Shalikashvili var professor ved Senter for internasjonal sikkerhet og samarbeid ved Stanford University. Han har sittet som direktør for selskaper som Russell Investments, L-3 Communications Inc, Initiative for Global Development og National Bureau of Asian Research. Generell Shalikashvili var gift og hadde en sønn, Brant, som ble utdannet ved Washington State University. Generell Shalikashvili fikk et alvorlig slag den 7. august 2004. John Shalikashvili døde i en alder av 75 år den 23. juli 2011, ved Madigan Army Medical Center i Washington D.C.