Fra Balyktsjy går det to veger østover langs nord- og sørsiden av Issyk-Kul. Innsjøen krysses også av flere ferje- og båtruter. Karakol med i 2009 ligger nær østenden av innsjøen. Denne byen het før Prsjevalsk og er administrasjonssenter i Issyk-Kul-provinsen. Langs nordbredden av innsjøen er det flere mindre byer og landsbyer, mens sørbredden ikke er så tett befolket.