Emiratene ledes av en president og en visepresident. Disse velges for fem år av Det føderale øverste råd som består av emiren i hvert av de syv emiratene i unionen. Formelt utpekes statsministeren av presidenten, i praksis er det visepresidenten som også fungerer som statsminister/regjeringssjef. Normalt er det emiren av Abu Dhabi som er unionens president, mens emiren av Dubai er visepresident og statsminister. Presidenten er også øverstkommanderende for emiratenes militære styrker.