Jonas Dahls foreldre var kjøpmann Johan Henrik Dahl og Lovise Christine Henriette, f. Gedde. Han var barndomsvenn med Alexander L. Kielland, og de gikk i samme klasse på Kongsgård skole i Stavanger. I 1865 flyttet han til Kristiania sammen med foreldrene og begynte å studere teologi. I 1872 ble han cand.theol. og året etter, 4. juli 1873, giftet han seg med Julie Marie Fasmer. Hun var fra Alvøen og var to år eldre enn ham.