I 1976 startet opprøret blant elever og studenter i Soweto, som førte til at motsetningene mellom myndighetene og den svarte befolkningen ble stadig verre, og volden økte. Fra nå av støttet han også internasjonal økonomisk boikott av sitt eget land. Fra 1976 til 1978 var han biskop av Lesotho. I 1978 ble han generalsekretær for det sørafrikanske kirkerådet. I denne stillingen kunne Tutu fortsette arbeidet mot apartheid, med støtte fra nesten samtlige kirker. Afrikandernes kalvinistiske kirker meldte seg imidlertid ut av kirkerådet. Tutu utgav publikasjoner og reiste utenlands, og talte alltid om forsoning mellom begge sider.