En av de nye superintendentenes viktigste oppgaver var nemlig å reise på visitasreiser i stiftene. Jens Nilssøn var på reise nesten hvert eneste år i tiden som biskopens medhjelper og biskop, og gjennomreiste det store stiftet fra nord til sør og fra øst til vest. I de foregående årene hadde antakelig visitasreisene vært forsømte; for eksempel vet man at Jens Nilssøn var den første som visiterte Tynset på hundre år. Han har etterlatt seg inngående beskrivelser av flere av disse reisene i de såkalte «visitasbøkene» (se under). Reisene foregikk til hest eller til båts, både om sommeren og om vinteren, med overnattinger på prestegårdene. Prestene var forpliktet til å komme ham i møte og følge ham på reisen gjennom deres sogn.