Betydningen av trepartssamarbeidet ble særlig manifestert da det ble kjent at Stoltenberg II regjeringen høsten 2006 foreslo å endre reglene for sykelønnsordningen. Av de to øvrige partene ble dette sett på som et brudd fra regjeringens side på det inngåtte trepartssamarbeidet om IA-avtalen. Det hele endte med at regjeringen trakk forslaget.