Faits :
A.
A.a. X._ est devenu locataire d'une arcade avec arrière (deux pièces, dont une servant de cuisine, ainsi qu'un WC), au rez-de- chaussée d'un immeuble à Genève, locaux destinés à l'exploitation d'un café-brasserie, avec effet rétroactif au 1er juin 1992, à la suite de la cession du bail que lui a faite le précédent locataire le 16 juillet 1992.
Le 24 mai 1997, l'ancien propriétaire, auquel ont succédé d'abord A.A._ et B.A._ le 1er juin 1997, puis B.A._ seule à une date indéterminée, et le locataire ont conclu un nouveau contrat de bail portant sur les mêmes locaux. Le contrat a été conclu pour une durée initiale de 10 ans dès le 1er mai 1997, renouvelable ensuite tacitement d'année en année, sauf préavis de résiliation de 6 mois. Depuis le 1er mai 2011, le loyer s'élève à 2'503 fr. par mois, charges comprises.
Par avenant du 28 avril 2004, le bail a été prorogé pour 10 ans, du 1er mai 2004 au 30 avril 2014, avec la même clause de renouvellement tacite (<ref-law>).
A.b. Le 7 février 2000, le locataire avait confié la gérance libre du restaurant à U._ et V._. Le contrat ayant été résilié par ces derniers, le locataire a repris l'exploitation du restaurant le 1er juin 2012 (<ref-law>), après avoir - semble-t-il - recommencé à y travailler à temps partiel depuis le début de l'année.
A.c. Au cours des années, différents problèmes liés à l'exploitation du restaurant et des nuisances qu'il provoquait ont opposé bailleur et locataire.
B.
B.a. Le 21 février 2012, la bailleresse a communiqué au locataire une résiliation ordinaire du bail pour le 30 avril 2014, au motif qu'elle souhaitait confier l'exploitation de l'arcade à sa fille.
Sur demande de précisions du locataire, la bailleresse a exposé que l'arcade en question était idéale pour sa fille, coiffeuse salariée dans un salon de coiffure, laquelle souhaitait s'installer à son compte.
B.b. La bailleresse a également résilié le bail de manière anticipée le 20 mars 2012 pour le 30 avril 2012, sur la base de l'<ref-law>. Cette résiliation, qui a été jugée inefficace, n'est plus litigieuse et les faits y relatifs ne seront donc plus évoqués ci-après.
B.c. Par requête du 20 mars 2012, le locataire a contesté la résiliation devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève, puis, ensuite de l'échec de la conciliation et la délivrance de l'autorisation de procéder, a déposé sa demande devant le Tribunal des baux le 18 octobre 2012.
Le locataire a conclu principalement à l'annulation du congé et, subsidiairement, à ce qu'une unique prolongation de bail de six ans lui soit accordée, avec l'autorisation de quitter les locaux en tout temps moyennant un préavis d'un mois pour la fin d'un mois.
Par jugement du 13 février 2015, le Tribunal des baux a déclaré valable le congé ordinaire et octroyé au locataire une unique prolongation du bail de trois ans, échéant le 30 avril 2017.
Statuant le 22 février 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice de Genève a rejeté l'appel du locataire et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, le locataire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que la résiliation ordinaire soit annulée et, subsidiairement, à ce qu'une première prolongation du bail de 4 ans et demi, échéant le 21 octobre 2018, lui soit accordée ou, plus subsidiairement, une unique prolongation de son bail d'une durée de 6 ans jusqu'au 30 avril 2020. Il invoque la violation de l'art. 29 Cst. (recte: 29 al. 2 Cst.), de l'art. 9 Cst., de l'<ref-law> et, à titre subsidiaire, des art. 272 et 272b CO.
La bailleresse conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 2 mai 2016.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) par le locataire qui a succombé dans ses conclusions en annulation de la résiliation ordinaire du bail (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu par un tribunal supérieur statuant sur recours (<ref-law>) dans une affaire de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
Le locataire recourant se plaint tout d'abord de la violation de son droit d'être entendu (art. 29 Cst.), reprochant à la cour cantonale de n'avoir pas examiné cinq griefs qu'il énumère et qu'il avait formulés dans son acte d'appel et se plaignant de défaut de motivation.
