Mot slutten av den første sesongen begynner Jesse å mistenke at Rockland Stone i virkeligheten er The Machine, samtidig som Stone planlegger å stille til valg som senator. Mens den første sesongen hovedsakelig dreier seg om Willy og Jesses eventyr ved Misty Island Oceanic Reserve, tar den andre sesongen dem til Arktis sammen med aktivisten Ben Shore. De oppdager en uberørt øy med ulike helsemessige fordeler. Der møter de Arktos, en bjørn, og andre snakkende dyr. Dessverre følger The Machine etter dem, og forsøker å industrialisere øya. Men dette kommer til å ødelegge øyas naturlige skjønnhet, og hele økosystemet i området.