La Llei 15/2010 de declaració del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter crea l'òrgan rector del Parc:
L'òrgan rector del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter és un òrgan col·legiat adscrit al departament competent en matèria de medi ambient i està integrat per representants dels diversos departaments de la Generalitat amb competències relacionades amb la gestió del Parc Natural, de les diverses administracions actuants, inclosos els ajuntaments, i de les entitats més representatives de sectors socials implicats, com ara l'agrari, el pesquer, el turític, el cultural, el recreatiu, el científic, l'ambiental, el de la propietat privada, el de la caça, i altres sectors socials.
La Junta Rectora està integrada pels membres següents:
- Una persona representant de cada un dels ens locals següents:
Ajuntament de Torroella de Montgrí
Ajuntament de Bellcaire d'Empordà
- Una persona representant de cada una de les entitats i organitzacions següents:
Joves Agricultors i Ramaders de Catalunya
Institut Agrícola Català Sant Isidre
Comunitat de Regants Presa de Colomers i Col·lectivitat Mas Duran
Comunitat de Regants Molí de Pals
Associació d'Empreses d'Activitats Subaquàtiques
Càtedra d'Ecosistemes Litorals Mediterranis
Departament de Ciències Ambientals de la Universitat de Girona
Confraria de Pescadors de l'Estartit
Cambra de Comerç de Girona (Delegació del Baix Empordà)
Associació Masos de Torroella, de Montgrí i l'Estartit (AMTE)
- Representants de la Generalitat i altres administracions públiques:
Una persona representant del departament competent en matèria de medi natural.
Una persona representant del departament competent en matèria d'agricultura.
Una persona representant del departament competent en matèria de pesca i afers marítims.
Una persona representant del departament competent en matèria d'empresa.
Un representant del departament competent en matèria de planificació ambiental.
Un representant del departament competent en matèria d'urbanisme.
Un representant del departament competent en matèria de ports i costes.
Una persona representant del departament competent en matèria de cultura.
Una persona representant del departament competent en matèria de turisme.
Una persona representant del ministeri competent en matèria de marina mercant (capitania).
Una persona representant del Consell Comarcal del Baix Empordà.
Una persona representant del Consell Comarcal de l'Alt Empordà.
3.3 El president o la presidenta de la Junta Rectora és nomenat/da per resolució del conseller o la consellera competent en matèria de medi natural d'entre els seus membres, a proposta de la Junta Rectora.
3.4 El director o la directora del Parc Natural, que actua amb veu però sense vot, fa les funcions de secretari o secretària de la Junta Rectora.
2.1 La Junta Rectora exerceix les funcions de participació, consulta i tutela de la gestió i, així mateix, vetlla pel compliment de la normativa reguladora del Parc Natural, proposa normes i actuacions per a una eficaç defensa dels valors ecològics i per al desenvolupament sostenible en l'àmbit del Parc Natural.
2.2 Són funcions específiques de la Junta Rectora:
a) Establir, d'acord amb les disposicions reguladores del Parc Natural, directrius per exercir-ne la gestió.
b) Proposar el programa d'actuació i la memòria anual de gestió.
c) Proposar el pressupost anual d'acord amb les prioritats d'inversions en infraestructures i serveis dins l'àmbit del Parc Natural.
d) Coordinar les actuacions de les administracions representades que puguin afectar l'espai protegit, i fer-ne el seguiment.
e) Ésser consultada amb caràcter preceptiu prèviament a l'aprovació de les disposicions, els plans i els programes que es formulin per al Parc Natural.
f) Proposar i promoure mesures i actuacions per a la millor protecció del Parc Natural, per al foment del coneixement i el gaudi ordenat dels seus valors, per a l'afavoriment de les activitats tradicionals, entre elles, les agrícoles, ramaderes i forestals, i per al desenvolupament local sostenible.
g) Proposar, si escau, un grau de protecció més alt per als espais que ho requereixin i proposar la declaració de noves figures de protecció o la modificació de les que estableix la Llei de creació del Parc.
de creació de la Junta Rectora del Parc Natural del Montgrí, les Illes Medes i el Baix Ter.