Elva begynner som en liten navnløs bekk på vestsida av Middagsfjellet, mellom Hansfinnvatnet i sør og Nonsvatnet i nord. Den renner først mot vest, før den snur mot nord og renner inn i Nonsvatnet, som er utspring for selve Bakkaelva. Fra Nonsvatnet renner elva i nordøstlig retning gjennom Synnafjelldalen. Etter rundt tre kilometer snur den mot nordvest til den munner ut i Bardalselva rundt to kilometer sørvest for Bardalssjøen. Bakkaelva har ved samløpet større vannføring enn hovedelva. Fra Nonsvatnet til munningen renner Bakkaelva gjennom en skogkledd dal. Elva er stri og grovbunnet. Det finnes laks og sjøørret i den aller nederste delen av elva, rundt en kilometer opp fra samløpet.