Sett fra jorden ligger krateret langs med den sørlige randen av månen. Detaljert kartlegging av polregionen og månens bakside kunne ikke gjennomføres før banesonder ble plassert i bane rundt månen. Shackleton ligger helt innenfor Sydpol-Aitken bassengets kraterrand, som er den største kjente nedslagsformasjonen i solsystemet. Et nøytronspektrometer ombord på sonden Lunar Prospector oppdagde forhøyde verdier av hydrogen nær månens nord- og sørpol, inkludert i krateret Shackleton.