Enebakk kommune består av 65% skog og et samlet vannareal som ville dekket tidligere Oppegård kommune. Dette medfører store muligheter til naturopplevelser og friluftsliv. Enebakk har også innsjøen Øyeren som ligger i kommunene Enebakk, Lillestrøm, Rælingen og Indre Østfold. Øyeren er Norges niende største innsjø med et areal på 84,7 kvadratkilometer. Andre større innsjøer i Enebakk er Børtervanna, Lyseren, Langen, Mjær, Mosjøen, Nordbysjøen og Våg. Kommunen består også av mye dyrket mark.