Hovednæringer i Båtsfjord er fiske og fiskeindustri. Båtsfjord er sammen med Hammerfest Norges største fiskevær når det gjelder ilandført kvantum. Kaia har 7000 skipsanløp årlig. Her finnes sju fiskeforedlingsbedrifter, blant annet filetfabrikker med fryserier, og rekefabrikker. Ingen andre steder produserer like mye lodderogn og konsumlodde som Båtsfjord. Også havbruk har blitt en viktig næring. Ellers er her flere mindre verksteder for fiskeflåten.