Elmar Fischer gikk fra 1950 til 1955 til skole i Feldkirch, og så studerte til 1962 filosofi og katolsk teologi ved universitetet i Innsbruck. I 1969 ble han promoovert til doktor i teologi med avhandlingen «Über die Seelsorge im Generalvikariat Feldkirch von 1818 bis 1848».