Baskerne i dette området hadde derimot i stor grad av selvstyre fra de franske myndighetene. Det ble endret med den franske revolusjon på slutten av 1700-tallet. Den franske omveltningen påvirket deres nordlige samfunn som baskerne kalte for Iparralde («Nordlandet»). De sørlige, spanske områdene ble dratt inn en rekke borgerkriger i Spania på 1800-tallet som ble kalt for karlistkrigene, navngitt etter karlismen, en tradisjonalistisk og monarkistisk bevegelse som ville sette Don Carlos, hertug av Molina på den spanske tronen under slagordet «Gud, fedrelandet og kongen». Baskerne støttet Carlos, og både i de sørlige som nordlige regionene ble de beseiret og deres selvstyre og lover ble avskaffet.