Johann VI døde den 4. juli 1667, og Sophie Augusta overtok Coswig som enkesete. Hun overlevde ektemannen med 13 år, hadde 14 barn hvorav fem nådde voksen alder. Hun var formynder for sønnen Carl Wilhelm (1652–1718) da han var mindreårig. Sophie Augusta døde selv på Coswig den 12. desember 1680. Hun ble gravlagt i fyrstekammeret i St. Bartholomäikirche i Zerbst, 1899 flyttet til slottskrypten og fra 1948 i St. Bartholomäi igjen.