Vogt og mange andre av professorene og studentene var lite interessert i samarbeid med de nye myndigheter, men ønsket allikevel å holde virksomhet i gang. I 1941 kom en stor nazifiseringsbølge og Vogt ble utsatt for press fra statsråd Skancke om å fratre som rektor. Han søkte om tjenestefri, noe som ble innvilget i oktober 1941. Mange ved NTH var nå oppbrakt over at departementet hadde bestemt at søkere om opptak som hadde tjenestegjort i Regiment Nordland, Den Norske Legion og SS skulle få fortrinnsrett til studiene.