性格は明るく礼儀正しく、曲者揃いの新選組内では最も良識のある優等生。
ただ、真面目な性格が災いして騙されやすく、少々先走りし過ぎてドジを踏む事も多い。
藤堂を組長とする八番隊は魁部隊とも呼ばれ、戦いの際には先陣を切って飛び出していく。
その為、勇猛果敢に向かっていく藤堂のことを「魁先生」と呼ぶ者も多いが、先走りし過ぎて失敗することが多々ある。
共学化反対の佐学派に属してはいるものの、内心では少女漫画のような恋愛に憧れており、たまに脳内で妄想が暴発してしまうらしい。
「と、藤堂芹栖と申します！せ、精一杯一杯頑張りますので！」