Faits :
A.
A._ souffrait d'une schizophrénie paranoïde et a connu de ce fait plusieurs épisodes d'institutionnalisation, dont notamment une hospitalisation en octobre 2012 pour décompensation maniaque avec symptômes psychotiques.
En 2014, un placement à des fins d'assistance (ci-après PLAFA) a été décidé le 13 janvier et le patient transféré à l'hôpital psychiatrique de Prangins pour mise à l'abri d'un risque hétéro-agressif. Après avoir été placé en chambre de soins intensifs, il a pu sortir de ce service et bénéficier, le 22 janvier 2014, d'une levée du PLAFA.
Néanmoins, le 27 janvier 2014, le patient a été transféré au Centre de psychiatrie du Nord vaudois en raison d'un risque d'hétéro-agressivité élevé. Il a été placé en chambre de soins intensifs, puis a pu en sortir avant d'être transféré à l'hôpital psychiatrique de Prangins. Dans la journée, il a à nouveau été placé en chambre de soins intensifs. Le 28 janvier 2014, un nouveau PLAFA a été décidé.
Le 1er février 2014, vers 17 h, le Dr B._ a rendu visite à A._, en qualité de médecin-délégué. Il était accompagné de l'infirmier X._, membre de l'équipe en charge du patient depuis le début de son séjour à Prangins, ainsi que de deux autres infirmiers. Le patient a indiqué qu'il ne voyait pas pourquoi il devait rester à l'hôpital. Le médecin a toutefois constaté qu'il était délirant et n'était dès lors pas en mesure de coopérer dans le cadre d'un traitement. Il lui est apparu que le patient avait besoin de soins en milieu hospitalier fermé et a signifié au patient qu'il devrait rester à l'hôpital contre son gré.
Malgré deux directives émises par le Département de psychiatrie du CHUV imposant que " deux soignants soient présents lors de soins directs au patient dans la chambre de soins intensifs ", X._ a pris l'initiative de passer un accord avec A._, aux termes duquel l'infirmier pourrait aller voir seul le patient lorsque celui l'appellerait, à condition que l'intéressé ne se montre pas violent et ne tente pas de s'enfuir. X._ pouvait de la sorte se rendre plus souvent auprès du patient pour répondre à ses angoisses.
Ainsi, après le départ du Dr B._, sachant que l'entretien avait été une déception pour le patient, X._ est passé voir celui-ci. Il est alors resté à l'extérieur de la chambre de soins intensifs et a vu le patient assis sur son lit. L'ayant trouvé calme, il s'en est allé. Peu après, A._ a sonné à nouveau. X._ est alors revenu et a ouvert la première porte de la chambre. Il a vu, à travers la seconde porte, fermée à clef et partiellement vitrée, du sas d'entrée de la chambre de soins intensifs que A._ l'attendait debout, à environ deux mètres de distance. X._, seul, a ouvert la seconde porte. Le patient a immédiatement bondi et poussé fortement la porte qui s'est ouverte vers l'extérieur. Il a réussi à mettre son bras dans l'ouverture et a tenté de passer. X._ a déclenché son alarme et est parvenu à faire tomber le patient entre les deux portes du sas. Ce dernier s'est toutefois relevé et a quitté la chambre. Après avoir poursuivi son patient dans le couloir puis dans le hall de l'hôpital et l'avoir fait tomber à deux reprises, X._, moins fort que l'intéressé, a abandonné la poursuite et laissé s'échapper de l'établissement le patient. Le 1er février 2014, à 17 h 45, le personnel de l'hôpital psychiatrique de Prangins a signalé la fuite de A._ à la police. Celle-ci a mené durant les jours qui ont suivi des recherches qui sont toutefois restées vaines.
Le 7 février 2014, vers 11 h 40, des baigneurs ont découvert dans le lac Léman le corps sans vie de A._, à proximité de la plage de C._, à D._.
B.
