I 2001 ble Obrenović tiltalt for krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten av Det internasjonale krigsforbrytertribunalet for det tidligere Jugoslavia i Haag for hans delaktighet i implementering av VRS' lederskaps plan om å drepe for det meste Bosnjakske sivile og krigsfanger i Srebrenicamassakren under Bosnia-krigen i juli 1995. I 2003 erklærte Obrenović seg skyldig i ett tilfelle av forfølgelse og i bytte mot å fortelle fritt om hans forbrytelser og vitne for aktoratet ble han dømt til 17 år i fengsel. Under tilståelsen beklaget Obrenović og fremsto som en angrende synder. Han sonet dommen i Norge og ville ha fullført soning av hele dommen i april 2018. Etter ordre fra krigsforbrytertribunalet ble Obrenović løslatt for god oppførsel allerede i 2012. Beslutningen om å løslate krigsforbryteren ble tatt i september 2011 men holdt hemmelig frem til mai 2012. Obrenović ble deportert fra Norge i 2012 etter løslatelsen.