I januar 2009 utpekte Den hellige synode metropolitt Filaret til en av tre kandidater til å etterfølge Aleksij II som patriark av Moskva og hele Russland. Meoropolitt Filaret trakk da raskt tilbake sitt kandidatur, og oppfordret de som ellers ville ha gått inn for ham, å heller stemme for patriarkatsetets stattholder, metropolitt Kirill av Smolensk og Kaliningrad. Valget fald da også til slutt på Kirill.