Sachverhalt:
A.
A.a. Die Hotel A._ AG in U._ (Beklagte, Beschwerdeführerin), hat hauptsächlich die Verwaltung des Hotels A._ zum Zweck. Das voll liberierte Aktienkapital von Fr. 500'000.-- ist aufgeteilt in 380 Namenaktien zu Fr. 1'000.-- (Stammaktien) und 1'200 Namenaktien zu Fr. 100.-- (Stimmrechtsaktien). Die Aktionäre sind Geschwister. Verwaltungsratspräsident der Gesellschaft ist Dr. G._; er ist nicht Aktionär.
A.b. Die Stimmrechtsaktien werden je zur Hälfte von C.B._ und D.B._ gehalten; mit ihren je 600 Stimmrechtsaktien und je 65 Stammaktien verfügen sie über eine Kapitalbeteiligung von je Fr. 125'000.-- und eine Stimmkraft von je 665 Stimmen.
A.c. E.B._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist mit 225 Stammaktien im Aktienbuch eingetragen und hat nach ihrer Darstellung von ihrem Bruder F.B._ weitere 25 Stammaktien erworben, mit denen sie im Aktienbuch (noch) nicht eingetragen ist; in der ordentlichen Generalversammlung vom 30. Juni 2015 und in der ausserordentlichen vom 9. September 2015 vertrat sie diese 25 Stammaktien. Sie verfügte so insgesamt über eine Kapitalbeteiligung von Fr. 250'000.-- und eine Stimmkraft von 250 Stimmen.
A.d. An der ordentlichen Generalversammlung vom 30. Juni 2015 stimmten D.B._ und C.B._ für den Antrag des Verwaltungsrates, die H._ AG als gesetzliche Revisionsstelle wiederzuwählen. E.B._ lehnte den Antrag ab. Entsprechend der Kapitalbeteiligung von je 50 % des Aktienkapitals der befürwortenden und der ablehnenden Stimmen wurde keine Revisionsstelle gewählt.
A.e. Der Verwaltungsrat beschloss darauf am 12. August 2015 gegen die Stimme von E.B._, eine ausserordentliche Generalversammlung einzuberufen, um die Statuten zu ändern und der Generalversammlung die Wiederwahl der bisherigen Revisionsstelle zu beantragen. Der bisherige Art. 12 Abs. 1 der Statuten der Hotel A._ AG ("Bei Wahlen und Beschlüssen entscheidet, soweit nicht die Statuten oder das Gesetz etwas anderes bestimmen, das absolute Mehr der vertretenen Aktienstimmen. Bei Stimmengleichheit entscheidet bei Wahlen das Los, bei Sachfragen der Stichentscheid des Präsidenten.") sollte wie folgt abgeändert werden:
"Bei Wahlen und Beschlüssen entscheidet, soweit nicht die Statuten oder das Gesetz etwas anderes bestimmen, das absolute Mehr der vertretenen Aktienstimmen. Bei Stimmengleichheit entscheidet der Präsident mit Stichentscheid."
A.f. An der ausserordentlichen Generalversammlung vom 9. September 2015 stimmten D.B._ und C.B._ der Änderung von Art. 12 Abs. 1 der Statuten (Traktandum 2) zu; E.B._ stimmte dagegen. Unter Traktandum 3 stimmten anschliessend D.B._ und C.B._ für die Wiederwahl der bisherigen Revisionsstelle, E.B._ stimmte dagegen; die bisherige Revisionsstelle wurde mit Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten wiedergewählt.
B.
B.a. Mit Klage vom 3. November 2015 stellte E.B._ dem Handelsgericht des Kantons Aargau die folgenden Rechtsbegehren:
"1. Es seien folgende Beschlüsse, welche an der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 9. September 2015 gefasst wurden, aufzuheben:
a. die Änderung von Art. 12 Abs. 1 der Statuten der Beklagten, mit welcher der Stichentscheid des Präsidenten bei Wahlen eingeführt werden soll;
b. die Wahl der H._ AG als aktienrechtliche Revisionsstelle der Beklagten für das Geschäftsjahr 2015. (...) "
B.b. Das Handelsgericht des Kantons Aargau hiess die Klage mit Urteil vom 8. September 2016 gut und hob die beiden angefochtenen Beschlüsse, welche an der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 9. September 2015 gefasst wurden, auf. In der Begründung wies das Gericht zunächst den Einwand der Beklagten ab, es fehle der Klägerin am Rechtsschutzinteresse; es stellte sodann fest, dass die Anfechtungsfrist gewahrt und die Aktiv- und Passivlegitimation gegeben sei. Das Gericht kam sodann zum Schluss, der Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten sei für Wahlen unzulässig, für die ein absolutes Mehr erforderlich sei, auch wenn für die Statutenänderung zur Einführung des Stichentscheids kein qualifiziertes Mehr erforderlich sei. Das Handelsgericht hielt sodann fest, im konkreten Fall sei der Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten schon deshalb ungültig, weil er nicht Aktionär sei. Schliesslich gelangte das Handelsgericht zum Schluss, die angefochtenen Statutenänderungen vom 9. September 2015 verletzten das Gleichbehandlungsgebot und seien rechtsmissbräuchlich.
C.
C.a. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beklagte die Rechtsbegehren, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 8. September 2016 aufzuheben und auf die Klage nicht einzutreten (Ziffer 1), eventuell sei die Klage abzuweisen (Ziffer 2) und subeventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Ziffer 3). Die Beschwerdeführerin hält daran fest, die Beschwerdegegnerin habe kein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung des Generalversammlungsbeschlusses und sie macht geltend, der Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten sei auch bei Wahlen gültig eingeführt worden und leide nicht an einem inneren Widerspruch. Auch sei die Aktionärseigenschaft des Verwaltungsratspräsidenten nicht erforderlich. Schliesslich wendet sie sich dagegen, dass gegen das Gleichbehandlungsgebot und das Rechtsmissbrauchsverbot verstossen worden sei.
C.b. Die Beschwerdegegnerin stellt in der Antwort den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C.c. Das Handelsgericht verzichtet unter Hinweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid auf Vernehmlassung.
C.d. Die Parteien haben repliziert und dupliziert.
C.e. Mit Präsidialverfügung vom 24. November 2016 wurde festgestellt, dass der Beschwerde von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zukommt; das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Entzug dieser Wirkung wurde abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) und richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>)eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht in Handelssachen entschieden hat (<ref-law>); ein Streitwert ist nicht erforderlich (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>) und hat die Beschwerde fristgerecht eingereicht (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin bestreitet das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin.
2.1. Gemäss <ref-law> können der Verwaltungsrat und jeder Aktionär Beschlüsse der Generalversammlung, die gegen das Gesetz oder die Statuten verstossen, beim Richter mit Klage gegen die Gesellschaft anfechten (Abs. 1). Anfechtbar sind insbesondere Beschlüsse, die Rechte von Aktionären entziehen oder beschränken, sei es unter Verletzung von Gesetz oder Statuten oder in unsachlicher Weise (Abs. 2 Ziff. 1 und 2). Das Urteil, das einen Beschluss der Generalversammlung aufhebt, wirkt für und gegen alle Aktionäre (Abs. 5). Es handelt sich um ein auflösendes Gestaltungsurteil, das zu einer rückwirkenden Aufhebung des angefochtenen Beschlusses der Generalversammlung führt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 211 f. mit Hinweis).
2.2. Die Beschwerdegegnerin ist unbestritten Aktionärin der Beschwerdeführerin und in dieser Eigenschaft zur Anfechtung des Generalversammlungsbeschlusses legitimiert; sie hat den Beschlüssen über die Statutenänderung und die Wiederwahl der Revisionsstelle nicht zugestimmt und diese fristgerecht angefochten. Sie macht geltend, die Beschlüsse seien gesetzeswidrig und beschränkten ihre Rechte als Minderheitsaktionärin in unsachlicher Weise. Als Aktionärin muss sie nicht eigens begründen, dass sie ein Rechtsschutzinteresse an rechtmässigen Statuten hat, die überdies ihre Rechte nicht unsachlich beschränken. Ein Rechtsschutzinteresse könnte ihr allenfalls abgesprochen werden, wenn die Anfechtung geradezu rechtsmissbräuchlich wäre. Davon kann keine Rede sein. Die Vorinstanz hat zutreffend dargelegt, dass es der Beschwerdegegnerin nachvollziehbar darum geht, den ihre Mitwirkungsrechte als Minderheitsaktionärin einschränkenden statutarischen Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten bei Wahlen zu verhindern, weil der aktuell vorgesehene Losentscheid bei Wahlen für sie günstiger ist. Die Beschwerdeführerin missversteht diese Begründung, wenn sie diese nicht auf die statutarische Regelung als solche bezieht und vorbringt, die Beschwerdegegnerin hätte im konkreten Fall einen Losentscheid über die Wahl der Revisionsstelle beantragen müssen, um ihr Interesse auszuweisen.
2.3. Es bestehen keine Gründe, der Beschwerdegegnerin das Rechtsschutzinteresse an der Durchsetzung ihrer gesetzlichen Rechte als Aktionärin abzusprechen (vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 455 f.).
