Han kom seg med tog videre til Budapest der han etter noe frem og tilbake bestemte seg for å reise hjem til Trnava i nærheten av Bratislava. På retur over grensen ble han anholdt av ungarske vakter og banket opp i arrest, mistenkt for å være spion. De ungarske vaktene jaget ham deretter over grensen til Slovakia der han ble anholdt av slovakiske grensevakter, og plassert i transittleiren Novaky øst i Trenčín-regionen. Vrba forsøkte å stikke av fra Novaky, men ble tatt til fange igjen.