Han flyttet tilbake til Norge etter fullendte studier, og virket som personalkapellan på Lye, sokneprest i Vikedal og senere i Hvidesø (Kviteseid) til sin død. Som prest var han påvirket av tidens rasjonalistiske ånd, selv om han ikke helt brøt med den lutherske ortodoksi. Det seminarium som hans forgjenger Niels Windfeld (1735–1810) hadde grunnlagt, fikk Zetlitz ikke til å fungere; men Napoleonskrigene og den trykkende pengemangel gjorde også oppgaven særdeles vanskelig. Karakteristisk for opplysningstidens prester var deres interesse for det almennyttige ved prestegjerningen. Likesom Grundtvig ville Zetlitz bidra til almuens opplysning, og forfattet . Videre ble hans predikensamling utgitt etter hans død. De vitner om en lys og glad forkynnelse, med fokus på Gud som en skaper som viser menneskene velvilje.