Spanjolene forsøkte seg imidlertid senere likevel med å erobre områder som sultan Kudarat hersket over; de tapte imidlertid alle slagene de utkjempet mot sultanatet mellom 1634 og 1637. Kudarat ble i 1637 såret av en kule i et av sammenstøtene, men klarte likevel å flykte for Sebastian Hurtado de Corcueras styrker, komme seg unna slagfeltet, og ble leget for sine sår. De spanske soldatene ble så systematisk drevet ut av sultanatet. Guvernør og general Alonso Fajardo undertegnet til slutt den 25. juni 1645 en traktat med Kudarat, som gav spanske misjonærer tillatelse til å betjene de kristne på Mindanao, til å bygge en kirke, og til å drive handel med sultanatet.