Han fortsatte sin militære karrière, og avla generalstabeksamen i 1903, gikk ut av Generalstaben i 1906, og var den første lærer i det nye faget kommunikasjonslære ved Krigsskolen 1903–1911. Aavatsmark var oberstløytnant og sjef for Namdalens bataljon 1911–1915, oberst og sjef for Nordre Trondhjems 13. infanteriregiment 1915–1919. Han var generalmajor fra 1919 og sjef for 5. divisjon fra 1919. Det kom da en del beskyldninger om at dette avansementet var å forstå som belønning for politisk innsats. Aavatsmark var sjef for 2. divisjon og kommandant på Akershus festning fra 3. juli 1928 til 11. desember 1932, da han tok avskjed i henhold til aldersgrenseloven. Etter tiden i kommandantboligen på festningen flyttet ekteparet til Thomas Heftyes gate på Frogner.