Instituto Suízo de Bioinformática

O Instituto Suízo de Bioinformática, moi coñecido polas súas siglas en inglés SIB (de Swiss Institute of Bioinformatics) é unha fundación académica sen ánimo de lucro que federa as actividades bioinformáticas de Suíza, cuxos servizos son moi utilizados internacionalmente.
O instituto foi creado o 30 de marzo de 1998 e a súa misión é fornecer recursos bioinformáticos básicos á comunidade de investigadores das ciencias da vida nacional e internacional en campos como a xenómica, proteómica e bioloxía de sistemas e tamén liderar e coordinar o campo da bioinformática en Suíza. En concreto, promove a investigación, desenvolve bases de datos e tecnoloxías de computación, e está implicado en actividades de ensinanza e servizos. Historia
O Instituto foi creado orixinalmente para proporcionar un marco para o financiamento estable a longo prazo da base de datos Swiss-Prot e o nodo Swiss EMBnet. Isto debeuse a que Swiss-Prot sufriu unha importante crise de financiamento en 1996, que fixo que os líderes dos cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Xenebra e Lausana, Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel Manuel Peitsch creasen o SIB. Unha vez creado, o Instituto puido despois solicitar financiamento segundo as leis suízas que permiten que o goberno achegue ata un 50% dos gastos en infraestruturas de investigación e ensinanza vitais.
O primeiro director do Instituto foi Victor Jongeneel, seguido de Ernest Feytmans entre 2001 e 2007. Desde o 1 de outubro de 2007, O Instituto está dirixido por Ron Appel, un dos seus membros fundadores. Organización
O SIB é unha federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados a institucións socias do SIB: as universidades de Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich, os Institutos Federais de Tecnoloxía en Lausana e Zürich, o Instituto Friedrich Miescher para a Investigación Biomédica, e a Escola de Xenebra de Administración de Empresas (HEG). Os grupos actuais de investigación do SIB están localizados en Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich.
O SIB federa 52 servizos de investigación e grupos de infraestruturas, que reúnen un total de 650 científicos en campos tan variados como a proteómica, transcritómica, xenómica, bioloxía de sistemas, bioinformática estrutural, bioinformática evolutiva, modelización, obtención de imaxes, biofísica, xenética de poboacións e bioinformática clínica.
O SIB organiza unha xuntanza científica anual denominada [BC]2 Basel Computational Biology Conference. Recursos bioinformáticos básicos
O Instituto ofrece unha ampla variedade de recursos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida, a maioría dos cales son accesibles por medio de ExPASy, o portal de recursos bioinformáticos do SIB. Entre estes recursos están:
Bases de datos
O SIB desenvolve e mantén bases de datos de categoría internacional, como UniProtKB/Swiss-Prot (base de datos de secuencias de proteínas curada que ten un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de coñecementos de proteínas centrada en humanos), o repositorio SWISS-MODEL (modelos de estrturas de proteínas tridimensionais), STRING (redes de interaccións de proteínas para bioloxía de sistemas), SwissRegulon (redes regulatorias da transcrición de todo o xenoma), Eukaryotic Promoter Database (EPD), SWISS-2DPAGE (base de datos de electroforese en xel bidimensional), WORLD-2DPAGE Repository (repositorio de xeles bidimensionais), mirz (atlas de expresión dos ARN pequenos), CLIPZ (bases de datos de sitios de unión de proteínas que se unen ao ARN), PROSITE (familias e dominios proteicos), MyHits (secuencias e motivos de proteínas), CleanEx (datos de expresión xénica), Bgee (base de datos para recuperar e comparar os patróns da exresión de xenes entre especies animais), OpenFlu (bases de datos de virus da influenza animais e humanos), ViralZone (portal para entradas de UniProtKB virais), GlycoSuiteDB (base de datos de glicanos), SugarBindDB (base de datos de unión a azucres de patóxenos ou Pathogen Sugar-Binding Database), OrthoDB (o catálogo xerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (o catálogo de xenes animais de microARN), e ImmunoDB (xenes inmunorrelacionados de insectos e familias de xenes).
Ferramentas informáticas
O SIB desenvolve e subministra programas informáticos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida global, como SWISS-MODEL (modelización de homoloxías na estrutura das proteínas), SwissDock/EADock (atraque de ligandos), ISA (ferramenta de bi-agrupamento integrativo), PPA (modularización acoplada de varios conxuntos de datos), Melanie (plataforma de análise de xeles bidimensionais), MSight (software para imaxes LC-MS e análise para espectrometría de masas), OMA (matriz de ortoloxía), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualizacion de proteínas, modelización e análise), e utilidades Newick (procesamento de árbores filoxenéticas de alto rendemento).
Servizos básicos
O SIB xestiona varios servizos básicos bioinformáticos que proporcionan apoio estatístico e informático, e tamén servizos e consellos para os científicos das ciencias da vida, o que lles permite realizar os seus proxectos de investigación e analizar os datos resultantes. Hai servizos básicos para investigación en xenómica, transcritómica e proteómica. O SIB tamén mantén o centro de computación de alto rendemento Vital-IT, que proporciona recursos computacionais, apoio ao desenvolvemento e consulta para a comunidade de ciencias da vida suíza tanto académica coma industrial. A infraestrutur Vital-IT está distribuída en tres localizacións: Universidade de Lausana, EPFL e Universidade de Xenebra. Tamén se fornecen recursos de computación e expertos bioinformáticos na área de Basilea por medio de sciCORE [BC]2, o Centro de Bioloxía Computacional de Basilea. Educación e adestramento
Unha das prioridades do SIB é promover e coordinar a educación en bioinformática. Os membros do SIB están, directa ou indirectamente, implicados en varios cursos de bioinformática en todos os niveis educativos, desde bacharelato a estudos universitarios e de posgrao, e no adestramento especializado de científicos do eido das ciencias da vida.
O SIB promove tamén unha rede de adestramento de doutoramento en bioinformática, que está aberto a estudantes graduados en escolas suízas de educación superior. Os obxectivos desta rede son dous: Ofrecer aos estudantes graduados en bioinformática un conxunto de cursos avanzados que lles proporcionen os coñecementos teóricos e prácticos necesarios para traballar nun proxecto de investigación de doutoramento exitoso en bioinformática.
Fomentar o desenvolvemento dunha rede de estudantes de doutoramento e promover o intercambio de ideas, e tamén a mobilidade dos estudantes entre as institucións participantes. Ciencia popular
O SIB está tamén implicado nun esforzo para traer a informática ao público leigo. Comprender a crecente importancia desta ciencia relativamente recente na sociedade de hoxe é algo fundamental. Nun futuro non moi distante, os pacientes recibirán resultados directamente xerados por métodos bioinformáticos. Desde o ano 2000, para aumentar o interese público, o SIB participou en numerosas feiras da ciencia, creou dúas revistas en liña, e exposicións de portas abertas e, en 2012, unha exhibición virtual.