Einsatzgruppen fikk sine ordrer fra SS’ øverste ledelse og ble ledet av folk fra Sicherheitsdienst og Gestapo. SS bemannet Einsatzgruppen med medlemmer fra Sicherheitsdienst, Gestapo, Waffen-SS, ordenspolitiet, fra politibataljoner og enheter innen den tyske hær. Einsatzgruppen rekrutterte også folk fra lokalbefolkningen når det trengtes.