I steinalderen var Mälaren fortsatt en dyp vik av Østersjøen. Omkring 1000-tallet ble Mälaren gradvis separert fra Østersjøen gjennom en Postglasial landheving. Da vikingtiden endte, lå vannstanden ca. fem meter over dagens nivå. Mälaren ligger i dag gjennomsnittlig ca. 0,7 meter over havet. Innsjøens overflate har steget 0,4 meter sammenlignet med havoverflaten gjennom 1900-tallet på grunn av landhevingen. Ved Mälarens nordlige del skjer det fortsatt en langsom landheving, og landhevingen er større der enn ved innsjøens utløp. Mälaren er for tiden regulert med sluser ved Riksbron for å forhindre at brakkvann strømmer inn i Mälaren ved høyvann i Saltsjön. Slusene blir kun lukket ved de tilfeller hvor havoverflaten er høyere enn Mälarens overflatenivå.