Når det kommer rapport om UFOer eller romvesner må X-COM rykke ut, enten for å skyte ned UFOer og/eller for å kjempe mot romvesnene på bakken. I begynnelsen har man kun konvensjonelle våpen og kjøretøyer, men kunnskap man tilegner seg fra romvesnene fører til rask teknologisk fremgang. Oppdrag ender med at soldatene dør, at de overvinner romvesnene eller at soldatene må trekke seg tilbake. Soldater som overlever kan bli sterkere og være bedre til neste oppdrag.