Over 110 000 mennesker ble deportert til leiren og om lag 85 000 døde der. De fleste av fangene var polske, men det var også andre nasjonaliteter og jødiske, og kasjubiske fanger. Blant annet satt medlemmer av Donald Tusks familie som fanger. Sommeren 1944 ble fanger fra evakuerte leirer i de baltiske landene overført til Stutthof. En del jødiske ungarere ble overført fra Auschwitz. Fra juni til oktober 1944 fraktet SS personer, hvorav 21 817 kvinner, fra Auschwitz til Stutthof. Fra de baltiske landene kom jøder i juli 1944. Da fanger fra oppstanden i Warszawa ankom i august 1944 var leiren overfylt. SS svarte med å sende jødiske barn og eldre til Auschwitz for å drepe dem der. De arbeidsføre ble sendt til underleirer på slavearbeid. De gjenværende i Stutthof var for en stor del syke eller ikke arbeidsdyktige. Da det i oktober 1944 ble klart at Auschwitz ville bli nedlagt som drapsanlegg satt leirkommandanten opp en egen avdeling som skulle avlive fangene. I tillegg til gasskammer ble fangene drept med nakkeskudd. I slutten av desember brøt det ut tyfus i leiren som så ble satt i karantene fra 8. til 21. januar. Til sammen første drapsprogrammet og epidemiene til flere tusen døde fra oktober til januar 1945. Sutthof hadde 210 underleirer for slavearbeidere i regi av SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamt.