I to år underviste Salmeron så i Roma; hans forklaringer av Efeserbrevet tre ganger i uken gjorde stort inntrykk. Senere, etter forkynneroppgaver i Bologna, deltok han sammen med pater Laynez under Tridentinerkonsilet som pave Paul IIIs teologiske eksperter. De hadde stor innflyelse på konsilets håndtering av . Etterpå preket Salmeron i to år i Bologna, Venezia, Padova og Verona.