Når det tilsettes vannmiljøet brytes det ned i løpet av kort tid, primært av sollys, luft og organisk materiale (se ). Rotenon er en ikke-selektiv gift, hvilket betyr at det dreper både parasitten og verten, og en andel av bunndyrfaunaen med gjeller, som er sensitive til den konsentrasjonen av rotenon som benyttes. Det er derimot en seiglivet myte at rotenon "dreper alt liv", og som regel er det meste av taksa (90-95% i elver) tilbake etter få måneder til et år etter behandling. De taksa som var borte etter behandling var generelt også i utgangspunktet sjelden. I slike tilfeller er det vanskelig å skille mellom en effekt av rotenon og deteksjonssannsynlighet og/eller mellomårsvariasjoner. En minimal effekt på andre dyr enn fisk skyldes a) at det meste av mindre dyr som finnes innenfor et visst område i vassdraget, har hvilestadier i vann som ikke rammes, b) voksenstadier finnes på land (som f.eks. flyvende stadier hos insekter), c) de finnes oppstrøms behandlingsstrekket, eller d) arten reduseres kun i antall og et fåtall individer gjenoppbygger bestanden. Alt som ikke har gjeller, som f.eks. pattedyr og voksne amfibier, rammes generelt ikke av rotenonkonsentrasjoner som brukes mot fisk. Snegler og biller er også vist til å være svært tolerante taksa . I tillegg har for eksempel arter som elvemusling en atferd hvor den lukker seg, og tåler dermed korte perioder med rotenon i systemet .