รายชื่อสายการบินในประเทศอินโดนีเซีย

ส่วนแบ่งตลาดการบินในอินโดนีเซีย (พ.ศ. 2558)
<templatestyles src="Legend/styles.css" />   ไลอ้อนแอร์
 (41.6%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />   การูดาอินโดนีเซีย
 (23.5%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />   ศรีวิชัยแอร์
 (10.4%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />   ซิตีลิงก์
 (8.9%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />   วิงส์แอร์
 (4.7%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />   อินโดนีเซียแอร์เอเชีย
 (4.4%)<templatestyles src="Legend/styles.css" />  อื่นๆ (6.5%)
รายชื่อสายการบินที่มีใบรับรองการเดินอากาศที่ออกโดยสำนักงานการบินพลเรือนแห่งประเทศอินโดนีเซีย
ใบรับรองการเดินอากาศ (AOC) ในอินโดนีเซียมี 2 ประเภท ได้แก่ AOC 121 และ AOC 135 โดย AOC 121 สำหรับสายการบินเชิงพาณิชย์ตามกำหนดการที่มีผู้โดยสารมากกว่า 30 คน และ AOC 135 สำหรับสายการบินเชิงพาณิชย์ที่มีผู้โดยสารไม่เกิน 30 คนและสายการบินเช่าเหมาลำ มีผู้ถือ AOC 121 จำนวน 22 รายและผู้ถือ AOC 135 จำนวน 32 ราย
ภายในวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2555 สายการบินบินประจำสัญชาติอินโดนีเซียทุกแห่งต้องให้บริการเครื่องบินอย่างน้อย 10 ลำ และควรมีเครื่องบินอย่างน้อย 5 ลำ กระทรวงคมนาคมมีสิทธิที่จะเพิกถอนใบรับรองการดำเนินงานของตนได้ในกรณีที่ไม่ปฏิบัติตามระเบียบนี้ (กฎหมายฉบับที่ 1 พ.ศ. 2552 ว่าด้วยการขนส่งทางอากาศ) การบังคับใช้กฎหมายถูกเลื่อนออกไปเป็นเวลาหนึ่งปี ในขณะที่ในช่วงเวลาที่เลื่อนออกไป สายการบินควรจัดทำแผนธุรกิจและหนังสือสัญญาสำหรับเครื่องบินที่เช่าไว้ล่วงหน้าอย่างน้อยหนึ่งปี 
สายการบินต้นทุนต่ำที่ใหญ่ที่สุด ได้แก่ ไลอ้อนแอร์, อินโดนีเซียแอร์เอเชีย และซิตีลิงก์ ซึ่งเป็นบริษัทย่อยของการูดาอินโดนีเซีย
คำสั่งห้ามที่เกี่ยวข้องกับความปลอดภัยของสายการบินสัญชาติอินโดนีเซียที่บินไปยังสหภาพยุโรปได้ถูกยกเลิกบางส่วนตั้งแต่พ.ศ. 2552 โดยที่การูดาอินโดนีเซีย, แอร์ฟาสต์อินโดนีเซีย, แมนดาลาแอร์ไลน์, เอ็กซ์เพรส ทรานสปอร์ซิ อันตาร์เบนู, อินโดนีเซียแอร์เอเชีย และบาตาเวียแอร์ถูกถอดออกจากรายการ เมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2552 สหภาพยุโรปได้ยกเลิกการแบน คาร์ดิกแอร์, รีพับลิก เอ็กซ์เพรส, เอเชียลิงค์ และแอร์มาเลโอ ซึ่งทั้งหมดเป็นผู้ให้บริการขนส่งสินค้า การห้ามถูกกำหนดหลังจากเกิดอุบัติเหตุหลายครั้ง
เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2561 สายการบินสัญชาติอินโดนีเซียทั้งหมดถูกถอดออกจากรายชื่อสายการบินที่ถูกแบนในสหภาพยุโรป
การแสดงตรงเวลา (OTP) สำหรับสายการบินเชิงพาณิชย์ในอินโดนีเซียมีสามประเภท (เฉลี่ยปี 2560 เผยแพร่โดยคณะกรรมการการบินพลเรือนอินโดนีเซีย):
ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2555 สายการบินต้องมอบบัตรกำนัลมูลค่า 300,000 รูเปียห์ (740 บาท) ให้กับผู้โดยสารแต่ละคนเพื่อชดเชยสำหรับเที่ยวบินที่ล่าช้าเกินกว่า 4 ชั่วโมง และบัตรดังกล่าวควรจะสามารถเบิกจ่ายได้ในวันนั้นหรือวันถัดไป หากสภาพอากาศเลวร้ายหรือปัญหาด้านการปฏิบัติงานและทางเทคนิค เช่น ความล่าช้าในการเติมเชื้อเพลิงหรือทางวิ่งเสียหาย ได้รับการยกเว้นจากข้อกำหนดนี้ สำหรับเที่ยวบินที่เปลี่ยนเส้นทางไปยังจุดหมายปลายทางอื่น สายการบินต้องเตรียมการที่จำเป็นทั้งหมดเพื่อนำผู้โดยสารไปยังจุดหมายปลายทางเดิม พร้อมค่าชดเชย 150,000 รูเปียห์ การยกเลิกเที่ยวบินใดๆ ต้องทำล่วงหน้า 7 วันก่อนเที่ยวบิน และผู้โดยสารจะได้รับเงินคืนเต็มจำนวนและการยกเลิกภายใน 7 วันก่อนออกเดินทาง สายการบินต้องจ่ายค่าชดเชยเท่ากับมูลค่าตั๋วทับการคืนเงินเต็มจำนวน บาตาเวียแอร์ เป็นสายการบินแรกที่มีความล่าช้ามากกว่า 4 ชั่วโมงในเส้นทางปาลังการายา-สุราบายา เนื่องจากปัญหาการดำเนินงานเมื่อวันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2554 สายการบินได้จ่ายค่าชดเชยเป็นจำนวนเงิน 42 ล้านรูเปีย (103,574 บาก) ให้กับผู้โดยสารทุกคน