Der Ørn i alle tilfelle hadde vunnet medalje i 2004, greide ikke laget det i 2005-sesongen. Det ble en fjerdeplass i serien og kvartfinale i cupen. Til tross for en fremgang i 2006-sesongen, da laget kjempet om seiren (og tapte på målstreken), ble det klart at det var en lang vei opp for Ørn. 2007-sesongen endte med en sjetteplass (av tolv lag), og 2008-sesongen ble en katastrofe med en niendeplass. Etter dette kom sjetteplassen fra 2009-sesongen som en fremgang. Riktignok ble det noen stygge resultater, med 0-7, borte mot Stabæk som det styggeste Trondheims-Ørn har tapt. Det skilte til slutt bare to poeng opp til femteplassen. Trondheims-Ørn var også i semifinalen i cupen for første gang siden 2006. Det så imidlertid mørkt ut for Ørn da de lå an til å miste lisensen på grunn av økonomiske problemer, men det gikk så vidt det var for Trondheims-Ørn, slik at de spilte i Toppserien også i 2010.