Som andre protestantiske kirkesamfunn anerkjenner Den skotske kirke to sakramenter: Dåp og nattverd. Kirken dåper både barn og troende voksne. Nattverden er åpen for alle, uansett hvilket kirkesamfunn de tilhører. Nattverdsgudstjenestene tas av de fleste med stort alvor, og feires i de fleste menigheter bare tre–fire ganger i året; praksis kan variere mellom menighetene, og noen steder er det månedlig nattverd.