Transfobi gir seg utslag i diskriminering på alle samfunnsområder. Transfobi er antatt å være årsaken til at forholdsvis mange transpersoner årlig drepes eller tar sitt eget liv. Diskriminering kan omfatte fysisk og psykisk trakassering eller vold, men også mer indirekte utestenging, for eksempel ved manglende tilrettelegging av garderobesituasjonen i skolen eller manglende inkludering i tradisjonelt kjønnede fritidsaktiviteter. Mange transpersoner opplever også transfobi i egen familie, som kan gi seg utslag i form av sanksjoner dersom man uttrykker sitt opplevde kjønn, eller som belønning for å handle på tvers av egen kjønnsidentitet.