ChEMBL

CHEMBL или CHEMBLdb е рачно курирана хемиска база на податоци за биоактивни молекули со својства на лекови. Одржуван е од Европскиот институт за биоинформатика (EBI), Европската лабораторија за молекуларна биологија ( EMBL ), со седиште во кампусот Велеоход Tруст Геном, Хинкстон, Велика Британија.
Базата на податоци, првично позната како StARlite, била развиена од биотехнолошка компанија наречена Inpharmatica Ltd, а подоцна, купена од страна на Galapagos NV . Податоците се стекнати за ЕМБЛ во 2008 година со награда од „ Wellcome Trust “ што резултирала во создавање на групата ChEMBL хемогеномика во ЕМБЛ-ЕБИ, водена од Џон Оверингтон.
1 Опсег и пристап
ChEMBL базата на податоци содржи сложени податоци за биоактивност против цели на лекови. Биоактивноста е пријавена во Ki, Kd, IC50 и EC50. Податоците можат да се филтрираат и анализираат за да се развијат библиотеки за сложен скрининг за идентификација за време на откривањето на лековите.
ChEMBL верзија 2 (ChEMBL_02) била лансирана во јануари 2010 година, вклучувајќи 2,4 милиони биоанализи, мерења што ги опфаќа 622.824 соединенија, вклучувајќи 24.000 природни производи. Ова беше добиено од куратирање на над 34.000 објави низ 12 списанија за медицинска хемија . Покриеноста на достапните податоци за биоактивноста на ЧЕМБЛ се зголемила за да стане „најсеопфатен досега гледан во јавна база на податоци“. . Во октомври 2010 година била лансирана CHEMBL верзијата 8 (ChEMBL_08), со над 2,97 милиони мерења на биоасекција што опфаќаат 636.269 соединенија.
CHEMBL_10 забележа додавања на потврдните испитувања на PubChem, со цел да се интегрираат податоци што можат да се споредат со видот и класата на податоци што се содржани во ChEMBL.
На CHEMBLdb може да се пристапи преку веб-интерфејс или да се преземе со протокол за трансфер на податотека . Тој е уреден на начин подложен на компјутеризирање на податоци и се обидува да ги стандардизира активностите помеѓу различните објави, за да овозможи компаративна анализа. CHEMBL е интегриран и во други големи хемиски ресурси, вклучувајќи ги PubChem и системот ChemSpider на "Royal Society of Chemistry".
2 Поврзани ресурси
Покрај базата на податоци, групата ЧЕМБЛ развила и алатки и ресурси за „рударство на податоци“. Овие вклучуваат Kinase SARfari, интегрирана работна маса за хемогеномика фокусирана на кинази. Системот вклучува и ги поврзува секвенцата, структурата, соединенијата и скрининг податоците.
GPCR SARfari е слична работилница фокусирана на GPCR, и CHEMBL-Запоставените тропски заболувања (CHEMBL-NTD) и е складиште за примарно скрининг и медицинска хемија со отворен пристап, податоци насочени кон ендемски тропски заболувања во развојните региони на Африка, Азија и Америка. Примарната цел на CHEMBL-NTD е да обезбеди слободно достапен и постојан пристап на центар за архиви и дистрибуција за депонирани податоци.
Во јули 2012 година била објавена новата услуга за податоци за маларија, спонзорирана од „the Medicines for Malaria Venture“ ( ММВ ), насочена кон истражувачи ширум светот. Податоците во оваа услуга вклучуваат соединенија од сетот за скрининг во „Malaria box“, како и другите донирани податоци за маларија пронајдени во CHEMBL-NTD.
myChEMBL, виртуелната машина CHEMBL, била објавена во октомври 2013 година за да им овозможи на корисниците пристап до целосна и бесплатна, едноставна инфраструктура за хеминформатика.
Во декември 2013 година, работењето на базата на податоци за информатика за патентите на SureChem биле пренесени на EMBL-EBI. Во портманте, SureChem била преименувана во SureChEMBL.
Во 2014 година се воведе воведувањето на новиот ресурс ADME SARfari- алатка за предвидување и споредување на целите на ADME со вкрстените видови.
3 Поврзано
* CHEMBL: Брза турнеја на EBI Train OnLine
* ChEBI
* DrugBank