Ved hjelp av munker og prester fra spanske tiggerordener etablerte Legazpi en koloniregjering. Det var egentlig nå at Legazpi ble generalguvernør, men kronen valgte å sette dagen for hans ankomst til Filippinene som tiltredelsesdag. De første 250 årene var øyene strengt tatt en koloni under visekongedømmet Ny-Spania, altså ikke under Spania direkte.