I perioden etter andre verdenskrig opplevde det sovjetiske samfunnet økende kriminalitet, og det oppstod derfor et behov for tusenvis av vakthunder. Man trengte en hunderase som også kunne benyttes i svært lave temperaturer (ned mot -30 til -40 °C i løpet av vinteren). Disse hundene skulle være i stand til å vokte nesten alt statseid gods, slik som lagerbygninger, jernbaner, arbeidsleirer og infrastruktur. Under ledelse av general Medvedev ble det i 1946-1947 derfor startet et hundeavlsprosjekt ved Den sentrale militære kynologiskolen (engelsk: 'Central School Of Military Kynology'), en avdeling av Sovjetunionens forsvarsdepartement. Gjennom en årrekke eksperimenterte man med kryssparring av renrasede hunder. Moskovaisk vakthund ble et av de mest vellykkede resultatene av kryssavl på kaukasisk ovtcharka og sankt bernhardshund. Kombinasjonen av disse to rasene ga det militære prosjektet de mentale og fysiske egenskapene de ønsket for de nye vakthundene.