På 1970-tallet ble Megiddo fengsel brukt som et militærfengsel for langtidsfanger. Etter utbruddet av den første intifadaen mot slutten av 1987, ble fengselet brukt til å fengsle palestinske fanger, under ansvar av den militære politistyrken. På høyden av intifadaen ble mellom 1000 og 2000 palestinske fanger fengslet der, de fleste i administrativ forvaring uten rettssak.