Faits :
A.
La Caisse de pensions A._ et la Fondation de prévoyance des sociétés du groupe A._ sont propriétaires de la parcelle n° 2'189 du cadastre de la Ville de Carouge sur laquelle est édifié un bâtiment locatif de cinq étages. De 1979 à 1999, l'appartement de cinq pièces sis au 2ème étage faisant l'objet du présent litige a été loué pour un loyer annuel initial de 8'952 fr. sans les charges. Ce loyer a été augmenté à 16'974 fr. dès le 1er janvier 2000 puis à 17'406 fr. dès les 1er janvier 2011.
Par contrat de bail du 29 septembre 2011, les époux B.B._ et C.B._ sont devenus locataires de cet appartement. Les loyers fixés étaient les suivants, charges non comprises:
- 26'400 fr. du 1er octobre 2011 au 30 septembre 2012,
- 28'200 fr. du 1er octobre 2012 au 30 septembre 2013,
- 30'000 fr. du 1er octobre 2013 au 30 septembre 2014.
Dès la quatrième année de location, le loyer était réputé adapté à l'indice officiel suisse des prix à la consommation.
Lors d'un contrôle effectué le 24 septembre 2013, le Département cantonal de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (DALE) a constaté que tous les sols, les murs et les plafonds de l'appartement avaient été refaits; les appareils sanitaires et l'équipement de cuisine avaient été changés; l'installation électrique avait été intégralement refaite.
B.
Le 28 mars 2014, le DALE a ordonné à la Caisse de pensions A._ de déposer dans un délai de trente jours une requête en autorisation de construire pour les travaux réalisés dans l'appartement concerné. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a confirmé cette décision par jugement du 2 septembre 2014. Par arrêt du 15 juin 2015, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours interjeté contre ce jugement.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Caisse de pensions A._ recourt contre l'arrêt du 15 juin 2015 auprès du Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et de la décision du 28 mars 2014, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvel arrêt au sens des considérants.
La Cour de justice se réfère aux considérants et au dispositif de son arrêt. Le DALE se détermine et conclut au rejet du recours. La recourante réplique et persiste dans ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui lui impose de présenter une demande d'autorisation de construire pour les travaux réalisés dans son appartement. Elle dispose dès lors de la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La loi genevoise du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR; RSG L 5 20) a pour but de préserver l'habitat et les conditions de vie existants, ainsi que le caractère actuel de l'habitat dans les zones visées expressément par la loi (art. 1 al. 1 LDTR). Celle-ci prévoit notamment à cet effet, et tout en assurant la protection des locataires et des propriétaires d'appartements, des restrictions à la démolition, à la transformation et au changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 2 let. a LDTR). Une autorisation est nécessaire pour toute transformation ou rénovation de tout ou partie d'une maison d'habitation (art. 9 al. 1 LDTR). Selon l'art. 3 al. 1 let. d LDTR, sont qualifiés de transformation les travaux qui ont pour objet la rénovation, c'est-à-dire la remise en état, même partielle, de tout ou partie d'une maison d'habitation, en améliorant le confort existant sans modifier la distribution des logements, sous réserve qu'il ne s'agisse pas de travaux d'entretien. A teneur de l'art. 3 al. 2 LDTR, sont considérés comme tels et non assujettis à la LDTR, les travaux courants qui font partie des frais d'exploitation ordinaires d'une maison d'habitation; les travaux raisonnables d'entretien régulier ne sont pas considérés comme travaux de transformation, pour autant qu'ils n'engendrent pas une amélioration du confort existant.
3.
La recourante se plaint d'une violation de l'art. 256 CO. Elle fait valoir que les travaux entrepris sont des travaux d'entretien au sens du droit fédéral du bail et qu'ils ne peuvent par conséquent pas être soumis à la LDTR, qui exclut les travaux d'entretien de son champ d'application.
3.1. Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (ATF 137 I 167 consid. 3.4 p. 174; 135 I 106 consid. 2.1 p. 108; 131 I 333 consid. 2.1 p. 335 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral examine librement la conformité d'une règle de droit cantonal ou communal au droit fédéral (ATF 131 I 394 consid. 3.2 p. 396, 333 consid. 2.1 p. 336; 130 I 96 consid. 2.3 p. 98 et les arrêts cités).
En vertu de l'art. 256 CO, le bailleur est tenu d'entretenir la chose dans un état approprié à l'usage pour lequel elle a été louée.
La jurisprudence admet qu'il est interdit aux cantons d'intervenir dans les rapports directs entre les parties au contrat de bail, réglés exhaustivement par le droit fédéral (ATF 131 I 333 consid. 2.2 p. 335 117 Ia 328 consid. 2b p. 331; 113 Ia 126 consid. 9d p. 143). Les cantons demeurent cependant libres d'édicter des mesures destinées à combattre la pénurie sur le marché locatif, par exemple en soumettant à autorisation la démolition, la transformation et la rénovation de maisons d'habitation (ATF 101 Ia 502; 99 Ia 604; 89 I 178). Le Tribunal fédéral a ainsi rappelé à de multiples reprises que les dispositions cantonales qui soumettent à une autorisation les transformations de maisons d'habitation et imposent un contrôle des loyers ne sont en principe pas contraires aux règles du droit civil fédéral qui régissent les rapports entre bailleurs et locataires (ATF 116 Ia 401; 101 Ia 502; 99 Ia 604; cf. également 1P.705/2000 du 24 septembre 2000).
3.2. La recourante tente de démontrer que les travaux qu'elle a exécutés sont limités à ceux qu'elle était tenue d'effectuer en vertu de l'art. 256 CO.
En vertu de l'art. 256 CO, le droit du bail impose impérativement un minimum d'entretien pour que la chose soit maintenue en l'état (à défaut de quoi le locataire peut faire valoir ses droits en justice), quelle que soit l'ampleur des travaux en question. Cela étant, le droit fédéral du bail présume à l'art. 14 al. 1 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11) que les frais causés par d'importantes réparations sont considérés à raison de 50 à 70 % comme des investissements créant des plus-values. En effet, comme l'a déjà relevé le Tribunal fédéral, l'exécution par le bailleur des travaux de remise en état auxquels il est tenu en vertu des art. 256, 259aet 259b CO ne procure en général pas un confort supplémentaire au locataire par rapport à ce qui est convenu dans le contrat de bail. Il s'agit au contraire de la suppression de défauts graves ou de moyenne importance, soit ceux qui empêchent ou restreignent l'usage prévu (arrêts 1P.664/1999 du 1er septembre 2000 consid. 2e, in RDAF 2002 I p. 25; 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.1.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5). A l'inverse, la plupart des gros travaux de rénovation, comme le présume le législateur fédéral, comprennent une part d'accroissement du confort (art. 14 al. 1 OBLF).
En l'espèce, la recourante ne renverse pas la présomption du législateur fédéral. Elle expose avec une certaine pertinence que les différents travaux sont tous justifiés en vertu des tables usuelles de longévité des installations. Elle affirme par ailleurs que dites installations ne sont pas améliorées, ce qui ne ressort toutefois pas de l'état de fait de l'arrêt attaqué, celui-ci énumérant de manière résumée la nature des travaux litigieux, notamment la pose d'un luminaire dans les toilettes ou l'installation d'une cuisinière en vitroceram. Quoi qu'il en soit, l'argumentation de la recourante est limitée à l'examen des critères de la jurisprudence cantonale relative à la LDTR pour déterminer si les travaux vont au-delà de l'entretien courant. Or, si la recourante entendait dénoncer une violation du droit fédéral, il lui appartenait de démontrer en quoi l'appréciation de la cour cantonale était contraire aux règles du droit du bail. Il lui appartenait en particulier de démonter en quoi la présomption de l'art. 14 al. 1 OBLF était renversée en l'espèce, cas échéant en se référant à la jurisprudence de droit civil. En l'occurrence, la recourante n'expose pas en quoi l'appréciation de son cas par les autorités administratives irait à l'encontre de la pratique en droit du bail lorsqu'il est question de déterminer si les rénovations de grande ampleur comprennent une part de plus-value ou, selon les termes de la LDTR, d'accroissement du confort.
