Ved 1000-tallet var Ghana i nedgang. Det var tidligere antatt at det var plyndringen av Koumbi Saleh av muslimske berbere under almoravidene i 1076 som var årsaken, men det anses ikke lenger som riktig. Flere alternative forklaringer er fremmet. En viktig årsak var at gullhandelen ble flyttet til Nigerelven og Taghazavegen, og Ghanas påfølgende økonomiske nedgang. En annen årsak som er blitt fremmet er den politiske ustabiliteten som hadde sin årsak i rivaliseringen blant de forskjellige arvelige posisjonene. Riket kom til en slutt i 1230 da Takrurriket i nordlige Senegal overtok hovedstaden.