Fjorden har innløp mellom Godøystraumen i nord og Saltstraumen i sør, som går på hver sin side av Knaplundsøya. Tverrlandet ligger på nordsiden av innløpet, Der ligger grenda Naurstad og vågen Vågsbotn. På nordsiden går Valnesfjorden nordover til tettstsdet Straumsnes. Sør for Valnesfjorden, på sørsiden av Skjerstadfjorden, ligger bygda Skjerstad, og fra der går fjordarmen Misværfjorden sørover til Misvær.