Til stor skuffelse for det katolske partiet tolererte Maria det nyetablerte protestantiske herredømmet, og lot James Stewart være hennes fremste rådgiver. I dette aksepterte hun sin manglende militære makt overfor de protestantiske adelsmennene. Hun deltok sammen med James Stewart i å knuse Skottlands ledende katolske leder og adelsmann, George Gordon, 4. jarl av Huntly, i 1562 etter at han hadde ledet et opprør på det skotske høylandet mot henne.