I 1898 kom han på kant med myndighetene og ikke fortsette som fulltidsansatt ved universitetet i Moskva, men han fikk fortsette ved det botaniske laboratoriet. I 1917 fikk han igjen tilbake sin professortittel. Timirjazev var tilhenger av ideene til bolsjevikene som ledet frem til oktoberrevolusjonen.