Stefan VI er mest kjent for at han i sin korte tid som pave gjennomførte Kadaversynoden, en rettssak mot pave Formosus, i januar 897. Liket av Formosus ble gravd opp og satt på en trone, hvorpå Stefan VI fremførte anklagene mot ham. Han ble funnet skyldig, fratatt paveklærne og kastet i Tiber.