NIBIO har en stor portefølje av samarbeidprosjekter, også i ikke-europeiske land. Disse fokuserer hovedsakelig på matsikkerhet, digital- og klimasmart jordbruk, forvaltning av naturressurser og rural utvikling. NIBIO har en rammeavtale med NORAD. NIBIOs internasjonale prosjekter foregår i store deler av verden: Europa, Barentsregionen, Kina, India, Sørøst-Asia, Afrika sør for Sahara og Latin-Amerika og Karibia. NIBIO er aktiv i Horizon 2020 og Horizon Europa.