Sachverhalt:
A.
A.a. Die X._ AG mit steuerrechtlichem Sitz in U._/NW (bis 2016 im Kanton Luzern) wurde am 16. Dezember 2002 in das Handelsregister eingetragen. Sie bezweckt im Wesentlichen die Übernahme von Dienstleistungen im Finanz- und Immobilienwesen sowie die Verwaltung und Veräusserung von Grundstücken und Liegenschaften. Die X._ AG wird vom vormaligen Verwaltungsrat und auch heute noch einzelzeichnungsberechtigten A._ als aktuellem Alleinaktionär beherrscht.
A.b. Am 10. November 2005 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Luzern (heute: Dienststelle Steuern des Kantons Luzern) die X._ AG für das erste Geschäftsjahr (16.12.2002 bis 31.12.2003) deklarationsgemäss mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 47'400.-- (direkte Bundessteuer). Für die Steuerperioden 2004 und 2005 erfolgten zwei Veranlagungen nach Ermessen (steuerbarer Reingewinn Fr. 28'300.-- [2004] bzw. Fr. 115'000.-- [2005]), welche unangefochten in Rechtskraft erwuchsen.
A.c. Am 22. April 2008 leitete die Dienststelle Steuern ein Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen die X._ AG betreffend die Steuerperiode 2004 ein. Eine Untersuchung durch die Abteilung Strafsachen und Untersuchungen (ASU) der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) ergab sodann, dass bei der X._ AG teilweise Vermittlungsprovisionen doppelt verbucht, nicht betriebsnotwendige Rückstellungen gebildet oder Nonvaleurs verbucht worden waren. Am 7. Dezember 2012 kündigte die Dienststelle Steuern die Einleitung eines Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahrens betreffend die Steuerperioden 2003 bis 2005 an.
B.
B.a. Nach einem längeren Verfahren mit zahlreichen Besprechungen und einem umfangreichen Schriftverkehr schloss die Dienststelle Steuern das Nachsteuerveranlagungs- und Steuerstrafverfahren am 17. November 2014 ab. Bezüglich der direkten Bundessteuer sprach die Dienststelle Steuern die X._ AG der vollendeten Steuerhinterziehung für die Steuerjahre 2003-2005 schuldig und bestrafte sie mit einer Busse von Fr. 64'140.-- (Faktor 1). Zudem veranlagte sie den hinterzogenen Betrag (inkl. Verzugszinsen) mit Fr. 83'504.10.
B.b. Die gegen diese Nachsteuer- und Hinterziehungsbussenverfügung von der X._ AG erhobene Einsprache hiess die Dienststelle Steuern am 22. April 2015 teilweise gut. Sie stellte das Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren für das Steuerjahr 2004 ein, sprach die X._ AG der vollendeten Steuerhinterziehung für die Steuerjahre 2003 und 2005 schuldig und bestrafte sie mit einer Busse von Fr. 63'160.--. Zudem veranlagte sie den hinterzogenen Betrag (inkl. Verzugszinsen) mit Fr. 82'196.60.
B.c. Die von der X._ AG gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, mit Urteil vom 20. Dezember 2016 teilweise gut. Es hob die Nachsteuerveranlagung für die Steuerperiode 16.12.2002 - 31.12.2003 auf (Ziff. 1 Dispositiv) und sprach die X._ AG vom Vorwurf der vollendeten Steuerhinterziehung betreffend die Steuerperiode 16.12.2002 - 31.12.2003 frei (Ziff. 2.1 Dispositiv). Für die Steuerperiode 2005 legte das Kantonsgericht den steuerbaren Reingewinn auf Fr. 656'055.-- fest und wies die Sache zur Ermittlung der Nachzahlung an die Dienststelle Steuern zurück (Ziff. 1 Dispositiv). Weiter sprach es die X._ AG der vollendeten Steuerhinterziehung betreffend der Steuerperiode 2005 schuldig (Ziff. 2.1 Dispositiv) und sprach eine Busse in der Höhe von Fr. 30'656.-- (Faktor 2/3) aus (Ziff. 2.2 Dispositiv).
C.
C.a. Mit Eingabe vom 27. Januar 2017 erhebt die ESTV Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht (Verfahren 2C_84/2017). Sie beantragt, in Bezug auf das Steuerjahr 2003 sei Ziff. 1 des Urteils des Kantonsgerichts vom 20. Dezember 2016 aufzuheben und die X._ AG sei mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 49'509.10 und einem Eigenkapital von Fr. 349'509.10 zu veranlagen. In Bezug auf das Steuerjahr 2005 beantragt die ESTV, Ziff. 2.1 des angefochtenen Urteils sei aufzuheben und die X._ AG sei der vollendeten, vorsätzlich begangenen Steuerhinterziehung schuldig zu sprechen. Weiter sei Ziff. 2.2. des angefochtenen Urteils aufzuheben und die X._ AG betreffend die Steuerperiode 2005 mit einer Busse von Fr. 45'985.-- zu belegen.
C.b. Mit Eingabe vom 1. Februar 2017 erhebt die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht (Verfahren 2C_130/2017). Sie beantragt, es sei Ziff. 1 des Urteils des Kantonsgerichts vom 20. Dezember 2016 aufzuheben und von der Erhebung einer Nachsteuer abzusehen. Weiter sei die X._ AG vom Vorwurf der vollendeten Steuerhinterziehung freizusprechen. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
D.a. Im Verfahren 2C_84/2017 beantragt das Kantonsgericht die Abweisung der Beschwerde. Die Dienststelle Steuern verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die X._ AG schliesst auf Nichteintreten, eventualiter Abweisung der Beschwerde.
D.b. Im Verfahren 2C_130/2017 beantragen das Kantonsgericht und die Dienststelle Steuern die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die ESTV schliesst auf Nichteintreten, eventualiter Abweisung der Beschwerde. Die X._ AG repliziert.
Erwägungen:
1.
1.1. Die vorliegenden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien, richten sich gegen denselben Entscheid und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren antragsgemäss zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Beim angefochtenen Urteil des Kantonsgerichts handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die Nachsteuern und die Steuerstrafen bei der direkten Bundessteuer 2003 und 2005. Nach Art. 90 BGG steht die Beschwerde indes nur gegen Endentscheide offen. Rückweisungsentscheide gelten grundsätzlich als Zwischenentscheide, weil sie das Verfahren nicht abschliessen (BGE 133 V 477 E. 4 S. 480 ff.). Anders verhält es sich bloss, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen). Ein solcher Fall liegt hier vor, hat doch das Kantonsgericht in E. 3.6 bzw. Ziff. 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids den steuerbaren Reingewinn für die Steuerpflichtige ziffernmässig festgelegt (Fr. 656'055.--) und die Sache nur zur abschliessenden Ermittlung der Nachzahlung und des Verzugszinses an die Dienststelle zurückgewiesen.
Gegen das angefochtene Urteil steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 und Art. 182 Abs. 2 DBG (SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 DBG bzw. mit Art. 12 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 17. Februar 2010 (OV-EFD; SR 172.215.1; Verfahren 2C_84/2017) sowie gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG (Verfahren 2C_130/2017) legitimierten Beschwerdeführerinnen ist grundsätzlich einzutreten.
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 mit Hinweis). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, darin eingeschlossen solcher, die sich aus Völkerrecht ergeben, gilt eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 138 V 74 E. 2 S. 76 f.; 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.; Urteil 2C_300/2013 vom 21. Juni 2013 E. 2.1). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 350 E. 1.3 S. 351 f.). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- bzw. Rügeanforderungen nicht (BGE 136 II 101 E. 3 S. 104 f.).
2.
2.1. Nach Art. 151 Abs. 1 DBG wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert, falls sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist oder eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen ist.
2.2. Gemäss Art. 153 Abs. 3 DBG sind im Nachsteuerverfahren die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze sowie das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar. Damit gelten auch im Nachsteuerverfahren die allgemeinen Grundsätze zur Beweislast und Mitwirkungspflicht im System der gemischten Veranlagung (vgl. Art. 123 ff. DBG; BGE 121 II 273 E. 3c/aa S. 284, 257 E. 4c/aa S. 266 [noch zum BdBSt]; Urteil 2C_304/2013 und 2C_305/2013 vom 22. Oktober 2013 E. 3.4 mit Hinweisen).
2.3. Wegen vollendeter Steuerhinterziehung wird gemäss Art. 175 Abs. 1 DBG mit Busse bestraft, wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst (Art. 181 Abs. 1 DBG).
2.4. Die Vorinstanz hat diese rechtlichen Grundlagen sowie die dazu ergangene Rechtsprechung im angefochtenen Entscheid umfassend und korrekt dargelegt, weshalb hier grundsätzlich auf diese Ausführungen verwiesen werden kann.
Verfahren 2C_84/2017
3.
