I de følgende 15 årene preget Jardin alle nybygg av betydning. Han var blant de mange arkitektene som leverte utkast til Marmorkirken, det sentrale monumentet i Frederiksstaden. Han overtok ledelsen av oppføringen 1. april 1756. Planene for kirken var særdeles innovative og foregrep elementer av den senere «revolutionsarkitektur» ved Claude-Nicolas Ledoux og Étienne-Louis Boullée. Planene ble imidlerid avvist på grunn av de ekstremt høye utgiftene og Jardin leverte et mer beskjedent utkast.