Alt i 1825 stemte kongressen for føderal beskyttelse for Santa Fe Trail, selv om mye av den lå i det meksikanske territoriet. I 1847 bygde den amerikanske hær militærstasjonen Fort Mann cirka midtveis på ruten. Fortet fungerte som et verksted for defekte vogner, og det var mulig at skifte ut avkreftede trekkdyr med friske. Ved behov kunne fortet bemannes med tropper. Den amerikanske hæren forsøkte å kontrollere konflikter mellom den lokale urbefolkningen og vogntog på Santa Fe Trail. Etter hvert som den militære tilstedeværelsen vokste, vokste frakt- og handelsoperasjoner. I 1858 bar mange av de 1800 vognene som kjørte Santa Fe-stien militære forsyninger.