ยุคเอโดะ

ยุคเอโดะ (; โรมาจิ: "Edo-jidai") หรือ ยุคโทกูงาวะ (徳川時代 Tokugawa-jidai; ค.ศ. 1603 - ค.ศ. 1868) คือยุคที่มีไดเมียวตระกูลโทกูงาวะเป็นโชกุน เริ่มเมื่อโทกูงาวะ อิเอยาซุ ได้รวบอำนาจและตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นที่เอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) ใน ค.ศ. 1603 และหลังจากนั้นอีก 260 ปี การปกครองทั้งหลายก็ตกอยู่ในอำนาจของตระกูลโทกูงาวะ รัฐบาลเอโดะได้ลิดรอนอำนาจจากจักรพรรดิ เชื้อพระวงศ์ และพระสงฆ์จนหมดสิ้น และปกครองเกษตรกรไปทีละเล็กละน้อย เมื่อเกษตรกรอันเป็นฐานอำนาจของรัฐบาลเอโดะยากจนลงจนเดือดร้อน การปกครองของตระกูลโทกูงาวะก็เริ่มสั่นคลอนลงตั้งแต่เข้าศตวรรษที่ 19 
ยุคนี้เป็นยุคที่วัฒนธรรมของราษฎรสามัญเจริญจนถึงที่สุด ตั้งแต่ปลายศตวรรษที่ 17 จนถึงต้นศตวรรษที่ 18 เป็นยุคของวัฒนธรรมเก็นโรกุ (元禄文化 Genroku-bunka) ซึ่งเป็นของนักรบผสมกับราษฎรสามัญ มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองใหญ่ ๆ อย่างเกียวโตหรือโอซากะ เอกลักษณ์คือละครหุ่น ละครคาบูกิ และหัตถกรรมต่าง ๆ มีศิลปินกำเนิดจากราษฎรสามัญมากมาย เช่น นักเขียนอย่างอิฮาระ ไซกากุ (井原西鶴 Ihara Saikaku) นักกลอนไฮกุอย่างมัตสึโอะ บาโช (松尾芭蕉 Matsuo Bashou) นักแต่งบทละครหุ่น ละครคาบูกิอย่างชิกามัตสึ มนซาเอมง (近松門左衛門 Chikamatsu Monzaemon) จนเมื่อศตวรรษที่ 19 ศูนย์กลางของวัฒนธรรมได้ย้ายไปอยู่เอโดะ เป็นยุคของวัฒนธรรม คะเซ (化政文化 Kasei-bunka) ซึ่งเป็นวัฒนธรรมของชนชาวเมือง อันได้แก่ นวนิยาย ละครคาบูกิ ภาพอูกิโยะ บุนจิงงะ เป็นต้น 
การศึกษาและวิชาการก็เจริญรุ่งเรือง ชนชั้นนักรบเล่าเรียนปรัชญาของขงจื๊อและหลักคำสอนจูจื่อ (朱子学 Shushi-gaku) ซึ่งเป็นปรัชญาพื้นฐานที่ค้ำจุนการปกครองของรัฐบาลเอโดะ การศึกษาเกี่ยวกับญี่ปุ่นและดัตช์ (ฮอลันดา) (蘭学 Ran-gaku) เจริญรุ่งเรืองตั้งแต่ศตวรรษที่ 18 เป็นต้นมา มีการเปิดโรงเรียนตามหัวเมืองต่าง ๆ เพื่อลูกหลานของชนชั้นนักรบ ราษฎรสามัญเองก็นิยมส่งลูกหลานเรียนหนังสือเช่นกัน
ประวัติศาสตร์.
ใน ค.ศ. 1600 ยุทธการที่เซกิงาฮาระ (; โรมาจิ: "Sekigahara-no-tatakai") ทำให้โทกูงาวะ อิเอยาซุ ไดเมียวผู้มีอำนาจหลังจากการอสัญกรรมของไทโกโทโยโตมิ ฮิเดโยชิ (; โรมาจิ: "Toyotomi Hideyoshi") กลายเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยเบ็ดเสร็จปราศจากไดเมียวที่จะท้าทายอำนาจ และอิเอยาซุยังสามารถอ้างการสืบเชื้อสายจากตระกูลมินาโมโตะโบราณได้ จึงได้รับการแต่งตั้งจากราชสำนักเกียวโตให้เป็น"เซอิไทโชกุน" (; โรมาจิ: "Seii Taishōgun") ใน ค.ศ. 1603 เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลเอโดะหรือ "เอโดบากูฟุ" (; โรมาจิ: "Edo bakufu") ที่ปกครองโดยตระกูลโทกูงาวะเป็นระยะเวลาประมาณสองร้อยห้าสิบปี 
การติดต่อกับชาวตะวันตกและการปิดประเทศ.
ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่สิบเจ็ด ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษได้เข้ามาติดต่อค้าขายที่เมืองนางาซากิ ซึ่งโชกุนอิเอยาซุก็ได้ให้การต้อนรับอย่างดี ด้วยเหตุที่ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษเข้ามาทำการค้าขายเพียงอย่างเดียวไม่เผยแผ่ศาสนา ในค.ศ. 1604 โชกุนอิเอยาซุมีคำสั่งให้วิลเลียม อดัมส์ (William Adams) ต่อเรือแบบตะวันตกให้แก่ญี่ปุ่นครั้งแรก และอนุญาตให้ชนชั้นพ่อค้าล่องเรือออกไปค้าขายยังอาณาจักรต่างๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ได้ เรียกว่าเรือตราแดงหรือ"ชูอินเซ็ง" (; โรมาจิ: "Shuinsen") ทำให้พ่อค้าชาวญี่ปุ่นเป็นคู่แข่งรายสำคัญของชาวฮอลันดาในภูมิภาค และใน ค.ศ. 1609 โอโงโชอิเอยาซุได้ออกประกาศอนุญาตให้บริษัทอินเดียตะวันออกของดัตช์เข้ามาตั้งสถานีการค้าที่เมืองฮิราโดะ (; โรมาจิ: "Hirado") ใกล้กับเมืองนางาซากิ และใน ค.ศ. 1613 ไดเมียวดาเตะ มาซามูเนะ (; โรมาจิ: "Date Masamune") ได้ส่งฮาเซกูระ สึเนนางะ (; โรมาจิ: "Hasekura Tsunenaga") ไปเจริญสัมพันธไมตรีกับชาติต่าง ๆ ในทวีปยุโรป เรียกว่า คณะทูตปีเคโจ (; โรมาจิ: "Keichō shisetsu")
