Under Ski-VM 2009 i Liberec, Tsjekkia, vant Veerpalu igjen 15 km klassisk. I 2011 ble det kjent at Veerpalu testet positivt på veksthormoner under rennene i Otepää. På grunn av dopingprøven la Veerpalu opp like før VM i Oslo. Veerpalu påsto han var uskyldig, og fikk medhold i Den internasjonale voldgiftsretten for sport i 2013. Grunnen til frifinnelsen var blant annet feil bruk av terskelverdier for veksthormoner.