Siden 1864 har man brukt Blue Ensign med et tilleggsemblem som flagg for: Enkelte britiske myndigheter og militære avdelinger, som Royal Fleet Auxiliary, Royal Maritime Auxiliary Service, Royal Naval Auxiliary Service, Port of London Authority, Aberdeen Harbour Board, Sea Cadet Corps, Combined Cadet Force, Northern Lighthouse Board og Irish Lights med flere. Fritidsbåter som tilhører visse britiske yacht-klubber, som Royal Harwich Yacht Club og et førtitalls andre seilforeninger. Offentlig eide skip i britiske oversjøiske territorier. Denne bruken ble innført i 1867–1869, da det ble bestemt at slike fartøy skulle føre Blue Ensign med koloniens våpen. Dette er årsaken til at flere tidligere britiske kolonier bruker en versjon av Blue Ensign som handelsflagg også etter å ha blitt selvstendige.