Blant sjiamuslimene har det etterhvert oppstått ulike retninger. Flest tilhengere har den såkalte tolver-sekten, også kalt tolvskolen eller imamittene, som mener det var tolv imamer i rekkefølge fra Ali. Den tolvte av dem, Muhammed al-Mahdi, viste seg bare offentlig en eneste gang, og gikk seinere i skjul. Tolver-sekten venter på at han skal tre fram på ny som mahdi, «den som er rettledet av Gud». På 1500-tallet tok safavidene, som var tilhengere av tolver-sekten, makta i Persia (dagens Iran), og denne formen for islam har vært dominerende i landet siden. Etter en islamsk revolusjon i Iran i 1979 ble det opprettet en sjiamuslimsk republikk i landet under ledelse av ayatollah Khomeini.