Kirken er organisert i 83 bispedømmer eller sammenlignbare jurisdiksjoner. Av disse ligger 59 i Egypt, ti i Europa, seks i Amerika, fire i Afrika sør for Egypt, tre i Australia og ett i Midtøsten. Overhodene for samtlige jurisdiksjoner utgjør kirkens synode, der ytterligere tre hjelpebiskoper, tolv assistenbiskoper, fem eksarker, tre generalbiskoper, én korbiskop og to patriarkale vikarer er representert (som ikke leder egne bispedømmer).