For å undersøke og lære mest mulig om Dark Hour, Shadows og Tartarus, ble "Specialized Extracurricular Execution Squad", også kalt SEES, opprettet. SEES består av en gruppe elever fra den videregående skolen som er i stand til å tilkalle vesener kjent som Personas for å slåss mot Shadows. Men SEES-medlem Mitsuru Kirijo blir etter hvert tvunget til å avsløre for resten av teamet opprinnelsen til Tartarus og Dark Hour: Kirijo Group ble faktisk grunnlagt av Mitsurus bestefar, for å samle Shadows i håp om å utnytte kreftene deres. Men 10 år tidligere gikk disse eksperimentene imidlertid galt, slik at Shadows klarte å rømme og de samplet seg til tolv større skapninger. SEES-leder Shuji Ikutsuki informerer dem om at hvis de klarer å beseire alle disse tolv større skyggene, kommer Tartarus og Dark Hour omsider til å forsvinne for alltid.