Byen var tidligere del av provinsen Misamis Oriental som et byområde sent i det 19. århundre. Da spesialprovinsen Agusan og underprovinsen (Bukidnon) ble grunnlagt i 1907, ble det bestemt at Malaybalay skulle være hovedstaden i Bukidnon. Kommunen ble etablert formelt sett den 19. oktober 1907 og fikk bystatus 11. februar 1998 i kraft av R.A.8490.