西暦20XX年の日本――
恋愛を勉強する科目「恋愛コミュニケーション学」を各学校の必須課程として設置すること、通称『らぶこみゅ法』が制定されたのです。
そんな時に、長らく海外で過ごしていた主人公・舟木弘矢が、久々に日本の生まれ故郷へ帰ってきました。
日本で一緒に暮らすことになったのは、幼い頃に遊んだ近所の幼馴染みのお姉ちゃん達家族。
彼女達は、学園の先生や先輩学生になっており、美しく成長していたのです。
さて、弘矢がこれまで過ごしたのは、アメリカのシリコンバレーにある最先端科学技術の研究機関です。
そこで、世に出回る前の超機密事項、超ハイテク機器ばかりを相手にしてきた弘矢は、人付き合いが苦手な、デジタル少年に育ってしまっていました。
そのため、年頃の男子だというのに、異性に全く関心を抱かないのです。
お姉ちゃん達は心配します。
「このままでは、弘矢が機械に囲まれたまま一生を過ごし、孤独死してしまう……！そうならないためにも、私たちが正しい恋愛を教えてあげなくちゃ！」
こうして、お姉ちゃん達による“シスターレッスン”な日々が幕を開けるのでした。