Denne motstandskampen ble etter sigende ledet av Guerrero, som nå var blitt øverstkommanderende i Chetumal. I 1536 sendte så Chetumal en styrke av mayasoldater sørover for å knuse den spanske kolonien i Honduras. Spanjolene slo mayaene tilbake, og blant de døde fant de en lyshudet mann med skjegg, men med tatoveringer over hele kroppen, slike som mayaenes offiserer bar; spanjolene hadde drept Gonzalo Guerrero. Han hadde selv ledet sine mayasoldater mot sine tidligere landsmenn, i en motstandskamp som takket være ham hadde vært vellykket i 20 år.