Johanniter-ordenes opprinnelse er uklar, men ifølge kildene grunnla handelsmenn fra Amalfi et hospital for fattige og syke pilegrimer i Jerusalem mellom 1048 og 1071. Hospitalet, som ble viet til Johannes Døperen, ble i begynnelsen drevet av et lekmannsbrorskap. Erobringen av Jerusalem i 1099 hadde i første omgang ingen betydning for hospitalet. Pavelig privilegium fra pave Paschalis II i 1113, la imidlertid grunnlaget for opprettelse av sju nye hospitaler i Bari, Otranto, Tarent, Messina, Pisa, Asti og Saint Gilles (Sør-Frankrike).