Montana gikk glipp av hele 1991-sesongen og størsteparten av 1992-sesongen med en albueskade han pådro seg i sesongoppkjøringen i 1991. I sesongfinalen i 1992, mot Detroit Lions under , kom Montana på banen og spilte ut andre halvdel av kampen. Til tross for å ha gått glipp av nesten to hele sesonger var Montana effektiv, og sikret seieren. Mens Montana var ute med skade hadde derimot Steve Young etablert seg som starter, og holdt den stillingen i sluttspillet. Montana skulle ikke spille flere snaps for 49ers, og hans siste kamp i 49ers' uniform var da laget møtte Dallas Cowboys i NFC Championship-kampen, som tredje QB bak Young og Steve Bono.