Han oppga dog foretagendet, da det vakte motstand i vide kretser. I 1571 blir kongen i stedet trolovet med sin kusine Sophie av Mecklenburg, og igjen knyttes forbindelsen mellom Anne og beileren Krognos. Bryllupet fant sted den 11. januar 1573 i København, men kun et halvt år senere døde Krognos. Anne tilbragte sin enkestand på Bregentved, som husbonden hadde tilsagt henne på livstid. Selv døde hun 15. februar 1589, og ble begravet ved sin manns side i Sankt Bendts Kirke i Ringsted.