I domprostiet er det fra gammelt av en rekke frimenigheter. Den katolske kirke har et langt historisk nærvær i Tromsø og byen er bispesete. Bispebolig og kirke ligger sentralt i sentrum av Tromsø. Det er dessuten et karmelittkloster (Totus Tuus) lokalisert på Tromsøya. St. Elisabeth søstrene har også tilhold i Tromsø, og har en lang tilstedeværelse i Ishavsbyen.