Han studerte ved Kunstakademiet i København til 1802, og kom til Christiania (Oslo) i 1811 (der broren Jacob Edvard hadde etablert seg som murmester tidligere). Flintoe kom i kontakt med kunstinteresserte offiserer ved Krigsskolen, spesielt med den yngre Gerhard Munthe fra Ytre Kroken i Sogn. Johannes Flintoe var lærer ved Tegneskolen fra 1819 til 1851 og vendte deretter hjem til København.