Sachverhalt:
A.
Die X._ AG mit Sitz in U._ besitzt eine Beteiligung an der Y._ AG (vormals Y._ Holding AG). Im Geschäftsjahr 1993 berichtigte sie den Buchwert dieser Beteiligung erfolgswirksam um 25 Mio. Franken und nahm im Jahresabschluss 1995 eine weitere Korrektur des Beteiligungswertes in der Höhe von 20 Mio. Franken vor.
B.
In den Geschäftsjahren 2007 bis 2009 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Zug bei der direkten Bundessteuer jeweils 5 Mio. Franken im Gewinn der X._ AG auf, weil sie die bei der genannten Beteiligung verbuchte Wertkorrektur in diesem Umfang als nicht mehr geschäftsmässig begründet erachtete. Im Einspracheverfahren nahm die Steuerverwaltung eine reformatio in peius vor und legte die Aufrechnungen auf 5 Mio. Franken für das Jahr 2007 fest, auf 15 Mio. Franken für 2008 und auf 25 Mio. Franken für 2009.
C.
Dagegen gelangte die X._ AG an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug, das ihre Beschwerde mit Urteil vom 7. Oktober 2014 guthiess und die Sache im Sinne der Erwägungen an die kantonale Steuerverwaltung zurückwies, damit diese den Steuerbetrag ohne Aufrechnungen ermittle.
D.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat am 27. November 2014 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 7. Oktober 2014 aufzuheben und die X._ AG gemäss dem Einspracheentscheid vom 12. April 2013 zu veranlagen.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug beantragt die Gutheissung der Beschwerde, die X._ AG deren Abweisung.
Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen der Ausschlussgründe von Art. 83 BGG fällt.
Angefochten ist ein Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts an die kantonale Steuerverwaltung. Darin weist die Vorinstanz die Steuerbehörde an, die Veranlagungen 2007-2009 der Beschwerdegegnerin ohne irgendwelche Aufrechnungen vorzunehmen. Damit verbleibt der unteren Behörde, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr und dient die Rückweisung bloss noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten (vgl. zum Ganzen u.a. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; 135 V 141 E. 1.1 S. 143; 133 V 477 E. 4 S. 480 ff.). Mithin ist der Rückweisungsentscheid als Endentscheid (Art. 90 BGG) vor Bundesgericht anfechtbar. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist deshalb zulässig (Art. 82 ff. BGG).
1.2. Die Eidgenössische Steuerverwaltung ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11) bzw. mit Art. 12 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Finanzdepartement vom 17. Februar 2010 (OV-EFD, SR 172.215.1) zur Beschwerde an das Bundesgericht legitimiert.
1.3. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt; andernfalls kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (vgl. u.a. BGE 138 I 97 E. 4.1.4 S. 100; 138 III 728 E. 3.4 S. 734 f.; je m.w.H.).
Hier hat das Verwaltungsgericht mit zwei voneinander unabhängigen Begründungen geurteilt, dass die kantonale Steuerverwaltung in den Perioden 2007 bis 2009 zu Unrecht auf die in den Geschäftsjahren 1993 und 1995 gebildeten Wertkorrekturen zurückgekommen sei. Zum einen handle es sich um Abschreibungen, die handels- und steuerrechtlich als definitiv zu gelten hätten (siehe dazu nachfolgend E. 2 und E. 3). Zum anderen dürfe in den Veranlagungen 2007-2009 gegenüber der Beschwerdegegnerin selbst dann keine Aufrechnung erfolgen, wenn eine Wertberichtigung vorliegen sollte (vgl. unten E. 4). Die Beschwerdeführerin setzt sich gegen beide Begründungen des vorinstanzlichen Urteils zur Wehr. Auf die Beschwerde ist demgemäss einzutreten.
2.
Das Verwaltungsgericht hat im Wesentlichen die Auffassung vertreten, bei den von der Beschwerdegegnerin in den Jahren 1993 und 1995 vorgenommenen Wertkorrekturen handle es sich um endgültige Korrekturen und nicht um provisorische Wertberichtigungen; als Abschreibungen seien sie von der damals zuständigen Steuerbehörde denn auch rechtskräftig akzeptiert worden, worauf in den hier massgeblichen Perioden 2007-2009 nicht mehr zurückgekommen werden dürfe. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden.
2.1. Grundsätzlich wird im Steuerrecht zur Unterscheidung von Abschreibungen und Wertberichtigungen massgeblich auf die Dauerhaftigkeit der Wertkorrektur abgestellt. Einem definitiven Wertverzehr wird mit Abschreibungen Rechnung getragen, und zwar sowohl auf Anlage- als auch auf Umlaufvermögen. Vorübergehende oder drohende Wertveränderungen auf dem Anlage- oder Umlaufvermögen werden durch Wertberichtigungen berücksichtigt (BGE 137 II 353 E. 6.4.1 S. 361; Urteile 2C_142/2012 vom 12. Dezember 2013 E. 2.4 und 2C_243/2012 vom 12. Juli 2012 E. 2.1; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, 2011, N. 3 zu Art. 28 DBG; MARKUS REICH, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern, 2003, 2. A., N. 13 zu Art. 10 StHG; je mit Hinweisen).
Damit stimmt Folgendes überein: Wenn die verbuchte Wertkorrektur als Rückstellung (wozu auch Wertberichtigungen gezählt werden) gemäss Art. 63 Abs. 1 DBG zu würdigen ist, kann die Veranlagungsbehörde diese Rückstellung nach Massgabe von Art. 63 Abs. 2 DBG in einer späteren Periode dem steuerbaren Gewinn wieder hinzurechnen, soweit sie geschäftsmässig nicht mehr begründet ist. Handelt es sich dagegen um eine Abschreibung laut Art. 62 Abs. 1 DBG, so kann die Steuerbehörde keine spätere Zuschreibung bzw. Wiederaufwertung verlangen. Steuerrechtlich gilt das Prinzip, dass Abschreibungen endgültig sind, Rückstellungen indes provisorisch (Art. 63 Abs. 2 DBG).
2.2. Die Steuerbehörden sind nicht ohne weiteres dazu berufen, Wertkorrekturen in der Handelsbilanz rechtlich zu qualifizieren. Das gilt insbesondere für den Zeitpunkt, in dem die Korrektur vorgenommen wird.
2.2.1. Aufgabe der Steuerbehörde im Veranlagungsverfahren ist es lediglich, in der Handelsbilanz verbuchte Wertkorrekturen im steuerbaren Gewinn aufzurechnen, wenn die betreffende Korrektur als handelsrechtswidrig beurteilt wird oder eine steuerliche Korrekturnorm die Aufrechnung vorsieht (Art. 63 Abs. 2 DBG) bzw. die Wertkorrektur gestützt auf Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG geschäftsmässig nicht begründet ist.
Bei neu gebildeten Wertkorrekturen genügt es also im Hinblick auf eine vollständige und richtige Veranlagung, im aktuellen Steuerjahr darüber zu befinden, ob die Korrektur dem Grunde sowie der Höhe nach gerechtfertigt ist. Nicht notwendig ist es, in diesem Zeitpunkt bereits zu untersuchen, ob sie definitiv oder provisorisch ist, weil diese Rechtsfrage keine Auswirkungen auf die Steuerfaktoren der aktuellen Veranlagung hat. Das entspricht namentlich auch dem Grundsatz der Periodizität (vgl. u.a. die Urteile 2C_1155/2014 vom 1. Februar 2016 E. 4.3.6 in: ASA 84 S. 719; 2A.128/2007 vom 14. März 2008 E. 5.3 in: StR 63/2008 S. 630; 2P.64/2004 vom 19. Juli 2004 E. 3.2 in: RDAF 2004 II S. 251).
2.2.2. Daraus ergibt sich für den vorliegenden Fall Folgendes: Indem die damals zuständige (Zürcher) Steuerbehörde in den Perioden 1993 und 1995 die Wertkorrektur akzeptierte, entschied sie lediglich rechtskräftig darüber, dass die Bildung der Wertkorrektur im jeweils massgeblichen Jahr nicht gegen Handelsrecht verstiess und als geschäftsmässig begründet zu gelten hatte.
2.2.3. Dagegen macht die Beschwerdegegnerin vergeblich geltend, dass im Veranlagungsverfahren der genannten beiden Perioden die Verbuchung als Abschreibung der damals zuständigen Veranlagungsbehörde hätte in die Augen springen müssen und sie im Rahmen der ihr obliegenden Untersuchungspflicht bei Zweifeln weitere Abklärungen hätte treffen müssen. Da sie dies unterlassen habe, sei rechtskräftig darüber entschieden, dass eine (definitive) Abschreibung erfolgt sei.
Unzutreffend argumentiert die Beschwerdegegnerin weiter, sie habe in den Jahren 1993 und 1995 im Sinne eines Verfahrensantrages unmissverständlich ihren Willen zum Ausdruck gebracht, die Wertkorrektur als definitive Abschreibung qualifizieren zu wollen. Sie habe gegenüber den Steuerbehörden mit der Verbuchung der Wertkorrekturen ausdrücklich den Willen kundgetan, dass es sich um Abschreibungen handle, was gegen blosse Wertberichtigungen spreche. Solche "Anträge" sind indessen im Zeitpunkt der Bildung der Wertkorrektur rechtlich unwirksam: Die Steuerbehörde kann und darf darüber gar nicht befinden, solange die Wertminderung der Beteiligung und damit die geschäftsmässige Begründetheit der Wertkorrektur unbestritten sind. Die steuergesetzlichen Verfahrensbestimmungen räumen der Behörde keine Handhabe ein, die (Nicht-) Endgültigkeit der Wertkorrektur im Sinne eines Feststellungsentscheides verbindlich festzulegen.
2.3. Die Steuerbehörde hat auch in den Folgejahren keine Veranlassung, die Wertkorrektur verbindlich als endgültige Abschreibung oder vorübergehende Wertberichtigung zu qualifizieren, so lange sie die Korrektur akzeptiert. Eine Qualifikation hat erst in jener Periode zu erfolgen, in welcher die Qualifikation rechtliche Auswirkungen auf die Steuerfaktoren, den Steuersatz oder die Steuerbeträge hat. Das gilt insbesondere dann, wenn eine Werterholung des Gegenstandes auszumachen ist bzw. die Gründe für die Wertkorrektur weggefallen sind.
2.3.1. Durch das Verhalten der Veranlagungsbehörde und des Pflichtigen in früheren Perioden ist die genannte Qualifikation nicht präjudiziert oder gar rechtskräftig entschieden. Es liegt auch keine Verletzung des Vertrauensgrundsatzes (Art. 5 Abs. 3, Art. 9 BV) vor, wenn die Behörde zu einer Prüfung der geschäftsmässigen Begründetheit der Rückstellung schreitet, obschon eine solche Prüfung im Vorjahr unterblieben ist. Anders zu urteilen wäre nur dann, wenn eine ausdrückliche behördliche Zusicherung vorläge, wonach die Wertkorrektur als Abschreibung behandelt werde (vgl. die Urteile 2C_383/2011 vom 31. Oktober 2011 E. 3.3; 2C_596/2007 vom 24. Juni 2008 E. 5 in: StR 64/2009 S. 462). Darauf könnte sich der Pflichtige unter Umständen nach dem Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 9 BV) berufen, was hier aber nicht geltend gemacht wird. Auf jeden Fall gibt es für ihn keinen Anspruch oder gar ein wohlerworbenes Recht, in seinen Geschäftsbüchern früher vorgenommene Wertkorrektur nach Belieben weiterzuführen, wenn deren geschäftsmässige Begründetheit der Höhe nach oder im Bestand weggefallen ist.
2.3.2. Damit stimmt überein, dass der Steuerpflichtige sich erst in dem Zeitpunkt, in dem die Veranlagungsbehörde die Wertkorrektur nicht mehr akzeptiert, gegen die betreffende Qualifikation als Wertberichtigung zur Wehr setzen kann. Zuvor fehlt ein Rechtsschutzinteresse, weil die Einsprache nicht auf die Abänderung der in der Veranlagungsverfügung festgesetzten Steuerfaktoren (steuerbarer Gewinn), des Steuersatzes, oder der Steuerbeträge abzielt (vgl. Urteil 2C_253/2014 vom 11. Dezember 2014 E. 3.2).
2.3.3. Vorliegend war der massgebliche Zeitpunkt für die zu beurteilende Qualifikation in den Steuerjahren 2007 bis 2009 gegeben: In diesen Jahren rechnete die kantonale Steuerverwaltung die Wertkorrektur gestützt auf Art. 63 Abs. 2 DBG jeweils als teilweise nicht mehr geschäftsmässig begründet auf, was nur bei Rückstellungen bzw. Wertberichtigungen möglich ist (vgl. oben E. 2.1). Erst dadurch erfolgte die genannte Qualifikation (vgl. oben E. 2.3.1) und wurde sie für die Beschwerdegegnerin anfechtbar (vgl. oben E. 2.3.2).
3.
Zur Rechtsfrage, ob auf der Beteiligung der Y._ AG eine Abschreibung oder Wertberichtigung erfolgte, ist Folgendes festzustellen: Die Beschwerdegegnerin nahm die Wertkorrektur indirekt vor, was als blosser Wertberichtigungsposten (vgl. das Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung, 1998, S. 244) oder als indirekte Abschreibung gedeutet werden kann. Auf die buchhalterische Behandlung durch den Steuerpflichtigen kommt es allerdings nicht an, wenn es zu beurteilen gilt, wie eine Wertkorrektur steuerlich zu qualifizieren ist (vgl. oben E. 2.2.3).
Auf Beteiligungen anerkennt die Steuerbehörde bis zur tatsächlichen Realisierung vorerst in der Regel lediglich Wertberichtigungen (vgl. RAINER ZIGERLIG/MATHIAS OERTLI/HUBERT HOFMANN, Das st. gallische Steuerrecht, 7. A., 2014, 68). Die Beschwerdegegnerin begründet die damalige Wertkorrektur mit der angespannten Wirtschaftslage, die infolge einer schlechten Konjunkturphase typischerweise vorübergehender Natur ist. Gründe, die für eine endgültige Wertminderung der Beteiligung sprachen und allenfalls ausnahmsweise eine endgültige Abschreibung hätten rechtfertigen können, bringt die Beschwerdegegnerin keine vor.
4.
4.1. Weil die Wertkorrektur somit als blosse Wertberichtigung einzustufen ist, bleibt zu klären, ob sie in den Veranlagungsverfahren 2007-2009 zu Recht infolge Werterholung wieder aufgelöst wurde. Dies geht mit folgender Verteilung der Beweislast einher.
4.1.1. Es gilt die Grundregel, dass die Steuerbehörde die Beweislast für steuerbegründende und -erhöhende Tatsachen und die steuerpflichtige Person die Beweislast für steueraufhebende oder -mindernde Tatsachen trägt (vgl. u.a. BGE 140 II 248 E. 3.5 S. 252 m.w.H.). Die Aufrechnung von bilanzierten Rückstellungen, wozu steuerlich auch die Wertberichtigungen gehören, wirkt sich steuerbegründend aus, weshalb die tatsächlichen Voraussetzungen von der Behörde zu beweisen sind.
Hier hatte die kantonale Steuerverwaltung somit darzutun, dass die zuvor getätigte (und von der Beschwerdegegnerin in den hier massgeblichen Jahren weiterhin als berechtigt behauptete) Wertkorrektur auf der genannten Beteiligung nicht mehr geschäftsmässig begründet war, d.h. dass der effektive Wert der Beteiligung von deren Buchwert nicht mehr in demjenigen Ausmass abwich, wie die Beschwerdegegnerin dies der Korrektur zugrunde gelegt hatte.
4.1.2. Wenn bei Rückstellungen als vorläufige Korrekturen deren geschäftsmässige Begründetheit in jeder Periode geprüft werden darf, muss die steuerpflichtige Unternehmung auf Verlangen der Behörde über die geschäftsmässige Begründetheit Auskunft geben können (vgl. Art. 123 Abs. 1 u. Art. 126 Abs. 2 DBG; siehe dazu auch LOCHER, a.a.O., II. Teil, 2004, N. 14 zu Art. 62 DBG; ZWEIFEL/CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, § 14 Rz. 28 ff. S. 126 f.). Verweigert sie die Auskunft oder nennt sie keine genügenden Tatsachen für den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit, so kann die Rückstellung steuerrechtlich nicht (mehr) als geschäftsmässig begründet anerkannt werden (vgl. u.a. das Urteil 2C_392/2009 vom 23. August 2010 E. 3.2 in: ASA 79 S. 704). Dies gilt sogar dann, wenn die Rückstellung im Zeitpunkt der Bildung unbestritten geschäftsmässig begründet und der Höhe nach angemessen war (vgl. das eben erwähnte Urteil 2C_392/2009 E. 4.1; siehe dazu auch oben E. 2.2.1).
4.2. Wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, weist die kantonale Steuerverwaltung nach, dass sich der Wert der massgeblichen Beteiligung im Laufe der Jahre nachhaltig erholt hatte, was sich aus dem Börsenkurs der Beteiligungsrechte, der regelmässigen Dividendenausschüttung, der anhaltenden Gewinnerzielung der Firma und den hohen stillen Reserven ergab. Weiter zeigt die Steuerbehörde in einer tabellarischen Übersicht auf, dass die Differenz zwischen dem Buchwert der Beteiligung und dem Anteil der Beschwerdeführerin am Eigenkapital der Beteiligung zwischen 2007 und 2009 immer positiv war und zwischen 41 Mio. Franken und 53 Mio. Franken schwankte. All das hat das Verwaltungsgericht als starkes Indiz dafür gewertet, dass die Wertkorrekturen von 45 Mio. Franken in den Steuerjahren 2007 bis 2009 nicht mehr begründet waren (vgl. E. 3b des angefochtenen Urteils, S. 27).
4.3. Das Gericht hat die im Einspracheentscheid vorgenommenen Aufrechnungen dennoch nicht geschützt, weil es davon ausgegangen ist, die Steuerbehörde hätte mehr als nur den Nachweis erbringen müssen, dass die Wertkorrekturen nicht mehr begründet waren; sie hätte gestützt auf Art. 62 Abs. 4 DBG i.V.m. Art. 207a Abs. 2 DBG zusätzlich belegen müssen, dass hier ein der Steuerumgehung nahekommender Sachverhalt vorliege, was aber im konkreten Fall nicht ersichtlich sei. Dieses zusätzliche Erfordernis erweist sich aber als bundesrechtwidrig.
4.3.1. Die Bestimmung von Art. 62 Abs. 4 DBG, die im Zuge der Unternehmenssteuerreform I per 1. Januar 1999 in Kraft trat, wurde in der Literatur kritisch aufgenommen: Es entspreche einer singulären Neuerung, dass Steuerbehörden Wiederaufwertungen auf Beteiligungen erzwingen könnten. Vor diesem Hintergrund zu verstehen sind Forderungen, Art. 62 Abs. 4 DBG als blosse Missbrauchsbestimmung zu handhaben (MARC BAUEN, Aufwertungen von Beteiligungen im Handels- und im Steuerrecht, Diss. 1998, S. 173) bzw. auf Tatbestände zu beschränken, welche einer Steuerumgehung nahe kommen (KUHN/KLINGLER, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. A., 2008, Rz 24 und Rz 30 zu Art. 62 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. A., 2013, Rz 264 zu § 64).
4.3.2. Hier sind aber Wertkorrekturen aus den Jahren 1993 und 1995 strittig. Demgemäss will die Beschwerdeführerin Art. 62 Abs. 4 DBG gar nicht nach jenem Gehalt zur Anwendung bringen, welcher der Bestimmung seit deren Inkrafttreten per 1. Januar 1999 zukommt. Soweit sie sich auf diese Bestimmung beruft, leitet die Beschwerdeführerin daraus ausdrücklich nichts anderes ab, als sich bereits aus Art. 63 Abs. 2 DBG ergibt. Diese Norm enthält aber kein zusätzliches Erfordernis, wonach nur missbräuchlich gebildete Wertkorrekturen bei einer Werterholung wieder dem Gewinn hinzugerechnet werden dürften.
4.4. Wie sich aus dem vorinstanzlichen Urteil ergibt hat die kantonale Steuerverwaltung überzeugend dargetan, dass die Wertkorrekturen nicht mehr dem aktuellen wirtschaftlichen Wert der betroffenen Beteiligung entsprachen. Dagegen müsste die Beschwerdegegnerin Umstände nennen können, die zu einer anderen Beurteilung Anlass geben könnten (vgl. oben E. 4.1.2), was sie aber nicht tut (siehe dazu Ziff. 44-47 S. 11-15 ihrer Beschwerdeantwort vor Bundesgericht). Somit kann der Nachweis als erbracht gelten, dass die Wertkorrekturen im genannten Umfang nicht mehr begründet waren. Demgemäss erweisen sich die im Einspracheentscheid vorgenommenen Aufrechnungen als bundesrechtskonform.
5.
5.1. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und der Einspracheentscheid der kantonalen Steuerverwaltung zu bestätigen.
5.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kostenpflichtig (Art. 65 f. BGG). Im gleichen Sinne ist die Sache zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug vom 7. Oktober 2014 aufgehoben und der Einspracheentscheid der Steuerverwaltung des Kantons Zug vom 12. April 2013 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zugs zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Abgaberechtliche Kammer, und der Steuerverwaltung des Kantons Zug schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. September 2016
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Matter