Hovedforskjellene mellom de eksisterende systemene består i hvorvidt de har som hovedmål å reflektere uttalen av japanske ord i forhold til utenlandske staveregler, eller å være så tro til den japanske stavingen som mulig. Dette har blant annet gitt seg utslag i flere måter å angi lange vokaler på, noe som kan skape forvirring for lesere som ikke forstår japansk. En lang o kan for eksempel skrives «oo», «ou», «oh» eller «ō».