På grunn av pulveriseringen av den afghanske maktstrukturen kunne Taliban ta kontroll i 1996. Hekmatyar flyktet til Iran i 1996, der han fortsatte å lede Hezbi Islami-partiet. Etter 11. september 2001 ble Afghanistan invadert av en USA-ledet koalisjon som fjernet Taliban fra makten. Etter Bonn-konferansen ble Hamid Karzai midlertidig leder i landet og senere valgt president. Hekmatyr gikk deretter til kamp mot regjeringen i Kabul og koalisjonen som okkuperte Afghanistan. I 2003 oppfordret han til jihad mot de utenlandske styrkene. Angrepene varte frem til en fredsavtale ble signert med de afghanske myndighetene i 2016.