The remits of ECDC are complementary to those of some other EU agencies, e.g. the European Food Safety Authority (EFSA), the European Medicines Agency (EMEA) , the European Monitoring Centre for Drugs and Drug Addiction (EMCDDA), the European Monitoring Centre on Racism and Xenophobia (EUMC), and the European Environmental Agency (EEA).
ECDC täiendab Euroopa Liidu mitme teise asutuse töövaldkondi, nt Euroopa Toiduohutusamet (EFSA), Euroopa Ravimiamet (EMA), Euroopa Narkootikumide ja Narkomaania Seirekeskus (EMCDDA), Euroopa Põhiõiguste Amet (FRA) ja Euroopa Keskkonnaagentuur (EEA).