Faits :
A.
A.a. Le 1er janvier 2003, X._ et Y._ ont repris de précédents locataires le bail à loyer du 13 février 2001 intitulé " pour locaux commerciaux " et portant sur un atelier et un laboratoire au rez-de-chaussée, un appartement de trois pièces au premier étage, des combles et un garage, dans un immeuble situé à Renens. Le bail avait commencé le 1er juin 2001 et se terminait le 31 mai 2006, puis était renouvelable pour cinq ans, sauf résiliation donnée une année à l'avance et ainsi de suite de cinq ans en cinq ans. Le loyer mensuel net était de 2'540 fr. et le forfait pour le chauffage et l'eau chaude de 200 fr. Par avenant du 23 mai 2005, l'échéance a été modifiée en ce sens que, dès le 31 mai 2007, le bail peut être résilié au 31 mai de chaque année moyennant un préavis de six mois.
Il a été établi en procédure que le bail a été conclu pour un usage d'habitation, que les locaux sont aménagés en appartement et qu'aucune activité artisanale n'y est exercée.
Puis, par contrat du 1er avril 2005 et avenant du 15 décembre 2006, X._ et Z._ sont devenues seules locataires des locaux commerciaux de 138 m2 dans le même immeuble pour un loyer de 850 fr. net, auquel s'ajoute un forfait de 100 fr. pour le chauffage et l'eau chaude. Le bail est résiliable, depuis le 31 mars 2008, au 31 mars de chaque année moyennant un préavis de six mois. Par avenant du 26 novembre 2011, X._ a repris à son seul nom ce bail du 1er avril 2005.
Par contrat de la même date, les prénommées bénéficient d'une place de parc. Par la suite, Y._ a conclu oralement un contrat de bail pour une seconde place de parc.
La cour cantonale a constaté que la surface totale des locaux de l'immeuble correspond à 495 m2, soit 357 m2 pour les locaux aménagés en appartement (dont 125 m2 au rez-de-chaussée, 123 m2 au premier étage et 109 m2 dans les combles) et 138 m2 pour les locaux commerciaux.
A.b. La société A._ SA occupe pour son activité des locaux commerciaux à Lausanne, comprenant deux surfaces de bureaux de 47 m2 chacun, soit 94 m2 et un dépôt de 45 m2.
Ses baux étaient de durée déterminée. Elle aurait eu la possibilité d'exercer un droit d'option pour une reconduction pour une nouvelle période de cinq ans, droit qu'elle n'a pas exercé. Ses baux ont ainsi pris fin, le premier le 31 mars 2012 et le second le 30 novembre 2013. Le 25 janvier 2012, elle a déposé une requête de prolongation du bail.
La société A._ SA a acheté l'immeuble loué aux locataires précités et en est devenue propriétaire le 12 novembre 2013.
A.c. Moins de 10 jours plus tard, les 20 et 21 novembre 2013, A._ a communiqué aux locataires des résiliations ordinaires: le bail du 13 février 2001 a été résilié pour le 31 mai 2014, le bail du 1er avril 2005 pour le 31 mars 2015, le bail de la première place de parc pour le 31 mars 2014 et le bail de la seconde place de parc pour le 31 mai 2014.
Lors d'une entrevue avec les locataires le 29 novembre 2013, puis par courrier du 20 décembre 2013, la bailleresse a motivé les résiliations par son besoin urgent de récupérer les locaux loués dans le but d'y installer ses propres bureaux et dépôts d'archives.
B.
Les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de l'ouest lausannois d'une action en contestation des résiliations et, subsidiairement, en prolongation des baux.
Les propositions de jugement rendues par la Commission ayant fait l'objet d'oppositions de la part de la bailleresse, celle-ci s'est vu délivrer quatre autorisations de procéder.
La bailleresse a déposé sa demande devant le Tribunal des baux le 16 avril 2014, concluant en substance à la validité de toutes les résiliations qu'elle avait signifiées, à ce qu'aucune prolongation de bail ne soit accordée et à ce que les locataires soient condamnés à quitter les lieux.
Les locataires ont conclu au rejet de la demande et, subsidiairement, ont requis une prolongation maximale de leurs contrats de bail.
Le tribunal des baux a tenu une première audience le 3 septembre 2014, puis une seconde le 10 octobre 2014 et a procédé à une inspection des locaux.
Le tribunal des baux a annulé les résiliations de bail du 20 et 21 novembre 2013. Il a considéré en substance que la bailleresse avait notifié des résiliations ordinaires et que le besoin urgent des locaux invoqué par la bailleresse n'avait pas été rendu vraisemblable, que la résiliation qui lui avait été notifiée pour les locaux qu'elle-même occupait à Lausanne avait été signifiée il y a longtemps de sorte que tout portait à croire qu'un bail tacite avait été conclu.
Statuant le 9 octobre 2015, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel de la bailleresse et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 11 janvier 2016, concluant en substance à la validité des résiliations ordinaires des quatre contrats de bail, au refus de toute prolongation et à ce que les locataires soient condamnés à quitter les lieux dès l'entrée en force de l'arrêt. Elle invoque la violation des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF et celle de l'art. 271 al. 1 CO.
Les locataires intimés ont conclu au rejet du recours.
Chaque partie a encore déposé des observations.
Considérant en droit :
1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire de bail (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.
Dès lors qu'il résulte des constatations de fait que Z._ n'est plus cotitulaire du bail des locaux commerciaux à partir du 1er janvier 2012, elle n'a plus la qualité pour agir en contestation de la résiliation de ce bail.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 265; 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
2.2. Le recours en matière civile est recevable notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF). Il n'examine en principe que les questions soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Les parties ne peuvent s'en prendre qu'à elles-mêmes si elles abandonnent un grief ou y renoncent (ATF 140 III 86 consid. 2; arrêts 5A_621/1013 du 20 novembre 2014 consid. 2, non publié aux ATF 141 III 53; 5F_1/2014 du 18 février 2014 consid. 3.3 et 4A_132/2014 du 2 juin 2014 consid. 1). Le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
3.
3.1. Lorsque le bail est de durée indéterminée, ce qu'il est lorsqu'il contient une clause de reconduction tacite, chaque partie est en principe libre de résilier le contrat pour la prochaine échéance convenue en respectant le délai de congé prévu (cf. art. 266a al. 1 CO; ATF 140 III 496 consid. 4.1; 138 III 59 consid. 2.1). Le bail est en effet un contrat qui n'oblige les parties que jusqu'à l'expiration de la période convenue; au terme du contrat, la liberté contractuelle renaît et chacun a la faculté de conclure ou non un nouveau contrat et de choisir son cocontractant (arrêts 4A_484/2012 du 28 février 2013 consid. 2.3.1; 4A_167/2012 du 2 août 2012 consid. 2.2; 4A_735/2011 du 16 janvier 2012 consid. 2.2). La résiliation ordinaire du bail ne suppose pas l'existence d'un motif de résiliation particulier (art. 266a al. 1 CO), et ce même si elle entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (ATF 138 III 59 consid. 2.1 p. 62; 141 III 496 consid. 4.1). En principe, le bailleur est donc libre de résilier le bail du locataire pour des motifs économiques (ATF 136 III 190 consid. 2; 120 II 105 consid. 3b/bb). Le fait que le nouveau propriétaire ait la faculté de résilier le bail de manière anticipée s'il fait valoir un besoin urgent pour lui-même ou ses proches parents ou alliés (résiliation extraordinaire) en vertu de l'art. 261 al. 2 let. a CO ne le prive pas du droit de résilier le bail de manière ordinaire pour le même motif.
3.2. La seule limite à la liberté contractuelle des parties découle des règles de la bonne foi: lorsque le bail porte sur une habitation ou un local commercial, le congé est annulable lorsqu'il contrevient aux règles de la bonne foi (art. 271 al. 1 CO; cf. également art. 271a CO; ATF 140 III 496 consid. 4.1; 138 III 59 consid. 2.1; arrêt 4A_290/2015 du 9 septembre 2015 consid. 4.1).
La protection conférée par les art. 271 s. CO procède à la fois du principe de la bonne foi (art. 2 al. 1 CC) et de l'interdiction de l'abus de droit (art. 2 al. 2 CC).
