En annen måte er å datere moderne filosofi fra 1600-tallet hvor systematisk filosofi ble alminnelig. Dette århundrets filosofi er dominert av behovet for å organisere tenkningen på rasjonelle, logiske og innlysende grunner. Dette skyldes blant annet reformasjonen. René Descartes hadde selv deltatt i reformasjonskrigene, og var som filosof opptatt av å nå fram til sikker kunnskap. Man kunne bare forsvare religionen imot skeptisisme og ateisme ved hjelp av fornuften ved å utarbeide et filosofisk system som hadde plass til Gud, og således forene både skolastikken og renessansens mål. Descartes grunnla rasjonalismen og den ble videreført av Malebranche, Spinoza, Leibniz og Wolff. En annen retning spredte seg i England, den britiske empirismen, som ble grunnlagt av John Locke, George Berkeley, franskmannen Condillac og David Hume.