I 1906, etter en sommer i Tyskland, tok han plass i Oxford, hvor han utviklet en spesiell interesse i embryologi and encellede organismer. I høstsemesteret av sitt siste studieår ved Oxford (1908) døde hans mor av kreft. I 1909 gikk han ut med toppkarakterer og ble tilbudt Naples-stipendet. Han tilbrakte et år ved Naples Marine Biological Station hvor han utviklet sin interesse i his interest i embryologi og forsket på bl.a. kråkeboller. I 1910 fikk han en undervisningsstilling ved Oxford, men i 1912 ble han forespurt av Edgar Odell Lovett om å ta lederstillingen i biologi ved det nystartede Rice Institute i Houston, Texas. Huxley aksepterte tilbudet og tiltrådte stillingen følgende år.