I 938 sluttet Henrik forbund med Ottos motstandere Eberhard av Franken og sin egen svoger Giselbert av Lothringen (gift med hans søster Gerberga) og gikk til kamp mot hertugen, godt oppildnet av sin mor Matilda som betraktet Henrik som sin yndlingssønn og helst ville foretrukket ham på tronen. Den taktisk dyktige Otto klarte imidlertid å slå ned opprøret i slaget ved Birten (939) og Henrik måtte flykte fra Tyskland og til Ludvig IV av Frankrike. Etter inngripen fra moren Matilda ble Otto raskt forsonet med sin bror og Henrik ble hentet tilbake og utropt til hertug av Lorraine. Her klarte han ikke å hevde sin autoritet, og kort tid etter (i 940) mistet han dette embetet. På nytt gikk han til angrep på Otto, men et attentatforsøk i Quedlinburg i påsken 941 ble avslørt og Henrik ble arrestert og holdt i fangenskap i Ingelheim. Han ble løslatt samme år, og i 948 giftet han seg med den bayerske adelskvinnen hertuginne Judith av Bayern, datter av hertug Arnulf av Bayern. Henrik ble dermed hertug av Bayern. Her utvidet han sin makt og sitt hertugdømme gjennom å utnytte krigen mellom ungarerne og Otto og å gå til krig mot et svekket Ungarn. Han allierte seg med sin bror og bidro til å bringe den tilfangetatte tysk-romerske dronning Adelaide til Pavia, mens Otto marsjerte mot Roma. Otto ble senere gift med Adelaide og ble kronet til keiser i Roma.