Faits :
A.
A.a. L._ SA, inscrite au registre du commerce de Genève et ayant notamment pour but l'étude, la direction et l'exécution de constructions de toute nature, avait pour actionnaires M._, administrateur, et N._, qui tenait la comptabilité. Son capital, entièrement libéré, était de 100'000 fr.
X._ SA (ci-après: X._ SA ou la société fiduciaire), ayant notamment pour but l'exécution de tous mandats de contrôle et de révision, a procédé, par l'entremise de O._ (employé), à la vérification des comptes de L._ SA pour les exercices 1996, 1997 et 1998.
Dans son rapport de révision sur les comptes de l'exercice 1996 (daté du 6 juin 1997), X._ SA a recommandé l'approbation des comptes annuels. Dans le bilan, l'actif était notamment composé de stock/marchandise (707'000 fr.), de travaux en cours (1'655'000 fr.) et d'un poste clients (1'688'083 fr.); au passif, on trouvait, entre autres, des fonds étrangers exigibles à court terme (3'929'951 fr.99).
Dans son rapport de révision sur les comptes de l'exercice 1997 (daté du 19 juin 1998), X._ SA a recommandé l'approbation des comptes annuels. Les chiffres du bilan 1997 sont (dans les grandes lignes) proches de ceux du bilan 1996.
Entre fin février et début mars 1999, M._ a pris contact avec P._, administrateur de X._ SA, pour l'informer de la situation catastrophique dans laquelle se trouvait L._ SA. Deux employés de X._ SA ont alors évalué la situation de la société et il est apparu que des travaux effectués en 1998 n'avaient pas été facturés ou l'avaient été en dessous du prix, ce dès septembre 1998. Il a également été constaté que le chiffre d'affaires 1998 avait diminué de moitié par rapport à l'année précédente.
Dans son rapport de révision sur les comptes de l'exercice 1998 (daté du 3 juin 1999), X._ SA a recommandé l'approbation des comptes annuels présentant un déficit au bilan de 2'069'499 fr.65 et elle a relevé que L._ SA était surendettée. Il a en effet été constaté que, pour des passifs comparables aux années précédentes (3'784'893 fr.32), le bilan 1998 présentait des actifs beaucoup moins importants, soit 426'000 fr. pour le stock/marchandise, 250'000 fr. pour les travaux en cours et 1'302'924 fr. pour le poste clients.
A.b. Le 14 juin 1999, L._ SA a déposé une demande de sursis concordataire devant le Tribunal de première instance.
Le 21 juin 1999, la société a adressé au Tribunal de première instance un avis de surendettement au sens de l'art. 725 al. 2 CO.
Par jugement du 30 juin 1999, le Tribunal a accordé à L._ SA un sursis concordataire de six mois, pour proposer un concordat par abandon d'actifs en vue d'homologation.
Des bilans intermédiaires ont été établis au 31 mai, 30 juin et 30 septembre 1999, le dernier laissant apparaître un résultat positif de 88'528 fr.07.
Dans leur rapport du 22 décembre 1999, les commissaires ont recommandé la révocation du sursis concordataire selon l'art. 295 al. 5 LP. Ils ont également relevé que la comptabilité de la société avait été tenue à jour régulièrement et ont approuvé l'estimation des actifs. Ils ont indiqué que la vente des actifs immobilisés avait rapporté 530'000 fr. et que le solde restant à réaliser était estimé à 150'000 fr.
A.c. Par jugement du 14 février 2000, le Tribunal a révoqué le sursis concordataire et prononcé la faillite de L._ SA.
Diverses créances ont été colloquées dans la faillite de L._ SA.
Le 30 décembre 2001, la majorité des créanciers a renoncé à faire valoir elle-même la prétention litigieuse à l'encontre de M._ et de X._ SA (responsabilité encourue en qualité d'organes responsables de la faillite) en paiement de la somme de 3'794'400 fr., correspondant au dommage subi par la société.
Entre 2002 et 2008, l'administration de la faillite a cédé la créance à plusieurs créanciers, puis finalement révoqué diverses cessions. Les droits de la masse à l'encontre des deux organes précités ont finalement été cédés à trois créancières, soit Caisse D._, F._ et E._ SA (ci-après: les trois créancières cessionnaires). Un délai de deux ans, prolongé au 30 septembre 2007, leur a été imparti pour faire valoir la créance.
La faillite de L._ SA a été clôturée et la société radiée le 12 septembre 2002.
A.d. Les trois cessionnaires ont mandaté Q._, expert-comptable, pour qu'il détermine s'il existait des indices de surendettement avant 1999.
Dans son rapport daté du 8 juin 2004, l'expert a relevé notamment que, sur les travaux en cours portés au bilan en 1997 (pour 1'230'000 fr.), 915'000 fr. correspondaient à des travaux exécutés en 1998; en 1996, sur 1'665'000 fr. de travaux en cours, 718'000 fr. n'auraient été effectués que l'année suivante. Suite à l'apurement du poste " travaux en cours ", l'expert a observé qu'il existait un surendettement au 31 décembre 1996 d'un montant de 350'000 fr. (que l'expert a finalement corrigé et fixé à 500'000 fr.) et que de nombreux indices auraient dû conduire les réviseurs à vérifier ce poste.
B.
B.a. Par demande du 15 août 2007, les trois créancières cessionnaires (cf. supra let. A.c), ainsi que trois autres créancières (ci-après: les trois créancières non cessionnaires), soit Caisse A._, Caisse B._, Caisse C._, ont actionné X._ SA devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, concluant à ce que la défenderesse soit condamnée à leur verser le montant de 842'423 fr.05, intérêts en sus, avec suite de frais et dépens.
Selon elles, X._ SA a failli dans l'exercice de ses tâches notamment en rendant ses rapports de révision sans émettre la moindre réserve sur l'état des comptes, alors que le poste " travaux en cours " était surévalué en 1996 et 1997; la société de révision aurait dû attirer l'attention du conseil d'administration ou aviser le juge de la situation alarmante de la société, qui était déjà surendettée en 1996; à défaut de l'avoir fait, l'accroissement du déficit jusqu'à la faillite en 2000 lui serait imputable. Selon les demanderesses, le dommage subi équivaudrait au " découvert de la faillite ", soit 3'794'400 fr.
La défenderesse a conclu au déboutement des demanderesses de toutes leurs conclusions.
Deux expertises judiciaires ont été ordonnées. Le premier expert (R._), à l'instar de l'expert privé (Q._), a retenu que le montant du surendettement en 1996 était de 500'000 fr. Après avoir relevé des carences et des contradictions dans le rapport de l'expert R._, le Tribunal a ordonné une contre-expertise et désigné un deuxième expert (S._). Celui-ci a relevé, à réitérées reprises, qu'en l'absence de comptabilité analytique d'exploitation et d'inventaires, il n'était pas en mesure de dire si les travaux en cours avaient été comptabilisés conformément aux règles de l'art ni si la société était manifestement surendettée en 1996 et 1997. Il ne pouvait pas non plus déterminer l'existence du surendettement sur la base des notes de révision, celles-ci étant lacunaires.
B.b. Par jugement du 14 juillet 2014, le Tribunal de première instance a déclaré irrecevable la demande déposée par les trois créancières non cessionnaires (ch. 1 du dispositif), celles-ci n'ayant pas la faculté de conduire le procès, la preuve qu'elles avaient obtenu la cession des droits de la masse n'ayant pas été apportée; il a condamné X._ SA à verser aux trois créancières cessionnaires, solidairement, le montant de 842'423 fr.05, intérêts en sus (ch. 2), condamné X._ SA à tous les dépens (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions.
Par arrêt du 25 septembre 2015, la Cour de justice du canton de Genève a déclaré recevable l'appel formé par X._ SA et l'appel joint interjeté par les six créancières. Sur le fond, elle a rejeté l'appel joint, admis l'appel de X._ SA, confirmé le chiffre 1 du dispositif du jugement entrepris, et annulé les chiffres 2 et 3 de ce dispositif. Statuant à nouveau, elle a débouté les trois créancières cessionnaires de toutes leurs conclusions, condamné les six créancières aux dépens et confirmé le jugement pour le surplus.
C.
Les six créancières exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 25 septembre 2015. Elles concluent à son annulation, à ce que le jugement du Tribunal de première instance soit confirmé en tant qu'il a déclaré irrecevable la demande déposée par les trois créancières non cessionnaires, à ce que la X._ SA soit condamnée à verser aux trois créancières cessionnaires (ci-après, pour simplifier: les recourantes), solidairement, un montant de 842'423 fr.05, intérêts en sus, et à ce que la X._ SA soit condamnée à tous les dépens. Subsidiairement, elles concluent à la condamnation de la X._ SA à verser aux trois recourantes le même montant et à ce que X._ SA soit déboutée de toutes ses conclusions.
La société intimée conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris, sous suite de frais et dépens.
Considérant en droit :
1.
1.1. On peut d'emblée observer que les trois créancières non cessionnaires n'entendaient pas recourir contre l'arrêt cantonal, mais simplement demeurer partie à la procédure, vraisemblablement au motif (erroné, puisqu'elles ne prétendent plus avoir la faculté de conduire le procès selon l'art. 260 LP) qu'elles formeraient, avec les trois créancières cessionnaires, une consorité nécessaire. Il s'agit donc uniquement d'examiner le recours en matière civile en tant qu'il est interjeté par les trois créancières cessionnaires.
1.2. Interjeté par les parties demanderesses qui ont succombé dans leurs conclusions en paiement et dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le recours des trois créancières cessionnaires est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits ainsi retenus par l'autorité cantonale que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Les allégations de fait et les moyens de preuve nouveaux sont en principe irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
1.4. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en procédant à une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
2.1. Sur le fond, les premiers juges ont considéré que toutes les conditions fondant la responsabilité de X._ SA étaient remplies, de sorte que celle-ci devait répondre du dommage. S'agissant de la quotité du dommage, ils se sont basés sur la méthode de calcul appliquée par l'expert privé (Q._), qui a été reprise par un des experts judiciaires (R._); ils ont retenu qu'à fin 1996, la société était surendettée à hauteur de 500'000 fr. et que " le montant du découvert dans la faillite " était, selon son calcul, de 3'728'400 fr., de sorte que le dommage subi se montait à 3'228'400 fr., les créancières cessionnaires ayant toutefois limité leurs prétentions au montant de leurs créances respectives dans la faillite, soit 842'423 fr.05.
2.2. La Cour de justice a confirmé que l'organe de révision n'avait pas respecté les obligations qui lui incombaient en matière de contrôle de la comptabilité de L._ SA, notamment s'agissant du poste " travaux en cours ".
Elle a par contre jugé que, même si l'organe de révision avait respecté ses obligations en matière de contrôle, rien n'indiquait encore qu'elle aurait détecté des irrégularités dans la comptabilité nécessitant un renvoi des comptes au conseil d'administration ou une réserve dans son rapport. Elle en veut notamment pour preuve que même le juge saisi de la requête de sursis concordataire y a donné suite, qu'un bilan intermédiaire établi en 1999 dans le cadre du sursis laissait apparaître un bénéfice, que les " experts ont également reconnu qu'il n'était pas possible, au vu des documents lacunaires en leur possession, de dire si la société était surendettée au 31 décembre 1996, voire 1997 ", qu'il résulte d'ailleurs du bilan au 31 décembre 1998 et des différents témoignages que le chiffre d'affaires de la société avait diminué de moitié lors du deuxième semestre 1998, et que les experts ont admis qu'une telle baisse pouvait conduire au surendettement de la société.
Bien que, dans ses constats, la cour cantonale ait traité aussi bien du dommage que du lien de causalité, elle conclut, de manière surprenante, exclusivement en fonction de cette dernière condition, en affirmant qu'il convient de nier tout lien de causalité entre les manquements de l'organe de révision et le dommage subi par les trois créancières cessionnaires.
3.
3.1. On observe d'emblée que l'intégralité de l'argumentation des recourantes relative à l'arbitraire dans la constatation de certains faits (art. 9 Cst.) vise à démontrer que le dommage subi par L._ SA s'élève à 3'376'604 fr., soit la différence entre le montant du " découvert dans la faillite " de 3'728'400 fr., et le montant du surendettement au 31 décembre 1996 qui se monte, selon leur calcul, à 351'796 fr. (cf. acte de recours p. 19 in fine). Partant de cette prémisse, les recourantes estiment que la cour cantonale, en jugeant que la condition du dommage n'était pas remplie, a violé l'art. 755 aCO (alors applicable) et l'art. 42 CO.
Il n'y a pas lieu d'examiner toutes les critiques des recourantes, puisque, comme on le verra, même si on procède à l'examen du litige sur la base des chiffres qu'elles allèguent, ceux-ci sont impropres à établir, conformément aux exigences de la loi et de la jurisprudence, le dommage prétendument subi par la société lésée (L._ SA).
3.2.
3.2.1. Selon la jurisprudence, le dommage de la société consiste dans l'augmentation du découvert entre le moment où la faillite aurait été prononcée si le défendeur n'avait pas manqué à ses devoirs et le moment (impliquant une perte supérieure) où la faillite a effectivement été prononcée ( Fortführungsschaden; ATF 136 III 322 consid. 3.2 p. 325; 132 III 342 consid. 2.3.3 p. 348).
Il ne suffit donc pas au demandeur de présenter l'évolution des fonds étrangers de la société faillie, en particulier en se fondant sur les créances admises à l'état de collocation (cf. ATF 136 III 322 consid. 3.3 p. 326; 132 III 342 consid. 2.3.3 p. 348; récemment: arrêt 4A_373/2015 du 26 janvier 2016 consid. 3.4.1). L'ensemble des créances admises à l'état de collocation entré en force peut toutefois constituer un indice d'une détérioration de la situation, en particulier lorsque le dividende de faillite est déjà proche de 0% à la première date de comparaison (ATF 136 III 322 consid. 3.3).
3.2.2. Dans le calcul du dommage, seule la valeur de liquidation des biens entre en ligne de compte, puisque l'ouverture de la faillite entraîne la dissolution de la société (art. 736 ch. 3 CO) et sa liquidation en conformité des règles de la faillite (art. 740 al. 5 CO). La valeur de liquidation est déterminante non seulement pour fixer le montant du découvert à la date où la faillite a effectivement été prononcée, mais également pour fixer le montant du découvert à la date où la faillite aurait été prononcée si le défendeur n'avait pas manqué à ses devoirs. En effet, dans les deux cas, la valeur d'exploitation n'a plus aucune pertinence dans l'optique de la liquidation de la société (ATF 136 III 322 consid. 3.2.1 p. 325 s.).
La détermination de la valeur de liquidation permettra de faire émerger d'éventuelles réserves latentes, lesquelles ne sont pas prises en compte dans le calcul de la valeur d'exploitation (arrêt 4A_214/2015 du 8 septembre 2015 consid. 3.2.2 et les auteurs cités).
Concrètement, les demandeurs devront solliciter des tribunaux de mandater un expert qui aura pour tâche d'établir les valeurs de liquidation aux deux moments déterminants (cf. arrêt 4A_214/2015 déjà cité consid. 3.2.3 et les auteurs cités).
Ce n'est qu'ainsi qu'il est possible de dire si le dommage total (subi par la société) est au moins équivalent aux conclusions prises par les demandeurs (arrêt 4A_373/2015 déjà cité consid. 3.4.2 et les arrêts cités).
3.3.
3.3.1. En l'espèce, les recourantes soutiennent que le surendettement au 31 décembre 1996 était de 351'796 fr. Pour retenir ce montant, elles sont parties du bilan 1996, établi à la valeur d'exploitation, puis en ont déduit divers " actifs fictifs " (cf. acte de recours p. 16). Force est dès lors de constater que les recourantes, par ce procédé, n'ont pas respecté les exigences découlant de la loi et de la jurisprudence qu'elles citent (ATF 136 III 322), puisqu'elles n'ont pas établi, à la valeur de liquidation, le montant du découvert au 31 décembre 1996.
On peut d'ailleurs encore relever que les recourantes n'ont pas désigné la date à laquelle la faillite aurait dû être prononcée si l'organe de révision n'avait pas manqué à ses devoirs. En prenant comme référence le montant du " découvert " au 31 décembre 1996, elles se limitent à mettre en évidence que la société était, selon elles, surendettée à cette date, mais elles n'indiquent pas la date - ici déterminante - à laquelle la faillite aurait été prononcée si l'organe de révision n'avait pas manqué à ses devoirs. Or, comme le remarque la société intimée, cette date était nécessairement postérieure au 31 décembre 1996. En effet, le surendettement n'aurait pu être constaté par les réviseurs qu'au cours des travaux de révision qu'ils ont exécutés au cours du premier semestre 1997 et il leur incombait encore d'informer le conseil d'administration, puis, si celui-ci omettait d'avertir le juge, de procéder ensuite eux-mêmes à l'avis au juge (cf. art. 729c CO); ce n'est qu'alors que celui-ci aurait pu prononcer la faillite.
3.3.2. En outre, on peut aussi noter que les recourantes n'apportent pas la preuve du deuxième chiffre pourtant nécessaire au calcul du dommage en l'espèce (soit le montant du surendettement au jour de la faillite). En effet, lorsqu'elles allèguent que le " montant du découvert dans la faillite " est " de CHF 3'728'400.- " (acte de recours p. 19), il s'agit d'une donnée qui ne résulte pas de l'état de fait dressé par la cour cantonale.
Conformément au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), il appartenait aux recourantes, pour démontrer la violation du droit, d'indiquer, devant la Cour de céans, qu'elles avaient bien allégué les faits pertinents passés sous silence (par la cour cantonale) conformément aux règles de la procédure civile et qu'un complétement de l'état de fait par l'autorité précédente eût été encore objectivement possible, en désignant précisément les allégués et les offres de preuves qu'elles avaient présentés, avec référence aux pièces du dossier; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (cf. supra consid. 1.3) et, partant, irrecevables (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90 et les arrêts cités).
Les recourantes s'étant limitées à mentionner le " montant du découvert ", sans fournir la moindre motivation, il n'y a pas lieu d'en tenir compte.
Certes, l'arrêt cantonal contient un montant du même ordre, soit celui de la prétention litigieuse portée à l'inventaire (no 101) à l'encontre de M._ et de X._ SA en paiement de la somme de 3'794'400 fr., correspondant au dommage subi par la société pour la responsabilité encourue en qualité d'organes responsables de la faillite (cf. supra let. A.c, ainsi que let. B.a). Ce montant semble toutefois avoir été estimé (cf. art. 227 LP), au moment de la faillite, en fonction de la somme des fonds exigibles à court terme (3'784'893 fr.32) qui résulte du bilan (établi le 3 juin 1999 à la valeur d'exploitation) relatif à l'exercice 1998 (cf. supra let. A.a). Il ne s'agit donc pas d'un montant établi à la valeur de liquidation (cf. supra consid. 3.2.2).
Force est dès lors de constater que les sociétés recourantes n'ont pas non plus établi, à la valeur de liquidation, le montant du découvert au jour de la faillite.
3.3.3. Il résulte des considérations qui précèdent que les demanderesses n'ont pas apporté la preuve du montant du dommage allégué (art. 8 CC et 42 al. 1 CO).
Le moyen soulevé par les demanderesses est donc infondé.
Le résultat auquel l'instance précédente est arrivée peut être confirmé, par substitution (partielle) des motifs.
Il est superflu d'examiner la condition du lien de causalité, également discutée par les recourantes.
4.
Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
S'agissant des frais et dépens de l'instance fédérale, il faut rappeler que si les trois créancières non cessionnaires sont restées parties à la procédure, elles n'avaient toutefois pas l'intention de recourir contre l'arrêt cantonal (cf. supra consid. 1.1). Dans ces conditions, il n'y a pas lieu, dans le calcul des frais et dépens, de tenir compte de ces parties.
Les frais et les dépens sont mis solidairement à la charge des trois créancières cessionnaires (recourantes), qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 et art. 68 al. 1, 2 et 5 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes (créancières cessionnaires).
3.
Les recourantes, débitrices solidaires, verseront à l'intimée une indemnité de 12'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 19 avril 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget