Faits :
A.
A._, sans formation professionnelle, a travaillé en qualité d'aide-monteur en échafaudages pour le compte de la société B._ Sàrl (actuellement en liquidation) dès le 20 août 2012. Le 13 septembre 2012, il a été victime d'un accident professionnel. Le cas a été pris en charge par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA). Plusieurs médecins ont eu l'occasion de se prononcer sur l'état de santé et la capacité de travail de l'assuré. Dans un rapport du 23 février 2015, le médecin d'arrondissement de la CNA a en particulier diagnostiqué une entorse du genou droit (avec ligamentoplastie); A._ ne pouvait plus exercer son activité professionnelle habituelle, mais présentait une capacité de travail de 100 % dans une activité adaptée dès le 20 février 2015. La CNA a mis fin au versement de l'indemnité journalière de l'assurance-accidents avec effet au 30 juin 2015 (communication du 2 mars 2015).
Par décision du 3 août 2015, confirmée sur opposition le 5 janvier 2016, la CNA a nié le droit de A._ à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents. En bref, elle a retenu que l'assuré pouvait réaliser un revenu avec invalidité de 55'428 fr. dans une activité adaptée dès le 1 er juillet 2015, calculé sur la base des descriptions de cinq postes de travail (DPT). Comparé au revenu sans invalidité de 58'565 fr., déterminé selon les indications fournies par l'employeur, il en résultait un degré d'invalidité de 5,36 %. En se référant aux conclusions du médecin d'arrondissement (du 23 février 2015), la CNA a par ailleurs alloué à A._ une indemnité pour atteinte à l'intégrité de 8 %.
B.
A._ a déféré cette décision à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales. Par jugement du 23 août 2016, la Cour de justice a admis le recours et alloué à l'assuré une rente de l'assurance-accidents fondée sur un taux d'invalidité de 13 % dès le 1er juillet 2015. Pour le surplus, elle a déclaré le recours irrecevable en tant qu'il portait sur l'indemnité pour atteinte à l'intégrité.
C.
La CNA forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à la confirmation de la décision sur opposition du 5 janvier 2016.
L'assuré conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le litige porte sur le droit de l'intimé à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents dès le 1 er juillet 2015, singulièrement sur le montant du revenu sans invalidité déterminant pour la comparaison des revenus selon l'<ref-law> (RS 830.1). La procédure portant sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>).
3.
3.1. La juridiction cantonale a retenu que l'intimé avait droit à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents fondée sur un degré d'invalidité de 13 % dès le 1 er juillet 2015. En se référant à la convention collective de travail pour les échafaudeurs suisses (ci-après: la CCT échafaudeurs), dans sa version en vigueur au moment de l'accident, et à un arrêt du Tribunal fédéral du 5 mars 2002 (cause U 106/01), elle a considéré que A._ avait droit à un 13 ème salaire. Dans la mesure où le contrat de travail ne prévoyait pas cette prestation, il incombait à la CNA de la prendre en considération. Aussi, selon les premiers juges, l'assuré aurait réalisé un revenu sans invalidité annuel brut de 63'445 fr. 40 (58'565 fr. / 12 x 13) en 2015. Comparé à un revenu d'invalide de 55'428 fr., le degré d'invalidité s'élevait à 13 %.
3.2. Invoquant une violation de l'<ref-law>, la recourante reproche aux premiers juges d'avoir augmenté à tort le revenu sans invalidité de l'assuré de la part correspondant à un 13 ème salaire. Elle soutient qu'il n'appartient pas à l'assurance-accidents sociale de revoir la validité des conditions de travail de la personne assurée lorsqu'elle fixe le revenu sans invalidité, sauf lorsqu'il apparaît que ce revenu est nettement inférieur aux salaires habituels. Or, selon les informations communiquées par l'employeur, l'intimé aurait perçu une rémunération supérieure (58'565 fr.) à celle prévue par la CCT (54'643 fr. 68) en 2015.
4.
4.1. Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (<ref-law>). La comparaison des revenus s'effectue, en règle générale, en chiffrant aussi exactement que possible les montants de ces deux revenus et en les confrontant l'un avec l'autre, la différence permettant de calculer le taux d'invalidité (méthode générale de comparaison des revenus; <ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 337).
4.2. Le revenu sans invalidité est celui que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas devenu invalide. Selon la jurisprudence, pour fixer le revenu sans invalidité, il faut établir ce que l'assuré aurait - au degré de la vraisemblance prépondérante - réellement pu obtenir au moment déterminant s'il n'était pas invalide. Le revenu sans invalidité doit être évalué de la manière la plus concrète possible, c'est pourquoi il se déduit en principe du salaire réalisé en dernier lieu par la personne assurée avant l'atteinte à la santé, en tenant compte de l'évolution des salaires (<ref-ruling> consid. 3.3.2 p. 30; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 300; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 325).
Cependant, lorsqu'il apparaît que l'assuré touchait un salaire nettement inférieur aux salaires habituels de la branche pour des raisons étrangères à l'invalidité et que les circonstances ne permettent pas de supposer qu'il s'est contenté d'un salaire plus modeste que celui qu'il aurait pu prétendre, il y a lieu d'en tenir compte dans la comparaison des revenus en opérant un parallélisme des revenus à comparer. Le revenu effectivement réalisé doit être considéré comme nettement inférieur aux salaires habituels de la branche lorsqu'il est inférieur d'au moins 5 % au salaire statistique de la branche (ATF <ref-ruling> consid. 6.1.2 p. 302). Le revenu nettement inférieur peut alors justifier un parallélisme des revenus à comparer, lequel doit porter seulement sur la part qui excède le taux déterminant de 5 %. En pratique, le parallélisme des revenus à comparer peut être effectué soit au regard du revenu sans invalidité en augmentant de manière appropriée le revenu effectivement réalisé ou en se référant aux données statistiques, soit au regard du revenu d'invalide en réduisant de manière appropriée la valeur statistique (ATF <ref-ruling>consid. 4.1 p. 325).
4.3. Dans le cas d'espèce, le raisonnement de la juridiction cantonale ne peut être suivi. En tant que l'intimé a travaillé en qualité d'aide-monteur en échafaudages, il convenait, conformément à la jurisprudence précitée, d'adapter le dernier salaire effectivement perçu dans l'exercice de cette activité à l'évolution des salaires dans la branche concernée jusqu'au moment de la naissance du droit (éventuel) à la rente de l'assurance-accidents (<ref-ruling>), soit le 1 er juillet 2015. Selon les constatations de la juridiction cantonale, qui ne sont pas remises en cause, l'employeur aurait versé à l'intimé un salaire annuel de 58'565 fr. (26,50 x 42,50 x 52) en 2015. Il s'agit d'un montant supérieur à celui prévu par la CCT Echafaudeurs (54'210 fr.; voir arrêté du Conseil fédéral du 20 juin 2013 étendant le champ d'application de la convention collective de travail pour les échafaudeurs suisses, publié in FF 2013 5563, ainsi que les modifications des 20 août 2013 [FF 2013 6309], 23 juin 2014 [FF 2014 5513] et 12 février 2015 [FF 2015 1829]), de sorte qu'il ne saurait être considéré comme nettement inférieur aux salaires habituels de la branche. Dans ces circonstances, le seul fait que l'employeur a indiqué qu'il n'aurait pas versé un 13 ème salaire, soit une prestation prévue par la CCT (voir art. 13 ch. 9 CCT Echafaudeurs), ne constitue pas un motif suffisant pour s'écarter de la règle du dernier salaire effectivement perçu. Au contraire, le Tribunal fédéral a, en se référant aux règles précitées sur le parallélisme des revenus à comparer, jugé qu'il n'y avait pas lieu à majorer le revenu sans invalidité lorsque celui-ci est supérieur au salaire usuel de la branche déterminé selon le salaire minimum d'embauche d'une convention collective de travail (arrêts 8C_537/2016 du 11 avril 2017 consid. 6.1 et 8C_141/2016 du 17 mai 2016 consid. 5.2.2.3). Quoi qu'en dise l'intimé, il n'y avait dès lors pas lieu de s'écarter du revenu sans invalidé de 58'565 fr. déterminé par la CNA en première instance.
4.4. On ajoutera que les circonstances de l'espèce ne sont pas comparables à celles qui ont donné lieu à l'arrêt U 106/01 du 5 mars 2002 cité par la juridiction cantonale. Faute d'informations fiables sur le dernier salaire effectivement perçu, le Tribunal fédéral a jugé que le revenu sans invalidité pouvait, dans ce cas particulier, être déterminé sur la base du salaire minimum prévu par la convention collective de travail applicable (à ce sujet, voir aussi arrêt 8C_462/2014 du 18 novembre 2014 consid. 5.1 et les références), y compris en tant qu'elle prévoit un 13ème salaire. On ne saurait dès lors assimiler cette affaire à la situation de l'intimé qui aurait perçu au moment déterminant de la comparaison des revenus un salaire supérieur à celui de la CCT Echafaudeurs. Hypothétique, le revenu sans invalidité n'en doit pas moins être évalué de manière aussi concrète que possible (supra consid. 4.2).
5.
Au vu des éléments qui précèdent, il y a lieu de retenir, au titre de revenu sans invalidité, le montant de 58'565 fr. déterminé par la CNA en première instance. Quant au revenu d'invalide de 55'428 fr., il n'est pas contesté. La comparaison de ces deux revenus met en évidence un taux d'invalidité de 5,36 %, soit un taux inférieur à celui (10 %) donnant droit à une rente d'invalidité (<ref-law>). L'intimé n'a dès lors pas droit à une rente de l'assurance-accidents. Le jugement entrepris doit être réformé en ce sens, ce qui conduit à l'admission du recours.
6.
La recourante ayant été considérée comme succombant par les premiers juges, il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue sur les dépens, respectivement sur la demande d'assistance judiciaire que l'intimé a déposé pour la procédure antérieure.
7.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>). Il a cependant déposé, également pour la procédure fédérale, une demande d'assistance judiciaire visant à la dispense des frais judiciaires et à la désignation d'un avocat d'office. Dès lors que les conditions d'octroi sont réalisées (art. 64 al. 1 et 2 LTF), l'assistance judiciaire lui est accordée.
L'intimé est rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la Caisse du Tribunal fédéral, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 23 août 2016 est annulée, en tant qu'elle porte sur le droit de l'intimé à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents, et la décision sur opposition de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents du 5 janvier 2016 est confirmée.
2.
La demande d'assistance judiciaire de l'intimé est admise pour la procédure devant le Tribunal fédéral et Me Thierry Sticher est désigné comme avocat d'office.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 2'800 fr. est allouée à l'avocat de l'intimé à titre d'honoraires à payer par la Caisse du Tribunal fédéral.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, pour nouvelle décision sur les dépens, respectivement sur la demande d'assistance judiciaire déposée pour la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 25 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
Le Greffier : Bleicker