I epilogen etter rulletekstene hører man at Ocelot snakker med en ukjent mann på telefon, og de planlegger å bruke «the Philosophers» fond, «The Philosopher's Legacy», for å oppfylle deres agenda. Ocelot ønsket å få informasjon om atomrakettens bane for å finne CIA-direktøren for å kunne presse ham til å gi Ocelot dokumentene som inneholder de ekte identitetene til «the Philosophers». Ocelot blir med på å gjennomføre dette nye prosjektet under forutsetning av at Naked Snake også er med.