Rosetta@home

context: El progrés en la predicció de l'estructura de les proteïnes s'avalua cada dos anys amb l'experiment Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP), en el qual investigadors d'arreu del món intenten derivar l'estructura d'una proteïna a partir de la seva seqüència aminoacídica. Els grups que aconsegueixen els millors resultats en aquest experiment, que a vegades es converteix en una competició, són considerats com a exemples de les tecnologies més avançades en la predicció de l'estructura de les proteïnes. Rosetta, el programa en el qual es basa Rosetta@home, hi ha participat des de l'experiment CASP5 (2002). A l'experiment CASP6 (2004), Rosetta assolí una fita històrica en esdevenir el primer mètode a proporcionar una resolució ab initio a nivell quasi-atòmic en la predicció de l'estructura de la proteïna corresponent, la diana CASP T0281.[17] El modelatge ab initio és considerat un tipus especialment difícil de predicció de l'estructura de les proteïnes, car no fa servir informació d'homologia estructural i s'ha de basar en informació d'homologia de seqüències i el modelatge d'interaccions físiques al si de la proteïna. Rosetta@home ha participat en el CASP des del 2006, quan fou un dels millors predictors en totes les categories de predicció d'estructura al CASP7.[18][19][20] Aquestes prediccions d'alta qualitat foren fetes possibles per la capacitat de processament cedida pels voluntaris de Rosetta@home.[21] A mesura que va adquirint més capacitat de processament, Rosetta@home és capaç d'estudiar més regions de l'espai de conformació (les diferents formes que pot assumir una proteïna), que, segons la paradoxa de Levinthal, s'espera que augmenti de manera exponencial amb la llargada de les proteïnes.
qas: answers: text: Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP),
question: Com s'anomena l'experiment pel que s'avalua el progrés en la predicció de l'estructura de les proteïnes?

answers: text: de la seva seqüència aminoacídica
question: A partir de què els investigadors intenten derivar l'estructura d'una proteïna?

answers: text: un tipus especialment difícil de predicció de l'estructura de les proteïnes
question: Com es considerat el modelatge ab initio?

answers: text: 2006
question: Des de quin any ha participat en el CASP Rossetta@home?

context: Folding@home és l'únic dels grans projectes de computació distribuïda dedicats a la investigació sobre les proteïnes que no utilitza la plataforma BOINC.[69][70][71] Tant Rosetta@home com Folding@home estudien malalties provocades per un plegament proteic defectuós, com ara la malaltia d'Alzheimer, però Folding@home ho fa de manera molt més exclusiva.[72][73] Folding@home gairebé només utilitza models de dinàmica molecular d'àtom complet per comprendre com i per què es pleguen les proteïnes (o com i per què es poden plegar defectuosament i agregar-se per provocar malalties).[74][75] En altres paraules, el punt fort de Folding@home és el modelatge del plegament proteic, mentre que el de Rosetta@home és el disseny de proteïnes basat en la computació i la predicció de l'estructura i l'acoblament de les proteïnes.
qas: answers: text: Tant Rosetta@home com Folding@home
question: Quins projectes estudien la malaltia d'Alzheimer?

answers: text: el modelatge del plegament proteic
question: Quin és el punt fort de Folding@home?

answers: text: malalties provocades per un plegament proteic defectuós
question: Què estudien Rosseta@home i Folding@home?

answers: text: de dinàmica molecular d'àtom complet
question: Quins són els models que utilitza Folding @home per comprendre com i per què es pleguen les proteïnes?

context: Els usuaris de Rosetta@home que prediuen estructures de proteïnes utilitzades per l'experiment CASP són mencionats a les publicacions científiques que tracten sobre els resultats corresponents.[21] Els usuaris que prediuen l'estructura energèticament més favorable d'una determinada unitat de treball apareixen a la pàgina d'inici de Rosetta@home com a «predictor del dia», juntament amb tots els equips als quals pertanyin.[88] Cada dia s'escull un «usuari del dia» a l'atzar d'entre tots els usuaris que s'han creat un perfil a Rosetta@home. L'«usuari del dia» també apareix a la portada.[89]
qas: answers: text: a la pàgina d'inici de Rosetta@home
question: On apareixen els usuaris que prediuen l'estructura energèticament més favorable d'una determinada unitat de treball?

answers: text: Cada dia
question: Quan s'escull un «usuari del dia»?

answers: text: entre tots els usuaris que s'han creat un perfil a Rosetta@home
question: Entre qui s'escull l'«usuari del dia»?

answers: text: a la portada
question: On apareix també l'«usuari del dia»?

context: El 2002, RosettaDock fou afegit al paquet Rosetta durant el primer experiment CAPRI com a algorisme de predicció d'acoblament proteïna-proteïna del Laboratori Baker.[55] En aquest experiment, RosettaDock féu una predicció d'alta precisió de l'acoblament entre l'exotoxina piogènica estreptocòccica A i la cadena β dels receptors dels limfòcits T, a més d'una predicció de precisió mitjana d'un complex d'α-amilasa porcina i un anticòs de camèlid. Tot i que RosettaDock només féu dues prediccions raonablement precises de set possibles, aquest rendiment fou suficient per quedar setè entre els dinou mètodes de predicció que participaren en el primer experiment CAPRI.[55]
qas: answers: text: 2002
question: En quin any s'afegí Rosetta Dock al paquet Rosetta?

answers: text: com a algorisme de predicció d'acoblament proteïna-proteïna del Laboratori Baker
question: Com s'afegí Rosetta Dock al paquet Rosetta durant el primer experiment CAPRI?

answers: text: dues
question: Quantes prediccions féu RosettaDock raonablement precises?

answers: text: setè
question: En quina posició va quedar RosettaDock en el primer experiment CAPRI?

answers: text: dinou
question: Quants mètodes de predicció participaren en el primer experiment CAPRI?

context: El 9 de maig del 2008, seguint el suggeriment d'usuaris de Rosetta@home de crear una versió interactiva del programa de computació distribuïda, el Laboratori Baker llançà Foldit, un joc de predicció de l'estructura de les proteïnes en línia basat en la plataforma Rosetta.[66] A 22 de gener del 2012, Foldit tenia més de 240.000 usuaris registrats.[67] El joc permet als usuaris dur a terme una sèrie d'accions (per exemple, «sacsejar», «bellugar» o «reconstruir») per guiar l'esquelet i les cadenes laterals d'aminoàcids de la proteïna objectiu cap a conformacions energèticament més favorables. Els usuaris poden buscar solucions individualment com a «solistes» o col·lectivament com a «evolucionadors». Ambdós sistemes donen punts als jugadors com a premi per millorar les seves prediccions.[68] Els jugadors també poden participar en «duels» contra altres usuaris. El jugador amb l'estructura energèticament més favorable després de 20 torns guanya.
qas: answers: text: Laboratori Baker
question: Qui llançà Foldit?

answers: text: un joc de predicció de l'estructura de les proteïnes en línia basat en la plataforma Rosetta
question: Què és Foldit?

answers: text: més de 240.000
question: Quants usuaris tenia registrats Foldit el 22 de gener del 2012?

answers: text: solistes
question: Com s'anomenen els usuaris que busquen solucions individualment?

answers: text: El jugador amb l'estructura energèticament més favorable després de 20 torns
question: Qui guanya el joc?