Superinfeksjon betegner en tilstand der en allerede smittet person smittes på nytt av en annen streng av viruset. Dette kan skje dersom den smittede ikke endrer risikoatferd, men fortsetter med utveksling av brukte sprøytespisser eller ubeskyttet sex. Superinfeksjon vil lettere kunne medføre resistens og hurtigere sykdomsforløp samt mutasjon som danner mer potente virus. Pr. 2005 var det bare registrert 16 tilfeller med superinfeksjon på verdensbasis.