Whelan inviterte en rekke religiøse kongregasjoner til å sende medlemmer til bispedømmet for å yte nødvendig sosial assistanse. Da han døde, hadde bispedømmet 48 kirker, 29 prester, tre kvinnelige ordensfellesskap, seks pikeskoler, en gutteskole, et barnehjem, og et sykehus. Fra 1869 til 1870 deltok biskop Whelan på Første Vatikankonsil i Roma, der han var imot pavelig ufeilbarlighet fordi han mente at en slik erklæring var tidsmessig upassende.