Flere væpnede islamistiske grupperinger vokste fram fra tidlig 1990-tall; de to viktigste var (GIA), som bestod av flere mindre grupper, samt den væpnede grenen av FIS, (AIS). I oktober 1997 erklærte AIS våpenhvile, og volden avtok noe. Omkring 5000 fanger ble sluppet fri i et amnesti, deriblant islamistiske geriljasoldater. En utbrytergruppe fra GIA, (GSPC), ble grunnlagt i 1998 og nektet å legge ned våpnene. GSPC rettet sine angrep i all vesentlighet mot sikkerhetsstyrkene. I 2000 overga mange geriljasoldater seg til myndighetene mot løfte om amnesti, men volden fortsatte, både fra geriljaen og fra myndighetene. Borgerkrigen krevde minst menneskeliv, et tall myndighetene innrømte i 1999. Andre setter tallet så høyt som . I årene 2000–2001 ble medlemmer av GSPC tatt i Tyskland, Frankrike, Italia og Spania – celler mistenkte for å tilhøre det internasjonale terrornettverket rundt al-Qaida. Etterforskning i Italia tydet på at organisasjonen, med medlemmer også fra Tunisia og Marokko, bistod al-Qaida i planleggingen av terroraksjoner i Europa på deres vegne. Flere av soldatene i GIA og GSPC har bakgrunn fra kamper mot Sovjetunionen i Afghanistan sammen med Taliban og al-Qaida. Fra dannelsen av GIA i 1993 rettet gruppen flere terrorangrep mot franske mål i Algerie og Frankrike.