ประวัติศาสตร์มาเลเซีย

มาเลเซียเป็นประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และเป็นประเทศเพื่อนบ้านของไทยทางทิศใต้ ตั้งอยู่ในจุดยุทธศาสตร์สำคัญของภูมิภาคคือช่องแคบมะละกา (Straits of Malacca) ซึ่งเป็นทางผ่านของเส้นทางการคมนาคมและการค้ามาแต่สมัยโบราณ ประวัติศาสตร์มาเลเซียเริ่มต้นเมื่อชาวโพรโต-มาเลย์ (Proto-Malay) อพยพมาถึงดินแดนประเทศมาเลเซียจากทางทะเล จากนั้นอารยธรรมอินเดียได้แผ่ขยายมาถึงแหลมมลายู กำเนิดเป็นรัฐโบราณต่าง ๆ ซึ่งนับถือพระพุทธศาสนามหายานและศาสนาฮินดู กลุ่มอำนาจที่สำคัญในสมัยโบราณคืออาณาจักรศรีวิชัยซึ่งเป็นศูนย์รวมของเมืองต่าง ๆ ที่อยู่ทั่วภูมิภาค การติดต่อทางการค้ากับชาวอาหรับ อินเดีย และเปอร์เซียทำให้ศาสนาอิสลามเผยแพร่มาสู่ดินแดนประเทศมาเลเซียในสมัยต่อมา ชนชั้นผู้ปกครองเจ้าผู้ครองอำนาจในมาเลเซียจึงหันมารับนับถือศาสนาอิสลาม ดำรงตำแหน่งเป็นสุลต่าน ในคริสต์ศตวรรษที่ 15 รัฐสุลต่านมะละกา (Malacca Sultanate) เป็นศูนย์กลางทางการเมืองและวัฒนธรรมในโลกทัศน์ของชาวมลายู ในเวลาเดียวกันนักสำรวจชาวยุโรปมาถึงยังดินแดนภูมิภาคนี้ นำไปสู่การเผชิญหน้าทางการทหารและชาวโปรตุเกสเข้ายึดเมืองมะละกาได้ใน ค.ศ. 1511 เมื่อรัฐมะละกาล่มสลายศูนย์กลางทางการเมืองของมลายูจึงย้ายไปอยู่ที่รัฐสุลต่านยะโฮร์ (Johor Sultanate) ในขณะที่รัฐต่าง ๆ ในภาคเหนือของมลายูเช่นไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของสยามอาณาจักรอยุธยาและรัตนโกสินทร์ ในสมัยต่อมาชาวฮอลันดาเข้ามามีอำนาจแทนที่ชาวโปรตุเกส ต่อตามมาด้วยชาวอังกฤษ นำไปสู่สนธิสัญญาอังกฤษ-ฮอลันดาปี ค.ศ. 1824 (Anglo-Dutch Treaty of 1824) แบ่งเขตอิทธิพลระหว่างสองอำนาจ ดินแดนส่วนของอังกฤษที่มาจากสนธิสัญญานี้จะกลายเป็นประเทศมาเลเซียในที่สุด อังกฤษจัดตั้งอาณานิคมขึ้นที่สิงคโปร์และปีนัง เรียกว่า อาณานิคมช่องแคบ (Straits Settlements) ใน ค.ศ. 1895 รัฐทั้งสี่รัฐได้แก่ปะหัง เปรัก เซอลาโงร์ และเนอเกอรีเซิมบีลัน ทำสนธิรัญญายินยอมเข้าเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ นำไปสู่การจัดตั้งสหพันธรัฐมลายู (Federated Malay States) และอาณานิคมมลายาของอังกฤษ (British Malaya) ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัฐทั้งสี่ได้แก่ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และปะลิส เข้ามาอยู่ในอิทธิพลของอังกฤษ
ในสมัยสงครามโลกครั้งที่สองทัพญี่ปุ่นเข้ายึดครองอาณานิคมมลายาของอังกฤษเป็นเวลาชั่วคราว หลังจากสงครามโลกครั้งที่สองอังกฤษเข้ามาพยายามฟื้นฟูระบอบการปกครองของอาณานิคมตามเดิม แต่เกิดกระแสชาตินิยมขึ้นนำไปสู่การปะทะทางทหารเพื่อปลดแอกมาเลเซียจากอังกฤษเรียกว่า ภาวะฉุกเฉินมลายา (Malayan Emergency) ซึ่งพรรคคอมมิวนิสต์มลายา (Malayan Communist Party) เป็นแกนนำหลักในการต่อสู้เพื่อเรียกร้องเอกราช แม้ว่าอังกฤษจะได้รับชัยชนะในการต่อสู้กับพรรคคอมมิวนิสต์ แต่มาเลเซียก็ได้รับเอกราชในที่สุดในวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1957 ประเทศมาเลเซียก่อตั้งขึ้นภายใต้ผู้นำตุนกู อับดุล ระฮ์มัน (Tunku Abdul Rahman) ความพยายามของอาณานิคมบอร์เนียวเหนือซึ่งประกอบด้วยซาบะฮ์และซาราวักในการที่จะเข้าร่วมกับประเทศมาเลเซียนำไปสู่สงครามระหว่างมาเลเซียและอินโดนีเซีย (Konfrontasi) มาเลเซียชนะสงครามและสามารถผนวกเอาดินแดนภาคเหนือของเกาะบอร์เนียวมารวมเข้ากับประเทศมาเลเซียได้สำเร็จ ความขัดแย้งทางเชื้อชาติระหว่างชาวมลายูกับชาวจีนนำไปสู่การขับสิงคโปร์ออกจากประเทศมาเลเซียใน ค.ศ. 1965 นายกรัฐมนตรีอับดุลระฮ์มันออกกฎหมายเอื้อประโยชน์ทางเศรษฐกิจแก่ "ภูมิบุตร" (Bumiputera) หรือชาวมลายูท้องถิ่นดั้งเดิม ในสมัยของนายกรัฐมนตรีมาฮาดีร์ บิน โมฮามัด เศรษฐกิจของมาเลเซียเจริญเติบโตขึ้น
สมัยก่อนประวัติศาสตร์.
