Sachverhalt:
A.
Die A._ AG erhielt per 9. November 2012 aus dem Nachlass ihrer verstorbenen Aktionärin Liegenschaften. Diese wurden für die Berechnung der Erbschaftssteuer mit Fr. 51'501'998.-- bewertet. In der Jahresrechnung 2012 (Geschäftsjahr 1. Januar bis 31. Dezember 2012) aktivierte die A._ AG diesen Betrag und passivierte gleichzeitig die auf den Liegenschaften lastenden Hypotheken von Fr. 1'500'000.--, indem sie (netto) einen ausserordentlichen Erfolg von Fr. 50'001'998.-- verbuchte. Ausserdem bildete sie aufwandwirksam eine Rückstellung für Erbschaftssteuern von Fr. 18'062'674.--. Handelsrechtlich ergab sich ein Jahresgewinn von Fr. 31'985'793.--. Diesen kürzte die A._ AG (im Folgenden: die Steuerpflichtige) in der Steuererklärung für die Steuerperiode vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2012 um den Betrag von Fr. 50'001'998.--, so dass ein Verlust von Fr. 18'016'205.-- resultierte. In der Veranlagung für die direkte Bundessteuer bzw. in der Einschätzung für die Kantons- und Gemeindesteuern 2012 wurde der steuerbare Gewinn auf Fr. 0.-- festgelegt.
In der Steuererklärung für die Steuerperiode vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2013 zog die Steuerpflichtige vom deklarierten Reingewinn des Geschäftsjahrs 2013 von Fr. 2'435'629.-- einen Vorjahresverlust von Fr. 18'016'205.-- ab. Mit Veranlagungsverfügung bzw. Einschätzung vom 30. April 2015 legte das Kantonale Steueramt Zürich den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuer auf Fr. 2'435'600.-- (Fr. 2'435'629.--) fest; das steuerbare Eigenkapital wurde auf Fr. 32'619'000.-- (Fr. 32'619'805.--) festgesetzt.
B.
Eine Einsprache der Steuerpflichtigen gegen die Veranlagung und die Einschätzung hiess das Kantonale Steueramt mit je separaten Entscheiden vom 16. Dezember 2015 teilweise gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer 2013 und die Staats- und Gemeindesteuer 2013 auf Fr. 1'973'700.-- fest. Wie schon in Veranlagung und Einschätzung wurde der mit der Steuererklärung zum Abzug gebrachte Vorjahresverlust nicht zum Abzug zugelassen, hingegen wurde - als Folge der Aufrechnung - die Bildung einer zusätzlichen Steuerrückstellung von Fr. 461'908.-- anerkannt (Fr. 2'435'629.-- - Fr. 461'908.-- = Fr. 1'973'721.--); das steuerbare Eigenkapital wurde dementsprechend auf (Fr. 32'619'805.-- - Fr. 461'908.-- = Fr. 32'157'897.--) Fr. 32'157'000.-- festgesetzt.
C.
Von der Steuerpflichtigen gegen die Einspracheentscheide erhobene kantonale Rechtsmittel blieben erfolglos. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich wies Rekurs und Beschwerde am 30. Juni 2016 in einem einzigen Entscheid ab. Ebenso wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich von der Steuerpflichtigen gegen das Urteil des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerden in einem einzigen Urteil am 26. Oktober 2016 ab.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. Dezember 2016 beantragt die A._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. Oktober 2016 aufzuheben und sie für die Staats- und Gemeindesteuer mit einem Reingewinn von Fr. 0.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 32'619'805.-- zu veranlagen; für die direkte Bundessteuer sei sie ebenfalls mit einem Reingewinn von Fr. 0.-- zu veranlagen und es sei von einem Stand des Eigenkapitals von Fr. 32'619'805.-- Vormerk zu nehmen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei und verzichtet im Übrigen auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Das Kantonale Steueramt Zürich beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet mit Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuer auf eine Stellungnahme, hinsichtlich der direkten Bundessteuer schliesst sie auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Erwägungen:
I. Formelles
1.
