Den 14. februar 1318 døde Margaret ved Marlborough Castle. Ikledd drakten til fransiskanerne ble hun gravlagt ved ordenens kristkirken Greyfriars ved Newgate i London, en kirke hun selv hadde donert til. Hennes grav, som var vakkert utskåret, ble ødelagt under reformasjonen i England, mens kirken ble ødelagt av bomber under blitzen i den andre verdenskrig.