På en ekstraordinær konferanse i FRETILIN i Sydney i Australia i 1998 ble Guterres utnevnt til generalkoordinator for det væpnede motstandsrådet. I juli 2001 ble han valgt til president i FRETILIN. Han ble i august 2001 valgt inn i landets konstituerende nasjonalforsamling, og han ble der valgt til forsamlingens president da Øst-Timor fikk sin uavhengighet i mai 2002 og den konstituerende forsamlingen ble omgjort til landets nasjonalforsamling.