin begründet ihren Vorwurf des Ermessensmissbrauchs und damit der Verletzung von Bundesrecht mit einer ausführlichen Schilderung der zur Verwertung anstehenden Grundstücke und dem Hinweis auf deren sehr hohen Wert. Die Vorinstanz hat diese Aspekte nicht übersehen und ist von einer nicht "gewöhnlichen" Grundstücksverwertung ausgegangen. Hingegen betont sie, dass der spezielle Charakter und der Wert der Grundstücke die Verwertungsart nicht bereits zwingend vorgebe, sondern jeweils die konkreten Verhältnisse zu beurteilen seien. Zudem könne das Betreibungsamt mit Blick auf die Vorbereitung der Versteigerung - wie beim Freihandverkauf - einen Experten beiziehen, um die erforderlichen Informationen zusammen zu tragen und gestützt darauf potentielle Erwerber anzugehen. Mit diesem vorinstanzlichen Hinweis setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie geht offenbar davon aus, dass einzig im Verfahren des Freihandverkaufs ein Experte beigezogen werden könne, was gerade nicht zutrifft. Zudem übersieht die Beschwerdeführerin, dass selbst im Falle eines Freihandverkaufs bestimmte Anforderungen gegeben sein müssen, damit diese Art der Verwertung zu einem Abschluss kommt. So muss insbesondere ein konkretes Angebot vorliegen, das die Deckung der Beteiligten gewährleistet (vgl. Urteil 5A_374/2013 vom 9. September 2013 E. 4.3). Andernfalls wäre doch noch eine Versteigerung anzuordnen.
4.4. Dass der bestmögliche Erlös für die zur Verwertung anstehenden Grundstücke nur durch einen Freihandverkauf erzielt werden könne, ist daher nicht zwingend. Insoweit kann der Vorinstanz keine gesetzwidrige Ermessensbetätigung (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 324/325) vorgeworfen werden.
4.5. Im Falle antragsgemässer Entscheidung in der Sache will die Beschwerdeführerin die betreibungsamtliche Verfügung vom 14. April 2015 Ziff. 4 Satz 3 (Verzicht auf Haftungsansprüche) aufheben bzw. für nichtig erklärt haben. Da der vorinstanzliche Standpunkt, wonach die genannte Verfügung vollumfänglich aufgehoben wird, zu schützen ist, braucht der diesbezügliche Eventualantrag der Beschwerdeführerin nicht mehr geprüft zu werden.
5.
Nach dem Gesagten ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss werden die Kosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>). Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen, da den Beschwerdegegnerinnen kein ersatzpflichtiger Aufwand entstanden ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Juni 2016
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante