Dermed fikk Essex ledelsen over den største styrken som noen gang var blitt sendt til Irland, 16 000 mann. Han reiste fra London tiljublet av folkemassene, og man regnet med at opprøret ville bli slått ned med en gang. Men kronens ressurser og det irske klimaet skulle forhindre dette. I stedet for å konfrontere Ó Néill i Ulster, slik Essex hadde sagt til Det kongelige råd at han ville gjøre, ledet han sine menn i en serie sammenstøt sør i landet, hvor han ikke oppnådde noen avgjørende seire. Dermed ble midler brukt opp, og styrker ble avsatt til garnisoner i sør fremfor å bli ført mot nord hvor den viktigste fiendtlige styrken befant seg. Opprørerne vant flere seire, og Essex måtte inngå våpenhvile, noe som var ydmykende for kronen og skadelig for engelsk autoritet i Irland.