Fannefjorden er relativt grunn (67 meter), mens Langfjorden har største dyp på 360 meter. Største dyp er 507 meter i Julsundet, og mellom Hjertøya og Vestnes går dybden ned til 480 meter. Fjorden er skilt fra havet av flere øyer og grunner (terskelen er 180 meter på det grunneste). Saltinnholdet er litt lavere i overflaten enn på dypet.