Faits :
A.
A.a. Par contrat de travail du 22 février 1993, X._ SA (ci-après: la banque ou l'employeuse) a engagé Z._ (ci-après: l'employé), à compter du 1er mai 1993, en qualité de collaborateur à plein temps dans le département relations clientèle.
L'employé, qui a bénéficié de plusieurs promotions, est devenu gestionnaire en mai 1999, membre de la direction en janvier 2004 et directeur en avril 2005.
Le 1er janvier 2010, il a été nommé Co-desk Head ad interim auprès du département Medis ( Mediterranean Europe & Israel) de la banque à Genève. Il a alors dirigé le bureau desk Israel conjointement avec A._.
Le 20 avril 2011, il est devenu responsable du marché israélien ( Market Head Israel), avec des équipes à Genève et à Zurich. Son supérieur hiérarchique était J.B._. L'un des frères de ce dernier, N.B._, travaillait au sein du desk Israel de Genève, dont Z._ a repris seul la direction (à la suite du départ de A._) au mois de janvier 2012. Le 4 septembre 2012, la banque a annoncé à son personnel que Z._ était nommé en qualité de chef du marché Israel & Diamondset qu'il avait de ce fait la responsabilité globale du marché israélien (arrêt entrepris p. 3 s.).
A.b. Selon le profil du poste établi par la banque, il incombait notamment au responsable du marché de " continuellement estimer le risque opérationnel inhérent à l'activité de l'équipe pour minimiser l'exposition aux pertes, aux fraudes et pour maintenir l'intégrité ", de " comprendre, suivre et respecter toutes les règles pertinentes internes et externes, réglementations et procédures qui s'appliquent à la conduite de l'activité dans laquelle l'employé est impliqué, en particulier les procédures de contrôle interne Compliance " (arrêt entrepris 4).
Le Compliance Manual de la banque, faisant partie intégrante du contrat de travail, énonçait divers principes KYC ( Know Your Customer) destinés à prévenir le blanchiment d'argent.
Enfin, le code de déontologie de la banque prévoyait que tout employé devait être sensibilisé et vigilant s'agissant des fraudes, vols et autres activités illégales commises au sein de la banque.
A.c. Depuis 1994, la rémunération de l'employé se composait d'un salaire de base (140'000 fr. en 1994 et 350'004 fr. en 2012), d'un bonus en espèces (22'000 fr. en 1994 et 267'734 fr. en 2011), ainsi que, depuis l'an 2000, d'actions bloquées (d'une valeur de 20'000 fr. en 2000 et de 114'743 fr. en 2011) (arrêt entrepris p. 7).
Le versement du bonus était accompagné le plus souvent d'une réserve révélant son caractère discrétionnaire et exceptionnel (arrêt entrepris p. 6).
Jusqu'en 2010, la banque utilisait les termes de " Salaire de base " ( Base salary) pour désigner le salaire versé à l'employé, de " prime discrétionnaire brute en espèces " ( Gross discretionary restricted cash award) pour désigner le bonus discrétionnaire et elle faisait référence à la " Recommandation discrétionnaire d'actions bloquées (prime de rétention) " ( Recommended discretionary restricted shares [retention award]) pour désigner les actions bloquées accordées à l'employé.
En 2011 et 2012, la banque a utilisé, à côté de la notion de " Salaire fixe " ( Fixed Pay), les termes de " Salaire variable " ( Variable pay) pour désigner globalement le bonus discrétionnaire et les actions bloquées octroyées à l'employé (arrêt entrepris p. 8).
Selon les contrats successifs conclus entre les parties, les bonus dépendaient néanmoins de l'appréciation de l'employeuse (critère de la performance de l'employé), celle-ci excluant expressément l'application d'un éventuel barème (arrêt entrepris p. 6).
La question de la qualification des bonus 2012 et 2013 (pour la période de janvier à mai) et des actions bloquées (2012 et 2013 pour la même période), que l'employé n'a pas obtenus, est litigieuse entre les parties (acte de recours p. 41 à 53).
A.d. Le 8 octobre 2012, dans le cadre d'une enquête en cours concernant un réseau de blanchiment d'argent impliquant la banque, les autorités genevoises ont arrêté N.B._, frère de J.B._, qu'elles soupçonnaient d'avoir participé à un réseau de blanchiment d'argent entre le Maroc, la France, le Royaume-Uni et la Suisse.
Le même jour, les locaux de X._ ont été perquisitionnés, une cinquantaine de comptes ont été bloqués (un peu moins de la moitié d'entre eux concernant le marché israélien) et la banque a suspendu avec effet immédiat J.B._, ainsi que deux collaborateurs du département dirigé par Z._. Dans un premier temps, ce dernier n'a pas été suspendu, mais il a été sollicité pour répondre aux préoccupations de la clientèle.
Simultanément, les autorités ont arrêté à Genève un autre frère des précités, M.B._, qui dirigeait la société genevoise L._ SA et qui était soupçonné d'avoir participé au même réseau que son frère N.B._. Cette société, qui était active notamment dans les services et les opérations en matière de gestion et de promotion financière, comptait parmi ses employés l'épouse de Z._, depuis juin 2007.
O.B._, quatrième membre de la fratrie, a quant à lui été arrêté à Paris, pour les mêmes motifs (arrêt entrepris p. 8 ss).
La banque a mené une enquête interne, mais n'en a pas communiqué les résultats à ses employés.
Fin janvier 2013, N.B._ et M.B._ ont été condamnés à des peines privatives de liberté (en partie assorties du sursis) pour blanchiment d'argent (arrêt entrepris let. s p. 9).
A.e. Le 15 novembre 2012, la banque a licencié Z._ avec effet au 31 mai 2013 (préavis de congé de six mois prévu par le règlement du personnel pour les employés occupant un poste de directeur ou un poste plus élevé). L'employé a été libéré de son obligation de travailler à compter du 16 novembre 2012.
La banque a indiqué avoir résilié le contrat de travail au motif d'une " totale perte de confiance " envers son employé, qui avait manqué à son devoir de diligence, en particulier dans la surveillance des membres de son équipe. X._ a indiqué à cet égard que N.B._ était placé sous la directe supervision de Z._ et que M.B._, également arrêté, semblait avoir eu une relation étroite avec Z._.
