I 1994 kom det i stand fredsforhandlinger mellom regjeringen og FRUD, og som resultat av megling fra Frankrike ble det inngått en fredsavtale desember 1994, som la grunnlag for å etablere en koalisjonsregjering og å fordele makt mellom folkegruppene og regionene. FRUD-medlemmer ble gitt amnesti og medlemmer av geriljaen ble innlemmet i det nasjonale forsvaret. FRUD forpliktet til gjengjeld å oppgi den militære kampen. Noen sammenstøt fant fortsatt sted 1995–96, men i 1996 ble FRUD legalisert som Djiboutis fjerde politiske parti. FRUD ble splittet på ny, og først i 2000 ble det inngått en endelig fredsavtale. Året etter overga FRUD alle sine våpen til regjeringshæren for destruksjon.