Efter tjeneste som innrulleringsoffiser, samt på forskjellige skip ble han i 1840 adjutant hos Generalguvernøren for de Vestindiske besittelser, samt havnekaptein på St. Croix og militær sekretær ved Generalguvernementet. Det var under Peter von Scholten, hvor van Dockum viste seg som en dugelig og taktfull forhandler, under en strid med øya Puerto Ricos regering, som han fikk bilagt på en måte som var tilfredsstilte for begge parter.