Thompson har undervist ved University of Dayton (teologiinstruktør, 1964-1965), University of Detroit (asisterende professor i Det gamle testamente, 1967-1969), École Biblique (gjesteprofessor, 1985-1986), Lawrence University (gjesteprofessor, 1988-1989) og Marquette University (amanuensis, 1989-1993), før han kom till København. Han var dessuten ansatt ved som forsker i årene 1969-1976.