I de fleste versjoner er hovedpersonen, som har gitt tittel til verket, jaktet på og forfulgt etter at han har avslørt en konges incestiøse forhold til sin datter. Etter mange reiser og eventyr hvor Apollonius både mister sin hustru og sin datter og tror at de begge er døde blir han til slutt forent med sin familie gjennom ganske usannsynlige inngripen fra gudene. Hovedtemaet er på den ene siden straffen av ulovlig begjær, den incestiøse kongen får til slutt en forferdelig slutt, og på den andre siden den endelige belønning for trofast kjærlighet.