Els orígens remots de l'actual sistema universitari de Catalunya es remunten a finals del segle XIII.
L'any 1300, autoritzat per una butlla de 1297 del papa Bonifaci VIII, el rei Jaume II va atorgar el privilegi de fundació de l'Estudi General de Lleida amb una disposició que prohibia establir altres estudis generals en altres ciutats dels seus regnes.
Hereva d'aquell Estudi General, la Universitat de Lleida (UdL) ha commemorat recentment set segles d'història.
L'esmentada prohibició del rei, defensada aferrissadament pel poder civil i l'eclesiàstic de Lleida, va impedir per segles que prosperessin els intents d'implantar nous estudis generals al Principat de Catalunya, tot i els repetits intents per part dels monarques i dels consells municipals de Barcelona i Girona.
Martí l'Humà va fundar un estudi de medicina a Barcelona, el 1401, però els successius intents de transformar-lo en estudi general no van prosperar fins al 1539.
D'altra banda, Alfons el Magnànim va atorgar a Girona, el 1446, un estudi general que tampoc va prosperar fins un segle més tard.
Entre el 1539 i el 1620, es van crear estudis generals o universitats a Barcelona, Girona, Tarragona, Tortosa, Vic i Solsona que, juntament amb el de Lleida, es van mantenir en funcionament fins a la desfeta catalana de 1714.
Felip V els va suprimir tots i va fundar a Cervera una única universitat per a tot Catalunya, que va iniciar les seves activitats acadèmiques el 7 de gener de 1715.
La Universitat de Barcelona (UB) va ser restablerta el 1837 i el 1842 li van ser incorporades les de Cervera i Ciutat de Mallorca.
Va quedar així constituïda en centre d'una demarcació universitària que abastava Catalunya i les Illes Balears, situació que es mantindria, amb el breu parèntesi de la Universitat Autònoma del 1933 al 1939, fins a la creació, el 1968, de la nova Universitat Autònoma de Barcelona (UAB).
Els ensenyaments tècnics arrenquen de la iniciativa, a partir del darrer terç del segle XVIII, de la Junta de Comerç de Catalunya, creada el 1758.
Aquesta institució va ser la plataforma constituïda per la burgesia comercial i industrial catalana per a la promoció de l'activitat econòmica del Principat i, amb una clara visió de futur, va crear escoles de caràcter tècnic (nàutica, taquigrafia, dibuix i belles arts, idiomes, química, botànica i agricultura, mecànica, física, economia) a partir del 1769.
El 1851, les escoles de la Junta de Comerç es van integrar en l'Escola Industrial Barcelonesa, creada per reial ordre amb l'objecte d'impartir ensenyaments industrials i mercantils.
Aquesta escola i les altres escoles tècniques que es van anar creant a Barcelona i altres ciutats (Terrassa, Vilanova i la Geltrú, Canet de Mar), a partir de la segona meitat del segle XIX, es van agrupar el 1971 en la Universitat Politècnica de Barcelona, que el 1984 va prendre el nom actual d' Universitat Politècnica de Catalunya (UPC).
Però a partir del traspàs de competències en matèria d'universitats a la Generalitat de Catalunya, el 1985, es va començar a perfilar el sistema universitari català actual i es va estendre per tot el territori.
El 1990 el Parlament de Catalunya crea a Barcelona la Universitat Pompeu Fabra (UPF) i, l'any següent, la Universitat de Lleida (UdL), la Universitat de Girona (UdG) i la Universitat Rovira i Virgili (URV), successores dels respectius estudis generals de Girona, Lleida i Tarragona, suprimits el 1714.
També es va crear, el 1995, a iniciativa del Govern de la Generalitat de Catalunya, la Universitat Oberta de Catalunya (UOC), una universitat no presencial que dóna una resposta innovadora en el camp de l'ensenyament superior mitjançant l'ús de tecnologies multimèdia i interactives.
A més de l'acció legislativa del Parlament de Catalunya, diverses iniciatives privades i públiques han conduït a la creació d'altres universitats, que el Parlament ha reconegut: la Universitat Ramon Llull (URL), el 1991, la Universitat de Vic (UVic) i la Universitat Internacional de Catalunya (UIC) el 1997, i la Universitat Abat Oliba CEU (UAO), el 2003.
L'any 2014, la Universitat de Vic (UVic-UCC) passa a anomenar-se Universitat de Vic – Universitat Central de Catalunya (Uvic-UCC) després de l'acord de federació amb la Fundació Universitària del Bages que li permet ampliar l'oferta de titulacions i de centres on s'imparteixen els estudis.