I likhet med andre vassdrag i området ble Indre Oppedalselva negativt påvirket av sur nedbør, spesielt i de høyereliggnede deler av nedbørfeltet, hvor det på 1980-tallet ble registrert reduserte fiskebestander. Undersøkelser i senere år har imidlertid vist en forbedring og tildels normalisering av forholdene.