Didyma var den største og mest betydningsfulle helligdommen på territoriet til den store antikke byen Miletos. Den naturlige forbindelsen mellom Miletos og Didyma var via skip. Men i antikken silte sedimentene fra Maíandros-elven (i dag hetende Büyük Menderes) opp havnen i Miletos. En langsom prosess som til slutt betydde at den nærliggende bukten utviklet seg fra en bukt til en innsjø (i dag Bafasjøen, eller Bafa Gölü).