Spilleren og Alistair blir nesten drept ved Ostagar selv, men blir reddet av Flemeth, en svært dyktig heks bor dypt inne i en skog med sin datter, og magilærling, Morrigan. Spilleren, Alistair og Morrigan bestemmer seg for at de må samle sammen en egen hær for å kunne stanse invasjonen fra å knuse Ferelden og kanskje hele Thedas. Ved å bruke de Grå Vokternes traktater må spilleren reise rundt i Ferelden for å få hjelpen man har krav på fra daliske alver, dvergene fra Orzammar, the Circle of Magi og fra soldatene fra Redcliff som er lojale mot Arl Eamon. Dessverre har alle disse fraksjonene sine egne problemer å stri med, så spilleren må hjelpe dem før de kan hjelpe spilleren. Samtidig returnerer Loghain til Fereldens hovedstad Denerim for å informere Dronning Anora, hans datter, om Kong Cailans død. Loghain bruker de Grå Vokterne som syndebukker ved å anklage dem for å ha forlatt kampen om Ostagar og dermed ha forrådt Ferelden. Han erklærer ordenen for lovløs og ettersøker de gjenlevende medlemmene. Dronning Anora arver sin avdøde manns autoritet, men Loghain erklærer seg raskt som hennes regent og får på den måten kontroll over kongeriket. Loghain viser seg raskt å være en brutal og tyrannisk diktator som er villig til å gjøre hva som helst for å opprettholde makten, og starter således en borgerkrig mellom ham selv og Fereldens adel, som nekter å underkaste seg hans autoritet. Begge parter kjemper seg inn i en usikker, fastlåst situasjon, og de eneste som tjener på situasjonen er darkspawn-styrkene som benytter sjansen til å kjempe seg lenger inn i Ferelden.