Welnick slet med depresjon etter han fikk kreftdiagnosen og den ble forverret etter Grateful Deads oppløsning etter Jerry Garcias død. Seks måneder etter Garcias død forsøkte Welnick å begå selvmord. Han fikk terapi for depresjonen, samt behandling for kreften og emfysemet, noe som så ut til å hjelpe. Men etter at resten av Grateful Dead ble gjenforent i 2002 under navnet «The Surviving Members of Grateful Dead» og Welnick ikke ble invitert til å bli med, sank han inn i en ny periode med depresjon. Den 2. juni 2006 tok han sitt eget liv ved å kutte over halsen med kniv, foran sin kone. Det ble foretatt gjenopplivingsforsøk og han var fremdeles i live da ambulansen kom. Han ble erklært død på akuttmottaket ved Santa Rosa Memorial Hospital klokken 10:30.