Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1951 geborene A._ meldete sich im November 2009 wegen Kniearthrosen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nachdem die IV-Stelle des Kantons St. Gallen erwerbliche und medizinische Abklärungen vorgenommen, dabei ein durch den Krankenversicherer veranlasstes interdisziplinäres Gutachten des medizinischen Instituts B._ vom 15. November 2010 zu den Akten genommen und eine neurologische Begutachtung bei Frau Dr. med. C._, Fachärztin für Neurologie FMH (Gutachten vom 20. Juli 2011), sowie eine cranio-cerebrale Vergleichskernspintomographie vom 7. September 2011 veranlasst hatte, verneinte sie mit Verfügung vom 19. Dezember 2011 den Anspruch auf eine Invalidenrente. Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen hob mit Entscheid vom 17. Januar 2014 die rentenabweisende Verfügung auf und wies die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Verwaltung zurück.
A.b. Die IV-Stelle gab daraufhin eine psychiatrische Begutachtung bei der Abklärungsstelle D._ (Gutachten vom 8. Oktober 2014) in Auftrag. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 24. Februar 2016 bei einem Invaliditätsgrad von 33 % erneut einen Anspruch auf eine Invalidenrente.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 30. November 2016 teilweise gut und sprach A._ ab 1. Juni 2010 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu.
C.
Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid vom 30. November 2016 sei aufzuheben und die Verfügung vom 24. Februar 2016 zu bestätigen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Während die Vorinstanz auf eine Vernehmlassung verzichtet, lässt A._ Abweisung der Beschwerde beantragen und es sei dem Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung nicht stattzugeben.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz zu Recht die rentenverneinende Verfügung vom 24. Februar 2016 aufhob und ein ganze Rente der Invalidenversicherung zusprach.
3.
3.1. Die Vorinstanz hielt unbestritten fest, gemäss Gutachten des medizinischen Instituts B._ vom 15. November 2010 und Entscheid vom 17. Januar 2014 bestehe aus somatischer Sicht eine Arbeitsunfähigkeit von 20 %. Weiter sei im psychiatrischen Gutachten der Abklärungsstelle D._ vom 8. Oktober 2014 eine rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig mittelgradige depressive Episode, diagnostiziert worden, die zu einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit führe. Insgesamt sei wegen des psychischen Leidens die attestierte vollständige Arbeitsunfähigkeit überzeugend. Liege ein Krankheitsbild mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit vor, sei der Einfluss von sozialen, invalidenversicherungsfremden Faktoren unerheblich. Schliesslich könne von einem 63-jährigen Versicherten keine konsequente geeignete psychotherapeutische Behandlung mehr verlangt werden, weshalb ihm die fehlende Therapie nicht angelastet werden dürfe. Damit habe der Beschwerdegegner Anspruch auf eine ganze Invalidenrente ab 1. Juni 2010.
3.2. Beschwerdeweise wird die Qualifikation des kantonalen Gerichts der im Gutachten der Abklärungsstelle D._ vom 8. Oktober 2014 diagnostizierten rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig mittelgradige Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F33.1), als invalidisierenden Gesundheitsschaden bemängelt. Insbesondere räume die Vorinstanz invalidenversicherungsfremden Faktoren zu viel Bedeutung ein. Ferner sei ihre Schlussfolgerung, wonach eine therapeutische Behandlung bei einer 63-jährigen Person nicht mehr verlangt werden könne, unhaltbar. Insgesamt habe die Vorinstanz die gefestigte Rechtsprechung des Bundesgerichts verletzt. Vielmehr sei festzustellen, dass zu keinem Zeitpunkt eine adäquate psychiatrisch-psychotherapeutische Behandlung stattgefunden habe, weshalb keine Therapieresistenz vorliege und somit auch kein invalidisierendes depressives Leiden.
4.
4.1. Die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit anhand der normativ vorgegebenen Kriterien ist sowohl Aufgabe der begutachtenden Ärzte als auch der Organe der Rechtsanwendung. Beide prüfen die Arbeitsfähigkeit je aus ihrer Sicht. Zunächst erfolgt eine Folgenabschätzung aus medizinischer Sicht. Diese bildet anschliessend wichtige Grundlage für die juristische Beurteilung, welche Arbeitsleistung der versicherten Person noch zugemutet werden kann (BGE 141 V 281 E. 5.2.1). Die Rechtsanwender prüfen dabei die medizinischen Angaben frei, insbesondere darauf hin, ob die Ärzte sich an die massgebenden normativen Rahmenbedingungen gehalten haben. Das heisst, ob sie ausschliesslich funktionelle Ausfälle berücksichtigt haben, welche Folgen der gesundheitlichen Beeinträchtigung sind (Art. 7 Abs. 2 ATSG), und ob die versicherungsmedizinische Zumutbarkeitsbeurteilung auf objektivierter Grundlage erfolgt ist (Art. 7 Abs. 2 ATSG). Auf diese Weise wird eine einheitliche und rechtsgleiche Einschätzung der Arbeitsfähigkeit gesichert (BGE 141 V 281 E. 5.2.2).
