Jostein Flo var i sin ungdom også en aktiv friidrettsutøver. Han representerte Stryn Turn. I finalene i Junior-NM i friidrett 16. juli 1983 oppnådde han fjerde plass i høydehopp. I finalene i NM i friidrett 30. juli 1983 oppnådde han femtende plass i høydehopp. I februar 1985 vant han et nasjonalt ungdomsmesterskap i høydehopp med et hopp som målte 2,03 meter. Som nittenåring satte Flo fylkesrekorden i høyde for juniorer med 2,06 meter.