Kerguelens totale areal er 7 215 km², hvorav hovedøya opptar 6 675 km². Arkipelets utbredelse strekker seg 174 km fra Îlot du Rendez-vous i nord til Île de Boynes i sør, og 158 km fra Îles de la Fortune i vest til Cap Ratmanoff i øst. Gjennomsnittshøyden over havet er 300 moh.; likevel er landskapet prega av 400–600 meter høye basaltformasjoner, med delvis isbrebelagte fjorder som skjærer seg inn i øya. Øya har også flere vulkanske topper, som Mont Ross (Grand Ross: 1 850 m; Petit Ross: 1 721 m), øyas høyeste punkt, første gang besteget i 1975, på halvøya Gallieni.