Sachverhalt:
A.
Mit Schreiben vom 6. November 2015 stellte die A._ AG im Verfahren über die Plangenehmigung für den Bau einer neuen Frachthalle sowie Enteignung eines ihr gehörenden Grundstücks ein Ausstandsbegehren gegen sechs namentlich bezeichnete Mitarbeiter des Bundesamts für Zivilluftfahrt (BAZL). Dieses überwies das Gesuch am 10. November 2015 dem Generalsekretariat des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (GS UVEK) mit der Anmerkung, es bestehe keine Veranlassung für den Ausstand der betroffenen Mitarbeiter. Mit Verfügung vom 19. Februar 2016 wies das GS UVEK das Ausstandsbegehren ab, soweit dieses mit Bezug auf den zwischenzeitlich in den Ruhestand getretenen ehemaligen Direktor des BAZL nicht ohnehin gegenstandslos geworden war. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, die Mitwirkung in einem früheren Verfahren stelle für sich allein noch keinen Ausstandsgrund dar. Es sei nicht ersichtlich, inwiefern die von der A._ AG nicht näher substanziierten Beziehungen zwischen der Flughafen Zürich AG, die das Plangenehmigungsgesuch für das Frachthallenprojekt gestellt habe, und den Mitarbeitern des BAZL über den geschäftlichen Kontakt hinausgingen. Von Letzteren dürfe erwartet werden, dass sie jeden Einzelfall objektiv und unparteiisch beurteilen könnten.
Die gegen diese Verfügung erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 9. September 2016 ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Oktober 2016 gelangt die A._ AG an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts.
Die Flughafen Zürich AG (Beschwerdegegnerin 1) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das UVEK, das BAZL und das Bundesverwaltungsgericht verzichten auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin hält in der Replik an ihrem Antrag fest.
Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts handelt es sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und 92 Abs. 1 BGG). Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin ist durch den Entscheid besonders berührt und verfügt über ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Die Beschwerdeführerin beantragt in ihrer Rechtsmittelschrift allein die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Sie erfüllt damit an sich die Voraussetzung von Art. 42 Abs. 1 BGG nicht, wonach die Eingabe an das Bundesgericht einen Antrag in der Sache enthalten muss. Die Rechtsprechung lässt es in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten allerdings genügen, dass ausdrücklich nur ein kassatorisches Begehren gestellt wird, wenn sich aus der Begründung ergibt, was mit der Beschwerde angestrebt wird (BGE 137 II 313 E. 1.3 S. 317; 133 II 409 E. 1.4.1 S. 414 f.). Dieser Anforderung genügt die Beschwerdebegründung, denn aus ihr geht hervor, dass die sechs am Plangenehmigungs- und Enteignungsverfahren beteiligten Angestellten des BAZL in den Ausstand zu versetzen sind.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin erblickt im Verzicht des Bundesverwaltungsgerichts, die Verfahrensakten zu ihrem Baugesuch für das Frachtgebäude "Limess" und die "NLR-Studie von 2003" beizuziehen, eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung und damit eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV.
2.2. Aus Art. 29 Abs. 2 BV ergibt sich das Recht der Parteien, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen und Vorbringen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind (vgl. BGE 138 V 125 E. 2.1 S. 127 mit Hinweisen). Das Beweisantragsrecht im Verwaltungsverfahren des Bundes wird in Art. 33 VwVG (SR 172.021) konkretisiert. Nach dessen Abs. 1 nimmt die Behörde die ihr angebotenen Beweise ab, wenn diese zur Abklärung des Sachverhalts tauglich erscheinen. Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn eine Behörde auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236 f.; 134 I 140 E. 5.3 S. 148; je mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz lehnte den Beizug der angebotenen Beweismittel mit der Begründung ab, es sei nicht ersichtlich, inwiefern diese für den Entscheid über die Ausstandspflicht relevant sein könnten. Diese Auffassung ist nicht zu beanstanden. Soweit die von der Beschwerdeführerin dagegen vorgebrachten Einwände überhaupt zulässig sind (Art. 99 Abs. 1 BGG), zielen die angebotenen, teilweise sogar öffentlich zugänglichen Beweise im Wesentlichen bloss darauf ab, das Vorliegen einer systembedingten oder geschäftlichen Beziehung zwischen der Beschwerdegegnerin 1 und dem BAZL zu