Faits :
A.
A.a. H.X._ et F.X._ (les maîtres de l'ouvrage) ont conclu, le 26 novembre 2007, avec la société Z._ SA (l'entrepreneur) un contrat d'entreprise générale pour la construction de leur maison familiale à....
A.b. Le 18 août 2011, l'entrepreneur a ouvert action contre les maîtres de l'ouvrage devant le Tribunal de première instance du canton du Jura, concluant au paiement du solde du prix convenu de 51'294 fr. 70.
Les défendeurs, qui ont mandaté Me A._, ont conclu au rejet de la demande et, à titre reconventionnel, au paiement par l'entrepreneur d'un montant à dire d'expert et de justice, ainsi qu'au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée par l'entrepreneur au commandement de payer pour le montant de 300'000 fr. ou tout autre montant auquel l'entrepreneur serait condamné, avec intérêts. Ils ont fait valoir que les travaux de construction ont pris un retard considérable et que l'ouvrage inachevé présente des défauts majeurs.
Une expertise judiciaire a été ordonnée. Il ressort du rapport de l'expert, du 2 août 2013, que la maison présente quelques défauts de conception dans certaines de ses parties, des défauts de construction ou des finitions peu convaincantes; l'expert estime la moins-value occasionnée par ceux-ci à environ 60'000 fr. et les travaux réalisés hors contrat forfaitaire à 23'375 fr. 55. Il a encore précisé et complété son rapport lors d'une audience tenue le 11 juin 2014. Par rapport complémentaire du 13 mars 2015, il a estimé la moins-value due à de nouvelles dégradations à 7'500 fr.
Les parties et leurs mandataires respectifs ont comparu à l'audience du 5 novembre 2015, présidée par la Juge civile B._. Au cours de son interrogatoire, H.X._, qui bénéficie de l'AI, s'est exprimé sur le montant de ses prétentions à l'encontre de l'entrepreneur général, énumérant un certain nombre de défauts et déposant de nouveaux moyens de preuve. Au terme de son interrogatoire, il s'est mis à pleurer lorsqu'il a été question de sa situation financière, après avoir expliqué qu'il lui était impossible d'envisager les réparations, ne disposant pas des fonds nécessaires. Quant à F.X._, elle a déclaré qu'elle n'allait pas bien du tout, ayant perdu son deuxième enfant sans en connaître les raisons, et qu'un procès était en cours pour déterminer s'il avait été empoisonné; elle a précisé suivre un traitement médical pour cette affaire.
A l'issue d'une suspension d'audience et après discussion, les parties ont signé une transaction aux termes de laquelle, en substance, l'entrepreneur reconnaît devoir aux maîtres de l'ouvrage le capital de 76'000 fr., sur la base de l'expertise judiciaire, et leur cède tous ses droits et garanties découlant des contrats conclus en sa qualité d'entrepreneur général avec les différents sous-traitants. Les maîtres de l'ouvrage doivent s'adresser à eux et faire valoir la garantie pour les défauts et, pour le cas où ils ne pourraient l'obtenir, l'entrepreneur général s'engage à en répondre jusqu'au montant de 76'000 fr. Afin de permettre aux maîtres de mandater une direction des travaux pour cette réfection, l'entrepreneur général s'engage à leur payer le montant de 25'000 fr. dans les 30 jours.
Par ordonnance du 5 novembre 2015, la Juge civile du Tribunal de première instance a pris acte de cette transaction et a rayé la cause du rôle.
B.
B.a. Par courriel du 9 novembre 2015, puis par courriers des 11 et 12 ( recte : 10 et 11) novembre 2015 de leur mandataire d'alors, Me A._, les époux X._ (requérants) ont déposé une demande de révision de la décision de la Juge civile B._ prenant acte de la transaction, au motif qu'ils ne se trouvaient pas, lors de l'audience, dans un état psychologique leur permettant d'apprécier la portée de l'accord signé, qu'ils auraient souhaité disposer d'un délai de réflexion et qu'ils se seraient trouvés en quelque sorte sous pression pour donner leur accord.
Le 16 novembre 2015, Me A._ a résilié son mandat (<ref-law>).
L'entrepreneur a conclu au rejet de cette demande de révision.
Par décision du 19 novembre 2015, la Juge civile a rejeté la demande de révision. Elle a considéré en substance que l'affaire qui est pendante depuis 2011 a donné lieu à une administration de preuves très conséquente, que l'audience du 5 novembre 2015 a duré près de trois heures, dont plus de deux consacrées à la recherche d'un compromis sur demande des deux parties, que ces dernières pouvaient disposer librement des prétentions en cause, que les défendeurs étaient assistés d'un mandataire professionnel - Me A._ -, qu'ils avaient eu l'occasion de s'entretenir avec lui durant une longue suspension d'audience et pouvaient donc parfaitement se rendre compte de la portée de l'engagement qu'ils signaient; par ailleurs, ce magistrat a retenu que les défendeurs n'établissaient pas ni ne rendaient même vraisemblable avoir éprouvé un préjudice résultant de la manière dont a été conduit le procès ou de la transaction passée.
B.b. Le 23 novembre 2015, représentés par leur nouveau mandataire Me Jérôme Fer, les époux X._ ont formé appel, subsidiairement recours, concluant à la constatation de la nullité de la transaction judiciaire du 5 novembre 2015 en raison de leur incapacité de discernement au moment de sa conclusion et, partant, à l'admission de leur demande de révision et au renvoi de la cause au Tribunal de première instance pour reprise de la procédure.
Statuant sur recours par arrêt du 3 juin 2016, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté ledit recours.
C.
H.X._ et F.X._ exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant principalement à sa réforme en ce sens que la transaction judiciaire est déclarée nulle, en raison de leur incapacité de discernement, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les recourants ont produit une attestation du Service psychiatrique du Jura bernois du 11 décembre 2015, qu'ils ont consulté le 6 novembre 2015.
L'intimée (l'entrepreneur) n'a pas été invitée à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>), rendue sur recours (<ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur (<ref-law>) confirmant le rejet d'une demande de révision d'une transaction judiciaire (art. 328 al. 1 let. c CPC en relation avec l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3), formée par les requérants qui ont succombé (<ref-law>) dans une affaire de contrat d'entreprise (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Dans la mesure où il est compréhensible, le recours soulève la question de la maxime inquisitoire devant le juge de la révision, celle des faits et preuves nouveaux dans la procédure de recours des <ref-law> et celle de la capacité de discernement.
3.
Sous le titre de violation de l'<ref-law> et de l'<ref-law>, puis à nouveau sous celui de violation de l'<ref-law>, les recourants soutiennent que le magistrat de première instance ayant statué sur la demande de révision devait instruire d'office la question de leur capacité de discernement lors de la signature de la transaction, qu'il aurait dû les interroger et requérir lui-même une attestation médicale. Ce faisant, ils reprochent en réalité à la cour cantonale de n'avoir pas retenu une violation de la maxime inquisitoire par le premier juge.
L'<ref-law> ne fait que réserver les dispositions légales imposant la maxime inquisitoire. Aux termes de l'art. 328 al. 1 let. c CPC, une partie peut demander la révision de la décision lorsqu'elle fait valoir que la transaction judiciaire n'est pas valable. Elle dispose d'un délai de 90 jours pour le faire; elle doit déposer une demande écrite et motivée (<ref-law>). Aucune de ces dispositions et aucune disposition du chapitre sur la révision (art. 328 à 333 CPC) n'imposent la maxime inquisitoire pour la procédure de révision. Et, à supposer que cela eût une influence, elle n'est pas imposée non plus par la procédure initiale à laquelle il a été mis fin par transaction, puisque cette procédure avait pour objet un litige du droit du contrat d'entreprise, soumis à la maxime des débats. Le grief est infondé.
4.
Sous l'intitulé de violation de l'<ref-law>, les recourants soutiennent que la cour cantonale aurait dû, par rapprochement avec l'<ref-law>, admettre la production pour la première fois devant elle de l'attestation médicale du 11 décembre 2015 et du courrier de leur précédent mandataire du 3 décembre 2015.
L'<ref-law> dispose qu'aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Par cette exception, sont visés les faits et moyens de preuve qui ont été rendus pertinents par la décision de l'autorité précédente elle-même (par exemple quant à la régularité de la procédure devant l'instance précédente ou quant à la date de la notification de la décision attaquée) (arrêts 4A_18/2010 du 15 mars 2010 consid. 2.1, non publié in <ref-ruling>; 4A_36/2008 du 18 février 2008 consid. 4.1).
Devrait-on appliquer cette jurisprudence par analogie à l'<ref-law>, qu'il n'en résulterait pas que le grief des recourants devrait être admis. En effet, dès lors que les requérants ont fondé leur demande de révision sur leur état psychologique qui, selon eux, ne leur permettait pas d'apprécier la portée de l'accord signé alors qu'ils auraient souhaité un délai de réflexion, que les circonstances dans lesquelles a été passée la transaction ressortent du procès-verbal de l'audience, que le magistrat qui a statué sur la demande de révision - dont la récusation n'a pas été demandée - les connaissait, il n'y avait pas lieu d'admettre de nouveaux moyens de preuve pour pouvoir trancher la question litigieuse.
5.
Sur le fond, la question à résoudre est celle de savoir si les recourants ont valablement conclu la transaction judiciaire du 5 novembre 2015, ou s'ils n'étaient pas, comme ils le soutiennent, capables de discernement, en d'autres termes si le motif de révision invoqué par eux, à savoir que la transaction judiciaire n'est pas valable (art. 328 al. 1 let. c CPC), est réalisé ou non.
5.1. La capacité d'ester en justice (Prozessfähigkeit), c'est-à-dire la faculté de mener lui-même le procès ou de désigner lui-même un mandataire qualifié pour le faire (FABIENNE HOHL, Procédure civile, Tome I, 2e éd. 2016, n. 702), appartient à celui qui a l'exercice des droits civils ( Handlungsfähigkeit; <ref-law>). Celui qui a la capacité d'ester en justice a donc, en particulier, la capacité de conclure une transaction judiciaire qui met fin au procès (<ref-law>).
En revanche, celui qui n'a pas l'exercice des droits civils doit être représenté en justice par son représentant légal (<ref-law> et 19 al. 1 CC; arrêt 5A_15/2009 du 2 juin 2009 consid. 4), sauf pour les droits qui ne souffrent aucune représentation en raison de leur lien étroit avec la personnalité (<ref-law>). Les effets de l'incapacité d'ester en justice sont différents selon que celle-ci frappe le demandeur ou le défendeur à la procédure (HOHL, op. cit., n. 750 ss).
5.2. En vertu du droit matériel a l'exercice des droits civils, notamment, la personne physique capable de discernement et majeure (<ref-law> en relation avec les <ref-law> et 14 CC) et qui n'est pas placée sous curatelle de portée générale (<ref-law>). Est capable de discernement ( urteilsfähig) toute personne qui n'est pas privée de la faculté d'agir raisonnablement en raison de son jeune âge, de déficience mentale, de troubles psychiques, d'ivresse ou d'autres causes semblables (<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2013).
Pour qu'une personne soit jugée incapable de discernement, il faut donc que deux conditions cumulatives soient remplies.
Il faut premièrement qu'elle n'ait pas la faculté d'agir raisonnablement. La faculté d'agir raisonnablement comporte deux éléments: un élément intellectuel, la capacité d'apprécier le sens, l'opportunité et les effets d'un acte déterminé, et un élément volontaire ou caractériel, la faculté d'agir en fonction de cette compréhension raisonnable, selon sa libre volonté (<ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 239 et les arrêts cités). Il s'agit d'une notion relative: la faculté d'agir raisonnablement ne doit pas être appréciée dans l'abstrait, mais concrètement, par rapport à un acte déterminé, en fonction de sa nature et de son importance, les facultés requises devant exister au moment de l'acte (<ref-ruling> ibidem; <ref-ruling> consid. 2b in fine p. 238).
Il faut deuxièmement que la faculté d'agir raisonnablement soit altérée par l'une des cinq causes énumérées par l'<ref-law> que sont le jeune âge, la déficience mentale, les troubles psychiques, l'ivresse ou d'autres causes semblables à l'ivresse (STEINAUER/FOUNTOULAKIS, Droit des personnes physiques et de la protection de l'adulte, 2014, n. 81 ss et 100).
La capacité de discernement des adultes majeurs est présumée d'après l'expérience générale de la vie (<ref-law>) et il appartient à celui qui prétend qu'elle fait défaut de le prouver (<ref-law>). Ce n'est que lorsqu'il s'agit d'apprécier la capacité de discernement d'une personne décédée que le degré de la preuve est abaissé à la vraisemblance prépondérante, car une preuve absolue de l'état mental de cette personne est, par la nature même des choses, impossible à rapporter (<ref-ruling> consid. 1b p. 8; arrêt 5A_204/2007 du 16 octobre 2007 consid. 5.2).
Les constatations relatives à l'état de santé mentale d'une personne, la nature et l'importance d'éventuels troubles de l'activité de l'esprit, le fait que la personne concernée pouvait se rendre compte des conséquences de ses actes et pouvait opposer sa propre volonté aux personnes cherchant à l'influencer, relèvent de l'établissement des faits. En revanche, la conclusion que le juge en a tirée quant à la capacité, ou non, de tester relève du droit et le Tribunal fédéral la revoit librement (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 2c; arrêt 5A_191/2012 du 12 octobre 2012 consid. 4.1.3).
5.3. Bien qu'elle ait appliqué l'art. 16 aCC dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2012, alors même que tant lors de l'audience où la transaction a été conclue (i.e. le 5 novembre 2015) qu'au jour de la reddition de la décision de première instance sur la demande de révision (i.e le 19 novembre 2015) le nouvel <ref-law> était en vigueur (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), la solution retenue par la cour cantonale est conforme au droit.
5.4. La Cour civile a considéré que les défendeurs étaient pleinement conscients des enjeux de la procédure qui durait depuis plus de quatre ans, avait fait l'objet de deux audiences et de nombreuses déterminations écrites. Elle a jugé qu'il ressort du procès-verbal de l'audience, précisément de l'interpellation du défendeur, qu'il était à même de comprendre les tenants et aboutissants de la procédure, pouvant s'exprimant sur les prétentions réclamées, ayant fait la liste d'un certain nombre de défauts affectant son bien immobilier et ayant déposé également de nouveaux moyens de preuve. Ce n'est qu'au terme de son interpellation qu'il s'est mis à pleurer alors qu'il était question de la situation financière du couple. Quant à la défenderesse, elle a expliqué que son mari était au bénéfice de l'assurance-invalidité et qu'en ce qui la concernait, elle n'allait pas bien du tout car elle avait perdu son deuxième enfant et suivait un traitement médical pour cela. La cour cantonale a constaté qu'il ne résulte pas du dossier que la Juge civile aurait été informée d'un quelconque problème psychique des défendeurs allant au-delà du suivi médical susrappelé. Les raisons de l'invalidité du défendeur ne ressortent pas du dossier. Si ces éléments attestent d'une certaine émotivité, voire fragilité des défendeurs, on ne peut pas pour autant avoir des doutes sur leur capacité de discernement lors de l'audience du 5 novembre 2015.
La cour cantonale a également relevé que les défendeurs ont consenti au principe d'un arrangement après leur interpellation, et ce nonobstant de prétendues questions déplacées. Les parties ont ensuite eu la possibilité de s'entretenir séparément avec leurs mandataires respectifs, puis avec le juge de première instance. Rien au dossier ne permet d'établir que le juge, leur mandataire ou celui de la partie adverse aurait exercé des pressions sur les défendeurs. Ces derniers étaient assistés d'un mandataire professionnel dont les actes n'ont jamais laissé entrevoir des agissements contraires aux intérêts de ses mandants. Le juge n'a pas excédé les pouvoirs qui lui sont conférés dans le cadre d'une transaction judiciaire. Le montant arrêté dans la transaction, bien qu'inférieur aux prétentions des défendeurs, correspond environ au montant du coût de la réfection des défauts tel que l'expert l'a fixé, abstraction faite des travaux hors forfait de 23'375 fr. 55. Il n'apparaît ainsi pas inéquitable ou disproportionné.
Aucun élément du dossier ne permet de retenir que le juge aurait dû avoir des doutes quant à la capacité de discernement des défendeurs, doutes propres à renverser la présomption de capacité de discernement.
5.5. Les recourants ne démontrent pas en quoi cette appréciation reposerait sur des faits établis arbitrairement, ni en quoi elle violerait le droit fédéral.
5.5.1. En tant qu'ils soutiennent que leur incapacité de discernement découle tant du déroulement de l'audience que de plusieurs éléments de leurs écritures, ainsi que d'un témoignage et du fait que le défendeur, qui bénéficiait de l'AI pour dépression, était suivi par un service psychiatrique, si bien que le juge aurait dû avoir des doutes, les recourants se limitent à des affirmations appellatoires, n'établissant en rien qu'ils n'auraient pas compris l'enjeu de l'audience et de la transaction passée, comme l'a admis la cour cantonale.
Les défendeurs sont majeurs et il ne résulte pas du dossier qu'ils auraient fait l'objet d'une mesure de curatelle de portée générale. Ils ne contestent pas qu'ils étaient capables de discernement et, partant, capables d'ester en justice pour mandater Me A._ afin de les représenter dans la procédure ouverte à leur encontre par l'entrepreneur et pour déposer une demande reconventionnelle. Ils ne contestent pas non plus être et avoir été capables de discernement et capables d'ester en justice pour mandater Me Jérôme Fer pour la procédure de recours cantonale et pour la présente procédure de recours au Tribunal fédéral.
A l'appui de leur demande de révision du 9 novembre 2015, ils ont indiqué qu'ils voulaient retirer leur signature, au motif qu'ils n'ont pas eu assez de temps pour réfléchir et que, la nuit portant conseil, ils n'étaient plus d'accord de transiger. Dans leur courrier du lendemain de l'audience, ils ont invoqué que leur état psychologique lors de ladite audience ne leur permettait pas d'apprécier la portée de l'accord signé et qu'ils auraient souhaité disposer d'un délai de réflexion pour dire s'ils l'acceptaient, affirmant s'être trouvés en quelque sorte sous pression. Il résulte manifestement de ces circonstances qu'ils ont accepté de transiger et que, " la nuit portant conseil ", ils l'ont regretté dès le lendemain. Il ne s'agit toutefois pas là d'une preuve d'incapacité de discernement. Un tel état ne peut pas non plus se déduire du fait que le défendeur a pleuré en audience au moment où il a évoqué sa situation financière.
5.5.2. Lorsque les recourants soutiennent que le juge, la partie adverse et leur propre avocat ont exercé sur eux des pressions auxquelles ils ne pouvaient pas résister, qu'après cinq ans de procédure ils n'étaient pas préparés pour une conciliation et que leur avocat aurait menacé de résilier son mandat, ils ne démontrent pas en quoi l'appréciation de la cour cantonale serait insoutenable. Ils n'invoquent d'ailleurs aucun moyen de preuve propre à démontrer l'arbitraire des constatations cantonales sur ce point.
5.5.3. Les recourants ne précisent pas non plus quelle cause aurait occasionné leur incapacité de discernement. A supposer qu'ils entendent la fonder sur leur état dépressif, rien au dossier ne permet d'affirmer que cet état atteindrait la gravité de troubles psychiques au sens de l'<ref-law>. Même si elle était recevable, l'attestation médicale du 11 décembre 2015 n'y suffirait pas.
5.5.4. Enfin, alors que la cour cantonale a estimé que la transaction n'était pas inéquitable ou disproportionnée, puisque les maîtres de l'ouvrage obtenaient une reconnaissance de responsabilité de l'entrepreneur pour 76'000 fr. alors que l'expert n'avait estimé la moins-value due aux défauts qu'au total de 67'500 fr., et qu'ils obtenaient dans les 30 jours le montant de 25'000 fr. pour mandater une direction des travaux afin de procéder aux travaux de réparation, les recourants se limitent à affirmer que ce point est sans importance puisqu'ils étaient incapables de discernement. Ce faisant, ils méconnaissent que, même s'il n'est pas directement la preuve d'une capacité de discernement, l'objet de la transaction rend quasi impossible de faire croire qu'ils auraient été l'objet de pressions - par hypothèse contraires à leurs intérêts - de la part des participants à l'audience.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de ses auteurs (<ref-law>). L'intimée n'ayant pas été invitée à se déterminer, il n'y a pas lieu à allocation de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de la procédure, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 13 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Ramelet