I 1806 publiserte Jomini sine tanker om den forestående krigen med Preussen. Dette, sammen med hans kunnskap om Fredrik den stores felttog, som Jomini hadde beskrevet i verket , ledet Napoléon til å knytte han til sitt hovedkvarter. Jomini var med Napoléon under slaget ved Jena-Auerstedt og slaget ved Eylau, hvor han gjorde seg fortjent til Æreslegionen.