I andre halvdel av 1200-tallet ble de kristne herrene, og Johanniter-ordenen med dem, fordrevet fra Jerusalem, og ved slaget ved Akkos i 1291 fra hele Palestina. Etter et kortvarig opphold på Kypros, erobret Johanniter-ordenen Rhodos, og etablerte et nytt hovedkvarter der i 1306. Da Tempelridderordenen ble tvangsoppløst i 1312, overtok Johanniter-ordenen store deler av Tempelriddernes eiendommer. Med sin base på Rhodos og sin rikdom i Europa, kunne Johanniter-ordenen bygge opp en flåte av galleier, og utbre sin innflytelse over det østlige Middelhavet. Selv om de motsto flere beleiringer og angrep fra de osmanske styrkene, måtte de i 1522 se seg fordrevet også fra Rhodos.