Berggrunnen i Neidenvassdraget tilhører grunnfjellet, med glimmerskifer og granittisk gneis. Fjellgrunnen er næringsfattig og har en sur karakter. Vassdraget hører vegetasjonsmessig til det nordlige barskogbeltet, mens de høyereliggende områdene ligger i alpin sone. Både i skogbeltet og i fjellområdene finnes det store myrområder. Innsjøene i området er for det meste i naturlig tilstand, næringsfattige og klare eller svakt humusholdige. Slitasjetoleransen for naturen i vassdraget er dårlig på grunn av den sure og lett forvitrede fjellgrunnen, det tynne jordsmonnet og det arktiske klimaet.