Sachverhalt:
A.
Die Personalvorsorgestiftung X._ (nachfolgend: PVS) bezweckt die berufliche Vorsorge im Rahmen des BVG und seiner Ausführungsbestimmungen zugunsten der Arbeitnehmer der X._ und der mit dieser eng verbundenen Unternehmungen sowie deren Angehörigen und Hinterbliebenen gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Invalidität und Tod. Sie ist gestützt auf Art. 80 BVG bzw. Art. 56 lit. e DBG (SR 642.11) und § 61 lit. d des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) von den direkten Steuern des Bundes, des Kantons (...) sowie der Gemeinde (...) befreit.
B.
Die PVS gelangte am 21. April 2004 mit einer Rulinganfrage an die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV), welche diese am 5. Mai 2004 gegenzeichnete. Im Ruling wurde unter anderem festgehalten, dass die C._ beabsichtige, einen offenen (open-ended), vertraglich strukturierten Irischen "Common Contractual Fund" (CCF) zu gründen. Beim CCF handle es sich um eine vor Kurzem eingeführte Form eines Irischen Anlagefonds, der - sofern er dem Pooling von Anlagen von Pensionskassen diene - in Irland steuerlich transparent behandelt werde, wenn sämtliche Anteilscheine entweder direkt oder indirekt via einen Treuhänder von Pensionskassen gehalten würden. Mit der Errichtung des CCF werde bezweckt, Anlagen von einzelnen lokalen Pensionskassen einer multinationalen Unternehmung in einem neu geschaffenen kollektiven Anlagevehikel zusammenzufassen, welches im Interesse und für Rechnung dieser Pensionskassen die Anlagen tätige.
Mit dem Abschluss des Rulings hat die ESTV akzeptiert, dass: (a) der CCF für schweizerische Steuerzwecke und für die Zwecke der schweizerischen Doppelbesteuerungsabkommen transparent, das heisst nicht als eigenständiges Steuersubjekt, zu behandeln sei; (b) der inländische Anteilsinhaber des CCF auf den Einkünften bzw. Ausschüttungen des CCF steuerlich so behandelt werden solle, wie wenn er direkt investiert hätte, und deshalb durch die mittelbare Investition über den CCF weder betreffend Verrechnungssteuer noch unter einem anwendbaren Doppelbesteuerungsabkommen einen Nachteil erfahren solle und schliesslich (c) der ausländische Anteilsinhaber berechtigt sei, die Abkommensvorteile gemäss Doppelbesteuerungsabkommen zwischen der Schweiz und dem Ansässigkeitsstaat des Anteilsinhabers in Anspruch zu nehmen, wie wenn er direkt in Schweizer Wertpapiere investiert hätte.
C.
In der Folge wurde der CCF unter dem Namen ([...]; nachfolgend: Fund) eingerichtet. Als Depotbank diente die B._. Diese stellte mittels Formular 25 bei der ESTV verschiedene Anträge auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer für Fälligkeiten der Jahre 2006 bis 2009. Die Anträge waren jeweils vom Global Custodian des Fund, der C._ (nachfolgend: Global Custodian), unterschrieben. Als "full beneficial owner" wurde stets die PVS angegeben. Die ESTV gab diesen Anträgen jeweils statt, womit der PVS ein Betrag von gesamthaft Fr. 21'956'479.12 zurückerstattet wurde.
D.
Am 7. Juli 2010 führte die ESTV bei der PVS eine Buchprüfung betreffend die Verrechnungssteuer der Jahre 2007 bis 2009 durch. Dem entsprechenden Buchprüfungsrapport ist zu entnehmen, dass der Fund ausschliesslich für fünf bis sechs Vorsorgeeinrichtungen der X._ aus dem europäischen Raum aufgesetzt wurde. Es handle sich dabei um einen Fonds, der in drei Subfonds aufgeteilt sei und für den eine sog. "Look through Methode" angewendet werden soll. Die Schlussfolgerung der Rulinganfrage vom 21. April 2004 habe dahin gelautet, dass, obschon die Wertschriften im Besitz des jeweiligen Subfonds seien, der eigentliche Endbegünstigte (beispielsweise die PVS) die Verrechnungssteuer zurückverlangen dürfe. Diesem Antrag habe die ESTV stattgegeben, weshalb in der Vergangenheit auch entsprechende Rückerstattungsanträge über mehrere Millionen eingereicht worden seien.
Aufgrund der Erkenntnisse aus der Buchprüfung kam die ESTV zum Schluss, dass es sich beim CCF um einen regulierten irischen Fonds handle, der für die Zwecke der Rückerstattung der Verrechnungssteuer sowie der Umsatzabgabe nicht als transparent betrachtet werden könne. Die in der Vergangenheit zurückerstattete Verrechnungssteuer auf den Erträgen, die den Fund betrafen, sei zu Unrecht erfolgt, weshalb diese von der PVS zurückgefordert würden.
Es folgten verschiedene Schriftenwechsel und Telefonate zwischen der ESTV und der PVS. Mit Valuta vom 4. März 2011 zahlte Letztere die nach Ansicht der ESTV zu Unrecht zurückerstattete Verrechnungssteuer für die Jahre 2006 bis 2009 im Umfang von Fr. 1'227'111.37 unter Vorbehalt zurück, um mögliche Verzugszinsen zu vermeiden.
Am 24. März 2011 reichte die PVS einen weiteren Antrag auf Rückerstattung für Fälligkeiten des Jahres 2010 ein. Der Bruttobetrag belief sich auf Fr. 1'152'605.26. Die zurückgeforderte Verrechnungssteuer betrug Fr. 403'411.84. Nach Berücksichtigung der Abschlagszahlung der ESTV von Fr. 293'253.34 verblieb eine Restforderung von Fr. 110'158.50.
E.
Mit Entscheid vom 12. August 2011 verweigerte die ESTV der PVS die Rückerstattung der Verrechnungssteuer für die Jahre 2006 bis 2010 im Umfang von Fr. 1'630'523.21 und verlangte zusätzlich einen Vergütungszins für die Zeit von der Rückerstattung bis zum Tag der Wiedereinzahlung. Sie begründete dies insbesondere damit, dass die Erträge nicht ordnungsgemäss verbucht worden seien. Im Ruling sei nur abgehandelt worden, wer die Rückerstattung der Verrechnungssteuer geltend machen könne. Über die Rückerstattungsberechtigung an sich werde nichts gesagt. Vielmehr müssten die dafür erforderlichen Voraussetzungen, mithin auch die Vorgaben betreffend die Verbuchung (Art. 25 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer [Verrechnungssteuergesetz, VStG; SR 642.21]), erfüllt sein.
Die dagegen erhobene Einsprache wies die ESTV mit Entscheid vom 11. Januar 2013 ab. Sie hielt fest, die PVS verfüge einerseits gemäss Art. 26 VStG e contrario nicht über das Recht zur Nutzung, andererseits habe sie die Erträge nicht ordnungsgemäss verbucht und daher Art. 25 VStG nicht erfüllt. Weiter sei das Ruling nicht bindend, weil es sich lediglich zur Anspruchsberechtigung äussere, nicht aber auch zu den übrigen Rückerstattungsvoraussetzungen.
Das Bundesverwaltungsgericht hiess in der Folge die Beschwerde der PVS mit Urteil vom 26. März 2015 gut, soweit es darauf eintrat. Es gestand dieser das Recht zur Nutzung zu und erachtete die Verbuchung der umstrittenen Erträge als ordnungsgemäss im Sinne von Art. 25 VStG.
F.
Mit Eingabe vom 11. Mai 2015 erhebt die ESTV Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts und die Bestätigung ihres Einspracheentscheids. Zur Begründung macht sie im Wesentlichen geltend, Art. 26 VStG weise das Recht zur Nutzung aus steuertechnischen Gründen der kollektiven Kapitalanlage zu, weshalb das Recht zur Nutzung der PVS e contrario nicht zustehe. Da im vorliegenden Fall jedoch ein Ruling bestehe, das der PVS eine grundsätzliche Rückerstattungsberechtigung zugestehe, müsse geprüft werden, ob diese die streitbetroffenen Erträge auch ordnungsgemäss im Sinne von Art. 25 VStG verbucht habe. Da dies nicht der Fall sei, verletze das angefochtene Urteil Art. 25 und 26 VStG und sei folglich aufzuheben und der Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer zu verweigern.
Die PVS beantragt die Abweisung der Beschwerde. Ihr stehe das Recht zur Nutzung an den Vermögenswerten des Fund sowie auf den Erträgen daraus zu, da sie einen obligatorischen, wirtschaftlichen und zivilrechtlichen Anspruch auf die Schweizer Aktien bzw. die Erträge daraus habe; Art. 6 VStG stehe dem nicht entgegen. Sie habe zudem die Einkünfte nachweislich ordnungsgemäss als Ertrag im Sinne von Art. 25 VStG verbucht.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einem Verrechnungssteuerstreit, das heisst in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig, zumal keine Ausschlussgründe nach Art. 83 BGG vorliegen. Die ESTV ist gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 4 Abs. 1 und Art. 12 f. der Organisationsverordnung vom 17. Februar 2010 für das Eidgenössische Finanzdepartement (OV-EFD; SR 172.215.1) zur Beschwerdeführung berechtigt (Behördenbeschwerde, vgl. BGE 136 II 359 E. 1.2 S. 362). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder sie mit einer vom angefochtenen Entscheid abweichenden Begründung abweisen (BGE 139 II 404 E. 3 S. 415).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2 S. 117). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dieses Recht steht auch Beschwerdegegnern zu.
2.
2.1. Der Bund erhebt gestützt auf Art. 132 Abs. 2 BV eine Verrechnungssteuer unter anderem auf dem Ertrag von beweglichem Kapitalvermögen (Art. 1 Abs. 1 VStG). Gegenstand der Verrechnungssteuer auf dem Ertrag beweglichen Kapitalvermögens sind gemäss Art. 4 Abs. 1 VStG die Zinsen, Renten, Gewinnanteile und sonstigen Erträge der von einem Inländer ausgegebenen Obligationen, Serienschuldbriefe, Seriengülten und Schuldbuchguthaben (lit. a), der von einem Inländer ausgegebenen Aktien, Stammanteile an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteile, Partizipationsscheine und Genussscheine (lit. b), der von einem Inländer oder von einem Ausländer in Verbindung mit einem Inländer ausgegebenen Anteile an einer kollektiven Kapitalanlage gemäss Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (Kollektivanlagengesetz, KAG; SR 951.31; lit. c) sowie der Kundenguthaben bei inländischen Banken und Sparkassen (lit. d). Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung (Art. 10 Abs. 1 VStG). Bei kollektiven Kapitalanlagen gemäss KAG sind die Fondsleitung, die Investmentgesellschaft mit variablem Kapital, die Investmentgesellschaft mit festem Kapital und die Kommanditgesellschaft steuerpflichtig (Art. 10 Abs. 2 VStG). Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen, bei Kapitalerträgen um 35% (Art. 13 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 14 Abs. 1 VStG).
2.2. Eine juristische Person hat Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer, wenn sie bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung ihren Sitz im Inland hatte (Art. 24 Abs. 2 VStG), die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte ordnungsgemäss als Ertrag verbucht hat (Art. 25 Abs. 1 VStG e contrario) und bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung das Recht zur Nutzung des den steuerbaren Ertrag abwerfenden Vermögenswertes besass (Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG). Der Antrag auf Rückerstattung muss innert drei Jahren nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem die steuerbare Leistung fällig geworden ist, bei der ESTV eingereicht werden (Art. 32 Abs. 1 VStG e contrario). Die Rückerstattung der Verrechnungssteuer ist in allen Fällen unzulässig, in denen sie zu einer Steuerumgehung führen würde (Art. 21 Abs. 2 VStG). Nach Art. 26 VStG hat eine kollektive Kapitalanlage, welche die Verrechnungssteuer auf den Erträgen von Anteilen an einer kollektiven Kapitalanlage gemäss KAG entrichtet (Art. 10 Abs. 2), für Rechnung der kollektiven Kapitalanlage Anspruch auf Rückerstattung der zu ihren Lasten abgezogenen Verrechnungssteuer; Art. 25 findet sinngemässe Anwendung.
2.3. Die Verrechnungssteuer bezweckt im inländischen Verhältnis in erster Linie, die Deklaration der Erträge beweglichen Kapitalvermögens zu sichern; dem Steuerehrlichen wird sie zurückerstattet (sog. Sicherungszweck; vgl. BGE 136 II 525 E. 3.3.1 S. 533; 125 II 348 E. 4 S. 352 f.; je mit Hinweisen). Im Ausland steuerpflichtige Empfänger der steuerbaren Erträge können die Rückerstattung der Verrechnungssteuer nur insoweit verlangen, als ihnen ein Doppelbesteuerungsabkommen einen entsprechenden Anspruch einräumt (vgl. BGE 141 II 447 E. 2.2 S. 450; Urteile 2C_383/2013 vom 2. Oktober 2015 E. 2.3; 2C_895/2012 vom 5. Mai 2015 E. 2.2). Die Verrechnungssteuer führt bei diesen somit grundsätzlich - vorbehältlich eines zwischenstaatlichen Abkommens - zu einer endgültigen, an der Quelle erhobenen steuerlichen Belastung und verfolgt insofern einen direkten Fiskalzweck (vgl. BGE 141 II 447 E. 2.2 S. 450; Urteile 2C_383/2013 vom 2. Oktober 2015 E. 2.3; 2C_333/2007 / 2C_407/2007 vom 22. Februar 2008 E. 7.3, in: RDAF 2009 II S. 162, StR 63/2008 S. 475). Auch für den inländischen Leistungsempfänger kann die Verrechnungssteuer direkten Fiskalzweck haben, wenn diesem die Erfüllung der materiellen Anspruchsvoraussetzungen für die Rückerstattung aberkannt wird (vgl. BAUER-BALMELLI/REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2. Aufl. 2012 [nachfolgend: Kommentar VStG], Vorbemerkungen N. 71).
