I århundrene før den spanske erobringen var området dominert av Chimalhuacán-føderasjonen av fire kongedømmer. To spanske ekspedisjoner fra Mexico by ble slått tilbake før Gonazalo de Sandoval, en av Hernán Cortés' offiserer erobret området i 1523. Samme året ble Colima by grunnlagt, en av de eldste i Ny-Spania. Byen ble flyttet til sitt nåværende sted i 1527. Den spanske erobringen var total, og i dag er det få spor av urfolkskultur i Colima. Mot slutten av året 1810 ble Colima erobret av den meksikanske frigjøringsbevegelsen, men ble gjenerobret av Spania i 1811. I 1857 ble Colima egen delstat.