Huntelaar begynte sin karriere i den lokale fotballklubben v.v. H. en K., i dag kjent som HC'03. PSV-speider Jeroen Karssies anbefalte Huntelaar å gå til De Graafschap da han var 11 år. Huntelaar fulgte rådet, til tross for interesse fra blant annet Go Ahead Eagles. Avstanden fra Drempt til Deventer ble imidlertid for lang og dermed falt valget på De Graafschap. I 2000 dro Huntelaar til PSVs ungdomsakademi, hvor etterhvert fikk et godt rykte, ved at han scoret mange mål for akademiet. Allikevel fikk Huntelaar bare én kamp for PSVs førstelag. 23. november 2002 kom han inn for Mateja Kežman og spilte 15 minutter, i PSVs 3–0-seier over RBC Roosendaal. Huntelaar ble for et halvt år utlånt tilbake til De Graafschap, året etter til AGOVV Apeldoorn. Der gjorde Huntelaar en god sesong, og ble toppscorer i nederlandsk førstedivisjon med 26 mål på 35 kamper. PSV var godt fornøyd med hvordan Huntelaar hadde utviklet seg i utlånsperioden og tilbød ham ny kontrakt. Huntelaar takket nei til ny kontrakt og gikk i stedet til SC Heerenveen fra 1. juli 2004.