Erwägungen:
1.
Am 9. Februar 2017 wurde die fürsorgerische Unterbringung des Beschwerdeführers angeordnet. Dagegen beschwerte sich der Beschwerdeführer am 27. März 2017 beim Bezirksgericht Zürich. Das Bezirksgericht trat darauf mit Verfügung vom 30. März 2017 wegen Verspätung nicht ein (Art. 439 Abs. 2 ZGB).
Am 3. April 2017 erhob der Beschwerdeführer gegen diese Verfügung Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich. Er verlangte die sofortige Entlassung aus der Klinik B._ und ersuchte um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Obergericht wies die Beschwerde am 11. April 2017 ab. Da die Frist zur Beschwerde gegen die Anordnung der Unterbringung tatsächlich abgelaufen sei, könne das Obergericht die fürsorgerische Unterbringung des Beschwerdeführers inhaltlich nicht überprüfen. Der Beschwerdeführer könne aber ein Entlassungsgesuch an die Klinikleitung richten (Art. 426 Abs. 4 ZGB i.V.m. Art. 429 Abs. 3 ZGB). Das Obergericht erhob keine Kosten und schrieb in der Folge das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege als gegenstandslos ab.
Dagegen gelangt der Beschwerdeführer mit Eingabe vom 18. April 2017 an das Bundesgericht.
2.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid im Bereich des Erwachsenenschutzes (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 und Art. 75 Abs. 1 BGG), womit die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich gegeben ist.
Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Beschwerde Anträge zu enthalten und nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Begründung muss sachbezogen sein und sich auf den Streitgegenstand beziehen und beschränken; die beschwerdeführende Partei hat in gezielter Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheides massgeblichen Erwägungen plausibel aufzuzeigen, welche Rechte bzw. Rechtsnormen die Vorinstanz verletzt haben soll (BGE 140 III 86 E. 2 S. 88 f.; 140 III 115 E. 2 S. 116).
3.
Der Beschwerdeführer verlangt die sofortige Entlassung aus der Klinik B._ und die Aufhebung der fürsorgerischen Unterbringung. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Seine Beschwerde erschöpft sich jedoch in diesen Anträgen. Er begründet seine Anträge nicht und er geht insbesondere nicht darauf ein, dass das Obergericht seine kantonale Beschwerde inhaltlich nicht beurteilt hat, weil er die ursprüngliche Beschwerdefrist von Art. 439 Abs. 2 ZGB verpasst hatte. Der Beschwerdeführer ist zudem - wie bereits vor Obergericht - darauf hinzuweisen, dass er ein Entlassungsgesuch an die Klinik B._ stellen kann. Das Bundesgericht ist nicht zuständig, ein solches Gesuch anstelle der zuständigen Einrichtung zu beurteilen.
Die Beschwerde erweist sich damit als offensichtlich unzulässig und sie enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung. Darauf ist im vereinfachten Verfahren gemäss Art. 108 Abs. 1 lit. a und b BGG durch den Präsidenten der Abteilung nicht einzutreten.
4.
Angesichts der konkreten Umstände werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist damit als gegenstandslos abzuschreiben.
Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. April 2017
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zingg