Etter at han la opp som aktiv spiller, ble Cavanagh trener og senere manager for Brentford. Han var trener i Nottingham Forest fra 1966 til 1977, før han arbeidet som assisterende manager (under Tommy Docherty) i Manchester United. Cavanagh ble værende i United etter at Docherty ble sparket i 1977, men forlot klubben da Ron Atkinson ble klubbens manager i 1981.