Ved krigen i 1792 ble han utnevnt til stabssjef for marskalk Nikolaus von Luckner og spilte en viktig rolle ved generalene Charles François Dumouriez' og François Christophe Kellermanns felttog i Argonne. Berthier utmerket seg i kampen mot opprøret i Vendée årene 1793–1795 og ble i 1796 utnevnt til divisjonsgeneral (fransk Général de division) og stabssjef (Major-Général) ved italia-arméen (fransk: Armée d'Italie) hvor Napoléon Bonaparte nylig hadde blitt utnevnt til øverstkommanderende. Berthier spilte en viktig rolle ved slaget ved Rivoli Veronese hvor styrkene til den franske generalen Barthélemy Catherine Joubert var under angrep fra den østerrikske generalen Joseph Alvinczy von Berberek. Berthiers arbeidskapasitet, nøyaktighet og raske oppfattelsesevne, kombinert med lang og variert erfaring og fullstendig grep om detaljer, gjorde ham til den ideelle stabssjef for en stor hærfører. I kraft av dette var han Napoleons høyest verdsatte assistent for resten av sin karrière.