Faits :
A.
Par ordonnance pénale du 17 mai 2013, le Ministère public de l'arrondissement de La Côte a condamné X._ pour recel et infraction à la LEtr (RS 142.20) à une peine privative de liberté de 130 jours. Il a également révoqué un sursis précédemment accordé et ordonné l'exécution de la peine pécuniaire de 40 jours-amende à 30 fr. le jour y relative.
B.
Par prononcé du 8 mars 2016, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a déclaré irrecevable l'opposition formée les 25 février et 4 mars 2016 par X._ contre l'ordonnance pénale précitée, pour cause de tardiveté.
La Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud, constatant que le droit d'être entendu du prénommé avait été violé, a, par arrêt du 18 mars 2016, annulé ce prononcé et renvoyé le dossier de la cause au tribunal de police pour nouvelle décision.
Par nouveau prononcé du 31 mars 2016, le tribunal de police a confirmé l'irrecevabilité de l'opposition formée les 25 février et 4 mars 2016 par X._ contre l'ordonnance pénale du 17 mai 2013.
Par arrêt du 7 avril 2016, la cour cantonale a rejeté le recours de X._ contre ce prononcé.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette dernière décision, concluant, avec suite de frais et dépens, à son annulation, et à ce que l'opposition du 25 février 2016 contre l'ordonnance pénale du 17 mai 2013 soit déclarée recevable. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire et la désignation de son conseil en qualité d'avocat d'office.
Invitée à se déterminer sur le recours, la cour cantonale y a renoncé, se référant aux considérants de sa décision. Sur délégation du Procureur général, le Ministère public de l'arrondissement de La Côte a conclu au rejet du recours. X._ a formulé des observations.
Considérant en droit :
1.
Le recourant soutient tout d'abord que la fiction de notification prévue à l'art. 88 al. 4 CPP ne serait pas conforme aux dispositions conventionnelles. Il invoque plus particulièrement les art. 6 CEDH, 14 Pacte ONU II, 29a et 30 Cst. pour faire valoir qu'elle violerait la garantie de l'accès à un juge. Il allègue également une violation de l'art. 88 al. 4 CPP au motif que le ministère public n'aurait pas accompli toutes les démarches raisonnables pour tenter de le localiser.
1.1. La notification d'une ordonnance pénale fait partir le délai d'opposition de 10 jours prévu à l'art. 354 al. 1 CPP. Le tribunal de première instance statue sur la validité de l'opposition (cf. art. 356 al. 2 CPP), en particulier le respect du délai de 10 jours.
Les art. 84 ss CPP régissent les formes de notification. L'art. 88 al. 1 CPP prévoit que la notification a lieu dans la Feuille officielle désignée par le canton ou la Confédération: lorsque le lieu de séjour du destinataire est inconnu et n'a pas pu être déterminé en dépit des recherches qui peuvent raisonnablement être exigées (let. a); lorsqu'une notification est impossible ou ne serait possible que moyennant des démarches disproportionnées (let. b); lorsqu'une partie ou son conseil n'a pas désigné un domicile de notification en Suisse, alors qu'ils ont leur domicile, leur résidence habituelle ou leur siège à l'étranger (let. c). Selon l'al. 4, les ordonnances de classement et les ordonnances pénales sont réputées notifiées même en l'absence d'une publication.
La fiction prévue par l'art. 88 al. 4 CPP est problématique. Selon le mécanisme de l'art. 88 CPP, elle n'est possible que si les conditions exigées par l'art. 88 al. 1 let. a, b ou c sont réalisées (cf. Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1136 ch. 2.2.8.6; CHRISTOF RIEDO, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2 e éd. 2014, n o 11 ad art. 88 CPP; DANIELA BRÜSCHWEILER, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], 2 e éd. 2014, n o 8 ad art. 88 CPP). Il faut donc notamment que le lieu de séjour du prévenu n'ait pas pu être déterminé en dépit des recherches pouvant raisonnablement être exigées (cf. art. 88 al. 1 let. a CPP) ou que le prévenu sans domicile en Suisse n'ait pas désigné de domicile de notification en Suisse (cf. art. 88 al. 1 let. c CPP). Avant de pouvoir envisager l'application de l'art. 88 al. 4 CPP, le ministère public doit toutefois avoir entrepris des démarches approfondies pour localiser le prévenu (cf. arrêt 6B_738/2011 du 20 mars 2012 consid. 3.3; plus récemment arrêt 6B_1117/2015 du 6 septembre 2016 consid. 1.1 et la référence citée).
