Hjemkomsten ble neppe helt som Johan Bernhard Hjort hadde tenkt seg. Perioden etter frigjøringen viste seg å bli vanskelig for ham. Til tross for hans store innsats for norske fanger, hans eget fangenskap og hans uredde artikkel i var mange fortsatt skeptiske til andre sider ved hans fortid. Hjorts handlinger fram til 25. september 1940 kunne tolkes som et forsøk på å finne en tredje vei, mellom Quislings forræderi og Londonregjeringens motstand mot de tyske okkupantene. Stemningen etter frigjøringen var ikke forståelsesfull, og flere av hans våpendragere fra 1940 ble dømt i landssvikoppgjøret. Hjort forsvarte seg energisk mot anklagene om manglende nasjonal holdning. Om artiklene fra 1940 skrev han at de måtte sees i lys av den spesielle situasjonen.