Den første stasjon i Frederikshavn ble åpnet i 1871 som endestasjon på Vendsysselbanen. Denne banestrekningen ble innviet 15. august 1871 og gikk i første omgang fra Nørresundby til Frederikshavn. Senere ble den utvidet til Aalborg stasjon via Jernbanebroen over Limfjorden, som ble åpnet for trafikk 8. januar 1879.