Faits :
A.
X._, né le 4 avril 1940, a exercé dans le canton de Vaud une activité lucrative indépendante d'ingénieur civil sous la forme d'une entreprise individuelle. Ne tenant pas de comptabilité commerciale, il enregistrait ses recettes selon le principe de l'encaissement. Il ne tenait pas d'inventaire de ses travaux en cours et n'était pas assuré à titre facultatif auprès d'une institution de prévoyance.
X._ a annoncé qu'il cessait son activité indépendante au 31 décembre 2008 pour raisons de santé. Les opérations d'encaissement se sont terminées en avril 2009. X._ a poursuivi une activité salariée au sein de la société Y._ SA, qui a repris les locaux, les mandats en cours et le personnel de l'entreprise individuelle. Ce transfert n'a pas donné lieu au versement d'un goodwill.
En 2010, X._ a demandé à bénéficier, pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2009, de l'art. 48a de la loi sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11), qui prévoit à certaines conditions une imposition séparée des réserves latentes réalisées en cas de cessation de l'activité lucrative indépendante.
B.
Par décision du 13 septembre 2013 de l'Office d'impôt du district de la Riviera, confirmée sur réclamation le 6 janvier 2015 par l'Administration cantonale des impôts (ci-après: l'Administration cantonale), l'application de l'art. 48a LI a été refusée à X._. En conséquence, l'entier du produit de son activité indépendante de l'année 2009 - à savoir un montant net de 186'043 fr., correspondant aux 205'572 fr. de chiffre d'affaires encaissés, sous déduction de 19'529 fr. de provision AVS - a été imposé ordinairement, avec les autres revenus du contribuable.
X._ a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 6 janvier 2015 auprès du Tribunal cantonal vaudois, Cour de droit administratif et public (ci-après: le Tribunal cantonal), soutenant que l'encaissement de factures en 2009 avait représenté la réalisation de réserves latentes au sens de l'art. 48a LI.
Par arrêt du 16 octobre 2015, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation du 6 janvier 2015 de l'Administration cantonale.
C.
X._ forme un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 16 octobre 2015 du Tribunal cantonal. Sous suite de frais et dépens, il conclut en substance, à titre principal, à la réforme de cet arrêt en ce sens que le bénéfice de liquidation de 271'078 fr. 30, subsidiairement, mais au minimum, de 205'572 fr., soit imposé séparément; subsidiairement, à ce que l'arrêt attaqué soit réformé en tenant compte de l'ancienneté des réserves latentes réalisées, antérieures à 2008 pour la moitié d'entre elles.
Le Tribunal cantonal a renoncé à se déterminer et s'est référé à l'arrêt rendu. L'Administration cantonale s'est déterminée sur le recours et a conclu à son rejet dans la mesure de sa recevabilité. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations et s'en est remise à l'appréciation du Tribunal fédéral.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de recours il procédait. Ce défaut d'intitulé ne lui nuit pas, dans la mesure où son recours remplit les conditions formelles de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 138 I 367 consid. 1.1 p. 370; 136 II 497 consid. 3.1 p. 499; 134 III 379 consid. 1.2 p. 382). En l'espèce, le litige a trait à l'application de l'art. 48a LI, qui concerne l'imposition du bénéfice de liquidation en cas de fin d'activité lucrative indépendante. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte en vertu de l'art. 82 let. a LTF. L'imposition du bénéfice de liquidation des indépendants est une matière harmonisée à l'art. 11 al. 5 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) et l'art. 73 al. 1 LHID confirme cette voie de droit.
1.2. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) par le contribuable destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art 106 al. 1 LTF), mais n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368; 141 I 36 consid. 1.3 p. 41; 135 III 232 consid. 1.2 p. 234). Le Tribunal fédéral vérifie toutefois librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi ne laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'interprétation de la loi cantonale n'est examinée que sous l'angle restreint de l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210; arrêts 2C_652/2015 du 25 août 2016 consid. 1.3; 2C_51/2016 du 10 août 2016 consid. 1.3).
En l'occurrence, l'art. 11 al. 5 LHID précité ne laisse pas de marge de manoeuvre aux cantons, sauf sur un point, non litigieux en l'espèce, concernant le taux applicable pour l'imposition du "solde des réserves latentes" au sens de la 4e phrase de cette disposition. L a Cour de céans dispose donc en l'espèce d'un libre pouvoir d'examen pour vérifier si les juges cantonaux ont appliqué l'art. 48a LI de manière conforme à l'art. 11 al. 5 LHID.
3.
3.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). En vertu de l'art. 97 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 137 III 226 consid. 4.2 p. 234; 135 III 127 consid. 1.5 p. 129 s.). Lorsque le recourant s'en prend à l'établissement des faits ou à l'appréciation des preuves, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (art. 99 al. 1 LTF).
3.2. Le recourant présente de manière appellatoire sa propre version des événements, invoquant en particulier l'existence d'un séminaire public donné par l'Administration cantonale et produisant à titre de preuve de ce fait un extrait de la documentation qui y avait été distribuée. Il ne sera pas tenu compte de ces faits, qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, ni de cette pièce nouvelle.
3.3. Le recourant soutient par ailleurs que les juges ont constaté les faits de manière inexacte en retenant que "bon nombre de factures encaissées en 2009 se rapport[ai]ent à des prestations fournies en 2008". Il demande au Tribunal fédéral de rectifier ce constat, afin de tenir compte du fait qu' "à peine la moitié" des factures encaissées en 2009 concernait l'exercice 2008, les autres étant antérieures. Or, le recourant n'allègue ni a fortiori ne démontre que les juges cantonaux auraient arbitrairement constaté les faits sur ce point. Il n'y partant pas lieu de s'écarter des constatations cantonales. La conclusion subsidiaire formée par le recourant, qui repose sur ce fait non constaté, est irrecevable.
4.
Le litige porte sur le point de savoir si le recourant peut bénéficier de l'art. 48a LI en lien avec les honoraires qu'il a encaissés en 2009.
L'art. 48a al. 1 LI est libellé comme suit:
"Le total des réserves latentes réalisées au cours des deux derniers exercices commerciaux est imposable séparément des autres revenus si le contribuable âgé de 55 ans révolus cesse définitivement d'exercer son activité lucrative indépendante ou s'il est incapable de poursuivre cette activité pour cause d'invalidité (...) "
Les juges précédents ont constaté que l'art. 48a LI, entré en vigueur le 1er janvier 2009, était applicable dans le temps, que le recourant avait définitivement cessé d'exercer une activité lucrative indépendante à la fin de l'année 2008, que, né en 1940, il remplissait la condition liée à l'âge et que la poursuite d'une activité lucrative dépendante au sein de Y._ SA ne constituait pas un obstacle à l'application de l'art. 48a LI. Ils ont en revanche considéré que l'encaissement de factures en 2009 n'avait pas représenté la réalisation de réserves latentes, de sorte que cette condition d'application de l'art. 48a al. 1 LI n'était pas remplie.
5.
Le recourant soutient en premier lieu que l'analyse des juges cantonaux est contraire à l'art. 11 al. 5 LHID et qu'une interprétation correcte de cette disposition aurait dû les amener à retenir qu'il avait bien réalisé des réserves latentes au sens de cette disposition en encaissant des factures en 2009.
5.1. L'art. 11 al. 5 LHID, entré en vigueur le 1er janvier 2009, a été introduit par la loi fédérale du 23 mars 2007 sur l'amélioration des conditions fiscales applicables aux activités entrepreneuriales et aux investissements (Loi sur la réforme de l'imposition des entreprises II; RO 2008 2893). Cette loi a également donné lieu, au plan de l'impôt fédéral direct, au nouvel art. 37b LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2011. Partant, bien que le litige concerne uniquement l'impôt cantonal et communal, il y a lieu d'interpréter la LHID de la même manière que la LIFD, dans un souci d'harmonisation verticale. La première phrase de ces deux dispositions est identique et a été reprise telle quelle à l'art. 48a al. 1 LI:
"Art. 11 al. 5 LHID / art. 37b al. 1 LIFD
Le total des réserves latentes réalisées au cours des deux derniers exercices commerciaux est imposable séparément des autres revenus si le contribuable âgé de 55 ans révolus cesse définitivement d'exercer son activité lucrative indépendante ou s'il est incapable de poursuivre cette activité pour cause d'invalidité. (...) "
Ces dispositions exposent ensuite le mécanisme d'imposition séparée des réserves latentes réalisées. Il s'agit en substance de distinguer entre la part de ces réserves comblant une lacune de prévoyance (rachat fictif), destinée à être imposée aux taux applicables aux prestations en capital de la prévoyance, et le solde de ces réserves, qui doit être imposé de manière séparée au taux prévu par l'art. 37b LIFD pour l'impôt fédéral direct et à celui fixé par les cantons au niveau de l'impôt cantonal, dans les limites de l'art. 11 al. 5 LHID (pour une présentation du mécanisme, cf. par exemple MADELEINE SIMONEK/JULIA VON AH, Unternehmenssteuerrecht, Entwicklungen 2010, p. 27 s.; JULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2e éd. 2011 p. 231 ss; cf. aussi arrêt 2C_809/2011 du 29 juin 2012 consid. 3.6, in RF 67/2012 p. 683, StE 2012 A 23.1 Nr. 16, Archives 81 p. 497).
L'ordonnance sur l'imposition des bénéfices de liquidation en cas de cessation définitive de l'activité lucrative indépendante (OIBL; RS 642.114), entrée en vigueur le 1er janvier 2011, règle l'exécution de l'art. 37b LIFD.
5.2. Ces nouvelles dispositions ont été introduites dans le but d'alléger l'imposition des bénéfices réalisés sur les réserves latentes en cas de fin d'activité indépendante. La cessation d'une activité indépendante a en effet pour conséquence la liquidation de tous les actifs et passifs de l'entreprise, ce qui entraîne la réalisation et partant l'imposition de toutes les réserves latentes. Or, le fait de les imposer avec les autres revenus a été jugé pénalisant pour l'indépendant en raison de la progressivité des taux. Un allègement de l'imposition en cas de fin d'activité a aussi été voulu, afin de pallier l'absence de prévoyance professionnelle, l'indépendant n'étant pas, contrairement au salarié, obligatoirement affilié à une institution de prévoyance (FF 2005 4559 s. ch. 4.5.1; IVO BAUMGARTNER, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 2e éd. 2008, n° 2 ad art. 37b DBG; PETER LANG, in Aufschubs-tatbestände und Liquidationsgewinne gemäss Unternehmens-steuerreformgesetz II, in IFF Forum für Steuerrecht 2008 p. 115 et p. 117; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd. 2016, n° 1 ad art. 37b DBG; SIMONEK/GÄCHTER/MÜLLER, UNTERNEHMENSRECHT I, 2e éd. 2013, p. 381). Pour le Conseil fédéral, il s'agissait aussi d'atténuer les différences entre les cantons dualistes et les cantons monistes dès lors que, dans les premiers, le produit de liquidation des gains immobiliers est inclus dans l'impôt sur le revenu et partant influe sur le taux d'imposition et que, dans les seconds, ce produit est soumis à une imposition spéciale (FF 2005 4560 ch. 4.5.1).
5.3. En l'espèce, les juges cantonaux ont considéré qu'en encaissant des factures en 2009, le recourant n'avait pas réalisé des réserves latentes, mais un revenu ordinaire de son activité d'ingénieur civil. L'art. 48a LI visait à atténuer l'imposition du bénéfice de liquidation provenant de l'accumulation, sous la forme de réserves latentes, de bénéfices durant de nombreuses années. Or, l'imposition selon les encaissements que pratiquait le recourant avait certes pu avoir un effet comparable, mais sur une période beaucoup plus limitée, puisque bon nombre de factures encaissées en 2009 se rapportaient à des prestations fournies en 2008. Au surplus, la question de savoir si des réserves latentes pouvaient être constituées sur des actifs circulants tels que les travaux en cours pouvait rester ouverte, puisque X._ n'avait pas constitué de réserves latentes sur débiteurs ou travaux en cours.
Le recourant soutient que les juges cantonaux ont adopté une définition de la notion de réserves latentes restrictive, contraire à la lettre claire de l'art. 11 al. 5 LHID et arbitraire. Le Tribunal fédéral avait reconnu que la méthode de l'encaissement engendrait un report d'imposition comparable à la constitution de réserves latentes. Distinguer une dissolution de réserves latentes représentant un bénéfice de liquidation d'une dissolution constituant un revenu ordinaire serait contraire à la volonté du législateur. L'interprétation historique et téléologique de l'art. 11 al. 5 LHID, de même que le texte de l'art. 1 al. 3 let. a OIBL, conduiraient à adopter une définition large de la notion, dépendant non pas de la "provenance" des réserves, mais du moment de leur réalisation. La conception restrictive retenue par les juges précédents serait aussi incompatible avec le but de l'art. 11 al. 5 LHID, visant à alléger l'imposition des bénéfices de liquidation des indépendants, qui disposent souvent d'une prévoyance professionnelle insuffisante, également dans le but de favoriser les investissements.
5.4. Ni la LHID ni la LIFD, ni l'OIBL ne fournissent de définition des réserves latentes. On ne trouve pas non plus de définition dans les dispositions du code des obligations relatives à la comptabilité commerciale (cf. art. 959 ss CO; l'art. 959c al. 1 ch. 3 CO ne fait que mentionner la notion).
Appartenant au lexique propre à la comptabilité, une interprétation économique de la notion est justifiée. Cela étant, il faut aussi tenir compte, pour l'interprétation, du contexte fiscal dans lequel elle est utilisée, car sa définition peut s'écarter de la compréhension économique courante (cf. sur ces questions ERNST HÖHN/ROBERT WADLBURGER, Steuerrecht, Bd I, 9e éd. 2002, p. 162 s. n° 55; LAURENCE CORNU, Théorie de l'évasion fiscale et interprétation économique, Les limites imposées par les principes généraux du droit, 2014, p. 220). Les règles usuelles d'interprétation s'appliquent donc toujours pour circonscrire ce que le législateur fiscal a réellement voulu inclure sous la notion de réserves latentes dans le contexte de l'allègement du bénéfice de liquidation des indépendants. Conformément à une jurisprudence constante, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique) (ATF 138 II 105 consid. 5.2 p. 107 s.; 137 V 14 consid. 4.3.1 p. 118).
