Marinen har sin historie tilbake til 12. april 1814, da prins Christian Frederik etablerte krigsflåten under ledelse av et såkalt «Søekrigs-Commissariat». Marinen besto i 1814 utelukkende av små, lett bestykkede kystgående fartøyer. Hovedstyrken var roflotiljens 49 kanonsjalupper og 51 kanonjoller. I tillegg fantes det syv orlogsbrigger, én skonnertbrigg, åtte kanonskonnerter og to kuttere. 1. april 1815 ble Marinen underlagt et eget marinedepartement med kommandør Thomas Fasting som Norges første marineminister. I 1885 ble Marinedepartementet slått sammen med Armédepartementet til Forsvarsdepartementet. Marinen ble etter hvert plassert sammen med Kystartilleriet i en ny organisasjon kalt Sjøforsvaret i det integrerte Forsvaret.