Det puritanske styret som fulgte de første suksessene til parlamentarikerne førte til Leeds fikk to puritanske prester i sognekirken og den nye kirken St. John. I 1644 fikk befolkningen noe annet å bekymre seg for: det brøt en smittsom sykdom så alvorlig at det gjenspeilte svartedauden i middelalderen. Rundt 1300 av innbyggerne døde. Det ukentlige markedet stoppet opp og antallet døde ble så stort at sogneregistrene klarte ikke å få med seg alle.