Orlogsflagget for Mauritius er helt forskjellig fra nasjonalflagget. Mens nasjonalflagget er vannrett delt i rødt, blått, gult og grønt, har orlogsflagget loddrette felter i rødt, hvitt og blått, samt et ankermerke i midten. Flagget er i forholdet 1:2. Det ble innført i april 1974. Flagget benyttes av kystvaktskip og fartøyer tilhørende politiets maritime styrker.