Han sluttet seg til hæren som offiser på Sardinia. Han var svært interessert i entomologi og mineralogi og tilbrakte sin fritid med å samle naturhistoriske prøver. Prins Carlo Felice (1765–1831) av Savoie, hertug av Genève, senere kong av Sardinia, betrodde han å ordne hans samling med kuriositeter. Stimulert av De Prunner ble det et museum finansiert av fyrstelige ressurser, men også av hans personlige penger. Dette museet er nå kjent som Leonardo Prunner mineralogiske museum i Cagliari.