Sesongen 2008/2009 ble merket av skadeproblemer for Torres. Han ble først skadet i en landskamp mot den 15. oktober etter bare 12 minutter. Det viste seg å være en muskelskade i venstre lår, en skade som holdt han bl.a utenfor et møte i Mesterligaen mellom Liverpool og hans gamle klubb Atletico Madrid. Torres var først tilbake i en seriekamp mot West Bromwich 12. november. Bare noen uker senere fikk Torres føling med skaden igjen, i en Mesterliga-kamp mot Marseille. Nå ble Torres satt ut av spill for resten av året 2008, og spilte først i en FA-cup-kamp mot Preston 3. januar 2009, da han kom inn som innbytter for Robbie Keane, og scoret Liverpools andre mål i kampen.