Det faller opptil 2000 mm regn i året i de høyereliggende områdene. Dette fører til at det renner en rekke elver gjennom Exmoor, som tilsammen har en lengde på 483 km. De viktigste elvene er Exe, Avill, Barle, Bray, Heddon, East Lyn, Horner og West Lyn.