I den 23. februar 2008 ble det avdekket at Skarsteins søknad om professorat hadde blitt avslått med den begrunnelse at han ikke arbeidet innenfor fagfeltets kjerneområde. Skarstein var enig i dette for så vidt som komiteens egen definisjon av «økonomi» er det samme som nyklassisk teori. Han mente at det viste den krisen økonomifaget som vitenskap befant seg i samt hvor lite takhøyde det er i det norske sosialøkonomiske fagmiljøet. Avslaget ble begrunnet med at Rune Skarstein ikke hadde publisert i det som komiteen oppfattede som de viktigste økonomiske tidsskriftene, et premiss som Skarstein mener er problematisk, fordi listen er main-stream tidsskrifter og fordi de fleste økonomer er nyklassikere, som sitere hverandre og at deres tidsskrifter derfor kommer høyt på listen som viser de høyeste antall siteringer. Samt at nyklassisk teori er enerådende i dag og at det ikke tolereres alternative paradigmer. Skarstein har mottatt støtteerkæringer fra kolleger i de nordiske landene, Tyskland, Østerrike, italia, England og USA.