Honohan har en Bachelor of Arts innen økonomi og matematikk ved University College Dublin i 1971 og en Master of Arts fra samme universitet i 1973. Etter dette studerte han ved London School of Economics, der han tok en Master of Science i 1974 og en doktorgrad (Ph.D) i 1978. Doktorgradsavhandlingen hans het «Uncertainty, Portfolio Choice and Economic Fluctuations».