Irene Palaiologina var nær ved å gjenvinne makten 13 dager senere da onkelen til hennes avdøde ektemann, Mikael, ankom til Trapezunt med tre bysantinske krigsskip under ledelse av Niketas Scholares, kaptein-general for scholarioi-militsen. Mikael lanserte seg selv som Irenes kommende ektemake og rikets kommende keiser. Ledelsen i keiserriket, inkludert erkebiskop Akakios, ønsket ham velkommen og lot ham komme inn i keiserpalasset. Da natten falt på ble han imidlertid tatt til fange, og eskorten hans ble drept. Irene måtte være vitne til at Mikael ble sendt som fange til Oinaion, mens hun selv ble satt på et frankisk skip og sendt til Konstantinopel. Hennes videre skjebne etter dette er ikke kjent.