Da første verdenskrig brøt ut, ble han innkalt til militærtjeneste, men ble i første omgang dimittert av medisinske årsaker som følge av lungeproblemene. Men i 1916 ble han frisk nok til å vende tilbake til klosteret, og i september kom han til den lille kommuniteten i San Giovanni Rotondo. Her ble han resten av livet, bare avbrutt av noen måneder som sanitetssoldat i 1917 og 1918, men hver gang ble han sendt tilbake med lungeproblemer, siste gang med dobbeltsidig lungebetennelse. Noen andre mindre reiser foretok han òg.