Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Bern eröffnete gegen X._ ein Strafverfahren wegen mehrfacher Vergewaltigung, sexueller Nötigung, mehrfacher Tätlichkeiten respektive mehrfacher einfacher Körperverletzungen und mehrfacher Drohung zum Nachteil seiner damaligen Ehefrau. Nach Abschluss der Untersuchung stellte sie das Verfahren wegen mehrfacher Vergewaltigung und einiger Tätlichkeiten teilweise ein und erhob wegen der übrigen Vorwürfe Anklage.
Das Regionalgericht Bern-Mittelland sprach X._ am 1. Juli 2014 von den Vorwürfen der mehrfachen Tätlichkeit teilweise frei. Es verurteilte ihn wegen sexueller Nötigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher Tätlichkeiten zu einer Freiheitsstrafe von 20 Monaten, einer bedingten Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 90.- sowie einer Busse von Fr. 600.-. Es auferlegte ihm die Verfahrenskosten und verpflichtete ihn zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 8'000.- an seine Exfrau.
B.
Am 17. April 2015 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ im Berufungsverfahren wegen sexueller Nötigung, mehrfacher Drohung und mehrfacher Tätlichkeiten zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten und verpflichtete ihn zur Zahlung einer Genugtuung von Fr. 5'000.-. Gleichzeitig kürzte es das dem amtlichen Verteidiger für das erstinstanzliche Verfahren gewährte Honorar sowie den von ihm im Berufungsverfahren geltend gemachten Aufwand.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und er sei von den Vorwürfen der sexuellen Nötigung, der mehrfachen Drohung und der mehrfachen Tätlichkeit freizusprechen. Die Zivilklage der Privatklägerin sei abzuweisen. Eventualiter sei das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Rechtsanwalt Elias Hofstetter erhob beim Bundesstrafgericht am 4. Mai 2015 Beschwerde gegen die vom Obergericht festgesetzte Entschädigung als amtlicher Verteidiger.
Das Bundesgericht informierte die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts mit Schreiben vom 13. November 2015 darüber, dass X._ Beschwerde in Strafsachen gegen das Urteil des Obergerichts erhoben hat.
Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts trat mit Entscheid vom 16. Dezember 2015 auf die Beschwerde von Rechtsanwalt Elias Hofstetter hinsichtlich der Entschädigung für das erstinstanzliche Verfahren nicht ein und hiess sie (hinsichtlich der Entschädigung für das Berufungsverfahren) teilweise gut.
E.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern auf die Einladung zur Stellungnahme nicht geantwortet.
Mit Verfügung vom 13. Juli 2016 wurde A._ die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und ihr Rechtsanwalt Oliver Glättli als Rechtsbeistand beigegeben. In ihrer - nach Fristerstreckung - beim Bundesgericht am 12. September 2016 eingegangenen Vernehmlassung beantragt sie, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. X._ hält in seiner Replik vom 22. September 2016 an seinen Anträgen fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Die Staatsanwaltschaft habe das gegen ihn aufgrund der Vorwürfe der Beschwerdegegnerin 2 eröffnete Strafverfahren wegen Vergewaltigung eingestellt. In Anwendung des Grundsatzes in dubio pro reo bestünden zwangsläufig erhebliche Zweifel an deren weiteren belastenden Aussagen, insbesondere hinsichtlich des Vorwurfs der sexuellen Nötigung. Zudem seien die Angaben der Beschwerdegegnerin 2 zum Zeitpunkt und zum Ablauf des angeblich erzwungenen Analverkehrs widersprüchlich und nicht stimmig. Die Vorinstanz habe entscheidende Gesichtspunkte falsch gewürdigt oder gar nicht berücksichtigt. Sie habe im Wesentlichen lediglich die Aussagewürdigung der ersten Instanz bestätigt und es insbesondere unterlassen, einen Strukturvergleich zwischen den angeblichen Realkennzeichen und der Konstanzanalyse der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vorzunehmen.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, vorab sei anzumerken, dass die vom Beschwerdeführer ins Feld geführte Verfahrenseinstellung wegen der gegen ihn erhobenen Vergewaltigungsvorwürfe keinerlei Einfluss hinsichtlich der Glaubwürdigkeit der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 zu den weiteren Anschuldigungen habe. Die Einstellung sei in Anwendung des Grundsatzes in dubio pro reo erfolgt und habe mit dem zu beurteilenden singulären Vorfall der sexuellen Nötigung nichts zu tun. Hinsichtlich der Aussage der Privatklägerin, sie habe während des Geschlechtsverkehrs gestöhnt, sei davon auszugehen, dass es sich um ein Missverständnis gehandelt habe. Es sei anzunehmen, dass die Beschwerdegegnerin 2 nicht von einem lustvollen, sondern von einem schmerzhaften Stöhnen gesprochen habe, denn andernfalls liesse sich ihre Frage, weshalb sie das habe vorspielen sollen, nicht erklären.
