Sachverhalt:
A.
A.a. Die Personalwohlfahrtsstiftung A._ (nachfolgend: PWS) entstand durch Umwandlung aus der Personalfürsorgestiftung der B._ (Stiftungsratsbeschluss vom..., Stiftungsurkunde vom...). Nach dem Ausscheiden des letzten Begünstigten überwies die Gemeinnützige Gesellschaft C._ der PWS zum 1. Januar 2004 die Mittel des als ausgesondertes Vermögen geführten Hilfsfonds für ehemalige Angestellte, in der Höhe von insgesamt Fr. 443'479.36 (Buchwert) bzw. Fr. 586'761.- (Verkehrswert; Bericht der D._ AG vom 16. Juli 2015). Dieser Betrag wurde in der Bilanz per 31. Dezember 2004 als Bestandteil des Stiftungskapitals separat ausgewiesen. In den folgenden Jahren wurde das Fondskapital nicht mehr ausgeschieden. Mit Beschlüssen vom 17. Mai 2010 und 22. Dezember 2011 wies der Stiftungsrat freie, dem Hilfsfonds zuzuordnende Mittel in der Höhe von Fr. 613'900.34 rückwirkend zum 1. Januar 2010 der Arbeitgeberbeitragsreserve zu.
A.b. Mit Verfügung vom 20. Juni 2012 hob die BVG- und Stiftungsaufsicht des Kantons Zürich (BVS) die Stiftungsratsbeschlüsse betreffend die Umbuchung von freien Mitteln in die Arbeitgeberbeitragsreserve in der Höhe von Fr. 613'900.13 (richtig: Fr. 613'900.34 [Fr. 447'708.15 + Fr. 166'192.19]) auf (Dispositiv-Ziffer 1) und forderte von der PWS die Rückbuchung dieser Summe samt allfälligen Zinsen, was in der nächsten Jahresrechnung auszuweisen sei (Dispositiv-Ziffer 2). Dagegen erhob die PWS Beschwerde, welche das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 21. August 2014 abwies. Mit Urteil 9C_707/2014 vom 15. April 2015 hob das Bundesgericht dieses Erkenntnis auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück.
B.
Mit Entscheid vom 18. Januar 2017 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde der PWS teilweise gut und gestattete die Umbuchung freier Mittel in der Höhe von Fr. 253'280.- in die Arbeitgeberbeitragsreserve.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die PWS, der Entscheid vom 18. Januar 2017 und die Verfügung der BVS vom 20. Juni 2012 seien aufzuheben, eventualiter soweit, als ihr verwehrt wird, zusätzlich zu den freien Mitteln von Fr. 253'280.- noch Fr. 58'606.- (Erträge 2004 bis 2009) aus den freien Mitteln, im Total also Fr. 311'886.- aus den freien Mitteln in die Arbeitgeberbeitragsreserven umzubuchen.
Die BVS ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Oberaufsichtskommission Berufliche Vorsorge OAK BV verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Aufgrund der verbindlichen Erwägungen im Urteil 9C_707/2014 vom 15. April 2015 E. 4.2.3 (in: SVR 2015 BVG Nr. 40 S. 150; <ref-law>; Urteil 9C_124/2016 vom 31. Mai 2016 E. 2.1) ist die Umbuchung von freien Mitteln in der Höhe von Fr. 613'900.34 in die Arbeitgeberbeitragsreserve zum 1. Januar 2010 zulässig, soweit diese direkt aus dem rein patronal finanzierten Hilfsfonds für ehemalige Angestellte stammen, welchen die Stifterfirma zum 1. Januar 2004 in die Stiftung einbrachte, oder deren Surrogaten entsprechen, was diese nachzuweisen hat. "Die Umbuchung darf nicht aus Mitteln erfolgen, die von den Arbeitnehmern mitfinanziert worden sind. Entsprechend hat die Beschwerdeführerin - ausgehend von einer Übertragungsbilanz resp. einem Inventar der übertragenen Aktiven - das Schicksal der fraglichen Aktiven (oder deren Surrogate) in Bestand und Wert nachzuzeichnen."
