I 2009 bekjentgjorde Madsen at han ville gå av som klubbens leder, og han ble etterfulgt av Håkan Jeppsson det påfølgende året. I 2010 feiret klubben sitt 100-årsjubileum med flere feiringer i starten av sesongen. På dagen for klubbens 100-årsjubileum erklærte det svenske fotballtidsskriftet , etter å ha gått gjennom mengder med statistikk, at Malmö FF var den største fotballklubben i svensk historie. Sesongen ble en stor suksess for klubben, som vant Allsvenskan for nittende gang og ble svensk seriemester for 16. gang. Til forskjell fra 2004-sesongen, ble sesongen vunnet uten større overganger, og med en spillertropp som for det meste besto av yngre spillere. Klubben har etter dette fortsatt å vise seg å være en av de mest dominerende fotballklubbene i Sverige. Under 2011-sesongen var klubben på andreplass i den allsvenske maratontabellen. Malmö FF er også rekordholdere av antall seire i Allsvenskan og Svenska cupen, og er på andreplass etter IFK Göteborg i antall vunnede svenske seriemesterskap.