Thompson kjempet under i første verdenskrig og ha blir regnet blant en av de beste australske rugbyspillerne gjennom det 20. århundre. Thompson vervet seg til First Australian Imperial Force i 1916 og han deltok under den første verdenskrig. Han forlot Sydney i 1917 da han var blitt mønstret på HMAS Ayrshire sammen med den 49. bataljon fra den australske delstaten Queensland. Han hadde utenlandstjeneste både i Belgia og Frankrike. I april 1918 under den tyske Våroffensiven ble han skutt gjennom brystet mens han var i Dernancourt i Somme-distriktet, men han overlevde selv om han var hardt skadet. Han ble fortalt at han ikke ville kunne spille noen form for idrett igjen og han hadde restene etter en kule-fragment igjen i kroppen hans for resten av livet. Han ble utskrevet fra militærsykehuset først etter stridighetene var over og den påfølgende militære demobiliseringen i januar 1919.