Kritikkene var i begynnelsen veldig forskjellige. Rob Houghton sammenlignet albumet med et annengrads utgivelse av Miles Davis utgivelse. Han konkluderte med at Waka/Jawaka var "en av Zappa’s mest trivelige, men minst spennende utgivelse. -kritikeren Robert Christgau var ikke fullt så positiv: "Med Sal Marquez spillende "mange trumpeter" over hele «Big Swifty», er det mange ganger at man tenker at man hører på Miles Davis. Det er i alle fall sikkert at det er hva Zappa gjør. Men der Miles Davis i blant er litt løssluppen, er Zappa alltid for stram og foretrekker det som er merkelig og fremmed, og aldri det som er mer humant. Og Sal Marquez spiller ikke trompet så bra som Miles Davis gjør." Uansett, albumets rykte har bedret seg med tiden. I Universal Music Group i 2022, skrev Jamie Atkins: "Waka/Jawaka stands up on its own as one of Zappa’s most vibrant and enjoyable explorations of jazz-rock".