På begynnelsen av 1500-tallet var Søren Norby lensherre over klosteret, men byttet i 1518 dette mot Visby slott og len. Ved reformasjonen opphørte klosterinstitusjonene i de nordiske landene, og kongen gav familien Brahe bruksretten til klosteret, mot at nonnene ble forsørget. Etter lensmannen Axel Brahe overtok Knud Giedde, og i 1582 overtok fru Gørvel Fadersdatter, enke etter riksråd Lave Brahe. Hun rev klosterkirken ned, og bygget en ny kirke i sognet. Hun overlot flere av sine store jordeiendommer til Frederik II og Christian IV, og hun døde på Børringe i 1605. Godset ble siden lagt sammen med Malmøhus len og ble forlent først til Sivert Grubbe på Hofdal og Torup, og deretter til den mektige familien Thott på Eriksholm. Når Tage Ottesen Thott merket at det nærmet seg slutten på livet hans, skyndte han seg fra Eriksholm til Børringe for å dø på sin forlening. Det ble ansett for høfligere mot kongen enn om han hadde dødt på sitt eget gods.