Straks kristendommen kunne nyte religiøs toleranse begynte indre stridigheter innenfor den kristne kirken, noe Konstantin forsøkte å bilegge ved selv å innkalle til kirkemøter, det viktigste var konsilet i Nikea i 325 hvor det fremste stridsemnet var arianismen og definisjonen av Jesu guddommelighet. Å avgjøre religiøse stridsspørsmål ved kirkemøter var ikke noe nytt for kristendommen, men aldri før hadde en keiser, selv en tolerant, sammenkalt kirkemøte i egen autoritet. Hvorfor en keiser som ikke hadde problem med forene sin tro på Apollon med Jesus, skulle bry seg med den nøyaktige definisjonen av Jesu guddommelighet hadde ikke sin årsak i teologi, men i det praktiske: forhindre at den kristne kirken ble splintret i to eller flere deler, på samme vis som han hadde kjempet for å kvitte seg med andre keisere inntil han sto igjen som enehersker. Også senere herskere, Konstantins sønner, måtte forholde seg til kirkepolitikken.