Men mykologi, læren om sopp, fortsatte å oppta Potter, og hun samlet og lagde detaljerte tegninger av mer enn 270 arter. Hun kom frem til at lav egentlig er to organismer som lever sammen i symbiose. Denne teorien ville ikke lederen for The Royal Botanic Garden diskutere engang, og da hennes artikkel om muggsporer ble lest opp i The Linnean Society of London, fikk hun ikke selv være til stede fordi hun var kvinne. Først i 1997 fikk hun en offentlig unnskyldning og anerkjennelse for sin teori om lav, som er helt korrekt.