Da jødeforfølgelsen tiltok i Slovakia i 1939, krysset de grensen til Polen med sikte på å ta båt fra Gdynia til England. Kort tid etter (mars 1939) tok Hitler kontroll over Böhmen og Mähren med Slovakia som lydrike. I Polen ventet de hele sommeren på visum til Storbritannia, men da visaene kom i slutten av august var det for sent fordi Polen ble invadert av Tyskland samme dag de skulle ta toget til havnebyen Gdynia. De ble værende i byen Kielce der jødene ble samlet i en ghetto fra 1941. I 1942 ble en stor del av de jødiske innbyggerne i byen henrettet eller sendt til Treblinka. Senere ble de overført til en leir for tvangsarbeid, og i august 1944 ble familien deportert til Auschwitz. Josef Mengele og hans assistenter skilte i oktober 1944 faren fra Thomas og han så aldri faren igjen. Thomas var ett av de få barna som ikke ble sendt rett i gasskammeret ved ankomst Auschwitz. Han fikk oppdrag å være løpegutt i leiren og ble slikt blant annet vitne til at hauger av lik ble kremert.