Politiets sikkerhetstjeneste (den gang Politiets overvåkningstjeneste, POT) mistenkte Gunnar Bøe for å være spion for Sovjetunionen. Sovjetiske dokumenter som ble frigitt på 1990-tallet viste at han kunne være svært frittalende i møter med sovjetiske embetsfolk. Han hadde dekknavnet «George» og hadde en rekke møter med KGB-residenten Alexander Startsev. POT avlyttet Bøe og vurderte å sikte ham i 1967. Imidlertid fant de ikke bevisene tilstrekkelige nok.I 1984 forsøkte POT å få til en samtale med ham om hans sovjetkontakter, men dette førte ikke frem. Nye opplysninger som styrker mistanken er kommet i offentlighetens søkelys via offentliggjøring av KGB-avhopperen Mitrokhins dokumenter i 2014. Der kom det frem at Bøe ifølge et sovjetisk KGB-arkiv solgte norske graderte opplysninger til den fiendtlige makten Sovjetunionen under den kalde krigen.