Etter å ha vunnet beltet fikk Lyoto Machida sin første motstander som tittelholder: Quinton Jackson. Jackson avslo tilbudet til fordel for UFC's reality serie The Ultimate Fighter. Machida forsvarte tittelen sin mot Mauricio Rua under UFC 104. Mange mente avgjørelsen var kontroversiel og at Rua fortjente en omkamp mot Machida. Machida og Rua møttes igjen under UFC 113, den 8. mai 2010. Machida gikk da på sitt første tap i sin MMA-karriere og mistet også tittelen sin til Rua. Rua vant på knock-out i første runde.