Hans neste arbeidsgiver ble Bolton Wanderers der han delte manageransvaret med Colin Todd. I januar 1996 lå klubben på sisteplass i Premier League, og McFarland fikk sparken. Deretter ble det fire år i Cambridge United der det sportslige høydepunktet var opprykk fra 3. divisjon i 1999. I juli 2001 ble han ansatt i Torquay United, men han ble bare sittende i sjefstolen i ni måneder.