Faits :
A.
Les Transports Publics Genevois (ci-après: les TPG) ont pour but de mettre à disposition de la population du canton un réseau de communications pour le transport des voyageurs. Constitués sous la forme d'un établissement de droit public, ils bénéficient de concessions fédérales pour le transport de voyageurs professionnels et réguliers.
B.
Les TPG ont formé quatre demandes de remboursement de l'impôt sur les carburants utilisés dans les entreprises publiques de transport pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2009, à savoir: le 5 janvier 2012, une demande concernant les transports effectués dans la commune de Vernier (GE) pour une consommation de 81'442 litres d'huile de diesel, ainsi qu'une demande portant sur les services assurés par Genève-Tours SA pour une consommation de 187'107 litres d'huile de diesel; le 11 janvier 2012, une demande relative aux services assurés par Globe Limo SA pour une consommation de 397'587 litres d'huile de diesel et, le 13 janvier 2012, une demande concernant la "Ligne 53/RATP Dev" pour une consommation de 561'979 litres d'huile de diesel. Ces demandes de remboursement, totalisant 570'000 fr., ont été transmises à l'Administration fédérale des douanes, Direction générale des douanes (ci-après: l'Administration fédérale), le 17 janvier 2012, qui les a reçues le 24 janvier 2012.
Par décision du 13 février 2012, l'Administration fédérale a refusé de rembourser l'impôt sur les huiles minérales pour les quatre demandes, au motif que celles-ci avaient été effectuées tardivement, soit plus de deux ans après la consommation des carburants en cause. La réclamation formée par les TPG contre la décision du 13 février 2012 a été rejetée par l'Administration fédérale le 21 septembre 2012. Saisi d'un recours contre cette décision sur réclamation, le Tribunal administratif fédéral a, par arrêt du 19 juin 2014, rejeté le recours et confirmé la décision attaquée.
C.
Contre l'arrêt du 19 juin 2014, les TPG forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt précité, à ce qu'il soit constaté que le droit des TPG au remboursement de l'impôt sur les carburants afférant à la période du 1er janvier au 31 décembre 2009 n'est ni périmé ni prescrit, et à ce que le Tribunal fédéral ordonne à l'Administration fédérale d'admettre les quatre demandes de remboursement. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours avec suite de frais. Le Tribunal administratif fédéral renonce à se déterminer.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué, qui concerne le remboursement de l'impôt sur les huiles minérales pour la période de 2009, est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) et ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, si bien que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF).
1.2. Bien qu'ils soient un établissement de droit public, les Transports Publics Genevois (ci-après: les TPG ou le recourant) n'agissent pas en l'occurrence dans l'exercice de la puissance publique, mais sont directement touchés, à la manière d'un contribuable, par la décision entreprise, qui leur dénie le remboursement de l'impôt sur les carburants. Ils ont donc un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de la décision attaquée, de sorte qu'il faut leur reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Leur recours est partant recevable, sous réserve des conclusions qui suivent (consid. 1.3 infra).
1.3. La conclusion constatatoire n° 3 prise par le recourant est subsidiaire par rapport à la conclusion condamnatoire n° 2 tendant à l'annulation de l'arrêt entrepris (ATF 141 II 113 consid. 1.7 p. 123; 135 I 119 consid. 4 p. 122) et n'est donc pas recevable. Est en outre d'emblée irrecevable la conclusion n° 4 du recours. Si le recourant obtenait gain de cause quant à l'absence de péremption ou de prescription de sa créance en remboursement de l'impôt sur les carburants consommés en 2009, l'annulation de l'arrêt attaqué ne pourrait en tout état pas déboucher sur l'admission au fond des quatre demandes de remboursement, car l'objet du litige porte sur la question de savoir si les précédents juges ont à raison considéré que le droit de requérir le remboursement de l'impôt était périmé ensuite de l'envoi tardif des demandes, mais pas sur l'examen des autres conditions présidant au remboursement et au calcul de sa quotité (cf. notamment art. 49 à 51 Oimpmin; RS 641.611). Or, ni l'Administration fédérale, ni le Tribunal administratif fédéral n'ont examiné celles-ci de façon détaillée.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; ATF 134 III 102 consid. 1.1 p. 105; arrêt 2C_1120/2013 du 20 février 2015 consid. 2.1). Par ailleurs, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
3.
Le recourant conteste la confirmation par le Tribunal administratif fédéral de la décision sur réclamation par laquelle l'Administration fédérale avait refusé de lui rembourser l'impôt prélevé sur les carburants consommés durant la période du 1er janvier au 31 décembre 2009 et réclamé au moyen de quatre demandes, au motif que le droit au remboursement invoqué serait périmé. Or, il n'est pas contesté que le recourant a sollicité le remboursement de l'impôt sur les carburants une fois passés les délais prévus pour ce faire. Le litige se limite donc au point de savoir si le Conseil fédéral, en introduisant les dispositions réglementaires sur la base desquelles la demande de remboursement formée par le recourant a été déclarée irrecevable, n'a pas outrepassé ses compétences, en violation notamment du principe de la séparation des pouvoirs.
4.
Conformément à l'art. 1 let. a et b de la loi fédérale du 21 juin 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Limpmin; RS 641.61), les carburants sont soumis à l'impôt sur les huiles minérales et à la surtaxe sur celles-ci. Selon l'art. 17 al. 3 Limpmin, " les carburants utilisés par les entreprises de transport concessionnaires de la Confédération sont exonérés de l'impôt totalement ou en partie ". L'art. 18 al. 4 Limpmin prévoit que " le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement. Les montants insignifiants ne sont pas remboursés ". Sur la base de cette dernière clause, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance du 20 novembre 1996 sur l'imposition des huiles minérales (Oimpmin; RS 641.611), dont les art. 46 ss sont consacrés au "remboursement de l'impôt". L'arrêt litigieux confirmant la décision d'irrecevabilité de la demande de remboursement se fonde en particulier sur l'art. 48 Oimpmin, dont la teneur est la suivante:
"Art. 48 Oimpmin - Extinction du droit au remboursement
al. 1 Les demandes de remboursement doivent être présentées dans les trois mois qui suivent la clôture annuelle des comptes, sauf dans les cas mentionnés à l'art. 18 al. 1 de la loi.
al. 2 Il n'existe pas de droit au remboursement de l'impôt pour les marchandises ayant été consommées plus de deux ans avant la présentation de la demande.
al. 3 La Direction générale des douanes peut, dans un cas d'espèce, prévoir le remboursement de l'impôt pour des marchandises consommées antérieurement si le requérant n'a pas observé le délai sans qu'il y ait eu faute de sa part ou au cas où le paiement de l'impôt constituerait pour lui une rigueur excessive".
5.
5.1. Dans l'arrêt querellé du 19 juin 2014, le Tribunal administratif fédéral a d'abord rappelé que l'impôt sur les huiles minérales perçu par la Confédération constitue un impôt de consommation spécial; son exonération n'intervenant fréquemment qu'après la perception de l'impôt, il incombe en principe au bénéficiaire de l'exonération d'en réclamer le remboursement. Si l'exonération fiscale des carburants utilisés par les entreprises de transport concessionnaires était ancrée dans une loi au sens formel (cf. art. 17 al. 3 Limpmin), la réglementation de "la procédure de remboursement" de l'impôt avait en revanche été complètement déléguée au Conseil fédéral (cf. art. 18 al. 4 Limpmin), qui devait la concrétiser par le biais d'une ordonnance législative dépendante de substitution. Or, ces termes légaux englobaient également "les conditions matérielles du droit au remboursement", à savoir le contrôle des conditions de base de l'exonération, le choix du bénéficiaire et toute "la technique de remboursement". Il fallait partant y voir une ample clause de délégation en faveur du Conseil fédéral, qui pouvait introduire, en conformité avec le principe de la légalité, un délai de péremption du droit de revendiquer l'exonération (art. 48 al. 2 Oimpmin). Ce délai répondait à l' "intérêt public évident" - financier, environnemental, favorisant la sécurité du droit et luttant contre les abus - de la Confédération de "savoir si la perception première de l'impôt va perdre son caractère provisoire et devenir définitive" (arrêt attaqué, p. 17).
5.2. Le recourant soutient que les précédents juges ont à tort qualifié d'ordonnance dépendante de substitution la réglementation que le Conseil fédéral est tenu d'adopter en application de l'art. 18 al. 4 Limpmin. Il s'agirait en réalité une clause d'exécution permettant au Conseil fédéral uniquement d'adopter des normes secondaires venant préciser la loi, et non pas des normes primaires complétant la loi et réglementant davantage que de pures questions d'organisation et de procédure. Or, l'introduction d'un délai de péremption à l'art. 48 al. 2 Oimpmin, que la Limpmin ne mentionne pas, constituerait une norme primaire dépassant le cadre fixé par cette loi; elle violerait de ce fait les principes constitutionnels de la légalité et de la séparation des pouvoirs.
Le grief soulevé commande tout d'abord d'examiner la portée du délai de remboursement litigieux (consid. 6), puis de déterminer la nature de la clause figurant à l'art. 18 al. 4 Limpmin (consid. 7). Enfin, il conviendra de vérifier que l'art. 48 al. 2 Oimpmin respecte le cadre fixé par celle-ci (consid. 8).
6.
Selon la lettre de l'art. 48 Oimpmin ("extinction du droit au remboursement"; "il n'existe pas de droit au remboursement"), si l'entreprise de transport omet de former sa demande de remboursement de l'impôt sur les carburants dans les délais prévus par le Conseil fédéral, soit passée une période de deux ans depuis la consommation des marchandises, son droit à réclamer le remboursement de la créance à l'égard de la Confédération disparaît.
6.1. Lorsqu'un droit s'éteint par suite de l'expiration du délai dans lequel le titulaire doit l'exercer ou accomplir un acte nécessaire à son exercice, on se trouve en présence d'un délai de péremption ("Verwirkung"; cf. ATF 139 V 244 consid. 3.1 p. 246; 119 V 298 consid. 4a p. 300; arrêts 4A_257/2014 du 29 septembre 2014 consid. 6.1, sic! 1/2015 p. 37; 2C_402/2013 du 20 août 2013 consid. 4.1, sic! 12/2013 p. 756). L'absence du terme explicite de "péremption" n'y change rien; l'emploi de formules telles que "le droit s'éteint" est a priori considéré comme déterminant (cf. ATF 125 V 262 consid. 5a p. 263; 119 V 298 consid. 4a p. 300; 113 V 66 consid. 1b p. 68). En conséquence, l'art. 48 al. 2 Oimpmin introduit un délai de péremption affectant le droit au remboursement de la créance que détient l'entreprise.
6.2. La péremption se distingue généralement de la prescription ("Verjährung"), qui vise la situation où le créancier d'un droit perd la faculté d'en requérir l'exécution forcée, sans que cela n'entraîne la perte du droit lui-même, qui subsiste comme obligation naturelle sujette à compensation (art. 120 al. 3 CO [RS 220]; dans ce sens: ATF 133 II 366 consid. p. 368).
Comme institution générale du droit (cf. ATF 135 V 163 consid. 5.3 p. 169), la prescription s'applique à toutes les prétentions, y compris à celles de droit public, qu'elles appartiennent à la collectivité publique ou aux administrés (ATF 95 I 512 consid. 3 p. 517). Son existence est partant indépendante d'une base légale expresse (cf. DANIEL RIEDO, Die Verjährung der Zollschuld nach dem neuen Zollgesetz, in Archives 75/2007, p. 450 ss, 452). Pour cette raison, il est arrivé au Tribunal fédéral de combler des lacunes proprement dites qu'il avait identifiées dans une loi fédérale et de considérer qu'une prétention était prescrite au-delà d'un certain délai (ATF 126 II 1 consid. 3 p. 6; arrêt 2C_999/2014 du 15 janvier 2015 consid. 4.3, in Archives 83, p. 516).
La péremption, de par les effets plus durs qu'elle entraîne pour le créancier (ETIENNE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3e éd., ch. 1.3.2 p. 102), ne constitue en revanche pas une institution générale du droit qu'il serait loisible aux organes de l'Etat de déduire de l'ordre juridique en l'absence de toute base légale (cf. MICHAEL RITTER, Die Handhabung des Widerrufs und der Rückforderungen sowie der Verjährung und Verwirkung von Direktzahlungen, in Blätter für Agrarrecht, n° 2/3, 2012, p. 3 ss, 21). L'existence d'un délai de péremption nécessite ainsi une assise normative suffisamment précise (cf. MOOR/ POLTIER, op. cit., ch. 1.3.2 p. 102). En tant qu'elle éteint un droit qui existait auparavant, la péremption concerne un aspect essentiel des droits et obligations des particuliers (dans ce sens, HÄFELIN/MÜLLER/ UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., 2010, n. 795a, p. 182; NIEDERER/BÜHLER/ WÜRSTEN, Pauschale Steueranrechnung im Nachsteuerverfahren, in ZStP 2/2014, p. 95 ss, 110), de sorte que seul le législateur au sens formel peut en principe instaurer un tel délai ou, à tout le moins, en fixer les fondements dans une loi formelle, avant d'en déléguer la mise en oeuvre au Conseil fédéral (cf. art. 164 al. 2 Cst.; ATF 137 II 409 consid. 6.4 p. 413; 131 II 13 consid. 6.4.4 p. 29).
