Otto Zardetti gikk på den lokale barne- og ungdomsskolen i Rorschach, deretter -skolen i Feldkirch i Østerrike. Deretter returnerte han til Sveits, hvor han gikk inn i bispedømmets mindreseminar i St. Georgen nær byen St. Gallen. Zardetti tok universitetsutdanning i teologi og filosofi fra Universitetet i Innsbruck i Østerrike.