The remits of ECDC are complementary to those of some other EU agencies, e.g. the European Food Safety Authority (EFSA), the European Medicines Agency (EMEA) , the European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction (EMCDDA), the European Monitoring Centre on Racism and Xenophobia (EUMC), and the European Environmental Agency (EEA).
De opdrachten van het ECDC vullen die van sommige andere EU-agentschappen aan, bv. de Europese Autoriteit voor voedselveiligheid (EFSA), het Europees Geneesmiddelenbureau (EMA) , het Europees Waarnemingscentrum voor drugs en drugsverslaving (EWDD), het Europees Waarnemingscentrum voor racisme en vreemdelingenhaat (EUMC) en het Europees Milieuagentschap (EEA).