Jenny Erpenbeck er datter av arabisk-oversetter Doris Erpenbeck (1942-2008, født Galuhn, senere gift Kilias) og filosof og forfatter John Erpenbeck (1942-). Hennes besteforeldre på farssiden er forfatterne Hedda Zinner (1905 eller 1907-1994) og Fritz Erpenbeck (1897-1975).