Fra 1876 var Haeckel prorektor ved universitetet i Jena og foretok forelesningsreiser Tyskland rundt. Til 1879 fulgte flere reiser til England og Skottland, og i den forbindelse møtte han igjen flere ganger Charles Darwin. Han reiste også til Korfu. Mellom 1881 og 1882 reiste Haeckel for første gang til tropene, blant annet til øya Ceylon.