Sjøfly kan bare ta av og lande på forholdsvis rolig sjø, og har som andre problemer under ekstreme værforhold. Flybåter kan håndtere grovere sjø og er generelt mer stabile enn pongtongfly på vannet. I bølger kan fly med pongtonger tippe framover og gå rundt dersom bølgeforhold og rotasjonen i flyet er ugunstig.