I perioden 1993–98, da Sani Abacha var Nigerias diktator, ble Obasanjo fengslet på grunn av sin kritikk mot landets ledelse. Det var ikke før Abacha døde plutselig den 8. juni 1998 at Obasanjo ble løslatt. I etterkant av fengselsoppholdet sto han frem som nylig omvendt kristen.