Israel har i en årrekke beskyldt UNRWA for å være politisk og organisatorisk infiltrert av Hamas som siden 2007 har kontrollert Gazastripen og som av en rekke land regnes som en terrororganisasjon. Påstandene har blitt støttet av organisasjonen UN-Watch, og EU har også verifisert opplysningene om at skolebøkene som benyttes ved UNRWAs skoler inneholder hatefulle beskrivelser av jøder. Den sveitsiske utenriksministeren Ignazio Cassis kritiserte i 2018 UNRWA for å forhindre løsninger på konflikten ved å opprettholde palestinernes flyktningestatus fra 1948 ved å overføre disse til nye generasjoner, og holde liv i en illusjon om å vende tilbake til områdene i Israel de forlot i 1948. I 2004 vedgikk daværende UNRWA-sjef Peter Hansen at det kunne være Hamas-medlemmer på deres lønningsliste, men mente dette ikke burde være et problem siden Hamas også drev humanitære prosjekter.