I biskoptiden fikk Eiler Hagerup fikk kranglet seg til 2 000 riksdaler fra Christian VI av Danmark og Norge (1699–1746) som gikk til å pusse opp et tredvetall forfalne kirker i Nord-Norge. Hagerup kom ellers i klammeri med katedralskolens rektor Benjamin Dass (1706–1775), blant annet etter å i 1735 ha sikret den knapt konfirmerte sønnen Hans Hagerup (1717–1781) stillingen som viserektor til Dass.