Under Partia og senere under det persiske Sasanide-dynastiet, forble Babylon (som Assyria) en provins under Persia i ni århundrer, fram til 650 e.Kr. Det fortsatte å sin egen kultur og folk som snakket varianter av arameisk og som fortsatte å referere til deres hjemland som Babylonia. En del eksempler på deres kulturelle produkter og innflytelse er hevdet påvist i babylonske Talmud (), den gnostisk mandeanske religion, østrituelle kristendom, og de religiøse forestillingene til profeten Mani. Kristendommen kom tidlig til Mesopotamia på 100- og 200-tallet e.Kr. og Babylon ble bispesete for kirken i Øst fram til godt etter den arabiske og islamske erobringen.