I 1860 ble Flathes første verk publisert, . Dette verket var beregnet på undervisning i saksiske skoler og inneholder oversettelser av saksiske originalkilder fra 900- til 1500-tallet. Senere skrev han en rekke historiske verk, hovedsakelig om Sachens historie, og etterhvert mest om nyere historie, som han foretrakk på grunn av det store kildetilfanget.