Cipollini kom for alvor i rampelyset i 1989, da han vant sin første etappeseier under Giro d'Italia. Siden den gang vant Cipollini hvert år (med unntak av 1993 og 1994) ytterligere etappeseire, inntil han i 2003 med sin 42. seier overtok den gamle rekorden til Alfredo Binda. I tillegg vant han tre ganger poengkonkurransen i Giro d'Italia.