Mange prokaryoter trenger organiske komponenter som deres kilde til karbon. Studier viser at bakteriene kan benytte ulike typer organiske molekyler som kilde til nytt cellemateriale. Aminosyrer, fettsyrer, organiske syrer, sukker, nitrogen baser, aromatiske komponenter og et uendelig hav av andre molekyler som blir brukt som næringsstoff av ulike bakterier. Noen typer bakterier er som betyr at de klarer å bygge organiske komponenter fra karbondioksid (CO). Energien får de fra enten lys eller uorganiske molekyler. Karbon er det viktigste grunnstoffet til bakterier, og en typisk bakteriecelle består av om lag 50 % karbon (tørrvekt).