Senere i hans karriere ble Shockley interessert i spørsmålet om rase, IQ og eugenikk. Han anså dette arbeidet som viktig for menneskehetens framtid, og anså denne delen av sitt virke som spesielt betydningsfullt på tross av at det skadet hans omdømme. Shockley argumenterte at de høye fødselsratene blant lavt intelligente hadde en dysgenisk effekt. Shockley publiserte skrifter og foreleste om disse spørsmålene, inspirert av psykologen Cyril Burt sine arbeider. Shockley foreslo at personer med IQ under 100 burde få betalt for å frivillig bli sterilisert.