Ved Konrads død i 1195, tilfalt de pfalziske områdene fyrstehuset Welf. I 1214 døde imidlertid Welf-husets andre pfalzgreve uten arvinger, og pfalzgrevskapet ble gitt av keiser Fredrik II til huset Wittelsbach fra hertugdømmet Bayern. Fra 1255 ble Wittelsbach-huset delt i to grener med sine respektive maktseter i Pfalzområdene og de bayerske områdene. Denne splittelsen ledet til rivninger om hvilken av Wittelbach-grenene som skulle sitte på kurfyrsteembetet, altså stemmerett ved kongevalg. Dette ble løst i 1329 ved Paviatraktaten på keiser Ludvig IVs initiativ, og det ble bestemt at stemmeretten skulle veksle mellom de to grenene, men også at Pfalzgrevskapet ved Rhinen skulle få tildelt markgrevskapet Nordgau i det nordlige Bayern. Dette området ble senere omdøpt til Oberpfalz. Da den gyldne bulle ble utstedt i 1356, fikk Wittelsbach-grenen i Pfalz ekskulsiv stemmerett og enerett på kurfyrsteembetet. Pfalzgrevskapet ved Rhinen ble som følge av dette kalt . Denne løsningen førte til et vedvarende konfliktfylt forhold mellom de to Wittelsbach-grenene. I ettertiden ekspanderte pfalzgrevskapet ved Rhinen sine grenser betydelig.