Kommisjonen fikk hjelp fra (eksperter på menneskelige knokler) for å undersøke den kontroversielle El Mozote-massakeren i byen El Mozote, og å undersøke antallet ofre i denne massakren. Ekshumering fant sted fra 13. til 17. november 1992 under tilsyn av Dr. Clyde Snow, Dr. Robert H. Kirschner, Dr. Douglass Scott og Dr. John Fitzpatrick fra Santa Tecla Institute of Forensic Medicine og av Kommisjonen for etterforskning av kriminelle handlinger. I ekshumasjonen arbeidet legene sammen med Patricia Bernardi, Mercedes Doretti og Luis Fondebrider fra det argentinske forensic anthropology-teamet. Under dette arbeidet ble det funnet skjellettrester av minst 143 mennesker, men det kan ha vært et større antall ofre. Den rettsmedisinske rapporten fra El-Mozote støttet vitnesbyrd om at "ofrene ble henrettet på en summarisk måte", og at minst 24 personer deltok i skytingene.