3.1. Die Vorinstanz hat bezüglich der Steuerperiode 2003ausgeführt, die gemäss Selbstdeklaration und gestützt auf eine von der Y._ AG erstellte Jahresrechnung vorgenommene Veranlagung (mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 47'400.--) sei nicht zu beanstanden, der der Steuerpflichtigen zustehende Ermessensspielraum sei zu respektieren und es bestehe kein Anlass, hier eine Bilanzberichtigung vorzunehmen. Die Nachsteuerveranlagung für die Steuerperiode 2003 sei deshalb aufzuheben und die Steuerpflichtige sei mangels objektivem Tatbestand vom Vorwurf der Steuerhinterziehung freizusprechen (vgl. angefochtener Entscheid E. 2 und 4.2.1).
3.2. Was die ESTV in ihrer Beschwerde dagegen ausführt, vermag nicht zu überzeugen:
3.2.1. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, es bestehe aufgrund einer erst viel später entdeckten zweiten, revidierten und genehmigten Jahresrechnung (mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 49'509.10) eine neue Tatsache und es habe eine Verkürzung des Steueranspruchs des Fiskus stattgefunden. Aus diesem Grund seien die Voraussetzungen eines Nachsteuerverfahrens entgegen der Ansicht der Vorinstanz erfüllt.
3.2.2. Die ESTV setzt sich nicht genügend mit den Argumenten der Vorinstanz auseinander. Diese hatte im angefochtenen Entscheid ausgeführt, die Einschätzung der Y._ AG in der ersten Jahresrechnung erweise sich als sorgfältige und gewissenhafte Würdigung und der gestützt darauf gewählte Bilanzansatz sei sehr wohl vertretbar. Die Vorinstanz hat sich auch im Detail mit dem von der Z._ GmbH erstellten Revisionsbericht, der einen rund Fr. 2'000.-- höheren Gewinn aufweist als die der Steuererklärung beigelegte Jahresrechnung, auseinandergesetzt. Diese Differenz ist nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz im Wesentlichen auf die unterschiedliche Höhe der passivierten Rechnungsabgrenzungen zurückzuführen. Der Schluss der Vorinstanz, für eine Bilanzberichtigung bestehe kein Raum, ist auf jeden Fall nicht zu beanstanden. Damit ist der Antrag auf Erhöhung des steuerbaren Einkommens um Fr. 2'109.10 abzuweisen und das von den Vorinstanzen festgelegte steuerbare Einkommen von Fr. 47'400.-- zu bestätigen.
3.2.3. Auf den Antrag der ESTV, im Steuerjahr 2003 sei das steuerbare Eigenkapital auf Fr. 349'509.10 zu erhöhen, ist sodann mangels Rechtsschutzinteresse (vgl. BGE 135 II 338 E. 1.2.1 S. 342 mit Hinweisen; AUBRY GIRARDIN, in: Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, Art. 89 N. 45) nicht einzutreten. Im Bereich der vorliegend im Streit stehenden direkten Bundessteuer ist keine Kapitalsteuer vorgesehen, weshalb die Höhe des Eigenkapitals hier nicht relevant ist.
3.3. In Bezug auf die Steuerperiode 2005hat die Vorinstanz unter anderem erkannt, dass A._ als im massgeblichen Zeitpunkt alleiniger Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin in voraussehbarer und vermeidbarer Weise die in Aussicht stehende Steuerverkürzung verkannt habe, so dass ein entsprechender Steuerausfall resultierte. Der subjektive Tatbestand sei damit - wenn auch "lediglich in unbewusster Fahrlässigkeit" - erfüllt, weshalb die Beschwerdeführerin der vollendeten Steuerhinterziehung schuldig zu sprechen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3) und mit einer Busse von Fr. 30'656.-- (Faktor 2/3) zu bestrafen sei (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.4).
3.4. Was die ESTV in ihrer Beschwerde dagegen ausführt, vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzen soll:
3.4.1. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich im Wesentlichen auf den Vorwurf, der Schluss der Vorinstanz, wonach A._ in Bezug auf den Verkauf der Liegenschaften in V._ bzw. W._ bloss unbewusste Fahrlässigkeit vorzuwerfen sei, "widerspreche den festgestellten, tatsächlichen Begebenheiten". Vielmehr sei A._ zumindest eventualvorsätzliches Verhalten vorzuwerfen und entsprechend mit einem Bussenfaktor 1.0 (anstatt nur 2/3) zu bestrafen. So habe A._ seinem Treuhänder mehrfache Belege für dieselben Vermittlungsprovisionen übergeben und damit zumindest in Kauf genommen, dass es zu einer doppelten Verbuchung komme. Weiter habe A._ als Verwaltungsrat und Aktionär ein "Durcheinander zwischen seinen privaten Finanzen und jener der Gesellschaft gemacht" und dabei seine Instruktions- und Überwachungspflichten gegenüber seinem Treuhänder gänzlich missachtet.
