Han kjente til grusomhetene styret gjorde seg skyldig i. Det var Hess som fjernet general Friedrich Mieth da denne foran sine offiserer tok til orde mot SS' aktiviteter ved østfronten, fordi disse ødela hærens moral. Han mottok også klager over eutanasi-programmet, der utviklingshemmede ble drept med gass, men nøyde seg med å sende klagene videre til Himmler.