Thomas, Newt og Frypan oppdager at Minho, en annen "Gladers" som WCKD tidligere hadde fanget, som var på vei til "Last City" som var WCKD sin operasjonsbase. Gjengen forsøker å redde Minho, som blir utsatt for tortur av WCKD fordi de ønsker å utvikle en ordentlig vaksine mot Flare-viruset.