Aarflot var stortingsmann for Ålesund og Molde. i 1868–69, 1871–73, og i 1881 da han fra 9. juni møtte som varamann for Ferdinand Roll. Stortingsmann på ny 1889-91. 1868-69 var han medlem av kirkekomite nr. 2, 1871–73 av kirkekomiteen, samt Lagtinget. I 1881 var han medlem av næringskomite nr. 2, mens han 1889–91 var medlem av gasje- og pensjonskomiteen og av Lagtinget. Han representerte da partiet Høyre.