Makaronesia har en rik fauna med virvelløse dyr. Ikke alle grupper på fastlandet har klart å spre seg til øyene, og Kanariøyene mangler skorpioner, lysbiller, sangsikader, valseedderkopper og møkkbiller. Det har skjedd omfattende artsdannelse i mange grupper der det har oppstått arter som er tilpasset alle de ulike habitatene i øygruppene. Viktige radiasjoner finnes hos snegler som , , , , og ; biller som , , , , , og ; sikader som ; tusenbein som og ; og edderkopper som , og .