Søndergaard tok realeksamen i 1972 og forberedelseseksamen på Gentofte Statsskole 1972–1974. Han er utdannet sveiser og skipsbygger på skipsverftet B&W 1975–1983, avtjente verneplikten ved Bornholms Værn 1977-1978, var sekretær i Socialistisk Arbejderparti 1983–1988 og faglærer ved teknisk skole i København 1988–1994.