Den 11. mai 1997 ble han presteviet av erkebiskop Oskar Saier. Han var kapellan i Malsch bei Ettlingen (1997-1999) og universitetsprest ved den katolske universitetsmrnighet i Freiburg-Littenweiler (1999-2001). I 2002 ble han underdirektør ved erkebiskopens teologiske seminar og var involvert i studiefasen for kandidater til prestedømmet. I 2006 ble Gerber utnevnt til subrektor ved det erkebiskoppelige seminar i Freiburg. I 2007 tok han doktorgraden med et arbeide om de teologisk-antropologiske grunnlag for dannelse og opplæring av geistlige kall. Fra 2011 til 2014 var han rektor for det erkebiskoppelige seminar Collegium Borromaeum i Freiburg im Breisgau.