I 1880 overtalte Tom Horn apachehøvdingene Juh og Loco til å overgi seg (). Året etter ble han ansatt for tredje gang i hæren, men trakk seg etter en konfrontasjon med general Orlando B. Willcox. I 1886 deltok han i jakten på apachehøvdingen Geronimo (), men Horns rolle er omdiskutert. De fleste historiebøker nevner ikke Horn i forbindelse med Geronimos overgivelse. Blant disse er av Helge Ingstad, , og . Charles Gatewood blir ofte fremhevet som hovedpersonen bak overgivelsen, mens Horns egen biografi er den primære kilden til påstanden om hans innflytelse. Gatewood ble også nominert til æresmedaljen for sin innsats. Geronimo og hans apacher fikk likevel en hard skjebne – general Nelson A. Miles brøt løftene som general George Crook hadde gitt, og sendte dem i stedet til fangenskap i Florida.