2.1. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4.1 et les références). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêts 1B_501/2012 du 10 octobre 2012 consid. 3.1; 1B_121/2010 du 16 juin 2010 consid. 2.1; 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434).
2.2. En l'espèce, le recourant soutient que la cour cantonale n'a pas traité cinq griefs en relation avec l'installation du salon de coiffure par la fille de la bailleresse (" business plan") et avec les déclarations faites par celle-ci, griefs qu'il avait développés dans son recours cantonal. Or, la cour cantonale a retenu que la volonté de la fille de la bailleresse d'installer un salon de coiffure était claire et que rien au dossier ne permettait d'en douter. Ce faisant, elle a traité la question litigieuse, mais l'a tranchée dans le sens contraire à celui plaidé par le recourant, en exposant les motifs qui l'ont amenée à ce résultat. Pour remplir son devoir de motivation, l'autorité cantonale n'avait ensuite pas, contrairement à ce que soutient le recourant, à rejeter encore point par point tous les arguments exposés par le recourant dans son appel. Il ressort d'ailleurs précisément de son argumentation fondée sur l'arbitraire et l'application de l'<ref-law> que le recourant a compris le sens et la portée de la décision attaquée.
Au vu de ce qui précède, le grief de la violation de l'art. 29 al. 2 Cst. doit être rejeté.
3.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 265; <ref-ruling> consid. 4.2).
3.2. Le recours en matière civile est recevable notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>). Il n'examine en principe que les questions soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>). Les parties ne peuvent s'en prendre qu'à elles-mêmes si elles abandonnent un grief ou y renoncent (<ref-ruling> consid. 2; arrêts 5A_621/1013 du 20 novembre 2014 consid. 2, non publié aux <ref-ruling>; 5F_1/2014 du 18 février 2014 consid. 3.3 et 4A_132/2014 du 2 juin 2014 consid. 1). Le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2).
4.
Il y a lieu d'examiner tout d'abord la question de la validité de la résiliation ordinaire du bail.
4.1. Lorsque le bail est de durée indéterminée, ce qu'il est lorsqu'il contient une clause de reconduction tacite, chaque partie est en principe libre de résilier le contrat pour la prochaine échéance convenue en respectant le délai de congé prévu (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1). Le bail est en effet un contrat qui n'oblige les parties que jusqu'à l'expiration de la période convenue; au terme du contrat, la liberté contractuelle renaît et chacun a la faculté de conclure ou non un nouveau contrat et de choisir son cocontractant (arrêts 4A_484/2012 du 28 février 2013 consid. 2.3.1; 4A_167/2012 du 2 août 2012 consid. 2.2; 4A_735/2011 du 16 janvier 2012 consid. 2.2). La résiliation ordinaire du bail ne suppose pas l'existence d'un motif de résiliation particulier (<ref-law>), et ce même si elle entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 62). En principe, le bailleur est donc libre de résilier le bail du locataire pour des motifs économiques (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3b/bb). Le fait que le nouveau propriétaire ait la faculté de résilier le bail de manière anticipée s'il fait valoir un besoin urgent pour lui-même ou ses proches parents ou alliés (résiliation extraordinaire) en vertu de l'<ref-law> ne le prive pas du droit de résilier le bail de manière ordinaire pour le même motif.
4.2. La seule limite à la liberté contractuelle des parties découle des règles de la bonne foi: lorsque le bail porte sur une habitation ou un local commercial, le congé est annulable lorsqu'il contrevient aux règles de la bonne foi (<ref-law>; cf. également <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 4A_290/2015 du 9 septembre 2015 consid. 4.1).
La protection conférée par les art. 271-271a CO procède à la fois du principe de la bonne foi (<ref-law>) et de l'interdiction de l'abus de droit (<ref-law>).
Les cas typiques d'abus de droit (<ref-law>), à savoir l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, la disproportion grossière des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement et l'attitude contradictoire, permettent de dire si le congé contrevient ou non aux règles de la bonne foi au sens de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 3 p. 108; sur les cas typiques d'abus de droit: <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 169). Il n'est toutefois pas nécessaire que l'attitude de la partie donnant congé à l'autre constitue un abus de droit " manifeste " au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4a). Ainsi, le congé doit être considéré comme abusif lorsqu'il ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux et digne de protection (<ref-ruling> consid. 4.1). Tel est le cas lorsque le congé apparaît purement chicanier, lorsqu'il est fondé sur un motif qui ne constitue manifestement qu'un prétexte ou lorsque sa motivation est lacunaire ou fausse (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.1).
Les règles de la bonne foi (<ref-law>) qui régissent le rapport de confiance inhérent à la relation contractuelle permettent aussi d'obtenir l'annulation du congé si le motif sur lequel il repose s'avère incompatible avec elles (ATF <ref-ruling> consid. 3a).
Le but de la réglementation des art. 271-271a CO est uniquement de protéger le locataire contre des résiliations abusives. Un congé n'est pas contraire aux règles de la bonne foi du seul fait que la résiliation entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (<ref-ruling> consid. 4.1) ou que l'intérêt du locataire au maintien du bail paraît plus important que celui du bailleur à ce qu'il prenne fin (arrêts 4A_297/2010 du 6 octobre 2010 consid. 2.2; 4A_322/2007 du 12 novembre 2007 consid. 6). Pour statuer sur la validité d'un congé, il ne faut pas procéder à la pesée entre l'intérêt du bailleur à récupérer son bien et celui du locataire à rester dans les locaux; cette pesée des intérêts n'intervient que dans l'examen de la prolongation du bail (arrêts 4A_18/2016 du 26 août 2016 consid. 3.2; 4A_484/2012 précité consid. 2.3.1 et les arrêts cités).
4.3. Le congé ordinaire donné par le bailleur pour pouvoir utiliser l'habitation ou les locaux commerciaux pour lui-même ou pour l'un de ses proches parents ou alliés n'est donc annulable que s'il se révèle incompatible avec les règles de la bonne foi au sens des art. 271-271a CO (arrêt 4A_18/2016 déjà cité consid. 3.3 et l'arrêt cité).
4.3.1. Le besoin du bailleur ou de ses proches d'occuper eux-mêmes les locaux se rapproche beaucoup de la notion de besoin propre et urgent du bailleur lui-même ou de l'un de ses proches parents ou alliés (ci-après, en raccourci: le besoin propre et urgent du bailleur ou de ses proches) que l'on trouve aux art. 261 al. 2 let. a, 271a al. 3 let. a et 272 al. 2 let. d CO (<ref-ruling> consid. 5.2.1). Lorsqu'il s'agit d'examiner si la résiliation ordinaire signifiée par le bailleur viole les règles de la bonne foi, on peut appliquer les principes dégagés par la jurisprudence dans ces trois contextes sur la notion de besoin propre et urgent.
Il sied toutefois de rappeler que cette notion ne joue pas le même rôle dans les trois dispositions légales. Aux art. 261 al. 2 let. a et 271a al. 3 let. a CO, le besoin propre et urgent influe sur la validité de la résiliation, alors qu'à l'art. 272 al. 2 let. d CO, il n'est qu'un intérêt parmi d'autres - du bailleur - que le juge doit mettre en balance (pesée des intérêts) avec celui du locataire pour statuer sur la prolongation du bail (<ref-ruling> consid. 5.2.1).
