Nesten alle slovakiske dødsofre under krigen var jøder. I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75-80 % av alle ofre. Flere tusen sigøynere ble deportert til Auschwitz eller drept på annen måte, opptil 7000 ifølge Sniegon. I Karpato-Ruthenia var det jødiske innbyggere og disse utgjorde over 15 % av befolkningen i regionen. I dette området arbeidet en firedel av jødene i landbruket noe som var uvanlig i Europa på den tiden. De fleste jødiske barn gikk på tsjekkisk-språklige skoler og ble beskyldt for å drive «tsjekkifisering» av området. I Košice, som ble overført til Ungarn i 1938, bodde det omkring 12000 jøder og disse utgjorde 20 % byens befolkning.