Kirkjubøurs historie anses for å gå tilbake til vikingtiden på Færøyene. Etter at Færøyene ble kristnet av Sigmundur Brestisson i år 999, fantes det to kirker på øyene. Disse lå på Skúvoy og ved Sandur. Muligens stammer en tredje kirke, som ligger i Kirkjubøur, fra denne tiden. Murrester fra («ute ved likhuset») i Kirkjubøur kan ha vært denne tredje kirken, men nye teorier sier at disse restene kommer fra den påbegynte Sankt Brandanuskirken fra 1420.