Faits :
A.
A.a. Par contrat du 23 avril 1971, la SI X._ SA (ci-après: la bailleresse) a remis à bail à H.Z._ un appartement de sept pièces au 3e étage de son immeuble à Genève pour une durée initiale de trois ans et deux mois, se renouvelant ensuite tacitement d'année en année, le préavis de résiliation étant de trois mois. Le loyer a été fixé à 21'000 fr. par an, soit 1'750 fr. par mois. En dernier lieu, il s'est élevé à 32'736 fr. par an, soit 2'728 fr. par mois.
Par contrat de bail du 20 juillet 1973, la bailleresse a également loué à son locataire deux boxes situés dans le même immeuble.
A la suite du décès de H.Z._, son épouse F.Z._ en est devenue locataire, selon avenant au contrat de bail du 26 février 2003. Elle est décédée le 30 novembre 2010, laissant pour héritiers ses enfants A.Z._ et B.Z._.
A.b. A.Z._, qui était locataire, avec sa femme T.Z._, d'un appartement de trois pièces et demi contigu à l'appartement de ses parents dans cet immeuble, a entamé des démarches afin que les baux de l'appartement de sept pièces et des deux boxes soient établis à son nom.
Il a rencontré L._, administrateur-président de la propriétaire et bailleresse le 29 novembre 2010, notamment pour lui demander le transfert du bail à son nom. Le 5 janvier 2011, la régie de la bailleresse, par sa secrétaire M._, sous dictée de N._, lui a écrit notamment ce qui suit: " Vous avez été en contact avec la société propriétaire et celle-ci est disposée à conclure les baux aux mêmes conditions pour les objets cités en marge " (i.e. appartement de sept pièces et deux garages).
B.
Le 13 avril 2011, A.Z._ (ci-après: le locataire ou le demandeur) a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève d'une demande en exécution des contrats de bail (appartement et boxes) conclus en fin d'année 2010 et, à la suite de l'échec de la conciliation, a déposé sa demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 8 août 2011. En audience du 21 février 2012, il a précisé qu'il demandait la constatation de l'existence d'un bail portant sur l'appartement de sept pièces, ainsi que sur les deux boxes, puis l'exécution de ces baux.
Le premier jugement rendu par le Tribunal des baux et loyers le 10 juin 2014 a été annulé et l'affaire a été renvoyée à celui-ci par arrêt de la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du 26 janvier 2015.
Après avoir entendu l'administrateur-président de la bailleresse, le Tribunal a rejeté la demande, par jugement du 4 avril 2016.
Statuant le 14 novembre 2016 sur l'appel du locataire, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève l'a admis et a constaté l'existence d'un contrat de bail portant sur l'appartement de 7 pièces et sur les deux boxes entre le locataire et la bailleresse, qui avait été transféré le 6 janvier 2011.
C.
Dans l'intervalle, les 14 et 17 mars 2011, la bailleresse a résilié les baux de l'appartement de sept pièces et des deux boxes pour le 30 juin 2011, respectivement le 31 mars 2012, par avis de résiliation adressé à l'hoirie de la mère décédée. Elle a précisé qu'elle entendait attribuer l'appartement à un locataire de son choix.
Le 13 avril 2011, les héritiers ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers d'une action en contestation de ces résiliations, puis déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers. Ils ont précisé que la soeur consentait à ce que son frère reste le seul locataire. Cette procédure est actuellement suspendue.
D.
Contre l'arrêt du 14 novembre 2016, qui lui a été notifié le 17 novembre 2016, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 3 janvier 2017, concluant à son annulation et au rejet de la demande tendant à la constatation de l'existence d'un bail pour l'appartement de 7 pièces et pour les deux boxes et en exécution des baux. Subsidiairement, elle conclut à la constatation qu'aucun bail n'a été conclu sur ces objets entre elle et le demandeur, ni n'a été transféré à celui-ci.
Sur le fond, elle conteste l'existence d'un accord de transfert de bail oral, invoquant essentiellement des griefs d'appréciation des preuves et, dans un deuxième temps, de l'interprétation de la volonté objective à laquelle a procédé la cour.
Elle se plaint enfin de ce que la composition de la cour cantonale s'est modifiée entre l'arrêt de renvoi et l'arrêt final.
La Cour de justice s'est référée aux considérants de son arrêt, sans se déterminer sur la composition dans laquelle elle a statué.
L'intimé estime que le grief de violation de l'art. 30 al. 1 Cst. n'est pas suffisamment motivé et, subsidiairement, qu'il n'y a pas de violation de l'art. 30 al. 1 Cst.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt cantonal ayant été notifié au mandataire de la recourante le 17 novembre 2016, le délai de 30 jours (art. 100 al. 1 LTF) est venu à échéance le samedi 17 décembre 2016 et a été reporté au lundi 19 décembre 2016 en vertu de l'art. 45 al. 1 LTF, second jour des féries de Noël, de sorte que le délai a expiré le jour après celles-ci, soit le 3 janvier 2017 (art. 46 al. 1 let. a LTF; arrêts 4A_196/2016 du 24 octobre 2016 consid. 1.1; 4A_195/2016 du 9 septembre 2016 consid. 1.1; 5A_144/2007 du 18 octobre 2007 consid. 1; 4A_434/2007 du 20 mai 2008 consid. 1.1, non publié in ATF 134 III 337). Interjeté le 3 janvier 2017 et donc en temps utile par la bailleresse recourante, qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire de bail (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.
2.
Dans un dernier grief, qu'il s'impose de traiter en premier lieu dès lors qu'il s'agit d'un grief d'ordre formel (ATF 142 I 93 consid. 8.3), la recourante se plaint de la composition de la cour cantonale, invoquant la violation de l'art. 30 Cst. L'intimé conclut à son irrecevabilité pour défaut de motivation; au surplus, il se prévaut de la pratique de la Cour de justice, selon laquelle l'affaire qui revient après renvoi est attribuée à la Chambre à laquelle appartient le juge rapporteur qui avait oeuvré dans l'arrêt de renvoi; de plus, comme les juges d'appel statuent sur dossier, et n'administrent pas directement des preuves, la bailleresse n'a pas pu subir de préjudice. La recourante n'a rien objecté à cela dans ses observations.
2.1.
2.1.1. Selon l'art. 30 al. 1 Cst. et l'art. 6 par. 1 CEDH, toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Cette réglementation vise à éviter que des tribunaux ne soient constitués spécialement pour le jugement d'une affaire et à empêcher que les juges choisis pour statuer dans une affaire déterminée ne le soient de façon à influencer le jugement. Un tribunal dont la composition n'est pas justifiée par des motifs objectifs viole le droit à la garantie constitutionnelle du juge indépendant et impartial. Les parties à la procédure ont droit à ce que l'autorité judiciaire soit composée régulièrement (ATF 137 I 340 consid. 2.2.1).
La composition et la formation des tribunaux civils appelés à statuer relèvent de l'organisation judiciaire cantonale (art. 3 CPC; Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse [CPC], FF 2006 ch. 5.1 p. 6875 ad art. 3). Le tribunal est ainsi valablement constitué lorsqu'il siège dans une composition qui correspond à ce que le droit cantonal prévoit. Le droit des parties à une composition régulière du tribunal impose des exigences minimales au droit d'organisation judiciaire cantonal, de façon à éviter les tribunaux d'exception et la mise en oeuvre de juges ad hoc ou ad personam (ATF 129 V 335 consid. 1.3.1; arrêt 9C_731/2007 du 20 août 2008 consid. 2.2.1).
C'est en premier lieu à la lumière des règles cantonales topiques d'organisation judiciaire qu'il convient d'examiner si une autorité judiciaire a statué dans une composition conforme à la loi. Sur ce point, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité à l'arbitraire. En second lieu, le Tribunal fédéral examine avec une pleine cognition le point de savoir si la composition correcte du tribunal, telle que prévue par le droit cantonal, reconnu non arbitraire, est compatible avec l'art. 30 al. 1 Cst. (ATF 131 I 31 consid. 2.1.2.1 p. 34 s.; à propos de l'art. 29 al. 1 Cst. applicable à la composition d'une autorité administrative, cf. ATF 142 I 172 consid. 3.2).
2.1.2. Selon la jurisprudence, l'art. 30 al. 1 Cst. n'exige pas que l'autorité judiciaire appelée à statuer soit composée des mêmes personnes tout au long de la procédure, notamment pour l'audition des témoins qui peut être attribuée à un juge délégué ou instructeur (cf. art. 155 al. 1 CPC), et pour le jugement (arrêt 9C_731/2007 précité consid. 2.2.3 et les arrêts cités). La modification de la composition du tribunal en cours de procédure ne constitue donc pas en tant que telle une violation de l'art. 30 al. 1 Cst. Elle s'impose nécessairement lorsqu'un juge doit être remplacé par un autre ensuite de départ à la retraite, d'élection dans un autre tribunal, de décès ou en cas d'incapacité de travail de longue durée (arrêt 9C_731/2007 précité consid. 2.2.3).
Cela vaut aussi bien pour la composition de l'autorité de première instance que pour celle de l'autorité d'appel (art. 308 ss CPC).
2.1.3. Si une modification intervient dans la composition du tribunal de première instance constitué initialement, il appartient au tribunal d'attirer l'attention des parties sur le remplacement de juges qui est envisagé et les raisons qui le motivent; les parties ne peuvent se voir reprocher un défaut de motivation de leur grief de violation de l'art. 30 al. 1 Cst. (art. 310 let. a CPC) que si elles connaissent les motifs justifiant le changement. Le droit à une composition régulière du tribunal doit être examiné de la même façon que le droit à un tribunal indépendant (ATF 142 I 93 consid. 8.2; cf. arrêt 4A_430/2016 du 7 février 2017 consid. 2).
Il doit en aller de même s'agissant de la composition de la cour d'appel (art. 308 ss CPC). Le fait que sa composition ait changé entre son arrêt de renvoi et son arrêt final contre le nouveau jugement rendu sur renvoi par le tribunal de première instance n'impose pas un traitement différent: la cour doit indiquer les motifs qui justifient le changement de sa composition.
2.2.
2.2.1. La recourante invoque qu'un changement en cours de procédure n'est admissible qu'en cas d'empêchements objectifs et durables de l'un de ses membres et que le tribunal doit en informer les parties. Elle en conclut qu'elle pouvait s'attendre à ce que sa cause soit examinée et jugée par les mêmes juges que ceux qui ont participé à l'arrêt de renvoi.
Contrairement à ce que soutient l'intimé, son grief est suffisamment motivé et donc recevable.
2.2.2. Entre l'arrêt de renvoi et le second arrêt final, la composition de la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice a fondamentalement changé: en effet, seul un juge sur cinq et le greffier sont demeurés les mêmes: deux des juges sur trois, y compris le président, et les deux juges assesseurs qui ont siégé pour l'arrêt de renvoi du 26 janvier 2015 ont été remplacés par de nouvelles personnes lors de l'arrêt final du 14 novembre 2016.
La Chambre n'a pas indiqué les motifs des changements dans sa composition. Dans ses observations sur le recours, elle se limite à renvoyer aux considérants de son arrêt.
Le recours doit donc être admis pour violation de l'art. 30 al. 1 Cst., le Tribunal fédéral n'étant pas en mesure de contrôler le bien-fondé du changement de composition de la cour cantonale. Il n'y a donc pas lieu d'examiner en l'état les griefs de la recourante sur le fond.
3.
L'intimé ayant conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet de ce grief, les frais judiciaires et les dépens du présent arrêt seront mis à sa charge (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour complètement de l'état de fait et nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
L'intimé versera à la recourante une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 22 juin 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget