Huber kom i 1519 til Heidelberg for å gå på skole. Der ble han kjent med Nikolaus Thomas Sigelspach som overtalte ham til å gå videre på skole i Basel. Der ble han kjent med Johannes Oekolampad og hans skrifter og ble overbevist om de reformatoriske ideer. Han var i Basel fra 1526 til han i 1531 ble prest i Straßburg og jobbet under Martin Bucer. Han var Bucers sekretær og medarbeider i 18 år, og støttet ham og hans lære til det fulle. Bucer arbeidet for et kompromiss mellom nattverdlæren til Martin Luther og Huldrych Zwingli, men fikk ikke gjennomslag. Han måtte forlate landet i 1549. En annen kirkelig retning ble da dominerende i området, og situasjonen ble vanskelig for Hubert. Han ble kastet ut av kirkekonventet i 1557 og fikk sparken i 1562 på grunn av sitt teologiske syn og sin posisjon som en «fri» forkynner.