Jakutsk er en av de kaldeste byene i verden, med gjennomsnittstemperatur i januar på -40,9° C. De laveste temperaturene som noensinne er målt utenfor Antarktis forekommer i nedslagsfeltet til elva Jana i nordøst. Imidlertid kan temperaturene i juli ofte gå over 30°C, noe som gjør at området også er blant de steder i verden med størst temperaturforskjell mellom årstidene.