Men innen den tid var nedtrappingen av Mittelbau-Dora allerede begynt. Med de overbefolkede underleire og kaldere værforhold forverret situasjonen seg i alle leire og dødeligheten økte betydelig. Etter en topp i mars 1944 på 750, hadde dette sunket til 100 til 150 per måned i løpet av sommeren. Fra november økte det og I desember 1944 var det offisielle tallet 570, hvorav 500 døde på . På slutten av året begynte SS å evakuere de innsatte i Auschwitz og Gross-Rosen før den fremrykkende Røde Armé kom frem. Mange av dem ble fraktet til Mittelbau. I mars 1945 ankom opp til 16 000 fanger - inkludert kvinner og barn. Selv om mange døde i transitt økte dette antallet av jøder i Mittelbau. De som overlevde var ofte svært svake eller syke. Dødstallet steg. Mellom januar og tidlig i april 1945 døde rundt 6 000 innsatte, rundt 3 000 av dem på (tidligere brakker) i Nordhausen som hadde vært brukt av SS etter januar 1945 som den viktigste (leir for døende) i Mittelbau-systemet. Også fra januar til april 1945 ble minst 1 700 V-2 og over 6 000 V-1 bygget. Sammen med de innsatte fra Auschwitz kom flere hundre SS-vakter som sluttet seg til de ansatte på Mittelbau, inkludert Richard Baer, som etterfulgte Otto Förschner som øverstkommanderende i Mittelbau 1. februar 1945. Baer erstattet seniorpersonellet med folk fra Auschwitz. Franz Hössler ble kommandant på . Eduard Wirths ble den nye . Maks Sell ble leder av som koordinerte bruk av tvangsarbeid. Hans Schurz ble leder av (de lokale Gestapo - kontor).