Kort tid før hans død i Pasadena, California, av lungekreft ble instituttets laboratorium i El Monte oppkalt etter ham. En pris oppkalt til hans ære, Haagen-Smit-prisen, ble opprettet i 2001 for å anerkjente framragende forskning publisert i . En annen pris, Haagen-Smits Renluft-prisen, , har siden 2001 årlig blitt gitt av California Air Resources Board til ekstraordinær innsats fra enkeltindivider i bekjempelse av luftforurensning.