Etter Edvard IVs død i 1483 overtalte Bourchier dronningen til å la hennes yngste sønn, Richard av York, bo sammen med den nye barnekongen, Edvard V, i Tower of London. Bourchier hadde sverget troskap til Edvard V før den gamle kongens død, men i juli 1483 kronet han likevel Richard til konge under navnet Richard III. Begge de unge prinsene ble myrdet, men det er ikke mistanke om at Bourchier var innblandet i dette. Han kronet deretter en tredje konge, Henrik VII, og viet ham også til Elisabeth av York i januar 1486.