Under den såkalte Spiegelaffæren ble redaksjonslokaler 26. oktober 1962 gjennomsøkt av politiet. Riksadvokaten mistenkte at en artikkel i magasinet 6. oktober 1962 bygget på forsvarshemmeligheter. Flere redaktører ble arrestert. Da Augstein meldte seg for politiet, ble han også arrestert og satt fengslet til februar 1963. Det ble senere slått fast av Tysklands høyesterett at ingen i redaksjonen hadde gjort noe ulovlig.