Til tross for at Maria Anna døde senere samme året, var Karl guvernør fram til han døde i 1780. Han ble særs populær i sin samtid og ble også stormester av Den tyske orden i 1761. Under syvårskrigen kommanderte han den østerrikske hæren i slaget ved Praha, der han igjen ble slått. Han slo senere en mindre prøyssisk hær i 1757 i slaget ved Breslau, før han igjen gikk på et nederlag for Fredrik II i slaget ved Leuthen. Etter dette siste nederlaget ble Karl erstattet av Leopold Josef von Daun, hvorpå han trakk seg fra videre militærtjeneste.