Det ble skrevet grammatikker og ordbøker for de indianske språkene i hele kolonitiden, men kvaliteten var best i begynnelsen av perioden og avtok mot slutten av 1700-tallet. Munkene fant ut at det i praksis var umulig å lære seg alle indianske språk, og begynte å konsentrere seg om nahuatl. I en periode var den lingvistiske situasjonen i Mesoamerika relativt stabil, men i 1696 forbød Karl II bruken av alle andre språk enn spansk i det hele det spanske imperiet. I 1770 utstedte han en kjennelse som gjorde slutt på nahuatl som litterært språk.