Enhetsdelen deltok i Operasjon Weserübung. Stab./KG 26 ble plassert under X Fliegerkorps. Under den raske 6-timers tyske invasjonen av Danmark (1940) flyttet enheten til Aalborg lufthavn, Danmark den 12. april 1940. Den flyttet under den norske felttoget til Stavanger, deretter Trondheim da Wehrmacht beveget seg nordover. I./KG 26 var basert på Marx, nær Wilhelmshaven, og gjennomførte kryssvannsangrep mot norske marinekystbatterier ved Kristiansand og nær Oslofjorden. Den 10. april gjennomførte enheten et angrep på Scapa Flow for å forstyrre potensielle britiske marineforsterkninger til Skandinavia. Etterpå konsentrerte I. Gruppe seg om direkte bakkeangrep på allierte hærer i Narvik–Harstad. Den 17. april, nær Stavanger, ble HMS Suffolk angrepet. Den 15. mai senket I./KG 26 et identifisert transportskip i Harstad havn. Den 7. juni 1940 gjennomførte den sitt siste angrep på Narvik havn, som ble avbrutt. II./KG 26 gjennomførte anti-skip-operasjoner mellom Storbritannia og Norge, januar – august 1940. Under felttoget i Norge gjennomførte Gruppen flere angrep på allierte destroyere, kryssere og transportskip uten suksess. Den 18. april 1940 ble HMS Warspite lett skadet av II./KG 26. Enheten utførte taktiske angrep mot norske hærposisjoner i sør av landet til 1. mai 1940. Etter en ti dagers hvile begynte den å angripe britiske marineenheter. Den 9. juni senket den to transportskip og angrep HMS Ark Royal, vest for Bodø. Gruppen mistet bare fire eller fem fly i norske operasjoner. På grunn av operasjoner over Norge deltok ikke enheten i de tidlige kampene om Storbritannia (juni – august 1940). III. Gruppe begynte operasjoner over Norge den 9. april og forble der til slutten av kampanjen. Den opererte 33 He 111s, 26 tjenestedyktige maskiner i bakke- og maritime operasjoner. Ufullstendige tapsoptegnelser viser at KG 26 mistet minst 40 fly (70 % eller større skade) fra 9. april til 9. juni 1940.