De første menneskene i Makaronesia var guanchene som kom til Kanariøyene i det 1. årtusen f.Kr. Guanchene bragte ild til øyene og hadde med dyr som geiter, sauer, svin og gnagere. Skog ble fjernet for å kunne brukes til beitemark. Flere skogtyper forsvant etter guanchenes ankomst, og , en kjempefirfisle og to fuglearter ble utryddet. En har tradisjonelt antatt at de andre øyene først ble befolket av europeere på 1400-tallet: Madeira og Azorene i 1420–1430 og Kapp Verde i 1456. Samtidig ble Kanariøyene kolonisert på nytt fra Spania.