Faits :
A.
A.a. B._ AG (ci-après: B._ ou la locataire), société dont le siège se trouve à U._, est active dans le formage superplastique de pièces en aluminium et en magnésium, qui ne sont pas réalisables en fabrication conventionnelle. Elle a repris ce domaine de C._ SA (dont la raison sociale a été modifiée en D._ SA en 2011), qui est une filiale à 100% de E._ AG. Depuis 2001, elle occupe la halle industrielle érigée sur la parcelle n°... de la commune de V._, immeuble appartenant à E._ AG depuis 2001, après avoir appartenu à différentes sociétés actives dans l'aluminium.
Aucun contrat de bail écrit n'a été produit en procédure.
Jusqu'en 2003, la locataire s'est acquittée d'un loyer annuel de 101'460 fr. par an.
A.b. Le sous-sol de l'immeuble sur lequel se trouve la halle étant contaminé, ce dont B._ n'a pu avoir connaissance, au mieux, qu'entre 2002 et 2004, des mesures d'assainissement ont été prévues.
Entre 2003 et 2007, des discussions ont eu lieu entre B._ et E._ au sujet de l'assainissement du sous-sol et d'autres défauts affectant la halle elle-même. Le rachat de la halle par la locataire a été l'objet de pourparlers contractuels.
Par appréciation des nombreux témoignages administrés par le tribunal, dont elle a exposé la teneur sur cinq pages, la cour cantonale a retenu, comme le tribunal, l'accord suivant:
" la bailleresse et la locataire sont convenues, dès le début de l'année 2004, de suspendre le paiement du loyer pour la mise à disposition de la halle à V._, jusqu'à ce que les défauts affectant celle-ci (cf. supra, consid. 2.6.4) soient éliminés, l'idée étant de fixer un nouveau loyer une fois la situation assainie, voire d'imputer, en cas d'aliénation de l'immeuble, tout ou partie des arriérés de loyers sur le prix de vente " (p. 19 consid. 2.7.5). Les défauts visés, tels qu'énumérés au consid. 2.6.4, sont, outre les déchets industriels dans le sous-sol de 70 à 80% de la partie nord de la halle, des fissures du sol et des différences de niveau entravant l'usage de fourches élévatrices, ainsi que des traces sur les parois liées à de précédents problèmes d'étanchéité.
Lors de l'inspection des lieux par le tribunal le 10 avril 2014, il a été constaté qu'entre 70 à 80% du terrain de la partie nord de la halle renferme toujours des déchets industriels.
A.c. A._ AG (ci-après: A._ ou la nouvelle propriétaire ou bailleresse), dont le siège se trouve à W._, a acheté l'immeuble sur lequel est érigée la halle par acte du 5 novembre 2010 et a été inscrite comme propriétaire au registre foncier le 20 décembre 2010. Au moment de l'achat, A._ ne pouvait qu'être consciente de l'existence de ces défauts dans la mesure où l'acte de vente stipule qu'elle a visité et examiné en détail le bien-fonds, que celui-ci figure à l'inventaire des sites pollués et que les obligations environnementales lui ont été transférées.
Le 20 mai 2011, A._ a informé la locataire qu'elle avait acquis divers actifs de E._, notamment la parcelle sur laquelle se trouve la halle et avait été surprise de constater qu'elle n'avait plus payé ses loyers depuis le mois de janvier 2004. Elle a également fait valoir différents montants pour des travaux effectués par la précédente bailleresse et des factures de métal impayées. Elle a mis la locataire en demeure de lui payer la somme de 871'649 fr. 30 jusqu'au 31 octobre 2001, sous menace de résiliation de son bail en vertu de l'art. 257d CO. Elle a renouvelé cette sommation le 20 septembre 2011.
Le vendredi 2 novembre 2011, la bailleresse a notifié, sur formule officielle, la résiliation du contrat de bail pour le 31 janvier 2012.
B.
La locataire a saisi la Commission de conciliation en matière de bail à loyer d'une action en contestation du congé le 5 décembre 2011.
L'autorisation de procéder lui ayant été délivrée le 26 janvier 2012, la locataire a déposé sa demande en justice contre la bailleresse A._ devant le Tribunal de district de Sierre le 24 février 2012, concluant, selon son écriture finale, à l'annulation du congé. Dans son écriture finale, la défenderesse a conclu simplement au rejet de la demande. Elle a retiré ses conclusions reconventionnelles en paiement du montant de 219'830 fr. avec intérêts échelonnés sur différents montants, et la demanderesse a retiré son chef de conclusions en prolongation du bail.
