Navnet Tijuana er uavklart. Ifølge en historie er det avledet av , «Tante Johanne», navnet på en ranch i området. Mer sannsynlig er det at navnet kommer fra yumana-språket som en gang ble snakket her, og en mulig betydning kan være «Nær havet». Navnet uttales Tiho'ana, med en litt raspende, hard h. Norske utveklingsstudenter har tatt med seg den feilaktige, amerikanske uttalen Tidsju'ænæ. I California omtales byen av og til som TJ.