การดำเนินงานในโครงการดังกล่าว รัฐบาลได้มอบให้ สธ.เป็นตัวหลักในการประสานแผนยุทธศาสตร์ โดยบูรณาการความร่วมมือระหว่างหน่วยงานภาครัฐและเอกชน มีการเสนอแผนงานหรือมาตรการเพื่อพิจารณาตามห่วงโซ่อาหารให้เกิดความชัดเจน โดยหน่วยงานจาก สธ.ที่รับผิดชอบเรื่องนี้มี 3 หน่วยงานคือ สำนักงานอาหารและยา (อย.) กรมอนามัย และ กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์