Clitunno renner 60 km over den østlige umbriske sletten, forbi Tempietto del Clitunno og byene Pissignano, Cannaiola, Trevi og Bevagna før den munner ut i Topino, en sideelv til Tiber, nær Cannara. Elven renner sakte, men av og til kan det oppstå brå flommer, som med mange av de andre elvene i Umbria. På 1800-tallet ble det bygd diker langs elven for å hindre flom.