Uregelmessige menstruasjonsblødninger er den vanligste bivirkningen, men ofte forsvinner menstruasjonen fullstendig etter en tid. Det er vist at medroksyprogesteron gir lavere bentetthet, og det er derfor mistanke om at p-sprøyten kan gi benskjørhet. En har imidlertid ikke klart å påvise økt forekomst av benskjørhet hos p-sprøytebrukere.