१७वीं सदी में जाकर उइग़ुर नेता आफ़ाक़ ख़ोजा और उनके वंशजों ने पूरे चग़ताई इलाक़े पर क़ब्ज़ा कर के इस ख़ानत को समाप्त कर दिया ।
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