Den nye myndighetens lokaler ble Göta Livgardesregiments gamle kaserner på Linnégatan 87 i Stockholm. De var imidlertid ikke store nok for Sjökarteverket som fortsatte å holde til i sine gamle lokaler på Skeppsholmen. Først i 1965 flyttet hele myndigheten til felles lokaler. Disse lå i Sehlstedtsgatan på Gärdet der verket lå til 1975 da det ble flyttet til Norrköping.