I juli 2005 gikk Team Ico inn i siste fase av utviklingen. Herfra og utover var målet å forbedre bildefrekvensen til spillet, optimalisere fysikkmotoren og renderingen av spillverdenen. I 2005 ble vist frem igjen under Tokyo Game Show, hvor demoen igjen tiltrokk seg et stort publikum. Ueda fortalte Eurogamer etter konvensjonen at Team Ico hadde sagt seg fornøyde med spillet og at det var så fikset som det var, og at de ikke hadde planer om å tilføye noe mer til spillet. Til tross for at de flere ganger ikke hadde møtt fristene de hadde fått satt og overskredet budsjettet, mente Kaido at implementeringen av spillets største sider var noe kollegaene hans var stolte av. Ifølge Ueda bestod teamet av cirka 40 stykker. Etter tre og et halvt år med utvikling, sto spillet ferdigstilt i september 2005.