San Francisco 49ers, som lå på andre siden av San Francisco Bay, var Raiders' geografiske rival, og rivaliseringen fikk kallenavnet «Battle of the Bay». I den første kampen mellom de to i 1967 vant 49ers 13-10. Etter sammenslåingen i 1970 vant 49ers borte mot Oakland 38–7. Siden de to lagene spiller i hver sin conference møtes de kun hvert fjerde år i seriespill. Laget som vinner får "bragging rights" som det beste laget i området. Den 20. august 2011, i tredje uke av sesongoppkjøringen, ble en kamp mellom de to rivalene skjemmet av slåsskamper på toalettene og i tribunene i Candlestick Park, samt en skyteepisode utenfor stadion hvor flere mennesker ble skadet. NFL bestemte i etterkant at de to lagene ikke lenger kunne møtes i sesongoppkjøringen. Serien mellom de to lagene ble avsluttet 1. november 2018 under en Thursday Night Football-kamp i Levi's Stadium, som var siste gangen de to lagene møttes før Raiders flyttet til sitt nye hjem i Las Vegas. 49ers vant kampen 34–3, som førte til et sammenlagresultat på 7–7 mellom lagene.