Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in U._ bezweckt den Kauf, Verkauf und die Verwaltung von Liegenschaften sowie den Handel mit Wein und Spirituosen. Gemäss den Veranlagungen für die Kantons- und Gemeindesteuer sowie für die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 2006 bis 2011 erzielte die A._ AG 2006 bis 2009 keinen steuerbaren Reingewinn; das steuerbare Kapital bei der Kantons- und Gemeindesteuer betrug Fr. 291'000.-- (2006), Fr. 309'000.-- (2007), Fr. 252'000.-- (2008) und Fr. 359'000.-- (2009). Für die Steuerjahre 2010 und 2011 wurden verschiedene Aufrechnungen vorgenommen und der steuerbare Reingewinn bei der Kantons- und Gemeindesteuer sowie der direkten Bundessteuer auf Fr. 7'200.-- (2010) bzw. Fr. 269'400.-- (2011) festgesetzt; das steuerbare Kapital betrug Fr. 381'000.-- (2010) bzw. Fr. 642'000.-- (2011).
B.
Die Kantonale Steuerkommission Schaffhausen hiess am 3. Juli 2015 Einsprachen der A._ AG gegen die entsprechenden Schlussrechnungen teilweise gut und setzte den steuerbaren Reingewinn bei der Kantons- und Gemeindesteuer ebenso wie bei der direkten Bundessteuer für die Steuerperiode 2010 auf Fr. 4'700.-- fest; der steuerbare Reingewinn der Steuerperiode 2011 blieb unverändert. Die Steuerkommission hielt insbesondere an der Aufrechnung von Abschreibungen fest, welche die A._ AG auf der mit einem Mehrfamilienhaus überbauten Liegenschaft V._weg xx und yy in U._ (GB U._ Nr. zz; Steuerwert Fr. 1'585'000.--) in den Geschäftsjahren 2010 und 2011 vorgenommen hatte. Die aufgerechneten Abschreibungen und die zugehörigen Buchwerte stellen sich wie folgt dar:
V._weg xx V._weg yy Abschreibung 2010 Fr. 8'500.-- Fr. 10'000.-- Buchwert per 31.12.2010 Fr. 667'800.-- Fr. 848'015.-- Abschreibung 2011 Fr. 10'000.-- Fr. 12'700.-- Buchwert per 31.12.2011 Fr. 657'800.-- Fr. 835'315.--
Zur Begründung der Aufrechnungen führte die Steuerkommission aus, der Buchwert beider Liegenschaften belaufe sich zusammen auf Fr. 1'515'815.-- (2010) bzw. Fr. 1'493'115.-- (2011). Damit lägen die Buchwerte in beiden Steuerperioden unter dem Steuerwert von Fr. 1'585'000.-- für beide Liegenschaften, weshalb praxisgemäss keine Abschreibungen mehr möglich seien.
C.
Gegen den Entscheid der Steuerkommission gelangte die A._ AG mit Rekurs (Kantons- und Gemeindesteuer) und Beschwerde (direkte Bundessteuer) ans Obergericht des Kantons Schaffhausen. Das Obergericht vereinigte die beiden Verfahren und hiess Rekurs und Beschwerde am 8. Juli 2016 teilweise gut. Die von der Steuerkommission aufgerechneten Abschreibungen auf den Wohnliegenschaften V._weg xx und yy liess das Obergericht zu. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die von der A._ AG vorgenommenen Abschreibungen hielten sich im Rahmen der Abschreibungssätze, wie sie in den Merkblättern der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgesehen seien. Nach diesen Normalsätzen vorgenommene Abschreibungen gälten ohne Weiteres als geschäftsmässig begründet, auch wenn der sich ergebende Buchwert offensichtlich unter den wirklichen Wert sinke. Immerhin sei zu beachten, dass bei überbauten Grundstücken eine Abschreibung nur bis zum Wert des Lands zulässig sei. Dass hier der Landwert erreicht sei, mache die Steuerverwaltung nicht geltend. Daher seien die Abschreibungen zuzulassen (Entscheid des Obergerichts vom 8. Juli 2016 E. 5.2.2. S. 7).
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. September 2016 beantragte die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen, das Urteil des Obergerichts sowohl betreffend die direkte Bundessteuer als auch betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern aufzuheben, soweit es die Gutheissung der Abschreibungen auf der Liegenschaft GB U._ Nr. zz in den Jahren 2010 und 2011 betreffe, und den Einspracheentscheid vom 3. Juli 2015 zu bestätigen, soweit er die Abweisung der Abschreibungen auf der Liegenschaft GB U._ Nr. zz in den Jahren 2010 und 2011 betreffe.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichteten am 16. September 2016 bzw. am 17. November 2016 auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdegegnerin schloss in ihrer Stellungnahme vom 14. Oktober 2016 auf Abweisung der Beschwerde. In einer unaufgefordert eingereichten Replik vom 29. November 2016 hielt die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.
Erwägungen:
I. Formelles
1.
Die Vorinstanz hat die Verfahren betreffend direkte Bundessteuer und Kantons- und Gemeindesteuern vereinigt und ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführerin ficht dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeschrift an. Dies ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen der direkten Bundessteuer und den Kantons- und Gemeindesteuern unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit die beiden Steuerarten angefochten sind und wie zu entscheiden ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 263 f.; Urteile 2C_800/2016, 2C_801/2016 vom 14. Februar 2017 E. 1.2 und 2C_1086/2012, 2C_1087/2012 vom 16. Mai 2013 E. 1.1). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt. Das Bundesgericht hat hier für die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_814/2016) und die direkte Bundessteuer (2C_815/2016) zwei getrennte Dossiers angelegt. Da beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen, die gleichen Parteien betreffen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis; Urteil 2C_800/2016, 2C_801/2016 vom 14. Februar 2017 E. 1.2).
2.
2.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127) über die Kantons- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen. Die Kantonale Steuerverwaltung ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG; und Art. 73 Abs. 2 StHG zur Beschwerde legitimiert (vgl. BGE 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.; 134 II 124 E. 2.6.3 S. 130 f.; Urteil 2C_991/2011, 2C_992/2011 vom 18. Juli 2012 E. 2.1, Urteil 2C_365/2009 vom 24. März 2010 E. 2.1). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
2.2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf entsprechende Rüge hin berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn zudem die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine Rechtsverletzung im Sinne dieser Bestimmungen liegt auch vor, wenn ein rechtserheblicher Sachverhalt gar nicht festgestellt, wurde, d.h. die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz unvollständig ist. Das gilt insbesondere dann, wenn die Vorinstanz bestimmte Aspekte nicht festgestellt hat, die aufgrund ihrer Rechtsauffassung nicht rechtserheblich waren, diese Aspekte aber aufgrund der Rechtsbeurteilung durch das Bundesgericht rechtserheblich werden (BGE 141 II 14 E. 1.6 S. 24; HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], [nachfolgend: Komm. BGG], 2. Aufl. 2015, N. 13 zu Art. 97 BGG). Die Befugnis des Bundesgerichts gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen zu berichtigen oder zu vervollständigen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung i.S.v. Art. 95 BGG beruht, entbindet den Beschwerdeführer nicht von seiner Behauptungs- und Begründungspflicht. Das Bundesgericht muss nicht selbst in den Akten nachforschen, ob diese eventuell Anhaltspunkte einer Ungenauigkeit des Sachverhalts der Vorinstanz enthalten könnten. Das Bundesgericht ergänzt den Sachverhalt gestützt auf Art. 105 Abs. 2 BGG ausnahmsweise von Amtes wegen, wenn es bei der Prüfung der vorgebrachten Rügen feststellt, dass die Vorinstanz nicht alle relevanten Tatsachen ermittelt hat, die zur Anwendung des massgeblichen Bundesrechts notwendig sind und es die Beschwerde nicht zur Vervollständigung des Sachverhalts an die Vorinstanz zurückweist (BGE 133 IV 286 E. 6.2 S. 288; 133 II 249 E. 1.4.3; NICOLAS VON WERDT; in: Komm. BGG, a.a.O., N. 10 ff. zu Art. 105 BGG).
II. Direkte Bundessteuer
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin führt aus, bei der Beschwerdegegnerin handle es sich um eine Immobiliengesellschaft und die infrage stehenden Abschreibungen beträfen ein von dieser vermietetes Wohnhaus. Die Bestimmung eines angemessenen Abschreibungssystems hänge von Schätzungen ab und sei daher mit Unsicherheiten behaftet. Daher habe die Eidgenössische Steuerverwaltung mit dem Merkblatt A 1995 "Abschreibungen auf dem Anlagevermögen geschäftlicher Betriebe (Merkblatt) " für die wichtigsten Arten des abnutzbaren Anlagevermögens Richtlinien für die anzuwendenden Abschreibungssätze erlassen. Bei Einhaltung dieser Normalsätze werde die geschäftsmässige Begründetheit vermutet. Nach allgemeiner und langjähriger Praxis des Kantons Schaffhausen, wie sie in der Dienstanleitung zum Schaffhauser Steuergesetz (Dienstanleitung Art. 69 Nr. 1) niedergelegt sei, könne bei Wohnhäusern von Immobiliengesellschaften ohne den Nachweis eines tieferen Wertes nicht unter den Steuerwert abgeschrieben werden. Ein Verkehrswert unter dem Steuerwert wäre bei vermieteten Liegenschaften sehr ungewöhnlich, sei jedoch nicht gänzlich ausgeschlossen. In Anwendung der bundesrechtlich vorgegebenen Beweislastregelung nach der Normentheorie - die Steuerbehörde hat steuerbegründende sowie -erhöhende Tatsachen, der Steuerpflichtige hingegen steueraufhebende sowie -mindernde Tatsachen nachzuweisen - werde bei Einhaltung der Abschreibungssätze gemäss Merkblatt die geschäftsmässige Begründetheit ordentlicher Abschreibungen vermutet (wobei dem Steuerpflichtigen der Nachweis eines höheren Abschreibungsbedarfs offenstehe). Werde durch eine ordentliche Abschreibung indessen der Steuerwert einer Liegenschaft unterschritten, so gelte die umgekehrte Vermutung, dass nämlich die Abschreibung nicht geschäftsmässig begründet sei. Es liege dann am Steuerpflichtigen, diese Vermutung durch den Nachweis eines doch bestehenden Abschreibungsbedarfs umzustossen. Einen solchen Nachweis habe die Beschwerdegegnerin hier nicht angetreten. Das Obergericht habe mit seinem Entscheid die bundesrechtliche Beweislastregelung im Steuerrecht in unhaltbarer Weise ignoriert und sei damit auch im Ergebnis in Willkür verfallen.
3.2. Die Beschwerdegegnerin vertritt dagegen den Standpunkt, sofern die im Merkblatt enthaltenen Abschreibungssätze eingehalten seien, bestehe kein Raum für eine weitere steuerliche Begrenzung der Abschreibungsmöglichkeit. Eine Untergrenze für ordentliche Abschreibungen ergebe sich allein daraus, dass, wenn wie in ihrem Fall auf Gebäude und Land zusammen abgeschrieben werde, der Landwert nicht unterschritten werden dürfe. Dass dieser durch den Bilanzwert der Liegenschaft V._weg xx und yy nicht unterschritten werde, sei unbestritten. Für eine weitergehende Beschränkung der Abschreibungsmöglichkeit auf den Steuerwert als Untergrenze, und sei dies auch nur im Sinne einer widerlegbaren Vermutung, fehle es an einer gesetzlichen Grundlage.
3.3.
3.3.1. Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, wenn eine kaufmännische Buchhaltung fehlt, in besonderen Abschreibungstabellen, ausgewiesen sind (Art. 62 Abs. 1 DBG in der hier noch anwendbaren Fassung vom 14. Dezember 1990; ebenso Art. 27 Abs. 2 lit. a bzw. Art. 28 Abs. 1 DBG). Neben dem buchmässigen Ausweis, der bereits aufgrund der Massgeblichkeit der Handelsbilanz verlangt wird, ist damit Voraussetzung der steuerlichen Berücksichtigung von Abschreibungen deren geschäftsmässige Begründetheit. Der Einkommens- bzw. Gewinnsteuer soll der tatsächlich erzielte Periodengewinn unterliegen. Mit Blick darauf hat die Veranlagungsbehörde von Amtes wegen einzugreifen (Art. 130 Abs. 1 DBG), falls der Wertansatz eines Aktivums des Geschäftsvermögens den handelsrechtlich zulässigen Höchstwert übersteigt oder aber den steuerrechtlich zulässigen Tiefstwert unterschreitet (Urteil 2C_1155/2014 vom 1. Februar 2016 E. 3.3.1; Urteile 2C_1168/2013, 2C_1169/2013 vom 30. Juni 2014 E. 3.1, in: StE 2014 B 72.14.2 Nr. 44; 2A.157/2001 vom 11. März 2002 E. 2d, in: RDAF 2002 II 131, StE 2002 B 72.13.1 Nr. 3, StR 57/2002 S. 392).
3.3.2. In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt (Art. 62 Abs. 2 DBG, ebenso Art. 27 Abs. 2 lit. a bzw. Art. 28 Abs. 2 DBG). Ordentliche Abschreibungen - allein um solche geht es hier - sollten der tatsächlichen laufenden (vgl. Urteil 2C_1155/2014 vom 1. Februar 2016 E. 3.4.2) Wertminderung des Vermögensgegenstands entsprechen, welche von Jahr zu Jahr variieren kann. Der Einfachheit halber kann jedoch diejenige Methode angewendet werden, welche die Abschreibung entsprechend der Anzahl Jahre des voraussichtlichen Gebrauchs des Aktivums verteilt (BGE 132 I 175 E. 2.2 S. 178). Planmässigkeit der Abschreibung vorausgesetzt bedeutet dies, dass bei abnutzbaren Vermögensgegenständen eine weitgehend freie Verteilung des Abschreibungsaufwandes auf die Nutzungsdauer zugelassen ist (MARKUS REICH/ MARINA ZÜGER/ PHILIPP BETSCHART, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, DBG, 3. Aufl., 2017, N. 14 zu Art. 28 DBG). Die zulässigen Abschreibungssätze werden dabei in der Regel von den Steuerbehörden festgelegt, wie dies für die direkte Bundessteuer durch das Merkblatt erfolgt ist, welches die Normalsätze für die Abschreibungen in Prozenten des Buchwertes für die verschiedenen Arten von Immobilien festsetzt, wobei die Normalsätze verschieden sind, je nachdem, ob sie sich auf das Gebäude allein oder auf die Gesamtheit von Gebäude und Land beziehen (BGE 132 I 175 E. 2.2. S. 178 f.).
3.3.3. Für Immobilien wie für alle anderen Aktiven gilt, dass eine Abschreibung nur dann gerechtfertigt ist, wenn sie aufgrund des Gebrauchs oder wegen des Zeitablaufs auch tatsächlich entwertet werden. Ein Vermögenswert, welcher keinerlei Wertminderung unterliegt, muss nicht abgeschrieben werden, und zwar unabhängig davon, welche Abschreibungsmethode für ihn anzuwenden wäre; in Ermangelung eines Minderwerts könnte das Recht auf Abschreibung nicht als geschäftsmässig begründet betrachtet werden. Dies könnte zum Beispiel der Fall sein, wenn ein Gebäude ordnungsgemäss unterhalten wird (BGE 132 I 175 E. 2.3 S. 179). Allein der Umstand, dass ein Gebäude ordnungsgemäss unterhalten wird, führt zwar nicht notwendig dazu, dass es keinem Wertverlust unterliegt (vgl. IVO BAUMGARTNER, Unterste steuerliche Abschreibungsgrenze bei Liegenschaften, ST 67/1993, S. 624 mit Hinweisen). Umgekehrt ist inzwischen aber auch anerkannt, dass es gerade bei gut unterhaltenen Wohnliegenschaften an attraktiver Lage unter Umständen bei ordentlichem Unterhalt auch langfristig gegenüber einem an gleicher Stelle zu errichtenden Ersatzgebäude zu keinem Wertverlust kommen muss (vgl. KASPAR FIERZ, Immobilienökonomie und Bewertung von Liegenschaften, Zürich 2011, S. 179 f.). Angesichts des Zwecks der Abschreibung, nämlich der Entwertung einer Immobilie Rechnung zu tragen, bedeutet dies, dass sich der End- bzw. Restwert einer Anlageliegenschaft als der Wert präsentiert, den diese unter ungünstigsten Bedingungen im Zeitpunkt ihres Ausscheidens aus dem Geschäft aufweisen wird (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 53 zu Art. 28). Dieser Wert bildet Grundlage für die Bemessung der ordentlichen Abschreibung und lässt sich grundsätzlich nur für jede Liegenschaft individuell bestimmen. Nichts anderes ergibt sich auch unter Geltung des neuen Rechnungslegungsrechts, welches hier, wo es um die Beurteilung von im Jahr 2010 und 2011 vorgenommene Abschreibungen geht, noch nicht zum Zuge kommt. Auch nach neuem Recht bemisst sich der steuerlich zu berücksichtigende ordentliche Abschreibungsbedarf an einem allfälligen Restwert und ist davon abhängig, wann dieser voraussichtlich erreicht wird bzw. der Vermögensgegenstand aus dem Unternehmen ausscheidet (vgl. TOBIAS HÜTTCHE, in: Rechnungslegung nach Obligationenrecht, veb.ch Praxiskommentar, 2014, N. 71 f. zu Art. 960a OR; vgl. überdies PETER BÖCKLI, Neue OR-Rechnungslegung, 2014, Rz. 967, wonach nur ausnahmsweise, nämlich wenn er durch die Praxis erhärtet ist, ein Restwert anzunehmen ist; davon muss mit Bezug auf ordentlich unterhaltene Wohnliegenschaften ausgegangen werden; vgl. ebenso auch Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Band Buchführung und Rechnungslegung, 2013, S. 191).
3.3.4. Die zeitlich weitgehend freie Vornahme ordentlicher Abschreibungen führt in vielen Fällen zur Bildung stiller Reserven, weil die jeweiligen Abschreibungen in einzelnen Perioden keinen realen Wertverlust abbilden; gegebenenfalls kann einer Abschreibung sogar eine reale Wertzunahme gegenüberstehen. Diese gelegentliche Bildung stiller Reserven stellt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung im Prinzip keinen Grund für die Verweigerung der Anerkennung der Geschäftsmässigkeit einer Abschreibung dar. Bei Vorliegen einer linearen Abschreibung darf die Begründung stiller Reserven nur dann eingeschränkt werden, wenn diese konstant sind. In diesem Fall muss geprüft werden, ob nicht ein zu hoher Abschreibungssatz gewählt wurde. Eine Verweigerung der steuerlichen Anerkennung einer Abschreibung rechtfertigt sich nur dann, wenn erstellt ist, dass der Abschreibungssatz konstant zu hoch ausfällt oder die Liegenschaft langfristig keine Wertminderung erfährt (BGE 132 I 175 E. 3 S. 180). Einer ordentlichen Abschreibung ist die steuerliche Anerkennung somit ganz bzw. teilweise zu versagen, wenn zu rasch (d.h. mit dem realen laufenden Wertverlust klarerweise nicht entsprechenden überhöhten Abschreibungssätzen) abgeschrieben wird und/oder kein Abschreibungsbedarf (mehr) besteht, weil mit keinem Wertverlust (mehr) zu rechnen ist.
3.4.
3.4.1. Die von der Beschwerdegegnerin gehaltene Liegenschaft ist eine Wohnliegenschaft, welche diese seit längerer Zeit als Teil ihres Anlagevermögens hält und vermietet. Die Liegenschaft umfasst ein Grundstück; in der Buchhaltung werden aus nicht bekannten Gründen zwei Konti geführt. Die Beschwerdegegnerin hat - jedenfalls in den beiden hier interessierenden Geschäftsjahren 2010 und 2011 - auf dem Buchwert ordentliche Abschreibungen vorgenommen, die dem Normalsatz von 1.5 % für Gebäude und Land zusammen gemäss dem Merkblatt entsprechen bzw. im Geschäftsjahr 2010 sogar darunter liegen.
3.4.2. Das Merkblatt bildet kein Bundesrecht, sondern ist eine Verwaltungsverordnung und bindet die richterlichen Behörden nicht. Es wendet sich an die rechtsanwendenden Behörden und bezweckt eine einheitliche Veranlagungspraxis. Ordentliche Abschreibungen gelten danach, wenn sie die im Merkblatt festgelegten Höchstansätze für Abschreibungen nicht übersteigen, ohne besonderen Nachweis als geschäftsmässig begründet (vgl. analog zum Merkblatt A/2001 Landwirtschaft/Forstwirtschaft Urteil 2C_383/2012 vom 6. September 2012 E. 2.1). Dem Merkblatt ist indessen zur hier streitigen Problematik, ob und wann allenfalls ein Wert erreicht wird, der offensichtlich weit unterhalb des tatsächlichen Werts einer Liegenschaft liegt, keine Aussage zu entnehmen.
3.4.3. Die Beschwerdeführerin vertritt die Auffassung, der Steuerwert müsse - im Sinne einer tatsächlichen Vermutung - die Untergrenze für die Vornahme ordentlicher Abschreibungen bilden. Wolle ein Steuerpflichtiger auf einer Liegenschaft ordentliche Abschreibungen vornehmen, die zu einem Bilanzwert unterhalb des Steuerwerts führten, so gelte nicht mehr gemäss Merkblatt die Vermutung der geschäftsmässigen Begründetheit der Abschreibung, sondern umgekehrt die tatsächliche Vermutung, dass eine solche Abschreibung nicht mehr geschäftsmässig begründet sei.
3.4.4. Diese Auffassung geht, wie das Bundesgericht bereits mit Bezug auf den Genfer Steuerwert entschieden hat, zu weit, indem sie, ohne weitere Untersuchung der Frage, ob tatsächlich (noch) ein Abschreibungsbedarf besteht (BGE 132 I 175 E. 3 S. 180), bei Unterschreiten des Steuerwerts keine Abschreibung mehr zulassen will. Es mag sein, dass der tatsächliche Wert einer Wohnimmobilie sehr häufig höher liegt als der Steuerwert. Das allein genügt indessen nicht, um ohne Weiteres anzunehmen, die vorgenommene Abschreibung führe, zusammen mit den bereits früher und mit den noch in Zukunft vorzunehmenden ordentlichen Abschreibungen, zu einem konstant zu tiefen Buchwert. Insoweit geht denn auch der Vorwurf der Beschwerdeführerin ans Obergericht fehl, es habe mit seinem Entscheid die Grundregel der Beweislast im Steuerrecht verletzt.
3.4.5. Die Steuerverwaltung hat vor Obergericht nicht geltend gemacht, geschweige denn nachgewiesen, dass die kantonalen Steuerwerte für Liegenschaften generell, in erheblichem Umfang und dauerhaft unter den tatsächlichen Werten der Liegenschaften liegen. Unter diesen Umständen hätte die Steuerverwaltung im Veranlagungs- und/oder im anschliessenden kantonalen Rechtsmittelverfahren konkrete Anhaltspunkte vorbringen müssen, welche klar auf das Vorliegen eines dauerhaft und in erheblichem Umfang zu tiefen Buchwerts der Liegenschaft der Beschwerdegegnerin hindeuten würden. Angesichts des Charakters der Normalabschreibung als eines in der Praxis generell anerkannten, einer rechtsgleichen Veranlagungspraxis mit Bezug auf die Anerkennung von ordentlichen Abschreibungen dienenden Instruments, wäre es Aufgabe der Steuerverwaltung gewesen, konkret aufzuzeigen, dass und warum - z.B. weil es sich um ein kontinuierlich unterhaltenes und langfristig keinen Minderwert aufweisendes Objekt ohne bzw. mit einem niedrigeren langfristigen ordentlichen Abschreibungsbedarf (vgl. oben E. 3.3.3) handelt - die ordentliche Abschreibung im konkreten Fall einen konstant deutlich zu tiefen Buchwert gemessen am Verkehrswert ergibt. Es führt zwar zu weit, wenn das Obergericht im angefochtenen Entscheid ausführt, eine Normalabschreibung sei auch dann steuerlich zu akzeptieren, wenn der sich ergebende Wert offensichtlich unter den wirklichen Wert sinke; die nach den Normalsätzen vorgenommenen Abschreibungen gälten ohne Weiteres als geschäftsmässig begründet (vgl. angefochtener Entscheid E. 5.2.2). Der Veranlagungsbehörde steht es offen, die Vermutung, dass Abschreibungen zum Normalsatz geschäftsmässig begründet sind, zu widerlegen. Wie üblich obliegt ihr dabei für steuerbegründende oder -erhöhende Tatsachen die Beweislast, während diejenige für steueraufhebende oder -mindernde Umstände grundsätzlich die Pflichtige trifft (BGE 140 II 248 E. 3.5 S. 352; 133 II 153 E. 4.3 S. 158 f.). Die Beschwerdeführerin bringt allerdings keine substanziierte Sachdarstellung vor und erst recht nicht gelingt ihr der Nachweis, dass die vorgenommene Abschreibung der Beschwerdegegnerin zu einem konstant deutlich zu tiefen Buchwert der Liegenschaft gemessen am Verkehrswert führt. Für das Obergericht bestand folglich kein Anlass, dazu eigene Untersuchungen durchzuführen. Im Ergebnis verletzt der angefochtene Entscheid damit kein Bundesrecht. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde.
III. Kantons- und Gemeindesteuern
4.
4.1. Art. 10 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 24 Abs. 4 StHG regelt die steuerliche Anerkennung von Abschreibungen für die Gewinnsteuer der Kantone und Gemeinden. Danach bleiben neben dem System der Normalsätze in den Kantonen zur Anwendung gebrachte andere Abschreibungsmethoden (insbesondere Sofortabschreibung und Einmalerledigung) zulässig (Markus Reich/Julia von Ah, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 3. Aufl., 2017, N. 14 zu Art. 10 StHG mit Hinweisen).
4.2. Ansonsten ist jedoch die Regelung der Abschreibungen im StHG und jene im DBG inhaltsgleich, d.h. Abschreibungen müssen stets buchmässig und geschäftsmässig begründet sein, damit sie steuerlich anerkannt werden können (REICH/VON AH, a.a.O., N. 15 zu Art. 10 StHG mit Hinweisen). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin (vgl. Beschwerdeschrift, S. 5 oben) besteht somit auch kein Gestaltungsspielraum, innerhalb dessen der kantonale Gesetzgeber eigene Massstäbe für die geschäftsmässige Begründetheit von Abschreibungen aufstellen kann. Wann eine Abschreibung steuerlich anzuerkennen ist, bestimmt sich vielmehr aufgrund des bundesrechtlich vorgegebenen Begriffs der geschäftsmässigen Begründetheit; danach haben sich denn auch die kantonale Praxis und allfällige Verwaltungsverordnungen in den Kantonen zu richten. Es fällt daher ausser Betracht, den von der Beschwerdegegnerin vorgenommenen Abschreibungen allein unter Verweis auf die Dienstanleitung zum Schaffhauser Steuergesetz die Anerkennung zu versagen. Auch hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuer gilt das bereits zur direkten Bundessteuer Ausgeführte: Die Steuerverwaltung hätte konkrete Anhaltspunkte dafür vorbringen müssen, dass die von der Beschwerdegegnerin in den Geschäftsjahren 2010 und 2011 vorgenommenen Abschreibungen einen konstant deutlich zu tiefen Buchwert gemessen am Verkehrswert ergeben. Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern ist daher ebenfalls abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigung
5.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Schaffhausen aufzuerlegen, der in seiner Eigenschaft als Abgabegläubiger Vermögensinteressen verfolgt hat (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 [e contrario] BGG). Er hat ausserdem die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_814/2016 und 2C_815/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_815/2016) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_814/2016) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Schaffhausen auferlegt.
5.
Der Kanton Schaffhausen hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching