Samuel Doe ble styrtet, torturert og drept 9. september 1990 av INPFL-opprørere, men borgerkrigen fortsatte. En koalisjonsregjering ble dannet i august 1993, men konflikten raste fremdeles. Flere fredsforhandlinger og engasjement fra utlandet førte til en våpenhvile i 1995 som ble brutt året etter før en ny fredsavtale og nytt nasjonalt valg ble avholdt i 1997. I juli 1997, valgte det liberiske folket Charles Taylor som ny president etter at han tok over hovedstaden Monrovia med makt. Den første liberiske borgerkrigen fra 1989 til 1996, var en av Afrikas blodigste kriger. Minst en million mennesker havnet i flyktningleirer i nabolandene som følge av konflikten. Hele landsbyer ble tømt ettersom mennesker flyktet fra landet. Barnesoldater skal ha drept og voldtatt mennesker i alle aldre. Den liberiske borgerkrigen skal ha krevd livet til hver syttende person, og ødelagt det som en gang var en ganske velfungerende økonomi og infrastruktur.