Stanley ble utdannet ved Det Kongelige Danske Kunstakademi under C.F. Harsdorff og Peter Meyn. Samtidig studerte vennen Bertel Thorvaldsen ved akademiet under faren Carl Frederik Stanley. De to studentene søkte reisestipend sammen i 1796, men bare Thorvaldsen fikk. Stanley tok derfor i mot tilbudet om en stilling som «stadsbyggmester», byarkitekt som man vil si i dag, i Christiania i Norge. Han kom til landet i 1797.