Mange av de unge spillerne på laget som vant seriegull i 1991 klarte ikke å leve opp til forventningene, og klubben lå i fare for å rykke ned i 1992. Bjarne Berntsen tok over som trener etter Arne Larsen Økland midt i sesongen og sikret fortsatt Tippeliga-spill, i tillegg til at de nesten slo ut FC Barcelona av europacupen. Klubben kjempet om seriemedaljer største delen av 1990-tallet, men klarte ikke å ta seriegullet fra Rosenborg. 1990-tallet førte også med seg stor eksport av norske fotballspillere, og Viking tjente godt på salg av blant andre spissen Egil Østenstad til Southampton i 1996 og keeper Thomas Myhre til Everton i 1997. Gunnar Aase, Lars Gaute Bø, Magnus Svensson, Bjarte Lunde Aarsheim, Kenneth Storvik, Roger Nilsen og Ingve Bøe var andre nøkkelspillere i denne generasjonen.