Flaggskipet gikk på grunn. Alvorlige lekkasjer hadde oppstått, ballasten ble så kraftig forskjøvet at skipet måtte til havnestedet utenfor Kalmar så snart som mulig. Under innfarten til havnestedet gjorde tømmermannen som besørget reparasjoner ombord på storskipet en stor feil ved starte arbeidet på lekkasjene. Ballasten var kastet over bord, og skipet var blitt for lett til å tåle manøvrering, så snart flaggskipet kantret strømmet vannet ombord gjennom åpningene. «Elefanten» sank på seks meter dybde.