Det ble reist krigsrett mot Slovik den 11. november 1944. Panelet på ni krigsrettmedlemmer fant ham skyldig og dømte ham til døden. Dommen kom som et sjokk på Slovik, som hadde ventet fengselsstraff og avskjed i unåde. Henrettelsen ved skyting ble gjennomført 31. januar 1945 klokken 10.04 i nærheten av landsbyen Sainte-Marie-aux-Mines. Han ble gravlagt på Oise-Aisne American Cemetery and Memorial, en krigskirkegård for straffedømte amerikanske soldater under annen verdenskrig.