Fra etableringen var studiet femårig, med sikte på tjeneste knyttet til misjonsvirksomhet i utlandet. I 1864 gav Kirke- og undervisningsdepartementet tillatelse til at skolens kandidater kunne ordineres som misjonsprester. Fra 1955 samarbeidet Misjonsskolen med de teologiske fakultetene slik at studiet ledet frem til teologisk embetseksamen, avlagt etter fire år ved Misjonsskolen og to år på et teologisk fakultet. I 1979 fikk Misjonshøgskolen selv eksamensrett for teologisk embetseksamen (cand.theol.).