Faits :
A.
A.a. La société Z._ SA (ci-après: la locataire ou la demanderesse) exploite un garage automobile avec places de parking au 1er étage, rez-de-chaussée et sous-sol dans un immeuble, à A._. Le contrat de bail a été conclu le 8 juin 2004 avec le propriétaire d'alors pour une durée initiale de 10 ans, du 1er juin 2004 au 30 juin 2014, se renouvelant ensuite tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf avis de résiliation donné et reçu au moins une année avant l'échéance. La locataire exploitait déjà le garage avant la signature de ce bail. Les contrats relatifs à certaines places de parking ne les mettaient à disposition que jusqu'à ce que les futurs locataires de locaux vacants et à construire se portassent candidats pour ces places.
La propriétaire a résilié ces baux le 7 août 2008 pour le 30 juin 2014, invoquant un projet de reconstruction complète de l'immeuble en vue d'y créer un nouvel espace commercial et des logements.
A.b. X._ SA (ci-après: la nouvelle propriétaire ou la défenderesse) a acheté l'immeuble le 21 juin 2013.
Le 25 juin 2013, la Municipalité de la Commune de A._ a adopté un plan partiel d'affectation concernant les terrains comprenant cet immeuble (entré en vigueur le 7 octobre 2013), lequel permettait la transformation, l'extension ou la démolition et la reconstruction de l'immeuble, selon le projet élaboré par le précédent propriétaire. Ce plan autorise notamment la création d'un immeuble avec affectation mixte à l'habitation, aux bureaux et au commerce. Il y est mentionné que le projet prévoit la disparition du garage automobile, ce que la municipalité voit comme une manière de tranquilliser l'impasse.
Le 12 septembre 2013, l'architecte mandaté par la nouvelle propriétaire a déposé deux demandes de permis portant sur la démolition de l'immeuble et la construction à sa place d'un bâtiment comprenant dix-sept logements et un hôtel, avec parking enterré de trente places.
B.
Le 20 septembre 2013, par notification sur formules officielles, la nouvelle propriétaire a notamment résilié les baux de la locataire de manière anticipée avec effet au 1er avril 2014, conformément à l'art. 261 al. 2 let. a CO. Elle a invoqué dans sa lettre d'accompagnement la nécessité pour elle d'entreprendre d'importants travaux de démolition et de construction afin de rendre l'immeuble apte à ses besoins d'exploitation.
Saisi par la locataire d'une demande en contestation des résiliations et en prolongation de bail le 27 janvier 2014, à la suite de l'échec de la conciliation, le Tribunal des baux du canton de Vaud a, par jugement du 23 septembre 2014, déclaré les résiliations du 20 septembre 2013 inefficaces.
L'arrêt de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois du 29 mai 2015, qui a confirmé ce jugement, a été réformé par arrêt du Tribunal fédéral du 31 mars 2016. Les résiliations de bail ont été jugées valables et la cause a été renvoyée à la cour cantonale pour instruction et décision sur la prolongation des baux (cause 4A_447/2015).
Il est résulté de l'instruction complémentaire à laquelle la cour cantonale a procédé que la défenderesse dispose désormais d'un permis de construire définitif et exécutoire, qui lui a été délivré le 16 février 2016 et qui porte sur la démolition et la construction d'un bâtiment comprenant 17 logements et un hôtel avec parking enterré. Les propriétaires de la parcelle voisine qui avaient attaqué ce permis ont retiré leur recours, ce dont la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a pris acte le 19 juillet 2016. La cour cantonale a également constaté qu'à l'exception des locaux occupés par la demanderesse, l'immeuble est vide, ce qui implique une perte financière pour la défenderesse, qui est dans l'attente du départ de cette locataire pour commencer les travaux. Il était prévu que les premiers travaux, à savoir le désamiantage et la démolition du bâtiment, devaient débuter dès la fin du mois d'août 2016 et que la mise en service de l'hôtel devait intervenir en janvier 2019.
Statuant après renvoi le 11 octobre 2016, la Cour d'appel civile a accordé à la demanderesse une unique prolongation de bail jusqu'au 31 mars 2018. Le dispositif précédemment envoyé aux parties indiquait une prolongation jusqu'au 31 mars 2017, date qui a été corrigée dans l'arrêt motivé.
C.
Contre cet arrêt cantonal, la nouvelle propriétaire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce qu'aucune prolongation de bail ne soit accordée à la demanderesse. Elle conclut également à ce que la locataire soit condamnée à quitter les locaux litigieux et à lui remettre les clés sous la menace de la peine d'amende prévue à l'art. 292 CP. Elle se plaint d'appréciation arbitraire des faits et des preuves (art. 9 Cst.) et de violation du droit (art. 272 al. 1 CO, art. 2 et 4 CC et art. 26 s. Cst.).
L'intimée conclut au rejet du recours.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile, compte tenu des féries de Noël (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente, contre une décision rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF), statuant après arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, dans une cause de droit du bail (art. 72 al. 1 LTF) et pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le présent recours en matière civile est ouvert aux mêmes conditions que sous l'empire de l'ancien art. 66 OJ (arrêts 4A_71/2007 du 19 octobre 2007 consid. 2.2; 4A_555/2015 du 18 mars 2016 consid. 1.1).
2.
Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral - que prévoyait expressément l'art. 66 al. 1 OJ et qui valait également en cas d'annulation sur recours de droit public, pour violation des droits constitutionnels (ATF 122 I 250 consid. 2) - est un principe juridique qui demeure applicable sous l'empire de la LTF (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335; arrêt 5A_139/2013 du 31 juillet 2013 consid. 3.1, non publié in ATF 139 III 391 mais in Pra. 2014 n° 19 p. 136). En vertu de ce principe, l'autorité cantonale à laquelle une affaire est renvoyée est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral; sa cognition est limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a déjà été tranché définitivement par le Tribunal fédéral, ainsi que par les constatations de fait qui n'ont pas été critiquées devant lui (ATF 131 III 91 consid. 5.2 p. 94 s.; arrêt 5A_139/2013 déjà cité, ibidem). L'autorité à laquelle la cause est retournée peut toutefois tenir compte de faits nouveaux sur les points qui ont fait l'objet du renvoi, mais ceux-ci ne peuvent être ni étendus, ni fixés sur une base juridique nouvelle (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335; 131 III 91 consid. 5.2 p. 94; arrêt 4A_354/2014 du 14 janvier 2015 consid. 2.1 et les références).
Saisi d'un recours contre la nouvelle décision cantonale, le Tribunal fédéral est aussi lié par son arrêt de renvoi (ATF 125 III 421 consid. 2a). Il n'est toutefois pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4).
3.
3.1. Dans son arrêt de renvoi du 31 mars 2016, le Tribunal fédéral a non seulement déterminé ce qu'il y a lieu d'entendre par besoin propre et urgent du nouveau propriétaire de l'immeuble au sens de l'art. 261 al. 2 let. a CO, mais également précisé quelles sont les relations entre cette disposition et l'art. 272 al. 1 CO, autrement dit entre le besoin propre et urgent du nouveau propriétaire et la prolongation du bail (consid. 5.2 et consid. 5.3). Il a ainsi jugé que le besoin propre et urgent du nouveau propriétaire fait obstacle à l'annulation du congé, mais n'exclut pas en soi la prolongation du bail; la comparaison entre le besoin propre et urgent du bailleur d'utiliser les locaux, parmi d'autres éléments (cf. art. 272 al. 2 let. c CO), et les conséquences pénibles de la résiliation anticipée pour le locataire doit intervenir dans le cadre de l'examen de la prolongation du bail (art. 272 al. 2 in initio CO; consid. 5.2.3).
Examinant plus précisément la question de l'urgence du besoin du nouveau propriétaire en relation avec les autorisations administratives nécessaires à un projet de grandes transformations, respectivement de démolition et de reconstruction du bâtiment, le Tribunal fédéral a jugé que la résiliation anticipée est justifiée dès que le projet est susceptible d'obtenir les autorisations administratives, et non seulement lorsqu'il les a obtenues (art. 261 al. 2 let. a CO; consid. 5.2.3). Puis examinant cette question dans le cadre de la pesée des intérêts à laquelle le juge doit procéder lorsqu'il examine si le bail doit être prolongé (art. 272 al. 1 CO), le Tribunal fédéral a jugé que l'urgence du besoin de l'acquéreur doit être prise en considération pour statuer tant sur le principe que sur la durée de la prolongation: " Le besoin du [nouveau propriétaire] ne prime celui du locataire que lorsque celui-là est autorisé par décision administrative à commencer les travaux, mais pas avant ". Il en a conclu que, lorsqu'il est difficile de prévoir le moment auquel le locataire devra évacuer les locaux, le juge doit accorder une première prolongation et qu'en cas de demande de deuxième prolongation, il statuera selon la situation des parties et l'état du projet de démolition/reconstruction au moment de sa nouvelle décision (consid. 5.3.1).
3.2. Lorsque la cour cantonale estime que, par là, le Tribunal fédéral n'a pas eu l'intention d'accorder la priorité aux intérêts du nouveau propriétaire lorsque les autorisations administratives ont été délivrées à celui-ci, elle se méprend sur le sens du terme " prime ": celui-ci signifie à l'évidence que le besoin propre et urgent du nouveau propriétaire a la priorité sur l'intérêt du locataire dès que le projet a été autorisé par décision administrative. Cette interprétation est encore renforcée par l'adjonction des termes " mais pas avant ".
Dès lors que le Tribunal fédéral avait déjà admis dans son arrêt de renvoi que la condition du besoin propre et urgent de la défenderesse était réalisée (art. 261 al. 2 let. a CO), la cour cantonale devait tenir compte de l'état du projet de démolition/reconstruction, autrement dit de l'avancement de la procédure d'autorisation administrative, pour statuer sur la question du principe et de la durée de la prolongation du bail, qui lui avait été renvoyée.
Or, il résulte de l'instruction complémentaire à laquelle la cour cantonale a procédé qu'un permis de construire, définitif et exécutoire, a été délivré à la nouvelle propriétaire le 16 février 2016, le recours interjeté par des voisins ayant été retiré le 19 juillet 2016. Il était prévu que les premiers travaux, à savoir le désamiantage et la démolition du bâtiment, devaient débuter dès la fin du mois d'août 2016 et que la mise en service de l'hôtel devait intervenir en janvier 2019. L'immeuble est en effet vide, à l'exception des locaux occupés par la demanderesse, et la défenderesse, qui est dans l'attente du départ de cette locataire pour commencer les travaux, subit une perte financière.
Dans ces circonstances, force est de constater que le permis de démolir et reconstruire était en force et exécutoire au moment où la cour cantonale a statué le 11 octobre 2016. En ne tenant pas compte que, dès l'entrée en force de ce permis, le besoin urgent du nouveau propriétaire devait primer, la cour cantonale s'est écartée sans raison de la jurisprudence et de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral.
Au demeurant, on ne voit pas en quoi la nouvelle propriétaire, qui subit une perte financière du fait de l'empêchement de débuter ses travaux, abuserait de son droit (art. 2 al. 2 CC) en exigeant que son intérêt prime dès lors que la locataire sait depuis le 21 septembre 2013, si ce n'est depuis le 7 août 2008, que l'immeuble doit être complètement démoli et reconstruit, conformément au plan d'affectation partiel.
Il s'ensuit qu'il n'y a pas lieu d'accorder de prolongation de bail à la demanderesse, qui aura eu d'ailleurs, à la date du présent arrêt, presque trois ans pour trouver à reloger ses activités.
4.
Il résulte de l'arrêt attaqué que la défenderesse avait conclu à ce que la demanderesse soit condamnée à quitter les locaux litigieux et à lui remettre les clés le dernier jour du mois complet suivant la notification de l'arrêt à intervenir, sous la menace de la peine d'amende prévue à l'art. 292 CP. C'est dans ce sens que sera prononcée la condamnation, la conclusion nouvelle plus restrictive prise par la défenderesse dans le présent recours étant nouvelle et, partant, irrecevable (art. 99 al. 2 LTF).
5.
Au vu de ce qui précède, l'arrêt attaqué doit être réformé en ce sens que l'action en contestation de la résiliation et en prolongation du bail est intégralement rejetée.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la locataire qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF). La cause est retournée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'action en prolongation du bail de la demanderesse est rejetée.
2.
La demanderesse est condamnée à quitter les locaux litigieux et à remettre les clés à la défenderesse le dernier jour du mois complet suivant la notification de l'arrêt à intervenir, sous la menace de la peine d'amende prévue à l'art. 292 CP.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
5.
La cause est retournée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 23 mai 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget