Spilleren skal kontrollere en kaptein, som har muligheten til å kommandere en horde på opp til 100 plante-lignende skapninger kalt Pikmin. Spilleren skal bruke deres unike evner til å utforske en fremmed planet, bekjempe forskjellige motstandere, løse ulike gåter, eller samle skatter. Pikmin kan bli ledet til å utføre forskjellige oppgaver, for eksempel å bygge broer, ødelegge barrierer, samle inn bytte, eller beseire motstandere. Pimkin kommer i forskjellige farger, og har forskjellige fysiske egenskaper som indikerer deres spesielle evner eller immunitet mot farer. For eksempel er røde Pikminer immune mot brann og kan slåss hardere. Men gule Pikminer er immune mot elektrisitet, og kan kastes lenger. Blå Pikminer er immune mot vann.