Teologisk skiller ortodoks kristendom seg kun marginalt fra katolsk, selv om visse teologiske lærepunkter betones noe ulikt og har vært opphav til betydelige kontroverser gjennom århundrene. Striden om filioque – spørsmålet om Ånden utgår fra Faren og Sønnen eller bare utgår fra Faren, som var den opprinnelige formulering i den nikenske trosbekjennelse – ble før det store skisma i 1054 det altoverskyggende teologiske stridspunkt som for alvor skulle skille kirkene fra hverandre.