Jørgensen gikk til tyske Bayer Leverkusen, hvor han i sesongforberedelsene scoret fire mål i løpet av sine første 45 minutter på banen, og han signerte kort tid etter en femårskontrakt med klubben. Jørgensen spilte første kamp i Bundesligaen da laget møtte Borussia Mönchengladbach søndag 29. august 2010.