主人公・葛木久遠は、一見ごく普通の女子学生だが、陰陽師の末裔で、父親の公弘と共に悪霊祓いを行っているという普通とは言えない一面を持っていた。
ある日、久遠たちの元へ、別の地域で悪霊祓いをしているという、神堂悠果・刹那の姉と、その幼なじみの喜多川冬馬という3人がやってくる。
3人は、最近この町の近隣でおきている、若い女性の失踪事件に悪霊が絡んでいるといい、事件解決の協力を申し出てくる。
久遠たちは、街に出没する悪霊を祓いながら情報を集め、その間に、公弘は有力な情報を持っていると思われる知り合いに会いに行くことに。
しかし、そのタイミングでそれぞれ敵の襲撃を受け、刹那と悠果は敵に捕らわれ、公弘は行動不能の状態に陥ってしまう。
悪霊たちを裏で率いている組織があることを知った久遠は、父や刹那たちを救うため、立ち向かう決意をする。
果たして、この戦いの先に待ち受けているものは……。