Forholdene ved universitetet i Praha avhang i stor grad av utfallet av striden med pavekirken. Kong Wenzel, som var på nippet til å tilrive seg all makt, men til dels ble hindret av pave Gregor XII, nektet å slutte seg til sistnevnte, og beordret sine geistlige til å utvise nøytralitet mot begge pavene. Kongen forventet også at universitetet skulle gjøre det samme. Erkebiskopen forble trofast mot Gregor, og ved universitetet var det bare den bøhmiske nasjon, med Hus som sin talsmann, som holdt seg nøytral. Forbitret over denne holdningen inngikk kong Wenzel, med støtte fra Hus og andre bøhmiske ledere, en forordning der det ble innvilget tre stemmer til den bøhmiske nasjon når det skulle tas bestemmelser ved universitetet. De utenlandske nasjonene, spesielt Tyskland, fikk én stemme. Som en konsekvens av dette forlot mange tyske doktorer, lærere og studenter universitetet, og dannet universitetet i Leipzig. På denne måten mistet Praha sin internasjonale rolle og ble et rent tsjekkisk universitet med rundt 1 000 studenter og Jan Hus som sin første rektor.