Garnet of Gallop reiste siden til Roma og den 11. september 1575 ble de tatt imot i kirken Sant'Andrea della Valle. Han studerte under teologen Roberto Bellarmino og både Bellarmino og Christopher Clavius priste hans ferdigheter. Garnet ble presteviet ca år 1582 og forble i Roma som professor i hebraisk, men underviste også i metafysikk og matematikk. Han var også skriftefar i Peterskirken, men i mai 1584 ble hans akademiske karriere forkortet da fader Robert Persons bad Garnet om å returnere til England; denne beslutning kan ha vært ønsket av den høyt oppsatte jesuitten William Weston. Jesuittordenens generalsuperior, fader Claudio Aquaviva, så fader Garnet som sin etterfølger, og nektet å gå med på denne begjæring. Aquaviva anså at Garnet bedre passet inn i «det tyske og rolige liv» heller enn det liv som ventet ham i England; et land der jesuittene ikke var velkomne. Aquaviva fikk imidlertid gi tapt, og den 2. mai 1586 godkjente han beslutningen. Garnet begav seg avsted mot Calais den 8. mai samme år, sammen med jesuitten Robert Southwell. Tidlig i juli 1586 ankom de Folkestone i England.