Nyere undersøkelser har sådd tvil om Asperger virkelig var motstander av Hitler-regimets medisinske og sosiologiske ideologi, slik som han ofte er blitt portrettert i bøker og fagartikler. I en studie fra 2013/2014 påviste historikeren Herwig Czech at Asperger deltok i nazistenes barneeutanasi-program, noe det ble funnet ytterligere belegg for i 2018.