Instituttets virksomhet finansieres delvis av Nordisk ministerråd, Utdannings- og forskningsdepartementet (Norge), Utbildingsdepartementet (Sverige) og Undervisnings-ministeriet (Finland) i henhold til egen erklæring og etter avtalt fordeling. Tidligere Nordisk Samisk Institutt er i dag samlokalisert med resten av Samisk høgskole i et felles vitenskapsbygg i Kautokeino, Diehtosiida.