Klubben tilbragte sine første ti år i lokale og regionale divisjoner, da det ikke var noen offisielle nasjonale ligaer i Sverige på den tiden. De konkurrerte også i regionale turneringer i Skåne, og spilte kamper mot danske klubber. I 1916 nådde Malmö FF finalen i distriktsmesterskapet for første gang, hvor de tapte 3-4 mot rivalen Helsingborgs IF. Klubben slo den lokale rivalen IFK Malmö tre ganger i løpet av sesongen, noe som gav dem den uoffisielle, men høyt ettertraktede tittelen Malmös beste fotballklubb. I 1917 deltok Malmö FF i Svenska Mästerskapet for første gang, en turnering i cup-form, hvor vinneren ble utnevnt til svensk mester. Malmö FF tapte imidlertid andre kvalifiseringsrunde 1-4 mot IFK Malmö. Klubben fortsatte å spille i cupen fram til 1922, og nådde kvartfinalen i 1920, da de ble slått ut av Landskrona BoIS. Cupen opphørte etterhvert, og tittelen svensk mester ble senere tildelt vinnerne av Allsvenskan, som først ble spilt fra sesongen 1924/25.