Israelske myndigheter forsøkte i lengre tid å marginalisere Arafat ved å finne en annen leder for det palestinske folk, men uten hell. Arafat nøt bred oppslutning blant grupper som, hans egen historie tatt i betraktning, normalt ville ha kviet seg for å forhandle med eller støtte ham. Marwan Barghouti ble ansett som en mulig erstatter under den andre intifada, men han ble arrestert av israelerne som holdt ham ansvarlig for drapene på tjueseks sivile utført av al-Aqsa-martyrenes brigader. Barghouti ble dømt til fem livstidsdommer.