I løpet av 1800-tallet førte smittsomme sykdommer og epidemier av kopper og kolera fra europeere til at pawnee-stammen nesten ble utryddet. I 1860 var pawneebefolkningen redusert til bare 4000. Den sank ytterligere mellom 1857 og 1876, på grunn av sykdom, avlingssvikt, krigføring og regjeringens rasjoneringspolitikk, til færre enn 2000 mennesker, hvoretter pawneene ble tvunget til å flytte til Indianerterritoriet (), som senere ble Oklahoma. Ved 1900 var det bare rundt 600 igjen. På slutten av 1900-tallet hadde befolkningen økt til rundt 2400, hvorav de fleste bodde rundt hovedkvarteret til stammerådet i Pawnee i Oklahoma.