Sachverhalt:
A.
A.A._ war von 2000 bis 2002 bei der X._ angestellt und gehörte der Konzernleitung an. Am 25. April 2000 erwarb er von der X._ 20'000 Aktien der Y._ AG, am l23. März 2001 kaufte er weitere 8'000 solcher Aktien hinzu. Am 23. September 2001 bzw. am 30. Juni 2002 verkaufte er sämtliche Aktien an seine Arbeitgeberin zurück, wobei er Gewinne von Fr. 773'600.-- bzw. Fr. 950'903.-- erzielte. In den Steuererklärungen deklarierten A.A._ und B.A._-C._ diese Gewinne als steuerfreie Kapitalgewinne. Mit Entscheid vom 28. Januar 2009 veranlagte das kantonale Steueramt A.A._ und B.A._-C._ für die Staats- und Gemeindesteuern 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'551'200.-- (zum Satz von Fr. 1'570'600.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 5'852'000.-- (zum Satz von Fr. 6'637'000.--) sowie für die Staats- und Gemeindesteuern 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'500'900.-- (zum Satz von Fr. 1'514'400.--) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 6'771'000.-- (zum Satz von Fr. 7'411'000.--) ein. Am 6. März 2009 schätzte das kantonale Steueramt A.A._ und B.A._-C._ für die direkte Bundessteuer 2001 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'571'600.-- sowie für die direkte Bundessteuer 2002 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 1'513'900.-- ein. Sowohl bei der Staats- und Gemeindesteuer als auch bei der direkten Bundessteuer rechnete das kantonale Steueramt die Gewinne aus dem Aktienverkauf als Einkünfte aus dem Arbeitsverhältnis auf. Die dagegen erhobene Einsprache wies es mit Einspracheentscheid vom 22. Januar 2010 ab.
B.
Die Steuerrekurskommission II hiess die dagegen gerichtete Beschwerde am 4. Oktober 2010 teilweise gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an das kantonale Steueramt in das Veranlagungsverfahren zurück. Gegen diesen Rechtsmittelentscheid gelangte das kantonale Steueramt an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 27. Juni 2012 teilweise gut; es wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen an das Steuerrekursgericht (als Nachfolgeinstanz der Steuerrekurskommission) zurück. Das Bundesgericht trat auf eine dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil 2C_846/2012 / 2C_847/2012 vom 13. September 2012 nicht ein, weil ein Zwischenentscheid vorlag.
C.
Das Steuerrekursgericht wies daraufhin den Rekurs mit Entscheid vom 30. Januar 2013 ab. In der Folge gelangten A.A._ und B.A._-C._ an das Verwaltungsgericht, welches sowohl die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern als auch diejenige zur direkten Bundessteuer mit Entscheid vom 12. Februar 2014 abwies.
D.
A.A._ und B.A._-C._ legen mit Eingabe vom 10. April 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben und das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuern Steuerperiode 2001 sei mit Fr. 777'600.-- (zum Satz von Fr. 797'000.--) und für die Steuerperiode 2002 mit Fr. 549'900.-- (zum Satz von Fr. 563'400.--) festzusetzen. Für die direkte Bundessteuer wiederum sei das steuerbare Einkommen betreffend die Steuerperiode 2001 mit Fr. 798'000.-- und bezüglich der Steuerperiode 2002 mit Fr. 563'000.-- zu veranlagen.
Sowohl das Steueramt als auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen jeweils unter Verweisung auf das angefochtene Urteil, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern auf die Stellung eines Antrags. Betreffend die direkte Bundessteuer beantragt sie die Abweisung der Beschwerde. A.A._ und B.A._-C._ nehmen zum Vernehmlassungsergebnis abschliessend Stellung, ohne sich zu ihren Rechtsbegehren nochmals zu äussern.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführer haben die beiden Urteile der Vorinstanz betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2001 und 2002 sowie die direkte Bundessteuer 2001 und 2002 angefochten. Das Bundesgericht hat für die Staats- und Gemeindesteuer (2C_357/2014) und die direkte Bundessteuer (2C_358/2014) getrennte Dossiers angelegt. Da beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde ist in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP [SR 279]; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtswidrigkeiten, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind.
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vorinstanzlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (Art. 9 BV; BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234).
1.5. Grundsätzlich gilt die allgemeine Beweislastregel, wonach die Veranlagungsbehörde die steuerbegründenden oder -erhöhenden Tatsachen nachzuweisen hat, die steuerpflichtige Person dagegen jene Tatsachen, welche die Steuerschuld mindern oder aufheben (vgl. BGE 133 II 153 E. 4.3 S. 158 f.; 121 II 273 E. 3c/aa S. 284 mit Hinweisen; Urteil 2C_1082/2012 vom 25. Oktober 2013 E. 2.3).
I. Direkte Bundessteuer
2.
Während die Vorinstanz die Gewinne aus dem Aktienverkauf als Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit nach Art. 17 Abs. 1 DBG betrachtet, gehen die Beschwerdeführer davon aus, dass es sich dabei um steuerfreie Kapitalgewinne gemäss Art. 16 Abs. 3 DBG handelt.
