Da Den tyske ordens høymester gikk over til protestantismen og opphevet ordensstaten i 1525, ble dette en alvorlig krise for statens bispedømmer. Saare-Lääne bispedømme eksisterte offisielt videre som et fyrstbispedømme under overhøyhet av Det hellige romerske rike av den tyske nasjon, men den siste katolske biskopen (Johann von Münchhausen) gikk av i 1559. Estland ble reformert, bispedømmet fikk 1560–1572 en protestantisk biskop (den dansk-norske prinsen Magnus) og ble så opphevet. Dets territorium tilfalt Danmark.