For Verschuer gjorde innblandingen i Kappkuppet og dets etterspill at han måtte forlate Marburg. Sammen med vennen Karl Diehl søkte han seg til Hamburgs universitet og deretter til Münchens universitet, der han avsluttet sine studier. Ved sistnevnte universitet ble Verschuer med i . I 1922 virket han ved Freiburgs universitet, der han ble kjent med sin senere mentor Eugen Fischer. Påfølgende år ble han promovert til medicine doktor ved Münchens universitet.