Faits :
A.
Par jugement du 12 mai 2015, le Tribunal criminel des Montagnes et du Val-de-Ruz a condamné X._, pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, contraintes sexuelles, viol et inceste, à une peine privative de liberté de quatre ans. Sur le plan civil, il l'a condamné à payer à A._ 15'000 fr. à titre de réparation morale, avec intérêts à 5 % dès le 6 novembre 2009.
B.
Par jugement d'appel du 30 mai 2016, la Cour pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté l'appel formé par X._ et a admis l'appel de B._ ainsi que l'appel joint du Ministère public neuchâtelois. Elle a réformé le jugement attaqué en ce sens qu'elle a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de contraintes sexuelles, d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance et d'inceste, qu'elle a prononcé une peine privative de liberté de cinq ans et qu'elle a ordonné une mesure d'internement. Sur le plan civil, elle a condamné X._ à payer à A._ et à B._, à titre de réparation du tort moral, un montant de 15'000 fr. à chacune d'elles.
En substance, elle a retenu les faits suivants:
B.a. X._ est né en Sicile en 1961 et est venu en Suisse avec sa famille alors qu'il était enfant. Durant un séjour en Serbie, d'octobre 2000 à mai 2001, il a rencontré C._, alors âgée de 22 ans, qui était déjà mère d'une fillette prénommée B_, née en 1997. Le 29 juillet 2001, C._ a donné naissance à D._.
Condamné par défaut le 13 mars 2001 pour actes d'ordre sexuel et contraintes sexuelles au préjudice de sa nièce E._, X._ a demandé le relief de ce jugement. Rejugé, il a été condamné à nouveau à une peine privative de liberté de trois ans.
A sa sortie de prison, il a divorcé de sa première épouse et s'est remarié avec C._ en 2004. Le couple a encore eu deux enfants, A._, née en 2005, et F._, né en 2007.
En mai 2005, B._, fille de C._, âgée d'un peu moins de huit ans, est venue rejoindre la famille entre-temps installée à U._. En 2009, B._ a passé ses vacances en Serbie avec sa mère. Elle a souhaité rester vivre chez son père, au motif que sa mère la frappait. Le 27 août 2009, un tribunal serbe a attribué la garde de l'enfant au père. B._ est rentrée en Suisse durant l'été 2013.
B.b. Le 6 novembre 2009, C._ s'est présentée dans les locaux de la police, en exposant que, deux ou trois jours plus tôt, son mari, X._, avait sexuellement agressé leur fille A._. Interrogée par une inspectrice de police le 9 novembre 2009, la fillette n'a pas confirmé les faits relatés par sa mère. L'inspectrice de police a relevé qu'il était difficile de tirer une conclusion de l'entretien tant l'audition de l'enfant était incompréhensible en raison de sa mauvaise connaissance du français. Le ministère public neuchâtelois a donc classé la plainte de C._ par décision du 6 janvier 2010.
Le 13 février 2010, C._ a été hospitalisée, en raison d'une forte alcoolisation. Ses enfants D._, F._ et A._ ont été placés en institution. Le 20 avril 2010, A._ a déclaré à une éducatrice spécialisée et à une psychologue-psychothérapeute qu'elle avait été victime d'actes d'ordre sexuel de la part de son père. Le 7 septembre 2010, entendue selon les règles de la LAVI, la fillette a confirmé avoir été victime d'actes de nature sexuelle de la part de son père.
B.c. Le 18 janvier 2012, le Dr G._, pédiatre, a signalé à la police que sa patiente, K._, née en 2006, avait été victime, le 24 décembre 2011, d'un acte d'ordre sexuel de la part de X._. L'enfant avait relaté à sa mère que X._ avait sorti son sexe de son pantalon pour le frotter contre la poupée de la fillette, lui expliquant qu'il s'agissait d'un grand doigt. La fillette a confirmé ces faits au pédiatre, puis à la police.
B.d. Le 6 septembre 2013, B._ a déposé une plainte pénale contre X._ au motif qu'elle avait été victime d'actes d'ordre sexuel de 2004 à 2009 de la part de celui-ci. L'enfant a expliqué qu'entre 2004 et 2009, elle avait subi des attouchements de la part de X._, dans la cuisine, dans une chambre de l'appartement où la famille habitait et dans la voiture lorsqu'elle allait à l'école. X._ lui caressait souvent la poitrine et le sexe par-dessus et par-dessous les vêtements et se masturbait en même temps, parfois jusqu'à éjaculation; à une occasion, elle a dû mettre sa main sur son pénis.
C.
