Hertha var født i Portsea i Hampshire i England, med navnet Phoebe Sarah Marks, den 28. april 1854. Hun gikk på Girton College i Hampshire, der hun studerte matematikk. På den tiden ga Girton College bare ut sertifikater til kvinner, ikke grader. Hun fullførte en ekstern undersøkelse og mottok en B.Sc.-grad fra universitetet i London i 1881.