Det tyske orden fantes nå da bare i to ballier, ett for Tirol og ett for de øvrige østerrikske områder. Allerede i 1805 hadde høymesteren flyttet fra hovedsetet i Mergentheim; fra da av har ledelsen residert i Wien. Det var således bare i det østerrikske keiserrike at ordenen kunne fortsette. I forbindelse med disse omveltningene gikk også «den trekonfesjonelle tid» til ende, og Den tyske orden fremsto igjen som en 100 prosent katolsk orden. I 1839 sørget keiser Franz og statskansler Metternich for at ordenen fikk et nytt rettsgrunnlag, og ble nå for 80 år hetende Den tyske Ridderorden . Høymestrene, som alle var habsburgere, var samtidig østerrikske erkehertuger.