I Kirkenes finner man også Barentssekretariatet. Barentssekretariatet ble etablert høsten 1993, et halvår etter signeringen av Kirkeneserklæringen som markerte starten for Barentssamarbeidet. Hovedoppgaven til Barentssekretariatet er å utvikle det norsk-russiske samarbeidet i nord. Hvert år er Barentssekretariatet tildelt en bevilgning fra Utenriksdepartementet for norsk-russiske samarbeidsprosjekter i norsk og russisk del av Barentsregionen. I november 2022 opplyste Barentssekretariatet at de ville legge ned sin virksomhet i Russland fra 1. februar 2023 på grunn av de utfordringene krigen i Ukraina skapte for arbeidet.