審神者によって顕現された付喪神・刀剣男士達は、時代を遡り歴史の改変を目論む時間遡行軍を倒す為、己が刀を振るう。坂本龍馬に関する歴史に介入し、暗躍を続ける時間遡行軍。陸奥守が元の主である龍馬への想いを断ち切る一方で、土方歳三と出会った堀川は姿をくらませてしまう。そして、堀川は再び和泉守の前に現れるが…!?