Christensen var spillende trener i Grovfjord Idrettslag i 1997. Han førte damelaget til Medkila Idrettslag til en sensasjonell cup-triumf i 2003. Han ble hentet som assistenttrener til Tromsø IL før 2006-sesongen under Ivar Morten Normark. Christensen fortsatte i denne rollen da Steinar Nilsen overtok treneransvaret for TIL. Før Nilsen overtok, hadde Christensen hovedansvaret for TIL i to seriekamper. Christensen var hovedtrener for TIL fra årsskiftet 2012/2013, men etter dårlige resultater måtte han gå fra jobben 1. oktober 2013, og ble avløst av Steinar Nilsen.