I desember 1940 rykket japanerne frem i området, og herjet og plyndret. Da Holth ville forhindre en massaker på folk som hadde tatt tilflukt på hans misjonsstasjon, ble han stygt forslått. Det kunne ha gått verre, ettersom japanerne mistenkte Holth for å være en sabotør for He Long i Xingxian-området. Tidlig i 1941 måtte han i sterkt svekket tilstand flykte vestover over Den gule flod til Shenmu i Shaanxiprovinsen, der han opprettet en ny misjonsstasjon. Etter noen måneder måtte han imidlertid derfra, først til Yilin der han ble et halvt år, og så via Yan'an (der han ikke traff Mao, som lå syk og lot en sekretær hilse følget med et måltid) og så sørover til Xi'an. Der tilbagte han tre år. Etter ytterligere to år i Chengdu i Sichuan reiste han hjem til Norge for en pause.