Bjarnøy slet mye med skader. Han har tillagt belastningen fra stor treningsmengde gjennom mange år som sannsynlig årsak til alle skadene. Etter sin niende operasjon fikk han beskjed om å legge opp. I en alder av 26 var fotballkarrieren på toppnivå over. Fra Vålerenga gikk han i 1991 til den daværende 3.-divisjonsklubben som sikret hans tjenester ved å betalte 10 000 kroner til Vålerenga og 15 000 kroner til , som han hadde takket ja til å trene.