2.1. Die Besteuerung des Einkommens natürlicher Personen basiert auf dem Konzept der modifizierten Reinvermögenszugangstheorie ("théorie de l'accroissement du patrimoine" bzw. "imposition du revenu global net"). Demgemäss unterliegen aufgrund der Generalklausel von Art. 16 Abs. 1 DBG und des nicht abschliessenden Positivkatalogs (Art. 17-23 DBG) alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte der direkten Bundessteuer. Vorbehalten bleiben nach Art. 16 Abs. 3 DBG die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (vgl. BGE 139 II 363 E. 2.1 S. 365 f. mit Hinweisen). Insbesondere sind nach Art. 17 Abs. 1 DBG alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlich-rechtlichem Arbeitsverhältnis steuerbar, mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen oder geldwerte Vorteile aus Mitarbeiterbeteiligungen. Der Charakter der Tätigkeit und die Ausgestaltung des Arbeitsverhältnisses sind unmassgeblich, namentlich ob das Entgelt für den Haupterwerb oder eine Nebentätigkeit der steuerpflichtigen Person ausgerichtet wird, wie es benannt wird, in welcher Form die Entschädigung für die erbrachte Leistung erfolgt; die Bezahlung der steuerpflichtigen Person für ihre Tätigkeit kann in Geld oder in geldwerten Leistungen erfolgen, die Höhe der Vergütung fest oder variabel sein (ASA 60 245). Leistungen von Dritten sind ebenfalls dem Arbeitseinkommen zuzurechnen, wenn sie der steuerpflichtigen Person in Zusammenhang mit dem Arbeitsverhältnis ausgerichtet worden sind, selbst wenn dafür keine Rechtspflicht bestand. Darunter fällt auch der Erwerb von Aktien von einer Drittperson zu einem Vorzugspreis, wobei die Differenz zwischen dem Verkehrswert und und dem reduzierten Erwerbspreis als Einkommen zu versteuern ist (RICHNER/ FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 37 zu Art. 17 DBG).
2.2. Bereits in seiner Praxis zum Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) hat das Bundesgericht festgehalten, dass der Begriff des Einkommens aus einer (Erwerbs-) Tätigkeit weit zu interpretieren ist. Es handelt sich dabei nicht nur um Einkommen aus einer vertraglich vereinbarten Gegenleistung im engeren Sinne. Ein Einkommen aus Erwerbstätigkeit liegt vielmehr bereits dann vor, wenn zwischen der Leistung, die der Steuerpflichtige erhält, und seiner Tätigkeit ein derartiger wirtschaftlicher Zusammenhang besteht, dass die Leistung die Folge der Tätigkeit ist und der Steuerpflichtige die Leistung im Hinblick auf seine Tätigkeit erhält (Urteil 2A.381/2006 und 2A.382/2006 vom 29. November 2006 E. 2.1, publ. in: RDAF 2007 II 106; ASA 78 95, mit Hinweisen; vgl. PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Rz. 20 zu Art. 17 DBG). Demgegenüber stellt die Steuerfreiheit privater Kapitalgewinne mit Blick auf den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) und das diesen konkretisierende Reinvermögenszugangsprinzip eine Ausnahme dar. Diese ist vom Gesetzgeber u.a. auch aus Gründen der Veranlagungsökonomie gewollt; im Gegenzug sind auch private Kapitalverluste steuerlich unbeachtlich (im Bereiche der Besteuerung natürlicher Personen ist daher auch von "modifizierter Reinvermögenszugangstheorie" die Rede).
3.
Gemäss Vorinstanz ist massgebend, ob zwischen dem Gewinn aus dem Aktienverkauf und der Erwerbstätigkeit des Beschwerdeführers 1 ein wirtschaftlicher bzw. ein kausaler Zusammenhang bestehe. Entscheidend sei dabei das gesamte Erscheinungsbild unter Berücksichtigung sämtlicher Umstände des Einzelfalls.
3.1. Eine solche Gesamtwürdigung führt laut Vorinstanz zum Schluss, dass ein derartiger wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen den erzielten Gewinnen und dem Arbeitsverhältnis vorhanden sei. Dafür sprächen die Beschränkung der Beteiligten auf Konzernleitungsmitglieder der X._ unter Ausschluss von Dritten, das mit der Schaffung der Y._ AG verfolgte Ziel, die zeitliche Übereinstimmung mit dem Arbeitsverhältnis, die personellen Verflechtungen, der Einfluss der Arbeitgeberin durch die Anlagetätigkeit, die Absicherungsinstrumente zugunsten der Konzernleitungsmitglieder sowie weitere durch die X._ gewährte Vorteile. Aufgrund der objektbezogenen Definition des Einkommens aus unselbständiger Erwerbstätigkeit i.S.v. Art. 17 Abs. 1 DBG komme es nicht darauf an, wer das Entgelt bezahlt bzw. woher es stammt, sondern alleine darauf, ob die geldwerte Leistung im Arbeitsverhältnis hinreichend begründet ist. Es sei deshalb entgegen der Ansicht des Steuerrekursgerichts unerheblich, ob die Wertentwicklung der Y._ AG-Aktien aus denjenigen Gesellschaften stammen, in welche die Y._ AG ihr Anlagevermögen investiert hatte. Dadurch erübrigt sich auch die Quantifizierung der einzelnen gewährten Vorteile aus der engen Verflechtung zwischen X._ und der Y._ AG, welche zwar auch das Steuerrekursgericht als geldwerte Leistungen aus dem Arbeitsverhältnis beurteilte, jedoch nur diese als unselbständiges Einkommen besteuern wollte. Wie das Steuerrekursgericht aber selber festhielt, hätte sich die Wertbestimmung äusserst schwierig gestaltet und schlug deshalb eine einvernehmliche Regelung unter den Verfahrensbeteiligten vor.
