I 1840 reiste Lindo til El Salvador hvor han med støtte fra general Francisco Malespín ble statsråd fra oktober 1840 til januar 18141. Deretter ble han valgt til midlertidig statssjef av staten El Salvador fra 7. januar 1841 til 22. februar 1841, etterfulgte oberst Antonio José Cañas Quintanilla. Fra 22. februar 1841 til 1. februar 1842 var han president av staten. Overgangen i februar 1841 kom da den lovgivende forsamling erklærte El Salvador som uavhengig av den mellomamerikanske føderasjon.