I Tyskland og Tsjekkia fikk motstandere av traktaten medhold i sine krav om at forfatningsdomstolene skulle avgjøre hvorvidt det er i strid med landenes grunnlov å ratifisere Lisboa-traktaten uten folkeavstemninger. For Tysklands vedkommende innledet forfatningsdomstolen den 10. februar 2009 en ny høring for å avgjøre om traktaten er grunnlovsstridig.