Etter at antallet studenter nådde en topp på 414 sitt meste, gikk antallet raskt nedover etter den belgiske revolusjonen. På denne tiden ble humaniora og vitenskap fjernet, men disse ble reetablert ved loven om høyere utdanning fem år senere. I tillegg ble de tekniske høyskolene lagt til Fakultetet for vitenskap. De skulle allikevel gå 35 år før studentantallet var tilbake på nivået i 1830. Det var i denne perioden at universitetet mottok de fleste utmerkelsene i universitets-konkurranser. I denne perioden ble opptaksvilkårene for studenter med vekslende suksess strengere for igjen å bli myknet opp. I det siste kvartalet av 1800-tallet ble det mulig for kvinner å ta høyere utdanning i Belgia. I 1882 ble Sidonie Verhelst den første kvinnelige student ved universitet. Hun valgte vitenskapelig retning. Men det var den brusselske Emma Leclercq, som allerede hadde en kandidateksamen i realfag fra Brussel som var første kvinne til å få et vitnemål.