Det er også en del utfordringer knyttet til innføring av ERTMS: Det er store kostnader å installere systemet, noe som kan gi politisk nøling. Integrasjon mot eksisterende signalanlegg er teknisk krevende og kan medføre "nedetid" på jernbanen. For å unnvike trafikkproblemer anbefales det å bytte alt signalrelatert utstyr inkludert veieoverganger. ERTMS krever tilpasninger i nasjonale regler for togframføring (måten man kjører tog på). Systemet kan oppleves som mer rigid enn dagens signalanlegg. ERTMS utløser et større behov for opplæring, både hos jernbaneforvaltere, kjøretøyseiere og togoperatører. Kjøretøyseierne må bære en stor del av kostnaden for ombygging av eget materiell til ERTMS. Denne kostnaden er flere millioner per tog. Det er ett politiskt spørsmål, og i Danmark betaler staten ombygging av tog, mens i Sverige må kjøretøyseierne betale dette. Kjøretøy som ikke har installert ERTMS ombord vil ikke kunne kjøre på linjer med ERTMS.