Hans benevnelse som «far av klostervesenet» er villedende da kristne klostre allerede eksisterte i Egypts ørkener. Det var vanlig at asketer trakk seg tilbake til isolerte områder i byenes utkanter. Antonius er kjent for å være en av de første asketer som forsøkte å leve i ørkenen fullstendig isolert fra sivilisasjonen. Hans asketiske livsstil var vanskeligere enn hans forgjengeres. I det 2. århundre var det også andre berømte kristne asketer som den hellige Thekla. Antonius besluttet å følge denne tradisjonen og dro ut i et område med en alkalisk salt-ørken kalt Nitra på latin og Wadi El Natrun på dagens egyptisk, omtrent 95 km vest for Alexandria, en del av det mest ufremkommelige terrenget i den vestlige ørken. Her ble han i tretten år.