I november 1945 flyttet hele familien inn i en tidligere japansk offisersbolig i Pyongyang. Ved villaen lå det en liten dam, der Kim Jong-ils yngre bror, Kim Pyong-il («Shura» Kim), druknet i 1948. Det har blitt påstått at Kim Jong-il holdt brorens hode under vannet. En eldre kvinne i Vjatskoje har hevdet at Kim Jong-il og broren var tvillinger, at broren druknet da han falt ned i en brønn, og at han ble gravlagt i landsbyen. I 1948 begynte Kim Jong-il sin skolegang. Han hadde også en yngre søster, Kim Kyong-hui (født 1946), som var gift med Jang Song-thaek (1946–2013), og broren Kim Pyong-il (født 1954). Sistnevnte er oppkalt etter den avdøde broren.