I histologien er det vanlig å preparere vevet gjennom fiksering og innstøping. Det brukes en mikrotom for å skjære tynne skiver som er om lag et cellelag tykt. Deretter farges preparatene med forskjellige pigmenter. Et veldig vanlig pigmentvalg er hematoksylin. I tillegg brukes ofte eosin og syrefuksin. Patologer leser av preparatene under et mikroskop der man kan se forandringer i vevet.