De første tegnene på en El Niño er: Stigende lufttemperatur i Det indiske hav, Indonesia og Australia. Fall i lufttrykket på Tahiti og i resten av det sentrale og østlige Stillehavet. Passatvinden i det sørlige Stillehavet blir svekket eller skifter retning og blåser vestover. Varm luft stiger nær Peru, og det begynner å regne i ørknene der. Varmt vann strømmer fra det vestlige Stillehavet og Det indiske hav og østover i Stillehavet. Dette fører regnet med seg, og fører til regn i normalt tørre områder og omfattende tørke i øst.