El marcat gradient altitudinal, l'accidentat relleu i la presència de rius i barrancs, proporcionen al Parc Natural dels Ports un elevat nombre d'ambients diferents que permeten que s'hi desenvolupi una notable diversitat i riquesa florística.
1.056,4 ha - 3% de la superfície total del Parc
A les faldes del massís, sobretot fora de l'àmbit del Parc encara que també en alguns rodals dins de l'espai protegit, s'hi instal·len diversos conreus arboris de secà.
En aquests conreus s'hi fan principalment oliveres ( Olea europaea ), ametllers ( Prunus dulcis ) i garrofers ( Ceratonia siliqua ), encara que entremig d'aquests no és estrany trobar-hi alguns altres fruiters com figueres ( Ficus carica ) o magraners ( Punica granatum ), anouers ( Juglans nigra ), serveres ( Sorbus domestica )...
La implantació de conreus en aquestes contrades va ésser possible gràcies a la creació de bancals reforçats amb marges de pedra seca en aquells vessants de pendent menys pronunciat.
Aquesta activitat agrícola en indrets de muntanya ha patit però, des de la dècada de 1960, una forta davallada com a conseqüència dels canvis socieconòmics i productius, i actualment molts espais antigament conreats en llocs inaccessibles i de fort desnivell, han estat abandonats, donant lloc a la seva colonització per comunitats arbòries o arbustives de caire forestal.
L'ús de fertilitzants en els conreus facilita l'entrada de plantes nitròfiles que colonitzen els mateixos camps o bé els seus marges, i les vores de camins, com ara l'olivarda ( Inula viscosa ), el fonoll ( Foeniculum vulgare )o la xicoira ( Cichorium intybus ).
Durant l'hivern, les oliveres ofereixen aliment a diversos moixons com ara tallarols de casquet ( Sylvia atricapilla ), tords ( Turdus philomelos ) o estornells ( Sturnus vulgaris ).
D'altra banda, els forats de les soques i els racons dels marges de pedra ofereixen refugi per alguns rèptils com ara llangardaixos ocel·lats ( Timon lepidus ) o dragons ( Tarentola mauritanica ).
D'altra banda, l'ús d'herbicides i insecticies, així com les pràctiques agrícoles tradicionals (eliminació de ribassos, sòls despullats,...) en els oliverars causen moltes baixes d'espècies de flora i fauna autòctones.
7.510,7 ha -21,5% de la superfície del Parc
Una bona part del Parc, el trobem ocupat per brolles de romaní i per màquies o garrigues.
Aquestes formacions arbustives apareixen com a comunitats secundàries a conseqüència de la degradació dels alzinars, ocasionada principalment per l'explotació forestal intensa i pels incendis dels darrers segles.
Les brolles són matollars poc densos, dominats per arbustos com el romaní ( Rosmarinus officinalis ), el bruc d'hivern ( Erica multiflora ), la romerola ( Cistus clusii ), les terretes ( Fumana ericoides ) o el timó ( Thymus vulgaris ).
Presenten la fulla estreta, escassa i que es perd parcialment a l'estiu.
Aquestes adaptacions els hi permeten superar el fort de l'eixut estival.
Les màquies i garrigues són bosquines en general denses, formades sobretot per arbustos mediterranis de fulla petita i coriàcia, on predomina el coscoll ( Quercus coccifera ).
Els arbustos acompanyants varien molt en funció de l'altitud i de l'orientació.
A les parts baixes del vessant marítim, destaquen les màquies amb margalló ( Chamaerops humilis ) i llentiscles; mentre que a les àrees culminants domina quasi exclusivament el coscoll.
2.785,3 ha - 7,9% de la superfície del Parc
Als vessants eixuts i pedregosos de l'alta i mitja muntanya, on les condicions edàfiques no permeten el desenvolupament de formacions arbòries, s'hi fan matollars dominats pel boix ( Buxus sempervirens ), acompanyat de ginebró ( Juniperus communis ), el càdec ( Juniperus oxycedrus ), la savina ( Juniperus phoenicea ) o el corner ( Amelanchier ovalis ), entre altres.
A les carenes eixutes i ventoses, s'hi desenvolupa el matollar d'eriçó ( Erinacea anthyllis ), un poblament subarbustiu dominat per mates espinoses en forma de coixinet.
En aquests ambients, sovint hi podem trobar algunes plantes rares al massís com és l'aranyoner prostrat ( Prunus prostrata ) o alguns endemismes com la ravenissa de roca ( Brassica repanda subsp. dertosensis ) o l' Armeria fontqueri.
Els matollars són els ambients preferits de la cabra salvatge ( Capra pyrenaica subsp. hispanica ) o de l'escurçó ibèric ( Vipera latastei ).
2.328,8 ha - 6,7% de la superfície del Parc
Les pinedes de pi blanc o sapí ( Pinus halepensis ) se situen tant en vessants obacs com en solells fins al voltant dels 700 m d'altitud.
Aquestes pinedes constitueixen masses forestals de caràcter secundari afavorides per la destrucció dels alzinars.
El sotabosc que s'hi fa és variable, si la pineda correspon a una etapa avançada en la reconstitució de l'alzinar, incorpora plantes característiques d'aquesta comunitat; en cas contrari les plantes que l'acompanyen són les pròpies de les brolles i màquies.
5.066 ha - 14,6% de la superfície del Parc
En alguns fondals humits de la muntanya baixa i mitjana, encara es conserven alguns reductes de l'alzinar litoral.
Es tracta d'un bosc molt ombriu amb un estrat arbori presidit per l'alzina ( Quercus ilex ).
