Deltakelsen av mujahediner i Bosnia-krigen er et omstridt tema. Mujahediner er ofte omspunnet av mye myter og er kjent for å være ekstremt voldelige mot sine fiender. Det er kjent at de deltok i krigen, men deres antall og omfang forblir usikkert; det finnes ingen endelige, offisielle anslag. Alija Izetbegović hadde flere kontakter i Midtøsten og andre muslimske land. Under krigen mottok Bosnia flere former for støtte fra den islamske verden, deriblant gjennom mujahediner. Vi vet lite om hvor effektive mujahedinene var. Derimot kan det fastslås at de opptrådte med grusomhet mot sine ikke-muslimske motparter. Ifølge serbiske kilder var det mer enn 1 300 soldater fra Kurdistan, Algerie og andre arabiske stater som kjempet i Bosnia. Dette antallet er rapportert å være overdrevet.