Faits :
A.
Le 28 février 2013, une perquisition a été exécutée par la police au domicile de X._. Au cours de celle-ci une vidéo montrant l'ex-épouse de X._ en train de se masturber à côté de leur fille, à l'époque âgée de deux ans, a été partiellement visionnée par la police puis saisie.
Le 1er mars 2013, X._ a été prévenu par le Ministère public de la République et canton de Genève d'usure par métier, d'incitation au séjour illégal, de recel, d'infraction à l'art. 19 ch. 1 LStup et de contravention à la LArm.
Le 20 mars 2013, X._ a en outre été prévenu d'actes d'ordre sexuel avec des enfants. Il a été remis en liberté le jour même par le ministère public, avec mesures de substitution. Par ordonnance de substitution du 21 mars 2013, le Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Genève (ci-après TMC) a ordonné les mesures de substitution suivantes à l'encontre de X._: interdiction de quitter le canton de Genève; interdiction de toute relation autre que téléphonique ou postale avec sa fille jusqu'à décision prise par le Service de protection des mineurs ou toute autre autorité compétente; obligation de déférer aux convocations judiciaires.
B.
Par ordonnance du 24 juin 2015, le ministère public a classé partiellement la procédure à l'égard de X._ en ce qu'elle avait trait à l'accusation d'acte d'ordre sexuel avec des enfants au sens de l'art. 187 al. 1 CP. Il lui a alloué, à charge de l'Etat, 8812 fr. 80 pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (art. 429 al. 1 let. a CPP) et 2000 fr. à titre de réparation du tort moral subi en raison d'une privation de relations personnelles avec sa fille (art. 429 al. 1 let. c CPP). Il a refusé toute indemnité fondée sur l'art. 431 al. 1 CPP.
C.
Par arrêt du 23 septembre 2015, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par X._ contre cette ordonnance.
D.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation des décisions précitées, totalement ou en partie, à ce que le montant de 8812 fr. 80 précité soit portés à 24'766 fr. 50, celui de 2000 fr. précité augmenté à 54'900 fr. et à ce qu'une indemnisation du fait de deux mesures de contrainte illicites à son encontre lui soit allouée, à hauteur de 1000 francs. Il requiert également d'être indemnisé pour ses frais d'avocat pour les procédures de recours cantonale et fédérale.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF). Constituent de telles constatations non seulement celles relatives à l'état de fait objet de la procédure, mais également celles portant sur le déroulement des procédures devant les instances préalables ( "faits de la procédure"; ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 17 s.). Le Tribunal fédéral peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Pour que la décision soit annulée, il faut qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs mais aussi dans son résultat (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 140 I 201 consid. 6.1 p. 205). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (ATF 141 IV 249 consid. 1.3.1 p. 253).
Eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés. Le recourant doit par conséquent critiquer les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 116; également ATF 137 III 580 consid. 1.3 p. 584). De plus, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).
1.2. Le recourant invoque que l'autorité précédente aurait à tort considéré qu'aucun élément du dossier ne montrait chez lui de souffrances particulières justifiant l'allocation d'une indemnité pour tort moral supérieure au montant de 2000 fr. accordé par le ministère public. Il cite à l'appui de ce grief sa " demande de rectification de prononcé datée du 11 avril 2013 ", courrier qui ne viserait que l'assouplissement de la restriction des relations personnelles du recourant avec sa fille.
Cette prétendue demande de rectification ne figure pas au dossier pénal. Contrairement à ce que laisse entendre le recourant, la Présidente du TMC n'a pas reconnu, dans son courrier du 27 juin 2013 à son attention, avoir reçu dite demande. Elle a au contraire indiqué n'en avoir pas connaissance, sans que cela n'incite le recourant à la lui remettre par la suite. Il existe certes au dossier une décision du 11 avril 2013. Celle-ci porte toutefois sur la question du remplacement du défenseur d'office du recourant, de sorte qu'on ne voit pas qu'elle puisse influer sur le sort des rapports père-fille. Le recourant ne fournit aucune explication topique. Le courrier du 13 juin 2013, qui constituerait selon le recourant une relance par rapport à sa prétendue demande de rectification, ne visait qu'à requérir l'abolition de la mesure de substitution qu'était l'interdiction faite au recourant de quitter le canton de Genève. Aucune demande en revanche s'agissant des restrictions de voir sa fille. Dans ces circonstances, on ne saurait considérer que les éléments invoqués par le recourant démontreraient la peine qu'il aurait eue dans la restriction de ses droits de voir sa fille. Tel que formulé, le grief du recourant est insuffisant au regard des exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Il est irrecevable. Il ne saurait ainsi être question de retenir un quelconque arbitraire dans l'omission de constater une souffrance plus importante que celle reconnue.
1.3. Pour le surplus, le recourant n'invoque aucun grief de constatation arbitraire des faits, conformément aux exigences découlant de l'art. 106 al. 2 LTF. Il n'y a par conséquent pas lieu de tenir compte des autres faits, notamment de procédure, qu'il invoque librement sans avoir été constatés par l'autorité précédente. Il en va en particulier des extraits de décisions du Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant (ci-après TPAE), dites décisions n'ayant même pas été versées au dossier (cf. arrêt attaqué, consid. 4 i. f.).
2.
Le recourant conteste la quotité de l'indemnité qui lui a été allouée pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (art. 429 al. 1 let. a CPP), par 8812 fr. 80. On comprend qu'il se plaint, qu'outre ses frais de défense pour l'activité exercée devant les autorités pénales, ceux pour l'activité que son conseil aurait déployée devant le TPAE n'aient pas été indemnisés. Il invoque une violation de l'art. 429 al. 1 let. a CPP.
2.1. En vertu de cette disposition, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
2.2. L'art 429 al. 1 let. a CPP ne permet pas l'indemnisation de frais de défense encourus dans d'autres procédures que la procédure pénale litigieuse. Quoiqu'il en soit, les décisions du TPAE pour lesquelles le recourant invoque des frais de défense n'ont pas été produites, ni leur contenu constaté par l'autorité précédente sans que le recourant n'invoque et ne démontre l'arbitraire de cette omission. On ignore ainsi si le recourant a été mis pour ces procédures civiles au bénéfice de l'assistance judiciaire, mesure dont il avait profité au début de la présente procédure pénale, et donc s'il a supporté des frais d'avocat. Or l'indemnité prévue par l'art. 429 al. 1 let. a CPP concerne uniquement les dépenses engagées par le prévenu pour un avocat de choix. A cela s'ajoute que faute de constat s'agissant des procédures civiles invoquées - sans que le recourant ne se plaigne de l'absence de tels constats -, on ne peut retenir que les frais invoqués - semble-t-il par 15'953 fr. 70 (soit 24'766 fr. 50 réclamés moins les 8812 fr. 80 accordés) - auraient été nécessaires, respectivement auraient constitué un exercice raisonnable des droits de procédure du recourant au sens de l'art. 429 al. 1 let. a CPP. Cela est d'autant moins certain que le recourant aurait pu, dans le cadre de la procédure pénale, recourir contre la mesure de substitution qu'il invoque comme l'ayant poussé à procéder devant une instance civile (cf. art. 222 CPP par renvoi de l'art. 237 al. 4 CPP), à tout le moins en demander la révocation ou la modification (cf. art. 237 al. 5 CPP). Qu'il ait choisi, comme il l'invoque sans que cela ne soit établi, de saisir une autorité civile ou de participer à une procédure civile ouverte à une date indéterminée et dont le contenu est inconnu, ne suffit pas à établir le caractère nécessaire et raisonnable des frais invoqués. Le refus de l'indemniser pour un montant supérieur à celui admis ne viole pas l'art. 429 al. 1 let. a CPP.
3.
Le recourant invoque une violation de l'art. 429 al. 1 let. c CPP. Il estime que la privation partielle ou totale de relations personnelles avec sa fille justifiait la même indemnisation qu'un détenu soit 200 fr. par jour.
3.1. En vertu de l'art. 429 al. 1 let. c CPP, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une réparation du tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté. Conformément à l'art. 429 al. 2 CPP, l'autorité pénale examine d'office les prétentions du prévenu. Elle peut enjoindre à celui-ci de les chiffrer et de les justifier.
