Etter den franske revolusjon i 1789 ble det store utenrikspolitiske spørsmålet hvordan Danmark-Norge skulle stille seg til det revolusjonære Frankrike. Bernstorff hadde ingen sympati for revolusjonen, men han mente heller ikke at andre stater hadde rett til å blande seg i Frankrikes indre anliggender. For ham var det viktigst å holde Danmark-Norge utenfor den krigen som brøt ut mellom Frankrike på den ene siden og England, Preussen og Østerrike på den andre. Denne kursen holdt han urokkelig fast på, selv om de allierte statene flere ganger inntrengende oppfordret Danmark-Norge til å bidra. Krigen førte også til at forholdet til Sverige ble endret, da Sverige også hadde interesse av å holde seg utenfor krigen. 27. mars 1794 ble det inngått et væpnet nøytralitetsforbund mellom Danmark-Norge og Sverige, slik at de to statene holdt felles flåter i sjøen for å beskytte handelen.