Horthy og hans familie ble holdt i husarrest i Bayern til de ble befridd av amerikanske styrker i april 1945. Horthy selv ble ansett som krigsfange hos de allierte, og sluppet fri i desember 1945. Han vitnet i saken mot Veesenmayer i 1948. Horthy ble ikke tiltalt, og slo seg ned i Portugal. Den Jugoslavske statslederen Josip Broz Tito argumenterte for å tiltale Horthy for det uprovoserte angrepet på Jugoslavia i 1941, og for massakrene ved Novisad i 1942. I fangenskap skrev Horthy brev til Churchill, kong George, president Harry Truman og utenriksminister Ernest Bevin der han argumenterte for at han ikke hadde noe personlig ansvar for samarbeidet med Hitler og for overgrepene begått av regjeringen i Ungarn.