Faits :
A.
Le 5 février 2015, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a retiré à A._ le permis de conduire à titre préventif pour une durée indéterminée, en raison d'une consommation problématique d'alcool voire d'une dépendance. Cette mesure se fonde sur les résultats de prises de sang faisant apparaître des valeurs de transferrine carboxy-déficiente (CDT) situées entre 2,4% et 3% (pour une valeur de référence de 1,6% au maximum). L'Unité de médecine et de psychologie du trafic (UMPT) a été chargée d'une expertise pour déterminer l'aptitude à la conduite. Cette décision est entrée en force. Le 27 août 2015, sur la base du rapport de l'UMPT, le SAN a subordonné le droit de conduire à la poursuite de l'abstinence ou de la restriction de la consommation d'alcool et à la présentation d'une attestation médicale en janvier et en juillet 2016.
B.
Par décision du 13 avril 2016, confirmée le 3 juin 2016 sur réclamation, le SAN a prononcé un nouveau retrait préventif du permis de conduire ainsi que la mise en oeuvre d'une expertise. Selon le rapport de son médecin traitant, l'intéressé faisait preuve d'une abstinence à l'alcool durant la semaine et d'une consommation de type festif les week-ends avec une bonne dissociation alcool-conduite. L'une des trois prises de sang avait révélé une valeur de CDT de 1,7%.
Par arrêt du 4 octobre 2016, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a confirmé la décision du SAN. Les prises de sang effectuées depuis deux ans avaient dans certains cas présenté un taux de CDT supérieur à la valeur admise; dans d'autres cas, elles se situaient dans la zone grise (entre 1,3 et 1,6), alors que, dans deux décisions précédentes, le SAN avait exigé que ces valeurs soient dans les normes. En dépit de l'amélioration présentée durant les derniers mois, l'intéressé connaissait des difficultés à contrôler sa consommation d'alcool, ce qui constituait un indice suffisant permettant un retrait préventif. L'expertise devrait toutefois intervenir dans les meilleurs délais.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public par lequel il demande la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que son permis de conduire lui est restitué, le retrait préventif étant révoqué. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction. II requiert la restitution de l'effet suspensif, qui a été refusée par ordonnance du 9 novembre 2016.
La Cour de droit administratif et public conclut au rejet du recours en se référant aux considérants de son arrêt. Le SAN se réfère également à l'arrêt attaqué. L'Office fédéral des routes conclut au rejet du recours, sans observations.
Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 ss de la loi sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait du permis de conduire dans la mesure où aucun motif d'exclusion au sens de l'art. 83 LTF n'entre en considération.
1.1. La contestation porte sur le retrait à titre préventif du permis de conduire. Cette mesure provisoire a été rendue dans le cadre d'une procédure administrative destinée à déterminer l'aptitude à conduire de l'intéressé et la nécessité éventuelle de prononcer un retrait de sécurité. La décision attaquée ne met pas fin à cette procédure et constitue une décision incidente qui peut être déférée immédiatement auprès du Tribunal fédéral dans la mesure où elle cause un préjudice irréparable à son destinataire au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (arrêt 1C_492/2015 du 12 octobre 2015 consid. 2; cf. ATF 122 II 359 consid. 1b p. 362).
1.2. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant l'autorité cantonale. Il a un intérêt digne de protection (art. 89 al. 1 LTF) à ce que la décision attaquée soit annulée en tant qu'elle confirme une décision qui le prive provisoirement de son permis de conduire jusqu'à ce que son aptitude à conduire soit démontrée. Sa qualité pour agir est à l'évidence donnée. Le recours a au surplus été formé en temps utile contre une décision rendue en dernière instance cantonale.
1.3. Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une décision portant sur une mesure provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, les griefs soulevés doivent être suffisamment motivés, sous peine d'être déclarés irrecevables. Pour satisfaire à ces exigences, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 IV 286 consid. 1.4 p. 287).
2.
Se plaignant d'arbitraire, le recourant relève qu'il se soumet depuis deux ans à des prises de sang et que les doutes au sujet de son aptitude à la conduite devaient être soit confirmés - par le prononcé d'un retrait de sécurité -, soit infirmés. Or, le recourant estime que sa situation se serait sensiblement améliorée depuis 2014, les derniers tests sanguins se situant dans la norme. Il ne serait dès lors pas démontré qu'il représente un danger immédiat et concret pour la sécurité routière. L'arrêt attaqué ferait également fi du rapport du médecin traitant selon lequel le recourant est abstinent durant la semaine; il s'adonne le week-end à une consommation festive, avec une bonne dissociation conduite-alcool. En se fondant exclusivement sur l'avis du médecin conseil, qui connaît moins bien le recourant, l'arrêt attaqué serait arbitraire.
2.1. Appelé à revoir l'application du droit sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement préférable - paraît possible (ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 p. 177; 137 I 1 consid. 2.4 p. 5). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables; encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 141 I 49 consid. 3.4 p. 53 et les arrêts cités).
2.2. Aux termes de l'art. 30 OAC, le permis de conduire peut être retiré à titre préventif lorsqu'il existe des doutes sérieux quant à l'aptitude à conduire de l'intéressé. Cette disposition institue une mesure provisoire destinée à protéger les intérêts menacés jusqu'à l'issue de la procédure principale portant sur un retrait de sécurité. En effet, vu l'importance du risque inhérent à la conduite des véhicules automobiles, il s'impose qu'un conducteur puisse se voir retirer son permis, à titre préventif, dès que des indices autorisent à penser qu'il représente un risque particulier pour les autres usagers de la route et font douter sérieusement de sa capacité à conduire. Une preuve stricte n'est pas nécessaire. En effet, si une telle preuve était apportée, c'est un retrait de sécurité qu'il y aurait lieu d'ordonner sans plus attendre. Au contraire, le retrait préventif intervient, par définition, avant que tous les éclaircissements nécessaires pour juger de la nécessité d'un retrait de sécurité aient été obtenus. Pour décider d'un retrait préventif, l'autorité doit donc se fonder sur les éléments dont elle dispose en l'état. La prise en considération de tous les éléments plaidant pour ou contre l'aptitude de l'intéressé à la conduite de véhicules automobiles interviendra à l'issue de la procédure au fond (cf. ATF 125 II 492 consid. 2b p. 496; 122 II 359 consid. 3a p. 364; arrêt 1C_173/2009 du 27 mai 2009 consid. 3.1 in JdT 2009 I 520).
2.3. Le recourant a fait l'objet de plusieurs décisions relatives à son droit de conduire. Le 22 mai 2014, ce droit a été subordonné à une restriction de la consommation d'alcool et à la présentation d'un rapport médical. Le 5 février 2015, le SAN a rendu une première décision de retrait préventif entrée en force, aux termes de laquelle la capacité de conduire de l'intéressé faisait déjà l'objet de doutes légitimes, les valeurs de CDT étant alors nettement supérieures à la norme autorisée. Dans une troisième décision du 3 août 2015, le SAN a réitéré ses conditions en se fondant sur un rapport du 27 juillet 2015 de l'UMPT: le recourant avait diminué sa consommation, suite à la mesure de retrait préventif, et avait présenté des CDT normales en février et avril 2015. Toutefois, cette période était courte et il était nécessaire que ce changement soit confirmé sur une période prolongée. Or, les résultats des prises de sang des mois de septembre, octobre et décembre 2015 présentaient des valeurs de CDT respectivement de 1,5, 1,1 et 1,7%. Le premier chiffre se situe dans la zone grise (résultat non discriminant entre 1,3 et 1,6%) alors que le troisième se situe au-delà de la limite admissible dont on peut déduire une consommation de plus de 60g d'alcool par jour pendant au moins deux semaines.
Ainsi, en dépit d'un premier retrait préventif et malgré les diverses conditions posées à la restitution du droit de conduire, le recourant a apparemment persévéré dans une consommation problématique d'alcool. Il ne saurait se prévaloir de certaines améliorations dans son comportement dès lors que celles-ci ont été régulièrement suivies de rechutes, ce qui a conduit le SAN à exiger un changement sur le long terme. En l'état, il n'est à tout le moins pas arbitraire de considérer qu'un doute subsiste, au sens de l'art. 30 OAC, sur l'aptitude du recourant à la conduite automobile.
2.4. L'arrêt attaqué ne méconnaît pas l'avis du médecin traitant, selon lequel la consommation d'alcool serait maîtrisée en semaine. Il relève toutefois que, selon le médecin conseil, les CDT constatées impliqueraient une importante consommation durant le week-end, ce qui comporte le risque d'une dépendance.
2.5. Le recourant relève que sa situation dure depuis plusieurs années. Il ne se prévaut toutefois d'aucune violation d'ordre constitutionnel sur ce point. L'autorité paraît au contraire avoir tenu compte du principe de la proportionnalité puisqu'elle a accordé plusieurs maintiens conditionnels du droit de conduire et qu'elle attend d'être renseignée à plus long terme avant d'envisager un éventuel retrait de sécurité. La cour cantonale a elle aussi veillé à ce que la procédure ne se prolonge pas sans raison, en exigeant que l'expertise soit réalisée dans les meilleurs délais.
3.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 16 janvier 2017
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Kurz