Vinteren 2003 ble han assisterende manager for Terry Butcher i Motherwell FC, men i mai 2006 rykket han opp og tok over rollen som manager etter at Butcher forlot klubben til fordel for Sydney FC. Malpas forlot vervet i juni 2007 da han såvidt berget Motherwell fra å rykke ned. I august samme år ble han midlertidig manager for Skottland U-21, men ble senere på høsten erstattet av Billy Stark på permanent basis.