I 1991 ble X gjort tilgjengelig for Intel 80386 og Intel 80486 under navnet X386. Da besluttet seg for å selge nyere versjoner av X386 som proprietær programvare, oppstod XFree86 i 1992 som et fritt alternativ for denne populære mikroprosessorfamilien. Under mesteparten av 1990-årene og like etter århundreskiftet, var XFree86 kilden til de fleste innovasjoner innenfor X. Frem til februar 2004 ble det brukt av nesten samtlige distribusjoner av Linux, og i BSD-operativsystemene.