I juni 1988, når det ble tydelig at UPDA skulle bli med på en fredsplan med NRA, skrev Kony ett brev til en NRA-offiser og bad om et møte. Før samtalen ble han angrepet av regjeringsstyrker. Det har blitt trodd at dette var på grunn av kommunikasjonsproblem mellom ulike NRA-enheter. Sluttresultatet var at Konys forsøk på å delta i samtaler med regjeringen aldri ble fullstendig undersøkt.