Faits :
A.
Par contrat de promesse de vente et d'achat, conclu en la forme authentique les 2 et 18 septembre 2008, X._ (ci-après: la promettante-venderesse ou la défenderesse) s'est obligée à vendre et les époux B.Y._ et A.Y._ (ci-après: les époux ou les demandeurs) à acheter une part de propriété par étages correspondant à un logement en construction à... (GE), pour le prix de 1'305'000 fr. La vente devait intervenir au plus tard le 18 décembre 2009, date prévue pour l'entrée en jouissance. La promettante-venderesse concédait aux époux un droit d'emption cessible à exercer dans un délai échéant le 18 décembre 2009, prolongé au 20 janvier 2010, qui ne ferait pas l'objet d'une annotation au registre foncier.
Un acompte sur le prix de vente était payable et a été payé à raison de 50'000 fr. au jour de la signature de la promesse et de 211'000 fr. au plus tard le 30 septembre 2008. Le solde du prix de 1'044'000 fr. était payable au jour de la signature de l'acte de vente définitif.
La promesse de vente notariée Z._ stipulait qu'en cas de défaillance des époux, la vente serait considérée comme résolue par leur faute et qu'ils devraient alors payer une somme de 261'000 fr. à la promettante-venderesse à titre de clause pénale au sens des art. 160 ss CO.
En 2009, les époux ont également payé à la promettante-venderesse la somme de 15'950 fr. pour des travaux supplémentaires effectués à leur demande.
Les époux n'ont pas pu emménager à la date prévue, ce dont ils se sont plaints. Des dissensions sont survenues au sujet d'un éventuel solde dû au titre de travaux supplémentaires.
Le 18 janvier 2010, les époux ont informé la promettante-venderesse qu'ils avaient obtenu le crédit hypothécaire le 12 janvier 2010 et qu'ils étaient prêts à payer le solde du prix de vente à tout moment.
Toujours le 18 janvier 2010, la promettante-venderesse a fait savoir aux époux qu'elle n'était plus disposée à leur vendre la part d'étage; les époux ont informé la notaire de la situation le 19 janvier 2010.
Les époux ne se sont pas acquittés du solde du prix de vente à l'échéance prévue. Ils n'ont pas exercé leur droit d'emption. L'acte de vente n'a pas été signé.
Le 26 janvier 2010, la promettante-venderesse a indiqué aux époux que leur droit d'emption avait expiré sans avoir été formellement exercé et que, puisqu'aucun accord n'avait été trouvé au sujet du paiement des travaux supplémentaires qu'ils avaient demandés, préalable nécessaire à la conclusion de la vente, elle se déclarait déliée de la promesse de vente, s'engageant à leur restituer les sommes versées dans les meilleurs délais.
Les époux ont requis et obtenu une restriction du droit d'aliéner, puis ont ouvert une action tendant au transfert de la propriété en leur faveur. Par jugement du 10 novembre 2011, confirmé par arrêt de la Cour de justice du 11 juillet 2012, l'action des époux a été rejetée et la restriction du droit d'aliéner radiée. Les époux n'ayant pas pris toutes les mesures pour que le solde du prix de vente soit versé en mains de la notaire au plus tard le 20 janvier 2010, ils avaient ainsi empêché l'avènement de la vente et la promettante-venderesse avait le droit de se départir du contrat sans autres formalités.
Par courrier du 30 juillet 2012, la promettante-venderesse s'est prévalue de la clause pénale et a refusé de restituer aux époux les acomptes qu'ils avaient versés.
B.
Le 20 novembre 2013, les époux ont ouvert action en paiement devant le Tribunal de première instance de Genève contre la promettante-venderesse et contre la notaire ayant instrumenté l'acte, concluant à ce qu'elles soient condamnées à leur payer conjointement et solidairement la somme de 261'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 10 septembre 2008 et à ce que la promettante-venderesse soit condamnée à leur verser en sus la somme de 15'950 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 20 novembre 2009.
