Da krigen kom til Norge var Schjelderup blant næringslivets mest sentrale menn, og det var i hans hjem næringslivstoppene møttes – alt 13. april 1940 – for å områ seg under de nye betingelsene etter den tyske okkupasjonen. Der kom de raskt til enighet om at de ønsket «å få fiendtlighetene avbrutt». Det sentrale for bedriftslederne var å holde hjula i gang. Men etter hvert ble Schjelderup knyttet opp mot det sentrale hjemmefrontarbeidet, og i 1944 ble han arrestert og fengslet på Akershus.