I begynnelsen av andre verdenskrig tjente han som feltprest i sørlige Frankrike. I 1940 ble han utnevnt til viserektor for universitetet i Louvain og til stedfortredende rektor da den ordinære rektor monsignor Honoré van Waeyembergh ble arrestert av tyskerne i juni 1943. Suenens' navn stod på en liste over personer som skulle avrettes; de allierte befridde Belgia innen dødsdommen rakk å bli iverksatt.