Sultanaten forsvarte seg i mange årtier mot de spanske kolonialkrav. Derfor inngikk de periodevis allianser seg i mellom, men alliansene holdt ikke i lengre tid og friksjon og strid rådet ofte. Det kom også til forbund mellom sultanene og spanjolene, som i 1719, da den daværende sultan av Maguindanao inngikk en pakt med den spanske kolonialmakt som sikret dem spansk assistanse i deres krig mot sultanatet Sulu.