Josephine-Charlotte tilhørte huset Sachsen-Coburg-Gotha. Hun tilbrakte sin barndom på Stuyvenberg slott rett utenfor Brussel sammen med sine foreldre. Moren døde bare 29 år gammel i en bilulykke i 1935, da Joséphine-Charlotte var 12 år gammel. Hennes første skolegang fant sted i en liten klasse som ble samlet på slottet. Mot slutten av 1940 ble hun sendt til en internatskole, og fikk så undervisning av privatlærere.