Muskelproteinene i fisken er polyelektrolytter med nøytral ladning ved pH 5,2. Ved luting stiger pH-verdien helt opp mot pH 13, noe som både tar livet av bakterier i fisken og ødelegger proteinene i fisken. Proteinene blir i tillegg negativt ladet, noe som gjør at de knytter til seg flere vannmolekyler (disse er delvis positivt ladd). Luten bryter også ned fettet i fisken til fettsyrer, noe som gjør at man i praksis sitter igjen med såpe. Dette gjør at lutefisk som ikke er tilstrekkelig vannet ut før den tilberedes får en stygg såpesmak.