Heydrich informerte lederne for Einsatzgruppene få dager før invasjonen av Sovjetunionen. Det er i ettertid usikkert eksakt hvilke instrukser Heydrich ga. Vitner fortalte etter krigen at Heydrich sa at jødene skulle skytes eller at de skulle behandles på strengest mulig måte. Etter at angrepet var i gang ga Heydrich skriftlig instruks om at Einsatzgruppene hadde i oppdrag straks å pasifisere de erobrede områdene med hensynsløs strenghet; jøder i kommunistpartiet eller i statens tjeneste skulle elimineres sammen med kommunister, politiske kommissærer og andre radikale elementer.