Arkitekturen og den interne oppbygging av misjonsstasjonene fulgte et oppsett som ble gjentatt senere med noen variasjoner ved andre misjonsstasjoner etter reduksjonsprinsippet blant indianerne. San Javier ble som den eldste stasjonen en mal for det organisatoriske design, som bestod av modulær struktur der sentrum er formet som en stor rektangulær åpen plass med kirkebygget på den ene siden og indianernes hus på de tre øvrige sider. Jesuittenes sentraliserte organisering la grunnlag for en bestemt og gjenkjennelig bruk av mål og størrelser. Selv om alle bosettingene i Chiquitos er basert på dette prinsippet er det likevel tydelige variasjoner.