Etter utbruddet av første verdenskrig ledet Innerkofler en såkalt flygende patrulje i fjellområdene, og gjorde en betydelig innsats i kampen mot italienerne takket være sine lokalkunskaper og sin fjell- og klatreerfaring. Han argumenterte for den strategiske betydningen av å befeste og kontrollere Monte Paterno, men nådde ikke frem med sine synspunkter hos hærledelsen før italienske alpini alt hadde rukket å etablere en stilling på fjelltoppen. Den 4. juli 1915 ble Innerkofler drept idet han ledet en mindre klatregruppe som skulle innlede angrepet på den italienske stillingen på den vanskelig tilgjengelige Monte Paterno. Innerkofler og fire menn måtte ta seg opp den mer krevende nordvestveggen alt i nattemørket, men overraskelsesangrepet mislyktes. Hvorvidt Innerkofler døde i kamp med de italienske forsvarerne eller ble truffet av kuler fra egne linjer, har vært omdiskutert i ettertid.