Watsons tidligste arbeider var innenfor botanikk, og han bidro til å introdusere arbeidene til Carl von Linné og gjorde mye av hans arbeider kjent i England. Watson ble valgt til Fellow of the Royal Society i 1741 og han ble utnevnt til visepresident ved Royal Society i 1772. Watson ble tildelt den vitenskapelige utmerkelsen Copleymedaljen fra det britiske Royal Society i 1745.