Faits :
A.
Ensuite d'un litige en droit du travail entre Z._ (ci-après : le demandeur) et X._ SA (ci-après: la défenderesse), le premier a ouvert action, par demande du 16 octobre 2014, devant le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne.
Le 19 mars 2015, la défenderesse a déposé une réponse.
Le 23 mars 2015, le Président du Tribunal civil a imparti un délai à la défenderesse pour qu'elle dépose une nouvelle réponse conforme aux exigences des art. 221 s. CPC, notamment pour que son écriture comprenne une détermination sur chaque allégué du demandeur précisant les faits allégués reconnus ou contestés, des allégués détaillés relatifs à chaque fait pertinent allégué par la défenderesse avec indication des offres de preuve, et pour que les faits soient présentés sous des allégués distincts, exempts d'appréciations.
Le 30 mars 2015, la défenderesse a indiqué que sa réponse correspondait à la pratique des avocats jurassiens et bernois et qu'une reformulation selon le principe " un fait, un allégué " nécessiterait de nombreuses heures de travail supplémentaires.
Le délai imparti à la défenderesse ayant été suspendu pour résoudre une question incidente (requête en fourniture de sûretés), ce n'est finalement que le 29 février 2016 que la défenderesse a déposé un nouveau mémoire de réponse.
Dans une ordonnance d'instruction du 15 mars 2016, le Président du Tribunal civil a constaté que cette seconde écriture ne satisfaisait toujours pas aux prescriptions légales. Il a invité la défenderesse à se déterminer tout d'abord, et de manière séparée, sur chaque allégué du demandeur en indiquant si l'allégué était " admis " ou " contesté ", cas échéant avec un bref commentaire et une offre de preuve contradictoire. Il lui a enjoint d'alléguer ensuite chaque fait pertinent à l'appui de ses propres conclusions et de préciser les preuves offertes pour chacun des faits en suivant la numérotation de la demande et d'articuler les faits en allégués distincts. En application de l'art. 132 CPC, il lui a imparti un délai au 29 mars 2016 pour se conformer à ces exigences.
Par courrier du 22 mars 2016, la défenderesse a informé le premier juge qu'elle considérait que sa deuxième réponse était conforme aux exigences de forme de l'art. 222 CPC, qu'elle avait sollicité un avis de droit et qu'elle allait recourir contre la décision du 15 mars 2016.
Le 29 mars 2016, le juge de première instance a accordé une prolongation du délai (pour la mise en conformité) jusqu'au 4 avril 2016.
B.
Le 4 avril 2016, la défenderesse a recouru contre l'ordonnance d'instruction en concluant à son annulation et à ce que le mémoire de réponse dans sa teneur du 29 février 2016 soit admis au dossier. Elle a sollicité l'octroi de l'effet suspensif.
Le 15 avril 2016, le juge délégué de la Chambre des recours civile du Tribunal cantonal vaudois a accordé l'effet suspensif au recours.
Par arrêt du 9 mai 2016, la Chambre des recours civile a déclaré que le recours de la défenderesse était recevable (préjudice difficilement réparable selon l'art. 319 let. b ch. 2 CPC), mais, considérant que la réponse ne satisfaisait pas aux exigences des art. 221 s. CPC, il a rejeté le recours sur le fond.
C.
La défenderesse a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre la décision (incidente) cantonale du 9 mai 2016. Elle a conclu à son annulation et à ce qu'il soit dit que le mémoire de réponse du 29 février 2016 est admis au dossier. Elle a requis que l'effet suspensif soit accordé à son recours.
Par ordonnance présidentielle du 7 juin 2016, il a été fait droit à cette dernière requête à titre superprovisoire.
L'intimé a conclu au rejet de la demande d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 44; <ref-ruling> consid. 1.1).
1.1. La décision selon laquelle une partie (la société défenderesse) est enjointe de corriger son écriture (mémoire de réponse) est une décision incidente qui ne porte ni sur la compétence ni sur une question de récusation. Elle peut faire l'objet d'un recours immédiat uniquement si elle est susceptible de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.2. En l'espèce, l'éventuelle admission du recours ne mettrait pas fin de façon immédiate à la procédure (cf. art. 93 al. 1 let. b LTF), puisque le Tribunal fédéral ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle poursuive la procédure en tenant compte du deuxième mémoire (du 29 février 2016) rédigé par la recourante.
C'est donc à raison que celle-ci ne se prévaut que de l'art. 93 al. 1 let. a LTF.
1.2.1. L'exigence d'un risque de préjudice irréparable prévu dans cette dernière disposition est réalisée lorsque la partie recourante est exposée à un inconvénient de nature juridique qui ne puisse pas être entièrement réparé ultérieurement par une décision finale (cf. art. 93 al. 3 LTF) qui lui serait favorable; un dommage économique ou de pur fait n'est pas considéré comme un dommage irréparable de ce point de vue. Cette condition s'apprécie par rapport à la décision de première instance, et non par rapport à la décision d'irrecevabilité du recours rendue par le tribunal supérieur (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 80 s.).
Cette réglementation est fondée sur des motifs d'économie de procédure, le Tribunal fédéral ne devant en principe s'occuper d'une affaire qu'une seule fois, lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 81).
Il incombe au recourant d'indiquer de manière détaillée en quoi il se trouve menacé d'un préjudice juridique irréparable si celui-ci n'est pas d'emblée évident (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 81 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 324).
1.2.2. Le Tribunal fédéral s'est déjà prononcé à plusieurs reprises sur des décisions incidentes qui, si elles pouvaient occasionner un inconvénient de nature juridique pour la partie recourante, ne lui causaient pas de préjudice irréparable puisqu'il était possible, pour écarter cet inconvénient, de s'en prendre à la décision incidente à l'occasion du recours dirigé contre la décision finale.
1.3. En l'occurrence, la décision attaquée vise une ordonnance (d'instruction) de première instance impartissant à la défenderesse un délai de rectification (art. 132 CPC), sous peine de non-prise en compte de sa deuxième réponse (au motif qu'elle ne satisfait pas aux exigences de forme du CPC).
La défenderesse observe que, à défaut d'un recours immédiat, elle serait contrainte de modifier son mémoire de réponse et qu'elle ne pourrait alors plus faire valoir que celui-ci était initialement conforme à la loi. Elle estime que le juge l'empêche ainsi, par des exigences de forme contraires à la loi, de faire valoir ses prétentions en justice et qu'il s'agit là d'un préjudice irréparable puisqu'il ne pourra plus être réparé par une décision qui lui serait favorable.
Cette argumentation ne convainc pas. Elle semble fondée sur la prémisse - erronée - que, si la défenderesse ne peut former un recours immédiat, elle n'aura alors plus l'occasion de conduire la procédure sur la base de son mémoire initial qui, selon elle, remplirait les exigences posées par le CPC en procédure ordinaire.
Or, la défenderesse conserve la possibilité de s'en prendre à la décision incidente à l'occasion d'un recours contre la décision finale. Si celle-là est susceptible d'influer sur celle-ci (art. 93 al. 3 LTF), le Tribunal fédéral pourra alors, en cas de violation des art. 221 s. CPC, corriger la décision incidente et renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle reprenne la procédure en tenant compte du mémoire de réponse tel qu'il a été déposé par la défenderesse. Il en résulte que, contrairement à ce que pense la recourante, une décision favorable du Tribunal fédéral permettra effectivement de réparer l'éventuel préjudice causé par la décision incidente. Il n'importe à cet égard que la recourante ait fini par se plier aux injonctions du juge de première instance (hypothèse évoquée par la recourante) ou qu'elle ait refusé d'adapter le contenu de son mémoire de réponse aux exigences fixées par ce juge dans sa décision incidente.
Le cas d'espèce n'étant pas comparable à celui, exceptionnel, faisant l'objet de l'<ref-ruling>, il ne se justifie pas de reprendre ici la " correction " opérée dans ce précédent, la défenderesse elle-même ne s'en prévalant d'ailleurs pas.
1.4. On ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle tente de tirer argument de l'arrêt 5A_689/2012 du 3 juillet 2013 consid. 1.1 (non publié in <ref-ruling>). D'une part, elle en fait une lecture erronée, puisque, contrairement à ce qu'elle soutient (acte de recours p. 4), il résulte de cet arrêt que le juge de première instance avait retenu l'application de la procédure simplifiée (et non de la procédure ordinaire), alors que les défendeurs (recourants devant le Tribunal fédéral) plaidaient pour l'application de la procédure ordinaire (et non simplifiée). D'autre part, ce précédent - qui tranche la question de la procédure applicable pour toute la durée du procès - ne peut être comparé au cas d'espèce dans lequel un acte spécifique (le mémoire de réponse) est concerné par la décision incidente, ce qui permettra plus facilement à l'auteur d'identifier et d'expliquer en quoi cette décision a pu influencer la décision finale (cf. art. 93 al. 3 LTF).
En ce qui concerne l'arrêt 4D_58/2014 du 17 octobre 2014 (publié in RSPC 2015 157 consid. 1.3), qui avait pour objet une décision cantonale (incidente) interdisant à l'avocat mandaté par la demanderesse de procéder en justice en tant que représentant de celle-ci (en raison d'un conflit d'intérêts), on peut relever que, contrairement à la situation d'espèce, l'avocat - qui avait recouru immédiatement contre la décision incidente - serait, lui, dans l'impossibilité de revenir sur la question de la représentation au moment de la décision finale, puisqu'il aurait été remplacé par un autre mandataire qui aurait suivi le déroulement du procès jusqu'à son terme.
Quant à l'ancien arrêt rendu sous l'empire de l'aOJ (<ref-ruling>), auquel la recourante se réfère, force est de constater qu'elle n'en reprend que les parties favorables à sa thèse, sans s'arrêter sur les nombreux éléments qui excluent toute comparaison avec le cas d'espèce. S'il est effectivement indiqué que le recours de droit public porte sur un " jugement préjudiciel " (<ref-ruling>, p. 98), il résulte d'une lecture attentive de cet arrêt que la cour cantonale, après avoir observé que les demandeurs (recourants) n'avaient pas énoncé leurs conclusions avec la précision exigée par les anciennes dispositions procédurales neuchâteloises, a en réalité prononcé un jugement final d'irrecevabilité au motif que la demande ne remplissait pas sa fonction (" a annulé la demande "). C'est d'ailleurs dans cette logique que la cour cantonale a ensuite fixé aux demandeurs un délai de dix jours pour " signifier un nouvel acte ", sous peine de perdre la litispendance (" faute de quoi l'instance serait annulée ").
2.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être déclaré irrecevable.
Partant, la demande d'effet suspensif pendante est devenue sans objet.
Les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF). Pour fixer le montant des dépens, il sera tenu compte du fait que les observations déposées par l'intimé ont trait à la requête d'effet suspensif formulée par la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La requête d'effet suspensif est devenue sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours civile.
Lausanne, le 17 janvier 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget