I 1872 ble Fredriksten nedlagt ved kongelig resolusjon. I 1888 vedtok Stortinget å beholde festningen som nasjonalt historisk minnesmerke, men fra 1897 ble det igangsatt flere bygningsmessige utbedringer. I tiden før unionsoppløsningen ble festningen modernisert med fire moderne 12 cm Schneider-Canet tårnkanoner på Overberget, Gyldenløve og på nordsiden av den gamle hovedfestningen. Som en forberedt stilling for Posisjonsartilleriet ble Vedenbatteriet bygget i Tistedal. Hjelmkollen fort ved Svinesund ble bygget som en fremskutt befestning. Fredriksten ligger så nær grensen at den kan tas under ild fra svensk side. Fra våren 1905 fikk derfor Fredriksten som den første, en ballong captif. Dette er en plattform som bæres oppe av en ballong forankret i bakken. Hermed kunne en få en bedre observasjonsplattform for egen ildledning.