Vatnet har navn etter bygda Yndesdal, som ligger ved østenden av vatnet. Ved Yndesdalen ligger også munningen av Øyrelva, som er Yndesdalsvatnets hovedtilløp. Av andre viktige tilløpselver kan nevnes Furdalselva, som munner ut i vatnet fra nord. Vatnet har utløp mot vest via den korte elva Straumen til det mindre Vetlevatnet, som ligger på samme høyde som Yndesdalsvatnet. Fra Vetlevatnet renner Frøysetelva (Yndesdalsvassdraget) videre, og munner etterhvert ut i Austevågen ved Frøyset.