Milhaud tok aktivt del i konspirasjonen frem mot 18 brumaire-kuppet, dagen for statskuppet hvor general Napoléon Bonaparte tok makten fra Direktoriet. Milhaud ble forfremmet til brigadegeneral i januar 1800, han ble beordret til arméen som skulle invadere Storbritannia og ble deretter kommandant over 8. divisjon i Vaucluse.