Universitetet ble opprettet i 1971 som et islamsk lærested. Initiativet til opprettelsen ble tatt av Sheikh Mohammad ‘Ali Al-Ja’bari, som var Hebrons borgermester. I 2003 hadde universitetet studenter; i 2011 lå tallet på rundt  studenter. Rundt fem år senere var det mer enn studenter ved universitetet i Hebron.