Sachverhalt:
A.
Die 1960 geborene A._ meldete sich im März 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau ermittelte einen Invaliditätsgrad von 68 % und sprach ihr mit Verfügung vom 15. Januar 2003 eine ganze Rente (nebst Zusatzrenten für den Ehegatten und zwei Kinder) ab 1. Februar 2002 zu. Im Rahmen der 4. IV-Revision und auf der Grundlage eines unveränderten Invaliditätsgrades setzte sie ihre Leistung mit Verfügung vom 31. März 2004 auf eine Dreiviertelsrente herab. Mit Mitteilung vom 4. September 2007 bestätigte sie einen unveränderten Invaliditätsgrad und Rentenanspruch. Im September 2011 leitete die Verwaltung erneut ein Revisionsverfahren ein. In dessen Verlauf holte sie insbesondere bei der MEDAS Ostschweiz das Gutachten vom 30. Mai 2013 und beim Swiss Medical Assessment- and Business-Center (SMAB) das Hauptgutachten vom 7. Februar 2014 und das Folgegutachten vom 29. Juli 2015 ein. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 30 %, weshalb sie die Rente mit Verfügung vom 3. Mai 2016 auf Ende Juni 2016 aufhob.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. Oktober 2016 ab.
C.
A._ lässt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen, unter Aufhebung des Entscheids vom 5. Oktober 2016 und der Verfügung vom 3. Mai 2016 sei ihr die bisherige Rente weiterhin auszurichten. Eventuell sei die Sache zur Durchführung weiterer medizinischer Abklärungen an das kantonale Gericht bzw. an die Verwaltung zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
1.2. Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung weist damit die Tragweite von Willkür auf (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153; Botschaft des Bundesrates vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4338; MARKUS SCHOTT, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 9 f. zu <ref-law>). Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erschiene (Urteil 9C_570/2007 vom 5. März 2008 E. 4.2). Eine Sachverhaltsfeststellung ist etwa dann offensichtlich unrichtig, wenn das kantonale Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteile 9C_851/2012 vom 5. März 2013 E. 2.3.2; 8C_5/2010 vom 24. März 2010 E. 1.2).
2.
2.1. Die Vorinstanz hat festgestellt, die ursprüngliche Rentenzusprache vom 15. Januar 2003 sei (unbestritten) aufgrund einer Fibromyalgie erfolgt. Die Versicherte sei beim Inkrafttreten der Schlussbestimmungen der Änderung des IVG vom 18. März 2011 (6. IV-Revision, erstes Massnahmenpaket; nachfolgend: SchlBest.) am 1. Januar 2012 noch nicht 55 Jahre alt gewesen und habe bei Einleitung der Rentenrevision im September 2011 noch nicht 15 Jahre eine Rente bezogen. Folglich hat sie die Rentenaufhebung im Rahmen der SchlBest. als grundsätzlich zulässig betrachtet.
Weiter hat das kantonale Gericht den Einschätzungen der SMAB-Ärzte (Gutachten vom 7. Februar 2014 und Verlaufsgutachten vom 29. Juli 2015), wonach der Versicherten die Ausübung sowohl ihrer angestammten als auch einer angepassten Tätigkeit im Umfang von 70 % zumutbar sei, Beweiskraft beigemessen. Ausgehend vom Lohn in der zuletzt (2003) ausgeübten Tätigkeit hat es (für das Jahr 2015) das Valideneinkommen auf Fr. 58'762.75 und das Invalideneinkommen auf 70 % davon (Fr. 41'133.90) festgelegt. Folglich hat es den Invaliditätsgrad von 30 % und die Rentenaufhebung auf den 30. Juni 2016 bestätigt.
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich. Sie macht geltend, es sei auf das MEDAS-Gutachten vom 30. Mai 2013, in welchem aufgrund kognitiver Defizite eine um 50 % eingeschränkte Arbeitsfähigkeit attestiert wurde, abzustellen. Die Einschätzungen der SMAB-Ärzte stellten lediglich eine unzulässige "second opinion" dar. Zudem seien sie in neuropsychologischer und neurologischer Hinsicht nicht überzeugend. Sodann bemängelt sie die vorinstanzliche Invaliditätsbemessung. Das Invalideneinkommen sei auf der Grundlage eines Tabellenlohnes gemäss Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) unter Berücksichtigung eines Abzugs von mindestens 20 % festzulegen.
3.
3.1.
3.1.1. Bei der Beurteilung der Arbeits (un) fähigkeit stützt sich die Verwaltung und im Beschwerdefall das Gericht auf Unterlagen, die von ärztlichen und gegebenenfalls auch anderen Fachleuten zur Verfügung zu stellen sind. Ärztliche Aufgabe ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
3.1.2. Den im Rahmen des Verwaltungsverfahrens eingeholten Gutachten von externen Spezialärzten, welche auf Grund eingehender Beobachtungen und Untersuchungen sowie nach Einsicht in die Akten Bericht erstatten und bei der Erörterung der Befunde zu schlüssigen Ergebnissen gelangen, ist bei der Beweiswürdigung volle Beweiskraft zuzuerkennen, solange nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (BGE <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353).
3.2. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.), welche das Bundesgericht seiner Urteilsfindung zugrunde zu legen hat (E. 2). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen), die das Bundesgericht im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (<ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei überprüfen kann (<ref-law>).
3.3.
3.3.1. In Bezug auf das MEDAS-Gutachten hat die Vorinstanz festgehalten, der neurologische Experte habe keine polyneuropathische Störung diagnostizieren können und bis auf eine Anosmie (Beeinträchtigung des Geruchssinns) keine neurologischen Auffälligkeiten vorgefunden. Im Zustand nach (2011 erfolgter) bifrontaler Kraniotomie und Tumorresektion habe er einen Hinweis auf mögliche neuropsychologische Störungen erblickt, die im Rahmen der psychiatrischen Einschätzung zu beurteilen seien. Der MEDAS-Psychiater habe insbesondere aufgrund neuropsychologischer Defizite eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % attestiert. Weiter hat das kantonale Gericht erwogen, Dr. med. B._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD) sei befugt gewesen, das im Rahmen des MEDAS-Gutachtens erstellte neuropsychologische Teilgutachten fachspezifisch durch lic. phil. C._ überprüfen zu lassen (vgl. <ref-law> und <ref-law>). Dieser habe mit seiner konsiliarischen Aktenbeurteilung vom 5. Oktober 2013 ausführlich dargelegt, in welchen Punkten das neuropsychologische Teilgutachten nicht nachvollziehbar sei resp. weshalb ernsthafte Zweifel an den neuropsychologischen und psychiatrischen Einschätzungen der MEDAS-Experten bestünden.
3.3.2. Dass diese Beweiswürdigung offensichtlich unrichtig (vgl. E. 1.2) sein soll, wird nicht (substanziiert) dargelegt und ist auch nicht ersichtlich: Im neuropsychologischen Teilgutachten wurde insbesondere ausgeführt, die Symptomvalidierung sei nicht genügend wahrscheinlich als auffällig zu beurteilen. Es sei maximal von einer möglichen leichten Störung auszugehen. Weshalb unter diesen Umständen eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % attestiert wurde, leuchtet nicht ein. Da die vorinstanzliche Beweiswürdigung auch nicht auf einer Rechtsverletzung beruht, bleibt sie für das Bundesgericht verbindlich (E. 1.1). Von einem (auf der Grundlage des MEDAS-Gutachtens) bereits umfassend abgeklärten Sachverhalt resp. einer unzulässigen "second opinion" (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 339; Urteil 9C_278/2016 vom 22. Juli 2016 E. 3.4.3) im Zusammenhang mit den weiteren Abklärungen beim SMAB kann daher keine Rede sein.
3.4.
3.4.1. Die neuropsychologische Begutachtung beim SMAB (im Hinblick auf das psychiatrische und neuropsychologische Hauptgutachten vom 7. Februar 2014) ergab, dass die auffälligen Resultate der Symptomvalidierungstests Aggravationstendenzen wahrscheinlich machten, sofern sie nicht durch eine krankheitswertige psychische Störung oder neurologische Symptomatik erklärt werden könnten. Vor diesem Hintergrund konnten weder leichte bis mittelschwere kognitive Defizite bestätigt noch auf rein hirnorganische Ursachen der geklagten Beschwerden geschlossen werden. In psychiatrischer Hinsicht wurde dennoch - mit Blick auf den Status nach Kraniotomie mit Tumorresektion und zu Gunsten der Versicherten - eine organische affektive Störung (ICD-10: F06.3) "mit depressiver Tönung" diagnostiziert und in diesem Zusammenhang eine Arbeitsunfähigkeit von 30 % attestiert (vgl. auch nachträgliche Stellungnahme des SMAB vom 10. Dezember 2015). Dass darüber hinaus trotz sorgfältiger Untersuchungen keine hirnorganischen Einschränkungen oder neuropsychologischen Defizite objektiviert werden konnten, lässt entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht auf eine mangelhafte Sachverhaltsabklärung schliessen. Vielmehr ist von Beweislosigkeit auszugehen (vgl. E. 3.4.3), deren Folgen die Leistungsansprecherin zu tragen hat (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 221 f.).
3.4.2. Nachdem die Versicherte im November 2014 einen Autounfall erlitten hatte, wurde sie erneut beim SMAB untersucht (psychiatrisches und orthopädisch/traumatologisches Folgegutachten vom 29. Juli 2015). Dass dabei neurologische Beeinträchtigungen ungenügend berücksichtigt worden sein sollen, wird nicht (substanziiert) geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich: Einerseits ist der psychiatrische Experte laut Medizinalberuferegister des Bundesamtes für Gesundheit (www.medregom.admin.ch/) nicht nur Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, sondern auch für Neurologie. Anderseits ist der somatische Gutachter als Facharzt für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates fachlich qualifiziert, die Folgen des Unfalls einzuschätzen und eine "radikuläre Defizitsymptomatik" oder zumindest einen allfälligen weiteren Abklärungsbedarf zu erkennen.
3.4.3. Im Übrigen beschränkt sich die Beschwerdeführerin auf weiten Strecken darauf, lediglich die medizinischen Unterlagen abweichend von der Vorinstanz zu würdigen und daraus andere Schlüsse zu ziehen, was nicht genügt (Urteile 9C_494/2016 vom 19. Dezember 2016 E. 3.5; 9C_794/2012 vom 4. März 2013 E. 4.1; 9C_65/2012 vom 28. Februar 2012 E. 4.3 mit Hinweisen). Nach dem Gesagten genügen die SMAB-Gutachten den Anforderungen an die Beweiskraft (E. 3.1). Der Verzicht auf weitere Abklärungen (neuropsychologischer oder neurologischer Art) erfolgte in pflichtgemässer antizipierender Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
3.5. Auch wenn die SMAB-Gutachter eine Tätigkeit für "6 - 61⁄2 Stunden täglich" für zumutbar hielten, was durchschnittlich einem Pensum von 75 % entspricht, bleibt die vorinstanzlich (implizit) festgestellte Restarbeitsfähigkeit von 70 % für das Bundesgericht verbindlich (E. 1).
4.
4.1. Für die Bestimmung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen wird das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung der medizinischen Behandlung und allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wäre sie nicht invalid geworden (<ref-law>).
Wird das Invalideneinkommen auf der Grundlage von statistischen Durchschnittswerten ermittelt, ist der entsprechende Ausgangswert (Tabellenlohn) allenfalls zu kürzen. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa in fine S. 80). Der Abzug ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen. Er darf 25 % nicht übersteigen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301; <ref-ruling> E. 5b/bb-cc S. 80).
4.2. Die Frage, ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vorzunehmen sei, ist eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis; Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in: <ref-ruling>).
4.3. Ob die bisherige Tätigkeit als Bäckereimitarbeiterin noch zumutbar ist, kann offenbleiben. Auch wenn das Invalideneinkommen auf der Grundlage eines Tabellenlohnes (LSE 2012, Tabelle TA1, Frauen total, Kompetenzniveau 1) festgelegt wird, ergibt sich nichts für die Beschwerdeführerin. In diesem Fall beträgt das Invalideneinkommen 2015 unter Berücksichtigung der betriebsüblichen Wochenarbeitszeit, der Nominallohnentwicklung und der Restarbeitsfähigkeit Fr. 36'680.- (Fr. 4'112.- x 12 : 40 x 41,7 : 101,8 x 103,7 x 0,7). Dass über die bereits berücksichtigte gesundheitliche Einschränkung hinaus ein Abzug vom Tabellenlohn angezeigt sein soll, wird nicht begründet und ist auch nicht ersichtlich.
Beim (verbindlich festgestellten; E. 1) Valideneinkommen von Fr. 58'762.75 (E. 2.1) ergibt sich ein Invaliditätsgrad von (aufgerundet) 38 %, was einen Rentenanspruch ausschliesst (<ref-law>). Die Beschwerde ist unbegründet.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Pensionskasse D._ schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. April 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Dormann