地図には存在しない村。そんな都市伝説がひっそりと息づく町に住んでいる千尋は、オカルト同好会の会員でる志乃と琴音の三人でクリスマスパーティを自宅で開いていた。
最初は普段と変わらない会話を楽しんでいたが、ふとした切欠で見つけた一冊の大学ノートによって、三年前に失踪した千尋と志乃の幼馴染——紫(ゆかり)の話へと変わっていく。
紫が失踪する直前に書いた大学ノート。表紙には『夏休みの自由研究香草見村』と書かれており、各ページには『地図には存在しない村』の詳細が書かれていた。
千尋達は大学ノートを頼りに紫の行方を追おうと、香草見村へと向かうのだが……。