A-3 ble utrustet for kamp natt til 9. april 1940, og sendt ut Oslofjorden. Båten kom aldri i kamp, og det ble besluttet å senke den sammen med A-4 for å hindre at den skulle falle i fiendens hender. Ubåtene ble senket på 10 meters dyp i Vekerbukta i Tønsbergfjorden natten 15.-16. april 1940.