Flere dager etter Massakren på Lod lufthavn den 30. mai 1972 ble et bilde av Kanafani sittende sammen med en av de japanske terroristene offentliggjort. 8. juli 1972 ble Kanafani drept av en bombe plantet i bilen hans i Beirut, hans sytten år gamle niese Lamees Najim ble også drept i dette angrepet. Kanafani ble 36 år gammel. Hans danske kone Anni, deres lille sønn og datter kom uskadd fra hendelsen.