Sommeren 2018 oppsto det en konflikt mellom forbundskansler Angela Merkel og hennes koalisjonspartner SPD på den ene og Seehofer og hans parti CSU på den andre. Som innenriksminister ville Seehofer innføre en strengere asylpolitikk og nasjonal grensekontroll for migranter istedenfor en felles kontroll ved EUs yttergrenser. Både CDU, SPD og de andre partiene i forbundsdagen – bortsett fra AfD – ønsket en felles EU-løsning på spørsmålet, slik Merkel hadde fremforhandlet under et toppmøte i unionen 24. juni.