วัดพระบรมธาตุทุ่งยั้ง

วัดพระบรมธาตุทุ่งยั้ง หรือ วัดพระบรมธาตุ ตั้งอยู่ที่กลางเทศบาลตำบลทุ่งยั้ง ตำบลทุ่งยั้ง อำเภอลับแล จังหวัดอุตรดิตถ์ เป็นวัดโบราณประดิษฐานพระมหาธาตุประจำเมืองทุ่งยั้ง เมืองโบราณตั้งแต่สมัยก่อนสุโขทัย
วัดพระบรมธาตุทุ่งยั้งในปัจจุบันได้รับการบูรณะซ่อมแซมบำรุงอยู่เสมอในฐานะวัดสำคัญประจำเมืองทุ่งยั้ง ซึ่งเมืองทุ่งยั้งในปัจจุบันถือได้ว่าเป็นเมืองที่มีผู้คนอาศัยติดต่อกันมาอย่างยาวนานตั้งแต่สมัยก่อนการสถาปนาอาณาจักรสุโขทัยซึ่งพิจารณาได้จากสำเนียงการพูดของคนทุ่งยั้งเทียบกับกลุ่มคนในชุมชนชาวสุโขทัยเดิม ที่อาศัยอยู่ในแถว หมู่ที่ 10 และหลายๆ หมู่บ้านในเขตตำบลทุ่งยั้ง ที่มีประวัติชุมชนว่าเป็นกลุ่มคนที่อพยพไปตั้งบ้านเรือนที่อื่นได้ 
วัดพระบรมธาตุทุ่งยั้งยังมีประเพณีประจำปีที่สำคัญคือ ประเพณีถวายพระเพลิงพระบรมศพ ทุกวันแรม 8 ค่ำ เดือน 6 ของทุกปี โดยเป็นวันงานสลากภัตของวัดและจะมีการจัดแสดงพุทธประวัติตอนถวายพระเพลิงพระบรมศพด้วย
ประวัติ.
ตำนานพระบรมธาตุ.
วัดพระบรมธาตุทุ่งยั้ง อำเภอลับแล จังหวัดอุตรดิตถ์ ไม่ปรากฏหลักฐานทางประวัติศาสตร์ว่าสร้างขึ้นเมื่อใด ชาวบ้านเรียกชื่อวัดนี้ไปต่าง ๆ กัน เช่น วัดมหาธาตุ วัดมหาธาตุทุ่งยั้ง วัดพระธาตุทุ่งยั้ง วัดหน้าพระธาตุ วัดบรมธาตุ และ วัดทุ่งยั้ง 
ในคัมภีร์ปัญจพุทธพยากร ซึ่งเป็นเรื่องแทรกอยู่ท้ายปัญญาสชาดก และตำนานพระแท่นศิลาอาสน์ เมืองทุ่งยั้ง ได้กล่าวว่า เมื่อครั้งพระโพธิสัตว์ 5 พระองค์ คือ กุกกุสันธโพธิสัตว์องค์หนึ่ง เสวยพระชาติเป็นไก่เถื่อน โกนาคมนโพธิสัตว์องค์หนึ่ง เสวยพระชาติเป็นนาคราช กัสสปโพธิสัตว์องค์หนึ่ง เสวยพระชาติเป็นเต่า โคดมโพธิสัตว์องค์หนึ่ง เสวยพระชาติเป็นโคอศุภราช เมตเตยยโพธิสัตว์องค์หนึ่ง เสวยพระชาติเป็นราชสีห์ ทั้ง 5 พระองค์ ได้มาบำเพ็ญบารมี ณ ระหว่างซอกเขากันทรบรรพต ต่างสัญญากันว่า ผู้ใดได้ตรัสรู้เป็นพระพุทธเจ้า จะต้องมาประกาศความเป็นพระพุทธเจ้าให้ปรากฏไว้ในที่นี้
เมื่อกุกกุสันธโพธิสัตว์ได้ตรัสรู้เป็นพระพุทธเจ้า จึงเสด็จมาประทับบนแผ่นศิลา ณ กันทรบรรพต ทรงลูบพระเศียรประทานเส้นพระเกศาแด่หมู่พระอรหันต์ หมู่พระอรหันต์จึงมอบไว้กับพระเจ้าอโศกมหาราช พระเจ้าอโศกมหาราชได้ทรงประดิษฐานพระเกศธาตุนั้นไว้ ณ บริเวณนั้น พระกุกกุสันธพุทธเจ้าทรงพยากรณ์ว่า เมื่อพระองค์ปรินิพพาน จะมีกษัตริย์นำพระธาตุของพระองค์มาบรรจุ ณ เมืองนี้ แม้พระธาตุของพระพุทธเจ้าทั้ง 4 พระองค์ก็จะมาอยู่ที่นี้เช่นเดียวกัน
สมัยโคดมโพธิสัตว์ได้ตรัสรู้เป็นพระโคตมพุทธเจ้า พระองค์พร้อมกับพระอรหันต์ 500 องค์ ได้เสด็จมาประทับยับยั้งกันทรบรรพตนอกเมือง ภายหลังเรียกเมืองนั้นว่า ทุงยันตินคร (เมืองทุ่งยั้ง) เจ้าอาย (เอยยะ/อัยยะ) ลูกนายไทยซึ่งเป็นใหญ่แก่คนทั้งหลายบริเวณนั้น จึงได้ประกาศให้ชาวเมืองนำเต้าแตงถั่วงาปลาอาหารมาถวาย พระพุทธเจ้าจึงได้เทสนาสั่งสอน พระอานนท์ได้นำบาตรพระพุทธเจ้าไปแขวนห้อยไว้บนต้นพุทรา ภายหลังเรียกว่า ต้นพุทราแขวนบาตร พระเรวตะเตือนพระอานนท์ว่าได้เวลาภัตตกิจแล้ว พระอานนท์จึงนิมนต์พระพุทธเจ้าให้กระทำภัตตกิจ แล้วพับผ้าสังฆาฏิ 4 ชั้น ปูผ้าเหนือแท่นศิลา พระพุทธเจ้าจึงทรงกระทำภัตตกิจบนแท่นศิลาที่พระโพธิสัตว์ทุกพระองค์เคยนั่งบำเพ็ญบารมี ภายหลังเรียกว่า พระแท่นศิลาอาสน์
เมื่อเสร็จภัตตกิจแล้วพระพุทธเจ้าทรงแย้มพระสรวล พระอานนท์กับพระเรวตะจึงทูลถามถึงสาเหตุที่พระองค์ทรงแย้มพระสรวล พระพุทธเจ้าจึงตรัสตอบว่า อีกเดียวจะมีมหายักษ์ผู้หนึ่งได้นำเอาน้ำใส่คนโทแก้วมาถวาย ต่อมามีมหายักษ์นำคนโทแก้วใส่น้ำมาถวายจริง ๆ มหายักษ์ได้เหยียบมดง่ามใหญ่ 3 กำ ยาว 3 ศอก 4 ตัว ที่กำลังสูบดมกลิ่นภัตตาหารที่พระพุทธเจ้าเสวย แล้วไล่มดไป (ตำนานพระแท่นศิลาอาสน์ว่ามหายักษ์ให้มดง่ามนำคนโทแก้วไถวายพระพุทธเจ้า) พระพุทธเจ้าได้ตรัสให้ศีล 5 แก่มหายักษ์ มหายักษ์เลื่อมใสได้ถอดเขี้ยวแก้วถวายและลากลับไป และมีพุทธฎีกากับพระอานนท์ว่า ภายหลังพระองค์ปรินิพพานไปได้ 2,000 ปี มดง่ามทั้ง 4 จะได้กลับมาเกิดเป็นกษัตริย์ ทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาให้รุ่งเรืองสืบไป แล้วทรงบ้วนพระโอษฐ์ใส่กระโถนศิลาแลงข้างพระแท่น ภายหลังเรียกว่า บ้วนพระโอษฐ์ (จากการค้นคว้าของอาจารย์ธีระวัฒน์ แสนคำ พบว่าเดิมวิหารพระแท่นศิลาอาสน์มีมุขยื่นออกมาจากตัววิหารด้านทิศเหนือเรียกว่า "มุขบ้วนพระโอษฐ์" ประดิษฐานบ้วนพระโอษฐ์ไว้ที่นั้น ภายหลังวิหารไฟไหม้ในปี พ.ศ. 2451 ช่างบูรณะได้ตัดส่วนมุขบ้วนพระโอษฐ์นี้ไปเสีย ปัจจุบันบ้วนพระโอษฐ์พระพุทธเจ้าถูกทิ้งไว้ข้าง ๆ ซุ้มประตูพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นวัดพระแท่นศิลาอาสน์)
ครั้นเสร็จแล้วพระองค์จึงลุกจากแท่นศิลา มาประทับยืนเหนือแท่นศิลาบนภูเขาอีกยอด หันพระพักตร์ไปทางทิศเหนือ ทอดพระเนตรหนองน้ำใหญ่แห่งหนึ่ง ภายหลังเรียก หนองพระแล พระองค์ทรงประทับรอยพระพุทธบาทบนก้อนศิลานั้น ภายหลังคือวัดพระยืนพุทธบาทยุคล มีพญากวางทองตัวพร้อมด้วยสัตว์บริวารทั้งหลาย คือ ช้าง ราชสีห์ เสือโคร่ง เสือดาว นกแก้ว นกสาลิกา กระรอก พากันมาเฝ้าพระพุทธเจ้า กระทำการน้อมตัวอภิวันทนาการ พระพุทธเจ้าทรงแย้มพระสรวล พระเรวตะจึงทูลถามถึงสาเหตุที่พระองค์ทรงแย้มพระสรวล พระพุทธเจ้าจึงตรัสตอบว่า เมื่อพระองค์ปรินิพพานไปแล้ว จะมีการนำพระธาตุของพระองค์มาบรรจุ ณ เมืองแห่งนี้ เมื่อผ่านไปได้ 2,000 ปี พญากวางทองจะกลับมาเกิดเป็นมนุษย์ สละสมบัติออกบวช มีนามว่า ปูริชาชิอุรุภิกษุ จะมาบูรณะให้รุ่งเรือง พร้อมกับบริวารสัตว์ก็จะกลับมาเกิดเป็นมนุษย์เช่นกันแต่คนละแห่ง ทั้งหมดจะพาครอบครัวมาอยู่บริเวณนี้จนเจริญรุ่งเรือง พระมหากษัตริย์และเทพดามนุษย์ทั้งหลายจะพากันมาสักการะ และเมื่อผ่านไป 2,000 ปี จะมีพระมหากษัตริย์ 2 พระองค์ ทรงพระนามว่า สริราชวงศ์ ครองทุงยันตินคร และจังโกธิบดี ครองลโวตินคร (ละโว้) จะยกพระพุทธรูปสูง 18 ศอก ซึ่งจมอยู่ในแม่น้ำน่านขึ้นด้วยพระราชศรัทธา แล้วนำมาประดิษฐานไว้ในราชรถ นำพระพุทธรูปไปประดิษฐานไว้ในบริเวณแท่นศิลาที่พระพุทธเจ้าเคยประทับยืน แล้วพระองค์เสด็จลงจากเนินเขาไปทางทิศเหนือเพื่อเดินจงกรม จากนั้นพระพุทธเจ้าจึงเสด็จมาบรรทมเหนือแท่นศิลาบริเวณเนินเขาอีกยอด ภายหลังคือวัดพระนอนพุทธไสยาสน์ ก่อนที่พระพุทธเจ้าจะเสด็จไปเมืองอื่นต่อไป
เมื่อผ่านไป 2,000 ปี มีพระมหากษัตริย์พระนามว่า พระญาสรีธัมมาโสกราช เสด็จมายังทุงยันตินคร ให้ขุดหลุมลึก 18 วา กว้าง 18 ศอก หล่ออ่างทองเอาน้ำใส่ในอ่างนั้นจนเต็มแล้ว หล่อรูปราชสีห์ทองคำตั้งไว้ในอ่างทอง หล่อรูปผอบทองคำตั้งไว้บนหลังรูปราชสีห์ทองคำ แล้วหล่อรูปพระนารายณ์ทองคำ พระหัตถ์ถือผอบแก้วบรรจุพระธาตุ ตั้งไว้บนผอบทองคำหลังรูปราชสีห์ทองคำ หันหน้าไปทางทิศตะวันออก หล่อรูปปราสาททองคำ หล่อรูปพระอินทร์ถือจักรทางทิศตะวันตก หล่อรูปท้าววิรุฬหกถือพระขรรค์ทางทิศใต้ ทำรูปภาพยนต์เคลื่อนไหวไปมาหมุนอยู่รอบ ๆ ที่นั้น พระญาสรีธัมมาโสกราชสั่งรูปเหล่านั้นรักษาพระธาตุไว้ให้ดี แล้วปิดหลุมด้วยทองเงินอิฐหินกรวดทราย แเกลี่ยพื้นดินเสียให้เรียบ ปลูกต้นรังบริเวณนั้น แล้วเสด็จไปมาเลยยาราม (สวรรคโลก)
เมื่อผ่านไป 2,000 ปี พญากวางทองได้มาเกิดเป็นมนุษย์ ได้ออกบวชเป็นภิกษุ มีนามว่า มหากาลิเทยยปูชิราชิอุรุ เวลานั้นมีคนเข็ญใจเทียมวัวออกไปทำไร่ถั่วบริเวณใกล้กับต้นรัง พระธาตุแสดงปาฏิหาริย์แผ่ฉัพพรรณรังสี วัว 2 ตัวเห็นก็ตกใจหนีไป ฝ่ายคนเข็ญใจจึงนำความไปบอกนายคามกูต นายคามกูตจึงพาคนเข็ญใจไปเล่าเรื่องให้พระมหากาลิเทยยปูชิราชิอุรุ พระมหากาลิเทยยปูชิราชิอุรุจึงออกไปดูบริเวณต้นรัง และอธิษฐานขอให้พระธาตุแสดงปาฏิหาริย์ พระธาตุแสดงปาฏิหาริย์ ทั้งสามเกิดความศรัทธาเลื่อมใส จึงชักชวนคนทั้งหลายมาตัดต้นรังออก แล้วก่อพระเจดีย์สูง 5 วา 2 ศอก ภายหลังคือวัดพระบรมธาตุทุ่งยั้ง นายคามกูตขุดหลุมลึก 1 ศอกกับกำมา 1 เอาเงินหมื่นหนึ่งฝังไว้ อธิษฐานว่าถ้าใครจะมาบูรณะพระเจดีย์ให้พบเงินในหลุมนี้ มารดาของนายคามกูตได้ขุดหลุมลึก 1 ศอกกับกำมา 1 เอาทองฝังไว้ แล้วเอารูปปลาตะเพียนศิลาปิดหลุมไว้ อธิษฐานเช่นเดียวกับนายคามกูต 
สันนิษฐานว่าตำนานพระแท่นศิลาอาสน์นี้ได้รับอิทธิพลมาจากตำนานพระเจ้าเลียบโลกของล้านนา เนื่องจากเมืองทุ่งยั้งอยู่ติดกับเขตล้านนา ตำนานพระบรมธาตุทุ่งยั้งที่ปรากฎในตำนานพระแท่นศิลาอาสน์ได้ถูกเขียนขึ้นอย่างมากมายหลายเรื่องเล่ามีความเหมือนและแตกต่างกันบ้าง ดังเช่นตำนานที่คัดลอกมาจากหนังสือที่พระสมุห์กอ ญาณวีโร รวบรวมไว้เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2508 ความว่า 
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />กิร ดังได้ยินมาว่า พระกุกกุสันโธ เสด็จอยู่ในภูเขาซอกนอกเมืองทุ่งยั้ง พระพุทธเจ้าก็ทรงยกพระหัตถ์ลูบพระเศียรเกล้า พระเกศหล่นลงเส้นหนึ่ง และพระองค์ก็ทรงยื่นให้พระอรหันต์ พระอรหันต์ก็ยื่นให้พระยาอโสกราช พระยาอโสกราขก็บรรจุไว้ในถ้ำทุ่งยั้งนี้แล แล้วพระพุทธเจ้าก็พระพุทธฎีกาตรัสเทศนาพยากรณ์ทำนายไว้ในเบื้องหน้าว่า เมื่อตถาคตนิพพานล่วงลับไปแล้ว ถึงศาสนาโคดม ศาสนาพระพุทธกัสสปะ ศาสนาพระศรีอริยเมตไตย ก็จะมีกษัตริย์องค์หนึ่งนำเอาพระบรมธาตุมาบรรจุไว้ในสถานที่นี้ทุก ๆ พระองค์ ในศาสนาของเรานี้ พระศรีธรรมโศกราชเสด็จมายับยั้งเมืองทุ่งยั้ง พระองค์ให้ขุดแผ่นดินตรงถ้ำเมืองทุ่งยั้ง ลึกได้ 4 วา กว้าง 10 วา 3 ศอก สี่เหลี่ยมจัตุรัส จึงได้หล่ออ่างลูกหนึ่งสิ้นเงินทองหนึ่ง ได้ตักน้ำใส่เต็มแล้วจึงหล่อสิงโตตัวหนึ่งสิ้นเงินทองหนึ่งให้ยืนอยู่ในอ่างทอง แล้วให้หล่อพานทองหนึ่งสิ้นเงินทองหนึ่งตั้งไว้เหนือสิงห์โตทองนั้น แล้วจึงหล่อรูปพระนารายณ์องค์หนึ่งสิ้นเงินทองหนึ่งบ่ายหน้าไปทางทิศตะวันออก ชูไว้ซึ่งผอบแก้วผลึกแล้วตั้งไว้เหนือพานทองคำนั้น แล้วพระยาศรีธรรมโศกราชและพระอรหันต์เจ้าทั้งหลายก็อาราธนาพระบรมอัฐิพระพุทธเจ้ามาบรรจุไว้ในผอบผลึกแก้วซึ่งมีรูปพระนารายณ์อยู่นั้น แล้วให้หล่อรูปปราสาทลิ้นทองหนึ่ง แล้วพระอิศวรถือจักรตราวุธด้วยทองคำประดิษฐานอยู่ในทิศตะวันออก แล้วจึงให้หล่อรูปวิรุฬหกถือพระขรรค์ทองคำอยู่ทักษิณ รูปพระอิศวรและท้าววิรุฬหก เป็นภาพยนตร์พัดอยู่นิตย์กาล แล้วพระอรหันต์แลท้าวพระยาทั้งหลายก็สั่งภาพยนตร์ว่า ดูกรยักษาและเทวบุตรอันอยู่พิทักษ์รักษาสถานที่นี้ ท่านจงตั้งใจรักษาพระธาตุแห่งพระพุทธเจ้า ถ้าเมื่อบุคคลใดปรารถนาจะทำอันตรายแก่พระธาตุนี้ พอที่จะให้ตายก็ให้ตาย พอที่จะให้ฉิบหายก็ฉิบหาย เป็นอันตรายอย่าให้ต่อสู้ท่านได้เลย ผิว์บุคคลผู้ใดจะบำรุงพระธาตุในสถานที่นี้แลมานมัสการด้วยน้ำจิตเลื่อมใสศรัทธา ท่านทั้งปวง จงพิทักษ์รักษาคนหมู่นั้นอย่าให้เป็นอันตรายแต่สิ่งหนึ่งสิ่งใดเลย ครั้นพระอรหันต์ท้าวพระยาสั่งดังนั้นแล้ว จึงโปรยข้าวตอกธูปเทียนกระทำสักการบูชาพระบรมธาตุของพระพุทธเจ้า แล้วจึงถมด้วยอิฐเงินอิฐทองและศิลาแลงให้เสมอแผ่นดิน แล้วจึงปลูกไม้รังต้นหนึ่งอยู่ในสถานที่นั้น แล้วพระศรีธรรมโศกราชจึงพาลี้พลกลับไปเมืองสังกะโลกอันเป็นราชธานีแห่งพระองค์ ตถากาเลยังมีชายคนหนึ่งไปไถไร่ถั่วในเพลาเช้า เมื่อไถไปแถบต้นรังที่พระสารีริกธาตุบรรจุไว้ในที่นั้น และชายซึ่งไถไร่ถั่วนั้นเห็นพระรัศมีมีพระสารีริกธาตุกระทำปฏิหารย์ ดังนั้นเห็นเป็นอัศจรรย์ก็กลับมาสู่เรือน แล้วนำความที่ตนเห็นไปบอกแก่บุรุษนายบ้านชื่อว่านายยอด นายยอดจึงพาคนที่ไถไร่ถั่วนั้นไปสู่สำนักพระมหาเถระเจ้ากาเลทัย ชายที่ไร่ถั่วนั้นก็บอกความโดยสัตย์อันตนได้ประสบมาแก่พระมหาเถระเจ้ามหากาเลทัย
อถ โข ลำดับนั้นพระมหาเถระเจ้ากาเลทัย นายยอด และชายที่ไถไร่นั้น พร้อมด้วยมหาชนทั้งหลายก็ไปยังต้นไม้รังนั้น แล้วพระมหาเถระเจ้ากาเลทัย เจ้าพระผู้เป็นเจ้าก็พิจารณาด้วยญาณปัญญาก็รู้ว่า พระอรหันต์เจ้าทั้งหลายบรรจุพระบรมสารีริกธาตุแห่งพระพุทธเจ้าไว้ฐานที่นั้น จึงตั้งคำสัตย์อธิษฐานว่า ข้าแต่พระพุทธองค์ผู้ทรงพระกรุณาแก่สัตว์โลกครั้งนั้น ถ้าข้าพเจ้าจะได้อุปถัมภ์ทำนุบำรุงยกย่องพระพุทธศาสนาได้แล้ว ก็ขอให้พระบรมสารีริกธาตุจงกระทำปฏิหารย์ให้ปรากฏแก่ตาข้าพเจ้าในกาลบัดนี้ เมื่อพระมหาเถระเจ้ากาเลทัยตั้งความสัตย์อธิษฐานดังนั้นแล้ว พระบรมสารีริกธาตุแห่งสมเด็จพระพุทธเจ้าก็กระทำปฏิหารย์ เสด็จออกมาเท่าลูกมะพร้าวแลลูกตาลรุ่งเรืองแล้วก็แตกออกไปประดุจถูกพลุทั่วทิศานุทิศทั้งปวง ฝ่ายมหาชนทั้งหลายมีพระมหาเถระเจ้ากาเลทัยเป็นประธาน ก็ชื่นชมโสมนัสยินดีปรีดาปราโมทย์พากันหมอบถวายนมัสการและวสักการบูชาพระพบรมสารีริกธาตุนั้นด้วยดอกไม้ของหอมธูปเทียนชวาลานาๆประการ แล้วก็ตัดต้นรังนั้นทิ้งเสีย ก็เป็นพระเจดีย์สรวมลงไว้ในที่ต้นรังนั้นคือ พระมหาเจดีย์อันประเสริฐประดิษฐานไว้ในเมืองทุ่งยั้งนั้น อัชชัตตนา ดังมีปรากฏอยู่ตราบเท่าทุกวันนี้
สมัยอยุธยา.
สมัยอยุธยาตอนต้นถึงตอนกลางยังไม่มีหลักมีหลักฐานที่เป็นเอกสารกล่าวถึงวัดพระบรมธาตุทุ่งยั้งโดยตรง พระราชพงศาวดารกล่าวเพียงว่า ในสมัยพระเจ้าติโลกราช กษัตริย์แห่งอาณาจักรล้านนา ทรงทำศึกกับสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ กษัตริย์แห่งอาณาจักรอยุธยา โดยพระเจ้าติโลกราชทรงยกกองทัพจากเมืองเชียงใหม่และหัวเมืองใกล้เคียงมาตั้งมั่นที่เมืองทุ่งยั้งในขณะนั้น 
สมัยอยุธยาตอนปลาย ในแผ่นดินของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศแห่งกรุงศรีอยุธยา พ.ศ. 2275-2301 ได้ทรงมาปฏิสังขรณ์วัดมหาธาตุทั้งที่เมืองพิษณุโลกและเมืองทุ่งยั้งโดยปรากฏความในพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา เป็นหมายรับสั่งในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศมีความโดยสังเขปว่า <templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />โปรดให้มีตราพระราชสีห์ให้เมืองลับแล เมืองทุ่งยั้งรื้อวิหารและกำแพงแล้วสร้างใหม่ มีการสมโภชใหญ่ 3 วัน 3 คืน ภายในวิหารประดิษฐานพระประธานที่ชาวบ้านเรียกว่าหลวงพ่อหลักเมือง หากในส่วนขององค์พระบรมธาตุนั้นไม่มีข้อความในพงศาวดารระบุว่าได้มีการปฏิสังขรณ์ จึงไม่อาจสรุปได้ว่าองค์พระบรมธาตุจะได้รับการปฏิสังขรณ์เช่นเดียวกับวิหารและกำแพงหรือไม่
สมัยกรุงธนบุรี.
พ.ศ. 2313 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จพระราชดำเนินขึ้นมาปราบชุมนุมเจ้าพระฝาง ชำระพระสงฆ์หัวเมืองฝ่ายเหนือ อาราธนาพระราชาคณะมาสั่งสอน โดยให้พระธรรมเจดีย์อยู่ทุ่งยั้ง เสร็จแล้ว เสด็จไปนมัสการสมโภชพระมหาธาตุเมืองสวางคบุรี 3 วัน บูรณะพระอารามให้บริบูรณ์ เสด็จไปนมัสการสมโภชพระบรมธาตุทุ่งยั้ง 3 วัน เสด็จลงไปนมัสการสมโภชพระมหาธาตุเมืองสวรรคโลก 3 วัน เสด็จลงไปนมัสการสมโภชพระพุทธชินราช พระพุทธชินสีห์ 3 วัน แล้วเสด็จพระราชดำเนินกลับกรุงธนบุรี
พระราชพงศาวดาร ฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) กล่าวว่า "...เสด็จพระราชดำเนินไปสมโภชพระ ณ ย้าง 3 วัน..." และพระราชพงศาวดารกรุงสยาม จากต้นฉบับของบริติชมิวเซียม กล่าวว่า "...เสด็จพระราชดำเนินไปสมโภชพระ ณ ทุ้งย้าง 3 เวร..." มีเพียงพระราชพงศาวดาร ฉบับพระราชหัตถเลขา ที่ชำระสมัยหลังกล่าวขยายความว่าเสด็จไปนมัสการพระแท่นศิลาอาสน์ เมื่อพิจารณาจากบริบทสถานที่ที่พระองค์เสด็จไปสมโภชล้วนแต่เป็นพระธาตุ จึงน่าจะหมายถึงพระบรมธาตุทุ่งยั้งมากกว่า
สมัยรัตนโกสินทร์.
พ.ศ. 2389 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีพระราชศรัทธา บูรณะวิหารหลวงและองค์พระบรมธาตุทุ่งยั้งที่พังลงมา (ไม่ปรากฏหลักฐานว่าพังเมื่อใด) พร้อมกับวิหารหลวงและองค์พระมหาธาตุเมืองฝาง วัดพระฝางสวางคบุรีมุนีนาถ โดยให้เกณฑ์เลกวัดจากเมืองพิษณุโลก 30 คน เมืองสวรรคโลก 15 คน เมืองพิชัย 15 คน เมืองสุโขทัย 3 คน เมืองพิจิตร 9 คน เมืองฝาง (สวางคบุรี) 15 คน เมืองทุ่งยั้ง 7 คน เลกกองนอกพระยาอุตรดิตถ์ 25 คน รวม 119 คน โดยแบ่งเลกวัด 91 คนบูรณะพระบรมธาตุทุ่งยั้ง 28 คนไปบูรณะพระมหาธาตุเมืองฝาง ก่อเสริมฐานล่างที่พังตั้งแต่พื้นดินจนถึงชั้นสี่เหลี่ยม 4 ชั้น ก่อชั้นแว่นฟ้าชั้นต้นไปถึงแว่นฟ้าชั้น 2 ทำเป็นมาลัยเถาซ้อนกัน 3 ชั้น ต่อด้วยฐานแว่นฟ้ารองรับส่วนองค์ระฆัง ใช้อิฐเก่าจากการรื้อส่วนที่พังลงมา 20,000 แผ่น อิฐใหม่ 71,200 แผ่น รวม 91,200 แผ่น เหลืออิฐดิบ 10,000 แผ่น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวพระราชทานเงินหลวง 3,200 บาทในการใช้จ่ายปฏิสังขรณ์อีกด้วย ส่วนวิหารหลวงได้ก่อมุขผนังถือปูนแล้วเสร็จ จ้างช่างวาดเขียนจิตรกรรมฝาผนังจากกรุงเทพขึ้นไป 2 คน เกณฑ์เลกส่วยผึ้งมาเป็นผู้ช่วย พระราชทานทองคำเปลวขึ้นไป 2,000 แผ่น เพื่อปิดส่วนต่าง ๆ ของวิหารหลวง
การดำเนินการปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุเป็นไปอย่างล่าช้า ทำให้ต้องเกณฑ์เลกวัดเพิ่มขึ้นอีก พ.ศ. 2400 ก่อขึ้นไปจนถึงชั้นบัวหงายรับองค์ระฆัง แต่ไม่ได้ใส่เสารากทำให้ฐานพระเจดีย์แตกแยกออกไป ต้องรื้ออิฐที่ก่อเสริมฐานพระเจดีย์เดิมลงมาถึงพื้นเดิม ใช้ไม้เต็งทำหลักด้ามละ 9 ต้น เพื่อไม่ให้ศิลาแลงและอิฐที่ก่อใหม่แตกแยกกัน ก่อขึ้นใหม่จนถึงชั้นบัวหงายและฐานแว่นฟ้าชั้นต้น ธีระวัฒน์ แสนคำ สันนิษฐานว่ารูปแบบพระบรมธาตุเป็นทรงระฆัง มีมาลัยเถาซ้อนกัน 3 ชั้น มีฐานปัทม์รองรับ คล้ายกับรูปทรงของพระมหาธาตุเมืองฝาง วัดพระฝางสวางคบุรีมุนีนาถ ที่บูรณะพร้อมกัน สันนิษฐานว่าสร้างเสร็จใน พ.ศ. 2401 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวยังพระราชทานพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุด้วย
พ.ศ. 2402 พระบรมธาตุทุ่งยั้งพังลงมาอีก ต้องเกณฑ์เลกวัดทำการซ่อมแซมพระเจดีย์ วิหารหลวง และโบสถ์อีกครั้ง จนแล้วเสร็จใน พ.ศ. 2405 ได้รับพระราชทานแกนเหล็กพระเจดีย์ในการบูรณะ
พ.ศ. 2428-2429 นายพันเอก เจ้าหมื่นไวยวรนารถ (เจิม แสง-ชูโต) นำกองทัพขึ้นมาประชุมพลที่เมืองพิชัย เพื่อจะยกไปทำสงครามปราบฮ่อในแขวงหัวพันและสิบสองจุไท วันพุธ แรม 6 ค่ำ เดือนยี่ (มกราคม พ.ศ. 2428) ได้นำกองทัพค้างแรมที่ทุ่งนาใหม่ท้ายเมืองทุ่งยั้ง 1 คืน ได้บันทึกถึงพระบรมธาตุทุ่งยั้งว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />ในเขตแขวงเมืองทุ่งยั้งนั้นมีบ้านประมาณ ๗๐ หลัง มีวัด ๆ หนึ่งชื่อวัดหน้าพระธาตุ ได้ทราบว่าพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ ได้ทรงปฏิสังขรณ์ไว้ให้เป็นที่นมัสการ ที่พระอุโบสถนั้นมีพระประธานหน้าตักกว้าง ๖ ศอกเศษ โบสถ์, วิหาร กระฎี แข็งแรงเรียบร้อยดี
นายร้อยเอก หลวงทวยหาญรักษา (เพิ่ม) ที่ติดตามกองทัพมา ได้เขียนถึงสภาพวัดไว้ว่า
ในช่วงระหว่าง พ.ศ. 2429 - 2441 พระบรมธาตุทุ่งยั้งได้พังทลายอีกครั้ง พ.ศ. 2441 หลวงคลัง (อิน) กรมการเมืองสวรรคโลก พร้อมกับภยาตะก่านายร้อยคำมาตย์ พ่อค้าไม้ชาวไทใหญ่เมืองแพร่ ได้ทำการบูรณะองค์พระบรมธาตุทุ่งยั้ง ดังที่ปรากฎในรายงานตรวจราชการ วันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2441 ของพระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นดำรงราชานุภาพ เสด็จตรวจราชการหัวเมืองฝ่ายเหนือ ได้ทรงแวะนมัสการและทอดพระเนตรวัดพระบรมธาตุทุ่งยั้ง ความว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />ที่เมืองทุ่งยั้งยังมีคูแลเนินกำแพงเปน ๒ ชั้น มีสิ่งสำคัญแต่วัดมหาธาตุ หลวงคลังเมืองสวรรคโลกกับทายกกำลังจัดการปฏิสังขรทั้งพระวิหาร กำแพงแก้ว แลจะก่อพระมหาธาตุซึ่งยังหักพังอยู่ให้ดีขึ้นดังเก่า เมืองทุ่งยั้งนี้ด้วยเหตุอย่างไรไม่ทราบ จองกันมาแต่โบราณว่าเปนเมืองท้าวสามนต์ ยังมีที่เรียกว่าสนามคลี แลหลุมคลี อยู่ที่ลานศิลาแลงหลังวัดมหาธาตุ แม้ในวิหารวัดมหาธาตุฝาผนังก็เขียนเรื่องเงาะ เปนการปลาดอยู่
พ.ศ. 2442 หลวงคลังได้ทำเรื่องขอพระราชทานพระบรมสารีริกธาตุขึ้นไปบรรจุในพระบรมธาตุทุ่งยั้ง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระราชกระแสตอบกลับและพระราชทานพระบรมสารีริกธาตุไปบรรจุพระบรมธาตุทุ่งยั้ง โดยม่ีนายตรีมหาดเล็ก บุตรพระยารณไชยชาญยุทธ (ครุฑ หงสนันทน์) มารับในปลายเดือนมีนาคม พ.ศ. 2443 พระบรมธาตุน่าจะเสร็จสมบูรณ์หลังการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุประมาณต้นปี พ.ศ. 2444 รูปแบบพระบรมธาตุยังคงมีฐานเขียงซ้อนกัน 3 ชั้น แต่ก่ออิฐเสริมให้ใหญ่ ถัดมาเป็นฐานแว่นฟ้า 3 ชั้น ส่วนองค์ระฆังและเจดีย์มุมฐานเขียง 4 มุม ทำแบบเจดีย์มอญ-พม่า เพราะมีการจ้างช่างพม่ามาทำ ภยาตะก่านายร้อยคำมาตย์ยังได้นำยอดฉัตรมาติดยอดพระบรมธาตุด้วย
6 มิถุนายน พ.ศ. 2444 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ ได้เสด็จมานมัสการและทอดพระเนตรโบราณสถานวัดพระแท่นศิลาอาสน์ ทรงกล่าวถึงพระแท่นศิลาอาสน์ในจดหมายระยะทางไปพิษณุโลกว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />เวลาเช้า ๒ โมง ๕๐ นาฑี ถึงวัดมหาธาตุเมืองทุ่งยั้ง วัดนี้ท่วงทีเก่ามาก แต่เปนรอยได้ซ่อมไว้ค่อนข้างใหม่ มีพระวิหารใหญ่หลังหนึ่ง ผนังอิฐเครื่องประดุทรงแจ้มาก ลายหน้าบรรพ์กลางเปนรูปสัตว์หิมพานต์อยู่ในช่องลูกฟัก บรรพ์รเบียงสลักเปนเรื่องรามเกียรติชุดสหัศเดชะ ผนังในเขียนเรื่องเงาะ โดยอรรถที่กล่าวกันว่า เมืองทุ่งยั้งนี้เปนเมืองเจ้าเงาะ บานประตูเขียนรดน้ำ เปนเทวดา ประหนึ่งว่าจะเปนจตุโลกบาล แต่ก็ไม่ใช่ แต่ใช่ว่าทำโดยความรู้พิเศษอะไรก็หาไม่ ทำโดยถ่ายมาจากวิหารยอดวัดพระเชตุพนกรุงเทพไม่ถ้วนเท่านั้น เห็นได้ว่าฝีมือเขียนทั้งปวงได้ทำแผ่นดินพระนั่งเกล้า ได้สอบถามพระอุตรดิฐดู บอกว่าผู้ใหญ่เล่าว่า พระนั่งเกล้ารับสั่งให้พระยาท้ายน้ำ พระยานครสวรรค์ พระยาอุตรดิฐ มากระทำการปฏิสังขรณ์ จะเปนปีใดแลไม่เห็น ยังซ่อมชั้นใหม่เหมือนเมื่อวานซืนก็มีในภายนอก พระอุตรดิฐว่าหลวงคลัง เดิมชื่ออิน เปนชาวสวรรคโลกมาปฏิสังขรณ์ 
พระในวิหาร มีพระปูนองค์ใหม่ไม่งามอยู่ประจำที่ กับพระหล่อเล็ก ๆ มากกว่ามาก งามก็มี ไม่งามก็มี หักก็มี ดีก็มี ได้เลือกพระยืนหักเอามาองค์หนึ่ง เพราะทรงดี พระดีมีองค์หนึ่ง สูงประมาณ ๓ ศอก เปนพระทรงเครื่อง เครื่องทำด้วยทองเหลืองแผ่นตัดซ้อนตัว ประณีตมาก แลปิดทองก็งาม มุขหลังพระวิหาร มีรูปพระศรีอารย์เก่าเหมือนกัน แต่องค์พระเกลี้ยงเกลี้ยง ไม่ปลาดอะไร ดีที่ฐานทำลายทองเหลืองแผ่นตัดซ้อน เปนกนกงามนัก
หลังพระวิหารมีพระธาตุ สูงเห็นจะเกือบ ๒๐ วา เป็นรูปเจดีย์พม่าใหม่อล่องฉ่อง พระสีหสงครามว่า พระธาตุเดิมเล็ก นี่เขาทำบวกเข้าใหม่ พึ่งแล้วเมื่อสองเดือนนี้ ช่างพม่ารับจ้างทำอย่างพม่า พร้อมทั้งประตูกำแพงแก้วด้วย รูปร่างที่ทำใหม่ก็ดีอยู่ ข้างเบื้องซ้ายแห่งวิหารใหญ่มีโบสถ์หลังหนึ่ง แต่ไม่ใหญ่โต ฝาอิฐเครื่องประดุเก่าแต่ได้ซ่อมเสียใหม่เช่นวิหารแล้วเหมือนกัน พระประธานในโบสถ์เปนพระเก่าพอดูได้ ฝีมือช่างไม่มีอะไรที่จะควรกำหนดจดจำ... ...องค์พระธาตุเดิมรูปร่างเปนอย่างไร ถามพระสีหสงครามบอกว่ารูปเหมือนฝาชี หมดปัญญาที่จะรู้สึกได้
23 ตุลาคม พ.ศ. 2444 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินหัวเมืองฝ่ายเหนือ ได้เสด็จนมัสการพระบรมธาตุทุ่งยั้ง ตามพระราชหัตถเลขากล่าวว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />มาจากพระแท่น ๓๐ เส้นถึงเมืองทุ่งยั้ง เปนเมืองเก่ามีกำแพงเชิงเทิน แต่เดี๋ยวนี้คงอยู่แต่เชิงเทินแลคู ซึ่งแปลกกว่าเมืองอื่นคือขุดศิลาแลงเปนคู วัดมหาธาตุตั้งอยู่เกือบจะกึ่งกลางกำแพงเมือง ได้แวะในที่นั้น พระวิหารหลวงยังคงรูปอยู่ตามเดิม แต่หลวงคลังเมืองสวรรคโลกมาปฏิสังขรณ์มุงด้วยกระเบื้องคลองสารทำภายนอกเรียบร้อยแล้ว แต่ภายในยังไม่สำเร็จ มีเครื่องไม้สลักพอดูได้เปนของเก่าที่บานประตู องค์พระมหาธาตุนั้นชำรุดพังลงมา สร้างขึ้นใหม่ รูปนั้นเปนแว่นฟ้า ๓ ชั้น แต่ไปเอาพระเจดีย์มอญมาตั้งขึ้นข้างบน ถ้าดูไม่นึกว่ากระไรก็พอดูได้ แต่หลวงคลังนี้เปนคนมีศรัทธามาก ได้ลงทุนทำไปแล้วถึง ๔๐๐ ชั่ง แต่เปนเงินที่เรี่ยรายอยู่ ๖๐๐๐ บาทเศษ ออกจากวัดมหาธาตุมาถึงพลับพลาเวลาทุ่มเศษ
ภายหลังจากการบูรณะองค์พระบรมธาตุเสร็จสิ้นใน พ.ศ. 2444 ปีถัดมา พระบรมธาตุได้พังลงมาอีกครั้งเนื่องจากเหตุการณ์แผ่นดินไหว ตามรายงานตรวจราชการของพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นพิไชยมหินทโรดม วันที่ 5 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2446 ความว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />แวะดูวัดทุ่งยั้งตามทาง ที่พระปรางค์นั้นหักลงเมื่อเร็ว ๆ นี้ เปนด้วยแผ่นดินไหว ผู้คนรู้ศึกกันโดยมากแต่ในบริเวณเมืองอุตรดิฐเท่านั้น ที่พิษณุโลกหามีใครรู้ศึกไม่ บัดนี้กำลังจะซ่อมแซมใหม่แล้ว
การบูรณะไม่ปรากฎว่าใครเป็นเจ้าภาพบูรณะ ธีระวัฒน์ แสนคำสันนิษฐานว่าการบูรณะครั้งนี้น่าจะเป็นหลวงคลัง (อิน) กับนายร้อยคำมาตย์เช่นเดิม และเจ้าอธิการแก้ว เจ้าอาวาสขณะนั้น
