Et brudd i benet satte den populære danske på sidelinjen i store deler av 2007-08-sesongen, men det ble noe glede da Danmark sine viktigste spillere og managere stemte ham fram til Årets danske spiller for første gang. Agger spilte sin første kamp etter ti måneders fravær 12. juli 2008 i en treningskamp mot Tranmere Rovers.