Etter innføringen av Sovjetstyring over territoriet i 1917, ble de jødiske forholdene betraktelig forverret. Gjennom 1920- og 1930-tallet måtte tusenvis av jøder flykte fra religiøs undertrykkelse, konfiskering av eiendom, arrestasjoner og undertrykkelse, og de flyktet dermed til Palestina. I Sentral-Asia prøvde miljøet å bevare sine tradisjoner mens de viste lojalitet til myndighetene. Andre verdenskrig og holocausten medbragte over en million jødiske flyktninger fra de europeiske regionene av Sovjetunionen og Øst-Europa via Usbekistan. I starten av 1970-tallet skjedde en av de største bukhariske jødeutvandringene i historien, da de usbekiske og tadsjikiske jødene emigrerte til Israel og USA på grunn av slappere innvandringspolitikk.