Den 2. april 1914 valgte Salzburgs metropolitankapittel Kaltner til erkebiskop av Salzburg. Den 15. mai ble han prekonisert i Roma, og han ble installert i katedralen i Salzburg den 5. juli 1914. Etter å ha overtatt som erkebiskop av Salzburg, var han også en verdsatt og spesielt dyktig sakkyndig i byggebransjen. Han spilte en nøkkelrolle i planene for Andräkirche i Salzburg Neustadt, kirken i Itzling zu Oberndorf, gutteseminaret i Parsch og Trefoldighetskirken i Maxglan. Under de karge krigsårene han styrte som erkebiskop, klarte ikke Kaltner å virkeliggjøre noen vidtrekkende mål. Imidlertid skrev han en lærebok i kirkehistorie og en rekke avhandlinger innen kanonisk rett.