Foran 2012-sesongen mistet Lyn sin toppscorer, Andreas Nielsen, men ble også forsterket med blant andre tre tidligere Lyn-spillere med erfaring fra Adeccoligaen eller høyere. De tre var Edwin Kjeldner, Tom Sadeh og Jonas Rygg. Lyn kvalifiserte seg til 1. runde i NM, der de møtte rivalene Vålerenga. Kampen endte 2–1 til Vålerenga foran 11 273 tilskuere på Bislett stadion, noe som var ny norsk rekord for tilskuerantall i en førsterundekamp i cupen. Med tre kamper igjen å spille sikret Lyn opprykket til 2. divisjon med 9-0 seier hjemme mot Lommedalen.