Sachverhalt:
A.
Der 1966 geborene A._ bezog gemäss Verfügung der IV-Stelle des Kantons Aargau vom 3. Oktober 2002 vom 1. Januar 1999 bis am 31. Dezember 2001 eine halbe und seit 1. Januar 2002 eine ganze Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 100 %, welche in zwei Revisionsverfahren bestätigt wurde. Im Februar 2013 leitete die IV-Stelle eine neuerliche Rentenrevision ein. Sie holte eine polydisziplinäre Expertise des Ärztlichen Begutachtungsinstituts GmbH, Basel (ABI), vom 10. Februar 2014 ein. Gestützt darauf und auf eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 20. Februar 2014 hob sie die bisher ausgerichtete Invalidenrente mit Verfügung vom 16. Juni 2016 auf den 31. Juli 2016 auf. Dabei berief sich die IV-Stelle auf die Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision, wonach die Aufhebung einer Invalidenrente bei Beschwerdebildern ohne nachweisbare organische Grundlage unter bestimmten Voraussetzungen auch in Betracht falle, wenn sich der medizinische Sachverhalt nicht geändert hat. Diese Voraussetzungen seien hier erfüllt.
B.
A._ liess Beschwerde führen mit dem Rechtsbegehren um Weitergewährung einer ganzen Invalidenrente. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau liess die Frage offen, ob eine Aufhebung der Invalidenrente aufgrund der Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision zulässig sei. Denn in Anwendung der Revisionsbestimmung des Art. 17 Abs. 1 ATSG sei die Rentenaufhebung zu bestätigen. Dementsprechend wies es die Beschwerde nach Beiladung der BVG-Sammelstiftung Swiss Life als Vorsorgeeinrichtung des Versicherten zum Verfahren mit Entscheid vom 16. November 2016 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte den vorinstanzlich gestellten Antrag auf Weiterausrichtung der ganzen Invalidenrente erneuern; ferner ersucht er um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde, eventuell auf Rückweisung der Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz, schliesst, verzichten die zum Verfahren beigeladene BVG-Sammelstiftung Swiss Life und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.
Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob die seit 1. Januar 2002 ausgerichtete ganze Invalidenrente zu Recht eingestellt wurde.
2.1. Die Vorinstanz hat festgehalten, ob die Rente im Sinne der Verwaltungsverfügung vom 16. Juni 2016 gestützt auf lit. a der Schlussbestimmungen der Änderung vom 18. März 2011 des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (6. IV-Revision) eingestellt werden dürfe, könne offenbleiben. Denn die Rentenaufhebung könne gestützt auf die Revisionsbestimmung des Art. 17 ATSG einer erneuten Überprüfung unterzogen werden.
2.2. Dieser Auffassung ist beizupflichten. Die Rechtsprechung betreffend die substituierte Begründung kommt auch im Zusammenhang mit der Schlussbestimmung zur 6. IV-Revision zur Anwendung (vgl. SVR 2014 IV Nr. 39 S. 137, 9C_121/2014 E. 3.2.2; Urteil 8C_23/2015 vom 24. Juli 2015 E. 2.2).
3.
3.1. Das kantonale Gericht gelangte aufgrund des polydisziplinären Gutachtens des ABI vom 10. Februar 2014, namentlich des psychiatrischen Teilgutachtens des Dr. med. B._, welchem es vollen Beweiswert zuerkannte, zum Schluss, dass im Zeitraum seit Erlass der Rentenverfügung vom 3. Oktober 2002 bis zur Aufhebung der Invalidenrente gemäss Verfügung vom 16. Juni 2016 eine erhebliche Verbesserung im Gesundheitszustand des Beschwerdeführers eingetreten sei. Die ursprünglich diagnostizierte mittelschwere depressive Episode sei im Zeitpunkt der Rentenaufhebung remittiert gewesen. In somatischer Hinsicht sei die Expertise des ABI unbestritten geblieben.
3.2. Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, dass dem psychiatrischen Teilgutachten des Dr. med. B._, welches die Vorinstanz ihrem Entscheid zugrunde gelegt hat, kein Beweiswert zukomme. Es sei nicht auf das Beweisthema einer Rentenrevision, d.h. die Entwicklung des Gesundheitsschadens im massgebenden Zeitraum, ausgerichtet. Das kantonale Gericht hätte nicht auf diese Expertise abstellen dürfen, da der Psychiater des ABI sich nicht mit den ursprünglichen Berichten der behandelnden Ärzte auseinandersetzte. Auch die Verlaufsberichte des behandelnden Psychiaters Dr. med. C._, vom 4. April 2013 und des Dr. med. D._ habe der Gutachter nicht in seine Beurteilung einbezogen.
3.3. Soweit sich die beschwerdeweise vorgetragenen Ausführungen nicht in einer im Rahmen der gesetzlichen Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts (E. 1 hievor) unzulässigen Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung und einer nicht näher zu prüfenden Diskussion der verschiedenen Auffassungen der beteiligten Ärzte erschöpfen, ohne dass eine Bundesrechtsverletzung geltend gemacht wird, sind sie unbegründet. Wie die Vorinstanz dargelegt hat, entspricht das psychiatrische Teilgutachten des Dr. med. B._ in allen Teilen den Anforderungen, die von der Rechtsprechung an eine medizinische Expertise gestellt werden, die zwecks Rentenrevision eingeholt wird (SVR 2013 IV Nr. 44 S. 134, 8C_441/2012 E. 6.1.2 und 2012 IV Nr. 18 S. 81, 9C_481/2010 E. 4.2). Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers beschränkt sich ABI-Gutachter Dr. med. B._ nicht auf aktuelle Befunde und die Einschätzung der zum Zeitpunkt der psychiatrischen Untersuchung vom 16. Dezember 2013 bestehenden Arbeitsunfähigkeit. Vielmehr äussert er sich zu Beginn und Verlauf der Arbeitsunfähigkeit und gelangt zum Schluss, dass sich gegenwärtig keine Hinweise für eine depressive Störung mehr fänden, die erwähnte mittelgradige depressive Episode also remittiert sei, sodass aus psychiatrischer Sicht keine Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit attestiert werden könne. Das Fehlen eines depressiven Zustandes hat der Psychiater im Übrigen mittels seiner Feststellungen bei der Untersuchung veranschaulicht, indem er ausführlich die verschiedenen Tätigkeiten geschildert hat, die der Beschwerdeführer regelmässig verrichtet, die er aus fachärztlicher Sicht jedoch nicht oder nicht im gleichen Ausmass ausüben könnte, wenn eine erhebliche depressive Störung vorläge. Wenn das kantonale Gericht in Würdigung des psychiatrischen Teilgutachtens des ABI eine massgebliche Verbesserung des Gesundheitszustandes mit Folgen für die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit angenommen hat, lässt sich darin weder eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung noch eine anderweitige Bundesrechtsverletzung (E. 1 hievor) erkennen.
Hieran vermögen die weiteren Einwendungen in der Beschwerde nichts zu ändern. Nicht entscheidend ist, dass sich der Gutachter nicht mit allen zur Verfügung stehenden psychiatrischen Unterlagen seit dem Zeitpunkt der Zusprechung einer ganzen Invalidenrente im Einzelnen auseinandergesetzt hat. Die für die Beurteilung der Entwicklung des Gesundheitszustandes notwendigen medizinischen Unterlagen standen dem Psychiater zur Verfügung, wie sich der Auflistung der vorhandenen Akten und dem Auszug aus den wichtigsten Vordokumenten im Gutachten ergibt.
4.
Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der Beschwerdeführer ist indessen auf Art. 64 Abs. 4 BGG hinzuweisen. Danach hat die Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen, und es wird dem Beschwerdeführer Rechtsanwalt Andreas Hübscher als Rechtsbeistand beigegeben.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4.
Rechtsanwalt Andreas Hübscher wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, der BVG-Sammelstiftung Swiss Life, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2017
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Der Gerichtsschreiber: Widmer