Etter disputasjonene underviste han i katolsk dogmatikk ved Universitetet i Paderborn. Samtidig arbeidet han parallelt som prest og som psykoterapeut, og fortsatte også å skrive bøker om teologiske emner. Etter en konflikt om katolske dogmer, og etter mange runder over flere år med diskusjoner og stor oppmerksomhet i massemediene, ble han i 1992 suspendert fra prestetjenesten.