Lepsius publisertde mange verker innen egyptologi og anses som opphavsmannen til den moderne vitenskapelige disiplin egyptologi. Han fikk en rolle som Champollion hadde kunnet få om han ikke hadde dødd så ung. Lepsius myntet uttrykket («Dødeboken»). Han var også ledende innen forskningsfeltet afrikansk lingvistikk, selv om hans idéer nå allment anses foreldede. Basert på sitt arbeide om egyptisk og sitt feltarbeid i Sudan utviklet Lepsius et standardalfabet for å transkribere afrikanske språk. Det ble publisert i 1855 og revidert i 1863. Hans bok fra 1880 inneholder en beskrivelse av afrikanske folk og en klassifisering av afrikanske språk, samt en grammatikk for nubiske språk.