I begynneslen av spillet kommer Chase McCain tilbake til Lego City i et skip. Han blir møtt av Mayor Gleeson, som er borgermester i byen. Hun forteller han om en forbrytelsesbølge som har brutt ut, som hun tror Rex Fury står bak. Deretter må spilleren kjøre McCain til politistasjonen for å få politiuniform på seg. Deretter kommer det nyheter om et bankran i byen, som noen personer utkledd som klovner utfører. Deretter skal McCain fange noen tyver oppe på et høyt bygg, og sjefen av gjengen sier at han jobber for Rex Fury. Han sier også at en fange på Albatross Island kalt Blue kan vite mer. Deretter reiser Chase til fengselet på Albatross Island, for å snakke med Blue. Blue forteller ham om fengselcellen som Rex Fury brukte, og McCain finner en tunnel gravd ut fra cellen. Han finner også en liten hammer med et merke av en blå hatt på seg, og tror at Rex brukte den til å grave tunnelen med. Chase finner ut at det har blitt stjålet mye verktøy fra gruven på grunn av et vitne kalt Clarence Fletcher, som også kalles «Stinky». Chase oppsøker Stinky i Blue Bell Mine. Han finner ikke Stinky, men et taleopptak av ham, som beviser at han ble overfalt og kidnappet. Chase går ut av gruven for å lete etter kidnapperne, og blir møtt av Rex Fury, som enkelt banker ham opp. Deretter må Chase gå til en dojo for å lære kung fu.