Flensborgsamlingen samt Nydambåden kom etter krigen i 1864 til Tyskland. Etter første og annen verdenskrig ble samlingen med Nydambåden forgjeves søkt tilbakelevert til Danmark. I dag oppbevares den største delen av Flensborgsamlingen i det arkeologiske museet på Gottorp Slott i Slesvig by.