Ved de alliertes rettssak mot de ledende nazistene i Nürnbergprosessen etter krigen ble Papen tiltalt på punkt 1 og 2: Konspirasjon (sammensvergelse) for å utføre forbrytelser i punkt 2–4 og forbrytelser mot freden. Tribunalet la til grunn at von Papen kunne kjennes skyldig bare dersom han hadde medvirket til angrepskrig. Tribunalet fant det ikke bevist at han hadde medvirket til planlegging av aggresjon der annektering av Østerrike var et første trinn. Tribunalet fant det heller ikke bevist at han hadde deltatt i planlegging av eventuelt militært angrep på Østerrike i denne forbindelse. Det var ifølge dommen bevist at von Papens oppdrag som utsending i Østerrike var å undergrave Schusniggs regjering og styrke de østerrikske nazistene. Tribunalet konkluderte med at slik politisk påvirkning var moralsk problematisk, men ikke kriminelt i henhold til de bestemmelsene tribunalet skulle dømme etter. Etter Anschluss trakk von Papen seg tilbake inntil han ble ambassadør til Tyrkia og tribunalet fant ikke at han hadde medvirket i noe kriminelt i den rollen. Tribunalet konkluderte med at han ikke var skyldig i noen av punktene i tiltalen. I 1947 ble han dømt til 8 års tvangsarbeid og sluppet fri i 1949.