Han var sønn av gårdbruker Nils Pedersen Hegre og Randi Rollaugsdatter Bjørngård, og vokste opp på slektsgården Østre Trøite (gnr. 27), eller Trøitesand, i Hegra. Johan Peter Trøite var gift med Anna Oline (født Flå), som han hadde fem barn med. Johan Peter Trøite er farfar til SV-politiker Jostein Trøite fra Skogn. En søster av Johan Peter Trøite var gift med ordfører og stortingsmann Andreas S. Oksvold på Steinkjer.