Nikeforos var eldste sønn til Mikael II Komnenos Dukas og hans kone Theodora Petraliphaina. I 1249 ble Nikeforos forlovet med Maria, barnebarnet til keiser Johannes III Dukas Vatatzes av Nikea som også ga ham tittelen despot. Ekteskapet mellom dem ble inngått i 1256, men Maria døde allerede i 1258.