Cornelius Jansen kom fra en katolsk familie. Fra 1602 viet han seg til studiet av teologi i Leuven. Der kom han inn i tvisten mellom jesuittene og tilhengerne av Michael Bajus, hvis lære han fant å være å foretrekke. I Leuven møtte han Jean Duvergier de Hauranne. I 1604 dro han til Paris.