Déby gjennomførte offisersutdanning i Tsjad og deretter i Frankrike, der han i 1976 fullførte flygerutdanning. Da president Félix Malloums styre ble svekket, sluttet Déby seg til utfordreren Hissène Habré. Da Habré kom til makten i 1982 ble Déby gjort til hans sikkerhetsrådgiver og øverstkommanderende for hæren. Han hadde derfor det øverste ansvaret for overgrepene mot sivilbefolkningen sør i landet i årene som fulgte, blant annet den såkalte (norsk: ) i 1984.