Alleyn arvet eiendom i Bishopsgate fra sin far. Han giftet seg den 22. oktober 1592 med Joan Woodward (1592–1623, stedatter av Philip Henslowe. Hun døde den 28. juni 1623. Den 3. desember det samme året giftet han seg på nytt med Constance (1623–1626), datter av John Donne, poeten og domprost ved St. Pauls katedral. Han fikk ingen barn, og etter hans død giftet Constance seg på nytt i 1630 til en Samuel Harvey.