एम. एस. स्वामीनाथन को ' विज्ञान एवं अभियांत्रिकी ' के क्षेत्र में ' भारत सरकार ' द्वारा सन 1967 में ' पद्म श्री ' , 1972 में ' पद्म भूषण ' और 1989 में ' पद्म विभूषण ' से सम्मानित किया गया था ।
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