जापान के बहुत से नामी विश्वविद्यालयों में से कई टोक्यो में स्थित हैं , जिनमें टोक्यो विश्वविद्यालय , हितोत्सूबाशी विश्वविद्यालय , टोक्यो प्रौद्योगिकी संस्थान , वासीदा विश्वविद्यालय और कीओ विश्वविद्यालय सम्मिलित हैं ।
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