Han er sønn av skreddermester Kazimir Lewkovitch (1888-1962) og Katharina Pachaez (1879-1949). Lewkovitchs foreldre var katolikker og immigrerte fra Ukraina til København, hvor han ble født og hadde sine første musikalske opplevelser gjennom den gregorianske sangen i den katolske kirken, men også gjennom den polske og ukrainske folkemusikken som han hørte i hjemmet. Familien Lewkovitch var fattig, og som lettelse ble Bernhard Lewkovitch sendt som liten gutt til et cistercienserkloster i Allerslev ved Roskilde. Da han var 12 år gammel forlot faren familien, og siden moren ikke kunne fø på alle de syv barna, ble de plassert rundt i forskjellige hjem. Bernhard Lewkovitch kom først til et guttehjem og deretter til Dalum Kloster ved Odense.