Tilhengerne av det autonome erkebispedømmet ble umiddelbart forfulgt av de makedonske myndighetene. 2002 ble biskop Jovan uten rettskraftig dom kasta ut av katedralen hans av politiet. Mellom 2002 og 2005 ble flere klostre ødelagt, prester, munker og nonner kasta ut, trakassert og/eller banka opp av politi resp. maskerte, bevæpna menn. Erkebiskop Jovan ble i 2005 dømt til 18 måneders fengsel for å ha opphissa til religiøst hat og i 2006 til 24 måneders fengsel for underslag. Etter kraftige internasjonale reaksjoner ble han sluppet ut av fengsel i 2007.