Under makkabeernes opprør var Judas Makkabeeren og hans brødre flere ganger aktiv i Perea-området, noe som førte til spenninger mellom den ikke-jødiske majoritetsbefolkningen og den jødiske minoritet der. Etter tilblivelsen av den jødiske hasmoneerstaten utvidet Johannes Hyrkanos I den jødiske innflytelse i Perea. Ikke desto mindre varte det til Alexander Janneus' tid at Gadara og Amathous ble beleiret av hasmoneerne og til slutt erobret av dem. I 88 f. Kr. innlemmet Alexander Janneus også resten av Perea i den hasmoneiske stat.