Erwägungen:
1.
1.1. Am 9. November 2010 ersuchte A._ Holding AG in U._ um Bewilligung zur ermässigten Versteuerung von Schweizer Dividenden aus wesentlicher Beteiligung einer ausländischen Kapitalgesellschaft (Durchführung des internationalen Meldeverfahrens) betreffend zukünftiger Dividenden, zu Gunsten der Muttergesellschaft (A._ Holding GmbH) mit Sitz in Deutschland. Die Bewilligung wurde von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) mit Schreiben vom 24. Februar 2011 unter Hinweisen erteilt. Am 13. September 2011 deklarierte die A._ Holding AG der ESTV eine Dividende von Fr. 3'652'120.--, die an der Generalversammlung vom 24. Februar 2011 beschlossen worden war. Gleichzeitig reichte sie ein Gesuch um Meldung statt Entrichtung, datiert vom 3. Oktober 2011, bei der ESTV ein.
1.2. Mit Schreiben vom 3. November 2011 teilte die ESTV der A._ Holding AG mit, die Formulare seien zu spät eingereicht worden, weshalb die Anwendung des Meldeverfahrens nicht mehr möglich sei. Die Gesellschaft müsse somit den Verrechnungssteuerbetrag von Fr. 1'278'242.-- unverzüglich zuzüglich Verzugszinsen von 5 % entrichten. A._ Holding AG bestritt die Verwirkung ihres Anspruches auf Inanspruchnahme des Meldeverfahrens, beglich jedoch mit Valuta vom 8. Dezember 2011 unter Vorbehalt die Verrechnungssteuerschuld von Fr. 1'278'242.--; die Rückerstattung erfolgte auf Gesuch hin umgehend. In der Folge stellte die ESTV der A._ Holding AG Rechnung für den Verzugszins von Fr. 44'738.45, die nicht bezahlt wurde.
1.3. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2013 hielt die ESTV fest, die A._ Holding AG schulde ihr einen Verzugszins von 5 % auf der Verrechnungssteuerschuld von Fr. 1'278'242.-- ab dem Zeitpunkt der Fälligkeit bis zum Tag der Steuerentrichtung, ausmachend Fr. 44'738.45. Mit Entscheid vom 22. Dezember 2014 wies die ESTV die von A._ Holding AG erhobene Einsprache ab. Mit Urteil vom 17. August 2015 wies das Bundesverwaltungsgericht die dagegen geführte Beschwerde von A._ Holding AG ebenfalls ab.
1.4. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. September 2015 an das Bundesgericht beantragt A._ Holding AG, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. August 2015 sei unter Kosten- und Entschädigungsfolgen aufzuheben. Das Meldeverfahren sei zu genehmigen und die Verzugszins-Rechnung der ESTV, datiert vom 15. Dezember 2011, sei aufzuheben; eventualiter sei die Sache zu diesem Zweck an die Vorinstanz oder an die ESTV zurückzuweisen.
Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die ESTV schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin dupliziert. Mit Verfügung vom 14. Oktober 2016 sistiert der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Verfahren mit Hinblick auf die in der Referendumsvorlage zur Änderung vom 30. September 2016 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (VStG; SR 642.21) vorgesehene echte Rückwirkung. In weiteren Eingaben lassen sich die Beschwerdeführerin und die ESTV zur Sache und zu den Kostenfolgen vernehmen.
2.
2.1. Die Änderung des VStG vom 30. September 2016 ist am 15. Februar 2017 in Kraft getreten (AS 2017 497), weshalb der Sistierungsgrund weggefallen und das Verfahren wieder aufzunehmen ist.
