Den 26. april 2007 deltok Gerner Nielsen i en fotoseance ikledt hijab (muslimsk hodeplagg) . Det var meningen at denne markeringen skulle være et motsvar til Dansk Folkeparti og Søren Krarup som skarpt har kritiseret hodeplagget. Noen dage senere utspant det seg i en åpen debatt i partiet, hvor blant andre Naser Khader i en intern e-post kritiserte henne for å "gå islamistenes ærend". Partiets formann, Marianne Jelved, valgte imidlertid å forsvare hennes handling, og uttalte at det for henne er avgjørende å være i et parti, hvor man kan bruke sin ytringsfrihet som man vil. Som konsekvens av Gerners tørklæde-happening forlod den radikale rådmann på Frederiksberg, Pernille Høxbro, partiet etter 25 års medlemskab.