Først den 19. august 1896 oppdaget spanjolene at Katipunan fantes og planla opprør. Det var augustinerpater Mariano Gil, sognepresten i Tondo i det nordlige Manila, som fikk vite det av en avhopper fra K.K.K., Teodoro Patino. Politiet slo til, og en rekke medlemmer ble arrestert og fengslet eller skutt. Andres Bonifacio og hans kone og Gregoria gikk i dekning.