Etter en rekke eventyr oppdager Natsu og hans følgesvenner Zeref, som bor isolert på hellig grunn i Fairy Tails som kalles Sirius Island. Trollmannen uttrykker et ønske om å få dø, på grunn av alle grusomhetene han har begått. En konflikt om Zeref oppstår mellom Fairy Tail og det mørke lauget Grimoire Heart. Dette tiltrekker seg også oppmerksomheten til den onde svarte dragen Acnologia. Senere fører Fairy Tail krig mot det eteriske mørkelauget Tartaros, som har som mål å åpne en spesiell bok som antas å inneholde E.N.D. Zerefs ultimate demon.