Denise tok kontrollen over 49ers i 1999 etter at broren Eddie Jr. ble dømt for å ikke ha meldt ifra til myndighetene etter å ha blitt utsatt for utpressing av tidligere guvernør i Louisiana Edwin Edwards. Selv om Eddie kunne tatt tilbake kontrollen over 49ers etter ett år valgte han å gi sin styrende andel i selskapet til Denise mot andre verdier tilhørende familien. Til tross for at det lenge ble antatt at ligaen hadde tvunget overføringen, avslørte Eddie i et intervju i 2016 at han hadde valgt å gi 49ers til søsteren og svigerbroren for å kunne tilbringe mer tid med familien. Hun og ektemannen gav sønnen Jed York kontroll over laget i 2008.