MK «Gunnerus» ble beslaglagt av den tyske marine under andre verdenskrig og benyttet som vaktbåt. Etter krigen var denne i så dårlig forfatning at den ikke lenger egnet seg som forskningsskip og den ble deretter solgt til stortingsmannen Kristian Ramsvik. MS «Herman Friele» fra Biologisk stasjon ved Universitetet i Bergen ble da lånt inn som nødløsning frem til nytt skip var på plass. Først i 1962 ble MK «Gunnerus» erstattet som forskningsfartøy av FF «Harry Borthen», og dette skipet var vesentlig finansiert av Norges forskningsråd. Skipet ble oppkalt etter skipsreder Harry Borthen, som i 1959 opprettet et legat for marinbiologisk forskning i Trondheimsfjorden. FF «Harry Borthen» ble i sin tur erstattet av FF «Gunnerus» i 2006.