De fleste molekylære modelleringsprogramvarepakker tillater brukeren å velge en verdi for elektrontettheten, ofte kalt isovalue. Noe programvare tillater også spesifikasjon av elektrontettheten når det gjelder prosentandel av totalt innelukkede elektroner. Avhengig av isoverdi (typiske enheter er elektroner per kubikk bohr), eller prosentandelen av totalt innelukkede elektroner, kan elektrondensitetsoverflaten brukes til å lokalisere atomer, understreke elektrontettheter assosiert med kjemiske bindinger, eller for å indikere total molekylstørrelse og form.