Riboflavin er sentralt for cellenes energiproduksjon og er viktig for karbohydrat-, fett- og proteinforbrenningen. Vitaminet deltar også ved produksjon av flerumettede fettsyrer og flere viktige hormoner. Det aktiverer og støtter flere andre næringsstoffer i deres formål og effekter, blant annet niacin, folsyre og vitamin B samt vitamin K. En annen viktig funksjon er å bryte ned ulike giftstoffer og legemidler i leveren. Riboflavin er også en av kroppens viktigste antioksidanter. Når en fosforgruppe kobles på riboflavinmolekylene ved det femte karbonatomet dannes FMN som så blir byggesten til FAD. Omdanningen av riboflavin til sine enzymformer hemmes ved nedsatt funksjon i skjoldkjertelen eller binyrene.