Sachverhalt:
A.
B._ ist als Geschäftsführer bei der A._ AG angestellt, deren Alleinaktionär er ist. Am 21. Mai 2002 reichte die A._ AG beim Institut für Geistiges Eigentum ein Patentgesuch ein. Darin gab sie B._ als Erfinder an und hielt fest, gestützt auf das Arbeitsverhältnis stehe das Recht auf das Patent ihr zu. In der Folge wurde das Gesuch - einem Antrag der A._ AG entsprechend - auf B._ übertragen. Mit Sacheinlagevertrag vom 25. Oktober 2002 trat dieser alle Rechte aus seiner Erfindung zum Wert von Fr. 100'000.-- an die zu gründende C._ GmbH ab. Dabei wurde ihm der Betrag von Fr. 100'000.-- an seine Stammeinlage angerechnet.
B.
B.a. Am 15. November 2007 eröffnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern ein Nachsteuer- und Steuerstrafverfahren gegen die IFB AG wie auch gegen B._. In einem an den Vertreter der Gesellschaft und des Alleinaktionärs gerichteten Schreiben vom 19. Mai 2008 vertrat die Steuerverwaltung die Auffassung, dass zwischen der A._ AG und B._ keine Immaterialgüter übertragen worden seien, weshalb keine verdeckte Gewinnausschüttung der A._ AG vorliege. Anders verhalte es sich in Bezug auf B._, der die erworbenen Stammanteile der C._ GmbH nicht deklariert habe.
B.b. (Verfahren gegen B._)
In der Folge führte die Steuerverwaltung gegen B._ das Steuerstrafverfahren betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 und 2003 sowie hinsichtlich der direkten Bundessteuer 2002 durch; sie auferlegte ihm Bussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung von Fr. 26'667.55 (Kantons- und Gemeindesteuern 2002 und 2003) und von Fr. 12'487.-- (direkte Bundessteuer 2002). Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, B._ habe im Rahmen der Übertragung des Patentgesuchs der A._ AG auf ihn eine geldwerte Leistung von Fr. 100'000.-- seitens der von ihm beherrschten Gesellschaft erhalten.
Mit Einspracheentscheid vom 24. Oktober 2008 bestätigte die Steuerverwaltung die Bussen. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern hiess den gegen die Busse in Sachen Kantons- und Gemeindesteuern erhobenen Rekurs am 6. Dezember 2011 teilweise gut, soweit er das Steuerjahr 2003 betraf, und setzte die Busse neu auf Fr. 26'420.-- fest. Die Beschwerde betreffend die Busse bei der direkten Bundessteuer 2002 wies sie ab. Die dagegen von B._ erhobenen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg (Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 30. Mai 2013; Urteil des Bundesgerichts 2C_629/2013, 2C_630/2013 vom 22. Februar 2014).
Parallel zum Steuerstrafverfahren erhob die Steuerverwaltung Nachsteuern. Sie verpflichtete B._ und dessen Ehefrau mit Einspracheentscheiden vom 16. Oktober 2008 zur Nachzahlung von Fr. 26'667.55 für die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 und 2003 und von Fr. 12'487.-- für die direkte Bundessteuer 2002 (jeweils zuzüglich Verzugszinsen). Dagegen gelangten die Eheleute B._ mit Rekurs und Beschwerde an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern, welche die Verfahren mit Verfügung vom 28. November 2008 bis zum Abschluss der Steuerstrafverfahren sistierte. Nach Wiederaufnahme der Verfahren wies die Steuerrekurskommission mit Entscheid vom 17. März 2015 die Beschwerde ab. Da es bei der Vermögenssteuer 2003 nicht zu einem Steuerausfall gekommen war, hiess sie den Rekurs teilweise gut und wies die Akten zur Neufestsetzung der geschuldeten Nachsteuer sowie der Verzugszinsen an die Steuerverwaltung zurück. Mit den dagegen erhobenen Rechtsmitteln drangen die Ehegatten B._ nicht durch (Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 24. September 2015; Urteil des Bundesgerichts 2C_972/2015, 2C_973/2015 vom 30. März 2016).
B.c. (Verfahren gegen die A._ AG)
Nach Abschluss der Nach- und Strafsteuerverfahren gegen B._ verpflichtete die Steuerverwaltung die A._ AG am 13. März 2015 zur Nachzahlung von Fr. 12'043.-- für die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 (zuzüglich Verzugszinsen von Fr. 5'623.80) und Fr. 6'893.50 für die direkte Bundessteuer 2002 (zuzüglich Verzugszinsen von Fr. 2'869.--) und auferlegte ihr Steuerbussen von Fr. 12'043.-- für die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 sowie von Fr. 6'893.50 für die direkte Bundessteuer 2002.
Die dagegen erhobenen Einsprachen wies die Steuerverwaltung am 11. November 2015 ab (unter geringfügiger Anpassung der Verzugszinsen für die Kantons- und Gemeindesteuern 2002 auf Fr. 5'526.10). Am 14. Dezember 2015 gelangte die A._ AG an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern, welche die Verfahren betreffend Nachsteuern bis zur Erledigung des Steuerhinterziehungsverfahrens sistierte und die Rechtsmittel hinsichtlich der Steuerbussen mit Entscheiden vom 24. Juni 2016 abwies.
Beschwerden der Gesellschaft betreffend die Steuerbusse bei den Kantons- und Gemeindesteuern sowie bei der direkten Bundessteuer wies der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern mit Urteil vom 28. September 2016 ab, soweit er darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 31. Oktober 2016 beantragt die A._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung ans Verwaltungsgericht zurückzuweisen, subeventualiter von einer Busse abzusehen, subsubeventualiter die Bussen auf die Mindesthöhe von einem Drittel des Einfachen der hinterzogenen Steuer zu reduzieren.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schliesst in seiner Vernehmlassung vom 9. November 2016 auf Abweisung der Beschwerden. Den gleichen Antrag stellt die Steuerverwaltung in ihrer Stellungnahme zu den Beschwerden vom 5. Dezember 2016, wobei sie darauf aufmerksam macht, die Bussenverfügungen würden nach ihrer Auffassung am 1. Januar 2017 verjähren. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat am 16. Januar 2017 auf eine Stellungnahme verzichtet.
In einer unaufgefordert eingereichten Replik vom 3. Februar 2017 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und beantragt zusätzlich, die Angelegenheit sei zur Neuverlegung der Prozess- und Parteikosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanzen zurückzuweisen.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127) über die Kantons- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.2. Das Verwaltungsgericht hat die Verfahren betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern vereinigt, dann ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführerin ficht das vorinstanzliche Urteil mit einer einzigen Eingabe an. Das ist zulässig, sofern darin zwischen der direkten Bundessteuer sowie der Staatssteuer unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit die beiden Steuerarten angefochten sind und wie zu entscheiden ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 263 f.; 131 II 553 E. 4.2 S. 559). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt.
1.3. Das Bundesgericht hat für die direkte Bundessteuer (2C_1012/2016) und die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_1010/2016) praxisgemäss zwei getrennte Verfahren eröffnet. Eine Vereinigung der beiden Verfahren vor Bundesgericht rechtfertigt sich, soweit es um denselben Sachverhalt geht und sich bundes- sowie kantonalrechtlich dieselben Rechtsfragen stellen (vgl. Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP [SR 273]). Davon ist auszugehen, wenn - wie hier - harmonisiertes kantonales Recht betroffen ist; dann ist eine vertikale Harmonisierung ohnehin angezeigt (Urteil 2C_392/2013 vom 20. Dezember 2013 E. 1.1 mit Hinweisen).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Ob die Strafverfolgung während des bundesgerichtlichen Verfahrens verjährt ist, prüft das Bundesgericht von Amtes wegen. Anders verhält es sich, wenn sich die Verjährung ausschliesslich auf kantonales Recht stützt, was hier nicht der Fall ist (BGE 138 II 169 E. 3.2 und 3.4 S. 171 f.).
