Faits :
A.
Le 11 mai 2011, B._ et A._ (ci-après: les locataires) ont conclu un contrat de bail avec la société C._ SA (ci-après: la bailleresse).
Le bail portait sur un appartement de 3 pièces situé au 4e étage de la rue... à Lausanne (comprenant un hall d'entrée, une cuisine agencée/équipée, deux chambres à coucher, un séjour et une salle de bains WC), d'une surface approximative de 65 m2, pour un loyer mensuel de 1'380 fr. - correspondant à celui payé par le précédent locataire -, plus 230 fr. d'acompte de chauffage, d'eau chaude et de frais accessoires. Il entrait en vigueur dès le 1er juillet 2011, était conclu pour une durée initiale de douze mois et se renouvelait d'année en année sauf avis de résiliation donné par l'une des parties au moins trois mois à l'avance.
Il a été retenu que l'immeuble dans lequel se trouve le logement a été construit en 1920, que la Société Immobilière D._ SA en était propriétaire, que, par acte de transfert du 27 mars 2001, cette société a transféré l'immeuble à son actionnaire unique, la société C._ SA. Il a également été constaté que le prix de 1'475'000 fr. mentionné dans l'acte de transfert n'est pas le prix effectif convenu entre les parties, mais qu'il y figure uniquement parce que l'administration cantonale des impôts avait arrêté la valeur de transfert de l'immeuble à cette somme.
Il a été établi que si la bailleresse n'a pas remis les documents comptables qui auraient permis de fixer le prix réel d'acquisition, c'est parce qu'elle ne disposait pas de ces pièces, sans qu'on puisse lui imputer cette carence.
Les locataires ont pris possession de l'appartement le 1er juillet 2011.
B.
B.a. Le 11 juillet 2011, les locataires ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de Lausanne d'une requête tendant à remettre en cause le loyer initial et à obtenir le remboursement des loyers perçus en trop par la bailleresse. Les locataires, qui fondent leurs calculs sur le prix mentionné dans l'acte de transfert, sont d'avis que le rendement de la chose louée est excessif.
La conciliation ayant échoué, la Commission de conciliation a formulé une proposition de jugement fixant le loyer mensuel à 1'282 fr. Les locataires y ayant fait opposition, la Commission de conciliation leur a délivré une autorisation de procéder.
Par " demande en contestation de loyer initial " du 3 novembre 2011 adressée au Tribunal des baux et dirigée contre la bailleresse, les locataires, considérant le loyer comme abusif, ont conclu à ce qu'il soit " diminué d'un montant que justice dira ", à ce que le trop-perçu leur soit rétrocédé par la bailleresse et à ce que la garantie de loyer de 4'140 fr. soit réduite en conséquence.
La bailleresse a conclu au rejet de la demande, à ce qu'il soit dit que l'avis de fixation de loyer (datant du 11 mai 2011) est pleinement valable et que le loyer soit fixé à 1'380 fr. par mois dès le 1er juillet 2011, plus les charges mensuelles de 230 fr.
Lors de l'audience du Tribunal des baux du 29 mars 2012, les demandeurs ont précisé leurs conclusions en ce sens que le loyer initial du bail de leur appartement soit fixé à 500 fr.
Par jugement du 29 mars 2012, le Tribunal des baux a fixé le loyer initial mensuel net des demandeurs à 600 fr., octroyé à ceux-ci la restitution des loyers payés en trop à hauteur de 7'020 fr. et réduit la garantie de loyer à 1'800 fr.
B.b. Par arrêt du 13 novembre 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal a admis l'appel interjeté par la bailleresse, annulé le jugement entrepris et renvoyé la cause aux premiers juges, au motif que ceux-ci avaient violé le droit d'être entendu de la bailleresse. Elle a également signalé que le montant articulé par les locataires paraissait déraisonnable et que le loyer de 600 fr. retenu par l'autorité inférieure ne correspondait pas, selon l'expérience générale, à un loyer usuel pour un appartement de 3 pièces au centre de Lausanne.
B.c. Devant le Tribunal des baux, les locataires ont notamment conclu à ce que leur loyer initial net soit fixé à 519 fr. par mois dès le 1er juillet 2011.
