Erik Boheman var gift første gang (1919–1927) med grevinne Gunilla Wachtmeister, datter av universitetskansler greve Fredrik Wachtmeister og friherrinnan Louise af Ugglas, andre gang i 1932 med Margaret Mattsson, datter til grosshandler Allan Mattsson og Karin Danielsson. Erik Boheman var mormors far til skuespilleren Richard Ulfsäter.