Hans andre opphold i klubben ble preget av en del uroligheter. Blant annet førte en krangel mellom Thompson og en av Liverpools mest populære spillere i klubben noensinne, Robbie Fowler, til at Fowler ble solgt til Leeds United. Thompson fikk hovedansvaret å lede Liverpool, mens Houllier fikk hjerteproblemer og måtte gjennom flere omfattende hjerteoperasjoner. Han klarte oppgaven med en viss suksess.