As an independent EU Agency, ECDC reports to a Management Board whose members are nominated by the Member States, the European Parliament and the European Commission.
Euroopa Liidu sõltumatu asutusena on Haiguste Ennetamise ja Tõrje Euroopa Keskus (ECDC) aruandekohustuslik haldusnõukogu ees, mille liikmed määravad ametisse liikmesriigid, Euroopa Parlament ja Euroopa Komisjon.