Anhalt-Köthen ble opprettet i 1396, da fyrstedømmet Anhalt-Zerbst ble delt i de to statene Anhalt-Köthen og Anhalt-Dessau. I 1552 ble var Anhalt-Köthen igjen en del av Anhalt-Dessau. I 1603 ble Anhalt-Köthen gjenopprettet, gjennom den andre delingen av Anhalt-Zerbst. Ved bortgangen til Augustus Louis, Prins av Anhalt-Köthen I 1774 ble fyrstedømmet delt, og den nye staten Anhalt-Pless ble dannet. Fra 1396 til 1806 var Anhalt-Köthen et fyrstedømme. I 1806 ble det opphøyd til hertugdømme. Med bortgangen til hertug Henrik i 1847, døde hertuglinjen ut, og hertugdømmet ble arvet av Anhalt-Dessau.