A finals de 2001, concretament els dies 20 i 26 de desembre, i posteriorment el 5 de febrer de 2003, es van detectar concentracions elevades de mercuri en l'aigua del tram final del riu Ebre (entre 2 i 6 μg/L).
Aquesta situació va provocar l'alarma a la zona, i va activar l'execució d'un estudi per caracteritzar la font de la contaminació, i posteriorment, un cop detectada i localitzada la possible font de contaminació en els fangs acumulats a l'embassament de Flix, l'execució d'un projecte de descontaminació dels fangs presents a Flix pel seu elevat risc sobre el medi ambient i la salut de la població.
Fruit de la prospecció i anàlisi dels sediments al tram final del riu Ebre es van detectar, a finals de 2003, acumulacions de llots altament contaminats al marge dret de l'embassament de Flix.
En concret, es va detectar un focus primari de contaminació format per uns 700.000 m 3 de llots contaminats, localitzats en una superfície d'unes 9 ha. al marge dret de l'embassament de Flix, procedents d'abocaments acumulats al llarg de dècades d'activitat industrial en aquesta riba del riu Ebre.
A més de l'esmentat volum de residus, cal considerar un volum addicional d'entre 100.000 i 300.000 m 3 de materials al·luvials possiblement contaminats barrejats amb els llots.
Els principals contaminants detectats al llot són compostos organoclorats, fonamentalment PCE, TCE, DCE, cloroform (molt volàtils) i hexaclorobenzè, pentaclorobenzè, DDT, PCB, policloroestirens i policloronaftalens (poc volàtils).
També s'hi troben altres composts orgànics no clorats, entre els quals destaquen el benzè, l'etilbenzè, el toluè, xilens, bifenil, etc., metalls pesants (hi destaca l'alta concentració de mercuri), i radionúclids (s'identifica la presència d'urani (238U) i els productes de la seva cadena de desintegració radioactiva, especialment radi (226Ra) i plom (210Pb)).
Després dels episodis de contaminació detectats al tram final del riu Ebre, la Generalitat de Catalunya, juntament amb el Ministerio de Medio Ambiente, i el Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC), van signar un conveni de col·laboració (octubre de 2005) per a l'anàlisi del problema, i la identificació i caracterització del risc sobre l'ecosistema i la població (caracterització dels llots contaminats i anàlisi toxicològic i compostos tòxics bioacumulats aigües avall de l'embassament).
Els resultats de l'informe es van presentar a les jornades celebrades a Tarragona els dies 6-8 de febrer de 2008.
En aquell moment, el Ministerio de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino, a través d'ACUAMED, va encarregar la redacció d'un projecte que tenia com objectiu principal l'eliminació de la contaminació acumulada procedent dels abocaments a l'embassament de Flix.
Les actuacions principals que contempla el projecte constructiu consisteixen, fonamentalment, en la retirada dels sediments contaminats mitjançant un dragat, el tractament d'aquests en una planta de depuració situada dins del recinte de la fàbrica, i el seu posterior trasllat a l'abocador mitjançant camions.
Totes aquestes tasques originen un risc de possible contaminació de les aigües del riu Ebre, des de l'embassament de Flix fins a la seva desembocadura.
Per aquest motiu s'ha redactat un Pla d'Emergència (PROCICAT) per poder fer front a eventuals situacions d'emergència que es puguin produir.
Alhora, l'Agència Catalana de l'Aigua (ACA) duu a terme un control de l'aigua, sediments i peixos aigües avall de l'embassament, coordinat amb la Confederació Hidrogràfica de l'Ebre (CHE).
També, s'ha signat un Protocol de coordinació entre l'ACA, la CHE, ACUAMED i el CAT per al control i seguiment de l'Ebre aigües avall de Flix.
L'ACA disposa d'una sonda de mesura en continu de mercuri i terbolesa a Flix, i la CHE disposa també d'una sonda similar a Ascó, amb les quals es fa un seguiment en continu per prevenir i alertar, si arribés el cas, dels possibles episodis de contaminació que se'n puguin derivar de les actuacions de descontaminació o de la fuita de contaminants del recinte tancat on es realitza l'extracció de fangs contaminats.