Etterhvert som «Vasa» ble utrustet, ble det oppdaget, blant annet av kapteinene Matsson og Petter Gierdsson, at skipet altfor lett rullet i vannet, et tegn på at det kan være rankt. Matsson hadde ansvaret for å føre ballasten om bord, men det var ikke mye plass i skipet, som var «smalt i botten». Kun 120 tonn stein ble tatt inn. Det var viktig at kanonportene ikke skulle ligge for lavt mot vannlinjen, grensen var fire svenske fot (1,19 m), som på orlogsskipet «Kronan» fra 1616. Kanonportene på «Vasa» lå fire til fire og en halv fot (1,19–1,34 m) over vannlinjen.