Den høyeste temperaturen målt i Balikpapan er 33,0 °C januar på Observatoriet. Siden 1937 er værobservasjonene for Balikpapan foretatt på Sultan Aji Muhammad Sulaiman lufthavn. Dette er også gjeldende borneosrekord for høyeste temperatur i januar. Den laveste temperaturen målt i Balikpapan by er 16 grader på Sultan Aji Muhammad Sulaiman lufthavn juni.