Etter Polens første deling i 1772 ble byen annektert av Østerrike og inkorporert i det nyoppståtte kongeriket Galicien og Lodomerien. På denne tiden oppstod betydelig industri i byen. Etter første verdenskrig i 1918 ble Wadowice del av det nye selvstendige Polen. Under andre verdenskrig ble byen annektert av Tyskland og navnet forandret til . Den tyske okkupasjonen og rasepolitikken krevde livet til hundrevis av personer i regionen, og særlig prester, lærere og kunstnere ble myrdet i massehenrettelser. Flere hundre ble også fordrevet til Generalguvernementet for å gjøre plass til tyske innvandrere. Mellom 1941 og 1943 ble en getto opprettet i byen. Nesten den hele jødiske befolkningen (over 2 000 personer) ble drept, de fleste i den nærliggende konsentrasjonsleiren Auschwitz.