Med Bernstorff i spissen trådte de nye ministrene inn i regjeringen, blant andre Schack-Rathlou og Frederik Christian Rosenkrantz. Allerede i 1788 oppsto det imidlertid splittelse i regjeringen i spørsmålet om landboreformene. Godseierne Schack-Rathlou og Rosenkrantz var uenige i opphevingen av stavnsbåndet og forlot regjeringen. Deretter ble det i realiteten Bernstorff som kom til å stå i spissen for en langt mere reformvennlig linje. Ikke minst i spørsmålet om landboreformene, men f.eks. også i forbindelse med trykkefriheten kom dette til uttrykk.