Seldsjukkene var alliert med de persiske samanide-sjahene mot karakhanidene. Samanidene falt til karakhanidene i Transoxania (992–999) derimot, hvoretter ghaznavidene vokste frem. Seldsjukkene involverte seg i denne regionale maktkampen før de etablerte sin egen uavhengige base.