Det meste som er kjent om Stefans pontifikat gjelder enten direkte eller indirekte Novatianus' lærer, dom ble fordømt som kjetteri. Stefans viktigste innsats var at han forsvarte kjetterdåpen, det vil si at frafalne ikke trenge å bli gjendøpt etter at de hadde angret seg, dette i strid mot Cyprianus og andre biskoper i Afrika og Asia. Erkebiskop Benson av Canterbury beskriver hendelseforløpet med ordene: «Stefan triumferte, og i ham triumferte kirken i Roma, så som det anstod henne». Opplysninger om Stefans innsats i dette dogmatiske spørsmål finnes også i brev fra Dionysius av Alexandria.