Isidor ble født i det sørlige Grekenland om dro til Konstantinopel i ung alder. Han ble der hegumen (abbed) ved St. Demetrius-klosteret i byen. Han ivret for forsoning med Vestkirken, og ble i 1434 sendt av den bysantinske keiser Johannes VIII for å åpne forhandlinger med dette for øye på konsilet i Basel.