Flekkøy stod for NOU 1983:4: «Pedagogisk-psykologisk rådgivningstjeneste» (Oslo, Universitetsforlaget). I 1985 ble hun styremedlem i SOS-barnebyer Norge og var i 1987-89 hovedredaktør for «Barn og foreldre» i 6 bind. I 1991 skrev hun «'Det er så urettferdig, altså!' Da barna fikk sitt eget ombud» sammen med journalist Tor Fretheim (Oslo, Aschehoug). Hun deltok aktivt i Norsk Psykologforening, og i 1998 var hun med å opprette et menneskerettighetsutvalg i foreningen for å styrke forholdet mellom menneskerettigheter og psykologisk kunnskap og virksomhet.