Etter å ha fått sin fotballutdannelse i Liverpool og diverse utlånsperioder til mindre klubber, dro Warner videre til Millwall i 1999. Her fikk karrieren en oppsving, og han ble raskt en favoritt hos fansen. Klubben kom seg overraskende til FA-cupfinalen i 2004, men Warner gikk glipp av kampen grunnet skade. Sommeren 2004 bar det igjen videre til Cardiff, før han i januar 2006 dro videre til Premier League-klubben Fulham. Her har tiden vært preget av benkesliting og utlån, men en skade på Antti Niemi rett før sesongstart 2007 har gjort at han har startet de to første ligakampene.