De første utgavene av A4000 hadde prosessoren på et datterkort som kunne byttes ut. Tredjeparts-oppgraderinger med forskjellige 68040- og 68060-prosessorer var tilgjengelig. En av de mer ekstreme oppgraderingene var CyberStorm PPC fra Phase5. Denne hadde to prosessorer; en 680x0-prosessor for bakoverkompatibilitet og en PowerPC-prosessor som leverte ekstra regnekraft. Toppmodellen hadde en 68060 på 50 MHz og en PowerPC 604e på 233 MHz.