SWOT-analyse skiller seg fra gapanalyse på tre måter: SWOT-analyse sammenligner virksomheten med andre virksomheter, mens gapanalyse oftere fokuserer på interne forhold. SWOT-analyse har gjerne en lengre tidshorisont, mens gapanalyse fokuserer på kortsiktige mål. SWOT-analyse er oftest omfattende og tar for seg hele eller større deler av virksomheter, mens en gapanalyse kan være enkel og spesifikk, for eksempel rettet mot en enkelt prosess. Både SWOT- og gapanalyse er imidlertid fleksible teknikker som kan benyttes om hverandre på mange ulike måter og områder.