Les parties sont en litige au sujet de la validité de la résiliation pour défaut de paiement du loyer au sens de l'art. 257d CO. La nouvelle bailleresse invoque que la locataire utilise la halle, qu'elle a poursuivi sans interruption sa production sur le site et souhaite pouvoir y rester, mais qu'elle ne paie aucun loyer.
Le juge de district a admis la demande de la locataire et a annulé le congé signifié le 2 novembre 2011, par jugement du 10 juin 2014.
Statuant par arrêt du 11 décembre 2015, le Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté l'appel de la bailleresse et confirmé le jugement attaqué. Après une longue motivation au cours de laquelle il a examiné notamment s'il y avait eu fusion entre E._ et A._, ce qu'il a nié, examiné si le nouveau propriétaire au sens de l'art. 261 CO pouvait notifier une résiliation pour défaut de paiement des loyers antérieurs, qui lui auraient été cédés par le précédent propriétaire, question qu'elle a laissée ouverte, la cour cantonale a retenu que la résiliation n'était pas valable puisque la précédente propriétaire et la locataire étaient convenues d'une suspension du paiement du loyer à compter du 1 er janvier 2004 et jusqu'à l'élimination des défauts.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 29 janvier 2016, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que la résiliation du bail du 2 novembre 2011 est valable. Elle maintient à titre principal que le congé notifié pour demeure dans le paiement des loyer est valable.
L'intimée conclut au rejet du recours.
Chaque partie a encore déposé des observations.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile, compte tenu des féries de Noël (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF), par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire de bail (art. 72 al. 1 LTF) dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 265; 137 III 226 consid. 4.2; 136 III 552 consid. 4.2; 134 V 53 consid. 4.3; 133 II 249 consid. 1.4.3; 129 I 8 consid. 2.1).
2.2. Le recours en matière civile est recevable notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF). Il n'examine en principe que les questions soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Il n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 133 III 545 consid. 2.2).
3.
L 'objet de l'action et, partant, du présent litige en procédure simplifiée, est uniquement la validité ou non de la résiliation du bail pour défaut de paiement du loyer, au sens de l'art. 257d CO.
3.1. Aux termes de l'art. 257d CO, lorsque, après réception de la chose, le locataire a du retard pour s'acquitter d'un terme ou de frais accessoires échus, le bailleur peut lui fixer par écrit un délai de paiement et lui signifier qu'à défaut de paiement dans ce délai il résiliera le bail.
La demeure du locataire, au sens de cette disposition, suppose que la créance du bailleur soit exigible et que le locataire soit en retard dans l'exécution de l'obligation y relative. Point n'est besoin d'une interpellation du créancier, à l'inverse de ce que prescrit l'art. 102 al. 1 CO pour la mise en demeure ordinaire du débiteur (arrêts 4A_38/2007 du 7 août 2008 consid. 4.1; 4A_566/2011 du 6 décembre 2011 consid. 3.1). S'il est en retard dans le paiement du loyer (au sens large), le locataire est automatiquement en demeure simple, conformément à l'art. 102 al. 2 CO (TERCIER/FAVRE, Les contrats spéciaux, 4e éd. Zurich 2009, n. 2391).
Les parties peuvent modifier d'un commun accord leur contrat quant au paiement du loyer et, par exemple, le suspendre intégralement (DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, n. 3.4. p. 557).
3.2. Appréciant les nombreux témoignages administrés, la cour cantonale a retenu en fait que la bailleresse et la locataire " sont convenues, dès le début de l'année 2004, de suspendre le paiement du loyer pour la mise à disposition de la halle à V._, jusqu'à ce que les défauts affectant celle-ci (cf. supra consid. 2.6.4) soient éliminés, l'idée étant de fixer un nouveau loyer une fois la situation assainie, voire d'imputer, en cas d'aliénation de l'immeuble [à la locataire], tout ou partie des arriérés de loyers sur le prix de vente ". Les défauts visés sont les déchets industriels se trouvant dans 70 à 80% du sous-sol de la partie nord de la halle, les fissures du sol, les différences de niveaux entravant l'usage de fourches élévatrices et les traces sur les parois provoquées par de précédents problèmes d'étanchéité.
La cour cantonale en a déduit, en droit, que la précédente bailleresse a consenti au principe d'une suspension du paiement jusqu'à l'élimination des défauts et qu'en l'absence de nouvel accord avec la locataire concernant les modalités de paiement, respectivement de dénonciation de ce précédent accord, la condition résolutoire (soit l'élimination des défauts, qui aura pour effet de lever la suspension du devoir de payer le loyer) déployait toujours ses effets, de sorte que la locataire ne se trouvait pas en demeure et que la nouvelle bailleresse ne pouvait résilier le contrat en application de l'art. 257d CO.
Si elle a concédé à la bailleresse que les parties ne sont pas convenues d'une remise de loyer, puisque seule une remise de dette partielle (50%) avait été envisagée dans l'offre du 6 juin 2007, la cour cantonale n'a jamais tranché définitivement la question de savoir si la cession contenue dans l'acte de vente était suffisamment précise pour avoir entraîné la cession des arriérés de loyer (de 710'220 fr.) à la nouvelle propriétaire et si elle était donc valable, de sorte qu'elle ne s'est pas prononcée ni sur le principe ni sur le montant des arriérés de loyers (auquel s'ajoutaient encore d'autres factures) qu'avait invoqués la nouvelle bailleresse dans ses conclusions reconventionnelles, lesquelles ont fait l'objet d'un retrait.
3.3. Ce faisant, la cour cantonale n'a, notamment, pas statué sur la question de savoir si les loyers arriérés avaient été partiellement remis ou non. Cela n'était d'ailleurs pas nécessaire au vu de la suspension de paiement qu'elle a admise sur la base de l'accord sur la suspension de paiement passé entre la précédente propriétaire et la locataire. Tous les griefs, formulés de part et d'autre, en relation avec la remise de dette ou l'abandon de créances sont donc irrecevables.
Contrairement à ce que soutient la recourante dans sa réplique, la cour cantonale n'a pas admis que la locataire était en demeure.
La recourante ne s'en prend pas à l'appréciation des preuves de la cour cantonale au sujet de cet accord de suspension de paiement, ni n'invoque les art. 97 al. 1 LTF et 9 Cst. selon les exigences sévères de l'art. 106 al. 2 LTF. Si elle conteste que F._, à l'époque directeur et membre du conseil administration de la précédente propriétaire, ait pu engager la société, respectivement que son acte ait été ratifié, soutenant que le témoignage de celui-ci est erroné et qu'il reprend servilement l'affirmation de l'abandon de créances, elle ne le fait qu'en relation avec l'abandon de créances de loyers, respectivement la remise de dette, invoqués par la locataire, qui, comme on vient de le répéter, n'a pas été tranchée par la cour cantonale.
Lorsque la recourante expose qu'il fallait comprendre du témoignage de F._, le seul témoin direct de l'accord de suspension conditionnel, que les loyers devaient être renégociés après la remise en état de la chose louée et qu'à ce moment-là, les montants investis par la locataire seraient pris en compte, la recourante ne remet nullement en question la suspension de l'obligation de paiement retenue par la cour cantonale, mais à nouveau exclusivement la question de l'abandon des créances de loyers.
Toutes les critiques de la recourante se focalisant sur l'abandon ou la remise des créances de loyers, que la cour cantonale n'a pas tranchée, elles sont donc irrecevables. La cour cantonale n'a pas statué non plus sur la comptabilisation des loyers dans la comptabilité de la précédente propriétaire et sur la portée de celle-ci, de sorte que les critiques à ce sujet, et la prétendue violation de l'art. 8 CC, sont irrecevables, respectivement infondées.
En tant que la recourante soutient que l'intimée serait en demeure, parce que, vu les défauts, l'arrêt de tout paiement de loyer ne se justifiait pas au regard des droits du locataire selon les art. 259a ss CO, elle méconnaît totalement la motivation de la cour cantonale relative à l'accord passé. Vu cet accord, il n'y a pas lieu de se prononcer sur ce que la locataire a écrit antérieurement à sa bailleresse et sur le fait qu'elle aurait suspendu unilatéralement le paiement des loyers sans respecter les art. 259a ss CO.
Quant au grief, difficile à suivre, selon lequel le congé de l'art. 257d CO serait contraire aux règles de la bonne foi, il est sans objet puisqu'il n'y a pas de congé de l'art. 257d CO, faute de demeure de la locataire.
4.
Le recours doit donc être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF), qui versera également une indemnité de dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 6'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge de la Cour civile I du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 2 septembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget