Johanniterridderne fra Rhodos tok Halikarnassos i besittelse i 1402, og oppførte på begynnelsen av 1400-tallet på halvøya ved havnens østside en festning tilegnet den hellige Peter, , derav det nåværende navnet Bodrum. For å bygge festningen benyttet man Mausollos gravmonument som steinbrudd, og hvor marmorblokkene ble anvendt i festningsmuren, delvis brent til kalk. På begynnelsen av 1500-tallet falt byen inn under Det osmanske rike.