Av og til kan man forveksle fjellvåk med musvåk som har et lignende skrik, men musvåken har et mye mer mjauende skrik mens fjellvåkens er mer klagende. Musvåken er som regel mørkere og mangler den mørke vingeknoken som er særegen for fjellvåken. Dessuten har fjellvåken fjær helt ned til tærne, noe kun kongeørn og fjellvåk har. Vingeprofilen i glideflukt minner mye om ørner, med lange og brede vingeflater og kort stjert, og det kan skje forveksling med den mye større kongeørna. Fjellvåken kan, akkurat som tårnfalken, stille i lufta, det vil si å stoppe opp og «henge» på flaksende vinger, noe kongeørna ikke kan. Når den stiller følger den med på smågnagere nede på bakken.