Til tider har forskjellige kristne grupper undertrykt hverandre med makt, og også de som ble drept i slike sammenhenger regnes ofte som martyrer. De sees da ikke som forsvarere av troen mot en ytre fiende, men som forsvarere av det deres kirke oppfatter som den sanne tro. Et tydelig eksempel på dette finner man i forbindelse med reformasjonen i England, hvor både katolikker og protestanter ble forfulgt under de forskjellige regenter. Begge regner de som ble brent i denne perioden som martyrer.