Faits :
A.
A.X._ est une société à responsabilité limitée inscrite au registre du commerce du canton de Genève, dont le but consiste en la prise de participations dans toutes les sociétés dans le sens d'une société holding, à l'exclusion de prises de participations dans des sociétés immobilières en Suisse, l'achat, la souscription, la vente et l'échange d'actions, obligations et autres papiers-valeurs. Elle fait partie du groupe X._.
L'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale), lors d'un contrôle fiscal relatif à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) pour les périodes allant du 1 er trimestre 2008 au 4 e trimestre 2012, a constaté que la société intéressée avait acquis des prestations de services auprès d'entreprises étrangères membres du groupe. Suite à ce contrôle, l'Administration fédérale a fixé la créance fiscale et la correction en sa faveur à un montant de 1'671'336 fr. pour la période allant du 1 er janvier 2008 au 31 décembre 2009 et de 2'084'435 fr. pour la période du 1 er janvier 2010 au 31 décembre 2012. L'intéressée a contesté le résultat du contrôle par courrier du 28 mars 2014.
B.
Par deux décisions du 22 avril 2014 (l'une pour la période du 1 er janvier 2008 au 31 décembre 2009 et l'autre pour la période du 1 er janvier 2010 au 31 décembre 2012), couplées à deux notifications d'estimation, l'Administration fédérale a confirmé le montant total de la correction de l'impôt en sa faveur tel que déterminé suite au contrôle fiscal. Le 23 mai 2014, la société intéressée a en particulier demandé l'annulation de ces décisions. Par décisions sur réclamation du 12 février 2015, l'Administration fédérale a confirmé ses décisions initiales, tout en constatant que l'intéressée s'était acquittée des montants d'impôt arrêtés dans les décisions contestées. La société intéressée a interjeté recours contre ces décisions auprès du Tribunal administratif fédéral le 16 mars 2015, demandant à ce que le montant de la TVA pour les périodes en cause soit fixé à 6'991 fr. 66, respectivement à 14'301 fr. 62.
Par arrêt du 18 mai 2016, la Tribunal administratif fédéral a joint les deux procédures et rejeté les recours de la société A.X._. Il a jugé en bref que celle-ci avait acquis des prestations de services auprès d'entreprises étrangères membres du groupe X._, lui permettant d'assurer la gestion stratégique de la structure européenne du groupe. Il a en outre considéré que c'était à juste titre que l'Administration fédérale avait procédé à une taxation par voie d'estimation et fait application d'un taux forfaitaire de 2o/oo de la fortune moyenne de la société holding pour fixer l'impôt, celle-ci n'ayant au demeurant pas réussi à démontrer un désavantage fiscal manifeste issu de cette façon de procéder.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A.X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 18 mai 2016 et les décisions de l'Administration fédérale du 12 février 2015, ainsi que de dire que la TVA due est de 6'991 fr. 66, respectivement de 14'301 fr. 62; subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'établissement inexact des faits et de violation du droit fédéral.
Par ordonnance du 20 juillet 2016, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Administration fédérale en demande le rejet. Dans des observations finales, A.X._ a confirmé ses conclusions.
Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable, sous réserve de ce qui suit.
1.2. Les conclusions tendant à l'annulation des décisions de l'Administration fédérale sont irrecevables en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal administratif fédéral (ATF 136 II 539 consid. 1.2 p. 543).
2.
Dans un premier grief, la recourante, citant l'art. 97 al. 1 LTF, invoque un établissement inexact des faits par le Tribunal administratif fédéral.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 137 II 353 consid. 5.1 p. 356).
2.2. La recourante conteste l'appréciation des faits effectuée par l'autorité précédente. Selon elle, celle-ci a retenu à tort qu'elle exerçait la gestion stratégique de la structure européenne du groupe en se fondant sur deux indices, en l'occurrence le fait qu'en détenant une participation dans une société et en se trouvant en haut de la structure européenne, elle détient indirectement des participations dans d'autres sociétés (cf. consid. 2.2.1 ci-dessous) et que les tableaux produits devant l'Administration fédérale puis le Tribunal administratif fédéral, qui font état des coûts de gestion, seraient purement estimatifs (cf. consid. 2.2.2 ci-dessous).
2.2.1. A propos de la participation de la recourante dans les sociétés du groupe, le Tribunal administratif fédéral a retenu ce qui suit. " La recourante ne détient certes directement qu'une seule participation, comme elle le relève. Elle détient néanmoins indirectement d'autres participations, au travers de la société dominée, et se trouve en haut de la structure européenne [...], ce qu'elle admet d'ailleurs expressément [...]. Compte tenu de ce qui précède, ce fait constitue un indice que la recourante, qui est une (sous) holding pure, assure la direction unique des sociétés dont elle regroupe - directement ou indirectement - les participations et qu'elle est à ce titre notamment chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe [...]". Relevant, contrairement à ce que la recourante semble avoir méconnu, que le but d'une holding ne consiste pas nécessairement en la simple détention de participations, le Tribunal administratif fédéral a continué en expliquant qu'il " semble néanmoins, au vu des tableaux d'évaluation des coûts de gestion produits à l'appui de la réclamation du 23 mai 2014 pour les années 2008 à 2012[...], que les tâches à charge de la recourante vont au-delà de la seule gestion de sa propre structure. Ces documents font en effet état de "Frais de gestion générale pour la totalité de la structure européenne", relatifs notamment à la gestion de la valeur des participations et, dans ce cadre, à l'élaboration des évaluations de valeur des sociétés de la structure, ainsi qu'aux stratégies décisionnelles, à la gestion des prêts inter-compagnie et à la trésorerie de la structure ". Le Tribunal administratif fédéral a en outre écarté l'argumentation de la recourante selon laquelle les tâches mentionnées dans les tableaux en question seraient préparatoires aux remontées de dividendes vers la maison mère aux Etats-Unis, en rappelant que la recourante elle-même indiquait, dans un courrier adressé à l'Administration fédérale, vouloir effectuer une valorisation des coûts de gestion holding au sens du chiffre 9.3.2.3.1 de l'Info TVA 09 publié par l'Administration fédérale, qui se rapporte précisément aux prestations en relation avec la gestion stratégique d'un groupe de sociétés.
S'il n'existe certes que des indices permettant de retenir que la recourante exerce effectivement la gestion des sociétés qu'elle détient directement ou indirectement, force est toutefois de constater que l'appréciation du Tribunal administratif fédéral n'est aucunement arbitraire sur ce point. Dans son recours au Tribunal fédéral, la société ne fait en définitive que remettre en cause l'appréciation des faits et des preuves effectuée par l'autorité précédente, sans parvenir à démontrer en quoi celle-ci serait arbitraire.
2.2.2. Le Tribunal administratif fédéral a en outre considéré que, par les pièces remises, la recourante n'avait pas réussi à démontrer l'absence d'acquisition de prestations en lien avec sa tâche de gestion stratégique du groupe. Il a exclu que les extraits de sites Internet de la maison mère contiennent des informations utiles pour déterminer la nature et l'étendue des tâches de gestion assumées par la recourante. En outre, " le fait que les procès-verbaux du conseil d'administration de la recourante relatifs aux années considérées [...] soient succincts et reprennent les points usuels des assemblées générales ordinaires des sociétés suisses - à savoir approbation du rapport annuel, décision relative à l'affectation du résultat, décharge aux administrateurs et élections statutaires - ne suffit pas à établir que le rôle de l'intéressée se limitait au rapatriement de bénéfices, comme elle le fait valoir [...], ni à exclure qu'elle ait été chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe ". L'autorité précédente a finalement jugé que les témoignages écrits produits par la recourante, rédigés presque tous à l'identique, ne présentaient pas une grande valeur probante, ayant tous été établis postérieurement au contrôle opéré par l'Administration fédérale, par des sociétés du groupe. Elle a encore retenu que " ces déclarations ne sont corroborées par aucun élément tangible, tels que des pièces comptables, des procès-verbaux de conseils d'administration ou [tout] autre document attestant de la gestion opérée par les sociétés concernées et en particulier de la gestion stratégique exercée par la société-mère étrangère ".
La conclusion du Tribunal administratif fédéral, retenant que la recourante a assumé la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et qu'elle a donc acquis des prestations en relation avec cette charge, n'est aucunement arbitraire. Il rappelle en outre que la recourante a manqué à son devoir de collaborer en ce qu'elle n'a pas satisfait à son obligation de comptabiliser et documenter les prestations de gestion acquises auprès des sociétés de son groupe sises à l'étranger, ni apporté d'éléments suffisamment concluants permettant d'exclure ce fait, tels par exemple des documents internes des sociétés du groupe qui auraient effectivement assumé cette tâche. Le fait que la recourante ait produit des tableaux de coûts devant les deux autorités précédentes n'y change rien. On constate en effet, à la lecture de l'arrêt entrepris, que les premiers tableaux, produits à l'appui de la réclamation devant l'Administration fédérale et intitulés "Frais de gestion générale pour la totalité de la structure européenne" sont des tableaux d'estimation des coûts de gestion. La recourante qualifie d'ailleurs elle-même ces tableaux d'estimation. Ces chiffres ne sont donc pas déterminants, ce d'autant moins que devant le Tribunal administratif fédéral, la recourante a encore produit d'autres tableaux, dont les chiffres divergent et qui reposent sur des estimations d'heures consacrées à la gestion. Dans ces conditions, on ne saurait considérer comme arbitraire la position de l'autorité précédente qui juge comme peu fiable ces documents.
2.3. Sur le vu de ce qui précède force est de constater que le Tribunal administratif fédéral n'a pas établi les faits de manière inexacte, mais qu'au contraire, il s'est fondé de manière non arbitraire, sur les indices à sa disposition pour retenir que la recourante est chargée de la gestion stratégique de la structure européenne du groupe et qu'elle a acquis des prestations en relation avec cette charge, en sus des prestations concernant sa propre gestion. Le grief d'établissement inexact des faits doit par conséquent être écarté.
3.
La recourante se plaint ensuite d'une violation de l'art. 79 de loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), respectivement de l'art. 60 al. 3 de l'ancienne loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA; RO 2000 1300 et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009).
3.1. La LTVA est entrée en vigueur le 1 er janvier 2010. En vertu de l'art. 112 al. 1 LTVA, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. En l'espèce, le litige porte sur les périodes fiscales allant du 1 er janvier 2008 au 31 décembre 2009 (1 er trimestre 2008 au 4 e trimestre 2009), puis celles allant du 1 er janvier 2010 au 31 décembre 2012 (1 er trimestre 2010 au 4 e trimestre 2012). La première période doit dès lors être examinée au regard des dispositions de la aLTVA, tandis que la seconde est soumise aux dispositions de la loi fédérale du 12 juin 2009. Pour le surplus, les nouvelles règles de procédure s'appliquent dès leur entrée en vigueur aux causes encore pendantes (arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 3.2, in Archives 84 p. 233).
3.2.
3.2.1. Dans le système de la TVA prévaut le principe de l'auto-taxation: la taxation et le paiement de l'impôt sont en principe assurés par l'assujetti lui-même. Celui-ci doit décompter de manière spontanée vis-à-vis de l'Administration fédérale des contributions dans le délai légal prévu, et en la forme prescrite, l'impôt ainsi que l'impôt préalable (art. 46 aLTVA), respectivement la créance fiscale (art. 71 al. 1 LTVA).Il doit tenir ses livres comptables de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA et art. 70 al. 1 LTVA).
3.2.2. Selon l'art. 60 aLTVA, dont la teneur est la même que celle de l'art. 79 al. 1 LTVA (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171), si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
3.2.3. L'Administration fédérale a le droit et le devoir de procéder à une estimation des chiffres d'affaires ainsi que de l'impôt et de l'impôt préalable dans le cadre de son pouvoir d'appréciation (taxation par voie d'estimation) dans deux hypothèses: premièrement, lorsque la personne assujettie n'a pas observé son devoir d'enregistrer et de conserver les pièces ou lorsque les éléments nécessaires à la taxation ne ressortent pas de ses livres comptables et documents ou lorsque la comptabilité pour d'autres raisons (formelles) n'offre aucune garantie quant à sa véracité; deuxièmement lorsque les résultats découlant de la comptabilité même tenue correctement du point de vue formel ne correspondent manifestement pas à la réalité (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.2, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.2.4. Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, comme le prescrivent les art. 60 aLTVA et 79 al. 1 LTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle doit tenir compte de toutes les circonstances dont elle a connaissance. En ce sens elle doit certes procéder à une estimation prudente, mais n'est cependant pas tenue, en cas de doute, de retenir les hypothèses les plus favorables à l'assujetti. Au contraire, il s'agit d'éviter que l'assujetti qui a rempli son devoir de collaboration ne soit tenu de payer des impôts plus élevés que celui dont un contrôle ultérieur de la comptabilité est impossible pour des motifs qui lui sont imputables. La violation de devoirs de procédure ne doit pas être récompensée (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.3, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.2.5. Lorsque les conditions d'une taxation par voie d'estimation sont remplies, le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes; c'est à la partie recourante qu'il revient de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt 2C_1077/2012 du 24 mai 2014 consid. 2.5, in Archives 83 p. 57, RDAF 2015 II 171).
3.3.
3.3.1. En premier lieu, il convient de mentionner que, sous couvert de violation d'une disposition de droit fédéral, la recourante conteste en réalité une nouvelle fois l'établissement des faits effectué par le Tribunal administratif fédéral. Ainsi, les faits présentés de manière appellatoire par la recourante à l'appui du présent grief ne sauraient être retenus (cf. consid. 2.1 ci-dessus).
3.3.2. Au surplus, s'agissant de l'application de la procédure de taxation par voie d'estimation, force est de constater que la recourante reconnaît elle-même que, lors du contrôle effectué par l'Administration fédérale, les conditions d'une telle taxation étaient réalisées. La recourante n'a en effet pas tenu de relevé des heures du personnel des sociétés prestataires employé pour gérer la structure européenne du groupe. Elle ne disposait que d'estimations du temps consacré à sa gestion, ce qui constitue une violation de l'obligation de tenir les documents pertinents de manière à ce que tous les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 58 al. 1 aLTVA; art. 70 al. 1 LTVA). C'est donc à bon droit que l'autorité précédente a confirmé que les conditions pour procéder à une taxation par estimation étaient réunies en l'espèce.
3.3.3. La recourante estime ensuite qu'en produisant de nouvelles pièces lors de la réclamation et des pièces encore plus précises devant le Tribunal administratif fédéral, elle a comblé ce manque et que c'est ainsi à tort que l'autorité précédente a procédé à une taxation par voie d'estimation en application de l'art. 79 LTVA. Or, la recourante oublie que lors d'une procédure de taxation par voie d'estimation, la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral ne permet de remettre en cause que la réalisation des conditions de l'estimation ou l'estimation du chiffre d'affaires (cf. arrêt 2C_970/2012 du 1 er avril 2013 consid. 4.3), le Tribunal administratif fédéral observant alors une certaine retenue lors de son examen (cf. arrêt 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3, in RDAF 2008 II 20, RF 63/2008 p. 289, Archives 77 p. 343). La recourante ayant elle-même reconnu que les conditions de la taxation par voie d'estimation étaient réunies et rien ne permettant d'en douter compte tenu des estimations peu précises et incomplètes des coûts de personnel chargé de la gestion des sociétés européennes du groupe, seule la question de l'estimation du chiffre d'affaires pourrait encore être contestée. Or, il convient ici de rappeler à la recourante que le Tribunal fédéral limite son pouvoir d'examen en ce qu'il n'intervient qu'en cas de fautes ou d'erreurs manifestes et que c'est à la recourante de prouver le caractère manifestement inexact de l'estimation (cf. arrêt 2C_797/2015 du 2 septembre 2016 consid. 2.5 et les références citées), ce qu'elle n'est pas parvenue à faire.
3.3.4. Par conséquent, on doit retenir avec l'autorité précédente que les données remises par la recourante ne sauraient suffire à démontrer un caractère manifestement inexact de l'estimation, celles-ci étant incomplètes.
Par ailleurs, les explications contenues dans le recours ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion. La recourante fait en effet principalement grief au Tribunal administratif fédéral de ne pas avoir renvoyé la cause à l'Administration fédérale après avoir reçu ses tableaux "extrêmement détaillés", afin que cette administration procède à un nouveau calcul selon la méthode effective. Il ne saurait être donné suite à une telle demande, puisque devant l'autorité précédente la recourante ne pouvait, on le rappelle, que tenter de démontrer le caractère inexact de l'estimation effectuée par l'Administration fédérale en fonction des informations dont elle disposait à ce moment. A ce propos, elle se contente de revenir sur l'appréciation des faits effectuée par le Tribunal administratif fédéral, notamment sur l'absence de gestion de groupe et le caractère suffisant des chiffres contenus dans ses tableaux, sans réunir les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF (cf. consid. 2 ci-dessus). Or, les tableaux en cause ne font pas état de la gestion des sociétés européennes du groupe et ne contiennent par conséquent aucun chiffre utile.
4.
La recourante invoque encore une violation des art. 80 LTVA (art. 58 al. 3 aLTVA), 81 al. 2 et 3 LTVA, 8 CC et 12 PA.
4.1.
4.1.1. Aux termes de l'art. 80 LTVA, si l'établissement exact de faits essentiels pour le calcul de l'impôt entraîne une charge excessive pour l'assujetti, l'Administration fédérale lui accorde des facilités et l'autorise à calculer l'impôt par approximation pour autant qu'il n'en résulte aucune diminution ou augmentation notable du montant de l'impôt ni aucune distorsion marquante de la concurrence et que cela ne complique pas de manière excessive les décomptes d'autres assujettis ni les contrôles fiscaux. Avec cette disposition, le législateur a voulu formellement permettre à l'Administration fédérale de déterminer dans quels domaines et sous quelles conditions celle-ci désirait prévoir des facilités. L'Administration fédérale peut ainsi prévoir les détails de sa pratique administrative pour des branches d'activités ou plus spécialement pour certaines entreprises individuelles. Elle doit toutefois respecter le principe de l'égalité de traitement (cf. arrêt 2C_264/2014 du 17 août 2015 consid. 2.2.4, in Archives 84 p. 324; STEIGER, in Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, Zweifel et al. [éd.], 2015, n° 2 s. ad art. 80 LTVA). L'Administration fédérale doit poser clairement les conditions qui permettent de prétendre à des facilités. Le but de cette norme n'est toutefois pas d'octroyer des facilités au contribuable dans la cadre d'un contrôle de TVA, mais au contraire de lui permettre de calculer l'impôt par approximation si les conditions spécifiques ont été posées dans ce domaine par l'Administration fédérale et que le contribuable les réunit (arrêt 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 4.3.3, in Archives 76 p. 773; STEIGER, op. cit. n° 1 ad art. 80 LTVA).
4.1.2. En l'occurrence, selon la pratique administrative de l'Administration fédérale (cf. Brochure spéciale n° 6 ch. 7.4.3.1 p. 63 ss; Info TVA 09 ch. II/1 p. 77), lorsqu'une société filiale fournit à une société holding sans personnel propre des prestations en relation avec la gestion stratégique du groupe dont la valeur ne peut être déterminée de manière effective, sur la base de documents ou d'enregistrements comptables appropriés, celle-ci peut être calculée par approximation selon l'art. 80 LTVA (art. 58 al. 3 aLTVA). Il ne doit cependant pas en résulter un avantage ou désavantage fiscal manifeste. Les prestations de services fournies par la filiale sont ainsi déterminées en prenant 3o/oo de la fortune moyenne de la société holding (total des actifs) et en y soustrayant les prestations administratives acquises auprès d'entreprises étrangères au groupe.
