Etter Filips erobring ble byen ikke umiddelbart underlagt det makedonske riket, og for en tid beholdt den sine institusjoner og en viss grad av selvstyre. Makedonias grense ble ikke flyttet lengre øst, men Filip sendte et antall makedonske guvernører til byen, og på mange måter ble byen likevel «makedonisert». Terminologi, kalender, og valuta (gullstater, opprettet av Filip for å utnytte gullreservene i Pangaionfjellene, erstattet drakmer fra Amfipolis) ble erstattet med tilsvarende makedonske. Under styret til Aleksander den store ble Amfipolis en viktig marinebase, og fødestedet for tre av de mest kjente makedonske admiraler: Nearkhos, Androsthenes, og Laomedon. Deres gravsted er mest sannsynlig markert med den berømte løvemonumentet i Amfipolis.