I 1985 ble Salerno omsider fanget av politiet og ble sammen med åtte andre mafiamedlemmer siktet blant annet for pengeutpressing, medvirkning til mord og sin virksomhet som lånehai og han ble dømt til 100 år i fengsel. I oktober 1986 ble Salerno utnevnt av magasinet Fortune Magazine til den beste gangsteren i USA på grunn av sin makt, rikdom og innflytelse. Etter at han var fengslet ble Salerno helse kraftig forverret på grunn av sin diabetes og det var mistanke om at han hadde prostatakreft.