Clavius trådte inn i jesuittordenen i 1555 og fikk sin utdannelse innen ordenen. Han studerte ved Universitetet i Coimbra i Portugal, der det er mulig at han hadde kontakt med den berømte matematiker Pedro Nunes (). Ved jesuittenes i Roma studerte han teologi og underviste deretter matematikk der i en betydelig periode. Clavius forfattet flere matematikkbøker og bidro slik til matematikkens utvikling og fremme. Han inspirert mange jesuitter og andre av sine studenter til å gå dypt inn i matematikken og fremmet fagets utvikling i mange land. Slik inspirerte han for eksempel Franciscus Aguilonius til å etablere en høyere læreanstalt i matematikk i Flandern. Og en rekke av Kinamisjonens jesuitter hadde sittet under hans lærestol, for eksempel Matteo Ricci og Alexandre de Rhodes.