Johan Brockenhuus innehadde følgende stillinger: hoffjunker 1639-43, kannik i Christiania 1651, offiser 1657-67, fra 1658 oberst. Lensherre i Tønsberg len 1659-61. Sjef for det norske Rosstjeneste 1661. Aarhus stift 1664 (frasa seg stillingen). Han var også eier av setegården Hovinsholm på Hedemarken.