Den 16. desember 2009 døde Disney, som hadde slitt med magekreft, på sykehuset Hoag Memorial Hospital Presbyterian i Newport Beach i California. Hans død skjedde 43 år og én dag etter at Walt Disney døde, i henhold til Clifford A. Miller, en talsmann for Disneys selskap Shamrock Holdings. Hans død er også akkurat fire dager før hans egen far Roy O. Disneys dødsdato den 20. desember (1971). Han ble 79 år gammel, og ville ha blitt 80 år neste måned.