I 1832 kalte kong Leopold I ham til Belgia for å bygge opp det kongelige konservatoriet i Brussel etter forbilde av konservatoriet i Paris. Fétis ansatte i tidens løp mange kjente musikere ved konservatoriet, blant andre fiolinistene Charles-Auguste de Bériot, Henri Vieuxtemps og Hubert Léonard, organisten Jacques-Nicolas Lemmens, komponisten Adolphe Samuel, cellisten Adrien-François Servais og pianisten Marie Pleyel.