Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ nach einschlägigen Vorstrafen am 19. November 2010 wegen mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, mehrfacher Pornographie, Gewaltdarstellungen und Tierquälerei zu drei Jahren Freiheitsstrafe. Gleichzeitig ordnete es eine vollzugsbegleitende ambulante Behandlung gemäss <ref-law> an. Am 26. August 2011 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich im Berufungsverfahren das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und im Strafmass. Es ordnete hingegen eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe zugunsten dieser Massnahme auf. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit U rteil vom 18. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_752/2011).
B.
Mit Eingabe vom 17. Juni 2016 an das Bezirksgericht beantragte das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich die Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme um drei Jahre. Mit Verfügung vom 25. August 2016 versetzte das Bezirksgericht X._ in Sicherheitshaft. Am 19. Dezember 2016 hob das Amt für Justizvollzug die stationäre Massnahme auf, zog seinen Antrag vom 17. Juni 2016 um Verlängerung der stationären Massnahme zurück und beantragte nunmehr die Verwahrung im Sinne von <ref-law>. Das Bezirksgericht schrieb das Verfahren betreffend Verlängerung der Massnahme am 16. Januar 2017 ab.
C.
Mit Urteil vom 26. Januar 2017 wies das Bezirksgericht den Antrag auf Verwahrung ab und ordnete erneut eine stationäre therapeutische Massnahme für die Dauer von drei Jahren an. Mit separatem Beschluss vom 26. Januar 2017 verfügte das Bezirksgericht, dass X._ bis zum möglichen Massnahmenantritt, längstens bis zum 26. April 2017, in Sicherheitshaft verbleibe. Gegen das Massnahmenurteil erhob X._ am 10. April 2017 Beschwerde beim Obergericht. Mit Verfügung vom 12. Juni 2017 wies das Obergericht ein Gesuch von X._ um Entlassung aus der Sicherheitshaft ab und ordnete an, dass er - vorbehältlich eines Massnahmenantritts - für die Dauer des Beschwerdeverfahrens in Sicherheitshaft verbleibt. Eine gegen diesen Haftentscheid des Obergerichts erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 28. Juli 2017 teilweise gut, das Haftentlassungsgesuch wies es jedoch ab (Verfahren 1B_270/2017). Am 23. Juni 2017 wies das Obergericht auch die Beschwerde gegen das Massnahmenurteil sowie die Gesuche des Beschwerdeführers um Entlassung des bisherigen Sachverständigen, Anordnung eines neuen psychiatrischen Gutachtens und um Durchführung einer mündlichen und öffentlichen Verhandlung ab.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Beschluss des Obergerichts vom 23. Juni 2017 sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Es sei vor dem Obergericht ein dem Berufungsverfahren angenähertes Beschwerdeverfahren mit mündlicher, öffentlicher Verhandlung durchzuführen, wobei der zuständige sachverständige Psychiater anzuhören sei und der Verteidigung nach Durchführung der Verhandlung Gelegenheit zu einem Plädoyer geboten werde. Der bisherige Sachverständige sei aus seiner Pflicht zu entlassen und es sei ein neues psychiatrisches Gutachten in Auftrag zu geben. Die Sicherheitshaft sei aufzuheben und er sei für die weitere Dauer des Verfahrens auf freien Fuss zu setzen. Eventualiter sei er direkt bedingt aus der stationären Massnahme zu entlassen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Endentscheid hat die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme zum Gegenstand. Dagegen ist eine Beschwerde in Strafsachen im Sinne von <ref-law>, der auch Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen unterliegen (<ref-law>), möglich. Der Beschwerdeführer rügt namentlich die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht, was zulässig ist (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist insoweit grundsätzlich einzutreten.
1.2. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde hingegen soweit der Beschwerdeführer (wie bereits mit seiner Beschwerde vom 30. Juni 2017 im Verfahren 1B_270/2017) die Aufhebung der Sicherheitshaft für die weitere Dauer des Verfahrens beantragt. Er begründet dieses Begehren entgegen der ihm obliegenden Begründungspflicht nach <ref-law> nicht.
2.
2.1.
Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe mit Abweisung seines Antrags auf Durchführung einer öffentlichen, mündlichen Verhandlung Bundesrecht (Art. 390 Abs. 4 i.V.m. Art. 364 Abs. 3 und Art. 390 Abs. 5 i.V.m. <ref-law>) verletzt.
2.2. Die Vorinstanz lehnt den Antrag des Beschwerdeführers mit der Begründung ab, er und die sachverständige Person seien durch die erste Instanz am 26. Januar 2017 ausgiebig befragt worden. Es sei nicht ersichtlich, dass diese Befragungen unvollständig gewesen seien. Der Beschwerdeführer habe nicht geltend gemacht, in den rund fünf Monaten zwischen diesen Befragungen und dem vorinstanzlichen Entscheid am 23. Juni 2017 habe sich etwas Wesentliches geändert. Anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung habe er sich einer Befragung durch den Sachverständigen widersetzt. Er habe diesem sodann keine Zusatzfragen gestellt. Eine weitere Befragung vor Vorinstanz sei nicht erforderlich. Sie könne auch durch Lektüre des Protokolls der ausführlichen und sorgfältigen Befragung des Beschwerdeführers einen persönlichen Eindruck gewinnen. Zu berücksichtigen sei zudem, dass die bisherige stationäre Massnahme bereits per 25. August 2016 aufgehoben worden sei und er sich in Sicherheitshaft befinde, wo er keine Behandlung seiner psychischen Leiden erfahre. Solle eine Massnahme letztlich erfolgversprechend sein, so sei sie möglichst bald wieder aufzunehmen bzw. neu anzuordnen. Der Entscheid darüber sei unter den gegebenen Umständen - insbesondere der Aktualität des Gutachtens sowie der vorliegenden Befragungen des Beschwerdeführers und der sachverständigen Person - nicht durch eine kaum neue Erkenntnisse erbringende, nochmalige Befragung hinauszuzögern (angefochtener Beschluss, E. 3c S. 10 f.).
2.3. In der Sache ist vorliegend über die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> um drei Jahre zu entscheiden.
Der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel höchstens fünf Jahre (<ref-law>). Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, kann die Massnahme - wenn nötig mehrfach - um jeweils höchstens fünf Jahre verlängert werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3.4.1; siehe auch <ref-ruling> E. 5.2.1).
Über die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme nach <ref-law> ist in einem Nachverfahren gemäss <ref-law> zu entscheiden. Das zulässige Rechtsmittel gegen solche selbstständige gerichtliche Entscheide ist die Beschwerde (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 und 4.7). Das Beschwerdeverfahren ist grundsätzlich schriftlich (<ref-law>). <ref-law> sieht für Nachverfahren ebenfalls ein schriftliches Verfahren als Regelfall vor. Ein schriftliches Beschwerdeverfahren vermag indes der Tragweite der Verlängerung einer stationären Massnahme im Sinne von <ref-law>, mit welcher erheblich in die Freiheitsrechte einer verurteilten Person eingegriffen wird und angesichts welcher Prognosen über die Behandlungsfähigkeit und Gefährlichkeit zu stellen, mithin auch Tatsachen abzuklären sind, unter Umständen nicht zu genügen. Das Bundesgericht misst dem persönlichen Eindruck eine zentrale Bedeutung zu. Der Beschwerdeinstanz verbleibt in solchen Fällen deshalb nur wenig Spielraum, ohne mündliche Anhörung und Befragung des Betroffenen zu entscheiden. Will sie trotz entsprechenden Antrags des Betroffenen auf eine mündliche Verhandlung verzichten, muss sie sich auf besondere Umstände stützen können, die es rechtfertigen, von einer mündlichen Verhandlung ausnahmsweise abzusehen (vgl. Urteil 6B_320/2016 vom 26. Mai 2016 E. 4.2).
2.4. Die Ansicht des Beschwerdeführers, in Verfahren betreffend die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme sei eine mündliche Anhörung vor Beschwerdeinstanz absolut zwingend, ist unzutreffend. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung gewährt den Beschwerdeinstanzen für diese Frage durchaus einen gewissen, wenn auch sehr kleinen Ermessensspielraum (vgl. E. 2.3 hiervor). Nicht nachvollziehbar ist sodann, weshalb der Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Erwägungen zum Sachverhalt des Urteils 6B_320/2016 vom 26. Mai 2016 als falsch bezeichnet. Zu Recht führt die Vorinstanz aus, dass der diesem Urteil zugrunde liegende zweite kantonale Beschwerdeentscheid betreffend die Ablehnung der Durchführung einer mündlichen Verhandlung vom 15. März 2016 rund 21 Monate nach dem erstinstanzlichen Entscheid vom 25. Juni 2014 erfolgte. Sie zeigt damit einen Unterschied zum vorliegenden Verfahren auf, in welchem mit rund fünf statt 21 Monaten weniger Zeit zwischen den erstinstanzlichen Befragungen und dem zweitinstanzlichen Beschwerdeentscheid verstrich. Die Kritik des Beschwerdeführers in diesem Zusammenhang ist aber insofern berechtigt, als es nicht in erster Linie darauf ankommt, wie lange die erstinstanzliche mündliche Anhörung der verurteilten Person zurückliegt. Die Beschwerdeinstanz kann mittels Durchführung einer erneuten mündlichen Verhandlung einen eigenen Eindruck gewinnen, der unabhängig vom Lauf der Zeit vom erstinstanzlichen Eindruck abweichen kann. Dies gilt insbesondere vor dem Hintergrund, dass die kantonale Beschwerde als vollkommenes und devolutives Rechtsmittel (vgl. Art. 393 Abs. 2 und 397 Abs. 2 StPO) eine umfassende Prüfung der im Streite liegenden Angelegenheit zulässt. In diesem Sinne hat das Bundesgericht bereits in seinem von der Vorinstanz zitierten Urteil entschieden, dass der persönliche Eindruck, welchen die erste Instanz vom Beschwerdeführer gewonnen hat, dessen Befragung und Anhörung durch die Beschwerdeinstanz nicht überflüssig oder verzichtbar macht (Urteil 6B_320/2016 vom 26. Mai 2016 E. 5.3). Die Vorinstanz darf die Zeitdauer seit den erstinstanzlichen Befragungen deshalb berücksichtigen, ihr jedoch nicht übermässiges Gewicht geben. Gleiches gilt für die vorinstanzliche Erwägung, wonach der Beschwerdeführer keine Veränderung seiner Situation seit der erstinstanzlichen Befragung geltend mache. Auch dieser Umstand kommt lediglich als Teilaspekt im Sinne einer Gesamtwürdigung in Frage, liessen sich doch selbst aus unveränderten Tatsachen möglicherweise andere Schlüsse als diejenigen der ersten Instanz ziehen.
Entscheidender sind der Umfang und die Qualität sowohl der erstinstanzlichen Befragungen als auch des Gutachtens. Die Vorinstanz ist zwar der Ansicht, der Beschwerdeführer und der Gutachter seien eingehend befragt worden. Von besonders umfangreichen Befragungen geht die Vorinstanz indessen nicht aus und mit deren Qualität setzt sie sich nicht näher auseinander. Sie hält demgegenüber fest, dass sich der Beschwerdeführer vor erster Instanz einer Befragung durch den Sachverständigen widersetzt habe und er und sein Verteidiger ihm keine Zusatzfragen gestellt hätten (angefochtener Beschluss, E. 3c S. 10). Aus den vorinstanzlichen Erwägungen erschliesst sich nicht, ob sie auch aufgrund der Verhaltensweise des Beschwerdeführers an der mündlichen Verhandlung vor erster Instanz kaum neue Erkenntnisse erwartet oder ob sie die Befragungen nicht zumindest implizit doch als unvollständig erachtet. Der Beschwerdeführer widersetzte sich denn auch nicht jeglichen Befragungen, sondern lediglich einer solchen durch den Sachverständigen. Es ist folglich nicht von vornherein auszuschliessen, dass der Beschwerdeführer zumindest auf gerichtliche Fragen hin aussagt und neue Erkenntnisse ermöglicht, insbesondere nachdem seine Anträge zuvor abgewiesen wurden. Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer stellt sodann die Unabhängigkeit des Sachverständigen med. pract. A._ in Frage und macht geltend, sein Anspruch auf rechtliches Gehör sei beeinträchtigt worden. Das Amt für Justizvollzug habe schon vor Vorlage des Gutachtens vom 26. August 2016 einen Antrag auf Verlängerung der Massnahme gestellt. Diesen Antrag habe es vorgängig auch dem Gutachter zugestellt, womit diesem klar eine Erwartungshaltung suggeriert worden sei. Es sei ohnehin problematisch, dass das Amt für Justizvollzug als Verfahrenspartei und nicht erst das Gericht Gutachten in Auftrag gebe. Der Beschwerdeführer habe dem Amt für Justizvollzug schriftlich mitgeteilt, er ziehe aufgrund der biographischen Nähe des Experten zum Psychiatrisch-Psychologischen Dienst des Amts für Justizvollzug einen anderen und unabhängigeren vor. Das Amt für Justizvollzug habe am Gutachter festgehalten, weil dieser zeitnah ein Gutachten redigieren könne. Später habe sich aber herausgestellt, dass es den Antrag trotzdem noch vor Fertigstellung des Gutachtens versandt habe. Das Gutachten sei zudem nicht in Hinblick auf einen Antrag auf Verwahrung, sondern auf Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme erstellt worden. Es sei ein neues Gutachten bei einem anderen Sachverständigen in Auftrag zu geben.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, das Gutachten sei sorgfältig erstellt worden. Es bestehe kein Anlass, an der Fachkenntnis des Gutachters zu zweifeln. Anhaltspunkte für eine Voreingenommenheit des Gutachters lägen nicht vor. Der Gutachter sei bestellt worden, nachdem sich der Beschwerdeführer und sein Verteidiger zur Person des Gutachters geäussert hätten. Es bestehe kein Anlass zur Bestellung eines neuen Gutachters (angefochtener Beschluss, E. 2b S. 7 f.).
3.3.
3.3.1. Gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter entschieden wird (<ref-ruling> E. 3.1). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts wird diese Verfahrensgarantie sinngemäss auch auf das Erfordernis der Unabhängigkeit und Unparteilichkeit von Sachverständigen übertragen (<ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 4a; je mit Hinweisen; ausführlich auch das Urteil 6B_299/2007 vom 11. Oktober 2007 E. 5.1 und 5.1.1). Da sie nicht Mitglied des Gerichts sind, richten sich die Anforderungen zwar nicht nach <ref-law>, sondern nach <ref-law>. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt <ref-law> indessen ein mit <ref-law> weitgehend übereinstimmender Gehalt zu (Urteil 9C_19/2017 vom 30. März 2017 E. 3.2 mit Hinweisen). Im Massnahmerecht ergibt sich das Erfordernis der Unabhängigkeit und Unparteilichkeit des Sachverständigen ferner aus <ref-law>, wonach die Begutachtung, sofern der Täter eine Tat im Sinne von <ref-law> begangen hat, durch einen Sachverständigen vorzunehmen ist, der den Täter weder behandelt noch in anderer Weise betreut hat. Schliesslich gelten für Sachverständige die Ausstandsgründe nach <ref-law> (<ref-law>).
Voreingenommenheit und Befangenheit werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters bzw. des Sachverständigen zu erwecken. Solche Umstände können in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters bzw. Sachverständigen oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Bei ihrer Beurteilung ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen (<ref-ruling> E. 3.2.1; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen).
Will eine Partei den Ausstand einer in einer Strafbehörde tätigen Person verlangen, so hat sie der Verfahrensleitung ohne Verzug ein entsprechendes Gesuch zu stellen, sobald sie vom Ausstandsgrund Kenntnis hat; die den Ausstand begründenden Tatsachen sind glaubhaft zu machen (<ref-law>).
3.3.2. Die Verfahrensleitung ernennt die sachverständige Person (<ref-law>). Das rechtliche Gehör (<ref-law>) im Zusammenhang mit Sachverständigengutachten beinhaltet insbesondere das Recht, Kenntnis vom Inhalt des Gutachtens zu nehmen, sich dazu zu äussern und dem Experten ergänzende Fragen zu stellen (Urteil 6B_549/2014 vom 23. März 2015 E. 3). Das Gehörsrecht ist in der StPO explizit normiert. Die Verfahrensleitung gibt den Parteien vorgängig Gelegenheit, sich zur sachverständigen Person zu äussern und dazu eigene Anträge zu stellen (<ref-law>).
3.4.
3.4.1. Es ist fraglich, ob der Beschwerdeführer überhaupt ein nach <ref-law> hinreichendes Gesuch stellte, indem er dem Amt für Justizvollzug mit Schreiben vom 9. Mai 2016 lediglich mitteilte, dass er aufgrund der biographischen Nähe von med. pract. A._ zum Psychiatrisch-Psychologischen Dienst einen anderen unabhängigeren Experten vorziehen würde und beliebt mache, Prof. Dr. B._ mit dieser Aufgabe zu betrauen (kant. Akten, act. 140, S. 2). Der Beschwerdeführer hat keinen Anspruch auf einen Gutachter seiner Wahl.
Der Beschwerdeführer macht sodann keinen hinreichenden Ausstandsgrund geltend. Er behauptet etwa nicht, med. pract. A._ habe sich schon zuvor mit ihm befasst. Alleine der Umstand, dass med. pract. A._ früher beim Psychiatrisch-Psychologischen Dienst gearbeitet habe, führt nicht zum Anschein der Befangenheit. Daran ändert auch nichts, dass das Amt für Justizvollzug das Gutachten in Auftrag gab und seinen ursprünglichen Antrag vom 17. Juni 2016 auf Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme in Kopie dem Gutachter zustellte (kant. Akten, Urk. 8/11/1, lit. f des Mitteilungssatzes). Die Vorinstanz erwägt in dieser Hinsicht zutreffend, dass der Gutachtensauftrag an med. pract. A._ vom 20. Mai 2016 ergebnisoffen formuliert war, was schon die Frage nach der Indizierung einer nachträglichen Anordnung einer Verwahrung aus forensisch-psychiatrischer Sicht zeigt (vgl. angefochtener Beschluss, E. 2b S. 7). Somit war auch für med. pract. A._ erkennbar, dass der Antrag auf Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme vorläufigen Charakter aufwies und aufgrund seiner Erkenntnisse geändert werden könnte. Zwar ernennt nach <ref-law> die Verfahrensleitung und damit grundsätzlich die Staatsanwaltschaft oder das Gericht (vgl. <ref-law>) und nicht das Amt für Justizvollzug die sachverständige Person. Indem vorliegend dieses med. pract. A._ als sachverständige Person ernannte, kann Letzterem aber noch nicht die Unabhängigkeit abgesprochen werden, da ansonsten auch die Staatsanwaltschaft nicht als Auftraggeberin vorgesehen werden könnte. Von der sachverständigen Person darf erwartet werden, dass sie ohne Rücksicht auf den Auftraggeber und dessen Funktion die an sie gerichtete Fragen beantwortet und das Gutachten ausarbeitet. Gegenteiliges vermag der Beschwerdeführer auch nicht damit darzutun, dass das Amt für Justizvollzug die Wahl des Gutachters damit begründet habe, med. pract. A._ könne das Gutachten noch vor ihrem Antrag erstellen. Ohnehin erklärte es entgegen dem Vorbringen des Beschwerdeführers, dass med. pract. A._ das Gutachten als einziger noch vor Ablauf der Massnahmedauer und nicht vor ihrer Antragstellung, ausarbeiten könne (vgl. kant. Akten, act. 141).
Nicht nachvollziehbar ist weiter die Kritik des Beschwerdeführers, das Gutachten sei nicht mit Blick auf einen Antrag auf Verwahrung erstellt worden. Zwar zog das Amt für Justizvollzug seinen Antrag vom 17. Juni 2016 auf Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme zurück und beantragte am 19. Dezember 2016 neu die Verwahrung. Die erste Instanz ordnete jedoch wie ursprünglich beantragt eine stationäre therapeutische Massnahme an. Damit äussert sich der Sachverständige im Gutachten zur angeordneten Massnahme. Zu Recht weist die Vorinstanz auch darauf hin, dass der Sachverständige unabhängig von der Änderung des Antrags nach Erteilung des Gutachtensauftrags durch das Amt für Justizvollzug ein Gutachten über ein und dieselbe Person, deren psychische Gesundheit und Massnahmebedürftigkeit bzw. -fähigkeit zu erstellen hatte. Zudem wurde er von der ersten Instanz ausführlich und auch im Hinblick auf den geänderten Antrag befragt (kant. Akten, Urk. 8. S. 26 - 38).
3.4.2. Der Beschwerdeführer konnte sich zur Person des Gutachters äussern, wie es <ref-law> verlangt. Die Bestellung des Sachverständigen erfolgte erst, nachdem der Beschwerdeführer sich am 9. Mai 2016 dazu äusserte. Das Amt für Justizvollzug erklärte daraufhin und unter Hinweis auf den Zeitdruck und die mangelnde Verfügbarkeit anderer möglicher Sachverständiger plausibel, weshalb sie an der beabsichtigten Bestellung von med. pract. A._ als Sachverständiger festhielt (kant. Akten, act. 141). Damit wurde das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers gewahrt. Die vorinstanzliche Abweisung des Gesuchs um Entlassung des bisherigen Sachverständigen und um Anordnung eines neuen psychiatrischen Gutachtens verletzt damit weder das Gebot der Unabhängigkeit noch das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers und die Beschwerde erweist sich in diesen Punkten als unbegründet.
4.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz wird eine mündliche Verhandlung durchzuführen haben. Dabei wird sie einerseits den Beschwerdeführer sowie allenfalls den Gutachter anzuhören haben. Auf die Vorbringen des Beschwerdeführers zur Massnahmeanordnung sowie seine Rüge betreffend der Verletzung von Art. 6 EMRK braucht unter diesen Umständen nicht eingegangen zu werden. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer im Umfang seines Unterliegens grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da von Bedürftigkeit auszugehen ist und sein Rechtsbegehren nicht aussichtslos war. Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 64 Abs. 1 und 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Diese ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Insoweit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Im Umfang des Unterliegens ist der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 23. Juni 2017 wird teilweise aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist. Ihm wird Rechtsanwalt Stephan Bernard als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Stephan Bernard, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
5.
Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Gerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber