Den 2. mai 2003 utstedte Canadas immigrasjonsminister Denis Coderre og riksadvokat Wayne Easter et «nasjonalt sikkerhetssertifikat» mot Zündel for å henvise at han var en trussel mot Canadas nasjonale sikkerhet og landets innbyggere grunnet hans forbindelser med voldelige nynazistiske grupper som Richard Girnt Butler, leder av Aryan Nations, den tyske nynazisten Christian Worch, og tidligere leder av kanadiske Aryan Nations, Terry Long, foruten også den tyske nynazisten Ewald Althans, dømt i tysk rett i 1995. Zündel benyttet alle tenkelige metoder for å unngå utlevering i Tyskland, inkludert å hevde at fengslingen hadde gjort ham syk. Mens han var fengslet forsøkte den kanadiske nynazisten Paul Fromm å organisere flere demonstrasjoner til støtte av Zündel, men disse ble møtt med overveldende opposisjon. Den 24. februar 2005 avgjorde Pierre Blais at Canada kunne deportere Zündel ut av landet og til Tyskland når som helst. Blais slo fast at Zündels aktiviteter «er ikke bare en trussel mot Canadas nasjonale sikkerhet, men også en trussel mot det internasjonale samfunns nasjoner.» Zündel ble deportert til Tyskland den 1. mars 2005.