Katholikon er klosteret fremste bygning, dedikert til jomfru Maria. Det er sammensatt av hovedkirken, esonarthex og exonarthex , og omgitt av tromper (nisjeaktige hvelvinger). Hovedkirken har en åttekantet form, den såkalte insulære type, funnet på Khíos og Kypros. Selv alle seksjoner er datert til 1000-tallet, fikk kirken betydelige skader i 1822 og 1881 med det resultat at i dens nåværende restaurerte form adskiller den seg fra den opprinnelige. Klokketårnet ble bygget på nytt i 1900 og erstattet den ødelagte fra 1512. Opprinnelig ble levningene av de tre grunnleggerne oppbevart i exonarthex, men det meste av disse ble ødelagt under herjingene i 1822.