物語の行方不明事件が続き、不穏な雰囲気が漂いつつあるエチノミヤ市。
主人公の普通の少女アマネは、ある日の帰り道、怪魔と呼ばれる化け物に襲われます。
しかしとある本との出会いにより魔法の力を得て"セレスフォニア"に変身し、それを撃退します。
それからアマネは自分や周りの人々を守るため、怪魔と戦っていくことを決意することになります。
敵は怪魔だけでなく、その親玉らしき正体不明の存在"怪人"もいます。
怪人はその能力を使いセレスフォニアを苦しめたり、辱めたりしてきます。
しかし、普通の生物ではない怪魔や怪人を倒せるのは、セレスフォニアだけです。
敵は怪物だけではありません。
怪人の手下になり下がった人間、"レネゲード"達も街で活動しています。
更に、エチノミヤに漂う悪しき空気の影響での市民たちにもおかしな人が増えています。
最後まで人々のために戦うヒロインとして活躍できるのかは、
それとも快楽や堕落に心を折られてしまうのか……全てはアマネ次第です。