I 1605 ble han utpekt til biskop av Chichester og gjort til Lord High Almoner, en kirkelig embetstittel knyttet til det kongelige hushold i Storbritannia. I kjølvannet av oppdagelsen av Kruttsammensvergelsen ble Andrewes bedt om å forbedrede en preken for kongen i 1606. Her rettferdiggjorde Lancelot Andrewes behovet for å minnes feiringene og som siden fortsatte i de neste 400 år. I 1609 utga han , et lærd verk som vokste ut av konfliktene fra Kruttsammensvergelsen og ble skrevet som et svar til katolske Roberto Bellarminos som angrep kongens krav om avlegge lydighetsed. Etter å ha flyttet til Ely i 1609 argumenterte han igjen mot Bellarmino i verket .