Fra 1949 til 1956 bodde familien i Ankara i Tyrkia, der faren var diplomat. Der lærte han seg tyrkisk. Deretter gikk Musharraf på den katolske Saint Patrick's School i Karachi, hvorfra han ble uteksaminert i 1958. Senere studerte han ved den protestantiske eliteskolen Forman Christian College i Lahore. Han deltok også i et program for ledelse i media fra Delhi University.