Rutene stammer opprinnelig fra våpenet til grevene av Bogen og kjennes fra 1204. I 1242 ble de tatt i bruk av Wittelsbacherne. Flagget er således et av de eldste i Europa. Ruteflagget skal etter någjeldende lovbestemmelser bestå av minst 21 ruter, medregnet halve ruter i utkanten. På lengre eller bredere flagg kan antallet være høyere. Uansett antall ruter, skal ruten øverst til venstre alltid være hvit. Dette har sin bakgrunn i at Bayerns farger er hvitt og blått, da alltid slik at hvitt skal komme først.