人類が「妖精」とともにある世界。
人々に様々な恩恵を与える不可視の存在である妖精の加護によって、人類は文明を発達させてきた。
しかし妖精の加護は時に歪みも生んだ。
人の抱く欲望が妖精の力で暴走した時、「リビドーシス」と呼ばれる怪物が生まれる。
リビドーシスの脅威に対抗するために誕生した「妖精機関」。
強力な加護を持つ者たちによって組織されたその治安維持機関に、司東空太郎は所属していた。
人々を守る妖精機関の構成員である空太郎は、同時に裏の顔も持っていた。
司東空太郎は仮の名前であり、彼の本当の名前はガトルードという。
そして、ガトルードは闇の世界の一大勢力である「回天会議」の後継者候補であった。
正体を隠して学生として過ごす空太郎には、同じ妖精機関の所属である
海藤一葉、西里隆幸、二人の友人である咲本夢叶という知己がいた。
その中の一人、夢叶はある日、人並外れた強大な加護が自分に宿っていることに気づく。
その加護のカで変身した夢叶は、フェアリーバレットと名乗り
人々の幸せと平和のために自分の力を使うことを決意する。
一方、フェアリーバレットの力を目の当たりにした空太郎は、
回天会議の後継者の座を確実なものにするため、彼女を手に入れようと動き始める……。