I 1950 kom han tilbake til Færøyene som kallskapellan, senere sogneprest i det nordre prestegjeldet på Suðuroy. I 1973 ble han visebiskop og sogneprest på Suðurstreymoy med sete i Tórshavn domkirke. Dronning Margrethe II av Danmark var til stede under innsettelsen av Vilhelm. I 1978 ble kallet som visebiskop skilt fra prestegjerningen, men Vilhelm fortsatte å holde gudstjenester. Han avgikk med pensjon i 1990.