Etter andre verdenskrig ble den evangeliske kirke selvstendig fra den franske moderkirken og ble til Den evangeliske kirke på Ny-Caledonia. Kirken har også vært politisk aktiv. På 1950-tallet engasjerte yngre protestantiske prester seg for kanakenes selvbestemmelsesrett. I 1959 ledet dette til splittelse og Den frie evangeliske kirke i Ny-Caledonia ble grunnlagt.