Atomvåpengendarmeriet rapporterer til generaldirektøren for gendarmeriet samt til forsvarsministeren når det gjelder oppdraget. På basene til de militære enheter som er utstyrt med atomvåpen gir atomvåpengendarmeriet regjeringskontroll, det vil si konstant overvåking av kjernefysisk materiale, permanent kunnskap om dets beliggenhet, dets emballasje, dets spesifisitet, etc. Det består av organiske enheter (50 gendarmer) og deltakelsesenheter (250 gendarmer).