Kvaløya er knyttet til Tromsøya med Sandnessundbrua. Kvaløya har også broforbindelse til Håkøya, som ligger i Sandnessundet, mellom Kvaløya og Tromsøya. Videre går Kvalsundtunnelen til Ringvassøya i nord. I sør gir Ryatunnelen forbindelse fra Larseng til Balsnes på Malangshalvøya. I sørvest går det ferge i sommerrute mellom Brensholmen og Botnhamn på Senja. Det går også ferge/båt til Vengsøya og Tussøya. I vest er det broforbindelse til Store Sommarøya.