En sjøkrig mellom Danmark-Norge og Sverige fant sted under Kalmarkrigen 1611-1612 som så de to krigsflåter sloss med hverandre, men «Riksvasa» var ikke utrustet for krig, så det noe mindre «Tre Kronor» på 700 tonn ble flaggskipet for svenskene. Etter langvarige reparasjoner ble «Riksvasa» operativt på nytt i 1617 som en del av flottan. Det var blant annet brukt som transportskip for frakt av tropper med deres forsyninger under krigen mot Polen.