Javaneshorn er på størrelse med det indiske panserneshornet, med en kroppslengde på opp mot 4 meter (normalt 2-3 meter) og en mankehøyde på cirka 170 cm. Vekten ligger normalt mellom 0,9 og 2,3 tonn. Mellom de to kjønnene er det ingen markante forskjeller, bortsett fra at hannenes horn er større. Det kan bli 25 cm, mens hunnenes bare utgjør en liten knopp eller mangler helt.