Et av de største problemene som det samaritanske står overfor i dag er kontinuitet. Med en liten og begrenset befolkning, fordelt mellom hovedsakelig fire familier, og en generell vegring mot å akseptere konvertitter, har det vært en historie av genetisk avvik innenfor gruppen grunnet for lite genforråd. For å motvirke dette har samfunnet gått med på at menn i samfunnet kan gifte seg med kvinner utenfor samfunnet, hovedsakelig kvinnelige israelske jøder, forutsatt at kvinnene går med å følge samaritansk religiøs praksis. Et lite antall kvinner fra Ukraina har på 2010-tallet fått tillatelse til å gifte seg inn i samfunnet for å ekspandere genforrådet. Det samaritanske samfunnet i Israel møter også demografiske utfordringer ved at unge mennesker forlater samfunnet og konverterer til jødedommen. Det mest kjente eksempelet er musikeren og TV-personligheten Sofi Tsedaka.