Han var født inn i en nomadefamilie, av en kirgisisk far og en tatarisk mor. Han opplevde som niåring at faren ble arrestert, dømt og henrettet for borgerlige avvik, og sluttet seg selv til kommunistpartiet og hadde partiverv og -oppgaver. Han ble likevel regnet som en moderat kritiker. Ajtmatov var venn og alliert av Mikhail Gorbatsjov i dennes perestrojkabestrebelser.