Jahangir ble fengslet i 1983 for å deltatt i kampen mot militærregimet til president Zia-ul-Haq. Hun førte også en aktiv kamp mot islamiseringspolitikken til ul-Haq, og forsvarte personer anklagd for blasfemi, kvinner som stod i fare for å bli æresdrept og religiøse minoriteter. I 1987 var hun med på å stifte den uavhengige Human Rights Commission of Pakistan (HRCP), og ledet organisasjonen i flere år.