I 1999 ble Chris Swanson, som var deleier i plateselskapet Secretly Canadian, partner med Van Arman, og Jagjaguwar, og Secretly Canadian begynte å jobbe mye tettere og endte med å dele kontorlokaler og noen av medarbeiderne. De to andre deleierne i Secretly Canadian, Ben Swanson og Jonathan Cargill, har også blitt partnere i Jagjaguwar, selv om det fremdeles er Chris Swanson og Van Arman som avgjør hva som blir utgitt på Jagjaguwar.