Mehmed III var sønn av sultan Murad III som døde i 1595 og hans albanske kone Safiye Sultan. For å forhindre fremtidig strid om arveretten og tronen lot han sine nitten yngre søsken og halvsøsken drepe da han kom til makten. De fleste var fortsatt mindreårige. Han tok også livet av en av farens elskerinner som var gravid.