I de påfølgende årene var Böhm sterkt involvert i opposisjonsgrupper som Den bekjennende kirke rundt Dietrich Bonhoeffer og , en sammenslutning av liberale økonomer som motsatte seg nazistenes økonomiske praksis. Bare gjennom navneforvirring som følge av en feil fra nazistene var Böhm i stand til å unngå arrestasjon etter det mislykkede 20. juli-attentatet. Denne forvirringen er knyttet til arrestasjonen av den romersk-katolske presten Franz Boehm, som allerede var blitt arrestert 5. juni 1944 for å ha forkynt mot den nazistiske filmindustrien.