Faits :
A.
X._ SA a pour but le placement et la gérance de biens immobiliers et mobiliers, des opérations immobilières et commerciales à l'exclusion d'opérations bancaires. Son capital-actions se monte à 50'000 fr. Jusqu'au 7 juin 2011, elle avait pour administrateur unique A._. X._ SA est propriétaire d'une parcelle de 1'304 m2 sise sur la commune de B._ et sur laquelle est érigée une maison qui sert d'habitation à A._.
La déclaration d'impôt 2005 de X._ SA montrait un bénéfice imposable de 745 fr. et un capital imposable de 355'871 fr. La déclaration d'impôt 2006 mentionnait un bénéfice et un capital imposables de 496 fr. respectivement 356'367 fr. et celle pour 2007 de 872 fr. respectivement 357'239 fr.
X._ SA n'ayant pas donné suite à la demande de renseignements de l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office d'impôt) pour la période fiscale 2005, celui-ci a prononcé des amendes pour contravention de procédure en matière d'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et d'impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) se montant à 600 fr. respectivement 300 fr.
Le 14 mars 2009, X._ SA a finalement produit le détail des comptes 2005. Il en ressortait que la société détenait une créance de 1'000'000 fr. envers son actionnaire A._ correspondant à un prêt avec intérêts à 6% accordé à celui-ci par contrat du 18 décembre 2004; aucune pièce justificative n'a été produite à l'appui de ces écritures. A la suite d'une demande de pièces, X._ SA a indiqué que le prêt arrivait à échéance le 31 mai 2009 et était garanti par le nantissement d'une cédule hypothécaire de 2'500'000 fr. en quatrième rang grevant un immeuble sis à C._ et appartenant à la société Y._ SA. X._ SA avait elle-même contracté un prêt hypothécaire de 1'067'700 fr. auprès de E._ à Lucerne, afin de pouvoir octroyer le prêt à son actionnaire. Par "contrat de prêt de développement immobilier" du 11 mars 2009, ("Immobilienent-wickungskreditvertrag"), le prêt de 1'000'000 fr. a été renouvelé pour une durée indéterminée (art. 105 al. 2 LTF). Dans cette convention, A._ cédait à X._ SA une partie de la créance qu'il détenait à l'encontre de Y._ SA, à savoir 2'300'000 fr. sur un total de 3'400'000 fr.; cette créance est garantie par une partie de la cédule hypothécaire de 2'500'000 fr. susmentionnée.
Par décision de taxation définitive du 25 juin 2009, l'Office d'impôt a fixé le bénéfice imposable de la période fiscale 2005 pour l'IFD et les ICC à 16'700 fr. et le capital imposable à 50'000 fr. Il a estimé que le prêt de 1'000'000 fr. consenti par X._ SA à son actionnaire constituait un prêt simulé et a procédé aux modifications comptables correspondantes. Quant aux honoraires d'administrateur, comptabilisés pour 96'000 fr. en 2005, 92'000 fr. en 2006 et 97'560 fr. en 2007, ils ont été ramenés à 20'000 fr. annuellement, compte tenu de la faible activité déployée, la différence étant considérée comme distribution dissimulée de bénéfice. L'autorité de taxation a procédé aux mêmes modifications comptables dans le cadre des décisions de taxation définitives du 24 février 2011 pour les périodes fiscales 2006 et 2007 : le bénéfice imposable 2006 a été fixé pour l'IFD et l'ICC à 16'400 fr. (recte: 12'400 fr.) et le capital imposable à 50'000 fr.; pour 2007, le bénéfice imposable a été arrêté à 18'400 fr. pour l'IFD et l'ICC et le capital imposable à 50'000 fr. L'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a rejeté les trois réclamations de la société en date du 9 juillet 2015.
B.
Par arrêt du 22 avril 2016, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ SA. Il a en substance jugé que le prêt de 1'000'000 fr. de la société à son actionnaire devait être qualifié de prêt simulé et constituait une distribution dissimulée de bénéfice; il a également estimé que c'était à bon droit que les honoraires versés à l'actionnaire avaient été réduits, l'activité produite se limitant à gérer l'immeuble dont la société était propriétaire.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'admettre que son droit d'être entendu n'a pas été respecté et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal à cet effet, subsidiairement, d'admettre que le prêt qu'elle a octroyé à son actionnaire ne constitue pas un prêt simulé emportant distribution dissimulée de bénéfice pour les périodes fiscales 2005, 2006 et 2007 et de considérer les honoraires payés à A._ pour les mêmes périodes fiscales comme étant justifiés par l'usage commercial.
L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Tribunal cantonal se réfère à l'arrêt attaqué.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonaux et communaux, ce qui est en principe admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant les impôts cantonaux et communaux (2C_481/2016) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_482/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a LTF), conformément aux art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), dès lors que le recours porte sur la détermination du bénéfice (art. 24 LHID) et du capital (art. 29 LHID) imposables, à savoir une matière harmonisée.
Le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre de l'arrêt final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d LTF) par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), l'assiette de son impôt sur le bénéfice étant globalement plus importante après les modifications comptables opérées, est recevable (art. 90 LTF).
3.
Dans un premier grief relatif à une demande de reconsidération et à la violation de son droit d'être entendue, la recourante renvoie, "afin de ne pas alourdir inutilement" le recours, à celui qu'elle a déposé devant le Tribunal cantonal.
La motivation du recours doit être complète. Il n'est pas admissible de renvoyer à une écriture produite devant d'autres autorités (arrêt 2C_32/2106 du 24 novembre 2016 consid. 10.2). Partant, ces moyens ne seront pas traités.
4.
Le litige porte, pour les périodes fiscales 2005, 2006 et 2007, sur la qualification du prêt accordé par la recourante à son actionnaire et sur les honoraires payés à celui-ci: les juges précédents ont estimé que le prêt constituait un prêt simuléet ont, par conséquent, extourné les intérêts comptabilisés dans le compte de profits et pertes de la recourante, à savoir 60'000 fr. pour chaque année, et réduit le capital imposable du montant du prêt de 1'000'000 fr., cette créance envers l'actionnaire ayant été traitée comme un actif fictif. Quant aux honoraires, la partie du montant versé excédant 20'000 fr. par an a été qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice et, partant, le bénéfice imposable augmenté de la différence entre ce montant et celui des honoraires comptabilisés, à savoir 96'000 fr. en 2005, 92'000 fr. en 2006 et 97'560 fr. en 2007.
A cet égard, on relève qu'il est étonnant que la recourante s'en prenne à la qualification de prêt simulé de 1'000'000 fr. en faveur de son actionnaire et aux conséquences fiscales qui en découlent, puisque celles-ci diminuent sa charge d'impôts. L'actionnaire a en revanche dû voir sa charge fiscale augmenter, dans la mesure où les reprises correspondantes ont dû être effectuées à son égard, modifiant en conséquence l'assiette de son impôt sur le revenu. Ce point démontre que l'actionnaire ne semble pas faire la différence entre ses intérêts et ceux de sa société.
I. Impôt fédéral direct
5.
L'autorité précédente a exposé le droit applicable et la jurisprudence relative à la procédure de taxation (art. 130 al. 1 LIFD) et à la répartition du fardeau de la preuve (8 CC; ATF 140 II 248 consid. 3.5 p. 252; 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266), à la notion de bénéfice et de distribution dissimulée de bénéfice y compris le principe de pleine concurrence (art. 58 al. 1 let. a et let. b LIFD; ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92; 138 II 57 consid. 2.2 et 3.2 p. 59; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119), et à celle de prêt simulé (ATF 138 II 57 consid. 5 p. 62; RDAF 2014 II 463, 2C_927/2013 consid. 5.3) de façon correcte et détaillée, de sorte qu'il y est renvoyé.
6.
Le premier point litigieux a trait aux honoraires d'administrateur versés par la recourante à son actionnaire et administrateur unique pour les périodes fiscales 2005, 2006 et 2007. Ces versements ont été admis pour un montant de 20'000 fr. annuel, la différence avec les sommes effectivement versées chaque année, à savoir 96'000 fr. en 2005, 92'000 fr. en 2006 et 97'560 fr. en 2007 étant considérée comme une distribution dissimulée de bénéfice.
6.1. Les honoraires ont été facturés par l'actionnaire et se rapportent à des travaux de mise en valeur de l'immeuble de B._. Or, l'arrêt attaqué retient que les montants en cause ont été comptabilisés sans aucune pièce justificative, ce qui contrevient au principe de régularité (cf. art. 957a al. 2 ch. 2 CO).
La recourante rétorque à cela qu'afin de faciliter les travaux comptables, des montants forfaitaires ont été facturés par l'actionnaire. Si ce point peut justifier l'absence d'un décompte d'heures de travail, il n'enlève rien au fait que des pièces doivent tout de même établir le montant forfaitaire réclamé par l'actionnaire. De plus, aucun élément ne démontre l'existence des travaux effectués qui, selon la recourante, consistaient à valoriser la parcelle qu'elle détient. Il faut ajouter à cela que la seule activité de la recourante consiste à gérer l'immeuble dont elle est propriétaire et qui sert de logement à son actionnaire.
Partant, il apparaît que la différence entre les 20'000 fr. arrêtés par l'autorité précédente pour cette gestion et les montants comptabilisés apparaissent comme une prestation sans contre-prestation correspondante en faveur de l'actionnaire et administrateur unique, ce dont celui-ci devait se rendre compte, pour 96'000 fr. en 2005, 92'000 fr. en 2006 et 97'560 fr. en 2007.
6.2. Ainsi, au vu de ce qui précède, il y a bel et bien eu distribution dissimulée de bénéfice au sens de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD et les reprises de 76'000 fr. en 2005, 72'000 fr. en 2006 et 77'560 fr. en 2007 dans la détermination du bénéfice des périodes fiscales correspondantes sont justifiées.
7.
Le second point litigieux concerne le prêt de 1'000'000 fr. consenti par la recourante à son actionnaire.
7.1. En l'espèce, il n'est pas contesté que les intérêts ont été fixés à un taux conforme à l'usage commercial et à ceux déterminés par l'Administration cantonale.
L'examen de l'actif du bilan de la recourante au 31 décembre 2015 démontre cependant un élément essentiel quant à la qualification du prêt de prêt simulé, à savoir que celle-ci n'avait pas les fonds propres pour octroyer le prêt de 1'000'000 fr. à son actionnaire. Ainsi, ce prêt a été financé par un emprunt de 1'067'700 fr. rémunéré à 6% auprès de E._. S'endetter de la sorte afin de pouvoir procéder à un prêt constitue un procédé pour le moins insolite. En outre, les actifs de la recourante totalisaient, au 31 décembre 2005, 1'541'500 fr. Le prêt à l'actionnaire de 1'000'000 fr. représente ainsi plus de 64% des actifs totaux. De plus, il constituait l'actif le plus élevé du bilan de la recourante, les deux autres étant le bien immobilier pour 325'250 fr. et les travaux en cours ("Aufträge in Arbeit") pour 216'300 fr. Le risque pris n'est pas négligeable. La recourante oppose à ce point le fait que, si la valeur comptable de l'immeuble est de 325'250 fr., les réserves latentes sur ce bien seraient importantes puisque la valeur vénale se monterait à 6'000'000 fr. Elle ne tente cependant pas de démontrer ladite valeur; elle ne fournit notamment pas l'offre qu'elle prétend avoir reçue pour ce bien.
A cela s'ajoute la question de la garantie du prêt. Le contrat de prêt du 18 décembre 2004 mentionne deux garanties. La première est une cédule hypothécaire de 2'500'000 fr. en quatrième rang grevant une parcelle à C._ propriété de Y._ SA. La recourante n'a jamais apporté la preuve du nantissement de cette cédule hypothécaire. Or, dans une relation avec un tiers, un acte de nantissement aurait été exigé afin que le créancier puisse exercer son droit dans l'hypothèse où le débiteur devait être dans l'incapacité de faire face à ses obligations. De plus, on peut s'interroger sur la valeur d'une cédule hypothécaire grevant une parcelle seulement en 4e rang. La recourante met encore en avant le "contrat de prêt de développement immobilier" du 11 mars 2009, conclu entre elle-même, A._ et Y._ SA (représentée dans le contrat par A._ et par un tiers représentant les actionnaires) et qui prouverait que le prêt de 1'000'000 fr. était solidement garanti. Outre qu'un contrat daté du 11 mars 2009 (et qui n'est pas au demeurant signé par les parties) ne peut pas garantir une créance résultant d'une convention du 18 décembre 2004, il ressort de la convention du 11 mars 2009 que Y._ SA apparaît comme la détentrice de la cédule hypothécaire de 4e rang de 2'500'000 fr. alors que celle-ci était censée avoir été cédée par A._ à la recourante pour garantir le prêt du 18 décembre 2004. Cet élément permet de sérieusement douter de la garantie du prêt que la cédule hypothécaire est supposée apporter. La recourante souligne encore que la créance de 3'4000'000 fr. que le débiteur détient à l'encontre de Y._ SA et qu'il a cédée à hauteur de 2'300'000 fr. à la recourante dans ladite convention possède une valeur réelle. Elle se contente toutefois d'affirmer que cette société est propriétaire de parcelles dont la valorisation excède 25'000'000 fr. mais n'apporte à nouveau aucun élément propre à démonter que tel est véritablement le cas. La seconde garantie accordée pour le prêt litigieux, dans le contrat du 18 décembre 2004, consiste en la cession non apparente ("stille Zession") au profit de la recourante de travaux de développement qui auraient été effectués par l'actionnaire pour des projets immobiliers à B._ et C._. Or, aucun élément ne démontre la réalité de ces travaux ni ne vient attester le fait qu'ils auraient une quelconque valeur patrimoniale réalisable.
On relèvera encore que l'octroi de prêt ne figure pas dans le but social de la recourante qui, au demeurant, n'a jamais eu d'autre activité que celle de gérer la parcelle sise à B._ selon les faits de l'arrêt attaqué. Dès lors que la recourante n'a pas pour activité ordinaire d'accorder des prêts, le prêt litigieux qui est d'un montant important revêt un caractère inhabituel.
7.2. Quant à la capacité de l'actionnaire de rembourser ce prêt, on note que les intérêts ont été portés au compte courant débiteur de celui-ci et que le montant du prêt n'a pas augmenté; comme l'a relevé le Tribunal cantonal, il faut y voir un indice que ces intérêts ont été réglés. Cependant, comme cela a été examiné ci-dessus, l'actionnaire a perçu des honoraires surfaits se montant à 96'000 fr. en 2005, 92'000 fr. en 2006 et 97'560 fr. en 2007. Or, les intérêts débiteurs que l'intéressé devait acquitter annuellement s'élevaient à 60'000 fr. (1'000'000 fr. à 6%). On constate ainsi que le montant des honoraires perçus lui permettait de s'acquitter des intérêts débiteurs et fait douter de la capacité réelle de l'actionnaire à s'acquitter de ceux-ci. En outre, le prêt aurait été octroyé, selon le contrat du 18 décembre 2004, comme "Bridgefinancing" jusqu'à l'obtention du permis de construire sur des immeubles sis à B._, C._ et D._, la créancière étant disposée à assurer le financement du développement ("Entwicklungs-finanzierung") à cet égard. Or, outre que ce contrat, comme susmentionné, n'est pas signé par les parties, aucun élément ne vient attester de la réalité de ces projets, telle que, par exemple, une procédure de mise à l'enquête.
Il est rappelé ici que la décision du fisc de qualifier le prêt de 1'000'000 fr. de prêt simulé a été attaquée par la société créancière (alors que la décision de taxation définitive correspondant de la société, avec l'extourne des intérêts encaissés et la diminution du capital imposable, était en sa faveur et qu'elle aurait dû l'être par l'actionnaire dans la mesure où celui-ci a dû voir sa charge fiscale augmenter); ceci empêche les autorités de dévoiler la situation financière du débiteur sans violer le secret fiscal et, partant, il est difficile de prouver que le prêt a servi à financer le train de vie de celui-ci. On relève à cet égard, que le fait que la recourante ait dû elle-même emprunter plus de 1'000'000 fr. pour être en mesure d'octroyer le prêt à son actionnaire peut être interprété comme un indice qu'un tiers ne lui aurait pas prêté la somme en cause et, partant, comme un indice d'insolvabilité du débiteur.
Les éléments qui précèdent sont autant d'indices qui permettent de conclure que la situation financière du bénéficiaire du prêt était délicate et qu'il apparaissait, au moment de l'octroi de celui-ci, que l'actionnaire ne serait pas en mesure de le rembourser.
7.3. En conclusion, les rapports entre les deux parties et les circonstances entourant le prêt démontrent qu'il y a bel et bien eu simulation du prêt. A cet égard, la recourante soutient que tous les éléments constitutifs permettant de conclure à la présence d'un prêt simulé (i.e. un prêt pas adapté à la situation financière de la société ou pas conforme au but de celle-ci, pas de contrat écrit, etc.) ne sont pas réalisés. Pour déterminer si l'on est en présence d'un prêt simulé, il est fait appel à des indices. Or, tous ces indices ne doivent pas être présents pour conclure à l'existence d'un tel prêt; la situation est appréciée en fonction de la présence et de l'absence de certains d'entre eux.
7.4. Les éléments susmentionnés conduisent à qualifier le prêt de 1'000'000 fr. octroyé par la recourante à son actionnaire de prêt simulé. Partant, la réduction du bénéfice imposable des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007 du montant des intérêts créanciers comptabilisés à hauteur de 60'000 fr. pour chaque exercice est justifiée.
II. Impôts cantonaux et communaux
8.
8.1. Conformément à l'art. 24 al. 1 LHID, l'art. 94 al. 1 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11) concernant l'impôt sur le bénéfice et le capital des personnes morales dispose, notamment, que le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats (let. a), de même que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial, avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, telles que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b). L'art. 24 al. 1 LHID correspond lui-même à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD, si bien qu'il est possible de se référer également aux principes dégagés en matière d'IFD (ATF 140 II 88 consid. 10 p. 101). Dès lors, les considérations développées ci-dessus (consid. 6 et 7) pour l'impôt fédéral direct quant aux honoraires d'administrateur et au prêt simulé s'appliquent mutatis mutandis à l'impôt sur le bénéfice cantonal et communal.
Le recours est donc également rejeté en ce qui concerne lesdits impôts des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
8.2. De plus, conformément à l'art. 29 al. 1 et 2 LHID, les art. 112 et 113 LI prévoient que l'impôt sur le capital a pour objet le capital propre et que le capital propre imposable des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives comprend le capital-actions ou le capital social libéré, les réserves ouvertes et les réserves latentes constituées au moyen de bénéfices imposés. La qualification de prêt simulé a pour conséquence que le montant de 1'000'000 fr. est considéré comme un actif fictif dont il ne faut pas tenir compte et qui doit être porté en diminution du capital imposable.
Partant, le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt sur le capital des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
9.
Il découle de ce qui précède que le recours est rejeté tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonaux sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_481/2016 et 2C_482/2016 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonaux et communaux des périodes fiscales 2005, 2006 et 2007.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué au représentant de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 février 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon