Keyser underviste, i to år fra høsten 1811, i fysikk og kjemi ved Københavns Universitet i anledning Hans Christian Ørsteds utenlandsopphold. I 1814 ble Keyser utnevnt til professor i de samme fag ved det nyopprettede universitet i Kristiania, en stilling han beholdt til sin død i 1847. Han ble fritatt fra å undervise i kjemi fra 1837. Fra 1817 til 1843 underviste han også ved Den militære høyskole.