Opprinnelsen til klan MacNeill fra Taynish, Gigha og Colonsay er uklar. De var arvelige voktere av festningen Castle Sween under herrene av Øyene i løpet av 1400- og 1500-tallet. MacNeill fra Gigha, var kjent som «sjefen og bestyrer for klanen og etternavnet til MacNeilene» i 1530. Etter hvert som makten til klan Campbell vokste og spredte seg til de indre Hebridene, avtok imidlertid innflytelsen fra MacNeillene fra Gigha. Omtrent på dette tidspunktet begynte MacNeilene på den mer avsidesliggende øya Barra, langt unna makten til Campbell-klanen, å bli fremtredende og har siden blitt sett på som «høvding av klanen og av navnet».