Programmeringen skjedde ved hjelp av fysiske brytere og kabler. Dataene fra papirremsene ble lagt i forskjellige registre, avhengig av "programmeringen". Dataene fra skiftregistrene, som emulerte de tyske Tunny-maskinene, ble også lagt inn, og forskjellige bryterinnstillinger ble brukt til å teste forskjellige algoritmer på dataene.