2.2. Gemäss dem revidierten Art. 16 Abs. 2bis VStG ist kein Verzugszins geschuldet, wenn die materiellen Voraussetzungen für die Erfüllung der Steuerpflicht durch Meldung der steuerbaren Leistung entweder nach Art. 20 VStG und seinen Ausführungsbestimmungen (lit. a) oder dem im Einzelfall anwendbaren internationalen Abkommen und den Ausführungsbestimmungen zu diesen Abkommen (lit. b) erfüllt sind. Erfolgt in diesen Fällen die Meldung der steuerbaren Leistung, das Gesuch um Bewilligung des Meldeverfahrens oder die Geltendmachung des Anspruches auf ein Meldeverfahren nicht rechtzeitig, so wird das Meldeverfahren unter Vorbehalt der Erhebung einer Ordnungsbusse nach Art. 64 VStG gewährt (Art. 20 Abs. 3 VStG). Der revidierte Art. 70c VStG sieht ausdrücklich vor, dass Art. 16 Abs. 2bis und Art. 20 VStG auch auf vor Inkrafttreten der Änderung abgeschlossene Sachverhalte anwendbar sind, es sei denn, die Steuerforderung oder die Verzugszinsforderung sei verjährt oder bereits vor dem 1. Januar 2011 rechtskräftig festgesetzt worden. Die Beschwerde der Beschwerdeführerin gegen das angefochtene Urteil, welches inhaltlich die mit Verfügung der ESTV vom 16. August 2012 festgesetzte Verzugszinsforderung auf einer Verrechnungssteuerforderung bestätigte, erweist sich als offensichtlich begründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 Abs. 2 lit. b BGG mit summarischer Begründung gutzuheissen ist.
2.3. Im vorinstanzlichen Verfahren war einzig eine Verzugszinsforderung der ESTV auf der Verrechnungssteuer für eine offen ausgeschüttete Konzerndividende im internationalen Verhältnis strittig (angefochtenes Urteil, E. 5), wobei die Rückerstattungsberechtigung und das Beteiligungsverhältnis als erstellt erachtet wurden (angefochtenes Urteil, E. 5.1). Die Beschwerde wurde im vorinstanzlichen Verfahren, soweit darauf eingetreten wurde, einzig deswegen abgewiesen, weil die Beschwerdeführerin ihr Gesuch um Meldung im Sinne der zu diesem Zeitpunkt geltenden Bestimmungen verspätet eingereicht hatte, weshalb der Anspruch auf Entrichtung im Meldeverfahren in Übereinstimmung mit der höchstrichterlichen Praxis als verwirkt qualifiziert wurde (angefochtenes Urteil, E. 5.3). Gemäss der durch das Bundesgericht verbindlich (Art. 190 BV) rückwirkend anzuwendenden (Art. 70c Abs. 1 VStG) neuen Bestimmung von Art. 20 Abs. 3 VStG ist das Meldeverfahren jedoch auch zu gewähren, wenn die Frist zur Geltendmachung des Meldeverfahrens verpasst worden ist (Parlamentarische Initiative Gasche, Klarstellung der langjährigen Praxis beim Meldeverfahren bei der Verrechnungssteuer, Bericht vom 13. April 2015 der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates, BBl 2015 5331, 5346 ff.; Stellungnahme des Bundesrates vom 5. Juni 2015, BBl 2015 5365, 5366). Das Bundesgericht hat somit davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin hinsichtlich der im Geschäftsjahr 2009 offen ausgeschütteten Konzerndividende berechtigt ist, das Meldeverfahren trotz verspätetem Gesuch in Anspruch zu nehmen. Entsprechend schuldet sie auf dieser Verrechnungssteuerforderung keine Verzugszinsen (Art. 16 Abs. 2bis VStG). Ihre Beschwerde erweist sich im materiellen Punkt als offensichtlich begründet, soweit auf die gestellten Anträge einzutreten ist (Devolutiveffekt, BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144), und ist in diesem Umfang gutzuheissen. Die Dispositivziffer 1 des angefochtenen Urteils wird aufgehoben.
3.
Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG), hier die Eidgenössische Steuerverwaltung, die Vermögensinteressen vertritt (Art. 66 Abs. 4 BGG). Ebenso wird die unterliegende Partei in der Regel verpflichtet, der obsiegenden die durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Sowohl bezüglich der Kostenpflicht wie der Ersetzung der Parteikosten gibt es aber - was mit dem Terminus "in der Regel" ausgedrückt wird - begründete Ausnahmen. Eine solche liegt hier vor. Im Zeitpunkt seines Erlasses entsprach das angefochtene Urteil der bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Das Bundesgericht heisst die Beschwerde lediglich aufgrund einer rückwirkend anwendbaren Gesetzesänderung gut. Daher sind weder Kosten zu erheben noch ist eine Parteientschädigung zuzusprechen. Entsprechend besteht auch kein Anlass, das angefochtene Urteil bezüglich der Verfahrenskosten aufzuheben (Dispositivziffern 3 und 4).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Sistierung wird aufgehoben, und das Verfahren wird wieder aufgenommen.
2.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. August 2015, Dispositivziffer 1, wird aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juli 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall