Faits :
A.
A.a. Par contrat du 21 octobre 1982, A._ et B._ ont pris à bail un appartement de cinq pièces situé au 2e étage d'un immeuble à Genève, locaux destinés à l'usage d'un cabinet dentaire. Le 28 mars 1988, un nouveau bail a été conclu pour une durée initiale de 10 ans, du 1er novembre 1988 au 31 octobre 1998, renouvelable ensuite tacitement d'année en année sauf préavis de résiliation de 6 mois. Le loyer a été fixé en dernier lieu, par jugement du 31 mars 2009, à un montant de 22'812 fr. par an (1'901 fr. par mois), charges de 2'880 fr. (240 fr. par mois) en sus, dès le 1er mai 2008.
Par contrats des 12 juillet 1991 et 15 décembre 1995, les locataires ont encore pris à bail deux emplacements de parking, dont le loyer a été fixé en dernier lieu, par jugement du 31 mars 2009, à 3'000 fr. par an (250 fr. par mois) dès le 1er août 2008 et l'autre à 3'324 fr. (277 fr. par mois) dès le 1er mars 2009.
X._ est devenu propriétaire de l'immeuble le 22 janvier 2007.
A.b. Le bailleur a résilié le bail du cabinet dentaire une première fois le 30 septembre 2013 pour le 30 avril 2015, au motif que le rendement de la chose louée était insuffisant. Il a également résilié le bail des places de parking. Les actions en contestation des résiliations introduites par les locataires sont actuellement pendantes devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève.
A.c. Le 28 février 2014, A._ a cessé son activité et a cédé son cabinet à T._. Selon contrat de sous-location du 11 février 2014, T._ partage le loyer et les charges avec le locataire restant dans les mêmes proportions que celles qui prévalaient avec le précédent colocataire, soit 5/12 chacun, les 2/12 restants étant à la charge du technicien dentaire travaillant également dans les locaux.
B.
B.a. Sur formule de résiliation officielle du 12 juin 2014, le bailleur a notifié une seconde résiliation de bail pour le 30 avril 2015. Il a indiqué comme motif de résiliation le refus des locataires de lui communiquer l'intégralité des accords passés avec le sous-locataire, tout en précisant résilier le bail pour son échéance contractuelle. Par avis du même jour, il a également résilié les baux des places de parking respectivement pour le 31 janvier et le 28 février 2015, pour leur échéances contractuelles et pour le même motif.
Aucune référence n'était faite ni à l'art. 257f CO ni à d'autres dispositions légales.
Le contrat de sous-location a été transmis au bailleur en date du 24 juin 2014.
B.b. Les locataires ont contesté les résiliations par requêtes de conciliation adressée à la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève le 10 juillet 2014.
Les causes ayant été jointes et la conciliation ayant échoué, les locataires ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 10 octobre 2014, concluant à l'annulation des résiliations et, subsidiairement à la prolongation des baux pour une durée de six ans.
Le bailleur a conclu à la validité des trois résiliations et, reconventionnellement, à l'expulsion des locataires.
Par jugement du 18 septembre 2015, le Tribunal des baux a annulé les congés pour les trois locaux et les deux places de parking et débouté le bailleur de ses conclusions en expulsion.
Statuant le 25 avril 2016, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel du bailleur et confirmé le jugement attaqué.
A titre principal, la cour cantonale considère que les résiliations sont des résiliations ordinaires puisqu'elles ont été signifiées pour le prochain terme contractuel, et non des résiliations anticipées de l'art. 257f al. 3 CO comme le bailleur l'a soutenu devant elle pour la première fois. Elle est d'avis que ces résiliations ordinaires sont annulables en vertu de l'art. 271a al. 1 let. d CO, puisqu'une procédure de contestation des congés donnés le 30 septembre 2013 est pendante depuis le 30 octobre 2013; l'art. 271a al. 3 let. b (recte: let. c) CO n'est pas applicable puisqu'il s'agit de congés ordinaires. Examinant ensuite, " par surabondance ", à supposer que les congés aient été notifiés en application de l'art. 257f al. 3 CO, si les conditions de cette disposition sont remplies, elle considère que la 2e condition n'est pas remplie. Selon elle, le 9 mai 2014, le bailleur a seulement demandé si T._ était le sous-locataire et que les accords passés lui soient communiqués, notamment le motif de la sous-location et sa durée. Alors que les locataires lui ont indiqué que celui-ci était un sous-locataire partiel, dans l'attente de la fin des procédures de contestation des congés, le bailleur a requis à nouveau le 22 mai 2014 de connaître le motif, les conditions et la durée de la sous-location. Or, ces deux courriers des 9 et 22 mai ne contiennent aucune protestation, ni aucun avertissement tels qu'exigés par l'art. 257f al. 3 CO.
C.
Contre cet arrêt du 25 avril 2016, le bailleur a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 30 mai 2016, concluant à sa réforme en ce sens que les résiliations de bail soient déclarées valables et que l'évacuation des locataires soit ordonnée, le bailleur étant d'ores et déjà autorisé à requérir la force publique pour faire exécuter l'évacuation dès l'entrée en force du jugement. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il invoque la violation des art. 271a al. 3 let. c et 257f al. 3 CO.
Les intimés concluent principalement au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué et, subsidiairement, à l'annulation de celui-ci et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF), par le bailleur qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 LTF) tendant au rejet de l'action en contestation des résiliations formée par les locataires et à l'expulsion des locataires (art. 72 al. 1 LTF), et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 CPC). Toutefois, il n'examine en principe que les questions soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (arrêts 4A_357/2015 du 4 décembre 2015 consid. 1.4; 4A_285/2015 du 22 septembre 2015 consid. 1.3; 4A_653/2014 du 4 décembre 2015 consid. 1.4 non publié in ATF 141 III 407; 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Il n'est cependant pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 140 III 86 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.4; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104; 133 III 545 consid. 2.2).
3.
A titre principal, après avoir exposé en droit que la résiliation doit être interprétée selon le principe de la confiance, la cour a déduit du seul fait que la résiliation a été donnée pour le terme contractuel ordinaire que le bailleur a manifesté la volonté de mettre un terme au contrat de manière ordinaire pour le prochain terme contractuel.
Dans son recours, le bailleur recourant soutient que la condition de l'art. 257f al. 3 CO, selon laquelle le bail peut être résilié " moyennant un délai de congé minimum de 30 jours pour la fin d'un mois ", n'impose qu'un délai minimum et n'empêcherait pas le bailleur de " résilier pour le terme contractuel "; selon lui, le Tribunal fédéral devrait constater qu'il s'agit d'une résiliation anticipée au sens de l'art. 257f al. 3 CO et que, partant, l'art. 271a al. 3 let. c CO est applicable. En d'autres termes, pour lui, il y a résiliation anticipée (extraordinaire) en raison de la sous-location (partielle) non autorisée bien qu'il ait résilié le bail pour le terme contractuel ordinaire.
Il s'impose d'examiner la thèse du recourant et donc de vérifier si la résiliation de bail du 12 juin 2014 remplit les conditions de l'art. 257f al. 3 CO.
3.1. Aux termes de l'art. 257f al. 3 CO, lorsque le maintien du bail est devenu insupportable pour le bailleur ou les personnes habitant la maison parce que le locataire, nonobstant une protestation écrite du bailleur, persiste à enfreindre son devoir de diligence ou à manquer d'égards envers les voisins, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitation et de locaux commerciaux peuvent être résiliés moyennant un délai de congé minimum de 30 jours pour la fin d'un mois.
3.1.1. Cette disposition vise un cas particulier d'inexécution des obligations, spécifique à la relation entre bailleur et locataire, et en règle les effets. Dans son domaine de validité, elle exclut l'application des règles générales de l'art. 107 CO relatif aux droits de la partie qui ne parvient pas à obtenir le respect d'un contrat (ATF 132 III 109 consid. 5 p. 113; arrêt 4A_476/2015 du 11 janvier 2016 consid. 4.1 publié in SJ 2016 I 336). Elle est applicable lorsque le locataire sous-loue l'appartement remis à bail sans requérir le consentement du bailleur en violation de l'art. 262 CO (ATF 134 III 300 consid. 3.1).
Selon la jurisprudence, la résiliation prévue par l'art. 257f al. 3 CO suppose la réalisation des cinq conditions cumulatives suivantes: (1) une violation du devoir de diligence incombant au locataire, (2) un avertissement écrit préalable du bailleur, (3) la persistance du locataire à ne pas respecter son devoir en relation avec le manquement évoqué par le bailleur dans sa protestation, (4) le caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur et, enfin, (5) le respect d'un préavis de trente jours pour la fin d'un mois (arrêt 4A_457/2013 du 4 février 2014 consid. 2 et les arrêts cités; au sujet des conditions atténuées de la résiliation en cas de non-respect des obligations contractuelles en rapport avec l'affectation de la chose louée, cf. ATF 132 III 109 consid. 5; arrêt 4A_644/2011 du 10 février 2012 consid. 3.2 et les arrêts cités).
