केन्द्र गैलापागोस द्वीप समूह के द्वीप सांताक्रूज़ पर प्यूर्टो अयोरा में स्थित है , जबकि इसके अनुषंगी कार्यालय ईसाबेला और सैन क्रिस्टोबाल द्वीप पर स्थित हैं ।
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