Med sine forbedrede defensive ferdigheter utviklet hos Pittsburgh Penguins hjalp Šlégr tsjekkerne med å vinne deres første olympiske gullmedalje under Vinter-OL i Nagano i 1998, hvor det tsjekkiske landslaget overrasket med et sterkt forsvar og en formidabel målvakten Dominik Hašek. Han noterte dessuten en scoring i kvartfinalen mot Canada.