Martin I abdiserte aldri, og enkelte mener derfor at Eugenius ikke var legitim pave før Martins død 16. september 655. Men ettersom han var satt ut av stand til å virke i sitt embete, regnes Eugenius i de offisielle pavelister som legitim fra sin konsekrasjon. Lite er kjent om hans pontifikat. forteller at han bestemte at alle prester skulle leve i kyskhet. Det er mulig at dette skjedde, men bestemmelsen ble ikke universelt akseptert i kirken før langt senere.