I henhold til gresk mytologi var Mykonos stedet hvor Zevs utkjempet et slag mot titanene. I det som kanskje er en variant av den samme myten var Mykonos stedet hvor helten Herakles skal ha drept noen plagsomme kjemper ved å trekke dem med seg ut i Egeerhavet og av dem ble Mykonos bygd. Øyas navn ble sagt å være etter en lokal helt, Mykons, sønn av Anios og sønnesønn av guden Apollon, og av den grunn ble øya også kalt for «lysets øy».