I 1950 tok Gallagher en jobb som hovedtrener i amerikansk fotball for Santa Clara University i California. Han hadde tidligere takket nei til et jobbtilbud som hovedtrener for University of Pittsburgh, og tok over etter Len Casanova da Casanova tok stillingen med Pittsburgh. «Naturally I regret leaving the Browns,» kommenterte Gallagher. «I realize it is because of my association with Paul Brown that I am getting this opportunity. It looks like an interesting year in professional football coming up and I'd like to be part of it. But everyone has ambitions to become a head coach and this looks like a good opportunity.» Han signerte en 3-årig kontrakt med en lønn på $12 500.