Han ble presteviet i Napoli mot slutten av 1798. I 1810 vendte han tilbake til Roma. Etter at franskmennene hadde inntatt Roma oppløste de nye herskerne kapusinerordenen. Ludovico Micara tiltrådte da som prest ved katedralen i Frascati, idet den egentlige tittelinnehaver var i eksil. Fordi han nektet å tillate et høytidelig for en napoleonsk seier, måtte han flykte. Flukten gikk først til Civitavecchia og så til Corneto. Men han ble funnet, arrestert og fengslet. Han klarte å rømme, og gikk i dekning i Santa Severa.