Da bispedømmet ble grunnlagt i 1417, hadde det sitt sete i Medininkai (i dag Varniai) og het (latin ) etter det litauiske landskapet Žemaitija. Det var suffraganbispedømme under det polske erkebispedømmet Gniezno. Dette endret seg først med Polens tredje deling i 1795, da Litauen kom til Det russiske keiserdømmet. Žemaitija bispedømme ble først opphevet, men gjenopprettet tre år senere som suffragan av Mogiljov erkebispedømme. 1864 ble bispesetet flyttet fra Varniai til Kaunas.