Etter å ha avvist Yeats tallrike frierier giftet hun seg isteden med major John MacBride i Paris i 1903. Han var aktiv i den irske nasjonalismen. Året etter ble deres sønn Seán MacBride født. Imidlertid, etter at ekteskapet gikk i oppløsning, fremmet Gonne beskyldninger om vold og i henhold til Yeats også seksuell mishandling av hennes da elleve år gamle datter Iseult. En del kritikere mener at Yeats kan ha fabrikkert hendelsen på grunn av sitt hat mot McBride ettersom Gonne hadde valgt ham som ektemann. Skilsmissepapirene som Gonne sendte fra seg har ingen omtale av en slik hendelse og Iseults egne skrifter nevner heller ikke beskyldningen. Ytterligere en indikasjon var at Yeats i 1916 fridde til den da 22 år gamle Iseult mens han selv var over femti år. Hun avviste ham momentant. Yeats hadde kjent henne siden hun var fire år og refererte til henne som sitt kjære barn.