Sultanatet var i stor grad delt av geografiske og etniske skillelinjer. Samfunnet var inndelt i seks etniske grupper, og det var et skarpt skille mellom de som var etterkommere fra det gamle kongedømmet Alodia og resten av Sannar. Alodierne overtok mantelen til den beseirede 'Abd Allah Jamma og kom til å bli kjent som abdallab. På slutten av 1500-tallet gjorde de opprør under Ajib den store, som beseiret Sannar-kongene og gjorde dem til sine vasaller, og i 1606 hadde han erobret nesten hele riket. Under Adlan I ble Sannar-samfunnet omorganisert, og de beseiret Ajib i en rekke avgjørende slag. Til slutt kom man fram til et kompromiss hvor Ajib og hans etterfølgere skulle styre Sannar-provinsen Dongola med en høy grad av selvstyre.