Sachverhalt:
A.
A.a. Am 12. Mai 2014 eröffnete das Bezirksgericht Inn den Konkurs über die B._ SA mit Sitz in U._. Als ausseramtliche Konkursverwaltung wurde C._, D._ AG in V._, eingesetzt.
A.b. C._ gab am 18. Oktober 2016 den Gläubigern der Konkursitin unter anderem das Ergebnis des Zirkularbeschlusses vom 26. August 2016 bekannt, wonach mehr als die Hälfte der Gläubiger dem Freihandverkauf der sich in der Konkursmasse befindenden Parzellen Nr. vvv, Nr. www inklusive Betonmischanlage, Nr. xxx und Nr. yyy für insgesamt Fr. 700'000.-- zugestimmt haben. Das Angebot von A._ für den Erwerb dieser Parzellen sei mangels unwiderruflichen Zahlungsversprechens einer Schweizer Bank (Filiale Schweiz) am 11. Oktober 2016 abgelehnt worden.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 31. Oktober 2016 gelangten A._ und E._ an das Bezirksgericht Inn, welches ihre Beschwerde zuständigkeitshalber an das Kantonsgericht von Graubünden als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs weiterleitete. Sie verlangten den Erlass einer anfechtbaren Zuschlagsverfügung betreffend den Freihandverkauf (Grundstücke Nr. vvv, Nr. www, Nr. zzz, Nr. xxx, Nr. yyy) gemäss Zirkularbeschluss vom 26. August 2016 sowie die Anweisung an das zuständige Grundbuchamt, während der Dauer des Beschwerdeverfahrens keine Handänderungen vorzunehmen.
B.b. Das Kantonsgericht ordnete am 2. November 2016 eine Grundbuchsperre an und untersagte der ausseramtlichen Konkursverwaltung, den Freihandverkauf beim Grundbuchamt anzumelden. Am 4. November 2016 teilte das Grundbuchamt dem Kantonsgericht mit, dass der Freihandverkauf am 24. Oktober 2016 zur Eintragung vorgelegt und gleichentags im Tagebuch aufgenommen worden war. Der inzwischen erfolgte Eintrag im Hauptbuch wurde dem Kantonsgericht am 14. November 2016 mitgeteilt.
B.c. Mit Entscheid vom 6. Dezember 2016 trat das Kantonsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
C.
A._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 23. Dezember 2016 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Entscheides und die Rückweisung der Sache zur Durchführung des Verfahrens an die Vorinstanz. Eventualiter sei festzustellen, dass die Grundbuchanmeldung bezüglich des Freihandverkaufs der Parzellen Nr. vvv, Nr. www inklusive Betonmischanlage, Nr. xxx und Nr. yyy rechtswidrig sei.
Dem Beschwerdeführer sind die kantonalen Akten auf Verlangen zur Einsichtnahme zugestellt worden. Er hat sich am 12. Januar 2017 und am 1. Februar 2017 mit einer weiteren Eingabe an das Bundesgericht gewandt.
Der Beschwerdeführer stellt das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Der Beschwerde ist am 13. Januar 2017 antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt worden, womit das laufende Konkursverfahren über die B._ SA nicht geschlossen werden darf.
Mit Eingabe vom 14. Februar 2017 hat die Gemeinde U._ unaufgefordert eine Stellungnahme eingereicht.
Es sind die kantonalen Akten, indes keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Freihandverkauf im Konkurs, mithin eine Schuldbetreibungs- und Konkurssache. Die Beschwerde in Zivilsachen ist unabhängig eines Streitwertes gegeben (<ref-law>).
1.2. Zur Beschwerde in Zivilsachen ist nur berechtigt, wer durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Abänderung hat (<ref-law>). Ein solches Interesse ist gegeben, wenn die Beschwerdelegitimation ("schutzwürdiges Interesse") nach Art. 17 f. SchKG vorhanden ist (u.a. JEANDIN, La plainte et le recours [art. 17-22 et 36 LP], in: Sviluppi e orientamenti del diritto esecutivo federale, 2012, S. 36 f., mit Hinweisen).
