Lavenergi CID utføres vanligvis med ionekinetiske energier mindre enn omtrent 1 kiloelektronvolt (1 keV). CID med lav energi er svært effektiv når det gjelder å fragmentere de valgte forløperionene, men typen fragmentioner som observeres i CID med lav energi er sterkt avhengig av den kinetiske energien. Svært lave kollisjonsenergier favoriserer omstrukturering av ionestrukturen, og sannsynligheten for spaltning av direkte binding øker når ionekinetisk energi øker, noe som fører til høyere indre indre energier. Høyenergi CID (HECID) utføres i magnetiske sektormassespektrometre eller tandem magnetiske sektor massespektrometre og i tandem flyvetidmassespektrometre (TOF/TOF). Høyenergi-CID involverer ionekinetiske energier i kilovoltområdet (vanligvis 1 keV til 20 keV). Høyenergi-CID kan produsere noen typer fragmentioner som ikke dannes i lavenergi-CID, for eksempel ladningsfjern fragmentering i molekyler med hydrokarbonunderstrukturer eller sidekjedenes fragmentering i peptider.