2.2. Gemäss Art. 184 Abs. 1 DBG (in der Fassung vom 14. Dezember 1990) verjährt die Strafverfolgung bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die der Steuerpflichtige nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte oder zehn Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde oder Vermögenswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseite geschafft wurden. Die Verjährung wird durch jede Strafverfolgungshandlung gegenüber dem Steuerpflichtigen unterbrochen. Mit der Unterbrechung beginnt die Verjährungsfrist neu zu laufen; sie kann aber insgesamt nicht um mehr als die Hälfte ihrer ursprünglichen Dauer hinausgeschoben werden (Art. 184 Abs. 2 DBG in der Fassung vom 14. Dezember 1990).
2.3. Die Revision des allgemeinen Teils des Schweizerischen Strafgesetzbuchs vom 21. Dezember 1937 (SR 311.0; StGB) umfasste eine Umstellung des Verjährungsrechts, u.a. durch die ersatzlose Streichung der Regeln über das Ruhen und die Unterbrechung der Strafverfolgungsverjährung, bei gleichzeitiger Verlängerung der Verjährungsfristen.
2.3.1. Vor der Inkraftsetzung des neuen Rechts zeigte sich aber, dass die erforderlichen Anpassungsarbeiten nicht vollständig erfolgt waren. Die Streichung der Regeln über das Ruhen und die Unterbrechung der Verjährung hätte somit in vielen Bereichen zu einer Verkürzung der Verjährungsfristen geführt. Um das zu verhindern, bestimmt nun Art. 333 Abs. 6 lit. b StGB (Abs. 5 gemäss Fassung vom 22. März 2002, in Kraft seit 1. Oktober 2002 [AS 2002 2986]; inzwischen Abs. 6 [vgl. AS 2006 2459]), dass Verfolgungsverjährungsfristen für Übertretungen, die über ein Jahr betragen, um die ordentliche Dauer verlängert, d.h. verdoppelt, werden.
2.3.2. Gleichzeitig wurde die Regelung des allgemeinen Teils, wonach die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist (vgl. Art. 97 Abs. 3 StGB), auf das Nebenstrafrecht (Art. 333 Abs. 6 lit. d StGB) ausgedehnt. Mit Inkrafttreten dieser sog. Transformationsnorm (vgl. Roman J. Sieber/ Jasmin Malla, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 3. Aufl., Basel 2017, Art. 184 N. 1a) am 1. Oktober 2002 wurde damit die Verjährungsfrist für die Strafverfolgung vollendeter Steuerhinterziehungen (vgl. oben E. 2.2) auf zwanzig Jahre verlängert.
2.4. Am 26. September 2014 hat die Bundesversammlung die Verjährungsbestimmungen des DBG an die Allgemeinen Bestimmungen des StGB angepasst (AS 2015 779; BBl 2012 2869).
2.4.1. Anders als noch unter der Geltung von Art. 184 DBG a.F. (vgl. oben E. 2.2) kann die Verjährung nicht mehr unterbrochen werden oder ruhen. Hingegen wird ihr Eintritt verhindert, wenn die zuständige kantonale Behörde vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat (vgl. Art. 184 Abs. 2 DBG [in der Fassung vom 26. September 2014]). Während der Bundesrat für die vollendete Steuerhinterziehung noch eine Verjährungsfrist - gemäss neuem System - von 15 Jahren vorgeschlagen hatte (vgl. BBl 2012 2882 f.), hat das Parlament die Frist für die Verjährung der Strafverfolgung bei vollendeter Steuerhinterziehung auf zehn Jahre festgesetzt (Art. 184 Abs. 1 lit. b DBG).
2.4.2. Gleichzeitig wurde zusätzlich zum Vorschlag in der Botschaft des Bundesrats die Übergangsbestimmung von Art. 205f DBG ins Gesetz aufgenommen. Danach ist für die Beurteilung von Straftaten, die in Steuerperioden vor Inkrafttreten der Änderung vom 26. September 2014 begangen wurden, das neue Recht anwendbar, sofern dieses milder ist als das in jenen Steuerperioden geltende Recht. Die neue Bestimmung ist am 1. Januar 2017 in Kraft getreten (AS 2015 779).
2.5. Hier geht es um einen Sachverhalt, der sich zwar im Jahr 2002, jedoch vor dem 1. Oktober 2002 verwirklicht hat. Somit kam - zumindest bis zum 31. Dezember 2016 - die altrechtliche Verjährungsordnung zum Zuge (vgl. oben E. 2.3.1; siehe zum Verhältnis zwischen alt- und neurechtlichen Verjährungsregeln auch BGE 134 IV 328 E.2.1 S. 330 f. betreffend das Mehrwertsteuerrecht; in diesem Urteil brachte das Bundesgericht auf einen Sachverhalt nach dem 1. Oktober 2002 die altrechtliche absolute Verjährungsfrist von 15 Jahren als lex mitior gegenüber der neurechtlichen Verjährung von 20 Jahren zur Anwendung). Im Zeitpunkt der am 13. März 2015 erlassenen Bussenverfügung war die Strafverfolgung nach altem Recht nicht verjährt und wäre es auch jetzt noch nicht.
Gleichzeitig liegt dieser 13. März 2015, als die Bussenverfügung der Steuerverwaltung gegenüber der Beschwerdeführerin erging, mehr als zehn Jahre nach dem Ende der Steuerperiode 2002, für welche die Beschwerdeführerin unvollständig veranlagt wurde (vgl. oben E. 2.4.1). Gemäss Art. 184 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 DBG (in der Fassung vom 26. September 2014; vgl. oben E. 2.4.1) ist die Strafverfolgung demzufolge verjährt.
Die neue Verjährungsbestimmung von Art. 184 DBG ist mithin milder als das in der Steuerperiode 2002 geltende Recht. Nach Art. 205f DBG (vgl. oben E. 2.4.2) ist die neurechtliche Regel anzuwenden. Am 1. Januar 2017 ist die Verjährung eingetreten. Deshalb ist die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer gutzuheissen und festzustellen, dass das Recht zur Erhebung einer Busse für vollendete Steuerhinterziehung der direkten Bundessteuer der Periode 2002 verjährt ist.
III. Kantons- und Gemeindesteuern
3.
Art. 58 Abs. 2 lit. a i.V.m. Abs. 3 StHG (in der Fassung vom 26. September 2014) regelt die Verjährung der Strafverfolgung bei vollendeter Steuerhinterziehung gleich wie Art. 184 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 DBG (in der Fassung vom 26. September 2014). Auch die Übergangsbestimmung von Art. 78f StHG ist inhaltsgleich mit jener von Art. 205f DBG. Die Kantone waren verpflichtet, die neuen Verjährungsregeln auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens in ihr eigenes Recht zu übernehmen und in Kraft zu setzen (Art. 72s StHG). Dieser Verpflichtung ist der Kanton Bern mit dem Erlass von Art. 229 Abs. 2 lit. c i.V.m. Abs. 3 des Steuergesetzes des Kantons Bern nachgekommen (vgl. BAG 16-012).
Dementsprechend ist die Strafverfolgung auch bei der Staatssteuer am 1. Januar 2017 verjährt. Die Beschwerde ist damit diesbezüglich ebenfalls gutzuheissen und festzustellen, dass das Recht zur Erhebung einer Busse für vollendete Steuerhinterziehung der Kantons- und Gemeindesteuern der Periode 2002 verjährt ist.
IV. Kosten- und Entschädigungsfolgen
4.
Da die Verjährung vor Bundesgericht eingetreten ist, sind keine Kosten zu erheben (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG) und ist der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung aus der Bundesgerichtskasse zu bezahlen (vgl. Art. 68 Abs. 1 BGG).
Praxisgemäss ist bei diesem Ausgang des Verfahrens die Sache zur entsprechenden Neufestlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1010/2016 und 2C_1012/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde 2C_1012/2016 betreffend die direkte Bundessteuer wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Berns vom 28. September 2016 aufgehoben. Es wird festgestellt, dass das Recht zur Verhängung von Steuerbussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung für die Periode 2002 verjährt ist.
3.
Die Beschwerde 2C_1010/2016 betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Berns vom 28. September 2016 aufgehoben. Es wird festgestellt, dass das Recht zur Verhängung von Steuerbussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung für die Periode 2002 verjährt ist.
4.
Es werden keine Kosten erhoben.
5.
Der Beschwerdeführerin wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse bezahlt.
6.
Die Sache wird zur Neufestlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, zurückgewiesen.
7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juli 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Matter