Sachverhalt:
A.
Mit Verfügung vom 5. Februar 2009 sprach die IV-Stelle des Kantons Bern dem 1959 geborenen A._ ab 1. März 2007 eine Dreiviertelsrente zu. Mit Schreiben vom 17. März 2011 bestätigte sie diese. Im Juni 2011 machte A._ eine gesundheitliche Verschlechterung geltend. Die IV-Stelle gab eine medizinische Abklärung in Auftrag (vgl. auch die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 24. Januar 2012 und vom 11. Dezember 2012). Die Medizinische Abklärungsstelle Bern ZVMB GmbH (MEDAS) erstattete am 27. Mai 2013 ihr Gutachten. Infolge Unklarheiten liess die IV-Stelle den psychiatrischen Teil ergänzen, was am 16. Juni 2014 erfolgte. Mit Verfügung vom 10. Februar 2015 ordnete die IV-Stelle eine weitere psychiatrische Begutachtung an. Gestützt auf den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 1. Juli 2015 holte sie ein psychiatrisches Zusatzgutachten bei Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 22. Februar 2016 ein. Mit Verfügung vom 7. Juli 2016 hob sie die laufende Rente unter Verweis auf die Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision per Ende August 2016 auf.
B.
Das Verwaltungsgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 15. Februar 2017 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die IV-Stelle zu verpflichten, ihm auch nach dem 31. August 2016 eine Rente auszurichten, wobei dieser rückwirkend spätestens ab Juli 2014 ein Invaliditätsgrad von mehr als 70 % zugrunde zu legen sei; eventualiter sei die IV-Stelle zu verpflichten, eine interdisziplinäre Begutachtung unter seiner Mitwirkung in Auftrag zu geben. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Bundesgericht führt keinen Schriftenwechsel durch.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 141 V 234 E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Streitig ist der Rentenanspruch des Versicherten. Die Parteien sind sich namentlich uneins über die Beurteilung des Gesundheitszustands aus psychiatrischer Sicht.
3.
Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), namentlich bei psychischen Gesundheitsschäden (BGE 141 V 281; 131 V 49 E. 1.2 S. 50), und den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 2 IVG) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Überprüfung einer Invalidenrente nach lit. a Abs. 1 der Schlussbestimmungen zur Änderung des IVG vom 18. März 2011 (6. IV-Revision; BGE 141 V 281 E. 3.7.2 S. 295; 140 V 8 und 197; 139 V 547) und die beweisrechtlichen Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (BGE 134 V 231 E. 5.1 S. 232; 125 V 351 E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
Anzufügen bleibt, dass Berichte des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) versicherungsinterne Berichte sind (BGE 135 V 254 E. 3.4.2 S. 259). Zudem kommt den RAD-Berichten, insbesondere im Vergleich zu externen medizinischen Sachverständigen, nur beschränkte Beweiskraft zu; so kann auf die Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit durch einen RAD-Arzt nicht abgestellt werden, wenn abweichende, plausibel begründete Einschätzungen der Arbeitsfähigkeit vorliegen und auf ergänzende versicherungsexterne Abklärung verzichtet wurde (SVR 2017 IV Nr. 13 S. 31 E. 3 und 4, 8C_452/2016).
4.
4.1. Der Versicherte macht geltend, beim Gutachten des Dr. med. B._ handle es sich um eine unzulässige Second opinion. Denn die Vorinstanz habe in ihrem Entscheid vom 1. Juli 2015 die zusätzliche Begutachtung durch Dr. med. B._ damit begründet, das psychiatrische Teilgutachten der MEDAS setze sich nicht mit der Einschätzung durch Frau Dr. med. C._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie sowie für Anästhesiologie, RAD, vom 28. Mai 2008 auseinander, was jedoch im Rahmen der Rentenrevision nach Art. 17 ATSG notwendig sei; im aktuell angefochtenen Entscheid gehe sie aber von einer Revision nach den Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision aus und messe dem Gutachten des Dr. med. B._ vollen Beweiswert zu, obwohl sich dieser auch nicht mit der Einschätzung von Frau Dr. med. C._ auseinandersetze. Deshalb resultiere gestützt auf die gemäss MEDAS-Gutachten attestierte Arbeitsunfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit von 70 % ein Invaliditätsgrad von über 70 % und somit ein Anspruch auf eine ganze Invalidenrente.
4.2. Entgegen der Ansicht des Versicherten war die fehlende Auseinandersetzung mit dem Bericht der Frau Dr. med. C._ nicht allein massgebend für die Gutheissung einer weiteren psychiatrischen Beurteilung, sondern es lagen weitere, vom Versicherten nicht erwähnte Gründe vor, die das psychiatrische Teilgutachten der Frau Dr. med. D._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, MEDAS, nicht schlüssig erscheinen lassen. So hat die Vorinstanz in ihrem Entscheid vom 1. Juli 2015 gestützt auf die Zweifel, die Frau Dr. med. E._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie, RAD, mit ihren Berichten vom 6. November 2013 und vom 20. Januar 2015 an der Einschätzung durch Frau Dr. med. D._ als psychiatrischer Expertin im Rahmen des MEDAS-Gutachtens vom 27. Mai 2013 zu wecken vermochte, dem psychiatrischen Teilgutachten Beweiswert abgesprochen und die Einholung eines zusätzlichen psychiatrischen Gutachtens für notwendig erachtet. Zudem ist die Diagnose einer mittelschweren bis schweren Depression, wie von Frau Dr. med. E._ ebenfalls erwähnt, nicht mit dem bisherigen Behandlungsverlauf und dem geschilderten Alltag des Versicherten vereinbar. Anzufügen bleibt, dass sich Dr. med. B._ in seinem Gutachten vom 22. Februar 2016 mit der Einschätzung durch Frau Dr. med. C._ auseinandersetzt, begründet er doch seine Zweifel an der von ihr gestellten Diagnosen der mittelschweren Depression mit somatischem Syndrom (ICD-10: F32.11) und der anhaltenden somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) nachvollziehbar und einlässlich; daran ändert nichts, dass er Frau Dr. med. C._ nicht namentlich nennt.
5.
5.1. Weiter macht der Versicherte geltend, unter Beachtung von BGE 140 V 8 habe die Vorinstanz zu Unrecht die Anwendbarkeit von lit. a Abs. 1 SchlBest. IVG bejaht, da Frau Dr. med. C._ die Foerster-Kriterien sowie die Unüberwindbarkeit geprüft habe.
5.2. Entgegen der Ansicht des Versicherten handelt es sich bei der Rentenzusprechung vom 5. Februar 2009 nicht um eine die Anwendung der Schlussbestimmungen ausschliessende Beurteilung im Sinne der Rechtsprechung zu den psychosomatischen Beschwerden, wie es BGE 140 V 8 fordert. Aus dem für die Rentenzusprache massgeblichen Bericht der Frau Dr. med. C._ vom 28. Mai 2009 geht nicht hervor, ob ihre medizinische Beurteilung auf einem reinen Aktenstudium gründet oder ob anlässlich des erwähnten Eintrittsgesprächs vom 17. März 2009 (in Zusammenhang mit der beruflichen Abklärung in der Stiftung für berufliche Integration F._ vom 17. März bis 11. April 2008) eine persönliche Exploration des Versicherten durch Frau Dr. med. C._ stattgefunden hat. Sollte Letzteres der Fall gewesen sein, fehlt es in ihrem Bericht zumindest an einer rechtskonformen Erhebung der Anamnese sowie des Befundes. Sollte Ersteres zutreffen, mangelt es an einer rechtsgenüglichen Diagnosestellung und Beurteilung nach der Rechtsprechung zu den psychosomatischen Beschwerden (BGE 130 V 352 und seither ergangene Urteile), da es dazu nach konstanter Rechtsprechung bei psychiatrischen Gutachten - von hier offensichtlich nicht gegebenem Ausnahmefall abgesehen - stets einer persönlichen Untersuchung der zu begutachtenden Person bedarf (vgl. dazu bereits BGE 127 I 54 oder RKUV 2001 Nr. U 438 S. 345 E. 3d, U 492/00). Zudem ist mit der Vorinstanz festzustellen, dass der Bericht der Frau Dr. med. C._ keine Auseinandersetzung mit den Foerster-Kriterien enthält. Zwar erwähnt sie Komorbidität und die Überwindbarkeit bei zumutbarer Willensanstrengung; die allgemeine Aussage, es liege eine eingeschränkte, aber nicht völlig aufgehobene Fähigkeit zur willentlichen Schmerzüberwindung vor, erfüllt aber nicht die Anforderungen an eine Prüfung der Foerster-Kriterien. Was sodann die von Frau Dr. med. C._ ebenfalls gestellte Diagnose einer "mittelschweren Depression mit somatischen Symptomen" (ICD-10 F32.11) anbelangt, lässt sich diese aufgrund ihrer Ausführungen nicht nachvollziehbar von der somatoformen Schmerzstörung abgrenzen (vgl. SVR 2014 IV Nr. 12 S. 47 E. 3.1.1 und 4.2.3, 8C_251/2013). Demnach beruht die Rentenzusprechung auf unklaren Beschwerden, ohne dass eine rechtsprechungskonforme Beurteilung nach den Kriterien zu den unklaren Beschwerden ohne nachweisbare organische Grundlage erfolgte. Somit ist nicht zu beanstanden, dass Verwaltung und Vorinstanz den Rentenanspruch unter den Voraussetzungen des lit. a Abs. 1 SchlBest. IVG prüften.
6.
6.1. Schliesslich rügt der Versicherte, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Befangenheit von Dr. med. B._ verneint. Denn Dr. med. B._ bringe in seinem Gutachten mit der Anpreisung seiner Fähigkeiten seine versicherungsnahe Haltung zum Ausdruck. Dazu zitiert der Beschwerdeführer eine Passage aus dem beanstandeten Gutachten und interpretiert weitere Aussagen des Dr. med. B._.
6.2. Die Vorinstanz hatte sich bereits in ihrem Entscheid vom 1. Juli 2015 mit dem erhobenen Vorwurf der Befangenheit von Dr. med. B._ auseinandergesetzt und ihn verworfen. Im nunmehr angefochtenen Entscheid stellte sie fest, der Einwand der Befangenheit sei verspätet, soweit er sich nicht aus der konkreten Begutachtung ergebe, und überdies unbehelflich, da die Anzahl der Begutachtungen keinen Ausstandsgrund darstelle. Zur vom Versicherten zitierten Passage hielt sie fest, Dr. med. B._ nehme damit auf den Entscheid vom 1. Juli 2015 Bezug, was keinen Anschein von Befangenheit zu begründen vermöge; vielmehr beschreibe er damit seinen Auftrag als Gutachter, namentlich den Unterschied zwischen behandelndem und begutachtendem Arzt. Mit diesen vorinstanzlichen Erwägungen setzt sich der Versicherte nicht auseinander, sondern legt bloss seine Ansicht und Interpretation der Äusserungen von Dr. med. B._ dar. Seine Einwände erschöpfen sich somit in appellatorischer Kritik, auf welche das Bundesgericht nicht weiter eingeht (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 137 II 353 E. 5.1 S. 356). Abschliessend ist der Versicherte darauf hinzuweisen, dass sich nicht bereits aus kritischen Äusserungen des externen Gutachters zu den behandelnden Ärzten auf Befangenheit schliessen lässt (Urteile 9C_276/2016 vom 19. August 2016 E. 3.1.2 und 8C_578/2014 vom 17. Oktober 2014 E. 4.3).
7.
7.1. Schliesslich beruft sich der Versicherte auf eine offensichtlich unrichtige und den Untersuchungsgrundsatz nach Art. 61 lit. c ATSG verletzende Sachverhaltsfeststellung: Die Vorinstanz hätte, so denn entgegen seiner Annahme dem Gutachten des Dr. med. B._ Beweiswert zukomme, dieses der Einschätzung der Frau Dr. med. D._ gegenüberstellen und entscheiden müssen, welchem dieser sich diametral widersprechenden Gutachten zu folgen sei.
7.2. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz kam in ihrem Entscheid vom 1. Juli 2015 zum Ergebnis, die IV-Stelle habe ein neues psychiatrisches (Teil-) Gutachten einzuholen, da mangels Erfüllung der praxisgemässen Anforderungen an einen ärztlichen Bericht auf das Teilgutachten der Frau Dr. med. D._ nicht abgestellt werden könne. An diese Schlussfolgerung der fehlenden Beweiskraft der Beurteilung von Frau Dr. med. D._ im MEDAS-Gutachten vom 27. Mai 2013 war sie im hier angefochtenen Entscheid gebunden. Somit musste sie auch nicht das Gutachten des Dr. med. B._ der Einschätzung durch Frau Dr. med. D._ gegenüberstellen. Vielmehr hat sie zu Recht dem Gutachten des Dr. med. B._ vom 22. Februar 2016, welches die strittigen Belange umfassend beurteilt, die geklagten Einschränkungen berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten ergangen ist und in der Beurteilung der medizinischen Situation nachvollziehbar und überzeugend begründet ist, volle Beweiskraft zuerkannt und den Leistungsanspruch gestützt auf dessen Einschätzung sowie den (vor Vorinstanz nicht beanstandeten) somatischen Teil des MEDAS-Gutachtens vom 27. Mai 2013 beurteilt. Damit erübrigt sich auch die Einholung eines weiteren Gutachtens gemäss Eventualantrag des Beschwerdeführers.
8.
Da der Versicherte keine weiteren Einwände gegen die vorinstanzliche Beurteilung seines Rentenanspruchs vorbringt und auch keine Anhaltspunkte ersichtlich sind, wonach diese offensichtlich unzutreffend wäre, hat es beim vorinstanzlichen Entscheid sein Bewenden.
9.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Infolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) werden diese jedoch vorläufig auf die Gerichtskasse genommen und seiner Anwältin wird eine Entschädigung aus der Gerichtskasse bezahlt. Der Versicherte hat jedoch Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwältin Daniela Mathys wird als unentgeltliche Anwältin bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Oktober 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold