Han ble ferdig med utdannelsen samtidig med utbruddet av den første intifadaen i 1987. Haniyeh deltok selv i intifadaen, ble arrestert av israelerne og satt flere perioder i fengsel, den siste gangen i 1989 med en dom på tre år. Etter løslatelsen i 1992 deporterte israelerne Haniyeh, flere Hamas-ledere og over 400 aktivister til Sør-Libanon.