I 1565 forlot Allen England for godt. Han ble presteviet i Malines og dro i 1567 til Roma, der han ivrig gikk inn for opprettelsen av et presteseminar for katolsksinnede engelske studerende, først pestekandidater ment for senere innslusing til og virke i hjemlandet, så dessuten lekfolk. Et slikt - - grunnla han i 1568 ved universitetet i Douai i Flandern, der han i 1570 ble professor i teologi. Det nederlandske opprør gjorde snart Douai usikkert, og i 1578 ble de der studerende engelskmenn fordrevet derfra. I England er Ushaw College og St Edmund's College (i Ware) utgått fra dette .