Etter dimittering fortsatte han studiene ved Columbia University, og avsluttet dem i 1947 med en mastergrad. Deretter studerte han ett år til ved Harvard University, samt ett år ved University of Cambridge. Der fikk han en mastergrad til, og var ansatt som lektor mellom 1949 og 1953. Fra 1953 til 1955 studerte han ved Universitetet i Kyoto. Keene hadde to doktorgrader: fra Columbia University (1951) og fra Cambridge University (1978).