Etter at han vendte tilbake til Biratnagar for å hjelpe sin bror Girija Prasad Koirala med å lede en streik blant jute-arbeidere, blei han fengsla i 1947 til 1948. Et år seinere blei han fengsla igjen, men slapp ut etter store massedemonsgtrasjoner, en 27-dagers sultestreik, og protester bl.a. fra Indias statsminister Jawarharlal Nehru.