Jodorowsky er i tillegg kjent for sine tegneserier. Han har skrevet en rekke science fiction-serier som utspiller seg i et omfattende univers hvis grunnlag ble lagt i serien som han laget i samarbeid med Jean "Moebius" Giraud på 1980-tallet (utgitt på norsk under tittelen ), blant annet (med Zoran Janjetov), (med Juan Gimenez) og (med Fred Beltran). I tillegg har han også skrevet seriene , (begge med Georges Bess og (med Francois Boucq).