4.3.2. Selon la jurisprudence, le besoin du bailleur doit être propre, c'est-à-dire que l'utilisation des locaux doit lui être nécessaire pour lui-même ou pour l'un de ses proches parents ou alliés. Un motif simulé, invoqué abusivement, n'est évidemment pas suffisant (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
S'agissant de locaux commerciaux, la personne physique ne peut justifier d'un besoin propre que si elle a la volonté de reprendre elle-même l'exploitation d'un commerce dans les locaux, à ses risques et profits, les modalités selon lesquelles elle entend le faire étant sans importance; à propos de l'exploitation d'un bar-discothèque par l'acquéreur, il a été jugé qu'il importait peu que celui-ci doive engager du personnel à cet effet, y compris un gérant (avec patente) pour exploiter l'établissement, pourvu qu'il le fasse à ses propres risques et profits (arrêt 4A_23/2009 du 24 mars 2009 consid. 3.3.1 et 3.3.3). Il a aussi été admis - dans le cadre d'un litige portant sur la prolongation du bail - que la personne physique puisse faire valoir son intérêt à exercer son activité professionnelle dans les locaux (en l'occurrence en tant qu'opticien) sous la forme d'une société (en l'occurrence à responsabilité limitée) (arrêt 4C.139/2000 du 10 juillet 2000 consid. 2b). Il importe peu que l'utilisation propre nécessite préalablement la transformation du bâtiment, voire la démolition de celui-ci et la construction d'un nouveau bâtiment (cf. <ref-ruling>, dans lequel un besoin propre a été admis alors que le propriétaire entendait démolir le bâtiment - abritant un atelier de carrosserie et de réparation d'automobiles - pour réaliser un projet de nouvelles infrastructures - en l'occurrence ferroviaires) (<ref-ruling> consid. 5.2.2.2).
Le juge décide si le nouveau propriétaire a un besoin propre en tenant compte de toutes les circonstances pertinentes du cas particulier au moment de la résiliation (<ref-ruling> consid. 5.2.2.3).
4.4. En matière de résiliation ordinaire, le motif de la résiliation revêt aussi une importance décisive: le congé doit être motivé si l'autre partie le demande (<ref-law>) et une motivation lacunaire ou fausse est un indice d'une absence d'intérêt digne de protection à la résiliation (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 59 et les arrêts cités).
4.4.1. Pour décider de la validité d'un congé ordinaire, il faut donc en premier lieu connaître le motif réel de ce congé. Cette détermination est une constatation de fait (<ref-ruling> consid. 4.3. p. 540; <ref-ruling> consid. 4.1. p. 702; arrêt 4A_476/2015 du 11 janvier 2016 consid. 5.1), que le Tribunal fédéral ne corrige que si elle est arbitraire (<ref-law> en relation avec l'art. 9 Cst.; cf. supra consid. 2.1). Si le bailleur fournit un faux motif à l'appui de la résiliation et qu'il n'est pas possible d'en établir le motif réel, il faut en déduire que le congé ne repose sur aucun motif sérieux ou en tout cas sur aucun motif légitime et avouable, ce qui justifie son annulation (<ref-ruling> consid. 4b p. 240; 4A_241/2010 du 10 août 2010 consid. 2.3; 4A_64/2010 du 29 avril 2010 consid. 2.3).
Pour en juger, le juge doit se placer au moment où la résiliation a été notifiée (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 61 s. et les arrêts cités).
4.4.2. Contrairement à ce qui prévaut lorsque le bailleur résilie le bail de manière anticipée - cas dans lequel le fardeau de la preuve de son besoin propre incombe au bailleur (<ref-ruling> consid. 5.2.4) -, il appartient au locataire, qui est le destinataire de la résiliation, de supporter les conséquences de l'absence de preuve d'un congé contraire aux règles de la bonne foi. Le bailleur qui résilie et qui doit motiver le congé a toutefois le devoir de collaborer loyalement à la manifestation de la vérité en fournissant tous les éléments en sa possession nécessaires à la vérification du motif invoqué par lui (<ref-ruling> consid. 4.1. p. 119; <ref-ruling> consid. 3c p. 111).
4.5. En l'espèce, le 28 avril 2004, le contrat de bail a été prorogé de 10 ans jusqu'au 30 avril 2014, avec clause de renouvellement tacite d'année en année, sauf résiliation six mois avant l'échéance (<ref-law>). La bailleresse a signifié au locataire une résiliation ordinaire pour l'échéance du 30 avril 2014, au motif que l'arcade est idéale pour sa fille, coiffeuse salariée dans un salon de coiffure, laquelle souhaite s'installer à son compte.
4.5.1. La cour cantonale a retenu que la bailleresse a résilié le bail avant tout pour que sa fille puisse exploiter, dans les locaux litigieux un salon de coiffure à son propre compte. Elle a estimé que ce motif était réel, que la bailleresse et sa fille s'étaient exprimées à ce sujet, confirmant la volonté claire de la fille de la bailleresse d'utiliser les locaux pour y installer un salon de coiffure, et que rien au dossier ne permettait de douter de ce motif. Elle a écarté les objections du locataire.
Le recourant ne démontre pas en quoi l'admission de cette volonté claire d'installer un salon de coiffure serait arbitraire. Il ne fait en effet que se plaindre à nouveau de ce que la cour cantonale n'a pas examiné cinq griefs qu'il avait soulevés dans son appel: or, il ne suffit pas d'affirmer que la déclaration de la fille de la bailleresse serait contraire à la vérité parce qu'elle n'aurait pas " visité " l'arcade puisque son locataire aurait seulement admis " qu'elle y était entrée deux-trois fois pour le saluer ", ni que ladite fille aurait eu connaissance des procès-verbaux avant son audition. Quant aux trois arguments en relation avec les chiffres du business plan présenté par la fille de la bailleresse, le recourant en déduit uniquement que celle-ci est peu au fait de son projet, qu'il qualifie d'irréaliste, ce qui ne démontre pas l'arbitraire de la constatation de la cour cantonale. Enfin, il ne lui suffit pas d'affirmer que la cour cantonale aurait examiné ses griefs de manière artificielle, sans tenir compte du litige dans son ensemble.
Le grief d'arbitraire dans l'appréciation des faits est irrecevable.
4.5.2. Sur la base des faits retenus, la cour cantonale a considéré que la résiliation ordinaire avait été donnée valablement, dans le respect des règles de la bonne foi.
Lorsque le recourant croit voir une contradiction entre la formulation du motif du congé formulé au moment de la résiliation et les précisions données par la suite par la bailleresse, d'où il semble déduire que le motif invoqué ne serait pas conforme à la vérité, il s'en prend à nouveau à l'appréciation de la cour cantonale s'agissant de la volonté claire de la bailleresse et de sa fille d'installer un salon de coiffure dans l'arcade, de sorte que son grief de violation de l'<ref-law> doit être rejeté car il ne repose pas sur des faits constatés.
La cour cantonale ayant retenu que la fille de la bailleresse entendait installer son salon de coiffure dans l'arcade, il ne saurait y avoir, comme le soutient le recourant, de violation de l'<ref-law>, parce que la cour cantonale n'aurait pas retenu " qu'il appartenait à la bailleresse de rendre au moins vraisemblable son motif ". Ce grief est sans aucune pertinence.
En tant que le recourant invoque l'application par analogie de l'<ref-ruling>, il se fourvoie. Lorsque le bailleur ou un de ses proches entend utiliser les locaux pour ses besoins propres, la question de savoir si les locaux sont adaptés à la nouvelle destination ou nécessitent d'importantes transformations est sans pertinence, à moins que le locataire ne démontre que cette nouvelle affectation ne pourrait pas être autorisée par les autorités administratives (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2.1). Quant à l'obligation pour le bailleur de présenter un projet suffisamment mûr et élaboré, elle a uniquement pour but d'apprécier l'importance des travaux envisagés et de déterminer si ceux-ci nécessitent le départ du locataire (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2.2). C'est également à tort que le recourant soutient que la bailleresse aurait dû fournir un business plan au moment de la résiliation.
Lorsqu'il reproche à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte de l'existence d'une seconde arcade plus commode et louée, son grief est sans pertinence.
