Han viet Napoleon til Joséphine de Beauharnais dagen før kroningen i 1804, og i 1810 viet han Napoleon til Maria Louise av Østerrike. Sin viktigste innsats for Napoleons regjering gjorde han som diplomat med ansvar for Napoleons forhold til Paven, og han havnet etterhvert i en vanskelig situasjon da Napoleon førte en stadig mer pavefiendtlig politikk, noe som forsuret forholdet mellom onkel og nevø. Han er husket som en av sin tids fremste kunstsamlere og for å ha etablert Musée Fesch i Palais Fesch i Ajaccio, som har en av Frankrikes fineste samlinger av eldre malerkunst og er en av de viktigste napoleonske samlingene. Han flyttet i 1814/1815 til Roma med søsteren Letizia Bonaparte, der paven stilte Palazzo Falconieri til hans disposisjon. Han deltok ved tre pavevalg, konklavet 1823, konklavet 1829 og konklavet 1830–1831.