Lite er kjent fra Padovanos tidlige liv, men 30. november 1565 ble han ansatt som førsteorganist i . På denne tiden ble Claudio Merulo ansatt som andreorganist ved Markuskirken. Med to organister kunne de spille samtidig på de to orglene i den store katedralen og på den måten emulere dobbeltkorteknikken de allerede hadde tatt i bruk.