Pavestolen kom snart til å angre på at man hadde gitt Spania, og også Portugal, så vide fullmakter. Den pavelige styring ble svekket på felter som kirken anså som meget viktige. Blant annet ble pavenes forbud mot slaveriet, som uttrykt f.eks. i pave Paul IIIs bulle Sublimis Deus i 1537, ikke tilstrekkelig påaktet i de spanske kolonier ettersom det ikke passet koloniherrene. Dette «statskirkesystemet» forsøkte pavene å omgå blant annet med jesuittene, en presteorden med et eget direkte ordensløfte til paven.