Final Fantasy VI inneholder fjorten spillbare figurer, samt forskjellige sekundære figurer som i perioder kan kontrolleres av spilleren. Den første karakteren, Terra Branford, er halvt menneske og halvt Esper som tilbrakte mesteparten av livet som en slave under imperiet. Andre hovedpersoner inkluderer Locke Cole, en skattejeger og Celes Chere, en tidligere general for imperiet. I byen Narshe deltar Terra i et keiserlig oppdrag for å få tak i en mektig Esper innkapslet i is. Men når de finner denne Espen, oppstår en magisk reaksjon mellom Terra og Esper. Som et resultat blir de andre soldatene på oppdraget drept, og Terra blir slått bevisstløs.