新たな魔法戦士たちの戦いの幕が上がる。
立ちはだかるのは未知の敵か、それとも共に戦うはずの魔法戦士なのか―
ファルケとシルヴァによるゲート計画は魔法戦士たちにより阻止され、一旦は平穏を取り戻した世界―
沢渡継は国際教導学園の通常課程から、成績優秀者として魔法科へと昇格、
そこでクラスメイトの真咲百果と、一年先輩の裁明寺紫鶴と出会う。
当初は魔法の授業などついていけるわけがないと思っていた継だったが、
聞き慣れない専門用語もすっと頭に入り、不思議と全てが理解できた。
そんなある日、ノエルという謎の少女に出会った継は、
厳重に立ち入りが禁止されている、とある施設へ連れて来られ、
そこで、魔法戦士を生み出すことができるという、
"聖涙石"と呼ばれる不思議な輝きを放つ小さな宝石のかけらを手に入れる。
この宝石の力を使い、自分の手駒となって戦う魔法戦士を作り出し、
やがてこの世界を支配するようノエルから促される継。
そしてある日、継は魔物に襲われて窮地に陥った百果と紫鶴に力を与え、
ついに二人を『魔法戦士』へと生まれ変わらせる。
野心に目覚めた継は、新たに生まれた二人の魔法戦士たちを操りながら、
今までの魔法戦士たちに戦いを挑むことを決意した―