Territoriet har et eget skolesystem som er ansvarlig for grunnskoleopplæring og videregående opplæring, og utdanningssystemet administreres av Utdanningsdepartementet (Yukon Department of Education). Territoriet har 28 grunnskoler og videregående skoler, hvorav 14 ligger i Whitehorse og 14 i andre byer og samfunn. I april 2017 hadde skolene i Yukon til sammen 5300 elever.