Thompson ga mesteparten av gjenstandene til museum. I 1926 beslagla den meksikanske regjeringen Thompsons plantasje da de mente at han hadde fjernet gjenstander ulovlig. I 1944 ble Thomson frikjent av den meksikanske høyesterett for beskyldningene han hadde rettet mot seg. Etter at Thomson dro tilbake til USA, skrev han om sin forskning og undersøkelser av Maya-kulturen i en bok med tittelen Person of Serpent utgitt i 1932. Thompson derimot døde i Plainfield i New Jersey i 1935. Hacienda Chichen er et arkeologisk prosjekt som han startet opp i 1920, prosjektet gikk tilbake til hans arvinger.