Kongressen godkjente flere tiltak for å beskytte mot fremtidige angrep, inkludert opprettelsen av et sikkerhetsdepartement og godkjente USA PATRIOT-loven som ble kritisert av grupper som Amerikansk Borgerrettsunion. Regjeringens militære respons var å invadere Afghanistan 7. oktober 2001 i forfølgelsen av al-Qaida og Taliban-regjeringen som støttet og skjulte dem. USA ble fulgt av en koalisjon som inkluderte styrker fra mer enn et dusin stater, og lyktes i å fjerne Taliban fra makten, selv om kamper fortsetter mellom koalisjonen og afghanere av ulike fraksjoner.