Admiral Nagumos hangarskipsstyrke led under flere svakheter i forsvaret, noe som ifølge den amerikanske historikeren Mark Peattie, ga de «en kjeve av glass, de kunne slå et slag, men ikke ta imot et.» Luftvernkanoner og ildledningssystemer på japanske hangarskip hadde flere svakheter som begrenset deres effektivitet. De japanske hangarskipstyrkenes flypatruljer, engelsk, combat air patrol (CAP), besto av for få jagerfly, og ble hemmet av utilstrekkelige varslingssystemer, inkludert manglende radar. Dårlig radiokommunikasjon med jagerflyene begrenset effektiv kommando og kontroll av CAP. Hangarskipenes eskorte av kryssere og jagere ble benyttet for visuell observasjon i en ring, i stor avstand. De seilte ikke som nær luftverneskorte, da de manglet trening, doktriner og nok luftvernkanoner.