Sotelo dro så til Japan, der han forsøkte å bygge en kirke i Edo-området. Etter at kristendommen ble forbudt under Tokugawashogunatet ble også denne kirken ødelagt. Sotelo flyktet til det nordlige Japan, der det var en daimyo, Date Masamune, som rundt Sendai kontrollerte et område der man fortsatt tolererte kristne.