Faits :
A.
A.a. Y._ SA (ci-après: Y._) est une Société anonyme inscrite depuis le 3 mai 2005 au registre du commerce du canton de Vaud et dont le but est le suivant: "opérations mobilières et immobilières". Au 31 décembre 2007, le bilan de Y._ faisait état d'actifs pour un montant total de 13'044'831 fr. 96, dont 12'532'423 fr. 65 étaient constitués d'immeubles situés sur la commune de A._, dans le canton de Vaud.
X._ SA (ci-après: X._ ou la Société) est une Société anonyme existant depuis 1998 et qui a notamment le but suivant: "achat et vente de placements et financement dans l'immobilier, le transport, le tourisme, l'hôtellerie, les loisirs, l'industrie et les services". Après avoir transféré son siège de Fribourg à Lucerne, elle s'est établie à B._ et est inscrite au registre du commerce du canton de Schwytz depuis le 21 décembre 2012.
A.b. Entre le 17 mai 2005 et le 22 mars 2006, X._ a acquis 51% du capital-actions de Y._. Le 25 octobre 2007, la Société a revendu au prix de 1'500'000 fr. l'intégralité de ses participations au capital-actions de Y._ à Z._ SA, dont le siège est à Fribourg. Le 30 novembre 2007, Z._ SA a acquis la totalité du capital-actions de Y._.
A.c. Le 25 mars 2011, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a invité X._ à lui retourner une déclaration du gain immobilier résultant de la cession des actions de Y._. Le 6 février 2012, tout en contestant son assujettissement dans le canton, la Société a rempli la déclaration en question.
B.
Le 30 août 2012, l'Administration cantonale a rendu une décision de taxation à l'encontre de X._, dans laquelle elle a arrêté à 15'470'585 fr. la "valeur de l'immeuble au moment de la vente" et à 12'532'423 fr. le "prix de revient". Sur cette base, elle a fixé à 1'498'462 fr. le gain immobilier imposable résultant de la vente de 51% du capital-actions de Y._. Il en résultait un montant d'impôt total de 375'496 fr. 95 (art. 105 al. 2 LTF).
Le 26 février 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation formée par X._ contre la décision du 30 août 2012. Le 15 juin 2015, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours interjeté par la contribuable contre la décision du 26 février 2014. Les juges cantonaux ont retenu, en substance, que la vente par X._ de 51% du capital-actions de Y._, société immobilière détenant des immeubles dans le canton de Vaud, constituait un rattachement économique suffisant à créer un assujettissement limité dans ce canton. En outre, X._ était une société holding possédant 10% au moins du capital-actions d'une autre société et bénéficiant de la réduction pour participations, ce qui soumettait également le gain réalisé lors de la vente des actions de Y._ à l'impôt sur les gains immobiliers.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt attaqué et de déclarer qu'elle "n'est pas assujettie de manière illimitée ou limitée aux impôts dans le canton de Vaud, faute d'avoir son siège ou son administration effective dans le canton de Vaud ou tout autre rattachement économique" et partant de dire qu'elle "n'est pas redevable de l'impôt sur les gains immobiliers dans le canton de Vaud du fait de la vente de 51% du capital de Y._ SA".
L'Administration cantonale dépose des déterminations et conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions renonce à déposer des observations. Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt. La recourante a répliqué.
La IIe Cour de droit public a délibéré sur le présent recours en séance publique le 7 octobre 2016.
Considérant en droit :
1.
1.1. La décision attaquée porte sur les impôts cantonaux et communaux. Elle relève donc du droit public et aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste expressément cette voie de droit, l'impôt sur les gains immobiliers étant une matière harmonisée au titre 2, art. 12 LHID (arrêt 2C_463/2015 du 20 avril 2016 consid. 1.1).
1.2. Déposé en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF), et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90 LTF) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Par ailleurs, la recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Par conséquent, le recours est recevable.
2.
D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID. Cependant, lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.; arrêt 2C_834/2012 du 19 avril 2013 consid. 2).
3.
Le litige porte sur la possibilité pour le canton de Vaud d'assujettir la recourante (dont le siège se trouve hors du canton) à l'impôt sur les gains immobiliers, à la suite de la vente par celle-ci de 51% du capital-actions de Y._ survenue en 2007. Selon l'Administration cantonale, le fait que la contribuable détenait ces actions constituait un rattachement économique suffisant à fonder un assujettissement limité de celle-ci dans le canton de Vaud, Y._ étant une société immobilière dont les actifs au 31 décembre 2007 étaient constitués presque uniquement d'immeubles situés sur la commune de A._ (VD). Pour sa part, la Société soutient que, en l'absence de siège, d'administration effective ou d'établissement stable dans ce canton, elle ne saurait y être assujettie. En particulier, la détention et la vente des actions litigieuses ne suffiraient pas à son avis à fonder un rattachement économique dans le canton de Vaud.
4.
Il convient, dans un premier temps, d'analyser la situation de la recourante sur la base de l'art. 21 al. 1 let. c LHID, qui pose un critère de rattachement général. Ensuite, si le Tribunal fédéral devait parvenir à la conclusion qu'un assujettissement limité de l'intéressée dans le canton de Vaud fondé sur ce seul article ne se justifie pas, il y aura lieu d'examiner si la recourante peut être assujettie dans ce canton à l'impôt sur les gains immobiliers sous l'angle de l'art. 12 al. 2 let. a LHID, disposition qui vise exclusivement cet impôt (cf. infra consid. 5).
4.1. En vertu de l'art. 21 al. 1 let. c LHID, les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve - comme en l'espèce - hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsqu'elles "sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels". L'art. 86 al. 1 let. c de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS/VD 642.11) a la même teneur que l'art. 21 al. 1 let. c LHID. Il s'agit donc de droit cantonal harmonisé, dont le Tribunal fédéral examine librement l'application (cf. supra consid. 2).
4.2. Il n'est pas contesté que la recourante n'a pas son siège ou son administration effective dans le canton de Vaud et qu'elle n'est pas propriétaire des immeubles situés sur la commune de A._, lesquels appartiennent à Y._. Le point litigieux concerne donc le sens de la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" découlant des articles 21 al. 1 let. c LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD. Il faut en particulier déterminer si la détention par la contribuable de 51% du capital-actions de Y._ a octroyé à celle-ci des "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" sur les immeubles appartenant à cette société.
4.3. Le texte des articles 21 al. 1 let. c LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD n'est pas clair sur le sens qu'il faut donner à la notion en question. Il y a donc lieu de l'interpréter. Ce faisant, il convient de s'inspirer de l'interprétation donnée aux articles 4 al. 1 LHID et 4 al. 1 LI/VD, qui concernent le rattachement économique pour les personnes physiques et qui ont, sur la question litigieuse, une teneur analogue à celle des articles 21 al. 1 let. c LHID et 86 al. 1 let. c LI/VD (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 538 p. 221).
4.4. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Si le texte n'est pas absolument clair et si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (ATF 137 II 164 consid. 4.1 p. 170).
4.5. Sur le plan historique, le message du Conseil fédéral concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral direct du 25 mai 1983 (FF 1983 III 1; ci-après: le message) ne contient aucune information sur la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels"; il se limite à se référer au rattachement économique constitué par la "propriété immobilière" (message, p. 93 et 115). Les articles 4 al. 1 LHID et 21 al. 1 (à l'époque: 24 al. 1) LHID ont été adoptés sans débat au Conseil des Etats (cf. BO 1986 CE 130 et 147) et au Conseil national (cf. BO 1989 CN 27 s. et 73).
4.6. Sur le plan systématique, il sied de relever que, conformément aux articles 20 al. 1 LHID et 85 LI/VD, le bénéfice réalisé par une personne morale est en principe imposable dans le canton où elle a son siège ou son administration effective (cf. XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, §9 n. 14 p. 214). L'imposition dans un autre canton constitue donc une exception, dont les articles 21 LHID et 86 LI/VD (consacrés au rattachement économique) exposent les conditions. Partant, en présence d'une notion peu claire telle que celle de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels", ladite exception ne doit pas être appliquée de manière trop extensive. Il faut ainsi une situation extraordinaire pour pouvoir justifier une imposition dans le canton de situation des immeubles fondée sur cette notion indéterminée. A défaut d'une telle situation exceptionnelle, c'est le principe de l'imposition dans le canton du siège ou de l'administration effective de la société qui s'applique.
4.7. Le Tribunal fédéral a examiné le sens de la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" à deux reprises. Il a ainsi appliqué l'art. 21 al. 1 let. c LHID au cas d'une société dont le siège se trouvait dans le canton d'Appenzell Rhodes-Intérieures, laquelle avait loué plusieurs immeubles dans le canton de Neuchâtel auprès de différents bailleurs et qui avait par la suite sous-loués ces immeubles. Selon le Tribunal fédéral, le droit de bail dont était titulaire la société constituait un droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels sur les immeubles en question, puisqu'elle "bénéfici[ait] du revenu de la sous-location, comme un propriétaire dispose du revenu de la location". Les revenus provenant de la sous-location devaient donc être imposés dans le canton de situation des immeubles, soit le canton de Neuchâtel (arrêt 2C_41/2012 du 12 octobre 2012 consid. 3.3).
Récemment, le Tribunal fédéral a examiné, sous l'angle des articles 4 al. 1 LHID et 4 al. 1 let. c LI/VD (qui se réfère aux "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" appartenant à des personnes physiques), le cas d'un contribuable domicilié dans le canton de Zurich, qui formait une société simple avec une société anonyme. Le but de la société simple était l'acquisition et l'exploitation d'immeubles situés dans le canton de Vaud; seule la société anonyme avait été inscrite au registre foncier comme propriétaire des immeubles acquis. Selon le Tribunal fédéral, la participation du contribuable à la société simple constituait un droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels sur les immeubles vaudois, car l'intéressé participait (selon le contrat de société simple) aux revenus provenant desdits immeubles, ainsi qu'à une éventuelle perte. Lors de la liquidation de la société simple et de la vente des immeubles en question, le contribuable avait touché un montant comme conséquence directe de cette vente. Dans ce cas particulier, le Tribunal fédéral a ainsi jugé que le bénéfice réalisé par l'intéressé devait être imposé dans le canton de situation des immeubles, soit le canton de Vaud (arrêt 2C_228/2015 du 7 juin 2016 consid. 5.2.2).
4.8. Une partie importante de la doctrine consacrée à l'art. 21 al. 1 let. c LHID analyse en général cet article de la même façon que l'art. 4 al. 1 LHID et, lorsqu'elle examine ce problème, exclut que la seule détention d'actions d'une société immobilière puisse sans circonstances additionnelles particulières fonder un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles appartenant à ladite société (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2013, n. 407 p. 134 et n. 308 p. 103 a contrario; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, §9 n. 21 p. 216 et §6 n. 18 p. 80; DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 550 p. 227 s. a contrario; ATHANAS/WIDMER, ad art. 21 LHID, in ZWEIFEL/ATHANAS [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, 2e éd., 2002, n. 19 p. 331). Une exception est évoquée pour le cas de l'actionnaire qui détient, par le biais d'une société holding, la totalité des actions d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'un seul immeuble que la société met à disposition de l'actionnaire et de sa famille (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 550 p. 227 s.; DANIEL DE VRIES REILINGH, La double imposition intercantonale, 2013, n. 308 p. 103, qui considère que cela "devrait rester un cas exceptionnel").
Une autre partie de la doctrine soutient l'inverse considérant que la détention d'actions d'une société immobilière fonde un rattachement limité dans le canton de situation des immeubles (MASMEJAN-FEY/ MASMEJAN, Commentaire de la loi vaudoise sur les impôts directs cantonaux, 4e éd., 2005, n. 21 ad art. 86 LI/VD; HÖHN/MÄUSLI, Interkantonales Steuerrecht, 4e éd., 2000, §15 n. 13 p. 220; JACQUES-ANDRÉ REYMOND, L'assujettissement des personnes morales, in Archives 61 345, p. 350). Ces auteurs se réfèrent cependant tous à la jurisprudence antérieure à l'entrée en vigueur de la LHID.
Un auteur (ROMAN SIEBER, in ZWEIFEL/BEUSCH/MÄUSLI-ALLENSPACH [éd.], Interkantonales Steuerrecht, 2011) exclut de manière générale un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles fondé sur la participation à une société immobilière (§9 n. 32 p. 112), tout en admettant une imposition dans le canton en question des "bénéfices d'aliénation immobiliers" ( liegenschaftlichen Veräusserungsgewinnes) - notamment des gains immobiliers - réalisés lors de la vente de ladite participation (§9 n. 19 p. 108).
4.9. Dans le domaine de l'impôt fédéral direct, s'agissant de l'assujettissement à l'impôt en Suisse, l'art. 51 al. 1 let. c de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), a une teneur identique à l'art. 21 al. 1 let. c LHID et prévoit: "les personnes morales qui n'ont ni leur siège ni leur administration effective en Suisse sont assujetties à l'impôt en raison de leur rattachement économique, lorsque (...) c. elles sont propriétaires d'un immeuble sis en Suisse ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels". La doctrine consacrée à cet article exclut, dans sa grande majorité, que la participation à une société immobilière qui possède des immeubles en Suisse puisse fonder un assujettissement limité dans notre pays (cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 519 p. 211; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd., 2016, n. 1 ad art. 51 LIFD et n. 34 et 38 ad art. 4 LIFD; ATHANAS/GIGLIO, ad art. 51 LIFD, in ZWEIFEL/ATHANAS [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2e éd., 2008, n. 17 ad art. 751; PETER LOCHER, ad art. 51 LIFD, in Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n. 34 p. 64; RAOUL OBERSON, L'immeuble et le droit fiscal, 1999, p. 12; contra : AGNER/JUNG/STEINMANN, ad. art. 4 LIFD, in Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, n. 7 p. 19, concernant le rattachement économique des personnes physiques [art. 4 al. 1 let. c LIFD]; voir aussi JEAN-BLAISE PASCHOUD, Commentaire romand - Impôt fédéral direct, 2008, n. 22 ad art. 51 LIFD et n. 54 ad art. 4 LIFD, qui opère une distinction selon que la participation à la société immobilière en question fait partie de la fortune privée ou du patrimoine commercial du contribuable). Même si le rattachement sur le plan international peut obéir à des considérations parfois différentes du rattachement intercantonal (cf. p. ex. arrêt 2C_924/2014 du 12 mai 2015 consid. 4.2, in RDAF 2015 II 283 en matière de domicile fiscal; ATF 139 II 78 consid. 3.1.2 p. 86 ss concernant la notion d'établissement stable), il est souhaitable, lorsqu'une disposition de droit fiscal fédéral est semblable à celle du droit harmonisé, de favoriser une harmonisation verticale (voir à ce sujet ATF 140 II 141 consid. 8 p. 156; 130 II 65 consid. 5.2 p. 72 ss) et, en l'absence de différence justifiée par l'aspect international, d'interpréter cette dernière de la même manière que celle relative à l'impôt fédéral direct, dont elle reprend la teneur (cf. arrêts 2C_290/2015 du 24 avril 2015 consid. 5.1 et 2C_1066/2013 du 27 mai 2014 consid. 3.2; en ce sens, concernant spécifiquement les articles 21 al. 1 let. c LHID et 51 al. 1 let. c LIFD, cf. DANIEL DE VRIES REILINGH, Le droit fiscal intercantonal et le droit fiscal international de la Suisse, 2011, n. 548 s. p. 225 s.). S'agissant de l'existence d'un critère de rattachement économique fondé sur des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels, on ne voit aucun élément justifiant de ne pas s'inspirer, en matière de LHID, de la conception doctrinale en lien avec l'art. 51 al. 1 let. c LIFD.
4.10. En résumé, on peut déduire de la jurisprudence concernant la LHID, de la doctrine dominante rendue en matière de LHID et (dans un souci d'harmonisation verticale) de l'interprétation de la doctrine en lien avec l'art. 51 al. 1 let. c LIFD, que la simple détention d'actions d'une société immobilière ne suffit pas à elle seule à créer un assujettissement limité dans le canton de situation des immeubles. Un assujettissement économique fondé sur la notion de "droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels" n'est toutefois pas exclu si une personne jouit "comme un propriétaire" des immeubles situés dans le canton, notamment parce qu'elle perçoit les loyers d'une sous-location, parce qu'elle participe directement aux revenus et à l'éventuelle perte provenant desdits immeubles, ou lorsqu'une personne détient la totalité des actions d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'immeubles et que l'actionnaire se trouve de facto dans la même situation qu'un propriétaire.
4.11. En l'espèce, la contribuable n'a jamais été domiciliée dans le canton de Vaud et elle n'a jamais été propriétaire des immeubles situés sur la commune de A._, qui appartenaient à Y._. Elle n'avait aucun lien direct avec ces immeubles. Le seul rapport qui existait entre la recourante et les immeubles litigieux était constitué par le fait que celle-ci détenait 51% du capital-actions de Y._. Contrairement à la situation qui prévalait dans les arrêts 2C_41/2012 du 12 octobre 2012 et 2C_228/2015 du 7 juin 2016 précités (cf. supra consid. 4.7), elle ne participait pas directement aux revenus (et, dans le cas de l'arrêt 2C_228/2015, à l'éventuelle perte) provenant desdits immeubles. La situation n'était non plus comparable à celle de l'actionnaire unique d'une société immobilière dont les actifs sont constitués d'un seul immeuble que la société met à disposition de l'actionnaire et de sa famille (cf. supra consid. 4.8).
