Til tross for at Zabel hadde fokus på landeveisritt fra begynnelsen av 90-tallet, var han en habil banerytter gjennom hele karrieren. Dette skyldtes at hurtighet, en av Zabels styrker som landeveisrytter, er viktig i mange typer baneritt. Spesielt på 2000-tallet stilte Zabel opp i seksdagersritt på vinterstid. Dette er ulike varianter av baneritt som sykles over en periode på seks dager, og alle resultatene de ulike dagene legges sammen slik at en sammenlagtvinner, som som oftest består av et lag på to ryttere, kåres. Sammen med Rolf Aldag, en lagkamerat fra Telekom, vant Zabel seksdagersrittet i Dortmund i 1996. Denne prestasjonen gjentok de i 2000, 2001 og 2005. Andre seksdagerspartnere Zabel har hatt inkluderer Robert Bartko og Bruno Risi. Zabel besluttet at han ville avslutte karrieren ved å delta i slike ritt senhøsten 2008 / tidlig vinter 2009. Dette betød at han ville sykle sine siste proffritt på samme underlag som hans internasjonale gjennombrudd kom omtrent 21 år tidligere.