Da den greske militærjuntaen tok makten ved et statskupp den 21. april 1967 mistet han og flere andre jurister alle sine juridiske funksjoner. Like etter at militærjuntaen ble oppløst i 1974 ble Sartzetakis formann i lagmannsrett og i oktober 1982 ble han dommer i høyesterett. Han ble medlem av flere internasjonale juridiske samfunn, og har skrevet en rekke juridiske og politiske artikler og essayer.