Faits :
A.
A.a. B.A._ (1957) et A.A._ (1958), tous deux de nationalité française, se sont mariés le 16 mars 1988 à V._ (Yvelines, France). Trois enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de cette union: C._ (1991), ainsi que D._ et E._ (1994). Par contrat de mariage du 10 mars 1988, les parties ont adopté le régime de la séparation de biens au sens des art. 1536 à 1541 du Code civil français.
A.b. Le 11 mai 2005, B.A._ a déposé une demande unilatérale en divorce devant le Tribunal de l'arrondissement de La Côte (ci-après: Tribunal d'arrondissement).
A.c. Le 13 août 2009, A.A._ a déposé devant la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois une demande tendant, principalement, au paiement par B.A._ d'un montant de 500'000 fr., avec intérêts au taux de 12% l'an dès le 25 juillet 2007, ainsi qu'à la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer notifié dans la poursuite n° xxxx de l'Office des poursuites et faillites de Nyon-Rolle, et, subsidiairement, à la remise de l'exemplaire original de la cédule hypothécaire au porteur d'un montant de 500'000 fr. grevant en deuxième rang la parcelle n° xxxx du cadastre de U._, dont elle est propriétaire.
Par jugement incident du 2 mai 2013, la Cour civile du Tribunal cantonal vaudois a décliné d'office sa compétence et reporté la cause, dans l'état où elle se trouvait, devant le Tribunal d'arrondissement, en relevant que la cause était en état d'être jugée.
A.d. Le 10 avril 2014, les parties ont conclu, lors d'une audience qui s'est tenue devant le Juge de paix du district de Nyon, une convention portant sur la répartition entre elles de divers biens meubles figurant sur un inventaire établi le 8 mars 2001 et se trouvant dans la villa de U._. Cette convention a été ratifiée séance tenante par le Juge de paix pour valoir jugement partiel d'exécution forcée.
A.e. Par jugement du 3 novembre 2014, le Tribunal d'arrondissement a, entre autres, prononcé le divorce des époux (I), dit que le demandeur doit payer à la défenderesse le montant de 500'000 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 21 avril 2009 (II), prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par le demandeur au commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites et faillites de Nyon-Rolle à concurrence du montant en capital et intérêts indiqués au chiffre II ci-dessus (III), constaté que, pour le surplus, le régime matrimonial est dissous et les rapports patrimoniaux des parties sont liquidés (V), et dit que le demandeur contribuera à l'entretien de la défenderesse par le régulier versement, en mains de la bénéficiaire, d'une pension mensuelle de 2'000 fr., payable d'avance le premier de chaque mois, la première fois dès jugement définitif et exécutoire, jusqu'à l'âge de la retraite du débirentier, soit jusqu'au 31 décembre 2022 (VIII).
A.f. Le 4 décembre 2014, tant A.A._ que B.A._ ont interjeté appel contre ce jugement devant le Tribunal cantonal vaudois. B.A._ a pris, entre autres, les conclusions suivantes:
« Principalement :
II. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit :
« II. dit que la défenderesse A.A._ doit payer au demandeur B.A._ la somme de CHF 1'288'000.-, avec intérêts à 5% l'an dès le 3novembre 2014 au titre de la liquidation du régime matrimonial;
III. [Supprimé]
V. [Inchangé]
VIII. dit qu'aucune rente ni pension n'est due par les parties pour elles- mêmes; »
Subsidiairement à la conclusion II. ci-dessus :
III. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit : « II. dit que la défenderesse A.A._ doit payer au demandeur B.A._ la somme de CHF 788'000.-, avec intérêts à 5% l'an dès le 3 novembre 2014 au titre de la liquidation du régime matrimonial; »
Subsidiairement à la conclusion VIII. ci-dessus :
IV. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit :
« VIII. [Inchangé] »
Plus subsidiairement encore :
V. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. »
A.g. Le 5 mars 2015, l'épouse a déposé un mémoire de réponse, par lequel elle a confirmé ses propres conclusions d'appel et conclu au rejet de l'appel formé par le mari. Le même jour, ce dernier a également produit une réponse par laquelle il a conclu au rejet de l'appel interjeté par son épouse.
A.h. Par mémoire du 12 mars 2015 intitulé " Faits et moyens de preuve nouveaux, modification de la demande ", l'époux a produit un bordereau de pièces et modifié les conclusions prises au pied de son appel du 4 décembre 2014 de la manière suivante:
«Principalement :
II. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit:
« II est dit que la défenderesse A.A._ doit payer au demandeur B.A._ la somme de CHF 1'563'170.50, avec intérêts à 5% l'an dès le 3 novembre 2014 au titre de la liquidation du régime matrimonial;
III. [Supprimé]
V. [Inchangé]
VIII. dit qu'aucune rente ni pension n'est due par les parties pour elles- mêmes»
Subsidiairement à la conclusion II. ci-dessus :
III. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit :
« II. dit que la défenderesse A.A._ doit payer au demandeur B.A._ la somme de CHF 1'063'170.50, avec intérêts à 5% l'an dès le 3novembre 2014 au titre de la liquidation du régime matrimonial; »
Subsidiairement à la conclusion VIII. ci-dessus :
IV. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est réformé en son dispositif comme suit :
« VIII. dit que le demandeur contribuera à l'entretien de la défenderesse par le régulier versement, en mains de la bénéficiaire, d'une pension mensuelle de CHF 500.- (cinq cents francs), payable d'avance le premier de chaque mois, la première fois dès jugement définitif et exécutoire, jusqu'à la retraite du débirentier, soit jusqu'au 31 décembre 2022 »
Plus subsidiairement encore :
V. Le Jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 par le Tribunal d'arrondissement de la Côte est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. »
Pour modifier ses conclusions, B.A._ s'est prévalu d'un fait nouvellement découvert, soit les offres de vente, pour un montant de 4'550'000 fr., de la villa de U._ publiée par l'agence immobilière mandatée par son épouse, alors que celle-ci avait toujours fermement refusé de quitter cette maison.
A.i. Un exemplaire de l'écriture de l'époux du 12 mars 2015 a été communiqué pour information au conseil de l'épouse par pli de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois daté du vendredi 13 mars 2015.
A.j. Par arrêt du 1er avril 2015, dont le dispositif a été communiqué par écrit aux parties le lendemain, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: Cour d'appel civile) a partiellement admis l'appel de l'époux, rejeté celui de l'épouse, et réformé le jugement attaqué en ce sens que le chiffre II de son dispositif est supprimé et que l'opposition formée par le demandeur au commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites et faillites de Nyon-Rolle est définitivement maintenue. Le jugement querellé a été confirmé pour le surplus. L'expédition complète de cet arrêt a été notifiée aux parties le 11 juin 2015.
A.k. Par arrêt du 16 décembre 2015 (5A_553/2014 publié aux ATF 142 III 48), le Tribunal fédéral a admis le recours en matière civile interjeté par l'épouse contre l'arrêt du 1er avril 2015, l'a annulé et a renvoyé la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision après avoir permis à l'épouse de se déterminer sur les conclusions modifiées du mari et les nouveaux moyens de preuve produits à leur appui.
B.
B.a. Les parties ont été invitées à se déterminer sur l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral.
B.b. Le 27 janvier 2016, A.A._ a adressé à la Cour d'appel civile une écriture intitulée " Déterminations et requête de faits et moyens de preuve nouveaux ". Elle a conclu au rejet des conclusions prises dans le mémoire du 12 mars 2015 intitulé " Faits et moyens de preuve nouveaux, modification de la demande " ainsi qu'au rejet de l'appel déposé par B.A._ le 4 décembre 2014.
A titre de faits et moyens de preuve nouveaux en lien avec la cédule hypothécaire au porteur n° yyyy, en 2e rang, elle a fait référence à la vente de la villa familiale de U._, survenue le 11 mars 2015, pour un montant brut de 3'350'000 fr. Elle a précisé n'avoir en définitive reçu de cette vente que 1'176'682 fr. 95, l'Etude de notaires G._ et H._ ayant versé sur le compte personnel de B.A._ ouvert auprès de la Banque F._ le montant de 522'500 fr. en échange de la cédule hypothécaire au porteur n° yyyy que B.A._ détenait en 2e rang. Elle considère que ce versement est intervenu sans cause valable, en violation des instructions qu'elle avait données au notaire et que B.A._ s'était ainsi enrichi de manière illégitime à son détriment. A titre de faits et moyens de preuve nouveaux en lien avec la contribution d'entretien due par B._, A.A._ a fait valoir que la vente de la villa familiale imposait de procéder à l'actualisation de ses charges, qu'elle évalue à 7'595 fr. 40, et des revenus de sa fortune, qu'elle évalue à 22'839 fr. 90 ([1'176'682 fr. 95 + 345'978 fr.] x 1.5%), soit un revenu mensuel de 1'903 fr. 30. Elle a en outre requis l'actualisation des revenus et charges de B.A._ compte tenu du versement du montant de 500'000 fr. intervenu sur son compte personnel ouvert auprès de la Banque F._. Elle a requis la production en mains de dite banque de l'ensemble des avis de débit et de crédit en lien avec le crédit de 350'000 fr. accordé sous forme de découvert en compte courant de son époux en échange notamment du nantissement en faveur de la banque de la cédule hypothécaires de 500'000 fr. grevant en 2e rang l'immeuble de U._, ainsi que de tout document indiquant l'origine des fonds ayant servi au remboursement du crédit précité.
B.c. Le 17 mars 2016, B.A._ a conclu, principalement à l'irrecevabilité des faits et moyens de preuve nouveaux ainsi que des conclusions rectifiées déposées par A.A._ le 27 janvier 2016, au rejet de l'appel de cette dernière et à l'admission de ses conclusions d'appel du 4 décembre 2014 telles que modifiées le 12 mars 2015. A titre subsidiaire, pour le cas où les faits et moyens de preuve nouveaux ainsi que les conclusions rectifiées présentés le 27 janvier 2016 seraient déclarés recevables, B.A._ a conclu à la réforme du jugement de divorce rendu le 3 novembre 2014 en ce sens que A.A._ doive lui payer la somme de 1'063'170 fr. 50, avec intérêts à 5% l'an dès le 3 novembre 2014, à titre de la liquidation du régime matrimonial, et qu'il contribuera à son entretien par le versement d'une pension mensuelle de 500 fr. dès jugement définitif et exécutoire, jusqu'au 31 décembre 2022.
B.d. Par arrêt du 4 mai 2016, notifié en expédition complète le 31 mai 2016, la Cour d'appel civile a partiellement admis l'appel de l'époux, rejeté celui de l'épouse, et réformé le jugement attaqué en ce sens que le chiffre II de son dispositif est supprimé et que l'opposition formée par le demandeur au commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites et faillites de Nyon-Rolle est définitivement maintenue. Le jugement querellé a été confirmé pour le surplus.
C.
Par acte posté le 17 juin 2016, A.A._ exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 4 mai 2016. Elle conclut à sa réforme en ce sens que l'intimé est condamné à lui payer un montant de 500'000 fr. avec intérêts à 12% l'an dès le 25 juillet 2007 - subsidiairement un montant de 500'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 21 avril 2009, plus subsidiairement un montant de 500'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 10 septembre 2015 -, que la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer n° xxxx de l'Office des poursuites et des faillites de Nyon-Rolle est prononcée, et que l'intimé contribuera à son entretien par le versement en ses mains, d'avance le premier de chaque mois, la première fois dès jugement définitif et exécutoire, et ce jusqu'au 31 décembre 2022, d'un montant de 7'500 fr. A titre très subsidiaire, elle sollicite le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt entrepris est une décision finale (art. 90 LTF), rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF), dans une contestation pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4 LTF, art. 74 al. 1 let. b LTF). La recourante, qui a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), a agi dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et selon la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, de sorte que son recours est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
1.2. En vertu du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, l'autorité cantonale à laquelle une affaire est renvoyée est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral; sa cognition est limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'elle est liée par ce qui a été déjà jugé définitivement par le Tribunal fédéral ainsi que par les constatations de fait qui n'ont pas été critiquées devant lui; des faits nouveaux ne peuvent être pris en considération que sur les points qui ont fait l'objet du renvoi, lesquels ne peuvent être ni étendus, ni fixés sur une base juridique nouvelle. Dans le cadre fixé par l'arrêt de renvoi, la procédure applicable devant l'autorité à laquelle la cause est renvoyée détermine s'il est possible de présenter de nouveaux allégués ou de nouveaux moyens de preuve (ATF 135 III 334 consid. 2 et 2.1 p. 335 s.; 131 III 91 consid. 5.2 p. 94 ss). Saisi d'un recours contre la nouvelle décision cantonale, le Tribunal fédéral est aussi lié par son arrêt de renvoi (ATF 125 III 421 consid. 2a p. 423); il ne saurait se fonder sur les motifs qui avaient été écartés ou qu'il n'avait pas eu à examiner, faute pour les parties de les avoirs invoqués dans la précédente procédure de recours, alors qu'elles pouvaient - et devaient - le faire. La portée de l'arrêt de renvoi dépend donc du contenu de cet arrêt en relation avec les mémoires de recours et de réponse qui avaient été déposés: le procès civil doit parvenir un jour à sa fin et les parties - aussi bien la partie recourante que la partie intimée - doivent soulever tous les griefs qu'elles souhaitent voir traités de façon que le Tribunal fédéral soit en mesure de rendre une décision finale qui clôt le litige (ATF 135 III 334 consid. 2 p. 335; 133 III 201 consid. 4.2 p. 208; cf. aussi arrêts 5A_785/2015 du 8 février 2016 consid. 2; 9C_53/2015 du 17 juillet 2015 consid. 2.1 et les références).
2.
2.1. Dans les limites dictées par le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi, le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office, sans être lié ni par les moyens des parties ni par les motifs de l'autorité cantonale (ATF 138 II 331 consid. 1.3 p. 335 s.; 137 II 313 consid. 1.4 p. 317 s.). Il peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués par le justiciable ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente. Compte tenu de l'exigence de motivation, sous peine d'irrecevabilité (art. 42 et art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine que les griefs invoqués, le cas d'une violation manifeste du droit demeurant réservé (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 116; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été expressément soulevé et motivé de façon claire et détaillée. La partie recourante doit donc indiquer quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; ATF 139 I 229 consid. 2.2 p. 232; 137 II 305 consid. 3.3 p. 310; 135 III 232 consid. 1.2 p. 234, 397 consid. 1.4 in fine p. 400 s.). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 139 II 404 consid. 10.1 p. 445 et les arrêts cités).
2.2. L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
3.
3.1. La cour cantonale a déclaré irrecevables les faits et moyens de preuve nouveaux dont la recourante s'est prévalue dans son écriture du 27 janvier 2016. Constatant que la vente de la villa familiale était intervenue le 11 mars 2015, soit antérieurement à l'arrêt du 1er avril 2015, elle a considéré qu'il s'agissait de pseudo nova. La recourante ne pouvait justifier le défaut de production des pièces en lien avec la vente de la villa familiale durant la procédure d'appel par le fait qu'elle n'avait pas été interpellée pour se prononcer sur les nouveaux moyens de preuve produits par l'intimé le 12 mars 2015, dans la mesure où elle avait très vraisemblablement mis la villa en vente avant le mois de mars 2015. Elle aurait ainsi dû mentionner la signature imminente de l'acte de vente à terme à tout le moins dans sa réponse du 5 mars 2015. Elle aurait également pu se déterminer de manière spontanée en recevant la copie des déterminations de l'intimé du 12 mars 2015, elles-mêmes spontanées, pour indiquer que la villa avait finalement été vendue peu auparavant. Dans ces circonstances, la recourante n'avait pas fait preuve de la diligence requise au sens de l'art. 317 CPC, ce qui conduisait à l'irrecevabilité des pièces en lien avec la vente de la villa familiale. Il s'ensuivait que les conclusions nouvelles présentées le 27 janvier 2016, toutes relatives à la réactualisation de la situation financière des parties en lien avec la vente de la villa familiale, étaient également irrecevables, la recourante étant renvoyée à agir en modification du jugement de divorce si elle l'estimait utile.
3.2. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 317 CPC, en tant que la cour cantonale a déclaré irrecevables les faits et moyens de preuve nouveaux en lien avec la vente de la villa familiale.
Elle critique, car notamment contraire au texte de l'art. 317 al. 1 let. b CPC, leur qualification de pseudo nova que la cour cantonale a retenue au motif que les faits en lien avec la vente de la villa familiale étaient intervenus antérieurement à l'arrêt cantonal rendu le 1er avril 2015. Ces faits, allégués dans son écriture du 27 janvier 2016, doivent bien plutôt être qualifiés de vrais nova dès lors que la vente de la villa était intervenue le 11 mars 2015, soit postérieurement à la décision de première instance du 3 novembre 2014. En jugeant le contraire, la cour cantonale avait manifestement confondu l'arrêt cantonal avec la décision de première instance. Par ailleurs, dès lors que dans son arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral avait enjoint la cour cantonale de lui impartir un délai pour se déterminer sur l'écriture de l'intimé du 12 mars 2015, l'on ne pouvait pas lui reprocher de ne pas s'être déterminée spontanément sur cette écriture. De toute manière, vu que l'arrêt cantonal avait été prononcé le 1er avril 2015, elle n'aurait pas eu le temps nécessaire pour se déterminer spontanément. La recourante est également d'avis que la cour cantonale ne pouvait pas lui faire grief de ne pas avoir allégué la signature imminente de l'acte de vente à terme de la villa dans sa réponse du 5 mars 2015. Elle n'avait en effet pas à informer la cour cantonale de cette vente tant qu'elle n'était pas effective et donc susceptible d'avoir des conséquences sur la procédure de divorce. Ce n'était qu'une fois la vente actée, soit le 11 mars 2015, qu'elle aurait dû le faire. Or, en rendant son arrêt le 1er avril 2015, la cour cantonale l'en avait empêchée en la privant de se déterminer sur l'écriture de l'intimé du 12 mars 2015. Dès lors que le Tribunal fédéral lui avait, sur recours, donné le droit de se déterminer sur les conclusions modifiées de l'intimé et avait renvoyé l'affaire dans ce but, elle pouvait invoquer les faits et moyens de preuve nouveaux liés à la vente de la villa dans ses déterminations, sans qu'on puisse lui reprocher de les avoir invoqués tardivement. En les déclarant à tort irrecevables et, partant, en ne se déterminant aucunement sur eux, la cour cantonale avait violé son droit d'être entendue.
S'agissant de la conclusion subsidiaire nouvelle tendant à la condamnation de l'intimé au paiement d'un montant de 500'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 10 septembre 2015, la recourante considère que celle-ci aurait dû être déclarée recevable puisque, reposant sur des faits nouveaux recevables et étant en lien de connexité évident avec l'objet de l'appel, elle respecte les conditions de l'art. 317 al. 2 CPC. En tout état, il s'avère que les conclusions ne sont pas augmentées mais diminuées dans la mesure où l'intérêt dû ne court qu'à partir d'une date postérieure à celles des conclusions principales.
4.
4.1. L'allégation de faits et moyens de preuve nouveaux n'est admise en appel qu'aux conditions de l'art. 317 al. 1 CPC et ce même lorsque la maxime inquisitoire est applicable (ATF 142 III 413 consid. 2.2.2 p. 414 s.; 138 III 625 consid. 2.2 p. 626 ss; arrêt 5A_63/2012 du 20 juin 2012 consid. 2), étant toutefois précisé qu'en matière matrimoniale, la jurisprudence n'a pas tranché la question de savoir si ces conditions s'appliquent telles quelles lorsque la maxime d'office et la maxime inquisitoire illimitée s'appliquent, notamment lorsqu'est en jeu une question relative à un enfant mineur (art. 296 al. 1 et 3 CPC; cf. not. arrêts 5A_541/2015 du 14 janvier 2016 consid. 5.2; 5A_266/2015 du 24 juin 2015 consid. 3.2.2; 5A_22/2014 du 13 mai 2014 consid. 4.2 publié in SJ 2015 I 17; 5A_342/2013 du 27 septembre 2013 consid. 4.1.2; 5A_807/2012 du 6 février 2013 consid. 5.3.2; 5A_63/2012 du 20 juin 2012 consid. 2.2).
4.1.1. L'art. 317 al. 1 CPC prévoit que les faits et moyens de preuve nouveaux sont admissibles en appel pour autant qu'ils soient invoqués ou produits sans retard (let. a) et qu'ils n'aient pas pu l'être en première instance, bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b). Ces conditions sont cumulatives (MATHYS, in Baker & McKenzie [éd.], Handkommentar ZPO, 2010, n° 5 ad art. 317 CPC). S'agissant des vrais nova ( echte Noven), soit les faits qui se sont produits après le jugement de première instance - ou plus précisément après les débats principaux de première instance (art. 229 al. 1 CPC) -, la condition de nouveauté posée par la lettre b est sans autre réalisée et seule celle d'allégation immédiate doit être examinée (arrêts 5A_621/2012 du 20 mars 2013 consid. 5.1; 4A_643/2011 du 24 février 2012 consid. 3.2.2; MATHYS, op. cit., n° 6 ad art. 317 CPC; TAPPY, Les voies de droit du nouveau code de procédure civile, in JT 2010 III p. 115 ss, 139). En ce qui concerne les pseudo nova ( unechte Noven), soit ceux qui existaient déjà en première instance, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant l'instance d'appel de démontrer qu'il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d'exposer précisément les raisons pour lesquelles le moyen de preuve n'a pas pu être produit en première instance (arrêts 5A_266/2015 du 24 juin 2015 consid. 3.2.2; 5A_695/2012 du 20 mars 2013 consid. 4.2.1).
4.1.2. En règle générale, les nova doivent être introduits en appel dans le cadre du premier échange d'écritures. Exceptionnellement, des nova peuvent être invoqués, aux conditions de l'art. 317 al. 1 CPC, à un stade ultérieur. Tel est notamment le cas lorsque l'autorité d'appel a ordonné un second échange d'écritures (art. 316 al. 2 CPC) ou des débats (art. 316 al. 1 CPC) ou encore si elle laisse le dossier de côté sans en clore formellement l'instruction. En revanche, à partir du début des délibérations, les parties ne peuvent plus introduire de nova, même si les conditions de l'art. 317 al. 1 CPC sont réunies. La phase des délibérations débute dès la clôture des débats, s'il y en a eu, respectivement dès que l'autorité d'appel a communiqué aux parties que la cause a été gardée à juger. Dans l'hypothèse où l'autorité d'appel rend une décision par laquelle elle renonce à un second échange d'écritures et à des débats, il y a lieu de considérer que la cause est en état d'être jugée et que la phase des délibérations a commencé (ATF 142 III 413 consid. 2.2.3-2.2.6 p. 415 ss; cf. ég. arrêt 5A_22/2014 du 13 mai 2014 consid. 4.3).
4.1.3. En l'occurrence, les conditions de l'art. 317 al. 1 CPC s'appliquent sans restriction, dès lors que l'objet du litige porte sur la liquidation des rapports patrimoniaux des époux.
Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale en se référant à tort à son arrêt du 1er avril 2015, annulé par le Tribunal de céans, les faits et moyens de preuve dont s'est prévalue la recourante dans son écriture du 27 janvier 2016 en lien avec la vente de la villa familiale constituent des vrais nova. Comme cette dernière le relève à juste titre, dite vente est en effet intervenue le 11 mars 2015, alors que le jugement de première instance a été prononcé le 3 novembre 2014. La condition de l'art. 317 al. 1 let. b CPC est donc à l'évidence remplie. Il convient ainsi uniquement de déterminer si la recourante a introduit ces nova sans retard (art. 317 al. 1 let. a CPC). Il ne saurait lui être fait grief de ne pas les avoir invoqués dans sa réponse à l'appel du 5 mars 2015, dès lors que l'acte de vente à terme n'avait pas encore été signé à cette date. S'il est vrai que la recourante devait vraisemblablement connaître la date de la signature de dit acte au moment où elle a déposé sa réponse, la vente n'était pas encore venue à chef au jour du dépôt de la réponse. Or, seul le prix de vente définitivement convenu constituait le fait pertinent qu'elle était tenue d'alléguer sans retard. Il ne résulte au demeurant pas du dossier que la question de la vente de la villa familiale aurait été thématisée avant le dépôt de l'écriture de l'intimé du 12 mars 2015. L'on ne saurait dès lors, sans formalisme excessif, empêcher la recourante d'apporter les éléments permettant de répondre aux faits et moyens de preuve nouveaux de l'intimé, qui ont été considérés comme recevables. C'est le lieu de relever que, contrairement à ce que soutient l'intimé, les nova litigieux entrent dans le cadre de l'arrêt de renvoi du 16 décembre 2015 (cf. supra consid. 1.2), qui n'a pas définitivement statué sur les questions sur lesquelles la recourante n'avait pas pu se déterminer en raison de la violation de son droit d'être entendu. L'admission du grief de violation du droit d'être entendu ayant conduit à l'arrêt de renvoi ne pouvait à l'évidence avoir pour conséquence que la recourante soit renvoyée à agir en modification du jugement de divorce comme la cour cantonale l'a à tort retenu.
Les juges cantonaux ne peuvent pas non plus être suivis lorsqu'ils reprochent à la recourante de ne pas avoir spontanément introduit les nova litigieux à réception de l'écriture de l'intimé du 12 mars 2015. Il résulte en effet expressément de l'arrêt de renvoi du 16 décembre 2015 qu'au vu des conclusions modifiées contenues dans dite écriture, un délai pour se déterminer devait impérativement être imparti à la recourante. Quoi qu'il en soit, il s'avère qu'en statuant le 1er avril 2015, la cour cantonale n'avait pas aménagé un délai d'attente suffisant pour permettre à la recourante de répliquer spontanément à l'écriture de l'intimé, respectivement de communiquer spontanément les faits nouveaux litigieux (sur le délai d'attente d'au minimum 10 jours, cf. arrêts 5A_1022/2015 du 29 avril 2016 consid. 3.2.2 et les références; 5D_81/2015 du 4 avril 2016 consid. 2.3.2 et 2.4.2 et les références).
Cela étant, compte tenu de l'arrêt de renvoi du 16 décembre 2015 et du délai subséquent imparti à la recourante pour se déterminer sur l'écriture de l'intimé du 12 mars 2015, force est de constater que la phase des délibérations n'avait pas débuté lorsque la recourante a déposé son écriture du 27 janvier 2016. La recourante pouvait dès lors encore introduire des nova, qui, en l'occurrence, respectent les conditions de recevabilité de l'art. 317 al. 1 CPC conformément à ce qui a été retenu ci-dessus. Les juges précédents étaient donc obligés d'en tenir compte. Sous cet aspect, le moyen s'avère fondé.
4.2.
4.2.1. L'art. 317 al. 2 CPC autorise une modification des conclusions en appel à la double condition que les conclusions modifiées soient en lien de connexité avec la prétention initiale ou que la partie adverse ait consenti à la modification, d'une part (art. 317 al. 2 let. a et 227 al. 1 CPC), et qu'elles reposent sur des faits ou moyens de preuve nouveaux, d'autre part (art. 317 al. 2 let. b CPC).
Une réduction (ou une restriction) des conclusions ne constitue en revanche pas une conclusion nouvelle au sens de l'art. 317 al. 2 CPC (arrêt 5A_184/2013 du 26 avril 2013 consid. 3.2). Elle est donc admissible en tout temps, soit jusqu'aux délibérations (cf. STEININGER, in Brunner/Gasser/Schwander, ZPO Kommentar, 2ème éd. 2016, n° 8 ad art. 317 CPC et la référence).
4.2.2. En l'espèce, la conclusion (subsidiaire) nouvelle prise par la recourante dans son écriture du 27 janvier 2016 est en étroite connexité avec la prétention initiale et est fondée sur des faits nouveaux recevables, à savoir le sort de la cédule hypothécaire au porteur n° yyyy ensuite de la vente de la villa familiale. Comme le soutient à raison la recourante, elle ne représente, quoi qu'il en soit, pas une augmentation, mais une réduction des conclusions en tant que le dies a quo de l'intérêt moratoire est fixé à une date postérieure aux dates des conclusions principales. Présentée avant la clôture des débats, la conclusion nouvelle litigieuse est partant recevable.
4.3. Au vu de ce qui précède, le grief de violation de l'art. 317 CPC est fondé et conduit au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision tenant compte des nova introduits par la recourante en lien avec la vente de la villa familiale intervenue le 11 mars 2015.
5.
En définitive, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Au vu de ce résultat, les frais et dépens de l'instance fédérale incombent à l'intimé, qui succombe dans ses conclusions (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Une indemnité de 4'500 fr. à payer à la recourante, à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 28 octobre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Hildbrand