Etter møte med sjef for Reichs­sich­er­heits­haupt­amt Reinhard Heydrich i Bratislava 10. april begynte den slovakiske regjeringen å deportere hele familier, og disse ble ofte plassert på steder der den lokale jødiske befolkningen allerede var drept i Belzec eller Sobibor. Tidlig i juni 1942 ble kvinner, barn og andre unyttige sendt rett til drapsanlegget i Sobibor. Fra 4. juli gikk minst åtte togtransporter til Auschwitz der de mest arbeidsføre ble overført til arbeidsleiren, mens de øvrige (i hovedsak barn, mødre og eldre) ble sendt rett i gasskammeret. I Auschwitz ble Zyklon B brukt fra 20. mars 1942. Gasskammeret «Bunker II» ble første gang brukt 4. juli 1942 til å avlive 628 kvinner, barn og eldre fra Slovakia – etter dette ble utvelgelse og drap på jøder «uegnet til arbeid» fast praksis i Auschwitz. I slutten av juni 1942 var omkring 50 000 deportert, og en stor del av de gjenværende hadde attester på at de av ulike grunner var unntatt deportering.