Flybe startet operasjonene den 1. november 1979 som Jersey European Airways (JEA), etter å ha overtatt rutene til Intra Airways. Jersey European Airways var uttenkt av John Habin fra Jersey og største investor i JEA. Etter å ha solgt Aviation Beauport og andre forretningsinteresser, etablerte Habin noen få nøkkelruter mellom Jersey og Storbritannia. Jersey European Airways ble overtatt i 1963 av Jack Walkers Walker Steel Group som allerede var morselskapet til det Blackpool-baserte charterflyselskapet Spacegrand Aviation. De to flyselskapene ble drevet separat med delvis felles ledelse fram til de ble slått sammen i Walker Aviation Group i 1985, da under navnet Jersey European Airways.