I 1863 flyttet familien fra Praha til den østerrikske hovedstad Wien. Kautsky gikk på Stiftsgymnasium Melk og Akademisches Gymnasium Wien. I Wien ble han brennemerket av medelever og lærere som «mischling» (blandingsperson) og diskriminert. Med «blandingen» var det slaviske (tsjekkiske) innslaget poenget - i datidens gjengse politiske østerrikske politikk var det utbredt en rasisme som betraktet slaverne som mindreverdige. Dette vakte hos Kautsky (som han selv skriver senere i livet) et dypt hat mot habsburgermonarkiet. Han ble sent i ungsomsårene tilsvarende opptatt av tsjekkisk uavhengighet.