Die Vorinstanz hat die Verfahren betreffend direkte Bundessteuer und Kantons- und Gemeindesteuern vereinigt und ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführerin ficht dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeschrift an. Dies ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen der direkten Bundessteuer und den Staats- und Gemeindesteuern unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit die beiden Steuerarten angefochten sind und wie zu entscheiden ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 263 f.; Urteile 2C_800/2016, 2C_801/2016 vom 14. Februar 2017 E. 1.2 und 2C_1086/2012, 2C_1087/2012 vom 16. Mai 2013 E. 1.1). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt. Das Bundesgericht hat für die Staats- und Gemeindesteuern (2C_1135/2016) und die direkte Bundessteuer (2C_1136/2016) zwei getrennte Dossiers angelegt. Da beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen, die gleichen Parteien betreffen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP [SR 273]; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
2.
2.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die Staats- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) und Art. 146 DBG (SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
2.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen.
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinn mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- und Rügeanforderungen nicht (vgl. BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).
X. Direkte Bundessteuer
3.
Umstritten ist, ob aus dem Jahre 2012 ein Verlust besteht, der mit dem Gewinn aus dem streitbetroffenen Jahre 2013 verrechnet werden kann.
3.1. Die Beschwerdeführerin wurde für das Jahr 2012 mit einem Reingewinn von null Franken veranlagt. Erfolgt eine Veranlagung einer juristischen Person mit einem solchen Reingewinn, ist damit nur entschieden, dass sie keinen steuerbaren Gewinn erzielt und dementsprechend für das betreffende Jahr keine Steuern zu bezahlen hat. Die Höhe des einer solchen Veranlagungsverfügung zugrunde liegenden Verlusts ist hingegen nicht rechtskräftig festgesetzt worden. Die Steuerbehörden sind daher nach ständiger Praxis befugt, die Höhe der in den Vorjahren geltend gemachten Verluste trotz der Rechtskraft der entsprechenden Veranlagungsverfügung zu überprüfen, wenn sie im Rahmen von Art. 67 DBG über den Abzug von solchen Verlusten zu befinden haben (BGE 140 I 114 E. 2.4.4 S. 121 mit weiteren Hinweisen).
3.2. Sowohl das Steuerrekursgericht als auch in der Folge das Verwaltungsgericht haben den steuerlichen Aufwandcharakter der Erbschaftssteuern, welche die Beschwerdeführerin auf dem Erwerb von Liegenschaften aus dem Nachlass ihrer verstorbenen Aktionärin schuldet, verneint und sie nicht zum Abzug nach Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG zugelassen. Dabei hat das Steuerrekursgericht aus dem Charakter der Erbschaftssteuer als Bereicherungssteuer abgeleitet, dass der unentgeltliche Vermögenszufluss aufgrund der Erbschaftssteuer eine steuerliche Kürzung erfahre, die direkt durch die Vermögensübertragung ausgelöst werde. Übertragen erhalte der Empfänger neben Vermögensgegenständen auch die Erbschaftssteuerpflicht; die Bereicherung beschränke sich dergestalt auf den "Kapitalzuwachs nach Spezialsteuer". Dementsprechend gelte die Erbschaftssteuer nicht als geschäftsmässig begründeter Aufwand. Anders als die Gewinn- und Kapitalsteuer kürze sie nicht den selbst erwirtschafteten Reingewinn, sondern den Kapitalzuwachs (gewinn), welcher durch unentgeltliche Vermögensübertragung anfalle und die steuerliche Erfolgsrechnung gar nicht tangiere. Das Verwaltungsgericht ist dieser Auffassung gefolgt und hat darüber hinaus hervorgehoben, bereits aus der Gesetzessystematik ergebe sich, dass die Abziehbarkeit der Steuern stets einen geschäftsmässig begründeten Konnex bedinge. Geschäftsmässig begründet seien Aufwendungen, die objektiv im Zusammenhang mit der Unternehmenstätigkeit und damit im Interesse des Unternehmensziels getätigt würden. Dies gelte auch für die Abzugsfähigkeit der Steuern. Ein Kapitalzuwachs aus Erbschaft sei jedoch gemäss Art. 60 lit. c DBG ausdrücklich ein erfolgsneutraler Vorgang, wodurch kein Gewinn entstehe. Damit einhergehende Aufwendungen stellten daher keine geschäftsmässig begründeten Aufwendungen dar. Dies gelte auch für die Erbschaftssteuern, was auch nicht im Widerspruch zum Massgeblichkeitsprinzip stehe. Betriebswirtschaftlich und buchhalterisch seien Steuern und Abgaben des Unternehmens mit dem Vorgang zu verknüpfen, der sie ausgelöst habe. Demnach sei die Erbschaftssteuer erfolgsneutral, das heisst nicht gewinnmindernd zu handhaben.
