Isabella ble født i Paris på en usikker dato, men på grunnlag krøniker og den eventuelle dato for hennes ekteskap, ble hun antagelig født mellom mai og november 1295. Hun er beskrevet som født i 1292 i Wigmore-annalene, og den nær samtidige historikeren Peter Langtoft er enig ved å hevde at hun var 7 år gammel i 1299. De franske kronikørene Guillaume de Nangis og Thomas Walsingham betegnet henne derimot som 12 år da hun ble gift i januar 1308, noe som plasserer hennes fødsel mellom januar 1295 og 1296. En pavelig dispensasjon fra pave Klement V i november 1305 ga tillatelse til at hun ble gift ved stedfortreder, til tross for det faktum at hun antagelig var kun 10 år gammel. Ettersom hun hadde nådd den kanonisk alder av 7 år før hennes forlovelse i mai 1303, og 12 år før hun ble gift i januar 1308, antyder disse bevisene at hun ble født en gang mellom mai og november 1295. Hennes foreldre var kong Filip IV av Frankrike og dronning Johanna I av Navarra. Hennes brødre var Ludvig, Karl og Filip, som alle ble konger av Frankrike.