Etter slaget om Atchoukpa fulgte fredsforhandlinger mellom de stridende partene, og en avtale ble signert 3. oktober 1890. Dahomey anerkjente kongedømmet Porto-Novo som et fransk protektorat, og ga fra seg Cotonou til franskmennene, mot å få 20 000 francs årlig for å si fra seg tollrettighetene. Krigen var en stor seier for Frankrike. Kong Behanzin skjønte at hans hær ikke kunne motstå franskmennene uten at han hadde moderne våpen, så han begynte å kjøpe våpen og ammunisjon fra tyske handelsfolk i Whydah. Våpnene ble til dels betalt med slaver, som nå ble kalt kontraktarbeidere, for å omgå forbudet mot slavehandel. Til tross for fredsavtalen mente begge parter at de nå gikk inn i en periode som var mer en våpenhvile enn en varig fred. Fiendskapet eskalerte frem mot den andre fransk-dahomeiske krigen to år senere.