Å fange ville pokémon er en annen viktig del av spillet. Når man kjemper mot en vill pokémon kan man kaste en pokéball på den for å prøve å fange den. Om man klarer å fange den, vil den bli eid av spilleren. Suksessfaktorer når det gjelder å fange pokémon inkluderer blant annet HP-en til målpokémonen og typen pokéball som brukes; jo lavere målets HP er og jo sterkere pokéball, jo bedre er sjansen for å fange den. Det endelige målet i spillet er å fange alle pokémonene i pokédexen, et omfattende oppslagsverk over pokémon, ved å fange, utvikle og bytte til seg alle de 151 skapningene.