Under oppstanden i Sana i 2011 ble al-Alimi skadet sammen med president Ali Abdullah Saleh under et angrep på al-Nahdin-moskeen i presidentpalasset. Han fikk behandling i Saudi-Arabia og Tyskland før han kom tilbake til Sana i juni 2012. Han reiste til Saudi-Arabia igjen da houhiene overtok makten i Jemen i 2015.