Hun fødtes på Nielstrup herregård på Lolland som datter av konferensråd Henrik de Flindt (1718-1790) og Johanne Christine Riis (1719-1755). 21 år gammel giftet hun seg den 13. mars 1772 i Våbensted kirke med den 28-årige offiser, senere kammerherre, Caspar Wilhelm von Munthe af Morgenstierne (hans bror Otto Christopher, var gift med hennes søster Christine Bodille Birgitte (1748–1787).) Paret fikk i alt 14 barn.