Det indre av kirken ble ikke rekonstruert slik det hadde vært før brannen. Man valgte i stedet å utstyre kirken etter tidens mote, det vil si i rikt dekorert barokkstil. Det ble bygget pulpiturer under orgelet og langs ytterveggene, mot syd i to etasjer. Disse hadde lukkede stoler slik det kan sees på Thurahs snittegning. De større inventardelene omtales nedenfor.