I juli 1944 utviklet det seg en intern opposisjon mot Henry Rinnan, lederen av Rinnanbanden. Borgan, som var mistenkt for å stå bak et planlagt attentat mot Rinnan, ble en av de sentrale personene i denne konflikten. Rinnan, som hadde mistanke om at Borgan planla å myrde ham, provoserte Borgan til å planlegge attentatet. Etter å ha drukket Borgan full, skøt Rinnan ham personlig. Borgan ble deretter dumpet i sjøen ved Trolla utenfor Trondheim den 18. juli 1944. Liket ble imidlertid funnet etter å ha drevet i land.