ESA ledes av et kollegium som består av én representant fra hver av EØS EFTA-statene, oppnevnt for en periode på fire år. Alle bindende beslutninger fattes av kollegiet. Selv om kollegiets medlemmer er utnevnt av EFTA-statene, kan de ikke instrueres i utøvelsen av sitt embete. ESAs president siden 1. januar 2018 er Bente Angell-Hansen.