ใน ค.ศ. 1605 โชกุนอิเอยาซุได้สละตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายคือโทกูงาวะ ฮิเดตาดะ (; โรมาจิ: "Tokugawa Hidetada") แต่อำนาจการปกครองยังคงอยู่ที่อิเอยาซุซึ่งดำรงตำแหน่ง"โอโงโช"  หรือโชกุนผู้สละตำแหน่ง โอโงโชอิเอยาซุถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1616 เมื่อโชกุนฮิเดตาดะขึ้นมามีอำนาจ ได้ดำเนินการปราบปรามชาวคริสเตียนอย่างรุนแรง ในค.ศ. 1622 ได้ทำการสังหารชาวคริสเตียนจำนวนห้าสิบคนที่เมืองนางาซากิ (Great Martyrdom of Nagasaki) เรียกว่า การปราบปรามชาวคริสเตียนปีเง็นนะ (; โรมาจิ: "Genna-no-daijungyō") ใน ค.ศ. 1615 โชกุนฮิเดตาดะได้ออกกฎหมายซามูไรหรือบูเกชูฮัตโตะ (; โรมาจิ: "ฺBuke shuhatto") ออกมาเป็นฉบับแรกของสมัยเอโดะ ในค.ศ. 1623 โชกุนฮิเดตาดะได้สละตำแหน่งให้แก่บุตรชายคือโชกุนโทกูงาวะ อิเอมิตสึ (; โรมาจิ: "Tokugawa Iemitsu") แล้วลงมาดำรงตำแหน่งเป็นโอโงโช การปราบปรามชาวคริสต์ระลอกใหญ่เกิดขึ้นอีกครั้งใน ค.ศ. 1629 ที่เมืองนางาซากิ โดยทางบากูฟุได้บังคับให้ชาวเมืองกระทำการ"ฟูมิเอะ" (; โรมาจิ: "fumi-e") คือการเหยียบย่ำลงบนรูปของพระเยซูเพื่อพิสูจน์ว่าตนไม่ได้เป็นคริสเตียน
โอโงโชฮิเดตาดะถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. 1632 ทำให้โชกุนอิเอมิตสึมีอำนาจเต็มในการปกครองญี่ปุ่น โชกุนอิเอมิตสึเป็นโชกุนคนแรกที่เติบโตมาอย่างนักปราชญ์และไม่เคยผ่านประสบการณ์สงครามมาก่อน ใน ค.ศ. 1635 โชกุนอิเอมิตสึได้ออกกฎหมาย"ซังกิงโกไต" (; โรมาจิ: "ฺSankin-kōtai") บังคับให้ไดเมียวของทุกแคว้นต้องพำนักอยู่ในเมืองเอโดะหนึ่งปีสลับกับอยู่ในแคว้นของตนอีกหนึ่งปี เป็นการลดทอนอำนาจของไดเมียวไม่ให้มีการซ่องสุมอำนาจหรือกำลังทหารในแคว้นของตนได้ การกดขี่ชาวคริสเตียนอย่างหนักและภาวะอดอยากทำให้ชาวคริสเตียนบนแหลมชิมาบาระและเกาะอามากูซะ อันเป็นส่วนหนึ่งของเกาะคีวชู ได้ก่อกบฏขึ้นในค.ศ. 1637 เรียกว่า กบฏชิมาบาระ (; โรมาจิ: "Shimabara-no-ran") ทัพของบากูฟุใช้เวลาถึงหนึ่งปีจนกระทั่งเข้ายึดปราสาทฮาระอันเป็นฐานที่มั่นของกบฏได้ใน ค.ศ. 1638 
โชกุนอิเอมิตสึได้รับอิทธิพลจากที่ปรึกษาที่เป็นปราชญ์ขงจื๊อ โดยเฉพาะฮายาชิ ราซัง (; โรมาจิ: "Hayashi Razan") ให้ดำเนินนโยบายการปิดประเทศหรือ"ไคกิง" (; โรมาจิ: "Kaikin") ซึ่งต่อมาภายหลังเรียกว่า"ซาโกกุ" (; โรมาจิ: "Sakoku") โดยการเลิกการค้าขายของเรือตราแดง เลิกการค้ากับชาวโปรตุเกส อนุญาตให้มีการค้าขายกับชาวจีนและฮอลันดาที่เมืองนางาซากิเท่านั้น และย้ายสถานีการค้าของฮอลันดาออกไปยังเกาะเดจิมะ (; โรมาจิ: "Dejima") รวมทั้งการห้ามชาวญี่ปุ่นออกนอกประเทศโดยระวางโทษถึงประหารชีวิต นโยบายปิดประเทศของโชกุนอิเอมิตสึส่งผลต่อการต่างประเทศของญี่ปุ่นไปเป็นเวลาอีกสองร้อยปี โดยที่มีชาวฮอลันดาเป็นชาวตะวันตกเพียงชาติเดียวที่ทำการค้ากับญี่ปุ่นอย่างเปิดเผย โดยมีไดเมียว 3 แคว้นเท่านั้นที่ได้รับการปิดตาข้างเดียวในการติดต่อกับต่างชาติ ได้แก่ ไดเมียวแคว้นเอโซ, เกาะสึชิมะ และแคว้นซัตสึมะ
อิทธิพลของลัทธิขงจื๊อและวัฒนธรรมเก็นโรกุ.
ช่วงสมัยของโชกุนสามคนแรกนั้นเรียกว่าสมัยการปกครองของทหาร (; โรมาจิ: "Buten seishi") การติดต่อกับเกาหลีและจีนในช่วงต้นศตวรรษที่สิบเจ็ดทำให้ลัทธิขงจื๊อใหม่ (Neo-Confucianism) แพร่เข้ามาในชนชั้นซามูไรอันเป็นชนชั้นปกครองของญี่ปุ่น ประกอบกับสภาพว่างเว้นสงครามเป็นเวลานานถึงสองร้อยปี ทำให้ชนชั้นซามูไรผันตนเองจากชนชั้นนักรบมาเป็นชนชั้นนักปราชญ์ ในค.ศ. 1651 โชกุนอิเอมิตสึถึงแก่อสัญกรรม โชกุนโทกูงาวะ อิเอ็ตสึนะ (; โรมาจิ: "Tokugawa Ietsuna") อายุเพียงเก้าปีสืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อมา ทำให้อำนาจการปกครองตกอยู่ที่ขุนนางไดเมียว"ฟูได"และปราชญ์ขงจื๊อ ซึ่งเข้าครอบงำบากูฟุทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในด้านการปกครอง สังคมและวัฒนธรรมไปในทางของพลเรือนมากขึ้นเรียกว่าสมัยการปกครองของพลเรือน (; โรมาจิ: "Bunchi seishi") ปรัชญาของลัทธิขงจื๊อทำให้สังคมญี่ปุ่นแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นอย่างชัดเจน และมีผลให้สังคมญี่ปุ่นมีความเคร่งครัดและพิธีรีตองมากอย่างที่ไม่เคยเป็นมาก่อน 
ภาวะว่างเว้นสงครามทำให้เกิดปัญหาของโรนิน (; โรมาจิ: "Rōnin") หรือซามูไรตกงานจำนวนมาก ส่วนใหญ่เป็นซามูไรที่เคยรับใช้ฝ่ายตระกูลโทโยโตมิ ซึ่งทาง"บากูฟุ"ได้กีดกันและไม่ให้การสนับสนุนเนื่องจากเห็นว่าเป็นภัยสังคมและโรนินเหล่านี้ก็ไม่ได้รับโอกาสในสังคมขงจื๊อแบบใหม่ ทำให้โรนินกลายเป็นตัวแทนหรือสัญลักษณ์ของการต่อต้านการปกครองของโชกุนตระกูลโทกูงาวะ 
ในช่วงศตวรรษที่สิบเจ็ดเป็นช่วงเวลาของปราชญ์ขงจื๊อชาวญี่ปุ่นคนสำคัญหลายคนได้แก่ฮายาชิ ราซัง (; โรมาจิ: "Hayashi Razan") และยามาซากิ อันไซ (; โรมาจิ: "Yamazaki Ansai") เป็นปราชญ์ขงจื๊อที่ส่งเสริมให้บากูฟุยึดลัทธิขงจื๊อสำนักของจูซื่อ (Zhu Xi ; โรมาจิ: "Shushi gaku") ให้เป็นศาสนาประจำชาติ โดยเฉพาะตระกูลฮายาชิ ซึ่งผูกขาดตำแหน่งที่ปรึกษาของโชกุน และยังมีปราชญ์ขงจื๊อที่เป็นโรนินต่อต้านลัทธิขงจื๊อสำนักของจูซื่อซึ่งเป็นสำนักที่บากูฟุยึดถือ ยกตัวอย่างเช่นคูมาซาวะ บันซัง (; โรมาจิ: "Kumazawa Banzan") ผู้ยึดมั่นในลัทธิขงจื๊อสำนักของหวังหยางหมิง (Wang Yangming) อันเป็นสำนักคู่แข่งของจูซื่อ และยามางะ โซโก (; โรมาจิ: "Yamaga Sokō") ผู้ซึ่งนำลัทธิขงจื๊อมาประยุกต์เข้ากับหลัก"บูชิโด"อันเป็นหลักการของชนชั้นซามูไรในสมัยก่อน
ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ สึนาโยชิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Tsunayoshi") ศิลปวัฒนธรรมญี่ปุ่นสมัยเอโดะเจริญรุ่งเรืองถึงขีดสุด เรียกว่า สมัยเก็นโรกุ (; โรมาจิ: "Genroku jidai") และวัฒนธรรมเก็นโรกุ (; โรมาจิ: "Genroku bunka") ประกอบด้วยการศึกษาอักษรศาสตร์และหลักปรัชญาตามลัทธิขงจื๊อ งานศิลปกรรมต่างๆ และการบันเทิงอย่างเช่นละครคะบุกิ และละครโนะ ทั้งสามเมืองได้แก่ เอโดะ เกียวโต และโอซากะ เจริญขึ้นเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมและเศรษฐกิจ 
แต่ชาวญี่ปุ่นกลับมองว่าสมัยเก็นโรกุเป็นสมัยที่มีความเสื่อมโทรมในด้านสังคมและจริยธรรมมากที่สุดสมัยหนึ่ง ด้วยการเรืองอำนาจของขุนนางไดเมียวฟูไดในบากูฟุทำให้มีการทุจริตฉ้อราษฎร์บังหลวงอย่างกว้างขวาง ดังจะเห็นได้จากเหตุการณ์โรนินสี่สิบเจ็ดคน (Forty-Seven Ronins; ; โรมาจิ: "Genroku Akō jiken") โชกุนสึนาโยชิได้ปราบปรามและลดอำนาจกลุ่มขุนนาง"ฟูได"อย่างหนัก และดึงกลุ่มขุนนางคนสนิทหรือ"โซบาโยนิน" (; โรมาจิ: "Sobayōnin") เข้ามามีอำนาจแทน โชกุนสึนาโยชิยังได้ส่งเสริมลัทธิขงจื๊อด้วยการก่อตั้งสำนักยูชิมะ (; โรมาจิ: "Yushima Seidō") ในค.ศ. 1691 ให้เป็นสำนักขงจื๊อประจำชาติของญี่ปุ่น ตลอดช่วงสองร้อยปีในยุคเอโดะรัฐบาลโชกุนดำเนินนโยบายปิดประเทศโดยทำการค้าขายกับจีนและฮอลันดาในปริมาณที่จำกัด อิทธิพลของลัทธิขงจื้อทำให้สถาบันโชกุนในยุคเอโดะมิได้เป็นเพียงผู้นำเผด็จการทหารเพียงอย่างเดียวแต่เป็นรัฏฐาถิปัตย์ผู้ทรงธรรมและศักดิ์สิทธิ์ตามหลักขงจื้อ
ปัญหาเศรษฐกิจสังคมและการปฏิรูป.
ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่สิบแปดประเทศญี่ปุ่นประสบปัญหาภาวะค่าเงินแข็งตัวอันเนื่องมาจากเงินทองที่หมุนเวียนอยู่ภายในประเทศญี่ปุ่นรั่วไหลออกไปทางการค้ากับต่างประเทศ คนสนิทของโชกุนได้แก่อาราอิ ฮากูเซกิ (; โรมาจิ: "Arai Hakuseki") และมานาเบะ อากิฟูสะ (; โรมาจิ: "Manabe Akifusa") ออกนโยบายเพิ่มปริมาณเงินในระบบด้วยการออกเงินกษาปณ์ชุดใหญ่ชุดใหม่ในค.ศ. 1714 และกำจัดการนำเงินไปใช้จ่ายในการค้ากับต่างประเทศ หลังจากที่โชกุนโทกูงาวะ อิเอ็ตสึงุ (; โรมาจิ: "Tokugawa Ietsugu") ถึงแก่กรรมโดยปราศจากทายาทในค.ศ. 1716 ทำให้ตระกูลโทกูงาวะสาขาหลักต้องสูญสิ้นไป และโทกูงาวะ โยชิมูเนะ (; โรมาจิ: "Tokugawa Yoshimune") ไดเมียวแห่งแคว้นคีอิจากสาขาย่อยของตระกูลโทกูงาวะได้ขึ้นครองตำแหน่งโชกุน โชกุนโทกูงาวะ โยชิมูเนะ ออกนโยบายการปฏิรูปปีเคียวโฮ (; โรมาจิ: "Kyōhō no kaikaku") ขึ้นในค.ศ. 1721 เพื่อแก้ไขปัญหาทางเศรษฐกิจ ตัดรายจ่ายที่ไม่จำเป็นส่งเสริมบทบาทของข้าวไว้ใช้เป็นสื่อกลางในการแลกเปลี่ยนสินค้าแทนเงิน รวมทั้งการผ่อนคลายความเข้มงวดของลัทธิขงจื้อทำให้ชนชั้นพ่อค้ามีบทบาทมากขึ้นและผ่อนคลายการปิดประเทศทำให้สื่อและองค์ความรู้ตะวันตกเข้ามาในญี่ปุ่นได้มากขึ้นเกิดเป็นรังงากุ (; โรมาจิ: "Rangaku") หรือศิลปศาสตร์ตะวันตก ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอฮารุ (; โรมาจิ: "Tokugawa Ieharu") ซึ่งเข้ารับตำแหน่งในค.ศ. 1760 อำนาจการปกครองในรัฐบาลโชกุนเป็นของทานูมะ โอกิตสึงุ (; โรมาจิ: "Tanuma Okitsugu") เป็นสมัยที่รัฐบาลโชกุนมีความเสรีนิยมมากขึ้น ชนชั้นพ่อค้ามีอำนาจมากขึ้นและศิลปศาสตร์รังงากุเจริญรุ่งเรือง แต่ก็เป็นช่วงเวลาที่มีความเสื่อมถอยของคุณธรรมเกิดการทุจริตติดสินบนขึ้นอย่างกว้างขวางโดยมีทานูมะ โอกิตสึงุ เป็นศูนย์กลางของความฉ้อฉลเหล่านั้น
ในสมัยเอโดะมีการอพยพของชาวญี่ปุ่นเข้าไปตั้งถิ่นฐานบนเกาะเอโซะ (; โรมาจิ: "Ezo") หรือเกาะฮกไกโดในปัจจุบัน ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างฝ่ายรัฐบาลโชกุนและชาวญี่ปุ่นกับฝ่ายชาวไอนุ (Ainu) ซึ่งเป็นชนพื้นเมืองดั้งเดิมบนเกาะเอโซะ ชาวไอนุพื้นเมืองลุกฮือขึ้นต่อต้านการปกครองของรัฐบาลโชกุนในปีค.ศ. 1669-1672 กบฎของชากูชาอิน (Shakushain's revolt) และในค.ศ. 1789 กบฎเมนาชิ-คูนาชีร์ (Menashi-Kunashir rebellion)
ในสมัยของทานูมะเป็นสมัยที่ชนชั้นพ่อค้าเรืองอำนาจ แม้วัตถุเจริญรุ่งเรืองแต่สังคมกลับถดถอยลง เมื่อโชกุนอิเอฮารุถึงแก่กรรมในค.ศ. 1786 ทำให้ทานูมะ โอกิตสึงุสูญสิ้นอำนาจไป โชกุนคนต่อมาคือโทกูงาวะ อิเอนาริ (; โรมาจิ: "Tokugawa Ienari") อำนาจการปกครองอยู่ที่"โรจู"มัตสึไดระ ซาดาโนบุ (; โรมาจิ: "Matsudaira Sadanobu") มัตสึไดระ ซาดาโนบุ มีความยึดมั่นในลัทธิขงจื้อและต้องการที่จะฟื้นฟูความเรียบร้อยในสังคมญี่ปุ่นให้เป็นไปอย่างถูกต้องตามธรรมนองเดิม นำไปสู่การปฏิรูปปีคันเซ (; โรมาจิ: "Kansei no kaikoku") ในค.ศ. 1790 เน้นย้ำความสำคัญของหลักการลัทธิขงจื้อในสังคมโดยการประกาศให้ลัทธิขงจื้อของจูซื่อเป็นศาสนาประจำชาติ ลดอำนาจของชนชั้นพ่อค้าและปราบปรามอิทธิพลของรังงากุ ในค.ศ. 1842 "โรจู"มิตซูโนะ ทาดากูนิ (; โรมาจิ: "Mizuno Tadakuni") ออกนโยบายการปฏิรูปปีเทมโป (; โรมาจิ: "Tenpō no kaikoku") ลดความฟุ่มเฟือยต่างๆในสังคม
ในค.ศ. 1792 ญี่ปุ่นมีการติดต่อกับจักรวรรดิรัสเซียเป็นครั้งแรก เรือของรัสเซียซึ่งนำโดยนายอดัม แลกซ์แมน (Adam Laxman) มาเทียบท่าเมืองมัตสึมาเอะบนเกาะฮกไกโดเพื่อเจรจาขอทำการค้าขายกับญี่ปุ่น "โรจู"มะสึไดระ ซะดะโนะบุ ปฏิเสธที่จะให้รัสเซียค้าขายที่ฮกไกโดแต่ให้อนุญาตให้เรือสินค้ารัสเซียไปเทียบท่าที่นางาซากิแทน การยอมให้สิทธิการค้าแก่รัสเซียทำให้มะสึไดระ ซะดะโนะบุ ถูกโจมตีอย่างหนักจนพ้นจากอำนาจไปในค.ศ. 1793 หลังจากนั้นมีเหตุการณ์เรือของชาติตะวันตกหยั่งเชิงเข้าเทียบท่าที่ญี่ปุ่นหลายครั้งเพื่อท้าทายนโยบายการปิดประเทศและเปิดโอกาสการทำสนธิสัญญาการค้า แต่รัฐบาลโชกุนเพิกเฉยไม่สนใจต่อชาวตะวันตกเหล่านั้น ในค.ศ. 1837 เรือของสหรัฐอเมริกาชื่อว่า"มอร์ริสัน" ("Morrison") ได้เข้าเทียบท่าที่เมืองคาโงชิมะและอ่าวอูรางะใกล้เมืองเอโดะ ฝ่ายรัฐบาลโชกุนทำการตอบโต้อย่างรุนแรงด้วยการยิงปืนใหญ่เรียกว่า เหตุการณ์มอร์ริสัน (Morrison Incident)
ในช่วงปลายยุคเอโดะในขณะที่ชนชั้นซามูไรและรัฐบาลโชกุนให้การสนับสนุนแก่ลัทธิขงจื้อของจูซื่อและชื่นชมวัฒนธรรมจีนโบราณ เกิดแนวความคิดที่หันกลับมาศึกษาและชื่นชมวัฒนธรรมญี่ปุ่นดั้งเดิม เรียกว่า "โคกูงากุ" (; โรมาจิ: "Kokugaku") นักปราชญ์ในปลายยุคเอโดะได้แก่ โทกูงาวะ มิตสึกูนิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Mitsukuni") ไดเมียวแห่งแคว้นมิโตะ และโมโตโอริ โมรินากะ (; โรมาจิ: "Motoori Norinaga") เป็นผู้ริเริ่มแนวความคิดโคกูงากุ โดยที่นักปราชญ์สำนักนี้ให้ความสำคัญแก่ศาสนาชินโตและยกย่องสถาบันพระจักรพรรดิซึ่งอยู่คู่ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นมาตั้งแต่โบราณ แนวความคิดแบบโคกูงากุจะมีอิทธิพลอย่างมากต่อการเมืองในช่วงปลายยุคเอโตะในสมัยต่อมา
ปลายยุคเอโดะ: บากูมัตสึ.
ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอโยชิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Ieyoshi") ปีค.ศ. 1853 พลเรือจัตวาแมทธิว ซี. เพร์รี (Matthew C. Perry) นำเรือรบของสหรัฐอเมริกาจำนวนสี่ลำ ที่ชาวญี่ปุ่นเรียกว่า "เรือดำ" (; โรมาจิ: "Kurofune") เข้ามาจอดปิดอ่าวอูรางะใกล้กับนครเอโดะ เรียกร้องให้รัฐบาลโชกุนเปิดประเทศทำการค้าขายกับสหรัฐอเมริกา มิฉะนั้นจะนำเรือติดอาวุธปืนใหญ่เข้าโจมตีเมืองเอโดะ พลเรือจัตวาแมทธิว เพร์รี ใช้วิธีทางการทูตแบบเรือปืน (Gunboat diplomacy) ข่มขู่รัฐบาลโชกุนให้ยอมเปิดประเทศ รัฐบาลโชกุนภายใต้การนำของโชกุนอิเอโยชิและ"โรจู"อาเบะ มาซาฮิโระ (; โรมาจิ: "Abe Masahiro") ตื่นตระหนกอย่างมากกับการข่มขู่จากเรือดำ โชกุนอิเอโยชิล้มป่วยจนถึงแก่กรรมในปีเดียวกันนั้น บุตรชายของโชกุนอิเอโยชิคือ โทกูงาวะ อิเอซาดะ (; โรมาจิ: "Tokugawa Iesada") ซึ่งสุขภาพอ่อนแอเช่นเดียวกันขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนคนต่อมา ในปีค.ศ. 1854 "โรจู"อาเบะ มาซาฮิโระ ยินยอมทำตามข้อเรียกร้องของนายแมทธิวเพร์รี นำไปสูงการลงนามในข้อตกลงเมืองคานางาวะ (Convention of Kanagawa) โดยรัฐบาลโชกุนยอมเปิดเมืองท่าชิโมดะ (Shimoda) และฮาโกดาเตะ (Hakodate) ให้แก่เรือของสหรัฐอเมริกาเข้ามาทำการค้าขาย เท่ากับเป็นการสิ้นสุดการปิดประเทศญี่ปุ่นาเป็นเวลาสองร้อยกว่าปี การที่รัฐบาลโชกุนยินยอมลงนามเปิดประเทศค้าขายนั้น มิได้ทำเรื่องขึ้นทูลถวายฯพระจักรพรรดิแต่อย่างใด ทำให้นายอาเบะ มาซาฮิโระ และรัฐบาลโชกุนถูกตำหนิอย่างมากว่ากระทำโดยพลการ จนอาเบะ มาซาฮิโระต้องลาออกจากตำแหน่ง"โรจู"ไปในค.ศ. 1855 นอกจากสหรัฐอเมริกาแล้วรัฐบาลโชกุนยังทำสนธิสัญญาการค้ากับประเทศตะวันตกอื่นๆอีกได้แก่ อังกฤษ รัสเซีย และฝรั่งเศส
การที่รัฐบาลโชกุนเปิดประเทศญี่ปุ่นให้แก่ชาวตะวันตกเข้ามาติดต่อค้าขาย สร้างความไม่พอใจแก่ฝ่ายที่ต่อต้านรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ โดยเฉพาะกลุ่มซามูไรในภาคตะวันตกของญี่ปุ่น ได้ใช้การเปิดประเทศญี่ปุ่นมาโจมตีรัฐบาลโชกุนในทางการเมืองและให้การสนับสนุนแก่พระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโต ภายใต้คติพจน์ "ซนโนโจอิ" (; โรมาจิ: "Sonnō jōi") หรือ "เชิดชูองค์จักรพรรดิ ต่อต้านอนารยชน" โดยเฉพะซามูไรในแคว้นซัตสึมะ (; โรมาจิ: "Satsuma") และแคว้นโจชู (; โรมาจิ: "Chōshū") ซึ่งมีความเห็นว่าการยินยอมทำสนธิสัญญาที่เสียเปรียบทางการค้ากับชาติตะวันตกเกิดผลเสียแก่ประเทศ ในค.ศ. 1858 โชกุนอิเอซาดะถึงแก่กรรมโดยที่ปราศจากบุตรและทายาท ฝ่ายต่อต้านรัฐบาลโชกุนนำโดยโทกูงาวะ นาริอากิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Nariaki") ไดเมียวแห่งแคว้นมิโตะ ต้องการผลักดันให้บุตรชายของตนคือ โทกูงาวะ โยชิโนบุ (; โรมาจิ: "Tokugawa Yoshinobu") ขึ้นเป็นโชกุนคนต่อมาแต่ไม่สำเร็จ ฝ่ายรัฐบาลโชกุนซึ่งนำโดยอิอี นาโอซูเกะ (; โรมาจิ: "Ii Naosuke") สามารถผลักดันให้ตำแหน่งโชกุนเป็นของโทกูงาวะ อิเอโมจิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Iemochi") ได้สำเร็จ ทำให้อิอี นาโอซูเกะ เรืองอำนาจขึ้นในรัฐบาลโชกุน "ไทโร"อิอี นาโอซูเกะ นำประเทศญี่ปุ่นเข้าทำสนธิสัญญาเพื่อมิตรภาพและการค้า (Treaty of Amity and Commerce) กับสหรัฐอเมริกาซึ่งมีนายทาวน์เซนด์ แฮร์ริส (Townsend Harris) เป็นตัวแทนในค.ศ. 1858 เรียกว่า สนธิสัญญาแฮร์ริส (Harris Treaty) เปิดเมืองท่าเพิ่มเติมได้แก่เมืองคานางาวะและนางาซากิให้แก่เรือของอเมริกา และมอบสิทธิสภาพนอกอาณาเขตให้แก่ชาวอเมริกันในญี่ปุ่น อิอี นาโอซูเกะ กำจัดคู่แข่งทางการเมืองกลุ่มที่ต่อต้านรัฐบาลโชกุน เรียกว่า การกวาดล้างทางการเมืองปีอันเซ ไดเมียวโทกูงาวะ นาริอากิ ถูกกักบริเวณ ขุนนางซามูไรกลุ่มซนโนโจอิต่างต้องโทษต่างๆนานาตั้งแต่ประหารชีวิตจนถึงเนรเทศ อิอี นาโอซูเกะ ถูกลอบสังหารโดยซามูไรจากแคว้นมิโตะ ในเหตุการณ์ที่ประตูซากูระดะ (Sakuradamon Gate Incident) ที่ปราสาทเอโดะในปีค.ศ. 1860
รัฐบาลโชกุนแต่งตั้งคณะทูตเดินทางไปยังสหรัฐอเมริกาในค.ศ. 1860 เพื่อเจริญสัมพันธไมตรีและเรียนรู้วิทยาการตะวันตก แม้ว่าจะสูญเสียอำนาจทางการเมืองแต่ซามูไรกลุ่มซนโนโจอิยังคงดำเนินการต่อต้านรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะอย่างต่อเนื่อง โดยเข้ายึดอำนาจในนครเกียวโตและทำร้ายขุนนางจากรัฐบาลโชกุน ในค.ศ. 1863 พระจักรพรรดิโคเมมีพระราชโองการให้ขับไล่ชาวตะวันตกออกไปจากญี่ปุ่น ในค.ศ. 1864 กองกำลังจากแคว้นโจชูเข้ารุกรานพระราชวังหลวงเมืองเกียวโตเพื่อจะยึดถวายอำนาจคืนแด่พระจักรพรรดิในเหตุการณ์ที่ประตูคิมมง (Kinmon Incident) แต่ไม่สำเร็จ ในค.ศ. 1866 รัฐบาลโชกุนนำโดยโชกุนโทกูงาวะ อิเอโมจิ นำทัพของรัฐบาลโชกุนเข้ารุกรานตอบโต้แคว้นโจชู (Second Chōshū Expedition) โดยมีแคว้นซัตสึมะคอยช่วยเหลือฝ่ายรัฐบาล แต่ทว่าโชกุนอิเอโมจิกลับล้มป่วงลงจนถึงแก่กรรมที่ปราสาทโอซากะในปีเดียวกัน โทกูงาวะ โยชิโนบุ ขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนคนต่อมาเป็นโชกุนคนสุดท้ายของรัฐบาลโทกูงาวะ ซากาโมโตะ เรียวมะ (; โรมาจิ: "Sakamoto Ryōma") เป็นคนกลางนำซามูไรจากแคว้นซัตสึมะ นำโดยไซโง ทากาโมริ (; โรมาจิ: "Saigō Takamori") และแคว้นโจชู นำโดยคัตสึระ โคโกโร (; โรมาจิ: "Katsura Kogorō") มาทำข้อตกลงเป็นพันธมิตรกัน (; โรมาจิ: "Satchō dōmei") เพื่อล้มการปกครองของรัฐบาลโชกุน 
ในปีค.ศ. 1867 โชกุนโทกูงาวะ โยชิโนบุ ประกาศสละตำแหน่งโชกุนและถวายอำนาจคืนแด่พระจักรพรรดิเมจิ เป็นการสิ้นสุดการปกครองของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะที่มีมาเป็นเวลาสองร้อยห้าสิบกว่าปี แต่ความขัดแย้งทางการเมืองและการทหาร ระหว่างฝ่ายตระกูลโทกูงาวะและฝ่ายซนโนโจอิยังคงดำเนินต่อไป จนนำไปสู่สงครามโบชิง (Boshin War)
สังคม.
สังคมญี่ปุ่นในยุคเอโดะแตกต่างจากสังคมญี่ปุ่นในยุคอื่น ๆ เนื่องจากลัทธิขงจื๊อใหม่เข้ามามีอิทธิพล สังคมยุคเอโดะแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นเรียกว่าชิโนโกโช (; โรมาจิ: "Shinōkōshō") ประกอบด้วย ชนชั้นซามูไร ชนชั้นชาวนา ชนชั้นช่างฝีมือ และชนชั้นพ่อค้า แต่ละชนชั้นมีบทบาทและหน้าที่ของตนเองอย่างชัดเจนเคร่งครัด และการเปลี่ยนแปลงทางชนชั้นเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นได้ยาก ในยุคเอโดะสถาบันพระจักรพรรดิและราชสำนักที่เมืองเกียวโตยังคงเป็นสถาบันสูงสุดของประเทศในทางทฤษฎี ในทางปฏิบัติราชสำนักเมืองเกียวโตมีบทบาททางการเมืองและสังคมน้อย 
ชนชั้นทั้งสี่.
นอกเหนือจากสี่ชนชั้น ยังมีกลุ่มคนอื่นๆในสังคมญี่ปุ่นในสมัยเอโดะได้แก่
หลังจากการการฟื้นฟูเมจิ รัฐบาลเมจิได้ออกกฎหมายในปีค.ศ. 1871 เลิกระบอบชนชั้นต่าง ๆ ของยุคเอโดะ ทำให้ชาวญี่ปุ่นส่วนใหญ่ของประเทศมีสิทธิเท่าเทียมกันทางกฎหมาย
ศาสนาและวัฒนธรรม.
ลัทธิขงจื้อใหม่.
การติดต่อกับจีนและเกาหลีในช่วงการรุกรานเกาหลีของญี่ปุ่นทำให้ลัทธิขงจื้อใหม่ (Neo-Confucianism) เผยแพร่เข้ามาสู่ญี่ปุ่นในยุคเอโดะลัทธิขงจื้อใหม่เกิดขึ้นจากนักปราชญ์ชาวจีนในสมัยราชวงศ์ถังและราชวงศ์ซ่ง ซึ่งนำเอาหลักการฝึกจิตและพัฒนาตนเองของพุทธศาสนาและลัทธิเต๋าเข้ามาผสมผสานกับหลักปรัชญาการอยู่ร่วมกันในสังคมของลัทธิขงจื้อดั้งเดิม ลัทธิขงจื้อใหม่ในยุคเอโดะเริ่มต้นขึ้นจากฟูจิวาระ เซกะ (; โรมาจิ: "Fujiwara Seika") เดิมเป็นพระภิกษุในพุทธศาสนานิกายเซ็น ฟูจิวาระ เซกะ มองว่าลัทธิขงจื้อมีความเป็นเหตุผลและอยู่บนพื้นฐานของความจริงมากกว่าพุทธศาสนานิกายเซ็นซึ่งมีหลักการฝึกตนอยู่ในอุดมคติ และได้เรียนรู้ลัทธิขงจื้อใหม่สำนักของจูซือ  จากนักปราชญ์ชาวเกาหลีซึ่งเป็นเชลยศึก ต่อมาลูกศิษย์ของฟูจิวาระ เซกะ ชื่อว่าฮายาชิ ราซัง (; โรมาจิ: "Hayashi Razan") ได้เข้ารับราชการในรัฐบาลโชกุนตระกูลโทกูงาวะในสมัยของโชกุนอิเอมิตสึ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น"ไดงากุ-โนะ-กามิ" (; โรมาจิ: "Daigaku-no-kami") และก่อตั้งสำนักเซนเซเด็ง (; โรมาจิ: "Sensei-den" อยู่ในเขดอูเอโนะเมืองโตเกียวในปัจจุบัน) ฮายาชิ ราซัง ทำให้ชนชั้นซามูไรในรัฐบาลโชกุนหันมาศึกษาหลักของลัทธิขงจื้อเพื่อใช้ในการปกครอง และแบ่งสังคมญี่ปุ่นออกเป็นสี่ชนชั้นตามหน้าที่ต่างๆ ตำแหน่ง"ไดงากุ-โนะ-กามิ"นั้นสืบทอดตามสายเลือดภายในตระกูลฮายาชิ ทำให้ตระกูลฮายาชิลูกหลานของฮายาชิ ราซัง มีอำนาจในการปกครองนักปราชญ์ขงจื้อญี่ปุ่น
ในสมัยเอโดะขุนนางซามูไรที่เข้ารับราชการในรัฐบาลโชกุนต้องมีความรู้เกี่ยวกับหนังสือทั้งสี่และวรรณกรรมคลาสสิกทั้งห้า (Four Books and Five Classics) ซึ่งเป็นหลักการพื้นฐานของลัทธิขงจื้อ ทำให้ชนชั้นซามูไรผันตนเองจากนักรบในยุคเซงโงกุมาเป็นนักปราชญ์ในยุคเอโดะ แต่เดิมนั้นในญี่ปุ่นมีเพียงพระสงฆ์และชนชั้นขุนนางในเมืองเกียวโตเท่านั้นที่สามารถเรียนรู้หนังสือได้ ชนชั้นซามูไรนักรบไม่รู้หนังสือแต่ในยุคเอโดะด้วยอิทธิพลของลัทธิขงจื้อทำให้ซามูไรรู้หนังสือ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะรับรองสำนักของจูซือ (; โรมาจิ: "Shushi-gaku") ให้เป็นสำนักที่มีหลักคำสอนที่ถูกต้อง ในค.ศ. 1691 โชกุนโทกูงาวะ สึนาโยชิ มีคำสั่งให้ย้ายสถานที่ตั้งของสำนักเซนเซเด็งจากอูเอโนะมาตั้งที่บริเวณเขตบุงเกียว ตั้งชื่อใหม่ว่าสำนักโชเฮโก (; โรมาจิ: "Shōheikō") หรือยูชิมะ เซโด ไว้เป็นสำนักขงจื้อประจำชาติ และแต่งตั้งฮายาชิ โฮโก (; โรมาจิ: "Hayashi Hōkō") หลานชายของฮายาชิราซังขึ้นเป็นอธิการบดีแห่งยูชิมะเซโดผู้ดูแลปรัชญาขงจื้อทั้งมวลในญี่ปุ่น ตระกูลฮายาชิมีอำนาจจากการถือครองตำแหน่ง"ไดงากุ-โนะ-กามิ"ซึ่งมีฐานะเทียบเท่าไดเมียวและครองตำแหน่งนี้ไปตลอดสมัยเอโดะ ในค.ศ. 1790 "โรจู"มัตสึไดระ ซาดาโนบุ ประกาศให้ลัทธิขงจื้อสำนักจูซือเป็นศาสนาประจำชาติของญี่ปุ่นอย่างเป็นทางการ
แม้ว่ารัฐบาลโชกุนจะให้การสนับสนุนแก่สำนักของจูซือแต่ในกลุ่มซามูไรระดับล่างและในกลุ่มโรนิง มีการศึกษาเล่าเรียนลัทธิขงจื้อของหวังหยางหมิง ซึ่งเป็นนักปราชญ์ขงจื้อในสมัยราชวงศ์หมิงมีแนวความคิดขัดแย้งกับสำนักของจูซือ ในขณะที่สำนักของจูซือสอนว่ามนุษย์ต้องแสวงหาความรู้สำนักของหวังหยางหมิงสอนว่ามนุษย์มีความรู้แจ้งอยู่แล้วภายในตัวตั้งแต่เกิด นากาเอะ โทจู (; โรมาจิ: "Nakae Tōju") นำปรัชญาของสำนักหวังหยางหมิงเข้าสู้แวดวงชั้นปกครอง ศิษย์ของนากาเอะ โทจู คือคูมาซาวะ บันซัน (; โรมาจิ: "Kumazawa Banzan") โจมตีหลักการของสำนักจูซือและอำนาจของตระกูลฮายาชิ ลัทธิขงจื้อสำนักของหวังหยางหมิงกลายเป็นศูนย์รวมของกลุ่มผู้ต่อต้านการปกครองของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะโดยเฉพาะกลุ่มโรนิง ทำให้รัฐบาลโชกุนและตระกูลฮายาชิเข้าทำการปราบปรามนักปราชญ์สำนักหวังหยางหมิงอยู่บ่อยครั้ง 
นอกจากนี้ในยุคเอโดะยามางะ โซโก (; โรมาจิ: "Yamaga Sokō") ยังนำเอาหลักของลัทธิขงจื้อมาประยุกต์กับหลักวิถีของนักรบซามูไรดังเดิม นำไปสู่การกำเนิดลัทธิ"บูชิโด" (; โรมาจิ: "Bushidō") หรือหลักการของนักรบ ซึ่งเน้นในเรื่องการถือเกียรติยศความซื่อสัตย์จงรักภักดีสำคัญยิ่งกว่าชีวิต 
ในยุคเอโดะตอนปลายนักปราชญ์ขื่อว่าโอกีว โซไร (; โรมาจิ: "Ogyū Sorai") มีความเห็นว่าลัทธิขงจื้อสำนักของจูซือแบบราชวงศ์ซ่งไม่ใช่ลัทธิขงจื้อที่แท้จริงเนื่องจากมีเรื่องคุณธรรมซึ่งได้รับอิทธิพลจากพุทธศาสนาเข้ามา ลัทธิขงจื้อดั้งเดิมจากยุควสันตสารทเน้นเรื่องรัฐศาสตร์การปกครองและพิธีกรรมเป็นหลัก โอกีว โซไร วิจารณ์สำนักจูซือว่าให้ความสำคัญแก่แนวความคิดในยุคราชวงศ์ซ่งมากเกินไปจนละเลยหลักของขงจื้อแท้ดั้งเดิม และมีเห็นว่าปัญหาเรื่องการปกครองของรัฐบาลโชกุนในยุคปลายสมัยเอโดะควรจะแก้ปัญหาด้วยหลักรัฐศาสตร์แทนที่จะแก้ปัญหาด้วยคุณธรรม โอกีว โซไร ส่งเสริมการศึกษาหลักปรัชญาขงจื้อแท้บริสุทธิ์ของจีนโบราณได้แก่หนังสือทั้งสี่และวรรณกรรมคลาสสิกทั้งห้า
แนวความคิด"โคกูงากุ".
