I 2003 begynte saken mot Petersen og syv andre Tvind-ledere. I 2006 ble alle frikjent av byretten i Ringkøbing, unntatt Tvind-lederen Sten Byrner som ble dømt for to underslag. Anklagemyndigheten anket dommen til landsretten, men Petersen hadde allerede reist fra Danmark. Våren 2012, da han hadde levd i skjul i seks år, besluttet Vestre Landsret at anken mot ham må anses forkynt for ham, ettersom den stod i sommeren 2011. Dermed ble saken mot Tvind-lederskapet gjenopptatt, og i 2013 avgjorde Vestre Landsret at Mogens Amdi Petersen og fire andre Tvind-ledere skulle varetektsfengsles og få passene inndradd. Han kom seg likevel unna, og Mexico var i årevis et trygt tilholdssted for ham.