I 1931 stilte han til valg i Getxo og ble ordfører. Samme år samlet han nasjonalistiske ordførere i Gernika der forsamlingen under Gernikatreet erklærte Baskerlands rett til selvstyre inne et føderalt organisert Spania. Aguirre så det slik at Baskerlands utsikter var best i en spansk forbundsrepublikk.