Han fikk deretter et førersete i det europeiske Formel 3-mesterskapet for Van Amersfoort Racing. Allerede i sin første løpsweekend tok han en andreplass, og i sitt sjette Formel 3-løp, på Hockenheim, tok han sin første seier. På Spa-Francorchamps og Norisring vant Verstappen alle tre løpene to påfølgende helger, og sikret seg dermed seks seire på rad. På grunn av sine gode resultater i sin første sesong innen formelbilracing, spesielt de tre seirene på Norisring under skiftende værforhold, ble han i august innlemmet i Red Bull Junior Team. Han hadde også tilbud fra Mercedes, Ferrari og Lotus. Ved sesongslutt hadde Verstappen i alt ti løpsseire, etter å ha vunnet på Nürburgring, Imola og Hockenheim, og tok til slutt tredjeplassen i mesterskapet. Han avsluttet sesongen med å kjøre for Van Amersfoort Racing i Macaos Grand Prix, hvor han tok en syvendeplass. Tidligere i sesongen vant han Zandvoort Masters, hvor han kjørte for Motopark Academy.