Prilep ble grunnlagt på ruinene av den antikke byen Styberra, som først var en by i Kongeriket Makedonia og senere innlemmet i Romerriket. Styberra ble rasert av gotere i 268, men var delvis bosatt siden. Byen ble første gang nevnt som Prilep i 1014, og da som byen hvor Samuel av Bulgaria skulle ha fått hjerteattakk da han så at tusenvis av soldatene var blitt blinde av østromerne etter slaget ved Kleidion. Byen ble gjenerobret av Det andre bulgarske riket før den ble erobret av tsar Dusan 1334 og deretter falt under Det osmanske riket. Byen var hovedstad under Kraljevic Marko. Prilep var under osmansk kontroll i seks århundre før den ble en del av Jugoslavia 1912. Da Jugoslavia brøt sammen i 1991 ble byen en del av Makedonia.