『我ら、光の名の下に暗闇を払う者なり！』
僕らの世界には“不思議”が満ちあふれている。
人が箒にまたがり、魔法を唱えて、おとぎ話から飛び出したような存在と戦う。
一度世界の危機に陥ったらしいけど、それも過去のこと。
愛らしくメルヘンチックな生き物“クラヤミ”。
“魔砲器”で空を駆けて、それらと戦った“魔砲使い”。
今も同じやり取りを繰り返しながらも、お互いに共存の道を模索している。
通称『魔砲都市』の名を持つアカトキ市――
魔砲使いの育成を専門とした世界最高峰の学園『マジックアカデミー』――
世界を救った魔砲器隊がいた都市は今、二つの種族が共存するモデルケースとして、
毎日のように“不思議”を振りまいていた。
光あるところに闇があるように、闇あるところに光がある。
世代が進み、新たなる魔砲器隊が形になろうとしたその時、
新たなる存在もまた蠢き始めていた。
この物語はマジックアカデミーに入る魔砲使いとその仲間、
そして、たくさんのクラヤミによって繰り広げられる物語である。
マジックアカデミーにようこそ！
あの最高に騒がしい毎日がキミたちを待っている！