Hvert departements hovedstad, samt noen andre byer, har en egen departements-domstol. Det er sju apellretter, alle med tre dommere. Den øverste justisdomstol er den høyeste allmenne domstol. Den har original jurisdiksjon i blant annet forfatningsrettslige saker, og hører ellers appeller fra appelldomstolene. Den har fem dommere, alle er valgt for ti år av kongressen. En egen valgkomite presenterer en liste over kandidater kongressen kan vurdere.