Fordi pave Pius VI nektet å underkaste seg, ble han den 20. februar tatt med makt og ført til Siena og deretter til Firenze. Mot slutten av mars 1799 ble han trass i alvorlig sykdom så ført til Parma, Piacenza, Torino, over Alpene til Briançon og Grenoble, og til slutt til Valence, der sykdommen seiret den 29. august. Paven ble begravet der, og levningene kunne ikke bringes til Roma før i 1802.