Etter at Miller ble uteksaminert ble Manning Rebels' startende quarterback som sophomore. I sin første kamp, mot Murray State, fullførte han 20 av 23 pasninger for 271 yards og fem touchdownpasninger i en 49–14 seier. Uken etter, da Rebels tapte 27–21 mot Auburn, hadde han 265 pasningsyards, én touchdownpasning og én interception. Over de neste få kampene ledet Manning laget til seier over Kentucky, Alabama og LSU. Den 3. november, i et 58–56 nederlag mot Arkansas, hadde Manning 312 pasningsyards og seks touchdownpasninger. Totalt sett hadde Manning ett solid første år som startende quarterback for Rebels, med 2 948 pasningsyards, 31 touchdowns og kun ni interceptions.