Faits :
A.
A.a. La SI M._ SA (ci-après: la société, la bailleresse ou la défenderesse) est propriétaire de l'immeuble sis..., à Genève, au rez-de-chaussée duquel se trouve une arcade dans laquelle est exploité le Café U._. R.X._ et son épouse P.X_ étaient actionnaires, par moitié chacun, de la société (complètement selon l'art. 105 al. 2 LTF).
Il est admis que la société, en tant que bailleresse, a conclu un contrat de bail tacite portant sur cette arcade avec R.X._ en tant que locataire.
A.b. Depuis 1981, leur fils, A.X_, exploite le Café U._ dans ladite arcade.
Par contrat du 31 octobre 1994, R.X._, dont l'épouse était décédée en 1992 et qui était alors propriétaire de la moitié des actions de la société et usufruitier de l'autre moitié (sur ce dernier point: complètement selon l'art. 105 al. 2 LTF), a, sous la désignation de bailleur, conclu avec son fils A.X_, désigné comme locataire, un contrat de bail portant sur la location (en réalité: sous-location) de cette arcade. Le contrat a été conclu pour une durée de cinq ans, du 1er janvier 1994 au 31 décembre 2000, renouvelable tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf résiliation signifiée six mois avant l'échéance, pour un loyer de 18'000 fr. par an.
Il ne résulte pas des constatations de fait à qui appartient le fonds de commerce du Café U._, ni sur quelle base le fils exploite ce café.
A.c. R.X._ est décédé le 26 septembre 2012. Ses héritiers sont sa fille, B.X._, et son fils, A.X_.
Me J._, notaire, est exécutrice testamentaire de la succession de feu R.X._; ses pouvoirs ont été restreints aux seuls actes de gestion conservatoire nécessaires, par décision de la justice de paix du 14 novembre 2012, confirmée par arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 24 janvier 2013. Ce fait est contesté par A.X_, qui soutient que la notaire serait administratrice d'office de la succession.
Les deux héritiers sont présentement opposés, directement ou indirectement, dans plusieurs procédures judiciaires: des actions successorales ont été intentées par le fils en relation avec les successions de chacun des parents; des actions en annulation des décisions des assemblées générales des sociétés propriétaires des immeubles faisant partie des successions ont aussi été ouvertes par le fils; des procédures de mesures superprovisionnelles et provisionnelles ont également été intentées (complètement selon l'art. 105 al. 2 LTF).
A.X_ se plaint de constatations de fait incomplètes en relation avec la succession, en particulier le fait que, selon le testament de son père, il se voit attribuer les parts du Café U._ dans son état actuel, avec son agencement.
B.
Le 1er mai 2014, le conseil d'administration de la société a décidé par deux voix contre une, soit les voix de B.X._ et de I._ contre celle de A.X_, de résilier le bail de A.X_ portant sur l'arcade du Café U._ pour le prochain terme utile en vue de sa relocation au prix du marché. L'exécution de cette décision a été confiée à la régie K._.
La (première) résiliation du bail adressée à A.X_ le même jour pour le 31 décembre 2014 a été annulée: celui-ci a en effet plaidé qu'il n'était pas lié à la société, mais avec son père et que la résiliation, qui n'émanait pas du bailleur, était nulle; la société ayant admis que la résiliation était entachée d'un vice formel dans la mesure où la société, bailleresse principale, et A.X_, sous-locataire, n'étaient pas liés par une relation juridique de bail, elle a retiré la résiliation et la cause a été rayée du rôle (complètement selon l'art. 105 al. 2 LTF).
C.
C.a. Par une (deuxième) résiliation du 25 juin 2014, la société bailleresse a résilié le bail (tacite) de l'arcade du Café U._, avec effet au 31 décembre 2014, par deux avis de résiliation adressés, le premier, aux hoirs B.X._ et A.X_ et, le second, à l'exécutrice testamentaire de la succession de feu R.X._, Me J._.
