Den 18. oktober ble Baader, Ensslin og Raspe funnet døde i Stuttgart-Stammheim-fengselet. Deres medfange Irmgard Möller overlevde. Tyske myndigheter har hele tiden hevdet at det dreide seg om et koordinert masseselvmord. Personer på den politiske venstresiden har påstått at fangene i virkeligheten ble drept av myndighetene. For å støtte denne teorien har de vist til at RAF-fangene var adskilt fra kontakt med hverandre, og derfor angivelig vanskelig kunne planlegge dette sammen. Det er også stilt spørsmål om hvordan Baader fikk smuglet en pistol inn i høysikkerhetsfengselet, og hvorfor han bare brukte den på seg selv. Möller, som overlevde, benekter også at det var snakk om selvmord, det er fra enkelte hold sådd tvil om hvordan hun var i stand til å stikke seg selv tre ganger så nær hjertet. Blant de fremste daværende kritikerne av den offisielle forklaringen var RAF-advokat Otto Schily, som senere ble sosialdemokratisk innenriksminister.