Fatti:
A.
A._ è proprietaria nella frazione di Vira del Comune del Gambarogno di un fondo ubicato in località X._. Il 18 febbraio 2009, il Consiglio consortile del Consorzio per il piano regolatore ha adottato la revisione del piano attribuendo il citato fondo alla zona residenziale dei Y._, confermando il precedente azzonamento. Con risoluzione del 21 luglio 2011, il Consiglio di Stato ha approvato il piano ad eccezione tuttavia delle zone residenziali dei monti delle varie frazioni del nuovo Comune, tra cui quella di Vira, rinviando su questo punto gli atti al Comune, affinché ne proponga una funzione più consona.
B.
Contro questa risoluzione la proprietaria, il 5 luglio 2016, è insorta dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, postulando la sospensione del ricorso fino ad evasione di quello presentato al Consiglio di Stato e, in via subordinata, di annullare la risoluzione governativa. L'insorgente, domiciliata in Germania, asserisce di essere venuta a conoscenza del parziale declassamento della sua proprietà solo nella primavera del 2015 nell'ambito della procedura di aggiornamento delle stime ufficiali. Con giudizio del 19 luglio 2016, la Giudice delegata della Corte cantonale ha dichiarato inammissibile il gravame, siccome tardivo, e ha respinto l'istanza di restituzione dei termini.
C.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di rinviare gli atti al Tribunale cantonale amministrativo, affinché esamini il gravame nel merito.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale in ambito pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF. La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2). Per di più, quando la ricorrente, come in concreto, invoca la violazione di diritti costituzionali (buona fede), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 41). Inoltre, quando l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso irricevibile per ragioni formali e non procede all'esame di merito, la ricorrente deve addurre perché essa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali, in concreto la non tempestività del gravame (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 235; <ref-ruling> consid. 2).
2.
2.1. La Giudice delegata ha ricordato che giusta l'art. 37 cpv. 2 della previgente legge cantonale del 23 maggio 1990 di applicazione della LPT (LALPT; BU 1990, 365, in vigore sino al 31 dicembre 2011), applicabile in virtù dell'art. 117 della legge cantonale sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST), la risoluzione governativa, oltre a essere pubblicata nel suo dispositivo all'albo comunale e nel Foglio ufficiale, doveva essere intimata ai proprietari dei fondi la cui situazione era modificata dalla stessa; ciò che non è avvenuto in concreto. Ha osservato che, secondo la giurisprudenza e la dottrina, una notifica viziata non può cagionare alle parti alcun pregiudizio, come disposto anche attualmente dall'art. 20 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm), regola nondimeno temperata dal principio della buona fede e da quello della sicurezza giuridica: questo per evitare che la notifica difettosa di una decisione permetta di differire illimitatamente il termine per impugnarla. Quando una parte ne ha conoscenza, essa deve pertanto mettere diligentemente in atto tutto quanto da lei ci si può attendere affinché l'autorità proceda: se omette di farlo, agisce contrariamente alle regole della buona fede, pregiudicando con ciò la tempestività di un suo eventuale ricorso.
Ha rilevato che la ricorrente asserisce di aver saputo del declassamento del suo fondo solo nell'ambito della notifica della decisione di stima, avvenuta il 17 marzo 2015, e che a seguito di tale decisione, il 21 aprile 2015 si è rivolta all'Ufficio tecnico comunale lamentando di non essere stata informata del declassamento e di opporsi allo stesso, chiedendo informazioni su analoghe procedure in corso, rispettivamente di indicarle dove avrebbe potuto ottenere indicazioni in merito. Tale scritto è stato trattato come reclamo ed è stato respinto dall'Ufficio stima con decisione 6 giugno 2016.
