Aristoksenos' far, Sokrates-eleven Spintharos var en lærd musiker som gav sønnen den første musikkutdanningen. Senere fikk Aristoksenos undervisning i musikkteori av pytagoreerne Xenofilos fra Khalkidiki og Lampros fra Erythrai. Tilslutt ble han elev av Aristoteles og medlem av den peripatetiske skolen.