Koreakrigen på 1950-tallet holdt militærbasen i hektisk aktivitet, og i 1955 ble San Francisco Port of Embarkation om døpt til U.S. Army Transportation Terminal Command Pacific. Innskipningen fortsatt gjennom de første årene av 1960-tallet, men i 1965 ble hovedkvarterene overført til Oakland Army Terminal, og det mest av Fort Masons aktiviteter ble avviklet. Hæren fortsatte å benytte og vedlikeholde de gamle offisersbygningene, men National Park Service over tok administrasjonen av stedet på 1970-tallet som en del av Golden Gate National Recreation Area.