I denne krigen hevdet Abdur Rahman seg både med evne og et energisk mot. Selv om hans far, Afzul Khan, som ikke hadde noen av disse kvalitetene, inngikk forlik med emiren Shir Ali, ble snart emiren mistenksom ovenfor nevøens oppførsel i den nordlige provinsen. Abdur Rahman flyktet over Amu-Darja til Bukhara. Shir Ali kastet Afzul Khan i fengsel og et alvorlig opprør tok til sør i landet.