Som følge av at folkeavstemningene i Frankrike og Nederland i mai og juni 2005 gikk imot traktaten, valgte ministerrådet å utsette en eventuell ikrafttredelse til 2007–2008. Flere av de 18 landene som hadde ratifisert presset på for at befolkningen i Nederland og Frankrike skulle ta stilling til traktaten i ny folkeavstemmning. Forfatningskonventets leder Giscard d'Estaing foreslo at Frankrike skulle holde en ny folkeavstemning etter irsk modell. Tilhengerne av nye folkeavstemninger i Frankrike og Nederland argumenterte med at det ikke er demokratisk at et mindretall på to skal stoppe hele prosessen når mange flere har sagt ja. Giscard d'Estaing slo også fast at det ikke var franskmennene, men 56 % av dem som sa nei. Motstanderne av nye folkeavstemninger mente det ikke var politisk akseptabelt, og viste til at opinionens innstilling til traktaten ikke var blitt mer positiv i tiden etter avstemningene. I motsetning til ved tidligere traktater lot ikke forfatningstraktaten seg modifisere ved nasjonale særavtaler og unntak («dansk løsning»). Enkelte ledere tok til orde for å nedgradere den fra forfatningstraktat til en traktat med lavere rettsprofil.