Etter en periode med nybabylonsk okkupasjon, ble Jaffa under Akamenidedynastiets persisk styre styrt av fønikere fra Tyr, men i løpet av den persiske perioden fikk Sidon politisk overherredømme over den fønikiske kysten, og erstattet Tyr som den viktigste fønikiske bystaten. I denne fasen av Jaffas historie er det rikelig med arkeologisk bevis, som en gravplass med en fønikisk inskripsjon foruten også et hebraisk segl basert på dens paleografi. På sarkofagen til Eshmun’azar, kongen av Sidon, antagelig fra midten av 400-tallet f.Kr., fortelles det at perserkongen gjorde ham til hersker over den sørlige kysten hvor Jaffa er referert.