Nedgangen startet med at byen ble ødelagt av huneren Attila i 452 e.Kr. Innbyggerne forlot gradvis Altinum og søkte tilflukt på øyene i Venezialagunen i det området der Venezia senere ble bygget. I år 568 ble byen erobret av langobardene og det satte ytterligere fart på emigrasjonen ut til øyene. På 900-1000-tallet ble Altinum fullstendig forlatt.