Juneau ble etablert som et valgdistrikt i 1958 og omfattet landareal sørover til Fredericksundet. Den 30. januar 1963 ble den nordlige delen organisert som en bykommune, mens den sørlige delen ble overført til det nyetablerte statistikkområdet Angoon. Den 1. juli 1970 fikk området status som en sammensatt bykommune, etter en sammenslåing av byene Douglas og Juneau og de omkringliggende landområdene.