Fylogenetikken bruker mao. fellestrekk mellom arter som utgangspunkt for å avlede slektskapsforholdene artene imellom. Sammenligninger av arter gjør på en måte det motsatte: Målet er her å avlede hva som er felles for beslektede arter (dvs. har bare oppstått én gang i deres siste felles stamart) og hva som er forskjellig (dvs. oppstått uavhengig i forskjellige arter). De sistnevnte studiene bruke vanligvis artenes slektskapsforhold som bakteppe. Et eksempel er , som undersøker hvordan bestemte organsystemer har oppstått i ulike grupper av organismer. Erkjennelsen av at menneskets indre øre er homologt med fiskenes kjeve, er f.eks. resultatet av en slik sammenlignende anatomi mot en fylogenetisk bakgrunn.