Sachverhalt:
A.
Die Stiftung X._ tauschte am 24. September 2010 das Grundstück Kat.Nr. yyy (Mehrfamilienhaus an der A._str. yy in V._ mit Ladenlokal und fünf Wohnungen) gegen das Grundstück Kat.Nr. yyy (Mehrfamilienhaus B._strasse yy, ebenfalls in V._ gelegen mit reiner Wohnnutzung) der Z._ AG. Der Tauschwert wurde auf Fr. 2'400'000.-- festgelegt, wobei die Z._ AG sich zusätzlich verpflichtete, die der Stiftung X._ auferlegten Grundstückgewinnsteuern und Handänderungskosten zu übernehmen. Die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ auferlegte aufgrund dieser Handänderung der Stiftung X._ mit Veranlagungsbeschluss vom 26. Februar 2013 eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 269'900.--.
B.
Die Kommission für Grundsteuern bestätigte mit Einspracheentscheid vom 22. August 2013 die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer. Gegen diesen Entscheid erhob die Stiftung X._ Rekurs, welcher vom Steuerrekursgericht am 29. April teilweise gutgeheissen wurde. Es hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid an die Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ zurück. In der Folge gelangte die Stadt U._ an das Verwaltungsgericht und beantrage die Wiederherstellung des Einsprachentscheids. Dieses wies mit Urteil vom 20. August 2014 die Beschwerde ab.
C.
Die Stadt U._ legt mit Eingabe vom 25. September 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts Zürich sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 269'000.-- gemäss Einspracheentscheid der Kommission für Grundsteuern der Stadt U._ vom 22. August 2013 festzulegen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung sowie das kantonale Steueramt Zürich stellen den Antrag, die Beschwerde sei gutzuheissen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig gegen einen (End-) Entscheid einer letzten oberen kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, soweit kein Ausschlussgrund vorliegt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]). Angefochten ist vorliegend ein Rückweisungsentscheid. Bei solchen handelt es sich um Endentscheide, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur der (rechnerischen) Umsetzung der oberinstanzlichen Anordnungen dient (BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127 mit Hinweisen).
1.2. Abgesehen davon ist nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ausnahmsweise die Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt ein solcher irreversibler Nachteil unter anderem dann vor, wenn die beschwerdeführende Behörde einen neuen Entscheid fällen muss, den sie in der Folge nicht weiterziehen könnte (vgl. dazu BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 128; 133 II 409 E. 1.2 S. 412; BGE 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.). Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt.
1.3. Nach Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG sind Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten befugt, wenn ihnen ein Bundesgesetz dieses Recht einräumt. Damit eine Gemeinde nach Art. 73 Abs. 2 StHG zur Beschwerde befugt ist, bedarf es in jedem Fall einer ausdrücklichen materiellrechtlichen Ermächtigung. Im Weiteren fällt die Legitimation der Gemeinde bei einer kantonalen Steuer nur in Betracht, wenn der Gemeinde besondere Kompetenzen bzw. ein eigener Anwendungsspielraum zukommt (Urteil 2C_667/2009 vom 19. Juli 2010 E. 3.3.). Beide Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall gegeben: § 214 des Steuergesetzes (des Kantons Zürich) vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) räumt der betroffenen Gemeinde das Recht ein, gegen einen Grundstückgewinnsteuerentscheid des kantonalen Verwaltungsgerichts Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht zu führen. Ebenso verfügt eine Zürcher Gemeinde bei der Erhebung der Grundstückgewinnsteuer gestützt auf das kantonale Steuergesetz über einen gewissen Freiraum (vgl. Urteil 2C_776/2009 vom 25. Februar 2010 E. 1.2). Die Gemeinde ist somit zur Beschwerdeführung legitimiert und auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.4. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen an sich mit freier Kognition, ebenso, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen im Wesentlichen auf Willkür, und gelten die erhöhten Rügeanforderungen des Art. 106 Abs. 2 BGG (BGE 134 II 207 E. 2 S. 209 f.; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).
1.5. Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 137 I 1 E. 2.4 S. 5; 136 I 316 E. 2.2.2 S. 318 f.).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 12 Abs. 4 i.V.m. Art. 8 Abs. 4 StHG.
2.1. Die steuerneutrale Ersatzbeschaffung für betriebsnotwendiges Anlagevermögen sei zwar vorgeschrieben. Unter Betriebsnotwendigkeit seien jedoch nur Wirtschaftsgüter zu verstehen, die nach ihrer Zweckbestimmung unmittelbar der Leistungserstellung des Betriebs dienen und ohne Beeinträchtigung des betrieblichen Leistungserstellungsprozesses nicht veräussert werden können, da ihre Veräusserung zu einer substanziellen Veränderung des Betriebs führen würde. Die Liegenschaft der Beschwerdegegnerin erfülle diese Voraussetzungen nicht.
