Almagro marsjerte inn i byen som redningsmann, men tok straks Pizarro-brødrene til fange. Mens Francisco Pizarro ved Almagros avreise hadde forlatt byen og etablerte en ny spansk koloni ved kysten med navnet Ciudad de los Reyes (dagens Lima), var hans brødre blitt igjen i Cuzco, og hadde med sine menn heltemodig forsvart byen mot inkaenes beleiring. Almagro krevde nå at Cuzco skulle være hans by og landet sør i Peru skulle være hans. Francisco Pizarro godtok Almagros krav om todeling, men hans brødre ble ikke frigitt. Imens strømmet stadig flere conquistadorer fra koloniene i nord til Pizarros koloni, de hadde hørt om rikdommene i Inkariket, og ønsket å delta i utplyndringen. På den måten fikk Pizarro styrket sin posisjon med enda flere væpnede menn.