Faits :
A.
A.a. X._ est l'un des fondateurs de Y._ PLC, société de droit maltais active dans le domaine pétrolier, ainsi que de la Fondation X._ (ci-après: la Fondation), fondation de droit suisse ayant pour but l'encouragement des beaux-arts et de la culture, notamment par la création et l'exploitation d'un musée public, ainsi qu'en collaboration avec des musées existants.
A.b. En 2010, la Fondation a conclu une convention avec la Ville de Genève, selon laquelle la première s'engageait à participer au financement du projet d'extension et de rénovation du Musée d'Art et d'Histoire de Genève (MAH), moyennant l'accueil et l'entretien par la seconde, durant 99 ans, d'une partie de ses collections. Le coût estimé du projet a été particulièrement discuté et le crédit de construction de 132 millions voté par le Conseil municipal de la Ville de Genève le 20 mai 2015 a été attaqué par la voie du référendum et soumis à une votation populaire.
Dans ce cadre, le quotidien "D._" a publié, dans son édition papier du 16 mai 2015, sous la plume de A._, un article intitulé "X._ : mécène en eaux troubles ". Cet article était également disponible sur le site internet du journal parmi d'autres écrits - regroupés sous le titre " Fin de législation en apothéose culturelle " - consacrés aux deux projets sur le financement desquels le Conseil municipal devait se prononcer, soit la rénovation du MAH et la construction du théâtre de la Nouvelle Comédie.
A.c. Le 8 juin 2015, X._, Y._ PLC et la Fondation ont déposé plainte pénale contre A._, alléguant que son article était attentatoire à leur honneur. Selon les parties plaignantes, ce texte laisserait en particulier entendre que les projets mis en place par Y._ PLC auraient pu se développer grâce à la corruption et que dès lors la Fondation bénéficierait de fonds d'origine douteuse.
Le Ministère public de la République et canton de Genève a invité, par courrier du 13 juillet 2015, le journaliste à déposer des observations; le magistrat indiquait notamment qu'une procédure était ouverte à son encontre et que le journaliste avait le droit de consulter le dossier. A._ s'est déterminé le 27 août 2015, contestant les accusations formées à son encontre; il s'est prévalu de l'intérêt public au moment où la question du financement du MAH s'apprêtait à être débattue et a affirmé que la quasi-totalité des faits rapportés reposait sur des sources sérieuses, ainsi que disponibles de longue date pour le public; il a produit les documents sur lesquels il s'était fondé (articles de journaux, documents d'organisations non gouvernementales [ONG] et de l'Organisation des Nations-Unies [ONU], ainsi que de sources académiques).
Le 24 novembre 2015, le Procureur a rendu une ordonnance de non-entrée en matière (art. 310 CPP). Il a retenu que, pris isolément, les passages mis en exergue par les trois plaignants ne pouvaient être qualifiés d'attentatoire à l'honneur; cela étant, les propos prêtés aux détracteurs de X._ - dont le génie humain et la connaissance du terrain n'auraient pas suffi auprès des régimes les plus corrompus de la planète, ainsi que la précision que la corruption ne constituait un délit en Suisse que depuis 1999 - laissaient entendre que X._ et ses sociétés auraient pu user, ou à tout le moins tolérer, des actes de corruption pour parvenir à leurs fins, ce qui portait atteinte à leur honneur. Le Procureur a cependant encore relevé qu'au vu de la polémique entourant le financement de la rénovation et de l'agrandissement du MAH par la fondation de X._, il existait un intérêt public à connaître le parcours de ce dernier et l'origine de sa fortune; le journaliste avait de plus démontré avoir consulté des sources sérieuses - librement disponibles sur internet - et dont les parties plaignantes n'alléguaient pas qu'elles auraient fait l'objet de mesures judiciaires. Le Ministère public en a donc conclu que A._ pouvait de bonne foi tenir pour vrais les faits que ces documents rapportaient et formuler une interrogation sur l'existence d'actes de corruption au sein de Y._ PLC, l'ayant en outre présentée comme une suspicion et non comme une vérité.
B.
Le 11 avril 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours intenté par X._, Y._ PLC et la Fondation.
Cette autorité a tout d'abord écarté la réquisition de preuve tendant à obtenir d'éventuelles directives du Ministère public sur la procédure à suivre s'agissant de l'instruction des plaintes pour diffamation (cf. consid. 3 p. 7). Elle a ensuite considéré que, même si les informations données dans le courrier du 13 juin 2015 du Ministère public (statut de prévenu et ouverture d'une procédure pénale) étaient de nature à prêter à confusion, la procédure n'avait pas dépassé le stade des premières investigations; la demande de prise de position par le Procureur ne constituait ainsi pas un obstacle à la reddition d'une ordonnance de non-entrée en matière. La cour cantonale a en outre relevé que les parties plaignantes s'étaient exprimées lors du dépôt de leur plainte et que leurs droits à répliquer ou à déposer des réquisitions de preuve avaient pu être assurés, le cas échéant, par le biais de la procédure de recours (cf. consid. 4 p. 7 ss.).
Sur le fond, la juridiction cantonale a confirmé que l'impression d'ensemble qui se dégageait de l'article incriminé était que X._ et/ou Y._ PLC auraient pu se rendre coupables d'actes de corruption ou, à tout le moins, les auraient encouragés (cf. consid. 5.2.2 p. 11). Selon la Chambre pénale de recours, la Fondation n'était en revanche pas concernée, n'étant pas insinué qu'elle aurait pu bénéficier de fonds illicites; son recours pouvait donc être rejeté (cf. consid. 5.2.3). La cour cantonale a ensuite confirmé qu'au regard du contexte entourant la parution de l'article litigieux (vote sur le financement et la rénovation du MAH), de la participation financière non négligeable de X._ à ce projet et des contreparties prévues de la part des pouvoirs publics, l'intérêt public à connaître la personnalité et le parcours professionnel de celui-ci était manifeste; il ne pouvait ainsi pas être retenu que le journaliste avait comme objectif principal de nuire aux intérêts des parties plaignantes et le Ministère public était par conséquent fondé à autoriser le journaliste à apporter des preuves libératoires susceptibles d'exclure l'illicéité de ses propos déjà au stade de l'instruction (cf. consid. 5.3.3 p. 12). L'autorité précédente a finalement retenu que le journaliste s'était fondé sur des sources diversifiées, notamment des rapports d'ONG reconnues relatifs à la corruption existant dans le milieu pétrolier et dans l'un des pays où était actif le groupe de X._ (cf. en particulier les déclarations rapportées d'un ancien directeur de Y._ PLC en lien avec un paiement de la société à un ancien ministre du pétrole, la mise en cause, voire condamnation pénale, de plusieurs précédents dirigeants du groupe en Suisse et à l'étranger pour notamment des infractions de corruption et/ou de blanchiment d'argent commises dans le cadre professionnel); le journaliste avait ainsi accompli les recherches que l'on pouvait attendre de lui et pouvait ensuite légitimement s'interroger sur l'existence de telles pratiques au sein de la société Y._ PLC (cf. consid. 5.4.2). Dans ces conditions, la Chambre pénale des recours a conclu que les probabilités d'un acquittement étaient nettement plus élevées, ce qui justifiait le prononcé d'une ordonnance de non-entrée en matière (cf. consid. 5.4.3 p. 14).
C.
Par acte daté du 12 mai 2016, X._ et Y._ PLC forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à son annulation, à l'admission du recours cantonal tendant à l'annulation de l'ordonnance de non-entrée en matière du 24 novembre 2015 et au renvoi de la cause au Ministère public afin qu'une instruction soit ouverte. A titre subsidiaire, ils demandent le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Par courrier du 20 juillet 2016, les recourants ont informé le Tribunal fédéral qu'ils avaient demandé la reprise de la procédure contre le journaliste. Cette requête ayant été rejetée le 13 septembre 2016, les recourants ont maintenu, le 20 septembre 2016, les conclusions prises dans leur mémoire de recours.
La cour cantonale s'est référée à ses considérants. A._ (ci-après: l'intimé) et le Ministère public ont conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Le 2 octobre 2017, respectivement le 10 suivant, les recourants et l'intimé ont persisté dans leurs conclusions.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 142 V 551 consid. 1 p. 555; 140 IV 57 consid. 2 p. 59).
1.1. Avec ses écritures du 10 octobre 2017, l'intimé a produit le procès-verbal de l'audience civile du 9 octobre 2017. Ce document est ultérieur à l'arrêt attaqué et il est donc irrecevable (art. 99 al.1 LTF).
1.2. Conformément à l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO qui découlent directement de la commission de l'infraction en cause (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4).
La notion d'influence du jugement pénal sur les prétentions civiles est conçue strictement. La partie plaignante ne peut pas s'opposer à une décision parce qu'elle ne facilite pas son action sur le plan civil. Il faut que la décision attaquée ait pour conséquence qu'elle rencontrera plus de difficultés à faire valoir ses prétentions civiles (ATF 127 IV 185 consid. 1a p. 188; arrêt 6B_939/2016 du 6 juillet 2017 consid. 1.1).
Conformément à l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. art. 119 al. 2 let. b CPP), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. art. 320 al. 3 CPP). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4 s.).
N'importe quelle atteinte légère à la réputation professionnelle, économique ou sociale d'une personne ne justifie pas une réparation (ATF 130 III 699 consid. 5.1 p. 704; 129 IV 22 consid. 7.2 p. 36 s.; 125 III 70 consid. 3a p. 75 s.). L'allocation d'une indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 al. 1 CO suppose que l'atteinte présente une certaine gravité objective et qu'elle ait été ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime qu'une personne dans ces circonstances s'adresse au juge pour obtenir réparation (arrêts 6B_733/2017 du 25 juillet 2017 consid. 2.1; 6B_185/2013 du 22 janvier 2014 consid. 2.2 et la jurisprudence citée).
Les mêmes exigences sont requises à l'égard de celui qui se plaint d'infraction attentatoire à l'honneur, la jurisprudence rendue avant l'entrée en vigueur de la LTF (ATF 121 IV 76) - qui dispensait celui qui était lésé par une prétendue atteinte à l'honneur de faire valoir des prétentions civiles - n'ayant plus cours (arrêts 6B_474/2017 du 26 juin 2017 consid. 2.1; 6B_94/2013 du 3 octobre 2013 consid. 1.1).
1.3. En l'occurrence, les recourants prétendent à l'obtention d'une indemnité de tort moral fondée sur l'art. 49 CO fixée à un franc symbolique, au recouvrement des frais de l'agence de communication engagée pour gérer l'atteinte à l'honneur subie - allégués de 30'000 fr. -, ainsi qu'au remboursement de leurs frais d'avocat.
Si les recourants détaillent l'influence que pourrait avoir l'ordonnance de non-entrée en matière sur l'obtention - respectivement le rejet - de leurs conclusions civiles, ils ne donnent en revanche aucune explication sur l'atteinte subie par chacun d'eux distinctement, par exemple sur le plan professionnel. Ce faisant, ils violent leurs obligations en matière de motivation (cf. art. 42 al. 2 LTF), exigences au demeurant accrues lorsqu'une personne morale - telle la recourante Y._ PLC - prétend à une indemnisation pour tort moral (arrêts 6B_916/2014 du 17 février 2015 consid. 1; 6B_873/2013 du 12 décembre 2013 consid. 1.3). Il ne peut ainsi être retenu que la gravité de l'atteinte alléguée justifierait une indemnisation au sens de la jurisprudence. En tout état de cause, les recourants n'expliquent pas en quoi la prétention soulevée par adhésion à la procédure pénale - étant d'ailleurs douteux que celle-ci ait été invoquée (cf. ad B. 2 p. 4 de leurs observations du 2 octobre 2017) - résulterait d'une atteinte différente de celle soulevée dans le cadre de l'action civile ouverte notamment contre l'intimé (cf. les conclusions de leur action en protection de la personnalité [acte 1 de la réponse de l'intimé]). Or, la litispendance découlant de la saisine du tribunal civil ne permet plus de porter les mêmes prétentions devant un second juge (arrêt 6B_245/2017 du 27 mars 2017 consid. 3.1 et la référence citée).
