Versjonen på 28 bokruller er kjent som Eihei-ji-manuskriptet eller den «hemmelige Shōbōgenzō». Det er datert fra omkring 1350 og inneholder i praksis 26 bokruller, ettersom opptrer to ganger og er inkludert to ganger i to forskjellige versjoner. Innholdet i denne versjonen er hentet fra versjonene på 75 og 12 bokruller og har stort sett bevart nummereringen fra disse. Unntaket er som er nummerert som bokrull 38, noe som ikke tilsvarer noen bevart versjon.