Klubben ble stiftet i 1994 da Inverness-klubbene Caledonian FC og Inverness Thistle FC slo seg sammen. Begge klubbene hadde spilt i amatørligaen Highland League, men hadde søkt om å bli opptatt i den skotske fotballigaen. For å øke sjansene for å bli opptatt i ligaen, valgte klubbene å slå seg sammen, til stor motstand fra tilhengerne. Taktikken bar imidlertid frukter, og Caledonian Thistle ble innlemmet i den profesjonelle ligaen sommeren 1994.