Fortuna Hjørrings største bedrift er nok likevel finalen i Mesterligaen i fotball for kvinner i 2002/03-sesongen. På veien til finalen slo Fortuna Hjørring 2006/07-sesongens mesterligavinnere Arsenal LFC med komfortable 8-2 sammenlagt. I finalen ble imidlertid tapet stygt, sammenlagt tapte Fortuna Hjørring 7-1 mot Umeå IK.