Joseon ble påført store skader av den japanske invasjonen, mer enn både Kina og Japan, og varig svekket på mange områder, ikke minst økonomisk, på grunn av de store jordbruksområdene som ble ødelagt (fire femtedeler av alt jordbruksarealet før krigen). Opptil to millioner koreanere, eller 20% av befolkningen, mistet livet under krigen. Også Míng-dynastiet ble svekket økonomisk og militært ved å bruke så store ressurser i Korea, mens Japan gikk få år senere inn i en kulturell gullalder og en lang fredsperiode, Edo-perioden. Krigen ble i Japan ikke regnet som et klart nederlag, men som en slags militær seier. Krigen kan ha vært en av grunnene til at mandsjuinvasjonen av Kina noen tiår senere ble vellykket. I Korea husker man både ødeleggelsene forårsaket av japanerne, og den koreanske motstanden, ikke minst admiral I Sun-sin og geobukseon-skipene (skilpaddeskipene) sine.