Pike nedstamemt fra John Pike, en tidlig engelsk innvandrer som kom som barn i 1635 og ble siden grunnlegger av Woodbridge i New Jersey i 1665. Zebulon ble født i Lamberton i New Jersey, i dag en del av Trenton. Hans far var Zebulon Pike, offiser i Den kontinentale armé under general George Washington, og tjenestegjorde den amerikanske hær etter at den amerikanske uavhengighetskrigen var over. Unge Pike vokste opp med sin familie i en rekke militære utposter i Midtvesten — , USAs ytterste grense østover på denne tiden — i Ohio og Illinois. I 1774 gikk han inn i hæren i sin fars regiment som kadett i en alder av 15 år, tjente som fenrik i 1799 og som premierløytnant senere det samme året.