Mollison bosatte seg senere i London hvor han drev en restaurant. Han giftet seg med Maria Clasina E Kamphuis i september 1949. Hans forhold til alkoholen ble et problem, og i 1953 måtte legenemda for flygere (Civil Aviation Authority Medical Board) trekke hans pilot-lisens. Paret ble separert, men Maria kjøpte i Surbiton for ham – hotellet var et kurbad. Han døde 30. oktober 1959, 54 år gammel.