Faits :
A.
En 2008, la Commission agricole A._ (ci-après: la Commission agricole), qui regroupe les communes de B._, E._ et C._, a été fondée afin de conduire des projets agricoles régionaux. Constatant une forte dégradation de la situation des producteurs de lait, elle a établi un projet de développement régional pour E._ (ci-après: le projet de développement) destiné à valoriser la filière du lait de cette région. Ce projet est composé de 46 projets partiels (promotion et marketing, transformation des locaux des fromageries, places et installations de traite, etc.). Après avoir obtenu le préavis positif du canton du Valais à l'intention de l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après: l'Office fédéral) le 14 juillet 2011, l'approbation de l'étude préliminaire par cet office le 29 septembre 2011 et son accord de principe à poursuivre le projet dans sa phase de documentation, la décision du Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après : le Conseil d'Etat) le 25 avril 2012 et les décisions des trois communes partenaires au projet de développement octroyant des contributions financières en faveur de l'étude de planification, ainsi que la décision de la Confédération du 5 octobre 2012 accordant une participation comparable (art. 105 al. 2 LTF), la Commission agricole a élaboré la planification dudit projet qui a été mise en consultation publique dans le Bulletin officiel du 22 juillet 2013.
La Société X._ (ci-après: X._), sise à D._, s'est opposée aux projets partiels de cave d'affinage centralisée pour le fromage produit dans la vallée et de plan de promotion et de marketing de la Société coopérative Y._. Elle estimait notamment que, dans la mesure où elle disposait de caves d'affinage à D._ avec une capacité de 130'000 pièces, l'octroi de subventions pour ce projet engendrerait une atteinte à la neutralité concurrentielle imposée par la loi topique.
Par décision du 18 juin 2014, le Conseil d'Etat a levé l'opposition de X._; il a adopté les objectifs du projet de développement et autorisé la poursuite de l'étude des projets partiels de concept de promotion et de marketing Y._, ainsi que de la cave d'affinage centralisée, limitée néanmoins à une capacité de 80 tonnes au maximum pour les aides financières à accorder.
B.
Le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après : le Tribunal cantonal) a rejeté, le 6 février 2015, le recours de X._. Il a laissé ouverte la question de la légitimation pour former opposition, soit la qualité d'entreprise artisanale ou non de X._. Les juges ont tout d'abord estimé qu'il était délicat de qualifier le projet de nouvelle cave de simple assainissement et "d'en déduire que, de par sa nature, il n'influe pas sur la concurrence". Ils ont cependant souligné que, dans le cadre de la neutralité concurrentielle des art. 89a de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture (loi sur l'agriculture, LAgr; RS 910.1) et 13 de l'ordonnance fédérale du 7 décembre 1998 sur les améliorations structurelles dans l'agriculture (ordonnance sur les améliorations structurelles, OAS; RS 913.1), une aide à l'investissement pouvait être fournie si, dans la région d'approvisionnement pertinente au plan économique, aucune entreprise artisanale directement concernée n'était disposée et à même d'accomplir la tâche prévue de manière équivalente ou de fournir une prestation de service équivalente. Or, après avoir examiné les conditions financières de la filière de l'affinage du fromage concernée, le Tribunal cantonal a considéré que X._ n'était ni disposée ni à même d'accomplir la tâche d'affinage prévue par le projet partiel de manière équivalente ou de fournir une prestation d'affinage équivalente. L'aide prévue ne contrevenait dès lors pas à l'art. 13 al. 1 OAS. Quant au plan de promotion et de marketing Y._, l'influence effective de celui-ci sur les activités de X._ demeurerait très limitée; il n'y avait donc pas lieu de retenir qu'une aide au financement pour ce projet partiel aboutirait à distordre le marché du fromage au lait cru valaisan au point que l'Etat doive s'abstenir de verser la subvention.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 6 février 2015 du Tribunal cantonal. Elle prétend que le subventionnement du projet de développement régional, en tant qu'il a trait à la cave d'affinage et au concept de marketing et de commercialisation, porte atteinte au principe de la neutralité concurrentielle des art. 89a LAgr et 13 OAS; elle invoque, en outre, la violation des principes d'égalité et d'interdiction de l'arbitraire, ainsi que du droit d'être entendu.
Le Service de l'agriculture du canton du Valais conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La Commission agricole a renoncé à se déterminer, tout en précisant qu'elle estimait correct l'arrêt attaqué. Le Tribunal cantonal a également renoncé à déposer des observations. L'Office fédéral a souligné que la procédure de constatation de neutralité concurrentielle était de la compétence des cantons qui disposaient d'une importante marge de manoeuvre à cet égard.
Par ordonnance du 27 avril 2015, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif.
X._ a persisté dans ses conclusions par écriture du 14 août 2015.
Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 140 IV 57 consid. 2 p. 60).
1.1. L'art. 86 al. 1 let. d LTF prévoit que le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
En vertu de l'art. 33 let. i LTAF, le recours auprès du Tribunal administratif fédéral est recevable contre les décisions d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral. L'art. 166 al. 2 LAgr dispose que les décisions des offices, des départements et les décisions cantonales de dernière instance relatives à l'application de la loi sur l'agriculture et de ses dispositions d'exécution peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral, à l'exception des décisions cantonales portant sur des améliorations structurelles. Sous le titre 5 "Amélioration des structures", l'art. 93 LAgr énumère les améliorations pour lesquelles des contributions peuvent être octroyées; parmi celles-ci figurent les projets en faveur du développement régional et de la promotion des produits indigènes et régionaux auxquels l'agriculture participe à titre prépondérant (let. c). Un projet de développement tel que celui en cause dans la présente affaire est donc considéré comme une amélioration structurelle au sens de l'art. 166 al. 2 LAgr; le recours au Tribunal administratif fédéral est donc exclu en vertu de cette disposition. En conséquence, le présent recours est recevable au regard de l'art. 86 al. 1 let. d LTF.
1.2.
1.2.1. Selon l'art. 83 let. k LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit. Lorsque les conditions de recevabilité du recours en matière de droit public ne sont pas immédiatement données, il appartient à la partie recourante d'exposer en quoi les conditions d'ouverture de cette voie de droit sont données, en particulier en quoi elle a qualité pour recourir (cf. art. 42 al. 2 LTF; ATF 135 III 46 consid. 4 p. 47; 134 II 45 consid. 2.2.3 p. 48; cf. aussi, en matière de subventions, arrêt 2C_238/2013 du 19 mars 2013 consid. 2).
Sur le fond, la cause a trait à l'aide financière requise pour le projet de développement de E._. Or, il n'est pas évident qu'il existe un droit aux contributions en cause puisque ni l'arrêt attaqué ni le recours n'exposent les conditions posées quant à l'octroi de ces subventions; l'arrêt attaqué a traité uniquement de la question de la neutralité concurrentielle du projet (art. 89a LAgr et 13 OAS). La recourante devait donc démontrer que la législation topique donne un droit à cet octroi, ce qu'elle n'a pas fait. Partant, le recours est irrecevable. Il le serait aussi de toute façon sur la base de l'art. 83 let. k LTF, comme cela est démontré ci-dessous.
1.2.2. Selon la jurisprudence, il existe un droit à la subvention lorsque la législation elle-même précise de manière suffisamment concrète les conditions d'octroi de la prestation, sans laisser à l'appréciation de l'autorité d'application le soin de déterminer si un montant sera ou non alloué (cf. ATF 138 II 191 consid. 4.2.4 p. 200; 116 Ib 312; 110 Ib 152; arrêts 2C_360/2012 du 17 août 2012 consid. 1.1; 2C_762/2008 du 8 mai 2009 consid. 1.1). Si les conditions d'octroi sont suffisamment précises, il existe un droit à la subvention même si l'autorité dispose, dans le cadre de ces dispositions, d'une certaine marge de manoeuvre, notamment pour fixer le montant de l'aide (ATF 110 Ib 297 consid. 1 p. 300). Les termes utilisés par le législateur ne sont pas toujours décisifs. La jurisprudence a reconnu à de nombreuses reprises l'existence d'un droit découlant de la législation fédérale, alors que le texte légal employait le mot "peut" ("Kann-Vorschrift") qui implique, a priori, une liberté d'appréciation (ATF 118 V 19 consid. 3a p. 19, 116 V 319 consid. 1c p. 319 et les références citées). Peu importe, par ailleurs, que les conditions dont dépend l'octroi de la subvention figurent dans une loi ou dans une ordonnance ou qu'elles résultent de plusieurs textes, telles une loi fédérale et son ordonnance d'application (ATF 117 Ib 227 consid. 2a p. 227). Une subvention qui ne peut être octroyée que dans des limites budgétaires n'exclut pas l'existence d'un droit, même si pareille situation est plutôt un indice en sens contraire (ZBl 2012 617, 2C_461/2011 du 9 novembre 2011 consid. 1).
1.2.3. En la matière, l'octroi d'une contribution fédérale est subordonné au versement d'une contribution cantonale sous la forme d'une prestation pécuniaire à fonds perdu qui doit s'élever, pour les projets de développement régional, au moins à 80% de la contribution (art. 20 al. 1 let a OAS). Ainsi, il existe en réalité deux aides, soit la fédérale et la cantonale, la première ne pouvant être allouée que si la seconde l'est (cf. YVES DONZALLAZ, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, tome 1, 2004, n° 1463, p. 552). A cet égard, on mentionnera que pas plus le recours que l'arrêt attaqué ne distinguent ces deux subventions; ils ne traitent tous les deux que des dispositions fédérales.
1.3.
1.3.1. Selon l'art. 3 al. 1 de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions, LSu; RS 616.1), sont des aides financières les avantages monnayables accordés à des bénéficiaires étrangers à l'administration fédérale aux fins d'assurer ou de promouvoir la réalisation d'une tâche que l'allocataire a décidé d'assumer.
Dans les limites des crédits approuvés, la Confédération octroie des contributions pour, notamment, le soutien de projets en faveur du développement régional et de la promotion des produits indigènes et régionaux auxquels l'agriculture participe à titre prépondérant (art. 93 al. 1 let. c LAgr).
Le message du Conseil fédéral ne contient pas d'élément susceptible de trancher la question d'un éventuel droit à ces subventions. En effet, la let. c de l'art. 93 al. 1 LAgr a été proposée, sur le principe, par la Commission fédérale en charge du projet de loi et sa teneur résulte de la proposition d'un parlementaire (BO 2003 CN 642). Ceci relevé, on peut constater que cette disposition va dans le sens de la négation d'un droit à une subvention, puisque cette aide ne se fait que dans la limite des crédits à disposition. Néanmoins, la formulation de l'article qui n'est pas potestative (elle est en "Ist-Form") serait plutôt un indice allant en sens contraire, soit de l'existence d'un droit.
1.3.2. L'ordonnance sur les améliorations structurelles règle l'octroi d'aides financières pour des améliorations structurelles sous forme d'une aide à l'investissement; cette aide comprend les contributions fédérales (contributions) et les crédits d'investissements (art. 1 OAS) Selon l'art. 11 al. 1 let. c OAS, les projets de développement régional et de promotion de produits indigènes et régionaux sont des mesures collectives (mais pas des mesures collectives d'envergure et ils ne tombent donc pas sous le coup de l'art. 88 LAgr). L'art. 11a OAS prévoit:
" 1 Les projets de développement régional doivent comprendre des mesures destinées à créer de la valeur ajoutée dans l'agriculture et des mesures destinées à renforcer la collaboration entre l'agriculture et les branches connexes, notamment l'artisanat, le tourisme, l'économie du bois ou l'économie forestière.
2 En plus des mesures mentionnées à l'al. 1, ils peuvent également porter sur des mesures visant à répondre à des préoccupations d'intérêt public avec des aspects écologiques, sociaux ou culturels.
3 Les mesures prises dans le cadre d'un projet doivent être axées sur une approche intégrée quant au fond et coordonnées avec le développement régional et l'aménagement du territoire.
4 L'agriculture participe à titre prépondérant à un projet lorsque:
a. la moitié au moins de l'offre provient de la région et est d'origine agricole;
b. la moitié au moins des prestations de travail nécessaires à l'offre sont fournies par des exploitants ou leurs familles, ou
c. les membres de l'organisation responsable sont majoritairement des exploitants et qu'ils détiennent la majorité des voix."
Selon l'art. 89a LAgr, le projet ne doit pas avoir d'incidence sur la concurrence pour les entreprises artisanales directement concernées de la zone d'activité déterminante sur le plan économique (al. 1); avant d'adopter le projet, le canton vérifie si la neutralité concurrentielle est assurée (al. 2). Aux termes de l'art. 13 OAS, une aide à l'investissement pour des mesures au sens, notamment, de l'art. 93 al. 1 let. c LAgr n'est octroyée que si, dans la région d'approvisionnement pertinente au plan économique, aucune entreprise artisanale directement concernée au moment de la publication de la requête n'est disposée et à même d'accomplir la tâche prévue de manière équivalente ou de fournir une prestation de service équivalente (al. 1); pour les projets engendrant des effets notables sur la concurrence, le canton peut auditionner les entreprises artisanales directement concernées et leurs organisations artisanales et les associations professionnelles dans la région d'approvisionnement pertinente au plan économique (al. 2); avant d'approuver le projet, le canton publie les demandes concernant les mesures visées à l'al. 1 dans la feuille d'avis officielle du canton (al. 3).
Il ressort de ces dispositions que les critères sur lesquels le projet doit porter, soit la création d'une certaine valeur ajoutée dans l'agriculture et de mesures destinées à renforcer la collaboration entre l'agriculture et les branches connexes, sont définis de façon large. Il en résulte que des plans très variés peuvent y répondre. Les différents projets partiels (promotion et marketing, amélioration de logement, locaux de transformation, structures d'agritourisme, mandats spéciaux relatifs à l'énergie, etc.) composant le projet de développement régional ici en cause en attestent d'ailleurs. Les Commentaires et instructions de l'Office fédéral relatifs à l'ordonnance sur les améliorations structurelles dans l'agriculture détaillent les exigences auxquelles un projet de développement régional doit répondre. Cela prouve que l'application de la loi nécessite des précisions, les critères légaux étant peu précis, ce qui a pour incidence que l'autorité d'application dispose d'une marge de manoeuvre certaine. En outre, si la loi impose d'examiner l'éventuelle incidence des plans prévus sur la concurrence, elle ne dit pas sur quels critères l'autorité administrative doit se fonder pour ce faire. Dès lors, l'autorité administrative dispose, à cet égard également, d'un pouvoir d'appréciation relativement important, ce qui tend à nier l'existence d'un droit à l'aide financière.
1.3.3. Les contributions octroyées pour des projets de développement sont fonction des frais engendrés par ceux-ci. D'après l'art. 15b OAS, ces frais sont convenus spécifiquement pour chaque mesure prise dans le cadre du projet: la documentation nécessaire à l'élaboration de projets donne droit à une contribution (al. 1); ces frais sont établis selon l'intérêt de l'agriculture, y compris les secteurs connexes intégrés directement au projet, et d'autres intérêts publics (al. 2). L'art. 16 al. 1 let. a OAS définit les taux de contribution maximaux applicables aux améliorations foncières et aux projets de développement régional qui vont pour ceux-ci de 34 à 40 % suivant la zone géographique (plaine, colline, montagne) comprise dans le projet. Dans le cadre de projets de développement régional, ces taux peuvent être majorés de trois points de pourcentage pour la facilitation de l'exploitation agricole (art. 17 al. 1 let. a OAS). Ainsi, l'autorité d'application de la loi bénéficie d'un pouvoir d'appréciation important pour déterminer les frais qui seront subventionnés, puisque ceux-ci ne sont pas définis par le texte légal, ce qui va à nouveau dans le sens de l'absence d'un droit à une aide financière.
1.4. L'examen de la procédure d'approbation des projets, comme on va le voir ci-dessous, confirme l'absence de droit aux subventions.
1.4.1. L'art. 97 LAgr décrit cette procédure, délimite les compétences formelles des cantons et de la Confédération à cet égard et coordonne la procédure d'approbation des projets. Ainsi, les demandes de contributions doivent être adressées au canton qui approuve les projets d'améliorations foncières, de bâtiments ruraux et de développement régional pour lesquels la Confédération accorde des contributions (al. 1); le canton examine le projet et il le soumet à temps à l'Office fédéral de l'agriculture (al. 2) qui doit émettre uniquement un avis (cf. art. 23 OAS); le canton met alors le projet à l'enquête publique et fait paraître un avis dans l'organe cantonal des publications officielles (al. 3); l'Office fédéral consulte au besoin d'autres autorités fédérales dont le champ d'activité est concerné par le projet; il indique au canton les conditions et les charges auxquelles est subordonné l'octroi d'une contribution (al. 5); le Conseil fédéral spécifie les projets ne devant pas être soumis à l'approbation de l'Office fédéral (al. 6; cf. art. 24 OAS); l'Office fédéral ne décide de l'octroi d'une contribution fédérale qu'une fois que le projet est exécutoire (al. 7).
L'avis préalable de l'Office fédéral obtenu, dans les cas où celui-ci est nécessaire, le canton peut lui envoyer sa demande de contribution, dans laquelle il doit renseigner sur les circonstances déterminantes pour le calcul des contributions; la demande doit contenir différentes pièces dont les décisions exécutoires relatives à l'approbation du projet et à l'octroi de l'aide financière du canton (art. 25 al. 1 et al. 2 let. a OAS). L'Office fédéral vérifie alors si le projet est conforme à la législation fédérale et s'il remplit les conditions et les charges fixées dans son avis et s'assure qu'il est approprié du point de vue de l'agriculture et au plan technique et conceptuel (art. 26 OAS). Il alloue la contribution au canton par voie de décision ou par le biais d'une convention (art. 27 OAS) et il détermine alors les conditions et les charges nécessaires (art. 27a OAS).
1.4.2. Ces dispositions mentionnent l' "approbation" du projet par le canton et l' "avis" que doit émettre l'Office fédéral quant au projet de développement, office qui doit, en outre, vérifier que celui-ci soit "approprié du point de vue de l'agriculture et au plan technique et conceptuel". Ces termes démontrent à nouveau le pouvoir d'appréciation dont disposent les autorités administratives. De plus, dans son avis, l'Office fédéral a la possibilité d'énoncer des conditions et les charges auxquelles est subordonné l'octroi d'une contribution. Ainsi, les dispositions relatives à la procédure de décision d'octroi de contributions vont également dans le sens d'une absence d'un droit à celles-ci.
1.5. Compte tenu des éléments qui précèdent, on constate que les conditions d'octroi de l'aide financière pour un projet de développement régional sont laissées pour une partie importante à l'appréciation des autorités d'application de loi. En conséquence, il n'existe pas un droit à une telle aide. Partant, le recours en matière de droit public est irrecevable, en vertu de l'art. 83 let. k LTF
2.
Reste à examiner si la voie du recours constitutionnel subsidiaire (cf. art. 113 ss LTF) est ouverte. Pour que tel soit le cas, il faut toutefois que la recourante ait, en vertu de l' art. 115 let. b LTF, un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée.
L'art. 89a LAgr confère une position juridiquement protégée aux entreprises artisanales directement concernées par le projet subventionné en tant que celui-ci ne doit pas avoir d'incidence sur la concurrence entre le bénéficiaire de l'aide et lesdites entreprises. Si les juges précédents se sont prononcés sur le fond de la cause en constatant que l'aide au financement pour le projet de développement prévu n'aurait pas d'incidence sur la concurrence, ils ont laissé la question de la qualité d'entreprise artisanale de la recourante ouverte. En conséquence, pour pouvoir prétendre à un intérêt juridique au sens de l'art. 115 let. b LTF, la recourante aurait dû démontrer sa qualité d'entreprise artisanale, ce qu'elle ne fait pas. En outre, le principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et la violation du principe d'égalité, qui n'a pas de portée propre par rapport à l'arbitraire en l'espèce, invoqués par la recourante, ne confèrent pas à eux seuls une position juridiquement protégée.
En revanche, même si elle ne peut agir au fond, la recourante est habilitée à se plaindre, par la voie de ce recours, de la violation de ses droits de partie à la procédure cantonale équivalant à un déni de justice formel. La possibilité d'invoquer des garanties procédurales ne lui permet cependant pas de remettre en cause, même de façon indirecte, la décision sur le fond (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4; 138 IV 186 consid. 1.4.1 p. 189; 136 IV 41 consid. 1.4 p. 44).
3.
La recourante estime que l'analyse financière relative à la filière d'affinage du fromage à laquelle ont procédé les juges précédents est lacunaire. Elle ne se fonderait pas sur des chiffres ou statistiques empiriques fondés mais reprendrait des affirmations d'un dirigeant du projet de développement régional, notamment quant au prix du fromage d'alpage hors de E._. Aucune preuve n'aurait été fournie à cet égard, ni quant à la quantité de fromage vendu. Le Tribunal cantonal aurait ainsi violé l'obligation de motivation lui incombant (art. 29 al. 1 Cst.).
3.1.
3.1.1. Avec une telle argumentation, la recourante se plaint en réalité de l'appréciation des preuves (art. 4 Cst.). Cela ressort d'ailleurs des termes mêmes utilisés par celle-ci. En outre, une fois son grief énoncé, la recourante évoque le droit de fond puisqu'elle affirme qu'elle est en mesure et disposée à accomplir la tâche prévue dans le projet régional et à fournir la prestation en cause de manière équivalente; puis, elle demande au Tribunal fédéral de définir les critères devant permettre de déterminer si les conditions de l'art. 13 al. 1 OAS sont remplies (soit la volonté et la capacité d'une entreprise artisanale "d'accomplir la tâche prévue de manière équivalente ou de fournir une prestation de service équivalente"). Elle remet ainsi en cause le fond de l'affaire pour lequel elle n'a pas qualité pour agir, ce qu'elle ne peut pas faire (cf. consid. 2). Il en va de même lorsqu'elle discute le réseau de commercialisation, d'écoulement et d'approvisionnement du marché du fromage.
3.1.2. Finalement, contrairement à ce qu'elle prétend, la recourante a compris l'arrêt rendu et a été en mesure de l'attaquer, comme le prouve la motivation du recours déposé devant le tribunal de céans (sur l'obligation de motiver, cf. ATF 135 I 6 consid. 2.1 p. 9; 117 Ia 116 consid. 3a p. 117).
3.2. Les griefs formels doivent ainsi rejetés, dans la mesure où ils sont recevables.
4.
Compte tenu des considérants qui précèdent, le recours, traité comme recours constitutionnel subsidiaire, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours, traité comme recours constitutionnel subsidiaire, est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Conseil d'Etat du canton du Valais, à la Commission agricole A._, au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, et à l'Office fédéral de l'agriculture.
Lausanne, le 31 mars 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Jolidon