Mineralogi er nær beslektet med uorganisk kjemi, som danner basis for den dominerende Dana-klassifikasjonen fra 1837, som tilordner hver art et firesifret nummer. Strunz-klassifiseringen fra 1941 tar også hensyn til mineralenes strukturelle, kjemiske bindinger. Mineraler tilordnes, i stigende orden, som varianter, arter, serier og grupper. Varianter er ulike utseender av samme art, eksempelvis er ametyst en fiolett variant av kvarts. Arten er en sentral tilordning og kjennetegnes av kjemisk sammensetning og struktur (formel), eksempelvis defineres kvarts ved formelen SiO kombinert med en krystallstruktur som atskiller kvarts fra andre mineraler som deler den samme kjemiske formel. En serie er en mengde av ulike strukturer som dannes av de samme mineralene, eksempelvis er biotitt en serie av ulike blandinger av mineralene flogopitt, siderofyllitt, annitt og eastonitt. En gruppe er en mengde av ulike mineraler som har de samme kjemiske egenskapene og lik krystallinsk struktur, eksempelvis pyroksen-gruppen med formel XY(Si, Al)O.