Abraham Flinthoug slo seg ned i København, ble metallstøper, giftet seg dansk og kalte seg Flintoe. Omtrent 13 gammel ble Johannes Flintoe tatt inn i pleie hos malermester Pader Faxøe. Faxøe var dekorasjonsmaler og laget også portretter, og Flintoe begynte etter hvert i lære hos Faxøe. Flintoe var i læretiden særlig opptatt av landskapsmalerier og den tekniske utførelsen av disse. I 1802 begynte han som malerlærling ved Kunstakademiet i København. Han tok private timer ved siden av for å utdanne seg til teater- og dekorasjonsmaler. Læretiden var ferdig i 1805.