6.3. En droit public, néanmoins, il n'est pas toujours aisé de distinguer si, en instaurant un délai, le législateur a opté pour l'une ou l'autre institution, c'est-à-dire celle de la prescription ou de la péremption (cf. MOOR/POLTIER, op. cit., ch. 1.3.2 p. 101; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 748 p. 254; cf., pour des exemples, ATF 112 V 6 consid. 4c p. 8; arrêt 9C_298/2013 du 22 novembre 2013 consid. 5.2, in SVR 2014 BVG n° 21 p. 74). En outre, il existe une controverse doctrinale notamment quant à l'existence d'une obligation naturelle en matière de créances de droit public prescrites, un critère d'ordinaire important pour distinguer les deux institutions (cf. ANDREA BRACONI, Prescription et péremption dans l'assurance sociale, in Droit privé et assurances sociales [Jean-Louis Duc (éd.)], 1990, p. 215 ss, 235; ATTILIO R. GADOLA, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, in PJA 1/95, p. 47 ss, p. 55; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, 1984, p. 667; THOMAS MEIER, Verjährung und Verwirkung öffentlich-rechtlicher Forderung, 2013, p. 307 s.; TANQUEREL, op. cit., n. 738 p. 251).
En l'espèce, il est inutile de trancher le point de savoir s'il se justifie, en matière de créances de droit publicen faveur de l'Etat et/ou envers ce dernier, de maintenir une différentiation de traitement stricte du point de vue des exigences découlant du principe de la légalité (cf. art. 5 al. 1 Cst.; arrêt 2C_668/2013 du 19 juin 2014 consid. 5.1), entre les délais de péremption et de prescription. D'une part, un principe général s'oppose en effet à ce que le contribuable puisse de façon illimitée dans le temps exiger de l'Etat qu'il lui restitue des impôts indument versés (voir, pour la prescription de ce droit, ATF 78 I 184 consid. 3 p. 191 s.). D'autre part, l'on verra ci-après que l'introduction d'un délai de péremption dans l'Oimpmin repose in casu, en tout état, sur un clause de délégation législative suffisante.
7.
Comme il a été vu auparavant, un délai de péremption doit être en principe inscrit dans une loi au sens formel. Contrairement à ce que semble retenir une partie de la doctrine (cf. NIEDERER/BÜHLER/WÜRSTEN, op. cit., p. 111), cette exigence n'exclut cependant pas catégoriquement la possibilité pour le législateur de déléguer la compétence d'édicter certaines règles de droit au Conseil fédéral, y compris dans l'un des domaines sensibles énoncés à l'art. 164 al. 1 Cst. (point laissé ouvert in ATF 133 II 331 consid. 7.2.2 p. 347 s., mais implicitement admis in ATF 134 I 322 consid. 2.4 p. 327; 131 II 13 consid. 6.4.4 p. 29; cf. également Message du Conseil fédéral du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle Constitution fédérale, in FF 1997 I 1, p. 134 s., p. 197 et p. 397). Pour qu'une telle délégation législative soit admissible, le pouvoir législatif doit toutefois respecter certaines conditions, à savoir: le droit constitutionnel n'interdit pas une délégation, elle est prévue dans un acte normatif - soit une loi formelle - soumis à référendum, elle est limitée à une matière déterminée et la loi elle-même énonce dans les grandes lignes les règles les plus importantes (cf. ATF 128 I 113 consid. 3c p. 122; arrêt 2C_118/2008 du 21 novembre 2008 consid. 4.1; cf. déjà ATF 117 Ia 328 consid. 4 p. 335). Il s'agit là d'exigences découlant du principe de la séparation des pouvoirs (cf. ATF 134 I 269 consid. 4.2 p. 279; arrêt 1C_251/2014 du 27 janvier 2015 consid. 2.2) et du principe de la légalité (art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst.; ATF 140 I 381 consid. 4.4 p. 386; 139 II 460 consid. 2.1 p. 463).
