MacArthur forlot hæren i juni 1865 og begynte å studere juss, men det var ikke noe for ham, så han vendte tilbake til hæren i 1866 og ble forfremmet til kaptein samme år. Etter borgerkrigen ble MacArthur postert rundt i landet, til han ble sjef for Fort Selden i 1884, men ble der bare i ett år til han deltok i jakten på Geronimo. I 1889 fikk han rangen major.