Ikke desto mindre hadde Bonanni tidlig, i sine verkers funderinger rund fossilenes karakter og opprinnelse, ytret tvil om hvorvidt transportteorier var fullgode forklaringer for fossilenea antall og distribusjon. Han spekulerte senere på om fossiler burde bli delt inn i to grupper; de som var rester etter organismer, og de som var «produkter av naturkrefter». Slike tolkninger var i pakt med den nye og utfordrende tanke at verden måtte ha gjennomgått «ekstraordinære forandringer» for å kunne ha produsert det store mangfold og den vise utberedelse av fossiler.