Sent i 2005 ble Gallardo SE (Special Edition) introdusert. SE kan skilles fra den vanlige Gallardo ved at den er lakkert i to farger med sort tak, og ved sine spesialdesignede "Calisto"-felger med Pirelli-dekk. Interiøret følger også et tofarge-tema. Mekanisk er mange av tingene Gallardo har blitt kritisert for endret i SE-utgaven; styringen er mer direkte, girkassens utvekslinger har blitt endret for å passe bedre til V10-motoren, og E-gear-systemet har nå et avansert startkontroll-system for å optimalisere akselerasjon. Dessuten har ytelsene blitt økt til 520 hk (388 kW). SE har en høyere toppfart, 315 km/t, og akselerer fra 0 til 100 km/t på 4,0 sekunder. Kun 250 eksemplarer av Gallardo SE vil bli produsert, men de mekaniske oppgraderingene vil bli gjort på alle versjoner av Gallardo fra og med 2006.