FTP-klienten er ofte et brukerprogram med grafisk brukergrensesnitt eller kommandolinje der brukeren kan hente, sende og manipulere filer på serveren. FTP-klienter finnes for de fleste plattformer, men er ikke nødvendigvis installert – ofte av sikkerthetsmessige årsaker. Protokollen er åpen, uten kryptering og dermed enkel å 'avlytte' med lett tilgjengelige verktøy som tcpdump og Wireshark. FTPS eller 'FTP Secure', som sikrer både autentisering og dataoverføring via TLS/SSL, løser denne utfordringen, men er lite implementert – blant annet fordi det i dag finnes bedre og sikrere alternativer for de fleste anvendelser (mer om sikkerhet nedenfor).