Neuner har blitt tildelt en rekke priser og utmerkelser. Blant disse er Tysklands høyeste utmerkelse til idrettsutøvere, «laurbærbladet i sølv», som hun fikk overrakt av den tyske forbundspresidenten i 2010; «fair-play-medaljen» av Det tyske olympiske selskap i 2010; Holmenkollmedaljen i 2012; og Det tyske skiforbundets høyeste utmerkelse, «den gylne ski», i både 2007, 2008, 2010 og 2011. Tyske idrettsjournalister valgte henne til årets idrettskvinne i 2007 og 2011. I tillegg kommer flere regionale og lokale utmerkelser, blant disse et æresborgerskap i hjemkommunen Wallgau.