Pofalla er siden 1975 medlem av CDU. Han engasjerte seg først i Junge Union, som han var leder for i Nordrhein-Westfalen fra 1986 til 1992. Siden 1991 er han formann for CDUs kretslag i Kleve og siden 2000 også for CDU Niederrhein. Siden 1995 er Pofalla medlem av styret i CDU i Nordrhein-Westfalen.