Han ble han dødsdømt under Nürnbergprosessene. Han klarte å flykte sammen med Franz Stangl til Brasil. Der fikk Wagner fast oppholdstillatelse den 12. april 1950 og bodde der under prevdonymet til han ble arrestert 30. mai 1978. Utleveringsbegjæringer fra Israel, Østerrike, Polen og Tyskland ble alle avslått av det brasilianske rettsvesen.