Al-Faruqi foreslo konseptet (monoteisme) som et samlende prinsipp i islamsk tanke, og understreket dets relevans i ulike aspekter av livet, inkludert etikk, politikk og utdanning. Hans "islamisering av kunnskap"-initiativ hadde som mål å integrere islamske prinsipper med moderne akademiske disipliner og fremme en helhetlig integrering av tro og fornuft. Ved IIIT var hans arbeid fokusert på å skape et rammeverk for en islamsk epistemologi, inkludert utvikling av læreplaner og forskningsmetodologier basert på islamsk tanke. Dette initiativet hadde som mål å møte utfordringene sekulariseringen utgjorde og engasjere seg med islams intellektuelle tradisjon.