Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich nahm am 9. Februar 2016 das Strafverfahren gegen X._ und Unbekannt wegen sexueller Handlungen zum Nachteil von B.A._ (geboren am xxx 2010) nicht an die Hand. Dagegen erhob die Mutter von B.A._, A.A._, Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde am 12. September 2016 ab, soweit es darauf eintrat.
Gegen den Entscheid vom 12. September 2016 gelangt A.A._ mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Nichtanhandnahmeverfügung vom 9. Februar 2016 sei aufzuheben und es sei gegen X._ ein Strafverfahren zu eröffnen.
2.
Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG). Zur Beschwerde legitimiert ist insbesondere die Privatklägerschaft, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Als Privatklägerschaft gilt die geschädigte Person, die ausdrücklich erklärt, sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilkläger zu beteiligen (Art. 118 Abs. 1 StPO). Geschädigt ist, wer durch die Straftat in seinen Rechten unmittelbar verletzt worden ist (Art. 115 Abs. 1 StPO).
3.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe die Strafanzeige erstattet und bei der Polizei Aussagen als Auskunftsperson gemacht. Sie sei daher eine Partei im Sinne von Art. 382 Abs. 1 StPO (Beschwerde Ziff. 10 S. 5). Art. 104 StPO regelt, wer Partei im Strafverfahren ist. Blosse Strafanzeiger, die selber durch die angezeigte Straftat in ihren Rechten nicht unmittelbar verletzt wurden, haben entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin keine Parteistellung und können nicht Privatkläger im Sinne von Art. 118 Abs. 1 i.V.m. Art. 115 Abs. 1 StPO sein. Die Beschwerdeführerin kann sich für ihre Beschwerdelegitimation daher von vornherein nicht auf Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG berufen.
4.
Die Beschwerdeführerin argumentiert, sie habe ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Dieses ergebe sich aus der in Art. 296 Abs. 1 ZGB statuierten Verpflichtung zur Wahrung des Kindeswohls (Beschwerde Ziff. 13 f. S. 6). Sollte die Nichtanhandnahmeverfügung in Rechtskraft erwachsen, bestehe zudem die Gefahr, dass gegen sie eine Strafuntersuchung wegen falscher Anschuldigung und Irreführung der Rechtspflege eröffnet werde. Sie habe auch insofern ein Interesse an der Aufhebung der Nichtanhandnahmeverfügung (Beschwerde Ziff. 15 S. 7).
Dem kann ebenfalls nicht gefolgt werden. Die Beschwerdeführerin erhebt die Beschwerde in Strafsachen in ihrem eigenen Namen und nicht als Vertreterin ihrer Tochter. Sie kann aus der elterlichen Pflicht zur Wahrung des Kindeswohls daher nichts für ihre Beschwerdelegitimation ableiten. Auch ihre Befürchtung, es könnte zu einem Strafverfahren gegen sie wegen falscher Anschuldigung oder Irreführung der Rechtspflege kommen, begründet kein rechtlich geschütztes Interesse im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG. Ein solches Strafverfahren ist nicht zwingend. Die Beschwerdeführerin könnte ihre Rechte zudem im entsprechenden Strafverfahren geltend machen.
Die Beschwerdeführerin ist in der Sache daher nicht zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert.
5.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihr im kantonalen Beschwerdeverfahren zu Unrecht die Parteistellung im Sinne von Art. 382 Abs. 1 StPO abgesprochen, obschon sie in ihren Rechten unmittelbar betroffen im Sinne von Art. 105 Abs. 2 StPO sei.
Die Vorinstanz erwog zwar, die Beschwerdeführerin sei weder persönlich noch als Vertreterin ihrer Tochter zur Beschwerde gegen die Nichtanhandnahmeverfügung legitimiert. Im Ergebnis trat sie allerdings dennoch auf die Beschwerde ein und behandelte die Rügen der Beschwerdeführerin materiell. Dieser fehlt es daher auch bezüglich der Frage, ob die Vorinstanz die Beschwerdelegitimation zu Recht verneinte, an einem rechtlich geschützten Interesse im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b BGG.
6.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld