Den 19. juni 1745 hadde han ektet Henriette Augusta av Lippe-Detmold. Hun kjøpte slottet Nordborg som enke hvor hun bodde til sin død 5. august 1777. Da Frederiks yngre bror Karl Ernst var død allerede i 1761, overtok hertugparets eldste sønn Frederik Henrik Vilhelm hertugtittelen til Glücksborg.