Etter krigens slutt ble Bagge belønnet av svenskekongen, som forfremmet ham til den viktige posten som stattholder på Stockholms slott i 1538, ansvarlig for forsvaret av hovedstaden medregnet sjøforsvaret. Han ble den første svenske i historien i året 1541 for den kongelige flåten som seilte med kongen om bord til kongemøtet med Christian III i Brömsebro. Deretter overtok Bagge krigsbefalet under Dackefeiden 1542-1543, som var et bondeopprør i sørvestre Sverige med utgangspunktet i Småland. Opprøret ble skånselløst slått ned med omfattende represalier mot smålänningene etter Nils Dackes død.