Erwägungen:
1.
Das Stadtrichteramt Zürich bestrafte den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 22. Juni 2015 wegen Überschreitens der zulässigen Parkzeit mit einer Busse von Fr. 100.--. Der Strafbefehl wurde dem Beschwerdeführer am 29. Juni 2015 zugestellt. Dieser erhob beim Stadtrichteramt am 9. Juli 2015 per Fax und gleichzeitig mittels Einschreiben Einsprache, wobei das Einschreiben durch die Deutsche Post am 12. Juli 2015 der Schweizerischen Post übergeben wurde. Mit Verfügung vom 9. Mai 2016 trat das Bezirksgericht Zürich auf die Einsprache zufolge Verspätung nicht ein. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 9. August 2016 ab.
Der Beschwerdeführer führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Strafbefehl vom 22. Juni 2015 sei aufzuheben und er sei für straffrei zu erklären.
2.
Der Beschwerdeführer macht geltend, ihm sei nicht bewusst gewesen, dass ein Fax-Schreiben anders als in Deutschland nicht fristwahrend sei und die Einsprache der Schweizerischen Post hätte übergeben werden müssen. Trotzdem müsse das postalische Schreiben mit Originalunterschrift dem fristgerecht abgeschickten Fax-Schreiben zumindest eine Heilungswirkung beimessen, so dass die Einsprache als Gesamtpaket entsprechend dem Gedanken von Art. 42 Abs. 5 BGG zulässig sei.
Dem kann nicht gefolgt werden. Das Bundesgericht entschied in einem kürzlich ergangenen Grundsatzentscheid, eine Einsprache per Fax erfülle das Schriftlichkeitserfordernis von Art. 354 Abs. 1 StPO nicht und genüge damit dem gesetzlichen Formerfordernis nicht (Urteil 6B_1154/2015 vom 28. Juni 2016 E. 1.1, zur Publikation vorgesehen). Es befand zudem, bei einer Einsprache per Fax könne nicht von einem Versehen oder einem unverschuldeten Hindernis gesprochen werden. Anders als bei einer formgerecht eingereichten Eingabe, die fälschlicherweise von der Kanzleimitarbeiterin anstatt vom bevollmächtigten Anwalt unterzeichnet worden sei, liege bei einer Fax-Einsprache kein Mangel vor, welcher sich wie das versehentliche Fehlen der Unterschrift noch beheben lasse. Die Faxeingabe als solche genüge den Anforderungen an die Schriftlichkeit nicht. Eine Fax-Einsprache könne daher nicht einfach verbessert werden, sondern hätte in anderer Form eingereicht werden müssen (vgl. Urteil, a.a.O., E. 1.3.5, zur Publikation vorgesehen). An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Vorliegend wurde in der Rechtsmittelbelehrung auf dem Strafbefehl zudem ausdrücklich darauf hingewiesen, dass nicht eigenhändig unterzeichnete oder per Fax übermittelte Mitteilungen die Einsprache nicht ersetzen und daher die gesetzlichen Fristen nicht unterbrechen. In der Rechtsmittelbelehrung ebenfalls erwähnt wird, dass die Einsprache gemäss Art. 91 Abs. 2 StPO spätestens am letzten Tag der Frist bei der Strafbehörde abgegeben oder zu deren Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden muss. Der Beschwerdeführer kann sich daher nicht darauf berufen, er sei sich dessen nicht bewusst gewesen. Dem Stadtrichteramt kann angesichts der klaren Rechtsmittelbelehrung auch nicht zum Vorwurf gemacht werden, dass es den Beschwerdeführer nicht auf den Formmangel hinwies, zumal die Fax-Einsprache kurz vor Ablauf der Einsprachefrist bei diesem einging.
Da die Fax-Einsprache dem Formerfordernis von Art. 354 Abs. 1 StPO nicht genügt und die Postsendung der Schweizerischen Post verspätet übergeben wurde, entschied die Vorinstanz zu Recht, es fehle an einer gültigen Einsprache.
3.
Der Beschwerdeführer argumentiert, der Strafbefehl sei nichtig. Er sei im Tatzeitpunkt weder Fahrzeughalter noch Eigentümer des Fahrzeugs gewesen, da er dieses bereits im Jahre 2014 an seine ehemalige Verlobte A._ übereignet habe. Da diese in die Schweiz umgezogen sei und das Auto ohne etwaige Reparaturarbeiten nicht zugelassen worden wäre, habe sich die Ummeldung des Fahrzeugs auf diese verzögert.
Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit eines Entscheids ist jederzeit und von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden von Amtes wegen zu beachten (BGE 138 II 501 E. 3.1; 137 I 273 E. 3.1; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz verneint zu Recht Nichtigkeitsgründe im Sinne der erwähnten Rechtsprechung. Das Stadtrichteramt stellte auf den Haltereintrag des deutschen Kraftfahrt-Bundesamtes ab und hatte keine Kenntnis davon, dass das Fahrzeug allenfalls nicht mehr vom Beschwerdeführer benutzt wurde. Ein ausserordentlich schwerwiegender inhaltlicher Mangel liegt damit nicht vor. Der Beschwerdeführer macht in seiner Beschwerde zudem geltend, A._ habe das Bussgeld bereits beglichen. Dieser muss für die Geldforderung demnach nicht mehr aufkommen. Die Busse wird auch nicht im schweizerischen Strafregister eingetragen. Sonstige Nachteile, welche ihm aus dem Strafbefehl erwachsen könnten, legt er nicht dar. Für eine Nichtigerklärung des Strafbefehls besteht daher kein Anlass.
4.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld