LXDE ble utviklet i programmeringsspråket C og benyttet verktøyet biblioteket GTK+ 2. Første versjon ble lansert i 2006 av den taiwanske programmereren Hong Jen Yee (tradisjonell kinesisk: 洪任諭). Tidlig i 2013 begynte Hong Jen Yee arbeidet med LXQt, en variant som var utviklet ved hjelp av biblioteket Qt, fordi han var misfornøyd med GTK+ 3. Den 21. juli 2013 kunngjorde Hong Jen Yee at LXQt er en sammenslåing av LXDE og det tidligere skrivebordsmiljøet Razor-qt. De to prosjektene har eksistert side om side, men på sikt vil de bli slått sammen, og benevnelsen LXDE brukes både om den opprinnelige GTK+-utgaven og den nye implementasjonen ved hjelp av biblioteket Qt.