Da finskekrigen brøt ut i februar 1808 var af Klercker kommandant i Finland, med grad av generalløytnant under feltmarskalk Klingspors tjenestefrihet. På tross av at han da var 73 år gjennomførte han forberedelsene for forsvaret mot det russiske angrepet med stor besluttsomhet. af Klerckers plan var å forsvare grensen mot Russland, og om det ikke lyktes, å samle arméen nær Tavastehus for et avgjørende slag. af Klerckers planer ble imidlertid forkastet av Klingspor da denne returnerte fra Stockholm og tok over kommandoen 1. mars 1808, på tross av ivrige protester fra af Klercker.