Den britiske naturforskeren Alfred Russel Wallace regnes som biogeografiens far. I sine arbeider med innsamling i Malayarkipelet oppdaget han at det eksisterer en ganske skarp skillelinje mellom øyer med innslag av australsk dyreliv i sørøst og asiatiske arter i nordvest. Denne linjen kalles i dag Wallacelinjen og regnes som en del av skillet mellom den australske og asiatiske biogeografiske sone. Forståelsen av biogeografi som fag var en viktig bidragsyter til utviklingen av evolusjonsteorien. På 1960-tallet lanserte Robert MacArthur og E.O. Wilson øybiogeografi. Denne måten å forstå dyrelivet som en serie mer eller mindre isolerte bestander i et «hav» av ubeboelig landskap la grunnlaget matematisk modellering av økologi.