Man startet umiddelbart arbeidet med å bygge en ny kirke. Den ble lagt på samme tomt som dagens kirke ligger. Den nye kirken ble tenget av arkitekt Georg Andreas Bull, broren til den mer kjente Ole Bull. Kirken stod ferdig i 1864, og ble vigslet av biskop Peder Hersleb Graah Birkeland 30. september. Dette var en korskirke med hele 727 sitteplasser. Man hadde berget ut noen gjenstander fra den gamle kirken, og disse ble flyttet til den nye. Dette var blant annet to lysekroner i messing, en kalk og disk i sølv, to apostelfigurer og en messehakel. Altertavlen ble malt av Johan Ludvig Losting. Kirken ble pusset kraftig opp i 1920, og fikk da elektrisk strøm. Den hadde fire ulike orgel. Det tredje orgelet, som stod i kirken fra 1914 til 1964 ble flyttet til Ask kirke, hvor det fremdeles står. Den siste oppussingen ble gjort til hundreårsjubileet i 1964. 30. januar 1966 brant også denne kirken ned til grunnen. Man fikk bare reddet ut noen få ting, blant disse to lysestaker og dåpsfatet og dåpskannen som i dag er i bruk i den tredje kirken i Strusshamn. På kanten av dåpsfatet har det blitt inngravert «Reddet fra Strusshamn kirke som brente 29-1-1966».