Henrik ble født på slottet Saint-Germain-en-Laye som sønn av Frans I og Claude av Frankrike. Hans far ble tatt til fange i slaget ved Pavia i 1525 av sin erkefiende, keiser Karl V, og han ble holdt som fange i Spania. Til gjengjeld for hans frigivelse ble det avtalt at hans to sønner Henrik og Frans (1518-36) skulle sendes til Spania og overta hans plass i fengslet. Brødrene satt fanget i Spania i tre år.