Erwägungen:
1.
1.1. A._ mietete im Hafen der Stadt Arbon, in der er bis im Februar 2012 seinen Wohnsitz hatte, einen Bootsliegeplatz. Ende 2015 beschloss der Stadtrat der Gemeinde Arbon eine generelle, 15%-ige Erhöhung der jährlichen Mietzinse für die Bootsliegeplätze. A._ erhob dagegen bei der Gemeinde Rekurs, welcher abgewiesen wurde. Danach gelangte er erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau.
1.2. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 27. Januar 2017 beantragt A._ dem Bundesgericht, den verwaltungsgerichtlichen Entscheid vom 30. November 2016, den Rekursentscheid der Gemeinde und deren Mieterhöhungsbeschluss von Ende 2015 aufzuheben.
1.3. Es ist auf die Einholung von behördlichen Vernehmlassungen verzichtet worden. Die Angelegenheit ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 109 BGG zu beurteilen.
2.
2.1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher Endentscheid einer oberen kantonalen Gerichtsbehörde in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, 90 BGG). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, ist als Abgabepflichtiger durch das angefochtene Urteil besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; er ist daher zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf sein fristgerecht (vgl. Art. 100 BGG) eingereichtes Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten.
2.2. Das gilt jedoch nicht insoweit, als der Beschwerdeführer auch die Aufhebung des Rekursentscheids der Gemeinde und deren Mieterhöhungsbeschluss von Ende 2015 beantragt. Die Beschwerde ist nur gegen letztinstanzliche kantonale Akte zulässig (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Das Urteil des Verwaltungsgericht hat den Rekursentscheid und den vorausgegangenen Beschluss der Gemeinde ersetzt (sog. Devolutiveffekt; vgl. u.a. BGE 134 II 142 E. 1.4 S. 144).
2.3. Abgesehen von Art. 95 lit. c (kantonale verfassungsmässige Rechte) und lit. d BGG (kantonale Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht) kann das Bundesgericht die Verletzung von kantonalem oder kommunalem Recht als solche nicht prüfen (BGE 136 I 241 E. 2.5.2 S. 250). Wird die Anwendung kantonalen (Gesetzes-) Rechts gerügt, kann nur geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundes- oder Völkerrecht (Art. 95 lit. a und b BGG). Darunter fallen im Wesentlichen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze der Bundesverfassung (BGE 137 V 143 E. 1.2 S. 145; 134 II 349 E. 3 S. 351). Im Ergebnis prüft das Bundesgericht die Anwendung kantonalen Rechts hauptsächlich auf die Verletzung des Willkürverbots hin (BGE 138 I 225 E. 3.1 S. 227 f.; 136 I 241 E. 2.4 S. 249).
3.
Hier ist nicht ersichtlich, inwiefern die vorgenommene Mietzinserhöhung verfassungswidrig sein könnte.
3.1. Das Verwaltungsgericht hat festgehalten, dass die 15%-ige Erhöhung im konkreten Einzelfall schon deshalb rechtens war, weil gegenüber dem Beschwerdeführer seit seinem Wegzug von Februar 2012 eigentlich gar nicht mehr der Tarif für Ortsansässige hätte zur Anwendung gebracht werden dürfen; stattdessen hätte ein Betrag gefordert werden müssen, der sich auf 150% des Tarifs für Einheimische belaufen hätte (im Fall einer Eignergemeinschaft des Beschwerdeführers mit seiner weiterhin in der Stadt ansässigen Schwester, gemäss Art. 15 lit. b des anwendbaren Hafenreglements) oder sogar auf das Doppelte des Ansatzes für Schiffhalter mit Wohnsitz in der Gemeinde (falls die Eignergemeinschaft mit der Schwester nur pro forma bestanden haben sollte, wofür vieles sprach).
3.2. In diesen Erwägungen der Vorinstanz erblickt der Beschwerdeführer einen Verstoss gegen das Gebot rechtsgleicher Behandlung gemäss Art. 8 BV und dasjenige von Treu und Glauben laut Art. 9 BV. Eine solche Sichtweise vermag aber klarerweise nicht zu überzeugen.
3.2.1. Um zulässig zu sein, muss die Unterscheidung zwischen einheimischen und auswärtigen Mietern von Bootsliegeplätzen zumindest im vorliegend zu beurteilenden Fall nicht darauf beruhen, dass die einen in der Gemeinde steuerpflichtig sind und somit im Gegensatz zu den anderen zu den Kosten der örtlichen Infrastrukturen beitragen. So erübrigt sich, weiter auf die Argumentation des Beschwerdeführers einzugehen, wonach die Kosten für die Erweiterung des Bootshafens direkt über die Mietgebühren finanziert worden seien. Ebenso wenig kommt es darauf an, ob - wie im vom Beschwerdeführer zu Unrecht angerufenen BGE 101 Ia 182 - die einen Schiffshalter mehr als die anderen für die Ausrüstungs- und Interventionskosten (u.a. diejenigen der Seepolizei) aufkommen.
3.2.2. Entscheidend ist hier vielmehr, dass die Bootsliegeplätze im örtlichen Hafen beschränkt sind und sowohl für Einheimische wie Auswärtige eine Warteliste besteht (Art. 3 der Hafenordnung). Einen gänzlichen Ausschluss ortsfremder Bewerber sehen Hafenordnung und -reglement nicht vor. Sie enthalten Bestimmungen, welche die Einheimischen gegenüber den Auswärtigen besser stellen, aber auch andere Regeln, welche beide Kategorien gleich behandeln. Im Rahmen dieser differenzierten Gesamtordnung, mit welcher der Beschwerdeführer sich nicht näher auseinandersetzt, und angesichts des konkret problematischen Verhältnisses zwischen Angebot und Nachfrage, gibt es durchaus vernünftige Gründe dafür, die von ortsansässigen und -fremden Schiffshaltern verlangten Mietbeträge unterschiedlich festzulegen, selbst im hier zu beurteilenden Ausmass. Solche Unterscheidungen vermögen vor Art. 8 BV ohne weiteres standzuhalten.
3.2.3. Zu Unrecht beruft sich der Beschwerdeführer ausserdem auf eine schriftliche Abmachung, die er im Hinblick auf seinen bevorstehenden Wegzug mit einem Vertreter der Stadt geschlossen hatte, wonach er in Bezug auf seinen Bootsliegeplatz weiterhin wie ein Ortsansässiger behandelt werde. Der angefochtene Entscheid laufe dieser Abmachung zuwider und stelle einen Verstoss gegen Treu und Glauben dar.
Ein solcher Gutglaubensschutz scheidet hier aber aus. Dem offensichtlich rechtskundigen Beschwerdeführer musste von vornherein bewusst sein, dass die von ihm erwirkte Abmachung nur dazu führen konnte, die allgemeine Gültigkeit und so die auch ihm gegenüber zwingende Regelung im Hafenreglement zu unterlaufen, was eine Schutzwürdigkeit von allem Anfang an ausschloss.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit sie sich als zulässig erweist (vgl. oben E. 2.2), und wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. August 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Matter