Hurtigruten har daglige anløp av Tromsø. Grunnlegger av Hurtigruten, Richard With, var fra Tromsø. Nord-Norgebussen går både sørover til Narvik og østover til Alta. Hurtigbåter sørger for rask forbindelse sjøveien både sørover og nordover. Totalt tre hurtigbåtruter går fra Tromsø: en sørover til Harstad med anløp på Finnsnes, en annen sørover til Lysnes på Senja med anløp på Vikran og Tennskjer, og en nordover til Skjervøy. Fra Breivikeidet går det bilferge til Svensby i Lyngen kommune. I tillegg er det i sommerhalvåret bilferge fra Brensholmen på Kvaløya til Botnhamn i Lenvik på Senja. Innad i kommunen går det ferge fra Bellvika på Kvaløya til Vengsøya. Tromsøs del av Rebbenesøya nås via fergeforbindelsen Mikkelvik–Bromnes i Karlsøy kommune.