Militærorganisasjonen i Norge var imidlertid et faktum og kunne ikke avvikles eller splittes opp uten videre. I den såkalte «Stockholms­proto­kollen» fra mai 1943 ble det avklart at skulle stå for det organisa­sjons­messige og administrative arbeidet med organisasjonen, men skulle ha kommando­myndighet. Det ble også et eget milorgkontor i Stockholm, underlagt militær­inspek­tøren der.