Jomfruturen gikk fra Portugal til India i 1502 under kommando av Estevão da Gama, en fetter av Vasco da Gama. Imidlertid ble det komplikasjoner på en reise i 1503. Hun var da lastet med krydder. Størrelsen og vekten gjorde det vanskelig å manøvrere, spesielt i den sterke strømmen i Mosambik-kanalen, og ikke minst rundt Cabo das Correntes. Et øyenvitne, Thomé Lopes, så henne springe lekk, og deretter ventet reparasjoner på Mosambikøya, som tok nesten to måneder. Hun kom endelig til Portugal i slutten av 1503.