Et annen stridsspørsmål var privatisering av Statoil og SDØE. I en meningsmåling i april 2000 var 53 prosent av Ap-velgerne mot delprivatisering av Statoil og Telenor, mens 34 prosent var for. Regjeringen ønsket å delprivatisere Statoil raskt, men møtte motstand i partiet. På et sentralstyremøte i mai ble det derfor bestemt å utsette endelig vedtak til landsmøtet. Utover høsten vedtok Aps fylkeslag på Vestlandet fattet støtte til delprivatisering av Statoil og kommersialisering av SDØE. På landsmøtet i november ble det vedtatt en modifisert versjon av Stoltenbergs forslag. Stortinget vedtok deretter, i april 2001 å selge ⅓ av Statoil og 21,5 prosent av SDØE.