Da andre verdenskrig brøt ut i Europa i slutten av 1939, sluttet Pangborn seg til Royal Air Force (RAF) og hjalp til med å organisere RAF Ferry Command. Han rekrutterte piloter over hele USA og Canada for Ferge-kommandoen og Eagle Skvadron. Fra 1941 til slutten på krigen i 1945 tjenstgjorde Pangborn som Seniorkaptein, Royal Air Force Ferge-Kommandoen. I løpet av denne tiden gjorde han om lag 170 trans-ocean-flyvninger (krysset både Atlanterhavet og Stillehavet). I 1942 tok han den første Lancaster tunge bombefly til USA for testing og kom senere tilbake med det samme flyet og viste det til United States Army Air Forces og til store flyfabrikker over hele USA og Canada. I løpet av denne perioden fløy Pangborn nesten hver type multi-engine fly brukt under krigen. Etter at USA gikk inn i krigen i desember 1941 tjenestegjorde han i det amerikanske militæret.