I 1948 påbegynte Guevara sine medisinstudier på Universitetet i Buenos Aires. Etter noen avbrudd fullførte han studiene i mars 1953, men han tok aldri den kliniske praksisen som krevdes for å kunne praktisere som lege. I 1951 foreslo vennen og biokjemikeren Alberto Granado (29 år) at han og Guevara (23 år) skulle virkeliggjøre reisen rundt i Sør-Amerika som de hadde snakket om i mange år. Guevara og Alberto startet reisen fra sin hjemby Alta Gracia på en gammel Norton 500 kubikk motorsykkel med tilnavnet («Den mektige» II) i 1951. Målet for reisen skulle være å tilbringe noen uker som frivillige medhjelpere på San Pablo lepra-sykehus ved Amazonas i Peru. Reisen gikk gjennom Argentina, Chile, Peru, Colombia og Venezuela. Che skrev om reisen i som ble oversatt til norsk i 1995, og som i 2004 var utgangspunkt for innspillingen av en film med samme navn.