Sachverhalt:
A.
Die X._ AG mit Sitz in U._ verkaufte am 21. Juni 2013 die Siedlung Y._ (Grundstücke Kat.Nr. yyy und yyy mit 2'515 m 2 bzw. 7'724 m 2 Fläche und den Gebäuden V._strasse 3, 5a und 5b, 7a und 7b bzw. V._strasse 1/ W._strasse 64 und 66) zum Preis von Fr. 32'500'000.-- an die Z._ AG. Entgegen dem Antrag der X._ AG auf Aufschub der Grundstückgewinnsteuer zufolge Ersatzbeschaffung auferlegte die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ der Steuerpflichtigen am 26. Februar 2014 eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 2'982'929.30.
B.
Eine dagegen erhobene Einsprache hiess die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ am 31. März 2014 teilweise gut und reduzierte die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 2'773'374.95. Sie berücksichtigte dabei die von der X._ AG geltend gemachten korrigierten Anlagekosten; einen Aufschub der Grundstückgewinnsteuer aufgrund einer Ersatzbeschaffung verweigerte sie indessen erneut. Gegen diesen Entscheid erhob die X._ AG Rekurs, welcher vom Steuerrekursgericht am 31. März 2015 abgewiesen wurde. In der Folge gelangte die X._ AG an das Verwaltungsgericht, welches die Beschwerde mit Urteil vom 13. Januar 2016 abwies.
C.
Die X._ AG legt mit Eingabe vom 22. Februar 2016 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die veranlagte Grundstückgewinnsteuer sei infolge Ersatzbeschaffung aufzuschieben. Eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, subeventualiter an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, zur vollständigen Erhebung des Sachverhalts und Neuentscheidung zurückzuweisen.
Die Stadt U._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das kantonale Steueramt Zürich sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf die Stellung eines Antrags. Die X._ AG nimmt zum Vernehmlassungsergebnis abschliessend Stellung und hält an ihren Rechtsbegehren fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten richtet sich gegen einen Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 und 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) enthält in Art. 12 Vorschriften zur Grundstückgewinnsteuer, sodass die Beschwerde auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 73 StHG zulässig ist. Der Beschwerdeführer ist durch den Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die form- und fristgerechte eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen im Wesentlichen auf Willkür, und gelten die erhöhten Rügeanforderungen des Art. 106 Abs. 2 BGG (BGE 134 II 207 E. 2 S. 209 f.; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich, sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 140 III 16 E. 1.3.1 S. 17 f.; 140 IV 97 E. 1.4.1 S. 100). Eine Rechtsverletzung im Sinne dieser Bestimmungen liegt auch vor, wenn ein rechtserheblicher Sachverhalt gar nicht festgestellt wurde. Das gilt insbesondere dann, wenn die Vorinstanz bestimmte Aspekte nicht festgestellt hat, die aufgrund ihrer Rechtsauffassung nicht rechtserheblich waren, diese Aspekte aber aufgrund der Rechtsbeurteilung durch das Bundesgericht rechtserheblich werden; diesfalls kann - insbesondere aus verfahrensökonomischen Gründen - das Bundesgericht, wenn es reformatorisch entscheidet, auch die dafür notwendigen Sachverhaltsfeststellungen treffen (BGE 141 II 14 E. 1.6 S. 24 f. mit weiteren Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 12 Abs. 4 lit. a i.V.m. Art. 8 Abs. 4 StHG sowie § 216 Abs. 3 lit. g des Steuergesetzes (des Kantons Zürich) vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1). Zudem habe die Vorinstanz den Sachverhalt unter Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV), des Gebots von Treu und Glauben (Art. 5 BV) und des Willkürverbots (Art. 9 BV) mangelhaft und unvollständig festgestellt. Es liege diesbezüglich eine Verletzung bundesrechtlicher Verfahrensprinzipien i.S.v. Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 95 lit. a BGG vor.
2.1. Vorab ist die Rüge betreffend der Sachverhaltsfeststellung zu prüfen. Nur wenn sämtliche rechtserheblichen Aspekte festgehalten sind, kann die zutreffende Anwendung des materiellen Rechts sichergestellt werden.
