Fristaden Danzig ble urskilt fra Tyskland i 1920. Den 24. april 1922 utnevnte pave Pius XI (altså Ratti), biskop O'Rourke til oppgaven som apostolisk administrator av Fristaden Danzig, og 21. desember 1922, til titulærbiskop av .[3] Etter opprettelsen av bispedømmet Danzig 30. desember 1925 ble O'Rourke utnevnt til første biskop av Danzig. Han etablerte gode forbindelser med myndighetene (som ga ham statsborgerskap 12. juni 1926) og med den overveiende protestantiske befolkning. Men etter at nazistene tok over området i 1933, kom han i konflikt med dem om deres politikk.