I 1966 ble han minister for indretyske forhold, en stilling som gjaldt forholdene rundt Tysklands daværende status som delt land, i Kurt Kiesingers CDU-SPD-regjering. Da SPD påtok seg regjeringsansvaret under ledelse av Willy Brandt, ble Wehner formann for SPDs gruppe i Forbundsdagen.