मार्गरेट ऑस्ट्रिया के चार्ल्स द्वितीय और बवेरिया के मारिया अन्ना की बेटी थी और इस प्रकार पवित्र रोमन सम्राट फर्डिनेंड प्रथम की पैतृक पोती थी ।
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