Han var sønn av Carl Johan Maximilian von Munthe af Morgenstierne (1844–1912) og Anna Dorothea Stub (1850–1936). Faren var apoteker. Christian ble gift i 1903 med Ingrid Sundt (1879–1939) som var søster til medisinalsjef Halfdan Sundt (1873–1951), men de skilte seg og han giftet seg igjen i 1925 med Astri Torssell (1879–1951) som var datter av sangeren Olefine Moe.