Fra celleprøver er det også mulig å ta HPV-tester for HPV-DNA eller HPV-RNA. HPV-DNA indikerer at det er HPV tilstede, mens HPV-RNA indikerer at det er en pågående infeksjon, siden RNA først er detekterbart når viruset formerer seg. Det er fortsatt uenighet om hvilken HPV-test som er best. De som argumenterer for DNA-tester mener at den er bedre fordi den er mer sensitiv. De som argumenterer for RNA-testen på den annen side mener at den har høyere spesifisitet og at man hindrer overdiagnostisering av ellers friske personer.