Første og andre etasje inneholder Nasjonalgalleriet , med malerier fra det 13. til det 18. århundre, inklusive store arbeider av Simone Martini, Raphael, Titian, Caravaggio, Masaccio, Lorenzo Lotto, Giovanni Bellini, Giorgio Vasari, El Greco, Jacob Philipp Hackert og mange andre. Museet er kjent som det beste sted hvor en kan se napolitanske malerier ofte undervurdert ellers i verden, med store verker av Jusepe de Ribera, Luca Giordano, napolitaneren Caravaggisti og mange andre. Mye av grunnplanet rommer deler av den enorme samlingen av klassisk, mest romerske monumentale skulpturer. Skulpturene er fra samlingen til Farnese og er plassert både her og i Napolis nasjonale arkeologiske museum, og er, i det store og hele, intakte.