3.4.2. Die Vorinstanz hat - nach gerichtlicher Einvernahme von A._ als Auskunftsperson - im angefochtenen Entscheid ausführlich und überzeugend dargelegt, dass dieser die Mängel in der Buchhaltung und den Jahresabschlüssen effektiv nicht erkannt hat und damit auch nicht eine Steuerverkürzung wahrnehmen konnte: So vertraute er den mit Buchhaltung und Revision beauftragten Verantwortlichen für die Steuerperiode 2005 und hatte bei seinen auf blosse Plausibilität reduzierten Prüfungen der Abschlüsse keinen Anlass für Beanstandungen. Damit kann der Steuerpflichtigen weder eine vorsätzliche noch eine eventualvorsätzliche Steuerhinterziehung zugerechnet, sondern bloss ein fahrlässiges Bewirken einer Steuerhinterziehung zugerechnet werden.
3.4.3. Die allgemein gehaltenen Ausführungen der ESTV vermögen nicht aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollen (vgl. E. 1.4 hiervor). Soweit sie etwa ausführt, A._ habe verschiedene Belege für ein und denselben Sachverhalt an seinen Treuhänder übergeben, bleibt sie den Nachweis dafür schuldig. Auch der Hinweis auf das "Durcheinander zwischen seinen privaten Finanzen und jener der Gesellschaft" vermag für sich noch keinen Eventualvorsatz zu begründen. Insgesamt ist damit der Schluss der Vorinstanz, A._ sei bloss fahrlässiges Handeln vorzuwerfen, nicht zu beanstanden, womit auch der beantragten Erhöhung der verhängten Busse (von Faktor 2/3 auf 1.0) die Grundlage entzogen ist.
3.5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde der ESTV abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Verfahren 2C_130/2017
4.
4.1. In Bezug auf die Steuerperiode 2005hat die Vorinstanz diverse Aufrechnungen der Dienststelle Steuern bestätigt. So hat sie einerseits doppelt verbuchte Vermittlungsprovisionen zu Gunsten der H._ AG für eine Liegenschaft im V._/BL in der Höhe von Fr. 213'600.-- (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.4) und andererseits geldwerte Leistungen aus dem Verkauf einer Liegenschaft in W._/BE in der Höhe von Fr. 350'000.-- (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.5) zur Aufrechnung zugelassen. Zusammen mit dem in der Erfolgsrechnung ausgewiesenen Gewinn von Fr. 92'455.-- resultierte daraus ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 656'055.--.
4.2. Die Beschwerdeführerin vertritt nun die Ansicht, in Bezug auf die Liegenschaft in V._/BL sei der Gewinn aus dem Verkauf und damit der im Geschäftsjahr 2005 ausgewiesene Gewinn aufgrund einer vorgenommenen Falschverbuchung um Fr. 890'000.-- zu hoch ausgewiesen, weshalb im Steuerjahr 2005 ein Verlust resultiere und damit gar keine Nachsteuer zu erheben sei.
4.3. Diese Argumentation vermag aus folgenden Gründen nicht zu überzeugen:
4.3.1. Die Beschwerdeführerin hatte sich in den vorinstanzlichen Verfahren darauf beschränkt, die für die Steuerperiode 2005 vorgenommenen Aufrechnungen im Einzelnen zu bestreiten. Erst im bundesgerichtlichen Verfahren argumentiert sie nun erstmals mit dem Vorliegen einer Falschverbuchung und einem daraus resultierenden Verlust.
4.3.2. Das Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht besteht grundsätzlich im angefochtenen vorinstanzlichen Entscheid (BGE 136 II 457 E. 4.2 S. 462). Streitgegenstand kann nur sein, was bereits Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens war oder hätte sein sollen und was gemäss der Dispositionsmaxime (Art. 107 Abs. 1 BGG) zwischen den Parteien noch strittig ist. Zwar fallen neue Rechtsstandpunkte im Sinne einer überarbeiteten oder ergänzten rechtlichen Begründung weder unter die [stets unzulässigen] neuen Rechtsbegehren (Art. 99 Abs. 2 BGG) noch stellen sie [unter Umständen zulässige] neue Tatsachenbehauptungen und Beweisanträge (Noven; Art. 99 Abs. 1 BGG) dar (BGE 136 V 268 E. 4.5 S. 277). Dies steht allerdings unter dem Vorbehalt, dass die neue rechtliche Begründung auf keinen Tatsachen beruht, die von der Vorinstanz nicht bereits festgestellt worden sind (Art. 105 Abs. 1 BGG; vgl. E. 1.4 hiervor; Urteil 2C_941/2012 vom 9. November 2013 E. 1.8.3 mit Hinweisen, in: ASA 82 S. 375).
4.3.3. Führt nun die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht - anders als vor den Vorinstanzen - eine angeblich falsche Verbuchung ins Feld, handelt es sich entgegen ihrer Ansicht nicht um eine neue rechtliche Begründung, sondern um eine neue Tatsache, die unter das Novenverbot von Art. 99 BGG fällt (vgl. Urteil 2C_27/2016 vom 17. November 2016 E. 2.3.2, nicht publ. in: BGE 143 I 21). So hat die Beschwerdeführerin die entsprechenden Sachverhaltsfeststellungen bezüglich der Verbuchungen sowie des ausgewiesenen Gewinns für die Steuerperiode 2005 vor den Vorinstanzen nie bestritten. Sie begründet denn auch vor Bundesgericht mit keinem Wort, weshalb es ihr nicht hätte möglich sein sollen, diese neue Tatsache bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorzubringen.
4.4. Die Beschwerdeführerin führt sodann aus, der objektive Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung sei nicht erfüllt, da kein Steuerausfall eingetreten sei. In Bezug auf den subjektiven Tatbestand könne der Beschwerdeführerin kein Verschulden angelastet werden.
4.4.1. Nach dem soeben Ausgeführten (vgl. E. 4.3 hiervor) hat die Vorinstanz den objektiven Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung gemäss Art. 175 Abs. 1 BGG zu Recht bejaht, da ein Steuerausfall vorliegt (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3).
4.4.2. In Bezug auf den subjektiven Tatbestand hat die Vorinstanz ausführlich und überzeugend dargelegt, dass A._ als im massgeblichen Zeitpunkt alleiniger Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin in Verletzung seiner Instruktions- und Überwachungspflichten gegenüber dem mandatierten Buchhalter und Revisor weder Abschluss- noch Steuererklärungsfristen kontrollierte und mit Bezug auf Rechnungslegung, Revision und Steuerdeklaration die Instruktion pflichtwidrig auf die Aushändigung von Belegen beschränkte und ohne jegliche Kontrolle oder Prüfung auf dessen Arbeiten vertraute. Daraus schloss die Vorinstanz, A._ habe in vorhersehbarer und vermeidbarer Weise die in Aussicht stehende Steuerverkürzung verkannt, weshalb sie ihn der fahrlässigen vollendeten Steuerhinterziehung für schuldig sprach (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3.6 bis 4.3.8).
4.4.3. Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was diese Ausführungen als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Vielmehr beschränkt sie sich im Wesentlichen bloss auf eine Wiederholung des bereits vor der Vorinstanz Ausgeführten.
Nichts zu ihren Gunsten ableiten kann die Beschwerdeführerin insbesondere aus ihrer Rüge, die Vorinstanz habe den Sachverhalt bezüglich der vollendeten Steuerhinterziehung offensichtlich unrichtig (und damit willkürlich) im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG festgestellt (vgl. dazu auch E. 1.4 hiervor). Die Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich (Art. 9 BV), wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der Beschwerdeführerin übereinstimmen, belegt dagegen keine Willkür (BGE 140 III 267 E. 2.3 S. 266; 137 III 226 E. 4.2 S. 234). Die Beschwerdeführerin beschränkt sich hier darauf, ihre Würdigung der Akten und des Jahresabschlusses 2005 an die Stelle der Würdigung durch das Kantonsgericht zu setzen. Inwieweit dieses dabei in Willkür verfallen sein soll, ist weder genügend dargetan noch ersichtlich.
4.5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde der Steuerpflichtigen abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der ESTV bzw. der Steuerpflichtigen aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Parteientschädigungen sind nicht auszurichten.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_84/2017 und 2C_130/2017 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung (2C_84/2017) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde der Steuerpflichtigen (2C_130/2017) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- (2C_84/2017) bzw. Fr. 4'000.-- (2C_130/2017) sind der ESTV bzw. den Steuerpflichtigen aufzuerlegen.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Winiger