I 1978 hadde de innledende utgravningene fastslått at det var tale om et begrenset område med en intakt skipsstruktur med lengderetningen liggende nesten rett nord, med en helning på knapt 60 grader mot styrbord og med forstavnen noe lavere i havbunnen enn akterstavnen. Det var nå tilstrekkelig informasjon for å starte en total og moderne arkeologisk utgraving av skipet. For å gjøre dette måtte de beskyttende lag av leire og slam fjernes. Utgravningen måtte avsluttes innenfor en tidsramme på få år og skipsskroget berges for å bevare «Mary Rose» så snart det var blottstilt. For første gang støtte man på de praktiske vanskeligheter om å heve, konservere og forberede skroget for offentlig utstilling.