Etter at en gruppe oberster i hæren hadde gjort mytteri, tok de parti for Andry Rajoelina, og tirsdag 17. mars 2009 gjennomførte Rajoelina statskupp med støtte fra de militære. Ravalomanana måtte gå i eksil i Sør-Afrika. Rajoelina tok tittelen som president for Den høye overgangsautoritet, (HAE) og ble innsatt som overgangspresident av grunnlovsdomstolen HCC. Etter kuppet avsatte han nasjonalforsamlingen og senatet og styrte ved hjelp av dekreter. Det internasjonale samfunn med FN og Den afrikanske union AU gjorde flere forsøk på å megle i konflikten uten resultat. Men i september 2011 undertegnet partene et veikart som la grunnlag for gjennomføringen av demokratiske valg på president, nasjonalforsamling og kommunestyrer.