I 1994 nådde Chargers sitt første, og så langt eneste, Super Bowl, da de møtte 49ers i Super Bowl XXIX. De nådde Super Bowl ved å starte sesongen med seks seiere på rad, og avsluttet sesongen 11-5. Quarterback Stan Humphries og wide receiver Tony Martin tangerte en NFL-rekord da de sammen kastet en 99-yard touchdown da de slo Seattle Seahawks 27-10. De vant divisjonen bak et forsvar ledet av linebacker Junior Seau, defensive tackles Reuben Davis og Shawn Lee, defensive end Leslie O'Neal og et angrep ledet av Natrone Means, Humphries og Martin. Chargers overrasket med seiere mot Dolphins og Steelers i sluttspillet, men tapte 49-26 mot 49ers i Super Bowl XXIX.