Forsøk på å forpurre Willekens i hans arbeid – som ikke vek unna trusler, arrestasjoner og til og med overfall – hadde ingen effekt. Med tanke på hans bispelige motto 'Scio Cui Credidi' («Jeg vet hvem jeg har satt min lit til»), som var hentet fra apostelen Paulus, trosset biskopen okkupanten og demonstrativr syklet ut med det foreskrevne bomullsbåndet påført den japanske eksempsjonen på hvert erme som tilloy ham å bo og oppholde seg utenfor interneringsleiren, og rundt i Batavia for å utføre pastoralt arbeid og for å møte behovene til alle som kalte på ham. Hans handlekraftvakte beundring i både europeiske rekker - i den grad de bodde utenfor leirene (overveiende indoeuropeere) - og blant de kristne innfødinger.