Arten hekker i perioden januar–april, eller til i mai nord for ekvator når vann-nivåene er lave, men det er også eksempler på små kyllinger i Ghana fra slutten av november. I de sørligste delene av utbredelsen mangler man data. Krokodillevoktere hekker solitært parvis og er monogame. Eggene legges i en ufôret dyp grop bygget av stein og rek på bakken (cirka i diameter og dyp). Redet legges på en utsatt sandbanke i elveleiet, og begge foreldrene bidrar til byggingen. Paret bygger ofte også mange reder, før de blir fornøyd og velger ett av dem. Hunnen legger typisk ( anses som normalt) gulbrune egg med små rødbrune og grå flekker. Eggene legges med én dags mellomrom, og hvert av dem veier i snitt .