Den 10. februar 1567 ble likene til Darnley og hans tjener oppdaget i hagen ved Hamiltons hus Kirk o' Field i Edinburgh. Darnley var kun kledd i nattskjorten, noe som antydet at han hadde flyktet i all hast fra sitt soverom. En voldsom eksplosjon hadde skjedd i huset om natten, men bevis tydet på at Darnley hadde unnsluppet et forsøk på snikmord, kun for å bli myrdet da han kom ut. Det var sterke bevis på at Darnley og hans kammertjener ble kvalt og at eksplosjonen var blitt utført for å dekke over mordene.