Waters har blitt anklaget for antisemittisme i hans kritikk av Israel fra Israel-vennlige organisasjoner og aktivister som Anti-Defamation League. Waters avviser disse anklagene og fastholder at hans kritikk er rettet mot politikken til Israels regjering, og at kritikk av Israel ikke er antisemittisme. Anklagene har ført til oppfordringer til kanselleringer av hans konserter, blant annet i Tyskland. Under -turnéen i 2023 vedtok byrådet i Frankfurt å avlyse Waters' planlagte konsert i Festhalle for «vedvarende anti-Israel-oppførsel» som byrådet anså som antisemittisk, med henvisning til Waters' støtte til kulturell boikott av Israel, sammenligner med apartheidregimet i Sør-Afrika og oppfordringer til musikere om å avlyse konserter i Israel. Kanselleringen i Frankfurt ble etterfulgt av prosesser i retning av kansellering i München, men det ble der droppet ettersom myndighetene anså at de ikke hadde rettslig grunnlag. Waters har varslet søksmål mot forsøkene på å kansellere konsertene. En underskriftskampanje til støtte for at Waters skulle få opptre i Frankfurt ble startet av Katie Halper og støttet av en rekke andre artister, forfattere og andre kjente offentlige personer, deriblant Waters' tidligere bandkamerat Nick Mason.