I 1990 ble hun forfremmet til en av etterretningstjenestens to stillinger som og hadde oppsynet med MI5s flytting til Thames House. : I 1992 overtok hun som generaldirektør for MI5. Hun var den første generaldirektør hvis navn ble offentliggjort ved utnevnelsen. I 1993 ble Rimington den første generalsekretær for MI5 noensinne som lot seg fotografere for en brosjyre som beskrev organisasjonens virksomhet.