Etter endt spillerkarriere vendte Ochotorena tilbake til Valencia CF for å bli trener for klubbens målvakter. Da Rafael Benítez tok over som manager for i juli 2004, fulgte Ochotorena med til den engelske klubben, hvor han tok over etter tidligere målvaktstrener Joe Corrigan. Ochotorena forlot Liverpool på sommeren 2007, hvorpå han vendte tilbake til Valencia CF.