For kritikerne av flyet var dette uholdbart. Spesielt De forente staters marine så på flyet som en kostbar «flopp», et fly som ikke tilfredsstilte sin intensjon, og tok tildelte midler fra deres prosjekt; hangarskip, med jetdrevne jagerfly oppsatt med kjernefysiske våpen. I 1947 kritiserte marinen finansieringen av B-36, og hevdet at flyet ikke tilfredsstilte Pentagons krav. Marinen hevdet at dominansen hangarskipene utgjorde i Stillehavet under den 2. verdenskrig viste at hangarskipbaserte luftangrep ville bli avgjørende i fremtidige kriger. Som en følge av dette utviklet marinen «superhangarskipet» , som var i stand til å utplassere store formasjoner med fly. Dette prosjektet banet vei for å få flyttet en stor del av finansieringen fra B-36 til . Det amerikanske luftforsvaret klarte imidlertid å forsvare B-36-prosjektet, og marinens hangarskipprosjekt ble stoppet av forsvarsminister Louis A. Johnson. Flere høytstående marineoffiserer stilte spørsmål angående ministerens avgjørelse, og ville ha den omgjort fordi Johnson en gang hadde vært styremedlem i Convair. Oppstyret i etterkant av kanselleringen av ble kalt «admiralenes opprør».