I 1947 ble hun midlertidig overborgermester i Berlin. Louise Schroeder fungerte på vegne av Ernst Reuter, ettersom valget av Reuter til overborgermester ikke ble anerkjent av Sovjetunionen. På grunn av Schroeders sykdom fungerte Ferdinand Friedensburg for Schroeder i tre og en halv måned. 30. november 1948 innsatte Sovjetunionen en egen overborgermester for Øst-Berlin. Dermed ble byen i realiteten delt. Berlins deling gjorde at Schroeders politiske karrière fortsatte i Vestberlin der hun ble borgermester. Hun gikk av som borgermester i Vest-Berlin i 1951, i samband med at Vestberlins senat ble dannet med Reuter som regjerende borgermester.