Handlingen i spillet er satt til en stedfortrederkrig mellom maskiner skapt av romvesner og androider skap av menneskeheten. Man tar på seg rollen som 2B, en kampandroide, 9S, en skannerandroide, i tillegg til en prototypandroiden A2. Handlingen går på tvers av flere hele playthroughs, hvorpå flere perspektiver og mer handling kommer frem gjennom hver playthrough. Selve spillingen har både trekk fra rollespill og hack and slash-spill, og bytter til og med sjangre underveis i spillingen til på samme måte som gjorde, blant annet til shoot ’em up og teksteventyr.