I sin første sesong i Toppserien endte de på en 11.-plass og måtte ut i kvalifisering, der møtte de byrival Grei. Med seier 1–0 hjemme, og 4–0 borte var Lyn sikret ny sesong i Toppserien. I 2019-sesongen endte de på 10.-plass, men grunnet omleggingen fra 12 til 10 lag i Toppserien, måtte de for andre år på rad ut i kvalifisering. Med seier 5–0 borte mot Fløya i den første kampen, var de så å si sikret overlevelse allerede før den andre kampen, som endte med seier 2–1.