Selskapet har siden 1994 hatt kontorer i Framsenteret i Tromsø. Selskapet har også kontorer i Alta, Bodø, Trondheim, Bergen, Ski, Oslo og Reykjavik. Akvaplan-niva er et datterselskap av NIVA. Selskapet er organisert i tre avdelinger (akvakultur, miljø og laboratorier/infrastruktur). Akvaplan-niva har i 2021 130 ansatte forskere og rådgivere. Omsetningen i 2019 var på 190 millioner NOK. Salve Dahle var direktør i perioden 2001–2019. Merete Nygaard Kristiansen tok over som direktør i 2020.