Han gjorde ett år tjeneste i Waffen-SS og søkte deretter (i 1939/1940) til SS-domstolens hovedkontor i München. Han ble 1. januar 1941 overført til SS- og politi-domstolen i Krakow der han stilte flere SS-folk for retten for korrupsjon – flere av disse ble dømt til døden. Morgen ble kjent for å være målbevisst og standhaftig. Han gikk i korrupsjonsbekjempelse mye lenger enn andre SS-dommere. Ved rettsoppgjøret etter krigen fremholdt Morgen at han etterforsket 800 saker og 200 av disse ble bragt for retten; han arresterte personlig fem kommandanter og to ble henrettet etter rettssak.