Etter ny avtale med Sovjetunionen krysset Pattons styrker 5. mai grensen til Tsjekkoslovakia og rykket frem til Budweis, Pilsen og Karlsbad. De tyske styrkene overga seg villig til de amerikanske som erobret Pilsen og stanset rett øst for byen. Imens hadde tsjekkiske partisaner støttet av folkelig oppstand tatt kontroll over sentrale deler av Praha og disse ble 6. mai angrepet av tyske styrker rundt byen. Russiske soldater i tysk uniform (Den russiske frigjøringsarméen (ROA)) skiftet side og støttet partisanene i Praha. De sovjetisk styrkene innledet sitt angrep en dag tidligere enn planlagt for å bistå partisanene, men ble holdt tilbake av tysk motstand.