Bind II er viet de generelle og teoretiske aspektene ved domestisering. Her diskuteres arv (kap. 12–14), atavismer (kap. 13), kjønnsavhengig arv (kap. 14), krysning, inn- vs. utavl (kap. 15–19), kunstig seleksjon (kap. 20), naturlig seleksjon hos domestiserte dyr og planter (kap. 21), årsakene til variasjon (kap. 22/23) og lovmessigheter ved variasjon (kap. 24–26). Kapittel 27 er en presentasjon av Darwins teori om pangenese, dvs. om arvelighetsmekanismene. Darwin betegna den som en «provisorisk hypotese», og ettertiden (dvs. den mendelske genetikken) har da også vist at han tok grundig feil på dette punktet. Verket avsluttes med et kapittel til generell diskusjon og syntese.