Marinreservatet står ovenfor trusler fra forurensing og utviklingen som følger av en økende turisme og en økende befolkning på Galápagosøyene. Det foregår overfiske og ulovlig fiske i farvannene rundt øyene. I og med at det lokale, lovlige, fisket er i ferd med å kollapse fører det til tilfeller der lokale fiskere må gå over til å utføre ulovlige virksomheter.