I perioden 1938–1960 var Fischer konservator (senere førstekonservator) ved Universitetets Oldsaksamling og han ledet en rekke utgravninger og undersøkelser av norske middelalderbyggverk, bl.a. Sverresborg i Trondheim, Utstein kloster, Hovedøya kloster, kirke- og klosterruinene i Minneparken i Gamlebyen i Oslo, Bergenhus festning, Tunsberghus, Stavanger domkirke, Erkebispegården og Nidarosdomen.