Les recourants n'exposent pas non plus quelles auraient été les conséquences dommageables, notamment pour l'entreprise recourante, subies à la suite de la parution de l'article litigieux. Il n'est ainsi pas manifeste que l'engagement d'une entreprise de communication s'imposait; les recourants ne produisent d'ailleurs aucune copie d'un quelconque communiqué de presse visant à démentir les propos tenus dans l'article litigieux. Il est au demeurant douteux que la facture de l'agence puisse être considérée comme un préjudice résultant directement de l'infraction dénoncée et pouvant faire l'objet de conclusions civiles par adhésion à la procédure pénale. Quant aux frais d'avocat - qui, selon l'intitulé même de la note d'honoraires produite, sont liés à la procédure pénale -, ils ne constituent pas, de jurisprudence constante, des prétentions civiles au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF (arrêt 6B_928/2016 du 28 mars 2017 consid. 1.2 et les nombreux arrêts cités).
Partant, faute d'explication suffisante sur leurs prétentions civiles, les recourants ne disposent pas de la qualité pour recourir sur le fond de la cause (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF) et leur recours est irrecevable à cet égard.
1.4. L'hypothèse visée à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF n'entre pas en considération, les recourants ne soulevant aucun grief quant à leur droit de porter plainte.
1.5. Indépendamment des conditions posées par l'art. 81 al. 1 LTF, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel.
Cela ne permet cependant pas de faire valoir, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 5). Tel semble être le cas du déni de justice invoqué en lien avec l'art. 173 ch. 3 CP (cf. ad B.5 du mémoire de recours), dès lors qu'il paraît plutôt tendre en substance à remettre en cause l'appréciation de l'autorité cantonale à cet égard (cf. consid. 5.3.3 p. 12 de l'arrêt attaqué). Cela étant, vu l'issue du litige, cette question peut rester indécise.
Les recourants se prévalent encore de violations des art. 145, 147, 309 et 310 CPP. Ils soutiennent à cet égard qu'au vu de de la demande d'observations adressée à l'intimé par le Ministère public, une procédure formelle aurait dû être ouverte, ce qui aurait exclu le prononcé d'une ordonnance de non-entrée en matière. Au regard de la violation alléguée de droits procéduraux, il y a lieu d'entrer en matière sur cette question particulière.
2.
Les recourants reprochent à l'autorité précédente d'avoir considéré que le Ministère public pouvait rendre une ordonnance de non-entrée en matière.
2.1. Ils soutiennent tout d'abord que l'examen de l'admission de preuves libératoires au sens de l'art. 173 ch. 2 CP n'entrerait pas dans les compétences du Procureur; celui-ci aurait donc dû renvoyer le journaliste en jugement vu que les conditions posées à l'art. 173 ch. 1 CP étaient réalisées.
Il y a lieu toutefois de confirmer la compétence du Ministère public pour rendre, selon les circonstances, une ordonnance de non-entrée en matière, de classement ou une ordonnance pénale lorsqu'une infraction de diffamation (art. 173 CP) est en cause. Toute compétence décisionnelle n'est pas non plus déniée au Procureur lorsque les éléments constitutifs de l'infraction semblent réunis (art. 173 ch. 1 CP).
