Bernardito Cleopas Auza var det åttende av tolv barn til Meliton Garcia Auza og Magdalena Polestico Cleopas. Han studerte ved presteseminaret i Tagbilaran og ble presteviet den 29. juni 1985 av Daniel Francis Walsh, som da var hjelpebiskop i San Francisco i California. Han fullførte sin teologiske utdannelse ved University of Santo Tomas i Manila og begynte i Pavestolens diplomati.