Da PHP 2 – kalt PHP/FI () – kom, ble en del nytt lagt til, som f.eks. støtte for kommunikasjon mot databaser. Språket lignet nå litt på Perl, men med en mindre konsistent og mer begrenset syntaks og mindre funksjonalitet. Senere sluttet Andi Gutmans og Zeev Suraski seg til prosjektet og skrev om PHP fra bunnen av. Resultatet var PHP 3, som bl.a. var mye raskere enn de tidligere versjonene. Samtidig endret man hva PHP sto for, til : ypertext reprocessor, et rekursivt akronym.