Turkotatarer i det vestlige Tarimbekkenet begynte å konvertere til Islam på 900-tallet, men de fleste uighurene i Besh Balik- og Turfan-områdene konverterte ikke før på 1400-tallet da Jarkandkhanatet, en mongolsk etterfølgerstat i det vestlige Tarim, ekspanderte inn i deres områder. Fra da av begynte forfedrene til de moderne uighurer å skulle kalle seg selv uighurer, men identifiserte seg som «turki» eller «musulmaner».