SARS-CoV-2

O SARS-CoV-2 (do inglés severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ou coronavirus da síndrome respiratoria aguda grave 2), previamente denominado co nome provisional de 2019-nCoV (2019 novel coronavirus ou novo coronavirus 2019), é un virus de ARN monocatenario de sentido positivo. É contaxioso para os humanos e foi o causante da pandemia por coronavirus de 2019-2020 que estendeu por todo o mundo a enfermidade por coronavirus 2019 (COVID-19), que foi designada emerxencia sanitaria pública de preocupación internacional pola Organización Mundial da Saúde (OMS).
O SARS-CoV-2 ten unha estreita similitude xenética cos coronavirus do morcego, o que suxire que se orixinou a partir dun virus transportado polos morcegos. Tamén se pensa que un reservorio animal intermediario, seguramente un pangolín, está implicado na súa introdución nos humanos. Desde unha perspectiva taxonómica, o SARS-CoV-2 é clasificado como unha cepa da especie coronavirus relacionado coa síndrome respiratoria aguda grave (SARSr-CoV).
Fóra do corpo humano, o virión (forma libre do virus) é destruído polo xabón.
A cepa foi descuberta en Wuhan, China, polo que inicialmente se coñeceu como "virus de Wuhan" ou "coronavirus de Wuhan". Como a Organización Mundial da Saúde desaconsella o uso de nomes baseados en localidades e para evitar a confusión coa enfermidade SARS, ás veces faise referencia ao virus denominándoo "o virus responsable da COVID-19" ou "o virus da COVID-19" en comunicacións de saúde pública. O público xeral a miúdo chama tanto a enfermidade coma o virus "coronavirus", pero os científicos e a maioría dos xornalistas usan normalmente termos máis precisos. Viroloxía
Infección
A transmisión de persoa a persoa do SARS-CoV-2 confirmouse durante a pandemia por coronavirus de 2019-2020. A transmisión ocorre principalmente vía pingas respiratorias expulsadas ao tusir e espirrar a unha distancia duns 2 m. O contacto indirecto con superficies contaminadas é outra posible causa da infección. As investigacións preliminares indican que o virus pode permanecer viable en plásticos e aceiro ata tres días, pero non sobrevive en cartón durante máis dun día ou en cobre por máis de catro horas, e queda inactivado co xabón. O ARN viral tamén se atopou en mostras fecais de persoas infectadas.
Non se sabe seguro se o virus é infeccioso durante o período de incubación. O 1 de febreiro de 2020, a Organización Mundial da Saúde (OMS) indicou que a "transmisión en casos asintomáticos non é probablemente un causante importante de transmisións". Porén, un modelo epidemiolóxico do inicio da pandemia por coronavirus de 2019–2020 na China continental suxeriu que a "dispersión presimptomática pode ser normal entre as infeccións documentadas" e que as infeccións subclínicas puideron ser a fonte da maioría das infeccións.
Reservorio
As primeiras infeccións coñecidas pola cepa SARS-CoV-2 descubríronse en Wuhan, China. Segue sen estar claro cal foi a fonte orixinal da transmisión viral aos humanos e cando se fixo patóxena a cepa. Como moitos dos primeiros individuos que se infectaron polo virus eran traballadores do mercado de comida mariña de Huanan, suxeriuse que a cepa puido terse orixinado no mercado. Porén, outros investigadores indicaron que puideron ser uns visitantes os que introduciron o virus no mercado, o cal despois facilitou unha rápida expansión das infeccións.
As investigacións dos reservorios naturais da cepa de virus que causou o abrocho de SARS de 2002-2004 tivo como resultado o descubrimento de moitos coronavirus de morcegos similares ao SARS, a maioría orixinados no xénero de morcegos de ferradura Rhinolophus, e dúas secuencias de ácidos nucleicos virais atopados en mostras tomadas do Rhinolophus sinicus mostraron unha semellanza do 80% co SARS-CoV-2. Unha terceira secuencia de ácido nucleico viral do Rhinolophus affinis, recollido na provincia de Yunnan e designado RaTG13, tiña unha semellanza do 96% co SARS-CoV-2. A OMS considera que os morcegos son o reservorio natural máis probable de SARS-CoV-2, pero as diferenzas entre os coronavirus de morcegos e o SARS-CoV-2 suxiren que os humanos foron infectados por medio dun hóspede intermediario.
