Etter at Vladimir Putin kom til makta har partiet advart mot innskrenkinger i demokratiske rettigheter i Russland. Ved parlamentsvalget i 2003 havna partiet under sperregrensa på 5 % og fikk bare valgt inn fire representanter i enkeltmannskretser. Javlinskij anklagde Putin for valgfusk for å hindre at Jabloko og et annet demokratisk parti, Unionen av høyrekrefter, skulle komme inn i Dumaen. Ved presidentvalget i 2004 stilte Jabloko derfor ingen kandidat. Ved parlamentsvalget i 2007 falt partiet ut av parlamentet.