Nach der Lehre hat - anders als bei der Versteigerung (<ref-law>) - beim Freihandverkauf derjenige Interessent, der das höchste Angebot gemacht hat, keinen durchsetzbaren Anspruch darauf, dass das Objekt an ihn verwertet wird, weshalb der übergangene Interessent nicht zur Beschwerde gegen den Freihandverkauf legitimiert ist (LORANDI, Der Freihandverkauf im schweizerischen Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, 1994, S. 199, sowie S. 57, 320, 336). Auch das Recht zum höheren Angebot (<ref-law>) wird nicht als eine Art Vorkaufsrecht der Gläubiger verstanden (LORANDI, a.a.O., S. 320; FOËX, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 17 zu Art. 256). Als Gläubiger der Konkursitin ist der Beschwerdeführer zur Beschwerde grundsätzlich berechtigt, weil er ein rechtlich geschütztes Interesse an der ordnungsgemässen Abwicklung des Zwangsvollstreckungsverfahrens hat (<ref-ruling> E. 3.2 S. 598). Im vorliegenden Verfahren braucht - wie sich aus dem Folgenden (E. 2) ergibt - die Beschwerdelegitimation des Beschwerdeführers nicht erörtert zu werden.
1.3. Auf die fristgerecht erhobene Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten, hingegen sind die nach Fristablauf gemachten Eingaben nicht zu berücksichtigen (<ref-law>).
1.4. Vor Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104). Die Missachtung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen (<ref-law>), wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.6. Die Gemeinde U._ hat nach eigenen Angaben durch den Freihandverkauf das Grundstück Nr. zzz erworben, welches im Beschwerdeantrag an die Vorinstanz erscheint. Sie kann am vorliegenden Verfahren als Beteiligte betrachtet werden (<ref-law>).
2.
Anlass der Beschwerde bildet die konkursamtliche Zwangsverwertung von Grundstücken durch Freihandverkauf.
2.1. Die zur Masse gehörenden Vermögenswerte werden auf Anordnung der Konkursverwaltung öffentlich versteigert, oder falls die Gläubiger es beschliessen, freihändig verkauft (<ref-law>). Beide Verwertungsformen stellen einen staatlichen Hoheitsakt dar, der mit Beschwerde nach <ref-law> angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 239), in letzter Instanz mit Beschwerde in Zivilsachen (E. 1.1).
2.2. Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, müssen unter anderem einer Reihe von inhaltlichen Minimalanforderungen genügen. So sind die Vorbringen der Parteien zu nennen, nämlich ihre Begehren, Begründungen, Beweisvorbringen und Prozesserklärungen (<ref-law>). Alsdann hat die Vorinstanz klar festzuhalten, von welchem Sachverhalt sie ausgegangen ist und welche rechtlichen Überlegungen sie angestellt hat (<ref-law>). Diese Anforderungen gehen nicht über diejenigen des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf rechtliches Gehör hinaus (<ref-law>). Sie sollen dem Adressaten ein Bild über die Tragweite des Entscheides verschaffen und ihm erlauben, ihn auf seine Richtigkeit zu überprüfen und gegebenenfalls anfechten zu können. Dazu gehört auch eine klare Trennung von Sachverhalt und Rechtsfragen. Sogenannte "Dass-Entscheide" sind nur für kürzere Urteile zulässig (SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2015, N. 12 ff., insb. 15 zu Art. 112; EHRENZELLER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 7, 8 zu Art. 112). Genügt ein Entscheid diesen Anforderungen nicht, so kann das Bundesgericht ihn an die Vorinstanz zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben. Hingegen steht es ihm nicht zu, sich an die Stelle der Vorinstanz zu setzen, die ihrer Aufgabe nicht nachgekommen ist. Ein Schriftenwechsel ist nicht erforderlich, da die Rechtsstellung der Parteien selbst im Falle einer Aufhebung nicht geändert wird, weil diese - anders als eine Rückweisung nach <ref-law> - nicht mit bundesgerichtlichen Vorgaben verbunden sein kann (Urteil 8C_742/2016 vom 5. Januar 2017 E. 1). Die verfahrensrechtlichen Folgen nach <ref-law> sind von Amtes wegen zu prüfen (<ref-ruling> E. 1.2.1; <ref-ruling> E. 6.2.3; <ref-ruling> E. 2.2). Das Bundesgericht hat daher unabhängig des Antrags einer Prozesspartei tätig zu werden, denn nur so kann es seine Aufgabe wahrnehmen.
2.3. Nach Ansicht der Vorinstanz kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Der Hauptantrag des Beschwerdeführers, eine anfechtbare Zuschlagsverfügung zu erlassen, könnte nämlich auch bei Gutheissung den (strittigen) Eigentumsübergang nicht rückwirkend verhindern. Sie hat ausgeführt, dass aufgrund der vorliegenden Akten "mit hoher Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden kann, dass die Anmeldung der Freihandverkäufe vor Rechtskraft der Zuschlagsverfügung erfolgt ist, dass andererseits mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden kann, dass die von den Beschwerdeführern verlangte Freihandverkaufsverfügung vorliegt und dem Grundbuchamt mit der Grundbuchanmeldung vom 24. Oktober 2016 eingereicht wurde, ansonsten dem Grundbuchamt das Grundgeschäft für den Grundbucheintrag gefehlt hätte". Alsdann hat die Vorinstanz festgestellt, dass das Grundbuchamt den Eigentumsübergang am 24. Oktober 2016 im Tagebuch und später im Hauptbuch vollzogen hatte, womit die von ihr am 2. November 2016 veranlasste Grundbuchsperre vom Grundbuchamt als gegenstandslos betrachtet worden war.
2.3.1. Aus diesen Ausführungen geht nicht hervor, wie der Freihandverkauf im Einzelnen zustandegekommen ist und welche Vorkehren die ausseramtliche Konkursverwaltung in diesem Zusammenhang getroffen hat. Statt den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen (<ref-law>), stützt sich die Aufsichtsbehörde auf Vermutungen. Zudem wird aus ihren Ausführungen nicht klar, welche Bedeutung der Mitteilung der ausseramtlichen Konkursverwaltung vom 18. Oktober 2016 ("Ergebnis des Zirkularbeschlusses vom 26. August 2016") zukommen soll. Zwar scheint die Vorinstanz darin eine anfechtbare Verfügung zu erblicken, weshalb sie die Beschwerde an die Hand genommen hat. Andererseits wird nicht klar, ob diese als Grundlage des Grundbucheintrages gelten soll. Schliesslich wird nicht erkennbar, an welche Art von Verfügung die Vorinstanz gedacht hatte, als sie dem Beschwerdeführer mitteilte, eine solche werde nur erlassen, soweit damit "eine vollstreckungsrechtlich wirksame Berichtigung des gerügten Verfahrensfehlers" erreicht werden könne.
2.3.2. Aufgrund der vorinstanzlichen Ausführungen zum Sachverhalt und zur Rechtslage kann auch nicht geklärt werden, ob an der Prüfung des Freihandverkaufs im Beschwerdeverfahren noch ein aktuelles Interesse besteht, wie es die ständige Rechtsprechung verlangt (<ref-ruling> E. 2). Ob ein Dritter bereits die verwerteten Grundstücke erworben hat, geht aus dem angefochtenen Entscheid ebenfalls nicht hervor. Dieser Umstand kann mit Blick auf die Anfechtung einer Zwangsverwertung bzw. die Zwecklosigkeit einer Beschwerde durchaus von Bedeutung sein (<ref-ruling> E. 3). Ob die Vorinstanz die Beschwerde nach <ref-law> als nicht zulässig erachten und den Beschwerdeführer auf die Möglichkeit einer Grundbuchberichtigungsklage verweisen durfte, kann daher aufgrund des angefochtenen Entscheides nicht beurteilt werden.
2.4. Das Bundesgericht kann nach dem Gesagten nicht prüfen, ob der angefochtene Entscheid in Verletzung von Bundesrecht ergangen ist. Eine Rückweisung zur Verbesserung kann nur erfolgen, wenn die Behebung des Mangels den Ausgang des vorinstanzlichen Verfahrens nicht tangiert, etwa bei kanzleimässigen Versehen, die der Berichtigung zugänglich sind (Urteil 8C_742/2016 vom 5. Januar 2017 E. 2.2, mit Hinweisen). Dies ist vorliegend nicht der Fall. Der angefochtene Entscheid ist daher von Amtes wegen aufzuheben und die Sache ist zur Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.5. Damit erübrigt sich die Prüfung der vom Beschwerdeführer erhobenen Gehörs- und Rechtsverweigerungsrügen.
3.
Die Kosten werden bei einer Rückweisung nach <ref-law> nicht nach dem Ausgang des Verfahrens, sondern nach dem Verursacherprinzip verlegt (<ref-law>; Urteil 8C_742/2016 vom 5. Januar 2017 E. 3). Dem Gemeinwesen wird im vorliegenden Fall jedoch noch einmal keine Gerichtsgebühr auferlegt (<ref-law>). Hingegen hat es dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu leisten. Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Der Entscheid des Kantonsgerichts von Graubünden vom 6. Dezember 2016 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Graubünden hat den Beschwerdeführer mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht von Graubünden, Schuldbetreibungs- und Konkurskammer als Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, und sowie der Gemeinde U._ schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante