Spesialenheten har fått kritikk for å ikke være tilstrekkelig uavhengig. Spesielt det forhold at mange av enhetens ansatte er tidligere politifolk eller påtalejurister har medført at det stilles spørsmål ved uavhengigheten. Miljøpartiet De Grønne uttalte i 2021 at spesialenheten har for tette bånd til politi og påtalemyndighet. Det har blitt etterlyst en karantenetidordning før politiansatte kan gå over i spesialenheten. Et annet forhold er at de aller fleste saker som etterforskes av enheten ikke ender med tiltale, herunder de 10 alvorligste sakene som enheten har etterforsket siden opprettelsen.. Det har også blitt vist til lang saksbehandlingstid i enhetens arbeid, som pr. desember 2008 var 153 dager (5 måneder) i gjennomsnitt.