Skvernelis var kandidat ved presidentvalget i Litauen i 2019, men ble slått ut i første valgomgang. Han var landsbygdas kandidat, som anså ham som en sterk leder. Skvernelis hadde gitt uttrykk for ønske om dialog med Russland og at den litauiske ambassaden gjerne kunne bli flyttet fra Tel Aviv til Jerusalem. Han hadde i disse spørsmålene stått i sterk konflikt med synet til sittende president Dalia Grybauskaitė.