belegen. Wie nachfolgend aber aufgezeigt wird (vgl. E 3.3 hernach), muss die beanstandete Beziehungsnähe in ihrer Intensität und Qualität vom Mass des Üblichen abweichen, damit die Voreingenommenheit der betroffenen Personen angenommen werden kann. Die angebotenen Beweismittel beziehen sich nicht auf Tatsachen, die das Vorliegen solcher spezieller Umstände bei den einzelnen Mitarbeitern des BAZL als glaubhaft erscheinen lassen. Insbesondere kann aus dem Umstand, dass die Beschwerdegegnerin 1 und das BAZL beide ein Rechtsmittel gegen die Weiterführung des von der Beschwerdeführerin eingeleiteten Baubewilligungsverfahrens für das Frachtgebäude "Limess" erhoben und dabei überschneidende Positionen vertreten hatten, nicht eine ausstandsbegründende Beziehungsnähe abgeleitet werden. Dasselbe gilt für Beweismittel, die bloss generelle Hinweise auf das berufliche Netzwerk und den Austausch des BAZL mit der Luftfahrtindustrie belegen sollen. Diese Tatsachen vermögen den Entscheid über die Ausstandspflicht offensichtlich nicht zu beeinflussen, weshalb die angebotenen Beweise nicht abgenommen werden mussten. Ebenso wenig kann von der Vorinstanz verlangt werden, jedem noch so vage anmutenden oder auf subjektiven Einschätzungen beruhenden Erklärungsversuch für eine Ausstandspflicht nachzugehen und diesen zu überprüfen.
Soweit die Beschwerdeführerin ferner einen Ausstandsgrund aus angeblichen materiellen oder prozessualen Rechtsfehlern seitens des BAZL ableiten will, übersieht sie, dass diese nur dann wesentlich sind, wenn sie besonders krass sind oder wiederholt auftreten, so dass sie einer schweren Amtspflichtverletzung gleichkommen und sich einseitig zulasten einer Partei auswirken (BGE 141 IV 178 E. 3.2.3 S. 180; 138 IV 142 E 2.3 S. 146). Inwiefern dies hier mit Bezug auf welche BAZL-Angestellten zutreffen und durch die beigebrachten Beweise belegt werden könnte, ist nicht ersichtlich. Der Verzicht auf die Abnahme der angebotenen Beweismittel war somit sachlich gerechtfertigt und hält vor Bundesrecht stand.
3.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz sodann eine Verletzung des Anspruchs auf gerechte Behandlung in Verwaltungsverfahren vor. Die von ihr bezeichneten Mitarbeiter des BAZL seien einerseits aufgrund einer besonderen Beziehungsnähe zur Beschwerdegegnerin 1 (E. 3.3 hernach) und andererseits wegen Vorbefassung (nachfolgend E. 3.4) befangen und hätten somit in den Ausstand versetzt werden müssen.
3.1. Nach Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Dieser Anspruch ist verletzt, wenn bei einer Gerichtsperson - objektiv betrachtet - Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten der betreffenden Person oder in äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Es muss gewährleistet sein, dass der Prozess aus Sicht aller Beteiligten als offen erscheint. Für den Ausstand ist nicht erforderlich, dass der Richter tatsächlich befangen ist (BGE 141 IV 178 E. 3.2.1 S. 179; 140 I 326 E. 5.1 S. 328; 138 IV 142 E. 2.1 S. 144 f.; je mit Hinweisen).
Für nichtrichterliche Behörden - wie hier für das BAZL und dessen Mitarbeiter - kommen Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK nicht zur Anwendung. Hingegen gewährleistet Art. 29 Abs. 1 BV den Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung; das Gebot der Unbefangenheit bildet einen Teilgehalt dieses Grundrechts (vgl. BENJAMIN SCHINDLER, Die Befangenheit der Verwaltung, 2002, S. 237). Im Kern der Garantie der Unbefangenheit steht für Richter wie Verwaltungsbeamte, dass sie sich in Bezug auf die Beurteilung des Sachverhalts nicht bereits festgelegt haben (BGE 140 I 326 E. 5.2 S. 329). Wenngleich die vorerwähnten, für die Gerichte geltenden Grundsätze nicht unbesehen auf das Verwaltungsverfahren übertragen werden können, rechtfertigt es sich vorliegend, an die Unbefangenheit der genannten Mitarbeiter des BAZL relativ hohe Anforderungen zu stellen. Denn immerhin bereiten sie den Plangenehmigungsentscheid unter Berücksichtigung der Einsprachen vor und unterzeichnen diesen aufgrund einer Kompetenzdelegation der Vorsteherin des UVEK (vgl. Schreiben des BAZL vom 8. Oktober 2015). Insofern nimmt das BAZL eine mit der Aufgabe eines "rechten Mittlers" vergleichbare Funktion wahr. Es erscheint daher angezeigt, die beanstandete Beziehungsnähe und die Zulässigkeit der Vorbefassung der BAZL-Angestellten sinngemäss nach ähnlich strengen Kriterien zu beurteilen, wie sie das Bundesgericht für Gerichtsverfahren entwickelt hat (vgl. BGE 140 I 326 E. 6.2 S. 332).
