Det andre opprøret skjedde i 529. Under karismatisk, messiansk figur ved navn Julianus ben Sabar (eller ben Sahir) gikk samaritanene til krig for å opprette deres egen uavhengige stat. Med hjelp fra ghassanidene knuste keiser Justinian I den store opprøret; ti tusener av samaritanene ble drept eller fraktet vekk som slaver. Den samaritansk tro, som tidligere hadde hatt status som (tillatt religion), ble bort imot forbudt av det kristne Østromerriket. Fra en befolkning på minst hundrevis av tusener, sank det samaritansk til rundt ti tusener.