Amtsskolene ble vedtatt opprettet uten stor debatt om saken i seg selv. Når det gjaldt hvem som skulle styre skolen, var det større uenighet. Departementet foreslo at stiftsdireksjonen skulle ha styringen, på lik linje som med folkeskolen. Opposisjonen i Kirkekomiteen ønsket derimot at amtsformannskapet skulle gis større myndighet. De mente stiftsdireksjonen ikke burde ha noe med amtsskolene å gjøre ”da dette ikke er Kirke- eller Religionsskoler, men alene Statsskoler”. De ønsket å gi folkestyret, gjennom amtskommunen, større innflytelse enn embetsmannsstyret, og striden gjenspeilet slik sett viktige skillelinjer i tida.