I 1907 ble han gift med Sofie Amalie Brandt Ødegaard, datter av oberst Vilhelm Ødegaard og barnebarn av trelasthandler og stortingsrepresentant Frederik J. Holst. De var foreldre til kunsthistorikeren, mag.art. Inger-Helvig Paus (f. 1909), gift med advokat Jens Christian Rogstad, kirurgen og stormesteren i Frimurerordenen Bernhard Paus (f. 1910), gift med Brita Collett, og advokat Vilhelm Paus (f. 1915), gift med Anne Collett. De har etterkommere med slektsnavn Paus, Rogstad, Falck, Wessel, von Pirquet o.a. Blant deres etterkommere er kirurg Albert Collett Paus, konsernsjef Nikolai Bent Paus og statssekretær Lucie Paus Falck.