Det er åtte nasjonalparker i Sabah, hvorav tre som gir landskapsvern og fem marine. Parkene administreres av Sabahs statlige organ, Sabah Parks. I tillegg er der en rekke andre områder med forskjellige former for vern som administreres av skogsdepartementet i Sabah eller Sabah Foundation. De gjenværende regnskogsområdene i Sabah er svært biologisk rike, med kjente arter som borneoorangutang, sumatraneshorn og Borneos særegne dvergform av asiatisk elefant. Særlig de litt høyereliggende områdene har svært høyt biologisk mangfold i grupper som dagsommerfugler og orkideer. Langs vassdragene lever blant andre neseape. Sabah har også flere store huler med blant annet store mengde flaggermus og salanganer, mest kjent er Gomantong Cave nær Kinabatangan.