世界転覆を企むヴィランたちによって、結成間もないX-MENのファースト・クラスは壮絶なバトルに巻き込まれる！
プロフェッサー・チャールズ・エグゼビアは世界を守り、ミュータントへの偏見を解くために、パワフルなミュータントの若者たちをスカウトしてスーパーヒーロー・チーム「X-MEN」を結成した。だが10代の彼らは、思春期特有の混乱や制御しにくい自分自身のパワーに振り回され、敵に立ち向かうのも難しい状態だ……。その弱みをついて、マグニートーがブラザーフッド・オブ・イビル・ミュータンツを率いて襲いかかる！果たして、次々と押し寄せる試練を若き「X-MEN」は切り抜けられるのか!?