Dersom «Mary Rose» ble berget på vanlig måte var det risiko for at skroget hadde så lite styrke at det ville gå i stykker, så en rekke forslag om hvordan bergingen skulle skje ble lagt frem. Etter langvarige diskusjoner besluttet stiftelsen i februar 1980 at skroget først skulle tømmes for alt innhold for deretter å forsterkes med støtter med stålrammer. Det skulle dermed løftes opp fra bunnen med nylonstropper og føres over i en spesialbygget vugge ved hjelp av en flytekran. Hele konstruksjonen skulle løftes opp av vannet til en pram for å bli tatt inn i Portsmouth havn. Det ble også besluttet at bergingen skulle skje i løpet av dykkersesongen i 1982, for hvis vraket forble avdekket i lengre tid, kunne det få varige skader.