Jostedølas nedbørsfelt på 861 km består av 27 % bre, vannføringen i elven avhenger derfor både av nedbør og bresmelting og kan noen år være større enn nedbøren. Elven har en flomtopp ved snøsmelting og senere en ved bresmeltingen. 90 % av avløpet til fjorden skjer mai til september (før regulering i forbindelse med kraftutbyggingen). Det er registrert vannføring på 455 m/s. Elvevannet legger seg som et lag over det salte sjøvannet (på grunn av tetthetsforskjellen). Elvens løp i deltaet har forandret seg merkbart i historisk tid og slik at strømmen som på 1960-tallet gikk i langs vestsiden av fjorden i 1979 gikk midtfjords. Fjorden er omgitt av steile fjellsider som fortsetter under vann med helning på 20-35 grader. Fjordbunnen heller fra 50 meters dyp innerst til 400 meter ytterst. Elvens materialtransport (i form av slam) innebærer en sedimentasjon i fjorden på 10 til 20 cm/år nær elveosen, og 1 cm/år 2 km fra elveosen. Elven transporterer 50 000 til 100 000 tonn slam årlig. ved flommen i 1979 var vannføringen på det meste 800 m/s. I 2010 var materialtransporten 123 000 tonn. Slamkonsentrasjonen er på det meste 1 g/liter.