Den økende politiske forskjellen mellom de allierte og Sovjetunionen førte til at sovjeterne sperret av områdene rundt Vest-Berlin den 24. juni 1948. Britiske og amerikanske myndigheter svarte med trappe opp lufttrafikken mellom sine sektorer av Berlin og de vestlige sonene. Høsten 1948 var striden opp for FNs sikkerhetsråd og Sovjetunionen etablerte samtidig en ny som skulle være den utøvende sivile administratoren for hele Berlin. Den magistrat som ble satt i fellesskap i 1946 fikk da i praksis sitt virkeområde begrenset til de tre vestlige sektorene av byen. På denne måte ble byens sivile administrasjon delt i to. De vestlige kommandantene konstaterte i desember 1948 at kommandaturaen hadde sluttet å fungere for byen som helhet, men åpnet for at arbeidet kunne gjenopptas. De tre vestlige okkupantene fortsatte deretter å utøve kommandaturaens myndighet i de tre vestlige sektorene.