Fra Carisbrooke forsøkte Karl å forhandle videre. Han ble enig med skottene om å tillate etablering av en presbyteriansk kirke også i England i en prøveperiode. I juli 1648 utløste rojalistene en ny borgerkrig, og skottene invaderte England slik de hadde avtalt med Karl. Opprøret i England ble for det meste slått ned av parlamentets styrker etter kort tid og med bare begrensede trefninger, men i Kent, Essex, Cumberland og Wales, samt i områdene hvor det var skotske styrker, ble det større slag og beleiringer. Da skottene ble slått i slaget ved Preston mistet rojalistene enhver mulighet til å vinne krigen.