Schubert ble dømt til livsvarig fengsel i en skuerettssak likesom andre høytstående geistlige. Schuberts som var livsvarig hardt straffearbeid. Han ble ikke løslatt før i 1964. Sighet fengsel var blant de steder der han var innsatt. Han ble løslatt i 4. august 1964. Hieronymus Menges representerte ham i București som og spesiell apostolisk delegat før også han ble arrestert i 1952. Joseph Schubert ble forvist til s kloster i Timișu de Sus (tysk: Obertemesch) i 1964 uten å få lov til å utøve sine bispeilge eller prestelige funksjoner igjen.