En tant qu'il soutient à nouveau que le salaire qu'entend obtenir la fille de la bailleresse serait irréaliste, il tombe à faux au regard de l'<ref-law>.
Enfin, la cour cantonale ne saurait avoir violé l'<ref-law> parce qu'elle a estimé qu'il lui incombait de faire citer les témoins pour appuyer sa thèse.
Le recours est donc infondé, dans la mesure où il est recevable, en ce qui concerne la résiliation ordinaire du bail.
5.
La résiliation étant valable, il y a lieu d'examiner la question de la prolongation du bail. La cour cantonale a confirmé l'unique prolongation du bail de trois ans jusqu'au 30 avril 2017 accordée par le Tribunal des baux. Le locataire recourant conclut à l'octroi d'une première prolongation de 4 ans et demi jusqu'au 31 octobre 2018 et, subsidiairement, d'une unique prolongation de 6 ans jusqu'au 30 avril 2020.
5.1. Selon l'<ref-law>, le locataire peut demander la prolongation du bail lorsque la fin du contrat aurait pour lui ou sa famille des conséquences pénibles sans que les intérêts du bailleur le justifient. Pour trancher la question, le juge doit procéder à une pesée des intérêts en présence, en prenant en considération notamment les critères énumérés à l'al. 2 de cette disposition. Lorsqu'il s'agit de locaux commerciaux, la durée maximale de la prolongation est de six ans; dans cette limite, le juge peut accorder une ou deux prolongations (<ref-law>).
Lorsqu'il doit se prononcer sur une prolongation de bail, le juge apprécie librement, selon les règles du droit et de l'équité (<ref-law>), s'il y a lieu de prolonger le bail et, dans l'affirmative, pour quelle durée. Il doit procéder à la pesée des intérêts en présence et tenir compte du but de la prolongation, consistant à donner du temps au locataire pour trouver des locaux de remplacement (<ref-ruling> consid. 4b p. 230) ou à tout le moins pour adoucir les conséquences pénibles résultant d'une extinction du contrat (<ref-ruling> consid. 3b p. 448 s.; arrêt 4C.139/2000 précité consid. 2a). Il lui incombe de prendre en considération tous les éléments du cas particulier, tels que la durée du bail, la situation personnelle et financière de chaque partie, leur comportement, de même que la situation sur le marché locatif local (<ref-ruling> consid. 4b p. 230; <ref-ruling> consid. 6 p. 195 et les arrêts cités). Il peut tenir compte du délai qui s'est écoulé entre le moment de la résiliation et celui où elle devait prendre effet, ainsi que du fait que le locataire n'a pas entrepris de démarches sérieuses pour trouver une solution de remplacement (<ref-ruling> consid. 4c p. 230; arrêt 4C.425/2004 du 9 mars 2005 consid. 3.4, SJ 2005 I p. 397). Le choix entre une ou deux prolongations doit permettre au juge de choisir la solution la plus adaptée aux circonstances (arrêts 4A_105/2009 du 5 juin 2009 consid. 3.1 avec référence au Message du Conseil fédéral; 4A_386/2014 du 11 novembre 2014 consid. 4.3.1); il peut donc, dans la pesée des intérêts des deux parties, décider d'accorder une première prolongation du bail ou une prolongation définitive et, cas échéant, en fixer la durée. Il n'y a pas de priorité de l'une de ces solutions par rapport à l'autre (arrêts 4A_105/2009 précité consid. 3.2; 4A_386/2014 précité consid. 4.3.1).
Le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec réserve la décision d'équité prise en dernière instance cantonale. Il n'intervient que lorsque celle-ci s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation, ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; en outre, le Tribunal fédéral redresse les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4b; voir aussi <ref-ruling> consid. 5.4 p. 211; <ref-ruling> consid. 2 p. 111 s.).