A.f. Au cours de son activité professionnelle auprès de la banque, l'employé, qui disposait de grandes qualités professionnelles et s'investissait considérablement dans son travail, a reçu des évaluations positives de ses supérieurs. Aucune implication de sa part dans les opérations de blanchiment d'argent (ayant entraîné la condamnation de N.B._ et de M.B._) n'a pu être démontrée, malgré sa proche collaboration avec son supérieur hiérarchique (J.B._), ou l'emploi qu'occupait son épouse auprès de la société L._ SA.
A compter du 1er juin 2013, Z._ a retrouvé un emploi à plein temps auprès de la banque R._ SA à Genève, en qualité de gérant senior dans le département de gestion privée. Selon son contrat de travail, sa rémunération annuelle brute était de 350'000 fr. (arrêt entrepris p. 11).
B.
B.a. Le 2 décembre 2013, après l'échec de la conciliation, l'employé (ci-après également: le demandeur) a ouvert action contre la banque (ci-après également: la défenderesse) devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, concluant à ce qu'elle soit condamnée à lui verser (intérêts en sus) les sommes de 374'746 fr.50 à titre d'indemnité pour licenciement abusif, de 350'004 fr. à titre d'indemnité de départ, de 399'493 fr. à titre de salaire variable pour la période du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2012, de 166'455 fr. à titre de salaire variable pour la période du 1er janvier 2013 au 31 mai 2013 et de 10'000 fr. à titre de prime d'ancienneté. Il a également conclu à la remise de 33'152 actions X._ Holdings PLC, subsidiairement à un montant représentant la contre-valeur de ces actions.
La banque a conclu au déboutement du demandeur de l'ensemble de ses conclusions.
Par jugement du 22 juillet 2015, le Tribunal des prud'hommes a condamné la défenderesse à payer au demandeur (intérêts en sus) les sommes (brutes) de: (dispositif ch. 2) 266'778 fr. (salaire variable 2012); (ch. 3) 11'157 fr.50 (salaire variable 2013); (ch. 4) 184'559 fr.80 (indemnité pour licenciement abusif); (ch. 5 à 8) GBP 240'956.20 (somme totale de la contre-valeur des actions bloquées). Il a en outre invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 9) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 10), notamment de la conclusion du demandeur visant à obtenir le montant de 10'000 fr. à titre de prime d'ancienneté.
B.b. Le 1er juillet 2016, sur appels de la défenderesse et du demandeur, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice de Genève a annulé les ch. 2 à 8 du dispositif du premier jugement et, statuant à nouveau, condamné la banque à payer au demandeur (intérêts en sus) l'unique somme de 8'165 fr. à titre de rémunération variable (après requalification d'une partie de la gratification en salaire) pour la période entre le 1er janvier et le 31 mai 2013. Elle a débouté les parties de toutes autres conclusions.
C.
Le demandeur et la défenderesse exercent chacun un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal daté du 1er juillet 2016.
Le demandeur (cause 4A_491/2016) conclut à sa réforme en ce sens que la banque soit condamnée à lui verser (intérêts en sus) les montants de 184'559 fr. 80 (indemnité pour licenciement abusif équivalent à trois mois de salaire), de 399'493 fr. (salaire variable 2012), de 166'455 fr. (salaire variable 2013), de GBP 240'956.20 (somme totale de la contre-valeur des actions bloquées) et de 10'000 fr. (prime d'ancienneté). Il invoque une violation des règles relatives à la preuve (art. 8 CC), une appréciation arbitraire des faits et des moyens de preuves (art. 9 Cst.), une transgression des art. 328 et 336 CO, ainsi que des art. 18 al. 1, 156 et 322 CO.
La défenderesse conclut au rejet du recours du demandeur.
De son côté, la défenderesse (cause 4A_485/2016) conclut à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions. Elle est d'avis que les juges cantonaux n'ont pas correctement calculé la rémunération effective de l'employé pendant la période litigieuse et que c'est à tort qu'ils ont retenu qu'elle devait encore lui verser le montant de 8'165 fr. au titre de salaire (variable).
Le demandeur conclut au rejet du recours de la défenderesse.
Considérant en droit :
1.
Chacune des deux parties a interjeté recours. Les recours sont dirigés contre le même jugement et reposent sur le même complexe de faits. Par conséquent, il se justifie de joindre les deux procédures et de statuer par un seul arrêt.
1.1. Interjetés par les parties qui ont succombé partiellement dans leurs conclusions (en paiement pour le demandeur et libératoires pour la défenderesse) et qui ont donc qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF), dirigés contre une décision (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur statuant sur recours (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), les recours sont recevables, puisqu'ils ont été déposés dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2; 137 II 353 consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
1.3. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié ou complété après examen des griefs du recours). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
Il s'agit en premier lieu d'examiner si la résiliation (ordinaire) notifiée par l'employeuse le 15 novembre 2012 est abusive, la réponse à cette question étant déterminante pour juger des griefs soulevés par l'employé en lien avec la détermination de sa rémunération (cf. infra consid. 5.3).
2.1. Selon l'art. 335 al. 1 CO, le contrat de travail conclu pour une durée indéterminée peut être résilié par chacune des parties. En droit suisse du travail, la liberté de la résiliation prévaut, de sorte que, pour être valable, un congé n'a en principe pas besoin de reposer sur un motif particulier.
Le droit fondamental de chaque cocontractant de mettre unilatéralement fin au contrat est cependant limité par les dispositions sur le congé abusif (art. 336 ss CO) (ATF 136 III 513 consid. 2.3 p. 514; 131 III 535 consid. 4.1 p. 537 s.) (cf. infra consid. 2.2).
C'est le lieu de souligner la différence de nature existant entre la résiliation ordinaire au sens de l'art. 335 CO (qui entre ici seule en ligne de compte), que l'employeur est libre de notifier à moins que l'employé ne démontre son caractère abusif, et le congé immédiat (art. 337 CO), que l'employeur ne peut mettre en oeuvre que s'il démontre l'existence d'un juste motif.
2.2. L'art. 336 al. 1 et 2 CO énumère des cas dans lesquels la résiliation (ordinaire) est abusive; cette liste n'est toutefois pas exhaustive et une résiliation abusive peut aussi être admise dans d'autres circonstances, en application de l'art. 2 al. 2 CC. Il faut cependant que ces autres situations apparaissent comparables, par leur gravité, aux cas expressément envisagés par l'art. 336 CO (ATF 136 III 513 consid. 2.3 p. 514 s.; 132 III 115 consid. 2.1 p. 116 s.).
L'interdiction de l'abus de droit au sens de l'art. 2 al. 2 CC réprime bien davantage que de simples chicanes; elle ne suppose en revanche pas que celui qui abuse de son droit ait l'intention de nuire ni que le procédé utilisé soit lui-même immoral (ATF 131 III 535 consid. 4.2 p. 539).
2.2.1. Il n'appartient pas au juge de substituer à la décision de l'employeur une pesée des intérêts des parties au contrat de travail (ATF 111 II 242 consid. 2c p. 244). Mais, il peut intervenir en cas d'abus de droit, notamment s'il existe une disproportion grossière entre les intérêts en présence.
Cela peut notamment être le cas lorsque l'employeur notifie le congé, pour donner " l'impression [qu'il a] pris les mesures adéquates " (" parce qu'il fallait un responsable, un " fusible " "), en faisant abstraction de l'intérêt légitime de l'employé à conserver un emploi dans lequel il s'est investi pendant de nombreuses années, alors que le congé n'a aucune portée pratique pour l'employeur ("licenciement pour simple motif de convenance personnelle "; ATF 131 III 535 consid. 4.2 et 4.3 p. 539 ss); dans ce précédent, l'employeur n'avait en outre pas hésité, en violation de l'art. 328 CO, à ternir de manière imméritée la réputation personnelle et professionnelle de son cadre auprès d'autres employeurs potentiels (ATF 131 III 535 consid. 4.3 p. 541).
2.2.2. La manière dont le congé est donné peut aussi le faire apparaître comme abusif. Même lorsque le motif de la résiliation est en soi légitime, celui qui exerce son droit de mettre fin au contrat doit agir avec des égards (ATF 132 III 115 consid. 2.2 p. 117). Si l'employeur porte une grave atteinte aux droits de la personnalité du travailleur dans le contexte d'une résiliation, celle-ci doit être considérée comme abusive; un comportement simplement inconvenant ne suffit cependant pas (ATF 132 III 115 consid. 2.2 p. 117 et 2.3 p. 118; 131 III 535 consid. 4.2 p. 538 s.; plus succinctement: ATF 136 III 513 consid. 2.3 p. 515).
Il s'agit donc d'un cas de violation de l'art. 328 CO qui oblige l'employeur à protéger la personnalité du travailleur, notamment son honneur personnel et professionnel. L'employeur ne doit pas stigmatiser, de manière inutilement vexatoire et au-delà du cercle des intéressés, le comportement du travailleur. Il y a atteinte grave aux droits de la personnalité lorsque l'employeur formule des accusations lourdes qui se révèlent infondées alors qu'il ne dispose d'aucun indice sérieux ou n'a fait aucune recherche en vue d'établir les faits. L'employeur ne doit pas formuler des accusations accablantes si ses soupçons ne reposent sur aucun élément sérieux. Même si les faits sont exacts, la stigmatisation à l'égard de tiers peut constituer, de la part de l'employeur, une violation de son devoir de protéger la personnalité du travailleur (arrêt 4A_99/2012 du 30 avril 2012 consid. 2.2.1 et les arrêts cités).
2.3. Le Tribunal fédéral a admis que le juge peut présumer en fait l'existence d'un congé abusif lorsque l'employé parvient à présenter des indices suffisants pour faire apparaître comme non réel le motif avancé par l'employeur. Cette présomption (de l'homme ou de fait; tatsächliche, natürliche Vermutung) peut faciliter la preuve en pratique, mais elle n'opère ni un renversement du fardeau de la preuve, ni même un allègement du degré de la preuve. Le point de savoir si une telle présomption est établie ou non relève de l'appréciation des preuves (arrêt 4A_190/2011 du 6 juin 2011 consid. 2.2 publié in JdT 2012 II 206).
Lorsque la cour cantonale acquiert une conviction quant au motif réel du licenciement, il n'y a plus de place pour une violation de l'art. 8 CC, mais il s'agit d'examiner si elle a apprécié les preuves sans sombrer dans l'arbitraire (art. 9 Cst.).
L'appréciation des preuves ou l'établissement des faits est arbitraire si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (ATF 135 III 232 consid. 1.2; 133 II 249 consid. 1.4.2). Pour chaque constatation de fait incriminée, il doit démontrer comment les preuves administrées auraient dû, selon lui, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (arrêt 4A_535/2014 du 29 avril 2015 consid. 1.2 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (cf. ATF 130 I 258 consid. 1.3 p. 261s.; 125 I 492 consid. 1b p. 495).
3.
Il s'agit d'examiner (sous l'angle de l'arbitraire) la réalité du motif invoqué par la banque - et retenu par la cour cantonale - et l'existence d'une éventuelle disproportion grossière entre les intérêts de chacune des parties (cf. infra consid. 3.1 et 3.2) ou si les circonstances de la résiliation sont telles qu'elles rendent le congé abusif (cf. infra consid. 3.3 et 3.4).
3.1. En ce qui concerne le motif (réel) de la résiliation, la cour cantonale, après avoir examiné les motifs invoqués de part et d'autre, a considéré, par appréciation des preuves, que le motif réel du congé avait été invoqué par l'employeuse, soit la " perte totale de confiance envers son employé, ressentie ensuite de l'arrestation de l'un des subordonnés de celui-ci pour participation à une opération de blanchiment d'argent " (arrêt entrepris consid. 3.2 p. 18).
Le demandeur soutient au contraire qu'il a fait l'objet d'un " licenciement fusible " (consécutif à l'arrestation de l'un de ses subordonnés) et que le motif évoqué par la banque n'a joué aucun rôle dans son licenciement. Il considère que la cour cantonale a effectué une appréciation arbitraire des preuves (art. 9 Cst.). Par son argumentation basée sur le " licenciement fusible ", le demandeur tente également de démontrer l'existence d'une disproportion grossière des intérêts en présence qui, selon lui, consacre le caractère abusif du congé (cf. ATF 131 III 535 consid. 4.2 p. 539).
3.2.
3.2.1. En l'occurrence, l'employé se trouvait dans une position hiérarchique très élevée et, dans sa fonction de chef de marché, il lui incombait d'évaluer continuellement les risques inhérents à l'activité de sa propre équipe, de façon à éviter qu'un risque du type de celui qui s'est concrétisé ne se manifeste et qu'il porte préjudice à la banque.
L'infraction pénale a été commise par un des collaborateurs directs de Z._. Ni son équipe, ni lui ne sont parvenus à identifier les agissements délictueux. A cela s'ajoute qu'une constellation particulière prévalait en l'espèce puisque le supérieur hiérarchique du demandeur (J.B._, suspendu avec effet immédiat le jour où la banque a été perquisitionnée) n'était autre que le frère du collaborateur direct impliqué dans le blanchiment d'argent et que la femme du demandeur travaillait dans l'entreprise de l'autre frère de N.B._ (M.B._), qui a également été arrêté pour les mêmes motifs.
Dans ces conditions, on ne discerne pas en quoi la cour cantonale aurait sombré dans l'arbitraire en retenant, comme motif du licenciement, la perte de confiance de la banque en son chef d'équipe.
Le recourant tente de revenir, point par point, sur les manquements qui lui sont reprochés par la cour cantonale, au motif qu'ils auraient été établis arbitrairement; il considère qu'en l'absence de toute faute de sa part, le motif invoqué par la banque n'était qu'un prétexte. L'argumentation ne peut toutefois être suivie. Sous couvert de démontrer l'arbitraire de l'autorité précédente, elle revient en réalité à restreindre la liberté contractuelle de l'employeuse en introduisant une condition - la faute de l'employé ou ses manquements - à l'exercice du droit de résilier selon l'art. 335 CO, ce qui est contraire au système prévu par cette règle. Pour la même raison, c'est également en vain que l'employé soutient que, l'employeuse l'ayant licencié " en tenant compte de sa responsabilité objective " (pour les actes illicites accomplis par des subordonnés sur son marché, sans qu'il commette la moindre faute), elle aurait par là montré l'existence d'un " congé fusible " (acte de recours n. 27 p. 13).
3.2.2. La banque n'ayant plus confiance en son employé qui exerçait une fonction importante (également de contrôle) dans son département, elle avait un intérêt à le licencier (indépendamment d'une éventuelle faute commise dans le cadre de son activité) et on ne saurait dire que la banque a procédé au licenciement sans y avoir aucun intérêt, seulement pour " donner l'impression " qu'elle prenait les mesures adéquates, ou que la résiliation serait totalement hors de proportion avec l'intérêt de l'employé de conserver son emploi au sein de la banque.
L'employé ne le conteste d'ailleurs pas vraiment puisqu'il relève lui-même que l'intérêt de la banque consistait à obtenir le classement d'une procédure pénale (le 4 juin 2015) qui avait été ouverte directement contre elle. Il rappelle à cet égard la déclaration de la banque selon laquelle " il a été souligné - et salué - que la Banque s'était réorganisée de façon importante; or il aurait été difficile de garder la même équipe qui n'avait pas vu ces problèmes " (acte de recours ch. 119 et 121 p. 37). L'employé semble curieusement voir dans cette déclaration la " preuve irréfutable " de l'existence d'un congé " fusible ", puisque la banque a agi dans l'espoir de favoriser ses intérêts sans se soucier de la protection de la personnalité de son employé (acte de recours ch. 122 p. 37). L'affirmation est toutefois sans consistance puisqu'on ne saurait taxer d'abusif le comportement d'un employeur du simple fait qu'il a favorisé ses intérêts plutôt que ceux de son employé (cf. supra consid. 2.2.1). Quant à l'absence d'égards de l'employeuse vis-à-vis de l'employé - qui peut constituer à elle seule, si elle est établie, une violation de l'art. 328 CO -, elle sera examinée plus loin (cf. infra consid. 3.4).
3.2.3. Cela étant, on ne discerne pas non plus une disproportion grossière entre les intérêts de chacune des parties. L'employé n'explique d'ailleurs pas lui-même en quoi son licenciement serait hors de proportion par rapport à l'avantage que la banque en a tiré (opportunité de recréer la confiance avec une nouvelle équipe et possibilité de favoriser le classement de la procédure pénale).
A cet égard, on peut d'ailleurs observer que les mesures prises par la banque (visant à réorganiser la cellule israélienne de l'entreprise) rappellent, dans leurs effets, celles qui sont mises sur pied lorsqu'une entreprise est réorganisée pour des raisons économiques (cf. arrêt 4A_190/2011 déjà cité consid. 2.4). En l'espèce, on ne voit donc pas que l'on puisse traiter les deux situations de manière différente. On peut ici aussi observer que si les conséquences du congé pour l'employé ne sont pas anodines, elles relèvent de la liberté contractuelle et des risques inhérents à la signature d'un contrat de travail du type de celui conclu par les parties; à défaut d'autres circonstances établies par la cour cantonale qui plaideraient en faveur de l'abus de droit (cf. encore infra consid. 3.4), le mécanisme correcteur de l'art. 2 al. 2 CC, qui présuppose une disproportion évidente des intérêts en présence, ne saurait être mis en oeuvre (cf. arrêt 4A_190/2011 déjà cité consid. 2.4).
3.2.4. Enfin, c'est en vain que le recourant tente de tirer des éléments en faveur de sa thèse en comparant sa situation avec celle faisant l'objet de l'ATF 131 III 535.
Dans ce précédent, le cadre bancaire licencié (A.) était responsable du service administratif de la banque (ATF précité p. 536), alors que le demandeur était lui en " première ligne " pour prévenir et contrer d'éventuels comportements illicites, puisqu'il avait la responsabilité d'estimer en continu le risque opérationnel inhérent à l'activité de son équipe; contrairement à la situation qui prévalait pour le demandeur, A. n'était pas le supérieur hiérarchique direct de l'employé à l'origine des actes illicites, mais il supervisait B. qui était lui le supérieur hiérarchique direct de l'employé indélicat (ATF précité p. 536); le propre supérieur de A. (son directeur général) avait lui-même confirmé que les mesures appropriées avaient été prises en lien avec les actes commis par l'auteur des infractions (arrêt précité p. 536); seul A. a fait l'objet d'un licenciement " en raison de sa [seule] position hiérarchique supérieure " (ATF précité p. 537), alors que, dans le cas du demandeur, plusieurs membres de l'équipe ont été impliqués dans la réorganisation; à cela s'ajoute que, dans le cas de A., la banque n'a pas hésité à ternir la réputation personnelle et professionnelle de ce cadre auprès d'autres employeurs potentiels (ATF précité consid. 4.3 p. 541), ce qui ne correspond pas au comportement de la banque vis-à-vis du demandeur (cf. infra consid. 3.4).
C'est le lieu de rappeler que, de manière générale, les éventuelles comparaisons avec des décisions judiciaires rendues dans des causes que les parties tiennent pour similaires à la leur doivent être appréciées avec circonspection. En effet, pour déterminer le caractère abusif d'une résiliation ordinaire, il convient d'examiner l'ensemble des circonstances et une large place est laissée à l'appréciation du juge, de sorte qu'établir une casuistique en se focalisant sur un seul élément du dossier, sorti de son contexte, n'est pas significatif (sous l'angle, ici comparable, de l'art. 337 CO, cf. arrêt 4A_404/2014 du 17 décembre 2014 consid. 4.1 et l'arrêt cité).
3.3. Quant à la question d'une violation de l'art. 8 CC (cf. acte de recours p. 14 à 22, et certains passages p. 23 à 40), elle ne se pose pas en l'espèce, puisque la constatation litigieuse est issue d'une appréciation des preuves.
3.4. Il s'agit maintenant d'examiner si le congé doit être considéré comme abusif en raison de la manière dont il a été donné (circonstances qui ont entouré la résiliation).
Il résulte à cet égard de l'arrêt cantonal que l'employeuse n'a pas manqué d'égards envers l'employé et que, notamment, elle n'a pas laissé entendre à des tiers que son licenciement aurait pour cause une quelconque participation de sa part aux actes illicites pour lesquels son subordonné (N.B._) avait été arrêté et condamné. Les collaborateurs et les anciens collègues de l'employé ignoraient les raisons de son licenciement. L'origine des rumeurs qui ont circulé (ce qui, selon la cour cantonale, " paraît inévitable en pareilles circonstances ") ne peut être imputée à l'employeuse et, selon le contenu de ces rumeurs, le licenciement de l'employé n'est pas attribué à un motif précis (arrêt entrepris consid. 3.3.3 1er par. p. 22).
La cour cantonale retient encore que si l'employé a souffert psychologiquement après son licenciement, il n'a pas connu de dépression. S'il a eu des difficultés à retrouver un nouvel emploi, rien n'indique qu'elles doivent être considérées comme extraordinaires au regard de l'âge de l'employé et de la situation sur le marché du travail. L'employé a d'ailleurs retrouvé un poste auprès d'un autre établissement bancaire immédiatement après la fin de son délai de congé, lui procurant un salaire équivalent à l'important salaire de base qu'il percevait en dernier lieu auprès de l'employeuse (arrêt entrepris consid. 3.3.3 2e par. p. 22).
Cela étant, on ne discerne, sur la base de ces constatations, aucune atteinte grave aux droits de la personnalité qui pourrait faire apparaître la résiliation comme abusive (cf. ATF 136 III 513 consid. 2.3 p. 515 et les arrêts cités). Par ailleurs, on ne saurait reprocher à l'employeuse d'avoir exercé son droit de résilier sans égards vis-à-vis de son employé, l'employeuse ayant fait preuve de discrétion quant aux raisons du licenciement tant envers les collaborateurs de la banque qu'auprès d'autres établissements bancaires. L'employé a d'ailleurs retrouvé un poste de travail avant la fin de son délai de congé.
3.5. Les arguments soulevés par le recourant n'infirment pas cette constatation.
3.5.1. L'employé signale qu'il a été licencié le même jour que quatre autres collaborateurs, dont N.B._ (ce qui accréditerait l'existence d'un lien entre ce dernier licenciement et le sien), immédiatement après l'importante médiatisation de l'affaire de blanchiment d'argent (acte de recours p. 38). L'employé se limite à mettre en évidence ces points de fait sans toutefois indiquer en quoi cela remettrait en question, sous l'angle de l'arbitraire, les constatations de l'autorité cantonale. Pour seule " motivation ", il affirme qu'il " était immanquable " que son licenciement crée le sentiment qu'il avait commis une infraction pénale (acte de recours n. 128 p. 38), ce qui n'est pas suffisant pour démontrer l'arbitraire.
3.5.2. Le recourant insiste sur le fait qu'il a été licencié le 15 novembre 2012, soit (seulement) deux mois et demi après avoir été promu responsable du marché Israël (début septembre 2012) et alors qu'un mois (déjà) s'était écoulé depuis que la banque avait mis à pied trois collaborateurs, mais sans prendre de mesure contre lui à ce moment-là (le 8 octobre 2012).
Le simple fait que l'employé soit licencié deux mois et demi après avoir été promu ne permet pas, à lui seul, de rendre le congé abusif, puisqu'il ne résulte pas de l'arrêt cantonal que les organes de direction de la banque auraient disposé, au moment d'accorder cette promotion, des informations sur la base desquelles ils ont ensuite décidé de licencier l'employé (cf. arrêt entrepris consid. 3.3.2 p. 21 s.).
3.5.3. Le recourant estime que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en retenant que les collègues de l'employé ignoraient les raisons de son licenciement et que les rumeurs ayant circulé n'attribuaient le licenciement à aucun motif précis. Il reconnaît que les proches collaborateurs n'ont pas dû comprendre les motifs du licenciement, mais est d'avis que, compte tenu de la concomitance des faits, les personnes externes à la banque ont alors fait le lien avec la procédure pénale qui était alors médiatisée (acte de recours p. 38 s.).
