Til tross for sin nære beliggenhet til den farbare Boyne-elven, var Clonard lenge forskånet for angrep. Først i 841, kort tid etter norrøne nordboere, opprinnelig fra Norge, hadde etablert et urbant sentrum i Dublin, ble Clonard angrepet av vikinger som også berørte Clonenagh og Killeigh, noe som førte til omfattende ødeleggelser. I 848 allierte nordboerne seg med den irske kongen av Cianachta Breagh (østlige Meath) og sammen angrep de Maelseachaliann. Etter det, i 864, var klosteret vitne til hvordan kongen Conchobor ble druknet av vikingene direkte ved klosteret i Kilwarden-elven. De irske krønikenbe rapporterer deretter bare ytterligere angrep fra vikingene i 891 og 939.