Den fremtidige presidenten James Buchanan som da var senator, utnevnte Franklin til United States Military Academy i juni 1839. Franklin ble uteksaminert som den første i sin klasse i 1843 før han sluttet seg til topografi-ingeniørene og ble sendt til Rocky Mountains i to år for å måle opp regionen. Han ble så tilknyttet tjeneste i administrasjonen i Washington, DC. Han tjenestegjorde under Philip Kearny i den mexicansk-amerikanske krig og ble midlertidig forfremmet til løytnant etter slaget ved Buena Vista.