Han debuterte for Stenhousemuir den 28. november 1998 i en ligakamp mot Albion Rovers FC. «The Warriors» vant denne kampen 3-1 og Miller scoret to av målene deres. Etter å ha scoret åtte ligamål på elleve kamper returnerte han til Hibernian i mars 1999. I siste del av 1998/99-sesongen spilte han fem ligakamper og laget ett mål for Hibernian. Målet laget han 1. mai 1999 da Hibernian vant 4-0 over Stranraer FC. I 1999/00-sesongen etablerte Miller seg i startoppstillingen til laget fra Edinburgh og da sesongen var over hadde han fått bokført 11 ligamål på 31 kamper.