Anniken Hauglie er født i Oslo og oppvokst i Ski kommune i Akershus. Hun var elev på Ski ungdomsskole og gikk ut av Kontra videregående skole i 1991. Hun er gift med statssekretær Lars Jacob Hiim. De har to barn. Hauglie er utdannet cand.polit. fra Universitetet i Oslo (2000). Hauglie har hovedfag i sosiologi, mellomfag i statsvitenskap og faget livssyn og etikk. Hun har også prosjektledelse fra BI (2006). Hauglie har særlig fordypet seg i situasjonen i det tidligere Jugoslavia, og primært i Bosnia-Hercegovina, i 1990-årene.