La Giudice delegata non ha esaminato il ricorso, fondando l'impugnato giudizio su sei motivazioni differenti. Ha dapprima ritenuto che dal predetto scritto non è desumibile la volontà della ricorrente di aggravarsi contro la risoluzione governativa, di cui non ne era a conoscenza. In secondo luogo, ha stabilito che, se è vero che nel suo scritto ella si oppone al declassamento e chiede informazioni su procedure parallele in corso, benché non le abbia ricevute non si è poi ulteriormente attivata, rimanendo passiva fino all'ottenimento, oltre un anno dopo, della decisione dell'Ufficio stima. Ha rilevato, quale terza motivazione, che dagli atti non risulta ch'ella, residente all'estero, si sarebbe minimamente curata di incaricare una persona del luogo, che potesse assumere maggiori informazioni e difendere adeguatamente i suoi interessi. Per questo motivo, le si può rimproverare di non aver messo diligentemente in atto tutto quanto ci si poteva attendere da lei per apprendere il contenuto della risoluzione, ch'ella impugna a distanza di cinque anni. Quale quarta motivazione, ha ritenuto che il ricorso non contiene nessuna richiesta di restituzione dei termini. Ha poi precisato, quale quinta motivazione, che, anche qualora si volesse ritenere una tale istanza formulata implicitamente, essa dovrebbe essere respinta nel merito. Ha ricordato, richiamando la prassi (sentenza 2C_747/2011 del 26 settembre 2011 consid. 2.2), che l'istituto della restituzione in intero secondo l'art. 15 cpv. 1 LPAmm costituisce un rimedio di carattere straordinario, che incide profondamente nella sicurezza del diritto. Occorre pertanto valutare l'adempimento dei suoi requisiti con rigore e applicare criteri restrittivi, per cui la parte che intende prevalersene deve dimostrare di essere esente da qualsiasi colpa e che non avrebbe potuto agire tempestivamente, nemmeno dando prova di un comportamento scrupoloso. Ha ritenuto, quale sesta motivazione, richiamando la prassi (sentenze 1P.329/1998 del 18 febbraio 1999 consid. 6b, in: RDAT II-1999 n. 9 pag. 35, 1C_499/2008 del 25 maggio 2009 consid. 3.2, in: RtiD I-2010 n. 20 pag. 98 e 1P.711/2006 del 2 novembre 2006) e la dottrina, che incombe ai proprietari il compito di interessarsi costantemente riguardo alla situazione giuridica dei loro fondi, anche quando risiedono all'estero. Ne ha concluso che la ricorrente è responsabile dell'omessa tempestiva impugnazione della risoluzione governativa, poiché ha palesemente disatteso tale obbligo e tantomeno designato una persona in loco, che la potesse assistere a questo scopo.
2.2. Secondo la costante prassi, quando come in concreto la decisione impugnata si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121). Ora, la ricorrente non si confronta con le esposte motivazioni, limitandosi a rilevare ch'ella, come cittadina germanica e ignara delle leggi svizzere, è rimasta in attesa per oltre un anno di una risposta al suo scritto del 24 aprile 2015. Sostiene, in maniera del tutto generica e appellatoria, pertanto manifestamente lesiva delle rilevate esigenze di motivazione (<ref-law>), che dal suo scritto si sarebbe potuto dedurre il suo intendimento di chiedere una restituzione dei termini e con richiamo dell'art. 6 cpv. 1 LPAmm relativo alla trasmissione d'ufficio degli atti all'autorità competente, ch'esso poteva essere trattato come un ricorso contro il piano regolatore. Non spiega tuttavia perché non ha reagito alla risposta del 24 aprile 2015 dell'Ufficio tecnico, con la quale si comunicava che l'opposizione sarebbe stata trasmessa all'Ufficio stima e non al Tribunale amministrativo quale ricorso. Aggiunge che non le si potrebbe rimproverare d'essere stata silente per oltre un anno in attesa di una risposta da parte delle autorità. Nemmeno tenta tuttavia di dimostrare l'insostenibilità, e quindi l'arbitrarietà, delle conclusioni contrarie espresse dalla Giudice delegata, ricordato che si tratta dell'applicazione di norme cantonali esaminabili solo sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (su questa nozione vedi <ref-ruling> consid. 6.1).
Neppure regge il vago accenno alla pretesa nullità della decisione governativa a causa della sua notificazione viziata (<ref-ruling> consid. 2.1 in fine pag. 364 e rinvii; cfr. anche sentenza 1P.329/1998, citata, consid. 6b in fine). Anche in tale ambito, ella non si confronta con l'argomento secondo cui l'interessato non può indebitamente differire, a suo piacimento, l'impugnazione di una decisione viziata della quale ha avuto conoscenza. Certo, la ricorrente rileva che una decisione non notificata è come non esistente e che la sua inefficacia dev'essere rilevata d'ufficio (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 102 seg.; <ref-ruling>). Ella nondimeno disattende che in un secondo tempo ne ha comunque avuto conoscenza ed era pertanto tenuta a informarsi e a impugnarla senza indugio (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7a ed. 2016, n. 1079 e n. 1124). Né ella si confronta e tenta di confutare la tesi e la citata prassi richiamate nel giudizio impugnato, secondo cui spettava a lei d'informarsi sulla sorte del suo fondo, incaricando se del caso una persona in loco.
3.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LPT).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Comune di Gambarogno, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.