For en del personer som stammer er negative tanker og følelser en viktig del av vanskebildet. Mange kan oppleve frykt for å stamme, og forsøke å unngå lyder, ord og situasjoner hvor de tror de vil stamme. I slike tilfeller er det avgjørende å arbeide med tanker og følelser i tillegg til tale. Her inngår det å bli bevisst på egne unngåelsesmønstre, og jobbe med å erstatte unngåelsesatferd med tilnærmingsatferd. Elementer fra kognitiv adferdsterapi kan være nyttige for å redusere frykt og øke selvtilliten i sosiale situasjoner. Her inngår for eksempel trening med å oppsøke fryktede situasjoner, for å venne seg til situasjonen og minske frykten (eksponeringsterapi). I slik behandling er det viktig å gå forsiktig fram, ved å begynne med de minst fryktede situasjonene og gradvis øke vanskegraden. Når personen som stammer gjentatte ganger opplever kontroll og mestring i situasjoner som tidligere har framkalt stress og frykt, kan den betingede (lærte) koblingen mellom stamming og negative følelser brytes.