Erwägungen:
1.
1.1. Die Eheleute A.A._ und B.A._ geb. C._ haben steuerrechtlichen Wohnsitz in U._/UR. Am 12. Dezember 2014 veranlagte das Amt für Steuern Uri sie für die Jahre 2012 und 2013, wobei es die Steuererklärung verschiedenen Korrekturen unterzog. Mit Einsprache vom 8. Januar 2015 wandten die Steuerpflichtigen sich an die Kantonale Steuerkommission Uri. Sie beantragten, es seien die in der Steuererklärung geltend gemachten Gewinnungskosten (Gerichts- und Anwaltskosten), Krankheitskosten und Sozialabzüge zum Abzug zuzulassen. Die Steuerkommission wies die vier Einsprachen mit Entscheid vom 6. Juli 2015 ab.
1.2. Dagegen gelangten die Steuerpflichtigen mit Eingabe vom 5. August 2015 an das Obergericht des Kantons Uri und verlangten die vollumfängliche Berücksichtigung der Gewinnungs- und Krankheitskosten. Die Verwaltungsrechtliche Abteilung des Obergerichts verfügte am 12. August 2015 für beide Steuerjahre je einen Gerichtskostenvorschuss von Fr. 750.--, den die Steuerpflichtigen fristgerecht leisteten. Mit Entscheiden OG V 15 33 / OG V 15 34 vom 16. September 2016 wies das Obergericht die Beschwerden kostenfällig ab. Die Verfahrenskosten bemass es mit einer Spruchgebühr von Fr. 1'500.-- (2012) bzw. Fr. 2'000.-- (2013) sowie einer Schreibgebühr und Barauslagen von je Fr. 185.--.
1.3. Mit Eingabe vom 19. Oktober 2016 (Poststempel) erheben die Steuerpflichtigen beim Bundesgericht "Beschwerde". Sie beantragen, in Aufhebung von Ziff. 3 des Dispositivs der angefochtenen Entscheide (Kostenpunkt) seien die amtlichen Kosten jeweils um den geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 750.-- herabzusetzen.
1.4. Die Vorinstanz erklärt in ihren Vernehmlassungen vom 28. Oktober bzw. 3. November 2016, es entspreche ständiger Praxis, im Dispositiv die "grundsätzliche Kostenpflicht" festzulegen und im Nachgang den geleisteten Kostenvorschuss zu berücksichtigen. Dies gehe auch aus dem angefochtenen Entscheid hervor ("Der Gerichtskostenvorschuss wurde fristgerecht geleistet"; E. 2d). Die Steuerpflichtigen hätten kein Erläuterungs- oder Berichtigungsgesuch gestellt und zur Verrechnung auch nicht nachgefragt.
1.5. Die Steuerpflichtigen replizieren mit unaufgeforderter Eingabe vom 5. Dezember 2016 (Poststempel) und halten an ihrem Standpunkt fest.
2.
2.1. Gegenstand der angefochtenen Entscheide sind die Veranlagungen der direkten Bundessteuer sowie der Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Uri der Steuerjahre 2012 und 2013. Die Vorinstanz hat zu beiden Steuerjahren je einen Entscheid erlassen. Die Steuerpflichtigen fechten die beiden Urteile mit einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Da zwei Steuerhoheiten und zwei Steuerjahre betroffen sind, eröffnet das Bundesgericht in solchen Fällen praxisgemäss vier Dossiers. Die aufgeworfene Rechtsfrage nach der Bemessung der Verfahrenskosten ist in den vier Verfahren gleichermassen zu beantworten. Es rechtfertigt sich, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG [SR 173.110] i. V. m. Art. 24 BZP [SR 273]; BGE 142 II 293 E. 1.2 S. 296).
2.2. Der Eingriff in kantonales oder kommunales Recht bildet vor Bundesgericht nur insofern einen eigenständigen Beschwerdegrund, als die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte (Art. 95 lit. c BGG) oder kantonaler Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht (Art. 95 lit. d BGG) geltend gemacht wird. Abgesehen davon kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen (und kommunalen) Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts nicht als solche prüfen, sondern lediglich daraufhin, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a, b und e BGG; BGE 141 I 36 E. 5.4 S. 43).
2.3. Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten (einschliesslich der Grundrechte) und von kantonalem oder kommunalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht in jedem Fall nur, falls eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Unterbleibt dies, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt. Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht genügt, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (BGE 142 I 99 E. 1.7.2 S. 106).
2.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 155 E. 4.4.3 S.156). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig - das heisst willkürlich - sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 142 V 2 E. 2 S. 5). Zur Berichtigung oder Ergänzung ist das Bundesgericht berechtigt, nicht aber verpflichtet (BGE 142 II 243 E. 2.4 S. 249). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein, was die beschwerdeführende Person klar und substanziiert aufzuzeigen hat (Art. 97 Abs. 1 BGG).
3.
3.1. Die Steuerpflichtigen werfen der Vorinstanz einerseits eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts vor, anderseits eine Verletzung des Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzips.
3.2. Bei den aufgeworfenen Rechtsfragen handelt es sich im ersten Fall um kantonales Verfahrensrecht, im zweiten Fall um Bundesverfassungsrecht (Art. 5 Abs. 2 und Art. 9 BV; Urteil 2C_1084/2016 vom 30. November 2016 E. 3.4). Daher herrscht in beiden Fällen die qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG (vorne E. 2.3). Die Steuerpflichtigen hätten folglich anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (BGE 140 II 141 E. 8 S. 156).
3.3. Wie die Vorinstanz mit Recht festhält, ergibt sich aus den angefochtenen Entscheiden, dass der jeweilige Gerichtskostenvorschuss rechtzeitig überwiesen worden ist (angefochtene Entscheide, E. 2d). Inwiefern der Sachverhalt dennoch offensichtlich unrichtig sein soll, wird weder rechtsgenüglich behauptet noch begründet (vorne E. 2.4). Davon zu trennen ist die Frage nach der Anrechnung des geleisteten Kostenvorschusses an die Verfahrenskosten. Die Steuerpflichtigen berufen sich auf ein Telefongespräch, das in der Kalenderwoche 41/2016 zwischen dem Anwalt und dem zuständigen Gerichtsschreiber geführt worden sein soll. Dass der Gerichtsschreiber erklärt habe, die Gerichtskostenvorschüsse würden nicht berücksichtigt oder seien bereits in Abzug gebracht worden, wird aber nicht vorgebracht. Die Steuerpflichtigen scheinen mit ihrem Hinweis auf das Telefongespräch nur vorbringen zu wollen, dass sie die Frage nach der Verrechnung gestellt hätten (dies entgegen der Darstellung der Vorinstanz; vorne E. 1.4).
3.4. Die Vorinstanz erklärt, Gerichtskostenvorschüsse würden praxisgemäss im Dispositiv nicht berücksichtigt; die Anrechnung finde erst im Nachgang statt. Eine Grundlage im Verfassungsrecht oder im Prozessrecht des Kantons Uri, welche die Vorinstanz dazu verpflichtet, die Anrechnung schon im Dispositiv vorzunehmen, zeigen die Steuerpflichtigen freilich nicht auf. Die Praxis ist nicht zu beanstanden; sie wird übrigens auch vom Bundesgericht und zahlreichen anderen Gerichten in dieser Weise geübt. Es versteht sich von selbst, dass Kostenvorschüsse anzurechnen sind, werden diese doch regelmässig anhand der abgeschätzten Verfahrenskosten festgelegt und dienen sie dazu, die mutmasslichen Kosten sicherzustellen. Die Frage, ob das Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip berührt ist, kann sich daher nicht stellen.
3.5. Die Steuerpflichtigen beanstanden nicht die Höhe der ausgesprochenen Gerichtskosten, sondern sie beantragen lediglich die Berücksichtigung der vorgängig bezahlten Kostenvorschüsse, was aber ohnehin erfolgen wird. Ihr Antrag läuft damit ins Leere, so dass es an einem schutzwürdigen Interesse an der Beschwerdeführung fehlt (Art. 89 Abs. 1 lit. c BGG). Die Steuerpflichtigen legen auch nicht dar, worin ein solches Interesse bestehen soll. Die Beschwerden sind damit offensichtlich unzulässig; im Übrigen enthalten sie auch keine hinreichende Rüge (vorne E. 2.3). Es ist darauf mit Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter nicht einzutreten (Art. 108 Abs. 1 lit. a und b BGG).
4.
4.1. Nach dem Unterliegerprinzip (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 BGG) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Steuerpflichtigen aufzuerlegen. Diese tragen die Kosten zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung (Art. 66 Abs. 5 BGG).
4.2. Dem Kanton Uri, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Die Verfahren 2C_974/2016 (Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Uri, Steuerjahr 2012), 2C_975/2016 (direkte Bundessteuer, Steuerjahr 2012), 2C_976/2016 (Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Uri, Steuerjahr 2013) und 2C_977/2016 (direkte Bundessteuer, Steuerjahr 2013) werden vereinigt.
2.
Auf die Beschwerde im Verfahren 2C_975/2016 wird nicht eingetreten.
3.
Auf die Beschwerde im Verfahren 2C_974/2016 wird nicht eingetreten.
4.
Auf die Beschwerde im Verfahren 2C_977/2016 wird nicht eingetreten.
5.
Auf die Beschwerde im Verfahren 2C_976/2016 wird nicht eingetreten.
6.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 1'300.-- werden zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern auferlegt.
7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Dezember 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher