Fernandez ble arrestert i 1996 og siktet for å ha publisert falske nyheter som stilte myndighetene i Malaysia i et dårlig lys. Hun ble funnet skyldig i 2003 og dømt til ett års fengsel. Hun ble løslatt mot kausjon i påvente av appell. Fernandes ble utestengt fra å stille som kandidat ved valget i 2004. I 2005 ble hun tildelt Right Livelihood Award for sin enestående og modige jobb for å stoppe vold mot kvinner og misbruk av gjestearbeidere. Hennes anke til høyesterett ble tatt opp den 28. oktober 2008. Nesten en måned senere ble hun frikjent.