Abidal startet sin karriere i Monaco i 2000. Knappe to år senere ble han solgt til Lille, hvor han ble gjenforent med sin tidligere trener Claude Puel. Mot slutten av 2004 ble Abidal solgt til Lyon, Frankrikes mest suksessfulle klubb gjennom tidene. Det var her han skulle få sitt store gjennombrudd som spiller. Han viste eksepsjonelle ferdigheter defensivt, og avleverte utallige innlegg av høy klasse. Den 17. januar 2007 scoret han sitt første mål for Lyon. Det kom mot Le Mans.