Kommunikasjon mellom fosteret og moren spiller også en viktig rolle i den epigenetiske reguleringen av fosterutviklingen. Fosteret kan sende signaler gjennom hormoner og vekstfaktorer, som påvirker hvordan morens kropp fordeler næringsstoffer og ressurser. Samtidig kan morens kropp tilpasse ressursforsyningen basert på fostrets utviklingsbehov og miljøforhold. Denne dynamiske kommunikasjonen kan påvirke hvordan epigenetiske mønstre, som DNA-metylering og histonmodifikasjoner, etableres i fosterets celler. Hvis fosteret opplever en knapphet på ressurser, kan dette føre til epigenetiske tilpasninger som påvirker dets fysiologi og helse senere i livet. Slike mekanismer kan være en del av fosterprogrammering og kan også bidra til transgenerasjonelle effekter.