For organismer i vann er det vanlig at huden er delvis gjennomtrengelig, eller at de har spesielle overflater for pusting. Slike organismer kan ha utskifting av hydrogenioner gjennom huden, for at livsviktige prosesser inne i organismen skal kunne få regulert pH-verdien. For eksempel kan det være snakk om at natrium eller bikarbonat utveksles med omgivelsene. I vannmiljøer kan pH-verdien variere fra 3 i myr til 9 i basiske innsjøer. En årsak til at myrvann er surt, er innhold av organiske syrer. Geologiske avsetninger av svovel kan også føre til surt vann. Naturlig baskisk vann skyldes som regel uorganiske kilder. De fleste organismer kan ikke leve i ekstremt sure eller basiske miljøer.