Mario og vennene hans oppdager også at Bowser var den som sendte dem brevet med padden for å lokke dem til Prism Island. Det viser seg at Bowser masseproduserer enda mer svart maling ved en fabrikk, med mål om å male resten av verden deres helt svart. Mario og Huey blir deretter nødt til å stoppe all driften ved fabrikken, før det er for sent. Huey ofrer seg selv ved å fly ut i verdensrommet, og tar den svarte malingen langt bort fra Prism Island. Men dersom spilleren har oppfylt en del krav i løpet av spillet kommer Huey til å falle tilbake i Prisma-fontenen.