Samsung Pay fungerer med debetkort og kredittkort utgitt av deltakende banker. For å godkjenne hver betaling kreves tofaktorautentisering med fingeravtrykk, enhetens sikkerhetskode eller iris-skanning. Samsung Pay deler ikke brukerens ekte kortinformasjon. I stedet genereres tilfeldige virtuelle (tokeniserte) numre som representerer betalingskortene. Kortinformasjonen blir kryptert og lagret i et sikkert område lokalt på hver mobile enhet. Avhengig av land og region, er det mulig å linke Samsung Pay med en PayPal-konto.