Den 59-årige tyske kapteinen Hans-Jürgen Merten var en erfaren pilot med over 16 000 flytimer bak seg. Av disse var 5 500 timer som kaptein (pilot in command) i flytypen Boeing 737. Han tilfredsstilte medisinske krav, men hadde krav om å ha med to par kontaktlinser. Han hadde jobbet i Helios Airways i to separate perioder. Det ble hevdet at han hadde noen mindre kommunikasjonsproblemer og opptrådte kommanderende overfor sine medarbeidere. I løpet av hans andre periode ble hans oppførsel bedret. Han ble sett på som en stille og innesluttet profesjonell pilot.