Lyddesignet ble håndtert av Masato Shindo, som fikk en ny utfordring PlatinumGames ikke hadde støtt på før; i tidligere spill de hadde utviklet var ekkoene justert per område eller rom, noe som fungerte fint i de spillene, men som ville kreve alt for mye arbeid å implementere i et spill med en åpen verden. Istedenfor ble lydlandskapet designet for å håndtere ekko i sanntid ut ifra omgivelsene. Lydimplementeringen ble håndtert av Masami Ueda, som endte opp med mer jobb enn han hadde opplevd i tidligere prosjekter. Likevel lot det seg gjøre uten store problemer takket være at han allerde var kjent med og hadde et godt forhold til.