Familien Fesch hadde gått over til protestantismen i 1530, men faren Franz Faesch hadde blitt katolikk da han kom til Korsika. Med økonomisk støtte fra den daværende erkediakon i Ajaccio, Luciano Buonaparte (1718–1791), som var onkel til hans svoger Carlo Buonaparte, begynte Fesch å studere ved presteseminaret i Aix-en-Provence i 1781.