Personer med schizoaffektiv lidelse har generelt bedre prognose enn de med schizofreni, og omtrent den samme eller verre (den depressive undergruppen har den minst fordelaktige prognosen) enn de med bipolar lidelse. Individuelle utfall kan være bedre enn de sitert ovenfor, siden disse prognosene er basert på statistiske gjennomsnittsverdier på en stor gruppe pasienter.