I midten av 1960-årene etablerte militærjuntaen en frihandelssone i byen. Mange produksjonsbedrifter etablerte fabrikker og det jobber i dag om lag 125 000 personer i denne sonen. Mangelen på gode veier gjør at mesteparten av produktene fraktes ut på båt eller med fly. Denne sonen har ført til en ny vekst for Manaus, fra midten av 1980-årene og frem til midten av 2000-årene økte byens befolkning fra om lag 200 000 og opp til om lag 1,5 millioner.