Fra 1976 til 1978 kommanderte han pansergrenaderbataljon 51 i Rotenburg an der Fulda. Deretter jobbet han i Forsvarsdepartementet frem til 1980. Fra 1980 til 1982 var Bagger, som da hadde blitt oberst, stabssjef for 3. panserdivisjon. Deretter var han sjef for sikkerhetspolitikk ved Führungsakademie. Fra 1984 til 1988 kommanderte han pansergrenaderbrigade 7 i Hamburg. Han ble forfremmet til brigadegeneral i 1988 og var stabssjef for 3. korps i Koblenz til 1990. Deretter kommanderte han 12. panserdivisjon til mars 1992.