Dean stoler ikke på Samuel, og mistankene hans blir bekreftet når han oppdager at Samuel samarbeider med demoner for å finne skjærsilden. Dean oppdager at Sams sjel fremdeles er i Lucifers bur, så han forsøker å få tak i sjelen hans. For å sikre at Sam ikke husker tiden i buret, blokkerer Døden den delen av Sams hukommelse. Sesongens andre halvdel dreier seg om den såkalte Mother of All, som til slutt fører til hendelser som beviser at Castiel står bak omstendighetene rundt Sams retur til jorden, jakten på Alpha-monstrene og letingen etter «Purgatory» og hadde jobbet med Crowley hele tiden. Når brødrene forsøker å stoppe Castiel, bringer han Sams minner om buret tilbake. Castiel fortsetter med planene sine, absorberer alle sjelene fra skjærsilden og utnevner seg selv som Gud.