La promettante-venderesse a conclu au rejet de la demande, invoquant la compensation de la peine conventionnelle qui lui était due avec les prétentions en restitution d'acomptes formulées par les demandeurs (art. 105 al. 2 LTF). La notaire a également conclu au rejet de la demande.
Plusieurs témoins, dont le président de la Chambre des notaires, ont été entendus.
Par jugement du 8 mai 2015, le Tribunal de première instance a libéré la notaire de toute responsabilité et condamné la promettante-venderesse à payer aux demandeurs les sommes de 261'000 fr. (ch. 1) et 15'950 fr. (ch. 2), toutes deux avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013. Il a retenu que la clause pénale de 20% du prix de vente (correspondant à 261'000 fr.) était valable, mais que la promettante-venderesse avait renoncé à l'invoquer dans son courrier du 26 janvier 2010.
Statuant par arrêt du 11 mars 2016, la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de la promettante-venderesse et, réduisant la clause pénale à 10% du prix de vente (130'500 fr.), l'a condamnée à rembourser aux époux demandeurs le montant de 130'500 fr. (prix payé 261'000 fr. - clause pénale 130'500 fr.), avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013, et confirmé sa condamnation au remboursement de 15'950 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 17 juillet 2013. La cour cantonale a considéré en bref que la peine conventionnelle prévue était une peine alternative, qu'il ne pouvait y être renoncé que par remise de dette au sens de l'art. 115 CO et qu'en agissant en exécution, les époux n'avaient pas accepté l'offre de la promettante-venderesse; elle a toutefois jugé que la peine convenue était excessive et l'a réduite à 10% du prix de vente; elle a rejeté l'appel joint des époux demandeurs tendant à la condamnation solidaire de la notaire au remboursement des acomptes payés.
C.
La promettante-venderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal, concluant principalement à son annulation en ce qu'il la condamne à payer 130'500 fr. avec intérêts aux demandeurs et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation de l'art. 163 al. 3 CO, de la règle sur le fardeau de la preuve et de l'allégation (art. 8 CC) et de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et art. 53 CPC). Elle se plaint à titre subsidiaire de la constatation manifestement inexacte des faits et d'une appréciation arbitraire des preuves (art. 97 al. 1 LTF).
Les intimés concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, au motif que la recourante n'a pris que des conclusions cassatoires, et subsidiairement à son rejet et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par une des défenderesses, consort simple, qui a succombé partiellement dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation en matière civile dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Bien que la recourante n'ait pris que des conclusions en annulation de l'arrêt attaqué, il résulte clairement des motifs de son recours qu'elle conclut au rejet de la demande (cf. ATF 137 III 617 consid. 6.2). Le Tribunal fédéral peut donc entrer en matière.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (ATF 140 III 115 consid. 2 p. 117; 135 III 397 consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (ATF 140 III 86 consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (ATF 140 III 16 consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'art. 42 al. 2 LTF, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (ATF 140 III 86 consid. 2; 133 III 545 consid. 2.2; arrêt 4A_399/2008 du 12 novembre 2011 consid. 2.1 non publié in ATF 135 III 112). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (ATF 135 III 397 consid. 1.4).
3.
Il faut examiner en premier lieu le grief de nature formelle de la violation du droit d'être entendu soulevé par la recourante. Invoquant la violation des art. 29 al. 2 Cst. et 53 CPC, celle-ci reproche à la cour cantonale d'avoir traité une question qui n'avait jamais été soulevée, même pas à titre subsidiaire, ni par les parties, ni par le tribunal de première instance; partant, en rendant un arrêt sur la base d'une question restée indiscutée, sans en aviser préalablement les parties, la cour cantonale aurait violé son droit d'être entendue. Elle estime avoir été privée du droit d'alléguer et de démontrer les faits plaidant contre la réduction de la clause pénale.
3.1. En vertu de l'art. 53 CPC, les parties ont le droit d'être entendues (al. 1); elles ont notamment le droit de consulter le dossier et de s'en faire délivrer copie pour autant qu'aucun intérêt prépondérant public ou privé ne s'y oppose (al. 2). Cette disposition reprend à son alinéa 1 la garantie constitutionnelle minimale de l'art. 29 al. 2 Cst. et concrétise ce droit en relation avec la consultation du dossier en son alinéa 2. La jurisprudence développée en relation avec l'art. 29 al. 2 Cst. doit donc être prise en considération dans l'application de l'art. 53 CPC (cf. arrêts 5A_31/2012 du 5 mars 2012 consid. 4.3; 5A_109/2012 du 3 mai 2012 consid. 2.1 et la référence au Message du 28 juin 2006 relatif au code de procédure civile suisse).
La jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. le droit des parties d'être informées et de s'exprimer sur les éléments pertinents du litige avant qu'une décision touchant leur situation juridique ne soit prise, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 133 I 270 consid. 3.1; 132 II 485 consid. 3.2; 127 I 54 consid. 2b). Le droit d'être entendu est à la fois une institution servant à l'instruction de la cause et une faculté de la partie, en rapport avec sa personne, de participer au prononcé de décisions qui lèsent sa situation juridique (arrêt 4A_364/2015 du 13 avril 2016 consid. 2.2, non publié in ATF 142 III 355; ATF 126 I 15 consid. 2a/aa; 124 I 49 consid. 3a, 241 consid. 2 et les arrêts cités). Le droit de s'exprimer sur tous les points importants avant qu'une décision ne soit prise s'applique sans restriction pour les questions de fait. Pour ce qui est de la qualification juridique des faits, ce droit ne vaut que lorsqu'une partie change inopinément son point de vue juridique ou lorsque l'autorité a l'intention de s'appuyer sur des arguments juridiques inconnus des parties et dont celles-ci ne pouvaient prévoir l'adoption (ATF 126 I 19 consid. 2c/aa et consid. 2d/bb; 124 I 49 consid. 3c); il faut qu'il s'agisse d'un motif juridique non évoqué, dont aucune des parties ne pouvait supputer la pertinence (arrêt 4A_364/2015 du 13 avril 2016, déjà cité, ibidem; ATF 114 Ia 97 consid. 2a et les réf. citées).
3.2. Il est vrai que, dès l'instant où le Tribunal de première instance avait admis la demande, la Cour de justice a traité pour la première fois de la question du montant de la peine conventionnelle.
Toutefois, contrairement à ce que soutient la recourante, on ne saurait dire que cette question n'avait jamais été abordée en procédure et était une totale surprise, puisque la promettante-venderesse elle-même a ressenti le besoin d'expliquer lors d'une audience de première instance que " la clause pénale arrêtée à 20% était usuelle dans les promotions immobilières " et que le Tribunal de première instance a interrogé le président de la Chambre des notaires au sujet de la clause pénale " qui pouvait s'élever à 20% du prix dans le cadre de la construction d'un logement ".
Autre est le point de savoir si les débiteurs de la clause pénale ont allégué et prouvé les faits justifiant une réduction selon l'art. 163 al. 3 CO, ce qui sera examiné ci-dessous.
4.
4.1. Les parties au contrat peuvent prévoir une clause pénale, c'est-à-dire stipuler une peine pour le cas d'inexécution ou d'exécution imparfaite du contrat (cf. art. 160 CO). Les parties fixent librement le montant de la peine (art. 163 al. 1 CO). Celle-ci est encourue même si le créancier n'a éprouvé aucun dommage (art. 161 al. 1 CO).
Aux termes de l'art. 163 al. 3 CO, le juge doit réduire les peines qu'il estime excessives.
Si la jurisprudence a admis qu'il s'agit d'une norme d'ordre public - destinée à protéger la partie faible contre les abus de l'autre partie -, que celle-ci est impérative - ce qui signifie que les parties ne peuvent y renoncer (ATF 133 III 201 consid. 5.2; arrêt 4A_398/2007 consid. 7.1, non publié in ATF 135 III 433) -, que la réduction d'une peine conventionnelle est un cas d'application du principe général de l'interdiction de l'abus de droit (ATF 138 III 746 consid. 6.1.1), et que le débiteur n'a pas à prendre de conclusions spécifiques en réduction lorsqu'il conclut au rejet total de la peine - car celui qui demande le rejet total conclut implicitement à la réduction (conclusions implicites) (ATF 109 II 120 consid. 2) -, elle a toujours imposé au débiteur, et non au créancier, d'alléguer et de prouver les conditions de fait d'une réduction et, partant, la disproportion par rapport au dommage causé (cf., par ordre chronologique, ATF 21 p. 1229 consid. 5 p. 1234; 40 II 471 consid. 5 p. 476; 103 II 108 p. 109 in fine; 109 II 120 consid. 2b in fine p. 122; 114 II 264 consid. 1b in fine p. 265; 133 III 43 consid. 4.1, 201 consid. 5.2 p. 210; arrêt 4A_5/2015 du 20 avril 2015 consid. 3.1). Cela signifie que le débiteur supporte le fardeau de l'allégation objectif (objektive Behauptungslast) et le fardeau de la preuve (objektive Beweislast; art. 8 CC) des conditions de la réduction, en ce sens qu'il supporte les conséquences de l'absence d'allégation de ces conditions, respectivement celles de l'absence de preuve de celles-ci.
Même si, sous l'empire de la maxime des débats (art. 55 al. 1 CPC), qui réglemente les rôles respectifs du juge et des parties dans le rassemblement des faits, la personne de l'allégant importe peu, puisqu'il suffit que les faits fassent partie du cadre du procès pour que le juge puisse en tenir compte (arrêts 4A_566/2015 du 8 février 2016 consid. 4.2.1; 4A_555/2015 du 18 mars 2016 consid. 2.3; FABIENNE HOHL, Procédure civile, Tome I, 2e éd. 2016, ch. 1291-1292), le débiteur a toujours intérêt à alléguer lui-même les faits justifiant la réduction, ainsi qu'à indiquer au juge les moyens propres à les établir.
S'agissant d'appliquer l'art. 163 al. 3 CO, qui est une règle qui obéit à des considérations d'ordre public et d'abus de droit, il s'impose de ne pas se montrer trop formaliste dans l'examen des exigences d'allégation pesant sur le débiteur. Il suffit qu'il résulte de ses écritures qu'il conteste la peine conventionnelle en considérant que son montant est trop élevé.
Lorsque tous les faits pertinents sont prouvés, il n'y a pas échec de la preuve, si bien que la question de la répartition du fardeau de la preuve (art. 8 C) ne se pose pas. En effet, lorsque le juge constate qu'un fait s'est produit ou ne s'est pas produit, il a atteint un résultat. Le fardeau de la preuve, en tant que règle légale, n'intervient que lorsque le juge ne parvient pas à une conviction, n'est pas à même de déterminer si le fait s'est produit ou non (arrêts 4A_566/2015 déjà cité, consid. 4.3; 4A_443/2014 du 2 février 2015 consid. 4; ATF 119 III 103 consid. 1; 118 II 142 consid. 3a p. 147; 114 II 289 consid. 2a).
4.2. Dans leur demande, les époux ont invoqué qu'une peine conventionnelle de 20% est atypique et que la pratique notariale prescrit usuellement un pourcentage de l'ordre de 10 à 15% (demande p. 4 et p. 14/15). Il y a lieu d'admettre qu'ils ont ainsi suffisamment manifesté leur volonté de voir la peine conventionnelle réduite, pour le cas où elle ne devrait pas être intégralement rejetée.
En procédure, la promettante-venderesse a aussi soutenu qu'une clause pénale arrêtée à 20% du prix de vente était usuelle dans les promotions immobilières.
Il s'ensuit que les juges cantonaux ont été valablement saisis de la question du montant de la clause pénale, usuel ou trop élevé.
Le grief de violation du fardeau de l'allégation objectif (art. 8 CC) est donc infondé. Quant au grief de violation du fardeau de la preuve, il est dénué de toute portée si les faits pertinents sont prouvés (cf. consid. 5 ci-dessous).
5.
Il s'impose donc d'examiner si la cour cantonale a excédé son pouvoir d'appréciation (art. 4 CC) en réduisant la peine conventionnelle de 20% à 10% du prix de vente.
5.1. Dans l'application de l'art. 163 al. 3 CO et donc dans l'usage de son pouvoir d'appréciation (art. 4 CC) de la réduction des peines excessives, le juge doit observer une certaine réserve, puisque les parties sont libres de fixer le montant de la peine (art. 163 al. 1 CO) et que les contrats doivent en principe être respectés. Une intervention du juge dans le contrat ne se justifie que si le montant de la peine fixé est si élevé qu'il dépasse toute mesure raisonnable, au point de n'être plus compatible avec le droit et l'équité (ATF 133 III 201 consid. 5.2 p. 209).
Une réduction de la peine se justifie en particulier lorsqu'il existe une disproportion crasse entre le montant convenu et l'intérêt du créancier à maintenir la totalité de sa prétention, mesuré concrètement au moment où la violation contractuelle est survenue. Pour juger du caractère excessif de la peine conventionnelle, il ne faut pas raisonner abstraitement, mais, au contraire, prendre en considération toutes les circonstances concrètes de l'espèce. Il y a ainsi lieu de tenir compte notamment de la nature et de la durée du contrat, de la gravité de la faute et de la violation contractuelle, de la situation économique des parties, singulièrement de celle du débiteur. Il convient également de ne pas perdre de vue les éventuels liens de dépendance résultant du contrat et l'expérience en affaires des parties. La protection de la partie économiquement faible autorise davantage une réduction que si sont concernés des partenaires économiquement égaux et habitués des affaires (ATF 133 III 201 consid. 5.2 p. 209 s. et l'arrêt cité).
Le Tribunal fédéral revoit avec retenue la décision d'équité prise en dernière instance cantonale. Il n'intervient que lorsque celle-ci s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation (art. 4 CC), ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; en outre, le Tribunal fédéral redresse les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (ATF 133 III 201 consid. 5.4; arrêts 4C.172/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.5.1, non publié in ATF 133 III 43; 4A_5/2015 du 20 avril 2015 déjà cité, consid. 3.2; sur le contrôle de l'art. 4 CC en général: cf. ATF 135 III 121 consid. 2; 132 III 109 consid. 2 p. 111 s.; 125 III 226 consid. 4b).
5.2. La cour cantonale a considéré que le montant de 20% du prix de vente constituait une peine conventionnelle disproportionnée par rapport à la faute commise par les époux et au préjudice subi par la défenderesse, que celle-ci a elle-même chiffré à 83'000 fr. Elle a estimé qu'il fallait également tenir compte du fait que le défaut des demandeurs était lié au désaccord persistant entre les parties s'agissant du coût des travaux supplémentaires, désaccord qui n'était pas imputable uniquement à ceux-là, ainsi que du fait que la promettante-venderesse aurait pu s'épargner le préjudice qu'elle allègue si elle avait accepté d'accorder aux futurs acheteurs une nouvelle prolongation de délai pour résoudre ce désaccord. La cour cantonale a donc jugé, compte tenu de la nature de la transaction et de l'ensemble des circonstances, qu'une peine conventionnelle correspondant à 10% du prix de vente était amplement suffisante en équité pour couvrir à la fois le préjudice subi par la promettante-venderesse et conserver à la peine son caractère punitif, propre à dissuader les cocontractants de contrevenir à leurs engagements.
5.3. Lorsqu'elle s'en prend à cette appréciation de l'autorité cantonale, la recourante y mêle des critiques de fait, fondées sur l'arbitraire. Il y a ainsi lieu d'examiner tout d'abord ses deux critiques de fait.
5.3.1. La recourante soutient tout d'abord que le désaccord sur le coût des travaux supplémentaires était imputable aux seuls époux, et non aussi à elle-même.
Il est vrai que l'appréciation des preuves de la cour cantonale sur ce point se trouve dans la partie " droit " du jugement; en se plaignant de ce que l'" état de fait " ne la mentionne pas, la recourante adopte une position excessivement formaliste, tant il est vrai que l'appréciation des preuves se retrouve souvent dans la partie " droit " des jugements. Lorsqu'elle invoque l'" attitude contraire aux règles de la bonne foi " retenue dans un arrêt antérieur, elle ne démontre en rien l'arbitraire de la constatation cantonale.
5.3.2. La recourante soutient ensuite que la cour cantonale a chiffré arbitrairement son dommage à 83'000 fr.
Comme elle admet elle-même qu'elle n'a pas démontré avec exactitude chaque poste de son dommage, estimant que la clause pénale l'en dispensait, elle se trompe sur ce dernier point et n'établit aucunement l'arbitraire de l'appréciation cantonale. En tant qu'elle demande que la cause soit retournée à la cour cantonale pour instruction des différents postes de son dommage, elle méconnaît qu'il lui appartenait de collaborer à l'administration des preuves de tous ces éléments en première instance déjà, même à titre éventuel, ce qu'elle n'indique pas avoir fait puisqu'elle se borne à se référer à des pièces du dossier.
Il s'ensuit qu'il n'y a pas lieu de corriger les faits retenus par les juges précédents.
5.3.3. En ce qui concerne l'application de l'art. 163 al. 3 CO, la recourante soutient, premièrement, que la norme ne s'applique pas lorsque la peine conventionnelle a déjà été acquittée et, secondement, qu'il ne suffit pas que le montant de la peine soit disproportionné, mais qu'il faut qu'il soit manifestement disproportionné.
Sur le premier point, force est de constater que la recourante confond le paiement d'un acompte avec l'acquittement de la peine conventionnelle. Le paiement d'un acompte ne saurait être assimilé à la reconnaissance, par le paiement, d'une peine conventionnelle. L'art. 162 CO prévoit d'ailleurs expressément que les dispositions concernant la clause pénale sont applicables à la convention par laquelle les versements partiels effectués restent, en cas de résiliation, acquis au créancier.
Quant au second point, la recourante se méprend sur le sens de la jurisprudence. S'il a été admis qu'une disproportion crasse est en particulier un cas de réduction, le caractère excessif dépend de toutes les circonstances concrètes de l'espèce.
5.3.4. Enfin, en tant que la recourante s'en prend à l'exercice de son pouvoir d'appréciation par la cour cantonale, ses critiques sont vaines.
Tout d'abord, selon la jurisprudence, le caractère excessif de la peine dépend de l'ensemble des circonstances du cas concret. Il est donc sans pertinence qu'il ne soit pas inhabituel de rencontrer des peines équivalant à 20% du prix de vente. Par ailleurs, on ne voit pas en vertu de quelle disposition contractuelle, il y aurait lieu de modifier cette peine en raison des travaux supplémentaires effectués.
Ensuite, lorsque la recourante soutient que la Cour de justice a omis de prendre en considération d'autres critères admis par la jurisprudence, comme l'intérêt du créancier à l'exécution, elle méconnaît que la cour cantonale lui a expressément reproché de ne pas avoir accepté de prolonger le délai: alors que les époux avaient obtenu le crédit hypothécaire le 12 janvier 2010 et qu'ils étaient prêts à payer le solde du prix de vente, la promettante-venderesse les a informés le 18 janvier 2010 qu'elle n'était plus disposée à leur vendre la part d'étage.
Enfin, la recourante soutient que l'autorité cantonale aurait dû tenir compte de ce que les débiteurs ne se trouvaient pas dans un rapport de dépendance à son égard. Si un tel rapport justifie certes une réduction, son absence est un élément neutre, sans aucune influence sur la réduction. Le grief est clairement infondé.
6.
Il suit de là que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). La recourante devra également payer une indemnité de dépens aux intimés, créanciers solidaires (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 6'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à Z._ et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 14 décembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Ramelet