Hydrogenbindingene mellom strengene i dobbeltspiralen er svake nok til at de lett kan deles av enzymer. Enzymer kjent som helicaser åpner opp strengene for å gjøre dem tilgjengelig for sekvenslesende enzymer som DNA polymerase. For åpne dem opp, må helicasene kjemisk spalte «fosfatryggmargen» til en av strengene, så de fritt kan vri seg rundt hverandre. Strengene kan også deles ved forsiktig oppvarming, som brukt i PCR, såfremt det er under 10,000 basepar (10 kilopasebar, eller 10kbp). Sammentvinningen mellom DNA-strengene gjør det vanskelig å separere lange segmenter.