Siden 1996 har Verdens matvareprogram blitt ledet av et styre sammensatt av representanter fra 36 nasjoner, utvalgt av de i alt 193 landene som er medlem av FN eller FNs organisasjon for ernæring og landbruk (FAO). Landene velges for en periode på tre år. Direktøren for Verdens matvareprogram utnevnes av FNs generalsekretær samt FAOs generaldirektør for en femårs periode, og fungerer som sjef for Verdens matvareprograms styre. David Beasley ble utnevnt til Verdens matvareprograms trettende direktør i begynnelsen av april 2017.