I 1864 gikk et flertall fakulteter og institusjoner sammen og grunnla universitetet etter et dekret fra Alexandru Ioan Cuza. I årene som fulgte ble flere nye fakulteter grunnet, blant annet Det teologiske fakultet (1884), Det geologiske instituttet (1906), Elektroteknikkinstituttet (1913), Det veterinærmedisinske fakultetet (1921), samt Farmasifakultetet (1923). I 1956 demonstrerte studenter fra universitetet til støtte for oppstanden i Ungarn og mot Romanias kommunistiske styre. Myndighetene svarte direkt med å arrestere eller utvise et antall studenter. Mange lærere mistet jobben og nye organisasjoner ble stiftet for å overvåke studentenes aktiviteter. Under den rumenske revolusjonen i 1989 fant store demonstrasjoner og møter sted i området omkring den gamle universitetsbygningen ved Universitetstorget.