Helt siden reformasjonen har Sankt Birgittes kapell i hovedsak fungert som lagringsplass for kirkeinventar man ikke har benyttet. Kapellet inneholder også domkirkens eldste gravsten fra ca. 1250. Det ligger flere begravet i Sankt Birgittes kapell både i gulvet og i egne krypter. I en av kryptene ligger tre av barna til Christian IV og Kirsten Munk. To av disse barnekistene ble åpnet i 1980.