I 1456 falt Athen i Det osmanske rikets hender, og Parthenon ble igjen konvertert, denne gangen til moské. Osmanene var vanligvis respektfulle overfor de antikke monumentene i sine områder og ødela nok ikke Athens fortidsminner med hensikt, men de gjorde heller ingenting for å beskytte dem. I krigstider var de villig til å bruke deler av monumentene til bygningsmaterialer for murer og festninger. Det ble oppført en minaret i Parthenon, men ellers ble ikke noe ødelagt. Europeiske besøkende på 1600-tallet bevitnet at bygningen da stort sett var intakt. Fragmenter av minaretens base er synlige i det sørvestlige hjørnet.