Majel og Gene hadde vært elskere i flere år da han bestemte at det var tid for å gifte seg, og spurte henne om å bli med på det, selv om han besøkte Japan på den tiden. Gene tilhørte ingen spesiell religion, men siden de var i Japan, valgte de et shinto-buddhistisk bryllup 6. august 1969. De anså begge dette som sitt virkelige bryllup, men hans skilsmisse var ikke endelig ennå, og de gjorde ekteskapet lovlig med en sivil seremoni 29. desember 1969. De fikk sønnen Rod Roddenberry, 5. februar 1974.