Den 12. januar 1945 trakk Mannerheim seg som Finlands forsvarssjef, og Heinrichs ble dermed øverstkommanderende. Hans oppgaver var å sørge for at betingelsene i fredsavtalen med Sovjetunionen ble overholdt, å avslutte Lapplandskrigen, demobilisere hæren og rydde landminer. Sommeren 1945 trakk Heinrichs seg som øverstkommanderende som følge av en skandale angående noen våpenkasser, og gikk av med pensjon.