I Konstantinopel for siste gang kom Stratford i sentrum av en krise som oppsto på grunn av en strid mellom tsar Nikolaj I og Napoleon III av Frankrike over beskyttelsen av de hellige stedene i de muslimske områdene. Krisen ble opptakten til Krimkrigen. Stratford er anklaget for å ha oppmuntret tyrkerne til å avslå kompromissavtalen som Aleksandr Mensjikov forsøkte å hale i land. Det synes som om Stratford hele tiden presset tyrkerne til å forkaste kompromissene ved å argumentere at enhver russisk avtale ville bli å underkaste Det osmanske rike som protektorat under tsar Nikolaj I. Frykten var at russerne skulle få tilgang til Middelhavet. Stratford forlot Konstantinopel for siste gang i 1857 og gikk av tidlig det neste året.