Med sitt stadig mer intime forhold til dronning Caroline Mathilde og utmanøvreringen av de mest innflytelsesrike i kongens stab, slike som grev Holck og utenriksminister J.H.E. Bernstorff, oppnådde Struensee en posisjon som landets reelle makthaver. Han startet deretter en strøm av reformer i opplysningstidens ånd; reformer som gjorde vesentlige inngrep i en lang rekke forhold i det danske samfunn. Etter knapt to år ved makten ble han avsatt ved et kupp den 17. januar 1772, og deretter dømt til døden og henrettet.