2.4. Kollektive Kapitalanlagen sind Vermögen, die von Anlegerinnen und Anlegern zur gemeinschaftlichen Kapitalanlage aufgebracht und für deren Rechnung verwaltet werden (Art. 7 Abs. 1 KAG). Sie können offen oder geschlossen sein (Art. 7 Abs. 2 KAG). Offene kollektive Kapitalanlagen weisen entweder die Form des vertraglichen Anlagefonds oder die Form der SICAV auf (Art. 8 Abs. 1 KAG). Die Anlegerinnen und Anleger haben bei diesen zulasten des Kollektivvermögens unmittelbar oder mittelbar einen Rechtsanspruch auf Rückgabe ihrer Anteile zum Nettoinventarwert (Art. 8 Abs. 2 KAG). Geschlossene kollektive Kapitalanlagen weisen entweder die Form der Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen oder die Form der Investmentgesellschaft mit festem Kapital auf (Art. 9 Abs. 1 KAG). Hier haben die Anlegerinnen und Anleger zulasten des Kollektivvermögens weder unmittelbar noch mittelbar einen Rechtsanspruch auf Rückgabe ihrer Anteile zum Nettoinventarwert (Art. 9 Abs. 2 KAG). Als ausländische offene kollektive Kapitalanlagen gelten nach Art. 119 Abs. 1 KAG Vermögen, die aufgrund eines Fondsvertrags oder eines andern Vertrags mit ähnlicher Wirkung zum Zweck der kollektiven Kapitalanlage geäufnet wurden und von einer Fondsleitung mit Sitz und Hauptverwaltung im Ausland verwaltet werden (lit. a), oder Gesellschaften und ähnliche Vermögen mit Sitz und Hauptverwaltung im Ausland, deren Zweck die kollektive Kapitalanlage ist und bei denen die Anlegerinnen und Anleger gegenüber der Gesellschaft selbst oder einer ihr nahe stehenden Gesellschaft einen Rechtsanspruch auf Rückzahlung ihrer Anteile zum Nettoinventarwert haben (lit. b). Als ausländische geschlossene kollektive Kapitalanlagen gelten Gesellschaften und ähnliche Vermögen mit Sitz und Hauptverwaltung im Ausland, deren Zweck die kollektive Kapitalanlage ist und bei denen die Anlegerinnen und Anleger gegenüber der Gesellschaft selbst oder einer ihr nahe stehenden Gesellschaft keinen Rechtsanspruch auf Rückzahlung ihrer Anteile zum Nettoinventarwert haben (Art. 119 Abs. 2 KAG).
3.
3.1. Vorliegend ist unbestritten, dass es sich beim Fund um einen irischen, offenen (open-ended), vertraglichen Anlagefonds handelt. In der relevanten Periode (2006 bis 2010) besass der Anlagefonds fünf bis sechs Anleger, darunter die Beschwerdegegnerin. Das Asset Management wurde von der C._, als Global Custodian übernommen, als Depotbank diente die B._. Anlagen in Aktien von Schweizer Gesellschaften führten zu Dividendenerträgen, die der Verrechnungssteuer unterliegen. Während die übrigen (ausländischen) Vorsorgeeinrichtungen der X._, die im Fund zusammengefasst sind, die Verrechnungssteuer gestützt auf die einschlägigen Doppelbesteuerungsabkommen jeweils auf Antrag zurückerstattet bekommen haben, hat die ESTV die Rückerstattung an die Beschwerdegegnerin verweigert. Umstritten ist somit, ob die Beschwerdegegnerin gestützt auf das Verrechnungssteuergesetz Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer auf den Schweizer Dividenden hat. Einig sind sich die Parteien (inzwischen) darüber, dass zumindest gestützt auf das Ruling (vgl. Sachverhalt B) eine grundsätzliche Rückerstattungsberechtigung der Beschwerdegegnerin besteht, jedoch nicht, ob auch die weiteren Voraussetzungen gegeben sind, insbesondere der Beschwerdegegnerin das Recht zur Nutzung der Vermögenswerte zukommt und sie die Vorschriften der ordnungsgemässen Verbuchung nach Art. 25 VStG eingehalten hat.
3.2. Steuerobjekt der Verrechnungssteuer sind gemäss Art. 4 Abs. 1 VStG Erträge verschiedener Kategorien von Anlagen, u.a. auch die Erträge der von einem Inländer oder von einem Ausländer in Verbindung mit einem Inländer ausgegebenen Anteile an einer kollektiven Kapitalanlage gemäss KAG (Art. 4 Abs. 1 lit. c VStG). Steuersubjekt ist der Schuldner der steuerbaren Leistung (Art. 10 Abs. 1 VStG). Bei kollektiven Kapitalanlagen gemäss KAG ist nach Art. 10 Abs. 2 VStG (u.a.) die Fondsleitung steuerpflichtig (vgl. schon E. 2.1).
3.2.1. Eine kollektive Kapitalanlage ist steuerlich transparent, wenn sie kein Steuersubjekt ist, das heisst durch den Rechtsträger der kollektiven Kapitalanlage hindurchgesehen wird und die steuerlich relevanten Faktoren den Anteilsinhabern zugerechnet und dort besteuert werden (vgl. MARKUS WEIDMANN, in: Basler Kommentar, Kollektivanlagengesetz, 2. Aufl. 2016 [nachfolgend: BSK KAG], vor Art. 1 KAG N. 398; LISSI/HÖSSLI, Rückerstattung der Verrechnungssteuer bei ausländischen kollektiven Kapitalanlagen mit Schweizer Investoren, IFF Forum für Steuerrecht 2013, S. 29 ff., 31). Für die Zwecke der Einkommens- und Gewinnsteuern werden vertragliche Anlagefonds grundsätzlich als steuerlich transparent behandelt (OESTERHELT/ WINZAP, Besteuerung kollektiver Kapitalanlagen und ihrer Anleger [1. Teil], IFF Forum für Steuerrecht 2008, S. 266 ff., 268). Dagegen gilt in Bezug auf die Verrechnungssteuer hinsichtlich deren Erhebung das Prinzip der Intransparenz (vgl. TONI HESS, Steuern kollektiver Kapitalanlagen, Die Besteuerung kollektiver Kapitalanlagen und deren Anleger, 2015, § 10 Rz. 9; LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 31), was sich daran zeigt, dass Art. 10 Abs. 2 VStG die kollektiven Kapitalanlagen bzw. die Fondsleitung der Verrechnungssteuerpflicht unterstellt (HESS, kollektive Kapitalanlagen, § 10 Rz. 9). Was die Rückerstattung der Verrechnungssteuer betrifft, gehen die Meinungen in der Lehre auseinander. Während teilweise die Ansicht vertreten wird, dass auch diesbezüglich das Prinzip der steuerlichen Intransparenz zur Anwendung kommt (vgl. STEFAN OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 4, 35 und insb. 270), wird auch die Meinung geäussert, die Rückerstattung sei grundsätzlich als transparent zu behandeln (vgl. LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 29, 33 ff.; HESS, kollektive Kapitalanlagen, § 10 Rz. 9).
3.2.2. Beim Fund handelt es sich um ein irisches Gebilde. Fraglich ist, wie dieses in der Schweiz steuerrechtlich zu qualifizieren ist. Das Bundesgericht hat - seine frühere Rechtsprechung präzisierend - festgehalten, dass dann wenn bereits das Zivilrecht des Inkorporationsstaates die Qualifikation als juristische Person verneine, eine solche nach Schweizer Steuerrecht ebenfalls nicht möglich sei. In den übrigen Fällen erscheine es als sachgerecht, nach einem pragmatischen Methodenmix vorzugehen, welcher einerseits von einem Vergleich der ausländischen Gesellschaft oder Entität mit inländischen Gebilden ausgehe, dabei andererseits aber auch die steuerliche Behandlung im Ausland als entscheidendes Element mitberücksichtige. Mit dieser Vorgehensweise liessen sich Doppelbesteuerung und doppelte Nichtbesteuerung zufolge Zurechnungskonflikten vermeiden (Urteil 2C_894/2013 / 2C_895/2013 vom 18. September 2015 E. 3.1, in: StE 2015 A 31.4 Nr. 21, StR 71/2016 S. 346; bestätigt in Urteil 2C_123/2014 / 2C_124/2013 vom 30. September 2015 E. 10.1, in: StR 70/2015 S. 971, RDAF 2015 II S. 563).
3.2.3. Irische CCF stellen vertragliche Anlagefonds ohne Rechtspersönlichkeit dar (OESTERHELT/WINZAP, Besteuerung kollektiver Kapitalanlagen und ihrer Anleger [3. Teil], IFF Forum für Steuerrecht 2009, S. 115 ff., 121; OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 195e). Sie werden für die vorliegend betreffenden Belange in Irland steuerlich transparent behandelt. Die Parteien haben mit Ruling vom 21. April 2004/5. Mai 2004 die transparente Behandlung des zu errichtenden CCF (auch) für schweizerische Steuerzwecke und für die Zwecke der schweizerischen Doppelbesteuerungsabkommen vereinbart. Vor Bundesgericht ist nun nicht mehr umstritten, dass der Fund gemäss dem Ruling steuerlich transparent zu behandeln ist.
Einer transparenten Behandlung des Fund widerspricht aber auch das Verrechnungssteuergesetz nicht: Art. 26 VStG sieht vor, dass kollektive Kapitalanlagen, die der schweizerischen Verrechnungssteuerpflicht unterliegen, Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer auf Erträgen schweizerischer kollektiver Kapitalanlagen haben. Diese Bestimmung wurde zusammen mit der Einführung der Verrechnungssteuerpflicht für Ausschüttungen inländischer Anlagefonds ins Verrechnungssteuergesetz aufgenommen. Wie die Botschaft festhält, sollte die den Ertrag inländischer Wertpapiere (vor-) belastende Verrechnungssteuer für Rechnung des Anlagefonds zurückerstattet werden, um eine Doppelbelastung der Erträge von Vermögensanlagen in inländischen Wertpapieren zu vermeiden (Botschaft vom 18. Oktober 1963 betreffend den Entwurf zu einem Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, BBl 1963 II 953, 973, 979). Die Bestimmung gewährt daher der Fondsleitung für Rechnung des Fonds einen Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer. Dieser Anspruch ist rein steuertechnisch bedingt und ändert nichts daran, dass der Fonds selbst keine Rechtspersönlichkeit hat und nicht als Steuersubjekt gilt (Botschaft zum VStG, BBl 1963 II 978 f.). Der Gesetzgeber, der nach den damaligen gesetzlichen Gegebenheiten einen vertraglich konzipierten Anlagefonds vor Augen hatte, scheint somit nicht davon ausgegangen zu sein, kollektive Kapitalanlagen für die Zwecke der Rückerstattung der Verrechnungssteuer intransparent behandeln zu wollen (vgl. auch LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 34). Im Übrigen entspricht dies auch der früheren, 2007 auszugsweise publizierten Praxis der ESTV (von der diese 2011 abgewichen ist), wonach ausländische kollektive Kapitalanlagen für die Rückerstattung der Verrechnungssteuer als transparent galten und mangels anwendbarem Doppelbesteuerungsabkommen direkt den (inländischen) Anlegern das Recht zur Nutzung an den von den kollektiven Kapitalanlagen erzielten Kapitalerträgen zugesprochen wurde (vgl. LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 32; MAJA BAUER-BALMELLI, Kommentar VStG, N. 15 zu Art. 21 VStG).
Angesichts des bestehenden Rulings und des Vertrauensschutzes, den dieses mit sich bringt (vgl. BGE 141 I 161 E. 3.1 S. 164), aber auch vor dem Hintergrund sowohl der steuerlichen Behandlung von CCF in Irland als auch der Vorstellungen des schweizerischen Gesetzgebers mit Bezug auf die Behandlung von vertraglichen Anlagefonds ganz grundsätzlich, ist vorliegend daher von der transparenten Behandlung des Fund zum Zwecke der Rückerstattung der Verrechnungssteuer auszugehen.
3.3. Art. 21 VStG regelt die allgemeinen Voraussetzungen des Rückerstattungsanspruchs. Danach hat ein nach den Art. 22 bis 28 VStG Berechtigter Anspruch auf Rückerstattung der ihm vom Schuldner abgezogenen Verrechnungssteuer auf Kapitalerträge, wenn er bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung das Recht zur Nutzung des den steuerbaren Ertrag abwerfenden Vermögenswertes besass (Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG). Die Bestimmung setzt somit einerseits die Anspruchsberechtigung nach Art. 22 bis 28 VStG und andererseits das Recht zur Nutzung voraus.
3.3.1. Vorliegend handelt es sich - in Bezug auf den Rückerstattungsanspruch - unbestrittenermassen um ein rein inländisches Verhältnis: Die Beschwerdegegnerin ist eine Personalvorsorgestiftung nach schweizerischem Recht mit Sitz in der Schweiz. Als Inländerin ist sie gestützt auf Art. 21 i.V.m. Art. 24 Abs. 2 VStG grundsätzlich berechtigt, die Rückerstattung der Verrechnungssteuer auf Erträge aus Schweizer Anlagen zu verlangen, sofern die weiteren Voraussetzungen erfüllt sind. Zu prüfen ist zunächst, ob ihr das Recht zur Nutzung zukommt.
3.3.2. Nach der Rechtsprechung ist unter dem "Recht zur Nutzung" ("droit de jouissance", "diritto di godimento") im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG nicht nur das Eigentum am Vermögenswert (Stammrecht) zu verstehen, sondern auch der - eventuell bloss obligatorische - Anspruch auf den Ertrag (Dividenden, Zinsen), den der betreffende Vermögenswert abwirft (BGE 141 II 447 E. 5.2 f. S. 458; Urteile 2A.361/1991 vom 18. Mai 1993 E. 4a; A.134/1983 vom 25. Januar 1985 E. 4b in: ASA 54 S. 386; zur geschichtlichen Entwicklung: PFUND/ZWAHLEN, Die eidgenössische Verrechnungssteuer, 2. Teil, 1985, Art. 21 Rz. 2.19; HANS PETER HOCHREUTENER, Die Eidgenössischen Stempelabgaben und die Verrechnungssteuer, 2013, Teil II Rz. 1453 ff.). Gleichzeitig besteht ein Recht zur Nutzung nur für denjenigen, der an den betreffenden Vermögenswerten effektiv nutzungsberechtigt ist (vgl. Urteil A.200/1978 vom 23. Februar 1979 E. 2, in: ASA 48 S. 267), das heisst den Nettoertrag beziehen und behalten kann (vgl. Urteile vom 6. Februar 1970 E. 5, in: ASA 39 S. 383; 2A.361/1991 vom 18. Mai 1993 E. 4b, in: ASA 62 S. 705). Eine solche Auslegung entspricht dem allgemeinen Sprachgebrauch, wonach derjenige den Nutzen einer Sache hat, dem daraus auch der Ertrag zukommt (vgl. zum Ganzen Urteil 2C_383/2013 vom 2. Oktober 2015 E. 3.1; vgl. auch BAUER-BALMELLI, Kommentar VStG, N. 7 ff., insb. 12 und 17 zu Art. 21 VStG; JAUSSI/GHIELMETTI/PFIRTER, Allgemeiner Überblick über die Rückerstattung der eidg. Verrechnungssteuer, StR 67/2012, S. 645 ff., 657 f.).
3.3.3. Die ESTV bringt vor, Art. 26 VStG stelle insofern einen Ausnahmefall dar, als er nicht nur die Anspruchsberechtigung regle, sondern auch das Recht zur Nutzung mitumfasse. Die Bestimmung sei u.a. eingeführt worden, um zu ermöglichen, dass im schweizerischen Binnenverhältnis überhaupt jemand die Rückerstattung der Verrechnungssteuer geltend machen könne. Die kollektive Kapitalanlage würde ohne Art. 26 VStG definitionsgemäss das Recht zur Nutzung nicht besitzen, der Anleger selber - zumindest soweit es sich dabei um eine juristische Person handle - hätte zwar das Recht zur Nutzung, könnte die Erträge jedoch nicht ordnungsgemäss nach Art. 25 VStG verbuchen. Werde dem Verständnis der ESTV gefolgt, sei das Risiko, dass eine missbräuchliche oder insbesondere eine mehrfache Rückerstattung nicht erkannt werde, wesentlich geringer als bei der vorinstanzlichen Auslegung. Art. 26 VStG räume der kollektiven Kapitalanlage somit nicht nur die Anspruchsberechtigung für die Rückerstattung der Verrechnungssteuer ein, sondern weise dieser zugleich das Recht zur Nutzung zu. E contrario komme der Beschwerdegegnerin das Recht zur Nutzung nicht zu, weshalb ihr schon deshalb der Anspruch auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer zu verweigern sei.
