Etter å ha kommet tilbake fra korsbåndskaden, deltok Harris med på trening med Tar Heels våren 2006. Men under en treningsleir med U21 Women's National Team juni 2006, røk hun korsbåndet igjen. Hun klarte å komme tilbake i tide til å delta i NCCA Women's Soccer Tournament i november, men startet hver kamp på benken, og senere ble hun byttet inn i hver kamp, en strategi laget av Dorrance. Hun spilte i alle de seks NCAA Tournament-kampene, inkludert VM-kampen mot Notre Dame, som endte med 2-1 seier for UNC. Harris ble kåret til 2007 ACC Akademiske Honor Roll på slutten av sitt andre år på college.