I 1689 flyttet Pollarolo og familien i Venezia. Året etter ble han utnevnt til organist ved Markusdomen og to år senere fikk han posten som visekapellmester. Fra 1691 ble Pollarolos operaer uroppført ved byens største operahus, San Giovanni Crisostomo (dagens ), Sant'Angelo, og San Fantin. I 1694 søkte han stillingen som ved Markuskirka, men tapte med én stemme for Antonio Biffi. Litt seinere overtok sønnen Antonio posten som visekapellmester, og Pollarolo konsentrerte seg mer om å skrive operaer. Fra 1696 til sin død i 1722 var han ved , en av de fire velrenommerte musikkskolene i Venezia, og skrev tolv oratorier for dem.