Faits :
A.
A.a. Le 6 août 1993, sept personnes, à savoir (1) A._ SA (ci-après: A._), (2) E._, (3) B._, société en commandite (ci-après: B._), (4) C._ (auquel ont succédé ultérieurement ses héritiers (4a) C.M._ et (4b) C.N._) et (5) D._, ainsi que (6) E._ SA et (7) F._ ont constitué une société simple dans le but d'acheter la parcelle sur laquelle la société entendait construire un bâtiment de 19 appartements, pour lequel les propriétaires avaient déjà obtenu une autorisation de construire le 21 avril 1992, et ensuite de le vendre en bloc ou par appartement. Ils sont devenus propriétaires de cette parcelle (art. 105 al. 2 LTF) et titulaires de l'autorisation de construire.
A.b. Le 9 novembre 2004, les associés simples n° s 1 à 5 ont formé une nouvelle société simple dans le but de détenir 7 appartements et 7 boxes invendus dans le cadre de la promotion immobilière ayant fait l'objet du contrat de société simple du 6 août 1993, lesquels étaient destinés à la location et, ultérieurement, à la vente.
Deux des appartements, encore en mains des associés de la première société simple (sic) ont fait l'objet de deux autorisations d'aliénation de la part du Département de l'urbanisme les 14 novembre 2011 et 6 février 2012. Les 2 janvier et 12 mars 2012, X._ a recouru contre ces autorisations, soutenant en substance que la vente de ces deux appartements violait l'art. 39 de la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 (LDTR; L 5 20). Les deux recours ont été rejetés par jugement du 15 mai 2012, lequel a été confirmé par la Cour de justice le 30 avril 2013.
Il a été retenu en procédure que, dans l'intervalle, à savoir le 28 juin 2012, l'associé n° 3 (B._) a cédé ses droits sur les deux appartements litigieux à G._ SA (ci-après: G._) et que G._ lui a ainsi succédé au sein de la seconde société simple.
B.
B.a. Par requête de conciliation du 27 février 2014, les associés n° s 1, 2, 3 (B._), 4a, 4b et 5 ont ouvert contre X._ une action en responsabilité civile, concluant au paiement de 370'758 fr. 05 avec intérêts à 5% l'an dès le 8 juin 2013, montant réduit finalement à 360'980 fr. 86 avec les mêmes intérêts (art. 105 al. 2 LTF).
La conciliation ayant échoué et une autorisation de procéder leur ayant été délivrée, les demandeurs ont déposé leur demande devant le Tribunal de première instance de Genève le 18 août 2014. Ils ont fait valoir que les recours déposés par X._ contre les autorisations d'aliéner étaient abusifs et qu'ils avaient subi un dommage du fait que les appartements étaient restés vides et invendables jusqu'à l'entrée en force des autorisations d'aliéner le 8 juin 2013.
X._ a conclu au rejet de la demande, notamment au motif que l'associé n° 3 (B._) avait cédé ses droits sur les deux appartements litigieux à G._ pour un montant de 17'860'937 fr., que G._ avait donc succédé à B._ dans la propriété commune des deux appartements et qu'elle était seule légitimée à agir aux côtés des quatre autres associés simples.
A l'audience du 13 mai 2015, les demandeurs ont conclu à ce que " G._ se substitue à B._ " dans la procédure. La défenderesse s'est expressément opposée à l'entrée en procédure de G._.
Il a en outre été retenu que les demandeurs n'ont pas allégué, ni prouvé que G._ aurait cédé sa créance aux autres associés et à B._ avant le dépôt de la " demande " (sic).
La procédure a été limitée à la question de la consorité nécessaire des demandeurs.
Le Tribunal de première instance a rejeté la demande par jugement du 11 août 2015. Il a considéré que, depuis le 28 juin 2012, G._ avait succédé à B._ de sorte que c'est G._ qui formait désormais la société simple avec les autres associés; dès lors, faute pour G._ d'avoir introduit la requête de conciliation aux côtés des autres associés, l'action devait être rejetée, faute de légitimation active.
Statuant le 22 avril 2016, la Chambre civile de la Cour de justice de Genève a rejeté le recours et confirmé le jugement entrepris.
