หลังยุคเสื่อมอำนาจของกลุ่มขุนโอกาสเดิมตำนานบ้านชะโนดซึ่งเป็นหมู่บ้านข้าโอกาสพระธาตุพนมเก่าและพื้นเมืองพนมระบุว่า ธาตุพนมถูกปกครองจากนายกองข้าพระธาตุที่สำเร็จวิชาการปกครองจากกรุงเทพฯ อย่างน้อย 3 ท่านซึ่งเป็นเจ้านายท้องถิ่นและเป็นญาติกลุ่มขุนโอกาสเดิมคือ พระอามาตย์ราชวงสา (อำนาจ รามางกูร) หรือกวานอามาถย์ ท้าวสุริยะราชวัตร (อ้วน รามางกูร) หรือท้าวสุริยะ และท้าวสุริยะราชวัตร (คูณ รามางกูร) หรือท้าวราชวัตริ์ ซึ่งตั้งรกรากอยู่บ้านชะโนดเมืองมุกดาหาร จากนั้นกลุ่มนายกองถูกเปลี่ยนสายมายังบ้านธาตุพนมอีกครั้งคือ ท้าวอุปละ (มุง รามางกูร) ใน พ.ศ. 2417 ปัญหาแย่งชิงข้าเลกพระธาตุพนมดำเนินตลอดมาจนถึงก่อนปฏิรูปการปกครองเป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล (พ.ศ. 2444) หลังสยามเข้ามาจัดการหัวเมืองลาว เอกสารฝ่ายสยามเรียกธาตุพนมว่า บ้านทาษพนม หมายถึงหมู่บ้านแห่งข้าพระธาตุพนม พ.ศ. 2422 สยามยกฐานะบ้านธาตุพนมขึ้นเป็น กองข้าพระธาตุพนม หรือ กองบ้านทาษพนม โดยแต่งตั้งนายกองเชื้อสายท้าวอุปละ (มุง) ทายาทขุนโอกาสเดิมเป็นผู้ปกครอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ ผู้สำเร็จราชการกรมมหาดไทย สมุหนายกอัครมหาเสนาบดีว่าราชการหัวเมืองลาวซึ่งมีเชื้อสายกษัตริย์เวียงจันทน์ทางพระมารดาให้มีอำนาจแต่งตั้งนายกองธาตุพนมโดยพระราชทานบรรดาศักดิ์ว่า พระพิทักษ์เจดีย์นายกอง ขึ้นเมืองนครพนม และ หลวงโพธิ์สาราชปลัดกอง ขึ้นเมืองมุกดาหาร ตำแหน่งพระพิทักษ์เจดีย์พระธาตุพนมถูกแต่งตั้งคู่กับพระพิทักษ์เจดีย์พระธาตุเชิงชุมของเมืองสกลนคร และสืบทอดมาถึง 4 ท่าน (พ.ศ. 2422) สยามพระราชทานตราประจำตำแหน่งรูปเทวดานั่งแท่นหัตถ์ทรงพระขรรค์และพวงมาลัย ได้แก่ พระพิทักษ์เจดีย์ (ถง รามางกูร) บรรดาศักดิ์เดิมที่ท้าวอุปละ พระพิทักษ์เจดีย์ (แก่น รามางกูร) บรรดาศักดิ์เดิมที่ท้าวพระละคร พระพิทักษ์เจดีย์ (ศรี รามางกูร) บรรดาศักดิ์เดิมที่พระศรีชองฟ้า และพระพิทักษ์เจดีย์ (เทพจิตต์ บุคคละ) 3 ท่านแรกถึงแก่กรรมที่กรุงเทพฯ ด้วยสาเหตุเดินทางไปฟ้องร้องเจ้าเมืองรายรอบที่เข้ามาชิงข้าเลกพระธาตุพนม พระพิทักษ์เจดีย์ท่านสุดท้ายพยายามยกกองบ้านธาตุพนมเป็น เมืองทาษพนม ขึ้นตรงต่อกรุงเทพฯ แต่ไม่สำเร็จเนื่องจากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเห็นว่าเป็นปัญหาขัดแย้งผลประโยชน์กันเองของเจ้านายท้องถิ่น ส่วนปลัดกองคนสุดท้ายคือ อาชญาโพธิสาร (พ.ศ. 2439) จากนั้นหัวเมืองลาวเกิดปัญหากบฏผีบุญประชาชนท้องถิ่นพยายามตั้งเมืองธาตุพนมเป็นศูนย์กลางการปกครองอีกครั้งโดยแผนการขององค์พระบาทและองค์ขุดซึ่งมีองค์มั่นเป็นหัวหน้า สยามปราบปรามด้วยอาวุธอย่างรุนแรงแผนการตั้งเมืองธาตุพนมจึงไม่สำเร็จ เอกสารพื้นพระบาทใช้ชาติระบุว่าปัญหาดังกล่าวเกิดจากพระอัคร์บุตร (บุญมี) ไม่พอใจสยามที่ตั้งพระพิทักษ์เจดีย์เป็นนายกองจึงขอความช่วยเหลือจากขบวนการผีบุญเข้ายึดธาตุพนมเพื่อให้ตนได้ปกครองธาตุพนมเหมือนบิดาและปู่ เมื่อไม่สำเร็จพระอัคร์บุตร (บุญมี) จึงข้ามไปอยู่ในอารักขาฝรั่งเศสที่เซบั้งไฟและถูกแต่งตั้งเป็น พระมหาสมเด็จราชาธาตุพระนมบุรมราชาเจดีย์มหาคุณ ปกครองกองข้าพระธาตุพนมฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงเพียง 12 หมู่บ้านโดยกอมมิแชร์ข้าหลวงฝรั่งเศสตั้งขึ้นเป็นเมืองธาตุพนมทำให้ข้าพระธาตุพนมแยกเป็น 2 ฝ่าย ต่อมาได้สละตำแหน่งให้บุตรชายคือหลวงโพธิ์สาราชปกครองตามคำชักชวนของเจ้าเมืองสุวรรณเขตในตำแหน่ง สมเด็จเจ้าพระยาโพสาราชกัตติยะวงสาโอกาสะราชาพนมเจ้าเมืองพระธาตุพนมฝ่ายบ้านด่านปากเซ ภายหลังฝรั่งเศสย้ายเมืองธาตุพนมที่ฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงบ้านด่านปากเซไปเป็นเมืองปากเซจึงให้พระยาโพสาราชเป็นเจ้าเมืองต่อและตั้งท้าวกัตติยะ (ท้าวขัติยะ) หลานพระอัครบุตร์ (บุญมี) เป็นอุปฮาด ซึ่งก่อนนั้นไม่กี่ปีพระครูวิโรจน์รัตโนบล (บุญรอด นนฺตโร) เดินทางจากอุบลราชธานีเพื่อบูรณะพระธาตุพนมครั้งใหญ่ตามคำเชิญของพระครูวิเวกพุทธกิจ (เสาร์ กนฺตสีโล) และพระครูวินัยธร (มั่น ภูริทตฺโต) ธาตุพนมจึงถูกฟื้นฟูจากความเสื่อมอีกครั้ง