5.2. Dans la pesée des intérêts, le Tribunal des baux a retenu que le locataire, qui est marié et a deux grands enfants, est titulaire du bail depuis le 1er juin 1992 et qu'il a repris personnellement l'exploitation du restaurant depuis le 1er juin 2012, activité dont il tire ses revenus; il n'a toutefois entrepris aucune recherche pour trouver un local de remplacement, alors même que la résiliation date de février 2012. S'agissant de la bailleresse, le Tribunal a retenu que les besoins de sa fille sont avérés, mais ne sont pas urgents, puisqu'elle est actuellement employée dans un autre salon de coiffure et ne fait pas état de conditions de travail rendant son départ nécessaire de manière imminente; la bailleresse avait d'ailleurs proposé au locataire, lors de la résiliation du 21 février 2012, de convenir d'une date de départ postérieure au 30 avril 2014. Le Tribunal a dès lors considéré qu'une unique prolongation de trois ans échéant le 30 avril 2017 concilie de manière équitable les intérêts opposés des parties.
La cour cantonale a considéré qu'en accordant cette prolongation unique de trois ans, le Tribunal des baux avait correctement pesé les intérêts des parties, en tenant compte, du côté du locataire de la longueur des rapports contractuels, de son exploitation personnelle, dont il tire son revenu, et de l'absence de recherches pour trouver des locaux de remplacement et, du côté de la bailleresse, du besoin de sa fille de pouvoir installer son salon de coiffure.
5.3. Le locataire recourant reproche tout d'abord à la cour cantonale de n'avoir pas motivé pourquoi elle avait choisi de ne lui octroyer qu'une unique prolongation plutôt qu'une première prolongation. Dès lors que ce choix avait déjà été celui du Tribunal des baux, auquel le demandeur n'avait demandé qu'une unique prolongation, et que le recourant n'a pas soulevé ce grief dans son appel, il ne saurait reprocher à la cour cantonale un défaut de motivation de son arrêt; d'ailleurs, il ne cite même pas l'art. 29 al. 2 Cst. à l'appui de son grief (<ref-law>).
Compte tenu des faits constatés, en particulier de ce que le locataire a repris l'exploitation du café le 1er juin 2012 alors que la résiliation du bail lui avait déjà été communiquée le 21 février 2012, et qu'il n'a entrepris aucune recherche pour trouver des locaux de remplacement depuis lors, que, jusqu'à l'échéance de la prolongation accordée, la durée depuis la résiliation est de plus de cinq ans, on ne voit pas en quoi le choix d'une unique prolongation serait inadéquate. Le recourant n'invoque aucune circonstance qui en serait la preuve, se limitant à affirmer qu'une unique prolongation serait contraire aux art. 272 et 272b CO.
5.4. Lorsque le recourant soutient que la durée de la prolongation devrait lui permettre d'amortir les conséquences pénibles du congé, il passe sous silence le fait qu'il a repris personnellement l'exploitation du café alors que la résiliation ordinaire du bail lui avait déjà été signifiée. Lorsqu'il invoque qu'il n'avait pas à entreprendre de recherches puisqu'il concluait à l'annulation du congé, il méconnaît que, s'agissant d'une résiliation ordinaire communiquée par le bailleur qui fait valoir un besoin propre des locaux, il devait s'attendre à ce que le congé soit déclaré valable. Son recours sur ce point frise la témérité.
En ce qui concerne la durée de la prolongation, le recourant ne s'en prend pas à l'appréciation de la cour cantonale, se bornant à affirmer qu'elle viole les art. 272 et 272b CO. Contrairement à ce qu'il soutient, la cour cantonale a pris en considération la durée du bail et retenu que le besoin de la bailleresse n'était pas urgent au sens de l'art. 272 al. 2 let. d CO, de sorte que le Tribunal fédéral ne saurait substituer son appréciation à celle de la cour cantonale. On relèvera d'ailleurs que la durée depuis la résiliation du bail le 21 février 2012 jusqu'à l'échéance de la prolongation accordée au 30 avril 2017, est de plus de cinq ans.
Le recours est donc infondé sur ce point.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté aux frais de son auteur (<ref-law>). Le recourant versera également une indemnité de dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 7 octobre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget