I perioden 1966-1978 var han ballettmester ved Det Kongelige Teaters ballett, og blant hans oppsetninger i den perioden vakte især balletten fra 1972 stor oppmerksomhet. I den opptrådte det i visse scener nakne dansere, herunder ballettmesteren selv og hans daværende kone, Vivi Flindt, mens rockgruppen Savage Rose laget musikken til den. Balletten ble en stor suksess liksom flere av hans andre oppsetninger i perioden. I 1978 dannet han sitt eget ballettkompani som hadde premiere med . Få år senere ble Flemming Flindt ansatt som ballettmester ved balletten i Dallas, USA. Senere fungerte han som frilans koreograf, innen han i 1991 vendte tilbake til Det Kongelige Teater.