Abdullah Barghouti er fra Barghouti-klanen med base i Ramallah-området på Vestbredden, og familien var fra Beit Rima. Barghouti-navnet regnes for å være utbredt på landsbygda i Palestina, og knyttes til det omkringliggende området. Barghouti ble født i Kuwait av foreldrene Ghaleb og Safaa Barghouti. Etter frigjøringen av Kuwait i 1991 flyttet familien til Amman i Jordan. Han har jordansk statsborgerskap. Med ektefellen Fa'ida har han barna Tala, Osama og Safaa. Søsknene er Raef, Mohammad, Reem og Fa'ida. Abdullah er i slekt med Marwan Barghouti.