I 2006 ble Sundseth utnevnt til nestkommanderende og stabssjef ved Fellesoperativt hovedkvarter. Samtidig ble han også forfremmet til generalmajor. I statsråd 27. mars 2009 ble han utnevnt til sjef for innovasjon, nettverkskapasiteter og informasjonsstruktur (INI) i Forsvaret. Sundseth var Cyberforsvarets første sjef ved opprettelsen i 2012 frem til han gikk av med pensjon av ved årsslutt 2013. I tiden som sjef INI og Cyberforsvaret var han en av initiativtakerne til etableringen av Center for Cyber and Information Security (CCIS).