Sachverhalt:
A.
A._ ist alleiniges Mitglied des Verwaltungsrats der S._ AG (mit Sitz in E._), der T._ AG (mit Sitz in F._) sowie seit dem 25. August 2010 der U._ AG AG (U._ AG; mit Sitz in G._). Die Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde (RAB) liess ihn am 3. Dezember 2007 als Revisionsexperten zu und trug ihn in das entsprechende Register ein. In den Jahren 2012 und 2013 gelangte die RAB wiederholt an A._, da sie bei gewissen von ihm revidierten Gesellschaften die hierfür erforderliche Unabhängigkeit gefährdet sah, nachdem er mit B._ jeweils enge Beziehungen zu einem Mitglied des Verwaltungsrats der Gesellschaften unterhielt.
B.
B.a. Mit Verfügung vom 28. März 2014 entzog die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde (RAB) A._ für zwei Jahre die Zulassung als Revisionsexperte: Unter die gewährsrelevanten Vorschriften fielen insbesondere auch die gesetzlichen und berufsrechtlichen Vorgaben zur Unabhängigkeit. B._ sei vom 23. September 2011 bis zum 3. Oktober 2012 sowohl Verwaltungsrat der U._ AG als auch der durch diese geprüften V._ AG gewesen; als leitender Revisor und Fachmann habe A._ wissen müssen, dass dessen Einsitznahme im Verwaltungsrat der V._ AG mit der erforderlichen Unabhängigkeit des verantwortlichen Revisors unvereinbar gewesen sei. Dasselbe gelte aus der Sicht eines Dritten für die Revisionsmandate der S._ AG bei der W._ AG (inzwischen liquidiert), der X._ AG und der Y._ AG. Die S._ AG sei bei den genannten Gesellschaften als Revisionsorgan tätig gewesen, wobei B._ als Verwaltungsratsmitglied bei diesen eine Entscheidfunktion wahrgenommen habe. Im Gegenzug sei die Z._ AG (inzwischen in Liquidation) mindestens von 1994 bis 2001 sowie danach die U._ AG von 2001 bis 2008 bzw. 2009 als Revisionsorgan der S._ AG bzw. der T._ AG aktiv gewesen, womit zeitweise zumindest indirekt eine gegenseitige Revision stattgefunden habe. Eine solche könne zu Interessenkonflikten führen und sei geeignet, Beeinflussungen der Revisionstätigkeit durch unsachliche gegenseitige Rücksichtnahmen zu provozieren. A._ sei seinen elementaren Pflichten als leitender Revisor nicht nachgekommen, die Fortführung der entsprechenden Kundenbeziehungen zu hinterfragen und die zumindest anscheinsmässig bestehende Beeinträchtigung seiner Unabhängigkeit zu identifizieren, zu bewerten und zu bereinigen.
B.b. Das Bundesverwaltungsgericht wies die hiergegen gerichtete Beschwerde am 15. Dezember 2015 ab: Die Unabhängigkeitserfordernisse bei der ordentlichen Revision gälten bei der eingeschränkten Revision grundsätzlich analog. Zwar habe A._ den rechtskonformen Zustand inzwischen wieder hergestellt, doch sei die Einstellung für zwei Jahre mit Blick auf die Schwere der Vorkommnisse und den Umstand, dass er die diesbezüglich nötigen Massnahmen erst rund ein Jahr nach dem Hinweis der Aufsichtsbehörde getroffen habe, nicht unverhältnismässig.
C.
A._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben, eventuell sei der Entscheid aufzuheben und ihm lediglich ein Verweis zu erteilen bzw. die Zulassung nur für maximal drei bis zwölf Monate zu entziehen. Er macht geltend, der Verwaltungssanktion fehle die gesetzliche Grundlage, im Übrigen verfüge er über keine engen Beziehungen zu B._; der Sachverhalt bezüglich einer angeblichen gegenseitigen Revision sei "irrtümlich" festgestellt; soweit es zu Unabhängigkeitsproblemen gekommen sei, habe es sich um eine "unbeabsichtigte" Konstellation und einen "leichten formalen Verstoss" gehandelt; von mehrfachen, wiederholten und qualifizierten Verstössen gegen die Unabhängigkeitsvorschriften könne keine Rede sein. Er garantiere zum heutigen Zeitpunkt eine einwandfreie Erbringung von Revisionsdienstleistungen, weshalb seine Einstellung während zweier Jahre als unverhältnismässig zu gelten habe.
Die beteiligten Behörden beantragen, soweit sie sich vernehmen liessen, die Beschwerde abzuweisen. Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement hat als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde darauf verzichtet, sich zur Sache zu äussern.
Mit Verfügung vom 25. Februar 2016 legte der Abteilungspräsident der Eingabe von A._ antragsgemäss aufschiebende Wirkung bei.
Erwägungen:
1.
1.1. Der gestützt auf das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Zulassung und Beaufsichtigung der Revisorinnen und Revisoren (Revisionsaufsichtsgesetz, RAG; SR 221.302) ergangene Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. a und 90 BGG). Der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. t BGG ist nicht gegeben: Verfahrensgegenstand vor Bundesgericht bildet die Voraussetzung des guten Leumunds bzw. das Fortbestehen der Vertrauenswürdigkeit des Beschwerdeführers (Urteil 2C_58/2008 vom 14. April 2008 E. 2.1; Urteil 2C_655/2009 vom 23. März 2010 E. 1 und 4.2 ff.); dabei geht es weder um die Bewertung von geistigen noch körperlichen Fähigkeiten (Urteile 2C_1182/2012 vom 29. Mai 2013 E. 1.1 und 2C_848/2009 vom 11. Mai 2010 E. 1 und 2). Der Beschwerdeführer ist befugt, gegen den ihn in seiner Berufsausübung treffenden Entscheid an das Bundesgericht zu gelangen (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf seine rechtzeitig eingereichte Eingabe (vgl. Art. 100 Abs. 1 BGG) ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Sachverhalts- und beweismässig genügt es nicht, im bundesgerichtlichen Verfahren einfach eine gegenüber dem angefochtenen Entscheid abweichende Auffassung zu wiederholen und zu behaupten, die beanstandete Würdigung sei rechtswidrig bzw. willkürlich. Im Bereich der Beweiswürdigung steht dem Sachgericht ein erheblicher Ermessensspielraum zu (BGE 120 Ia 31 E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin in diesen nur ein, wenn die Vorinstanz ihr Ermessen missbraucht, erhebliche Beweise übersehen oder solche willkürlich ausser Acht gelassen hat (vgl. BGE 132 III 209 E. 2.1 S. 211; 129 I 8 E. 2.1 S. 9; 120 Ia 31 E. 4b S. 40; 118 Ia 28 E. 1b S. 30). Da der Beschwerdeführer den Sachverhalt und die Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht verfassungsbezogen infrage stellt, seine Ausführungen sich diesbezüglich vielmehr in unzulässiger appellatorischer Kritik erschöpfen, sind der rechtlichen Beurteilung im Folgenden die sachverhaltlichen Vorgaben und die damit verbundene Beweiswürdigung der Vorinstanz zugrunde zu legen (vgl. die Urteile 2C_163/2014 vom 15. Januar 2015 E. 1.4 und 2C_1182/2012 vom 29. Mai 2013 E. 2).
2.
2.1. Die Revisionspflicht bezweckt den Schutz der Investoren, der Personen mit Minderheitsbeteiligungen, der Gläubiger und dient insgesamt der Unternehmensüberwachung (vgl. das Urteil 2C_163/2014 vom 15. Januar 2015 E. 2 mit Hinweisen). Der Revisionsstelle kommt dabei eine zentrale Rolle zu. Sie soll die Zuverlässigkeit der Jahres- und Konzernrechnung sicherstellen und damit alle geschützten Personengruppen in die Lage versetzen, die wirtschaftliche Situation eines Unternehmens verlässlich beurteilen zu können. Das Ziel der gesetzlichen Regelung von Revisionsdienstleistungen kann nur erreicht werden, wenn diese durch fachlich hinreichend qualifizierte Personen erbracht werden, deren Eignung im Rahmen einer Zulassung geprüft wurde. Die Sicherung der Qualität der Revisionstätigkeit ist von öffentlichem Interesse (Art. 1 Abs. 2 RAG; Botschaft des Bundesrats zur Änderung des Obligationenrechts [Revisionspflicht im Gesellschaftsrecht] sowie zum Bundesgesetz über die Zulassung und Beaufsichtigung der Revisorinnen und Revisoren vom 23. Juni 2004, BBl 2004 3969 ff., 3976; vgl. etwa die Urteile 2C_163/2014 vom 15. Januar 2015 E. 4.2; 2C_505/2010 vom 7. April 2011 E. 4.3; 2C_438/2008 vom 16. Oktober 2008 E. 3).
2.2. Gemäss Art. 4 Abs. 1 des Revisionsaufsichtsgesetzes wird eine natürliche Person als Revisionsexpertin oder Revisionsexperte nur zugelassen, wenn sie die Anforderungen an die Ausbildung und die Fachpraxis erfüllt und über einen unbescholtenen Leumund verfügt. Die Verordnung vom 22. August 2007 über die Zulassung und Beaufsichtigung der Revisorinnen und Revisoren (Revisionsaufsichtsverordnung, RAV; SR 221.302.3) präzisiert die gesetzlichen Vorgaben insofern, als eine Gesuchstellerin oder ein Gesuchsteller nur zugelassen werden darf, wenn sie oder er über einen unbescholtenen Leumund verfügt (vgl. hierzu die Urteile 2C_1182/2012 vom 29. Mai 2013 E. 3.2 und 2C_690/2013 vom 24. Januar 2014 E. 4.1 mit Hinweisen) und keine anderen persönlichen Umstände vorliegen, welche geeignet erscheinen, die Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit zu beeinträchtigen (Art. 4 Abs. 1 RAV). Dabei sind insbesondere strafrechtliche Verurteilungen oder bestehende Verlustscheine von Bedeutung (Art. 4 Abs. 2 RAV).
2.3.
2.3.1. Bei der Beurteilung des unbescholtenen Leumunds bzw. des guten Rufs (vgl. hierzu das Urteil 2C_505/2010 vom 7. April 2011 E. 4.2 und 4.3) ist nach der bundesgerichtlichen Praxis namentlich auch die Einhaltung der Unabhängigkeitsvorschriften zu berücksichtigen (Urteile 2C_1026/2015 vom 18. Juli 2016 E. 2.1; 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 2.2; 2C_927/2011 vom 8. Mai 2012 E. 3.2.2, je mit Hinweisen) : Das Unabhängigkeitserfordernis gilt - losgelöst davon, ob eine tatsächliche oder eine (innere) Abhängigkeit besteht oder nicht (vgl. das Urteil 2C_690/2013 vom 24. Januar 2014 E. 6.2.2) - als infrage gestellt, wenn revisionsrelevante Tatsachen und Umstände vorliegen, die so schwer wiegen, dass Dritte daraus schliessen müssen, die Integrität, die Objektivität bzw. die berufsübliche kritische Grundhaltung des Revisionsunternehmens oder des verantwortlichen Prüfers könnten gefährdet sein. Beurteilungsmassstab für den äusseren Anschein der fehlenden Unabhängigkeit ist die Würdigung der Umstände durch einen durchschnittlichen Betrachter aufgrund der allgemeinen Lebenserfahrung (BBl 2004 4018; "Independence in Appearance").
2.3.2. Die Revisionsstelle muss bei einer ordentlichen Revision unabhängig sein und sich ihr Prüfungsurteil objektiv bilden (Art. 728 Abs. 1 OR). Die Unabhängigkeit darf weder tatsächlich noch dem Anschein nach als beeinträchtigt erscheinen (BBl 2004 3979). Art. 728 Abs. 2 OR enthält eine beispielhafte Auflistung von Umständen, welche mit der geforderten Unabhängigkeit unvereinbar sind. Gemäss Ziffer 3 dieser Bestimmung fällt darunter namentlich auch das Bestehen einer engen Beziehung des leitenden Prüfers zu einem Mitglied des Verwaltungsrats oder zu einer anderen Person mit Entscheidfunktion bzw. zu einem bedeutenden Aktionär. Für die eingeschränkte Revision formuliert Art. 729 Abs. 1 OR die Anforderungen an die Unabhängigkeit der Revisionsstelle analog. Er verzichtet indessen darauf, mögliche Unvereinbarkeiten exemplarisch aufzuzählen, und hält fest, dass bei der eingeschränkten Revision das Mitwirken bei der Buchführung und das Erbringen anderer Dienstleistungen für die zu prüfende Gesellschaft grundsätzlich zulässig sind; entsteht dadurch indessen das Risiko, eigene Arbeiten überprüfen zu müssen, so ist durch geeignete organisatorische und personelle Massnahmen dennoch eine verlässliche Prüfung sicherzustellen (vgl. BBl 2004 4025 ff.).
2.3.3. Das Bundesgericht hat - was der Beschwerdeführer übersieht - inzwischen wiederholt festgehalten, dass die Anforderungen an die Unabhängigkeit bei der eingeschränkten Revision nicht grundlegend anders zu interpretieren sind als bei der ordentlichen Revision nach den Vorgaben von Art. 728 Abs. 2 OR. Die entsprechenden Kriterien bilden auch bei der eingeschränkten Prüfung Leitlinie; dies ergibt sich aus dem Zweck des Gesetzes (Stärkung des Vertrauens in die Revisionstätigkeit) einerseits und den Materialien sowie den vorherrschenden Stellungnahmen dazu in der Doktrin andererseits (Urteile 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 4.2 mit Hinweisen; 2C_709/2012 vom 20. Juni 2013 E. 4.3; 2C_927/2011 vom 8. Mai 2012 E. 3.2.2 und E. 3.5.1).
2.3.4. Selbst die vom Beschwerdeführer ins Recht gelegte Literaturstelle geht - trotz gewisser abweichender Auffassungen hinsichtlich der Unabhängigkeitserfordernisse bei der eingeschränkten Prüfung - davon aus, dass ein Mitglied des Verwaltungsrats der Revisionsstelle mit Blick auf die erforderliche Unabhängigkeit nicht zugleich auch dem Verwaltungsrat des geprüften Unternehmens angehören darf (vgl. RICO A. CAMPONOVO/SARAH R. CAMPONOVO, Anschein der Unabhängigkeit bei eingeschränkter Revision, Der Konkretisierungsauftrag des Gesetzgebers, in: AJP 5/2014 S. 627 ff., dort S. 640). Die Hinweise auf die parlamentarische Initiative Schneeberger vom 19. Juni 2015, welche verlangt, dass bei der eingeschränkten Prüfung (Review) künftig "eine enge Beziehung des leitenden Prüfers zu einem Mitglied des Verwaltungsrates, zu einer anderen Person mit Entscheidfunktion oder einem bedeutenden Aktionär" zulässig sein soll, "sofern die Beziehung nicht auf eine offensichtliche Befangenheit hindeutet", belegt e contrario die bisherige aufsichtsrechtliche Praxis, wonach die Vorgaben von Art. 728 Abs. 2 OR bei der Würdigung der Umstände im Rahmen von Art. 729 OR sinngemäss mitberücksichtigt werden. Es besteht - schon aus Gründen der Rechtssicherheit - keine Veranlassung, die bisherige Rechtsprechung infrage zu stellen und die parlamentarische Diskussion über die entsprechende Initiative vorwegzunehmen.
2.4.
2.4.1. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, der Einstellung in seiner Funktion als Revisor während zweier Jahre fehle die erforderliche gesetzliche Grundlage, da die Aufsichtsbehörde kein Überprüfungsverfahren einleiten bzw. keine eigenen Abklärungen vornehmen dürfe, da sie sonst in unzulässigerweise in die Zuständigkeit des Zivilrichters eingreife, überzeugen seine Ausführungen nicht. Die Zuständigkeit der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde ist nicht auf die blosse Zulassung beschränkt. Im Gegenteil: Zwar soll die Aufsichtsbehörde die staatlich beaufsichtigten Revisionsunternehmen alle drei bzw. fünf Jahre überprüfen (Art. 16 Abs. 1 und 1 bis RAG); dies bedeutet indessen nicht, dass sie im Fall eines dauernden oder vorübergehenden Dahinfallens einer persönlichen Zulassungsvoraussetzung einer natürlichen Person nicht korrigierend einschreiten dürfte bzw. müsste.
2.4.2. Würde der Auffassung des Beschwerdeführers gefolgt, verlöre Art. 17 Abs. 1 RAG jeglichen Sinn. Dieser sieht ausdrücklich vor, dass die Aufsichtsbehörde die Zulassung befristet oder unbefristet entziehen kann, wenn eine zugelassene natürliche Person die Zulassungsvoraussetzungen nicht mehr erfüllt. Zivilrecht und verwaltungsrechtliches Aufsichtsrecht verfolgen unterschiedliche Ziele und bestehen nebeneinander (vgl. BGE 141 II 162 E. 5.2 S. 274 ff.). Art. 17 RAG bildet eine hinreichend klare gesetzliche Basis, um im Rahmen des Verhältnismässigkeitsprinzips gegen Zulassungsträger vorzugehen, welche wegen des Dahinfallens einer Bewilligungsvoraussetzung den hohen Ansprüchen an die Revisorentätigkeit dauernd oder vorübergehend nicht (mehr) zu genügen vermögen.
