Sachverhalt:
A.
Mit Einspracheentscheid vom 5. Oktober 2015 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau die A._ AG mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 256'389.-- (direkte Bundessteuer sowie Staats- und Gemeindesteuern) und einem steuerbaren Kapital von Fr. 1'300'600.-- (Staats- und Gemeindesteuern), indem sie dem deklarierten Reingewinn von Fr. 59'089.-- den Betrag von Fr. 180'000.-- für die "Abschreibung Nonvaleur (B._ AG und C._ AB) " sowie geldwerte Leistungen von Fr. 17'300.-- für die Abschreibung eines geschäftsmässig nicht begründeten Darlehens hinzurechnete. Dabei anerkannte die Steuerverwaltung auf dem Liegenschaftenkonto aktivierte Aufwendungen aus einer Rechnung der B._ AG über Fr. 204'000.-- nur im Umfang von Fr. 15'000.-- und diverse Rechnungen der schwedischen C._ AB im Gesamtbetrag von Fr. 15'126.-- gar nicht. Im Umfang von Fr. 24'126.-- bildete die Steuerverwaltung im Kapital der Steuerbilanz eine Minusreserve.
B.
Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau wies mit zwei getrennten Entscheiden vom 16. September 2016 die Beschwerde bzw. den Rekurs der A._ AG gegen den Einspracheentscheid ab. Zur Begründung hielt die Steuerrekurskommission unter anderem Folgendes fest: Betreffend die Rechnung der B._ AG gelinge es der A._ AG nicht nachzuweisen, dass der Rechnungsbetrag von Fr. 204'000.-- geschäftsmässig begründete Investitionskosten darstelle, welche im Anlagevermögen zu aktivieren seien. Zudem sei eine nahe Beziehung zwischen der einzigen Verwaltungsrätin der A._ AG und dem einzigen Verwaltungsrat der B._ AG unbestritten.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die dagegen erhobenen Beschwerden der A._ AG mit Entscheiden vom 8. Februar 2017 ab.
C.
Die A._ AG erhebt am 26. April 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, die Entscheide des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Reingewinn für beide Steuerarten mit Fr. 62'089.-- festzusetzen; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau, das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung (diese nur hinsichtlich der direkten Bundessteuer) beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Vorinstanz hat zum streitbetroffenen Steuerjahr 2013 hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau einerseits und der direkten Bundessteuer anderseits zwei Entscheide gefällt. Die Steuerpflichtige ficht diese Entscheide mit zwei Beschwerdeeingaben an. Die sich stellenden gewinnsteuerlichen Fragen sind im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Steuerrecht gleich geregelt. Es rechtfertigt sich daher, die beiden Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG i.V.m. Art. 24 BZP [SR 273]; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Bei den angefochtenen Entscheiden des Verwaltungsgerichts handelt es sich um kantonal letztinstanzliche Entscheide. Gegen diese steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen. Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden der gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG legitimierten Beschwerdeführerin ist einzutreten.
1.3. Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 2 BGG). Dies bedeutet, dass sich die beschwerdeführende Partei mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auseinandersetzen muss. Daraus folgt, dass die massgeblichen und sachbezogenen Ausführungen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein müssen. Der Verweis auf Rechtsschriften im vorausgegangenen Verfahren ist unzulässig (BGE 140 III 115 E. 2 S. 116; 133 II 396 E. 3.1 S. 400), denn es ist bereits begrifflich ausgeschlossen, dass diese eine Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids enthalten (Urteil 5A_330/2012 vom 17. Juli 2012 E. 1.3).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. BGE 133 II 249 E. 1.4.3 S. 254 f.; 133 III 350 E. 1.3 S. 351 f.).
1.5. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 138 V 74 E. 2 S. 76 f.; 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f.).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Dem steuerbaren Reingewinn einer juristischen Person hinzuzurechnen sind alle vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere geschäftsmässig nicht begründete Abschreibungen und Rückstellungen (Art. 58 Abs. 1 lit. b zweites Lemma DBG).
2.2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung unzulässig sind Abschreibungen auf fiktiven Aktiven, das heisst auf Aktiven, die keinen Wert haben oder überbewertet sind (Urteile 2C_386/2012 vom 16. November 2012 E. 6.1; 2A.475/2006 vom 26. März 2007 E. 5.3, ASA 78 301).
Die Überbilanzierung von Aktiven verstösst gegen das handelsrechtliche Anschaffungswertprinzip, indem die Aktiven zunächst mit einem zu hohen Anschaffungspreis (der sich aus Preis und Gewinnausschüttung zusammensetzt) bilanziert werden. Der Anschaffungspreis ist dann zuerst mittels Abschreibung auf die tatsächlichen Anschaffungskosten zu reduzieren (vgl. MARKUS BERGER, Die Bilanzierung verdeckter Gewinnausschüttungen nach Art. 678 Abs. 2 OR, AJP 2000, S. 1114). Steuerlich sind Abschreibungen im Umfang der Überbewertung als geschäftsmässig nicht begründeter Aufwand dem Gewinn hinzuzurechnen (vgl. ROBERT DANON, in: Noël/Aubry Girardin [Hrsg.], Impôt fédéral direct, 2. Aufl. 2017, N. 233 zu Art. 57 und 58 DBG).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanzen hätten es trotz ausdrücklicher Anträge ohne überzeugenden Grund unterlassen, in Bezug auf die Malerarbeiten der B._ AG ein Gutachten und einen Augenschein anzuordnen, bei dem auch sie - die Beschwerdeführerin - bzw. deren Organe und Zeugen befragt werden könnten. Vorliegend gehe es um die rechtserhebliche Frage, ob die Rechnung der B._ AG für die Malerarbeiten einem Drittvergleich standhalte und mithin geschäftsmässig begründet sei.
3.2. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst unter anderem das Recht auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel, wenn diese zur Abklärung des Sachverhalts tauglich erscheinen (BGE 141 I 60 E. 3.3 S. 64; 134 I 140 E. 5.3 S. 148). Die vom Steuerpflichtigen angebotenen Beweise müssen abgenommen werden, soweit sie geeignet sind, die für die Veranlagung erheblichen Tatsachen festzustellen (Art. 115 DBG und Art. 41 Abs. 2 StHG).
3.3. Sowohl der Augenschein als auch das Gutachten sind grundsätzlich geeignet, den behaupteten Wert einer Sache oder Dienstleistung zu beweisen. Indessen lagen die zu dokumentierenden Malerarbeiten schon mehr als vier Jahre zurück. Die Vorinstanz hat nachvollziehbar dargelegt, dass der vormalige bauliche Zustand der Mauern auch mit einer Expertise nicht mehr eruiert werden könnte, so dass keine Rückschlüsse auf den Wert der Dienstleistung möglich sind. Die beantragten Beweismittel waren nicht geeignet, den behaupteten Wert der Arbeiten der B._ AG zu beweisen, weshalb eine zulässige "unechte" antizipierte Beweiswürdigung vorliegt (vgl. Urteile 2C_53/2016 vom 23. Juni 2016 E. 3.3; 2C_733/2012 vom 24. Januar 2013 E. 3.2.3). Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unbegründet.
4.
4.1. Der von der Beschwerdeführerin beantragte steuerbare Reingewinn von Fr. 62'089.-- ergäbe sich, wenn gegenüber dem angefochtenen Entscheid auf die Aufrechnung der Abschreibung des Darlehens in der Höhe von Fr. 17'300.-- verzichtet würde und von der Abschreibung auf der Liegenschaft in der Höhe von Fr. 180'000.-- lediglich ein Anteil von Fr. 3'000.-- im Gewinn aufgerechnet würde. Zu der im vorinstanzlichen Verfahren umstrittenen Aufrechnung der Abschreibung auf dem Darlehen macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht keine Ausführungen, weshalb darauf nicht mehr einzugehen ist.
4.2. Die Qualifikation von Zahlungen der Gesellschaft als geschäftsmässig begründeter Aufwand - zum Beispiel anhand eines Drittvergleichs - stellt eine Rechtsfrage dar. Die Beschwerdeführerin nennt keine Tatsachen, welche dafür sprechen, dass die Rechnung der B._ AG in der Höhe von Fr. 204'000.-- einem Drittvergleich standhalten könnte. Sie legt nicht dar, inwiefern sie von der B._ AG Leistungen erhalten haben soll, die wertmässig den von der kantonalen Steuerverwaltung anerkannten Anteil von Fr. 15'000.-- übersteigen. Die Vorinstanz weist zu Recht darauf hin, dass es der Beschwerdeführerin oblegen hätte, die Schätzungen der Steuerbehörden zu widerlegen, da es sich bei dem geltend gemachten Aufwand von Fr. 204'000.-- um eine steuermindernde Tatsache handelt (BGE 140 II 248 E. 3.5 S. 252). Dieser Gegenbeweis wäre umso mehr angezeigt gewesen, als die Beschwerdeführerin weder einen Werkvertrag noch Arbeitsrapporte oder detaillierte Abrechnungen mit den Unterakkordanten vorlegen konnte.
5.
5.1. Die auf dem Liegenschaftenkonto der Beschwerdeführerin aktivierten Aufwendungen von insgesamt Fr. 4'631'949.-- enthalten Nonvaleurs in der Höhe von Fr. 204'126.--, nämlich Fr. 189'000.-- (Rechnung der B._ AG, davon Fr. 15'000.-- steuerlich akzeptiert) und Fr. 15'126.-- (Rechnung Vanförs AB). Die im Steuerjahr 2013 verbuchten Abschreibungen von Fr. 180'000.-- sind daher von der kantonalen Steuerverwaltung zu Recht im Gewinn aufgerechnet worden. Wie die Vorinstanz zutreffend festhält, werden auch die nächsten Abschreibungen im Umfang von Fr. 24'126.-- (Differenz zwischen den Nonvaleurs von Fr. 204'216.-- und den aufgerechneten Abschreibungen von Fr. 180'000.--) dem Gewinn hinzuzurechnen sein, denn steuerwirksame Abschreibungen sind erst möglich, wenn der übersetzte Buchwert (vorliegend Fr. 4'631'949.--) auf den steuerlich massgebenden (Fr. 4'427'823.--) reduziert worden ist.
Diese gewinnsteuerlichen Rechtsfolgen leiten sich im Übrigen aus der von der Beschwerdegegnerin in der Steuerbilanz berücksichtigten Minusreserve von Fr. 24'126.-- ab, gegen welche die Beschwerdeführerin nichts einwendet. Solange die Minusreserve nicht vollumfänglich gegen Abschreibungen auf der Liegenschaft ausgebucht ist, können Abschreibungen von vornherein nicht geschäftsmässig begründet sein.
5.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, dass das Fabrikgebäude im Steuerjahr 2013 vor der Abschreibung mit Fr. 4'631'949.-- aktiviert gewesen sei, und macht geltend, dass sich ohne die Nonvaleurs von Fr. 204'123.-- (Fr. 189'000.-- + Fr. 15'123.--) ein Saldo des Liegenschaftenkontos von Fr. 4'427'823.-- ergebe. Davon könnten 4 % abgeschrieben werden, was gerundet den Betrag von Fr. 177'000.-- ergebe, weshalb lediglich Abschreibungen von ca. Fr. 3'000.-- geschäftsmässig nicht begründet seien. Diese Sichtweise verfängt nicht:
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin, wonach ein Nonvaleur gar nicht existiere, treten gebuchte fiktive Aktiven - jedenfalls in der Buchhaltung - sehr wohl in Erscheinung. Zutreffend ist zwar die Auffassung der Beschwerdeführerin, dass sie den Nonvaleur erfolgsneutral hätte ausbuchen und dann auf dem Restbuchwert von Fr. 4'427'823.-- Abschreibungen hätte vornehmen können. Tatsächlich hat sie aber den Buchwert von Fr. 4'631'949.-- abgeschrieben.
Ebenso wenig relevant ist die Sachverhaltsvariante der Beschwerdeführerin, wonach Abschreibungen von Fr. 177'000.-- geschäftsmässig begründet wären, wenn die geschäftsmässig nicht begründeten Kosten auf einem separaten Konto aktiviert worden wären, sodass im Liegenschaftenkonto ein Buchwert vor Abschreibungen von Fr. 4'427'823.-- resultiert hätte. Von den Steuerbehörden - und damit auch von den Rechtsmittelinstanzen - zu beurteilen sind nicht denkbare Buchhaltungsszenarien, sondern die tatsächlich verbuchten - geschäftsmässig nicht begründeten - Abschreibungen auf den Nonvaleurs.
Zu Unrecht beklagt sich die Beschwerdeführerin darüber, dass sie auf der Liegenschaft 4 % von Fr. 4'427'823.-- hätte abschreiben können, wenn sie die Nonvaleurs gar nie gebucht hätte. Die Nicht-Verbuchung der Nonvaleurs wäre zwar handelsrechtskonform und damit zweifellos zweckmässig. Vorliegend wurde der Nonvaleur indes aktiviert und abgeschrieben. Die Steuerverwaltung kam daher nicht umhin, den abgeschriebenen Betrag dem Gewinn hinzuzurechnen, um steuerlich dasselbe Ergebnis zu erreichen, wie wenn die Nonvaleurs gar nie gebucht worden wären.
5.3. Es kann angefügt werden, dass die Beschwerdeführerin in der Jahresrechnung 2013 insgesamt Abschreibungen von Fr. 381'238.-- hätte verbuchen können, wovon die ersten Fr. 204'121.-- im Gewinn aufzurechnen sind und weitere Fr. 177'123.-- (4 % des Restbuchwerts von Fr. 4'424'823.--) geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen. Weil die Beschwerdeführerin aber lediglich Fr. 180'000.-- abgeschrieben hat, erweist sich die Aufrechnung des gesamten Betrages als bundesrechtskonform, was zur Abweisung der Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer führt.
III. Staats- und Gemeindesteuern
6.
§ 76 Abs. 1 Ziff. 2 lit. b des Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau vom 14. September 1992 (StG/TG; RB 640.1) regelt in Übereinstimmung mit Art. 24 Abs. 4 i.V.m. Art. 10 Abs. 1 lit. a StHG die Aufrechnung geschäftsmässig nicht begründeter Abschreibungen gleich wie Art. 58 Abs. 1 lit. b zweites Lemma DBG für die direkte Bundessteuer, weshalb die Abschreibungen hinsichtlich der kantonalen Steuern gleich zu behandeln sind wie bei der direkten Bundessteuer. Die Beschwerde ist auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern abzuweisen.
IV. Kosten- und Entschädigungsfolgen
7.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_385/2017 (Staats- und Gemeindesteuern 2013) und 2C_386/2017 (direkte Bundessteuer 2013) werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird hinsichtlich der direkten Bundessteuer (2C_386/2017) abgewiesen.
3.
Die Beschwerde wird hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern (2C_385/2017) abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. September 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Genner