Hos mennesker finnes alkalisk fosfatase i de fleste vev, men enzymet er særlig konsentrert i lever, gallegangene, nyrene, skjelettet og i morkaken. Alkalisk fosfatase er derfor en mye brukt biokjemisk markør på en rekke sykdomsprosesser i kroppen. Økte verdier av ALP i blodet ses blant annet ved kolestase (gallegangsobstruksjon), Pagets sykdom eller ved utbredte skjelettmetastaser. ALP bør vurderes i sammenheng med andre leverprøver, særlig gamma-glutamyltransferase (GT), for å vurdere om økningen stammer fra leveren eller skjelettet.