Etter den tyske okkupasjonen av Böhmen-Mähren 15. mars 1939 ble han forfulgt som jøde og som antatt homoseksuell. I april 1939 ble han arrestert og trolig torturert av Gestapo, han flyktet under permisjon og kom til Norge 21. februar 1940. Eisler slo seg til på Nesjestranda sammen med andre flyktninger fra Tsjekkoslovakia, blant andre Leo Eitinger og Hans Lustig. Etter den tyske okkupasjonen forsøkte han å flykte til Sverige, men ble skutt og såret nær grensen. Broren Hugo og svigerinnen Helene Eisler kom seg over grensen. Eisler satt lengre tid arrestert i Møllergaten 19 i Oslo, og ble i november 1942 overført til Grini. Ulstein oppgir at transporten til svenskegrensa hadde svikta og at han forsøkte å gå til fots, og hadde blitt liggende av utmattelse nær grensen der han ble funnet av en patrulje. Han ble torturert av Gestapo som ville vite navn på medhjelperne, men Eisler sa ingenting. Bruland oppgir at han ble arrestert 19. november 1942 da han brakk beinet under fluktforsøk. Bruland oppgir at han på grunn av skaden ikke ble deportert umiddelbart, men ble deportert 21. august 1943 etter fangenskap og kraftig mishandling i Norge (Borøchstein oppgir at han ble deportert 21. august). Eisler deltok i «dødsmarsjen» fra Auschwitz til Buchenwald på slutten av krigen. Eisler fra frigjort fra Buchenwald 11. april av den amerikanske hæren og returnerte til Brno.