Han var sønn av Axel Ottesen Brahe og dennes annen hustru Kirsten Eriksdatter Hardenberg (–1639). I 1611 var han immatrikulert i Orléans, i 1615 ble han hoffjunker men tok allerede tre år senere avskjed fra hoffet for den 6. september 1618 å gifte seg med den 17-årige Birgitte Brok, datter av dagboksforfatteren Eske Brok (1560–1625). Året etter ble han forlent med Skive Len som han i 1632 byttet med Tryggevælde.