Under den mongolske invasjonen (1200-tallet) ble byen ødelagt, og innbyggerne flyktet til sumpen i nærheten, men de kom tilbake og bygget snart opp igjen byen sin. I det 14. århundret, under herredømmet til Louis den første av Ungarn, ble Szeged den viktigste byen i det sørlige Ungarn, og da tyrkiske krigsstyrker kom nærmere Ungarn, vokste den strategiske viktigheten til Szeged. Kong Sigismund av Luxemburg fikk bygd en mur rundt byen. Szeged fikk status som «fri kongeby» i 1498.