Han tok studenteksamen i 1904 og ble i 1909. Som historiker arbeidet han særlig med tre områder. Han skrev sin hovedoppgave om , (trykt i Norsk historisk Tidsskrift 1911), og arbeidet i tiden like før sin død med det færøyske Lagtingets historie. Han var interessert i rettshistorie, og tok doktorgraden i 1924 på en avhandling om , endringer ved overgangen fra middelalderen til den nyere tid. Fredrik Scheel stod sentralt i arbeidet med den norske sjøfartshistorien, og skrev .