Da Sovjetunionen trakk seg ut ti år etter invasjonen, ble mange lokallag nedlagt eller inaktive. Da kommunist-regimet falt, måtte Afghanistankomiteen endre fokus. De formulerte som hovedmål å bidra til gjenoppbyggingen av et fritt og uavhengig Afghanistan. Afghanistankomiteen er viktig for norske myndigheter, fordi behovet for humanitær bistand fortsatt var stort både som følge av invasjonen og borgerkrigen som fulgte den. Komiteen valgte også å bruke IRD-tilnærmingen (Integrated Community Development/integrert landsbyutvikling), og holdt et UD-støttet seminar i Islamabad i 1991. Behovet for humanitær bistand gjorde at Afghanistankomiteen fikk innvilget økt finansiering av Norad, som hadde vært samarbeidspartner siden 1989. IRD-tilnærmingen var en viktig grunn til økt støtte fra Utenriksdepartementet, som hadde vært fast samarbeidspartner siden 1986.