Hughes begynte sin karriere blant pre-rafaelittene og som Edward Burne-Jones, som han var en venn av, lente han etter hvert mot symbolisme. Mesteparten av Hughes’ verk ble gjort i vannfarger og gouache og viste en omhyggelig observasjon av naturen og en pedantisk detaljrikdom som er karakteristisk for den pre-rafaelittiske bevegelsen. Han var tiltrukket til malerier med tema fra italiensk litteratur med figur i gjennomskinnelig slør, hans karakteristiske graderinger av blått i en kombinasjon med gull og i en mystisk atmosfære. På 1890-tallet var Royal Watercolour Society hans viktigste utstillingssted. Noen av hans mest kjente verk er (ca. 1908) og (1912).