Etter hvert ble det pekt ut en tomt på hvor museet skulle reises. Arkitekt var Paal Kahrs, og grunnsteinen ble nedlagt 8. mai 1995, på 50-års jubileet for frigjøringen av Norge i 1945. I november 1996 ble etablert med formål om å drive museumsdrift. I arbeidet med å samle inn materiale til bruk i museet var forarbeidene fra krigsminnesamlingen et viktig underlag, og det kom også bidrag fra Sjøfartsmuseet og Historisk Institutt ved Universitetet i Bergen. Nordsjøfartmuseet ble åpnet 26. april 1998 og stortingspresident Kirsti Kolle Grøndahl klippet snoren. Måneden etter var Verdikommisjonen samlet på det nye museet til sitt første møte utenfor hovedstaden.