Mozart var frimurer og operaen inneholder mange og sterke frimurersymboler. Schikaneder var Mozarts losjebroder, og den første som hadde rollen som Papageno. Det har blitt fremsatt hypoteser om at frimurerlosjene som Mozart tilhørte – («Veldelighet») og senere («det nye kronede håp») i Wien, var en del av Illuminatus-ordenen. Muligens var Tryllefløyten en satire, som gjennom et symbolsk handlingsforløp oppsummerte de bayerske myndighetenes (og derfor, indirekte, Den katolske kirkes) forfølgelser av Illuminatus-ordenen. Mozarts patronatsherre, utdanningsministeren Gottfried van Swieten, var medlem av Illuminati og Mozart selv var en venn av Illuminatis grunnlegger Adam Weishaupt.