I den krigen som oppstod mot hans rivaler, blant andre Fredrik II av Hohenstaufen, Henrik IVs sønn, tapte Otto, selv om han ble støttet av England, Danmark og paven, og måtte allerede i 1206 flykte til England. Da imidlertid Fredrik ble myrdet i 1208, ble Otto kronet til tysk-romersk keiser av paven.