Palestinske myndigheter hevder at sikkerhet ikke er grunnen til at Israel bygger barrieren. Nasser al-Kidwa, palestinernes FN-ambassadør, mener at grunnen er at Israel vil «sementere okkupasjonen og annektere store palestinske landområder». Selv om den offisielle israelske linjen er at barrieren er et midlertidig, preventivt tiltak, har enkelte israelske politikere antydet at barrierens trasé kan danne basis for en fremtidig permanent grense mellom en palestinsk stat og Israel.