Faits :
A.
A.a. A._ a travaillé au service de la société B._ (Suisse) SA en qualité de magasinier, à compter du 18 août 2006. A ce titre, il était assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA).
A.b. Le 7 septembre 2006, l'assuré a été victime d'un accident, alors qu'il circulait au volant de son véhicule. Au croisement de deux routes, il a été percuté sur le flanc droit par un camion. Il a été transporté à l'hôpital D._, où il a été hospitalisé jusqu'au 12 septembre suivant. Les médecins du service de chirurgie thoracique et vasculaire de l' hôpital D._ ont posé les diagnostics principaux de pneumothorax droit drainé, contusion pulmonaire minime, fracture des côtes cervicales droites, "fracture-arrachement" de l'épine iliaque antéro-supérieure droite, plaie du conduit auditif externe droit et fracture du coude droit. Ils ont en outre retenu le diagnostic secondaire de décompensation psychotique (rapport du 19 septembre 2006). La CNA a pris en charge le cas.
L'assuré a présenté une incapacité totale de travail et n'a plus repris son travail. Son contrat de travail a été résilié au 30 avril 2007.
A.c. Par lettre du 9 avril 2009, la CNA a informé l'assuré qu'elle mettait un terme à la prise en charge des frais de traitement (sous réserve de certaines prestations), ainsi qu'au versement des indemnités journalières à compter du 31 mai 2009.
Par décision du 5 mai suivant, elle a alloué à l'assuré une indemnité pour atteinte à l'intégrité d'un taux de 7,5 %, se fondant sur l'appréciation de son médecin d'arrondissement, la doctoresse C._, spécialiste en rhumatologie et médecine interne (cf. rapport du 13 mars 2009). En outre, elle a nié le droit de l'assuré à une rente d'invalidité et refusé d'engager sa responsabilité pour les troubles psychogènes, en raison de l'absence de causalité adéquate entre ces troubles et l'accident du 7 septembre 2006.
Saisie d'une opposition contre la décision du 5 mai 2009, la CNA l'a partiellement admise en ce sens qu'elle a mis fin au droit de l'assuré aux prestations en nature et en espèces avec effet au 18 juin 2009 en lieu et place du 31 mai 2009 (décision sur opposition du 9 novembre 2009).
B.
B.a. A._ a interjeté un recours contre la décision sur opposition devant la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Le Juge instructeur a ordonné une expertise judiciaire pluridisciplinaire, laquelle a été réalisée par le docteur E._, chef de clinique au sein du service de rhumatologie de l'hôpital D._, et par les docteurs F._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, et G._, médecin assistant au sein du Département de psychiatrie de l'hôpital D._. Sur le plan somatique, l'expert a essentiellement fait état de douleurs chroniques au niveau du membre supérieur droit, des genoux et de la hanche droite, se traduisant par une importante boiterie. Sur le plan psychique, les experts ont retenu les diagnostics de syndrome douloureux somatoforme persistant (F45.4) et de troubles anxieux et dépressifs mixtes (F41.2).
Statuant le 29 septembre 2014, l'autorité cantonale a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 9 novembre 2009 et renvoyé la cause à la CNA pour calcul des prestations au sens des considérants. En résumé, elle a considéré que l'assuré avait droit aux indemnités journalières ainsi qu'à la prise en charge des frais de traitement jusqu'au 3 septembre 2009, date à partir de laquelle les traitements n'étaient plus susceptibles de faire évoluer sensiblement l'état de santé de celui-ci sur le plan somatique et psychique. En outre, elle a retenu que les troubles anxieux et dépressifs mixtes entraînaient à eux seuls une incapacité totale de travail et elle a renvoyé la cause à la CNA pour que celle-ci fixe le montant de la rente d'invalidité à laquelle avait droit l'assuré et procède à une nouvelle estimation du taux de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité, en incluant l'affection psychique.
B.b. Sur recours formé par la CNA, le Tribunal fédéral a annulé le jugement cantonal précité par arrêt rendu le 16 novembre 2015 (8C_804/2014) et a renvoyé la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Il est arrivé à la conclusion que l'accident du 7 septembre 2006 ne pouvait être tenu pour la cause adéquate des troubles psychiques de l'assuré. Constatant que la juridiction cantonale n'avait pas examiné la question de l'incapacité de travail de l'assuré due aux atteintes somatiques, ni celle du taux de l'atteinte à l'intégrité pour ces seules atteintes, le Tribunal fédéral lui a renvoyé la cause pour nouvelle décision.
B.c. Par arrêt du 1 er février 2017, la Cour des assurances sociales a admis le recours, annulé la décision sur opposition du 9 novembre 2009 et renvoyé la cause à la CNA pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle a statué que l'assuré avait droit aux indemnités journalières ainsi qu'à la prise en charge des frais de traitement jusqu'au 3 septembre 2009. En outre, elle a retenu que les troubles somatiques entraînaient une incapacité de travail de 50 % et a renvoyé la cause à la CNA pour que celle-ci fixe le montant de la rente d'invalidité à laquelle avait droit l'assuré et procède à une nouvelle estimation du taux de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité.
C.
La CNA forme un recours en matière de droit public. Elle demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement cantonal en ce qu'il reconnaît à l'intimé une capacité de travail réduite de moitié dans une activité adaptée et de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle procède à la mise en oeuvre d'une nouvelle expertise médicale sur le plan purement somatique.
L'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite. La cour cantonale et l'Office fédéral de la santé publique ont renoncé à se déterminer.
Considérant en droit :
1.
1.1. En tant que l'autorité cantonale renvoie la cause à la CNA pour nouvelle décision, son jugement doit être qualifié de décision incidente, laquelle ne peut être attaquée qu'aux conditions de l'art. 93 LTF (ATF 140 V 321 consid. 3.1 p. 325, 133 V 477 consid. 4.2 p. 482). Lorsqu'une administration ou un assureur social sont contraints par le jugement incident à rendre une décision qu'ils estiment contraire au droit et qu'ils ne pourront eux-mêmes pas attaquer, un tel jugement incident peut être déféré au Tribunal fédéral sans attendre le prononcé du jugement final (ATF 141 V 330 consid. 1.2 p. 332; 133 V 477 précité consid. 5.2 p. 483).
1.2. Cette éventualité est en l'espèce réalisée, car l'arrêt attaqué a un effet contraignant pour la recourante en ce sens qu'elle devra statuer à nouveau sur le droit de l'intimé à une rente de l'assurance-accidents tout en étant liée par le jugement de renvoi par lequel les premiers juges ont admis une diminution de moitié de la capacité de travail de l'intimé ainsi qu'une péjoration de son état de santé au niveau du coude. Le jugement cantonal peut donc être déféré immédiatement au Tribunal fédéral.
2.
2.1.
2.1.1. L'intimé conclut principalement à l'irrecevabilité du recours. Il fait valoir que la recourante a uniquement pris une conclusion cassatoire et que la motivation du recours ne permet pas de cerner plus précisément ce qu'elle demande.
2.1.2. Le recours en matière de droit public se caractérise comme un recours en réforme (art. 107 al. 2 LTF), de sorte que le recourant doit en principe prendre des conclusions sur le fond. A titre exceptionnel, il est admis que le recourant puisse se limiter à prendre des conclusions cassatoires lorsque le Tribunal fédéral, s'il accueillait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond (cf. ATF 137 II 313 consid. 1.3 p. 317; 134 III 379 consid. 1.3 p. 383).
En l'espèce, la recourante conclut à l'annulation du jugement attaqué en tant qu'il reconnaît à l'intimé une capacité de travail réduite de moitié dans une activité adaptée et au renvoi de la cause à la juridiction précédente pour nouvelle expertise sur le plan somatique. Elle reproche en particulier à la cour cantonale d'avoir fait siennes les conclusions de l'expertise du docteur E._ quant à la baisse de rendement de l'intimé sur le plan somatique alors que celles-ci seraient contradictoires en tant que l'expert admet, d'une part, que l'assuré peut exercer une activité adaptée à temps complet et retient, d'autre part, une baisse de rendement de 50 % pour des troubles étrangers à l'accident. Si le Tribunal fédéral devait admettre la nécessité d'une nouvelle expertise, il ne pourrait que renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle la mette en oeuvre. En effet, il n'appartient pas au Tribunal fédéral, comme dernière instance de recours, d'instruire pour la première fois les faits pertinents. Si un état de fait est lacunaire au point d'empêcher le contrôle de l'application du droit, la décision attaquée sera généralement annulée et la cause renvoyée à l'autorité précédente, sur la base de l'art. 107 al. 2 LTF, afin que l'état de fait soit complété (p. ex. arrêt 4A_252/2014 du 28 mai 2014 consid. 1.3). Dans cette configuration, le recours est dès lors recevable.
2.2.
2.2.1. L'intimé soutient encore qu'il est contraire au principe de la bonne foi procédurale pour la recourante de solliciter une nouvelle expertise sur le plan médical alors qu'elle aurait déjà pu le faire devant la juridiction cantonale au moment où elle a été invitée à se déterminer dans le cadre de la reprise de l'instruction de la cause par la juridiction cantonale à la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 16 novembre 2015.
2.2.2. Dans l'arrêt de renvoi 8C_804/2014 du 16 novembre 2015, la Cour de céans a jugé que les troubles psychiques de l'intimé ne se trouvaient pas en lien de causalité adéquate avec l'accident du 7 septembre 2006. Elle a renvoyé la cause à la juridiction cantonale pour que cette dernière examine la question de l'incapacité de travail de l'assuré due aux seules atteintes somatiques. Dans ses déterminations faisant suite à l'arrêt de renvoi précité, la CNA a conclu à la confirmation de sa décision sur opposition du 9 novembre 2009, dans laquelle elle avait retenu une capacité de travail entière de l'assuré dans une activité adaptée à ses limitations fonctionnelles. Dès lors que les premiers juges ne s'étaient encore pas prononcés sur une éventuelle incapacité de travail de l'intimé en relation avec ses troubles somatiques, la CNA ne pouvait pas nécessairement anticiper leur raisonnement. Le grief soulevé ici n'est dès lors pas fondé.
2.3. Pour le surplus, le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu en matière de droit public (art. 82 ss LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi. Il est donc recevable.
3.
Dans son recours devant le Tribunal fédéral, la recourante ne remet pas en cause le jugement cantonal en tant qu'il fixe au 3 septembre 2009 la fin du droit à la prise en charge du traitement médical et des indemnités journalières. Par ailleurs, elle ne conteste pas non plus le fait qu'elle devra procéder à une nouvelle évaluation de l'atteinte à l'intégrité de l'intimé en prenant en compte une péjoration de l'état de son coude. Par conséquent, le litige porte uniquement sur le droit de l'intimé à une rente d'invalidité de l'assurance-accidents, singulièrement sur le point de savoir si, cas échéant et dans quelle mesure les troubles somatiques en lien avec l'accident ont une influence sur sa capacité de travail et de gain.
Lorsque, comme en l'espèce, la procédure porte sur des prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par la juridiction cantonale (art. 105 al. 3 LTF).
4.
La juridiction cantonale a considéré que les conclusions communiquées par les experts étaient non seulement particulièrement étayées mais également convaincantes. S'il était indéniable - et au demeurant correct - que l'expert somaticien avait pris en compte pour partie les douleurs mentionnées par l'intimé, il n'en demeurait pas moins que la crédibilité de ce dernier n'avait pas été mise en doute au vu du constat, par le spécialiste, de la parfaite concordance des plaintes avec l'anamnèse. Quant à la diminution de rendement de 50 %, elle était fondée sur une évaluation concrète des limitations fonctionnelles dans une activité qui n'était plus réputée adaptée qu'en position assise, sans déplacements, avec un mode d'exécution des tâches particulièrement lent tenant à un déconditionnement musculaire induit par un syndrome fémoro-patellaire, accompagné d'un déficit d'attention et d'un processus d'appréhension et d'évitement de la douleur.
5.
5.1. Dans son rapport du 4 avril 2011, l'expert E._ a posé les diagnostics de pygialgies droites dans un contexte d'une très discrète tendopathie du moyen fessier et des dysbalances musculaires, associées à un déconditionnement psychique, d'épicondylalgie droite, de syndrome fémoropatellaire bilatéral, de syndrome douloureux chronique, de status après accident de la voie publique du 6 septembre 2009 avec pneumothorax droit drainé, contusion pulmonaire minime, fracture de côte cervicale droite, fracture-arrachement de l'épine iliaque antéro-supérieure droite, plaie du conduit auditif externe droit et fracture de l'épicondyle latéral du coude droit. L'expert a en outre répondu à diverses questions de la recourante. Il a notamment indiqué que les atteintes reposant sur un substrat organique démontrable et qui étaient, au degré de la vraisemblance prépondérante, pour le moins partiellement imputables à l'accident (cf. question n° 4.2), concernaient la hanche et le coude. A la question: "Quelle est votre appréciation de la capacité de travail en termes d'horaires et de rendement dans d'autres activités adaptées au handicap? De quel type d'activités s'agit-il?" (question n° 8), l'expert a répondu que les limitations fonctionnelles des hanches avaient uniquement des conséquences sur les activités requérant la marche ou la position debout, ainsi que pour monter sur des échelles ou des échafaudages. Globalement, il n'y avait aucune limitation pour les postures en position assise ou les activités alternées. En ce qui concernait le coude, le somaticien a précisé qu'il n'existait pas de limitation de la mobilité, ni en flexion/extension, ni en prosupination, qui empêchaient le maniement d'appareils dans les activités quotidiennes. L'expert se disait néanmoins impressionné par la limitation de la force de préhension du patient pour laquelle il n'avait pas d'explication anatomique. Il a indiqué que l'évaluation des capacités fonctionnelles montrait une exécution extrêmement lente, que ce soit avec ou sans port de charge, "qui pourrait certainement être attribuée à des appréhensions par crainte de se bloquer". En conclusion, il a estimé que l'intimé pourrait, dans une activité surtout assise, sans adaptation, avec un travail des membres supérieurs limités selon les recommandations de l'évaluation des ports de charge, exercer un temps complet. Toutefois, le rendement devrait être abaissé de 50 %. Il était à noter néanmoins "une diminution de l'attention, ceci pourrait laisser sous-entendre une atteinte qui nécessiterait une évaluation neuro-psychologique".
La recourante a précisé sa question n° 8 par deux sous-questions concernant l'appréciation de la capacité de travail dans des activités adaptées au handicap "compte tenu des atteintes imputables à l'accident reposant sur un substrat organique" (question n° 8.1) et "compte tenu de toutes les plaintes imputables à l'accident qui ne reposent pas sur un substrat organique" (question n° 8.2). A ces deux questions, l'expert a répondu par "Cf 8" à la première et par "Identique à ce qui est noté sous 8" à la seconde.
5.2. On peut déduire de ce rapport que les limitations fonctionnelles des hanches et du coude ne restreignent pas la capacité de travail de l'intimé dans une activité adaptée en position assise. Les raisons avancées par l'expert pour justifier une diminution de rendement ne paraissent pas avoir une origine somatique et ne sont de surcroît que de simples hypothèses au vu des termes utilisés ("pourrait certainement être attribuée"; "pourrait laisser sous-entendre"). On ne sait pas d'ailleurs dans quelle mesure l'expert attribue la baisse de rendement à une peur de se bloquer et/ou à une diminution de l'attention. Enfin l'expert retient que l'incapacité de travail est la même compte tenu des seules atteintes reposant sur un substrat organique et compte tenu de celles qui ne reposent pas sur un tel substrat. L'expert ne fournit aucune explication sur cette apparente contradiction. Dans ces conditions, il n'est pas possible de se prononcer précisément sur la capacité résiduelle de travail de l'intimé dans une activité adaptée compte tenu de ses seules atteintes somatiques en lien de causalité avec l'accident. La cause doit dès lors être renvoyée à la juridiction précédente pour qu'elle rende un nouveau jugement après complément d'instruction sous la forme d'une demande d'éclaircissements adressée à l'expert E._ ou, au besoin, en mettant en oeuvre une nouvelle expertise.
6.
Le recours doit par conséquent être admis et le jugement attaqué annulé. Les frais afférents à la présente procédure seront supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il a cependant déposé une demande d'assistance judiciaire. Dès lors que les conditions d'octroi sont réalisées (art. 64 al. 1 et 2 LTF), l'assistance judiciaire lui est accordée. L'intimé est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la caisse du Tribunal fédéral, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (art. 64 al. 4 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 1 er février 2017 est annulé dans la mesure où il retient un taux d'incapacité de travail de 50 % et la cause est renvoyée à ladite juridiction pour instruction complémentaire au sens des motifs et nouveau jugement.
2.
L'assistance judiciaire est accordée et M e Philippe Nordmann est désigné comme avocat d'office de l'intimé.
3.
Les frais de justice, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 2'800 fr. est allouée à l'avocat de l'intimé à titre d'honoraires à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 5 décembre 2017
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin