Flere proteinkjeder som går sammen for å danne et funksjonelt proteinkompleks. I noen tilfeller har proteinene funksjon som enkle enheter, mens i andre tilfeller må alle sub-enhetene (proteinkjedene) være koblet sammen på riktig måte for at komplekset skal ha korrekt funksjon. Her beskrives det tredimensjonale forholdet mellom alle atomene og måten de er bundet sammen på. I tillegg beskrives rollen til de ulike subenhetene dersom de har ulik funksjon. Hemoglobin er et eksempel på et proteinkompleks.