O'Flaherty's sponsor var biskopen av Cape Town, Cornelius O'Reilly, og det var meningen at han skulle virke i dette bispedømmet etter prestevielsen, noe som ville være litt av en overgang for en ung mann som aldri hadde satt sin fot utenfor Munster. Mens O'Flaherty var i Mungret pågikk den irske uavhengighetskrig.