Erwägungen:
1.
Das Stadtrichteramt Zürich büsste den Beschwerdeführer am 20. Mai 2015 wegen Verletzung der Verkehrsregeln im Sinne von Art. 90 Abs. 1 SVG i.V.m. Art. 3 Abs. 1 VRV und Art. 31 Abs. 1 SVG. Die dagegen erhobene Einsprache zog der Beschwerdeführer an der Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Zürich vom 18. März 2016 zurück, worauf das Gericht das Verfahren mit Verfügung vom gleichen Tag als durch Rückzug der Einsprache erledigt abschrieb. Eine dagegen gerichtete Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich am 17. Juni 2016 ab.
Der Beschwerdeführer wendet sich ans Bundesgericht und beantragt, die Verfügung vom 17. Juni 2016 sei aufzuheben und seine Einsprache sei zu behandeln.
2.
Wer ein Rechtsmittel ergriffen hat, kann dieses zurückziehen. Der Rückzug der Einsprache gegen einen Strafbefehl (Art. 354 StPO) ist endgültig, es sei denn, die Partei sei durch Täuschung, eine Straftat oder eine unrichtige Auskunft zu ihrer Erklärung veranlasst worden (vgl. Art. 386 Abs. 3 StPO; Urteile 6B_1184/2014 vom 12. Januar 2015 E. 3; 6B_845/2011 vom 9. Januar 2012 E. 4.2).
3.
Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen wie bereits vor der Vorinstanz geltend, er sei von der Bezirksrichterin zum Rückzug gedrängt worden. Die Richterin habe ihn wissen lassen, dass ein Weiterzug an das Obergericht keine Aussichten auf Erfolg habe, da das Obergericht das erstinstanzliche Urteil nur auf allfällige Verfahrensfehler überprüfe. Zudem habe sie ihn aufgefordert, auch die mit einem Weiterzug verbundenen Kosten zu bedenken. Damit sei seine freie Entscheidung über einen Rückzug mindestens beeinträchtigt worden. Er habe sich dem von ihm empfundenen Druck nicht widersetzen können.
4.
Damit macht der Beschwerdeführer, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, keine Willensmängel im Sinne von Art. 386 Abs. 3 StPO geltend. Weder legt er dar, er sei getäuscht worden, noch behauptet er, die behördlichen Auskünfte der Bezirksrichterin seien falsch gewesen. Mit der Einschätzung über die Beweislage brachte die Bezirksrichterin erkennbar ihre persönliche Meinung als Einzelrichterin zum Ausdruck. Sodann informierte diese den Beschwerdeführer - wie dessen Beschwerde entnommen werden kann - korrekt über die beschränkte Kognition des Berufungsgerichts bei blossen Übertretungen (vgl. Art. 398 Abs. 4 StPO), wie sie vorliegend zu beurteilen waren. Gründe, welche die Endgültigkeit der Rückzugserklärung infrage stellen könnten, liegen folglich nicht vor. Die Beschwerde ist unbegründet und im Verfahren nach Art. 109 BGG abzuweisen.
5.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das vom Beschwerdeführer nachträglich eingereichte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von Art. 64 BGG abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2016
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld