Актинобактерии

Актинобактериите (латински: Actinobacteria) се големо колено на Грам-позитивни бактерии со висока содржина на G:C. Можат да бидат копнени или водни форми.
1 Одлики
Тука се вклучени некои од најчестите почвени, слатководни и морски организми, кои играат важна улога во разградувањето на органските материи, како целулозата и хитинот, што ги прави витален дел во јаглеродниот циклус. На овој начин се обновуваат хранливите минерални состојки за растенијата во почвата, а се создава и хумус. Останатите актинобактерии ги населуваат растенијата и животните, каде има и неколку патогени (на пример, ''Mycobacterium'', ''Corynebacterium'', ''Nocardia'', ''Rhodococcus'' и неколку видови од родот ''Streptomyces'').
Актинобактериите се познати по производството на вторични метаболити, па затоа се предмет на интерес за фармакологијата и индустријата. Во 1940, Селман Ваксман открил дека почвените бактерии, кои тој ги проучувал, произведувале актиномицин (вид на антибиотик), поради што добил Нобелова награда. Оттогаш кај почвените микроорганизми се откриени илјадници природни антибиотици (кои не се добиени по синтетски пат), особено од родот ''Streptomyces''.
Некои актинобактерии образуваат разгранувачки филаменти кои на некој начин наликуваат на мицелиите кај габите, поради што првобитно тие беа класифицирани под името актиномицети. Повеќето членови се аеробни, но неколку, како ''Actinomyces israelii'', можат да растат и во анаеробни услови. За разлика од Firmicutes (другата поголема група на Грам-позитивни бактерии), овие имаат ДНК со висока содржина на G:C, а некои актиномицетни видови создаваат надворешни спори (ендоспори).
Одредени видови на актинобактерии (како на пример ''Streptomyces griseus'') се одговорни за мирисот на почвата по орање или по дождливо време, главно во потоплите климатски подрачја.
2 Систематика
Моментално прифатената систематика се заснова на ''Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата'' (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и ''Националниот центар за биотехнолошки информации'' (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).* Вид "''Cathayosporangium alboflavum''" ♠ Runmao ''et al''. 1995
* Вид "''Candidatus'' Planktophila limnetica" Jezbera ''et al''. 2009
* Вид "''Tonsillophilus suis''" ♠ Azuma and Bak 1980
* Класа Rubrobacteria Suzuki 2013 (Rubrobacteridae Rainey ''et al''. 1997 emend. Zhi''et al''. 2009)
** Ред Rubrobacterales Rainey ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009
*** Фамилија Rubrobacteraceae Rainey et al. 1997
* Класа Thermoleophilia Suzuki & Whitman 2013 (Thermoleophilidae)
** Ред Gaiellales Albuquerque ''et al''. 2012
*** Фамилија Gaiellaceae Albuquerque et al. 2012
** Ред Thermoleophilales Reddy & Garcia-Pichel 2009
*** Фамилија Thermoleophilaceae Stackebrandt 2005 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред Solirubrobacterales Reddy & Garcia-Pichel 2009
*** Фамилија Conexibacteraceae Stackebrandt 2005 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
*** Фамилија Patulibacteraceae Takahashi et al. 2006 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
*** Фамилија Solirubrobacteraceae Stackebrandt 2005 emend. Zhi et al. 2009
* Класа Coriobacteriia Konig 2013 emend. Gupta et al. 2013 (Coriobacteridae Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009)
** Ред Coriobacteriales Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Gupta et al. 2013
*** Фамилија Atopobiaceae Gupta et al. 2013
*** Фамилија Coriobacteriaceae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред Eggerthellales Gupta et al. 2013
*** Фамилија Eggerthellaceae Gupta et al. 2013
* Класа Acidimicrobiia Norris 2013 (Acidimicrobidae Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009)
** Ред Acidimicrobiales Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009 [Acidimicrobineae Garrity, Bell & Lilburn 2003]
*** Фамилија Acidimicrobiaceae Stackebrandt et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009
*** Фамилија Iamiaceae Kurahashi et al. 2009
*** Фамилија "Microthrixaceae" Joseph et al. 2003
* Класа Nitriliruptoria Ludwig et al. 2013 (Nitriliruptoridae Kurahashi ''et al''. 2010)
** Ред Egibacterales Zhang et al. 2016
*** Фамилија Egibacteraceae Zhang et al. 2016
** Ред Egicoccales Zhang et al. 2015
*** Фамилија Egicoccaceae Zhang et al. 2015
** Ред Euzebyales Kurahashi ''et al''. 2010
*** Фамилија Euzebyaceae Kurahashi et al. 2010
** Ред Nitriliruptorales Sorokin ''et al''. 2009
*** Фамилија Nitriliruptoraceae Sorokin et al. 2009
* Класа Actinobacteria Stackebrandt et al. 1997 (Actinobacteridae Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009)
** Вид ?"''Boyliae praeputiale''" ♠ Yates et al. 2002
** Ред ?"Actinomarinales" Ghai et al. 2013 ["Actinomarinidae" Ghai et al. 2013]
*** Фамилија "Actinomarinaceae" Ghai et al. 2013
** Ред Acidothermales Sen et al. 2014
*** Фамилија Acidothermaceae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 emend. Zhi et al. 2009
** Ред "Catenulisporales" Donadio et al. 2012 (Catenulisporineae Cavaletti et al. 2006 emend. Zhi et al. 2009)
*** Фамилија Actinospicaceae Cavaletti et al. 2006 emend. Zhi et al. 2009
*** Фамилија Catenulisporaceae Busti et al. 2006 emend. Zhi et al. 2009
** Ред "Streptomycetales" Kampfer 2012 (Streptomycetineae Rainey et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009)
*** Фамилија Streptomycetaceae Waksman & Henrici 1943 emend. Zhi et al. 2009
** Ред Geodermatophilales Sen et al. 2014
*** Фамилија Geodermatophilaceae Normand 2006 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред Frankiales Sen et al. 2014 (Frankineae Stackebrandt, Rainey & Ward-Rainey 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
*** Фамилија Motilibacteraceae Lee 2013
*** Фамилија Cryptosporangiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
*** Фамилија Frankiaceae Becking 1970 emend. Zhi et al. 2009
*** Фамилија Sporichthyaceae Rainey et al. 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред Nakamurellales Sen et al. 2014
*** Фамилија Nakamurellaceae Tao et al. 2004 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009 [Microsphaeraceae Rainey et al. 1997]
** Ред "Kineosporiales" Kampfer 2012 (Kineosporineae Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
*** Фамилија Kineosporiaceae Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред Micrococcales Prevot 1940 [Arthrobacteria; Micrococcineae Stackebrandt et al. 1997 emend. Yassin et al. 2011; incl. ''Flavobacterium oceanosedimentum''; Bifidobacteriales Stackebrandt ''et al''. 1997 emend. Zhi ''et al''. 2009; Actinomycetales Buchanan 1917 emend. Zhi ''et al''. 2009]
*** Фамилија Intrasporangiaceae
*** Фамилија Microbacteriaceae
*** Фамилија Cellulomonadceae
*** Фамилија Promicromonosporaceae
*** Фамилија Sanguibacteraceae
*** Фамилија Rarobacteraceae
*** Фамилија Jonesiaceae
*** Фамилија Bogoriellaceae
*** Фамилија Beutenbergiaceae
*** Фамилија Ruaniaceae
*** Фамилија Actinomycetaceae
*** Фамилија Demequinaceae
*** Фамилија Dermabacteraceae
*** Фамилија Brevibacteriaceae
*** Фамилија Micrococcaceae {incl. Bifidobacteriaceae)
** Ред "Propionibacteriales" Patrick & McDowell 2012 (Propionibacterineae Rainey et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009)
*** Фамилија Nocardioidaceae
*** Фамилија Propionibacteriaceae
** Ред "Streptosporangiales" Goodfellow 2012 (Streptosporangineae Ward-Rainey et al. 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
*** Фамилија Streptosporangiaceae
*** Фамилија Nocardiopsaceae
*** Фамилија Thermomonosporaceae
** Ред "Jiangellales" Tang et al. 2012 (Jiangellineae Tang et al. 2011)
*** Фамилија Jiangellaceae Tang et al. 2011
** Ред "Glycomycetales" Labeda 2012 (Glycomycetineae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009)
*** Фамилија Glycomycetaceae Rainey, Ward-Rainey & Stackebrandt 1997 emend. Zhi, Li & Stackebrandt 2009
** Ред "Micromonosporales" Genilloud 2012 (Micromonosporineae Stackebrandt et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009 ; Actinoplanales]
*** Фамилија Micromonosporaceae
** Ред "Pseudonocardiales" Labeda & Goodfellow 2012 (Pseudonocardineae Stackebrandt et al. 1997 emend. Labeda et al. 2011)
*** Фамилија Pseudonocardiaceae
** Ред "Corynebacteriales" Goodfellow & Jones 2012 (Corynebacterineae Stackebrandt et al. 1997 emend. Zhi et al. 2009; Mycobacteria)
*** Фамилија Segniliparaceae
*** Фамилија Nocardiaceae [Gordoniaceae; Williamsiaceae]
*** Фамилија Dietziaceae
*** Фамилија Corynebacteriaceae
*** Фамилија Tsukamurellaceae
*** Фамилија Mycobacteriaceae
Забелешки: ♠ Видови кои се наведени во NCBI, но не во LSPN.
2.1 Поважни родови
Повеќето актинобактерии кои се важни од медицински или економски аспект се наоѓаат во поткласата Actinobacteridae, ред Actinomycetales. Додека многу од нив предизвикуваат заболувања кај луѓето, родот ''Streptomyces'' е важен извор на антибиотици.
Од актинобактериите кои не се наоѓаат во Actinomycetales, ''Gardnerella'' е најистражувана. Нејзината систематика е контроверзна, при што MeSH ја класифицира и како Грам-позитивна, и како Грам-негативна бактерија.
Секвенционирани (или во фаза на секвенционирање) се 44 геноми од актинобактерии.