Terrorangrepet 11. september 2001: al-Zawahiri og Osama bin Laden antas å være hovedmennene bak terrorangrepet mot USA. I 2002 publiserer den egyptiske avisen Al-Sharq Al-Awsat al-Zawahiris bok i 11 utdrag. 25. september 2001 setter Interpol ut en arrestordre på Dr. al-Zawahiri etter terrorangrepene mot USA. 10. oktober 2001 ble al-Zawahiri satt på toppen av FBI sin "top 22 Most Wanted Terrorists". Denne ble offentliggjort av president Bush. 3. desember 2001 (etter det amerikanske angrepet mot Afghanistan) skal konen hans og tre av barna til al-Zawahiri ha blitt drept under amerikanske flyangrep i Afghanistan, men Al-Qaida-lederen selv unnslapp i live. I en videotale i 2003, oppfordret al-Zawahiri muslimer til å angripe ambassadene og kommersielle interesserr til USA, Storbritannia, Australia, Norge og et halvt dusin med stater i Midtøsten, som han kalte for tjenere av USA og Israel. 4. mars 2006 står al-Zawahiri frem på en video, som sendes på tv-kanalen Al-Jazeera. Striden rundt Muhammedkarikaturene i Jyllands-Posten hadde på ingen måte gått al-Zawahiri hus forbi. I videoen sa han: , og viste til tegningene av profeten. 31. januar 2006 kommer det en video der al-Zawahiri forteller at han overlevde et amerikansk flyangrep 13. januar 2006 mot et mål i Pakistan der man trodde al-Zawahiri var. 9. juni 2006 oppfordrer al-Zawahiri i en video, sendt av tv-kanalen Al-Jazeera, palestinere til å boikotte en folkeavstemning om å anerkjenne staten Israel. 22. juni 2006 kommer det en video på internett der al-Zawahiri oppfordrer alle afghanere til å slåss mot de utenlandske troppene i landet. 27. juli 2006 ber al-Zawahiri alle muslimer om å kjempe mot Israel. Dette skjer etter at Israel har igangsatt angrep mot Gaza og Libanon.