I 1829 giftet han seg med Anna Plochl (1804-1885), datter til postmesteren i Aussee. På grunn av ekteskapet kom han i konflikt med hoffet og ble utelatt fra tronfølgen. I 1850 ble hun til sist utnevnt till grevinne av Meran. Erkehertug Johan og Anna Plochl hadde en sønn, Frans, greve av Meran (1839-1891). I 1841 kjøpte han godset Stainz som hjem til familien.