Rutherfordium har ingen kjente stabile isotoper. Hittil er 13 isotoper kjent, og de mest stabile er med halveringstid 1,3 timer, med halveringstid 10 minutter, og med halveringstid 65 sekunder. Alle de resterende isotopene har halveringstider kortere enn 5 sekunder, og de fleste kortere enn 1 sekund. Alle de kjente isotopene kan nedbrytes ved spontan kjernespalting (fisjon).