I 1861 ble landet et britisk protektorat på grunn av frykt for av landet skulle bli annektert av perserne. Bahrain var det politiske hovedkvarteret til britene i Persiabukta helt til at de trakk seg ut av landet i 1971. Det var egentlig tenkt av landet skulle bli en del av føderasjonen De forente arabiske emirater, men landet valgte å bli selvstendig. Iran gjorde fortsatt krav på Bahrain, men press fra både Storbritannia, USA og FN førte til at landet gav seg. Emiren under frigjøringen het Isa ibn Salman al-Khalifa.