Faits :
A.
Le 26 mars 2014, le Ministère public de la République et canton de Genève a rendu un avis de prochaine clôture informant A.X._, prévenu, et son épouse B.X._, partie plaignante, qu'il allait renvoyer en jugement le premier pour menaces, injure, lésions corporelles simples, séquestration et enlèvement commis au dépens de la seconde. Le même jour, cette autorité a rendu une ordonnance de classement partiel pour les infractions de contrainte sexuelle et de viol.
B.
Par arrêt du 16 juin 2014, la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice de la République et canton de Genève a déclaré irrecevable le recours de B.X._ contre cette ordonnance de classement partiel.
C.
Par arrêt 6B_690/2014, 6B_714/2014 du 12 juin 2015, le Tribunal fédéral a jugé que le refus d'entrer en matière sur le recours cantonal de B.X._ contre un tel classement privait celle-ci de la voie de droit prévue à l'art. 322 al. 2 CPP et constituait un déni de justice. Il a par conséquent annulé l'arrêt du 16 juin 2014 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
D.
Par arrêt du 12 octobre 2015, la Chambre pénale de recours a admis le recours de B.X._ contre l'ordonnance de classement partiel du 26 mars 2014, annulé celle-ci et retourné le dossier au ministère public afin qu'il renvoie en jugement A.X._ pour les infractions de contrainte sexuelle et de viol. Laissant les frais de la procédure de recours à la charge de l'Etat, la Chambre pénale de recours a condamné A.X._ à verser à B.X._ une indemnité de procédure de 2250 francs.
E.
A.X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 12 octobre 2015. Il conclut à sa réforme en ce sens que le montant de 2250 fr. n'est pas mis à sa charge mais à celle de l'Etat. Il sollicite l'effet suspensif et l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 141 III 395 consid. 2.1 p. 397).
1.1. Sous réserve des cas visés par l'art. 92 LTF, non réalisés ici, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément si elles peuvent causer un préjudice irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 LTF). A moins que ces conditions ne sautent aux yeux, il appartient au recourant d'en démontrer la réalisation sous peine d'irrecevabilité (ATF 142 V 26 consid. 1.2 p. 28; 141 IV 284 consid. 2.3 p. 287).
1.2. En règle générale, une décision de renvoi ne met pas fin à la procédure et constitue une décision incidente ne pouvant faire séparément l'objet d'un recours qu'aux conditions prévues à l'art. 93 al. 1 LTF (ATF 139 V 99 consid. 1.3 p. 101; 135 III 212 consid. 1.2 p. 216 s.; 133 V 477 consid. 4.2 p. 481 s.). En principe, elle n'est pas susceptible de causer un préjudice irréparable aux parties, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul accroissement des frais de celle-ci n'étant pas considérés comme des éléments constitutifs d'un tel dommage (ATF 141 III 395 consid. 2.5 p. 400; 137 III 522 consid. 1.3 p. 525; 134 III 426 consid. 1.3 p. 429 s.). Néanmoins, si le renvoi ne laisse aucune latitude de jugement à l'autorité inférieure appelée à statuer (à nouveau), il est assimilé à une décision finale et peut, de ce fait, faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral (ATF 140 V 282 consid. 4.2 p. 285 s.; 138 I 143 consid. 1.2 p. 148).
1.3. Lorsque l'autorité de recours statue simultanément sur le renvoi de la cause et sur les dépens de la procédure suivie devant elle, ce prononcé accessoire est également, à l'instar de la décision de renvoi, une décision incidente, alors même qu'il porte sur des prétentions qui ne seront plus en cause par la suite (cf. ATF 135 III 329 consid. 1.2 p. 331; 131 III 404 consid. 3.3 p. 407; également ATF 138 III 94 consid. 2.3 p. 95; arrêts 6B_1007/2015 du 14 juin 2016 consid. 1.5.3; 1B_166/2015 du 12 mai 2015 consid. 2). Le prononcé accessoire sur les frais et dépens contenu dans une décision incidente, dans le cas d'espèce de renvoi, n'est en principe pas de nature à causer un préjudice juridique irréparable (ATF 138 III 46 consid. 1.2 p. 47; 135 III 329 consid. 1.2 p. 331 ss).
1.4. L'arrêt attaqué, qui annule l'ordonnance de classement partiel pour les infractions de contrainte sexuelle et de viol et qui renvoie la cause au ministère public pour qu'il engage l'accusation devant le tribunal compétent pour ces infractions ne met pas fin à la procédure pénale et revêt un caractère incident. Il laisse au ministère public suffisamment de latitude, notamment dans la rédaction de l'acte d'accusation, pour exclure l'application de l'exception jurisprudentielle rappelée ci-dessus ad consid. 1.2 i. f. La décision d'octroyer à la partie plaignante une indemnité pour la procédure de recours, à charge du recourant, contenue dans l'arrêt attaqué, est donc également une décision incidente, à l'encontre de laquelle un recours n'est recevable qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 LTF.
Le recourant, après avoir exposé ces conditions, n'indique pas en quoi celles-ci seraient remplies. Tel n'apparaît clairement pas être le cas.
Le recourant se réfère au consid. 1 de l'arrêt 6B_784/2014 rendu par le Tribunal fédéral le 18 septembre 2015. Dans cette affaire, la prévenue avait été poursuivie pour vol et diffamation puis la procédure classée pour ces deux infractions. La cour cantonale avait par la suite admis le recours formé par la partie plaignante concernant l'accusation de diffamation seulement et renvoyé la cause au ministère public pour qu'il procède dans le sens des considérants. Elle avait confirmé le classement pour le surplus, soit en ce qui concerne l'accusation de vol. Les frais mis à la charge de la partie plaignante portaient uniquement sur l'infraction de vol. Dès lors que la cour cantonale avait statué, de manière finale, sur un objet (l'accusation de vol), dont le sort était en l'espèce indépendant de celui qui restait en cause (l'accusation de diffamation), sa décision de confirmer le classement s'agissant de l'accusation de vol constituait une décision partielle à l'encontre de laquelle le recours était recevable en vertu de l'art. 92 LTF. Cette affaire se distingue donc du présent cas où l'indemnité mise à la charge du recourant a précisément trait à des accusations sur lesquelles il n'a pas été statué définitivement, mais qui au contraire devront, à la suite de la mise en accusation par le ministère public, être jugées par le tribunal compétent. Le recourant ne peut dès lors rien tirer en sa faveur de l'arrêt 6B_784/2014.
2.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable selon la procédure simplifiée prévue par l'art. 108 al. 1 let. a LTF.
Les conclusions étant dénuées de chance de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF a contrario). Le recourant supportera les frais de justice dont la quotité tiendra compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 et art. 66 al. 1 LTF).
Vu l'issue du recours, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 18 juillet 2016
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod