Da keiser Napoleon III sendte en gruppe av militære rådgivere til Japan for å modernisere shogun Tokugawa Yoshinobus hær, var Brunet med som artilleriinstruktør. De ankom Yokohama, og oppdraget, som kom i begynnelsen av 1867, engasjerte Brunet med å utdanne shogunens styrker i om lag ett år. Shogunen tapte boshinkrigen allerede i 1868.