Den viktigste prosessen som former fosteret er regional differensiering. I den tidlige fosterdannelsen er fosteret en ball eller plate med mer eller mindre like celler. En serie små molekyler kalt utvikles fra forskjellige sentre i fosteret og påvirker de omkringliggende cellene i forskjellig grad. Både konsentrasjonen av disse stoffene i den enkelte celle og kombinasjonen av stoffer påvirker cellene til å vokse, krympe eller dele seg, slik at mønstrene som danner strukturene i den nye organismen blir skapt.