2.2. Gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG unterliegen der Grundstückgewinnsteuer Gewinne, die sich bei der Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- und forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt. Nach Art. 12 Abs. 4 StHG können die Kantone die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Grundstücken des Geschäftsvermögens des Steuerpflichtigen erheben, sofern sie diese Gewinne von der Einkommens- und Gewinnsteuer ausnehmen (sog. monistisches System der Grundstückgewinnbesteuerung). Dabei haben sie aber Art. 8 Abs. 4 StHG über die Ersatzbeschaffung zu beachten. Danach können beim Ersatz von Gegenständen des betriebsnotwendigen Anlagevermögens die stillen Reserven innert angemessener Frist auf die neu erworbenen Anlagegüter übertragen werden, wenn diese ebenfalls betriebsnotwendig sind (Urteil 2C_142/2012 vom 12. Dezember 2013 E. 3.6). Ein monistisches System der Grundstückgewinnsteuer kennt auch der Kanton Zürich. Gemäss § 216 Abs. 3 lit. g StG/ZH wird die Grundstückgewinnsteuer aufgeschoben bei vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines zum betriebsnotwendigen Anlagevermögen gehörenden Grundstücks, soweit der Erlös innert angemessenen Frist zum Erwerb eines neuen oder zur Verbesserung eines eigenen Ersatzgrundstück im Kanton verwendet wird. Das entspricht den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben (Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.1).
2.3. Es muss sich somit sowohl beim ausscheidenden als auch beim wiederbeschafften Vermögensgegenstand um betriebsnotwendiges Anlagevermögen handeln. Es sind kumulative Voraussetzungen, sodass eine Ersatzbeschaffung nicht möglich ist, wenn das veräusserte Anlagevermögen nicht betriebsnotwendig ist. In einem solchen Fall kann offen bleiben, ob das wiederbeschaffte Anlagevermögen ebenfalls betriebsnotwendig ist. Es würde sich nicht um einen rechtserheblichen Aspekt handeln und die Vorinstanz hätte ohne Verletzung von Bundesrecht die Qualifikation der neu erworbenen Liegenschaften nicht beantwortet. Mit anderen Worten: Trifft die Einschätzung der Vorinstanz zu, dass die fraglichen Grundstücke kein betriebsnotwendiges Anlagevermögen darstellen, musste sie die neu erworbenen Siedlungen, entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin, nicht mehr zuordnen.
3.
Die Vorinstanz liess es ebenfalls offen, ob die Beschwerdeführerin als Immobilienverwaltungsgesellschaft, als reine Betriebsgesellschaft oder als gemischter Betrieb zu qualifizieren ist. In jedem Fall zählten die veräusserten Liegenschaften nicht zum betriebsnotwendigen Anlagevermögen der Beschwerdeführerin. Es erübrige sich deshalb, die von der Beschwerdeführerin verlangten zusätzlichen Sachverhaltsabklärungen vorzunehmen oder die angebotenen Zeugen einzuvernehmen.
3.1. Betriebsnotwendige Vermögenswerte dienen nach ihrer Zweckbestimmung unmittelbar der Leistungserstellung des Betriebs und können ohne Beeinträchtigung des betrieblichen Leistungserstellungsprozesses nicht veräussert werden. Die betriebsnotwendigen Vermögenswerte bilden unerlässliche Bestandteile der betrieblichen Einheit; ihre Veräusserung würde zu einer substanziellen Veränderung des Betriebs führen. Ausgeschlossen ist somit die Ersatzbeschaffung von Vermögenswerten, die dem Unternehmen nur als Vermögensanlage oder durch ihren Ertrag dienen (Urteil 2A.122/2005 vom 16. September 2005 E. 2.2.2 mit Hinweisen). Beurteilungsgrundlage der Betriebsnotwendigkeit bilden immer die betrieblichen Verhältnisse des steuerpflichtigen Unternehmens (MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 71 zu Art. 8 StHG).
3.2. Die Beschwerdeführerin betrachtet sich selbst als "genuine" Betriebsgesellschaft. Damit meint sie offenbar, dass ihr Zweck in der Führung eines bestimmten Produktions- oder Dienstleistungsbetriebs besteht, indem sie ihre Immobilien dem gemeinnützigen Wohnungsbau zur Verfügung stellt. Dadurch seien die veräusserten Liegenschaften als betriebsnotwendige Vermögenswerte zu betrachten. Diese rechtliche Würdigung des Sachverhalts ist nicht zutreffend. Der statutarische Zweck der Beschwerdeführerin deckt sich weitgehend mit den Anforderungen, die an eine Immobiliengesellschaft gestellt werden, d.h. sie widmet sich dem An- und eventuellen Verkauf, der Überbauung und der Verwaltung von Liegenschaften (vgl. BGE 111 Ia 220 E. 2c S. 225). Bloss weil die Beschwerdeführerin die Immobilien in der Verfolgung eines öffentlichen resp. gemeinnützigen Zwecks vermietet, welcher steuerrechtlich übrigens nicht vorliegt (vgl. E. 4.1), entsteht aufgrund der besonderen Widmung der Immobilien keine Betriebsgesellschaft, selbst wenn sie eine professionelle Immobilienbewirtschaftung betreiben und die Anforderungen an einen Betrieb gemäss Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.3 erfüllen würde. Innerhalb der Immobiliengesellschaften ist die Beschwerdeführerin wiederum als Immobilienverwaltungsgesellschaft und nicht als Immobilienhandelsgesellschaft einzustufen. Es bestehen keine Hinweise darauf, dass sie ihre Liegenschaften in erheblichem Ausmass als Handelsware verwendet (vgl. zur Begrifflichkeit RICHNER UND ANDERE, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 97 zu §§ 216 StG/ZH; JULIA VON AH, Ersatzbeschaffung bei Immobiliengesellschaften - unmöglich?, in: Steuern und Recht - Steuerrecht!, Liber amicorum für Martin Zweifel, 2013, S. 101 ff., S. 106).
3.3. Die Zuweisung der Beschwerdeführerin zu einem bestimmten Gesellschaftstypen ist vorliegend jedoch unerheblich. Unabhängig von der Qualifikation der Beschwerdeführerin als Betriebs-, Immobilienverwaltungsgesellschaft oder gemischte Gesellschaft stellen die veräusserten Liegenschaften selbst dann keine betriebsnotwendigen Vermögenswerte dar, wenn die Beschwerdeführerin tatsächlich einen Betrieb gemäss dem Kreisschreiben Nr. 5 der ESTV vom 1. Juni 2004 betreffend Umstrukturierungen führen sollte. Dieses Kreisschreiben, welches für die Gerichte nicht verbindlich ist, wurde im Rahmen des am 1. Juli 2004 in Kraft gesetzten Bundesgesetzes vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG) geschaffen und dessen Kriterien sind daher nicht direkt auf die Ersatzbeschaffung im Grundsteuerrecht anwendbar. Die steuerneutrale Übertragung eines Betriebs im Rahmen einer Umstrukturierung setzt voraus, dass die stillen Reserven weiterhin dem Betrieb dienen. Demgegenüber wird im steuerlichen Ersatzbeschaffungsrecht diese Verknüpfung gerade aufgelöst und werden die stillen Reserven auf ein Ersatzobjekt übertragen. An die Betriebsnotwendigkeit des Grundstücks für die Anerkennung einer steuerneutralen Ersatzbeschaffung ist ein strenger Massstab anzulegen (Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.3 und 5.1).
3.4. Die Vorinstanz hat in Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung erörtert, dass die fraglichen Liegenschaften zwar in einem landläufigen Sinn "betriebsnotwendig" für die Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin sind, indem sie ihren statutarischen Zweck (Wohnungen zur Verfügung stellen) gänzlich ohne Immobilien nicht erfüllen könnte. Das bedeutet aber nicht, dass die Liegenschaften auch im Sinne des Ersatzbeschaffungsrechts betriebsnotwendig sind. Denn ein Zwang zur Wiederbeschaffung wie bei echt betriebsnotwendigen Liegenschaften im Anlagevermögen besteht hier nicht. Die Beschwerdeführerin muss den Erlös nicht zwingend wieder in Renditeliegenschaften investieren. Sie kann die flüssigen Mittel auch anderweitig investieren oder den Erlös durch Kapitalentnahme überhaupt abziehen. Insofern ist das Band zwischen dem Ersatz- und dem zu ersetzenden Objekt offensichtlich weniger eng als bei einem echten Ersatzbeschaffungstatbestand (vgl. Urteile 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 5.1; 2C_340/2011 vom 1. Februar 2012 E. 2.5).
3.5. Dies ergibt sich auch aus dem Vergleich mit den betriebsnotwendigen Anlageliegenschaften einer Produktions- oder Dienstleistungsunternehmen, in welchen die Arbeitsleistung der Arbeitnehmer und damit die Leistungserbringung des Betriebs örtlich in den betreffenden Liegenschaften erfolgt. Wie die Stadt U._ zutreffend ausführt, wird bei der Beschwerdeführerin die fragliche Arbeitsleistung nicht in den veräusserten Liegenschaften, sondern an ihrem Verwaltungssitz erbracht. Nur diese Liegenschaften können als betriebsnotwendig betrachtet werden. Ihre anderen Liegenschaften dienen der Beschwerdeführerin als Vermögensanlage oder durch ihren Ertrag. Die veräusserten Liegenschaften stellen folglich keinen unerlässlichen Bestandteil des Betriebs der Beschwerdeführerin dar und es findet auch keine substanzielle Veränderung des Betriebs statt, wenn sie nicht ersetzt werden. Die Beschwerdeführerin kann ihrem Gesellschaftszweck sehr wohl auch ohne die fraglichen Liegenschaften nachkommen, verfügt sie doch weiterhin über mehr als 350 Wohnungen. Mit dem Erlös aus dem Verkauf der Liegenschaften könnte sie z.B. ihren Aktionären Dividenden ausschütten, Mietzinsreduktionen vornehmen oder Renovationen bei den restlichen Wohnungen durchführen.
3.6. Die veräusserten Immobilien stellten zu keinem Zeitpunkt betriebsnotwendiges Anlagevermögen dar, welches Gegenstand eines Steueraufschubes sein könnte, ungeachtet davon ob es sich bei der Beschwerdeführerin um eine "genuine" Betriebsgesellschaft oder um eine Immobilienverwaltungsgesellschaft handelt. Ebenfalls unerheblich ist, ob mit der Ausschreibung zum Verkauf die Liegenschaften tatsächlich vom Anlagevermögen ins Umlaufvermögen gewechselt haben. Die Vorinstanz ging zwar unter Verweis auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu gemischten Immobilienhandels- und verwaltungsbetrieben (Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 4.3) davon aus. Aber selbst wenn es sich anders verhielte, würde es den Ausgang des Verfahrens nicht beeinflussen, weil die Vermögenswerte gar nie betriebsnotwendig waren.
3.7. Die Vorinstanz hat somit sämtliche rechtserheblichen Aspekte ermittelt, um die Frage eines allfälligen Steueraufschubs der Grundstückgewinnsteuer aufgrund einer Ersatzbeschaffung zu beantworten. Es liegt keine mangelhafte oder willkürliche Sachverhaltsfeststellung vor. Die darauf beruhende rechtliche Würdigung der veräusserten Liegenschaften als nicht betriebsnotwendige Vermögenswerte ist ausreichend begründet. Die Vorinstanz durfte sich dabei auf die wesentlichen Gesichtspunkte beschränken und braucht sich nicht mit jedem sachverhaltlichen oder rechtlichem Einwand auseinanderzusetzen (BGE 136 I 229 E. 5.2 S. 236; 134 I 83 E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Es war der Beschwerdeführerin ohne Weiteres möglich, sowohl den Entscheid der Steuerkommission als auch das Urteil der Vorinstanz sachgerecht anzufechten.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt, dass aufgrund des von ihr verfolgten öffentlichen Zwecks im Bereich des gemeinnützigen Wohnungsbaus die bisherige bundesgerichtliche Rechtsprechung, welche den Aufschubtatbestand restriktiv handhabt, auf ihre veräusserten Liegenschaften nicht zur Anwendung gelange könne. Es handle sich bei ihr weder um eine Vorsorgestiftung wie im Urteil 2C_340/2011 vom 1. Februar 2012 noch um einen privaten Liegenschaftenhändler wie im Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012.
4.1. Trotz der ausführlichen Darstellung ihrer Tätigkeit im Bereich des gemeinnützigen Wohnungsbaus ist die Beschwerdeführerin keine juristische Person, die im steuerrechtlichen Sinne öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgt. Das ergibt sich schon daraus, dass sie nach eigenen Angaben und der verbindlichen Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nicht steuerbefreit nach § 61 lit. g StG/ZH resp. Art. 56 lit. g DBG ist. Gemeinnützig im steuerrechtlichen Sinn ist die - statutengemässe und tatsächliche Betätigung zur Förderung der öffentlichen Wohlfahrt, durch die zugunsten einer unbeschränkten Vielzahl Dritter uneigennützig auf Dauer Opfer erbracht werden (RICHNER UND ANDERE, a.a.O., N. 65 zu § 61 StG/ZH). Diese Voraussetzungen erfüllt die Beschwerdeführerin offensichtlich nicht, stehen doch ihre Wohnungen nicht allen offen und erfolgen wirtschaftliche Leistungen auch zugunsten ihrer eigenen Aktionären. Es handelt sich bei ihr weiterhin um eine gewinnstrebige Aktiengesellschaft. Ob Exponenten der Stadt U._ in der Verwaltung der Beschwerdeführerin mitwirken und inwieweit sich diese an die Vorgaben des gemeinnützigen Wohnungsbaus hält, brauchte unter diesen Umständen nicht weiter abgeklärt werden.
4.2. Es rechtfertigt sich nicht, von der restriktiven Handhabung im Bereich des Aufschubtatbestands abzuweichen, nur weil der Gesellschaftszweck der Beschwerdeführerin nicht bloss der Gewinnmaximierung dient. Solches war nicht einmal beim soeben erwähnten Urteil zur Vorsorgestiftung angezeigt, die für sich - im Gegensatz zur Beschwerdeführerin - immerhin die Steuerbefreiung für die Gewinnsteuer beanspruchen konnte. Anders verhielt es sich nur im Urteil 2C_874/2014 vom 18. April 2016, wo eine gemeinnützige Stiftung Wohnungen in einer einzigen Immobilie ausdrücklich bedürftigen Personen zur Verfügung stellte und diese ersetzte. Dort ging das Bundesgericht davon aus, dass sowohl die veräusserte als auch die neu erworbene Liegenschaft notwendig waren, um den Stiftungszweck der aktiven Armenfürsorge zu erfüllen und diese nicht als Vermögensanlage dienten. In einer solchen Situation befindet sich die Beschwerdeführerin offensichtlich nicht, beschränkt sich ihre Tätigkeit doch weitgehend auf eine (allfällige) rein materielle Unterstützung ihrer Wohnungsmieter.
5.
Laut Beschwerdeführerin komme in der Lehre klar zum Ausdruck, dass Immobilien einer Immobilienverwaltungsgesellschaft, welche das Betriebserfordernis erfüllt, betriebsnotwendiges Anlagevermögen bildeten. Bei Veräusserung und Ersatzerwerb einer solchen betrieblichen Immobilie müsse der Ersatzbeschaffungstatbestand geltend gemacht werden können. Würde der betrieblichen Immobilienverwaltung die steuerneutrale Ersatzbeschaffung verweigert, würde sie schlechter gestellt, als andere Unternehmen, welche ihre Erträge mit anderen Produktionsmitteln als Immobilien erzielen (vgl. JULIA VON AH, a.a.O., S. 118).
5.1. Sinn und Zweck der Grundstückgewinnsteuer ist eine Ausgleichsfunktion. Sie soll einen Teil der durch die Leistungen des Gemeinwesens bewirkten Werterhöhungen von Grundstücken wieder der Allgemeinheit zuführen (RICHNER UND ANDERE, a.a.O., N. 11 zu Vorbemerkungen zu §§ 216-226a StG/ZH). Immobilien unterscheiden sich in dieser Hinsicht von anderen Gütern, die von den jeweiligen Betrieben durch ihre eigene Arbeitsleistung produziert werden. Eine Benachteiligung von Immobilienverwaltungsgesellschaften gegenüber üblichen Betriebsgesellschaften besteht deshalb nicht. Im Gegenteil, würde man der Meinung der Beschwerdeführerin folgen, wären im Bereich der Immobilienverwaltung sämtliche Liegenschaften betriebsnotwendiges Anlagevermögen und es läge eine Bevorzugung gegenüber Betriebsgesellschaften vor, die eine Ersatzbeschaffung nur geltend machen könnten, wenn sie Immobilien veräussern und neu erwerben, die für ihren Betrieb unmittelbar notwendig wären.
5.2. Die Meinung der Beschwerdeführerin steht auch nicht in Übereinstimmung mit den gesetzlichen Bestimmungen, welche Vermögensteile, die dem Unternehmen nur als Vermögensanlage oder durch ihren Ertrag dienen, vom betriebsnotwendigen Anlagevermögen ausnimmt. Würde anders entschieden, könnten sich Immobilienverwaltungsgesellschaften der Besteuerung stiller Reserven definitiv entziehen, indem sie den beim Verkauf eines Grundstücks erzielten Mehrwert jeweils sofort wieder in ein neues Grundstück investieren. Dies kann nicht Sinn des Tatbestandes der Ersatzbeschaffung sein (vgl. Urteil 2A.122/2005 vom 16. September 2005 E. 3.2 betreffend einen Liegenschaftenhändler).
6.
Unerheblich ist, ob die veräusserten Immobilien im Zeitpunkt der Veräusserung nicht mehr optimal der Zweckverfolgung der Beschwerdeführerin gedient haben. Der Beschwerdeführerin ist zwar zuzustimmen, dass dieses Argument der Vorinstanz grundsätzlich gegen jede Ersatzbeschaffung vorgebracht werden kann. Vermögenswerte, die verkauft werden, erfüllen nicht mehr sämtliche Bedürfnisse einer Steuerpflichtigen, andernfalls würden sie behalten werden. Verkaufsabsichten alleine bewirken nicht, dass die Vermögenswerte nicht mehr als betriebsnotwendig gelten. Da die veräusserten Liegenschaften der Beschwerdeführerin jedoch gar nie betriebsnotwendig waren (E. 3.6), konnten sie diese Eigenschaften im Laufe der Zeit auch nicht verlieren.
7.
Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Stadt U._ ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 19'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching