Konvensjonen anvendes også direkte av domstolene i medlemsstatene, og det er kun etter å ha uttømt alle nasjonale rettsmidler at klageren kan søke om å få en sak avgjort av domstolen i Strasbourg. Dette må gjøres innen seks måneder etter at siste dom ved en nasjonal domstol er falt. Ved anvendelsen av konvensjonen må de nasjonale domstolene benytte samme metode som EMD og dessuten følge den rettsutvikling som finner sted gjennom EMDs virksomhet. I 1999 ble konvensjonen inkorporert i den norske menneskerettsloven som norsk lov.