Tidlig i 1996 ble Podkopajeva alvorlig skadet da hun falt ned fra bommen under trening. Hun knekte et ribben, og skadet et annet. Hun kom seg imidlertid nok til at hun vant tre gullmedaljer under EM i 1996: sammenlagt, skranke og frittstående. I frittstående slo hun sin barndomshelt, Svetlana Boginskaja, som måtte nøye seg med sølv. Det var i dette mesterskapet hun viste dobbel forlengs salto med halv skru første gang. Hun vant også bronse i hopp.