जिन्ना को दफनाए जाने पर शिया-सुन्नी भेद उत्पन्न हुआ ; उनकी बहन फ़ातिमा जिन्नाह ने घर में एक शिया के अंतिम संस्कार की व्यवस्था की , जबकि राज्य ने सार्वजनिक रूप से एक सुन्नी अंतिम संस्कार ( नमाज़-ए-जनाज़ा ) की व्यवस्था की , जहाँ अब कराची में मज़ार-ए-क़ायद है ।
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