I løpet av den første halvdelen av sitt styre var Honorius helt avhengig av det militære lederskapet til general Stilicho som hans far Theodosius hadde utnevnt. Stilicho var romer, og gift med en niese av keiser Theodosius, men var også halvt vandal. For å styrke båndene med den unge keiseren fikk Stilicho giftet sin datter Maria med ham. Den epitalamium som ble skrevet for anledningen av Stilichos hoffpoet Claudius Claudianus har overlevd. Honorius var også i stor grad underlagt innflytelsen fra pavene i Roma, som søkte påvirke ham til å gjøre som de ville ettersom han både var ung og hadde en svak og selvstendig karakter. Det var pave Innocens I som klarte å få ham til å skrive til sin bror Arcadius og fordømme at Johannes Khrysostomos ble avsatt i 407.