S-Bahn Zürich og utbyggingen av andre S-Bahn-nettverk var også et løft for landets jernbane. Med åpningen av den nye linjen Mattstetten–Rothrist i 2004 ble kjernen i Bahn 2000-konseptet fullført. I tillegg blir to store transalpinske traséer bygget om igjen under prosjektet AlpTransit – Gotthardbahns og Lötschbergs trasé mot Simplonpasset.