Den 10. april 1900 giftet Wilhelm Jebsen seg med sin kusine Johanne Smit (1881–1978), som var datter av overrettssakfører Didrik Lyder Smit og Johanne Jacoba (født Sundt). Ekteparet fikk syv barn. Familien bodde i Kalvedalsveien 45a på Kalfaret.