I 1808 ble han tildelt storkors av Dannebrog, mens han i 1815 ble gehejmekonferensråd. Danneskiold-Samsøe døde på Gisselfeld 49 år gammel i juni 1823, og ble stedt til hvile i , en liten gravlund innrettet i Gisselfelds park til en datter som var død i 1804. Enken drev planene videre om et eget glassverk ved herregården Holmegaard.