Jakobsen avsluttet sin karrière på Stortinget som medlem i Utenrikskomiteen, Valgkomiteen, Arbeidsordningskomiteen og Den utvidede utenriks- og konstitusjonskomiteen. Han stilte ikke til gjenvalg i 2001, og hadde overlatt vervet som parlamentarisk leder til Odd Roger Enoksen i 2000. Han gikk deretter til en stilling som konsulent for Phytochem Holding, inntil han ble seniorrådgiver for Europaprogrammet. Europaprogrammet ble senere nedlagt, og driften gikk over til Norsk institutt for strategiske studier (NORISS), hvor Jakobsen var seniorrådgiver fra 2006. Fra 2006 til 2007 var han medlem av Forsvarspolitisk utvalg.