Ved tradisjonell behandling med Botox mot migrene administreres nervegiften med 155–195 internasjonale enheter (E) til 31–39 ulike innstikk-steder (hvert stikkpunkt inneholder fem enheter) i sju muskler på hver side i hode- og nakkeregionen på pasienten, etter en internasjonal standard kalt eller (egentlig 31 punkter). Alternativt kan man sette ekstra doser på spesielt ømme punkter eller la være å sette på noen punkter. Prosedyren er vanligvis moderat smertefull, men kan medføre små punktblødninger på innstikkstedene. Effekten på hodepinen og bivirkning i form av lammelser i pannemuskelen kommer gjerne i løpet av en uke. I denne perioden er det vanlig å få noe økt hodepine. Hvor godt behandlingen virker er avhengig av flere ting, blant annet hvor responsiv pasienten er og hvor nøye toksinet blir administrert. Også placeboeffekten kan spille en betydelig rolle, spesielt med hensyn til hvor raskt virkningen setter inn. Unøyaktighet og/eller enkelte enkelte innstikkssteder kan gi uønsket resultat og i noen tilfeller (eller i en periode) virke mot sin hensikt, altså gi økt hodepinefrekvens. For det siste kan dessuten noceboeffekten ha en ikke ubetydelig betydning. Dersom behandlingen gir ønsket effekt gjentas den, normalt hver 12. uke. Noen kan imidlertid trenge det litt oftere.