Minneapolis ligger i det sørøstlige hjørnet av Minnesota og langs byen strekker det seg over et område på 151,3 km², 142,2 km² som består av land og 9,1 km² innsjøer, noe som utgjør 6,91 % av det totale areal. Byen ligger på det nordamerikanske slettalandet som dannes av Mississippi-elven, den har sitt utspring 150–200 km nord for Minneapolis. Både Mississippi- og Minnesota-elvene er fra gammelt av farbare for store kanoer og små skip. Det er en del avsatte innsjøer i tidligere elveløp tett inntil dagens løp av Mississippi og Minnesota.