Alabama er også utsatt for tropiske sykloner og endog orkaner. Områder i delstaten som ligger langt fra Mexicogulfen er heller ikke forskånet mot stormer, som ofte sørger for store nedbørmengder mens de beveger seg inn i landet og avtar i styrke. I det sørlige Alabama forekommer det ofte tordenvær, og i området rundt Mobile Bay er det gjennomsnittlig 70–80 dager i året med tordenvær. Denne aktiviteten avtar noe lengre nord i delstaten, men selv lengst i nord er det rundt 60 dager med tordenvær i året. De sentrale og nordlige delene er mest utsatt for store lynnedslag. Av USAs delstater har Alabama 7. flest dødsfall som følge av lynnedslag og 9. flest dødsfall som følge av lynnedslag per innbygger.