Når et fonem har mer enn ett allofon kan allofonet som faktisk høres ved en gitt forekomst av et fonem være avhengig av de fonetiske omgivelsene (hvilke lyder omgir allofonet). Allofoner som normalt ikke kan forekomme i de samme omgivelsene sies å være i komplementær distribusjon. I andre tilfeller kan valget av allofon være avhengig av den enkelte brukeren av språket eller andre uforutsigbare faktorer. Slike allofoner sies å være i fri variasjon.