Månedene før sesong 6 har USA blitt utsatt for gjentatte terroristangrep. Mange amerikanere har mistet livet og det stopper ikke. Deretter ringer en terrorist som heter Abu Fayed til styresmaktene og sier han vil ha 25 millioner dollar og Jack Bauer som er fengslet av kinesere, mot at styresmaktene får plasseringen den antatte mannen bak angrepene. Chloe som jobber på CTU, får vite at Jack er i USA, men at han skal ofres.