Sin musikalske utdannelse fikk han på konservatoriet i Cluj-Napoca (Kolozsvar), men i 1943 måtte han avbryte studiene fordi han var jøde. I 1940 annekterte Ungarn, i forståelse med sin allierte Tyskland, Transilvania. Han ble internert i en militær arbeidsleir. Resten av familien ble sendt til Auschwitz og faren ble sendt videre til Bergen-Belsen der han døde. Alle unntatt hans mor omkom. Lillebroren Gabor, en begavet fiolinist, ble 17 år gammel drept i Mauthausen med injeksjon i hjertet. Ligetis arbeidstjeneste redde ham fra deportasjon. Sommeren 1944 går Den røde arme gjennom Romania og rykker frem mot Budapest. Ligeti og andre fra arbeidsleiren ble tvunget til å bistå tyske styrker blant annet med å lempe ammunisjon. Ligeti havner i sovjetisk krigsfangenskap og rømmer flere ganger på få dager. Han bruker 2 uker til fots på å komme seg hjem til Kolozsvár i Transilvania.