Klubben ble grunnlagt i 1905 og er den eldste fotballklubben i Bosnia-Hercegovina. Etter andre verdenskrig ble alle klubber som hadde deltatt i krigstidens kroatiske serie Prva HNL forbudt i Den sosialistiske føderale republikken Jugoslavia, blant dem Zrinjski. Forbudet mot klubben varte i årene fra 1945 til 1992. Etter at Bosnia-Hercegovina ble en selvstendig stat ble klubben gjenopprettet og spilte i den bosniske første divisjon fram til 2000 da den rykket opp i den øverste divisjonen.