इसी के बाद वारियर ने आयुर्वेद के मानकीकरण के लिए सबसे पहले 1902 में कोट्टक्कल में औषधि निर्माण हेतु आर्य वैद्यशाला की स्थापना की जहाँ उनकी देखरेख में प्रामाणिक आयुर्वेदिक ग्रंथों के आधार पर दवाएँ बनायी जाने लगीं ।
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