Sachverhalt:
A.
Mit Verfügung vom 3. Mai 2016 schloss die Stiftung Auffangeinrichtung BVG (nachfolgend: Auffangeinrichtung) die A._ GmbH in Liquidation als Arbeitgeberin rückwirkend ab 1. Januar 2013 zwangsweise der Auffangeinrichtung an (Dispositiv-Ziff. I). Gleichzeitig überband sie der Arbeitgeberin Kosten für die Verfügung von Fr. 450.- und für die Durchführung des Zwangsanschlusses von Fr. 375.- (Dispositiv-Ziff. II).
B.
Dagegen wurde Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht geführt. Lite pendente hob die Auffangeinrichtung Dispositiv-Ziff. I der Verfügung vom 3. Mai 2016 wiedererwägungsweise auf, während sie die Kostenauferlegung gemäss Dispositiv-Ziff. II der angefochtenen Verfügung bestätigte (Wiedererwägungsverfügung vom 17. Juni 2016). Sodann verpflichtete sie die A._ GmbH in Liquidation, die Kosten für die Wiedererwägungsverfügung von Fr. 450.- zu bezahlen.
Das Bundesverwaltungsgericht schrieb das Beschwerdeverfahren mit Entscheid vom 21. Juni 2016 als durch Wiedererwägung gegenstandslos geworden ab.
C.
C.a. Die Auffangeinrichtung beantragte mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, der Abschreibungsentscheid vom 21. Juni 2016 sei aufzuheben. Die A._ GmbH in Liquidation sei zu verpflichten, die Kosten der Verfügung vom 3. Mai 2016 (Fr. 825.-) und der Wiedererwägungsverfügung vom 17. Juni 2016 (Fr. 450.-) zu bezahlen. Die Sache sei zur Festsetzung der vorinstanzlichen Kosten an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen.
Das Bundesverwaltungsgericht beantragte, auf die Beschwerde sei mangels Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten. Die A._ GmbH in Liquidation und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichteten auf eine Vernehmlassung.
C.b. Die A._ GmbH in Liquidation wurde am 9. Dezember 2016 aus dem Handelsregister gelöscht.
Erwägungen:
1.
Die Instruktionsrichterin entscheidet als Einzelrichterin über die Abschreibung von Verfahren zufolge Gegenstandslosigkeit, Rückzugs oder Vergleichs (Art. 32 Abs. 2 BGG). Sie erklärt den Rechtsstreit (allenfalls nach Vernehmlassung der Parteien) ohne weitere Parteiverhandlung als erledigt und entscheidet mit summarischer Begründung über die Prozesskosten auf Grund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes (Art. 72 BZP i.V.m. Art. 71 BGG).
2.
Es steht fest, dass die (ehemalige) Beschwerdegegnerin am 9. Dezember 2016 aus dem Handelsregister gelöscht wurde. Bei dieser Sachlage können die streitigen Verpflichtungen keinem Rechtssubjekt mehr zugeordnet werden. Der Prozess ist daher infolge Gegenstandslosigkeit ohne Urteil abzuschliessen (vgl. Verfügungen 9C_856/2014 vom 27. September 2016 E. 3; 9C_783/2014 vom 19. Juli 2016 E. 3).
3.
Es rechtfertigt sich, umständehalber auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Weiterungen betreffend den mutmasslichen Prozessausgang, wenn der Erledigungsgrund nicht eingetreten wäre (E. 1), erübrigen sich: Die Auffangeinrichtung hat als eine im Sinne von Art. 68 Abs. 3 BGG mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation von vornherein keinen Anspruch auf Parteientschädigung. Eine solche kann auch der ehemaligen, aus dem Handelsregister gelöschten Beschwerdegegnerin - der für das bundesgerichtliche Verfahren ohnehin keine Kosten erwuchsen - nicht (mehr) zugesprochen werden.
Demnach verfügt die Einzelrichterin:
1.
Das Verfahren wird infolge Gegenstandslosigkeit abgeschrieben.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Diese Verfügung wird der Beschwerdeführerin, dem Bundesverwaltungsgericht, der B._ AG, ehemalige Liquidatorin der Beschwerdegegnerin, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Dezember 2016
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Einzelrichterin: Moser-Szeless
Die Gerichtsschreiberin: Dormann