Sofus giftet seg i 1881 med Maren Sofie Aars (1849–1940), sønnedatter av prest og hoffpredikant Jens Aars (1779–34) som også satt på Stortinget. Deres sønn Ivar Arctander (1885–1953) ble sosialøkonom, i likhet med datteren Signy Arctander som ble sjef i Statistisk Sentralbyrå.