I 1676 brøt den skandinaviske krigen ut – den varte til 1679 – og Jørgen Krabbe ble arrestert av svenskene, anklaget for høyforræderi og sammensvergelse med snapphanerne. Karen Krabbe var da sammen med mannen sin på fredskonferansen i Nijmwegen i Nederland og jobbet hardt for å få de europeiske maktene til å hjelpe Skåne og broren. De svenske myndighetene fryktet at Karen Krabbe ville spre negative rykter om dem i Nijmwegen.