Selskapet er medlem av Mouzenidis-gruppa. Det blei opprinnelig oppretta for å betjene turister, hovedsakelig fra Russland, som besøker Hellas gjennom reisebyrået til Mouzenidis. I oktober 2014 blei Ellinairs flyginger gjort tilgjengelig i Global Distribution Systems (GDSs), for å sikre tilgang for alle reisebyrå. Den 15. juni 2015 lanserte Ellinair innenriksruter fra Athen og Thessaloniki.