การเพาะเลี้ยงวงศ์ปลาแซลมอน

การเพาะเลี้ยงปลาแซลมอนในน้ำ
 เป็นการเลี้ยงแล้วจับปลาในวงศ์ปลาแซลมอน (Salmonidae) ในสถานการณ์ที่ควบคุมไว้ไม่ว่าจะเพื่อการพาณิชย์หรือเพื่อนันทนาการ
ปลาในวงศ์ (โดยเฉพาะจำพวกปลาแซลมอนและปลาเรนโบว์เทราต์) บวกกับปลาคาร์ป และ#เปลี่ยนทาง เป็นปลาสามชนิดที่เพาะเลี้ยงกันมากที่สุด
ส่วนปลาในวงศ์เองที่เลี้ยงทางพาณิชย์มากที่สุดก็คือปลาแซลมอนแอตแลนติก
สหรัฐเลี้ยง#เปลี่ยนทาง และ#เปลี่ยนทาง มากที่สุดเพื่อตกเป็นกีฬาและจับกินแบบโลว์เท็ค (subsistence fishing) เป็นฟาร์มเนื่องกับระบบบริหารจัดการของรัฐบาลกลางสหรัฐคือ National Fish Hatchery System
ยุโรปเลี้ยงปลาเทราต์สีน้ำตาลมากสุดเพื่อตกเป็นนันทนาการ
ปลานอกวงศ์ปลาแซลมอนที่เลี้ยงอย่างสามัญที่สุดก็คือ ปลาทิลาเพีย, ปลาหนัง, black sea bass (วงศ์ปลากะรังพันธุ์ "Centropristis striata") และปลาบรีม 
ในปี 2007 การเลี้ยงปลาแซลมอนมีมูลค่าถึง #เปลี่ยนทาง #เปลี่ยนทาง ทั่วโลก
ผลผลิตของฟาร์มปลาแซลมอนเพิ่มเป็นสิบเท่าในช่วง #เปลี่ยนทาง ระหว่าง 1982-2007
ในปี 2012 ประเทศผลิตชั้นนำคือนอร์เวย์ ชิลี สกอตแลนด์ และแคนาดา
เป็นเรื่องโต้แย้งอย่างมากว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนจำนวนมากขนานี้มีผลต่อระบบนิเวศและต่อสุขภาพมนุษย์เท่าไร
ที่น่าเป็นห่วงมากก็คือผลต่อปลาแซลมอนธรรมชาติและสิ่งมีชีวิตในทะเลอื่น ๆ 
ประเด็นบางอย่างมีมูลจากการแข่งขันทางพาณิชย์ในเรื่องการครองตลาดและราคาปลาระหว่างชาวประมงปลาแซลมอน (ธรรมชาติ) เพื่อการพาณิชย์กับอุตสาหกรรมเลี้ยงปลาแซลมอนที่กำลังพัฒนาเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว
วิธี.
การทำฟาร์มปลาแซลมอนสามารถเปรียบเทียบกับการจับปลาธรรมชาติที่ใช้เทคนิกการประมงพาณิชย์
แต่แนวคิดว่าอะไรเป็นปลา "ธรรมชาติ" (wild) ตามสถาบันการตลาดอาหารทะเลอะแลสก้าก็รวมเอาปลาที่ฟักในบ่อเลี้ยงปลา เลี้ยงไว้ระยะสั้น ๆ แล้วปล่อยลงทะเล ซึ่งบางคนจัดเป็นการเลี้ยงปลาแบบ ocean ranching
เปอร์เซ็นต์ปลาแซลมอนที่จับได้เนื่องกับ ocean ranching จะขึ้นอยู่กับสปีชีส์และทำเล
วิธีเลี้ยงปลาแซลมอนเริ่มจากการทดลองผสมพันธุ์ปลาในยุโรปคริสต์ศตวรรษที่ 18 
ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ที่ฟักไข่ปลา (fish hatchery) ก็ได้ตั้งขึ้นทั้งในยุโรปและอเมริกาเหนือแล้ว
ในปลายคริสต์ทศวรรษ 1950 โปรแกรมการเพิ่มจำนวนปลาอาศัยที่ฟักไข่ปลาก็ได้ตั้งขึ้นในสหรัฐ แคนาดา ญี่ปุ่น และรัสเซีย ส่วนการใช้กรงตาข่ายลอยน้ำเริ่มที่นอร์เวย์ในปลายคริสต์ทศวรรษ 1960
ปลาแซลมอนที่เลี้ยงในฟาร์มบางที่จะแบ่งเป็นสองระยะแต่บางที่ก็มากกว่านั้น
ระยะแรก แซลมอนจะฟักจากไข่แล้วเลี้ยงในบ่อน้ำจืดบนดิน
การเพิ่ม accumulated thermal unit (ATU) หรือการเพิ่มอุณหภูมิน้ำในช่วงฟักไข่จะทำให้ปลาออกจากไข่ได้เร็วขึ้น
เมื่อลูกปลาถึงอายุ #เปลี่ยนทาง ซึ่งเรียกว่า smolt 
ก็จะย้ายเข้าไปอยู่ในกรงตาข่ายลอยน้ำในทะเลที่ยึดไว้ในอ่าวหรือฟยอร์ดที่บังลมบังกระแสน้ำได้บ้างตามชายฝั่ง
การฟาร์มปลาในทะเลเช่นนี้เรียกในภาษาอังกฤษว่า mariculture
โดยเลี้ยงด้วยอาหารอัดเม็ดเป็นเวลา #เปลี่ยนทาง แล้วจึงจับ
นอร์เวย์ผลิตปลาแซลมอนเลี้ยง 33% ของโลกและชิลีผลิต 31%
เพราะชายฝั่งทะเลของประเทศต่างก็มีอุณหภูมิน้ำเหมาะสมและมีบริเวณหลายแห่งที่ปลอดภัยจากพายุ
อนึ่ง ชิลียังอยู่ใกล้ที่มีการประมงปลาเหยื่อซึ่งใช้เป็นอาหารสำหรับปลาแซลมอนเลี้ยง
สกอตแลนด์และแคนาดาก็เป็นผู้ผลิตสำคัญด้วย
ระบบการเลี้ยงปลาแซลมอนในปัจจุบันให้ผลผลิตสูง (intensive)
เจ้าของเป็นบริษัทธุรกิจการเกษตรอันมหึมา ผลิตเป็นสายการประกอบ (assembly line) ในระดับอุตสาหกรรม
ในปี 2003 บริษัทเพียงแค่ 5 บริษัทผลิตปลาแซลมอนเลี้ยงครึ่งหนึ่งของโลก
ที่ฟักไข่ปลา (Hatcheries).
ที่ฟักไข่ปลาเพื่อพาณิชย์ที่ส่งลูกปลาแซลมอนคือ smolt ให้กับผู้เลี้ยงปลาในกรงทะเล ได้เริ่มพัฒนาการเลี้ยงโดยนำน้ำจืดที่ใช้แล้วกลับมาใช้ใหม่ภายในที่ฟักไข่ปลา (เป็นระบบที่เรียกว่า recirculating aquaculture systems ตัวย่อ RAS)
จึงไม่จำเป็นต้องอยู่ใกล้แหล่งน้ำจืดขนาดใหญ่ ทำให้ควบคุมอุณหภูมิเพื่อเพิ่มหรือลดอัตราการเติบโตของปลาตามความต้องการของลูกค้าได้อย่างประหยัดกว่า
การฟักไข่ดั้งเดิมใช้น้ำแบบไหลผ่าน คือ น้ำที่ได้จากน้ำพุหรือแหล่งอื่นจะให้ไหลเข้าไปในที่ฟักไข่
ให้ปลาออกจากไข่ในถาด แล้วเลี้ยงลูกปลาให้โตเป็น smolt ในรางน้ำ (raceway)
ของเสียของลูกปลาระยะ fry ที่กำลังโตและจากอาหารโดยปกติจะปล่อยลงในแม่น้ำใกล้ ๆ
ที่ฟักไข่แบบน้ำไหลผ่าน (flow-through hatcheries) ดั้งเดิมเช่นนี้ เช่นที่พบในระบบการเพิ่มประชากรปลาอาศัยที่ฟักไข่ในรัฐอะแลสกา ใช้น้ำมากกว่า #เปลี่ยนทาง เพื่อให้ได้ลูกปลา (smolt) หนัก #เปลี่ยนทาง 
แทนการเลี้ยงปลาในถังน้ำจืด อีกวิธีหนึ่งก็คือใช้ช่องน้ำวางไข่ (spawning channel)
คือเป็นช่องน้ำที่ทำขึ้น ปกติจะอยู่ใกล้ ๆ กับทางน้ำธรรมชาติที่มีอยู่ ผนังด้านข้างจะทำเป็นคอนกรีตหรือหินดาดโดยพื้นเจะป็นก้อนกรวด
น้ำจากทางน้ำข้าง ๆ จะปัมพ์เข้าไปที่ต้นช่องน้ำโดยบางครั้งมีสระพักน้ำให้ตกตะกอน
การวางไข่จะได้ผลในช่องน้ำนี้มากกว่าทางน้ำธรรมชาติที่ติดกันเพราะควบคุมน้ำท่วมได้ดีกว่า เพราะบางปีน้ำอาจพัดเอารังวางไข่ (redd) ของปลาไป
แต่เพราะไม่มีน้ำท่วม ช่องเช่นนี้บางครั้งต้องลอกเอาสิ่งตกตะกอนออก
เพราะจริง ๆ น้ำท่วมที่พัดพาเอารังปลาไปก็ทำความสะอาดทางน้ำธรรมชาติไปด้วย
แต่การเปิดให้ปลารับปรสิตและจุลชีพก่อโรคที่มีอยู่ตามธรรมชาติจากน้ำที่ไม่ได้ควบคุม บวกกับค่าใช้จ่ายสูงเพื่อทำช่องน้ำวางไข่ ทำให้เทคโนโลยีนี้ไม่เหมาะแก่ธุรกิจเลี้ยงเแซลมอน
ดังนั้น โปรแกรมเพิ่มจำนวนปลาที่ไม่หวังผลกำไร (ของรัฐ หรือของเอกชน) เท่านั้นที่ใช้ประโยชน์ได้
กรงทะเล.
กรงในทะเล  ปกติทำเป็นตาข่ายมีเหล็กกล้าหรือพลาสติกเป็นโครง
อาจล้อมเป็นวงกลมหรือเป็นสี่เหลี่ยมจตุรัส
มีหน้าตัด #เปลี่ยนทาง 
ลึก #เปลี่ยนทาง 
มีปริมาตร #เปลี่ยนทาง 
กรงใหญ่อาจมีปลาถึง #เปลี่ยนทาง 
กรงมักจะวางต่อ ๆ กันรวมกับเป็นฟาร์ม (seafarm, seasite) โดยมีท่าเรือลอยน้ำและทางเดินตามขอบ ๆ กรง
อาจขึงตาข่ายรอบฟารม์อีกทีหนึ่งเพื่อกันสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมทะเลที่ล่าเหยื่ออื่น ๆ 
ปลาจะอยู่อย่างหนาแน่นต่างกันขึ้นอยู่กับสปีชีส์
สำหรับปลาแซลมอนแอตแลนติกอยู่ที่ #เปลี่ยนทาง 
และสำหรับปลาแซลมอนชินูกอยู่ที่ #เปลี่ยนทาง 
เทียบกับระบบปิด กรงตาข่ายเปิดเช่นนี้ลดค่าใช้จ่าย แต่ไม่มีอะไรกั้นการปล่อยของเสีย ปรสิต และโรคลงในน้ำทะเลตามชายฝั่งรอบ ๆ
ปลายังอาจหนีออกจากกรงไปสู่ทะเลได้ เช่นในช่วงมีพายุ
วิธีเลี้ยงปลาแซลมอนเช่นนี้เริ่มใช้กับปลากินเหยื่ออื่น ๆ เช่น ปลาคอด ปลาทูน่าครีบน้ำเงิน (bluefin tuna) ปลาแฮลิบัต และปลาสแน็ปเปอร์ (snapper) โดยเป็นนวัตกรรม
แต่นี่ก็น่าจะสร้างปัญหาทางสิ่งแวดล้อมเช่นเดียวกับการเลี้ยงปลาแซลมอน
นวัตกรรมอีกอย่างก็คือการใช้โลหะผสมทองแดงเป็นวัสดุของตาข่าย
เพราะมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ (คือทำลายแบคทีเรีย ไวรัส รา สาหร่าย หนอนปล้อง เพรียง มอลลัสกา และสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ) ดังนั้นจึงช่วยป้องกันไม่ให้สิ่งเหล่านี้เกาะที่กรง/ตาข่าย (เป็นสิ่งสะสมที่เรียกว่า biofouling)
จึงช่วยให้ไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายสูงในการเปลี่ยนตาข่ายที่จำเป็นถ้าใช้วัสดุอื่น
การต้านจุลชีพของโลหะผสมทองแดงยังทำให้สิ่งแวดล้อมสะอาดและถูกอนามัยสำหรับปลาเลี้ยง
อาหาร.
ปลาแซลมอนเป็นสัตว์กินเนื้อ ปัจจุบันเลี้ยงด้วยอาหารผสมที่มีทั้งเนื้อปลาและส่วนผสมอื่น ๆ รวมทั้งผลผลิตพลอยได้จากข้าวสาลี ถั่วเหลือง และขนเป็ดไก่ที่ทำเป็นอาหารสัตว์
เพราะเป็นสัตว์น้ำกินเนื้อ ปลาจึงไม่สามารถรับหรือแปรคาร์โบไฮเดรตที่มาจากพืชให้เป็นพลังงาน และใช้ไขมันเป็นแหล่งพลังงานหลัก
เพราะอาหารสัตว์ที่ผลิตจากปลาทั่วโลกไม่ได้เพิ่มขึ้นภายในระยะ 30+ ปีที่ผ่านมาโดยอยู่ในระดับสูงสุดที่ผลิตได้อย่างคงยืน (maximum sustainable yield) อยู่แล้ว 
ึจึงแสดงว่า อาหารนี้ได้เปลี่ยนจากใช้เลี้ยงไก่และหมูไปเลี้ยงปลาและกุ้งแทนเพราะการเลี้ยงสัตว์น้ำได้มากขึ้นในช่วงเวลาเดียวกัน
นักวิชาการก็ยังพยายามแทนที่โปรตีนในอาหารปลาโดยสกัดทำจากพืช
จนถึงปี 2014 มีกระบวนการซึ่งใช้เอนไซม์ที่สามารถลดคาร์โบไฮเดรตของข้าวบาร์เลย์ จึงทำให้เป็นอาหารปลามีโปรตีนสูงที่เหมาะกับแซลมอน
ของที่มาใช้ทดแทนเนื้อปลาอื่นก็ยังมีอยู่ และอาหารที่ไม่มีเนื้อปลาเลยก็เป็นไปได้
ยกตัวอย่างเช่น ฟารม์เลี้ยงปลาแซลมอนเป็นระบบปิดในสกอตแลนด์ใช้หนอน (ragworm วงศ์ Nereididae), สาหร่าย และกรดอะมิโนเป็นอาหาร
อาหารสัตว์ทางพาณิชย์ปกติจะกำหนดโดยกำหนดการเชิงเส้นซึ่งให้ผลเป็นค่าใช้จ่ายน้อยที่สุด ซึ่งเท่ากับแข่งขันกับอาหารเลี้ยงไก่และสุกรที่ใช้กำหนดการแบบเดียวกัน ใช้องค์ประกอบอาหารอย่างเดียวกัน แต่กำหนดการเหล่านี้ก็แสดงว่าอาหารสัตว์เป็นเนื้อปลามีประโยชน์ต่อสัตว์น้ำเลี้ยงมากกว่าเป็นอาหารไก่ เพราะสามารถทำให้ไก่มีรสชาติคล้ายปลา
การทดแทนส่วนประกอบอาหารอาจลดระดับกรดไขมันโอเมกา-3 ที่ผู้บริโภคให้คุณค่ามากในปลาแซลมอน
แต่ถ้าใช้น้ำมันพืชเป็นแหล่งพลังงานเมื่อปลากำลังโตแล้วให้อาหารที่มีกรดไขมันโอเมกา-3 สูงไม่ว่าจะจากน้ำมันปลา น้ำมันสาหร่าย หรือน้ำมันพืชบางอย่าง #เปลี่ยนทาง ก่อนจับปลา ปัญหานี้ก็จะไม่มี
ปัจจุบัน น้ำมันปลาที่ผลิตได้เกินครึ่งในโลกใช้เลี้ยงปลาแซลมอน
อนึ่ง ยังให้ปลาแซลมอนเลี้ยงกินสารรงควัตถุประเภทแคโรทีนอยด์ (carotenoid) คือ แอสตาแซนทิน (astaxanthin) แต่ก็มีแคนทาแซนทิน (canthaxanthin) ด้วย เพื่อให้สีเนื้อเหมือนกับสีธรรมชาติ ซึ่งก็มีสารรงควัตถุเดียวกันแต่ได้จากอาหารตามธรรมชาติ
ถ้าวัดน้ำหนักเมื่อแห้ง ต้องจับปลาธรรมชาติถึง #เปลี่ยนทาง เพื่อผลิตปลาแซลมอน #เปลี่ยนทาง 
เทียบกับปลาแซลมอนธรรมชาติที่ต้องได้ปลาเหยื่อประมาณ 10 กก. จึงจะได้เนื้อ 1 กก. โดยเป็นการโอนต่อพลังงานตามระดับโซ่อาหารที่มีตามธรรมชาติ
ที่ต่างกันเช่นนี้ก็เพราะอาหารเลี้ยงปลาแซลมอนมีส่วนผสมอื่น ๆ นอกจากเนื้อปลาและเพราะปลาเลี้ยงไม่ต้องใช้พลังงานล่าเหยื่อ
บริษัทอเมริกันคือคาร์กิลล์ได้ทำงานวิจัยร่วมกับบริษัทขายอาหารเลี้ยงปลาคือ EWOS เพื่อผลิตอาหารทางเลือกในโปรแกรมอาหารราพิด (RAPID) และคอมพาส (COMPASS) ในนอร์เวย์
ซึ่งตรวจดูสารอาหารหลักที่จำเป็นในอาหารปลาโดยขึ้นอยู่กับเขตภูมิภาคและฤดู
เมื่อใช้อาหารราพิด ฟาร์มแซลมอนอาจลดเวลาเลี้ยงปลาเหลือเพียงแค่ 15 เดือนซึ่งเร็วกว่าปกติ 1/5 (20%)
การจับปลา.
