Brandt meldte overgang til Bayer 04 Leverkusen i januar 2014 for en sum på €350,000, hvor han signerte en fem års kontrakt. Han debuterte for Bayer Leverkusen i Bundesliga den 15. februar 2014 hjemme mot Schalke 04, en kamp de tapte 2-1. Tre dager senere debuterte han i UEFA Champions League mot Paris Saint-Germain FC. 4. april 2014 scoret han sitt første mål for Bayer Leverkusen da han utlignet til 1-1 i en kamp de tapte 1-2 mot Hamburger SV.