I 2005, etter at president Kumba Yalá var blitt styrtet av et kupp, flyttet João Bernardo Vieira tilbake fra landflyktighet til Guinea-Bissau. Han stilte opp ved presidentvalget i juni og juli 2005, og ble valgt til president. Ifølge offisielle resultater ble Vieira nummer to i første valgomgang den 19. juni med 28,87 % av stemmene, bak Malam Bacai Sanhá, og deltok dermed i andre runde. Han beseiret Sanhá offisielt i neste valgomgang den 24. juli med 52,45 % av stemmene. Resultatet av valget ble betvilt. For å avgjøre tvisten tilbød han Vieira samarbeid i august 2005. Men det ble avvist av Sanhá. Vieirable tatt i ed som president den 1. oktober.