Mexico var blant Spanias rikeste kolonier, og bl.a. sølvgruvene i den sentrale delen av landet, f.eks. i Taxco og Guanajuato, ga grobunn for økonomisk vekst. Jordbruk og fedrift var viktig, spesielt i det fruktbare beltet Bajío, samt de store plantasjene for sukker og kaffe i Veracruz. Oaxaca ble en viktig by takket være handelen med cochinille, en rødfarge utvunnet av lus på kaktus. Store byer som Mexico by, Puebla, Guadalajara og andre var sentra for lærdom, kunst og handel. Kolonien Filippinene ble fra 1572 av kolonisert fra Mexico, og handelen Filippinene-Spania gikk via Mexico, over havnene Acapulco på stillehavssiden og så Veracruz på den karibiske siden. Allerede tidlig ble denne blomstrende handelen truet av engelske, nederlandske og franske pirater. Viktige havner som Veracruz og Campeche ble sterkt befestet etter flere ødeleggende piratangrep.