Pave Benedikt XVI utnevnte den 67 år gamle Charbonneau til biskop av Choluteca den 26. januar 2013. Erkebiskopen av Tegucigalpa, kardinal Óscar Andrés Rodríguez Maradiaga S.D.B., bispeviet ham den 20. april samme år i gymnasiet i Choluteca; medkonsekratorer var Luigi Bianco, apostolisk nuntius til Honduras, og Guido Plante P.M.E., hans forgjenger som biskop av Choluteca.