På samme måte som store deler av offentlig forvaltning ble også Luftfartsverkets rolle evaluert på 1990-tallet. Den største oppgavemessige endringen kom 1. januar 2000 da Luftfartstilsynet ble opprettet og skilt ut. Luftfartsverket bestod, med formålet å legge forholdene til rette for sikker, miljøvennlig og effektiv luftfart i alle deler av landet.