B.b. Le 2 juin 2015, les cinq demandeurs, ainsi que G._ ont déposé une nouvelle requête de conciliation contre X._.
C.
Contre l'arrêt du 22 avril 2016, les cinq demandeurs (comprenant B._) interjettent un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluent à sa réforme en ce sens que B._ soit autorisée à se substituer G._ à la procédure et au renvoi de la cause au tribunal de première instance à charge pour lui d'opérer la substitution (sic) et de procéder à l'instruction et au jugement au fond.
L'intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué, subsidiairement, en cas de renvoi à l'instance précédente, qu'un troisième voire quatrième échange d'écritures soit autorisé.
La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties n'ont pas déposé d'observations supplémentaires.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1LTF) par les consorts demandeurs qui ont succombé dans leurs conclusions en paiement de dommages-intérêts, faute de qualité pour agir (art. 76 al. 1 LTF), et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation en matière de responsabilité civile dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Il ressort des constatations de fait de l'arrêt attaqué que le demandeur n° 3 (B._) a cédé ses droits, sur les deux appartements concernés par les autorisations d'aliéner, à G._ le 28 juin 2012 et donc que G._ a succédé à B._ dans la seconde société simple. On ignore toutefois tout du type de transaction passée et du sort de la créance de dommages-intérêts appartenant à B._ pour la période courant du dépôt des recours de la défenderesse jusqu'au 28 juin 2012, période pendant laquelle cette société était encore propriétaire commun avec les autres associés.
En tant que les recourants soutiennent désormais que G._ a remplacé B._ " ensuite d'une convention de transfert des actifs et passifs ", ils ne démontrent pas l'arbitraire de la constatation cantonale (art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF), de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner si une succession ex lege pourrait résulter de l'art. 181 CO en relation avec l'art. 83 al. 4 CPC.
Alors même que les demandeurs ont ouvert une action en dommages-intérêts contre X._, au motif que celle-ci, par ses recours abusifs - intentés les 2 janvier 2012 et 12 mars 2012 - a retardé l'entrée en force des autorisations d'aliéner jusqu'au 8 juin 2013 et leur a causé durant cette période un dommage du fait que les deux appartements sont restés vides et invendables, la cour cantonale n'a pas admis leur qualité pour agir pour la part du dommage qui leur aurait été causée jusqu'au 28 juin 2012, alors qu'elle n'a pas constaté que B._ aurait cédé sa créance (pour perte de loyers, perte de rendement sur les fonds propres et une perte sur le prix de vente) à G._ (art. 105 al. 2 LTF). Faute de chef de conclusions des recourants et de grief motivé dans ce sens, le Tribunal fédéral ne peut pas examiner si la qualité pour agir aurait dû être admise pour la créance relative à cette période.
2.2. La cour cantonale n'est pas entrée en matière, pour cause de tardiveté, sur le chef de conclusions des demandeurs tendant à ce que G._ soit autorisée à entrer dans la procédure à leurs côtés, ce qui reviendrait à ajouter un demandeur. Elle a compris leur requête formulée en première instance comme étant une requête tendant à ce que " G._ puisse se substituer à B._ dans la procédure " ou plus exactement que B._ puisse se substituer G._, ce qui revient à maintenir le nombre de cinq demandeurs.
En tant que l'intimée soutient que les conclusions des demandeurs ont varié, que la cour cantonale n'aurait pas dû admettre leur conclusion tendant à la substitution, les conditions de l'art. 317 al. 2 CPC n'étant pas remplies, et que cette conclusion serait nouvelle au sens de l'art. 99 al. 2 LTF, son grief est infondé. En effet, la défenderesse n'a soulevé le défaut de qualité pour agir (communément qualifiée de légitimation active) des demandeurs que dans sa duplique; les demandeurs n'ont pas été invités à se déterminer par écrit, mais, comme le retient la cour cantonale, ils ont conclu, lors de l'audience de première instance du 13 mai 2015, à ce que G._ se substitue à B._ dans la procédure. On ne voit dès lors pas en quoi il y aurait violation de l'art. 317 al. 2 CPC, lorsque les demandeurs se déterminent en audience sur la contestation d'un fait implicite que la défenderesse formule pour la première fois dans sa duplique et prennent des conclusions en relation avec celle-ci. Il est en effet de jurisprudence que le demandeur ne doit alléguer et établir un fait implicite (comme la qualité pour agir) que si le défendeur le conteste (arrêt 4A_283/2008 du 12 septembre 2008 consid. 6, non publié aux ATF 134 III 541). Il n'y a donc pas non plus violation de l'art. 99 al. 2 LTF, la conclusion litigieuse ayant déjà été formulée et jugée recevable comme telle par la cour cantonale.
2.3. Alors même que l'arrêt attaqué mentionne qu'en 2011 et 2012, les deux appartements étaient encore en mains des associés de la première société simple, malgré la constitution de la seconde société simple en 2004, il n'y a pas lieu d'examiner, faute de grief des recourants et de l'intimée, si l'action n'aurait pas dû être intentée par les membres de la première société simple.
3.
La seule question à examiner est donc de savoir si, au sein de la consorité matérielle nécessaire formée par les cinq demandeurs, dans l'action en responsabilité civile (art. 41 CO) intentée contre la défenderesse, le demandeur B._ peut se substituer G._.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
3.1.
3.1.1. La société simple n'est pas une personne morale, mais une communauté du droit civil (ATF 137 III 455 consid. 3.5; 116 II 49 consid.3), qui n'a pas la personnalité juridique et, partant, qui n'a ni la capacité d'être partie (art. 66 CPC), ni la capacité d'ester en justice (art. 67 al. 1 CPC). Ses membres, les associés simples, qui sont propriétaires en main commune des choses, créances et droits réels transférés ou acquis à la société simple, forment une communauté s'agissant de l'actif (art. 544 al. 1 CO). Ils sont ainsi titulaires ensemble d'un seul et même droit et ne peuvent en disposer qu'en commun (ATF 137 III 455 consid. 3.4; 116 II 49 consid. 3; à l'inverse, en ce qui concerne le passif, ils sont débiteurs solidaires des dettes en vertu de l'art. 544 al. 3 CO). Cette règle vaut pour toutes les créances revenant à la société simple, y compris les éventuelles créances en dommages-intérêts (ATF 137 III 455 consid. 3.4 et les arrêts cités).
3.1.2. Le corollaire en procédure de ce " rapport de droit " qu'est la société simple est que tous ses membres doivent nécessairement ouvrir action ensemble, comme consorts nécessaires: en effet, en vertu de l'art. 70 al. 1 CPC, les parties à un rapport de droit qui n'est susceptible que d'une décision unique doivent agir conjointement ( gemeinsam klagen). Dès lors que la communauté qu'est la société simple sur le plan de l'actif découle du droit matériel (art. 544 al. 1 CC), cette consorité nécessaire est qualifiée de matérielle (ATF 140 III 598 consid. 3.2; 136 III 123 consid. 4.4.1). Le Tribunal fédéral examine librement si les parties se trouvent dans un rapport de société simple et, partant, forment une consorité matérielle nécessaire, puisqu'il s'agit d'une question relevant du droit matériel (art. 106 al. 1 LTF; ATF 137 III 455 consid. 3.5), comme il examine librement la capacité d'être partie et la capacité d'ester en justice, qui sont inséparables des notions, respectivement, de jouissance des droits civils et d'exercice des droits civils appartenant au droit matériel (arrêt 4C.190/1996 du 14 octobre 1996, publié in SJ 1997 p. 396; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, COJ II, no 1.3.2.4 ad art. 43 aOJ, p. 115).
Dans la suite de la procédure, les consorts nécessaires doivent en principe aussi procéder en commun. Toutefois, en vertu de l'art. 70 al. 2 CPC, les actes de procédure accomplis en temps utile par l'un des consorts valent pour ceux qui n'ont pas agi, à l'exception des recours (art. 70 al. 2 CPC). Par conséquent, pour le dépôt d'un recours, comme pour l'ouverture de l'action en justice, tous les consorts nécessaires doivent agir ensemble (ATF 138 III 737 consid. 2; Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse [CPC], FF 2006 p. 6894 ad art. 68 CPC). Le CPC ne contient pas de disposition équivalente à l'art. 24 al. 1 let. a 2e et 3e phr. PCF, qui permet au juge d'appeler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit, avec pour effet que celui-ci devient partie au procès. Il ne contient pas non plus de disposition permettant au tribunal de fixer un délai au demandeur pour attraire en procédure le consort nécessaire manquant (contrairement à ce que proposent deux auteurs [PETER RUGGLE, in Basler Kommentar ZPO, no 25 ad art. 70 CPC; GROSS/ZUBER, in Berner Kommentar ZPO, no 36 ad art. 70 CPC]), ce qui serait d'ailleurs en contradiction avec la nécessité de comparaître personnellement à l'audience de conciliation préalable, sous peine d'invalidité de l'autorisation de procéder (ATF 140 III 70 consid. 3 et 5).
