コウモリ×カメのチームアップが再び！
ニューヨークの街を守るミュータントタートルズのメンバーであるドナテロは、バットマンの力を借りるために次元を繋ぐ装置を使用した。しかしそこにフット軍団が攻め込んで来る事故が発生し、装置の誤作動でタートルズの世界にベインが飛んできてしまう！事態を把握したバットマンがタートルズの世界に向かうと、ニューヨークは既にベインによって支配されてしまっていた。“ヴェノム”により強化されたミュータントと、ダークナイトの宿敵ベインに、コウモリとカメは力を合わせて勝利することが出来るのか！？