Under de nye folkelige protestene i juni-juli 2013 mot styret til den nye president Mohammed Mursi, ga al-Sisi presidenten, som var upopulær i store deler av befolkningen, 2. juli en frist på 48 timer på å finne en løsning. Hvis ikke kom militæret til å gripe inn for å få fjernet ham. Mursi ignorerte dette, og 4. juli fikk Al-Sisi presidenten avsatt.