Etter førstegangstjeneste som radiotelegrafist i Finnmark i 1958, var Mortensen 15 år i mobiliseringshæren. Han ble deretter overført til Heimevernet hvor han var personelloffiser for forsvaret av Fornebu flyplass. Fra 1983 var han pressekonsulent for Sjøforsvaret og deretter seksjonssjef i Forsvarets overkommando. Han er også reserveoffiser (orlogskaptein), FN-veteran (UNIFIL) og mottaker av Fredsprismedaljen i 1988.