Cesky terrier ble først avlet frem av den tsjekkiske hundeeieren František Horák i 1948. Den nye rasen var et resultat av kryssavl mellom Sealyham terrier og Skotsk terrier. Målet var å få en ny rase som egnet seg som jakthund i skogene i Bohemia. Selv om Horák ikke hadde høyere utdannelse innen naturvitenskap, jobbet han i flere år som forskningsassistent ved Czechoslovak Academy of Sciences og brukte kunnskapen han der hadde tilegnet seg til å avle frem den nye rasen. Tsjekkia hadde på denne tiden et kommunistisk styresett, og når Horáks hunder ble populær utenfor Tsjekkia, fikk han store mengder brev som igjen gjorde han til gjenstand for oppmerksomhet hos det hemmelige politiet. Horák døde i 1997.