Ibn Gabirol bestrebet seg på å holde «sin filosofiske spekulasjon fri fra alle teologiske tilsetninger». I den forstand er hans tenkning særegen. viser en uavhengighet til jødiske religiøse dogmer; ikke et eneste tekstlinje fra Bibelen eller et sitat fra en rabbiner er sitert. Av denne grunn fikk Gabirol liten innflytelse på sine jødiske etterfølgere og ble forstått av skolastikerne som en ikke-jøde, som en araber, eller som en kristen. Mistanken om kjetteri som en tid heftet seg ved ham, forhindret Ibn Gabirol til å få innflytelse på jødiske filosofi. Hans teori om emanasjonen (utstrålingen fra det guddommelige) ble også forstått av mange som uforenlig med jødisk lære om skapelsen, og det aristoteliske tidevann snudde tilbake den spede strøm av Gabirols nyplatonisme.