7.1. A défaut d'une réglementation explicite d'un délai de péremption lié au remboursement de l'impôt dans la Limpmin, l'art. 48 al. 2 Oimpmin doit donc, sous réserve du point laissé ouvert au consid. 6.3 supra, reposer sur une clause de délégation législative qui permette au Conseil fédéral d'adopter une ordonnance législative dépendante de substitutionet non uniquement une ordonnance d'exécution. Cette dernière se limite à préciser certaines dispositions légales au moyen de normes secondaires, à en combler le cas échéant les véritables lacunes et à fixer si nécessaire des points de procédure (cf. ATF 139 II 460 consid. 2.2 p. 463; 136 I 29 consid. 3.3 p. 33; 130 I 140 consid. 5.1 p. 149; 103 IV 192 consid. 2a p. 194). Il sera précisé que la plupart des ordonnances énoncent à la fois des dispositions secondaires et des dispositions primaires (cf. ATF 118 Ib 367 consid. 3a p. 370; AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol. I, 3e éd., 2013, n. 1596 p. 539; PIERRE TSCHANNEN, ad art. 182 Cst., in Die schweizerische Bundesverfassung - St. Galler Kommentar, 3e éd., 2014, n. 14 p. 2927).
7.2. In casu, l'art. 48 al. 2 Oimpmin litigieux dépend de l'art. 18 al. 4, 1ère phr., Limpmin, selon lequel " le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement ".
7.2.1. La clause de délégation se réfère prima facie à de simples questions d'organisation ou de procédure, qui plaident en faveur d'une clause d'exécution (cf. AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, op. cit., n. 1602 p. 541). L'agencement des alinéas au sein de l'art. 18 Limpmin suggère cependant une ample marge normative en faveur du Conseil fédéral et corrobore ainsi la présence d'une clause de substitution. Il résulte en effet des différents alinéas de cette disposition que le législateur a entendu réglementer les points essentiels du remboursement, à savoir le principe même du remboursement (al. 1), les conditions matérielles de base auxquelles il doit être consenti (al. 3: "nécessité économique" et "affectation à un usage d'intérêt général"; al. 2) et son objet (al. 1 let. a et b et al. 2; quant aux bénéficiaires de ce remboursement, ils sont mentionnés à l'art. 17 al. 3 et d Limpmin). A contrario, l'art. 18 Limpmin autorise le Conseil fédéral à réglementer le surplus de la procédure de remboursement et de ses conditions. On ajoutera que la consécration ponctuelle des al. 4 in fine (non remboursement des "montants insignifiants") et al. 5 (non versement d'intérêts), qui limitent l'autonomie laissée au gouvernement en matière de remboursement, serait superflue si, comme l'affirme le recourant, le Conseil fédéral s'était seulement vu attribuer la compétence de préciser des points d'exécution mineurs de la loi.
7.2.2. En précisant que le remboursement a posteriori de l'impôt prélevé sur les carburants en faveur, notamment, des entreprises de transport concessionnaires, met en jeu " une véritable technique liée à l'imposition indirecte " (FF 1995 III 133, p. 135), le Message du Conseil fédéral concernant la loi sur l'imposition des huiles minérales du 5 avril 1995 confirme la volonté du législateur de confier au Conseil fédéral le soin d'élaborer une procédure de remboursement également susceptible de comprendre des normes primaires et affectant les droits et obligations des particuliers (cf. aussi le Message du Conseil fédéral du 3 mai 2006 relatif à la modification de la loi sur l'imposition des huiles minérales, entrée en vigueur le 1er juillet 2008, in: FF 2006 4057, p. 4088).
7.2.3. Par ailleurs, c'est à bon droit que les précédents juges ont effectué des rapprochements avec d'autres lois et règlements gouvernant des impôts de consommation spéciale (cf. art. 131 Cst.). S'il est vrai que, contrairement à la clause figurant à l'art. 18 al. 4 Limpmin, l'art. 24 al. 2 de la loi fédérale du 21 mars 1969 sur l'imposition du tabac (LTab; RS 641.31) évoque explicitement la réglementation des délais de remboursement par le Conseil fédéral, cette dernière clause de délégation législative présente de fortes similitudes avec la première; ceci donne à penser que la formulation plus vague de l'art. 18 al. 4 Limpmin englobe déjà la compétence de fixer des délais pour présenter les demandes de remboursement dans la notion de "procédure de remboursement" plutôt que ne soit envisagée l'existence d'un silence qualifié du législateur qui interdirait au Conseil fédéral de réglementer l'aspect des délais de procédure.
En dépit des critiques du recourant, l'analogie que le Tribunal administratif fédéral trace entre l'art. 18 al. 4 Limpmin et l'art. 19 de l'ordonnance sur la taxe d'incitation sur les composés organiques volatils du 12 novembre 1997 (OCOV; RS 814.018), qui instaure des délais de péremption par rapport à l'exercice du droit au remboursement de la taxe sur les composés organiques volatils, n'est pas non plus dénuée de pertinence. Sur la base des art. 35c al. 2 et 3 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), le Conseil fédéral a en effet reçu la compétence de définir les "procédures de perception et de remboursement de la taxe" ainsi que d' "exclure un remboursement si celui-ci doit entraîner des frais ou des difficultés hors de proportion". Si la possibilité d'exclure le remboursement de la taxe est certes mentionnée dans la LPE, cette dernière n'envisage toutefois pas la déchéance du droit au remboursement par suite du non-respect d'un délai; on peut en inférer que c'est la clause de délégation autorisant le Conseil fédéral à fixer la procédure de remboursement de la taxe qui a servi comme base pour l'introduction d'un tel délai péremptoire et des effets de son inobservation.
7.2.4. L'introduction d'un délai de péremption a pour double finalité de garantir la sécurité juridique et de faciliter le bon fonctionnement de l'administration, en stabilisant définitivement des rapports de droit après l'écoulement d'un certain temps, sans que cette durée ne puisse être allongée par un acte interruptif du créancier (ATF 125 V 262 consid. 5a p. 263; arrêt 2C_756/2010 du 19 janvier 2011 consid. 3.2.2, in Archives 79 p. 855; voir aussi PETER BRÜLISAUER, 30-Tage-Frist zur Anwendung des Meldeverfahrens bei Dividenden, in L'Expert-comptable n° 12, 2011, p. 1042 ss, 1044). De plus, des considérations de technique administrative justifient en principe que les délais de péremption soient relativement brefs en vue d'une liquidation diligente et bien informée des affaires (MOOR/POLTIER, op. cit., ch. 1.3.2 p. 103; cf. aussi MEIER, op. cit., p. 14 s.; RITTER, op. cit., p. 22). Il paraît dès lors cohérent avec ces principes de même qu'avec le principe d'égalité de traitement (art. 8 Cst.) que "la procédure de remboursement" déléguée à l'exécutif puisse également inclure le droit pour ce dernier d'introduire une clause de péremption en vue d'obtenir du créancier qu'il fasse sa demande dans les délais. Serait en revanche contraire au but poursuivi par la réglementation de la "procédure de remboursement", au sens de l'art. 18 al. 4 Limpmin, l'interprétation qui tendrait à empêcher le Conseil fédéral d'assortir les conditions et modalités de remboursement à réglementer de clauses de déchéance ou de conséquences procédurales strictes sanctionnant leur non-respect. La circonstance, avancée par le recourant, que la Confédération ne subirait aucun préjudice en raison d'une demande de remboursement introduite après le délai de deux ans, dès lors que l'art. 18 al. 5 Limpmin exclut le versement d'intérêts moratoires, ne modifie en rien cette conclusion essentiellement motivée par la sécurité juridique. Cet argument ne saurait ainsi conduire à restreindre la marge de manoeuvre des autorités à l'introduction de simples délais d'ordre en matière procédurale (cf. ATF 108 Ia 165 consid. 2b p. 167 s.).
7.3. Au vu des éléments qui précèdent, il y a lieu de rejeter l'argument du recourant reprochant au Tribunal administratif fédéral d'avoir assimilé l'art. 18 al. 4 Limpmin à une clause de substitution, alors qu'elle relèverait en réalité et exclusivement de la clause d'exécution.
8.
Etant donné que l'art. 18 al. 4 Limpmin autorise le Conseil fédéral à adopter (également) des normes de substitution en matière de remboursement de l'impôt sur les carburants, il sied d'examiner dans quelle mesure l'art. 48 al. 2 Oimpmin, sur la base duquel l'intimée a refusé de rembourser l'impôt litigieux au recourant au motif que sa requête avait été déposée tardivement, respecte le cadre de la délégation fixé dans la loi.
