Det sto i hennes tid som helseminister strid om flere saker hun bestyrte, blant annet knyttet til nedleggelse av lokalsykehus, ventelistejuks, kreftgaranti og problemer rundt sammenslåingen i Helse Sør-Øst. Høsten 2012 ble det framsatt krav om at hun måtte gå av i forbindelse med at Fylkesmannen i Oslo og Akershus konkluderte med at Akershus universitetssykehus hadde vært drevet uforsvarlig i 2011 og at enkelte dødsfall og skader hos pasienter kunne settes i sammenheng med dette. Strøm-Erichsen mente sykehuset hadde vært drevet forsvarlig.