Proteiner kan klassifiseres på ulike måter: strukturelle, globulære og membran-proteiner refererer til selve oppbygningen av proteinet fremfor funksjonen. Mange proteiner er enzymer (katalysatorer), en type molekyler som får kjemiske reaksjoner til å gå fortere. En annen viktig oppgave for proteiner er å delta i regulering av celleprosesser, der mengden proteiner eller kjemiske signaler festet på proteinene indikerer at en prosess skal startes eller avsluttes. Dette er viktig for vekst og utvikling av levende organismer, fra bakterier til planter, sopp og dyr.