Faits :
A.
A._, B._ et C.C._ (ci-après: A._ et consorts) sont propriétaires des parcelles n° 2'985, d'une surface de 1'776 m 2, de la commune de Chêne-Bourg et n° 2'972, d'une surface de 16 m 2, de la commune de Thônex. D.C._, époux de C.C._, est locataire de la villa sise sur la parcelle n° 2'985. Ces biens-fonds adjacents, initialement sis en zone industrielle et artisanale, ont été classés en zone de développement 3 par la loi modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de Chêne-Bourg et Thônex du 2 juillet 2010.
Ces parcelles sont sises au centre du périmètre couvert par un projet de plan localisé de quartier "rue François-Jacquier, chemin du Chablais", n° 29'891, établi le 21 mai 2012 par le Département cantonal chargé de l'aménagement du territoire, modifié en dernier lieu le 27 mai 2014 (ci-après : PLQ). La vingtaine de parcelles concernées par le PLQ accueillent en majorité des villas mais également un parking, une station-service et un petit immeuble d'activités.
D'une surface de 14'727 m2, situé entre la route de Jussy, la rue François-Jacquier, le chemin des Deux-Communes et le chemin du Chablais, ce PLQ prévoit la construction de trois immeubles (A, B et C) de logements de six étages sur rez plus attique avec une hauteur maximale de 22m. Il permettrait la réalisation de 25'587 m 2 de surfaces brutes de plancher dont 2'400 m 2 maximum d'activités avec un indice d'utilisation du sol (IUS) de 1,73 et un indice de densité (ID) de 2,48. Les 304 places de stationnement se situeraient toutes en sous-sol. Trois cessions gratuites au domaine public communal étaient prévues, destinées à l'élargissement de la rue François-Jacquier au profit d'un trottoir, d'une piste cyclable et de la plantation d'arbres; la deuxième pour la création d'un parc public situé à l'angle des chemins des Deux-Communes et Chablais et la troisième le long du chemin du Chablais et de la route de Jussy au profit d'un trottoir et/ou de leur élargissement.
Aucun des immeubles n'étant prévu sur les parcelles de A._ et consorts, leurs droits à bâtir ont été localisés dans l'immeuble A.
Le PLQ a été soumis à l'enquête publique du 15 mars au 30 avril 2013. Le 24 septembre 2013, le Conseil municipal de la commune de Thônex a délivré un préavis favorable au PLQ et la commune de Chêne-Bourg en a fait de même le 8 octobre 2013. La procédure d'opposition a été ouverte du 10 décembre 2013 au 25 janvier 2014. Le 23 janvier 2014, A._ et consorts ont fait opposition au PLQ.
Par arrêté du 20 août 2014, publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève du 22 août 2014, le Conseil d'Etat a approuvé le PLQ n° 29891-512-537 situé rue François-Jacquier/chemin du Chablais, sur le territoire des communes de Chêne-Bourg et Thônex et déclaré l'arrêté exécutoire nonobstant recours. Les oppositions ont été rejetées, dans la mesure où elles étaient recevables, par arrêtés du Conseil d'Etat du même jour.
B.
A._ et consorts ont interjeté recours auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre les deux arrêtés du 20 août 2014. La Juge déléguée à l'instruction de la cause a ordonné l'appel en cause de E._ et de F._, propriétaires de l'immeuble érigé sur deux parcelles se situant dans le périmètre du PLQ.
Par arrêt du 28 juillet 2015, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 28 juillet 2015 ainsi que l'arrêté du 20 août 2014.
Invitée à se déterminer, la Cour de justice s'en rapporte à justice s'agissant de la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat - par le biais du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: le Département) - ainsi qu'E._ et F._ (ci-après: les intimés) concluent au rejet du recours. Les recourants ont répliqué par courrier du 22 janvier 2016. Le Département a dupliqué, le 18 mars 2016. Un dernier échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les parties ont persisté dans leurs conclusions.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et du droit des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant la cour cantonale. Propriétaires de parcelles sises dans le PLQ, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme l'approbation du PLQ qu'ils tiennent pour contraire aux art. 9 LAT et 26 Cst. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Ils ont dès lors qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2.
