Waldemar Christofer Brøgger var sønn av boktrykkeren Anton Wilhelm Brøgger og i ekteskap (1878) med Antonie Wilhelmine Sofie Scheel Siewers (1854-1933) far til arkeologen og politikeren Anton Wilhelm Brøgger, farfar til forfatteren og forlagsmannen Waldemar Brøgger og oldefar til antropologiprofessoren og skribenten Jan Brøgger.