Han vendte tilbake til Kabul etter den sovjetiske invasjonen i 1979. I 1980 ble han utropt til leder av KHAD, det hemmelige politi. Det er hevdet at KHAD under Najibullah arresterte, torturerte og henrettet titusenvis av afghanere. Av og til henrettet Najibullah fanger selv. Dette skal Najibullah ha gjort ved å kaste dem ned på bakken og sparke dem i hjel.