SUNCT og SUNA skiller seg fra hverandre gjennom de autonome symptomene. SUNCT følges alltid av både konjunktival injeksjon og tåreflod ipsilateralt til smerten, men den kan også følges av andre autonome syptomer. SUNA følges kun av én av dem (enten konjunktival injeksjon eller tåreflod), ingen av dem eller kun andre kranielle autonome symptomer. Begge opptrer i to varianter hver; og , samt og .