Den første rullebanen ble bygget i siste halvdel av 1930-årene. Flyplassen ble offisielt åpnet 6. mars 1945. Flytrafikken økte de neste årene, og mellom 1949 og 1953 var det mellom 10 og 14 flygninger daglig mellom Kuressaare og Tallinn. I denne perioden fløy rundt 400 passasjerer til eller fra Kuressaare hver dag. Flyplassen fikk elektrisitet først i 1958. Dagens terminalbygning på flyplassen ble bygget i 1962. Rullebanen ble forlenget i 1976, og da ble også en ekstra rullebane bygget. Terminalbygningen ble modernisert i 2000.