Andre verdenskrig ble en vanskelig manøvrering i forhold til okkupasjonsmakten, men Myklebust berget den norske Frelsesarmeen gjennom vanskelighetene, slik at dens posisjon og eiendeler var intakte ved freden i 1945. Hvordan han personlig stilte seg til makthaverne under krigen, har vært gjenstand for debatt.