Under Ming- og senere Qing-dynastiet ble vestekspansjonen gradvis gjenopptatt, med Gansu og særlig provinsens hovedstad Lanzhou som viktigste utgangspunkt. Særlig fra 1700-tallet havnet Qinghai og store deler av Tibet under kinesisk herredømme. Årene 1781-84 og 1862-1877 gikk huikineserne til opprør mot sentralmakten, men ble nedkjempet. I 1880-årene ble Xinjiang (Østturkestan) til kinesisk provins; dermed var ikke lenger Gansu grenseland. Den relativt underutviklede regionen opplevde nå en sterkere tilflytning av muslimer. De ble imidlertid diskriminert av den dominerende kinesiske befolkning, i en slik grad at det brøt ut voldsomme uroligheter som la store deler av provinsen øde. Opprørene ble slått ned, men blusset stadig opp igjen i Gansu og Qinghai frem til 1895. Resultatet ble en desimering av den muslimske befolkning i de to provinsene.