Det synes som om Ptolemaios ble anerkjent som konge av Kypros på omtrent samme tid som hans bror Ptolemaios XII Auletes ble konge av Egypt i 80 f.Kr. Kypros hadde vært en del av det ptolemeiske kongedømme siden dets tidligste dager. Han forsømte forsiktighetsregelen om å skaffe seg bekreftelse for sitt styre av Kypros i Roma, og tillegg gjorde han den doble feilen i å gjøre Publius Clodius Pulcher, romersk adelsmann og politiker, til sin fiende. Han betalte ikke løsepenger for Clodius da han ble tatt av pirater fra Kilikia. Da Clodius ble tribun i 58 f.Kr. fikk han vedtatt en vedtak med den hensikt å frata Ptolemaios hans øyrike og underlegge Kypros som en romersk provins.