Deretter dro Bergersen til Lyn som assisterende trener under Henning Berg, hvor han tjenestegjorde fra 2008 til 2009 under særs vanskelige økonomiske forhold. Han var tvunget til å selge de beste spillerne og ble fortsatt holdt ansvarlig for klubbens prestasjoner. Han ble i september 2008 ansatt som hovedtrener for Lyn etter Henning Berg og hadde opprinnelig kontrakt ut 2011-sesongen, men den 29. juli 2009 fikk han avskjed fra trenerjobben, uten at det bedret poengfangsten for klubben resten av året.