Etterpå utstedte Bernadotte en ny dagsordre hvor han priset forsvarernes mot og patriotisme. Da Napoléon fikk høre om det, mistenkte han Bernadotte og Fouché for å konspirere mot seg, og han kalte Bernadotte til seg i Wien. Etter å ha brukt 9 dager på den 1350 km lange reisen var Bernadotte den 9. oktober 1809 igjen i Wien og hos Napoléon på Schönbrunn. En meget kjølig keiser utba seg forklaring, noe Bernadotte turnerte ved elskverdige og imøtekommende svar. Napoléon ønsket ham imidlertid vekk fra Paris og tilbød ham å bli generalguvernør i Roma. Bernadotte avviste ikke tilbudet, men ba om og fikk innvilget en tids sykepermisjon, som han ønsket å tilbringe ved et kursted. I åtte måneder etter tilbakekomsten fra Wien var han uten offisielle oppgaver og i halvveis unåde. Hans modus vivendi med Bonaparte fra 1804 hadde nådd sin grense.