Contre le jugement cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à son acquittement et au rejet des conclusions civiles. A titre subsidiaire, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste les faits retenus par la cour cantonale, qu'il qualifie de manifestement inexacts. Il dénonce également la violation de la présomption d'innocence.
1.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (art. 105 al. 1 LTF), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire dans la constatation des faits (sur cette notion, ATF 141 I 49 consid. 3.4 p. 53 et les références citées; ATF 140 I 201 consid. 6.1 p. 205). Le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 142 III 364 consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 10 CPP, 32 al. 1 Cst., 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe " in dubio pro reo ", concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 40 s.). Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe " in dubio pro reo ", celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (ATF 138 V 74 consid. 7 p. 82).
1.2. Dans son acte de recours, qui s'apparente à un mémoire d'appel, le recourant conteste les accusations des victimes et tente d'imposer sa propre version des faits. Une telle démarche, essentiellement appellatoire, ne répond pas aux exigences de motivation déduites de l'art. 106 al. 2 LTF, ce qui rend irrecevable l'essentiel des griefs soulevés par le recourant. La Cour de céans se limitera à répondre aux principaux griefs qui n'apparaissent pas d'emblée irrecevables pour ce motif.
2.
2.1. S'agissant des abus commis sur A._, le recourant fait valoir que la description de son sexe n'est pas un indice de crédibilité des déclarations de l'enfant. Il relève également certaines incohérences et contradictions dans les déclarations de la fillette. Il explique que, lors de l'audition de la police le 9 novembre 2009, sa fille n'avait parlé d'aucun abus sexuel, mais dénoncé spontanément le comportement violent de sa mère. Le 8 avril 2010, en présence de l'éducatrice L._, A._ avait répondu " non " à la question de savoir si cela s'était déjà produit " de mettre les doigts dedans ". Lors de la séance du 29 avril 2010 avec les membres du Centre neuchâtelois de psychiatrie, enfance et adolescence, l'enfant aurait répondu simplement " oui " à des questions fermées (" il lui a été demandé si son papa lui a introduit son zizi dans le petit trou ").
La cour cantonale a expliqué, de manière claire, les éléments qui l'avaient amenée à retenir les déclarations de la fillette comme crédibles. Premièrement, elle a relevé que ses déclarations étaient claires, précises et détaillées et qu'elles ne contenaient pas de contradictions ni d'incohérences. La fillette avait donné des détails, que, vu son âge, elle n'avait pas pu inventer; en outre, elle avait montré de la spontanéité, ce qui paraissait incompatible avec une leçon apprise par coeur. Deuxièmement, la cour cantonale a relevé que l'enfant s'était confiée à de nombreuses personnes, après avoir rapporté les faits à sa mère. Enfin, elle a noté que les faits retenus contre le recourant correspondaient aux observations et aux conclusions du Dr M._, qui, dans son rapport d'expertise, retenait que le recourant présentait un trouble de la personnalité (personnalité fruste, immature, avec une disharmonie tant au plan intellectuel qu'au plan affectif).
Les éléments sur lesquels se fonde la cour cantonale pour conclure à la crédibilité des déclarations de la fillette sont pertinents et convaincants. L'argumentation du recourant ne peut pas être suivie. Les contradictions qu'il voit dans les déclarations de la fillette sont la manifestation de son conflit de loyauté par rapport à son père. Quant à la description faite par la fillette, elle ne se limite pas à celle du sexe de son père, mais porte sur l'ensemble des actes subis. Les griefs soulevés par le recourant sont ainsi infondés.
2.2. Le recourant fait valoir que C._ a instrumentalisé sa fille A._. Il explique que son épouse voulait se séparer de lui et obtenir la garde des enfants; or, il avait lui-même demandé la garde des enfants, en raison de l'alcoolisme et des violences de leur mère. Il insiste sur le fait que, le 9 novembre 2009, la fillette n'avait pas confirmé les accusations de sa mère, ce qui prouverait son innocence; en effet, en novembre 2009, elle n'aurait pas encore été sous l'influence de sa mère et ce n'est qu'après une année de " lavage de cerveau " que la fillette aurait dénoncé son père. Le recourant fait valoir enfin que C._ a vu l'intérêt financier d'une telle mesure qui s'est terminée par l'octroi d'une indemnité de tort moral de 15'000 francs.
