Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a notamment condamné W._ pour escroquerie, gestion déloyale aggravée et blanchiment d'argent répété et aggravé, U._, Y._ et X._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé, Z._ pour escroquerie et V._ pour complicité d'escroquerie, blanchiment d'argent répété et aggravé et faux dans les titres à diverses peines privatives de liberté allant de 36 à 52 mois et à différentes peines pécuniaires avec sursis. Il a acquitté U._, Y._, X._, V._ et Z._ de gestion déloyale et classé la procédure s'agissant de A._ (en raison de son décès).
Le TPF a en outre prononcé différentes créances compensatrices à l'encontre des prévenus condamnés et de la communauté héréditaire de feu A._ allant de 20'000 fr. à 383'646'706 francs. En particulier, une créance compensatrice s'élevant à 3'908'086 fr. a été prononcée à l'encontre de X._. Le TPF a, par ailleurs, mis une part des frais à la charge de chacun des prévenus et leur a alloué différents montants à titre de dépens.
Le TPF a prononcé la confiscation de différents montants sur divers comptes, maintenu et levé différents séquestres. En particulier, le TPF a prononcé la confiscation de 99% du solde des valeurs patrimoniales déposées sur la relation au nom de KKKKK._ auprès de QQ._, la saisie étant levée sur le solde de 1% (ch. IX, 1.2.2 et ch. XI, 2.1 du dispositif du jugement attaqué).
B.
Les faits utiles pour l'examen du recours ressortant du jugement sont les suivants.
B.a. La société Mostecka Uhelna Spolecnost A.S (ci-après: MUS) était une société minière tchèque active dans la production et la distribution d'énergie charbonnière produite dans le bassin houiller de la Bohême septentrionale, autour de la ville de Most. Elle a été constituée le 1er novembre 1993 (numéro d'identification www) par la réunion de trois anciennes entreprises d'Etat tchèques et inscrite le même jour au Registre du commerce, avec siège à Most et un capital social de 8'835'898'000 CZK divisé en 8'835'898 actions (1'502'102 actions nominatives et 7'333'796 actions au porteur) ayant chacune une valeur nominale de 1'000 CZK. Son unique fondateur était le Fonds du Patrimoine national de la République tchèque (ci-après: FNM, organisme chargé de gérer les participations de l'Etat tchèque, notamment leur transfert à des personnes privées ou à des entités publiques), lequel a libéré la totalité du capital social le 1er novembre 1993, notamment par l'apport de biens matériels énumérés dans l'acte de fondation de MUS. Le capital social de 8'835'898'000 CZK correspondait au prix (dont l'estimation est citée dans le projet de privatisation) des biens mobiliers et d'autres biens des anciennes sociétés nationales mentionnés dans l'acte de fondation. Au jour de sa création, MUS était ainsi détenue exclusivement par l'Etat tchèque. Par la suite, le FNM a cédé 1'585'644 actions au porteur (représentant un total d'environ 17,94% du capital social) à près de 100'000 personnes physiques dans le cadre d'une privatisation dite «par coupons»; il a également cédé 2'100'183 actions au porteur (représentant un total d'environ 23.76% du capital social) à 132 fonds d'investissement. Jusqu'en février 1998, MUS était majoritairement détenue par des entités publiques tchèques. En effet, 46,29% des actions (4'089'763 actions) étaient encore détenus par l'Etat tchèque via le FNM et 8,88% (795'230 actions) par diverses villes et communes tchèques.
En substance, entre fin 1996 et mai 1998, W._, X._, A._, tous trois membres du conseil d'administration de MUS, U._ et Y._ sont parvenus à s'emparer de la quasi-majorité des actions MUS, payées grâce aux liquidités qui avaient été détournées de MUS au travers d'un contrat de crédit signé avec D._ le 2 janvier 1997, société tchèque appartenant à W._ et Y._ et dirigée par ceux-ci et U._.
Entre le printemps 1998 et août 1999, W._, X._, A._, U._ et Y._, avec l'aide de V._ et de Z._, ont fait croire à l'Etat tchèque qu'un investisseur étranger de renom, soit le groupe E._1, avait acquis la majorité des actions MUS au moyen de ses propres deniers et souhaitait acquérir la part de 46,29% appartenant au FNM, toujours grâce à ses propres deniers, incitant dit Etat à vendre ses 46,29% d'actions qui plus est à vil prix. En réalité, W._, X._, A._, U._ et Y._ étaient les véritables titulaires de la majorité des actions qu'ils avaient acquises grâce aux fonds versés par MUS elle-même (sur la base du contrat du 2 janvier 1997) et c'était eux qui cherchaient à s'emparer de la part du FNM qu'ils allaient payer à nouveau au moyen de fonds détournés de MUS. Fondé sur sa fausse représentation de la réalité, l'Etat tchèque a accepté de vendre, le 28 juillet 1999, sa part de 46,29% des actions MUS au prix de 650 mio CZK, soit un prix bien inférieur à sa valeur réelle, subissant de la sorte un dommage estimé à 97'336'600 francs.
Entre le 8 décembre 1998 et le 30 avril 2002, W._, X._, A._, U._, Y._ et V._ sont parvenus à s'emparer d'un montant de 150 mio USD, au travers de la société DDD._ et de nombreuses autres sociétés-écrans, provenant des liquidités de MUS qu'ils ont utilisé dans leur unique intérêt, soit pour le reverser à MUS en remboursement du prêt du 2 janvier 1997 en faveur de D._ (à hauteur de 2'343'829'703 CZK, valeur 63'751'700 USD), payer le prix d'achat de la part de 46,29% des actions MUS appartenant à la République tchèque (à hauteur de 650'000'000 CZK, valeur 18'835'100 USD) et s'approprier le solde (63'563'200 USD) au travers de nombreuses sociétés-écrans.
Après que les prévenus ont pu réunir 97,66% des actions MUS en leurs mains, ils ont procédé à la fusion par absorption de MUS qui a été radiée du Registre du commerce tchèque. La société issue de la fusion a été nommée MUS_2. Ils ont ensuite procédé à une seconde fusion qui a conduit à la radiation de MUS_2 et à la création de MUS_3.
B.b. En résumé, les différents prévenus ont tiré les bénéfices suivants grâce aux faits décrits ci-dessus: Y._ a perçu au moins 12'439'383 fr., X._ 500'000'000 CZK (valeur 15'878'057 EUR, respectivement 24'349'400 fr.); W._ a obtenu un avantage économique de 383'646'706 fr., A._ de 385'818'086 fr., U._ de 207'889'183 fr. et V._ de 36'707'967 francs.
C.
Z._ (6B_653/2014), V._ (6B_659/2014), Y._ (6B_663/2014), W._ (6B_668/2014), U._ (6B_688/2014) et X._ (6B_695/2014) ont tous formé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013, contestant en particulier la réalisation des infractions. Par arrêts motivés de ce jour, le Tribunal fédéral a rejeté lesdits recours dans la mesure où ils portent sur la réalisation des infractions, à l'exception de trois opérations de blanchiment concernant U._ et de l'infraction d'escroquerie concernant Y._.
D.
KKKKK._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013. Elle conclut au déblocage de son compte, ou à tout le moins un déblocage à hauteur de plus de 1%.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé se référant à son jugement cependant que le Ministère public de la Confédération a conclu à son rejet. Ces écritures ont été communiquées à KKKKK._ par envoi du 23 mars 2017.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le jugement attaqué, en tant qu'il porte notamment sur la confiscation est une décision rendue en matière pénale au sens de l'<ref-law>. Il émane de la Cour des affaires pénales du TPF (art. 79 et 80 al. 1 LTF). La voie du recours en matière pénale au Tribunal fédéral au sens des <ref-law> est donc ouverte.
1.2. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b LTF, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Les deux conditions sont cumulatives. La liste est exemplative et les personnes qui y sont énumérées doivent établir, dans chaque cas concret, leur intérêt juridique (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 123). Un intérêt général ou de fait ne suffit pas, l'intéressé devant au surplus être personnellement touché par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 124). La partie recourante doit avoir été affectée dans des intérêts que la norme prétendument violée a pour but de protéger (arrêt 1B_376/2013 du 18 novembre 2013 consid. 3).
La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et dispose, en tant que tiers touché par une mesure de confiscation prononcée dans le cadre de la décision entreprise, d'un intérêt juridique à obtenir la modification de la décision en cause (cf. arrêts 6B_913/2013 du 13 février 2014 consid. 1.1; 6B_1035/2008 du 11 mai 2009 consid. 1.4). Elle a ainsi qualité pour recourir.
2.
La recourante procède en allemand. Ce choix n'impose pas de déroger à la règle selon laquelle la langue de la procédure est généralement celle de la décision attaquée (<ref-law>), soit le français.
3.
La recourante conteste la confiscation du 99% des valeurs patrimoniales sur le compte dont elle est titulaire auprès de QQ._.
3.1. Les infractions justifiant la confiscation se sont déroulées en grande partie avant le 1er janvier 2007. La confiscation et la créance compensatrice étaient alors réglées à l'art. 59 aCP, disposition qui n'a subi, lors de l'entrée en vigueur au 1er janvier 2007 de la modification de la partie générale du code pénal, que des changements sans pertinence en l'espèce du point de vue de la lex mitior (cf. <ref-law>). Les principes régissant la confiscation et la créance compensatrice ont été repris aux art. 70 et 71 CP.
3.2. La loi autorise le juge à prononcer la confiscation de valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits (art. 59 ch. 1 al. 1 aCP; 70 al. 1 CP). Inspirée de l'adage selon lequel " le crime ne paie pas ", cette mesure a pour but d'éviter qu'une personne puisse tirer avantage d'une infraction (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 162).
Conformément à l'art. 59 ch. 1 al. 2 aCP, resp. 70 al. 2 CP, la confiscation n'est pas prononcée lorsqu'un tiers a acquis les valeurs dans l'ignorance des faits qui l'auraient justifiée, et cela dans la mesure où il a fourni une contre-prestation adéquate ou si la confiscation se révèle d'une rigueur excessive. L'esprit et le but de la confiscation excluent en effet que la mesure puisse porter préjudice à des valeurs acquises de bonne foi dans le cadre d'un acte juridique conforme à la loi (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 178; plus récemment arrêt 1B_22/2017 du 24 mars 2017 consid. 3.1). Les deux conditions posées à l'<ref-law> sont cumulatives. Si elles ne sont pas réalisées, la confiscation peut être prononcée alors même que le tiers a conclu une transaction en soi légitime, mais a été payé avec le produit d'une infraction. S'agissant de la contre-prestation, elle n'est pas adéquate lorsque les valeurs patrimoniales ont été remises à titre gratuit (arrêt 1B_71/2014 du 1er juillet 2014 consid. 5.1 et la référence citée). Quant à la clause de rigueur, elle n'a qu'une portée limitée. Il ne suffit pas que la mesure de confiscation à l'égard du tiers soit disproportionnée. A teneur du texte légal, il faut que la mesure frappe de manière particulièrement incisive le tiers dans sa situation économique (arrêt 6S.298/2005 du 24 février 2006 consid. 4.2).
3.3. En vertu de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le recourant doit motiver son recours en exposant succinctement en quoi la décision attaquée viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245). De plus, le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus par l'arrêt entrepris (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205) dans la constatation des faits. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
3.4. En substance, le TPF a retenu que la seule source d'alimentation du compte dont la recourante était titulaire était un compte au nom d'une autre société qui, lui-même, avait été alimenté à hauteur de 99% par des valeurs patrimoniales d'origine criminelle. En résumé, ces valeurs patrimoniales correspondaient à l'indemnité de 15'878'057 Euros que X._ avait perçue en contrepartie de sa sortie du cercle des actionnaires des groupes S._, NN._ et E._2, soit sa part du produit tiré des infractions préalables objet du jugement attaqué (cf. jugement attaqué p. 468 et le renvoi aux p. 465 ss). Ainsi, 99% des valeurs patrimoniales séquestrées sur la relation bancaire de la recourante constituaient une part du produit tiré par X._ des infractions préalables en cause. Elles présentaient donc un lien de connexité avec les infractions préalables (jugement attaqué p. 469).
Le TPF a encore relevé que la recourante avait pour directeur LLLLL._, fils de X._, avec signature unique. Elle avait son siège aux Îles Marshall, alors que son unique directeur était domicilié à Most (République tchèque). Cette société n'avait ni salarié, ni activité économique; son unique fonction était de détenir des valeurs patrimoniales pour son unique ayant droit économique, à savoir, au jour du jugement attaqué, LLLLL._, fils de X._. La recourante devait être considérée comme un tiers au sens de l'art. 59 ch. 1 al. 2 aCP, resp. 70 al. 2 CP, en ce sens que son unique ayant droit économique n'était pas l'un des auteurs des infractions en cause mais le fils de l'un d'eux. Il était possible que X._ ait eu l'intention de transférer les valeurs patrimoniales en cause à son fils, à titre d'avancement d'hoirie. La question de savoir si la recourante était intervenue pour dissimuler une donation faite par X._ à son fils, ou alors pour simuler une telle donation (dans l'hypothèse où LLLLL._ aurait agi dans l'intérêt et sur instructions de son père) pouvait demeurer ouverte. En effet, dès lors qu'il n'était ni établi, ni allégué que la recourante ou LLLLL._ ait fourni la moindre contre-prestation en échange des sommes transférées, la confiscation ne pouvait se révéler d'une rigueur excessive à l'égard de la coquille vide qu'était la recourante, ce qui n'était d'ailleurs pas non plus allégué (jugement attaqué p. 475 s.). Dès lors, le TPF a estimé que 99% des valeurs patrimoniales séquestrées sur le compte dont la recourante était titulaire devaient être confisqués, le séquestre étant levé sur le solde de 1%.
3.5. La recourante se contente d'affirmer que les valeurs en question lui appartiennent en qualité de titulaire du compte. En outre, ni la recourante, ni son ayant droit économique n'aurait participé aux infractions en cause et tous deux seraient de bonne foi. De plus, la confiscation serait d'une rigueur excessive pour l'ayant droit économique de la recourante. Ce faisant, la recourante ne s'en prend pas à la motivation du TPF. Ces simples et brèves affirmations ne constituent pas des griefs répondant aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, si bien que le recours est irrecevable.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours est irrecevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales, aux coprévenus et aux tiers ayant saisi le Tribunal fédéral.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet