日本、江戸時代。現代の東京で英語教師をしていたジュンの運命は、西洋の海で捕えられ、とある領主に買われた人魚、トパーズのそれと絡み合う。トパーズの謎を解き明かすことを任されたジュン。そしてその謎は、彼の心の奥深くにふれてゆくのだった。