Det er lett å identifisere denne planten: Hvis man gnir en blomst i hånden, blir fingrene farget røde av hypericinet. Stengelen har to kanter, noe som skiller den fra slektningen firkantperikum (), som har fire. I motsetning til firkantperikum har dessuten prikkperikum få eller ingen svarte kjertelprikker på kronbladene. Prikkperikum kan derimot ha noen svarte prikker på de godt skjulte begerbladene under kronbladet. Den sikreste måten å skille artene på er at prikkperikum har spisse begerblad, mens firkantperikum har butte.