Henrik Syse gjennomførte Forsvarets russiskkurs 1986–1987, ble cand.mag. ved Universitetet i Oslo i 1989 og Master of Arts ved Boston College som Fulbright-stipendiat i 1991. Han var forskningsstipendiat ved Norges forskningsråds etikkprogram (1992–1997) og ble dr.art. i filosofi ved Universitetet i Oslo i 1997.