Al-Rifa'i-moskeen ble bygget i to byggefaser i tidsrommet 1869-1912. Den opprinnelige oppdragsgiveren var Khushyar Hanim, mor til khediv Ismail Pasja, og hensikten var å utvide og erstatte et allerede eksisterende zawiya (gravminne) viet til den islamske helgenen , som levde i middelalderen. var et mål for lokale pilegrimer som mente graven hadde helbredende krefter. Khushayer så for seg at den nye bygningen skulle ha to bruksområder: for det ene skulle bygget huse relikvier knyttet til sufismen, og for det annet skulle moskeen benyttes som mausoleum for den kongelige familie. I løpet av den lange byggeperioden ble imidlertid såvel arkitekt som tegninger og planlagt bruksområde endret.