I 2001 ble hun ansatt ved Folkehelseinstituttet (FHI). Fra 2002 som divisjonsdirektør ved divisjon for epidemiologi, senere assisterende direktør. I 2012 ble hun ansatt som direktør på åremål (fornyet 2018 med seks nye år). I tiden ved FHI har hun blant annet ledet prosjektet Dagens helsetall som hadde til hensikt å modernisere de sentrale helseregistrene ved Folkehelseinstituttet. Samarbeid med andre registeransvarlige institusjoner om en generell fornyelse av helseregistrene i Norge har også vært en viktig del av prosjektet. Hun har også ledet den nasjonale FUGE-plattformen Biobanker for helse.