Den eldste historien til Fermanagh følger i hovedtrekk det samme mønsteret i andre regionale områder i Irland. I de senere epokene, bronsealderen og jernalderen, kom ny kunnskap til området. Bearbeiding av metaller og økt samhandling med verden utenfor førte til økt handel, og arkeologene har funnet bevis i form av levninger som våpen, verktøy og personlige eiendeler. I jernalderen ble keltiske folkeslag og kultur dominerende, med kvegoppdrett, stammestrukturer, episke fortellinger, dekorative kunstverk og det første skriftspråket, ogham, nedtegnet og innrisset på stående steiner. Et folk bosatt rundt Lough Erne, og senere kjent som Fir Manach, var opphavet til navnet Fermanagh. Mongán mac Fiachnai, en konge av Ulster som døde ca. 625, er en hovedperson i flere legender som involverte både irske stammer som irske guder, blant annet Manannán mac Lir. som dekker middelalderens Irland mellom 431 og fram til 1540, ble skrevet ned på øya Belle Isle nær Lisbellaw på innsjøen Lough Erne. Cathal Óg McMaghnusa (McManus) – som kompilerte , anerkjent som den viktigste enkeltkilden for Irlands tidlige historie, bodde mesteparten av livet Belle Isle. Fermanagh er rik på tidlige kristne relikvier, rundtårn og keltiske kors korsene ved klosteret på øya Devenish Island fortsetter den tidligere tradisjonen med utskårne hoder på Boa Island.