Sju år etter hendelsene i den første filmen forsvinner Kevin Flynn, som nå var administrerende direktør for ENCOM International. 20 år senere velger sønnen Sam, som nå er ENCOM sin hovedaksjonær, å frigjøre et nytt operativsystem på Internett helt gratis. ENCOM-sjef Alan Bradley, Flynns gamle venn, godkjenner denne planen - og mener det stemmer overens med Kevin sine idealer om åpen programvare. Sam oppdager en skjult kjeller med en stor datamaskin og en laser, som plutselig digitaliserer og laster Sam inn i en virtuell virkelighet skapt av Flynn. Han blir tatt til fange og sendt til "The Games" hvor han må kjempe mot et maskert program som går under kallenavnet Rinzler.