I sin barndom arbeidet Mendel som gartner, samtidig som han studert birøkt, og som en ung mann gikk han på et gymnasium i Troppau. Senere, fra 1840 til 1843, studerte han praktisk og teoretisk filosofi samt fysikk på universitetet i Olmütz. Da Mendel påbegynte studiene ved det filosofiske fakultet, var den naturhistoriske avdelingen ledet av Johann Karl Nestler, som bedrev forskning på arvelige trekk hos planter og dyr, spesielt sauer.