5.5. L'interprétation littérale de l'art. 11 al. 5 LHID permet d'emblée de retenir que seuls les revenus découlant de la réalisation de réserves latentes sont concernés par l'imposition séparée en cas de cessation de l'activité indépendante. Il s'ensuit qu'a contrario, les autres revenus de l'indépendant, et en particulier les revenus ordinaires de l'activité, ne peuvent pas bénéficier de l'allègement, et ce quand bien même leur réalisation interviendrait au cours de la liquidation de l'entreprise (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n° 9 ad art. 37b DBG; SIMONEK/GÄCHTER/MÜLLER, op. cit., p. 382; SIMONEK/VON AH, op. cit., p. 27; cf. aussi ERICH ETTLIN, USTR II - Personengesellschaften profitieren. Verbesserung der steuerlichen Situation und erleichterte Nachfolgeregelungen, in EC 2008/10 p. 767). L'art. 1 al. 3 let. a OIBL exclut du reste expressément de l'application de cette ordonnance les revenus de l'activité lucrative indépendante et les autres revenus qui ne proviennent pas de la liquidation (cf. Circulaire n° 28 du 3 novembre 2010 de l'Administration fédérale des contributions sur l'imposition des bénéfices de liquidation en cas de cessation définitive de l'activité lucrative indépendante, Annexe II: Commentaire de l'OIBL, ad art. 1 al. 3 let. a OIBL, p. 7, ch. 2.1). Ainsi, et contrairement à ce que semble soutenir le recourant, le seul fait d'avoir réalisé un revenu au moment de la liquidation de son entreprise ne suffit pas pour que ce revenu bénéficie de l'imposition privilégiée.
5.6. En comptabilité, il y a réserve latente lorsque la valeur réelle d'un actif est supérieure à sa valeur comptable, respectivement que la valeur réelle d'un passif est inférieure à sa valeur comptable (ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 7e éd. 2016, p. 328; MARKUS REICH, Steuerrecht, 2e éd. 2012, p. 403). Le montant des réserves latentes d'un actif correspond à la différence entre sa valeur réelle et sa valeur comptable (PIERRE-MARIE GLAUSER, IFRS et droit fiscal Les normes true and fair et le principe de déterminance en droit fiscal suisse actuel, in Archives 74 p. 553; MAX BOEMLE/RALF LUTZ, Der Jahresabschluss: Bilanz, Erfolgung, Geldflussrechnung, 5e éd. 2012, p. 167). Le fait que la notion de réserves latentes soit une notion comptable ne signifie toutefois pas que, d'un point de vue fiscal, les indépendants ne tenant pas de comptabilité commerciale ne peuvent pas réaliser de réserves latentes. Ceux-ci disposent en effet aussi d'une fortune commerciale, dont la réalisation est susceptible de dissoudre les réserves latentes formées (cf. art. 8 al. 1 LHID et art. 18 al. 2 LIFD). La notion de réserves latentes dans un contexte fiscal apparaît dès lors plus large que son acception dans le contexte purement comptable. Les indépendants ne tenant pas de comptabilité commerciale ont donc aussi vocation de réaliser des réserves latentes lors de la cessation de leur activité indépendante au sens des art. 11 al. 5 LHID et 37b LIFD, ce qui n'est du reste pas contesté dans l'arrêt attaqué. Il faut toutefois que, du point de vue économique, le revenu correspondant représente la réalisation de réserves latentes.
5.7. Invoquant l'arrêt 2C_468/2009 du Tribunal fédéral du 18 janvier 2010, le recourant soutient que le report de l'imposition des honoraires facturés induit par la méthode de l'encaissement qu'il appliquait équivaut économiquement à la constitution de réserves latentes. Il aurait donc bien dissout des réserves latentes en encaissant des factures en 2009 pour des prestations effectuées avant qu'il ne cesse son activité.
5.7.1. Les indépendants ne tenant pas de comptabilité commerciale doivent présenter un état des actifs et des passifs et un relevé de leurs recettes et dépenses (cf. les art. 42 al. 3 LHID et 125 al. 2 LIFD dans leur version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2015 applicable au cas d'espèce et, depuis le 1er janvier 2016, les art. 42 al. 3 let. b LHID et 125 al. 2 let. b LIFD). Sous l'angle du moment de la réalisation du revenu, ces indépendants peuvent choisir la méthode de l'encaissement, selon laquelle un revenu est réputé réalisé au moment de l'encaissement seulement et pas déjà lors de la facturation (MARKUS REICH, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 2e éd. 2008, n° 35 ad 16 DBG et n° 23 ad art. 18 DBG; YVES NOËL, in Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 42 ad art. 18 LIFD; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd. 2012, p. 99 § 12).
5.7.2. L'arrêt dont le recourant se prévaut a été rendu dans le contexte spécifique de l'impôt annuel sur le bénéfice de liquidation en cas de fin d'activité indépendante dans le système praenumerando, qui entraînait une taxation intermédiaire (cf. art. 47 aLIFD, abrogé au 1er janvier 2014 par la loi fédérale sur la mise à jour formelle du calcul dans le temps de l'impôt direct dû par les personnes physiques du 22 mars 2013; RO 2008 2397). Selon cette disposition, les bénéfices en capital qui n'avaient pas été imposés comme revenus ou qui ne l'avaient pas été pendant une période fiscale entière étaient soumis ensemble, l'année fiscale au cours de laquelle ils avaient été acquis, à un impôt annuel entier perçu au taux correspondant à ces seuls revenus. Etaient soumis à cette imposition spéciale non seulement les bénéfices de liquidation obtenus lors de la cessation de l'activité, mais aussi toutes les réserves réalisées à cette occasion, y compris celles n'étant pas en rapport direct avec la liquidation elle-même (cf. MARC BUGNON, in Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 1 ad art. 47 LIFD; JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse. Imposition du revenu et de la fortune, 1998, p. 354 s p. 467 et p. 474). Cette conception, large (BUGNON, in op. cit., n° 4 ad art. 47 LIFD), de ce qui faisait partie du bénéfice de liquidation au sens de l'art. 47 aLIFD visait à soumettre à l'impôt des revenus qui y auraient sinon échappé du fait de la brèche de calcul provoquée par la taxation intermédiaire (dans l'arrêt 2C_468/2009, le Tribunal fédéral avait ainsi confirmé que la différence entre le chiffre d'affaires réalisé au cours de l'année de la fin d'activité et la moyenne des chiffres d'affaires réalisés au cours des cinq exercices précédents représentait un bénéfice en capital). Cette conception ne peut être reprise dans le contexte des art. 11 al. 5 LHID et 37b LIFD. Ces dispositions poursuivent en effet un autre but, à savoir l'allègement des revenus provenant de réserves latentes accumulées en cas de fin d'activité indépendante. Comme déjà relevé, ces dispositions n'ont pas pour vocation à modifier la qualification fiscale d'un revenu, de sorte qu'un revenu d'exploitation conserve cette qualité même s'il est réalisé lors d'une liquidation (cf. supra consid. 5.5). Or, la perception d'honoraires représente un revenu ordinaire d'exploitation pour un indépendant et il semble au demeurant qu'aucun auteur ne soutienne qu'un indépendant appliquant la méthode de l'encaissement réaliserait par là non pas un revenu ordinaire d'exploitation, mais des réserves latentes. Dans le contexte de l'allègement de l'imposition en cas de cessation d'activité, les auteurs relèvent au contraire la nécessaire distinction qu'il faut opérer entre ces deux types de revenus (cf. aussi ci-dessus consid. 5.5).
L'approche du recourant pourrait du reste conduire à reporter de manière abusive l'encaissement de factures, afin de bénéficier de l'allègement fiscal. Or, les art. 11 al. 5 LHID et 37b LIFD ne peuvent avoir pour effet de laisser un contribuable différer à sa guise le moment de réalisation d'un revenu en créant artificiellement des réserves latentes (cf. dans le même sens l'arrêt 907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.3.4, in RDAF 2013 II 505, où le Tribunal fédéral a relevé que, s'agissant d'une société anonyme, ne pas comptabiliser les travaux en cours à la fin de l'exercice et considérer ces derniers comme des réserves latentes violait les principes comptables applicables).
5.7.3. Il en découle qu'en encaissant en 2009 des honoraires provenant de montants facturés pour des prestations effectuées avant la cessation, fin décembre 2008, de son activité indépendante, le recourant n'a pas réalisé des réserves latentes, mais un revenu d'exploitation ordinaire de son activité d'ingénieur civil, même si, du fait de la méthode utilisée, ce revenu n'a été fiscalement réalisé qu'au moment de son encaissement. C'est donc en conformité avec l'art. 11 al. 5 LHID que les juges précédents ont refusé de considérer ce revenu comme le produit de la réalisation de réserves latentes au sens de l'art. 48a al. 1 LI.
5.8. Pour refuser au recourant le bénéfice de l'art. 48a LI, les juges cantonaux ont également retenu que cette disposition visait à atténuer l'imposition de réserves latentes accumulées "durant de nombreuses années". Or, l'imposition selon les encaissements avait certes pu avoir un effet comparable, mais sur une période beaucoup plus limitée, puisque bon nombre de factures encaissées en 2009 se rapportaient à des prestations fournies pour l'essentiel en 2008.
Il est vrai que le Conseil fédéral a relevé que la modération de la charge fiscale visait à alléger l'imposition de réserves latentes qui avaient été créées "au fil du temps" (FF 2005 4560 ch. 4.5.1). Le point de savoir si des réserves latentes doivent pour autant nécessairement avoir été constituées sur de nombreuses années pour pouvoir bénéficier de l'allègement, ce qui aurait pour effet d'exclure du champ d'application des art. 11 al. 5 LHID et 37b LIFD le produit des réserves latentes formées sur des actifs circulants, peut rester ouvert en l'espèce puisque, selon les constatations de l'arrêt attaqué, le recourant n'a pas tenu d'inventaire de travaux en cours ou de débiteurs.
6.
Le recourant se plaint également que l'interprétation des juges cantonaux créerait une inégalité de traitement entre indépendants et salariés, ces derniers bénéficiant d'une prévoyance professionnelle obligatoire.
Le constat d'une fréquente lacune de prévoyance chez les indépendants a certes constitué l'un des motifs de l'adoption des art. 11 al. 5 LHID et 37b LIFD (cf. supra consid. 5.2). Il n'en demeure pas moins que l'allègement de l'imposition prévu par ces dispositions concerne les réserves latentes et qu'en conséquence, elles n'ont pas vocation à s'appliquer si un indépendant n'en réalise aucune lorsqu'il cesse son activité. En l'occurrence, les juges cantonaux ont constaté que l'encaissement de factures n'avait pas représenté la réalisation de réserves latentes pour le recourant et ils ont par ailleurs précisé que le transfert à Y._ SA n'avait pas donné lieu au versement d'un goodwill. Ils n'ont donc pas refusé par principe au recourant le bénéfice de l'art. 48a LI, mais ont simplement et à juste titre constaté que le recourant n'en remplissait pas l'une des conditions. On ne voit pas en quoi ce raisonnement serait constitutif d'une inégalité de traitement.
7.
Le recourant se plaint aussi de ce que l'interprétation des juges précédents défavoriserait les indépendants soumis au principe de l'encaissement par rapport aux indépendants tenant une comptabilité, car elle exclurait les premiers du bénéfice des dispositions d'allègement de l'imposition des réserves latentes.
Le recourant n'expose pas en quoi l'interprétation des juges précédents défavorise les indépendants ne tenant pas de comptabilité. La formulation de son grief ne respecte donc pas les exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. Le grief est de toute manière manifestement infondé, puisque les juges précédents n'ont pas exclu par principe les indépendants ne tenant pas de comptabilité et que leur raisonnement ne conduit pas non plus à un tel résultat.
8.
Le recourant se plaint également d'une violation du principe de la confiance en lien avec des informations que l'Administration cantonale aurait fournies lors d'un séminaire public. Le grief repose sur des faits non constatés et sur une pièce nouvelle irrecevable (cf. supra consid. 3.2). Sa formulation ne respecte pas non plus les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Il ne sera partant pas examiné.
9.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au représentant du recourant, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 8 décembre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens