Desertasøyene blei kolonisert i det små allerede i 1419, samtidig med Madeira for øvrig. I ei beretning fra 1548 (Gaspar Frutuoso: ) berettes det om ei handfull beboere på Deserta Grande, som dyrker korn og holder kyr, sauer, geiter, duer, påfugl og perlehøns. Kaniner var på denne tida satt ut på Chão. Dette beskjedne jordbruket holdt seg til utpå 1800-tallet. Fra 1894 var øyene i privat engelsk eie, og under andre verdenskrig var det mindre militærbaser her. Disse blei seinere benytta av hvalfangere. I 1971 kjøpte den portugisiske staten øyene tilbake.