I tiden som fulgte begynte det imidlertid å reise seg strømninger blant filippinerne som ønsket politisk selvstendighet. Adskillige folk slo seg sammen og begynte å kjempe for sin sak. Mot slutten av 1800-tallet ble organisasjonen Katipunan stiftet. Denne organisasjonen hadde som mål å få i gang en revolusjon, og om nødvendig bruke voldelige midler. Organisasjonen var revolusjonær og samtidig preget av hemmelige ritualer.