Tyskland innlemmet sudettyske områdene etter Münchenavtalen. I mars 1939 tok Tyskland kontroll over resten av Böhmen og Mähren og opprettet av Riksprotektoratet Böhmen-Mähren. Samtidig ble Republikken Slovakia opprettet og en marionettregjering innsatt. En stripe langs grensen ble avstått til Ungarn som dessuten annekterte det østligste området ved Karpatene. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen.