Unguja er en kupert øy, omtrent 85 km lang (nord-sør) og 30 km bred (øst-vest) på det bredeste, med et samlet areal på ca. 2600 km². Den ligger i den sørlige delen av Zanzibararkipelet i Det indiske hav, 59 km sør for den nest største øya i øygruppen, Pemba. Unguja er atskilt fra Tanzania av Zanzibarkanalen.