Etter frigjøringen i 1945 ble Birksted oberstløytnant i det danske forsvaret og leder for Kontoret for luftmilitære saker, senere formann for Det luftmilitære utvalg og luftmilitær rådgiver for forsvarsministeren. I 1950 ble han utnevnt til oberst og sjef for flyverstaben, fra 1960 tilknyttet NATO.