Faits :
A.
A.a. Depuis février 2008, Z._ (ci-après: l'employé), maçon spécialisé dans les travaux acrobatiques, a travaillé pour X._ Sàrl (ci-après: l'employeuse), société inscrite au registre du commerce genevois et dont l'un des associés gérants est A._. La majeure partie de l'activité de cette société consiste en des travaux de maçonnerie, soit une activité visant le gros oeuvre.
En 2012, l'employé, qui avait déjà travaillé pour l'employeuse de 2008 à 2010, puis en 2011, a signé un nouveau contrat de travail avec celle-ci, établi sur une formule de la Convention collective de travail romande du second oeuvre (CCT SOR) et dans lequel il était indiqué que l'employé percevait un salaire horaire de 45 fr.
L'employé a été en incapacité de travail depuis le 14 décembre 2012.
Le 18 janvier 2013, la Commission paritaire des métiers du bâtiment second oeuvre a indiqué à l'employé que l'activité de la société employeuse ne relevait pas du second oeuvre.
B.
B.a. Estimant, sur la base de la CCT SOR, qu'il avait droit à des prestations supérieures à celles qu'il avait reçues, l'employé (ci-après également: le demandeur), au bénéfice d'une autorisation de procéder, a conclu, le 27 mars 2013, à ce que A._ et X._ Sàrl soient condamnés, conjointement et solidairement, au paiement avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2010 des montants de 33'151 fr. 52 à titre d'indemnité pour vacances non prises, 15'394 fr. 50 à titre d'indemnité pour jours fériés, 25'954 fr. 15 à titre de 13e salaire, 12'400 fr. à titre d'indemnité forfaitaire de frais, 6'231 fr. 49 à titre de contribution à la retraite anticipée, 117'362 fr. 67 à titre de salaires, vacances, 13e salaire et participation à la retraite anticipée durant les périodes de demeure de l'employeuse, et 744 fr. 60 à titre de salaire maladie en décembre 2012. Il a encore conclu à la condamnation de ses parties adverses à lui fournir un certificat de travail conforme aux exigences légales et une attestation LACI conforme à ses revenus.
Considérant que la CCT SOR ne s'applique pas, A._ et X._ Sàrl ont conclu au déboutement de l'employé et au constat que le premier d'entre eux n'avait pas la qualité pour défendre.
Le 18 novembre 2013, l'employé a déposé un projet de certificat de travail intermédiaire que les deux parties adverses ont accepté.
B.b. Par décision du 15 mai 2014, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a déclaré la demande recevable (ch. 1 du dispositif) et dit que A._ n'avait pas la qualité pour défendre (ch. 2). Admettant que la CCT SOR était applicable, il a condamné X._ Sàrl à payer à l'employé les sommes brutes de 32'211 fr.05, 11'814 fr.38, 25'620 fr., 9'223 fr.75 et 5'973 fr.56, intérêts en sus (ch. 3 à 7), invité les parties qui en avaient la charge à opérer les déductions sociales, légales et usuelles (ch. 8), à délivrer un certificat de travail conforme au projet de l'employé (ch. 9), ainsi qu'une attestation LACI conforme à ses revenus (ch. 10), et il a débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 11).
L'employeuse et l'employé ont chacun formé appel de cette décision.
Par arrêt du 2 avril 2015, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a annulé les chiffres 2 à 8 du jugement entrepris, rejeté (sur le fond) les conclusions prises par l'employé contre A._ (celui-ci n'ayant pas la qualité pour défendre), et, retenant que la CCT Construction était applicable, elle a débouté l'employé de ses conclusions en paiement dirigées contre la société employeuse au motif que les montants qu'il avait déjà perçus étaient largement supérieurs à ceux dus sur la base de la CCT Construction; elle a confirmé le jugement entrepris en tant qu'il concernait les parties du dispositif visant le certificat de travail (ch. 9) et l'attestation LACI (ch. 10), et débouté les parties de toutes autres conclusions.
B.c. Le Tribunal fédéral, par arrêt du 9 septembre 2015 (cause 4A_252/2015), a partiellement admis le recours formé par l'employé, annulé l'arrêt cantonal attaqué en tant qu'il concernait la société employeuse et renvoyé la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'arrêt attaqué a été confirmé en tant qu'il concernait A._.
En substance, le Tribunal fédéral a relevé que si la cour cantonale avait jugé que la CCT Construction était applicable entre les parties, elle avait éludé la question centrale de l'existence valable d'un accord des parties prévoyant que le salaire convenu englobait les vacances, les jours fériés et les autres prestations accessoires (cette question ayant été tranchée de façon négative par les premiers juges). Ce point faisait pourtant précisément l'objet des conclusions de l'employé. La Cour de céans a toutefois laissé indécise la question de savoir si la cour cantonale avait refusé de statuer ou violé son devoir de motiver.
B.d. Les parties ont été invitées à se déterminer à la suite de l'arrêt rendu par le Tribunal fédéral.
S'agissant des points encore litigieux, l'employé a conclu à la condamnation de l'employeuse à lui verser 32'211 fr.05, intérêts en sus (salaire afférent aux vacances), 14'692 fr.92, intérêts en sus (indemnité pour les jours fériés) et 25'608 fr.92, intérêts en sus (treizième salaire).
L'employeuse a conclu au rejet de la demande.
Par arrêt sur renvoi du 19 février 2016, la cour cantonale, procédant à l'interprétation de l'accord conclu entre les parties, est arrivée à la conclusion que le salaire convenu n'incluait pas l'indemnité pour jours fériés, le treizième salaire et le salaire afférent aux vacances (ci-après également: les prétentions litigieuses). Elle a alors condamné l'employeuse à verser à l'employé les montants bruts de 10'502 fr.45, intérêts en sus (indemnité pour jours fériés), de 32'211 fr.05, intérêts en sus (salaire afférent aux vacances) et de 25'608 fr.92, intérêts en sus (treizième salaire).
C.
L'employeuse exerce un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 19 février 2016. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à ce que l'employé soit débouté de toutes ses conclusions, subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante invoque une violation des art. 1 et 18 CO, ainsi qu'une appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.).
La recourante a également requis que l'effet suspensif soit accordé à son recours.
L'employé (intimé) conclut au rejet de la requête d'effet suspensif et, sur le fond, à la confirmation de l'arrêt attaqué, sous suite de frais et dépens.
La recourante a encore déposé des observations.
Considérant en droit :
1.
1.1. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par l'employeuse qui a succombé partiellement dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur arrêt de renvoi par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
1.3. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 135 III 397 consid. 1.4 in fine).
2.
L'employeuse soutient que l'autorité cantonale a interprété les manifestations de volonté des parties contrairement au droit fédéral.
2.1. Pour déterminer ce que les parties voulaient, le juge doit recourir en premier lieu à l'interprétation subjective, c'est-à-dire rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir (art. 18 al. 1 CO; ATF 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 274 s.).
Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer cette volonté réelle des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (ATF 131 III 280 consid. 3.1 p. 286) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêt 5C.252/2004 du 30 mai 2005 consid. 4.3) - qu'il doit recourir à l'interprétation objective, à savoir rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; ATF 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 274 s.). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 130 III 417 consid. 3.2 p. 424; 129 III 118 consid. 2.5 p. 122).
La détermination de la volonté réelle relève des constatations de fait (ATF 131 III 606 consid. 4.1 p. 611), qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2 p. 252). Il appartient au recourant de démontrer précisément, pour chaque constatation de fait incriminée, comment les preuves administrées auraient dû être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (ATF 129 I 113 consid. 2.1 p. 120; 128 I 295 consid. 7a p. 312).
En revanche, la détermination de la volonté objective, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (ATF 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 275). Les circonstances déterminantes à cet égard sont celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (ATF 132 III 626 consid. 3.1 in fine p. 632 et les arrêts cités).
2.2. Force est de constater en l'espèce que la cour cantonale ne distingue pas clairement l'interprétation subjective (volonté réelle et commune des parties) de l'interprétation objective (selon le principe de la confiance), ce qui génère une certaine confusion.
Si on comprend bien l'autorité précédente, elle semble partir du principe que l'employeuse doit démontrer que le salaire horaire visé dans l'accord inclut les prétentions litigieuses, en soulignant qu'un " accord des parties dans ce sens ne résulte cependant pas du dossier " (cf. arrêt entrepris consid. 2.3 p. 7). Dans cette perspective, elle examine les arguments de l'employeuse tirés des circonstances postérieures à la conclusion du contrat, et, partant, recherche la volonté réelle et commune des parties. A ce stade, on peine à comprendre la conclusion alors tirée par la cour cantonale.
De l'ensemble de son argumentation, on peut comprendre (première hypothèse) qu'elle parvient à établir la volonté réelle des parties qui est de ne pas inclure les prétentions litigieuses dans le salaire horaire convenu entre elles.
On peut également comprendre (deuxième hypothèse) qu'en réfutant les arguments de l'employeuse, elle reconnaît - au moins implicitement - une divergence entre la volonté (réelle) de l'employeuse et celle de l'employé et qu'elle raisonne alors sous l'angle du principe de la confiance (notamment en faisant référence au contrat écrit versé à la procédure) pour conclure, sans autre motivation, que l'accord des parties doit être compris (objectivement) en ce sens que le salaire horaire n'inclut pas les prétentions litigieuses de l'employé.
2.3. En l'occurrence, il n'y a pas lieu d'entreprendre un choix entre les deux hypothèses, l'examen des critiques soulevées par la recourante contre chacune de ces hypothèses conduisant au même résultat.
L'employeuse soutient que c'est de manière arbitraire que la cour cantonale a retenu que, selon la volonté réelle et commune des parties, le salaire horaire n'incluait pas les vacances, les jours fériés et le treizième salaire. Si l'on comprend bien son raisonnement, elle semble ainsi reprocher à la cour cantonale d'avoir procédé à l'interprétation objective, alors même que la volonté réelle pouvait être établie (pour l'examen de cette critique, cf. infra consid. 2.4).
Subsidiairement, l'employeuse soutient qu'un tel accord entre les parties (selon lequel le salaire convenu n'inclut pas les prétentions litigieuses) découlerait quoi qu'il en soit de l'interprétation selon le principe de la confiance (pour l'examen de cette critique, cf. infra consid. 2.5).
2.4. En l'occurrence, s'il apparaît que l'employé a effectivement parlé de " salaire horaire " (ce que les magistrats cantonaux ont d'ailleurs constaté), on ne distingue pas pour quel motif il faudrait automatiquement en inférer que cette notion - qui se distingue certes du " salaire de base " (soit du salaire minimum) prévu par la CCT Construction - inclurait le salaire afférent aux jours fériés, aux vacances, ainsi que le treizième salaire. L'employeuse ne fournit à cet égard aucune explication convaincante et on ne saurait donc pas dire que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en ne suivant pas sa thèse.
On peut d'ailleurs rappeler ici que la décision de la cour cantonale s'appuie sur le fait qu'un montant supplémentaire a été ajouté au salaire horaire en rémunération des jours fériés en avril, juin, août, septembre, décembre 2011 et en mai 2012, ainsi que, en rémunération des vacances, au mois d'avril 2012 (arrêt entrepris consid. 2.3 p. 8). Sur ces sept paiements établis par la cour cantonale, seuls deux sont discutés par l'employeuse devant la Cour de céans, mais sans que celle-ci ne respecte les exigences de motivation strictes tirées des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF. (cf. supra consid. 1.2 et 1.3).
L'employeuse estime que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en ne tenant pas compte du fait que l'employé n'a pas contesté les conclusions des inspecteurs de la Commission paritaire genevoise du gros oeuvre (CPGO) selon lesquelles le salaire horaire versé par l'employeuse couvrait également les postes litigieux. On ne saurait la suivre. Il s'agit de l'interprétation d'une tierce personne et il ne résulte pas des constatations cantonales que l'employé y aurait souscrit.
L'employeuse tire également argument de l'absence de réaction de l'employé pendant toute la relation contractuelle. Elle omet toutefois de tenir compte qu'il n'est pas rare qu'un employé, durant le rapport de travail, répugne à faire valoir des prétentions par crainte de perdre son emploi. A cet égard, il a été jugé que le simple écoulement du temps pendant le délai de prescription ne peut être interprété ni comme une renonciation à la prétention, ni comme son exercice abusif (cf. art. 341 al. 1 CO; ATF 131 III 439 consid. 5.1; 110 II 273 consid. 2 p. 274 s.). L'absence de réaction de l'employé ne saurait dès lors pas non plus être considérée comme une circonstance postérieure permettant d'établir la volonté (réelle) de l'employé d'inclure les prétentions litigieuses dans le salaire prévu entre les parties. L'argument est donc impropre à démontrer l'arbitraire de la cour cantonale.
La critique de l'employeuse basée sur l'absence de contestation de l'employé consécutivement à la décision de son assureur (qui est parti du principe que les prétentions litigieuses étaient englobées dans les derniers salaires versés par l'employeuse) appelle le même commentaire.
On ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire en interprétant comme elle l'a fait, sous l'angle de la volonté réelle, l'accord conclu entre les parties.
2.5. Il reste à examiner les critiques soulevées par l'employeuse quant à l'application du principe de la confiance.
Il résulte de la CCT Construction (complètement d'office selon l'art. 105 al. 2 LTF) que l'employé avait droit à un salaire, une indemnité pour jours fériés, un treizième salaire et un salaire afférent aux vacances. Il en ressort également que le salaire (en l'occurrence: horaire) prévu dans la CCT est un salaire minimum (art. 41 al. 1) et, partant, que les parties peuvent prévoir un salaire horaire plus élevé, cet accord sur la rémunération n'écartant pas l'employé du champ d'application de la convention. Il résulte enfin de la CCT que le treizième salaire est versé " en sus du salaire " (art. 50 al. 1), que les jours fériés (y compris leur indemnisation) sont réglementés (art. 38) dans un chapitre (" 4. Jours fériés, absences, service militaire, service dans la protection civile ") distinct de celui portant sur le salaire (" 5. Rémunération ") et que le salaire afférent aux vacances (" salaire de vacances ") fait l'objet d'un versement particulier et qu'il ne saurait être versé seulement à l'occasion du versement du salaire (art. 34 al. 2).
2.5.1. Dans ces conditions, on voit mal comment on pourrait, dans la recherche de la volonté objective des parties, comprendre ces clauses autrement que comme prescrivant de distinguer, d'une part, le salaire (même si celui-ci est supérieur au minimum prévu par la CCT) et, d'autre part, les prétentions litigieuses, ce d'autant plus que, selon les constatations cantonales, il ne ressort d'aucune pièce du dossier que les parties auraient prévu que ces prétentions seraient comprises dans la notion de " salaire ".
2.5.2. Les arguments avancés par l'employeuse sont impropres à remettre en question cette interprétation.
Premièrement, c'est en vain que l'employeuse affirme, à réitérées reprises, que les manifestations de volonté des parties devaient " à l'évidence être comprises en ce sens que le salaire convenu incluait déjà les vacances " ou que le salaire convenu devait " forcément être compris comme incluant les vacances ". Il s'agit là d'affirmations impropres à démontrer une quelconque violation du droit fédéral par la cour cantonale.
Deuxièmement, l'employeuse fonde sa thèse essentiellement sur des circonstances postérieures à la conclusion du contrat, ce qui n'est pas admissible dans la recherche de la volonté objective des parties.
Troisièmement, contrairement à ce que semble penser l'employeuse, l'existence d'un accord portant sur un salaire élevé n'entraîne pas automatiquement pour le travailleur la renonciation à son droit aux vacances, conféré par le CO et la CCT Construction.
Enfin, c'est en vain que l'employeuse tire argument des ATF 110 II 344 (consid. 2b p. 345 s.) et 109 II 327 (consid. 2b p. 329 s.), le premier précédent traitant d'une question différente, à savoir la péremption d'une créance en dommages-intérêts de l'employeur qui omet de faire valoir contre le travailleur, avant la fin des rapports de travail, des prétentions connues dans leur quotité ou leur principe; quant au deuxième arrêt, qui traite également d'une situation différente (soit les conséquences, pour le travailleur, de la signature par celui-ci d'une quittance de salaire d'un montant inférieur au salaire contractuel), il révèle une tendance qui irait plutôt à l'encontre de la thèse de l'employeuse, puisqu'il indique que le juge doit faire preuve de retenue avant d'inférer du silence d'un travailleur son acceptation d'une modification (diminution) de son salaire (soit la renonciation, dans le futur, à une partie de son salaire).
Dès lors, à supposer que la cour cantonale ait appliqué le principe de la confiance (cf. supra consid. 2.2), le grief de l'employeuse se révèle également infondé.
2.6. S'agissant du salaire afférent aux vacances, les critiques de l'employeuse se révèlent infondées pour une deuxième raison.
2.6.1. En vertu de l'art. 329a al. 1 CO, l'employeur doit verser au travailleur le salaire total afférent aux vacances. Cette disposition est relativement impérative (art. 362 al. 1 CO) et une dérogation au détriment du travailleur ne saurait être prévue, même par convention collective de travail.
En règle générale, le salaire relatif aux vacances doit être versé au moment où celles-ci sont prises et il n'est pas admissible d'inclure l'indemnité de vacances dans le salaire total. Le Tribunal fédéral a admis que, dans des situations particulières, l'indemnité de vacances pouvait exceptionnellement être incluse dans le salaire total (ATF 118 II 136 consid. 3b p. 137 s.; 116 II 515 consid. 4a p. 517). Il s'est toutefois interrogé sur la justification d'une telle dérogation (ATF 129 III 493 consid. 3.2 et 3.3 p. 495 s., 664 consid. 7.2 p. 672). Laissant la question en suspens, il a relevé que, dans tous les cas, le contrat de travail, lorsqu'il était conclu par écrit, ainsi que les décomptes de salaire périodiques devaient mentionner clairement et expressément quelle part du salaire global était destinée à l'indemnisation des vacances (ATF 129 III 493, ibidem). La simple indication selon laquelle l'indemnité afférente aux vacances est comprise dans le salaire total ne suffit pas; la part représentant cette indemnité doit être fixée en pourcentage ou en chiffres (ATF 116 II 515 consid. 4b p. 518), et cette mention doit figurer aussi bien dans le contrat de travail écrit que dans les décomptes de salaire (ATF 129 III 493 consid. 3.3 p. 496; arrêt 4A_435/2015 du 14 janvier 2016 consid. 3.2 et les arrêts cités).
Lorsque les parties ont conclu un contrat oral, il se justifie d'admettre que l'accord portant sur le salaire afférent aux vacances a aussi été conclu oralement (ATF 129 III 493 consid. 3.3; ATF 116 II 515 consid. 4b). Dans une telle situation, la mention de la part de salaire afférente aux vacances dans les décomptes périodiques de salaire suffit à apporter la clarté nécessaire et confirme ainsi en la forme écrite l'accord passé verbalement (ATF 129 III 493 consid. 3.3 in fine).
Si ces conditions ne sont pas réunies, l'employeur doit payer le salaire afférent aux vacances. Que l'employé ait ou non pris ses vacances en nature n'y change rien (arrêt 4A_435/2015 déjà cité consid. 3.2 et les arrêts cités).
2.6.2. En l'espèce, l'arrêt entrepris retient en fait que le contrat de travail (établi sur une formule qui lui a été remise par l'employeuse) signé par l'employé ne contenait pas la mention, en chiffres ou en pourcentage, de la rémunération effective afférente à ses vacances; en outre, aucun de ses bulletins de salaire mensuels ne comportait cette mention écrite.
Celle-ci faisant défaut, le moyen soulevé par l'employeuse se révèle, pour cette raison également, mal fondé.
L'employeuse, se prévalant de l'appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.), revient à la charge en soutenant - en se référant au contenu du procès-verbal d'interrogatoire de l'employé dans lequel celui-ci affirme que son contrat visait un " salaire horaire " - que l'employé savait que le salaire horaire convenu avec l'employeuse, que celle-ci estime élevé, incluait les indemnités additionnelles liées aux vacances, au contraire du salaire de base mentionné dans la CCT Construction.
Le moyen est sans consistance, déjà pour le motif évoqué plus haut (cf. supra consid. 2.4 premier par.). En outre, il ne résulte pas du document auquel l'employeuse se réfère que l'employé savait à quelle hauteur, en pourcentage ou en chiffres, sa rémunération globale était censée inclure celle de ses vacances, ce qui clôt le débat sur cette question (cf. arrêt 4A_435/2015 déjà cité consid. 3.3).
3.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
L'arrêt au fond étant rendu, la requête d'effet suspensif présentée par la recourante devient sans objet.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'effet suspensif est sans objet.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 4'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 23 juin 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget