Zoë var den som ønsket å ta makten, og for hennes del kunne gjerne Theodora dra tilbake til klosteret. Det var imidlertid et absolutt krav fra senatet at de to skulle regjere sammen. Theodoras første oppdrag var å straffe Mikael V fordi Zoë var svak og lett kunne la seg manipulere av ham. Theodora garanterte først for Mikaels sikkerhet, før hun fikk ham blindet og sendt i kloster. Theodoras tronstol var alltid plassert litt bak Zoës stol i offisielle sammenhenger, men hun var likevel den mest drivende i det administrative arbeidet. Søstrene fortsatte samarbeidet om ledelsen, men i kildene er det delte meninger om hvor vellykket samarbeidet var. Mikael Psellus hevdet deres regjeringstid var en fiasko, mens Johannes Skylitzes mente de var pliktoppfyllende i sitt arbeid.