Da den danske konge i 1807 valgte fortsatt allianse med Frankrike og tilslutning til Kontinentalblokaden, var det i visshet om at britenes taktikk ville være å avskjære handelen mellom Danmark og Norge. Det ville hindre forsyninger av norske krigsråvarer til Danmark, men ville også innebære en regelrett utsulting av Norge siden den livsviktige korneksporten Norge da ble brutt. Historikerne Sverre Bagge og Knut Mykland skriver om danskekongens valg at han handlet utfra de interesser som «tjente landets kontinentale del, mens Norge ble ofret». Da Danmark-Norge året etter også kom i krig med Sverige, lå Norge igjen som en isolert øy med fiender i vest, sør, og øst. Isolasjonen av Norge innebar samtidig at danskekongen måtte opprette en egen norsk Regjeringskommisjon, en slags regjering, for å lede administrasjonen av den isolerte norske riksdel under krigen. Det norske stattholderembetet hadde vært ubesatt siden 1771, og landet hadde i økende grad blitt styrt direkte fra København. Av de fire medlemmene av denne «regjeringen» var tre danske, og først etter to år kom grev Hermann Wedel Jarlsberg med i kommisjonen. Norske myndigheter måtte skaffe korn, bygge forsvarsverker langs hele kysten, og stå imot en stadig mer avlastet svensk invasjonsstyrke i øst med en norsk hær på knappe soldater. Til tross for at det var Danmark som hadde erklært Sverige krig, og til tross for at norsk fiske- og tømmereksport ble redusert til bare 1 prosent av 1805-nivået, forble den norske økonomiske og politiske elite svært lojal overfor Danmark. Den danske kongens alliansevalg innvarslet to års sammenhengende norsk nød, og tidvis hungersnød, og svekket mulighetene for den norske eksportindustrien som bygget opp for å betjene markedene i Danmark og Storbritannia.