Par jugement du 6 février 2014, le Tribunal des baux a fixé le loyer initial mensuel net de l'appartement à 520 fr., condamné la bailleresse à restituer aux locataires la somme de 27'520 fr. et réduit le montant de la garantie de loyer à 1'560 fr.
B.d. Par arrêt du 2 mars 2015, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal a admis l'appel formé par la bailleresse et, statuant à nouveau, rejeté la demande des locataires, fixé le loyer initial à 1'380 fr., plus les charges mensuelles de 230 fr.
C.
Les locataires exercent un recours en matière civile contre l'arrêt cantonal du 2 mars 2015. Ils concluent à sa réforme en ce sens que l'appel soit rejeté et que le jugement rendu le 6 février 2014 par le Tribunal des baux soit confirmé; subsidiairement, ils se bornent à demander l'annulation de ce jugement. Les recourants invoquent l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits; ils reprochent à l'autorité précédente de n'avoir pas tenu compte - pour établir le prix réel d'acquisition de l'immeuble - de la valeur retenue par l'autorité fiscale, et d'avoir nié l'existence d'un loyer abusif, alors même que la bailleresse a toujours refusé de produire les pièces comptables indispensables à l'établissement de la valeur d'acquisition.
La bailleresse conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement, à son rejet.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté par les locataires demandeurs qui ont succombé dans leurs conclusions (art. 76 LTF) tendant à faire fixer judiciairement le loyer initial (art. 72 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
2.
La cour cantonale a retenu que l'immeuble a été acquis par la bailleresse en 2001 et que, pour déterminer si le loyer initial est abusif au sens des art. 269 et 269a CO, il convient d'analyser le rendement net obtenu par la bailleresse, ce qui nécessite d'avoir connaissance des fonds propres investis par celle-ci. L'autorité précédente observe que la " valeur de transfert " de l'immeuble en 2001, arrêtée par l'administration cantonale des impôts à 1'475'000 fr., ne représente pas le prix réel d'acquisition de l'immeuble, mais seulement une valeur fiscale. Cette valeur, qui n'a pas été convenue entre les parties, ne peut être prise en compte pour effectuer un calcul de rendement. L'état locatif de l'immeuble représentant 191'851 fr. en 2002, la prise en compte de la valeur fiscale aurait d'ailleurs pour conséquence de produire un rendement de 14%, ce qui confirme que cette valeur ne correspond pas à un prix d'acquisition réel.
Dans une motivation subsidiaire (" au surplus "), la cour cantonale signale encore que le fait que l'immeuble était grevé, à la date du transfert, de deux cédules hypothécaires et qu'une troisième cédule a été inscrite en 2010, laisse penser que le financement ne s'est pas fait que par des fonds propres, même si l'on ignore le montant des intérêts hypothécaires en 2001.
Contrairement à l'opinion des premiers juges, la cour cantonale considère qu'on ne peut sanctionner la bailleresse - qui n'a pas remis les documents comptables relatifs aux années 2001 à 2004 qui auraient permis de fixer le prix réel d'acquisition - pour défaut de collaboration. Elle constate en effet que la bailleresse était dans l'impossibilité de démontrer quel était ce prix, notamment parce qu'elle ne disposait d'aucun document en mesure de l'établir, sans que l'on puisse lui reprocher cette carence.
Le calcul de rendement n'étant pas possible et les locataires n'ayant pas produit de loyers comparatifs probants, ni le moindre élément statistique faisant apparaître le loyer précédent comme abusif, la cour cantonale s'en est tenue au montant du précédent loyer, les conclusions des locataires apparaissant manifestement déraisonnables. A cet égard, elle relève que le précédent loyer n'apparaît pas excessif selon l'expérience générale, étant précisé que les statistiques produites (par la bailleresse) - qui arrêtent à 1'213 fr. le loyer moyen d'un appartement de 3 pièces à Lausanne - ne constituent pas un élément de preuve sérieux donnant à penser que le loyer initial serait abusif; la cour cantonale relève en effet qu'il s'agit de " statistiques toutes générales sur l'ensemble de la commune " et que le loyer par m2 au centre-ville de Lausanne se situe au-dessus de la moyenne communale.
3.
