I Trondheim tok jødeforfølgelsene til våren 1941, da synagogen og to boliger ble beslaglagt; men fylkesmannen i Sør-Trøndelag, Johan Cappelen, og domprost Arne Fjellbu i Nidarosdomen fikk løfte av byens NS-politikere om at jødisk eiendom fremover ikke ville bli utsatt for flere rekvireringer enn andre nordmenn i Trondheim ble utsatt for. Straks Flesch ankom, endret han dette. Han iverksatte sin «aksjon mot jødeveldet» 20. oktober 1941 med beslagleggelse av familien Abrahamsens privatbolig, flere eiendommer og tre virksomheter. Deretter fikk familiene Klein og Mendelsohn beslaglagt privatboliger, bankinnskudd og verdigjenstander basert på falske beskyldninger om skatteunndragelse, og administrert av nordmannen Reidar Landgraff som også likviderte frimurerlosjens formue. Utover våren 1942 var 27 jødiske forretninger i Trondheim beslaglagt og drevet av bestyrere innsatt av Landgraff. I januar samme år hadde Gestapo arrestert fire jøder for å ha lyttet på en ulovlig radio. I Bergen ble fanger stilt for tysk krigsrett underlagt , men i Trondheim tjente Flesch som dommer i politiretten. Her fikk han dømt de fire jødene til døden, trolig de første henrettelsene i Norge han stod direkte ansvarlig for. Josef Terboven hadde innført dødsstraff for propaganda til fordel for fienden alt i september 1941; men Flesch var den første av okkupantene som tok forordningen i bruk.