Si les deux témoignages auxquels se réfère le recourant (selon lesquelles " les gens " ou les " collègues " disaient qu'il n'y avait pas " de fumée sans feu " ou qu'ils avaient " un peu peur " d'engager Z._) vont plutôt dans le sens de sa thèse, d'autres éléments corroborent plutôt l'appréciation de la cour cantonale. On observe en particulier que le motif à l'origine de ces constats n'est pas clairement visible, puisqu'on ignore si leurs auteurs faisaient un lien direct entre l'employé et les infractions pénales commises par son subordonné ou s'ils se référaient de manière générale à un chef de marché (en soi en dehors de tout soupçon) n'ayant pas réussi à découvrir une manoeuvre frauduleuse dans le cadre de son activité; tous les établissements bancaires n'avaient au demeurant pas la même opinion, puisque l'employé a retrouvé un poste (avec le même salaire de base que celui qu'il percevait en dernier lieu auprès de la défenderesse) auprès d'un autre établissement bancaire à la fin de son délai de congé (arrêt entrepris consid. 3.3.3 p. 22); enfin, les difficultés (temporaires) endurées par l'employé au cours de ses postulations découlaient également de son âge et de sa situation sur le marché du travail (arrêt entrepris consid. 3.3.3 p. 22).
Cela étant, si l'on peut discuter, sur la base des éléments avancés par l'employé, l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale, il n'était en tout cas pas arbitraire de retenir que le motif du licenciement de l'employé n'était alors pas précisément identifié par les professionnels à l'extérieur de la banque.
3.5.4. En ce qui concerne le reproche fait à la cour cantonale d'avoir jugé que l'absence de toute communication de la banque était en sa faveur (acte de recours p. 40), on ne voit pas en quoi cette appréciation serait arbitraire, puisque, si l'on comprend bien le recourant, il admet lui-même qu'une communication de la banque au moment de son licenciement n'aurait sans doute rien changé (acte de recours n. 135 in fine p. 40).
3.5.5. Enfin, lorsque le recourant affirme que le comportement de la banque a porté une atteinte sérieuse à sa personnalité, il se base sur sa propre version des faits. L'état de fait dressé par la cour cantonale étant exempt d'arbitraire, il n'y a pas lieu de s'en écarter et il est exclu de tenir compte de celui présenté par le recourant. L'argumentation fournie en lien avec l'atteinte à sa personnalité est par conséquent, pour autant qu'elle soit motivée conformément aux exigences de la LTF, sans consistance.
3.6. La critique de la décision cantonale est donc infondée en tant qu'elle vise à remettre en question l'absence de caractère abusif du congé notifié à l'employé.
4.
Dans la partie de son recours consacrée aux bonus, le recourant soutient que c'est à tort que la cour cantonale a qualifié de gratification (art. 322d CO) les bonus qui lui ont été versés en 2012 et 2013. Selon lui, les parties avaient convenu, au moins implicitement au cours de la relation contractuelle, que l'employeuse verserait à son employé des salaires variables (art. 322a CO).
4.1. Pour qualifier un bonus dans un cas d'espèce, il faut interpréter les manifestations de volonté des parties (cf. art. 1 CO). Il s'agit tout d'abord d'établir si le bonus est déterminé (respectivement déterminable) ou indéterminé (respectivement indéterminable).
4.1.1. Si le bonus est déterminé ou objectivement déterminable, l'employé dispose d'une prétention à ce bonus. Une rémunération est objectivement déterminable lorsqu'elle ne dépend plus de l'appréciation de l'employeur. Cela est le cas lorsque l'employé a droit à une part du bénéfice ou du chiffre d'affaires ou participe d'une autre manière au résultat de l'exploitation (art. 322a CO; ATF 141 III 407 consid. 4.2 p. 408). L'employeur doit alors tenir son engagement consistant à verser à l'employé la rémunération convenue (élément essentiel du contrat de travail) et le bonus doit être considéré comme un élément (variable) du salaire.
L'engagement (contractuel) de l'employeur à verser à son employé une rémunération déterminée (ou objectivement déterminable) à titre de salaire peut résulter de l'accord conclu initialement (au début de la relation contractuelle) entre les parties ou celles-ci peuvent en convenir postérieurement, au cours de la relation contractuelle (ATF 129 III 276 consid. 2 p. 278).
4.1.2. Si le bonus n'est pas déterminé ou objectivement déterminable, l'employé ne dispose en règle générale d'aucune prétention: la rémunération dépend du bon vouloir de l'employeur et le bonus est qualifié de gratification. Tel est le cas lorsque la quotité du bonus n'est pas fixée à l'avance, mais dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de l'employeur (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s. et les références citées), en ce sens que la part de l'employé au résultat de l'entreprise n'est pas fixée contractuellement ou encore dépend de l'appréciation (subjective), par l'employeur, de la prestation de travail fournie par l'employé (ATF 139 III 155 consid. 3.1 p. 157) (cf. encore infra consid. 4.2).
4.2. Lorsque le bonus n'est pas déterminé ou objectivement déterminable, il doit être qualifié de gratification. Ce n'est que dans ce cas que le critère (indépendant de celui visant à qualifier, dans un premier temps, le bonus) de l'accessoriété peut trouver application et, le cas échéant, qu'il s'imposera de requalifier le bonus en salaire (sous l'angle du très haut revenu, cf. ATF 141 III 407 consid. 5.3.1 p. 412 s.).
Le critère de l'accessoriété est appliqué de manière différenciée selon l'importance du revenu de l'employé, par quoi il faut entendre la rémunération totale perçue de l'employeur durant l'année (ATF 141 III 407 consid. 4.3 p. 408).
4.2.1. En cas de revenus moyens et supérieurs, le Tribunal fédéral a estimé qu'un bonus très élevé en comparaison du salaire annuel, équivalent ou même supérieur à ce dernier, et versé régulièrement, doit être, par exception à la règle de la liberté contractuelle, considéré comme un salaire variable même si l'employeur en réservait le caractère facultatif. La gratification (art. 322d CO) doit en effet rester accessoire par rapport au salaire (art. 322 s. CO); elle ne peut avoir qu'une importance secondaire dans la rétribution du travailleur.
En cas de revenus modestes, un bonus proportionnellement moins élevé peut déjà avoir le caractère d'un salaire variable (ATF 141 III 407 consid. 4.3.1 p. 408 s.).
