Byen ble antagelig innviet et par år etter beslutningen og deretter til å fungere som Egypts hovedstad under Akhenatons og hans ettertredere eller samregent Smenkhkares styre. Da Tutankhamon besteg tronen ble det bestemt at hovedstaden skulle flyttes herfra. Man flyttet trolig også de døde fra sine graver. Senere ble det benyttet byggemateriale fra Akhetaton til tempelbyggingen i nabobyen Hermopolis (El-Ashmunein). Akhetaton var helt ubebodd i rundt 15 år og plassen lå siden øde fram til romersk-bysantinsk tid da noen mindre bosetninger og et koptisk kloster ble oppført. I området finnes det i dag noe mindre jordbrukslandsbyer; Et-Till og El-Hagg Qandil. Det meste av området med ruinene er dekket av ørkensand.