Böcklin ble født 1827 i Basel, nord i Sveits. Han fikk undervisning i tegning i hjembyen, før han fra 1845 til 1847 studerte ved Kunstakademie Düsseldorf sammen med Johann Wilhelm Schirmer, Theodor Hildebrandt og Rudolf Wiegmann. I 1847 tok han og Rudolf Koller en studietur til Belgia, der han ble svært imponert av Peter Paul Rubens sine verk. I 1848 dro han til Paris og besøkte Louvre. Deretter var han i lære ved atelieret hos kunstneren Johann Gottfried Steffan. Frem til 1850 arbeidet han i Basel, der han malte sine første karakteristiske landskapene.