Etter et knapt år var selvstyret over, for den 17. mars 1900 landsatte amerikanerne styrker i Tagbilaran. Under ledelse av major Henry Hale fra USAs 44. infanteribataljon kom de for å overta kontrollen. Boholanoene organiserte seg til motstand. Den 3. september 1900 satte de seg til motverge under oberst Pedro Samson, og de blodige kampene pågikk i flere måneder. Amerikanerne brente ned 20 av Bohols 35 småbyer, drepte tusenvis av filippinere og slaktet ned all buskap de kom over. Den 23. desember 1900 overgav filippinerne seg på Bohol, og undertegnet en fredsavtale i prestegården i Dimiao.