I det som var tilbake av et lite rom i forenden og andre steder rundt om på skipet kan de eldste navigasjonsinstrumenter fra Europa ha blitt funnet; Kompass, passer, dybdelodd, vinkelmåler (transportør), hjelpemidler for å forutse fjære og flo, og en logg for å måle skipets fart. Flere av disse gjenstandene er enestående fordi de er eldre enn de tidligste skriftlige beskrivelser av slike gjenstander. Passer kan ha vært brukt for å måle avstand på sjøkart, engelske navigatører var ikke kjent for å ha brukt sjøkart i den første halvdel av 1500-tallet. Kompass var ikke avbildet på engelske skip før i 1560-årene. Det eldste beviset på en logg før funnet av «Mary Rose» var fra 1574.