Fra 1947 til 1949 satt Clay som militær guvernør i den amerikanske sonen i etterkrigstidens Tyskland. Den 26. juni 1948, to dager etter at Sovjetunionen innførte en blokade over Berlin ga Clay ordre om å bygge luftbroen til Berlin. Clay ble husket som en helt for opprettholdelse av denne luftbroen. Han vurderte også å bryte Berlin-blokaden med panserkolonner. Clay fratrådte sin militære stilling kun få dager etter at den sovjetiske blokaden av Berlin ble opphevet. Han reiste tilbake til USA i 1949 og ble der mottatt som en helt på gatene i New York og av kongressen i «joint session». Clay pensjonerte seg fra hæren 52 år gammel og gjorde karriere som forretningsmann i industri og bank (Lehman Brothers). I 1952 oppfordret han Eisenhower til å søke nominasjon som republikanernes presidentkandidat.