Bugge ble frimurer i 1874. Han var den første deputerte mester i St. Johanneslogen Nordlyset fra 1883, deputert mester i St. Andreaslogen Oscar til den flammende Stjerne 1893–1902 og seglbevarer i Den Norske Frimurerorden fra 1913. Han drev omfattende studier av frimureriets historie i Norge og Danmark, noe som resulterte i flere utgivelser.