Naxos’ repertoar spenner i dag over alle tidsepoker innen klassisk musikk i tillegg til jazz, filmmusikk, historiske innspillinger av klassisk musikk samt lydbøker. En del av de tidligste innspillingene på Naxos kan bedømmes som «lettvektere» sammenlignet med innspillinger på andre plateselskaper. Det var derfor lenge en gjengs oppfatning blant artister at det var stigmatiserende å gjøre innspillinger for plateselskapet. Men dette ser med tiden ut til å ha begynt å endre seg. Selskapet har etter hvert knyttet til seg flere dyktige «husartister» som pianistene Idil Biret og Jenö Jandó, strykekvartetten Kodály Quartet m.fl. og bygget opp en katalog med mange prisbelønte innspillinger. I de senere årene har Naxos høstet gode kritikker for sine innspillinger av f.eks. Anton Bruckners symfonier med Georg Tintner, orkestermusikk av Johannes Brahms, Antonín Dvořák og Leonard Bernstein med Marin Alsop og symfonier av Dmitrij Sjostakovitsj med Vasily Petrenko. Naxos utmerker seg også gjennom sitt fokus på å hente «glemte» klassikere fram i lyset igjen.