Faits :
A.
A.a. A._ a donné naissance, hors mariage, à C._, le 24 décembre 2008; B._ a reconnu l'enfant le 29 septembre 2009. Par convention du 3 novembre 2009, ratifiée par l'autorité compétente le 26 novembre 2009, les parents ont convenu d'une autorité parentale conjointe et, en cas de dissolution du ménage commun, ont prévu de confier la garde de l'enfant à la mère et arrêté le droit de visite du père. Des difficultés ont surgi par la suite.
Par ordonnance du 21 novembre 2011, le Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant du canton de Genève (ci-après : le Tribunal de protection) a refixé le droit de visite du père et instauré une curatelle pour l'organisation et la surveillance de ce droit. Par ordonnance du 9 août 2012, ce droit de visite a été étendu à une journée par semaine avec passage de l'enfant par le Point rencontre.
A.b. Le 2 septembre 2013, le Service de protection des mineurs (ci-après : SPMi) a informé le Tribunal de protection que A._ avait manifesté sa décision de ne pas respecter le droit de visite dans son intégralité, pour des raisons propres à son organisation personnelle. Par ordonnance du 10 décembre 2013, le Tribunal de protection a, sur mesures provisionnelles, confirmé les modalités d'exercice du droit de visite fixées dans l'ordonnance du 9 août 2012 et précisé que des entretiens entre la mineure et chacun de ses parents devaient être organisés au moment des passages, en présence d'un éducateur.
Le Tribunal de protection a par ailleurs ordonné une expertise familiale, finalement objet d'un rapport du 2 mars 2015. Par courrier du 24 mars 2015, le SPMi s'est prononcé sur les mesures à prendre; le 21 avril 2015, il a signalé que les visites entre la mineure et son père n'avaient pu se tenir depuis le 17 mars 2015, la mère repartant à chaque fois avec l'enfant qui ne parvenait pas à s'en séparer. Lors de l'audience du 25 juin 2015, les parents ont été entendus, ainsi que l'expert, ce dernier confirmant qu'il n'y avait aucune contre-indication à ce que le père exerce un droit de visite. Selon le rapport établi par les intervenants du Point rencontre le 1er juillet 2015, seules trois visites sur les treize prévues avaient pu avoir lieu durant la période d'avril à juin 2015.
B.
B.a. Par ordonnance du 3 septembre 2015, rendue sous la menace de la peine prévue par l'art. 292 CP, le Tribunal de protection a notamment fixé les relations personnelles entre l'enfant et son père à raison d'un jour par semaine, du soir à la sortie de l'école au lendemain matin au début de l'école, maintenu la curatelle d'organisation et de surveillance des relations personnelles, instauré une curatelle d'assistance éducative en faveur de la mineure, ordonné un suivi thérapeutique et instauré une curatelle à cette fin et fait instruction aux parents d'entreprendre une guidance parentale.
B.b. Par acte du 4 novembre 2015, A._ a recouru contre l'ordonnance du Tribunal de protection. Le SPMi a adressé un nouveau rapport le 31 mars 2016.
Par décision du 7 avril 2016, la Chambre de surveillance de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après : la Cour de justice) a déclaré irrecevable le recours de la mère, faute de versement de l'avance de frais requise. Par arrêt du 16 juin 2016, le Tribunal fédéral a annulé cet arrêt et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision (cause 5A_304/2016).
B.c. Le 22 août 2016, le Tribunal de protection a indiqué qu'il n'entendait pas reconsidérer sa décision du 3 septembre 2015; dans ses observations du 20 septembre 2016, le SPMi a préconisé de maintenir les mesures adoptées par celle-ci. B._ ne s'est pas déterminé sur le recours dans le délai imparti. Pour sa part, A._ a fait usage de son droit de réplique, s'opposant à la nomination d'un " curateur de représentation " de l'enfant et persistant dans les conclusions de son recours.
Par décision du 8 décembre 2016, la Cour de justice a rejeté le recours de A._ et confirmé l'ordonnance du Tribunal de protection du 3 septembre 2015.
C.
