Fra 1970 til 1975 var han sekretær i Finansministeriet, før han jobbet som finanssekretær ved den danske ambassaden i Washington fram til 1977. Han jobbet i finansministeriet fra 1978 til 1986; først som ministersekretær for finansministeren, deretter kontorsjef i Budsjettavdelingen i Finansministeriet, før han var departementssjef i Administrationsavdelingen i Finansministeriet fra 1984 til 1986. Etter dette var han departementssjef i Landbrugsministeriet (1986-94), Landbrugs- og Fiskeriministeriet (1994-96) og Statsministeriet (1996-2005). Bernstein var også fra 1996 til 2005.