Etter tulipanrevolusjonen i 2005 hvor president Akajev ble tvunget til å trekke seg, ble Japarov finansminister under den nye presidenten Kurmanbek Bakijev. Fra desember 2007 til oktober 2009 var han minister for økonomisk utvikling og handel. Han var deretter første visestatsminister fram til 2010. Den 1. juni 2021 ble han foreslått til fungerende regjeringssjef og finansminister av president Sadyr Japarov. 13. oktober utnevnte presidenten ham formelt, og han erstattet da Ulukbek Maripov.