Sachverhalt:
A.
Der 1955 geborene A._ ist seit 1982 Inhaber und Geschäftsführer eines Garagenbetriebes. Er bezog wegen Kniebeschwerden vom 1. Januar bis 30. September 1996 eine befristete ganze Invalidenrente der Invalidenversicherung (IV). Dies stützte sich auf die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Luzern vom 7. Juni 1999 und den diese bestätigenden Beschwerdeentscheid des damaligen Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern (heute: Kantonsgericht Luzern) vom 22. März 2001. Im Juli 2011 meldete sich A._ unter Hinweis auf eine Rückenproblematik, welche mehrere Operationen erforderte, erneut zum Leistungsbezug bei der IV an. Die IV-Stelle des Kantons Luzern holte nebst weiteren Abklärungen ein polydisziplinäres Gutachten der Aerztliches Begutachtungsinstitut GmbH, Basel (nachfolgend: ABI), vom 30. April 2012 ein. In der Folge sah sie sich aufgrund von neu geltend gemachten Befunden veranlasst, bei der MEDAS Oberaargau ein weiteres polydisziplinäres Gutachten in Auftrag zu geben. Dieses wurde am 17. April 2014 erstattet. Mit Verfügung vom 5. Juni 2014 verneinte die IV-Stelle einen Anspruch auf eine Invalidenrente, da der Invaliditätsgrad lediglich 35 % betrage.
B.
Beschwerdeweise beantragte A._, in Aufhebung der Verfügung vom 5. Juni 2014 sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen und sei ein Gerichtsgutachten auf dem Gebiet der Schmerztherapie einzuholen; eventuell sei eine BEFAS-Expertise zu veranlassen und seien Eingliederungsmassnahmen nach Art. 8a IVG anzuordnen. Das Kantonsgericht Luzern führte eine öffentliche Verhandlung durch, an welcher sie den Versicherten befragte. Es holte zudem ein polydisziplinäres Gutachten des Spitals B._ vom 29. Februar 2016 ein. Mit Entscheid vom 8. Mai 2016 hiess das Gericht die Beschwerde insofern gut, als es die Verfügung vom 5. Juni 2014 aufhob und dem Versicherten ab 1. Januar 2012 eine Dreiviertelsrente zusprach. Zudem auferlegte es der IV-Stelle die Gerichtskosten sowie die vom Spital B._ in Rechnung gestellten Gutachtenskosten von Fr. 19'996.- und verpflichtete sie, dem Versicherten eine Parteientschädigung zu bezahlen.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung vom 5. Juni 2014 sei zu bestätigen; der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
A._ beantragt, die Beschwerde und das Gesuch betreffend aufschiebende Wirkung seien abzuweisen. Das kantonale Gericht schliesst ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) beantragt, die Beschwerde sei gutzuheissen; eventuell sei der vorinstanzliche Entscheid zumindest in dem Sinne abzuändern, dass dem Versicherten nur eine halbe Rente zugesprochen und der IV-Stelle die Kosten des Gerichtsgutachtens nur bis zur Höhe von Fr. 14'784.- überbunden würden.
Mit einer weiteren Eingabe äussert sich A._ zur Vernehmlassung des BSV. Er hält an seinen Rechtsbegehren fest.
Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280; vgl. auch BGE 141 V 234 E. 1 S. 236; 140 V 136 E. 1.1 S. 137 f.).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.
Streitig und zu prüfen ist in der Hauptsache, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie dem Beschwerdegegner eine Dreiviertelsrente zusprach.
2.1. Im kantonalen Entscheid und in der Verwaltungsverfügung vom 5. Juni 2014 sind die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen Invalidität und Erwerbsunfähigkeit, zum nach dem Grad der Invalidität abgestuften Anspruch auf eine Invalidenrente der IV (mit den erforderlichen Mindestinvaliditätsgraden von 40 % für eine Viertelsrente, 50 % für eine halbe Rente, 60 % für eine Dreiviertelsrente und 70 % für eine ganze Rente), zur Bestimmung des Invaliditätsgrades mittels der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs und mittels der ausserordentlichen Methode des erwerblich gewichteten Betätigungsvergleichs, zum Untersuchungsgrundsatz, zur Aufgabe von Arzt und Ärztin bei der Invaliditätsbemessung sowie zur Beweiswürdigung, insbesondere bezüglich ärztlicher Berichte und Gutachten, zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2. Das kantonale Gericht hat erkannt, gemäss dem als beweiswertig zu betrachtenden Gutachten des Spitals B._ vom 29. Februar 2016 sei die Arbeitsfähigkeit des Versicherten namentlich durch ein "failed back surgery"-Syndrom, eine chronifizierte Schädigung der Wurzel L5/S1 auf der linken Seite mit u.a. chronischem neuropathischem Schmerzsyndrom, ein schweres obstruktives Schlafapnoe-Syndrom mit Therapieresistenz und eine Gonarthrose links beeinträchtigt. Der Beschwerdegegner weise als selbstständiger Garagist im Bereich Automechaniker keine Arbeitsfähigkeit mehr auf. In der Tätigkeit als Geschäftsführer und Kundenbetreuer bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 37.5 % resp. Arbeitsunfähigkeit von 62.5 %. Die gleiche Einschränkung bestehe bei einer Verweistätigkeit. Diese sei als angepasst zu betrachten, wenn sie wechselnde Positionen im Stehen, Gehen und Sitzen beinhalte und eine Sitzdauer von jeweils 15 Minuten nicht überschreite. Zudem sollte die Möglichkeit bestehen, längere Pausen einzulegen und die Gesamtarbeitszeit auf je zwei Stunden vormittags und nachmittags aufzuteilen. Gewichtsbelastungen seien zu vermeiden, und es sollten keine höheren Anforderungen an die Konzentrationsfähigkeit bestehen.
2.2.1. Die IV-Stelle macht geltend, die Einholung der Gerichtsexpertise sei nicht erforderlich gewesen, da die vorhandenen medizinischen Akten genügenden Aufschluss zur Beurteilung der Rentenfrage geboten hätten.
Das kantonale Gericht hat hiezu erwogen, die IV-Stelle habe die beiden Gutachten des ABI vom 30. April 2012 und der MEDAS Oberaargau vom 17. April 2014 eingeholt. Dann habe sie aber auf die Aktenbeurteilung ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 23. Mai 2014 abgestellt. Diese habe zwar bezüglich der erhobenen Befunde mit dem Gutachten der MEDAS Oberaargau übereingestimmt. Der RAD-Arzt habe aber die von der MEDAS Oberaargau attestierte 30%ige Arbeitsunfähigkeit unter Hinweis auf die frühere ABI-Expertise unberücksichtigt gelassen. Dabei habe die IV-Stelle die ABI-Expertise vorher selber nicht für beweiswertig erachtet und deshalb das Gutachten bei der MEDAS Oberaargau in Auftrag gegeben. Mit diesem Vorgehen habe die IV-Stelle keines der von ihr eingeholten Gutachten für beweiswertig erachtet. Eine nachvollziehbare Begründung dafür, dass sie sich anschliessend auf die rein aktenmässige Beurteilung des RAD-Arztes gestützt habe, könne ihrer Verfügung nicht entnommen werden. Aufgrund der unterschiedlichen Beurteilung sowohl des Krankheitsbildes als auch der daraus resultierenden Arbeitsfähigkeit seitens der Gutachter und des RAD-Arztes sei dem Gericht eine schlüssige Beurteilung der Arbeitsfähigkeit nicht möglich gewesen. In Würdigung der gesamten Aktenlage und aufgrund des Eindrucks, den der Versicherte bei der öffentlichen Verhandlung und der durchgeführten Parteieinvernahme hinterlassen habe, sei das Gericht zum Schluss gekommen, zur Klärung des rechtserheblichen Sachverhaltes sei ein polydisziplinäres Gerichtsgutachten unabdingbar.
Dass das kantonale Gericht bei Vorliegen mehrerer noch recht aktueller polydisziplinärer Gutachten ein weiteres in Auftrag gegeben hat, erscheint zwar eher ungewöhnlich. Was hiegegen vorgebracht wird, lässt die vorinstanzliche Beweiswürdigung und die daraus gezogenen Schlüsse zur Notwendigkeit eines Gerichtsgutachtens aber nicht als offensichtlich unrichtig oder in anderer Weise bundesrechtswidrig erscheinen. Geltend gemacht wird hauptsächlich, die IV-Stelle sei stets der Auffassung gewesen, es könne auf das ABI-Gutachten abgestellt werden. Diesfalls wäre aber nicht nachvollziehbar, weshalb sie die Begutachtung bei der MEDAS Oberaargau angeordnet hat. Weshalb sie danach gestützt auf die lediglich aktenbasierte Beurteilung des RAD-Arztes und das frühere ABI-Gutachten von der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit in der aktuelleren Expertise der MEDAS Oberaargau abgewichen ist, konnte sie nicht überzeugend begründen. Es ist nachvollziehbar, dass sich das kantonale Gericht unter diesen Umständen veranlasst sah, ein weiteres Gutachten einzuholen. Das verstösst entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung weder gegen Beweiswürdigungsregeln noch gegen den Untersuchungsgrundsatz. Ob, wie in der Beschwerde weiter geltend gemacht wird, das kantonale Gericht regelmässig trotz genügender Abklärung durch die Verwaltung Gerichtsgutachten einholt, kann offen bleiben. Denn im vorliegenden Fall war diese Beweismassnahme nach dem Gesagten vertretbar. Zu erwähnen bleibt, dass die IV-Stelle in ihrer vorinstanzlich abgegebenen Stellungnahme vom 19. August 2015 ausdrücklich erklärt hat, sie erhebe keine Einwände gegen die angekündigte Einholung einer Expertise beim Spital B._ und die beauftragten Gutachtenspersonen.
2.2.2. Die Beschwerdeführerin rügt, praxisgemäss würden Gerichtsgutachten nicht nach dem Zufallsprinzip vergeben. Dies scheine mit Blick auf Art. 72 Abs. 1 IVV (gemeint ist wohl: Art. 72bis Abs. 2 IVV) fragwürdig, da eine Häufung der Aufträge an immer die gleichen Gutachterstellen zu beobachten sei. Das Spital B._ sei denn auch nicht bei der Zuteilungsplattform SuisseMED@P registriert.
Art. 72bis IVV beschlägt das Verwaltungsverfahren, nicht aber das Gerichtsverfahren. Gleiches gilt für die Vorgabe, Begutachtungsaufträge an eine MEDAS über das im Nachgang zu BGE 137 V 210 geschaffene Zuweisungssystem resp. -portal "SuisseMED@P" zu vergeben (vgl. hiezu auch BGE 139 V 349 und 339; 140 V 507; 138 V 271). Die IV-Stelle erachtet eine solche Regelung zwar offensichtlich auch für das Gerichtsverfahren als wünschenswert. Dies lässt das vorinstanzliche Vorgehen aber nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. Abgesehen davon handelt es sich beim Spital B._ unbestrittenermassen nicht um eine MEDAS (siehe nachfolgende E. 3). Zu erwähnen bleibt, dass die IV-Stelle der Einholung eines Gerichtsgutachtens beim Spital B._ nicht opponiert hat (E. 2.2.1 am Ende hievor).
2.2.3. Weitere Einwände betreffen den Beweiswert des Gutachtens des Spitals B._. Geltend gemacht wird, das Spital B._ sei hauptsächlich auf die Behandlung von Schmerzpatienten ausgerichtet. Daher erscheine es als sehr fragwürdig, ob die betrauten Ärzte eine objektive Beurteilung aus versicherungsmedizinischer Sicht gewährleisten könnten. Die Expertise enthalte sodann Widersprüche und Inkonsistenzen. Das gelte insbesondere mit Blick auf die Rechtsprechung gemäss BGE 141 V 281.
Einwände gegen die Auftragserteilung an das Spital B._ hat die IV-Stelle, wie mehrfach erwähnt, nicht erhoben (E. 2.2.1 am Ende und E. 2.2.2 hievor). Sie machte auch nicht geltend, die Begutachtungsstelle sei wegen einer schwergewichtigen Tätigkeit in der Schmerztherapie ungeeignet. Dass die Verwaltung nun Entsprechendes vorbringt, ist novenrechtlich fragwürdig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Der Einwand ist aber ohnehin nicht stichhaltig. Wie das kantonale Gericht zutreffend erkannt hat, wirkten an der Begutachtung Experten verschiedener medizinischer Fachrichtungen mit. Vertreten war nicht nur die Schmerzmedizin, sondern auch die Rheumatologie, Innere Medizin, Neurologie, Neuropsychologie und Psychiatrie; hinzu kam eine Evaluation des funktionellen Leistungsvermögens (EFL). Es kann deshalb aufgrund der von den Gutachtern konkret durchgeführten Abklärungen und abgegebenen Stellungnahmen nicht gesagt werden, dass sich die Begutachtung von der Schmerztherapie und nicht von den sich für den streitigen Rentenanspruch massgeblichen medizinischen Gesichtspunkten leiten liess.
Ob die Grundsätze gemäss BGE 141 V 281 überhaupt anwendbar sind, erscheint mit Blick auf die somatischen Diagnosen, welche zu mehreren Operationen führten, fraglich, kann aber offen bleiben. Denn auch bejahendenfalls könnte dies den vorinstanzlichen Entscheid nicht in Frage stellen. Daran vermögen entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung der bezüglich der neuropsychologischen Testung geäusserte Verdacht der Aggravation und die beschränkte Verwertbarkeit der EFL nichts zu ändern. Die Gutachter gelangten konsensual im Rahmen einer Gesamtwürdigung zu ihrer Einschätzung der aus somatischer und psychiatrischer Sicht gegebenen Arbeits (un) fähigkeit. Sie verneinten, wie das kantonale Gericht nicht offensichtlich unrichtig festgestellt hat, hiebei auch Hinweise auf eine relevante Aggravation und Simulation.
2.2.4. Der überdies erhobene Einwand, das kantonale Gericht habe das Gutachten des Spitals B._ nicht kritisch gewürdigt und damit Beweiswürdigungsregeln sowie die Begründungspflicht verletzt, ist ebenfalls nicht stichhaltig. Die Vorinstanz hat hinreichend klar dargelegt, weshalb sie die Expertise - unter Mitberücksichtigung der weiteren medizinischen Akten - für beweiswertig erachtet. Sie hat hiebei auch eine von ihr selber als interpretationsbedürftig erachtete gutachterliche Aussage schlüssig gewürdigt. Es bleibt somit bei den vorinstanzlichen Feststellungen zu Gesundheitszustand und Arbeits (un) fähigkeit.
2.3. Die erwerblichen Auswirkungen der festgestellten Arbeitsunfähigkeit sind unstreitig mittels der ausserordentlichen Methode des erwerblich gewichteten Betätigungsvergleichs zu bestimmen.
Das kantonale Gericht hat festgehalten, die IV-Stelle sei in der Verfügung vom 5. Juni 2014 von folgenden Aufgabenbereichen des Beschwerdegegners ausgegangen: Werkstattarbeiten ohne Behinderung 20 %, mit Behinderung 0 %; Werkstattleitung ohne Behinderung 30 %, mit Behinderung 10 %; Verkauf ohne und mit Behinderung je 40 %; Geschäftsführung ohne und mit Behinderung je 10 %. Sie habe die jeweiligen Einkommen gestützt auf die Schweizerische Lohnstrukturerhebung auf das Jahr 2010 resp. 2011 hochgerechnet resp. auf die Lohnempfehlungen des Schweizerischen Kaufmännischen Verbandes abgestellt. Das habe ein hypothetisches Einkommen ohne Invalidität (Valideneinkommen) von Fr. 71'150.- und ein zumutbares Einkommen mit Invalidität (Invalideneinkommen) von Fr. 46'216.- ergeben. Daraus resultiere eine Erwerbseinbusse von 35 %.
Die Vorinstanz ist ihrerseits zum Ergebnis gelangt, das Valideneinkommen sei auf Fr. 86'185.- und das Invalideneinkommen auf Fr. 32'320.- festzusetzen.
2.3.1. Was gegen die vorinstanzliche Beurteilung des Invalideneinkommens vorgebracht wird, betrifft die noch gegebene Arbeitsfähigkeit. Diese Einwände wurden vorstehend als unbegründet beurteilt und bedürfen keiner Weiterungen. Das Invalideneinkommen von Fr. 32'320.- ist im Übrigen nicht umstritten.
2.3.2. Gerügt wird sodann, das kantonale Gericht habe das Valideneinkommen nicht regelkonform festgelegt, indem es von der ab 2005 bestandenen Aufteilung der Aufgabenbereiche ausgegangen sei. Damals habe aber nicht der Gesundheitsfall vorgelegen. Vielmehr sei mit Verwaltungsverfügung vom 7. Juni 1999 ab Juli 1996 ein Invaliditätsgrad von 38 % festgestellt worden. Die neue Aufgabenaufteilung ab 2005 sei Folge der bestehenden gesundheitlichen Beeinträchtigungen gewesen, welche (knapp) kein rentenbegründendes Ausmass erreicht hätten. Auszugehen sei daher von der Aufteilung der Aufgabenbereiche, wie sie die IV-Stelle nach Massgabe der Verhältnisse vor Eintritt der Invalidität vorgenommen habe. Damit bleibe es bei einem Valideneinkommen von Fr. 71'150.- und es ergebe sich, selbst wenn eine Restarbeitsfähigkeit von lediglich 37.5 % zugrunde gelegt werde, ein Invalideneinkommen von Fr. 32'320.-. Dies entspreche einem Invaliditätsgrad von gerundet 55 %.
Dieser Einwand ist berechtigt. Das kantonale Gericht ist bei der Bestimmung des Valideneinkommens von der ab 2005 bestandenen hälftigen Aufteilung der Arbeit in die Aufgabenbereiche Verkauf (Kundenbetreuung) und Geschäftsführung ausgegangen. Der Beschwerdegegner bestätigt aber in seiner Vernehmlassung, dass ihn gesundheitliche Einschränkungen am Knie zwangen, seine Tätigkeit in den 2000-er Jahren auf die Bereiche Geschäftsführung und Kundenbetreuung einzuschränken. Dass damals bereits eine gesundheitsbedingte Beeinträchtigung bei der Arbeit bestand, ergibt sich auch aus den Akten. Indem das kantonale Gericht das Valideneinkommen dennoch gestützt auf die ab 2005 bestehende Neuaufteilung der Aufgabenbereiche bestimmte, verletzte es Art. 16 ATSG. Nach dieser Bestimmung gilt als Valideneinkommen das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre. Erfolgt eine Änderung des Aufgabenbereichs aus gesundheitlichen Gründen, sind daher für die Bestimmung des Valideneinkommens die davor bestehenden Verhältnisse und die Entwicklung, welche sich im Gesundheitsfall wahrscheinlich ergeben hätte, massgebend. Diesen Gesichtspunkten hat die IV-Stelle bei ihrer Aufteilung der Aufgabenbereiche und der Bestimmung des daraus resultierenden Valideneinkommens Rechnung getragen. Der Beschwerdegegner macht zwar geltend, er hätte bei der angepassten Tätigkeit mehr verdient als zuvor. Dies vermag aber nicht zu überzeugen. Es finden sich in den Akten keine Hinweise, dass der Versicherte im gleichen Betrieb mit der gesundheitsbedingt, und damit unfreiwillig, eingeführten Neuaufteilung der Aufgabenbereiche ein höheres Einkommen erzielen würde als bei der angestammten Aufgabenaufteilung.
2.3.3. Nach dem Gesagten ist von einem Valideneinkommen von Fr. 71'150.- auszugehen. Der Vergleich mit dem Invalideneinkommen von Fr. 32'320.- ergibt eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse von Fr. 38'830.-. Das entspricht einem Invaliditätsgrad von gerundet 55 %. Damit besteht Anspruch auf eine halbe Invalidenrente (Art. 28 Abs. 2 IVG).
3.
Die IV-Stelle macht sodann geltend, da die Einholung des Gutachtens des Spitals B._ nicht nötig gewesen sei, hätten ihr auch die Gutachtenskosten nicht überbunden werden dürfen. Ausserdem müsste eine allfällige Überbindung von Gutachtenskosten gestützt auf die modifizierte Vereinbarung zwischen dem BSV und der jeweiligen Begutachtungsstelle mit dem im Anhang enthaltenen Tarif erfolgen. Die Vergütung der Kosten einer vom kantonalen Gericht angeordneten MEDAS-Begutachtung richte sich nach dem Tarif, welcher für Verwaltungsgutachten medizinischer Abklärungsstellen gelte. Dass der IV-Stelle die vollen, vom Spital B._ in Rechnung gestellten Kosten überbunden worden seien, stelle daher ebenfalls eine Verletzung von Bundesrecht dar. Das BSV hält fest, es verfüge über keine Vereinbarung mit dem Spital B._. Es liege aber eigentlich eine Expertise der medizinischen Gutachtensstelle C._ AG und nicht des Spitals B._ vor. Die C._ AG verfüge sehr wohl über eine Vereinbarung mit dem BSV. So oder so müssten im Nachgang zu BGE 137 V 210 die Vereinbarungen zwischen dem BSV und den polydisziplinären Gutachterstellen zur Anwendung gelangen. Das BSV verweist hiezu auf eine im Internet abrufbare Mustervereinbarung. Daraus ergebe sich ein maximal zulässiger Betrag von Fr. 14'784.-, welcher der IV-Stelle zu überbinden sei. Beschwerdegegner und Vorinstanz opponieren den Vorbringen der IV-Stelle. Ersterer äussert sich im selben Sinne zur Argumentation des BSV.
3.1. Der Einwand, das Gerichtsgutachten sei nicht nötig, hat sich als unbegründet erwiesen (E. 2.2.1 hievor). Er kann der Überbindung der Gutachtenskosten an die IV-Stelle daher nicht entgegengehalten werden.
3.2. Das kantonale Gericht hat der IV-Stelle die Gutachtenskosten in Anwendung der Rechtsprechung gemäss BGE 139 V 496 E. 4.3 S. 501 überbunden. Dieser Entscheid stützt sich auf BGE 137 V 210 E. 4.4.2 S. 265 f. Die dort und in BGE 137 V 210 E. 3.2 S. 244 festgehaltenen Grundsätze zu Vereinbarungen und Tarifen beschlagen indessen das Verhältnis zwischen dem BSV und den als MEDAS anerkannten Begutachtungsstellen (vgl. auch das jüngst ergangene Urteil 8C_483/2016 vom 27. Oktober 2016). Das Spital B._ ist keine MEDAS. Es besteht zwischen ihm und dem BSV keine Vereinbarung im Sinne von Art. 72bis Abs. 1 IVV. Dies bestätigt das BSV ausdrücklich. Wie bereits dargelegt, ist es den kantonalen Gerichten auch nicht untersagt, medizinische Expertisen bei Begutachtungsstellen einzuholen, welche nicht den Status einer MEDAS aufweisen (E. 2.2.2 hievor). Zwar mögen im Sinne der Vorbringen des BSV auch hier Gründe für eine solche Regelung bestehen. Das lässt die vollumfängliche Auferlegung der Gutachtenskosten an die IV-Stelle aber nicht als bundesrechtswidrig erscheinen.
3.3. Anders verhielte es sich gegebenenfalls, wenn der Einwand betreffend die C._ AG zuträfe. Das BSV bringt hiezu vor, der hauptverantwortliche Gutachter der Expertise des Spitals B._ sei einerseits Chefarzt beim Spital B._, andererseits aber auch medizinischer Leiter der C._ AG. Diese verfüge als polydisziplinäre Gutachterstelle über eine Vereinbarung nach Art. 72bis IVV mit dem BSV. Zudem sei jeder einzelne der an der Expertise des Spitals B._ beteiligten Gutachter auch als Gutachter für die C._ AG tätig. Da diese ihren Sitz beim Spital B._ habe, liege mit anderen Worten eigentlich ein Gutachten der C._ AG vor, welches einfach auf dem Briefpapier des Spitals B._ verfasst worden sei.
Gemäss diesen Vorbringen erstellen die gleichen Experten medizinische Gutachten einerseits für eine tarifgebundene und anderseits für eine gleichenorts ansässige, aber nicht tarifgebundene Begutachtungsstelle. Das wirft tatsächlich die Frage auf, ob mit der Entgegennahme und Ausführung eines Gutachtensauftrags im Rahmen der nicht tarifgebundenen Institution tarifliche Vorgaben umgangen werden sollen. Da dies erst letztinstanzlich vorgebracht wurde, dementsprechend keine Sachverhaltsfeststellungen dazu vorliegen und auch das Spital B._ dazu nicht Stellung nehmen konnte, kann nicht beurteilt werden, ob eine Bundesrechtsverletzung vorliegt. Die Sache ist an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es den rechtserheblichen Sachverhalt abkläre und neu über die Höhe der der IV-Stelle aufzuerlegenden Gutachtenskosten entscheide.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde im Rentenpunkt und bezüglich Höhe der der IV-Stelle aufzuerlegenden Gutachtenskosten teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen.
Das Gesuch betreffend aufschiebende Wirkung wird mit dem vorliegenden Urteil hinfällig.
5.
Der Verfahrensausgang rechtfertigt, den Parteien die Gerichtskosten je hälftig aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Zudem hat die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Kosten und die Parteientschädigung des vorinstanzlichen Verfahrens sind vom kantonalen Gericht neu zu verlegen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen.
1.1. Der Entscheid des Kantonsgerichts Luzern, 3. Abteilung, vom 8. Mai 2016 wird insoweit abgeändert, als dem Beschwerdegegner eine halbe Invalidenrente zugesprochen wird.
1.2. Der Entscheid des Kantonsgerichts Luzern, 3. Abteilung, vom 8. Mai 2016 wird hinsichtlich der Höhe der von der IV-Stelle Luzern zu tragenden Gutachtenskosten aufgehoben und die Sache wird an das Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, zurückgewiesen, damit es diesbezügliche Abklärungen trifft und neu entscheidet.
1.3. Der Entscheid des Kantonsgerichts Luzern, 3. Abteilung, vom 8. Mai 2016 wird hinsichtlich der Verlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung aufgehoben und die Sache wird zur Neuverlegung an das Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, zurückgewiesen, damit es darüber neu entscheidet.
1.4. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden zu Fr. 400.- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 400.- dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. November 2016
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Lanz