Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich führt gegen den afghanischen Staatsangehörigen A._ eine Strafuntersuchung wegen Vergewaltigung und weiterer meist mit Gewaltanwendung oder -androhung verbundener Delikte zum Nachteil seiner Ehefrau B._. Diese erhob bei der polizeilichen Befragung vom 16. und 17. August 2017 schwerwiegende Vorwürfe gegen ihren Ehemann. Im Wesentlichen soll er sie seit ihrer gemeinsamen Einreise am 24. August 2015 regelmässig, d.h. mindestens einmal pro Woche, geschlagen oder getreten oder sonst wie misshandelt sowie versucht haben, sie durch Drohungen zum Stillschweigen über die Misshandlungen zu bewegen, ihr mit Tötung gedroht und sie mit einem Messer bedroht haben, sie während der Schwangerschaft mit ihrer gemeinsamen Tochter so stark gegen den Hinterkopf geschlagen haben, dass sie stürzte, und nach der Geburt gegen den Bauch getreten haben, so dass die von der Geburt herrührende Operationsnaht sich wieder öffnete. Mitte Juni 2016 soll er seine Frau gegen deren Willen zum Geschlechtsverkehr gezwungen und sie am 3. und 5. August 2017 mehrfach angegriffen und gewürgt und dabei verletzt haben. Am 18. August 2017 wurde A._ verhaftet, polizeilich als Beschuldigter befragt und durch die Staatsanwaltschaft zu einer allfälligen Haft einvernommen. Im Anschluss daran wurde ihm ein amtlicher Verteidiger zugeordnet, was die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 22. August 2017 genehmigte. Mit Verfügung vom 19. August 2017 ordnete das Zwangsmassnahmengericht des Bezirks Zürich wegen Kollusionsgefahr Untersuchungshaft an.
B.
Am 8. September 2017 wies das Obergericht des Kantons Zürich eine dagegen erhobene Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen vom 22. September 2017 an das Bundesgericht beantragt A._, den Beschluss des Obergerichts aufzuheben und ihn aus der Untersuchungshaft zu entlassen; eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht ersucht er um Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft schliesst unter Verzicht auf weitere Ausführungen auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht verzichtete auf eine Stellungnahme.
A._ nahm die Gelegenheit nicht wahr, sich nochmals zur Sache zu äussern.
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Haftentscheid. Dagegen steht die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG offen. Der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Haftentlassung ist zulässig (BGE 132 I 21 E. 1). Der Beschwerdeführer nahm am vorinstanzlichen Verfahren teil und ist durch die Bestätigung der Untersuchungshaft durch das Obergericht in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und damit zur Beschwerde befugt (Art. 81 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde erweist sich als zulässig.
1.2. Mit der Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
2.1. Nach Art. 221 Abs. 1 StPO kann Untersuchungshaft unter anderem angeordnet werden, wenn ein dringender Tatverdacht in Bezug auf ein Verbrechen oder Vergehen sowie Flucht-, Kollusions- oder Wiederholungsgefahr besteht. Überdies hat die Haft wie alle strafprozessualen Zwangsmassnahmen verhältnismässig zu sein (vgl. insbes. Art. 197 StPO) und sie darf insbesondere nicht länger dauern als die zu erwartende Freiheitsstrafe (Art. 212 Abs. 3 StPO). Die Verhältnismässigkeit ist auch an der Möglichkeit milderer Ersatzmassnahmen (vgl. Art. 237 ff. StPO) zu messen.
2.2. Das Obergericht geht im vorliegenden Fall von einem dringenden Tatverdacht und Kollusionsgefahr aus. Der Beschwerdeführer rügt einen erheblichen Verfahrensmangel, bestreitet den dringenden Tatverdacht hingegen nicht, wohl aber das Vorliegen von Kollusionsgefahr. Überdies erachtet er die Haft als unverhältnismässig.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, die Anordnung von Untersuchungshaft sei wegen Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte rechtswidrig. Ihm sei ein amtlicher Verteidiger erst zugewiesen worden, nachdem die Staatsanwaltschaft den Haftantrag gestellt hatte, obwohl von Beginn an klar gewesen sei, dass ein Fall der notwendigen Verteidigung vorliege. Die Haft beruhe daher auf einem ungültigen Antrag bzw. sei ohne gehörige Anhörung verfügt worden. Der Beschwerdeführer beruft sich nicht auf Bundesverfassungsrecht, sondern rügt die Missachtung einer impliziten prozessualen Voraussetzung für die Anordnung von Untersuchungshaft in Anwendung von Art. 221 StPO.
3.2. Die hier massgebliche Regelung des Verfahrens findet sich nicht in dem vom Beschwerdeführer angerufenen Art. 221 StPO, sondern in Art. 224 ff. StPO. Nach Art. 224 Abs. 1 StPO befragt die Staatsanwaltschaft die beschuldigte Person unverzüglich und gibt ihr Gelegenheit, sich zum Tatverdacht und zu den Haftgründen zu äussern. Gemäss Abs. 2 der gleichen Bestimmung setzt Untersuchungshaft im Verfahren vor der Staatsanwaltschaft einen Antrag derselben beim Zwangsmassnahmengericht voraus, der unverzüglich, spätestens aber innert 48 Stunden seit der Festnahme, zu stellen ist. Es versteht sich von selbst, dass der Haftantrag gültig zustande gekommen sein muss, d.h. etwa von der zuständigen Staatsanwaltschaft auszugehen hat und zu stellen ist. Mit dem Obergericht ist aber festzuhalten, dass im Haftverfahren nur solche Verfahrensmängel geltend gemacht werden können, die sich unmittelbar auf die Haftfrage beziehen bzw. in direktem Zusammenhang mit den Voraussetzungen der Untersuchungshaft stehen (vgl. das schon vom Obergericht zitierte Urteil des Bundesgerichts 1B_179/2012 vom 13. April 2012 E. 2.7). Insbesondere ist die Frage, ob allenfalls strafprozessuale Beweisverwertungsverbote vorliegen, grundsätzlich vom Straf- und nicht vom Haftrichter zu beurteilen. Im Haftprüfungsverfahren reicht es aus, wenn die Verwertbarkeit der Beweismittel, die den Tatverdacht begründen, nicht zum Vornherein als ausgeschlossen erscheint (vgl. erneut das Urteil des Bundesgerichts 1B_179/2012 vom 13. April 2012 E. 2.4).
3.3. Da der dringende Tatverdacht hier nicht strittig ist, stellt sich die Frage der Verwertbarkeit allfälliger Beweismittel aus den ersten Befragungen im Haftverfahren nicht. Darüber wird beim Strafentscheid zu befinden sein. Was die Untersuchungshaft betrifft, so war der Beschwerdeführer zwar nicht bei der nach Art. 224 Abs. 1 StPO vorgesehenen Befragung zu allfälligen Haftgründen durch die Staatsanwaltschaft, wohl aber vor dem Zwangsmassnahmengericht amtlich verteidigt. Mit Blick auf die Voraussetzungen der Haft besteht ein gewisser, nicht jedoch ein direkter Konnex zur Haftfrage. Wohl war der Beschwerdeführer dazu von der Staatsanwaltschaft anzuhören; für den Haftentscheid zuständig war aber erst das Zwangsmassnahmengericht. Auch wenn eine möglichst frühzeitige amtliche Vertretung im Bedarfsfall wünschbar wäre, schreibt das Gesetz nicht vor, dass der amtliche Verteidiger zwingend schon vor Erhebung des Haftantrags durch die Staatsanwaltschaft bestellt werden muss. Ob sich aus der Bundesverfassung allenfalls etwas anderes ergäbe, was zumindest nicht offensichtlich ist, muss hier nicht geprüft werden, da der Beschwerdeführer, wie bereits dargelegt (E. 3.1), keine Verfassungsrüge erhebt (vgl. E. 1.2). Sein Rechtsvertreter hatte jedenfalls die Gelegenheit, die Argumente, die gegen die Haft sprechen, im Haftverfahren, und zwar vor Haftanordnung, zuhanden des Zwangsmassnahmengerichts einzubringen. Besondere Gründe, die mit Blick auf das Haftverfahren eine amtliche Verteidigung bereits noch früher erforderlich erscheinen lassen, sind nicht ersichtlich. Es bestehen auch keine konkreten Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdeführer einen massgeblichen Nachteil erlitten hat. Die prozessualen Rechte des Beschuldigten wurden damit im vorliegenden Fall nicht verletzt.
3.4. Die Haftverfügung und aus gleichem Grund der angefochtene Entscheid leiden demnach nicht an einem wesentlichen Verfahrensmangel.
4.
4.1. In der Sache stützt sich der angefochtene Entscheid einzig auf Kollusionsgefahr. Kollusion bedeutet, dass sich der Beschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitbeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst. Die Untersuchungshaft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass ein Beschuldigter die Freiheit dazu missbraucht, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhalts zu vereiteln oder zu gefährden. Dabei genügt nach der Rechtsprechung die theoretische Möglichkeit, dass der Beschuldigte in Freiheit kolludieren könnte nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen; vielmehr müssen konkrete Indizien für eine solche Gefahr sprechen (BGE 132 I 21 E. 3.2 S. 23; 123 I 31 E. 3c S. 35; 117 Ia 257 E. 4b S. 261; je mit Hinweisen).
4.2. Konkrete Anhaltspunkte für Kollusionsgefahr können sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Beschuldigten im Strafprozess, aus seinen persönlichen Merkmalen, aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhaltes sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen. Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Verdunkelung droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen (BGE 132 I 21 E. 3.2.1 S. 23 f. mit Hinweisen). Besondere Berücksichtigung verdienen die persönliche Situation und eine allfällige besondere Schutzbedürftigkeit des mutmasslichen Opfers bzw. wichtiger Gewährspersonen (vgl. BGE 132 I 21 E. 3.4 S. 26). Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind an den Nachweis von Verdunkelungsgefahr zu stellen (BGE 137 IV 122 E. 4.2 S. 127 f.; 132 I 21 E. 3.2.2 S. 24 mit Hinweisen).
4.3. In Fällen häuslicher Gewalt besteht zu Beginn der Strafuntersuchung regelmässig Kollusionsgefahr, da der Tatverdacht häufig im Wesentlichen auf den Aussagen des Opfers beruht, oft bis hin zum Strafurteil einzig Aussage gegen Aussage von Beschuldigtem und Opfer steht (vgl. BGE 143 IV 241) und der mutmassliche Täter in Freiheit versucht sein könnte, dieses unter Druck zu setzen, die Belastungen gegen seinen Willen wahrheitswidrig zurückzunehmen oder zu relativieren (vgl. die Urteile des Bundesgerichts 1B_341/2015 vom 23. Oktober 2015 E. 3 und 1B_267/2013 vom 10. September 2013 E. 2.2).
4.4. Im vorliegenden Fall befindet sich das Strafverfahren im Anfangsstadium. Dem Beschwerdeführer werden wiederholte Misshandlungen seiner Ehefrau in grosser Anzahl und hoher Frequenz sowie schwerwiegende Übergriffe bis hin zu Vergewaltigung, Körperverletzung und Todesdrohung vorgeworfen. Die Ehefrau des Beschwerdeführers wurde dazu zweimal von der Stadtpolizei Winterthur befragt und äusserte sich dabei detailliert und weitgehend widerspruchsfrei. Die Befragung zur Sache durch die Staatsanwaltschaft fand noch nicht statt, ebenso wenig eine Konfrontationseinvernahme mit dem Beschwerdeführer. Die gegen diesen erhobenen und von ihm bestrittenen Vorwürfe beruhen, abgesehen von einem ärztlichen Zeugnis vom 10. August 2017, hauptsächlich auf den Aussagen der Ehefrau. Es handelt sich dabei mithin um Hauptbeweismittel. Da Aussage gegen Aussage steht, kommt den Angaben der Ehefrau entscheidende Bedeutung nicht nur für die Anklageerhebung, sondern auch für die Hauptverhandlung zu. Damit besteht ein erhebliches Interesse an der Vermeidung von Kollusionshandlungen. Wie das Obergericht für das vorliegenden Haftverfahren verbindlich festgestellt hat (vgl. E. 1.3), übte der Beschwerdeführer schon früher gegenüber seiner Ehefrau Gewalt und Druck aus, um ihr seinen Willen aufzuzwingen. Dabei ging es auch darum, Stillschweigen über die Misshandlungen zu bewahren. Es erscheint nicht grundlos, wenn sie diese Drohungen ernst nimmt und angibt, Angst vor dem Beschwerdeführer zu haben. Beeinflussungsversuche sind daher wahrscheinlich. Zwar hält sich die Ehefrau zurzeit an einem dem Beschwerdeführer unbekannten Ort auf. Es ist aber nicht unhaltbar bzw. offensichtlich unrichtig und daher für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 1.3), wenn die Vorinstanz davon ausgeht, dass es dem Beschwerdeführer nicht verunmöglicht sein dürfte, den Aufenthaltsort allenfalls ausfindig zu machen. Die Strafverfolgungsbehörden haben demnach Kollusionsgefahr zu Recht bejaht.
4.5. Der angefochtene Haftentscheid ist auch nicht unverhältnismässig. Bei einer allfälligen Verurteilung muss der Beschwerdeführer, der sich seit noch nicht ganz zwei Monaten in Haft befindet, angesichts der ihm vorgeworfenen Taten mit einer längeren Freiheitsstrafe rechnen. Überhaft droht nicht. Hingegen beruft er sich auf die Möglichkeit der Anordnung eines strafprozessualen Kontaktverbots als Ersatzmassnahme zur Haft. Offenbar bestand und besteht noch immer gegen ihn bereits ein zivilrechtliches Kontaktverbot. Ein solches gestützt auf Art. 237 Abs. 2 lit. g StPO kommt im vorliegenden Fall aber frühestens in Frage, wenn der Sachverhalt genügend ermittelt ist und davon ausgegangen werden kann, dass der Beschwerdeführer Gewähr dafür bietet, die entsprechenden Auflagen auch einzuhalten (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1B_152/2014 vom 15. Mai 2014 E. 5). Die Einschätzung des Obergerichts, dass diese Voraussetzungen angesichts der konkreten Umstände bzw. des bisher bekannten Verhaltens des Beschwerdeführers zurzeit nicht erfüllt sind, ist nicht zu beanstanden.
4.6. Der angefochtene Entscheid verstösst demnach nicht gegen Bundesrecht.
5.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang würde der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seine Begehren waren jedoch nicht von Vornherein aussichtslos, weshalb ihm angesichts seiner Bedürftigkeit für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung mit seinem Rechtsvertreter zu gewähren ist (vgl. Art. 64 BGG). Demgemäss sind keine Kosten zu erheben, und sein Rechtsanwalt ist aus der Bundesgerichtskasse angemessen zu entschädigen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen und es wird dem Beschwerdeführer Rechtsanwalt Amr Abdelaziz als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Rechtsanwalt Amr Abdelaziz wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Karlen
Der Gerichtsschreiber: Uebersax