Som øverstkommanderende måtte general Grant øyeblikkelig stri med Maximilian av Mexico og den franske hæren som hadde tatt kontrollen over Mexico med hjelp av Napoleon III. De fleste amerikanere følte at dette var et brudd på Monroedoktrinen. Johnson ba Grant putte militært press på franskmennene slik at de forlot Mexico ved å sende 50 000 tropper til grensen i Texas under kommando av Sheridan. Grant ba Sheridan å gjøre hva han kunne innenfor rammen av nøytralitet for å tvinge Maximilian til å abdisere og overtale den franske hæren til å forlate Mexico. Sheridan sendte 60 000 rifler til Benito Juárez, den avsatte lederen av Mexico. I et regjeringsmøte foreslo Johnson at Grant skulle bli beordret til den meksikanske frontlinken for å få han bort fra primærpolitikken. Grant forstod øyeblikkelig grunnen til forslaget og nektet. Som et kompromiss sendte Grant Sherman (nå forfremmet til Lieutenant General) i hans sted. Innen 1866 hadde den franske hæren helt og holdent trukket seg tilbake fra Mexico og Maximilian ble henrettet av Juárez i 1867.