Han var medlem av Panamakommisjonen og sjefsingeniør for kanalarbeidet 1909 som under hans ledelse ble fullført 15. august 1914. Goethals ble første sivilguvernør over Kanalsonen i 1914, en post han forlot i 1916. I 1917 ble Goethals atter innkalt til aktiv militærtjeneste som generalkvartermester og ble medlem av krigsindustrikomiteen. Han søkte etter eget ønske avskjed 1919.