Lorsque, du fait de la procédure, le prévenu a subi une atteinte particulièrement grave à ses intérêts personnels au sens des art. 28 al. 3 CC ou 49 CO, il aura droit à la réparation de son tort moral. L'intensité de l'atteinte à la personnalité doit être analogue à celle requise dans le contexte de l'art. 49 CO (cf. arrêt 6B_928/2014 du 10 mars 2016 consid. 5.1 non destiné à la publication aux ATF 142 xxx).
Outre la détention, peut constituer une grave atteinte à la personnalité, par exemple, une arrestation ou une perquisition menée en public ou avec un fort retentissement médiatique, une durée très longue de la procédure ou une importante exposition dans les médias, ainsi que les conséquences familiale d'une procédure pénale (cf. arrêt 6B_928/2014 précité consid. 5.1).
La gravité objective de l'atteinte doit être ressentie par le prévenu comme une souffrance morale. Pour apprécier cette souffrance, le juge se fondera sur la réaction de l'homme moyen dans un cas pareil, présentant les mêmes circonstances (ATF 128 IV 53 consid. 7a p. 71). Il incombe au prévenu de faire état des circonstances qui font qu'il a ressenti l'atteinte comme étant subjectivement grave (ATF 120 II 97 consid. 2b p. 99, plus récemment arrêt 6B_928/2014 précité consid. 5.1).
Il n'est pas exclu de s'inspirer des règles générales des art. 41 ss CO pour l'application des art. 429 ss CPP, notamment pour le montant de l'indemnisation (ATF 140 I 246 consid. 2.6. p. 251; arrêt 6B_876/2015 du 2 mai 2016 consid. 4.1 destiné à la publication). Les art. 41 ss CO accordent au juge un large pouvoir d'appréciation, que le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec retenue (arrêt 6B_876/2015 du 2 mai 2016 consid. 4.1 destiné à la publication; ATF 137 III 303 consid. 2.2.2 p. 309 s.; arrêt 6B_111/2012 du 15 mai 2012 consid. 4.2; arrêt 6B_437/2014 du 29 décembre 2014 consid. 3). Il n'intervient que si l'autorit é précédente a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée (arrêts 6B_928/2014 précité consid. 5.1 et les arrêts cités).
3.2. En l'espèce, l'autorité précédente a reconnu que le recourant avait subi une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, lui ouvrant droit à une indemnité au sens de l'art. 429 al. 1 let. c CPP, du fait qu'il s'était vu interdire par le TMC, durant un temps, de voir sa fille. Le recourant conteste néanmoins la quotité de l'indemnité accordée.
Le 20 mars 2013, le recourant a été remis en liberté à condition, notamment, qu'il respecte l'interdiction de toute relation personnelles autre que téléphonique ou épistolaire avec sa fille. Le TMC a précisé que cette interdiction valait jusqu'à décision de toute autre autorité compétente. Le recourant a allégué l'existence d'une procédure menée au sujet de sa fille par le TPAE. Il n'a toutefois pas produit les décisions en résultant. On ignore ainsi quand les relations ont été rétablies et, si elles ne l'ont pas été aussi tôt et autant que l'aurait voulu le recourant, si cela est imputable à la procédure pénale ou à d'autres causes.
En outre, selon les faits constatés par l'autorité précédente, si le recourant avait à l'époque la garde de sa fille, la mère " l'avait en réalité ", le recourant n'exerçant qu'un droit de visite. Il n'invoque pour le surplus pas que l'autorité précédente aurait omis de prendre en compte des éléments pertinents dûment constatés par elle ou des éléments résultant des pièces au dossier dont la constatation aurait été omise de manière arbitraire (cf. supra consid. 1.2). Dans ces conditions, la confirmation par l'autorité précédente de l'octroi d'un montant de 2000 fr. à titre d'indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. c CPP ne viole pas cette disposition.
4.
Le recourant se plaint de ne pas avoir été indemnisé pour deux mesures de contrainte illicites. Il invoque une violation de l'art. 431 al. 1 CPP.
4.1. Conformément à cette disposition, si le prévenu a, de manière illicite, fait l'objet de mesures de contrainte, l'autorité pénale lui alloue une juste indemnité et réparation du tort moral. On peut renvoyer à ce qui a été dit ci-dessus concernant les art. 429 ss CPP (cf. supra consid. 3.1)
4.2. En premier lieu, le recourant se plaint que les policiers venus procéder à son domicile à une perquisition aient, chez lui, " partiellement visionné le contenu des clés USB de façon à être mis en présence de diverses photos pornographiques " (recours, p. 6).
4.2.1. Les mesures de contrainte ne peuvent être prises qu'aux conditions suivantes: elles sont prévues par la loi; des soupçons suffisants laissent présumer une infraction; les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères; elles apparaissent justifiées au regard de la gravité de l'infraction (art. 197 al. 1 CPP).
Aux termes de l'art. 241 al. 1 CPP, les perquisitions, fouilles et examens font l'objet d'un mandat écrit. En cas d'urgence ces mesures peuvent être ordonnées par oral, mais doivent être confirmées par écrit. Selon l'art. 241 al. 2 CPP, le mandat indique la personne à fouiller ou les locaux, les documents ou les objets à examiner (let. a), le but de la mesure (let. b); les autorités ou les personnes chargées de l'exécution (let. c).
En vertu de l'art. 244 CPP, les bâtiments, les habitations et autres locaux non publics ne peuvent être perquisitionnés qu'avec le consentement de l'ayant droit (al. 1). Le consentement de l'ayant droit n'est pas nécessaire s'il y a lieu de présumer que, dans ces locaux, se trouvent des personnes recherchées ou des traces, des objets ou des valeurs patrimoniales susceptibles d'être séquestrés ou des infractions sont commises (al. 2).
Les documents écrits, les enregistrements audio, vidéo et d'autre nature, les supports informatiques ainsi que les installations destinées au traitement et à l'enregistrement d'informations peuvent être soumis à une perquisition lorsqu'il y a lieu de présumer qu'ils contiennent des informations susceptibles d'être séquestrées (art. 246 CPP). Pour autoriser la perquisition de documents et enregistrements, le mandat de perquisition valable pour les bâtiments, habitations et autres locaux non publics est suffisant. Un mandat particulier n'est donc pas nécessaire (MOREILLON/PAREIN-REYMOND, CPP: Code de procédure pénale, 2013, n° 6 ad art. 246 CPP; THORMANN/BRECHBÜHL, in Basler Kommentar StPO, 2e éd. 2014, n° 6 ad art. 246 CPP).
4.2.2. En l'espèce, une perquisition a été exécutée le 28 février 2013 au domicile effectif du recourant, sur mandat décerné oralement puis par ordonnance de perquisition et de séquestre du même jour par le ministère public. Le recourant était alors soupçonné d'usure, éventuellement d'usure par métier et de violation de l'art. 116 LEtr. Le ministère public estimait qu'il pouvait être présumé que des infractions étaient commises dans l'appartement et qu'il se justifiait de le perquisitionner, aux fins de mise sous séquestre de tous objets, documents ou valeurs pouvant notamment être utilisés comme moyens de preuve. L'exécution de la perquisition avait été déléguée à la police. Selon le rapport d'exécution de dite perquisition, le recourant avait signé une autorisation ad hoc. La police a partiellement visionné le contenu de clefs USB trouvées sur place et notamment une partie de la vidéo mentionnée ci-dessus ad let. A.
4.2.3. Il résulte de ce qui précède que la police a perquisitionné le domicile du recourant, sur la base d'un mandat de perquisition. Un autre mandat n'était pas nécessaire pour perquisitionner des enregistrements s'y trouvant. Au vu des termes du mandat de perquisition et des soupçons pesant sur le recourant, le visionnage partiel par la police d'éléments enregistrés sur des clefs USB se trouvant au domicile du recourant ne viole ni l'art. 197 CPP, ni l'art. 246 CPP. Il ne résulte en outre pas de l'arrêt cantonal que le recourant se serait opposé à ce visionnage (cf. art. 248 al. 1 CPP). Dans ces conditions, le visionnage partiel dont se plaint le recourant ne saurait être qualifié de mesure illicite au sens de l'art. 431 al. 1 CPP propre à ouvrir droit à une indemnité. Le grief de violation de cette dernière disposition est infondé.
4.3. Le recourant se plaint en second lieu que le mandat de perquisition et de séquestre n'ait pas été suffisamment précis pour permettre de fonder le séquestre " des enregistrements vidéo en question ". Il y voit une violation de l'art. 263 al. 2 CPP.
La question de savoir si dans le cas concret les " enregistrements vidéo en question " pouvaient être valablement séquestrés par le biais du mandat précité peut souffrir de rester ouverte. En effet, le recourant n'expose pas en quoi consisterait le dommage au sens de l'art. 431 al. 1 CPP résultant d'un séquestre qui n'aurait cas échéant pas respecté l'art. 263 al. 2 CPP. Il ne prétend pas avoir eu des frais de défense, qui plus est résultant de l'activité de son avocat de choix intervenu en cours de procédure seulement, en rapport avec la mesure qu'il conteste. De plus, le seul enregistrement dont le contenu est constaté par l'autorité précédente montre l'ex-épouse du recourant en train de se masturber à côté de leur fille. Or on ne voit pas que le fait pour le recourant d'être privé d'un tel enregistrement durant la procédure pénale lui cause un dommage susceptible d'être indemnisé. Faute pour le recourant d'avoir établi celui-ci, sa prétention en indemnisation fondée sur l'art. 431 CPP en raison du séquestre d'enregistrements est infondée.
5.
Le recourant reproche à l'autorité de première instance de n'avoir pas contrôlé périodiquement les mesures de substitution, et particulièrement celles portant sur ses relations personnelles avec sa fille, prononcées la première fois le 21 mars 2013. Cette absence de contrôle serait contraire aux art. 226 al. 4 let. a et art. 227 al. 1 CPP par renvoi de l'art. 237 al. 4 CPP, ce qui lui ouvrirait droit à une indemnisation fondée sur l'art. 431 al. 1 CPP. Il ne chiffre pas le montant qu'il réclame.
5.1.1. Le Tribunal fédéral n'entre en principe pas en matière lorsque la partie recourante invoque pour la première fois la violation d'une garantie de procédure qu'elle aurait pu et dû invoquer devant l'autorité précédente (violation du principe de la bonne foi; ATF 142 I 155 consid. 4.4.6 p. 158 s. et les références citées).
5.1.2. En l'occurrence, le recourant n'avait pas soulevé ce grief devant l'autorité précédente, qui n'avait pas à l'examiner d'office (cf. arrêt 6B_1071/2015 du 18 juillet 2016 consid. 4.1). Il n'avait en outre pris aucune conclusion en indemnisation à cet égard, invoquant une indemnisation pour deux autres mesures de contrainte clairement distinctes (cf. arrêt entrepris, p. 4 let. D, p. 6 consid. 6 et supra consid. 4). Rien n'explique son omission. La jurisprudence sur laquelle il fonde son grief (notamment l'arrêt 1B_26/2015 du 16 février 2015) est en particulier antérieure à l'ordonnance de classement partiel du 24 juin 2015. Contraire à la bonne foi, son grief est irrecevable. Au demeurant, le recourant invoque que faute d'examen régulier par le TMC, il n'a pu requérir de cette autorité des actes d'instruction du ministère public et conclut en indiquant avoir subi un tort moral pour ce motif. Il était pourtant assisté d'un conseil qui aurait pu en tout temps requérir la modification de la mesure et des actes d'instruction à ces fins, notamment en produisant la décision du TPAE du 27 juin 2013 qu'il aurait obtenue en sa faveur. Or, rien de tel n'est constaté dans l'arrêt entrepris, le recourant semblant avoir agi devant les autorités pénales uniquement afin d'obtenir l'abolition de l'interdiction qui lui était faite de quitter le canton de Genève.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais du recourant qui succombe.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 10 octobre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod