Sesongen ble imidlertid avsluttet med at Al-Fayed trakk profesjonellstatusen, og klubben gikk tilbake til å være halvprofesjonell. Fulham var i sin neste sesong relativt sterk, og greide en tredjeplass tre poeng fra seieren. I Mesterligaen 2003-04 kom de til kvartfinalen, der de tapte klart mot 1. FFC Frankfurt. Blant de som forsvant var Margunn og Gaute Haugenes (Marianne Pettersen forsvant allerede i 2002), og de tok med seg Una Nwajei over til Amazon Grimstad. Også Kristy Moore og Katrine Pedersen ble med over til Norge, men de dro til Fløya.