Milla studerte ved Makerere University i Uganda der han mottok sin bachelorgrad i 1973. Senere studerte han i Addis Abeba, Etiopia. Han arbeidet aktivt for sørsudansk uavhengighet store deler av hans politiske karriere. Få måneder før Sør-Sudan fikk sin uavhengighet fra det øvrige Sudan ble Milla og hans livvakt skutt og drept, angivelig av hans private sjåfør. Bakgrunnen for drapet ble senere uttalt å være mer personlig enn politisk motivert.