Tant les recourants que le Département ont produit des pièces nouvelles lors du deuxième échange d'écritures. Postérieures à l'arrêt attaqué, ces pièces sont irrecevables, en vertu de l'art. 99 al. 1 LTF.
3.
Les recourants estiment que la densité de construction du PLQ ne respecte pas le plan directeur cantonal 2030 (PDC 2030). Ils font valoir une violation de l'art. 9 al. 1 LAT.
3.1. Le PDC 2030 a été adopté le 20 septembre 2013 par le Grand Conseil et approuvé par la Confédération le 29 avril 2015. A teneur de l'art. 9 al. 1 LAT, les plans directeurs ont force obligatoire pour les autorités. Le PDC 2030 a dès lors force obligatoire pour les autorités cantonale et communale en ce qui concerne les éléments tels que la densité minimale prévue pour des terrains sis en zone à bâtir, même avant son approbation par la Confédération.
Le schéma directeur du PDC 2030 indique qu'en zone de développement 3, une densité minimale des constructions correspondant à un indice d'utilisation du sol intermédiaire > 1,2 (et un indice de densité > 1,8) est applicable.
Avant le 15 mars 2014, date de l'entrée en vigueur de l'art. 2A de la loi cantonale générale sur les zones de développement du 29 juin 1957 (LGZD; RS/GE L 1 35), la législation genevoise ne prévoyait aucun indice d'utilisation du sol minimum ou maximum en zone de développement 3. Depuis lors, l'art. 2A al. 2 let. b LGZD impose un indice de densité minimal de 1,8 pour la zone de développement 3. L'alinéa 3 de cette disposition précise cependant que les PLQ ou les autorisations de construire peuvent s'écarter de l'indice de densité minimal si des raisons de qualité urbanistique ou architecturale le justifient, en particulier dans le cadre d'un plan directeur de quartier, ou si la protection du patrimoine ou un autre motif d'intérêt général l'impose.
3.2. En l'espèce, les recourants dénoncent une "surdensification" et relèvent que l'indice de densité de 2,48 s'approche de l'indice de densité minimal prévu pour les quartiers à type de densité forte, alors que le PDC 2030 prévoit pour le périmètre concerné un régime de quartier mixte à densité modérée à intermédiaire.
Ce grief peut être rejeté dans la mesure où le PDC 2030 prévoit que "sauf pour la 5 ème zone villa, il n'est pas prévu d'indices ou de fourchettes d'indices maximum, mais seulement des fourchettes d'indices minimum à respecter selon les quartiers; ainsi, un PLQ portant sur un secteur en principe voué à une densification modérée à intermédiaire peut prévoir un IUS supérieur au minimum requis pour un secteur à densification forte ou très forte" (p. 42 de l'introduction au schéma directeur du PDC 2030). Par conséquent, en fixant un indice d'utilisation du sol de 2,48, l'autorité cantonale a respecté les principes du PDC 2030. Le taux choisi est en effet compris entre l'indice minimum prévu pour la zone concernée et l'indice minimum prévu pour la zone de densité plus élevée. Il est au demeurant conforme à l'art. 2A al. 2 LGZD. On ne discerne ainsi pas de violation de l'art. 9 LAT.
4.
Les recourants relèvent que le PLQ litigieux prévoit d'abattre la plupart des arbres recensés dans l'inventaire cantonal des arbres et de ne conserver qu'un cèdre bleu de l'Atlas et un tilleul. Ils affirment que le maintien de ces derniers ne serait en outre pas assuré, compte tenu de la perte d'ensoleillement causée par le gabarit des futurs immeubles. Ils avancent encore que "cette décision n'a pas fait l'objet d'une réflexion suffisamment aboutie". Ils en déduisent que le PLQ porterait atteinte à la végétation existante en violation de l'art. 18 al. 1 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1 er juillet 1966 (LPN; RS 451), selon lequel la disparition d'espèces végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées.
Les recourants ne sauraient cependant être suivis, dans la mesure où ils ne démontrent pas que les arbres litigieux se trouvent dans un biotope, de sorte que l'art. 18 al. 1 LPN, de surcroît de valeur déclarative (Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse, 2008, p. 91; Message du 12 novembre 1965 à l'appui du projet de LPN, FF 1965 III p. 112), ne s'applique pas en l'espèce. Pour le surplus, les recourants en restent à une argumentation de nature appellatoire, proscrite devant le Tribunal fédéral. En particulier, ils n'exposent pas en quoi la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire: elle a en effet jugé que l'abattage des arbres prévu par le PLQ était conforme à l'art. 3 al. 1 du règlement sur la conservation de la végétation arborée (RCVA; RS/GE L 4 05.04), en s'appuyant sur le préavis positif de la Direction générale nature et paysage du canton de Genève, conformément à ce qu'exige cette disposition.
5.
Les recourants soutiennent que le bâtiment A prévu par le PLQ litigieux empêche tout réaménagement du carrefour sis à proximité, excluant que ce dernier puisse être rendu conforme aux exigences fédérales en matière de sécurité de l'infrastructure. Ils reprochent à la cour cantonale d'avoir considéré que les réaménagements routiers ne pouvaient être réglés par le biais du PLQ litigieux. Ils font valoir une violation de l'art. 6a al. 1 LCR.
A teneur de l'art. 6a al. 1 LCR, la Confédération, les cantons et les communes tiennent compte de manière adéquate des impératifs de la sécurité routière lors de la planification, de la construction, de l'entretien et de l'exploitation de l'infrastructure routière.
Les recourants se prévalent à tort d'une violation de l'art. 6a al. 1 LCR, dans la mesure où le PLQ tient compte de la présence du carrefour susmentionné et participe à son réaménagement, en prévoyant une emprise de terrain à céder gratuitement au domaine public, destinée à l'élargissement de la rue François-Jacquier au profit d'un trottoir, d'une piste cyclable et de la plantation d'arbres. Par ailleurs, les intéressés n'exposent pas en quoi le bâtiment A projeté interdirait tout réaménagement en profondeur du noeud routier voisin.
Pour le reste, les recourants ne peuvent rien tirer du fait que le Département compétent a refusé, en juillet 2011, une autorisation de construire relative à l'immeuble actuellement sis à l'emplacement prévu pour le futur bâtiment A. En effet, les motifs ayant conduit à ce refus ne se fondent pas uniquement sur la nécessité de réaménager le carrefour susmentionné, mais sur le fait que le projet de surélévation était de nature à compromettre les objectifs d'urbanisme relatifs au développement du périmètre en question.
Enfin, les intéressés ne prétendent pas que le noeud routier, sis hors du périmètre du PLQ litigieux, aurait dû être traité en tant que tel dans le plan. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
6.
Enfin, les recourants font valoir une violation de la garantie de la propriété (art. 26 al. 1 Cst.). Ils se plaignent de ce que leurs droits à bâtir sont atteints de manière disproportionnée, dans la mesure où le PLQ ne leur garantit pas une mise en oeuvre effective. En effet, le PLQ prévoit de reporter leurs droits à bâtir dans le bâtiment A à ériger sur des parcelles dont ils ne sont pas propriétaires.
6.1. Comme tout droit fondamental, la garantie de la propriété peut être restreinte en particulier en respectant le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.).
Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; ATF 136 IV 97 consid. 5.2.2 p. 104 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si une restriction de la propriété viole le principe de la proportionnalité. Il s'impose en revanche une certaine retenue quand il convient de tenir compte de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui (ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 181 et l'arrêt cité).
6.2. Un plan localisé de quartier doit en particulier procéder à la répartition des droits à bâtir puisqu'il doit fixer l'indice d'utilisation du sol du périmètre. L'art. 1 al. 1 de l'annexe au règlement d'application de la loi générale sur les zones de développement du 20 décembre 1978 (RGZD2; RS/GE L 1 35.04) prévoit que chaque parcelle ou partie de parcelle comprise à l'intérieur du périmètre du plan bénéficie d'un droit à bâtir équivalant à l'indice d'utilisation du sol.
La répartition des droits à bâtir entre parcelles doit figurer en principe dans le PLQ, sous la forme d'un tableau de répartition des droits à bâtir qui définit les droits de chaque propriétaire à l'intérieur du périmètre du plan. Ce tableau garantit les droits entre les différents propriétaires de parcelles comprises dans le périmètre du plan. L'assiette des futurs immeubles ne correspond généralement pas à la répartition des parcelles et donc aux droits des propriétaires concernés qui pourraient découler de la maîtrise du sol. Le tableau de répartition sert ainsi à garantir à tous les propriétaires des possibilités de construire potentiellement équivalentes malgré les mesures affectant le foncier (François Bellanger, Les droits à bâtir, in Festschrift für Andreas Auer zum 65. Geburtstag, Direkte Demokratie, 2013, p. 301).
6.3. En l'espèce, le PLQ litigieux localise les droits à bâtir des parcelles n° 2985 et 2972 dont les recourants sont propriétaires dans l'immeuble A à construire sur des bien-fonds qui ne leur appartiennent pas. Cette atteinte au droit de propriété s'explique par l'aménagement projeté et par les contraintes existantes sur les parcelles des recourants. En effet, la cour cantonale a retenu que lesdites parcelles ne permettaient pas d'y prévoir une construction, compte tenu de leur situation au centre du périmètre et du maintien du cèdre bleu de l'Atlas et du tilleul sur la parcelle n° 2'985. Quant à la parcelle n° 2972, elle est de forme triangulaire et a une surface de seulement 16 m 2, ce qui ne permet pas d'y ériger un bâtiment.
De plus, le choix du report des droits à bâtir s'est porté sur le bâtiment A dans la mesure où celui-ci est projeté sur des parcelles voisines de celles des recourants. S'y ajoute que le PLQ litigieux situe les droits à bâtir des recourants dans une seule construction, conformément aux observations que ceux-ci avaient faites concernant une version antérieure du plan localisé de quartier qui attribuait les droits à bâtir dans plusieurs immeubles. Enfin, si les recourants ne sont pas les seuls à disposer de droits à bâtir dans l'immeuble A, c'est en raison de la densité fixée par le PLQ.
Dans ces circonstances locales, que le Tribunal fédéral n'apprécie qu'avec retenue, la localisation arrêtée des droits à bâtir des recourants apparaît comme une mesure adéquate pour parvenir au but d'aménagement recherché, même si ceux-ci devront s'entendre avec les autres propriétaires concernés pour réaliser leurs droits à bâtir. Les recourants ne démontrent d'ailleurs pas que le but d'aménagement recherché aurait pu être atteint par une mesure moins incisive. Ils ne se plaignent pas non plus d'une inégalité de traitement dans la répartition des droits à bâtir.
6.4. Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas violé l'art. 26 Cst. (en lien avec l'art. 36 al. 3 Cst.) en considérant que l'atteinte portée à la propriété des recourants restait proportionnée au but d'intérêt public poursuivi par le PLQ litigieux.
7.
Il résulte de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Celui-ci versera en outre une indemnité de dépens réduite aux intimés qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, qui s'est référé en grande partie aux déterminations déposées par le Conseil d'Etat (art. 68 al. 2 LTF). Le Conseil d'Etat qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles n'a en revanche pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3.
Les recourants verseront aux intimés la somme de 2'000 francs à titre de dépens réduits.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et des intimés, au Conseil d'Etat du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 11 novembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Tornay Schaller