Men viktigere er nok at den katolske kirkes administrative system så sterkt ble preget av Sixtus. Det apparat han bygde opp, var så slitesterkt og effektivt at det ikke i vesentlig grad ble noen endringer før i 1960-årene. Han avgrenset kardinalkollegiets størrelse til sytti. Han fordoblet antall kongregasjoner og utvidet deres funksjoner, slik at de fikk hovedrollen i Pavestolens ledelsesoppgaver (1588). Han så på jesuittene med misbilligelse, og vurderte radikale endringer av deres konstitusjon, men døde før han fikk bestemt seg. I 1589 påbegynte han en revisjon av Vulgata, den såkalte .