I 1995 kom EP-en , det første med Derek Sherinian. Albumet inneholdt i tillegg til tittelsporet kun coverlåter, blant annet av Deep Purple og Elton John. I 1997 kom studioalbumet , som fikk en blandet mottakelse av fansen. Jordan Rudess aksepterte nok et tilbud om å bli med i bandet i 1999, og samme år ga de ut konseptalbumet . Det ble meget godt mottatt av fansen, og bandet turnerte internsjonalt i over et år for å promotere albumet, bandets største turne så langt. På denne turneen ble DVD-en innspilt, bandets første DVD. Den ble utgitt i 2001, og samme år ga de også ut et konsertalbum fra turneen ().