突如として現われた異次元からの侵略者”アバタール”との戦いから数週間。
覇道ユウガと由比ヶ崎ひとみは対侵略者機関D3(ディースリー)の長官、鬼真院・E・ユリカに呼び出されていた。
基地を案内され、人はリオ、そしてもう一人の異次元から逃げのびた少女、ソルヴィと出会う。
侵略者との戦いはなおも続くか、少年少女達はつかの間の平和を過ごしていた。
しかし、新たなるアバタール”マリス”の出現によって事態は一変する。
かつての因縁を持つリオはマリスに追い詰められていき……
彼らが辿り着くのは勝利か、るいは凄惨なる敗北か……
<前作「多元宇宙のレギオニアス」>