I 1499 var Alonso de Ojeda og Amerigo Vespucci blant de første europeerne som gikk i land på Bonaire. De la beslag på øyen i Spanias navn, men grunnla ingen koloni der, siden det ikke fantes gull og den ikke egnet seg for landbruk. De lokale indianerne ble bortført for å arbeide som slaver på plantasjer i Sør-Amerika. I 1526 brakte spanjolene fe til Bonaire, og fremdeles finnes ville esler og geiter som stammer fra disse på øyen.