Ahnen ble født den 18. september 1606 i Rügen i Pommern i det nåværende Tyskland, som sønn av den pommerske adelsmannen Staffen von Ahnen (ca. 1530 – ca. 1614) og Anna von Zuhm, datter til Erich von Zuhm auf Üselitz. Han ble første gang gift med Else Knudsdatter Urne, som han fikk tre barn sammen med. Hun var datter av lensherre Knud Axelsen Urne (1564–1622) til Årsmarke og Margrethe Eilersdotter Grubbe (1568–1654).