Hans-Joachim Meyer ble født i Rostock som sønn av en apoteker og en lærerinne. Han vokste etter krigsslutt i 1945 opp i den sovjetiske okkupasjonssonen som i oktober 1949 ble til sovjetorienterte Tyske demokratiske republikk Han tok i Rostock i 1958 og flyttet til Berlin-området. Der studerte han ved Akademie für Staats- und Rechtswissenschaften i Potsdam, men ble eksmatrikulert på grunn av «manglende forbindelse til arbeiderklassen». Den ergentlige grunnen var, som han senere fortalte journalister, var hans katolske engasjement.