Shenzhou 3 hadde med seg totalt 44 eksperimenter ombord. Instrumentene inneholdt bl.a sensorer for skydekke, strålingsdeteksjon, ultrafiolett sollys. Romskipet bar også med et kamera som sendte tilbake bilder av Jorden sett gjennom vinduet på kapselen. Radiosystemet ble testet ved å avspille en ferdig-innspilt kvinnelig stemme.