Tsongkhapa ble født i en nomadefamilie i nærheten av -sjøen i Tibet. Tre år gamle fikk han den tantriske legmannsordinasjon av og syv år gammel ble han ordinert til novise-munk med navn . 21 år gammel tok han full munke-ordinasjon (tib.). Tsongkhapa var disippel av over 100 mestre av alle slags buddhistiske tradisjoner i Tibet og studerte intensivt læren om forskjellige tradisjoner, deriblant læren om Drikung-Kagyu-tradisjonen. Hans viktigste lærer i Madhyamika-filosofi ble Sakya-mesteren . Senere ble han undervist i de tre overdragelseslinjer i den gamle Kadampa-tradisjonen, to av dem ved Nyingma-mesteren . Han studerte også den viktigste tantra-læren fra forskjellige tradisjoner.