Habermas vokste opp i Gummersbach 50 km øst for Köln i 1930-tallets Nazi-Tyskland, og kom fra en besteborgerlig og strengt protestantisk familie. Bestefaren hadde vært leder for et presteseminar i Gummersbach og faren Ernst Habermas var direktør for handelskammeret i Köln. Faren var ifølge sønnen sympatisk innstilt til det nasjonalsosialistiske styret.