8.1. A ce titre, le recourant estime que la clause de délégation est en tout état trop vague pour permettre au Conseil fédéral d'instaurer un délai de péremption au niveau de l'ordonnance. Ne poursuivant aucun intérêt public valable, l'adoption d'un délai de péremption restreindrait de plus le droit des administrés de bénéficier de l'exonération prévue par la loi, en violation du principe d'exonération des entreprises de transport concessionnaires prévu à l'art. 17 al. 3 Limpmin. Finalement, l'absence de toute précision dans la loi vaudrait comme un silence qualifié du législateur, si bien que la réglementation de l'art. 48 al. 2 Oimpmin sortirait manifestement du cadre légal établi.
8.2. Les griefs du recourant tombent à faux. Il résulte de l'interprétation de l'art. 18 al. 4 Limpmin à l'aune des autres alinéas de cette norme que la loi formelle fixe l'ensemble des critères de base qui sont requis par la jurisprudence rendue au sujet de l'art. 164 Cst., par le principe de la séparation des pouvoirs et par le principe de la légalité en matière fiscale pour permettre au législateur de déléguer la compétence d'édicter des normes primaires au pouvoir exécutif dans le domaine du remboursement de l'impôt sur les carburants. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, l'interprétation de l'art. 18 al. 4 Limpmin a par ailleurs permis de retenir que la délégation de "la procédure de remboursement" au Conseil fédéral attribue à celui-ci la compétence de déterminer modo legislatoris de larges pans tant formels que matériels de cette procédure. Il a de surcroît été vu qu'il était à la fois logique et compatible avec les objectifs d'intérêt public que sont la sécurité du droit et le bon fonctionnement de l'administration d'affirmer que ces critères réglementaires pouvaient s'accompagner tant de conditions, incombances et délais pour faire valoir le droit au remboursement des entreprises de transport que de sanctions strictes en cas d'inobservation de ces modalités, notamment au travers de la déchéance matérielle du droit de revendiquer ledit remboursement.
Au demeurant, aucun élément ne suggère qu'en adoptant l'art. 48 Oimpmin, le Conseil fédéral aurait agi de façon disproportionnée (cf. art. 5 al. 2 et 36 al. 3 Cst.) ou abusé du large pouvoir que le législateur fédéral lui a délégué sur le terrain du remboursement de l'impôt sur les carburants. L'instauration de délais de péremption procédurale relativement brefs correspond en effet à une pratique administrative courante et légitime. Partant, on eût pu attendre d'un établissement de droit public autonome de la taille des TPG, qui a notamment pour mission de desservir l'ensemble du territoire cantonal genevois (cf. art. 1 et 2 de la loi cantonale du 21 novembre 1975 sur les Transports publics genevois [LTPG/GE; RS/GE H 1 55]) et est doté d'organes administratifs complexes chargés de la planification, de la surveillance et du suivi quotidien des affaires de l'entreprise (art. 9 ss LTPG/GE), qu'il s'organise de manière à respecter les conditions temporelles claires fixées dans l'Oimpmin. Au demeurant, le Conseil fédéral a prévu des situations exceptionnelles de restitution du délai de péremption (cf., à ce titre, ATF 136 II 187 consid. 6 p. 193) lorsque "le requérant n'a pas observé le délai sans qu'il y ait eu faute de sa part ou au cas où le paiement de l'impôt constituerait pour lui une rigueur excessive" (cf. art. 48 al. 3 Oimpmin). Or, il n'apparaît pas que le recourant se soit trouvé dans une telle situation exceptionnelle ou non fautive; il n'a du reste pas sollicité une dérogation de la part de la Direction générale des douanes à cet égard.
8.3. Par conséquent, l'art. 48 Oimpmin ne dépasse pas le cadre de la délégation législative fixé par l'art. 18 al. 4 Limpmin en matière de remboursement de l'impôt. En confirmant la décision du 21 septembre 2012 par laquelle l'Administration fédérale a, en application de l'art. 48 al. 2 Oimpmin, refusé de rembourser aux TPG les divers montants d'impôt sur les huiles minérales réclamés pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2009, le Tribunal administratif fédéral n'a ainsi pas violé les principes constitutionnels de la séparation des pouvoirs et de la légalité, ni les dispositions - en particulier les art. 17 et 18 - de la Limpmin. Dans ces circonstances, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
9.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Aucun dépens ne sera alloué (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fédérale des douanes, représentée par la Direction générale des douanes, Division principale droit et redevances, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 23 mars 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
Le Greffier : Chatton