Den gjenværende delen av Luossajärvis kjemiske sammensetning viser stor påvirkning fra gruvevirksomheten. Innsjøen har høye verdier av sulfat-, nitrat- og nitridioner. De høye sulfatverdiene tyder på omfattende forvitringsprosesser av framfor alt karbonat- og sulfidbestandig materie. Det er også høye verdier av kobber i innsjøen på grunn av lekkasjer fra Viscariagruvens dammer.