ในยุคหินเก่า หรือยุคน้ำแข็ง เมื่อประมาณ 100,000 ปีก่อนถึงเมื่อ 12,000 ปีก่อน ระดับน้ำทะเลอยู่ต่ำกว่าระดับในปัจจุบันประมาณ 30-40 เมตร ทำให้ทะเลจีนใต้บางส่วนตื้นเขินขึ้นมาเป็นแผ่นดินและคาบสมุทรมลายูเป็นดินแดนผืนแผ่นเดียวกันกับเกาะสุมาตราและเกาะบอร์เนียว เรียกว่า ดินแดนซุนดาแลนด์ (Sundaland) มีการค้นพบกระดูกมนุษย์โฮโมเซเปียนส์ที่เก่าแก่ที่สุดในมาเลเซียคือ มนุษย์เปรัก (Perak Man) ที่เมืองเลิงกง (Lenggong) รัฐเปรักในปัจจุบัน มีอายุประมาณ 11,000 ก่อน จากหลักฐานทางพันธุกรรมและการกระจายตัวของชาติพันธุ์ในปัจจุบัน ตามทฤษฏีออกจากแอฟริกา (Out of Africa theory) มนุษย์โฮโมเซเปี้ยนส์กลุ่มแรกที่มาถึงดินแดนมาเลเซียคือกลุ่มชาติพันธุ์นิกรอยด์ หรือเรียกว่าเนกริโต (Negrito) มาถึงดินแดนเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เมื่อประมาณ 60,000 ปีก่อน ปัจจุบันคือชาวซาไก (Sakai) หรือซึ่งชาวมลายูเรียกว่า เซมัง (Semang) หรือเซนอย (Senoi) ซึ่งคนไทยรู้จักในนาม “เงาะป่า” ชาวซาไกเป็นมนุษย์กลุ่มแรกในภูมิภาคและดำรงชีวิตด้วยการล่าสัตว์เก็บของป่า ต่อมาเมื่อประมาณ 20,000 ปีก่อนกลุ่มชนที่พูดภาษาในกลุ่มออสโตรเอเชียติก (Austro-Asiatic) มาถึงยังเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยชนกลุ่มออสโตรเอเชียติกมีปฏิสัมพันธ์กับกลุ่มนิกรอยด์เดิม ทำให้ชนกลุ่มเนกริโตรับเอาภาษาของชาวออสโตรเอเชียติกมาใช้กลายเป็นภาษากลุ่มอัซลี (Asilan languages) ในปัจจุบัน ชาวมลายูเรียกชนพื้นเมืองดั้งเดิมซึ่งอาศัยอยู่ในมาเลเซียก่อนการมาถึงของชาวมลายูรวม ๆ กันว่า ชาวโอรังอัซลี (Orang Asli)
ชาวมลายูซึ่งใช้ภาษามลายูอันเป็นภาษาในกลุ่มภาษาออสโตรนีเซียน (Austronesian) กลุ่มย่อยมลายู-โพลีนีเซียน (Malayo-Polynesian) ต้นกำเนิดของชาวมลายูทฤษฎีเก่าตั้งแต่ปี ค.ศ. 1889 ระบุว่าชาวมลายูอพยพมาถึงดินแดนประเทศมาเลเซียด้วยการเดินเรือทางทะเลในสองระลอก ระลอกแรกเรียกว่าชาวโพรโต-มาเลย์ (Proto-Malay) เป็นชาวมลายูกลุ่มแรกที่มาถึงภูมิภาคหมู่เกาะของเอเชียอุษาคเนย์เมื่อประมาณ 6000 ปีก่อนคริสตกาล ซึ่งชาวโพรโตมาเลย์หรือชาวมลายูกลุ่มแรกนั้นกลายเป็นชาติพันธุ์กลุ่มโพรโต-มาเลย์ในปัจจุบัน เช่น ชาวดายัก (Dayak) ชาวบาตัก (Batak) และชาวนียัซ (Nias) บนเกาะบอร์เนียว และชาวจาคุน (Jakun) บนแหลมมลายู ตามมาด้วยชาวดิวเทอโร-มาเลย์ (Deutero-Malay) หรือชาวมลายูระลอกหลัง ซึ่งอพยพมาเมื่อประมาณ 300 ปีก่อนคริสตกาล กลายเป็นชาวมลายูส่วนใหญ่ซึ่งต่อมารับวัฒนธรรมอินเดียและอิสลามและสร้างอารยธรรมและวัฒนธรรมมาเลย์ในปัจจุบัน ในปัจจุบันมีทฤษฎีออกจากไต้หวัน (“Out of Taiwan” hypothesis) โดยใช้หลักฐานทางภาษาศาสตร์ว่าภาษากลุ่มออสโตรนีเซียนมีต้นกำเนิดอยู่บนเกาะไต้หวัน ชาวออสโตรนีเซียนเริ่มอพยพออกจากเกาะไต้หวันเมื่อประมาณ 6000 ปีก่อนคริสตกาล เข้ามาตั้งรกรากในหมู่เกาะเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ไปจนถึงหมู่เกาะโอเชียเนียในมหาสมุทรแปซิฟิก 
ใน ค.ศ. 2009 มีการเสนอทฤษฏีใหม่ในเรื่องต้นกำเนิดของชาวมลายูคือ ทฤษฎีซุนดาแลนด์ (Sundaland Theory) จากการศึกษาทางพันธุศาสตร์เกี่ยวกับดีเอ็นเอไมโตคอนเดรีย พบว่าชาวมลายูอาจจะมีต้นกำเนิดที่แผ่นดินซุนดาแลนด์ เมื่อประมาณ 12,000 ปีก่อนยุคน้ำแข็งสิ้นสุดลงระดับน้ำทะเลสูงขึ้นทำให้แผ่นดินซุนดาแลนด์จมใต้น้ำ ชาวมลายูจึงกระจัดกระจายไปตามที่ต่าง ๆ อย่างไรก็ตามประเด็นเรื่องต้นกำเนิดของชาวมลายูยังคงเป็นที่ถกเถียง เมื่อชาวมลายูเข้ามาตั้งรกรากจับจองพื้นที่ทำมาหากินตามชายฝั่งทะเล ทำให้ชาวโอรังอัซลีเดิมต้องถอยร่นเข้าลึกไปในแผ่นดิน
สมัยโบราณ.
ประวัติศาสตร์ของมาเลเซียเริ่มต้นขึ้นจากการแผ่ขยายอิทธิพลของอารยธรรมอินเดียมาสู่ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งแหลมมลายู พบหลักฐานเกี่ยวกับอารยธรรมอินเดียที่เก่าแก่ที่สุดอายุคริสต์ศตวรรษที่ 6 ในสมัยโบราณดินแดนประเทศมาเลเซียอยู่ภายใต้การปกครองของอาณาจักรศรีวิชัย (Srivijaya) ซึ่งมิใช้รัฐรวมอำนาจการปกครองที่ศูนย์กลางแต่เป็นเครือข่ายของเมืองต่าง ๆ ในภูมิภาคหมู่เกาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ควบคุมเส้นทางการเดินเรือสำคัญระหว่างจีนและอินเดีย ศูนย์กลางของอาณาจักรศรีวิชัยอยู่ที่เมืองปาเล็มบัง ประเทศอินโดนีเซีย หรืออยู่ที่อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฏร์ธานี จารึกภาษามลายูเก่า (Old Malay) ซึ่งเก่าแก่ที่สุดคือจารึกเคดูกันบูกิต (Kedukan Bukit Inscription) พบที่เมืองปาเล็มบัง มีอายุที่ ค.ศ. 683 เป็นจารึกภาษามลายูเก่าควบคู่กับภาษาสันสกฤต คำว่า “มลายู” นั้นมาจากคำว่าเมลายู (Melayu) เดิมหมายถึงพื้นที่ทางตอนใต้ของเกาะสุมาตราบริเวณเมืองปาเล็มบัง ต่อมาเมื่อศูนย์อำนาจย้ายมาอยู่บนแหลมมลายูคำว่ามลายูจึงเคลื่อนที่ตามมา ชนชั้นปกครองของมลายูในอาณาจักรศรีวิชัยนับถือพุทธศาสนามหายาน มีการค้นพบพระพุทธรูปและรูปของพระโพธิสัตว์ต่าง ๆ ในประติมากรรมศิลปะแบบศรีวิชัย 
ใน ค.ศ. 1025 พระเจ้าราเชนทราโจฬะที่ 1 (Rajendra Chola I) แห่งราชวงศ์โจฬะจากแคว้นทมิฬในอินเดียใต้ ยกทัพเข้ารุกรานดินแดนของศรีวิชัยในคาบสมุทรมลายู ทำให้อำนาจของอาณาจักรศรีวิชัยในภูมิภาคเสื่อมลง คาบสมุทรมลายูตกอยู่ภายใต้การปกครองของชาวทมิฬอยู่ช่วงเวลาหนึ่ง ทำให้มีการค้นพบจารึกภาษาทมิฬตามที่ต่าง ๆ เมืองมลายูที่เก่าแก่อยู่ภายใต้การปกครองของศรีวิชัยได้แก่ เมืองคตาหะ หรือเกดะห์ (Kedah) หรือเมืองไทรบุรี และเมืองปะหัง มีการค้นพบแหล่งโบราณคดีที่หุบเขาบูยัง (Bujang valley) ที่รัฐเกดะห์ แสดงถึงวัฒนธรรมทมิฬและพุทธศาสนา เมื่อชาวทมิฬโจฬะเสื่อมอำนาจถอยออกไปแล้ว คาบสมุทรมลายูจึงอยู่ภายใต้การปกครองของอาณาจักรตามพรลิงก์ (Tambralinga) ซึ่งมีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองนครศรีธรรมราช ใน ค.ศ. 1231 พระเจ้าศรีธรรมาโศกราชขึ้นครองอาณาจักรตามพรลิงก์ เมืองต่าง ๆ ทางเหนือของมาเลเซียได้แก่ไทรบุรี กลันตัน และปะหัง อยู่ภายใต้การปกครองของตามพรลิงก์และเป็นส่วนหนึ่งของหัวเมืองบริวารสิบสองนักษัตร ในขณะที่เมืองในภาคใต้ของมาเลเซียยังคงอยู่ในเขตอิทธิพลของอาณาจักรศรีวิชัย
ใน ค.ศ. 1288 ทัพเรือของอาณาจักรสิงหะส่าหรีเข้าบุกยึดนครปาเล็มบัง ซึ่งเป็นศูนย์กลางของอาณาจักรศรีวิชัย ทำให้อาณาจักรศรีวิชัยล่มสลายกลุ่มเชื้อวงศ์ต่าง ๆ ของศรีวิชัยต่างพากันหลบหนีออกจากพื้นที่ มีเจ้าชายศรีวิชัยองค์หนึ่งนามว่าสังนีลอุตมะ (Sang Nila Utama) หลบหนีทัพของชวามาตั้งมั่นอยู่บนเกาะเทมาเส็ก (Temasek) ตั้งเมืองสิงคปุระ (Singapura) ขึ้นใน ค.ศ. 1299 และปราบดาภิเษกตนเองขึ้นเป็นรายาแห่งอาณาจักรสิงคปุระ (Kingdom of Singapura) นามว่ารายาศรีตรีภูวนะ (Sri Tri Buana) อาณาจักรสิงคปุระยังคงต้องเผชิญกับการรุกรานของชาวชวาอาณาจักรมัชปาหิตอีกหลายครั้ง อาณาจักรสิงคปุระดำรงอยู่เป็นเวลาประมาณหนึ่งร้อยปีมีรายาปกครองทั้งสิ้นห้าองค์จนกระทั่งล่มสลายลงใน ค.ศ. 1398 จากการรุกรานของต่างชาติในสมัยของรายาปรเมศวร
รัฐมะละกาและศาสนาอิสลาม.
เจ้าชายปรเมศวร (Paramesawara) เป็นรายาพระองค์แรกของอาณาจักรมะละกา อย่างไรก็ตามประวัติความเป็นมาและเรื่องราวของเจ้าชายปรเมศวรยังคงเป็นที่ถกเถียงเนื่องจากเอกสารประวัติศาสตร์ระบุเหตุการณ์ไม่ตรงกัน พงศาวดาร"สยาราะฮ์มลายู" (Sejarah Melayu) ซึ่งถูกบันทึกในคริสต์ศตวรรษที่ 17 ระบุว่าเจ้าชายปรเมศวรเป็นรายาองค์สุดท้ายแห่งอาณาจักรสิงคปุระ พระเจ้าวิกรมวรรธนะ (Wikromwardhana) แห่งมัชปาหิตยกทัพเรือเข้าโจมตีเมืองสิงคปุระ รายาปรเมศวรสูญเสียเมืองสิงคปุระให้แก่ทัพเรือชวาและอาณาจักรสิงคปุระสิ้นสุดลง ในหนังสือเรื่อง"ซุมาโอเรียนตัล" (Suma Oriental) ของโตเมปิเรส (Tome Pires) นักเดินทางชาวโปรตุเกส ระบุว่าเจ้าชายปรเมศวรเป็นเจ้าชายจากเมืองปาเล็มบังของศรีวิชัย ซึ่งเจ้าชายปรเมศวรยกทัพเรือจากเมืองปาเล็มบังเข้ายึดเมืองสิงคปุระไว้ให้แก่ตนเอง แต่เนื่องจากเมืองสิงคปุระในขณะนั้นเป็นประเทศราชของสยาม ทัพเรือจากสยามจึงยกมาเข้ายึดเมืองสิงคปุระกลับคืนไป อาณาจักรสิงคปุระสิ้นสุดลงใน ค.ศ. 1398 จากการรุกรานของสยามหรือชวา ทำให้เจ้าชายปรเมศวรต้องเสด็จหลบหนีไปทางตะวันตกบนคาบสมุทรมลายู ไปยังแคว้นมูอาร์ (Muar) เจ้าชายปรเมศวรประทับใต้ต้นมะขามป้อม เมื่อสุนัขล่าเนื้อของเจ้าชายปรเมศวรไล่ติดตามละมั่งตัวหนึ่งปรากฏว่าละมั่งนั้นหายตัวไปเป็นสัญญาณมงคล เจ้าปรเมศวรจึงสร้างเมืองมะละกาขึ้นบริเวณต้นมะขามป้อมนั้นเป็นจุดกำเนิดของอาณาจักรมะละกา 
เศรษฐกิจของอาณาจักรมะละกาเกิดจากการควบคุมเส้นทางการค้าผ่านทางช่องแคบมะละกา รัฐมะละกาในสมัยแรกต้องเผชิญกับมหาอำนาจทั้งสองได้แก่สยามอาณาจักรอยุธยาจากทิศเหนือและชวามัชปาหิตจากทิศใต้ ใน ค.ศ. 1405 พระจักรพรรดิหย่งเล่อแห่งราชวงศ์หมิงส่งกองทัพเรือทูตนำโดยเจิ้งเหอ  มายังทะเลใต้ เจ้าชายปรเมศวรจึงหันไปผูกสัมพันธไมตรีกับจีนราชวงศ์หมิงเพื่อแสวงหาความคุ้มครองทางการเมืองคานอำนาจกับสยามและชวา ใน ค.ศ. 1411 เจ้าชายปรเมศวรพร้อมทั้งเชื้อวงศ์และขุนนางข้าราชการโดยสารติดไปกับกองเรือสำรวจของเจิ้งเหอเดินทางไปเข้าเฝ้าพระจักรพรรดิหย่งเล่อ
ในสมัยของรัฐมะละกาศาสนาอิสลามนิกายซุนหนี่ได้เผยแพร่มาถึงยังคาบสมุทรมลายู ผ่านทางเส้นทางการค้าขายกับชาวเปอร์เซียและอินเดีย โดยศาสนาอิสลามในมะละกาได้รับอิทธิพลจากรัฐสมุเดราปาไซ (Samudera-Pasai) ทางเหนือของเกาะสุมาตรา เอกสารทางประวัติศาสตร์ของรัฐอื่น ๆ ต่างระบุอ้างว่ารัฐของตนรับศาสนาอิสลามมาก่อนหน้ารัฐมะละกาแล้ว เช่น พงศาวดาร"ฮิกายะต์เมอรงมหาวังสา" (Hikayat Merong Mahawangsa) ของไทรบุรี ระบุว่ารัฐไทรบุรีนับถือศาสนาอิสลามมาตั้งแต่ ค.ศ. 1136 มีการค้นพบจารึกตรังกานู (Terengganu Inscription) ที่รัฐตรังกานู จารึกขึ้นใน ค.ศ. 1303 เป็นจารึกภาษามลายูคลาสสิก (Classical Malay) โดยมีการใช้อักษรยาวี (Jawi script) เป็นครั้งแรกซึ่งประยุกต์มาจากอักษรอาหรับมาเพื่อใช้เขียนภาษามลายู อาณาจักรมะละกาได้พัฒนาขึ้นเป็นศูนย์กลางทางการเมืองและวัฒนธรรมของโลกมลายู เมื่อมะละการับและส่งเสริมศาสนาอิสลามทำให้ศาสนาอิสลามสามารถประดิษฐานในโลกและวัฒนธรรมมลายู หนังสือ"ซุมาโอเรียนตัล"ของโตเมปิเรสระบุว่าโอรสของรายาปรเมศวรรับศาสนาอิสลามเป็นศาสนาประจำมะละกะและใช้ตำแหน่ง “สุลต่าน” เป็นผู้ปกครองรัฐมะละกา ทำให้มะละกากลายเป็นรัฐสุลต่าน (Sultanate) ในขณะที่"สยาราะห์มลายู"ระบุว่ามะละการับศาสนาอิสลามในสมัยของรายาองค์ที่สาม ผู้ซึ่งเปลี่ยนมาใช้ชื่อว่าสุลต่านมูฮาหมัดชาฮ์ (Muhammad Shah) ระบบราชการของรัฐมะละกาประกอบไปด้วยตำแหน่งต่าง ๆ ตำแหน่งสูงสุดคือเสนาบดีเรียกว่า"เบินดาฮารา" (Bendahara) ต่อมามีหัวหน้าองครักษ์เรียกว่า"ตำมะหงง" (Temenggong) แม่ทัพเรือเรียกว่า"ลักษมณา" (Laksamana) และเจ้ากรมท่าเรือเรียกว่า"ชาฮ์บันดาร์" (Syahbandar)
ในสมัยของสุลต่านมันซูร์ชาฮ์ (Mansur Shah) เป็นยุครุ่งเรืองของรัฐสุลต่านมะละกา สุลต่านมันซูร์ชาฮ์ประสบความสำเร็จในการขยายดินแดนข้ามฝั่งไปยังเกาะสุมาตรามีอำนาจเหนือแคว้นรีเอา (Riau) รวมทั้งเข้าครอบครองหมู่เกาะรีเอา (Riau islands) ในขณะที่รัฐมะละกากำลังเรืองอำนาจอยู่ทางใต้ของแหลมมลายูนั้น รัฐมลายูต่าง ๆ ในภาคเหนือได้แก่ ไทรบุรี และกลันตันซึ่งเดิมอยู่ภายใต้อำนาจของอาณาจักรนครศรีธรรมราช เมื่อนครศรีธรรมราชถูกรวมเข้ากับอาณาจักรอยุธยารัฐมลายูเหล่านั้นจึงขึ้นกับสยามอาณาจักรอยุธยาด้วย มีการส่งบรรณาการเป็นต้นไม้เงินต้นไม้ทองหรือเรียกว่า"บุหงามาศ" (Bunga mas) ให้แก่อยุธยาเป็นระยะ รัชสมัยของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถสยามอยุธยาส่งกองทัพเข้าโจมตีรัฐมะละกาทางบกซึ่งเอกสารฝ่ายไทยและฝ่ายมลายูให้รายละเอียดเหตุการณ์ต่างกัน "พงศาวดารฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม)" ระบุว่า "ศักราช ๘๐๓ ปีระกาตรีศก (ค.ศ. 1441) แต่งทัพไปเอาเมืองมะละกา" "พงศาวดารกรุงเก่าฉบับหลวงประเสริฐ"ระบุว่า "ศักราช ๘๑๗ กุนศก (ค.ศ. 1455) แต่งทัพให้ไปเอาเมืองมลากา" ส่วน"สยาระฮ์มลายู"กล่าวว่ากษัตริย์สยามพระนามว่าบูบันยาร์ (Bubanyar) ทรงแต่งทัพเข้ารุกรานมะละกาสองครั้ง ครั้งแรกนำโดยอาวีชาครี (Awi Chacri ออกญาจักรี?) ยกทางบกมายังเมืองปะหัง ครั้งที่สองนำโดยอาวีดีชู (Avidichu ออกญาเดโช?) ซึ่งทั้งสองครั้งแม่ทัพตุนเปรัก (Tun Perak) สามารถนำทัพมลายูขับทัพฝ่ายสยามออกไปได้
ใน ค.ศ. 1509 ทหารชาวโปรตุเกสชื่อ ดีโยกู ลอปึช ดึ ซึไกรา (Diogo Lopes de Sequeira) เดินทางมายังเมืองมะละกาเพื่อขอเจรจาเปิดเส้นทางการค้า แต่บรรดาพ่อค้าชาวอินเดียมุสลิมในมะละกามองว่าโปรตุเกสเป็นศัตรูทางการค้าและทางศาสนา จึงแนะนำให้สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ (Mahmud Shah) ต่อต้านอิทธิพลของโปรตุเกส สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์มีคำสั่งให้ลอบสังหารดึ ซึไกรา ดึ ซึไกราไหวตัวทันหลบหนีไปแต่ทางการมะละกาสามารถจับกุมชาวโปรตุเกสมาขังไว้บางส่วน ใน ค.ศ. 1511 อาฟงซู ดึ อัลบูแกร์กึ ข้าหลวงโปรตุเกสประจำเมืองกัว ยกทัพโปรตุเกสมายังเมืองมะละกาเพื่อเรียกร้องให้สุลต่านมะละกาปล่อยตัวชาวโปรตุเกส เมื่อสุลต่านไม่ยอมปล่อยตัวชาวโปรตุเกส ดึ อัลบูแกร์กึจึงยกทัพเข้าบุกยึดเมืองมะละกาได้อย่างรวดเร็ว สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์และครอบครัวหลบหนีออกจากเมืองมะละกา ทำให้รัฐสุลต่านมะละกาซึ่งดำรงอยู่มาเป็นเวลาประมาณหนึ่งร้อยปีสิ้นสุดลง สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์หลบหนีไปยังเมืองกัมปาร์ (Kampar) บนเกาะสุมาตราและอยู่ที่นั่นจนกระทั่งเสียชีวิต
รัฐยะโฮร์และอิทธิพลของชาวยุโรป.
การเสียเมืองมะละกาให้แก่โปรตุเกสทำให้เกิดสุญญากาศทางการเมืองและเปิดโอกาสให้ชาวยุโรปเข้ามามีอำนาจและอิทธิพลในภูมิภาค หลังจากที่สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์เสียชีวิตที่เมืองกัมปาร์ใน ค.ศ. 1528 บุตรชายคนที่สองของสุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์คือมูซัฟฟาร์ (Muzaffar) เดินทางไปตั้งตนเป็นสุลต่านขึ้นที่เปรัก เป็นสุลต่านคนแรกของรัฐสุลต่านเปรัก (Perak sultanate) และบุตรชายคนที่สามเดินทางไปตั้งตนเป็นสุลต่านขึ้นที่เมืองยะโฮร์ลามา (Johor Lama) เป็นสุลต่านอลาอุดดินรีอายะต์ชาฮ์ที่ 2 (Alauddin Riayat Shah II) สุลต่านคนแรกของรัฐสุลต่านยะโฮร์ (Johor sultanate) รัฐสุลต่านยะโฮร์สามารถดำรงรักษาดินแดนส่วนใหญ่ของรัฐมะละกาเอาไว้ได้ทั้งสองฝั่งของช่องแคบมะละกา และสืบทอดความเป็นศูนย์กลางทางการเมืองและการปกครองประเพณีวัฒนธรรมมาจากมะละกา อย่างไรก็ตามสมัยของรัฐสุลต่านยะโฮร์เป็นสมัยที่ขาดเสถียรภาพทางการเมืองจากภายคุกคามต่างชาติทำให้สุลต่านแห่งยะโฮร์ย้ายเมืองหลวงเป็นจำนวนมากกว่าสิบแห่งซึ่งแต่ละแห่งเป็นศูนย์กลางการปกครองของยะโฮร์เพียงชั่วคราวเท่านั้น
สงครามสามฝ่าย.
เมื่อชาวมลายูเสื่อมอำนาจลงในภูมิภาคทำให้รัฐสุลต่านอาเจะฮ์ (Aceh sultanate) ของชนชาติอาเจะฮ์ซึ่งอยู่ตอนเหนือของเกาะสุมาตราเรืองอำนาจขึ้น ใน ค.ศ. 1564 สุลต่านอลาอุดดินอัลกาฮาร์ (Alauddin al-Qahar) แห่งอาเจะฮ์ยกทัพเข้าบุกยึดเผาทำลายเมืองยะโฮร์ลามาและจับตัวสุลต่านอลาอุดดินรีอายะต์ชาฮ์แห่งยะโฮร์ไปประหารชีวิตที่เมืองอาเจะฮ์ ในสมัยต่อมาของสุลต่านอาลียัลลาอับดุลยาลีลชาฮ์ (Ali Jalla Abdul Jalil Shah) ฟืนฟูเมืองยะโฮร์ลามาขึ้นอีกครั้ง แต่ทัพเรือโปรตุเกสบุกเผาทำลายเมืองยะโฮร์ลามาอีกใน ค.ศ. 1587 สุลต่านอาลียัลลาฯจึงย้ายเมืองหลวงไปยังบาตูเซอวาร์ (Batu Sewar) สุลต่านอาลียัลลาฯมีบุตรชายสองคน คนโตขึ้นสืบทอดตำแหน่งสุลต่านชื่อว่าสุลต่านอัลลาอุดดินรีอายะต์ชาฮ์ที่ 3 (Alauddin Riayat Shah III) แห่งยะโฮร์ บุตรชายคนรองชื่อว่ารายาบงซู (Raja Bongsu) ในสมัยของสุลต่านอัลลาอุดดินฯที่สาม อำนาจการปกครองที่แท้จริงอยู่ที่รายาบงซูผู้เป็นน้องชาย รายาบงซูสร้างความสัมพันธกับฮอลันดาโดยการส่งคณะทูตไปยังประเทศเนเธอร์แลนด์ใน ค.ศ. 1603 และทำสนธิสัญญาทางการค้าและการทหารกับนายคอร์เนลิส มาเตเลียฟ เดอ ยอร์จ (Cornelis Matelief de Jorge) ข้าหลวงใหญ่ของฮอลันดาในภูมิภาคอินเดียตะวันออกใน ค.ศ. 1606 โดยที่ยะโฮร์ให้ความช่วยเหลือทางทหารและเป็นที่พักพิงแก่ทัพเรือฮอลันดาในการต่อสู้กับโปรตุเกส เพื่อเป็นการคานอำนาจกับกับโปรตุเกสและอาเจะฮ์ในภูมิภาค
สงครามระหว่างรัฐยะโฮร์ รัฐอาเจะฮ์ และโปรตุเกสที่เมืองมะละกา เรียกว่า สงครามสามฝ่าย (Triangular War) แม้ว่ารัฐยะโฮร์จะได้รับการสนับสนุนจากฮอลันดาแต่ก็ต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากรัฐอาเจะฮ์อย่างหนัก ใน ค.ศ. 1613 สุลต่านอิซกันดาร์มุดา (Iskandar Muda) แห่งอาเจะฮ์ยกทัพเข้ายึดเมืองบาตูเซอวาร์จับตัวรายาบงซูกลับไปและทำให้สุลต่านอลาอุดดินฯที่สามแห่งยะโฮร์ต้องหลบหนีเสียชีวิต ใน ค.ศ. 1615 สุลต่านอิซกันดาร์มุดาแห่งอาเจะฮ์นำตัวรายาบงซูกลับมาตั้งขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลเลาะฮ์มะอายะต์ชาฮ์ (Abdullah Ma’ayat Shah) แห่งยะโฮร์ และปีเดียวกันสุลต่านอิซกันดาร์มุดายกทัพเข้ายึดรัฐปะหังปลดสุลต่านวงศ์เดิมออกจากตำแหน่งและตั้งรายาบูยัง (Raja Bujang) บุตรชายของสุลต่านอลาอุดดินฯที่สามขึ้นเป็นสุลต่านแห่งปะหังแทน ใน ค.ศ. 1619 สุลต่านอิซกันดาร์มุดาบุกยึดเมืองไทรบุรี ใน ค.ศ. 1623 สุลต่านอับดุลเลาะฮ์มะอายะต์ฯเสียชีวิต รายาบูยังแห่งปะหังจึงขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ (Abdul Jalil Shah) แห่งยะโฮร์ต่อมา รัฐยะโฮร์และปะหังจึงผนวกรวมเข้าด้วยกันเป็นรัฐเดียว สุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ตั้งเมืองหลวงที่เกาะตัมเบอลัน (Tambelan Islands) ซึ่งอยู่ใกล้กับเกาะบอร์เนียวแห่งอันห่างไกลเพื่อหลีกเลี่ยงอำนาจของรัฐอะเจะฮ์ ต่อมาเมื่อฮอลันดาสามารถปราบปรามรัฐอะเจะฮ์ได้ อิทธิพลของรัฐอาเจะฮ์ในภูมิภาคมลายูจึงเสื่อมลง
ใน ค.ศ. 1641 สุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์ส่งแม่ทัพเรือ"ลักษมณา"ตุนอับดุลยามีล (Tun Abdul Jamil) เข้านำทัพเรือมลายูร่วมกับทัพเรือของฮอลันดาเข้าบุกยึดเมืองมะละกามาจากโปรตุเกสได้สำเร็จทำให้อิทธิพลของโปรตุเกสสิ้นสุดลง ฝ่ายยะโฮร์ยินยอมให้ฮอลันดาเข้าปกครองเมืองมะละกาต่อจากโปรตุเกสภายใต้เงื่อนไขว่าฮอลันดาจะได้ไม่แสวงหาขยายดินแดนเพิ่มเติมในแหลมมลายู เมื่ออำนาจของอาเจะฮ์และโปรตุเกสสิ้นไปแล้วสุลต่านอับดุลยาลีลชาฮ์จึงย้ายเมืองหลวงกลับมายังเมืองบาตูเซอวาร์ ขณะนั้นบนเกาะสุมาตรารัฐสุลต่านยัมบี (Jambi Sultanate) กำลังเรืองอำนาจขึ้น สุลต่านอับดุลยาลีลฯต้องการสานสัมพันธ์กับรัฐยัมบีจึงให้คำสัญญาว่าให้"ยัมตวนมุดา" (Yamtuan Muda) หรือทายาทสมรสกับบุตรสาวของสุลต่านแห่งยัมบี แต่ต่อมาสุลต่านอับดุลยาลีลฯผิดคำสัญญาให้"ยัมตวนมุดา"สมรสกับบุตรสาวของแม่ทัพเรือตุนอับดุลยามีลแทน นำไปสู่งสงครามยะโฮร์-ยัมบี (Johor-Jambi War) ใน ค.ศ. 1673 ทัพเรือยัมบีเข้าบุกยึดทำลายเมืองบาตูเซอวาร์สุลต่านอับดุลยามีลฯหลบหนีไปเมืองปะหังและเสียชีวิต "ยัมตวนมุดา"จึงขึ้นเป็นสุลต่านอิบราฮิมชาฮ์ (Ibrahim Shah) สุลต่านอิบราฮิมชาฮ์ว่าจ้างทหารรับจ้างชาวบูกิส (Bugis) มาจากทางตอนใต้ของเกาะสุลาเวสีมาเพื่อสู้รบกับทัพของรัฐยัมบีจนได้รับชัยชนะใน ค.ศ. 1679 หลังจากสิ้นสุดสงครามยะโฮร์-ยัมบีแล้วบรรดาทหารรับจ้าวชาวบูกิสไม่กลับถิ่นฐานของพวกตนแต่มาตั้งรกรากอยู่ที่แคว้นเซอลาโงร์ 
วงศ์เบินดาฮาราและอิทธิพลของชนชาติบูกิส.
สุลต่านอิบราฮิมชาฮ์ถูกวางยาพิษเสียชีวิตใน ค.ศ. 1685 บุตรชายขึ้นเป็นสุลต่านต่อมาชื่อว่าสุลต่านมาฮ์มุดที่สอง (Mahmud II) สุลต่านมาฮ์มุดมีพฤติกรรมวิปลาสและโหดเหี้ยม ขุนนางชื่อว่าเมอกะต์ศรีราม (Megat Sri Rama) จึงทำการลอบสังหารสุลต่านมาฮ์มุดใน ค.ศ. 1699 บรรดาขุนนางยกเสนาบดี"เบินดาฮารา"ตุนอับดุลยาลีล (Tun Abdul Jalil) ขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลยาลิลชาฮ์ (Abdul Jalil Shah) ทำให้วงศ์มะละกา (Melaka dynasty) ซึ่งปกครองรัฐยะโฮร์มาเป็นเวลาประมาณหนึ่งร้อยเจ็ดสิบปีสิ้นสุดลง วงศ์เบินดาฮารา (Bendahara dynasty) ขึ้นครองรัฐสุลต่านยะโฮร์ต่อมา อย่างไรก็ตามมีชายผู้หนึ่งจากเมืองซีอะก์ (Siak) บนเกาะสุมาตราชื่อว่ารายาเกอซิล (Raja Kecil) อ้างตนเป็นบุตรชายของสุลต่านมาฮ์มุดซึ่งถูกลอบสังหารไปนั้น รายาเกอซิลได้รับการสนับสนุนจากชาวมินังกาเบา (Minangkabau) ซึ่งอพยพจากเกาะสุมาตรามาตั้งถิ่นฐานอยู่ที่ดินแดนบริเวณรัฐเนอเกอรีเซิมบีลันในปัจจุบัน รายาเกอซิลนำทัพมินังกาเบาเข้าชิงตำแหน่งสุลต่านจากสุลต่านอับดุลยาลีลฯใน ค.ศ. 1718 ปลดสุลต่านอับดุลยาลีลฯออกจากตำแหน่ง อดีตสุลต่านอับดุลยาลีลฯหลบหนีไปยังเมืองปะหังเพื่อสะสมกำลังทหาร สุลต่านรายาเกอซิลส่งคนไปลอบสังหารอดตสุลต่านอับดุลยาลีลฯใน ค.ศ. 1721 และจับตัวบุตรชายของอับดุลยาลีลฯคือสุลัยมานกลับมา ปีต่อมา ค.ศ. 1712 ดาเอ็งปารานี (Daeng Parani) ผู้นำของชนชาติบูกิสยกทัพของชาวบูกิสเข้ายึดอำนาจปลดสุลต่านรายาเกอซิลออกจากตำแหน่งสุลต่าน และยกตำแหน่งสุลต่านให้แก่สุลัยมาน เป็นสุลต่านสุลัยมานบัดรุลอลัมชาฮ์ (Suleiman Badrul Alam Shah) วงศ์เบินดาฮาราจึงกลับมาปกครองยะโฮร์อีกครั้ง ฝ่ายรายาเกอซิลหลบหนีกลับไปยังเมืองซีอะก์และตั้งตนขึ้นเป็นสุลต่านที่เมืองซีอะก์ ก่อตั้งรัฐสุลต่านซีอะก์ศรีอินทรปุระ (Sultanate of Siak Sri Indrapura) แยกดินแดนบนเกาะสุมาตราทั้งหมดของรัฐยะโฮร์ออกไปเป็นอิสระ
เนื่องจากชาวบูกิสซึ่งมีผู้นำคือดาเอ็งปารานีมีบทบาทช่วยเหลือสุลต่านสุลัยมานฯในการยึดอำนาจจากรายาเกอซิล สุลต่านสุลัยมานฯจึงมอบรางวัลและอำนาจให้แก่ชาวบูกิสอย่างมาก สุลต่านสุลัยมานฯแต่งตั้งให้น้องชายของดาเอ็งปารานีเชื่อว่าดาเอ็งเมอเรอวะฮ์ (Daeng Merewah) ให้ดำรงตำแหน่งเป็น"ยัมตวนมุดา"หรือผู้สำเร็จราชการแทนสุลต่าน ทำให้ชาวบูกิสเรืองอำนาจขึ้นมีบทบาทในการปกครองและการเมืองของรัฐยะโฮร์ ในสมัยของวงศ์เบินดาฮาราสุลต่านแห่งยะโฮร์เป็นเพียงหุ่นเชิดเท่านั้น อำนาจการปกครองที่แท้จริงอยู่ที่"ยัมตวนมุดา"ซึ่งเป็นตำแหน่งที่ครอบครองโดยชาวบูกิสและสืบตำแหน่งทางสายเลือด ใน ค.ศ. 1743 "ยัมตวนมุดา"ดาเอ็งเชอละก์ (Daeng Chelak) ให้บุตรชายของตนคือรายาลูมู (Raja Lumu) เข้าปกครองแคว้นเซอลาโงร์ซึ่งมีชาวบูกิสอาศัยอยู่จำนวนมาก ต่อมารายาลูมูเข้าช่วยเหลือสุลต่านแห่งเปรักในการชิงอำนาจภายใน สุลต่านแห่งเปรักจึงตั้งให้รายาลูมูเป็นสุลต่านซาเลอฮุดดิน (Sallehuddin) แห่งเซอลาโงร์ เป็นปฐมสุลต่านแห่งรัฐสุลต่านเซอลาโงร์ (Sultanate of Selangor) สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ที่ 3 (Mahmud Shah III) แห่งยะโฮร์พยายามลดอำนาจของบูกิสด้วยความช่วยเหลือของฮอลันดาโดยการตกลงสัญญาทางการทหารกับฮอลันดาใน ค.ศ. 1784 เมื่อได้รับการสนับสนุนจากฮอลันดาสุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์จึงประกาศปลดชาวบูกิสออกจากตำแหน่ง"ยัมตวนมุดา"และขับชาวบูกิสออกจากรัฐยะโฮร์ อิทธิพลของชาวบูกิสที่ปกครองยะโฮร์เป็นเวลานานทำให้อำนาจของสุลต่านเสื่อมลงและขุนนางท้องถิ่นต่างแยกตัวเป็นอิสระ เสนาบดี"เบินดาฮารา"มีอำนาจขึ้นที่เมืองปะหัง ในขณะที่ขุนนาง"ตำมะหงง"ปกครองสิงคโปร์
อิทธิพลของสยามและอังกฤษเหนือรัฐไทรบุรี.
หลังจากการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองใน ค.ศ. 1767 ทำให้รัฐสุลต่านมลายูทางตอนเหนือได้แก่ไทรบุรี กลันตัน และตรังกานูเป็นอิสระจากอิทธิพลของสยามเป็นการชั่วคราว ใน ค.ศ. 1786 นายฟรานซิส ไลต์ (Francis Light) ชาวอังกฤษเข้าพบสุลต่านอับดุลเลาะฮ์มุกการัมชาฮ์ (Abdullah Mukkaram Shah) แห่งไทรบุรี เพื่อเจรจาขอดินแดนเกาะปีนังหรือเกาะหมากให้แก่อังกฤษ โดยที่นายฟรานซิสไลต์ให้การตอบแทนแก่สุลต่านแห่งไทรบุรีด้วยสัญญาทางทหารว่าหากไทรบุรีถูกทัพสยามเข้ารุกรานอังกฤษจะให้การช่วยเหลือ สุลต่านอับดุลเลาะฮ์มุกการัมฯแห่งไทรบุรีจึงยินยอมยกเกาะปีนังให้แก่อังกฤษ นายฟรานซิสไลต์ตั้งชื่อเกาะปีนังว่า "เกาะเจ้าชายแห่งเวลส์" (Prince of Wales) และตั้งเมืองขึ้นใหม่บนเกาะเจ้าชายแห่งเวลส์ชื่อว่าเมืองจอร์จทาวน์ (Georgetown) ตั้งชื่อตามพระนามของพระเจ้าจอร์จที่ 4 แห่งสหราชอาณาจักรซึ่งในขณะนั้นดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าชายแห่งเวลส์ แต่ในปีเดียวกันนั้นเองกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาททรงยกทัพเข้ายึดเมืองปัตตานี ทำให้สุลต่านอับดุลเลาะฮ์มุกการัมฯเกรงกลัวอิทธิพลของสยามจึงร้องขอความคุ้มครองทางทหารจากอังกฤษ แต่เนื่องจากนายฟรานซิสไลต์กระทำเจรจากับรัฐไทรบุรีการโดยพลการและไม่ได้ขอความเห็นชอบจากบริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษ (British East India Company) ที่เมืองกัลกัตตา ทำให้นายฟรานซิสไม่สามารถมอบกำลังทหารให้แก่สุลต่านไทรบุรีได้ สุลต่านอับดุลเลาะฮ์มุกการัมฯมีความโกรธเคืองว่าอังกฤษไม่ทำตามสัญญาจึงยกทัพเข้ายึดเกาะปีนังคืนแต่พ่ายแพ้แก่กองเรือของอังกฤษ นำไปสู่การเจรจาสงบศึกโดยไทรบุรีจำยอมยกดินแดนเพิ่มเติมบนแผ่นดินไทรบุรีเรียกว่าเซอเบอรังเปไร (Seberang Perai) ให้แก่อังกฤษ ซึ่งฟรานซิสไลต์ตั้งชื่อดินแดนใหม่นี้ว่าโพรวินซ์เวลซ์เลย์ (Province Wellesley) หรือจังหวัดเวลซ์เลย์ เมื่อไม่ได้รับความคุ้มครองจากอังกฤษรัฐไทรบุรีจึงกลับมาอยู่ในอิทธิพลของสยามอีกครั้งในสมัยรัตนโกสินทร์เฉกเช่นเดียวกับกลันตันและตรังกานู เกาะเจ้าชายแห่งเวลส์และโพรวินซ์เวลซ์เลย์เป็นดินแดนอาณานิคมแห่งแรกของอังกฤษในแหลมมลายูและในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
ใน ค.ศ. 1820 สุลต่านอาหมัดทัจอุดดินฮาลิมชาฮ์ที่ 2 (Ahmad Tajuddin Alim Shah II) แห่งไทรบุรี หรือเอกสารไทยเรียกว่า "ตวนกูปะแงหรัน" (Tunku Pangeran) หยุดส่ง"บุหงามาศ"ให้แก่กรุงเทพและแข็งเมืองเป็นอิสระ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยจึงมีพระราชโอการให้เจ้าพระยานครศรีธรรมราช (น้อย) ยกทัพเรือจากเมืองท่าสงขลาและสตูลเข้าบุกโจมตียึดเมืองอาโลร์เซอตาร์ (Alor Setar) เมืองหลวงของไทรบุรีได้สำเร็จใน ค.ศ. 1821 สุลต่านอาหมัดทัจอุดดินฯหลบหนีไปเกาะปีนังอยู่กับอังกฤษ รัฐไทรบุรีถูกผนวกรวมเข้ากับนครศรีธรรมราชปกครองโดยตรงทำให้ไทรบุรีไม่มีสุลต่านปกครองเป็นเวลาประมาณยี่สิบปี พระยาอภัยธิเบศร์ (แสง) บุตรชายของเจ้าพระยานครฯเป็นพระยาไทรบุรี จนกระทั่งเกิดกบฏหวันหมาดหลีใน ค.ศ. 1830 ทัพเรือสลัดมลายูสามารถเข้ายึดเมืองอาโลร์เซอตาร์คืนจากสยามได้ พระยาอภัยธิเบศร์ต้องถอยออกจากเมือง พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงมีพระราชโองการโปรดฯให้พระยาราชพิพัฒน์รัตนราชโกษา (ทัต บุนนาค) ยกทัพเข้าสมทบกับทัพของเจ้าพระยานครฯในการปราบกบฏไทรบุรี ทัพสยามสามารถเข้ายึดเมืองอาโลร์เซอตาร์และปราบทัพเรือสลัดได้สำเร็จ ฝ่ายสยามจึงจัดระเบียบการปกครองไทรบุรีเสียใหม่ใน ค.ศ. 1843 โดยการแบ่งไทรบุรีออกเป็นสี่ส่วนได้แก่ กูบังปาซู สตูล ปะลิส และไทรบุรีเดิม
ยะโฮร์มอบสิงคโปร์ให้อังกฤษ.
สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ที่สามแห่งยะโฮร์มีบุตรชายสองคน บุตรชายคนโตชื่อว่าเต็งกูฮุสเซ็น (Tengku Hussein) และบุตรชายคนรองชื่อว่าอับดุลราะฮ์มาน (Abdul Rahman) ใน ค.ศ. 1812 ขณะที่เต็งกูฮุสเซ็นกำลังพำนักอยู่ที่เมืองปะหังนั้น สุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์เสียชีวิต ตามประเพณีของมลายูผู้ดำรงตำแหน่งสุลต่านคนต่อไปต้องเข้าร่วมงานศพของสุลต่านคนก่อนหน้าจึงจะสามารถสืบทอดตำแหน่งสุลต่านต่อไปได้ "ยัมตวนมุดา"ชาวบูกิสชื่อว่ารายายาอะฟาร์ (Raja Ja’afar) ฉวยโอกาสนี้ปิดบังข่าวการเสียชีวิตของสุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ไม่ให้เต็งกูฮุสเซ็นทราบ เต็งกูฮุสเซ็นจึงไม่ได้เข้าร่วมงานศพของสุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ รายายาอะฟาร์จึงยกตำแหน่งสุลต่านให้แก่อับดุลราะฮ์มานบุตรชายคนรองของสุลต่านมาฮ์มุดชาฮ์ขึ้นเป็นสุลต่านอับดุลราะฮ์มันมูอัซซัมชาฮ์ (Abdul Rahman Muazzam Shah) เพื่อเป็นหุ่นเชิดของตนในการที่จะฟื้นฟูอำนาจของชาวบูกิสขึ้นมาอีกครั้ง ฝ่ายเต็งกูฮุสเซ็นทราบข่าวการยึดอำนาจจึงพำนักอยู่ที่เมืองปะหังต่อไปเพื่อหลีกเลี่ยงภัยทางการเมือง นายสแตมฟอร์ด แรฟเฟิลส์ (Stamford Ruffles) ชาวอังกฤษมีความเห็นว่าอังกฤษควรจะมีฐานที่มั่นทางการค้าและการทหารในภูมิภาคแหลมมลายู จึงเดินทางมาเข้าพบกับ"ตำมะหงง"อับดุลราะฮ์มาน (Abdul Rahman) ซึ่งปกครองเกาะสิงคโปร์ในขณะนั้นและเป็นผู้ให้การสนับสนุนแก่เต็งกูฮุสเซ็น สแตมฟอร์ด แรฟเฟิลส์ ยื่นข้อเสนอที่จะสนับสนุนเต็งกูฮุสเซ็นขึ้นเป็นสุลต่าน "ตำมะหงง"อับดุลราะฮ์มานจึงเดินทางไปเชิญเต็งกูฮุสเซ็นมายังเกาะสิงคโปร์ และสแตมฟอร์ดแรฟเฟิลส์จึงประกาศให้เต็งกูฮุสเซ็นขึ้นเป็นสุลต่านฮุสเซ็นชาฮ์ (Hussein Shah) ที่สิงคโปร์ ซึ่งนายแรฟเฟิลส์ได้รับการตอบแทนด้วยการที่อังกฤษเข้ามาตั้งรกรากอาณานิคมบนเกาะสิงคโปร์
ฝ่ายฮอลันดาไม่พอใจที่อังกฤษเข้ามาแทรกแซงการเมืองภายในของรัฐยะโฮร์จึงให้การสนับสนุนแก่สุลต่านอับดุลราะฮ์มาน ใน ค.ศ. 1822 ฮอลันดาประกาศให้สุลต่านอับดุลราะฮ์มานเป็นสุลต่านโดยชอบธรรมถูกต้องตามประเพณีที่เกาะลิงกาในทะเล เกิดเป็นรัฐสุลต่านริเอา-ลิงกา (Sultanate of Riau-Lingga) ความขัดแย้งทางการเมืองระหว่างอังกฤษและฮอลันดาในภูมิภาคมลายูนำไปสู่สนธิสัญญาอังกฤษ-ฮอลันดาปี ค.ศ. 1824 (Anglo-Dutch Treaty of 1824) แบ่งเขตอิทธิพลระหว่างอังกฤษและฮอลันดา โดยที่ฮอลันดาสละยกดินแดนทุกส่วนในแหลมลายูรวมทั้งเมืองมะละกาให้แก่อังกฤษ ในขณะที่ฮอลันดายังคงมีอิทธิพลเหนือหมู่เกาะริเอาและเกาะลิงกา สนธิสัญญาฉบับนี้ทำให้รัฐยะโฮร์ถูกแบ่งออกเป็นสองส่วนได้แก่ ส่วนของแหลมลายูซึ่งปกครองโดยสุลต่านฮุสเซ็นชาฮ์ภายใต้อิทธิพลของอังกฤษกลายเป็นดินแดนของประเทศมาเลเซียในปัจจุบัน และส่วนหมู่เกาะรีเอาและเกาะลิงกาปกครองโดยสุลต่านอับดุลเราะฮ์มานภายใต้อิทธิพลของฮอลันดา กลายเป็นดินแดนของประเทศอินโดนีเซียในปัจจุบัน
มลายาของอังกฤษ.
สนธิสัญญาอังกฤษ-ฮอลันดา ค.ศ. 1824 ฮอลันดายกเมืองมะละกาซึ่งเป็นฐานการปกครองหลักของตนเองในแหลมมลายูให้แก่อังกฤษ ทำให้ฮอลันดาสิ้นอิทธิพลไปจากแหลมมลายูและอังกฤษสามารถเข้ามาขยายอำนาจในดินแดนแหลมมลายูได้อย่างเต็มที่ ใน ค.ศ. 1826 บริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษซึ่งมีอำนาจปกครองอาณานิคมในแหลมมลายูรวบรวมเมืองต่าง ๆ ของอังกฤษประกอบด้วยเกาะปีนัง เขตโพรวินซ์เวลซ์เลย์จากไทรบุรี เมืองมะละกาจากฮอลันดา และเกาะสิงคโปร์ซึ่งได้มาจากรัฐสุลต่านยะโฮร์ รวมกันกลายเป็นอาณานิคมช่องแคบ (Strait Settlements) เป็นจุดเริ่มต้นของอาณานิคมของอังกฤษในแหลมมลายู หรือเรียกว่ามลายาของอังกฤษ (British Malaya) ซึ่งจะพัฒนาไปเป็นประเทศมาเลเซียในที่สุด ในระยะแรกอาณานิคมของอังกฤษมีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมืองจอร์จทาวน์บนเกาะปีนัง แต่ต่อใน ค.ศ. 1832 ย้ายศูนย์การปกครองไปยังสิงคโปร์ อังกฤษสนใจแร่ดีบุกซึ่งพบมากทางภาคตะวันตกของแหลมมลายู ซึ่งอังกฤษต้องการแร่ดีบุกเพื่อป้อนให้แก่การปฏิวัติอุตสาหกรรม อังกฤษจ้างชาวจีนฮกเกี้ยนและชาวจีนแต้จิ๋วเข้ามาเป็นแรงงานขุดเหมืองแร่ดีบุก ทำให้ชาวจีนเข้ามาตั้งถิ่นฐานตามแหล่งขุดเหมืองดีบุกเป็นจำนวนมาก
