Schöner offentliggjorde mange kalendere og prognostica som kom i store opplag. Sent i livet forasterket han sitt arbeide innen astrologien og forfattet et introduksjonsskrift (1539) og en omfangsrik monografi (1545). I samme sammenheng hører hans publikasjon av Bernard Walthers , som var et forsøk på å forklare meteorologien ut fra stjernenes bevegelser.