ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น

มนุษย์ผู้อยู่อาศัยกลุ่มแรกบนหมู่เกาะญี่ปุ่นย้อนรอยถึงช่วงก่อนประวัติศาสตร์ราว 30,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ยุคโจมง ซึ่งตั้งชื่อตามเครื่องปั้นดินเผาลายเชือกทาบที่ถือกำเนิดในยุคดังกล่าว ตามด้วยยุคยาโยอิในช่วง 1,000 ปีก่อนคริสต์ศักราชแรก ในยุคนี้มีการรับสิ่งประดิษฐ์ใหม่ ๆ จากประเทศในเอเชียมาใช้ และปรากฏบันทึกที่กล่าวถึงประเทศญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกใน หนังสือฮั่น ในคริสต์ศตวรรษแรก
ช่วงก่อนคริสต์ศตวรรษที่ 3 ชาวยาโยอิจากผืนแผ่นดินใหญ่ย้ายถิ่นเข้าสู่หมู่เกาะญี่ปุ่นและริเริ่มการใช้เทคโนโลยีเหล็กและอารยธรรมเกษตรกรรม ประชากรชาวยาโยอิเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วจากอารยธรรมเกษตรกรรมจนครอบงำชาวโจมงซึ่งเป็นชาวพื้นเมืองเก็บของป่าล่าสัตว์ที่อาศัยอยู่บนหมู่เกาะญี่ปุ่นในที่สุด ระหว่างศตวรรษที่ 4 ถึง 9 อาณาจักรและชนเผ่าญี่ปุ่นค่อย ๆ เป็นหนึ่งเดียวกันภายใต้รัฐบาลรวมศูนย์อำนาจนำโดยจักรพรรดิญี่ปุ่นเพียงในพระนาม มีการสถาปนาราชวงศ์ที่มีการสืบสันติวงศ์จวบจนถึงปัจจุบันขึ้น แม้ว่าส่วนใหญ่แล้วจะเป็นในเชิงพิธีเกือบทั้งหมด ใน ค.ศ. 794 มีการก่อตั้งเมืองหลวงใหม่ขึ้นที่เฮอังเกียว (เกียวโตในปัจจุบัน) อันเป็นจุดเริ่มต้นของยุคเฮอังซึ่งสิ้นสุดใน ค.ศ. 1185 ยุคเฮอังได้รับการยอมรับว่าเป็นยุคทองแห่งวัฒนธรรมญี่ปุ่นคลาสสิก และนับจากนั้นศาสนาของชาวญี่ปุ่นเป็นการผสมรวมเข้ากับการปฏิบัติตามหลักทางลัทธิชินโตและศาสนาพุทธ
หลายศตวรรษต่อมา พระราชอำนาจของราชวงศ์ลดลงและถ่ายผ่านไปสู่ตระกูลฟูจิวาระซึ่งเป็นตระกูลขุนนางทรงอิทธิพล ส่งต่อไปยังตระกูลทหารและไพร่พลซามูไร ตระกูลมินาโมโตะภายใต้การนำของมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะได้รับชัยชนะจากสงครามเก็มเปใน ค.ศ. 1180–85 นำไปสู่ความพ่ายแพ่ของตระกูลทหารไทระซึ่งเป็นคู่แข่งกับตระกูลมินาโมโตะ หลังการยึดอำนาจ โยริโตโมะสถาปนาเมืองหลวงในคามากูระและเป็นผู้รับตำแหน่ง "โชกุน" ใน ค.ศ. 1274 และ ค.ศ. 1281 รัฐบาลโชกุนคามากูระสามารถต้านทานการรุกรานของมองโกลได้ แต่ใน ค.ศ. 1333 รัฐบาลล้มลงโดยคู่ต่อสู้ผู้อ้างสิทธิต่อรัฐบาลโชกุน ซึ่งนำทางสู่ยุคมูโรมาจิ ในยุคนี้ ผู้นำทางทหารท้องถิ่นที่เรียกว่า "ไดเมียว" เริ่มมีอิทธิพลเหนือโชกุน ท้ายที่สุด ประเทศญี่ปุ่นตกลงมาสู่ยุคสงครามกลางเมือง เมื่อเวลาผ่านไปถึงท้ายศตวรรษที่ 16 ประเทศญี่ปุ่นกลับมาเป็นหนึ่งเดียวกันอีกครั้งภายใต้การนำของไดเมียวที่ทรงอำนาจ โอดะ โนบูนางะ และผู้สืบตำแหน่งของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ หลังการเสียชีวิตของโทโยโตมิใน ค.ศ. 1598 โทกูงาวะ อิเอยาซุ ขึ้นครองอำนาจและได้รับการแต่งตั้งเป็นโชกุนโดยจักรพรรดิ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะซึ่งปกครองประเทศจากเอโดะ (โตเกียวในปัจจุบัน) เป็นรัฐบาลผู้นำยุครุ่งเรืองและสันติสุขที่รู้จักในชื่อยุคเอโดะ (ค.ศ. 1600–1868) รัฐบาลโทกูงาวะกำหนดระบบชนชั้นอย่างเข้มงวดต่อสังคมญี่ปุ่นและตัดการติดต่อสื่อสารกับโลกภายนอกแทบทั้งหมด
ประเทศโปรตุเกสและประเทศญี่ปุ่นเริ่มติดต่อกันใน ค.ศ. 1543 จากการที่ชาวโปรตุเกสในฐานะชาวยุโรปกลุ่มแรกที่มาถึงประเทศญี่ปุ่นทางหมู่เกาะตอนใต้ ชาวโปรตุเกสสร้างอิทธิพลอย่างเห็นได้ชัดต่อประเทศญี่ปุ่นแม้จะมีการข้อจำกัดด้านการติดต่อโดยการนำเข้าอาวุธปืนสู่การสงครามญี่ปุ่น การเดินทางของเพร์รีชาวอเมริกันใน ค.ศ. 1853–54 ยุติการอยู่อย่างสันโดษของประเทศญี่ปุ่นเกือบทั้งหมด ซึ่งนำไปสู่การล่มสลายของรัฐบาลโชกุนและการคืนอำนาจสู่จักรพรรดิระหว่างสงครามโบชินใน ค.ศ. 1868 ผู้นำชาติใหม่ของยุคเมจิเปลี่ยนประเทศที่เป็นเกาะศักดินาโดดเดี่ยวเป็นจักรวรรดิซึ่งมีโครงสร้างคล้ายคลึงกับตะวันตกและกลายเป็นมหาอำนาจในที่สุด แม้ว่าประชาธิปไตยและวัฒนธรรมสมัยใหม่รุ่งเรืองในยุคไทโช (ค.ศ. 1912–26) กองทัพที่แข็งแกร่งของประเทศญี่ปุ่นมีอิสระในการปกครองตนเองสูงและครอบงำผู้นำพลเรือนญี่ปุ่นในช่วง ค.ศ. 1920 ถึง ค.ศ. 1930 กองทัพญี่ปุ่นบุกครองแมนจูเรียใน ค.ศ. 1931 และจาก ค.ศ. 1937 เป็นต่อมา ความขัดแย้งทวีคูณเป็นสงครามอันยาวนานกับประเทศจีน ใน ค.ศ. 1941 การโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ของประเทศญี่ปุ่นนำไปสู่สงครามกับสหรัฐและฝ่ายสัมพันธมิตร กองกำลังญี่ปุ่นเริ่มอ่อนกำลังลงแต่สามารถต้านทานไว้ได้แม้จะมีการโจมตีทางอากาศโดยฝ่ายสัมพันธมิตรที่ส่งผลให้เกิดความเสียหายอย่างรุนแรงต่อศูนย์กลางประชากร จักรพรรดิฮิโรฮิโตะประกาศการยอมจำนนของญี่ปุ่นในวันที่ 15 สิงหาคม ค.ศ. 1945 หลังจากเหตุการณ์การทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมะและนางาซากิและการบุกครองแมนจูเรียของสหภาพโซเวียต
ฝ่ายสัมพันธมิตรยึดครองญี่ปุ่นจนถึง ค.ศ. 1952 ในระหว่างนั้นรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ถูกบัญญัติขึ้นใน ค.ศ. 1947 ซึ่งเปลี่ยนแปลงประเทศญี่ปุ่นสู่ระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ หลัง ค.ศ. 1955 ประเทศญี่ปุ่นได้รับผลประโยชน์จากการเติบโตทางเศรษฐกิจอย่างก้าวกระโดดภายใต้การปกครองของพรรคเสรีประชาธิปไตยและกลายเป็นมหาอำนาจทางเศรษฐกิจของโลก ตั้งแต่ทศวรรษที่สาบสูญในช่วง ค.ศ. 1990 การเติบโตทางเศรษฐกิจชลอลง ในวันที่ 11 มีนาคม ค.ศ. 2011 ประเทศญี่ปุ่นได้รับผลกระทบจากแผ่นดินไหวขนาด 9.0 และคลื่นสึนามิ หนึ่งในภัยพิบัติที่รุนแรงที่สุดเท่าที่เคยบันทึกซึ่งทำให้ผู้คนกว่า 20,000 คนเสียชีวิตและจุดชนวนภัยพิบัตินิวเคลียร์ฟูกูชิมะแห่งที่หนึ่ง
== ยุคก่อนประวัติศาสตร์และญี่ปุ่นโบราณ ==
=== ยุคหินเก่า ===

คนเก็บของป่าล่าสัตว์มาถึงญี่ปุ่นในช่วงยุคหินเก่า แม้ว่าจะมีหลักฐานถึงการมีอยู่ของพวกเขาหลงเหลือน้อยจากดินเปรี้ยวที่ไม่เอื้ออำนวยต่อการกลายเป็นซากดึกดำบรรพ์ (fossilization) อย่างไรก็ตาม การค้นพบขวานรูปทรงโค้งเรียบ (ground-edge axe) ที่สร้างขึ้นกว่า 30,000 ปีก่อนอาจเป็นหลักฐานแรกของมนุษย์ในญี่ปุ่น มีการคาดการณ์ว่ามนุษย์กลุ่มแรกมาถึงญี่ปุ่นโดยเรือทางน้ำ พบหลักฐานการพำนักอาศัยของมนุษย์เมื่อ 32,000 ปีก่อนในถ้ำยามาชิตะ และกว่า 20,000 ปีก่อนในถ้ำชิราโฮะซาโอเนตาบารุ บนเกาะอิชิงากิ
=== ยุคโจมง ===

ยุคโจมงของญี่ปุ่นช่วงก่อนประวัติศาสตร์กินเวลาตั้งแต่ราว 13,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ถึงราว 1,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ญี่ปุ่น ณ ขณะนั้น ถือวัฒนธรรมคนเก็บของป่าล่าสัตว์ที่มีอิทธิพลเป็นสำคัญจนอยู่ในระดับที่สามารถยอมรับได้ว่าเป็นสังคมการปักหลักอยู่กับที่ (sedentism) และเป็นสังคมที่มีความซับซ้อนทางวัฒนธรรม นักวิชาการชาวอเมริกัน เอ็ดเวิร์ด เอส. มอร์ส กล่าวว่าชื่อ "โจมง" หมายถึง "ลายเชือกทาบ" (cord-marked) จากการที่เขาค้นพบเศษเครื่องปั้นดินเผาใน ค.ศ. 1877 แบบอย่างของเครื่องปั้นดินเผาแสดงให้เห็นถึงลักษณะเฉพาะของวัฒนธรรมโจมงช่วงแรก ๆ โดยการตกแต่งด้วยประทับลายเชือกให้เป็นรอยลงบนพื้นผิวที่เป็นดินเหนียวเปียก เครื่องปั้นดินเผาโจมงได้รับการยอมรับโดยทั่วไปว่าเป็นเครื่องปั้นดินเผาที่เก่าแก่ที่สุดในเอเชียตะวันออกและของโลก
ไฟล์:JomonPottery.JPG|กระถางจากยุคโตมงตอนต้น (11000–7000 ปีก่อนคริสต์ศักราช)
ไฟล์:MiddleJomonJar2000BCE.jpg|กระถางโจมงขนาดกลาง (2000 ปีก่อนคริสต์ศักราช)
ไฟล์:Dogu Miyagi 1000 BCE 400 BCE.jpg|รูปปั้นขนาดจิ๋ว โดงู ของยุคโจมงตอนปลาย (1000–400 ปีก่อนคริสต์ศักราช)
=== ยุคยาโยอิ ===
การมาถึงของชาวยาโยอิจากทวีปเอเชียได้นำไปสู่การเปลี่ยนผ่านในขั้นต้นต่อหมู่เกาะญี่ปุ่นและบีบอัดช่วงเวลาของความสำเร็จพันปีการปฏิวัติยุคหินใหม่ให้เหลือเพียงช่วงทศวรรษ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพัฒนาการทำนา และโลหวิทยา (metallurgy) การเริ่มต้นของคลื่นแห่งการเปลี่ยนแปลงลูกนี้คาดว่าเริ่มเมื่อราว 400 ปีก่อนคริสต์ศักราช ขณะที่หลักฐานจากคาร์บอนกัมมันตรังสี (radio-carbon evidence) ชี้ให้เห็นว่าห้วงเวลาแห่งการเปลี่ยนแปลงดังกล่าวเริ่มต้นกว่า 500 ปีก่อนหน้า (ระหว่าง 1,000 และ 800 ปีก่อนคริสต์ศักราช) โดยการหาอายุจากคีวชูตอนเหนือ ชาวยาโยอิได้รับอาวุธและเครื่องมือที่ทำมาจากทองสัมฤทธิ์และเหล็กจากจีนและคาบสมุทรเกาหลีจนค่อย ๆ เข้าแทนที่ชาวโจมง นอกจากนี้ยังริเริ่มการทอและการผลิตผ้าไหม เริ่มเรียนรู้วิธีการทำงานไม้ และเทคโนโลยีการทำแก้วใหม่ อีกทั้งยังปรากฏให้เห็นถึงแบบอย่าง (style) ทางสถาปัตยกรรมที่แปลกใหม่ การแผ่ขยายของชาวยาโยอินำไปสู่การหลอมรวมกับชาวโจมงพื้นเมือง ส่งผลให้เกิดการผสมรวมทางพันธุกรรมเล็กน้อยในยุคยาโยอิ

เทคโนโลยียาโยอิมีต้นกำเนิดมาจากเอเชียแผ่นดินใหญ่ แต่มีข้อถกเถียงระหว่างนักวิชาการว่าการขยายของเทคโนโลยีนั้นเกิดขึ้นโดยการย้ายถิ่นหรือเป็นเพียงการแพร่กระจายความคิด (diffusion of idea) หรือเป็นการผสมรวมระหว่างทั้งสอง อย่างไรก็ดี ทฤษฎีการย้ายถิ่นได้รับการสนับสนุนโดยการศึกษาทางพันธุศาสตร์และภาษาศาสตร์ นักประวัติศาสตร์ ฮานิฮาระ คาซูโร เสนอว่าการไหลทะลักเข้ามาของผู้อพยพประจำปีจากทวีปอยู่ที่ราว 350 ถึง 3000 คน
ประชากรของญี่ปุ่นเติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว ซึ่งอาจเป็นเพราะการเติบโตอย่างก้าวกระโดดเหนือชาวโจมง การคำนวณขนาดประชากรอยู่ที่ราว 1 ถึง 4 ล้านคนในช่วงสุดท้ายของยุคยาโยอิ ซากโครงกระดูกจากยุคโจมงตอนปลายชี้ให้เห็นถึงความเสื่อมสภาพที่ย่ำแย่ด้านมาตรฐานสุขภาพและสารอาหาร ซึ่งแตกต่างจากซากโบราณคดีในยุคยาโยอิที่สิ่งปลูกสร้างขนาดใหญ่มักมีสถานที่คล้ายโรงเก็บเมล็ดข้าวอยู่ภายในสิ่งปลูกสร้าง การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้มาพร้อมกับการเพิ่มขึ้นของทั้งการจัดช่วงชั้นทางสังคมและการสงครามระหว่างชนเผ่าบ่งชี้โดยสุสานที่ทำขึ้นโดยเฉพาะและป้อมปราการทหาร
ในยุคยาโยอิ ชนเผ่ายาโยอิต่างค่อย ๆ รวมตัวกันเป็นอาณาจักรต่าง ๆ หนังสือฮั่น ซึ่งเป็นหลักฐานลายลักษณ์อักษรที่เก่าแก่ที่สุด เขียนเสร็จสิ้นใน ค.ศ. 82 ได้กล่าวถึงการแบ่งแยกญี่ปุ่นหรือ "วะ" ออกเป็น 100 อาณาจักร ขณะที่หลักฐานทางประวัติศาสตร์ของจีนในเวลาต่อมา เว่ยจื่อ (魏書, "Book of Wei") ระบุว่าจนถึง ค.ศ. 240 มีอาณาจักรทรงพลังหนึ่งครองอำนาจเหนืออาณาจักรอื่น อ้างอิงตาม เว่ยจื่อ อาณาจักรดังกล่าวคือ ยามาไต อย่างไรก็ตาม นักประวัติศาสตร์สมัยใหม่ถกเถียงเรื่องตำแหน่งของอาณาจักรและมติอื่น ๆ ของการพรรณณาใน เว่ยจื่อ นอกจากนี้ยังมีการกล่าวว่ายามาไตปกครองโดยราชินีที่ชื่อฮิมิโกะ
=== ยุคโคฟุง (ราว ค.ศ. 250–538) ===

ในยุคโคฟุง ญี่ปุ่นส่วนใหญ่ค่อย ๆ รวมเป็นหนึ่งเดียวภายใต้อาณาจักรเดียวกัน สัญลักษณ์ของอำนาจที่เพิ่มขึ้นของผู้นำญี่ปุ่นคนใหม่คือ โคฟุง มูนดินฝังศพที่สร้างขึ้นตั้งแต่ราว ค.ศ. 250 เป็นต้นมา โดยส่วนมากมักมีขนาดใหญ่ เช่น สุสานจักรพรรดินินโตกุ มูนดินฝังศพรูปรูกุญแจยาว 486 เมตร ที่ใช้เวลาแรงงานจำนวนมหาศาลกว่า 15 ปี จนสำเร็จ สุสานได้รับการยอมรับว่าเป็นหลุมฝังศพที่สร้างขึ้นสำหรับจักรพรรดินินโตกุตามชื่อ โคฟุง ส่วนใหญ่จะถูกล้อมรอบด้วยรูปปั้นเครื่องดินเผาดินเหนียวสีหม้อใหม่ (Teracotta clay figure) ที่เรียกว่า ฮานิวะ โดยมักปั้นเป็นรูปนักรบและม้า
ศูนย์กลางของรัฐรวมคือยามาโตะในภูมิภาคคิไน (ภาคกลางของญี่ปุ่น) ผู้ปกครองรัฐยามาโตะเป็นหนึ่งในผู้สืบราชสันติวงศ์จักรพรรดิที่เป็นราชวงศ์ที่ครองราชย์ยาวนานที่สุดของโลก ผู้ปกครองรัฐยามาโตะขยายอำนาจทั่วญี่ปุ่นผ่านการพิชิดดินแดนโดยกำลังทหาร แต่พวกเขามักเลือกใช้วิธีการขยายอำนาจด้วยการโน้มน้าวผู้นำท้องถิ่นให้ยอมรับอำนาจอันชอบธรรมเพื่อแลกกับตำแหน่งที่ทรงอิทธิพลในรัฐบาล ตระกูลท้องถิ่นที่ทรงอำนาจหลายตระกูลที่เข้าร่วมกับรัฐยามาโตะเป็นที่รู้จักในชื่อ อูจิ

ผู้นำในยุคโคฟุงพยายามจนได้รับการยอมรับทางการทูตจากจีน และได้รับการขนานนามผู้นำสืบเนื่องทั้งห้าว่าเป็นกษัตริย์แห่งวะทั้งห้า ช่างฝีมือและนักวิชาการจากจีนและสามราชอาณาจักรเกาหลีมีส่วนร่วมที่สำคัญในการถ่ายทอดเทคโนโลยีข้ามทวีปและทักษะการปกครองรัฐสู่ญี่ปุ่นในยุคนี้
นักประวัติศาสตร์ลงความเห็นเดียวกันว่ามีการต่อสู้ครั้งใหญ่ระหว่างสหพันธรัฐยามาโตะและสหพันธรัฐอิซูโมะหลายศตวรรษก่อนการบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษร
== ยุคญี่ปุ่นคลาสสิก ==
=== ยุคอาซูกะ ===

ยุคอาซูกะเริ่มต้นในช่วง ค.ศ. 538 ตอนต้นพร้อมกับศาสนาพุทธจากอาณาจักรเกาหลีแพ็กเจ นับตั้งแต่นั้นมา ศาสนาพุทธอยู่เคียงข้างกับศาสนาชินโตท้องถิ่นญี่ปุ่นซึ่งเป็นที่รู้จักในชื่อ "ชินบุตสึชูโง" ยุคนี้ตั้งชื่อตามเมืองหลวงโดยพฤตินัย อาซูกะ ในภูมิภาคคิไน
ตระกูลพุทธโซงะเข้าควบคุมรัฐบาลญี่ปุ่นจากเบื้องหลังในช่วง ค.ศ. 580 เกือบ 60 ปี เจ้าชายโชโตกุ ผู้เลื่อมใสศรัทธาในศาสนาพุทธและผู้สืบสกุลโซงะบางส่วน ได้เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินและผู้นำโดยพฤตินัยของญี่ปุ่นตั้งแต่ ค.ศ. 594–622 โชโตกุเขียนรัฐธรรมนูญสิบเจ็ดมาตราซึ่งได้รับแรงบันดาลใจจากลัทธิขงจื๊อ เป็นจรรยาบรรณแก่ข้าราชการและพลเมือง และพยายามริเริ่มราชการพลเมืองที่ยึดตามคุณความดีที่เรียก "ระบบยศผ้าโพกหัวสิบสองชั้น" (冠位十二階, Kan'i Jūnikai) ใน ค.ศ. 607 โชโตกุพูดดูหมิ่นจีนเล็กน้อยโดยการเปิดประโยคในจดหมายของเขาว่า "จากผู้นำแห่งแผ่นดินอาทิตย์อุทัยถึงผู้นำแห่งแผ่นดินอาทิตย์สนธยา (อาทิตย์ตก)" ตามที่เห็นในอักษรคันจิสำหรับคำว่าญี่ปุ่น (นิปปง) จนถึง ค.ศ. 670 คำว่า นิฮง ซึ่งเป็นอีกคำหนึ่งที่มีความหมายตรงกันกับคำว่า นิปปง สถาปนาตนเองเป็นชื่อทางการของญี่ปุ่นจวบจนถึงปัจจุบัน


ใน ค.ศ. 645 ตระกูลโซงะถูกโค่นล้มจากการรัฐประหารโดยเจ้าชายนากะ โนะ โอเอะ และ ฟูจิวาระ โนะ คามาตาริ ผู้ก่อตั้งตระกูลฟูจิวาระ รัฐบาลของเขาวางแผนและริเริ่มการปฏิรูปไทกะซึ่งเริ่มจากการปฏิรูปแผ่นดินโดยยึดตามแนวคิดลัทธิขงจื๊อและปรัชญาจากจีน การปฏิรูปนี้ทำให้ทุกผืนแผ่นดินในญี่ปุ่นเป็นของรัฐและจัดสรรที่ดินให้อย่างเท่าเทียมกัน (Equal-field system) แก่เกษตรกร อีกทั้งยังสั่งให้มีการลงทะเบียนบ้านที่อยู่อาศัยเพื่อใช้เป็นพื้นฐานของระบบการเก็บภาษีใหม่ จุดมุ่งหมายที่แท้จริงของการปฏิรูปนี้คือการรวมและเพิ่มพระราชอำนาจของพระราชวังหลวงที่ยังยึดตามโครงสร้างรัฐบาลจีน คณะทูตและนักเรียนถูกส่งไปยังจีนเพื่อเรียนรู้การเขียนอักษรจีน, การเมือง, ศิลปะ และศาสนา หลังจากการปฏิรูป ใน ค.ศ. 672 เกิดสงครามจินชินนองเลือดขึ้นระหว่าง เจ้าชายโออามะ และหลานชายของเขา เจ้าชายโอโตโมะ ซึ่งทั้งสองเป็นคู่แข่งที่จะได้ขึ้นบัลลังก์ สงครามจินชินกลายเป็นเหตุการณ์ที่ช่วยเร่งการเปลี่ยนแปลงการปกครองบ้านเมืองในครั้งต่อไป การปฏิรูปเหล่านี้บรรลุถึงจุดสูงสุดได้ด้วยการประกาศใช้ประมวลกฎหมายไทโฮซึ่งเป็นการทำให้บทกฎหมาย (statute) ที่มีผลบังคับใช้อยู่แข็งแกร่งยิ่งขึ้น อีกทั้งยังกำหนดโครงสร้างรัฐบาลกลางและรัฐบาลท้องถิ่นภายใต้การปกครองต่าง ๆ การปฏิรูปกฎหมายนี้ก่อให้เกิด ริตสึเรียว ซึ่งเป็นระบบของรัฐบาลรวมอำนาจแบบจีนที่อยู่ในอำนาจตลอดครึ่ง 1,000 ปี
ศิลปะในยุคอาซูกะปรากฏลักษณะเด่นเฉพาะของศิลปะในศาสนาพุทธอยู่ หนึ่งในผลงานที่มีชื่อเสียงคือวัดพุทธโฮรีวจิซึ่งเป็นสิ่งปลูกสร้างไม้ที่เก่าแก่ที่สุดในโลก ก่อสร้างตามพระบัญชาของเจ้าชายโชโตกุ
=== ยุคนาระ (ค.ศ. 710–794) ===

ใน ค.ศ. 710 รัฐบาลได้ก่อตั้งเมืองหลวงอันยิ่งใหญ่ใหม่ที่เฮโจเกียว (ปัจจุบันคือเมืองนาระ) โดยได้รับต้นแบบจากเมืองหลวงของราชวงศ์ถังของจีน ฉางอาน ในยุคนี้ มีการผลิตหนังสือสองเล่มแรกในญี่ปุ่น: โคจิกิ และ นิฮงโชกิ บันทึกตำนานของญี่ปุ่นตอนต้นและปรัมปรากำเนิดโลก ซึ่งทั้งสองเล่มอธิบายการสืบราชสันตติวงศ์ในฐานะทายาทแห่งพระเจ้า มีการผลิต มันโยชู ขึ้นในครึ่งหลังของศตวรรษที่ 8 ซึ่งได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางว่าเป็นหนังสือที่รวบรวมกวีนิพนธ์ญี่ปุ่นที่ดีที่สุด
ในยุคนี้ ญี่ปุ่นได้รับผลกระทบจากภัยธรรมชาติอย่างต่อเนื่อง เช่น ไฟป่า, ความแห้งแล้ง, ทุพภิกขภัย และการอุบัติของโรคอย่างการระบาดของโรคฝีดาษใน ค.ศ. 735–737 ที่คร่าชีวิตหนึ่งส่วนสี่ของประชากรทั้งหมด จักรพรรดิโชมุ (ครองราชย์ ค.ศ. 724–749) เกรงว่าความหละหลวมของการเคร่งศาสนาของเขาเป็นเหตุทำให้เกิดปัญหาต่าง ๆ ด้วยเหตุนี้จึงเพิ่มการส่งเสริมศาสนาพุทธของรัฐบาลซึ่งรวมถึงการก่อสร้างวัดโทไดจิใน ค.ศ. 752 เงินระดมทุนในการก่อสร้างวัดนี้ได้รับการสนับสนุนโดยพระพุทธที่ทรงอิทธิพล เกียวกิ และหลังจากการก่อสร้างเสร็จสิ้น วัดโทไดจิถูกใช้โดยพระจีน กันจิน เป็นสถานที่สำหรับบวช ญี่ปุ่นไม่เคยประสบปัญหาการลดลงของประชากรที่ต่อเนื่องมาจนถึงยุคเฮอัง
=== ยุคเฮอัง (ค.ศ. 794–1185) ===


ใน ค.ศ. 784 มีการย้ายเมืองหลวงอย่างชั่วคราวไปยัง นางาโอกะเกียว และอีกครั้งใน ค.ศ. 794 ไปยัง เฮอังเกียว (เกียวโตในปัจจุบัน) ซึ่งเป็นเมืองหลวงในยุคเฮอังจนถึง ค.ศ. 1868 อำนาจทางการเมืองภายในราชสำนักถ่ายผ่านไปสู่ตระกูลฟูจิวาระ ครอบครัวขุนนางราชสำนักที่เติบโตขึ้นอย่างต่อเนื่องและใกล้ชิดกับราชวงศ์ผ่านการสมรสต่างพวก (intermarriage) ระหว่าง ค.ศ. 812 และ 814 การระบาดของโรคฝีดาษเป็นผลให้ประชากรเกือบกึ่งหนึ่งของชาวญี่ปุ่นเสียชีวิต
ใน ค.ศ. 858 ฟูจิวาระ โนะ โยชิฟูซะ ประกาศว่าเขาเป็น "เซ็ชโช" (摂政, sesshō, "ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์") ต่อจักรพรรดิที่ยังทรงพระเยาว์เกินกว่าจะปกครอง บุตรชายของเขา ฟูจิวาระ โนะ โมโตสึเนะ ก่อตั้งสำนักงานของ "คัมปากุ" เพื่อสำเร็จราชการแทนจักรพรรดิที่ทรงเจริญพระชนพรรษาแล้ว ฟูจิวาระ โนะ มิจินางะ รัฐบุรุษคนสำคัญผู้ที่ได้ครองตำแหน่งคัมปากุไปใน ค.ศ. 996 ปกครองญี่ปุ่นภายใต้อำนาจอันเหลือล้นของตระกูลฟูจิวาระ และให้บุตรสาวทั้ง 4 ของเขาสมรสกับจักรพรรดิทั้งองค์ปัจจุบันและในอนาคต ตระกูลฟูจิวาระครองอำนาจจนถึง ค.ศ. 1086 เมื่อจักรพรรดิชิรากาวะสละราชบัลลังก์ให้แก่บุตรชายของเขา จักรพรรดิโฮริกาวะ แต่ยังคงใช้อำนาจทางการเมืองอย่างการริเริ่มธรรมเนียมปฏิบัติการว่าราชการในวัด (院政, insei) โดยจักรพรรดิที่ครองราชย์อยู่จะทรงพระราชกรณียกิจเพียงแต่พระนาม ขณะที่อำนาจที่แท้จริงถือโดยจักรพรรดิองค์ก่อนที่สละราชสมบัติเป็นเบื้องหลัง
ตลอดยุคเฮอัง พระราชอำนาจของราชสำนักอยู่ในภาวะตกต่ำ ราชสำนักกลายเป็นหลุ่มหลงต่อการคลานอำนาจจนละเลยการบริหารราชการแผ่นดินของรัฐบาลนอกเมืองหลวง มีการโอนที่ดินเป็นของรัฐ (nationalization of land) อันเป็นส่วนหนึ่งของรัฐแบบริตสึเรียวเสื่อมถอยลงจากการที่ครอบครัวขุนนางต่าง ๆ และคำสั่งศาสนาสามารถครองสถานะ "ยกเว้นภาษี" สำหรับคฤหาสน์ส่วนตัว (โชเอ็ง) ของพวกเขา จนถึงคริสต์ศตวรรษที่ 11 ที่ดินในญี่ปุ่นถูกควบคุมโดยเจ้าของโชเอ็งมากกว่ารัฐบาลกลาง ด้วยเหตุนี้ ราชสำนักจึงสูญเสียรายได้จากภาษีอากรเพื่อจ่ายให้แก่กองทัพ เพื่อเป็นการตอบโต้ เจ้าของโชเอ็งก่อตั้งกองทัพนักรบซามูไรเป็นของตนเอง สองครอบครัวขุนนางทรงอิทธิพลที่สืบทอดมาจากราชวงศ์ ตระกูลไทระ และ ตระกูลมินาโมโตะ ได้ครอบครองกองทัพขนาดใหญ่และโชเอ็งหลายแห่งนอกเมืองหลวง รัฐบาลกลางเริ่มใช้ตระกูลนักรบสองตระกูลนี้ในการต่อต้านการกบฏและการปล้นสะดม ประชากรของญี่ปุ่นมั่นคงในช่วงปลายยุคเฮอังหลังการถอยลงกว่าหลายร้อยปี
ในระหว่างยุคเฮอังตอนต้น ราชสำนักสามารถรวมอำนาจควบคุมเหนือชาวเอมิชิบนเกาะฮนชูตอนเหนือ โอโตโมะ โนะ โอโตมาโระ เป็นชายคนแรกที่ราชสำนักมอบยศ "เซอิไทโชกุน" (征夷大将軍, seii tai-shōgun, "จอมทัพปราบอนารยชน") ใน ค.ศ. 802 เซอิไทโชกุน ซากาโนอูเอะ โนะ ทามูรามาโระ พิชิตชาวเอมิชิที่อยู่ภายใต้การนำของอาเตรูอิ ภายใน ค.ศ. 1051 สมาชิกตระกูลอาเบะที่ครองตำแหน่งสำคัญต่าง ๆ ในรัฐบาลท้องถิ่นเป็นปฏิปักษ์อย่างชัดเจนต่อรัฐบาลกลาง ราชสำนักร้องขอให้ตระกูลมินาโมโตะเข้าพิชิตตระกูลอาเบะที่เคยเอาชนะในสงครามเซ็นกูเน็ง ส่งผลให้ราชสำนักอ้างสิทธิ์การใช้อำนาจทางตอนเหนือของญี่ปุ่นอย่างชั่วคราว ภายหลังจากสงครามกลางเมือง ฟูจิวาระ โนะ คิโยฮาระขึ้นครองอำนาจอย่างเต็มรูปแบบ ขณะที่ครอบครัวของเขาควบคุมฮาชูตอนเหนือเป็นระยะเวลาเกือบร้อยปีจากฮิราอิซูมิ เมืองหลวงของพวกเขา
ใน ค.ศ. 1156 เกิดข้อพิพาทระหว่างลำดับการสืบราชสันตติวงศ์และผู้อ้างถึงสิทธิ์การขึ้นครองราชย์สององค์ที่ต่างเป็นคู่แข่งกัน (จักรพรรดิโกะ-ชิรากาวะ และ จักรพรรดิซูโตกุ) ว่าจ้างตระกูลไทระและมินาโมโตะโดยหวังว่าจะสามารถขึ้นครองราชย์ได้ผ่านการใช้กำลังทหาร ในสงครามนี้ ตระกูลไทกะภายใต้การนำของ ไทระ โนะ คิโยโมริ เอาชนะตระกูลมินาโมโตะ คิโยโมริใช้ประโยชน์จากชัยชนะของเขาในการสะสมอำนาจของเขาในเกียวโตและแต่งตั้งพระราชนัดดา (หลานชาย) ของเขา อันโตกุ ขึ้นเป็นจักรพรรดิ ผลสืบเนื่องจากสงครามนี้คือการแข่งขันกันระหว่างตระกูลมินาโมโตะและไทระ จนในที่สุด ข้อพิพาทและการคลานอำนาจของทั้งสองตระกูลนำไปสู่กบฏปีเฮจิใน ค.ศ. 1160 ใน ค.ศ. 1180 สมาชิกตระกูลมินาโมโตะที่คิโยโมริขับไล่ไปคามากูระ มินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ ท้าทาย ไทระ โนะ คิโยโมริ แม้ว่า ไทระ โนะ คิโยโมริ เสียชีวิตใน ค.ศ. 1181 สงครามเก็มเปนองเลือดที่ตามมาระหว่างตระกูลไทระและมินาโมโตะดำเนินต่อไปอีกสี่ปี ชัยชนะของตระกูลมินาโมโตะได้รับการรับรองใน ค.ศ. 1185 เมื่อกองกำลังนำโดยน้องชายของโยริโตโมะ มินาโมโตะ โนะ โยชิสึเนะ ได้รับชัยชนะในสงครามชี้ขาด ยุทธนาวีที่ดันโนะอูระ โยริโตโมะและผู้ติดตามของเขากลายเป็นผู้นำของญี่ปุ่นโดยพฤตินัย
==== วัฒนธรรมเฮอัง ====

