Den 185 cm høye og 75 kg tunge Brown begynte sin seriøse fotballkarriere som skolegutt da han spilte for flere lokale Manchester-lag på juniornivå. Han var tidligere elev ved FA School of Excellence. Brown viste talent og modenhet ved tidlig alder. Han signerte en profesjonell avtale med favorittklubben Manchester United den 4. november 1996, 17 år gammel.