Inntil biskop Stubbs fant det nødvendig å hengi all sin tid til religiøse plikter konsentrerte han seg om historiske studier. Han argumenterte at teorien om at historiens enhet og fortsettelse ikke skulle fjerne skillene mellom oldtiden og moderne historie. Han mente at studiet av antikkens historie var en nyttig forberedelse for studiet av moderne historie, begge hadde fordeler og ulemper ved å bli studert hver for seg. Han mente også at effekten av den enkelte karakter og menneskelige natur ville gjøre generaliseringer vage og unyttige. Mens han understreket at historie var nyttig som en mental disiplin og som en del av den liberale utdannelse anbefalte han at historie ble studert hovedsakelig for sin egen del. Det var i denne ånd han arbeidet, han hadde evne for bedømmelse og en begavelse for utførlig og kritisk undersøkelse. Han var tilsvarende fremstående i eklektisk historie, både som en redaktør av tekster og som en historiker av den britiske forfatning.