Under sin andre guvernørperiode støttet han i det stille Acehs autonomibestrebelser, noe som etterhvert førte til at sentralregjeringen ble bekymret. Først gjorde han sitt standpunkt offentlig kjent i februar 1999, og så anbefalte han en føderalstatlig løsning for Aceh. Indonesias justisminister Muladi sa han ville gjøre hva han kunne for å blokkere for Syamsuddins forslag, som etterpå døde hen på grunn av manglende støtte fra sentralregjeringen. Men den 11. november 1999 undertegnet Syamsuddin og en rekke av hans underordnede en petisjon som krevde folkeavstemning i Aceh under FN-oppsyn, og et dokument der undertegnerne lovet å støtte kampen for Aches autonomi på nasjonalt og internasjonalt nivå. President Abdurrahman Wahid bekymret seg for at Syamsuddins autonomistandpunkt kunne føre til en nasjonal desintegrasjon, og avsatte ham fra hans guvernørembede ved et dekret av 7. juni 2000. Dekretet kom etter at Acehs parlament hadde bebudet mistillitsavstemning den 29. april ettersom det var misfornøyd med Syamsuddins langsomme tilnærming til Acehs problemer.