ECC fungerer som en sentral administrasjon og et åndelig forum for de mange protestantiske kirkene i landet. Den ledes av en nasjonal synode og et landsstyre. Et nasjonalt sekretariat gjør det praktiske arbeidet. Selv om ECC sies å være en del av «den ene, hellige, verdensomspennende og apostoliske kirke», er den også tydelig på å ta vare på ulikhetenes enhet, som den ser på som det eneste felles system i Bibelen, urkirken og afrikanske tradisjoner.