Frobisher ble som liten sendt til en slektning, John York, i London for å gå på skole. I 1544 satte York ham ombord på et handelsskip på vei mot Guinea. 1565 var han blitt kaptein og mellom 1571 og 1572 var han i statens tjeneste til sjøs ved Irlands kyst. Han giftet seg i 1559.