I 1948 protesterte Sasse mot opprettelsen av , som var en samling av de lutherske, reformerte og unierete protestantiske kirkene. Bekymringen over statsstøttede teologiske fakulteter gjorde at han ble medlem av en luthersk frikirke som var tro mot konfesjonen i . I 1948 mottok Sasse en invitasjon til å undervise ved Immanuel Seminary i Adelaide, og i 1949 emigrerte han til Australia. Der arbeidet han ved det teologiske fakultet til helt frem til sin død i 1976. Han ivret for sammenslåing av de ulike lutherske kirkene i Australia, og det gikk i oppfyllelse da Lutheran Church of Australia ble etablert.