Menno vokste opp i Frisland i det nordlige Nederland og studerte filosofi og teologi i Utrecht. Sin første stilling som katolsk prest, fikk han i den frisiske byen Pingjum. Her begynte han å lese reformatoriske skrifter og drev intensivt bibelstudium. Han begynte etterhvert å nærme seg reformatoriske tankene om blant annet transsubstansiasjonslæren og dåpspørsmålet.