Dateringene av skipet i nyere tid bekrefter at det hadde vært betydelige reparasjoner på «Mary Rose» på en gang mellom 1535 eller 1536. Dette falt sammen med den kontroversielle beslutningen om oppløsing av de engelske klostrene, og som ga et betydelig økonomisk bidrag til kronen. Men lite er kjent om reparasjonene, heller ikke hvor omfattende arbeidet på skipet var. Mange forskere, blant annet Margaret Rule, som var ansvarlig for det arkeologiske arbeidet i begynnelsen av prosjektet, antok at skipet kunne ha blitt ombygd fra klink til kravell, og at skipets endelige form ikke var oppnådd før 1536. Peter Marsden har antydet at det kan bety at «Mary Rose» opprinnelig var bygget med avrundet hekk istedenfor et flatt akterspeil, og at det ikke var skåret ut kanonporter på batteridekket før 1536.