2.5. Auch der Hinweis, keine weiteren "engen" Beziehungen zu B._ unterhalten zu haben, weshalb gar kein Anschein einer kompromittierenden Unabhängigkeit habe entstehen können, hilft dem Beschwerdeführer nicht weiter: Tatsache ist, dass er mit B._ geschäftlich verbunden war, seit sie im Sommer 2006 mit der gegenseitigen Revision ihrer Gesellschaften begonnen hatten; bei diesen übten sie je Entscheidfunktionen aus. Der Beschwerdeführer erwarb per 1. Januar 2010 von B._ die U._ AG Gesellschaft für Abschlussrevisionen; die beiden arbeiteten dabei als Verkäufer und Käufer eng zusammen und befanden sich zu diesem Zweck während zweier Jahre gleichzeitig im Verwaltungsrat der U._ AG. Sie hatten als Vertragsparteien gemeinsame geschäftliche Interessen, welche willkürfrei als eng bezeichnet werden durften und zu wechselseitigen Abhängigkeiten im Sinne der Revisionsaufsicht führen konnten bzw. für Drittpersonen objektiv den Eindruck erwecken mussten, es mangle an der für die Revision erforderlichen Unabhängigkeit. Selbst wenn die doppelte Mitgliedschaft im Verwaltungsrat vorab dazu dienen sollte, den Übergang der Gesellschaft von B._ als Verkäufer zum Beschwerdeführer als Käufer möglichst fliessend und ohne Kundenverlust zu gestalten, war dies für Dritte nicht erkennbar und berufsethisch problematisch; es ist nicht nachvollziehbar, warum die Revisionsleitung über die S._ AG dennoch in den Händen des Beschwerdeführers als Käufer verblieb bzw. hätte verbleiben müssen. Zur Sicherung der Objektivität der Revision hätte alles dafür gesprochen, die Situation gesetzeskonform zu bereinigen. Der Beschwerdeführer hätte auf das entsprechende Revisionsmandat verzichten müssen, auch wenn dieses für ihn finanziell attraktiv gewesen sein mag. Die Unabhängigkeit muss nicht nur im Moment der Berichtsabgabe bestehen, sondern bei sämtlichen Prüfungshandlungen gesichert sein; ihre Gefährdung ist fortwährend kritisch zu hinterfragen; es geht dabei um eine "Daueraufgabe" von der Annahme des Prüfungsauftrags bis zur Abgabe des Mandats durch Löschung der Organfunktion im Handelsregister.
2.6. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was geeignet wäre, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz in verfassungsrechtlicher Hinsicht infrage zu stellen (vgl. oben E. 1.2). Es ist deshalb von folgenden Vorgaben auszugehen:
2.6.1. B._ amtete in der Zeit von Oktober 2007 bis Mai 2012 als einziges Mitglied des Verwaltungsrats und als Geschäftsführer der W._ AG (in Liquidation). Bei der X._ AG präsidierte er ab Juli 2006 den Verwaltungsrat und bei der Y._ AG war er seit mindestens Februar 1999 als Verwaltungsrat tätig. Die S._ AG revidierte von Oktober 2007 bis Mai 2012 die W._ AG (in Liquidation), ab Juli 2006 war sie als Revisionsstelle der X._ AG und ab Mai 2008 als solche der Y._ AG eingesetzt. Bezüglich der V._ AG übernahm die U._ AG seit jeher die Revisionen. Ab dem 23. September 2011 nahm B._ neu als einzelzeichnungsberechtigtes Mitglied im Verwaltungsrat der V._ AG Einsitz, womit er gleichzeitig Mitglied des Verwaltungsrats der geprüften Gesellschaft wie von deren Revisionsstelle war. Umgekehrt prüften im fraglichen Zeitraum die B._ zuzurechnenden Revisionsunternehmen Z._ AG (in Liquidation) und U._ AG zwischen 1994 und 2001 resp. von 2001 bis 2008/2009 als Revisionsstelle die dem Beschwerdeführer zuzurechnenden S._ AG sowie die T._ AG.
2.6.2. Die Vorinstanz ist bei dieser Ausgangslage zu Recht davon ausgegangen, dass im Hinblick auf die engen wirtschaftlichen Verknüpfungen der jeweils leitenden Revisoren für aussenstehende Dritte der Eindruck mangelnder Unabhängigkeit zwischen den Gesellschaften und ihren Revisionsstellen entstehen musste, was geeignet war, das Vertrauen in die jeweilige Prüftätigkeit - entgegen dem Sinn und Zweck des Unabhängigkeitserfordernisses - zu untergraben. Der Beschwerdeführer hat bezüglich mehrerer Mandate wiederholt gegen die gesetzlichen Vorgaben verstossen, indem er seinen revisionsrechtlichen Pflichten nicht nachkam; hieran ändert nichts, dass sein berufliches Fehlverhalten jeweils in der Verkennung der gleichen Regeln bestand.
3.
3.1. Bei der Frage, unter welchen Umständen das Unabhängigkeitsgebot als verletzt zu gelten hat und wie die sorgfaltsrechtliche Missachtung der gesetzlichen Vorgabe im Einzelfall zu ahnden ist, steht der Aufsichtsbehörde ein gewisser Ermessensspielraum zu (sogenanntes "technisches Ermessen"). Dabei hat sie stets den Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten. Ihre verwaltungsrechtliche Intervention soll einerseits dazu führen, dass der gesetzeskonforme Zustand wieder hergestellt wird, andererseits soll sie die Missachtung der Sorgfaltspflichten zum Schutz des Publikums angemessen verwaltungsrechtlich sanktionieren (vgl. hierzu das Urteil 2C_163/2014 vom 15. Januar 2015 E. 2.4). Der Verstoss muss von einer gewissen Schwere sein und zur Dauer des Entzugs der Zulassung in einem vernünftigen Verhältnis stehen (Urteile 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 5; 2C_834/2010 vom 11. März 2011 E. 6.2). Grundsätzlich führt das Fehlen des unbescholtenen Leumunds und der damit verbundenen Vertrauenswürdigkeit zum Entzug der Zulassung (Art. 17 RAG). Dieser bildet die letztmögliche Massnahme ("ultima ratio") für den Fall, dass zum Schutz der gefährdeten öffentlichen Interessen und zur Abwendung von weiteren Störungen einzig die Möglichkeit bleibt, den Betroffenen von der weiteren Berufsausübung dauernd auszuschliessen. Können die Zulassungsvoraussetzungen wiederhergestellt werden, ist der Entzug dem Zulassungsträger vorerst - wie Art. 17 Abs. 1 Satz 2 RAG in Konkretisierung des Verhältnismässigkeitsprinzips ausdrücklich festhält - nur anzudrohen (Urteil 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 5.2). Die Aufsichtsbehörde erteilt einen schriftlichen Verweis, wenn der Entzug der Zulassung unverhältnismässig wäre (Art. 17 Abs. 1 Satz 3 RAG). Im Übrigen kann sie die Zulassung, den konkreten Umständen des Einzelfalls entsprechend, auch nur zeitlich beschränkt suspendieren (Art. 17 Abs. 1 Satz 1 RAG). Die fachliche Qualität der Revisionsdienstleistung ist nicht mehr gewährleistet, wenn eine nachweisbare und schwerwiegende berufliche Fehlleistung vorliegt und ein weiteres bzw. erneutes Fehlverhalten in der Zukunft nicht als klar ausgeschlossen, sondern weiterhin möglich erscheint (vgl. das Urteil 2C_163/2014 vom 15. Januar 2015 E. 4.2).
3.2.
3.2.1. Wenn die Vorinstanz vorliegend davon ausgegangen ist, dass eine auf zwei Jahre beschränkte Einstellung als leitender Revisor geeignet und erforderlich sei, um das Vertrauen in den Beschwerdeführer wiederherzustellen, erscheint dies zwar als streng, aber nicht als bundesrechtswidrig: Der Beschwerdeführer war bis zum 3. Oktober 2012 mit B._ Mitglied im Verwaltungsrat der U._ AG, wobei er über die S._ AG (bzw. über die U._ AG) Gesellschaften kontrollierte, in denen B._ als Verwaltungsratsmitglied amtete. Zwar schied dieser am 3. Oktober 2012 aus dem Verwaltungsrat der U._ AG aus, womit diesbezüglich die Situation vor dem Schreiben und der damit von Gesetzes wegen erforderlichen Sanktionsandrohung der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde vom 31. Oktober 2012 bereinigt war. Der Beschwerdeführer ist indessen bereits zuvor durch die Aufsichtsbehörde gemahnt worden, den von ihr als rechtswidrig gewerteten Zustand zu bereinigen. Damit war dem Erfordernis der Androhung der Sanktion im Sinne von Art. 17 Abs. 1 Satz 2 RAG genüge getan, zumal die Aufsichtsbehörde nicht allein die mit dem Austritt von B._ aus dem Verwaltungsrat der U._ AG bereinigte Situation kritisiert, sondern darüber hinaus auch die allgemeine enge wirtschaftliche Verflechtung zwischen dem Beschwerdeführer und B._ bzw. den ihnen je zuzurechnenden Betrieben (indirekte gegenseitige Revision) beanstandet hatte.
3.2.2. B._ ist von der RAB als Verwaltungsrat der U._ AG bereits am 5. Juli 2012 im Zusammenhang mit der Revisorentätigkeit der U._ AG bei der V._ AG angeschrieben worden, als B._ sowohl Verwaltungsratsmitglied der U._ AG als auch der V._ AG war. Stellt man allein auf die gleichzeitige Mitgliedschaft der beiden im Verwaltungsrat der U._ AG und der Revisionstätigkeit durch diese bei der V._ AG ab, war die Situation am 3. Oktober 2012 zwar bereinigt; die entsprechende Betrachtungsweise blendet indessen die während Jahren wechselseitig "verschachtelt" durchgeführten Revisionen aus, welche die RAB dem Beschwerdeführer gegenüber am 31. Oktober 2012 und am 31. Juli 2013 problematisiert hatte, ohne dass er die sich daraus ergebenden Konsequenzen gezogen hätte: Die T._ AG sowie die S._ AG wurden vom 3. Oktober 1994 bis zum 1. Mai 2001 bzw. vom 19. Oktober 1994 bis 2. Mai 2001 von der Z._ AG revidiert; hernach vom 2. Mai 2001 bis 24. Januar 2008 bzw. vom 1. Mai 2001 bis zum 10. Februar 2009 durch die U._ AG, die damals noch B._ zuzurechnen war (Verkauf an den Beschwerdeführer auf den 1. Januar 2010; Verwaltungsratsmitgliedschaft des Beschwerdeführers ab dem 25. August 2010). In der Zeitspanne vom 5. Oktober 2007 bis 25. Mai 2012 (W._ AG), vom 3. Juli 2006 bis 25. Juli 2014 (X._ AG) und vom 19. Mai 2008 bis 29. April 2014 (Y._ AG) revidierte die S._ AG die jeweiligen Firmen, bei denen wiederum B._ dem Verwaltungsrat angehörte. Zwischen dem 24. September 2007 und dem 3. Oktober 2012 (Mitgliedschaft von B._ im Verwaltungsrat der U._ AG) prüfte dieser über die S._ AG seines Verwaltungsratskollegen bei der U._ AG die W._ AG, die X._ AG und die Y._ AG. Würdigt man diese Zusammenhänge als Ganzes war die Unabhängigkeit der Revisionstätigkeit aufgrund der engen (früheren und fortdauernden) wirtschaftlichen Beziehungen bzw. wegen der Verflechtungen zwischen den Verwaltungsräten und Revisoren A._ und B._ nur unzureichend sichergestellt. Für einen unbeteiligten Dritten entstand mit Blick auf die gegenseitigen Verbundenheiten bzw. Abhängigkeiten der Anschein einer möglichen Befangenheit des Beschwerdeführers als leitender Revisor. Das war geeignet, die Unabhängigkeit der Revisorentätigkeit des Beschwerdeführers - wie die Vorinstanz und die Eidgenössische Revisionsaufsichtsbehörde zutreffend dargelegt haben - infrage zu stellen.
3.2.3. Der Beschwerdeführer hat die Situation hinsichtlich der Rolle von B._ im Verwaltungsrat der U._ AG zwar bereinigt, hingegen betreute er nach Eröffnung des Verfahrens durch die Aufsichtsbehörde die Revisionsmandate bei der V._ AG, bei der X._ AG und bei der Y._ AG weiter. Die engen wirtschaftlichen Beziehungen zwischen dem Beschwerdeführer und B._ dauerten aufgrund des von ihnen organisierten "Revisionskonstrukts" objektiv fort, bis die S._ AG nicht mehr durch die U._ AG und über jene die W._ AG, die X._ AG sowie die Y._ AG revidiert wurden, was ab dem 25. Mai 2012, dem 25. Juli 2014 bzw. dem 29. April 2014 der Fall war. Die entsprechenden Mandate wurden somit teilweise erst nach Erlass der Verfügung der Aufsichtsbehörde vom 28. März 2014 sowie erst rund eineinhalb Jahre nach der Androhung des Zulassungsentzugs niedergelegt. Das Verhalten des Beschwerdeführers lässt in zeitlicher Hinsicht daran zweifeln, dass er sich den gesetzlichen Vorgaben und den sich daraus ergebenden besonderen Pflichten hinreichend bewusst ist und ohne vorübergehende Einstellung in seiner Rolle als leitender Revisor künftig davon absehen wird, seine wirtschaftlichen Interessen über das öffentliche Interesse an einer wirksamen und vertrauensbegründenden Revisionstätigkeit zu stellen.
3.2.4. Die vorübergehende Suspendierung des Beschwerdeführers stützt sich auf dessen durch das geschilderte Verhalten beruflich beeinträchtigten Leumund. Bei der Gewähr für eine einwandfreie Prüftätigkeit handelt es sich nicht um eine kurzfristig änderbare Voraussetzung, die durch die Beseitigung des verpönten Zustands als sofort wiederhergestellt gelten kann (vgl. Urteil 2C_927/2011 vom 8. Mai 2012 E. 3.5.3 [S. 10]). Dass der gesetzwidrige Zustand nach mehreren Interventionen der Aufsichtsbehörde schliesslich doch noch beendet wurde, ist nicht geeignet, die Vertrauenswürdigkeit automatisch wieder herzustellen, auch wenn der Beschwerdeführer versichert, sich (wieder) an die revisionsrechtlichen und berufsethischen Vorgaben halten zu wollen. Das Vertrauen, dass er künftig darauf achten wird, in seiner beruflichen Tätigkeit keinen Anschein der Befangenheit mehr zu schaffen, muss im Lauf der Zeit erst wieder aufgebaut werden (vgl. die Urteile 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 5.3 und 2C_927/2011 vom 8. Mai 2012 E. 3.5).
3.2.5. Zwar liegt ein Teil der sorgfaltspflichtwidrigen Verhaltensweisen bereits eine gewisse Zeit zurück, doch handelte es sich bei der Problematik rund um den Verkauf der U._ AG und des doppelten Verwaltungsratsmandats um einen relativ groben Verstoss gegen das Erfordernis, auch nicht anscheinsweise die gesetzlich gebotene Unabhängigkeit zu gefährden, was einem sorgfältig agierenden Revisor nicht entgehen konnte und durfte. Obwohl die Aufsichtsbehörde den Beschwerdeführer bereits am 31. Juli 2013 darauf hingewiesen hatte, dass sie die Weiterführung des Mandats der U._ AG als Revisionsorgan der V._ AG sowie der Mandate der S._ AG als Revisionsorgan der W._ AG (in Liquidation), der X._ AG und der Y._ AG als mit dem Gebot der revisionsrechtlichen Unabhängigkeit nicht vereinbar erachte, hat es der Beschwerdeführer unterlassen, diesbezüglich sämtliche Verflechtungen rechtzeitig zu bereinigen. Dass der befristete Entzug der Zulassung als Revisor für den Beschwerdeführer gewisse negative wirtschaftliche Konsequenzen hat, liegt in der Natur der Sache und in seinem eigenen Verhalten begründet. Die Revisionsaufsichtsbehörde ging zutreffend davon aus, dass der Leumund aufgrund von aktenkundigen früheren Vorfällen bzw. den aktuell zu beurteilenden Sachverhalten zu würdigen sei. Entlastend müssten zudem jeweils die persönlichen Umstände im Einzelfall mitberücksichtigt werden, wie beispielsweise die Einsicht des Zulassungsträgers, die Wiedergutmachung eines allfälligen Schadens durch diesen, die freiwillige Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands, die Anzahl der Verfehlungen oder die seither verstrichene Zeit.
3.2.6. Der Beschwerdeführer hat sich vor den hier umstrittenen Sorgfaltspflichtverletzungen nichts Nachteiliges zuschulden kommen lassen, doch durften die Vorinstanzen gesamthaft und mit Blick auf das durch sein Verhalten zum Ausdruck gekommene mangelnde Bewusstsein der Bedeutung der Unabhängigkeitsvorschriften bei seiner Tätigkeit als verantwortlicher Revisor davon ausgehen, dass sich ein befristeter Entzug von zwei Jahren rechtfertige. Der Beschwerdeführer kann während dieser Zeit seinen guten Ruf bzw. die erforderliche Vertrauenswürdigkeit wieder unter Beweis stellen (vgl. für eine ähnliche Ausgangslage das Urteil 2C_1026/2015 vom 18. Juli 2016 E. 2.3; und die Urteile 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 E. 5.3.3, 5.3.4 e contrario; 2C_927/2011 vom 8. Mai 2012 E. 3.5.3). Der vorliegende Fall ist nicht mit dem im Urteil 2C_125/2015 vom 1. Juni 2015 beurteilten vergleichbar, wo aufgrund der spezifischen Ausgangslage (einmalige Verletzung der einschlägigen Bestimmungen und Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands nach der Beanstandung an der Generalversammlung und vor Eingriff der RAB) das Bundesgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde lediglich die Androhung des Entzugs der Zulassung als verhältnismässig erachtete (vgl. dort E. 5.3.4).
3.2.7. Die S._ AG und die U._ AG bieten gemäss ihrem Handelsregisterauszug nicht nur Revisionsdienstleistungen an; sie sind auch in den Bereichen Treuhand, Steuern, Unternehmensberatung sowie der Bewirtschaftung des Handels mit Immobilien aktiv, was es dem Beschwerdeführer erlaubt, auf diese Aktivitäten als Einkommensquellen zurückzugreifen. Durch eine Umstrukturierung bzw. Anstellung eines zugelassenen Revisionsexperten und dessen Einsetzung als Leitungsorgan können die entsprechenden Firmen auch weiterhin Revisionsdienstleistungen anbieten. Wie die Revisionsaufsichtsbehörde zu Recht festhält, liegt es demnach weitgehend am Beschwerdeführer bzw. an der S._ AG und der U._ AG, ob und welche wirtschaftliche Folgen mit dem zeitlich beschränkten Entzug der Zulassungsbewilligung verbunden sein werden (vgl. das Urteil 2C_1182/2012 vom 29. Mai 2013 E. 4.4).
4.
4.1. Die Beschwerde erweist sich nach dem Dargelegten als unbegründet und ist abzuweisen.
4.2. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der unterliegende Beschwerdeführer die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (vgl. Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar