Den biologiske filtreringen er svært viktig for at organismene i akvariet skal trives. Kjemisk forurensning er normalt ikke et problem i akvarier, og de aller fleste organismer tolererer uklart vann. Biologiske avfallsstoffer har derimot en tendens til å hope seg opp i det lukkede systemet, noe de færreste arter er tilpasset fra naturens side.