Etter utbruddet av andre verdenskrig var skvadronen utstyrt med Lockheed Hudson og utstasjonert til Malaya. To timer før den japanske invasjonen av Malaya oppdaget og angrep skvadronens fly japanske skip og senket transportskipet Awazisan Maru, en time før angrepet på Pearl Harbor. Skvadronen led store tap i Malayafelttoget og det senere felttoget i Nederlandsk Øst-India og ble trukket tilbake til Australia og oppløst i mars 1942. 1. desember 1943 ble skvadronen reetablert og fra mars 1944 begynte de operasjoner over Nederlandsk Øst-India fra hjembasen i Darwin. I januar 1945 fikk skvadronen Mosquito-fly og skiftet hjembase til Borneo frem til slutten av krigen. Skvadronen returnerte til Australia i desember 1945 og ble oppløst 7. august 1946.