I løpet av sin korte periode i dette embede engasjerte erkebiskop František Vaňák for fornyelse av det religiøse liv i erkebispedømmet. Hans omsorg favnet blant annet fremme av religiøse institusjoner og kirkelige utdanningsinstitusjoner. I 1991 lyktes han med å reetablere Olomoucs presteseminar og erkebiskopens grammatikkskole i Kremsier, som er gjennomsyret av en lang tradisjon.