Yamamoto var motstander av byggingen av superslagskipene «Yamato» og «Musashi», de tok for store ressurser og nytten var etter hans mening begrenset. Yamamoto var pådriver for en rekke forbedringer innen den japanske marinens flyvåpen, spesielt utviklingen av «G3M» og «G4M» mellomstore bombefly. For å konsentrere slagkraft reorganiserte han de seks japanske hangarskipene i en gruppe; et grep som skulle vise seg å ha både fordeler og ulemper. Strategien bak overraskelsesangrepet på Pearl Harbor var også Yamamotos verk; tanken var å påføre USA et så ødeleggende slag i åpningen av konflikten at en for Japan gunstig fred kunne oppnås.