Flowers ble utnevnt til medlem (MBE) av Order of the British Empire i 1943. Han fikk også 1000 pund for jobben med Colossus. Han delte pengene med sine ansatte og satt til slutt igjen med mindre enn det han investerte av egne penger i prosjektet. Først i 1970 ble arbeidet med Colossus allment kjent.