3.3.4. Art. 26 VStG erweist sich im vorliegenden Fall insoweit nicht als einschlägig, als sich diese Bestimmung grundsätzlich nur auf die Rückerstattungsberechtigung inländischer kollektiver Kapitalanlagen bezieht. Denn die Rückerstattung der Verrechnungssteuer gestützt auf das Verrechnungssteuergesetz kommt nur für Inländer im Sinne von Art. 9 Abs. 1 VStG in Frage. Nur diese sind nach Art. 10 Abs. 2 i.V.m. Art. 4 Abs. 1 lit. c VStG steuerpflichtig. Die Rückerstattung der Verrechnungssteuer auf Erträgen inländischer Anlagen im internationalen Verhältnis richtet sich nach dem jeweils anwendbaren Doppelbesteuerungsabkommen. Für die Einkommens- und Gewinnsteuern transparente kollektive Kapitalanlagen gelten DBA-rechtlich allerdings nicht als ansässige Personen und fallen damit nicht in den persönlichen Geltungsbereich eines Abkommens (LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 32). Die Schweiz hat zwar mit einigen Staaten Vereinbarungen abgeschlossen, welche einer kollektiven Kapitalanlage die vollständige oder teilweise Rückerstattung der auf Dividenden und Zinsen erhobenen Verrechnungssteuer für die im jeweiligen Vertragsstaat ansässigen Anteilsinhaber ermöglicht. Irland gehört jedoch nicht dazu (vgl. OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 339 f.).
Vorliegend entscheidend ist vielmehr, dass der Fund betreffend die Rückerstattung der Verrechnungssteuer steuerlich transparent zu behandeln ist. Er bildet daher nicht eigenständiges Steuersubjekt, sondern es wird durch ihn "hindurchgesehen" und die für die Steuerzwecke relevanten Faktoren werden bei der Beschwerdegegnerin erhoben und dort besteuert. Die Erträge, welche die schweizerischen Vermögenswerte abwerfen, kommen effektiv der Beschwerdegegnerin zu; sie besitzt das Recht zur Nutzung an diesen. Die Auffassung der ESTV, wonach Art. 26 VStG der kollektiven Kapitalanlage nebst der Anspruchsberechtigung auch das Recht zur Nutzung zuweise, Letzteres damit der Anlegerin nicht zukommen könne, lässt sich - abgesehen davon, dass sich ein solches Verständnis weder dem Wortlaut der Bestimmung noch der Gesetzessystematik entnehmen lässt (zur gesetzgeberischen Intention vgl. bereits E. 3.2.3) - nicht mit dem Grundsatz der Transparenz vereinbaren. Damit bliebe es den - an sich nutzungsberechtigten - inländischen Anteilsinhabern ausländischer kollektiver Kapitalanlagen in jedem Fall verwehrt, eine Verrechnungssteuerrückerstattung geltend zu machen. Dies stünde im Übrigen auch nicht im Einklang mit einem zeitgemässen Verständnis von Art. 26 VStG: Aus Praktikabilitätsgründen soll der Fonds selbst die Rückerstattung der Verrechnungssteuer verlangen können und nicht die einzelnen Anteilseigner. Der Rückerstattungsanspruch gestützt auf Art. 26 VStG wird insofern als Ausnahme des in Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG verankerten Grundsatzes gesehen, wonach rückerstattungsberechtigt ist, wer bei Fälligkeit der steuerbaren Leistung das Recht zur Nutzung des betreffenden Vermögenswertes besessen hat (vgl. OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 274; HESS/SCHERRER, Kommentar VStG, N. 3 zu Art. 26 VStG; LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 37). Vorliegend steht somit der Beschwerdegegnerin das Recht zur Nutzung im Sinne von Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG - entgegen dem Vorbringen der ESTV - zu.
3.4. Die ESTV wendet gegen einen Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer weiter ein, diese vermöge sich nicht auf ein Treuhandverhältnis zu berufen, das für die Belange der Verrechnungssteuerrückerstattung zu beachten sei. Es bestehe kein Vertrag, der die Anforderungen des einschlägigen Merkblatts vom Oktober 1967, Nachdruck 1993, betreffend Treuhandverhältnisse (S-02.107[9.93]) erfülle. Weder lägen ein schriftlicher Treuhandvertrag und die Kaufs- oder Liberierungsabrechnungen für die entsprechenden Schweizer Aktien vor noch seien die streitbetroffenen Aktien und Erträge in den buchhalterischen Aufzeichnungen des Fund explizit als Treugut gekennzeichnet worden.
3.4.1. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann für den Anspruch auf Rückerstattung nicht darauf abgestellt werden, dass keine formelle Treuhandschaft zwischen dem ausländischen Geldgeber und dem "Darlehensnehmer" bestanden hat. Entscheidend ist gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. a VStG, ob der die Rückerstattung beanspruchende Leistungsempfänger effektiv das Recht zur Nutzung des den steuerbaren Ertrag abwerfenden Vermögenswertes besessen hat (Urteil A.200/1978 vom 23. Februar 1979 E. 2, in: ASA 48 S. 267).
3.4.2. Gemäss Art. 61 der Verordnung vom 19. Dezember 1966 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuerverordnung, VStV; SR 642.211) kommt bei Treuhandverhältnissen dem Treugeber das relevante Nutzungsrecht zu. In der Lehre wird auch dies mit der konsequenten Anwendung des Transparenzgrundsatzes begründet. Dies führe mit Bezug auf kollektive Kapitalanlagen zum Ergebnis, das Recht zur Nutzung dem Investor der transparent behandelten ausländischen kollektiven Kapitalanlage zuzusprechen (vgl. BAUER-BALMELLI, Kommentar VStG, N. 15 zu Art. 21 VStG). Im Übrigen lässt sich dem (steuertechnisch bedingten) Rückerstattungsanspruch zur Frage der Treuhandkonstruktion nichts entnehmen. Vielmehr ist davon auszugehen, dass das Verrechnungssteuergesetz Treuhandverhältnisse durchaus anerkennt (vgl. Art. 61 Abs. 1 VStV). Einem schweizerischen Anleger einer ausländischen kollektiven Kapitalanlage steht daher dann ein anteilsmässiger Rückerstattungsanspruch zu, wenn das Verhältnis zwischen den Anteilsinhabern und der Fondsleitung fiduziarischer Natur ist - was bei Anlagefonds auf vertraglicher Grundlage der Fall ist - und der Fonds selber nicht berechtigt ist, die Verrechnungssteuer zurückzufordern (vgl. TONI HESS, Die Besteuerung der Anlagefonds und der anlagefondsähnlichen Instrumente sowie deren Anteilsinhaber in der Schweiz, 2001, S. 485 ff.). Hess folgert daraus zu Recht, dass, wenn Anteilsinhaber nachwiesen, wie viele Anteile am Ende des Geschäftsjahres des Anlagefonds im Umlauf gewesen seien, wann sie ihre Anteile gekauft hätten und wann jeder einzelne Titel des betreffenden Anlagefonds fällig geworden sei, die Rückerstattung - sofern es sich nicht um vernachlässigbare Beträge handle - zulässig sein müsse (HESS, Anlagefonds, S. 488).
