Seeck ble med Theodor Mommsens hjelp utnevnt til professor ved universitetet i Greifswald i 1881, i stedet for Karl Julius Beloch, som var blitt uvenner med Mommsen. I 1907 kom han til universitetet i Münster. Han er først og fremst kjent for sine verker om senantikken, skrevet med en sosialdarwinistisk tendens.