I 2000 var 77,91 % av befolkningen katolsk, 13,26 % var protestanter og 2,87 % tilhørte andre religioner som mormonerne, Jehovas vitner og adventkirken. 4,82 % var uten religiøs tilknytning. Fra 2000 av har en liten gruppe tzotzil'er gått over til islam, og de har i dag to moskeer i San Cristóbal.