Den 23. januar 1963 stakk Philby så av fra Beirut på det sovjetiske skip Dolmatova til Odessa i Sovjetunionen. Det var i ettertid stadig spekulasjoner om Nicholas Elliott, som hadde vært sjef for MI6 i Beirut tidligere, hadde latt en anledning stå åpen for flukt, for gammelt vennskaps skyld. Da han ble konfrontert av Elliott og hadde avlagt en muntlig tilståelse, flyktet han til Sovjetunionen der han til tross for sine fortjenester ble holdt under oppsyn. Han ble senere sterkt alkoholisert, og man er senere kommet til den konklusjon at hans møte med kommunismen ikke ble slik han hadde forventet.