Øya er berglendt, kupert, har lite vegetasjon og er relativt ufremkommelig. Høyeste punkt er 590 meter over havet. Det er knapphet på ferskvann. På 1700-tallet ble Hydra den viktigste havnebyen i Hellas og byen vokste under den blomstrende økonomien. Under frigjøringskrigen mot det osmanske riket i 1821 spilte Hydra en viktig rolle blant annet fordi opprørernes flåte hadde base der og over halvparten av de greske skipene var hjemmehørende der. Byen (Hydra havn) ligger på nordsiden og er en god havn.