Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ am 15. September 2015 des Raubs, des mehrfachen Diebstahls, des mehrfachen Fahrens ohne Berechtigung, der Entwendung eines Motorfahrzeugs zum Gebrauch, des mehrfachen Hausfriedensbruchs, der unrechtmässigen Aneignung, der üblen Nachrede sowie des geringfügigen Diebstahls schuldig. Es verurteilte ihn zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten unter Anrechnung des ausgestandenen Freiheitsentzugs von 267 Tagen sowie zu einer Busse von Fr. 300.--. X._ trat die Freiheitsstrafe am 15. September 2015 an. Das Strafende fiel auf den 21. April 2016.
Am 5. November 2015 wurde X._ durch das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich per 10. November 2015 bedingt entlassen, nachdem er zwei Drittel der Strafe verbüsst hatte. Das Amt für Justizvollzug setzte die Probezeit auf ein Jahr fest und ordnete für deren Dauer Bewährungshilfe an.
Die Direktion der Justiz und des Innern wies den von X._ eingereichten Rekurs am 16. Februar 2016 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 20. Juni 2016 ab.
Eine von X._ erhobene Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht am 2. November 2016 teilweise gut, da der Beschwerdeführer in Verletzung seines rechtlichen Gehörs weder zu einem Bericht "Abklärung Risikoorientierter Sanktionenvollzug" (nachfolgend: ROS-Bericht) noch persönlich angehört worden war. Das Bundesgericht hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache - nachdem die verfügte Probezeit nahezu abgelaufen war - zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurück (Verfahren 6B_777/2016).
B.
Das wieder mit der Sache befasste Verwaltungsgericht bestätigte am 25. November 2016 die hälftige Kostenauflage des Rekursverfahrens, auferlegte die Kosten des Beschwerdeverfahrens X._ sowie dem Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich je zur Hälfte und verzichtete auf die Ausrichtung einer Parteientschädigung.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Gemäss Art. 107 BGG darf das Bundesgericht nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (Abs. 1). Heisst es die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Abs. 2). Da die Beschwerde ans Bundesgericht grundsätzlich ein reformatorisches Rechtsmittel ist, muss der Beschwerdeführer einen Antrag in der Sache stellen. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte. Die Beschwerdebegründung kann zur Interpretation des Rechtsbegehrens beigezogen werden (BGE 136 V 131 E. 1.2 S. 135 f. mit Hinweis).
Aus der Begründung der Beschwerde folgt, dass der nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführer sich sinngemäss gegen die Dauer der Probezeit, die Bewährungshilfe, den berechneten Strafrest sowie die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen wendet. Ein Antrag in der Sache liegt in diesem Sinne vor. Auf die Beschwerde kann grundsätzlich eingetreten werden.
2.
2.1. Im Falle eines bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheids hat die mit der neuen Entscheidung befasste kantonale Instanz ihrem Urteil die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wird, zugrunde zu legen. Jene bindet auch das Bundesgericht, falls ihm die Sache erneut unterbreitet wird. Aufgrund dieser Bindungswirkung ist es den erneut mit der Sache befassten Gerichten wie auch den Parteien - abgesehen von allenfalls zulässigen Noven - verwehrt, der Überprüfung einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zugrunde zu legen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden sind. Die neue Entscheidung der kantonalen Instanz ist demnach auf diejenige Thematik beschränkt, die sich aus den bundesgerichtlichen Erwägungen als Gegenstand der neuen Beurteilung ergibt. Das Verfahren wird nur insoweit neu in Gang gesetzt, als dies notwendig ist, um den verbindlichen Erwägungen des Bundesgerichts Rechnung zu tragen (BGE 135 III 334 E. 2 S. 335 f.; Urteil 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 5.2.1, zur Publikation vorgesehen; Urteil 6B_540/2015 vom 26. August 2015 E. 1; je mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht erwog im Rückweisungsentscheid, das Amt für Justizvollzug habe für die Dauer der Probezeit Bewährungshilfe angeordnet und dazu unter anderem auf einen ROS-Bericht vom 22. September 2015 abgestellt. Der Beschwerdeführer habe keine Kenntnis vom besagten Bericht und deshalb auch keine Möglichkeit zur Stellungnahme erhalten. Zudem hätte er gestützt auf Art. 86 Abs. 2 StGB persönlich angehört werden müssen. Eine Heilung der Gehörsverletzungen sei nicht möglich. Mit Blick auf die zu Ende gehende Probezeit werde die Frage der Bewährungshilfe unbeantwortet bleiben. Gleichwohl müsse die Vorinstanz die Kosten- und Entschädigungsfolgen neu regeln (Urteil 6B_777/2016 vom 2. November 2016 E. 2.4). Letzteres war mithin Gegenstand der neuen Beurteilung.
2.3. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Bewährungshilfe, die nach seinem Dafürhalten zu Unrecht nicht aufgehoben worden sei. Zudem sei der Strafrest von 163 Tagen nicht überprüft worden. Es treffe nicht zu, dass er vor dem Verwaltungsgericht den Strafrest und die Probezeit nicht bemängelt habe. Damit verlässt der Beschwerdeführer wiederholt die Thematik des bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheids und ist er nicht zu hören. Die Bewährungshilfe war, nachdem sie lediglich bis zum 9. November 2016 dauerte, nicht Gegenstand des Rückweisungsverfahrens. Zudem gibt die Vorinstanz, indem sie den Strafrest von 163 Tagen und die einjährige Probezeit als nicht angefochten bezeichnet, die bundesgerichtlichen Erwägungen wieder. Dies verkennt der Beschwerdeführer. Strafrest und Probezeit waren im Gegensatz zum ersten vorinstanzlichen Verfahren (vgl. vorinstanzliches Urteil vom 20. Juni 2016 E. 2) im Beschwerdeverfahren vor dem Bundesgericht nicht Prozessthema und konnten auch nicht Gegenstand des Rückweisungsverfahrens sein. Ebenso wenig war entgegen der Kritik des Beschwerdeführers die Frage nach der Beweisqualität des ROS-Berichts im neuen Verfahren aufzuwerfen (Urteil 6B_777/2016 vom 2. November 2016 E. 2.4 f. und 3).
2.4. Die Vorinstanz bestätigt die von der Direktion der Justiz und des Innern dem Beschwerdeführer zur Hälfte auferlegten Kosten des Rekursverfahrens. Sie legt dar, aus welchen Gründen sie die Kosten des Beschwerdeverfahrens von Fr. 1'000.-- ebenfalls zur Hälfte dem Beschwerdeführer auferlegt. Im Wesentlichen stellt sie darauf ab, welche Rechtsbegehren im Beschwerdeverfahren von der Gehörsverletzung tangiert wurden und mit welchen Rechtsbegehren der Beschwerdeführer ungeachtet der Gehörsverletzung unterlag. Mit den vorinstanzlichen Erwägungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander und er zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz Recht verletzt (BGE 140 III 86 E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist mangels genügender Begründung nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG). Zudem trifft entgegen seiner Kritik nicht zu, dass die Vorinstanz den Prozessgegenstand nur unvollständig geprüft hat. Vielmehr hat sie dem mit der Rückweisung im Urteil des Bundesgerichts vom 2. November 2016 gesteckten Rahmen Rechnung getragen.
Gestützt auf § 17 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) spricht die Vorinstanz dem Beschwerdeführer weder für das Rekurs- noch für das Beschwerdeverfahren eine Entschädigung zu. Soweit der Beschwerdeführer dies kritisiert, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das Bundesgericht überprüft die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts - von hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür (vgl. Art. 95 BGG; BGE 141 IV 305 E. 1.2 S. 308 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, die Vorinstanz wende § 17 Abs. 2 VRG/ZH willkürlich an. Selbst wenn er dies behauptete, genügte die Beschwerde den qualifizierten Begründungsanforderungen gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht (BGE 142 III 364 E. 2.4 S. 368; 142 II 206 E. 2.5 S. 210; 142 I 135 E. 1.5 S. 144; je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer begnügt sich mit dem wenig klaren Hinweis, eine Parteientschädigung "jeweils unter 'Forderungen' geltend gemacht" zu haben.
3.
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Der Beschwerdeführer wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG e contrario). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2017
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga