Faits :
A.
Par contrat de bail du 31 août 2006, la Coopérative X._ (ci-après: la bailleresse) a cédé à Z._ (ci-après: le locataire), pour cinq ans et en contrepartie d'un loyer mensuel de 1'500 fr., l'usage d'un local commercial au sous-sol d'un immeuble situé chemin... à... (Genève), pour exploiter un restaurant à l'enseigne " A._ ".
Ce contrat a été remplacé, le 1er décembre 2008, par un nouveau contrat d'une durée de dix ans, le loyer étant porté à 2'000 fr. par mois.
La surface du local commercial - qui est à l'origine du litige entre les parties - a varié au cours des années. Si elle était de 107 m2 dans le contrat d'août 2006, elle est passée à 195 m2 dans l'accord de décembre 2008, le libellé de l'objet restant le même. Le locataire a ensuite occupé une surface de 210 m2 (pour le restaurant), ainsi qu'une surface de 40.9 m2 (pour un carnotzet et un dépôt-restaurant), puis, après la réalisation de divers travaux exécutés par la bailleresse dans une partie des locaux, le locataire a encore bénéficié de 65.2 m2 supplémentaires.
A la fin de l'année 2012, un architecte mandaté par la bailleresse a procédé à des mesures et constaté que le locataire occupait des locaux d'une surface totale de 329 m2, dont 176.7 m2 pour le seul restaurant.
Par courrier du 18 janvier 2013, la bailleresse a informé le locataire de ces relevés, soutenant qu'il occupait sans droit, depuis le 1er janvier 2008, une surface de 134 m2 (329 m2 - 195 m2 désignés par le contrat de bail qui les liait). Elle l'a sommé de verser une indemnité pour occupation illicite de 82'443 fr.50, correspondant à un loyer annuel de 123 fr.05 par m2.
Le locataire ne s'étant pas exécuté, la bailleresse lui a fait notifier successivement plusieurs commandements de payer.
B.
La requête déposée par la bailleresse le 19 mars 2015 devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers a été déclarée non conciliée et portée devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 12 mai 2015. La bailleresse a conclu à ce qu'il soit constaté que le locataire occupait illicitement, depuis le 1er janvier 2008, une surface de 134 m2 dans les locaux situés dans son immeuble et à ce qu'il soit condamné à lui verser le montant de 121'089 fr.10 à titre d'indemnités pour occupation illicite, intérêts en sus, pour la période courant du 1er janvier 2008 au 31 mai 2015. Elle a aussi requis le prononcé de la mainlevée des oppositions formées par le locataire aux divers commandements de payer qui lui ont été notifiés.
Dans sa réponse, le locataire a conclu au déboutement de la bailleresse.
Par jugement du 24 août 2016, le Tribunal des baux et loyers a constaté que le locataire occupait illicitement et depuis le 1er janvier 2009 une surface de 71.5 m2 située au sous-sol de l'immeuble de la bailleresse; il l'a condamné à libérer immédiatement ces locaux, a autorisé la bailleresse à mandater un huissier qui pourrait lui-même faire appel à la force publique pour procéder à l'expulsion et il a condamné le locataire à verser une indemnité pour occupation illicite.
Par arrêt du 12 juin 2017, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice de Genève a annulé le jugement entrepris, constaté que le locataire n'occupait pas illicitement les locaux et débouté les parties de toutes autres conclusions.
C.
La bailleresse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice. Elle conclut, principalement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, subsidiairement, à son annulation et à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté que le locataire occupe illicitement et depuis le 1er janvier 2009 des locaux d'une surface totale de 71.5 m2, que le locataire soit condamné à les libérer, que la bailleresse soit autorisée à mettre en oeuvre un huissier (celui-ci pouvant faire appel à la force publique), que sa partie adverse soit condamnée à lui verser une indemnité pour occupation illicite et que la mainlevée définitive de l'opposition formée par le locataire aux divers commandements de payer soit prononcée.
Des déterminations n'ont pas été requises.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références).
En l'occurrence, dans une partie de son mémoire consacrée à " l'examen des faits retenus par la cour cantonale " (p. 5 à 14), la recourante rediscute certains points de fait ou oppose simplement sa propre version des faits à celle établie par la cour précédente, sans toutefois se conformer aux exigences strictes qui viennent d'être rappelées. Partant, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'état de fait dressé par la cour cantonale.
2.
Dans une autre partie de son mémoire, la recourante se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans la constatation des faits et d'appréciation insoutenable des preuves.
2.1. Elle énumère à cet égard une série de faits et reproche à la cour cantonale de ne pas en avoir tenu compte, alors qu'ils étaient " pourtant dûment allégués et prouvés " (acte de recours p. 17 s.).
Force est de constater que la recourante, de manière purement appellatoire, procède à une simple énumération des faits qu'elle considère comme déterminants, sans fournir la moindre explication qui permettrait de comprendre en quoi il était arbitraire de ne pas en tenir compte.
Cela étant, la version défendue par la recourante dans cette énumération s'écarte de l'état de fait établi par les magistrats cantonaux et elle ne peut être prise en considération.
2.2. La recourante produit ensuite une liste de constatations contenues dans l'arrêt cantonal qu'elle estime être " en contradiction manifeste avec le dossier " (acte de recours p. 18 s.).
Elle ne fournit toutefois pas le début d'une motivation (pièces à l'appui) propre à démontrer que la cour cantonale aurait sombré dans l'arbitraire et elle n'expose pas en quoi les diverses corrections qu'elle sollicite auraient une incidence sur le sort de la cause.
Sa critique ne respecte dès lors pas les exigences de motivation résultant de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.
Les moyens tirés de la transgression des normes de droit fédéral évoquées par la recourante (acte de recours p. 19 ss) tombent dès lors à faux puisque, pour les motiver, elle a substitué sa propre version des faits à celle retenue par les magistrats genevois. Elle ne démontre par contre pas en quoi la cour cantonale aurait, sur la base des constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral, procédé à une violation du droit fédéral.
Le moyen se révèle sans consistance.
4.
Le recours en matière civile, pour autant qu'il soit recevable, est manifestement infondé, si bien que l'arrêt de la Cour de céans est motivé sommairement (art. 109 al. 3 LTF).
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à se déterminer (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 30 août 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget