Topografisk består landet av fire hovedområder: Grenseområdene i nordvest med Himalayas vestligste gren med fjellkjeden Hindukush. De høyeste fjellene er på 5000 til 7500 meter, sør for Khyberpasset går fjellene opp til 2500 meter over havet. Balutsjistan og de sørvestlige områdene består av kalksteinsbergarter med fjell over 3000 meter og ved grensen mot Iran dominerer sandsteinsberg. Disse områdene er til dels svært ugjestmilde. Sind er Pakistans ene lavlandsområde og omfatter den sørligste delen av Indus-bekkenet i form av en helt flat slette uten forhøyninger samt Indus-deltaet. Havet kan strømme inntil 30 kilometer inn i landet og skape store ødeleggelser. Lavlandet Punjab er Pakistans sentrale område. Dette er hovedsakelig et flatt og lavt område stort sett under 175 meter over havet.