Etter Bolesław Bieruts død og den begynnende avstaliniseringen i 1956 ble han rehabilitert og valgt til førstesekretær i partiet. I begynnelsen var han populær på grunn av sine reformer og løfte om å skape en «polsk vei» innen sosialismen. Reformiveren avtok imidlertid snart og han bøyet i økende grad av for sovjetisk press. På begynnelsen av 1960-tallet igangsatte han en skjerpet undertrykkelse av kritiske intellektuelle, og ikke minst en skjerpet forfølgelse av den katolske kirke.