主人公はごく普通の男の子。人とちょっと違うモノが見えてしまうがゆえ世間から異端の目で見られることも多く、
彼の唯一の救いは妹の「こま」の存在であった。しかし彼女は今はいない…。
主人公を守るため3年前に死んでしまったのである。
彼が人生にちょっと疲れて訪れたひなびた田舎町、そこで出会ったのが古い寂れた「ゆかり神社」の神様
「結乃由姫命(むすびのゆえひめのみこと)」であった。
縁結びの神である「由(ゆえ)」は主人公の願いである妹との再会をかなえるため、
ご神体にこまの魂を封じ込め彼女は再び主人公の前に姿をあらわす。
そこに主人公を兄と慕う許婚や刀の精やメイドの幽霊などおかしなメンバーが自然と集まり、共同で暮らすことになる。
片田舎の寂れた神社で突如訪れたにぎやかな家族のような生活をはじめる主人公…。
あとに訪れるあんな出来事があるとは露とも知らずに…。