Det viste seg senere at Skjærgårdskirken ved pastor Glenn Rasmussen hadde vært involvert i driften og var de reelle ansvarshavende. Skolen ble sterkt omdebattert på grunn av konflikter med ansatte og ledelsen. Skolen mistet i desember 2005 statsstøtten på grunn av økonomisk sammenblanding av skole og kirke og uklare ansvarsforhold og måtte tilbakebetale deler av statstilskuddet som ikke hadde kommet skolen tilgode.