De svære palassene i byen ble ødelagt etter at portugisiske kjøpmenn oppdaget at imperiet hadde handelsforbindelser til Kina og andre østlige regioner. Portugiseren Pero de Covilhao besøkte Sofala i 1489 etter han hadde fått rapporter om gullgruver i innlandet. Thome Lopez som fulgte Vasco da Gama til India i 1502 mente at Sofala var Bibelens Ofir. Fra denne tid begynte Sofala å forfalle. Portugal bygget fortet Fort San Caetano i Sofala i 1505. Til dette brukte man stein importert fra Europa. Steinen ble resirkulert i det 20. århundre da den ble brukt til å bygge katedralen i Beira. Nå er det bare få ruiner igjen etter fortet i Sofala. Da Beira ble anlagt på nordsiden av elven i 1890, mistet Sofala sin betydning. Etter hvert som avskoging av elvebredden økte, ble elva full av mudder og vanskelig å seile på.