Fra 96/97-sesongen var Jankulovski fast inventar på Banik Ostrava. Den arbeidsvillige og sterke Jankulovski ble i moderklubben helt frem til 2000. Hans hadde kommet det samme året i en treningskamp mot . Jankulovski ble senere tatt ut i Tsjekkias EM-tropp sommeren 2000, der han fikk med seg to kamper. Italienske Napoli var klubben som snappet opp den venstrebeinte spilleren som kan bekle rollen som både venstreback og venstre midtbane.