Fatti:
A.
La A2._, è una fondazione creata nel 1978 con sede a X._ (VD) al fine di assicurare i suoi assicurati contro le conseguenze economiche della malattia, degli infortuni e della maternità. Con contratto del 20 marzo 2013 e secondo decisione dell'autorità di vigilanza del 12 aprile 2013 (<ref-law>; cfr. estratti internet con radiazioni del Registro di commercio concernenti le società in www.rc.vd.ch nonché ricorso pag. 2), essa ha trasferito, senza controprestazione, parte dei suoi attivi e passivi ad A3._ SA, società creata nel luglio 2012, anche essa con sede a X._ (VD), il cui scopo è di esercitare l'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie, l'assicurazione d'indennità giornaliere facoltativa, tutte le attività nell'ambito dell'assicurazione contro gli infortuni e la riassicurazione ai sensi della legge federale del 18 marzo 1994 sull'assicurazione malattie (LAMal; RS 832.10).
Dello stesso gruppo fa parte anche la A1._ SA, sempre con sede a X._ (VD), società che dal giugno 2000 si occupa delle assicurazioni complementari ai sensi della legge federale del 2 aprile 1908 sul contratto d'assicurazione (LCA; RS 221.229.1).
B.
Il 20 dicembre 2006 A1._ SA ha comunicato all'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Dipartimento delle finanze e dell'economia del Cantone Ticino che A2._, le aveva trasferito la gestione delle assicurazioni complementari secondo la LCA a partire dal 1° gennaio 2001. Precisava poi che, diversamente da A2._, essa aveva assunto personale proprio solo nei Cantoni di Vaud e di Berna, motivo per cui nel futuro avrebbe trasmesso la dichiarazione d'imposta unicamente alle autorità fiscali dei Cantoni nei quali aveva uno stabilimento d'impresa.
C.
Con lettera del 30 ottobre 2007 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ha rivendicato un'imposizione parziale di A1._ SA a partire dal 1° gennaio 2001, adducendo che il gruppo era ben presente nel Cantone Ticino "con una propria non irrilevante struttura (uffici e personale propri) prima a Y._ e dal 1.4.2004 a Z._". L'autorità fiscale ha in particolare contestato la tesi di A1._ SA di non essere imponibile perché "ad occuparsi anche delle assicurazioni complementari (unico settore fiscalmente imponibile) è il personale che (per motivi che non ci interessano) risulta essere alle dipendenze della società che gestisce il settore dell'assicurazione obbligatoria (fiscalmente esente) ".
D.
Vi fu in seguito uno scambio di corrispondenza tra l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Cantone Ticino e quello del Canton Vaud (cfr. lettera del fisco vodese del 2 novembre 2007 che nega l'esistenza di uno stabilimento d'impresa in Ticino e scritto del 9 novembre 2007 dell'autorità fiscale ticinese che ribadisce la sua volontà d'imporre A1._ SA) e il 21 giugno 2011 ebbe luogo un incontro tra le parti. In tale occasione l'autorità fiscale ticinese ha contestato l'interpretazione fatta da A1._ SA dei criteri di cui alla Circolare n. 23 del 21 novembre 2006 della Conferenza fiscale svizzera (recte: Conferenza svizzera delle imposte [CSI], di seguito Circolare CSI 23) per ammettere l'esistenza di uno stabilimento d'impresa e ha precisato che se l'Amministrazione fiscale del Canton Vaud continuava a negare la presenza di uno stabilimento d'impresa e, di riflesso, a rifiutare di effettuare un riparto intercantonale, essa avrebbe allora rivendicato l'assoggettamento fiscale e creato di fatto una doppia imposizione intercantonale.
E.
Con lettera del 3 agosto 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Canton Vaud ha respinto le pretese fiscali ticinesi. Da parte sua, facendo seguito ad una richiesta dell'autorità fiscale ticinese di documentare il tempo impiegato dai collaboratori nei due settori di attività (LAMal-LCA), A1._ SA, con scritto del 14 settembre 2011, rispondeva di non disporre di un'analisi che descrivesse la ripartizione del tempo degli impiegati fra i due tipi di attività e ribadiva di applicare una chiave di ripartizione basata sull'ammontare lordo dei premi assicurativi, ispirata alla Circolare CSI 23.
F.
Con sei decisioni del 7 ottobre 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ticinese ha notificato ad A1._ SA le tassazioni concernenti l'imposta cantonale per i periodi fiscali dal 2001 al 2006, fissando per ogni anno l'utile e il capitale imponibili. A sostegno delle proprie decisioni ha osservato che il Gruppo A._ era presente nel Canton Ticino con un numero di collaboratori da quattro a sette, motivo per cui erano "rispettate le condizioni indicate nella circolare della Conferenza Svizzera delle imposte (CSI) per ottenere uno stabilimento d'impresa". Esso ha quindi attribuito al Canton Ticino una quota dell'utile e del capitale complessivi.
G.
Il 10 novembre 2011, A1._ SA ha depositato un reclamo contro le citate tassazioni, nel quale contestava l'assoggettamento nel Canton Ticino e censurava una doppia imposizione intercantonale. Faceva valere in particolare di non avere né dipendenti né un'agenzia in Ticino.
Con sei decisioni del 9 dicembre 2011 l'Ufficio tassazione delle persone giuridiche ha respinto i reclami con una motivazione pressoché identica e confermato la posizione sostenuta in precedenza, ossia la presenza di uno stabilimento d'impresa in Ticino.
H.
Il 9 gennaio 2012 A1._ SA ha impugnato le sei decisioni su reclamo con un unico atto dinanzi alla Camera di diritto tributario del Tribunale di appello del Cantone Ticino, adducendo, da un lato, che secondo la Circolare CSI 23 uno stabilimento d'impresa presuppone tre dipendenti a tempo pieno, ciò che non era manifestamente il caso in Ticino, e, dall'altro, che l'unico criterio logico, sensato e coerente per determinare l'attività svolta dai dipendenti nel settore di attività che non beneficiava dell'esenzione fiscale era di stabilire la proporzione tra premi lordi totali e premi LCA generati nel Canton Ticino.
I.
La Camera di diritto tributario ne ha respinto il gravame con sentenza del 27 gennaio 2014. In primo luogo ha osservato che giusta l'art. 61 cpv. 1 lett. b della legge tributaria del 21 giugno 1994 (LT; RL/TI 10.2.1.1), di tenore conforme all'art. 21 cpv. 1 lett. b della legge federale sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni del 14 dicembre 1990 (LAID; RS 642.14), le persone giuridiche con sede e amministrazione effettiva fuori Cantone erano assoggettate all'imposta se vi tenevano uno stabilimento d'impresa, ricordandone poi la definizione datane dalla giurisprudenza federale.
Ha poi spiegato come era strutturato il gruppo a cui apparteneva la ricorrente (due società distinte, la prima attiva in materia di assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie [LAMal, attività esente da imposta] con una succursale in Ticino, la seconda occupata nell'ambito delle assicurazioni complementari [LCA, attività fiscalmente imponibile], settore gestito in Ticino dalla succursale della prima, con rifatturazione di una quota parte delle spese generali).
Ha poi esposto le ragioni per le quali non condivideva la tesi della ricorrente e respingeva di riflesso la soluzione consistente a considerare che nel periodo in esame quest'ultima aveva avuto fra lo 0,58 e lo 0,79 dipendenti all'anno in Ticino. Ha anche illustrato perché, secondo lei, la Circolare CSI 23 non era determinante (non aveva portata vincolante; si applicava solo a partire dal 2005; si riferiva alle compagnie di assicurazione, che agiscono tramite agenti generali, ciò che non era il caso in concreto; non indicava come definire il numero dei collaboratori (tre) quando la stessa unità organizzativa gestiva sia le assicurazioni sociali sia quelle complementari). Infine, dopo avere rilevato che da uno studio di Santésuisse emergeva che i costi amministrativi nell'ambito delle assicurazioni complementari erano circa tre volte superiori a quelli del settore dell'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie, motivo per cui non si poteva ritenere che il carico di lavoro per i due settori era identico e che i dati forniti dall'insorgente potevano portare a risultati del tutto diversi, la Corte cantonale ha giudicato che era poco verosimile che tutte le polizze LCA potessero essere gestite con meno di tre collaboratori. Ha quindi concluso che, tenuto conto dell'organizzazione del Gruppo A._ nonché delle strutture e delle risorse di cui disponeva in Ticino, vi veniva esercitata un'attività in misura qualitativamente e quantitativamente rilevante, motivo per cui si poteva ritenere che vi era uno stabilimento d'impresa. Non ha poi esaminato il criterio di ripartizione dell'utile, l'interessata avendo esplicitamente rinunciato a contestarlo.
J.
Il 28 febbraio 2014 A1._ SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede che la sentenza cantonale sia annullata e, di riflesso, anche le tassazioni emesse per gli anni 2001 a 2006 dal fisco ticinese. In via sussidiaria domanda che le tassazioni emesse dal Canton Vaud per gli anni 2001 a 2006 siano annullate e nuovamente emesse tenendo conto dell'esenzione dei redditi allocati alla stabile organizzazione ticinese. La ricorrente censura, in sintesi, una violazione dell'<ref-law>, non essendo manifestamente dati i presupposti esatti dalla giurisprudenza per ammettere l'esistenza di uno stabilimento d'impresa nonché del divieto della doppia imposizione intercantonale, proibito dall'<ref-law>
Chiamate ad esprimersi la Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino ha rinunciato ad esprimersi e si è limitata a chiedere la conferma della sentenza impugnata. L'Amministrazione delle contribuzioni del Canton Vaud da parte sua ha proposto di accogliere il gravame in quanto rivolto contro il Canton Ticino e di respingerlo per quanto riferito al Canton Vaud. In via sussidiaria, ha domandato di accogliere parzialmente, nella misura in cui è ammissibile, l'impugnativa in quanto rivolta contro il Canton Ticino e il Canton Vaud, di riformare la sentenza impugnata nel senso che i diritti del Canton Ticino sono considerati prescritti per quanto concernono i periodi fiscali dal 2001 al 2004 e di giudicare che dal 2006 l'attribuzione dell'utile imponibile residuale proveniente dallo stabilimento d'impresa del Canton Ticino sia eseguita in base agli stipendi che sono attributi ad ogni Cantone. La Camera di diritto tributario, senza formulare osservazioni, ha chiesto la reiezione del gravame.
K.
Con decreto presidenziale del 4 marzo 2014 è stata respinta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 116; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 397; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 299; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 608).
2.
2.1. Il ricorso è diretto contro una decisione finale, la sentenza 27 gennaio 2014 della Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino, resa in ultima istanza cantonale nell'ambito di una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Presentato in tempo utile (<ref-law>) dalla destinataria della pronuncia contestata, che ha un interesse degno di protezione al suo annullamento (<ref-law>), il gravame è pertanto di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 cpv. 1 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d LTF in relazione con l'art. 73 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID; RS 642.14).
2.2. Nell'ambito dei ricorsi in materia di doppia imposizione, congiuntamente alla pronuncia di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d combinato con l'<ref-law>) di uno dei Cantoni interessati, possono pure venir impugnate le decisioni degli altri Cantoni che si prevalgono della propria sovranità fiscale. Questa regola è applicabile anche se le tassazioni degli altri Cantoni sono già cresciute in giudicato e non costituiscono decisioni di un'autorità cantonale di ultima istanza (sentenza 2C_441/2013 del 27 marzo 2014 consid. 2.1 pubblicata in: StE 2014 A 24.33 n. 2; <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 376; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 307; 308 consid. 2.4 pag. 312 seg.; sentenza 2C_708/2012 del 21 dicembre 2012 consid. 1.3 non pubblicato in: <ref-ruling>; sentenza 2C_92/2012 del 17 agosto 2012 consid. 1.3 in: ASA 81 pag. 671 e rispettivi riferimenti; cfr. anche <ref-law>). Ne discende che le tassazioni emesse per gli anni 2001 a 2006 dal fisco vodese costituiscono valido oggetto d'impugnazione, alla pari della sentenza ticinese contestata in via principale, nonostante non si tratti di decisioni giusta l'<ref-law>: anche in proposito il ricorso in materia di diritto pubblico è quindi ricevibile.
2.3. Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Di principio, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (<ref-law>); esso non è vincolato né agli argomenti fatti valere nel ricorso né ai considerandi sviluppati dall'istanza precedente (<ref-ruling> consid. 1 pag. 236; <ref-ruling> consid. 1 pag. 607; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 660). In virtù dell'<ref-law>, la parte ricorrente è tuttavia tenuta a spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Essa deve quindi confrontarsi almeno concisamente con i considerandi del giudizio impugnato, esponendo in quale misura sarebbero lesivi del diritto (<ref-ruling> consid. 2.1 e 2.3 pag. 245 seg.). Questa esigenza di motivazione è accresciuta quando viene lamentata la violazione di diritti fondamentali. Secondo l'<ref-law>, infatti, il Tribunale federale esamina tali censure soltanto se la parte ricorrente le ha sollevate e motivate. Ciò significa che essa deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione cantonale li disattenda (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 53; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246 con rispettivi rinvii).
2.4. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>), ciò che vale di principio anche nei procedimenti in materia di violazione del divieto della doppia imposizione intercantonale (<ref-ruling> consid. 1.7 pag. 378 in fine; DTF <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 306; sentenze 2C_441/2013 del 27 marzo 2014, citata in precedenza; 2C_92/2012 del 17 agosto 2012 consid. 1.5 pubblicata in: RF 67/2012 pag. 828; 2C_708/2012 del 21 dicembre 2012 consid. 1.5 non pubblicato in: <ref-ruling> ma in: StE 2013 A 24.44.1 n. 3, StR 68/2013 pag. 212; 2C_514/2008 dell'8 settembre 2009 consid. 3.1 pubblicata in: RF 65/2010 pag. 138; KURT LOCHER/PETER LOCHER, Die Praxis der Bundessteuern, III Parte: Interkantonale Doppelbesteuerung, § 12, IV B, 3 n. 3). Esso si scosta da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>) e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Se ricorrono questi presupposti, ciò può indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 659 in fine).
2.5. In ambito fiscale, il Tribunale federale dispone di pieno potere cognitivo non solo in materia di imposta federale diretta e di violazione del divieto della doppia imposizione ma anche, nella misura in cui si tratta di verificare se il diritto cantonale e la relativa applicazione da parte delle istanze inferiori rispettino i dettami della legge sull'armonizzazione fiscale, in materia d'imposta cantonale (<ref-ruling> consid. 2 pag. 210; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 713; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 205 seg.). Se invece le norme di diritto fiscale armonizzato lasciano un margine di apprezzamento ai Cantoni, l'interpretazione del diritto cantonale viene esaminata unicamente dal profilo del divieto dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 2 pag. 201; <ref-ruling> consid. 4.2.2 pag. 157; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466).
2.6. Il divieto della doppia imposizione sgorgante dall'<ref-law> impedisce che un contribuente sia tassato da due o più Cantoni sullo stesso oggetto per il medesimo periodo di tempo (doppia imposizione attuale), oppure che un Cantone ecceda i limiti della propria sovranità fiscale e, violando norme che regolano casi di conflitto, riscuota un'imposta che solo un altro Cantone è competente a percepire (doppia imposizione virtuale). Inoltre, il Tribunale federale ha dedotto prima dall'art. 46 cpv. 2 vCost., poi dall'<ref-law> il principio secondo cui un Cantone non può tassare in maniera più onerosa un contribuente perché non soggiace esclusivamente alla sua sovranità fiscale ma, in virtù di determinati rapporti territoriali, è imponibile anche in un altro Cantone (divieto di discriminazione, cfr. <ref-ruling> consid. 2.3.1 pag. 118; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 300 in fine; sentenze 2C_243/2011 del 1° maggio 2013 consid. 1.3 non pubblicato in: <ref-ruling> ma in: StE 2013 A 24.43 n. 23, StR 68/2013 pag. 636; 2C_708/2012 del 21 dicembre 2012 consid. 2.1 non pubblicato in: <ref-ruling> ma in: StE 2013 A 24.44.1 n. 3, StR 68/2013 pag. 212).
2.7. Nel caso concreto le autorità fiscali vodesi hanno considerato che la ricorrente era illimitatamente imponibile nel loro Cantone per gli anni 2001 a 2006, allorché quelle ticinesi rivendicano, per il medesimo periodo e con riferimento all'imposta cantonale, una sua imposizione limitata dovuta al fatto che l'interessata possiederebbe uno stabilimento d'impresa in Ticino. Confrontato con una doppia imposizione attuale incombe pertanto al Tribunale federale determinare se vi è competenza fiscale esclusiva di un solo Cantone oppure se si deve procedere ad un riparto tra di loro.
3.
3.1. Richiamandosi alla prassi del Tribunale federale, l'Amministrazione delle contribuzioni del Canton Vaud eccepisce in primo luogo che il diritto di tassare del Cantone Ticino sarebbe perento, perlomeno per quanto concerne gli anni 2001 a 2004. Detta censura va esaminata per prima poiché se si rivelasse fondata, cioè se il diritto di tassare del fisco ticinese si rivelasse effettivamente perento, il ricorso dovrebbe già solo per questo motivo essere accolto (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 67).
3.2. Conformemente alla giurisprudenza del Tribunale federale (sentenza 2C_604/2013 del 10 febbraio 2014 pubblicata in: StE 2014 A 24.21 n. 28 consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3.2. pag. 67), nei rapporti fiscali intercantonali un Cantone perde il suo diritto di tassare un contribuente quando conosce o perlomeno può conoscere i fatti determinanti ai fini dell'assoggettamento fiscale che, malgrado ciò, tarda esageratamente a far valere la propria pretesa fiscale e che, in seguito all'ammissione della sua pretesa fatta valere in maniera eccessivamente tardiva, un altro Cantone sarebbe costretto a rimborsare delle imposte che sono state prelevate in modo formalmente corretto, in buona fede e senza che quest'ultimo Cantone fosse al corrente della pretesa fiscale concorrente (StE 2014 A 24.21 n. 28 consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 67; <ref-ruling> consid. 3.3.4 pag. 279 in fine; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 33 segg.). L'istituto della perenzione del diritto di tassare di un Cantone protegge quindi l'altro rispettivamente gli altri Cantoni parti in causa (già in tal senso <ref-ruling> consid. 4 pag. 475). Per questo motivo la perenzione può essere fatta valere unicamente dall'altro rispettivamente dagli altri Cantoni parti in causa, non invece dal contribuente stesso (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 67 e riferimento). Per quanto concerne la componente temporale ( "tarda esageratamente"), il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che nel regime oggi generalizzato dell'imposizione postnumerando, ove le imposte periodiche vengono computate sulla base di un periodo di calcolo annuale (per quanto concerne le persone giuridiche cfr. <ref-law> e art. 100 LT, rammentato che il periodo fiscale si confonde con il periodo di calcolo il quale corrisponde all'esercizio commerciale), il diritto di tassare decade alla fine dell'anno che segue il periodo di tassazione non invece durante l'anno che segue il periodo fiscale. Altrimenti detto, se il periodo fiscale, e di riflesso l'anno di calcolo, equivalgono all'anno "n", il periodo di tassazione si estende fino alla fine dell'anno "n+1" e il diritto di tassare del Cantone inattivo è perento alla fine dell'anno "n+2".
Va poi osservato che, come precisato da questa Corte, occorre distinguere tra la perenzione (Verwirkung) del diritto di tassare del Cantone nell'ambito della doppia imposizione e la prescrizione (Verjährung) del diritto di tassare secondo il diritto armonizzato. Conformemente alle regole usuali, affinché sia salvaguardato il diritto di procedere alla tassazione è necessario che un Cantone emani la propria decisione prima della scadenza del termine di cinque anni della prescrizione relativa (vedasi gli artt. 193 cpv. 1 LT e 47 cpv. 1 LAID), rispettivamente, per interromperne il decorso, è sufficiente una comunicazione scritta dell'autorità fiscale, con cui informa il contribuente che ha l'intenzione di procedere ulteriormente alla tassazione delle imposte periodiche e ove rileva che, allo stadio attuale, vuole unicamente interrompere il decorso della prescrizione (art. 193 cpv. 4 lett. a LT e <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 68).
Queste stesse esigenze formali valgono per analogia anche in materia di doppia imposizione. È quindi sufficiente, per quanto concerne il modo in cui viene fatta valere la pretesa fiscale, che l'autorità fiscale cantonale inizi (esigenza positiva) la procedura di tassazione durante il termine di perenzione e che poi non tardi esageratamente a concludere la procedura di tassazione (esigenza negativa), salvo se può fornire validi motivi per spiegare il suo agire (<ref-ruling> consid. 3.4 pag. 68 seg. con numerosi riferimenti giurisprudenziali e dottrinali).
Come giudicato da questa Corte, la tassazione delle imposte periodiche è avviata con il primo atto che esplica degli effetti esterni ossia, di regola, una comunicazione scritta dell'autorità fiscale intesa alla tassazione del contribuente. Ciò che viene concretizzato di solito con la consegna del modulo della dichiarazione d'imposta all'interessato. Allo stesso modo il termine di perenzione è salvaguardato mediante l'invio della diffida a presentare la dichiarazione d'imposta, l'annuncio e l'avvio di una procedura di verifica dei conti, la notifica della tassazione definitiva o semplicemente di una tassazione provvisoria, l'invito o la diffida a pagare le imposte, ecc. Anche la trasmissione del calcolo provvisorio dell'imposta costituisce un simile atto introduttivo. Al riguardo va precisato che la prassi precedente, secondo la quale nel termine di perenzione doveva pure essere emanata una decisione impugnabile (decisione di tassazione oppure decisione di accertamento del domicilio) è invece ora superata. Premesse queste considerazioni, ne discende che nei rapporti intercantonali, un Cantone deve annunciare al contribuente per iscritto e in maniera inequivocabile la propria pretesa fiscale fino alla fine dell'anno n+2 al più tardi (<ref-ruling> consid. 3.4 pag. 68 seg. con numerosi riferimenti giurisprudenziali e dottrinali).
3.3. Le autorità fiscali vodesi affermano che il diritto di tassare del Cantone Ticino sarebbe perento, perlomeno per quanto concerne gli anni 2001 a 2004, poiché solo con scritto del 30 ottobre 2007 il fisco ticinese si sarebbe pronunciato (affermativamente) sull'imponibilità della ricorrente in Ticino per gli anni 2001 a 2006.
3.4. Nel caso concreto può rimanere indeciso il quesito di sapere se, come affermato dall'Amministrazione delle contribuzioni del Canton Vaud, il diritto di tassare del fisco ticinese sia decaduto, ciò che in base agli atti cantonali dovrebbe essere negato per gli anni 2001, 2002, 2005 e 2006 (vedasi lettera 3 dicembre 2001 concernente una richiesta di riparto intercantonale per il 2001; multa disciplinare dell'11 settembre 2003 per mancata consegna della dichiarazione d'imposta 2002; scritto del 30 ottobre 2007 concernente l'imposizione limitata dalla ricorrente per, tra l'altro, gli anni 2005 e 2006) e potrebbe invece essere ammesso per quanto concerne gli anni 2003 e 2004, anni per i quali a prima vista durante il periodo determinante n+2 il fisco ticinese nulla ha intrapreso. In effetti, dato che per i motivi esposti di seguito (cfr. consid. 4) il ricorso si rivela fondato e deve comunque essere accolto, non risulta necessario pronunciarsi in modo approfondito su detta problematica.
4.
4.1.
4.1.1. La ricorrente contesta di possedere, contrariamente a quanto ritenuto dalla Camera di diritto tributario e prima di lei dall'Ufficio tassazione delle persone giuridiche, uno stabilimento d'impresa in Ticino e censura, di riflesso, una violazione dell'<ref-law>.
4.1.2. Da parte sua, la Camera di diritto tributario ha in primo luogo rilevato che i fattori di ripartizione ritenuti dalla ricorrente non erano attendibili nonché osservato che non era possibile suddividere con precisione l'impegno profuso dai collaboratori ticinesi tra l'attività LAMal e quella LCA. Richiamato poi uno studio di Santésuisse, secondo il quale i costi amministrativi nell'ambito delle assicurazioni complementari ammontavano al triplo rispetto a quelli del settore dell'assicurazione obbligatoria, ne ha dedotto che era poco verosimile che tutte le polizze LCA potessero essere gestite con meno di tre collaboratori, criterio fissato dalla Circolare CSI 23, a suo avviso comunque non determinante. È quindi giunta alla conclusione che tenuto conto dell'organizzazione del gruppo, delle strutture e delle risorse che disponeva in Ticino, ne emergeva che vi veniva esercitata un'attività in misura qualitativamente e quantitativamente rilevante e, di conseguenza, che vi era uno stabilimento d'impresa.
4.2. Ai sensi dell'<ref-law> le persone giuridiche con sede o amministrazione effettiva fuori Cantone sono assoggettate all'imposta se tengono uno stabilimento d'impresa nel Cantone (cosiddetto foro fiscale secondario). Di identico tenore è la norma di diritto cantonale, ossia l'art. 61 cpv. 1 lett. b LT. In assenza di una definizione propria, la norma armonizzata rinvia ai principi d'interpretazione posti dalla giurisprudenza federale in materia di divieto della doppia imposizione (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 305 in fine e riferimento di dottrina nonché consid. 2.2 pag. 307; Messaggio a sostegno delle leggi federali sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni e sull'imposta federale diretta [Messaggio sull'armonizzazione fiscale] del 25 maggio 1983 in: FF 1983 III 1 pag. 56, risp. 69; PETER ATHANAS/STEFAN WIDMER in: Zweifel/Athanas [a cura di], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht vol. I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2aed. 2002, n. 5 ad <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2aed., Zurigo 2006, n. 12 segg. ad art. 4).
Conformemente alla giurisprudenza federale richiamata, si è in presenza di uno stabilimento d'impresa quando una società possiede impianti o installazioni materiali permanenti che formano una parte dell'azienda fuori Cantone e per mezzo dei quali l'attività tecnica e commerciale della stessa viene esercitata in misura qualitativamente e quantitativamente rilevante (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 307 in fine con rinvio alla sentenza 2P.9/1994 del 6 giugno 1995 consid. 3a; 2C_199/2011 del 14 novembre 2011 consid. 3.1 in: ASA 81 pag. 479).
4.3. Per quanto concerne più specificatamente le compagnie assicurative, il Tribunale federale si è già pronunciato sulle condizioni che devono adempiere gli agenti generali rispettivamente le agenzie generali situate in altri Cantoni rispetto a quello della sede dell'assicurazione affinché si possa ammettere l'esistenza di uno stabilimento d'impresa. Al fine di evitare un frazionamento della sovranità fiscale, questa Corte, dopo avere esaminato in primo luogo la situazione degli agenti generali (sentenza 2C_199/2015 del 31 maggio 2016 consid. 6.3 secondo paragrafo), ha giudicato che quando una compagnia assicurativa possiede numerose agenzie in più Cantoni si deve allora stabilire per ognuna di essa se possiede un grado d'indipendenza che permette di considerarla come uno stabilimento d'impresa che giustifica un foro fiscale secondario nel Cantone in cui è situata. Una simile analisi, che esige di tenere conto dell'insieme della situazione economica (DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2aed. 2013, pag. 120) può rivelarsi difficile da attuare (sentenza 2C_199/2015, citata, consid. 6.3 e 6.4 con rinvio alla 2C_463/2010 del 1° luglio 2011 consid. 4.6).
4.4. Per ovviare a questo inconveniente, la Conferenza svizzera delle imposte (CSI) ha adottato nella Circolare CSI 23 una soluzione schematica e pragmatica a livello intercantonale, che permette di determinare se una compagnia assicurativa possiede o no uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone rispetto a quello della sede, prevedendo segnatamente (cifra 4.2) che in materia di ripartizione intercantonale un'unità organizzativa composta da più di tre collaboratori (a tempo pieno), costituita da un'entità locale amministrativa propria, fonda uno stabilimento d'impresa di una compagnia assicurativa, indipendentemente dal fatto che l'agente generale svolga la sua attività in base ad un contratto di agenzia o di gestione. Altrimenti detto, le agenzie composte di tre collaboratori o meno non costituiscono uno stabilimento d'impresa della compagnia di assicurazione (HANS TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach, Kommentar zum Schweizerischzen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, § 31 n. 66 pag. 331). Detta circolare si riferiva però più alle compagnie di assicurazione sulla vita e non vita che alle casse assicurazione malattia.
4.5. Il 27 novembre 2013 la Conferenza svizzera delle imposte (CSI) ha emanato la Circolare n. 12 (che sostituiva la Circolare n. 12 del 23 marzo 2000; di seguito Circolare CSI 12), concernente l'assoggettamento delle casse malati ai sensi della legge federale sull'assicurazione malattie (LAMal). Dopo avere rilevato che la Circolare era applicabile agli esercizi commerciali chiusi nel 2013 e posteriormente nonché ai periodi fiscali precedenti ancora aperti alla data della sua pubblicazione, la Conferenza svizzera delle imposte (CSI) ha osservato che, per quanto concerne le ripartizioni intercantonali, visto le particolarità dell'attività delle assicurazioni malati, il rinvio effettuato in precedenza alla Circolare CSI 23 era insoddisfacente e di attuazione quasi impossibile. Motivo per cui veniva emanata la presente Circolare, ove i principi di ripartizione intercantonale esposti si richiamavano alla giurisprudenza del Tribunale federale in materia di stabilimento d'impresa e tenevano conto nel contempo delle particolarità del settore dell'assicurazione malattia (cfr. Osservazioni generali della Circolare CSI 12).
Per quanto concerne più precisamente la definizione dello stabilimento d'impresa vi si osserva che l'esistenza di uno stabilimento d'impresa è riconosciuta quando la cassa malati - attiva nell'ambito della LAMal e/o della LCA - dispone di installazioni commerciali fisse e vi impiega al mimino cinque collaboratori a tempo pieno. Il limite di cinque collaboratori a tempo pieno, assunti direttamente o tramite terzi incaricati, è stato fissato in base a diversi studi da cui emergeva che, di regola, l'attività svolta con riferimento alla LAMal ammontava di media all'80 % dell'attività globale di una cassa malati, il 20 % rimanente riferendosi all'attività concernente la LCA. Altrimenti detto, sia quando la cassa si occupa di entrambi i settori (LAMal - LCA) sia quando opera esclusivamente in uno o nell'altro settore, è richiesta la presenza di cinque collaboratori, a tempo pieno, siccome in base alla ripartizione 80 % (LAMal) - 20 % (LCA) un collaboratore equivale al 20 % dell'attività globale. Ciò implica inoltre (come peraltro sottolineato nella Circolare) che per rispettare le esigenze poste dalla prassi in materia di stabilimento d'impresa (segnatamente quello di un'attività quantitativamente e qualitativamente rilevante), quando la cassa malati gestisce sia le attività legate alla LAMal che alla LCA, vi dev'essere almeno un collaboratore, impiegato a tempo pieno, che gestisce questa seconda parte (LCA). L'esigenza di almeno un collaboratore che lavora a tempo pieno in materia LCA viene posta con riferimento alle casse malati che operano in entrambi i settori. In effetti, se ci si limitasse a questo solo criterio anche per gli assicuratori operanti esclusivamente nell'ambito della LCA, senza esigere ancora, come fatto nella Circolare, la presenza di almeno cinque impiegati (a tempo pieno), l'esistenza di uno stabilimento d'impresa dovrebbe quasi sempre essere ammessa, ciò che disattenderebbe sia l'esigenza di un'attività "quantitativamente" rilevante che la volontà manifestata da questa Corte di volere evitare un frazionamento della sovranità fiscale.
4.6. Come già rilevato dal Tribunale federale, in linea di principio le circolari non hanno forza di legge e non vincolano né gli amministrati né i tribunali e nemmeno la stessa amministrazione (<ref-ruling> consid. 5.4.3 pag. 543; <ref-ruling> consid. 5.7 pag. 308; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 315; sentenze 2C_116/2013 e 2C_117/2013 del 2 settembre 2013 consid. 3.7.1). Visto però che esse tendono ad esplicitare l'interpretazione di determinate disposizioni legali, al fine di favorirne un'applicazione uniforme, ne va tenuto conto nella misura in cui propongono un'interpretazione corretta ed adeguata dei disposti applicabili (sentenze 2C_95/2011 dell'11 ottobre 2011 consid. 2.3 in: RDAF 2012 II pag. 72 e 2C_103/2009 del 10 luglio 2009 consid. 2.2 in: RF 64/2009 p. 906; vedasi anche DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2aed. 2013 n. 102 e 103 pag. 40 seg.). È sulla base di questi principi che vanno valutate le regole contenute nella Circolare CSI 12.
4.7. Nel caso concreto unico aspetto ad essere litigioso è la questione di sapere se l'attività esercitata dai collaboratori della succursale ticinese di A2._, a favore della società ricorrente rappresenta una parte qualitativamente e quantitativamente rilevante dell'attività di quest'ultima, di modo che si deve riconoscere che si è in presenza di uno stabilimento d'impresa. In effetti, non è contestato che vi siano delle installazioni o degli impianti fissi e permanenti dove viene svolta l'attività, dato che, opinione condivisa anche dalla dottrina, dette strutture non devono obbligatoriamente essere proprietà della ricorrente (cfr. XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4aed. 2012, pag. 486 n. 40 e rinvii; DANIEL DE VRIES REILINGH in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, § 11 n. 13 segg. segnatamente n. 15 pag. 128 seg.; PETER LOCHER/FERNANDO GHIRINGHELLI, Introduzione al diritto fiscale intercantonale, 2003, § 5 pag. 69 seg.). Inoltre, non è nemmeno contestato che l'attività che vi è svolta faccia parte integrante di quella della società ricorrente.
4.8. Come accennato in precedenza, la Circolare CSI 12 richiede, nei rapporti intercantonali, la presenza di almeno cinque collaboratori a tempo pieno per ammettere la presenza di uno stabilimento d'impresa e rammenta che il lavoro per quanto concerne il settore LAMal equivale a 80 %, mentre quello LCA a 20 %. Considerata questa ripartizione, il fatto che i costi amministrativi per quanto concerne le assicurazioni complementari ammontano a circa il triplo di quelli del settore dell'assicurazione obbligatoria non è determinante, contrariamente a quanto ritenuto dalla Corte cantonale, dato che quest'ultima attività, in una società operante nei due settori, è esercitata comunque in maniera largamente superiore.
4.9. Come illustrato in precedenza, la Circolare CSI 12 stabilisce che un collaboratore "equivale" al 20 % dell'attività totale dello stabilimento d'impresa e che affinché l'esistenza dello stesso sia ammessa devono essere presenti almeno cinque collaboratori che lavorano a tempo pieno. È invece irrilevante il fatto che l'impresa si occupi di LAMal e/o di LCA e che queste persone siano state assunte direttamente dalla società o incaricate da terzi. Questi criteri d'interpretazione concordano sia con quelli posti dalla giurisprudenza di questa Corte in materia, sia con la volontà della stessa di evitare un frazionamento della sovranità fiscale, volontà che si esprime attraverso un'interpretazione restrittiva della nozione di stabilimento d'impresa nei rapporti intercantonali (DE VRIES REILINGH, op. cit., n. 371 pag. 124) e sia, infine, con la necessità - per potere sapere se l'esigenza del "quantitativamente rilevante" sia soddisfatta - di determinare l'importanza dell'attività svolta dallo stabilimento d'impresa in quanto tale, non invece della sua grandezza rispetto all'impresa considerata nella sua globalità (DE VRIES REILINGH in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Peter Mäusli-Allenspach, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, § 11 n. 18 pag. 130; LOCHER/GHIRINGHELL i, op. cit., pag. 70). Non vi è pertanto motivo di scostarsi dai criteri contenuti nella Circolare CSI 12.
4.10. Dall'inserto di causa (cfr. le decisioni dell'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del 7 ottobre 2011) e partendo dal presupposto incontestato che gli impiegati presenti in Ticino lavoravano tutti a tempo pieno, emerge che nel 2001 la succursale di A2._, era composta di quattro collaboratori e, quindi, non raggiungeva nemmeno il numero minimo di cinque richiesto nella Circolare CSI 12. Si volesse da ciò prescindere va osservato che in base alla ripartizione figurante nella Circolare CSI 12 ne discende che 0,8 collaboratore si occupava delle assicurazioni complementari mentre 3,2 collaboratori erano attivi in materia di assicurazione obbligatoria. Nel 2002 erano presenti sei collaboratori, ciò che vuole dire che 1,2 collaboratore si occupava delle assicurazioni complementari e 4,8 collaboratori dell'assicurazione obbligatoria. Con riferimento agli anni 2003 a 2006, i collaboratori impiegati erano sette, ossia 1,4 di loro gestiva le assicurazioni complementari mentre i 5,6 collaboratori rimanenti si occupavano dell'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie. Premesse queste considerazioni ne discende che neanche una volta sono adempiti i criteri relativi al numero minimo dei collaboratori di cui alla Circolare CSI 12, ossia cinque persone attive a tempo pieno in materia di assicurazioni complementari per ammettere la presenza di uno stabilimento d'impresa. La stessa va pertanto negata. Detta soluzione s'impone tanto più che, come emerge in modo incontestato dagli atti di causa, in seguito alla ripresa da parte della ricorrente delle attività LCA esercitate in precedenza da A2._, tutti gli altri Cantoni in cui la ricorrente ha stimato di non possedervi uno stabilimento d'impresa hanno condiviso questa sua opinione, non sollevando alcuna obiezione in proposito.
4.11. Da quel che precede discende che, con riferimento agli anni 2001 a 2006, la ricorrente non possedeva in Ticino alcuno stabilimento d'impresa ai sensi degli <ref-law> e 61 cpv. 1 lett. b LT. In queste condizioni il ricorso in materia di diritto pubblico si rivela fondato e va di conseguenza accolto. La sentenza impugnata deve pertanto essere annullata così come vanno annullate le decisioni emesse dall'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Cantone Ticino nei confronti della ricorrente per gli anni 2001 a 2006. Visto quanto precede, il ricorso è invece diventato privo d'oggetto in quanto rivolto contro le tassazioni emesse dal fisco vodese e concernenti gli anni 2001 a 2006.
La causa è rinviata alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello affinché statuisca nuovamente sulle spese e sulle ripetibili per la procedura cantonale (<ref-law>).
5.
5.1. Le spese della procedura davanti al Tribunale federale sono poste a carico dello Stato del Cantone Ticino, soccombente e toccato dall'esito della causa nei suoi interessi pecuniari (art. 65 e 66 cpv. 1 e 4 LTF).
5.2. Lo Stato del Cantone Ticino dovrà inoltre corrispondere alla ricorrente, rappresentata da un avvocato, un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza impugnata e le tassazioni emesse dall'Ufficio tassazione delle persone giuridiche del Cantone Ticino nei confronti della ricorrente per gli anni 2001 a 2006 sono annullate. In quanto esperito contro il Canton Vaud, il ricorso è invece diventato privo d'oggetto.
2.
La causa è rinviata alla Camera di diritto tributario, affinché statuisca nuovamente sulle spese e sulle ripetibili per la procedura cantonale.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dello Stato del Cantone Ticino.
4.
Lo Stato del Cantone Ticino verserà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
5.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino nonché all'Amministrazione federale delle contribuzioni, Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo.