Faits :
A.
A.a. Le 1er décembre 2011, le Ministère public de la Confédération (MPC) a ouvert une enquête contre A._ pour blanchiment d'argent (art. 305bis CP); il a ensuite étendu cette procédure contre inconnus, ainsi que pour les chefs de prévention d'organisation criminelle (art. 260ter CP) et de gestion déloyale (art. 158 CP; procédure SV.11.0268).
A cette même date, le MPC a ordonné le séquestre et le dépôt des relations identifiées ouvertes auprès de la banque B._ AG et de la banque C._ AG, dont le prévenu susmentionné était titulaire, ayant droit économique ou au bénéfice d'un pouvoir de signature. Ont ainsi été saisis, auprès de la première banque précitée, les relations n° xxx, dont A._ était titulaire, et n° yyy, compte ouvert au nom de D._ Ltd, société dont le prévenu était l'ayant droit économique.
Par ordonnance pénale du 23 décembre 2016, A._ a été reconnu coupable de gestion déloyale (art. 158 CP) en raison en substance de la perception d'une rétrocommission illicite et de montants indus. Il a été condamné à une peine pécuniaire de 180 jours-amende, à 800 fr. le jour-amende, avec sursis pendant un délai d'épreuve de trois ans, ainsi qu'au paiement d'une amende de 10'000 fr.; une créance compensatrice de 2'145'254 fr. a été ordonnée à son encontre et les frais de procédure, fixé à 22'849 fr. 60 ont été mis à sa charge. Les chefs de prévention de blanchiment d'argent et d'organisation criminelle ont donc été abandonnés. Le séquestre sur les avoirs de A._ a été levé, à l'exception d'un montant, détenu sur le compte n° xxx, correspondant à ceux de la créance compensatrice, de l'amende et des frais (2'178'103 fr. 60).
A.b. Le 13 janvier 2017, le MPC a ordonné, dans le cadre de la procédure SV.11.0268, un nouveau séquestre des valeurs patrimoniales déposées sur la relation bancaire n° xxx, comprenant les sous-comptes n° aaa, bbb et ccc, détenus auprès de la banque B._ AG; cette autorité a considéré qu'en raison "de faits nouveaux", il ne pouvait "être exclu que ces valeurs patrimoniales déposées en Suisse soient entachées d'illicéité criminelle, respectivement qu'elles puissent faire l'objet d'une créance compensatrice". Ce même jour, le Procureur a informé le mandataire de A._ que "les séquestres des valeurs patrimoniales ordonnés dans la présente procédure en lien avec [ses] mandants [avaient] été levés. Un nouveau séquestre a[vait] toutefois été prononcé ce jour sur la relation n. xxx, sous-comptes inclus, ouverte au nom de A._ cela en complément du séquestre portant sur la relation n. yyy, coffre inclus, ouverte au nom de D._ Ltd, auprès de la banque B._ AG, à titre provisoire, le temps de procéder à quelques clarifications complémentaires". A._ a recouru contre cette décision le 26 janvier 2017 (BB.2017.16).
Par courriers des 16 et 18 janvier 2017, A._ a demandé, en sus de la levée du séquestre portant sur son compte, le classement de la cause SV.11.0268. Cette requête a en substance été refusée le 27 janvier 2017 par le MPC. Celui-ci a indiqué au susmentionné qu'à la suite de la perquisition effectuée le 12 janvier 2017 dans le coffre lié à la relation n° yyy - dont D._ Ltd était titulaire - des "clarifications en lien avec les éléments issus du coffre-fort [...] [étaient] en cours" et qu'il statuerait sur le maintien ou la levée du séquestre à brève échéance. A._ a contesté cette décision par mémoire du 3 février 2017 (BB.2017.26).
B.
Le 19 juillet 2017, la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a joint les causes BB.2017.16 et BB.2017.26. Cette autorité a déclaré irrecevables les conclusions relatives au refus de classer la procédure, faute de voie de droit dans une telle situation (cf. consid. 1.3). Elle a rejeté le recours pour le surplus.
En particulier, elle a estimé que le comportement du MPC n'était pas contraire au principe de la bonne foi; au regard du caractère impératif de l'action pénale et de la poursuite de la procédure SV.11.0268 contre inconnus, il appartenait au Procureur d'enquêter sur les nouveaux éléments découverts dans le coffre de D._ Ltd lors de la perquisition intervenue le 12 janvier 2017 (cf. consid. 3.1). Elle a ensuite confirmé le maintien du séquestre des avoirs de A._ - alors considéré comme un tiers saisi (cf. consid. 3.1) - détenus sur le compte n° xxx et ses sous-comptes bancaires; les éléments trouvés dans le coffre paraissaient en effet démontrer, dans le contexte d'une location et/ou d'un achat immobilier, d'éventuels nouveaux actes de gestion déloyale, par le biais notamment de possibles rétrocessions illicites en faveur de A._ (cf. consid. 3.2.3).
C.
Par acte du 18 août 2017, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, à la levée du séquestre portant sur les valeurs patrimoniales déposées sur sa relation bancaire n° xxx, y compris les sous-comptes n° aaa, bbb et ccc, ouverte auprès de la banque B._ AG et au classement de la procédure SV.11.0268. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue dans le sens des considérants.
La juridiction précédente a renoncé à formuler des observations et le MPC a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, renvoyant pour le surplus à ses déterminations des 9 et 17 février 2017.
Considérant en droit :
1.
Selon l'art. 79 LTF, le recours en matière pénale est irrecevable contre les décisions de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral, sauf si elles portent sur des mesures de contrainte. Constituent de telles mesures celles investigatrices ou coercitives prises, à titre incident, au cours de la procédure pénale, telles que l'arrestation, la détention, le séquestre, la fouille, la perquisition, car il s'agit là de mesures graves qui portent atteinte aux droits fondamentaux (ATF 143 IV 85 consid. 1.2 p. 87; 136 IV 92 consid. 2.1 p. 93).
N'entre manifestement pas dans cette notion la problématique relative au refus par le MPC de classer la procédure SV.11.0268, respectivement celle sur l'irrecevabilité des conclusions prises dans ce sens devant l'autorité précédente (arrêts 6B_1269/2016 du 21 août 2017 consid. 1.2; 6B_1089/2013 du 18 décembre 2014 consid. 1.1; 1B_505/2011 du 2 avril 2012 consid. 2). Ces considérations permettent aussi d'écarter les griefs soulevés au fond en lien avec cette question. Tel est principalement le cas des violations alléguées du principe "ne bis in idem", ainsi que celui de la bonne foi. Par ce biais, le recourant tente en effet essentiellement de remettre en cause la poursuite - ou la reprise - de la procédure pénale SV.11.0268, dont il prétend qu'elle aurait été clôturée avec le prononcé de l'ordonnance pénale du 23 décembre 2016 rendue à son encontre. Dans la mesure au demeurant où ses arguments ne seraient pas dénués de pertinence et qu'il serait mis en cause formellement, il pourra en faire état devant le juge du fond.
Il s'ensuit que seule la question du séquestre peut être portée devant le Tribunal fédéral (ATF 136 IV 92 consid. 2.2 p. 94). Ce type de décision a un caractère incident et cause en principe un dommage irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF car le détenteur des valeurs et/ou biens saisis se trouve privé temporairement de leur libre disposition (ATF 128 I 129 consid. 1 p. 131). La qualité pour recourir du recourant, titulaire de la relation bancaire et des sous-comptes séquestrés, doit être admise (art. 81 al. 1 LTF). Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et les conclusions visant à la levée de la mesure de contrainte sont recevables (art. 107 al. 2 LTF). Partant, dans les limites susmentionnées, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un premier grief, le recourant reproche à la juridiction précédente de n'avoir pas pris en compte certains faits liés au contexte du séquestre.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. - et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
En l'occurrence, le recourant se limite à exposer sa propre version des faits (cf. p. 5 à 6 de son mémoire). Il n'explique en revanche ni quelle (s) omission (s) précise (s) il reproche à l'instance précédente, ni en quoi la correction de celle (s) -ci permettrait d'avoir une appréciation différente. Ce faisant, il viole ses obligations en matière de motivation (art. 42 al. 2 LTF; ATF 141 IV 317 consid. 5.4 p. 324) et ce grief peut être écarté.
3.
Invoquant notamment l'art. 197 CPP, le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir confirmé le séquestre de ses avoirs. Il soutient en substance qu'il n'existerait aucun fait nouveau que les autorités pénales auraient ignoré au moment du prononcé de l'ordonnance pénale à son encontre; en effet, le coffre dans lequel se trouvaient les documents sur lesquels se base le MPC pour motiver le séquestre de janvier 2017 faisait l'objet d'une telle mesure depuis décembre 2011. Selon le recourant, un séquestre de ses valeurs patrimoniales violerait également le principe "ne bis in idem" puisque que cette mesure se fonderait sur des faits qui auraient déjà fait l'objet d'une ordonnance pénale.
3.1. Le séquestre est une mesure de contrainte qui ne peut être ordonnée, en vertu de l'art. 197 al. 1 CPP, que si elle est prévue par la loi (let. a), s'il existe des soupçons suffisants laissant présumer une infraction (let. b), si les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères (let. c) et si elle apparaît justifiée au regard de la gravité de l'infraction (let. d).
Lors de cet examen, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines. Le séquestre pénal est en effet une mesure provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer, à restituer au lésé ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (art. 263 al. 1 CPP et 71 al. 3 CP). L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. art. 263 al. 2 CPP), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (ATF 141 IV 360 consid. 3.2 p. 364).
Un séquestre est proportionné lorsqu'il porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une probabilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue (ATF 141 IV 360 consid. 3.2 p. 364); l'intégralité des fonds doit demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part de ceux-ci qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_145/2016 du 1 er juillet 2016 consid. 3.1 et les arrêts cités). Les probabilités d'une confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, doivent cependant se renforcer au cours de l'instruction (ATF 122 IV 91 consid. 4 p. 96; arrêt 1B_416/2012 du 30 octobre 2012 consid. 2.1). Un séquestre peut en effet apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (ATF 132 I 229 consid. 11.6 p. 247). En outre, pour respecter le principe de proportionnalité, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (ATF 130 II 329 consid. 6 p. 336).
3.2. S'agissant en particulier du séquestre en vue de l'exécution d'une créance compensatrice (art. 71 al. 3 CP), il a pour but d'éviter que celui qui a disposé des objets ou valeurs à confisquer soit privilégié par rapport à celui qui les a conservés (ATF 140 IV 57 consid. 4.1.2 p. 62). Lorsque l'avantage illicite doit être confisqué, mais que les valeurs patrimoniales qui sont le résultat de l'infraction ne sont plus disponibles - parce qu'elles ont été consommées, dissimulées ou aliénées -, le juge ordonnera leur remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent (cf. art. 71 al. 1 CP). En raison de ce caractère subsidiaire, la créance compensatrice ne peut être ordonnée que si, dans l'hypothèse où les valeurs patrimoniales provenant de l'infraction auraient été disponibles, la confiscation eût été prononcée. La créance compensatrice est ainsi soumise aux mêmes conditions que la confiscation. Néanmoins, un lien de connexité entre les valeurs saisies et l'infraction commise n'est pas requis (ATF 140 IV 57 consid. 4.1.2 p. 62 s. et les nombreuses références citées).
3.3. La Cour des plaintes a tout d'abord rappelé les éléments trouvés dans le coffre perquisitionné en janvier 2017, à savoir (1) un contrat de bail - non signé - de novembre 2000 entre la société E._ SA et "A._, Bureau F._", pour une location en France pour une durée de cinq ans et dont le loyer mensuel s'élevait à 50'000 fr., (2) deux avis de débit de 250'000 fr. en août 2004 d'un compte de F._ en faveur de E._ SA - société dont la faillite a pourtant été prononcée en février 2004 - avec comme libellé "rent of (June, July, August, September October 2003" et "rent of January, February, March, April, Mai 2004 relating to the house of Mr. Ing. A._" et (3) des notes manuscrites en lien avec l'acquisition d'un bien immobilier. Selon la juridiction précédente, ces éléments pourraient remettre en cause les explications données en juin 2016 par le recourant pour des opérations en lien avec E._ SA, soit un investissement allégué de 800'000 fr. en 2001, respectivement le remboursement de 290'000 fr. en 2002; ces documents constituaient des indices suffisants permettant de suspecter l'existence de rétrocessions illicites issues des relations existant entre le recourant et la société, ce qui pourrait amener à prononcer une créance compensatrice à la charge du recourant s'il devait être à nouveau condamné pour des actes de gestion déloyale.
3.4. Ces éléments - en particulier vu les personnes et entités en cause - ne permettent pas d'exclure d'emblée la commission de toute nouvelle infraction. On peut en effet s'étonner de paiements par F._ en faveur d'une société faillie, dans laquelle le recourant semblait avoir certains intérêts. Cela étant, au regard de la durée de la procédure, ces éventuels soupçons - peu étayés au demeurant notamment quant au mode opératoire qui pourrait être reproché au recourant - ne paraissent pas suffisants pour justifier la nouvelle saisie des avoirs du recourant.
A cela s'ajoute le contexte dans lequel ces faits - nouveaux selon le MPC - ont été mis en évidence. Ainsi, ces pièces étaient placées dans un coffre qui se trouvait sous le contrôle des autorités pénales depuis décembre 2011. Au jour de l'ordonnance pénale (décembre 2016), les autorités d'instruction avaient donc eu cinq ans pour prendre connaissance de son contenu; or, elles ne l'ont fait qu'ultérieurement (janvier 2017) et de plus à la suite d'une initiative de la banque (cf. les déterminations du 9 février 2017 du MPC). Les autorités d'enquête savaient également, pour le moins depuis le rapport d'investigation de juillet 2013, que le recourant avait des liens avec la société E._ SA (cf. l'investissement allégué de 800'000 fr. en 2001 et son remboursement de 290'000 fr. en 2002 [cf. consid. 3.2.3 de l'arrêt entrepris]). Si elles avaient agi avec la diligence que l'on peut attendre d'elles - eu égard en particulier au principe de célérité (art. 5 al. 1 CPP) et à la maxime de l'instruction (art. 6 al. 1 CPP) -, les clarifications peut-être nécessaires par rapport à ces différentes opérations au regard des pièces découvertes en janvier 2017 auraient très vraisemblablement pu être entreprises, ou pour le moins débutées, auparavant, notamment préalablement à l'ordonnance pénale du 23 décembre 2016. La procédure d'instruction se trouve ainsi prolongée, non pas en raison de faits dont l'autorité pénale n'aurait pu avoir connaissance plus tôt, de difficultés de la cause et/ou d'un comportement imputable au recourant, mais au regard des manquements des autorités d'instruction, qui étaient pourtant déjà en possession de tous les éléments susceptibles de faire avancer la procédure pénale. Sauf à violer le principe de proportionnalité, voire celui de la bonne foi, il ne peut à présent être attendu du recourant de supporter les carences de l'instruction, notamment en continuant à se voir priver de la libre disposition de ses biens.
Ce raisonnement vaut d'autant plus que le MPC ne reconnaît pas au recourant la qualité de "prévenu" et le considère uniquement comme un "tiers saisi". S'il n'appartient pas au juge du séquestre d'apprécier le bien-fondé de ce statut, cette configuration lui impose en revanche une retenue particulière lorsque des mesures de contrainte doivent être prononcées (art. 197 al. 2 CPP). Or, les constatations précédentes et le séquestre prononcé à peine un mois après sa levée laissent à penser que le MPC n'a pas respecté ses incombances à cet égard, mais uniquement qu'il a cherché à réparer rapidement ses manquements.
Par conséquent, le séquestre portant sur le compte n° xxx et les sous-comptes n° aaa, bbb et ccc, ouverts au nom du recourant viole le droit fédéral et ce grief doit être admis.
4.
Il s'ensuit que le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il confirme le maintien du séquestre sur le compte n° xxx et les sous-comptes n° aaa, bbb et ccc ouverts au nom du recourant auprès de la banque B._ AG. La levée de ces séquestres est ordonnée et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure de recours devant elle.
Le recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens pour la procédure fédérale à la charge de la Confédération (art. 68 al. 1 LTF). Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt du 19 juillet 2017 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral est annulé dans la mesure où il confirme le maintien du séquestre sur le compte n° xxx et les sous-comptes n° aaa, bbb et ccc ouverts au nom du recourant auprès de la banque B._ AG. La levée des séquestres portant sur ces comptes est ordonnée et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure de recours devant elle.
2.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 2'500 fr., est allouée au recourant à la charge de la Confédération (Ministère public de la Confédération).
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la Confédération et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 18 octobre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
La Greffière : Kropf