Tidlig i 1942 ble Ives innkalt til den amerikanske hæren. Han tilbrakte den første tiden i militæret ved Camp Dix, deretter ved Camp Upton. Han nådde graden korporal. 6. desember 1945 giftet Ives sg med manusforfatter Helen Peck Ehrlich. Deres sønn Alexander ble født i 1949. På 1950-tallet ble Ives svartelistet som entertainer på grunn av hans antatte kommunistiske bånd. I 1952 samarbeidet Ives med Un-American Activities Committee (HUAC), og han uttalte foran kongressen at han ikke var medlem av det amerikanske kommunistpartiet, men at han var med på møter sammen med flere kjente kommunister.