Å sende vekk sitt maktgrunnlag svekket Duncans posisjon. Opprørerne i det skotske lavlandet synes å oppgitt sine aktiviteter og dratt tilbake til sine lokalsamfunn. Derimot hadde Donald III tilbrakt månedene med å gjenoppbygge sin hær og forsterke sin politiske støtte. I november 1094 ledet Donald sin hær inn i lavlandet og konfronterte sin nevø. Den 12. november gikk Duncan inn i bakholdsangrep og i stridighetene ble han drept. Han hadde da vært konge i mindre enn sju måneder. De primære kildene er uklare på hvordan han møtte sin død. rapporterte at «Donnchadh [Duncan] sønn av Mael Coluim [Malcolm], konge av Alba, ble drept av Domnall [Donald], sønn av Donnchadh [Duncan]. Den samme Domnall, dessuten, tok deretter over som konge av Alba.» rapporterte at «Donnchad sønn av Mael Coluim, konge av Skottland, ble forrædersk drept av sine egne brødre Domnall og Edmond.» Da Duncan ikke direkte hadde noen brødre med disse navnene, peker antagelig teksten til hans onkel Donald III og hans halvbror Edmund ( eller ). Senere tekster identifiserte Duncans banemann til en adelsmann ved Máel Petair fra Mearns.