魔法が認知されつつある混迷の過渡期――。
世界では魔力を原因とする「魔法災害」と呼ばれる厄災が頻発し、
人々はいまだ魔法への忌避感を抱いたままであった。
魔法という未知の存在を受け入れるか否か、政治を巻き込んだ論争は終わりが見えず、
力を握る者たちは己が欲望のため闇で謀を巡らせていた。
そんな中、魔力を武器に戦う少女たちの存在が口々に語られるようになる。
魔法戦士――誰が呼んだか、彼女たちはその名で知られるようになっていた。
この国で初めて魔法をカリキュラムとして組み込んだ学園、国際教導学園に通う一人の女子生徒、御白晴香。
学園で錬金術を学ぶ彼女は、人々を魔の脅威から守る魔法戦士、エメロードフィーネであった。
錬金術の研究者であった父の遺したエメロードラピス。
その力で変身した晴香は、国際教導学園の教師である立花亜梨子、鏡島樹に導かれ、
新しい魔法戦士の一人として戦いに身を投じることとなる。
晴香と同じく国際教導学園に在籍する魔法戦士イクシードナイツと協力しながら、魔法災害から人々を守る日々。
そして、すべてを失ったキールも、シルヴァ・ラドクリフの組織「アルケゼスト」の一員として再び暗躍を始める。
そんなある日、転校生の黒宇霞が晴香の前に現れる。
その出会いをきっかけに、晴香と霞、二人の運命は大きく動き始めるのだった――。