Elektronoverføring og høyere energi kollisjon dissosiasjon (EThcD) er en kombinasjon ETD og HCD der peptidforløperen først blir utsatt for en ion/ion-reaksjon med fluorantenanioner i en lineær ionefelle, som genererer c- og z-ioner. I det andre trinnet påføres HCD allionfragmentering på alle ETD-avledede ioner for å generere b- og y-ioner før den endelige analysen i orbitrap-analysatoren. Denne metoden benytter dobbelt fragmentering for å generere ion- og dermed datarike MS/MS-spektre for peptidsekvensering og PTM-lokalisering.