Pierre ble utpekt som delstatshovedstad idet Dakotaterritoriet ble delt og Sør-Dakota ble innlemmet som delstat i 1889. Pierre hadde den gangen 3 000 innbyggere. Huron ønsket også å bli delstatshovedstad, men Pierre ble valgt ut ifra at den lå midt i delstaten. I dag ligger ikke Pierre særlig sentralt, sett i forhold til vei eller jernbane.