Estlands ambassade i Oslo åpnet i februar 1994. Ambassaden ble ledet av en midlertidig chargé d'affaires, mens Estlands ambassadør i København var sideakkreditert til Oslo. I 2000 ble det utnevnt en egen ambassadør til Norge. Utover ambassaden i Oslo har Estland tre konsulater i Norge, i Trondheim, Tromsø og Stavanger, alle steder representert ved en honorær konsul.