Erwägungen:
1.
Das Stadtrichteramt Zürich erliess gegen den Beschwerdeführer am 9. Februar 2016 einen Strafbefehl wegen Verletzung der Verkehrsregeln. Es büsste ihn mit Fr. 40.-- und auferlegte ihm die Kosten von Fr. 90.--. Dagegen erhob die Ehefrau des Beschwerdeführers "als Vertreterin des Gebüssten" am 25. Februar 2016 mit einer nicht unterzeichneten Eingabe Einsprache.
Das Stadtrichteramt wies den Beschwerdeführer am 26. Februar 2016 darauf hin, dass schriftliche Eingaben zu unterzeichnen und Eingaben durch Drittpersonen mit einer Vollmacht einzureichen seien. Es erachte die Eingabe vom 25. Februar 2016 nicht als gültige Einsprache. Es setzte dem Beschwerdeführer daher Frist an, um die Eingabe mit eigenhändiger Unterschrift nochmals einzureichen. Im Unterlassungsfall werde die Eingabe dem zuständigen Gericht zum Entscheid über deren Gültigkeit vorgelegt.
Innert Frist wurde keine Unterschrift geleistet. Das Stadtrichteramt überwies die Akten dem Bezirksgericht, welches am 6. Juni 2016 auf die Einsprache vom 25. Februar 2016 nicht eintrat und den Strafbefehl vom 9. Februar 2016 als gültig erklärte. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Verfügung vom 24. August 2016 ab.
Der Beschwerdeführer wendet sich mit einer Eingabe ans Bundesgericht, die zum Teil einen ungebührlichen Inhalt aufweist. Sie müsste grundsätzlich zur Verbesserung zurückgewiesen werden (<ref-law>). Darauf kann aus prozessökonomischen Gründen verzichtet werden. Der Beschwerdeführer beantragt, die Verfügung vom 24. August 2016 sei aufzuheben und das Stadtrichteramt anzuweisen, die Vertreterin des Beschwerdeführers für die Beibringung einer Vollmacht in Verzug zu setzen.
2.
Mit der Beschwerde in Strafsachen kann auch die Verletzung von Verfassungsrecht gerügt werden (<ref-law>). Die vom Beschwerdeführer als subsidiäre Verfassungsbeschwerde bezeichnete Eingabe ist als Beschwerde gemäss <ref-law> entgegenzunehmen.
3.
Nach der Auffassung des Beschwerdeführers übersieht das Obergericht, dass das Stadtrichteramt nicht die Vertreterin als Verfasserin der Eingabe in Verzug gesetzt habe, sondern den Gebüssten selbst. Auch wenn (vorläufig) eine Vollmachterteilung fehle, sei grundsätzlich der Verfasser einer Eingabe in Verzug zu setzen. Es sei dessen Sache, sich durch Vollmacht zu legitimieren, nicht Sache der Partei. Auch gemäss <ref-law> gerate diese erst nach Zustellung an den Vertreter in Verzug.
Die Rüge ist unbegründet. Die Ehefrau des Beschwerdeführers reichte die Eingabe vom 25. Februar 2016 "als Vertreterin des Gebüssten" rechtzeitig innert Frist ein. Diese war indessen nicht unterzeichnet und auch nicht von einer Vollmacht durch den Beschwerdeführer begleitet. Damit fehlte es der Eingabe an einer Unterschrift, was ein Gültigkeitserfordernis darstellt, und überdies an jeglichen Belegen für das von der Ehefrau behauptete Vertretungsverhältnis bzw. an konkreten Hinweisen dafür, dass sie als Rechtsbeiständin im Sinne von <ref-law> bestellt worden war. Unter diesen Umständen ist mit dem Obergericht nicht zu beanstanden, dass sich das Stadtrichteramt mit der Nachfristansetzung direkt an den Beschwerdeführer als vom Strafbefehl unmittelbar betroffene Partei wandte. Dass der Beschwerdeführer am 8. März 2016 von der Beanstandung durch das Stadtrichteramt (fehlende Unterschrift) und der Nachfrist Kenntnis erlangte (vgl. kantonale Akten, Zustellbeleg, act. 6/4/1), steht unbestrittenermassen fest. Dies muss er sich vorliegend entgegenhalten lassen. Er durfte - als Ausfluss des auch in diesem prozessualen Bereich geltenden Grundsatzes von Treu und Glauben, an dem die Berufung auf Formmängel in jedem Fall ihre Grenze findet - nicht einfach untätig zuwarten. Es verletzt daher kein Bundesrecht, wenn das Obergericht unter den konkreten Umständen zum Schluss gelangt, es habe am Beschwerdeführer gelegen, formgerecht und rechtzeitig innert Nachfrist (zur Beibringung der fehlenden Unterschrift) eine allfällige Einsprache zu erheben.
4.
Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, das Stadtrichteramt hätte ihm als Säumnisfolge, analog zu <ref-law> oder <ref-law>, die Unbeachtlichkeit der Eingabe vom 25. Februar 2016 androhen müssen. Ein Einspracheverfahren sei nur durchzuführen, wenn eine gültige Einsprache vorliege. Sofern keine gültige Einsprache vorliege, werde der Strafbefehl zum rechtskräftigen Urteil. Eine "Anfrage an die übergeordnete Instanz betreffend die Gültigkeit der Einsprache" stehe nicht zur Verfügung.
Auch dieses Vorbringen erweist sich als unbehelflich. Wie bereits ausgeführt, teilte das Stadtrichteramt dem Beschwerdeführer am 26. Februar 2016 mit, es erachte die Eingabe vom 25. Februar 2016 nicht als gültige Einsprache. Es setzte ihm eine Nachfrist an, um die Eingabe mit eigenhändiger Unterschrift nochmals einzureichen. Gleichzeitig wies es den Beschwerdeführer darauf hin, dass im Unterlassungsfall die Eingabe vom 25. Februar 2016 dem Bezirksgericht zum Entscheid über deren Gültigkeit vorgelegt werde (vgl. kantonale Akten, act. 6/4). Der Beschwerdeführer nahm hievon nachweislich Kenntnis (vgl. kantonale Akten, act. 6/4/1, vorstehend E. 3), kam der Aufforderung zur Nachbesserung innert Frist indessen nicht nach. In der Folge überwies das Stadtrichteramt die seines Erachtens ungültige Einsprache dem erstinstanzlichen Gericht zum Entscheid. Was daran gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte, ist gestützt auf die Vorbingen des Beschwerdeführers nicht ersichtlich. Das beanstandete Vorgehen des Stadtrichteramts ergibt sich namentlich aus <ref-law>. Danach entscheidet das erstinstanzliche Gericht über die Gültigkeit der Einsprache.
5.
Die Beschwerde ist damit im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Januar 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint