Faits :
A.
Par ordonnance du 25 septembre 2008, le Procureur général de la République et canton de Genève a classé la procédure ouverte contre X._, notamment pour contrainte sexuelle, viol et actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement et de résistance, en raison de la prescription pénale.
B.
Par ordonnance du 5 novembre 2008, la Chambre d'accusation de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours formé par X._ contre cette ordonnance.
C.
Par arrêt du 19 mars 2009 (réf. 6B_1000/2008), le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par X._ contre l'ordonnance du 5 novembre 2008.
D.
Par arrêt du 28 octobre 2014 (réf. 60101/09), la Deuxième section de la Cour européenne des droits de l'homme a déclaré la requête formée par X._ pour violation de l'art. 6 par. 2 CEDH recevable, dit qu'il y avait eu violation de cette disposition et que la Suisse devra verser à X._ 12'000 EUR pour dommage moral et 15'000 EUR pour frais et dépens, plus tout montant pouvant être dû à titre d'impôt. Elle a rejeté la demande de satisfaction équitable pour le surplus.
E.
X._ forme une demande en révision auprès du Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt 6B_1000/2008 et à la réforme de l'ordonnance de la Chambre d'accusation en ce sens que le classement de la procédure l'est uniquement par cause de prescription, la motivation de celui-ci reposant exclusivement sur cette dernière. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt 6B_1000/2008 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale en l'invitant à statuer dans le sens des considérants de l'arrêt à intervenir.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'art. 41 CEDH confère à la Cour européenne des droits de l'homme (ci-après: CourEDH) la compétence d'accorder une satisfaction équitable à la partie lésée lorsque le droit interne de l'Etat mis en cause ne permet d'effacer qu'imparfaitement les conséquences de la violation constatée. Le versement d'une telle indemnité ne libère toutefois pas forcément l'Etat concerné de son obligation, prévue à l'art. 46 CEDH, de se conformer aux arrêts de la CourEDH. L'Etat défendeur, reconnu responsable d'une violation de la CEDH ou de ses protocoles, est en effet appelé non seulement à verser aux intéressés les sommes allouées à titre de satisfaction équitable, mais aussi à choisir, sous le contrôle du Comité des Ministres, les mesures générales et/ou, le cas échéant, individuelles à adopter dans son ordre juridique interne, afin de mettre un terme à la violation constatée par la CourEDH et d'en effacer autant que possible les conséquences. L'objectif est de replacer le requérant dans la situation dans laquelle il se trouverait s'il n'y avait pas eu manquement aux exigences de la CEDH (principe de la restitutio in integrum; cf., parmi d'autres références, arrêt CourEDH Verein gegen Tierfabriken Schweiz [VgT] c. Suisse du 4 octobre 2007, par. 85 et les nombreux arrêts cités; ATF 137 I 86 consid. 3.1 p. 89; HERTIG RANDALL/RUEDIN, L'exécution des arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme à la lumière de l'arrêt Verein gegen Tierfabriken Schweiz [VGT] c. Suisse du 4 octobre 2007, in PJA 2008, p. 651 ss, p. 659).
L'Etat défendeur reste libre en principe, sous le contrôle du Comité des Ministres, de choisir les moyens de s'acquitter de ses obligations au titre de l'art. 46 par. 1 CEDH, pour autant que ces moyens soient compatibles avec les conclusions contenues dans l'arrêt de la CourEDH (arrêt CourEDH Verein gegen Tierfabriken Schweiz précité, par. 88; ATF 137 I 86 consid. 3.1 p. 89). Cette obligation a été concrétisée en droit suisse par l'art. 122 LTF.
1.2. Aux termes de cette disposition, la révision d'un arrêt du Tribunal fédéral pour violation de la CEDH peut être demandée aux conditions cumulatives suivantes: la CourEDH a constaté, dans un arrêt définitif, une violation de la CEDH ou de ses protocoles (let. a), une indemnité n'est pas de nature à remédier aux effets de la violation (let. b) et la révision est nécessaire pour remédier aux effets de la violation (let. c).
1.2.1. La procédure de révision auprès du Tribunal fédéral se déroule en plusieurs phases. Tout d'abord, le Tribunal fédéral examine la recevabilité de la requête. S'il l'estime recevable, il entre alors en matière. S'il juge ensuite la requête fondée, il l'admet et rend successivement deux décisions distinctes, même s'il le fait en règle générale dans un seul arrêt: par la première, dénommée le rescindant, il annule l'arrêt formant l'objet de la demande de révision; par la seconde, appelée le rescisoire, il statue sur le recours dont il avait été précédemment saisi. La décision d'annulation met fin à la procédure de révision proprement dite et entraîne la réouverture de la procédure antérieure. Elle sortit un effet ex tunc, si bien que le Tribunal fédéral et les parties sont replacés dans la situation où ils se trouvaient au moment où l'arrêt annulé a été rendu, la cause devant être tranchée comme si cet arrêt n'avait jamais existé (arrêt 1F_1/2007 du 30 juillet 2007 consid. 3.3 avec la référence, publié in PJA 2008, p. 228 ss).
1.2.2. La recevabilité de la requête de révision fondée sur l'art. 122 LTF est subordonnée au fait qu'elle soit déposée devant le Tribunal fédéral au plus tard 90 jours après que l'arrêt de la CourEDH est devenu définitif au sens de l'art. 44 CEDH (art. 124 al. 1 let. c LTF). Le requérant doit de plus avoir la qualité pour former une telle requête et, notamment, disposer d'un intérêt actuel digne de protection à la révision de la décision entreprise (arrêts 5F_2/2015 du 26 février 2015 consid. 1.1; 2F_12/2014 du 12 février 2015 consid. 1.2). Il doit avoir un intérêt particulier et actuel à la modification de la décision dont est révision, laquelle doit être susceptible de lui assurer le succès escompté (ATF 114 II 189 consid. 2 p. 190). La condition de l'intérêt actuel fait par exemple défaut dans le cas d'une demande de révision contre un arrêt d'extradition lorsque celui-ci a été exécuté et que le requérant a été condamné à l'étranger (arrêt 4A_596/2008 du 6 octobre 2009 consid. 3.5, publié in RSDIE 2011, p. 349 ss [rés.]).
1.2.3. Sur le fond, la constatation d'une violation de la CEDH et notamment de son art. 6 ne commande pas à elle seule la révision de la décision portée devant la CourEDH (cf. ATF 137 I 86 consid. 3.2.1 p. 90; arrêts 6F_25/2015 du 6 octobre 2015 consid. 2; 2F_24/2012 du 21 juin 2013 consid. 3.2; HERTIG RANDALL/RUEDIN, op. cit., p. 660). Les conditions posées par l'art. 122 LTF doivent être cumulativement remplies.
S'agissant des conditions posées par l'art. 122 let. b et c LTF, le Tribunal fédéral a jugé que lorsque la CourEDH a accordé une satisfaction équitable au sens de l'art. 41 CEDH qui compense les conséquences de la violation de la CEDH, il n'y a plus matière à révision de l'arrêt du Tribunal fédéral. Celle-ci demeure cependant possible si elle est appropriée et nécessaire pour éliminer, dans le cadre de la procédure initiale, les effets préjudiciables concrets de la violation qui subsistent en dépit de la compensation financière. S'il s'agit d'intérêts matériels pour lesquels la violation de la CEDH pourrait en principe être intégralement réparée par un dédommagement, mais que la CourEDH l'a refusé en raison de l'absence d'un dommage ou parce qu'elle ne s'est pas prononcée sur l'existence d'un dommage faute d'une demande dans ce sens, la révision par le Tribunal fédéral n'entre plus en considération (ATF 137 I 86 consid. 3.2.2 p. 90 s. et les références citées; arrêt 4F_15/2014 du 11 novembre 2015 consid. 2.2.2 destiné à la publication).
Selon la jurisprudence, la révision est nécessaire pour remédier aux effets de la violation constatée lorsque la procédure devant le Tribunal fédéral aurait eu ou pu avoir une issue différente, c'est-à-dire dans la mesure où la violation a privé le requérant d'une chance réelle d'obtenir une décision favorable. Dans cette mesure seulement, la violation engendre des effets préjudiciables persistants, qui doivent en vertu de l'art. 122 let. c LTF être combattus par la reprise de la procédure initiale (ATF 137 I 86 consid. 3.2.3 p. 91 et consid. 7.3.1 p. 97, confirmé par l' arrêt 4F_15/2014 du 11 novembre 2015 consid. 2.3 destiné à la publication).
De la sorte, les irrégularités de procédure ne constituent un motif de révision que si elles ont été déterminantes pour la solution au fond (PIERRE FERRARI, in Commentaire de la LTF, 2ème éd. 2014, n° 13 ad art. 122 LTF). L'adéquation de la révision comme réponse aux effets de la violation constatée dépend en définitive de la nature de la violation de la CEDH. Il incombe au requérant d'exposer la nécessité de la révision requise (ELISABETH ESCHER, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2ème éd. 2011, n° 6 ad art. 12; FERRARI, op. cit., n° 11 ad art. 122 LTF).
2.
Par arrêt du 28 octobre 2014, la CourEDH a examiné les termes en lesquels l'ordonnance de classement du 25 septembre 2008 avait été rédigée et considéré qu'ils ne laissaient aucun doute sur l'opinion du Procureur général quant à la culpabilité du requérant. Le contenu de cette ordonnance n'avait pas été désapprouvé par les autorités de recours, qui avaient rejeté successivement les recours du requérant. Ce contenu avait été repris dans la presse. Il avait de plus eu un poids important dans la procédure canonique ouverte le 21 janvier 2008 au plus tard par le Diocèse de Lausanne, Genève et Fribourg (ci-après: le Diocèse) contre le requérant pour soupçons d'abus sexuels. La CourEDH a ainsi estimé qu'il ne faisait pas de doute que la réputation du requérant avait été lourdement affectée par le fait que l'ordonnance de classement avait été rendue publique. Elle a conclu que la motivation de cette ordonnance, confirmée en substance par la Chambre d'accusation et le Tribunal fédéral, avait méconnu le principe de la présomption d'innocence consacré par l'art. 6 par. 2 CEDH.
Le requérant avait été licencié par le Diocèse avant l'ordonnance de classement du 25 septembre 2008 et la procédure canonique précitée dérivait d'une décision canonique indépendante. Par conséquent et nonobstant qu'il y avait eu des références à cette ordonnance dans certains actes relevant de la procédure canonique, la CourEDH a nié l'existence d'un lien de causalité entre la violation constatée et le dommage matériel allégué par le requérant et résultant des salaires qu'il aurait dû toucher après la notification de l'ordonnance de classement. La CourEDH a en revanche accordé au requérant 12'000 EUR au titre du préjudice moral et 15'000 EUR pour ses frais et dépens engagés devant les juridictions internes et devant la CourEDH. Elle a rejeté la demande de satisfaction équitable pour le surplus.
3.
Tel que motivé, l'intérêt formulé par le requérant à obtenir la révision de l'arrêt 6B_1000/2008 touche à la fois aux conditions de recevabilité de la requête, à savoir la qualité pour requérir une révision, et au bien-fondé de dite révision. Au vu du sort du recours, cet intérêt peut être abordé dans le cadre de l'examen au fond.
3.1. La demande de révision a été déposée en temps utile au sens de l'art. 124 al. 1 let. c LTF. La CourEDH a constaté, dans un arrêt définitif, une violation de la CEDH au sens de l'art. 122 let. a LTF.
3.2. Au vu des indemnités accordées et refusées par la CourEDH et conformément à la jurisprudence exposée ci-dessus ad consid. 1.2.3, la révision demandée ne peut être admise que si des effets préjudiciables concrets de la violation subsistent en dépit de la compensation financière accordée et si la révision est appropriée et nécessaire pour les éliminer (cf. art. 122 let. a et b LTF).
3.3. Que le requérant ait été touché dans sa personnalité par l'ordonnance de classement, à l'époque où celle-ci a été rendue publique, et par la procédure de recours qui a abouti à l'arrêt 6B_1000/2008, au moment de celle-ci, constitue un effet passé et antérieur à l'arrêt de la CourEDH. Il ne s'agit ainsi pas d'un effet " persistant " de la violation, propre à justifier une révision.
3.4. Que deux arrêts, celui du Tribunal fédéral et celui de la CourEDH, coexistent ou que les décisions suisses soient toujours en force ne justifient pas à eux seuls la révision, sauf à annuler tout arrêt du Tribunal fédéral après constatation de violation par la CEDH, ce qui va à l'encontre de la jurisprudence citée supra ad consid. 1.2.3.
3.5. Le requérant invoque que les décisions suisses seraient toujours exécutoires. Celles-ci ne prononcent ni peine ni mesure susceptible d'être exécutée. L'ordonnance du 25 septembre 2008 prononce au contraire un classement au bénéfice du requérant. L'ordonnance de la Chambre d'accusation et l'arrêt du Tribunal fédéral condamnent certes le requérant aux paiements des frais judiciaires (respectivement 1060 fr. et 1000 fr.). Le requérant s'étant vu octroyer par la CourEDH 15'000 EUR au titre des frais et dépens engagés devant les juridictions internes et devant elle, la révision de l'arrêt 6B_1000/2008 ne saurait se fonder sur le fait que les décisions suisses ont mis des frais à sa charge.
3.6. Le requérant estime que l'arrêt de la CourEDH n'a pas eu l'effet escompté, soit le blanchir, le réhabiliter. Un constat par une autorité interne serait en plus nécessaire afin d'atteindre ce but.
Le requérant mélange ici deux choses radicalement différentes: le constat que les accusations portées à son encontre sont fausses et celui que la présomption d'innocence a été enfreinte. Cette garantie, consacrée à l'art. 6 par. 2 CEDH, signifie que «toute personne accusée d'une infraction est présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité ait été légalement établie». Elle se trouve méconnue si une déclaration officielle concernant un prévenu reflète le sentiment qu'il est coupable, alors que sa culpabilité n'a pas été préalablement légalement établie. Il suffit, même en l'absence de constat formel, d'une motivation donnant à penser que le magistrat considère l'intéressé comme coupable (cf. arrêt CourEDH du 28 octobre 2014 précité, par. 31 et les références). Le respect de la présomption d'innocence signifie en l'espèce, comme cela a été constaté par la CourEDH, que l'autorité de poursuite aurait dû s'abstenir d'indiquer dans la motivation de son ordonnance de classement des passages laissant clairement penser qu'elle estimait que le requérant était coupable des actes dénoncés. Elle ne signifie en revanche aucunement qu'à défaut de pouvoir établir la culpabilité du requérant, les autorités pénales devraient ou auraient dû constater qu'il avait été accusé injustement. La requête de révision ne saurait être admise afin d'obtenir un tel constat, dépassant largement celui posé par la CourEDH.
3.7. Le requérant soutient que l'accusation contenue dans l'ordonnance du Procureur général est "assimilable à une condamnation" (recours, p. 15). L'ordonnance précitée prononce le classement de la procédure pénale à raison de la prescription. La CourEDH a retenu que la motivation de cette ordonnance violait la présomption d'innocence. Le Tribunal fédéral n'a pas à confirmer, avec pour seule justification d'y procéder sur le plan national, le constat de violation posé par la CourEDH. L'arrêt de cette autorité suffit.
3.8. Le requérant invoque comme effets persistants les difficultés qu'il rencontre toujours dans la manière dont il est traité par l'Eglise catholique, la première procédure canonique menée à son encontre et les sanctions prévues par celle-ci n'ayant pas été annulées et une seconde procédure canonique ayant été ouverte contre lui en 2015.
3.8.1. Comme la CourEDH l'a expressément dit, ces procédures sont indépendantes de la procédure pénale ayant abouti à l'arrêt 6B_1000/2008 (arrêt CourEDH du 28 octobre 2014 précité, par. 44). Cette indépendance entre les procédures canoniques et la procédure pénale ressort encore clairement des pièces produites par le requérant: ces procédures canoniques sont régies par une réglementation distincte (le Code de droit canonique, ci-après: CIC), qui prévoit des infractions, des procédures, des autorités et des sanctions distinctes de celles prévues par le droit interne suisse.
La première procédure canonique avait d'ailleurs déjà été ouverte, lorsque l'Official du Diocèse informa le Procureur général, le 21 janvier 2008, de celle-ci (arrêt CourEDH du 28 octobre 2014 précité, par. 6). Le requérant avait recouru auprès de l'évêque diocésain afin d'obtenir que la première procédure canonique - un procès administratif pénal au sens des canons 1720 ss CIC - soit abandonnée au profit d'un procès pénal. Par décret du 16 mars 2010, son recours avait été rejeté au motif que la procédure était imposée par la Congrégation pour la Doctrine de la Foi (pièce 8, p. 4), élément confortant l'indépendance des deux procédures. Au demeurant, il ressort des pièces invoquées par le requérant à l'appui de sa demande de révision que lors de la première procédure canonique l'autorité de première instance religieuse a procédé à une enquête complète et a administré librement les preuves qu'elle estimait utiles. Elle a ensuite procédé à une libre appréciation des preuves à sa disposition pour statuer sur la réalisation ou non par le requérant des délits sanctionnés par le CIC dont il était soupçonné. Cette première procédure religieuse était ainsi bien indépendante de la procédure pénale initiée par la suite.
Rien ne permet de considérer que les choses en iraient différemment s'agissant de la seconde procédure administrative canonique ouverte en janvier 2015.
3.8.2. Au vu de ce qui précède, on ne saurait considérer que la non-annulation de la première procédure canonique et l'ouverture de la seconde procédure canonique seraient des effets persistants des déclarations du Procureur général considérées comme contraires à l'art. 6 par. 2 CEDH ou de la procédure ayant abouti à l'arrêt 6B_1000/2008. On ne voit au demeurant pas, au vu de l'indépendance des procédures concernées, que le constat par le Tribunal fédéral ou l'autorité cantonale, en plus de celui posé par la CourEDH, d'une violation de l'art. 6 par. 2 CEDH, puisse remédier à de tels effets, soit conduire les autorités religieuses à revenir sur les procédures canoniques dirigées contre le requérant.
3.9. Le requérant se plaint d'une publication dans le Journal A._ l'accusant nommément en novembre 2014. Faute d'avoir produit l'article en question, il ne peut rien en tirer à l'appui de sa requête de révision. Il en va de même de tous les faits que le requérant cite sans produire de preuve à l'appui de leur existence.
3.10. Le requérant n'allègue pas que l'arrêt dont il demande la révision aurait d'autres effets prétendument persistants. Les conditions de la révision ne sont par conséquent pas réunies, de sorte que la requête de révision doit être rejetée.
4.
Il résulte de ce qui précède que la demande de révision est rejetée, aux frais du requérant qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
La demande de révision est rejetée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du requérant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 26 mai 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod