Skaaren var stortingsrepresentant for Sør-Trøndelag fra 1961 til han frasa seg gjenvalg i 1969. Han satt begge periodene i Stortingets kommunalkomité og videreførte sitt engasjement for utkantene og kystbefolkningen, blant annet ved utbygging av elektrisitetsforsyningen. Han var skeptisk til 1960-årenes kommunesammenslåinger.