Det høyeste punktet på Værøy er Nordlandsnupen med sine , men også Måhornet lengst sør på Måstadhalvøya og Håen på Håheia sentralt på øya er topper som rager mer enn 430 moh. Nordlandsnupen ligger nord på øya, i den delen som kalles . Der ligger også Værøy gamle kirke, som opprinnelig ble bygget i Kabelvåg i 1714 og flyttet hit i 1799. Theodor Kittelsen bodde i en kortere periode på den tilhørende prestegården, som nå er restaurert og brukes til overnatting. Værøy nye kirke ligger på Sørland.