I 1941 planla Beneš og František Moravec Operasjon Anthropoid, attentatet på den tyske riksforstanderen i Riksprotektoratet Böhmen-Mähren, Reinhard Heydrich. Planen ble ført ut i livet den 27. mai 1942, og planen var en suksess, da Heydrich ble alvorlig såret i attentatforsøket og døde den 4. juni av sine sår. Resultatet ble brutale hevnaksjoner fra tyskerne med henrettelse av et stort antall tsjekkere og de to landsbyene Lidice og Ležáky totalt jevnet med jorden.