3.2. Die Vorinstanz erwägt weiter, dass für die positive Wertentwicklung der Y._ AG-Aktien insbesondere die Arbeitgeberin des Beschwerdeführers 1 durch das Zusammenwirken in personeller Hinsicht und im Anlageverhalten sowie durch die bevorzugte Behandlung bei Kreditgeschäften und Aktienzuteilungen gesorgt habe. Ohne dieses aktive Verhalten der Arbeitgeberin und der Anstellung als Konzernleitungsmitglied bei der X._ wäre es dem Beschwerdeführer 1 nicht möglich gewesen, sich an der Y._ AG zu beteiligen und Kapitalgewinne in diesem Ausmass zu erzielen.
3.3. Wesentlich zu den Gewinnen habe auch der Aktionärsbindungsvertrag vom 25. April 2000 beigetragen, in dem sich die X._ verpflichtete, sämtliche ihr von einem Aktionär zum Kauf angebotenen Aktien der Y._ AG zum jeweiligen massgeblichen Preis (net asset value, nachfolgend NAV) zu kaufen. Mit Einräumung dieser Put-Option habe die X._ erhebliche Verlustrisiken übernommen, weil die Aktionäre dadurch rasch auf ungünstige Kursänderungen reagieren und ihre Aktien zu einem besseren Preis als ein allfälliger Dritter hätten veräussern können. Zum gleichen Zweck habe die X._ zudem eine Garantie für nicht offene Derivatspositionen der Y._ AG übernommen. Die Vereinbarung im Aktionärsbindungsvertrag sei als eine im Arbeitsverhältnis begründete Privilegierung zu würdigen und stelle ein weiteres Indiz für die Qualifikation der Gewinne als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit dar. Die gewählte Konstruktion des Aktienkaufs einer Parallelgesellschaft (Y._ AG) in Verbindung mit der Put-Option gegenüber der Arbeitgeberin sollte es ermöglichen, die Konzernleitungsmitglieder am Gewinn der X._ indirekt über die Y._ AG zu beteiligen. Somit handle es sich um ein als im Arbeitsverhältnis begründetes Beteiligungsprogramm. Die vom Beschwerdeführer 1 realisierten Gewinne auf den Aktien der Y._ AG seien daher nicht als private Kapitalgewinne zu qualifizieren, welche durch die Teilnahme am Anlagemarkt entstanden seien, sondern als Einkommen aus einer unselbständigen Erwerbstätigkeit nach Art. 17 Abs. 1 DBG. Die Prüfung, ob die gewählte rechtliche Konstruktion nur der Steuerumgehung gedient habe, erübrige sich deshalb.
4.
Die Beschwerdeführer sind hingegen der Auffassung, ein Kapitalgewinn aus Veräusserung von Privatvermögen zum Verkehrswert könne nicht gleichzeitig unselbständiges Erwerbseinkommen als Entgelt für die Arbeitsleistung des Verkäufers sein.
4.1. Es fehle vorliegend an der für die Annahme von Erwerbseinkommen vorausgesetzten Kausalität zwischen der vom Arbeitgeber erbrachten Leistung und der Arbeitstätigkeit des Beschwerdeführers 1. Der Arbeitgeber habe seine Leistung in der Erfüllung einer Verpflichtung aus Kaufvertrag als Kaufpreisleistung erbracht. Sie könne deshalb nicht im selben Umfang Entgelt für die Arbeitstätigkeit bilden. Die von der Vorinstanz angeführten Umstände liessen zwar einen gewissen wirtschaftlichen Zusammenhang zwischen Arbeitsverhältnis und Mitarbeiterbeteiligung annehmen, sie seien aber nicht ausreichend, um einen kausalen Zusammenhang zwischen dem erzielten Kapitalgewinn und der Erbringung der Arbeitsleistung des Beschwerdeführers 1 zu begründen. Die gegenteilige Rechtsauffassung der Vorinstanz verstosse gegen Bundesrecht. Zudem habe sich die Vorinstanz in ihren Erwägungen nur auf Art. 17 Abs. 1 DBG beschränkt und den rechtlichen sowie wirtschaftlichen Hintergrund des Kapitalgewinns sowie die Abgrenzung zwischen den Normen betreffend den steuerfreien Kapitalgewinn und das Erwerbseinkommen nicht beachtet.
4.2. Der Beschwerdeführer 1 habe mit den Y._ AG-Aktien Anteile an einer der Arbeitgeberin nahestehenden Gesellschaft erworben, welche als Mitarbeiteraktien zu qualifizieren seien. Ein Arbeitnehmer erziele beim Erwerb von Mitarbeiteraktien steuerbares Erwerbseinkommen, insoweit er diese Aktien zu einem unter dem Verkehrswert liegenden Preis erwerben könne. Bei freien und gebundenen Mitarbeiteraktien sei vom steuerrelevanten Zugang im Zeitpunkt des Eigentumserwerbs auszugehen, wobei einer allfälligen Verfügungssperre mit einem Einschlag Rechnung getragen werde. Wie bei anderen Naturalleistungen sei somit der Eigentumserwerb an den Aktien für die Fixierung des Realisationszeitpunkts des Erwerbseinkommens bestimmend. Der Beschwerdeführer 1 habe mit dem durch Kaufvertrag begründeten Eigentumserwerb an den Aktien einen Vermögenszugang realisiert. Das steuerbare Erwerbseinkommen bestehe in diesem Zeitpunkt zwischen einer allfälligen Differenz zwischen dem Verkehrswert der Aktie und deren Abgabepreis unter Vorbehalt eines Diskonts für gebundene Mitarbeiteraktien. Danach würden die Aktien Bestandteil des Privatvermögens des Beschwerdeführers 1 und zukünftige Gewinne stünden nicht mehr in Zusammenhang mit dem Arbeitsverhältnis, sondern mit seiner privaten Kapitalanlage. Verkaufe er später die Aktien an den Arbeitgeber zurück, so finde dieser Verkauf seine Grundlage nicht mehr im Arbeitsverhältnis, sondern in den damaligen Bedingungen des Aktienkaufvertrages. Die Entrichtung des Kaufpreises beruhe auf einer rechtsgeschäftlichen Vereinbarung und nicht auf dem Arbeitsverhältnis.
4.3. Ohnehin habe der Beschwerdeführer 1 20'000 Y._ AG-Aktien im Jahre 2000 gekauft. Der Erwerb und ein allfälliger von seiner Arbeitgeberin zugeflossener Naturallohn im rechtskräftig veranlagten Steuerjahr 2000 bildeten jedoch nicht Gegenstand des Verfahrens, welches die Steuerperiode 2001/2002 betreffe. Das Verschieben einer Einkommensaufrechnung aus dem rechtskräftig veranlagten Steuerjahr 2000 in die noch offene Steuerperiode 2001/2002 wäre nicht zulässig. Der Kauf der weiteren 8000 Aktien im Jahr 2001 sei wiederum nachweislich zum Drittvergleichspreis erfolgt, weil diese Tranche aus einem unmittelbar zuvor stattgefundenen Rückkauf von einem anderen privaten Mitaktionär stamme und vom Beschwerdeführer 1 zum selben Preis erworben worden sei. Die Voraussetzungen zur Aufrechnung der Kapitalgewinne als steuerbares Einkommen seien im vorliegenden Verfahren somit nicht gegeben.
5.
Es ist vorliegend unbestritten, dass die Aktien der Y._ AG die Voraussetzungen von Mitarbeiteraktien erfüllen, da nicht nur die Aktien der Arbeitgeberin, sondern auch Aktien der ihr nahestehenden Unternehmen als solche gelten (Kreisschreiben Nr. 5 der Eidg. Steuerverwaltung [ESTV] vom 30. April 1997 betreffend Besteuerung von Mitarbeiteraktien und Mitarbeiteroptionen, S. 2).
5.1. Allerdings handelt es sich bei den Aktien der Y._ AG nicht um Mitarbeiteraktien im herkömmlichen Sinn und zwar nicht nur, wie das Bundesgericht bereits im Urteil 9C_91/2009 vom 7. Dezember 2009 E. 4 betreffend eines anderen ehemaligen Konzernleitungsmitglieds der X._ festgehalten hat, weil der Beschwerdeführer 1 diese aus eigenen Mitteln gekauft hat. Üblicherweise beschränkt sich der Einfluss des Arbeitgebers auf den geldwerten Vorteil auf den Zeitpunkt an welchem er die Mitarbeiteraktien seinem Arbeitnehmer zu einem Preis unter dem Verkehrswert abgibt. Anschliessend verhält sich der Arbeitgeber passiv und der Arbeitnehmer profitiert von der Preisentwicklung in gleicher Weise wie jeder andere Aktionär auch. Die X._ als Arbeitgeberin liess dem Beschwerdeführer 1 aber über den Erwerbszeitpunkt hinaus weitere geldwerte Vorteile zukommen, indem sie mit den verschiedenen beschriebenen Massnahmen (E. 3.1 f.) versuchte, den Aktionären der Y._ AG möglichst hohe Gewinne zu ermöglichen. Gestützt auf diesen engen und andauernden Bezug der Arbeitgeberin zu den Aktionären der Y._ AG qualifizierte die Vorinstanz die Gewinne des Beschwerdeführers 1 aus dem Verkauf der Y._ AG-Aktien als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gemäss Art. 17 Abs. 1 DBG.
5.2. Aufgrund der zahlreichen geldwerten Vorteile, welche die X._ der Y._ AG gewährte, ist die Qualifikation des gesamten Veräusserungsgewinn durch die Vorinstanz als unselbständiges Einkommen nicht zu beanstanden. Es bestand ein enger wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen den Leistungen die der Beschwerdeführer 1 erhielt und seiner Tätigkeit für die X._. Ohne das aktive Verhalten der X._ und das Arbeitsverhältnis mit dieser hätte der Beschwerdeführer 1 keinen Kapitalgewinn in gleichem Ausmass erzielen können. Anderen Aktionären, welche nicht Konzernleitungsmitglied waren, blieb ein ähnlicher Gewinn verwehrt, weil sie nicht wie der Beschwerdeführer 1 in den Genuss von Leistungen der X._ an die Y._ AG gelangten, welche weit über die allgemeine Geschäftstätigkeit der X._ hinaus reichten.
5.3. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer hat die Vorinstanz ausreichend dargelegt, aus welchen Gründen ein Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit nach Art. 17 Abs. 1 DBG und kein steuerfreier privater Kapitalgewinn nach Art. 16 Abs. 3 DBG vorliegt, welcher gemäss der bundesgerichtlichen Praxis zudem nur mit Zurückhaltung anzunehmen ist (E. 2.2). Es liegt somit kein Verstoss gegen Bundesrecht vor.
6.
