I 1580 gjorde krigen mot Portugal at Alba igjen ble kalt til kongens tjeneste, da hans harde metoder kunne bidra til å knuse portugiserne. Alba slo António I av Portugal i slaget ved Alcântara, og greide å vinne Portugal til den spanske kronen. Under inntoget i Lisboa erobret han enorme skatter, og lot samtidig troppene sine plyndre byens forsteder og omgivelser.