Etter krigen ble Fischer dømt til livstid i fengsel for forbrytelser mot menneskeheten og krigsforbrytelser. Straffen ble imidlertid omgjort til 15 års fengsel og han ble løslatt etter å ha sonet bare 9 år. Han fikk tilbake sin legelisens og fikk en ny karrière i farmasiselskapet Boehringer Ingelheim.