I 1944 flyktet Goedhart til London, hvor han ble utnevnt til justisminister for den nederlandske regjeringen i eksil. Etter den andre verdenskrig var over, returnerte Van Heuven Goedhart til avisen Het Parool, hvor han igjen ble sjefredaktør. I 1947 begynte Goedhart som politiker i hjemlandet før han i 1951 ble utnevnt til den første høykommissæren for flyktninger i FN. Under Van Heuven Goedhart, ble UNHCR tildelt Nobels fredspris i 1954. Hans far, Gijsbert Willem Goedhart, var en protestantisk prest. Hans mor het Francina Dingena Helena van Heuven. Van Heuven Goedhart ble opprinnelig kalt Goedhart, men i 1933 fikk han tillatelse til å legge sin mors pikenavn til hans etternavn.