Selv om HJK og FSK var nært tilknyttet hverandre så var de formelt separate enheter inntil 2006, da de ble slått sammen under navnet (FSK-HJK). Hærens jegerkommando (HJK) sluttet dermed å eksistere i sin daværende form, og navnet var ikke lenger i bruk. Noen år senere skiftet navn til bare å hete Forsvarets spesialkommando.