Thermotogae

Thermotogae е колено во доменот бактерии. Коленото Thermotogae се состои од анаеробни, термофилни и супертермофилни бактерии кои се бојат Грам-негативно.
1 Особености
Името на коленото е изведено од високите температури на кои живеат неговите претставници заедно со карактеристичната обвивка "тога", кои тие ја поседуваат. Неодамна, Thermotogae видови кои живеат на умерени температури исто така биле идентификувани. Иако Thermotogae видовите покажуваат Грам-негативно обојување, тие поседуваат една липидна мембрана што ги прави монодермални бактерии. Поради способноста на некои Thermotogae видови да виреат на исклучиво високи температури, тие се мета на истражување за употреба во индустриски цели. Метаболичката способност на Thermotogae да користат различни јаглехидрати за продукција на водороден гас е причина тие да се разгледуваат како можен биотехнолошки извор за производство на алтернативна енергија.
5 Таксономија
Ова колено моментално се состои од една класа (Thermotogae), четири реда (Thermotogales, Kosmotogales, Petrotogales, и Mesoaciditogales) и пет фамилии (Thermatogaceae, Fervidobacteriaceae, Kosmotogaceae, Petrotogaceae, и Mesoaciditogaceae). Содржи вкупно 15 родови и 52 видови. Во 16S рРНК - заснованите филогенетски дрва, Thermotogae се разгрануваат заедно со Aquificae (друго колено со хипертермофилни организми) во близина на границата помеѓу домените бактериите и археите. Меѓутоа, блиска сродност мегу Thermotogae на Aquificae, и длабокото разгранување на второто колено, не е поддржано од други филогенетски студии засновани на различни генски/белковински секвенци, како ни од CSIs (анг. Conserved signature inserts and deletions) во неколку универзални белковини. Исто така, Thermotogae се цел на испитувања за нивната можна екстензивна размена на гени со археите. Сепак, неодамнешните студии засновани на повеќе робустни методологии сугерираат дека инциденцата на хоризонтален трансфер на гени помеѓу Thermotogae и други групи, вклучувајќи ги археите, не е толку висока како што порано се мислело.
3 Молекуларна обележја
Сѐ до неодамна, не биле познати биохемиски и молекуларни маркери со кои би можело да се направи дистинкција помеѓу видовите на коленото Thermotogae и останатите бактерии. Сепак, во една неодамнешна компаративна геномска студија идентификувани се голем број на CSIs во важни белковини кои се специфични или за сите Thermotogae видови или за голем број видови од неговите подгрупи. Многу од овие CSIs се најдени во битни метаболни белковини како што се Pol1, RecA, и TrpRS, и рибозомните белковини L4, L7/L12, S8, S9. Сите се уникатно присутни во различните секвенционирани Thermotogae видови и претставуваат нови и сигурни молекуларни маркери за ова колено. Овие истражувања, исто така, имаат идентификувано CSIs кои се специфични за секој ред и секоја фамилија во ова колено. Овие CSIs се користат и за таксономска организација на Thermotogae, а се силно поддржани и од филогенетски анализи. Дополнителни CSIs, исто така, најдено е дека се специфични за родовите ''Thermotoga'', ''Pseudothermotoga'', ''Fervidobacterium'', и ''Thermosipho''. Овие CSIs се специфични за сите видови во рамките на секој од родовите, што ги прави специфични маркери.
4 Филогенија
Филогенијата е заснована на Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree Project).
5 Таксономија
Моментално прифатената таксономија е заоснована на ''Списокот на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата'' (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature - LPSN) и на ''Националниот центар за биотехнолошки информации'' (анг. National Center for Biotechnology Information - NCBI).* Колено Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 [Thermotogaeota Oren et al. 2015]
** Класа Thermotogae Reysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
*** Род ''Caldotoga'' ♥ Xue et al. 1999
**** Вид ''Caldotoga fontana'' ♥ Xue et al. 1999
*** Ред Thermotogales Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
**** Фамилија Fervidobacteriaceae Bhandari & Gupta 2014
***** Род ''Fervidobacterium'' Patel et al. 1985
****** Вид ?''F. pennivorans'' Friedrich and Antranikian 1999
****** Вид ''F. changbaicum'' Cai et al. 2007
****** Вид ''F. gondwanense'' Andrews and Patel
****** Вид ''F. islandicum'' Huber et al. 1991
****** Вид ''F. nodosum'' Patel et al. 1985 (type sp.)
****** Вид ''F. riparium'' Podosokorskaya et al. 2011
***** Род ''Thermosipho'' Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996
****** Вид ?''T. ferriphilus'' ♠ Kendall et al. 2002
****** Вид ''T. activus'' Podosokorskaya et al. 2014
****** Вид ''T. affectus'' Podosokorskaya et al. 2011
****** Вид ''T. africanus'' Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 (type sp.)
****** Вид ''T. atlanticus'' Urios et al. 2004
****** Вид ''T. geolei'' L'Haridon et al. 2001
****** Вид ''T. globiformans'' Kuwabara et al. 2011
****** Вид ''T. japonicus'' Takai and Horikoshi 2000
****** Вид ''T. melanesiensis'' Antoine et al. 1997
**** Фамилија Thermotogaceae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
***** Род ''Pseudothermotoga'' Bhandari & Gupta 2014
****** Вид ''P. elfii'' (Ravot et al. 1995) Bhandari & Gupta 2014 [''Thermotoga elfii'' Ravot et al. 1995]
****** Вид ''P. hypogea'' (Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [''Thermotoga hypogea'' Fardeau et al. 1997]
****** Вид ''P. lettingae'' (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [''Thermotoga lettingae'' Balk, Weijma & Stams 2002]
****** Вид ''P. thermarum'' (Windberger et al. 1992) Bhandari & Gupta 2014 [''Thermotoga thermarum'' Windberger et al. 1992]
****** Вид ''P. subterranea'' (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [''Thermotoga subterranea'' Jeanthon et al. 2000]
***** Род ?''Thermopallium'' ♠ Duckworth et al. 1996
****** Вид ''Thermopallium natronophilum'' ♠ Duckworth et al. 1996
***** Род ''Thermotoga'' Stetter and Huber 1986
****** Вид ?''T. katamachii'' ♥ Takahata et al. 2000
****** Вид ?''T. kuroii'' ♥ Takahata et al. 2000
****** Вид ''T. maritima'' Stetter and Huber 1986 (type sp.)
****** Вид ''T. naphthophila'' Takahata et al. 2001
****** Вид ''T. neapolitana'' Jannasch et al. 1989
****** Вид ''T. petrophila'' Takahata et al. 2001
*** Ред Kosmotogales Bhandari & Gupta 2014
**** Фамилија Kosmotogaceae Bhandari & Gupta 2014
***** Род ''Kosmotoga'' DiPippo et al. 2009 emend. Nunoura et al. 2010 [''Thermococcoides'' Feng et al. 2010]
****** Вид ''K. arenicorallina'' Nunoura et al. 2011
****** Вид ''K. olearia'' DiPippo et al. 2009 (type sp.)
****** Вид ''K. pacifica'' L'Haridon et al. 2016
****** Вид ''K. shengliensis'' (Feng et al. 2010) Nunoura et al. 2013 [''Thermococcoides shengliensis'' Feng et al. 2010]
***** Род ''Mesotoga'' Nesbo et al. 2013
****** Вид ''M. infera'' Ben et al. 2013
****** Вид ''M. prima'' Nesbo et al. 2013
*** Ред Mesoaciditogales Itoh et al. 2015
**** Фамилија Mesoaciditogaceae Itoh et al. 2015
***** Род ''Athalassotoga'' Itoh et al. 2015
****** Вид ''Athalassotoga saccharophila'' Itoh et al. 2015
***** Род ''Mesoaciditoga'' Reysenbach et al. 2013
****** Вид ''Mesoaciditoga lauensis'' Reysenbach et al. 2013
*** Ред Petrotogales Bhandari & Gupta 2014
**** Фамилија Petrotogaceae Bhandari & Gupta 2014
***** Род ''Defluviitoga'' Ben Hania et al. 2012
****** Вид ''Defluviitoga tunisiensis'' Ben Hania et al. 2012
***** Род ''Geotoga'' Davey et al. 1993
****** Вид ''G. aestuarianus'' ♠ Holton et al. 2002
****** Вид ''G. petraea'' Davey et al. 1993 (type sp.)
****** Вид ''G. subterranea'' Davey et al. 1993
***** Род ''Marinitoga'' Wery et al. 2001
****** Вид ''M. hydrogenitolerans'' Postec et al. 2005
****** Вид ''M. camini'' Wery et al. 2001 (type sp.)
****** Вид ''M. litoralis'' Postec et al. 2010
****** Вид ''M. okinawensis'' Nunoura et al. 2007
****** Вид ''M. piezophila'' Alain et al. 2002
***** Род ''Oceanotoga'' Jayasinghearachchi and Lal 2011
****** Вид ''Oceanotoga teriensis'' Jayasinghearachchi and Lal 2011
***** Род ''Petrotoga'' Davey et al. 1993
****** Вид ''P. halophila'' Miranda-Tello et al. 2007
****** Вид ''P. mexicana'' Miranda-Tello et al. 2004
****** Вид ''P. miotherma'' Davey et al. 1993 (type sp.)
****** Вид ''P. mobilis'' Lien et al. 1998
****** Вид ''P. olearia'' L'Haridon et al. 2002
****** Вид ''P. sibirica'' L'Haridon et al. 2002
5.0.1 Забелешки:
♠ Видови кои се наоѓаат во NCBI, но не се наведени во LPSN.
♥ Нема видови кои се регистрирани во NCBI и/или наведени во LPSN.