I 1997 erklærte øyene Anjouan og Mohéli sin selvstendighet fra Komorene. I 1999 tok den militære kommandanten oberst Azali Assoumani makten. Han forsøkte å løse krisen med Anjouan og Mohéli, ved å inngå (Fomboni-avtalene) i 2000/2001, som ga grunnlaget for en nasjonal forsoningsprosess. På slutten av 2001 ble den nye konstitusjonen godkjent, og et presidentvalg fant sted våren 2002. Hver av landets øyer valgte da sin egen president, og en ny unionspresident avla presidenteden den 26. mai 2002.