I løpet av holocaust ble subbotnikerne i naziokkuperte området i Ukraina drept sammen med, og som, jøder. Etter den andre verdenskrig forsøkte kommunistmyndighetene i Sovjetunionen å fjerne subbotnikernes juridiske og etniske status, og framfor å registrere dem som jøder, ble de registrert som russere, noe som har skapt vanskeligheter for moderne medlemmer som ønsker å gjøre under Israels lov om tilbakevending.