Faits :
A.
Par jugement du 1er décembre 2015, le Tribunal de police de la République et canton de Genève a condamné X._ pour actes d'ordre sexuel avec des enfants à une peine pécuniaire de 150 jours-amende à 30 fr. le jour, sous déduction d'un jour-amende correspondant à un jour de détention subi avant jugement, avec sursis durant cinq ans. Cette peine était complémentaire à celles prononcées les 24 février 2015 et 14 juin 2015, le sursis octroyé par le ministère public le 24 février 2015 n'étant pas révoqué.
B.
Par arrêt du 11 mai 2016, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice de la République et canton de Genève a admis l'appel de X._, annulé le jugement précité, acquitté X._ du chef d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, dit que le jour de détention précité était imputé sur la peine pécuniaire de 120 jours-amende infligée le 24 février 2015. La Chambre pénale a également arrêté le montant des frais et honoraires du conseil du recourant, ayant agi comme défenseur d'office pour les procédures de première instance et d'appel.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à son annulation en tant qu'il dit que le jour de détention précité doit être imputé sur la peine pécuniaire infligée le 24 février 2015 et lui refuse une indemnité pour tort moral. Il sollicite l'octroi à la charge de l'Etat d'une somme de 6000 francs. A titre subsidiaire, il requiert le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Considérant en droit :
1.
Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir imputé le jour de détention subi dans la présente procédure sur la peine pécuniaire de 120 jours-amende qui lui a été infligée le 24 février 2015, avec sursis. Cette imputation violerait l'art. 51 CP et l'art. 429 al. 1 let. c CPP ainsi que la jurisprudence en découlant, de même que l'interdiction de l'arbitraire.
1.1. Aux termes de l'art. 51 CP, le juge impute sur la peine la détention avant jugement subie par l'auteur dans le cadre de l'affaire qui vient d'être jugée ou d'une autre procédure. Un jour de détention correspond à un jour-amende ou à quatre heures de travail d'intérêt général.
Il découle de cette disposition qu'une peine privative de liberté doit, si possible, être compensée avec la privation de liberté déjà intervenue, même dans une autre procédure (ATF 141 IV 236 consid. 3.3 p. 239; 133 IV 150 consid. 5.1 p. 154 s.). La détention avant jugement doit être imputée sur la peine, indépendamment du fait que celle-ci soit assortie du sursis ou non et qu'il s'agisse d'une peine pécuniaire ou privative de liberté (ATF 141 IV 236 consid. 3.3 p. 239; 135 IV 126 consid. 1.3.6 p. 129). La question de l'indemnisation d'une détention injustifiée ne se pose en principe que si une imputation suffisante de cette détention sur une autre sanction au sens de l'art. 51 CP n'est plus possible. L'indemnisation financière est ainsi subsidiaire à l'imputation. L'intéressé n'a pas le droit de choisir entre ces deux voies (ATF 141 IV 236 consid. 3.3 p. 239 et les références).
1.2. Il ressort de l'arrêt entrepris que le recourant a été condamné le 24 février 2015 à une peine pécuniaire de 120 jours-amende, à 30 fr. le jour. Il a également été sanctionné le 14 juin 2015 d'une peine pécuniaire de 90 jours-amende, à 40 fr. le jour. La première peine a été assortie du sursis, la seconde a été exécutée par le recourant.
Au vu de l'art. 51 CP et de la jurisprudence y relative, l'autorité précédente a à juste titre imputé le jour de détention subi avant jugement dans la présente procédure pénale sur la peine pécuniaire prononcée le 24 février 2015, ce même si dite peine a été prononcée avec sursis et le sursis non révoqué. Une telle imputation ne viole pas l'art. 51 CP. Dès lors qu'une imputation de ce jour de détention était licite, la question de son indemnisation ne se posait plus. Cela exclut à cet égard une violation de l'art. 429 al. 1 let. c CPP ainsi que de la jurisprudence y relative.
1.3. Le recourant estime que cette imputation revient à attribuer au jour de détention injustifiée la valeur de 30 fr., correspondant au montant du jour-amende prononcé le 24 février 2015, ce qui serait arbitraire. L'imputation prononcée est conforme à la méthode de calcul imposée par le législateur: l'art. 51 2ème phrase CP prévoit expressément qu'un jour de détention correspond à un jour-amende. Le grief est infondé.
2.
Selon le recourant, le refus de lui accorder une indemnité pour tort moral, fondée sur l'art. 429 al. 1 let. c CPP, viole cette disposition, l'art. 429 al. 2 CPP et l'art. 49 CO.
Au vu de l'imputation du jour de détention subi sur une peine précédemment prononcée, sa détention ne pouvait justifier l'octroi d'une indemnité pour tort moral. Reste à examiner si d'autres aspects de la procédure le pouvaient.
2.1. Aux termes de l'art. 429 al. 1 let. c CPP, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit une réparation du tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté.
