Sachverhalt:
A.
Am 22. Oktober 2007 schlossen die A._ (Bestellerin, Beschwerdeführerin) und die B._ AG (Unternehmerin, Beschwerdegegnerin) einen schriftlichen "GU-Vertrag" betreffend die Instandsetzung der Parkgarage und der Fussgängerbrücke der Wohnsiedlung C._ in Zürich. Die Bestellerin übertrug darin der Unternehmerin die Ausschreibung, Ausführungsplanung, Bauleitung, schlüsselfertige Erstellung und betriebsbereite Übergabe des Bauwerks gegen Bezahlung eines Werkpreises von Fr. 9'548'399.63 vor Mehrwertsteuer bzw. von Fr. 10'274'078.-- mit Mehrwertsteuer. In der Folge entstanden Differenzen über den Werklohn.
Zwischen den Parteien bestand parallel zum Vertrag betreffend die Wohnsiedlung C._ noch ein weiterer Vertrag bezüglich des Neubaus des Stadions D._. Auch in diesem Zusammenhang kam es zwischen den Parteien zu einem Streit über die Höhe des geschuldeten Werklohns.
B.
B.a. Mit Klage vom 27. April 2011 beantragte die Unternehmerin dem Bezirksgericht Zürich, die Bestellerin sei zur Zahlung von Fr. 289'260.58 nebst Zins zu verurteilen. In ihrer Klageantwort vom 25. August 2011 beantragte die Bestellerin die Abweisung der Klage.
Eventualiter für den Fall, dass sich die eingeklagte Forderung als begründet erweisen sollte, erhob die Bestellerin wie bereits im Verfahren betreffend das Projekt "D._" die Einrede der Verrechnung mit Guthaben aus den Nachträgen 16 und 17 des genannten Projektes im Umfang von Fr. 2'127'331.30. Nach eigenen Angaben der Bestellerin handelt es sich bei den zur Verrechnung gestellten Forderungen um dieselben, mit denen sie bereits im Verfahren betreffend das Projekt "D._" eventualiter die Verrechnungseinrede erhoben hat.
B.b. Das Bezirksgericht Zürich hiess die Klage am 23. Oktober 2014 im Umfang von Fr. 252'543.05 nebst Zins gut. Den Einwand der Bestellerin, sie habe gültig mit einem Guthaben aus dem (parallelen) Bauvorhaben "Stadion D._" verrechnet, verwarf das Bezirksgericht.
B.c. Gegen das Urteil des Bezirksgerichts legte die Bestellerin Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich ein, mit der sie die Aufhebung des bezirksgerichtlichen Entscheids und die vollumfängliche Abweisung der Klage beantragte. Die Bestellerin hielt eventualiter die Verrechnungseinrede mit Forderungen aus dem (parallelen) Bauvorhaben "Stadion D._" aufrecht. Mit Urteil vom 27. Februar 2015 wies das Obergericht die Berufung ab und bestätigte das bezirksgerichtliche Urteil.
B.d. Das Bundesgericht hiess am 23. November 2015 die Beschwerde der Bestellerin gut, hob das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 27. Februar 2015 auf und wies die Sache zur Beurteilung der Verrechnungsforderung zurück in der Meinung, das Verfahren sei mit demjenigen in Sachen "D._" zu koordinieren (4A_221/2015).
B.e. Mit Urteil vom 26. September 2016 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Berufung der Bestellerin gegen den bezirksgerichtlichen Entscheid erneut ab und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts vom 23. Oktober 2014. Zur Begründung führte das Obergericht aus, die Verrechnungsforderung der Bestellerin sei im parallelen Verfahren "Stadion D._" materiell rechtskräftig abgewiesen worden, soweit sie nicht zur Verrechnung zugelassen und dadurch untergegangen sei. Damit bleibe für eine Verrechnung im vorliegenden Verfahren kein Raum mehr. Den Einwand der Bestellerin, dass sie mit der Beurteilung ihrer Verrechnungsforderung durch das Bezirksgericht im parallelen Verfahren nicht einverstanden sei und eine Überprüfung durch das Obergericht hätte erwirken wollen, verwarf das Gericht mit der Begründung, die Bestellerin hätte im parallelen Verfahren Berufung erheben müssen. Sie habe sich in diesem parallelen Verfahren zu Unrecht darauf verlassen, dass sie Anschlussberufung erheben könne.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Bestellerin die Rechtsbegehren:
"1. Es s ei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2016 (...) aufzuheben und die Sache sei (i) zur Beurteilung der Verrechnungseinrede und (ii) zur Gutheissung der Berufung der Beschwerdeführerin vom 1. Dezember 2014 an das Obergericht des Kantons Zürich gegen ein Urteil der 8. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 23. Oktober 2014 (...) sowie (iii) zur - zufolge Gutheissung der Berufung der Beschwerdeführerin vom 1. Dezember 2014 an das Obergericht des Kantons Zürich gegen ein Urteil der 8. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich vom 23. Oktober 2014 (...) - vollumfänglichen Abweisung der Klage der Beschwerdegegnerin vom 27. April 2011 an das Bezirksgericht Zürich (...) an die Vorinstanz zurückzuweisen.
