Quisling ønsket at jødesaken skulle ligge under Hagelins innenriksdepartement, slik at Statspolitiet (Stapo) måtte instrueres derifra og ikke fra okkupasjonsmakten. Karl Marthinsen motsatte seg dette: Stapo måtte ta ordre fra tysk politi, men ville orientere Hagelin om aksjoner. Quisling skal 26. november ha vært helt ukjent med arrestasjonene og opplastingen av «Donau». Den svenske reporteren Benkt Jerneck klarte å avdekke at Wilhelm Wagner var den ansvarlige tjenestemann på tysk side. Wagner hevdet at aksjonen mot jødene var et indre norsk forhold, mens norske tjenestemenn hevdet at aksjonen var utført etter tysk ordre. Quisling ga blant annet i taler etter 26. november inntrykk av at aksjonen mot jødene i Norge skjedde i felles forståelse mellom NS og okkupanten, og at initiativet var mest på norsk side. Avisen skrev i desember 1942 om da «Donau» la fra kai ved Vippetangen og bemerket at okkupasjonsmakten forsøkte å gi inntrykk av at deportasjonene er NS og statspolitiets verk, «men man har sikre beviser for at aksjonen er igangsatt fra høyeste tyske hold». Forskningen har ikke bragt klarhet i om deportasjonene skjedde etter ønske fra Quislings regjering.