Valignanos granskning av de senere tiårs katolsk misjon førte ham til en rekke konklusjoner som skulle bli av stor betydning fremover. Den første var at kristendommens bånd til den ekspanderende vestlige kolonihandel var mer en hemsko enn en støtte for forkynnelsens gjennomslagskraft. Han begynte derfor å løsne på misjonens bånd til og nær avhengighet av den portugisiske stat, og passet på at ikke kolonimakten la seg for meget opp i kirkens arbeide. Videre forbød han jesuittordenens medlemmer å samarbeide med den portugisiske inkvisisjonens jakt på heretikere. Inkvisisjonen var blitt gitt innpass i India i 1540. Men det viktigste var pater Valignanos tredje overbevisning, nemlig om kulturell tilpasning (adaptasjonsmetoden). Denne tilpasningslinjen skulle bli pregende for jesuittenes misjonsinnsats i Asia i nær to hundre år fremover.