I 1723 ble kirkene i Norge lagt ut for salg, og også Fana kirke havnet på private hender. Det var imidlertid to av bygdas bemidlede innbyggere som sammen fikk tilslaget på 169 riksdaler og 12 skilling, disse var Nils Olson Austevoll og Vinsens Nilsson Nedre Titlestad. Først i 1862 ble kirken kjøpt tilbake av sognet. Nesten 150 år i privat eie hadde medført betydelig forfall, og man bestemte seg derfor for en omfattende ombygging som ble avsluttet i 1871. I denne sammenheng ble svært mye av kirkens inventar fjernet og auksjonert bort. Det meste av dette er i dag regnet som tapt. Det tok ikke lang tid før man innså at denne ombyggingen var en tabbe, og i 1920-årene ble arkitekt Frederik Konow Lund rekvirert til å lede arbeidet med å tilbakeføre kirken til sin opprinnelige utforming slik den hadde hatt siden middelalderen. Ytterligere restaureringsarbeider ble gjort i forbindelse med kirkens 800-årsjubileum i 1953 hvor også kong Haakon deltok.