Han var sønn av sorenskriver Johan Christian Ræder Scheel (1823–1898) og Christiane Marie Mathilde Bay (1831–1913). Søstera Signe Scheel (1860–1942) ble maler. Søstera Alfhild (1862–1953) ble gift med historikeren Absalon Taranger. Han var gift med Sara Leonore Sandberg (født 1870) og hadde fem barn. Datteren Elisabeth Scheel (1898–1990) ble keramiker.