Moderne menneskelig bosetting på Borneo kan spores 40 000 år tilbake. Etniske grupper som regnes til negritoene, er den eldste påviselige gruppen av jegere og sankere i Malaysia. Ekspansjonen av austronesisktalende jordbrukere fra Borneo til den malayiske halvøy skjedde 1600–1000 f.Kr., og fortrengte i stor grad urfolkene.