Som pensjonist fra 1925 viet Aagaard seg til et omfattende forfatterskap om hvalfangst og Antarktis' historie. Han agiterte også internasjonalt for Norges interesser i Sydishavet. Hans bibliografi over Antarktislitteratur fra 1950 omfatter 8000 innførsler. Aagaards boksamling, bygget opp for fangsthistorien, ble kjernen i Hvalfangstmuseets bibliotek. Hans to samlinger med gjendiktninger av persisk poesi må sees som et interessant sidespor i Aagaards energiske og allsidige virksomhet.