Republikken Khakasias flagg er en variant av Russlands flagg. Fra 1992 til 2003 førte Khakasia et flagg som hadde de russiske fargene hvitt, blått og rødt i disponert på samme måte som i Russlands eget flagg, men med det grønne feltet og solsymbolet ved stangsiden av flaggduken. Dette ble siden gjort ulovlig i russisk flaggvesen: Flagg for føderasjonssubjekter kan ikke benytte seg av føderasjonens flagg i de republikkegne symbolene. Rekkefølgen på fargene i den frie enden ble derfor i 2003 endret til blått over hvitt over rødt.