I begynnelsen var Seicho-ji tilknyttet Tendaiskolen som videregav Lotussutraens høyeste lære. Senere ble den påvirket av først Shingonskolen (Sanne Ord) med dens mystiske ritualer, og senere Rene Land-skolen som videregav troen på Amida Buddha. Under Zennichimaros studier på Seicho-ji hersket der derfor meget forvirring innenfor buddhismen om hvilke lærer som var sanne og korrekte i forhold til tiden og folks kapasitet.