I 1700 ble Stub fritatt for stillingen i overhoffretten på grunn av alderen. Handelsvirksomheten hadde gjort ham til en rik mann. I 1715 testamenterte han sitt jordegods til Peder Colbjørnsen, som var en sønn av hans halvsøster Cathrine Stub. Han levde de siste årene av sitt liv i Arendal, hvor han døde i 1721, og ble gravlagt i gravkjelleren i Immanuelskirken i Halden.