Da kisterne begynte sin innvandring til Georgia ble overgang til kristendommen satt som en betingelse for tillatelse til å bosette seg i området. Først i andre halvdel av det 20. århundre skiftet flertallet av kisterne over til islam igjen. Majoriteten av kistere er i dag sunni-muslimer, men det finnes fremdeles mindre områder med kristne kistere i Pankisi, Tusheti og Kakheti.