Via innflytelsen til Francis Walsingham, dronningens leder for de nyopprettede etterretningstjenester, ble Andrewes utpekt til domherre av St Pancras i St. Pauls katedral, London, i 1589, og ble deretter rektor av hans eget fakultet i Pembroke foruten også kapellan for erkebiskop John Whitgift. Fra 1589 til 1609 var han domherre av Southwell. Den 4. mars 1590, som kapellan for dronning Elisabeth I, preket han for henne i en frittalende preken, og i oktober ga han sin introduksjonsleksjon i St. Pauls katedral hvor han kommenterte de fire første kapitlene av Første Mosebok. Disse ble senere satt sammen til verket (, 1657).