Engel begynte sin karriere til sjøs ombord på et av sin fars skip under ekspedisjonene i Middelhavet, Vest-Afrika, Karibia og Nord-Amerika i 1664 og '65. Det var ikke uvanlig for kapteiner å ta med sønnene på tokt, slik lærte de faget mens de ble lønnet av admiralitetet. Under den andre engelsk-nederlandske sjøkrig, i 1666, ble de Ruyter offisere under opplæring (ned.: ) ved Amsterdams admiralitet. Under todagers-sjøslaget gjorde jonker de Ruyter tjeneste ombord på skipet (46 kanoner, 192 sjømenn og 30 soldater) under schout-bij-nacht Willem van der Zaens kommando.