I 1987 ble Goodell utpekt til assistent for presidenten av American Football Conference, Lamar Hunt, og under kommissær Paul Tagliabue involverte jobben hans flere oppgaver relatert både til idretten og administrasjon, som resulterte i at han ble utpekt til Executive Vice President and Chief Operating Officer i desember 2001. Som NFLs COO tok Goodell ansvar for fotballaspektet i ligaen samt dommerne. Han ledet NFL Ventures, som tilså ligaens forretninger inkludert media, markedsføring og salg, utvikling av stadioner og strategisk planlegging.