Aavik havnet etter hvert likevel tilbake i Kina, nå på Taiwan, der han virket med kortere avbrudd fra 1952 til 1970. Hans virke bestod blant annet i undervisning ved en bibelskole i Kaohsiung og ved Taiwan Lutheran Theological Seminary i Taipei og Taichung. Han ble også den første rektor ved China Lutheran Seminary i Hsinchu.