Gjellene blir til åndedrettsorgan. Gjellene hadde oppstått allerede tidligere, i forfedrene til alle deuterostomiene. Den originale funksjonen var der å lede ut vannet som havnet i tarmen under næringsopptak. Hos lansettfisker, virveldyrenes nærmeste slektninger, fungerer gjellene fortsatt på denne måten og er nærmest som en sil for små, organisme partikler. Samtidig tjener lansettfiskens gjeller for å ta opp oksygen til blodet, slik som hos fisker. Gjelletarmen i virveldyrenes stamfar har derved gjennomgått et funksjonsskifte og mistet sin betydning som næringsfilter. Antall gjelleåpninger har også sunket. mens lansettfisken kan ha opptil 50 gjellespalter, har virveldyr syv eller færre.