Macdonalds første rolle i en stor film var som Diane i Danny Boyles med Ewan McGregor i hovedrollen. Hun fikk rollen gjennom å gå på en åpen audition. Hun fulgte opp med å spille Isabel Knollys i (1998), med Cate Blanchett i rollen som Elizabeth I. Hun var også med i dramakomedien med Maggie Smith og Michael Gambon. To år senere spilte hun i miniserien (2003), sammen med blant andre Bill Nighy og James McAvoy. Hun spilte også "Peter Pan" i et teaterstykke i filmen (2004), som hadde Johnny Depp og Kate Winslet i hovedrollene.