Økende frykt for britisk intervensjon i Transvaal samt posisjonering av britiske styrker på grensen førte til at boerne angrep britene i 1899. Den andre boerkrigen varte i tre år. Ved utgangen av 1902 hadde Storbritannia 500 000 soldater som bekjempet en boerstyrke på ca 64 000 soldater. Boerkvinner og -barn satt i konsentrasjonsleirer og omtrent 26 000 døde av underernæring, dårlig hygiene og sykdom. Dette demoralisingsslaget, kombinert med britenes bruk av brent jord-strategi og en blokade håndhevet over hele Transvaal, tvang boernes militære ledere til overgivelse. Et beseiret Transvaal ble innlemmet i det britiske imperiet i 1902. Krigen hadde også enorm effekt på britisk politikk nasjonalt, i Europa og hele riket.