Spillets hovedperson er den unge magikeren Isaac. Spillet startet med at Isaac Lysets tryllestav av sin far Russell. Tryllestaven er en av syv kraftige tryllestaver som lar brukeren kaste magi og fange og kontrollere monstre. Etter å ha blitt skilt fra foreldrene sine da han var ung, ble Isaac oppdratt av en skogsheks som lærte ham magi.