Mersey er tilknyttet det engelske kanalsystemet på flere steder, enten direkte eller via Manchester Ship Canal. De spesielle kanalbåtene («narrowboats») kan dog ikke begi seg ut på selve Mersey-estuaret, på grunn av det farlige tidevannet der. Fra sentrum i Liverpool går Leeds and Liverpool Canal, Englands lengste kanal, mot nordøst over Penninene til Leeds i Yorkshire. Fra Ellesmere Port går Shropshire Union Canal mot sørøst til Birmingham, og fra Widnes til St Helens via Warrington går Sankey Canal (eller St Helens Canal), som er den eldste av alle Englands kanaler. Bridgwater Canal går mer eller mindre parallelt med Mersey fra Runcorn til Manchester, og krysser over elva ved Sale.