På kirkas tredje synode i 1967 erklærte den seg selv for autokefal, dvs. løste seg ensidig fra den serbisk-ortodokse kirke. Den serbiske synoden fordømte dette skrittet som skismatisk, dvs. som en urettmessig splittelse. Følgelig ble autokefaliet heller ikke anerkjent av de andre ortodokse kirkene.