16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2451 พระบรมธาตุทุ่งยั้งได้พังลงมาเนื่องจากแผ่นดินไหว มีการค้นพบพระบรมสารีริกธาตุ 2 องค์ บรรจุในผอบ 7 ชั้นในโกศทองคำ โกศเงินบรรจุพระธาตุสาวก พระพุทธรูปทองคำ พระพุทธรูปเงิน และสิ่งของมีค่าจำนวนมาก มีใบบอกของข้าหลวงเทศาภิบาลสำเร็จราชการมณฑลพิษณุโลกรายงานมายังเจ้าพระยาวิชิตวงศ์วุฒิไกร (หม่อมราชวงศ์คลี่ สุทัศน์) ทูลเกล้าถวายรายงานต่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เพื่อจะส่งพระบรมสารีริกธาตุและของมีค่าเข้ามากรุงเทพฯ แต่พระองค์มีพระราชหัตถเลขาตอบกลับว่าทรงไม่เห็นด้วยที่จะส่งพระบรมสารีริกธาตุและของมีค่าลงมากรุงเทพฯ แต่ต้องการให้ปฏิสังขรณ์พระบรมธาตุและบรรจุพระบรมสารีริกธาตุให้เป็นที่สักการบูชาของคนท้องถิ่นดังเดิม กรมการเมืองควรคิดอ่านเรี่ยไรปฏิสังขรณ์และบรรจุเข้าตามเดิมจะดีกว่า
ภายหลังพระบรมธาตุพังลงมา หลวงพ่อแก้ว (เจ้าอธิการแก้ว) เจ้าอาวาส พร้อมกับหลวงคลัง (อิน) ได้ซ่อมพระบรมธาตุทุ่งยั้ง วิหารหลวงและโบสถ์ ค่าจ้างในการซ่อมองค์พระเจดีย์ 36,600 บาท วิหารหลวง 1,500 บาท ไม่ปรากฎปีที่บูรณะ เป็นรูปทรงขององค์พระบรมธาตุในปัจจุบัน มีการจารึกเรื่องการบูรณะลงบนแผ่นหินชนวน สันนิษฐานว่าจารึกหลัง พ.ศ. 2457 เพราะปีนี้เจ้าอธิการแก้วยังเป็นเจ้าอาวาสอยู่ แต่ในจารึกระบุว่าพระสมุห์กอเป็นเจ้าอาวาส ความว่า
<templatestyles src="แม่แบบ:คำพูด/style.css" />หลวงพ่อแก้ว หลวงคลัง มีไจยศรัทธาได้ยซ่อมพระบรมทาต กับวิหาน โบด มรดบ วัตพระยืนสำเหร็จแล้ว บัดนี้มีไจยสรัธาทรางศาลาแลสะน้ำที่หนองไก่ฟูบปีมะเสงศก ๑๒๓ ได้ทรางถนนแลบ่อน้ำตั้งแต่ศก ๑๒๓ มาจนถึงศก ๑๒๖ จึงสำเหร็จ ได้ทรางศาลาห้วยทรายปีชวดศก ๑๑๘ สำเหร็จ ได้ยทรางศาลาแท่นดอกไม้ยกับน้ำบ่อ ได้ยทรางศาลาที่สีสะดุมศก ๑๑๖ ได้ ทรางศาลาปากท่าเมืองทุ่งยั้งศก ๑๐๙ ค่าจ่างบรมทาต ๓๖๖๐๐ วี่หาน ๑๕๐๐๐ มรดบพระยืน ๕๐๐๐ ศาลาแท่นดอกไม้ ๓๐๐ วัดนี้ทรางครั้งพระร่วงชื่อวัดพระมหาทาตุ พระเจ้าบรมโกศอยุธยาทรงปฏิสังขรณ์ทับ พระประสาน คล้ายชมผู้จาริก พระสมุห์กอ ญาณวีโร (มะลิวัลย์) เจ้าอาวาส
22 พฤศจิกายน พ.ศ. 2457 สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เสด็จตรวจการณ์คณะสงฆ์และสักการะพระบรมธาตุทุ่งยั้ง
พ.ศ. 2550 - 2552 สำนักศิลปากรที่ 6 สุโขทัย ได้ทำการบูรณะพระเจดีย์พระบรมธาตุทุ่งยั้งโดยการฉาบปูนรอบองค์พระเจดีย์ใหม่ ขัดเศษปูนและคราบตะไคร้น้ำและอื่น ๆ ขัดปูนตำทั่วทั้งองค์พระเจดีย์
พ.ศ. 2558 ในโอกาสที่สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พระราชสมภพครอบ 5 รอบ 60 พรรษา และจังหวัดอุตรดิตถ์ครบรอบการจัดตั้ง 100 ปี จังหวัดอุตรดิตถ์จึงมีมติดำเนินโครงการหุ้มทองจังโกพระบรมธาตุทุ่งยั้ง จำนวน 499 แผ่น และปรับแต่งภูมิทัศน์รอบพระบรมธาตุเจดีย์
ลักษณะทางสถาปัตยกรรม.
สันนิษฐานว่ารูปแบบเดิมของพระบรมธาตุทุ่งยั้งเป็นเจดีย์ทรงพุ่มข้าวบิณฑ์หรือดอกบัวตูมแบบสุโขทัย จากการบูรณะในภายหลังหลายครั้งทำให้เปลี่ยนเป็นทรงอื่น แต่ยังคงเหลือฐานเขียงซ้อนกัน 3 ชั้น อันเป็นลักษณะของฐานเจดีย์ทรงพุ่มข้าวบิณฑ์
รูปทรงปัจจุบันเป็นรูปแบบการบูรณะของหลวงพ่อแก้ว (เจ้าอธิการแก้ว) เจ้าอาวาส พร้อมกับหลวงคลัง (อิน) ภายหลังจากพระบรมธาตุพังลงมาเมื่อ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2451 ฐานเขียงซ้อนกัน 3 ชั้น ชั้นที่ 2-3 มีบัวลูกฟักคาดกลางระหว่างท้องไม้ชั้นละ 2 เส้น ฐานเขียงชั้นที่ 3 ทำซุ้มคูหาอยู่กึ่งกลางของแต่ละด้าน ยอดเป็นซุ้มเจดีย์มอญ-พม่า องค์ระฆังก่อเป็นทรงระฆัง รองรับด้วยบัวปากระฆังขนาดใหญ่ ทำเป็นลักษณะคล้ายกลีบบัวล้อมรอบ บัลลังก์ขนาดใหญ่ มีปล้องไฉนป่องกลาง ไม่มียอดฉัตร มีเจดีย์ขนาดเล็กมุมฐานเขียง 4 มุม ทำแบบเจดีย์มอญ-พม่า
ปูชนียวัตถุและถาวรวัตถุที่สำคัญของวัด.
วิหารหลวง.
เป็นอาคารขนาดใหญ่ขนาด 5 ห้องเสา กว้างประมาณ 14.60 เมตร ยาว 32.30 เมตร มีมุขด้านหน้าและด้านหลัง เสาประธานคู่ในกลม รับโครงสร้างที่เป็นเครื่องประดุถ่ายน้ำหนักลงสู่เสาและผนัง รูปแบบสถาปัตยกรรมมีลักษณะผสมผสานระหว่างล้านนาและอยุธยา มุขหน้าและหนังเป็นหลังคาจั่วเตี้ย ทิ้งเชิงกอนลงมาในระดับต่ำแบบวิหารล้านนา แต่งานศิลปกรรมอื่น ๆ มีลักษณะแบบสกุลช่างทางภาคกลาง พื้นวิหารมีการยกขึ้นจากระดับพื้นเล็กน้อย ส่วนบัวพื้นตกแต่งเป็นบัวคว่ำ ผนังก่ออิฐโบราณขนาดใหญ่ ส่วนเสามีทั้งกลมและเหลี่ยม ผนังมีลักษณะเป็นเสาอิงรับโครงสร้างหลังคา ไม่มีทวยระหว่างช่องหน้าต่าง เป็นบานเปิดหูช้าง ฝาผนังหุ้มหองด้านหน้าก่อเป็นเสาอิงสี่เหลี่ยมตรงกับแนวเสาประธานคู่ใน เว้นช่องประตูกลางบานใหญ่ บานประตูเป็นบานหูช้าง มีอกเลา บานประตูทางเข้าทางด้านนอกเป็นลายรดน้ำปิดทองภาพพระนารายณ์ 4 กร ฝาผนังหุ้มกลองหลังพระประธานทำประตูออกที่ผนังปีกนก 2 ข้าง มีการซ้อนชั้นหลังคา 3 ชั้น ลดชั้นตรงมุขหน้าและมุขหลัง จั่วของมุขหน้าและมุขหลังจะมีแนวสันหลังคาจรดขื่โทหน้าบันชั้นบน ตีฝ้าเพดาน 
หน้าบันเป็นงานไม้แกะสลักปิดทอง ปิดพื้นด้วยกระจกสี อยู่ในกรอบโครงหลังคา หน้าบันมุขหน้า ชั้นล่าง 2 ข้างเป็นดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษาในกรอบสามเหลี่ยม ถัดเข้ามา 2 ข้างเป็นกรอบสี่เหลี่ยม 3 กรอบ ซ้ายและขวาเป็นภาพช้างหันหน้าตรง ล้อมรอบด้วยลายดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษา กรอบกลางเป็นลายช้างเอราวัณ ชั้นที่สองเป็นภาพราชสีห์และไกรสร ล้อมรอบด้วยลายดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษา ชั้นที่สาม ช่องกลางทำเป็นรูปเทพนม ล้อมรอบด้วยลายดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษา ชั้นบนสุดเป็นกรอบสามเหี่ยมประกบดั้ง ทำเป็นลายดอกพุดตาน 
หน้าบันด้านหน้าชั้นบน อยู่เหนือผนังหุ้มกลองด้านหน้าวิหาร ชั้นล่างสุด 2 ข้างเป็นกรอบสามเหลี่ยมทำเป็นดอกลายพุดตาน ตรงกลางเป็นลายเครือเถาแบบล้านนาหรือพม่าในกรอบสี่เหลี่ยม ชั้นสองเป็นกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตาน 2 ข้าง ตรงกลางเป็นกรอบสี่เหลี่ยมรูปเทพนมผุดจากดอกบัว
หน้าบันปีกนกด้านซ้ายมุขหน้ามี 3 ชั้น ชั้นล่างเป็นภาพลายดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษาในกรอบสามเหลี่ยม ถัดเข้ามาเป็นภาพรามเกียรติ์ตอนศึกสหัสเดชะ ชั้นสองซ้ายสุดเป็นกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตาน ถัดเข้ามากรอบสี่เหลี่ยมเป็นภาพรามเกียรติ์ ชั้นบนสุดเป็นลายดอกพุดตานในกรอบสามเหลี่ยม หน้าบันปีกนกด้านขวามุขหน้ามี 3 ชั้น ชั้นล่างสุดเป็นกรอบสามเหลี่ยม แกะสลักยักษ์สู้ลิง กรอบสี่เหลี่ยมเป็นภาพรามเกียรติ์ตอนศึกสหัสเดชะ ชั้นสองเป็นกรอบสามเหลี่ยมภาพยักษ์สู้ลิง ถัดเข้ามากรอบสี่เหลี่ยมเป็นรูปหนุมานตัดเศียนสหัสเดชะ ชั้นบนสุดเป็นภาพลิงหยอกล้อในกรอบสามเหลี่ยม
หน้าบันมุขหลังมีโครงสร้างคล้ายมุขหน้าแต่ต่างกัน ชั้นล่างสุดสองข้างเป็นกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตาน ถัดมากรอบสี่เหลี่ยมภาพบุคคนถือดอกไม้ ช่องกลางเป็นฤๅษี มือขวาถือคนโท มือซ้ายถือดอกไม้ ชั้นสองนอกสุดเป็นกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตาน ถัดมาเป็นกรอบสี่เหลี่ยม 2 ช่อง แกะรูปเทวดาถือดอกไม้เข้าหากัน ชั้นสาม นอกสุดเป็นกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตาน ช่องกลางเป็นภาพพระพรหมพนมหัตถ์ มีบริวารถือฉัตร 2 ข้าง ชั้นบนสุดเป็นรูปกรอบสามเหลี่ยมลายดอกพุดตานประกบไว้
หน้าบันชั้นบนด้านหลัง ลายในกรอบสามเหลี่ยมเป็นลายกนก กรอบสี่เหลี่ยมทำเป็นลายดอกพุดตานแต่ไม่เต็มกรอบ ลายภายในเป็นลายขอบหยักเินไขว้กันที่มุมเป็นลายค้างคาว ตรงกลางจำหลักเป็นลายดอกบัวขนาดใหญ่คล้ายลักษณะสกุลช่างล้านนา
หลังคาวิหารหลวงมุงกระเบื้องดินเผาปลายมนเคลือบผิวสีส้มแดง ซึ่งมุงครั้งล่าสุดโดยการบูรณะของกรมศิลปากร วัสดุมุงของเดิมเป็นกระเบื้องดินเผา ต่อมามีการเปลี่ยนเป็นกระเบื้องคลองสารในการบูรณะของหลวงคลัง (อิน) ซึ่งคงเป็นกระเบื้องซีเมนต์รูสี่เหลี่ยมจัตุรัส ช่อฟ้าช้นบนทำเป็นรูปนาค 3 เศียร ทั้งด้านหน้าด้านหลัง
ภายในวิหารหลวงมีภาพจิตรกรรมฝาผนัง คงเหลือเพียง 3 ด้าน ผนังหุ้มกลองตรงข้ามพระประธานวาดเป็นภาพพุทธประวัติตอนมารผจญ ผนังด้านทิศเหนือเป็นรูปพุทธประวัติ ผนังด้านทิศใต้เป็นรูปเรื่องสังข์ทอง บนสุดของผนังทั้งสองด้านเขียนรูปเทพชุมนุม สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ทรงสันนิษฐานว่าวาดในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ส่วนสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงสันนิษฐานว่าเป็นฝีมือช่างครั้งกรุงเก่า (กรุงศรีอยุธยา) แต่จากหลักฐานจดหมายเหตุสมัย ร.4 พ.ศ. 2400 ได้มีการจ้างช่างเขียนผนังด้วยเครื่องเขียนและทองคำเปลว 2 คนมาบูรณะพระวิหารหลวง ธีระวัฒน์ แสนคำสันนิษฐานว่า ภาพพุทธประวัติน่าจะเขียนในสมัยอยุทธยาตอนปายในรัชสมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ พ.ศ. 2400 จึงมีการเขียนภาพสังข์ทองและซ่อมแซมภาพพุทธประวัติ ภาพจิตรกรรมได้รับการอนุรักษ์ใน พ.ศ. 2529 แต่ภาพได้เลือนไปมากแล้ว
พระประธานในพระวิหารเป็นพระพุทธรูปปูนปั้นปางมารวิชัย ขนาดหน้าตักกว้าง 4.25 เมตร สูง 6.25 เมตร ลงรักปิดทอง ชาวบ้านเรียก หลวงพ่อโต หรือ หลวงพ่อหลักเมือง ฝีมือช่างท้องถิ่น พระพักตร์เหลี่ยมเล็กน้อย พระรัศมีเป็นเปลวเพลิงสูง ชายสังฆาฏิเดิมเป็นรูปเขี้ยวตะขาบ ปัจจุบันมีร่องรอยการแก้ไขปลายสังฆาฏิ ประทับบนฐานชุกชีขนาดใหญ่ กว้าง 7 เมตร เนื่องจากพระประธานมีพระพักตร์ดูราวกับว่าสูงอายุมาก จึงมีบางคนเรียกว่า หลวงพ่อพระประธานเฒ่า
ด้านหน้าพระประธานมีประติมากรรมรูปพระศรีอาริย์ หล่อด้วยสำริด หน้าตักกว้าง 99 เซนติเมตร ศิลปะอยุธยา ห่อด้วยเทคนิคสูง ตัวกระจังที่ฐานมาประกอบภายหลัง เดิมประดิษฐานอยู่มุขหลังวิหารหลวง ต่อมาทางวัดอัญเชิญมาประดิษฐานในวิหารหลวง
พระอุโบสถ.
เป็นอาคารขนาดเล็ก มีมุขโถงด้านหน้าหันสู่ทิศตะวันออก ฐานผนังด้านนอกทำเป็นฐานปัทม์ ส่วนมุขหน้าต่อพนักเตี้ยเลยแนวเสาที่รับหลังคามุขออกไป เว้นทางเข้าออกไว้ ทำเป็นเสาหัวเม็ดที่ช่องทางเข้า 2 ผนังก่ออิฐ หน้าต่างข้างละ 3 ช่อง เสาโบสถ์มีแต่มุขหน้า 4 ต้น เป็นเสาแปดเหลี่ยม ปลายสอบเข้าและเอียเข้าหากันเล็กน้อย ปลายเสาตกแต่งบัวแวง หลังคาทำชั้นลด 3 ชั้น ซ้อน 3 ชั้น มุงกระเบื้องดินเผา ตีฝ้าเพดาน
หน้าบันมุขหน้าแกะสลักไม้เป็นภาพพระอินทร์ทรงช้างเอราวัณ ล้อมด้วยลายเครือเถาเป็นดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษา ปิดทองลงพื้นดำ หน้าบันด้านหน้าชั้นบนแกะสลักเป็นรูปราหูอมจันทร์ปิดทอง ล้อมด้วยลายเครือเถาเป็นดอกพุดตานและลายพันธุ์พฤกษา หน้าบันด้านหลังแกะสลักไม้เป็นลายพื้นดอกประจำยามปิดทองเต็มกรอบหน้าจั่ว
หอระฆัง.
