Flagget ble utforma av Sabino Arana i 1894, og er basert på det britiske flagget Union Jack. Den røde bunnen symboliserer det bizkayiske folket, det grønne korset representerer Gernikatreet, og det hvite korset symboliserer den katolske troen. På grunn av flagget, har rødt, grønt og hvitt blitt Baskerlands nasjonalfarger.