Ce n'est qu'en cas d'urgence qu'un associé simple peut ouvrir action seul, en son nom et en tant que représentant de la communauté, pour sauvegarder les intérêts de celle-ci (ATF 125 III 219 consid. 1a; 121 III 118 consid. 3 et les arrêts cités). Le pouvoir d'agir plus étendu reconnu, en particulier à un héritier, en procédure administrative n'est pas applicable en procédure civile (ATF 121 III 118 consid. 3; pour la procédure administrative, cf. ATF 119 Ib 56 consid. 1a; 116 Ib 447 consid. 2b). Demeurent réservées la cession de créance de l'associé qui ne souhaite pas participer à la procédure à ses autres associés avant l'ouverture d'action (art. 165 CO) ou l'attribution de cet actif à ces associés dans le cadre d'une liquidation partielle de la société simple (art. 548 et 549 CO) (ATF 137 III 45 consid. 3.6).
3.1.3. La requête de conciliation, lorsque la conciliation est obligatoire, respectivement la demande en justice, lorsque la conciliation est exclue (ci-après: la requête de conciliation, respectivement la demande) doivent donc être déposées par tous les associés simples, qui doivent être nommément désignés (pour la requête de conciliation et l'autorisation de procéder, cf. art. 202 al. 2 et 209 al. 2 let. a CPC; pour la demande, cf. art. 221 al. 1 let. a et 222 al. 2 1 ère phr. CPC), l'indication de la seule société simple, qui n'a pas la capacité d'être partie, étant insuffisante (LEUENBERGER/UFFER-TOBLER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, n. 3.32).
La désignation exacte des demandeurs à l'action est essentielle à deux points de vue.
3.1.3.1. Premièrement, la requête de conciliation ou la demande introduit l'instance (art. 62 al. 1 CPC). La litispendance débute à ce moment-là (titre marginal de l'art. 62 CPC). Elle a en particulier pour effet procédural d'interdire aux parties de porter la même action devant une autre autorité (exception de litispendance; art. 64 al. 1 let. a CPC) et de fixer définitivement le for ( perpetuatio fori; art. 64 al. 1 let. b CPC). Elle entraîne également la fixation de l'objet du procès et la fixation des parties à celui-ci, des modifications n'étant alors possibles qu'aux conditions restrictives prévues par le code. Ainsi, en principe, le procès demeure lié entre les parties originaires et les faits qui se produisent après le début de la litispendance sont sans influence sur la personne des parties (arrêts 4A_560/2015 du 20 mai 2016 consid. 4.1.2; 4A_385/2014 du 29 septembre 2014 consid. 4.1 et les références à la doctrine). Il s'ensuit que si le demandeur a désigné correctement les parties au procès dans sa requête de conciliation, elles seront reprises dans l'autorisation de procéder que lui délivre l'autorité de conciliation après l'échec de la conciliation et le demandeur n'aura qu'à reprendre ensuite ces indications dans sa demande, sans avoir à entreprendre de nouvelles investigations pour tenir compte de faits nouveaux qui seraient survenus postérieurement à la création de la litispendance (arrêt 4A_560/2015 du 20 mai 2016 consid. 4.1.3; sur la substitution des parties, cf. toutefois infra consid. 3.2.2).
