Etter en helsetest rett før 1991–1992-sesongen ble det påvist at Johnson hadde HIV. På en pressekonferanse som ble avholdt 7. november 1991, sa Johnson at han ville legge opp basketballkarrieren sin med øyeblikkelig virkning. Han offentliggjorde at hans kone, Cookie, og deres ufødte sønn ikke hadde HIV, og at han ville bruke resten av livet på å «kjempe imot denne dødelige sykdommen». Johnson kunngjorde også med en gang at han ikke visste årsaken til sykdommen, men innrømmet senere at det skyldtes samleie med flere partnere. På den tiden var det kun en liten prosentandel av HIV-positive menn som hadde fått overført sykdommen gjennom heteroseksuelt samleie, og det førte til spekulasjoner om Johnsons legning, til tross for at han selv avviste ryktene om at han var homofil. Johnsons kunngjøring ble gjenstand for betydelig oppmerksomhet i amerikanske media, og ble i 2004 kåret til ESPNs syvende mest oppsiktsvekkende øyeblikk i løpet av de siste 25 årene.