Allegorier ble også sett i den naturlige verden; dyr, planter, og selv ikkelevende gjenstander ble tolket i bøker kalt for «Bestiarier» (bøker med fabler om dyr) som symboler på bibelske figurer og moral. Eksempelvis fortelles det i en bestiarie hvor kronhjorter blir sammenlignet med mennesker som er selvoppofrende til kirken. Grunnen er at i henhold middelalderens zoologi forlot de sine beitemarker for andre (himmelske) beitemarker, og når de kom til en bred elv (synden) dannet de en linje og hver av dem hvilte sine hoder på bakdelen til den andre (støttet hverandre ved eksempel og godt arbeid), og således krysset elven.