Faits :
A.
L'Union internationale des transports routiers (ci-après: l'Association), sise à Genève et immatriculée au registre de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) auprès de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) depuis 1995, a pour membres des organisations et associations nationales et internationales ainsi que des entreprises actives dans le secteur du transport routier. L'Association assume la responsabilité de l'organisation et du fonctionnement du régime du Transport international routier (ci-après: le régime TIR) et de ses carnets, un système de garantie internationale permettant aux camions de marchandises de traverser les frontières sans contrôle douanier jusqu'à destination.
Dans sa prise de position du 9 décembre 2002, l'Administration fédérale a considéré que la prestation que l'Association fournissait en lien avec la vente des carnets TIR relevait du cautionnement, exclu du champ de la TVA; elle a, par conséquent, débité un supplément d'impôt à titre de diminution de la déduction de l'impôt préalable. Le 10 juillet 2006, l'Association a adhéré à la méthode des taux de la dette fiscale nette, avec effet au 1er janvier 2007.
B.
B.a. Le 22 février 2010, l'Association a demandé à l'Administration fédérale de considérer ses prestations relatives à la vente des carnets TIR comme des services d'administration imposables, de sorte que les chiffres d'affaires découlant de la vente des carnets TIR donneraient droit à la restitution de l'impôt préalable. Elle a sollicité une réponse rapide afin de pouvoir se déterminer sur un éventuel changement de méthode de décompte (passage de la méthode de décompte des taux de la dette fiscale nette à la méthode de décompte effective); au cas où l'Administration fédérale fournirait sa réponse après le 31 mars 2010, l'Association l'a priée de lui confirmer qu'elle pourrait changer de méthode même après l'échéance de ce délai, avec effet au 1er janvier 2010. L'Association a reformulé cette requête par courriel du 23 mars 2010.
Par courrier électronique du 24 mars 2010, l'Administration fédérale a répondu au mandataire de l'Association:
"Si votre client voudrait se baser sur notre prise de position à venir pour changer de méthode de décompte, alors il aura encore la possibilité, à titre exceptionnel et d'entente avec les chefs de la Division de perception, de le faire à réception de notre réponse à venir (vraisemblablement en début avril 2010), nonobstant l'expiration du délai du 31 mars 2010".
B.b. Par courrier du 26 novembre 2010, l'Administration fédérale a sollicité de l'Association la production de divers documents pour se déterminer sur sa requête du 22 février 2010, en précisant que:
"A l'issue de ce contrôle, votre cliente pourra décider du changement de méthode de décompte avec effet au 1er janvier 2010, le cas échéant en communiquant sa décision à notre Division de Perception".
Par courrier du 15 mars 2011, l'Association a sollicité l'accord de principe de l'Administration fédérale sur les points suivants:
"- Que le traitement TVA des carnets TIR que nous venons de présenter peut être appliqué.
- Que l'approche économique de la clé de la rectification de l'impôt préalable est cohérente. Le cas échéant, elle sera appliquée rétroactivement à l'exercice 2010 en tenant compte également du changement de régime (forfaitaire à effectif) avec effet au 1er janvier 2010".
B.c. Dans sa prise de position du 25 mars 2011, l'Administration fédérale n'a pas donné suite à la requête du 15 mars 2011. Elle a, par ailleurs, estimé que les services rendus par l'Association pour faciliter le transit douanier procédaient de prérogatives étatiques en matière de dédouanement et qu'elles n'ouvraient, partant, pas de droit à la déduction de l'impôt préalable. Par courrier du 27 avril 2011, l'Administration fédérale a refusé de reconsidérer cette position. Le 30 mai 2011, l'Association a sollicité le prononcé d'une décision formelle à ce sujet et s'est réservé le droit de changer de mode de décompte avec effet rétroactif au 1er janvier 2010, conformément au courrier électronique de l'Administration fédérale du 24 mars 2010.
B.d. Par décision du 7 décembre 2012, l'Administration fédérale a constaté que l'Association avait acquitté à bon droit la somme de 9'095 fr. de TVA pour les périodes de décompte allant du 1er trimestre au 2ème trimestre 2010. A travers l'émission des carnets TIR, l'Association exerçait, en effet, une activité relevant de l'exercice de la puissance publique qui était exclue du champ de l'impôt, de sorte que les charges liées à ces prestations n'ouvraient pas le droit à la déduction de l'impôt préalable. A cette occasion, l'Administration fédérale ne s'est pas prononcée sur le droit de l'Association de changer de méthode de décompte avec effet au 1er janvier 2010.
B.e. Saisie d'une réclamation contre cette décision, l'Administration fédérale, par décision du 29 avril 2014, a partiellement admis celle-ci, en concédant que les prestations de l'Association liées à la gestion du système TIR, ainsi que du système de garantie constituaient des activités entrepreneuriales entrant dans le champ de la TVA. En outre, l'autorité fiscale a considéré que l'intéressée s'était vu offrir la possibilité de changer de méthode à titre exceptionnel dès réception de la prise de position requise concernant le traitement TVA des prestations fournies. L'Administration fédérale a, enfin, expliqué que sa prise de position était intervenue le 25 mars 2011, sans que la recourante ne saisît pour autant l'occasion de modifier sa méthode de décompte. Par conséquent, elle a fixé le montant dû par l'assujettie à 2'307 fr.
Le 29 mai 2014, l'Association a interjeté recours contre la décision du 29 avril 2014 auprès du Tribunal administratif fédéral, en concluant à son annulation partielle et au renvoi de la cause à l'Administration fédérale, afin qu'elle admette le changement de méthode de décompte dès le 1er janvier 2010 ou, subsidiairement, dès le 1er janvier 2012. Par arrêt du 10 novembre 2015, le Tribunal administratif fédéral a rejeté ce recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Association demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 10 novembre 2015 "s'agissant de la modification de la méthode de décompte et du passage de la méthode des taux de la dette fiscale nette à la méthode de décompte effective, dès le 1er janvier 2010 ou à titre subsidiaire dès le 1er janvier 2012", puis de renvoyer la cause à l'Administration fédérale pour que celle-ci admette le changement de méthode de décompte dès le 1er janvier 2010, subsidiairement dès le 1er janvier 2012, et détermine la créance de l'assujettie en lien avec la déduction de l'impôt préalable, sur la base des décomptes TVA à remettre en application de la méthode effective de décompte. En outre, la recourante conclut à ce que l'Administration fédérale soit condamnée au paiement d'un intérêt rémunératoire en sa faveur, calculé sur l'impôt préalable qui devra lui être restitué pour les périodes dès le 1er janvier 2010, subsidiairement dès le 1er janvier 2012.
L'Administration fédérale conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer. Dans sa réplique du 15 février 2016, l'Association a persisté dans les conclusions de son recours.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt entrepris constitue une décision finale (art. 90 LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la recourante qui, directement touchée par la décision entreprise et ayant un intérêt digne de protection à son annulation ou modification, a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. ATF 139 I 229 consid. 2.2 p. 232; arrêt 2C_850/2014 du 10 juin 2016 consid. 3, non publié in ATF 142 II 388).
3.
L'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; ci-après: aLTVA), entrée en vigueur le 1er janvier 2001, a été abrogée avec effet au 31 décembre 2009 par la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20). Sous réserve d'exceptions, les normes de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Le présent litige portant sur les périodes fiscales du 1er trimestre 2010 au 4e trimestre 2014, c'est exclusivement la nouvelle LTVA qui trouve application.
4.
Le litige porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a confirmé le refus notifié par l'Administration fédérale à l'Association de changer - à partir du 1er janvier 2010, subsidiairement pour la période fiscale de 2012 - de méthode de décompte pour les périodes fiscales de 2010 à 2014, en passant de la méthode des taux de la dette fiscale nette (art. 37 LTVA; cf. arrêt 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 4.2, in Archives 79 p. 599) à la méthode de décompte effective (art. 36 LTVA).
5.
La recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir établi les faits de manière manifestement erronée en retenant qu'elle n'avait jamais indiqué de façon claire et définitive son choix de passer à la méthode effective. Cette constatation serait clairement contredite par le courrier de la recourante du 15 mars 2011, ce que l'Administration fédérale conteste.
5.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire arbitraire (cf., sur cette notion, ATF 140 I 201 consid. 6.1 p. 205) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF; ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). Une décision n'est donc pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375).
5.2. Savoir ce que la recourante voulait obtenir par son courrier du 15 mars 2011 relève du fait (cf. ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 412 s.; arrêt 2C_402/2013 du 20 août 2013 consid. 4.4.1, résumé in sic! 12/2013 p. 756), que le Tribunal fédéral n'examine que sous l'angle de l'arbitraire (cf. art. 105 LTF; cf. ATF 138 III 659 consid. 4.2.1 p. 666; arrêt 2C_402/2013 du 20 août 2013 consid. 4.4.1, résumé in sic! 12/2013 p. 756).
5.3. Contrairement à ce que semble affirmer la recourante, le Tribunal administratif fédéral a tenu compte de son courrier du 15 mars 2011, qu'il a mentionné explicitement à la let. D, ainsi qu'implicitement au consid. 6.1 de l'arrêt entrepris. Il a toutefois considéré que, dans ses "diverses écritures" (arrêt, p. 12), l'Association s'était "réservé le droit de changer de méthode", sans jamais opérer un tel choix. Il faut partant déterminer si, sur cette base, le Tribunal administratif fédéral a
versé dans l'arbitraire en constatant que l'Association n'a, durant les périodes litigieuses, pas opéré de choix quant au changement de méthode de décompte TVA.
5.4. Le courrier de la recourante du 15 mars 2011 (cf. let. B.b supra) répond à celui de l'Administration fédérale du 26 novembre 2010, dans lequel cette dernière sollicitait des éclaircissements, tout en permettant à l'Association de changer de méthode de décompte avec effet au 1er janvier 2010 "[à] l'issue de ce contrôle". Déférant à cette demande, l'Association a, en annexe à son courrier du 15 mars 2011, ventilé ses prestations fournies en lien avec la vente des carnets TIR, en distinguant entre les opérations de cautionnement qui sont d'emblée exclues du champ d'application de la TVA et ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable (art. 21 al. 2 ch. 19 let. b, 22 al. 2 let. a et 29 LTVA), et les services facilitant le transit douanier qui, selon l'Association, constituaient une opération soumise à la TVA et donc susceptible de donner lieu au remboursement de l'impôt préalable. L'Association a ensuite requis l'accord de principe de l'Administration fédérale au sujet de la répartition proposée ("que le traitement TVA [...] peut être appliqué") et de la cohérence de l'approche économique de la clef de la rectification de l'impôt préalable soumise. En cas d'accord de principe par l'autorité ("Le cas échéant..."), l'Association a conclu à ce que l'Administration fédérale appliquât rétroactivement à l'exercice 2010 la méthode du décompte effectif. Il s'ensuit que l'Association a uniquement réservé son choix, en conditionnant celui-ci à l'admission par l'Administration fédérale que les prestations en cause étaient imposables; or, dans sa prise de position subséquente, qui précédait son revirement de position sur réclamation du 29 avril 2014, l'Administration fédérale avait refusé d'adhérer aux arguments de l'intéressée.
5.5. Par conséquent, en retenant que l'Association n'avait pas manifesté un choix définitif de changer de méthode de décompte, le Tribunal administratif fédéral ne peut pas se voir reprocher d'avoir établi les faits de façon arbitraire ou contraire au droit.
6.
En lien avec la confirmation par le Tribunal administratif fédéral du refus du 29 avril 2014 d'autoriser l'Association à changer de méthode de décompte dès 2010, celle-ci se plaint en substance, premièrement, de la violation de l'art. 69 LTVA (consid. 6.2), deuxièmement, de la violation de la protection de la confiance (consid. 6.3) et, troisièmement, de la violation de l'interdiction de l'abus de droit (consid. 6.4).
6.1. On notera, à titre préliminaire, que les arguments de la recourante établissent un amalgame entre, d'une part, la question du caractère imposable (exercice ou non de la puissance publique) d'une partie des prestations fournies par l'assujettie en lien avec les carnets TIR et, d'autre part, la question du changement de sa méthode de décompte. Or, le moment du changement de méthode de décompte TVA ne dépend pas juridiquement de la qualification de ce type de prestations - qui ne constituent qu'une partie du chiffre d'affaires total - fournies par l'assujettie. Seule la question litigieuse du délai pour changer la méthode de décompte TVA sera partant examinée.
6.2. La recourante prétend que le courriel que l'Administration fédérale lui a envoyé le 24 mars 2010 et dans lequel elle l'autorisait, sans réserves, à opter pour un changement de méthode de décompte à réception de sa réponse à venir, nonobstant l'expiration du délai légal au 31 mars 2010, constitue un renseignement selon l'art. 69 LTVA.
6.2.1. Conformément à l'art. 69 LTVA, l'Administration fédérale renseigne dans un délai raisonnable l'assujetti qui demande par écrit à être informé des conséquences, en matière de TVA, d'une situation concrète décrite avec précision. Le renseignement donné est contraignant pour l'assujetti qui a formulé la question et pour l'Administration fédérale; il ne peut se rapporter à aucune autre situation. Selon le Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA, du 25 juin 2008, l'art. 69 LTVA codifie une pratique établie depuis plusieurs années en matière de renseignements ("rulings") de l'autorité, considérés comme étant contraignants en vertu du principe de la bonne foi (FF 2008 6277, p. 6384 s.; cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, 2009, n. 360 p. 106 s.; JEANNINE MÜLLER, ad art. 69 LTVA, in Commentaire LTVA, 2015, n. 2 p. 1146; voir aussi arrêt 2C_423/2012 du 9 décembre 2012 consid. 3.4, in Archives 81 p. 588). D'après la doctrine, dans son renseignement (pratique justifiée par le principe de l'auto-taxation; cf. ATF 142 II 113 consid. 9.1 p. 126; arrêt 2C_596/2016 du 11 janvier 2017 consid. 3.2.1), l'Administration fédérale doit traiter exclusivement des questions et qualifications juridiques en matière de TVA qui s'avèrent pertinentes pour se prononcer sur l'état de fait concret que le requérant lui expose. Le droit d'obtenir des renseignements ne porte ainsi pas sur des actions tendant à l'établissement ou à la correction d'une créance fiscale (cf. CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER/JUNG/PROBST, Handbuch zum MWStG, 3e éd., 2012, n. 2181 p. 813; MÜLLER, op. cit., n. 8 et 12 p. 1148 s.). Peut en revanche faire l'objet d'une demande de renseignement la question de la compatibilité au droit d'une méthode de décompte élaborée par l'assujetti (BAUMGARTNER/CLAVADETSCHER/ KOCHER, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, n. 103 p. 238).
6.2.2. Compte tenu de ces principes, c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a jugé que le courriel du 24 mars 2010 ne constituait pas un renseignement au sens de l'art. 69 LTVA. L'Administration fédérale y réservait, en effet, l'adoption d'une future prise de position au sujet de la qualification juridique à donner, au regard de la LTVA, aux prestations relatives à la vente des carnets TIR, que l'Association souhaitait voir (en partie) imposées en tant que services d'administration; or, ce renseignement écrit, annoncé dans ledit courriel, est intervenu le 25 mars 2011. Hormis l'annonce qu'il contient, le courriel du 24 mars 2010 a accordé à l'Association un délai supplémentaire, allant exceptionnellement au-delà du délai légal en raison de la "complexité du dossier et d'une surcharge de cas en suspens", afin de lui permettre de choisir la méthode de décompte une fois cette future prise de position communiquée. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, l'octroi du délai dérogatoire ne constitue donc pas un renseignement matériel liant le fisc à son égard, mais une pure mesure procédurale, qui plus est transitoire, prise dans l'attente du renseignement requis. Le grief tiré de l'art. 69 LTVA sera partant écarté. En revanche, le renseignement demandé par la recourante, à savoir le caractère imposable de certaines de ses prestations et, partant, son droit à déduction de l'impôt préalable relèvent de l'art. 69 LTVA (cf. consid. 6.3.5 infra).
6.3. Sous l'angle du principe de la confiance, la recourante estime que la réponse que l'Administration fédérale lui a donnée concernant la possibilité de changer de méthode de décompte au-delà du délai légal constitue une promesse. L'Administration fédérale n'ayant fixé à l'Association aucun délai spécifique pour notifier sa demande de changement de méthode, mais ayant mentionné "l'issue du contrôle", l'intéressée soutient qu'elle devait logiquement s'attendre à pouvoir changer rétroactivement de méthode - au 1er janvier 2010, subsidiairement au 1er janvier 2012 - à réception d'une "réponse définitive sur le traitement TVA de ses prestations" (recours, p. 20), soit dans un délai approprié suivant la décision sur réclamation du 29 avril 2014.
6.3.1. Dans son arrêt querellé, le Tribunal administratif fédéral a jugé que la tolérance accordée à la recourante de communiquer son choix à réception de la prise de position de l'autorité fiscale constituait une promesse susceptible d'être couverte par le principe de la bonne foi. Dès lors que cette promesse était contraire à la loi et que le principe du changement de méthode de décompte ne visait pas à procurer un avantage fiscal aux assujettis, mais à faciliter les démarches administratives, il convenait de l'interpréter de manière restrictive, comme permettant à l'Association de choisir la méthode après avoir pris connaissance de la première prise de position par l'autorité fiscale du 25 mars 2011, mais pas jusqu'à la fin d'une éventuelle procédure de réclamation. Que cette prise de position se soit avérée erronée sur le fond et que l'Administration fédérale se soit contredite à plusieurs reprises ou soit en partie restée inactive n'y changeait rien. Même si la promesse devait être interprétée dans un sens plus étendu, la recourante ne pouvait se prévaloir de la protection de la confiance: assistée d'un avocat et ayant reconnu que le délai légal pour changer de méthode arrivait à échéance le 31 mars 2010, celle-ci aurait en effet pu se rendre compte aisément de l'illégalité de la tolérance accordée. Il y avait de plus lieu de privilégier le principe de la légalité en matière fiscale sur le principe de la bonne foi.
6.3.2. Ancré à l'art. 9 Cst., et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi confère au citoyen, à certaines conditions, le droit d'exiger des autorités qu'elles se conforment aux promesses ou assurances précises qu'elles lui ont faites et ne trompent pas la confiance qu'il a légitimement placée dans ces promesses et assurances. Un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (b) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (c) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (d) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, et (e) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (cf. ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193; 131 II 627 consid. 6.1 p. 636). Les conditions fixées par le principe général de la bonne foi ancré à l'art. 9 Cst. sont plus générales et s'interprètent en principe de manière plus restrictive que celles découlant de la pratique du fisc codifiée à l'art. 69 LTVA (cf. consid. 6.2 supra; MÜLLER, op. cit., n. 2 p. 1146 et n. 11 p. 1149; voir aussi ATF 141 I 161 consid. 3.1 p. 164). Par ailleurs, de jurisprudence constante, le droit fiscal est dominé par le principe de la légalité (art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst.), de sorte que le principe de la bonne foi n'exerce qu'une influence limitée dans ce domaine du droit administratif, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; arrêt 2C_334/2014 du 9 juillet 2015 consid. 2.5.3, résumé in RF 70/2015 p. 775, et les références citées; contra: XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, n. 73 p. 54 s.; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., n. 355 p. 104).
6.3.3. Tel que l'ont pertinemment retenu les précédents juges, le courriel de l'Administration fédérale envoyé à l'Association le 24 mars 2010 (qui a d'ailleurs été confirmé par le courriel du 26 novembre 2010), lui accordant le droit d'effectuer son choix quant à la méthode de décompte pour la période de 2010 au-delà du délai légal, revêt les caractéristiques d'une assurance ou promesse, au sens de l'art. 9 Cst. L'Administration fédérale, à savoir l'autorité compétente en matière de détermination et de perception de la TVA grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et de l'impôt sur les acquisitions (cf. art. 65 al. 1 LTVA), est, de surcroît, intervenue dans une situation concrète à l'égard de l'Association, à savoir concernant l'application d'une méthode de décompte spécifique à une période d'assujettissement particulière.
6.3.4. Encore faut-il s'interroger sur le contenu exact de l'assurance donnée. A ce titre, le Tribunal administratif fédéral a jugé que les termes "à réception" de la prise de position à venir figurant au courriel du 24 mars 2010, ou encore les termes "à l'issue du contrôle" mentionnés dans le courrier du 26 novembre 2010, démontraient que la recourante n'était pas légitimée à faire part de son choix ensuite du traitement définitif de ses prestations, mais plutôt dans un délai convenable dès la première prise de position de l'Administration fédérale du 25 mars 2011.
Le courriel de l'Administration fédérale du 24 mars 2010 autorisant l'Association, "à titre exceptionnel", de changer de méthode "à réception de notre réponse à venir", fait suite à la requête de l'intéressée du 23 mars 2010 à pouvoir changer de méthode rétroactivement, une fois la prise de position de l'autorité fiscale retenue, peu importe que celle-ci intervienne après l'échéance légale du 31 mars 2010 (cf. art. 114 LTVA et 166 al. 3 OTVA). Le courriel du 24 mars 2010 octroie ainsi explicitement la prolongation jusqu'à réception de la prise de position au plus tard. Quant au courrier de l'Administration fédérale du 26 novembre 2010, il demande des éclaircissements à l'assujettie dans la (seule) perspective de permettre à cette autorité de prendre position sur la qualification des prestations fournies en lien avec la vente des carnets TIR. C'est donc à bon droit que les précédents juges ont interprété les termes "à l'issue de ce contrôle" comme octroyant une prolongation dérogatoire uniquement jusqu'à la fin de l'examen du caractère imposable ou non des prestations susmentionnées. Contrairement à ce que semble prétendre la recourante, une nouvelle extension au-delà de la première prise de position de l'Administration fédérale ne résulte pas de ces documents.
6.3.5. Un autre argument, d'ordre procédural, corrobore l'interprétation selon laquelle le délai dérogatoire accordé par l'Administration fédérale ne s'étendait pas au-delà de la date d'obtention de la prise de position, soit du renseignement, sollicitée par l'Association quant à la qualification juridique des prestations relatives aux carnets TIR, en d'autres termes que ce délai n'englobait pas la procédure de réclamation ou une éventuelle procédure judiciaire subséquentes à la prise de position du 25 mars 2011. En effet, la phase de la prise de position est distincte d'une éventuelle phase contentieuse ultérieure. Dans la première phase, l'assujetti peut requérir de l'Administration fédérale un renseignement contraignant selon l'art. 69 LTVA, qui n'est en règle générale pas assimilable à une décision (cf. arrêt 2C_423/2012 du 9 décembre 2012 consid. 3.4; MÜLLER, op. cit., n. 12 p. 1149). La notification du renseignement par l'Administration fédérale met en principe fin à cette procédure particulière. Si le renseignement fourni ne convainc pas l'assujetti, celui-ci devra, d'après l'avis de la doctrine dominante, solliciter sa formalisation dans une décision de constatation attaquable, qui marquera l'ouverture d'une procédure séparée (cf. arrêt 2C_423/2012 du 9 décembre 2012 consid. 3.4, qui ne prend pas position sur ce point; BAUMGARTNER/CLAVADETSCHER/KOCHER, op. cit., n. 35 p. 306; BEATRICE BLUM, ad art. 69 LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n. 12 p. 464; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER/JUNG/ PROBST, op. cit., n. 2189 p. 815; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., n. 149 p. 840; MÜLLER, op. cit., n. 13 p. 1150; MARLISE RÜEGSEGGER, Ausgewählte Aspekte des neuen Verfahrensrechts, in Archives 79, p. 85 ss, 90 s.).
En l'espèce, l'Association a requis un renseignement contraignant au sujet de la qualification juridique de ses prestations en lien avec les carnets TIR, ce à quoi l'Administration fédérale a répondu dans sa prise de position du 25 mars 2011, en clôturant ainsi ladite phase procédurale. En sollicitant une formalisation de cet avis par une décision, l'assujettie a ensuite ouvert une procédure nouvelle et distincte. Du point de vue systématique, il était ainsi cohérent de considérer que l'assurance donnée à l'Association, qui évoquait la "prise de position" de l'Administration fédérale, respectivement l'issue de son contrôle, concernait uniquement la phase du renseignement, sans s'étendre à la phase contentieuse distincte engagée par la recourante. Que le résultat auquel l'autorité fiscale est parvenue dans sa prise de position n'ait pas convenu à l'assujettie et se soit par la suite avéré comme erroné ne permet pas de réinterpréter en faveur de celle-ci les termes dérogatoires suffisamment précis que recouvre la promesse fournie.
6.3.6. Par conséquent, il convient de confirmer la position du Tribunal administratif fédéral selon laquelle la promesse donnée par l'Administration fédérale à la recourante, en vertu de laquelle celle-ci pouvait communiquer son éventuel choix de changer de méthode de décompte au-delà du délai légal échéant le 31 mars 2010, ne s'étendait en tout état pas au-delà de la notification de la prise de position du 25 mars 2011. Or, dès lors que, contrairement à ce qu'elle affirme (consid. 4 supra), durant la période litigieuse, l'assujettie s'est contentée de réserver son droit à un changement sans jamais opter pour celui-ci, elle ne saurait obliger l'autorité fiscale à tolérer un tel changement rétroactif pour les périodes de 2010 à 2014. Il n'est, partant, pas nécessaire d'examiner si les autres conditions fondant la bonne foi sont remplies.
6.4. En troisième lieu, la recourante considère, en substance, que la position de l'Administration fédérale, confirmée par le Tribunal administratif fédéral, de lui refuser de décompter selon la méthode effective dès le 1er janvier 2010 constitue un abus de droit. Elle indique avoir opté, en 2006, pour la méthode de la dette fiscale nette parce qu'à cette époque, l'autorité fiscale avait qualifié les prestations en lien avec les carnets TIR comme étant exclues du champ de l'impôt. La confirmation de cette position erronée par l'Administration fédérale dans son courrier du 25 mars 2011 rendait absurde tout passage vers la méthode effective. Ce n'est partant qu'au stade de la reconsidération de sa position par l'Administration fédérale, au titre de la décision sur réclamation du 29 avril 2014, qu'un changement de la méthode de décompte entrait en ligne de compte, en tant que "conséquence logique de la qualification fiscale des prestations de la recourante".
6.4.1. A teneur de l'art. 2 al. 2 CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. La règle prohibant l'abus de droit permet au juge de corriger les effets de la loi dans certains cas où l'exercice d'un droit allégué créerait une injustice manifeste. L'existence d'un abus de droit se détermine selon les circonstances concrètes de l'espèce, en s'inspirant des diverses catégories mises en évidence par la jurisprudence et la doctrine. Les cas typiques en sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (ATF 135 III 162 consid. 3.3.1 p. 169; arrêt 1C_430/2009 du 4 février 2010 consid. 3.1, in RNRF 94/2013 p. 186).
6.4.2. Les délais pour changer de méthode de décompte sont déterminés dans la loi et ne sauraient donc en principe, à défaut d'une base légale expresse pour ce faire, donner lieu à des prolongations dérogatoires de la part de l'Administration fédérale. Ainsi, l'art. 37 al. 4 LTVA in fine prévoit que tout changement de méthode de décompte doit être opéré pour le début d'une période fiscale. L'art. 81 al. 1 de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201) prescrit que les assujettis qui veulent passer de la méthode des taux de la dette fiscale nette à la méthode effective doivent le communiquer par écrit à l'Administration fédérale au plus tard 60 jours après le début de la période fiscale à partir de laquelle le passage doit avoir lieu, étant ajouté qu'en cas d'annonce tardive, le passage a lieu au début de la période fiscale suivante. Tout en octroyant aux assujettis la possibilité d'exercer une nouvelle fois les options ménagées par la LTVA à l'entrée en vigueur de la nouvelle législation sur la TVA au 1er janvier 2010, le législateur fédéral a néanmoins fixé aux assujettis des délais impératifs pour y procéder. Ainsi, l'art. 114 LTVA prévoit:
al. 1: "A l'entrée en vigueur de la présente loi, les assujettis peuvent exercer une nouvelle fois les options qu'elle prévoit. Dans la mesure où ces options doivent être exercées dans un délai déterminé, ce délai commence à courir à la date de l'entrée en vigueur de la présente loi."
al. 2: "Si l'assujetti ne s'exprime pas dans les 90 jours qui suivent l'entrée en vigueur de la présente loi sur les options qui lui sont offertes, il est présumé conserver l'option qu'il avait choisie, pour autant que la loi le lui permette".
Quant à l'art. 166 al. 3 OTVA, il précise que, "[p]our les cas dans lesquels l'art. 114, al. 2, LTVA prévoit un délai de 90 jours, ce délai prime le délai de 60 jours prévu aux art. 79, 81 et 98 de la présente ordonnance". Il s'ensuit que le législateur fédéral a voulu se montrer restrictif par rapport au délai permettant à l'assujetti de choisir l'une ou l'autre des méthodes de décompte.
On ajoutera que le législateur prévoit, de surcroît, des délais de carence durant lesquels il est interdit à l'assujetti de changer de méthode de décompte. Ainsi, l'art. 37 al. 4 LTVA prévoit un laps de temps minimum de trois ans pendant lequel la méthode effective choisie doit être utilisée par l'assujetti. Quant à l'assujetti qui souhaite établir son décompte selon la méthode des taux de la dette fiscale nette, il doit appliquer cette méthode pendant au moins une période fiscale.
6.4.3. Cette rigueur dans le choix de la méthode de décompte s'explique notamment par les objectifs qui sont poursuivis par le législateur à cet égard. Tel que l'a exposé à bon droit le Tribunal administratif fédéral (arrêt attaqué, consid. 4.2), la possibilité donnée à l'assujetti d'opter pour la méthode des taux de la dette fiscale nette a en effet pour fonction d'alléger les démarches administratives de l'assujetti relatives à la tenue de la comptabilité et au décompte d'impôt; elle ne cherche pas à lui procurer un avantage financier. Partant, la loi veut éviter que l'assujetti ne puisse opter, rétroactivement, pour l'une ou l'autre méthode selon le traitement fiscal qui serait le plus avantageux au vu de sa situation; peu importent les motifs pour lesquels un assujetti fait le choix d'une certaine méthode de décompte (cf. arrêt 2A.518/2002 du 7 août 2003 consid. 3.2, in Archives 73 p. 664; cf., par rapport aux périodes de carence, FF 2008 6277, p. 6371; cf. aussi consid. 6.1 supra).
6.4.4. En l'espèce, on peut comprendre que le passage à la méthode effective n'aurait revêtu un intérêt pratique pour la recourante qu'à la condition que l'Administration fédérale revînt sur la qualification juridique des prestations en lien avec les carnets TIR et sur leur caractère imposable. Or, l'autorité fiscale s'y était refusée dans sa prise de position du 25 mars 2011, avant de modifier son point de vue dans le cadre de la phase contentieuse, dans sa décision sur réclamation du 29 avril 2014. Au vu du choix univoque du législateur, d'une part, d'autoriser le changement de méthode de décompte à l'intérieur de délais légaux stricts et, d'autre part, d'éviter que les assujettis ne puissent opter pour un système ou un autre selon leurs convenances financières ou pour d'autres motifs, c'est à tort que la recourante se plaint, par le biais du grief de l'abus de droit, de ce que l'autorité fiscale ait refusé de prolonger le délai pour opérer un choix de méthode au-delà de la prolongation de délai déjà accordée.
On rappellera finalement que l'impossibilité pour l'assujettie de changer rétroactivement de méthode de décompte ne concerne que les périodes fiscales écoulées (2010 à 2014) et qu'il lui a été loisible d'opter pour le décompte effectif pour les périodes fiscales ultérieures à réception de la décision sur réclamation rectifiant la position de l'Administration fédérale au sujet des prestations liées aux carnets TIR, de sorte qu'il ne saurait être ici question d'une disproportion manifeste des intérêts. Le grief tiré de l'abus de droit sera ainsi écarté.
6.5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Compte tenu de l'issue du litige, nul n'est besoin d'examiner la demande de la recourante tendant à ce que l'Administration fédérale soit condamnée à lui verser un intérêt rémunératoire selon l'art. 88 al. 4 LTVA.
7.
Les frais judiciaires seront en conséquence mis à la charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 26 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Chatton