Mens han tjenestegjorde som torpedooffiser på depotskipet «Vulcan» i 1894, fikk Scott vite om den finansielle katastrofen som hadde inntruffet i familien. John Scott, som hadde solgt bryggeriet og investert gevinsten uklokt, hadde mistet all kapital og var nå i praksis konkurs. I en alder av 63, og med dårlig helse, ble han tvunget til å ta seg jobb som bryggerileder og flytte med familien til Shepton Mallet i Somerset. Tre år senere, mens Robert tjenestegjorde med kanalskvadronens flaggskip «Majestic», døde John Scott av en hjertesykdom. Han etterlot seg en familie i krise. Hannah Scott og hennes to ugifte døtre var nå fullstendig avhengig av tjenesteytelsen til Scott og lønnen til den yngre broren Archie, som hadde forlatt hæren til fordel for en høyere betalt stilling i kolonialtjenesten. Archies egen død høsten 1898, etter å ha fått tyfoidfeber, betød at hele det finansielle ansvaret for familien nå lå på Scott.