Da prins Sihanouk ii mars 1970 ble styrtet av Lon Nol, sluttet han seg til Røde Khmers gerilja ute på landsbygden. Under den kambodsjanske borgerkrig ble han såret fem ganger. Under stridene som førte til Phnom Penhs fall i april 1975 tapte han et øye. Røde Khmer hadde makten i fire år. Hun Sen deserterte fra bevegelsen i 1979, kort før den vietnamesiske invasjonen.