Tobiasen startet sin karriere med det danske laget B 1908 og dro senere til den nederlandske klubben SC Heerenveen. Her imponerte han talentspeidere fra storklubben Ajax Amsterdam som tok han inn i sin stall før 1997-sesongen startet. Mens han var i klubben fikk han kamper for det danske landslaget og spilte kvalifiseringskamper til både Fotball-VM 1998 og EM i fotball 2000, men gikk glipp av begge sluttspillene på grunn av skader. Han ble borte fra fotballen mellom 1999–2002 på grunn av skade, og meldte deretter overgang til nederlandske AZ Alkmaar hvor han spilte 13 kamper. Deretter dro han tilbake til Danmark og FC København. I 2005-sesongen ble han lånt ut til før han i 2006 signerte for .