『昼と夜に分かれたふたつの世界を持つ不思議な学園を舞台に、
対照的なキャラクター三人組が魔術の絡んだ難題に立ち向かうストーリー』
山奥にそびえたつ大きな時計塔のある全寮制学園に新入生としてやってきた主人公。
しかし、初登校の日にいきなりトラブルに巻き込まれ、学園の入り口にある高価そうな像を壊してしまう。
学園長から、弁償の代わりにしばらく働けと指示された主人公は、
トラブルの原因となった一人の男子生徒と共に『特殊事案調査分室』に配属されることに。
大きな地下図書館の奥にある分室の部屋に行ってみると、そこには無関心な様子で一人の少女が待っていた。
わけもわからないまま、二人は少女から告げられる。
この学園では、本物の魔術が生きているのだ──と。
時計塔の鐘の音と共に、学園には『夜の世界』が現れ、校舎と一体化するのであると。
分室の仕事は、学園で起こるあらゆる魔術的な問題を解決すること。
こうして主人公たちは、様々な『遺品』に翻弄されながらも学園のために奔走することになるのだが──。
【手紙に導かれ全寮制の学園に入学してきた主人公】
不思議な入学案内が届き、私立天秤瑠璃学園に入学することになった新入生の主人公。
登校初日にとある事故により中庭の銅像を踏み折ってしまい、
その弁償の代わり兼、学園長の思いつきで特殊事案調査分室に入ることになる。
口調はやや乱暴めで好戦的だが、根は面倒見がよく、結局厄介なトラブルに巻き込まれたりする羽目に。
頭の回転は決して遅くないが、憂緒の思考スピードにはついていけないことがよくあり、
そのたびに苦々しい気持ちになっている。
憂緒に対してはライバル意識のようなものを持っており、何かと突っかかることも多い。
自分の名前が気に入っていないのか『満琉』と名前で呼ばれるのを嫌がる。
「あいつ、俺達に合わせる気まったくねーな……」
【田舎育ちでお人よしな苦労人】
主人公とおなじく新入生で、クラスメイト。
『おまる』という不本意なアダ名で呼ばれる。
満琉が踏み折った銅像事件の原因をつくったのもあり、一緒に特殊事案調査分室へ配属されることになる。
トクサの三人の中では一番の常識人で、
いつも満琉と憂緒の間に入って「まあまあ」「落ち着いて」と取り持つ役目。
困っている人を放っておけず、責任感も強いとやたら面倒見のいいお人好しな性格だが、
トラブルを呼び込んでしまう不幸体質の持ち主。
出身がかなり田舎なので都会的なことをあまり知らず、いろいろ驚くことも。
「あああ、もう、喧嘩ばかりしないでよー」
【如何なる時も理知的な孤高の少女】
主人公たちがやってくるまで一人で特殊事案調査分室を運営していた2年生。
普段は学園内で起こる特殊な事案の調査・解決を行っているが、
満琉の行動により解き放たれてしまった「遺品」の回収処理も行う。
理知的で冷静、頭が良すぎて浮いてしまうタイプながらも、人当たりは礼儀正しく丁寧。
が、気軽に人を寄せ付けない孤高の雰囲気を持っている。
頭が良すぎて天然だったり少しお茶目な一面もあるのだが、気を許すまでなかなか素は出してくれない。
目的のためには多少強引な手段もとる過激で苛烈な一面がある。
当初は学園長に押し付けられた形になった主人公たち二人には全く興味がないようなそぶりを見せるが、
やがてだんだんと打ち解けていくことに。
「ここが、ただの学校だと思っていましたか？それは残念でしたね」
【夢見がちな妄想系暴走女子】
夜の世界の人間で1年生。
特に役職のない普通の生徒。
主人公の周りでは一番フレンドリーに接してくれる存在で、一見普通のヒロインのように見えるが、
主人公に好意を寄せたことをきっかけに残念な妄想癖に目覚める。
明るく元気で前向きな性格の可愛い女の子で言動にはところどころ天然が入っているが、
自分で自分が天然だとは全く思っていない。
基本的には人懐っこいのだが、ちょっとした緊張体質で初対面ではいろいろ失敗することも。
人に好意を持ってからはシャワーシーンから結婚式にさらいに来るまで
ありとあらゆる素敵な妄想を頭の中で繰り広げてポーッとすることが多い様子。
「こここここれは、夢のお姫様だっこー！」
【天秤瑠璃学園の黄昏時を仕切る風紀委員】
風紀委員で、放課後に残っている生徒がいないかどうか学園内を見回る役目の現場責任者的存在。2年生。
自分に厳しいしっかりもので、責任感が強く、それでいて面倒見の良い性格。
例え自分にとって利益がなくとも、他人のために動ける。
毅然とした見た目と口調のせいで融通がきかない険しそうな印象を他人に与えるが、
実際に話してみるとそこまで話のわからない人物ではない。
本人はフレンドリーに話しかけたいのだが、人前ではそんな風には振舞えず
妙にかたくなってしまうため見た目や役職も相まって敬遠されがち。
特殊事案調査分室に対しては自分たちには手の届かない部分での活躍をそれなりに好意的に期待している。
「とにかくそこへ行くといい。早くしないと夜が来てしまう」
【鍔姫とコンビの風紀委員】
壬生鍔姫とコンビを組んで校舎を見回っている風紀委員。2年生。
口が悪く短気で、すぐに頭に血が昇る性格。
愛想はまったくといっていいほどなく、いつも不機嫌そうな顔をしているが仕事はきちんとやっている。
上下関係には筋を通すようで、責任者で相棒の壬生鍔姫に対しては基本的に従順。
特殊事案調査分室のことを「トクサ」と略称で呼び、
自分たち風紀委員がいる以上、組織として学園に本当に必要なのか疑問視している。
自分のことを先輩扱いしない久我満琉のことはかなり気に入らない。
双子の姉がいるが、全ての面において勝つことが出来ない。
「あぁ？何見てんだよ。何か文句あんのか？」
【学園全てを取り仕切るちっちゃな学園長】
天秤瑠璃学園の学園長の椅子に座る小さな女の子だが年齢は不詳。通称「学園長」。
常に飄々としていながら喜怒哀楽は激しく、おおげさにわざとらしく演劇めいた言動をする、
何を考えているのかよくわからないピエロ的な性格。
笑い上戸で、大して面白くもないことでもすぐに大笑いする。
ただの小さな女の子に見えて、いろいろな事業をして学園の資金を作っていたり、
夜の世界では自ら教鞭を取ったりもしている。
早朝も深夜も常に活動していて、一体いつ睡眠をとっているのか謎めいている。
学園側の中心にいるキャラクターで、多くの秘密を抱えたあやしげな謎の人物。
「さあさあ時間だ現れたまえ！夜の世界、夜の住人たちよ！！」
【広大な地下図書館にいる謎多き女生徒】
広大な地下図書館にいつも一人だけでぽつんといる、謎の女生徒。
何年生で、どこのクラスかもわからない。
魔術に関する造詣が深く、その知識と記憶力で特殊事案調査分室をサポートする。
人と会話することが楽しくて好きらしく、図書館を訪ねた者はそれなりにもてなしてくれる。
ピンポイントに質問されたことだけしか答えないという一見嫌がらせのような対応をするが、
本人に悪意は全く無い。
常に自分以外の人に対してはフルネームで呼び、いつも古めかしくて大きな本を持っている。
「それで、私は何を話せばいいのかしら？」