Selskapet ble etablert i 1968 av brødrene Róland og Hans Jacobsen (Róland og Hans á Bakka). I 1971 opptok de også broren Martin Jacobsen. De drev sildefiske og salg av krydret og marinert sild til Storbritannia. I 1979 begynte Bakkafrost med oppdrett av laks, som et av de første selskapene på Færøyene.