El coneixement de tots els vessants relacionats amb l'àmbit d'actuació és una eina bàsica per marcar uns objectius específics i unes línies de treball per a la gestió i la millora de l'espai, tenint en compte tant els aspectes naturals, com socials o culturals de la zona.
La gestió de l'Espai d'Interès Natural del Montgrí es fonamenta en diferents àmbits i línies de treball seguint les directrius marcades per als espais de muntanya litoral compresos a la xarxa Natura 2000.
La protecció i conservació del patrimoni natural s'encaminen cap a la gestió sostenible i integrada de les activitats que s'hi desenvolupen, al mateix temps que es duen a terme els seguiments de l'estat de conservació dels hàbitats i les espècies d'interès comunitari i altres espècies singulars de l'àmbit, tant en el medi marí com terrestre.
A aquest efecte, es prioritza en tot moment el treball conjunt amb els col·lectius implicats en la gestió, així com amb l'Ajuntament de Torroella de Montgrí.
En aquest sentit, s'apliquen mesures concretes per a la gestió forestal, ramadera, cinegètica i l'ús públic costaner i terrestre.
Atesa la rellevància que el patrimoni cultural pren en aquest espai i les seves implicacions directes en el desenvolupament local sostenible, es considera el concepte de paisatge cultural com un conjunt de natura, cultura i de relació home-medi al llarg del temps.
Aquests conceptes impliquen el desenvolupament d'una sèrie de línies estratègiques de treball encaminades a potenciar la conservació, la memòria històrica, la restauració del patrimoni cultural, la difusió i la recerca.
L'estudi i el treball que han fet des d'antic molts especialistes en diferents matèries ha donat com a fruit un coneixement intens i posteriorment el reconeixement d'uns valors mereixedors de protecció.
La recerca ha de constituir el motor que fa avançar l'espai protegit, per això es treballa per a la seva consolidació en diferents àmbits.
Les beques de recerca Joan Torró i Cabratosa organitzades juntament amb el Museu de la Mediterrània en constitueixen un clar exponent.
Els avenços que proposen la recerca i la divulgació dels valors de l'espai s'han de fer conèixer, només així se'n podrà garantir la conservació.
La informació, comunicació i educació ambiental dirigida a la població adulta i escolar és una altra de les línies de treball en procés de consolidació.
Pel que fa a les línies d'actuació del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter, es porten a terme per tal d'assolir els objectius emmarcats a la Llei 19/1990, de 10 de desembre, de conservació de la flora i fauna marines de les illes Medes.
Principalment, es realitza una gestió de les activitats humanes per tal de regular el seu ús per fer-lo compatible amb la conservació dels seus fons marins, combinada amb un servei de vigilància diari.
La recerca científica crea una línia d'acció bàsica, ja que l'espai és immillorable per a la creació de coneixement.
Per una banda, aquesta recerca va encaminada a realitzar el seguiment de les espècies i comunitats submarines per tal d'avaluar la seva evolució en el temps, i per una altra banda, es creen projectes d'estudi aplicats a la gestió per fer el seguiment de les diferents activitats i els seus impactes.
L'educació, la divulgació i les activitats de promoció són una línia bàsica, dins de qualsevol espai protegit.
Estan dirigides a qualsevol tipus de públic, des dels escolars fins als adults, sempre amb l'objectiu de donar a conèixer la importància de crear espais protegits, per tal d'aconseguir una millora general dels valors naturals i culturals del nostre territori.