Fylogenetikken (trinn 3) har avslørt de følgende slektskapsforholdene: ( ( skjellkrypdyr – broøgler ) – ( krokodiller – fugler ) ) – skilpadder Det vil si: Skjellkrypdyr og broøgler er hverandres nærmeste slektninger. Det samme gjelder for krokodiller og fugler. Skilpaddene er minst beslektet med de resterende gruppene.