Uroen medførte beslutningen om at Erik måtte dø. Allerede i januar 1572 fremholdt Johan for sin bror Karl at dette var nødvendig. I flere nesten likelydende brev ga han Eriks fangevoktere utførlige instruksjoner om hvordan Erik skulle drepes dersom det ble gjort forsøk på å befri ham. 10. mars 1575 underskrev to riksråder og de fremste prelatene en formell dødsdom.