Ettersom var et action-rollespill fremfor et rent rollespill, som hovedspilldesigneren Takahisa Taura var mer vandt med, kom utviklingen av dette spillet med noen nye utfordringer for han. Taura hadde ansvar for kampen i spillet, mens Isao Negishi utviklet rollespilldelen. Ifølge Negishi og programmereren Ryo Onishi var det en stor utfordring å utvikle et spill i samme ånd som , som gjorde at de måtte bytte spillstil sammenlignet med de spillene de hadde utviklet tidligere. I løpet av designet av rollespilldelen av spillet, tok PlatinumGames inspirasjon fra , blant annet i hvordan de designet sideoppdragene, men de følte likevel at de aldri kunne leve opp til det spillet. De delene av spillene som byttet over til et side-scrollingperspektiv var inspirert av -serien, som Taura var en fan av. Det var planlagt at i den siste bosskampen, hvor spilleren kan velge mellom 9S og A2, var det planlagt at hver figur skulle miste viktige kampevner; A2 skulle miste våpnene og sine og andre hjelpemidler, mens 9S skulle miste all XP, men dette ble droppet til slutt.