Kirken ble restaurert for benediktinerordenen under dronning Maria I (Mary Tudor), men ordenen ble igjen kastet ut av Marias etterfølger, dronning Elizabeth I i 1559. Elizabeth I reetablerte kirken i 1579 som direkte ansvarlig overfor den regjerende monark (og ikke som vanlig til en biskop) under navnet «Collegiate Church of St. Peter» (dvs en kirke med et domkapittel med kanniker, ledet av en domprost).