Det ligger mange holmer og skjær i hele fjorden. De største av disse er Grimstadøya, som markerer den sørlige grensen til Eidsfjorden, Tørhoggøyene, som markerer den sørlige grensen til Morkafjorden, Lysøya og Madsøya. Ved Madsøya går viken Strumpen inn nordover, mellom Morkafjorden og Eidsfjorden. Nord for Tørrhoggøyene går Tørrhoggvågen nordvestover til Ratvika.