Nisjetilpasning er også viktig for å forstå samevolusjon, der to eller flere arter utvikler seg sammen i tett avhengighetsforhold. Dette kan observeres i forhold som rovdyr-byttedyr-dynamikk eller i mutualistiske forhold som mellom pollinerende insekter og planter. I slike tilfeller kan seleksjonspresset variere mellom nisjene og bidra til kompleksiteten i økosystemet.