I sin Japan-politikk støtte han på kraftfull motstand fra flere hold, særlig i folkeopinionen og fra de krefter i det militære som helst ville ha en militær revansje mot Japan og en innmarsj i Afghanistan. Blant hans allierte i regjeringen var Pjotr Stolypin og Vladimir Kokovtsov. Han fikk dermed i stand den russisk-japanske overenskomst av 1907 for å bedre forholdet med Japan.