Etter å ha vendt tilbake til England var han fraværende fra regjeringsmøter på grunn av helseproblemer; den keiserlige ambassadøren hevdet dog at den egentlige grunnen til fraværet var en konflikt med biskop Stephen Gardiner, som Dudley hadde angrepet i et regjeringsmøte. Før kongen døde vendte han tilbake. I 1547, Henrik VIIIs dødsår, var han , det vil si øverstkommanderende i felt, for Englands væpnede styrker.