I 1943 ble han arrestert mens han var i tjeneste som soldat i Frankrike. Bevisene mot ham var ikke sterke, men i Volksgerichtshof var ikke beviser alltid avgjørende. En faktor som bidro til at han slapp unna med fem års fengsel, mens andre som hadde gjort tilsvarende fikk dødsstraff, var at rettspresidenten Roland Freisler ikke kunne tro at den blonde og blåøyde Müller av hele sitt hjerte kunne være motstander av nasjonalsosialismen. Han ble løslatt da naziregimet falt.