I løpet av hans embetsperiode var det blant annet stridigheter om den polske presten Henryk Jankowski, hvis kanoniske tiltak Gocłowski som hans bispedømmebiskop var ansvarlig for. Etter kommunismens fall i Polen vakte Jankowski oppmerksomhet flere ganger ved antijødiske uttalelser i prekener. Israels regjering protesterte mot dette på midten av 1990-tallet; den polske statsadvokaten etterforsket. I 1997 sa Jankowski på en gudstjeneste at Polen «ikke skulle akseptere en jødisk minoritet i regjeringen» i sin kamp for frihet; da forbød erkebiskop Gocłowski ham prekeforbud for ett år.