Plutark skriver at det kongelige biblioteket brant under Julius Cæsars erobring ved Alexandria år 47 f.Kr. Dette er det imidlertid flere i dag som stiller spørsmål ved. Det er enighet om at noen bøker nær havnen trolig brente opp i kampene. Det er også enighet om at i alle fall deler av palassområdet var intakt etter kampene. Den svært aktive forfatteren Didymus Chalkenteros (63-10 f.Kr.) fortsatte sitt virke også etter dette, og hans store og varierte produksjon kunne ikke vært mulig uten i det minste en del av ressursene fra biblioteket. Noe må imidlertid ha skjedd med biblioteket før Plutarks tid, siden han rundt år 100 kunne hevde at det hadde blitt ødelagt..