Byen ble ombygget uten større endringer på 100-tallet e.Kr. av den romerske keiseren Septimius Severus da byen ble etablert som en koloni. Samaria har av kristne blitt assosiert med Johannes Døperen og det var antatt at han var gravlagt her. En liten basilikakirke, først opprettet på 400-tallet, ble utgravd på den sørlige skråningen av akropolis. Kirken er antatt å være gravstedet til Johannes Døperen. En kloster ble senere bygget ved siden av. På 1100-tallet var en latinsk katedral bygget øst for det romerske forum, også dedikert Døperen, og den kombinerte elementer fra bymuren. Den ble senere omgjort til en moské for landsbyen Sebaste.