Han har dømt flere landskamper på U-17, U-19 og U-21-nivå, blant annet flere kamper under kvalifisering til aldersbestemte europamesterskap og flere sluttspill i europamesterskap for både U-17 og U-19. Aghayev debuterte internasjonalt som hoveddommer på øverste nivå den 4. juni 2013, da han dømte vennskapskampen mellom og (1–2).