Gotti og flere andre ble arrestert i 1990. Gotti ble stilt for retten i United States District Court i New York den 2. april 1992 for 13 drap, medvirking til drap, lånehai-virksomhet, smugling, ulovlig gambling og unngåelse av toll-lovene sammen med sin rådgiver Frank LoCascio. 23. juni samme år ble Gotti dømt til livstid. Det ble senere spekulert i at Gotti ville tilbringe resten av livet i det nye føderale, supersikre fengselet i Florence, Colorado. I stedet ble han sendt til et eldre fengsel i Illinois der han ble holdt innesperret 23 timer i døgnet.