Fra 1996 til 1997 var Peter Beňo kapellan i Púchov før han ble sogneadministrator for sognet i Nesluša. Fra 2002 til 2008 arbeidet Beňo som disiplinærprefekt ved i Nitra og som representant for kallspastoral omsorg i bispedømmet Nitra, samt som foreleser ved og ved det katolske teologiske fakultet i Nitra, en avdeling av ved Comeniusuniversitetet i Bratislava.