Sandakan lufthavn er den største i regionen Bahagian Sandakan og ligger nordøst for byen. Havnen, sør for bysenteret, er Sabahs nest største. Fra havnen er det fergeforbindelse til Zamboanga på Mindanao i Filippinene. Sandakan fikk veiforbindelse på begynnelsen av 80-tallet, da veien mellom Kota Kinabalu og Tawau ble bygd.