Kuper ble født i Uganda, med britisk-sørafrikanske foreldre. Han flyttet til Leiden i Nederland som barn, hvor hans far Adam foreleste i sosialantropologi ved Universitetet i Leiden. Han har også bodd i Sør-Afrika (for å unnslippe den nederlandske vinteren), California, Berlin og London. Han studerte historie og tysk ved Universitetet i Oxford, og tok utvekslinger ved Harvard på et Kennedy-stipend. Han bor nå i Paris med sin familie.