Bukhara har vært et av hovedsentrene for iransk sivilisasjon i løpet av dens historie. Dens arkitektur og arkeologiske steder danner en av pilarene for persisk historie og kunst. Regionen til Bukhara var lenge en del av Det persiske riket. Opprinnelsen til dets innbyggere går tilbake til perioden til arisk immigrasjon i regionen. Iranske soghdianere bodde i området og noen århundrer senere ble det persiske språket dominerende blant dem. Den siste emiren i Bukhara var Muhammed Alim Khan (1880–1944).