Sekretariatet, som er ansvarlig for den daglige driften av foreningen, ligger i Trondheim og ledes av generalsekretæren. Foreningen har omkring medlemmer, og det er fylkesavdelinger i alle fylker, inkludert rundt 50 lokallag. Årsmøtet er foreningens øverste organ og avholdes årlig. Sentralstyret velges av årsmøtet, og har møter 4–6 ganger årlig. Sentralstyret vedtar hovedlinjene for foreningens arbeid, foretar strategisk planlegging, fastsetter budsjettet og følger opp økonomien, oppretter og nedlegger komiteer og utvalg og har ansvar for ansettelser av fast lønnet personell på BLNs sekretariat. Generalsekretæren deltar på møtene og er referent. Valgkomiteen består av fire personer og velges av årsmøtet. Foreningen publiserer også tidsskriftene og samt årboken . Vår Fuglefauna (48 sider) sendes ut til medlemmene fire ganger årlig, mens rekrutteringstidsskriftet Fuglevennen har to årlige utgivelser. I tillegg utgir BLN det elektroniske fagtidsskriftet , som er gratis, men kun tilgjengelig på Internett.