Faits :
A.
X._ Sàrl est une société inscrite le 4 novembre 2003 au registre du commerce, siégeant à Genève puis à A._, dont B._ et C._ sont associés gérants avec signature individuelle et dont ils détiennent chacun la moitié des parts. Elle a pour but la promotion, l'acquisition, le courtage et la vente de biens immobiliers, la location, la gestion de copropriétés, ainsi que toutes activités dans le domaine immobilier.
Le 1er avril 2004, une promesse de vente et un droit d'emption annoté valable jusqu'au 15 avril 2005, ont été signés concernant l'acquisition par X._ ou ses nommables de la parcelle no **** de la commune de D._, d'une surface de 2'116 m2, propriété de E._, au prix de 1'269'600 fr. Ce délai a été prorogé ultérieurement au 15 avril 2006 puis au 15 juillet 2006. L'acte de vente définitif ou tous autres actes signés devaient intervenir à première demande de l'une ou l'autre des parties, pas avant le 31 janvier 2005 mais au plus tard le 31 mars 2005. Un acompte de 150'000 fr. a été versé par X._ qui demeurerait acquis à la promettant-venderesse en cas d'inexécution dans le délai prévu ou de caducité. Le 8 juillet 2005, X._ a obtenu une autorisation de construire un immeuble d'habitation sur la parcelle n° ****.
Le 31 mars 2006, la parcelle n° **** a été divisée en n° ***** et n° *****. Cette dernière parcelle a été soumise à la propriété par étages et douze nouveaux feuillets, représentant chacun un immeuble au sens de l'art. 655 al. 2 ch. 4 CC, ont été ouverts en vue de la construction de maisons d'habitation.
Par acte notarié, enregistré le 10 juillet 2006 au registre foncier, B._ et C._ ont acquis conjointement et solidairement le bien-fonds sur lequel les douze PPE ont été immatriculées au prix de 1'274'600 fr. de E._. Le droit d'emption inscrit au registre foncier relatif à la parcelle n° ***** a été radié. Les 10 et 21 juillet 2006, B._ et C._ ont vendu dix lots de propriété par étage sur douze de la parcelle n° *****. Les deux autres lots ont été vendus les 4 septembre et 18 décembre 2007. La plus-value réalisée sur la vente du terrain uniquement était de 804'080 fr., compte tenu d'un prix d'achat de1'274'600 fr. et d'un prix de vente total de 2'078'680 fr.
B.
Le 9 juin 2007, X._ a déposé une déclaration fiscale pour l'année 2006 faisant état d'une perte nette, y compris les pertes reportées de 43'956 fr. et d'un capital de 250'000 fr. Le compte de pertes et profits ne comportait qu'un seul poste intitulé «intérêts bancaires» à hauteur de 308.85. Les décisions de taxation pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2006 notifiées le 2 juillet 2007, sont entrés en force.
Le 2 mai 2012, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a informé X._ de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôts pour l'année fiscale 2006. Le 6 juillet 2012, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ une décision de taxation rectificative de rappel d'impôt fédéral direct d'un montant de 64'600.- et d'impôt cantonal et communal d'un montant de 178'346 fr. 45. Un montant de 804'000 fr. a été ajouté à son bénéfice. Compte tenu d'une perte déclarée de 2'785 fr.- et des pertes fiscales des sept exercices précédents de 41'171 fr., le bénéfice net s'élevait à 760'044 fr. Deux amendes d'impôt fédéral direct ainsi que d'impôt cantonal et communal correspondant à la moitié des suppléments d'impôt ont également été notifiées. La société avait commis une soustraction d'impôt consommée. La quotité de l'amende avait été fixée, compte tenu de la bonne collaboration de X._ durant la procédure.
Le 6 août 2012, X._ a déposé une réclamation à l'encontre des bordereaux de rappel et d'amende du 6 juillet 2012. Le 21 janvier 2013, l'Administration fiscale cantonale a rendu des décisions sur réclamation et maintenu ses bordereaux de rappel d'impôts ainsi que ses amendes. Le 22 février 2013, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève contre les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale cantonale du 21 janvier 2013. Le 3 mars 2014, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours.
C.
Par arrêt du 25 août 2015, la Cour de justice du canton de Genève a partiellement admis le recours que X._ a déposé contre le jugement rendu le 3 mars 2014 par le Tribunal administratif de première instance. La société, au bénéfice d'une promesse d'achat et d'un droit d'emption, permettant l'acquisition d'une parcelle à un prix fixé en 2004, s'en était dessaisie en 2006 au profit de ses associés gérants en consortium, permettant à ces derniers de réaliser une vente subséquente du bien-fonds avec une plus-value conjoncturelle. Pour ce transfert, la société avait reçu en paiement un montant correspondant au remboursement de l'acompte versé sur le prix de vente et des frais de notaire engagés jusque-là. Elle n'avait en revanche comptabilisé aucun profit, alors que le consortium avait réalisé un profit important, seulement quelques mois après le transfert, en vendant le terrain nu. Il fallait admettre la déduction des charges soit des frais de notaire de 7'519 fr. 40 et de 8'357 fr. directement liés à l'acquisition du droit d'emption et la prise en compte de la provision pour impôt dans les comptes 2006. Le principe et la quotité des amendes devaient être confirmés.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 15 août 2015 par la Cour de justice du canton de Genève. Elle considère que les conditions d'un rappel d'impôt, d'une distribution dissimulée de bénéfice ainsi que d'une soustraction fiscale ne sont pas réunies.
La Cour de justice du canton de Genève s'en tient au dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct que pour les impôts cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt cantonal (2C_177/2016) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_178/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 de la loi de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273]).
2.
Le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 138 I 49 consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. art. 97 al. 1 LTF) doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
En l'espèce, la recourante présente un exposé des faits de la cause sans se référer aux conditions de l'art. 97 al. 1 LTF ni démontrer qu'elles sont réunies. Il n'est par conséquent pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué.
I. Impôt fédéral direct
3.
La recourante conteste avoir accordé une prestation appréciable en argent à ses associés-gérants.
3.1. En vertu de l'art. 16 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques; sont notamment les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre de rapports de travail (art. 17 al. 1 LIFD), les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (art. 18 al. 1 LIFD), ainsi que le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 let. c LIFD).
Le bénéfice net imposable des personnes morales comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial et les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (art. 58 al. 1 let. b 5e tiret et let. c LIFD).
3.2. Selon la jurisprudence (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 91 ss; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 ss; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; 119 Ib 116 consid. 2 p. 119; 119 Ib 431 consid. 2b p. 435,), constitue une prestation appréciable en argent :
1) celle que la société de capitaux ou la société coopérative alloue, sans contre-prestation, ou sans contre-prestation équivalente,
2) à ses actionnaires, à ses associés, aux membres de l'administration ou à d'autres organes, ainsi qu'à toute personne la ou les touchant de près,
3) qu'elle n'aurait pas faite dans les mêmes circonstances à un tiers non participant, et
4) le caractère de la prestation étant reconnaissable pour les organes de la société de capitaux ou la société coopérative et pour son bénéficiaire.
En application de l'approche économique qui prévaut en la matière, les faits doivent être appréciés non seulement du point de vue de leur forme de droit civil, mais également du point de vue de leur contenu réel, en particulier économique (ATF 138 II 57 consid. 2 p. 59; arrêt 2P.280/2001/2A.475/2001 du 30 avril 2002 consid. 2.1, in: RF 57/2002 p. 558; en ce qui concernait l'AIFD: ATF 115 Ib 238 consid. 3b p. 241). La question de savoir si la prestation appréciable en argent est intervenue suite à l'absence de comptabilisation d'un revenu ou suite à la comptabilisation d'une charge infondée est en revanche sans importance (cf. ATF 113 Ib 23 consid. 2 p. 24 ss). Les prestations appréciables en argent peuvent également intervenir à charge de comptes d'actifs ou de passifs (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées).
3.3. Si l'opération commerciale qualifiée de prestation appréciable en argent n'est imposée ni auprès de la société ni auprès du détenteur de parts, il en résulte une reprise chez l'un comme chez l'autre. Cela découle de l'art. 58 al. 1 let. b et c LIFD en ce qui concerne la société effectuant la prestation et des art. 17 al. 1 et 20 al. 1 let. c LIFD en ce qui concerne l'actionnaire qui en bénéficie, dans la mesure où il s'agit d'une personne physique (arrêt 2C_16/2015 du 6 août 2015 consid. 2 in Archives 84 254 et RDAF 2016 II 110 et les références citées).
3.4. En l'espèce, la recourante était titulaire d'un droit d'emption stipulé le 1er avril 2004. Ce droit était annoté au registre foncier. Il était valable jusqu'au 15 avril 2005; sa validité a été prolongée jusqu'au 15 avril 2006 puis jusqu'au 15 juillet 2006. Il conférait à la recourante une prétention à l'acquisition de la parcelle no **** de la commune de D._ pour un prix de 1'269'600 fr. qui correspondait aux conditions du marché en 2004. La recourante disposait d'une prétention ferme, les conditions d'exercice du droit d'emption étant réunies dès le 8 juillet 2005, puisqu'elle avait reçu l'autorisation de construire un immeuble d'habitation sur la parcelle n° ****. En d'autres termes, au moment de céder le droit d'emption à ses associés-gérants, la recourante détenait le droit d'acheter la parcelle no **** de la commune de D._ à un prix inférieur à celui qui aurait dû être fixé, conformément aux nouvelles conditions du marché, en 2006 en l'absence du dit droit d'emption. Cette différence de prix a été dûment établie par l'autorité intimée et résulte des faits retenus par l'instance précédente, qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF). Cette dernière a au surplus relevé que le terrain avait été aliéné par les associés-gérants cessionnaires du droit d'emption à bref délai, soit les 10 et 21 juillet 2006, (dix lots de propriété par étage sur douze de la parcelle n° *****) et les 4 septembre et 18 décembre 2007 (deux derniers lots de propriété par étage) pour un prix de vente total de 2'078'680 fr. contre un prix d'achat de 1'274'600 fr. Il n'y a par conséquent rien à reprocher au mode de calcul de la valeur du droit d'emption au moment de sa cession. Le bénéfice, qui a été généré sur la seule vente de la parcelle nue, s'est ainsi élevé à 804'000 fr. Le droit d'emption cédé par la société valait par conséquent 804'000 fr. et non pas seulement un montant correspondant au remboursement de l'acompte versé sur le prix de vente et des frais de notaire. Pareille disproportion entre prestation et contreprestation était telle qu'elle était aisément reconnaissable pour les organes de la société qui étaient également ses bénéficiaires. Enfin, la cession du droit d'emption, équivalant économiquement à une plus-value de 804'000 fr., n'aurait, au vu de l'importance du montant en jeu, pas été consentie si les cessionnaires avaient été, non pas les associés-gérants de la recourante, mais des tiers. Sur ce point, contrairement à ce qu'affirme la recourante, une cession à des tiers autres que les associés-gérants était contractuellement possible, puisque les actes passés le 1er avril 2004 stipulaient un droit d'emption en faveur de la recourante ou de ses nommables, sans restriction de choix.
