SmartLynx Airlines driver charterflyginger for turoperatører, men også med utleie av fly med mannskap til andre. Fly har blant anna vært leid ut til easyJet, Jetstar Pacific, Sun d'Or International Airlines og Novair. I 2017 leide ut fly til blant anna Thomas Cook Airlines. Leieavtale med Norwegian blei også inngått for 2017.