Etter krigen ble det holdt en folkeavstemning om Færøyenes uavhengighet, som førte til en egen hjemmestyrelov for Færøyene i 1948. Hjemmestyret innebar vide fullmakter til Lagtinget og et eget landsstyre (regjering). Samuelsen ble Færøyenes lagmann (regjeringssjef). Han stilte ikke til gjenvalg i 1950.