Erwägungen:
1.
Die Regionale Staatsanwaltschaft Oberland verurteilte den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 12. Juli 2016 wegen Drohung zu einer bedingten Geldstrafe von 40 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und zu einer Verbindungsbusse von Fr. 300.--. Dieser erhob gegen den Strafbefehl Einsprache. Anlässlich des erstinstanzlichen Hauptverfahrens vor dem Regionalgericht Oberland wurden am 8. November 2016 Vergleichsverhandlungen durchgeführt, in deren Rahmen sich der Beschwerdeführer und der Privatkläger einigten, wobei Letzterer seinen Strafantrag zurückzog. Das Regionalgericht stellte das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer daher gleichentags ein. Am 9. November 2016 reichte dieser beim Regionalgericht eine "Einspracheschrift" ein, in welcher er die Umstände der Einigungsverhandlung monierte, sinngemäss die Vereinbarung widerrief und das Obergericht anrief. Das Regionalgericht leitete die Eingabe zusammen mit den Akten an das Obergericht des Kantons Bern weiter. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 20. Januar 2017 ab, soweit es darauf eintrat.
Gegen den Beschluss vom 20. Januar 2017 gelangt der Beschwerdeführer an das Bundesgericht. Er beantragt sinngemäss, er sei vom Vorwurf der Drohung freizusprechen und zu entschädigen.
2.
Die Beschwerdelegitimation vor Bundesgericht setzt voraus, dass die rechtsuchende Person ein rechtlich geschütztes Interesse hat an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids (Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG). Eine rechtskräftige Einstellungsverfügung kommt einem freisprechenden Endentscheid gleich (Art. 320 Abs. 4 StPO). Die beschuldigte Person ist daher grundsätzlich nicht legitimiert, mittels Beschwerde in Strafsachen eine zu ihren Gunsten erfolgte Verfahrenseinstellung anzufechten mit dem Ziel, eine positive Feststellung der Schuldlosigkeit zu erwirken. Ein Anspruch auf gerichtliche Feststellung der Schuldlosigkeit lässt sich auch aus der Unschuldsvermutung nicht ableiten (vgl. Urteil 1B_3/2011 vom 20. April 2011 E. 2.4; siehe auch Urteil 6B_155/2014 vom 21. Juli 2014 E. 1.1).
3.
Bezüglich seines sinngemässen Vorbringens, er hätte freigesprochen werden müssen, fehlt es dem Beschwerdeführer somit an einem rechtlich geschützten Interesse, weshalb auf die Beschwerde insoweit nicht einzutreten ist. Im Übrigen weist die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid zutreffend darauf hin, dass es alleine am Privatkläger war, darüber zu entscheiden, ob er seinen Strafantrag zurückziehen will oder nicht. Der Rückzug des Strafantrags im erstinstanzlichen Verfahren führt zur Einstellung des Strafverfahrens (vgl. Art. 33 Abs. 1 StGB; Art. 329 Abs. 4 StPO). Dass sich der Beschwerdeführer wie geltend gemacht zur Vergleichsverhandlung gedrängt fühlte, tut daher nichts zur Sache. Dem Beschwerdeführer wurden in der Einstellungsverfügung keine Kosten auferlegt. Dieser ist auch insofern nicht beschwert.
4.
Der Beschwerdeführer beanstandet, ihm sei für 72 Stunden die Freiheit entzogen worden, davon 24 Stunden in Isolationshaft. Aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, dass es sich dabei um eine fürsorgerische Unterbringung handelte, welche nicht gestützt auf das Strafprozessrecht angeordnet worden sei und deshalb auch keine strafprozessualen Entschädigungsansprüche auslöse (angefochtener Entscheid E. 4 S. 4). Der Beschwerdeführer widerlegt dies nicht. Weshalb anderweitig ein Schadenersatz- oder Genugtuungsanspruch bestehen könnte, kann der Beschwerde nicht rechtsgenügend entnommen werden (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer war nicht anwaltlich vertreten. Ihm sind daher keine Anwaltskosten entstanden. Eine besonders schwere Verletzung der persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers im Sinne von Art. 429 Abs. 1 lit. c StPO, welche einen Anspruch auf Genugtuung begründen könnte, ist weder dargetan noch ersichtlich.
5.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld