ECDC will work closely with the 27 EU Member States, but also with the EEA/EFTA countries (Norway, Iceland and Liechtenstein), candidate countries (Croatia, Former Yugoslav Republic of Macedonia and Turkey) and potential candidate countries (Albania, Bosnia and Herzegovina, Serbia and Montenegro, and Kosovo under UN Security Council Resolution 1244).
ECDC teeb tihedat koostööd Euroopa Liidu 27 liikmesriigiga, samuti EMP/EFTA riikidega (Norra, Island, Liechtenstein), kandidaatriikidega (Horvaatia, endine Jugoslaavia Makedoonia Vabariik ja Türgi) ning võimalike kandidaatriikidega (Albaania, Bosnia ja Hertsegoviina, Serbia ja Montenegro ning Kosovo (vastavalt ÜRO Julgeolekunõukogu resolutsioonile 1244)).