薬の製造を唯一の産業とする島「久寿理島」で、４７０年間、女子直系一族だった木葉家に生まれた男子・草多は、１５の春、その製法が代々受け継がれてきた「気休め丸」を万人に効く薬へ改良するため、東京へと旅だつ。薬学学校の私立和漢学園で、充実した青春を送る草多は、ある日、先輩の伸太郎が甲賀流忍者の末裔だと知る。草多は伸太郎とともに、滋賀県の忍者屋敷で今も忍者として暮らす泰蔵じいさんを訪ねることに……。