Det var omgitt av guvernementet Tobolsk i vest og nordvest, guvernementet Jenisejsk i nordøst og øst, Mongolia i sørøst og Semipalatinsk i sørvest. Guvernementet var inndelt i syv distrikt: Barnaulsk, Bijsk, Zmeinogorsk, Kainsk, Kuznetsk, Mariinsk og Tomsk.