Han har utgitt en rekke album, både som leder og som en sidemann. I sitt album fra 1996 blander han jazz og tradisjonell Vietnamesisk musikk. Nguyên Lê har spilt med Randy Brecker, Vince Mendoza, Eric Vloeimans, Carla Bley, Michel Portal, Renaud Garcia-Fons, Per Mathisen, Marc Johnson, Peter Erskine, Trilok Gurtu, Paolo Fresu og Dhafer Youssef.