Hun ble født på godset Beck som barn av hertug August Philip av Beck og Marie Sibylle av Nassau-Saarbrücken (1628–1699). Som ung har hun formentlig oppholdt seg hos slektninger, deriblant hos Friedrich II (1633–1708), landgreve av Hessen-Homburg. Etter at hennes onkel Anton Günther av Oldenborg døde i 1667, tilfaldt grevskapet Oldenborg det danske kongehus, mens Anton Günther residens Rastede tjente som offisiell bolig for danske tjenestemenn. Sophie Eleonore, som var ugift, fikk i 1701 lov til å slå seg ned på Rastede. Med tillatelsen fulgte 200 riksdaler (senere forhøyet til 300) til årligt underhold, hvilket ikke var nok til å holde gamle, falleferdige bygningene i stand. Hun henvendte seg derfor flere ganger til hoffet i København om finansiell understøttelse til forbedringer av slottet.