I løpet av 80-tallet og ut på 90-tallet kom operativsystemet ut i stadig nye versjoner med utvidede funksjoner. Etterhvert tok en shell-applikasjon kalt Windows stadig mer over, og ved utgivelsen av Windows 95 var det snudd opp ned sånn at Windows var det faktiske operativsystemet, mens MS-DOS var blitt en shell-applikasjon.