Hovedtanken bak stratigrafi er at de dypeste avleiringene er eldst, og at man nærmer seg nåtiden jo høyere opp man kommer. Forskjellen mellom arkeologisk og geologisk stratigrafi er at tidsperspektivet er noe mindre i arkeologien, at størrelseforholdene er mindre samt at arkeologer som regel daterer gjenstander som for eksempel menneskelige bruks- og kunstgjenstander, husholdningsavfall eller skjeletter. I tillegg har den arkeologiske stratigrafien en tendens til å være mer omrotet enn den geologiske, som et resultat av menneskelig aktivitet. Den arkeologiske stratigrafien bærer preg at mennesker har skapt nedgravninger som for eksempel groper og stolpehull innimellom de forskjellige lagene.