Den hellige Frans av Assisi døde den 3. oktober 1226. Allerede i 1227 ble han kanonisert. Lederen av fransiskanerordenen var broder Elias, som straks gikk i gang med å bygge en kirke til å romme helgenens jordiske rester. Allerede i 1230 kunne de overflyttes til den nybygde kirken, hvor allikevel fullførelse og kunstnerisk utsmykning fortsatte i lang tid. Kirken ble bygget i to plan: en lav og dunkel underkirke, og en høy og lys overkirke. Under høyalteret i underkirken ble Frans begravet. Senere er det utgravet en kryptkirke omkring helgengraven, som inntil da hadde vært utilgjengelig, idet broder Elias fryktet at nabobyer, særlig Perugia, skulle forsøke å sette seg i besittelse av de verdifulle relikviene med våpenmakt.