Skipet ble levert fra Orlogsværftet sommeren 1866, og dets første tokt var som eskorteskip for kongeskipet «Slesvig» som transporterte prinsesse Dagmar til hennes bryllup i St. Petersburg. I 1867 var «Peder Skram» igjen utrustet og på tokt, og i 1870 inngikk det for første og eneste gang i årets eskadre. Allerede i 1885 utgikk «Peder Skram» fra den danske flåten, og maskineri og panser ble fjernet. En del av panseret ble benyttet på nytt i Københavns befestning. «Peder Skram» var deretter i en rekke år reservekaserneskip og senere mål for skyteøvelser. I 1897 ble det hugget opp.