De fleste barn i skolepliktig alder i Sør-Dakota går på offentlige grunnskoler. De offentlige skolene drives innen skoledistrikter med hvert sitt skolestyre som øverste myndighet. I 2017/2018 var det 149 skoledistrikter. På landsbygda er det mange små skoler. Ingen delstat har flere skoler i forhold til folketallet enn Sør-Dakota, noe som gir høy lærertetthet. Likevel var lærerlønningene og skolebevilgningene per elev blant de laveste i USA i 2017/2018. På de nasjonale utvalgsprøvene (ACT) i 2013 og 2017 scoret elevene i Sør-Dakota noe over gjennomsnittet for hele USA. I perioden 2013–2017 hadde 91,4 % av befolkningen i Sør-Dakota over 25 år fullført high school, og 27,8 % hadde en collegeutdannelse eller høyere grad.