Chopra har blitt kritisert for å misbruke begrepet kvantemekanikk og andre vitenskapelige begreper i en kontekst av alternativ medisin og åndelighet, og dermed bidra til den gjengse forvirring om hva kvantemekanikk og andre vitenskapelige begreper egentlig handler om. I 1998 ble han tildelt den satiriske Ig Nobelprisen for «sin unike tolkning av kvantefysikken som den gjelder for livet, friheten, og søken etter økonomisk lykke». Han deltok også i dokumentaren hvor han ble intervjuet av Richard Dawkins og innrømte at han brukte termen «kvanteteori» som en metafor, og at det har lite å gjøre med den egentlige kvanteteorien i fysikk.