Sachverhalt:
A.
Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 11. März 2008 zweitinstanzlich wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern, mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfacher sexueller Belästigung sowie Pornographie zu einer Freiheitsstrafe von 35 Monaten und zu einer Busse von Fr. 500.--. Es ordnete eine stationäre therapeutische Behandlung im Sinne von <ref-law> an. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob es zugunsten der Massnahme auf.
Die stationäre therapeutische Behandlung wurde in der Folge gestützt auf <ref-law> jeweils um drei Jahre verlängert, letztmals durch Entscheid des Regionalgerichts Bern-Mittelland vom 25. Juni 2014.
Das Obergericht des Kantons Bern wies eine gegen den Entscheid vom 25. Juni 2014 erhobene Beschwerde am 30. September 2014 ab.
Das Bundesgericht hiess die dagegen gerichtete Beschwerde in Strafsachen von X._ am 3. September 2015 gut, soweit es darauf eintrat, hob den obergerichtlichen Entscheid auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_1021/2014 vom 3. September 2015, publiziert in <ref-ruling>).
B.
Das wieder mit der Sache befasste Obergericht des Kantons Bern wies den Antrag von X._ auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung unter Beizug des Gutachters am 11. November 2015 ab. Am 15. März 2016 wies das Obergericht die Beschwerde von X._ ab und bestätigte die durch die erste Instanz angeordnete Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme um drei Jahre.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, es sei der Beschluss vom 15. März 2016 aufzuheben. Die Sache sei an die Vorinstanz zur Durchführung einer mündlichen Verhandlung zurückzuweisen. Eventualiter sei eine ambulante Massnahme anzuordnen und er aus der stationären Massnahme bedingt zu entlassen. Subeventualiter sei die stationäre Massnahme um zwei Jahre zu verlängern, wobei bis dahin eine ambulante Massnahme vorzubereiten sei. Die Kosten für das erst- und zweitinstanzliche kantonale Verfahren inkl. derjenigen der amtlichen Verteidigung seien dem Kanton Bern aufzuerlegen. X._ ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Das Obergericht stellt in seiner Vernehmlassung zur Beschwerde keinen Antrag. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Endentscheid, mit welchem die erstinstanzlich angeordnete Verlängerung der stationären Massnahme gemäss <ref-law> um drei Jahre geschützt wurde, unterliegt der Beschwerde in Strafsachen im Sinne von <ref-law>. Ebenfalls der Beschwerde in Strafsachen unterliegt die Verfügung vom 15. November 2015, mit welcher die Vorinstanz den Antrag des Beschwerdeführers auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung unter Beizug des psychiatrischen Gutachters abgewiesen hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde legitimiert. Er rügt namentlich die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht, was zulässig ist (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer beanstandet die Ablehnung seines Antrags auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung unter Beizug des Gutachters. Es gehe in der Sache um die Verlängerung einer freiheitsentziehenden Massnahme im Rahmen eines Nachverfahrens gemäss <ref-law> und damit um einen Entscheid von grosser Tragweite. Die Aktenlage sei komplex. Die Situation präsentiere sich heute grundlegend anders als im Zeitpunkt des erstinstanzlichen Verfahrens im Juni 2014. Eine mündliche Verhandlung erweise sich daher im Lichte von <ref-ruling> und mit Blick auf Art. 6 EMRK als unumgänglich.
2.2. Die Vorinstanz hält in ihrer Vernehmlassung dagegen, eine mündliche Verhandlung sei vorliegend nicht notwendig, weil hievon aufgrund der aktualisierten Aktenlage nach Beizug der Akten im Parallelverfahren betreffend Versetzung in den offenen Vollzug keine weiteren Erkenntnisse zu erwarten seien. Im Übrigen treffe zwar zu, dass auch im grundsätzlich schriftlichen Beschwerdeverfahren mündlich verhandelt werden könne. Es handle sich dabei jedoch um eine "Kann"-Bestimmung. Dass diese "Kann"-Bestimmung bei Beschwerden gegen nachträgliche selbstständige Entscheide im Sinne von <ref-law> zur "Muss"-Bestimmung mutiere, lasse sich <ref-ruling> entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht entnehmen.
3.
3.1. Das Bundesgericht hat am 3. September 2015 anlässlich einer öffentlichen Beratung namentlich gestützt auf den klaren gesetzgeberischen Willen und in Übereinstimmung mit der überwiegenden Lehre entschieden, dass selbstständige nachträgliche gerichtliche Entscheide im Sinne von <ref-law> mit Beschwerde anzufechten sind (<ref-ruling> E. 4.7). Mit diesem Grundsatzentscheid bestätigte das Bundesgericht seine bisherige Rechtsprechung, in welcher es sich unter Hinweis auf die Botschaft und einzelne Autoren konstant dafür ausgesprochen hatte, dass die Beschwerde (und nicht die Berufung) das zulässige Rechtsmittel gegen selbstständige gerichtliche Entscheide im Sinne von <ref-law> sei (siehe Urteile 6B_293/2012 vom 21. Februar 2012 E. 2, 6B_425/2013 vom 31. Juli 2013 E. 1.2, 6B_688/2013 vom 28. Oktober 2013 E. 2.1. und 2.2 sowie namentlich 6B_538/2013 vom 14. Oktober 2013 E. 5.2). Es räumte allerdings ein, dass die im Schrifttum vertretene Minderheitsmeinung, wonach die Berufung das richtige Rechtsmittel sei, einiges für sich habe, namentlich soweit es um selbstständige nachträgliche gerichtliche Entscheide gehe, die empfindlich in die Rechtsdisposition des Betroffenen eingreifen (<ref-ruling> E. 4.1).
3.2. Das Bundesgericht widersprach den Bedenken der Minderheitsmeinung, die Beschwerde und das Beschwerdeverfahren würden dem inhaltlichen Gewicht gewisser nachträglicher Entscheide nicht gerecht. Es wies darauf hin, dass die Beschwerde ein ordentliches und vollkommenes Rechtsmittel darstellt, das eine Überprüfung des angefochtenen Entscheids mit freier Kognition erlaubt. Verfahrensmässig seien im Beschwerdeverfahren im Vergleich zum Berufungsverfahren für die Beschwerde führende Person keine Nachteile auszumachen: Noven seien zulässig. Ein zweiter Schriftenwechsel dürfe durchgeführt werden (<ref-law>). Zusätzliche Erhebungen oder Beweisabnahmen seien möglich (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) und es könne, je nach Tragweite des Falles, mündlich verhandelt werden (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-law>). Das Bundesgericht gelangte vor diesem Hintergrund zum Schluss, dass die Beschwerde, falls notwendig, ein der Berufung angenähertes Verfahren erlaube (<ref-ruling> E. 4.4).
4.
4.1. Das Bundesgericht unterstreicht mit den fraglichen Erwägungen, dass selbstständige nachträgliche gerichtliche Entscheide gemäss <ref-law> den Regeln über das Beschwerdeverfahren unterliegen. Dieses ist grundsätzlich schriftlich. Zentral ist eine einfache und rasche Verfahrenserledigung.
4.2. Aus den in Frage stehenden bundesgerichtlichen Erwägungen ergibt sich aber auch, dass ein schriftliches Beschwerdeverfahren der Tragweite gewisser selbstständiger nachträglicher gerichtlicher Entscheidungen unter Umständen nicht zu genügen vermag. In diesen Fällen drängt sich, was <ref-ruling> E. 4.1 erkennen lässt, aufgrund der Eingriffsintensität des Entscheids und der Art der zur Prüfung anstehenden Fragen analog zum Berufungsverfahren eine mündliche Verhandlung auf.
Zu denken ist in dieser Hinsicht beispielsweise an die nachträgliche Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law>, an die (nachträgliche) Anordnung oder Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> bzw. Art. 62c Abs. 3 und 6 StGB sowie an die (nachträgliche) Anordnung der Verwahrung gemäss <ref-law>. Diese Entscheide bringen regelmässig massive Einschränkungen der persönlichen Freiheit des Betroffenen mit sich (<ref-ruling> E. 4.1). Überdies geht es in diesen Fällen durchwegs in erhöhtem Masse um die Person des Betroffenen und sein künftiges Verhalten. Es sind Prognosen über seine Behandlungsfähigkeit und seine Gefährlichkeit zu stellen. Entsprechend stehen auch im Rechtsmittelverfahren regelmässig Tatsachenfragen zur Prüfung und Beurteilung an. Ein persönlicher Eindruck erscheint zentral. Die Notwendigkeit der Anwesenheit des Betroffenen im Beschwerdeverfahren ist damit grundsätzlich indiziert (vgl. PATRICK GUIDON, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 1 zu <ref-law>; vgl. DERSELBE, Die Beschwerde gemäss Schweizerischer Strafprozessordnung, Diss. St. Gallen 2011, S. 254 N. 522; MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 11 ff. zu <ref-law> sowie N. 1 ff. zu <ref-law>; siehe auch NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2013, S. 686 Rz. 1525 Fn. 235).
Der Beschwerdeinstanz verbleibt in diesen Fällen schwerwiegender Eingriffe in die persönliche Freiheit - was die Vorinstanz zu verkennen scheint - nur wenig Spielraum, ohne mündliche Anhörung und Befragung des Betroffenen zu entscheiden. Will sie trotz entsprechenden Antrags des Betroffenen auf eine mündliche Verhandlung verzichten, muss sie sich auf besondere Umstände stützen können, die es rechtfertigen, von einer mündlichen Verhandlung ausnahmsweise abzusehen.
5.
5.1. Diese sich aus <ref-ruling> ergebenden Grundsätze sind auf den zu beurteilenden Fall anzuwenden.
5.2. Vorliegend geht es in der Sache um eine Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> um drei Jahre. Der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel höchstens fünf Jahre (<ref-law>). Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, kann die Massnahme - wenn nötig mehrfach - um jeweils höchstens fünf Jahre verlängert werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3.4.1; siehe auch <ref-ruling> 5.2.1). Mit der Massnahmeverlängerung wird erheblich in die Freiheitsrechte des Beschwerdeführers eingegriffen. Es geht um eine Entscheidung von sehr grosser Tragweite. Schon alleine deshalb war es im Lichte von <ref-ruling> unumgänglich, dem Antrag des Beschwerdeführers stattzugeben und eine mündliche Verhandlung im Beschwerdeverfahren durchzuführen.
5.3. Dass der Beschwerdeführer vor erster Instanz am 25. Juni 2014 unter Beizug des psychiatrischen Gutachters im Beisein seines Rechtsvertreters persönlich befragt und angehört wurde, ändert am Gebot einer mündlichen Verhandlung in zweiter Instanz prinzipiell nichts. Der persönliche Eindruck, welchen die erste Instanz vom Beschwerdeführer gewonnen hat, macht dessen Befragung und Anhörung durch die Beschwerdeinstanz nicht überflüssig oder verzichtbar. Die sich im Rahmen der stationären Massnahmeverlängerung stellenden Fragen sind vielschichtig und nicht einfach zu beantworten. Es geht zur Hauptsache um Fragen der Therapierbarkeit des Beschwerdeführers und der Wirksamkeit/Notwendigkeit einer weiteren stationären Therapieintervention (in Abgrenzung zu einer ambulanten Behandlung) im Hinblick auf dessen Gefährlichkeit zur Verbesserung der Legalprognose. Diese Fragen beinhalten auch tatsächliche Bewertungsfragen. Es geht um die direkte Beurteilung der Person des Beschwerdeführers. Seine Anhörung und Befragung unter Einbezug des psychiatrischen Gutachters erscheint daher essentiell. Hinzu kommt im vorliegenden Fall, dass sich die (Vollzugs-) Situation nach dem Verfahren vor erster Instanz mit der Versetzung des Beschwerdeführers in den offenen Massnahmenvollzug massgeblich verändert hat. Die für das Versetzungsverfahren ausgearbeitete ergänzende Stellungnahme des psychiatrischen Gutachters vom 22. September 2015 (vgl. kantonale Akten, pag. 149 ff.) zog die Vorinstanz im vorliegenden Verfahren für den Entscheid betreffend Massnahmeverlängerung als (weitere) Beurteilungsgrundlage heran. Eine mündliche Verhandlung unter Beizug des Gutachters wäre auch aus diesem Grunde geboten gewesen; dessen Befragung hätte eine fundierte Auseinandersetzung mit den im vorliegenden Verfahren relevanten Fachfragen erlaubt (vgl. HEER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>).
5.4. Die Vorinstanz hätte nach dem Gesagten zusammenfassend aufgrund der Eingriffsintensität des Entscheids für den Beschwerdeführer und der Art der zu beurteilenden Fragen eine mündliche Verhandlung unter Beizug des Gutachters durchführen müssen. Besondere Umstände, welche ein Absehen davon rechtfertigen könnten, legt sie nicht dar. Solche Umstände sind auch nicht ersichtlich.
6.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben. Auf die Ausführungen in der Beschwerde zu Art. 6 EMRK braucht unter diesen Umständen ebenso wenig eingegangen zu werden wie auf die materiellen Vorbringen zur Massnahmeverlängerung.
Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos (<ref-ruling> E. 4.1). Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern vom 15. März 2016 wird aufgehoben und die Sache zur Durchführung einer mündlichen Verhandlung unter Beizug des psychiatrischen Gutachters und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Bern hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill