Elva begynner i Kebnekaise-massivet i Kiruna kommune, og renner mot sørøst gjennom landskapet Lappland. Ved Tärendö snur elva mot sør og renner gjennom Norrbotten. Den munner ut i Bottenviken sørøst for Kalix. De viktigste sideelvene er Kaitumälven, Tärendöälven og Ängesån.