Under den andre verdenskrig ble Khíos okkupert av det nasjonalsosialistiske Tyskland (1941–1944), noe som resulterte i forsakelser for innbyggerne. Den største andelen av den jødiske befolkningen hadde utvandret tidligere på århundret, men som i alle tyskokkuperte området, ble det jødiske samfunnet forfulgt og fanget inn, og deretter transportert til konsentrasjonsleirer for utryddelse. I 1943 advarte det lokale greske styret på øya den jødiske befolkningen om at Gestapo hadde ordre om å arrestere dem alle og frakte dem til Tyskland. En del jødiske familier tok advarselen på alvor og ble smuglet ut av øya. De gjenværende ble arrestert av Gestapo og ingenting er kjent om deres skjebne, bortsett fra at de ble drept i tyske konsentrasjonsleirer.