Paven ønsket ikke å opprette en inkvisisjon i Spania, men Ferdinand og Isabella insisterte. Da kardinal Rodrigo Borgia var biskop av Valencia drev han lobbyvirksomhet for å få pave Sixtus IV til å godkjenne den spanske inkvisisjonen. Han lyktes delvis da paven sanksjonerte opprettelsen i Castilla. Borgia ble senere lønnet med støtte fra Spania under et konklave, og ble pave under navnet Alexander VI.