Under andre verdenskrig ble Leese i 1940 sjef for 20th Guards Brigade i forsvaret av Boulogne-sur-Mer i slaget om Frankrike. Han ble da utnevnt til generalmajor og sjef for 15. skotske divisjon i 1941. Han ble senere sjef for British Guards Armoured Division da denne ble opprettet. Senere samme år deltok han i ørkenkrigen i Nord-Afrika i kampene mot Erwin Rommels Afrikakorps. Han ble utnevnt til generalløytnant og sjef for det britiske XXX korps.