Rico samler inn nok informasjon til å spore opp Sheldon, som avslører at han etterforsker en langt større konspirasjon. Rico og Sheldon oppdager at en etterretningsagent kalt Jade Tan har blitt arrestert i Panau, og holdes ved en militærbase for å bli utsatt for tortur og muligens henrettet i løpet av kort tid. Så Rico må forsøke å redde henne og ødelegge hele militærbasen. Spilleren må også spore opp og myrde utenlandske etterretningsagenter som har kontakt med de forskjellige kriminelle fraksjonene på øya.