Også for gruvedrift på havbunn er man bekymret for miljøeffekten dette vil medføre. Her er et unikt økosystem med et spesielt dyrelivet ved de aktive varme kildene. Dyrelivet i områder hvor undervannsventilene ikke lenger er aktive er dårlig kjent og hvordan det påvirker fisk og annet liv i havet er usikkert. Havbunnen vil bli knust opp og hvor store utslipp av lagret karbon og CO2 som vil slippe ut er usikkert. Støy, vibrasjoner og lys fra utvinningen kan også påvirke livet og forurensing ved utslipp av kjemikalier, avfallsprodukter og partikler fra gruvedriften kan forurense havmiljøet, også langt unna selve inngrepene.