Før den tyske invasjonen av Sovjetunionen, for å oppnå deres egne formål, var NKVD forberedt på å samarbeide med organisasjoner som den tyske Gestapo. I mars 1940 møttes representanter for NKVD og Gestapo i en uke i Zakopane, Polen, for å koordinere pasifiseringen av Polen - kjent som Gestapo–NKVD-konferansene. På sin side leverte Sovjetunionen hundrevis av tyske og østerrikske kommunister til Gestapo. Imidlertid skulle mange NKVD-enheter senere slåss mot det tyske Wehrmacht. NKVD hadde også enheter brukt til sikkerhet bak egne linjer, inkludert å forhindre tilbaketrekning eller desertører av Sovjetunionens militære divisjoner.