A.X_ a demandé à l'exécutrice testamentaire de contester la résiliation. Mais celle-ci n'a pas répondu à sa demande. A.X_ entend que les circonstances en soient précisées par complètement de l'état de fait.
C.b. Par requête du 24 juillet 2014, adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève et dirigée contre la société bailleresse et sa soeur (cohéritière), A.X_ a contesté la résiliation, concluant à la constatation de sa nullité, voire à son inefficacité, subsidiairement à son annulabilité et plus subsidiairement à l'octroi d'une prolongation du bail de six ans. Après échec de la conciliation, il a déposé sa demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 11 novembre 2014.
La procédure a été limitée à la question de droit matériel de la qualité pour agir de A.X_, lors de l'audience de débats principaux du 18 septembre 2015 (art. 125 let. a CPC).
Par jugement du 16 décembre 2015, le Tribunal des baux et loyers a notamment déclaré " irrecevable " la demande en justice du 11 novembre 2014 de A.X_ contre la société et sa soeur B.X._ (ch. 2). Il a jugé que le demandeur n'avait pas la qualité pour agir, seule l'exécutrice testamentaire ayant qualité pour contester le congé donné par la société puisque le bail faisait partie de la succession, les droits des héritiers étant suspendus.
Statuant sur appel de A.X_ par arrêt du 31 octobre 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève l'a rejeté et a confirmé le jugement attaqué. Examinant uniquement si la contestation de la résiliation entrait dans les pouvoirs de gestion conservatoire de l'exécutrice testamentaire, elle a admis que tel est le cas; une action des héritiers serait donc exclue.
D.
Contre cet arrêt, A.X_ a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 2 décembre 2016, concluant principalement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale (violation du droit d'être entendu, de l'interdiction de l'arbitraire et du principe de l'égalité de traitement), subsidiairement à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté qu'il a la qualité pour contester le congé et que celui-ci soit déclaré nul ou annulable, plus subsidiairement enfin à sa réforme en ce sens qu'il a la qualité pour agir et au renvoi de la cause à la cour cantonale ou au tribunal des baux.
La société intimée conclut principalement au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale.
La soeur intimée conclut au rejet du recours.
Les parties ont encore chacune déposé des observations.
Par ordonnance présidentielle du 2 février 2017, l'effet suspensif a été attribué au recours.
Considérant en droit :
1.
1.1. Conformément à l'art. 76 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b).
En l'espèce, la première condition est remplie dès lors que le recourant a participé à la procédure cantonale et qu'il n'a pas obtenu ce à quoi il avait conclu. Il y a lieu d'admettre également qu'il est touché et a un intérêt digne de protection au recours. En effet, selon la jurisprudence (ATF 139 III 504 consid. 1.2; arrêt 5A_450/2013 du 6 juin 2014 consid. 3.1.1, non publié in ATF 140 III 379), la qualité pour recourir, qui est une condition de recevabilité, ne se confond pas avec la qualité pour agir ou pour défendre au fond, en l'espèce avec la qualité pour contester la résiliation du bail, qui est une condition de droit matériel. Il n'y a pas lieu d'anticiper sur le sort de cette question pour décider si le recours est recevable. Pour que l'intérêt au recours soit admis, il suffit que le recourant apparaisse atteint dans un droit qui lui appartient.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire de contestation de résiliation de bail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le recourant se plaint de constatations de fait incomplètes sur quatre points, qui selon lui étaient nécessaires pour une application correcte du droit. Contrairement à ce que soutient la société intimée, si l'état de fait est incomplet, il n'y a pas lieu d'invoquer la violation d'un principe constitutionnel (i.e. de l'interdiction de l'arbitraire de l'art. 9 Cst.), mais le recourant qui souhaite obtenir le complètement de l'état de fait, doit satisfaire aux exigences découlant du principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF) : il doit ainsi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'il a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure civile, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats; si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90). La faculté de compléter les constatations de fait que l'art. 105 al. 2 LTF confère au Tribunal fédéral ne dispense pas le recourant de son obligation d'allégation (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90).
En l'occurrence, le recourant a présenté une motivation qui remplit ces exigences et l'état de fait (cf. supra let. A) a ainsi été complété sur un point, les trois autres points étant non pertinents au vu des considérants qui suivent.
2.
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal, ou à l'état de fait qu'il aura rectifié après examen des griefs du recours. Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Avant toute chose, il s'impose de cerner l'objet du litige soumis au Tribunal fédéral.
3.1. La présente affaire a pour objet la résiliation du bail (tacite) de l'arcade dans laquelle est exploité le Café U._. Sur action en contestation de la résiliation intentée par l'héritier exploitant A.X_, la procédure a été limitée en première instance à la question de la qualité pour agir du demandeur. Celle-ci ayant été niée, il en est résulté le rejet de l'action, s'agissant d'une condition de droit matériel; l'irrecevabilité prononcée par erreur par le tribunal et confirmée par l'arrêt attaqué doit être corrigée dans ce sens.
La cognition du Tribunal fédéral est ainsi limitée à la seule question de la qualité pour agir du demandeur, de sorte que tous les griefs qui s'en écartent sont irrecevables.
La question de la qualité pour agir en contestation de la résiliation relève du droit du bail. Il convient de distinguer les différents objets (droit des successions, droit des sociétés et droit du bail) et d'éviter, sous l'aspect de la qualité pour agir, d'extrapoler en englobant d'autres questions ayant trait à la nullité des décisions de l'assemblée générale de 2014 - qui fait l'objet d'un recours -, à la nullité des décisions de l'assemblée générale de 2013 et à la nullité des décisions du conseil d'administration, ainsi qu'au défaut de représentation de la régie ayant notifié la résiliation du bail.
3.2. La résiliation litigieuse est celle du 25 juin 2014 et concerne le contrat de bail tacite conclu entre la société propriétaire et bailleresse et R.X._, rapport de droit dont la soeur et le frère ont hérité au décès de leur père (art. 560 CC). En effet, comme le tribunal des baux, la cour cantonale a considéré qu'il y avait eu bail tacite entre la société propriétaire de l'immeuble et le père, R.X._. Le demandeur recourant ne conteste pas cette qualification: il admet qu'il est locataire commun (en tant que membre de la communauté héréditaire) et sous-locataire. La première résiliation du 1er mai 2014 a d'ailleurs été retirée parce que le demandeur contestait avoir été lié directement - en tant que locataire - à la société.
4.
La résiliation litigieuse du 25 juin 2014 a été adressée par la société bailleresse d'une part à la succession de feu R.X._, pour ses hoirs B.X._ et A.X_, et d'autre part à la même succession représentée par l'exécutrice testamentaire J._.
En bref, la cour cantonale a considéré que seul l'exécutrice testamentaire a la qualité pour agir puisque la contestation de la résiliation fait partie des mesures de gestion conservatoire du patrimoine du défunt.
Le demandeur recourant soutient que, conformément à la jurisprudence (en particulier l'ATF 140 III 598) qui admet des exceptions à l'action conjointe des héritiers, il y a lieu d'admettre qu'un héritier puisse agir seul en nullité ou en annulation de la résiliation.
4.1. Selon la jurisprudence, l'action en annulation de la résiliation du bail est une action formatrice: en contestant la résiliation que lui a notifiée le bailleur, le locataire cherche à maintenir le rapport de droit qui les lie. Lorsque plusieurs parties sont titulaires d'un bail, il y a bail commun, soit un rapport juridique uniforme, qui n'existe que comme un tout et pour toutes les parties au contrat. Ainsi, les colocataires forment une consorité matérielle nécessaire et doivent, en principe, ouvrir action en annulation de la résiliation ensemble (art. 70 al. 1 CPC) : l'action formatrice ne saurait en effet conduire à un jugement qui n'aurait force qu'entre certains intéressés, par exemple le bailleur et l'un des colocataires. Toutefois, le principe de l'action commune souffre des tempéraments, en particulier en cas d'actions formatrices, en ce sens qu'il suffit que tous les colocataires soient parties au procès, d'un côté ou de l'autre de la barre. En cas de désaccord entre eux, un colocataire a donc qualité pour agir seul pour autant qu'il assigne aux côtés du bailleur le ou les colocataires qui ne veulent pas contester la résiliation. Le droit de s'opposer à une résiliation abusive garanti par le droit du bail répond à un besoin de protection sociale (ATF 140 III 598 consid. 3.2).
Ce qui vaut pour l'action formatrice en annulation de la résiliation en cas de bail commun de colocataires vaut a fortiori pour l'action formatrice en annulation des héritiers qui ont succédé au défunt dans la relation contractuelle de bail (art. 560 CC). En principe, les héritiers membres de la communauté héréditaire (art. 602 CC), qui sont des consorts matériels nécessaires, sont titulaires (sur le plan actif) ensemble d'un seul et même droit sur chacun des biens de la succession; ils ne peuvent en disposer qu'ensemble (art. 602 al. 2 et 653 al. 2 CC) et doivent donc agir en justice ensemble (cf. FABIENNE HOHL, Procédure civile, T. I, Berne 2016, n. 865 ss; sur le plan passif, sauf en ce qui concerne les dettes de la communauté, cf. op. cit., n. 869 ss). Chacun d'eux a toutefois la qualité pour agir seul en annulation de la résiliation du bail (respectivement en nullité ou inefficacité de cette résiliation) lorsque son ou ses cohéritiers s'y refusent, pour autant qu'il assigne également celui-ci ou ceux-ci en justice à côté du bailleur. D'ailleurs, selon la jurisprudence, lorsque des enfants adultes succèdent au locataire décédé, la protection du locataire ( in casu de l'art. 271a a. 1 let. f CO) est réservée à la personne habitant le logement à titre principal, et refusé à la personne qui ne séjournait que de manière intermittente avec le défunt (arrêt 4A_34/2017 du 18 avril 2017 consid. 5; sur la preuve d'un intérêt digne de protection à l'annulation du congé exigé par l'art. 59 al. 2 let. a CPC, cf. arrêt 4A_195/2016 du 9 septembre 2016 consid. 1.2).
Certes, l'ATF 140 III 598 concernait un bail d'habitation. Les dispositions sur la protection contre les congés des art. 271 à 273c CO s'appliquent toutefois aussi bien aux baux d'habitations qu'aux baux de locaux commerciaux.
4.2. En l'espèce, l'héritier demandeur a ouvert action en contestation de la résiliation du bail (tacite) qui appartenait à son père et fait partie de sa succession (art. 560 CC) contre la bailleresse (et propriétaire) et contre sa soeur cohéritière. Il est manifeste que les cohéritiers sont en désaccord au sujet de la résiliation du bail, la soeur cohéritière étant même à l'origine de la résiliation en tant qu'administratrice de la société bailleresse. La qualité pour agir seul en annulation doit donc être reconnue à l'héritier demandeur.
Dès lors que l'héritier demandeur, qui est au demeurant l'occupant des locaux et l'exploitant du café qui fait partie de la succession, a la qualité pour ouvrir action seul, il importe peu que la succession du père soit administrée ou non par un exécuteur testamentaire.
La question de savoir si le demandeur pourrait également avoir, sur la base d'un autre fondement, en tant que sous-locataire (cf. art. 273b al. 2 CO), la qualité pour agir en annulation ou en nullité de la résiliation du bail principal (tacite), comme il semble le soutenir, n'a été examinée ni par le tribunal, ni par la cour cantonale et ne fait donc pas partie de l'objet de la présente procédure.
5.
Le recours doit donc être admis et la cause renvoyée à la cour cantonale pour suite de la procédure de contestation de la résiliation du bail.
Les frais de la procédure fédérale de 3'000 fr. et les dépens de 3'500 fr. seront mis solidairement à la charge des intimées.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'exception de défaut de qualité pour agir du demandeur est rejetée et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour suite de la procédure.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis solidairement à la charge des intimées.
3.
Les intimées, débitrices solidaires, verseront au recourant une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 28 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget