Filmen sterter med at et gigantisk egg skylles opp på en strand etter en storm. Det viser seg å være et Mothra-egg. «Happy Corporation» kjøper egget fra den lokale fiskeren som henter det fra stranden. En journalist, en fotograf og en gruppe vitenskapsmenn undersøker egget med hjelp fra to shobijin (små skjønnheter). Shobijin er små jenter som kun er 15 cm lange.