Det muslimske brorskapet sier de ønsker en fullstendig politisk, sosial og økonomisk reform i både Egypt og de andre arabiske statene der brorskapet har medlemmer slik som Jordan, Kuwait og Palestina. Bevegelsen støtter også motstandsbevegelser i den arabiske og islamske verden mot det de ser på som utenlandsk inntrengning. Konflikten mellom israelere og palestinere har spilt en særlig viktig rolle for organisasjonen, som har nære bånd til den islamske motstandsbevegelsen Hamas. Organisasjonen ønsker en reform av enkeltpersoner, familien, samfunnet og deretter regjering og stater basert på deres forståelse av et moderne islamsk samfunn.