Merneptahs etterfølger, Seti II, var sønn av dronning Isetnofret. Imidlertid var Seti IIs etterfølgelse til tronen ikke uimotsagt: en rivaliserende konge ved navn Amenmesse, som enten var en annen sønn av Merneptah med Takhat, eller mer sannsynlig av Ramses II. I midten av Setis styre tok han kontrollen over Øvre Egypt og Kusj i sør. Seti greide å sikre på nytt sin autoritet i Teben i hans femte år etter at han hadde overvunnet Amenmesse.