Det kom imidlertid til strid mellom Gomułka og den mest stalinistiske fløyen i partiet, deriblant Bolesław Bierut, Hilary Minc og Jakub Berman, som i 1948 med støtte fra Moskva klarte å styrte Gomułka. Han ble fordømt på grunn av «høyrenasjonalistisk avvik», utvist fra partiet og fengslet mellom 1951 og 1954.