Englands amerikanske kolonier i denne perioden besto av New Englands konfødererte kolonier, Rhode Island-kolonien og Providence-plantasjene, kolonien Virginia og kolonien Maryland. Cromwell sikret seg raskt underkastelsen til disse og etterlot dem i stor grad til å skjøtte sine egne interesser, og blandet seg inn kun for å sikre at puritanerne kunne ta kontroll over Maryland i slaget ved Severn i 1655. Dette slaget var en forlengelse av de konflikter som utgjorde den engelske borgerkrigen, og kan således tolkes som det siste slaget i borgerkrigen. Av alle de engelske kolonier var Virginia det land som mest satte seg opp mot Cromwells styre, og rojalistisk utvandring dit økte i stor grad under protektoratet. Til sammenligning sank antallet puritanske utvandrere under Cromwell.