Taylor ble holdt i et FN-fengsel i Sierra Leones hovedstad Freetown, mens han ventet på å bli utlevert. Han er tiltalt ved Spesialdomstolen for Sierra Leone (SCSL). Påtalemakten hadde opprinnelig tiltalt Taylor 3. mars 2003 for 654 tilfeller av krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten under konflikten i Sierra Leone. I tiltalen er Taylor tiltalt for 650 tilfeller. Ved Taylors første møte i retten 3. april 2006, sa han seg ikke-skyldig.