Sachverhalt:
A.
A._, geboren 1965, meldete sich im März 2008 bei der IV-Stelle des Kantons St. Gallen zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 23. März 2009 wies die IV-Stelle das Gesuch um Eingliederungsmassnahmen und Rente ab. Nachdem A._ dagegen hatte Beschwerde einreichen lassen, wiederrief die IV-Stelle ihre Verfügung und das Gerichtsverfahren wurde abgeschrieben. Am 1. April 2010 sprach die IV-Stelle A._ vom 1. August bis 31. Dezember 2008 eine halbe Invalidenrente zu. Mit Entscheid vom 7. Mai 2012 hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die dagegen erhobene Beschwerde gut und wies die Sache zu weiterer Abklärung und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurück.
Gestützt auf das polydisziplinäre MEDAS-Gutachten vom 29. Mai 2013 lehnte die IV-Stelle mit Verfügung vom 16. September 2013 den Anspruch auf eine Invalidenrente ab.
B.
Das Versicherungsgericht hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 3. November 2016 gut und sprach A._ unter Aufhebung der Verfügung vom 16. September 2013 ab 1. Juni 2013 eine Dreiviertelsrente zu.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Verfügung vom 16. September 2013 zu bestätigen. Zudem ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Das Versicherungsgericht schloss in ihrer Stellungnahme vom 23. Januar 2017 auf Abweisung der Beschwerde. A._ liess in seiner Eingabe vom 25. Januar 2017 die Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des vorinstanzlichen Entscheids beantragen; zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Mit Verfügung vom 9. Februar 2017 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde der IV-Stelle aufschiebende Wirkung.
Erwägungen:
1.
1.1. Formell handelt es sich beim vorinstanzlichen Entscheid um einen Rückweisungsentscheid. Rückweisungsentscheide sind grundsätzlich Zwischenentscheide, welche nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar sind, auch wenn damit über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden wird (BGE 133 V 477 E. 4.2 und 4.3 S. 481 f.; 132 III 785 E. 3.2 S. 790 f.; 129 I 313 E. 3.2 S. 316). Wenn jedoch der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, handelt es sich in Wirklichkeit um einen Endentscheid nach Art. 90 BGG (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1 mit Hinweisen; Urteile 8C_829/2016 vom 30. Juni 2017 E. 1.1 und 8C_40/2017 vom 11. April 2017 E. 1.1).
1.2. Das kantonale Gericht hat in seinem Dispositiv dem Versicherten eine Invalidenrente zugesprochen und die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen, damit diese die Rentenhöhe festsetze und die Leistungen ausrichte. Da die Rückweisung somit lediglich noch der rechnerischen Umsetzung des Angeordneten dient, wobei der Verwaltung kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, liegt - wie die IV-Stelle zu Recht darlegt - in Wirklichkeit ein Endentscheid nach Art. 90 BGG vor. Da auch die übrigen Eintretensvoraussetzungen nach Art. 82 ff. BGG erfüllt sind, ist auf die Beschwerde der IV-Stelle einzutreten.
2.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 141 V 234 E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
3.
Streitig ist der Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente.
4.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 IVG) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Rechtsprechung zu somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren Leiden (BGE 141 V 281). Darauf wird verwiesen.
Bezüglich des von der Vorinstanz erwähnten Begriffs der Erwerbsunfähigkeit bleibt zu ergänzen, dass bei der Beurteilung einer Erwerbsunfähigkeit ausschliesslich die Folgen einer gesundheitlichen Beeinträchtigung zu berücksichtigen sind und eine Erwerbsunfähigkeit nur dann vorliegt, wenn sie aus objektiver Sicht nicht überwindbar ist (Art. 7 Abs. 2 ATSG).
Weiter ist festzuhalten, dass die Änderung einer Rechtsprechung sich auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können muss, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist. Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis des Gesetzeszwecks, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht (BGE 140 V 538 E. 4.5 S. 541 mit Hinweisen).
5.
Die Vorinstanz hat die massgeblichen ärztlichen Berichte und Gutachten in ihrem Entscheid einlässlich wiedergegeben, worauf ebenfalls verwiesen wird.
6.
6.1. Nicht streitig ist, dass das MEDAS-Gutachten vom 29. Mai 2013 den beweisrechtlichen Anforderungen der Rechtsprechung genügt und im Folgenden darauf abgestellt werden kann. Ebenfalls nicht streitig ist, dass dem Versicherten in somatischer Hinsicht eine leidensangepasste Tätigkeit voll zumutbar ist.
6.2. Nach Ansicht der Vorinstanz ist jedoch eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % aus psychischen Gründen ausgewiesen: Unter Berücksichtigung der vom MEDAS-Teilgutachter diagnostizierten mittelgradigen depressiven Episode ohne somatisches Syndrom und chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren sowie des Verdachts auf eine posttraumatische Belastungsstörung prüfte sie die zumutbare Arbeitsfähigkeit aus psychiatrischer Sicht ab Januar 2009. Bei der Prüfung nach BGE 141 V 281 kam sie zum Schluss, angesichts der leichten Ausprägung der diagnoserelevanten Befunde und Symptome bestehe kein therapieresistenter Zustand und auf der Persönlichkeitsebene seien erhebliche Ressourcen vorhanden, so dass es dem Versicherten zumutbar sei, die Schmerzen willentlich zu überwinden und einer Arbeit nachzugehen. Es sei aber irrelevant, ob mit dem psychiatrischen Teilgutachter von einer gewissen Einschränkung der Willenskraft auszugehen sei oder nicht, da bereits infolge der diagnostizierten depressiven Symptomatik die Arbeitsfähigkeit um 50 % reduziert sei. Entgegen der bundesgerichtlichen Rechtsprechung stelle dies einen invalidisierenden Gesundheitsschaden dar. In der Folge ermittelte sie im Rahmen eines Einkommensvergleichs einen Invaliditätsgrad von 61 % und sprach dem Versicherten ab 1. Juni 2013 eine Dreiviertelsrente zu.
6.3. Die IV-Stelle macht in ihrer Beschwerde geltend, das Bundesgericht habe im von der Vorinstanz gerügten Urteil 9C_530/2016 vom 14. Oktober 2016 gerade seine ständige Rechtsprechung zu den mittelgradigen Depressionen bestätigt. Mit Urteil 9C_125/2015 vom 18. November 2015 E. 7.2.1 habe es entschieden, dass auch BGE 141 V 281 an dieser Rechtsprechung, wonach leichte bis höchstens mittelschwere Störungen aus dem depressiven Formenkreis in der Regel therapierbar und invalidenversicherungsrechtlich zu keiner Einschränkung der Arbeitsfähigkeit führen, nichts geändert habe. Der vorinstanzliche Entscheid stehe somit in Widerspruch zur Rechtsprechung. Die Argumentation, diese sei nicht gesetzeskonform, verkenne, dass Art. 8 Abs. 1 ATSG nicht isoliert betrachtet werden könne; vielmehr definiere Art. 7 ATSG die Erwerbsunfähigkeit. Das zu berücksichtigende Kriterium der Therapieresistenz sei Ausfluss des Grundsatzes, dass im Zug der objektivierten Betrachtungsweise Validität und nicht Invalidität vermutet werde (BGE 140 V 290 E. 4.1 S. 297). Auch übersehe die Vorinstanz, dass immer eine Beurteilung im Einzelfall zu erfolgen habe. So sei stets zu prüfen, ob im konkreten Fall die Therapie konsequent gewesen sei bzw. ob die aus fachärztlicher Sicht indizierten zumutbaren Behandlungsmöglichkeiten in kooperativer Weise optimal und nachhaltig ausgeschöpft worden seien (BGE 140 V 193 E. 3.3 S. 197). Im konkreten Fall sei mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass kein therapieresistenter Zustand vorliege. Der psychiatrische MEDAS-Gutachter habe auch dargelegt, dass die Therapiemöglichkeiten noch nicht ausgeschöpft seien. Zudem liege nach den Feststellungen der Vorinstanz die mittelschwere depressive Symptomatik erst seit Juni 2012 vor. Das werde dadurch untermauert, dass der psychiatrische Teilgutachter bei der Exploration am 20. Februar 2013 eine mittelgradige depressive Episode diagnostiziert habe. Von einer invalidenversicherungsrechtlich relevanten Therapieresistenz könne unter diesen Umständen nicht gesprochen werden. Daran ändere nichts, dass die Therapie bis anhin lege artis durchgeführt worden und die Compliance gut sei. Dasselbe gelte für die fachärztliche Prognose, mit den vorgeschlagenen Massnahmen könne wahrscheinlich die Arbeitsfähigkeit nur auf dem attestierten Niveau stabilisiert werden. Angesichts der fehlenden Therapieresistenz habe die Vorinstanz bundesrechtswidrig eine invalidisierende Wirkung der mittelgradigen Episode bejaht. Bei bundesrechtskonformer Beweiswürdigung fehle es im massgebenden Zeitraum unter Berücksichtigung der nicht schwer ausgeprägten Schmerzstörung, fehlender psychischer wie auch somatischer Komorbidität, günstiger persönlicher Ressourcen und der im Rahmen der Schadenminderungspflicht zumutbaren Therapie auch in Anwendung der neuen Indikatoren an einem invalidisierenden Gesundheitsschaden.
6.4. In ihrer Stellungnahme vom 23. Januar 2013 legt die Vorinstanz einlässlich ihr Verständnis der Erwerbsunfähigkeit nach Art. 7 Abs. 1 und 2 ATSG dar und macht geltend, das Bundesgericht auferlege mit seiner Rechtsprechung den Versicherten die Beweisführungslast, was zur Folge habe, dass die Ausrichtung einer Invalidenrente bei leichter oder mittelschwerer Depression de facto ausgeschlossen sei. Abgesehen davon, dass dies im Rahmen des Gleichbehandlungsgebots nicht gerechtfertigt sei, beruhe die bundesgerichtliche Praxis auf einem Fehlverständnis der beweisrechtlichen Funktion der allgemeinen Lebenserfahrung.
6.5. Der Versicherte lässt in seiner Stellungnahme vom 25. Januar 2017 vorbringen, es liege Therapieresistenz vor; denn er habe sich jahrelang therapeutischen Massnahmen unterzogen, die jedoch die Symptome weder gemildert noch verschwinden lassen hätten, und der psychiatrische MEDAS-Gutachter spreche klar von einer Chronifizierung und der behandelnde Psychiater gehe von Therapieresistenz aus. Aus den Akten sei ersichtlich, dass nach über neun Jahren Therapie niemand mehr die Meinung vertrete, es werde bei ihm zu einer Besserung oder gar Heilung kommen. Die IV-Stelle verkenne, dass psychische und somatische Leiden gleichgestellt seien; es gehe nicht an, dass sie ihre eigene Einschätzung von Art. 7 Abs. 2 ATSG über die medizinische Fachmeinung setze. Eine Ungleichbehandlung von psychischen und somatischen Leiden stelle auch einen Verstoss gegen Art. 8 Abs. 2 BV dar; dies sei auch im Rahmen der 4. IV-Revision im Nationalrat betont worden. Auch übersehe die IV-Stelle, dass die Behandelbarkeit einer Invalidenrente nicht im Wege stehe und einer allfälligen Besserung im Rahmen einer Rentenrevision zu begegnen sei; darauf sei im Nationalrat ebenfalls im Rahmen der 4. IV-Revision hingewiesen worden.
7.
Die IV-Stelle legt in ihrer Beschwerde die geltende Rechtsprechung zu der invalidisierenden Wirkung von psychischen Gesundheitsschäden, namentlich bei leichten und mittelgradigen Depressionen, zutreffend dar. Da das Bundesgericht in letzter Zeit mehrfach seine Rechtsprechung zu leichten und mittelschweren Depressionen im Rahmen von Beschwerdeverfahren gegen Entscheide des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen bestätigt hat (vgl. etwa Urteile 8C_222/2017 vom 6. Juli 2017 E. 5, 8C_753/2016 vom 15. Mai 2007 E. 4, 8C_5/2017 vom 11. April 2017 E. 4 und 5, 8C_14/2017 vom 15. März 2017 E. 4 und 5.4, 8C_700/2016 vom 24. Januar 2017 E. 4 sowie 9C_434/2016 vom 14. Oktober 2016 E. 6.3), wird darauf verwiesen.
Was die von der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid angeführten Gründe für eine Abkehr von dieser Rechtsprechung betrifft, vermögen diese keine Praxisänderung zu bewirken (oben E. 4 in fine) : Entgegen der Annahme der Vorinstanz beruht die bundesgerichtliche Rechtsprechung weder auf einer unzulässigen Auferlegung der Beweisführungspflicht auf die Versicherten noch auf einem Fehlverständnis der allgemeinen Lebenserfahrung. Die verlangte Ausschöpfung der zumutbaren Therapieoptionen ist Ausfluss der im ganzen Sozialversicherungsrecht als allgemeiner Rechtsgrundsatz geltenden (vgl. BGE 142 V 442 E. 6.2 S. 447 mit Hinweis) und in Art. 7 Abs. 2 ATSG eingeflossenen Schadenminderungspflicht, wobei Art. 7 Abs. 2 Satz 2 ATSG nicht bloss die Schadenminderungspflicht statuiert, sondern die Übernahme der im Grundsatz bereits mit BGE 102 V 65 eingeführten Rechtsprechung darstellt, wonach invalidenversicherungsrechtlich Erwerbsunfähigkeit nur bei objektiver Unüberwindbarkeit gegeben ist (BGE 135 V 215 E. 7 S. 228; vgl. auch SVR 2010 IV Nr. 4 S. 7 E. 4.3 [9C_46/2009] und Urteil 8C_107/2013 vom 23. April 2013 E. 3). Weiter verkennt die Vorinstanz auch, dass es von jeher die versicherte Person ist, welche bei der (erstmaligen) Beanspruchung von Leistungen die Erfüllung der notwendigen Voraussetzungen nachzuweisen hat (BGE 139 V 547 E. 8.1 S. 563).
Auch die vom Versicherten vorgebrachten Gründe vermögen an der bundesrechtswidrigen Auffassung der Vorinstanz nichts zu ändern: Soweit der Versicherte sich auf Aussagen von Mitgliedern des Nationalrates im Rahmen der Beratung der 4. IV-Revision beruft, kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn der hier massgebliche Art. 7 Abs. 2 ATSG wurde im Rahmen der 5. IV-Revision ins Gesetz aufgenommen, so dass die erwähnten Voten überholt sind. Ebenso unbehelflich ist der Verweis des Versicherten auf BGE 139 V 547 E. 7.1.4 S. 562, da die dortige Aussage, wonach gewisse psychische Leiden bezüglich Überprüfbarkeit und Objektivierbarkeit wie somatische Erkrankungen zu behandeln seien, sich nicht auf depressive Leiden bezieht und bezüglich der Schmerzstörung explizit verneint wird. Weiter liegt keine Verletzung von Art. 8 Abs. 2 BV vor, wenn bei psychischen Beschwerden die in Art. 7 Abs. 2 Satz 2 ATSG vorgeschriebene objektive Unüberwindbarkeit verlangt wird; vielmehr ist bei psychischen Beschwerden - wie auch bei somatischen - davon auszugehen, dass diese einer Arbeitsfähigkeit nicht entgegenstehen, und es verstiesse gegen Art. 8 Abs. 2 BV, wenn psychischen Erkrankungen ein höherer Wert zuerkannt und diese daher bevorzugt behandelt würden (BGE 142 V 106 E. 4.3 S. 110).
8.
8.1. Im konkreten Fall ist gestützt auf das voll beweiskräftige polydisziplinäre MEDAS-Gutachten vom 29. Mai 2013 im massgebenden Zeitpunkt (16. September 2013; BGE 131 V 242 E. 2.1 S. 243) ausgewiesen, dass beim Versicherten als die Arbeitsfähigkeit einschränkende Leiden ein zervikospondylogenes Syndrom bei abgeflachter Zervikallordose und leicht- bis mässiggradiger rechtskonvexer Torsionsskoliose, eine mittelgradige depressive Episode ohne somatisches Syndrom (ICD-10: F 32.10) mit Verdacht auf eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10: F 43.1) und eine chronische Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10: F. 45.41) vorlag. Unter Berücksichtigung dieser Diagnosen attestierten die Gutachter volle Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Maschinist/Lagerist/Staplerfahrer und ab Juni 2012 eine solche von 50 % in einer körperlich leichten, in einer mittelschweren sowie in einer phasenweise auch schweren angepassten Tätigkeit, wobei die Leistungseinschränkung sich vor allem aus psychiatrischer Sicht ergebe. Nach Ansicht der Gutachter ist es für den Versicherten bereits aus therapeutischer Sicht wichtig, eine adäquate Arbeit zu finden. Die Fortsetzung der psychiatrisch-psychotherapeutischen Behandlung erachtete der psychiatrische Experte als unbedingt notwendig. Dem psychiatrischen Teilgutachten ist zudem zu entnehmen, dass der Versicherte in der Regel einmal pro Monat, im Jahr vor der Begutachtung zwei Mal pro Monat zum Psychiater ging und die Medikamente einnahm. Weiter stellte der Experte fest, der reaktive Charakter der Depression spreche für eine günstige Prognose, die Chronifizierung und Verschlechterung trotz adäquater Behandlung für eine ungünstige Prognose.
8.2. Für die Beurteilung des psychischen Gesundheitsschadens ist die erwähnte posttraumatische Belastungsstörung unbeachtlich, da es sich lediglich um eine Verdachtsdiagnose handelt und selbst der Experte ihr kaum einen Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit zuschreibt. Mit der Vorinstanz, welche unter Berücksichtigung der Rechtsprechung von BGE 141 V 281 den Gesundheitsschaden geprüft hat, bewirkt auch die diagnostizierte Schmerzstörung keine rechtlich relevante Arbeitsfähigkeit, da angesichts des trotz der geklagten Einschränkungen recht aktiv gestalteten Alltags von einer leichten Ausprägung der diagnoserelevanten Befunde und Symptome auszugehen ist und der Versicherte auf der Persönlichkeitsebene über erhebliche Ressourcen zur positiven Beeinflussung seines Leistungsvermögens verfügt (E. 2.4.4 des vorinstanzlichen Entscheids). Bezüglich der mittelschweren Depression ist festzuhalten, dass gemäss dem psychiatrischen Experten noch therapeutische Optionen vorliegen. Zudem ist fraglich, ob die Behandlung alle zwei bis vier Wochen den Anforderungen der Rechtsprechung genügt (Urteil 8C_444/2016 vom 31. Oktober 2016 E. 6.2.2, wo ein Termin alle zwei bis drei Wochen für eine konsequente Depressionstherapie als ungenügend bezeichnet wurde, sowie SVR 2016 IV Nr. 51 S. 173 E. 5.3.2 [8C_131/2016], wo die Vorinstanz es offen liess, ob eine Behandlung alle 14 Tage ausreiche, das Bundesgericht aber die Therapieresistenz deswegen als fraglich hielt, diese aber v.a. wegen zweimalig erreichten Verbesserungen verneinte). Schliesslich ist angesichts der erst seit Juni 2012 attestierten Arbeitsunfähigkeit mit der IV-Stelle nicht von einem anhaltenden, therapieresistenten Zustand auszugehen. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass der psychiatrische Experte eine adäquate Behandlung mit guter Compliance attestiert und mittelfristig von keiner Verbesserung, sondern lediglich einer Stabilisierung des Niveaus ausgeht, da die Depression mangels Therapieresistenz keinen invalidenversicherungsrechtlich massgebenden Gesundheitsschaden im Sinne der Rechtsprechung darstellt.
Insgesamt ist im Verfügungszeitpunkt (16. September 2013) mit der nicht schwer ausgeprägten Schmerzstörung, fehlender psychischer und somatischer Komorbidität, günstigen persönlichen Ressourcen und fehlender Therapieresistenz kein invalidenversicherungsrechtlich relevanter Gesundheitsschaden nach Art. 7 Abs. 1 und 2 ATSG ausgewiesen. Die Vorinstanz hat somit zu Unrecht eine Rente zugesprochen.
9.
9.1. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat jedoch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Seine Anträge sind angesichts seiner prozessualen Stellung als Beschwerdegegner nicht als aussichtslos zu bezeichnen (Urteil 8C_743/2010 vom 24. März 2011 E. 5.2 sowie Thomas Geiser, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 22 zu Art. 64 BGG); da auch seine Bedürftigkeit ausgewiesen ist, wird ihm die unentgeltliche Rechtspflege gewährt (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Somit werden die Gerichtskosten vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen und seinem Anwalt eine Entschädigung aus der Bundesgerichtskasse bezahlt. Der Versicherte hat jedoch Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 3. November 2016 wird aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 16. September 2013 bestätigt.
2.
Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Martin Frey wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. September 2017
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold