Selv om det ble innført noen ordninger som innebar en begrenset grad av selvstyre, tok ikke geriljakrigen slutt før i 1913, da USAs president Woodrow Wilson proklamerte at amerikansk politikk fra nå skulle ta sikte på å føre en politikk som til slutt skulle sikre Filippinene full uavhengighet. I sør fortsatte muslimske filippinere å kjempe mot amerikanerne frem til 1916. Denne fortsatte motstandskampen kalte amerikanerne for «Moro-opprøret» .