Secuencia Kozak

A secuencia Kozak, secuencia consenso Kozak ou consenso Kozak é unha secuencia que aparece no ARNm de eucariotas, ten a secuencia consenso (gcc)gccRccAUGG, e xoga un importante papel na iniciación da tradución de proteínas. Recibe o seu nome de Marilyn Kozak, que deu a coñecer a secuencia.
A secuencia identifícase pola notación (gcc)gccRccAUGG, que resume os datos analizados por Kozak dunha ampla variedade de fontes (699 en total) da seguinte maneira: Unha letra en minúscula denota a base nitroxenada máis común nunha posición na que a base pode variar;
As letras maiúsculas indican bases moi conservadas, é dicir, a secuencia 'AUGG' é constante ou só cambia moi raramente, coa excepción do código 'R' de ambigüidade da IUPAC, que indica que nesa posición unha purina (adenina ou guanina) sempre se conserva (e segundo Kozak a adenina é a purina máis frecuente alí).
A secuencia entre parénteses ((gcc)) ten un significado incerto.
A publicación de Kozak ofrecía datos que se limitaban a un conxunto de vertebrados, como humanos, vacas, gatos, cans, pitos, coellos de indias, hámsteres, ratos, porcos, coellos, ovellas e o anfibio Xenopus. Introdución
Esta secuencia dos ARNm eucarióticos é recoñecida polo ribosoma como o sitio de inicio da tradución, a partir do cal a proteína está codificada no ARNm. O ribosoma necesita esta secuencia (ou unha variación dela) para iniciar a tradución de proteínas. A secuencia Kozak non debe confundirse co sitio de unión ao ribosoma (RBS), que pode ser o extremo 5' cap do ARNm ou un sitio de entrada ao ribosoma interno (IRES).
In vivo, este sitio a miúdo non coincide exactamente en distintos ARNms e a cantidade de proteína sintetizada a partir dun determinado ARNm depende da forza coa que se une a secuencia Kozak. Algúns nucleótidos desta secuencia son máis importantes que outros: o codón AUG é o máis importante porque é o codón de iniciación real, que codifica o aminoácido metionina no extremo N-terminal da proteína. (Máis raramente, o CUG pode usarse como un codón de iniciación, que codifica unha leucina en vez da típica metionina). Ao nucleótido A do codón "AUG" dáselle o número 1. Para que haxa unha secuencia consenso forte, os nucleótidos nas posicións +4 (é dicir G no consenso) e -3 (é dicir, A ou G no consenso) en relación co nucleótido número 1 deben ambas coincidir co consenso (non hai posición 0). Un consenso adecuado ten só un destes sitios, mentres que un consenso feble non ten ningún. O cc en -1 e -2 non están conservados, pero contribúen á forza global da secuencia. Hai tamén evidencias de que unha G na posición -6 é importante na iniciación da tradución.
Hai exemplos in vivo de cada un destes tipos de secuencia Kozak, e problemente evolucionaron como outro mecanismo de regulación xenética. Lmx1b é un exemplo de xene cunha secuencia consenso Kozak feble. Para a iniciación da tradución dese sitio, requírense outras características na secuencia do ARNm para que o ribosoma recoñeza o codón de iniciación. Mutacións
As mutacións G—>C na posición -6 do xene da β-globina (β+45; humana) alteran a función fenotípica hematolóxica e biosintética. Esta foi a primeira mutación que se detectou na secuencia Kozak, que se atopou nunha familia do sur de Italia que sufría talasemia intermedia. Variacións da secuencia consenso
(gcc)gccRccAUGG AGNNAUGN ANNAUGG ACCAUGG GACACCAUGG