Den mest komplette teksten står på tolv leirtavler på akkadisk, funnet i Ninive i biblioteket tilhørende assyrerkongen Asurbanipal som regjerte 668–27 f.Kr. Lakunene har man delvis lykkes med å fylle, takket være bruddstykker funnet rundt om i Mesopotamia og Anatolia. I tillegg ble fem korte dikt på sumerisk funnet på leirtavler med titlene: «Gilgamesj og Humbaba», «Gilgamesj og himmeloksen»,«Gilgamesj og Agga fra Kisj», «Gilgamesj, Enkidu og underverdenen» og «Gilgamesjs død». De eldste versjonene av de sumeriske diktene ble nedskrevet som underholdning for kong Shulgis hoff i Ur rundt 2100 f.Kr. En rekke avskrifter ble foretatt på sumerisk rundt 1800 f.Kr av babylonske skrivere i Ur og Nippur. Det var en vanlig øvelse å skrive av Gilgamesj-eposet i datidens Babylon, f.eks. under kong Hammurabi. Et dikt på sumerisk om kong Ziusudra, «Da gudene var mennesker», ble tidligere tatt for å utgjøre en del av Gilgamesj-eposet, men danner i stedet grunnlag for syndsflodshistorien som ble innarbeidet i babylonernes versjon av eposet.