Etter kardinal Königs fratreden var Krätzl bispedømmeadministrator for erkebispedømmet Wien inntil erkebiskop Hans Hermann Groër tiltrådte den 14. september 1986. I 1987 utnevnte Groër biskop Krätzl til biskopelig vikar for områdene voksenopplæring og videreutdanning for prester. Han utførte også denne funksjonen under kardinal Christoph Schönborn. Fra 2004 var Krätzl bisskoppelig vikar for økumeniske spørsmål. I den østerrikske bispekonferanse hadde hjelpebiskopen ansvar for skolesaker, voksenopplæring, Det katolske bibelselskap i Østerrike, og seminaret for kirkelige profesjoner.