Hun hadde en god start på sesongen 2008/09 og hun startet med en tredjeplass, så en femteplass før hun tok sin andre verdenscupseier på 10 km klassisk i Kuusamo. På dette tidspunktet ledet hun verdenscupen klart foran Marit Bjørgen. Saarinen økte det forspranget i La Clusaz, for der tok hun andreplass på 15 km fristil, fellesstart bak Kristin Størmer Steira, mens Bjørgen stod over rennet. Hun tok en ny andreplass på 10 km klassisk i Davos og hun ble nummer to sammenlagt i Tour de Ski 2008/09, begge gangene bak lagvenninnen Virpi Kuitunen. Mot slutten av sesongen gikk det tyngre og hun ble nummer tre i verdenscupen sammenlagt, bak Justyna Kowalczyk og Petra Majdič.