Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Baden wirft X._ zusammengefasst vor, in der Zeit von Mitte/Ende April 2014 bis zirka Mitte Juni 2014 seine damalige Lebenspartnerin A._ einmal im Wohnzimmer und mindestens viermal im Schlafzimmer der gemeinsamen Wohnung gegen ihren Willen zum ungeschützten Geschlechtsverkehr gezwungen zu haben. Ferner soll er A._ einmal gegen das Bett gestossen haben, worauf sie ohnmächtig geworden sei, und in der Folge den vaginalen Geschlechtsverkehr im Wissen an ihr vollzogen haben, dass sie dies nicht wolle. In der Zeit von Mitte/Ende April 2014 bis zum 21. Juli 2014 soll X._ seine damalige Lebenspartnerin einmal in den Bauch getreten sowie zwei bis fünf Mal pro Woche festgehalten, geschüttelt und gegen die Wand oder den Boden gestossen, ihr Ohrfeigen gegeben sowie mit den Beinen gegen sie getreten haben. Am 4. August 2014 habe er ihr gedroht, sie zu töten, falls sie die gemeinsame Hochzeit absage, woraufhin sie dies dennoch tat. Gleichentags habe er gesagt, er werde sie umbringen, und sofern er ins Gefängnis müsse, werde er sie durch seinen Bruder, seinen Sohn oder seine Familie umbringen lassen, wodurch sie in Angst sowie Schrecken versetzt worden sei.
B.
Das Bezirksgericht Baden sprach X._ am 16. April 2015 von Schuld sowie Strafe frei und verwies die Zivilforderungen auf den Zivilweg.
Sowohl die Staatsanwaltschaft Baden als auch A._ erhoben gegen dieses Urteil Berufung.
C.
Mit Urteil vom 19. Mai 2016 sprach das Obergericht des Kantons Aargau X._ der mehrfachen Vergewaltigung, der einfachen Körperverletzung, der Drohung, der versuchten Nötigung und der mehrfachen Tätlichkeit schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von fünf Jahren, einer bedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 120.--, einer Busse von Fr. 500.-- und der Bezahlung einer Genugtuung von Fr. 10'000.-- an A._.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen und dieses anzuweisen, die Neubeurteilung in gänzlich neuer Besetzung vorzunehmen sowie die abgelehnten Beweisanträge abzunehmen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E.
Der Instruktionsrichter der Strafrechtlichen Abteilung bewilligte A._ auf deren Gesuch hin mit Verfügung vom 27. April 2017 die unentgeltliche Rechtspflege sowie Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren und gab ihr Advokat Alexander Sami als Rechtsbeistand bei.
F.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau sowie A._ nehmen zur Beschwerde Stellung und beantragen deren Abweisung. Das Obergericht lässt sich nicht vernehmen. X._ hält in seiner Replik an seiner Auffassung fest.
G.
Mit Urteilen des Strafgerichts und des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 22. November 2013 sowie 15. Januar 2016 wurde X._ wegen Vergewaltigung, sexueller Nötigung, Nötigung, Drohung und Tätlichkeiten, alles mehrfach zum Nachteil von A._ in der Zeit von Juli 2012 bis am 2. Januar 2013 begangen, zu einer Freiheitsstrafe von 31⁄2 Jahren und einer Busse von Fr. 1'000.-- verurteilt. Die von ihm hiergegen geführte Beschwerde in Strafsachen wurde in einem separaten Verfahren beurteilt (Verfahren 6B_542/2016).
Erwägungen:
1.
Mit Beschwerde in Strafsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dies entbindet den Beschwerdeführer jedoch nicht davon, die Beschwerde hinreichend zu begründen und in Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 141 IV 249 E. 1.3.1 S. 253; 139 I 229 E. 2.2 S. 232; je mit Hinweisen).
Die Begründung muss in der Beschwerde selbst enthalten sein, Verweise auf andere Rechtsschriften oder die Akten reichen nicht aus (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116; 138 IV 47 E. 2.8.1 S. 54; je mit Hinweisen). Dieselben Begründungsanforderungen gelten auch für die Beschwerdeantwort (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116 mit Hinweis). Soweit der Beschwerdeführer für seinen Standpunkt auf seine Ausführungen im kantonalen Verfahren verweist, ist er nicht zu hören. Gleiches gilt für die Beschwerdegegnerin 1.
2.
Der Beschwerdeführer beantragt den Beizug verschiedener Akten von ihn betreffenden Verfahren sowie der gesamten Akten des gegen den ehemaligen Ehemann der Beschwerdegegnerin 2 geführten Verfahrens. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Das Verfahren vor Bundesgericht beruht grundsätzlich auf den gleichen Akten wie jenes vor der Vorinstanz. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, Beweise abzunehmen und Tatsachen festzustellen, über die sich das kantonale Gericht nicht ausgesprochen hat (BGE 136 III 209 E. 6.1 S. 214 f. mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass das angefochtene Urteil Anlass zum Beizug weiterer Akten gibt. Dies ist insbesondere hinsichtlich der Akten des Verfahrens gegen den ehemaligen Ehemann der Beschwerdegegnerin 2 auch nicht ersichtlich, zumal die Vorinstanz den diesbezüglichen verfahrenserledigenden Entscheid (Einstellungsverfügung) edierte (siehe auch: E. 4.5.4). Das bundesgerichtliche Verfahren beruht damit auf den Akten, die bereits der Vorinstanz vorlagen. Der Antrag auf Beizug weiterer Akten ist abzuweisen.
Mit Schreiben vom 24. Oktober 2016 legte der Beschwerdeführer den Beschluss des Bundesstrafgerichts vom 31. August 2016, das Urteil der Vorinstanz vom 28. September 2016 sowie seine Beschwerde an das Bundesstrafgericht vom 14. Oktober 2016 ins Recht. Da die genannten Dokumente erst nach dem angefochtenen Entscheid verfasst wurden, sind sie als unzulässige echte Noven im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zu berücksichtigen (vgl. Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 139 III 120 E. 3.1.2 S. 123; 133 IV 342 E. 2.1 S. 343 f.; je mit Hinweisen).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt seinen Anspruch auf ein faires Verfahren in mehrfacher Hinsicht als verletzt (Verletzung des Teilnahmerechts, des Rechts auf eine wirksame Verteidigung, des Konfrontationsanspruchs und des Anspruchs auf einen verfassungsmässigen Richter sowie auf ein faires Verfahren im Allgemeinen).
3.2.
3.2.1. Er stellt sich auf den Standpunkt, die Vorinstanz habe die Einvernahme der Beschwerdegegnerin 2 und deren Bruders vom 5. August 2014 in Verletzung von Art. 147 Abs. 1 sowie 4 StPO zu seinem Nachteil verwertet.
3.2.2. Art. 147 Abs. 1 Satz 1 StPO statuiert den Grundsatz der Parteiöffentlichkeit der Beweiserhebungen im Untersuchungs- und Hauptverfahren. Demnach haben die Parteien das Recht, bei Beweiserhebungen durch die Staatsanwaltschaft und die Gerichte anwesend zu sein und einvernommenen Personen Fragen zu stellen. Die Parteien haben somit kein Recht, bei Beweiserhebungen durch die Polizei, etwa bei polizeilichen Einvernahmen von Auskunftspersonen, anwesend zu sein (Umkehrschluss aus Art. 147 Abs. 1 Satz 1 StPO; Urteil 6B_217/2015 vom 5. November 2015 E. 2.2, nicht publ. in: BGE 141 IV 423). Die Staatsanwaltschaft kann die Polizei auch nach Eröffnung der Untersuchung mit ergänzenden Ermittlungen beauftragen. Sie erteilt ihr dazu schriftliche, in dringenden Fällen mündliche Anweisungen, die sich auf konkret umschriebene Abklärungen beschränken (Art. 312 Abs. 1 StPO). Bei Einvernahmen, welche die Polizei im Auftrag der Staatsanwaltschaft durchführt, haben die Verfahrensbeteiligten die Verfahrensrechte, die ihnen bei Einvernahmen durch die Staatsanwaltschaft zukommen (Art. 312 Abs. 2 StPO). Daraus folgt, dass die Parteien das Recht haben, bei Einvernahmen, welche die Polizei nach Eröffnung der Untersuchung im Auftrag der Staatsanwaltschaft durchführt, Fragen zu stellen (Urteil 6B_217/2015 vom 5. November 2015 E. 2.2, nicht publ. in: BGE 141 IV 423; vgl. auch BGE 139 IV 25 E. 4.3 S. 30).
Dieses spezifische Teilnahme- und Mitwirkungsrecht fliesst aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 107 Abs. 1 lit. b StPO). Es kann nur unter den gesetzlichen Voraussetzungen (vgl. Art. 108, Art. 146 Abs. 4 und Art. 149 Abs. 2 lit. b StPO; siehe auch Art. 101 Abs. 1 StPO) eingeschränkt werden. Beweise, die in Verletzung von Art. 147 Abs. 1 StPO erhoben worden sind, dürfen nicht zulasten der Partei verwertet werden, die nicht anwesend war (Art. 147 Abs. 4 StPO; vgl. zum Ganzen BGE 141 IV 220 E. 4 f. S. 227 ff.; 140 IV 172 E. 1.2.1 S. 174 f.; 139 IV 25 E. 4.2 S. 29 f.; je mit Hinweisen).
3.2.3. Die Vorinstanz äussert sich einzig zu den Aussagen der Beschwerdegegnerin 2. Sie erwägt, die Frage der Verwertbarkeit könne offen bleiben, da sie nicht auf die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vom 5. August 2014 abstelle. Vielmehr erachte sie die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Taten auch gestützt auf die übrigen Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 als erstellt (Urteil S. 13 E. 2.1.5).
3.2.4. Soweit ersichtlich trifft es zwar zu, dass die Vorinstanz ihr Beweisergebnis auf die von der Beschwerdegegnerin 2 nach dem 5. August 2014 getätigten Aussagen abstellt. Jedoch bezieht sie die Angaben der Beschwerdegegnerin 2, welche diese anlässlich der delegierten Einvernahme durch die Polizei am 5. August 2014 tätigte, wiederholt in ihre Beweiswürdigung ein. Da sie diese Aussage insbesondere herbeizieht um aufzuzeigen, dass die Angaben der Beschwerdegegnerin 2 konstant sind bzw. diese nicht aggraviere (Urteil S. 20 E. 2.1.7.3, S. 22 E. 2.1.7.3, S. 23 E. 2.1.7.4.2, S. 25 E. 2.1.7.4.4, S. 37 E. 4.2.1, S. 38 E. 4.2.2, S. 40 E. 5.3.1, S. 42 E. 6.3.1, S. 44 E. 7.2.1), wirkt sich dies zumindest mittelbar zulasten des Beschwerdeführers aus. Daran ändert nichts, dass die Vorinstanz wiederholt darauf hinweist, der Beschwerdeführer habe die Aussagen vom 5. August 2014 als unverwertbar gerügt. Die Art und Weise wie die Vorinstanz die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vom 5. August 2014 in ihre Beweiswürdigung einbezieht, stellt eine Verwertung zulasten des Beschwerdeführers im Sinne von Art. 147 Abs. 4 StPO dar. Sie hätte daher den Einwand des Beschwerdeführers, die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vom 5. August 2014 seien nicht verwertbar, prüfen müssen. Indem sie einerseits nicht auf dieses Vorbringen eingeht, andererseits jedoch die Aussagen wiederholt in ihre Beweiswürdigung einbezieht, verletzt sie das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers.
