Mange av de vitenskapelige navnene han gav ulike arter, er i bruk den dag i dag. Selv om mange artsnavn har blitt erstattet gjennom tidene, har man beholdt Linnés å navngi arter på, nemlig todelte navn som består av og (se nomenklatur). Også kategoriene Linné innførte i boken, har blitt brukt siden, selv om deres betydning og plass i systematikken har blitt diskutert mye i løpet av 1900-tallet (se systematikk).