I 1555 ble Gjeble Pederssøn rammet av slag og søkte om å få gå av. Men kongen ville ikke innvilge hans avgang, og han beholdt sitt embete så lenge han levde. Sognepresten i Voss, Niels Henriksen, var hans medhjelper i bispeembetet i de to siste årene frem til han døde i 1557.