3.1.3.2. Deuxièmement, la requête de conciliation, respectivement la demande valent ouverture d'action en ce sens qu'elles interrompent la prescription (art. 135 ch. 2 CO), respectivement qu'elles permettent de respecter le délai de péremption (art. 64 al. 2 CPC; arrêt 4A_560/2015 précité consid. 4.1.2; ATF 130 III 515 consid. 3 p. 517). Pour produire ces effets, l'acte introductif doit émaner du créancier et être dirigé contre le débiteur, en d'autres termes il doit être introduit par celui qui a la qualité pour agir (communément qualifiée de légitimation active; cf. POUDRET, op. cit., n 1.3.2.4 ad art. 43 aOJ p. 114; Aktivlegitimation) contre celui qui a la qualité pour défendre (communément qualifiée de légitimation passive; Passivlegitimation). Sous l'empire du CPC, litispendance et ouverture d'action se produisent en même temps (art. 64 al. 2 CPC), l'interruption de la prescription demeurant toutefois une institution du droit matériel, dont le sort est en soi indépendant de la procédure introduite (ATF 118 II 479 consid. 3; 114 II 261 consid. 2), bien que désormais, si l'action est recevable, un nouveau délai ne recommence à courir qu'après la fin de l'instance en vertu de l'art. 138 al. 1 CO.
3.1.4. Si l'action a été ouverte contre une personne qui n'a pas la qualité pour défendre, il en résulte le rejet de l'action (ATF 126 III 59 consid. 1a), et non l'irrecevabilité de celle-ci (ATF 107 II 82 consid. 2a). Le demandeur a la possibilité de déposer une nouvelle requête de conciliation et donc une nouvelle action contre celui qui dispose de la qualité pour défendre, car la modification de la personne du défendeur est un fait nouveau entraînant une modification du fondement de l'action, laquelle fait obstacle à l'exception de l'autorité de la chose jugée (ATF 105 II 268 consid. 2). Cette nouvelle requête ne rétroagit toutefois pas à la date de la première requête (art. 63 al. 1 et 2 CPC), de sorte que si le délai de droit matériel a expiré dans l'intervalle, le droit du demandeur peut être paralysé par l'exception de prescription soulevée par le débiteur, respectivement s'est éteint s'il s'agissait d'un délai de péremption (arrêt 4A_560/2015 précité consid. 4.1.4).
Il en va de même lorsque l'action n'a pas été introduite par celui qui a la qualité pour agir (arrêt 4A_576/2010 du 7 juin 2011 consid. 3.1.1, non publié aux ATF 137 III 352; ATF 111 II 358 consid. 4a). En particulier, si l'action n'a pas été ouverte par tous les associés de la société simple, qui ne peuvent agir en justice qu'ensemble comme consorts matériels nécessaires (art. 70 al. 1 CPC), elle doit être rejetée, faute de qualité pour agir (ATF 140 III 598 consid. 3.2; 138 III 737 consid. 2; 137 III 455 consid. 3.5).
Le Tribunal fédéral examine librement la qualité pour agir et la qualité pour défendre, qui font partie des conditions matérielles de la prétention litigieuse (art. 106 al. 1 LTF; ATF 130 III 417 consid. 3.1; 128 III 50 consid. 2b/bb; 123 III 60 consid. 3a).
3.2. Selon la jurisprudence, la désignation inexacte d'une partie peut être rectifiée par le juge, alors qu'une substitution de partie n'est possible qu'aux conditions de l'art. 83 CPC.
3.2.1. La désignation inexacte d'une partie - que ce soit de son nom ou de son siège - ne vise que l'inexactitude purement formelle, qui affecte sa capacité d'être partie, même si la désignation erronée correspond à un tiers qui existe réellement (ATF 131 I 57 consid. 2.2). Elle peut être rectifiée lorsqu'il n'existe dans l'esprit du juge et des parties aucun doute raisonnable sur l'identité de la partie, notamment lorsque l'identité résulte de l'objet du litige (arrêts 4A_242/2016 du 5 octobre 2016 consid. 3.4, non publié in ATF 142 III 623; 4A_560/2015 précité consid. 4.2; 4A_116/2015 du 9 novembre 2015 consid. 3.5.1, non publié in ATF 141 III 539; ATF 131 I 57 consid. 2.2; 114 II 335 consid. 3; en matière de poursuite pour dettes, cf. ATF 120 III 11 consid. 1b; 114 III 62 consid. 1a). Cela présuppose évidemment que la requête de conciliation, respectivement la demande aient été effectivement communiquées à la partie qui a la qualité pour défendre, et non à un tiers, en d'autres termes qu'elle en ait eu connaissance, à défaut de quoi il n'est évidemment pas possible de lui imputer qu'elle aurait compris ou dû comprendre, selon les règles de la bonne foi, que l'action a été ouverte contre elle (arrêt 4A_560/2015 précité consid. 4.3.1 in fine).
