ان کے والد ، روح اللہ خاتمی ایرانی انقلاب کے بعد پہلے سالوں میں اردکان تھیولوجیکل سیمینری کے بانی اور یزد کے نماز جمعہ کے امام تھے اور ان کی والدہ ، سکینیہ ضیائی ( وفات 2015 ) تھیں۔انھوں نے 1974 میں ( 31 سال کی عمر میں ) موسی صدر کی بھانجی اور یونیورسٹی میں اسلامی قانون کے مشہور پروفیسر علی اکبر صادقی کی بیٹی ، زہرا صادقی سے شادی کی۔اس کی دو بیٹیاں ہیں جن کا نام لیلیٰ ہے ( پیدائش 1976 ) اور نرجس ( 198 2 ) اور ایک بیٹا عماددین ( پیدائش 1988 ) ۔ لیلیٰ نے تہران یونیورسٹی سے ریاضی میں پی ایچ ڈی کی ڈگری حاصل کی ہے اور اس وقت وہ ریاستہائے متحدہ کے کالج کالج آف ریاضی میں ایسوسی ایٹ پروفیسر ہیں ۔
Entity: یزد — Type: /location/city, /location