世界はヒュージと呼ばれる謎の巨大生物に侵略されつつあった。
近代兵器をものともしない、恐るべきこの怪物に対抗できるのは、ＣＨＡＲＭと呼ばれる魔法の決戦兵器。
ＣＨＡＲＭは１０代の女性と高くシンクロするため、世界の運命は乙女たち「リリィ」に委ねられた。
一柳梨璃は、高等教育と合わせた「リリィ」養成機関――百合ヶ丘女学院の新入生。
中学生の頃にヒュージに襲われ遭難していたところを、百合ヶ丘のリリィ、白井夢結に救われた。
その事がきっかけとなり、自身もリリィを目指す事を決意する。
晴れて、恩人でもあり憧れでもある白井夢結が在籍する、百合ヶ丘女学院に入学した梨璃であったが、
上級生と合同で行われた初めての訓練で、夢結の不興を買ってしまう!?
強力な兵器を手に可憐な少女たちが舞い踊る、ガール・ミーツ・ガール戦記が今始まる。