जबकि कुछ मुसलमान पहले से ही मणिपुर में रह रहे थे , १६६० के बाद से मुसलमानों का एक महत्वपूर्ण प्रवाह था , क्योंकि शरणार्थियों ने हिंदुस्तान के मुगल शाह शुजा ( शांगकुसुम ) के जमा होने के बाद , जो औरंगजेब के उत्तराधिकार का युद्ध हार गया था ।
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