RSV Mille R kjennetegnes ved den 1000 cm³ store 60° «V-Twin» Rotax-motoren, som gir høyt dreiemoment og motorkarakteristikk med kraft i et lavere turtallsområde enn på for eksempel en rekkefirer. I forhold til standardutgaven Aprilia RSV Mille har RSV Mille R en del ekstrautstyr: Diverse karbondeler, forbedrede støtdempere foran og bak fra Øhlins og helstøpte lettvektsfelger. Modellen ble solgt i et noe begrenset antall.