Under forvaltningssjefen ligger de ulike forvaltningsenhetene. Disse har som oppgave å utvikle og forvalte universitetets ulike ressurser. Blant forvaltningsenhetene er for eksempel IT (som blant annet innbefatter Umeå universitets datasentral), Studentcentrum, informasjonsenheten med flere. For utdanning og forskning er de respektive fakultet, som er en felles organisatorisk enhet for nærbeslektede emner, ansvarlige. Ved Umeå universitet er det fire fakulteter: humanistisk, medisinsk, samfunnsvitenskapelig samt teknisk-naturvitenskapelig (fakultetet for lærerutdanning ble ved årsskiftet 2008/2009 erstattet av Umeå School of Education som den 1. januar 2012 ble til . De ulike fakultetenes virksomhet ledes av dekanus.