Da Koirala vendte tilbake fra India i 1976, blei han straks arrestert, stilt for retten og anklaga for å ha forsøkt å starte væpna revolusjon. Kraftig internasjonalt press gjorde at han blei løslatt og fikk reise til USA for å få medisinsk behandling. Han blei arrestert igjen da han kom tilbake fra New York i 1977. I mars 1978 blei han frikjent for alle anklager om landsforræderi og undergraving.