Videospillet er basert på en Marvel-tegneserie med samme navn, og spilleren møter en rekke Marvel-karakterer som for eksempel Captain America, Daredevil, Doctor Doom, Elektra, Human Torch, Iron Man, Magneto, Spider-Man og Wolverine. I spillet er det om å gjøre å vinne en storslagen krig som herjer i Marvel-universet. Det er mulig å velge om man vil være superhelter som Spiderman, Iron Man eller Wolverine. Superhelten skal kjempe mot en hær av "imperfects" som prøver å ta over universet.