Biskop Watzenrode residerte i Heilsberg (nå Lidzbark). Han var en dyktig organisator av områdets indre anliggender. Han reorganiserte katedralskolen og planla å grunnlegge et universitet i Elbing (Elbląg). Han fremholdt at Den tyske orden nå hadde sluttført sitt oppdrag i Østersjøområdet, ved det at folkene der hadde konvertert til kristen tro, og mente at den nå burde sendes avsted til mer hedenske områder. Det osmanske rike var en vedvarende trussel og hadde erobret store deler av Europa, og biskopen foreslo at ordenen skulle «ta opp kampen mot tyrkerne».