Un estudo metaxenómico publicado en 2019 revelou previamente que o SARS-CoV, a cepa do virus que causa o SARS, era o coronavirus máis amplamente distribuído en mostras de pangolíns da especie Manis javanica. O 7 de febreiro de 2020, foi anunciado que os investigadores de Guangzhou descubriran unha mostra de pangolín cun ácido nucleico viral cunha secuencia "99% idéntica" á do SARS-CoV-2. Cando se deu a coñecer, os resultados deixaron claro que "o dominio de unión ao receptor da proteína S do Pangolín-CoV acabado de descubrir é virtualmente idéntico ao do 2019-nCoV, cunha diferenza dun aminoácido. " Os pangolíns están protexidos pola lei chinesa, pero o furtivismo e comercio de pangolíns para o seu uso na medicina tradicional chinesa segue sendo común.
Algúns microbiólogos e xenetistas de Texas atoparon independentemente probas dun intercambio xenético nos coronavirus que suxire a implicación dos pangolíns nas orixes do SARS-CoV-2. Porén, os coronavirus do pangolín atopados ata a data só comparten como máximo o 92% do seu xenoma completo co SARS-CoV-2, o que fai que sexan menos similares do que o é o RaTG13 co SARS-CoV-2. Isto é insuficiente para probar que os pangolíns son o hóspede intermediario; en comparación, o virus do SARS responsable do abrocho de 2002-2004 compartía o 99, 8% do seu xenoma cun coronavirus coñecido da civeta.
Filoxenética e taxonomía
O SARS-CoV-2 pertence á ampla familia de virus denominados coronavirus. É un virus de ARN monocatenario de sentido positivo (+ssRNA). Outros coronavirus poden causar enfermidades que van desde un arrefriado común a doenzas máis graves como a síndrome respiratoria de Oriente Medio (MERS polas súas siglas en inglés). É o sétimo coronavirus coñecido que pode infectar a persoas, despois do 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, e o orixinal SARS-CoV.
Igual que a cepa de coronavirus relacionado co SARS causante do abrocho de SARS de 2003, o SARS-CoV-2 é un membro do subxénero Sarbecovirus (beta-CoV liñaxe B). A súa secuencia de ARN é de aproximadamente 30000 bases de longo. O SARS-CoV-2 é peculiar entre os betacoronavirus coñecidos porque incorpora un sitio de clivaxe polibásico, que é unha característica que incrementa a patoxenidade e a transmisibilidade noutros virus.
Cun número suficiente de xenomas secuenciados, é posible reconstruír unha árbore filoxenética da historia mutacional dunha familia de virus. O 12 de xaneiro de 2020, foron illados cinco xenomas de SARS-CoV-2 de Wuhan, das que informou o Centro chinés para o control e prevención de enfermidades e outras institucións; o número de xenomas secuenciados incrementárase a 42 o 30 de xaneiro de 2020. Unha análise filoxenética de ditas mostras indicou que estaban "altamente relacionadas con como máximo sete mutacións relativas a un antepasado común", o que implica que a primeira infección humana ocorreu en novembro ou decembro de 2019. O 13 de marzo de 2020 puxéronse a disposición pública 410 xenomas de SARS-CoV-2 de mostras de cinco continentes.
O 11 de febreiro de 2020, o Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) anunciou que de acordo coas regras que computan as relacións xerárquicas entre os coronavirus baseándose en cinco secuencias conservadas de ácidos nucleicos, as diferenzas entre o chamado 2019-nCoV e a cepa do virus do abrocho de SARS de 2003 eran insuficientes para consideralo unha especie viral separada. Por tanto, identificaron o 2019-nCoV como unha cepa do coronavirus relacionado coa síndrome respiratoria aguda grave.
