Hagen trådte i 1863 inn i jesuittordenen i Gorheim i De hohenzollernske land. en sørtysk eksklave i kongeriket Preussen, og studerte ved jesuittenes kollegium Stella Matutina i Feldkirch i Østerrike, og deretter matematikk og astronomi ved universitetene i Münster og i Bonn. Han meldte seg som frivillig til ambulansetjeneste under den fransk-prøyssiske krig, men ble rammet av tyfoidfeber.