Hvinden hadde stipendiatstillinger ved Institutt for samfunnsforskning fra 1978 til 1986 og ved INAS (Institute for Applied Social Research) fra 1985 til 1991. Fra 1991 til 1992 var Hvinden ansatt som førsteamanuensis ved Institutt for sosiologi ved UiO, og mellom 1993 og 1994 hadde han forskerstilling ved INAS i Oslo. Fra 1995 til 2006 var Hvinden ansatt som professor i sosiologi ved Institutt for sosiologi og statsvitenskap ved NTNU. Fra 2012 til 2015 hadde Hvinden en 20%-stilling som professor II i sosiologi ved UiT. Fra 2006 til 2015 var Hvinden ansatt som forsker I og forskningssjef ved NOVA (fra 2014 del av HiOA/Oslomet). Fra 2016 til 2018 var Hvinden instituttdirektør ved NOVA, og gikk deretter over i stilling som professor.