Holmens kirke fremstår i dag stort sett i den form som den fikk ved renoveringen i 1872. Dette gjelder imidlertid ikke overflaten på murverket, som dengang ble renset av og pusset rødt med malte fuger. I dag står korsbygningen med en bemaling i en rød grunntone, men med enkelte stener malt i gule og fiolette nyanser. Vestgavlen fremstår i en blakket teglrød farve. Fugene er malt grå og vinduer og hjørner er markert med sandstensbekledning. Det store kapellet og de mindre tilbyggene står i sin opprinnelige blankmur.