Wergeland beholdt kontakten med Heisenberg etter andre verdenskrig, men da var interessen mer rettet mot «S-matriseteori» og elementærpartikkelfysikk. Han ble professor i eksperimentell fysikk ved NTH i 1946, men dette professoratet ble omgjort til teoretisk fysikk i 1948 da Roald Tangen ble ansatt.