Faits :
A.
A._ est propriétaire d'une entreprise agricole qu'il exploite personnellement et dont le centre d'exploitation se trouve au lieu-dit " W._ ", immeuble feuillet xxx du ban de X._. Le 31 janvier 2013, il a acquis lors d'une vente aux enchères publiques l'immeuble feuillet yyy du ban de Y._, d'une surface de 50'299 m 2, pour le montant de 400'000 fr.
Après avoir requis une expertise du Service de l'économie rurale de la République et canton du Jura (ci-après: le Service de l'économie rurale), afin de déterminer si la distance entre le centre de l'entreprise agricole de A._ et la parcelle convoitée était usuelle dans la localité, la Commission foncière rurale du même canton (ci-après: la Commission foncière) a, par décision du 26 mars 2013, confirmée par décision sur opposition du 7 juin 2013, rejeté la requête d'autorisation d'acquérir de A._ au motif que l'immeuble en cause était situé hors du rayon d'exploitation usuel de son entreprise.
B.
Par arrêt du 2 avril 2015, le Tribunal cantonal de la République et canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._, après avoir demandé deux compléments d'expertise au service susmentionné. Il a jugé en substance que la parcelle yyy du ban de Y._, distante d'environ 7.5 km du centre d'exploitation de l'intéressé, ne se situait pas dans le rayon d'exploitation usuel pour la localité de X._ et sa couronne, qui était inférieur à 6 km. Même en faisant abstraction de ce rayon, l'autorisation d'acquérir ne pouvait pas être délivrée, car les frais de transport par rapport au rendement net étaient de l'ordre de 27.5 % à 29 %; or, la jurisprudence considérait que les frais de transport n'étaient plus raisonnables lorsqu'ils représentaient 25 à 30 % du rendement net. Finalement, après avoir comparé la situation de A._ avec celles d'autres paysans, le Tribunal cantonal a considéré que les conditions d'un éventuel droit à l'égalité dans l'illégalité n'étaient pas réunies.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 2 avril 2015 du Tribunal cantonal et de l'autoriser à acquérir l'immeuble feuillet yyy du ban de Y._, de renvoyer la cause à cette autorité afin qu'elle statue sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour qu'il statue sur la cause après une nouvelle expertise au sens des considérants.
La Commission foncière rurale et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours. L'Office fédéral de la justice a déclaré ne pas avoir d'observations particulières à formuler.
A._ s'est encore prononcé par écriture du 17 août 2015.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué, fondé sur le droit public, soit sur loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR ou la loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11), peut être entrepris par la voie du recours en matière de droit public en vertu de l'art. 82 let. a LTF, aucune des exceptions de l'art. 83 LTF n'y faisant obstacle (cf. aussi art. 89 LDFR). Le recourant est particulièrement touché par la décision entreprise de sorte qu'il a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Au surplus, dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) et déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) en la forme prévue (art. 42 LTF), le recours est, en principe, recevable comme recours en matière de droit public.
2.
Le recourant se plaint de ce que le Tribunal cantonal n'a pas retenu qu'il était également propriétaire, outre des parcelles mentionnées dans l'arrêt, des deux parcelles sises à Z._, soit à plus de 10 km de sa ferme.
2.1. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF. La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'art. 97 al. 1 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité tombe dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les arrêts cités).
2.2. L'objet de la contestation est le refus de l'autorisation d'acquérir la parcelle yyy du ban de Y._ au motif qu'elle ne se situe pas dans le rayon d'exploitation usuel pour la localité de X._ (cf. art. 63 al. 1 let. d LDFR). Outre qu'il ne démontre pas que le Tribunal cantonal serait tombé dans l'arbitraire en ne mentionnant pas l'existence de ces deux parcelles, le recourant n'explique pas non plus en quoi la prise en considération de ces immeubles pourrait influer le sort de la cause. Il ne prétend notamment pas qu'avec ceux-ci le centre de son entreprise agricole, soit le point déterminant pour calculer le rayon d'exploitation, serait modifié. Au demeurant, après que la Commission foncière ait contesté lui avoir octroyé une autorisation d'acquérir pour ces deux parcelles dans ses observations devant la Cour de céans, le recourant ne prétend plus avoir reçu une telle autorisation. Compte tenu de ce qui précède, le grief est irrecevable.
3.
3.1. Au sens de l'art. 7 LDFR, l'entreprise agricole doit constituer une unité (al. 1); afin de déterminer si un domaine peut être qualifié d'entreprise agricole, doivent notamment être prises en considération les conditions locales (al. 4).
Sous réserve d'exceptions (art. 62 LDFR), celui qui entend acquérir une entreprise ou un immeuble agricole doit obtenir une autorisation; l'autorisation est accordée lorsqu'il n'existe aucun motif de refus (art. 61 al. 1 et 2 LDFR).
Une telle acquisition est notamment refusée lorsque l'immeuble à acquérir est situé en dehors du rayon d'exploitation de l'entreprise de l'acquéreur, usuel dans la localité (art. 63 al. 1 let. d LDFR).
3.2. Le Tribunal fédéral examine en principe librement s'il existe un motif de refuser l'acquisition d'un immeuble agricole. Il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 136 I 265 consid. 2.3 p. 270; 135 I 302 consid. 1.2 p. 305; 132 II 408 consid. 4.3 p. 416).
3.3. L'objectif de l'art. 61 al. 1 et 2 LDFR, outre des considérations écologiques, était de créer et de maintenir une agriculture productive, ce qui exige, notamment, des voies d'accès et de transport aussi courtes que possible entre le centre d'exploitation et les immeubles qui la composent (BEAT STALDER, in Das bäuerliche Bodenrecht, 2e éd., 2011, n° 28 ad art. 63 p. 848; YVES DONZALLAZ, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, tome 2, 2006, n° 2659, p. 391). Le rayon d'exploitation se calcule à partir du centre d'exploitation de l'entreprise, lequel se trouve normalement au lieu de situation des principaux bâtiments et installations d'exploitation (arrêt 5A.12/2000 du 24 août 2000 consid. 4, non publié in ATF 127 III 16). Si cette distance était de 3 à 4 km, avec un maximum de 10 km, dans les années nonante, elle a tendance à augmenter (BEAT STALDER, op. cit., n° 32 ad art. 63 p. 850).
Pour déterminer le rayon d'exploitation usuel, l'autorité doit procéder à une analyse statistique des modes d'exploitation du lieu, en tenant compte de l'usage local et des différents modes d'exploitation, et déterminer ensuite ce qui est usuel (JEAN-MICHEL HENNY, Revue suisse du notariat et du registre foncier, 87/2006, p. 237 ss, spéc. p. 261). Sont considérées comme usuelles dans la localité les distances existantes pour un nombre représentatif d'exploitations comparables dans le village respectivement les villages voisins (BEAT STALDER, op. cit., n° 32 ad art. 63 p. 850). Il faut prendre en considération les circonstances de chaque cas d'espèce. A cet égard, les coûts de transport ne constituent qu'un indice quant à l'emplacement d'un immeuble dans ou hors du rayon d'exploitation usuel (arrêt 5A_107/2013 du 7 juin 2013 consid. 4.3), voire ne doivent être pris en compte que lorsqu'il n'est pas possible de procéder à une comparaison avec d'autres exploitations. Lorsque ces coûts dépassent les 25-30 % du rendement net de l'immeuble en cause, son exploitation n'est plus considérée comme économiquement justifiée (BEAT STALDER, op. cit., n° 32 ad art. 63 p. 850). Le critère de l'exploitation raisonnable pose une limite quant à la distance maximale. L'aspect raisonnable dépend principalement de la comparaison des coûts de production avec le résultat obtenu par l'exploitation de l'immeuble en cause; il résulte notamment du type de culture, des conditions géographiques de la parcelle, du type de route à emprunter pour la rejoindre et de la topographie des lieux (YVES DONZALLAZ, op. cit., n° 2661, p. 392, n° 2666 p. 394).
3.4. On énumérera les distances retenues comme admissibles par la jurisprudence uniquement à titre indicatif. En effet, dès lors que le rayon d'exploitation admissible dépend de ce qui est usuel selon les circonstances de chaque cas d'espèce, les distances jugées comme étant acceptables n'ont pas de valeur absolue. Le Tribunal fédéral a ainsi considéré que les 3 km séparant une parcelle du centre d'exploitation n'étaient pas excessifs au regard des moyens motorisés disponibles (ATF 110 II 213 consid. 5c p. 219). Il en allait de même d'une distance de 6 km (arrêt 5A.12/2000 susmentionné consid. 4b). En revanche, des distances de 9.5 km (ATF 121 III 75 consid. 2c p. 77), 8.3 km (5A.15/1996 du 30 octobre 1996 consid. 2c) et de 20-25 km (ZBGR 96/2015 p. 50, 5A_107/2013) ont été jugées comme n'étant pas admissibles.
3.5. En l'espèce, les parties sont d'accord sur la distance séparant le centre d'exploitation de la parcelle en cause, soit 7.5 km. Il ressort des pièces du dossier que, dans le canton du Jura, la distance maximale considérée comme usuelle est généralement de 6 km pour les terres en culture; puis, comme le rayon usuel dépend des circonstances locales, dans chaque cas d'espèce l'autorité compétente compte le nombre d'entreprises possédant des terres dans et hors de ce rayon dans la région concernée, afin de déterminer si la distance de 6 km peut effectivement être considérée comme usuelle. Ainsi, le Tribunal cantonal, se basant sur l'expertise du Service de l'économie rurale (et de ses compléments), a relevé que sur les 78 entreprises agricoles recensées pour X._ et les villages alentour (ci-après: le grand X._), seules six entreprises disposaient en propriété de terres cultivables à une distance supérieure de 6 km par voie d'accès; ces terres représentaient 49 parcelles (qui appartiennent donc aux six propriétaires dont plus de trente appartiennent au même agriculteur). Compte tenu de ces données, le rayon de 6 km peut être considéré comme étant usuel. Il ne correspond certes pas à la moyenne de toutes les parcelles concernées, comme le relève le recourant qui souligne que le nombre total des parcelles des 78 domaines (et, par conséquent, celui des parcelles se situant dans les 6 km) n'a pas été établi; le rayon de 6 km est néanmoins certainement supérieur à ce que serait un rayon déterminé sur la base de toutes les parcelles du grand X._, dès lors que seules six entreprises sur 78 ont des terrains à plus de 6 km de leur centre d'exploitation.
Le recourant mentionne encore que des propriétaires ont été autorisés à acquérir des parcelles se situant à 13 km, respectivement 14.2 km du centre d'exploitation de leur domaine et que 49 parcelles se situeraient à des distances de 6.5 à 14.2 km dans le grand X._. Ces éléments ne sont pas susceptibles de remettre en cause l'appréciation des juges précédents. En effet, la notion déterminante est celle de rayon " usuel "; cela signifie que ce rayon est déterminé en fonction d'une moyenne ou, à tout le moins, d'une pondération établissant une représentativité des entreprises alentour. Il existe donc forcément des parcelles qui se situent au-delà de ce rayon et cet élément n'est pas propre à démontrer que la distance de 6 km n'est pas usuelle dans le cas du recourant. Dès lors que la parcelle que le recourant envisage d'acquérir se trouve à 7.5 km du centre du domaine, elle est hors du rayon usuel au sens de l'art. 63 al. 1 let. d LDFR. Compte tenu du fait que l'intéressé ne fait pas valoir des circonstances particulières qui permettraient de s'en écarter (cultures spécifiques p. ex.), c'est à bon droit que les juges précédents lui ont refusé l'autorisation d'acquérir.
La prise en compte des coûts d'exploitation ne fait que confirmer que l'exploitation de la parcelle n'est pas justifiée économiquement. En l'espèce, l'expertise a fixé les coûts, dans l'hypothèse la plus favorable au recourant, entre 27.5 % et 29 % du rendement net, soit au-delà de ce qui est considéré comme raisonnable en la matière (cf. supra consid. 3.3). A ce sujet, le recourant invoque qu'il ne fait jamais appel à des tiers, mais à ses deux ouvriers, et qu'il ne loue pas de machines, étant propriétaire des engins nécessaires; ainsi, selon lui, aucun coût ne devrait être pris en charge à cet égard. On ne peut que lui donner tort: l'exploitation de terres n'est pas gratuite et les coûts sont déterminés en procédant à une allocation de ceux-ci. Ainsi, les ouvriers engendrent un coût par les salaires versés et ces salaires sont pris en compte proportionnellement au temps que les ouvriers consacreraient à la parcelle convoitée; le coût des engins agricoles se traduit par leur amortissement annuel.
Au regard de ce qui précède, le grief doit être rejeté.
4. Dans un dernier moyen, le recourant se prévaut du principe de l'égalité dans l'illégalité. Il cite le nom de différents agriculteurs qui auraient été autorisés à acquérir des parcelles alors que celles-ci se situaient hors du rayon d'exploitation usuel.
Pour que ce principe s'applique, il faut notamment que la loi ait mal ou n'ait pas été appliquée, dans le cadre d'une pratique constante (ATF 136 I 65 consid. 5.6 p. 78; 132 II 485 consid. 8.6 p. 510). Dans le présent cas, comme on l'a vu ci-dessus, déterminer si une parcelle se situe dans le rayon d'exploitation usuel est fonction des circonstances locales et varie de cas en cas. L'arrêt attaqué démontre incontestablement cela, puisqu'il détaille les différences entre les cas invoqués et celui du recourant, différences qui ont conduit l'autorité compétente à juger que les parcelles, dans les cas mentionnés par le recourant, pouvaient être acquises par les agriculteurs concernés. Il n'y a donc pas de pratique illégale et, partant, le principe invoqué ne peut s'appliquer. Sans compter que le recourant ne fait mention que de quelques cas, ce qui ne saurait suffire à établir une pratique constante.
A cet égard, le fait que le Tribunal cantonal ne se soit pas prononcé sur le cas de M. B._ ne viole pas le droit d'être entendu du recourant. En effet, pour répondre aux exigences déduites de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'obligation de motiver sa décision, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Le juge n'a en particulier pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; 138 IV 81 consid. 2.2 p. 84 et les références citées). Or, le Tribunal cantonal a traité le grief relatif au principe d'égalité dans l'illégalité en évoquant et examinant plusieurs cas allégués par le recourant.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Commission foncière rurale et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, ainsi qu'au Département fédéral de justice et police.
Lausanne, le 18 janvier 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière : Jolidon