Karadžić ble pågrepet 21. juli 2008 i Serbia av serbiske sikkerhetsstyrker. Han levde da i en leilighet i den serbiske hovedstaden under navnet , en stjålet identitet. Han hadde anlagt stort skjegg, utgav seg for å være ekspert på alternativ medisin og livnærte seg blant annet gjennom salg av potensfremmende amuletter. Den 30. juli 2008 ble han fløyet fra Serbia til Nederland, der han ble utlevert til krigsforbrytertribunalet i Haag. Karadžić ble satt i FNs krigsforbryterfengsel i Scheveningen i påvente av rettssaken mot ham.