Resten av Ungarn var i en blanding av politisk spill og krig med både Habsburg og spesielt Det osmanske rike. I 1662 angrep Habsburg Ungarn, mens osmanerne angrep året etter. Miklós Zrínyi lyktes imidlertid i 1664 å presse den ungarske hæren langt sør for Donau og han presset på for å få dem lenger ned på Balkan. Imidlertid grep ikke den habsburgske hæren inn for å hjelpe ham, og Ungarn kjempet alene. Det ble til slutt en fred etter at en samlet kristen hær vant et avgjørende slag. Selv om de kristne var på offensiven, brukte Habsburg heller tiden på å snu oppmerksomheten mot Frankrike. Det osmanske rike slapp altså en offensiv, og freden mellom Habsburg og Det osmanske rike var i sin ordlyd anti-ungarsk - ettersom ungarerne, Transilvania unntatt, var enten habsburgerske eller osmanske i overnasjonalitet og ingen ønsket opprør. Samme år døde Zrínyi, og dermed mistet også ungarerne en leder. Det betydde ikke at ungarerne ikke forsøkte, og det ble flere brutale, men dårlig organiserte opprør. Leopold konkluderte med at Ungarn hadde mistet retten til selvstyre - med ham som konge - og bestemte at Ungarn skulle styres som del av keiserdømmet med keiserlige befalinger. Tyske leiesoldater ble trukket inn, men disse var dyre, og økte skatter var vanskelige å hente inn. Dermed plyndret leiesoldatene landet og skapte sterkt fiendskap mot dem og keiseren. Flere mektige ungarere trakk seg ut, delvis til Transilvania, og gjennomførte flere raid i Ungarn, delvis med osmansk støtte. Kongeriket Ungarn fikk dermed bestå, om enn vingeklippet.