Faits :
A.
La fondation C._ est propriétaire de la parcelle n o 560 de la Commune de Cudrefin. Au début des années 2000, elle a réalisé une rénovation douce du bâtiment Le Moulin (ECA n o 145) implanté sur ce bien-fonds. Elle a en outre acquis la parcelle n o 556 sur laquelle elle a octroyé un droit de superficie (droit distinct et permanent DDP 2753/38) à la fondation A._ qu'elle a créé par la même occasion.
La fondation A._ est une fondation de droit privé inscrite au registre du commerce dont le but est la mise sur pied et l'exploitation d'un atelier de réflexion et de mise en pratique d'un style de vie axé sur le développement durable dans le cadre d'un centre d'exploration et d'expérimentation. Ses activités se déroulent essentiellement dans deux bâtiments nommés La Maison du futur (ECA n o 143, parcelle n o 556) et Le Moulin (ECA n o 145, parcelle n o 560). Les locaux exploités par la fondation se situent en face du bâtiment ECA n o 144, appelé Le Molino, sis sur la parcelle n o 1369.
En vue notamment de soutenir les activités de la fondation, le Conseil communal de Cudrefin a adopté, le 3 juin 2004, le plan partiel d'affectation A._ (PPA) et son règlement (RPPA) approuvé par le département compétent le 5 août 2004, date de son entrée en vigueur. Ce PPA englobe les parcelles n o 556 - propriété de la fondation - ainsi que les fonds n os 1383, à l'ouest, et 1369, au sud. Anciennement en zone agricole, ces parcelles ont été rattachées par le PPA au hameau du Moulin, soit à la zone de village, régie par le règlement communal sur le plan d'extension et la police des constructions de Cudrefin (RPEPC), adopté par le conseil communal le 7 juillet 1977 et approuvé par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 23 septembre 1977.
Aux dires de la fondation A._ - non contestés par la municipalité -, la fondation C._ avait initialement manifesté l'intention d'acquérir la parcelle n o 1396 dans l'optique de développer ses activités futures, raison pour laquelle ce bien-fonds aurait été inclus dans le PPA. Il ressort du rapport établi selon l'art. 47 al. 2 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) que les deux fondations et le propriétaire d'alors de la parcelle n o 1369 avaient convenu sur celle-ci d'un droit de préemption valable jusqu'en 2006. Ce droit n'a pas été exercé.
En 2009, c'est D._, également propriétaire de la parcelle voisine n o 1383, qui a acquis la parcelle n o 1369 et qui l'a transmise par succession, en 2010, à sa fille, B._.
B.
Le 8 juillet 2014, B._ a déposé une demande de permis de construire portant sur la démolition du bâtiment Le Molino (ECA n o 144) présent sur la parcelle n o 1369 et la construction d'un bâtiment de deux logements sur un garage double.
Mis à l'enquête du 5 août au 4 septembre 2014, le projet a suscité l'opposition de la fondation A._. Par décision du 24 octobre 2014, la municipalité a levé l'opposition, sans toutefois formellement délivrer le permis de construire.
La fondation a recouru contre cette décision à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Le 29 juin 2015, le Tribunal cantonal a procédé à une inspection locale. En cours de procédure, la municipalité a produit, le 20 juillet 2015, le permis de construire, délivré formellement à B._, le 4 juillet 2015. La fondation recourante s'est déterminée sur cette pièce le 21 août 2015. Par arrêt du 14 décembre 2016, la cour cantonale a rejeté le recours; elle a en substance considéré que la délivrance du permis de construire postérieurement à la levée de l'opposition ne contrevenait pas au principe de coordination; elle a en outre jugé le projet litigieux conforme au PPA.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la fondation A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que le recours cantonal est admis et le permis de construire annulé; subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante sollicite enfin l'octroi de l'effet suspensif.
La cour cantonale n'a pas formulé de remarques et renvoie aux considérants de son arrêt. La Municipalité de Cudrefin conclut au rejet du recours; il en va de même de B._. Aux termes d'ultimes déterminations, la recourante a confirmé ses conclusions.
Par ordonnance du 23 février 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif. Le 9 mars 2017, en réponse à la recourante, il a indiqué qu'il n'entendait pas prendre de plus amples mesures conservatoires, les explications de l'intimée, niant avoir mis en oeuvre des travaux de démolition, en violation de cette ordonnance, paraissant crédibles. Le Président de la Cour de céans a par ailleurs souligné qu'il appartenait à la Municipalité de Cudrefin de faire respecter la décision d'effet suspensif.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La fondation recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaire de parcelles construites directement voisines du projet litigieux - dont elle conteste notamment le caractère règlementaire -, la recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Elle a donc qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
En annexe à ses ultimes observations, la recourante a produit un lot de photographies. S'agissant de pièces nouvelles, dont la fondation recourante ne prétend d'ailleurs pas qu'elles résulteraient de la décision attaquée, celles-ci sont irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
3.
Dans une première partie de son écriture, la recourante présente sa propre version des faits, laquelle diverge partiellement des constatations des juges cantonaux. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).
4.
La recourante fait grief à l'instance précédente d'avoir violé le principe de la force obligatoire des plans d'affectation ancré à l'art. 21 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700). Sous couvert de violation du droit fédéral, la recourante remet en réalité en cause la conformité du projet avec le PPA A._, point qui relève cependant de l'application du droit cantonal et communal (cf. ALEXANDER RUCH, Commentaire LAT, 2010, n. 70 ad. art. 22 LAT), que le Tribunal fédéral n'examine que sous l'angle restreint de l'arbitraire (cf. ATF 137 V 143 consid. 1.2 p. 145; arrêt 1C_302/2016 du 18 janvier 2017 consid. 3.2).
4.1. Lorsqu'il est ainsi appelé à revoir l'application du droit cantonal et communal sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement préférable - paraît possible (ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 p. 177; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables; encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 141 I 49 consid. 3.4 p. 53 et les arrêts cités).
Les griefs de violation de dispositions cantonales et communales sont soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF); il appartient dans ce contexte à la partie recourante de citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8 p. 494; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
4.2. L'art. 1 al. 2 RPPA prévoit que le PPA A._ a pour objectifs d'étendre modestement les fonctions du hameau du Moulin dans sa partie ouest, d'assurer la terminaison du hameau à cet endroit, de permettre un aménagement cohérent et équilibré du secteur et d'intégrer les recommandations sur le traitement de l'espace public - semi-public - privé accompagnant le PPA selon les recommandations annexées. L'art. 3 RPPA dispose que la zone du village, dont fait partie le hameau du Moulin, est destinée à l'habitation, à l'exercice des activités en rapport avec la culture du sol, aux commerces, à l'accueil, à la formation professionnelle, à l'artisanat, pour autant que ces activités ne provoquent pas de nuisances excessives pouvant porter préjudice à l'habitation, des boxes à chevaux étant au surplus autorisés. L'art. 4 PPA précise que les bâtiments ECA nos 143 et 144, notamment, ne sont pas portés à l'inventaire cantonal établi selon la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (LPNMS; RS/VD 450.11); ceux-ci sont néanmoins, dans toute la mesure du possible, maintenus. Pour des raisons objectivement fondées, ils peuvent être démolis.
4.3. En l'occurrence, le Tribunal cantonal a considéré que le RPPA n'accordait pas à la fondation recourante l'exclusivité quant à l'utilisation des parcelles comprises dans le périmètre du PPA A._. L'intimée était dès lors en droit d'édifier, sur sa parcelle, une bâtisse composée de deux habitations et d'un garage, une telle construction apparaissant de surcroît conforme à l'affectation de la zone. La cour cantonale a, par ailleurs et préalablement, jugé, en application de l'art. 4 RPPA, que la démolition du bâtiment préexistant (Le Molino) se justifiait au regard de son état de vétusté avancée.
Selon la recourante, le projet litigieux irait clairement à l'encontre du PPA sur des points fondamentaux. Elle souligne en premier lieu qu'il serait contraire à l'art. 3 RPPA ( recte : art. 4 RPPA) d'autoriser la démolition du Molino. Elle affirme ensuite que le projet romprait l'harmonie et la synergie entre les trois bâtiments que le PPA a "pour finalité de favoriser, soit de préserver à tout le moins". Elle soutient encore que, par ses dimensions et la création d'un garage double à voiture, le projet mettrait "en péril les activités menées et développées par la fondation A._, conformément à son but social, et que le plan avait justement pour but d'encourager, soit de garantir à tout le moins. Il en [irait] ainsi par exemple de toutes ses activités en lien avec l'énergie solaire ou encore celles se déroulant régulièrement sur la place située entre les trois bâtiments".
4.4. Par cette argumentation, purement appellatoire, la recourante ne critique pas réellement - au mépris des exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF - les considérants de l'arrêt attaqué; elle se borne en effet à opposer sa propre appréciation de la situation à celle des juges cantonaux, sans expliquer en quoi cette dernière serait arbitraire.
4.4.1. Il faut certes concéder à la fondation que le PPA A._ a été - comme sa désignation semble l'indiquer - adopté dans le but de favoriser ses activités dans le hameau du Moulin (cf. rapport 47 OAT, ch. 1.1 et 1.2, p. 1). Cela étant et quoi qu'en dise la recourante, cet aspect n'a pas échappé aux juges cantonaux; ceux-ci ont cependant relevé que le RPPA n'attribuait pas à la fondation une exclusivité d'utilisation des parcelles comprises dans le périmètre du plan; la recourante ne le discute d'ailleurs pas, ne pointant en particulier aucune disposition du règlement susceptible d'infirmer la position de l'instance précédente. Il est de surcroît établi qu'alors même qu'elles en avaient la possibilité jusqu'en 2006, par le biais d'un droit de préemption, ni la fondation Homes Scouts Suisse ni la recourante ne se sont portées acquéreuses de la parcelle no 1369. Dans ces circonstances, on ne discerne aucun motif commandant d'interdire à la propriétaire actuelle d'exploiter le potentiel constructif de cette parcelle à ses propres fins. Il n'apparaît d'ailleurs pas non plus critiquable d'avoir considéré que ce potentiel pouvait être concrétisé par la construction d'un bâtiment d'habitation; l'art. 3 RPPA prévoit en effet expressément une telle affectation, précisant de surcroît que les autres activités admises (culture du sol, commerces, accueil et formation professionnelle, etc.) ne le sont que pour autant qu'elles ne provoquent pas de nuisances excessives pouvant porter préjudice à l'habitation, laissant ainsi supposer le caractère prépondérant de cette dernière activité dans la zone.
4.4.2. C'est enfin après avoir procédé à une inspection locale que la cour cantonale a retenu que Le Molino présentait un état de vétusté avancé laissant apparaître les frais de sa remise en état comme étant disproportionnés et justifiant sa démolition. Là encore le recours est indigent : la recourante ne remet en particulier pas en cause les différentes constatations de l'instance précédente, laquelle a mis en évidence l'état de délabrement de la charpente et de la toiture ainsi que la présence de nombreuses infiltrations d'eau. La fondation recourante ne prétend du reste plus que le refus de mettre en oeuvre une expertise de l'état de conservation du Molino violerait son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), ce qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'examiner d'office (cf. art. 106 al. 2 LTF). Il n'apparaît ainsi pas critiquable d'avoir jugé que la démolition de ce bâtiment se justifiait pour des motifs objectifs; la recourante n'explique d'ailleurs pas en quoi l'art. 4 RPPA imposerait à tout prix le maintien de cette construction, ce que la commune - compétente au premier chef pour l'interprétation de son règlement (cf. ANDREAS AUER ET AL., Droit constitutionnel suisse, Vol. I, 2013, n. 293 p. 94) - a d'ailleurs réfuté lors de l'audience cantonale.
