Vilnius har vært bebodd i mange århundrer, noe som er påvist gjennom en rekke arkeologiske funn i forskjellige bydeler. Byen er muligens identisk med den bortglemte hovedstaden Voruta under kong Mindaugas. Litauerne har en velkjent legende om grunnleggelsen til byen: ifølge historien ble Vilnius bygget etter at den daværende storfyrste Gediminas på en reise sammen med sin druide hadde en merkelig drøm der en jernulv stående på en ås hylte opp mot himmelen. Da han ba druidej, Lizdeika, om en tyding av drømmen fikk han til svar at han måtte bygge et slott på denne åsen, som hadde en strategisk beliggenhet ved de tre elvene (, (også kjent som ) og (nå underjordisk)), og en stor by omkring åsen slik at denne store byen vil bli viden kjent. I så fall har Gediminas på mange måter ført det hedenske Litauen tilbake til Mindaugas' vestlige og kristne Europa ved å grunnlegge en hovedstad på samme sted der den tidligere hovedstaden lå samtidig som byen fikk sitt nåværende navn.