I store deler av Europa, inkludert Norge, Storbritannia, Finland, Sverige og Danmark, er vannflaggermus bærer av en type rabiesvirus (European bat Lyssavirus, EBLV). Siden infeksjon med EBLV er dødelig for mennesker bør kontakt med vannflaggermus unngås. I nyere tid har det vært fire dødsfall i Europa på grunn av EBLV-smitte etter kontakt med vannflaggermus. Flaggermusrabies er ikke den samme typen rabies som er assosiert med rovdyr, men gir liknende symptomer. EBLV er likevel klassifisert som såkalt A-sykdom og ved funn av syke eller døde vannflaggermus er man derfor pliktig å varsle Mattilsynet. I oktober 2015 ble EBLV også påvist i en død flaggermus funnet i Valdres.