Til slutt ble han arrestert i London. Han ble funnet skyldig og sendt til Poultry Compter. Han ble så flyttet til Clink fengsel. Der satt det flere katolikker, og han virket som prest for dem. Da det ble oppdaget at han utførte prestegjerningen i fengselet ble han sendt til Tower of London, hvor han ble satt i Salt Tower. Gerard ble hengt etter armene i lenker, og utsatt for hard tortur for å få ham til å avsløre andre prester. Han insisterte på at han aldri brøt sammen under torturen, noe saksmappen i Towers arkiver bekrefter.