時間的には前作から1年ぐらい。
主人公は以前と変わらず神父の仮面を被りつつ裏の仕事を続けている。
今回、仕事を終えた主人公は仲間を連れてかねてより裏の仕事で親交があった、
ミッションスクールの理事長の誘いで彼の学院を訪れる。
理事長は喜んで主人公達を迎え入れ、
潜伏先として学院を提供するが、もちろん無償でというわけではない。
理事長はある取引を主人公に持ちかけ、主人公はその取引に応じる。
実は主人公には潜伏場所としてとは別に、この学院を訪れる理由があったのだ。
その理由とは、このミッションスクールの神学講師であり付属教会のシスターでもある
今作のヒロイン、シスター・カレンの存在だった。
実は過去、主人公が所属していた教会を追われることとなった原因はカレンの告発だったのだ。
過去の完全なる清算と自分に汚点をつけたヒロインへの復讐のため、
学院を舞台に主人公の新たな暗躍が始まる……。
学院の神学講師兼付属教会のシスター。
過去に主人公を弾劾、教会から追放した。
生真面目で気が強く、不正などが見過ごせない正義感の持ち主。
信仰心も篤く、まさにシスターの鑑といった女性。
その生真面目さからか、優しさよりも厳しさを感じさせるものの、学院の生徒からは信頼されている。
カレンの年の離れた妹で、学院の生徒で生徒会長。
素直で大人しく、穏やかな性格で、姉とは対照的と言っていい。
姉の庇護下にいたせいで世慣れてないのか、良く言えば純真、悪く言えば騙されやすい性格。
主人公の相棒。ある特殊な薬によって成長を遅れさせているため年齢は不詳。
奔放な性格で気も強く、一言で言えば生意気。口も悪いが外観のせいかあまり気にならない。
また、じっとしていられない性質で退屈が苦手。
主人公の「運び屋」として行動を共にするシスター。
ゆったりと穏やかな性格で誰にでも優しい、まさにシスターの模範とも言うべき女性だが、
その本性は主人公により調教された忠実なアナル奴○。