Sous l'empire du CPC, il faut encore, pour que la désignation inexacte soit susceptible d'être rectifiée dans la procédure pendante (par exemple devant le tribunal saisi de la demande), que la partie demanderesse inexactement désignée ait comparu personnellement à l'audience de conciliation (art. 204 CPC), à défaut de quoi l'autorisation de procéder délivrée n'est pas valable ( ungültig) et la demande déposée doit être déclarée irrecevable, une condition de recevabilité faisant défaut (ATF 140 III 70 consid. 5; 139 III 273 consid. 2.1). Lorsqu'il n'est plus possible de rectifier l'inexactitude dans la procédure en cours, il ne restera plus au demandeur que la possibilité d'introduire une nouvelle action.
3.2.2. Il ne faut pas confondre la désignation inexacte d'une partie avec le défaut de qualité pour agir ou pour défendre (4A_560/2015 précité consid. 4.2; ATF 141 III 539 consid. 3.5.1 in fine). Il y a défaut de qualité pour agir ou pour défendre lorsque ce n'est pas le titulaire du droit qui s'est constitué demandeur en justice, respectivement que ce n'est pas l'obligé du droit qui a été assigné en justice. Un tel défaut n'est pas susceptible de rectification, mais entraîne le rejet de la demande.
Quant à la substitution de partie, elle vise un changement de partie (art. 83 CPC; Parteiwechsel) en cours d'instance, en particulier en cas d'aliénation de l'objet du litige (ou de cession de créance) durant le procès (art. 83 al. 1 CPC) ou en vertu de dispositions spéciales prévoyant une succession légale (art. 83 al. 4 2e phr. CPC; arrêts 4A_ 560/2015 précité consid. 4.2; 4A_385/2014 précité consid. 4.1); en dehors de ces hypothèses, le changement de partie est subordonné au consentement de la partie adverse (art. 83 al. 4 1ère phr. CPC). La substitution de partie, sous réserve de ce dernier cas, n'est donc pas un moyen pour le demandeur pour corriger ses erreurs de procédure dans la désignation de celui qui a qualité pour agir ou pour défendre.
4.
En l'espèce, il résulte des constatations de fait que l'associé simple n° 3 (B._) a cédé à G._, le 28 juin 2012, ses droits sur les deux appartements concernés par les autorisations d'aliéner et que G._ lui a donc succédé dans la seconde société simple, soit 20 mois avant l'ouverture de l'action le 27 février 2014.
Comme on l'a vu, alors même que la cour cantonale n'a pas examiné quelle part du dommage aurait été causée à la société simple dans sa composition avec B._ jusqu'au 28 juin 2012, ni si celle-ci aurait cédé sa créance à G._, le Tribunal fédéral n'a pas à examiner ces questions, les recourants ayant conclu purement et simplement à la substitution et n'ayant pas formulé de grief quant à la titularité de la créance pour cette période.
Force est de constater qu'au jour de l'ouverture d'action par requête de conciliation le 27 février 2014, B._ ne faisait plus partie de la société simple, mais y avait été remplacée par G._. La prétention en dommages-intérêts contre la défenderesse appartenait donc en main commune aux associés n°s 1, 2, 4a, 4b, 5 et à G._. Il leur incombait donc de déposer leur requête de conciliation ensemble (conjointement) contre la défenderesse. Celle-ci ayant été formée par seulement quatre membres de la société simple et un ancien membre de celle-ci, on n'est pas en présence d'une simple inexactitude purement formelle (susceptible d'affecter la capacité d'être partie de B._) qui pourrait ici être rectifiée. En effet, comme il y a eu cession des droits sur les deux appartements litigieux d'une société (B._) à une autre (G._), l'erreur commise affecte la qualité pour agir des membres de la société simple et, partant, une condition matérielle de l'action fait défaut. Comme la partie demanderesse n'invoque aucun cas d'urgence, ni aucune renonciation de la part de G._ en faveur des quatre autres associés, il n'y a pas lieu d'examiner si ces hypothèses pourraient entrer en considération. Les recourants admettent d'ailleurs expressément que B._ n'a pas obtenu cession de la créance de G._ avant le dépôt de la " demande " (i.e. de la requête de conciliation ouvrant l'action).
Dès lors qu'il n'y a pas eu d'aliénation de l'objet du litige ou de cession de la créance litigieuse en cours de procès, seule une substitution avec le consentement de la partie adverse au sens de l'art. 83 al. 4 1 ère phr. CPC pourrait entrer en considération. Or, il a été constaté que la défenderesse s'est expressément opposée à la substitution.
C'est donc à bon droit que la cour cantonale a considéré que l'action devait être rejetée, faute de qualité pour agir, puisque tous les consorts matériels nécessaires n'avaient pas ouvert action conjointement comme le prescrit l'art. 70 al. 1 CPC.
5.
Les griefs soulevés par les recourants ne permettent pas d'infirmer ce résultat.
5.1. Comme on l'a vu, c'est à tort que les recourants soutiennent que le refus de la substitution n'aurait pas de conséquence sur la position de la défenderesse et donc qu'ils invoquent les principes de la bonne foi (art. 52 CPC) et de l'économie de la procédure.
Il n'y a pas non plus de formalisme excessif (art. 29 al. 1 Cst.). Le respect des formes procédurales est nécessaire à la mise en oeuvre des voies de droit pour assurer le déroulement de la procédure conformément au principe de l'égalité de traitement, ainsi que pour garantir l'application du droit matériel (ATF 138 III 213 consid. 2.5). Or, il n'y a aucun formalisme excessif à exiger que le demandeur (ou le recourant) désigne avec précision et correctement l'identité des personnes qui agissent comme créancier ou comme débiteur, c'est-à-dire les parties qui ont la qualité pour agir et la qualité pour défendre, exigence qui relève du droit matériel, ce d'autant que l'acte d'ouverture d'action a pour effet d'interrompre la prescription, respectivement permet de respecter le délai de péremption.
L'art. 56 CPC ne leur est d'aucun secours. Cette disposition ne doit pas servir à aider les parties à mieux présenter leur cause, ni à leur suggérer des arguments pertinents, en violation du principe de l'égalité entre les parties (4A_456/2015 du 6 juin 2016 consid. 4.3 destiné à la publication). Elle est d'ailleurs d'une portée très limitée lorsque les parties sont assistées d'un avocat (arrêt 4A_375/2015 du 26 janvier 2016 consid. 7.1, non publié aux ATF 142 III 102).
En tant que les recourants invoquent que B._ et G._ ont les mêmes ayants droit et les mêmes organes, et que cet argument supplémentaire permettrait de se convaincre que la substitution ne prétériterait pas la position de la défenderesse, ils méconnaissent à nouveau que la position de la défenderesse est directement affectée par l'acte d'ouverture d'action. D'ailleurs, comme le relève l'intimée, le principe de la transparence ( Durchgriff) qu'ils invoquent désormais ne repose sur aucune allégation faite en temps utile.
Dans l'ATF 140 III 598, rendu en matière d'action en contestation de la résiliation de bail liant le bailleur à des colocataires, la consorité matérielle nécessaire entre les colocataires découle du fait qu'il s'agit d'une action formatrice, qui doit nécessairement modifier le rapport de droit - de bail - par une décision unique; le Tribunal fédéral n'a pas renoncé à ce que tous les colocataires soient parties à la procédure, mais, conformément à la jurisprudence (ATF 112 II 308 consid. 2), qu'ils soient tous parties au procès, d'un côté ou de l'autre de la barre. La situation des créanciers cessionnaires de la masse en faillite de l'art. 260 LP est une consorité nécessaire improprement dite (ATF 138 III 628 consid. 5.3.2; 121 III 488 consid. 2), dont les conditions ne sont pas transposables à la communauté des membres de la société simple.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais de ses auteurs (art. 66 al. 1 LTF). Les recourants seront également condamnés à verser à l'intimée une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3.
Les recourants, débiteurs solidaires, verseront à l'intimée une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 8 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget