Slaget om Wertingen overbeviste Mack at det var bedre å operere nord for Donau, i stedet for å forsøke en direkte retrett mot øst på sørsiden av elven. Dette medførte at den østerrikske arméen måtte krysse Donau ved Günzburg. Den 8. oktober fikk Michel Neys styrke ordre av Napoléons stabssjef Louis-Alexandre Berthier om et direkte angrep på Ulm dagen etter. Ney sendte divisjonsgeneral Jean-Pierre Firmin Malhers 3. divisjon for å erobre broene over Donau ved Günzburg. I slaget om Günzburg kom en kolonne fra hans divisjon i kontakt med en østerriksk styrke fra Tirol og tok 200 av dem til fange, inkludert deres general Konstantin Ghilian Karl d'Aspré og to kanoner. Etter dette forsterket østerrikerne sine posisjoner rundt Günzburg med tre infanteribataljoner og 20 kanoner.