Den slovakiske historiker Ivan Kamenec skriver kritisk om Vojtaššáks adferd under krigen, og argumenterer at han i effekt godkjente deportasjonene og bare kritiserte inhuman fremferd mot jøder som hadde konvertert til kristendom. Likeledes mener historikeren Jan Pešek at Vojtaššák «støttet deportasjonene av jøder fra Slovakia fordi han betraktet dem som et 'fremmeelement på det slovakiske nasjons kropp' - skjønt at Vojtaššák forandret mening da han ble klar over tilintetgjørelsesleirene. Pešek sa at Vojtaššáks antisemittiske holdninger kunne ha blitt så sterke ettersom han aldri foretok noen reiser utenlands, og at det var mangfe i det landlige Slovakia som trodde at jødene var deres fiender.