I Egypt kom han raskt i en ledende posisjon i hele den albanske hæravdelingen, som fungerte som leiesoldater for osmanerne. Fra denne posisjonen klarte Muhammad Ali å manøvrere seg frem til å bli enehersker over Egypt gjennom et avansert intrigespill, politisk kløkt og godt militært lederskap. Han fikk til allianser med kjøpmenn, religiøse ledere og stammehøvdinger som han siden vraket når han ikke hadde bruk for dem lenger. Muhammad Ali sto etter hvert frem som det klareste alternativet til kaoset som de mange ulike mamelukk-beyene representerte, og slik fikk han folket og det islamske lederskapets støtte til å be sultanen i Istanbul om tittelen visekonge i 1805. Den siste rest av innenlandsk opposisjon utryddet han da han inviterte 24 ledende mamelukk-beyer til middagsselskap i 1811 og massakrerte dem.