Dans ces circonstances, on ne se trouve pas dans une situation qui permettrait d'admettre, à titre exceptionnel, que la détention par la contribuable de 51% du capital-actions de Y._ constituerait un "droit personnel assimilable économiquement à des droits de jouissance réels" sur les immeubles appartenant à cette société. Un assujettissement économique de la recourante dans le canton de Vaud fondé uniquement sur l'art. 21 al. 1 let. c LHID est donc exclu en l'espèce.
5.
Il y a ainsi lieu d'examiner si un assujettissement de l'intéressée dans le canton de Vaud se justifie sur la base d'une application parallèle des articles 12 al. 2 let. a et 21 al. 1 let. c LHID, étant précisé que, dans l'affirmative, ledit assujettissement serait limité à l'impôt sur les gains immobiliers, à l'exclusion de tout autre type d'imposition, notamment relative au rendement des immeubles, dès lors que l'art. 12 al. 2 let. a LHID se limite à cet impôt.
5.1. Selon l'art. 12 LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a notamment pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable (al. 1). En outre, toute aliénation d'immeubles est imposable; sont assimilés à une aliénation les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble (al. 2 let. a).
Pour interpréter cet article en parallèle avec l'art. 21 al. 1 let. c LHID, c'est-à-dire du point de vue de la compétence intercantonale, il sied de s'inspirer de la jurisprudence rendue par le Tribunal fédéral en matière de double imposition.
5.2. Dans un ancien arrêt, le Tribunal fédéral avait considéré que le bénéfice réalisé lors de la vente de toutes les actions d'une société purement immobilière devait être imposé dans le canton de situation des immeubles appartenant à ladite société (ATF 85 I 91 consid. 3 p. 101 s.; cf. aussi ATF 95 I 26 consid. 2 p. 30). Par la suite, il a confirmé cette approche en cas de vente de la "grande majorité" ( überwiegende Mehrheit) des actions d'une telle société (ATF 98 Ia 86 consid. 3c p. 93), ainsi que dans le cadre de la vente de toutes les actions d'une société anonyme dont l'actif principal était un immeuble, car le prix des actions représentait entièrement ou dans sa majeur partie la contre-valeur de cet immeuble (ATF 91 I 467 consid. 2 p. 471 ss).
Cette jurisprudence constante a été récemment confirmée dans l'arrêt 2C_1044/2014 du 26 novembre 2015, dans lequel le Tribunal fédéral a notamment relevé que le but de l'art. 12 al. 2 let. a LHID, qui assimile à une aliénation d'immeubles les "actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble", était d'éviter le détournement manifeste de l'impôt (arrêt 2C_1044/2014 du 26 novembre 2015 consid. 2.1, in RDAF 2016 II 275). Les actes juridiques qu'il faut assimiler à une aliénation sont ceux par lesquels les parties essentielles de la propriété de l'immeuble (ou des immeubles) sont transférées, de sorte que l'acte en question produit le même effet qu'un transfert de propriété civile, aussi bien dans les faits qu'économiquement. Cela est le cas lorsque l'acheteur se trouve dans une position qui correspond en grande partie à celle d'un propriétaire au sens du droit civil et qu'il fait usage des pouvoirs qui y sont associés. Ce pouvoir de disposer renferme dans les faits le pouvoir de possession, l'utilisation, la possibilité de recueillir les fruits, la modification, la séparation, l'altération ou la destruction de l'immeuble ainsi que, sur le plan juridique, la vente, la donation ou la possibilité de grever l'immeuble (arrêt 2C_1044/2014 précité, consid. 2.2). Le Tribunal fédéral a ainsi confirmé dans cet arrêt qu'un transfert de propriété économique au sens de l'art. 12 al. 2 let. a LHID était réalisé lorsque la totalité ou une grande majorité ( überwiegende Mehrheit) des actions d'une société immobilière étaient transférées à un acheteur, lequel, du point de vue économique, prenait donc une place comparable à celle du propriétaire des immeubles appartenant à ladite société (arrêt 2C_1044/2014 précité, consid. 2.3.2). En outre, le contrôle sur les immeubles d'une société immobilière est également transféré lorsque plusieurs actionnaires minoritaires vendent simultanément leurs actions à un acquéreur et lui transfèrent ainsi la grande majorité ( überwiegende Mehrheit) des actions de la société (arrêt 2C_1044/2014 précité, consid. 2.3.3). Finalement, le Tribunal fédéral a relevé que seule une interprétation restrictive de la notion de transfert de propriété économique fondée sur l'art. 12 al. 2 let. a LHID est propre à garantir que les effets fiscaux d'une transaction juridique soient prévisibles, comme l'exige le principe de la légalité de l'impôt prévu à l'art. 127 al. 1 Cst. (arrêt 2C_1044/2014 précité, consid. 2.4.2).
5.3. Il résulte de ce qui précède que le but de l'art. 12 al. 2 let. a LHID et l'objectif de la jurisprudence y relative, ainsi que de la jurisprudence en matière de double imposition rendue avant l'entrée en vigueur de la LHID, sont d'éviter que le contribuable puisse, notamment par le biais d'une construction juridique ad hoc, telle que la création d'une société immobilière, se soustraire abusivement au paiement de l'impôt sur les gains immobilier. Partant, pour qu'une application parallèle des articles 12 al. 2 let. a et 21 al. 1 let. c LHID puisse justifier un assujettissement à l'impôt sur les gains immobiliers dans le lieu de situation des immeubles en cas de vente des actions d'une société immobilière, il faut être en présence de circonstances exceptionnelles, propres à fonder un risque d'abus. S'il faut ainsi admettre que la vente de la totalité des actions d'une société immobilière correspond au transfert du pouvoir de disposer des immeubles comme un propriétaire, il sied en revanche, en présence de l'aliénation d'une partie seulement des actions, d'examiner dans chaque cas concret si l'on est en présence d'une situation potentiellement abusive.
5.4. En l'espèce, en 2007 la recourante a vendu à Z._ SA 51% du capital-actions de Y._, société immobilière dont les actifs au 31 décembre 2007 étaient constitués presque uniquement d'immeubles situés dans le canton de Vaud. Conformément à ce qui vient d'être exposé, cette circonstance ne saurait à elle seule justifier un assujettissement de l'intéressée à l'impôt sur les gains immobiliers dans ledit canton, faute d'autres éléments propres à fonder une situation d'abus, étant rappelé que le bénéfice réalisé par une personne morale est en principe imposable dans le canton où elle a son siège ou son administration effective (cf. supra consid. 4.6). Le Tribunal cantonal n'a pas examiné si la situation entourant la vente des actions litigieuses apparaissait dans son ensemble comme potentiellement abusive, car il s'est fondé uniquement sur l'élément relatif au pourcentage (51%) du capital-actions vendu (arrêt attaqué, p. 15). En particulier, les juges précédents n'ont pas vérifié s'il y avait une relation entre la vente des actions par la recourante le 25 octobre 2007 et l'acquisition par Z._ SA du reste du capital-actions de Y._ environ un mois plus tard, le 30 novembre 2007. L'arrêt attaqué n'expose pas les circonstances dans lesquelles s'est déroulée cette deuxième vente et relève seulement que "le 30 novembre 2007 [Z._ SA] a acquis la totalité du capital-actions de Y._". Or, cet élément est important, car un éventuel accord - relatif au transfert des actions - entre la recourante et la personne (physique ou morale) qui a vendu le reste du capital-actions à Z._ SA le 30 novembre 2007, serait propre à fonder une situation d'abus, révélant en définitive un transfert coordonné entre les différents actionnaires de l'entier du capital-actions de la SI, ce qui équivaut à un transfert des immeubles détenus par cette dernière (cf. supra consid. 5.2 in fine).
Il convient de préciser que l'art. 61 al. 2 LI/VD, qui prévoit le prélèvement de l'impôt sur les gains immobiliers lors de l'aliénation d'une participation à une société immobilière qui bénéficie de la réduction pour participations, ne saurait créer un rattachement cantonal permettant d'assujettir la recourante à cet impôt dans le canton de Vaud, alors que le prélèvement d'un tel impôt ne pourrait se fonder sur la LHID.
5.5. En conclusion, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
6.
Succombant, le canton de Vaud, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et art. 66 al. 4 LTF a contrario). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, la recourante a droit à une indemnité de partie à la charge du canton de Vaud (art. 68 al. 1 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis à la charge du canton de Vaud.
3.
Une indemnité de partie, arrêtée à 7'500 fr., est allouée à la recourante, à la charge du canton de Vaud.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 7 octobre 2016
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Ermotti