Sæthers forskning faller innenfor populasjonsøkologi med hovedvekt på modelleringen av stokastiske økologiske prosesser, bevaringsbiologi, økologisk klimaeffektforskning, livshistorieevolusjon og naturlig seleksjon i ville bestander. Sæther har publisert over 200 artikler (deriblant seks i og fire i ), er sitert mer enn 6500 ganger og har en -indeks på 45 (per 2013).