Alois Wagner ble født som det første av fem barn i en liten bondefamilie i Mühlviertel i Oberösterreich. Etter å ha gått på gymnasium i Linz og etter dets nedleggelse av nasjonalsosialistene så ved gymnasiet i Ried im Innkreis, ble han trukket inn i Wehrmacht i 1944 i en alder av 20 år. Wagner ble tatt til krigsfange av britene, og kom ikke tilbake til Østerrike før i 1946.