Baneservice ble etablert i 1992 ved at byggherre- og entreprenørfunksjonene ble skilt ut fra Norges Statsbaner. Selskapet ble i 1996 overført til Jernbaneverket som en selvstendig forretningsenhet. I 2005 ble Baneservice et statsaksjeselskap med Samferdselsdepartementet som eier. 1. januar 2016 ble forvaltningen av statens eierskap i Baneservice AS overført fra Samferdselsdepartementet til Nærings- og fiskeridepartementet.