Da japanerne invaderte i desember 1937 arbeidet hun og andre utlendinger i byen, blant annet John Rabe, med å beskytte de sivile som hadde søkt tilflukt i Nanjings sikkerhetssone. Ginling Girls College ble et fristed for flyktninger, og til tider var det rundt 10 000 kvinner der i et anlegg som var beregnet på å huse mellom 200 og 300. Med bare sin snarrådighet og et amerikansk flagg klarte Minnie Vautrin for det meste å avvise inntrengere til kollegiet som var ute etter kvinner de kunne ta med seg og voldta. Vanligvis ble de voldtatte drept etterpå, gjerne med bajonettsår i magen.