絶海の孤島にひっそりたたずむ海軍基地・丹那要港部。
所属艦娘は一人だけ、その他人員はゼロという零細基地に転属させられた司令官が、
その基地唯一の艦娘・夕張に告げたのは、
戦争を終結させるために横須賀鎮守府を襲撃するという前代未聞の計画だった。
各鎮守府から厄介払いされた不知火、摩耶、まるゆ、横須賀を抜け出してきた鈴谷と熊野を加え、
わずか六人の艦娘と一人の司令官の手によって計画は動き出す。
やがて明らかになっていく闇深い事実。
深海棲艦の正体とは、そして泥沼の戦争の裏側に潜む、壮絶な陰謀とは――。