青陵三つ葉学園に通う主人公「要誠志郎」は、父親の転勤を契機に学園の学生寮へと入寮した。
一児の母である寮母の「坂本頼子」や女子寮に住むクラスメートの「葉山葵」、
先輩の「朝霧春」、男子寮の住人「武田満」先輩、「鳴海静人」ら個性的な仲間と知り合い、
寮生活に馴染み始めた矢先、主人公はある事件に遭遇する。
コンビニ帰りに近道をしようと深夜の森に足を踏み入れた主人公は、
そこで同じ所を回っているかのような錯覚を覚える。
そしてその果てで出会ったのは異形の姿をした「怪人」と華やかなコスチュームに身を包んだ、
「美少女戦士・ブルーエンプレス」だった……。
怪人とブルーエンプレスの戦いに巻き込まれ、
怪人に人質にされた主人公は自力での脱出を試みた結果、怪人の攻撃を受けて重傷を負ってしまう。
逃げる怪人を追う事も出来ずに、回復魔法で主人公の治療を行うブルーエンプレス。
その時まばゆい光が二人を包む……。
そして主人公が目を覚ますと傷は癒えており隣には気を失っている「葉山葵」の姿があった。
寮に帰った主人公は「朝霧春」から彼女と葵が「国際魔術師協会・日本支部」に所属する
「変身型魔法戦士」であり怪人と戦っている事、
主人公に魔術の才能があり自身の傷を癒すために葵の魔力を吸収した結果だと知らされる。
突然の事態に混乱する主人公に彼女は言う。
「聞かなかった事にしておいたほうがいい」と。
その数日後、先日の怪人が再び現われ戦いに赴く葵達。
しかし主人公に魔力の大半を吸収されてLVが1になってしまった葵は大苦戦。
そこに現われる主人公。
今まで自分が安穏と暮らしていたのは誰かに守られていただけで、
しかも自分の失態から彼女達が危機に陥っているという事態が主人公に戦う決意をさせたのだ。
「俺にも魔術の才能があるのなら…やれるハズだ！」
主人公の決意を見て取ったスプリングプリーステスは、
彼に変身のためのキーアイテムを渡す。
そして新たな変身ヒーロー「幻魔闘神ヴァルザー」がここに誕生したのである。
学園の周囲で夜な夜な発生する怪人事件！
学園の地下で行われているという魔術実験の真実とは！？
そして、その裏で暗躍する「魔術犯罪者」の目的とは一体……！？