Til tross for at innbyggerne i Genève hadde konvertert til protestantismen, var de ikke klar for å innføre Calvins strenge kirkelige praksis. Calvin og Farel blei bannlyst fra byen i 1538. Med et nytt byråd, blei Calvin tre år senere kalt tilbake til Genève. Litt etter litt implementerte han sine synspunkter – læremessige og liturgiske – i den reformerte kirken i Genève. I 1555 danna det seg et opprør mot Calvin, men det mislyktes. Mange etablerte familier forlot byen i protest.