Faits :
A.
Par arrêt du 19 mai 2016, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours formé par l'Association B._ (ci-après: B._), A._, mère d'un enfant né en 2010, D._ et C._, parents d'enfants majeurs, contre l'art. 49 de la loi genevoise 11470 sur l'instruction publique du 17 septembre 2015 (RS/GE C 1 10). Le recours tendait à ce qu'il soit fait injonction au Grand Conseil de Genève d'adopter une réglementation prévoyant au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique à l'école obligatoire genevoise.
En substance, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice a retenu que l'obligation pour les cantons de prévoir au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique à l'école obligatoire, prévue à l'art. 12 al. 4 de la loi fédérale du 17 juin 2011 sur l'encouragement du sport et de l'activité physique (loi sur l'encouragement du sport; LESp; RS 415.0; entrée en vigueur le 1 er octobre 2012), devait certes être respectée, mais ne nécessitait pas de transposition par les cantons dans un acte de rang législatif. Directement applicable, cette obligation s'imposait indépendamment de toute considération d'ordre financier, organisationnel ou ayant trait aux infrastructures en place.
B.
Le 25 mai 2016, B._ et "différents parents d'élèves" ont adressé à la Conseillère d'Etat en charge du Département de l'instruction publique, de la culture et du sport de la République et canton de Genève (ci-après: le Département) un courrier la mettant en demeure de procéder dans le sens de la mise en oeuvre de l'exigence de la troisième heure d'éducation physique et de leur donner la garantie, par décision administrative, que tel sera le cas au plus tard au jour de la rentrée scolaire 2016.
Le 15 juin 2016, le Département a répondu aux intéressés que l'instauration de trois heures hebdomadaires d'éducation physique durant la scolarité obligatoire ne pourrait avoir lieu à la rentrée scolaire 2016, celle-ci se préparant de nombreux mois à l'avance et les grilles horaires ne pouvant être modifiées rapidement. Le Département proposait à B._ une rencontre en septembre 2016, afin d'examiner comment le cadre législatif fédéral pouvait être mis en oeuvre.
Par acte du 8 août 2016, B._, A._ et C._ ont recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice contre le courrier du 15 juin 2016. Ils ont conclu à son annulation et à sa réforme en ce sens que les trois heures d'éducation physique devaient être prévues "dans le programme scolaire 2016/2017". A titre de mesures provisionnelles, ils ont requis que soit ordonné au Département de procéder sans délai aux démarches nécessaires à la mise en place de l'exigence des trois heures d'éducation physique par semaine dans la grille horaire des écoles primaires et secondaires pour la période scolaire 2016/2017.
La Cour de justice a rejeté le recours en tant que recevable par arrêt du 23 août 2016. Elle a laissé ouverte la question de savoir si le courrier du Département du 15 juin 2016 constituait une décision et celle de la qualité pour recourir de B._ et de C._. Sur le fond, elle a relevé qu'il était notoire que la mise en place des grilles horaires ne pouvait s'improviser et nécessitait une réflexion pour y intégrer toutes les contraintes de l'enseignement. Les recourants ne pouvaient ainsi ignorer que le Département ne pourrait donner suite à leur demande d'introduire abruptement une troisième heure d'éducation physique sans désorganiser complètement tous les niveaux d'enseignement obligatoire, et ce au détriment des enfants. Elle a partant considéré que le Département était fondé à indiquer aux recourants que la mise en oeuvre de cette troisième heure ne pourrait avoir lieu à la rentrée scolaire 2016.
C.
Le 26 septembre 2016, A._, B._ et C._ ont formé un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt de la Cour de justice du 23 août 2016. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour instruction complémentaire, puis annulation de la "décision" du Département du 15 juin 2016, ainsi qu'à sa réforme en ce sens que les trois heures d'éducation physique sont prévues dans le programme scolaire 2016/2017. Ils invoquent une violation des art. 9, 29 al. 1 et 2 et 49 al. 1 Cst.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département conclut à l'irrecevabilité du recours et, au fond, à ce que les parties recourantes soient déboutées de toutes leurs conclusions, sous suite de frais. L'Office fédéral du sport, au nom du Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports, a déposé des observations, sans prendre de conclusions. Les recourants n'ont pas déposé d'observations supplémentaires.
Par courrier du 28 février 2017, le mandataire des recourants a transmis au Tribunal fédéral une correspondance de la Conseillère d'Etat en charge du Département, datée du 23 février 2017, dans laquelle celle-ci confirme qu'une troisième période hebdomadaire d'éducation physique en "9ème R1 et R2" est prévue dès la rentrée scolaire 2017 pour l'ensemble des cycles d'orientation (niveau secondaire) du canton. Il est en outre indiqué que l'introduction de la troisième période d'éducation physique sera étendue à l'ensemble des classes du cycle d'orientation dès la révision de la grille horaire, prévue à l'horizon de la rentrée scolaire 2018 ou 2019. Ce courrier a également été transmis au Tribunal fédéral par le Département.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 141 II 113 consid. 1 p. 116).
1.1. Le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu par une autorité judiciaire supérieure cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions de l'art. 83 LTF. Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF). Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.2. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'autorité précédente (art. 89 al. 1 let. a LTF). La recourante A._ est mère d'un enfant né en 2010, qui suit donc la scolarité obligatoire. Elle est partant particulièrement atteinte par l'arrêt de la Cour de justice, qui confirme que la troisième période d'éducation physique ne pourra pas être mise en oeuvre dans le programme scolaire 2016/2017, et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. b et c LTF). La question de savoir s'il en va de même pour B._, qui réunit des maîtres d'éducation physique, et C._, dont les enfants sont majeurs, peut demeurer ouverte dès lors que le recours doit de toute façon être rejeté.
1.3. Comme le recours au Tribunal fédéral est une voie de réforme (art. 107 al. 2 LTF), la partie recourante ne peut pas en principe se borner à demander l'annulation de la décision attaquée et le renvoi de la cause à l'instance cantonale, mais elle doit prendre des conclusions sur le fond du litige (ATF 137 II 313 consid. 1.3 p. 317; arrêt 9C_33/2016 du 16 août 2016 consid. 1). Il n'est fait exception à cette règle que lorsque le Tribunal fédéral, en cas d'admission du recours, ne serait de toute manière pas en situation de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (ATF 134 III 379 consid. 1.3 p. 383).
En l'occurrence, contrairement à ce que soutient le Département, les recourants n'ont pas pris des conclusions uniquement cassatoires et en renvoi, puisqu'ils demandent également à ce que les trois heures d'éducation physique hebdomadaires soient prévues dans le programme scolaire 2016/2017. Leurs conclusions sont partant admissibles. Au surplus, il sera relevé que les recourants font valoir une violation de leur droit d'être entendu qui, si elle devait être reconnue, ne pourrait, sous réserve d'une correction du vice, que conduire la cour de céans à renvoyer la cause aux juges précédents pour nouvelle décision (ATF 134 III 379 consid. 1.3 p. 383 s.; arrêt 5A_750/2016 du 15 novembre 2016 consid. 1.3), de sorte que, sous cet angle, leur conclusion en renvoi est admissible.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant, conformément au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF). Dans ce cas, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (ATF 142 II 369 consid. 2.1 p. 372; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 139 I 229 consid. 2.2 p. 232). Par ailleurs, sauf exceptions non pertinentes en l'espèce (cf. art. 95 let. c, d et e LTF), l'on ne peut invoquer la violation du droit cantonal ou communal en tant que tel devant le Tribunal fédéral (art. 95 LTF a contrario). Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine alors de tels moyens que s'ils sont formulés conformément aux exigences de motivation qualifiée prévues à l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 142 II 369 consid. 2.1 p. 372; 136 II 304 consid. 2.5 p. 314).
En l'occurrence, ainsi que l'a relevé la Cour de justice, qui a toutefois laissé la question ouverte, on peut douter que le courrier du Département du 15 juin 2016 constitue une décision au sens du droit de procédure cantonal (cf. art. 4 et 4A de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA/GE; RS/GE E 5 10]). Comme aucun grief répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF n'est formulé sur ce point, il n'y a toutefois pas lieu d'examiner plus avant cette question.
2.2. Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente (art. 97 al. 1 LTF), elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 141 III 28 consid. 3.1.2 p. 34; 139 II 404 consid. 10.1 p. 444).
Par ailleurs, les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). Il est toutefois possible d'invoquer et de prouver des faits nouveaux qui rendent le recours sans objet (ATF 137 III 614 consid. 3.2.1 p. 616).
En l'occurrence, les recourants critiquent et complètent les faits de l'arrêt entrepris sans invoquer, ni a fortiori démontrer que les conditions qui viennent d'être rappelées seraient réunies. En effet, la simple référence, entre parenthèses, à l'art. 105 al. 2 LTF (cf. recours p. 7 et 10) ne saurait permettre aux recourants de compléter librement l'état de fait constaté dans l'arrêt entrepris (cf. arrêt 2C_589/2016 du 8 mars 2017 consid. 3). Il n'y a partant pas lieu de tenir compte des remarques des recourants relatives aux faits.
En revanche, le courrier du Département du 23 février 2017 produit par les parties, informant de l'avancement de l'introduction d'une troisième période d'éducation physique à Genève, peut être pris en considération en l'espèce, car il est susceptible de rendre, du moins en partie, sans objet le recours, qui critique la mise en application de la disposition fédérale relative au nombre de périodes hebdomadaires d'éducation physique à l'école obligatoire.
Le Tribunal fédéral statuera donc sur la base des faits établis par l'autorité précédente et de ceux résultant du courrier du 23 février 2017.
3.
3.1. Selon la loi et la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être porté devant le Tribunal fédéral est déterminé par l'arrêt attaqué et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). L'objet du litige ne saurait s'étendre au-delà de l'objet de la contestation (ATF 142 I 155 consid. 4.4.2 p. 156 et les références citées). La partie recourante ne peut par conséquent pas prendre des conclusions ni formuler de griefs allant au-delà de l'objet du litige (arrêts 2C_32/2016 du 24 novembre 2016 consid. 2.2; 2C_563/2015 du 2 octobre 2015 consid. 4 et les références citées).
3.2. En l'occurrence, les recourants ont demandé par courrier du 25 mai 2016 au Département de leur garantir que la troisième heure d'éducation physique serait mise en oeuvre à la rentrée scolaire 2016. S'étant vu répondre par courrier du 15 juin 2016 que cette mise en place ne serait pas possible pour la rentrée 2016, ils ont conclu devant la Cour de justice à ce que les trois heures d'éducation physique soient prévues "dans le programme scolaire 2016/2017", conclusion que la Cour de justice a rejetée dans son arrêt du 23 août 2016 et que les recourants réitèrent devant le Tribunal fédéral. L'objet du présent litige porte ainsi exclusivement sur la question de savoir si la Cour de justice a considéré à bon droit que le Département pouvait indiquer aux recourants que la mise en place de la troisième heure d'éducation physique n'aurait pas lieu à la rentrée scolaire 2016, respectivement dans le programme scolaire 2016/2017. Il ne s'agit par conséquent pas de déterminer de manière générale, comme le laissent entendre les recourants, quand et de quelle manière la troisième heure d'éducation physique à l'école obligatoire doit être mise en oeuvre dans le canton de Genève. Les griefs des recourants relatifs au prétendu retard chronique du canton de Genève dans la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique à l'école obligatoire ne seront partant examinés que dans la mesure où ils concernent l'introduction de la troisième période d'éducation physique à la rentrée 2016, respectivement dans le programme scolaire 2016/2017.
4.
Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., les recourants voient une violation de leur droit d'être entendu dans le fait que la Cour de justice n'a pas interpellé le Département avant de rendre son arrêt, alors qu'elle a qualifié de notoire le fait que la mise en place des grilles horaires ne peut s'improviser et nécessite une réflexion pour intégrer toutes les contraintes de l'enseignement.
4.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique et de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 III 48 consid. 4.1.1 p. 52; 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités).
4.2. En l'occurrence, les recourants n'expliquent pas en quoi leur propre droit d'être entendu aurait été violé par le fait que le Département n'a pas été invité à répondre à leur recours. Pour ce motif, leur grief doit être écarté (cf. supra consid. 2.1). Au surplus, on relèvera que les recourants ont pu s'exprimer sur les éléments pertinents pour l'issue de la cause, en particulier sur le caractère réalisable de leur demande, formulée en mai 2016, tendant à ce que le Département mette en place une troisième heure d'éducation physique à la rentrée scolaire 2016, respectivement dans le programme scolaire 2016/2017, et aux conséquences d'une telle modification pour l'ensemble des enseignements. On ne voit partant pas que leur droit d'être entendu aurait été méconnu.
En estimant qu'il était notoire que le Département ne pouvait pas modifier abruptement un programme scolaire à quelques mois de la rentrée ou au cours de l'année scolaire, sans demander l'avis du Département sur ce point, la Cour de justice n'a ainsi pas violé le droit d'être entendu des recourants.
5.
Les recourants se plaignent d'un déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) et de la violation de l'art. 112 LTF, aux motifs que la Cour de justice n'aurait pas épuisé sa saisine et que son arrêt serait incompréhensible. Ils font également valoir dans ce contexte une application arbitraire de l'art. 69 al. 1 LPA/GE.
5.1. Selon la jurisprudence, qui rattache également cette exigence au droit à obtenir une décision motivée découlant de l'art. 29 al. 2 Cst., l'autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 p. 565; 135 I 6 consid. 2.1 p. 9). L'art. 112 al. 1 let. b LTF prévoit pour sa part que les décisions susceptibles d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit, notamment les dispositions légales appliquées, à défaut de quoi le Tribunal fédéral peut soit renvoyer la décision entreprise à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (al. 3; cf. ATF 138 V 154 consid. 2.3 p. 157).
5.2. Dans son arrêt, la Cour de justice a relevé que la demande des recourants tendant à l'introduction de la troisième heure d'éducation physique à la rentrée scolaire 2016 revenait à exiger, à quelques semaines de la rentrée, que les grilles horaires de l'ensemble des classes des niveaux de la scolarité obligatoire soient reprises. Or, compte tenu des contraintes d'enseignement, les recourants ne pouvaient ignorer que le Département n'était pas en mesure de donner suite à leur demande sans désorganiser complètement tous les niveaux d'enseignement obligatoire, au détriment des enfants principalement.
5.3. Les recourants estiment que la Cour de justice ne s'est prononcée que partiellement sur leur conclusion, qui visait l'introduction de la troisième période d'éducation physique à la rentrée scolaire 2016, mais aussi de manière plus générale dans le programme scolaire 2016/2017. Ce grief tombe à faux.
En effet, la motivation de la Cour de justice indiquant que la mise en place de grilles horaires ne peut pas s'improviser et qu'une modification abrupte de celles-ci désorganiserait les niveaux d'enseignement obligatoire, au détriment des enfants, vaut manifestement tant pour la mise en place d'une troisième période d'éducation physique quelques semaines avant la rentrée scolaire 2016 qu'au cours de l'année scolaire 2016/2017, les contraintes et difficultés étant identiques dans les deux situations. Contrairement à ce que prétendent les recourants, la Cour de justice a ainsi entièrement répondu à leur conclusion. Il convient encore à cet égard de rappeler que le présent litige ne concerne pas l'année scolaire 2017/2018 (cf. supra consid. 3.2), de sorte qu'on ne saurait reprocher à la Cour de justice de n'avoir examiné que la question de la mise en place de la troisième heure d'éducation physique à la rentrée scolaire 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017.
5.4. Le grief tiré d'une violation de l'art. 112 LTF au motif que l'arrêt de la Cour de justice serait incompréhensible "quant à son assise juridique" est également infondé. En effet, on saisit, à la lecture de la motivation principale, que la Cour de justice considère qu'il est disproportionné (cf. art. 5 al. 2 Cst.) d'exiger du Département qu'il désorganise complètement, à quelques semaines de la rentrée ou en cours d'année, des horaires déjà mis en place pour introduire la troisième période d'éducation physique. A la lecture de l'arrêt dans son ensemble, on comprend également que la Cour de justice doute que les recourants aient en réalité le droit de demander au Département de modifier des grilles horaires à quelques semaines de la rentrée ou en cours d'année scolaire.
5.5. Quant à l'application arbitraire de l'art. 69 al. 1 LPA/GE, qui prévoit que la juridiction administrative chargée de statuer est liée par les conclusions des parties, le grief est manifestement mal fondé. En effet, les recourants ont pris une conclusion visant à la mise en place de la troisième heure d'éducation physique à la rentrée scolaire 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017 et la Cour de justice a examiné et répondu à cette conclusion (cf. supra consid. 5.3).
5.6. Il découle de ce qui précède que la Cour de justice n'a violé ni l'art. 29 al. 1 Cst., ni l'art. 112 al. 1 let. b LTF, et n'a pas appliqué de manière arbitraire l'art. 69 al. 1 LPA/GE.
6.
Dans un dernier grief, les recourants dénoncent une violation du principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.).
6.1. Le principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral, énoncé à l'art. 49 al. 1 Cst., fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (ATF 143 I 109 consid. 4.2.2 p. 113 s; 140 V 574 consid. 5.1 p. 578; 140 I 218 consid. 5.1 p. 221; 138 I 435 consid. 3.1 p. 446 et les références citées).
La violation du principe de la primauté du droit fédéral suppose que le droit cantonal soit contraire au droit fédéral. Or, ainsi que l'a relevé à juste titre la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice dans son arrêt du 19 mai 2016, la législation relative aux périodes d'éducation physique à l'école obligatoire relève du droit fédéral et est directement applicable. En outre, le présent litige ne porte pas sur la conformité des grilles horaires adoptées par le Département avec le droit fédéral, mais sur l'indication donnée aux recourants que la troisième période d'éducation physique ne serait pas mise en place à la rentrée scolaire 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017 (cf. supra consid. 3.2). Savoir si la confirmation par la Cour de justice de cette indication respecte la législation fédérale ne relève ainsi pas du principe de la primauté du droit fédéral, mais de l'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral revoit d'office et librement. Le grief tiré de l'art. 49 al. 1 Cst. est donc sans fondement. Il convient en revanche d'examiner si la position de la Cour de justice est conforme à la LESp.
6.2. A cet égard, on relèvera qu'il n'est pas contesté que l'art. 12 al. 4 LESp, entré en vigueur le 1er octobre 2012 et qui reprend sur ce point une prescription qui figurait avant l'adoption de la LESp dans l'ordonnance fédérale du 21 octobre 1987 concernant l'encouragement de la gymnastique et des sports (aOGS; RO 1987 1703; voir aussi art. 1 al. 1 de l'ordonnance fédérale du 26 juin 1972 du même nom [RO 1972 1009]), impose aux cantons de prévoir au moins trois périodes d'éducation physique à l'école obligatoire ("l'enseignement à l'école obligatoire doit prévoir au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique"). Il n'est pas non plus contesté que le canton de Genève doit se conformer à cette obligation (cf. arrêt de la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du 19 mai 2016, entré en force). Il est en outre admis par le Département que le canton de Genève n'a, jusqu'à présent, pas (entièrement) satisfait à ses obligations, la troisième période hebdomadaire d'éducation physique n'étant pas encore prévue pour l'ensemble des degrés du cycle d'orientation. La situation actuelle dans le canton de Genève n'est ainsi à l'évidence pas conforme à la législation fédérale.
Dans le cadre du présent litige, il convient cependant de souligner que, selon les faits de l'arrêt attaqué, le Département n'a pas signifié aux recourants dans son courrier du 15 juin 2016 qu'il n'entendait pas mettre en oeuvre la troisième période d'éducation physique à l'école obligatoire ou qu'il envisageait de supprimer des heures d'éducation physique, mais uniquement qu'il ne pourrait accéder à leur demande,
formulée en mai 2016, de changer les programmes scolaires pour la rentrée scolaire 2016. Cette indication, confirmée par la Cour de justice, ne contredit pas en soi l'art. 12 al. 4 LESp. La LESp ne contient en outre pas de disposition transitoire fixant un délai de mise en oeuvre de l'art. 12 al. 4 LESp. De plus, l'arrêt de la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du 19 mai 2016, tout en constatant que le droit fédéral devait être respecté, n'a pas non plus fixé de délai pour ce faire. Si l'absence de délai dans la loi peut être comprise dans le sens que la législation fédérale doit être mise en oeuvre dès que possible, on ne saurait néanmoins en déduire que le canton doit changer intégralement ses grilles horaires à quelques semaines de la rentrée ou en cours d'année scolaire. Dans ce contexte, on ne peut faire grief à la Cour de justice, sous l'angle du principe de proportionnalité, d'avoir mis en balance la demande des recourants, formulée en mai 2016 et faisant suite à l'arrêt de la Cour constitutionnelle de la Cour de justice du 19 mai 2016, à voir la troisième période d'éducation physique inscrite au programme scolaire 2016/2017 avec les nombreux (et notoires) impératifs de l'organisation des programmes scolaires, qui impliquent notamment de prendre en considération toutes les matières enseignées. La Cour de justice a également tenu compte des démarches entreprises par le Département pour mettre en oeuvre la troisième période d'éducation physique à l'école obligatoire, qui sont confirmées par le courrier du 23 février 2017 mentionnant l'introduction partielle au cycle d'orientation de cette période à la rentrée 2017. Ces démarches démontrent que le canton de Genève entend désormais se conformer à ses obligations dès que possible. Dans ces circonstances, la confirmation par la Cour de justice du courrier du Département du 15 juin 2016 indiquant aux recourants que la troisième période d'éducation physique ne pourrait pas être introduite à la rentrée 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017, ne viole pas l'art. 12 al. 4 LESp.
6.3. Les recourants font enfin valoir que l'arrêt entrepris est contraire à l'arrêt du 19 mai 2016 rendu par la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice, celle-ci ayant retenu que les arguments organisationnels ne pouvaient pas justifier un retard dans la mise en oeuvre de l'art. 12 al. 4 LESp. Dans la mesure où l'arrêt du 19 mai 2016 ne fixait pas de date et partant n'imposait pas au Département qu'il modifie l'ensemble des grilles horaires quelques semaines avant la rentrée scolaire 2016 ou au cours d'année scolaire 2016/2017, on ne voit toutefois pas que l'on puisse considérer que l'arrêt entrepris, qui ne l'impose pas lui-même, serait contraire à l'arrêt de la Chambre constitutionnelle. La critique des recourants à cet égard doit partant être écartée.
6.4. Il découle de ce qui précède que le recours doit être rejeté. Toutefois, compte tenu du flou qui entoure la mise en oeuvre de l'art. 12 al. 4 LESp, dont l'origine découle non seulement de l'absence de disposition transitoire assortissant l'injonction figurant dans la loi, mais aussi des décisions et déclarations des autorités cantonales, il convient de préciser qu'il appartient au canton d'introduire une troisième période d'éducation physique hebdomadaire pour tous les niveaux de l'école obligatoire dans les plus brefs délais.
7.
Succombant, les recourants devraient en principe supporter les frais de la procédure fédérale et n'auraient pas droit à des dépens. Compte tenu des circonstances précitées, il se justifie toutefois en l'espèce de renoncer aux frais (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et de faire participer le canton de Genève aux dépens des recourants. Le canton de Genève sera partant tenu de verser aux recourants, solidairement entre eux, une indemnité à titre de dépens réduits (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La République et canton de Genève versera aux recourants la somme de 1'000 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Département de l'instruction publique, de la culture et du sport et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'au Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports (DDPS).
Lausanne, le 24 mai 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber