Tidlige dravidiske innbyggere på Maldivene hadde bosetninger konsentrert rundt stedet der byen er, og disse er datert tilbake til oldtiden. Malé var setet for kongedynastiene på Maldivene. Den eldste moskeen er Hukuru Miskiy, eller «fredagsmoskeen», som opprinnelig er fra 1100-tallet, men gjenoppbygd ca. 1650. Malé ble utbygd og gjort til et handelssenter av portugiserne på 1500-tallet.