国家も秩序も混沌とする時代。そんな荒廃したシティに、
悪の組織・ダークマザー率いる浮遊古城が出現する。
ダークマザーの頂点に君臨するファントムレディは、
ナノメタルスキン強化システムを我ものにしようと企んでいた。
そして、ダークマザー幹部であるクローエとイレーナにエンジェルブレイドを
捕らえるべく、あやめの入院先である病院で待ちかまえるよう命じる。
だがそこに現れたのは、エンジェルブレイドではなく、あやめの相棒であるエミリィ!
クローエとイレーナを捕らえようとするエミリィだが、
聖流を人質に取られ逆に捕まってしまう!その後エミリィはクローエとイレーナによって
辱めの限りを受けてしまう…。その魔の手が、
聖流にのびそうになったまさにその時…!正義の女神・エンジェルブレイドが現れた!