Fugløya regnes som den viktigste hekkeplassen for sjøfugl i gamle Frei kommune, og en av de viktigste hekkeplassene på Nordmøre. Norsk ornitologisk forening har gjennom en årrekke fulgt med fuglelivet og ringmerket fugler på øya. I 2002 er det registrert 450 par fiskemåke, 300 par makrell- og rødnebbterne, 15 par ærfugl, 5 par grågås, 5 par gråmåse og 2 par svartbak. I tillegg er det registrert hekking av siland (2001), 2 par kanadagås (2005), samt stokkand, tjeld, storspove, strandsnipe og skjærpiplerke.