I 1788 tok Bille på ny fatt på sin sjømilitære karriere og hadde en rekke sjefskommandoer, året etter, som kaptein var han flaggkaptein under admiral Schindel på linjeskipet «Den præktige». I 1790 var han sjef under et tokt med fregattene «Kronborg» og «Havfruen» og var skipssjef på sistnevnte fartøy. Etter flere andre kommandoer var han skipssjef i 1795 på fregatten «Frederiksværn» med kadetter og ble vel ansett av de vordende sjøoffiserer.