Repgen underviste fra 1962 som professor ved Universität des Saarlandes og innehadde fra 1967 til sin emeritering i 1988 fra universitetet i Bonn den såkalte Konkordatslehrstuhl som etterfølger av sin lærer Max Braubach. Repgen hørte til de beste kjennere av tredveårskrigen. ble takket være Repgens, Max Braubachs og Stephan Skalweits til et sentrum for historieforskningen vedrørende den tidlige nytid. Repgen er blitt betegnet som «Nestor der kirchlichen Zeitgeschichtsforschung».