Av andre eldre bygg i kommunen er Bodø prestegård (reist i 1510) som er Norges eldste trebygning nord for Trondheim og Kjerringøy handelssted. Bygg innenfor Bodøs daværende grenser, som sto tilnærmet i god stand etter det tyske bombeangrepet i mai 1940, inkluderer Nordlandsmuseet og Bodø tollkammer. Av nyere bygg som står på Riksantikvarens lister er de mest kjente stasjonsbygningen i Bodø, Bodø domkirke og Bodin kirkested, som har historie tilbake til henholdsvis 1961, 1956 og 1240. Andre bygg som er fredet er de to fyrtårnene ved Nyholmen og Landegode, en villa på Reinsletta og Bodø hovedflystasjon.