Anders Grönhagen ble i to perioder sykemeldt, og Aune fikk sjansen som hovedtrener. Grönhagen fikk sparken fra Fredrikstad FK, og Aune tok over mens klubben lette etter en ny hovedtrener, som ble Tom Nordlie. Etter at Sarpsborg 08 sendte FFK ned til Adeccoligaen fikk Nordlie sparken. Da tok Aune over som hovedtrener på permanent basis. Han førte samme år klubben rett opp igjen til Tippeligaen, etter å ha vunnet kvalifiseringen til Tippeligaen 2011. I mai 2012 valgte Aune å gå av som trener i FFK på grunn av rammebetingelsene og en dårlig sesongstart, assistenttrener Trond Amundsen overtok som hovedtrener ut sesongen.