Da Thutmose I døde ble Ineni atter en gang beholdt av den kongelige familie. I løpet av styret til Hatshepsut fikk en ny arkitekt, Senemut, betydelige med oppdrag; mest kjent er konstruksjonen av hennes gravtempel ved Dayr al-Bahri. Imidlertid fortsatte Ineni å overvåke og lede flere byggearbeider bestilt av Hatshepsut og var antagelig konsultert ved mange andre. Han ble betraktet av sine samtidige for å være blant hennes favoritter, og stelene på veggene i hans grav omtaler henne med vennlighet. Han døde i hennes tid før Thutmose III kom på tronen i Hatshepsuts 22. regjeringsår. Hans grav var en av de få bygninger hvor Hatshepsuts navn ikke ble meislet bort eller erstattet, kanskje på grunn av respekt for Ineni.