Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten verurteilte den Beschwerdeführer mit Strafbefehl vom 16. Juli 2015 wegen einer Tätlichkeit (Art. 126 StGB) zu einer Busse von Fr. 400.--. Zuvor wurde dieser im Rahmen des polizeilichen Ermittlungsverfahrens am 1. Mai 2015 zu den gegen ihn erhobenen Vorwürfen befragt. Der dem Beschwerdeführer am 17. Juli 2015 zur Abholung gemeldete Strafbefehl wurde mit dem Vermerk "nicht abgeholt" an die Absenderin zurückgesandt. Mit Eingabe vom 8. September 2015 erhob der Beschwerdeführer Einsprache gegen den Strafbefehl. Das Bezirksgericht Bremgarten trat darauf mit Verfügung vom 9. Februar 2016 zufolge Verspätung nicht ein. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die vom Beschwerdeführer dagegen erhobene Beschwerde am 2. Juni 2016 ab.
Der Beschwerdeführer wendet sich an das Bundesgericht mit dem sinngemässen Antrag, auf seine Einsprache sei einzutreten.
2.
Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe nie eine Abholungseinladung der Post in seinem Briefkasten gehabt, weshalb er den Strafbefehl nie abgeholt habe. Er habe bei der Post schon vorher gemeldet, dass die Briefe vom Postboten zum Teil falsch verteilt würden. In seinem Wohnblock würden 17 Familien leben. Drei davon hätten einen ähnlichen oder verwechselbaren Nachnamen.
3.
Fristen, die durch eine Mitteilung oder den Eintritt eines Ereignisses ausgelöst werden, beginnen am folgenden Tag zu laufen (Art. 90 Abs. 1 StPO). Eine eingeschriebene Postsendung, die nicht abgeholt worden ist, gilt am siebten Tag nach dem erfolglosen Zustellungsversuch als abgeholt, sofern die Person mit einer Zustellung rechnen musste (Art. 85 Abs. 4 lit. a StPO). Bei eingeschriebenen Postsendungen gilt nach der Rechtsprechung eine widerlegbare Vermutung, dass der Postangestellte den Avis ordnungsgemäss in den Briefkasten oder in das Postfach des Empfängers gelegt hat und das Zustellungsdatum korrekt registriert worden ist. Es findet in diesem Fall eine Umkehr der Beweislast in dem Sinne statt, als bei Beweislosigkeit der Entscheid zu Ungunsten des Empfängers ausfällt, der den Erhalt der Abholungseinladung bestreitet. Diese Vermutung kann durch den Gegenbeweis umgestossen werden. Sie gilt so lange, als der Empfänger nicht den Nachweis einer überwiegenden Wahrscheinlichkeit von Fehlern bei der Zustellung erbringt. Da der Nichtzugang einer Abholungseinladung eine negative Tatsache ist, kann dafür naturgemäss kaum je der volle Beweis erbracht werden. Die immer bestehende Möglichkeit von Fehlern bei der Poststelle genügt nicht, um die Vermutung zu widerlegen. Vielmehr müssen konkrete Anzeichen für einen Fehler vorhanden sein (zum Ganzen Urteil 6B_175/2016 vom 2. Mai 2016 E. 2.3 mit zahlreichen Hinweisen, zur Publikation vorgesehen).
4.
Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, die ordnungsgemässe Zustellung des Strafbefehls in Zweifel zu ziehen. Dieser macht geltend, in seinem Wohnblock seien drei Familien mit einem ähnlichen Namen wohnhaft. Dem kann nicht gefolgt werden. Die vom Beschwerdeführer erwähnten Familiennamen A._, B._ und C._ unterscheiden sich klar von seinem eigenen. Zwar handelt es sich bei allen drei Familiennamen nicht um deutschsprachige Namen. Zwei der drei Namen beginnen zudem mit dem gleichen Anfangsbuchstaben wie der Familienname des Beschwerdeführers. Weitere Ähnlichkeiten, die zu einer erhöhten Verwechslungsgefahr führen könnten, sind zwischen den Namen jedoch nicht auszumachen.
Der Beschwerdeführer argumentiert sodann, er habe bei der Post schon vorher gemeldet, dass Briefe vom Postboten zum Teil falsch verteilt würden. Nähere Erläuterungen dazu bleibt der Beschwerdeführer schuldig, weshalb davon auszugehen ist, dass er damit die im kantonalen Verfahren vorgebrachten falschen Zustellungen an seinem Geschäftsdomizil anspricht. Diesbezüglich kann auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden. Die Vorinstanz erwägt zutreffend, dass die zweimalig erfolgte Falschzustellung von Briefen am Geschäftsdomizil nicht als Indiz für mögliche Fehler bei der Zustellung des Strafbefehls am Wohnort des Beschwerdeführers herangezogen werden kann (vgl. angefochtener Entscheid S. 10; dazu auch Urteil 6B_314/2012 vom 18. Februar 2013 E. 1.4.6). Weitere Anzeichen, die dafür sprechen könnten, dass dem Beschwerdeführer aufgrund eines Fehlers der Post kein Abholschein in den Briefkasten gelegt wurde, macht dieser nicht geltend.
Anzeichen für eine Fehlzustellung des Strafbefehls bzw. des Abholscheins liegen damit nicht vor. Der angefochtene Entscheid verletzt kein Bundesrecht.
5.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld