Fordi paven aktet å sendte ham som sin representant til keiseren, ble utnevnt til biskop; pavens valg falt på bispedømmet Isola i kongedømmet Napoli og utnevnte ham dit den 21. august 1634. Han ble bispeviet i den 10. september samme år, av kardinal Giulio Roma. Alfieri var også administrator av det apostoliske nuntiatur til Flandern inntil utnevnelsen av Richard Paul Stravius.