I juni 2013 ble han ansatt som daglig leder i Aukra næringsforum, og uttalte at han var ferdig som fotballtrener for godt. Men 9. januar 2014 ble det kjent at han overtar som hovedtrener for Malmö FF. Han ledet laget fram til seriegull i Allsvenskan for andre år på rad, og de sikret serietittelen tre runder før slutt. Malmø gjorde det også godt i Mesterligaen, der de kvalifiserte seg til gruppespillet, og i november ble han kåret til «Årets trener» i Allsvenskan.