Arkeologiske funn viser at Sado var bebodd allerede for 10 000 år siden. Øya var en av de uavhengige provinsene som utgjorde Japan i Naraperioden på 700-tallet, og Sado ble utpekt som et sted for eksil. Utover i middelalderen ble adelsfolk og intellektuelle som mistet gunst forvist til øya. På slutten av Heianperioden, på 1200-tallet, ble øya også kjent for gull- og sølvfunnene som ble gjort der. Dette førte senere til at øya ble satt under direkte administrasjon av Tokugawa-shōgunatet. Gruvedriften, som først ble avsluttet i 1989, trakk til seg mange andre næringsgreiner. For å sikre tømmer og kull til gruvene, ble skogene satt under offentlig administrasjon. Den gode skjøtselen var en av grunnene til at Sado inntil nylig var det siste habitatet for Japanibis i Japan.