Med sin kone Helena Dragas, datter av den serbiske prins Konstantin Dragas, hadde Manuel II Palaiologos flere barn, blant annet: En datter, nevnt som den eldste datteren, men ikke navngitt. Muligens forvekslet med Isabella Palaiologina, en uekte datter av Manuel II som skal ha giftet seg Ilario Doria. Konstantin Palaiologos, født ca. 1393-1398, død før 1405 i Monemvasia Johannes VIII Palaiologos (18.12.1392 - 31.10.1448), bysantinsk keiser 1425-1448. Andronikos Palaiologos, død 1429. En annen datter, ikke navngitt i teksten. Teodoros II Palaiologos, despot i Morea, død 1448. Mikael Palaiologos, født 1406/1407, død 1409/1410 av pesten Konstantin XI Dragases Palaiologos, født 08.02.1405, død 29.05.1453, despot i Morea og senere den siste bysantinske keiseren, 1448-1453. Dimitri Palaiologos, født ca. 1407, død ca. 1470, despot i Morea. Thomas Palaiologos, født ca. 1409/1412, død mai 1465, despot i Morea.