4.5. Il s'ensuit qu'entièrement mal fondé dans la mesure de sa recevabilité le grief doit être écarté.
5.
La recourante se plaint que le permis de construire n'a pas été délivré simultanément à la décision de levée d'opposition, rendue le 24 octobre 2014. Elle y voit non seulement une application arbitraire des art. 114 et 116 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RS/VD 700.11), mais également de l'art. 25a al. 2 let. d LAT, qui consacre le principe de la coordination.
5.1. En vertu de l'art. 25a al. 2 let. d LAT, il y a lieu de veiller à la concordance matérielle et, en règle générale, à une notification commune ou simultanée des décisions, lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités. Les décisions ne doivent pas être contradictoires (art. 25a al. 3 LAT).
En droit des constructions vaudois, l'art. 114 al. 1 LATC prévoit que dans les quarante jours dès le dépôt de la demande de permis conforme aux exigences légales et réglementaires et des pièces qui doivent l'accompagner, la municipalité est tenue de se déterminer en accordant ou en refusant le permis. Par ailleurs, aux termes de l'art. 116 al. 1 LATC, les auteurs d'oppositions motivées doivent être avisés de la décision accordant ou refusant le permis, avec l'indication des dispositions légales et réglementaires invoquées, lorsque l'opposition est écartée. Pour les oppositions, l'avis, sous pli recommandé, précise en outre la voie, le mode et le délai de recours (art. 116 al. 2 LATC).
5.2. En l'espèce, la cour cantonale a relevé que la décision du 24 octobre 2014 indique non seulement explicitement que l'opposition est levée, mais également que le permis de construire sera délivré. Elle comporte les motifs ayant conduit à la levée de l'opposition de même que les voie et délai de recours. L'instance précédente en a déduit que la décision de levée d'opposition ne pouvait être dissociée de celle octroyant le permis de construire; elle a considéré que ces deux décisions avaient été rendues lors de la même séance municipale, de sorte que les exigences de coordination imposées par l'art. 25 al. 1 let. d LAT étaient respectées. Par ailleurs, bien que les deux décisions n'aient pas formellement été notifiées conjointement, ce qu'eût imposé une stricte application du droit cantonal, le Tribunal cantonal a estimé qu'il n'en découlait pas un vice susceptible de remettre en cause le projet litigieux: outre que le principe de coordination a été observé, le permis délivré n'impose pas de modification du projet initialement mis à l'enquête, sous réserve du déplacement d'une fontaine présente sur la parcelle, sur lequel la recourante a pu s'exprimer au cours de l'instance cantonale.
5.3. La recourante conteste cette appréciation et se prévaut à cet égard essentiellement de l'arrêt 1C_445/2014 du 12 janvier 2015 (en particulier consid. 2.3). Selon elle, les art. 114 et 116 LATC interdiraient à la municipalité de lever une opposition sans délivrer le permis de construire ni préciser les éventuelles conditions dont celui-ci sera assorti. A la suivre, dès lors que la décision de levée d'opposition ne mentionne aucune charge, au contraire du permis délivré le 4 juillet 2015, qui impose le déplacement d'une fontaine préexistante, le droit cantonal aurait été transgressé. La recourante soutient par ailleurs que la commune ignorait, au moment de rendre la décision de levée d'opposition, que sa zone à bâtir était surdimensionnée; si tel avait alors été le cas, tout porterait à croire - aux dires de la recourante - que l'autorité cantonale compétente aurait refusé le permis de construire. La fondation intéressée soutient enfin que la manière dont ont procédé les autorités cantonales violerait le principe de la coordination au sens de l'art. 25 al. 1 let. d LAT.
