Hoxhas helseplager ble gjenstand for mange rykter. Ved hans død var det på det rene at Hoxha hadde lidd av diabetes siden 1948, fikk et hjerteinfarkt i 1973, og ble rammet av hjerneslag i 1983. Mellom mai og oktober 1983 trakk Hoxha seg tilbake fra offentligheten, noe som førte til hyppigere spekulasjoner om hans helse.