I 1696 ble Fux utnevnt til organist ved Schottenstift i Wien og denne posten beholdt han fram til 1702 da det keiserlige hoff utnevnte ham til hoffkomponist. Fra 1701 ble han kapellmester ved Stefansdomen i Wien og i 1711 musikkdirektør ved hoffet, en av de viktigste embeter i det europeiske musikkliv. Som musikkdirektør skrev han tallrike operaer og oratorier.