Superfamilia de proteínas

Unha superfamilia de proteínas, na clasificación das proteínas, é o grupo máis grande (clado) de proteínas do que se pode inferir que teñen un antepasado común (ver homoloxía). Xeralmente a existencia desta ascendencia común está baseada no seu aliñamento estrutural e semellanza do seu mecanismo de acción aínda que non se observa semellanza de secuencia evidente. As superfamilias conteñen normalmente varias familias de proteínas, constituídas por proteínas que mostran unha semellanza de secuencia. O termo clan de proteínas úsase tamén comunmente para as superfamilias de proteases baseándose no sistema de clasificación de proteases MEROPS. Identificación
Homoloxía de secuencia
Os membros dunha superfamilia xeralmente non mostran homoloxía de secuencias detectable. Normalmente é imposible aliñalas debido á gran frecuencia que presentan de insercións e delecións. No clan PA das proteases, por exemplo, non hai ningún residuo simple conservado na superfamilia, nin sequera na tríade catalítica. Inversamente, as familias que constitúen unha superfamilia están definidas polo aliñamento de secuencias dos seus membros; por exemplo a familia da protease C04 pertencente ao clan PA.
Homoloxía estrutural
A estrutura das proteínas está moito máis conservada evolutivamente que a secuencia (como tamén se pode exemplificar co clan PA das proteases). Hai moi poucos residuos que mostren conservación da secuencia de aminoácidos; porén, hai elementos estruturais secundarios que están altamente consevados como tamén os motivos estruturais terciarios que forman. Os programas de aliñamento estrutural como DALI poden utilizar a estrutura en 3D dunha proteína de interese para atopar proteínas que teñan pregamentos similares. Comparando as estruturas en 3D poden identificarse exemplos de parentescos evolutivos que non se descobren coa comparación de secuencias.
Semellanza no mecanismo de acción
O mecanismo catalítico de encimas pertencentes a unha superfamilia está normalmente conservado, aínda que a especificidade de substrato pode ser significativamente diferente. Os residuos catalíticos tamén tenden a aparecer na mesma orde na secuencia da proteína. De novo, o clan PA das proteases pode servir de exemplo. Mesmo en familias dunha superfamilia que utilizan distintos nucleófilos, todas realizan unha catálise nucleofílica covalente sobre as proteínas, péptidos ou aminoácidos por medio dun mecanismo encimático similar. Importancia evolutiva
As superfamilias de proteínas representan os límites actuais da nosa capacidade de identificar antepasados comúns moleculares. Son o grupo evolutivo meirande baseado en probas directas que é posible establecer actualmente. Están, por tanto, entre os eventos evolutivos máis antigos que se poden estudar hoxe. Algunhas superfamilias teñen membros en todos os reinos de seres vivos, o que indica que o último antepasado común desa superfamilia era o último antepasado común universal de todos os seres vivos (LUCA).
Os membros dunha superfamilia poden atoparse en diferentes especies, e a proteína ancestral é a forma da proteína que existía na especie ancestral (ortoloxía). Inversamente, ditas proteínas poden encontrarse na mesma especie, pero evolucionaron a partir dunha soa proteína cuxo xene foi duplicado no xenoma (paraloxía). Exemplos
Clan PA. Os seus membros comparten un pregamento de barril beta dobre de tipo quimotripsina e mecanismos de proteólise similares, pero a identidade de secuencia é <10%. O clan contén tanto cisteína proteases coma serin proteases (diferentes nucleófilos).
Superfamilia da α/β hidrolase. Os seus membros comparten unha folla α/β, que contén 8 febras conectadas por hélices alfa con residuos de tríade catalítica situados na mesma orde; as súas actividades inclúen as de proteases, lipases, peroxidases, esterases, epóxido hidrolases e deshaloxenases.
Superfamilia de barril TIM. Os seus membros comparten unha grande estrutura de barril α8β8. É un dos pregamentos proteicos máis comúns, pero a monofilia desta familia aínda se discute.
Superfamilia da fosfatase alcalina. Os seus membros comparten unha estrutura en sándwich αβα e tamén levan a cabo reaccións promiscuas comúns por un mecanismo similar.
Superfamilia das inmunoglobulinas. Os seus membros comparten unha estrutura de tipo sándwich formada por dúas follas de febras beta antiparalelas (pregamento Ig), e están implicados no recoñecemento, unión, e adhesión.
Superfamilia das globinas. Os seus membros comparten un pregamento de globina globular de 8 hélices.
Superfamilia Ras. Os seus membros comparte un domino G catalítico común de folla beta de seis febras rodeada de 5 hélices alfa. Recursos sobre superfamilias de proteínas
Varias bases de datos biolóxicas documentan as superfamilias proteícas e pregamentos proteicos; por exemplo: Pfam - Base de datos de familias proteicas de aliñamentos e de HMMs
PROSITE - Base de datos de dominios de proteínas, familias e sitios funcionais
PIRSF - SuperFamily Classification System
PASS2 - Protein Alignment as Structural Superfamilies v2
SUPERFAMILY - Libraría de HMMs que representa superfamilias e bases de datos de anotacións (superfamilias e familias) para todos os organismos completamente secuenciados
SCOP e CATH - Clasificacións de estruturas de proteínas en superfamilias, familias e dominios
Igualmente, hai algoritmos que buscan no PDB proteínas con homoloxia estrutural cunha estrutura diana dada; por exemplo: DALI - Aliñamento estrutural baseado nun método de matriz de aliñamento de distancia.