Câu hỏi: Công ty thành lập từ 2004 chỉ buôn bán hàng hóa, đến tháng 11/2014 công ty chúng tôi thành lập chi nhánh ở tỉnh khác để đầu từ dự án là Nhà xưởng sản xuất, chi nhánh có MST riêng nhưng hạch toán phụ thuộc.Các hóa đơn đầu vào để đầu tư dự án thì xuất mang tên công ty và MST công ty.Quý công ty cho tôi hỏi các hóa đơn đó có được kê khai vào mẫu 02/GTGT dành cho dự án đầu tư không?

Trả lời: Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì  người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.

Riêng người nộp thuế là cơ sở kinh doanh hạch toán toàn ngành có dự án đầu tư bao gồm cả dự án đầu tư ở cùng tỉnh hay khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải  bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Đối với những trường hợp Thủ tướng Chính phủ đồng ý hoặc giao Bộ Tài chính hướng dẫn thì được thực hiện theo hướng dẫn riêng của cơ quan có thẩm quyền.

Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng của dự án đầu tư bao gồm:

- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.

Như vậy đối với các hóa đơn đầu vào để đầu tư dự án của chi nhánh phải kê khai vào mẫu 02/GTGT
Thứ hai
: Với trường hợp kê khai nhầm mẫu 02/GTGT sang mẫu 01/GTGT thì  bạn có thể đến trực tiếp cơ quan thuế để thực hiện điều chỉnh, khai bổ sung lại bản kê khai theo quy định của pháp luật
Cụ thể:
Theo thông tư số 28/2011/TT-BTC về
Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ
- Khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

- Mẫu hồ sơ khai bổ sung:

Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này;

Tờ khai thuế của kỳ kê khai bổ sung điều chỉnh đã được bổ sung, điều chỉnh (tờ khai này  là căn cứ để lập Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS);

Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh tương ứng với các tài liệu trong hồ sơ thuế của từng phần cụ thể tại Thông tư này.