Mitarbeiteraktien sind grundsätzlich im Zeitpunkt des Eigentumserwerbs zu besteuern (LOCHER, a.a.O., N. 11 zu Art. 17 DBG). Wie soeben ausgeführt, sind die Y._ AG-Aktien aber keine Mitarbeiteraktien im herkömmlichen Sinn, sondern stellen ein Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit dar, welches zusätzlich zum ordentlichen Lohn des Beschwerdeführers 1 entrichtet wurde. Zulagen zum Normallohn realisiert der Arbeitnehmer erst dann, wenn sie ihm vom Arbeitgeber zugesichert oder tatsächlich ausgerichtet werden. Sie sind jener Bemessungsperiode zuzuordnen, in welcher der Arbeitnehmer einen festen Rechtsanspruch auf die Vergütung erworben hat, und zwar ohne Rücksicht darauf, in welchen Zeitraum die abgegoltene Arbeitsleistung fällt. Voraussetzung dafür ist, dass die Zulage zahlenmässig konkretisierbar und der Fälligkeitstermin bekannt ist; andernfalls fehlt es an einer tatsächlichen Verfügbarkeit. Sobald dies aber bekannt ist, ist der Rechtserwerb abgeschlossen (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 35 zu Art. 210 DBG). Preis und Termin für den Rückkauf der Y._ AG-Aktien waren aufgrund der eingeräumten Put-Option nicht bekannt. Der Beschwerdeführer 1 konnte sie weitgehend selber bestimmen und übte sie in den Jahren 2001/2002 aus, nachdem die X._ der Y._ AG weitere Vorteile gewährt hatte. Erst zu dem Zeitpunkt erfolgte die zahlenmässig konkretisierte geldwerte Leistung der Arbeitgeberin an den Beschwerdeführer 1. Der Erlös aus dem Verkauf der Y._ AG-Aktien ist folglich dieser Steuerperiode zuzurechnen. Das gilt nicht nur für die 20'000 Y._ AG-Aktien, die der Beschwerdeführer 1 im Jahr 2000 unter dem Verkehrswert erworben hat, sondern auch für die 8000 Y._ AG-Aktien, die er im Jahre 2001 zum Verkehrswert gekauft hat. Bei diesen erfolgte die Gewährung der geldmässigen Vorteilen durch die Arbeitgeberin sogar gänzlich in der fraglichen Steuerperiode.
7.
Die Beschwerdeführer bemängeln, dass sich die Vorinstanz auf unbewiesene steueramtliche Sachverhaltsbehauptungen und Parteigutachten abgestützt habe, deren inhaltliche Richtigkeit von den Beschwerdeführern mit detaillierter Begründung mehrfach bestritten worden sei. Das Rekursgericht habe im ersten Rechtsgang unwidersprochen und für das Verwaltungsgericht verbindlich festgestellt, dass der Wertzuwachs der Y._ AG-Aktien in erheblichem Ausmass auf echten Kauf- und Verkaufstransaktionen der Y._ AG mit Drittparteien beruht habe und ein allenfalls positiver Einfluss der X._ auf die Wertentwicklung der Y._ AG-Aktien den eingetretenen Mehrwert nicht zu einer pauschalen Leistung der Arbeitgeberin an die Y._ AG-Aktionäre mache. Der vom Rekursgericht willkürfrei festgestellte Sachverhalt biete deshalb für das Verwaltungsgericht keine rechtsgenügende Grundlage, um allfällige indirekte Leistungen zugunsten der Y._ AG-Aktionäre anzunehmen.
7.1. Der Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung erfordert, dass die Behörde ihre Prüfungsbefugnis tatsächlich wahrnimmt und in dem vom Verfahrensrecht geforderten Masse tätig wird. Dem Anspruch wird nicht Genüge getan, wenn das Prüfungsmass bei der Beurteilung einer Streitigkeit unterschritten oder überschritten wird. Art. 29 Abs. 1 BV garantiert insoweit das Einhalten der verfahrensmässig umschriebenen Kognitionsregeln (GEROLD STEINMANN, in: St. Galler Kommentar zur Schweizerischen Bundesverfassung, 3. Aufl. 2014, N. 31 zu Art. 29 BV).
7.2. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich erhebt die zur Abklärung des Sachverhalts erforderlichen Beweise von Amtes wegen (§ 60 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes [des Kantons Zürich] vom 24. Mai 1959 [VRG/ZH; LS 175.2]). Es ist im Gegensatz zum Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden und würdigt die Beweise frei. Entscheidend dafür, ob eine Tatsache als gegeben erachtet wird, ist einzig die Überzeugung des Gerichts im Rahmen der Beweiswürdigung. Die unrichtige Beweiswürdigung durch die Vorinstanz stellt keine Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften dar; das Verwaltungsgericht kann daher den Mangel selber korrigieren und das Ergebnis der Untersuchung frei würdigen. Eine Rückweisung an die Vorinstanz erübrigt sich (MARCO DONATSCH, in: Kommentar VRG, 3. Aufl. 2014, N. 12 zu § 60 VRG/ZH). Die Vorinstanz durfte somit die Beweise in Abweichung der Erkenntnisse des Steuerrekursgerichts würdigen, ohne dass damit eine Rechtsverletzung verbunden wäre.
7.3. In Bezug auf die Beweiswürdigung durch die Vorinstanz ergibt sich wiederum Folgendes:
7.3.1. Unter Art. 29 Abs. 2 BV fällt das Recht der betroffenen Person, sich vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheides zur Sache zu äussern sowie das Recht auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel (BGE 127 I 54 E. 2b S. 56). Es handelt sich um ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht (vgl. BGE 138 V 125 E. 2.1 S. 127; 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 127 I 54 E. 2b S. 56; 126 I 97 E. 2b S. 102) im Sinne einer verfassungsmässigen Mindestgarantie (BGE 129 II 497 E. 2.2 S. 504 f. mit Hinweisen; zum Ganzen Urteil 2C_104/2013 / 2C_105/2013 vom 27. September 2013 E. 1). Eine behauptete Verletzung des verfassungsmässigen Gehöranspruchs ist, da bundesrechtliche Rechtsfrage, mit freier Kognition zu prüfen (vorne E. 1.3).
7.3.2. Dem Anspruch auf rechtliches Gehör lässt sich keine allgemeine Pflicht der Behörde zur Abnahme aller angebotenen Beweise und zur Würdigung sämtlicher Argumente entnehmen. Die Abweisung eines Beweisantrags erweist sich namentlich als zulässig, falls die Verwaltungs- oder Gerichtsbehörde sich ihre Meinung aufgrund zuvor erhobener Beweise bereits bilden konnte und sie ohne Willkür in vorweggenommener, antizipierter Beweiswürdigung annehmen darf, die gewonnene Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (BGE 136 I 229 E. 5.3 S. 236; 134 I 140 E. 5.3 S. 148; 131 I 153 E. 3 S. 157; Urteil 2C_545/2012 vom 22. Februar 2013 E. 2.2). Die Beweiswürdigung, selbst wenn sie auf Indizien beruht, und die sich daraus ergebenden tatsächlichen Schlussfolgerungen stellen Tatfragen dar (BGE 133 V 477 E. 6.1 S. 485, 504 E. 3.2 S. 507; 132 V 393 E. 3.3 S. 399; Urteil 2C_353/2013 vom 23. Oktober 2013 E. 3.3). Solche sind unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür zu prüfen (vorne E. 1.4).
7.3.3. Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich (Art. 9 BV), wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung des Beschwerdeführers 1 übereinstimmen, belegt keine Willkür (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266;137 III 226 E. 4.2 S. 234; 136 III 552 E. 4.2 S. 560).
7.3.3.1. Gestützt auf verschiedene Indizien kam die Vorinstanz entgegen der für sie nicht verbindlichen Beweiswürdigung des Steuerrekursgerichts zum Schluss, dass für die positive Wertentwicklung der Y._ AG-Aktien die X._ durch das Zusammenwirken in personeller Hinsicht und im Anlageverhalten sowie durch bevorzugte Behandlung bei Kreditgeschäften und Aktienzuteilungen verantwortlich war. Dazu habe auch die Einräumung der Put-Option im Aktionärsbindungsvertrag beigetragen, mit der die X._ erhebliche Verlustrisiken übernommen habe. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer durfte die Vorinstanz für diese Schlussfolgerung grundsätzlich auch den Bericht des Bundesamtes für Privatversicherungen berücksichtigen, welcher sich auf externe Gutachten (KPMG sowie Ecofin) stützt, selbst wenn es sich beim Bericht der Aufsichtsbehörde tatsächlich um ein Parteigutachten handeln sollte. Der Beweiswert eines Parteigutachtens ist im Verwaltungsrecht nicht per se zweifelhaft (Urteil 8C_439/2009 vom 25. November 2009) und auch ein Parteigutachten enthält Äusserungen eines Sachverständigen, welche zur Feststellung des Sachverhalts beitragen können (Urteil 9C_49/2014 vom 29. Oktober 2014 E. 4.1). Die Beschwerdeführer vermögen nicht darzulegen, inwiefern die Vorinstanz die Tragweite dieses Beweismittels offensichtlich falsch berücksichtigt hätte.
7.3.3.2. Die Beschwerdeführer bestreiten ausserdem, dass die Put-Option dem Beschwerdeführer 1 die Möglichkeit gegeben habe, die Y._ AG-Aktien zu einem vorteilhaften Kurs an die X._ zurück zu verkaufen, welche dadurch das Risiko fallender Kurse getragen habe. Der Verkaufspreis habe sich im Falle der Ausübung der Put-Option nach dem NAV der Y._ AG-Aktien bemessen. Für die Preisbestimmung sei nicht ein zurückliegender Bewertungsstichtag massgebend gewesen, sondern der NAV sei erst nach Ankündigung der Optionsausübung bestimmt worden. Der Fälligkeitszeitpunkt für den Rückkaufspreis sei dementsprechend erst zehn Wochen nach Ende des laufenden Quartals gewesen.
7.3.3.3. Mit Addendum vom 10. Januar 2001 wurde Ziff. 7 lit. b (ii) des Aktionärsbindungsvertrags vom 25. April 2000 folgendermassen angepasst: "Ausübung des Verkaufsrechts (Put-Option) : Die Ausübung des Verkaufsrechts (Put-Option) gegenüber X._ kann jederzeit durch eine entsprechende Ausübungserklärung erfolgen. Massgeblich für den Zeitpunkt der Ausübung ist der Eingang der Ausübungserklärung bei der X._." Ziff. 7 lit. c des Aktionärsbindungsvertrags wurde dahingehend ergänzt, dass der Kaufpreis spätestens zehn Wochen nach Ende des Quartals fällig wird, in welchem die Ausübungserklärung abgegeben worden ist. Mit dieser Vertragsklausel bestand für den Beschwerdeführer 1 die Möglichkeit, die Gewinne aus den Aktien jederzeit zu realisieren und gleichzeitig wurde das Risiko ausgeschlossen, bei einer negativen Wertentwicklung mangels eines Käufermarkts auf den Aktien sitzen zu bleiben. Mit anderen Worten war der Beschwerdeführer 1 nicht mehr auf einen Verkauf auf dem freien Markt an einen Dritten angewiesen. Die Vorinstanz durfte deshalb davon ausgehen, dass es sich bei dieser Put-Option um eine im Arbeitsverhältnis begründete Privilegierung des Beschwerdeführers 1 handelte. Sie ist ein weiteres Indiz für die Schlussfolgerung der Vorinstanz, wonach aufgrund der Gesamtkonstruktion der verschiedenen gewährten Vorteile ein solch enger wirtschaftlicher Zusammenhang zwischen den erzielten Gewinnen und dem Arbeitsverhältnis besteht, damit die Gewinne des Beschwerdeführers 1 als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit zu qualifizieren sind. Die Beschwerdeführer können nicht darlegen, dass die Vorinstanz aufgrund der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hätte oder den Sachverhalt auf andere Weise qualifiziert falsch festgestellt hätte.
7.4. Die Beschwerdeführer beanstanden weiter, dass sich die Vorinstanz nicht in genügender Weise mit der kaufvertraglichen Grundlage des Zuflusses des Aktienkaufpreises und dem Wertzuwachs der Aktien zwischen Eigentumserwerb des Beschwerdeführers 1 sowie dem Verkauf auseinandergesetzt habe. Es liege deshalb eine mangelhafte Begründung des angefochtenen Entscheids vor.
7.4.1. Aufgrund von Art. 29 Abs. 2 BV ist die Behörde verpflichtet, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (BGE 136 I 229 E. 5.2 S. 236; 134 I 83 E. 4.1 S. 88 je mit Hinweisen).
7.4.2. Die Vorinstanz legte ihrem Urteil den Kauf der Y._ AG-Aktien durch den Beschwerdeführer 1 zugrunde und anerkannte, dass eine Wertsteigerung dieser Aktien erfolgte (S. 7 des vorinstanzlichen Entscheides). Nur mass sie dieser Tatsache eine andere Bedeutung zu als die Beschwerdeführer und gelangte dementsprechend zu einer abweichenden rechtlichen Würdigung. Inwiefern der angefochtene Entscheid deshalb ungenügend begründet sein sollte, ist nicht ersichtlich. Es ergibt sich daraus mit genügender Klarheit, weshalb die Vorinstanz von einem steuerbaren Erwerbseinkommen und nicht von steuerfreiem Kapitalgewinn ausging. Die Beschwerdeführer vermochten das verwaltungsgerichtliche Urteil denn auch durchaus sachgerecht anzufechten.
7.4.3. Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör liegt nicht vor und die Rügen der Beschwerdeführer erweisen sich somit als unbegründet.
8.
Die Beschwerdeführer bestreiten, dass ihnen die Erlöse aus dem Verkauf der Y._ AG-Aktien in vollem Umfang zugeflossen seien. Der Beschwerdeführer 1 habe bereits im Rahmen eines mit der X._ am 13. Dezember 2005 geschlossenen Vergleichs Fr. 41'462.-- zurückbezahlt und die kausal damit zusammenhängenden Kosten seien ebenfalls geltend gemacht worden. Ebenso seien die Rückleistungen im Rahmen des hängigen Einziehungsverfahrens und die damit zusammenhängenden Kosten unberücksichtigt geblieben. Je nach Ausgang des strafrechtlichen Verfahrens könne der einzuziehende Gewinnanteil im Bereich von Fr. 174'200.-- bis Fr. 1'145'767.26 plus Zinsen liegen. Ob und in welchem Umfang der Kapitalgewinn steuerlich realisiert wurde, sei deshalb derzeit noch offen. Zur Belegung beider Sachverhalte hätten die Beschwerdeführer zudem Beweise eingereicht, welche nicht abgenommen worden seien. Diesen Vorwurf substantiieren sie jedoch nicht ausreichend.
8.1. Grundsätzlich ist für die Einkommensbesteuerung der Zeitpunkt entscheidend, in welchem die steuerpflichtige Person eine Leistung vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erwirbt, über den sie tatsächlich verfügen kann. Voraussetzung des steuerauslösenden Zuflusses ist demnach ein abgeschlossener Erwerbsvorgang, welcher Forderungs- oder Eigentumserwerb sein kann. Nicht massgebend ist der Forderungserwerb, wenn die Befriedigung des Anspruchs unsicher ist; diesfalls ist mit der Besteuerung bis zur tatsächlichen Erfüllung zuzuwarten (BGE 105 Ib 238 E. 4a S. 242 mit Hinweisen). Abzustellen ist demnach auf den Zeitpunkt, in dem der Steuerpflichtige eine rechtlich und tatsächlich durchsetzbare Forderung auf die einkommensbildende Leistung erworben hat. Es muss dabei sowohl hinsichtlich des Bestands als auch hinsichtlich des Umfangs der Forderung Gewissheit bestehen, wobei es genügt, wenn die Höhe der Forderung nach objektiven Kriterien bestimmbar ist (Urteil des Bundesgerichts 2C_319/2012 vom 17. Oktober 2012 E. 2.3.1 mit Hinweisen).
8.2. Vermögenszugänge aus unerlaubten Handlungen, wozu auch die ungetreue Geschäftsführung zählt, bilden steuerbares Einkommen. Kein steuerbares Einkommen entsteht dann, wenn der Fehlbare seine unrechtmässige Erwerbung abliefern muss, wie das von Gesetzes wegen vorgesehen ist. Der Zufluss wird durch die Ablieferungspflicht grundsätzlich neutralisiert. Jedoch ist dies nur der Fall, wenn mit der Erfüllung der Ablieferungspflicht ernstlich gerechnet werden muss. Den Einkommenszufluss hindert einzig ein liquider Anspruch auf Ablieferung, dessen Durchsetzung unmittelbar bevorsteht. Diese Auffassung führt zu einer nicht gerechtfertigten Überbesteuerung, wenn wider Erwarten doch eine Einziehung erfolgt. In einem solchen Fall sind allenfalls die Voraussetzungen der Revision der ursprünglichen Veranlagung gegeben (MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 33 zu Art. 7 StHG mit weiteren Hinweisen).
8.3. Aus dem Verkauf der Y._ AG-Aktien am 23. September 2001 und am 30. Juni 2002 sind den Beschwerdeführern unbestritten insgesamt Fr. 1'724'503.-- zugeflossen. Der Einkommenszufluss war als faktischer Vorgang mit der Erlangung der wirtschaftlichen Verfügungsmacht über die zugeflossenen Vermögenswerte an den vorgenannten Daten abgeschlossen. Dieser Einkommenszufluss ist in der fraglichen Periode steuerbar, es sei denn, die Beschwerdeführer hätten bereits in diesem Zeitpunkt ernsthaft mit der Ablieferung der Geldbeträge rechnen müssen.
8.3.1. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, war dies jedoch nicht der Fall. Zwar wurde die strafrechtliche Untersuchung bereits am 8. November 2002 und somit während der massgeblichen Steuerperiode eröffnet. Die Einleitung einer strafrechtlichen Untersuchung führt jedoch keinesfalls zwingend zu einem Schuldspruch, gilt doch im schweizerischen Strafrecht die Unschuldsvermutung (Art. 10 StPO). Zudem richtete sich die Strafuntersuchung wegen mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung nicht gegen den Beschwerdeführer 1 selbst, sondern gegen den damaligen Finanzchef der X._. In dieser Sache ist im Weiteren bis heute kein rechtskräftiges Urteil ergangen, auch wenn aufgrund des Urteils 6B_430/2012 vom 8. Juli 2013 mittlerweile feststeht, dass der Beschwerdeführer 1 zumindest einen Teil des widerrechtlich erlangten Vermögensvorteils wird zurück leisten müssen. Per Ende der Steuerperiode 2002 bestand hingegen kein liquider Anspruch auf Ablieferung der durch den Verkauf der Y._ AG-Aktien erzielten Gewinne. Dass es sich anders verhalten hätte, können die Beschwerdeführer nicht belegen. Da ein Vermögensabfluss die Steuerschuld mindern würde, sind die Beschwerdeführer diesbezüglich die beweisbelastete Partei und tragen das Risiko der Beweislosigkeit (E. 1.5).
8.3.2. Die zeitliche Abgrenzung des Abflusses von Einkommen wird nach den gleichen Kriterien vorgenommen, wie die betreffend des Zuflusses. Aufwendungen fliessen somit grundsätzlich zu dem Zeitpunkt ab, in welchem die steuerpflichtige Person zur Zahlung verpflichtet ist (sog. Soll-Methode). Dies steht ebenfalls unter dem Vorbehalt, dass mit der Zahlung gerechnet werden kann. Ist dagegen die Erfüllung der Forderung besonders unsicher, wird auf den Zeitpunkt der Erfüllung des Anspruchs abgestellt (sog. Ist-Methode). Berufskosten sind somit in der Regel im Zeitpunkt der entsprechenden Rechnungsstellung abgeflossen (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 97 f. zu Art. 210 DBG). Leistet der Beschwerdeführer 1 dereinst einen Teil der zugeflossenen Vermögenswerte tatsächlich zurück, können diese Abflüsse erst zu diesem Zeitpunkt berücksichtigt werden und auch dann nur unter der Voraussetzung, dass die Aufwendungen tatsächlich in einem ausreichend engen Zusammenhang mit den streitigen Einkommenszuflüssen gestanden sind (ASA 80 140 f.). Diese Frage kann vorliegend offen bleiben.
8.3.3. Dasselbe gilt für die von den Beschwerdeführern geltend gemachten Aufwendungen in Zusammenhang mit dem Vergleich, welche zwischen dem 17. Juli 2003 und dem 21. Dezember 2005 angefallen sind. Aufgrund des soeben erwähnten Perioditätsprinzips gelten auch sie in den Steuerperioden 2001 und 2002 nicht als Einkommensabfluss. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer steht damit die Höhe des steuerbaren Erlöses aus dem Verkauf der Y._ AG-Aktien fest, weil sie für die Steuerperioden 2001 und 2002 keine der erwähnten Aufwendungen in Abzug bringen können.
II. Staats- und Gemeindesteuern
9.
Die massgebenden kantonalrechtlichen Bestimmungen (§§ 16 und 17 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 [StG/ ZH; LS 631.1]) stimmen mit denjenigen bei der direkten Bundessteuer (Art. 16 und 17 DBG) überein. In Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern ergibt sich somit kein anderes Ergebnis und es kann diesbezüglich auf die Erwägungen über die direkte Bundessteuer verwiesen werden. Demnach erweist sich die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet.
III. Kosten und Entschädigung
10.
Die unterliegenden Beschwerdeführer tragen die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_357/2014 und 2C_358/2014 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_358/2014) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_357/2014) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching