Historien i er ganske lik den i og . Team Galactics leder er ufornøyd med verdenen, og kaller den inkompetent. Han ønsker en verden uten ånder, og prøver å ødelegge den vanlige verdenen for å lage en ny med hjelp av Dialga og Palkia. Dette mislykkes, og han blir kidnappet av Giratina. Spilleren spiller som Lucas eller Dawn.