Prynne ble født i Swanswick, nær Bath i Somerset. Han studerte jus ved Oxford University. Etter studiene begynte han å angripe arminianisme, den høykirkelige retningen innen Den engelske kirke, og det han oppfattet som umoral ved hoffet. Han skrev pamfletten , som var et angrep på teateret. Hans fordømmelse av skuespillerinner i dette verket ble av mange sett på som et fordekt angrep på dronning Henrietta Maria. I 1633 ble han stilt for retten i , og dømt til fengsel og til å få deler av ørene skåret av.