Les cas typiques d'abus de droit (art. 2 al. 2 CC), à savoir l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, la disproportion grossière des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement et l'attitude contradictoire, permettent de dire si le congé contrevient ou non aux règles de la bonne foi au sens de l'art. 271 al. 1 CO (ATF 120 II 105 consid. 3 p. 108; sur les cas typiques d'abus de droit: ATF 135 III 162 consid. 3.3.1 p. 169). Il n'est toutefois pas nécessaire que l'attitude de la partie donnant congé à l'autre constitue un abus de droit " manifeste " au sens de l'art. 2 al. 2 CC (ATF 136 III 190 consid. 2; 135 III 112 consid. 4.1; 120 II 31 consid. 4a, 105 consid. 3 p. 108). Ainsi, le congé doit être considéré comme abusif lorsqu'il ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux et digne de protection (ATF 135 III 112 consid. 4.1). Tel est le cas lorsque le congé apparaît purement chicanier, lorsqu'il est fondé sur un motif qui ne constitue manifestement qu'un prétexte ou lorsque sa motivation est lacunaire ou fausse (ATF 140 III 496 consid. 4.1; 136 III 190 consid. 2; 135 III 112 consid. 4.1).
Les règles de la bonne foi (art. 2 al. 1 CC) qui régissent le rapport de confiance inhérent à la relation contractuelle permettent aussi d'obtenir l'annulation du congé si le motif sur lequel il repose s'avère incompatible avec elles (ATF 120 II 105 consid. 3a).
Le but de la règlementation des art. 271 s. CO est uniquement de protéger le locataire contre des résiliations abusives. Un congé n'est pas contraire aux règles de la bonne foi du seul fait que la résiliation entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (ATF 140 III 496 consid. 4.1) ou que l'intérêt du locataire au maintien du bail paraît plus important que celui du bailleur à ce qu'il prenne fin (arrêts 4A_297/2010 du 6 octobre 2010 consid. 2.2; 4A_322/2007 du 12 novembre 2007 consid. 6). Pour statuer sur la validité d'un congé, il ne faut pas procéder à la pesée entre l'intérêt du bailleur à récupérer son bien et celui du locataire à rester dans les locaux; cette pesée des intérêts n'intervient que dans l'examen de la prolongation du bail (arrêt 4A_484/2012 précité consid. 2.3.1 et les arrêts cités).
3.3. Le congé ordinaire donné par le bailleur pour pouvoir occuper lui-même l'habitation ou les locaux commerciaux n'est donc annulable que s'il se révèle incompatible avec les règles de la bonne foi au sens des art. 271 s. CO (arrêt 4A_300/2010 du 2 septembre 2010 consid. 5).
3.3.1. Le besoin du bailleur d'occuper lui-même les locaux se rapproche beaucoup de la notion de besoin propre et urgent du bailleur lui-même ou de l'un de ses proches parents ou alliés (ci-après, en raccourci: le besoin propre et urgent du bailleur) que l'on trouve aux art. 261 al. 2 let. a, 271a al. 3 let. a et 272 al. 2 let. d CO (arrêt 4A_447/2015 du 31 mars 2016 consid. 5.2.1 destiné à la publication). Lorsqu'il s'agit d'examiner si la résiliation ordinaire signifiée par le bailleur viole les règles de la bonne foi, on peut appliquer les principes dégagés par la jurisprudence dans ces trois contextes sur la notion de besoin propre et urgent.
Il sied toutefois de rappeler que cette notion ne joue pas le même rôle dans les trois dispositions légales. Aux art. 261 al. 2 let. a et 271a al. 3 let. a CO, le besoin propre et urgent influe sur la validité de la résiliation, alors qu'à l'art. 272 al. 2 let. d CO, il n'est qu'un intérêt parmi d'autres - du bailleur - que le juge doit mettre en balance (pesée des intérêts) avec celui du locataire pour statuer sur la prolongation du bail (arrêt 4A_447/2015 déjà cité consid. 5.2.1).
3.3.2. Selon la jurisprudence, le besoin du bailleur doit être propre, c'est-à-dire que l'utilisation des locaux doit lui être nécessaire pour lui-même ou pour l'un de ses proches parents ou alliés. Un motif simulé, invoqué abusivement, n'est évidemment pas suffisant (4A_447/2015 déjà cité consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
Lorsque le bailleur de locaux commerciaux est une personne morale, son intérêt se concentre dans la réalisation de son but social, à l'exclusion de celui de ses actionnaires. Celle-ci justifie en tout cas d'un besoin propre si elle entend utiliser elle-même les locaux pour son activité économique à ses risques et profits, conformément à son but social. Il importe peu que cette utilisation personnelle par la personne morale nécessite préalablement la transformation du bâtiment, voire la démolition de celui-ci et la construction d'un nouveau bâtiment (cf. ATF 135 III 121, dans lequel un besoin propre a été admis alors que le propriétaire entendait démolir le bâtiment - abritant un atelier de carrosserie et de réparation d'automobiles - pour réaliser un projet de nouvelles infrastructures - en l'occurrence ferroviaires). Il importe peu également que son besoin propre s'étende à l'ensemble du (nouveau) bâtiment ou seulement à une partie de celui-ci (4A_447/2015 déjà cité consid. 5.2.2.2 et les références citées).
Le juge décide si le nouveau propriétaire a un besoin propre en tenant compte de toutes les circonstances pertinentes du cas particulier au moment de la résiliation (4A_447/2015 déjà cité consid. 5.2.2.3).
3.4. En matière de résiliation ordinaire, le motif de la résiliation revêt aussi une importance décisive: le congé doit être motivé si l'autre partie le demande (art. 271 al. 2 CO) et une motivation lacunaire ou fausse est un indice d'une absence d'intérêt digne de protection à la résiliation (ATF 138 III 59 consid. 2.1 p. 59 et les arrêts cités).
3.4.1. Pour décider de la validité d'un congé ordinaire, il faut donc en premier lieu connaître le motif réel de ce congé. Cette détermination est une constatation de fait (ATF 131 III 535 consid. 4.3. p. 540; 130 III 699 consid. 4.1. p. 702; arrêt 4A_476/2015 du 11 janvier 2016 consid. 5.1), que le Tribunal fédéral ne corrige que si elle est arbitraire (art. 97 al. 1 LTF en relation avec l'art. 9 Cst.; cf. supra consid. 2.1). Si le bailleur fournit un faux motif à l'appui de la résiliation et qu'il n'est pas possible d'en établir le motif réel, il faut en déduire que le congé ne repose sur aucun motif sérieux ou en tout cas sur aucun motif légitime et avouable, ce qui justifie son annulation (ATF 125 III 231 consid. 4b p. 240; 4A_241/2010 du 10 août 2010 consid. 2.3; 4A_64/2010 du 29 avril 2010 consid. 2.3).
Pour en juger, le juge doit se placer au moment où la résiliation a été notifiée (ATF 140 III 496 consid. 4.1; 138 III 59 consid. 2.1 p. 61 s. et les arrêts cités).
3.4.2. Contrairement à ce qui prévaut lorsque le bailleur résilie le bail de manière anticipée - cas dans lequel le fardeau de la preuve de son besoin propre incombe au bailleur (4A_447/2015 déjà cité consid. 5.2.4) -, il appartient au locataire, qui est le destinataire de la résiliation, de supporter les conséquences de l'absence de preuve d'un congé contraire aux règles de la bonne foi. Le bailleur qui résilie et qui doit motiver le congé a toutefois le devoir de collaborer loyalement à la manifestation de la vérité en fournissant tous les éléments en sa possession nécessaires à la vérification du motif invoqué par lui (ATF 135 III 112 consid. 4.1. p. 119; 120 II 105 consid. 3c p. 111).
4.
4.1. En l'espèce, la cour cantonale a retenu que la bailleresse avait notifié des résiliations ordinaires des baux portant tant sur le logement que sur les locaux commerciaux et les places de parc, et non des résiliations anticipées en application de l'art. 261 al. 2 let. a CO, même si celles-ci sont intervenues moins de 10 jours après que l'acquéresse soit devenue propriétaire de l'immeuble, plus précisément après son inscription au registre foncier, l'inscription au journal étant déterminante. Ce point n'a pas été contesté.
4.2. La cour cantonale a aussi constaté que la bailleresse a invoqué comme motif de résiliation ordinaire son besoin propre d'utiliser les locaux en question pour exercer son activité, parce que les baux des locaux qu'elle occupe à Lausanne ont pris fin au 31 mars 2012 et au 30 novembre 2013 et qu'elle les occupe depuis sans droit. Elle a toutefois considéré que ce motif n'était pas réel et qu'elle ignorait quel était le réel motif, pour trois raisons: en substance, parce que la bailleresse n'avait pas besoin de locaux aussi vastes, parce que les locaux litigieux nécessiteraient des transformations pour pouvoir être utilisés par elle et parce qu'elle occupe toujours les locaux de Lausanne.
Cette motivation ne peut être suivie car elle viole le droit fédéral.
Non seulement le fait que la nouvelle propriétaire bailleresse ait jusqu'ici occupé des locaux de 94 m2 et un dépôt de 45 m2 alors que les locaux qu'elle a achetés ont une surface totale de 495 m2, mais aussi la circonstance que des travaux de transformation de ceux-ci sont nécessaires pour qu'elle puisse les utiliser, ne sont pas pertinents. En effet, conformément à la jurisprudence sus-rappelée, il importe peu que la personne morale qui entend utiliser elle-même les locaux achetés pour son activité économique, à ses risques et profits, conformément à son but social, puisse les utiliser comme tels ou doive préalablement les transformer, voire les démolir et les reconstruire avant de pouvoir les utiliser.
Elle n'a pas non plus à démontrer avoir besoin de l'ensemble du nouveau bâtiment ou seulement d'une partie de celui-ci pour ses besoins propres. C'est donc à tort que la cour cantonale lui a reproché de n'avoir pas apporté la preuve qu'elle aurait besoin de locaux plus vastes, en produisant des pièces comptables attestant de l'augmentation de son volume d'affaires et confirmant la nécessité d'engager du personnel supplémentaire.
C'est également à tort que la cour cantonale a nié son besoin propre d'utiliser les locaux au motif que ceux-ci ne sont pas, en l'état, adaptés aux activités envisagées et qu'elle devrait pour les occuper réaliser des travaux pour les transformer en bureaux, puisque les locaux commerciaux exploités par la locataire sont des pièces donnant au nord et semi-enterrées, ne disposant que de petites fenêtres en haut et donc très sombres, que la grande salle est dotée de fenêtres en verre dépoli sur leur partie inférieure, et donc peu éclairée, ce qui l'obligerait à remplacer les vitres et abattre des murs, travaux qu'elle n'a ni allégués, ni n'a démontré avoir envisagés ou planifiés.
Enfin, la cour cantonale a constaté que la bailleresse, qui était au bénéfice de baux de durée déterminée sur les locaux qu'elle occupait, disposait d'un droit d'option pour une reconduction pour une nouvelle période de cinq ans, qu'elle ne l'a pas exercé, mais a ouvert une action en prolongation du bail, qui lui a été refusée, de sorte que ses baux ont pris fin le 31 mars 2012 et le 30 novembre 2013. En tant que la cour cantonale a considéré que la bailleresse occupe toujours les locaux en question et qu'elle n'a produit des factures pour occupation illicite que pour les années 2014 et 2015, mais n'en a pas produit pour 2012 et 2013, elle se base à nouveau sur un fait non pertinent: le fait que la bailleresse puisse négocier avec son précédent bailleur de pouvoir rester plus longtemps dans les locaux actuels ou même qu'elle puisse trouver d'autres locaux que ceux qu'elle a achetés ne démontre en rien une attitude contraire à la bonne foi. L'acquéreur qui a investi dans l'achat d'un immeuble a un intérêt évident à pouvoir l'occuper personnellement plutôt que devoir chercher à louer d'autres locaux ailleurs.
En se basant ainsi sur des éléments non pertinents, la cour cantonale a violé le droit fédéral, de sorte que sa constatation selon laquelle la bailleresse avait fourni un faux motif à l'appui des résiliations et qu'il n'était pas possible d'établir son motif réel ne repose sur rien.
4.3. Il ressort au contraire des faits constatés que les baux des locaux occupés actuellement par la bailleresse ont pris fin les 31 mars 2012 et 30 novembre 2013 et que celle-ci a acheté l'immeuble en question - dans lequel elle entend exercer son activité - le 12 novembre 2013. Dès lors que son besoin propre des locaux n'est pas contesté en tant que tel, cela suffit pour admettre que les résiliations ordinaires qu'elle a signifiées à ses locataires ne sont pas contraires à la bonne foi.
Contrairement à ce que soutiennent les locataires intimés, on ne saurait déduire du fait que la bailleresse a renoncé à résilier le bail de manière anticipée et a signifié une résiliation ordinaire, que son besoin propre et " urgent " d'utiliser les locaux serait faux et contreviendrait aux règles de la bonne foi, ni qu'il y aurait une contradiction à invoquer un besoin propre et à choisir la résiliation ordinaire.
Contrairement à ce que soutiennent les intimés, le fait que la nouvelle propriétaire préfère occuper les locaux qu'elle vient d'acquérir plutôt que d'exercer son droit d'option pour une nouvelle période sur les locaux qu'elle utilisait alors n'est pas un élément déterminant pour juger de la validité du motif du besoin propre. Comme on l'a vu, la question de savoir si la bailleresse a besoin de locaux aussi grands et s'ils nécessitent des transformations est non pertinente pour juger de la validité de la résiliation. Quant au fait qu'elle pourrait rester plus longtemps dans ses locaux actuels, il ne peut jouer de rôle que dans la pesée des intérêts que le juge devra opérer pour statuer sur la prolongation du bail (art. 273 al. 5 CO).
D'ailleurs, les intimés eux-mêmes admettent qu'au moment de la résiliation des baux les 20 et 21 novembre 2013, l'intimée n'utilisait pas les locaux commerciaux, dont elle avait sous-loué la plus grande partie, locaux qu'elle entendait redisposer à partir de fin août 2014.
Ensuite, contrairement à ce que semblent penser la cour cantonale et les intimés, dès lors que la bailleresse entend utiliser elle-même les locaux, la jurisprudence applicable aux projets de rénovation et de vastes transformations est sans pertinence: en effet, la présentation de projets concrets exigée dans ces cas a pour but de permettre aux locataires de déterminer s'ils peuvent rester durant les travaux ou si ces travaux nécessitent qu'ils quittent les lieux.
Enfin, dans leur réponse, les locataires ne soutiennent pas ou plus que les locaux litigieux pourraient être transformés en bureaux, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner si le besoin propre invoqué est compatible avec les règles du droit administratif, la preuve de l'impossibilité objective du projet de la bailleresse incombant d'ailleurs aux locataires. La validité du congé ne suppose d'ailleurs pas que les autorisations de transformer aient déjà été obtenues, ni que les documents dont elles dépendent aient été déposés (arrêt 4A_210/2014 du 17 juillet 2014 consid. 3.1 et les arrêts cités).
4.4. Force est dès lors de constater que la bailleresse a prouvé son besoin propre et que les locataires, à qui incombait le fardeau de la preuve (cf. supra consid. 3.4.2), n'ont pas démontré que les résiliations ordinaires signifiées pour ce motif seraient contraires à la bonne foi.
5.
Il s'ensuit que les résiliations de bail notifiées les 20 et 21 novembre 2013 aux locataires sont valables. La cause sera retournée à la cour cantonale pour examen et décision sur la prolongation du bail (art. 273 al. 5 CO), le besoin propre et urgent de la bailleresse devant être pris en compte comme un des éléments de la pesée des intérêts du bailleur d'une part et des locataires d'autre part (cf. supra consid. 3.3.1). Contrairement à ce que pense la recourante, en l'absence de toute constatation de fait à cet égard, le Tribunal fédéral n'est pas en mesure de statuer.
Les frais de la procédure sont mis à la charge des intimés X._ et Y._, qui succombent (art. 66 al. 1 LTF), l'intimée Z._ n'étant partie à la procédure que pour la place de parc, soit un point très accessoire. Les intimés précités verseront solidairement une indemnité de dépens à la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour instruction et décision sur la prolongation des baux.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des intimés X._ et Y._.
3. Les intimés X._ et Y._, débiteurs solidaires, verseront à la recourante une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 26 août 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget