Faits :
A.
Inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud depuis 1992, X._ SA (ci-après: la Société), dont l'actionnaire unique est Y._, a pour but la vente de produits d'assurance par le canal d'intermédiaires d'assurances, la gestion de prestations et de primes dans tous les domaines de l'assurance privée et sociale, les audits, expertises et la fiducie en assurances.
B.
B.a. Le 30 novembre 2010, la Société a déclaré, pour l'année 2009, un bénéfice imposable de 698'184 fr. et un capital imposable de 834'761 fr. Le 2 décembre 2010, elle a produit ses comptes de l'exercice 2009 et la justification des provisions comptabilisées au 31 décembre 2009 pour un montant total de 1'254'000 fr., dont, au poste n° 2550, 500'000 fr. de "risques commerciaux", accompagnés de la mention suivante: "Cette provision est constituée pour couvrir le risque lié à l'obtention de l'objectif fixé par Z._. En effet, s'ils n'atteignent pas les objectifs, ils ne touchent pas les *Bonus. Pour 2009, ce bonus représentait 1'700'000 fr. Voir conventions". Par décision de taxation du 17 juin 2013, l'Administration cantonale a arrêté le bénéfice imposable de la Société pour 2009 à 1'198'000 fr. et son capital imposable à 1'334'000 fr. En substance, l'autorité fiscale a repris au bénéfice déclaré le montant de 500'000 fr. (provision n° 2550). La Société a formé réclamation contre cette décision.
B.b. Pour l'année 2010, la Société a déclaré un bénéfice imposable de 398'019 fr. et un capital imposable de 1'001'780 fr. Par décision du 9 juillet 2015, l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud (ci-après: l'Office cantonal) a arrêté le bénéfice imposable de la contribuable à 398'000 fr. et son capital imposable à 1'501'000 fr. Pour l'année 2011, la Société a déclaré un bénéfice imposable de 74'013 fr. et un capital imposable de 950'794 fr. Par décision du 9 juillet 2015 également, l'Office cantonal a fixé une perte de 25'900 fr. et arrêté le capital imposable à 1'350'000 fr. Pour l'année 2012, la Société a déclaré un bénéfice imposable de 8'036 fr. et un capital imposable de 956'100 fr. Par décision du 15 juillet 2015, l'Office cantonal a fixé une perte de 417'600 fr. et arrêté le capital imposable à 956'000 fr. La Société a formé réclamation contre ces trois décisions.
B.c. Le 20 octobre 2015, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations déposées par la Société et confirmé les décisions de taxation des 17 juin 2013, 9 et 15 juillet 2015. Saisie d'un recours contre la décision sur réclamation, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté celui-ci et confirmé la décision sur réclamation précitée par arrêt du 22 avril 2016.
C.
Contre l'arrêt du 22 avril 2016, la Société forme, sous la plume de la société fiduciaire Firel Berney SA, un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, auquel elle demande, sous suite de frais et "dépens d'avocat", principalement, d'annuler l'arrêt querellé et, subsidiairement, d'annuler ledit arrêt et de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal, l'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Dans sa détermination du 13 octobre 2016, la recourante a déclaré persister dans les termes de son recours.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal cantonal a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) que pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC), ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262). La Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_491/2016) et l'autre les ICC (2C_490/2016). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71 LTF [RS 173.110] et 24 PCF [RS 273]; ATF 142 II 293 consid. 1.2 p. 296; arrêt 2C_829/2016 du 10 mai 2017 consid. 1).
2.
2.1. La décision attaquée constitue une décision finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. également l'art. 146 LIFD [RS 642.11] et, s'agissant d'une matière fiscale harmonisée [impôts sur le bénéfice et le capital des personnes morales: cf. les art. 24 ss et 29 ss LHID, RS 642.14; intégrés au Titre 3 de cette loi], l'art. 73 al. 1 LHID pour ce qui concerne les ICC).
2.2. Déposé en temps utile (art. 100 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF), par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'elle a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours est recevable. Il convient donc d'entrer en matière, sous réserve de la précision qui suit (consid. 2.3 infra).
2.3. Représentée par une société fiduciaire, la recourante ne conclut formellement qu'à l'annulation de l'arrêt querellé et, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Au vu de la nature réformatoire du recours en matière de droit public, de telles conclusions ne satisfont pas en tant que telles aux conditions de recevabilité (cf. art. 42 al. 1, 107 al. 2 LTF). Il convient toutefois, en matière de droit public, de ne pas se montrer trop formaliste du moment où l'on comprend ce que veut obtenir le recourant (ATF 133 II 409 consid. 1.4 p. 414 s.; arrêt 2C_988/2015 du 29 mars 2017 consid. 1.2). En l'espèce, on saisit que la recourante requiert du Tribunal fédéral qu'il annule l'arrêt attaqué et admette, respectivement renvoie la cause à l'instance inférieure pour que celle-ci reconnaisse que l'inscription de la provision de 500'000 fr. au bilan de la Société au 31 décembre 2009 était justifiée, que l'Administration cantonale avait à tort repris ce montant en 2009 et que l'augmentation consécutive du capital imposable pour les périodes fiscales 2009 à 2012 devait être corrigée. Il y a donc lieu de déclarer recevable le recours interjeté par la recourante (cf. ATF 136 V 131 consid. 1.2 p. 135 s.).
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), mais n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368). Ce faisant, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce qu'il incombe à la partie qui conteste les faits constatés de démontrer d'une manière circonstanciée (cf. art. 106 al. 2 LTF; ATF 141 I 36 consid. 1.3 p. 41).
Dans la mesure où, en particulier dans la partie "en fait" de son mémoire, la recourante présente sa propre version des faits ou complète librement l'état de fait, sans invoquer ou établir ni l'arbitraire, ni une autre violation des droits fondamentaux, le Tribunal fédéral ne peut pas en tenir compte. Il statuera donc sur la base des faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.
4.
Le litige porte sur la prise en compte de la provision de 500'000 fr. capitalisée par la recourante durant la période fiscale de 2009, et ses conséquences sur le montant de son capital imposable pour les années 2009 à 2012.
4.1. Il ressort de l'arrêt attaqué que la Société avait justifié l'inscription d'une provision de 500'000 fr. en 2009 (poste comptable n° 2550; soit 380'000 fr. de plus que la provision créée pour l'exercice 2008) par le risque de refus d'octroi par le groupe d'assurances Z._ du bonus de fidélisation de la clientèle qui, selon l'intéressée, lui faisait courir le danger d'être privée d'une recette existentielle (1'734'437 fr. pour 2009) et de devoir licencier de nombreux employés. En effet, tel qu'il résulte des constatations du Tribunal cantonal, pour réduire ses coûts dans la perspective de l'augmentation prévisible de ses primes pour l'assurance-maladie de base, Z._ avait établi, avec effet au 1er mars 2009, un nouveau règlement (reconduit le 1er juillet 2010) concernant les commissions pour les affaires de la clientèle privée, aux termes duquel le bonus de fidélisation de la clientèle serait dorénavant versé, à condition que la production annuelle de l'intermédiaire atteigne au moins 250 nouveaux clients par année, d'une part, et que l'évolution de l'effectif total soit positive par rapport à l'année précédente, d'autre part.
A l'aune des pièces au dossier, le Tribunal cantonal a constaté que la recourante était intervenue à plusieurs reprises avec succès auprès de Z._, afin d'obtenir la suppression ou l'adaptation de la clause précitée en sa faveur. Ainsi, la convention complémentaire n° 196 (ci-après: la Convention n° 196), signée avec Z._ le 10 novembre 2009 et couvrant la période du 1er mars 2009 au 28 février 2010, assignait à la Société un objectif minimum annuel de 2'000 conclusions de contrats pour 2009, en contrepartie du droit au versement du bonus de fidélisation à la fin mai 2010. A la demande de la Société, Z._ a, par convention complémentaire n° 427/428 des 25 octobre, 4 et 8 novembre 2010 (ci-après: la Convention n° 427/428) couvrant la période du 1er mars 2010 au 28 février 2011, accepté d'adapter le règlement reconduit en ce sens que le versement du bonus de fidélisation dépendrait d'un indice de croissance résultant de la différence entre les conclusions et les résiliations des assurances obligatoires de soins. Le Tribunal cantonal a déduit de ces accords que les effets de la nouvelle réglementation de Z._ en matière d'octroi des bonus avaient pu être atténués tant pour les exercices 2009 que 2010. Sur la base de ces éléments, les juges cantonaux ont constaté que, au bouclement des comptes le 31 décembre 2009, la recourante savait ou ne pouvait pas ignorer que le risque envisagé ne se réaliserait pas, si bien que sa comptabilisation n'était pas justifiée par l'usage commercial et qu'une reprise du montant provisionné s'imposait au regard des art. 63 al. 2 LIFD et 100 al. 2 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11), augmentant par là le capital imposable de la Société durant les exercices subséquents.
