I forbindelse med glasnost ble Kagarlitskij er fremtredende venstre-kritiker av det sittende regimet. Han var en av lederne for Folkefronten i Moskva mellom 1988 og 1990, og var medlem av bystyret i Moskva i årene 1990–1993, først som representant for Russlands Sosialistiske Parti, fra 1992 for Det Russiske Arbeiderpartiet, som han var med på å stifte. I kjølvannet av Boris Jeltsins kupp i 1993, da parlamentet ble satt ut av funksjon, ble Kagarlitskij nok en gang arrestert for sine synspunkter, men en internasjonal kampanje førte til at han ble satt fri dagen etter. I årene har han jobbet som rådgiver overfor de uavhengige fagforeningene, og i 1998 ble han også hyret inn som rådgiver av arbeidskomiteen i parlamentet.