Magnetrørere blir ofte anvendt i kjemi og biologi. De blir ofte foretrukket fremfor miksere med mekanisk overføring ettersom de er stillegående, effektive, og ikke har eksterne bevegelige deler som går i stykker eller slites. På grunn av størrelsen og utformingen er det lett å rengjøre og desinfisere magnetrøreren. Den trenger ikke smøremidler som kan forurense væsken det arbeides med, og den kan brukes i hermetisk lukkede systemer. Noen magnetrørere har også en varmeplate som kan varme væsken mens den røres.