Fra 1993 var Jacobsen beordret som kommandør for luftstridskreftene i Nord-Norge. Denne stillingen hadde han i et år før han ble beordret til tilsvarende stilling i Forsvarskommando Sør-Norge. I mars 1997 ble han beordret til stillingen som Luftforsvarets øverste militære leder, Generalinspektøren for Luftforsvaret (GIL).