Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer befand sich seit dem 29. September 2014 zum Vollzug einer stationären therapeutischen Massnahme nach Art. 59 StGB in der Psychiatrischen Klinik Königsfelden. Am 2. Dezember 2015 wies das Bundesgericht letztinstanzlich eine Beschwerde des Beschwerdeführers gegen die Verweigerung der bedingten Entlassung aus dem stationären Massnahmevollzug ab (Urteil 6B_1218/2015).
Mit Verfügung vom 16. Juli bzw. 11. September 2015 ordnete das Amt für Justizvollzug des Kantons Aargau (AJV) die Verlegung des Beschwerdeführers ins Bezirksgefängnis Baden an. Zur Begründung führte das AJV aus, die Versetzung erfolge gestützt auf Art. 90 Abs. 1 StGB als vorübergehende therapeutische Massnahme im Rahmen einer Krisenintervention. Gegen die Verlegung ins Bezirksgefängnis Baden gelangte der Beschwerdeführer an das Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau (DVI), welches die Beschwerde am 2. Mai 2016 abwies, soweit darauf einzutreten war. Dagegen reichte der Beschwerdeführer beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau Beschwerde ein. Dieses hiess die Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Es hob den Entscheid des DVI vom 2. Mai 2016 auf und wies das AJV an, den Beschwerdeführer innert zwei Monaten in eine geeignete psychiatrische Einrichtung, eine Massnahmevollzugseinrichtung oder eine Strafanstalt, in der die nötige therapeutische Behandlung durch Fachpersonal gewährleistet sei, zu verlegen.
Der Beschwerdeführer führt Beschwerde beim Bundesgericht mit den sinngemässen Anträgen, die Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 13. Juli 2016 und des DVI vom 2. Mai 2016 sowie die stationäre Massnahme gemäss Art. 59 StGB seien aufzuheben.
2.
Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren, soweit er geltend macht, er sei aus der stationären Massnahme zu entlassen, da diese Frage nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids bildet. Die Vorinstanz hatte aufgrund der Beschwerde des Beschwerdeführers nur zu prüfen, ob dessen Verlegung ins Bezirksgefängnis Baden rechtens war. Auch das Bundesgericht kann sich daher nur mit dieser Frage befassen.
3.
Rechtsschriften haben ein Begehren, d.h. einen Antrag, und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorinstanz hiess die Beschwerde des Beschwerdeführers bezüglich der vom AJV angeordneten Verlegung ins Bezirksgefängnis Baden gut. Der Beschwerde kann weder ein Rechtsbegehren entnommen werden, wie anders zu entscheiden gewesen wäre, noch eine Begründung, weshalb der angefochtene Entscheid gegen geltendes Recht verstossen könnte. Der Beschwerdeführer führt zwar aus, eine längere Unterbringung einer psychisch kranken Person in einem Gefängnis ohne Fachpersonal und Therapieangebot verstosse gegen die EMRK (vgl. Beschwerde S. 7). Dass und inwiefern die Vorinstanz dies verkannt haben könnte, legt er jedoch nicht dar.
4.
Da die Beschwerde in Bezug auf die zu beurteilende Frage der Verlegung des Beschwerdeführers ins Bezirksgefängnis Baden kein Begehren im Sinne von Art. 42 Abs. 1 BGG und auch sonst keine hinreichende Begründung enthält, ist darauf im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dieser ist bedürftig (vgl. Urteil 6B_1116/2014 vom 20. Januar 2015 E. 8 mit Hinweis). Diesem Umstand ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. September 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld