Regjeringen måtte i begynnelsen forholde seg til et «alternativt sikkerhetspolitisk flertall» i Folketinget, som påla regjeringen å ta forbehold om viktige NATO-beslutninger, herunder dobbeltvedtaket. Dette ble kalt «fotnotepolitikken». Ved folketingsvalget i 1988 fikk Schlüter flertall for sin egen NATO-lojale politikk.