Harpyørnen er en aktiv rovfugl som jakter på et bredt utvalg av pattedyr, reptiler og fugler som lever i trærne, spesielt dovendyr og apekatter (spesielt brølaper og kapusineraper), men også iguaner, slanger og annet. De voldsomme klørne, som er på størrelse med en brunbjørns klør, er formidable våpen og griperedskaper. Arten kan løfte med seg et bytte på opp mot halve egenvekten.