Få dager etter at tyske styrker invaderte Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før) begynte massakrene på landets over jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført etter initiativ av en lokal politisjef i Øst-Preussen uten konkret ordre fra Berlin. I Iaşi (tysk: Jassy), Romania, var det også massedrap på sivile jøder de første dagene etter at Operasjon Barbarossa var i gang. Massakrene i Iaşi bar preg av lite samordnede, heller tilfeldige aksjoner, der jøder ofte ble drept på stedet når soldater kom over dem, mens massakrene i Litauen i hovedsak var mer metodiske og skjult for offentligheten, ved at jødene ble dumpet i massegraver. mini|Etter invasjonen av Sovjetunionen begynte den tyske paramilitære organisasjonen SS, forsterket med ordinært politi, -soldater og lokale frivillige, systematiske massakrer av jøder. Bildet viser massedrap på kvinner og barn fra Mizotjs-gettoen i Zdołbunów, Polen (nå Zdolbuniv i Ukraina), 14. oktober 1942. I løpet av siste halvår 1941 tok Tyskland kontroll over store landområder fra Østersjøen til Svartehavet øst til Leningrad, Moskva, Kursk og Rostov. Den brede stripen øst for Minsk og Kyiv var okkupert av hæren, mens det vestlige beltet ble administrert som (Baltikum og Hviterussland) og . Innen utgangen av 1941 var mellom og jøder drept og hele regioner erklært «jødefrie». Walter Stahlecker, sjef for A, rapporterte 31. januar 1942 at hans enhet hadde drept jøder i Baltikum. Høsten 1941 døde sovjetiske soldater i tysk krigsfangenskap i et antall av rundt 6.000 daglig, og innen våren 1942 var 2 millioner av 3,5 millioner krigsfanger døde. Innen den tyske tilbaketrekkingen i 1943-44 var store områder ødelagt og avfolket.