I 1980 var biskop Gerardi formann for Biskopskonferansen i Guatemala. Han tok åpent opp hendelsene 31. januar 1980, da en brann ved den spanske ambassade tok livet av 39 mennesker. Brannstifterne ble ofte formodet å være tilknyttet regjeringskretser. Samme år deltok han i en bispesynode avholdt i Vatikanet. Etter at det var over, ble han ulovlig nektet gjeninnreise til hjemlandet. Han reiste først til nabolandet El Salvador, der han ikke fikk rett til asyl. Han oppholdt seg derpå i Costa Rica og Mexico frfem til den guatemalanske militærhersker Fernando Romeo Lucas García ble styrtet i 1982.