Mercator var født i Flandern av foreldre fra Gangelt i hertugdømmet Jülich i dagens Tyskland, og bodde fra 1552 i Duisburg. «Mercator» er den latiniserte formen av hans navn. Det betyr «kjøpmann». Etter hans fars død i 1526 ble Mercator utdannet i 's-Hertogenbosch av blant andre den kjente humanisten Macropedius.