Etter at gruppen rømmer, utplasserer Galbadia missiler i retning Trabia Garden. I frykt om at Balamb Garden blir Edeas neste mål for hevn, bestemmer gruppen seg for å dele inn i to lag. Squalls gruppe returnerer til Balamb Garden for å advare om angrepet, men han må først stoppe en intern konflikt som ble startet av NORG, SeeDs økonomiske støttespiller. Selphies lag drar til Galbadian Missile Base i håp om å stoppe missilene, men de mislykkes. Ved en feiltakelse får Squall Balamb Garden til å fly og klarer å styre det unna missilene. Men han mister kontroll, og Garden kolliderer i havnen til Fisherman's Horizon. Mens lokale teknikkere reparerer Garden, invaderer Galbadia Fisherman's Horizon. De er på jakt etter en jente kalt «Ellone», som oppholdt seg i Balamb Garden inntil nylig. Ellone rømmer omsider til Esthar, verdens teknologiske supermakt.