Fra Sovjetunionen reokkuperte Estland i 1940 til de igjen ble selvstendige i 1991 hadde sentralbanken i praksis ingen funksjon, siden landets penge- og kredittpolitikk var detaljstyrt fra sovjetisk side. Da bankkrisen i Sovjetunionen brøt ut i 1987, og grepet rundt sovjetrepublikkene, deriblant Den estiske sosialistiske sovjetrepublikk, avtok, nedsatte Eesti Pank en arbeidsgruppe som jobbet med å reetablere sentralbanken og en egen valuta.