Sesongen 1992/93 ble klubbens første etter skilsmissen fra RBK. Sportslig bød sesongen på et nytt nedrykk til 2. divisjon, men historien fra året før gjentok seg. Dermed var plassen til 1. divisjon sikret fra høsten 1993. Ikke minst takket være god innsats av målvakt Atle Johansen. Thore Larsen var tilbake som trener denne sesongen. I juniorklassen greide laget å kvalifisere seg til sluttspillet i NM. I sesongen 1993/94 rykket A-laget ned til 2. divisjon, og greide ikke å kvalifisere seg til 1. divisjon etter nyttår. Dermed var laget i 2. divisjon fra høsten 1994. Heller ikke i sesongen 1994/95 skulle det bli nytt gjensyn med 1. divisjon. Rosenborg var med, men feilet i opprykkskampene. I sesongen 1995/96 så startet Rosenborg i 2. divisjon, men spilte seg opp. Bare for å få konstatert at nivået nå var atskillig høyere enn forrige gang de var oppe. Det ble bunnplassering, men ingen lag rykket ned. Også i sesongen 1996/97 kom Rosenborg på 6. og sisteplass, men ingen rykket ned da heller. Sesongen 1997/98 ga Rosenborg et sportslig løft, og laget havnet på 4.-plass i 1. divisjon. Det ble tyngre sesongen etterpå, og laget måtte gjennom kvalifisering for å berge plassen. I sesongen 1999/2000 ble det en flott 4.-plass på Rosenborg i 1. divisjon, men året etterpå ble det 8.-plass etterfulgt av 9.-plass året etter. Når 9. og sisteplass ikke førte til nedrykk skyldtes dette ishockeyforbundets avgjørelse om at ingen lag skulle rykke ned. I sesongen 2002/03 ble det 6.-plass. Rosenborg kom på 10. og sisteplass i 1. divisjon i sesongen 2003/04. Dermed kom en ny tur ned til 2. divisjon. Trondheim hadde vært uten representant i kvinneserien i to sesonger da Rosenborgs damer viste muskler. Rosenborgs damelag endte i sesongen 2002/03 på nest sisteplass i serien, men dameleget tok NM-sølv i sesongen 2003/04. Rosenborgs herrer spilte i 2. divisjon i sesongen 2004/05 og gikk til topps. Dermed var det igjen klart for opprykk. Damene endte på 3.-plass i NM etter å ha vunnet 3-1 over Siddis i bronsefinalen. Rosenborg kom på 7.-plass i 1. divisjon i sesongen 2006/07 og det ble en ny 3.-plass til damelaget. I sesongen 2006/07 vedtok ishockeyforbundet å utvide 1. divisjon til 16 lag, og det bidro til at Rosenborg berget plassen og unngikk å være bunnlag. Damelaget tapte bronsefinalen i NM mot Jordal med 2-3, men fikk hele 3 spillere med på «all star team»: Erle Hedne, Ingvild Farstad og Aina Høve. I sesongen 2007/08 kom Rosenborg på 10.-plass i 1. divisjon. Rosenborgs hockeydamer kom på 4.-plass i NM med Aina Høve og Elise H. Dahl på «all start team».