Den 20. august 1943 ble Magnus Nilsen arrestert i sitt hjem. Arrestasjonsgrunnene inkluderte hans bidrag til den illegale pressen, involvering i militær spionasje og organisering av innsamlinger til folk i dekning. Han ble overført fra Fengsel A til Grini fangeleir den 1. desember 1943, og fikk fangenummer 9014.