Bolsonaro tilhører en populistisk, ytterliggående høyrefløy, og er kontroversiell i sitt hjemland, blant annet siden han har gitt uttrykk for sympati med landets tidligere militærdiktatur, som varte fra 1964 til 1985 og forsvart tortur og henrettelser av opposisjonelle i denne perioden. Han har uttalt seg negativt om homofili og gitt støtte til Donald Trump og autokratiske styreformer. Bolsonaro omtales til dels som ny-fascistisk. I 1999 satt han i kongressen og uttalte han seg positivt om militærdiktaturet og mente de burde ha likvidert mange flere. Han kom før og under valgkampen i 2018 med rasistiske og kvinnefiendtlige uttalelser; til et annet kongressmedlem sa han at han ikke ville voldta henne fordi hun var for stygg.