Konflikten gjennomgikk flere faser med voldelige sammenstøt og nær total krig, hvor militæret fikk stadig større makt over landet, for å føre landet tilbake til et slags demokrati igjen. I 1980-åra kontrollerte de militære, med viktig støtte fra etterretningstjenesten, alle sider av samfunnet, selv om de etter hvert holdt en lav profil. I tillegg til de politiske spenningene mellom høyre- og venstresida og politiske ustabile forhold som inkluderte statskupp hvor konservative militære presidenter og juntaer støttet av De forente stater gjennom CIA styrtet lovlig valgte regjeringer og innførte diktatoriske regimer, spilte urfolkene en viktig rolle i opphavet til konflikten. Indianerne, som hovedsakelig var mayaer, ble sosialt og økonomisk diskriminert før krigen, og mange av opprørerne var mayaer. Selv om indianerne utgjorde flertallet av befolkningen kontrollerte jordeiere av europeisk avstamming mesteparten av jorda. I 1992 fikk den indianske aktivisten Rigoberta Menchú Tum Nobels fredspris for å ha skildret (delvis feilaktig) forholdene hun levde i under borgerkrigen.