Před klíšťovou encefalitidou se stejně jako před jinými klíšťaty přenášenými onemocněními lze bránit používáním repelentů a nošením vhodného oblečení, aby nedošlo k přisátí klíštěte.
Like other tick-borne infectious diseases, TBE can be prevented by using insect repellents and protective clothing to prevent tick bites.