Han ble værende i teamet i 2006 og kom da på tredjeplass sammenlagt med fem løpsseire. Han vant de to første løpene i sesongen på Oulton Park i regnvær, vant det første løpet på Donington Park, og vant også det andre løpet i Mugello i Italia, igjen i regnvær. Senna hadde en voldsom krasj under det første løpet på Snetterton. På runde 2 støtte han og Hitech Racings Salvador Durán i hverandre hjul mot hjul på Revett Straight i nesten . Sennas bil tok av like før brua og kan muligens ha kommet borti den mens den slo kollbøtter gjennom lufta. Bilen landet voldsomt og raste avgårde et godt stykke nedover langs sikkerhetsbarrieren. Senna kunne utrolig nok selv gå bort fra stedet, men bilen hans var så skadet at den ikke lot seg reparere i tide til det andre løpet for dagen.