Chișinău eparki ble oppretta i 1813, ett år etter at Bessarabia hadde falt til Russland. Kirken i landet ble dermed løst fra Konstantinopel-patriarkatet og underlagt den russisk-ortodokse kirke. I årene 1918 til 1944 var eparkiet del av det nygrunnlagte rumensk-ortodokse patriarkatet – en beslutning som den russisk-ortodokse kirke anså som illegitim og fikk reversert etter Sovjetunionens anneksjon av Moldova.