Et annet markant punkt i hennes karriere var tvangshjemsendelsen av Ahmed Agiza og Muhammad al-Zery fra Sverige til Egypt, en operasjon utført av det amerikanske militæret. Ifølge statsminister Göran Persson ville den amerikanske administrasjonen ilegge handelsembargo mot EU dersom Sverige ikke lot amerikanerne hente Ahmed Agiza og Muhammad al-Zery på svensk jord. Lindh måtte velge mellom stå opp for menneskerettighetene slik hun så dem, og hegne om handelsforbindelsene med USA. Hun valgte det siste, og ble senere grundig kritisert for dette.