Etter å ha takket Link for å ha reddet Hyrule, bruker Zelda Ocarina of Time til å sende ham syv år tilbake i tid for å tillate ham å oppleve sine tapte barndomsår. Link blir transportert til Temple of Time til øyeblikket før han tok Master Sword. Men i stedet for å ta sverdet, vender han om og går ut av templet. Slik forhindrer han Ganondorf fra å kunne nå Sacred Realm. Link entrer så Hyrule Castle igjen og oppsøker Prinsesse Zelda. Idet hun får øye på ham, slutter spillet.