Spilleren får rollen som en ung Quetch ved navn Twinsen, som sitter fengslet i et asyl på den festning-lignende Citadel Island på grunn av hans profetiske drømmer om verdens ende. Twinsen stikker av fra asylet, og vender til huset som han tidligere delte med kjæresten Zoe. Kloner fra Dr. FunFrock kommer for å arrestere ham igjen, men Zoe skjuler Twinsen, men blir arrestert selv. Twinsen må reise mellom øyene på planeten og håper å finne en metode for å overvinne FunFroks klon-hær og finne igjen Zoe.