Die Vorinstanz hält fest, dass hinsichtlich des Vorwurfs des erzwungenen Analverkehrs keine objektiven Beweismittel und Zeugenaussagen vorlägen. Dies gälte auch für den Vorwurf der mehrfachen Drohung, zu dem es im Übrigen auch nicht viele Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 gebe. Das erstinstanzliche Gericht habe sich ausführlich mit deren Aussagen befasst. Die vorgenommene Glaubhaftigkeitsbeurteilung sei nicht zu beanstanden und die Kammer schliesse sich den Ausführungen des Regionalgerichts an. Soweit der Beschwerdeführer vorbringe, die Beschwerdegegnerin 2 beschuldige ihn falsch, liege zumindest theoretisch ein Motiv für eine Falschaussage vor, da die Beschwerdegegnerin 2 als lange Zeit vom Beschwerdeführer drangsalierte Person allen Grund hätte, ihm seine Taten heimzuzahlen. Eine falsche Beschuldigung sei vorliegend aber ausgeschlossen. Es sei anzunehmen, dass die Beschwerdegegnerin 2 den Beschwerdeführer im Falle der Falschbeschuldigung schwerwiegender als des "lediglich" einmal erzwungenen Analverkehrs bezichtigt und nicht auf eine leicht mögliche, schwerere Beschuldigung verzichtet hätte. Zwar mute es seltsam an, dass die Beschwerdegegnerin 2 keinen genaueren Zeitpunkt des erzwungenen Analverkehrs als den Zeitraum Sommer 2010 bis Ende 2011 habe benennen können; dies sei jedoch ein delikstypisches Aussageverhalten von Opfern mehrfacher und lang andauernder häuslicher Gewalt, die einzelne Gewaltakte angesichts der grossen Anzahl nicht mehr klar voneinander trennen könnten. Auch dass die Beschwerdegegnerin 2 bestreite, dem Beschwerdeführer nach dessen Auszug SMS geschrieben zu haben, in denen sie ihm zunächst ihre Liebe gesteht und bittet zurückzukommen, und nachdem der Beschwerdeführer dies abgelehnt hat, mit weiteren Anzeigen gedroht habe, belege keinesfalls die Unrichtigkeit des Anklagevorwurfs der sexuellen Nötigung. Es sei nachvollziehbar, dass die Beschwerdegegnerin 2 nicht mit ihrem ambivalenten Verhalten habe konfrontiert werden wollen, und das hartnäckige, wenn auch unsinnige Bestreiten sei als typisches Opferverhalten zu qualifizieren. Die Aussagen seien relativ und absolut gesehen detailreich und könnten von der Beschwerdegegnerin 2, so wie sie sich im Verfahren präsentiert habe, kaum geschildert werden, wenn sich der Vorfall nicht wie in der Anklageschrift beschrieben, abgespielt hätte.
1.3. Das Rechtsmittelverfahren beruht auf den Beweisen, die im Vorverfahren und im erstinstanzlichen Hauptverfahren erhoben worden sind (Art. 389 Abs. 1 StPO). Beweisabnahmen des erstinstanzlichen Gerichts werden nach Art. 389 Abs. 2 StPO nur wiederholt, wenn Beweisvorschriften verletzt worden sind (lit. a), die Beweiserhebungen unvollständig waren (lit. b) oder die Akten über die Beweiserhebungen unzuverlässig erscheinen (lit. c). Die Rechtsmittelinstanz erhebt zudem von Amtes wegen oder auf Antrag einer Partei die erforderlichen zusätzlichen Beweise (Art. 389 Abs. 3 StPO).
Nach Art. 343 i.V.m. Art. 405 Abs. 1 StPO hat eine unmittelbare Beweisabnahme im Rechtsmittelverfahren unter anderem dann zu erfolgen, wenn die unmittelbare Kenntnis des Beweismittels für die Urteilsfällung notwendig erscheint. Dies ist namentlich der Fall, wenn die Beweiskraft des Beweismittels in entscheidender Weise vom Eindruck abhängt, der bei seiner Präsentation entsteht, insbesondere wenn es wie bei "Aussage gegen Aussage"-Konstellationen in besonderem Masse auf den unmittelbaren Eindruck einer Zeugenaussage ankommt. Ist die unmittelbare Kenntnis des Beweismittels für die Urteilsfällung notwendig i.S.v. Art. 343 Abs. 3 StPO, hat das Gericht den Beweis zwingend abzunehmen, andernfalls beruht die Aussagewürdigung auf einer unvollständigen Grundlage (Urteile 6B_620/2014 vom 25. September 2014 E. 1.4.2; 6B_856/2013 vom 3. April 2014 E. 2.2; je mit Hinweisen). Dies gilt auch für das mündliche Berufungsverfahren, denn die Beweiserhebung durch das Erstgericht kann die erforderliche unmittelbare Kenntnis des Berufungsgerichts nicht ersetzen (Urteil 6B_70/2015 vom 20. April 2016 E. 1.4.2 mit Hinweisen).
1.4. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung verletzt Bundesrecht. Sie erweist sich als aktenwidrig und unvollständig.
1.4.1. Unzutreffend ist die Feststellung, die Staatsanwaltschaft habe das gegen den Beschwerdeführer geführte Verfahren wegen mehrfacher Vergewaltigung in Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" eingestellt. Dies ist nach der gesetzlichen Konzeption nicht möglich. Der aus dem Legalitätsprinzip abgeleitete Grundsatz "in dubio pro duriore" verpflichtet die Strafverfolgungsbehörden, im Zweifel Anklage zu erheben, da bei zweifelhafter Beweis- oder Rechtslage, insbesondere bei schweren Delikten, das zur materiellen Beurteilung zuständige Gericht über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden hat (vgl. Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; BGE 138 IV 86 E. 4.1 f.; Urteil 6B_127/2013 vom 3. September 2013 E. 4.1). Dies hat auch die Staatsanwaltschaft erkannt und nach sorgfältiger Abwägung sowohl aus tatsächlichen als auch rechtlichen Gründen keine Anklage erhoben.
Nicht gefolgt werden kann der Vorinstanz, dass die Verfahrenseinstellung keinerlei Einfluss auf die Beurteilung der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 habe. Die Vorinstanz verkennt, dass die teilweise Einstellungsverfügung unangefochten in Rechtskraft erwachsen und damit einem freisprechenden Urteil gleichkommt (vgl. Art. 320 Abs. 3 StPO). Auch wenn es sich beim Vorwurf der sexuellen Nötigung um eine eigenständige Tat im prozessualen Sinn handelt, kann ein Zusammenhang mit den angeblich im gleichen Zeitraum verübten und gemeinsam zur Anzeige gebrachten Vergewaltigsvorwürfen nicht verneint werden.
1.4.2. Die Beweiserhebung und -würdigung ist zudem unvollständig. Die Vorinstanz konnte nicht auf die persönliche Einvernahme der Beschwerdegegnerin 2 verzichten. Sie hält zutreffend fest, dass es in Bezug auf den Vorwurf der sexuellen Nötigung neben den sich widersprechenden Aussagen des Beschwerdeführers und der Beschwerdegegnerin 2 keine weiteren Beweismittel gibt. Gemäss gefestigter bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist namentlich bei Sexualdelikten, die wie vorliegend häufig aufgrund einer "Aussage gegen Aussage"-Konstellation zu beurteilen sind, die unmittelbare Wahrnehmung der beschuldigten Person und der Auskunftsperson durch das Gericht unverzichtbar. Die Beurteilung, ob und wieweit die jeweiligen Aussagen glaubhaft und überzeugend sind, lässt sich erst aufgrund des persönlichen Eindrucks des Beschwerdeführers und der Beschwerdegegnerin 2 beurteilen (vgl. vorstehend E. 1.3).
Die Vorinstanz durfte sich nicht auf eine Plausibilitätskontrolle der erstinstanzlichen Beweiswürdigung beschränken, denn sie verfügt als Berufungsgericht über umfassende Kognition in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht und fällt ein neues, den erstinstanzlichen Entscheid ersetzendes Urteil (vgl. Art. 398 Abs. 2 und 3, Art. 408 StPO; BGE 141 IV 244 E. 1.3.3; Urteil 6B_339/2014 vom 27. November 2014 E. 1.3, nicht publ. in: BGE 140 IV 145). Dass eine Beweiswürdigung ohne unmittelbare Kenntnis der für die Urteilsfällung notwendigen Beweismittel unvollständig und nicht möglich ist, veranschaulichen die vorinstanzlichen Erwägungen. Diese erschöpfen sich über weite Strecken in hypothetischen Überlegungen zu Umständen, zu denen die Beschwerdegegnerin 2 sich nicht geäussert hat oder bezüglich derer gesicherte Rückschlüsse nicht möglich sind. Nicht nachvollziehbar ist, auf welcher Grundlage die Vorinstanz ohne direkte Befragung und persönlichen Eindruck der Beschwerdegegnerin 2 beurteilen will, ob das Bestreiten, dem Beschwerdeführer nach dessen Auszug aus der ehelichen Wohnung diverse SMS geschickt zu haben, Ausdruck eines ambivalenten Verhaltens sei. Der nach Ansicht der Vorinstanz "seltsam anmutende" Umstand, dass die Beschwerdegegnerin 2 den Zeitraum des angeblich ungewollt vollzogenen Analverkehrs nicht annähernd hat präzisieren können, lässt sich vorliegend nicht mit dem Argument erklären, es handle sich um ein "deliktsypisches" Aussageverhalten von Opfern lang anhaltender und wiederkehrender Gewaltdelikte. Die Vorinstanz übersieht, dass dem Beschwerdeführer gerade nicht vorgeworfen wird, den Analverkehr mehrfach gegen den Willen der Beschwerdegegnerin 2 an ihr vollzogen zu haben und dass das Strafverfahren gegen ihn hinsichtlich der Vergewaltigungsvorwürfe eingestellt wurde. Dass die Beschwerdegegnerin 2 den Beschwerdeführer im Falle einer Falschbelastung stärker belastet und ihn nicht nur des einmaligen sondern mehrmaligen erzwungenen Analverkehrs bezichtigt hätte, ist spekulativ und insbesondere vor dem Hintergrund der Verfahrenseinstellung wegen mehrfacher Vergewaltigung nicht nachvollziehbar. Die gerichtliche Einvernahme hätte es der Vorinstanz erlaubt, die Beschwerdegegnerin 2 zu den von ihr ausgemachten "Erinnerungslücken" und möglichen "Rachemotiven" eingehend zu befragen und einen persönlichen Eindruck für die Beurteilung der Aussagen zu bekommen.
1.4.3. Die Vorinstanz wird die Beschwerdeführerin 2 hinsichtlich der Vorwürfe der sexuellen Nötigung und mehrfachen Drohung persönlich anhören müssen, weshalb es sich aufdrängt, sie ebenfalls zu den Vorwürfen der mehrfachen Tätlichkeiten zu befragen. Zwar liegt insoweit keine "Aussage gegen Aussage"-Konstellation im engeren Sinn vor, jedoch haben die weiteren objektiven Beweismittel hinsichtlich der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Tathandlungen lediglich Indiziencharakter, der durch die persönliche Befragung ggf. verstärkt oder abgeschwächt werden kann.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Kürzung der Entschädigung seines amtlichen Verteidigers durch die Vorinstanz für das erstinstanzliche Verfahren. Die amtlich verteidigte Partei ist durch eine allfällig zu tief festgesetzte Entschädigung der amtlichen Verteidigung nicht in ihren eigenen Rechten betroffen, denn der Entschädigungsentscheid betrifft grundsätzlich nur die persönlichen Interessen der amtlichen Verteidigung (vgl. Art. 135 Abs. 3 StPO). Mangels eines rechtlich geschützten Interesses ist der Beschwerdeführer nicht legitimiert, das seinem Rechtsbeistand als amtlichen Verteidiger zugesprochene Honorar als zu niedrig anzufechten (vgl. Urteile 6B_586/2013 vom 1. Mai 2014 E. 3.3; 6B_45/2012 vom 7. Mai 2012 E. 1.2; je mit Hinweisen).
2.2. Soweit der Rechtsbeistand des Beschwerdeführers im vorliegenden bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren einen "eigenen Antrag" stellt, kann er damit nicht gehört werden. Er hätte, was ihm aufgrund der im eigenen Namen beim Bundesstrafgericht erhobenen Beschwerde bewusst war, die Kürzung der Entschädigung für die amtliche Verteidigung mit eigener, separater Beschwerde anfechten müssen. Beurteilt das Berufungsgericht neben der Entschädigung der amtlichen Verteidigung für das Berufungsverfahren auch diejenige für das erstinstanzliche Verfahren neu, ist die Entschädigung auch dann gesamthaft mit der Beschwerde gemäss Art. 135 Abs. 3 lit. b StPO bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (Art. 37 Abs. 1 StBOG) anzufechten (BGE 141 IV 187 E. 1.2; 140 IV 213 E. 1.6 S. 216), wenn die beschuldigte Person gegen dasselbe Berufungsurteil Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht erhebt (Urteil 6B_1028/2015 vom 11. Februar 2016 E. 1).
2.3. Auf die im vorliegenden Beschwerdeverfahren erhobenen Einwendungen gegen die Kürzung der Entschädigung der amtlichen Verteidigung für das erstinstanzliche Verfahren ist nicht einzutreten.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Kanton Bern den Beschwerdeführer im Umfang dessen Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird insoweit gegenstandslos. Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Soweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann, ist sein Gesuch um Gewährung unentgeltlicher Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit seiner Rechtsbegehren abzuweisen. Von der Auferlegung von Gerichtskosten kann insoweit abgesehen werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Der Kanton Bern hat keine Verfahrenskosten zu tragen und ist nicht zu entschädigen (Art. 66 Abs. 4, Art. 68 Abs. 3 BGG). Der Beschwerdegegnerin 2 sind ebenfalls keine Gerichtskosten aufzuerlegen, da ihre Rechtsbegehren nicht von vornherein aussichtslos waren (Art. 64 Abs. 1, Art. 66 Abs. 1 BGG). Deren Rechtsvertreter ist aus der Bundesgerichtskasse angemessen zu entschädigen (Art. 64 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 17. April 2015 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Kanton Bern hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Elias Hofstetter, eine Parteientschädigung von Fr. 1'500. - auszurichten.
5.
Der Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin 2, Rechtsanwalt Oliver Glättli, ist aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, und dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held