Ja fa molts anys que les illes Medes han estat objecte de coneixement per als científics que estudiaven els fons marins del nostre litoral, però no va ser fins al començament del 1980 que l'Institut d'Estudis Catalans va encarregar un treball col·lectiu sobre els sistemes naturals de les illes Medes, que va suposar un gran impuls per consolidar les tasques de protecció per a la conservació del seu patrimoni natural i cultural.
A finals del 1969, la Federació Espanyola d'Activitats Subaquàtiques va engegar un projecte per proposar la creació d'un parc submarí a les illes, però les primeres lleis de protecció no van arribar fins als anys vuitanta, quan la Generalitat de Catalunya va publicar l'Ordre de 25 de novembre de 1983, per la qual es prohibia la pesca i extracció de recursos marins vius al litoral de les illes Medes.
Aquesta protecció va ser ampliada amb la Llei 19/1990, de 10 de desembre, de conservació de la fauna i flora del fons marí de les illes Medes, l'aplicació de la qual ha comportat que, actualment, l'Àrea Protegida de les Illes Medes s'hagi convertit en una de les més importants de la Mediterrània.
No és fins a l'aprovació del Pla d'espais d'interès natural l'any 1992 (Decret 328/1992) que es fa efectiva la protecció del Montgrí, la part emergida de les illes Medes i també una part dels aiguamolls del Baix Empordà.
En data de 10 de gener de l'any 2000 el Govern de la Generalitat va adoptar l'acord pel qual s'aprova definitivament el Pla especial de delimitació definitiva de l'espai del PEIN del Montgrí.
El mes de desembre del 2001, la reunió de les parts contractants del Conveni de Barcelona celebrada a Mònaco va aprovar incloure els fons marins de les illes Medes a la llista inicial de les zones especialment protegides d'importància per al Mediterrani (ZEPIM), per l'existència d'espècies singulars amb elevat valor ecològic, tant animals com vegetals.
El Decret 222/2008, d'11 de novembre, pel qual s'aprova el Pla rector d'ús i gestió de l'Àrea Protegida de les Illes Medes (PRUG), és la darrera normativa aplicada a les illes.
L'Acord de Govern de setembre del 2006 (GOV/112/2006), pel qual es designen zones d'especial protecció per a les aus (ZEPA) i s'aprova la proposta de llocs d'importància comunitària (LIC), que configura la xarxa Natura 2000 a Catalunya, unifica els tres espais del PEIN del Montgrí, les illes Medes i el baix Ter en un de sol, ampliant diversos espais com l'àmbit marí del Montgrí, la zona del Bol Roig a l'Escala, el riu Ter i la zona de les antigues instal·lacions de Ràdio Liberty a Pals.
El parc natural del Montgrí, les illes Medes i el Baix Ter es va crear per la llei 15/2010, de 21 de maig de 2010, amb l'objectiu principal d'unificar la normativa de protecció dels tres espais que conformen el parc natural (Massís del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter).
La llei declara com a Parc Natural les Illes Medes, el massís del Montgrí i el seu entorn marí així com el litoral del Baix Ter.
Comprèn el municipis de: Torroella de Montgrí, Pals, Bellcaire d'Empordà, Palau-Sator, Ullà, Fontanilles i Gualta, a la comarca del baix Empordà, i l'Escala a la comarca de l'Alt Empordà.
La llei declara com a reserva natural parcial l'àmbit marí a l'entorn de les illes Medes donant lloc a la Reserva Natural Parcial marina de les illes Medes i també les llacunes i els aiguamolls dels sectors de Ter vell, Pletera, bassa de Fra Ramon i basses de'n Coll i els seus sistemes litorals associats que en el seu conjunt originen la Reserva Natural Parcial dels Aiguamolls del Baix Ter.
La superfície emergida de les Illes Medes es declara Reserva Natural Integral.