I 1923 ble KWG omgjort fra en prøyssisk institusjon til å omfatte forskning i hele Tyskland. Etter nazistenes maktovertagelse i 1933 fortsatte Planck som president for institusjonen. Han så som sin viktigste oppgave å bevare selskapets autonomi som var en forutsetning for at det vitenskapelige nivå kunne opprettholdes. Men i 1936 forlot han stillingen. Da hadde det vist seg langt vanskeligere å forhindre oppsigelser og landsforvisning av ikke-ariske forskere enn å redde KWGs autonomi. To år senere gikk han også av som sekretær i Vitenskapsakademiet da arbeidsforholdene var blitt umulige. Som ny president for KWG ble Carl Bosch valgt. Han var allerede da syk og døde i 1940. Den siste presidenten ble Albert Vögler som tok sitt eget liv i 1945 for å unngå å bli tatt til fange av amerikanske styrker.