Bartholomäus Ziegenbalg var sønn av en kornhandler i den saksiske byen Pulsnitz. Han begynte sin gymnasutdannelse i 1694 i Görlitz, og vekslet i 1702 over til et gymnas i Berlin. Fra 1703 studerte han teologi i Halle, under den ledende tyske protestantiske teolog, pietist og pedagog August Hermann Francke.