Allerede i 1625 befalte Christian IV at det skulle avsettes tomt til en kirkegård og en ny kirke i forbindelse med planleggingen av den nye bydelen utenfor Østerport. Dette var området mellom det nåværende Gothersgade og Kastellet. Selve byggingen kom i gang først i 1640 og fortsatte til rundt årsskiftet 1643–44 da det ble stoppet på grunn av pengemangel forårsaket av Hannibalfeiden.