I 1933 ble hans institutt konfiskert av nazistene, og Schneppenhorst ble fengslet i 1937. Etterpå ble han medlem av fagforeningens motstandsorganisasjon under Wilhelm Leuschner. Han ble arrestert igjen i 1939, og etter det mislykkede 20. juli-attentatet han ble atter arrestert og sendt til Oranienburg konsentrasjonsleir, og deretter overført til Lehrter Straße-fengselet i Berlin.