Infeksiøs endokarditt kan også klassifiseres etter eller . Årsakene til endokarditt med negativ blodkultur kan være mikroorganismer som trenger lengre tid til dyrkning i laboratoriet for å kunne bli identifisert, eller fraværet av en organisme som i ikke-bakteriell trombotisk endokarditt. Noen patogener som kan gi endokarditt med negativ blodkultur, er , , Coxiella burnetii, og .