นโยบายการเมืองและความมั่นคงของสหรัฐฯ ภายหลังเหตุการณ์ก่อการร้ายในสหรัฐฯ เมื่อวันที่ 11 กันยายน 2544 ถือเป็นจุดปรับเปลี่ยนที่สำคัญของการดำเนินนโยบายการเมืองและความมั่นคงของ สหรัฐฯ โดยสหรัฐฯ ได้ให้ความสำคัญต่อการดำเนินการและความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการต่อต้าน การก่อการร้ายในลำดับแรกของนโยบายด้านดังกล่าว รวมทั้งให้ความสำคัญกับการดำเนินการและความร่วมมือของฝ่ายต่างๆ ในการลดและป้องกันการเผยแพร่อาวุธนิวเคลียร์และอาวุธที่มีอำนาจการทำลายล้าง สูง ตลอดจนการป้องกันและแก้ไขปัญหาอาชญากรรมข้ามชาติ ซึ่งสหรัฐฯ เห็นว่ามีความเกี่ยวพันกับขบวนการก่อการร้าย นอกจากนี้ สหรัฐฯ ยังคงผลักดันความเป็นประชาธิปไตยและการให้ความเคารพต่อสิทธิมนุษยชนในฐานะ ประเด็นสำคัญในการดำเนินความสัมพันธ์กับประเทศต่างๆ ในฐานะพันธมิตรทางสนธิสัญญา สหรัฐฯ ประสงค์ให้ไทยสนับสนุนและเป็นแนวร่วมในการต่อต้านการก่อการร้ายในเวทีการ เมืองโลกอย่างเปิดเผย เพื่อประโยชน์ในการแสดงให้ประชาคมระหว่างประเทศเห็นถึงการสนับสนุนที่สหรัฐฯ ได้รับจากประเทศต่างๆ ซึ่งที่ผ่านมา ไทยก็ได้ตอบสนองในฐานะพันธมิตรหลักของสหรัฐฯ ด้วยการให้ความร่วมมือกับสหรัฐฯ ในขอบเขตที่พึ่งกระทำได้โดยไม่กระทบต่อผลประโยชน์และความมั่นคงของชาติ โดยไทยมีความร่วมมือทวิภาคีกับสหรัฐฯ ในการปราบปรามการก่อการร้าย โดยเฉพาะในด้านการแลกเปลี่ยนข่าวกรอง การจับกุมผู้ต้องสงสัยว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการก่อการร้าย รวมทั้งการสนับสนุนสหรัฐฯ ในการดำเนินการในเวทีระหว่างประเทศ เช่น การส่งกองร้อยทหารช่างเฉพาะกิจเข้าไปช่วยเหลือในการฟื้นฟูบูรณะอัฟกานิสถาน หลังจากการโค่นล้มรัฐบาลตาลิบันเมื่อต้น ปี 2545 และการส่งทหารไทยเข้าไปให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรม การบูรณะและฟื้นฟูอิรักภายหลังสงครามในปี 2546 เป็นต้น ไทยและสหรัฐฯ ได้ดำเนินโครงการความร่วมมือร่วมกันในด้านการต่อต้านการก่อการร้ายในแนวทาง อื่นๆ ด้วย เช่น การสนับสนุนข้อเสนอของสหรัฐฯ ในกรอบเอเปคในเรื่องความมั่นคงทางการค้าในภูมิภาค (Secure Trade in the APEC Region: STAR) การเข้าร่วมในโครงการพัฒนาท่าเรือกรุงเทพฯ แหลมฉบังให้เป็นท่าเรือตัวอย่างที่มีประสิทธิภาพและความปลอดภัย (Bangkok/ Laem Chabang Efficient and Secure Trade - BEST) ที่สอดคล้องกับมาตรฐานของข้อริเริ่มด้านการต่อต้านการก่อการร้าย (STAR Initiative) ของสหรัฐฯ การเข้าร่วมในโครงการ Container Security Initiative (CSI) ซึ่งเป็นมาตรการรักษาความปลอดภัยในการขนส่งตู้สินค้าเข้าไปสหรัฐฯ เพื่อป้องกันการก่อการร้าย และโครงการจัดทำศูนย์ข้อมูลบุคคล (The Personal Identification, Secured Comparison and Evaluation System - PISCES) เป็นต้น นอกจากนี้ เหตุการณ์เมื่อวันที่ 11 กันยายน 2544 ยังเป็นจุดเปลี่ยนที่ทำให้สหรัฐฯ หันมาให้ความสนใจกับภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งไทยเพิ่มมากขึ้น เนื่องจากเป็นภูมิภาคที่มีประชากรมุสลิมอยู่ในหลายประเทศ โดยเฉพาะอินโดนีเซีย ซึ่งเป็นประเทศมุสลิมที่มีประชากรมากที่สุดในโลก ซึ่งถือเป็นจุดเปราะบางที่จะเกิดปัญหาการขยายตัวของขบวนการ / กลุ่มมุสลิมหัวรุนแรงต่อต้านสหรัฐฯ ในขณะเดียว สหรัฐฯ ก็ตระหนักดีว่า สถานการณ์ในภาคใต้ของไทยเป็นกิจการภายในของไทยและไม่ปรากฏหลักฐานว่าเกี่ยว ข้องกับการก่อการร้ายสากล แต่สหรัฐฯ มีข้อวิตกกังวลว่าหากสถานการณ์ยืดเยื้ออาจเปิดโอกาสให้ปัจจัยภายนอกเข้าแทรก แซง และพร้อมที่จะให้ความร่วมมือด้านการแลกเปลี่ยนข้อมูลด้านข่าวกรอง การที่สหรัฐฯ ให้ความสำคัญกับการปราบปรามอาชญากรรมข้ามชาติต่างๆ เช่น การฟอกเงิน การลักลอบค้ายาเสพติด และการลักลอบค้าเด็กและสตรี ฯลฯ ซึ่งสหรัฐฯ เห็นว่ามีส่วนเชื่อมโยงกับปัญหาการก่อการร้ายระหว่างประเทศ และมุ่งหวังจะให้ประเทศต่างๆ ร่วมมือกับสหรัฐฯ อย่างเต็มที่ ประกอบกับสหรัฐฯ ให้ความสำคัญกับค่านิยม (value) ด้านสิทธิมนุษยชน และหลักการปกครองในระบอบประชาธิปไตย จึงประสงค์ให้ประเทศต่างๆ รวมทั้งไทยเพิ่มบทบาทในเรื่องนี้ด้วย และติดตามการดำเนินการอย่างใกล้ชิดและต่อเนื่อง ซึ่งเห็นได้จากการจัดทำรายงานสถานการณ์ด้านสิมธิมนุษยชนและสถานการณ์การค้า มนุษย์ประจำปีของสหรัฐฯ ที่วิพากษ์วิจารณ์สถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชน เช่น กรณีการวิสามัญฆาตกรรมในการดำเนินนโยบายต่อต้านยาเสพติดของไทย หรือความไม่คืบหน้าในการแก้ไขปัญหาการค้าเด็กและสตรีในไทย ซึ่งในบางครั้งการวิพากษ์วิจารณ์ของสหรัฐฯ โดยไม่ได้รับข้อมูลที่ถูกต้องและครบถ้วน ก่อให้เกิดอุปสรรคในการดำเนินความสัมพันธ์ระหว่างกันได้