Snart gikk Tsjernysjevskij over til å skrive om politiske og økonomiske temaer, påvirket av John Stuart Mills ideer. Kort tid etter livegenskapen ble opphevet i 1861 ble forbudt. Samtidig ble Tjernysjevskij sperret inne i Peter-Paul festningen, der han satt fengslet i to år (1862–64). Til tross for mangel på bevis på at han hadde brutt noen lov, ble han dømt og forvist til Sibir. Først i 1883 fikk han lov å vende vestover igjen, til Astrakhan. De siste årene av livet sitt var han opptatt med å oversette Georg Webers verdenshistorie. I 1889, hans siste leveår, fikk han returnere til fødebyen Saratov.