Faits :
A.
Par ordonnance du 25 février 2016, le Ministère public du canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte que X._ avait déposée pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, lésions corporelles simples, menaces et injures contre son épouse, A._, et B._.
B.
Par arrêt du 25 avril 2016, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par X._ contre l'ordonnance de non-entrée en matière.
C.
Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Ministère public pour complément d'instruction. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
1.1. En vertu de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même celle-ci aurait déjà déclaré de telles prétentions (cf. art. 119 al. 2 let. b CPP), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. art. 320 al. 3 CPP). Dans tous les cas, il incombe par conséquent au plaignant d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles il entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (ATF 141 IV 1 consid. 1.1 p. 4 s.).
1.2. Dans sa plainte, le recourant précisait agir en premier lieu pour le compte de sa fille mineure, C._, née en 2008, pour des actes d'ordre sexuel et des lésions corporelles dont elle avait été victime, ainsi que pour son propre compte s'agissant des chefs de violences conjugales, menaces et injures. La cour cantonale a admis que le recourant, détenteur de l'autorité parentale, était légitimé à agir pour le compte de sa fille, mineure, en tant qu'elle aurait subi, personnellement, des actes d'ordre sexuel, ainsi que des lésions corporelles, même si, formellement, la fillette C._ n'apparaît pas en tant que partie sur la première page de l'arrêt. Dans son mémoire de recours au Tribunal fédéral, le recourant explique qu'il agit, d'une part, en tant que lésé et, d'autre part, en tant que père de C._, qui est également lésée. Dans la mesure où la cour cantonale n'a pas dissocié formellement les deux statuts procéduraux revendiqués par le recourant, il paraît délicat d'exiger que le recourant le fasse dans son mémoire de recours.
Le recourant indique qu'il est partie plaignante et qu'il entend faire valoir des prétentions pour tort moral. On comprend qu'il s'agit d'un tort moral propre (pour les infractions commises à son égard) et de prétentions pour sa fille (en ce qui concerne les infractions commises à l'encontre de cette dernière). Les agissements dénoncés dans le cas d'espèce constituent des infractions contre l'intégrité sexuelle, des menaces et des lésions corporelles. La décision de non-entrée en matière apparaît donc de nature à influencer négativement le jugement des prétentions civiles du recourant et de la fillette, spécifiquement du tort moral. Quoi qu'il en soit, vu le sort du recours, qui doit être rejeté, cet aspect peut rester ouvert.
2.
Le recourant débute ses écritures par une présentation des faits. Dans la mesure où il s'écarte des faits retenus par la cour cantonale sans démontrer que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire, son exposé est appellatoire et, partant, irrecevable (cf. art. 106 al. 2 LTF).
3.
Le recourant se plaint d'une violation de l'art. 310 CPP.
Conformément à l'art. 310 CPP, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis (let. a) ou qu'il y a lieu de renoncer à l'ouverture d'une poursuite pénale lorsque les conditions de l'art. 52 CP sont remplies (let. c).
L'art. 52 CP prévoit que l'autorité compétente renonce à poursuivre l'auteur, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine si sa culpabilité et les conséquences de son acte sont peu importantes. L'importance de la culpabilité et celle du résultat dans le cas particulier doivent être évaluées par comparaison avec celle de la culpabilité et celle du résultat dans les cas typiques de faits punissables revêtant la même qualification; en effet, il ne s'agit pas d'annuler, par une disposition générale, toutes les peines mineures prévues par la loi pénale (ATF 135 IV 130 consid. 5.3.3 p. 135 s.). La culpabilité de l'auteur se détermine selon les règles générales de l'art. 47 CP (ATF 135 IV 130 consid. 5.2.1 p. 133 s.), mais aussi selon d'autres critères, comme le principe de célérité ou d'autres motifs d'atténuation de la peine indépendants de la faute (tels que l'écoulement du temps depuis la commission de l'infraction; ATF 135 IV 130 consid. 5.4 p. 137).
3.1. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir renoncé à toute poursuite s'agissant des infractions de lésions corporelles, d'injures et de menaces que son épouse aurait commises à son égard.
3.1.1. S'agissant de la dénonciation d'infraction de lésions corporelles, la cour cantonale a admis l'existence d'une éraflure de 2 cm au niveau de la clavicule, laquelle relèverait, selon elle, plutôt des voies de fait. Elle a renoncé à la poursuite pénale par application de l'art. 52 CP ainsi que des art. 8 al. 1 et 310 al. 1 let. c CPP, au vu des circonstances particulières de la cause. En effet, elle a considéré que l'intimée avait saisi l'aspirateur lors d'une altercation et que cet acte devait être considéré comme un " cas-bagatelle " au sens de l'art. 52 CP, car la culpabilité de l'auteur, comme les conséquences pour l'intégrité physique ou la santé du recourant étaient de peu d'importance.
La cour cantonale a ainsi renoncé à poursuivre pour défaut d'intérêt à punir (art. 52 CP). Elle n'a pas exclu que l'intimée ait commis une infraction. Partant, la décision de non-entrée en matière attaquée n'est pas susceptible d'influencer négativement sur le jugement des prétentions civiles. Le recourant n'a donc pas la qualité pour recourir s'agissant de cette infraction.
3.1.2. En ce qui concerne la dénonciation pour injure, la cour cantonale a retenu que l'intimée avait traité le recourant de " fils de pute ", le 24 août 2015, lors d'un entretien téléphonique, au cours duquel elle avait réclamé en vain à parler à C._, signifiant par-là à son interlocuteur son exaspération face à l'obstination de celui-ci de refuser qu'elle puisse discuter avec leur fille. Elle a toutefois renoncé à toute poursuite en application de l'art. 52 CP, dès lors que cette injure avait été proférée lors d'une discussion houleuse entre le recourant et sa femme, de sorte que la culpabilité de l'intimée et les conséquences de l'infraction étaient de peu d'importance.
La cour cantonale a de nouveau fait application de l'art. 52 CP. Dans cette mesure, la procédure pénale n'est pas susceptible d'avoir un éventuel effet sur le jugement des prétentions civiles et de les compromettre (cf. art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF), ce qui exclut la qualité pour recourir sur ce point également.
3.1.3. S'agissant de la dénonciation pour menaces, la cour cantonale a retenu que, le 25 août 2015, l'intimée avait laissé sur la boîte vocale du téléphone du recourant, un message, dans lequel elle affirmait qu'elle lui " ferait du mal " s'il entendait lui " enlever " C._. Elle a renoncé à toute poursuite au motif que les éléments constitutifs de l'infraction de menaces n'étaient pas réalisés. En effet, l'expression " faire du mal " était trop générique pour être objectivement de nature à effrayer ou alarmer un destinataire raisonnable. Elle a ajouté que le recourant n'avait pas avancé avoir été, d'une manière ou d'une autre, entravé dans sa liberté d'agir.
L'art. 180 al. 1 CP réprime le comportement de celui qui, par une menace grave, aura alarmé ou effrayé une personne. Sur le plan objectif, la punition de l'infraction de menaces suppose la réalisation de deux conditions. Premièrement, il faut que l'auteur ait émis une menace grave, à savoir une menace objectivement de nature à alarmer ou à effrayer la victime. On tient compte de la réaction qu'aurait une personne raisonnable, dotée d'une résistance psychologique plus ou moins normale, face à une situation identique (ATF 122 IV 97 consid. 2b p. 100). En second lieu, il faut que la victime ait été effectivement alarmée ou effrayée. L'infraction est intentionnelle, le dol éventuel étant suffisant (arrêt 6B_871/2014 du 24 août 2015 consid. 2.2.2).
C'est à juste titre que la cour cantonale a retenu que les conditions de l'infraction de la menace n'étaient pas réalisées. En effet, au vu des circonstances, la menace ne peut pas être qualifiée de grave. Les époux se trouvaient dans un grave conflit conjugal; le recourant avait quitté le domicile conjugal et rejoint un foyer en emmenant sa fille. Dans ce contexte conflictuel, la menace proférée par l'intimée, qui a un caractère emporté, procède davantage de l'expression de sa colère que d'une réelle intention dolosive à l'endroit du recourant. Du reste, selon l'état de fait cantonal, le recourant n'a effectivement pas été alarmé par ces propos. Le recourant prétend certes le contraire dans son mémoire au Tribunal fédéral, mais sans démontrer l'arbitraire de la constatation de fait cantonale, de sorte que son argumentation est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF). Le recourant fait, en outre, grief à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire lorsqu'elle retient que l'intimée avait des motifs de craindre d'être exclue de la vie de sa fille, voire d'être furieuse, ou à tout le moins irritée, par les mesures drastiques sollicitées par le recourant à son encontre. Dans la mesure où ce grief n'est pas directement en lien avec les conditions de l'art. 180 CP, il n'est pas pertinent et, partant, infondé.
4.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir renoncé à toute poursuite s'agissant des infractions de lésions corporelles et d'actes d'ordre sexuel commises à l'encontre de sa fille.
4.1. S'agissant des prétendues violences physiques subies par sa fille C._, la cour cantonale a retenu que la cicatrice constatée sur le genou de la fillette résultait d'une chute. Le certificat médical du 3 septembre 2015 établi par le Service des urgences pédiatriques relève une lésion superficielle en cours de guérison, sans préciser que cette marque serait susceptible de provenir d'une brûlure de cigarette. La cour cantonale a donc exclu tout acte de maltraitance et a renoncé à toute poursuite.
L'appréciation de la cour cantonale n'est pas critiquable. Elle s'est fondée sur les déclarations de la fillette et de l'intimée, qui sont d'accord qu'il s'agit d'une chute. En outre, le certificat médical confirme cette version des faits. Dans ces conditions, les probabilités d'un acquittement sont plus vraisemblables que celles d'une condamnation. La cour de céans ne voit pas en quoi une nouvelle audition de l'intimée apporterait des éléments nouveaux pouvant changer cette appréciation. Le grief soulevé doit donc être rejeté.
4.2. Concernant la brûlure au visage, la cour cantonale a retenu qu'aucun indice n'indiquait que celle-ci aurait été volontairement et cruellement occasionnée à la fillette par sa mère. En effet, la fillette avait expliqué, avec constance, s'être effectivement brûlée à une cigarette que fumait sa mère, alors qu'elle s'était, inopinément, précipitée sur elle, sans voir qu'elle avait une cigarette en main, un jour où elles s'étaient rendues à la piscine. L'intimée a corroboré le déroulement de cette scène, indiquant que sa fille l'avait soudainement serrée dans ses bras, alors qu'elle ne s'y attendait pas. La cour cantonale a donc exclu que les conditions d'application de l'art. 123 CP et de l'art. 126 CP soient réalisées faute d'élément intentionnel.
L'appréciation de la cour cantonale ne suscite aucune critique. Il n'existe aucun indice que la brûlure résulterait d'un acte intentionnel de maltraitance. L'intimée et la fillette ont déclaré qu'il s'agissait d'un accident, ce que n'infirme pas le certificat médical. La cour de céans ne voit pas ce que pourrait en apporter de plus le témoignage de B._ et une nouvelle audition de l'intimée, et le recourant ne l'explique pas. Là aussi, les probabilités d'acquittement sont plus vraisemblables que celles d'une condamnation. Partant, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a confirmé l'ordonnance de non-entrée en matière.
4.3. Enfin, le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir suffisamment instruit la question des actes d'ordre sexuel perpétrés par B._ sur l'enfant C._.
4.3.1. Le recourant a exposé que sa fille lui aurait rapporté avoir dormi l'après-midi du 14 juin 2015, dans le même lit que sa mère et B._, le compagnon de cette dernière. L'intimée a contesté ces faits, expliquant que B._ se trouvait à son domicile; que le recourant était arrivé à l'improviste pour discuter et qu'elle avait " caché " son amant dans la chambre de sa fille, fermant la porte à clé, tout en affirmant que C._ allait et venait sans se préoccuper du fait que B._ était dans la chambre. Lors de son audition du 21 octobre 2015, l'enfant a déclaré que lorsqu'elle se rendait au domicile de B._ avec sa mère, elle dormait dans le lit de D._, le fils de ce dernier, et que sa maman dormait avec B._. Elle n'a jamais évoqué qu'une fois, ils auraient dormi tous les trois ensemble, que ce soit dans sa chambre ou dans l'appartement de B._. Malgré l'insistance de l'agent chargé de l'interroger, la fillette n'a jamais répété qu'elle aurait préféré ne pas voir certains gestes ou attitudes de l'un ou l'autre des adultes précités qui lui auraient déplu ou qui l'auraient dérangée. A défaut d'un autre témoin des événements litigieux, la cour cantonale a considéré qu'aucune des versions ne pouvait être privilégiée et que l'on ne pouvait conclure des seules allégations du recourant que C._ avait été mêlée à un jeu sexuel qui se serait déroulé entre sa mère et son amant.
Vu les déclarations de la fillette, qui a été interrogée par un agent de police, la cour cantonale pouvait considérer, sans abuser de son pouvoir d'appréciation, que les chances d'acquittement étaient supérieures à la probabilité d'une condamnation pour acte d'ordre sexuel. Il n'y avait pas lieu d'interroger encore B._ et, une nouvelle fois, l'intimée.
4.3.2. Le recourant soutient que C._ a été confrontée à des jeux à connotation sexuelle, dès lors qu'elle avait vu B._ montrer ses fesses et se trémousser devant la caméra du téléphone portable de l'intimée. Sur la base des images filmées par D._, la cour cantonale a retenu que B._ avait baissé son pantalon et montré ses fesses, en présence de C._. Elle a considéré que B._ faisait le pitre et que, dans les conditions de l'espèce, le fait de se déshabiller n'était pas propre à mettre en danger le développement harmonieux de l'enfant.
Selon l'art. 187 CP, se rend coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, entre autres, celui qui aura mêlé un enfant de moins de 16 ans à un acte d'ordre sexuel. Le fait de mêler un enfant à un acte d'ordre sexuel signifie que l'auteur place l'enfant comme spectateur de ses agissements sexuels et en fait ainsi un objet sexuel. Cela est notamment le cas lorsque l'auteur se masturbe devant l'enfant avec tous les signes d'une excitation sexuelle (ATF 129 IV 168 consid. 3.1 p. 169). En revanche, le fait de se déshabiller et de se montrer nu ne constitue pas en soi un acte d'ordre sexuel (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3e éd., 2010, n° 9 ad art. 187 CP). En l'espèce, il ressort de l'état de fait cantonal que B._ a exhibé son postérieur " pour rire ", de sorte que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en admettant que cet acte était dépourvu de toute connotation sexuelle et ne tombait pas sous le coup de l'art. 187 CP. C'est à juste titre qu'elle a renoncé à toute poursuite. Les faits n'étant pas contestés, la cour de céans ne voit pas en quoi l'audition de B._ serait nécessaire.
5.
Le recourant dénonce la violation de son droit d'être entendu, ainsi que des art. 6 al. 1 et 139 CPP.
Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 126 I 15 consid. 2a/aa p. 16; 124 I 49 consid. 3a p. 51). En procédure pénale, l'art. 318 al. 2 CPP prévoit que le ministère public peut écarter une réquisition de preuves si celle-ci porte sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés en droit. Selon l'art. 139 al. 2 CPP, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés. Le législateur a ainsi consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves. Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (ATF 136 I 229 consid. 5.3 p. 236).
La maxime de l'instruction oblige les autorités pénales à rechercher d'office tous les faits pertinents (cf. art. 6 CPP). Elle n'oblige toutefois pas le juge à administrer d'office de nouvelles preuves lorsqu'il a déjà former son opinion sur la base du dossier et parvient à la conclusion que les preuves en question ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. arrêt 6B_481/2013 du 13 mars 2014 consid. 1.4).
Dans son argumentation, le recourant se plaint du défaut de mesures d'instruction. Il ne précise toutefois pas les mesures d'instruction que la cour cantonale aurait dû ordonner ni sur quels faits celles-ci auraient dû porter. Insuffisamment motivés (cf. art. 106 al. 2 LTF), les griefs soulevés sont irrecevables.
6.
Dénonçant une violation de l'art. 385 CPP, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir déclaré irrecevable l'acte complémentaire du 6 avril 2016.
Il ressort de ce courrier du 6 avril 2016 que l'intimée s'est disputée avec son amant et que la fillette a eu un hématome sur la joue droite d'origine non déterminée. Par ce courrier, le recourant ne produit pas de nouveaux moyens de preuve, mais dénonce des faits nouveaux, qui ne font pas partie de l'objet du litige. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a considéré ce courrier irrecevable. Le grief soulevé doit être rejeté.
7.
Se référant à l'art. 136 al. 1 CPP, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté sa demande d'assistance judiciaire, faute de chances de succès.
Selon l'art. 136 al. 1 CPP, la direction de la procédure accorde entièrement ou partiellement l'assistance judiciaire à la partie plaignante indigente (let. a) pour lui permettre de faire valoir ses prétentions civiles si l'action civile ne paraît pas vouée à l'échec (let. b). L'alinéa 2 de cette disposition prévoit que l'assistance judiciaire comprend l'exonération d'avances de frais et de sûretés (let. a), l'exonération des frais de procédure (let. b) et/ou la désignation d'un conseil juridique gratuit, lorsque la défense des intérêts de la partie plaignante l'exige (let. c). Cette norme reprend ainsi les trois conditions cumulatives découlant de l'art. 29 al. 3 Cst., à savoir l'indigence, les chances de succès et le besoin d'être assisté. L'art. 136 CPP concerne toutefois spécifiquement les conclusions civiles (arrêt 6B_458/2015 du 16 décembre 2015, consid. 4).
En particulier, l'assistance judiciaire sera refusée s'il apparaît d'emblée que les faits pertinents allégués sont invraisemblables et ne pourront pas être prouvés. Cette hypothèse sera notamment réalisée lorsque le recourant a été incapable de prouver sa version dans une procédure de première instance et qu'il n'invoque, de manière crédible, aucun moyen de preuve nouveau. En l'espèce, dans son ordonnance de non-entrée en matière, le ministère public avait constaté que les déclarations des parties étaient contradictoires et que l'audition de C._ n'avait pas permis d'établir les faits dénoncés. Dans ces conditions, en l'absence de nouvelle preuve, le recours était voué à l'échec. Contrairement à ce que soutient le recourant, les chances de succès d'un recours ne découlent pas de la longueur de l'arrêt attaqué. Il appartient en effet à l'autorité cantonale, sauf à violer le droit d'être entendu du recourant, de répondre aux différents griefs. La cour cantonale n'a donc pas violé le droit fédéral en refusant l'assistance judiciaire.
8.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 27 avril 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin