Tidlig i 1930-årene så Thommessen på Vidkun Quisling som en mulig redningsmann for sitt politiske prosjekt. Da Quisling etablerte Nasjonal Samling i 1933, forverret det utsiktene til borgerlig samarbeid. Kritikk av partipolitikk og parlamentarisme var utbredt, men Nasjonal Samling var åpent antidemokratisk. Frisinnede Folkeparti inngikk ved stortingsvalget 1933 et listeforbund med Nasjonal Samling i Oslo, Akershus og Bergen. Avgjørelsen førte til flere utmeldinger og ingen mandatuttelling. En av motstanderne av samarbeidet, Rudolf Falck Ræder fra Trondheim, ble partiets siste stortingsrepresentant (1933–1936).