I 1998 ble han utnevnt til sentralbanksjef, og overtok da etter Idris Rashidi, som da hadde fullført sin periode. Han ble fjernet fra stillingen i januar 2008, etter at en internasjonal revisjon avslørte at sentralbanken hadde foretatt uregelmessige utbetalinger av 116,5 millioner amerikanske dollar. Han reiste til USA for medisinsk behandling i etterkant av denne avsløringen, men ble anklaget for å rømme fra situasonen. Imidlertid døde han under oppholdet i USA. Ballalis død har vært omdiskutert, og så sent som november 2011 måtte regjeringen bekrefte hans død, etter spørsmål fra et parlamentsmedlem.