Faits :
A.
D._ est décédé le 6 décembre 2005, laissant pour héritiers sa fille, B._, son fils, C._, ainsi que les deux petits-enfants d'un fils prédécédé, E._ et F._.
Le testament public de D._ a été ouvert en présence des héritiers le 15 décembre 2005. Aux termes de ce testament public, D._ a légué l'usufruit, sa vie durant, d'un immeuble sis à U._ (Genève), du commerce de tabacs qui y était exploité et du mobilier s'y trouvant, à la gérante dudit commerce de tabacs. La nue-propriété de cet usufruit devait revenir à ses héritiers, pour leur part respective. Pour le surplus, D._ a laissé tous ses biens à ses héritiers à raison de 2/8 èmes pour B._, 2/8 èmes pour C._, 1/8 ème pour E._, et 3/8 èmes pour F._. Le disposant a cependant grevé son petit-fils, F._, d'une substitution fidéicommissaire réduite au surplus et sans sûretés, en faveur de ses deux enfants, B._ et C._, afin qu'au décès de F._, sa part ne revienne en aucun cas à sa soeur, E._. En outre, D._ a stipulé des règles de partage et imposé à ses héritiers la charge de ne pas vendre ses biens immobiliers pour une durée de vingt ans à compter de son décès.
A.a. Le 6 décembre 2005, B._, C._ et E._ ont ouvert action en nullité et réduction, contestant les clauses testamentaires relatives à l'usufruit, à la règle de partage et à la charge d'interdiction de vente, estimant qu'elles portaient atteinte à leur réserve.
Dans sa réponse du 20 mars 2007, F._ s'est opposé à la demande et a conclu à ce que le tribunal " dise et constate que le testament fait par feu Monsieur D._ en date du 14 décembre 2000 est pleinement valable et qu'il devra être respecté ".
Par jugement du 13 septembre 2007, le Tribunal de première instance a annulé la charge d'interdiction d'aliénation et débouté les demandeurs pour le surplus.
Ce jugement a fait l'objet d'un appel de B._, C._ et E._, mais la cause est actuellement suspendue.
A.b. Selon l'inventaire établi le 9 avril 2008 par Me G._, notaire - nommé dans l'intervalle par la justice de paix aux fins de représenter l'hoirie de feu D._ -, l'actif successoral net, non soumis à usufruit, s'élevait à 6'676'638 fr. 37, auquel s'ajoutaient les biens soumis à l'usufruit à hauteur de 717'572 fr., soit un actif net de 7'394'210 fr. 37.
B.
F._ est décédé le 27 octobre 2007, en laissant pour seules héritières sa mère, A._, et sa soeur, E._.
L'inventaire, dressé le 30 avril 2008 par Me G._ - également nommé par la justice de paix dans la succession de feu F._ -, fait état d'un actif total de 52'303 fr. 16 ne comprenant pas les droits successoraux de feu F._ dans la succession de son grand-père, feu D._, et d'un passif de 299'470 fr. 87, constitué principalement d'une dette d'assistance publique.
B.a. Après que A._ et E._ aient répudié la succession de feu F._ le 14 mai 2008, le Tribunal de première instance a ordonné l'ouverture de la liquidation de cette succession selon les règles de la faillite.
Par jugement du 12 novembre 2012, B._, C._ et E._ ont été condamnés à payer solidairement à la masse en faillite de la succession de feu F._ la somme de 112'500 fr., avec intérêts dès le 9 février 2011, correspondant à la part de 3/8 èmes du défunt sur les biens liquides disponibles de la succession de feu D._, lors de l'accord de partage auquel ses héritiers étaient parvenus du vivant de F._.
B.b. Le 6 mai 2013, la requête de A._ en invalidation de sa répudiation de la succession de son fils a été admise, pour erreur essentielle.
B.c. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 30 mai 2013, confirmée par ordonnance du 10 octobre 2013, le Tribunal de première instance a ordonné le blocage en mains de Me G._ de la part des fonds qu'il détenait pour le compte de B._ et de C._ dans la succession de feu D._ à concurrence de 1/8ème de l'actif successoral net de ladite succession, mais au minimum 900'000 fr.
C.
Par demande du 24 octobre 2013, A._ a saisi le Tribunal de première instance d'une action "en constatation de droit et en paiement", dirigée à l'encontre de B._ et de C._, concluant à ce que le Tribunal dise que la clause de substitution fidéicommissaire lèse, à concurrence de 1/8 ème de cette succession, le droit à la réserve de feu F._ dans ladite succession; constate en conséquence la nullité, à concurrence de 1/8 ème de la succession de feu D._, de la clause de substitution fidéicommissaire grevant la réserve de feu F._; cela fait, dise que le 1/8 ème de la succession de feu D._ fait partie de la succession de feu F._, dont A._ est héritière réservataire, et condamne en conséquence les héritiers appelés, B._ et C._, solidairement entre eux, à payer à A._ une somme correspondant à 1/8 ème de l'actif net de la succession de feu D._, avec intérêts à 5% l'an dès le 24 octobre 2013. Dans l'attente d'un inventaire définitif, la demanderesse a chiffré provisoirement la " valeur litigieuse " à 834'579 fr. 80.
B._ et C._ ont conclu principalement au déboutement de A._, subsidiairement à la compensation de toute somme à laquelle ils pourraient être condamnés à concurrence de 112'500 fr., plus intérêts, dont la masse était enrichie du fait du jugement du 12 novembre 2012.
C.a. Par jugement du 31 mars 2015, le Tribunal de première instance a dit que la demande valait validation des mesures provisionnelles ordonnées les 30 mai et 10 octobre 2013 (ch. 1), confirmé en tant que besoin lesdites ordonnances et dit qu'elles demeureraient en vigueur jusqu'à droit définitif sur la présente procédure (ch. 2), dit que la clause de substitution fidéicommissaire voulue par feu D._ lésait, à concurrence de 1/8 ème de la succession, le droit à la réserve de feu F._ (ch. 3), constaté, en conséquence, la nullité, à concurrence de 1/8 ème de la succession de feu D._, de la clause de substitution fidéicommissaire grevant la réserve de feu F._ et réduit ladite clause à due concurrence (ch. 4), dit que le 1/8 ème de la succession de feu D._ faisait partie de la succession de feu F._, dont A._ était héritière réservataire (ch. 5), condamné B._ et C._, conjointement et solidairement, à payer à A._ la somme de 834'579 fr. 80, plus intérêts à 5% l'an dès le 24 octobre 2013 (ch. 6), arrêté les frais judiciaires à 36'240 fr. et mis à la charge des intimés (ch. 7), de même que des dépens de 32'000 fr. en faveur de la demanderesse (ch. 8).
B._ et C._ ont fait appel de ce jugement le 11 mai 2015, concluant à son annulation et, principalement, au déboutement de A._ de toutes ses conclusions, subsidiairement, à la compensation à concurrence de 112'500 fr.
C.b. Statuant par arrêt du 8 avril 2016, communiqué aux parties le 14 avril 2016, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a admis l'appel, annulé le jugement rendu le 31 mars 2015 par le Tribunal de première instance et débouté A._ des fins de sa demande.
D.
Par acte du 12 mai 2016, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et à sa réforme en ce sens que le jugement rendu le 31 mars 2015 par le Tribunal de première instance est confirmé, partant, à ce que B._ et C._ soient condamnés, solidairement et conjointement, à lui verser la somme de 834'579 fr. 80, plus intérêts à 5% dès le 24 octobre 2013; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente. Au préalable, la recourante sollicite l'octroi de l'effet suspensif à son recours.
Par ordonnance du 9 juin 2016, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a, vu l'absence d'opposition, accordé l'effet suspensif au recours.
Des réponses au fond n'ont pas été requises.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière civile est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière successorale (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale ayant statué sur recours en dernière instance (art. 75 LTF). Le recours a en outre été exercé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, par une partie qui a succombé devant l'autorité précédente, partant, qui dispose d'un intérêt à l'annulation ou la modification de l'arrêt déféré (art. 76 al. 1 LTF). Par ailleurs, s'agissant d'une affaire pécuniaire, la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. est atteinte (art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recours en matière civile est donc recevable, au regard des dispositions qui précèdent.
2.
Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral et du droit international (art. 95 let. a et b LTF). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 139 II 404 consid. 3; 135 III 397 consid. 1.4). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (ATF 140 III 86 consid. 2; 137 III 580 consid. 1.3; 135 III 397 consid. 1.4). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 140 III 86 consid. 2 et les références). De surcroît, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant ( "principe d'allégation", art. 106 al. 2 LTF; ATF 139 I 229 consid. 2.2; 137 II 305 consid. 3.3; 135 III 232 consid. 1.2, 397 consid. 1.4 in fine; 133 II 249 consid. 1.4.2).
3.
Le recours a pour objet la reconstitution du droit à la réserve d'un héritier grevé d'une substitution fidéicommissaire ensuite du décès de celui-ci, et par voie de conséquence, après l'ouverture de la substitution fidéicommissaire.
4.
Dans son mémoire, la recourante se plaint de ce que les premiers juges ont traité sa demande comme une action en constatation de droit et en paiement, puis que l'autorité précédente ait admis qu'il s'agissait en réalité d'une action en partage. Elle fait valoir que sa demande constituait une " action en nullité partielle et en réduction ". Elle soutient que la condition de la légitimation passive est réalisée car elle a agi contre les bénéficiaires de la clause de substitution fidéicommissaire et affirme que la voie préconisée par le Tribunal fédéral pour obtenir le droit à la réserve est l'action en réduction, soulignant à cet égard que les conclusions de sa demande ne prêtaient aucunement à confusion.
Il convient donc de déterminer la nature de l'action introduite par la demanderesse.
4.1. La cour cantonale a considéré que l'action introduite par la recourante était une action en partage, laquelle devait être intentée contre tous les cohéritiers - consorts nécessaires -, en sorte que la demanderesse, qui n'a pas agi contre sa fille, E._, n'a pas agi contre tous les hoirs de la succession de feu D._. Dès lors que la condition de la légitimité passive n'était pas réalisée, l'autorité précédente a jugé que la demanderesse devait être, pour cette raison déjà, déboutée de toutes ses conclusions.
Pour le surplus, la cour cantonale a constaté que, en raison du décès de feu F._, la substitution fidéicommissaire s'était ouverte, partant, que les héritiers appelés avaient remplacé feu F._ dans l'hoirie de la succession de feu D._. Il en résultait que la demanderesse n'était ni possesseur, ni copossesseur des biens successoraux de feu D._, de sorte qu'elle ne remplissait pas les conditions pour se prévaloir de la réduction par voie d'exception, partant, qu'elle ne pouvait prétendre à la reconstitution de la réserve de son fils feu F._.
4.2. Aux termes de l'état de fait de l'arrêt cantonal entrepris, la recourante a ouvert une action "en constatation de droit et en paiement". Il ressort cependant du dossier de la cause que l'acte introduit le 24 octobre 2013, était intitulé " action en nullité partielle et en réduction ". La demande tendait d'abord à la constatation de trois éléments : la lésion du droit à la réserve de feu F._ (1/8 ème) en raison de la clause de substitution fidéicommissaire; la nullité, à concurrence de 1/8ème, de la clause de substitution fidéicommissaire; et la succession de feu F._ - dont la recourante est héritière réservataire - comprenant 1/8 ème de la succession de feu D._. La demande tendait ensuite à la condamnation des intimés à payer à la recourante une somme correspondant à 1/8ème de la succession de feu D._, à savoir 834'579 fr. 80, avec intérêts à 5% l'an dès le 24 octobre 2013.
4.3. L'objet du litige et, par suite, la nature de l'action introduite sont déterminés par les conclusions de la demande et les faits invoqués à l'appui de celle-ci (ATF 130 III 547 consid. 2.1; 117 II 26 consid. 2a et les références citées). Les conclusions prises doivent exprimer clairement la prétention réclamée et la nature de l'action. En cas d'incertitude, le juge procède à l'interprétation objective des conclusions ; il lui incombe de les interpréter selon les règles de la bonne foi (ATF 105 II 149 consid. 2a).
4.3.1. L'action en partage (art. 604 CC) tend à ce que le juge ordonne le partage de la succession et attribue sa part au demandeur (ATF 101 II 41 consid. 4b; 69 II 357 consid. 7). Dans la mesure où elle tend à la distraction de la part du demandeur de la masse successorale et à la sortie de celui-ci de la communauté héréditaire, l'action revêt une nature formatrice (arrêts 5A_372/2011 du 4 octobre 2011 consid. 2.1.1; 5A_311/2009 du 6 juillet 2009 consid. 4.2). Elle doit être intentée contre tous les cohéritiers ("consorité passive nécessaire": ATF 136 III 123 consid. 4.4.1; 100 II 440 consid. 1), dès lors qu'elle aboutit à un jugement qui sortit ses effets à l'égard de tous les héritiers (ATF 130 III 550 consid. 2.1.1) et que, en outre, elle touche au sort de biens dont les cohéritiers sont titulaires en commun avec le demandeur (art. 602 al. 2 CC). Le juge devra, notamment, déterminer la masse à partager et arrêter les modalités du partage. Il s'ensuit que l'action en partage repose sur l'existence de quotes-parts prédéterminées lesquelles ne sont pas augmentées par l'usage de l'action, autrement dit l'action en partage ne permet pas la modification des fractions de réserve.
4.3.2. Aux termes de l'art. 522 al. 1 CC, les héritiers qui ne reçoivent pas le montant de leur réserve ont l'action en réduction jusqu'à due concurrence contre les libéralités qui excèdent la quotité disponible. Le jugement de réduction est un jugement formateur, qui modifie avec effet rétroactif la situation juridique en annulant, partiellement ou totalement, les dispositions du de cujus qui portent atteinte à la réserve et en conférant à l'héritier réservataire qui ne l'a pas encore la qualité d'héritier effectif (ATF 115 II 211 consid. 4; 110 II 228 consid. 7c; arrêt 5C.81/2003 du 21 janvier 2004 consid. 5.2 avec les nombreuses références).
4.3.3. Selon l'art. 531 CC, toutes clauses de substitution sont nulles à l'égard de l'héritier dans la mesure où elles grèvent sa réserve, ce qui signifie que la substitution fidéicommissaire ne peut porter que sur la quotité disponible. Nonobstant le terme "nulle", la loi prévoit ici une action en réduction d'un genre particulier (ATF 108 II 288 consid. 2). Dans la mesure où elle lèse sa réserve, l'héritier n'est pas tenu d'accepter une substitution fidéicommissaire; il a droit à une réserve franche, qu'il puisse transmettre à ses propres héritiers (ATF 75 II 190). L'action tend à supprimer la substitution fidéicommissaire dans la mesure où elle lèse la réserve du grevé. Dès lors que le droit à la réserve est transmissible par succession, les héritiers du grevé peuvent eux aussi s'en prévaloir contre les appelés (ATF 108 II 288 consid. 2; arrêts 5A_166/2009 du 20 mai 2009 consid. 4.1.1; 5C.18/1997 du 1 er décembre 1997 consid. 7a), mais les héritiers du grevé ne peuvent ouvrir action en réduction à l'encontre des appelés qu'à concurrence de leur propre réserve, non pour l'entier de la réserve du grevé (ATF 133 III 309 consid. 5).
4.4. En l'occurrence, la demanderesse a ouvert action aux fins de reconstituer la réserve de son fils décédé dans la succession de feu D._. Certes, le but de l'action est d'individualiser les biens qui pouvaient être soumis à la clause de substitution fidéicommissaire, et de les distinguer de ceux qui devaient rester dans le patrimoine du défunt héritier grevé, en tant que part réservataire. Néanmoins, dès l'ouverture de la succession, la réserve de l'héritier grevé était violée, puisque entièrement soumise à la clause de substitution fidéicommissaire. Le de cujus n'avait pas prévu deux attributions distinctes pour son petit-fils grevé. Or, la seule action qui permet de reconstituer des parts successorales lésées est l'action en réduction dont sont titulaires les seuls héritiers réservataires. La reconstitution de la part réservataire présuppose nécessairement la réduction des dispositions à cause de mort prises en faveur de ceux qui bénéficient de la lésion à la réserve - en l'espèce des héritiers appelés de la substitution fidéicommissaire lésant la réserve -, partant, nécessite un jugement formateur tendant à l'annulation des dispositions du de cujus en faveur des héritiers appelés, dans la mesure où elles portent atteinte à la réserve de feu F._, et de conférer à ce dernier, héritier réservataire, la qualité d'héritier effectif et non seulement provisoire, jusqu'à l'ouverture de la substitution fidéicommissaire. Contrairement à ce qu'à constaté la cour cantonale - vraisemblablement dans le but d'éviter l'écueil de la prescription de l'action de la demanderesse ( cf. infra consid. 5) -, il ne peut donc s'agir d'une action en partage, laquelle ne sert qu'à partager des biens détenus en main commune entre les héritiers selon des parts prédéfinies. Sachant qu'il convient ici de reconnaître au préalable que feu F._ avait droit à 1/8 ème de la succession libre de toute charge, il s'agit bien d'une action en réduction. Cela étant, il convient de souligner que la part à laquelle prétend la demanderesse correspond à l'entier de la réserve du grevé décédé, mais qu'elle n'est en réalité légitimée à requérir - par la voie de l'exception de réduction (art. 533 al. 3 CC; cf. infra consid. 5) dans une future action en partage ouverte à l'encontre de l'ensemble des hoirs de feu D._, voire dans le cadre d'une autre action successorale impliquant au moins les appelés - que le montant de sa propre réserve ( cf. supra consid. 4.3.3 in fine).
Quant à l'action en " nullité partielle " invoquée par la demanderesse, elle n'est pas non plus pertinente. La recourante entendait faire annuler la clause de substitution fidéicommissaire pour cause d'illicéité (art. 519 al. 1 ch. 3 et 531 CC) uniquement afin de reconstituer la réserver de son fils décédé et héritier réservataire de feu D._; l'illicéité étant fondée sur la lésion à la réserve que la clause de substitution fidéicommissaire engendrait. Compte tenu de son but et de la base légale sur laquelle elle entendait faire "annuler" la clause de substitution fidéicommissaire, il apparaît que la recourante a méconnu la notion même de l'action en réduction, spécifiquement de la réduction de la clause de substitution fidéicommissaire prévue à l'art. 531 CC, qui permet l'annulation des dispositions du de cujus qui portent atteinte à la réserve, ainsi que préconisé par la jurisprudence rendue par le Tribunal fédéral à ce sujet (ATF 108 II 288 consid. 2; cf. supra consid. 4.3.2 et 4.3.3).
En définitive, la nature de l'action ouverte par la demanderesse est une action en réduction, laquelle doit être dirigée contre les héritiers qui profitent de la lésion, pour le montant de sa propre réserve. In casu ce sont effectivement les héritiers appelés à la substitution fidéicommissaire, à savoir les intimés B._ et C._, à l'exclusion de E._ qui profitent de la lésion à la réserve de feu F._. La question de la légitimité passive de l'action n'est donc pas problématique - ainsi que le soutient à juste titre, mais pour des motifs inexacts, la recourante - et ne conduit ainsi pas au déboutement de la demanderesse de son action. Tel n'est en revanche pas le cas de la question de la prescription, comme on le verra ci-après ( cf. consid. 5).
5.
La recourante fait valoir qu'elle pourrait se prévaloir de l'exception de réduction en raison de la copossession de la succession et discute cet aspect, alléguant que la cour cantonale s'est fourvoyée en estimant qu'elle ne détenait plus aucun bien de la succession de feu D._, dès lors qu'elle a hérité de son fils, lui-même hériter effectif de feu D._.
5.1. Ainsi que déterminé ci-dessus (cf. consid. 4.4), la recourante a en réalité ouvert une action en réduction. Elle ne saurait dès lors prétendre opposer la réduction par voie d'exception dans un procès - en " nullité partielle " pour reprendre son intitulé - introduit par ses soins. Dans ces circonstances, la problématique de la copossession du patrimoine successoral de feu D._ par la recourante est dénuée de pertinence, au contraire de la question de la prescription de l'action en réduction.
5.2. Partant, il reste à examiner si la recourante a ouvert action en réduction dans le délai légal.
5.2.1. Selon l'art. 533 al. 1 CC, l'action en réduction se prescrit par un an à compter du jour où les héritiers connaissent la lésion de leur réserve et, dans tous les cas, par dix ans, qui courent, à l'égard des dispositions testamentaires, dès l'ouverture de l'acte et, à l'égard d'autres dispositions, dès que la succession est ouverte. Le délai d'un an est en réalité un délai de péremption (ATF 98 II 176 consid. 10). En ce qui concerne son point de départ, l'héritier lésé dans sa réserve ne doit connaître que les éléments de fait qui justifieraient le bien-fondé d'une action en réduction; il n'est pas nécessaire que cette connaissance confine à la certitude. En particulier, l'action en réduction doit aussi être admise quand le demandeur n'a pas encore pu chiffrer sa prétention (ATF 121 III 249 consid. 2; arrêt 5C.155/1997 du 2 mars 1998 consid. 7a publié in JdT 1999 I 182).
5.2.2. Il ressort de la décision entreprise, non contestée sur ce point, que feu F._, de son vivant, n'a pas intenté d'action en réduction pour obtenir la reconstitution de sa réserve dans le délai d'une année à compter de l'ouverture de la succession. L'on ne saurait donc admettre que la demanderesse a "repris" à son compte une action qui aurait été ouverte par son fils décédé en cours de procédure. Quant à son " action en nullité partielle et en réduction ", cette procédure a été initiée le 30 mai 2013, alors que la lésion était connue, à tout le moins reconnaissable, dès l'ouverture du testament de feu D._ en présence des héritiers, le 15 décembre 2005. L'action de la recourante a même été ouverte 5 ans et 7 mois après le décès de son fils F._, autrement dit, plus de 5 ans et demi après l'ouverture de la substitution fidéicommissaire occasionnant la lésion à la réserve de feu F._. Vu ce qui précède, l'action en réduction introduite par la recourante le 30 mai 2013 ne peut qu'être déclarée tardive, partant, irrecevable en raison de sa péremption. Il s'ensuit que c'est à juste titre que la cour cantonale a, en définitive, débouté A._ des fins de sa demande.
6.
En conclusion, le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), arrêtés à 6'000 fr. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens aux intimés, qui s'en sont remis à justice s'agissant de l'effet suspensif et ont adressé une brève réplique spontanée au Tribunal fédéral, sans y avoir été invités.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 12 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Gauron-Carlin