Fatti:
A.
Il 18 febbraio 2009 il Consiglio consortile del Consorzio per il piano regolatore dei Comuni del Gambarogno ha adottato la revisione del piano regolatore. Nella frazione di X._, la località Y._, insieme a parte dei suoi dintorni, è stata attribuita alla zona residenziale estensiva. Anche il fondo xxx appartenente a A.A._, B.A._ e C.A._ è stato assegnato a tale zona di utilizzazione.
B.
Con risoluzione del 21 luglio 2011, pubblicata in via edittale, il Consiglio di Stato ha approvato il piano regolatore, ma non l'attribuzione alla zona edificabile della Iocalità Y._ e dintorni, vista la contenibilità eccessiva del piano, attribuendo d'ufficio detto territorio alla zona agricola: decisione confermata dal Tribunale cantonale amministrativo, adito dal Comune, con sentenza del 28 giugno 2013.
C.
Con ricorso dell'11 novembre 2014 i citati proprietari hanno impugnato la decisione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, adducendo di averne avuto conoscenza solo tramite uno scritto dell'8 ottobre 2014 del Comune, in quanto la risoluzione non è stata comunicata personalmente ai proprietari la cui situazione è stata modificata dalla stessa. Con giudizio del 13 luglio 2015 il ricorso è stato dichiarato irricevibile, siccome tardivo.
D.
Avverso questa decisione A.A._, B.A._ e C.A._ presentano un ricorso al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di riformarla nel senso di accertare la nullità della decisione governativa, subordinatamente di rinviare la causa alla Corte cantonale, affinché esamini nel merito il ricorso.
Non sono state chieste osservazioni al gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale in ambito pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF. La legittimazione dei ricorrenti è pacifica. Quando l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso irricevibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, i ricorrenti devono addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali, in concreto la tardività del gravame (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2).
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2). Per di più, quando i ricorrenti, come in concreto, invocano la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.7.2 pag. 106 e rinvii).
1.4. La vertenza concerne unicamente l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto comunale e cantonale, che il Tribunale federale esamina sotto il ristretto profilo dell'arbitrio. Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta ai ricorrenti dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72).
1.5. I ricorrenti ravvisano una violazione del diritto di essere sentito (<ref-law>), censura che dev'essere esaminata in primo luogo (<ref-ruling> consid. 3 pag. 563), nel rifiuto dei giudici cantonali di esperire un sopralluogo per accertare compiutamente i fatti. Come ancora si vedrà, i magistrati cantonali, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove per nulla arbitrario (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 64; <ref-ruling> consid. 6.3.1 pag. 299) potevano rinunciare ad assumere questo mezzo di prova.
2.
2.1. La Corte cantonale ha stabilito che il criticato provvedimento pianificatorio è stato adottato in vigenza dell'abrogata Legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio del 23 maggio 1990 (LALPT; BU 1990, 365). I ricorrenti, a ragione, non lo contestano, visto che la risoluzione governativa è stata emanata il 21 luglio 2011 e che l'art. 117 della Legge sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST) dispone che le procedure in corso prima della sua entrata in vigore, il 1° gennaio 2012, sono concluse secondo il diritto anteriore.
2.1.1. Riguardo alla tempestività del gravame ha ricordato che la misura pianificatoria era stata adottata e approvata dal Legislativo comunale (art. 34 cpv. 1 LALPT). Il Municipio provvedeva poi alla pubblicazione di queste decisioni presso la cancelleria comunale per un periodo di 30 giorni (art. 34 cpv. 2 LALPT), pubblicazione annunciata almeno 10 giorni prima agli albi comunali, nel Foglio ufficiale e nei quotidiani del Cantone (cpv. 3). Contro il contenuto del piano era dato ricorso al Consiglio di Stato (art. 35 cpv. 1 LALPT). Il Governo approvava in tutto o in parte il piano regolatore, oppure ne negava l'approvazione (art. 37 cpv. 1 LALPT). La risoluzione governativa era intimata al Comune, ai ricorrenti e ai proprietari dei fondi la cui situazione era stata modificata dalla stessa (art. 37 cpv. 1 primo periodo LALPT) : essa era inoltre pubblicata, nella sua parte dispositiva, all'albo comunale e nel Foglio ufficiale (secondo periodo). Contro le decisioni governative era dato ricorso al Tribunale cantonale amministrativo entro 30 giorni dalla notificazione (art. 38 cpv. 1 LALPT). Si osserva poi che la LST ha istituito, in linea di principio, un regime giuridico analogo per quanto attiene alle procedure di adozione, approvazione e impugnazione del piano regolatore (art. 25-30 LST).
2.1.2. Ha osservato che con risoluzione del 21 luglio 2011 il Consiglio di Stato ha negato l'approvazione della proposta di inserimento nella zona edificabile del fondo dei ricorrenti, attribuendolo d'ufficio a quella agricola. Il Governo ha quindi pubblicato il dispositivo della risoluzione all'albo comunale e nel Foglio ufficiale (art. 37 cpv. 2 secondo periodo LALPT). Ha inoltre ordinato al Municipio di pubblicare integralmente la risoluzione presso la sede dell'amministrazione locale per un periodo di 30 giorni, previo annuncio della pubblicazione agli albi comunali, nel Foglio ufficiale e nei quotidiani del Cantone, analogamente a quanto la LALPT prescriveva per la pubblicazione della deliberazione di adozione del piano regolatore. La risoluzione è stata pubblicata dal 29 agosto al 27 settembre 2011, per cui il ricorso interposto l'11 novembre 2014 era tardivo e quindi irricevibile.
2.1.3. La Corte cantonale non ha accolto la censura dei proprietari secondo cui, giusta l'art. 37 cpv. 2 primo periodo LALPT, avrebbero dovuto ricevere una comunicazione personale sul mutamento dello statuto giuridico del loro fondo deciso dal Governo. Ha stabilito che la pubblicazione rappresenta un sistema alternativo di notificazione, che può essere eccezionalmente impiegato quando i destinatari della stessa, come nel caso in esame, sono numerosi (più di venti), oppure non possono essere identificati senza oneri eccessivi, richiamando al riguardo l'art. 19 cpv. 1 lett. c e d della Legge sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013, relativo alla notificazione per via edittale (LPAmm). Ha ritenuto che in materia di atti pianificatori la pubblicazione costituisce infatti la regola, come disposto dall'art. 34 cpv. 2 LALPT e ora dall'art. 27 cpv. 2 LST, che poneva come principio solo la pubblicazione del piano regolatore una volta adottato dal Legislativo comunale. Ha aggiunto che secondo la giurisprudenza queste norme esigono di massima la semplice pubblicazione dei piani e non impongono l'obbligo d'informare personalmente i proprietari in caso di adozione o di modifica dei piani, poiché agli stessi incombe il compito di interessarsi costantemente riguardo alla situazione giuridica dei loro fondi, anche quando non risiedono nel comune dove essi sono siti. Ha ritenuto, richiamando anche la dottrina, che la soluzione della sola pubblicazione del piano regolatore adempiva quindi alle esigenze del diritto federale (RAFFAELLO BALERNA, La protezione giuridica in materia di piani regolatori, in: RtiD I-2015, pag. 203 segg., nota n. 35 a piè di pagina).
2.1.4. Ha rilevato che il Consiglio di Stato, applicando la LALPT, procedeva in modo identico quando si trattava di notificare la risoluzione di approvazione del piano regolatore, ma in particolare le modifiche d'ufficio da esso decretate, facendo pubblicare il dispositivo all'albo comunale e nel Foglio ufficiale. Procedeva inoltre alla notificazione personale scritta ai già ricorrenti. Ai proprietari di fondi la cui situazione veniva modificata dalla risoluzione governativa non veniva invece necessariamente riservato Io stesso trattamento, facendola dipendere dalla facilità della loro individuazione e del loro numero, in particolare quando era praticamente impossibile definire con esattezza la cerchia delle persone toccate dalle modifiche. In tali ipotesi, il Governo ricorreva alla notificazione per via edittale, modo di procedere applicato anche dopo l'entrata in vigore della LST. Accertato che nell'ambito dell'approvazione del piano regolatore del territorialmente vastissimo Comune del Gambarogno il Governo ha disposto innumerevoli modifiche rispetto all'assetto pianificatorio proposto dal Consorzio, la Corte cantonale ha ritenuto ch'era estremamente difficile individuare i numerosissimi destinatari della risoluzione governativa, motivo per cui la notifica per via edittale era legittima.
3.
3.1. I ricorrenti ravvisano un motivo di nullità nella mancata notificazione personale della risoluzione governativa, che ne comporterebbe l'inefficacia nei loro confronti.
Certo, secondo la giurisprudenza, da loro non richiamata, di massima una decisione non notificata è inesistente (<ref-ruling> consid. 4.2 e 4.2.1 pag. 413 seg. dove l'autorità aveva tuttavia rinunciato a pubblicarla in un foglio ufficiale; <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 102 seg.; <ref-ruling> consid. 2 e 2.1; <ref-ruling> consid. 3a/aa e bb). Nel caso in esame, secondo la notoria prassi vigente in Ticino, la decisione è stata tuttavia comunicata per via edittale, per cui nulla impediva ai ricorrenti, applicando la diligenza necessaria, di sapere ch'essa era stata adottata e pubblicata e d'informarsi al riguardo.
3.2. I ricorrenti sostengono inoltre che la Corte cantonale avrebbe interpretato in maniera arbitraria e "contra legem" la normativa cantonale. Il riferimento all'art. 34 cpv. 2 LPT sarebbe fuorviante ed errato, poiché questa norma si applicava soltanto nel contesto dell'adozione e pubblicazione del piano regolatore da parte dei Comuni e sarebbe comunque superata dalla lex specialis dell'art. 37 LAPLT. Con questo generico assunto non dimostrano tuttavia che l'interpretazione contraria adottata dalla Corte cantonale, compiutamente motivata, sarebbe insostenibile e quindi arbitraria.
3.3. In secondo luogo fanno valere che il tenore dell'art. 37 cpv. 2 LALPT è chiaro e che pertanto non dev'essere interpretato, visto ch'esso prevede sia la notifica per via edittale sia la comunicazione integrale della risoluzione governativa ai proprietari toccati dalla medesima. Aggiungono che anche l'interpretazione storica e teleologica confermerebbe quella letterale. Richiamano poi, manifestamente a torto, la dottrina, che riferendosi alla giurisprudenza del Tribunale federale, afferma invero il contrario di quanto da loro sostenuto, precisando segnatamente che né dall'art. 33 LPT né dall'<ref-law> deriva un diritto dei proprietari toccati da una modifica del piano regolatore d'essere informati personalmente, un siffatto diritto potendo sussistere soltanto qualora sia espressamente previsto dal diritto cantonale (BERNARD WALDMANN/PETER HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, n. 14 ad art. 33; <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 295; sulla situazione in Ticino vedi sentenze 1P.329/1998 del 18 febbraio 1999 consid. 6, in: RDAT II-1999 n. 9 pag. 35, 1P.717/1997 del 10 febbraio 1999 consid. 2 e 1A.168/1997 del 3 settembre 1998 consid. 4, in: RDAT I-1999 n. 64 pag. 232; BALERNA, loc. cit.). Certo, secondo la giurisprudenza, non richiamata dai ricorrenti, una modifica di un piano regolatore attuata in dispregio delle esigenze imposte dal diritto federale, sottraendola all'obbligo di pubblicazione sancito dall'art. 33 cpv. 1 LPT, sarebbe inficiata da un vizio formale essenziale, per cui la modifica sarebbe colpita da nullità assoluta e non potrebbe esplicare alcun effetto (<ref-ruling> consid. 2a pag. 184). Nel caso di specie tuttavia la modifica d'ufficio del piano è stata pubblicata.
4.
Decisivo è inoltre il fatto che i ricorrenti non si confrontano con la giurisprudenza e la dottrina posta a fondamento del contestato giudizio, secondo cui ai proprietari incombe il compito di interessarsi costantemente riguardo alla situazione giuridica dei loro fondi, anche quando non risiedono nel comune dove essi sono siti (sentenze 1C_393/2016 del 5 dicembre 2016 consid. 2.1, 1C_499/2008 del 25 maggio 2009 consid. 3.2, in: RtiD I-2010 n. 20 pag. 98, 1C_56/2007 del 4 marzo 2008 consid.3.3.2 e 1P.711/2006 del 2 novembre 2006). Ora, quando come in concreto la decisione impugnata si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, i ricorrenti sono tenuti, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). La conclusione che i ricorrenti sono responsabili dell'omessa tempestiva impugnazione della risoluzione governativa poiché hanno disatteso tale obbligo, non è del resto arbitraria visto che potevano designare una persona in loco, che li potesse assistere allo scopo.
Giova inoltre rilevare che, come accertato nella risoluzione governativa, nel Comune del Gambarogno, come in numerosi comuni ticinesi, le zone edificabili sono già sovradimensionate (per la situazione vigente cfr. gli art. 15 cpv. 2 e 38a LPT; <ref-ruling> consid. 3 pag. 399; sentenza 1C_541/2016 del 27 febbraio 2017 consid. 3.3). I ricorrenti, sulla base del principio della buona fede, non potevano pertanto aspettarsi che la proposta del Consorzio di non ridurre la zona edificabile fosse senz'altro avallata dal Consiglio di Stato, al quale notoriamente compete l'approvazione del piano regolatore. La conclusione che incombeva a loro informarsi al riguardo, non è quindi arbitraria neppure nel risultato.
5.
5.1. I ricorrenti fanno valere una violazione del diritto di essere sentito (<ref-law>), adducendo una motivazione insufficiente del giudizio impugnato, poiché non si esprime sulla pretesa nullità della risoluzione governativa.
L'assunto non regge. Certo, una decisione deve pronunciarsi su tutti i punti rilevanti e pertinenti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 157; <ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 564; <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 237), come invero avvenuto nel caso di specie. In effetti, il generico accenno alla pretesa nullità della risoluzione governativa, addotta solo in replica e senza chiederne l'accertamento nelle conclusioni, si fondava su asseriti suoi gravi vizi di merito, essendo la fattispecie, al loro dire, "stata rilevata erroneamente". In tali circostanze, rilevato che la critica concerneva il merito della risoluzione governativa, accertata la tardività del gravame, la censura non doveva più essere vagliata.
5.2. In questa sede i ricorrenti incentrano il gravame sull'asserita nullità della risoluzione governativa, dipendente in sostanza da una non corretta applicazione del diritto federale, in particolare della LPT. La censura avrebbe dovuto essere sottoposta tempestivamente alla Corte cantonale (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 295).
5.3. Non occorre esaminare oltre la questione di sapere se il parere del 29 agosto 2015, prodotto dai ricorrenti e relativo alla situazione pianificatoria del loro fondo, posteriore alla data di adozione dell'impugnata sentenza, costituisca un fatto nuovo inammissibile (<ref-law>). Non da ultimo perché essi non spiegano in quale misura la decisione impugnata avrebbe dato adito alle nuove allegazioni (<ref-ruling> consid. 4.2 in fine pag. 12; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 235) o si tratti in parte di una nuova motivazione giuridica (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 366 e rinvii). Esso è infatti ininfluente ai fini del giudizio, poiché si fonda sull'ipotesi che nella risoluzione governativa, accertato il sovradimensionamento delle zone edificabili nella località in questione ed esclusa pertanto l'approvazione di ulteriori azzonamenti, il Governo non avrebbe esaminato e motivato specificatamente il dezonamento del loro fondo. Viene dedotto che la contestata misura potrebbe essere considerata frutto di un errore di trascrizione o di riproduzione dei piani per cui la decisione di dezonamento, asseritamente non motivata o priva di una ponderazione degli interessi, sarebbe nulla.
5.4. Ora, una presunta decisione illegale è di massima annullabile: è nulla soltanto quando è affetta da un vizio particolarmente grave e manifesto, che sia riconoscibile con evidenza o perlomeno con una certa facilità. L'accertamento della nullità non deve inoltre mettere seriamente in pericolo la sicurezza del diritto. Quali motivi di nullità entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura, come l'incompetenza dell'autorità giudicante, mentre pretesi errori nel merito della decisione, come quelli addotti nel citato parere, solo raramente provocano la nullità dell'atto, i cui estremi non sono adempiuti nel caso concreto (<ref-ruling> consid. 11.2 pag. 260; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 503). Sostenendo che la Corte cantonale avrebbe dovuto correggere il dezonamento deciso dal Governo, i ricorrenti disattendono che, accertata la tardività del gravame, essa non doveva esaminarlo nel merito, né deve procedervi il Tribunale federale. Per di più, il parere in sostanza si fonda sulla sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 28 giugno 2013, relativa al ricorso del Comune del Gambarogno, vertenza che esula dall'oggetto del litigio in esame.
6.
In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Municipio di Gambarogno, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.