Selv om han kom tilbake til tjeneste i juli 1572, viser opptegnelser at de skadene på brystet hans fortsatt ikke var fullstendig leget i februar 1573. Basert hovedsakelig i Napoli, ble han med på ekspedisjoner til Korfu og Navarino (dagens Pylos), og deltok i okkupasjonen av Tunis og tuniske havnen La Goulette i 1573, som ble gjenerobret av osmanerne i 1574. Til tross for Lepanto var krigen totalt sett en osmansk seier, og tapet av Tunis en militær katastrofe for Spania. Cervantes vendte tilbake til Palermo, hvor han ble betalt av hertugen av Sessa, som også ga ham rosende brev.