3.4.3. Auch für den vorliegenden Fall muss es somit genügen, dass die Beschwerdegegnerin effektiv Nutzungsberechtigte der die steuerbaren Erträge abwerfenden Vermögenswerte ist. Der Anspruch auf Rückerstattung scheitert nicht am Fehlen eines formellen Treuhandverhältnisses im Sinne des von der ESTV genannten Merkblatts.
3.5. Mit der überwiegenden Lehrmeinung ist die Rückerstattung der Verrechnungssteuer einer transparent besteuerten ausländischen kollektiven Kapitalanlage, die schweizerische Wertpapiere hält, den schweizerischen Anlegern zu gewähren, sofern die ausländische kollektive Kapitalanlage selbst oder stellvertretend (siehe dazu HESS/ SCHERRER, Kommentar VStG, N. 30 zu Art. 26 VStG) nicht rückerstattungsberechtigt ist (vgl. ROLAND A. PFISTER, Rückerstattung der Verrechnungssteuer an inländische Investoren transparenter ausländischer kollektiver Kapitalanlagen, IFF Forum für Steuerrecht 2013, S. 19 ff., 23 f.; BAUER-BALMELLI, Kommentar VStG, N. 15 zu Art. 21 VStG; HESS, Anlagefonds, S. 485 ff.; OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 342). Dies führt im Ergebnis - anders als es die Praxis der ESTV vorsieht - dazu, dass nicht nur ausländische Anleger gestützt auf ein allfälliges Doppelbesteuerungsabkommen die Verrechnungssteuer (ganz oder teilweise) zurückverlangen können, sondern auch die in der Schweiz ansässigen. Eine Ungleichbehandlung der schweizerischen Anteilsinhaber gegenüber den ausländischen lässt sich damit verhindern. Gleichzeitig wird auf diese Weise auch dem primären Zweck der Verrechnungssteuer im inländischen Verhältnis, der Sicherung der Steuerdeklaration, Rechnung getragen.
4.
Zu prüfen ist weiter, ob die Beschwerdegegnerin die Vermögenserträge ordnungsgemäss im Sinne von Art. 25 VStG verbucht hat.
4.1. Die ESTV macht in diesem Zusammenhang geltend, die Beschwerdegegnerin habe, indem sie nicht die Aktien selbst, sondern nur den Wert des Fund und dessen Ertrag in Form von einer Wertsteigerung verbucht habe, nicht den korrekten Vorgang verbucht. Selbst wenn die Wertsteigerung des Fund der Summe der weltweit erzielten, somit auch der schweizerischen Dividenden betragsmässig entsprechen würde, würde dies nichts daran ändern, dass der Anteil am Fund nicht dasselbe sei wie die durch diesen gehaltenen Aktien und die Wertsteigerung des Fund nicht dasselbe wie der aus den Aktien fliessende Ertrag. Die Aufzeichnungen der kollektiven Kapitalanlage könnten höchstens als Beleg im Sinne von Art. 48 VStG dienen, dürften aber nicht als Bestandteil der Buchhaltung ihrer Anleger qualifiziert werden. Buchhalterisch sei es nicht möglich, dass die Beschwerdegegnerin die vom Fund vereinnahmten Erträge zeitgleich auch in ihren Büchern erfasse und damit die handelsrechtlich geforderte periodengerechte Verbuchung vornehme. Ein Ertrag dürfe erst dann buchhalterisch erfasst werden, wenn er dem Empfänger effektiv zugeflossen sei oder zumindest ein durchsetzbarer Anspruch darauf bestehe. Da die Ausschüttung der Erträge grundsätzlich in einem ersten Schritt an den Fund und nicht die Beschwerdegegnerin gehe, fliesse dieser erst nach Erstellung des Jahresabschlusses des Fund überhaupt etwas zu. Ein weiterer Grund für die Nichtaustauschbarkeit von den an den Fund ausgeschütteten Erträgen und der entsprechenden Erhöhung des Nettoinventarwerts des Fondsanteils sei, dass bei dieser Art der Verbuchung der Nettoinventarwert aufgrund allfälliger Kurseinbussen nicht zwangsläufig bei jeder Ausschüttung erhöht werde. Die Beträge der Erträge stimmten auch in keiner Weise mit jenen überein, welche die Beschwerdegegnerin letztlich als Veränderung des Nettoinventarwerts ihres Anteils verbucht habe, da sie diese um beträchtliche Verwaltungskosten reduziert habe. Bis auf wenige Zufallsfälle würden sich somit die an den Fund ausbezahlten Erträge und die Veränderung des Nettoinventarwerts gar nicht decken.
4.2. Die Beschwerdegegnerin bringt dagegen vor, im Merkblatt "Verbuchung der verrechnungssteuerbelasteten Einkünfte als Ertrag bei doppelter Buchhaltung" (Merkblatt S-02.104; nachfolgend Merkblatt) halte die ESTV fest, wie dem Erfordernis der ordnungsgemässen Verbuchung Genüge getan werde, nämlich indem die Einkünfte auf einem Ertragskonto netto und der Betrag der Verrechnungssteuer im Zeitpunkt der Rückerstattung der Ertragsrechnung gutgeschrieben würden. Wie sie im vorinstanzlichen Verfahren nachgewiesen habe, habe sie sämtliche Voraussetzungen erfüllt, die das Verrechnungssteuergesetz, die Praxis der ESTV gemäss Merkblatt sowie die Vorinstanz an die ordnungsgemässe Verbuchung im Sinne von Art. 25 VStG stellen würden: Die mit der Verrechnungssteuer belasteten Nettodividenden würden im Jahr ihrer Fälligkeit als Ertrag im Haben des Erfolgsrechnungskontos 4361.01 Income Aktien erfasst und gleichzeitig erfolge eine Zunahme des Aktivkontos 1402.00 Aktien, da die Nettodividenden gemäss den Instruktionen der Beschwerdegegnerin umgehend reinvestiert würden. Gleichermassen werde der Betrag der Verrechnungssteuer im Jahr der Rückerstattung (d.h. zum Zeitpunkt des Erhalts der Abschlagsrückerstattungen bzw. des verbleibenden Rückerstattungsbetrages) im Haben des Erfolgsrechnungskontos 4361.01 Income Aktien erfasst und es erfolge wiederum gleichzeitig eine Zunahme des Aktivkontos 1402.00 Aktien.
4.3. Gemäss Art. 25 Abs. 1 VStG verwirken juristische Personen, Handelsgesellschaften ohne juristische Persönlichkeit und ausländische Unternehmen mit inländischer Betriebsstätte, welche die mit der Verrechnungssteuer belasteten Einkünfte nicht ordnungsgemäss als Ertrag verbuchen, den Anspruch auf Rückerstattung der von diesen Einkünften abgezogenen Verrechnungssteuer. Dahinter steht der Sicherungsgedanke; werden Einkünfte und Vermögen nicht ordnungsgemäss verbucht, soll die Verrechnungssteuer zu einer definitiven Ertragssteuer werden und als Defraudantensteuer die Steuerpflichtigen definitiv treffen (BERNHARD ZWAHLEN, Kommentar VStG, N. 1 zu Art. 25 VStG; PFUND/ZWAHLEN, a.a.O., Art. 25 Rz. 1). Alle genannten Anspruchsberechtigten müssen die Voraussetzungen der Verbuchungsklausel erfüllen, unabhängig davon, ob sie wegen Gemeinnützigkeit oder aus einem anderen Grund von den direkten Steuern befreit sind. Die Verbuchungsklausel hat auch in solchen Fällen ihren Sinn: Sie gewährleistet die gesetzmässige Besteuerung, ermöglicht oder erleichtert die Prüfung, ob die Voraussetzungen der Befreiung von den direkten Steuern erfüllt sind und steuert der Gefahr entgegen, dass die Vorschriften des Verrechnungssteuergesetzes über die Anspruchsberechtigung (Recht zur Nutzung, Wohnsitz) umgangen werden (ZWAHLEN, Kommentar VStG, N. 5 zu Art. 25 VStG; PFUND/ ZWAHLEN, a.a.O., Art. 25 Rz. 2). Art. 25 VStG findet auf kollektive Kapitalanlagen sinngemässe Anwendung (Art. 26 VStG).
4.3.1. Weder das Verrechnungssteuergesetz noch die Verrechnungssteuerverordnung äussern sich dazu, was unter einer ordnungsgemässen Verbuchung zu verstehen ist. Der Begriff ist durch Auslegung zu ermitteln, wobei Sinn und Zweck von Art. 25 VStG besonders zu berücksichtigen ist: Die Bestimmung dient primär dem Sicherungszweck (E. 2.3 und 4.3); die Rückerstattungsberechtigten sind angehalten, ihre (verrechnungssteuerbelasteten) Einkünfte und entsprechenden Vermögenswerte zu deklarieren, wollen sie nicht mit der Verrechnungssteuer belastet bleiben. Art. 25 VStG stellt damit eine zentrale Nahtstelle zwischen Verrechnungssteuerrecht und Recht der direkten Steuern von Bund und Kantonen dar (ZWAHLEN, Kommentar VStG, N. 7 zu Art. 25 VStG; PFUND/ZWAHLEN, a.a.O., Art. 25 Rz. 5). Daraus wird in der Lehre geschlossen, dass der Rückerstattungsantrag - bei Vorliegen der übrigen Voraussetzungen - immer dann gewährt werden müsse, wenn die Verbuchung nachgewiesen sei (ZWAHLEN, Kommentar VStG, N. 7 zu Art. 25 VStG). Art. 25 Abs. 1 VStG dürfe keine Buchung erforderlich machen, die handelsrechtlich unzulässig sei. Allenfalls seien gutgeschriebene Gewinne über die Steuerbilanz zu buchen, was dem Erfordernis der Bestimmung genügen müsse (OESTERHELT, BSK KAG, vor Art. 1 KAG N. 247). Grundsätzlich sind dabei die für die konkrete Gesellschaft einschlägigen Regeln der Buchhaltung mitzuberücksichtigen, das heisst insbesondere die Art. 957 ff. OR (vorliegend in der bis zum 31. Dezember 2012 geltenden Fassung; vgl. ZWAHLEN, Kommentar VStG, N. 7 zu Art. 25 VStG; siehe auch Art. 83a ZGB). Für Personalvorsorgeeinrichtungen gelten hinsichtlich Rechnungswesen und Rechnungslegung zudem besondere Vorschriften gemäss der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVV 2; SR 831.441.1).
4.3.2. Unter dem Titel "Ordnungsmässigkeit" sind nach Art. 47 BVV 2 Vorsorgeeinrichtungen für die Erstellung der Jahresrechnung verantwortlich. Diese besteht aus der Bilanz, der Betriebsrechnung und dem Anhang (Abs. 1). Sie ist nach den Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 in der Fassung vom 1. Januar 2004 (für den vorliegenden Fall) aufzustellen und zu gliedern (Abs. 2). Insbesondere die Aktiven und die Passiven sind nach den Fachempfehlungen zur Rechnungslegung Swiss GAAP FER 26 zu bewerten (Art. 48 BVV 2). Art. 48a BVV 2 hält fest, welche Kosten als Verwaltungskosten auszuweisen sind.
4.3.3. Entsprechend den gesetzlichen Verweisen in der BVV 2 haben alle Vorsorgeeinrichtungen, die unter das BVG fallen, den Rechnungslegungsstandard Swiss GAAP FER 26 anzuwenden (CARL HELBLING, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl. 2006, S. 492). Die Swiss GAAP FER 26 umfassen in den Ziff. 2 bis 5 die Bewertungsgrundsätze (Abschluss, Aktiven, Passiven, Offenlegung) und in den Ziff. 6 bis 9 die Darstellung der Jahresrechnung (als Ganzes, Darstellung der Bilanz, Darstellung der Betriebsrechnung, Anhang). Als übergeordneter Grundsatz gilt, dass die Jahresrechnung ein den tatsächlichen Verhältnissen entsprechendes Bild der Vermögens-, Finanz- und Ertragslage ("true and fair view") zu vermitteln hat (PASCAL WYER, Rechnungslegung nach Swiss GAAP FER 26: Verbesserte Aussagekraft der Jahresrechnungen von Vorsorgeeinrichtungen?, in: Wyer/Boldi/Kocher/ Zeugin/Leutert, Rechnungslegung und Controlling für Pensionskassen und klassische Stiftungen, 2008, S. 7 ff., 16). Der Rechnungslegungsstandard wurde vor allem zur Schaffung von mehr Transparenz in der Rechnungslegung von Vorsorgeeinrichtungen beschlossen (vgl. WYER, a.a.O., S. 15, 24; ROLAND SAUTER, Rechnungslegung von Personalvorsorgeeinrichtungen, Swiss GAAP FER 26 sorgt für zeitgemässe Transparenz, Der Schweizer Treuhänder, 2008, S. 352 ff.; siehe auch BGE 140 V 420 E. 4.2.1 S. 426).
4.3.4. Damit ihr die Rückerstattung der Verrechnungssteuer gewährt werden kann, hat die kollektive Kapitalanlage der ESTV die erforderlichen Informationen - eine Bescheinigung, welche die abgezogene Verrechnungssteuer pro Anteilschein zum jeweiligen Fälligkeitszeitpunkt nachweist - zu liefern (HESS/SCHERRER, Kommentar VStG, N. 30 zu Art. 26 VStG; LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 37; HESS, Anlagefonds, S. 487 f.; PFISTER, a.a.O., S. 26). Die Bescheinigung muss es der ESTV ermöglichen, den Antrag zu prüfen und Fälle missbräuchlicher oder mehrfacher Rückerstattung zu erkennen. Die formellen Erfordernisse dürfen freilich nicht so hoch angesetzt werden, dass dem steuerehrlichen Anleger die Rückerstattung von vornherein verwehrt bleibt. Dies wäre mit dem Sicherungscharakter der Verrechnungssteuer nicht zu vereinbaren (LISSI/HÖSSLI, a.a.O., S. 38).
4.4. Die Vorinstanz hat den - von den Parteien an sich nicht bestrittenen - Buchungsvorgang ausführlich anhand eines zufällig ausgewählten Beispiels dargestellt. Sie gelangte zum Ergebnis, dass betreffend die überprüften Aktien sowohl der Nettoertrag als auch die zurückerstattete Verrechnungssteuer vollständig in den Income Journals verbucht worden seien und zwar jeweils im Zeitraum, in dem sie eingegangen waren. Diese Vorgehensweise entspreche der Nettomethode, die gemäss Merkblatt der ESTV zulässig sei (E. 3.5 ff. des angefochtenen Entscheids). Weiter prüfte sie, ob die Beträge auch in der Buchhaltung der Beschwerdegegnerin selbst verbucht worden waren (E. 3.6 ff.). Sie kam zum Schluss und legte mit Graphiken dar, dass bei den in den Buchungsunterlagen vorhandenen Zahlen ersichtlich werde, woher sie stammten. Nettoertrag und Verrechnungssteuerrückerstattung seien somit unter Berücksichtigung der Währungsdifferenzen vollständig verbucht worden (E. 3.6.4 f.).
4.5.
4.5.1. Den verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen zufolge sind sowohl die Nettoerträge der von ihr ausgewählten und überprüften Aktien als auch die auf diese entfallende Verrechnungssteuer vollständig in den Income Journals verbucht worden. Dies wird von der ESTV nicht grundsätzlich bestritten. Auch macht sie nicht geltend, dass die Buchhaltung als solche nicht nachvollziehbar, unvollständig oder unverständlich wäre. Im vorliegenden Fall bezweckt die ordnungsgemässe Verbuchung in erster Linie, die richtige Besteuerung zu ermöglichen, so dass den Anspruchsberechtigten die Verrechnungssteuer in der ihnen zustehenden Höhe zurückerstattet werden kann. Dem regelmässig der Verrechnungssteuer innewohnenden Sicherungscharakter kommt dagegen nur untergeordnete Bedeutung zu, zumal die Beschwerdegegnerin ohnehin von der Entrichtung direkter Steuern des Bundes und des Kantons befreit ist. Entscheidend ist aber, der Gefahr der Umgehung von Vorschriften des Verrechnungssteuergesetzes, beispielsweise durch eine Steuerumgehung, begegnen zu können (vgl. E. 4.3). Um dies zu verhindern, ist erforderlich, dass die Verbuchungen richtig und nachvollziehbar erfolgen. Zwar ist - in den Worten der Vorinstanz - nicht von der Hand zu weisen, dass die Art der Verbuchung, wie sie die Beschwerdegegnerin anwendet, hohe Anforderungen an die Nachvollziehbarkeit stellt; es sind jeweils mehrere Belege aus verschiedenen Jahren zu berücksichtigen, um feststellen zu können, ob die entsprechenden Beträge verbucht wurden. Auch nannte es die Vorinstanz als bezeichnend, dass im Rahmen des Instruktionsverfahrens ein mehrfacher Schriftenwechsel durchgeführt werden musste, in dessen Verlauf die Beschwerdegegnerin ihre Verbuchung immer detaillierter erklärte. Die Verbuchung kann damit sicherlich nicht als anschaulich und zugänglich bezeichnet werden. Wie gesehen, konnte sie aber von der Vorinstanz nachvollzogen und anhand eines zufällig ausgewählten Beispiels überprüft werden. Der Wertschriftenertrag und die zurückerstattete Verrechnungssteuer sind in der Buchhaltung enthalten. Zudem stellt der Global Custodian regelmässig Bescheinigungen über die ausgeschütteten Dividenden und die darauf erhobenen Verrechnungssteuern aus. Darin sind den Feststellungen der Vorinstanz zufolge die Aktien jeder einzelnen Gesellschaft - "valorweise" - verzeichnet und die genauen Zahlen festgehalten. Die Unterlagen der Beschwerdegegnerin und des Fonds zusammen ergeben, dass die Erträge aus den Wertschriften sowie die zurückerstatteten Beträge der Verrechnungssteuer erfolgswirksam verbucht worden sind. Damit ist sichergestellt, dass der Beschwerdegegnerin keine höhere Verrechnungssteuer zurückerstattet wird, als sie entrichtet hat. Die Art der Verbuchung erfüllt somit den Zweck, die Rückerstattung der Verrechnungssteuer sowohl an die tatsächlich Anspruchsberechtigte als auch im korrekten Umfang zu ermöglichen. Gleichzeitig ermöglicht sie der ESTV - was von dieser nicht bestritten wird -, Fälle missbräuchlicher oder mehrfacher Rückerstattung zu erkennen und sicherzustellen, dass keine Steuerumgehung vorliegt.
4.5.2. Weiter kommt vorliegend hinzu, dass die Wertpapiere im Fund gehalten und die Erträge an diesen ausgeschüttet werden. Von diesem werden sie für die Beschwerdegegnerin reinvestiert. Auch weil der Fund, wie gesehen (vgl. E. 3.2.3), steuerlich transparent zu behandeln ist, muss es ausreichen, wenn sich die ordnungsgemässe Verbuchung aus den Unterlagen der Beschwerdegegnerin und des Global Custodian zusammen ergeben. Voraussetzung ist, dass die Beschwerdegegnerin ihre Anteile am Fonds ebenfalls ordnungsgemäss verbucht hat. Deren Jahresrechnungen für die betreffenden Jahre wurden von der Revisionsstelle geprüft und offenbar als vorschriftsgemäss bestätigt.
4.5.3. Was den Einwand der Verletzung des Periodizitätsprinzips betrifft, legt die Beschwerdegegnerin dar, die streitbetroffenen Erträge würden ihr nicht erst nach Jahresabschluss des Fund zufliessen, sondern seien in regelmässigen Abständen, in gewissen Jahren alle zwei Wochen, ausbezahlt worden. Es treffe somit nicht zu, dass ihr im Zeitpunkt der Ausschüttung nichts zufliesse und sie infolge des Grundsatzes der Vorsicht noch nichts verbuchen könne. Ihr stehe vertraglich ein Anspruch auf sämtliche Erträge zu und zwar bereits zum Zeitpunkt, indem diese anfielen. Der Einwand der ESTV führt somit nicht weiter.
4.5.4. Die Ausführungen der Vorinstanz sind damit insgesamt nicht zu beanstanden und stehen im Einklang mit der Forderung, die formellen Erfordernisse nicht so hoch anzusetzen, dass dem steuerehrlichen Anleger die Rückerstattung von vornherein verwehrt bleibt (vgl. E. 4.3.4). Würde dagegen der ESTV gefolgt, wäre die Beschwerdegegnerin als Anlegerin des Fund gar nicht in der Lage, den Ertrag, der an diesen ausgeschüttet wird, handelsrechtlich ordnungsgemäss zu verbuchen, da sie nicht nur den Ertrag, sondern auch die diesen abwerfende Wertschrift in der Buchhaltung aufführen müsste. Damit würde der nutzungsberechtigten Beschwerdegegnerin die Rückerstattung der Verrechnungssteuer letztlich verunmöglicht. Dies lässt sich gerade nicht mit dem Sinn und Zweck der Verbuchungsklausel vereinbaren. Vielmehr muss es für den vorliegenden Fall genügen, dass sie den Wert ihres Fondsanteils verbucht und im Weiteren die Belege und Aufzeichnungen des Global Custodian eingereicht hat. Die Vorinstanz hat den Rückerstattungsanspruch der Beschwerdegegnerin damit zu Recht bejaht.
4.6. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen.
5.
5.1. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die ESTV, die in ihrer Eigenschaft als Abgabegläubigerin Vermögensinteressen im Sinne von Art. 66 Abs. 4 BGG verfolgt, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 BGG)
5.2. Die ESTV hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Beschwerdegegnerin hat betreffend das bundesgerichtliche Verfahren eine Kostennote über Fr. 18'200.-- (insgesamt 48 Arbeitsstunden) eingereicht. Angesichts des Streitwerts, der Schwierigkeit der Streitsache und ihres Umfangs sowie ihrer Bedeutung erscheint dies angemessen (vgl. Art. 3 Abs. 1, Art. 4 und Art. 12 Abs. 1 und 2 des Reglements vom 31. März 2006 über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht [SR 173.110.210.3]).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 8000.-- werden der ESTV auferlegt.
3.
Die ESTV hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 18'200.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Fuchs