På denne tiden ble den antikke romersk formel for skape hard gipsmørtel gjenoppdaget, antagelig av Giovanni selv. ved å benytte marmorstøv og flak fra travertinstein. I 1520, etter Rafaels død, fortsatte Giovanni å arbeide med prosjekter som den gamle mester hadde påbegynt noen år tidligere, og var bidragsyter i dekorasjonen av Villa Madama i Roma. Rafels arkitektur ble beriket med en overflate av klassisk utsmykking i liten skala, hovedsakelig dekorativ, og er beskrevet som «det eneste renessanseinteriør som helt og holdent reflekterer prakten til det keiserlige Roma». Han fortsatte arbeidet fram til plyndringen av Roma i 1527 og vendte da han til Firenze, hvor han arbeidet med stukkaturene i i Medici-kapellet, men dette arbeidet ble aldri fullført. På omtrent samme tid arbeidet med stukkaturdekorasjonen [[Palazzo Grimani di Santa Maria Formosa |Palazzo Grimani]], rundt 1540 og med de farget glassvinduene i Biblioteca Medicea Laurenziana.