Jerusalem ble i 1099 erobret av romersk-katolske korsfarere. Den romerske kirke anerkjente siden det store skisma (1054) ikke lenger de ortodokse patriarkene. Korsfarerne opprettet en verdslig korsfarerstat, kongeriket Jerusalem, og et katolsk patriarkat av Jerusalem. Den ortodokse patriarken måtte flykte til Konstantinopel, der de levde i et nesten hundreårig eksil, slik at det siden fantes to patriarker av Jerusalem: se liste over gresk-ortodokse patriarker av Jerusalem for de ortodokse patriarkene; se liste over latinske patriarker av Jerusalem for de katolske patriarkene.