2.
2.1. Die zum 1. Januar 2004 von der Stifterfirma in die Beschwerdeführerin eingebrachten Mittel des Hilfsfonds für ehemalige Angestellte, in der Hauptsache Wertschriften, wiesen einen Buchwert von Fr. 443'479.36 auf (vgl. Urteil 9C_707/2014 vom 15. April 2015 E. 2.2). Nach den Feststellungen der Vorinstanz, die für das Bundesgericht verbindlich sind (vgl. <ref-law>), hatten im Zeitpunkt der Umbuchung am 1. Januar 2010 Wertschriften mit einem Buchwert von Fr. 253'280.- unverändert Bestand. Die übrigen eingebrachten Wertschriften waren verkauft worden oder es erfolgte eine Rückzahlung. Der Erlös wurde investiert bzw. wieder angelegt. Vor der Reinvestition lag das Geld teilweise auf einem allgemeinen Konto, wodurch es zu einer Vermischung mit "anderen" Mitteln gekommen ist, die nicht rein patronal geäufnet worden sind. Zudem wurden für den Erwerb neuer Wertschriften zusätzlich solche "anderen" Mittel verwendet.
2.2. Daraus hat die Vorinstanz gefolgert, die Zuweisung freier Mittel in der Höhe von Fr. 253'280.- zur Arbeitgeberbeitragsreserve sei zulässig. Das ist unbestritten. Über diesen Betrag hinaus hat sie eine solche Umbuchung jedoch abgelehnt, weil der Nachweis nicht erbracht sei, dass es sich dabei um Surrogate jener Wertschriften handle, die im Jahr 2004 in die Stiftung eingebracht wurden. Nachdem der Erlös aus dem Verkauf von Wertschriften teilweise auf einem allgemeinen Konto gelegen habe oder für den Erwerb neuer Wertschriften auch allgemeine Mittel verwendet worden seien, sei nicht sichergestellt, dass nicht auch von Arbeitnehmenden geäufnete Mittel in eine Arbeitgeberbeitragsreserve umgewandelt würden. Die bloss noch wertmässig mögliche Ausscheidung vermöge der Rechtsprechung des Bundesgerichts nicht zu genügen. Danach erfolge bei der Bildung von Arbeitgeberbeitragsreserven aus freien Mitteln keine differenzierte Betrachtung in dem Sinne, als "nur" die Arbeitnehmerbeiträge in den freien Mitteln verbleiben müssen (Urteil 9C_707/2014 vom 15. April 2015 E. 4.2.3 in fine mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5 S. 504 ff.). Am Ergebnis ändere nichts, dass der Teil des Stiftungsvermögens, der in die Arbeitgeberbeitragsreserve umgebucht werden soll, klar unter jenem Wert liege, der den damaligen Mitteln des Hilfsfonds heute zukäme.
2.3. Die Beschwerde führende Stiftung wendet sich vorab gegen die offensichtlich viel zu enge Auslegung des Surrogatsbegriffs, welcher den vorinstanzlichen Erwägungen zugrunde liege. Das Bundesgericht habe mit der Vorgabe einer Nachzeichnung der eingebrachten Wertschriften und deren Surrogate sichergestellt, dass diese bei einem schlechtem Verlauf nicht indirekt am besseren Verlauf der übrigen Anlagen partizipierten. So hätte theoretisch eintreten können, dass eine eingebrachte Anlage nicht wertbeständig war und mit grossen Verlusten hätte verkauft werden müssen, im Nachhinein aber nicht der konkrete tiefe Verkaufserlös für eine Reinvestition eingesetzt worden wäre, sondern der höhere Wert der Wertschrift per 1. Januar 2004 oder ein Wert, der mit der Rendite des Gesamtbestandes der Anlagen errechnet worden wäre. Diesfalls bestünde die Gefahr, dass Mittel, die von den Arbeitnehmern mitfinanziert wurden, zweckentfremdet würden. Die Vermischung von - zumindest im hier interessierenden Zeitraum wertbeständigen - liquiden Mitteln auf einem Bankkonto sei dagegen unproblematisch, da sich der Verkaufserlös auch Monate später wieder feststellen lasse. Im Übrigen handle es sich auch bei liquiden Mitteln um eine Anlage. Es sei nicht davon auszugehen, dass das Bundesgericht Im Kontext der hier massgebenden Vermögensverwaltungsvorschriften (Art. 71 Abs. 1 BVG i.V.m. Art. 89a [bis 31. Dezember 2012: Art. 89bis] Abs. 6 Ziff. 18 ZGB) ausdrücklich eine Nachzeichnung der Aktiven und Surrogate gefordert hätte, wenn es gänzlich unmöglich wäre, den Surrogatsbegriff zu erfüllen, weil im Rahmen einer seriösen Anlagetätigkeit der Verkaufserlös praktisch immer einem Bankkonto gutgeschrieben werde und eine Reinvestition des Verkaufserlöses teils längere Zeit in Anspruch nehme.
3.
3.1. Gemäss Vorinstanz hat als Surrogat "jeweils genau das zu gelten (...), was anstelle von etwas anderem angeschafft wurde. Dabei wird jede 'Umwandlung' separat betrachtet, das heisst, die 'Neuanschaffung' muss direkt erfolgen, ohne dass zwischenzeitlich eine Vermischung mit Mitteln, die (auch) von Arbeitnehmenden stammen (könnten), stattfindet." Eine Surrogation sei nur dann anzunehmen, "wenn ausgeschlossen ist, dass die verwendeten Mittel auch von Arbeitnehmenden geäufnet worden sind. Dies ist beispielsweise nicht mehr der Fall, wenn der Erlös aus verkauften Wertschriften auf einem allgemeinen Bargeldkonto liegt, bevor er für den Kauf weiterer Wertschriften verwendet wird." In der Folge zog das Bundesverwaltungsgericht den Schluss, dass "das Führen einer Separatrechnung betreffend die vom Hilfsfonds eingebrachten Mittel (...) demnach erforderlich gewesen (wäre) ".
3.2. In letzterem Punkt ist der Vorinstanz insoweit zuzustimmen, als es hier schon aus beweisrechtlichen, aber auch ökonomischen Gründen zumindest empfehlenswert gewesen wäre, die fraglichen eingebrachten flüssigen Mittel, insbesondere die nachmaligen Erlöse und Rückzahlungen aus den Wertschriften und aus deren (direkten) Surrogaten, auf ein separates Konto zu verbuchen. Denn das Argument der Beschwerdeführerin, die Vermischung von liquiden Mitteln auf einem Bankkonto sei unproblematisch, da sich der Erlös aus dem Verkauf von Wertschriften aus dem Hilfsfonds oder von deren Surrogaten auch Monate später wieder feststellen lasse, greift zu kurz: Der Verkaufserlös aus rein patronal finanzierten Wertschriften, der nicht sofort reinvestiert, sondern vorerst einem allgemeinen Bankkonto mit freien Mitteln gutgeschrieben wird, die auch von Arbeitnehmern stammen (vgl. E. 2.1 vorne), entspricht auch Mitte oder Ende Jahr nur dann demselben rein patronalen Wert, wenn der eingebuchte Betrag während der Zeit, in der er auf dem Konto liegt, zu keinem Zeitpunkt resp. mit keiner Kontobelastung unterschritten wird. Fällt der Kontostand jedoch zeitweise unter den "patronalen Ursprungswert", so wird er nachträglich mit Hilfe von "gemischten" freien Mitteln wieder wertbeständig. Wie vorne aus E. 4.2.3 des Urteils 9C_707/2014 wiedergegeben (vgl. E. 2.2), erfolgt bei der Bildung von Arbeitgeberbeitragsreserven aus freien Mitteln keine differenzierte Betrachtung in dem Sinne, als nur die Arbeitnehmerbeiträge in den freien Mitteln verbleiben müssen. Ein gleich hoher oder höherer Kontostand in einem späteren Zeitpunkt bedeutet daher nicht per se, dass nach wie vor ein gleich hoher Wert vorhanden ist, der als rein patronal angehäuft gelten kann. Anders als die Beschwerdeführerin glauben zu machen versucht, geht es in der vorliegend zu beurteilenden Konstellation nicht allein um die Beständigkeit des Wertes, sondern auch um diejenige der Mittelherkunft. Der zitierten Erwägung lässt sich nichts Gegenteiliges entnehmen. Grenze des Surrogatbegriffs ist demnach nicht (bereits) der Umstand, dass der Erlös aus verkauften Wertschriften auf einem allgemeinen resp. "gemischten" Bargeldkonto zu liegen kommt. Entscheidend ist, dass der aus dem Verkauf resultierende "patronale Ursprungswert" während dieser Zeit masslich unangetastet bleibt, damit er seine "patronale Qualität" zu bewahren vermag.
3.3. Einer seriösen Anlagetätigkeit steht dieses Verständnis nicht entgegen. Dies gilt umso mehr, als die Stiftung selber auf eine separate Ausweisung verzichtet hat (vgl. Sachverhalt lit. A.a). Aus den im vorinstanzlichen Verfahren beigebrachten Beweismitteln zur Nachzeichnung der fraglichen Aktiven des Hilfsfonds vom Zeitpunkt der Einbringung in die Beschwerdeführerin am 1. Januar 2004 bis zur Vornahme der Umbuchung in die Arbeitgeberbeitragsreserve am 1. Januar 2010 ergeben sich keine Anhaltspunkte, auch nicht ansatzweise, zur Beständigkeit der Mittelherkunft im vorgenannten Sinne. Es kommt dazu, dass nach unbestrittener Feststellung der Vorinstanz der Neukauf von Wertschriften teilweise zusätzlich mit allgemeinen Mitteln finanziert wurde. Diese Wertschriften können von vornherein nicht Surrogate der auf den 1. Januar 2004 eingebrachten Mitteln des Hilfsfonds sein.
Gleiches gilt hinsichtlich der Erträge auf den Aktiven des Hilfsfonds und deren Surrogaten. Diesbezüglich wird zwar in der Beilage "Entwicklung Anlagevermögen 2004-2009 (ehemaliger Hilfsfond für Angestellte) " zum Bericht der D._ AG vom 9. November 2015 ein Ertrag von Fr. 58'606.- auf den Wertschriften, welche zwischen dem 1. Januar 2004 und dem 31. Dezember 2009 im Bestand waren, ausgewiesen. Indessen geht daraus nicht hervor und es wird auch nicht geltend gemacht, diese Gelder seien auf ein separates Konto ausbezahlt oder sogleich in Anlagen investiert worden, welche als Surrogate der Aktiven des Hilfsfonds zu betrachten wären. Ebenso wenig lässt sich der Bestand der Mittelherkunft nachzeichnen. Somit ist nicht nur das Hauptbegehren, sondern auch der eventualiter gestellte Antrag, es sei zusätzlich zu den Fr. 253'280.- (Buchwert der 2004 eingebrachten Wertschriften des Hilfsfonds, welche Ende 2009 unverändert Bestand hatten; E. 2 vorne) der Ertrag von Fr. 58'606.- der Arbeitgeberbeitragsreserve zuzuweisen, unbegründet.
4.
Ausgangsgemäss hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und der Oberaufsichtskommission BVG schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. September 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Der Gerichtsschreiber: Fessler