Under avnazifiserings-initiativene etter krigen hadde imidlertid britiske og amerikanske myndigheter en «uenighet på høyt nivå» over Jochum, som var «et unntak» fra det vanlige mønsteret for britiske myndigheter etter amerikansk ledelse: etter «opprinnelig å ha renvasket» Jochum og valgt ham til dirigent for München-filharmonien i mai 1945, svartelistet de amerikanske myndighetene ham midlertidig på grunnlag av at han «hadde gjort det eksepsjonelt bra» under krigen og at brødrene hans hadde vært «fanatiske» nazister, men britiske myndigheter «fant ingen feil» ved Jochum og argumenterte for at han aldri hadde vært medlem av nazistpartiet, SS eller Sturmabteilung, var forblitt en «overbevist katolikk», og ikke hadde «kompromittert sin kunstneriske integritet.» Det var ikke før i 1948 at de amerikanske myndighetene bestemte at de ikke kunne finne noe bevis på at han var med i noen nazistiske organisasjoner.