Etter at offensive coordinator Josh McDaniels forlot laget måtte Jones begynne sesongen under et nytt angrepssystem ledet av offensive line coach og tidligere defensive coordinator Matt Patricia. Jones slet de første tre kampene, med totalt fem interceptions og to touchdowns i løpet av de tre første kampene. Under et nederlag mot Baltimore Ravens i uke 3 hvor han kastet tre interceptions pådro Jones seg en ankelskade under sitt siste play. Det viste seg å være en kraftig forstuelse som førte til at Jones måtte stå over de tre neste kampene, hvor nykommer Bailey Zappe ledet laget til to seiere og ett tap.