I 1969 bestemte Suharto for å handle, for å avslutte en langvarig kontrovers rundt det siste nederlandske territorium, vestlige Ny-Guinea. Han arbeidet sammen med USA og FN, for å nå en avtale om å avholde en folkeavstemning om selvstyre, der området kunne velge om de ville forbli en del av Nederland, å integrere seg med Indonesia, eller å bli selvstendig. Selv om dette skulle være en universell avstemning for alle voksne innbyggere, ble bare 1022 "høvdinger" tillat å stemme. Den enstemmige avstemningen var for å gå inn i Indonesia, noe som førte til tvil om validiteten av folkeavstemningen.