Lem får hjelp av sin beste venn Skiff, en eksentrisk science fiction - elsker med konspirasjonsteorier om den såkalte «Base 9» (Planet 51s ekvivalent til Area 51), for å gjemme Chuck unna hæren. Under forsøket på å skjule Chuck, opprører Lem utilsiktet naboen og knuser Neera, som tror romvesenet er vennlig, og blir også sparket fra jobben sin når sjefen hans oppdager Chuck. På Lems rom gjenforenes Chuck med en hundelignende NASA-sonde kalt Rover, som frigjorde seg fra hærens base etter å ha sporet Chuck med en GPS og satte kursen mot byen og som blir venn med en liten, tamme Xenomorph. Etter at hæren søker i hjemmet til Lem etter spor etter romvesenet, flytter Lem og Skiff Chuck til en tegneseriebutikk Skiff jobber på, hvor nyhetsstasjonen klarer å fange Chuck som referanser til jordens popkultur, som feiltolkes som romvesenstrusler. Etter å ha rømt butikken fra den invaderende hæren, får Grawl Chucks romfartøy flyttet til et hemmelig sted. Chuck blir senere tatt til fange av Grawls styrker under en festlig filmpremiere i byen, og er planlagt å få hjernen hans fjernet av romvesenforskeren Professor Kipple. Når Lem forsvarer Chuck, anser Kipple ham som en zombie-minion. Chuck trakk seg tilbake til sin skjebne, og later som han løslater Lem fra "tankekontrollen" hans og blir ført bort med Rover til base 9.