Etter krigen ble han dømt under det norske landssvikoppgjøret. Saken mot ham startet i lagmannsretten i Kristiansand 20. november 1946, og tiltalebeslutningen lød i tillegg til alle torturtilfellene også på overlagt drap på Leif Tofte og deltagelse i henrettelse av Ragnvald Andersen etter en ulovlig dom. Statsadvokaten la ned påstand om dødsstraff. Lagmannsretten fastsatte under dissens straffen til livsvarig tvangsarbeid, tre av lagdommerne stemte for dødsstraff. Dommen ble anket av statsadvokaten til Høyesterett, som var enig med mindretallet i lagmannsretten og enstemmig fastsatte dommen til dødsstraff. Wehus ble henrettet 10. mars 1947 på Akershus festning i Oslo. Han er beskrevet som den verste torturisten under andre verdenskrig i Norge, etter Henry Rinnan.