(Kosten)
2. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2016 (...) aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vom 27. April 2011 an das Bezirksgericht Zürich (...) sei vollumfänglich abzuweisen.
(...) "
Die Bestellerin beantragt überdies den Beizug der Akten des kantonalen Verfahrens und des Parallelverfahrens "Stadion D._" sowie die Vereinigung ihrer Beschwerden gegen die Urteile des Obergerichts des Kantons Zürich im vorliegenden Verfahren und im Verfahren 4A_599/2016.
C.a. Die Bestellerin rügt eine Verletzung von Art. 120 Abs. 1 OR, weil ihre Verrechnungseinrede nicht beurteilt worden sei. Zur Begründung ihrer Beschwerde bringt sie vor, die Vorinstanz habe ihr im Parallelverfahren das Recht verwehrt, Anschlussberufung zu erheben, indem sie die Berufung der Unternehmerin gegen das bezirksgerichtliche Urteil nicht zur Antwort zugestellt habe, weshalb sie keine Möglichkeit erhalten habe zu rügen, das Bezirksgericht habe die Verrechnungsforderung zu Unrecht weitgehend für unbegründet gehalten. Sie weist darauf hin, dass diese Verrechnungsforderung Gegenstand des Verfahrens 4A_599/2016 bilde. Sie vertritt die Ansicht, diese sei noch nicht rechtskräftig beurteilt. Die Bestellerin bezieht sich auf das bundesgerichtliche Urteil vom 23. November 2015 und beantragt Aufhebung des Urteils der Vorinstanz und Rückweisung der Sache zur Beurteilung ihrer Verrechnungseinrede in den koordinierten Verfahren. In einem Eventualantrag begründet sie, weshalb ihrer Ansicht nach das Urteil des Bezirksgerichts bezüglich ihrer Verrechnungsforderung falsch sei.
C.b. Die Unternehmerin stellt in der Vernehmlassung das Rechtsbegehren, die Anträge der Bestellerin seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, und es sei das vorinstanzliche Urteil vollumfänglich zu bestätigen.
D.
Mit Urteil vom heutigen Tag ist die Beschwerde der Bestellerin im Verfahren 4A_599/2016 gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich in der Streitsache "Stadion D._" aufgehoben worden, weil der Bestellerin die Berufung in diesem Verfahren nicht zur Antwort und allfälligen Anschlussberufung zugestellt worden war. Das Obergericht wird in diesem Verfahren der Bestellerin die Berufung der Unternehmerin zur Antwort und möglichen Anschlussberufung zustellen; solange die Bestellerin die Abweisung ihrer Verrechnungsforderung in Frage stellen kann, ist darüber nicht rechtskräftig entschieden.
Erwägungen:
1.
Nachdem über die - für das vorliegende Verfahren präjudizielle - Beschwerde der Beschwerdeführerin im Verfahren 4A_599/2016 entschieden ist, wird der Antrag auf Vereinigung der Beschwerdeverfahren gegenstandslos.
2.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (Art. 72 BGG), sie richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz entschieden hat (Art. 75 BGG), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (Art. 76 BGG), der Streitwert ist erreicht (Art. 74 BGG) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde ist insoweit zulässig. Dagegen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit sich die Beschwerdeführerin direkt gegen die Abweisung ihrer Verrechnungsforderung durch die erste Instanz wendet.
3.
Die Vorinstanz hat die Berufung der Beschwerdeführerin gegen das erstinstanzliche Urteil abgewiesen, mit dem diese zur Bezahlung von Fr. 252'543.05 zuzüglich Zins verurteilt worden ist. Sie ist auf die zur Verrechnung gestellte Forderung der Beschwerdeführerin mit der Begründung nicht eingetreten, diese Verrechnungsforderung sei vom Bezirksgericht Zürich im Verfahren "Stadion D._" als unbegründet erkannt worden, soweit sie nicht durch Verrechnung in diesem Verfahren untergegangen sei. Das Urteil des Bezirksgerichts sei in materielle Rechtskraft erwachsen, da die Beschwerdeführerin dagegen weder Berufung noch Anschlussberufung eingereicht habe.
3.1. Die Vorinstanz ist zutreffend davon ausgegangen, dass die von der Beschwerdeführerin zur Verrechnung gestellte Forderung im vorliegenden Verfahren unbesehen darum materiell zu beurteilen ist, dass sie gleichzeitig in anderen Verfahren ebenfalls zur Verrechnung gestellt worden ist; dabei sind die Verfahren zu koordinieren (BGE 141 III 549 E. 6.5 S. 553). Die Vorinstanz hat festgestellt, dass das Bezirksgericht im Verfahren "Stadion D._" die von der Beschwerdeführerin erhobene - identische - Verrechnungsforderung als unbegründet beurteilt hat, soweit sie nicht (in geringem Umfang ihres Bestandes) durch Verrechnung untergegangen ist. Da das Bezirksgericht im Verfahren "Stadion D._" die Klage der Gegenpartei teilweise guthiess, ist unbestritten, dass das Bezirksgericht die Verrechnungsforderung (soweit nicht untergegangen) abgewiesen hat und dass die Abweisung der Verrechnungsforderung in materielle Rechtskraft erwachsen ist, wenn dagegen kein Rechtsmittel mehr offen steht. Entgegen der Beurteilung der Vorinstanz trifft jedoch nicht zu, dass der Beschwerdeführerin im parallelen Verfahren "Stadion D._" gegen die Abweisung ihrer Verrechnungsforderung im Urteil des Bezirksgerichts vom 25. September 2015 das Rechtsmittel der Anschlussberufung nicht zur Verfügung steht, wie das Bundesgericht im Verfahren 4A_599/2016 erkannt hat.
3.2. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurde der Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren Gelegenheit gegeben, sich zur Situation der Verrechnung zu äussern, worauf diese verlangte, dass ihr im parallelen Verfahren "D._" Frist zur Berufungsantwort und Anschlussberufung angesetzt werde. Diesem Antrag hätte die Vorinstanz nach Art. 312 ZPO stattgeben müssen und sie wird in Folge der Aufhebung des Urteils des Obergerichts vom 12. September 2016 im Parallelverfahren "D._" dem Antrag entsprechend verfahren. Damit wird der Beschwerdeführerin gleichzeitig die Möglichkeit zur Anschlussberufung eröffnet. Solange der Beschwerdeführerin das Rechtsmittel der Anschlussberufung zur Verfügung steht, ist über die Verrechnungsforderung nicht rechtskräftig entschieden; die Vorinstanz hat die Beurteilung der Verrechnungsforderung der Beschwerdeführerin zu Unrecht wegen materieller Rechtskraft abgelehnt. Sie wird vielmehr im Rahmen einer allfälligen Anschlussberufung im Parallelverfahren "Stadion D._" den Entscheid des Bezirksgerichts über die Verrechnungsforderung zu überprüfen haben. Sollte sich die Verrechnungsforderung der Beschwerdeführerin im Parallelverfahren über den zur Abweisung der Klage erforderlichen Umfang hinaus als begründet erweisen, wird im vorliegenden Verfahren darüber zu entscheiden sein.
3.3. Die Vorinstanz hat das Verfahren in Sachen Wohnsiedlung "C._" (ihre Geschäftsnummer LB 150073-O/U) zu Unrecht für spruchreif gehalten. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und zu neuer Entscheidung in Koordination mit dem Verfahren "Stadion D._" (ihre Geschäftsnummer LB150067-O/U) an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4.
Die Beschwerde ist insoweit begründet, als darauf einzutreten ist. Der Hauptantrag der Beschwerdeführerin auf Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung ist gutzuheissen. Diesem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Diese hat der Beschwerdeführerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2016 wird aufgehoben; die Sache wird zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2017
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Marti-Schreier