Mishimas tidligste barndom var dominerte av tilstedeværelsen av hans bestemor, Natsuko, som tok med seg gutten og fjernet ham fra hans umiddelbare familie i flere år. Natsuko var barnebarn av Matsudaira Yoritaka, daimyō av Shishido i den gamle provinsen Hitachi, og hadde blitt oppfostret i husholdningen til prins Arisugawa Taruhito. Hun hadde beholdt en betydelig aristokratisk selvfølelse og pretensjoner, selv etter å ha giftet seg Mishimas bestefar, en byråkrat som hadde skaffet seg en formue i den nyåpne kolonigrensen i nord og som til sist ble generalguvernør av prefekturet Karafuto på øya Sakhalin (nå okkupert av Russland). Via sin bestemor nedstammet Mishima direkte fra Tokugawa Ieyasu (1543–1616), grunnlegger og den første shogun av Tokugawashogunatet. Natsuko hadde lett til å ty til vold og morbide raserianfall, som tidvis er antydet i Mishimas tekster.