Naughty Dog benytter Naughty Dog Game Engine 2.0 i dette spillet. Og for å få maksimal spill opplevelse, bestemte Naughty Dog seg for å benytte seg av all kraften i cpu'en. I motsetning til Uncharted: Drake's Fortune hvor de kun brukte 30%. Naughty Dog Game Engine 2.0 gir en «real-time» bevegelse i omgivelsene; som trær, vann, busker og lignende. Men også i bevegelsene til figurene i spillet, når de snakker, sloss og beveger seg generelt. Naughty Dog Game Engine 2.0 brukes sammen med Havoc Physics i dette spillet.