I 2000 begynte han i Forsvarets spesialkommando/Hærens jegerkommando (FSK/HJK). Kristoffersen har tjenestegjort i Afghanistan i flere perioder, første gang i 2002 i Operasjon Anaconda. I 2003 og 2005 var han eskadronsjef, og i 2008 og 2009 tjenestegjorde han som operasjonsoffiser.