Det er ikke slik at alle homologe trekk vil nødvendigvis likne hverandre. Organer kan være veldig ulike hverandre og likevel være homologe. Et eksempel er knoklene i mellomøret vårt (ambolt, hammer og stigbøyle), som er homologe med deler av beinfiskenes kjever, som igjen har utviklet seg fra gjellebuene hos kjeveløs fisk. Også vår skjoldbruskkjertel ligner lite på den såkalte i lansettfiskenes gjelletarm, som den er homolog med.