Dr. Melfi blir overbevist av sine kollegaer om at Tony ikke gjør noen fremgang og at han kanskje til og med utnytter terapien til sin egen psykopatiske fordel. Hun beslutter å droppe ham som pasient. Det begynner å brygge til ufred mellom New York og New Jersey når dumpingen av et parti asbest skaper uenighet mellom de to familiene. Forholdet forverres ytterligere når Tony i raseri sparker ut tennene på en av Leotardos menn etter at han hadde kommet med skjulte seksuelle trusler til Tonys datter, Meadow. En megling mellom Tony og Leotardo, etter initiativ av Carmine junior, fører ikke fram, og etter hvert eskalerer det til full krig mellom de to mafiabossene og deres respektive grupper. I krigen som følger, beordrer Leotardo at Bobby, Silvio og Tony skal drepes. Bobby er den første som blir drept når han gjennomhulles av to drapsmenn i en leketøysbutikk. Senere utsettes Silvio og Patsy for et drapsforsøk når de forlater Bada Bing. Silvio blir alvorlig skadd og havner i koma, mens Patsy slipper unna. Angrepet fører til at Tony og hans familie må gå i dekning. Leotardos støttespillere bestemmer seg imidlertid for å ignorerer ordren om å drepe Tony og gir ham derfor en mulighet til å slå tilbake mot Leotardo. Tony får i tillegg informasjon fra en FBI-agent om Leotardos skjulested, noe som avstedkommer et dødelig attentat mot ham på en bensinstasjon. Etter Leotardos død slutter de to familiene fred. Serien slutter med at Tony og familien spiser middag på en kro. Parallelt ser man en attentatmann forberede seg til å slå til mot Tony. Den siste episoden slutter uten at det er klart for seerne om Tony overlever eller dør.