Han kom til Norge første gangen i 1790, da han hadde fått oppgaven å lede oppmålingen av Norges kyster sør for Trondheim, som var påbegynt 5 år tidligere. I tiden frem til 1800 gjennomførte han oppmålingen av kysten fra Stad til Fredrikshald (Halden). Han var deretter stasjonert som ingeniøroffiser i Kristiansand, i 1807 ble han sjef for ingeniørdetasjementet på Kronborg ved Helsingør, og fra 1810 var han direktør for “den combinerede militære og økonomiske Opmaaling". Ved siden av dette hadde han en rekke andre verv: 1811-1817 kommandant på Kongsvinger festning og Blaker skanse, fra 1815 sjef for Ingeniørkorpset, i 1818 omgjort til Ingeniørbrigaden, 1821-1823 også sjef for Krigsskolen. Aubert steg i gradene i det militære systemet og endte som generalmajor i 1818.