En overraskende overgang til sommeren 1990, forklarte Sauzée med at han trengte en ny utfordring. Franske fotballkommentatorer hevdet imidlertid at overgangen kom som et resultat av uenigheter om lønn. Under ledelse av Arsène Wenger, vant han med Monaco i 1990/91-sesongen Coupe de France for andre gang i sin karriere og endte på andreplass i Division 1. Gjennom sesongen slet Sauzée med en skade i foten som hindret ham fra toppformen. I hans fravær vant Marseille seriemesterskapet og deltok i serievinnercupen, men tapte på straffespark for Røde stjerne Beograd. Til tross for å ha bidratt til at Monaco beseiret Marseille i cupfinalen, ønsket Sauzée seg tilbake til Marseille.