Byen har rester etter bosetting datert tilbake til omkring 4 500 f.Kr. Like sørøst for nåtidas Nablus lå oldtidsbyen Sikem som var politisk og religiøst sentrum i Kanaan og er omtalt mange steder i Bibelen. Der lå Josefs grav og Jakobs alter og brønn. Romerne bygde opp byen vest for Sikem og gav den navnet Flavia Neapolis i 72. Navnet Nablus er en arabisk form av det greske som betyr «nybyen».