Honshu deles vanligvis inn i 5 regioner, uten at de er offisielle administrative enheter, som tilsammen består av 34 prefekturer: Chugokuregionen (vest) — Hiroshima-ken, Okayama-ken, Shimane-ken, Tottori-ken, Yamaguchi-ken. Kansairegionen (syd, vest for Chugoku) — Hyōgo-ken, Kyoto-fu, Mie-ken, Nara-ken, Osaka-fu, Shiga-ken, Wakayama-ken. Chuburegionen (sentral) — Aichi-ken, Fukui-ken, Gifu-ken, Ishikawa-ken, Nagano-ken Niigata-ken, Toyama-ken, Shizuoka-ken, Yamanashi-ken. Kantoregionen (øst) — Chiba-ken, Gunma-ken, Ibaraki-ken, Kanagawa-ken, Saitama-ken Tochigi-ken, Tokyo. Tohokuregionen (nord) — Akita-ken, Aomori-ken, Fukushima-ken, Iwate-ken, Miyagi-ken Yamagata-ken.