ในยุคเอโดะซามูไรชนชั้นปกครองศึกษาลัทธิขงจื้อเป็นหลักและชื่นชมสังคมจีนโบราณว่าเป็นแบบอย่างแห่งคุณธรรมและการปกครอง ในช่วงปลายยุคเอโดะเกิดแนวความคิดสวนกระแสหันมาศึกษาและชื่นชมความเป็นญี่ปุ่นโบราณดั้งเดิม เรียกว่า แนวความคิด"โคกูงากุ" (; โรมาจิ: "Kokugaku") หรือ "ชาติศึกษา" ซึ่งให้ความสำคัญกับการศึกษาประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นโบราณซึ่งเกี่ยวข้องกับสถาบันพระจักรพรรดิและศาสนาชินโต โทกูงาวะ มิตสึกูนิ (; โรมาจิ: "Tokugawa Mitsukuni") "ไดเมียว"แห่งแคว้นมิโตะสนใจเรื่องประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นโบราณและรวบรวมจัดทำหนังสือเรื่อง "มหาประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น" (; โรมาจิ: "Dai Nihonshi") ขึ้นในค.ศ. 1657 นำไปสู่การจัดตั้งสำนักมิโตะ (; โรมาจิ: "Mitogaku") โทกูงาวะ มิตสึกูนิ ใช้หลักของลัทธิขงจื้อเข้าตีความประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นโบราณ โดยมองว่าญี่ปุ่นในสมัยโบราณอันมีองค์พระจักรพรรดิเป็นศูนย์กลางเป็นการปกครองที่มีธรรมภิบาลและสังคมญี่ปุ่นมีความดีงามอย่างที่ลัทธิขงจื้อเชิดชู ในค.ศ. 1798 โมโตโอริ โนรินางะ (; โรมาจิ: "Motoori Norinaga") นักปราชญ์"โคกูงากุ" แต่งอรรถาธิบายเกี่ยวกับโคกิจิ (; โรมาจิ: "Kojiki-den") โมโตโอริ โนรินางะ มีความเห็นแตกต่างจากโอกีว โซไร ในขณะที่โอกิวโซไรเชิดชูจีนโบราณและลัทธิขงจื้อบริสุทธิ์ โมโตโอโร โนรินางะ ยกความสำคัญของญี่ปุ่นโบราณขึ้นมา
ในค.ศ. 1841 โทกูงาวะ นาริอากิ "ไดเมียว"แห่งแคว้นมิโตะ ก่อตั้งโคโดกัง (; โรมาจิ: "Kōdōkan") หรือสำนักศึกษามิโตะทำให้แคว้นมิโตะกลายเป็นแหล่งประชุมของผู้เชิดชูสถาบันพระจักรพรรดิและต่อต้านรัฐบาลโชกุน ลัทธิ"โคกูงากุ"มีอิทธิพลอย่างมากต่อแนวความคิด"ซนโน-โจอิ" ซึ่งส่งผลต่อการล่มสลายของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ และมีอิทธิพลต่อลัทธิชาตินิยมในยุคเมจิสมัยต่อมา
พุทธศาสนา.
ในยุคเอโดะพุทธศาสนามหายานในญี่ปุ่นยังคงได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนและยังคงดำรงอยู่ต่อมา เนื่องจากซามูไรชนชั้นปกครองหันไปศึกษาลัทธิขงจื้อทำให้การศึกษาพุทธศาสนาในยุคเอโดะคงที่มีการเปลี่ยนแปลงน้อย แต่พุทธศาสนาญี่ปุ่นในยุคเอโดะยังคงเป็นส่วนหนึ่งของสังคม พุทธศาสนาได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนผ่านระบบ"ดังกะ" (; โรมาจิ: "Danka Seido") เนื่องจากรัฐบาลโชกุนต้องการปราบปรามศาสนาคริสต์ จึงจัดตั้งระบบลงทะเบียนประชาชนชาวบ้านญี่ปุ่นทุกคนไว้กับวัดในบริเวณนั้นๆ เพื่อให้วัดเป็นผู้สอดส่องดูแลมิให้เกิดการเผยแพร่และปฏิบัติกิจกรรมของศาสนาคริสต์ขึ้น โดยมีข้อแลกเปลี่ยนว่าชาวบ้านจะต้องจ่ายค่าทำนุบำรุงวัดที่ตนเองอยู่ในสังกัด เรียกว่าระบบ"ดังกะ" ทำให้วัดในพระพุทธศาสนาในยุคเอโดะยังคงได้รับการสนับสนุนทางเศรษฐกิจ
ในยุคเอโดะมีการนำเข้าพุทธศาสนานิกายเซ็นสำนักใหม่ เนื่องจากรัฐบาลโชกุนจำกัดการค้าเรือสำเภาจีนไว้ที่เมืองนางาซากิ ทำให้เมืองนางาซากิเกิดชุมชนชาวจีนขึ้น ในค.ศ. 1654 พระภิกษุนิกายเซ็นสำนักหลินจี้ชาวจีนฟูเจี้ยนชื่อว่าอิ่นหยวนหลงฉี  หรือพระภิกษุอินเก็ง (; โรมาจิ: "Ingen") ได้รับเชิญมายังเมืองนางาซากิเพื่อสั่งสอนพระธรรมให้แก่ชาวจีนในเมืองนางาซากิ ต่อมาพระภิกษุอินเก็งมีชื่อเสียงมากขึ้นในวงการพุทธศาสนาญี่ปุ่น จึงได้รับเชิญให้มาก่อตั้งสำนักนิกายเซ็นขึ้นใหม่ เรียกว่าสำนักโอบากุ (; โรมาจิ: "Ōbaku") ตั้งชื่อตามภูเขาซึ่งเป็นบ้านเกิดของพระภิกษุอินเก็งในประเทศจีน ภิกษุอินเก็งสร้างวัดมัมปูกุ (; โรมาจิ: "Manpuku-ji") ขึ้นที่เมืองอูจิใกล้กับเมืองเกียวโต ให้เป็นศูนย์กลางของสำนักโอบากุ เดิมก่อนหน้านี้ในญี่ปุ่นมีพุทธศาสนานิกายเซ็นอยู่แล้วสองสำนัก ได้แก่ สำนักริงไซ (; โรมาจิ: "Rinzai") หรือหลินจี้ และสำนักโซโต ซึ่งเข้ามาประเทศญี่ปุ่นตั้งแต่ยุคคามากูระ แม้ว่าสำนักโอบากุจะมีต้นกำเนิดจากสำนักหลินจี้ของจีนเช่นเดียวกับสำนักริงไซแต่ทั้งสำนักริงไซและโอบากุมีความแตกต่างกันในรายละเอียดพิธีกรรม สำนักโอบากุมีการประกอบพิธีกรรมแบบจีนราชวงศ์หมิงและมีการสวดอมิตาพุทธ ในขณะที่นิกายเซ็นในญี่ปุ่นมีการแบ่งแยกจากนิกายแดนสุขาวดีอย่างชัดเจนในประเด็นเรื่องการสวดอมิตาพุทธ
ศาสนาคริสต์.
ในยุคเซงโงกุมิชชันนารีคณะเยซูอิตชาวโปรตุเกสและสเปนเข้ามาเผยแพร่ศาสนาคริสต์โรมันคาทอลิกในญี่ปุ่น ทำให้มีศาสนิกชนในญี่ปุ่นจำนวนหนึ่งโดยเฉพาะบนเกาะคีวชูและภูมิภาคทางฝั่งตะวันตกของประเทศ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ พยายามจะปราบปรามศาสนาคริสต์หลายครั้งแต่ศาสนิกชนคริสเตียนยังดำรงอยู่ ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอยาซุ ศาสนิกชนชาวคริสต์ในญี่ปุ่นมีเสรีภาพในการนับถือและประกอบพิธีกรรมทางศาสนา แต่ต่อมาในค.ศ. 1614 "โอโงโช"อิเอยาซุออกประกาศห้ามการนับถือและเผยแพร่ศาสนาคริสต์ ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ ฮิเดตาดะ ด้วยอิทธิพลของลัทธิขงจื้อใหม่ทำให้รัฐบาลโชกุนปราบปรามศาสนาคริสต์มากขึ้น ในค.ศ. 1622 เกิดการสังหารชาวคริสเตียนจำนวนห้าสิบคนที่เมืองนางาซากิเรียกว่า การปราบปรามชาวคริสเตียนปีเง็นนะ (; โรมาจิ: "Genna-no-daijungyō") และในค.ศ. 1629 เกิดการปราบปรามชาวคริสเตียนที่นางาซากิอีกครั้ง รัฐบาลบากูฟุได้บังคับให้ชาวคริสเตียนทำการ"ฟูมิเอะ" (; โรมาจิ: "fumi-e") เหยียบย่ำลงบนรูปของพระเยซูเพื่อพิสูจน์ว่าตนไม่ได้เป็นคริสเตียน ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอมิตสึ มีนโยบาลการปิดประเทศและขับไล่ชาวโปรตุเกสและสเปนออกไปจากญี่ปุ่น ทำให้บาทหลวงชาวยุโรปไม่สามารถเข้ามาประกอบพิธีทางศาสนาในญี่ปุ่นได้ การกดขี่ชาวคริสเตียนอย่างหนักและภาวะอดอยากทำให้ชาวคริสเตียนที่แหลมชิมาบาระบนเกาะคีวชูก่อกบฏขึ้นในค.ศ. 1637 เรียกว่า กบฏชิมาบาระ (; โรมาจิ: "Shimabara-no-ran") ผู้นำกบฎได้ใช้ศาสนาคริสต์เป็นศูนย์รวมในการต่อต้านรัฐบาลโชกุน
หลังจากที่กบฎชิมาบาระถูกรัฐบาลโชกุนปราบปรามลง ทำให้ศาสนาคริสต์เกือบสูญสิ้นไปจากญี่ปุ่น รัฐบาลโชกุนเข้าตรวจสอบและควบคุมกิจกรรมของศาสนาคริสต์อย่างหนัก โดยใช้ระบบ"ดังกะ"ให้ประชาชนลงทะเบียนกับวัดในพื้นที่เพื่อให้วัดเป็นผู้สอดส่องดูแล อย่างไรก็ตามศาสนิกชนขาวคริสเตียนที่ยังเหลืออยู่จำต้องประกอบพิธีทางศาสนาและนับถือศาสนาคริสต์อย่างเป็นความลับ กลายเป็นชาวคริสเตียนลับ หรือ"คากูเระ"คริสเตียน (; โรมาจิ: "Kakure Kirishitan") ซึ่งชาว"คากูเระ"คริสเตียนใช้วิธีการต่างๆเพื่อหลบซ่อนและปิดบังกิจกรรมทางศาสนาของตนไม่ให้รัฐบาลโชกุนล่วงรู้ ยกตัวอย่างเช่นการสร้างรูปพระแม่มารีให้คล้ายคลึงกับพระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวร หรือการดัดแปลงบทสวดมิสซาให้คล้ายคลึงกับการสวดในพุทธศาสนา อย่างไรก็ตามเมื่อเวลาผ่านไปเนื่องจากชาว"คากูเระ"คริสเตียนขาดผู้นำทางศาสนาและมีคฤหัสถ์เป็นผู้ประกอบพิธีกรรมเนื่องจากขาดบาทหลวง ทำให้ความเชื่อและพิธีกรรมของชาว"คากูเระ"คริสเตียนเบี่ยงเบนไปจากเดิมกลายเป็นลัทธิบูชารูปปั้นหรือลัทธิบูชาบรรพบุรุษ
ในค.ศ. 1865 ปลายยุคเอโดะ บาทหลวงชาวฝรั่งเศสชื่อว่าแบร์นาร์ เปตีฌ็อง (Bernard Petitjean) ผู้ก่อตั้งโบสถ์โออูระที่เมืองนางาซากิ ได้พบกับชาว"คากูเระ"คริสเตียน บาทหลวงเปตีฌ็องพบว่าหลักความเชื่อและพิธีกรรมของชาว"คากูเระ"คริสเตียนมีความแตกต่างจากศาสนาคริสต์ที่แท้จริงอย่างมาก บาทหลวงเปตีฌ็องจึงชักชวนให้ชาว"คากูเระ"คริสเตียนกลับเข้าสู่ศาสนาคริสต์กระแสหลัก ชาว"คากูเระ"คริสเตียนจำนวนมากจึงกลับเข้าสู่คริสตจักรโรมันคาทอลิกอีกครั้ง อย่างไรก็ตามมีชาว"คากูเระ"คริสเตียนจำนวนหนึ่งปฏิเสธที่จะกลับเข้าสู่คริสตจักรโรมันคาทอลิกและยึดมั่นในความเชื่อและพิธีกรรมเดิมของตน กลายเป็นชาว"ฮานาเระ"คริสเตียน (; โรมาจิ: "Hanare Kirishitan")