Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.
Der Beschwerdeführer ersuchte am 27. Juni 2016 um Erlass der Verfahrenskosten von Fr. 1'500.--, welche ihm mit Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 9./30. März 2016 auferlegt wurden. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Thurgau wies das Gesuch am 3. Oktober 2016 ab. Es stundete indessen die ausstehenden Verfahrenskosten bis 31. Mai 2017 und verfügte, dass der Betrag von Fr. 1'500.-- anschliessend in monatlichen Raten von Fr. 100.-- abzuzahlen sei. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Thurgau am 17. November 2016 ab, soweit es darauf eintrat.
Der Beschwerdeführer wendet sich ans Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des Entscheids vom 17. November 2016. Die Forderung für Verfahrenskosten von Fr. 1'500.-- sei ihm zu erlassen.
2.
Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die beschwerdeführende Partei kann in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen und im Einzelnen aufzuzeigen, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116).
3.
Forderungen aus Verfahrenskosten können von den Strafbehörden gestundet oder unter Berücksichtigung der wirtschaftlichen Verhältnisse der kostenpflichtigen Person herabgesetzt oder erlassen werden (Art. 425 StPO). Mit der Konzipierung von Art. 425 StPO als Kann-Bestimmung belässt der Gesetzgeber der Strafbehörde beim Kostenentscheid einen grossen Ermessens- und Beurteilungsspielraum, in welchen das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung eingreift (Urteile 6B_955/2016 vom 12. Oktober 2016 E. 4 und 6B_610/2014 vom 28. August 2014 E. 3).
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann (vgl. Art. 42 Abs. 2 BGG).
Der Beschwerdeführer rügt vorab, die Präsidentin der Vorinstanz sei befangen. Sie habe in den vergangenen Jahren etliche Fehlurteile durch Gerichtswillkür gefällt und wende diese verfassungsfeindliche Haltung auch in der vorliegenden Sache an. Indessen stellt der Umstand, dass eine Gerichtsperson an früheren Urteilen mitwirkte, mit denen der Beschwerdeführer nicht einverstanden ist, für sich keinen Befangenheitsgrund dar.
Der Beschwerdeführer wendet sich in der Beschwerde zu weiten Teilen gegen den ablehnenden Entscheid der Beschwerdegegnerin. Er verkennt, dass dieser nicht Gegenstand im Verfahren vor Bundesgericht ist (Art. 80 Abs. 1 BGG). Auf die diesbezüglichen weitschweifigen Ausführungen in der Beschwerde ist ebenso wenig einzutreten wie auf weitere Kritik, die der Beschwerdeführer an andern Entscheiden oder Verfahren übt.
Soweit der Beschwerdeführer auf den angefochtenen Entscheid Bezug nimmt, beschränken sich seine Ausführungen zur Hauptsache auf eine oberflächliche Kritik ohne sachbezogene und inhaltliche Auseinandersetzung mit den angefochtenen Erwägungen. Er wiederholt im Wesentlichen seine bereits vor den kantonalen Strafbehörden vorgebrachten Argumente, ohne aufzuzeigen, inwieweit der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht verletzen soll. Solches ist im Übrigen auch nicht ersichtlich. Der Beschwerdeführer bringt vor, seine finanzielle Lage würde nicht realitätsgerecht dargestellt. Er beruft sich insofern - wie bereits vor Vorinstanz - auf Auslagen gesundheitlicher Art, welche von der Krankenkasse nicht übernommen würden, auf eine notwendige Sanierung seiner Zähne, für welche er die erforderlichen Rücklagen nicht ersparen könne, und auf Unterstützungszahlungen, die er an seine finanziell schlecht gestellte Tochter und deren Kind ausrichte (Beschwerde, S. 4). Seine Ausführungen belegt er nicht. Er reicht lediglich einen Kostenvoranschlag für eine geplante Zahnbehandlung ein. Unter diesen Umständen kann der Vorinstanz aber nicht vorgeworfen werden, sie sei in Willkür verfallen oder habe ihr Ermessen verletzt, weil sie die weder detaillierten noch belegten Ausführungen des Beschwerdeführers nicht berücksichtigte. Im Übrigen scheint der Beschwerdeführer zu verkennen, dass es im vorliegenden Verfahren nicht um die Beurteilung der unentgeltlichen Rechtspflege geht und selbst eine dauernde Mittellosigkeit keinen Anspruch auf Erlass oder Stundung der Verfahrenskosten im Sinne von Art. 425 StPO begründet.
5.
Die Beschwerde ist im Verfahren gemäss Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Angesichts der konkreten Umstände kann ausnahmsweise auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird somit gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill