Etter mytene nedstammet jonerne fra helten Jon, Xuthos sønn, sønn av Hellen (den mytiske stamfar til alle grekere, og hadde sønnene Aeolus og Dorus). Grekerne på de Egeiske øyene var imidlertid nesten utelukkende jonere – med unntak av aeolerne på øya Lesbos (Mitilini) og dorerne på Rodos og øyene imellom Det doriske hexapolis. De nordlige kystene i Egeerhavet, i Trakia, var også hjemsted for greske kolonister av jonisk avstamming. Den franske byen Marseille ble grunnlagt av jonere fra Fokea i Jonia.