ในยุคเฮอัง ราชสำนักเป็นศูนย์กลางสำคัญของศิลปะและวัฒนธรรมระดับสูง ความสำเร็จด้านวรรณกรรมอย่างประชุมบทร้อยกรอง โคกินวากาชู และ โทซะนิกิ ล้วนเกี่ยวข้องกับนักกวีนิพนธ์ คิ โนะ สึรายูกิ อีกทั้งประชุมปกิณกนิพนธ์ (collection of miscellany) มากูระโนะโซชิ ของ เซ โชนางง และ ตำนานเก็นจิ ของ มูราซากิ ชิกิบุ ซึ่งมักได้รับการยอมรับว่าเป็นผลงานวรรณกรรมญี่ปุ่นยอดเยี่ยม
การพัฒนาของชุดตัวหนังสือพยางค์คานะเป็นส่วนหนึ่งของแนวโน้มการลดลงของอิทธิพลจีนในยุคเฮอัง การส่งราชทูตไปราชวงศ์ถังซึ่งเริ่มขึ้นใน ค.ศ. 630 หยุดลงในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 9 อย่างไรก็ตามคณะผู้แทนพระและนักวิชาการอย่างไม่เป็นทางการยังดำเนินต่อไป ด้วยเหตุผลนี้ การพัฒนารูปแบบทางศิลปะและกวีนิพนธ์ญี่ปุ่นดั้งเดิมได้พัฒนาขึ้นอย่างรวดเร็ว ความสำเร็จด้านสถาปัตยกรรมที่สำคัญนอกจากเฮอังเกียวคือวัดเบียวโดอิง สร้างขึ้นเมื่อ ค.ศ. 1053 ในเมืองอูจิ
== ยุคศักดินา ==
=== ยุคคามากูระ (ค.ศ. 1185–1333) ===

หลังจากการเก็บสะสมรวบรวมอำนาจของมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ เขาเลือกที่จะปกครองญี่ปุ่นร่วมกับราชสำนักเกียวโต แม้ว่าโยริโตโมะจะตั้งรัฐบาลของเขาขึ้นที่คามากูระในภูมิภาคคันโตทางตะวันออกของญี่ปุ่น อำนาจของเขาจะต้องผ่านความเห็นชอบตามกฎหมายโดยราชสำนักเกียวโตในหลายโอกาส ใน ค.ศ. 1192 จักรพรรดิประกาศให้โยริโตโมะเป็น "เซอิไทโชกุน" (征夷大将軍, seii tai-shōgun, "จอมทัพปราบอนารยชน") หรือย่อเหลือเพียง "โชกุน" รัฐบาลของโยริโตโมะถูกเรียกว่าเป็น "รัฐบาลบากูฟุ" (幕府, bafuku, "สำนักพลับพลา") ซึ่งหมายถึงกระโจมที่ทหารของเขาตั้งค่าย ญี่ปุ่นอยู่ภายใต้ระบอบการปกครองทหารเป็นส่วนใหญ่จนถึง ค.ศ. 1868
ราชสำนักให้ความชอบธรรมของการจัดตั้งรัฐบาลโชกุน แต่รัฐบาลโชกุนเป็นผู้ปกครองโดยพฤตินัยของประเทศ ราชสำนักทำหน้าที่ทางราชการและศาสนา ขณะที่รัฐบาลโชกุนให้การต้อนรับการเข้าเยี่ยมของสมาชิกชนชั้นขุนนาง สถาบันเก่าแก่ยังคงอยู่ไม่เสื่อมถอยในสภาพที่อ่อนแอโดยมีเกียวโตเป็นเมืองหลวง ระบบนี้ตรงกันข้ามกันกับ "กฎนักรบอย่างง่าย" ของยุคมูโรมาจิในยุคถัดไป
โยโรโตโมะจู่โจมโยชิสึเนะที่ตอนแรกได้รับการอุปถัมภ์โดย ฟูจิวาระ โนะ ฮิเดฮิระ หลานชายของคิโยฮาระ และผู้ปกครองดินแดนทางตอนเหนือของฮนชูโดยพฤตินัย ใน ค.ศ. 1189 หลังการเสียชีวิตของฮิเดฮาระ ผู้สืบทอดของเขา ยาซูฮิระ พยายามประจบสอพลอโยริโตโมะโดยการโจมตีบ้านพักของโยชิสึเนะ แม้ว่าโยชิสึเนะจะถูกฆ่า โยริโตโมะยังคงบุกครองดินแดนของตระกูลฟูจิวาระเหนือ ภายหลัง โยชิสึเนะกลายเป็นบุคคลตำนานที่ปรากฏในผลงานทางวรรณกรรมนับไม่ถ้วนในฐานะวีรบุรุษในอุดมคติที่เสียชีวิตอย่างเศร้าโศก
หลังการเสียชีวิตของโยริโตโมะใน ค.ศ. 1199 รัฐบาลโชกุนเริ่มอ่อนอำนาจลง โดยภรรยาของโยริโตโมะ โฮโจ มาซาโกะ เป็นผู้กุมอำนาจที่แท้จริงของรัฐบาลอย่างลับ ใน ค.ศ. 1203 บิดาของเธอ โฮโจ โทกิมาซะ ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนในขณะนั้น บุตรของโยริโตโมะ มินาโมโตะ โนะ ซาเนโตโมะ ด้วยเหตุนี้ โชกุนจากตระกูลมินาโมโตะกลายเป็นหุ่นเชิดให้กับผู้สำเร็จราชการแทนจากตระกูลโฮโจที่ครองอำนาจแท้จริง
ผู้สืบทอดของโยริโตโมะได้ยกเลิกระบอบที่โยริโตโมะได้ริเริ่มนั้นเป็นการกระจายอำนาจจากศูนย์กลางและมีความเป็นศักดินาในเชิงโครงสร้าง ซึ่งแตกต่างจากระบอบรัฐริตสึเรียวก่อนหน้า โยริโตโมะเป็นผู้เลือกอำมาตย์เพื่อปกครองแคว้นภายใต้ตำแหน่งที่เรียกว่า "ชูโงะ" หรือ "จิโต" จากข้าราชบริพารใกล้ชิดของเขา (โกเกนิง) รัฐบาลโชกุนคามากูระอนุญาตให้ข้าราชบริพารมีกองทัพและบังคับใช้กฎหมายในแคว้นของตนตามอัธยาศัย
ใน ค.ศ. 1221 จักรพรรดิโกะ-โทบะที่ทรงสละราชสมบัติยุยงให้เกิดสงครามปีโจกีว การกบฏต่อรัฐบาลโชกุนเพื่อนำอำนาจทางการเมืองห้วนกลับสู่ราชสำนัก การกบฏไม่สำเร็จและนำไปสู่การขับไล่ของโกะ-โทบะไปเกาะโอกิพร้อมกับจักรพรรดิสององค์ที่เหลือ จักรพรรดิสึจิมิกาโดะ และ จักรพรรดิจุนโตกุ ที่ถูกขับไล่ไปแคว้นโทซะและเกาะซาโดะตามลำดับ รัฐบาลโชกุนยังคงเก็บสะสมอำนาจทางการเมืองมากขึ้นไปอีกเพื่อให้เทียบเท่ากับราชสำนักเกียวโต
มีการเรียกระดมพลกองทัพซามูไรทั่วประเทศใน ค.ศ. 1274 และ ค.ศ. 1281 เพื่อเผชิญหน้ากับการรุกรานเต็มรูปแบบสองครั้งนำโดย กุบไล ข่าน จากจักรวรรดิมองโกล แม้ว่าข้าศึกที่เพียบพร้อมด้วยอาวุธที่เหนือกว่าจะมีจำนวนมากกว่า ซามูไรสู้รบกับกองทัพของมองโกลจนไม่สามารถเดินหน้าต่อได้จนถูกพายุไต้ฝุ่นที่เรียก "คามิกาเซะ" ทำลายกองทัพมองโกล แม้รัฐบาลโชกุนจะได้รับชัยชนะจากการรุกราน ความเสียหายทางการเงินที่เกิดขึ้นจากการป้องกันนั้นมากเกินจนไม่สามารถมอบค่าตอบแทนให้ข้าราชบริพารสำหรับบทบาทของพวกเขาในชัยชนะครั้งนี้ นี่เป็นผลที่ตามมาอย่างถาวรด้านความสัมพันธ์ระหว่างรัฐบาลโชกุนและชนชั้นซามูไร ความไม่พึงพอใจของซามูไรเป็นข้อพิสูจน์จุดจบของรัฐบาลโชกุนคามากูระ ใน ค.ศ. 1333 จักรพรรดิโกไดโงะก่อการกบฏโดยหวังว่าจะช่วยคืนอำนาจเต็มรูปแบบคืนสู่ราชสำนัก รัฐบาลโชกุนส่งนายพล อาชิกางะ ทากาอูจิ ในการคลี่คลายสถานการณ์ แต่ทากาอูจิและผู้ติดตามของเขาตัดสินใจร่วมมือกับกำลังของจักรพรรดิโกไดโงะและโค่นล้มรัฐบาลโชกุนคามากูระ
แม้ว่าญี่ปุ่นจะเข้าสู่ยุคแห่งความเจริญรุ่งเรืองและการเติบโตอย่างก้าวกระโดดของประชากรที่เริ่มขึ้นในช่วง ค.ศ. 1250 ในพื้นที่ทุรกันดาล การใช้เครื่องมือเหล็กและปุ๋ยส่งผลให้เกิดการพัฒนาเทคนิคการชลประทานและการปลูกพืชเหลื่อมฤดูซึ่งทั้งสองนำไปสู่ความสามารถในการผลิตที่เพิ่มขึ้นและเพิ่มจำนวนหมู่บ้านในถิ่นทุรกันดาล เมืองต่าง ๆ เติบโตจากทุพภิกขภัยและโรคระบาดที่น้อยลง เช่นเดียวกันกับศาสนาพุทธซึ่งเป็นศาสนาหลักของขุนนางมูลนาย ถูกนำมาเผยแผ่ในวงกว้างโดยพระที่มีชื่อเสียงอย่างโฮเน็ง (ค.ศ. 1133–1212) ผู้ก่อตั้งนิกายสุขาวดีในญี่ปุ่น และ พระนิจิเร็ง (ค.ศ. 1222–1282) ผู้ก่อตั้งนิกายนิจิเร็ง ขณะที่มีการเผยแพร่นิกายเซนอย่างกว้างขวางในหมู่ชนชั้นซามูไร
ไฟล์:Mōko Shūrai Ekotoba.jpg|ภาพวาดโบราณแสดงกองกำลังรบซามูไรของจักรวรรดิมองโกล
ไฟล์:Mitsui Sukenaga.jpg|ซามูไร มิตสึอิ ซูเกนางะ (ขวา) เอาชนะ กองทหารบุกครองมองโกล (ซ้าย)
ไฟล์:Tagezaki Suenaga,Ekotoba5.jpg|ตระกูลชิราอิชิ
== ยุคมูโรมาจิ ==

ทากาอูจิและซามูไรคนอื่น ๆ เริ่มไม่พอใจกับการฟื้นฟูเค็มมุซึ่งเป็นความพยายามอันทะเยอทะยานของจักรพรรดิโกไดโงะที่จะรวบอำนาจไว้ที่ราชสำนัก ทากาอูจิก่อกบฏหลังโกไดโงะปฏิเสธที่จะแต่งตั้งเขาเป็นโชกุน ใน ค.ศ. 1338 ทากาอูจิยึดเกียวโตและสถาปนาคู่ปรปักษ์ต่อราชสำนัก จักรพรรดิโคเมียว ขึ้นครองราชย์ ในทางกลับกันเขาได้แต่งตั้งทากาอูจิให้เป็นโชกุน โกไดโงะตั้งรัฐบาลต่อต้านในเมืองทางตอนใต้ของโยชิโนะซึ่งนำไปสู่ยุคแห่งความขัดแย้งระหว่างราชสำนักเหนือและราชสำนักใต้อย่างยาวนาน
ทากาอูจิตั้งรัฐบาลโชกุนในเขตมูโรมาจิของเกียวโต อย่างไรก็ตาม รัฐบาลโชกุนเผชิญกับการต่อสู้กับราชสำนักใต้และการรักษาไว้ซึ่งอำนาจเหนืออำมาตย์ภายใต้การปกครองของตน เหมือนกับรัฐบาลโชกุนคามากูระ รัฐบาลโชกุนมูโรมาจิแต่งตั้งพวกพ้องในการปกครองแคว้น แต่ต่อมาพวกเขาเริ่มเรียกตนเองเป็นเจ้าครองแคว้น (feudal lord of their domain) ที่เรียกว่า "ไดเมียว" และมักปฏิเสธที่ปฏิบัติตามคำสั่งของโชกุน โชกุนอาชิกางะที่เกือบจะประสบความสำเร็จในการนำประเทศกลับมาเป็นหนึ่งเดียวกันเป็นหลานชายของทากาอูจิ อากิชางะ โยชิมิตสึ ผู้ขึ้นสู่อำนาจใน ค.ศ. 1368 และคงอิทธิพลจนถึงการเสียชีวิตของเขาใน ค.ศ. 1408 โยชิมิตสึขยายอำนาจของรัฐบาลโชกุนและใน ค.ศ. 1392 สามารถเจรจาข้อตกลงในการนำราชสำนักเหนือและราชสำนักใต้เข้าด้วยกันได้ เป็นผลให้สงครามกลางเมืองสิ้นสุดลง ขณะที่รัฐบาลโชกุนทำให้จักรพรรดิและราชสำนักของเขาอยู่ภายใต้การควบคุมอย่างเคร่งครัด


ในช่วงปลายศตววรษสุดท้ายของรัฐบาลโชกุนอาชิกางะ ประเทศเริ่มกลับเข้าสู่ยุคแห่งสงครามกลางเมืองอีกครั้งเมื่อสงครามโอนิงปะทุขึ้นใน ค.ศ. 1467 ซึ่งเป็นสงครามที่เกิดขึ้นจากข้อพิพาทว่าใครจะขึ้นสืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อไป ไดเมียวต่างเลือกฝั่งของตนและเผากรุงเกียวโตจนมอดไม่เหลือขณะต่อสู้เพื่อผู้ท้าชิงที่ตนเองเลือก ข้อพิพาทการสืบทอดตำแหน่งได้รับการคลี่คลายใน ค.ศ. 1477 โชกุนสูญเสียอำนาจเหนือไดเมียวผู้ปกครองรัฐอิสระกว่าร้อยรัฐทั่วญี่ปุ่นทั้งหมด ระหว่างยุครณรัฐนี้ ไดเมียวต่อสู้กันเองเพื่อตนจะได้ปกครองประเทศ ไดเมียวที่ทรงอำนาจในขณะนั้น เช่น อูเอซูงิ เค็นชิง และ ทาเกดะ ชิงเง็ง สัญลักษณ์ถาวรของยุคนี้คือ "นินจา" จารชนและนักลอบสังหารผู้มีทักษะจ้างโดยไดเมียว มีหลักฐานทางประวัติศาสตร์เพียงเล็กน้อยที่กล่าวถึงการใช้ชีวิตอย่างลับ ๆ ของนินจาที่กลายเป็นตำนาน นอกจากไดเมียวแล้ว ชาวชนบทที่เป็นกบฏและ "พระพุทธนักรบ" ยังก่อตั้งกองกำลังทหารเป็นของตนเอง
==== การค้านัมบัง ====
ภายใต้ภาวะอนาธิปไตยเช่นนี้ เรือพาณิชย์ต้องเปลี่ยนเส้นทางเดินเรือและเทียบท่าใน ค.ศ. 1543 บนเกาะทาเนงาชิมะของญี่ปุ่นทางตอนใต้ของคีวชู พ่อค้าชาวโปรตุเกสสามคนที่อยู่บนเรือเป็นชาวยุโรปกลุ่มแรกที่ได้เยือนญี่ปุ่น และไม่นานพวกเขาก็นำสินค้าใหม่ ๆ เข้าสู่ญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกอย่างปืนคาบศิลา จวบจนถึง ค.ศ. 1556 "ไดเมียว" ใช้ปืนคาบศิลากว่า 300,000 กระบอกในกองทัพของพวกเขา ชาวยุโรปยังนำศาสนาคริสต์มาเผยแพร่ซึ่งต่อมามีชาวคริสต์กว่า 350,000 คนในญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1549 ผู้เผยแพร่ศาสนาคณะเยสุอิต ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เทียบเท่าบนเกาะคีวชู

หลังเกิดการแลกเปลี่ยนทางการค้าและทางวัฒนธรรมระหว่างญี่ปุ่นและตะวันตก มีการทำแผนที่ญี่ปุ่นทางตะวันตกเป็นครั้งแรก ใน ค.ศ. 1568 โดยนักทำแผนที่ชาวโปรตุเกส ฟือร์นังดู วาซ ดูราโด
ชาวโปรตุเกสสามารถค้าขายและสร้างอาณานิคมที่พวกเขาสามารถแปลงผู้ศรัทธาศาสนาใหม่เป็นคริสต์ศาสนิกชนได้ สถานะสงครามกลางเมืองในญี่ปุ่นเป็นผลดีอย่างยิ่งต่อชาวโปรตุเกส รวมถึงกลุ่มคนที่อยากโน้มน้าวเรือดำโปรตุเกสและเส้นทางการค้าของชาวโปรตุเกสไปสู่นครของตนเอง โดยแรกเริ่ม ชาวโปรตุเกสอาศัยอยู่บนผืนแผ่นดินของ มัตสึระ ทากาโนบุ, ฟิรังโด (ฮิราโดะ) และแคว้นบุงโงะของ โอโตโมะ โซริง แต่ใน ค.ศ. 1562 พวกเขาย้ายไปโยโกเซอูระที่ซึ่งไดเมียวปกครองอยู่ โอมูระ ซูมิตาดะ เสนอตนให้เป็นขุนนางคนแรกที่จะเป็นคริสต์ศาสนิกชน และได้ชื่อคริสต์ใหม่ ดอม บาร์ตูลูเมว (Dom Bartolomeu) ใน ค.ศ. 1564 เขาเผชิญกับกบฏโดยนักบวชศาสนาพุทธและโยเกเซอูระถูกทำลาย
ใน ค.ศ. 1561 กองกำลังของ โอโตโมะ โซริน โจมตีปราสาทในโมจิด้วยความช่วยเหลือของชาวโปรตุเกสที่มอบเรือสามลำที่บรรทุกลูกเรือกว่า 900 คนและปืนครกมากกว่า 50 กระบอก การโจมตีครั้งนี้ถือได้ว่าเป็นการกระหน่ำยิงครั้งแรกโดยเรือต่างชาติบนเกาะญี่ปุ่น บันทึกการต่อสู้ทางเรือระหว่างชาวยุโรปและชาวญี่ปุ่นเกิดขึ้นครั้งแรกใน ค.ศ. 1565 ในสงครามอ่าวฟูกูดะ ไดเมียว มัตสึระ ทากาโนบุ โจมตีเรือพาณิชย์ที่ท่าเรือฮิราโดะ การเผชิญหน้าครั้งนี้ส่งผลให้นักค้าชาวโปรตุเกสต้องหาท่าเรือที่ปลอดภัยสำหรับเรือซึ่งพาพวกเขาไปสู่รบในนางาซากิ

ใน ค.ศ. 1571 ดอม บาร์ตูลูเมว หรือเป็นที่รู้จักในชื่อ โอมูระ ซูมิตาดะ รับประกันผืนดินเล็ก ๆ ในหมู่บ้านประมงขนาดย่อมที่เป็นของเยซูอิทส์ผู้แบ่งหมู่บ้านออกเป็นหกส่วน พวกเขาสามารถใช่ผืนดินตรงนี้ได้เพื่อรองรับชาวคริสต์ที่ถูกขับไล่จากดินแดนอื่น ๆ รวมถึงนักค้าชาวโปรตุเกส เยสูอิทส์ได้สร้างโบสถ์เล็กและโรงเรียนภายใต้ชื่อ "เซาเปาโล" เหมือนกับในกัวและมะละกา จวบจนถึง ค.ศ. 1579 หมู่บ้านประมงมีผู้อยู่อาศัย 400 ครัวเรือนและชาวโปรตุเกสบางคนสมรสกัน โอมูระ ซูมิตาดะ (ดอม บาร์ตูลูเมว) กลัวว่านางาซากิอาจตกอยู่ในเอื้อมมือของทากาโนบุที่เป็นปฏิปักษ์ เขาจึงตัดสินใจที่จะรับประกันเมืองให้แก่ชาวเยสูอิทส์โดยตรงใน ค.ศ. 1580 หลังจากนั้นไม่กี่ปี เยสูอิทส์ตระหนักได้ว่าถ้าพวกเขาเข้าใจภาษาญี่ปุ่นจะช่วยทำให้พวกเขาสามารถแปลงผู้คนเป็นศาสนาคาทอลิกได้มากยิ่งขึ้น เยสูอิทส์อย่าง João Rodrigues เขียนพจนานุกรมญี่ปุ่น ด้วยเหตุนี้ ภาษาโปรตุเกสจึงเป็นภาษาตะวันตกภาษาแรกที่มีพจนานุกรมภาษาดังกล่าวที่ตีพิมพ์ในนางาซากิใน ค.ศ. 1603
โอดะ โนบูนางะ ใช้เทคโนโลยีและปืนยุโรปเพื่อเอาชนะไดเมียวคนอื่น ๆ การรวมอำนาจของเขาเริ่มยุคอาซูจิ–โมโมยามะ (ค.ศ. 1573–1603) หลังโนบูนางะถูกลอบสังหารใน ค.ศ. 1582 โดย อาเกจิ มิตสึฮิเดะ ผู้สืบทอดของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ รวมประเทศให้เป็นหนึ่งใน ค.ศ. 1590 และริเริ่มการบุกครองเกาหลีสองครั้งที่ล้มเหลวใน ค.ศ. 1592 และ ค.ศ. 1597 ก่อนการบุกครอง ฮิเดโยชิพยายามว่าจ้างให้เรือใบขนาดใหญ่ของโปรตุเกสสองลำเข้าร่วมการบุกครองนี้ด้วยแต่ชาวโปรตุเกสปฏิเสธ
โทกูงาวะ อิเอยาซุ สำเร็จราชการแทนลูกของฮิเดโยชิ โทโยโตมิ ฮิเดโยริ และใช้ตำแหน่งของเขาในการรับแรงสนับสนุนทางการเมืองและการทหาร เมื่อสงครามเกิดขึ้น อิเอยาซุพิชิตตระกูลที่เป็นปฏิปักษ์ต่อเขาในยุทธการที่เซกิงาฮาระใน ค.ศ. 1600 ใน ค.ศ. 1603 รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะในเอโดะประกาศใช้มาตรการต่าง ๆ รวมถึง บุเกะโชฮัตโตะ ซึ่งเป็นประมวลจรรยาบรรณที่ใช้ควบคุมไดเมียวที่ปกครองตนเอง และนโยบายแยกอยู่โดดเดี่ยว "ซาโกกุ" ("ประเทศปิด") ใน ค.ศ. 1639 ที่กินเวลากว่า 2 ศตวรรษครึ่งของความเปราะบางทางการเมืองอันเป็นหนึ่งเดียวหรือยุคเอโดะ (ค.ศ. 1603–1868) ซึ่งนโยบายนี้สิ้นสุดจากอิทธิพลของชาวโปรตุเกสหลังพำนักอยู่ในดินแดนญี่ปุ่นกว่า 100 ปี และความมุ่งหมายที่จะจำกัดการปรากฏอยู่ของอำนาจทางการเมืองต่างชาติ
==== วัฒนธรรมมูโรมาจิ ====
แม้จะเกิดสงครามขึ้น ความเฟื่องฟูทางเศรษฐกิจของญี่ปุ่นเจริญขึ้นอย่างต่อเนื่องตลอดยุคมูโรมาจิ จนถึง ค.ศ. 1450 ประชากรของญี่ปุ่นอยู่ที่ราวสิบล้านคน ขณะที่ในช่วงคริสต์ศตววรษที่ 13 ตอนปลาย จำนวนประชากรอยู่ที่หกล้านคน การค้าขายกับจีนและเกาหลีเจริญพัฒนาอย่างก้าวกระโดด อันเนื่องมาจากไดเมียวและกลุ่มอื่น ๆ ในญี่ปุ่นผลิตเหรียญกษาปณ์เป็นของตนเอง ญี่ปุ่นเริ่มเปลี่ยนผ่านจากระบบเศรษฐกิจแบบการแลกเปลี่ยนสินค้าเป็นระบบเศรษฐกิจแบบเงินตรา ในยุคนี้ การพัฒนาศิลปะแสดงลักษณ์ (representative art) เพิ่มขึ้น เช่น จิตรกรรมหมึกล้าง (ink wash painting), การจัดดอกไม้ "อิเกบานะ", พิธีชงชา, การจัดสวนญี่ปุ่น, บนไซ และโรงละครโน แม้โชกุนอาชิกางะอันดับที่ 8 โยชิมาซะ ผู้นำทางการทหารและทางการเมืองที่ไม่เอาเรื่องเอาราว เขาเป็นบุคคลสำคัญที่ช่วยส่งเสริมการพัฒนาวัฒนธรรมเหล่านี้ เขาสร้าง คินกากุจิ หรือ "วัดทอง" ในเกียวโตใน ค.ศ. 1397
=== ยุคอาซูจิ–โมโมยามะ (ค.ศ. 1568–1603) ===

ในครึ่งหลังของคริสต์ศตวรรษที่ 16 ญี่ปุ่นเริ่มค่อย ๆ กลับรวมเป็นหนึ่งภายใต้ผู้นำทางการทหารสองคน: โอดะ โนบูนางะ และ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ชื่อของยุคนี้มาจากศูนย์บัญชาการของโนบูนางะ ปราสาทอาซูจิ และศูนย์บัญชาการของฮิเดโยชิ ปราสาทโมโมยามะ

โนบูนางะเป็นไดเมียวของแคว้นขนาดเล็กชื่อ โอวาริ เขาเป็นจุดสนใจอย่างรวดเร็วหลังจากกองทัพของเขาเอาชนะกองทัพของไดเมียวมากอำนาจ อิมางาวะ โยชิโมโตะ ที่มีขนาดใหญ่กว่าหลายเท่าได้ในยุทธการที่โอเกฮาซามะ โนบูนางะเป็นที่ได้รับการยอมรับจากการนำเชิงกลยุทธ์และความอำมหิตของเขา โนบูนางะสนับสนุนศาสนาคริสต์เพื่อปลุกปั่นกระแสความเกลียดชังต่อข้าศึกชาวพุทธและเพื่อสร้างความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นกับผู้ค้าอาวุธชาวยุโรป เขามอบปืนคาบศิลาและฝึกกองทัพของเขาด้วยยุทธวิธีแบบใหม่ โนบูนางะเลื่อนชั้นคนของเขาที่มีความสามารถโดยไม่สนใจสถานะทางสังคม รวมถึงบริวารชาวไร่ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ ที่ต่อมาเป็นหนึ่งในนายพลมากฝีมือของเขา
ยุคอาซูจิ–โมโมยามะเริ่มต้นใน ค.ศ. 1568 เมื่อโนบูนางะเข้ายึดครองเกียวโตและโค้นล้มรัฐบาลโชกุนอาชิกางะอย่างทันท่วงที แผนการทำให้ญี่ปุ่นกลายเป็นหนึ่งเดียวของเขาเป็นไปได้ด้วยดีใน ค.ศ. 1582 แต่หนึ่งในกำลังพลของเขา อาเกจิ มิตสึฮิเดะ สังหารเขาในการโจมตีอย่างเฉียบพลันภายในค่ายพักแรมของเขา ฮิเดโยชิแก้แค้นให้แก่โนบูนางะโดยการเอาชนะสงครามกับอาเกจิ ทำให้เขากลายเป็นผู้สืบทอดของโนบูนางะ ฮิเดโยชิสานต่อแผนการรวมญี่ปุ่นต่อโดยการเข้ายึดครองชิโกกุ, คีวชู และดินแดนที่อยู่ทางตะวันออกของตระกูลโฮโจตอนปลาย เขาทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงอย่างกว้างขวางต่อสังคมญี่ปุ่น เช่น การยึดดาบจากชาวไร่นา, ข้อบังคับของไดเมียว, การข่มเหงชาวคริสต์, การสำรวจผืนดินอย่างละเอียด และกฎหมายใหม่ที่ห้ามชาวไร่นาและซามูไรเปลี่ยนชนชั้นทางสังคมของตน การสำรวจผืนดินของฮิเดโยชิทำให้ผู้ที่ทำเกษตรกรรมเป็น "สามัญชน" อันส่งผลให้ทาสจำนวนมากในญี่ปุ่นได้รับอิสระ
เมื่ออำนาจของฮิเดโยชิแผ่ขยายออกไป เขาจึงตั้งเป้าหมายในการยึดครองจีนและได้ริเริ่มการรุกรานเกาหลีครั้งใหญ่สองครั้งใน ค.ศ. 1592 ฮิเดโยชิไม่สามารถเอาชนะกองทัพจีนและเกาหลีในคาบสมุทรเกาหลีได้และสงครามสิ้นสุดลงจากการถึงแก่กรรมของเขาใน ค.ศ. 1598 ด้วยความหวังที่จะสถาปนาตระกูลใหม่ ฮิเดโยชิให้บริวารทหารที่เขาไว้ใจที่สุดให้คำมั่นที่จะมอบความจงรักภักดีต่อลูกชายที่ยังเป็นทารกของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยริ อย่างไรก็ตาม หลังการถึงแก่กรรมของฮิเดโยชิอย่างเกือบทันทีทันใด เกิดสงครามขึ้นระหว่างพันธมิตรของฮิเดโยริและผู้ที่จงรักภักดีต่อไดเมียวและอดีตสหายของฮิเดโยชิ โทกูงาวะ อิเอยาซุ ทากูงาวะ อิเอยาซุ ได้รับชัยชนะชี้ขาดในยุทธการที่เซกิงาฮาระใน ค.ศ. 1600 นำไปสู่การปกครองโดยตระกูลโทกูงาวะอย่างไม่มีสิ่งใดขัดขวางเป็นระยะเวลากว่า 268 ปี
== ยุคญี่ปุ่นใหม่ตอนต้น ==
=== ยุคเอโดะ (ค.ศ. 1603–1868) ===

