Portugals svekkelse fortsatte etter at kong Sebastian døde i Marokko i 1578 uten å etterlate seg mannlige arvinger. To år senere var spanskekongen Filip Ii blitt kronet også til Portugals konge. Bundet til Spanias skjebne fikk Portugal del i den nedturen som fulgte etter tapet av den spanske armada (1588) da verdenshavene fikk nye slagkraftige aktører i England og fremfor alt Holland. Man Macao holdt seg, og skulle også klare å slå tilbake senere nederlandske erobringsforsøk.