I 1991 ble bystyret for den nye storkommunen etablert, og 1995 startet Jan Engsmyr en 16-årig ordførerepoke med økende oppslutning valg for valg, fra 33 til 49 prosent. Etter 1995-valget var det nødvendig å tilby Høyres Per Olaf Toftner å bli varaordføreren for å sikre videre Ap-styre, grunnet suksessen til en protestliste som ville hindre nedleggelse av lokalsykehuset i Sarpsborg. I 1999 lyktes Engsmyr med å få tilbake sykehuset, ved at sykehuset i Fredrikstad ble vedtatt erstattet med et nybygd i Sarpsborg, som åpnet i 2015. Fra 1999 har Ap og SV hatt flertall, og Sarpsborg utmerket seg i Engsmyr-epoken med å si nei til bompenger, samtidig som kommunen hadde relativt stabil økonomi uten behov for store økninger i eiendomsskatten. Etter valget i 2011 behøvde Aps nye ordfører Sindre Martinsen-Evje kun støtte fra SVs ene mandat for å sikre flertall, men Senterpartiet og Venstre ble også innlemmet i samarbeidet.