I 1798, med Johann W. Goethes mellomkomst, får Schelling et professorat i Jena, tysklandenes intellektuelle sentrum på denne tiden. Han innleder et samarbeid med Fichte, som påfølgende år tvinges ut av universitetet etter anklager om ateisme. Den tidlige Schellings hovedverk, , utkommer i 1800. Han vil forene sitt naturbegrep med Fichtes jeg-begrep, men også vise at i den kunstneriske skaperakten forenes naturen (det ubevisste) med det åndelige (det bevisste). Naturen og det åndelige er sprunget ut av den samme opprinnelige enhetlige tilstanden.