Castillo de San Marcos er bygd i form av en stjerne med stein kalt «coquina», bokstavelig «småskjell», gjort av oldtidsskjell som har blitt bundet sammen for å danne en form for stein tilsvarende kalkstein. Bygningsarbeidere ble fraktet over fra Havanna på Cuba for å reise festningen. Coquina ble brutt fra øya Anastasia Island utenfor kysten av Florida, tvers over bukta for festningen, og fraktet over på ferge. Det tok 23 år å bygge festningen og den ble fullført i 1695.