Ved lokalvalget i 1994 ble Velferdspartiet største parti, og Erdoğan ble ordfører i Istanbul. Her vant han ry som en effektiv og ikke-ideologisk administrator. Blant annet sørget han for å effektivisere byens transportsystem og gjøre det mer miljøvennlig, og moderniserte byens foreldete vannforsyning, og iverksatte samtidig populære byfornyelsesprogrammer.