I Del II, begynner Sakura å lære mer om de forskjellige vanskelighetene i Narutos liv, spesielt det at han er bæreren av den ni-halede demon-reven og at dette er grunnen til at Akatsuki er på jakt etter ham. Hun blir også klar over at dersom Akatsuki skulle lykkes med å fange Naruto og fjerne Kyubi fra kroppen hans, vil Naruto død. På grunn av disse avsløringene blir Sakura bekymret for Naruto, og gråter over vanskelighetene han står ovenfor. For å hjelpe ham med å overkomme problemene sine, har Sakura blitt veldig beskyttende, og ønsker å forhindre at han blir fanget av Akatsuki. Etter at hun blir klar over at hennes medisinske ferdigheter er ineffektive i å motvirke demon-reven, prøver Sakura å finne andre evner hun kan tilegne seg, som kan være til hjelp for Naruto. Kakashi bemerker at Sakura har kommet til å akseptere flere av Narutos karaktertrekk, og samarbeidet deres er blitt mye bedre. Hun blir også observert av Sai, som kommenterer det nære forholdet mellom henne og Naruto, og hvor mild hun til tider kan være ovenfor ham [Naruto]. Påtross av dette, setter hun grensen ved hans voksende perversjoner, selv om hun kan være like pervertert til tider.