Etter ti år som kaptein på flere fartøyer inkludert fregatter, ble han i 1701 sjef med graden kommandør ved det nyopprettede sjøkadettkompaniet i København, som han forvaltet dyktig og energisk frem til 1715. Så fikk Sehested en stor innflytelse på sin tids offisersgarde og på utdannelsen av de dansk-norske sjøoffiserer som fra nå av fikk en mer profesjonell holdning til sitt yrke. Han insisterte på viktigheten av utenlandsreiser for kadetter og de som søkte til sjøkadettkompaniet. Så da Peter Wessel søkte om å få komme inn i 1705, ble han derfor rådet til å foreta en utenlandsreise i forveien.