I henhold til en forvaringsprotokoll fra Lehrter Straße fengsel i Berlin, hvor Gestapo hadde en egen avdeling for politiske fanger fremgår det at Bonhoeffer ble arrestert den 1. oktober 1944 og ble dømt til døden av den tyske (Folkedomstolen) 2. februar 1945. Natten 22. - 23. april da sovjetiske tropper allerede hadde nådd Berlins østlige utkant, ble han sammen med Rüdiger Schleicher og andre fanger ført av en spesialtropp fra til messeområdet i nærheten av Lehrter Straße fengsel og skutt i halsen.