Han ble født i Dundee, hvor han gikk på skole. Senere dro han til utlandet for å studere ved Universitetet i Paris, hvor han blant annet møtte Erasmus av Rotterdam, som han ble en nær venn av mens de begge var studenter ved det spartanske Collège de Montaigu under reformrektoren Jan Standonck, og hvor Boece siden ble sekretær. Ved 1497 var han blitt forfremmet til professor i filosofi ved universitetet.