วิธีการจับปลาปัจจุบันได้เปลี่ยนไปใช้เรือที่มีบ่อน้ำเพื่อส่งปลาเป็น ๆ ไปยังโรงงาน
ทำให้สามารถฆ่าปลา เอาเลือดออก แล้วแกะกระดูกออกก่อนที่ตัวปลาจะแข็ง
ทำให้สามารถส่งผลิตภัณฑ์คุณภาพดีกว่า โดยเป็นกระบวนการที่มีมนุษยธรรมดีกว่า
เพื่อให้ได้คุณภาพดีสุด จำเป็นต้องทำให้ปลาเป็น ๆ เครียดน้อยที่สุดจนกระทั่งฆ่าด้วยไฟฟ้าและการตี แล้วกรีดเหงือกเพื่อเอาเลือดออก
การปรับปรุงเวลาการแปรรูปและความสดของปลามีผลสำคัญทางพาณิชย์ ซึ่งจึ้ให้ผู้ประมงปลาธรรมชาติต้องปรับปรุงวิธีการแปรรูปของตนเพื่อให้ได้ความเท่าเทียมกัน
วิธีก่อนหน้านี้เป็นการใช้อวนแบบ sweep net ซึ่งทำงานคล้ายกับอวนล้อมจับมีสายมาน (purse seine)
คือเป็นอวนขนาดใหญ่ที่มีน้ำหนักถ่วงข้างล่าง
จะกางข้ามตลอดกรงปลาโดยส่วนล่างสุดจะไปถึงก้นกรงปลา
แล้วก็จะยกดึงเชือกที่ผูกติดกับมุมอวนด้านล่าง รวบปลาเข้าไปในตาข่าย
ก่อนฆ่า ปลาจะทำให้หมดสติด้วยน้ำที่มีคาร์บอนไดออกไซด์มาก แต่วิธีเช่นนี้กำลังเลิกใช้ในบางประเทศเพราะปัญหาทางจริยธรรมและคุณภาพสินค้า
ระบบที่ก้าวหน้ากว่าจะฆ่าปลาโดยทันทีและมีมนุษยธรรมยิ่งกว่าโดยตีปลาที่หัวด้วยลูกสูบลมอัด (pneumatic piston)
แล้วตัดเหงือก (gill arch) เอาเลือดออกตามด้วยแช่ในน้ำเย็น
วิธีฆ่าเช่นนี้มีเป้าหมายให้เสียเกล็ดปลาน้อยที่สุด หลีกเลี่ยงไม่ให้ปลาหลั่งฮอร์โมนเครียดซึ่งมีผลเสียต่อคุณภาพเนื้อ
ปลาธรรมชาติเทียบกับปลาเลี้ยง.
ปลาแซลมอนธรรมชาติจะจับจากที่อยู่ตามธรรมชาติด้วยเทคนิกการประมงทางพาณิชย์
โดยมากจับได้ในอเมริกาเหนือ ญี่ปุ่น และรัสเซีย
ตารางต่อไปนี้แสดงผลผลิตของการประมงปลาธรรมชาติและการเลี้ยงปลาแซลมอนในระยะ 25 ปีตามรายงานของ FAO
แต่รัสเซีย ญี่ปุ่น และอะแลสก้าต่างก็มีที่ฟักปลาเพื่อปล่อยเพิ่มจำนวนปลาธรรมชาติ ซึ่งจริง ๆ จัดเป็นการเลี้ยงปลาที่เรียกว่า ocean ranching
แต่ก็ระบุว่าเป็นปลาธรรมชาติ (wild) ทั้งในรายงานของ FAO และในการตลาด
ปัญหา.
ปัจจุบันมีเรื่องโต้แย้งอย่างมากว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนจำนวนมากขนาดนี้มีผลต่อระบบนิเวศและต่อสุขภาพมนุษย์เท่าไร
ที่น่าเป็นห่วงมากก็คือผลต่อปลาแซลมอนธรรมชาติและสิ่งมีชีวิตในทะเลอื่น ๆ และผลต่อรายได้ของชาวประมงปลาแซลมอนเพื่อพาณิชย์
แต่ผลที่ได้จากโปรแกรมเพิ่มลูกปลาตามธรรมชาติ เช่น ที่เพิ่มการจับปลา "ธรรมชาติ" ในรัฐอะแลสกาได้เป็นสิบ ๆ เปอร์เซ็นต์ (20-50%) ก็ไม่ใช่ว่าเป็นเรื่องปราศจากข้อโต้แย้ง และจำนวนปลาที่จับได้ในอะแลสกาก็ขึ้นอยู่กับโปรแกรมที่ดำเนินการโดยสมาคมเลี้ยงปลาแถบอะแลสก้าเป็นอย่างมาก
อนึ่ง ความยั่งยืนของการเพิ่มลูกปลาแล้วจับเป็นปลา "ธรรมชาติ" ก็เป็นเรื่องที่ก่อข้อโต้แย้งอย่างเผ็ดร้อน
ทั้งในมุมมองทางวิทยาศาสตร์ ทางการเมือง และทางการตลาด
ข้อโต้แย้งจากมุมมองต่าง ๆ เช่นนี้เป็นเหตุให้องค์กร Marine Stewardship Council (MSC) พักการให้การรับรองการประมงปลาแซลมอนในอะแลสก้าในปี 2012
แล้วต่อมาจึงถึงให้อีก
แต่การรับรองการประมงในเขต Prince William Sound ซึ่งเป็นบริเวณที่ตกปลาได้มีมูลค่ามากที่สุดในรัฐ
ก็ยังไม่ได้การรับรองมาหลายปีแล้ว (คือยู่ในสถานะ "กำลังประเมิน")
โรคและปรสิต.
