Etter å ha gått på salesianerordenens skole i San Salvador ble Juan Abelardo Mata Guevara novise i ordenen i 1965, og avla den 8. desember 1966 sine første ordensløfter. Etter å ha fullført sine teologiske studier ved Instituto Teológico Salesiano de Guatemala, ble han presteviet 15. august 1976. Deretter studerte han teologi ved i Roma.