I 1939 ble SD og Sipo forent under Heydrich ledelse i Reichssicherheitshauptamt (RSHA) som var den sentrale etaten med størst ansvar for gjennomføring av . Som sjef for RSHA var han ansvarlig for nazistenes terror gjennom Gestapo og SD i Tyskland og okkuperte områder. Samtidig var han fungerende «riksprotektor» og praktisk talt tysk diktator over det okkuperte Böhmen-Mähren (i dag Tsjekkia).