El Parc Natural disposa d'itineraris a través dels quals podem conèixer la diversitat d'ambients que s'hi conjuguen.
Tots ells passen per camins públics, gestionats entre el Parc i els ajuntaments veïns.
Alguns d'aquests itineraris transcorren al costat de camps de conreu i fruiters, així com pastures on sovint trobem bestiar.
Per aquest motiu, demanem el màxim respecte, ja que són béns privats, i a més cal evitar alterar les seves activitats.
Aquest és un itinerari breu però intens, que proporciona un tast molt complet, accessible i amè, de bona part dels hàbitats i les espècies més emblemàtiques del Parc.
Tot i que és un recorregut curt, els nombrosos aguaits permeten allargar la vista i observar la gran varietat d'ocells que troben refugi a la zona durant tot l'any.
Anada i tornada pel mateix camí.
Aquest itinerari permet conèixer part de la franja litoral del Parc Natural, des dels estanys d'aigües dolces i poc profundes, al mas del Matar, fins a la platja, tot vorejant la llacuna litoral de la Massona.
Els nombrosos aguaits de l'itinerari i l'altíssima torre Senillosa permeten tenir una visió excel·lent de la fauna, els hàbitats i de bona part de la geografia de la comarca.
Anada i tornada pel mateix camí o bé seguint l'itinerari 3 (Volta a la Reserva).
Del mas del Matar a la platja hi ha 2,3 km (GR92).
Aquest itinerari és la continuació dels itineraris 1 i 2.
Transcorre al llarg de la franja litoral de la Reserva Integral, on es pot observar pràcticament intacta la vegetació de sòls sorrencs i salins.
Al llarg del recorregut trobarem unes torres d'observació que ens permetran observar la diversitat ambiental de les llaunes.
Aquest itinerari ens permet fer la volta a la Reserva Integral, fins a tornar al punt d'origen (8,2 km).El tram de platja d'aquest itinerari romandra tancat de l'1 d'abril a l'1 de juliol per ser època de nidificació.
Aquest itinerari enllaça dos espais humits creats pel Parc Natural i alhora connecta el Cortalet amb Empuriabrava.
Travessa un tros de la plana agrícola nua d'ombres, i fer-ho a peu pot ser feixuc en temps de calor, però és interessant tot l'any.
El darrer tram del recorregut voreja els estanys Europa, d'origen artificial i que recullen les aigües netejades de l'estació depuradora d'aigües residuals (EDAR), i l'itinerari acaba sobre el pont de fusta per a vianants que trobem sobre el riu Muga, on es pot apreciar molt bé el bosc de ribera.
Anada i tornada pel mateix camí o bé enllaçant amb la Ruta dels Estanys.
Del Cortalet als Estanys Europa hi ha 4 km.
Aquest itinerari es troba situat al marge esquerra del riu Fluvià, a 1,5 km de la seva desembocadura, en el municipi de Sant Pere Pescador.
Va ser adquirida per l'Obra Social Catalunyacaixa l'any 1999 i té una extensió de 10 ha. L'interès d'aquest itinerari rau en el prat de dall. que té una gran diversitat florística, incloent varies espècies d'orquídies i una important fauna associada.
El bosc de ribera apareix en una franja estreta a la vora del riu, que poc a poc està recol·lonitzant una antiga població de pollancres i plataners i constitueix una magnífica zona de cria per a ocells com l'oriol o el picot verd.
Aquest itinerari surt del punt d'informació de Sant Pere Pescador i tot vorejant el marge dret del riu Fluvià ens condueix a la gola del riu i a la zona de dunes de la platja.
Des d'aquesta ruta es pot observar la tercera reserva integral del Parc Natural, l'illa de Caramany, i apreciar el canvi d'ambients a mesura que ens acostem a la zona de dunes de la platja.
És un itinerari circular que es pot fer a peu o amb bicicleta.
Sortida i arribada al punt d'informació de Sant Pere Pescador (8,6 km).
Aquest és un dels dos itineraris del Parc que es poden fer amb bicicleta.
La ruta ens porta a conèixer una extensa i variada part del Parc Natural.
Sortint de la Reserva Natural Integral 2 (El Cortalet) s'arriba a la Reserva Natural Integral 1, la zona de Vilaüt, tot travessant la diversitat de paisatges i ambients, joncars, bosc de ribera, la zona de la Rubina, estanys de Palau, camps de conreu, etc., per seguir fins a la resclosa de Vilanova de la Muga i tornar cap al punt d'origen.
Aquesta ruta passa per dues de les ermites més antigues del Parc Natural, la de Sant Antoni i la de Sant Joan dels Erms.
El punt d'origen i final és el Cortalet, tot i que com que és un itinerari circular es pot començar i acabar on vulgui l'usuari.
Sortida i arribada al Cortalet (32 km).
Aquesta vegada la passejada es fa amb una intenció poètica, menys naturalista que de costum.
La proposta ens convida a llegir, comprendre textos escollits de l'obra de M. Àngels Anglada en una successió de parades —recessos o perspectives— adients segons el tema.
L'escriptora va tenir una estreta vinculació amb la campanya de defensa del Parc, i aquest territori del litoral de l'Alt Empordà va esdevenir la seva segona plana, després de la de Vic, on va néixer.
Per obtenir l'opuscle que permet fer l'itinerari de manera autoguiada (tot relacionant les fites que es van trobant amb els textos) cal passar pel Centre d'Informació del Cortalet o bé descarregar-se el PDF de la web.
Al llarg de l'any també s'organitzen passejades interpretades de l'obra d'Anglada.