I desember 1884, nå generalmajor, ble Warren sendt som kongelig spesialkommisjonær for å lede en militær ekspedisjon til Bechuanaland for å sikre britisk herredømme i møte med tysk og transvaalsk tilranelse og for å kue boerstatene Stellaland og Goshen som var støttet av Transvaal og som stjal land og kveg fra de lokale tswana–stammene. Styrken var kjent som Warren-ekspedisjonen og bestod av 4000 briter og lokale soldater. De dro nordover fra Cape Town fulgt av de tre første observasjonsballonger som noen gang ble brukt av British Army i felten. Ekspedisjonen nådde sine mål uten blodsutgytelse, og Warren ble kalt tilbake i september 1885.