Beauchamp fikk verken formell full konsulsutnevnelse eller bispeutnevnelse i Bagdad, og når pengene etterhvert ikke lenger strakk til for forskningsreiser i området, forlot han Bagdad i november 1789, of dro tilbake til Frankrike via Alexandretta. Dette var akkurat under den franske revolusjons første år. Alle katolske geistlige ble satt under press. Beauchamp avla den ed som ble ham pålagt (andre prester nektet, og mange ble henrettet), og dermed var han fri fra klosterlivets plikter, og kunne vie seg helt og fullt til vitenskapelig arbeid.