Under andre verdenskrig, kort tid etter at Sovjetunionen invaderte og okkuperte Estland, ble Birk arrestert av NKVD (Sovjetunionens sikkerhetstjeneste og hemmelige politi) sammen med en rekke ledende estiske politikere, og de ble enten henrettet eller døde etter kort tid i russiske fangeleirer. Birk ble arrestert 14. juni 1941 og transportert til Sovjetunionen kort tid etter. 23. januar 1942 ble han dømt til døden uten rettssak av NKVDs spesialråd. Ifølge de dokumentene man har hatt tilgang til døde han i fangenskap i -fangeleiren i Sverdlovsk oblast like før henrettelsen skulle iverksettes.