Parlamentet skal ikke velge, men godkjenne den enkelte EU-kommissær. Hvert land foreslår på politisk grunnlag en kommissær, som deretter utnevnes av Kommisjonens president. Kommissærene får ansvaret for Kommisjonens saker i et bestemt fagområde, i likhet med statsråder i en nasjonal regjering. Parlamentets eventuelle nektelse av å godkjenne kommissæren, skjer ved at parlamentet blokkerer hele kommisjonen. En slik blokkering skjedde i 2014 i forbindelse med innsettelsen av Juncker-kommisjonen. Det var Alenka Bratušek som parlamentet ikke ønsket som Slovenias kommissær. Det samme skjedde også med innsettelsen av Barroso-kommisjonen I og II (2004–2009 og 2009–2014).