Thomas Quiwonkpa, tidligere general i militæret som Doe hadde degradert og tvunget til å flykte fra landet, prøvde å styrte Doe og hans regime fra nabolandet Sierra Leone. Kuppforsøket var mislyktes og Quiwonkpa ble drept. Mishandling av stammene nord i landet der de fleste kupp-makerne kom fra fulgte i kjølvannet av kuppforsøket og dette skapte større etniske spenninger i Liberia, som allerede hadde vært økende på grunn av Doe`s særbehandling av sin egen etniske gruppe. Charles Taylor, som hadde forlatt Doe`s regjering etter å ha blitt beskyldt for underslag, samlet en gruppe opprørere som følte seg forfulgt av Samuel Doe og hans regime. Disse opprørerne ble kjent som National Patriotic Front of Liberia (NPFL). De invaderte fylket Nimba den 24. desember 1989 fra nabolandet Elfenbenskysten. Den liberiske hæren gjengjeldte med sanksjoner mot hele befolkningen i regionen, og angrep ubevæpnede sivile og brente ned hele landsbyer. Mange sivile flyktet til nabolandene Guinea og Elfenbenskysten. En ny opprørsgruppe kalt Independent National Patriotic Front of Liberia (INPFL) ble også grunnlagt på denne tiden.