Deniau var utdannet ved Lycée Pasteur i Neuilly-sur-Seine, École Sainte-Geneviève i Versailles, og Institut d'études politiques de Paris. Han var tidlig interessert i europapolitikk, og var involvert i arbeidet med Roma-traktaten. Etter at EEC ble etablert tok han plass i Europakommisjonen, der han jobbet med utviklings- og utenrikssaker. I Europakommiasjonen var han blant annet ansvarlig for forhandlingene med Norge i forkant av EF-avstemningen i 1972.