Han ble utnevnt til sentralbanksjef for Bank of Israel i januar 2005 av Israels regjering, etter at han ble anbefalt av statsminister Ariel Sharon og daværende finansminister Benjamin Netanyahu. Han trådte inn i stillingen 1. mai 2005, og erstattet da David Klein, som gikk av i januar. Fischer ble da israelsk statsborger.