Den nordligste delen av regionen er en del av Saharaørkenen, mens den sørlige delen klimatisk tilhører savannebeltet. Sentralt i Darfur finner vi et høylandsområde. Det høyeste fjellet her er Jebel Marra. Dette er en død vulkan på ca. 3000 meter. Høylandsrområdet mottar relativt stabil med nedbør, noe som gjør det egnet for jordbruk. Randsonen mot ørkenen har tradisjonelt blitt utnyttet av kamel- og sauenomader, mens savannebeltet i sør er kjerneområdet for kvegdrift.