Både Gregor XII og Benedikt XIII uteble fra konsilet i Pisa, og de forsamlede kardinaler bestemte seg for å få slutt på skismaet i kirken. Kirkemøtet varte i 11 dager, og begge paver ble avsatt og en tredje valgt: Aleksander V. I stedet var det nå tre paver. Skismaet ble avsluttet i forbindelse med konsilet i Konstanz (1414–18), der Gregor XII, som var den rettmessige pave abdiserte, og Martin V ble valgt som ny pave. Den ene motpaven, Johannes XXIII som i 1410 overtok posten etter Aleksander V, var på det tidspunkt i fangenskap og ble tvunget til å abdisere, og den annen, Benedikt XIII, ble avsatt.