Ferdinand von Wrangel kom til verden i Pskov som det tredje av seks barn til den russiske major Peter von Wrangel (1760–1807) og hans hustru Dorothea, født von Freymann (1768–1806). Sine første leveår tilbragte han på foreldrenes gods i Waimel-Neuhof i guvernementet Estland. Etter foreldrenes tidlige død ble han ivaretatt på sjøkadettskolen i St. Petersburg.