Mwanawasa ble gjenvalgt for en ny periode i september 2006. Noen dager senere utnevnte han ny regjering og utpekte Rupiah Banda som visepresident. Som Zambias president fungertte Mwanawasa også som ordførende for den regionale afrikanske samarbeidsorganisasjonen Southern African Development Community, SADC. Han var en av de afrikanske ledere som rettet kraftigst kritikk mot Zimbabwes president Robert Mugabes oppførsel samband med presidentvalget der i 2008.