I gammel tid var Jilin bebodd av mange og tildels vekslende folkegrupper, som mohe- og wujifolkene. Området var også del av kongedømmet Goguryeo og senere av kongedømmet Balhae (698–926). Så ble regionen domenert av khitanerne (Liao-dynastiet), jursjenerne (Jin-dynastiet og mongolene (Yuan-dynastiet). Under Qing-dynastiet var mye av området understilt generalen av Jilin, hvis tilsynsområde strakk seg helt øst til Japanhavet. Tilvandring av han-kinesere var strengt regulert.