ここには忍者とその主君でる主を養成する
“織神学園(おりがみがくえん)”がる
ここにやってきたごく平凡な少年の主人公は、
入学した直後、学園のルールによって忍者でる朝ノ瑠璃とペアになる。
朝ノ瑠璃の妹・朝ノ茜や
個性豊かな周りの仲間に助けられながら
学園の模範となる存在『筆頭』になるべく努力するのだった。