Terje Mikkelsen tok sin utdannelse ved Norges musikkhøyskole og i Finland ved Sibelius-akademiet i Helsingfors med professor Jorma Panula der han tok diplomeksamen i orkesterdirigering i 1989. Han studerte også med Mariss Jansons fra 1984 og de arbeidet sammen både i St. Petersburg og i Oslo-Filharmonien fram til 1991. I 2001 ble Mikkelsen utnevnt til gjesteprofessor ved Musikkcolleget ved Mahidol Universitetet i Bangkok.