Magdalena Neuner har deltatt i alle nasjonale mesterskap fra 2005 til 2011, og stilt til start i totalt 33 øvelser. 2009 vant hun den tyske mestertittelen i både fellesstart og stafett; 2010 i 15 km og mix-stafett; 2011 i sprint, jakt-, fellesstart og mix-stafett.