Hans Petter Saxi er far til norsk historiker og samfunnsforsker Håkon Lunde Saxi. Saxi har hovedfag i samfunnsvitenskap fra Universitetet i Tromsø i 1982, mellomfag i sosialantropologi fra Universitetet i Bergen fra 1978 og grunnfag i samfunnsvitenskap og mellomfag i filosofi fra Universitetet i Tromsø fra 1973–1977. Etter hovedfagseksamen arbeidet han fra 1982–1985 som forsker ved Norsk institutt for by- og regionforskning i Alta. Fra 1985 til 1988 var han amanuensis i samfunnsvitenskap ved Høgskolesenteret i Nordland. Han var spesialkonsulent i Utbyggingsavdelingen i Nordland fylkeskommune fra 1988 til 1992.