Bonaparte begynte å oppdatere Wilsons , og det nye opplaget ble publisert mellom 1825 og 1833. Han samarbeidet med den da ukjente ornitologen John James Audubon, og i 1824 forsøkte han å få Audubon innvalgt i den amerikanske , men ornitologen George Ord satte seg imot denne beslutningen.