Fatti:
A.
B._ e A._, secondo il loro esposto ricorsuale, sono proprietari in comune di fondi di complessivi 7'435 m2 attribuiti dal piano regolatore del Comune di X._ alla zona residenziale a 2 piani collinare. Con decisione del 17 giugno 2015 il Consiglio di Stato ha approvato la revisione del piano regolatore, istituendo d'ufficio la protezione dell'edificio sito su una delle particelle quale bene protetto di interesse cantonale, unitamente a un importante perimetro di rispetto.
B.
Contro questa decisione i proprietari sono insorti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Con decisione del 15 settembre 2015 il giudice delegato ha invitato gli insorgenti a versare entro il 1° ottobre 2015 un anticipo di fr. 2'000.-- per le presunte spese processuali, precisando che in caso di mancato pagamento nel termine assegnato il ricorso sarebbe stato dichiarato irricevibile e le spese processuali poste a loro carico. La decisione è firmata dalla segretaria, "p.o. del giudice delegato", quest'ultimo non indicato nominativamente. Nei rimedi di diritto è indicata la facoltà di impugnarla dinanzi al Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico entro 30 giorni dalla sua notificazione.
C.
Con decisione del 9 ottobre 2015 il giudice delegato Raffaello Balerna, presidente del Tribunale amministrativo cantonale, ha dichiarato irricevibile il ricorso, poiché gli insorgenti non hanno versato l'anticipo richiesto entro il termine stabilito. Con sentenza del 10 novembre 2015 la Corte cantonale ha poi respinto in quanto ammissibile un'istanza di revisione presentata dagli interessati, trattata quale richiesta di restituzione in intero contro il lasso dei termini.
D.
A._ e B._ impugnano la decisione incidentale del 15 settembre 2015 e quella del 9 ottobre seguente con un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di accertare la nullità della decisione del 15 settembre 2015, sussidiariamente di annullarla, di annullare quella del 9 ottobre 2015 e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché assegni loro un congruo termine per il versamento dell'anticipo.
La Corte cantonale e il Consiglio di Stato non si sono espressi sul gravame, mentre il Municipio di X._, rilevato che non si tratta di questioni di sua competenza, non presenta osservazioni rimettendosi al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1). Spetta nondimeno ai ricorrenti dimostrare l'adempimento delle condizioni di ammissibilità del gravame qualora non siano evidenti, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 47; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 525; 324 consid. 1.1 pag. 328 seg; 133 II 629 consid. 2.3.1).
1.2. Nell'ambito del diritto pianificatorio ed edilizio è dato il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 1.1, 353 consid. 2), con il quale può essere censurata anche la violazione dei diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1), motivo per cui quello sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) è improponibile. La legittimazione dei ricorrenti è pacifica e il ricorso tempestivo.
2.
2.1. La decisione sull'anticipo delle spese processuali con la comminatoria d'irricevibilità in caso di mancato pagamento costituisce, come rettamente rilevato dai ricorrenti, una decisione incidentale notificata separatamente ai sensi dell'<ref-law>, che può essere impugnata direttamente qualora possa causare un pregiudizio irreparabile.
Di massima, tale decisione può causare un pregiudizio irreparabile (<ref-ruling> consid. 2b e c pag. 202 segg.; sentenze 5A_582/2013 del 12 febbraio 2014 consid. 1.1 non pubblicato in <ref-ruling>, 4A_100/2009 del 15 settembre 2009 consid. 1.3 non pubblicato in <ref-ruling> e 1B_74/2015 del 28 aprile 2015).
2.2. Riguardo alla richiesta di versamento dell'anticipo, i ricorrenti fanno valere una violazione del diritto a un tribunale fondato sulla legge (<ref-law> e 6 CEDU), poiché la stessa non è firmata dal giudice delegato, peraltro neppure nominativamente indicato, ma da una vice-cancelliera, che non disporrebbe di alcuna competenza decisionale al riguardo: ne deducono che la criticata richiesta sarebbe nulla o per lo meno annullabile.
2.3. Secondo la giurisprudenza, quando una parte, nell'ambito di una decisione incidentale che rifiuta l'assistenza giudiziaria, impugna la susseguente decisione incidentale relativa alla richiesta di versare un anticipo, essa deve postulare tempestivamente la concessione dell'effetto sospensivo, ricordato che lo stesso non è dato per legge (art. 103 cpv. 1 e 3 LTF). Qualora essa, come nel caso di specie, ometta di farlo e dinanzi all'autorità precedente non presenti neppure una domanda di proroga del termine per versare l'anticipo, non è criticabile che l'autorità inferiore, dopo la scadenza del termine di pagamento, come preannunciato dichiari il ricorso irricevibile, ponendo le spese processuali a carico dell'insorgente. Ciò vale anche quando il termine di pagamento fissato dal giudice sia più corto di quello legale di ricorso: con l'emanazione della decisione di irricevibilità, il ricorso contro la decisione incidentale diviene privo di oggetto (sentenza 2C_128/2007 del 17 ottobre 2007 consid. 3 e 4).
2.4. Questa conclusione vale anche per il caso in esame, ritenuto che il pregiudizio irreparabile che incombeva ai ricorrenti si è realizzato con il mancato pagamento dell'anticipo e l'emanazione della conseguente decisione d'irricevibilità del 9 ottobre 2015. Anche nell'ipotesi dell'accoglimento del ricorso contro la contestata richiesta di versamento dell'anticipo del 15 settembre 2015 e del suo annullamento, contrariamente al generico assunto ricorsuale, il giudizio di merito del 9 ottobre seguente non sarebbe di per sé automaticamente annullato, per cui il pregiudizio già realizzatosi non verrebbe eliminato. In particolare, non potrebbe essere fissato un nuovo termine per versare l'anticipo. Lo scopo perseguito con il ricorso diretto avverso la richiesta di anticipo rimarrebbe quindi precluso anche nell'ipotesi dall'accoglimento del gravame (sentenza 5A_776/2014 del 14 ottobre 2014 consid. 2; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1a).
I ricorrenti devono infatti sopportare le conseguenze della loro inattività per il fatto di non aver impugnato immediatamente la domanda di anticipo dinanzi al Tribunale federale, con relativa richiesta di effetto sospensivo; né hanno chiesto alla Corte cantonale di comunicare loro il nominativo del giudice delegato e di prorogare il termine di versamento, ricordato ch'essi, proprietari di fondi per complessivi 7'435 m2 attribuiti alla zona residenziale, non contestano l'ammontare dell'anticipo.
3.
3.1. Certo, se il ricorso in virtù dell'<ref-law> non è ammissibile o non è stato interposto, le decisioni pregiudiziali e incidentali, in quanto influiscano sul contenuto della stessa, possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale (cpv. 3).
3.2. In concreto, con decisione del 9 ottobre 2015 il giudice delegato, decidendo quale giudice unico (art. 49 cpv. 2 della Legge ticinese sull'organizzazione giudiziaria del 10 maggio 2006), accertato che i ricorrenti non avevano versato l'anticipo richiesto entro il termine stabilito, in applicazione dell'art. 47 cpv. 3 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm) ha dichiarato irricevibile il ricorso.
3.3. Ora, i ricorrenti criticando la domanda di anticipo adducendone la nullità o l'annullabilità, con riferimento all'<ref-law> si limitano ad addurre in maniera del tutto generica che la decisione susseguente di irricevibilità del 9 ottobre 2015, firmata dal Presidente del Tribunale cantonale amministrativo quale giudice unico, essendone la diretta conseguenza, dovrebbe essere annullata. Invero i ricorrenti, disattendendo il loro obbligo di motivazione (<ref-law>), non si confrontano affatto con questa decisione, segnatamente con la conclusione, peraltro corretta e da loro ammessa, che l'anticipo richiesto non è stato versato. Ininfluente al proposito sono quindi pure le censure inerenti alla facoltà del giudice delegato di chiedere un anticipo delle spese e all'assenza della sua firma nella precedente decisione del 15 settembre 2015. Inoltre, queste censure non sono state sollevate dai ricorrenti dinanzi alla Corte cantonale, la quale non le ha pertanto potute esaminare.
3.4. Al riguardo giova rilevare che con una ulteriore decisione del 10 novembre 2015 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ammissibile, un'istanza di revisione dai ricorrenti, trattata quale richiesta di restituzione in intero contro il lasso dei termini secondo l'art. 15 LPAmm. Nella stessa, come pure addotto dai ricorrenti nel ricorso in esame, si rileva ch'essi non avrebbero potuto versare l'anticipo litigioso a causa di un disguido dovuto alla posta elettronica. Precisano che il loro legale ha ricevuto la richiesta di anticipo il 16 ottobre 2015 e che il medesimo giorno egli l'ha trasmessa, con invio di posta elettronica, a un collega unitamente a quella concernente un ricorso parallelo (causa 1C_599/2015 decisa in data odierna) : la domanda di anticipo trasferita all'altro patrocinatore sarebbe tuttavia finita nella cartella di posta elettronica indesiderata di quest'ultimo. I giudici cantonali hanno stabilito che spettava nondimeno al patrocinatore verificare quando la comunicazione fosse giunta al destinatario, rispettivamente sincerarsi presso i mandanti dell'avvenuto pagamento. I ricorrenti non hanno impugnato questa decisione, cresciuta quindi in giudicato e la cui validità non è pertanto intaccata dal ricorso in esame.
Solo la predetta circostanza può spiegare l'insistenza dei ricorrenti nel tentare di far annullare a posteriori la richiesta di anticipo. In effetti, nel gravame essi precisano che l'invio e-mail della richiesta di anticipo trasmessa dal loro patrocinatore al suo collega sarebbe stato automaticamente identificato dal sistema informatico dell'altro legale come posta indesiderata e che solo per questo motivo il destinatario non l'ha evasa. Sottolineano che se quest'ultimo avesse scoperto il disguido informatico per tempo, avrebbe di certo immediatamente invitato i clienti a versare l'anticipo richiesto. Aggiungono che con la citata istanza di revisione hanno poi chiesto alla Corte cantonale di assegnare loro un nuovo termine per versare l'anticipo.
3.5. Ne discende che nella sede cantonale i ricorrenti non hanno contestato del tutto la pretesa nullità della richiesta di anticipo, sebbene l'asserito vizio fosse evidente. È infatti solo dopo la reiezione della domanda di restituzione in intero ch'essi hanno invocato, per la prima volta dinanzi al Tribunale federale, l'asserita nullità della richiesta di anticipo, alla quale dapprima hanno insistito per poter dare seguito, senza peraltro criticare il merito della richiesta né l'ammontare dell'importo fissato.
Ora, l'<ref-law> impone ai partecipanti a un processo di agire secondo il principio della buona fede, regola applicabile segnatamente ai diritti procedurali delle parti. Ne segue che una parte, che si accorge o adottando la necessaria diligenza dovrebbe accorgersi che una regola di procedura sarebbe stata violata a suo scapito, non può lasciar seguire il corso della procedura senza reagire, per esempio allo scopo di riservarsi d'invocare in un secondo tempo un motivo di nullità quando un giudizio ulteriore, come in concreto la reiezione dell'istanza di restituzione in intero, gli sia sfavorevole. Siffatte misure dilatorie sono inammissibili. Di conseguenza, la parte che rinuncia deliberatamente a far valere la violazione di una regola di procedura dinanzi a un giudice, in concreto a quello cantonale, che potrebbe sanarne le conseguenze negative, perde il diritto di prevalersi di questa lesione dinanzi al Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 4.1.5 pag. 101 e rinvii). In concreto i ricorrenti, patrocinati da un legale, insistendo, riguardo alla pretesa nullità rettamente sul fatto che il criticato vizio era evidente e facilmente individuabile erano tenuti, sulla base del principio della buona fede processuale, ad addurlo senza indugio, se del caso chiedendo parallelamente una proroga del termine per versare l'anticipo dinanzi alla Corte cantonale, che l'avrebbe senz'altro sanato; non avendolo fatto, il loro diritto è perento (<ref-ruling> consid. 8.3.2 pag. 53 seg.; cfr. e contrario sentenza 2C_16/2007 del 29 agosto 2007 consid. 4.2 e 4.3, in: RtiD I-2008 n. 72 pag. 853).
4.
4.1. Rispetto alle ulteriori censure ricorsuali, si può nondimeno rilevare che non avrebbero comunque retto. Certo, chi adisce un tribunale ha diritto di conoscere i nomi dei giudici che hanno partecipato alla decisione, in particolare per poter far valere eventuali motivi di ricusa. Il Tribunale federale ha infatti già stabilito, ad esempio, che la circostanza che a una sentenza impugnata abbia partecipato un giudice che avrebbe dovuto ricusarsi, perché dava l'apparenza di essere prevenuto, di per sé non costituisce un fatto sufficientemente grave da comportare la nullità della decisione (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 388). È altresì stato statuito che l'interessato, allo scopo di poter far valere eventuali motivi di ricusa, ha il diritto di conoscere la composizione personale del tribunale (<ref-ruling> consid. 2), ma che tale facoltà non comporta che i nomi delle persone che partecipano alla decisione debbano essere indicate nel rubrum della sentenza: è infatti sufficiente ch'essi siano comunicati in una qualsiasi forma. Il diritto d'essere informato sui nomi dei magistrati partecipanti al giudizio è infatti garantito anche qualora essi non siano comunicati nominalmente, gli stessi potendo essere desunti da una pubblicazione accessibile a tutti, quale l'annuario cantonale (<ref-ruling> consid. 3b e c pag. 280).
In effetti, quando una parte a sostegno di una domanda di ricusazione, intende invocare la mancata conoscenza del nome di un giudice di un tribunale, eccetto nell'ipotesi in cui si tratti di un giudice supplente, non può far valere un motivo di revisione, ritenuto che il sito internet dell'autorità cui appartiene costituisce un'informazione sufficiente per il ricorrente, anche qualora non sia assistito da un legale (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 124; sentenze 8C_824/2015 del 19 maggio 2016 consid. 5.4 e 6F_8/2015 del 30 aprile 2015 consid. 4.1.1).
4.2. Ora, nella fattispecie è manifesto che il giudice delegato non può che essere uno dei sei membri del Tribunale cantonale amministrativo, la cui composizione è pubblicata sia sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino sia sul sito Web del Cantone sia, a partire dal 2015 sull'annuario nella versione online dello stesso. È inoltre palese che i ricorrenti, assistiti da un legale, avevano la facoltà di richiedere il nominativo del giudice delegato, rilevato che la sua mancata indicazione e firma sulla richiesta di anticipo erano manifeste e ravvisabili di primo acchito senza il minimo dispendio di tempo. Nulla impediva loro di formulare una siffatta richiesta, se del caso congiuntamente a una domanda di proroga del termine per versare l'anticipo. In assenza di una tale richiesta è lecito presumere ch'essi in effetti non avevano alcun interesse a questa informazione, nemmeno con riferimento a un'eventuale domanda di ricusazione, a cui del resto né nella sede cantonale né in quella federale hanno accennato.
4.3. Nella misura in cui l'interessato non ha sollevato il motivo di ricusa dinanzi all'autorità precedente, ma soltanto dinanzi al Tribunale federale, la censura è inammissibile. In effetti, secondo la relativa giurisprudenza, sulla base del principio della buona fede e del divieto dell'abuso di diritto (<ref-law>), l'interessato deve addurre la vera o pretesa composizione irregolare di un'autorità il più presto possibile, vale a dire alla prima occasione dopo averne avuto conoscenza. È infatti contrario alle regole della buona fede sollevare siffatte obiezioni soltanto nell'ambito di una procedura ricorsuale quando il vizio poteva essere riconosciuto e censurato già prima. Il diritto della parte di impugnare in un secondo tempo il preteso vizio decade, qualora essa non lo adduca immediatamente e senza indugio appena ne ha conoscenza e tacitamente continua a prendere parte a tale procedura (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 124; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 4; <ref-ruling> consid. 3.4; sentenza 8C_824/2015, citata, consid. 5.3).
4.4. Giova inoltre osservare che i Cantoni non sono tenuti a riprendere, né ad applicare per analogia le norme previste dalla LTF, quale segnatamente quella dell'<ref-law>, secondo cui quando il termine per il versamento dell'anticipo scade infruttuoso, prima che il Tribunale federale dichiari inammissibile il ricorso, il giudice dell'istruzione impartisce un termine suppletorio. I Cantoni possono infatti regolare liberamente le conseguenze di un versamento tardivo, non essendo tenuti dalla Costituzione a impartire un termine suppletorio (sentenze 2C_509/2010 del 4 novembre 2010 consid. 2 e 3, 2C_703/2009 del 21 settembre 2010 consid. 4.4.1 e 4.4.2).
4.5. I ricorrenti, richiamano poi a torto l'art. 11 cpv. 2 del regolamento del Tribunale di appello dell'11 dicembre 1924, per il quale ogni decisione dev'essere "firmata immediatamente dai giudici che vi presero parte". È infatti manifesto che questa norma non riguarda le sentenze che vengono notificate alle parti, che notoriamente non sono sottoscritte da tutti i giudici che hanno partecipato al giudizio, ma unicamente dal presidente e dal segretario. L'invocata norma si riferisce in effetti al ruolo delle cause e al protocollo interno delle sentenze, nei quali vengono iscritti i punti di questione e il dispositivo, registri che devono essere tenuti separatamente per ogni Camera o sezione.
5.
5.1. Certo, i ricorrenti adducono che l'irrita richiesta dell'anticipo spese disattenderebbe il diritto a un tribunale fondato sulla legge, competente nel merito, indipendente e imparziale (<ref-law> e art. 6 CEDU), nonché il principio della separazione dei poteri (art. 51 Cost./TI), senza tuttavia censurare, come visto, la susseguente decisione di irricevibilità.
5.2. Circa la pretesa nullità, a titolo abbondanziale si può anche osservare che nella fattispecie la competenza a trattare il gravame da parte della Corte cantonale adita dai ricorrenti è manifesta, come è chiaro il fatto ch'essa, segnatamente per il tramite del giudice delegato che si occupa dell'istruzione e dell'assunzione delle prove, è competente per esigere l'anticipo litigioso (art. 47 cpv. 4 e art. 85 LPAmm). Trattasi di novità introdotta con l'entrata in vigore della LPAmm. Attualmente, ciò che nel frattempo dovrebbe essere notorio, nelle procedure davanti al Tribunale cantonale amministrativo l'anticipo per le presunte spese processuali è dovuto in ogni caso: soltanto in casi particolari nonché giustificati, e quindi eccezionalmente, il Tribunale può rinunciare in tutto o in parte a esigerlo (art. 47 cpv. 4 LPAmm). È quindi a ragione che i ricorrenti non contestano l'esistenza di una base legale per chiedere l'anticipo, né criticano la comminatoria di irricevibilità in caso di mancato pagamento (vedi al riguardo <ref-ruling> consid. 3.4 pag. 405 seg.).
La richiesta di anticipo è inoltre stata stilata su carta intestata e munita del timbro del Tribunale cantonale amministrativo. La polizza di versamento allegata indica quale beneficiario il Tribunale di appello, del quale il Tribunale amministrativo ne è una Sezione. La competenza funzionale e di merito della Corte adita non è pertanto a ragione contestata (<ref-ruling> consid. 11.2 pag. 260; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 503; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 27).
5.3. I ricorrenti richiamano la <ref-ruling> la cui fattispecie al loro dire assomiglierebbe al caso in esame. A torto. In quella sentenza in cui erano in discussione le competenze giurisdizionali del Segretario assessore di una Pretura, è stato censurato il fatto che questi firmava le sentenze di persona e con la segretaria, ciò che in sostanza gli riconosceva incostituzionalmente, un potere giurisdizionale autonomo, impedendo al cittadino di verificare se il Pretore si assumeva la responsabilità del giudizio (consid. 5.5.3 e 5.5.4). In concreto il segretario ha tuttavia firmato "p.o. del giudice delegato".
6.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile e non divenuto privo di oggetto, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.