Isabel ble imidlertid ikke noe mer enn en marionett og front for de sanne peronistiske makthavere. Som president strakk hun overhodet ikke til; hun hadde verken utdannelsesbakgrunn eller politisk talent for slik ledelse til gavn for nasjonen. Generalstreiker, høy inflasjon og politisk vold første til kaos i Argentina. Isabel Perón ble anklaget for korrupsjon og ble avsatt som president i et militærkupp den 24. mars 1976. Hun tilbragte så fem år i husarrest.