Viktige fokusområder er beredskap innen smittevern og miljømedisin, psykisk helse, rusmiddelforskning, helsestatistikk, befolkningsundersøkelser, laboratoriebasert forskning, livsstil og helse, sosiale helseforskjeller, helseovervåking og registre, samt internasjonale helseproblemer. FHI har et omfattende samarbeid med Verdens helseorganisasjon.