Bruken av mikroelektroder i hjernen representerer flere utfordringer. Først og fremst er risikoen for infeksjon. Videre kan kroppen reagere ved å innkapsle eller på annen måte forsøke avstøte implantatet. Ved innkapsling blir glial cellene aktivert, og danner en kapsel rundt elektroden; dette kan føre til at signaloverføringen reduseres, blir mindre effektiv, samt hindrer stabile registreringer og dermed ikke kan brukes over lengre tid for pasienten.