Han studerte botanikk, landbruk og kjemi ved Universitetet i Wien, hvor han var en elev av Joseph Franz von Jacquin (1766–1839). Schott ble i 1815 hagebestyrer i Wien. Han deltok i Johann Baptist Emanuel Pohls østerrikske Brasil-ekspedisjon (Österreichische Brasilien-Expedition) fra 1817 til 1821. I 1828 ble Schott utnevnt til (hoffgartner) i Wien, var seinere leder for de keiserlige hagene ved Schönbrunn-palasset (1845). I 1852 ledet han arbeidet med å omgjøre palasshagene i stil med engelske hager. Han beriket også hagene i Wien med samlingene sine fra Brasil.