4.2. Dans son recours devant le Tribunal fédéral, la Société affirme avoir subi une baisse effective de ses chiffres d'affaires et bénéfice imposable durant les périodes litigieuses, ensuite des problèmes rencontrés avec Z._. Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir effectué une reprise fiscale contraire aux principes de déterminance et de prudence, aux art. 669 aCO et 960 CO (RS 220) gouvernant la constitution de provisions, à l'art. 58 LIFD et à l'approche économique du droit fiscal.
I. Impôt fédéral direct
5.
5.1. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend en particulier le solde du compte de résultats (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). L'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial (ou principe de déterminance; en all. "Massgeblichkeitsprinzip"; cf. notamment PIERRE-MARIE GLAUSER, IFRS et droit fiscal - Les normes true and fairet le principe de déterminance en droit fiscal suisse actuel, in Archives 74 p. 529 ss, 533 s.), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut donc s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2 p. 359; arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.1, in RDAF 2015 II 267). Selon ce principe, le contribuable est lié à la situation patrimoniale de la période fiscale (cf. principe de périodicité de l'impôt; ATF 137 II 353 consid. 6.4 p. 361 ss), telle qu'elle ressort des livres de compte régulièrement établis.
En revanche, si la comptabilisation se fait de manière contraire au droit commercial, une correction de bilan est possible jusqu'à l'entrée en force de la déclaration d'impôt. La correction de bilan peut intervenir en faveur ou en défaveur du contribuable (arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.2, in RDAF 2015 II 267; GLAUSER, op. cit., p. 534). Lors d'une reprise de bénéfice effectuée dans le cadre d'une correction de bilan, l'autorité fiscale doit donc également corriger d'office les montants de provision pour impôts des années en cause, cette correction devant au demeurant intervenir indépendamment de la volonté du contribuable et du fait qu'il ait ou non pu reconnaître l'erreur figurant dans son bilan commercial (arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.5, in RDAF 2015 II 267).
5.2. S'agissant plus particulièrement des provisions au bilan, celles-ci peuvent, selon l'art. 63 al. 1 LIFD, être constituées à la charge du compte de résultat notamment pour les engagements de l'exercice dont le montant est encore indéterminé (let. a), les risques de pertes sur des actifs circulants, notamment sur les marchandises et les débiteurs (let. b), les autres risques de pertes imminentes durant l'exercice (let. c) et les futurs mandats de recherches et de développement confiés à des tiers [...] (let. d). D'après l'art. 63 al. 2 LIFD, les provisions qui ne se justifient plus sont ajoutées au bénéfice imposable.
Pour être admise en droit fiscal, la provision doit avoir été dûment comptabilisée (arrêt 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.1, in RDAF 2011 II 70; ROBERT DANON, ad art. 63 LIFD, in Commentaire romand IFD, 2e éd., 2017, n. 9 p. 1234 s.), être justifiée par l'usage commercial et porter sur des faits dont l'origine se déroule durant la période de calcul (arrêts 2C_945/2011 du 12 octobre 2012 consid. 2.2, in RF 68/2013 p. 80; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.1 et 2.2, in RDAF 2011 II 70).
Selon la jurisprudence, sont toutefois considérées comme justifiées par l'usage commercial, et partant déductibles fiscalement, les provisions qui sont portées au bilan en vue de couvrir un risque de perte imminent; il s'agit de réserves d'amortissement qui doivent être enregistrées, afin que le bilan de la société ne paraisse pas inexact, à savoir trop favorable. Les provisions pour les engagements ("Verpflichtungen") de l'exercice au sens de l'art. 63 al. 1 let. a LIFD, qui entrent en considération en l'espèce, doivent reposer sur un contrat ou sur une loi. Cela comprend les engagements conditionnels, pour autant que la réalisation de la condition soit très vraisemblable. La question de savoir si une provision est justifiée par l'usage commercial doit être examinée sur la base de tous les éléments en présence (arrêts 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 3.1 et les jurisprudences citées; 2C_392/2009 du 23 août 2010 consid. 2.3, in RDAF 2011 II 70).
5.3. Il résulte de l'argumentaire susmentionné (consid. 4 supra) que la recourante a motivé l'inscription d'une provision dans ses comptes de 2009 par le risque de refus d'octroi par le groupe d'assurances Z._ du bonus de fidélisation de la clientèle. Suivant les arguments de l'Administration cantonale, le Tribunal cantonal a cependant, à titre principal, considéré que la recourante était parvenue, durant la période de 2009 déjà, à renégocier en sa faveur les contrats avec Z._, en estompant le risque commercial encouru, si bien qu'au 31 décembre 2009, elle savait ou ne pouvait pas ignorer que le risque envisagé ne se réaliserait pas, de sorte que sa comptabilisation n'était pas justifiée par l'usage commercial.
5.3.1. Déterminer si quelqu'un savait ou devait savoir un élément propre à entraîner une conséquence juridique donnée ne relève pas du droit, mais constitue une question de fait, dont la constatation par l'instance inférieure lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF; arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 5.4, résumé in Archives 84 p. 233; cf. ATF 135 III 410 consid. 3.2 p. 413), sauf si le recourant invoque son caractère manifestement insuffisant ou arbitraire (cf. consid. 3 supra).
Par ailleurs, en droit fiscal, le principe de l'art. 8 CC s'exprime dans le sens où il appartient à l'autorité de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, alors que le contribuable supporte le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale (cf. ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158; arrêts 2C_177/2016 du 30 janvier 2017 consid. 5.5, in RDAF 2017 II 284; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.2, non publié in ATF 140 I 68 mais in RF 69/2014 p. 152).
5.3.2. En l'occurrence, la recourante, qui est représentée par une société fiduciaire, s'en prend à l'arrêt querellé uniquement sous l'angle du droit fiscal matériel et des principes du droit comptable. Elle ne soulève en revanche aucun grief en lien avec les constats de l'autorité précédente selon lesquels elle avait limité, grâce à ses négociations avec Z._, le risque de pertes commerciales dans le courant de l'année 2009 et elle savait ou devait savoir déjà avant la fin de l'année 2009 que le risque envisagé à la base de l'inscription d'une provision de 500'000 fr. ne se réaliserait pas. Partant, ces faits doivent être considérés comme dûment établis et lient la Cour de céans. Sur le plan du droit fiscal, ceci a pour conséquence que la recourante ne pouvait, au 31 décembre 2009, valablement inscrire une provision fondée sur le risque de perdre les bonus alloués par Z._; respectivement, s'agissant d'un élément susceptible de diminuer la charge fiscale de la recourante, cette dernière n'a pas établi de motifs justifiant le maintien, au 31 décembre 2009, d'un risque de perte imminente découlant du changement du système de bonification de Z._.
5.3.3. En conséquence, le Tribunal cantonal a, à bon droit, considéré que la comptabilisation de la Société s'était faite de manière contraire au droit commercial. Il s'ensuit que le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral en confirmant la position de l'Administration cantonale selon laquelle il convenait d'opérer une correction au bilan de la Société s'agissant de l'inscription d'une provision de 500'000 fr. pour la période de 2009 (impôt sur le bénéfice). Ceci entraîne le rejet des griefs de la recourante au sujet de l'IFD relatif aux périodes fiscales concernées.
II. Impôts cantonal et communal
6.
Les principes juridiques précités, qui concernent l'imposition du bénéfice net de la société, la constitution de provisions et la correction du bilan commercial, trouvent leur parallèle en matière d'impôts cantonal et communal (cf., notamment, art. 10 al. 1 let. b cum art. 24 al. 4, 25 et 29 LHID; art. 33, 94 al. 1 et 2 LI/VD). Il peut donc être renvoyé à ce qui précède s'agissant de la correction du bilan 2009. Ceci justifie par ailleurs la confirmation par le Tribunal cantonal, aux développements duquel il sera renvoyé pour le détail, de la reprise des bilans 2009 à 2012 pour ce qui est de l'impôt sur le capital (cf. art. 113 LI/VD et 29 ss LHID). Partant, le recours doit également être rejeté en tant qu'il concerne les ICC.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, tant en matière d'IFD que d'ICC 2009 à 2012. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_490/2016 et 2C_491/2016 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 25 août 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Chatton