4.1.3. Or, faute de pouvoir déterminer la valeur de la prestation de manière effective, s'est sans violer le droit fédéral que l'autorité précédente a confirmé la décision de l'Administration fédérale qui a calculé l'impôt dû par approximation, selon la méthode préconisée par la pratique administrative. La recourante n'a au demeurant pas réussi à démontrer un désavantage manifeste issu de l'application de cette méthode, se contentant d'arguer de manière péremptoire, dans son grief relatif à l'art. 80 LTVA, qu'elle subit un désavantage manifeste. On ajoutera encore qu'en tant qu'elle invoque une inégalité de traitement entre concurrents économiques en citant l'art. 27 Cst., son grief doit d'emblée être écarté, celui-ci ne remplissant pas les conditions de l'art. 106 al. 2 LTF, la recourante faisant référence à "une situation similaire", sans autres détails et l'arrêt entrepris ne retenant aucun fait à ce propos. Dans la mesure où elle invoque encore une violation de l'art. 1 al. 1 ch. 3 LTVA ( recte art. 1 al. 3 let. a LTVA; principe de la neutralité concurrentielle), la recourante ne saurait être suivie. Au vu des faits retenus, rien n'indique en effet que l'arrêt entrepris serait constitutif d'une violation de cette disposition. La recourante ne le démontre d'ailleurs pas.
4.2. La recourante invoque une violation de l'art. 8 CC, respectivement de l'art. 12 PA en ce que le Tribunal administratif fédéral se serait notamment montré trop restrictif dans son appréciation des preuves.
4.2.1. Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Quant à l'art. 12 PA, il dispose que l'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par divers moyens. En droit fiscal, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC impliquent que l'autorité fiscale doive établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. arrêt 2C_842/2014 du 17 février 2015 consid. 6.4 et les références citées). Il n'en demeure pas moins que dans une procédure de taxation par voie d'estimation, s'il revient effectivement à l'administration de prouver l'existence des conditions d'une telle taxation, il appartient toujours au contribuable de démontrer le caractère incorrect de l'estimation (cf. arrêt 2C_812/2013 du 28 mai 2014 consid. 2.4.3 et les références citées).
4.2.2. Tout d'abord, force est de constater qu'en tant que la recourante s'en prend aux décisions de l'Administration fédérale, en reprochant à celle-ci de ne pas lui avoir dit ce qu'elle devait prouver, son grief doit d'emblée être écarté. Elle ne saurait en effet se plaindre d'une violation de la répartition du fardeau de la preuve devant l'Administration fédérale dans le présent recours dirigé contre l'arrêt ultérieur du Tribunal administratif fédéral, la saisine de ce dernier ayant un effet dévolutif entraînant le dessaisissement de l'autorité précédente (cf. arrêt 2C_312/2011 du 26 juillet 2011 consid. 4). En outre, contrairement à ce que la recourante affirme plus loin, le Tribunal administratif fédéral a effectivement pris en compte les moyens de preuve qu'elle a produits, il ne leur a toutefois pas reconnu une valeur probante suffisante pour attester d'un caractère inexact de la taxation par voie d'estimation. Contester cette appréciation revient à nouveau à contester l'appréciation des faits (cf. consid. 2 ci-dessus). En présence d'une situation de taxation par voie d'estimation, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le principe de répartition du fardeau de la preuve en faisant supporter celui-ci à la recourante quant à la preuve du caractère inexact de la taxation par voie d'estimation. Ce grief doit par conséquent également être écarté.
5.
Finalement, la recourante invoque encore une violation du principe de la bonne foi au sens de l'art. 5 al. 3 Cst., soutenant qu'elle partait du principe qu'elle allait être traitée à l'instar "d'un autre contribuable", lequel aurait été imposé à un taux inférieur au sien.
Outre le fait qu'ici également elle s'en prend plutôt à la décision de l'Administration fédérale qu'à l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, la recourante ne saurait être suivie. La recourante n'a jamais reçu d'assurance d'une quelconque autorité qu'elle serait imposée à un taux inférieur à celui qui est prévu par la pratique administrative dont il a été précédemment question (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Par ailleurs, ici également, elle se rapporte à l'imposition d'une entreprise dont il n'est aucunement fait mention dans l'état de fait pertinent.
6.
Compte tenu de l'ensemble des motifs qui précèdent, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 11 janvier 2017
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette