Gudjohnsen debuterte på landslaget i 1996 og har siden spilt over 60 kamper og scoret 24 ganger for Island. Han ble den mestscorende på landslaget den 13. oktober 2007 etter to scoringer i et 2-4 tap mot . Den gamle rekorden tilhørte Ríkharður Jónsson, med sine 17 mål.