Det vites ikke så mye annet om Magnus' barndom, enn at han to år gammel ble alvorlig syk og mistet synet på det ene øye. Hans lærere var hoffpredikantene Poul Noviomagus og Hans Bachmeister. 17 år gammel reiste Magnus og broren Frederik sammen med storesøster hertuginne Anna til Tyskland, hvor prinsene, som skikk var, skulle utdannes ved et fremmed hoff. Her kastet han seg ut i det muntre liv, og stiftet gjeld når hans egne midler ikke strakk til. I 1559 vendte han tilbake til Danmark, for å delta i broren Frederiks kroning.