Det hersker også usikkerhet med hensyn til om borneisk elefant er en egen underart eller ikke. Lenge trodde man at dette var en etterkommer av elefanter som ble introdusert på øya i det 14.-19. århundre, men nyere (2003) forskning med mtDNA har antydet at så kanskje ikke er tilfellet allikevel. Det antydes også at den kan være en egen art. Borneisk elefant er den fysisk minste av underartene, og den har lengre hale enn de andre. Den blir av og til også kalt og .