Egunkaria ble grunnlagt i 1990 som den eneste baskiskspråklige dagsavisen i Baskerland (det hadde tidligere eksistert tospråklige dagsaviser og en baskisk ukeavis). Ved starten i 1990 var målet å nå et opplag på 8.000-15.000 eksemplarer og 40.000 potensielle lesere, et mål avisen senere nådde. Egunkaria ble raskt en respektert publikasjon og et viktig møtepunkt for baskiskspråklige. Avisen var kjent for sitt nasjonalistiske tilsnitt. Den ble solgt både i spansk (Hegoalde) og fransk (Iparralde) Baskerland og ble subsidiert av den baskiske regjeringen.