เนื่องจากในเวลานั้นสถานการณ์ทางการเมืองในแหลมมลายูโดยรวมขาดเสถียรภาพแบ่งออกเป็นรัฐต่าง ๆ มีความขัดแย้งทางการเมืองบ่อยครั้ง อังกฤษจึงอาศัยโอกาสเข้าแทรกแซงทางการเมืองในรัฐมลายูต่าง ๆ ใน ค.ศ. 1861 เกิดความขัดแย้งระหว่างสมาคมอั่งยี่ชาวจีนสองกลุ่มในรัฐสุลต่านเปรักเกี่ยวกับสิทธิ์การขุดดีบุก และความขัดแย้งระหว่างรายาในการแย่งชิงตำแหน่งสุลต่านแห่งเปรัก นำไปสู่สงครามลารุต (Larut Wars) ในรัฐเปรัก สงครามกินเวลายืดเยื้อสิบสามปีสร้างความเสียหายแก่อุตสาหกรรมดีบุก อังกฤษจึงเข้าไกล่เกลี่ยยุติข้อพิพาทใน ค.ศ. 1874 นำไปสู่สนธิสัญญาปังโกร์ (Pangkor Treaty of 1874) ซึ่งอังกฤษยกรายาอับดุลเลาะฮ์ขึ้นเป็นสุลต่านแห่งเปรักภายใต้เงื่อนไขว่าอังกฤษส่ง “ผู้กำกับดูแลราชการ” (Resident) เข้าควบคุมการปกครองของรัฐเปรัก รวมทั้งรัฐเปรักยกดินแดนดิงดิง (Dingding) และเกาะปังโกร์ (Pangkor) ให้แก่อังกฤษ สนธิสัญญาปังโกร์มีความสำคัญเนื่องจากเป็นครั้งแรกที่อังกฤษส่งตัวแทนเข้าควบคุมรัฐมลายูทำให้รัฐเปรักสูญเสียอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐแรก ต่อมาในรัฐเซอลาโงร์มีแคว้นกลัง (Klang) ซึ่งเป็นดินแดนที่อุดมสมบูรณ์ไปด้วยแร่ดีบุกมีชาวมลายูและชาวจีนอพยพเข้ามาตั้งรกรากจำนวนมากนำไปสู่การเกิดเมืองกัวลาลัมเปอร์ (Kuala Lampur) ซึ่งเป็นเมืองที่เติบโตขึ้นจากการขุดแร่ดีบุก ใน ค.ศ. 1867 เกิดความขัดแย้งแย่งชิงตำแหน่งผู้ครองแคว้นกลังซึ่งได้รับผลประโยชน์จากการขุดดีบุกจำนวนมหาศาล นำไปสู่สงครามกลัง (Klang War) หรือสงครามกลางเมืองเซอลาโงร์ (Selangor Civil War) อังกฤษเข้าแทรกแซงจนสงครามยุติลงใน ค.ศ. 1874 และรัฐสุลต่านเซอลาโงร์เสียอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐที่สอง โดยอังกฤษส่งผู้กำกับราชการเข้ามาในรัฐเซอลาโงร์ ความขัดแย้งระหว่าง"ดาโต๊ะ"สองคนในเมืองสุไหงอูจง (Sungai Ujong) ในเรื่องการขุดดีบุกทำใหอังกฤษเข้าควบคุมรัฐเนอเกอรีเซิมบีลันเป็นรัฐที่สาม
อุตสาหกรรมแร่ดีบุกทำให้มีชาวจีนอพยพมาอาศัยอยู่ในมาเลเซียจำนวนมากโดยเฉพาะที่เกาะปีนัง เมืองกัวลาลัมเปอร์ และเมืองสิงคโปร์ ส่งผลให้ในปัจจุบันเมืองเหล่านี้มีประชากรชาวจีนโพ้นทะเลจำนวนมาก การเข้ามาของชาวจีนทำให้เกิดสมาคมอังยี่ขึ้น สุลต่านมลายูรัฐต่าง ๆ และทางการอาณานิคมอังกฤษจึงแต่งตั้งหัวหน้าชาวจีนขึ้นดำรงตำแหน่งเป็น"กาปิตันจีน" (Kapitan Cina) เพื่อควบคุมดูแลชาวจีนในสังกัด ซึ่ง"กาปิตีนจีน"เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาเมืองต่าง ๆ ให้เจริญได้แก่ "กาปีตันจีน"โกะเลย์ฮวน (Koh Lay Huan ภาษาฮกเกี้ยน: 辜禮歡 "Ko͘ Lé-hoan") ซึ่งอพยพมาจากเมืองจีนมาอยู่ที่นครศรีธรรมราชจากนั้นมาพัฒนาเกาะปีนัง และ"กาปีตันจีน"หยิบอาหล่อย (Yap Ah Loy ภาษากวางตุ้ง: 葉亞來 "่jip6 aa3 loi4") ผู้พัฒนาเมืองกัวลาลัมเปอร์
ในรัฐปะหังเสนาบดีตำแหน่ง"เบินดาฮารา"ของยะโฮร์ได้ตั้งตนขึ้นเป็นอิสระโดยขึ้นกับสุลต่านแห่งยะโฮร์ในพิธีการเท่านั้น ต่อมา"เบินดาฮารา"แห่งปะหังตั้งตนขึ้นเป็น"รายาเบินดาฮารา" (Raja Bendahara) ใน ค.ศ. 1857 เกิดสงครามกลางเมืองปะหัง (Pahang Civil War) เป็นการแย่งชิงตำแหน่ง"รายาเบินดาฮารา"ผู้ปกครองรัฐปะหังระหว่างหวันอาหมัด (Wan Ahmad) ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากกรุงเทพฯ และตุนมาฮาดีร์ (Tun Mahathir) ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากอังกฤษและรัฐยะโฮร์ แม้ว่าฝ่ายตุนมาฮาดีร์จะพ่ายแพ้และหวันอาหมัดได้ตำแหน่ง"รายาเบินดาฮารา"ไปครอบครอง แต่ฝ่ายอังกฤษก็ยอมรับหวันอาหมัดในฐานะเจ้าครองเมืองปะหัง ใน ค.ศ. 1881 "รายาเบินดาฮารา"หวันอาหมัดตั้งตนขึ้นเป็นสุลต่านอาหมัดอัลมูอัซซัมชาฮ์ (Ahmad Al-Mu’azzam Shah) แห่งรัฐสุลต่านปะหัง และใน ค.ศ. 1888 สุลต่านอาหมัดอัลมูอัซซัมฯยินยอมยกอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐที่สี่โดยอังกฤษส่งผู้กำกับราชการเข้ามาควบคุม
ใน ค.ศ. 1895 อังกฤษจัดตั้งสหพันธรัฐมลายู (Federation of Malay States) เพื่อรวบรวมการปกครองของรัฐทั้งสี่ภายใต้อำนาจของอังกฤษประกอบด้วยรัฐเปรัก รัฐเซอลาโงร์ รัฐเนอเกอรีเซมบีลัน และรัฐปะหัง เข้าเป็นหนึ่งเดียวกันโดยมีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมืองกัวลาลัมเปอร์ ผู้นำสุลต่านและ"ยัมตวน"ของรัฐทั้งสี่ยังคงดำรงตำแหน่งไว้เช่นเดิมในทางพิธีการมีการจัดตั้งสภาผู้ปกครอง (Council of Rulers) หรือสภาดูร์บาร์ (Durbar) ประกอบด้วยผู้นำของรัฐทั้งสี่ แต่ในทางปฏิบัติอำนาจการปกครองที่แท้จริงอยู่ที่ทางการอาณานิคมอังกฤษ ใน ค.ศ. 1909 รัชกาลสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สนธิสัญญาระหว่างสยามและอังกฤษ (Anglo-Siamese Treaty of 1909) รัฐมลายูทั้งสี่ได้แก่ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และปะลิส เข้ามาอยู่ในอิทธิพลของอังกฤษ อังกฤษจึงส่งผู้กำกับราชการเข้าไปยังรัฐใหม่ทั้งสี่นี้ และใน ค.ศ. 1914 รัฐยะโฮร์ยินยอมรับผู้กำกับราชการของอังกฤษเป็นรัฐสุดท้าย ทำให้อังกฤษมีอำนาจปกครองเหนือตลอดแหลมมลายู ทำให้รัฐต่าง ๆ ในมลายาแบ่งเป็นสองกลุ่มได้แก่ กลุ่มรัฐในสมาพันธรัฐ (Federated States) ประกอบด้วยเปรัก เซอลาโงร์ เนอเกอรีเซมบิลัน และปะหัง เป็นกลุ่มที่อังกฤษมีอำนาจปกครองอย่างแท้จริงโดยประมุขของรัฐมีหน้าที่ทางพิธีการเท่านั้น และกลุ่มรัฐที่ไม่ได้ร่วมสมาพันธ์ (Unfederated States) ประกอบด้วยไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ปะลิส และยะโฮร์ ซึ่งอังกฤษเพียงแต่ส่งผู้กำกับราชการเข้าดูแลไม่เข้มงวดเท่ารัฐในสมาพันธ์ฯสุลต่านยังมีอำนาจปกครองอยู่บ้าง