Erwägungen:
1.
Mit Verfügung vom 25. November 2016 stellte die Staatsanwaltschaft Höfe Einsiedeln ein gegen X._ geführtes Strafverfahren in Bezug auf ihm vorgeworfene Ehrverletzungsdelikte ohne Ausrichtung einer Genugtuung und Entschädigung wegen Verjährung (teilweise) ein.
Eine hiergegen von X._ erhobene Beschwerde hiess das Kantonsgericht Schwyz teilweise gut und wies die Sache zur Beurteilung der Genugtuungs- und Entschädigungsansprüche an die Staatsanwaltschaft zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
2.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt zusammengefasst, der Beschluss des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, die Einstellungsverfügung neu zu begründen. Die Begründung der Einstellungsverfügung verletze die Unschuldsvermutung. Zudem habe das Kantonsgericht seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, da es ohne Beizug der Akten entschieden habe.
3.
Die Rückweisung durch die Vorinstanz betrifft die Genugtuungs- und Entschädigungsansprüche. Die diesbezüglich noch offene Frage hat keinen Einfluss auf die Einstellung des Strafverfahrens. Insofern handelt es sich beim angefochtenen Urteil um einen selbstständig anfechtbaren Teilentscheid im Sinne von Art. 91 lit. a BGG (vgl. BGE 141 III 395 E. 2.2; 135 III 212 E. 1.2.1; 133 V 477 E. 4.1.2; je mit Hinweisen).
4.
Die Beschwerdelegitimation vor Bundesgericht setzt voraus, dass die rechtssuchende Person ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG).
Eine rechtskräftige Einstellungsverfügung kommt einem freisprechenden Endentscheid gleich (Art. 320 Abs. 4 StPO), weshalb die beschuldigte Person grundsätzlich nicht legitimiert ist, eine zu ihren Gunsten erfolgte Verfahrenseinstellung anzufechten, um eine andere juristische Begründung der Einstellungsverfügung zu erwirken. Eine Ausnahme gilt nach der Rechtsprechung nur insofern, als Begründung und Dispositiv der Einstellungsverfügung sinngemäss einem Schuldvorwurf gleichkommen, ohne dass zuvor der gesetzliche Beweis der Schuld erbracht worden wäre und die beschuldigte Person Gelegenheit zur Wahrnehmung ihrer Verteidigungsrechte erhalten hätte (Urteile 6B_237/2017 vom 20. März 2017 E. 2; 6B_155/2014 vom 21. Juli 2014 E. 1.1; je mit Hinweisen).
5.
Eine Verletzung der Unschuldsvermutung ist nicht gegeben. Die Staatsanwaltschaft wirft dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung nicht vor, schuldhaft gehandelt zu haben, sondern stellt das Strafverfahren in Bezug auf die ihm vorgeworfenen Ehrverletzungsdelikte ohne materielle Prüfung infolge Verjährung ein. Eine Einstellung (oder der Freispruch) wegen Verjährung zieht die gleichen Rechtskraftwirkungen nach sich wie eine Einstellung (oder der Freispruch) mangels erfüllten Tatbestands oder wegen erwiesener Unschuld (Urteil 6B_155/2014 vom 21. Juli 2014 E. 1.1 mit Hinweisen). Dass die Staatsanwaltschaft in der (Teil-) Einstellungsverfügung festhält, das Strafverfahren wegen Hausfriedensbruchs werde weiter geführt, beinhaltet ebenfalls keinen Schuldvorwurf. Der Beschwerdeführer verkennt, dass es sich lediglich um ein von der Staatsanwaltschaft noch nicht materiell beurteiltes Vorbringen Dritter handelt, was diese in der Einstellungsverfügung zutreffend ausführt. Die auf Art. 430 Abs. 1 StPO gestützte Verweigerung einer Entschädigung und Genugtuung wies die Vorinstanz zur neuen Beurteilung der Sache an die Staatsanwaltschaft zurück.
Die Vorinstanz konnte vorliegend ohne Beizug der Akten entscheiden, da die Verjährung der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Ehrverletzungsdelikte unstreitig ist und diese nicht materiell zu prüfen waren.
6.
Die Beschwerde ist im Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). In Berücksichtigung des relativ geringen Aufwands ist eine reduzierte Entscheidgebühr angemessen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Schwyz, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held