Etter i 1990 flyktet hun i desember 1991 med sin mann til Moskva via den chilenske ambassade for å unngå rettsforfølgelse. Mens Erich Honecker ble utlevert av den russiske regjeringssjef Boris Jeltsin til de tyske myndigheter til rettsforfølgelse, reiste Margot over til deres datter Sonja Yánez (født Honecker i 1951) i Santiago de Chile. Sonja bodde der med sin chilenske mann Leo Yánez og sønn Roberto Yánez.