For dzjungarene ble det kinesiske felttoget en katastrofe. Det ble ikke bare slutten på det siste store nomadiske imperiet på de asiatiske steppene, men også på dzjungarene som folkegruppe. Store områder ble avfolket, og Qing-embedsmenn estimerte at 30-50 % av dzjungarene ble massakrert (andre kilder sier dette tallet var enda høyere), 30-40 % døde av kopper og 20-30 % flyktet til Russland eller til de kasakhiske områdene. Totalt skal så mange som 80 %, eller 480-800 000 dzjungarer ha blitt drept mellom 1755 og 1757. Dette var antageligvis det største folkemordet i det attende århundre.