I 1860 hadde folketallet steget til 964 201, hvorav 435 080 var svarte slaver og 2 690 var frie svarte. I januar 1861 gikk Alabama sammen med Florida, Georgia, Louisiana og Mississippi ut av unionen. Etter å ha vært en selvstendig republikk i noen få dager, stiftet man Amerikas konfødererte stater sammen med Sør-Carolina. Montgomerty i Alabama var i en kort periode den første hovedstaden i konføderasjonen. Under den amerikanske borgerkrigen mellom 1861 og 1865 led Alabama store tap. Selv om relativt få slag ble utkjempet på delstatens grunn, bidro Alabama med 120 000 soldater. Soldatene ble kalt , «gulspett», etter delstatsfuglen og kavaleristenes gule uniformspryd.