Den første kampen mellom birkebeinerne og baglerne stod kort tid etter, og her fikk baglerne seier. Sverre gav sønnen Sigurd Lavard skylden for tapet. Året etter, 1197, stod et nytt slag mellom de to fraksjonene, denne gangen utenfor Oslo, hvor birkebeinerne seiret. Det ble stort mannefall hos begge grupper, men mest blant baglerne. Høvdingene og stormennene på hver side kom seg imidlertid uskadd unna. Etter slaget flyktet baglerne til Trondheim og inntok borgen der, Sverresborg. Her røvet de alt godset de kunne finne, brente flere hus, og kastet en død birkebeiner i en brønn. Denne birkebeineren fant arkeologer under utgravninger i 2014. Baglerne angrep også birkebeinerne i Bergen flere ganger. Den siste kampen mellom kong Sverre og baglerne stod om Berget, eller Tunsberghus (nå Slottsfjellet) i Tønsberg. Sverre og birkebeinerne beleiret festningen, men mens Sverre oppholdt seg der i julen 1201, ble han syk. Han døde av sykdom i Bergen i mars 1202.