Abedin, som er muslim, giftet seg i 2010 med den jødiske politikeren Anthony Weiner. Paret ble viet av Bill Clinton. I desember 2011 fikk paret sitt første barn, sønnen Jordan Zain Weiner. Paret tok ut separasjon i august 2016 etter de seneste avsløringene om Weiners fotografier og sexmeldinger til andre kvinner.