Spilleren styrer protagonisten fra et fugleperspektiv og navigerer gjennom den fiktive regionen Kanto for å mestre Pokémon-kjemping. Målet i spillet er å bli mesteren av Pokémon League ved å slå åtte Gym-ledere og så de fire beste trenerne i regionen, kalt Elite Four. Et annet mål er å fullføre Pokédexen, et leksikon i spillet, ved å fange de 150 tilgjengelige pokémonene. og gjør nytte av Game Boys Game Link Cable, som kobler to spill sammen og lar spillere bytte pokémon med hverandre og kjempe mot hverandre. Spillene er uavhengige av hverandre, men har samme handling, og selv om de kan spilles hver for seg må spillere bytte pokémon mellom spillene for å kunne få tak i alle de første 150 pokémonene.