I 1291 gikk så de tre Uri, Schwyz og Unterwalden sammen mot Habsburgstyret. Disse undertegnet en avtale som blant annet sikret fri handel, og opprettet dessuten et forsvarsforbund. Utover 1300-tallet var det flere kriger mot habsburgerne, men sveitsiske seire i slaget ved Morgarten (1315) og slaget ved Sempach (1386) gjorde at forbundet fikk sin frihet fra Habsburg. De sveitsiske kantonene var likevel underlagt Det tysk-romerske rike, men hadde en relativt fri stilling. Omfanget av samarbeidet ble stadig utvidet, og forbundet begynte etter hvert å føre en felles utenrikspolitikk.