I 1976 ble regimet utfordret i Aceh-provinsen da Free Aceh Movement, eller GAM, ble dannet. Denne gruppen krevde uavhengighet. Suharto sendte raskt tropper for å slå ned opprøret, noe som sendte flere av lederne i eksil i Sverige. Fortsatte kamper mellom GAM og regjeringsstyrker førte til at Suharto erklærte unntakstilstand i provinsen, ved å erklære provinsen et "militært operasjonsområde" (DOM) i 1990.