Olonkinbyen ligger på østkysten ved Trollsletta i den sørlige delen av Jan Mayen (Sør-Jan) ca. 20 km nordøst for Hoybergodden (Jan Mayens vestligste punkt), ca. 25 km nordøst for Sørkapp (Jan Mayens sydligste punkt) og ca. 5 km nordøst for Rudolftoppen (det høyeste punktet på Sør-Jan).