Kystjegerkompaniets hovedrolle er etterretningsinnhentning, gjennom oppklaring med hjelp av ulike sensorer og personbasert innhentning. Kompaniet har også god mulighet til å løse direkte stridsoppgaver, både gjennom kvalifisert indirekte bekjempning og gjennom direkte stridsinnsatser («»). Selv om kompaniet inngår i 2. amfibiebataljon kan det også operere helt selvstendig eller underlegges en annen sjef. Kystjegerkompaniet består av en oppklaringstropp (), en jegertropp, en skarpskyttergruppe og en samvirkegruppe (innhenter informasjon gjennom avhør eller samvirke med ulike personer), en FRT-gruppe (lett traumegruppe – sanitetsteam med lege), en DSG-gruppe (driftstøttegruppe – støtte ved reparasjoner og underhold av båter og våpen), en JTAC-gruppe (leder innsatser med fly) samt en stridsledelsesgruppe (støtter staben i ledelsesarbeidet). Kompaniet forflytter seg med hjelp av Stridsbåt 90 HS, gruppebåt, gruppedykkerbåt, trenferge og lett oppklaringsbil.