Alexandrias katakomber, kjent som Kom El Shoqafa eller Alexandrias nekropolis, ligger en kort distanse fra Pompeius’ søyle. De består av en labyrint i flere nivåer eller etasjer. Man stiger ned til dem via en stor spiraltrapp. Katakombene består av et dusin kamre smykket med dekorerte søyler, statuer og andre synkretiske romersk-egyptiske religiøse symboler, gravnisjer, og sarkofager, foruten også et stort banketthall i romersk stil hvor de besøkende og slektninger av de avdøde kunne innta minnemåltider. Katakombene ble hogd ut av berget på begynnelsen av 100-tallet og var i bruk til utpå 300-tallet før de ble glemt og gjenoppdaget ved et tilfelle i 1900.