Flekken har sin begynnelse dypt nede i den konvektive sonen, som befinner seg i området fra 100 til 600 km under skydekket (12-1000 bar). Troposfæren og resten av atmosfæren (noen ganger omtalt som «det meterologiske lag») har sin nedre grense ved 10 bar trykk, 90 km under den synlige «overflaten» til Jupiter. Hydrogen blir for en superkritisk væske ved trykk på 12 bar eller høyere.