Det er usikkert hvor det moderne navnet Windhoek kommer fra. Mest sannsynlig kommer det fra afrikaans som betyr . En annen teori er at Jonker Afrikaner kalte opp stedet etter Winterhoek fjellene ved Tulbagh i Sør-Afrika, der han hadde slekt. Windhoek er første gang nevnt i et brev fra Jonker Afrikaner til Joseph Tindall datert 12. august 1844.