Trekningen av gruppene ble gjennomført 17. mars 2016, kl. 18:30 CET, ved hovedkvarteret til FIFA i Zürich i Sveits. Lagene ble seedet basert på deres resultater i tidligere U20-VM og kontinentale mesterskap. Vertsnasjonen Papua Ny-Guinea var automatisk seedet i pot A og tildelt posisjon A1. Lag fra samme konføderasjon kunne ikke møtes i gruppespillet.