ZipGenius ble først utgitt som «Mr. Zip 98» til en begrenset gruppe brukere, og ble omdøpt til ZipGenius i mars 1998. I april 1999 ble den første offentlige utgaven utgitt. Per 2017 er den siste utgaven eller versjonen 6.3.2.3116, hovedsakelig bugfikser og utbedringer av programkoden.