Mens 26 av 57 klassekamerater sluttet seg til sørstatene, valgte Hains å kjempe for nordstatene, under den amerikanske borgerkrigen. Han ble sendt til 2nd US Artillery som fenrik og ble forfremmet til løytnant den 24. juni 1861. Hains avfyrte det første skuddet under slaget ved Bull Run og kjempet blant annet i det første slaget ved Bull Run.