Hertug Skule flyktet til skogs og holdt seg skjult gjennom vinteren, kom seg deretter nordover til Nidaros, men klarte ikke å samle en ny flokk om seg. 24. mai samme år kom en avdeling av kongens menn sjøveien til Trøndelag. I følget var også Skules gamle fiende Åsulv Eiriksson. Nedbrutt søkte Skule tilflukt i Elgeseter kloster. Erkebiskop Sigurd var der, og forbød ufred. Han tilbød seg endog å betale løsesum for Skule. Til tross for erkebiskopens formaning satte birkebeinerne fyr på klosteret, og da Skule og følget hans kom ut, ble de hugget ned foran inngangen. Hertugens siste ord skal, ifølge tradisjonen, ha vært: "Ikke hugg meg i ansiktet." Hertug Skule var regnet for å være en vakker mann.