Faits :
A.
Après avoir ouvert une instruction, requis des dossiers de services de l'administration et entendu prévenus et témoins, le Ministère public de la République et canton de Genève (ci-après: ministère public) a avisé les parties à la procédure pénale qu'il rendrait une ordonnance de classement. Dite ordonnance a été rendue le 30 juillet 2015. Les frais de procédure ont été mis à la charge des prévenus A._ et B._ en vertu de l'art. 426 al. 2 CPP, chacun par moitié. Une indemnité réduite au sens de l'art. 430 al. 1 let. a CPP a en outre été allouée à ce dernier.
Dans un courrier du 6 août 2015 adressé au ministère public, X._ SA, partie plaignante, a relevé qu'elle n'avait pas été avisée de son droit d'obtenir une indemnité, le cas échéant à la charge des prévenus. Elle concluait à l'allocation de quelque 8'000 fr. de ce chef.
Le 2 octobre 2015, le ministère public lui a répondu qu'elle n'avait élevé cette prétention qu'à réception de l'ordonnance de classement et qu'il lui aurait appartenu de recourir contre celle-ci sur ce point. Relancé par X._ SA, le ministère public a indiqué le 30 octobre 2015 qu'il en restait là.
B.
Par arrêt du 28 janvier 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé le 9 novembre 2015 par X._ SA contre un prétendu refus de statuer sur son indemnisation.
C.
X._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 28 janvier 2016. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation et au renvoi de la procédure au ministère public pour qu'il entre en matière sur sa requête d'indemnisation. Subsidiairement, elle sollicite l'allocation d'une indemnité de 7'938 fr. au titre de l'art. 433 CPP. Outre une procuration signée et une copie de l'arrêt attaqué, la recourante produit une pièce qui figure déjà au dossier cantonal.
Considérant en droit :
1.
La décision attaquée concerne la question des frais de défense dus à la partie plaignante dans le cadre d'une procédure pénale. Le recours en matière pénale est ouvert (cf. ATF 135 IV 43 consid. 1.1.1 p. 45 s.).
2.
La recourante se plaint d'arbitraire et d'une violation de l'art. 433 CPP.
2.1. L'art. 433 al. 1 CPP permet à la partie plaignante de demander au prévenu une juste indemnité pour les dépenses obligatoires occasionnées par la procédure lorsqu'elle obtient gain de cause (let. a) ou lorsque le prévenu est astreint au paiement des frais conformément à l'art. 426 al. 2 CPP (let. b). L'al. 2 prévoit que la partie plaignante adresse ses prétentions à l'autorité pénale; elle doit les chiffrer et les justifier. Si elle ne s'acquitte pas de cette obligation, l'autorité pénale n'entre pas en matière sur la demande.
L'art. 433 al. 2 CPP, qui impose à la partie plaignante de chiffrer et de justifier ses prétentions, s'explique par le fait que la maxime d'instruction ne s'applique pas, la partie plaignante devant demeurer active et demander elle-même une indemnisation, sous peine de péremption (arrêt 6B_965/2013 du 3 décembre 2013 consid. 3.1.2, publié partiellement in SJ 2014 I p. 228 et confirmé dans deux arrêts 6B_1007/2015 du 14 juin 2016 consid. 1.5.1 et 6B_549/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Nonobstant l'absence de maxime d'instruction, le juge doit rendre attentive la partie plaignante à son droit d'obtenir le cas échéant une indemnité au sens de l'art. 433 CPP, comme à son devoir de chiffrer et documenter celle-ci (arrêts 6B_1007/2015 précité consid. 1.5.1; 6B_965/2013 précité consid. 3.1.2).
Conformément à l'art. 81 al. 4 let. b CPP, le juge doit statuer sur l'indemnité prévue par l'art. 433 CPP dans le jugement lui-même (cf. arrêt 965/2013 précité consid. 3.1.2). Selon la jurisprudence, la procédure pénale représente la seule voie ouverte à la partie plaignante pour faire valoir son droit au versement d'une indemnité par le prévenu pour ses dépenses obligatoires occasionnées par la procédure (arrêts 6B_1007/2015 précité consid. 1.5.1; 6B_923/2015 du 24 mai 2016 consid. 5.2). Il ne saurait être question d'une procédure séparée sur cet aspect. Il résulte du régime légal que l'indemnité ne peut pas être requise en tout temps dans le cadre d'une procédure indépendante selon les art. 363 ss CPP. Elle doit être tranchée avec le jugement (arrêt 6B_965/2013 précité consid. 3.1.2 et 3.3.2).
La forme et le contenu général de l'ordonnance de classement sont régis par les art. 80 et 81 CPP (art. 320 al. 1 CPP). Ainsi, il appartient au ministère public, qui envisage de rendre une ordonnance de classement, d'interpeller préalablement la partie plaignante sur d'éventuelles prétentions fondées sur l'art. 433 CPP (dans ce sens cf. arrêts 6B_1007/2015 précité consid. 1.5.2; 6B_549/2015 précité consid. 3.2) et de statuer sur celles-ci dans la décision finale, en l'espèce l'ordonnance de classement.
2.2. En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que la décision du 2 octobre 2015 du ministère public n'était pas un refus de statuer, mais bien un rejet de la requête de la recourante, puisqu'il lui avait indiqué les raisons pour lesquelles il n'entrait pas en matière sur sa demande d'indemnisation. La recourante ne l'avait pas attaquée, pas plus qu'elle n'avait entrepris l'ordonnance de classement qui n'abordait pas la question de son indemnisation. La cour cantonale a ainsi rejeté son recours pour déni de justice, considérant qu'il était privé d'objet.
2.3. La recourante soutient, en bref, que sa requête formulée auprès du ministère public tendant à l'ouverture d'une procédure indépendante en indemnisation de ses dépenses obligatoires occasionnées par la procédure serait parfaitement fondée. A cet égard, elle expose qu'elle n'aurait pas réclamé l'indemnité litigieuse avant que la décision finale ne soit rendue en raison du fait qu'elle aurait été induite en erreur par la teneur de l'avis de prochaine clôture de l'instruction. Elle n'avait en outre aucun intérêt à recourir contre l'ordonnance de classement litigieuse, respectivement aucun motif pour l'entreprendre, dès lors que l'ordonnance n'abordait pas ce point. Elle allègue enfin une violation de l'art. 433 CPP en ce sens qu'elle n'aurait pas été rendue attentive à son droit d'obtenir le cas échéant une indemnité avant que la décision finale ne soit rendue.
2.4. En l'espèce, il aurait certes appartenu au ministère public d'interpeller la recourante avant de rendre son ordonnance de classement, afin qu'elle puisse, à tout le moins, présenter ses éventuelles prétentions en indemnisation pour ses frais de défense au sens de l'art. 433 al. 1 let. b CPP. Toutefois, la recourante n'ignorait pas l'arrêt 6B_965/2013 du 3 décembre 2013, publié à la Semaine judiciaire (cf. supra consid. 2.1) et cité par la doctrine (PERRIER DEPEURSINGE, Code de procédure pénale suisse [CPP] annoté, 2015, p. 528 s. ad art. 433 CPP; WEHRENBERG/FRANK, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2 e éd. 2014, n o 22 ad art. 433 CPP). Elle a elle-même mentionné, dans son courrier du 6 août 2015, la publication à la Semaine judiciaire dans laquelle figure l'arrêt 6B_965/2013 du 3 décembre 2013, soit encore dans le délai de recours contre l'ordonnance de classement. Dans ces conditions, la recourante ne pouvait se contenter de faire valoir ses prétentions en indemnisation dans une procédure séparée au sens des art. 363 ss CPP, mais devait se plaindre du non-traitement de son indemnisation dans le cadre d'un recours contre le classement. Contrairement à ce que la recourante indique, elle disposait d'un intérêt juridiquement protégé à sa modification, respectivement de la qualité pour recourir contre celle-ci (cf. art. 382 al. 1 CPP). Faute de recours sur ce point, l'ordonnance classant la procédure et fixant les frais est entrée en force (cf. art. 322 al. 2 CPP), ce qui excluait d'accorder, par décision ultérieure, une indemnisation à la recourante. Que la requête d'indemnisation ait été formée avant que l'ordonnance de classement devienne définitive et exécutoire n'y change rien, dans la mesure où cette requête n'a pas été considérée comme un recours contre cette décision, ce que la recourante ne prétend du reste pas. Quant à la circulaire du ministère public dont la recourante se prévaut, elle ne lui est d'aucun secours puisqu'elle indique précisément qu'en cas d'ordonnance de classement, l'indemnisation des avocats sera fixée par le ministère public directement dans le dispositif, après avoir au préalable requis la production de l'état de frais à l'avocat lors de l'avis de prochaine clôture de l'instruction. On ne se trouve dès lors pas, contrairement à ce qu'elle allègue, dans « les autres cas de figure » pour lesquels une ordonnance indépendante d'indemnisation est évoquée. Le grief est en conséquence infondé.
2.5. Au vu de ce qui précède, la question de savoir si, en refusant d'entrer en matière sur l'ouverture d'une procédure indépendante en indemnisation de la recourante, le ministère public a commis un déni de justice, respectivement si son courrier du 2 octobre 2015 est une décision formelle au sens de l'art. 81 CPP devient sans objet.
3.
Le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 30 décembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel