Erwägungen:
1.
Gegen eine Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft erhob A._ LLC am 14. März 2016 Beschwerde beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens reichte sie zwei mit dem Datum vom 7. Oktober 2016 versehene Repliken ein. Das Appellationsgericht forderte A._ LLC am 18. Oktober 2016 auf, zu bezeichnen, welche der beiden Stellungnahmen massgebend sei, anderenfalls würden beide Rechtsschriften unbeachtet bleiben. Am 7. November 2016 stellte das Appellationsgericht fest, dass A._ LLC dieser Aufforderung nicht nachgekommen war, und verfügte, dass beide Rechtsschriften aus dem Recht gewiesen würden. Am 17. November 2016 teilte der Rechtsvertreter der A._ LLC dem Appellationsgericht mit, dass die Replik vom 7. Oktober 2016 vorsichtshalber gleichzeitig per eingeschriebener Post und mittels Kurier versandt worden sei. Die Eingaben würden übereinstimmen, weshalb kein Anlass bestehe, diese für unzulässig zu erklären. Am 22. November 2016 verfügte das Appellationsgericht, auf das "sinngemässe Wiedererwägungsgesuch" vom 17. November 2016 werde nicht eingetreten.
2.
A._ LLC führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, die Verfügung des Appellationsgerichts vom 22. November 2016 sei aufzuheben.
3.
Die Verfügung der Vorinstanz vom 22. November 2016 schliesst das Verfahren nicht ab; es handelt sich um einen Zwischenentscheid. Ein solcher ist - sofern er nicht Fragen der Zuständigkeit oder Ausstandsbegehren behandelt - gemäss Art. 93 Abs. 1 BGG vor dem Bundesgericht nur anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). In der Beschwerde ist nach Art. 42 Abs. 2 BGG darzulegen, inwiefern die Eintretensvoraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin erklärt nicht, inwiefern der angefochtene Zwischenentscheid geeignet sein soll, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu bewirken. Sie führt auch nicht aus, inwiefern die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen würde. Die Begründung der Beschwerde genügt den gesetzlichen Anforderungen nicht.
4.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Kosten sind der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen.

Demnach erkennt die Einzelrichterin:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht Basel-Stadt, Präsidentin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Einzelrichterin: Jametti
Der Gerichtsschreiber: Moses