Etter Zoeterwoude-Rijndijk og Leiderdorp (hvor den korte elven Does munner ut i Oude Rijn), renner den gjennom Leiden. I Leiden får den sidegrenen Zijl mot nord, mens Rijn-Schie-kanalen takker av mot sør. Nieuwe Rijn er en kort gren som sammen med Oude Rijn er del av Leidens kanalsystem, og elveløpene slår seg sammen rett etter byens sentrum. Herfra er elven også kjent som .