Den eldste og klassiske konfutsianisme var klart teistisk og de senere former tok ikke avstand fra det, selv om bruken av begrepet «himmel» allerede på Han-dynastiets tid i praksis hadde fått en mer rasjonalistisk tendens som sto fjernere fra det religiøse. Allerede Xun Zi (kinesisk: 荀子, pinyin: , Wade-Giles: ; 310–237 fvt.), som vel bare representerer en skoleretning innen den tidligste konfutsianismen, utviklet et fullstendig rasjonalistisk syn på universet der tankegangen er i det vesentlige naturalistisk. Etter hans død utviklet hans disipler av dette synet, som også var koblet til en overbevisning om menneskets iboende ondskap (i motsetning til den øvrige og egentlige klassiske konfutsianisme), et drakonisk system som forankret samfunnsets harmoni i herskerens resolutte maktbruk og strikte lovgivning. Dette ble kjent som legalismen, som skulle gå under da det dynastiet som forsøkte å styre etter det raskt brøt sammen. Konfutse formulerte den gylne regel «Det du selv ikke ønsker, gjør ikke det mot andre», som er en viktig bestanddel i en human etikk, og som deles av de fleste verdensreligionene.