Til slutt ble rollen som Ortiz de Domínguez og hennes mann spilte i det meksikanske opprøret, avdekket av spanjolene. De ble fengslet separat. Hun ble sendt til klosteret Santa Clara i Querétaro, og deretter til Mexico by, for å stilles for retten der. Til tross for hennes manns innsats som advokat for henne ble hun funnet skyldig og plassert i sølibat i klosteret Santa Teresa. På grunn av sin opprørske karakter ble hun snart overført til klostret Santa Catalina de Sena. Ortiz de Domínguez ble frigitt i 1817, under ed om at hun ville avstå fra å støtte det meksikanske opprøret videre.