I 1994 skiftet Johnny Mølby til den belgiske klubben KV Mechelen, hvor han spilte 44 kamper, før han i 1996 kom til AaB. Han gjorde det godt mot sin gamle klubb fra Vejle, men det var vanskelig for Mølby å holde nivået, og til slutt ble han satt på sidelinjen i lengre perioder. Som en konsekvens av dette, forlot han klubben til fordel for AGF, hvor den tidligere landslagsspilleren avsluttet karrieren på toppnivå.