I 2008, mens han reiste tilbake til Gazastripen via Allenby-brua til Vestbredden, rapporterte Omer at han var blitt strippet til undertøyet sitt, ydmyket og slått av israelske soldater mens han var på vei inn til Vestbredden fra Jordan. Ifølge en FN-rapport, er Mohammed Omer overbevist om at det brutale overgrepet skjedde da sikkerhetstjenesten ble frustrert over deres manglende evne til å konfiskere pengene han hadde blitt tildelt.