En by som heter Norrisville har vært beskyttet av en ninja i 800 år. Men det innbyggerne i Norrisville ikke vet er at en ny ninja skal velges ut hvert fjerde år for å beskytte dem. Randy Cunningham, en tenåring som går i niende klasse, blir utpekt som den neste ninjaen. Deretter må Randy beskytte Norrisville, mot de ondskapsfulle planene til den slemme trollmannen, hans allierte Hannibal McFist og Hannibals assistent Willem Viceroy.