På synoden i Sutri i desember 1046 fikk Henrik satt punktum for et bittert skisma innen pavedømmet. Den betraktes som den første reformsynoden under Henrik IIIs regjeringstid, og den skulle ta oppgjør med simoni, det vil si kjøp og salg av kirkelige embeter eller stillinger. Synoden kom til at pave Benedikt IX, som ikke var til stede, ikke lenger var å betrakte som pave. Sylvester III, som var kommet til synoden, ble ilagt en straff, men hva den bestod i, er ukjent.