Museet kan føre sine røtter tilbake til 1861 da ’’Historisk-antikvarisk Selskab’’ ble stiftet i Aarhus. Samlingene ble først vist i byens rådhus ved siden av Århus Domkirke. I 1881 ble samlingene flyttet til en ny museumsbygning, hvor det også var kunstmuseum og bibliotek. Bygningen er i dag kjent som "Huset ved Mølleparken’’. I 1970 flyttet museet til Moesgård samtidig som arbeidsområdet ble begrenset til arkeologi og etnografi og navnet ble endret til ’’Forhistorisk museum’’. Deler av samlingene ble overført til Den gamle by. I 1997 ble navnet endret til Moesgård Museum, etter herregården og godset. I 2014 ble navnet ’’Moesgaard Museum (MOMU)’’.