Antonsson ble solgt til den østerrikske klubben FK Austria Wien sommeren 2004 med en overgangssum på €450 000. I Wien ble han skadeplaget og fikk spille få kamper i sine to år i klubben. Han rakk likevel å få med seg nok kamper til å bli to ganger cupmester i ÖFB-Cup i 2004/2005-sesongen og 2005/2006-sesongen, samt seriemester i Østerriksk Bundesliga i 2005/2006-sesongen.