I ettertiden er lensherre Rosenkrantz regnet som en meget betydningsfull mann både for byen Bergen og landet som helhet. Uten hans militære initiativ i Trøndelag hadde kanskje det nordenfjellske Norge forblitt en del av Sverige. I Bergen kom han i konflikt med biskop Jens Skjelderup etter at biskopen hadde fjernet helgenbilder fra Bergen domkirke fordi han mente de fremdeles ble tilbedt som i katolsk tid. Et utrykt diplom i Riksarkivet omtaler et vitneprov om forlik mellom Erik Rosenkrantz og Jens Schjelderup 18. mars 1565.