I Frankrike hyllet Paine monarkiets avskaffelse, men beklaget hetsen mot rojalistene og forsøkte uten hell å redde livet til Ludvig 16. ved å foreslå utvisning til USA fremfor henrettelse. Dette gjorde han først og fremst på grunn av kongens støtte under den amerikanske revolusjonen, men også fordi han hadde moralske motforestillinger mot dødsstraff. Paine måtte betale for sine anstrengelser for å redde kongens liv da de radikale tok makten ledet av Robespierre. Paine ble kastet i fengsel desember 1793, men ble løslatt igjen i november 1794 etter Robespierres fall. Han ble så gjeninnsatt i nasjonalforsamlingen.