Men koalisjonen ønsket ikke å avsette Saddams regime, av frykt for regional destabilisering. USAs president George H.W. Bush (senior) oppfordret riktignok irakerne til å gjøre opprør, men da kurdere og sjiaer, oppmuntret av amerikanske radiosendinger, reiste seg mot undertrykkelsen, ble de slaktet ned av Saddams elitestyrker med støtte fra flyvåpenet, som de ikke hadde noe forsvar mot. USA gjorde intet for å hjelpe opprørerne. Senere ble det etablert flyforbudsoner over kurder- og sjiaområder, sonene ble patruljert av fly fra USA og Storbritannia. Saddams makt var derfor sterkt redusert i de sørlige og nordlige delene av landet, og da Saddam trakk sin administrasjon ut av store kurdiske områder i 1991 opprettet kurderne en egen administrasjon, som siden har utviklet seg til den autonome kurdiske regionen.