Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° 112 du cadastre de la commune de Coinsins, sise dans la "zone du Château" prévue par l'article 3.5 du règlement sur les constructions et l'aménagement du territoire de la Commune de Coinsins approuvé par le Conseil d'Etat le 8 avril 1987 (ci-après: RC). Cette parcelle, d'une surface de 24'881 m2, supporte notamment le château de Coinsins et ses dépendances; celles-ci comprennent, au nord-est, un ensemble avec un corps longitudinal central situé entre un rural au nord et un "cottage" au sud, regroupé par l'ECA sous le n° 5 (ci-après: "le corps longitudinal central"). Le château et la glacière sont classés "Monuments historiques" dans leur ensemble, par arrêté du Conseil d'Etat vaudois du 24 avril 1996. Les immeubles ECA nos 5, 8, 10, 11, 12, 14 ainsi que les trois fontaines situées dans la propriété et les aménagements paysagers existants ou anciens du site figurant sur le plan de protection du château sont portés à l'inventaire. L'ensemble du château et de son parc, y compris le bâtiment ECA n° 5, a reçu la note 2 (monument d'importance régionale) lors du recensement architectural du canton de Vaud.
Le 17 décembre 2012, le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique, Division patrimoine (ci-après: le SIPAL) a préavisé négativement (préavis oral) un projet prévoyant le remplacement de deux fenêtres à châssis rampants (velux) dans la toiture du corps longitudinal central par une grande verrière.
Par courrier du 9 avril 2013, A._ a informé la Municipalité de Coinsins (ci-après: la Municipalité) qu'elle allait entreprendre des travaux d'entretien et de réparation sur ses toitures "côté Lausanne" (soit le bâtiment ECA n° 5) qui avaient beaucoup souffert durant l'hiver. Le 18 avril 2013, la Municipalité lui a répondu qu'elle autorisait la rénovation à l'identique des toitures de sa propriété, tout en attirant son attention sur le fait qu'aucune ouverture supplémentaire ou agrandissement (fenêtres, velux, etc.) ne devait être effectué.
Après avoir constaté que des verrières de dimensions plus importantes étaient en construction dans la toiture du corps longitudinal central, la Municipalité a, par courrier du 13 juin 2013, ordonné l'arrêt immédiat des travaux; elle a aussi enjoint à l'intéressée de transmettre les documents nécessaires en vue d'une mise à l'enquête publique des travaux en cours de réalisation. A._ n'a pas donné suite à cette dernière injonction et la Municipalité lui a ordonné, par décision du 17 juin 2014, de supprimer les verrières posées sur sa toiture et rétablir à l'identique celle-ci.
Dans l'intervalle, sur dénonciation de la Municipalité, le Préfet du district de Nyon a, par ordonnance pénale du 20 février 2014, condamné A._ à une amende de 1'500 fr. pour avoir réalisé des travaux sans solliciter l'autorisation préalable de l'autorité cantonale compétente en matière de protection des monuments et sites.
A._ a recouru contre la décision municipale du 17 juin 2014 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP). Durant l'instruction de son recours, la prénommée a déposé un nouveau projet portant sur le remplacement des velux d'origine par deux verrières; ce projet - autorisé par la Municipalité et le SIPAL (permis du 15 janvier 2015) - n'a toutefois pas été réalisé par l'intéressée. Celle-ci a par la suite déposé en mars 2015 un nouveau dossier (pose de capteurs solaires de part et d'autre des verrières existantes) qui a été refusé par la Municipalité et le SIPAL.
B.
Après avoir tenu une inspection locale le 19 février 2016 en présence des parties, la CDAP a, par arrêt du 25 mai 2016, rejeté le recours de A._ et confirmé la décision municipale du 17 juin 2014 ordonnant la remise en état de la toiture. En substance, elle a considéré que les verrières réalisées (constituées de deux éléments latéraux, ajoutés à la partie ouvrante) portaient atteinte à la toiture du corps longitudinal central faisant partie des dépendances historiques du château, en violation de l'art. 3.5 RC. L'ordre de remise en état était en outre proportionné.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal du 25 mai 2016 en ce sens que la décision municipale du 17 juin 2014 est annulée. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante requiert en outre l'octroi de l'effet suspensif.
Aux termes de leurs observations respectives, le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué et la Municipalité conclut au rejet du recours. Egalement appelé à se déterminer, le SIPAL se réfère aux écritures produites devant le Tribunal cantonal. La Municipalité a apporté un court complément à ses observations.
Par ordonnance du 15 juillet 2016, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaire du bâtiment protégé et destinataire de l'ordre de remise en état, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que cette décision soit annulée. Elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise et détaillée (art. 106 al. 2 LTF).
Sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres motifs de droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 145).
3.
Invoquant une constatation manifestement inexacte des faits, la recourante reproche à l'instance précédente d'avoir retenu que le coût des travaux de remise en état s'élèverait à 25'000 francs seulement, et non pas à 58'000 francs comme elle l'avait pourtant allégué. Dans ce contexte, elle fait aussi valoir une violation de son droit d'être entendue en tant qu'elle n'aurait pas pu se déterminer sur le montant de 25'000 francs retenu par l'instance précédente. Elle produit en outre, pour la première fois devant le Tribunal fédéral, une nouvelle expertise datée du 10 juin 2016 confirmant que le constat de l'instance précédente est erroné.
3.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3.2. Le droit d'être entendu garanti constitutionnellement comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 56 et les arrêts cités).
En l'occurrence, l'instance précédente s'est certes écartée du montant de 58'000 francs invoqué par la recourante à titre de frais de remise en état. Il n'y a cependant pas lieu de rectifier l'état de fait de l'arrêt cantonal sur ce point dès lors que cet élément n'est pas, pour les motifs exposés ci-dessous, susceptible d'influer sur le sort de la cause.
Cet élément de fait étant sans pertinence, la cour cantonale pouvait, sans violer le droit d'être entendu de la recourante, renoncer à instruire plus en avant la question du montant exact des frais de remise en état de la toiture. Pour ce même motif, l'expertise produite par la recourante peut être écartée.
4.
La recourante soutient que l'art. 3.5 RC ne constituerait pas une base légale suffisamment claire et précise pour justifier l'atteinte grave à son droit de propriété (art. 36 al. 1 Cst.) provoquée par la décision municipale ordonnant la remise en état de sa toiture. Selon elle, la décision municipale l'obligerait, dans le cadre de réparation, à réaliser une toiture strictement identique à celle existante. Elle soutient que la Municipalité interpréterait contra legem l'art. 3.5 RC.
4.1. La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst. n'est pas absolue. Comme tout droit fondamental, elle peut être restreinte aux conditions fixées à l'art. 36 Cst. La restriction doit ainsi reposer sur une base légale, être justifiée par un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité. Ce dernier principe exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive; en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (<ref-ruling> consid. 3.6 p. 175).
Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral, dans le contrôle de la base légale, dépend de la gravité des restrictions du droit de propriété de la partie recourante. Si la restriction est grave, le Tribunal fédéral examine librement la légalité de la mesure de protection. Si la restriction n'est pas grave, il se borne à examiner si la juridiction cantonale a interprété de manière arbitraire la norme invoquée comme base légale (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 362; <ref-ruling> consid. 3a p. 218, 219 consid. 2c p. 221 et les arrêts cités). Une restriction grave au droit de propriété a également pour conséquence qu'elle doit être prévue par une loi au sens formel, claire et précise (<ref-ruling> consid. 4 p. 170). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (<ref-ruling> consid. 4 p. 170). Ne constitue en revanche pas une atteinte grave la simple réduction des possibilités de construire (<ref-ruling> consid. 2a p. 365; arrêt 1C_373/2016 du 7 novembre 2016 consid. 5.1.2 et les réf. cit.). Le Tribunal fédéral examine librement si une restriction de la propriété viole le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue quand il convient de tenir compte de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173).
4.2. L'art. 3.5 RC précise que la zone du Château assure la sauvegarde du Château de Coinsins et de ses abords. Cette disposition prévoit ainsi que, dans cette zone, les agrandissements et les constructions nouvelles de faible importance ne sont admises que dans la mesure où la modification de l'état actuel est compatible avec la sauvegarde du château et sa mise en valeur.
Dans l'arrêt entrepris, l'instance précédente a tout d'abord relevé qu'en édictant l'art. 3.5 RC, la Municipalité avait fait usage de la faculté prévue à l'art. 47 al. 2 ch. 2 de la loi vaudoise sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RS/VD 700.11) permettant aux communes d'intégrer dans leur réglementation des règles relatives aux paysages, aux sites, aux rives de lacs et de cours d'eau, aux localités et aux ensembles ou aux bâtiments méritant protection; elle relevait encore que, selon l'art. 86 al. 3 LATC, les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter l'enlaidissement des localités et de leurs abords. Concernant ensuite l'application de l'art. 3.5 RC, la cour cantonale a certes relevé que les travaux litigieux ne constituaient pas strictement une nouvelle construction ou un agrandissement d'une construction existante. Elle a toutefois considéré que, compte tenu de l'objectif général de protection poursuivi par l'art. 3.5 RC, celui-ci devait également s'appliquer lorsque, comme dans le cas d'espèce, on se trouve en présence de travaux de transformation susceptibles de porter atteinte au Château de Coinsins et à ses dépendances.
4.3. Contrairement à la perception de la recourante, l'ordre de supprimer les verrières installées sans autorisation au motif qu'elles portent atteinte au site du château en violation de l'art. 3.5 RC, ainsi que de rétablir la toiture à l'identique ne constitue pas une atteinte grave à son droit de propriété. C'est d'ailleurs à tort également qu'elle soutient ne pouvoir rénover qu'à l'identique sa toiture: la Municipalité et le SIPAL ont en effet accepté un projet prévoyant le remplacement des velux d'origine par des verrières de forme différente. Par conséquent, l'art. 3.5 RC - lui-même fondé sur l'art. 47 al. 2 ch. 2 LATC - constitue une base légale suffisante, que le Tribunal fédéral examine uniquement sous l'angle de l'arbitraire (cf. consid. 4.1 ci-dessus). La recourante n'a toutefois pas soulevé le grief d'arbitraire en lien avec l'application du droit cantonal ou communal, ni présenté aucune argumentation répondant aux exigences de motivation accrues prévues par l'art. 106 al. 2 LTF. Sa critique relative à l'interprétation du droit communal par l'instance précédente apparaît donc irrecevable. Quoi qu'il en soit, l'interprétation défendue par la cour cantonale selon laquelle l'art. 3.5 RC s'applique également aux travaux de transformation n'apparaît pas insoutenable, compte tenu de l'objectif général de protection poursuivi par cette disposition.
5.
La recourante affirme ensuite que l'ordre de remise en état violerait le principe de la proportionnalité. Elle soutient que les divers intérêts en présence n'auraient pas été appréciés de manière adéquate. Elle reproche par ailleurs à l'instance précédente de ne pas avoir elle-même examiné si une autre solution permettait de limiter l'impact à son droit de propriété.
5.1. Selon l'art. 105 LATC, la municipalité, et à son défaut, le département compétent, est en droit de faire supprimer, aux frais des propriétaires, tous travaux qui ne sont pas conformes aux prescriptions légales et réglementaires.
Selon la jurisprudence, l'ordre de démolir une construction édifiée sans droit et pour laquelle une autorisation ne pouvait être accordée n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. L'autorité renonce toutefois à ordonner une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (<ref-ruling> consid. 6 p. 35; <ref-ruling> consid. 3a/bb p. 252; <ref-ruling> consid. 6b p. 224 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 69). Même un constructeur qui n'est pas de bonne foi peut invoquer le principe de proportionnalité. Toutefois, celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 255; <ref-ruling> consid. 6b p. 224 et la jurisprudence citée).
5.2. Le Tribunal cantonal a retenu que la violation de l'art. 3.5 RC n'était pas mineure et qu'elle portait atteinte à un intérêt public important. Celui-ci consiste à sauvegarder l'aspect et le caractère de ce site méritant une protection particulière. En l'occurrence, le corps longitudinal central est inclus dans le périmètre protégé du château selon l'arrêté de classement du 24 avril 1996. Il fait aussi partie de l'ensemble du château porté à l'inventaire (monument d'importance régionale). Aussi, quoi qu'en pense la recourante, le corps longitudinal central doit à ce titre être préservé. Dans son écriture, la recourante ne critique pas l'appréciation de l'instance précédente selon laquelle les verrières (composées d'une partie centrale ouvrante) installées sans autorisation avaient des dimensions trop importantes et portaient atteinte à la toiture du corps longitudinal central et donc au site du Château de Coinsins. Le SIPAL relevait à cet égard que la qualité des dépendances, dans une certaine hétérogénéité des gabarits, résidait dans le traitement homogène de l'enveloppe et un paysage de toitures encore peu altéré par des superstructures ou des percements importants. Il n'y a dès lors pas lieu de revenir sur cette appréciation des circonstances locales dont les autorités cantonales ou communales ont une meilleure connaissance que le Tribunal fédéral et qui n'apparaît pas critiquable. La recourante ne saurait en particulier tirer argument du fait que la Municipalité ait autrefois admis la création de velux.
La recourante se méprend en outre lorsqu'elle affirme que l'instance précédente n'aurait pas examiné les solutions qu'elle avait proposées. En effet, la cour cantonale a relevé, après examen des pièces produites par l'intéressée, que les dimensions inappropriées des châssis actuels restaient perceptibles dans tous les cas, y compris dans l'hypothèse d'une couverture des bandes vitrées latérales par des persiennes fixes. Elle a ainsi fait sien l'avis du SIPAL selon lequel les aménagements proposés par la recourante ne réduisaient pas de manière significative l'atteinte que constituaient les deux verrières installées sans autorisation.
La recourante fait encore valoir que la remise en état impliquerait une somme plus élevée que celle de 25'000 francs retenue par l'instance précédente qui a examiné les différents postes des devis produits. Sa critique est vaine. Même si l'on admettait le montant invoqué par la recourante, il ne serait pas décisif. En effet, des ordres de démolition et de remise en état ont déjà été confirmés pour des montants nettement supérieurs (cf. arrêt 1C_29/2016 du 18 janvier 2017 consid. 7.2 et les réf. cit.). La recourante ne soutient par ailleurs pas qu'elle ne serait pas en mesure de supporter les frais de remise en état. De plus, dans la mesure où elle ne peut pas se prévaloir de sa bonne foi puisqu'elle a procédé à l'installation de ces verrières sans être au bénéfice d'une autorisation de construire, elle devait s'attendre à ce que la Municipalité favorise le respect d'une situation conforme au droit. Elle devait d'autant plus s'y attendre qu'elle avait été expressément avertie par la Municipalité du fait qu'elle ne pouvait pas agrandir les ouvertures existantes, ni en créer de nouvelle.
5.3. En définitive, l'ordre de remise en état répond à un intérêt public suffisant et reste proportionné.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Il appartiendra à l'autorité compétente de fixer une nouvelle date d'exécution pour la remise en état de la toiture.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Municipalité de Coinsins, ainsi qu'au Service Immeubles, Patrimoine et Logistique et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 février 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Arn