3.
Die Vorinstanz hat die Wahl der Revisionsstelle durch die ausserordentliche Generalversammlung der Beschwerdeführerin namentlich als rechtswidrig erklärt, weil diese mit dem Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten zustande kam.
3.1. Nach <ref-law> können die Statuten das Stimmrecht unabhängig vom Nennwert nach der Zahl der jedem Aktionär gehörenden Aktien festsetzen, so dass auf jede Aktie eine Stimme entfällt. Die Bemessung des Stimmrechts nach der Zahl der Aktien ist jedoch nach <ref-law> nicht anwendbar für bestimmte Geschäfte, namentlich für die Wahl der Revisionsstelle (<ref-law>). Hier bemisst sich die Stimmkraft nach dem Nominalwert der Aktien und entscheidet im Ergebnis die Kapitalmehrheit (ANDREAS LÄNZLINGER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 5. Aufl. 2016, N. 10 zu <ref-law>; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 12 N. 360b; JEAN NICOLAS DRUEY/EVA DRUEY JUST/LUKAS GLANZMANN, Gesellschafts- und Handelsrecht, 11. Aufl. 2015, § 10 N. 25). An dieser Regelung soll nach der Botschaft des Bundesrats zur Änderung des Obligationenrechts (Aktienrecht) vom 23. November 2016 nichts geändert werden (BBl 2017 539 Ziff. 2.1.19).
3.2. Die Statuten können dem Vorsitzenden der Generalversammlung den Stichentscheid für den Fall der Stimmengleichheit verleihen, um deren Beschlussfähigkeit zu ermöglichen (<ref-ruling> E. 2 S. 559 ff.; vgl. BÖCKLI, a.a.O., § 12 N. 358, der von einer zum Gewohnheitsrecht verdichteten Praxis spricht). Der Vorsitzende der Generalversammlung ist in der Regel wie vorliegend der Verwaltungsratspräsident. Der Verwaltungsrat und mindestens indirekt auch dessen Präsident (vgl. <ref-law>) wird von der Generalversammlung gewählt (<ref-law>). Für diese Wahl ist jedoch - wenn die Statuten wie hier nichts Abweichendes vorsehen - die Mehrheit der Aktienstimmen und damit gerade nicht die Kapitalmehrheit massgebend (vgl. <ref-law>, <ref-law>). Dass aber eine mit der Stimmenmehrheit und dem entsprechenden Übergewicht der Stimmrechtsaktien gewählte Person durch Stichentscheid über die Wahl der Revisionsstelle entscheiden kann, ist mit <ref-law> nicht vereinbar. Denn für die Wahl der Revisionsstelle ist der Grundsatz der kapitalmässigen Bemessung des Stimmrechts nach <ref-law> zwingend.
3.3. Die Vorinstanz hat das Klagebegehren 1b zu Recht gutgeheissen, unbesehen darum, ob der Verwaltungsratspräsident Aktionär der Beschwerdeführerin ist. Die Beschwerde ist insoweit abzuweisen.
4.
Die Vorinstanz hat die Revision von Art. 12 Abs. 1 der Statuten der Beschwerdeführerin als rechtswidrig erachtet und ungültig erklärt.
4.1. In einer Hauptbegründung hat die Vorinstanz erkannt, die Statutenbestimmung sei widersprüchlich. Da das absolute Mehr definitionsgemäss erfordert, dass mindestens die Hälfte der Stimmen plus eine erreicht wird, ist ein (negativer) Entscheid gefällt, wenn dies nicht zutrifft. Stimmengleichheit führt insofern nur beim Erfordernis des relativen Mehrs zu einer Pattsituation, die mit einem Stichentscheid behoben werden kann. Dies ist zweifellos rein logisch richtig. Immerhin betraf - wie die Beschwerdeführerin zutreffend bemerkt - das amtlich publizierte Präjudiz in <ref-ruling> aber ebenfalls eine Statutenbestimmung, welche das absolute Mehr der vertretenen Stimmen vorsah und ging das Bundesgericht in diesem Entscheid davon aus, dass eine Blockierung sämtlicher Vorschläge auch bei dieser Bestimmung möglich und mit dem Stichentscheid behebbar sei. Ob insofern an <ref-ruling> festgehalten werden kann oder ob verlangt werden müsste, dass die Statuten nur das relative Mehr der Stimmen verlangen dürfen, wenn sie einen Stichentscheid vorsehen (und z.B. weitere Abstimmungen mit relativem Mehr vorschreiben müssen, wenn sie zunächst eine absolute Stimmenmehrheit verlangen), kann im vorliegenden Fall offenbleiben.
4.2. Die Vorinstanz hat die Statutenrevision mit Einführung des Stichentscheids des Verwaltungsratspräsidenten auch wegen Verstosses gegen <ref-law> ungültig erklärt. Sie hat insofern festgestellt, dass sich die Beklagte bisher am statutarischen Losentscheid bei Stimmengleichheit in Wahlgeschäften nicht gestört hat, sondern dass erst die Wiederwahl der umstrittenen Revisionsstelle den Ersatz des Loses durch den Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten veranlasste. Die Vorinstanz hat daher als offensichtlich erachtet, dass es der Beklagten mit der Änderung von Art. 12 Abs. 1 der Statuten darum ging, die von der Klägerin anlässlich der vorangegangenen Generalversammlung praktizierte Opposition gegen die Wiederwahl der Revisionsstelle zu beenden. Sie hat erkannt, es seien keine sachlichen Gründe ersichtlich, weshalb der seit Jahrzehnten in Art. 12 Abs. 1 der Statuten vorgesehene Losentscheid bei Stimmengleichheit für Wahlen hätte ersetzt werden müssen. Der Auflösung von Pattsituationen und der Gewährleistung der Entscheidfähigkeit diene auch der Losentscheid; die Handlungsfähigkeit der Gesellschaft sei durch die ursprüngliche Lösung ebenso gut zu gewährleisten wie mit der neuen und der Losentscheid hätte den von der Gesellschaft behaupteten drohenden Organisationsmangel verhindert.
4.3. Zu den anfechtbaren Beschlüssen im Sinne von <ref-law> gehören hauptsächlich solche, die Rechte zum Schutz der Aktionäre verletzen (DRUEY/DRUEY JUST/GLANZMANN, a.a.O., § 12 N. 63). Namentlich sind Beschlüsse anfechtbar, die gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verstossen und insbesondere das Gebot der schonenden Rechtsausübung missachten (vgl. BÖCKLI, a.a.O., § 16 N. 112; DIETER DUBS/ROLAND TRUFFER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, N. 13, 15 zu <ref-law>). So sind statutarische Beschränkungen der Einflussmöglichkeiten von Minderheitsaktionären unzulässig, welche zur Erreichung der angestrebten gesellschaftsrechtlichen Ziele nicht erforderlich sind oder die mit weniger einschneidenden Mitteln gleichfalls erreicht werden können. Die Rechtsprechung hat etwa für den Entzug oder die Einschränkung des Bezugsrechts entschieden, dass das Gebot schonender Rechtsübung hier besonders sorgfältig zu beachten ist und daher an die Begründung dafür hohe Anforderungen zu stellen sind (<ref-ruling> E. 3 S. 238; <ref-ruling> E. 4e S. 300).
4.4. Mit dem Losentscheid wird nach den geltenden Statuten der Beschwerdeführerin für den Fall einer Pattsituation bei Wahlen die Handlungsfähigkeit der Gesellschaft sichergestellt; der hier umstrittene Ersatz des Losentscheids durch den Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten betrifft keine anderen Situationen und vermag im Ergebnis die Handlungsfähigkeit der Gesellschaft nicht besser zu gewährleisten als der Losentscheid. Weshalb allgemein der Stichentscheid des Verwaltungsratspräsidenten eine bessere Lösung für die Beschwerdeführerin bedeuten sollte als der Losentscheid zwischen zwei - objektiv die Anforderungen erfüllenden - Wahlvorschlägen, ist nicht nachvollziehbar. Vor allem aber ist der Beschwerdegegnerin beizupflichten, wenn sie die geltende Lösung aus der Erwägung vorzieht, die Aktionäre mit Stimmenmehrheit könnten bei möglichen Losentscheiden weniger gut als bei Stichentscheiden ohne Rücksicht auf ihre Meinung entscheiden und müssten eher nach einvernehmlichen Lösungen suchen. Im Übrigen hat die Vorinstanz festgestellt, dass die Beschwerdeführerin keine allgemeinen Gründe für die Neuregelung anführt, sondern die angefochtene Statutenänderung vorgenommen hat, um die von den Aktionären mit den Stimmrechtsaktien gewünschte Wahl vornehmen zu können.
4.5. Die Änderung von Art. 12 Abs. 1 der Statuten der Beschwerdeführerin ist rechtswidrig. Denn sie verstösst, auch soweit sie sich auf Wahlen bezieht, für welche die Bemessung des Stimmrechts nach der Kapitalbeteiligung nicht zwingend ist, gegen das Gebot schonender Rechtsausübung.
5.
Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Diese hat der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier