Vurderingen av MDPIs tidsskrifter i Norsk vitenskapsindeks har variert en del. For eksempel ble tidsskriftet avvist da det først ble nominert og i stedet gitt nivå 0-status, men fikk nivå 1-status fra 2017 etter å ha blitt nominert på nytt. Per 2020 har 165 MDPI-tidsskrifter blitt gitt nivå 1-status, mens 7 har blitt gitt nivå 0-status (ikke vitenskapelig); ingen har nivå 2-status. Fosso og Nøland er kritiske til anerkjennelsen av MDPIs tidsskrifter på nivå 1 i Norge; de peker på at ingen av MDPIs tidsskrifter er anerkjent som vitenskapelige i den danske vitenskapsindeksen, mens i Finland er en tredjedel ikke kvalifisert for det laveste nivået, mens resten er plassert på laveste nivå. Det nasjonale publiseringsutvalget i Norge har uttalt at de kjenner seg igjen i Fossos og Nølands beskrivelse og kritikk av MDPI, og deler bekymringen over forlaget; ifølge utvalget er MDPI «i en gråsone» og følger bare «tilsynelatende de kriteriene vi har for å innlemme dem i finansieringssystemet for forskning i Norge». I 2021 kunngjorde publiseringsutvalget et nytt nivå for «tvilsomme» utgivere og tidsskrifter, og uttalte at det nye nivået er et direkte resultat av bekymringsmeldingene om MDPI. Blant de første tretten tidsskriftene som fikk status som «nivå X» i september 2021 var det fem MDPI-tidsskrifter: , , , og .