Når man kommer til har de nye skipene erstattet skipene fra filmene fullstendig. Dette resulterer i at spillet blir mer likt siden oppdragene ikke lengre består av store angrep med mange erstattbare skip (slik som Imperiet gjorde når det var mest mektig), og spilleren har ikke lengre fordelen av andre på sin side. Dette kan forklares med at spilleren blir en del av en spesiell gruppe ledet av Thrawn, hvis hovedoppdrag er å drepe forræderen Zaarin.