Bioloxía estrutural
Cada virión de SARS-CoV-2 é de aproximadamente de 50 a 200 nanómetros de diámetro. Como outros coronavirus, o SARS-CoV-2 ten catro proteínas estruturais, coñecidas como proteínas S (espícula), E (envoltura), M (membrana) e N (nucleocápsida); a proteína N sostén o ARN do xenoma e e as proteínas S, E e M forman parte da envoltura viral lipoproteica. A proteína da espícula, da que se obtiveron imaxes a nivel atómico usando microscopia electrónica crioxénica, é a responsable de permitir a adhesión do virus á membrana plasmática da célula hóspede. Os experimentos de modelización de proteínas feitos coa proteína da espícula axiña suxeriron que o SARS-CoV-2 tiña suficiente afinidade co receptor encima 2 conversor da anxiotensina (ACE2) de células humanas para usalos como mecanismo de entrada na célula. O 22 de xaneiro de 2020, un grupo de investigadores chineses que traballaban co xenoma vírico completo e un grupo dos Estados Unidos que utilizaba métodos de xenética inversa demostraron experimentalmente e independentemente que o ACE2 podía actuar como receptor do SARS-CoV-2. Algúns estudos mostraron que o SARS-CoV-2 tiña unha maior afinidade co ACE2 humano que a cepa de virus da SARS orixinal. O SARS-CoV-2 pode tamén utilizar o CD147 (basixina) para conseguir entrar na célula, que é a mesma proteína que utiliza o Plasmodium falciparum da malaria para entrar nos glóbulos vermellos. O cebado inicial da proteína da espícula pola protease transmembrana, serina 2 (TMPRSS2) é esencial para a entrada do SARS-CoV-2 na célula. Despois de que un virión do SARS-CoV-2 se adhire a unha célula diana, a protease da célula TMPRSS2 corta a proteína da espícula do virus, expoñendo un péptido de fusión. O virión libera despois o ARN na célula, forzando esta a producir copias do virus, que son diseminadas para infectar máis células. O SARS-CoV-2 produce polo menos tres factores de virulencia que promoven a liberación de novos virións da célula hóspede e inhiben a resposta inmunitaria. Epidemioloxía
Baseándose na baixa variabilidade mostrada entre as secuencias xenómicas coñecidas do SARS-CoV-2, crese que a cepa foi detectada polas autoridades sanitarias poucas semanas despois da súa aparición na poboación humana a finais de 2019. O caso máis temperán de infección coñecido actualmente pénsase que se encontrou o 17 de novembro de 2019. O virus espallouse seguidamente a todas as provincias da China e a case douscentos países de Asia, Europa, América do Nore e do Sur, África e Oceanía. A transmisión de persoa a persoa do virus confirmouse en todas esas rexións. O 30 de xaneiro de 2020, o SARS-CoV-2 foi designado pola OMS emerxencia sanitaria pública de preocupación internacional, e o 11 de marzo de 2020 a OMS declarouno pandemia.
O 27 de marzo de 2020 (20: 00 UTC), había 585040 casos confirmados de infección, dos cales 80000 estaban na China continental. Aínda que a proporción de infeccións que resulta en infección confirmadas ou progreso a doenza diagnosticable segue sendo pouco clara, un modelo matemático estimou o número de persoas infectadas só en Wuhan en 75815 o 25 de xaneiro de 2020, nun momento en que as infeccións confirmadas eran moito máis baixas. O número total de mortes atribuídas ao virus era de 26819 o 27 de marzo de 2020 (20: 00 UTC) e 129812 persoas recuperáranse da infección. Menos dun sexto de todas as mortes ocorreron na provincia de Hubei, onde está situada Wuhan. Antes do 24 de febreiro de 2020, a proporción era do 95%.
O número básico de reprodución ( R 0 {\displaystyle R_{0}} ) do virus foi estimado entre 1, 4 e 3, 9. Isto significa que se espera que cada infección polo virus cause de 1, 4 a 3, 9 novas infeccións cando ningún membro da comunidade é inmune e non se tomaron medidas preventivas de control.