Det er fire kongelige gravkapeller tilknyttet domkirken; Christian Is eller Helligtrekongers kapell fra ca. 1460, Christian IVs kapell fra ca. 1620, Frederik Vs kapell fra ca. 1775 og Christian IXs eller Det Glücksborgske kapell fra 1925. I tillegg kommer Frederik IXs begravelsesplass fra 1985 som ligger utenfor selve domkirken. I tillegg til gravkapellene benyttes koret som begravelsesplass og her ligger blant annet Margrete I.