Den 5. juni 1993 ble Aclan presteviet for erkebispedømmet Los Angeles av kardinal Roger Michael Mahony ved katedralen St. Vibiana i Los Angeles. Mellom 1993 og 2001 vare Aclan som assisterende pastor ved St. Finbar Parish i Burbank, deretter i i Norwalk. Parallelt med dette fungerte Aclan også som direktør for kallsutvikling (1996 til 1999).