Den 30. januar 1959 kl. 13:56 ble det mottatt et nødsignal på værstasjonen i Prins Christians sund fra skipet om at det hadde kollidert med et isfjell 20 nautiske mil (37 km) syd for Kapp Farvel. Den tyske tråler «Johannes Krüss» befant seg om lag 25 nautiske mil (46 km) øst for M/S «Hans Hedtoft» og seilte på tross av meget dårlig vær mot den oppgitte posisjon. Kl. 17:41 meddelte M/S «Hans Hedtoft» «Vi synker langsomt». Det var det siste, man hørte til M/S «Hans Hedtoft».