世界初の多国籍移民型宇宙ステーション「A.R.R.T」の
大々的なお披露目式典の際、何者かにより、「A.R.R.T」が破壊されてしまう。
直後、銀河犯罪結社クライネビュラによる地球人類に対する宣戦布告と、
人類殲滅計画に基づく一斉攻撃が開始された。
逃げ惑う人々の中、一人の少女が異星人に立ち向かう。
彼女こそは銀河刑事クドゥーシャ。
汎銀河警察機構より派遣されたエージェント。
銀河警察の戦闘装備「ペンデュラムアーキテクト」に身を包んだ彼女は、
クライネビュラの戦闘員を次々と撃退していく。
だが、クライネビュラもまた、クドゥーシャへの切り札を残していた。
その切り札を持つのが主人公、星野海。
クドゥーシャ、クライネビュラ、双方からの接触に、
極限状態の彼はどちらを選ぶのか……。