Romerne erobret byen i år 46 og gjorde den til en del av Moesiaprovinsen. Byen ble befestet og utviklet seg til den viktigste militære og kommersielle byen i området. Noviodunum fikk status som , den neste høyeste rang for en romersk by etter Ruinene av Noviodunum finnes ca. 2 km øst for dagens Isaccea, nærmere bestemt på en høyde kalt , tyrkisk for . var hovedbasen for romernes flåte på nedre Donau. Deretter ble den i perioder hovedkvarter for den romerske Legio V Macedonica (106-167), Legio I Italica (167-) og Legio I Iovia.