I november 2000 ble bygg- og anleggsdivisjonen solgt til svenske Skanska. I 2001 førte den økonomiske nedgangen samt en serie ledelsesfeil til at selskapet stod på randen av konkurs. I denne situasjonen ble Kværner tvunget til å fusjonere med Aker ASA, en selskapsgruppe som var kontrollert av Kjell Inge Røkke. Røkkes inngripen torpederte den løsningen Kværner-ledelsen foretrakk, en redningsaksjon fra det russiske oljeselskapet Yukos.