Rainbow Six får vite at Nikola Gospić egentlig var en rømt Ustaše-funksjonær - en av de to mennene som tidligere stakk av med enorme verdisaker stjålet under Holocaust, fra spillets åpningsscene. Gospić er døende av lever-kreft, men planlegger å etterlate seg en siste arv fra andre verdenskrig ved å bruke sine enorme rikdommer til å gjenopplive verdensomspennende fascisme. For å oppnå disse planene har han anskaffet et stort lager av kjemiske våpen, inkludert en nervegass kalt VX. Gospić forsøker å forurense store mengder storfe-kjøtt med VX-gassen før kjøttet skal sendes til mange forskjellige nasjoner over hele verden. Rainbow Six må derfor forsøke å angripe dette opplegget, for å konfiskere nervegiften før dette stoffet får muligheten til å spre seg.