宇宙の進んだ知識を学ぶことができる学校セミナリオ。ここで学ぶために沖ノ鶏島(おきのにわとりじま)という絶海の孤島にやって来た少年ニルス。島に着いて早々、彼は様々な人たちと出会う。同級生となる美少女ヴァルキュレナ……そして沖ノ鶏島兵学校の学生たちと、アードルカガ先生……。それは、ニルスの人生が大きく変わり始めた日でった。