ในปี 1972 ปรสิตนอก (ectoparasite) ชั้นหนอนตัวแบน (monogenea) สกุล "Gyrodactylus" จากปลาเทราต์และแซลมอนเป็น ๆ จากสวีเดน (เพราะปลาในทะเลบอลติกมีภูมิต้านทาน) ได้กระจายไปในที่ฟักไข่ปลาซึ่งรัฐเป็นผู้ดำเนินการในนอร์เวย์
จากที่ฟักไข่ปลา ไข่และลูกปลา (ทั้ง smolt และ fry) ก็ได้นำไปปล่อยที่แม่น้ำต่าง ๆ มากมายเพื่อเพิ่มจำนวนปลาแซลมอนธรรมชาติ แต่กลับทำลายล้างกลุ่มประชากรบางกลุ่ม
ในปี 1984 มีการค้นพบโรคโลหิตจางในแซลมอนที่ติดต่อได้ (ISAv) ในที่ฟักไข่ปลาแซลมอนแอตแลนติกในนอร์เวย์
โรคระบาดคราวนี้ทำให้ปลาตาย 80%
เป็นโรคเกิดจากไวรัส และปัจจุบันเป็นภัยสำคัญต่อการอยู่รอดของธุรกิจฟาร์มปลาแซลมอน
เป็นโรคที่อยู่ในรายการ List One ของคณะกรรมาธิการยุโรป
ซึ่งบังคับให้ฆ่าปลาทั้งฝูงถ้ายืนยันได้ว่าเกิดโรคระบาดในฟาง
ISAv มีผลเสียหายทางธุรกิจต่อฟาร์มแซลมอนในประเทศชิลี นอร์เวย์ สกอตแลนด์ และแคนาดาที่เกิดโรค
โรคทำให้ปลาที่ติดโรคมีเลือดจางเหมือนกับชื่อ
ไม่เหมือนกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เซลล์เม็ดเลือดแดงของปลามีดีเอ็นเอ จึงทำให้ติดไวรัสได้
ทำให้ปลามีเหงือกซีด ว่ายน้ำใกล้ ๆ ผิวน้ำ พยายามหายใจ
แต่โรคก็อาจเกิดโดยปลาไม่ปรากฏอาการภายนอก โดยปลาจะอยากอาหารตามปกติแต่ในที่สุดอยู่ดี ๆ ก็ตาย
โรคอาจจะระบาดไปอย่างช้า ๆ ทั่วฟาร์มปลา และในกรณีแย่สุด อัตราการตายอาจถึง 100%
โรคยังเป็นอันตรายต่อปลาธรรมชาติที่มีน้อยลงเรื่อย ๆ ด้วย
การแก้ไขรวมการพัฒนาวัคซีนและเพิ่มความต้านทานโรคทางพันธุกรรม
ตามธรรมชาติ ระดับการติดต่อโรคและปรสิตจะค่อนข้างน้อย เพราะปลาที่อ่อนแอจะถูกล่ากินโดยธรรมชาติ
แต่ในกรงตาข่ายที่ปลาอยู่อย่างหนาแน่น นี่อาจกลายเป็นโรคระบาด
โรคและปรสิตในปลาเลี้ยงอาจไปติดปลาธรรมชาติอีกด้วย
งานศึกษาในรัฐบริติชโคลัมเบียได้สัมพันธ์การกระจายปรสิตคือ sea lice (วงศ์ Caligidae) จากฟารม์แซลมอนในแม่น้ำไปยังปลาแซลมอนชมพูธรรมชาติที่อยู่ในแม่น้ำเดียวกัน
คณะกรรมาธิการยุโรปสรุปในปี 2002 ว่า แม้การลดลงของปลาแซลมอนธรรมชาติจะสัมพันธ์กับปัจจัยอื่น ๆ แต่ก็มีหลักฐานทางวิทยาศาสตร์มากขึ้นเรื่อย ๆ ที่แสดงความสัมพันธ์โดยตรงระหว่างจำนวนปลาธรรมชาติที่ติด sea lice กับการมีกรงเลี้ยงปลาในบริเวณน้ำกร่อย (estuary) เดียวกัน
มีรายงานปี 2007 (Krkosek et al) ว่าปลาแซลมอนธรรมชาติทางชายฝั่งตะวันตกของแคนาดากำลังจะสูญพันธุ์เนื่องกับ sea lice ที่มาจากฟาร์มแซลมอนใกล้ ๆ
แต่นักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ก็ขัดแย้งไม่เห็นด้วย
โดยจำนวนปลาที่จับได้ต่อ ๆ มาก็บ่งว่านี้เป็นพยากรณ์ที่ผิดพลาด
ในปี 2011 ฟารม์แซลมอนในสกอตแลนด์เริ่มใช้ปลานกขุนทองเลี้ยงเพื่อทำความสะอาดปรสิตนอกของแซลมอน
ทั่วโลก การผลิตแซลมอนลดลง 9% ในปี 2015 โดยมากเพราะการระบาดของ sea lice ในสกอตแลนด์และนอร์เวย์
มีการใช้แสงเลเซอร์เพื่อลดการติดปรสิต
ในปี 2017 ฟารม์แซลมอนครึ่งหนึ่งของสกอตแลนด์ติด sea lice
นี่เป็นปัญหาเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ทั่วโลก โดยปรสิตทนการกำจัดได้ยิ่งกว่าที่คิด
นักวิทยาศาสตร์ที่ได้เปลี่ยนเป็นนักประท้วงและผู้ทำการตรวจสอบ เป็นประธานองค์กรต่อต้านการเลี้ยงปลา คือ Global Alliance Against Industrial Aquaculture กล่าวว่า โรคต่าง ๆ แพร่ไปทั่วฟาร์มปลา ปัญหาของเสียควบคุมไม่ได้ และสารเคมีก็ใช้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ 
ตามบุคคลนี้ อุตสาหกรรมเลี้ยงปลาใกล้จะทำลายตัวเองเข้าทุกที
มลพิษและสิ่งปนเปื้อน.
ฟาร์ปลาแซลมอนปกติจะอยู่ในระบบนิเวศทางทะเลที่มีคุณภาพน้ำดี มีน้ำไหลเวียนในอัตราสูง มีกระแสน้ำเร็วพอไม่ให้พื้นทะเลเกิดมลภาวะแต่ช้าพอไม่ให้กรงตาข่ายเสียหาย มีการป้องกันจากพายุหนัก ๆ มีน้ำลึกพอ อยู่ในระยะทางพอควรจากสาธารณูปโภคต่าง ๆ เช่นท่าเรือ โรงงาน และบริการทางโลจิสติกส์เช่นสนามบิน
โลจิสติกส์เป็นเรื่องสำคัญ เพราะอาหารและแรงงานต้องส่งไปที่ฟาร์มปลาและผลผลิตต้องส่งไปยังสถานโลจิสติกส์
การเลือกที่ตั้งฟารม์ยังยุ่งยากเพราะปัญหาการได้ใบอนุญาตซึ่งมีแรงกดดันทางการเมืองที่ซับซ้อนในประเทศต่าง ๆ ทำให้ไม่สามารถตั้งฟาร์มในสถานที่ดีสุดได้
ในฟาร์มที่ไม่มีกระแสน้ำดีพอ โลหะหนักอาจสะสมที่พื้นทะเลใกล้ ๆ ฟารม์ โดยเฉพาะทองแดงและสังกะสี
สารปนเปื้อนยังพบในเนื้อปลาทั้งปลาเลี้ยงปลาธรรมชาติอย่างสามัญอีกด้วย
งานศึกษาปี 2004 ที่พิมพ์ในวารสารวิทยาศาสตร์ "Science" วิเคราะห์ปลาแซลมอนเลี้ยงและปลาธรรมชาติว่ามีสารปนเปื้อนคือ organochlorine (เช่น dioxin) หรือไม่
แล้วพบว่าปลาเลี้ยงมีสารปนเปื้อนมากกว่า
ในบรรดาปลาเลี้ยง ปลาแซลมอนยุโรป (โดยเฉพาะจากสกอตแลนด์) มีระดับสูงสุด และปลาแซลมอนจากชิลีมีระดับต่ำสุด
งานศึกษาติดตามในปี 2005 ได้ยืนยันข้อมูลนี้ คือได้พบระดับ dioxin, สารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ที่มีคลอรีน, PCB และสารปนเปื้อนอื่น ๆ ในปลาแซลมอนเลี้ยงอาจถึงสิบเท่าของปลาแซลมอนแปซิฟิกธรรมชาติ
งานนี้พบว่า บุคคลสามารถรับประทานกรดไขมันโอเมกา-3 คือ EPA (Eicosapentaenoic acid) + DHA (Docosahexaenoic acid) จากปลาแซลมอนเลี้ยง (หรือธรรมชาติ) ให้ถึงระดับที่แนะนำได้โดยเสี่ยงปัญหาที่ไม่เกี่ยวมะเร็งในระดับที่ยอมรับได้ แต่ก็เสี่ยงมะเร็งในระดับที่ยอมรับไม่ได้
จนถึงทำให้สรุปว่า
"...ผู้บริโภคไม่ควรรับประทานปลาเลี้ยงจากประเทศสกอตแลนด์ นอร์เวย์ และแคนาดาตะวันออกเกิน #เปลี่ยนทาง 
