Custis giftet seg senere og fikk barn; han var adjutant for Washington under beleiringen av Yorktown i 1781, under den amerikanske uavhengighetskrigen. Han døde av «camp fever» (sannsynligvis tyfus). Etter hans død tok George Washington hånd om to av Johns fire barn; Eleanor (Nelly) Custis (31. mars 1779–15. juli 1852) og George Washington (Washy) Parke Custis (30. april 1781–10. oktober 1857). De ga også personlig og økonomisk støtte til nieser, nevøer og andre familiemedlemmer, både i Dandridge- og Washington-familiene.