Arten påvirkes av habitatendringer i kulturlandskapet som følge av endrede driftsformer i landbruket, utbygging av infrastruktur og nedbygging. Tett og høy vegetasjon med rask tilvekst, som for eksempel monokulturer av gress og korn, synes å være ugunstig for sanglerka. Gjenvoksing av åpne områder eller aktiv gjenplanting av tidligere åpen mark kan være andre trusler. Mange reir blir ødelagt av predasjon, landbruksmaskiner og beitende husdyr. Man kan heller ikke utelukke at noe av nedgangen skyldes forhold i overvintringsområdene.