3.1.2. Lorsque la violation du devoir de diligence invoquée (1ère condition) est la sous-location sans le consentement du bailleur, deux situations sont visées: premièrement, le bailleur a refusé son consentement à la sous-location et il était en droit de le faire pour l'un des motifs de l'art. 262 al. 2 CO; deuxièmement, le locataire s'est abstenu de demander au bailleur l'autorisation de sous-louer et celui-ci aurait disposé d'un motif valable au sens de l'art. 262 al. 2 CO pour s'opposer à la sous-location. Lorsque l'un des motifs visés à l'art. 262 al. 2 CO est réalisé, soit parce que le locataire a refusé de communiquer les conditions de la sous-location (let. a), soit parce que les conditions de la sous-location, comparées à celles du contrat de bail principal, sont abusives (let. b), soit parce que la sous-location présente pour le bailleur des inconvénients majeurs (let. c), la condition du caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur (4e condition) de l'art. 257f al. 3 CO est automatiquement réalisée (celle-ci " n'a pas de portée indépendante "; ATF 134 III 300 consid. 3.1; au sujet de la sous-location partielle, cf. arrêt 4A_290/2015 du 9 septembre 2015 consid. 4.4)
La 5e condition présuppose le respect d'un délai de congé minimum ( Frist von mindestens) de 30 jours pour la fin d'un mois. Si le bailleur ne résilie pas le bail dans le délai de 30 jours pour la fin d'un mois, mais seulement pour le prochain terme contractuel en respectant le délai de congé contractuel, on ne saurait considérer que le maintien implicite du contrat jusqu'à l'échéance contractuelle, lui est insupportable au sens de cette 4e condition de l'art. 257f al. 3 CO. On ne saurait parler non plus de résiliation " anticipée " au sens de cette disposition puisque le congé est donné pour le terme ordinaire selon l'art. 266a CO. Il ne faut pas confondre les causes ordinaires d'extinction du bail et les causes extraordinaires d'extinction de celui-ci (TERCIER/FAVRE, Les contrats spéciaux, 4e éd., Zurich 2009, n. 2329 ss). Le défaut de consentement à la sous-location pouvant justifier une résiliation ordinaire (cf. arrêt 4A_290/2015 déjà cité consid. 4) comme une résiliation (anticipée) extraordinaire de l'art. 257f al. 3 CO (ATF 134 III 300 consid. 3), la qualification de la résiliation ne dépend pas de la volonté subjective de celui qui l'a communiquée, mais du respect des conditions légales régissant ces deux types de résiliation.
Lorsque les conditions de l'art. 257f al. 3 CO ne sont pas remplies, la résiliation anticipée est inefficace; elle ne peut pas être convertie en une résiliation ordinaire (ATF 135 III 441 consid. 3.3; PETER HIGI, Zürcher Kommentar, n. 72 ad art. 257f CO; DAVID LACHAT, Le droit du bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 682 n. 3.2.2). Toutefois, si seuls le délai ou l'échéance de la 5e condition ne sont pas respectés, la résiliation n'est pas nulle, mais ses effets sont reportés au terme fixé par la loi (art. 266a al. 2 CO par analogie; HIGI, op. cit., no 71 ad art. 257f CO; PIERRE WESSNER, in Droit du à bail loyer, Bohnet/Montini [éd.], 2010, no 45 ad art. 257f CO).
3.2. En tant que le bailleur recourant soutient avoir voulu donner des résiliations anticipées au sens de l'art. 257f al. 3 CO, force est de constater que celles-ci ne remplissent pas la 4e condition de l'art. 257f al. 3 CO et que, partant, elles sont inefficaces. L'arrêt 4C.270/2001 du 24 (recte: 26) novembre 2001 invoqué par le recourant ne contient pas de consid. 3.5 qui affirmerait le contraire. Il est donc superflu d'examiner encore si la 2e condition de l'art. 257f al. 3 CO serait remplie, ce que la cour cantonale a examiné à titre hypothétique en le niant et que critique le recourant. L'art. 257f al. 3 CO étant inapplicable, la question de savoir si l'art. 271a al. 3 let. c CO pourrait s'appliquer ne se pose donc pas. Le grief de violation de cette disposition soulevé par le recourant est donc infondé.
4.
Il n'y a pas lieu d'examiner, à titre subsidiaire, si la solution de congés ordinaires retenue par la cour cantonale respecte les conditions d'annulation des art. 271 et 271a CO, faute de critique du recourant sur ce point.
5.
Le recours doit donc être rejeté, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). Celui-ci doit être condamné à verser une indemnité de dépens aux locataires (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 10 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget