Etter åtte år fortsatte Fetter studiene, og fullførte sin bachelor i 1891. I 1892 fikk hans lærer ved Indiana University, Jeremiah W. Jenks, en stilling ved Cornell University på den nystiftede avdelingen og fikk dermed vedlikeholdt et nært vennskap til Fetter i denne perioden. Fetter fullførte sin master i filosofi det samme året. Jenks overtalte Fetter til å studere ved Sorbonne-universitet under Johannes Conrad i Paris. Fetter tok filosofisk doktorgrad i 1894 ved Universitetet i Halle i Tyskland, med en avhandling som kritiserte Malthus’ befolkningsteori. Han var gjennom sitt medlemskap i -broderskapet også medlem av Cornells .