Han ble forfremmet til SS-Gruppenführer i 1938 da han var sjef for Rasse- und Siedlungshauptamt. Pancke ble utnevnt til liaisonoffiser mellom Førerhovedkvarteret og SS Totenkopfverbänden og SD innsatsgrupper (dødspatruljer) i 1939. Etter dette gjorde han tjeneste som Höherer SS- und Polizeiführer "Mitte". Han ble forfremmet til Obergruppenführer og politigeneral den 21. juni 1943. Fra den 6. oktober 1943 til krigens slutt var han SS- og Politigeneral i Danmark. Han ble ytterligere forfremmet til General i Waffen-SS den 21. mars 1945.