Mest innflytelse hadde Mairs moralfilosofi, ikke hovedsakelig på grunn av hans kasuistikk (en metode innen sjelepleie og kirkerett), en tilnærming som anerkjente kompleksiteten i de enkelte tilfeller. Det ble senere så kraftig i jesuittisk tenkning, muligens grunnet Mairs gode omdømme i Spania. Hans rettslige syn hadde også innflytelse. Hans ble både studert og sitert fra i debattene i Burgos i 1512 av Frày Anton Montesino fra Salamanca. Denne «debatten (er unik i empirikernes historie», slik historikeren Hugh Thomas kaller den, resulterte i anerkjennelsen i spansk lov av den innfødte befolkningen i Amerika som fri mennesker med alle rettigheter (eksempelvis i henhold til frihet og eiendom). Denne erklæringen var omsluttet med mange subtile forbehold, og den spanske kronen gjennomførte den aldri, men kan likevel ble sett på som begynnelsen på menneskelige rettigheter i lovverket.