La cour cantonale a admis que l'enfant était sous l'influence de sa mère. Toutefois, elle a considéré que C._ avait exercé des pressions sur sa fille pour qu'elle raconte ce qui s'était passé avec son père et non pour qu'elle l'accuse à tort. La cour cantonale n'a pas non plus ignoré le conflit conjugal. Elle a expliqué que, comme C._ avait obtenu son permis d'établissement en juin 2009, cela permettait d'écarter la possibilité d'une plainte déposée dans l'idée de pouvoir rester en Suisse, malgré la séparation du couple. Enfin, la cour cantonale n'a pas méconnu que, lors de sa première audition, la fillette n'avait pas mis en cause son père, mais, selon elle, cela montrerait l'absence de toute influence de la part de la mère. En effet, si les accusations avaient été fausses, la mère aurait, dès la première audition, fait pression sur sa fille pour qu'elle accuse son père.
L'analyse faite par la cour cantonale ne suscite aucune critique; elle est convaincante. Elle n'a pas méconnu l'influence que la mère a pu exercer sur sa fille, mais a considéré que celle-ci ne mettait pas en doute la crédibilité de A._. Par son argumentation, le recourant se borne à présenter sa propre version des faits, soutenant que la mère a instrumentalisé sa fille. Il n'apporte aucun élément propre à démontrer que l'analyse de la cour cantonale serait arbitraire. Dans la mesure de leur recevabilité (art. 106 al. 2 LTF), ses griefs doivent donc être rejetés.
2.3. Le recourant fait valoir que la fillette A._ n'a aucune séquelle et que son comportement ne correspond pas à celui d'une jeune victime d'abus sexuels.
Par cette argumentation, le recourant fait valoir des faits qui ne sont pas constatés dans le jugement attaqué. Son argumentation est donc irrecevable.
3.
3.1. En ce qui concerne les abus commis sur B._, le recourant fait valoir qu'il n'existe aucun élément de preuve matérielle (par exemple ADN), mis à part les déclarations de la jeune fille. Il conteste que le témoignage de l'enseignante soit un élément propre à fonder les abus sexuels. En effet, celle-ci a déclaré qu'elle avait eu des soupçons que B._ avait fait l'objet d'abus sexuels car la jeune fille avait raconté qu'une bête lui était entrée dans le pubis et qu'elle avait pris des poses lascives lors d'une séance de photos. Pour le recourant, ce témoignage n'est pas déterminant, puisque B._ n'a jamais déclaré avoir été violée.
La cour cantonale a fondé la culpabilité du recourant sur plusieurs éléments, et non uniquement sur le témoignage de cette enseignante. Premièrement, elle a constaté que les déclarations de B._ étaient claires et qu'elles ne contenaient aucune contradiction, ni incohérence. Elle n'a pas eu l'impression que l'enfant récitait une leçon apprise ou aurait inventé certaines des accusations qu'elle portait contre le recourant; ses déclarations étaient précises, constantes et l'enfant n'a pas exagéré les faits décrits. En outre, les faits dénoncés par B._ présentaient certaines similitudes avec ceux retenus contre le recourant par le Tribunal correctionnel de V._, le 5 octobre 2001, commis au préjudice de E._. Enfin, les faits retenus contre le recourant correspondaient aux observations et aux conclusions du Dr M._.
Le principe de la libre appréciation des preuves permet au juge de forger sa conviction sur le témoignage de la victime. En l'espèce, la cour cantonale a expliqué les raisons qui l'ont amenée à conclure à la crédibilité des déclarations de B._. Elle a mentionné certains faits qui corroboraient ces déclarations. Le raisonnement de la cour cantonale est convaincant. Le recourant se borne à critiquer un de ces éléments (le témoignage de l'enseignante), mais n'établit pas que la version retenue par la cour cantonale serait arbitraire. Dans la mesure de leur recevabilité (art. 106 al. 2 LTF), les griefs soulevés doivent être rejetés.
3.2. Le recourant met en cause la crédibilité du témoignage de B._, faisant valoir qu'elle aurait changé de version au gré de ses propres intérêts. Ainsi, selon le recourant, la fillette aurait menti lorsqu'elle voulait rejoindre son père en Serbie, accusant sa mère de violences et de séquestration. Au bout de quatre ans, constatant qu'elle n'avait aucun avenir en Serbie, elle aurait à nouveau menti pour revenir en Suisse. Sa mère aurait subordonné son retour à la double condition qu'elle dise avoir menti au sujet des violences invoquées et qu'elle accepte d'accuser le recourant d'abus sexuels. L'enfant aurait du reste déjà accusé à tort le recourant et serait revenue plus tard sur ses déclarations en affirmant que sa mère lui avait dit de porter de telles accusations.
Pour la cour cantonale, la version du recourant, selon laquelle B._ aurait négocié son retour en Suisse, n'est pas crédible. Elle a repris les explications données par C._. En 2009, lorsque l'enfant a voulu rester en Serbie avec son père, la mère lui a demandé si elle avait été victime d'abus sexuels de la part du recourant, mais l'enfant a répondu par la négative. En décembre 2012, alors que B._ était en Serbie, elle en a parlé à sa mère. Lorsqu'elle a appris que sa mère était séparée du recourant, elle a souhaité rentrer en Suisse. Pour la cour cantonale, le fait que l'enfant n'a pas parlé de ces abus à sa mère en 2009, bien que celle-ci l'ait interrogée, ne signifie pas qu'il ne s'est rien passé, dès lors qu'une victime prend souvent du temps avant de pouvoir parler des abus sexuels subis. Par la suite, il ne lui était peut-être pas facile de parler à son père de questions aussi intimes et il est possible qu'elle ait eu peur de sa réaction. Ainsi, pour la cour cantonale, le contexte de dévoilement ne crée pas un doute quant à la culpabilité du recourant.
La cour cantonale a examiné la version des deux époux. Elle a considéré que celle du recourant n'était pas crédible et exposé les motifs qui l'ont conduite à retenir la version de la mère. Le raisonnement de la cour cantonale est convaincant. Le recourant se borne pour sa part à présenter sa propre version des faits, sans expliquer en quoi les explications données par la mère et retenues par la cour cantonale seraient arbitraires. Son argumentation doit être rejetée dans la mesure où elle est recevable (art. 106 al. 2 LTF).
3.3. Le recourant observe que B._ ne montre aucun signe de traumatisme lié à un éventuel abus d'ordre sexuel.
De nouveau, il s'agit d'une simple affirmation du recourant. Par cette argumentation, il s'écarte de l'état de fait cantonal, de sorte que son grief est irrecevable.
3.4. Le recourant fait valoir que C._, qui aurait été mise au courant des abus au mois de décembre 2012, aurait attendu jusqu'au mois de septembre 2013 pour porter plainte.
La cour cantonale n'a pas méconnu cet élément. Elle a expliqué que ce délai de huit mois s'expliquait par le fait que la mère a attendu le retour de B._ en Suisse. Elle a du reste agi ainsi sur le conseil de son mandataire. Cette explication est convaincante. Le grief d'arbitraire du recourant doit être rejeté.
4.
4.1. S'agissant des abus commis sur K._, le recourant fait valoir que la mère, H._, connaissait la procédure dont le recourant faisait l'objet et qu'elle a déposé une plainte pénale pour abus sexuels pour obtenir le remboursement d'un prêt d'argent. Il soutient que la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant que C._ et H._ ne se connaissaient pas et que cette dernière n'était pas au courant de la procédure en cours à l'encontre du recourant.
La cour cantonale s'est fondée sur les déclarations de l'enfant, qui lui sont apparues crédibles. Pour elle, l'enfant n'a pas pu inventer de tels faits. Elle s'est tout d'abord confiée à sa mère, puis a répété les faits à son pédiatre et à la police. Son récit est clair et cohérent, et ne contient pas de contradiction. A l'opposé, les déclarations du recourant, qui prétend avoir simplement repoussé l'enfant, sont confuses et non convaincantes. Pour la cour cantonale, il paraît totalement improbable que H._ ait pu convaincre sa fille de porter des accusations aussi graves à l'encontre du recourant pour obtenir le simple remboursement d'un prêt de 300 fr., qui n'était pas contesté par le recourant.
La cour cantonale a analysé les déclarations de la fillette, qu'elle a trouvé claires et convaincantes. Elle a expliqué, pour le surplus, pourquoi elle trouvait la version du recourant non crédible. Le raisonnement de la cour cantonale est convaincant. Il n'est nullement entaché d'arbitraire. Les griefs soulevés sont infondés.
4.2. Le recourant fait valoir que l'absence d'ADN sur la poupée devait conduire à conclure à l'inexistence d'une infraction. Il explique qu'il est hautement improbable que la poupée en question n'ait pas eu de trace d'ADN s'il avait réellement frotté son sexe contre cette poupée.
La cour cantonale a expliqué qu'on ne pouvait tirer aucune conclusion de l'absence d'ADN sur la véracité des déclarations de l'enfant. Cet avis doit être partagé. Le grief soulevé doit être rejeté.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
Comme les conclusions du recours étaient dépourvues de chances de succès, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Par conséquent, le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), lesquels seront fixés en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour pénale.
Lausanne, le 15 mai 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin