I 1893 ledet Götzen sammen med Georg og Prittwitz og Hermann Kersting en ekspedisjon på over 600 menn gjennom Rwanda, som på den tiden var isolert og uutforsket. Ekspedisjonen la ut fra byen Pangani på kysten av Tanganyika (dagens Tanzania) den 21. desember 1893. Etter et langt opphold ved en katolsk misjonsstasjon ved Ushirombo, fortsatte han med en mindre ekspedisjon på rundt 360 mann. Den 2. mai 1894 krysset Götzen Kageraelva, og ble den andre europeeren til å sette fot i kongeriket Rwanda etter østerrikeren Oskar Baumann i 1892. Götzens ekspedisjon fortsatte rett gjennom Rwanda, og den 30. mai kom de fram til kongepalasset i Nyanza, hvor han traff kongen (mwami), Kigeli IV Rwabugiri. Ekspedisjonen fortsatte videre vestover gjennom kongeriket, og kom omsider fram til Kivusjøen. Etter å ha nådd Virungafjellene, bestemte Götzen seg for å fortsette videre gjennom jungelen i Kongo, hvor ekspedisjonen fulgte Kongoelva ned til Atlanterhavskysten.