Aabrekk kom til Brann som spillerutvikler i 1998, men ble senere samme år ansatt som hovedtrener i klubben etter en serie med svake resultater. Han førte Brann til seriebronse i 1999-sesongen, men tok permisjon fra trenerjobben samme sesong. Etter at Teitur Thordarson overtok som trener foran 2000-sesongen, valgte Aabrekk å si opp i Brann etter at permisjonen var over.