Etter at Epaminondas fra Theben beseiret spartanerne i slaget ved Leuktra i 371 f.Kr. ble Messenia frigjort fra Spartas styre. Epaminondas inviterte landsforviste messenianerne spredt i Italia, Sicilia, Afrika og andre steder til å komme tilbake til sitt opprinnelige hjemland. Byen Messene ble grunnlagt i 369 f.Kr. og ble hovedstaden i landet, og som Megalopolis i Arkadia ble mektige utfordrere til Sparta. Andre byer ble også grunnlagt eller ombygd på denne tiden, men en stor del av landet fortsatte å være sparsommelig befolket. Det ble derfor aldri stort nok til å bli en selvstendig utfordrer, og støttet seg som en alliert av Filip II av Makedonia og ble også medlem av det akhaiske forbund.