I 1911 tok han B-kurset på marinens stabsskole, og i 1916 tok han A-kurset; han var tydelig en stigende stjerne. I 1916 ble Isoroku adoptert inn i Yamamoto familien og tok familienavnet. Det var en vanlig skikk blant japanske familier som manglet sønner å adoptere noen for å bære familienavnet videre. I 1918 giftet Isoroku Yamamoto seg med Reiko; han fikk fire barn med henne, to sønner og to døtre.