Han var Finlands statsminister i årene 1995–2003, og er den som har sittet nest lengst i stillingen i Finland etter Kalevi Sorsa. Lipponen var kandidat til stillingen som ordfører for Europakommisjonen i 2004, men tapte for portugiseren José Manuel Barroso. I mars 2005 meldte Lipponen at han går av som ordfører for Finlands sosialdemokratiske parti, en stilling han har besatt i tolv år.