Selv om det ikke blir avslørt før senere i serien, begynner handlingen i Neon Genesis Evangelion i år 2000, når en ekspedisjon til Antarktis oppdager et massivt vesen som består av lys. Vesenet er den første «Engel», og blir døpt Adam. Når de eksperimenterer med denne «Engelen» går den amok og utløser en massiv eksplosjon (hvor Adam selv reduseres til et embryo). Dette forårsaker en katastrofe som senere får navnet , «Det andre nedslaget». Eksplosjonen smelter nesten hele iskappen på Antarktis, ødelegger hele kontinentet og endrer jordens rotasjonsakse. Klimaendringer og enorme flomkatastrofer følger. To milliarder mennesker blir drept som følge av flommene, og i kaoset som følger bryter det ut krig på grunn av mangelen på mat og ressurser. Denne krigen varer i et år og tar livet av halvparten av jordens befolkning før en fredsavtale blir undertegnet i 2001. Sannheten bak Second Impact blir holdt hemmelig for allmennheten ved å hevde at eksplosjonen skyldtes en liten meteoritt med hastighet nær lysets som slo ned i Antarktis.