Klugmanns framgang var hovedsakelig basert på hans dyktighet og var i utgangspunktet ikke mulig med henvisning til hans bakgrunn. Men deretter kom det stadig spenninger mellom hans overordnede i spesialavdelingen som karakteriserte ham som «hardtarbeidende, pålitelig og lojal» og personer i MI5 som advarte mot ham som en sikkerhetsrisiko. Han ble stadig mistenkt for å være en agent for NKVD, Sovjetunionens hemmelige politi, sammen med Guy Burgess, Donald Maclean og Anthony Blunt, som alle var hans venner fra Cambridge, og en av dem, Maclean, hadde han også blitt med venn ved Gresham. Det ble derimot aldri bevist.