Lee ble født i 1971, er detter Linda Lee og Saverio Rebecchi, og ble oppdratt i East Providence, Rhode Island. Hun tok eksamen i engelsk i University of New Hampshire, og dro til New York for å jobbe som en grafisk artist i publikasjon. Etter tapet av en kjær person i en alder av 20, ønsket hun å fortelle sine egne historier. Da hun var rundt 30 år gammel kom hun inn på Columbia University School of the Arts og fikk en Master of Fine Arts i film. Der møtte hun Phil Johnston, hennes skrivepartner på .