เป็นอาคารคอนกรีตก่อฐานสูง ทำบันไดทางขึ้นก่อด้วยศิลาแลง เสาไม้แปดเหลี่ยม หลังคาทรงมณฑป 2 ชั้น มุงกระเบื้องดินเผาปลายตัด ส่วนยอดเป็นพรหม 4 หน้า สันตะเข้ หลังคาครอบปูน สุดปลายทำรูปนาคปัก สร้างขึ้นใหม่แทนหลังเดิมที่ชำรุดโดยทำเลียนแบบของเดิม
เจดีย์ราย.
ในเขตพุทธาวาสมี 9 องค์ คือ เจดีย์ข้างวิหารหลวงด้านหน้าทางทิศเหนือและใต้ 4 องค์ รูปแบบเหมือนเจดีย์สี่มุมของพระบรมธาตุทุ่งยั้ง เป็นรูปแบบเจดีย์มอญ-พม่าโดยช่างที่มาซ่อมพระบรมธาตุสมัย ร.5 ทำขึ้นในซากฐานเจดีย์เก่าชำรุด เจดีย์รายด้านหน้าโบสถ์ติดกำแพงแก้ว 3 องค์และเจดีย์รายด้านหน้าวิหารหลวงทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ติดกำแพงแก้ว 2 องค์ เป็นเจดีย์ย่อมุมแบบพื้นเมือง ไม่เก่ากว่าสมัย ร.5 องค์ระฆังสูงชะลูด ส่วนฐานก่อรับองค์ระฆังไม่มีชั้นลูกแก้ว ก่อเป็นฐานปัทม์และฐานหน้ากระดานสลับกันเป็นฐานย่อมุม ส่วนยอดเหนือบัลลังก์เป็นก้านฉัตรและบัวคว่ำย่อมุมรับชั้นลูกแก้วและปลียอด
ศาลาการเปรียญ.
ตั้งอยู่ทางตะวันออกเฉียงใต้ของเขตพุทธาวาส เป็นอาคารขนาดใหญ่ 2 ชั้น ทำด้วยคอนกรีตเสริมเหล็ก สร้างสมัยพระอธิการอินทร์และพระอธิการบัว เสร็จเมื่อ พ.ศ. 2472
บ่อศิลาแลง.
เป็นสระน้ำ 2 บ่อ ผังสี่เหลี่ยมผืนผ้า ลึกประมาณ 6 เมตร อยู่นอกเขตกำแพงแก้วทางทิศเหนือ สันนิษฐานว่าเป็นบ่อศิลาแงที่ถูกขุดมาใช้ในการก่อสร้างวัด มีร่องรอยการตัดพื้นศิลาแลงเป็นรูปสี่เหลียม ผนังราบเรียบ บ่อศิลาแลงทางทิศตะวันตกมีอุโมงค์ขนาดเล็กอยู่ทางทิศใต้ของก้นบ่อ กว้าง 1 x 1 เมตร ภายในแยกเป็น 2 ทาง ทางซ้ายไปใต้ฐานพระเจดีย์ ทางขวาออกไปทางคูเมือง ขุดลึกเท่าไหร่ไม่ทราบแน่ชัด ปัจจุบันลึกประมาณ 3-5 เมตรก็ตันแล้ว ไม่ปรากฎว่าขุดเพื่ออะไร มีเรื่องเล่าท้องถิ่นว่าอุโมงค์ทางขวาทะลุไปถึงอุโมงค์ในช่องผนังมณฑปวัดศรีชุม (จังหวัดสุโขทัย) บางกระแสเล่าว่าเป็นที่หลบภัยออกนอกเมือง บ้างก็ว่ายาวทะลุไปถึงเมืองระแหง (ตาก) ส่วนช่่องทางซ้ายเล่าว่าเป็นอุโมงค์ที่มิจฉาชีพพยายามขุดเข้าไปหาของมีค่าใต้องค์พระบรมธาตุ
หลุมคลีเจ้าเงาะ.
อยู่นอกกำแพงแก้วทางทิศตะวันตกขององค์พระบรมธาตุ มีลักษณะเป็นหลุมวงกลมขุดลงไปในศิลาแลง มีหลายหลุมหลายขนาดแตกต่างกัน จากคำบอกเล่าว่าเดิมมีอยู่ทั่วไปในบริเวณสนามฟุตบอลโรงเรียนชุมชนวัดบรมธาตุ กว้างและลึกกว่าที่เหลืออยู่ในปัจจุบัน แต่ถูกถมเป็นสนามฟุตบอลไปแล้ว ชาวบ้านเล่าว่าเป็นหลุมคลีของเจ้าเงาะหรือสังข์ทองกับพระอินทร์ที่ต่อสู้กันตามวรรณคดีเรื่องสังข์ทอง ไม่ปรากฎหลักฐานว่าทำขึ้นเมื่อใด และทำเพื่ออะไร หลุมคลีเจ้าเงาะมีลักษณะคล้ายคลึงกับโบราณสถานหลุมเมือง บ.โคกขวาง ต.หนองโพรง อ.ศรีมหาโพธิ์ จ.ปราจีนบุรี
พระพุทธรูปประหลาด.
ในนิทานโบราณคดี พระนิพนธ์ของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ได้กล่าวว่า เมื่อพระองค์ดำรงตำแหน่งเป็นเสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ไปตรวจราชการหัวเมืองฝ่ายเหนือเมื่อ พ.ศ. 2441 ในวันที่ 10 พฤศจิกายน ได้เสด็จนมัสการและทอดพระเนตรวัดมหาธาตุทุ่งยั้ง ได้ทรงพบพระพุทธรูปองค์หนึ่ง วางนอนอยู่ในพระหัตถ์พระประธานในวิหารหลวง ถามพวกกรมการได้ความว่า เป็นพระพุทธรูปจากวัดวังหมู ถ้าใครไปถวายเครื่องสักการะบูชา มักมีเหตุวิวาททะเลาะกัน จนไม่มีใครกล้าบูชา แต่พวกลูกศิษย์วัดคึกคะนองมักแอบเอาหมากพลูไปถวายเวลามีงาน ทำให้เกิดวิวาททะเลาะกันทุกครั้ง อยู๋มาวันหนึ่งได้หายจากวันไป แล้วมาพบอยู่ในพระหัตถ์พระประธานวัดมหาธาตุทุ่งยั้ง ไม่มีใครกล้าเอากลับไป สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหมื่นดำรงราชานุภาพทรงรับสั่งให้นำพระมาดู เป็นพระปางมารวิชัย ศิลปะสุโขทัย ทำงามและได้ขนาด จึงทรงขอพระพุทธรูปไปด้วย ทรงจุดธูปเทียนบูชาแล้วเชิญพระพุทธรูปมาทำเนียบจอดเรือ และได้รับทราบว่าขณะกำลังบูชามีฝีพายทะเลาะชกกัน 1 คู่
เมื่อถึงกรุงเทพ ทรงให้พระมงคลทิพยมุนี (มา อินฺทสโร) ทำการปฏิสังขรณ์องค์พระพุทธรูปพร้อมกับพระพุทธนรสีห์ เสร็จแล้วนำมาตั้งบูชาที่ท้องพระโรง เมื่อพระองค์ไปหาเจ้าจอมมารดาชุ่ม มารดา ท่านว่าแต่เดิมคนในบ้านก็อยู่กันปกติ ตั้งแต่เอาพระพุทธรูปมาไว้ก็ทะเลาะกันไม่หยุด แล้วส่งเศษกระดาศจดชื่อคนวิวาท 6 คู่ แล้วตักเตือนว่าให้คิดดู สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงดำรงราชานุภาพจึงทรงฝากพระพุทธรูปให้พระมงคลทิพยมุนี (มา อินฺทสโร) รักษาไว้ ต่อมาอีกหลายเดือนกรกการเมืองอุตรดิตถ์มาหาสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงดำรงราชานุภาพ จึงทรงนึกได้และจะฝากพระพุทธรูปให้กลับคืนไปวัดมหาธาตุทุ่งยั้ง แต่เมื่อไปขอพระคืน พระมงคลทิพยมุนี (มา อินฺทสโร) ว่าตั้งแต่พระพุทธรูปองค์นั้นมาอยู๋วัดจักรวรรดิราชาวาสวรมหาวิหาร มักเกิดเหตุทะเลาะวิวาทขึ้นตลอด แม้แต่ลูกศิษย์ก็ไปตีหัวเจ๊กขายเจียมบี๋อี๊ มีพ่อค้าชาวหัวเมืองเหนือที่เคยรู้จักเข้ามาค้าขายทางเรือถึงกรุงเทพฯ เข้ามาเยี่ยม เมื่อเห็นพระพุทธรูปก็ชอบใจเอ่ยปากขอ ท่านก็เลยยกให้ ไม่ทราบว่าพาไปไหน พระพุทธรูประหลาดจากพระบรมธาตุทุ่งยั้งจึงหายไป