Par acte remis à la poste le 24 janvier 2017, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, doublé d'une requête d'effet suspensif et assorti d'une demande d'assistance judiciaire, auquel elle joint six pièces justificatives. Elle conclut principalement, au fond, à " réformer la décision " attaquée, subsidiairement au renvoi de la cause aux instances inférieures pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invités à se déterminer sur la requête d'effet suspensif, l'intimé et le Tribunal de protection ne se sont pas prononcés, l'autorité précédente a déclaré ne pas avoir d'observations à formuler et le SPMi n'a pas retenu de conclusions formelles.
D.
Par ordonnance du 13 février 2017, le Président de la IIe Cour de droit civil du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Des déterminations sur le fond n'ont pas été demandées.
Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF), prise par un tribunal cantonal supérieur statuant sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF), statuant sur les relations personnelles entre le parent non marié - qui n'a pas la garde de l'enfant mineur - et l'enfant, ainsi que sur des mesures de protection de l'enfant au sens des art. 307 s. CC, soit une décision prise en application de normes de droit public dans une matière connexe au droit civil (art. 72 al. 2 let. b ch. 6 LTF). Comme les questions soumises au Tribunal fédéral sont de nature non pécuniaire, le recours est ouvert indépendamment de la valeur litigieuse (arrêt 5A_304/2016 du 13 juin 2016 consid. 1). Déposé par ailleurs en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et en la forme écrite prévue par la loi (art. 42 al. 1 LTF), par une partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 let. a LTF) et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. Le recours en matière civile se caractérise comme un recours en réforme (art. 107 al. 2 LTF), en sorte qu'en vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, le mémoire de recours doit notamment indiquer des conclusions. Celles-ci doivent être déterminées et précises, c'est-à-dire énoncer exactement sur quels points la décision est attaquée et quelles sont les modifications demandées (arrêt 5A_882/2015 du 27 novembre 2015 consid. 1.2 et les références). Le non respect de ces exigences, à interpréter de façon stricte sans toutefois tomber dans le formalisme excessif, conduit à l'irrecevabilité du recours, à moins que la motivation de celui-ci, éventuellement en combinaison avec la décision querellée, ne permette de comprendre sans autre ce que le recourant veut obtenir au fond (ATF 136 V 131 consid. 1.2; arrêt 5D_61/2016 du 15 février 2017 consid. 1.3). Les conclusions doivent ainsi être interprétées selon le principe de la confiance, à la lumière de la motivation du recours (ATF 123 IV 125 consid. 1; 105 II 149 consid. 2a).
En l'occurrence, la recourante retient, à titre principal, une conclusion invitant le Tribunal fédéral à réformer la décision entreprise, mais ne précise pas plus avant en quoi celle-ci doit être modifiée. A la lumière de la motivation du recours, il apparaît qu'elle préconise la suppression des relations personnelles, respectivement leur limitation à des " contacts de rappel ", la renonciation à la désignation d'un " curateur avocat de représentation ", ainsi qu'à la mise en place d'une guidance parentale et d'un suivi thérapeutique en faveur de l'enfant. Dans cette mesure, le libellé déficient des conclusions ne saurait lui nuire.
1.3. Dans un recours au Tribunal fédéral, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF). L'exclusion des faits et moyens de preuve nouveaux est la règle. Cette règle connaît une exception lorsque c'est la décision de l'autorité précédente qui, pour la première fois, a rendu pertinents ces faits ou moyens de preuve; il peut s'agir, notamment, de faits et moyens de preuve qui se rapportent à la procédure conduite devant l'autorité précédente, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours. En dehors de ces cas, le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement au prononcé de la décision entreprise, c'est-à-dire de véritables nova (ATF 133 IV 342 consid. 2.1 et les arrêts cités); il en va de même d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (ATF 139 III 120 consid. 3.1.2; arrêt 5A_829/2016 du 15 février 2017 consid. 2.2.1 in fine).
Autant que les pièces justificatives jointes au recours ne figurent pas déjà dans le dossier cantonal, elles ne peuvent dès lors être prises en considération.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 140 III 86 consid. 2; 135 III 397 consid. 1.4). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; ATF 137 II 305 consid. 3.3), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF 142 II 369 consid. 2.1; 141 I 36 consid. 1.3 et les références).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF). Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire aux termes de l'art. 9 Cst. (ATF 140 III 264 consid. 2.3), ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Une partie ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable, c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 II 249 consid. 1.2.2). Une critique de fait qui ne satisfait pas au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid 2.1) est irrecevable (ATF 140 III 264 consid. 2.3 et les références; 133 II 249 consid. 1.4.3).
3.
Dans un premier grief, la recourante se plaint de l'appréciation arbitraire des preuves effectuée par la cour cantonale. Elle lui reproche d'avoir fondé sa décision essentiellement sur le rapport du SPMi du 31 mars 2016; or, elle s'était vigoureusement opposée aux conclusions de ce rapport, partial et qui venait contredire les observations faites par la directrice de l'école ou lors des points rencontre, en particulier quant au fait que l'échec des relations personnelles était dû au refus obstiné de l'enfant d'aller avec son père.
Une telle critique, formulée en termes généraux sans détailler plus avant les faits concernés ni se référer à des moyens de preuve désignés précisément, ne remplit pas les exigences de motivation (cf. supra consid. 2.2). En outre, la recourante, qui préconise de prendre en considération les observations de certains intervenants plutôt que d'accorder une importance déterminante à l'appréciation du SPMi, critique en réalité l'exercice, par la cour cantonale, de son pouvoir d'appréciation, dont la conformité au droit fera l'objet d'un examen dans le cadre de griefs de violation du droit fédéral. Il en découle que le grief est d'emblée irrecevable.
4.
Dans un second grief, la recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue, en l'occurrence une violation de son droit à la preuve " tel qu'il résulte des dispositions de l'art. 29 al. 2 Cst. ou l'art. 8 CC [...] invoqué en rapport avec [...] l'art. 274 CC ", dès lors qu'il n'a pas été procédé à une audition de l'enfant.
4.1. A teneur de l'art. 314a al. 1 CC, l'enfant est entendu personnellement et de manière appropriée par l'autorité de protection de l'enfant ou le tiers qui en a été chargé, à moins que son âge ou d'autres justes motifs ne s'y opposent. Selon la ligne directrice suivie par le Tribunal fédéral, l'audition d'un enfant est possible dès qu'il a six ans révolus (ATF 131 III 553 consid. 1.2.3; 133 III 553 consid. 3). L'audition ne présuppose pas que l'enfant ait atteint un âge qui lui permette d'avoir la capacité de discernement au sens de l'art. 16 CC. Avant cet âge-là, l'audition de l'enfant vise avant tout à permettre au juge compétent de se faire une idée personnelle et de disposer d'une source de renseignements supplémentaires pour établir l'état de fait et prendre sa décision (arrêt 5A_756/2013 du 9 janvier 2014 consid. 4.1 et les références); dans un tel contexte, son audition doit avoir été requise par la partie qui entend s'en prévaloir, dès lors qu'elle ne sert exclusivement qu'à l'établissement des faits et, partant, qu'elle nécessite d'avoir fait l'objet d'une réquisition de preuve (arrêt 5A_754/2013 du 4 février 2014 consid. 3 in fine et les références).
4.2. La recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas fait droit à sa demande de procéder à l'audition de l'enfant, alors que celle-ci a entamé sa huitième année d'existence le 24 décembre 2016, soit un âge bien au-dessus de l'exigence minimale de six ans fixée par la jurisprudence. En ne se prononçant pas sur l'audition de l'enfant, la cour aurait procédé " de manière arbitraire à une appréciation anticipée du moyen de preuve proposé ", violant son droit à la preuve.
Dès lors qu'il ne ressort pas de l'arrêt attaqué, dont les constatations de fait lient la Cour de céans (cf. supra consid. 2.2), que la recourante ait formellement requis une telle audition - possible ici dans le cadre de l'établissement des faits - son grief est d'emblée infondé (cf. supra consid. 4.1 in fine).
5.
Dans un dernier grief, la recourante invoque la violation de l'art. 274 CC et entend retirer à l'intimé son droit à des relations personnelles, subsidiairement les réduire à des " contacts de rappel ", ce qui rend inutiles d'autres mesures prises, à savoir la mise en place d'une guidance personnelle et d'un suivi thérapeutique en faveur de l'enfant, ainsi que la désignation d'un " curateur avocat de représentation ".
5.1. Aux termes de l'art. 273 al. 1 CC (auquel renvoie l'art. 133 al. 1 CC), le père ou la mère qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Autrefois considéré comme un droit naturel des parents, le droit aux relations personnelles est désormais conçu à la fois comme un droit et un devoir de ceux-ci (cf. art. 273 al. 2 CC), mais aussi comme un droit de la personnalité de l'enfant; il doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (ATF 130 III 585 consid. 2.1; 127 III 295 consid. 4a; 123 III 445 consid. 3b; arrêt 5A_422/2015 du 10 février 2016 consid. 4.2 non publié aux ATF 142 III 193). Cependant, si les relations personnelles compromettent le développement de l'enfant, si les père et mère qui les entretiennent violent leurs obligations, s'ils ne se sont pas souciés sérieusement de l'enfant ou s'il existe d'autres justes motifs, le droit d'entretenir ces relations peut leur être retiré ou refusé (art. 274 al. 2 CC). Ce refus ou ce retrait ne peut être demandé que si le bien de l'enfant l'exige impérieusement et qu'il est impossible de trouver une réglementation du droit de visite qui sauvegarde ses intérêts: la disposition a pour objet de protéger l'enfant, et non de punir les parents. Ainsi, la violation par eux de leurs obligations et le fait de ne pas se soucier sérieusement de l'enfant ne sont pas en soi des comportements qui justifient le refus ou le retrait des relations personnelles; ils ne le sont que lorsqu'ils ont pour conséquence que ces relations portent atteinte au bien de l'enfant (ATF 118 II 21 consid. 3c; 100 II 76 consid. 4b et les références; arrêt 5A_448/2008 du 2 octobre 2008 consid. 4.1 publié in FamPra 2009 p. 246). D'après la jurisprudence, il existe un danger pour le bien de l'enfant si son développement physique, moral ou psychique est menacé par la présence, même limitée, du parent qui n'a pas l'autorité parentale. Conformément au principe de la proportionnalité, il importe en outre que ce danger ne puisse être écarté par d'autres mesures appropriées. Le retrait de tout droit à des relations personnelles constitue l' ultima ratioet ne peut être ordonné dans l'intérêt de l'enfant que si les effets négatifs des relations personnelles ne peuvent être maintenus dans des limites supportables pour l'enfant (ATF 122 III 404 consid. 3b; 120 II 229 consid. 3b/aa et les références). Le refus ou le retrait du droit aux relations personnelles selon l'art. 274 al. 2 CC nécessite des indices concrets de mise en danger du bien de l'enfant (ATF 122 III 404 consid. 3c; arrêt 5A_92/2009 du 22 avril 2009 consid. 2 publié in FamPra.ch 2009 p. 786).
L'appréciation des circonstances de fait pour fixer le droit aux relations personnelles des art. 273 et 274 CC, c'est-à-dire la détermination de leur portée juridique, est une question de droit. Le Tribunal fédéral s'impose toutefois une certaine retenue. Le juge du fait qui, par son expérience en la matière, connaît mieux les parties et le milieu dans lequel l'enfant évolue, dispose d'un large pouvoir d'appréciation en vertu de l'art. 4 CC. Le Tribunal fédéral n'intervient que si le juge, sans aucun motif, a écarté des critères essentiels pour la décision sur le droit de visite des enfants ou, à l'inverse, s'est fondé sur des éléments dépourvus d'importance au regard du bien des enfants ou contrevenant aux principes du droit fédéral (ATF 120 II 229 consid. 4a; arrêt 5A_422/2015 du 10 février 2016 consid. 4.2 in fine non publié aux ATF 142 III 193).
5.2. Se prononçant sur la conclusion de la recourante visant à supprimer les relations personnelles avec le père au motif que le droit de visite menace l'équilibre psychologique de sa fille et que le logement du père n'est pas approprié pour accueillir un enfant, la cour cantonale relève en premier lieu qu'il résulte de l'expertise familiale que l'enfant ne présente aucun trouble psychique, ni d'entrave à son développement. Elle est affectée par les difficultés qui opposent ses parents et se trouve dans un conflit de loyauté, mais parvient à s'en protéger de manière adéquate. Elle est attachée à sa mère et à son père et souhaite avoir un lien avec chacun d'eux. Les parents présentent tous deux des troubles envahissant partiellement leurs compétences parentales, mais disposent néanmoins de capacités appropriées, d'une autorité et de méthodes éducatives adéquates. Aucun élément du dossier ne permet de retenir qu'il est préjudiciable à l'enfant d'entretenir des relations personnelles avec son père. Les experts n'ont en particulier relevé aucun signe de maltraitance de ce dernier, ni aucune autre contre-indication à ce qu'il exerce son droit de visite. La cour cantonale retient ensuite qu'il résulte du rapport du SPMi du 31 mars 2016 que le logement du père réunit les conditions requises pour l'accueil de sa fille. Le SPMi a en outre relevé que, depuis le prononcé du 3 septembre 2015, les relations personnelles entre l'enfant et son père se sont déroulées de manière conforme, à raison d'un jour par semaine; père et fille sont contents de se retrouver chaque semaine, peuvent à nouveau partager des moments d'échanges et relations enrichissants pour l'enfant, le lien parent-enfant a pu reprendre dans de bonnes conditions et de manière adéquate, la collaboration avec le père étant bonne. Les modalités du droit de visite prévues par le Tribunal de protection apparaissent conformes; si la situation s'est péjorée à fin juin 2016, lorsque la mère s'est prévalue de l'annulation des décisions cantonales par le Tribunal fédéral, ces circonstances s'inscrivent dans le contexte du conflit judiciaire en cours. Il est vraisemblable que la situation pourra évoluer favorablement une fois la présente procédure terminée. Partant, la cour cantonale considère, au vu de l'ensemble des circonstances, que la suppression des relations personnelles sollicitée par la recourante ne se justifie pas.
S'agissant de la curatelle d'organisation et de surveillance des relations personnelles, la cour cantonale estime son maintien adéquat, dès lors qu'il est nécessaire qu'un tiers assiste les parents pour organiser le droit de visite et s'assure que les rencontres entre la mineure et son père se déroulent correctement. Quant aux autres mesures prononcées par le Tribunal de protection, à savoir le suivi thérapeutique de l'enfant, la curatelle d'organisation et de surveillance de ce suivi, ainsi que l'instruction faite aux parents d'entreprendre une guidance parentale, elles sont conformes à l'intérêt de l'enfant, étant au demeurant précisé qu'elles ne sont pas remises en question par la recourante.
5.3. La recourante considère que les capacités éducatives du parent non gardien, les conditions confortables d'accueil et une bonne capacité de communiquer entre les parents, ainsi qu'avec le SPMi, sont autant de conditions à l'octroi d'un droit de visite, qui ne sont actuellement pas remplies. En effet, outre la violence avérée de l'intimé à l'égard de la recourante, à l'origine de la rupture de communication entre eux, les conditions d'accueil de l'enfant chez l'intimé ne seraient pas satisfaisantes, à l'instar de la coopération entre les parents et le SPMi. L'exercice du droit aux relations personnelles serait voué à l'échec en raison du danger qu'il ferait peser sur le bien de l'enfant, respectivement de la charge psychique imposée, à l'origine de l'opposition systématique de l'enfant à suivre son père, la recourante n'étant pas à l'origine de cette attitude. La recourante reproche au SPMi d'ignorer les signaux donnés par la directrice de l'école et par les intervenants du Point rencontre, ainsi que de faire peu de cas des difficultés de coopération avec elle; elle estime qu'ils n'ont eu de cesse de sortir de leur mission au sens de l'art. 308 CC, se rangeant systématiquement du côté du parent bénéficiaire du droit de visite. Par ailleurs, les conditions d'accueil de l'enfant ne seraient pas réunies chez le père, qui ne dispose que d'un logement avec une chambre unique. La recourante reproche ensuite aux assistants sociaux du SPMi, en l'occurrence Mme D._, de refuser de lui communiquer des rapports émanant de l'école ainsi que d'éventuels intervenants mandatés par le SPMi. Dans ces circonstances, le droit de visite ne saurait être imposé à sa fille, dès lors qu'il risquerait de lui faire supporter une charge psychique pouvant mettre en danger son bien. Si la suppression du droit de visite ne devait pas être décidée, il y aurait alors à tout le moins lieu de le restreindre en ordonnant des " contacts de rappel ". Enfin, au vu du retrait ou de la restriction du droit de visite, la pertinence de la guidance parentale et du suivi thérapeutique de l'enfant ne serait pas fondée en l'état actuel. Pour la même raison, la désignation d'un " curateur avocat de représentation " serait inopportune.
5.4. En tant que l'argumentation de la recourante se fonde sur des éléments de fait qui ne ressortent pas de l'arrêt entrepris, sans qu'elle ne se plaigne du caractère arbitraire de cette omission, il n'en sera pas tenu compte (cf. supra consid. 2.2). Tel est en particulier le cas des épisodes de violence de l'intimé à l'origine d'une rupture de communication entre eux, ainsi que des rétentions d'informations de la part du SPMi.
S'agissant de la violation de l'art. 273 CC, la recourante tente, par sa critique, de substituer son appréciation à celle de la cour cantonale, sans être en mesure de démontrer que celle-ci aurait abusé du large pouvoir d'appréciation dont elle dispose en la matière (cf. supra consid. 5.1 in fine). Tel est en particulier le cas en tant que la recourante évoque une charge psychique imposée à l'enfant, de nature à mettre en danger le bien de celle-ci, alors que les conclusions de l'expertise familiale - non discutées ni a fortiori contestées comme telles par la recourante - retiennent certes que l'enfant se trouve dans un conflit de loyauté, mais qu'elle parvient à s'en protéger de manière adéquate, précisant encore qu'elle ne présente aucun trouble psychique ni entrave à son développement. Il en va de même de la priorité que la recourante entend donner à des signaux, non explicités plus avant, de la direction de l'école et des intervenants du Point rencontre sur l'échec du déroulement des échanges, sans s'en prendre au raisonnement de la cour cantonale qui, après avoir évoqué des difficultés dans l'exercice du droit de visite au terme de l'année scolaire à fin juin 2016, met cette situation en relation avec le conflit judiciaire en cours, dont l'épilogue sera de nature à favoriser un développement favorable de la situation. Enfin, la recourante se contente d'affirmer péremptoirement que les conditions d'accueil sont insuffisantes chez l'intimé, dès lors qu'il ne dispose que d'un logement avec une seule chambre, sans s'en prendre sur ce point aux constatations de l'arrêt attaqué qui, se référant au rapport du SPMi du 31 mars 2016, relève qu'une visite au domicile de l'intimé a permis d'établir que ces conditions sont au contraire réunies, dès lors que la fille utilise la chambre à coucher et que le père dort sur un canapé-lit au salon (arrêt p. 6, let. k). Une suppression du droit de visite - ultima ratio - ne se justifie donc pas, pas plus qu'une restriction de celui-ci au sens préconisé par la recourante, laquelle ne définit d'ailleurs pas les contours du système de " contacts de rappel " qu'elle préconise, proposition au demeurant non évoquée devant l'autorité précédente. Des difficultés survenues dans l'exercice du droit de visite ne sauraient ici sans autre conduire à remettre en cause le droit lui-même. En définitive, le grief de violation de l'art. 273 CC se révèle infondé.
La confirmation du droit de l'intimé aux relations personnelles telles que fixées par les autorités cantonales scelle également le sort des critiques de la recourante sur la désignation d'un curateur, dès lors qu'elle ne nie l'opportunité d'une telle mesure que par référence à un retrait ou à une restriction des relations personnelles. Il en va de même de la contestation de la pertinence des mesures de mise en place d'une guidance parentale et du suivi thérapeutique (mesures non remises en cause initialement devant l'autorité précédente), dont la recourante estime qu'elles sont infondées en l'état actuel, à nouveau au motif que le retrait ou la restriction du droit de visite écarterait l'éventualité de l'exacerbation des tensions entre parents et de la mise en danger de l'enfant.
6.
Vu ce qui précède, le recours est mal fondé et doit par conséquent être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Vu l'issue - d'emblée prévisible - de la procédure, la requête d'assistance judiciaire présentée par la recourante ne saurait être agréée (art. 64 LTF). La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre sur le fond et ne s'est pas prononcé sur la question de l'effet suspensif.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire de la recourante est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal de protection de l'adulte et de l'enfant du canton de Genève, au Service de protection des mineurs du canton de Genève et à la Chambre de surveillance de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 23 mars 2017
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : von Werdt
La Greffière : Dolivo