Han ble leder for sjøkartarkivet, en institusjon som utviklet seg til U. S. Naval Observatory og Hydrographic Office. Maury samlet inn opplysninger om vind og strøm fra loggbøker, og arbeidet hans innen meteorologi ble internasjonalt respektert. Han ga blant annet ut kart over vind og strømmer for Nord-Atlanteren, som gjorde at sjømenn kunne redusere reisetiden over havet.