Brønnbåter brukes også til å transportere fisk i bulk. En del av kystfiskeflåten samler fisken de fanger i merder eller steng, fordi de ikke har lastekapasitet til å føre den selv. Ved behov blir en brønnbåt hyrt inn (gjerne gjennom oppkjøper) til å transportere fisken til pakkeri/viderefordeling. Brønnbåten veier fisken etter hvert som den lastes, slik at fiskeren vet hvor mye han har fått, og dette trekkes av kvoten hans. Det er vanlig at en brønnbåt som henter fangst direkte fra fiskere, henter fisk hos flere fiskere og overfører dette i samme last for å utnytte lastekapasiteten. Mange brønnbåter har også montert tellemaskin på dekk, som teller fisken etter hvert som den pumpes inn i brønnen. Tellemaskin og sorteringsmaskiner brukes også når brønnbåter skal sette levende fisk inn i merd. Smolt blir blant annet sortert etter lik vekt, da dette kan bidra til at fisken vokser bedre, redusere risiko for sykdom og bedre helsetilstanden til fisken. miniatyr|Illustrasjon av en hydraulisk brønnluke. Brønnbåters brønner er forseglet av en, eller flere brønnluker, ofte operert hydraulisk. En dødsulykke på MS «Rohav» i 2018, førte endringer i reglene om sikring av brønnluker. De nye reglene inneholdt krav om at det blir montert sikringer på disse lukene.