Man vet ikke hvor Boëthius fikk sitt grundige kjennskap til gresk. De historiske dokumentene er tvetydige når det gjelder dette, men Boëthius kan ha studert i Athen, og kanskje Alexandria. På grunn av sin lærdom og erfaring, gikk han i Theoderik den stores tjeneste. I 520, i en alder av 40 år, var han blitt . Senere ble hans to sønner utnevnt til konsuler. I 523 ga imidlertid Theoderik ordre om å kaste Boëthius i fengsel for forræderi, antagelig fordi han ble mistenkt for å stå i ledtog med den bysantinske keiseren Justinus I. Boëthius selv angir sine rivalers sladder som grunn. Han ble i alle fall satt i fengsel i Pavia og henrettet i 524 eller året etter.