Spillverden består av ruter, hver med et bestemt terreng. Hver by ligger i en rute og militære og sivilie enhet kan flytte fra rute til rute. Hver by trenger mat, og befolkningen spiser den maten den trenger, mens et eventuelt overskudd lagres og bidrar til at byen vokser. I byene kan man bygge nye bygninger, og hvor fort det går kommer an på byens produksjon. Dersom befolkningen blir ulykkelige vil byens produksjon stoppe opp, og varer det lenge vil det bli opprør. I Civilization III vil befolkningen føle en tilhørighet til den nasjonen de ble født i, så befolkningen i okkuperte byer trenger tid for å bli assimilerte.