Khayzuran plasserte så sin andre sønn Harun al-Rashid på tronen som kalif. Hennes relasjon til sin yngre sønn var meget god, og Harun al-Rashid skal ha elsket og respektert henne dypt. Han lot henne også delta i regjeringsasaker og styre kalifatet ved hans side som informell medregent og rådgiver, likesom hans far hadde gjort. Han erkjente åpent hennes politiske teft og demonstrerte offentlig at en muslimsk mann ikke trengte å skjemmes ved å dele makt med en kvinne, om hun hadde en slik begavelse som Khayzuran. Hun innehadde imidlertid aldri noen formell stilling. Hennes politiske makt var stor fordi hennes sønn kalifen tillot henne å utøve den. I hans regjeringstid anses hun å ha spilt stor rolle for de beslutninger som ble fattet, selv om det ikke lar seg utsortere hvilke hun og hvilke hennes sønn stod for.