I 1537 var han blant de første som utførte en disseksjon av en menneskekropp. Som lege i Lyon leste han en folkelig bok om kjempen Gargantua og utviklet handlingen til en burlesk beretning om kjempens sønn Pantagruel (1532), og to år senere en ny del om Gargantua selv. Fin ironi lå ikke for Rabelais; hans komikk var voldsom og «upassende». Som skribent var og er han både elsket og hatet, men «». Burlesken rommet samfunnskritikk som vekket misnøye hos teologene ved Sorbonne, for Rabelais fordømte askese og sølibat som naturstridig, og religiøse dogmer som stengsler for den frie tanke. Han gikk ikke av veien for å parodiere religiøse tekster, og ble dermed fordømt av både katolikker og protestanter.