Fjorden har innløp mellom Bjørnetrynet ved Bjørnåsen like utenfor Halhjem i vest og Vinnes i øst, en avstand på cirka 8 kilometer. På vestsiden av fjorden ligger Osøyro, kommunesenteret i Os kommune. Nordvest for Osøyro ligger Hattvik og fra der går det ferjesamband tvers over fjorden til Venjaneset og rett innenfor neset ligger Fusavika og bygda Fusa, som har gitt navn til kommunen. Kommunesenteret til Fusa er derimot Eikelandsosen i bunnen av Eikelandsfjorden. Tre kilometer lengre nord deler Fusafjorden seg i de tre nevnte fjordene.