Sewall ble født i Bishopstoke i Hampshire i England i 1652 som sønn av Henry og Jane (Dummer) Sewall, og sønnesønn av Henry Sewall, borgermester av Coventry. Sammen med sine foreldre utvandret han til Massachusetts Bay-kolonien i 1661 hvor de bosatte seg i Newbury i Massachusetts. Der vokste unge Samuel opp langs elven Parker og farvannet ved øya Plum Island. Som andre lokale gutter gikk han på skolen ved James Noyes House, og fikk sin grunnleggende utdannelse fra prost Thomas Parker, en hengiven puritaner. Senere flyttet han til Boston for å gå på Harvard University, og tok eksamen i 1671 og håpet å studere for et presteembete, men han oppga det for å drive forretninger. Han deltok også i lokalpolitikken og ble opphøyet til posisjonen som meddommer i domstolen som i 1692 dømte en rekke mennesker i Salem og omegn for å drive med hekseri. Sewall var kanskje den mest bemerkelsesverdige blant de dommere som var involvert i rettssakene ved at han var den eneste dommeren som noen år senere offentlig angret sin deltagelse og gikk så langt som å be om en offentlig dag for bønn, faste og oppreisning. I Salem hadde Sewalls bror Stephen Sewall åpnet sitt hjem for en av de barna som etter sigende var blitt rammet av trolldom, Betty Parris, datter av landsbyen Salems (i dag Danvers) prest Samuel Parris, og kort tid etter begynte Bettys plager å oppstå.