Han ble utnevnt til professor i østeuropeisk historie ved Universität Leipzig i 2001 og til professor innen samme fagområde ved Humboldt-Universität zu Berlin året etter, der han har bygget opp et ledende fagmiljø for østeuropeisk historie med fokus på sovjettiden. Baberowski var direktør for Historisk institutt i periodene 2004–2006 og 2008–2009, og dekanus for Det filosofiske fakultet 2009–2010. Han har også vært formann for Forum Geisteswissenschaften ved Humboldt-Universität.