現代より少し先の未来。
主人公・鷲宮天斗は両親とも仕事でほとんど家にいないため、一軒家で一人暮らしをしている。
隣に住む幼馴染の日向あかねや悪友の剣崎修一郎たちと平凡ながらも楽しい学園生活を送っていた。
そんなある日、主人公の家に一つの宅配便が届く。
まるで棺桶のような大きさの箱の宅配便。送り主は両親。
仕方なくそれを受け取った主人公が箱を開けると、なんと中には裸の女の子が眠るように入っていたのだ。
人間！？などと思っていると一枚の紙が入っていることに気がつく。
『彼女とともに真実を解き明かしてほしい』
……まるでサスペンスの謎かけのような文章に慌てふためく天斗。
そうこうしている間に眠っていた彼女が目を覚まし……。
こうして彼の運命が大きく動き始める。