Die Vorinstanz wird folglich abzuklären haben, ob anlässlich der Einvernahme der Beschwerdegegnerin 2 vom 5. August 2014 die gesetzlichen Voraussetzungen vorlagen, das Teilnahme- und Mitwirkungsrecht des Beschwerdeführers einzuschränken. Unter Hinweis auf die Ausführungen der Beschwerdegegnerin 1 in ihrer Vernehmlassung, wonach zulässige Gründe für die Einschränkung des Teilnahmerechts bestanden hätten, ist anzumerken, dass es nicht Aufgabe des Bundesgerichts ist, hierüber erstmals zu befinden. Gelangt die Vorinstanz zum Schluss, dass das Teilnahme- und Mitwirkungsrecht des Beschwerdeführers nicht hätte eingeschränkt werden dürfen, darf sie die entsprechenden Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 nicht zulasten des Beschwerdeführers berücksichtigen (vgl. Art. 147 Abs. 4 StPO).
3.2.5. Aufgrund dieser Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör des Beschwerdeführers ist das angefochtene Urteil aufzuheben. Angesichts der Vielzahl der erhobenen Rügen, rechtfertigt es sich aus prozessökonomischen Gründen nachfolgend zumindest einen Teil davon zu behandeln.
3.3. Der Beschwerdeführer sieht seinen Konfrontationsanspruch verletzt. Einerseits genüge es nicht, dass er den Einvernahmen der Beschwerdegegnerin 2 nur indirekt folgen und ihr über seinen Verteidiger Ergänzungsfragen stellen konnte. Andererseits habe die Beschwerdegegnerin 2 die Vorwürfe in der Konfrontation weitgehend nur auf Vorhalte hin mehr oder weniger pauschal bestätigt. Die wenigen Aussagen, die sie gemacht habe, seien wenig detailliert und stereotyp, weshalb sich nicht sagen lasse, ob sie auf einem realen Erlebnishintergrund beruhten.
Es kann offenbleiben, ob auf die soweit ersichtlich erstmals vor Bundesgericht erhobene Rüge überhaupt einzutreten ist (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG), da diese unbegründet ist. Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 2 wurden nie direkt miteinander konfrontiert. Jedoch konnte der Beschwerdeführer sowohl am 27. August 2014 als auch an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung vom 15. April 2015 und der Berufungsverhandlung vom 21. Januar 2016 die Einvernahme der Beschwerdegegnerin 2 mittels Videoübertragung in einem Nebenraum mitverfolgen und ihr in der Folge über seinen Verteidiger Fragen stellen. Damit ist seinem Konfrontationsanspruch Genüge getan (vgl. Urteile 6B_653/2016 vom 19. Januar 2017 E. 1.3; 6B_492/2015 vom 2. Dezember 2015 E. 1.2 f., nicht publ. in: BGE 141 IV 437). Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, aufgrund der wenig detaillierten Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 lasse sich nicht sagen, ob sie auf einem realen Erlebnishintergrund beruhten, ist dies keine Frage des Konfrontationsrechts, sondern der Würdigung der Beweise (vgl. Urteile 6B_764/2015 vom 6. Januar 2016 E. 1.7.3; 6B_839/2013 vom 28. Oktober 2014 E. 1.4.2).
3.4. Unbegründet ist auch der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe mit der exorbitanten Kürzung des Honorars seines amtlichen Verteidigers sein Recht auf eine wirksame Verteidigung verletzt. Da die Vorinstanz erst in ihrem Urteil über die Höhe des Honorars für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren entschied, ist nicht ersichtlich, inwiefern sie dadurch eine wirksame Verteidigung während des Berufungsverfahrens erschwert haben soll. Ebenso wenig ist erkennbar, dass die Honorarkürzung Auswirkungen auf das Verfahren vor Bundesgericht hat; im Falle einer Gutheissung der Beschwerde oder des Gesuchs um unentgeltliche Verbeiständung legt das Bundesgericht die Entschädigung für den Verteidiger fest. Ob die Kürzung rechtmässig war, hat das Bundesstrafgericht zu entscheiden.
3.5. Der Beschwerdeführer rügt, bei der Vorinstanz habe von Anfang an ein Ausstandsgrund im Sinne von Art. 56 lit. f StPO vorgelegen, der jedoch erst mit der Vorlage des schriftlich begründeten Urteils in der nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung erforderlichen Deutlichkeit zutage getreten sei. Folglich sei sein Anspruch auf den verfassungsmässigen Richter verletzt.
