Etter å ha åpnet -sesongen 2–2, ledet Brady Patriots til tolv seiere på rad, og avsluttet seriespillet med en divisjonstittel. I en 30–26-seier mot Denver Broncos i uke 9 hadde han 350 pasningsyards, tre touchdowns og én interception, og fikk med det sin femte AFC Offensive Player of the Week-tittel. I uke 14 stilte Brady med en 36-yard punt da Patriots slo Miami Dolphins 12–0. Statistisk sett var Bradys beste kamp sesongens siste kamp, da han hadde en quarterback rating på 122,9 mot Buffalo Bills, og igjen ble utpekt til AFC Offensive Player of the Week. Brady avsluttet sesongen med 3 620 pasningsyards og 23 touchdowns, og ble nummer i avstemningen for NFLs MVP bak Peyton Manning og Steve McNair som delte tittelen det året.