Som flere av Jacksons tidligere videoer var musikkvideoen til «Remember the Time» gjennomarbeidet og rimelig lang. Den var en liten historie i seg selv. Videoen foregår i det gamle Egypt. Faraoen (spilt av Eddie Murphy) og hans kone ønsker å bli underholdt og to underholdere blir kalt inn. Først en pinnesjonglør, deretter en flammesluker. Den første blir kastet til løvene, den andre halshogd. Den tredje som kommer inn i rommet er Jackson kledd i en blå kappe. Jackson sprer sort pulver foran seg før han forsvinner. Hoffet gisper og stopper å spille. Jackson dukker opp i vanlige klær og musikken starter. Han kysser dronningens hånd og blir jaget rundt i palasset og på markedet. Han rister av seg vaktene og kysser dronningen. Deretter danser han sammen med egyptiske dansere før han forsvinner på nytt.