Til tohundreårsfeiringen for reformasjonen i 1717 ble Stölzel kalt til Bayreuth for å skrive kirkemusikk. Fra 1. januar 1718 til 30. september 1719 var han kapellmester ved hoffet i Gera, en stilling forbundet med store forpliktelser – blant annet var han musikklærer ved gymnaset. Han giftet seg med Christiane Dorothea (1694–1750), datter av hoffdiakon ( Johann Knauer i 1719. Sammen fikk de ti barn. I 1719 utnevnte Fredrik II av Sachsen-Gotha-Altenburg ham til hoffkapellmester i Gotha, en post han hadde resten av livet. I Gotha fungerte Stölzel dessuten som musikklærer, skrev flere musikkteoretiske skrifter og var beskjeftiget som forfatter. Han komponerte i alle musikkformene som var vanlige på hans tid og førte hoffkapellet fram til en ny blomstring. Dessuten komponerte han verk for hoffene i Gera, Sondershausen og Zerbst. I 1739 ble han medlem av ( som blant annet også Telemann, Bach og Händel var medlemmer av. Selskapet ble grunnlagt i 1738 av Lorenz Christoph Mizler. Det holdt ikke møter på noe bestemt sted, men drev sin virksomhet slik navnet tilsier, per korrespondanse.