5.4. Dans l'affaire 1C_445/2014, le Tribunal fédéral a reconnu que les art. 114 et 116 LATC imposent une communication simultanée de la levée de l'opposition et du permis de construire. Ces dispositions ont été adoptées pour garantir le droit d'être entendu des parties et la transparence de la procédure. Selon le Tribunal fédéral, le but de cette règle réside d'une part dans le fait que les opposants doivent connaître exactement la teneur de l'autorisation de construire qui a été délivrée, afin de pouvoir se déterminer en connaissance de cause sur la question de savoir s'ils entendent recourir contre la décision municipale. D'autre part, le principe de l'égalité des parties implique nécessairement que chacune d'elles ait connaissance des mêmes éléments que ceux qui ont été communiqués à l'autre. Le Tribunal fédéral a encore souligné qu'une notification séparée génère une insécurité juridique, tout particulièrement dans l'hypothèse où le plan d'affectation se modifie entre la décision de levée d'opposition et celle d'octroi du permis.
5.5. Au regard de cette jurisprudence, force est d'admettre que la procédure telle qu'elle a été menée par l'autorité communale apparaît pour le moins discutable. Il convient cependant garder à l'esprit que, s'agissant de l'application du droit cantonal, la cognition du Tribunal fédéral est limitée, dans chaque cas particulier, à l'interdiction de l'arbitraire (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Dans ce contexte, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables; encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 141 I 49 consid. 3.4 p. 53 et les arrêts cités). Or, quoi qu'en dise la recourante, tel n'est pas le cas en l'espèce. En effet, comme l'a souligné le Tribunal cantonal, la décision du 24 octobre 2014 indique clairement que l'opposition est levée et que le permis de construire sera délivré. Cette décision se révèle par ailleurs dûment motivée et répond à l'ensemble des griefs soulevés dans l'opposition; elle contient par ailleurs les voie et délai de recours conformément aux exigences de l'art. 116 al. 2 LATC. Le dossier d'enquête, à disposition de la recourante, comprenait en outre la synthèse CAMAC, reproduisant l'ensemble des préavis et décisions des services de l'Etat concernés. La fondation recourante bénéficiait ainsi de l'ensemble des éléments nécessaires pour faire valoir ses droits en toute connaissance de cause devant le Tribunal cantonal, ce qu'elle n'a pas manqué de faire.
Par ailleurs, contrairement à l'affaire 1C_445/2014, dans laquelle l'autorisation de construire n'avait toujours pas été délivrée au stade du recours fédéral, le permis de construire le projet litigieux a été formellement notifié en cours d'instance cantonale; la recourante ne nie d'ailleurs pas avoir pu se déterminer sur ce document, dans ce cadre, ni ne se prévaut, à cet égard, d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle ne conteste de surcroît pas non plus que le projet finalement autorisé est identique à celui initialement mis à l'enquête, sous réserve du déplacement de la fontaine, dont elle ne prétend pas céans qu'il serait matériellement de nature à condamner la construction envisagée. Il n'apparaît enfin pas non plus - contrairement au cas de l'affaire 1C_445/2014 (en particulier consid. 2.3) - que l'affectation de la zone ait été modifiée entre les deux décisions. Les arguments soulevés à cet égard par la recourante, en lien avec la mise en évidence du surdimensionnement de la zone à bâtir communale, qui interdirait, à la comprendre, la construction litigieuse, sont en effet, comme cela sera exposé ci-après, sans influence sur le sort du projet litigieux (cf. consid. 6).
Dans ces circonstances, quand bien même les autorités cantonales n'ont pas observé l'exigence d'une notification simultanée de la levée d'opposition et du permis de construire, l'ensemble des droits que ce système, concrétisé par les art. 114 et 116 LATC, tend à garantir ont en l'occurrence été respectés. Par ailleurs, sous l'angle du droit fédéral, on ne décèle pas, à la lumière de ce qui précède, l'existence d'un risque de décisions contradictoires, que tend précisément à éviter la coordination matérielle prévue à l'art. 25a al. 1 let. d LAT (à ce sujet, cf. Message du Conseil fédéral du 30 mai 1994 concernant la modification de la LAT in FF 1994 III p. 1060 et ch. 213 p. 1068) : le projet finalement autorisé est en effet, sous réserve d'un point accessoire - sur lequel la recourante a pu se déterminer -, identique à celui mis à l'enquête; il est en outre assorti, en conformité avec les exigences de coordination, de l'ensemble des décisions cantonales nécessaires (cf. synthèse CAMAC du 25 août 2014).
5.6. Le grief s'avère également mal fondé et doit être rejeté.
6.
Dans un ultime grief, la recourante se plaint de la "violation du principe de la limitation des zones à bâtir et, en l'occurrence, de l'obligation de redimensionner ces zones en cas de surdimensionnement (art. 3 al. 3, 15 et 38a LAT) ". Elle soutient essentiellement que la délivrance du permis de construire serait contraire au moratoire de l'art. 38a al. 2 LAT.
6.1. La fondation recourante perd toutefois de vue que l'art. 38a al. 2 LAT, entré en vigueur le 1er mai 2014 (RO 2014 899), prévoit que, jusqu'à l'adaptation des plans directeurs à la novelle du 15 juin 2012, en particulier aux art. 8 et 8a al. 1 LAT (cf. art. 38a al. 1 LAT), la surface totale des zones à bâtir légalisées ne doit pas augmenter dans le canton concerné. Or, il est constant que la parcelle concernée est déjà affectée à la zone à bâtir, de sorte que la réalisation du projet n'entraîne aucun accroissement de la surface constructible (cf. ATF 141 II 393 consid. 3 p. 399 in fine).
La recourante soutient encore que cette parcelle aurait dû faire l'objet d'un dézonage en raison du surdimensionnement de la zone à bâtir communale. Même si l'on voulait comprendre (cf. art. 42 al. 2 LTF) cette argumentation comme une contestation de l'affectation du bien-fonds par le biais d'un contrôle incident (cf. art. 21 al. 2 LAT), la recourante ne fournit aucun élément démontrant que les conditions posées par la jurisprudence pour remettre exceptionnellement en cause la validité d'un plan d'affectation, dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire, seraient réunies (cf. arrêt 1C_341/2015 consid. 5.2 et les arrêts cités); elle se contente à ce propos d'affirmations appellatoires quant à la prétendue utilisation agricole de la parcelle, ce qui est insuffisant (cf. art. 105 al. 1 et 2 LTF; ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62), la municipalité ayant de surcroît précisé céans que le dézonage de la zone concernée, "englobée dans le périmètre du centre", ne lui paraissait pas opportun, son maintien s'inscrivant dans une optique de "densification du bâti". On peut quoi qu'il en soit douter de la recevabilité de cette argumentation, soulevée pour la première fois devant le Tribunal fédéral. En effet, selon la jurisprudence, un grief juridique nouveau, invoqué à l'appui d'un recours fédéral n'est recevable que pour autant qu'il se fonde sur l'état de fait retenu par l'instance précédente (cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156 et les nombreuses références citées). Or, en l'espèce, en admettant qu'il soit établi, sur la base du bilan des réserves (état au 29 juin 2015) édité par le Service cantonal du développement territorial (SDT) et produit par la recourante (art. 99 al. 1 LTF), que la zone à bâtir communale soit surdimensionnée, l'état de fait cantonal ne contient aucun autre élément permettant à la Cour de céans de procéder à l'examen de cette question (à ce sujet, cf. arrêt 1C_387/2016 du 1er mai 2017 consid. 4.4).
6.2. Il s'ensuit que l'ensemble des critiques liées au surdimensionnement de la surface à bâtir communale doivent être écartées pour autant que recevables.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF). L'intimé, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF), au contraire de la municipalité, qui a agi dans l'exercice de ses attributions (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à l'intimée, à titre de dépens, à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Municipalité de Cudrefin ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 5 octobre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez