Faits :
A.
Les 29 propriétaires ou copropriétaires (ci-après: les demandeurs) de 16 villas mitoyennes à construire selon permis de construire octroyé par la municipalité de A._, ont signé chacun avec X._ Sàrl un contrat d'entreprise générale (ci-après: l'entrepreneur ou la défenderesse ou la recourante).
Les travaux de construction ont été terminés à fin 2004.
B.
Le 12 janvier 2012, les demandeurs ont ouvert action en paiement contre X._ Sàrl auprès du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois, concluant à ce que la défenderesse soit condamnée à leur payer solidairement la somme de 84'169 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 juin 2011.
Le Tribunal civil a, par jugement du 26 août 2015, partiellement admis la demande et condamné la défenderesse à payer aux demandeurs le montant de 48'480 fr. 35 avec intérêts à 5% l'an dès le 28 juin 2011.
Statuant sur l'appel interjeté par la défenderesse, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté et a confirmé le jugement attaqué.
En appel, seuls demeuraient encore litigieux entre les parties les trois postes suivants: (1) les frais de rétablissement d'un marchepied en lisière de forêt (aussi dénommé aménagement d'une piste forestière ou de la servitude de passage au sud-ouest, car les talus arrivent à flanc de rivière), (2) les frais de construction d'un abri pour les containers à ordures, non effectué par l'entrepreneur général et (3) le coût du goudronnage du chemin, travail qui n'avait pas été commandé par les maîtres et qui a été effectué unilatéralement par l'entrepreneur général.
C.
Contre cet arrêt, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que la demande est rejetée. Elle invoque la violation de l'art. 18 CO dans l'interprétation des clauses contractuelles, l'appréciation arbitraire des faits et du rapport d'expertise et la violation des règles sur le fardeau de la preuve (art. 8 CC). Les demandeurs ont conclu au rejet du recours.
Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires et en compensation (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation relevant du contrat d'entreprise, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. S'il résulte clairement du recours quels sont les points litigieux et les montants en jeu y relatifs, il est nécessaire de se référer au jugement de première instance pour comprendre le calcul aboutissant à la condamnation de 48'480 fr. 35 (art. 105 al. 2 LTF). Si donc les deux premiers points du recours étaient admis, ils devraient être portés en déduction du montant auquel la défenderesse a été condamnée; il en va de même si le troisième point, qui est une contre-créance opposée en compensation et dont la cour cantonale a refusé de tenir compte, était admis. Si les trois points étaient admis, le solde serait même négatif et, partant, l'action devrait - comme le demande la recourante dans ses conclusions - aussi être rejetée.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). "Manifestement inexactes" signifie ici "arbitraires" (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (ATF 140 III 86 consid. 2; 133 III 545 consid. 2.2; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2; 135 III 397 consid. 1.4).
Il n'examine la violation des droits fondamentaux et, de manière générale, des droits constitutionnels (ATF 133 III 638 consid. 2) que si un grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF; ATF 134 I 83 consid. 3.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).
3.
La cour cantonale a condamné l'entrepreneur à payer le montant de 12'862 fr. 85 correspondant au rétablissement d'un marchepied en lisière de forêt. La recourante le conteste, invoquant pêle-mêle la violation de l'art. 18 CO et l'appréciation arbitraire des faits et de l'expertise.
3.1. En fait, la cour cantonale a retenu en substance qu'un marchepied de 5 mètres de largeur en lisière de forêt (aussi appelé piste forestière) devait être maintenu, que, selon le permis de construire, aux conditions duquel l'entrepreneur était lié, le terrain ne devait pas se terminer par des talus arrivant à flanc de rivière. En outre, l'entrepreneur a procédé à des mouvements de terre qui n'étaient pas conformes aux plans déposés pour l'obtention du permis de construire et il en est résulté une modification du terrain naturel dans la bande de 5 mètres. Selon l'expert, les travaux de rétablissement du marchepied ont été rendus nécessaires en raison de ces mouvements de terre opérés par l'entrepreneur.
La cour cantonale en a déduit en substance que, contrairement à ce que soutenait l'entrepreneur appelant, il n'était pas possible de qualifier les travaux relatifs à ce marchepied d'"exigence supplémentaire" (non comprise dans le prix forfaitaire convenu) au sens de l'art. 4.4 du contrat. Elle a jugé qu'il s'agit en réalité d'un aménagement qui a dû être entrepris à la suite des mouvements de terre opérés fautivement par l'entrepreneur.
3.2. Il sied de constater que la cour cantonale ne s'est pas conformée aux exigences posées par le Tribunal fédéral en ce qui concerne la motivation de l'appel (art. 311 al. 1 CPC) et la cognition de l'instance d'appel.
3.2.1. Selon la jurisprudence, pour satisfaire à son obligation de motivation de l'appel prévue par l'art. 311 al. 1 CPC, l'appelant doit démontrer le caractère erroné de la motivation de la décision attaquée et son argumentation doit être suffisamment explicite pour que l'instance d'appel puisse la comprendre, ce qui suppose une désignation précise des passages de la décision qu'il attaque et des pièces du dossier sur lesquelles repose sa critique (ATF 138 III 374 consid. 4.3.1 p. 375). Même si l'instance d'appel applique le droit d'office (art. 57 CPC), le procès se présente différemment en seconde instance, vu la décision déjà rendue. L'appelant doit donc tenter de démontrer que sa thèse l'emporte sur celle de la décision attaquée. Il ne saurait se borner à simplement reprendre des allégués de fait ou des arguments de droit présentés en première instance, mais il doit s'efforcer d'établir que, sur les faits constatés ou sur les conclusions juridiques qui en ont été tirées, la décision attaquée est entachée d'erreurs. Il ne peut le faire qu'en reprenant la démarche du premier juge et en mettant le doigt sur les failles de son raisonnement. Si la motivation de l'appel est identique aux moyens qui avaient déjà été présentés en première instance, avant la reddition de la décision attaquée (arrêt 4A_97/2014 du 26 juin 2014 consid. 3.3), ou si elle ne contient que des critiques toutes générales de la décision attaquée ou encore si elle ne fait que renvoyer aux moyens soulevés en première instance, elle ne satisfait pas aux exigences de l'art. 311 al. 1 CPC et l'instance d'appel ne peut entrer en matière (arrêts 5A_438/2012 du 27 août 2012 consid. 2.2; 4A_97/2014 déjà cité consid. 3.3).
Il s'agit là d'une condition de recevabilité de l'appel, la cour d'appel ne devant pas entrer en matière si le recours n'indique pas quel point est critiqué et ne motive pas en quoi la motivation du tribunal de première instance juge serait fausse.
3.2.2. Si le point est critiqué et motivé et que la Cour d'appel peut donc entrer en matière, elle est ensuite libre dans l'application du droit (art. 57 CPC), n'étant liée ni par la motivation du tribunal de première instance, ni par celle de l'appelant. Si elle ne peut pas approuver le raisonnement du tribunal de première instance sur le point litigieux, elle doit procéder à une substitution de motifs, qu'il lui incombe de motiver.
3.3. En l'espèce, le Tribunal fédéral peut toutefois se dispenser de renvoyer la cause à la cour cantonale, frais à la charge du canton (art. 112 al. 1 LTF), dès lors que, d'une part, il résulte clairement des faits et de sa motivation finale qu'elle n'a suivi ni la motivation des premiers juges, ni celle de l'appelante, mais a admis, par substitution de motifs, une responsabilité pour faute de l'entrepreneur et que, d'autre part, la recourante ne se plaint pas, dans son recours en matière civile, de motivation insuffisante de l'arrêt d'appel en invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. et qu'elle ne conteste pas valablement qu'elle ait opéré fautivement les déplacements de terre nécessitant le rétablissement d'un marchepied. En effet, en tant qu'elle se borne à affirmer qu'il est arbitraire de retenir, avec l'expert, que " la création du marchepied visait à réparer un défaut ", la recourante ne satisfait pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF et son grief est, partant, irrecevable. Il n'y a pas lieu de trancher s'il s'agit d'une responsabilité contractuelle fautive pour dommage accessoire ( Begleitschaden; art. 365 al. 2 CO; PETER GAUCH, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, 1999, n° 1858 p. 514) ou d'une responsabilité délictuelle (ou extracontractuelle) (art. 41 CO; GAUCH, op. cit., n° 854 p. 253).
Il en découle que, contrairement à ce que soutient la recourante, il est sans pertinence de savoir si le coût du marchepied était ou non compris dans le prix forfaitaire et, partant, si la cour cantonale a correctement interprété (art. 18 CO) les art. 4.3 et 4.4 du contrat d'entreprise; de même, toute analogie avec le sort des candélabres - fait qui aurait été omis dans l'état de fait - est sans pertinence.
En tant que la recourante soutient qu'il aurait alors fallu évacuer les terres excédentaires, pour ne pas empiéter sur les limites de la forêt, et qu'il en aurait coûté au moins 20'000 fr. (selon l'expert) et qu'elle aurait pu facturer ce coût aux maîtres de l'ouvrage au titre d'"engagement supplémentaire" selon l'art. 4.4, elle se base sur des faits non constatés: elle n'indique ni où elle a allégué ces faits, ni quelle pièce du dossier les établirait, de sorte que le Tribunal fédéral ne saurait en tenir compte.
4.
La cour cantonale a condamné l'entrepreneur à payer le montant de 19'298 fr. 70 correspond à la réalisation d'un abri (" couvert ") pour les containers à ordures, qui n'avait pas été exécuté par celui-ci, seule une place goudronnée ayant été aménagée.
4.1. L'entrepreneur recourant soutient tout d'abord qu'était compris dans le prix forfaitaire la réalisation d'un emplacement, mais pas celle d'un abri et que les frais de celui-ci sont donc à la charge des maîtres de l'ouvrage. Il reproche à la cour cantonale d'avoir mal appliqué les principes relatifs à l'interprétation des contrats, le principe de la confiance étant applicable à l'interprétation des clauses contractuelles.
4.1.1. Selon l'art. 18 al. 1 CO, pour apprécier le contenu d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
4.1.1.1. Le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (ATF 132 III 268 consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; 131 III 606 consid. 4.1). Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (ATF 118 II 365 consid. 1; 112 II 337 consid. 4a p. 342 s.). L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait (ATF 118 II 365 consid. 1 p. 366 s.; arrêt 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 3). Si sa recherche aboutit à un résultat positif, le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises. Cette constatation lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elle ne soit manifestement inexacte (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
Comme on l'a vu, les constatations de l'arrêt cantonal quant au déroulement de la procédure, qu'il s'agisse des conclusions des parties, des faits allégués ou des explications juridiques données par elles, des déclarations faites en cours de procès, des réquisitions de preuves, voire du contenu d'un témoignage, ressortissent aussi au fait et lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF; ATF 140 III 16 consid. 1.3.1).
4.1.1.2. Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (ATF 131 III 280 consid. 3.1 p. 286) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêts 5C.252/2004 du 30 mai 2005 consid. 4.3; 4A_210/2015 du 2 octobre 2015 consid. 6.2.1) -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; ATF 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 274 s., 626 consid. 3.1 p. 632). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 130 III 417 consid. 3.2 p. 424 et les arrêts cités). La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (ATF 133 III 61 consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).
Relève aussi du droit le principe selon lequel l'interprétation subjective a le pas sur l'interprétation objective; dès lors, la violation de ce principe est sanctionnée par le Tribunal fédéral (ATF 131 III 606 consid. 4.1 in fine; 125 III 305 consid. 2b p. 308).
4.1.2. La cour cantonale a faite sienne l'interprétation que l'expert a donnée aux différents documents: ainsi, selon l'expert, une " construction " pour les containers était prévue dans les plans d'enquêtes, les plans d'implantation et le plan de " façade et coupe " et, selon le procès-verbal d'une séance du 8 novembre 2007, la Municipalité avait rappelé qu'un abri fermé figurait sur les plans. La cour cantonale a donc considéré que la réalisation d'un abri avait été convenu par les parties.
Ce faisant, la cour cantonale a, à la suite de l'expert, déterminé la volonté réelle des parties, comme la recourante l'a bien compris puisqu'elle estime qu'elle a ainsi résolu une question de fait. En tant que la recourante soutient qu'en dépit de cette constatation de fait, la cour cantonale aurait dû interpréter les clauses contractuelles selon le principe de la confiance, elle méconnaît les principes jurisprudentiels de l'interprétation des contrats.
Elle ne peut rien déduire du sort des conduites pour l'éclairage et de la pose des candélabres, qui auraient été mis à la charge des maîtres de l'ouvrage, le sort de ces deux postes ayant fait l'objet d'un avenant au contrat.
4.2. La recourante soutient ensuite que le coût de la réalisation de l'abri, allégué et prouvé par les maîtres de l'ouvrage, ne correspond pas au coût de l'abri qui était dessiné sur les plans. Elle se plaint d'appréciation arbitraire des faits et de violation du fardeau de la preuve.
4.2.1. Lorsque tous les faits pertinents sont prouvés, il n'y a pas échec de la preuve, si bien que la question de la répartition du fardeau de la preuve (art. 8 C) ne se pose pas. En effet, lorsque le juge constate qu'un fait s'est produit ou ne s'est pas produit, il a atteint un résultat. Le fardeau de la preuve, en tant que règle légale, n'intervient que lorsque le juge ne parvient pas à une conviction, n'est pas à même de déterminer si le fait s'est produit ou non (arrêts 4A_566/2015 du 8 février 2016 consid. 4.3; 4A_443/2014 du 2 février 2015 consid. 4; ATF 119 III 103 consid. 1; 118 II 142 consid. 3a p. 147; 114 II 289 consid. 2a).
4.2.2. La cour cantonale a confirmé l'appréciation des premiers juges, lesquels ont admis le coût fixé par l'expert de 19'298 fr. 70. Elle a estimé que la recourante n'a pas réussi à ébranler l'expertise, que l'ouvrage réalisé n'apparaît pas fondamentalement différent de celui figurant sur les plans et qu'il aurait appartenu à la recourante de solliciter un complément d'expertise si elle entendait contester les conclusions de l'expert.
4.2.3. En tant que la recourante soutient que la simple comparaison entre le plan " façade et coupe " et la photographie de l'ouvrage réalisé démontre de façon évidente que celui-ci ne correspond pas à celui qui figurait dans les plans de l'enquête publique, elle ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait commis l'arbitraire en suivant l'expert et en considérant que l'ouvrage réalisé n'est pas fondamentalement différent de celui figurant sur les plans et donc que son coût ne serait pas différent.
La cour cantonale étant parvenue à un résultat par appréciation des preuves, il ne saurait être question de violation des règles sur le fardeau de la preuve (art. 8 CC), lesquelles ne s'appliquent qu'en cas d'échec de la preuve.
5.
Enfin, la cour cantonale a refusé d'admettre en compensation la contre-créance invoquée par l'entrepreneur pour les travaux de goudronnage du chemin. L'entrepreneur recourant lui reproche une appréciation arbitraire des preuves et une fausse application des règles sur le fardeau de la preuve.
5.1. La cour cantonale a retenu que l'entrepreneur a décidé de manière unilatérale de réaliser un tapis de finition (goudronnage) du chemin, considérant que l'enrobé prévu était quelque peu insatisfaisant et qu'il fallait améliorer la longévité du chemin. Elle n'a toutefois pas suivi les premiers juges qui avaient qualifié ces travaux de somptuaires, mais elle a admis que ces travaux apportent une plus-value à l'ouvrage puisque ce revêtement évitera très certainement dans un futur relativement proche des travaux de réparation, comme l'a retenu l'expert. Elle a toutefois considéré que si l'existence d'une plus-value existe, il n'est pas établi que cette plus-value corresponde au coût des travaux effectués, ce qu'il incombait à l'entrepreneur d'alléguer et de prouver (fardeau de l'allégation objectif et fardeau de la preuve). Elle a donc rejeté la créance invoquée en compensation, faute de preuve.
5.2. Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, la cour cantonale n'est pas partie d'une prestation complémentaire qui n'était pas comprise dans le prix forfaitaire et aurait justifié un prix supplémentaire, mais de travaux non commandés qui, selon GAUCH (op. cit., n. 1310-1311) pourraient justifier une créance en enrichissement illégitime, à calculer non pas en fonction de la plus-value objective qu'ils représentent, mais selon la valeur que la prestation non commandée a pour le maître.
Lorsque la recourante reproche à la cour cantonale une fausse application des règles sur le fardeau de la preuve, soutenant qu'il appartenait au maître d'alléguer et de prouver que la plus-value résultant de ces travaux ne correspondait pas à leur coût, elle méconnaît que la cour cantonale a admis une prétention pour enrichissement illégitime, dont le fardeau de la preuve et le fardeau de l'allégation objectif incombent au prétendu créancier (art. 8 CC; ATF 106 II 29 consid. 2 p. 31; arrêt 4C.117/2006 du 18 juillet 2006 consid. 3). Puisque les maîtres de l'ouvrage n'ont pas commandé le goudronnage et n'ont donc pas voulu la plus-value en résultant, il n'est pas possible de tenir compte de la plus-value objective de ce goudronnage; il faut partir de la valeur subjective que ce goudronnage peut représenter pour les maîtres, soit son utilité subjective pour ceux-ci (GAUCH, op. cit., n. 1311). La thèse de la recourante selon laquelle il y aurait lieu d'appliquer les règles sur la réduction du prix en cas de moins-value de l'ouvrage (diminution du prix convenu proportionnelle à la moins-value) et de renverser les fardeaux de l'allégation et de la preuve sur le débiteur, ne peut être suivie: non seulement, aucune comparaison ne s'impose avec le prix convenu, mais surtout, comme les travaux n'ont pas été commandés, ils ont été exécutés en violation du contrat par l'entrepreneur et ne peuvent donner lieu qu'à une indemnisation au titre de l'enrichissement illégitime.
C'est donc à raison que la cour cantonale a retenu l'existence d'une plus-value, mais a mis à la charge de l'entrepreneur l'absence d'allégation et l'absence de preuve de la valeur subjective de celle-ci. Lorsqu'elle se plaint d'appréciation arbitraire des preuves, la recourante ne démontre pas en quoi il est arbitraire de retenir qu'il n'est pas établi que la plus-value subjective correspondrait au coût des travaux de goudronnage.
Il s'ensuit que c'est à raison que la cour cantonale a refusé d'admettre en compensation cette prétendue contre-créance de 29'030 fr. 50.
6.
En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF).
La recourante devra également verser aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de dépens (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 2 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget