Lee studerte musikk ved Kings College University of London, samt valthorn og direksjon ved Guildhall School of Music and Drama. Han mottok både Purcell Prize og Jelf Medal for akademiske studier i 1976 og 1978, og Union Award fra Kings College for sine musikkaktiviteter ved universitetet i 1977. Etter diplomstudier i direksjon og valthorn ved Royal Academy of Music, London, vant han både Ricordi Prize og Ernest Read Prize i 1980 for sin dirigering.