Betydelige elver i regionen er Amu-Darja, Syr-Darja og Hari Rud. Av vannbassenger fins blant annet Aralsjøen og Bajkalsjøen, som begge er del av det enorme vestlige/sentralasiatiske bassenget som også omfatter Kaspihavet. Begge disse vannkildene har skrumpet inn de siste tiårene etter at en har ledet vann bort fra elvene for å bruke det som vanning i landbruket og i industrien. Vann er en ekstremt verdifull ressurs i det tørre Sentral-Asia. Det er forventet at vannmangel kan lede til betydelige internasjonale konflikter.