L'intensité de l'atteinte à la personnalité doit être analogue à celle requise dans le contexte de l'art. 49 CO. Outre la détention, peut constituer une grave atteinte à la personnalité, par exemple, une arrestation ou une perquisition menée en public ou avec un fort retentissement médiatique, une durée très longue de la procédure ou une importante exposition dans les médias, ainsi que les conséquences familiales, professionnelles ou politiques d'une procédure pénale, de même que les assertions attentatoires aux droits de la personnalité qui pourraient être diffusées par les autorités pénales en cours d'enquête. En revanche, il n'y a pas lieu de prendre en compte les désagréments inhérents à toute poursuite pénale comme la charge psychique que celle-ci est censée entraîner normalement chez une personne mise en cause. La gravité objective de l'atteinte doit être ressentie par le prévenu comme une souffrance morale. Il incombe à ce dernier de faire état des circonstances qui font qu'il a ressenti l'atteinte comme étant subjectivement grave. La fixation du tort moral procède d'une appréciation des circonstances et l'autorité compétente bénéficie d'un large pouvoir d'appréciation en la matière. Le Tribunal fédéral n'intervient que si l'autorité précédente a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée (arrêt 6B_928/2014 du 10 mars 2016 consid. 5.1, non publié in ATF 142 IV 163, et les références citées).
2.2. Selon l'art. 429 al. 2 CPP, l'autorité pénale examine d'office les prétentions du prévenu. Elle peut enjoindre à celui-ci de les chiffrer et de les justifier.
La jurisprudence a déduit de cette disposition qu'il incombe à l'autorité pénale, à tout le moins, d'interpeller le prévenu sur la question de l'indemnité et de l'enjoindre au besoin de chiffrer et justifier ses prétentions en indemnisation. L'autorité pénale n'a en revanche pas à établir d'office tous les faits pertinents pour le jugement des prétentions en indemnisation (ATF 142 IV 237 consid. 1.3.1 p. 240). Le prévenu a un devoir de collaboration (arrêt 6B_928/2014 précité consid. 2, non publié in ATF 142 IV 163, et la référence citée).
2.3. Dans sa déclaration d'appel, le recourant a conclu à l'indemnisation du jour de détention avant jugement subi à hauteur de 1'000 francs. Invité par l'autorité précédente à justifier ses prétentions en indemnisation, il les a augmentées de 5'000 fr. mais n'a fourni aucune indication permettant de comprendre quelle aurait été l'atteinte à sa personnalité, hormis celle due à la détention, dont l'ampleur justifierait l'octroi d'une indemnité pour tort moral. L'autorité précédente a jugé ces prétentions complémentaires tardives. Elle a ensuite estimé qu'il n'apparaissait pas que la procédure pénale ait affecté le recourant au-delà de ce qui était inhérent au processus judiciaire. Il ne faisait pas état d'une quelconque publicité de l'affaire. Sur le plan familial et privé, il avait renoué avec son épouse et ses relations personnelles n'avaient pas autrement pâti de la procédure. L'évocation de considérations d'ordre général sur le regard que portent les " gens " à la suite de ce type d'accusations ne suffisait à tout le moins pas à démontrer le contraire. L'autorité précédente a dès lors rejeté les prétentions du recourant en réparation du tort moral.
2.4. Avec le recourant, il convient de relever que ses prétentions augmentées ne pouvaient être jugées tardives car formulées uniquement dans le délai imparti par l'autorité précédente conformément à l'art. 429 al. 2 CPP.
Cela dit, on ne saurait voir dans la décision de l'autorité précédente une violation de cette disposition s'agissant de l'indemnité réclamée pour les causes autres que la détention. L'autorité précédente a en effet imparti un délai au recourant afin qu'il chiffre et justifie ses prétentions en indemnisation. Bien qu'assisté d'un avocat, il n'a formulé dans le délai imparti que des considérations d'ordre général et invoqué la durée de la procédure pénale. Il n'a aucunement exposé en quoi sa personnalité aurait été subjectivement, dans le cas d'espèce, gravement atteinte par la procédure pénale. L'autorité précédente n'avait pas à rechercher elle-même ces éléments, qu'il incombait au recourant d'établir en vertu de son devoir de collaboration. On ne saurait dès lors reprocher à l'autorité précédente, qui a interpellé le recourant pour qu'il justifie ses prétentions, face à une motivation non convaincante, de n'avoir pas instruit plus avant sur ce point.
2.5. Afin de justifier l'existence et l'importance de son tort moral, le recourant se réfère à des faits qui ne sont pas constatés par l'autorité précédente, sans invoquer et démontrer l'arbitraire de leur omission. Conformément aux art. 105 al. 1 et 106 al. 2 LTF, il ne saurait en être tenu compte ici. La longueur de la procédure, soit deux ans et demi, ne justifiait à elle seule pas une indemnisation pour tort moral. Au vu des faits constatés par l'autorité précédente, force est de constater que celle-ci n'a pas violé l'art. 429 al. 1 let. c CPP ou l'art. 49 CO en estimant que le tort moral subi par le recourant, tel qu'exposé par lui, n'apparaissait pas suffisamment grave pour justifier que lui soit accordée une indemnité pour tort moral.
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire est refusée au recourant (art. 64 al. 1 LTF). Celui-ci supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 17 mai 2017
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod