Etter keiser Quang Trungs død ble tidligere Tây Sơn-dynastiet ustabilt og de gjenværende brødrene begynte å bekjempe hverandre og mot de folkene som støttet Nguyễn Huệs sønn Nguyễn Ánh. Han reiste fra sin base i Saigon i 1799 og erobret Tây Sơn-dynastiets sterke militære støttepunkt Quy Nhon. I 1801 inntok hans styrker Phú Xuân, Tây Sơn-dynastiets hovedstad. Nguyễn Ánh vant tilslutt krigen året etter i 1802, da han beseiret Thăng Long i Hanoi og henrettet Nguyễn Huệs sønn, Nguyễn Quang Toản, sammen med store deler av Tây Sơn-dynastiets maktelite.