Flor ble satt i Odense katedralskole i 1788, og to år senere dimittert til Københavns Universitet, der han i 1790 med professor Chr. Kratzenstein som privatpreseptor avla (førsteeksamen) med karakteren laudabilis. Året etter avla han (anneneksamen) med samme karakter, men kan ikke sees å ha forfulgt universitetsstudiene videre. I stedet fulgte forelesningene ved det private Naturhistorieselskabet i København, opprettet i 1789. Her hørte han blant annet den Bergensfødte professor Martin Vahls forelesninger i botanikk.