इस्लामाबाद में पाकिस्तान के कुछ प्रमुख विश्वविद्यालय भी हैं , जिनमें कायद-ए-आज़म विश्वविद्यालय ( क़ाइद-ए-आˈज़म विश्वविद्यालय ) , अन्तरराष्ट्रीय इस्लामी विश्वविद्यालय , और राष्ट्रीय विज्ञान और प्रौद्योगिकी विश्वविद्यालय और पाकिस्तान इञ्जीनियरिङ्ग और अनुप्रयुक्त विज्ञान संस्थान शामिल हैं ।
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