Høgli vokste opp på Evenskjer og spilte aldersbestemt fotball for Skånland og Omegn Idrettsforening (SOIF). I 2002 gikk han til Bodø/Glimt der han spilte frem til overgangen til Tromsø i mars 2007. Tom Høgli skrev under en 4 1/2-årskontrakt med Tromsø IL i mars 2007. Under sitt første år i Tromsø IL var han ment som en erstatning på midtbanen for Patrice Bernier, men tok plassen som høyreback. Høgli ble kåret til «Årets Isbjørn» av klubbens trofaste supportere, som også har videreført kallenavnet «super-Tom» som han fikk tildelt av supporterklubben til Bodø/Glimt. Lenge ble Høgli linket til andre klubber, men 12. desember 2009 signerte han enda en kontrakt med Tromsø som holder han i klubben ut 2013. Den nye kontrakten innebar et betydelig lønnshopp.