Etter en god start på Tippeligaen, ble det den 19. august 2008 klart at Henning Berg skulle overta som hovedtrener for Lillestrøm Sportsklubb fra og med 1. januar 2009. Etter mye uroligheter i Lyn, ble det den 9. september 2008 kunngjort at Henning Berg sluttet som Lyn-trener med umiddelbar virkning. Henning Bergs siste kamp som trener for Lyn var mot Tromsø IL den 31. august 2008, hvor sluttresultatet ble 3–3. Berg ledet Lyns førstelag gjennom totalt 122 kamper.