वह राष्ट्रीय जनतांत्रिक गठबंधन ( एनडीए ) सरकार ( १९९८-२००४ ) में रक्षा मंत्री थे , जब कारगिल युद्ध भारत और पाकिस्तान और भारत ने पोखरण में परमाणु परीक्षण किए एक अनुभवी समाजवादी , फ़र्नान्डिस को बराक मिसाइल घोटाले और तहलका मामले सहित कई विवादों से डर लगा था ।
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