Rettssaken begynte den 3. desember, og få dager etter mistet Rizal den eneste som kunne ha reddet ham da generalguvernør Blanco ble avløst – avsatt, egentlig, og beordret til Cuba. Den nye generalguvernøren, general Camilo Polavieja, så helt annerledes på ham og engasjerte seg med voldsom kraft mot Rizal.