I 1526 ble Vladislaus’ sønn, kong Ludvig II, avgjørende beseiret av osmanerne (tyrkere) i slaget ved Mohács, og døde. Osmanerne erobret deler av kongedømmet Ungarn, mens resten (hovedsakelig Slovakia) kom under Huset Habsburg, grunnet kong Ludvigs ekteskapskontrakt. Böhmen valgte erkehertug Ferdinand I, yngre bror av keiser Karl V av Det tysk-romerske rike til å etterfølge Ludvig som konge av Böhmen. Slik begynte rundt fire århundrer hvor habsburgerne styrte både Böhmen og Slovakia.