Проект за геномот на ракот

Проектот за геномот на ракот или Проект „Геном на ракот“ ― дел од истражувањето на ракот, стареењето и соматските мутации од страна на Сенгеровиот институт во Обединетото Кралство. Таа има за цел да ги идентификува секвенциските варијанти/мутации критични во развојот на човечките ракови. Како и проектот „Атлас за геномот на ракот“ во Соединетите Држави, така и Проектот за геномот на ракот претставува напор во војната против ракот за подобрување на дијагнозата, третманот и спречувањето на ракот преку подобро разбирање на молекуларната основа на болеста. Проектот за геномот на ракот бил лансиран од Мајкл Стратон во 2000 година, а Питер Кембел сега е проектниот водач на групата. Проектот работи на комбинирање на знаењето за секвенцата на човечкиот геном со техники за откривање на мутации со висока пропусност.
Проектот работи во рамките на Меѓународниот конзорциум за геном на рак, работејќи со другите организации и земји-учеснички за да биде изградена база на податоци за геномските промени присутни кај различни видови рак. Информациите за соматска мутација собрани од проектот може да бидат сместени во базата на податоци на COSMIC. Проектот на Сенгеровиот институт моментално има неколку внатрешни партнери од кои секој се насочува на различни видови рак и мутагенеза користејќи различни методи. Истражувањето оди подалеку од само секвенционирање за да вклучи откритија за терапевтски биомаркери направени со помош на биоинформатички програми. Меѓу овие откритија се биомаркерите за чувствителност на лекови и биомаркерите на инхибиторите. Овие откритија поврзани со еволуцијата на технологиите за секвенционирање на ДНК до техниките за секвенционирање преку т.н. „следната генерација“, се важни во потенцијалниот третман на болеста и може дури да помогнат да бид доведено до поперсонализирана медицина за пациентите со рак.
1 Цели
Целите на проектот се да помогне да бидат секвенционирани и каталогизирани различни геноми на ракот. Надвор од самото секвенционирање, внатрешните партнери на проектот имаат различни области на фокус што ќе помогнат во севкупната цел на проектот за одредување единствени начини за рано откривање на ракот, подобро спречување и подобрен третман за пациентите.
2 Соработници
Следниве групи се внатрешни партнери во Сенгеровиот институт со лаборатории вклучени во Проектот за геномот на ракот, од кои секоја спроведува различни области на истражување кои вклучуваат геномика на ракот, други болести и подобрувања на терапијата за двете горенаведени.
2.1 Гарнетова група
Гарнетовата група е предводена од Метју Гарнет. Тие работат на подобрување на тековните терапии против рак со одредување како промените во ДНК на клетките резултираат со рак и последиците што тоа ги има во однос на одговорот на пациентот на терапијата и нејзиното потенцијално подобрување. Тековното истражување што го спроведува групата вклучува геномика на чувствителноста на лекови, картирање на синтетичко-смртоносна зависност во клетките на ракот, нова генерација на органоидни модели на рак и прецизни органоидни модели за проучување на функцијата на генот на ракот.
2.2 Џексонова група
Џексоновата група е предводена од Стив Џексон, а нивното истражување е насочено на тоа како клетките го користат одговорот на оштетување на ДНК за да ја откријат и поправат оштетената клеточна ДНК. Истражувањето што тие го спроведуваат имаат големи последици кои вклучуваат болести кои произлегуваат од губење на функцијата на системот на одговорот на оштетување на ДНК, како што се рак, невродегенеративни болести, неплодност, имунодефициенција и предвремено стареење.
2.3 Лиуова група
Пентао Лиу ја предводи Лиуовата група, која користи генетика, геномика и клеточна биологија кај глувците за да ја проучува улогата на генските функции во развојот на нормалните клетки и ткива, како и развојот на различни заболени клетки и ткива, вклучувајќи го и ракот. Групата вложува голем интерес за избор на лоза, самообновување и диференцијација на матичните клетки, што би имало последици во рано откривање, спречување и можности за терапија за рак и други генетски болести.
2.4 Мекдермотова група
Ултан Мекдермот ја предводи Мекдермотовата група. Групата користи технологии за секвенционирање преку т.н. „следната генерација“, генетски прегледи и биоинформатика за да го зголеми знаењето за ефектот што геномите на ракот го имаат врз чувствителноста и отпорноста на лековите во однос на пациентите. Различните видови генетски прегледи што се користени се групираните редовно меѓупросторни кратки палиндромски повторувања, хемиска мутагенеза и мешање со РНК. Главните области на фокус на групата се фармакогеномиката на ракот и генетските прегледи за да биде изградена резерва на отпорност на лекови кај ракот.
2.5 Ник-Заиналова група
Водачот на Ник-Заиналовата група е Серена Ник-Заинал. Групата користи сметачки методи за да го идентификува уникатниот потпис на мутагенезата во соматските клетки за да помогне да биде зголемено разбирањето за тоа како мутациите во ДНК придонесуваат за стареење и рак. Како што се секвенционирани повеќе геноми на рак, информациите што ги создава групата ќе опфатат поцврста збирка, овозможувајќи да биде разбрано како мутациите доведуваат до различни видови, па дури и подвидови рак.
2.6 Василиуова група
Василиуовата група е предводена од Џорџ Василиу, и тие се насочени кон хематолошкиот рак. Групата проучува како различните гени и нивните патишта помагаат во еволуцијата на ракот на крвта, со крајна цел да биде развиен третман кој ќе го зголеми квалитетот и должината на животот на пациентите.
2.7 Вутова група
Тјери Вут ја предводи Вутовата група. Групата користи варијанти на едноклеточен геном и нејзината транскрибирана РНК за да ја проучува стапката на мутација, геномската нестабилност во гаметогенезата и ембриогенезата и ефектите на клеточната хетерогеност врз здравјето и болеста.
3 Истражување
Во обид да биде разбрана подобро механиката на мутациите што водат до развој на рак, Ник-Заиналовата група спровела студија која вклучувала каталогизација на соматските мутации за 21 различен рак на дојка. Групата потоа користела математички методи за да помогне во одредувањето на уникатните мутациски потписи на основните постапки кои водат до еволуција од здраво во заболено ткиво за секој од земените видови рак. Резултатите покажале дека мутациите вклучуваат неколку единечни и двојни нуклеотидни замени кои можеле да бидат диференцирани. Уникатните мутации за секој рак овозможиле 21 примерок да бидат категоризирани врз основа на видот и подвидот рак, покажувајќи врска помеѓу мутациите и видот на добиениот рак. Додека групата била во можност да ги идентификува овие мутации, тие не биле во можност да ги одредат основните механизми што резултирале со нив.
Мекдермотовата група во учество со други лаборатории работела на изнаоѓање нови можности за третман за акутна миелоидна леукемија, агресивен рак со лоша прогноза. Тие го постигнале ова со дизајнирање на широка алатка за преглед на геномот со групираните редовно меѓупросторни кратки палиндромски повторувања за наоѓање области во геномот кои би биле поподложни на третман во клетките на акутната миелоидна леукемија. Истражувањето идентификувло 492 суштински гени за функцијата на клетките на акутната миелоидна леукемија кои би биле достапни за да бидат терапевтски цели. Групата ги потврди добиените резултати со генетска и фармаколошка инхибиција на одредени гени. Инхибицијата на еден од избраните гени, KAT2A'','' можела да го потисне растот на клетките на акутната миелоидна леукемија низ неколку генотипови, оставајќи ги неоштетените клетки кои не се ракородни. Резултатите од оваа студија предлагаат неколку ветувачки терапевтски опции за акутната миелоидна леукемија кои ќе треба дополнително да бидат истражени.
4 Поврзано
* Секвенционирање на геномот на ракот
* Атлас за геномот на ракот
* Меѓународен конзорциум за геном на рак
* База на податоци за рак на COSMIC