En versjon om hans tidlige liv går ut på at hans familie i 1470 flyttet til Spania, der Christofer jobbet for sin far som vever. En mer vanlig versjon er at han og hans familie forble boende i Genova, men at Christofer ganske tidlig i tenårene ble med handelsskip som trafikkerte Italias kyster. Christofer hadde lite formell utdanning, men var en lesehest, og var i stor grad selvlært. Han og hans bror Bartolomeo fikk imidlertid tidlig opplæring i karttegning.