Byens grunnleggelse er ikke tidfestet, men i et dokument fra 1183 blir det nevnt en by, og på bakgrunn av dette feiret byen i 1983 800-årsjubileum. Hertug Otto I av Brünswick-Lüneburg tildelte i 1247 byen stapelrett; alle varer som ble ført på elvene skulle losses i byen, og bys fram for byens innbyggere i tre dager før de kunne fraktes videre. Dette førte til en økonomisk gullalder som fortsatt kan sees i byens arkitektur. På 1300-tallet ble byens St.Blasiuskirke bygd. Mellom 1603 og 1618 ble byens rådhus bygd i Weserrenessanse-stil. I tredveårskrigen ble byen i 1626 erobret av Tillys soldater etter flere dagers beleiring. I 1868 ble forstakademiet grunnlagt, som ble en viktig del av byens liv. Hann. Münden kom gjennom andre verdenskrig uten større ødeleggelser.