I 1947 ble Verschuer satt under anklage som medløper for nazistene. Han ble idømt en bot på 600 RM og tildelt yrkesforbud. Dette ble opphevd i 1949 etter at en vitenskapelig kommisjon ledet av Butenandt leverte et forsvarsskrift hvor det ble blant annet lagt vekt på hans viktige bidrag innen rasebiologien. I tillegg hadde han støtte fra den evangeliske kirke i Frankfurt. I 1950 kunne derfor Verschuer starte opp en ny karriere som professor ved det medisinske fakultet i Münster. Etter Otto Hahn ble Adolf Butenandt president for MPG i årene 1960 - 1972.