One of the key ECDC targets included in the multiannual work programme is that ‘by 2013, ECDC’s reputation for scientific excellence and leadership will be firmly established among its partners in public health, and ECDC will be a major resource for scientific information and advice on infectious diseases for the Commission, the Parliament, the Member States and their citizens’.
ECDC:n monivuotisen työohjelman mukaan yksi keskuksen tärkeimmistä tavoitteista on, että "vuoteen 2013 mennessä ECDC hankkii vakiintuneen aseman tieteellisenä asiantuntijana ja edelläkävijänä kansanterveysalan kumppaneidensa silmissä sekä toimii merkittävänä tartuntatauteja koskevien tieteellisten tietojen ja neuvojen lähteenä, jota komissio, Euroopan parlamentti, jäsenvaltiot sekä kansalaiset voivat hyödyntää".