Jan var Anthony Janszoon van Riebeeck (1589–1639) og Elisabeth (Lysbeth) Govertsdochter van Gaesbeecks (1599–1629) eldste sønn. Da han var tre år gammel flyttet familien til Schiedam i Zuid-Holland der hans far arbeidet som skipslege (den nederlandske tittelen var , noe som på den tiden tilsvarte våre dagers lege), et yrke som Jan van Riebeeck selv kom til å utøve. Ti år gammel mistet han moren, og flyttet da til besteforeldrene i Culemborg.