I 1998 gikk Pirés til den større klubben Olympique de Marseille. Overgangssummen var på omtrent 60 millioner kroner. I Pirès' første sesong i Syd-Frankrike ble det 34 seriekamper og seks mål, i sesongen Marseille knepent tapte seriemesterskapet med ett poengs margin til Bordeaux og dessuten tapte finalen i UEFA-cupen mot Parma.