3.3. Die Beschwerdeführerin vertritt die Auffassung, der Wortlaut von Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG sei eindeutig, indem er sämtliche eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern als geschäftsmässig begründet erkläre. Eine Verweigerung der Abzugsfähigkeit sei daher nur bei einer Gesetzesauslegung gegen den Wortlaut möglich. Triftige Gründe für eine solche Auslegung bestünden indessen nicht. Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts spreche insbesondere die Gesetzessystematik nicht etwa für, sondern gegen die Auslegung des Verwaltungsgerichts. Art. 59 Abs. 1 DBG bestimme gerade - und zwar sogar unabhängig von der handelsrechtlichen Qualifizierung der in lit. a - d genannten Positionen - dass diese zum geschäftsmässig begründeten Aufwand zählten. Auch die Bezugnahme des Verwaltungsgerichts auf Art. 60 DBG betreffend erfolgsneutrale Vorgänge halte einer genaueren Überprüfung nicht stand. Die in Art. 60 DBG genannten, in steuerlicher Hinsicht als erfolgsneutral erklärten Vorgänge seien keineswegs stets steuerfrei. Dennoch sei in der Praxis nicht strittig, dass die entsprechenden Steuern gemäss Art. 59 Abs. 1 DBG geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellten. Darüber hinaus gehe das Verwaltungsgericht offenbar von der Handelsrechtswidrigkeit des zu beurteilenden Jahresabschlusses aus, indem es ausführe, die Abzugsverweigerung führe zu keinem Widerspruch zum Massgeblichkeitsprinzip. Die Buchungen im Zusammenhang mit dem Vermögenszugang, insbesondere die Verbuchung des Aufwands für die Begleichung der Erbschaftssteuer seien jedoch entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts handelsrechtskonform und es bestehe auch keine steuerliche Korrekturvorschrift, welche ein Abweichen von der handelsrechtlich korrekten Erfolgsermittlung rechtfertige.
3.4.
3.4.1. Art. 59 Abs. 1 DBG enthält eine Aufzählung von Aufwendungen, welche von Gesetzes wegen als geschäftsmässig begründeter Aufwand gelten (PETER BRÜLISAUER/SILVAN GULER, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [nachfolgend: Komm. DBG], 3. Aufl. 2017, N. 4 zu Art. 59 DBG; ROBERT DANON, in: Yves Noël/Florence Aubry Girardin [Hrsg.], Impôt fédéral direct, Commentaire Romand, 2. Aufl. 2017, N. 1 zu Art. 59 DBG). Während die Bestimmung für einen Teil der genannten Aufwendungen nur deklarative Wirkung hat, kommt ihr hinsichtlich der in Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG genannten eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern konstitutive Wirkung zu (DANON, a.a.O., N. 5 zu Art. 59 DBG). Im Ausland sind Steuern regelmässig nicht absetzbar. Nach dem Recht der direkten Bundessteuer sind die inländischen Steuern jedoch schon seit Erlass des Wehrsteuerbeschlusses vom 9. Dezember 1940 (vgl. Art. 49 Abs. 2 Wehrsteuerbeschluss und dazu KURT PFEIFFER, Die Abzugsberechtigung für bezahlte Steuern und Abgaben nach den neuen eidg. Steuererlassen, ZBl 42/1941, S. 197) abzugsfähig, womit sich auch die Kontroverse über den Kostencharakter insbesondere der Gewinnsteuer erübrigt (vgl. dazu etwa PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 48 f. zu Art. 59 DBG). Die Regelung des Wehrsteuerbeschlusses wurde in der Folge jeweils unverändert beibehalten und (ergänzt um die ausdrückliche Nichtabzugsfähigkeit für Steuerbussen) ins DBG übernommen (vgl. Botschaft vom 25. Mai 1983 zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie die direkte Bundessteuer [Botschaft über die Steuerharmonisierung], BBl 1983 III 52 f.).
3.4.2. Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch die eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern, nicht aber Steuerbussen (Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG). Die Bestimmung schliesst alle inländischen Steuern ein (Urteil 2C_494/2011vom 6. Juli 2012 E. 3.2; vgl. auch BGE 143 II 8 E. 3 S. 12). Die Rechtsprechung hatte sich indessen bisher soweit erkennbar allein mit Steuern, insbesondere Gewinnsteuern, zu befassen, deren Abzugsfähigkeit ohnehin unkontrovers ist; der Streit drehte sich um andere Themen, namentlich die Problematik von Steuerrückstellungen, welche sich infolge von Aufrechnungen durch die Steuerbehörden als zu niedrig erweisen (vgl. dazu BGE 141 II 83 E. 5 sowie Urteil 2C_662/2014, 2C_663/2014 vom 25. April 2015 E. 6.5). Hingegen hatte sich die Rechtsprechung mit der Frage, ob tatsächlich alle Steuern abzugsfähig sind oder ob Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG für einzelne Steuern nicht greift, noch nicht zu beschäftigen.
3.4.3. In der Literatur besteht im Wesentlichen Einigkeit hinsichtlich der Abzugsfähigkeit von Steuern: Grundsätzlich sollen alle inländischen Steuern abzugsfähig sein. Eine eigentliche Ausnahme wird nur für die Verrechnungssteuer wegen der von Gesetzes wegen (Art. 14 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer 13. Oktober 1965 [Verrechnungssteuergesetz, VStG; SR 642.21]) bestehenden Überwälzungspflicht gemacht; sodann ergibt sich für die Mehrwertsteuer nur Abzugsfähigkeit, soweit sie nicht einen blossen Durchlaufposten darstellt (vgl. im Einzelnen BRÜLISAUER/GULER, a.a.O., N. 16 ff. zu Art. 59 DBG; DANON, a.a.O., N. 7 ff. zu Art. 59 DBG ebenso FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3. Aufl. 2016, N. 3 zu Art. 59 DBG; LOCHER, a.a.O. N. 54 ff. zu Art. 59 DBG; siehe auch schon ERNST KÄNZIG, Die direkte Bundessteuer [Wehrsteuer], 2. Aufl., 2. Teil, 1992, N. 407 ff. zu Art. 49 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer [BdBSt]).
3.5. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz gelten aufgrund der ausdrücklichen Erwähnung in Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG alle (direkten und indirekten) Steuern bereits als Aufwendungen, die geschäftsmässig begründet sind (BGE 143 II 8 E. 3 S. 12 mit weiteren Rechsprechungshinweisen). Ein weiterer Nachweis ist nicht notwendig. Damit Steuern ausnahmsweise nicht abzugsfähig sind, muss daher entweder deren Abzugsfähigkeit vom Gesetz selbst ausgeschlossen sein (wie ausdrücklich bei den Steuerbussen) oder es müssten sonst zwingende Gründe vorliegen, die ausnahmsweise eine Auslegung von Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG gegen dessen Wortlaut zu rechtfertigen vermöchten.
3.6. Einen solchen Grund will die Vorinstanz darin erkennen, dass der Kapitalzuwachs aus Erbschaft gemäss Art. 60 lit. c DBG ausdrücklich als (steuerlich) erfolgsneutraler Vorgang ausgestaltet ist. Aus der Gesetzessystematik soll sich ergeben, dass auch der zugehörige, durch die Erbschaftssteuer ausgelöste Mittelabfluss nicht steuerlich als Aufwand gelten kann. Diese Argumentation greift zu kurz. Nur wenn Art. 60 DBG so auszulegen wäre, dass als Folge der dort genannten Vorgänge nicht nur kein steuerbarer Gewinn entsteht, sondern dass auch allfällige Steuerfolgen solcher Vorgänge steuerlich nicht zu Buche schlagen dürfen, liesse sich der von der Vorinstanz hergestellte systematische Zusammenhang zu Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG herstellen (indem nämlich diese Vorschrift unter Vorbehalt von Art. 60 DBG stünde). Der Wortlaut von Art. 60 DBG enthält indessen zum einen keine Aussage darüber, was für allfällige Steuerfolgen der dort genannten steuerlich für erfolgsneutral erklärten Vorgänge gelten soll. Hinzu kommt, worauf die Beschwerdeführerin zu Recht aufmerksam macht, dass gerade bei den in Art. 60 lit. a DBG genannten Kapitaleinlagen, soweit sie in der Form der ordentlichen Kapitalerhöhung erfolgen, unumstritten ist, dass die Kapitalerhöhungskosten, und zwar insbesondere auch die auf einer Kapitalerhöhung geschuldete Emissionsabgabe, gemäss Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG abzugsfähig sind (BRÜLISAUER/GULER, a.a.O., N. 18 zu Art. 59 DBG; DANON, a.a.O., N. 9 zu Art. 59 DBG; LOCHER, a.a.O., N. 61 zu Art. 59 DBG; und so auch schon KÄNZIG, a.a.O., N. 408 zu Art. 49 Abs. 2 BdBSt). Insoweit verhält es sich beim Kapitalzuwachs aus Erbschaft gleich. Auch dadurch erfolgt ohne einen Zusammenhang zur eigenen Leistungserstellung der Gesellschaft ein Vermögenszufluss. Warum die damit verbundenen Steuern gemäss Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG nicht abzugsfähig sein sollten, ist nicht erkennbar.
3.7. An diesem Ergebnis ändert nichts, dass über den Kostencharakter der Erbschaftssteuern, solange ein Nettozufluss erfolgt, gestritten werden kann. Selbst wenn der Kostencharakter der Erbschaftssteuer aus betriebswirtschaftlicher Sicht zu verneinen wäre (zu welcher Ansicht offenbar die Vorinstanz neigt; vgl. angefochtener Entscheid, E. 2.4. S. 8), kann jedenfalls handelsrechtlich nicht zweifelhaft sein, dass die Verbuchungsweise der Beschwerdeführerin - der Zufluss aus Erbschaft wurde als ausserordentlicher Ertrag verbucht, die damit verbundenen Erbschaftssteuern als Steueraufwand (vgl. zur Verbuchung bei durch Schenkung erworbenen Vermögenswerten: Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Buchführung und Rechnungslegung, 2014, S. 59; ebenso TOBIAS HÜTTCHE, in: Rechnungslegung nach Obligationenrecht, veb.ch Praxiskommentar, 2014, N. 48 zu Art. 960a OR) - nicht zu beanstanden ist. Dabei ist klar, dass der ausserordentliche Ertrag in steuerlicher Hinsicht wegen der steuerlichen Korrekturvorschrift von Art. 60 Abs. 1 lit. c DBG nicht zu Buche schlägt (vgl. E. 4). Ebenso klar ist aber auch, dass der Erbschaftssteueraufwand, weil Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG grundsätzlich sämtliche Steuern (und zwar unabhängig von deren betriebswirtschaftlichem Kostencharakter) für geschäftsmässig begründet erklärt und andererseits Art. 60 DBG auch für die dort erwähnten steuerlich erfolgsneutralen Vorgänge keine Ausnahme von der Abzugsfähigkeit von Steuern statuiert, steuerwirksam ist.
3.8. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz lässt sich auch nicht aus den Gesetzesmaterialien ableiten, dass der Bundesgesetzgeber beim Erlass von Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG einer differenzierten Betrachtungsweise habe folgen wollen, wonach bestimmte Steuern abzugsfähig, andere hingegen nicht abzugsfähig sein sollten (vgl. angefochtener Entscheid, E. 2.4). Die von der Vorinstanz angeführte Passage aus der bundesrätlichen Botschaft über die Steuerharmonisierung (BBl 1983 III 112, wo wiederum auf S. 52 f. verwiesen wird) steht im Zusammenhang mit der damaligen politischen Diskussion um die generelle Abzugsfähigkeit der Steuern, wie sie im Rahmen des Erlasses von DBG und StHG eingeführt wurde. Vor Erlass des StHG klafften zum Teil die Regelung der Abzugsfähigkeit der Steuern bei der direkten Bundessteuer und bei den kantonalen und kommunalen Steuern auseinander, indem ein Teil der Kantone die Abzugsfähigkeit der Steuern ganz oder zumindest zum Teil ausschloss. Deshalb - und weil ein Teil der Kantone Ertragsausfälle befürchtete - fügte die Finanzdirektorenkonferenz in den Entwurf des Steuerharmonisierungsgesetzes die Möglichkeit ein, dass die Kantone keinen entsprechenden Abzug gewähren (vgl. BBl 1983 III 53). Diese Variante ist in der Folge nicht Gesetz geworden, sondern mit Art. 25 Abs. 1 lit. a StHG wurde die gleiche Regelung ins StHG aufgenommen wie in Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG (vgl. überdies zur Unternehmenssteuerreform I, bei der die Kantone der Romandie - erfolglos - vorschlugen, auf diesen Abzug zu verzichten, LOCHER, a.a.O., N. 49 zu Art. 59 DBG). Die von der Vorinstanz angeführte Textpassage aus der Botschaft zum DBG und zum StHG nimmt allein auf diese Diskussion Bezug. Sie enthält keine Aussage hinsichtlich der Nichtabzugsfähigkeit von Steuern.
3.9. Abzulehnen ist schliesslich auch die von der Vorinstanz bestätigte Auffassung des Steuerrekursgerichts, wonach bei der Erbschaftssteuer wegen deren Charakters als Bereicherungssteuer sich der Vermögenszuwachs auf den "Kapitalzuwachs nach Spezialsteuer" beschränke. Unabhängig davon, dass der Gewinn aus Erbschaft nicht von der Beschwerdeführerin erwirtschaftet wurde, wird sie durch die auf dem Zufluss geschuldete Erbschaftssteuer belastet. Warum diese (Steuer-) Belastung nicht gemäss Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG abzugsfähig sein soll, ist nicht erkennbar, zumal es nicht im Belieben der Kantone steht, die bundesrechtlich statuierte Abzugsfähigkeit der Steuern unter Berufung auf die besondere Natur einer kantonalen Steuer auszuschliessen.
4.
Wie die folgenden Ausführungen belegen, ist der angefochtene Entscheid im Ergebnis dennoch richtig.
4.1. Gemäss Art. 60 lit. c DBG entsteht durch den Kapital zuwachs aus Erbschaft kein steuerbarer Gewinn. Damit ist der Nettozuwachs an Kapital durch die Erbschaft gemeint, d.h. der Wert der geerbten Liegenschaften abzüglich der Erbschaftssteuer, die dafür bezahlt werden musste. Vorliegend beläuft sich der effektive Kapitalzuwachs auf Fr. 32'001'314.--, der sich aus dem Wert der geerbten Liegenschaften ohne Hypotheken von Fr. 50'001'998.-- minus die Erbschaftssteuer von Fr. 18'000'684.-- ergibt. Die Beschwerdeführerin hat hingegen den gesamten Wert der geerbten Liegenschaft als steuerfreien Kapitalzuwachs deklariert (Fr. 50'001'998.--), was sich mit dem Wortlaut der Bestimmung nicht vereinbaren lässt.
4.2. Nicht nur aus dem Wortlaut, sondern auch aus Sinn und Zweck der Norm sowie der Gesetzessystematik ergibt sich, dass bei einer Erbschaft nur der Nettozuwachs an Kapital keinen steuerbaren Gewinn darstellt. Art. 60 DBG findet sich unter dem Titel "erfolgsneutrale Vorgänge" im Abschnitt zur Berechnung des Reingewinns bei der Gewinnsteuer. Die Norm stellt eine steuerrechtliche Korrekturvorschrift dar und bezweckt die Besteuerung der Gesellschaft basierend auf ihrer eigenen Wertschöpfung sicherzustellen; es soll nur der durch das Unternehmen "selbst erwirtschaftete" Totalgewinn der Gewinnsteuer unterworfen werden. Art. 60 DBG wirkt sich zugunsten der steuerpflichtigen Gesellschaft aus. Es ist unbestritten, dass das Massgeblichkeitsprinzip in begründeten Fällen zugunsten des Steuerpflichtigen durchbrochen werden muss (PETER BRÜLISAUER, in: Komm. DBG, a.a.O., N. 2 zu Art. 60 DBG). Bestünde Art. 60 lit. c DBG nicht, müsste die Beschwerdeführerin nicht nur die Erbschaftssteuer entrichten, sondern auch die Gewinnsteuer auf dem Kapitalzuwachs.
4.3. Art. 60 lit. c DBG sieht vor, den Erbgang gewinnsteuerrechtlich erfolgsneutral abzuwickeln, da es sich beim Kapitalzuwachs aus Erbschaft um Mittel handelt, welche die Gesellschaft nicht selber erwirtschaftet hat. Wird dabei zusätzlich zur Erbschaftssteuer (vgl. E. 3) auch der Brutto-Kapitalzuwachs (d.h. der gesamte Wert des Erbes) vom handelsrechtlichen Gewinn in Abzug gebracht, erfüllt der Erbgang diese Vorgabe jedoch nicht mehr. Vielmehr wird im Ergebnis der Betrag der Erbschaftssteuer doppelt korrigiert und der steuerbare Gewinn fällt zu tief, bzw. der Verlust zu hoch aus, wie der vorliegende Fall belegt. Die Beschwerdeführerin wies in der Steuererklärung 2012 einen Verlust von rund 18 Millionen Franken aus. Dieser resultierte aus dem handelsrechtlichen Gewinn (rund 32 Millionen Franken), in welchem die Rückstellung für die Erbschaftssteuer schon mitberücksichtigt war, und dem anschliessenden Abzug des gesamten Kapitalzuwachses aus Erbschaft (rund 50 Millionen Franken), der die bereits erfolgswirksam geltend gemachte Erbschaftssteuer nochmals beinhaltet.
4.4. Richtig wäre es hingegen gewesen, die Rückstellung für die Erbschaftssteuer gemäss Art. 59 Abs. 1 lit. a als Aufwand abzuziehen, den Kapitalzuwachs gemäss Art. 60 lit. c DBG aber bloss netto (Fr. 32'001'314.--) und nicht brutto (Fr. 50'001'998.--) zu berücksichtigen. Nur in diesem geringeren Umfang besteht ein erfolgsneutraler Vorgang, der gemäss Art. 60 lit. c DBG vom steuerbaren Gewinn ausgenommen ist und vom Saldo der Erfolgsrechnung des Geschäftsjahres in Abzug gebracht werden kann. Dadurch beträgt der Verlust für die Steuerperiode 2012 nicht Fr. 18'016'205.--, sondern bloss Fr. 15'521.--. Nur diesen Betrag kann die Beschwerdeführerin im Rahmen der Verlustverrechnung geltend machen. Der steuerbare Reingewinn für die Steuerperiode 2013 bleibt hingegen gegenüber dem vorinstanzlichen Entscheid unverändert bei Fr. 1'973'000.-- wie auch das steuerbare Eigenkapital im Umfang von Fr. 32'157'000.--.
4.5. Der angefochtene Entscheid verletzt kein Bundesrecht und die Beschwerde ist abzuweisen.
XXV. Staats- und Gemeindessteuer
5.
Wortlaut sowie Inhalt von Art. 25 Abs. 1 lit. a StHG und von Art. 59 Abs. 1 lit. a DBG sind identisch. Inhaltlich gleich ist (und muss auch sein) die Regelung von § 65 Abs. 1 lit. a des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 des Kantons Zürich (StG/ZH; LS 631.1), wonach zum geschäftsmässig begründeten Aufwand auch "die Steuern, nicht aber Steuerbussen" gehören. Ebenfalls Übereinstimmung besteht zwischen Art. 24 Abs. 2 lit. c StHG, Art. 60 lit. c DBG und § 66 lit. c StG/ZH. Damit kann für die kantonalen Steuern vollumfänglich auf das zur direkten Bundessteuer Gesagte verwiesen werden. Demnach erweist sich die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet.
XXV. Kosten und Entschädigung
6.
Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1135/2016 und 2C_1136/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (2C_1136/2016) wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern (2C_1135/2016) wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 11'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. November 2017
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching