På ekspedisjonen var han ansvarlig for å holde orden på ekspedisjonens forsyninger. Scott hadde opprinnelig ikke planlagt at Bowers skulle være med på den siste delen av ekspedisjonen frem til polpunktet. Han skulle returnert med den siste gruppen som forlot Scott da det var i underkant av 260 kilometer til polpunktet. Scott bestemte imidlertid i siste liten at Bowers skulle være med, en avgjørelse som i ettertid har blitt kritisert som impulsiv og lite gjennomtenkt. Enkelte forfattere har imidlertid pekt på at Bowers var blant de sterkeste på ekspedisjonen og derfor kunne sørge for at man klarte å holde et tilstrekkelig tempo.