Økoregionen er først og fremst truet av at skogsområder gjøres om til landbruksområder. Områdene går over fra skog til landsbygd, hvor det drives jordbruk. Dette er spesielt tilfelle for områdene tilhørende Burundi og Rwanda, men også i DR Kongo ser man en befolkningsøkning. De delene av regionen som er best bevart er de som ligger i nasjonalparker, samt til en viss grad i skogsreservater.