Tunnelen erstattet ti kortere tunneler som til delvis ble brukt som trase ved omlegging av hovedveien Bergen-Voss (E16). Kløftefjell tunnel ble ikke gjenbrukt til vei og Kluftafjellstunnelen ble lagt parallelt i berget innenfor. Med Trollkona tunnel ble Bergensbanen flyttet fra bredden av Bolstadfjorden og langt inn i berget. Dalseid holdeplass ble nedlagt da jernbanen ble flyttet til Trollkona tunnel.