Mot slutten av 1669 forlot han i all hemmelighet byen og kom etterhvert til Roma. Der fremla han i Det hellige Officium, den katolske kirkes øverste organ for lærespørsmål, 119 (tvilsspørsmål) om jesuittenes akkomodasjonsmetoder. Deretter begav han seg til Spania. Der offentliggjorde han i 1676 sitt store verk som ble berømt for sin beskrivelse av Kina. Der åpenbarte Navarrete seg for offentligheten som en motstander av jesuittenes akkomodasjonsteologi. Ett av traktatene han tok med, var et gammelt skriv fra jesuitten Niccolò Longobardo, som tidligere hadde uttrykt sine tvil om metodene. Verket ble oversatt til fransk i 1697 og utgitt i 1701, da ritestriden i Kina for alvor var blusset opp igjen.