Faits :
A.
Le 30 juillet 2014, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a, sur réclamation, adressé à X._, architecte indépendant actif dans l'immobilier, un bordereau d'impôt cantonal et communal 2009, mentionnant un revenu imposable de 520'160 fr. et une fortune imposable de 19'024'449 fr. pour un montant total d'impôts de 380'950 fr. 90 et un bordereau d'impôt fédéral direct 2009 retenant un revenu imposable de 525'300 fr. pour un montant d'impôts de 57'227 fr. 75. Par acte du 27 août 2014, invoquant le caractère confiscatoire de cette imposition, le contribuable a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance.
Par jugement du 13 juillet 2015, le Tribunal administratif de première instance a admis le recours du contribuable, retenant que le montant de l'impôt cantonal et communal 2009 représentait 73,24% du revenu imposable et qu'entre 2005 et 2009, ce pourcentage avait été supérieur à 60%, ce qui représentait une période suffisamment longue pour admettre le caractère confiscatoire de l'impôt. En conséquence, le montant de l'impôt cantonal et communal 2009 devait être réduit à 312'096 fr., correspondant à 60 % du revenu imposable. Le dossier était renvoyé à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle décision de taxation dans ce sens.
Le 14 août 2015, l'Administration fiscale cantonale a recouru auprès de la Cour de justice contre le jugement rendu le 13 juillet 2015 par le Tribunal administratif de première instance. Ce dernier avait procédé à une application rétroactive, incomplète et erronée des règles du bouclier fiscal définies à l'art. 60 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08, entrée en vigueur au 1er janvier 2011).
B.
Par arrêt du 21 février 2017, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours. Entre 2006 et 2009, le pourcentage de 70 % du revenu net imposable pour l'impôt cantonal et communal avait été atteint en 2007 et en 2009. Il n'y avait pas lieu de retenir l'année fiscale 2005, où le très important pourcentage supérieur à 600 %, exceptionnel, n'avait fait l'objet d'aucune explication ni de la part de l'Administration fiscale cantonale ni de celle du contribuable. A l'aune du seul critère du pourcentage, l'élément de la durée n'était pas réalisé dans le cas particulier. En effet, en prenant en compte l'impôt fédéral direct pour la période 2006-2009, le pourcentage de 70 % était certes dépassé chaque année (pour 2009, 84,49%), mais en intégrant dans le calcul un rendement net de 1% de la fortune nette conformément à la jurisprudence, ce pourcentage n'était plus atteint lors d'aucune année. La question de savoir jusqu'à quel point il y avait lieu de tenir compte de l'impôt fédéral direct pour l'application d'un bouclier fiscal cantonal, dont la finalité n'était pas de préserver la fiscalité fédérale, pouvait ainsi demeurer ouverte.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le contribuable demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt rendu le 21 février 2017 par la Cour de justice du canton de Genève en ce sens qu'un rabais d'impôt cantonal et communal 2009 de 127'401 fr. 45, subsidiairement de 75'385 fr. 45, lui est accordé. Il se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits et de la violation des art. 9 et 26 Cst.
La Cour de justice renonce à déposer des observations. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. Le contribuable a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant étant destinataires de l'arrêt attaqué, il a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
Invoquant l'<ref-law>, le recourant se plaint de ce que l'instance précédente n'a pris en considération, dans son calcul de la charge fiscale, que l'impôt cantonal et communal 2009, laissant ouverte la question de savoir s'il fallait prendre en compte également l'impôt fédéral direct.
2.1. Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. A cela s'ajoute qu'aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2.2. Ce grief doit être rejeté, dans la mesure où il peut être examiné. En effet, l'instance précédente a tenu compte de l'impôt fédéral direct dans son raisonnement, puisqu'elle a pu affirmer (arrêt attaqué, considérant 4d, p. 6 et consid. 5 p. 7) que " la taxation totale de ce dernier atteint plus de 84 % dudit revenu si l'on inclut la taxation fédérale " et " si l'on prend en compte l'IFD pour la période 2006-2009, le pourcentage de 70% est dépassé chaque année ". Pour le surplus, le recourant n'expose pas en quoi la correction qu'il demande influence la solution du litige. Il n'expose pas non plus en quoi des faits supplémentaires, relatifs au rendement de sa fortune, devraient être ajoutés à ceux retenus par l'instance précédente, faute de démontrer que ceux-ci résulteraient de la décision attaquée.
Il n'est par conséquent pas possible de s'écarter ou de compléter les faits retenus dans l'arrêt attaqué.
3.
Invoquant l'art. 26 al. 1 et l'art. 9 Cst., le recourant soutient que l'imposition globale 2009 est confiscatoire.
3.1. En vertu de l'art. 26 al. 1 Cst., la propriété est garantie. De jurisprudence constante, en matière fiscale, ce droit fondamental ne va toutefois pas au-delà de l'interdiction d'une imposition confiscatoire. Ainsi, une prétention fiscale ne doit pas porter atteinte à l'essence même de la propriété privée (cf. art. 36 al. 4 Cst.). Il incombe au législateur de conserver la substance du patrimoine du contribuable et de lui laisser la possibilité d'en former un nouveau (<ref-ruling> consid. 5 p. 75 s.; <ref-ruling> consid. 10b/bb p. 126; <ref-ruling> consid. 7a p. 322; <ref-ruling> consid. 3a p. 140; arrêts 2C_837/2015 du 23 août 2016 consid. 4.1; 2C_961/2014 du 8 juillet 2015 consid. 2.2; 2P.80/2003 du 12 décembre 2003, consid. 2.4.2, in Archives 84 p. 251; MAX IMBODEN, Die verfassungsrechtliche Gewährleistung des Privateigentums als Schranke der Besteuerung, in Archives 29 p. 2 ss, 3; pour une définition de la confiscation en matière fiscale: PAUL-MARIE GAUDEMET, Les protections constitutionnelles et légales contre les impositions confiscatoires, in RIDC 2/1990, p. 805 ss, 806). Pour juger si une imposition a un effet confiscatoire, le taux de l'impôt exprimé en pour cent n'est pas seul décisif; il faut examiner la charge que représente l'imposition sur une assez longue période, en faisant abstraction des circonstances extraordinaires; à cet effet, il convient de prendre en considération l'ensemble des circonstances concrètes, la durée et la gravité de l'atteinte ainsi que le cumul avec d'autres taxes ou contributions et la possibilité de reporter l'impôt sur d'autres personnes (<ref-ruling> consid. 5 p. 75 s.; <ref-ruling> consid. 10b/bb p. 126; <ref-ruling> consid. 6a p. 348 s.; arrêts 2C_837/2015 du 23 août 2016 consid. 4.1; 2C_961/2014 du 8 juillet 2015 consid. 2.3, in Archives 84 p. 251; 2C_277/2008 du 26 septembre 2008 consid. 4.1; 1P.586/2004 du 28 juin 2005 consid. 4.3.1, in RDAF 2007 I 573). Le Tribunal fédéral a notamment jugé que l'essence de la propriété privée n'est pas touchée si, pendant une courte période, le revenu à disposition du contribuable ne suffit pas à s'acquitter de la charge fiscale sans entamer la fortune (<ref-ruling> consid. 5 p. 75 s.; <ref-ruling> consid. 6c p. 353; arrêt 2C_277/2008 du 26 septembre 2008 consid. 4.1, in RDAF 2007 I 573; de l'avis minoritaire qu'un revenu insuffisant sur une seule période fiscale suffit déjà pour qualifier l'imposition de confiscatoire : ADRIANO MARANTELLI, Berner Gedanken zur konfiskatorischen Besteuerung, in Berner Gedanken zum Recht [Kunz et al. (éd.)], Berne 2014, p. 245 ss, 254 et 264).
3.2. En l'espèce, entre 2005 et 2009, jamais le revenu du recourant n'a été insuffisant pour payer l'un ou l'autre ou l'ensemble des impôts dus, hormis celui 2005 (620,93%), dont il ne se prévaut pas, puisqu'il reconnaît à juste titre que ce pourcentage revêtait un caractère exceptionnel. L'objection selon laquelle le Tribunal fédéral aurait admis le caractère confiscatoire d'un impôt dès 55% doit être écartée, le recourant n'ayant pas démontré concrètement, en violation des exigences accrues de motivation de l'<ref-law>, en quoi sa situation serait assimilable à celle d'une contribuable se trouvant assujettie à la fois à un impôt sur les successions appliqué au montant du capital correspondant à une rente viagère capitalisée - montant dont elle ne dispose pas - et à un impôt sur le revenu, appliqué à la rente viagère elle-même (cf. arrêt P.1704/1984 du 10 mai 1985 in Arch. 56 439). Par conséquent, en jugeant que l'imposition 2009 du recourant n'était pas confiscatoire au sens du droit fédéral, l'instance précédente n'a pas violé l'art. 26 Cst. Le recours est rejeté sur ce point.
4.
Le recourant soutient encore que l'imposition 2009 revêt un caractère confiscatoire au regard du droit cantonal car elle dépasse le 60% de son revenu net imposable.
4.1. Le recours en matière de droit public, sauf dans les cas cités expressément par l'<ref-law>, ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 521/522; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466).
4.2. S'agissant du droit cantonal, l'Instance précédente a exposé ce qui suit : dans le but de lutter contre l'effet confiscatoire potentiel d'un cumul de l'impôt sur la fortune et de l'imposition globale du revenu, le canton de Genève a introduit un bouclier fiscal, afin d'assurer que l'addition du taux effectif d'impôt sur la fortune et le revenu ne dépasse pas un certain seuil maximum de l'imposition du revenu. Selon l'art. 60 al. 1 LIPP, entré en vigueur le 1er janvier 2011, pour les contribuables domiciliés en Suisse, les impôts sur la fortune et sur le revenu, centimes additionnels cantonaux et communaux compris, ne peuvent excéder au total 60 % du revenu net imposable. Toutefois, pour ce calcul, le rendement net de la fortune est fixé au moins à 1 % de la fortune nette.
A propos de cette nouvelle disposition, tenant compte du principe constitutionnel de non-rétroactivité des lois, elle a précisé, s'agissant de la détermination du pourcentage de la charge fiscale admissible, qu'il n'apparaissait pas arbitraire de s'inspirer du nouvel art. 60 LIPP pour les périodes antérieures à son entrée en vigueur. Elle a ainsi estimé que le contenu de cette disposition pouvait être appliqué dans la mesure où une telle solution permettait de respecter le principe de la proportionnalité, tout en restant en-deçà du seuil, élevé, posé par la jurisprudence fédérale pour reconnaître le caractère confiscatoire de l'impôt. Dans deux arrêts (ATA/771/2011 du 20 décembre 2011 et ATA/812/2012 du 4 décembre 2012), elle a retenu que l'imposition finale cantonale ne devait pas excéder 70% et indiqué qu'un rendement net de la fortune fixé à au moins 1 % de la fortune nette devait être intégré dans le calcul, dans l'esprit de la volonté du législateur lors de l'adoption de l'art. 60 LIPP.
4.3. Le recourant ne remet pas en cause, ni sous l'angle de l'arbitraire ni sous l'angle d'un autre droit constitutionnel, la limite jurisprudentielle fixée à 70% au lieu de 60%. Il se plaint en revanche de ce que l'instance précédente ajoute systématiquement au revenu imposable net un rendement hypothétique équivalant à 1% de la fortune nette.
Ce grief ne peut pas être examiné au double motif, d'abord, que le recourant fonde ses reproches sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué s'agissant de la provenance de ses revenus ainsi que du rendement effectif de sa fortune (cf. consid. 2 ci-dessus) et, ensuite, qu'il ne démontre pas en quoi la prise en compte dans le calcul d'un revenu de fortune hypothétique durant la période qui précède l'entrée en vigueur du nouvel art. 60 LIPP serait arbitraire. Il se borne à cet égard à substituer son opinion à celle de l'instance précédente.
5.
Les considérants qui précédent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section.
Lausanne, le 28 juillet 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey