Nedbørfeltet ligger hovedsakelig over 1000 moh og omfatter mange isbreer. Høydalsvatn er største innsjø. Elva har sine kilder ved Smørstabbreen vest i Jotunheimen. Den renner derfra mot nordøst gjennom Bøverdalen, og munner ut i innsjøen Skim i Ottavassdraget ved tettstedet Fossbergom. Like før utløpet i Skim danner elva Prestfossen. Fra sørøst tar Bøvra opp de store sideelvene Leira og Visa, som kommer fra de sentrale delene av Jotunheimen nasjonalpark, med Norges to høyeste fjell, Galdhøpiggen og Glittertinden, beliggende på hver sin side av Visdalen.