Da Lanfranc (som var blitt erkebiskop av Canterburt) døde i 1089, ble Anselm foretrukket av mange som etterfølger der, men det var først i 1093 av kong Vilhelm II innførte ham i embedet. De påfølgende fire år var de begge hver på sin side engasjert i investiturstriden i England. I 1097 fikk Anselm tillatelse til å dra til Roma, der han håpet å finne støtte. Det lyktes ham bare i begrenset grad. Han ble nektet innreisen til England igjen av kong Vilhelm II. Dermed tilbragte Anselm årene fra 1097 i eksil i Lyon, til kongen døde i 1100.