Deretter begynte han fra februar med misjon blant de stammer som nå regnes til Confederated Salish and Kootenai Tribes of the Flathead Nation. Biskop Joseph Rosati sendte ham dit etter at en rekke indianske delegasjoner hadde bedt om at de skulle få prester til seg. Fra 30. april til 31. desember 1840 utforsket han i dette området i Rocky Mountains mulighetene for en mer organisert misjonsreise. Hans plan var å opprette, etter forbilde fra jesuittreduksjonene i Paraguay, å opprette en slags «reduksjon», en bymessig bosetting, som skulle være reservert for indianere og der hvite ikke skulle trenge inn.