Blant sakene Johannessen har vært mest engasjert i, er tiltak for å bedre samhandling i helsetjenesten, og tiltak som kan forbedre maktforholdet mellom lege og pasient. Han har hatt en rekke oppdrag blant annet for Helsedepartementet og norske sykehus for å bedre samhandlingen mellom de ulike aktørene i helsetjenesten. Arbeidet for bedre samhandling var også mye av bakgrunnen for at han vant Nidarosprisen i 2001.