Da aksemaktene Tyskland og Italia okkuperte Jugoslavia i 1941, så mange kroater sjansen til å oppnå uavhengighet fra serberne. Det ble derfor opprettet en kroatisk fascist-stat, kalt Den uavhengige staten Kroatia ( Nezavisna Država Hrvatska, NDH), under ledelse av Ante Pavelić og hans Ustaša-bevegelse. Ustaša-regimet forfulgte serbere, sigøynere og jøder, og det fantes den beryktede kroatiske Jasenovac konsentrasjonsleir.