Før Windows/386 startet opp, kunne MS-DOS programmer benytte all tilgjengelig RAM, bortsett fra noen få reserverte kilobyte. Windows/386 sørget også for tilgang til EMS gjennom 80386-prosessorens minnehåndtering, uten å kreve ekstra sidekort slik tilfellet var med Windows/286. Ved å overskrive filen WIN200.BIN med COMMAND.COM, kunne MS-DOS programmer få tilgang til EMS uten å kjøre det grafiske brukergrensesnittet til Windows/386.