Etter hvert som komplekse sivilisasjoner oppsto, det samme gjorde komplekse religionsystemer. Livløse enheter som Solen, Månen, Jorden, himmelen og havet ble ofte guddommeliggjort. Helligdommer ble utviklet og som utviklet seg til tempeletableringer. Mange av disse fikk et kompleks hierarki av prester og prestinner og andre funksjonærer. Typisk for den neolittiske tid var tendensen til å dyrke antropomorfiske (menneskelignende) guddommer. En del av de tidligste bevarte religiøse skrifter er Pyramidetekstene, skapt av oldtidens egyptere og hvor de eldste er datert til mellom 2400 og 2300 f.Kr. En del arkeologer har antydet, basert på pågående utgravninger av et tempelkompleks ved Göbekli Tepe i det området som i dag er sørlige Tyrkia, datert til rundt 11 500 år siden, at organisert religion gikk forut jordbruksrevolusjonen framfor å følge i dens kjølvann som man tidligere hadde antatt.