舞台は霧といばらで外部と隔絶された学園、「プエラリウム」。
厳しい規律に守られた園には、絶えず張りつめた空気が満ち、乱れのない時間が流れていた。
しかしある朝、門の前に倒れている少女が発見される。
この門はいつも閉ざされていて、限られた機会にしか開かないはずなのに。
警戒の視線の中、問われるがままに、少女は名乗った。
その瞬間、錆びつき沈黙を保っていた時計塔の鐘が、とてつもない大音声で鳴り響いた。
「時計塔の鐘が鳴り響く時、この学園に遠からぬ終焉が訪れる」
噂話がほのめかす通り、それはプエラリウムにおける、悪夢じみた長い混乱のはじまりだった。
その後、紆余曲折を経てプエラリウムの生徒となったアルエットは、
夜間外出禁止の禁を犯して、自室から外に出てしまう。
そこで見たのは、異界と化した学園と、殺意を帯びてうろつく異形の者。
そして、それらを決然と迎え撃つ、ある少女の姿だった――