I 1793 ble han storskattemester, en stilling han sa fra seg allerede i 1794 for å lede et regiment han rustet ut for egen regning for å delta i Kosciuszko-oppstanden. Ogiński flyktet etter å ha tapt kampene, men vendte i 1802 med tillatelse av tsar Aleksander I. tilbake til sitt gods Zalesie ved Wilna i dagens Belarus.