Også bemerkelsesverdig er Balaguers forpliktelse til naturvern. Under hans ledelse ble det igangsatt et eksemplarisk naturvern- og nasjonalpark-program for Latin-Amerika, og omfattende tiltak for å beskytte skog ble gjennomført. Ved hans siste fratreden var over 30% av landets område beskyttet. En konsekvens av dette er at Den sominikanske republikk sliter med betydelig færre økologiske problemer enn nabolandet Haiti. Imidlertid må det også bemerkes at disse tiltakene ble gjennomført med udemokratiske midler og i noen tilfeller ved våpenmakt.