貧乏ゆえに金に汚い女子高生・ほのかは「薔薇十字団」の魔術師・エルヴィンの勧誘により、偉大なる魔術師ローゼン・クロイツの生まれ変わりとして魔法少女デビュー！それを得た者は強大な力を得るという魔術書「Mの書」探しに励んでいた。しかし、そんなほのかに魔術師たちを「神に背く者」として弾圧しようとする教会の「魔女狩り」の脅威が忍び寄っていた・・・！