John Lindley var et av fire barn til foreldrene George og Mary Lindley. Hans far eide en kommersiell planteskole og var pomologist (vitenskapen om frukt og fruktdyrking). Selv om han hadde stor kunnskap om hagebruk, var hans foretagende ikke profitabelt og var preget av gjeld. Som gutt kunne John hjelpe faren i hans arbeid og samlet også inn planter som fant rundt om i fylket Norfolk. Han fikk sin gymnasutdannelse i Norwich. Han kunne tenkt seg å begynne på universitetet eller kjøpe seg en kommisjon i hæren, men familien hadde ikke råd til noen av delene. Han ble isteden belgisk agent for London-basert frøgrossist i 1815.