En kort periode etter at han forlot NTH arbeidet Vogt i Norsk Hydro i Oslo. Han tok seg over til Sverige fra Elverum i januar 1943, sammen med sin datter gikk han på ski over grensen. Før han flyktet ga han beskjed via kontakter i hjemmefronten om at sjefen for tungtvannsproduksjonen på Vemork, kjemiprofessor Jomar Brun, skulle forlate Rjukan og komme seg over til England. I april 1943 kom så Vogt til England.