ไม่ควรทานปลาเลี้ยงจากรัฐเมน แคนาดาตะวันตก และรัฐวอชิงตันเกิน #เปลี่ยนทาง 
และปลาเลี้ยงจากประเทศชิลีเกิน 6 ครั้งต่อปี
ปลาแซลมอนชัมธรรมชาติสามารถรับประทานได้อย่างปลอดภัยบ่อยถึง #เปลี่ยนทาง ปลาแซลมอนชมพู, ปลาแซลมอนซ็อกอายและปลาแซลมอนโคโฮ #เปลี่ยนทาง และปลาแซลมอนชินูกประมาณ #เปลี่ยนทาง "
แต่ก็มีเรื่องดีที่ตรวจพบ งานศึกษาต่อมาในปี 2005 ที่ชักตัวอย่างปลาเดียวกันกับงานศึกษาก่อนแสดงว่า ปลาแซลมอนเลี้ยงมีระดับกรดไขมันที่มีประโยชน์เป็น #เปลี่ยนทาง ของปลาธรรมชาติ
เพราะงานวิเคราะห์ความเสี่ยงมะเร็งจะเทียบกับประโยชน์ของการบริโภคกรดไขมันโอเมกา-3 ในปลา
จึงต้องพิจารณาระดับไขมันในตัวอย่างที่ตรวจสอบ
เพราะ PCB เป็นสารที่ชอบไขมัน (lipophilic) ดังนั้นจึงพบอย่างเข้มข้นกว่าในปลาที่มีไขมันสูงโดยทั่วไป
ระดับ PCB ที่สูงกว่าในปลาเลี้ยงก็เพราะมีระดับกรดไขมันโอเมกา-3 และโอเมกา-6 ที่สูงกว่า
ในปี 2005 รัสเซียห้ามการนำเข้าปลาแช่เย็นจากนอร์เวย์ หลังจากตรวจพบตัวอย่างปลาเลี้ยงที่มีระดับโลหะหนักสูง
ตามรัฐมนตรีการเกษตรรัสเซีย ระดับตะกั่วที่พบอยู่ที่ #เปลี่ยนทาง สูงกว่ามาตรฐานความปลอดภัยของประเทศ และระดับแคดเมียมก็สูงกว่าเกือบ 4 เท่า
ส่วนงานศึกษาปี 2008 ที่เทียบความเสี่ยงกับประโยชน์ของปลาในกลุ่มประชากรที่ไวความเสี่ยงได้สรุปตรงกันข้ามกับข้อแนะนำปี 2005 เพราะ
แนวทางอาหารของแคนาดาแนะนำให้รับประทานปลาสองที่ทุกสัปดาห์และให้เลือกปลาเช่นปลาชาร์ (สกุล "Salvelinus" ในวงศ์ปลาแซลมอน) ปลาเฮร์ริง ปลาแมกเคอเรล ปลาแซลมอน ปลาซาร์ดีน และปลาเทราต์
ส่วนแนวทางอาหารสหรัฐปี 2010 ให้ทานอาหารทะเลหลายชนิดประมาณ #เปลี่ยนทาง (ประมาณ #เปลี่ยนทาง) หรือ #เปลี่ยนทาง (ประมาณ #เปลี่ยนทาง) สำหรับแม่ที่ให้นมลูก โดยไม่มีขีดกำหนดหรือข้อจำกัดในการกินปลาแซลมอนเลี้ยงหรือธรรมชาติ
ส่วนรายงาน "อัปเดตของการเฝ้าตรวจระดับ dioxins และ PCBs ในอาหารและอาหารสัตว์" ที่ส่งแก่ EFSA ในปี 2012 ระบุว่าปลาแซลมอนและปลาเทราต์ที่เลี้ยงโดยเฉลี่ยมี dioxins และ PCBs น้อยกว่าปลาธรรมชาติ
ประธานขององค์การนอกภาครัฐที่อนุรักษ์สิ่งแวดล้อมของนอร์เวย์ คือ Green Warriors of Norway อ้างว่า จำนวนปลาที่เลี้ยงในนอร์เวย์ไม่อาจยั่งยืนได้
เพราะปริมาณอาหารปลาที่ไม่ได้กินและขี้ปลาที่กลายเป็นมลพิษในท้องทะเล ในขณะที่สารเคมีที่ใช้ต้าน sea lice ก็รวมเข้าไปในโซ่อาหาร
เขากล่าวว่า "ถ้าคนรู้เรื่องนี้ ก็จะไม่กินปลาแซลมอน" โดยเรียกปลาเลี้ยงว่า "เป็นอาหารมีพิษมากที่สุดในโลก"
ประธานองค์กรต่อต้านการเลี้ยงปลา คือ Global Alliance Against Industrial Aquaculture ก็เห็นด้วย โดยกล่าวว่า มีการใช้สารเคมีบางอย่างเพิ่มขึ้นเป็น 10 เท่าในช่วงปี 2015-2016
การใช้ยาฆ่าแมลง emamectin ซึ่งมีพิษเพื่อฆ่า sea lice ก็กำลังเพิ่มอย่างรวดเร็ว
และงานศึกษาต่าง ๆ ก็พบว่า ระดับสารเคมีต่าง ๆ ที่ใช้ฆ่า sea lice ได้เกินขีดความปลอดภัยของสิ่งแวดล้อมมากกว่า 100 เท่าภายใน 10 ปีก่อนปี 2017
ผลกระทบต่อปลาแซลมอนธรรมชาติ.
ปลาแซลมอนเลี้ยงอาจหนีไปจากกรงตาข่ายได้
ถ้าไม่ใช่ปลาท้องถิ่น มันก็จะแข่งขันแย่งชิงอาหารและที่อยู่กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ
ถ้าปลาเลี้ยงเป็นปลาท้องถิ่น มันก็อาจผสมพันธุ์กับปลาท้องถิ่นธรรมชาติ
ซึ่งอาจลดความหลากหลายทางพันธุกรรม ภูมิต้านทานโรค และการปรับตัวได้
ในปี 2004 ปลาแซลมอนและปลาเทราต์ #เปลี่ยนทาง ได้หนีไปจากกรงทะเลในนอร์เวย์
รอบ ๆ สกอตแลนด์ ปลา #เปลี่ยนทาง ได้หลุดออกไปจากกรงในช่วงเกิดพายุ
ชาวประมงพาณิชย์ที่มุ่งจับปลาแซลมอนธรรมชาติก็จับปลาแซลมอนเลี้ยงได้บ่อย
ช่วงระยะหนึ่งที่หมู่เกาะแฟโร ในบรรดาปลาที่จับได้ทั้งหมด ถึง #เปลี่ยนทาง เป็นปลาแซลมอนเลี้ยงที่หนีมา
ในปี 2017 ปลาแซลมอนแอตแลนติกเลี้ยงที่ไม่ใช่ปลาท้องถิ่น #เปลี่ยนทาง ได้หนีจากรงตาข่ายในทะเลรัฐวอชิงตัน
sea lice (ในไฟลัมย่อย Crustacea) โดยเฉพาะสปีชีส์ "Lepeophtheirus salmonis" และหลายพันธุ์ในสกุล "Caligus" รวมทั้ง "C. clemensi" และ "C. rogercresseyi" อาจก่อโรคถึงตายทั้งในปลาแซลมอนเลี้ยงและปลาธรรมชาติ
sea lice เป็นปรสิตภายนอก (ectoparasite) ที่กินหนอง เลือด และหนัง และมาเกาะผิวหนังของปลาแซลมอนธรรมชาติในระยะพัฒนาการต่าง ๆ คือ free-swimming planktonic nauplii และ copepodid larval โดยอาจคงอยู่หลายวัน
ฟาร์มปลาแซลมอนที่เลี้ยงในกรงตาข่ายภายในทะเลเปิด 
อาจเป็นจุดรวม sea lice อย่างมหาศาล
ถ้าลูกปลาธรรมชาติผ่านมาในบริเวณน้ำกร่อยที่มีฟาร์มเช่นนี้มาก ลูกปลาก็จะติดปรสิตแล้วไม่สามารถรอดชีวิตได้
ปลาที่โตแล้วอาจรอดชีวิตจากปรสิตที่มีมากเช่นนี้ แต่ลูกปลาที่ยังเล็ก ผิวบาง ซึ่งกำลังอพยพไปสู่ทะเลก็จะเสี่ยงตายมาก
รายงานปี 2007 (Krkosek et al) ระบุว่า ทางชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกของแคนาดา อัตราการตายของปลาแซลมอนชมพูเนื่องกับ sea lice ในที่บางแห่งอาจสูงเป็นปกติถึง 80%
ต่อมาปีเดียวกันโดยเป็นปฏิกิริยาต่อรายงานการสูญพันธุ์ปี 2007 ตามที่ว่า นักวิทยาศาสตร์ของสำนักงานการประมงรัฐบาลกลางแคนาดาสองท่านได้ตีพิมพ์ข้อความวิจารณ์รายงานโดยติดชื่อที่แปลว่า "ทัศนคติเรื่องปลาแซลมอนชมพูและ Sea Lice: หลักฐานทางวิทยาศาสตร์ไม่สนับสนุนสมมติฐานการสูญพันธุ์" 
ต่อจากงานศึกษาเหล่านั้น ปลาแซลมอนชมพูก็ได้เพิ่มขึ้นในกลุ่มเกาะบร็อตตัน (Broughton Archipelago) ตามชายฝั่งรัฐบริติชโคลัมเบีย
และก็มีการโต้แย้งในวรรณกรรมวิทยาศาสตร์ของนักวิทยาศาสตร์การประมงของรัฐบาลกาลางแคนาดาอีกกลุ่มหนึ่งที่สรุปว่า ไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ที่พบในปลาแซลมอนเลี้ยงกับจำนวนปลาแซลมอนชมพูที่กลับไปสู่หมู่เกาะบร็อตตัน
โดยกล่าวถึงทฤษฎีสูญพันธุ์ปี 2007 ว่า "ข้อมูลถูกเลือกใช้และข้อสรุปก็ไม่ตรงกับการกลับมาของปลาแซลมอนเมื่อเร็ว ๆ นี้"
งานวิเคราะห์อภิมานของข้อมูลที่มีอยู่ปี 2008 แสดงว่า การเลี้ยงปลาแซลมอนลดการรอดชีวิตของปลาธรรมชาติพันธุ์เดียวกัน
ซึ่งเป็นจริงสำหรับปลาแซลมอนแอตแลนติก ปลาเรนโบว์เทราต์ ปลาแซลมอนชมพู ปลาแซลมอนชัม และปลาแซลมอนโคโฮ
การรอดชีวิตบ่อยครั้งลดลงมากกว่า 50%
แต่งานศึกษาเหล่านี้เป็นการวิเคราะห์โดยสหสัมพันธ์ และมีสหสัมพันธ์ก็ไม่ได้หมายความว่าเป็นเหตุ โดยเฉพาะเมื่อปลาแซลมอนธรรมชาติก็ได้ลดลงเช่นกันในรัฐออริกอนและแคลิฟอร์เนียซึ่งไม่เลี้ยงปลาแซลมอน
แม้งานเหล่านี้จะพยากรณ์การล้มของการกลับมาของแซลมอน แต่จำนวนปลาแซลมอนธรรมชาติที่จับได้ในแคนาดาปี 2010 ก็เป็นเหตุการณ์ประวัติศาสตร์
งานศึกษาปี 2010 ที่ใช้ข้อมูลจำนวน sea lice บวกกับข้อมูลผลิตปลาจากฟาร์มแซลมอนในหมู่เกาะบร็อตตันเป็นครั้งแรกไม่พบสหสัมพันธ์ระหว่างจำนวน sea lice ในฟาร์มกับการรอดชีวิตของปลาแซลมอนธรรมชาติ
ผู้เขียนสรุปว่า การล้มของกลุ่มประชากรในปี 2002 ไม่ได้เป็นเพราะ sea lice
คือ แม้ sea lice ในฟาร์มปลาในช่วงที่ลูกปลาธรรมชาติออกสู่ทะเลในปี 2000 จะมีจำนวนมากกว่าปี 2001
จำนวนปลาแซลมอนที่กลับมาวางไข่ในปี 2001 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2000) ก็ได้ทำประวัติ/สถิติ เทียบกับการล้มจำนวนประชากรถึง 97% ในปี 2002 (จากกลุ่มลูกปลาปี 2001)
ผู้เขียนให้ข้อสังเกตว่า งานศึกษาที่ทำเบื้องต้นไม่ได้ตรวจสอบเหตุทางแบคทีเรียหรือไวรัสในเหตุการณ์ แม้จะมีรายงานว่ามีเลือดออกที่โคนครีบซึ่งเป็นอาการที่สัมพันธ์กับการติดเชื้อโดยไม่เกี่ยวกับการติด sea lice เมื่อเกิดในห้องทดลอง
ปลาแซลมอนธรรมชาติจะกลับสู่น้ำจืดจากทะเลเพื่อวางไข่
และลูกปลาจะออกสู่ทะเลเมื่อโตขึ้น
ปลาโดยมากกลับสู่แม่น้ำที่เกิดแม้จะมีบางส่วนที่หลงเข้าแม่น้ำอื่นไปบ้าง
มีความเป็นห่วงเรื่องความหลากหลายทางพันธุกรรมเกี่ยวกับการกลับมาวางไข่ของปลา
ความฟื้นสภาพได้ของกลุ่มประชากรจะขึ้นอยู่กับปลาบางส่วนที่สามารถรอดชีวิตจากสิ่งแวดล้อมที่รุนแรง เช่น อุณหภูมิร้อนหนาวสุด ๆ
ผลของการเลี้ยงปลาต่อความหลากหลายทางพันธุกรรมก็ไม่ชัดเจนเช่นกัน
การดัดแปลงพันธุกรรม.
ปลาแซลมอนได้ดัดแปลงพันธุกรรมในแล็บเพื่อให้โตเร็วขึ้น
บริษัท AquaBounty Technologies ได้พัฒนาปลาแซลมอนแอตแลนติกดัดแปลงพันธุกรรมซึ่งโตเร็วแทบเป็นสองเท่า (ให้ปลาสามารถโตได้ภายใน #เปลี่ยนทาง เทียบกับปลาปกติที่ #เปลี่ยนทาง) โดยทนโรคทนหนาวได้ดีกว่า
และยังกินอาหารน้อยกว่า 10% อีกด้วย
ซึ่งทำโดยใช้ลำดับยีนของปลาแซลมอนชินูกที่มีผลต่อฮอร์โมนการเติบโต (growth hormone) และใช้ promoter sequence 
จากปลาในอันดับปลากะพงพันธุ์ "Zoarces americanus" (Ocean pout) ที่มีผลต่อการผลิตสารกันเยือกแข็ง (antifreeze)
ปกติแล้วปลาแซลมอนจะผลิตฮอร์โมนการเติบโตต่อเมื่อมีแสง
แต่ปลาแซลมอนดัดแปลงพันธุกรรมกลับไม่ระงับการผลิตฮอร์โมน
บริษัทได้ยื่นเรื่องขออนุมัติจากองค์การอาหารและยาสหรัฐ (FDA) ครั้งแรกในปี 1996
ในปี 2015 FDA ได้อนุมัติให้ผลิตปลาแซลมอนแปลงพันธุกรรม (AquAdvantage Salmon) เพื่อการพาณิชย์
ความเป็นห่วงในเรื่องปลาแซลมอนที่ได้ยีนมาจากสัตว์อื่น (transgenic) ก็คือจะเกิดอะไรขึ้นถ้ามันหลุดออกไปอยู่เองตามธรรมชาติ
งานศึกษาหนึ่งที่ทำในแล็บพบว่า ปลาแปลงพันธุกรรมที่อยู่กับปลาธรรมชาติรุ่นเดียวกันจะดุในการแข่งขันเพื่อทรัพยากร แต่ในที่สุดก็แพ้
ผลกระทบต่อสัตว์ล่าเหยื่อธรรมชาติ.
กรงตาข่ายอาจล่อสัตว์หล่าเหยื่อธรรมชาติต่าง ๆ ซึ่งอาจมาติดที่ตาข่าย ทำให้รับบาดเจ็บหรืออาจถึงตาย
ในรัฐแทสเมเนีย กรงตาข่ายเลี้ยงแซลมอนเคยพันกับนกออก
ซึ่งกระตุ้นให้ผู้เลี้ยงปลาบริษัทหนึ่งคือ Huon Aquaculture ช่วยสร้างศูนย์คืนสภาพประชากรนกแล้วใช้ตาข่ายที่ดีกว่า
ผลกระทบต่อปลาที่เป็นเหยื่อ.
การใช้ปลาเหยื่อ (forage fish) เพื่อผลิตอาหารสัตว์ค่อนข้างจะคงที่เป็นเวลา 30 ปีแล้วโดยทำในอัตราสูงสุดที่คงยืนได้ (maximum sustainable yield) ในขณะที่ตลาดได้เปลี่ยนไปจากใช้อาหารเช่นนี้เลี้ยงไก่ สุกร และสัตว์เลี้ยง ไปเป็นอาหารเลี้ยงสัตว์น้ำเลี้ยง
ตลาดที่เปลี่ยนไปในขณะที่ระดับการผลิตที่คงที่จึงดูเหมือนจะเป็นการตัดสินทางเศรษฐกิจซึ่งก็แสดงนัยว่า การพัฒนาฟาร์มเลี้ยงปลาไม่มีผลกระทบต่อการประมงปลาที่เป็นเหยื่อ
เพราะปลาปกติไม่ผลิตกรดไขมันโอเมกา-3 เอง แต่สะสมจากการกินสาหร่ายเซลล์เดียว (microalgae) ซึ่งผลิตกรดไขมันเช่นนี้ เช่นที่พบในปลาเหยื่อ คือ ปลาเฮร์ริงและปลาซาร์ดีน หรือจากการกินปลาเหยื่อดังที่พบในปลาล่าเหยื่อมีไขมันสูง เช่น ปลาแซลมอน 
เพื่อให้ปลาแซลมอนได้กรดไขมันสูง ผลผลิตน้ำมันปลาของโลกเกินครึ่งจึงใช้เป็นอาหารปลาแซลมอนเลี้ยง
อนึ่ง ปลายังต้องกินโปรตีนซึ่งได้จากอาหารที่ทำจากปลาอันเป็นโปรตีนราคาถูกสุด
ปลาแซลมอนเลี้ยงกินปลารวม ๆ กันมีน้ำหนักมากกว่าตน แม้ปลาแซลมอนจะเป็นปลาอาหารที่มนุษย์นิยมกว่า
Salmon Aquaculture Dialogue และ ASC Salmon Standard.
ในปี 2004 องค์กรนอกภาครัฐ World Wide Fund for Nature (WWF) ได้เริ่มงานประชุมเกี่ยวกับการเลี้ยงปลาแซลมอน คือ Salmon Aquaculture Dialogue ซึ่งเป็นงานประชุมหนึ่งในบรรดางานประชุมเลี้ยงสัตว์น้ำที่จัด
จุดมุ่งหมายก็เพื่อสร้างมาตรฐานทางสิ่งแวดล้อมและสังคมสำหรับฟารม์ปลาแซลมอนและฟาร์มสัตว์สปีชีส์อื่น ๆ (รวม #เปลี่ยนทาง จนถึงปี 2018)
ตั้งแต่ปี 2012 มาตรฐานที่สร้างขึ้นโดยผู้ที่มีผลประโยชน์ร่วมได้ส่งต่อไปให้องค์กร Aquaculture Stewardship Council (ASC) ซึ่งตั้งขึ้นในปี 2010 เพื่อเป็นผู้บริหารและพัฒนามาตรฐานให้ยิ่งขึ้น
มาตรฐานแรกที่เผยแพร่ในปี 2012 แล้วอัปเดตในปี 2017 หลังจากได้รับความเห็นจากสาธารณชน ก็คือ ASC Salmon Standard 
WWF เบื้องต้นได้ระบุ "ผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสังคมหลัก 7 อย่าง" รวมทั้ง
การฟักไข่แล้วปล่อยลูกปลา.
รูปแบบการผลิตปลาแซลมอนอีกอย่างซึ่งปลอดภัยกว่าแต่ควบคุมได้ยากกว่า ก็คือการเลี้ยงปลาในที่ฟักไข่ (hatchery) จนกระทั่งโตพอเลี้ยงตัวเองได้
แล้วปล่อยลงในแม่น้ำเพื่อพยายามเพิ่มจำนวนประชากรปลาแซลมอน
เป็นวิธีที่สามัญในประเทศต่าง ๆ เช่นสวีเดน ก่อนที่ชาวนอร์เวย์จะได้พัฒนาระบบฟาร์มแซลมอน แต่บริษัทเอกชนจะไม่ค่อยทำเช่นนี้
เพราะใคร ๆ (หรือสัตว์ใด ๆ) ก็สามารถจับปลาเมื่อกลับมาวางไข่ได้ บริษัทจึงได้ผลประโยชน์จำกัดจากการลงทุน
เพราะเหตุนี้ ผู้ใช้วิธีนี้จึงเป็นเจ้าหน้าที่ฝ่ายรัฐบาลและองค์กรไม่แสวงหาผลกำไร มีจุดประสงค์เพื่อเพิ่มจำนวนประชากรแซลมอนที่ลดลงเนื่องจากการประมงเกิน, การสร้างเขื่อน และการทำลายหรือรบกวนแหล่งที่อยู่ 
ผลลบก็มีบ้างเหมือนกัน เพราะยีนของปลาธรรมชาติจะลดน้อยถอยลง (เหตุ genetic dilution)
ดังนั้น รัฐบาลระดับต่าง ๆ จึงเริ่มไม่ให้ปล่อยปลาเช่นนี้ แต่ให้ควบคุมการประมง ปรับปรุงแหล่งที่อยู่ของปลา และดูแลป้องกันเป็นหลัก
ocean ranching เป็นการเพิ่มจำนวนปลาอีกวิธีหนึ่งและกำลังพัฒนาอยู่ที่รัฐอะแลสกา
คือจะปล่อยลูกปลาลงในทะเลห่างจากสายน้ำของแซลมอนธรรมชาติอื่น ๆ 
เมื่อถึงเวลาจะวางไข่ ปลาก็จะกลับมาสู่ที่ที่ปล่อย ซึ่งชาวประมงสามารถจับมันได้
สปีชีส์.
ปลาแซลมอนแอตแลนติก.
ในสายน้ำที่เกิด การตกปลาปลาแซลมอนแอตแลนติกจัดเป็นยอดนันทนาการในช่วงกลับมาวางไข่
ในครั้งหนึ่ง สปีชีส์นี้สำคัญทั้งในการประมงพาณิชย์และการตกปลาหาอาหาร
แต่การประมงปลาธรรมชาติทางพาณิชย์เป็นเรื่องที่ไม่ทำแล้ว
หลังจากเกิดความเสียหายต่อแหล่งที่อยู่และการตกปลาเกิน ปัจจุบัน ปลาธรรมชาติขายในตลาดโลกเพียงแค่ 0.5% ของปลาแซลมอนแอตแลนติกที่ขายทั้งหมด
ที่เหลือเป็นปลาเลี้ยงโดยมากมาจากฟาร์มในประเทศชิลี แคนาดา นอร์เวย์ รัสเซีย สหราชอาณาจักร และรัฐแทสเมเนีย
ปลาแซลมอนแอตแลนติกเป็นปลาที่เลือกเลี้ยงมากที่สุด
เพราะจัดการได้ง่าย โตได้ดีในกรงตาข่ายทะเล มีราคาสูงในตลาด และปรับตัวเป็นปลาเลี้ยงได้ดีแม้เมื่ออยู่ไกลจากแหล่งที่อยู่ธรรมชาติ
เพื่อทำพันธุ์ ปลาตัวผู้ตัวเมียที่โตแล้วจะวางยา
แล้วรีดไข่และตัวอสุจิ และก็จะทำควาดสะอาดปลาแล้วเอาผ้าเช็ดให้แห้ง
ผสมไข่กับตัวอสุจิ ล้างแล้วใส่ลงในน้ำจืด
ส่วนปลาตัวพ่อแม่ก็จะฟื้นตัวในน้ำไหลที่สะอาดมีออกซิเจนดี
นักวิชาการยังได้ศึกษาการแช่แข็งถนอมไข่ไว้ (cryopreservation) ด้วย
ลูกปลาระยะ fry ปกติจะเลี้ยงในบ่อน้ำจืดเป็นเวลา #เปลี่ยนทาง 
เมื่อถึงระยะ smolt ก็จะนำไปอยู่ในทะเลเป็นเวลาอาจถึง #เปลี่ยนทาง 
ในช่วงนี้ ปลาจะโตเต็มที่ในกรงตาข่ายขนาดใหญ่นอกฝั่งของแคนาดา สหรัฐ และบางส่วนของยุโรป
ปกติแล้ว กรงจะมีตาข่ายสองชั้น
ตาข่ายในจะพันรอบกรงซึ่งปลาอยู่ และตาข่ายนอกจะตรึงไว้ด้วยทุ่นลอยน้ำเพื่อกันสัตว์ล่าเหยื่อไม่ให้เข้าไป
ปลาแซลมอนแอตแลนติกจำนวนมากหนีจากกรงไปสู่ทะเล
ซึ่งถ้าผสมพันธุ์ต่อไปก็มักจะลดความหลากหลายทางพันธุกรรมของสปีชีส์ ลดอัตราการรอดตาย ทำให้จับปลาได้น้อยลง
ทางฝั่งตะวันตกของอเมริกาเหนือ ปลาแซลมอนที่ไม่ใช่ปลาท้องถิ่นอาจเป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตท้องถิ่น โดยเฉพาะในอะแลสกาและบางส่วนของแคนาดา
เพราะจะแข่งขันเพื่อทรัพยากรกับปลาแซลมอนท้องถิ่น
มีโครงการใหญ่หลายอย่างที่พยายามป้องกันการหนีและการกระจายพันธุ์ของปลาแซลมอนแอตแลนติกในมหาสมุทรแปซิฟิกและที่อื่น ๆ
แต่ความเสี่ยงที่ปลาแซลมอนแอตแลนติกจะกลายเป็นสปีชีส์ที่กระจายตัวอย่างรวดเร็วทางชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกของอเมริกาเหนือ ก็เป็นเรื่องน่าสงสัย เพราะรัฐบาลสหรัฐและแคนาดาได้พยายามกระจายพันธุ์ปลาเหล่านี้โดยปล่อยปลาเป็นล้าน ๆ ตัวในช่วง #เปลี่ยนทาง เริ่มตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1900
แม้จะตั้งใจพยายามทำเช่นนี้ที่ชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิก
แต่ก็ไม่เคยมีรายงานว่ามีปลาที่ตั้งกลุ่มประชากรได้สำเร็จ
ในปี 2007 ปลาแซลมอนแอตแลนติกผลิตได้ #เปลี่ยนทาง ทั่วโลกโดยมีมูลค่า 7,580 #เปลี่ยนทาง (ประมาณ #เปลี่ยนทาง)
อีกทศวรรษหนึ่งต่อมาในปี 2017 มีการผลิตปลาเลี้ยงถึง 2 ล้านตันทั่วโลก
ปลาเรนโบว์เทราต์.
ในปี 1989 ปลาเรนโบว์เทราต์หรือปลาสตีลเฮด (steelhead) ได้จัดพันธุ์ใหม่เป็นปลาเทราต์แปซิฟิกพันธุ์ "Oncorhynchus mykiss" จากเดิมซึ่งเป็น "Salmo gairdneri" (Columbia River redband trout) และจาก "Salmo irideus" (coastal rainbow trout)
ชื่อว่าสตีลเฮดเป็นรูปแบบปลาเรนโบว์เทราต์ที่อยู่ในทะเลและวางไข่ในน้ำจืด และในบางที่ก็เรียกว่า steelhead salmon หรือ ocean trout ด้วย
ประเทศหลายประเทศทั่วโลกเลี้ยงปลาสตีลเฮด
ตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1950 การผลิตได้เพิ่มขึ้นเป็นเลขชี้กำลังเร็ว ๆ นี้โดยเฉพาะในยุโรปและในชิลี
ทั่วโลกในปี 2007 ปลาสตีลเฮดขายได้ #เปลี่ยนทาง โดยมีมูลค่า #เปลี่ยนทาง (ประมาณ #เปลี่ยนทาง)
ผู้ผลิตรายใหญ่ที่สุดก็คือประเทศชิลี
ในชิลีและนอร์เวย์ การผลิตปลาสตีลเฮดที่เลี้ยงในกรงตาข่ายทะเลได้ขยายขึ้นมากพอเพื่อส่งออก
ส่วนการผลิตปลาเรนโบว์เทราต์บนบกเพื่อตลาดภายในประเทศได้ขยายเพิ่มขึ้นอย่างมากในประเทศต่าง ๆ รวมทั้งอิตาลี ฝรั่งเศส เยอรมนี เดนมาร์ก และสเปน 
ประเทศที่ผลิตได้อย่างสำคัญอื่น ๆ รวมทั้งสหรัฐ อิหร่าน และสหราชอาณาจักร
ปลาเรนโบว์เทราต์ รวมทั้งลูกปลาสตีลเฮดในน้ำจืด ปกติกินตัวอ่อน (larva), ดักแด้ (pupa) และแมลงน้ำที่โตแล้ว ทั่วไปเป็น caddisflies (จากอันดับ Trichoptera), stoneflies (จากอันดับ Plecoptera), แมลงชีปะขาว (จากอันดับ Ephemeroptera) และแมลงวันน้ำ (จากอันดับ Diptera)
แต่ก็ยังกินไข่ปลาและแมลงบกที่โตแล้วด้วย ธรรมดาเป็นมด ด้วง ตั๊กแตน และจิ้งหรีด
เหยื่ออื่น ๆ รวมทั้งปลาเล็ก ๆ จนถึงขนาด 1/3 ของตนเอง เครย์ฟิช กุ้ง และสัตว์พวกกุ้งกั้งปูอื่น ๆ
เมื่อโตขึ้น ปลาโดยมากก็จะกินอาหารมากขึ้น
สายพันธุ์ที่อยู่ในทะเลสาบอาจเปลี่ยนเป็นกินแพลงก์ตอน
ในแม่น้ำและสายน้ำที่มีปลาวงศ์แซลมอนอื่น ๆ ปลาเรนโบว์เทราต์จะกินไข่ของปลาต่าง ๆ รวมทั้งของปลาแซลมอน, ปลาเทราต์สีน้ำตาล, ปลาเทราต์คัตโทรต (cutthroat trout พันธุ์ "Oncorhynchus clarkii"), mountain whitefish ("Prosopium williamsoni") และปลาเรนโบว์เทราต์อื่น ๆ
ปลายังกินเนื้อเน่าจากซากปลาอื่น ๆ
ส่วนปลาสตีลเฮดในทะเลโดยหลักกินปลาอื่น หมึก และสัตว์อันดับ Amphipoda
ปลาสตีลเฮดจะเลี้ยงด้วยอาหารที่ทำคล้ายกับอาหารธรรมชาติรวมทั้งเนื้อปลา น้ำมันปลา วิตามิน แร่ธาตุ และสารรงควัตถุประเภทแคโรทีนอยด์คือแอสตาแซนทิน 
ปลาเสี่ยงติดโรค enteric redmouth disease (มีอาการตกเลือดใต้ผิวหนังที่ปาก ครีบ และตา) เป็นพิเศษ 
มีงานวิจัยในรื่องนี้พอสมควรเพราะมีผลกระทบต่อผู้เลี้ยงปลาอย่างสำคัญ
แต่โรคไม่มีผลต่อมนุษย์
ปลาแซลมอนโคโฮ.
ปลาที่ใช้ผสมพันธุ์ (broodfish) จะเลือกจากปลาแซลมอนในฟาร์ม และย้ายไปในถังน้ำจืดเพื่อให้โตเต็มที่แล้ววางผสมพันธุ์
ทั่วโลกปี 2007 ปลาเลี้ยงขายได้ #เปลี่ยนทาง โดยมีมูลค่า #เปลี่ยนทาง (ประมาณ 14,774 ล้านบาท)
ประเทศชิลีผลิตปลา 90% และญี่ปุ่นกับแคนาดาผลิตที่เหลือ
ปลาแซลมอนชินูก.
ปลาแซลมอนชินูกเป็นปลาประจำรัฐของรัฐออริกอน โดยเรียกปลาว่า king salmon เพราะขนาดใหญ่และเนื้ออร่อย
ปลาจากแม่น้ำค็อปเปอร์ (Copper River) ในรัฐอะแลสการู้จักเป็นพิเศษเพราะสี รสอร่อย เนื้อแน่น และกรดไขมันโอเมกา-3 สูง
อะแลสก้าห้ามเลี้ยงปลาขายมาตั้งแต่ปี 1989 แล้ว (Alaska Stat. § 16.40.210)
ทั่วโลกในปี 2007 ปลาแซลมอนชินูกขายได้ #เปลี่ยนทาง โดยมีมูลค่า #เปลี่ยนทาง (ประมาณ #เปลี่ยนทาง)
นิวซีแลนด์เป็นผู้ผลิตปลา king salmon รายใหญ่สุดโดยผลิตเกินครึ่งของโลก (#เปลี่ยนทาง ในปี 2005)
แซลมอนโดยมากเลี้ยงในทะเลในกรงตาข่ายลอยน้ำ (ซึ่งเรียกอีกอย่างว่า sea-cage ranching) ขนาดตัดขวางประมาณ 25 ม. ลึก 15 ม. ยึดอยู่กับพื้นทะเลในน้ำไหลเร็วใกล้ฝั่ง
ลูกปลาระยะ smolt จะย้ายจากที่ฟักไข่ในน้ำจืดไปยังกรงที่มีแซลมอนหลายพันตัวแล้วอยู่ที่นั่นตลอดชีวิต
เลี้ยงด้วยเม็ดอาหารที่ทำจากปลา (fishmeal) ซึ่งมีโปรตีนและไขมันสูง
ปลายังเลี้ยงในกรงตาข่ายที่ตั้งในน้ำจืดหรือเลี้ยงในรางน้ำ (raceway) โดยใช้เทคนิกคล้ายกับปลาที่เลี้ยงในทะเล
มีการเลี้ยงปลาแซลมอนน้ำจืดที่คลองปั่นไฟฟ้ากำลังน้ำในนิวซีแลนด์
คือที่เมือง Lake Tekapo มีฟาร์มเลี้ยงปลาที่ได้น้ำเย็นไหลเร็วจากเทือกเขา Southern Alps เป็นฟาร์มเลี้ยงปลาที่อยู่สูงที่สุดในโลก สูงกว่าน้ำทะเล #เปลี่ยนทาง 
ก่อนฆ่า ปลาจะถูกวางยาสลบก่อนด้วยสมุนไพร
แล้วใช้เดือยแหลมตอกเข้าไปในสมองส่วนหลัง 
หัวใจจะเต้นอยู่พักหนึ่งในขณะที่เอาเลือดออกทางเหงือกปลา
วิธีการทำให้ปลาผ่อนคลายแล้วฆ่าทำให้ได้เนื้อแน่นเก็บไว้ได้นาน
การไร้โรคเพราะไม่มีปลาธรรมชาติและการไม่เลี้ยงปลาจนแน่นในกรงจึงหมายความว่า ผู้เลี้ยงปลาแซลมอนนิวซีแลนด์ไม่ต้องใช้ยาปฏิชีวนะและสารเคมีที่บ่อยครั้งจำเป็นในที่อื่น ๆ