Sentralt i hans pavetid var forholdet til Frankrike. Revolusjonsregimet til Napoleon I inngikk avtalen kjent som konkordatet av 1801. I 1804 ble Pius VII tvunget av Napoleon til å reise til Paris for å krone ham til keiser. Napoleon satte imidlertid selv kronen på sitt hode. Dette bidro til det spenningsfylte forholdet mellom dem. I 1806 erklærte Napoleon at ettersom han var keiser, var paven de facto hans undersått, og han forventet at paven ville gripe inn mot Napoleons motstandere som oppholdt seg i Kirkestaten. Fra 1808 okkuperte Napoleons styrker Kirkestaten. Natt til 6. juli 1809 ble paven arrestert, et fangenskap som skulle vare i nesten fem år. I denne tiden forsøkte Napoleon en rekke ganger å få makt over kirken.