Marwan døde den 27. juni 2007 like utenfor sin leilighet i Carlton House Terrace, London. Dødsårsak var traumatisk aorta ruptur etter et fall fra vinduet i hans leilighet i femte etasje. Amr Ellissy, en anerkjent egyptisk journalist, gjennomførte en undersøkelse om Marwan og hans dødsfall for å lage dokumentar-serien Ekhterak. Denne dokumentar-serien ble sendt på egyptisk fjernsyn i seks episoder på den første årsdagen for Marwans død. Filmen antyder at det er stor grunn til mistanke rundt omstendighetene rundt Marwans dødsfall.