Estlandske kroner ble første gang innført i 1928, da den tok over som myntenhet etter estlandske mark (innført 1921). Da Estland ble innlemmet i Sovjetunionen ble estlandske kroner avskaffet til fordel for sovjetiske rubler. I juni 1992 ble rublene avskaffet og den estlandske kronen gjeninnført. Kroon ble bundet til tyske mark den 20. juni 1992, og deretter til euro den 1. januar 1999. Den 28. juni 2004 ble kursen satt til 1 euro = 15,64660 estlandske kroner.