En effet, contrairement à ce que prétendent les recourants, le fait qu'un tribunal de première instance dispose des compétences, le cas échéant, pour administrer les preuves libératoires qui peuvent découler de l'admission de ce droit (cf. art. 343 CPP; BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse. vol. I, 3e éd. 2010, n° 63 ad art. 173 CPP) n'exclut pas toute administration préalable. Un tel raisonnement serait contraire au principe d'économie de procédure puisqu'il tendrait à imposer dans tous les cas où les conditions de l'art. 173 ch. 1 CP paraissent réalisées un renvoi en jugement. Or, un premier examen sommaire, notamment de la plainte, ou des mesures d'instruction peut suffire pour considérer que les chances d'un acquittement apparaissent manifestement supérieures à la probabilité d'une condamnation (arrêts 6B_869/2013 du 27 février 2014 consid. 5; 6B_356/2013 du 11 juin 2013 consid. 3; 1B_363/2012 du 4 juin 2013 consid. 4.2 et 4.3). Dans de telles situations, le Ministère public, dans le cadre des compétences juridictionnelles que le législateur lui a attribué, doit pouvoir rendre une décision.
2.2. Selon les recourants, la mesure d'instruction entreprise - interpellation du journaliste - exclurait ensuite le prononcé d'une ordonnance de non-entrée en matière et imposerait l'ouverture d'une procédure formelle au sens de l'art. 309 CPP. Ils auraient dès lors été en droit de prétendre aux respects de leurs droits de partie, soit en particulier celui de participer à l'administration des preuves (cf. art. 147 CPP).
2.2.1. Selon la jurisprudence, il n'est pas exclu que, préalablement à ce type de décision, le Ministère public puisse procéder à certaines vérifications (cf. notamment art. 309 al. 1 let. a CPP; arrêts 6B_940/2016 du 6 juillet 2017 consid. 3.3.2; 6B_431/2013 du 18 décembre 2013 consid. 2.2), y compris en demandant à la personne mise en cause une simple prise de position (arrêt 1B_526/2012 du 24 juin 2013 consid. 2.2). S'il considère ensuite qu'une ordonnance de non-entrée en matière doit être rendue, il n'a pas à informer les parties de son choix puisque l'art. 318 CPP n'est pas applicable dans une telle situation; le droit d'être entendu des parties sera assuré, le cas échéant, dans le cadre de la procédure de recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière (cf. art. 310 al. 2, 322 al. 2 et 393 ss CPP). Cette procédure permet aux parties de faire valoir tous leurs griefs - formels et matériels - auprès d'une autorité disposant d'une pleine cognition en fait et en droit (cf. art. 391 al. 1 et 393 al. 2 CPP; arrêt 6B_940/2016 du 6 juillet 2017 consid. 3.3.3 et les arrêts cités).
2.2.2. En l'occurrence, il est incontesté que le Ministère public n'a procédé qu'à un seul acte dans cette cause. Le Procureur a ainsi adressé, le 13 juillet 2015, un courrier à l'intimé; il en ressort qu'une procédure pénale a été ouverte contre ce dernier, que dès lors le journaliste pouvait avoir accès au dossier, participer à des actes de procédure, se prononcer sur la cause et déposer des propositions de preuves; le journaliste a également été informé des droits particuliers que confère la qualité de prévenu - expressément mentionnée -, à savoir notamment ceux de refuser de déposer ou de collaborer, ainsi que de faire appel à un défenseur d'office. A la suite de ce courrier, l'intimé s'est déterminé, déposant un certain nombre de pièces à l'appui de ses propos. L'ensemble de ces documents n'a pas été communiqué aux recourants préalablement au prononcé de l'ordonnance de non-entrée en matière.
Vu le contenu du courrier du Ministère public - notamment le statut de prévenu indiqué à l'intimé et les droits y relatifs - ainsi que l'infraction dénoncée, la détermination et les pièces déposées par ce dernier ne peuvent plus être considérées dans le cas d'espèce comme une simple prise de position. Certes, il ne s'agit pas d'une mesure de contrainte, qui permettrait de déduire qu'une instruction pénale a été ouverte (cf. art. 145 et 309 al. 1 let. b CPP; arrêt 1B_368/2012 du 13 mai 2013 consid. 3.3). Cela étant, ces observations fondent, à titre principal, l'appréciation du Ministère public dans son ordonnance pour ne pas entrer en matière sur la plainte déposée par les recourants; or, sa décision ne se limite pas à exclure le caractère diffamatoire des propos dénoncés, mais le magistrat a procédé à un examen complet de l'art. 173 CP (cf. ad 8 des déterminations du Procureur du 18 septembre 2017). Il ne peut dès lors être fait abstraction de l'articulation particulière de cette disposition. En effet, lorsque le caractère diffamatoire des propos dénoncés est retenu (art. 173 ch. 1 CP), l'examen de l'autorité pénale n'est pas terminé. Elle doit ensuite vérifier si l'art. 173 ch. 2 et/ou 3 CP est applicable; cela implique généralement des actes d'instruction complémentaires, à savoir - pour le moins - une nouvelle prise de position du prévenu sur ses éventuels motifs justificatifs et les déterminations des parties plaignantes sur ceux-ci. Au regard de l'instruction nécessaire sur cette problématique - subséquente -, le prononcé d'une ordonnance de non-entrée en matière est ainsi en principe exclu lorsque l'art. 173 ch. 1 CP est retenu.
Il n'en va pas différemment si, comme en l'espèce, les premières déterminations de la personne mise en cause paraissent traiter de l'ensemble de ces questions; en effet, les parties plaignantes ne sont en principe pas en mesure d'émettre des considérations quant aux éventuelles raisons alléguées pour expliquer les propos dénoncés dans leur plainte pénale. Une éventuelle appréciation anticipée des éléments figurant au dossier - qui peut permettre d'exclure certaines réquisitions de preuve - ne peut également intervenir qu'à la réception de l'ensemble des observations des parties sur ces questions particulières. La transmission des écritures de l'intimé s'imposait donc, les conditions du prononcé d'une ordonnance de non-entrée en matière n'étant ainsi manifestement plus réalisées. Contrairement ainsi à ce que prétend le Ministère public, les recourants étaient en droit de se prévaloir de leurs droits de partie, dont celui de se déterminer. L'appréciation du droit à la preuve libératoire, respectivement de celle apportée, ne saurait se fonder sur les seuls arguments développés par la partie mise en cause.
Partant, le Ministère public ne pouvait pas rendre une ordonnance de non-entrée en matière dans le cas d'espèce où le caractère diffamatoire des propos dénoncés a été retenu (art. 173 ch. 1 CP). En confirmant ce procédé, la cour cantonale viole le droit fédéral et ce grief doit être admis.
3.
Il s'ensuit que le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants et statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Les recourants, qui n'obtiennent que partiellement gain de cause, supporteront la moitié des frais judiciaires. Vu le grief d'ordre formel admis, il n'y a pas lieu de mettre le solde des frais à la charge de l'intimé (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les recourants, qui procèdent avec l'assistance d'un mandataire professionnel, ont droit à des dépens; pour les mêmes motifs que susmentionnés, ceux-ci seront mis exclusivement à la charge de la République et canton de Genève et leur montant sera réduit. L'intimé, assisté d'un avocat, a notamment conclu à l'irrecevabilité du recours; il a donc droit à une indemnité de dépens, dont le montant sera réduit, à la charge des recourants, solidairement entre eux (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt du 11 avril 2016 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants et statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée aux recourants à la charge de la République et canton de Genève.
3.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée à l'intimé, à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge, pour moitié, des recourants, solidairement entre eux.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 1er novembre 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kropf