I 1888 ble området underlagt Det britiske ostindiske kompani. Herfra ble Storbritannias økonomiske og politiske interesser styrt. De forhandlet også frem flere med kongeriket Buganda. I året 1893 krevde Sir Gerald Portal i Entebbe, hvor landets nåværende internasjonale flyplass ligger, Uganda til den engelske krone. I 1894 ble Uganda en del av et britisk protektorat. Man måtte deretter føre noen mindre kriger for å stoppe motstanden blant de originale befolkningsgruppene mot et kolonialt statssystem. I 1902 ble området oppdelt i to forvaltningsenheter som svarer til nåværende områder fra Uganda og Kenya.