Faits :
A.
Par ordonnance du 8 mai 2015, le Ministère public de la République et canton du Jura a classé la procédure pénale ouverte à l'encontre de A._, sur plainte de X._, pour gestion déloyale, éventuellement escroquerie.
B.
Par arrêt du 2 octobre 2015, la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a rejeté le recours formé contre cette ordonnance par X._.
C.
Ce dernier forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa nullité et au renvoi de la cause au ministère public pour suite d'instruction, respectivement mise en accusation au sens de l'art. 324 CPP.
Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même celle-ci aurait déjà déclaré de telles prétentions (cf. art. 119 al. 2 let. b CPP), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. art. 320 al. 3 CPP). Dans tous les cas, il incombe par conséquent au plaignant d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles il entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4 s.).
Si la partie plaignante invoque des infractions distinctes, elle doit mentionner par rapport à chacune d'elles en quoi consiste son dommage. Si le dommage n'est motivé qu'en ce qui concerne l'une des infractions, le recours est irrecevable pour les autres (cf. arrêt 6B_381/2015 du 19 avril 2016 consid. 1.1).
Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel. La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, le jugement au fond (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 5 et les références citées).
1.2. S'agissant de l'accusation de gestion déloyale, le recourant expose que ses prétentions civiles ressortent clairement de cette accusation: elles correspondront au préjudice causé par le comportement de l'intimé dans le cadre de la gestion de la société B._ SA, le recourant en étant actionnaire.
Lorsqu'une société anonyme n'est pas en faillite - comme c'est le cas en l'espèce - la société et chaque actionnaire ont le droit d'intenter action pour le dommage causé à la société. Les actionnaires ne peuvent toutefois agir qu'en paiement de dommages-intérêts à la société (art. 756 al. 1 CO). Il résulte de ce qui précède que le recourant n'a pas de prétentions civiles à faire valoir en sa faveur du fait du prétendu dommage causé par l'intimé à la société par sa gestion. Faute d'exposer en quoi les faits dénoncés lui auraient causé un dommage propre dont il pourrait déduire des prétentions civiles en sa faveur, la qualité pour recourir contre le classement de l'accusation de gestion déloyale doit lui être déniée.
1.3. Le recourant n'expose pas quelles prétentions civiles il entendrait faire valoir contre l'intimé du fait de la commission dénoncée de l'infraction d'escroquerie. La qualité pour recourir sur le fond de la cause pour cette infraction doit par conséquent lui être déniée.
1.4. Pour le surplus, le recourant n'invoque aucune violation du droit de porter plainte (art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF), ni ne fait valoir de violation de ses droits de partie équivalent à un déni de justice formel.
2.
Le recours est par conséquent irrecevable et peut être écarté en application de l'art. 108 al. 1 let. a et b LTF.
Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Chambre pénale des recours.
Lausanne, le 29 septembre 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod