Faits :
A.
A.a. B.X_, née le 27 mai 1948, et A.X_, né le 24 juin 1957, sont les enfants et les seuls héritiers de leurs parents R.X_ et P.X_. Ceux-ci étaient propriétaires à raison de 25 actions au porteur chacun - soit le père les actions n° s 1 à 25 et la mère les actions n os 26 à 50 - de deux sociétés: la SI M._, propriétaire de l'immeuble dans lequel A.X_ exploite depuis de nombreuses années le café à l'enseigne " Chez U._ ", et la Société anonyme N._, propriétaire de l'immeuble dans lequel chacun des enfants dispose d'un domicile.
De leur vivant, les parents exploitaient un restaurant à l'enseigne " R.X_ ", situé à la rue....
La gestion des immeubles appartenant aux deux sociétés a été assurée par la Régie L._ SA de 2004 à 2014, puis par K._ SA.
A.b. P.X_ est décédée le 22 octobre 1992. Par testament, elle a institué ses enfants héritiers de tous ses biens, par moitié, son époux étant usufruitier de ceux-ci.
R.X_ est décédé le 26 septembre 2012. De son vivant, le 12 octobre 2005, il a fait donation à sa fille de ses actions n os 1 à 25 des deux sociétés et l'a dispensée de toute obligation de rapport, en se réservant toutefois l'usufruit des dites actions. Par deux testaments antérieurs (du 16 juillet 2003 et du 20 novembre 2003), il donnait déjà à sa fille la totalité de ses actions des deux sociétés; il donnait ses parts du restaurant " R.X_ " à sa fille et ses parts du café " Chez U._ " à son fils. Pour le reste, sa fortune devait être partagée par moitié entre ses enfants, avec la précision que la différence de valeur entre les deux héritages était compensée par les avantages reçus par son fils de la part de ses parents de leur vivant.
Les héritiers sont en litige au sujet de la donation entre vifs et de certaines dispositions testamentaires.
B.
B.a. Dès 1993, les frère et soeur étaient administrateurs, avec signature collective à deux, de la SI M._ (ci-après: la première société) et le père était administrateur, avec signature individuelle, et les frère et soeur administrateurs, avec signature collective à deux, de la Société anonyme N._ (ci-après: la seconde société). Par la suite, un tiers est également devenu administrateur, avec signature collective à deux.
En 2004, le père est devenu administrateur président, avec signature individuelle, de la première société; les frère et soeur étaient administrateurs, avec signature collective à deux, un tiers étant également administrateur avec signature collective à deux.
Selon les statuts, la durée des fonctions des administrateurs est d'une année pour la première société et de trois ans pour la seconde; pour les deux sociétés, l'assemblée générale est valablement constituée quel que soit le nombre des actionnaires présents (absence de quorum de présence) et elle prend ses décisions et procède aux élections à la majorité absolue des voix attribuées aux actions représentées.
B.b. Lors des assemblées générales ordinaires des deux sociétés en 2004, selon la feuille de présence, le père présentait 48 actions et sa fille 1 action; le fils y a mentionné que la répartition n'était pas conforme et que les actions étaient détenues en main commune.
A la suite de la donation de ses actions par le père à sa fille en 2005, les certificats d'actions ont été remis à cette dernière.
B.c. De 2005 à 2012, les assemblées générales ordinaires ont réuni le père et ses deux enfants, ainsi que le tiers administrateur.
Après le décès du père en 2012, les premières assemblées générales ordinaires de 2013 indiquent, selon la feuille de présence, que 37,5 actions sont représentées par la soeur et 12,5 actions par le frère, celui-ci ayant mentionné qu'il n'était pas d'accord avec cette répartition. La soeur a été élue administratrice présidente des deux sociétés, avec signature individuelle, et le frère et le tiers sont demeurés administrateurs, avec signature collective à deux.
En mars 2014, la soeur a demandé à la régie de remettre à son frère les certificats des actions n° s 38 à 50 qui lui revenaient, ce que celui-ci a refusé.
C.
Les deux sociétés ont chacune convoqué et tenu leur assemblée générale ordinaire le 27 mai 2014. Sur la feuille de présence, le frère a indiqué qu'il n'était pas d'accord avec la répartition des actions à raison de 37,5 actions pour sa soeur et de 12,5 actions pour lui-même.
Pourtant, sur la base de cette répartition, et donc à la majorité absolue de 37,5 voix exprimées par la soeur, les assemblées générales ont approuvé les comptes annuels et la distribution d'un dividende. La soeur a été réélue administratrice présidente à l'unanimité et, à la majorité sus-indiquée, le tiers a été réélu administrateur secrétaire et le frère a été révoqué de son mandat d'administrateur.
Les décisions prises lors de ces assemblées générales sont litigieuses. En bref, la soeur soutient que les actions qui appartenaient à leur mère ont fait l'objet d'un partage, à raison de 12,5 actions pour chacun des héritiers, alors que le frère soutient que ces actions sont toujours en indivision.
D.
Par requête de conciliation du 21 juillet 2014, le frère a introduit, contre les deux sociétés et contre sa soeur B.X_, des actions en annulation et en constatation de la nullité des décisions de l'assemblée générale du 27 mai 2014 des deux sociétés.
La requête de mesures superprovisionnelles déposée le même jour par le frère, tendant notamment à la suspension de l'exécution des décisions des assemblées générales, a été rejetée par ordonnance du 23 mars 2015 et la requête de mesures provisionnelles l'a été par ordonnance du 6 juillet 2015, confirmée par arrêt de la Cour de justice du 4 décembre 2015.
La demande en justice a été déposée devant le Tribunal de première instance le 22 décembre 2014 (complètement selon l'<ref-law>).
Le tribunal a limité la procédure au fond aux deux questions de la légitimation active du frère demandeur et de la validité des décisions des deux assemblées générales ordinaires du 27 mai 2014 au regard de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
Par jugement du 30 octobre 2015, le Tribunal de première instance a admis la légitimation active du demandeur pour agir en annulation des décisions des assemblées générales du 27 mai 2014 (ch. 1) et a annulé celles-ci, ordonnant la convocation de nouvelles assemblées générales ordinaires.
Statuant le 24 juin 2016 sur appels séparés des deux sociétés d'une part et de la soeur d'autre part, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève les a rejetés et a confirmé le jugement attaqué. En substance, il résulte des considérants qu'elle a admis la légitimation active du demandeur et, dès lors que les héritiers n'étaient pas parvenus à un accord sur le partage de la succession de leur mère et demeuraient donc titulaires communs des actions n° s 26 à 50, que les décisions des assemblées générales ordinaires des deux sociétés étaient nulles, respectivement annulables, faute de majorité absolue.
E.
Dans l'intervalle, de nouvelles assemblées générales ordinaires des sociétés ont eu lieu et, parallèlement, le frère a intenté contre sa soeur des actions successorales, dans le cadre desquelles des mesures provisionnelles, toujours en vigueur, ont été ordonnées.
E.a. Ainsi, le 23 novembre 2015, les sociétés ont tenu chacune leur assemblée générale ordinaire, au cours de laquelle des décisions similaires à celles des assemblées de 2014 ont été prises. Le frère avait demandé que les certificats d'actions n° s 38 à 50 déposés auprès de la régie soient apportés aux assemblées. Il a enregistré les conversations des personnes présentes à l'aide de son téléphone mobile.
Ces décisions ont fait l'objet de nouvelles actions en annulation de la part du frère le 17 décembre 2015.
La soeur a déposé plainte pénale contre son frère pour enregistrement non autorisé de conversations au sens de l'<ref-law>.
E.b. Également, par demande du 19 septembre 2013, le frère a déposé contre sa soeur une action en rapport et en partage relative à la succession de leur mère et, en relation avec la succession de leur père, une action en annulation des testaments de celui-ci, en constatation de la nullité (respectivement en annulation) de la donation du 12 octobre 2005, en réduction, en rapport de diverses libéralités et en partage. Ces actions sont toujours pendantes.
Parallèlement à ces actions au fond, le frère a requis en 2013, puis en 2015 des mesures provisionnelles (et superprovisionnelles).
Ainsi, à la suite de la requête du frère du 19 septembre 2013, le Tribunal de première instance a, par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 18 juin 2014, entre autres points, suspendu les droits d'actionnaire de la soeur dans les deux sociétés. Puis, par ordonnance de mesures provisionnelles du 30 septembre 2014, le Tribunal a, notamment, ordonné le blocage, en mains de K._ SA, des revenus des immeubles propriétés des deux sociétés, sous réserve des paiements nécessaires à la gestion courante de ceux-ci (ch. 1 du dispositif), fait interdiction à la soeur, à K._ SA et à la Régie L._ SA de vendre les actions au porteur des deux sociétés en leur possession (ch. 2), limité les droits d'actionnaire de la soeur dans les deux sociétés aux seuls actes de gestion et de disposition ne touchant pas, directement ou indirectement, les droits de son frère (ch. 3), enfin, dit que l'ordonnance déploierait ses effets jusqu'à droit jugé ou accord entre les parties (ch. 4).
Statuant sur appel de la soeur, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 20 février 2015, annulé les ch. 1 et 2 du dispositif de l'ordonnance du 30 septembre 2014 et, statuant à nouveau, a ordonné le blocage, en mains de K._ SA, de la moitié des revenus des immeubles propriétés des deux sociétés, sous réserve des paiements nécessaires à la gestion courante de ceux-ci, et fait interdiction à la soeur, à K._ SA et à la Régie L._ SA de vendre les actions au porteur nos 26 à 50 de chacune des deux sociétés en leur possession. L'ordonnance a été confirmée pour le surplus.
Par arrêt du 30 juillet 2015, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours de la soeur (arrêt 5A_258/2015).
F.
Contre l'arrêt de la Cour de justice du 24 juin 2016 prononçant la nullité, respectivement l'annulation des décisions de leur assemblée générale du 27 mai 2014, les deux sociétés ont interjeté un recours en matière civile le 12 septembre 2016, concluant principalement à sa réforme en ce sens que ces décisions soient déclarées valables, respectivement ne soient pas annulées, de nouvelles assemblées générales ne devant pas être convoquées, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles invoquent la violation de l'<ref-law>, les décisions n'étant manifestement pas nulles, la violation des art. 706 et 706a CO, le demandeur n'ayant pas la légitimation active, et la violation des art. 689, 690 al. 1 et 703 CO et de deux dispositions des statuts des sociétés, les décisions prises étant valables.
L'intimé conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Invitée à se déterminer, la soeur (participante à la procédure) a renoncé à se déterminer.
Les sociétés recourantes et l'intimé ont encore déposé des observations.

Considérant en droit :
1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1, 46 al. 1 let. b et 45 al. 1 LTF) par les sociétés qui ont succombé dans leurs conclusions, contre une décision finale (<ref-law>) prise sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) sur actions en annulation, respectivement en constatation de la nullité des décisions de l'assemblée générale ordinaire des sociétés (<ref-law>), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.2). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF <ref-ruling> consid. 1.4).
3.
Comme le font remarquer les recourantes, la cour cantonale a confirmé l'annulation (respectivement la nullité) des cinq décisions des assemblées générales du 27 mai 2014 (approbation des comptes annuels, distribution d'un dividende, réélection de la soeur comme administratrice présidente, réélection du tiers comme administrateur secrétaire et enfin révocation du mandat d'administrateur du frère), alors que la réélection de la soeur comme administratrice présidente avait été acceptée à l'unanimité et que la réélection du tiers administrateur n'avait pas été attaquée en justice par le demandeur.
L'intimé relève qu'il a voté la réélection de sa soeur parce qu'il a été trompé par l'ordre du jour de la convocation, qui ne faisait pas état de sa révocation comme administrateur.
Il n'y a pas lieu d'examiner la question plus avant, vu la limitation de la procédure (cf. consid. 5) et le sort du recours.
4.
4.1. La cour cantonale a (curieusement) examiné la question de la qualité pour agir (légitimation active) du frère héritier sous l'angle de l'<ref-law> et, admettant l'application de la jurisprudence sur les actions formatrices (<ref-ruling> consid. 3.2) aux titulaires en commun d'actions d'une société, elle a reconnu au frère la qualité pour agir seul contre la société à condition d'attraire aussi sa cohéritière, alors qu'elle considère en définitive que les décisions sont nulles ou à tout le moins annulables.
En bref, elle a considéré premièrement que les décisions sont nulles en raison d'une convocation viciée, la soeur et le frère, propriétaires communs de 25 actions, ayant été convoqués en tant qu'actionnaires individuels; elle a estimé deuxièmement que les sociétés ne reconnaissaient pas l'existence d'actions communes et n'auraient pas reconnu un représentant commun des héritiers, s'il avait été désigné, de sorte que l'absence de nomination d'un représentant commun ne pouvait être opposée; enfin, troisièmement, elle a jugé que les décisions devaient être annulées parce que la soeur avait obtenu la majorité de manière indue et qu'avec ses seules 25 actions, elle n'avait pas la majorité absolue des voix représentées aux assemblées générales.
4.2. Les sociétés recourantes font valoir en substance que les décisions ne sont pas nulles (violation de l'<ref-law>), parce que la répartition des voix entre les héritiers, sans représentant commun, n'est pas un cas de nullité, mais d'annulabilité, pour autant qu'un tel vice procédural ait eu un effet causal sur les décisions, et que la convocation à l'assemblée générale était valable, les héritiers ne pouvant être convoqués qu'individuellement; d'ailleurs, le demandeur n'a jamais allégué un défaut de convocation et la cour n'a rien constaté à ce sujet, ni en ce qui concerne les dispositions statutaires sur la convocation, de sorte que la question de la convocation - soulevée pour la première fois dans la réponse à l'appel, et donc tardivement - ne fait pas partie du litige.
Elles soutiennent ensuite que le demandeur n'a pas la qualité pour agir en annulation, seule action pouvant entrer en ligne de compte (violation des art. 706 et 706a CO), qu'on ne saurait étendre la jurisprudence sur l'action formatrice pour permettre à l'héritier d'agir seul, que les héritiers ne sont pas dans la même situation que des colocataires et qu'il suffisait de désigner un représentant commun pour agir en justice.
Enfin, elles se prévalent en substance de la validité des décisions prises (violation des art. 689, 690 al. 1 et 703 CO et de deux dispositions des statuts des sociétés), puisque les actions appartenant aux héritiers en indivision n'ont pas été représentées à l'assemblée générale par un représentant commun et qu'en vertu de l'<ref-law>, seules les voix des actions n° s 1 à 25 étaient donc représentées et devaient être prises en considération de sorte que, la soeur ayant voté par 25 voix, les décisions ont été prises à l'unanimité. Elles reprochent à la cour cantonale de confondre le droit de participer à l'assemblée générale et les restrictions au droit de vote. Enfin, la comptabilisation retenue par l'assemblée générale n'a eu aucune incidence sur les décisions.
4.3. L'intimé requiert tout d'abord le complètement de l'état de fait (<ref-law>) en ce qui concerne l'existence d'une exécutrice testamentaire, fait pertinent parce que l'existence de celle-ci le privait du droit de requérir un représentant au sens de l'<ref-law> et qu'il aurait été inutile de lui demander d'agir en annulation des décisions de l'assemblée générale puisque celle-ci avait déjà refusé d'agir en contestation de la résiliation du bail.
Il demande également le complètement de l'état de fait en ce qui concerne la convocation à l'ordre du jour, lequel mentionnait l'élection des administrateurs et non leur révocation, ce point ayant une influence sur la validité de la convocation.
Il invoque ensuite qu'il a invalidé son vote favorable à la réélection de sa soeur, n'ayant pas imaginé que sa soeur voterait ensuite sa révocation comme administrateur.
Sur le fond, l'intimé se rallie à l'argumentation de la cour cantonale et, si celle-ci ne devait pas être suivie, fait valoir encore d'autres violations du droit.
Quant à sa qualité pour agir, il soutient que si les décisions sont nulles, il l'a sans aucun doute; si les décisions sont annulables, il doit avoir la qualité pour agir, car on ne pouvait désigner un représentant de la communauté héréditaire puisqu'il y avait déjà une exécutrice testamentaire représentant la succession, que celle-ci n'aurait d'ailleurs pas agi en annulation faute d'entente entre les propriétaires communs, qu'un représentant au sens de l'<ref-law> n'aurait pas non plus agi, faute d'instructions communes des propriétaires communs. Il soutient aussi qu'il doit pouvoir agir seul puisque la société l'a convoqué à titre individuel et lui a attribué 12,5 voix, que l'ordre du jour ne prévoyait pas sa révocation contre laquelle il doit pouvoir agir et que sa soeur s'est arrogée 75% du capital-actions, s'accaparant ainsi tous les pouvoirs dans les sociétés.
L'intimé se prévaut de la nullité des décisions prises sous deux aspects: premièrement, en ce qui concerne la convocation à l'assemblée générale, l'intimé fait valoir qu'il a été convoqué en tant que titulaire individuel d'actions, à savoir de 12,5 actions et, implicitement, que les décisions prises seraient donc nulles. Il se prévaut de l'arrêt 4A_198/2008 et soutient que le défaut de représentant commun au sens de l'<ref-law> entraînerait la nullité des décisions prises, et ce malgré l'<ref-law>. Deuxièmement, il relève que l'ordre du jour ne prévoyait pas la question de sa révocation (<ref-law>) et qu'il en découlerait que la convocation est nulle et partant que les décisions prises sont nulles (<ref-law>).
Sous le titre d'annulabilité des décisions, il soutient qu'il a été trompé par l'ordre du jour puisqu'il a voté la réélection de sa soeur, sans savoir qu'elle s'opposerait à sa réélection à lui. Il estime que les voix des actions en indivision devaient être prises en compte dans le calcul des voies représentées au sens de l'<ref-law>, car elles devaient être réputées représentées en présence des deux héritiers, la représentation par un représentant commun ne pouvant de toute façon rien y changer. Selon lui, l'<ref-law> doit protéger les intérêts de la société, mais aussi des propriétaires communs: les recourantes commettraient un abus de droit en soutenant que les actions sont en communauté et non représentées, alors qu'elles avaient admis le contraire lors du vote.
5.
Avant toute chose, il s'impose de circonscrire l'objet de la procédure et donc des questions que peut revoir le Tribunal fédéral.
5.1. Premièrement, le litige oppose deux frère et soeur, héritiers de leurs parents, dont la soeur est propriétaire par donation entre vifs de la part de son père de 25 actions dans chacune des deux sociétés anonymes et dont les deux héritiers, en indivision, sont propriétaires communs des 25 autres actions.
Le litige successoral est de la compétence exclusive du juge saisi des actions successorales. Les droits successoraux du demandeur ont été sauvegardés par l'arrêt sur mesures provisionnelles de la Cour de justice du 20 février 2015, le recours en matière civile de la soeur interjeté contre cet arrêt ayant été déclaré irrecevable par le Tribunal fédéral. On relèvera qu'il avait ainsi obtenu tout d'abord en mesures superprovisionnelles la suspension des droits d'actionnaire de sa soeur, avant que cette suspension ne soit remplacée en mesures provisionnelles par l'interdiction de vendre les actions en indivision, le blocage de la moitié des revenus des immeubles, sous réserve des paiements nécessaires à leur gestion courante, et la limitation des droits de la soeur aux seuls actes de gestion et de disposition ne touchant pas son frère.
La présente procédure relève exclusivement du droit des sociétés et ne saurait être utilisée pour régler le litige successoral. Au demeurant, le recourant n'invoque pas que la limitation des droits de sa soeur devrait entraîner la nullité ou l'annulation des décisions prises.
5.2. Deuxièmement, la procédure au fond a été limitée aux deux questions de la légitimation active du frère demandeur et de la validité des décisions des assemblées générales ordinaires des deux sociétés du 27 mai 2014 au regard de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La cour cantonale a toutefois implicitement élargi ce cadre à la question de la validité de la convocation du frère, à titre individuel, à l'assemblée générale, puisqu'elle l'a traitée.
La cognition du Tribunal fédéral est par conséquent limitée à l'examen de ces trois questions, dans la mesure où elles sont discutées par les parties.
En tant que l'intimé fait valoir des griefs qui s'écartent de ces trois points, sa réponse ne sera pas prise en considération.
6.
Il s'impose aussi de rappeler la distinction entre les causes de nullité (<ref-law>) et les causes d'annulabilité (art. 706-706a CO) et les conséquences qui en découlent sur l'action en justice à introduire.
6. Sont annulables en vertu de l'<ref-law> les décisions de l'assemblée générale qui violent la loi ou les statuts. Les principaux cas d'annulation sont énumérés à l'<ref-law>; il s'agit essentiellement des décisions qui violent des dispositions protégeant les droits des actionnaires, le principe de la proportionnalité et, en particulier, le principe selon lequel un droit doit être exercé avec ménagement ( Gebot der schonenden Rechtsausübung; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 125), comme par exemple l'adoption de dispositions statutaires limitant les possibilités d'influence des actionnaires minoritaires, qui ne sont pas justifiées par le but de la société ou dont le but pourrait être aussi bien atteint par des moyens moins incisifs (ATF précité loc. cit.).
L'action en annulation ne peut être intentée que dans les deux mois qui suivent l'assemblée générale (<ref-law>) et que par le conseil d'administration ou un actionnaire contre la société (<ref-law>).
6. Sont nulles les décisions affectées de vices graves. L'énumération des cas de décisions nulles figurant à l'<ref-law> n'est pas exhaustive. En particulier, des vices formels graves et manifestes dans la prise des décisions peuvent entraîner la nullité de celles-ci (<ref-ruling> consid. 3.3.2; <ref-ruling> consid. 3b).
Toutefois, même dans ces cas, le vice de procédure formel ne peut entraîner la nullité des décisions que si un déroulement correct de la procédure aurait abouti à des décisions différentes (arrêt 4A_197/2008 du 24 juin 2008 consid. 2.3).
L'action en constatation de la nullité des décisions de l'assemblée générale (<ref-law>) peut être formée en tout temps contre la société et par toute personne ( jedermann) qui justifie d'un intérêt digne de protection (ATF <ref-ruling> consid. 3b; VON BÜREN/STOFFEL/WEBER, Grundriss des Aktienrechts, 3e éd. Zurich 2011, n. 1125; ROLAND RUEDIN, Droit des sociétés, 2e éd. 2007, n. 1495 p. 271).
6. Selon la jurisprudence, conformément au principe de la sécurité du droit, l'annulabilité est la règle et la nullité l'exception, la nullité ne devant être admise qu'avec retenue, en cas d'atteintes graves aux principes fondamentaux, écrits ou non écrits, du droit des sociétés (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 211; <ref-ruling> consid. 3.3.2; <ref-ruling> consid. 3b).
6.3. Il en découle d'emblée que la soeur, contre laquelle le demandeur a également dirigé son action, n'a pas la qualité pour défendre ni à l'action en annulation de l'art. 706-706a CO (art. 706 al. 1 2e phr. CO), ni à l'action en constatation de la nullité des décisions de l'assemblée générale de la société de l'<ref-law>.
7.
Il faut examiner en premier lieu les causes de nullité traitées par la cour cantonale et critiquées par le demandeur, intimé à la présente procédure, qui avait un intérêt digne de protection à l'action en nullité.
7.1. En ce qui concerne la convocation à l'assemblée générale
7.1.1. La question de savoir si un vice dans la convocation à l'assemblée générale (en particulier celle, controversée, de la convocation tardive) constitue un cas de nullité des décisions de l'assemblée générale est discutée en doctrine (DUBS/TRUFFER, in Basler Kommentar, no 18 ad <ref-law>; PETER/CAVADINI, in Commentaire romand, Code des obligations II, no 11 ad <ref-law>; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4e éd. Zurich 2009, n. 89 ad §12).
7.1.2. La cour cantonale a néanmoins retenu que la convocation à l'assemblée générale des frère et soeur, propriétaires communs de 25 actions, était viciée et donc nulle, parce qu'ils y avaient été convoqués en tant qu'actionnaires individuels. L'intimé estime que la convocation est nulle, premièrement, parce qu'il a été convoqué en tant que titulaire individuel d'actions, à savoir de 12,5 actions, et, deuxièmement, parce que l'ordre du jour qui l'accompagnait ne prévoyait pas la question de sa révocation. Quant aux recourantes, elles considèrent que la convocation était valable, les héritiers ne pouvant être convoqués qu'individuellement.
7.1.3. La question de savoir si la convocation devait être adressée aux frère et soeur à titre individuel ou à chacun d'eux mais avec la précision qu'ils étaient titulaires en commun des 25 actions découlant de la succession de leur mère n'a pas à être résolue en l'espèce. En effet, le frère a été convoqué à l'assemblée générale et s'y est rendu. Il contestait depuis 2004 déjà la conformité de la répartition des actions détenues en main commune. Il savait déjà en 2013 que le conseil d'administration considérait qu'il était titulaire de 12,5 actions puisqu'il l'avait contesté. Il ne saurait donc opposer de bonne foi que la convocation aurait été viciée pour ce motif. Il lui appartenait, à lui et non à la société, de faire le nécessaire pour que les 25 actions soient représentées par un représentant commun, comme le prescrit l'<ref-law>. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, on ne saurait affirmer que la désignation d'un représentant commun était d'emblée inutile car la société ne l'aurait pas reconnu.
Il n'y a pas lieu d'examiner la question de savoir si l'ordre du jour accompagnant la convocation à l'assemblée générale, qui ne prévoyait pas la question de la révocation du frère comme administrateur, entraînerait la nullité de la convocation et, partant, la nullité de la décision correspondante, dès lors qu'elle sort du cadre fixé par l'ordonnance de limitation de la procédure (<ref-law>) et, partant, échappe à la cognition du Tribunal fédéral (cf. consid. 5.2 in fine). Il en va de même de l'invalidation du vote qu'il invoque s'agissant de la réélection de sa soeur, n'ayant pas imaginé qu'elle voterait ensuite sa révocation comme administrateur.
7.2. En ce qui concerne les droits de participation et de vote
7.2.1. Selon la jurisprudence, il existe un vice formel grave pouvant entraîner la nullité des décisions prises lorsqu'est litigieuse la détermination des droits de participation et des droits de vote attachés aux actions dont plusieurs personnes sont titulaires et qui auraient dû être représentées par un représentant commun en vertu de l'<ref-law> (arrêt 4A_197/2008 précité consid. 2.1 in fineet 2.2).
Toutefois, même dans ce cas, le vice de procédure formel ne peut entraîner la nullité des décisions que si un déroulement correct de la procédure aurait abouti à des décisions différentes (arrêt précité consid. 2.3). En d'autres termes, si le fait de procéder correctement ne pouvait pas entraîner des décisions différentes, les décisions prises ne sont pas nulles.
7.2.2. Selon l'art. 17, respectivement 15 des statuts des sociétés, l'assemblée générale prend ses décisions et procède aux élections à la majorité absolue des voix attribuées aux actions représentées. Ces dispositions correspondent à la réglementation légale de l'<ref-law>. La détermination des droits de participation et des droits de vote attachés aux actions appartenant en commun aux deux héritiers au sens de l'<ref-law> se pose ainsi de la même façon pour chacune des deux sociétés.
Par voix attribuées aux actions représentées (base de calcul de la majorité) au sens de l'<ref-law> et des deux dispositions statutaires, il faut entendre les voix des actions qui sont représentées par des actionnaires qui sont présents ou qui ont désigné des représentants à cette fin (<ref-law>), c'est-à-dire des personnes qui sont autorisées à participer à l'assemblée générale et à exercer le droit de vote. Pour la détermination de cette base de calcul, il n'est donc pas tenu compte des voix des actionnaires absents ou qui ne se sont pas fait représenter (absence de quorum de présence; RUEDIN, op. cit., n. 1204 p. 229 s.; VON BÜREN/STOFFEL/WEBER, op. cit., n. 566). Il n'est pas non plus tenu compte des actions dont le droit de vote est exclu de manière générale ou pour un vote déterminé (par exemple pour la décharge) (BRIGITTE TANNER, Zürcher Kommentar, nos 117, 134 et 174 ad <ref-law>; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, op. cit., n. 89 ad § 24). Le nombre de voix représentées (base de calcul de la majorité) peut donc varier au cours de l'assemblée générale (FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, op. cit., n. 26 ad § 24 et la note 13). En revanche, les voix nulles et les abstentions des actionnaires présents (ou représentés) sont représentées au sens de l'<ref-law> et donc prises en considération.
Lorsqu'une action est la propriété de plusieurs personnes, celles-ci ne peuvent exercer que par un représentant commun les droits attachés à leur titre (<ref-law>). Autrement dit, les actionnaires propriétaires communs ne peuvent participer à l'assemblée générale et y exercer les droits de vote qu'au travers d'un représentant commun (TRIGO TRINDADE, in Commentaire romand, Code des obligations II, no 8 ad <ref-law>).
La désignation du représentant commun est régie par les règles applicables à la communauté en cause: s'agissant d'une communauté héréditaire, le représentant est désigné à l'unanimité de ses membres ou, à défaut, par le juge (<ref-law>) en procédure sommaire (art. 250 let. c ch. 2 CPC). Il incombe à l'actionnaire, propriétaire commun, et non à la société, de former une requête en désignation d'un représentant commun. L'<ref-law> a pour but de permettre à la société de fonctionner et décharge celle-ci du soin de rechercher quel rapport interne existe entre les personnes propriétaires en commun (PATRICK SCHLEIFFER, Der gesetzliche Stimmrechtsausschluss im schweizerischen Aktienrecht, Zurich 1993, p. 32).
A défaut de représentant commun, les actions ne sont donc pas représentées au sens de l'<ref-law>, ni en ce qui concerne la participation à l'assemblée générale, ni en ce qui concerne l'exercice du droit de vote.
Quant à la majorité absolue ( absolutes Mehr), elle correspond à la moitié des voix représentées plus une (BÖCKLI, op. cit., n. 354 ad § 12; DUBS/TRUFFER, op. cit., no 10 ad <ref-law>). Les voix nulles, les bulletins blancs et les abstentions sont assimilées à des rejets (TANNER, op. cit., no 88 ad <ref-law>; VON BÜREN/STOFFEL/WEBER, op. cit., n. 565). La majorité absolue peut varier au cours de l'assemblée générale.
7.2.3. En l'espèce, il a été constaté que les 25 actions correspondant aux certificats n° s 26 à 50, qui font partie de la succession de la mère, sont demeurées en indivision entre les frère et soeur. Partant, c'est à tort que l'assemblée générale a considéré que la soeur disposait de 37,5 actions, respectivement voix, et le frère 12,5 actions, respectivement voix.
Ces 25 actions en indivision n'ont pas été représentées (au sens des statuts et de l'<ref-law>) lors de l'assemblée générale ordinaire. Aucune requête en désignation d'un représentant commun auprès d'un juge n'a été déposée. Savoir si un représentant commun aurait pu voter en l'absence d'instructions communes des frère et soeur ne joue pas de rôle: le fait demeure que les droits de vote correspondant à ces actions ne pouvaient pas être exercés faute de représentant commun.
Il s'ensuit que seules les 25 actions appartenant en seule propriété à la soeur ont été représentées par celle-ci à l'assemblée générale. Avec 25 voix exprimées en leur faveur, les décisions ont été prises à l'unanimité, de sorte que la majorité absolue exigée par les statuts était réunie.
C'est par conséquent à tort que la cour cantonale a déclaré " nulles ou à tout le moins annulables " pour ce motif les décisions prises lors de l'assemblée générale du 27 mai 2014 des deux sociétés.
8.
Il reste à examiner en second lieu la question de la qualité pour agir du demandeur en annulation des décisions de l'assemblée générale au sens des art. 706 et 706a CO. Même si les griefs de l'intimé à cet égard n'étaient pas l'objet de la procédure qui avait été limitée à trois questions, il s'impose de la traiter puisque la cour cantonale l'a tranchée.
8.1. Selon l'<ref-law>, la qualité pour agir en annulation des décisions de l'assemblée générale appartient au conseil d'administration et à chaque actionnaire. Il importe peu que l'actionnaire ait participé ou non à l'assemblée générale et/ou ne disposait pas du droit de vote (cf. <ref-law>; BÖCKLI, op. cit., § 16 n. 105; PETER/CAVADINI, op. cit., no 12 ad <ref-law>). Sauf abus de droit, il suffit en effet, que le demandeur ait l'intention de préserver les intérêts de la société et que le jugement qui admettrait son action soit de nature à modifier effectivement sa situation juridique (<ref-ruling> consid. 3a p. 282; arrêt 4A_630/2012 du 19 mars 2013 consid. 3.1).
Comme on l'a vu, il résulte de l'<ref-law> que lorsqu'une action est la propriété de plusieurs personnes, le droit de vote attaché à l'action ne peut être exercé que par un représentant commun; cette disposition ne concerne toutefois que le droit de vote à l'assemblée générale. La qualité pour agir en annulation est réglée par l'<ref-law>, qui ne parle que d'actionnaire. On pourrait se demander si l'ouverture de l'action ne devrait pas être confiée au représentant au sens de l'<ref-law> (HANS MICHAEL RIEMER, Anfechtungs- und Nichtigkeitsklage im schweizerischen Gesellschaftsrecht, Berne 1998, p. 73 n. 190; FRANÇOIS BOHNET, L'action en annulation du droit de la société anonyme en procédure civile suisse, in Quelques actions en annulation, 2007, p. 169). La question n'a toutefois pas à être approfondie dès lors qu'en l'espèce, aucun représentant n'a été désigné par le juge.
Ce sont donc les règles de la communauté de droit civil constituée par les héritiers qui sont applicables à la qualité pour agir en annulation selon l'<ref-law> (cf. TRIGO TRINDADE, op. cit., no 21 ad <ref-law>). En vertu de l'<ref-law>, les héritiers sont propriétaires et disposent en commun des biens qui dépendent de la succession, sous réserve de droits qui ne sont pas pertinents en l'espèce. Étant titulaires ensemble d'un seul droit, ils doivent nécessairement agir en justice en commun (<ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 3), comme consorts matériels nécessaires (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.5). Selon la jurisprudence, un membre de la communauté peut toutefois agir seul en cas d'urgence pour sauvegarder les intérêts de la communauté s'il agit en son propre nom et en tant que représentant de la communauté (<ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 2b p. 14).
Une exception à l'action conjointe a été admise en matière de résiliation de bail et/ou de prolongation de bail (<ref-ruling> consid. 3) et de contestation de l'augmentation du loyer (<ref-ruling> consid. 3), les droits de s'opposer à une résiliation ou à une augmentation de loyer garantis par le droit du bail répondant à un besoin de protection sociale (<ref-ruling> consid. 3.2). Ainsi, il a été admis que l'un des colocataires (titulaires d'un bail commun) puisse agir seul en annulation de la résiliation du bail en cas de désaccord avec son colocataire, pour autant qu'il l'assigne aux côtés du bailleur (<ref-ruling> consid. 3.2), et qu'il en va de même pour l'un des héritiers (qui ont succédé au défunt dans la relation de bail), lorsqu'il est une personne adulte qui a l'usage des locaux et qui est en désaccord avec son ou ses cohéritiers (arrêt de ce jour entre A.X_ et SI M._ SA; 4A_689/2016 consid. 4).
Il ne peut rien être déduit de ces jurisprudences pour l'action en annulation des décisions de l'assemblée générale de la société anonyme des art. 706-706a CO, même si cette action est de nature formatrice.
8.2. C'est donc à tort que la cour cantonale a admis que le frère héritier avait la qualité pour agir seul en annulation des décisions de l'assemblée générale.
9.
Les décisions ne sont nulles ni en raison de la convocation à l'assemblée générale, ni en raison de la non-représentation des actions en propriété commune et du calcul de la majorité absolue, et le demandeur n'a pas la qualité pour agir en annulation des décisions de l'assemblée générale.
Le recours des sociétés défenderesses doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et, en tant que le recours vise l'action en constatation de la nullité et en annulation dirigée contre les défenderesses, la cause est retournée à la cour cantonale pour suite de la procédure, la Cour de céans n'étant pas en mesure de déterminer avec certitude, sur la base de l'arrêt attaqué, si d'autres questions dûment invoquées par le demandeur - portant exclusivement sur la nullité des décisions des assemblées générales - demeurent litigieuses.
Quant à l'action dirigée contre la soeur, elle doit être rejetée.
L'intimé ayant succombé, il sera condamné à payer les frais judiciaires et une indemnité de dépens aux sociétés, qui seules ont interjeté recours au Tribunal fédéral (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Invitée à se prononcer, comme participante à la procédure, la soeur a renoncé à se déterminer sur le recours comme sur la réponse au recours; il ne lui sera donc pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
En tant qu'elle est dirigée contre B.X_, l'action en constatation de la nullité et en annulation des décisions des assemblées générales du 27 mai 2014 est rejetée.
2.
Le recours des deux sociétés est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est retournée à la cour cantonale pour suite de la procédure.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 9'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4.
L'intimé versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de 10'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 28 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget