På dette tidspunkt ble han imidlertid angrepet av Kara Koyunlu-dynastiet under ledelse av Jahan Shah som beleiret byene Qom og Saveh. Abul-Qasim marsjerte mot ham, men måtte returnere på grunn av angripernes styrke og et opprør fra broren Ala al-Dawla Mirza. I løpet av 1452 og 1453 ble det meste av de persiske områdene kontrollert av Kara Koyunlu og timuridene klarte aldri å gjenopprette herredømmet.