Par ordonnance du 3 octobre 2016, le Ministère public central du canton de Vaud a classé la procédure pénale dirigée contre X._ pour homicide par négligence, a refusé de lui accorder une indemnité fondée sur l'art. 429 CPP et a mis les frais à sa charge. Au vu des circonstances, cette autorité a décidé de renoncer à renvoyer X._ en jugement sous la prévention d'homicide par négligence et rendu une ordonnance de classement en faisant une application par analogie de l'art. 53 CP.
C.
Par arrêt du 9 décembre 2016, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours formé contre cette ordonnance par X._.
D.
Ce dernier forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral à l'encontre de cet arrêt. Il en requiert, avec suite de frais et dépens, la réforme en ce sens qu'une indemnité pour l'exercice de ses droits de procédure lui est accordée par 9'236 fr. et que les frais de première instance sont laissés à la charge de l'Etat. Il conclut à titre subsidiaire à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite l'octroi de l'effet suspensif.
Considérant en droit :
1.
En l'espèce, le recourant ne se plaint pas de la manière dont l'autorité de première instance, suivie par l'autorité cantonale, a clos la procédure pénale (renonciation à poursuivre formulée sous forme de classement), cela malgré le mélange entre les procédures distinctes que sont d'une part la procédure de classement (art. 319 CPP), d'autre part celle de la renonciation à poursuivre (art. 53 CP; sur ces procédures et leur caractère alternatif cf. ATF 135 IV 27 consid. 2.3 p. 30). Il n'y a par conséquent pas lieu d'y revenir. Au demeurant, le sort des frais de procédure est régi, dans la première comme dans la seconde procédure, en l'absence de prononcé de culpabilité, par l'art. 426 al. 2 CPP (THOMAS DOMEISEN, Basler Kommentar, StPO II, 2e éd. 2014, n° 8 ad art. 426 CPP).
Le recourant se plaint ainsi uniquement que les frais de procédure ont été mis à sa charge en violation de l'art. 426 al. 2 CPP et qu'une indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. c CPP lui a été refusée en application de l'art. 430 al. 1 let. a CPP. Dès lors, il n'est plus question d'examiner les causes éventuelles de la mort de la victime, mais uniquement de déterminer si le recourant a, par son comportement, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure pénale ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci.
2.
Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel qui reverrait librement les faits. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. ATF 143 IV 241 consid. 2.3 p. 244; 142 II 355 consid. 6 p. 358).
Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368).
2.1. Le recourant parsème son recours de nombreux faits qui ne sont pas constatés dans l'arrêt attaqué, sans invoquer ni démontrer, à l'appui de leur prise en compte, l'arbitraire de leur omission, conformément aux exigences de motivation rappelées ci-dessus. Ces faits sont irrecevables et avec eux les griefs que le recourant fondent sur eux.
2.2. Le recourant estime arbitraire la constatation par l'autorité précédente que le patient présentait au moment des faits un risque auto-agressif élevé.
L'autorité précédente a retenu l'existence d'un risque auto-agressif en se fondant sur l'extrait de dossier du patient au 11 janvier 2014, le rapport du Dr B._ du 4 février 2014, les témoignages des Dr E._, F._ et B._ et la déposition du recourant (arrêt attaqué, p. 13-14).
L'argumentation du recourant consiste à invoquer des preuves au dossier et à présenter sa propre appréciation de ces preuves sans démontrer que celle retenue par l'autorité précédente aurait été arbitraire. Elle est appellatoire et par voie de conséquence irrecevable. Au demeurant, la Dresse F._, médecin référent du patient, a déclaré que la première idée était d'éviter des risques d'hétéro- agressivité, mais aussi en toile de fond des risques d'auto-agressivité (procès-verbal de la Dresse F._, lignes 96 à 99, cité par le recourant). Quant au rapport établi par le Dr B._ à l'issue de son entretien avec le patient le 1er février 2014, juste avant la fuite, il indiquait que le patient présentait un " danger évident pour lui-même ". Cette mention était la seule soulignée en fluorescent. Ce document a été remis aux infirmiers à l'issue de l'entretien, à charge pour eux d'en communiquer le contenu au patient (procès-verbal d'audition du Dr B._, lignes 103 ss). Le recourant se réfère aux indications fournies le 27 janvier 2014. Le protocole de prise en charge en chambre de soins intensifs établi à cette date mentionne comme indication clinique " décompensation psychotique " et comme objectifs notamment " protection auto-agressif et hétéro-agressif ". Au vu de ces éléments, que les médecins précités aient pu, lors de leur audition par le ministère public, relativiser après-coup le risque d'auto-agression ne rend pas arbitraire le fait retenu par l'autorité précédente que le patient, au moment des faits, présentait bien un tel risque, qui plus est élevé, et que ce risque était signalé comme tel, ce dont le recourant avait été informé. Les griefs que le recourant semblent tirer de l'absence de risque auto-agressif sont irrecevables.
2.3. Pour le surplus un grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et la constatation des faits ne peut être admis que si la décision est arbitraire non seulement dans sa motivation arbitraire, mais également dans son résultat (ATF 142 II 369 consid. 4.3 p. 380). Au vu de la nature des autres griefs d'arbitraire soulevés, ceux-ci seront traités directement dans le cadre de l'examen du grief de violation de l'art. 426 CPP.
3.
Le recourant invoque une violation de l'art. 426 CPP.
Aux termes de l'art. 426 al. 2 CPP, lorsque la procédure fait l'objet d'une ordonnance de classement ou que le prévenu est acquitté, tout ou partie des frais de procédure peuvent être mis à sa charge s'il a, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile sa conduite.
La condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Celle-ci interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Une condamnation aux frais n'est ainsi admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement contraire à une règle juridique et fautif, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; arrêts 6B_1172/2016 du 29 août 2017 consid. 1.3; 6B_1146/2016 du 14 juillet 2017 consid. 1.3).
4.
Le recourant conteste avoir adopté un comportement illicite.
4.1. Pour déterminer si un comportement est propre au sens de l'art. 426 al. 2 CPP à justifier l'imputation des frais, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'art. 41 CO. De telles normes peuvent résulter de l'ensemble de l'ordre juridique suisse. Il peut s'agir d'une norme de droit privé, de droit administratif ou de droit pénal, d'une norme de droit écrit ou non écrit, de droit fédéral ou cantonal. Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (ATF 119 Ia 332 consid. 1b p. 334; 116 Ia 162 consid. 2c p. 170; arrêts 6B_1172/2016 du 29 août 2017 consid. 1.3; 6B_1146/2016 du 14 juillet 2017 consid. 1.3).
4.2. En l'espèce, la question ici n'est pas de savoir quelles suites administratives ont été données au comportement du recourant (recours, p. 8), mais de savoir si celui-ci a contrevenu, clairement, à une norme de comportement au sens exposé ci-dessus.
Il n'a de plus pas été reproché au recourant d'avoir été incapable, avec l'aide d'un autre infirmier, de maîtriser le patient indépendamment de la situation et du moment. L'acte reproché au recourant est d'avoir ouvert, seul, le 1er février 2014, peu avant 17 h 45, la porte fermée à clef de la chambre de soins intensifs où se trouvait le patient et d'y avoir pénétré seul.
4.3. En l'occurrence, deux directives établies par la direction du Département de psychiatrie du CHUV, en vigueur au moment des faits, prescrivent que " deux soignants doivent être présents lors de soins directs au patient dans la chambre de soins intensifs (soins techniques, soins relationnels) " (ch. 1.3 des directives de prise en charge en chambre de soins intensifs; également ch. 1.2 de la directive " sécurité des chambres de soins intensifs du DP "). L'une comme l'autre indiquent, en gras, que toute dérogation à ces règles devra être discutée en équipe pluridisciplinaire, argumentée et notifiée dans le dossier du patient par le médecin traitant.
4.4. Le recourant invoque que pour que le comportement du prévenu puisse constituer un acte illicite et fautif de nature à justifier l'application de l'art. 426 al. 2 CPP, il faut considérer le but de protection de la norme prétendument violée. Cette exigence résulterait d'une application par analogie des principes de l'art. 41 CO. Les directives précitées n'ayant pas pour objectif d'éviter la fugue de patients, leur violation éventuelle dans le cas concret ne permettait pas de justifier l'application de l'art. 426 al. 2 CPP.
Le grief est infondé. L'illicéité visée par l'art. 426 al. 2 CPP est donnée dès que le comportement constitue une violation claire d'une norme de comportement, sans égard aux intérêts que cette norme vise à protéger. La violation d'une norme de droit administratif est en outre suffisante pour permettre l'application de l'art. 426 al. 2 CPP, dans la mesure où la violation en cause est en relation avec l'ouverture de la procédure pénale.
4.5. Le recourant conteste avoir violé les directives précitées, dès lors que d'une part il n'entendait pas pénétrer dans la chambre de soins intensifs et que d'autre part il ne voulait pas fournir de soins au patient.
4.5.1. L'autorité précédente a interprété l'obligation faite par les directives précitées aux infirmiers de se trouver à deux dans la chambre de soins intensifs comme visant non seulement à garantir des soins optimaux, mais aussi et surtout à assurer la sécurité du personnel et à éviter des fugues de patients. Constatant que le recourant avait pénétré seul, le 1er février 2014, peu avant 17 h 45, dans la chambre de soins intensifs du patient, l'autorité précédente a estimé qu'il avait clairement et volontairement enfreint la norme de comportement intégrée dans les directives litigieuses.
4.5.2. A l'encontre de la violation retenue, le recourant soutient que les directives précitées, pas plus que d'autres, ne visaient à éviter les fugues des patients. L'interprétation contraire de ces dispositions par l'autorité précédente serait arbitraire. Il serait dès lors erroné d'utiliser les directives litigieuses pour en construire un manquement du recourant de nature sécuritaire.
Sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal en tant que tel ne peut être invoquée devant le Tribunal fédéral. Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou la garantie d'autres droits constitutionnels (ATF 143 I 321 consid. 6.1; p. 324; 141 IV 305 consid. 1.2 p. 308).
A l'encontre de l'interprétation faite par l'autorité précédente des directives litigieuses, le recourant n'oppose que sa propre interprétation desdites directives, de manière appellatoire, sans démontrer en quoi celle de l'autorité précédente est irrecevable. Au demeurant, l'appréciation de cette autorité n'apparaît pas arbitraire et est au surplus encore confortée par deux éléments: le ch. 1.1 de la directive " sécurité des chambres de soins intensifs du DP " prescrit qu'avant l'entrée d'un patient en chambre de soins intensifs, l'équipe de soins vérifie que la sécurité de la pièce est garantie et notamment les fenêtres fermées. Une telle prescription ne vise pas la sécurité des collaborateurs, mais clairement à assurer celle des patients et à prévenir leur fuite, étant précisé que la chambre de soins intensifs occupée par la victime se trouvait au rez-de-chaussée (cf. inspection locale, pièce 38). Le ch. 1.2 de cette directive impose quant à lui qu'en l'absence de soignant, le sas de la chambre de soins intensifs reste fermé à clef. Ici encore le risque visé par cette disposition est notamment la fuite des patients. Le recourant invoque à l'appui de son interprétation des directives précitées le fait qu'en cas de sortie provisoire celles-ci n'imposent que la présence d'un seul soignant. Il omet toutefois qu'une telle sortie ne peut intervenir qu'après évaluation de l'état clinique du patient (cf. ch. 1.3 des directives de prise en charge en chambre de soins intensifs) et que le patient doit, même en cas d'évaluation positive, être accompagné par " au moins un soignant " ayant sur lui le bip d'alarme (cf. ch. 1.2 i. f. de la directive " sécurité des chambres de soins intensifs du DP "). Ces prescriptions ne permettent pas de retenir que les directives litigieuses n'auraient visé qu'à assurer la sécurité du personnel et, en conséquence, n'auraient impliqué que des actes visant un tel but. Ces directives en matière de sécurité visaient bien également, par des mesures simples, à éviter la fugue des patients. Que la présence d'un agent de sécurité ne soit pas imposée par les directives litigieuses n'interdit pas une telle interprétation. L'un des buts de ces directives n'était en effet pas de garantir qu'aucune fuite n'arriverait jamais, mais d'en réduire dans toute la mesure possible et avec les moyens humains et techniques à disposition, la survenance.
Les règles précitées, visant ainsi tant la sécurité du personnel et des patients qu'à prévenir la fuite de ces derniers, imposaient par conséquent non pas seulement que deux soignants soient présents au moment des soins dans la chambre de soins intensifs, mais également, déjà, lors de l'ouverture de la porte en principe fermée à clef de la chambre de soins intensifs, afin justement d'éviter dans toute la mesure du possible la fuite des patients.
4.5.3. Le fait pour le recourant, le 1er février 2014, d'ouvrir seul la chambre de soins intensifs et d'y pénétrer seul, ne serait-ce que partiellement, violait par conséquent clairement ces dispositions. Le recourant allègue n'avoir ni voulu pénétrer dans la chambre, ni voulu fournir un soin au patient, mais seulement le " réconforter ". Ces faits ne sont pas constatés par l'autorité précédente sans que l'arbitraire de leur omission ne soit allégué et démontré. Ils sont irrecevables. Au demeurant, même établis ils auraient été sans pertinence: que le recourant n'ait voulu ni pénétrer totalement dans la chambre de soins intensifs ni fournir un soin ne change rien au fait qu'en ouvrant la porte fermée à clef de la chambre où se trouvait un patient et en y entrant seul, ne serait-ce que partiellement, sans être accompagné d'un autre soignant, il a clairement violé les dispositions précitées. Un comportement illicite au sens de l'art. 426 al. 2 CPP peut ainsi lui être imputé.
5.
L'art. 426 al. 2 CPP exige non seulement que le prévenu ait adopté un comportement illicite ayant causé l'ouverture de la procédure pénale, mais également une faute, soit que l'ouverture de la procédure pénale ou sa complication causée illicitement puisse être reprochée au prévenu, ne serait-ce qu'à cause d'une négligence (SCHMID / JOSITSCH, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 3e éd. 2017, n° 1789). La notion de faute visée par l'art. 426 al. 2 CPP s'apprécie à la lumière d'une application par analogie de l'art. 41 CO (cf. MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016 ad art. 426 n° 17). Selon la jurisprudence, la notion de faute visée par l'art. 41 CO peut consister, notamment, dans le fait de créer ou de laisser subsister un état de choses dangereux pour autrui sans prendre toutes les mesures commandées par les circonstances afin d'empêcher un dommage de se produire (ATF 124 III 297 consid. 5b p. 301; 123 III 306 consid. 4a p. 312).
En l'espèce, le recourant connaissait la maladie dont souffrait la victime. Il savait que cette dernière voulait sortir, ce qu'elle avait encore exprimé moins d'une heure avant les faits. Il connaissait le risque d'auto-agression existant. Il savait que son collègue était en entretien. Il estimait lui-même qu'il fallait plusieurs personnes pour maîtriser la victime si elle avait tenté de fuir. Il n'existait aucune urgence d'entrer seul dans la chambre de soins intensifs. Dans ces conditions, en décidant d'ouvrir seul la porte fermée à clef de la chambre de soins intensifs où se trouvait le patient et en y pénétrant seul, en violation des directives en matière de sécurité, le recourant a clairement violé fautivement ces directives. Son comportement est ainsi bien fautif au sens de l'art. 426 al. 2 CPP.
6.
Le recourant conteste que son comportement se trouve dans un rapport de causalité naturelle et adéquate avec l'ouverture de la procédure pénale.
6.1. Le recourant conteste l'existence d'un rapport de causalité naturelle (sur la notion de causalité naturelle, cf. ATF 143 III 242 consid. 3.7 p. 249). Il invoque que même si l'autre infirmier présent ce soir-là avait été avec lui lors de l'ouverture de la porte, il est très vraisemblable que le patient aurait néanmoins pu s'échapper.
L'autorité précédente a estimé qu'une telle hypothèse était une simple spéculation et ne l'a par conséquent pas retenue. Le recourant ne présente à l'encontre d'une telle appréciation des faits qu'une argumentation appellatoire et donc irrecevable.
6.2. Pour que l'art. 426 al. 2 CPP puisse trouver application, le comportement reproché au prévenu acquitté doit se trouver dans une relation de causalité adéquate avec l'ouverture de l'enquête ou les obstacles mis à celle-ci (cf. ATF 116 Ia 162 consid. 2c p. 170 s.; plus récemment arrêt 6B_1146/2016 du 14 juillet 2017 consid. 1.3; sur la notion de causalité adéquate, cf. ATF 143 III 242 consid. 3.7 p. 250; 139 V 176 consid. 8.4.2 p. 190).
6.3. En l'espèce, il est reproché au recourant d'avoir pénétré seul, le 1er février 2014 peu avant 17 h 45, dans la chambre de soins intensifs où se trouvait la victime, soit en violation de deux directives imposant la présence dans les chambres de soins intensifs, et a fortiori lors de leur ouverture, de deux infirmiers, pour les soins tant techniques que relationnels.
L'autorité précédente a constaté que moins de 45 minutes avant l'ouverture de dite porte par le recourant, la victime sortait d'un entretien avec un médecin délégué, entretien auquel avait assisté le recourant. La victime avait alors dit au médecin qu'elle ne voyait pas pourquoi elle devrait rester à l'hôpital. Le médecin avait toutefois constaté que la victime était délirante et n'était dès lors pas en mesure de coopérer dans le cadre d'un traitement. Il avait estimé qu'elle avait besoin de soins en milieu hospitalier fermé et signifié à la victime qu'elle devrait rester à l'hôpital contre son gré. De l'avis de plusieurs sources médicales différentes, la victime présentait un risque d'auto-agression élevé. Elle était athlétique et plus forte que le recourant. Ce dernier estimait que plusieurs personnes étaient nécessaires pour contenir le patient en cas de réaction violente de sa part. Au moment des faits, il savait que l'autre infirmier présent était en entretien.
Dans ces circonstances, pénétrer seul dans la chambre de soins intensifs où se trouvait le patient, moins de 45 minutes après son entretien, en passant outre les directives en la matière au motif d'un accord passé avec le patient qualifié quelques minutes avant de délirant et alors qu'il n'existait aucune urgence de procéder ainsi était propre à augmenter les risques que le patient, qui ne voulait pas rester dans l'établissement, ne voyant qu'un soignant présent à l'ouverture de la porte, tente de s'enfuir, y parvienne et mette ensuite sa vie en danger. Or ce risque s'est réalisé, ce qui a conduit à l'ouverture de la procédure pénale. Dans ces conditions, le comportement illicite du recourant au regard des prescriptions administratives était concrètement propre à entraîner l'ouverture de la procédure pénale.
6.4. A l'encontre de l'admission d'un rapport de causalité, le recourant invoque que la procédure a été ouverte afin de déterminer les circonstances du décès et n'a pas été directement orientée contre lui.
Au vu du dossier, la procédure pénale apparaît avoir été ouverte le 7 février 2014, conformément à l'art. 309 al. 1 let. c CPP. Les proches de la victime ont déposé plainte le 9 avril 2014, contre inconnu, mettant en jeu la responsabilité des infirmiers s'étant occupés de leur proche. Cela étant, la procédure pénale a nécessairement impliqué l'examen du rôle du recourant dans la fuite de la victime. Dans ces circonstances que la procédure n'ait pas tout de suite été dirigée contre le recourant n'empêche pas l'application de l'art. 426 al. 2 CPP.
6.5. Le recourant invoque que l'autopsie a révélé que la victime présentait une concentration de Zuclopenthixol dans la fourchette des valeurs toxiques. Ce surdosage aurait joué un rôle dans l'enchaînement fatal et interromprait inévitablement le lien de causalité adéquate entre son acte et le décès. Le recourant met également en avant le fait que le corps du patient n'a été retrouvé que le 7 février 2014, que des évènements sont survenus après le départ de l'hôpital et que ceux-ci, bien que non établis, interdisent de conclure à une noyade dans les instants qui ont suivi la fuite. L'absence de proximité temporelle entre celle-ci et la découverte du corps ainsi que l'incertitude entourant les événements survenus dans l'intervalle, rendraient également forcément ténu le lien entre le comportement du recourant et la mort.
Ce faisant, le recourant s'écarte, sans alléguer ni en démontrer l'arbitraire, de l'état de fait cantonal selon lequel il n'était établi ni que le patient a été victime d'un surdosage de ce médicament, ni que cette substance a joué un rôle dans son décès (cf. arrêt, p. 13 2e paragraphe). Son argumentation, fondée sur des faits qui s'écartent de ceux retenus, est irrecevable.
Pour le surplus, la question ici n'est pas de savoir si le recourant s'est rendu coupable d'homicide par négligence, accusation désormais classée. Il s'agit uniquement d'examiner si le recourant, par le comportement adopté le 1er février 2014 peu avant 17 h 45 a provoqué l'ouverture de la procédure pénale. Il résulte de l'appréciation qui précède que le comportement du recourant, contraire aux directives en matière de sécurité, et l'ouverture de la procédure se trouvent dans un rapport de causalité adéquate. Les éléments allégués par le recourant ne sont pas propres à interrompre un tel lien.
7.
Il découle de ce qui précède que la mise des frais de première instance à la charge du recourant n'enfreint pas l'art. 426 al. 2 CPP.
8.
Le recourant invoque une violation de l'art. 429 al. 1 let. a CPP. A l'appui de ce moyen, il invoque qu'il n'existe aucun motif de refus ou de réduction de l'indemnité au sens de l'art. 430 CPP.
8.1. Aux termes de l'art. 430 al. 1 let. a CPP, l'autorité pénale peut réduire ou refuser l'indemnité visée par l'art. 429 al. 1 CPP lorsque le prévenu a provoqué illicitement et fautivement l'ouverture de la procédure ou a rendu plus difficile la conduite de celle-ci.
L'art. 430 al. 1 let. a CPP est le pendant de la règle énoncée à l'art. 426 al. 2 CPP en matière de frais. La question de l'indemnisation du prévenu (art. 429 CPP) doit être traitée en relation avec celle des frais (art. 426 CPP). Si le prévenu supporte les frais en application de l'art. 426 al. 1 ou 2 CPP, une indemnité est en règle générale exclue (ATF 137 IV 352 consid. 2.4.2 p. 357; arrêt 6B_1191/2016 du 12 octobre 2017 consid. 2.2). Dans cette mesure, la décision sur les frais préjuge de celle de l'indemnisation (ATF 137 IV 352 consid. 2.4.2 p. 357; arrêt 6B_1146/2016 du 14 juillet 2017 consid. 1.1).
8.2. Les frais ayant été mis à la charge du recourant en application de l'art. 426 al. 2 CPP, une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP pouvait lui être refusée conformément à l'art. 430 al. 1 let. a CPP.
9.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité et aux frais du recourant qui succombe.
La cause étant jugée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 22 décembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod