Byen ble for første gang hovedstad i 229 f.Kr., da Sun Quan av riket Wu i de tre rikers tid flyttet sin residens til (建邺), en by rett ved Jinling Yi. Etter de fem Hus invasjon flyktet Jin-dynastiets adel over Yangzi og gjorde på nytt Nanjing til hovedstad, nå med navnet . Den tapte denne status først da Sui-dynastiet på nytt forente Kina.