4.2.2. En revanche, lorsque l'employé perçoit un très haut revenu, il n'y a pas lieu d'admettre une exception à la règle de la liberté contractuelle: le bonus reste toujours une gratification (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2 p. 409).
Si la rémunération totale de l'employé dépasse le seuil du très haut revenu, il n'y a pas lieu de qualifier le bonus de salaire, le critère de l'accessoriété n'étant pas applicable. En revanche, si la rémunération totale de l'employé n'atteint pas ce seuil, le critère de l'accessoriété s'applique et, sur cette base, une requalification (partielle ou totale) du bonus doit intervenir (nullité partielle; ATF 141 III 407 consid. 5.3.1 p. 412 s.).
Le revenu d'un employé doit être qualifié de " très haut ", lorsque sa rémunération totale équivaut ou dépasse cinq fois le salaire médian suisse (secteur privé) (ATF 141 III 407 consid. 5 p. 409 ss).
4.3. Dans le calcul de la rémunération totale de l'employé, il s'impose de tenir compte de la rémunération (effective) de l'employé qui est représentative des revenus qu'il a régulièrement perçus. En règle générale, on prendra en considération les revenus effectivement perçus par l'employé durant l'année (ATF 142 III 456 consid. 3.2 p. 460, 381 consid. 2.2 à 2.4 p. 383 ss; 141 III 407 consid. 5.3 et 5.4 p. 412 ss).
Exceptionnellement, la représentativité sera toutefois mieux assurée si l'on tient compte de la rémunération effectivement perçue durant la période litigieuse. La prise en considération de cette période sera en particulier plus adaptée lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, l'employé a exercé son activité professionnelle seulement pendant quelques mois durant la seconde année litigieuse (ATF 142 III 456 consid. 3.2 p. 460 et les arrêts cités).
5.
En l'occurrence, sont litigieux les bonus (tant les versements en espèces que les actions bloquées) qui auraient dû, selon l'employé, lui être versés en 2012 et en 2013 (pour la période de janvier à mai).
5.1. Force est de constater que les magistrats cantonaux n'ont pas distingué rigoureusement la question de la qualification du bonus (élément du salaire ou gratification) - qui présuppose d'examiner ce que les parties ont " explicitement ou implicitement " voulu et si la rémunération qu'elles ont convenue est déterminée ou objectivement déterminable - de celle de l'application du critère de l'accessoriété qui ne se pose qu'en présence d'une gratification. Les juges précédents reconnaissent - en faisant référence à la perte du " caractère accessoire " de la gratification (sic) - qu'en dépit des réserves souvent émises par la banque, le bonus doit être qualifié de salaire variable. Ils n'en tirent toutefois pas la conclusion qui s'impose (soit l'obligation pour la banque de verser cet élément du salaire à l'employé), mais examinent encore si l'employé dispose d'un " très haut revenu ", présupposant ainsi qu'ils ont finalement affaire à une gratification (sic) (arrêt entrepris consid. 4.2 p. 24).
On peut suivre le recourant lorsqu'il souligne, sur le principe, qu'un bonus peut être qualifié de part salariale alors même que la rémunération totale perçue par l'employé dépasse le seuil de cinq fois le salaire médian, ce dernier seuil ne jouant un rôle que si le bonus est qualifié de gratification (acte de recours p. 42 s.).
Pour procéder de manière correcte, l'autorité précédente aurait donc dû, dans un premier temps, qualifier le bonus en recherchant la réelle et commune intention des parties (question de fait) et, à défaut, en appliquant le principe de la confiance (question de droit qu'il convient de trancher en se fondant sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, qui relèvent du fait). Ce n'est que dans un deuxième temps, s'il arrive à la conclusion que le bonus est, selon la volonté des parties, une gratification (ce qui sera le cas lorsque la rémunération n'est ni déterminée ni objectivement déterminable), que le juge devra raisonner sur la base du critère de l'accessoriété.
5.2. Les éléments contenus dans l'arrêt attaqué permettent toutefois à la Cour de céans d'effectuer la qualification en l'espèce.
5.2.1. Force est de constater que, dans les contrats successifs signés par les parties, le bonus dépendait toujours de l'appréciation de l'employeuse. Dans le contrat de travail conclu en décembre 1994 (au moment où le demandeur est devenu fondé de pouvoir), le bonus était déterminé, à l' "entière discrétion " de l'employeuse, en fonction de la " performance de l'employé " (arrêt entrepris p. 6). Il résulte également du contrat de travail signé en mai 1999 (au moment où le demandeur a été nommé en qualité de gestionnaire) que l'employeuse fixait le bonus " à sa seule et unique discrétion, sans égard à un quelconque barème qui pouvait exister ", la banque n'étant tenue, " à l'égard de l'employé, à aucune justification ou explication " sur le principe ou la quotité du bonus (arrêt entrepris p. 6).
Cela étant, le bonus dépendait - dans une très large mesure - du bon vouloir de l'employeuse et, partant, il n'était, à tout le moins initialement (au début de la relation contractuelle), ni déterminé ni objectivement déterminable.
5.2.2. Le recourant insiste sur le fait que sa " rémunération variable " n'a " jamais cessé d'augmenter " au cours de la relation contractuelle (acte de recours p. 46), que l'employeuse s'est alors tacitement engagée à la lui verser et que la quotité de cette rémunération équivaut à la moyenne des montants qu'il a perçus les " trois dernières années " (acte de recours n. 194 p. 49 et la note 219).
Il n'est pas contesté que les montants sur lesquels l'employé se fonde ont varié selon les années (acte de recours n. 195 p. 49). On ne peut donc logiquement interpréter ces paiements (variables) comme témoignant de la volonté (tacite) de l'employeuse de s'engager à verser un montant déterminé (qui correspondrait - selon le procédé préconisé par le demandeur - à une moyenne [théorique] des montants perçus les " trois dernières années ").
Comme il ne résulte pas de l'arrêt attaqué que l'employeuse aurait fixé contractuellement la part de l'employé au résultat, ni qu'elle aurait écarté tout critère subjectif, le bonus ne peut toujours pas être défini, au cours de la relation contractuelle, comme étant objectivement déterminable.
Enfin, il est inutile de se demander si ces paiements sont susceptibles de témoigner d'une volonté (tacite) de l'employeuse de s'engager sur le (seul) principe du versement d'une " gratification " (à cet égard, cf. WYLER/HEINZER, Droit du travail, 3e éd. 2014, p. 161) puisque, même si on l'admettait (par hypothèse), il incomberait quoi qu'il en soit à l'employé de fournir la preuve du montant (déterminé ou objectivement déterminable) que l'employeuse se serait alors engagée - tacitement au cours de la relation contractuelle - à lui verser. Or, l'employé ne fournit aucune allégation (ni a fortiori aucune preuve) à cet égard.
5.2.3. Certes, l'employé évoque un document (pièce 37, mémoire de recours n. 188 p. 47 s.) selon lequel une rémunération totale (salaire fixe et bonus) inchangée lui aurait été garantie chaque année. Il n'y a toutefois pas lieu de s'y attarder puisque, comme le remarque la banque (mémoire de réponse n. 105 p. 26), il ne résulte pas de l'arrêt entrepris que l'employé se serait prévalu de cette pièce dans la procédure cantonale. Son argumentation, eu égard aux principes de l'épuisement préalable des griefs (art. 75 al. 1 LTF) et de la bonne foi en procédure, est dès lors irrecevable devant la Cour de céans.
Enfin, le fait (allégué par l'employé) que les réserves émises par l'employeuse seraient de pure clause de style, n'est pas déterminant. Il demeure en effet que la rémunération n'était ni déterminée ni objectivement déterminable.
Il incombe dès lors au demandeur de supporter l'échec de la preuve (art. 8 CC).
Le résultat (le bonus est qualifié de gratification) auquel est parvenu la cour cantonale peut donc être confirmé, par substitution de motifs.
5.3. On ne peut pas non plus suivre le demandeur lorsqu'il revient à la charge (sur la question des bonus) en indiquant que la banque, en procédant à un licenciement abusif (ce qui démontrerait sa mauvaise foi au sens de l'art. 156 CO), l'a empêché de bénéficier de ses bonus (acte de recours p. 52 s.). En l'espèce, le congé n'étant pas abusif, son argumentation se révèle sans consistance.
Pour la même raison, c'est en vain que le recourant se prévaut de l'indemnité d'ancienneté prévue par le règlement du personnel en invoquant l'application de l'art. 156 CO (acte de recours p. 53).
Enfin, en ce qui concerne les actions bloquées, l'employé soutient encore qu'il résulte du plan d'intéressement qu'il a le droit, en qualité de " good leaver " (indépendamment de ce qu'il pourrait obtenir à titre de salaire variable ou à titre de gratification), d'obtenir ces actions. Force est ici de constater que, dans le règlement auquel il se réfère, ce droit ne peut être exercé que si l'employé cesse de travailler pour des raisons de santé, de retraite ou de réduction des effectifs par l'employeur. Or, l'employé a fait l'objet d'une résiliation ordinaire et aucun de ces cas de figure n'entre en ligne de compte (cf. arrêt entrepris consid. 5.2 p. 27).
6.
Il reste à examiner le recours en matière civile formé par la banque, qui porte exclusivement sur la question de la gratification. Pour l'employeuse, la cour cantonale n'a pas calculé correctement la rémunération effectivement perçue par l'employé entre janvier 2012 et mai 2013 et il n'y avait pas lieu de requalifier en salaire le montant de 8'165 fr., qui aurait dû rester de la gratification.
6.1. En l'occurrence, on peut suivre la banque lorsqu'elle soutient que, pour calculer la rémunération effective perçue par l'employé, il convient de se fonder sur l'ensemble de la rémunération que celui-ci a perçue durant la période litigieuse (de 2012 à mai 2013, soit 17 mois), plutôt que d'effectuer un calcul en traitant séparément - comme l'a fait la cour précédente - la période de 2012 (une année entière) et celle de 2013 (de janvier à mai), cette dernière période n'étant pas représentative des revenus précédemment réalisés par l'employé (cf. à cet égard ATF 142 III 556 consid. 3.2 p. 460).
6.2. Pour la période litigieuse (17 mois), le seuil du très haut revenu doit être fixé à 367'080 fr. pour 2012 et à 154'000 fr. pour la période de cinq mois de 2013, soit un total de 521'080 fr., étant ici précisé que les chiffres retenus par la cour cantonale ne sont pas discutés par les parties (arrêt entrepris consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 24 s.).
Sur la même période (17 mois), l'employé a effectivement perçu, en espèces, 350'004 fr. de salaire fixe en 2012 et 267'734 fr. de bonus (bonus 2011 versé en 2012), ainsi que 145'833 fr. à titre de salaire fixe en 2013, soit un total de 763'571 fr. (cf. arrêt entrepris consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 24 s.). Vu le résultat obtenu, il n'est même pas nécessaire de faire intervenir dans le calcul la valeur des actions bloquées que l'employé a encore reçues en sus en 2012.
Force est de constater que, pour cette période de 17 mois, la seule rémunération en espèces effectivement perçue par l'employé est déjà supérieure à la valeur seuil portant sur la même période. Partant, le bonus de l'employé n'a pas à être requalifié en salaire.
Le moyen tiré de la violation de l'art. 322d CO soulevé par la banque est dès lors bien fondé. L'arrêt attaqué doit être réformé en ce sens que la demande du 2 décembre 2013 est intégralement rejetée.
7.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile de l'employé doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et que le recours de la banque doit être admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il a trait à la question des bonus 2012/2013 et il est réformé en ce sens que la demande de l'employé est entièrement rejetée.
Les frais de l'instance fédérale (15'000 fr. pour le recours du demandeur et 500 fr. pour le recours de la défenderesse) seront mis intégralement à la charge du demandeur, qui succombe dans les deux cas.
Le demandeur versera des dépens à la partie défenderesse.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les procédures 4A_485/2016 et 4A_491/2016 sont jointes.
2.
Le recours du demandeur est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recours de la défenderesse est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la demande déposée le 2 décembre 2013 est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'500 fr., sont mis à la charge du demandeur.
5.
Le demandeur versera à la défenderesse une indemnité de 17'500 fr. à titre de dépens.
6.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les dépens de l'instance cantonale.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 28 avril 2017
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget