Tross i suksessen med Challenger-ekspedisjonen, led «Challenger» en skammelig skjebne. Skipet ble solgt til Chatham Dockyards i 1878 og forble i reserve frem til 1883, da det ble ombygd til losjiskip i River Medway. Her ble det værende til det ble solgt til J. B. Garnham den 6. januar 1921 og hugd opp for å ta vare på verdien i kobberbunnen i 1921.