Vikings startet tiåret med en divisjonstittel og nådde NFC Championship, hvor de tapte 41-0 mot New York Giants. Sesongen etter slet de og avsluttet sesongen 5-11. Laget nådde sluttspillet igjen i 2004, men vant ikke en divisjonstittel igjen før i 2008. Siden sammenslåingen har 2000-tallet vært det dårligste tiåret i lagets historie.