Siden selvstendigheten har Djibouti opprettholdt et nært forhold til Frankrike, som blant annet har sin største militærbase i Afrika der. Frankrike brukte denne basen både under Gulfkrigen i 1991 og intervensjonen i Somalia året etter. I 1991 sluttet Djibouti seg til koalisjonen mot Irak, noe som styrket forbindelsene med Frankrike. I 2001 fikk Djibouti økt betydning med sin viktige strategiske beliggenhet i forbindelse med den USA-ledede kampen mot internasjonal terror. I juni 2002 etablerte også USA en militær base i landet. Også soldater fra Spania og Tyskland ble utstasjonert i Djibouti for å lede sjøoperasjoner, og flere land benytter landets havn for militære formål.