På slutten av første verdenskrig dominerte Duan den kinesiske delegasjon på Versailleskonferansenog benyttet fredskonferansen i Shanghai i 1919 til å legge press på ikke-beiyang-militaristene som støttet Sun Yat-sens regjering i Guangzhou. Han fortsatte å motta japansk finansiering av sin hær (nå kalt «Den nasjonale forsvarshær»), og som takk støttet han Japans overtagelse av de tidligere tyske besittelsene i Shandong.