1.2. La cour cantonale a jugé que l'art. 88 al. 4 CPP ne devait pas être considéré, de manière absolue, comme contraire à l'art. 6 CEDH, mais qu'il convenait d'effectuer une appréciation concrète de chaque situation pour déterminer si les garanties procédurales fondamentales avaient été respectées. En l'occurrence, le recourant, qui séjournait illégalement en Suisse au moment de son interpellation, avait expressément été avisé, dans sa langue et au début de son audition du 20 décembre 2012, de son obligation de désigner une personne en Suisse pour recevoir toutes correspondances ou décisions en lien avec la procédure pénale en cours conformément à l'art. 87 al. 2 CPP, puisqu'il avait signé et déclaré avoir compris le document l'informant de ses droits et obligations relatif au statut de prévenu. Par ailleurs, ce document l'informait que s'il ne le faisait pas, les ordonnances de classement et les ordonnances pénales étaient réputées notifiées même en l'absence d'une publication conformément à l'art. 88 al. 4 CPP. Il ressortait du procès-verbal de son audition qu'il avait refusé de se montrer transparent sur son lieu de résidence réel et sur l'identité de la personne chez laquelle il habitait à Genève, qui serait une amie mongole établie légalement. Il avait préféré désigner l'adresse de son co-prévenu comme domicile de notification, alors qu'il savait qu'il s'agissait d'un contact peu fiable et encore moins stable dès lors que ce dernier vivait clandestinement en Suisse. D'ailleurs, l'ordonnance de séquestre adressée à son co-prévenu quelques mois plus tard était revenue avec la mention « le destinataire est introuvable à l'adresse indiquée », ce qui confirmait le peu de sérieux de cette domiciliation et la désinvolture avec laquelle il avait renseigné la police lors de son audition. Or, le recourant ayant été informé par la police qu'une procédure pénale était instruite contre lui et ayant pris connaissance de ses droits et obligations, il devait s'attendre à ce que des actes de procédure, y compris une ordonnance pénale, lui soient adressés et il devait alors se comporter conformément aux règles de la bonne foi, ce qu'il n'avait manifestement pas fait. Il fallait dès lors admettre que le recourant s'était désintéressé de la procédure en toute connaissance de cause et, dans ce contexte particulier, que l'application de l'art. 88 al. 4 CPP n'était pas incompatible avec les garanties constitutionnelles et conventionnelles. Ainsi, la cour cantonale est parvenue à la conclusion que les conditions de l'art. 88 al. 1 let. c CPP étaient réalisées, ce qui la dispensait de l'examen des conditions alternatives prévues par l'art. 88 al. 1 let. a et b CPP. Il n'était donc pas nécessaire de procéder à l'examen des griefs soulevés par le recourant tendant à rechercher si le ministère public avait accompli toutes les démarches utiles en vue de déterminer son lieu de séjour. L'ordonnance pénale du 17 mai 2013 était réputée avoir été notifiée le jour de son prononcé, de sorte que l'opposition formée par le recourant le 25 février 2016 était manifestement tardive. C'était donc à juste titre que le tribunal de police l'avait déclarée irrecevable.
1.3. L'approche de la cour cantonale ne peut être suivie. En effet, l'application de l'art. 88 al. 4 CPP, respectivement l'analyse de la conformité de cette disposition avec les garanties offertes par l'art. 6 CEDH, impose nécessairement de rechercher si le ministère public a accompli toutes les démarches en vue de localiser le recourant, peu important à cet égard de savoir dans quel cas de figure visé par l'art. 88 al. 1 CPP on se trouve (arrêt 6B_1117/2015 du 6 septembre 2016 consid. 1.3). Or, il ne ressort ni de la décision cantonale - dont le raisonnement est axé sous l'angle de la faute du recourant - ni du dossier, que le ministère public aurait accompli une quelconque démarche pour tenter de localiser le recourant, alors que l'ordonnance pénale litigieuse a été rendue le 17 mai 2013, soit près de cinq mois après l'interpellation du prénommé le 19 décembre 2012. Lors de son audition du 20 décembre 2012, le recourant a transmis un numéro de téléphone et a communiqué l'adresse de son co-prévenu pour toute correspondance (art. 105 al. 2 LTF; cf. pièce 3 p. 1 et 4 du dossier cantonal). Le ministère public aurait dû tenir compte de ces éléments. Certes, l'ordonnance de séquestre destinée au co-prévenu du recourant est venue en retour le 15 avril 2013 avec la mention « introuvable à l'adresse indiquée ». Le ministère public ne pouvait toutefois pas, sur cette seule base, considérer que le recourant n'avait pas de domicile connu, sans même tenter de lui notifier personnellement l'ordonnance pénale litigieuse à l'adresse qu'il avait donnée, respectivement sans avoir procédé à aucune investigation pour tenter de le retrouver. Il en résulte que les conditions légales n'étaient pas réunies pour appliquer l'art. 88 al. 4 CPP. L'arrêt attaqué viole par conséquent le droit fédéral.
1.4. Vu ce qui précède, il n'y a pas lieu d'analyser les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet, en particulier d'examiner plus avant si l'art. 88 al. 4 CPP est conciliable avec l'art. 6 CEDH.
1.5. Le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, la cause étant renvoyée à l'autorité cantonale, qui se prononcera sur la validité de l'opposition en tenant compte de la connaissance effective par le recourant de l'ordonnance pénale.
2.
Le recourant qui obtient gain de cause ne supportera pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Dans ces conditions, sa demande tendant à l'octroi de l'assistance judiciaire, comprenant la désignation de son conseil en qualité d'avocat d'office, est sans objet. Le canton de Vaud n'a pas non plus à supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 3'000 fr., à payer au conseil du recourant à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral, est mise à la charge du canton de Vaud.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 12 janvier 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Nasel