Paulus ble på et tidspunkt, enten rett etter perioden i husarrest eller etter en periode som fri mann, framstilt for keiser Nero, og dømt til døden. Han satt i ni måneder under forferdelige forhold i Mamertinerfengselet i Roma, før han ble henrettet. Keiser Konstantin bygde en kirke over hans grav, som med tiden har blitt utvidet til St. Paul utenfor murene, en av Romas største kirker. I 2006 ble det kjent at en sarkofag med hans navn var funnet i denne kirken. Det var i Pauluskirkens kapell at Birgitta av Vadstena fikk en visjon om at Kristus talte til henne fra korset. En statue av Birgitta står i kapellet.