Freden mellom Eskil og den nyvalgte kong Erik Emune varte ikke lenge. Eskil støttet den gregorianske reform som handlet om at geistligheten skulle stå over lekfolk og konge. Dermed var det først etter Erik Emunes død i september 1137 at paven lot Eskil etterfølge sin farbror Asser som døde i mai samme år. I Lund hadde man ønsket seg biskop Rike av Slesvig til erkebiskop, kongens tidligere kapellan, men dette ble omstøtt etter kong Eriks død, og Eskil ble innsatt som erkebiskop, mens Rike overtok hans tidligere embete som biskop i Roskilde, trolig med Peder Bodilsens hjelp slik Roskildekrøniken skriver. Eskil lot sin kapellan Herman, senere biskop i Slesvig, hente palliet i Roma. I nærvær av pave Innocens IIs utsending, kardinalbiskop Theodewinus av Santa Rufina, og biskoper fra Danmark, Norge, Sverige og Færøyene kunne Eskil i august 1139 i en fellessynode for Nordens kirke markere sin uavhengighet av Hamburgs erkebispesete.