Marko Šuler fikk sin første landskamp for Slovenia i en vennskapskamp mot i mars 2008. He fikk sin første landslagscoring for Slovenia den 20. august 2008 i en vennskapskamp mot . Han var for øvrig én av 23 spillere som ble tatt med i den slovenske troppen til VM i fotball 2010 av landslagstrener Matjaž Kek.