Den 5. september 2001 reiste Perus statsadvokat anklage for mord mot tidligere president Fujimori. I mars 2003 utsteder Interpol på vegne av Peru en internasjonal arrestordre; for forbrytelser som inkluderer mord, kidnapping, og forbrytelser mot menneskeheten. I september 2003 fremførte Peru overfor Japan en forespørsel om utlevering av Fujimori til Peru. Riksadvokat Nelly Calderón reiste til Tokyo for å legge frem saken for de japanske myndighetene. I Tokyo presenterte hun detaljene i saken, og viste også til uregelmessigheter i den tidligere presidentens doble statsborgerskap. I september 2003 fordømte kongresskvinnen Dora Núñez Dávila den tidligere presidenten og flere av hans ministre for forbrytelser mot menneskeheten på grunn av tvangssterilisering utført under hans styre. Ifølge Núñez startet Fujimoris administrasjon et familieplanleggingsprogram med utstrakt bruk av tvang. Helsearbeidere ble gitt månedlige kvoter for antall steriliseringer. Forhenværende statsminister Luis Solari har også støttet disse anklagene. Den 14. november 2003 godkjente kongressen nye anklager mot Fujimori. Den voterte 63–0 med to avholdende for å etterforske hvor mye Fujimori var involvert i saken hvor om lag 10 000 Kalashnikov-rifler ble droppet fra fly i junglene i Colombia til geriljabevegelsen FARC. Fujimori hevdet selv at han ikke kjente til våpensmuglingen og la ansvaret på Vladimiro Montesinos. Ved å godkjenne anklagene fjernet den peruanske kongressen Fujimoris immunitet som forhenværende president. Om han skulle returnere fra Japan kunne han etter dette tiltales etter den vanlige straffeloven. Francisco Loayza, forhenværende rådgiver i SIN påstod at det fantes dokumenter som koblet Fujimori til våpenhandelen, og at denne informasjonen kunne brukes til å få ham utlevert. Ifølge Loayza ble det gjennomført åtti slike operasjoner i Fujimoris tid som president. Den peruanske kongressen voterte også, med 65–0 med ingen avholdende, for å anklage Fujimori for medvirkning i forvaringen og forsvinningen av 67 studenter fra universitetsbyen Huancayo. Han ble også anklaget for medvirkning til forsvinning av flere innbyggere fra den nordlige kystbyen Chimbote. Kongressen godkjente også anklager om at Fujimori vanskjøttet styringen av millioner av dollar fra japanske veldedige stiftelser, med et gap på USD $2,3 millioner. I mars 2005 returnerte juridisk rådgiver ved Perus ambassade i Tokyo, Denise Ledgard til Peru; og det ga inntrykk av at Peru var i ferd med å gi opp kampen for å få Fujimori utlevert. I en rapport i medga en representant for peruanske myndigheter uoffisielt at utleveringen var uviss og at Lima nær hadde gitt opp håpet om å få Tokyo til å gi etter. I september 2005 mottok han et nytt peruansk pass. I oktober 2005 kunngjorde han at han ville delta i presidentvalget i 2006.