Han ble i 1988 gift med overlege Oona Dunlop, senere leder for klinisk etikk-komité ved OUS; de har tre barn. Dunlop ble senere gift med en av deres studiekamerater, helsedirektør og departementsråd i HOD Bjørn-Inge Larsen. Rootwelt er gift i andre ekteskap med overlege Mona-Elisabeth Revheim. De har to felles barn.