Leber ble stilt for den såkalte Volksgerichtshof 20. oktober 1944, og dødsdommen ble fullbyrdet 5. januar 1945 i Plötzenseefengselet i Berlin-Plötzensee. Leber ble utsatt for alvorlig mishandling både før og etter rettsmøtet i Volksgerichthof, men ga aldri noen tilståelse.