I hans trettende kampanje kom Thutmose tilbake til Nukhashshe for en meget mindre kampanje. Hans fjortende kampanje, som skjedde i løpet av hans 39. år, ble utkjempet mot shasufolket. Lokaliseringen av denne krigføringen er umulig å fastslå ettersom shasufolket var nomader som kunne forflytte seg fra Libanon i nord til Edom i sør. Etter denne kampanjen har tallene som ble gitt av faraos skrivere alle falt i lakune (hull i inskripsjonene), og kan kun bli tatt med ved dato. I hans 40. år ble det samlet tributt fra utenlandske herskere, men det er ukjent om det var som følge av en kampanje. Hans siste kampanje i Levanten er bedre dokumentert. En gang før hans 42. år synes det som om Mitanni hadde påvirket de store byene i Syria til å gjøre opprør. Thutmose forflyttet sin tropper langs land opp langs kysten av Midtøsten og slo ned opprør på Arkasletten ( i Thutmoses krønike) og forflyttet seg videre til Tunip. Etter at byen på nytt ble erobret, vendte han seg på nytt mot Kadesj. Han angrep og ødela tre omliggende garnisoner utstasjonert av Mitanni og vendte tilbake til Egypt i triumf. Denne seieren var likevel verken fullstendig eller endelig ettersom Kadesj ikke ble erobret, og Tunip ble ikke alliert eller lojal til ham særlig lenge, og helt sikkert ikke etter at han døde.