Everton FC betalte £180.000 for Harpers tjenester i desember 1972, men tiden hans i engelsk fotball ble ikke så fruktbar som hans opphold på Pittodrie i Aberdeen hadde vært, og Harper returnerte til skotsk fotball med Hibernian FC tidlig på året i 1974. Også denne gangen var det Eddie Turnbull som kjøpte Harper, som i mellomtiden hadde skiftet scene fra Pittodrie i nordøst til Easter Road i sørøst. Dessverre var Harper denne gangen overvektig og ute av form, og han slet med å finne tilbake til den formen han hadde vist for Aberdeen FC, selv om han scoret et hat-trick i ligacupfinalen i 1976. Også John ”Dixie” Deans scoret et hat-trick den dagen, slik at Celtic FC slo Hibernian FC 6-3. Harper ble aldri noen favoritt blant Hibs-supporterne, og hans ankomst til Leith innledet dessverre nedgangstidene for klubben på sent 1970-tall og tidlig 1980-tall. Totalt spilte Harper 69 ligakamper for Hibernian FC og scoret 26 ligamål.