Etter reformasjonen ble klosteret i 1537 overtatt av kongen, og forlent til Lunds avsatte erkebiskop og riksråd Torbern Bille. Nevøen hans Steen Clausen Bille, som senere ble Tycho Brahes onkel, fikk sin skolegang her etter oppholdet i Norge. I 1559 forlente Frederik II klosteret til Steen Jensen Rosensparre til Skarholt.