Gel-elektroforese er en biokjemisk teknikk der man ved bruk av elektrisk felt kan separere DNA-molekyler fra hverandre på lengden. Jo mindre partiklene er, jo lenger vil de vandre mot plusspolen. Med denne teknikken kan man separere DNA-molekyler med størrelser fra noen hundre nukleotider opp til over 10 000 nukleotider. Elektroforesen foregår i en gel, agarose, et polysakkarid isolert fra alger. Denne gelen blir nedsenket i en tank som er fylt opp med en buffer som leder elektrisitet. I gelen er det små brønner der man appliserer DNA-fragmentene. Fosfatgruppa i DNA-trådene bærer et negativt ladd oksygenatom som gir molekylet en negativ ladning. I en elektrisk strøm vil derfor DNA-molekylet bevege seg mot den positive polen i elektroforese kammeret. DNA-fragmentene beveger seg gjennom porene i agarosegelen ved ”slangebevegelser”, hvor de mindre fragmentene vandrer fortere og lengre enn de lengre fragmentene over en viss tid. Slik blir DNA-fragmentene separert etter størrelse. Denne prosessen foregår først ved 50 volt i 5 min. og deretter ved 100 volt i 45 min. Etter elekroforesen må DNA-trådene farges for å bli synlige. Man legger da agarosegelen i en løsning med etidiumbromid (EtBr). EtBr vil binde seg inne i DNA-molekylet, mellom to basepar, og dermed strekke ut hele DNA-spiralen. Ved UV-belysning vil så DNA-båndene kunne ses med øyet. For å finne størrelsen av DNA-fragmentene i en prøve, kjører man samtidig en markør som består av DNA-fragmenter med kjent størrelse. Ved hjelp av en standardkurve av den kjente markøren, kan de ukjente DNA-fragmentenes størrelse beregnes.