Totalt 188 lag fra 54 av 55 UEFA-medlemsfobundene deltar i UEFA Europa League 2016–17 (unntaket er Kosovo, hvis deltakelse ikke ble akseptert i deres første forsøk som UEFA-medlemmer). Forbundsrangeringen er basert på UEFA-landskoeffisientene som brukes til å bestemme antall deltagende lag for hver forening: Forbundene 1-51 (unntatt Liechtenstein) har tre lag hver kvalifisert. Som vinnere av Europaligaen 2015/16, Sevilla kvalifiserte seg til UEFA Champions League 2016/17; UEFA Europa League 2016–17 plassende ellers ville ha tjent for å ha havnet på 7. plass i Primera División 2015–2016 ble fraflyttet og ikke videreført til et annet spansk lag. Forbundene 52-53 har 2 lag kvalifisert. Liechtenstein og Gibraltar har ett lag hver kvalifisert (Liechtenstein organiserer bare en innenlandsk cup og ingen innenlandsk liga; Gibraltar i henhold til avgjørelse fra UEFAs hovedutvalg). Dessuten blir 33 lag eliminert fra UEFA Champions League 2017–18 overført til Europa League.