Jonatan tjenestegjorde under sin bror og tok aktiv del i slagene mot hæren til Selevkideriket. Hans omdømme for mot er mindre stråelnde enn den som ble tilskrevet Judas, men er likevel ikke til å betviles. Imidlertid var Judas en av de som ble drept i slaget ved Elasa i 161/160 f.Kr. Seierherren var Bakkhides, en selevkidisk general under kong Demetrios I Soter. Bakkhides fortsatte med å forfølge alle som tilhørte makkabeerne, et tilnavn som antagelig kom fra Judas Makkabeus, og muligens henspilte på en hammer han svingte i slag. På samme tid brøt det ut sult i Israels land. I denne vanskelige tiden krevde de jødiske opprørerne en ny leder og de valgte Jonatan.