Krogh var også nordnorsk politiker, og satt på Stortinget 1815–1816, der han arbeidet for det første brudd på Bergenskjøpmennenes monopol i Nordlandshandelen, da det ble gitt kjøpstadsrettigheter til Hundholmen (1816), som senere ble Bodø by. Han forfektet også et nordnorsk landvern. For sitt samfunnsengasjement, spesielt for fattigvesen og skolevesen, ble han tildelt den svenske Nordstjerneordenen (1815). Bonsak Krogh var også mottaker av Dannebrogordenen (1812). På Alstahaug kirkegård står støtten hans med inskripsjonen «..han efterlader sig verken Riigdom eller Uvenner». En byste av ham ble reist på gården Belsvåg i 1999, avduket av kongen og dronningen.