Ved beleiringen av Wexford i oktober ble en annen massakre utløst og skjedde under forvirrende omstendigheter. Mens Cromwell tilsynelatende forsøkte å forhandle fram betingelser for overgivelse, brøt en del av hans soldater inn i byen, massakrerte rundt 2000 irske soldater og opp til 1500 sivile, og brente ned det meste av byen. Det ble ikke foretatt noen former for disiplinærstraff mot de av hans soldater som hadde utført denne massakren.