Sachverhalt:
A.
Die X._ Ltd. ist eine nach dem Recht der U._ mit dortigem Sitz inkorporierte Gesellschaft. Am 27. Oktober 1997 schloss sie mit der Y._ AG (im Folgenden: Y._ AG) mit Sitz in V._ ein "Operation Management Agreement" ab. Darin betraute die X._ Ltd. die Y._ AG mit dem Aircraft Management ihres Flugzeugs vom Typ Boeing 727-200 (Kennzeichen yy-yyy). Auf ihre Anmeldung hin wurde die X._ Ltd. per 1. Dezember 2001 von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) in das Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen eingetragen.
B.
Am 3. Juni 2003 verfügte die ESTV die Löschung der X._ Ltd. aus dem Register der mehrwertsteuerpflichtigen Personen mit Wirkung per 31. Dezember 2002. Zugleich verpflichtete sie die X._ Ltd. zur Zahlung von Fr. 921'332.98 zuzüglich Verzugszins für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 [Mehrwertsteuerregistrierung] bis 31. März 2002) wegen zu Unrecht ausgerichteter Vorsteuerüberschüsse.
Die dagegen erhobene Einsprache hiess die ESTV mit Entscheid vom 29. November 2007 teilweise gut. Sie reduzierte die Rückbelastung für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 1. Quartal 2002 auf Fr. 902'980.-- zuzüglich Verzugszins. Zudem kürzte sie (in Erweiterung des ursprünglich strittigen Zeitraums) den von der X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 2. Quartal 2002 bis 4. Quartal 2002 sowie 1. Quartal 2003 bis 4. Quartal 2003 geltend gemachten Vorsteuerabzug auf Fr. 6'737.40 bzw. Fr. 26'821.65. Sodann erachtete die ESTV entgegen ihrem Entscheid vom 3. Juni 2003 die Voraussetzungen für eine Steuerpflicht der X._ Ltd. weiterhin als erfüllt. Ihr Vorgehen begründete die ESTV im Wesentlichen damit, dass das Flugzeug überwiegend nicht für eine steuerbare und somit nicht für eine zum Vorsteuerabzug berechtigende Tätigkeit verwendet werde. Nur vereinzelte, von der Y._ AG verantwortete Flüge für Dritte führten nach Auffassung der ESTV bei der X._ Ltd. zu mehrwertsteuerrechtlich massgeblichem Umsatz.
Das Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen den Einspracheentscheid gerichtete Beschwerde mit Urteil vom 15. Juni 2010 teilweise gut und wies die Sache zur neuen Festlegung der Vorsteuerabzugskürzung sowie zur Festlegung der Steuerschulden bzw. Guthaben an die ESTV zurück.
Die ESTV nahm mit Einspracheentscheid vom 24. März 2015 eine neue Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung vor. Sie verpflichtete die X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 einen Betrag von Fr. 892'180.-- zuzüglich Verzugszins zurückzuerstatten.
Mit Eingabe vom 27. April 2015 wandte sich die X._ Ltd. erneut an das Bundesverwaltungsgericht. In der Hauptsache verlangte sie die vollständige Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheids wegen Eintritts der Verjährung. Im Eventualbegehren beantragte sie eine Reduktion des Rückforderungsanspruchs.
In seinem Urteil vom 7. Oktober 2015 verneinte das Bundesverwaltungsgericht eine Verjährung des Rückforderungsanspruchs. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde reduzierte sie jedoch den Rückforderungsanspruch gegenüber der X._ Ltd. für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 auf Fr. 834'779.-- zuzüglich Verzugszins.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 28. Oktober 2015 beantragt die X._ Ltd. (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils wegen Eintritts der Verjährung. Die für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 bis 31. Dezember 2003) zurückgeforderte Mehrwertsteuer von Fr. 834'779.-- zuzüglich gesetzlicher Verzugszinsen seien ihr wieder gutzuschreiben.
Die ESTV beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Mit Präsidialverfügung vom 8. Dezember 2015 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Von ihrem Recht zur (fakultativen) Stellungnahme zu den eingeholten Vernehmlassungen machte die Beschwerdeführerin keinen Gebrauch.
Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 141 II 113 E. 1 S. 116).
1.2. Die Beschwerde betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG) und richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (Art. 90 BGG) des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Vor der Vorinstanz ist die Beschwerdeführerin mit ihren Anträgen nicht vollumfänglich durchgedrungen und somit als beschwerte Adressatin des Entscheids zur Erhebung des Rechtsmittels befugt (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die form- (Art. 42 Abs. 2 BGG) und fristgerecht (Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereichte sowie zulässige (Art. 83 BGG e contrario) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116). Eine Verletzung von Grundrechten, für welche eine qualifizierte Rügepflicht gilt (Art. 106 Abs. 2 BGG), wird vorliegend nicht geltend gemacht.
2.
2.1. Streitgegenstand bildet vorliegend eine Rückerstattungsforderung der ESTV wegen zu viel ausbezahlter Vorsteuern für die Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003. Die Höhe derselben liegt - anders als noch im Verfahren vor der Vorinstanz - nicht mehr im Streit. Hingegen macht die Beschwerdeführerin die Verjährung der Rückerstattungsforderung geltend.
2.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beansprucht es auf sämtliche im Zeitpunkt seines Inkrafttretens bereits hängige Verfahren Geltung (Art. 113 Abs. 3 MWSTG). Die bisherigen materiellrechtlichen Bestimmungen bleiben jedoch auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse weiterhin anwendbar. Insbesondere gelten für die Verjährung die Artikel 49 und 50 des bisherigen Rechts (Art. 112 Abs. 1 MWSTG; vgl. zur Verjährung als materiell-rechtliches Institut BGE 137 II 17 E. 1.1 S. 18 f.; 126 II 1 E. 2a S. 2 f.). In materieller Hinsicht ist für die hier zu beurteilende Frage folglich auf das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (nachfolgend: aMWSTG; AS 2000 1300) abzustellen.
2.3. Im angefochtenen Urteil ging die Vorinstanz davon aus, dass die Bestimmungen zur Verjährung der Mehrwertsteuerforderung (Art. 49 aMWSTG) auch auf die Rückforderung von zu viel ausbezahlten Vorsteuern anwendbar seien, wobei der Rückforderungsanspruch mit der Auszahlung der zu Unrecht bezogenen Vorsteuern entstehe. Weiter kam die Vorinstanz zum Schluss, dass auch ihr (im ersten Umgang gefälltes) Urteil vom 15. Juni 2010 als verjährungsunterbrechende Einforderungshandlung im Sinne von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG zu qualifizieren sei. Die Rückerstattungsforderung sei daher nicht verjährt. Dieser Auffassung schloss sich die ESTV in ihrer Vernehmlassung vor Bundesgericht an.
Demgegenüber erachtet die Beschwerdeführerin Art. 49 Abs. 1 aMWSTG für nicht anwendbar. Diese Bestimmung sei auf Steuerforderungen zugeschnitten. Nicht erfasst würden hingegen ohne Rechtsgrund ausgerichtete Leistungen wie die hier zu Unrecht ausbezahlten Vorsteuerüberschüsse. Die Verjährung solcher rechtsgrundlos ausgerichteten Leistungen richte sich nach allgemeinen Rechtsgrundsätzen. Die von der ESTV geltend gemachte Rückerstattung sei daher nach den Art. 62 ff. OR zu beurteilen und in Anwendung von Art. 67 Abs. 1 OR bereits verjährt. Weil das Urteil der Vorinstanz vom 15. Juni 2010 keine Einforderungshandlung im Sinne von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG darstelle, sei die relative Verjährung aber ohnehin selbst bei Anwendbarkeit der mehrwertsteuerrechtlichen Verjährungsregeln bereits eingetreten: Die ESTV habe mindestens zwischen dem 11. März 2008 (Einreichung der Vernehmlassung im ersten vorinstanzlichen Verfahren) und dem 24. März 2015 (Erlass zweiter Einspracheentscheid), das heisst also während mehr als fünf Jahren, keine Einforderungshandlungen mehr vorgenommen.
3.
3.1. Zu klären ist vorab die Frage, ob das in Art. 49 aMWSTG vorgesehene Verjährungsregime auf die Rückforderung von zu Unrecht ausbezahlten Vorsteuerüberschüssen grundsätzlich Anwendung findet, was durch Auslegung zu ermitteln ist.
3.2. Ausgangspunkt jeder Gesetzesauslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente. Abzustellen ist namentlich auf die Entstehungsgeschichte der Norm und ihren Zweck sowie auf die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit den anderen Bestimmungen zukommt. Das Bundesgericht lässt sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten und stellt nur dann allein auf den Wortlaut ab, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergibt (BGE 139 II 404 E. 4.2 S. 416, 131 II 562 E. 3.5 S. 567 f., 131 II 697 E. 4.1 S. 702 f., 131 II 710 E. 4.1 S. 715 f.; 130 II 65 E. 4.2 S. 72 f.; 125 II 192 E. 3a S. 196; Urteil 2A.372/2006 vom 21. Januar 2008 E. 4.1; mit Hinweisen). Die gleichen Grundsätze gelten - vorbehältlich steuerartspezifischer Besonderheiten (vgl. hierzu BGE 140 II 495 E. 2.3.4 S. 500; Urteil 2C_33/2014 vom 27. Juli 2015 E. 2.4.5 mit Hinweis) - für das Steuerrecht (BGE 131 II 562 E. 3.5 S. 568; Urteil 2A.372/2006 vom 21. Januar 2008 E. 4.1; mit Hinweisen).
3.3. Gemäss Art. 49 Abs. 1 aMWSTG verjährt "die Steuerforderung" (frz.: "créance fiscale"; ital.: "credito fiscale") fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist. Als Steuerforderung wird ein öffentlich-rechtliches Schuldverhältnis bezeichnet, dessen inhaltliche Begründetheit in objektiver und subjektiver Hinsicht von einem (Steuer-) Erlass geregelt wird (vgl. BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 310; MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 5 N. 43 f.). Die Steuerforderung entsteht bei Verwirklichung und unter Berücksichtigung sämtlicher Elemente des Steuertatbestands umfassend von Gesetzes wegen (MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 71 ff.; vgl. BGE 137 II 136 E. 6.3 S. 150). Auch die Korrektur von zu hoch angesetzten Rückzahlungsbeträgen dient demnach einzig der Konkretisierung einer bereits entstandenen, bis dahin aber ungenügend perfektionierten Steuerforderung (BEUSCH, a.a.O., S. 84 f.).
3.4. Im Mehrwertsteuerrecht gilt gemäss Art. 46 aMWSTG das Selbstveranlagungsprinzip. Die steuerpflichtige Person hat über die geschuldete Steuer selber abzurechnen, wobei die Selbstveranlagung nicht nur die richtige und vollständige Berechnung der Umsätze beinhaltet, sondern auch der Vorsteuern (vgl. CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2003, S. 531 Rz. 1579). Als Steuerforderung erscheint die Differenz zwischen Bruttosteuer und Vorsteuer (vgl. CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., S. 48 f. Rz. 98; BGE 137 II 136 E. 6.3 S. 150). Dieses Steuerschuldverhältnis kann einen positiven Saldo zugunsten der steuerpflichtigen Person aufweisen. Das ist der Fall, wenn die abziehbaren Vorsteuern die geschuldete Steuer übersteigen, z.B. weil ausschliesslich oder vorwiegend von der Steuer befreite Umsätze im Sinne von Art. 19 aMWSTG erzielt werden. Der so resultierende Überschuss ist der steuerpflichtigen Person auszuzahlen (Art. 48 Abs. 1 aMWSTG, vgl. zum Ganzen auch THOMAS P. WENK, in: Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [Hrsg.], mwst.com, 2000, N. 2 zu Art. 48 MWSTG). Daraus erhellt, dass der Begriff der Steuerforderung mehrwertsteuerrechtlich aufseiten der steuerpflichtigen Person sowohl einen positiven als auch einen negativen Saldo bezeichnen kann (vgl. dazu im geltenden Recht Art. 44 Abs. 1 MWSTG [Abtretung und Verpfändung der Steuerforderung] und die Kommentierung zu Art. 36 MWSTG von MARIE-CHANTAL MAY CANELLAS, in: Zweifel/Beusch/Glauser [Hrsg.], Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2015, N. 3 zu Art. 36 MWSTG). Korrigiert die ESTV den im Selbstveranlagungsverfahren geltend gemachten (und gestützt auf Art. 48 Abs. 1 aMWSTG der steuerpflichtigen Person bereits ausbezahlten) Vorsteuerabzug, setzt sie den richtigen Saldo im Rahmen des bestehenden mehrwertsteuerrechtlichen Schuldverhältnisses fest. Resultiert dabei ein Guthaben zugunsten der ESTV, stellt dieses eine Steuerforderung im Sinne der Art. 43 ff. aMWSTG dar. Vor diesem Hintergrund ist es entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den von der ESTV geltend gemachten Rückerstattungsanspruch als Steuerforderung qualifizierte und die Frage der Verjährung anhand von Art. 49 aMWSTG prüfte.
3.5. Dass der Anspruch auf Rückerstattung von zu viel ausbezahlten Vorsteuerüberschüssen als Steuerforderung zu betrachten ist und der Verjährungsregelung von Art. 49 aMWSTG untersteht, lässt sich des Weiteren aus den altrechtlichen Bestimmungen über die Herabsetzung des Vorsteuerabzugs bei Entgeltsminderungen herleiten: Gemäss Art. 40 aMWSTG ist die Vorsteuer herabzusetzen, wenn die ursprünglich angenommene und verbuchte Steuerbelastung, wie sich später herausstellt, von der tatsächlichen Belastung abweicht (MARTIN KOCHER, Tafelkommentar zum MWSTG, 2005, S. 227). Diesfalls entsteht die Steuerforderung in jenem Zeitpunkt, in welchem die Minderung oder Rückvergütung des Entgelts erfolgt (Art. 43 Abs. 4 aMWSTG), wobei ab diesem Zeitpunkt auch die Verjährungsfrist nach Art. 49 Abs. 1 aMWSTG zu laufen beginnt. Es betrifft dies Konstellationen, bei welchen der Vorsteuerabzug anfänglich gerechtfertigt war, wegen nachträglich eingetretenen Veränderungen bei den aufgewendeten Entgelten aber zu reduzieren ist.
Erfolgt die Kürzung des Vorsteuerabzugs wie im vorliegenden Fall wegen einer Steuerumgehung, war dessen Geltendmachung durch die steuerpflichtige Person von Anfang an ungerechtfertigt. Es gibt gesetzessystematisch keinen Grund, diesen Rückerstattungsanspruch nicht denselben verjährungsrechtlichen Regeln zu unterstellen wie den Anspruch, welcher aus der Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Entgeltsminderungen resultiert. Anders zu entscheiden hiesse, den Rückerstattungsanspruch aufgrund einer Steuerumgehung verjährungsrechtlich privilegiert zu behandeln, was Sinn und Zweck von Art. 49 aMWSTG widersprechen würde. Eine enge Auslegung des Begriffs der Steuerforderung, wie sie die Beschwerdeführerin vertritt, rechtfertigt sich somit nicht. Die Vorinstanz hat die Anwendbarkeit von Art. 49 aMWSTG zu Recht bejaht; eine fehlende Regelung bzw. eine Gesetzeslücke liegt nicht vor. Die Beschwerde ist in diesem Punkte abzuweisen.
Es bleibt anhand der genannten Bestimmung zu prüfen, ob die Verjährung der Steuerforderung bereits eingetreten ist.
4.
4.1. Gemäss Art. 49 Abs. 1 aMWSTG verjährt die Steuerforderung fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist. unterbrochen wird die Verjährung durch jede Einforderungshandlung der zuständigen Behörde (Art. 49 Abs. 2 aMWSTG). In jedem Fall verjährt die Steuerforderung 15 Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist (Art. 49 Abs. 4 aMWSTG).
Unbestrittenermassen hat die ESTV mit ihrem Entscheid vom 3. Juni 2003 und dem Einspracheentscheid vom 29. November 2007 die Verjährung für die betreffend Abrechnungsperioden 4. Quartal 2001 bis 4. Quartal 2003 (Zeitraum vom 1. Dezember 2001 [Mehrwertsteuerregistrierung] bis 31. Dezember 2003) zu viel ausbezahlten Vorsteuerüberschüsse unterbrochen. Anerkannt ist weiter, dass der Einspracheentscheid vom 24. März 2015 eine Einforderungshandlung im Sinne von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG darstellte. Strittig ist hingegen, ob dem vorinstanzlichen Urteil vom 15. Juni 2010 ebenfalls verjährungsunterbrechende Wirkung zukam.
Beim Begriff der "Einforderungshandlung" handelt es sich um einen unbestimmten Rechtsbegriff, dessen Sinngehalt durch Auslegung nach den dargelegten Grundsätzen (vgl. E. 3.2 hiervor) zu ermitteln ist.
4.2. Vorweg festzuhalten ist, dass der Wortlaut von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG (als grammatikalisches Element) nicht darauf hindeutet, dass grundsätzlich eine einschränkende Auslegung der Bestimmung angezeigt ist. Entsprechend wird der Begriff der Einforderungshandlung weit verstanden. Es fallen alle Amtshandlungen darunter, welche darauf ausgerichtet sind, den Steueranspruch festzusetzen (BGE 126 II 1 E. 2c S. 3; Urteile 2C_146/2010 vom 15. August 2012 E. 3.1.1 [zur liechtensteinischen Mehrwertsteuer], 2C_806/2008 vom 1. Juli 2009 E. 2.2.4; 2C_426/2008 vom 18. Februar 2009 E. 6.3; vgl. auch NIKLAUS HONAUER/PETER ZOLLINGER, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST: Voraussetzungen einer rechtsgültigen Verjährungsunterbrechung, Der Schweizer Treuhänder, 9/2005 S. 732). Das vorinstanzliche Urteil vom 15. Juni 2010 bejahte die grundsätzliche Pflicht der Beschwerdeführerin zur Rückerstattung von zu viel ausbezahlten Vorsteuerüberschüssen für bestimmte Abrechnungsperioden. Ausserdem bestimmte die Vorinstanz, nach welchen Kriterien die ESTV das entsprechende Steuerguthaben festzulegen hatte. Der Entscheid der Vorinstanz stellt insofern einen (weiteren) Schritt zur Festsetzung des Steueranspruchs dar und kann dem Wortlaut nach unter den Begriff der "Einforderungshandlung" subsumiert werden, zumal dieser wie erwähnt weit zu verstehen ist.
Der Beizug des historischen Auslegungselements ergibt nichts anderes: Nach dem Willen des Gesetzgebers soll jede Mitteilung an den Steuerpflichtigen, wonach ein bestimmter Sachverhalt der Steuer unterliegt, den Unterbruch der Verjährung bewirken. Als Einforderungshandlung gilt entsprechend auch "jeder im Steuerverfahren ergangene Entscheid" (Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben vom 28. August 1996 zu einem Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer [Bericht WAK-N], BBl 1996 V 782). Mithin war es der Wille des historischen Gesetzgebers, an verjährungsunterbrechende Handlungen keine hohen Anforderungen zu stellen. Angesichts dessen kann entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin gerade nicht davon ausgegangen werden, dass Entscheiden der Steuerjustiz keine verjährungsunterbrechende Wirkung zukommen soll.
Bei der Auslegung von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG zu beachten sind auch dessen Sinn und Zweck. Das Institut der Verjährung, welches in der genannten Bestimmung für die Zwecke des Mehrwertsteuerrechts positivrechtlich geregelt wird, ist Ausfluss rechtsstaatlicher Grundsätze. Selbst ohne ausdrückliche gesetzliche Bestimmung würden öffentlichrechtliche Ansprüche des Staates gegenüber steuerpflichtigen Personen verjähren. Die Verjährung dient insbesondere der Rechtssicherheit und ist Ausdruck staatlichen Verhaltens nach Treu und Glauben. Der Schuldner soll vor Ansprüchen aus lange zurückliegender Zeit geschützt werden (vgl. zum Ganzen BGE 140 II 384 E. 4.2 S. 396, 126 II 49 E. 2a S. 51; BEUSCH, a.a.O., S. 274; je mit weiteren Hinweisen; vgl. zur Rechtssicherheit als Regelungszweck von Art. 49 aMWSTG auch den Bericht WAK-N, BBl 1996 V 782). Eine Auslegung von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG, welche nicht nur Handlungen der ESTV, sondern auch Urteilen der Vorinstanz verjährungsunterbrechende Wirkung beimisst, fügt diesem Zweck keinen Schaden zu. Im Gegenteil wäre es klaren Verhältnissen und damit der Rechtssicherheit abträglich, wenn die Urteile der Vorinstanz unter der Geltung des aMWSTG nicht als verjährungsunterbrechend qualifiziert würden, während an Einforderungshandlungen der ESTV weitaus geringere Anforderungen bestehen. Ebenso wenig drängt sich vorliegend eine einschränkende Auslegung von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG mit Blick auf den Zweck der Behandlung nach Treu und Glauben auf.
Dass das Urteil der Vorinstanz als Einforderungshandlung zu betrachten ist, ergibt sich letztlich auch aus der Systematik des Gesetzes. Mit der Einreichung der Beschwerde gegen einen Einspracheentscheid der ESTV geht die Zuständigkeit zur Behandlung der Angelegenheit auf die Rechtsmittelinstanz über (vgl. Art. 37 VGG [SR 173.32] i.V.m. Art. 54 VwVG [SR 172.021]). Gleichzeitig wird der Verwaltung die Herrschaft über den Streitgegenstand grundsätzlich entzogen (sog. "Devolutiveffekt", vgl. hierzu BGE 130 V 138 E. 4.2 S. 143; Urteil 1C_324/2009 vom 16. November 2009 E. 1.2), wobei das Urteil der Vorinstanz den vorangegangenen Einspracheentscheid der ESTV ersetzt (BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144). Wird nun die Beschwerdeführerin mit Urteil der Vorinstanz dem Grundsatz nach zur Bezahlung von Mehrwertsteuern verpflichtet, erscheint dies ohne weiteres als Einforderungshandlung der in diesem Verfahrensstadium "zuständigen Behörde" im Sinne von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG. Gegenteilige Meinungen lassen sich im Übrigen auch der Literatur nicht entnehmen, soweit sich diese zur hier strittigen Frage überhaupt äussert (vgl. etwa CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, a.a.O., S. 549 Rz. 1629 und S. 580 Rz. 1710; BAUMGARTNER/CLAVADETSCHER/KOCHER, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 8 Rz. 45; HONAUER/ ZOLLINGER, a.a.O., S. 732; DIETER METZGER, Kurz-Kommentar zum Mehrwertsteuergesetz, 2000, N. 2 zu Art. 49 und N. 2 zu Art. 52 MWSTG; KOCHER, a.a.O., S. 262; für verjährungsunterbrechende Wirkung jedenfalls BEUSCH, a.a.O., S. 299; HEGETSCHWEILER, in: Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [Hrsg.], mwst.com, 2000, N. 4 zu Art. 49 MWSTG).
4.3. Nach dem Gesagten ist das Urteil der Vorinstanz vom 15. Juni 2010 als verjährungsunterbrechende Einforderungshandlung im Sinne von Art. 49 Abs. 2 aMWSTG zu qualifizieren mit der Folge, dass der Einspracheentscheid der ESTV am 24. März 2015 innerhalb der fünfjährigen Verjährungsfrist erging. Die Steuerforderung ist damit entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht verjährt.
5.
Im Ergebnis ist die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 12'000.-- (A rt. 65 i.V.m. Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen werden keine gesprochen (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 12'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Fellmann