Неандерталска генетика

Генетските проучувања на древната ДНК на неандерталците станала можна кон крајот на 1990-тите. Проектот за неандерталскиот геном, основан во 2006 година, го претставил првиот целосно секвенциониран геном на неандерталецот во 2013 година.
Од 2005 година, се акумулираат докази за значителна мешавина на ДНК на неандерталците во современите популации.
Времето на раздвојување помеѓу неандерталците и современите човечки лози се проценува на помеѓу 750.000 и 400.000 години. Овие податоци биле предложени од страна на Ендикот и неговите соработници (2010) и Ре со неговите соработници (2014). Значително подлабоко време на паралелизам, во комбинација со повторени рани настани на мешање, било пресметано од Роџерс и неговите соработници (2017).
1 Секвенционирање на геномот
Во јули 2006 година, Институтот за еволутивна антропологија „Макс Планк“ и „454 Life Sciences“ објавиле дека ќе го секвенционираат геномот на неандерталците во текот на следните две години. Тие се надевале дека споредбата ќе го прошири разбирањето на неандерталците, како и еволуцијата на луѓето и човечкиот мозок.
Во 2008 година Ричард Е. Грин и неговите соработници од Институтот за еволутивна антропологија „Макс Планк“ во Лајпциг, Германија, ја објавиле целосната низа на неандерталската митохондриска ДНК (мтДНК) и предложиле „''Неандерталците имале долгорочна ефективна големина на популација помала од онаа на современите луѓе''“. Во истата публикација, Сванте Пабо открил дека во претходната работа на Институтот „Макс Планк“: „''Загадувањето навистина беше проблем''“, и на крајот дознале дека 11% од нивниот примерок претставува современа човечка ДНК. Оттогаш, повеќе од подготвителната работа е направена во чисти области и „ознаки“ со 4-базни парови се додадени на ДНК веднаш штом била извлечена за да може да се идентификува ДНК на неандерталците.
Проектот за прв пат го секвенционирал целиот геном на неандерталецот во 2013 година со негово извлекување од коската на прстите на сибирски неандерталец стар 50.000 години.
Меѓу гените кои се покажале дека се разликуваат помеѓу денешните луѓе и неандерталците биле ''RPTN'', ''SPAG17'', ''CAN15'', ''TTF1'' и ''PCD16''.
Визуелизациска карта на референтната модерна-човечка која ги содржи геномските региони со висок степен на сличност или со новина според неандерталецот од 50 ka била направена од Пратас и неговите соработници
2 Вкрстување со современите луѓе
Истражувачите се осврнале на прашањето за можното вкрстување помеѓу неандерталците и анатомски современите луѓе од раните археогенетски проучувања од 1990-тите. До 2006 година, не биле пронајдени докази за вкрстување. Дури во 2009 година, анализата на околу една третина од целосниот геном на поединецот Алтај покажала дека „''нема знаци на мешање''“. Варијантата на микроцефалин вообичаена надвор од Африка, предлага дека е од неандерталско потекло и одговорна за брзиот раст на мозокот кај луѓето, не била пронајдена кај неандерталците; ниту пак многу стара варијанта на MAPT (тау протеин) била пронајдена првенствено кај Европејците. Сепак, поновите проучувања заклучиле дека протокот на гените помеѓу неандерталците и анатомски современите луѓе се случил повеќе пати во текот на илјадници години.
Позитивните докази за мешање првпат биле објавени во мај 2010 година Генетскиот материјал наследен од неандерталецот се наоѓа во сите популации на Африка кои не се во потсахарскиот регион и првично било пријавено дека сочинува 1 до 4 проценти од геномот. Оваа фракција била рафинирана на 1,5 до 2,1 отсто. Понатамошните анализи откриле дека протокот на гените на неандерталците е дури и забележлив кај африканските популации, што сугерира дека некои варијанти добиени од неандерталците претставуваат предност за преживување.
Приближно 20 проценти од ДНК на неандерталците преживува кај современите луѓе; сепак, еден човек има просечно околу 2% ДНК на неандерталците во целина, а некои земји и потекло имаат максимум 3% по човек. Современите човечки гени вклучени во создавањето на кератин, протеинска состојка на кожата, косата и ноктите, содржат високи нивоа на интрогресија. На пример, гените на приближно 66% од источноазијците содржат варијанта POUF23L интрогресирана од неандерталците,  додека 70% од Европејците поседуваат интрогресивен алел на BNC2. Неандерталските варијанти влијаат на ризикот од развој на неколку болести, вклучувајќи лупус, билијарна цироза, кронова болест, дијабетес тип 2 и САРС-КоВ-2. Неандерталскиот алел на MC1R (ген со мутации поврзани со црвената коса кај современото население) се наоѓа на фреквенција од 5% кај Европејците, но е присутен кај тајванските Абориџини со фреквенција од 70% и со 30% во другите популации од Источна Азија. Иако вкрстувањето е најскромното толкување на овие генетски наоди, истражувањето од 2010 година на пет денешни луѓе од различни делови на светот не исклучува алтернативно сценарио, во кое изворната популација на неколку неафрикански современи луѓе била поблиску поврзани од другите Африканци со неандерталците поради античките генетски поделби во раните хоминоиди.
Истражувањата од 2010 година ја усовршиле сликата за вкрстување помеѓу неандерталците, денисовците и анатомски современи луѓе. Вкрстувањето се појавува асиметрично меѓу предците на современите луѓе, и ова може да ги објасни различните фреквенции на ДНК специфични за неандерталецот во геномите на современите луѓе. Верно и Аки (2015) заклучиле дека поголемото количество на неандерталска ДНК во геномите на индивидуите од источноазиско потекло (во споредба со оние со европско потекло) не може да се објасни со разликите во селекцијата. Тие предлагаат „''два дополнителни демографски модели, кои вклучуваат или втор пулс на проток на генот на неандерталот во предците на источните Азијци или разредување на неандерталската лоза кај Европејците со мешање со непозната популација на предци''“ се штедливи со нивните податоци.
Ким и Лохмулер (2015) дошле до слични заклучоци:Според некои истражувачи, поголемиот дел од неандерталското потекло кај источните Азијци отколку кај Европејците или западните Азијци се должи на прочистување на селекција е помалку ефикасен во отстранувањето на таканаречените „слабо штетни“ неандерталски алели од источноазиските популации. Компјутерски симулации на Широк опсег на модели на селекција и демографија укажува на тоа дека оваа хипотеза не може да го земе предвид поголемиот дел од потеклото на неандерталците кај источните Азијци отколку кај Европејците. Наместо тоа, сложени демографски сценарија, кои веројатно вклучуваат повеќе пулсирања на неандерталска мешавина, се потребни за да се објаснат податоците. Крамеева и соработниците (2014), преку германско-руско-кинеска соработка, составиле елементарен геном на неандерталецот врз основа на поединецот Алтај и три единки Винџија. Ова било споредено со консензусниот геном на шимпанзо како надворешна група и со геномот на единаесет современи популации (три африкански, три источноазиски, три европски). Надвор од потврдувањето на поголема сличност со неандерталскиот геном кај неколку не-Африканци отколку кај Африканците, проучувањето, исто така, открило разлика во распространетоста на местата добиени од неандерталците меѓу Европејците и источните Азијци, што укажува на неодамнешните еволутивни притисоци. Азиските популации покажале групирање во функционални групи поврзани со имунолошки и хематопоетски патишта, додека Европејците покажале групирање во функционални групи поврзани со липидниот катаболичен процес.
Кулвилм и соработниците (2016) презентирале докази за примеси на анатомски современите луѓе кај неандерталците пред околу 100.000 години.
Во најмала рака, истражувањето укажува на три епизоди на вкрстување. Првото се случило со некои современи луѓе. Второто настанало откако се разграниле предците Меланезијци; овие луѓе се смета дека се размножувале со Денисовците. Третото ги вклучувало само неандерталците и предците на источноазијците.
Истражувањето од 2016 година покажува дека некои мажјаци од неандерталците можеби нема да имаат остварливо машко потомство со некои женски анатомски современите луѓе. Ова би можело да ја објасни причината зошто ниту еден современ човек нема неандерталец Y хромозом.
Истражувањето од 2018 година покажало дека вкрстувањето помеѓу неандерталците и современите луѓе довело до изложување на секој вид на непознати вируси. Подоцна, размената на гени дало отпор и на тие вируси.
На 3 јули 2020 година, научниците објавиле дека откриле дека главниот генетски фактор на ризик на вирусот КОВИД-19 бил наследен од архаичните неандерталци пред 60.000 години. Се проценува дека 16% од луѓето во Европа и 50% од луѓето во јужна Азија имаат одредена низа на хромозомот III, со 63% од Бангладеш кои ги имаат овие генски секвенци. Северноафриканците потсахарски Африканци, западноазијци и источноазијците го карактеризираат присуството на хромозомот во многу занемарливи количини.
Во декември 2023 година, научниците објавиле дека гените што ги наследиле современите луѓе од неандерталците и од Денисовците може биолошки да влијаат на секојдневната рутина на современите луѓе, вклучувајќи ја и способноста некои луѓе да се разбудат порано од другите.
3 Епигенетика
Целосните карти за метилација на ДНК за неандерталците и поединците Денисовци биле реконструирани во 2014 година Диференцијалната активност на гените на кластерот HOX лежи зад многу анатомски разлики помеѓу неандерталците и современите луѓе, особено во однос на морфологијата на екстремитетите. Општо земено, неандерталците поседувале пократки екстремитети со заоблени коски.