El sistema de producció agrícola ecològica implica l'adopció d'una sèrie de criteris i tècniques generals que podem resumir en:
S'han de prendre totes les mesures necessàries per a evitar que es produeixin contaminacions accidentals de la finca i dels seus productes, establint, quan sigui necessari, mecanismes per a evitar-ho, com per exemple l'establiment de cledes o tanques vegetals separadores, etc.
També s'han d'implantar mesures orientades a l'increment o manteniment de la vida i la fertilitat natural del sòl, prevenint i combatent la seva compactació i erosió.
L'elecció de les pràctiques de conreu es realitzarà, en general, atenent als equilibris ecològics locals.
La producció ecològica recorrerà a les pràctiques de conreu i cultiu que mantinguin o incrementin la matèria orgànica de sòl, reforcin l'estabilitat i la biodiversitat edàfiques, i previnguin la compactació i l'erosió del sòl.
L'elecció de les espècies i les varietats a cultivar, entre d'altres factors, ha de realitzar-se en funció del manteniment de la salut dels conreus, escollint-se aquelles que millor resisteixin als paràsits i a les malalties i que millor s'adaptin a les condicions locals.
Les llavors i el material de reproducció vegetativa emprat ha de procedir, en principi, de conreu ecològic, però com que encara hi ha moltes varietats que no estan disponibles d'origen ecològic en el mercat, existeix la possibilitat d'utilitzar llavors i altre material que no provingui de cultiu ecològic certificat, preferentment llavors i material no tractat amb productes no permesos en producció ecològica.
Per a poder utilitzar llavors no ecològiques s'haurà de comprovar que la varietat escollida no està disponible al mercat i sol·licitar autorització al Consell Català de la Producció Agrària Ecològica.
Per a poder comprovar si la varietat que desitgem utilitzar està disponible d'origen ecològic certificat, cada estat membre disposa d'una base de dades on es pot consultar quines espècies i varietats estan disponibles d'origen ecològic i qui són els seus proveïdors.
Es busca mantenir o incrementar la fertilitat potencial del sòl a llarg termini, mitjançant aportacions en quantitat suficient de matèria orgànica, efectuades de forma adequada i en el moment oportú.
La fertilitat i l'activitat biològica del sòl hauran de ser mantingudes o incrementades mitjançant la rotació plurianual de cultius que comprengui les lleguminoses i altres cultius d'adobs verds i l'aplicació de fems animals o matèria orgànica, ambdós de preferència compostats, de producció ecològica.
Els materials fertilitzants s'haurien de produir en la pròpia finca, o a base de matèries primeres d'origen conegut i lliures de contaminació de productes agrotòxics, ja sigui perquè procedeixen de finques ecològiques, o bé perquè han rebut un procés fermentatiu suficient per degradar aquest possible contingut en contaminants.
La fertilització mineral es considera com a complementària a l'orgànica, per tal d'aconseguir uns adequats equilibris entre els diferents nutrients necessaris.
Aquests elements minerals s'aplicaran en la seva forma natural, sense haver sofert cap tractament químic de solubilització.
El reciclatge dels materials de rebuig i dels subproductes d'origen vegetal i animal és una de les fonts de recursos fertilitzants utilitzables.
Només es podran utilitzar fertilitzants i condicionadors del sòl que hagin estat autoritzats per a la seva utilització en agricultura ecològica.
Les aportacions de fertilitzants s'hauran de gestionar correctament, per tal d'evitar conseqüències adverses sobre la salut i la qualitat de les collites, així com sobre el medi ambient.
El fet de que un producte fertilitzant disposi d'una certificació privada que el declari apte per al seu ús en producció ecològica no significa necessàriament que ho sigui.
La prevenció de danys causats per plagues i malalties es basarà fonamentalment en la protecció dels enemics naturals, l'elecció d'espècies i varietats apropiades, la rotació de conreus i les tècniques de cultiu.
En cas de que es constati l'existència d'una amenaça per a un conreu, només es podran utilitzar productes fitosanitaris que s'hagin autoritzat expressament per a la seva utilització en producció ecològica.
El fet que un producte fitosanitari disposi d'una certificació privada que el declari apte per al seu ús en producció ecològica no significa necessàriament que ho sigui.
Basat també en la utilització de pràctiques culturals i preventives que resultin en un nivell final de vegetació adventicia que no perjudiqui el resultat econòmic del conreu.
Els mètodes de lluita que s'utilitzaran principalment són a base de sistemes mecànics (escardes i bines) i físics (cremadors superficials de gas).
La collita de plantes silvestres o parts d'elles que creixen naturalment en àrees naturals, boscos i àrees agrícoles es considerarà un mètode de producció ecològic sempre que: