I 1950 utnevnte jesuittgeneralen Jean-Baptiste Janssens pater Otto Faller til leder av jesuittenes sørtyske ordensprovins, som på den tid også virket i den indiske provins Kerala og i deler av Indonesia. Som provinsial fortsatte han sin innsats fot privatskoler i Tyskland. I 1951 oversendte han all nødvendig dokumentasjon for saligkåring av pater Rupert Mayer til Roma, og støttet dette prosjekt med fremgang: Bar fem år etter, i 1956, erklærte pave Pius XII pater Rupert Mayer som «Guds tjener». Otto Faller ble betraktet som intelligent, barmhjertig, men også streng som superior. Etter et hjerteslag i 1956 trakk han seg fra vervet, og fortsatte med publikasjoner av St. Ambrosius' verker for CSEL i Wien.