Etter spillerkarrieren var Stuart McMillan en periode speider for Derby County, og i 1942 fikk han jobb som rådgiver i klubben. Da Ted Magner forlot klubben i januar 1946 overtok McMillan som manager, og 27. april samme året vant Derby FA-cupen etter å ha slått Charlton Athletics 4-1 i finalen.