Erwägungen:
1.
1.1. A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige) hat steuerrechtlichen Wohnsitz in U._/BE. Er ist Mitgründer der X._ AG (nachfolgend: die Betriebsgesellschaft) mit Sitz in V._/BE, die am 25. November 2002 gegründet wurde. Seine Beteiligung belief sich ursprünglich auf zehn Prozent des Aktienkapitals von Fr. 100'000.--. Darüber hinaus war er von Beginn weg Mitglied des Verwaltungsrates. In dieser Eigenschaft verfügte er über Kollektivunterschrift zu zweien. Die restlichen 90 Prozent hielt die Y._ AG (nachfolgend: die Holdinggesellschaft) mit Sitz in V._/BE, deren Hauptaktionär B._ war. Dieser übernahm am 25. November 2002 in der Betriebsgesellschaft die Funktion des Präsidenten des Verwaltungsrates mit Kollektivunterschrift zu zweien.
1.2. Ebenfalls am 25. November 2002 schlossen der Steuerpflichtige und die Holdinggesellschaft einen Aktionärsbindungsvertrag, der es dem Steuerpflichtigen erlauben sollte, bis zum 1. Januar 2010 die restlichen Aktien zu erwerben. Geplant war die gestaffelte Übernahme der Aktien in Paketen von jeweils mindestens zehn Prozent am 1. Januar 2004, 2005, 2006 und 2007. Der Kauf sollte zum anteiligen Substanzwert der Betriebsgesellschaft erfolgen, wobei die Aktien bei Auflösung des Arbeitsvertrages hätten rückübertragen werden müssen (auch dies zum Substanzwert). Sobald der Steuerpflichtige mindestens die Hälfte aller Aktien gehalten hätte, sollte die Rückgabeverpflichtung entfallen und wäre es der Holdinggesellschaft möglich gewesen, ihm die restlichen Aktien zum Substanzwert anzudienen.
1.3. Am 24. November 2005 vereinbarten der Steuerpflichtige und die Holdinggesellschaft einen Nachtrag zum Aktionärsbindungsvertrag. Anlass gab die Erhöhung des Aktienkapitals der Betriebsgesellschaft auf Fr. 200'000.-- (Handelsregistereintrag vom 17. März 2006) und die Beteiligung zweier weiterer Arbeitnehmer an der Betriebsgesellschaft. Der Aktionärsbindungsvertrag stellte einerseits sicher, dass der Steuerpflichtige per 1. Januar 2008 über das hälftige Aktienkapital der Betriebsgesellschaft verfügte. Zum andern wurde vereinbart, dass er insgesamt 90 Prozent des Aktienkapitals erlangen werde.
1.4. Der Steuerpflichtige deklarierte in der hier interessierenden Steuererklärung 2006 namentlich ein Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 184'216.--, herrührend aus der Führung der Betriebsgesellschaft. Im Vermögen gab er 5'000 Aktien der Betriebsgesellschaft mit einem (mutmasslichen) Steuerwert von Fr. 12.60 pro Stück an, was zu einem Wert des Pakets von Fr. 63'000.-- führte. Mit Veranlagungsverfügungen vom 13. Januar 2010 wurde der Steuerpflichtige von der Steuerverwaltung des Kantons Bern (KSTV/BE), Veranlagungsbehörde Bern-Mittelland, für das Jahr 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 215'107.-- (Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern) bzw. Fr. 234'106.-- (direkte Bundessteuer) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 374'408.-- veranlagt. Die Veranlagungsbehörde hob den Vermögenssteuerwert der Aktien zwar auf Fr. 75.-- pro Stück an, sah von der Erfassung einer geldwerten Leistung (unterpreisiger Erwerb der Aktien) aber ab. Dies stand im Zusammenhang damit, dass die KSTV/BE, Abteilung für juristische Personen, zuvor in einem E-Mail vom 10. Juni 2009 an die Revisionsstelle der Betriebsgesellschaft bzw. den Vertreter des Steuerpflichtigen die Meinung vertreten hatte,
"gemäss bernischer Praxis [gelte als] Realisationszeitpunkt für die Einkommensbesteuerung der Zeitpunkt der Rückgabe der Aktien oder derjenige des Wegfalls der Rückgabeverpflichtung. Im vorliegenden Fall wurden die Aktien durch die Herren [Drittperson] und [den Steuerpflichtigen] im Jahr 2007 in ihre neu gegründeten Holdinggesellschaften eingebracht. Somit ist spätestens zu diesem Zeitpunkt die Pflicht zur Rückgabe weggefallen. Entsprechend werden in den Veranlagungen der Steuerjahre 2004 bis 2006 [des Steuerpflichtigen] keine Korrekturen aus erwähnten Aktienkäufen erfolgen. In der Veranlagung 2007 wird die Differenz zwischen dem Einbringungswert im [Jahr] 2007 und dem ursprünglichen Kaufpreis der Aktien als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit besteuert. [Dem Steuerpflichtigen] wird vor Eröffnung der Veranlagung 2007 eine schriftliche Vorabinformation, mit der Möglichkeit der erneuten Stellungnahme seinerseits, zugestellt werden."
1.5. Entsprechend der im E-Mail vom 10. Juni 2009 geäusserten Absicht der Abteilung für juristische Personen schritt die Veranlagungsbehörde Bern-Mittelland in der Veranlagungsverfügung 2007 des Steuerpflichtigen zur Aufrechnung einer geldwerten Leistung von Fr. 1'024'900.--. Der Steuerpflichtige bestritt dies, worauf die KSTV/BE ihre Meinung dahingehend änderte, dass im Steuerjahr 2007 ein Betrag von Fr. 52'700.--, in der Vorperiode 2006 aber ein solcher von Fr. 227'400.-- aufzurechnen sei. Überdies seien im Steuerjahr 2006 im Vermögen 5'000 Aktien der Betriebsgesellschaft nachzutragen, die der Steuerpflichtige zu deklarieren unterlassen habe.
1.6. Am 26. April 2013 leitete die KSTV/BE aufgrund der in der Steuererklärung 2006 nicht offengelegten Einkommens- und Vermögensbestandteile gegenüber dem Steuerpflichtigen ein Nach- und Strafsteuerverfahren ein. Auf dessen Antrag wurden die Verfahren mit prozessleitender Verfügung vom 12. Juni 2013 getrennt. Mit Verfügungen vom 3. Dezember 2013 auferlegte die KSTV/BE dem Steuerpflichtigen wegen vollendeter vorsätzlicher Steuerhinterziehung Steuerbussen von Fr. 134'897.20 (Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern) bzw. Fr. 57'863.-- (direkte Bundessteuer). Ferner verpflichtete sie ihn zu den Gebühren von Fr. 250.--. Die dagegen gerichteten Einsprachen des Steuerpflichtigen blieben erfolglos (Einspracheentscheide vom 3. April 2014).
1.7. Am 2. Mai 2014 erhob der Steuerpflichtige Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese hiess mit Entscheid vom 14. Januar 2016 den Rekurs teilweise und die Beschwerde vollumfänglich gut, da eine Steuerhinterziehung zwar vermögens-, nicht aber einkommensseitig vorliege. Entsprechend hob sie den Einspracheentscheid betreffend die direkte Bundessteuer, Steuerjahr 2006, ersatzlos auf. Betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern, Steuerjahr 2006, wies sie die Sache an die KSTV/BE zurück, damit diese die Steuerbusse bei der Vermögenssteuer im Sinn der Erwägungen neu festsetze.
1.8. Dagegen gelangte die KSTV/BE an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, dessen Verwaltungsrechtliche Abteilung mit Entscheid 100.2016.46/47U vom 24. Mai 2017 urteilte. Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern, Steuerjahr 2006, hiess es dahingehend gut, dass der Entscheid vom 14. Januar 2016 aufgehoben werde, soweit er die Einkommenssteuer betrifft. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer hiess es insoweit gut, als der Entscheid vom 14. Januar 2016 aufgehoben werde. Entsprechend wies es die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an die Steuerrekurskommission zurück.
Das Verwaltungsgericht erkannte im Wesentlichen, der Veranlagungsbehörde Bern-Mittelland sei bei Vornahme der Veranlagung 2006 nicht bewusst gewesen, dass der Steuerpflichtige nicht nur 5'000, sondern 10'000 Aktien der Betriebsgesellschaft halte. Ebenso wenig habe sie Kenntnis davon gehabt, dass die Rückgabeverpflichtung wegen vorzeitigen Erreichens der 50-Prozent-Schwelle schon im Jahr 2006 entfallen sei. Der Steuerpflichtige, so die Vorinstanz, hätte die Veranlagungsbehörde darüber zu orientieren gehabt, er habe dies aber unterlassen. Der adäquate Kausalzusammenhang zwischen der verletzten Mitwirkungspflicht und der Steuerverkürzung werde nicht durch eine verletzte Untersuchungspflicht unterbrochen (angefochtener Entscheid E. 6.4).
Da die Steuerrekurskommission den Zeitpunkt der Realisation und damit die Frage nach der Vollständigkeit der Veranlagungsverfügungen 2006 offengelassen habe, sei es dem Verwaltungsgericht unmöglich, einen Entscheid in der Sache zu fällen. Folgerichtig habe sich die Steuerrekurskommission zum Verschulden bezüglich der Hinterziehung von Einkommen noch nicht geäussert (angefochtener Entscheid E. 6.5).
1.9. Mit Eingabe beim Bundesgericht vom 23. Juni 2017 erhebt der Steuerpflichtige Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, der angefochtene Entscheid vom 24. Mai 2017 sei sowohl bezüglich der direkten Bundessteuer als auch der Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Bern aufzuheben und der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 14. Januar 2016 sei zu bestätigen.
1.10. Das präsidierende Mitglied als Instruktionsrichter (Art. 32 Abs. 1 BGG [SR 173.110]) hat von Instruktionsmassnahmen abgesehen. Die Angelegenheit kann zufolge offensichtlicher Unzulässigkeit der Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG entschieden werden.
2.
2.1. Streitgegenstand im vorinstanzlichen Verfahren war ausschliesslich die Frage, ob der Steuerpflichtige im Jahr 2006 Einkommenssteuern hinterzogen habe. Zuvor war die Steuerrekurskommission zum Ergebnis gelangt, dass nur, aber immerhin Vermögens steuern hinterzogen worden seien. Entsprechend hatte die KSTV/BE deren Entscheid vom 14. Januar 2016 auch nur hinsichtlich der Einkommenssteuerkomponente anzufechten. Die Vorinstanz teilt die Sichtweise der KSTV/BE. Folglich weist sie die Sache "zur Fortsetzung des Verfahrens" an die Steuerrekurskommission zurück. Angefochten vor Bundesgericht sind daher Rückweisungsentscheide.
2.2. Das Bundesgericht soll sich grundsätzlich nur einmal mit derselben Angelegenheit befassen müssen und diese hierbei abschliessend beurteilen können (BGE 140 V 321 E. 3.6 S. 326). Die Beschwerde ist daher grundsätzlich nur zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz oder teilweise abschliessen (End- oder Teilentscheide gemäss Art. 90 und 91 BGG). Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder zu Ausstandsbegehren noch zur Zuständigkeit ergehen (dazu Art. 92 BGG), ist die Beschwerde lediglich unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG gegeben. Sie ist zulässig, wenn solche Entscheide einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beschwerdeverfahren ersparen würde (lit. b; BGE 142 V 26 E. 1.1 S. 28; 141 V 330 E. 1.2 S. 332).
2.3. Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist nicht zu sprechen. Mit dem angefochtenen Rückweisungsentscheid geht die Sache zur materiellen Beurteilung an die Steuerrekurskommission zurück. Gegen deren künftigen Entscheid stünden sowohl der KSTV/BE als auch dem Steuerpflichtigen die ordentlichen Rechtsmittel offen.
2.4. Zu prüfen bleibt, ob die Beschwerde nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG zulässig sei. Diese Bestimmung ist prozessökonomisch motiviert. Zulässigkeit soll nur bestehen, wenn durch die Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt und so bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann. Treffen beide Voraussetzungen zu, erscheint die Anrufung des Bundesgerichts ausnahmsweise als gerechtfertigt, selbst wenn (noch) kein End- oder Teilentscheid vorliegt. Ob dies zutrifft, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (BGE 134 II 142 E. 1.2.3 S. 143 f.). Die Praxis ist restriktiv (BGE 134 III 426 E. 1.3.2 S. 430), zumal ein nicht anfechtbarer oder nicht angefochtener Zwischenentscheid, wie ihn Art. 93 Abs. 1 BGG vorsieht, im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar bleibt, soweit er sich überhaupt auf dessen Inhalt auswirkt (Art. 93 Abs. 3 BGG; Urteil 2C_663/2016 vom 5. August 2016 E. 2.2.4; BGE 140 V 282 E. 2 S. 283 f.; 140 V 321 E. 3.6 S. 326 f.).
2.5.
2.5.1. Was die Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Bern betrifft, verhält es sich folgendermassen: Auch bei Gutheissung der Beschwerde käme es zu keinem Endentscheid im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG. Ein solcher setzt voraus, dass die Sache nicht an die Vorinstanz zurückzuweisen wäre (Urteil 2C_370/2013 vom 19. Juli 2014 E. 1.5, in: ASA 83 S. 227). Gegenteils ist zu verlangen, dass die Beschwerde gutgeheissen, der vorinstanzliche Entscheid aufgehoben und der unterinstanzliche Entscheid bestätigt werden kann (BGE 137 V 314 E. 3 S. 317 f.; 133 II 409 E. 1.2 S. 412). Würde das Bundesgericht im vorliegenden Fall nun aber erwägen, die Beschwerde des Steuerpflichtigen sei gutzuheissen, würde dies bedeuten, dass die Vorinstanz den Entscheid der Steuerrekurskommission zu Unrecht aufgehoben hat. Das Verfahren würde damit seinen Fortgang nehmen. So hatte die Steuerrekurskommission ihrerseits die Sache an die KSTV/BE zurückgewiesen, damit diese die Steuerbusse für die Vermögenssteuer festsetze (vorne E. 1.7).
2.5.2. Allein mit der Gutheissung der Beschwerde lässt sich mithin noch kein Endentscheid herbeiführen. Somit liegt auch kein Anwendungsfall von Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG vor, zumal der Steuerpflichtige allem Anschein nach der Ansicht ist, auch hinsichtlich der Vermögenssteuer liege keine Steuerumgehung vor. Da dieser Aspekt vor Bundesgericht nicht streitig ist, zielt die Beschwerde im Kern auch nicht auf die Herbeiführung eines Endentscheides ab. Vor diesem Hintergrund erübrigt es sich zu prüfen, ob der Steuerpflichtige hinreichend dargelegt hat, welche Tatsachen noch umstritten und welche weitläufigen Beweiserhebungen in welchem zeitlichen und kostenmässigen Umfang erforderlich sind (Urteil 5A_752/2015 vom 9. März 2016 E. 3 mit Hinweisen).
2.5.3. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten. Da die Unzulässigkeit offensichtlich ist, kann die Sache im vereinfachten Verfahren durch Entscheid des präsidierenden Mitglieds als Einzelrichter erledigt werden (Art. 108 Abs. 1 lit. a BGG).
2.6.
2.6.1. Im Bereich der direkten Bundessteuer sind die Sachumstände anders: Die Steuerrekurskommission verneinte eine Verkürzung der Einkommenssteuer und damit das Vorliegen einer Steuerhinterziehung. Mit der Gutheissung der Beschwerde wäre abschliessend festgestellt, dass in der direkten Bundessteuer keine Steuerhinterziehung vorliegt. Insoweit liesse sich zwar ein Endentscheid herbeiführen. Demgegenüber könnte mit diesem Endentscheid kein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren eingespart werden. Was die kantonale Einkommenssteuer betrifft, hat die Steuerrekurskommission den Zeitpunkt der Realisation noch nicht ermittelt und die Frage nach der Vollständigkeit der Veranlagungsverfügungen 2006 bislang offengelassen (vorne E. 1.8). Dies hat sie nun an die Hand zu nehmen. Auch wenn die direkte Bundessteuer nicht mehr zu prüfen wäre, bestünde diese Aufgabe weiter. Alleine mit der Gutheissung der Beschwerde zur direkten Bundessteuer vermindert sich der Abklärungsbedarf damit nicht.
2.6.2. Auf die Beschwerde zur direkten Bundessteuer ist daher nicht einzutreten. Auch dies kann im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 BGG entschieden werden.
3.
Nach dem Unterliegerprinzip (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 BGG) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Steuerpflichtigen aufzuerlegen. Dem Kanton Bern, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, Steuerjahr 2006, wird nicht eingetreten.
2.
Auf die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Bern, Steuerjahr 2006, wird nicht eingetreten.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 4'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern Verwaltungsrechtliche Abteilung und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juni 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher