Persefone som en gudinne for grøden var sammen med sin mor Demeter sentrale religiøse figurer i de eleusinske mysterier som hadde opprinnelse fra tiden før den olympiske gudeverden. Mysteriene ga løfte om å gi de innvidde en mer tilfredsstillende framtidsmulighet etter døden. Opprinnelsen til hennes kult er usikker, men den var basert på en meget gammel agrarkult i jordbrukssamfunnene. Persefone er i en del avvikende myter, særlig den orfiske tradisjon, blitt framstilt som mor til Dionysos, Iakkhos, eller Zagreus, da med Zevs som far.