Vitenskapsmuseets historie kan føres tilbake til 1760, da nordmennene biskop Johan Ernst Gunnerus og historiker og rektor Gerhard Schøning og den danske historikeren Peter Frederik Suhm etablerte Det Trondhiemske Selskab. I 1767 fikk selskapet kongelig stadfestelse av sine statutter, og Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab (DKNVS) ble offisielt stiftet. DKNVS begynte innsamling av arkeologisk og naturhistorisk materiale, noe som etter hvert ble organisasjonens hovedoppgave.