Ladoga har tre store tilløpselver: Svir (med en middelvannføring på 790 m³/s), som kommer fra Onega i øst, Volkhov (580 m³/s) fra Ilmensjøen i sør, og Vuoksa (540 m³/s) fra den finske innsjøen Saimen i nordvest. I tillegg har den tilløp fra mange mindre elver, hvorav de største er Sias og Olonka. Rundt 85 % av innsjøens vanntilførsel kommer fra tilløpselvene, 13 % fra nedbør på innsjøen, og 2 % fra tilsig av grunnvann.