Sava Bohinjka har sitt utspring ved Komarča-ryggen i en høyde på 805 meter fra undergrunnskilder i Triglavdalen. Frem til Bohinjsjøen blir elven kalt Savica («lille Sava»), og har et 60 meter høyt fossefall ved kilden sin. Den renner så gjennom Ukanc-juvet, der man har bygget et vannkraftverk, Savica (3 MW). Videre renner den inn i Bohinjsjøen og danner et lite delta. Den løper ut av Bohinjsjøen som Jezernica, og mottar etter en kort strekning elva Mostnica fra venstre. Etter dette samløpet endres navnet til Sava Bohinjka, som flyter gjennom Bohinjska Bistrica, Bohinjska Bela og nær Bledsjøen, før den renner sammen med Sava Dolinka nær Radovljica.