Ecuador er regnet som en del av inkariket da det var mest utbredt, men bare Sierra-regionen var fullt integrert, og det kom stadige nye opprør fram til spanjolene invaderte. Inkaenes erobring av Ecuador startet ca. 1455, var brutal og varte i omtrent 50 år. Cañarifolket var de sterkeste opponentene til inkaene. Inkastaten tok med seg språket quechua, nye dyrkingsmetoder, lamaer som pakkdyr, veibygging og annet. Ingapirca er det viktigste byggingsmonumentet i Ecuador fra inkatiden.