Under muslimsk styre måtte kristne betale ekstra skatter og fikk i liten grad tilgang til politisk makt, og ble utelatt fra militærtjeneste. Deres situasjon forbedret seg dramatisk under styret til Muhammad Ali tidlig på 1800-tallet. Han forbød , en skatt på ikke-muslimer, og tillot egyptiske koptere å tjenestegjøre i hæren. Den egyptiske pave eller patriark, Kyrillos IV av Alexandria, reformerte den koptiske kirke på midten av 1800-tallet og oppmuntret bredere deltagelse i det egyptiske samfunn. Ismail Pasja, sønnesønn av Muhammad Ali, hadde makten i 1863–1879 og fremmet kopterne ytterligere. Han lot dem bli dommere i egyptiske domstoler og ga dem politiske rettigheter og representasjon i regjeringen. Kopterne hadde også framgang i forretninger.