Sachverhalt:
A.
Das Regionalgericht Berner Jura-Seeland verurteilte X._ am 9. Februar 2011 wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand, Tätlichkeit, Sachbeschädigung und Irreführung der Rechtspflege zu einer Freiheitsstrafe von 11 Monaten. Der Vollzug der Strafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme aufgeschoben. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte am 24. Juni 2011 im Wesentlichen die erstinstanzlichen Schuldsprüche und erkannte auf eine Freiheitsstrafe von 14 Monaten, die es zugunsten einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law> aufschob, sowie zu einer Busse von Fr. 800.--.
Das Obergericht entschied am 6. Oktober 2015, die stationäre Massnahme werde mangels Verfügbarkeit eines Therapieplatzes aufgehoben und X._ aus der Massnahme entlassen, sofern er nicht bis spätestens 29. Februar 2016 in die Klinik Rheinau oder eine andere geeignete Institution eintreten könne. Eine dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 29. Dezember 2015 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_1147/2015).
Das Amt für Freiheitsentzug und Betreuung des Kantons Bern, Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug (ASMV), wies X._ am 25. Februar 2016 im Rahmen der mit Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 angeordneten stationären therapeutischen Massnahme vorübergehend in die forensisch-psychiatrische Station Etoine der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern ein. Die Versetzung von der Interkantonalen Strafanstalt Bostadel in die Klinik erfolgte gleichentags. Per 19. Mai 2016 wurde X._ in das Zentrum für stationäre forensische Therapie Rheinau eingewiesen.
B.
Am 24. Mai 2016 stellte die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug dem Regionalgericht Antrag auf Verlängerung der stationären Massnahme um fünf Jahre.
Das Regionale Zwangsmassnahmengericht Berner Jura-Seeland ordnete am 13. Juni 2016 auf Antrag des Regionalgerichts Sicherheitshaft bis zum 23. September 2016 an, wobei der Vollzug nach Möglichkeit in der Klinik Rheinau zu erfolgen habe. Die dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht am 8. Juli 2016 ab. Die Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht am 16. August 2016 in der Hauptsache ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_834/2016).
Am 9. September 2016 verlängerte das Regionalgericht die stationäre Massnahme um vier Jahre, was X._ mit Beschwerde anfocht. Am 9. November 2016 wies die Verfahrensleitung des Obergerichts ein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, die Verfügung des Obergerichts vom 9. November 2016 sei aufzuheben. Es sei der kantonalen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und er sei umgehend aus der Haft zu entlassen. Zudem ersucht er auch im bundesgerichtlichen Verfahren um aufschiebende Wirkung sowie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
Die angefochtene Verfügung ist kein Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Sie schliesst das Verfahren nicht ab, sondern regelt die Frage der aufschiebenden Wirkung der gegen den Beschluss des Regionalgerichts erhobenen Beschwerde. Sie ist mithin ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid gemäss <ref-law>. Nach <ref-law> ("Andere Vor- und Zwischenentscheide") ist gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide die Beschwerde unter anderem zulässig, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können (Abs. 1 lit. a; vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 S. 291 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 115 ff.; je mit Hinweisen). Die Ausführungen des Beschwerdeführers sind diesbezüglich unzutreffend. Weder liegt ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid vor, noch führt die angefochtene Verfügung zu einer Verlängerung der Haft (Beschwerde S. 3 f.). Die Nichtgewährung der aufschiebenden Wirkung hat vielmehr zur Folge, dass die angeordnete Verlängerung der stationären Massnahme vollzogen wird. Der Freiheitsentzug stellt für den Beschwerdeführer einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil dar. Deshalb ist auf die Beschwerde trotz mangelhafter Begründung einzutreten.
2.
Das Bundesgericht beurteilte die vom Regionalen Zwangsmassnahmengericht am 13. Juni 2016 angeordnete und vom Obergericht am 8. Juli 2016 bestätigte Sicherheitshaft. Es bejahte nebst dem besonderen Haftgrund der Wiederholungsgefahr eine hinreichende Wahrscheinlichkeit, dass das Verfahren zu einer Massnahme führt (Urteil 6B_834/2016 vom 16. August 2016 E. 3.2 und 3.3). Dies hält die Vorinstanz zutreffend fest. Von einer Aktenwidrigkeit und einer Verletzung von <ref-law> (Beschwerde S. 9) kann keine Rede sein.
3.
3.1. Verfahrensgegenstand ist die Anordnung der vorinstanzlichen Verfahrensleitung, die der kantonalen Beschwerde keine aufschiebende Wirkung erteilt hat. Der Beschwerdeführer macht geltend, es fehle an einer gesetzlichen Grundlage für die Sicherheitshaft. Diese sei nur bis zum 23. September 2016 angeordnet worden. Er werde ohne gesetzliche Grundlage und ohne anfechtbare Verfügung weiterhin inhaftiert, was insbesondere <ref-law>, <ref-law>, Art. 5 Ziff. 1 EMRK und Art. 13 EMRK verletze (Beschwerde S. 4 und 9 ff.).
3.2. Unbestritten ist, dass am 13. Juni 2016 bis zum 23. September 2016 Sicherheitshaft angeordnet wurde, nachdem gestützt auf das Urteil des Obergerichts vom 24. Juni 2011 ein stationärer Massnahmenvollzug nur noch bis Juni 2016 zulässig war. Das Bundesgericht hielt im Beschwerdeverfahren betreffend die Sicherheitshaft fest, dass im Anschluss an den Massnahmenvollzug für den Freiheitsentzug Art. 221 und Art. 229 ff. StPO analog anwendbar sind (Urteil 6B_834/2016 vom 16. August 2016 E. 1.2). Der Beschwerdeführer bringt vor, seit 23. September 2016 stütze sich der Freiheitsentzug auf keiner gesetzlichen Grundlage, weshalb die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung verfassungs- und konventionswidrig sei. Diese Argumentation geht fehl.
Das Regionalgericht ordnete am 9. September 2016 die Verlängerung der stationären Massnahme um vier Jahre an. Diesen Beschluss ficht der Beschwerdeführer zwar mit Beschwerde an. Strafprozessuale Rechtsmittel haben aber nach <ref-law> keine aufschiebende Wirkung. Vorbehalten bleiben abweichende Bestimmungen der StPO oder Anordnungen der Verfahrensleitung der Rechtsmittelinstanz. Wird gegen einen Entscheid ein nicht suspensives Rechtsmittel wie etwa die Beschwerde nach <ref-law> erhoben, ist er sofort vollstreckbar, soweit die Verfahrensleitung nichts Gegenteiliges anordnet (VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 1 f. zu <ref-law>). Mithin wurde der erstinstanzliche Beschluss mangels Suspensivwirkung mit der Eröffnung vollstreckbar. Der mit dem Aufenthalt im Zentrum für stationäre forensische Therapie Rheinau einhergehende Freiheitsentzug hat damit eine gesetzliche Grundlage im Massnahmenrecht (Art. 59 und Art. 90 StGB). Unzutreffend ist auch die Rüge, es liege kein anfechtbarer Entscheid vor. Der Freiheitsentzug könnte sich mit Blick auf die bis zum 23. September 2016 befristete Sicherheitshaft nur in jenem Fall nicht auf eine gesetzliche Grundlage stützen, wenn die Vorinstanz der kantonalen Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt hätte. Soweit der Beschwerdeführer unter dem Titel der Verhältnismässigkeit schliesslich vorbringt, er sei gemäss "Vollzugsbericht aus Rheinau" nicht "hochgefährlich", genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG nicht (vgl. den Beschluss des Regionalgerichts S. 16 f. und das Urteil 6B_834/2016 vom 16. August 2016 E. 3.2). Die angefochtene Verfügung ist verfassungs- und konventionsrechtlich nicht zu beanstanden.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (<ref-law> e contrario). Mangels Ausführungen zur Vermögenssituation kommt eine Reduktion der Gerichtskosten nicht in Betracht. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung für das Verfahren vor Bundesgericht gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga