Bourne oppdager Alex Conklin død sammen med Dr. Morris Panov, og innser at noen har satt ham i en felle så snart han hører politiet ankomme. Med bilen hans stående utenfor huset, og fingeravtrykkene hans inne i huset, forstår Bourne umiddelbart at han kommer til å få skylden for dødsfallene. Så Bourne må på egen hånd forsøke å finne ut hvem som har drept vennene hans, og som forsøker å drepe ham.