I 2008–2009 la Ajax' manager Marco van Basten merke til at Suárez spilte en viktig rolle i mange av Ajax' mål, men også hvor mange gule kort Suárez fikk. Suárez ble suspendert for én kamp fordi han fikk sitt syvende gule kort for sesongen under en 2-0 seier over Utrecht. Han fikk også en suspensjon på grunn av en krangel med lagkamerat Albert Luque om et frispark. Ajax endte sesongen på 3.-plass. Suarez scoret 22 mål på 31 seriekamper og endte på 2.-plass på toppscorerlisten, et mål bak Mounir El Hamdaoui fra AZ Alkmaar. Suárez ble også kåret til «Årets spiller i Ajax».