Etter to år i eksil gikk Liberius med på å skrive under på en erklæring hvor han oppga ordet 'homoousius' ('av samme vesen') i den nikenske trosbekjennelse, han sluttet å støtte Athanasius og han aksepterte kommunion med arianerne. Dette var klart i strid med vedtakene fra konsilet i Nikea, og Liberius ble i ettertid sterkt klandret for dette. Erklæringen er den viktigste grunnen til at han ikke regnes som helgen. Det er ingen tvil om at det må ha skjedd under sterkt press, men kirken stilte på denne tiden svært strenge krav til sine hyrder. Han ble tilbakekalt til Roma, men kom ikke dit før et år senere av hensyn til Felix II. Keiserens intensjon var at de to skulle styre kirken sammen, men da Liberius kom tilbake ble Felix jaget ut til en av Romas forsteder av folket. Liberius og Felix klarte å komme fram til en avtale som gjorde det mulig å få kirkens styre til å fungere.