Biskop Sweeneys utnevnelse var bare noen måneder før bombingen av Pearl Harbor av japanerne. Under krigen organiserte han et bønnekampanjer, der bispedømmets barn adopterte hver en av de mange tjenestemennene som oversvømmet øyene og ba for ham og hans sikkerhet. Biskopen konfirmerte nesten 400 tropper i løpet av denne tiden, besøkte sykehus og samarbeidet med for å utvide for å forbedre medisinske fasiliteter for sivilbefolkningen.