สิ่งที่น่ากังวลใจอีกอย่างหนึ่ง ซึ่ง เลขาฯ อย.ระบุ คือการปนเปื้อนของจุลินทรีย์ ที่สามารถปนเปื้อนได้ในทุกกระบวนการ ตั้งแต่การขนส่ง วางจำหน่าย การแปรรูป ฯลฯ และในส่วนการติดตามความปลอดภัยนั้น ทาง อย.ก็ได้เร่งตรวจสอบโรงงานแปรรูปอาหารที่มีความเสี่ยง ให้เข้ามาตรฐานการผลิตที่ดี หรือ จีเอ็มพี จำนวน  9,453  โรงงาน ซึ่งขณะนี้ตรวจสอบไปแล้ว  6,887  แห่ง หรือประมาณ  75 %ในจำนวนนี้พบโรงงานที่ได้มาตรฐานคือ  64.9 % และตั้งเป้าไว้ว่า ภายในสิ้นเดือนมีนาคมนี้จะสามารถตรวจได้ครบ  100 % โดยจะมีโรงงานที่ผ่านจีเอ็มพีถึง  80 % เตรียมของบปรับปรุงตลาดสด