Nach Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, die im einschlägigen Punkt dieselbe Tragweite aufweisen, hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unabhängigen und unparteiischen Gericht ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird (BGE 139 I 72 E. 2.2.1 S. 78, 121 E. 4.1 S. 123 f.). Die Garantie des verfassungsmässigen Gerichts ist verletzt, wenn bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (BGE 139 I 121 E. 4.1 S. 124; 135 I 14 E. 2 S. 15). Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten vorliegen, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Gerichts zu erwecken. Diese können namentlich in einem bestimmten Verhalten der Gerichtsperson begründet sein. Auf das bloss subjektive Empfinden einer Partei kann bei dieser Beurteilung nicht abgestellt werden. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen (BGE 142 III 521 E. 3.1.1 S. 536; 140 III 221 E. 4.1 S. 222 mit Hinweis). Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Verbot des Rechtsmissbrauchs muss ein echter oder vermeintlicher Ausstandsgrund so früh wie möglich, d.h. nach dessen Kenntnis bei erster Gelegenheit, geltend gemacht werden. Wer den Mangel nicht unverzüglich vorbringt, wenn er davon Kenntnis erhält, sondern sich stillschweigend auf ein Verfahren einlässt, verwirkt den Anspruch auf spätere Anrufung der angeblich verletzten Ausstandsbestimmung (BGE 140 I 271 E. 8.4.3 S. 275; 138 I 1 E. 2.2 S. 4; 136 I 207 E. 3.4 S. 211; je mit Hinweisen).
Nach Ansicht des Beschwerdeführers ist aufgrund des angefochtenen Urteils offensichtlich, dass die Vorinstanz von Beginn an eine vorgefasste Meinung gehabt habe. Der Beschwerdeführer hatte bereits am 23. April 2015 aus dem gleichen Grund ein Ausstandsbegehren gegen den Verfahrensleiter der Vorinstanz gestellt. Den abweisenden Beschluss der Vorinstanz vom 1. Juni 2015 focht er indessen nicht an, sondern liess sich auf das Berufungsverfahren ein. Damit verzichtete er auf die Geltendmachung seines Anspruchs. Nachdem die Vorinstanz nun zu seinen Ungunsten urteilte, kann er nicht auf sein Ausstandsbegehren zurückkommen. Daran ändert auch nichts, dass sich seines Erachtens die Befangenheit der Vorinstanz insbesondere aus der Art und Weise der Urteilsbegründung sowie den Umständen anlässlich der Berufungsverhandlung (erst auf 14.00 Uhr angesetzt, Abschluss des Beweisverfahrens erst nach Mitternacht, Wechsel in das schriftliche Verfahren) ergibt. Aus seiner Verurteilung kann nicht auf die Befangenheit der Richter geschlossen werden. Auch führen die Einwände des Beschwerdeführers nicht dazu, dass das Berufungsgericht nach der Rückweisung neu besetzt werden muss. Es steht jedoch sowohl der Vorinstanz als auch dem Beschwerdeführer frei, nach Art. 56 ff. StPO vorzugehen.
3.6. Soweit sich der Beschwerdeführer unter dem Titel "Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren im Allgemeinen" zu den angeblichen Verfehlungen der Beschwerdegegnerin 1 während des Vorverfahrens äussert, ist darauf mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs nicht einzutreten (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG). Auch auf die Kritik am Vorgehen der Beschwerdegegnerin 1 in den Verfahren gegen die Beschwerdegegnerin 2 und deren Bruder ist nicht einzugehen, da diese Verfahren nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sind. Im Weiteren ist die Kritik unbegründet, zumal der Beschwerdeführer grösstenteils seine bisherigen Vorbringen wiederholt.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung. Er macht geltend, die Vorinstanz verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und ihre Begründungspflicht, indem sie sich nicht mit dem erstinstanzlichen Urteil auseinandersetze. Zudem stelle sie den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig sowie unvollständig und in Verletzung des Willkürverbots sowie des Grundsatzes "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungs- und Beweislastregel fest. Bei der Würdigung der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 halte sich die Vorinstanz nicht an die inhaltsbasierte Aussageanalysemethodik. Weder führe sie einen intraindividuellen Strukturvergleich durch noch gehe sie von der Nullhypothese aus. Schliesslich weise sie seine Beweisanträge zu Unrecht ab und verletze damit seinen Gehörsanspruch.
4.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (BGE 141 IV 249 E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür: BGE 141 IV 305 E. 1.2 S. 308 f.; 140 III 16 E. 2.1 S. 18 f.; je mit Hinweisen).
Der Grundsatz "in dubio pro reo" besagt, dass die einer strafbaren Handlung beschuldigte Person bis zum gesetzlichen Nachweis ihrer Schuld als unschuldig gilt und sich das Strafgericht nicht von einem für sie ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel an der Erfüllung der tatsächlichen Voraussetzungen der angeklagten Tat bestehen (vgl. Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK; Art. 10 StPO; vgl. BGE 138 V 74 E. 7 S. 81 f.; Urteile 6B_253/2016 vom 29. März 2017 E. 1.3.2; 6B_476/2016 vom 23. Februar 2017 E. 3.1; je mit Hinweisen).
Das Gericht muss seinen Entscheid begründen. Die Begründung muss zumindest kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die es seinen Entscheid stützt. Dagegen wird nicht verlangt, dass sich die Begründung mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (vgl. BGE 142 II 49 E. 9.2 S. 65; 137 II 266 E. 3.2 S. 270; 136 I 229 E. 5.2 S. 236; je mit Hinweis).
Bedeutsam für die Wahrheitsfindung ist die Glaubhaftigkeit der konkreten Aussage, die durch methodische Analyse ihres Inhalts darauf überprüft wird, ob die auf ein bestimmtes Geschehen bezogenen Angaben einem tatsächlichen Erleben des Zeugen entspringen. Damit eine Aussage als zuverlässig gewürdigt werden kann, ist sie insbesondere auf das Vorhandensein von Realitätskriterien und umgekehrt auf das Fehlen von Phantasiesignalen zu überprüfen. Entscheidend ist, ob die aussagende Person unter Berücksichtigung der Umstände, ihrer intellektuellen Leistungsfähigkeit und der Motivlage eine solche Aussage auch ohne realen Erlebnishintergrund machen könnte. Methodisch wird die Prüfung in der Weise vorgenommen, dass das im Rahmen eines hypothesengeleiteten Vorgehens durch Inhaltsanalyse (aussageimmanente Qualitätsmerkmale, so genannte Realkennzeichen) und Bewertung der Entstehungsgeschichte der Aussage sowie des Aussageverhaltens insgesamt gewonnene Ergebnis auf Fehlerquellen überprüft und die persönliche Kompetenz der aussagenden Person analysiert werden. Dabei wird zunächst davon ausgegangen, dass die Aussage gerade nicht realitätsbegründet ist, und erst wenn sich diese Annahme (Nullhypothese) aufgrund der festgestellten Realitätskriterien nicht mehr halten lässt, wird geschlossen, dass die Aussage einem wirklichen Erleben entspricht und wahr ist (vgl. BGE 133 I 33 E. 4.3 S. 45 f.; 129 I 49 E. 5 S. 58 f.; 128 I 81 E. 2 S. 85 f.; Urteil 6B_793/2010 vom 14. April 2011 E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Die Prüfung der Glaubhaftigkeit von Aussagen ist primär Sache der Gerichte (Urteil 6B_200/2015 vom 7. Oktober 2015 E. 1.3).
4.3. Nach der Prüfung der (teilweisen) Verwertbarkeit der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vom 5. August 2014, wird die Vorinstanz die Beweiswürdigung neu vornehmen müssen (vgl. E. 3.2). Dabei muss sie auch die von ihr in antizipierter Beweiswürdigung abgewiesenen Beweisanträge des Beschwerdeführers erneut prüfen. Demnach erübrigt es sich vorliegend grundsätzlich die Kritik des Beschwerdeführers an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung detailliert zu behandeln. Weil jedoch die Einwände des Beschwerdeführers hinsichtlich der Vorgehensweise der Vorinstanz teilweise nicht von der Hand zu weisen sind, ist aus Gründen der Prozessökonomie auf einige problematische Punkte hinzuweisen. Dabei wird jedoch nur insoweit auf die vorinstanzliche Beweiswürdigung und die Rügen des Beschwerdeführers eingegangen, als es im jetzigen Verfahrensstadium geboten erscheint. Keinesfalls wird abschliessend beurteilt, ob die vorinstanzliche Beurteilung willkürlich ist oder den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt. Vielmehr liegt das Augenmerk auf dem Vorgehen der Vorinstanz und dem Aufbau der Urteilsbegründung.
Angesichts des Umfangs der Beschwerdeschrift rechtfertigen sich einige einleitende Bemerkungen: Nicht weiter einzugehen ist auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer darlegt, was die Vorinstanz insbesondere in prozessualer Hinsicht alles unerwähnt gelassen hat, ohne dabei aufzuzeigen, dass sie damit seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt oder in Willkür verfällt. Auf die theoretischen Ausführungen zu der inhaltsbasierten Aussageanalysemethodik wird einzig Bezug genommen, sofern dies bei der Behandlung der Rügen notwendig erscheint. Soweit der Beschwerdeführer lediglich seine Sicht der Dinge darlegt, ohne auf die vorinstanzliche Ausführungen einzugehen, genügt er den Begründungsanforderungen nicht, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
4.4. Unbegründet ist die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz verletzte seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und das Willkürverbot, indem sie sich nicht mit der umfassenden sowie differenzierten Beweiswürdigung und Begründung des Urteils des Bezirksgerichts, das ihn freisprach, auseinandersetzt. Aus der vorinstanzlichen Urteilsbegründung ergibt sich, von welchen Überlegungen sich die Vorinstanz leiten lässt und weshalb sie zur Ansicht gelangt, der Beschwerdeführer habe den angeklagten Sachverhalt erfüllt. Das Berufungsgericht verfügt über umfassende Kognition in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht (vgl. Art. 398 Abs. 2 und 3 StPO). Tritt es auf die Berufung ein, fällt es ein neues, den erstinstanzlichen Entscheid ersetzendes Urteil (vgl. Art. 408 StPO; BGE 141 IV 244 E. 1.3.3 S. 248; Urteil 6B_70/2015 vom 20. April 2016 E. 1.4.2; je mit Hinweisen), wobei es den Sachverhalt neu feststellen kann (Urteil 6B_1302/2015 vom 28. Dezember 2016 E. 4.2.1). Dabei muss sich das Berufungsgericht nicht zwingend mit der erstinstanzlichen Urteilsbegründung auseinandersetzen, obwohl dies vorliegend wünschenswert gewesen wäre. Die Vorinstanz war nicht an die Beweiswürdigung des Bezirksgerichts gebunden, weshalb die unterschiedlichen Sachverhaltsfeststellungen der kantonalen Instanzen (für sich) kein Beleg einer willkürlichen Beweiswürdigung sind (vgl. Urteil 6B_79/2016 vom 16. Dezember 2016 E. 1.4). Auch Art, Umfang und Qualität der vorinstanzlichen Urteilsbegründung lassen per se weder auf Willkür noch auf eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" schliessen.
4.5.
4.5.1. Im Zusammenhang mit dem Vorwurf, der Beschwerdeführer habe die Beschwerdegegnerin 2 im Zeitraum von Mitte/Ende April 2014 bis zirka Mitte Juni 2014 in der gemeinsamen Wohnung einmal im Wohnzimmer sowie mindestens viermal im Schlafzimmer gegen ihren Willen zum ungeschützten Geschlechtsverkehr gezwungen, gibt die Vorinstanz einleitend die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 vom 27. August 2014, 15. April 2015 und 21. Januar 2016 zusammengefasst wieder (Urteil S. 14 ff. E. 2.1.6). In der Folge analysiert sie diese (Urteil S. 17 ff. E. 2.1.7). Dabei führt sie aus, die Beschwerdegegnerin 2 habe die einzelnen Geschlechtsakte relativ knapp beschrieben. Angesichts ihres kulturellen Hintergrunds sowie der erlebten und noch zu befürchtenden Repressalien erscheine es jedoch nachvollziehbar, dass sie nicht gewillt gewesen sei, die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen sexuellen Handlungen bis ins letzte Detail zu beschreiben. Dennoch gehe aus ihren Schilderungen hervor, wie der Beschwerdeführer bei den Taten vorgegangen sein soll (Urteil S. 17 ff. E. 2.1.7.2). Daraufhin zieht die Vorinstanz bereits das Fazit, dass sie die sexuellen Übergriffe gestützt auf die Würdigung der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 als erstellt erachte (Urteil S. 19 E. 2.1.7.3).
Obwohl sie im Folgenden begründet, wie sie zu diesem Schluss gelangt (Urteil S. 19 ff. E. 2.1.7.3), sind die Einwände des Beschwerdeführers gegen das Vorgehen der Vorinstanz in mehrfacher Hinsicht berechtigt. Es trifft zu, dass sie sich nicht an die dargelegte Methodik der Aussagenanalyse hält: So legt sie ihrer Würdigung nicht die Nullhypothese zugrunde, sondern geht direkt davon aus, dass die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 wahr sind. Zwar ist ihre Feststellung, wonach es nachvollziehbar sei, dass die Beschwerdegegnerin 2 die vorgeworfenen sexuellen Handlungen nicht detailliert beschreiben wolle, grundsätzlich nicht zu beanstanden. Jedoch weist der Beschwerdeführer zu Recht daraufhin, dass sich dies nicht zu seinem Nachteil auswirken darf. Die Vorinstanz hätte einerseits prüfen müssen, ob die ihrer Ansicht nach "relativ knappe" Umschreibung der Geschlechtsakte durch die Beschwerdegegnerin 2 überhaupt einer Aussagenanalyse zugänglich sind; gegebenenfalls hätte sie sich zum Realkennzeichen des "Quantitativen Detailreichtums" äussern müssen. Die erste Instanz hielt hierzu fest, sie erachte den erforderlichen Detaillierungsgrad als nicht ausreichend (erstinstanzliches Urteil S. 26). Andererseits hätte sich ein Strukturvergleich aufgedrängt (vgl. LUDEWIG/TAVOR/BAUMER, Wie können aussagepsychologische Erkenntnisse Richtern, Staatsanwälten und Anwälten helfen?, in: AJP/PJA 11/2011, S. 1428). Diesbezüglich führte die erste Instanz aus, im Unterschied zu den Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 zum Umfeld und ihrer Wahrnehmung der Beziehung seien ihre konkreten Aussagen zum Tatvorwurf häufig sehr ungenau, dürftig und meist pauschal (erstinstanzliches Urteil S. 26 f.). Demgegenüber scheint die Vorinstanz davon auszugehen, die knappen Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 zum Kerngeschehen seien einer Aussagenanalyse zugänglich und ein Strukturvergleich unnötig. Hinzu kommt, dass sich die Vorinstanz nicht mit der Entstehungsgeschichte der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 auseinandersetzt. Ob dieses Vorgehen der Vorinstanz für sich allein den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt und willkürlich ist, braucht nicht abschliessend beurteilt zu werden, da sie die Beweiswürdigung neu vornehmen kann.
4.5.2. In der Folge beschäftigt sich die Vorinstanz mit den Argumenten des Beschwerdeführers, die seiner Meinung nach gegen die Glaubhaftigkeit der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 sprechen. Sie gelangt zum Schluss, dass seine Einwände unbegründet bzw. nicht geeignet sind, am Beweisergebnis etwas zu ändern (Urteil S. 23 ff. E. 2.1.7.4). Die Vorinstanz resümiert, gestützt auf die glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 sowie in Würdigung der gesamten Umstände erachte sie als erstellt, dass der Beschwerdeführer gegen deren Willen Geschlechtsverkehr mit der Beschwerdegegnerin 2 vollzogen hat (Urteil S. 26 E. 2.1.7.5). Die "gesamten Umstände" - bisher ging es einzig um die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 - umschreibt die Vorinstanz nicht näher. Erst nach diesem abschliessenden Fazit würdigt die Vorinstanz die Aussagen des Beschwerdeführers mit dem Ergebnis, dass diese an ihrer gestützt auf die glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 gewonnen Überzeugung nichts zu ändern vermögen. Diese seien bezüglich Nebensächlichkeiten zwar detailliert, hinsichtlich des Kerngeschehens erstreckten sie sich jedoch weitgehend in der schlichten Bestreitung der Vorwürfe bzw. in Gegenfragen und an die Beschwerdegegnerin 2 gerichtete Vorwürfe sowie Bezichtigungen (Urteil S. 26 E. 2.1.7.6). Diese Reihenfolge und die von der Vorinstanz gewählten Formulierungen erscheinen im Hinblick auf den Grundsatz "in dubio pro reo" als problematisch. Die Vorinstanz scheint gestützt auf die Würdigung der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 zu einem Beweisergebnis zu gelangen und prüft in der Folge einzig, ob die weiteren Beweise (die Aussagen des Beschwerdeführers sowie diverse Zeugenaussagen) geeignet sind, ihre Überzeugung zu ändern. Vielmehr müsste die Vorinstanz den Beweiswert aller vorhandenen Beweise einzeln beurteilen und im Rahmen einer abschliessenden Beweiswürdigung ein Beweisergebnis erarbeiten.
4.5.3. Die Vorinstanz erwägt zusammengefasst weiter, es sei nicht davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin 2 den Beschwerdeführer aus Rache angezeigt habe. Selbst wenn dem so wäre, würde dies mit Verweis auf die vorstehende Würdigung an der Glaubhaftigkeit ihrer Aussagen zu den Vergewaltigungsvorwürfen und der gewonnenen Überzeugung der Vorinstanz, dass es gegen den Willen der Beschwerdegegnerin 2 zu Geschlechtsverkehr mit dem Beschwerdeführer gekommen wäre, nichts ändern. Sie erachte eine Falschanzeige in Würdigung der vorliegenden Beweise als ausgeschlossen. Daran vermöchten auch die Ausführungen im Schreiben von B._ und dessen Aussagen anlässlich der Berufungsverhandlung, wonach die Beschwerdegegnerin 2 dem Beschwerdeführer damit gedroht habe, ihn ins Gefängnis zu bringen, wenn er weder den Laden auf sie überschreibe noch eine Zahlung von Fr. 150'000.-- leiste, nichts zu ändern. Letztlich könne offen bleiben, ob sie ihm tatsächlich mit einer Anzeige gedroht habe. Eine allfällige Drohung liesse jedenfalls nicht auf die Unglaubhaftigkeit ihrer Aussagen zum gegen ihren Willen erfolgten Geschlechtsverkehr mit dem Beschwerdeführer schliessen (Urteil S. 27 ff. E. 2.1.7.7).
Diese Erwägung der Vorinstanz erscheint in mehrfacher Hinsicht problematisch. Daraus ergibt sich nicht schlüssig, was die Vorinstanz mit "Racheanzeige" meint. Sollte sie hierunter eine Falschanzeige bzw. eine falsche Beschuldigung verstehen, wäre ihr Schluss, diese würde an ihrer Überzeugung nichts ändern, schlechterdings unhaltbar. Ferner begründet sie nicht näher, weshalb sie eine Falschanzeige ausschliesst. Zudem müsste sie die Entstehungsgeschichte der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 und damit auch allfällige Motive für eine Falschbelastung bereits bei der Würdigung deren Aussagen berücksichtigen. Der Beschwerdeführer hat vor Vorinstanz ausführlich aufgezeigt, welche Motive die Beschwerdegegnerin 2 seines Erachtens zu einer falschen Beschuldigung bewogen haben könnten, und auch seine Sicht der Umstände der Anzeigeerstattung dargelegt (Verteidigungsschrift vom 8. April 2015 Ziff. 34 ff., die der Beschwerdeführer als integrierenden Bestandteil der Berufungsantwort versteht). Wie er zutreffend einwendet, setzt sich die Vorinstanz mit seinen Argumenten nicht auseinander. Obwohl die Vorinstanz nicht auf alle Vorbringen der Parteien eingehen muss, wäre dies vorliegend unumgänglich bzw. sie müsste zumindest begründen, weshalb sie eine Falschanzeige ausschliesst. Indem sie dies unterlässt, verletzt sie den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör und ihre Begründungspflicht. Auch ihre Feststellung, eine allfällige Drohung der Beschwerdegegnerin 2 mit einer Anzeige, sollte der Beschwerdeführer ihr nicht entweder sein Geschäft überschreiben oder ihr Fr. 150'000.-- bezahlen, führe nicht zur Unglaubhaftigkeit ihrer Aussagen zum Kerngeschehen, ist unter Willkürgesichtspunkten bedenklich. Zwar mag zutreffen, dass eine Drohung mit einer Anzeige noch nicht bedeutet, dass die Vorwürfe erfunden und die Aussagen unglaubhaft sind. Jedoch bedarf die gegenteilige Annahme einer ausführlichen Begründung sowie der Auseinandersetzung mit den vorhandenen Beweisen, zumal der Beschwerdeführer unter anderem geltend macht, die Beschwerdegegnerin 2 habe ihn angezeigt, weil er ihr nicht die Hälfte seines Geschäfts überschrieben bzw. Fr. 150'000.-- bezahlt habe. Die Vorinstanz wird - allenfalls nach Abnahme weiterer Beweise - beurteilen müssen, ob sie die vom Beschwerdeführer behaupteten Umstände, welche die Beschwerdegegnerin 2 allenfalls zu einer falschen Anschuldigung bewogen haben könnten, für erstellt erachtet. Sollte dies der Fall sein, wird sie diese Umstände im Rahmen der Beurteilung der Entstehungsgeschichte der Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 berücksichtigen müssen.
4.5.4. Abschliessend äussert sich die Vorinstanz zu den Beweisanträgen des Beschwerdeführers und weist diese mehrheitlich mit der Begründung ab, es seien keine das Beweisergebnis erschütternden Rückschlüsse auf den gegen den Willen der Beschwerdegegnerin 2 erfolgten Geschlechtsverkehr mit dem Beschwerdeführer zu erwarten (Urteil S. 28 ff. E. 2.1.7.7 ff., S. 31 ff. E. 2.1.7.10). Begründet ist der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe seinen Antrag auf Einvernahme der Frau, die bei den Gesprächen zwischen ihm und der Beschwerdegegnerin 2 zur Regelung der Trennungsfolgen dabei gewesen sei, nicht behandelt. Dies hat die Vorinstanz nachzuholen. Unbegründet ist das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe seinen Antrag auf Beizug der Akten des Strafverfahrens gegen den ehemaligen Ehemann der Beschwerdegegnerin 2 zu Unrecht abgewiesen. Es ist nicht schlechterdings unhaltbar, wenn die Vorinstanz erwägt, aus einer allfälligen falschen Anschuldigung der Beschwerdegegnerin 2 gegen ihren damaligen Ehemann könne nicht auf eine falsche Anschuldigung im vorliegenden Verfahren geschlossen werden (Urteil S. 33 f. E. 2.1.7.12). Über die Anträge auf Einvernahme von C._ sowie auf Beizug der ausländerrechtlichen Akten und der Akten der Sozialhilfebehörden über die Beschwerdegegnerin 2 wird die Vorinstanz erneut zu befinden haben, wenn sie sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers hinsichtlich einer allfälligen Falschbeschuldigung auseinandersetzt (vgl. E. 4.5.3; Urteil S. 28 f. E. 2.1.7.7). Gleiches gilt hinsichtlich des Antrags, es sei der die Beschwerdegegnerin 2 behandelnde Psychiater als Zeuge zu befragen und bei diesem seien sämtliche medizinischen Unterlagen der Beschwerdegegnerin 2 einzuholen. Zwar ist nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz erwägt, selbst wenn die Beschwerdegegnerin 2 nach Einschätzung ihres Psychiaters Motive für eine Falschanzeige gehabt hätte, sei nicht ausgeschlossen, dass sie die Vergewaltigungen dennoch tatsächlich erlebt habe. Wie dargelegt, darf die Vorinstanz jedoch nicht zur Überzeugung gelangen, die Anklagevorwürfe seien erstellt, ohne sich mit den Argumenten des Beschwerdeführers für eine Falschbelastung auseinanderzusetzen. Nicht zu überzeugen vermag jedenfalls ihre Begründung, die Beschwerdegegnerin 2 könne nicht zur Abgabe der Entbindungserklärung verpflichtet werden und im Falle einer freiwilligen Entbindung wären keine den Beschwerdeführer entlastenden Momente zu erwarten (Urteil S. 32 f. E. 2.1.7.11).
Der Beschwerdeführer argumentiert, die Vorinstanz hätte seinen Antrag auf erneute Befragung von D._ willkürlich abgewiesen. Die Vorinstanz hätte deren Aussagen, die nach der Wertung des Bezirksgerichts keineswegs mit den Angaben der Beschwerdegegnerin 2 übereinstimmten, nicht uminterpretieren dürfen, ohne die Zeugin selbst zu befragen. Nach der Würdigung der Aussagen von D._ gelangt die Vorinstanz zum Schluss, diese widersprächen den Angaben der Beschwerdegegnerin 2 nicht und vermöchten an der Überzeugung der Vorinstanz nichts zu ändern. Aus der erneuten Einvernahme der Zeugin seien keine neuen tatrelevanten Erkenntnisse zu erwarten (Urteil S. 30 f. E. 2.1.7.9). Die Rüge des Beschwerdeführers ist unbegründet. Die Vorinstanz ist nicht an die Beweiswürdigung der ersten Instanz gebunden (vgl. E. 4.4). Es steht ihr frei, eine Aussage anders zu würdigen als die erste Instanz. Hierfür musste sie die Zeugin nicht selbst befragen, zumal der Beschwerdeführer nicht geltend macht, die Voraussetzungen von Art. 343 Abs. 3 (i.V.m. Art. 405 Abs. 1) StPO lägen vor. Ob die vorinstanzliche Würdigung frei von Willkür ist, ist vorliegend nicht zu beurteilen.
4.6. Insgesamt erweisen sich die Rügen des Beschwerdeführers am vorinstanzlichen Vorgehen bei der Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung als teilweise begründet. Die Vorinstanz wird die Beweiswürdigung unter Berücksichtigung der vorstehenden Erwägungen neu vornehmen müssen.
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 sowie 2 BGG). Da der Beschwerdeführer im Eventualbegehren eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz verlangt und damit durchdringt, rechtfertigt es sich, ihm keine Kosten aufzuerlegen. Auch dem Kanton Aargau (vgl. Art. 66 Abs. 4 BGG) und der Beschwerdegegnerin 2, der mit Verfügung vom 27. April 2017 für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gewährt wurde, sind keine Kosten aufzuerlegen. Der Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin 2 ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.
Die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung befreit nicht von der Bezahlung der Parteientschädigung (BGE 122 I 322 E. 2c S. 324 f.), weshalb der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren von der Beschwerdegegnerin 2 und dem Kanton Aargau zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftung angemessen zu entschädigen ist (Art. 68 Abs. 2 und 4 i.V.m. Art. 66 Abs. 5 BGG). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Die von diesem eingereichte Honorarnote erscheint überhöht. Kommt hinzu, dass auf mehrere Rügen nicht eingetreten wird oder diese abgewiesen werden. Die hierauf entfallenden Kosten haben die Gegenparteien nicht zu tragen. Mit Blick auf den nach der Aktenlage gebotenen Aufwand erweist sich eine pauschale Entschädigung von Fr. 3'000.-- als angemessen. Damit wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. Mai 2016 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Aargau und die Beschwerdegegnerin 2 haben den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Advokat Dr. Andreas Noll, für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftung mit je Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.
Dem Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin 2 wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'347.15 ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juni 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres