Den 5. juni brakte budbærere, forkledd som kvinner, nyheter til Cavendish at prins Rupert av Pfalz var på veg for frigjøre byen. Gjennom smidig manøvrering klarte Rubert å tvinge beleirerne til å trekke seg tilbake og avslutte beleiringen den 1. juli. Imidlertid dagen etter beseiret de parlamentariske styrkene Rubert og hans menn i slaget ved Marston Moor, nær ti km utenfor York, i det som var det største og blodigste slaget i løpet av denne krigen. Den 14. juli overga byen og festningen seg til de parlamentariske styrkene som tillot rojalistene å marsjere ut under fulle æresbevisninger. Rundhodene, eller parlamentets styrker, ødela deretter festningen.