Kommunen oppstod gjennom kommunalreformen 2005–07 med virkning allerede fra 1. januar 2006, det vil si ett år før de øvrige kommunesammenslåingene i Danmark trådte i kraft. I overgangsperioden fra 1. januar 2006 til 31. desember 2006 lå kommunen i Fyns amt. Ærø kommune er en samling av de tidligere kommunene Marstal og Ærøskøbing.