L'estrat arbustiu i lianoide és molt dens i presenta una notable quantitat d'espècies, entre les que destaquen el marfull ( Viburnum tinus ), el fals aladern ( Phillyrea latifolia ) o l'arboç ( Arbutus unedo ), que col·laboren a fornir la comunitat i dotar-la de frescor i ombra.
Malauradament, els alzinars del territori ens els trobem molt fragmentats, i tot sovint l'estrat arbori és dominat parcialment per pins.
A les parts altes s'hi fan els alzinars o carrascars muntanyencs, els quals solen ser més esclarissats i amb un estrat arbustiu molt més pobre.
11.378,9 ha - 32,4% de la superfície del Parc
En guanyar alçada, les pinedes de pi blanc i els alzinars són substituïts progressivament per les pinedes de pi negral o pinassa ( Pinus nigra subsp. salzmannii ), les quals al seu torn són acompanyades o substituïdes pel pi rojal ( Pinus sylvestris ) a les parts més altes.
Al sotabosc s'hi fan algunes plantes pròpies de les pinedes submediterrànies com ara la boixerola ( Arctostaphylos uva-ursi ), la peònia de muntanya ( Paeonia officinalis ) o el marxívol ( Hellebourus foetidus ).
110,5 ha - 0,3% de la superfície del Parc
En algunes raconades humides de les parts altes del vessant sud del massís s'hi donen les condicions climàtiques òptimes per al desenvolupament del faig ( Fagus sylvatica ).
Les fagedes dels Ports constitueixen boscos densos i ombrívols dominats pel faig, tot sovint acompanyat pel grèvol i el teix a l'estrat arbori.
El sotabosc és força pobre i normalment consisteix en una massa densa de boix, acompanyat d'algunes herbes pròpies dels boscos caducifolis, com ara la prímula ( Primula acaulis ).
Les fagedes dels Ports són les més meridionals de la Península Ibèrica i van ser declarades Reserva Natural Parcial en 2001.
2.462,5 ha - 6,9% de la superfície del Parc
Els prats i les pastures que podem trobar al massís varien molt en funció de la humitat del sòl i del grau de pastura.
D'entre els prats secs, els fenassars o prats de Brachypodium phoenicoides són probablement els més abundants, els quals ocupen talussos, marges de conreus i erms de bona part del territori.
Aquest tipus de prat es troba especialment afavorit per l'abandonament agrícola, ja que el fenàs cerca sòls profunds per establir-se.
Un altre prat molt relacionat amb el primer, és el llistonar o prat sec de Brachypodium retusum, igualment ben representat al massís se situa en vessants de poc pendent, sobre sòls poc profunds i generalment molt secs.
La comunitat és habitualment dominada pel llistó, per bé que a la primavera s'hi fan una munió de petites plantes anuals entremig, que moren en arribar l'estiu.
Entre les pastures submediterrànies destaca la jonceda, que és molt rica en espècies, integrada tant per plantes herbàcies com per petits arbusts.
En general l'espècie dominant és la jonça ( Aphyllantes monspeliensis ), que quan floreix a la primavera, destaca pel seu color blau característic, ben acompanyada d'altres mates com la sàlvia ( Salvia lavandulifolia ) o la pinya de Sant Joan ( Leuzea conifera ).
A les parts més altes, damunt de sòls més profunds i humits, i en llocs tradicionalment pasturats s'hi desenvolupen pastures mesòfiles, amb una presència elevada de plantes eurosiberianes.
92 ha - 0,2% de la superfície del Parc
Els principals rius del massís, el Matarranya, l'Ulldemó, l'Algars i els Estrets, se situen al vessant occidental o interior del massís.
La major part dels seus recorreguts flueixen engorjats entre parets de roca, fet que dificulta l'establiment del bosc ribera.
La vegetació que s'hi fa és mes aviat de tipus arbustiu, sargars ( Salix eleagnos ) principalment; o bé de tipus herbaci, com ara jonqueres o comunitats dominades per mansega ( Cladium mariscus ).
Les parts baixes dels barrancs del vessant marítim són de caràcter estacional i la vegetació que els ocupa és la pròpia de les rambles mediterrànies.
Es tracta d'una bosquina alta, oberta i discontínua, dominada pel baladre ( Nerium oleander ), el qual sovint es troba acompanyat d'altres arbustos com ara la murta ( Myrtus communis ).
Tot i la seva reduïda extensió, alberguen una gran diversitat de fauna com la llúdriga ( Lutra lutra ) o la madrilleta roja ( Achondrostoma arcasii ).
2.240,5 ha - 6,4% de la superfície del Parc
Les cingleres i pedruscalls constitueixen sens dubte l'ambient més característic dels Ports.
Els cingles i penyals calcaris apleguen un tipus de plantes molt especialitzades que són capaces de viure en les petites escletxes que ofereix la roca calcària, aquest tipus de vegetació se l'anomena rupícola.
Són especialment interessants els cingles i pedruscalls orientats al nord, alguns dels quals reuneixen un bon grapat de plantes endèmiques del massís, com ara el salze de cingle ( Salix tarraconensis ), el conillet de roca ( Antirrhinum pertegasii ) o el corniol dels Ports ( Aquilegia paui ).
Pel que fa a la fauna, els penyals ofereixen la protecció necessària per a la cria d'una gran diversitat d'ocells com ara roquerols ( Ptyonoprogne rupestris ), merles blaves ( Monticola solitarius ), o voltors ( Gyps fulvus ).
Entre els rapinyaires destaquen l'àguila daurada ( Aquila chrysaetos ), l'àguila perdiguera ( Aquila fasciata ) o el falco peregrí ( Falco peregrinus ).