I miocen og pliocen hadde området som i dag er Orontes' nedslagsfelt avrenning til Eufrat. Tektoniske prosesser i forbindelse med dødehavsriften snudde fallet i tidlig pleistocen så dagens Orontes bestod av tre uavhengige elver med hvert sitt utløp i Middelhavet. Vulkanutbrudd i pleistocen adskilte Orontes fra kystelvene, og for 6000 år siden førte erosjon i elvedalene til at de tre elvene ble samlet til én. Fiskene i Orontes er nært beslektet med dem i Eufrat og Tigris, men noen nye arter er oppstått etter adskillelsen.