Fra 1466 kom byen under polsk overhøyhet, men i Polens deling i 1793 ble den underlagt Kongeriket Preussen. I Napoleonstiden ble byen lagt under Hertugdømmet Warszawa, men fra 1814 kom den igjen innunder Preussen. Den forble en del av Preussen og senere en del av det tyske rike frem til slutten av første verdenskrig, da den ble overført til den nyopprettede polske staten. Under andre verdenskrig ble Thorn igjen innlemmet i Tyskland, men etter krigens slutt ble den en del av Folkerepublikken Polen.