Historiske nedtegnelser viser at elva i forskjellige perioder har rent både til Aralsjøen (fra sør) og til Det kaspiske hav (fra øst). Opp til rundt 500 f.kr. rant elva mot vest fra Khorezm-oasen til Sarykamysjsjøen, og videre til Det kaspiske hav. Enkelte kilder tyder også på at vannføringen fra de store isbreene i Pamir på 1200- og 1300-tallet e.kr. var stor nok til at Aralsjøen rant over, med avløp mot Det kaspiske hav. Fra 1600-tallet har imidlertid elva utelukkende munnet ut i Aral, unntatt ved flommer store nok til at vann rant over til Sarykamysjsjøen.