Wyatt slapp unna straffereaksjoner fra dronning Maria. Han deltok ikke i politikken inntil Maria ble forlovet med katolske Filip av Spania. I 1554 deltok han i en konspirasjon for å forhindre ekteskapet. En generell oppstand ble planlagt, men hans medløpere var fryktsomme og usikre. Opprøret ble kun alvorlig i Kent, og Thomas Wyatt ble en formidabel opprører hovedsakelig ved tilfeldighet.