การตั้งชื่อเอนไซม์

การตั้งชื่อเอนไซม์ ได้ตกลงเป็นสากลว่า ชื่อของเอนไซม์จะต้องประกอบด้วยหน้าที่ของเอนไซม์แล้วลงท้ายด้วยคำว่า "-เอส" ("-ase") ตัวอย่างเช่น แอลกอฮอล์ ดีไฮโดรเจเนส (alcohol dehydrogenase), ดีเอ็นเอ พอลิเมอเรส (DNA polymerase), ไคเนส (Kinase) เป็นเอนไซม์ที่ทำหน้าที่เคลื่อนย้ายหมู่ฟอสเฟต 
เอนไซม์ต่างกันแต่ทำหน้าที่เหมือนกันจะมีชื่อพื้นฐานที่เหมือนกัน ดังนั้นจึงนำจุดสังเกตความแตกต่างในคุณสมบัติอื่น ๆ มาประกอบ เช่น การใช้ pH ที่เหมาะสมมาประกอบ ตัวอย่างคือ "อัลคาไลน์ ฟอสฟาเทส" (alkaline phosphatase) หรือตำแหน่งที่มันอยู่ เช่น เมมเบรน เอทีเพส (membrane ATPase)
ยิ่งไปกว่านั้น การย้อนกลับของปฏิกิริยาเคมี มีความหมายว่าทิศทางสรีรวิทยาของการทำงานของเอนไซม์อาจจะไม่สามารถสังเกตได้ในห้องทดลอง ทั้งนี้อาจจะเป็นเพราะว่า เอนไซม์ตัวเดียวกันแต่ถูกตั้งชื่อแตกต่างกันป็นสองชื่อเช่น ชื่อหนึ่งได้จากข้อมูลการทดลองในห้องปฏิบัติการ อีกชื่อหนึ่งได้จากข้อมูลการสังเกตพฤติกรรมในเซลล์
สหภาพนานาชาติชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล ได้ช่วยกันพัฒนาระบบการตั้งชื่อ (nomenclature) เอนไซม์ โดยใช้ หมายเลข อีซี (Enzyme Commission number) ซึ่งเป็นรูปแบบการจำแนกประเภทเชิงตัวเลขสำหรับเอนไซม์ โดยอิงจากปฏิกิริยาเคมีที่เอนไซม์เร่งปฏิกิริยา หมายเลข EC ทุกหมายเลขจะเชื่อมโยงกับชื่อที่แนะนำสำหรับปฏิกิริยาที่เร่งปฏิกิริยาด้วยเอนไซม์ที่เกี่ยวข้อง
หมายเลข EC ไม่ได้ระบุเอนไซม์แต่ระบุปฏิกิริยาที่เร่งปฏิกิริยาด้วยเอนไซม์ หากเอนไซม์ต่างชนิดกัน (เช่น จากสิ่งมีชีวิตต่างชนิดกัน) เร่งปฏิกิริยาเดียวกัน เอนไซม์เหล่านั้นก็จะได้รับหมายเลข EC เดียวกัน นอกจากนี้ จากวิวัฒนาการแบบเบนเข้า โปรตีนที่มีรูปแบบการพับตัวต่างกันโดยสิ้นเชิงสามารถเร่งปฏิกิริยาที่เหมือนกันได้ (บางครั้งเรียกว่าเอนไซม์ไอโซฟังก์ชันที่ไม่คล้ายคลึงกัน) และด้วยเหตุนี้จึงได้รับหมายเลข EC เดียวกัน ในทางตรงกันข้าม ตัวระบุ UniProt จะระบุโปรตีนอย่างเฉพาะเจาะจงโดยใช้ลำดับกรดอะมิโน
ซึ่งเอนไซม์แต่ละตัวจะถูกระบุโดยชุดของเลข 4 ตัว แล้วนำหน้าด้วย "EC" หมายเลขแรกเป็นชั้นของเอนไซม์ที่กำหนดโดยกลไกการทำงานของมัน:
<table border=1 cellspacing="0" cellpadding=3 style="border:1px solid #808080; border-collapse: collapse;">
<td align = "center" bgcolor="#C0C0C0" style="color:#FFFFFF;">หมู่</td>
<td align = "center" bgcolor="#C0C0C0" style="color:#FFFFFF;">ปฏิกิริยาที่เร่ง <br>(Reaction catalyzed)</td>
<td align = "center" bgcolor="#C0C0C0" style="color:#FFFFFF;">ตัวอย่างปฏิกิริยา<br> (Typical reaction)</td>
<td align = "center" bgcolor="#C0C0C0" style="color:#FFFFFF;">ตัวอย่างเอนไซม์ <br> (Enzyme example(s) with trivial name)</td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 1 <br>"ออกซิโรดักเทส" (Oxidoreductase)</td>
<td valign = "top">เพื่อเร่ง ออกซิเดชัน/ปฏิกิริยารีดักชัน (reduction reactions); โดยการเคลื่อนย้าย H และ O อะตอม หรือ อิเล็กตรอน จากสสารหนึ่งไปยังอีกอันหนึ่ง</td>
<td valign = "top">AH + B → A + BH <br> A + O → AO </td>
<td valign = "top">ดีไฮโดรจีเนส (Dehydrogenase), ออกซิเดส (Oxidase)</td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 2 <br>"ทรานสเฟอเรส" (Transferase)</td>
<td valign = "top">การย้ายหมู่ฟังก์ชัน จากสารหนึ่งไปยังอีกอันหนึ่ง อาจเป็นหมู่ เมทิล- อะคิล- อะมิโน- หรือหมู่ฟอสเฟต</td>
<td valign = "top">AB + C → A + BC</td>
<td valign = "top">ทรานซามิเนส (Transaminase), ไคเนส (kinase)</td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 3 <br>"ไฮโดรเลส" (Hydrolase)</td>
<td valign = "top">การเกิดสองผลิตภัณฑ์จากตัวถูกเปลี่ยน 1 ตัว โดยไฮโดรไลซิส (hydrolysis)</td>
<td valign = "top">AB + H2O → AOH + BH</td>
<td valign = "top">ไลเปส (Lipase), อะไมเลส (amylase), เปปติเดส (peptidase)</td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 4 <br>"ไลเอส" (Lyase)</td>
<td valign = "top">การเพิ่มแบบนอน-ไฮโดรไลติก หรือการกำจัดหมู่จากตัวถูกเปลี่ยน พันธะ C-C, C-N, C-O หรือ C-S อาจแยกออก</td>
<td valign = "top">RCOCOOH → RCOH + CO2</td>
<td valign = "top"></td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 5 <br>"ไอโซเมอเรส" (Isomerase)</td>
<td valign = "top">การจัดเรียงภายในโมเลกุลเช่น ไอโซเมอไรเซชัน เปลี่ยนภายในหนึ่งโมเลกุล</td>
<td valign = "top">AB → BA</td>
<td valign = "top">ไอโซเมอเรส (Isomerase), มิวเทส (mutase)</td>
</tr>
<tr>
<td valign = "top" bgcolor="#E0E0E0"> EC 6 <br>"ไลเกส" (Ligase)</td>
<td valign = "top">การเชื่อมต่อระหว่าง สองโมเลกุลโดยการสังเคราะห์ใหม่ พันธะ C-O, C-S, C-N หรือ C-C ด้วยการสลายตัวเองของ ATP</td>
<td valign = "top">X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi</td>
<td valign = "top">ซินเธเทส (Synthetase)</td>
</tr>
</table>