Faits :
A.
A.a. Z._ SA (ci-après: Z._), sise à... (Genève) et qui a notamment pour but social la représentation et la commercialisation de logiciels, vend un logiciel dénommé " U._ ", destiné en particulier aux centres de fitness, pour la gestion de leurs membres.
X._ GmbH (ci-après: X._), sise à... (Soleure) et qui a notamment pour but de conseiller les entreprises dans le domaine de l'informatique a conclu avec Z._ un " accord de collaboration U._ " signé les 19 et 20 novembre 2011.
Selon le premier volet de cet accord, X._ s'engageait, " à son propre titre et sous son nom ", à faire la promotion (marketing, vente de licences d'accès de la " box U._ ", écolage, etc.) du logiciel U._ en Suisse allemande, ainsi qu'à prendre en charge le suivi journalier des clients. X._ s'obligeait à conclure les contrats " au nom de Z._ ". En contrepartie, celle-ci lui versait une commission calculée selon des modalités fixées dans la convention (arrêt entrepris let. C.i.a p. 5).
Dans le deuxième volet de l'accord, X._ s'engageait en particulier " à satisfaire les trois clients phares " de Z._, à superviser la traduction de divers documents et à élaborer des documentations de vente en allemand. En contrepartie, Z._ versait à X._ la somme de 15'000 fr. (arrêt entrepris let. C.i.b p. 5).
La convention de collaboration a été conclue jusqu'au 31 décembre 2012 et elle était renouvelable d'année en année, avec l'accord des parties donné lors d'une séance fixée au 5 décembre de l'année courante.
X._ s'engageait en outre à " vendre un minimum de 200 contrats/an ", Z._ se réservant le droit de " suspendre l'exclusivité [conférée] à X._ " si cet objectif n'était pas atteint (arrêt entrepris let. C.i.b p. 5).
A.b. En février 2012, les parties ont tenté de résoudre plusieurs difficultés rencontrées dans l'installation et dans le fonctionnement du logiciel auprès des clients de Z._ en Suisse allemande. De son côté, Z._ estimait avoir rempli ses obligations contractuelles et elle disait être dans l'attente des résultats de X._.
Après divers échanges de courriers, Z._, par lettre recommandée de son conseil du 7 avril 2012, a informé X._ de ce qu'elle résiliait " unilatéralement et avec effet immédiat, l'accord de collaboration conclu les 19 et 20 décembre 2011 au vu du non-respect, de la mauvaise exécution et de la violation, par X._ GmbH, de ses obligations contractuelles ". Elle lui reprochait de n'avoir déployé aucune activité de marketing et de vente, d'avoir critiqué ouvertement Z._ auprès de ses " clients phares ", au risque de ternir son image. Z._ mettait également en demeure X._ de lui restituer immédiatement tout matériel lui appartenant.
B.
B.a. Le 3 décembre 2012, Z._ a déposé une demande en paiement contre X._ devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant au paiement de 50'000 fr., intérêts en sus, ainsi que de 2'601 fr. (correspondant à une facture qui n'aurait jamais été payée par X._), intérêts en sus. Elle a également conclu à la condamnation de sa partie adverse à lui restituer immédiatement une carte de programmation et un lecteur portant sur le logiciel U._. Dans sa demande, elle fait également état d'un dommage de 4'000 fr. correspondant aux heures de travail consacrées à " réparer les erreurs commises " par X._.
La somme de 50'000 fr. comprenait la restitution des 15'000 fr. que Z._ avait payés en exécution du deuxième volet de l'accord, 25'000 fr. correspondant au gain qu'elle aurait réalisé si X._ avait conclu au moins dix nouveaux contrats durant la période du 20 décembre 2011 au 7 avril 2012 et 10'000 fr. à titre d'indemnité pour atteinte à l'image.
Par ordonnance du 11 juin 2013, le Tribunal de première instance a rejeté la requête de la défenderesse tendant à ce que la procédure soit limitée à la question de la recevabilité (compétence à raison de la matière) de la demande (complètement d'office selon l'art. 105 al. 1 LTF).
Dans sa réponse, X._ a maintenu que le Tribunal de première instance n'était pas compétent à raison de la matière, elle a conclu au rejet de la demande, en tant qu'elle était recevable, et elle a réclamé reconventionnellement le paiement par Z._ de la somme de 49'181 fr.50, représentant trois factures qu'elle aurait établies entre mars et avril 2012.
Par ordonnance du 6 mai 2014, le Tribunal de première instance a autorisé Z._ à apporter la preuve des trois allégués portant sur sa prétention en paiement d'une indemnité de 10'000 fr. (atteinte à son image). Il a par contre refusé l'administration des preuves pour les autres postes, soit celui portant sur l'indemnité de 4'000 fr., celui visant la restitution de 15'000 fr. et celui ayant trait au paiement de 25'000 fr. (gain manqué), au motif que Z._ n'avait pas allégué avoir fixé à X._ un délai de grâce en vertu de l'art. 107 al. 1 CO ou qu'il fût inutile de le faire.
Z._ a recouru contre cette ordonnance, puis a retiré son recours.
Par jugement du 29 juin 2015, le Tribunal de première instance a admis sa compétence, condamné X._ à payer à Z._ 2'601 fr., intérêts en sus, débouté Z._ de toutes autres conclusions et rejeté la demande reconventionnelle de X._.
B.b. Z._ a formé appel contre ce jugement, demandé son annulation et conclu au renvoi de la cause au premier juge pour qu'il l'autorise à apporter les preuves sollicitées en lien avec une cinquantaine de ses allégués, qu'il procède à l'audition de huit témoins et pour qu'il ordonne à X._ de déposer diverses pièces dont elle avait requis la production. Subsidiairement, elle a repris les conclusions de sa demande.
X._ a également formé appel contre le jugement de première instance. Elle en a requis l'annulation et conclu à l'irrecevabilité de la demande en raison de l'incompétence à raison de la matière du tribunal, subsidiairement, à son rejet et, plus subsidiairement encore, au renvoi de la cause au premier juge. Elle n'a toutefois pas remis en cause la décision en tant qu'elle portait sur le rejet de sa demande reconventionnelle.
Par arrêt du 20 mai 2016, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a déclaré recevables les appels, confirmé (dans un considérant spécifique) la compétence à raison de la matière du Tribunal de première instance, annulé le dispositif du jugement entrepris en tant qu'il portait sur la demande principale (à l'exception du point du dispositif ayant débouté Z._ de sa conclusion en restitution d'une carte et d'un lecteur), débouté Z._ de sa conclusion en paiement de 2'601 fr. et elle a renvoyé " pour le surplus la cause au Tribunal de première instance pour instruction complémentaire et nouvelle décision " (arrêt entrepris p. 17). Elle a en particulier désigné les témoins qui devaient être entendus et ceux qu'il convenait d'écarter en rapport avec les différents postes encore ouverts (25'000 fr., 15'000 fr., 10'000 fr. et 4'000 fr.) faisant l'objet de sa demande en paiement (arrêt entrepris consid. 3.3 à 3.6).
C.
X._ exerce un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt cantonal du 20 mai 2016. Il conclut, principalement, à l'admission du recours en matière civile et à l'annulation de l'arrêt attaqué, subsidiairement, à l'admission du recours constitutionnel subsidiaire et à l'annulation des " points 2 et 3 " du dispositif de l'arrêt attaqué " non numéroté " (sic) et à ce que cet arrêt soit réformé en ce sens que " l'intimée n'est pas autorisée à faire entendre le témoin A._ " (en rapport avec divers allégués), que " la recourante est autorisée à faire entendre les témoins suivants sur les allégués de sa réponse et demande reconventionnelle " (sont ensuite mentionnés neuf témoins, dont le témoin A._, en rapport avec divers allégués), et que " la recourante est autorisée à poser des contre-questions " à divers témoins, en lien avec certains allégués de la demande et de la réplique (acte de recours p. 5). Dans une argumentation peu claire, la recourante invoque la transgression de nombreuses dispositions légales (art. 107 ss CO, art. 5, 55, 152 et 221 CPC, art. 21 et 62 LDA et art. 120 LOJ) et la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) en relation avec ces normes.
L'intimée conclut, principalement, à l'irrecevabilité du recours en matière civile, subsidiairement à son rejet et à la confirmation de l'arrêt entrepris. S'agissant du recours constitutionnel subsidiaire, l'intimée conclut, principalement, à son irrecevabilité, subsidiairement à son rejet et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Considérant en droit :
1.
1.1. La recourante, qui part d'une fausse conception de la subsidiarité du recours constitutionnel, présente une argumentation touffue et redondante, des conclusions imprécises et elle mélange les griefs de fait et de droit. Ses recours sont peu lisibles et, pour ce motif déjà, à la limite de l'irrecevabilité (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 et 2.4.2).
1.2. Comme les recours visent une contestation du ressort de la Cour de céans dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), il convient d'examiner exclusivement la recevabilité du recours en matière civile, étant ici précisé que les autres exigences (générales) de recevabilité sont communes aux deux recours. Ainsi, si ces exigences sont remplies, le recours en matière civile sera ouvert et le recours constitutionnel subsidiaire déclaré irrecevable (art.113 LTF); si elles ne sont pas remplies, les deux voies seront alors irrecevables.
1.3. Le recours en matière civile a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF) et il est dirigé contre un arrêt rendu par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF).
1.4. En ce qui concerne la nature de la décision attaquée (art. 90 à 93 LTF), force est de constater que, dans son arrêt du 20 mai 2016, la cour cantonale a examiné la question de la compétence, qu'elle a tranché deux postes réclamés dans la demande (en déboutant la demanderesse de sa conclusion en restitution [carte et lecteur] et de celle en paiement du montant de 2'601 fr.) et qu'elle a, pour les autres postes, renvoyé la cause au Tribunal de première instance pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
La décision n'est donc pas finale au sens de l'art. 90 LTF.
1.5. Comme les différents postes réclamés à la suite de la rupture du contrat ne constituent pas un cumul objectif d'actions, il ne s'agit pas d'une décision partielle (cf. art. 91 LTF; arrêt 4A_545/2014 du 10 avril 2015 consid. 2.1).
Il en résulte que l'arrêt cantonal est une décision incidente.
A ce stade, si l'on comprend bien les conclusions prises par la recourante devant la Cour de céans (mémoire de recours p. 5) à la lumière de sa motivation (acte de recours p. 16 s.) (sur le procédé, cf. ATF 127 IV 101 consid. 1 p. 102 s.), elle remet en cause la décision attaquée sous deux angles différents.
1.6. Premièrement, elle conteste la décision prise par la cour précédente visant à confirmer la compétence ratione materiae du Tribunal de première instance.
1.6.1. Une décision incidente sur la compétence au sens de l'art. 92 al. 1 LTF est susceptible d'un recours immédiat au Tribunal fédéral si elle a été notifiée séparément ( selbständig eröffnete Zwischenentscheide; decisioni incidentali notificate separamente), c'est-à-dire indépendamment d'un jugement au fond (art. 92 al. 1 LTF; cf. sous l'empire de l'art. 49 aOJ, JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de l'aOJ, 1990, n. 1.2 ad art. 49 aOJ p. 326).
L'instance inférieure doit ainsi rendre et communiquer aux parties une décision formelle portant sur la question de la compétence (cf. Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 p. 4000 ch. 4.1.4.1 p. 4131).
Si l'autorité cantonale ne notifie pas séparément aux parties une décision formelle portant sur la compétence, la partie qui conteste celle-ci ne pourra revenir sur cette question qu'au moment où la décision finale sera rendue (art. 90 LTF).
1.6.2. En l'occurrence, force est de constater que la question de la compétence, traitée par la cour cantonale au considérant 2 de l'arrêt entrepris, n'a pas fait l'objet d'une notification séparée, mais qu'elle a été traitée, à titre préjudiciel, avec le jugement au fond, la cour cantonale ayant au demeurant définitivement tranché deux postes réclamés dans la demande.
Le recours prévu par l'art. 92 al. 1 LTF n'est donc pas ouvert.
1.7. Deuxièmement, on comprend, en examinant les conclusions de la recourante à la lumière de sa motivation, qu'elle revient sur le renvoi de la cause à l'autorité inférieure " pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision ", notamment en ce qui concerne la décision des magistrats cantonaux d'entendre un certain nombre de témoins et d'en écarter d'autres.
Pour ces questions, la décision cantonale ne peut être soumise à la Cour de céans qu'aux conditions de l'art. 93 LTF. En vertu de cette règle, la décision peut faire l'objet d'un recours immédiat uniquement si elle est susceptible de causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
Il est de jurisprudence qu'une administration des preuves ne cause en général pas de préjudice irréparable puisqu'il est normalement possible, en recourant contre la décision finale, d'obtenir l'administration de la preuve refusée à tort ou d'obtenir que la preuve administrée à tort soit écartée du dossier (cf. ATF 134 III 188 consid. 2.3 p. 191). La condition posée à l'art. 93 al. 1 let. a LTF n'est donc pas réalisée.
Quant à l'exigence posée à l'art. 93 al. 1 let. b LTF, elle n'est pas non plus remplie puisque l'éventuelle admission du recours ne mettrait pas fin de façon immédiate à la procédure, le Tribunal fédéral ne pouvant que renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle poursuive la procédure en procédant aux auditions admises par la recourante.
La recourante se fourvoie lorsqu'elle tente de démontrer que la Cour de céans pourrait rendre immédiatement une décision finale en tranchant la question de la compétence. Celle-ci n'ayant pas fait l'objet d'une décision notifiée séparément, le recours immédiat est, comme on l'a vu plus haut (consid. 1.6), d'emblée exclu (cf. art. 92 al. 1 et 93 al. 1 LTF).
Le recours en matière civile n'est donc pas ouvert au regard de l'art. 93 LTF.
2.
Il résulte des considérations qui précèdent que les deux recours interjetés sont irrecevables.
Les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les recours sont irrecevables.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 7 février 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget