Fatti:
A.
Fino al 23 febbraio 2015, la Comunione ereditaria fu D.A._, composta di A.A._, B.A._ e C._, era proprietaria del fondo xxx di X._, attribuito alla zona artigianale-commerciale. Il 28 gennaio 2013 i Consigli comunali di X._ e di Y._ hanno adottato il piano regolatore intercomunale (PRI), interessante anche il citato fondo posto a cavallo dei due comuni, con lo scopo tra l'altro di decongestionare la rete viaria locale. Il piano prevede la realizzazione in due fasi di un nuovo accesso al territorio di X._, ossia la costruzione di una strada di servizio interna (fase 1) e in seguito la realizzazione di una nuova di servizio, che taglia in diagonale il fondo xxx e si congiunge con un'altra via tramite la creazione di una rotonda (fase 2). Anche quest'opera invade parzialmente la proprietà dei ricorrenti, il cui fondo è stato attribuito alla zona industria/servizi.
B.
Con risoluzione 30 aprile 2014, in parziale accoglimento del ricorso presentato da E._ SA, proprietaria del fondo contermine yyy nonché conduttrice di quello xxx, il Consiglio di Stato ha approvato il piano: non ha tuttavia avallato gli interventi previsti per la fase 2, stralciandoli d'ufficio, ritenendo che il sistema predisposto per la prima fase è in grado di assicurare la gestione del traffico secondo i quantitativi ammessi dal PRI. Il Tribunale cantonale amministrativo, adito dai proprietari del fondo xxx, i quali adducevano che con la mancata approvazione della rotonda e della nuova strada di servizio la particella non sarà più espropriata, né indennizzatae che l'attribuzione alla zona industria/servizi limiterebbe l'esercizio delle attività commerciali presenti sul loro fondo, con giudizio del 9 ottobre 2015, ne ha dichiarato il ricorso irricevibile, perché non erano previamente insorti dinanzi al Governo.
C.
Avverso questa decisione A.A._, B.A._ e C._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di annullare il giudizio impugnato e di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico diretto contro una decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza concernente una misura pianificatoria è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è quindi inammissibile. Riguardo alla legittimazione a ricorrere, gli insorgenti osservano d'essere stati impediti di partecipare alla procedura e d'avere un interesse degno di protezione a una decisione di merito sul loro gravame. Certo, al momento dell'inoltro del gravame dinanzi alla Corte cantonale essi erano ancora proprietari del fondo xxx, venduto tuttavia prima che la stessa emanasse la decisione impugnata. Aggiungono nondimeno che una parte di loro è domiciliata nel Comune, per cui secondo l'art. 28 della legge ticinese sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST) sarebbero comunque legittimati a impugnare un piano regolatore. Con quest'accenno disattendono tuttavia che questa norma si riferisce alla legittimazione a insorgere dinanzi al Consiglio di Stato, mentre nella sede federale la stessa è disciplinata dalla LTF. Ora, i ricorrenti non spiegano che interesse degno di protezione pratico e attuale avrebbero ancora alla disamina del loro gravame (art. 89 cpv. 1 lett. c LTF). Visto l'esito del gravame, la questione non dev'essere comunque esaminata oltre.
1.2. Quando l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso irricevibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, i ricorrenti devono addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2).
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando i ricorrenti, come in concreto, invocano la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.7.2 pag. 106).
1.4. La vertenza concerne in sostanza l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto cantonale, che il Tribunale federale esamina sotto il ristretto profilo dell'arbitrio. Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta ai ricorrenti dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72).
2.
2.1. Nell'impugnato giudizio viene negata la legittimazione dei ricorrenti ad adire la Corte cantonale, poiché non hanno impugnato previamente il PRI dinanzi al Consiglio di Stato. È stato rilevato che, secondo l'art. 30 cpv. 2 LST, contro le decisioni del Governo sono legittimati a ricorrere al Tribunale cantonale amministrativo il Comune (lett. a), i già ricorrenti per gli stessi motivi (lett. b), come pure ogni altra persona o ente che dimostri un interesse degno di protezione a dipendenza delle modifiche decise dal Consiglio di Stato (lett. c). La Corte cantonale ne ha concluso che legittimati a ricorrere sono solo i cittadini che in precedenza hanno inoltrato un ricorso all'Esecutivo cantonale; ha aggiunto, richiamando la dottrina (RAFFAELLO BALERNA, La protezione giuridica in materia di piani regolatori, in: RtiD I-2015 pag. 203 segg., pag. 212 seg.), che fa eccezione l'ipotesi in cui quest'ultimo abbia disposto una modifica rispetto alle decisioni del Legislativo comunale, segnatamente qualora abbia negato l'approvazione o adottato una modifica d'ufficio del piano regolatore. Ha osservato che in territorio di X._ la rete stradale esistente e quella prevista dal piano regolatore in vigore non sono sufficienti per rispondere alle necessità di sviluppo della zona edificabile, per cui il PRI con i descritti contenuti ha inteso porre rimedio. Ha osservato che il fondo dei ricorrenti, di 4324 m2, è pesantemente toccato dalla pianificazione litigiosa, poiché viene attribuito alla zona per industria/servizi e tagliato in diagonale dalle opere viarie da realizzare nella fase 2. Ciononostante essi non hanno contestato le previsioni della nuova pianificazione in sede di pubblicazione, avallandola come addotto davanti alla Corte cantonale, perché la loro proprietà sarebbe stata oggetto di espropriazione e, soprattutto, d'indennizzo.
2.2. Si rileva poi che con il ricorso davanti al Tribunale cantonale gli insorgenti non hanno chiesto il ripristino delle opere stralciate d'ufficio dal Governo, soluzione da loro condivisa, bensì l'annullamento integrale della decisione di approvazione e il rinvio degli atti ai Comuni per la rielaborazione della pianificazione, soprattutto sotto il profilo viario. È stato pertanto ritenuto che, nella misura in cui il gravame era rivolto contro le previsioni del PRI e mirava a rimetterne in discussione gli azzonamenti e l'assetto viario, esso era manifestamente irricevibile per carenza di legittimazione attiva, ritenuto che tali critiche avrebbero dovuto essere sollevate nell'ambito della pubblicazione del piano sulla base dell'art. 28 cpv. 2 LST. I ricorrenti erano quindi abilitati a contestare la risoluzione governativa solo nella misura in cui non erano state approvate le opere viarie previste nella fase 2. Postulando il ripristino della proposta pianificatoria adottata dai comuni, non avallata dal Governo, il loro interesse degno di protezione ai sensi dell'art. 30 cpv. 2 lett. c LST era circoscritto unicamente a questa ipotesi. Per prevalersi di un interesse legittimo più ampio, che avrebbe permesso loro di formulare conclusioni proprie, differenti da quelle stabilite a livello comunale o governativo, avrebbero infatti dovuto avvalersi del presupposto contemplato dall'art. 30 cpv. 2 lett. b LST, ciò che era loro precluso non essendo precedentemente insorti dinanzi al Governo.
2.3. I ricorrenti osservano dapprima che la Corte cantonale avrebbe dovuto applicare l'art. 38 cpv. 4 lett. c della previgente legge cantonale d'applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio del 23 maggio 1990 (LALPT). Precisano nondimeno, rettamente, che ciò nulla muta alla fattispecie, poiché riguardo alla legittimazione a ricorrere il tenore delle due norme è identico.
Rilevano poi che in sostanza con la modifica d'ufficio non è stata approvata la fase 2 del piano viario, ossia la soppressione della rotonda e della citata strada d'accesso. Osservano che iI Consiglio di Stato, per quel che riguarda il Comune di X._, ha rinviato tutto ai Comuni per lo studio di una variante d'accesso ai centri commerciali, dando quindi atto, al loro dire, che il PRI non corrisponde alle esigenze viarie del comparto: sebbene la rete stradale del PRI sarebbe rimasta immutata rispetto a quella attuale, il Governo ha nondimeno approvato il piano del traffico, a loro avviso snaturato e decaduto, e di riflesso il piano regolatore. Precisano di condividere la decisione governativa riguardo allo stralcio dal piano del traffico della rotonda e della strada sul fondo xxx, così come di non allargare quella d'accesso al fondo zzz per motivi ambientali. La pretesa inadeguatezza del piano viario avrebbe tuttavia dovuto comportare la non approvazione del PRI, con rinvio degli atti alle autorità comunali per elaborare un pianio viario correttamente dimensionato. La Corte cantonale avrebbe pertanto violato il loro diritto di essere sentiti (<ref-law>), la garanzia della via giudiziaria (<ref-law>), reso una decisione arbitraria (<ref-law>) e pregiudizievole per la protezione dell'ambiente (art. 73 e 75 Cost.). Quest'ultimo accenno quale censura di merito è inammissibile ed esula comunque dall'oggetto del litigio.
2.4. I ricorrenti, fondandosi rettamente sull'art. 30 cpv. 2 lett. c LST, e non sulla lett. b, ammettono di non aver postulato che il loro fondo fosse di nuovo svincolato da rotonda e strada, né d'aver riproposto l'allargamento della strada alla particella zzz (non approvato perché contrario alle norme sulla protezione dell'ambiente), limitandosi ad addurre che a causa di queste soppressioni risulterebbe un piano viario sottodimensionato. Indicano di non aver impugnato le decisioni di approvazione dei legislativi comunali, da un lato poiché il loro fondo sarebbe stato interamente espropriato, ritenuto che avrebbero chiesto l'ampliamento dell'espropriazione e, dall'altro, perché ritenevano che il PRI fosse in grado di sopportare lo sviluppo conseguente allo sblocco edilizio. Non avrebbero per contro potuto immaginare che gli ampliamenti previsti della rete viaria nel Comune di X._ venissero cancellati dal Consiglio di Stato. Ammettono di condividere il mancato avallo della fase 2 ma, contrariamente alla tesi governativa, ritengono che con le modifiche d'ufficio e la mancata adozione di soluzioni alternative il piano viario in quel Comune, risultando sottodimensionato, non rimarrebbe immutato. Avrebbero pertanto avuto "la legittima aspettativa" che la Corte cantonale esaminasse il gravame nel merito, vagliando questa questione.
2.5. Riguardo alla negata legittimazione richiamano l'art. 38 cpv. 4 lett. c LALPT, senza tuttavia dimostrare specificatamente quale sarebbe il loro interesse degno di protezione, osservato che, come rettamente rilevato nella decisione impugnata, il loro interesse consisteva nell'aspettativa di un'espropriazione totale del loro fondo e in quella che tutti gli ampliamenti della rete viaria venissero confermati. Ora, l'ipotesi che il Consiglio di Stato, tenuto conto della legislazione sulla protezione dell'ambiente, approvasse, senza alcuna modifica, quanto adottato dai Legislativi comunali non era evidente. Se i ricorrenti intendevano contestare il dimensionamento del piano del traffico avrebbero dovuto insorgere dinanzi al Governo, per il caso di modifiche d'ufficio, la cui adozione non era per nulla esclusa, non da ultimo tenuto conto della nuova attribuzione del fondo alla zona industria/servizi, che al loro dire limiterebbe del resto l'esercizio delle attività commerciali sullo stesso, questione tuttavia indipendente dalle menzionate modifiche d'ufficio.
2.6. L'asserita pretesa "legittima aspettativa" dei ricorrenti, secondo cui il Governo doveva decidere in sostanza nel senso a loro più favorevole, non implica alcun diniego di giustizia, né una lesione del diritto di essere sentito. La decisione impugnata non è arbitraria sia nella motivazione sia nel risultato e neppure lede la garanzia della via giudiziaria (<ref-law>), rilevato che nulla impediva loro d'insorgere dinanzi al Consiglio di Stato. Per questo motivo non è disatteso nemmeno l'art. 33 LPT. Spetta infatti ai ricorrenti assumere le conseguenze della strategia processuale da loro scelta, fondata su ipotetiche previsioni e supposizioni riguardo all'esito della decisione governativa.
3.
3.1. Quale ulteriore motivazione, i giudici cantonali hanno aggiunto che il Rapporto di pianificazione ottobre 2012 (capitolo "Costi e finanziamento delle infrastrutture", pag. 51 e segg.) per il fondo dei ricorrenti prevede un esproprio di soli 1154 m2, segnatamente 686 m2 per la realizzazione della nuova strada interna e di 468 m2 per la realizzazione della rotonda, per cui la destinazione pianificatoria della superficie rimanente del fondo e i relativi parametri edilizi rivestivano per i ricorrenti un interesse concreto già al momento della pubblicazione del PRI e non soltanto in seguito alla risoluzione governativa, anche nell'ottica di chiedere al momento dell'entrata in vigore del PRI, come pretendevano, l'esproprio totale della particella. Non hanno quindi condiviso la tesi ricorsuale, secondo cui la questione relativa all'azzonamento del loro fondo avrebbe assunto un interesse attuale soltanto in seguito allo stralcio da parte del Governo delle opere previste per la fase 2.
3.2. I ricorrenti non si esprimono su questa argomentazione, decisiva e peraltro convincente. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, i ricorrenti sono tenuti, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4 pag. 100; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121).
4.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LPT).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.