I 2007 ble en ny plass ved Schweigaards gate på Grønland i Oslo oppkalt etter Annette Thommessen. Annette Thommessens plass ble åpnet i juli 2010. Hvert år deles også Annette Thommessens minnepris ut, en pris som skal hedre hennes minne og bidra til at hennes engasjement og arbeid for asylsøkere i Norge blir ført videre.