Fokuset i Agnons fortellinger er ikke bare på handlingen, men også på karakterenes subtile følelser, og han skildrer glede så vel som sorg på et vis som knyttes sammen med tiden og stedet der fortellingene hans utspiller seg. Hans historier fremstår ofte som lignelser, og tematikken han tar opp er ofte av universell karakter. For eksempel, i fortellingen «Sjnei Talmidei Hahamim Sj’haju BeIreinu» («To vise menn som var i vår by») beskriver Agnon den forsvunne jødiske verden fra Øst-Europa før andre verdenskrig, samtidig som fortellingens to hovedkarakterer representerer universelle verdier som er gyldige på tvers av kulturer (den ene representerer sjalusi, mens den andre representerer respekt).