Under ebolaepidemien i Vest-Afrika i 2014 ble det meldt at en fransk sykepleier fra Médecins Sans Frontières (MSF) i Liberia og som var blitt smittet av ebola, tilfrisknes etter å ha blitt behandlet med favipiravir. Kriniske undersøkelser av favipiravir brukt mot ebolavirussykdom begynte i Guéckédou i Guinea i desember 2014. Preliminære resultater fremlagt i 2016 på Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections (CROI) og senere publisert, viste en nedgang i mortalitet hos pasienter med lave-til-moderate nivåer av virus i blodet, men ingen effekt når nivåene var høye (hos pasienter med høyere risiko for en dødelig utgang). Måten forsøket var satt opp på ble samtidig kritisert for bare å benytte historiske kontroller.