Han deltok i Den andre plenarsynoden i Baltimore, som samle alle amerikanske biskoper under erkebiskopen av Baltimores forsete. Der fordret han at den amerikanske katolske kirkes anliggender burde bli behandlet lokalt, og ikke sentralt. Dette var et standpunkt som gav ham en del motstandere og en del kritikk. Under Første Vatikankonsil var han motstander av en sentralisering av den kirkelige myndighet til Roma, og argumenterte dessuten mot dogmet om pavens ufeilbarlighet. Han utdypet sin avvisning overfor paven og de nærværende biskoper. Men da dogmet ble definert, aksepterte han det trass i sine personlige oppfatninger. Imidlertid verken uttalte eller skrev han noen sinne om denne tematikken. Han høstet skarp kritikk fra kuriens side for sin holdning under konsilet.