Sakya ble grunnlagt 1073 e.Kr., da Khön Könchog Gyalpo (འཁོན་དཀོན་མཆོག་རྒྱལ་པོ།, 'khon dkon mchog rgyal po; 1034–1102), et medlem av Tibet’s noble Khönfamilie, etablerte et kloster i regionen Sa'gya, Tibet, som ble hovedkvarter for ordenen. Siden den gangen har dens lederskap utgått fra Khönfamilien.