4.2. Bei depressiven Störungen im mittelgradigen Bereich ist die invalidisierende Wirkung besonders sorgfältig zu prüfen. Es darf nicht unbesehen darauf geschlossen werden, eine solche Störung vermöchte eine voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde (teilweise) Erwerbsunfähigkeit zu bewirken (Urteile 9C_125/2015 vom 18. November 2015 E. 7.2.1; 9C_484/2012 vom 26. April 2013 E. 4.3.2.2). Bei leichten bis mittelschweren Störungen aus dem depressiven Formenkreis, seien sie im Auftreten rezidivierend oder episodisch, wird praxisgemäss angenommen, dass - aufgrund der nach gesicherter psychiatrischer Erfahrung regelmässig guten Therapierbarkeit - hieraus keine invalidenversicherungsrechtlich relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit resultiert (statt vieler: BGE 140 V 193 E. 3.3; SVR 2016 IV Nr. 52 S. 176, 9C_13/2016). Gemäss E. 4.3.1.2 des BGE 141 V 281 gelten Behandlungserfolg oder -resistenz bei somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Leiden konsequenterweise als wichtige Schweregradindikatoren. Den hier interessierenden leichten bis mittelschweren depressiven Erkrankungen fehlt es dementsprechend, solange sie therapeutisch angehbar sind, an einem hinreichenden Schweregrad der Störung, um diese als invalidisierend anzusehen. Nur in der - seltenen, gesetzlich verlangten Konstellation mit Therapieresistenz - ist den normativen Anforderungen des Art. 7 Abs. 2 zweiter Satz ATSG für eine objektivierende Betrachtungs- und Prüfungsweise Genüge getan (BGE 141 V 281 E. 3.7.1 bis 3.7.3 S. 295 f.). Ein solcher Sachverhalt muss überwiegend wahrscheinlich und darf nicht lediglich nicht auszuschliessen sein. Zudem muss die Therapie in dem Sinne konsequent gewesen sein, als die aus fachärztlicher Sicht indizierten zumutbaren (ambulanten und stationären) Behandlungsmöglichkeiten in kooperativer Weise optimal und nachhaltig ausgeschöpft worden sind (BGE 140 V 193 E. 3.3, 137 V 64 E. 5.2; vgl. BGE 141 V 281 E. 3.7.1 bis 3.7.3 S. 295 f.). Zusammenfassend ist nochmals festzuhalten, dass psychische Störungen der hier interessierenden Art nur als invalidisierend zu werten sind, wenn sie schwer und therapeutisch nicht (mehr) angehbar sind, was voraussetzt, dass keine therapeutische Option mehr und somit eine Behandlungsresistenz besteht (vgl. BGE 141 V 281 E. 4.3.1.2 S. 299 f.). An dieser bundesgerichtlichen Praxis, hat BGE 141 V 281 nichts geändert.
5.
5.1. Zu Recht unbestritten ist die im Gutachten der Abklärungsstelle D._ vom 8. Oktober 2014 diagnostizierte rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig mittelgradige Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F33.11). Wie die Vorinstanz ausführte, ist das Gutachten vollständig und nachvollziehbar. Insbesondere erklärten die Experten die Diagnosestellung gestützt auf die beim Versicherten vorhandenen Kriterien, wie depressive Stimmung, Verlust von Interesse oder Freude und erhöhte Ermüdbarkeit. Ebenfalls wird durch die Schilderungen und die Untersuchung vor allem das Symptom der verminderten Konzentration und Aufmerksamkeit veranschaulicht. Die hierdurch erlebten Einschränkungen im Alltag veranlassten die Gutachter, dem Versicherten eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit zu attestieren. Aufgrund des langjährigen Verlaufs ohne "suffiziente pharmakotherapeutische und psychotherapeutische Behandlung", bewerteten sie die Prognose als schlecht.
5.2. Entgegen der Würdigung des kantonalen Gerichts enthalten die Akten keinerlei Hinweise auf eine seit mehreren Jahren und trotz adäquater Therapie behandlungsresistenten, invalidisierenden Depression. Selbst die Gutachter erachteten eine Verbesserung unter der Voraussetzung einer psychotherapeutischen - am ehesten verhaltenstherapeutischen - Behandlung in Kombination mit einer antidepressiven Medikation, wobei die Einnahme des zuletzt verabreichten Medikaments Venlafaxin als nicht suffizient erachtet wurde, durchaus als möglich. Hinweise auf eine aufgrund seines Alters oder aus einem andern Grund unzumutbare Depressionstherapie finden sich in den medizinischen Akten keine. Weshalb eine solche namentlich altersbedingt unzumutbar sein soll, ist denn auch nicht ersichtlich. Nachdem sich der Versicherte zu keinem Zeitpunkt einer im Rahmen der Schadenminderungspflicht durchaus zumutbaren, adäquaten psychotherapeutischen Therapie mit antidepressiver Medikation (BGE 127 V 294 E. 4b/cc S. 297) unterzogen hatte, kann nicht gesagt werden, er habe bisher die ambulanten und stationären Behandlungsmöglichkeiten in kooperativer Weise stets nachhaltig ausgeschöpft und es liege Therapieresistenz vor. Die Vorinstanz verletzte Bundesrecht, indem sie ausführte, aufgrund des Alters sei ihm eine Behandlung nicht zumutbar und die attestierte 100%ige Arbeitsunfähigkeit ohne Anwendung der normativen Rahmenbedingungen übernahm. Eine invalidenversicherungsrechtlich relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit liegt nicht vor.
5.3. Zu korrigieren sind weiter die Ausführungen der Vorinstanz, wonach bei einem diagnostizierten Leiden mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit das Vorliegen von sozialen und invalidenversicherungsfremden Faktoren unerheblich sei. Fälschlicherweise nimmt das Gericht Bezug auf BGE 139 V 547 E. 3.2.2, worin lediglich die Rechtsprechung wiedergegeben wird. Das hierzu zu beachtende Urteil ist BGE 127 V 294 E. 5a: Damit ein invaliditätsrelevanter Gesundheitsschaden vorliegt, bedarf es nach ständiger und konstanter Rechtsprechung des Bundesgerichts nicht nur eines medizinischen Substrats, das fachärztlich festgestellt wurde und welches die Arbeitsfähigkeit wesentlich beeinträchtigt, sondern auch einer sorgfältigen Prüfung durch die rechtsanwendenden Behörden, ob die ärztliche Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit zudem invaliditätsfremde Gesichtspunkte (insbesondere psychosoziale und soziokulturelle Belastungsfaktoren) mitberücksichtigt, die vom invaliditätsrechtlichen Standpunkt aus unbeachtlich sind (vgl. BGE 140 V 193; 130 V 352 E. 2.2.5 S. 355 f.; Urteil 9C_146/2015 vom 19. Januar 2016 E. 3.1). Das Beschwerdebild mitprägende psychosoziale und soziokulturelle Belastungsfaktoren, soweit sie unmittelbar (direkt) die Symptomatik beeinflussen und nicht bloss mittelbar eine (verselbstständigte) Gesundheitsschädigung aufrechterhalten oder ihre (unabhängig von den invaliditätsfremden Elementen bestehenden) Folgen verschlimmern, sind als nicht invalidisierende und damit nicht versicherte Faktoren auszuscheiden (BGE 141 V 281 E. 3.4.2.1 S. 293 und E. 4.3.1.1 S. 298; Urteil 9C_140/2014 vom 7. Januar 2015 E. 3.3). Ein invalidisierender psychischer Gesundheitsschaden kann nur gegeben sein, wenn das klinische Beschwerdebild nicht einzig in psychosozialen und soziokulturellen Umständen seine Erklärung findet, sondern davon psychiatrisch unterscheidbare Befunde umfasst. Auch bei einer diagnostizierten Depressionsstörung sind daher das Beschwerdebild prägende psychosoziale Belastungsfaktoren - entgegen den Darlegungen im angefochtenen Entscheid - bei der Beurteilung, ob ein invalidisierender Gesundheitsschaden vorliegt, zu beachten und auszuklammern. Die rechtsanwendenden Behörden haben demnach mit besonderer Sorgfalt zu prüfen, ob die ärztliche Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit auch invaliditätsfremde Gesichtspunkte (insbesondere psychosoziale und soziokulturelle Belastungsfaktoren) mitberücksichtigt, die vom sozialversicherungsrechtlichen Standpunkt aus unbeachtlich sind (vgl. BGE 140 V 193; 130 V 352 E. 2.2.5 S. 355 f.). Wo psychosoziale Einflüsse das Bild prägen, ist bei der Annahme einer rentenbegründenden Invalidität Zurückhaltung geboten (BGE 141 V 281 E. 4.3.3 S. 303; 127 V 294 E. 5a S. 299 f.; Urteile 8C_746/2015 vom 3. Februar 2016 E. 2.2 und 9C_146/2015 vom 19. Januar 2016 E. 3.1 mit Hinweisen). Wie es sich damit im konkreten Fall verhält, kann offen gelassen werden, da nach dem Gesagten (E. 5.2) ohnehin kein invalidisierender psychischer Gesundheitsschaden vorliegt.
5.4. Indem das kantonale Gericht, sowohl die Rechtsprechung des Bundesgerichts zu den leichten bis mittelschweren depressiven Störungen, insbesondere die Frage der Therapierbarkeit der vorliegenden Depression, und auch die Rechtsprechung zu den psychosozialen und soziokulturellen Belastungsfaktoren ausser Acht liess, verletzte es Bundesrecht.
6.
6.1. Die somatisch bedingte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit beträgt nach den vorinstanzlichen Feststellungen 20 %, wobei der Beschwerdegegner in der Lage ist, leichte, bis höchstens mittelschwere Tätigkeiten, vorwiegend sitzend und wechselbelastend, mit ganztägiger Präsenzzeit auszuüben. Zur Invaliditätsbemessung durch Einkommensvergleich äusserte sich die Vorinstanz nicht. Das Bundesgericht ist daher frei, die hiefür notwendigen Sachverhaltsfeststellungen selber zu treffen (vgl. oben E. 1).
6.2. Für den Einkommensvergleich sind die Verhältnisse im Zeitpunkt des Rentenbeginns (hier: 1. Juni 2010) massgebend. Validen- und Invalideneinkommen sind auf zeitidentischer Grundlage zu erheben; allfällige rentenwirksame Änderungen der Vergleichseinkommen müssen bis zum Verfügungszeitpunkt berücksichtigt werden (BGE 129 V 222 E. 4.1 und 4.2 S. 223 f.; Urteil 9C_22/2014 vom 18. Februar 2014 E. 4.3).
6.3. Unbestrittenermassen ist hinsichtlich des Valideneinkommens von einem im Jahr 2009 gemäss Arbeitgeberfragebogen vom 9. Dezember 2009 erzielten Verdienst von Fr. 71'235.- auszugehen. Bei einer Nominallohnentwicklung von 4 % für Männer im Jahr 2010 resultiert ein Valideneinkommen von Fr. 74'084.40. Zur Bemessung des Invalideneinkommens ist die vom Bundesamt für Statistik herausgegebene Lohnstrukturerhebung (LSE) 2010 für den Zeitpunkt des Rentenbeginns heranzuziehen. Auszugehen ist vom Durchschnittseinkommen für Männer im Anforderungsniveau 4 von Fr. 4'901.- (LSE 2010, Tabelle TA 1, Zeile "Total"). Für das Jahr 2010 ergibt sich - unter Berücksichtigung der betriebsüblichen Wochenarbeitszeit von 41.7 Stunden und einer Arbeitsfähigkeit von 80 % ein Wert von Fr. 49'049.20 (Fr. 4'901.- x 12 : 40 x 41.7 x 0.8). Mit der IV-Stelle ist dieser Betrag nicht unter dem Titel des sog. leidensbedingten Abzugs weiter herabzusetzen (vgl. BGE 129 V 472 E. 4.2.3 S. 481; 126 V 75). Ein solcher kommt unter anderem dann in Frage, wenn sich das ärztlich definierte Anforderungsprofil selbst in leidensangepassten Tätigkeiten einschränkend auswirkt. Vorliegend sind - entgegen den Ausführungen des Beschwerdegegners - keine Umstände gegeben, welche nach der Rechtsprechung einen Abzug vom Tabellenlohn rechtfertigen könnten. Namentlich wurde den gutachterlich ausgewiesenen behinderungsbedingten Einschränkungen bereits mit der Verminderung der Leistungsfähigkeit von 20 % hinreichend Rechnung getragen und praxisgemäss rechtfertigt eine Leistungseinschränkung bei einer ganztags ausübbaren Verweisungstätigkeit keinen Abzug vom Tabellenlohn. Da Hilfsarbeiten auf dem hypothetisch ausgeglichenen Arbeitsmarkt (Art. 16 ATSG) altersunabhängig nachgefragt werden (vgl. statt vieler Urteile 8C_469/2016 vom 7. September 2016 E. 4.3.3, 9C_380/2015 vom 17. November 2015 E. 3.2.4 und 8C_672/2013 vom 20. Februar 2014 E. 3.3 mit Hinweisen), wirkt sich auch der Faktor Alter nicht (zwingend) lohnsenkend, sondern bei einfachen und repetitiven Tätigkeiten im Anforderungsniveau 4 (seit LSE 2012: Tätigkeiten körperlicher oder handwerklicher Art, Kompetenzniveau 1) sogar lohnerhöhend aus (Urteil 9C_380/2015 vom 17. November 2015 E. 3.2.4 mit Hinweis). Bei der Gegenüberstellung von Validen- und Invalideneinkommen resultiert eine Erwerbseinbusse von 33.4 %, die zu keinem Rentenanspruch führt. Die Beschwerde ist begründet.
7.
7.1. Mit dem Urteil in der Hauptsache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
7.2. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten vom unterliegenden Beschwerdegegner zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 30. November 2016 wird aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 24. Februar 2016 wird bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. März 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Polla