Nazistene hadde innflytelse også før Adolf Hitler kom til makten i 1933 og en del jødiske vitenskapsfolk ble presset ut av sine stillinger. Polányi avholdt i november 1932 et møte med flere ledende vitenskapsfolk, inkludert Max Planck og Erwin Schrödinger, med sikte på å skrive en felles protest mot utviklingen. De fremmøtte var enige med Polányi uten at det kom noe ut av initiativet. Etter kort tid trakk han seg fra stillingen ved instituttet da de nazististiske makthaverne forlangte at ikke-ariske medarbeidere skulle fjernes og sa fra seg sitt medlemskap i Kaiser Wilhelm Gesellschaft.