Maleriene hans tok ofte utgangspunkt i samiske mytologiske skikkelser, mens blyanttegningene ofte har fugler, folk og rein som motiv. Valkeapää var en fremragende fotograf, noe som gjenspeiles i flere av hans bokutgivelser. Han laget også skulpturer av bearbeidede trestammer, drivtømmer og dyrebein. Han ga 30 kunstverk til Kautokeino kommune. Denne samlingen vises ved en permanent utstilling på RDM Guovdageainnu gilišillju / Kautokeino bygdetun. I tiden 23. oktober 2020 - 2. mai 2021 ble det avholdt en stor retrospektiv utstilling av Valkeapääs arbeider på Henie Onstad Kunstsenter i Oslo, i samarbeid med Nordnorsk kunstmuseum. Valkeapää var en sentral aktør i revitaliseringa av den tradisjonelle samiske joiken. Flere av hans utgivelser kan betegnes som joikekomposisjoner. Han sto bak 14 musikkutgivelser i sin levetid, og ble tildelt Prix Italia for komposisjonen (norsk tittel: ) i 1993. Joiken "Sámi eatnan duoddariid" (opprinnelig utgitt på LPen i 1979) oppnådde etter hvert klassikerstatus blant samene. Joiken ble utnevnt til nasjonaljoik på den 22. Samekonferansen, som ble avholdt i Váhtjer (Gällivare) i 2022.