Religionskrigene fortsatt etter det tsjekkiske nederlaget. Tredveårskrigen (1618–1648) hvor de tyske protestantiske prinsene kjempet mot den tysk-romerske keiseren involverte også utenlandske makter. Tsjekkere kjempet på de fleste sider, hovedsakelig på opprørske tsjekkiske generaler i den protestantiske hæren. Albrecht von Wallenstein (1583–1634) var den mest kjente tsjekkiske overløper som kjempet for keiserens sak. Böhmen var slagmark gjennom hele krigen. Prins Bethlen Gabors ungarske styrker, forsterket med tyrkiske leiesoldater, kjempet mot keiseren og tidvis la øde store områder i Slovakia og Mähren. Protestantiske tyske hærer og senere danske og svenske hærer herjet tsjekkiske landområder. Byer, landsbyer og festninger ble ødelagt. De menneskelige lidelser var enorme.