3.2. Art. 10 Abs. 1 VwVG umschreibt die Ausstandsgründe auf Gesetzesebene. Dessen lit. d, auf die sich die Beschwerdeführerin beruft, enthält einen Auffangtatbestand (BREITENMOSER/SPORI FEDAIL, in: Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2. Aufl. 2016, N. 70 zu Art. 10 VwVG). Danach treten Personen, die eine Verfügung zu treffen oder diese vorzubereiten haben, in Ausstand, wenn sie aus anderen als den in den lit. a-c genannten Gründen in der Sache befangen sein könnten. Im Rahmen der Konkretisierung dieser Generalklausel sind die vorerwähnten, aus Art. 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK bzw. Art. 29 Abs. 1 BV fliessenden Grundsätze zu beachten.
3.3.
3.3.1. Unter dem Gesichtswinkel dieser Bestimmungen kann sich die Frage stellen, ob besondere Umstände im Verhältnis zwischen einem Angestellten der Verwaltung und einer Partei bei objektiver Betrachtung geeignet sind, den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit des Ersteren zu begründen. Wird ein besonders freundschaftliches oder besonders feindschaftliches Verhältnis gerügt, kann nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur bei Vorliegen spezieller Umstände und mit Zurückhaltung eine Voreingenommenheit des Angestellten der Verwaltung angenommen werden. Erforderlich wäre, dass die Intensität und Qualität der beanstandeten Beziehungsnähe das Mass des sozial Üblichen übersteigt und bei objektiver Betrachtung geeignet ist, sich auf die Partei selbst oder deren Prozess auszuwirken, und derart den Anschein der Befangenheit hervorzurufen (BGE 139 I 121 E. 5.1 S. 125 f.).
3.3.2. Die Beschwerdeführerin bringt vor, aufgrund der bereits seit Jahren andauernden, vielfältigen, intensiven und fachlich bedingten Zusammenarbeit sowie der hohen Spezialisierung der Mitarbeiter bestehe zwischen dem BAZL und der Beschwerdegegnerin 1 eine besondere Beziehungsnähe, die über das allgemein übliche Mass hinausgehe und daher den Anschein der Befangenheit erwecke. Diese Verflechtung habe das BAZL dazu bewogen, die Realisierung ihres Frachtgebäudes zugunsten desjenigen der Beschwerdegegnerin 1, mit welchem vergleichbare Ziele verfolgt würden, zu verhindern.
3.3.3. Der Beschwerdeführerin ist zwar insoweit zuzustimmen, als auf der Hand liegt, dass zwischen dem BAZL und der Beschwerdegegnerin 1 als Betreiberin des grössten Flughafens der Schweiz intensivere berufliche Kontakte bestehen als mit anderen Parteien. Aus der Rechtsschrift gehen aber keine Anhaltspunkte hervor, die den Anschein einer über die systembedingten oder üblichen geschäftlichen Kontakte hinausgehenden Beziehung zwischen den Mitarbeitern des BAZL und der Beschwerdegegnerin 1 zu erwecken vermöchten. Damit ein Ausstandsgrund als glaubhaft erscheint, reicht es überdies nicht aus, den einzelnen am Plangenehmigungs- und Enteignungsverfahren beteiligten BAZL-Angestellten zu unterstellen, sie wiesen aufgrund ihrer Funktion eine besondere Nähe zur Beschwerdegegnerin 1 auf. Von ihnen darf erwartet werden, dass sie die Einsprache mit der dafür gebotenen Unparteilichkeit, Unabhängigkeit und Unbefangenheit beurteilen werden. Mangels konkreter, ausstandsbegründender Umstände kann der Beschwerdeführerin daher nicht gefolgt werden, wenn sie geltend macht, das BAZL würde das Frachthallenprojekt der Beschwerdegegnerin 1 zulasten ihres eigenen Vorhabens begünstigen.
3.4.