2.2. Bei der Beschwerdegegnerin handle es sich um eine 1946 gegründete kirchliche Stiftung, welche aufgrund ihres Kultuszwecks gestützt auf § 61 lit. h StG/ZH von der Steuerpflicht befreit sei. Unter dem Kultuszweck könne nur die Pflege und Verbreitung des gemeinsamen Glauben verstanden werden. Das 1972 geerbte Mehrfamilienhaus habe die Beschwerdegegnerin dazu verwendet, Wohnungen zu einem günstigen Preis an sozial benachteiligte Personen zu vermieten, was jedoch nicht unter den Kultuszweck subsumierbar sei. Die Vermietung von preiswertem Wohnraum an finanzschwache Personen verfolge vielmehr gemeinnützige Zwecke, welche sich vom Kultuszweck unterscheiden und deshalb auch in einer separaten Steuerbefreiungsnorm festgehalten seien (Art. 56 lit. g und h DBG; SR 642.11). Die Verfolgung gemeinnütziger Zwecke schliesse es jedoch aus, dass die eingetauschte Liegenschaft unmittelbar dem Kultuszweck gedient habe und sie könne deshalb nicht als betriebsnotwendiges Anlagevermögen gelten. Diese Ansicht werde zusätzlich durch den Umstand unterstrichen, dass es der Beschwerdegegnerin fast 30 Jahre lang möglich gewesen sei, ihren Stiftungszweck ohne das Mehrfamilienhaus zu erfüllen.
2.3. Der Bundesgesetzgeber hat in Art. 12 Abs. 3 bzw. 4 StHG abschliessend umschrieben, welche Steueraufschubtatbestände von den Kantonen bei der Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen sind. Zugleich hat er auch eine inhaltliche Harmonisierung der kantonalen Regelungen betreffend Steueraufschub angestrebt (BGE 130 II 202 E. 3.2 S. 207 f.). Den Kantonen verbleibt insoweit kein Spielraum, welchen das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüfen könnte (vgl. Urteil 2C_797/2009 vom 20. Juli 2010 E. 2.1). Das Bundesgericht prüft deshalb auch den hier massgeblichen Steueraufschubtatbestand der Ersatzbeschaffung von betriebsnotwendigem Anlagevermögen gemäss Art. 8 Abs. 4 i.V.m. Art. 24 Abs. 4 StHG mit freier Kognition (vgl. Urteil 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 1.3).
2.4. Gemäss der verbindlichen Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ermöglicht die Beschwerdegegnerin laut Stiftungsurkunde der römisch-katholischen Kirche die Ausübung des Gottesdiensts und der Seelsorge im Gebiet von V._ u.a. durch Ankauf von Liegenschaften und die Beschaffung von Mitteln für die Ausübung des Kultus sowie für die Bedürfnisse der katholischen Religion und Seelsorge. Auch wenn der Kultuszweck gemäss Stiftungsurkunde bei der Beschwerdegegnerin im Vordergrund steht, kann sie durchaus auch gemeinnützige Zwecke verfolgen. Steuerbefreite Körperschaften weisen häufig Kultus- und gemeinnützige Zwecke nebeneinander auf (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 91 zu Art. 56 DBG). Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin schliesst der eine Zweck den anderen nicht aus. Wie die Vorinstanz bereits festgehalten hat, stellt der unbestrittene gemeinnützige Charakter der Wohnungsvermietung durch die Beschwerdegegnerin auch eine diakonische Handlungsweise dar im Sinne von tätiger Nächstenliebe und praktizierter Armenfürsorge. Die fraglichen Handlungen der Beschwerdegegnerin sind somit direkt durch ihren Stiftungszweck gedeckt, auch wenn ihr die Liegenschaft erst nach ihrer Gründung zugefallen ist.
3.
Die Beschwerdeführerin ist allerdings auch unter diesen Umständen der Ansicht, dass die Voraussetzungen zur Gewährung eines Steueraufschubs infolge Ersatzbeschaffung von betriebsnotwendigen Anlagevermögen nicht bestünden.
3.1. Die Betriebsnotwendigkeit der veräusserten Liegenschaft sei nicht so zwingend, dass die Armenfürsorge für die Beschwerdegegnerin ohne den Ersatz der veräusserten Liegenschaft nicht mehr möglich wäre. Die Armenfürsorge könne ebenso durch verschiedene andere Unterstützungen wie Kostengutsprachen, Essensausgaben, Kleiderabgaben etc. gewährleistet werden. Gleich wie die Eidgenössische Steuerverwaltung verweist die Beschwerdeführerin dabei auf das Urteil 2C_340/2011 vom 1. Februar 2012. In E. 2.5 dieses Entscheides hat das Bundesgericht in Zusammenhang mit einer Ersatzbeschaffung von Liegenschaften einer Vorsorgestiftung festgehalten, dass für eine Vorsorgestiftung Vermögensanlagen in Immobilien in dem Sinne "betriebsnotwendig" seien, als sie ohne diese ihren Zweck nicht erfüllen könnten. Dies bedeute aber noch nicht, dass sie auch im Sinne des Ersatzbeschaffungsrechts "betriebsnotwendig" seien. Denn ein "Zwang zur Wiederbeschaffung", wie bei echt betriebsnotwendigen Anlagevermögen, bestehe in solchen Fällen nicht. Die Vorsorgestiftung hätte den Verkaufserlös nicht zwingend wieder in Immobilien investieren müssen. Vielmehr wären ihr auch andere Anlageformen offen gestanden. Gemäss Beschwerdeführerin handle es sich beim fraglichen Tauschgeschäft somit nicht um eine Ersatzbeschaffung für betriebsnotwendiges Anlagevermögen, welche die Gewährung eines Steueraufschubes gemäss Art. 8 Abs. 4 StHG bzw. § 216 Abs. 3 lit. g StG/ZH zur Folge hätte.
3.2. Folgt man der Argumentation der Beschwerdeführerin, so wäre eine steuerneutrale Ersatzbeschaffung im Bereich der Armenfürsorge nur noch dann möglich, wenn sich eine juristische Person ausschliesslich mit der Vermietung von günstigem Wohnraum beschäftigen würde. Ansonsten liesse sich immer anführen, dass der gemeinnützige Zweck auch in alternativer Form erfüllt werden könne und nicht an die Voraussetzung von Grundeigentum gebunden sei. Mit anderen Worten ginge man im Ersatzbeschaffungsrecht davon aus, dass gemeinnützigen Zwecken prinzipiell mittels Sach- oder Geldleistungen nachzukommen wäre.
3.3. Eine solche Betrachtungsweise mag für Vorsorgestiftungen zutreffen, bei denen es tatsächlich von untergeordneter Bedeutung ist, in welche Vermögenswerte sie ihre Mittel investieren. Sie beabsichtigen insb. die Vermögenssicherung der Versicherten und Immobilien dienen ihr nicht so "unmittelbar", wie es für eine steuerneutrale Ersatzbeschaffung notwendig wäre (Urteil 2C_340/2011 vom 1. Februar 2012 E. 2.5). Grundverschieden verhält es sich jedoch bei der Beschwerdegegnerin, welche einen wesentlich anderen Stiftungszweck verfolgt. Sie widmet sich aktiv der Armenfürsorge, bei welcher der persönliche Umgang mit den Bedürftigen ein zentraler Aspekt ihrer Arbeit ist und die nicht nur die rein materielle Unterstützung der Betroffenen anstrebt. In Verfolgung ihres Stiftungszwecks stellt die Beschwerdegegnerin sozial Benachteiligten seit langer Zeit in V._ günstigen Wohnraum zur Verfügung. Die eingetauschte Liegenschaft diente der Beschwerdegegnerin somit keinesfalls nur als Vermögensanlage oder durch ihren Ertrag, wodurch eine Ersatzbeschaffung ausgeschlossen wäre (MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2. Aufl. 2002, N. 71 zu Art. 8 StHG). Dasselbe gilt auch für die neue Liegenschaft, welche die Beschwerdegegnerin in gleicher Weise wie die alte verwendet. Gemäss verbindlicher Sachverhaltsfeststellung beherbergt sie dort zahlreiche Mieter, die bereits in der alten Immobilie wohnten. Es handelt sich sowohl beim ausscheidenden als auch beim wiederbeschafften Vermögensgegenstand um betriebsnotwendiges Anlagevermögen, womit die Anforderungen für eine steuerneutrale Ersatzbeschaffung erfüllt sind (REICH, a.a.O., Rz. 70 zu Art. 8 StHG). Es liegt somit keine Verletzung von Art. 8 StHG vor.
3.4. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
4.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Stadt U._ aufzuerlegen, die in ihrer Eigenschaft als Abgabegläubigerin Vermögensinteressen im Sinne von Art. 66 Abs. 4 BGG verfolgt. Die Voraussetzungen, unter denen das Bundesgericht einer nicht anwaltlich vertretenen Partei eine Entschädigung zusprechen kann (Art. 9 des Reglementes über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht [SR 173.110.210.3]), sind hier gegeben.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Stadt U._ auferlegt.
3.
Die Stadt U._ hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching