I 2009 ble kvenkultursenteret stiftet som et selskap under stiftelse (SUS), og rett over nyttår i 2010 ble selskapet registrert som interkommunalt selskap. Selskapet eies av Troms fylkeskommune sammen med kommunene Lyngen, Storfjord, Kåfjord, Skjervøy, Nordreisa og Kvænangen.