3.4.1. Eine gewisse Besorgnis der Voreingenommenheit und damit Misstrauen in das Gericht kann bei den Parteien ferner immer dann entstehen, wenn einzelne Gerichtspersonen in einem früheren Verfahren mit der konkreten Streitsache schon einmal befasst waren. In einem solchen Fall sogenannter Vorbefassung stellt sich die Frage, ob sich ein Angestellter der Verwaltung durch seine Mitwirkung an früheren Entscheidungen in einzelnen Punkten bereits in einem Mass festgelegt hat, die ihn nicht mehr als unvoreingenommen und dementsprechend das Verfahren nicht mehr offen erscheinen lassen (BGE 140 I 326 E. 5.1 S. 328 f.; 131 I 113 E. 3.4 S. 116). Ob eine unzulässige, den Verfahrensausgang vorwegnehmende Vorbefassung eines Richters vorliegt, ist anhand konkreter Anhaltspunkte und unter Berücksichtigung aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände im Einzelfall zu untersuchen (BGE 138 I 425 E. 4.2.1 S. 429; 131 I 113 E. 3.4 S. 117).
3.4.2. Die Beschwerdeführerin bringt im Wesentlichen vor, aufgrund der ungenügend voneinander abgegrenzten Funktionen des BAZL als Fach- und Rechtsmittelinstanz, der damit einhergehenden Mehrfachbefassung einzelner Angestellter und der bisherigen, zu ihren Ungunsten ausgefallenen Beschlüsse des BAZL werde ein für sie negativer Einspracheentscheid resultieren. Zwar ist ihr in Übereinstimmung mit der Vorinstanz zuzugestehen, dass das BAZL als spezialisierte Behörde im Bereich der zivilen Luftfahrt und der Luftfahrtentwicklung eine Vielzahl von Aufgaben und Funktionen erfüllt, die sachlich ineinander übergreifen können. Aufgrund dieser funktionellen und verfahrensorganisatorischen Gegebenheiten kann es durchaus sein, dass einzelne Mitarbeiter in mehrere Verfahren involviert sind. Dies begründet aber für sich allein noch keine unzulässige Vorbefassung: Ob eine systembedingt vorbefasste Amtsperson tatsächlich voreingenommen erscheint, entscheidet sich nach der vorerwähnten Rechtsprechung vielmehr anhand der konkreten Umstände des Einzelfalls (BGE 140 I 326 E. 5.2 S. 330; 138 I 425 E. 4.2.1 S. 429).
3.4.3. Mit ihrer Argumentation verkennt die Beschwerdeführerin insbesondere, dass die Gefahr der Voreingenommenheit nur dort besteht, wo sich die Vorbefassung auf dieselbe konkrete Angelegenheit bezieht (SCHINDLER, a.a.O., S. 149). Dies trifft vorliegend nicht zu, musste in dem von der Beschwerdeführerin eingeleiteten Baubewilligungsverfahren doch über die Bewilligungsfähigkeit des von ihr projektierten Logistik- und Speditionsgebäudes und im Verfahren betreffend die Projektierungszone über die Festlegung einer die künftige Planung sichernden Massnahme (vgl. Urteil 1C_442/2008 vom 9. Juli 2009 E. 2.4.6) entschieden werden. Dagegen bezieht sich das Plangenehmigungsverfahren auf die von der Beschwerdegegnerin 1 geplante Frachthalle. Die Mitarbeiter des BAZL nahmen bzw. nehmen in diesen Verfahren auch unterschiedliche Funktionen wahr: Im Baubewilligungsverfahren der Beschwerdeführerin konnten sie aufgrund der Qualifizierung des Bauprojekts als Nebenanlage im Sinne von Art. 37m des Bundesgesetzes über die Luftfahrt (LFG; SR 748.0) i.V.m. Art. 2 lit. f und Art. 29 der Verordnung über die Infrastruktur der Luftfahrt (VIL; SR 748.131.1) lediglich Stellung nehmen (vgl. Art. 37m Abs. 2 LFG); ihnen kam keine Entscheidkompetenz zu (vgl. Entscheid vom 1. Oktober 2008 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, VB.2008.00083, E. 2.1). Im Gegensatz dazu ist das BAZL im Verfahren betreffend die Projektierungszone verfügende Behörde und seine Mitarbeitenden (Art. 37n Abs. 1 LFG) bereiten im Plangenehmigungsverfahren den Entscheid vor bzw. unterzeichnen diesen aufgrund einer Kompetenzdelegation der Vorsteherin des UVEK (vgl. Schreiben des BAZL vom 8. Oktober 2015).