Aussi, le fait de soumettre les travaux litigieux à autorisation au sens de la LDTR n'entrave pas la bonne application du droit fédéral, ceux-ci allant au-delà des travaux d'entretien courant imposés par le CO. L'importante augmentation de loyer qui a suivi les travaux tend du reste à démontrer que la recourante elle-même considérait ceux-ci comme apportant des prestations supplémentaires au locataire et justifiant par conséquent une répercussion de leurs coûts sur le loyer. A cet égard, son argumentation, appellatoire, exposée dans le cadre de son grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal, selon laquelle l'augmentation du loyer est uniquement fondée sur une adaptation à la réalité du marché, n'est pas étayée (cf. consid. 4.3 ci-dessous) et ne peut être retenue.
La cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en confirmant que les travaux litigieux entraient dans le champ d'application de la LDTR et étaient par conséquent soumis à autorisation.
4.
Dans un deuxième grief, la recourante se plaint d'une application arbitraire de la LDTR. Elle critique la pratique de la cour cantonale, qu'elle juge peu claire, selon laquelle de mêmes types de travaux auraient parfois été considérés comme des travaux d'entretien - non soumis à la LDTR - et parfois comme des travaux de rénovation - soumis à la LDTR; elle conteste en outre que les travaux seraient de grande ampleur au sens de la jurisprudence cantonale au demeurant peu claire également sur le sens de cette notion.
4.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 140 III 167 consid. 2.1 p. 168; 138 I 305 consid. 4.3 p. 319; 138 III 378 consid. 6.1 p. 379).
La jurisprudence cantonale considère que les travaux d'entretien différés dans le temps dont le coût a eu des conséquences importantes sur les loyers, lesquels ne répondent plus aux besoins prépondérants de la population, doivent être soumis à autorisation de rénover fondée sur la LDTR (cf. arrêts 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.1.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5). Dans un tel cas, les juges cantonaux considèrent que l'accumulation des travaux confère une ampleur propre à engendrer un changement de niveau des loyers tel que la destination de l'immeuble en est modifiée. La pratique genevoise consiste ainsi à se référer à l'ampleur du coût des travaux et à leur répercussion sur le loyer pour déterminer si les travaux d'entretien par nature doivent être assimilés à des travaux de transformation et, partant, soumis à la LDTR (EMMANUELLE GAIDE/VALÉRIE DÉFAGO GAUDIN, La LDTR, 2014, n. 2.5.3-2.5.4 p. 192 s.; arrêt 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.1.2). Le Tribunal fédéral tient cette pratique pour non arbitraire (arrêts 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.6).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que les travaux effectués entre 1992 et 2010 par la bailleresse n'étaient pas suffisants pour admettre que l'appartement avait été régulièrement entretenu. Ce constat s'imposait également en raison du coût des travaux et de leur impact sur le loyer, qui a augmenté de plus de 50 %. Ces travaux devaient par conséquent être assimilés à des travaux de rénovation et étaient donc soumis au champ d'application de la LDTR.
4.3. Déjà saisi à deux reprises dans des causes genevoises dans lesquelles la question s'était posée, le Tribunal fédéral a tenu pour non arbitraire le fait de soumettre à la LDTR des travaux d'entretien différés dans le temps, de grande ampleur et qui avaient été suivis d'importantes hausses de loyer (arrêts 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.6).
Même s'il s'agit de travaux d'entretien différés dans le temps, il faut tenir compte, selon la pratique cantonale, des critères de l'ampleur des travaux et de la répercussion des coûts sur les loyers. Dans les cas où, comme en l'espèce, les travaux ont déjà été effectués et les loyers modifiés à l'issue des travaux, il n'est pas arbitraire de tenir compte de la manière dont le bailleur a effectivement répercuté les frais engagés sur le locataire. Lorsqu'une importante hausse de loyer suit les travaux, le bailleur peut difficilement prétendre n'avoir effectué que des travaux d'entretien courant, qu'il n'est en principe pas autorisé à faire supporter au locataire (art. 259a al. 1 let. a, 259b let. b et 269a let. b CO). En définitive, il n'est en principe pas arbitraire de retenir que ces différents critères, cumulés, démontrent que les travaux litigieux vont au-delà de travaux d'entretien courant n'apportant aucune amélioration du confort.
En l'espèce, pour des travaux d'une certaine ampleur, dont il peut donc être présumé - de façon renversable - qu'ils procurent un accroissement du confort, et à la suite desquels le loyer a presque été doublé, il n'est pas arbitraire de considérer qu'ils dépassent les simples travaux d'entretien. En effet, la recourante n'apporte aucun élément qui permettrait de justifier différemment la hausse des loyers, en particulier par une adaptation à la "situation sur le marché locatif". Elle affirme en outre, en contradiction avec l'état de fait de l'arrêt attaqué, que le loyer serait resté inchangé en 30 ans, alors que celui-ci a en réalité été doublé une première fois en 2000. Elle conteste ensuite le fait que l'augmentation du loyer puisse être un critère pertinent, dès lors que le loyer avant travaux ne correspondait déjà plus aux objets répondant aux besoins prépondérants de la population. Outre que cet argument est en contradiction par rapport à celui de l'adaptation à la "réalité du marché", il est présenté de manière appellatoire et doit être écarté. En résumé, l'ampleur des travaux et la répercussion sur les loyers, sous l'angle d'un contrôle restreint à la prohibition de l'arbitraire, apparaissent être des critères suffisants en l'espèce pour qualifier les travaux de travaux d'entretien. Il n'est dès lors pas décisif de savoir si l'entretien courant avait auparavant été abusivement négligé.
Quant aux contradictions que la recourante voit dans les différentes descriptions des travaux devant être considérés comme des travaux d'entretien, il apparaît qu'elles ressortent d'une formulation ambiguë de la jurisprudence cantonale. En effet, lorsque celle-ci, citée par la recourante, indique qu' "ont été considérés comme relevant de l'entretien au regard de leur nature, l'installation de nouveaux sanitaires, l'agencement de cuisines, la mise en conformité de l'installation électrique, la pose de nouveaux revêtements de sols et des parois, ainsi que des travaux de peinture et de serrurerie", on comprend que chacun de ces travaux ont pu, lorsqu'ils étaient effectués séparément, et selon les circonstances, être qualifiés de travaux d'entretien. Cela ne signifie pas qu'une rénovation comprenant l'ensemble de ces travaux devra nécessairement elle aussi être considérée comme étant limitée à des travaux d'entretien. En réalité, il ressort des différents considérants de l'arrêt attaqué que la nature des travaux doit être examinée de cas en cas.
On peut concéder que la jurisprudence cantonale n'est pas toujours exposée de façon claire. Comme le souligne la recourante, il serait opportun pour le justiciable que les critères permettant de distinguer les travaux d'entretien des travaux de rénovation soient présentés de façon plus rigoureuse, de manière à rendre la pratique plus prévisible pour les bailleurs, étant précisé que le seul critère de l'entretien différé est d'une pertinence douteuse. Si l'on peut par ailleurs constater un durcissement de la pratique au cours de la dernière décennie, celle-ci n'en devient pas pour autant arbitraire dans son résultat. Comme cela ressort de ce qui précède, les travaux litigieux, pour lesquels la recourante n'a pas démontré qu'ils étaient limités à l'entretien imposé par le droit fédéral, ont effectivement une incidence sérieuse sur la catégorie du logement en cause. Il est ainsi dénué d'arbitraire de les soumettre au champ d'application de la LDTR.
5.
Le recours étant mal fondé, l'arrêt attaqué doit être confirmé, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 6 avril 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Fonjallaz
La Greffière : Sidi-Ali