Sachverhalt:
A.
Am 28. Juni 1999 meldete sich der 1970 geborene A._ bei der IV-Stelle des Kantons St. Gallen zum Leistungsbezug an. Nachdem die IV-Stelle bei der MEDAS Zentralschweiz ein Gutachten vom 22. August 2002 veranlasst hatte, wonach A._ aufgrund eines chronifizierten zervikozephalen Schmerzsyndroms und einer Anpassungsstörung in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % eingeschränkt sei, während Dr. med. B._, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD) der IV-Stelle, eine Verwertung lediglich im geschützten Rahmen als möglich erachtete (Stellungnahme vom 21. Oktober 2002), sprach ihm die IV-Stelle mit Verfügung vom 20. März 2003 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 92 % ab 1. April 2003 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu und am 28. April 2003 eine solche für den Zeitraum vom 1. September 2001 bis 31. März 2003. Im Rahmen eines im Jahre 2006 aufgenommenen Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle ein polydisziplinäres Verlaufsgutachten bei der MEDAS Zentralschweiz vom 19. Juli 2007 ein. Die Experten gingen wiederum von einer 50 %-igen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit aus, wobei sie dies neu mit einer diagnostizierten schizotypen Störung begründeten. Während die RAD-Ärztin Dr. med. C._ diese Auffassung hinsichtlich Arbeitsfähigkeit in ihrer Stellungnahme vom 7. August 2007 teilte, sahen die Eingliederungsberater A._ als nicht vermittelbar an (Schlussbericht der Eingliederungsberatung vom 30. August 2007). Die IV-Stelle bestätigte daraufhin am 9. November 2007 den Anspruch auf eine ganze Rente. Anlässlich einer weiteren Revision erging das Gutachten der MEDAS Ostschweiz vom 6. August 2014, worin A._ eine 100 %-ige Arbeitsfähigkeit attestiert wurde (vgl. ergänzende Stellungnahme des psychiatrischen Gutachters vom 1. Oktober 2014). Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren zog die IV-Stelle mit Verfügung vom 4. September 2015 die Verfügungen vom 20. März 2003, vom 28. April 2003 und vom 21. Februar 2006 in Wiedererwägung und hob die Invalidenrente auf Ende des der Zustellung der Verfügung folgenden Monats auf.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 15. April 2016 in Aufhebung der Verfügung vom 4. September 2015 gut.
C.
Die IV-Stelle St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid vom 15. April 2016 sei aufzuheben und es sei die Sache zur Beurteilung der Voraussetzungen einer Wiedererwägung der Verfügung vom 28. April 2003 an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet, lässt A._ Abweisung der Beschwerde beantragen, eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Verfügung vom 14. Juli 2016 anerkennt das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1.
Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids hebt die Verfügung vom 4. September 2015 (ohne Rückweisung der Sache) auf und schliesst das Verfahren ab. Es handelt sich demnach um einen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, der direkt anfechtbar ist.
2.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
Bei aller Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) untersucht das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen (<ref-ruling> E. 2 S. 5), es sei denn, die rechtlichen Mängel lägen geradezu auf der Hand (<ref-ruling> E. 2 S. 88 ff.).
3.
3.1.1. Der Versicherungsträger kann durch Wiedererwägung auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (Art. 53 Abs. 2 ATSG).
3.1.2. Die Wiedererwägung dient der Korrektur einer anfänglich unrichtigen Rechtsanwendung. Darunter fällt insbesondere eine Leistungszusprache aufgrund falscher Rechtsregeln bzw. ohne oder in unrichtiger Anwendung der massgeblichen Bestimmungen. Soweit ermessensgeprägte Teile der Anspruchsprüfung vor dem Hintergrund der Sach- und Rechtslage einschliesslich der Rechtspraxis im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprechung (<ref-ruling> E. 3 S. 389 f.) in vertretbarer Weise beurteilt worden sind, scheidet die Annahme zweifelloser Unrichtigkeit aber aus (<ref-ruling> E. 5.2 S. 414 f.; SVR 2014 IV Nr. 39 S. 137, 9C_121/2014 E. 3.2.1; Urteile 8C_680/2014 vom 16. März 2015 E. 3.1; 9C_427/2014 vom 1. Dezember 2014 E. 2.2).
3.2. Liegt in diesem Sinn ein Rückkommenstitel vor, gilt es grundsätzlich, mit Wirkung ex nunc et pro futuro einen rechtskonformen Zustand herzustellen. Dabei ist auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhalts der Invaliditätsgrad im Zeitpunkt der Verfügung über die Herabsetzung oder Aufhebung einer Rente zu ermitteln (vgl. Art. 85 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 88bis Abs. 2 IVV; <ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f.; Urteil 9C_173/2015 vom 29. Juni 2015 E. 2.2, je mit Hinweisen).
3.3. Eine Revisionsverfügung tritt an die Stelle der zu revidierenden Verfügung. Dies gilt unabhängig davon, ob eine Rente revisionsweise (Art. 17 Abs. 1 ATSG) herauf- oder herabgesetzt wird oder die bisherige Rente nach materieller Prüfung des Rentenanspruchs bestätigt wird (vgl. <ref-ruling>). Wenn nachträglich durch Wiedererwägung oder (neue) Revision auf diese Revisionsverfügung zurückgekommen wird, lebt die ursprüngliche Verfügung nicht wieder auf. Vorbehalten bleibt die Nichtigkeit der Revisionsverfügung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 520; Urteil 9C_6/2014 vom 15. Dezember 2014 E. 2.2).
4.
4.1. Die ursprüngliche Rentenzusprache erfolgte mit Verfügungen vom 20. März und 28. April 2003. Eine Rentenrevision leitete die Verwaltung im Jahr 2006 ein. Nachdem sie ein Verlaufsgutachten und eine Einschätzung der RAD-Ärztin wie auch des Eingliederungsberaters veranlasst hatte und der ermittelte Invaliditätsgrad gleich geblieben war (92 %), eröffnete sie das Abklärungsresultat dem Versicherten mit Mitteilung vom 9. November 2007. Zeitliche Vergleichsbasis zu den mit Verfügung vom 4. September 2015 beurteilten Verhältnissen bildet demzufolge die Situation, wie sie gemäss Mitteilung vom 9. November 2007 bestand. Daran ändert nichts, dass die Verwaltung das Revisionsergebnis dem Rentenbezüger auf dem Weg einer blossen Mitteilung eröffnete; denn laut Art. 74 ter lit. f IVV bedarf es keiner Verfügung, wenn die Invalidenrente nach einer von Amtes wegen durchgeführten Revision weiter ausgerichtet wird, sofern keine leistungsbeeinflussende Änderung der Verhältnisse festgestellt wird, was hier der Fall war. Eine solche Mitteilung ist, wenn keine Verfügung verlangt worden ist (Art. 74quater IVV), in Bezug auf den Vergleichszeitpunkt einer rechtskräftigen Verfügung gleichzustellen (SVR 2010 IV Nr. 4 S. 7, 9C_46/2009 E. 3.1; ULRICH MEYER/MARCO REICHMUTH, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, 3. Aufl. 2014, S. 430).
4.2. Zwar ist den Ausführungen der Beschwerdeführerin unter anderem zu <ref-ruling> eine gewisse Logik nicht abzusprechen. So ist im vorliegenden Fall durchaus möglich, dass, wenn die ursprüngliche Rentenzusprache zweifellos unrichtig war, die Mitteilung vom 9. November 2007 es auch ist, perpetuierte sie doch möglicherweise eine zu Unrecht zugesprochene Rente. Tatsächlich ist es aber so, dass der Mitteilung vom 9. November 2007 eine umfassende Abklärung vorangegangen ist, was notwendigerweise zur Folge hat, dass diese Abklärungen und die daraus gezogenen Schlussfolgerungen ebenfalls zweifellos unrichtig sein müssten. Eine Aufhebung des Rentenanspruchs auf dem Weg einer Wiedererwägung setzt voraus, dass auch bis dahin keine Invalidität eingetreten ist (Urteil 9C_121/2014 vom 3. September 2014 E. 3.4, SVR 2014 IV Nr. 39 S. 137 mit Hinweisen).
In <ref-ruling> E. 5.2 wird ausdrücklich festgehalten, dass eine Revisionsverfügung, welche die bisherige Rente nach materieller Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Durchführung eines Einkommensvergleichs bestätigt, an die Stelle der ursprünglichen Verfügung tritt. Indem die Verwaltung die ursprüngliche Verfügung wiedererwägungsweise aufhob, hat sie die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> ignoriert. Vielmehr bildet die formlose Verfügung vom 9. November 2007 Grundlage der Wiedererwägung. Gestützt auf diese Rechtsprechung teilen bei Erfüllung der Wiedererwägungsvoraussetzungen hinsichtlich der Verfügung vom 9. November 2007 die ursprünglichen Verfügungen aus dem Jahr 2003 das Schicksal der in Wiedererwägung gezogenen Verfügung, da sie konsumiert bleiben.
4.3. Wie die Vorinstanz demnach zutreffend festhielt, wäre zu prüfen gewesen, ob die Mitteilung vom 9. November 2007 einer Wiedererwägung nach Art. 53 Abs. 2 ATSG zugänglich ist. Die Mitteilung vom 9. November 2007 könnte nur dann als zweifellos unrichtig gelten, wenn bei deren Erlass eine Rentenaufhebung oder -herabsetzung im Grundsatz zulässig war. Das setzt voraus, dass bereits damals entweder ein Revisions- oder ein Wiederwägungstatbestand (E. 3.1.2) vorlag.
4.4. Anfechtungs- und Streitgegenstand vor kantonalem Gericht bildete die am 4. September 2015 verfügte Rentenaufhebung mit Wirkung ex nunc et pro futuro (<ref-ruling> E. 2a - c S. 415 ff.). Nach dem Gesagten können mit der Vorinstanz die Rentenverfügungen vom 20. März und 28. April 2003 nicht Grundlage für eine wiedererwägungsweise Aufhebung der Rente bilden. Wie der Beschwerdegegner in seiner Vernehmlassung vom 28. Juni 2016 zutreffend einwendet, wäre es der Verwaltung offen gestanden, die Wiedererwägungserfordernisse in Bezug auf die Mitteilung vom 9. November 2007 zu prüfen, um allenfalls einen Eingriff in das Rentenverhältnis vornehmen zu können, was sie indessen unterliess.
4.5. Die Offizialtätigkeit des Gerichts und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gelten im Rahmen des Streitgegenstandes, der dem Gericht zur Entscheidung vorliegt. Die Verwaltung hat überdies mit Verfügung vom 4. September 2015 unmissverständlich ihren Willen kundgetan, die Rentenzusprache in Wiedererwägung ziehen zu wollen. Damit kommt hier die im Sozialversicherungsrecht geltende Praxis, wonach sich das kantonale Gericht mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung (gerichtliche Aufhebung oder Herabsetzung des Leistungsanspruchs nach Art. 53 Abs. 2 statt - wie administrativ verfügt - nach Art. 17 Abs. 1 ATSG) zumindest dann befassen muss, wenn der Versicherungsträger die Motivsubstitution vernehmlassungsweise beantragt hat, nicht zum Tragen (Art. 53 Abs. 2 ATSG; <ref-ruling>; SVR 2011 IV Nr. 20 S. 53, 9C_303/2010 E. 4). Es geht vielmehr um die Rechtsfrage, ob im Zeitpunkt des Erlasses der Mitteilung vom 9. November 2007 die materiellen Voraussetzungen der Wiedererwägung gegeben waren oder nicht, womit sich die IV-Stelle hinsichtlich der Wiedererwägung einzig auf den falschen Verwaltungsakt bezog. Auch unter dem Gebot eines raschen und einfachen Verfahrens (Art. 61 lit. a ATSG) und in Berücksichtigung des Untersuchungsgrundsatzes gilt es unnötige gerichtliche Rückweisungen zu vermeiden. Eine Rückweisung an die Verwaltung darf nicht einer Verweigerung des gerichtlichen Rechtsschutzes gleichkommen, was etwa dann der Fall ist, wenn wegen besonderer Gegebenheiten nur ein Gerichtsgutachten oder andere gerichtliche Beweismassnahmen geeignet sind, zur Abklärung des Sachverhalts beizutragen. Unzulässig ist die Rückweisung auch, sofern sie nach den Umständen als unverhältnismässig erscheint (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 410 f. mit Hinweisen).
4.6. Sachliche Gründe für eine Rückweisung nennt das kantonale Gericht nicht. Nach der konkreten Sach- und Rechtslage wäre die Vorinstanz grundsätzlich ohne Weiteres in der Lage gewesen, reformatorisch zu entscheiden, indem sie die Voraussetzungen der Wiedererwägung in Bezug auf die Mitteilung vom 9. November 2007 geprüft hätte. Die Verwaltung beabsichtigte aber weder in ihrer Verfügung vom 4. September 2015 noch im Laufe des kantonalen Beschwerdeverfahrens eine Wiedererwägung ihrer Mitteilung vom 9. November 2007. Sie legte dementsprechend auch nicht ansatzweise dar, worin die zweifellose Unrichtigkeit der formlosen Verfügung vom 9. November 2007 ihrer Ansicht nach liegen würde. Damit lässt sich, namentlich mit Blick auf diese unterbliebene Mitwirkung der Verwaltung, das Vorgehen des kantonalen Gerichts nicht als bundesrechtswidrig bezeichnen. Es kann offen bleiben, was daraus zu folgen hat, dass die Verwaltung in ihrem Beschwerdeantrag im vorliegenden Verfahren nach wie vor in Verkennung der Rechtsprechung ausschliesslich auf die Wiedererwägung der Verfügung vom 28. April 2003 abzielt.
5.
Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. November 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Polla