Harboe har fått alminndelig ros for sitt milde, velvillige og rettenkende væsen, men hans bispetid inneholder for kirkens vedkommende ingen store begivenheter eller kamper; det er likesom vindstille forut for den kommende storm. Fritenkeriet bredte seg i de høyjere klasser, åndelig sløvhet og uvitenhet i almuen. Regjeringen hadfde sin særlige oppmerksomhet rettet på skoleundervisningen og på reformer ved gudstjenesten. Det er Harboe som konsiperte forordningen ag 25. maij 1759, som nærmere presiserer bestemmelsene om konfirmasjonen.