Spilleren må slåss mot en cyborg-romvesen kjent som Strogg, og følger historien om en korporal fra US Marine Corps ved navn Matthew Kane som blir med i elite-skvadronen Rhino Squad. Han må ødelegge Stroggs leder, Makron, og sikre romvesenens hjem-planet Stroggos. Men i løpet av invasjonen blir romskipet deres skutt ned og krasjer midt i en kamp-sone, og dette skiller Kane fra hans andre følgesvenner. Splleren må deretter gjennomføre en rekke oppgaver, for eksempel fange Strogg-flyhangarer og ødelegge deres forsvarssystemer.