Som i mange andre byer i det tidligere Sovjetunionen, ødela den revolusjonære regjeringen en rekke gamle kirker i byen, inkludert to fra det 17. århundre. Imidlertid klarte Tomsk å spare noen av sine kirker ved å gjøre dem om til maskinbutikker, lager, arkiver og til og med boliger. Etter kommunisttiden har noen av kirkene blitt renovert og returnert til sine menigheter. Eksempler på dette er den katolske kirken Den hellige rosenkrans, en luthersk kirke (ombygd), en stor synagoge som er blant de vakreste i Russland, samt to moskeer (hvor den ene finnes i Tartarkvartalet).