Faits :
A.
A.a. La société anonyme X._ SA, dénommée jusqu'en 2011 A._ SA (ci-après: la Société), a été inscrite au registre du commerce genevois jusqu'en 2014, année de son transfert dans le canton de Fribourg. Administrée par A._, président du Conseil d'administration, elle a pour but statutaire la fourniture de tous les services entrant dans les domaines d'activité d'une fiduciaire.
En 1999, A._ et B._ ont constitué à Chypre un partenariat dénommé "A.B._ & Partners" puis "A._ & Partners" (ci-après: le Partenariat), auquel la Société a participé en tant que commanditaire à partir de l'année 2004. Lors de sa constitution, le Partenariat s'est vu accorder l'autorisation d'exercer une activité commerciale à Chypre par la Central Bank of Cyprus. Il détenait les actions de sociétés incorporées dans diverses juridictions, dont le Panama et les Îles Vierges Britanniques.
A.b. Pour l'année 2004, la Société a reporté dans sa déclaration fiscale un bénéfice net de 220'853 fr. et un bénéfice imposable dans le canton de Genève du même montant. La décision de taxation 2004, intervenue le 21 décembre 2005, a été établie par l'Administration fiscale cantonale de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) sur la base du bénéfice imposable déclaré. Il en découlait un impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) de 37'987 fr. 05 et un impôt fédéral direct (ci-après: IFD) de 5'387 fr. 10. La décision de taxation n'a pas été contestée et est entrée en force.
A.c. Dans sa déclaration fiscale 2005, remise en juillet 2006, la Société a déclaré un "bénéfice net" selon compte de pertes et profits de 586'897 fr., un bénéfice non imposable en Suisse (respectivement dans le canton) de - 1'176'726 fr., d'où il découlait un bénéfice imposable en Suisse (respectivement dans le canton) de - 589'829 fr. Elle joignait à sa déclaration:
- le bilan (recte: le compte de profits et pertes; art. 105 al. 2 LTF) de l'exercice 2005, comportant également les chiffres de l'exercice 2004, qui mentionnait en 2005 un "revenu des participations" de 1'176'726 fr.;
- une annexe aux comptes 2005 et 2004, qui comportait, sous le titre "Participations importantes", la mention "A._ Cyprus, but: activités fiduciaires, commandite", pour une valeur de 207'844 fr. en 2005 et en 2004;
- un tableau intitulé "Répartition internationale du bénéfice au 31.12.2005" faisant état, sous la rubrique "Revenus établissement stable", d'un montant de 1'176'726 fr. attribué à l'étranger.
Les 8 janvier et 12 février 2007, l'Administration cantonale a demandé à la Société des renseignements dans le cadre de l'établissement de sa taxation 2005. Elle a notamment demandé "le détail et tous renseignements utiles concernant le poste "revenu des participations" de 1'176'726 fr.". Le 28 février 2007, la Société a répondu que ce montant correspondait à la rémunération qu'elle avait perçue en sa qualité de "limited partner" du Partenariat et qui ressortait des comptes commerciaux 2005 du Partenariat, qu'elle annexait à son courrier.
Dans ce document apparaissait le bénéfice réalisé par le Partenariat en 2005 (1'300'328 fr.) et en 2004 (695'868 fr.), dont respectivement 831'726 fr. en 2005 et 345'000 fr. en 2004 étaient attribués à "A._ SA" (soit à la Société). La somme de ces deux chiffres était égale à 1'176'726 fr. et correspondait au montant figurant dans la déclaration d'impôt 2005 de la Société. Il ressortait par ailleurs des comptes du Partenariat que celui-ci avait comptabilisé des charges salariales ("staff costs") pour un montant de 25'740 fr. en 2005 et de 24'667 fr. en 2004.
Par courrier du 14 mars 2007 réitéré le 14 juin 2007, l'Administration cantonale a encore demandé à la Société de lui transmettre une attestation d'assujettissement à l'impôt du Partenariat à Chypre et les justificatifs des impôts qui y avaient été acquittés pour l'année 2005. La Société a répondu à cette demande le 29 juin 2007 en transmettant à l'Administration cantonale:
- une attestation, établie le 29 juin 2007 par le Ministre des finances chypriote, selon laquelle la Société disposait d'un établissement à Chypre, dont le bénéfice était assujetti dans ce pays depuis le 1 er janvier 2005;
- la déclaration d'impôt de la Société à Chypre pour l'année 2005, mentionnant un bénéfice imposable avant impôt de CYP 309'814, correspondant à 831'726 fr.;
- un ordre de paiement du Partenariat daté du 22 juin 2007 à sa banque, d'un montant de CYP 31'562.24 portant la mention "Cyprus tax".
Le 23 juillet 2007, l'Administration cantonale a procédé à l'imposition de la Société pour l'année 2005 conformément à sa déclaration fiscale. Elle a retenu un bénéfice imposable (recte: un bénéfice net ressortant du compte de pertes et profits; art. 105 al. 2 LTF) de 586'897 fr., un bénéfice non imposable en Suisse, respectivement dans le canton, de -1'176'726 fr. et un bénéfice imposable en Suisse, respectivement dans le canton, de 586'897 fr. (recte: de - 589'829 fr.; art. 105 al. 2 LTF). Il en découlait qu'aucun impôt sur le bénéfice n'était dû pour la période fiscale 2005. La contribuable n'a pas contesté cette décision de taxation, qui est partant entrée en force.
A.d. Pour les périodes fiscales 2003 à 2005, les époux A._ ont rempli leurs déclarations fiscales en faisant notamment état des revenus que A._ avait perçus en relation avec l'activité indépendante exercée auprès du Partenariat.
Dans les décisions de taxation qui en ont découlé pour les années 2003 et 2004, l'Administration cantonale n'a pas intégré les revenus provenant du Partenariat dans l'assiette imposable des époux A._, mais en a tenu compte pour fixer le taux de l'impôt. Ces décisions de taxation n'ont pas été contestées et sont entrées en force.
Le 4 décembre 2009, l'Administration cantonale a demandé à A._, dans le cadre de la procédure de taxation 2005 qui n'était pas encore intervenue pour ces contribuables, des informations concernant la nature exacte de l'activité exercée par le Partenariat à Chypre, ainsi qu'une copie du contrat de bail à loyer des locaux que celui-ci occupait. Le 15 décembre 2009, l'intéressé a répondu que le Partenariat exerçait l'activité pour laquelle il avait été autorisé à Chypre, sous la direction de C._. Il a notamment joint à son courrier un document attestant que le Partenariat payait un loyer mensuel de CYP 170 pour des locaux. Le 20 mai 2010, il a encore indiqué que C._ sous-traitait des tâches d'assistance administrative et que les honoraires en lien avec ces mandats, qui ne requéraient qu'un travail restreint et qui n'exigeaient pas la présence des associés à Chypre, étaient facturés par le Partenariat ou par ses filiales. Les activités nécessitant des services professionnels avaient en revanche été exercées et étaient facturées par la Société à Genève. Après l'entrée de Chypre dans l'Union européenne, les activités du Partenariat avaient diminué pour s'éteindre en 2007.
