Atelieret hennes ble totalskadet under bombingen av Bødø 27. mai 1940, også alt fotoutstyr. Det kjennes ikke til arbeider utført av Louise Engen etter 1940. Hun bodde i Trondheim under hele krigen og var ikke aktiv fotograf etter 1945. Hennes private fotosamling, positiver av familiær karakter, er bevart, i tillegg har Nordlandsmuseet og Nasjonalbiblioteket en del fotografier etter henne.