Ebenfalls nicht ersichtlich ist, inwiefern die sich in diesen unterschiedlichen Verfahrensarten stellenden Fragen ähnlich sein oder miteinander zusammenhängen sollten: Während das BAZL im Baubewilligungsverfahren für das Logistik- und Speditionsgebäude der Beschwerdeführerin gehalten war, für dieses Projekt eine luftfahrtspezifische Prüfung vorzunehmen (Art. 29 Abs. 3 i.V.m. Art. 9 VIL), war bei der Projektierungszone zu prüfen, ob diese den Zielen und Vorgaben des Sachplans Infrastrukur der Luftfahrt (SIL) entsprach und ob das Interesse, ein Grundstück für eine Flughafenanlage freizuhalten, allfällige andere Interessen überwog (Art. 27h Abs. 2 VIL). Demgegenüber wird eine Plangenehmigung für das Projekt der Beschwerdegegnerin 1 erteilt, wenn es den Zielen und Vorgaben des SIL entspricht und die Anforderungen nach Bundesrecht erfüllt, namentlich diejenigen der Raumplanung und des Umwelt-, Natur- und Heimatschutzes sowie die luftfahrtspezifischen und technischen Vorgaben (Art. 27d Abs. 1 VIL). In diesem Zusammenhang legt die Beschwerdeführerin nicht in rechtsgenüglicher Weise dar, inwiefern die von den Mitarbeitern des BAZL in den früheren Verfahren beurteilten Sachfragen zentrale Gesichtspunkte des Plangenehmigungsverfahrens beschlagen, so dass der Eindruck entstehen könnte, der Einspracheentscheid sei bereits in wesentlichen Zügen vorbestimmt. Überdies behauptet sie zu Recht nicht, an den früheren Verfahren seien dieselben Mitarbeiter des BAZL beteiligt gewesen wie im Plangenehmigungsverfahren. Soweit sie in diesem Zusammenhang vorbringt, es könne allgemein angenommen werden, dass die Vorbefassung einzelner Amtspersonen sich auf eine ganze Behörde mit einer Mehrzahl von Mitarbeitern auswirke, kann ihr nicht gefolgt werden. Das Vorliegen einer Gefahr der Voreingenommenheit muss nach der vorerwähnten Rechtsprechung vielmehr in jedem Einzelfall anhand der konkreten Gegebenheiten untersucht werden. Ebenso wenig vermag bereits der Umstand, wonach einige namentlich genannte BAZL-Mitarbeiter eine negative Einstellung zu ihrem Bauvorhaben gehabt haben sollen und sich nicht gegen vorgesetzte oder ehemalige Entscheidungsträger stellen würden, einen Anschein der Befangenheit zu erwecken. Dass einzelne Amtspersonen in früheren Verfahren Entscheide zulasten der Beschwerdeführerin gefällt haben, bildet für sich allein keinen Ausstandsgrund (BGE 125 I 209 E. 8b S. 219). Da sich auch die Vorinstanz mit dieser Argumentation auseinandergesetzt hat (vgl. E. 3.2 und E. 6.4.3 des angefochtenen Entscheids), liegt auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor.
Insofern kann entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht davon ausgegangen werden, die von ihr bezeichneten Angestellten des BAZL hätten sich bereits eine feste Meinung gebildet und würden das Plangenehmigungs- und Enteignungsgesuch - ungeachtet ihrer Einsprache - nicht mehr objektiv beurteilen. Ebenso wenig ist ersichtlich, inwiefern bei einer Gesamtwürdigung der bestehenden Beziehungen zwischen der Beschwerdegegnerin 1 und dem BAZL und der systembedingten Vorbefassung einzelner Mitarbeiter dieser Behörde bei den namentlich genannten Amtspersonen ein Anschein der Befangenheit vorliegen sollte. Vielmehr erscheint der Ausgang des Plangenehmigungsverfahrens in Bezug auf die Beurteilung des Sachverhalts und der sich stellenden Rechtsfragen weiterhin als offen. Demnach hält die Abweisung des Ausstandsbegehrens durch die Vorinstanz vor Bundesrecht stand.
4.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin 1, die durch ihren Rechtsdienst vertreten und der kein ausserordentlich hoher Arbeitsaufwand entstanden ist, steht praxisgemäss keine Parteientschädigung zu (vgl. Urteil 2C_899/2008 vom 18. Juni 2009 E. 5.2, nicht publ. in: BGE 135 II 296). Ebenso wenig ist dem BAZL ein Parteikostenersatz auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2017
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Karlen
Die Gerichtsschreiberin: Pedretti