I motsetning til domenestrukturen ordinære Microsoft servere operer etter benytter Homeserveren egne agenter på tilknyttede maskiner. Agentene settes opp med hvilken Homeserver de skal tilknyttes og forholder seg utelukkende til denne. Via denne agenten kan man også starte Homeserver-konsollen der man kan styre og konfigurere serveren.