Nekrasov holdt en lav profil under den russiske borgerkrigen, og utfordret ikke bolsjevikene. Han ble arrestert i mars 1921 og satt fengslet i 2 måneder. Etter frigivelsen satt han i sentralkomiteen for forbrukerkooperativene. Han ble på nytt arrestert i november 1930, etter fiktive anklager, og ble dømt til 10 års fengsel. Han slapp fri i 1933, ble på ny arrestert i 1939, og henrettet ved skyting i mai 1940.