Chełmno nevnes for første gang i skrift i et dokument som ble angivelig undertegnet av hertug Bolesław II i 1065. I 1226 inviterte hertug Konrad I Den tyske orden til Chełmno-landet (). Chełmno fikk byrettigheter i 1233, og ble senere medlem av Hansaen. Byen var del av Den tyske ordens stat frem til 1466, da den etter trettenårskrigen ble gjeninnlemmet i Polen og gjort til hovedstad i Chełmno-voivodskapet.