Rafael døde på sin 37. bursdag i Roma (det sies at dette var kun uker før Leo hadde tenkt å gjøre ham til kardinal), og alle hans bekjente sørget. Hans kropp lå en stund i ett av rommene der han hadde demonstrert sin genialitet, og han ble æret med en offentlig begravelse. Han ble gravlagt i Pantheon, landets mest prestisjefylte gravsted. Utallige malere i nyere tider har nevnt Rafael som en inspirasjonskilde.