【その恋心、忍びがたき――】
主人公、御影迅の家は江戸時代から国防を担う忍者の末裔であり、
そこで生まれ育った迅は、秘密諜報部員である母親の後を継ぐべく、修行中の忍者の卵である。
そんな彼に世間を騒がせる通称「蝙蝠事件」の解決のため、冬華学園への潜入捜査が命じられる。
相棒のAIであるモモカとともに学園への潜入を果たした迅は、
クラスメイトのカノン・メイフィールド、騎士である白鐘神楽や
団長である蓮城寺舞、後輩である雨ノ森ゆいたちと仲を深めつつ、怪しまれることなく任務をこなしていた。
しかし、あるハプニングによりカノンに迅の正体がバレてしまう。
正体がバレることは任務の失敗を意味していたが、
「私を、忍者にしてくださいっ！！」
迅の正体を誰にも言わない代わりに、忍者にしてほしいとお願いされることに！
はたして迅は無事任務を達成する事ができるであろうか。