Theodorus Zwartkruis var sønn av tjenestemannen Theodorus Zwartkruis og hans hustru Theodora Christina Maria van Brandenburg. Fra 1920 til 1926 gikk han på jesuitrgymnasiet St. Ignatius kollegium i Amsterdam, hvoretter han studerte filosofi ved det katolske universitet i Leuven. Hans teologiske utdannelse fant sted på bispedømmet Haarlems presteseminar i Warmond.