Tidlig på 1990-tallet bisto MJK-sjefen med undervisning og testing av marinens bordingslag fra det norske fregattbidraget til NATO og det vestlige EUs Operation Sharp Guard i Adriaterhavet. Fra august 2009 opererte Sjøforsvarets fregatt KNM «Fridtjof Nansen» sammen med MJK over en 6-måneders periode i EU-operasjonen Navfor Atlanta. Både spesialbåtoperatører og marinejegere deltok, og hadde med seg to RHIB-fartøy med toppfart over 60 knop, i tillegg til to reservebåter. Oppdraget var å hindre piratvirksomhet i området, og operatørene fungere som fremskutt sensor for fregatten for å oppnå situasjonsoversikt i farvannene hvor pirater opererte om side med småbåter, lokale fiskere, handelsfartøy og fartøy som transporterte mat for FN-prosjektet . Blant annet seilte MJK-operatørene 35 000 nautiske mil, utførte over 100 eskorteoppdrag, over 100 inspeksjoner av mistenkelige skip og båter, var direkte involvert i å avverge tre piratangrep og bidro til redning av ni skipbrudne. I perioden 7. juni til 7. desember 2013 deltok Norge i Operasjon Ocean Shield, opprettet i 2008 med hensikt å beskytte sivil skipstrafikk mot piratvirksomhet utenfor Afrikas horn. Bidraget var fregatten KNM Fridtjof Nansen, og oppdraget var som ved EU-operasjonen Navfor Atlanta å oppdage, avbryte og forhindre piratvirksomhet. Marinejegerkommandoen stilte da også med personell på fregatten, og et sanitetsbidrag var også til stede om bord for å ta vare på såret eller skadet personell.