I 1968 besøkte han Hanoi og bidro til å få frigitt de første tre amerikanske krigsfangene. Sammen med Daniel Ellsberg og Noam Chomsky bidro han i 1971 til å offentliggjøre hemmeligstemplede dokumenter om de diplomatiske relasjonene mellom USA og Vietnam siden 1945. Zinn har siden vært en av de fremste amerikanske ekspertene på Vietnamkrigen. I tråd med dette har han også kritisert amerikanskledet krigføring i Jugoslavia, Afghanistan og Irak.