Becher fungerte som SS-major i Polen og Russland i SS-Totenkopf-Verbände, den delen av SS som perfeksjonerte teknikker for å drepe jøder. Bechers enhet begikk omfattende overgrep i de erobrede områdene av Sovjetunionen. Han ble utnevnt som kommissær av alle tyske konsentrasjonsleirene av Heinrich Himmler. Becher fikk i oppdrag «å trekke ut maksimal økonomisk verdi» fra jødene som skulle drepes. Dette inkluderte å konfiskere gods og eiendommer og selge eller bruke eiendelene og kroppsdelene deres, inkludert å klippe håret for møbeltrekk, utvinne gull fra tennene og bruke kroppsfettet deres til å produsere såpe.