Par décisions de taxation 2005 du 1er décembre 2010, confirmées sur réclamation le 6 juillet 2011, l'Administration cantonale a procédé à l'imposition des époux A._ en ajoutant à l'assiette de l'impôt une part du résultat du Partenariat, le bureau chypriote ne pouvant pas être reconnu comme établissement stable à l'étranger.
A.e. Le 26 mars 2012, l'Administration cantonale a informé la Société de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2004, 2005, 2009 et 2010. Des procédures en rappel et en soustraction d'impôt ont aussi été ouvertes à l'encontre des époux A._.
Entre mai 2012 et février 2013, les intéressés ont été entendus par l'Administration cantonale et de nombreux échanges de correspondance sont intervenus. La Société a notamment indiqué à l'Administration cantonale qu'il n'existait pas d'acte constitutif du Partenariat, hormis l'autorisation d'exercer une activité économique qui avait été délivrée par l'autorité compétente chypriote en 1999.
B.
B.a. Le 3 juillet 2013, l'Administration cantonale a notifié à la Société des bordereaux de rappel d'impôt pour l'ICC et pour IFD des années 2004 et 2005.
Pour 2004, l'avis de taxation mentionnait un bénéfice net selon compte de pertes et profits de 220'853 fr. et un revenu de 345'000 fr., correspondant à la quote-part de la Société au bénéfice du Partenariat réalisé en 2004, duquel était déduit un montant de 28'840 fr. attribué à Chypre en application de la méthode du coût majoré ("cost plus"), en l'occurrence de 20%. Il en résultait un bénéfice imposable de 537'013 fr. pour l'ICC et l'IFD.
Pour 2005, l'avis de taxation faisait état d'un bénéfice net selon compte de pertes et profits de 241'897 fr. Ce montant correspondait à l'addition du résultat déclaré en Suisse, soit -589'829 fr., à quoi s'ajoutait la part de la Société au bénéfice du Partnership pour 2005, correspondant à 831'726 fr. (et non pas à 1'176'726 fr. qui, lui, représentait le cumul des résultats de 2004 et de 2005). L'Administration cantonale admettait qu'un montant de 40'641 fr. soit attribué à Chypre, calculé également par application de la méthode du coût majoré + 20%. Il en résultait un bénéfice imposable de 201'256 fr.
Le 3 juillet 2013, l'Administration cantonale a également notifié à la Société des bordereaux d'amende pour les années 2004 et 2005, s'élevant à respectivement 37'133 fr. et 22'942 fr. pour l'ICC et à 13'437 fr. et 8'551 fr. pour l'IFD, ce qui correspondait à la moitié du montant de l'impôt soustrait.
Pour les années 2009 et 2010, les procédures étaient en revanche closes sans suppléments d'impôts ni amendes.
B.b. Le 5 août 2013, la Société a élevé réclamations contre les bordereaux de rappels d'impôt et d'amendes 2004 et 2005 en concluant à leur annulation, subsidiairement à la correction des bordereaux de rappel d'impôt en ce sens que seuls 46% des revenus réalisés par le Partenariat devaient être imposés à Genève et attribués aux associés en fonction de leur quote-part respective, la méthode du coût majoré n'étant pas justifiée, car elle avait été appliquée sur une partie non représentative des charges du Partenariat. En tout état de cause, les revenus attribués à la Société devaient bénéficier de la réduction pour participations pour la part correspondant à des dividendes versés par les filiales détenues à 100% par le Partenariat.
Les réclamations ont été rejetées par décisions sur réclamation du 19 décembre 2013. La Société a formé un recours contre celles-ci auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), qui l'a rejeté par jugement du 8 décembre 2014. Le même jour, cette autorité a en revanche admis les recours des époux A._ et annulé les bordereaux de rappel et d'amende, au motif que les conditions du rappel d'impôt et de soustraction fiscale n'étaient pas remplies.
Le 9 janvier 2015, la Société a recouru contre le jugement du Tribunal administratif du 8 décembre 2014 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), en demandant, à titre principal, son annulation s'agissant des bordereaux de rappel d'impôt et des bordereaux d'amende; subsidiairement, l'annulation des seuls bordereaux d'amende.
Par arrêt du 29 septembre 2015, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice, le jugement du Tribunal administratif, les décisions sur réclamations de l'Administration cantonale et la décision de rappel d'impôt du 3 juillet 2013 de l'Administration cantonale et d'ordonner en conséquence à cette dernière de rectifier l'imposition.
La Cour de justice n'a pas formulé d'observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale s'est déterminée et a conclu au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée aux considérants et aux conclusions de l'Administration cantonale et a conclu au rejet du recours. La recourante a déposé des observations.
Considérant en droit :
I. Procédure
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'IFD que pour l'ICC, ce qui est en principe admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). La Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'ICC (2C_1018/2015) et l'autre l'IFD (2C_1019/2015). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques qui se posent sont les mêmes, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
2.1. La décision attaquée est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 [LIFD; RS 642.11], ainsi que l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14] pour ce qui concerne l'ICC). Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par la destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'elle a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière, sous réserve de ce qui suit.
2.2. En raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès de la Cour de Justice (cf. ATF 136 II 101 consid. 1.2 p. 104; arrêt 2C_837/2015 du 23 août 2016 consid. 1.2, in StE 2017 A 22 Nr. 5), les conclusions tendant à l'annulation du jugement du Tribunal administratif, des décisions sur réclamations de l'Administration cantonale et des décisions de rappels d'impôt et d'amendes du 3 juillet 2013 de l'Administration cantonale sont irrecevables.
3.
Saisi d'un recours en matière de dr oit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (cf. art. 106 al. 2 LTF). L'acte de recours doit alors, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. ATF 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 139 I 229 consid. 2.2 p. 232).
4.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 136 III 455 consid. 2 p. 457; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266).
La recourante perd de vue ces principes, puisqu'elle présente dans son mémoire sa propre version des événements et qu'elle complète à sa guise les faits de la cause de manière appellatoire, que ce soit dans les dix-neuf pages rédigées sous le titre "En fait" ou dans sa partie "En droit", sans alléguer ni a fortiori démontrer que les faits figurant dans l'arrêt attaqué seraient manifestement inexacts ou constatés de manière arbitraire. Il n'en sera partant pas tenu compte.
II. Impôt fédéral direct
5.
La présente cause porte sur les décisions de rappels d'impôt et sur les amendes pour soustraction fiscale qui ont été prononcées à l'encontre de la recourante pour les périodes fiscales 2004 et 2005.
6.
La recourante soutient en premier lieu que la Cour de justice a violé l'art. 151 LIFD en procédant à un rappel d'impôt des périodes fiscales litigieuses.
6.1. Aux termes de l'art. 151 al. 1 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'art. 151 al. 1 LIFD envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale. ll y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (arrêts 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.2, in RDAF 2015 II 267; 2C_458/2014 du 26 mars 2015 consid. 2.1, in StE 21015 B 97.41 Nr. 29; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié in ATF 140 I 68 mais in RDAF 2014 II 40 et Pra 2014/45 p. 317; 2C_1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.1, résumé in Archives 82 p. 71; 2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 5.1). Le contribuable doit de son côté faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). Il doit ainsi remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (cf. art. 124 al. 2 LIFD) et fournir, sur demande de l'autorité de taxation, des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (cf. art. 123 al. 1 et 126 al. 2 LIFD). L'autorité fiscale peut en principe considérer que la déclaration d'impôt est conforme à la vérité et complète et n'a pas l'obligation, en l'absence d'indice particulier, de se mettre à la recherche de renseignements supplémentaires. En vertu de la maxime inquisitoire, elle doit en revanche procéder à des investigations lorsqu'il ressort de manière évidente du dossier que les éléments de faits déterminants sont incomplets ou peu clairs (cf. arrêts précités 2C_416/2013 consid. 8.1 non publié et les références; 2C_1225/2012 consid. 3.1; 2C_123/2012 consid. 5.1 et 5.3.4). Il faut en particulier considérer que les faits et les moyens de preuve étaient connus lorsque l'autorité de taxation pouvait éclaircir l'état de faits sur la base d'indices concrets au cours de la procédure de taxation. Le rappel d'impôt ne peut servir à pallier une instruction déficiente de l'autorité fiscale au cours de cette procédure (cf. MARTIN E. LOOSER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Kommentar, 3 e éd. 2017 [ci-après: Kommentar DBG], n° 15 ad art. 151 DBG, p. 2517 et n° 18 in fine ad art. 151 DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n° 28 ad art. 151 DBG). Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte d'un état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut. La rupture du lien de causalité est soumise à des exigences sévères, à savoir une négligence grave de l'autorité fiscale (arrêt 2C_1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2, in RF 69/2014 p. 735, traduit in RDAF 2015 II 254; arrêts précités 2C_416/2013 consid. 8.1; 2C_1225/2012 consid. 3.1; 2C_123/2012 consid. 5.3.4). Il n'y a pas de négligence grave de l'autorité de taxation qui n'a pas connaissance d'informations à disposition d'un autre secteur de l'administration, sauf s'il est établi que ces informations ont effectivement été communiquées, notamment entre les taxateurs du service des personnes physiques et ceux du services des personnes morales (arrêts précités 2C_1225/2012 consid. 3.2; 2C_1023/2013 consid. 3.2). Par ailleurs, la découverte d'une mauvaise appréciation des preuves ou application du droit ne peut donner lieu à un rappel d'impôt (cf. HUGO CASANOVA/CLAUDE-EMMANUEL DUBEY, in Impôt fédéral direct. Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017 [ci-après: Commentaire LIFD], n° 12 ad art. 151 LIFD; LOOSER, in op. cit., n° 19 in fine ad art. 151 DBG; cf. aussi LOCHER, op. cit., n° 30 ad art. 151 DBG et les références).
Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (cf. art. 152 al. 1 LIFD). Il s'agit d'un délai de péremption (LOCHER, op. cit., n° 3 ad art. 152 DBG; CASANOVA/DUBEY, in op. cit., n° 1 ad art. 152 LIFD).
6.2. La recourante soutient que la Cour de justice a retenu à tort que l'Administration cantonale disposait d'un motif de rappel des impôts 2004 et 2005 et fait aussi valoir que la condition de la perte fiscale pour la collectivité n'était pas remplie.
Il convient de traiter de manière distincte et indépendante chacune des périodes litigieuses (pour la période fiscale 2005, cf. ci-après consid. 7 et pour la période fiscale 2004, cf. consid. 8).
7.
7.1. Concernant la période fiscale 2005, dont les décisions de taxation datent du 23 juillet 2007, les juges précédents ont retenu qu'il incombait à l'Administration cantonale de demander des renseignements à la contribuable au sujet du montant de 1'176'726 fr. qui figurait dans la déclaration fiscale comme bénéfice non imposable, ce à quoi l'Administration cantonale avait bien procédé, puisqu'elle avait demandé à la recourante des informations concernant ce montant au cours de la procédure de taxation. Les juges sont toutefois d'avis que l'Administration cantonale pouvait se fier aux réponses apportées par la recourante, et ce d'autant plus que celles-ci "étaient de nature à l'induire en erreur au sujet de la structure mise en place à Chypre". Au vu du caractère lacunaire des réponses apportées, ce n'était que le 20 mai 2010, soit lorsque A._ avait indiqué à l'Administration cantonale que l'employée du Partenariat se limitait à effectuer des tâches administratives, que celle-ci avait eu connaissance de faits nouveaux justifiant l'ouverture de la procédure de rappel d'impôts.
7.2. Ce raisonnement ne peut pas être suivi.
Dans le cadre de la procédure de taxation, l'Administration cantonale a en effet demandé à deux reprises, au cours du premier trimestre 2007, des renseignements à la recourante, qui ont porté sur le montant de 1'176'726 fr. figurant dans la déclaration fiscale, ainsi que sur le Partenariat. Dans ce contexte, l'Administration cantonale a eu à sa disposition les comptes 2005 du Partenariat, qui faisaient apparaître le salaire de l'employée chypriote pour 25'740 fr. et le montant de la part au bénéfice revenant à la Société, soit 831'726 fr. Après avoir obtenu des renseignements complémentaires le 29 juin 2007, l'Administration cantonale a procédé à la taxation de la période conformément à la déclaration fiscale de la recourante, à savoir en admettant le caractère non imposable de la part au bénéfice du Partenariat et sans remettre en cause le montant de 1'176'726 fr. L'Administration cantonale s'est ainsi contentée des réponses de la recourante et des documents que celle-ci lui a fournis, qu'elle a estimés suffisamment convaincants pour renoncer à investiguer davantage sur la structure chypriote. Elle n'a en particulier pas remis en cause le montant de 1'176'726 fr., alors qu'elle pouvait facilement voir dans les comptes du Partenariat que ce montant prenait aussi en compte les chiffres de 2004. La Cour de justice ne peut reprocher à la recourante d'avoir fourni des réponses "pour le moins laconiques" pour justifier le droit de l'Administration cantonale d'ouvrir malgré tout une procédure en rappel d'impôt le 26 mars 2012. Quand bien même tel aurait été le cas, il incombait à l'Administration cantonale de pas s'en satisfaire et de demander des informations complémentaires pour éclaircir la situation, puisqu'elle avait tout loisir, en vertu de l'obligation de collaboration échéant à la contribuable, de lui demander des renseignements plus précis. Elle a au contraire jugé que les explications "laconiques" fournies par la recourante étaient assez claires et complètes pour qu'elle puisse accepter l'existence d'une structure chypriote générant des revenus non imposables en Suisse. Ce faisant, elle a procédé à une appréciation juridique et fiscale des faits qui la lie, quand bien même elle serait erronée. Le fait de modifier cette appréciation à la suite d'informations ultérieures fournies par A._ en mai 2010 ne saurait constituer un motif de rappel d'impôt, dès lors que l'autorité intimé a elle-même procédé à une instruction déficiente en 2007, dans le cadre de la procédure de taxation 2005 de la recourante.
7.3. Il s'ensuit que la Cour de justice a violé l'art. 151 al. 1 LIFD en considérant que l'Administration cantonale disposait d'un motif de rappel d'impôt lorsqu'elle a ouvert la procédure le 26 mars 2012 en lien avec la période fiscale 2005. Le grief de la recourante est donc fondé sur ce point.
8.
8.1. Pour la période fiscale 2004, il est établi et non contesté par la recourante que celle-ci n'a pas mentionné l'existence du Partenariat et du revenu qu'elle en a tiré dans sa déclaration d'impôt, alors qu'elle en était déjà associée. Il n'est pas non plus contesté que la procédure de rappel a été ouverte dans le respect du délai de 10 ans de l'art. 152 al. 1 LIFD. Il faut donc examiner si les conditions du rappel d'impôt, à savoir l'existence d'un motif de rappel (ci-après consid. 8.2) et celle d'une perte fiscale pour la collectivité (ci-après consid. 8.3), sont remplies.
8.2. Il ne fait pas de doute que le seul fait d'avoir omis de mentionner l'existence du Partenariat et de la part au bénéfice qui en résultait crée un motif de rappel d'impôt, la déclaration fiscale s'avérant de ce fait clairement incomplète.
La recourante objecte en vain que l'Administration cantonale devait connaître l'existence du Partenariat et du revenu en découlant par le biais de la déclaration fiscale 2004 déposée par les époux A._, qui, elle, en faisait état. Une telle argumentation aurait été recevable s'il était établi que la division de l'Administration cantonale en charge de la taxation des personnes physiques avaiteffectivement communiqué cette information à la division dévolue à l'imposition des personnes morales au moment de la procédure de taxation 2004 de la recourante (cf. supra consid. 6.1). Or, aucun élément ne permet de retenir que tel a été le cas. Il ressort au demeurant des faits constatés dans l'arrêt attaqué que, s'agissant de la taxation des époux A._, le caractère non imposable des revenus provenant du Partenariat pour la période fiscale 2004 a d'abord été admis; dans ces circonstances, on ne voit pas pour quels motifs la division de taxation des personnes physiques aurait vu un intérêt à transmettre des informations sur l'existence du Partenariat à la division d'imposition des personnes morales de l'Administration cantonale.
Par ailleurs, le fait qu'au cours de la procédure de taxation 2005 de la recourante, l'Administration cantonale a obtenu des éléments de nature à lui faire prendre conscience que la taxation 2004, prononcée le 21 décembre 2005, soit antérieurement, était incomplète (cf. l'annexe aux comptes de la recourante jointe à sa déclaration fiscale 2005, qui mentionne sa participation au Partenariat en 2004, ainsi que les comptes 2005 du Partenariat transmis par la recourante en 2007, qui font état de la part au bénéfice du Partenariat en 2004 pour 345'000 fr.) ne signifie pas pour autant que l'Administration cantonale ne pouvait pas se prévaloir d'un motif de rappel lorsqu'elle a ouvert la procédure le 26 mars 2012. En effet, à rigueur de l'art. 151 al. 1 LIFD, le moment déterminant pour juger de l'existence d'un motif de rappel d'impôt est le moment de la taxation (cf. supra consid. 6.1) et non pas celui où l'autorité fiscale ouvre la procédure de rappel.
Dans la mesure où l'Administration cantonale a, après avoir demandé des renseignements à la recourante au cours de la procédure de taxation 2005, imposé celle-ci pour la période fiscale 2005 en admettant que la structure chypriote devait être reconnue comme un établissement stable générant des revenus non imposables en Suisse (cf. ci-dessus consid. 7.2), on pourrait se demander si cette appréciation juridique et fiscale ne s'applique pas aussi à la période fiscale 2004, de sorte que l'Administration cantonale ne pourrait y revenir par le biais de la procédure de rappel d'impôt. Tel n'est pas le cas. En effet, à la différence de la période fiscale 2005, la recourante a totalement passé sous silence l'existence du Partenariat et du revenu qu'elle en a retiré dans sa déclaration fiscale 2004. A cela s'ajoute qu'au moment de la taxation 2004, intervenue le 21 décembre 2005, l'Administration cantonale n'avait pas encore connaissance des informations concernant le Partenariat, puisque celles-ci ont figuré pour la première fois dans la déclaration 2005 de la recourante remise en juillet 2006. Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à l'Administration cantonale d'avoir ouvert une procédure en rappel de l'impôt 2004 en 2012, alors même qu'elle avait admis, en procédure de taxation 2005, le caractère non imposable des revenus provenant du Partenariat.
Il découle de ce qui précède que l'Administration cantonale pouvait se prévaloir d'un motif de rappel de l'impôt 2004 lorsqu'elle a ouvert la procédure le 26 mars 2012.
8.3. L'examen de la condition de l'existence d'une perte fiscale pour la collectivité se confond avec la question du bien-fondé de la reprise litigieuse.
8.3.1. Au préalable, il faut préciser qu'aucun élément ne permet de penser que le Partenariat ait été doté de la personnalité juridique à Chypre et la recourante ne l'a jamais soutenu. Sous l'angle fiscal, ceci implique que cette entité doit être traitée en transparence (cf. sur ce point, et pour le détail de la problématique générale du traitement fiscal d'entités étrangères, arrêt 2C_894/2013 du 18 septembre 2015 consid. 3.1, in StE 2015 A 31.4 Nr. 21, RF 71/2016 p. 346). Le traitement en transparence fiscale du Partenariat implique que la quote-part des revenus du Partenariat qui revient à la recourante s'ajoute à ses éléments imposables en vertu de l'art. 10 al. 1 LIFD (HUNZIKER/MAYER-KNOBEL, in Kommentar DBG, n° 1a et n°3 ad art. 10 DBG). Ce point n'est toutefois pas objet de débats, la recourante n'ayant jamais contesté que les revenus tirés du Partenariat devaient être (directement) attribués à ses associés.
8.3.2. Pour s'opposer au rappel d'impôt, la recourante fait en revanche d'abord valoir que le fait de ne pas avoir reporté le revenu tiré du Partenariat en 2004 dans sa déclaration fiscale n'a pas induit de perte fiscale pour la collectivité publique. Comme ce revenu, réalisé à l'étranger, n'était pas imposable en Suisse et qu'il ne devait être pris en compte que pour déterminer le taux de l'impôt, le fait qu'il n'ait pas été reporté dans la déclaration fiscale 2004 n'aurait eu aucune incidence sur ce taux, celui-ci étant fixe et non pas proportionnel.
La recourante part toutefois de la prémisse, erronée (cf. sur ce point consid. 8.3.3 ci-après), selon laquelle ce revenu était exempté de l'impôt en Suisse. L'ar gumentation qui en découle peut donc être d'emblée rejetée.
8.3.3. La recourante soutient ensuite qu'il n'y a pas eu de perte fiscale, car le revenu qu'elle a réalisé au travers du Partenariat provient d'un établissement stable à l'étranger exempté de l'impôt.
8.3.3.1. Selon l'art. 50 LIFD, les personnes morales sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement personnel lorsqu'elles ont leur siège ou leur administration effective en Suisse. L'assujettissement fondé sur un rattachement personnel est illimité; il ne s'étend toutefois pas aux entreprises, aux établissements stables et aux immeubles situés à l'étranger (art. 52 al. 1 LIFD). Il s'agit là d'une exemption unilatérale et inconditionnelle de l'impôt (JEAN-BLAISE PASCHOUD/ RAPHAËL GANI, in Commentaire LIFD, n° 3 ad art. 52 LIFD; STEFAN OESTERHELT/SUSANNE SCHREIBER, in Kommentar DBG, n° 1 ad art. 52 DBG; LOCHER, op. cit., n° 7 ad art. 52 DBG).
Il s'agit donc de savoir si le Partenariat peut être reconnu comme constituant pour la recourante une entreprise ou un établissement stable au sens de l'art. 52 al. 1 LIFD.
8.3.3.2. De manière générale, le Tribunal fédéral a reconnu que les contribuables étaient libres dans le choix de leur organisation structurelle et que lorsque cette organisation impliquait la mise en place d'une structure à l'étranger, l'autorité ne pouvait substituer sa propre appréciation à celle du contribuable qu'avec retenue (ATF 139 II 78 consid. 3.2.1 p. 87 s.). La reconnaissance d'une structure à l'étranger suppose toutefois qu'une activité commerciale substantielle y soit exercée. La sobriété de la structure sur place en termes de locaux et de personnel, notamment au regard du chiffre d'affaires réalisé, ainsi que le caractère secondaire des activités qui y sont exercées, font partie des éléments qui plaident en défaveur de l'existence d'une activité commerciale substantielle (ATF 139 II 78 consid. 3.2.1 p. 88 s. [qui concernait un établissement stable à l'étranger]; cf. arrêt 2C_664/2013 du 28 avril 2014 consid. 6.3, in RF 69/2014 p. 557, RDAF 2014 II 442 [qui concernait une entreprise à l'étranger]; cf. aussi l'arrêt 2C_123/2014 du 30 septembre 2015 consid. 11.4, in RF 70/2015 p. 971, RDAF 2015 II 563). Le fardeau de la preuve d'une activité substantielle sur place incombe au contribuable, puisque la reconnaissance d'un établissement stable ou d'une entreprise à l'étranger diminue l'assiette de l'impôt du contribuable (cf. ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; arrêt 2C_738/2014 du 21 août 2015 consid. 2.4, résumé in Archives 84 p. 336). En cas de doute, la jurisprudence retient qu'il faut privilégier l'imposition en Suisse, le risque de double imposition étant alors, le cas échéant, limité par l'éventuelle convention de double imposition applicable (ATF 139 II 78 consid. 3.1.2 p. 87; arrêts 2C_738/2014 précité eo loco; arrêt 2C_123/2014 précité consid. 11.3).
Est en l'espèce uniquement litigieux le point de savoir si le Partenariat a exercé une activité commerciale substantielle à l'étranger.
Les juges précédents ont retenu que la création du Partenariat paraissait avoir été décidée pour se conformer aux exigences requises par la Central Bank of Cyprus pour pouvoir être admis à exercer une activité économique. Le loyer modeste et l'emploi d'une personne, pour un salaire relativement bas (24'667 fr. en 2004) au regard de ses fonctions supposées, permettait déjà de douter de l'effectivité des activités menées à Chypre. Par ailleurs, la sobriété de cette structure contrastait avec les résultats enregistrés dans les comptes du Partenariat (chiffre d'affaires de 1'147'275 fr. en 2004). En outre, l'activité de C._ telle que décrite par A._ consistait à sous-traiter des tâches assistance administrative et apparaissait de ce fait comme secondaire. Le fait que la recourante ait par la suite voulu corriger ces affirmations en exposant que l'activité exercée à Chypre était bien plus importante sur le plan qualitatif n'y changeait rien, dès lors que ces éléments n'avaient été allégués qu'une fois la procédure de rappel d'impôt ouverte. Au demeurant, la recourante avait constamment expliqué que l'activité du Partenariat consistait à mettre en oeuvre les conseils fournis par les associés aux clients, notamment par la création de diverses structures, ce qui confirmait que les activités du Partenariat étaient limitées à des tâches d'exécution. La délocalisation à Chypre de ces tâches, alors que les associés, qui se trouvaient à Genève, ne s'y étaient qu'occasionnellement rendus, puisqu'ils rencontraient leurs clients dans des pays tiers, constituait un indice suffisant pour remettre en cause la justification économique du Partenariat.
Cette appréciation est conforme à la jurisprudence précitée du Tribunal fédéral. La recourante n'a pas apporté d'éléments de preuve propres à la remettre en question. En particulier, les explications qu'elle fournit de manière appellatoire, afin de convaincre que les fonctions de C._ allaient bien au-delà de ce que les juges précédents ont retenu et que son salaire était en réalité supérieur compte tenu d'avantages en nature ne peuvent être prises en considération (cf. supra consid. 4). Par ailleurs, n'en déplaise à la recourante, on ne voit pas en quoi l'absence de reconnaissance en Suisse des trusts à l'époque aurait justifié la nécessité de disposer à Chypre d'un trustee en la personne de C._. Enfin, s'il n'est pas exclu que, comme la recourante le relève, une part des revenus du Partenariat ait pu aussi être réalisée grâce à des prestataires de services provenant d'autres pays, auxquels l'employée précitée sous-traitait des tâches, on ne voit pas en quoi ce fait serait propre à prouver qu'une activité commerciale substantielle a été exercée à Chypre, pas plus le fait que le Partenariat a encouru d'autres charges que le seul salaire versé à son unique employée (honoraires facturés par les sous-traitants).
La recourante n'a ainsi pas prouvé avoir réalisé de revenu à l'étranger au sens de l'art. 52 al. 1 LIFD. Partant, son assujettissement illimité à l'impôt en Suisse s'étend également au revenu qu'elle a réalisé au travers du Partenariat. En outre, la Convention entre la Confédération suisse et la République de Chypre en vue d'éviter les doubles impositions en matière d'impôts sur le revenu et sur la fortune, conclue le 25 juillet 2014 (RS 0.672.925.81), ne s'applique pas à la période fiscale 2004 litigieuse. Il n'y a donc pas lieu d'examiner si ce traité limiterait le droit d'imposer de la Suisse.
8.3.3.3. Il en découle qu'il y a bien eu perte fiscale pour la collectivité publique, puisque le revenu réalisé au travers du Partenariat n'a pas été soumis à l'impôt de la période fiscale 2004. La seconde condition du rappel d'impôt 2004 est en conséquence remplie.
8.4. La recourante s'en prend également au montant de la reprise effectuée qui, pour la période fiscale 2004, correspond au montant du revenu provenant du Partenariat (345'000 fr.), duquel l'Administration cantonale a déduit un montant de 28'840 fr. alloué à Chypre et calculé selon la méthode du coût majoré de 20%.
8.4.1. La recourante conteste d'abord la pertinence du recours à la méthode du coût majoré et propose une autre méthode d'allocation, fondée sur la répartition du bénéfice du Partenariat selon les activités effectivement déployées à Chypre, respectivement à Genève.
La recourante est pour le moins malvenue de se plaindre de ce qui apparaît comme une faveur qui lui a été accordée par l'Administration cantonale et qui n'as pas été remise en cause par les instances inférieures. En effet, la LIFD ne laisse pas de place à la possibilité d'allouer à l'étranger une part d'un revenu lorsque ce revenu ne tombe pas dans le champ d'application de l'art. 52 al. 1 LIFD. Ce point ne sera toutefois pas revu en l'espèce, la Cour ne pouvant procéder à une reformatio in pejus (cf. ATF 142 II 197 consid. 5.5.1 p. 202; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire LIFD, n° 135 ad Remarques préliminaires; CLAUDE-EMMANUEL DUBEY, in Commentaire LIFD, n° 22 ad art. 146 LIFD et la référence).
8.4.2. La recourante fait finalement valoir que, contrairement à ce qu'a retenu la Cour de justice, les revenus qu'elle a tirés du Partenariat doivent bénéficier de la réduction pour participations en application de l'art. 69 LIFD.
8.4.2.1. Dans sa version applicable à la période fiscale 2004, l'art. 69 aLIFD prévoyait que, lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou une participation représentant une valeur vénale d'au moins 2 millions de francs, l'impôt sur le bénéfice était réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net de ces participations et le bénéfice net total.
Le mécanisme de la réduction pour participations a fondamentalement pour but d'éviter la triple (voire la multiple) imposition économique (ATF 107 Ib 309 consid. 2a p. 310 et les références; ATF 104 Ib 336, cons. 1b p. 336; arrêts 2C_787/2012 du 15 janvier 2013, in StE 2013 B 72.11 Nr. 23, traduit in RDAF 2013 II 380; 2C_942/2011 du 29 mai 2012 consid 4.3.1, in RF 67/2012 p. 597, traduit in RDAF 2012 II 520).
8.4.2.2. Pour circonscrire la notion de participations, le texte de l'art. 69 aLIFD fait référence au "capital-actions ou au capital social", ce qui renvoie d'abord aux actions et aux parts sociales de sociétés à responsabilité limitée et de sociétés coopératives (cf. la Circulaire n o 27 de l'Administration fédérale des contributions du 17 décembre 2009, Impôt fédéral direct: Réduction d'impôt sur les rendements de participations à des sociétés de capitaux et sociétés coopératives, in Archives 78 p. 1001, ch. 2.3.2; ci-après: la Circulaire).
La participation à une personne morale de droit étranger peut ouvrir le droit à la réduction pour participations. La jurisprudence recourt ici à l'art. 49 al. 3 LIFD et retient que la participation à une personne morale étrangère peut être assimilée à une participation au capital social ou au capital-actions d'une société au sens de l'art. 69 LIFD si elle peut y être assimilée, de par sa nature juridique et son caractère effectif. Cette assimilation suppose aussi que l'entité étrangère ait les caractéristiques générales d'une personne morale, à savoir qu'elle dispose d'une organisation lui permettant de former une volonté corporative propre et indépendante des associés (cf. ATF 107 Ib 309 consid. 2c p. 312, rappelé in arrêt 2A.542/2002 du 6 janvier 2004 consid. 3.3.1, in RF 59/2004 p. 197 et traduit in RDAF 2004 II 41). Le recours à l'art. 49 al. 3 LIFD préconisé par la jurisprudence est discuté en doctrine, qui est d'avis qu'eu égard au but de l'art. 69 LIFD, le critère du traitement fiscal des entités étrangères serait plus judicieux et plus simple. Selon cette approche, la participation à une entité traitée comme un sujet fiscal indépendant dans l'Etat du siège ouvrirait le droit à l'art. 69 LIFD (cf. par exemple DENIS BERDOZ, in Commentaire LIFD, n° 48 ad art. 69 LIFD; FABIAN DUSS/JÜRG ALTORFER, in Kommentar DBG, n° 8 ad art. 69 DBG; LOCHER, Kommentar DBG, n° 23 ad art. 69 DBG).
8.4.2.3. En l'occurrence, la recourante soutient d'abord, en se référant à l'art. 49 al. 3 LIFD, que le Partenariat doit être assimilé à une société de capitaux, du fait qu'il exerce en Suisse une activité commerciale similaire à une telle société. Or, comme déjà constaté, le Partenariat est une entité dénuée de la personnalité juridique à Chypre (cf. supra consid. 8.3.1). Il ne peut donc être considéré comme une personne morale étrangère, même dans l'hypothèse où il aurait exercé, comme le soutient la recourante, une activité commerciale similaire à une telle société. Le recours à l'art. 49 al. 3 LIFD est donc exclu.
8.4.2.4. La recourante entend aussi tirer parti de l'absence de personnalité juridique du Partenariat et de sa transparence fiscale pour obtenir la réduction pour participations pour les dividendes provenant des participations sous-jacentes dans des sociétés incorporées dans diverses juridictions (cf. supra consid. A.a).
A juste titre, la recourante ne soutient pas que le Partenariat, en sa qualité de communauté étrangère de personnes, devrait être assimilé à une société de capitaux suisse en vertu de l'art. 49 al. 3 LIFD aux fins de l'application de l'art. 69 LIFD, puisque cette assimilation ne concerne que les communautés étrangères qui sont imposables en Suisse selon l'art. 11 LIFD, ce qui n'est pas le cas du Partenariat.
Pour le reste, il faut rappeler que la détention de parts dans des sociétés de personnes suisses ne constitue pas des participations au sens de l'art. 69 LIFD, puisque ces entités ne sont pas des sujets fiscaux (LOCHER, op. cit., II. Teil, n° 21 ad art. 69 DBG). Leurs revenus sont en effet directement attribués aux associés (cf. art. 10 al. 1 LIFD), de sorte qu'il n'y a pas de risque de triple imposition. Le même raisonnement s'impose s'agissant de la participation à une communauté étrangère de personnes, dénuée de la personnalité juridique dans l'Etat du siège: une telle participation ne peut d'emblée pas ouvrir le droit à la réduction pour participations, puisque la communauté ne constitue pas un sujet fiscal dans l'Etat du siège. C'est du reste également la solution à laquelle parvient la Circulaire, qui retient que les communautés étrangères de personnes sans personnalité juridique ne peuvent pas faire valoir la réduction pour participations, parce qu'il n'y a "pas de nécessité d'éliminer une triple imposition" (Circulaire, ch. 2.2).
9.
Dans une dernière série de griefs, la recourante conteste que les conditions de la soustraction fiscale soient remplies et en conclut que les amendes qui lui ont été notifiées en lien avec les bordereaux de rappel d'impôt 2004 et 2005 doivent être annulées.
9.1. Selon l'art. 181 al. 1 LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition renvoie à l'art. 175 al. 1 LIFD pour définir l'infraction de soustraction fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90). Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète.
9.2. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C_664/2008 du 4 février 2009 consid. 2, non publié in ATF 135 II 86 mais in RDAF 2009 II 140; arrêt 2C_508/2014 du 20 février 2015 consid. 5.1), ainsi qu'un lien de causalité entre le comportement illicite et la perte fiscale subie par la collectivité (arrêt du 3 juin 1980 publié in Archives 54 p. 660; DIANE MONTI, Les contraventions en droit fiscal, 2001, p. 501; PIETRO SANSONETTI/DANIELLE HOSTETTLER, in Commentaire romand LIFD, n° 14 ad art. 175 LIFD; ROMAN J. SIEBER/JASMIN MALLA, in Kommentar DBG, n° 23 ad art. 175 DBG).
9.3. Comme il a été vu ci-avant, c'est à tort que les autorités cantonales ont admis la possibilité de procéder à un rappel d'impôt pour l'année 2005. Partant, les conditions objectives de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD font défaut pour cette période (arrêt 2C_223/2011 du 13 septembre 2011 consid. 3.3 et les références). L'arrêt attaqué ne peut donc pas être confirmé en tant qu'il retient l'existence d'une soustraction fiscale pour la période fiscale 2005 et l'amende y relative doit partant être annulée.
9.4. S'agissant de la période fiscale 2004, la Cour de justice n'a en revanche pas violé l'art. 175 al. 1 LIFD en retenant que les éléments constitutifs de la soustraction fiscale étaient réalisés.
9.4.1. Premièrement, la taxation de la période fiscale 2004 a été établie sans prendre en compte le revenu provenant du Partenariat réalisé en 2004, qui était imposable. Il y a donc bien eu soustraction d'un montant d'impôt.
9.4.2. La recourante nie l'existence de la violation d'une obligation légale. Elle est d'avis que la présente affaire résulte du comportement de l'autorité fiscale qui, s'étant rendue compte de son erreur, a voulu en effacer les conséquences par le biais du rappel d'impôt.
La violation d'une obligation légale peut résulter d'une irrégularité dans la comptabilité (cf. ATF 135 II 86 consid. 3.1 p. 88; arrêt 2C_ 907/12 du 22 mai 2013 consid. 5.2.1, in RF 68/20103 p. 714, RDAF 2013 II 505) ou du fait de remplir sa déclaration fiscale de manière non conforme à la vérité et non complète, en violation de l'art. 124 al. 2 LIFD (arrêts 2C_276/2014 du 22 janvier 2015 consid. 4.2; 2C_898/2011 du 28 mars 2012 consid. 2.2, in RF 67/2012 p. 700; MONTI, op. cit., p. 50; SANSONETTI/HOSTETTLER, in Commentaire LIFD, n° 8 ad art. 175 LIFD).
En l'occurrence, la recourante n'as pas comptabilisé, dans les comptes de l'exercice 2004, le revenu de 345'000 fr. qu'elle a réalisé en 2004 au travers du Partenariat. Ce faisant, elle a violé les principes de périodicité et de réalisation applicables au droit comptable, qui exigeaient que ce revenu figure dans les comptes afférents à cet exercice (sur ces principes, cf. arrêt 2C_907/2012 précité consid. 5.2.2; PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMANN, in Kommentar DBG, n° 50 ad art. 58 DBG et les références). La recourante a par ailleurs rempli sa déclaration fiscale de la période 2004 de manière incomplète et non conforme à la vérité, en violation de l'art. 124 al. 2 LIFD, puisqu'elle a omis d'y faire figurer ce revenu. La Cour de justice n'a donc pas contrevenu à l'art. 175 al. 1 LIFD en retenant que la recourante avait violé une obligation légale.
9.4.3. La recourante soutient aussi implicitement que la condition du lien de causalité n'est pas réalisée, car l'autorité fiscale a accepté, dans un premier temps, la structure mise en place à Chypre, avant de se rendre compte de "son erreur" et de "tenter de la rattraper par la voie du rappel d'impôt".
Le contribuable ne peut qu'exceptionnellement se prévaloir du fait que l'insuffisance de la taxation serait due non pas à son comportement, mais à une négligence de l'autorité fiscale (SANSONETTI/HOSTETTLE r, in op. cit., n° 16 ad art. 175 LIFD; cf. aussi SIEBER/MALLA, in op. cit., n° 26 ad art. 175 DBG). Si aucune négligence grave, de nature à rompre le lien de causalité, ne peut être imputée à l'autorité fiscale dans le contexte du rappel d'impôt, il ne peut logiquement en aller différemment lorsqu'il s'agit de vérifier la réalisation de cette condition dans le contexte de l'art. 175 LIFD. Certains auteurs se réfèrent du reste largement à la jurisprudence rendue en matière de rappel d'impôt pour commenter cette condition dans le contexte de la soustraction fiscale (cf. SIEBER/MALLA, in op. cit., n° 26 ad art. 175 DBG).
En l'occurrence, l'argumentation de la recourante ne peut concerner que la période fiscale 2005, pour laquelle l'Administration fiscale a effectivement admis le caractère non imposable des revenus provenant du Partenariat avant de tenter de revenir sur son appréciation par la voie du rappel d'impôt. Elle est toutefois sans objet, puisqu'aucune infraction de soustraction fiscale ne peut lui être reprochée pour la période fiscale 2005.
La situation est différente pour la période fiscale 2004, puisque, comme on l'a vu, la recourante n'a pas reporté le revenu réalisé au travers du Partenariat en 2004 dans sa déclaration fiscale 2004 ni n'en a fait état dans ses comptes, sans que l'on puisse reprocher à l'autorité fiscale d'avoir fait preuve de négligence dans la procédure de taxation (cf. supra consid. 6.1en lien avec les conditions du rappel d'impôt). Dans ces circonstances, la recourante ne peut se prévaloir d'une négligence des autorités fiscales propre à rompre le lien de causalité.
9.4.4. La recourante estime enfin qu'aucun comportement imputable à une faute de ses organes ne peut lui être reproché.
La faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90 s.). Agit par négligence celui qui, par une imprévoyance coupable, ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand le contribuable n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle, ce par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle (ATF 135 II 86 consid. 4.3 p. 91; arrêts 2C_433/2016 du 30 mai 2016 consid. 8.1; 2C_214/2014 du 7 août 2014, in StE 2014 B 101.2 Nr. 27).
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156; arrêt 2C_907/2012 précité consid. 5.4.1).
En l'espèce, la Cour de justice a retenu que A._, administrateur de la recourante, avait fait preuve de négligence, car il ne pouvait ignorer les règles comptables applicables, qui exigeaient la comptabilisation du revenu tiré du Partenariat, ni l'obligation de la recourante de mentionner ce revenu dans sa déclaration fiscale 2004, et ce d'autant moins qu'il avait de son côté reporté sa part au revenu du Partenariat dans sa propre déclaration fiscale 2004.
On ne voit pas en quoi cette argumentation serait contraire à l'art. 175 al. 1 LIFD. Les explications de la recourante, consistant à nier la négligence au motif qu'à l'époque, les critères pour reconnaître un établissement stable à l'étranger étaient moins rigoureux qu'actuellement, sont appellatoires (cf. supra consid. 4). Elles ne sont au demeurant pas de nature à disculper l'administrateur de la recourante de la négligence coupable qui a été la sienne.
La recourante ne peut finalement rien tirer de l'arrêt 2C_708/2011 (publié in ATF 139 II 78), dont elle soutient, sans autre explication, qu'il aurait posé un "principe de non-rétroactivité dans l'appréciation des faits".
9.5. Il s'ensuit que les conditions de la soustraction fiscale sont réalisées pour la période fiscale 2004 et que c'est à bon droit que la Cour de justice a confirmé la prononcé d'une amende, dont la quotité n'est pas litigieuse.
9.6. Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2005 et l'amende prononcée en lien avec cet impôt. L'arrêt attaqué sera réformé en ce sens que la décision de rappel d'impôt de la période fiscale 2005 et que le bordereau de l'amende relative à l'impôt fédéral direct 2005 sont annulés. Il sera en revanche confirmé s'agissant du rappel d'impôt 2004 et de l'amende en lien avec cette période.
III. Impôt cantonal et communal
10.
Les art. 59 al. 1, 69 al. 1 et 74 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RSGE D 3 17) correspondent aux art. 151 al. 1, 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD. Les art. 1 al. 4, 2 et 4 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D 3 15) correspondent aux art. 49 al. 3, 50 al. 1 et 52 al. 1 LIFD. L'art. 9 de la loi cantonale genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Objet de l'impôt - Assujettissement à l'impôt, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009, applicable aux périodes litigieuses (aLIPP-I) correspond à l'art. 10 al. 1 LIFD et l'art. 21 aLIPM à l'art. 69 aLIFD. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes. Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'impôt cantonal et communal et de l'amende prononcée en lien avec cet impôt, à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct.
Le recours doit par conséquent également être partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal 2005 et l'amende prononcée en lien avec cet impôt. L'arrêt attaqué sera réformé en ce sens que la décision de rappel d'impôt de la période fiscale 2005 et que le bordereau d'amende en lien avec l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 22005 seront annulés. Il sera en revanche confirmé s'agissant du rappel d'impôt 2004 et de l'amende en lien avec cette période.
IV. Conséquences, ainsi que frais et dépens
11.
Vu l'issue du recours, les deux parties succombent partiellement, pour un part qui correspond, au vu des montants d'impôt supplémentaires et d'amendes en jeu pour chacune des périodes fiscales litigieuses, à environ 60% pour la recourante et à 40% pour l'autorité intimée. Il s'ensuit que cette dernière, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu, supportera 40% des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 4 LTF), le solde étant à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci, qui obtient partiellement gain de cause, a droit à des dépens réduits qui seront supportés par le canton de Genève dans la même mesure (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_1018/2015 et 2C_1019/2015 sont jointes.
2.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale pour la période fiscale 2005 sont supprimés. Il est confirmé pour le surplus.
3.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction fiscale pour la période fiscale 2005 sont supprimés. Il est confirmé pour le surplus.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à raison de 3'900 fr. à la charge de la recourante et de 2'600 fr. à la charge du canton de Genève.
5.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 3'000 fr.
6.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
7.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 2 novembre 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens