Duchovny har vært gjest på to ganger (13. mai 1995 og 9. mai 1998). Begge showene var avslutninger på sesonger. I 2000, spilte han i den romantiske filmen . ble regissert av Bonnie Hunt, og han spilte sammen med Minnie Driver og Carroll O'Connor. I 2001 spilte Duchovny i komedien sammen med Ben Stiller.