I Kirgisistan var det, som i andre sovjetrepublikker, mange anlegg som tilhørte det sovjetiske militær-industrielle komplekset. Nær Bisjkek ble det bygget en fabrikk som blant annet produserer torpedoer. Den sovjetiske marinen hadde et stort anlegg for testing av torpedoer i Mikhailovka-bukta ved østenden av Issyk-Kul ikke langt fra Karakol. Etter testing ble torpedoene fraktet til Russland med jernbanen fra Balyktsjy til Almaty. Anlegget ved Issyk-Kul var svært hemmelig, men er blitt betegnet som et Bajkonur under vann.