Derfor var det kanskje noe overraskende, men meget populært blant Liverpool-fansen, at Liverpool FC valgte å hente ham tilbake i 2006. "God is back" var gjenklangen på de fleste fan-sidene. Uansett hvordan Fowler klarer seg i sin andre periode på Anfield, kommer han dog alltid til å ha heltestatus i klubben. 5 scoringer på 9+5 ligakamper var en bra retur, spesielt når Robbie i de fleste kampene ble tatt av i god tid før sluttsignalet lød. Det var også i en prosess hvor angriperen trente og spilte seg i form. Målene gjorde at han passerte Kenny Dalglish og er nr.5 på tidenes mestscorende i Liverpool FC og i løpet av tidlige mai-dager 2006, ble det klart at Fowler fikk fornyet sin kontrakt med Liverpool FC med et år, ut sesongen 2006/2007.