Cecilie Wilhelmsen giftet seg i 1972 med skipsreder og investor Christopher Paus (1943–2024). Samme år flyttet de til Pireus i Hellas; fra 1979 har de bodd i London. De er foreldre til Pontine Paus og Olympia Paus. I 2020-årene har hun og døtrene vært sentrale i en mye omtalt familiefeide i Wilhelmsen-familien der de har forsøkt å overta kontrollen over rederiet, og datteren Olympia fremsatte i 2020 et bud på 3,2 milliarder på vegne av seg og slektningene for å kjøpe ut Wilhelm Wilhelmsens familiegren. Budet ble avvist. I rettssaken som hennes søster Helen Juell har anlagt sammen med sine døtre og niesen Hannah Wilhelmsen i 2024 deltar ikke Cecilie Paus og døtrene, men de støtter slektningene i saken. Under denne rettssaken kom det frem at Wilhelmsenfamilien fortsatt skal ha en utenlandsformue.