Etter at Amenhotep ble farao giftet han seg med en kvinne ved navn Tiaa, som egyptologene ikke har funnet informasjon om hennes bakgrunn. Så mange som ti sønner og en datter har blitt tilskrevet til ham, om nødvendigvis ikke fra en og samme hustru. Hans fremste sønn var Thutmose IV som også etterfulgte ham. Imidlertid er det betydelig bevis på at han hadde mange flere barn. Prinsene Amenhotep, Webensenu, Amenemopet, og Nedjem er bevitnet og Amenemhat, Khaemwaset, og Aakheperure foruten uten også en datter ved navn Iaret er også mulige barn.