Massedefekten som brukes i kjernefysikk er forskjellig fra dens bruk i massespektrometri. I kjernefysikk er massedefekten forskjellen i massen til en sammensatt partikkel og summen av massene til komponentdelene. I massespektrometri er massedefekten definert som forskjellen mellom den nøyaktige massen og nærmeste heltallsmasse.