Maria hadde blitt hodestupes forelsket med den «lange gutten» (), som dronning Elisabeth beskrev ham, etter at han hadde kommet til Skottland fra England tidligere på året (med tillatelse fra det engelske kongelige råd). På den ene siden følte Elisabeth seg truet av utsikten av dette ekteskapet ettersom både Maria og Darnley hadde slektskrav på den engelske tronen ved å være direkte etterkommere av Margaret Tudor, Henrik VIIIs eldre søster. Deres barn ville derfor arve begge foreldrenes krav, og således være de neste i arverekkefølgen til den engelske tronen. Dog kunne den engelske ambassadøren uttrykke at «det som sies er sannelig at hun [dronning Maria] er forhekset», og at dette ekteskapet kan kun bli avverget «med vold». Inngåelsen av ekteskapet gjorde Elisabeth rasende da at hun mente at hun burde han blitt spurt om tillatelse ettersom Darnley var en engelsk undersått.