Faits :
A.
La doctoresse A._ exploite un cabinet médical à U._. Elle a été plusieurs fois avertie par Santésuisse, association faîtière des assureurs-maladie dans le domaine de l'assurance-maladie sociale, que la facturation de ses honoraires dépassait de façon notable depuis 1994 celle de ses confrères et qu'elle était susceptible de l'exposer au remboursement des coûts causés par sa pratique non économique. Par jugement du 31 août 2012, le Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève partiellement l'a condamnée à rembourser à divers assureurs-maladie les sommes de 59'722 fr. 10 pour 2004, 12'208 fr. 75 pour 2005, 30'575 fr. pour 2006 et 27'978 fr. 10 pour 2007; ce jugement a été confirmé par le Tribunal fédéral (cf. arrêt 9C_821/2012 du 12 avril 2013).
B.
Par demande déposée le 13 juillet 2015, vingt-neuf caisses-maladie nommées dans le rubrum du présent arrêt, agissant par Santésuisse, ont requis du tribunal arbitral la condamnation de la doctoresse A._ à leur restituer, conjointement et solidairement, en mains de Santésuisse et à charge pour elle de procéder à la répartition, les sommes de 39'683 fr. 60 pour l'année statistique 2010, 61'526 fr. pour l'année 2011, 87'174 fr. pour l'année 2012 et 67'721 fr. pour l'année 2013. Les demanderesses ont également conclu à l'exclusion définitive de la défenderesse de toute activité à charge de l'assurance obligatoire des soins.
La défenderesse ne s'est pas présentée à l'audience de conciliation et n'a pas désigné son arbitre, si bien que la juridiction arbitrale lui en a nommé un d'office. De plus, la défenderesse n'a déposé aucun mémoire de réponse; elle s'est uniquement opposée à la demande dans son intégralité lors de l'audience de comparution personnelle du 8 avril 2016.
Par jugement du 2 septembre 2016, la juridiction arbitrale a condamné la doctoresse A._ à restituer les sommes demandées (ch. 2 à 5 du dispositif du jugement). Elle a prononcé l'exclusion de la défenderesse de toute pratique à la charge de l'assurance obligatoire des soins pour une durée de six mois (ch. 6 du dispositif).
C.
La doctoresse A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. A titre principal, elle conclut au rejet de la demande; à titre subsidiaire, elle conclut au renvoi de la cause à la juridiction arbitrale.
Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 2 LTF, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2.
2.1. Le litige porte en premier lieu sur le bien-fondé de l'obligation de restituer la somme globale de 256'104 fr. 60 au titre des honoraires reçus par la recourante à raison de traitements jugés non économiques qu'elle a prodigués au cours des années 2010 à 2013.
2.2. Les juges arbitres ont exposé les règles applicables à la solution du litige, singulièrement l'art. 56 al. 1 et 2 LAMal, si bien qu'il suffit de renvoyer au jugement attaqué (consid. 6).
Cela étant rappelé, les arbitres ont relevé que pour s'opposer aux prétentions des intimées, la recourante s'était limitée à contester, de manière toute générale, le bien-fondé de l'arrêt cantonal du 31 août 2012 et de l'arrêt du Tribunal fédéral du 12 avril 2013 (9C_821/2012), en réaffirmant qu'elle ne voyait pas comment réduire ses coûts. Dans cette procédure précédente, il avait été jugé que la recourante avait violé le principe d'économicité pour les années 2004 et 2007, et qu'elle n'avait pas pu se targuer de particularités liées à sa pratique médicale qui auraient justifié un coût moyen plus élevé et, partant, l'admission d'une marge supplémentaire ajoutée à la marge de tolérance de 130 % retenue initialement par Santésuisse.
En l'absence d'argumentation nouvelle de la recourante, les arbitres ont admis qu'il n'y avait aucune raison de s'écarter des considérations de l'arrêt 9C_821/2012 et de remettre en cause, quant à son principe, le bien-fondé des nouvelles prétentions des intimées formulées au titre de la polypragmasie dans le cadre de la présente procédure pour les années 2010 à 2013. Il n'appartenait pas à Santésuisse ni à la juridiction arbitrale d'expliquer à la recourante la voie à suivre pour rendre sa pratique moins onéreuse, d'autant qu'on pouvait raisonnablement douter de sa volonté de la modifier dès lors qu'elle avait toujours refusé de donner suite aux propositions d'entretien formulées par Santésuisse afin de discuter globalement de la situation.
Dans le cas d'espèce, l'utilisation des statistiques RSS permettait d'établir que la recourante avait présenté un indice des coûts directs par malade de 151 en 2010, 162 en 2011, 169 en 2012 et 162 en 2013, de sorte que les prétentions des intimées étaient intégralement fondées pour ces années-là.
2.3. La recourante fait grief à la juridiction arbitrale d'avoir fait preuve d'arbitraire en retenant qu'il n'existait aucune particularité dans la pratique médicale qui justifierait un coût moyen plus élevé que celui de ses collègues actifs dans le même domaine et faisant partie de son groupe de comparaison. Elle soutient que dans le cadre de la précédente procédure qui avait donné lieu à l'arrêt 9C_821/2012, il avait été démontré et établi que sa patientèle était composée à plus de 98 % de patients d'origine étrangère et à plus de 80 % de personnes exerçant des tâches manuelles et autres professions nécessitant une force de travail physique et de retraités issus de ces domaines d'activités. Au regard de la jurisprudence, la patientèle justifiait de s'écarter de la méthode statistique et de la marge de tolérance de 30 %. A cela s'ajoute le fait que les patients d'origine étrangère consultent essentiellement des médecins en soins primaires, et que cette classe sociale défavorisée est employée à des activités de type manuel plus dommageables pour la santé. La recourante soutient que la juridiction arbitrale a fait preuve d'arbitraire dans l'application de l'art. 25 LAMal et de la jurisprudence qui en découle (ATF 136 V 415 consid. 6.2) en ne tenant pas compte de ces particularités. C'est ainsi de façon arbitraire qu'une pratique relevant de la polypragmasie a été retenue (art. 56 al. 2 LAMal) et qu'elle a été condamnée à tort au remboursement d'honoraires.
2.4. Dans l'affaire qui avait abouti à l'arrêt 9C_821/2012 (consid. 5.3), il n'était pas contesté que la patientèle de la recourante était composée à plus de 98 % de patients d'origine étrangère et à plus de 80 % de personnes exerçant des tâches manuelles au cours des années 2004 à 2007. Le Tribunal fédéral avait toutefois considéré que ce simple constat ne permettait pas encore d'expliquer les raisons pour lesquelles la pratique (coûts directs) de la recourante dépassait la marge de tolérance admise par la jurisprudence.
A supposer que la situation n'ait pas évolué depuis lors et que la patientèle de la recourante présente toujours les mêmes caractéristiques particulières pour les années 2010 à 2013, il aurait incombé à la recourante de s'en prévaloir devant la juridiction arbitrale, en se déterminant concrètement à cet égard et en apportant des preuves de ses allégués. Elle n'a toutefois pas collaboré à l'instruction de la cause et a renoncé à répondre à la demande, se contentant de dire qu'elle n'avait rien à se reprocher (cf. lettre du 21 novembre 2015) et qu'elle s'opposait à la demande dans son intégralité (cf. procès-verbal de l'audience de comparution du 8 avril 2016). Ainsi que le Tribunal fédéral le lui avait indiqué dans l'arrêt 9C_821/2012 (consid. 5.3), la recourante aurait pourtant dû préciser en procédure cantonale en quoi la nature particulière de sa patientèle engendrait dans son cas personnel des coûts plus élevés que la normale. Singulièrement, si tel était le cas, la recourante aurait notamment pu mentionner qu'elle faisait usage de méthodes médicales particulières ou qu'elle avait recours à du matériel médical spécifique, voire indiquer que les pathologies traitées différaient fondamentalement de celles de ses collègues figurant dans son groupe de comparaison. La recourante aurait aussi pu s'exprimer sur la question de la compensation des coûts indirects moindres par les coûts directs engendrés, ou démontrer que l'application de la méthode analytique devait s'imposer en lieu et place de la méthode statistique, ce qu'elle n'a pas fait.
L'argumentation de la recourante, qui consiste essentiellement en procédure fédérale à invoquer à nouveau la structure de sa patientèle, ne lui est dès lors d'aucun secours, par identité de motifs avec ce qui avait été exposé au consid. 5.3 de l'arrêt 9C_821/2012. Comme la recourante ne démontre pas en quoi la juridiction arbitrale aurait violé le droit fédéral, d'une part en retenant l'existence d'une polypragmasie, d'autre part en fixant à 256'104 fr. 60 la somme totale à restituer pour les années 2010 à 2013, ses conclusions sont mal fondées.
3.
3.1. Le litige porte en second lieu sur l'exclusion de la recourante de toute pratique à la charge de l'assurance obligatoire des soins durant six mois.
3.2. La juridiction arbitrale a rappelé que les fournisseurs de prestations qui ne respectent pas le caractère économique des prestations au sens l'art. 56 al. 1 LAMal s'exposent en cas de récidive, en vertu de l'art. 59 al. 1 let. d et al. 3 let. a LAMal, à l'exclusion temporaire ou définitive de toute activité à la charge de l'assurance obligatoire des soins. A cet égard, les arbitres ont constaté que depuis de nombreuses années, la recourante avait présenté des indices de coûts par patient sensiblement plus élevés que la moyenne de 100 de ses confrères et supérieurs à l'indice de 130 (marge de tolérance comprise) à partir duquel il y a présomption d'un cas de polypragmasie. Les données figurent dans le tableau suivant:
Indice des coûts directs par malade Indice des coûts totaux Année 2002 181 171 Année 2003 202 187 Année 2004 163 156 Année 2005 141 135 Année 2006 152 143 Année 2007 151 142 Année 2008 156 155 Année 2009 152 151 Année 2010 151 149 Année 2011 162 166 Année 2012 169 172 Année 2013 162 168 Année 2014 168 170
Les arbitres ont aussi relevé que la recourante n'avait pris aucune disposition en vue de respecter le principe de l'économicité des prestations, malgré l'arrêt du 12 avril 2013 (9C_821/2012), et persisté à pratiquer une médecine dispendieuse. De surcroît, elle s'était opposée au recouvrement de la créance confirmée par cet arrêt.
3.3. La recourante se plaint d'abus du pouvoir d'appréciation dans l'application de l'art. 59 al. 1 LAMal et d'arbitraire dans le prononcé de l'exclusion temporaire. Elle soutient que la sanction prononcée est extrême, car elle ne tient pas compte du caractère particulier de sa patientèle et de sa pratique médicale. Elle ajoute qu'elle est sanctionnée doublement, car en plus de l'obligation de restituer les honoraires perçus en trop de 2010 à 2013, elle se voit exclure temporairement, pour les mêmes faits, de toute pratique à charge de l'assurance obligatoire des soins.
Par ailleurs, la recourante est d'avis que la mesure prise à son encontre risque de lui faire perdre sa patientèle qui sera redirigée vers d'autres cabinets médicaux. En outre, le suivi médical de ses patients déjà fragilisés serait entravé et ces derniers pourraient être enclins à actionner les dispositifs d'urgence des HUG. Enfin, son cas ne saurait être comparé à celui d'un médecin à l'encontre duquel une exclusion de deux ans avait été prononcée en raison d'une pratique polypragmasique durant 40 ans, qui avait fait l'objet de nombreuses procédures avec un volet pénal, et avait été condamné à restituer plus d'un million et demi de francs (cf. arrêt K 45/04 du 25 janvier 2006).
3.4. La restitution des honoraires perçus en trop par la recourante a été ordonnée en application de l'art. 56 al. 1 et 2 LAMal (consid. 2 supra) et vise à rétablir l'ordre légal. Il est donc superflu de déterminer si les sanctions dont il est question à l'art. 59 al. 1 LAMal, par renvoi de l'art. 59 al. 3 let. a LAMal, peuvent être cumulées.
Dans une affaire portant sur l'application de l'art. 43 de la loi fédérale sur les professions médicales universitaires du 23 juin 2006 (arrêt 2C_500/2012 consid. 3.3 et les références), le Tribunal fédéral a jugé que les mesures disciplinaires infligées à un membre d'une profession libérale soumise à la surveillance de l'Etat ont principalement pour but de maintenir l'ordre dans la profession, d'en assurer le fonctionnement correct, d'en sauvegarder le bon renom et la confiance des citoyens envers cette profession, ainsi que de protéger le public contre ceux de ses représentants qui pourraient manquer des qualités nécessaires. Les mesures disciplinaires ne visent pas, au premier plan, à punir le destinataire, mais à l'amener à adopter à l'avenir un comportement conforme aux exigences de la profession et à rétablir le fonctionnement correct de celle-ci. En ce sens, les sanctions disciplinaires se distinguent des sanctions pénales. De plus, le principe de la proportionnalité doit être examiné à l'aune des intérêts publics précités.
Dans le cas d'espèce, la suspension du droit de pratiquer à la charge de l'assurance obligatoire des soins d'une durée de six mois, prononcée en vertu de l'art. 59 al. 1 let. d LAMal, n'apparaît aucunement disproportionnée, en particulier si on compare les circonstances du cas d'espèce avec celles qui étaient à l'origine de l'arrêt K 45/04 précité. Compétente pour statuer conformément à l'art. 59 al. 2 LAMal, la juridiction arbitrale a tenu compte de la pratique dispendieuse de la recourante, aussi bien dans sa durée que dans son importance (voir les données reproduites dans le tableau figurant au consid. 3.2 ci-avant). Elle a aussi mis en évidence l'attitude de la recourante qui n'entendait pas changer sa méthode de travail contraire au principe de l'économicité des prestations (art. 56 al. 1 LAMal) pour laquelle elle avait précédemment été condamnée et qui, de manière tout aussi désinvolte, s'est désintéressée du procès en renonçant à collaborer à l'instruction de la cause (refus de se présenter à l'audience de conciliation et de désigner son arbitre, absence de dépôt d'une réponse à la demande). Devant le Tribunal fédéral, la recourante n'a d'ailleurs pas indiqué qu'elle modifierait sa pratique médicale.
Finalement, à peine de vider l'art. 59 al. 1 let. d LAMal de son sens, les éventuelles répercussions de la suspension litigieuse à l'égard de tiers (coûts supplémentaires pour les HUG, inconvénients pour les patients) constituent des facteurs qui ne sauraient entrer en ligne de compte pour apprécier le caractère proportionné d'une sanction qui touche uniquement le fournisseur de prestations incriminé.
4.
La recourante, qui succombe sur le fond, supportera les frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF; ch. 1 du Tarif des émoluments judiciaires du Tribunal fédéral).
Si la requête d'attribution de l'effet suspensif au recours a été admise dans la mesure où elle portait sur l'exclusion de la recourante de toute pratique à la charge de l'assurance obligatoire des soins durant six mois, la requête d'effet suspensif a été rejetée en tant qu'elle concernait la restitution de la somme totale de 256'104 fr. 60 (cf. ordonnance du 24 janvier 2017). Les dépens des parties seront donc compensés à cet égard, la question spécifique de l'effet suspensif ayant fait l'objet d'un échange d'écritures (art. 68 al. 1 et 3 LTF; ATF 119 V 448 consid. 6b p. 456). Sur le fond, les intimées n'ont pas droit à des dépens dès lors qu'elles n'ont pas été invitées à répondre au recours.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 20 avril 2017
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Berthoud