Oppseilende konflikter mellom rivaliserende grupper gjorde at selskapet ikke kunne investere nødvendig med tid og penger i dette prosjektet. De fire gruppene involvert i konflikten i Uganda var Kabaka (kongen) for buganda-folket, franske katolikker, protestanter og selskapet. Disse fire gruppene klarte ikke å løse sine uoverensstemmelser på fredelig måte, og det brøt ut borgerkrig i januar 1892. Med hjelp fra Frederick Lugard, mannen som hadde fått i oppgave å bygge fort til selskapet, vant IBEAC en innholdsløs seier.