Selv ble Peder gift med Anna Dorothea Bremer (1659–1746), datter av Jørgen Bremer og Christina. Deres barn: Christian Pedersen Krog (1682–1754), president i Trondheim – gift med Ingeborg Maria de Knagenhjelm; Nils Krog (1683–1738), rektor ved katedralskolen i Trondheim – gift med Margrete Tyrholm; Sophie Amalie Krog (1686–1735) – gift med Hans Jenssen Collin; Jørgen (Georg) Henrik Pedersen Krog født 1687, ble pavens bibliotekar i Roma.