Arājs ble etter Tysklands kapitulasjon arrestert av britene og holdt i fangenskap i Tyskland frem til 1949 da han forsvant på uforklarlig vis. Det ble ikke gjort noe forsøk på oppspore ham før han ble arrestert i Frankfurt i 1975 og dømt i 1979. Etter arrestasjonen av Arājs ble en håndfull medlemmer av kommandoen straffeforfulgt i USA. I desember 1979 dømte delstatsdomstolen i Hamburg Arājs til livsvarig fengsel for krigsforbrytelser, og han døde i fengsel i 1988 i Kassel.