Den mest intense misjonsperioden var mellom 1650 og 1750. Misjonen var organisert av den dansk-norske staten og ble ledet av den norske presten Thomas von Westen. Han ble i 1714 engasjert som misjonær i den dansk-norske «Lapplandsmisjonen», som drev misjon blant samer. I 1716 bidro han til etableringen av (fra 1752 kalt ) ved Trondheim katedralskole, som utdannet lærere, prester og misjonærer for samene. Westen bidro med undervisning og litteratur på samisk og utviklet de første samiskspråklige lese- og lærebøker. Det ble opprettet en egen misjonsorganisasjon med 13 misjonsdistrikter for Nord-Norge og Nord-Trøndelag på siden av den etablerte kirkeorganisasjonen i Nidaros stift. Statene søkte å knytte samene til kirkelivet på sin egen side. Ved den endelige fastsettelsen av landegrensene ønsket man å vise til at samene sto under den ene statens kirkelige jurisdiksjon.