चक्रवर्ती को " उनकी पुस्तक बाउल फकीर कथा " और साहित्य अकादमी पुरस्कार २००४ के लिए २००२ में आनंद उन्हें २००६ में कलकत्ता विश्वविद्यालय से प्रख्यात शिक्षक का पुरस्कार मिला दिल्ली विश्वविद्यालय से नरसिंह दास पुरस्कार पदक और एशियाटिक सोसाइटी से डॉ. सुकुमार सेन स्वर्ण पदक ।
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