ยุคเอโดะได้รับการยอมรับว่าเป็นยุคที่มีความสงบและมั่นคง ภายใต้การควบคุมที่เข้มงวดของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ (รัฐบาลเอโดะ) ซึ่งปกครองจากเมืองทางตะวันออกของญี่ปุ่น เอโดะ (โตเกียวในปัจจุบัน) ใน ค.ศ. 1603 จักรพรรดิโกะ-โยเซ แต่งตั้งให้ โทกูงาวะ อิเอยาซุ เป็นโชกุน และสละตำแหน่งสองปีให้หลังเพื่อเตรียมลูกชายของเขาในการขึ้นเป็นโชกุนลำดับที่สองของตระกูลที่มีการสืบตำแหน่งอย่างยาวนาน อย่างไรก็ตาม การทำให้อำนาจปกครองของโทกูงาวะแข็งแกร่งนั้นใช้เวลานานกว่าจะสำเร็จ ใน ค.ศ. 1609 โชกุนมอบอำนาจให้แก่ไดเมียวในแคว้นศักดินาซัตสึมะรุกรานอาณาจักรรีวกีวจากการดูหมิ่นรัฐบาลโชกุนอย่างชัดแจ้ง ชัยชนะของซัตสึมะริเริ่ม 266 ปี แห่งการตกภายใต้การบังคับบัญชาของซัตสึมะและจีน อิเอยาซุนำการล้อมโอซากะซึ่งจบลงด้วยการโค้นล้มของตระกูลโทโยโตมิใน ค.ศ. 1615 หลังจากรัฐบาลโชกุนได้ประกาศใช้บังคับกฎหมายสำหรับครอบครัวทหารอันส่งเสริมการควบคุมที่เข้มข้นขึ้นต่อไดเมียว นอกจากนี้ระบบสลับถิ่นอาศัยเข้าพบซึ่งทำให้ไดเมียวต้องสลับพำนักในเอโดะสองปีละครั้ง แม้จะเป็นเช่นนั้น ไดเมียวยังคงมีอิสระในการปกครองตนเองอย่างมากในแคว้นศักดินาของตน รัฐบาลโชกุนที่ซึ่งตั้งอยู่ในเอโดะ เมืองที่หนาแน่นมากที่สุดในโลก รับคำปรึกษาจากกลุ่มของที่ปรึกษาอาวุโสเรียกว่า "โรจู" และซามูไรว่าจ้างเป็นข้าราชการ จักรพรรดิในเกียวโตได้รับเงินสนับสนุนเพื่อใช้จ่ายอย่างฟุ่มเฟือยแต่ไม่ได้รับอนุญาตให้ใช้อำนาจทางการเมือง
รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะพยายามอย่างหนักที่จะระงับความไม่สงบในสังคม บทลงโทษที่โหดร้ายอย่างการตรึงกางเขน, การตัดศีรษะ และการฆ่าโดยการต้มให้เสียชีวิต ถูกนำมาใช้ลงโทษแม้จะเป็นความผิดลหุโทษ ถีงกระนั้น อาชญากรที่เป็นชนชั้นสูงมักจะได้รับทางเลือกที่จะทำ "เซ็ปปูกุ" (seppuku, "การคว้านเครื่องในออกด้วยตนเอง") วิธีการกระทำอัตวินิบาตกรรมที่ภายหลังถูกทำให้กลายมาเป็นพิธีกรรม ชาวคริสต์ซึ่งถูกมองว่าเป็นภัยคุกคามค่อย ๆ ถูกทำให้เป็นคนนอกกฎหมายหลังเกิดเหตุการณ์กบฏชิมบาระที่นำโดยชาวคริสต์ใน ค.ศ. 1638 เพื่อที่จะหลีกเลี่ยงไม่ให้ความคิดต่างชาติก่อให้เกิดความขัดแย้งกันจากความคิดดั้งเดิม โชกุนโทกูงาวะลำดับที่สาม อิเอมิตสึ ประกาศใช้นโยบายแยกอยู่โดดเดี่ยว "ซาโกกุ" (sakoku, "ประเทศปิด") ซึ่งทำให้ชาวญี่ปุ่นไม่สามารถเดินทางไปต่างประเทศ กลับมาจากต่างประเทศ หรือสร้างยานพาหนะทางน้ำได้ ชาวยุโรปกลุ่มเดียวที่ได้รับอนุญาตให้อาศัยอยู่บนผืนดินญี่ปุ่นคือชาวดัตช์ในสถานีการค้า (trading post) แห่งเดียวบนเกาะเดจิมะที่นางาซากิตั้งแต่ ค.ศ. 1635 ถึง ค.ศ. 1854 จีนและเกาหลีเป็นเพียงสองชาติที่สามารถทำการค้ากับญี่ปุ่นได้ และหนังสือต่างชาติหลายเล่มถูกห้ามไม่ให้นำเข้า
ในช่วงการปกครองศตวรรษแรกของโทกูงาวะ ประชากรของญี่ปุ่นเพิ่มขึ้นสองเท่าถึงสามสิบล้านคนจากการเจริญเติบโตของพืชผลทางการเกษตรเป็นส่วนใหญ่ จำนวนของประชากรคงที่ตลอดช่วงเวลาที่เหลือของยุค การก่อสร้างถนน การกำจัดค่าผ่านทางถนนและสะพาน และการทำให้ระบบเงินเหรียญมีความเป็นมาตรฐาน (standardization of coinage) ส่งเสริมการขยายทางการค้าที่ส่งผลดีต่อผู้ค้าและช่วงฝีมือในเมือง ประชากรในตัวเมืองเพิ่มขึ้น แต่เกือบ 90% ของประชากรยังคงอาศัยอยู่ในพื้นที่ทุรกันดาล ทั้งผู้พักอาศัยในตัวเมืองและชุมชนชนบทได้รับประโยชน์จากหนึ่งในการเปลี่ยนแปลงทางสังคมที่เด่นชัดที่สุดแห่งยุคเอโดะ: การรู้หนังสือ (literacy) และ การรู้ตัวเลข (numeracy) จำนวนของโรงเรียนเอกชนเติบโตอย่างมาก  โดยเฉพาะโรงเรียนที่อยู่ติดกับวัดและศาลเจ้าซึ่งเพิ่มอัตราการรู้หนังสือถึง 30% ตัวเลขนี้อาจเป็นตัวเลขสูงสุดของโลกในเวลานั้น อีกทั้งยังขับเคลื่อนอุตสาหกรรมสื่อสิ่งพิมพ์พาณิชย์ที่พิมพ์หนังสือพิมพ์หลายร้อยฉบับต่อปี ในแง่ของการรู้ตัวเลขที่ประมาณการจากดัชนีวัดความสามารถของบุคคลในการบอกอายุของตนเองอย่างถูกต้องมากกว่าการบอกอายุที่ผ่านการปัดขึ้นให้เป็นเลข 0 หรือ 5 (age-heaping method, "วิธีการพอกอายุ, วิธีการกองอายุ") และบุคคลในระดับไหนที่สามารถแสดงสหสัมพันธ์ (correlation) ที่หนักแน่นกว่าเกี่ยวกับการพัฒนาเศรษฐกิจตอนหลังของประเทศ ระดับของญี่ปุ่นสามารถเปรียบเทียบได้กับประเทศทางตอนเหนือ–ตะวันตกในยุโรป ยิ่งไปกว่านั้น ดัชนีของญี่ปุ่นใกล้ถึงจุด 100% ตลอดช่วงคริสต์ศตววรษที่ 19 ระดับที่สูงของการรู้หนังสือและการรู้ตัวเลขเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของรากฐานทางสังคม–เศรษฐกิจที่จะทำให้ญี่ปุ่นมีอัตราการเติบโตที่แข็งแรงในศตวรรษถัดมา
==== วัฒนธรรมและปรัชญา ====


ยุคเอโดะเป็นยุคที่วัฒนธรรมเจริญรุ่งเรือง ชนชั้นพ่อค้ารวยขึ้นและเริ่มใช้เงินจากรายได้ในการใช้จ่ายทางวัฒนธรรมและสังคม มีการกล่าวว่า ชนชั้นพ่อค้าที่อุปถัมภ์วัฒนธรรมและงานมหรสพนั้นใช้ชีวิตอย่างสุขสำราญ การใช้ชีวิตของพวกเขาถูกเรียกว่า อูกิโยะ (ukiyo, "โลกล่องลอย") ซึ่งเป็นแรงบันดาลใจให้แก่นวนิยายที่เป็นที่นิยม อูกิโยะ-โซชิ และการวาดภาพอูกิโยะบนภาพพิมพ์แกะไม้ ที่ทำให้จิตรกรเกิดความเชี่ยวชาญมากขึ้นและเริ่มการใช้สีบนภาพพิมพ์หลายสี
การแสดงในโรงละครอย่างคาบูกิ และ โรงละครหุ่น บุนรากุ เป็นที่นิยมอย่างกว้างขวาง การแสดงมหรสพรูปแบบใหม่เหล่านี้มักมีเพลงสั้น (โคอูตะ) ที่บรรเลงบนชามิเซ็ง เครื่องดนตรีที่นำเข้ามาใน ค.ศ. 1600 ประกอบอยู่ด้วย กลอนไฮกุ ที่มีการยอมรับโดยทั่วกันว่า มัตสึโอะ บาโช (ค.ศ. 1644–1694) เป็นปรมาจารย์ ผงาดขึ้นเป็นบกวีกระแสหลัก เกอิชา อาชีพผู้ให้ความบันเทิงใหม่เป็นที่นิยมขึ้นมา พวกเธอจะสนทนา ร้องเพลง และเต้นให้แก่ลูกค้า อย่างไรก็ตาม พวกเธอจะไม่นอนกับพวกเขา
รัฐบาลโทกูงาวะได้รับอิทธิพลเป็นอย่างมากจากลัทธิขงจื๊อใหม่ที่พวกเขาให้การสนับสนุน นำไปสู่รัฐบาลที่แบ่งแยกสังคมออกเป็นสี่ชนชั้นโดยอิงจากระบบชนทั้งสี่ (four occupations) ของจีน มีการอ้างว่าชนชั้นซามูไรปฏิบัติตามคตินิยมแบบบูชิโด หรือ "วิถีแห่งนักรบ"
==== ความตกต่ำและการล้มสลายของรัฐบาลโชกุน ====
จนถึงช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 18 และคริสต์ศตวรรษที่ 19 ตอนต้น รัฐบาลโชกุนเริ่มแสดงท่าทีอ่อนลง การเจริญเติบโตของผลผลิตทางการเกษตรอย่างก้าวกระโดดที่เป็นเอกลักษณ์ของยุคเอโดะตอนต้นได้สิ้นสุดลง และรัฐบาลไม่สามารถแก้วิกฤติมหาทุพภิกขภัยเท็มโปได้อย่างดีพอ เกิดความไม่สงบขึ้นในหมู่ชาวชนบทและรายได้รัฐบาลเริ่มตกลง รัฐบาลโชกุนตัดการมอบเงินให้แก่ซามูไรที่ประสบปัญหาทางการเงินอย่างหนัก ซึ่งพวกเขาหลายคนทำงานเสริมเพื่อประทังชีวิต ซามูไรที่แสดงท่าทีไม่พอใจจะเป็นแกนนำหลักในการวางแผนรับมือการล่มสลายของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ
ในขณะเดียวกัน ผู้คนได้รับแรงบันดาลใจจากมุมมองความคิดและแขนงศึกษาใหม่ ๆ หนังสือดัตช์ที่นำเข้ามาสู่ญี่ปุ่นกระตุ้นความสนใจในการเรียนตะวันตกศึกษาที่เรียก รังงากุ หรือ "การศึกษาแบบดัตช์" ยกตัวอย่างเช่น นักฟิสิกส์ ซูงิตะ เก็มปากุ ใช้แนวความคิดการแพทย์ตะวันตกในการปฏิวัติความคิดดั้งเดิมของกายวิภาคศาสตร์มนุษย์ โคกูงากุ หรือ "การศึกษาแห่งชาติ" ที่พัฒนาโดยนักวิชาการอย่าง โมโตโอริ โนรินางะ และ ฮิราตะ อัตสึตาเนะ มุ่งเน้นส่งเสริมคุณค่าญี่ปุ่นพื้นเมือง อาทิ นักวิชาการโคกูงากุวิจารณ์ลัทธิขงจื๊อใหม่ที่รัฐบาลโชกุนสนับสนุนและตอกย้ำเทวสิทธิราช (divine authority) ของจักรพรรดิ

การมาถึงใน ค.ศ. 1853 ของกองเรือรบอเมริกันบัญชาการโดย พลเรือจัตวา แมทธิว ซี. เพร์รี ทำให้ญี่ปุ่นตกอยู่ในสภาวะสับสนวุ่นวาย รัฐบาลสหรัฐมุ่งหวังที่จะทำให้นโยบายแยกอยู่โดดเดี่ยวของญี่ปุ่นสิ้นสุดลง รัฐบาลโชกุนไม่มีการป้องกันต่อเรือปืนของเพร์รีและจำเป็นจะต้องยินยอมต่อข้อเรียกร้องของเขาที่ให้อนุญาตเรืออเมริกันเข้าเทียบท่าเพื่อเอาเสบียงอาหารและทำการค้าที่ท่าเรือญี่ปุ่น อำนาจตะวันตกทำ "สนธิสัญญาที่ไม่เป็นธรรม" กับญี่ปุ่นซึ่งกำหนดให้ญี่ปุ่นต้องอนุญาตให้ประชาชนจากประเทศเหล่านี้เยือนหรือพำนักอาศัยในดินแดนญี่ปุ่นและจะต้องไม่เก็บภาษีนำเข้าหรือพาพวกเขาขึ้นสู่ชั้นศาล
ความล้มเหลวของรัฐบาลโชกุนในการต้านอำนาจตะวันตกทำให้ชาวญี่ปุ่นเกิดความโกรธแค้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งประชาชนที่อยู่ทางตอนใต้ของญี่ปุ่น กล่าวคือ แคว้นโชชูและซัตสึมะ ซามูไรที่อยู่ที่นั่นถือกำเนิดคติพจน์ "ซนโนโจอิ" (尊皇攘夷, Sonnō Jōi, "เทิดทูนจักรพรรดิ ขับคนป่าเถื่อน") โดยได้รับแรงบันดาลใจจากปรัชญาของนักชาตินิยมโรงเรียนโคกูงากุ ทั้งสองแคว้นสถาปนาความสัมพันธ์กัน ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1866 โทกูงาวะ โยชิโนบุ หลังกลายเป็นโชกุนได้ไม่นาน ดิ้นรนในการรักษาอำนาจไว้ในขณะที่ความไม่สงบในหมู่ประชาชนยังคงต่อเนื่อง แคว้นโชชูและซัตสึมะใน ค.ศ. 1868 โน้มน้าวจักรพรรดิเมจิที่ยังทรงพระเยาว์และราชมนตรีของพระองค์ในการนิพนธ์พระราชหัตถเลขาเรียกร้องให้รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะสิ้นสุดลง กองทัพของโชชูและซัตสึมะเคลื่อนกำลังมุ่งหน้าเอโดะและสงครามโบชินที่ตามมาภายหลังนำไปสู่การล้มสลายของรัฐบาลโชกุน
== ยุคญี่ปุ่นใหม่ ==
=== ยุคเมจิ (ค.ศ. 1868–1912) ===

พระราชอำนาจของจักรพรรดิกลับหวนคืนสู่แต่เพียงในพระนาม และใน ค.ศ. 1869 ราชวงศ์ย้ายไปอยู่ในเอโดะซึ่งมีการเปลี่ยนชื่อเป็น โตเกียว ("นครหลวงตะวันออก") อย่างไรก็ตาม คนที่มีอำนาจมากที่สุดในรัฐบาลคืออดีตซามูไรจากโชชูและซัตสึมะ ไม่ใช่จักรพรรดิที่ยังทรงพระชนมพรรษา 15 พรรษา ใน ค.ศ. 1868 กลุ่มคนเหล่านี้เป็นที่รู้จักในชื่อ "ฮัมบัตสึ" พวกเขาเป็นผู้กำกับดูแลการเปลี่ยนแปลงอันใหญ่หลวงของญี่ปุ่นในยุคนี้ ผู้นำของรัฐบาลเมจิต้องการให้ญี่ปุ่นเป็นรัฐชาติสมัยใหม่ที่มีจุดยืนเทียบเท่าอำนาจจักรวรรดินิยมตะวันตก หนึ่งในฮัมบัตสึคือ โอกูโบะ โทชิมิจิ และ ไซโง ทากาโมริ จากซัตสึมะ รวมถึง คิโดะ ทากาโยชิ, อิโต ฮิโรบูมิ และ ยามางาตะ อาริโตโมะ จากโชชู
==== การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองและสังคม ====
รัฐบาลเมจิเลิกล้มโครงสร้างชนชั้นทางสังคมเอโดะ และแทนที่เจ้าครองแคว้นไดเมียวด้วยระบบจังหวัด ริเริ่มการปฏิรูปภาษีแบบเบ็ดเสร็จและยกเลิกประกาศห้ามปรามผู้นับถือศาสนาคริสต์ วาระเร่งด่วนที่สำคัญของรัฐบาลยังประกอบด้วยการให้กำเนิดการรถไฟ โทรเลข และระบบการศึกษาถ้วนหน้า รัฐบาลเมจิให้การส่งเสริมการทำให้เป็นแบบตะวันตก (westernization) และว่าจ้างที่ปรึกษาจากชาติตะวันตกที่มีความชำนาญในหลายแขนง อาทิ การศึกษา การทำเหมืองแร่ การธนาคาร กิจการทหาร และคมนาคม เพื่อช่วยปฏิรูปสถาบันต่าง ๆ ของญี่ปุ่น ชาวญี่ปุ่นหันมาใช้ปฏิทินกริกอเรียน เสื้อผ้าตะวันตก และตัดผมอย่างชาวตะวันตก หนึ่งในผู้นำการสนับสนุนการทำให้เป็นแบบตะวันตกคือนักเขียนที่มีชื่อเสียง ฟูกูซาวะ ยูกิจิ และเพื่อช่วยขับเคลื่อนการทำให้เป็นแบบตะวันตก รัฐบาลเมจิให้การสนับสนุนที่หนักแน่นในการนำเข้าความรู้วิทยาศาสตร์ตะวันตกเหนือวิทยาศาสตร์การแพทย์อื่น ๆ ใน ค.ศ. 1893 คิตาซาโตะ ชิบาซาบูโร ก่อตั้งสถาบันโรคติดเชื้อที่ต่อมากลายเป็นที่รู้จักไปทั่วโลก และใน ค.ศ. 1913 ฮิเดโยะ โนงูจิ พิสูจน์ความสัมพันธ์ระหว่างซิฟิลิสและอัมพฤกษ์ มากไปกว่านั้น การให้กำเนิดรูปแบบการประพันธ์แบบยุโรปในญี่ปุ่นจุดประกายผลงานร้อยแก้วบันเทิงคดี (prose fiction) ใหม่ ฟูตาบาเต ชิเม และ โมริ โอไง เป็นนักประพันธ์ที่โดดเด่นในยุค อย่างไรก็ดี นักประพันธ์ที่มีชื่อเสียงที่สุดในยุคเมจิคือ นัตสึเมะ โซเซกิ ผู้เขียนนวนิยายเชิงเสียดสี อัตชีวิตประวัติ และเชิงจิตวิทยา ผสมรวมทั้งรูปแบบการเขียนแบบดั้งเดิมและแบบใหม่ อิจิโย ฮิงูจิ นักประพันธ์หญิงที่โดดเด่น ได้รับแรงบันดาลใจจากตัวอย่างทางวรรณกรรมตอนต้นของยุคเอโดะ
สถาบันรัฐบาลพัฒนาอย่างรวดเร็วเพื่อตอบโต้ขบวนการเสรีภาพและสิทธิประชาชน การรณรงค์แบบรากหญ้าเรียกร้องให้ผู้คนสามาถมีส่วนรวมทางการเมืองได้มากยิ่งขึ้น ผู้นำของขบวนการนี้คือ อิตางากิ ไทซูเกะ และ โอกูมะ ชิเงโนบุ อิโต ฮิโรบูมิ นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นคนแรก ตอบโต้กลับด้วยการเขียนรัฐธรรมนูญเมจิที่ประกาศใช้ใน ค.ศ. 1889 รัฐธรรมนูญใหม่นี้ก่อตั้งสภาผู้แทนราษฎรเป็นสภาล่างขึ้น แต่อำนาจถูกจำกัดไว้ มีเพียงแค่ 2% ของประชากรเท่านั้นที่สามารถใช้สิทธิเลือกตั้งได้ และการเสนอร่างกฎหมายโดยสภาผู้แทนราษฎรต้องได้รับความเห็นชอบจากสภาขุนนางญี่ปุ่น สภาสูงที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้ง ทั้งคณะรัฐมนตรีญี่ปุ่นและกองกำลังทหารญี่ปุ่นไม่ได้มีหน้าที่ตามกฎหมายที่ผ่านร่าง แต่มีหน้าที่ตามพระราชกระแสรับสั่งของจักรพรรดิ ในขณะเดียวกัน รัฐบาลญี่ปุ่นได้พัฒนารูปแบบของชาตินิยมญี่ปุ่นโดยชินโตกลายเป็นศาสนาประจำชาติและจักรพรรดิเป็นที่สักการะบูชาในฐานะเทพเจ้าที่ยังมีชีวิตอยู่ โรงเรียนทั่วประเทศค่อย ๆ ใส่ค่านิยมความเป็นชาตินิยมและความจงรักภักดีต่อจักรพรรดิลงไป
==== ความรุ่งเรืองของจักรวรรดินิยมและการทหาร ====

ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1871 เรือชาวรีวกีวอัปปางในไต้หวันและลูกเรือถูกสังหารหมู่ ใน ค.ศ. 1874 ญี่ปุ่นส่งกำลังรบนอกประเทศไปยังไต้หวันเพื่อยืนยันสิทธิเหนือหมู่เกาะรีวกีวโดยใช้เหตุการณ์ดังกล่าวเป็นข้ออ้าง การสงครามนอกประเทศเริ่มต้นจากการที่กองทัพทหารญี่ปุ่นไม่สนคำสั่งของรัฐบาลพลเรือนและออกเรือแม้จะมีคำสั่งให้เลื่อนการส่งกำลังรบนอกประเทศออกไปก็ตาม ยามางาตะ อาริโตโมะ ซามูไรในแคว้นศักดินาโชชู เป็นหนึ่งในกำลังสำคัญในการทำให้กองทัพบกจักรวรรดิญี่ปุ่นทันสมัยขึ้นและใหญ่มากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งการให้กำเนิดกฎหมายการเกณฑ์ทหารแห่งชาติ ใน ค.ศ. 1877 มีการให้กองทัพบกใหม่เข้าจู่โจมกบฏซัตสึมะซึ่งเป็นซามูไรทางตอนใต้ของญี่ปุ่นที่ต่อต้านรัฐบาลเมจิ การกบฏนำโดยอดีตผู้นำเมจิ ไซโง ทากาโมริ
กองทัพญี่ปุ่นเป็นบทบาทสำคัญในการแผ่ขยายอำนาจของประเทศในต่างแดน รัฐบาลเชื่อว่าประเทศญี่ปุ่นจะต้องมีอาณานิคมเพื่อต่อสู้กับอำนาจจักรวรรดินิยมตะวันตก หลังจากการเข้ากระชับการควบคุมในฮกไกโด (ผ่านคณะกรรมาธิการการพัฒนาฮกไกโด) และการผนวกอาณาจักรรีวกีว ("การโอนการครอบครองรีวกีว") นั้นสร้างความสนใจให้แก่ประเทศจีนและประเทศเกาหลี ใน ค.ศ. 1894 กองทหารญี่ปุ่นและจีนเข้าโจมตีประเทศเกาหลีที่ซึ่งกองทหารตั้งฐานที่มั่นไว้เพื่อปราบกบฏทงฮัก ในระหว่างสงครามจีน–ญี่ปุ่นครั้งที่หนึ่งที่ตามมา กำลังทหารที่เพรียบพร้อมไปด้วยแรงขวัญของญี่ปุ่นชนะกองทัพที่มีจำนวนและยุทโธปกรณ์ที่ดีกว่าของราชวงศ์ชิงได้ ด้วยเหตุนี้ เกาะไต้หวันจึงตกเป็นของประเทศญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1895 และทำให้รัฐบาลญี่ปุ่นได้รับเกียรติศักดิ์เพียงพอที่ทำให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ มุตสึ มูเนมิตสึ เจรจาเพื่อแก้ไข "สนธิสัญญาที่ไม่เป็นธรรม" ใน ค.ศ. 1902 ประเทศญี่ปุ่นลงนามในข้อตกลงพันธไมตรีทางการทหารที่สำคัญกับสหราชอาณาจักร

ต่อมา ประเทศญี่ปุ่นโจมตีประเทศรัสเซียที่กำลังพยายามขยายอำนาจในเอเชีย ยุทธการที่แม่น้ำยาลู่เป็นครั้งแรกในรอบหลายทศวรรษที่อำนาจเอเชียพ่ายแพ้ให้กับอำนาจตะวันตก สงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น ค.ศ. 1904–05 จบลงด้วยยุทธนาวีที่ช่องแคบสึชิมะซึ่งเป็นอีกหนึ่งชัยชนะของกองทัพญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1905 ประเทศญี่ปุ่นอ้างสิทธิเหนือประเทศเกาหลีในฐานะรัฐในอารักขา ตามด้วยการผนวกดินแดนเต็มรูปแบบใน ค.ศ. 1910 ความพ่ายแพ้ของรัสเซียในสงครามเริ่มสร้างกระแสการเปลี่ยนแปลงของโลกด้วยการปรากฏขึ้นมาของประเทศญี่ปุ่นที่ไม่ใช่ในฐานะอำนาจส่วนภูมิภาค แต่อำนาจหลักของเอเชีย
==== การสร้างความเป็นทันสมัยทางเศรษฐกิจและการก่อจราจลของแรงงาน ====
ในยุคเมจิ ประเทศญี่ปุ่นประสบกับการเปลี่ยนผ่านอย่างฉับพลันสู่ระบบเศรษฐกิจอุตสาหกรรม ทั้งรัฐบาลญี่ปุ่นและผู้ประกอบการภาคเอกชนนำเทคโนโลยีและความรู้แบบตะวันตกมาใช้ในการสร้างโรงงานที่มีความสามารถในการผลิตสินค้าที่หลากหลาย
จนถึงจุดสิ้นสุดของยุคนี้ การส่งออกของประเทศญี่ปุ่นส่วนใหญ่คือสินค้าที่ผ่านขั้นตอนการผลิต (manufactured goods) ธุรกิจและอุตสาหกรรมใหม่ ๆ ที่ประสบความสำเร็จของประเทศญี่ปุ่นรวมตัวสร้างเป็นบริษัทรวมธุรกิจครอบครัวขนาดใหญ่ที่เรียก "ไซบัตสึ" อาทิ มิตซูบิชิ และ ซูมิโตโมะ การเติบโตทางอุตสาหกรรมอย่างน่าประหลาดใจจุดประกายการขยายเขตเมือง (urbanization) อย่างรวดเร็ว สัดส่วนของประชากรที่ทำงานเกษตรกรรมลดลงจาก 75% ใน ค.ศ. 1872 ถึง 50% ใน ค.ศ. 1920 ใน ค.ศ. 1927 มีการเปิดให้บริการโตเกียวเมโทรสายกินซะ โดยถือว่าเป็นสายรถไฟฟ้าใต้ดินที่เก่าแก่ที่สุดในเอเชีย
ประเทศญี่ปุ่นได้รับประโยชน์มากล้นจากการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจที่มั่นคงในยุคนี้ และผู้คนส่วนใหญ่มีชีวิตที่ยืนยาวและแข็งแรงมากยิ่งขึ้น จำนวนประชากรเพิ่มขึ้นจาก 34 ล้านเป็น 52 ล้าน ใน ค.ศ. 1915 สภาพแวดล้อมการทำงานในโรงงานที่แย่นำไปสู่การก่อจราจลของแรงงานที่ค่อย ๆ เพิ่มขึ้น คนงานและปัญญาชนเริ่มเสนอแนวคิดแบบสังคมนิยม รัฐบาลเมจิตอบโต้ด้วยการปราบปรามอย่างรุนแรง นักสังคมนิยมหัวรุนแรงวางแผนที่จะลอบปลงพระชนม์จักรพรรดิในเหตุการณ์การก่อกบฏต่อแผ่นดิน ค.ศ. 1910 ซึ่งต่อมามีการก่อตั้งกองกำลังตำรวจลับทกโก เพื่อสืบสวนหาผู้ปลุกปั่นการเมืองฝ่ายซ้าย นอกจากนี้ รัฐบาลยังได้ออกกฎหมายทางสังคม (social legislation) ใน ค.ศ. 1911 ที่กำหนดชั่วโมงทำงานสูงสุดและอายุขั้นต่ำที่จะสามารถทำงานได้
=== ยุคไทโช (ค.ศ. 1912–1926) ===
ในช่วงรัชสมัยอันสั้นของจักรพรรดิไทโช ประเทศญี่ปุ่นได้พัฒนาสถาบันทางประชาธิปไตยและได้รับอำนาจระหว่างประเทศที่แข็งแกร่งมากยิ่งขึ้น ยุคนี้เปิดฉากด้วยวิกฤตการณ์การเมืองไทโช มีการชุมนุมประท้วงและการก่อจราจลขนาดใหญ่นำโดยพรรคการเมืองต่าง ๆ ที่ทำให้ คัตสึระ ทาโร ลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี วิกฤตการณ์การเมืองและการจลาจลข้าว ค.ศ. 1918 เพิ่มอำนาจของพรรคการเมืองญี่ปุ่นเหนือรัฐบาล	คณาธิปไตย พรรคเซยูไกและพรรคมินเซโตครอบงำกิจกรรมทางการเมืองจนถึงช่วงท้ายของยุคที่เรียกกันว่ายุค "ประชาธิปไตยไทโช" สภาผู้แทนราษฎรถือสถาปนาขึ้นใน ค.ศ. 1890 และเจริญเติบโตขึ้นอย่างช้า ๆ นับจากนั้น และใน ค.ศ. 1925 มีการริเริ่ม สิทธิออกเสียงเลือกตั้งทั่วไปของผู้ชาย อย่างไรก็ตาม สภานิติบัญญัติได้ผ่านร่างกฎหมายการรักษาความสงบเรียบร้อยของประชาชนที่มีอิทธิพลในปีเดียวกัน เพื่อบัญญัติโทษรุนแรงหากมีความคิดเห็นไม่ตรงกันทางการเมือง
การมีส่วนร่วมของประเทศญี่ปุ่นในสงครามโลกครั้งที่สองในฝ่ายสัมพันธมิตรจุดประกายการเติบโตทางเศรษฐกิจอย่างไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน อีกทั้งยังได้รับอาณานิคมใหม่ ๆ ในแปซิฟิกใต้ที่ยึดมาจากประเทศเยอรมนี หลังสงครามสิ้นสุดลง ประเทศญี่ปุ่นลงนามในสนธิสัญญาแวร์ซาย และมีความสัมพันธ์ระหว่างประเทศที่เน้นแฟ้นผ่านการเป็นสมาชิกของสันนิบาตชาติและการเข้าร่วมการประชุมปลดอาวุธระหว่างประเทศต่าง ๆ แผ่นดินไหวครั้งใหญ่คันโตในเดือนกันยายน ค.ศ. 1923 ทำให้มีผู้เสียชีวิตมากกว่า 100,000 ราย และเพลิงไหม้ตามหลังสร้างความเสียหายกว่า 3 ล้านครัวเรือน
การเจริญขึ้นของร้อยแก้วบันเทิงคดีที่เริ่มต้นในยุคเมจิ ดำเนินเข้าสู่ยุคไทโชด้วยอัตราการออกอ่านเขียนได้ลดลง และราคาหนังสือตกต่ำ ผู้นำทางวรรณกรรมที่สำคัญแห่งยุค อาทิ นักเขียนเรื่องสั้น รีวโนซูเกะ อากูตางาวะ และนักเขียนนิยาย ฮารูโอะ ซาโต นักประวัติศาสตร์ คอนแรด ท็อตแมน บรรยาย จุนอิจิโร ทานิซากิ ว่า "บางทีอาจเป็นผู้นำทางวรรณกรรมที่มากความสามารถที่สุดเมื่อครั้งเขายังมีชีวิตอยู่" ทานิซากิได้สร้างสรรค์ผลงานหลายผลงานในยุคไทโชซึ่งได้รับอิทธิพลากวรรณกรรมยุโรป อย่างไรก็ตาม นวนิยาย ค.ศ. 1929 ของเขา รักไม่เต็มร้อย (Some Prefer Nettles) สะท้อนให้เห็นถึงการชื่นชมวัฒนธรรมญี่ปุ่นดั้งเดิมอย่างลึกซึ้ง ท้ายยุคไทโช ทาโร ฮิราอิ รู้จักในนามปากกา เอโดงาวะ รัมโป เริ่มเขียนเรื่องรหัสคดีและอาชญากรรมที่มีชื่อเสียง
=== ยุคโชวะ (ค.ศ. 1926–1989) ===
รัชสมัย 63 ปีของจักรพรรดิฮิโรฮิโตะ ตั้งแต่ ค.ศ. 1926–1989 เป็นยุคที่ยาวนานที่สุดในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นเท่าที่มีการจดบันทึก 20 ปีแรกของยุคมีความเป็นชาตินิยมสุดขีดและสงครามขยายอาณาเขต (expansionist war) เป็นเอกลักษณ์ หลังจากประเทศญี่ปุ่นประสบกับความพ่ายแพ้ในสงครามโลกครั้งที่สอง อำนาจต่างประเทศเข้ายึดครองญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ จากนั้นจึงปรากฏตัวอีกครั้งในฐานะประเทศอำนาจทางเศรษฐกิจที่สำคัญของโลก
==== กรณีแมนจูเรียและสงครามจีน–ญี่ปุ่นครั้งที่สอง ====

กลุ่มการเมืองฝ่ายซ้ายตกเป็นเป้าของการปราบปรามด้วยความรุนแรงในยุคโทโชตอนปลาย ขณะที่กลุ่มการเมืองฝ่ายขวาจัดที่ได้รับแรงบันดาลใจจากลัทธิฟาสซิสต์และชาตินิยมแบบญี่ปุ่นเติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว การเมืองฝ่ายขวาจัดมีอิทธิพลครอบงำรัฐบาลและสังคมญี่ปุ่น อย่างที่เห็นได้ชัดภายในกองทัพกวันตง กองทัพญี่ปุ่นที่ประจำการในประเทศจีนตามแนวทางรถไฟแมนจูเรียตอนใต้ที่ญี่ปุ่นเป็นเจ้าของ ครั้งเกิดกรณีแมนจูเรีย ขึ้นใน ค.ศ. 1931 เจ้าหน้าที่ทหารหัวรุนแรงวางระเบิดทางรถไฟแมนจูเรียตอนใต้ส่วนหนึ่ง และบุกครองแมนจูเรีย กองทัพกวันตงยึดครองแมนจูเรียได้สำเร็จ และตั้งรัฐบาลหุ่นเชิดแมนจูกัวที่นั่นโดยไม่ได้รับอนุญาตจากรัฐบาลญี่ปุ่น เกิดกระแสวิพากย์วิจารณ์ประเทศญี่ปุ่นบนเวทีนานาชาติ หลังจากการบุกครองที่ทำให้ประเทศญี่ปุ่นถอนตัวออกจากสันนิบาตชาติ
นายกรัฐมนตรี สึโยชิ อินูไก พรรคเซยูไก พยายามต้านทานกำลังของกองทัพกวันตงและถูกลอบสังหารใน ค.ศ. 1932 โดยพวกหัวรุนแรงฝ่ายขวา หลังเสียงต่อต้านที่เพิ่มขึ้นภายในกองทัพญี่ปุ่นและการเมืองฝ่ายขวาจัดในหมู่นักการเมืองที่พวกเขาถูกมองว่าเป็นคนคดโกงและเห็นแต่ประโยชน์ส่วนตน อินูไกเป็นนักการเมืองของพรรคเซยูไกคนสุดท้ายที่ปกครองประเทศญี่ปุ่นในช่วงก่อนสงครามโลกครั้งที่สอง ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1936 เจ้าหน้าที่ทหารบกจักรวรรดิญี่ปุ่นรุ่นใหม่หัวรุนแรงพยายามทำรัฐประหาร พวกเขาลอบสังหารนักการเมืองสายกลางหลายคนก่อนการรัฐประหารจะถูกปราบไป สืบเนื่องจากเหตุการณ์ดังกล่าว กองทัพญี่ปุ่นรวบรวมการควบคุมเหนือระบบการเมืองและพรรคการเมืองส่วนใหญ่ถูกยุบเลิกหลังการก่อตั้งสมาคมพิทักษ์ระบบการปกครองโดยจักรพรรดิ (大政翼贊會, Taisei Yokusankai; Imperial Rule Assistance Association) ใน ค.ศ. 1940

วิสัยทัศน์ของนักลัทธิล่าอาณานิคมของประเทศญี่ปุ่นเติบโตอย่างแข็งแกร่ง ผู้นำทางการเมืองของประเทศญี่ปุ่นหลายคนต้องการให้ประเทศของตนยึดครองดินแดนใหม่เพื่อการสกัดทรัพยากรและการตั้งถิ่นฐานอันเนื่องจากประชากรที่เกินล้น ความทะเยอทะยานเหล่านี้นำไปสู่การเริ่มต้นของสงครามจีน–ญี่ปุ่นครั้งที่สอง ใน ค.ศ. 1937 หลังชัยชนะของพวกเขาที่เมืองหลวงของประเทศจีน กองทัพญี่ปุ่นก่อการสังหารหมู่ที่หนานจิงที่น่าอับอาย กองทัพญี่ปุ่นไม่สามารถโค่นล้มรัฐบาลจีนที่นำโดย เจียง ไคเชก ได้ และสงครามลดระดับลงเป็นการนองเลือดที่ต่างฝ่ายต่างเอาชนะไม่ได้จนยุติลงใน ค.ศ. 1945 ประเทศญี่ปุ่นระบุเป้าประสงค์ของสงครามว่า เพื่อสถาปนาวงไพบูลย์ร่วมแห่งมหาเอเชียบูรพาซึ่งเป็นสหภาพอุดมการณ์รวมกลุ่มเอเชียภายใต้การนำของญี่ปุ่น บทบาทของฮิโรฮิโตะในสงครามต่างประเทศของญี่ปุ่นตกเป็นประเด็นโต้เถียง นักประวัติศาสตร์หลายคนชี้ว่าพระองค์เป็นหุ่นเชิดไร้อำนาจ (powerless figurehead) ขณะที่บางส่วนตกลงว่าพระองค์เป็นนำทางและเป็นผู้สนับสนุนแสนยานิยมญี่ปุ่น
สหรัฐต่อต้านการรุกรานประเทศจีนของประเทศญี่ปุ่น และตอบโต้ด้วยการเพิ่มมาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจอย่างเข้มงวด โดยความหวังที่จะทำให้ประเทศญี่ปุ่นขาดทรัพยากรในการสู้รบต่อในสงครามที่ประเทศจีน ประเทศญี่ปุ่นรับมือโดยการหันหน้าสร้างพันธมิตรกับประเทศเยอรมนีและประเทศอิตาลีใน ค.ศ. 1940 เป็นที่รู้จักกันในชื่อ "กติกาสัญญาไตรภาคี" ซึ่งทำให้ความสัมพันธ์กับสหรัฐย่ำแย่ลง ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1941 สหรัฐ สหราชอาณาจักร และประเทศเนเธอร์แลนด์ อายัดทรัพย์สินของญี่ปุ่นทั้งหมด หลังประเทศญี่ปุ่นบุกครองอินโดจีนฝรั่งเศสโดยการยึดดินแดนทางตอนใต้ของประเทศได้สำเร็จ เป็นเหตุผลให้เกิดความตึงเครียดที่เพิ่มขึ้นในแปซิฟิก
==== สงครามโลกครั้งที่สอง ====


ปลาย ค.ศ. 1941 รัฐบาลญี่ปุ่นภายใต้การนำของนายกรัฐมนตรี พลเอก ฮิเดกิ โทโจ ตัดสินใจใช้กำลังทหารยกเลิกการกักเรือสินค้าโดยสหรัฐ ในวันที่ 7 ธันวาคม ค.ศ. 1941 กองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นบินจู่โจมกองเรือรบสหรัฐที่เพิร์ลฮาร์เบอร์ ฮาวาย เหตุการณ์ดังกล่าวทำให้สหรัฐเข้าสู่สงครามโลกครั้งที่สองในฝ่ายสัมพันธมิตร ต่อมา ประเทศญี่ปุ่นสามารถรุกรานอาณานิคมในภูมิภาคเอเชียของสหรัฐ สหราชอาณาจักร และประเทศเนเธอร์แลนด์ รวมถึง ฟิลิปปินส์ บริติชมาลายา ฮ่องกง สิงคโปร์ พม่า และ หมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ ได้สำเร็จ
ช่วงแรกของสงคราม ประเทศญี่ปุ่นได้รับชัยชนะอย่างนับครั้งไม่ถ้วน แต่กระแสคลื่นเริ่มย้อนกลับไปหาประเทศญี่ปุ่นหลังยุทธนาวีที่มิดเวย์ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1942 และการทัพกัวดัลคะแนลที่ตามมาภายหลัง ซึ่งกองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตรสามารถยึดหมู่เกาะโซโลมอนคืนจากการควบคุมของญี่ปุ่นได้ ในยุคนี้ ความรับผิดชอบต่ออาชญากรรมสงครามอย่างการดูแลเชลยสงครามที่ไม่ถูกต้อง การสังหารหมู่พลเรือน และการใช้อาวุธทางเคมีและชีวภาพ ตกเป็นของกองทัพญี่ปุ่น อย่างไรก็ตาม บันไซชาร์จและการสู้จนถึงที่สุดของกองทัพญี่ปุ่น ทำให้กองทัพมีชื่อเสียงจากการอุทิศตนเพื่อชาติโดยไม่ตั้งคำถามใด ๆ ใน ค.ศ. 1944 กองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นเริ่มส่งฝูงนักบินคามิกาเซะที่ทำการบินพุ่งชนเรือรบศัตรู

การใช้ชีวิตในประเทศญี่ปุ่นเริ่มยากขึ้นเรื่อย ๆ สำหรับพลเรือนอันเนื่องจากการปันส่วนอาหารที่เข้มงวดเกิน ไฟฟ้าดับ และการปราบปรามผู้ไม่เห็นด้วยกับสงครามอย่างรุนแรง ใน ค.ศ. 1944 กองทัพบกสหรัฐเข้ายึดเกาะที่ไซปัน ซึ่งทำให้สหรัฐสามารถเริ่มการทิ้งระเบิดโจมตีประเทศญี่ปุ่นได้ เป็นผลให้พื้นที่ครึ่งหนึ่งจากพื้นที่ทั้งหมดของเมืองหลักญี่ปุ่นถูกทำลาย ยุทธการที่โอกินาวะระหว่างเดือนเมษายนและมิถุนายน ค.ศ. 1945 เป็นการปฏิบัติการทางเรือที่ใหญ่ที่สุดของสงครามและทำให้ทหารกว่า 115,000 นาย และชาวโอกินาวะ 150,000 คนเสียชีวิต โดยมีการกล่าวว่า แผนการบุกครองเกาะญี่ปุ่นที่ไม่ได้นำมาปฏิบัติใช้อาจหนองเลือดกว่า เรือประจัญขนาดยักษ์ญี่ปุ่น "ยามาโตะ" จมลงระหว่างการเดินทางไปให้การสนับสนุนยุทธการที่โอกินาวะ
อย่างไรก็ตาม ในวันที่ 6 สิงหาคม ค.ศ. 1945 สหรัฐทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมะ คร่าชีวิตผู้คน 70,000 คน การทิ้งระเบิดปรมาณูครั้งนี้ เป็นการโจมตีด้วยอาวุธนิวเคลียร์ครั้งแรกในประวัติศาสตร์ ในวันที่ 9 สิงหาคม สหภาพโซเวียตประกาศสงครามต่อประเทศญี่ปุ่นและบุกครองแมนจูเรียและดินแดนอื่น ขณะที่นางาซากิถูกโจมตีด้วยระเบิดปรมาณูลูกที่สอง คร่าชีวิตผู้คน 40,000 คน ประเทศญี่ปุ่นยอมจำนนต่อฝ่ายสัมพันธมิตรในวันที่ 14 สิงหาคม ขณะที่จักรพรรดิฮิโรฮิโตะทรงออกอากาศพระราชดำรัสยอมจำนนผ่านระบบวิทยุแห่งชาติในวันถัดไป
==== การยึดครองญี่ปุ่น ====


ประเทศญี่ปุ่นเผชิญกับการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองและสังคมครั้งใหญ่ภายใต้การยึดครองโดยฝ่ายสัมพันธมิตรระหว่าง ค.ศ. 1945–1952 พลเอก ดักลาส แมกอาเธอร์ จากสหรัฐและผู้บัญชาการสูงสุดของฝ่ายสัมพันธมิตร เป็นผู้นำโดยนิตินัยของประเทศญี่ปุ่น และเป็นผู้เล่นสำคัญในการปฏิรูปประเทศที่ได้รับแรงบันดาลใจจากแผนปฏิรูปสหรัฐ "สัญญาใหม่" (New Deal) ในยุค ค.ศ. 1930
การยึดครองมุ่งเน้นไปที่การกระจายอำนาจโดยการยกเลิกบริษัทรวมธุรกิจ "ไซบัตสึ" โอนความเป็นเจ้าของพื้นที่ทางการเกษตรจากเจ้าของที่ดินให้แก่เกษตรกรผู้เช่าไร่นา (tenant farmer) และส่งเสริมสหภาพแรงงานนิยม นอกจากนี้ ความพยายามในการลดกำลังทหารและการทำให้เป็นประชาธิปไตยของรัฐบาลและสังคมญี่ปุ่นยังเป็นส่วนหนึ่งของเป้าหมายหลักของการปฏิรูป โดยกองทัพญี่ปุ่นถูกปลดอาวุธ อาณานิคมได้รับอิสรภาพ มีการยกเลิกกฎหมายการรักษาความสงบเรียบร้อยและตำรวจลับทกโก ศาลทหารระหว่างประเทศสำหรับตะวันออกไกลออกพิพากษาอาชญากรสงคราม คณะรัฐมนตรีหันมามีหน้าที่และความรับผิดชอบต่อสภานิติบัญญัติแห่งชาติที่ผ่านการเลือกตั้ง ไม่ใช่ต่อจักรพรรดิ จักรพรรดิยังครองราชย์ได้แต่ต้องสละความเป็นพระผู้เป็นเจ้าซึ่งเป็นเสาหลักของระบบชินโตของรัฐ รัฐธรรมนูญใหม่ของประเทศญี่ปุ่นที่ประกันเสรีภาพของพลเมือง สิทธิแรงงาน และสิทธิออกเสียงเลือกตั้งของผู้หญิง มีผลใช้บังคับใน ค.ศ. 1947 ประเทศญี่ปุ่นยังสละสิทธิในการทำสงครามกับอีกชาติตามความที่บัญญัติไว้ใน มาตรา 9 ของรัฐธรรมนูญ
สนธิสัญญาซานฟรานซิสโก ค.ศ. 1951 ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศญี่ปุ่นและสหรัฐกลับสู่สภาวะปกติ การยึดครองสิ้นสุดลงใน ค.ศ. 1952 แม้สหรัฐยังคงควบคุมหมู่เกาะรีวกีวหลายเกาะ ใน ค.ศ. 1968 สหรัฐคืนหมู่เกาะโองาซาวาระให้แก่ประเทศญี่ปุ่น ประชาชนชาวญี่ปุ่นสามารถกลับไปยังหมู่เกาะได้ ขณะที่โอกินาวะเป็นหมู่เกาะที่สหรัฐให้คืนเป็นลำดับสุดท้ายใน ค.ศ. 1972 สหรัฐยังคงดำเนินกิจการฐานทัพทั่วหมู่เกาะรีวกีวโดยส่วนใหญ่ตั้งอยู่ที่โอกินาวะ ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของสนธิสัญญาความมั่นคงสหรัฐ–ญี่ปุ่น
==== การเติบโตหลังสงครามและความรุ่งเรือง ====

ชิเงรุ โยชิดะ ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีระหว่าง ค.ศ. 1946–1947 และ 1948–1954 และเป็นผู้มีบทบาทสำคัญในการนำทางประเทศญี่ปุ่นตลอดช่วงการยึดครองโดยฝ่ายสัมพันธมิตร นโยบายของเขาที่เรียกว่า ลัทธิโยชิดะ (Yoshida Doctrine) เสนอว่าประเทศญี่ปุ่นควรกระชับความสัมพันธ์กับสหรัฐและมุ่งเน้นไปที่การพัฒนาเศรษฐกิจมากกว่าการดำเนินงานนโยบายต่างประเทศเชิงรุก โยชิดะเป็นหนึ่งในนายกรัฐมนตรีที่ดำรงตำแหน่งยาวนานที่สุดในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น พรรคเสรีนิยมของโยชิดะยุบรวมเข้ากับพรรคเสรีประชาธิปไตย (LDP) ใน ค.ศ. 1995 ซึ่งสามารถครอบงำการเมืองญี่ปุ่นตลอดช่วงยุคโชวะ
แม้ว่าเศรษฐกิจญี่ปุ่นไม่ได้รุ่งเรืองในช่วงปีแรกหลังสงครามสิ้นสุดลง นโยบายประหยัดอย่างเข้มงวด (austerity program) ริเริ่มใน ค.ศ. 1949 โดยผู้เชี่ยวชาญทางการเงิน โจเซฟ ดอดจ์ สามารถแก้ไขภาวะเงินเฟ้อได้ในที่สุด สงครามเกาหลี (ค.ศ. 1950–1953) ส่งผลดีอย่างมากต่อธุรกิจญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1949 คณะรัฐมนตรีโยชิดะก่อตั้งกระทรวงการค้าระหว่างประเทศและอุตสาหกรรม (MITI) ที่มีพันธกิจในการส่งเสริมการเติบโตทางเศรษฐกิจผ่านการร่วมมืออย่างใกล้ชิดระหว่างรัฐบาลและธุรกิจรายใหญ่ โดยเฉพาะอุตสาหกรรมการผลิตและอุตสาหกรรมหนัก (heavy industry) อีกทั้งยังกระตุ้นให้มีการส่งออกที่เพิ่มขึ้น ปัจจัยหลังการเติบโตทางเศรษฐกิจหลังสงครามประกอบด้วยเทคโนโลยีและเทคนิคการควบคุมคุณภาพที่ได้รับจากฝั่งตะวันตก ความร่วมมือทางเศรษฐกิจและความมั่นคงอย่างใกล้ชิดกับสหรัฐ การไม่มีข้อกีดกันภาษีอากร (non-tarrif barriers) เมื่อมีการนำเข้าสินค้า ไม่มีข้อจำกัดการรวมเป็นสหภาพแรงงาน ห้ามไม่ให้มีชั่วโมงการทำงานที่ยาวนาน และสภาพแวดล้อมทางเศรษฐกิจโลกที่ดีโดยทั่วไป พนักงานในบริษัทมีความเชี่ยวชาญและจงรักภักดีต่อบริษัท อันเป็นผลมาจากระบบการจ้างงานตลอดชีพที่ทำให้พวกเขามั่นใจว่าจะมีอาชีพที่มั่นคง
ตั้งแต่ ค.ศ. 1955 เป็นต้นมา เศรษฐกิจญี่ปุ่นได้เติบโตสูงกว่าเศรษฐกิจช่วงก่อนสงคราม และตั้งแต่ ค.ศ. 1968 ประเทศญี่ปุ่นกลายเป็นประเทศเศรษฐกิจแบบทุนนิยมที่ใหญ่เป็นลำดับที่สองของโลก ผลิตภัณฑ์มวลรวมประชาชาติ (Gross National Product) ขยายในอัตรารายปีราว 10% ตั้งแต่ ค.ศ. 1956 จนถึง วิกฤตน้ำมัน ค.ศ. 1973 ซึ่งทำให้การเติบโตถดถอยลงจนอยู่ที่อัตรารายปีเฉลี่ยเพียง 4% จนถึง ค.ศ. 1991 การคาดหมายคงชีพ (life expectancy) สูงขึ้น และจำนวนประชากรญี่ปุ่นเพิ่มถึง 123 ล้านคนภายใน ค.ศ. 1990 ชาวญี่ปุ่นสามัญธรรมดาสามารถเลือกซื้อสินค้าอุปโภคบริโภคที่หลากหลายได้ ในยุคนี้ ประเทศญี่ปุ่นเป็นผู้ผลิตยานยนต์ที่ใหญ่ที่สุดของโลก อีกทั้งยังเป็นผู้นำด้านการผลิตอิเล็กทรอนิกส์ ประเทศญี่ปุ่นลงนามในข้อตกลงพลาซาใน ค.ศ. 1985 เพื่อลดค่าดอลลาร์สหรัฐด้วยเงินเยนและสกุลเงินอื่น จวบจนถึง ค.ศ. 1987 ดัชนีหุ้น นิกเกอิ เพิ่มขึ้นสองเท่า และตลาดหลักทรัพย์โตเกียวกลายเป็นตลาดหลักทรัพย์ที่ใหญ่ที่สุดของโลก ในระหว่างเศรษฐกิจฟองสบู่ที่เป็นผลตามมา หุ้นและเงินกู้อสังหาริมทรัพย์เติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว
ประเทศญี่ปุ่นเข้าร่วมเป็นสมาชิกของสหประชาชาติใน ค.ศ. 1956 และสร้างจุดยืนที่มั่นคงในเวทีระหว่างประเทศใน ค.ศ. 1964 หลังจากที่ประเทศญี่ปุ่นจัดการแข่งขันโอลิมปิกฤดูร้อน ในโตเกียว ประเทศญี่ปุ่นเป็นสัมพันธมิตรของสหรัฐในช่วงสงครามเย็น แม้ว่าพันธมิตรนี้จะไม่ได้รับการสนับสนุนอย่างเป็นเอกฉันท์จากชาวญี่ปุ่น โดยได้รับการร้องขอจากสหรัฐ ประเทศญี่ปุ่นก่อตั้งกองทัพทหารขึ้นใหม่ใน ค.ศ. 1954 ภายใต้ชื่อ กองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น (JSDF) อย่างไรก็ตามชาวญี่ปุ่นบางคนยืนกรานว่าการมีอยู่ของกองกำลังป้องกันตนเองเป็นการละเมิดมาตรา 9 ของรัฐธรรมนูญญี่ปุ่น ใน ค.ศ. 1960 เกิดการประท้วงอัมโปขนาดใหญ่ที่มีประชาชนกว่าหลายแสนคนเข้าร่วมเพื่อต่อต้านสนธิสัญญาความมั่นคงสหรัฐ–ญี่ปุ่น ประเทศญี่ปุ่นสามารถทำให้ความสัมพันธ์กับสหภาพโซเวียตกลับมาเป็นปกติได้ใน ค.ศ. 1956 แม้จะมีกรณีพิพาทความเป็นเจ้าของหมู่เกาะคูรีวที่ยังไม่สามารถหาทางแก้ไขได้ และกับประเทศเกาหลีใต้ใน ค.ศ. 1965 แม้จะมีกรณีพิพาทความเป็นเจ้าของหมู่เกาะกองหินลีย็องกูร์ เพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายของสหรัฐ ประเทศญี่ปุ่นยอมรับสาธารณรัฐจีนที่ตั้งอยู่บนเกาะไต้หวันเป็นรัฐบาลโดยชอบด้วยกฎหมายของประเทศจีนหลังสงครามโลกครั้งที่สอง อย่างไรก็ตามประเทศญี่ปุ่นเปลี่ยนการยอมรับนั้นให้แก่สาธารณรัฐประชาชนจีนใน ค.ศ. 1972
ท่ามกลางการพัฒนาทางวัฒนธรรมต่าง ๆ ยุคหลังการยึดครองไม่นานกลายเป็นยุคทองของภาพยนตร์ญี่ปุ่น หลังการยกเลิก	การตรวจพิจารณาโดยรัฐบาล (government censorship) ต้นทุนการผลิตภาพยนตร์ที่ต่ำ การเข้าถึงเทคนิคการผลิตภาพยนตร์และเทคโนโลยีใหม่ ๆ ที่กว้างขึ้น และจำนวนผู้เข้าชมภายในประเทศมหาศาลในเวลานั้นเมื่อเปรียบเทียบกับจำนวนผู้เข้าชมรูปแบบของความรื่นเริงอื่น ๆ ที่ค่อนข้างน้อย ในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1964 เส้นทางรถไฟความเร็วสูงรางแรกของประเทศญี่ปุ่นที่เรียกว่าโทไกโดชิงกันเซ็งถูกสร้างขึ้น อีกทั้งยังเป็นระบบรางรถไฟความเร็วสูงที่เก่าแก่ที่สุดในโลก
===ยุคเฮเซ (ค.ศ. 1989–2019) ===

รัชสมัยของจักรพรรดิอากิฮิโตะเริ่มต้นขึ้นหลังการสวรรคตของพระราชบิดาของพระองค์ จักรพรรดิฮิโรฮิโตะ เศรษฐกิจฟองสบู่แตกใน ค.ศ. 1989 การเข้าไปยังวงจรอุบาทว์เงินฝืด (deflationary spiral) ของประเทศญี่ปุ่นส่งผลให้หุ้นและราคาที่ดินลดลงอย่างรวดเร็ว ธนาคารต้องเผชิญกับหนี้จำนวนมหาศาลที่ชลอการฟื้นตัวทางเศรษฐกิจและยากเกินกว่าจะเอาชนะได้ ภาวะเศรษฐกิจชะงักงันแย่ลงอีกเมื่ออัตราเกิดตกต่ำเกินระดับทดแทน (replacement level) คริสต์ทศวรรษ 1990 ในประเทศญี่ปุ่นมักถูกเรียกว่า "ทศวรรษที่สาบสูญ" ประสิทธิภาพทางเศรษฐกิจอยู่ในสภาวะแย่ในหลายทศวรรษต่อมา และตลาดหลักทรัพย์ไม่เคยกลับขึ้นมาถึงจุดสูงเหมือนในช่วงก่อน ค.ศ. 1989 ได้อีกเช่นเคย ระบบการจ้างงานตลอดชีพล้มลงและอัตราการว่างงานสูงขึ้น ภาวะเศรษฐกิจชะงักชะงันและข่าวลือการทุจริตต่าง ๆ ทำให้ตำแหน่งทางการเมืองของพรรคเสรีประชาธิปไตยอ่อนแอลง อย่างไรก็ตาม ประเทศญี่ปุ่นปกครองโดยนายกรัฐมนตรีที่ไม่ได้สังกัดพรรคเสรีประชาธิปไตยเพียงแค่ระหว่าง ค.ศ. 1993–1996 และ ค.ศ. 2009–2012
มรดกตกทอดจากการกระทำในสงครามของประเทศญี่ปุ่นทำให้ความสัมพันธ์กับประเทศจีนและเกาหลีตึงเครียด เจ้าหน้าที่ราชการญี่ปุ่นและจักรพรรดิได้ออกแถลงการณ์ขออภัยกรณีสงครามมากกว่า 50 ฉบับตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1950 อย่างไรก็ตาม นักการเมืองบางคนจากประเทศจีนและประเทศเกาหลีมองว่าถ้อยแถลงขออภัย อย่างพระราชดำรัสของจักรพรรดิใน ค.ศ. 1990 และ ถ้อยแถลงมูรายามะ ค.ศ. 1995 นั้นขาดความจริงใจหรือไม่เพียงพอ นักชาตินิยมทำให้เหตุการณ์นี้รุนแรงขึ้นโดยปฏิเสธความรับผิดจากการสังหารหมู่ที่หนานจิงและอาชญากรรมสงครามอื่น ๆ และเขียนแก้หนังสือเรียนวิชาประวัติศาสตร์ใหม่ซึ่งเป็นเหตุให้เกิดการประท้วงในเอเชียตะวันออก นักการเมืองญี่ปุ่นเดินทางไปสักการะที่ศาลเจ้ายาซูกูนิอยู่บ่อยครั้ง เพื่อแสดงความเคารพต่อผู้ที่เสียชีวิตจากสงครามตั้งแต่ ค.ศ. 1868 ถึง ค.ศ. 1954 แต่นักโทษอาชญากรสงครามอยู่ในกลุ่มคนที่นักการเมืองแสดงความเคารพให้

ประชากรของประเทศญี่ปุ่นสูงที่สุดที่ 128,083,960 คน ใน ค.ศ. 2008 และลดต่ำลง 2,373,960 คน จนถึงเดือนธันวาคม ค.ศ. 2020 ใน ค.ศ. 2011 เศรษฐกิจจีนใหญ่ที่สุดเป็นลำดับที่สองของโลก ขณะที่เศรษฐกิจญี่ปุ่นใหญ่ที่สุดเป็นลำดับสามของโลกโดยวัดจากผลิตภัณฑ์มวลรวมภายในประเทศที่เป็นตัวเงิน (Nominal GDP) แม้ประเทศญี่ปุ่นจะประสบความยากลำบากทางเศรษฐกิจ ในยุคนี้วัฒนธรรมประชานิยมญี่ปุ่นอย่างวิดีโอเกม อนิเมะ และ มังงะ เป็นที่นิยมทั่วโลกและโดยเฉพาะอย่างยิ่งในกลุ่มวัยรุ่น ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 2011 โตเกียวสกายทรีเป็นหอคอยที่สูงสุดในโลกที่ความสูง  แทนที่แคนตันทาวเวอร์ อีกทั้งยังเป็นสิ่งปลูกสร้างที่สูงที่สุดลำดับสองในโลกตามหลังบุรจญ์เคาะลีฟะฮ์ 
ในวันที่ 11 มีนาคม ค.ศ. 2011 หนึ่งในแผ่นดินไหวที่ใหญ่ที่สุดซึ่งสามารถบันทึกได้ในประเทศญี่ปุ่นเกิดขึ้นทางตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศ โดยสึนามิที่ก่อตัวจากแผ่นดินไหวดังกล่าวสร้างความเสียหายให้แก่โรงงานนิวเคลียร์ในฟูกูชิมะ และส่งผลให้เกิดการหลอมละลายนิวเคลียร์ (nuclear meltdown) และการรั่วไหลของรังสีอย่างร้ายแรง
=== ยุคเรวะ (ค.ศ. 2019–ปัจจุบัน) ===
รัชสมัยของจักรพรรดินารูฮิโตะเริ่มต้นขึ้นจากการสละราชสมบัติของพระราชบิดาของพระองค์ จักรพรรดิอากิฮิโตะ เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 2019
ใน ค.ศ. 2020 โตเกียวเป็นเจ้าภาพจัดโอลิมปิกฤดูร้อนเป็นครั้งที่สองนับตั้งแต่การจัดครั้งแรกใน ค.ศ. 1964 ประเทศญี่ปุ่นเป็นประเทศในภูมิภาคเอเชียประเทศแรกที่ได้จัดโอลิมปิกสองครั้ง อย่างไรก็ตาม โอลิมปิกฤดูร้อนถูกเลื่อนจัดไป ค.ศ. 2021 เนื่องจากการระบาดของโควิด-19 ซึ่งระบาดไปทั่วโลกและทำให้เกิดผลกระทบทางเศรษฐกิจ โอลิมปิดฤดูร้อนจัดขึ้นตั้งแต่วันที่ 23 กรกฎาคม ถึง 8 สิงหาคม ค.ศ. 2021 ประเทศญี่ปุ่นได้ลำดับที่ 3 ด้วยเหรียญทอง 27 เหรียญ
เมื่อครั้งเกิดการรุกรานยูเครนโดยรัสเซีย ค.ศ. 2022 ประเทศญี่ปุ่นประณามและวางมาตรการลงโทษทางเศรษฐกิจกับประเทศรัสเซีย ประธานาธิบดียูเครน วอลอดือมือร์ แซแลนสกึย ยกย่องประเทศญี่ปุ่นว่า "เป็นชาติเอเชียแรกที่เริ่มกดดันประเทศรัสเซีย"
ในวันที่ 8 กรกฎาคม ค.ศ. 2022 อดีตนายกรัฐมนตรี ชินโซ อาเบะ ถูกลอบสังหารในเมืองนาระโดยอดีตทหารเรือกองกำลังป้องกันตนเองทางทะเลญี่ปุ่น ในขณะที่เขากำลังปราศรัยหาเสียงเลือกตั้ง 2 วันหลังการเลือกตั้งราชมนตรีสภา ค.ศ. 2022 เหตุการณ์ดังกล่าวสร้างความตื่นตกใจแก่สาธารณะ เนื่องจากความสูญเสียจากอาวุธปืนนั้นพบได้น้อยมากในประเทศญี่ปุ่น มีเพียงแค่เหตุการเสียชีวิต 10 เหตุที่เกิดจากการดวลปืนตั้งแต่ ค.ศ. 2017 ถึง ค.ศ. 2020 และเสียชีวิตจากอาวุธปืนอีก 1 เหตุใน ค.ศ. 2021
== อ้างอิง ==
=== รายการอ้างอิง ===
online
In 
== หนังสืออ่านเพิ่ม ==
Garon, Sheldon. "Rethinking Modernization and Modernity in Japanese History: A Focus on State-Society Relations" Journal of Asian Studies 53#2 (1994), pp.&nbsp;346–366. .
Hara, Katsuro. Introduction to the history of Japan (2010) online
Hook, Glenn D. et al. Japan's International Relations: Politics, Economics and Security (2011) excerpt
Kingston, Jeffrey. Japan in transformation, 1952-2000 (Pearson Education, 2001). 215pp; brief history textbook
Kitaoka, Shin’ichi. The Political History of Modern Japan: Foreign Relations and Domestic Politics (Routledge 2019)
Tames, Richard, et al. A traveller's history of Japan (2008), popular history online
== แหล่งข้อมูลอื่น ==
 
วัฒนธรรมญี่ปุ่น
ชาตินิยมญี่ปุ่น
การเมืองญี่ปุ่น