Biskop Johannes Ter Schure ga Den Bosch bispedømme sitt eget presteseminar i 1987: , slik hans kollega biskop Gijsen hadde gjort mer enn ti år tidligere i Rolduc. Etter sin emeritering den 13. juni 1998 arbeidet han som sogneprest i Alphen i provinsen Gelderland. De siste månedene av livet ble han pleiet i i Nijmegen.