Mutebile ble født i Kabale-distriktet, nordvest i Uganda, som et av ni barn i en bondefamilie. I 1969 begynte han ved Makerere universitet, der han ble valgt til president for studentforeningen. Her skulle han studere økonomi og politikk, men ble i 1972 tvunget til å flykte fra landet etter at han holdt en tale der han offisielt kritiserte Idi Amins utvisning av asiater fra landet. Han flyktet via Tanzania til England, der han fullførte sine studier ved Durham University. I 1974 tok han -studier ved Balliol College i Oxford, deretter flyttet han tilbake til Øst-Afrika, og tok doktorgrad i økonomi ved Universitetet i Dar-es-Salaam.