Selevkidernes styre var imidlertid ikke helt og holdent over. Etter at den romerske generalen Lucullus gikk på nederlag overfor både Mitridates og Tigranes i 69 f.Kr. ble et nytt selevkidekongerike opprettet under Antiokos XIII Asiatikos. Men dette riket var altfor lite og maktesløst til å forhindre nye borgerkriger da enda en selevkideutfordrer dukket opp i form av Filip II Filorhomaios. Etter at romerne hadde erobret Pontos, ble romerne i økende grad alarmert av den konstante uroen i Syria. Straks Mitridates var blitt beseiret av Pompeius, tok han på seg oppgaven å omforme hele det hellenistiske Østen ved å opprette nye klientkongedømmer og provinser som var underkastet Romerriket. Mens klientriker som Armenia og Judea fortsatt hadde en viss form for selvstyre under lokale konger, oppfattet Pompeius selevkidene som altfor plagsomme til at de burde få fortsette som før, og han fikk ryddet av vegen begge de rivaliserende selevkidefyrstene og gjorde Syria til en romersk provins.