3.5. La recourante réitère en vain l'objection qu'elle avait déjà fait valoir en procédure cantonale, selon laquelle elle aurait été incapable de réaliser l'opération d'acquisition et de revente faute de détenir les moyens financiers nécessaires. Cette objection a déjà été écartée à juste titre par l'instance précédente. Se fondant sur des documents produits en 2008 au taxateur des associés-gérants dans la procédure de taxation de leur propre bénéfice au titre de personnes physiques, elle a constaté que ces derniers avaient financé l'opération avec les acomptes versés par les premiers acquéreurs des PPE, ce que la recourante pouvait également faire. Au demeurant, force est de constater que la recherche d'acquéreurs devait être menée par les mêmes personnes, qu'elles agissent au titre d'associés-gérants, organes de la recourante, ou au titre de personnes physiques membres d'un consortium et que ces dernières pouvaient, en cas de nécessité, se porter garantes de la couverture financière de la recourante. Les objections de la recourante ne justifient par conséquent pas la cession à un prix sous-évalué de son droit d'emption à ses associés-gérants. Ce bénéfice, auquel elle a renoncé, devait être ajouté au bénéfice imposable de la période fiscale 2006. Il n'y a au surplus pas de violation du principe de l'étanchéité des exercices fiscaux, quoi qu'en dise la recourante en pointant du doigt le mode de calcul du bénéfice qui prend en considération les dernières ventes de PPE en 2007, du moment que la cession du droit d'emption, ou, plus précisément, la renonciation à la valeur qu'il représentait, a bien eu lieu en 2006.
3.6. La recourante se plaint également en vain de ce que l'instance précédente a écarté des charges qui devaient, selon elle, venir en déduction du bénéfice repris dans son chapitre fiscal. Elle a elle-même exposé dans le recours adressé à l'instance précédente qu'en cédant son droit d'emption, elle évitait de devoir s'acquitter de la facture de 80'569 fr. 65 établie par l'entrepreneur général, des arrhes de 150'000 fr. versées à la venderesse ainsi que des frais de notaires, la facture de 80'569 fr. 65 ayant été payée directement par les cessionnaires membres du consortium à l'entreprise mandatée pour la mise en valeur des PPE. Il importe peu à cet égard que les cessionnaires bénéficiaires de la prestation appréciable en argent soient également et d'ailleurs dûment imposés dans leur propre chapitre fiscal sur leur propre revenu immobilier (cf. consid. 3.3 ci-dessus).
3.7. En dernier lieu, la recourante fait valoir en vain que les conditions du rappel d'impôt de l'art. 151 LIFD n'étaient pas réunies en 2012, parce que les autorités fiscales étaient au courant de l'ensemble de l'opération quatre ans avant d'ouvrir la procédure de rappel. Elle expose à cet effet que le service de taxation des promoteurs immobiliers, soit les associés gérants, avait eu connaissance de la cession en 2008 déjà. Elle perd de vue la jurisprudence selon laquelle l'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et qu'elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu. Toutefois, ceci n'est admis qu'à des conditions strictes, à savoir lors d'une négligence grave imputable à l'autorité fiscale. Pareille négligence de l'autorité de taxation n'est pas déjà retenue, lorsque celle-ci n'a pas eu connaissance des informations dont disposaient d'autres services de l'administration (arrêt 2C_1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2 in Archives 83 134 et RDAF 2015 II 254 et les références citées). En l'espèce, par conséquent, il n'y a pas lieu d'imputer au service de taxation des personnes morales les connaissances du service de taxation des personnes physiques, de sorte que les conditions du rappel d'impôt sont réalisées en l'espèce. Le grief est rejeté.
3.8. En ajoutant au titre de rappel d'impôt un montant de 804'000 fr. au bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 2006, l'instance précédente a correctement appliqué le droit fédéral. Les griefs de violation de la bonne foi et de l'interdiction de l'arbitraire soulevés par la recourante se confondent avec celui de violation du droit fédéral, examiné ci-dessus; ils en suivent par conséquent le sort et doivent être écartés.
4.
L'instance précédente a pour le surplus correctement exposé et appliqué les dispositions légales relatives à la soustraction fiscale consommée et en particulier celles relatives à la fixation de l'amende (art. 175 LIFD); il peut être renvoyé aux considérants de l'arrêt attaqué sur ces points.
II. Impôt cantonal et communal.
5.
L'art. 12 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RSGE D 3 15) et l'art. 69 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RSGE D 3 17) correspondent aux art. 58 al. 1 et 175 LIFD. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes. Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'impôt cantonal et communal, à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct. Le recours doit par conséquent également être rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter les frais de justice devant le Tribunal fédéral (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_898/2015 et 2C_899/2015 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 octobre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey