Faits :
A.
A.a. La société D._ Sàrl, fondée en 1999, avait pour but statutaire le nettoyage et le revêtement de sols, ainsi que toutes opérations en relation. Elle était affiliée en tant qu'employeur pour le paiement des cotisations sociales auprès de la Caisse cantonale genevoise de compensation (actuellement: la Caisse genevoise de compensation; ci-après: la caisse de compensation). La faillite de la société a été prononcée le 5 octobre 2004 et celle-ci a été radiée du Registre du commerce le 11 août 2006 à l'issue de la procédure de liquidation.
Le 18 janvier 2006, la caisse de compensation a réclamé à B._, C._ et A._, en leur qualité d'associé gérant avec signature individuelle pour le premier et d'associés et d'organes de fait pour les deux autres, la réparation du dommage qu'elle a subi dans la faillite de la société et portant sur un montant de 120'280 fr. 05. Cette somme correspondait au solde des cotisations sociales dues sur les salaires versés par la société D._ Sàrl au 31 juillet 2004, y compris les frais de sommation et les intérêts moratoires. Saisie d'oppositions de la part des trois associés, la caisse de compensation les a rejetées par décisions du 7 juin 2006.
A.b. Statuant le 30 juin 2015 sur le recours formé par A._ contre la décision sur opposition du 7 juin 2006, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a partiellement admis le recours; elle a renvoyé la cause à la caisse de compensation pour le calcul du montant dû, compte tenu du fait que la responsabilité de A._ avait pris fin le 29 février 2004, et nouvelle décision en ce sens. Elle a pour le surplus rejeté le recours. Le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours formé par A._ contre cette décision (arrêt 9C_637/2015 du 22 octobre 2015).
Après avoir repris l'instruction de la cause, la caisse de compensation a fixé à 106'297 fr. 05 le montant du dommage, frais et intérêts compris (décision du 8 mars 2016). Saisie d'une opposition, la caisse de compensation l'a rejetée par décision du 15 juillet 2016.
A.c. Dans l'intervalle, B._ a dénoncé en août 2004 ses deux associés au Ministère public du canton de Genève pour des faits d'appropriation illégitime, d'abus de confiance, de vol, d'escroquerie et de gestion déloyale commis au sein de la société D._ Sàrl. Le Tribunal de police de la République et canton de Genève a, par jugement du 11 juillet 2013, acquitté C._ des faits dénoncés contre lui et condamné A._ pour gestion déloyale aggravée à une peine pécuniaire de 210 jours-amende avec sursis pour avoir utilisé de manière indue des ressources de la société D._ Sàrl à son profit sur un chantier à hauteur d'environ 50'000 francs, avoir éteint une dette personnelle de 10'000 francs au moyen des deniers de la société, sans contrepartie, et avoir utilisé à son profit des fonds sociaux à hauteur de 19'000 francs, annoncés comme de prétendus salaires.
B.
Par jugement du 9 mars 2017, la Cour de justice a rejeté le recours formé par A._ contre la décision sur opposition du 15 juillet 2016.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut en substance à l'annulation de la décision entreprise et à ce qu'il soit dit et constaté que sa responsabilité n'est pas engagée dans le préjudice subi par la caisse de compensation.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté par une partie directement touchée par la décision et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours, dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF. Les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF) atteignent par ailleurs la valeur de 30'000 fr. (art. 85 al. 1 let. a LTF; ATF 137 V 51 consid. 4.3 p. 56). Il convient dès lors d'entrer en matière sur le recours.
1.2. La décision - de nature incidente - du 30 juin 2015 peut être attaquée avec la décision finale (art. 93 al. 3 LTF; arrêt 9C_637/2015 du 22 octobre 2015 consid. 6). Le recourant n'a pas pris de conclusion à l'encontre de la décision incidente. Son écriture contient cependant des griefs y relatifs, qui seront pris en considération en tant qu'ils concernent aussi le jugement du 9 mars 2017.
2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées, sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (art. 97 al. 1 LTF).
3.
Le litige porte sur la responsabilité du recourant dans le préjudice subi par la caisse de compensation en raison du non-paiement par la société D._ Sàrl du solde des cotisations sociales paritaires afférentes à la période courant du 1er janvier 2001 au 29 février 2004. Les décisions du 30 juin 2015 et du 9 mars 2017 exposent de manière complète les normes légales et la jurisprudence applicables en matière de responsabilité de l'employeur au sens de l'art. 52 LAVS, en particulier en ce qui concerne la notion d'organe de fait (ATF 132 III 523 consid. 4.5 p. 528 et les références); il suffit d'y renvoyer.
4.
La juridiction cantonale a retenu qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de la décision du 30 juin 2015, qui avait tranché le principe de la responsabilité du recourant dans le dommage subi par l'intimée en raison du non-paiement du solde des cotisations sociales dues, et l'a confirmée pour le surplus faute de nouveaux éléments. Les premiers juges avaient en particulier retenu dans cette décision que A._ ne pouvait être exonéré de sa responsabilité d'organe de fait envers la caisse de compensation car il s'était occupé - selon ses propres déclarations - de la marche opérationnelle de l'entreprise, notamment de contracter et de démarcher les clients, d'établir les devis, de réaliser les travaux et de les facturer. Si le recourant ne s'occupait pas directement de l'aspect financier de la société, les factures étaient libellées sur la base de ses seules instructions et les salaires payés sur la base des seules indications qu'il donnait. Les premiers juges ont constaté que le recourant disposait par conséquent d'une autonomie suffisante, tant sur une part du patrimoine que sur les moyens de production et sur le personnel de l'entreprise, pour qu'il soit considéré comme ayant pris part de manière prépondérante à la formation de la volonté de la société et ayant assumé en toute indépendance des tâches corporatives. Il ne pouvait par ailleurs ignorer que les cotisations sociales correspondant aux salaires qu'il calculait lui-même n'étaient pas réglées ou à tout le moins pas de manière suffisante.
5.
5.1. Invoquant l'arrêt 9C_428/2013 du 16 octobre 2013, selon lequel l'obligation de réparer le dommage au sens de l'art. 52 LAVS intervient en principe seulement si la personne intéressée avait un pouvoir de disposer des cotisations non payées et pouvait effectuer les paiements à la caisse de compensation, le recourant affirme que l'autorité précédente a dressé un état de fait incomplet et violé le droit fédéral. Il soutient en particulier que les premiers juges ont omis de constater que seul B._, associé gérant avec signature individuelle, avait accès aux comptes bancaires de l'entreprise et que seul celui-ci s'occupait des démarches à effectuer auprès de la caisse intimée. Qui plus est, ils auraient également omis de constater qu'il n'avait eu accès aux comptes de l'entreprise qu'au mois d'août 2004.
5.2. Cette argumentation est mal fondée. Le recourant fait une lecture réductrice de la jurisprudence qu'il cite à l'appui de son point de vue. Dans l'arrêt 9C_428/2013, le Tribunal fédéral a également indiqué que la qualité d'organe de fait s'analyse en fonction du rôle que la personne concernée a effectivement joué au sein de la société. Aussi, il faut en particulier qu'elle ait eu la possibilité de causer un dommage ou de l'empêcher, en d'autres termes qu'elle ait exercé effectivement une influence sur la marche des affaires de la société (ATF 132 III 523 consid. 4.5 p. 528 et les références). Peu importe donc que, comme le recourant s'emploie à le faire admettre, il n'avait pas le pouvoir (formel) de disposer des cotisations sociales. En tant qu'il se réfère à ses observations ou à ses conclusions après enquête que la juridiction cantonale n'aurait à tort pas prises en compte, il ne démontre en effet pas - et c'est ce qui est déterminant - que la juridiction cantonale a retenu de manière arbitraire qu'il avait été omniprésent lors de l'établissement des factures, des devis et, surtout, des listes de salaires (décision du 30 juin 2015, p. 21). Quoi qu'en dise le recourant, la juridiction cantonale a par ailleurs établi à bon droit et de manière convaincante que B._ lui avait laissé la conduite opérationnelle de la société, s'étant placé dans une situation comparable à celle d'un "homme de paille". Dans ces circonstances, on doit admettre que A._ a exercé un pouvoir de gestion propre à influencer de manière prépondérante la marche des affaires de la société; il a donc assumé de fait la fonction d'un organe jusqu'au 29 février 2004, date de son départ de la société (décision du 30 juin 2015, p. 24).
5.3. C'est par conséquent à bon droit que l'autorité précédente a tenu le recourant, en sa qualité d'organe de fait, pour responsable du dommage (106'297 fr. 05) subi par l'intimée en raison du non-paiement du solde des cotisations sociales dues par la société D._ Sàrl pour la période - non contestée - courant du 1er janvier 2001 au 29 février 2004. Le fait que le recourant s'est désintéressé de la santé financière de l'entreprise n'y change rien.
6.
Mal fondé, le recours doit être rejeté. Avec le présent prononcé, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
7.
Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF, en relation avec les art. 51 al. 1 let. a et 65 al. 2 LTF; ch. 1 du Tarif du 31 mars 2006 des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral [RS 173.110.210.1]).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à B._ pour information, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 6 juillet 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker