Fordi stedet var hemmelig, ble Los Alamos omtalt som «Site Y» eller «The Hill». Fødselsattester for barn som ble født i Los Alamos under krigen var oppført med PO Box 1663 i Santa Fe som fødested. Opprinnelig skulle Los Alamos ha vært et militært laboratorium og Oppenheimer og andre forskere skulle ha vært utnevnt til offiserer i hæren. Oppenheimer rakk å bestille en uniform som oberstløytnant, men to av nøkkelfysikerne, Robert Bacher og Isidor Rabi, gjorde innsigelser mot ideen. Conant, Groves og Oppenheimer utformet deretter et kompromiss hvor laboratoriet ble drevet av University of California for krigsdepartementet.