I 1464 ble Jajce okkupert av tyrkerne, som ødela de kristne monumentene eller bygde dem om. Av spor etter tyrkerne finnes for eksempel Sahattårnet og moskeen som ble bygget over Sankt Katarina-kirken. Etter tyrkernes lange styre ble byen okkupert av Østerrike-Ungarn den 7. august 1878. Deres okkupasjon varte til 1918. Under andre verdenskrig hadde byen en meget viktig rolle – i Sokolskibygningen (bygget i 1878) ble den 2. kongress (AVNOJ) avholdt den 21.–29. november 1943. Her ble det blant annet besluttet at det skulle dannes en føderativ stat etter krigens slutt, og at Tito skulle utnevnes til marskalk (øverstbefalende for de væpnede styrker).