Universitetet ble grunnlagt i 1361 av Galeazzo II Visconti på et sted hvor det også tidligere lå en skole. Det sentrale bygget ble reist under Ludovico Sforza i 1490. Christofer Columbus var student her. På slutten av 1700-tallet var Alessandro Volta professor ved universitetet og gjennomførte sine elektriske eksperimenter der.