Emmaus arrangererte også retreater og innføringskurs i kristen dypmeditasjon. Senteret arrangerte også retreater og kurs sammen med dialogpartnere, f.eks. sammen med nå avdøde Svein Myreng fra den buddhistiske Dharmagruppen i Oslo. Arbeidet med kristen dypmeditasjon videreføres hver mandag kl. 18:45 i dag av frivillige i 'Pusterommet' , nå en del av arbeidet i Paulus menighet.