I 1996 rykket klubben ned på nivå 3 for første gang. De rykket opp igjen året etter, men etter to sesonger var de igjen på nivå 3 i 1999. Våren 2000 ble klubben trukket 15 poeng fordi de ikke møtte til en seriekamp mot Stenhousemuir. Hamiltons spillere var i streik om lønn, og poengtrekket gjorde at klubben rykket ned på nivå 4. De rykket opp igjen i 2001, og med flyttingen hjem til Hamilton samme år var oppturen i gang.