Innenfor sin sone gjennomførte den amerikanske okkupasjonsmakten militær straffesak mot mistenkte krigsforbrytere på tysk side. Dachauprosessene (engelsk: ) var omfattet 489 saker gjennomført 1945-1948 inne i Dachau som da var gjort om til interneringsleir for mistenkte krigsforbrytere. Sakene ble ført mot blant andre mannskap fra leirene Buchenwald, Flossenburg og Mauthausen i tillegg til Dachau selv. Til forskjell fra Nürnbergprosessen som handlet om rikets toppledere, var de tiltalte i Dachau tjenestemenn på laveste nivå. Domstolen var satt som en amerikansk militærdomstol (dommerne og aktor var offiserer) og ble ført i henhold til amerikanske regler. Den amerikanske aktoren William Denson (32 år gammel) sto alene for 177 av sakene. Av disse ble 132 dømt til døden og dødsstraffen ble fullbyrdet for 97 (ved henging). Ilse Koch var gravid og Denson ba derfor om livstidsdom i stedet for dødsstraff, general Lucius D. Clay omgjorde straffen til fire års fengsel og Koch slapp ut etter to år.