Meiwes fortalte i retten at han siden han var gutt hadde fantasert om å spise skolekamerater. En rettspsykiater konkluderte i 2003 med at Meiwes ikke var syk, men hadde en personlighetsforstyrrelse. Da saken på nytt ble tatt opp i retten hevdet Meiwes' psykolog at han fremdeles hadde fantasier og ønsket å slakte og spise unge mennesker. 9. mai 2006 ble Meiwes dømt til livsvarig fengsel av en domstol i Frankfurt am Main. Han ble i januar 2004 først dømt (av en lavere domstol i Kassel) til åtte års fengsel fordi offeret hadde samtykket til drapet. Forsvarsadvokatene argumenterte med at det var et barmhjertighetsdrap fordi offeret samtykket. Høyesterett beordret saken gjenopptatt fordi dommen var mild. Aktoratet vurderte etter den første dommen å få ham kjent utilregnelig slik at han kunne fengsles på ubestemt tid. Domstolen i Kassel konkluderte med at han til tross for det alvorlige personlighetsavviket var strafferettslig ansvarlig for sine handlinger. Dommen la til grunn at Meiwes handlet organisert, gjennomtenkt og planmessig før og etter forbrytelsen blant annet ved at han la avgjørende vekt på at offeret måtte samtykke til drapet. Psykiateren professor Georg Stolpmann vitnet om at Meiwes manglet empati.