Det franske protektoratet ble møtt med motstand på Tahiti, der den britiske innflytelsen var sterk og der protestantene viste motvilje mot økt katolsk og fransk innflytelse. Mellom 1844 og 1847 utkjempet tahitiere basert i fjellene en krig mot franskmennene. Også på Marquesasøyene møtte Frankrike voldelig motstand. Da Frankrike i 1880 annekterte Îles Sous-le-Vent, måtte også disse undertvinges med makt. På Gambierøyene ble franske tjenestemenn møtt med uvilje av katolske misjonærer som styrte samfunnene der. På Gambierøyene hadde franske misjonærer etablert katolskstyrte samfunn.