Sesongen begynte med store endringer i lagets angrepsrekke. Tight end Rob Gronkowski ble skadet og Aaron Hernandez ble arrestert. Wes Walker gikk til Denver Broncos, Danny Woodhead til San Diego Chargers og Brandon Lloyd ble frigitt. For å erstatte de fem spillerne plukket Patriots opp Danny Amendola som free agent fra Rams, og draftet wide receiverene Aaron Dobson og Josh Boyce, samt plukket opp den usignerte nykommeren Kenbrell Thompkins. I de to første kampene fullførte Brady 52% av pasningene og hadde tre touchdowns og én interception. thumbnail|Brady i 2013-sesongen Brady jaktet på Drew Brees' rekord på 54 seriekamper på rad med minst én touchdownpasning, men rekken ble avsluttet på 52 i uke 5 da Patriots tapte mot Cincinnati Bengals. I en kamp mot New Orleans Saints i uke 6 slet Patriots i første halvdel, men kom sterkt tilbake i andre, med 269 pasningsyards for BRady og en touchdown til Kenbrell Thompkins idet tiden løp ut for å sikre seieren.