Fra april 1943 tjenestegjorde han som flyger ved 332 skvadron og hadde sin første antagelige nedskyting over Rotterdam, en Me 109. Etter at skvadronens sjef Kaare Bolstad var blitt skutt ned, ble Ola Anjesen utnevnt til sjef for skvadronen 3. april 1945, og hadde posisjonen fram til krigen var slutt. Ifølge en oversikt referert i boka var Aanjesen ansvarlig for nedskyting av 5 1/2 fly, 1 trolig nedskutt fly og 1 skadet fly. For krigsinnsatsen ble han tildelt St. Olavsmedaljen med ekegren, Krigsmedaljen, Haakon VIIs Frihetsmedalje og to ganger den britiske dekorasjonen Distinguished Flying Cross.