3.1. Aux termes de l'art. 270 al. 1 CO, " lorsque le locataire estime que le montant du loyer initial est abusif au sens des art. 269 et 269a, il peut le contester devant l'autorité de conciliation dans les 30 jours qui suivent la réception de la chose et en demander la diminution ", notamment (cf. let. a) s'il a été contraint de conclure le bail en raison de la situation sur le marché local du logement (ce dernier point n'étant pas discuté).
3.1.1. En vertu de l'art. 269 CO, le loyer est abusif lorsqu'il permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée. Est ici visé le rendement net des fonds propres investis. Ce rendement correspond au rapport entre les revenus nets que procure la chose louée au bailleur, après déduction de toutes les charges, et les fonds propres investis. Le loyer doit d'une part offrir un rendement raisonnable par rapport aux fonds propres investis et d'autre part couvrir les charges immobilières (ATF 141 III 245 consid. 6.3 et les références citées).
Le calcul du rendement net relève de la méthode absolue, où le loyer est contrôlé sur la base de la situation financière de l'immeuble à un moment donné, sans égard aux accords antérieurs. Globalement, il implique de déterminer les coûts d'investissement financés par les fonds propres (principalement le prix d'acquisition de l'immeuble) et d'appliquer à ces investissements un taux de rendement admissible, qui se définit par le taux d'intérêt hypothécaire de référence augmenté de 0,5 pour cent. Il convient d'y ajouter les charges immobilières annuelles, soit les charges financières (en particulier les intérêts hypothécaires dus sur les emprunts), les charges courantes (impôt, prime d'assurance, etc.) et les charges d'entretien (ATF 141 III 245 consid. 6.3).
3.1.2. Il n'est pas possible de substituer aux coûts d'investissement d'autres valeurs, plus ou moins abstraites, telles que la valeur vénale de l'immeuble, sa valeur fiscale ou sa valeur d'assurance-incendie, celles-ci se référant à des valeurs objectives liées au marché et non aux coûts concrets (individuels) liés à l'acquisition de l'immeuble (ATF 122 III 257 consid. 3b p. 259 s.).
3.1.3. Pour fixer le loyer initial, le juge dispose d'une grande marge d'appréciation (cf. art. 4 CC). Le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec retenue la décision qu'il prend à cet égard (arrêt 4A_517/2014 du 2 février 2015 consid. 5.1.2 et l'arrêt cité), ce qui équivaut pratiquement à examiner cette décision sous l'angle restreint de l'arbitraire (ATF 136 I 178 consid. 5.2 p. 180).
3.2. Il appartient au locataire qui conteste le loyer initial d'apporter la preuve que le loyer convenu procure au bailleur un rendement excessif. Mais, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui n'a pas la charge de la preuve (soit le bailleur) doit néanmoins collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'elle est seule à détenir (arrêts 4A_250/2012 du 28 août 2012 consid. 2.3 et les arrêts cités).
3.2.1. Si, sur la base des documents remis par les parties, le rendement net peut être établi, c'est exclusivement en fonction de ce critère qu'il convient de déterminer si le loyer examiné est abusif au sens de l'art. 269 CO (prééminence de principe du critère du rendement excessif: arrêt 4A_276/2011 du 11 octobre 2011 consid. 5 publié in JdT 2012 II 113).
3.2.2. Si aucun document n'est remis au juge, ou si les pièces fournies sont insuffisantes pour établir le rendement net, le juge doit néanmoins statuer sous peine de commettre un déni de justice (arrêt 4A_250/2012 déjà cité consid. 2.4, publié in SJ 2013 I p. 49) (cf. infra consid. 3.3).
3.3. Dans cette dernière hypothèse, soit lorsque les pièces à disposition du juge ne permettent pas de déterminer le rendement net, il faut distinguer selon que l'on peut ou non imputer cette carence au bailleur (cf. arrêt 4A_129/2008 du 10 juin 2008 consid. 2.2; ANDREAS MAAG, Urteil des Bundesgerichts 4A_129/2008 vom 10. Juni 2008, MRA 4/2008 p. 149; PATRICIA DIETSCHY, in Droit du bail à loyer, Bohnet/Montini (éd.), 2010, no 64 ad art. 270 CO).
3.3.1. Dans le premier cas (le bailleur refuse ou néglige de produire les pièces comptables en sa possession, sans aucune justification), le bailleur viole son obligation de collaboration. De nature procédurale, celle-ci ne touche pas au fardeau de la preuve et n'implique pas un renversement de celui-ci. C'est dans le cadre de l'appréciation des preuves - contrôlée par le Tribunal fédéral sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.) - que le juge tirera les conséquences d'un refus de collaborer à l'administration de la preuve (arrêt 4A_576/2008 du 19 février 2009 consid. 2.4; cf. arrêt 4A_257/2014 du 29 septembre 2014 consid. 3.5 et les références citées, publié in sic! 1/2015 p. 37) :
a) En l'absence de tout autre élément de preuve, le refus du bailleur peut avoir pour conséquence de convaincre le juge de la fausseté complète ou partielle de ses allégations et, par conséquent, d'amener le juge à croire les indications de l'autre partie, sans qu'il soit, au demeurant, question d'un quelconque renversement du fardeau de la preuve (cf. arrêt 5A_81/2011 du 23 septembre 2011 consid. 6.1.3 et les arrêts cités; sous l'angle de l'art. 269 CO, cf. arrêt 4P.201/2005 du 18 janvier 2006 consid. 2.4.1).
b) Si, par contre, le juge dispose de données statistiques cantonales ou communales, il ne peut se contenter de tirer les conséquences du refus du bailleur, mais il doit faire intervenir ces données dans le cadre de l'appréciation globale des preuves. Ces statistiques, même si elles ne sont pas suffisamment différenciées au sens de l'art. 11 al. 4 OBLF, constituent, faute de mieux, un repère objectif pouvant être pris en compte pour fixer le loyer admissible; le cas échéant, il s'agira de pondérer les chiffres figurant dans ces statistiques en fonction des caractéristiques concrètes de l'appartement litigieux (arrêt 4A_3/2001 du 28 février 2011 consid. 5), en fonction du montant du loyer payé par le précédent locataire (cf. 4A_576/2008 déjà cité consid. 2.5), ou de l'expérience du juge (arrêt 4A_517/2014 déjà cité consid. 5.1.2).
3.3.2. Dans le second cas (le bailleur justifie le défaut de production), l'attitude du bailleur n'est pas prise en compte. Dans le cadre de l'appréciation des preuves, il s'agit exclusivement de tenir compte des statistiques qui, faute de mieux, permettront d'établir le loyer admissible, le cas échéant, en pondérant les chiffres en fonction des caractéristiques concrètes de l'appartement litigieux, en fonction du montant du loyer payé par le précédent locataire, ou de l'expérience du juge (cf. supra consid. 3.3.1 dernier paragraphe).
4.
Il convient maintenant de déterminer, sur la base des principes qui viennent d'être rappelés (cf. supra consid. 3), si la cour cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation (soit globalement, pour simplifier, si elle a sombré dans l'arbitraire) (cf. supra consid. 3.1.3) en s'en tenant au montant du loyer payé par le précédent locataire.
4.1. En l'occurrence, la cour cantonale a retenu que la société défenderesse ne disposait d'aucun document en mesure d'établir le prix réel d'acquisition, sans que l'on puisse lui imputer cette carence. Elle en infère qu'on ne peut sanctionner la société pour son manque de collaboration.
La bailleresse ayant l'obligation de conserver les livres et les pièces comptables durant dix ans (art. 958f al. 1 CO), on pourrait, pour autant que les recourants l'aient valablement motivé, s'interroger sur la conclusion de la cour précédente selon laquelle on ne peut rien reprocher à la bailleresse (qui n'est pas en possession des pièces comptables) et, partant, se demander si celle-ci a valablement justifié son défaut de production.
En l'espèce, cette question peut rester ouverte puisque, comme on va le voir, la cour cantonale n'a pas sombré dans l'arbitraire en confirmant le loyer fixé par le bailleur le 11 mai 2011, et ce même si on considère, par hypothèse, que celui-ci devait, à défaut d'une justification valable, remettre au juge les pièces comptables nécessaires au calcul du rendement net (cf. supra consid. 3.3.1).
4.2. En l'occurrence, force est de constater que les juges précédents disposaient de statistiques communales qui indiquaient un " loyer moyen " de 1'213 fr. pour un appartement de trois pièces à Lausanne entre 2010 et 2012. La cour cantonale a pondéré ce chiffre en expliquant que l'appartement des recourants était au centre-ville de Lausanne et que son loyer se situait donc au-dessus de la moyenne prise en compte dans ces statistiques.
Dans les circonstances de l'espèce, on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale d'avoir abouti à un résultat insoutenable en se fondant, faute de mieux, sur la moyenne fixée dans les statistiques communales (qui se situe dans une fourchette de prix comparable à celle du loyer litigieux), qu'elle a encore pondérée en fonction des circonstances concrètes. Cela étant, il n'était pas arbitraire d'admettre les conclusions du bailleur, malgré son refus de remettre les pièces comptables, ce d'autant plus que le loyer du précédent locataire n'était pas en porte-à-faux par rapport au loyer (pondéré) résultant des statistiques et que celui-ci a été corroboré par l'expérience générale des magistrats précédents.
4.3. Les autres arguments des locataires sont impropres à remettre en question cette conclusion.
4.3.1. Tout d'abord, on ne saurait suivre les demandeurs lorsque - sous couvert de déterminer le prix réel (effectif) de l'acquisition de l'immeuble - ils renvoient au " prix " de 1'475'000 fr. fixé dans l'acte de transfert du 26 avril 2001. Il résulte des constatations cantonales qu'il s'agit simplement de la reprise d'une valeur fiscale, qui n'a pas été convenue entre les parties, et il est de jurisprudence qu'une telle valeur ne peut servir de base dans le calcul du rendement de l'immeuble.
Les demandeurs tentent d'établir une distinction entre la valeur de transfert établie par le fisc et la valeur fiscale (" déterminante d'un point de vue fiscal "), tout en admettant qu'ils " ignore[nt] comment l'administration fiscale a fait pour arrêter la valeur du transfert ". L'argument, pour autant qu'on le comprenne bien, tombe à faux puisque, selon les constatations cantonales, il demeure que cette valeur ne correspond pas au prix réel d'acquisition convenu entre les parties.
La distinction entre ces deux valeurs n'a donc pas d'incidence sur le sort de la cause, et il n'y a pas lieu d'examiner le grief tiré de l'arbitraire dans l'établissement des faits soulevé par les recourants dans ce contexte.
La motivation principale de la cour cantonale relative au prix réel d'acquisition (soit, le fait qu'il n'est pas établi) étant confirmée, il n'y a pas lieu d'examiner la critique de la motivation subsidiaire (" au surplus ") selon laquelle le financement de l'immeuble ne s'est pas fait que par des fonds propres.
4.3.2. Les recourants évoquent ensuite une situation (soit le prix d'un logement), prétendument similaire, qui prouverait que le loyer auquel ils prétendent n'est pas déraisonnable. S'ils entendaient démontrer le caractère abusif du loyer en procédant par une comparaison, il leur appartenait, pour satisfaire à l'exigence de la jurisprudence, de fournir cinq éléments de comparaison (cf. art. 269a let. a CO; arrêt 4A_179/2015 du 16 décembre 2015 consid. 2.2.3, destiné à la publication), ce qu'ils n'ont pas fait.
4.3.3. En ce qui concerne l'argumentation fournie par les demandeurs selon laquelle la cour cantonale, en refusant de fixer leur loyer initial à 520 fr. par mois, aurait bafoué le pouvoir d'appréciation du Tribunal des baux, juridiction pourtant spécialisée, elle se révèle sans aucune consistance, puisqu'elle reviendrait à remettre en cause la compétence de la Cour d'appel civile de procéder à la réforme des jugements qui lui sont soumis. Au demeurant, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de se prononcer sur les décisions prises en première instance (cf. art. 75 al. 1 LTF).
4.3.4. S'agissant enfin de la critique formulée par les recourants en lien avec le taux hypothécaire (acte de recours ch. 2.2 p. 8), on peine à comprendre le sens du moyen qui est invoqué. A considérer que les recourants entendaient compléter l'état de fait, ils ne respecteraient pas les exigences strictes des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF; s'agirait-il d'une critique du raisonnement juridique tenu par la cour cantonale que le grief - qui ne répond pas aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF - ne serait pas recevable.
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et dépens sont mis solidairement à la charge des recourants qui succombent (art. 66 al. 1 et 5, art. 68 al. 1 et 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3.
Les recourants, débiteurs solidaires, verseront à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 15 février 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget