文明と科学の進歩により平和と繁栄の中で時の進む現代社会。
御江慈学園に通う女子生徒清木澄は、早くに両親を失っているため、学園の寮で一人で暮らしていた。
ある日、澄は人間を襲っている異形の存在と遭遇する。
恐怖に抗い、その醜悪な魔物たちから人々を救おうとする澄。
危機に陥った彼女の前に、ぬいぐるみのような生物が現れる。
クーネリーと名乗るその生物は、澄に光装具と呼ばれるアイテムを与える。
その光装具アレクサンドロスに選ばれた澄は、
魔の存在と戦う光の勇者「アークブレイバー」へとその姿を変えた。
アークブレイバーに変身する力を得た澄は、アークエリモスの名とともに、
この世界への侵略を始めた魔族と呼ばれる存在と対決することを決意する。
一方、魔族の軍勢を率いるラディトールは、
アークブレイバーとなった彼女を手に入れるべく、暗躍を開始するのだった。