Den 28. april 1690 seilte William Phips fra Boston med en flåte på fem skip og 446 militssoldater. Flaggskipet hans, «Six Friends», hadde 42 kanoner, mens «Porcupine» hadde 16. Etter å ha tatt franske samfunn i Penobscot Bay og Passamaquoddy Bay, satte Phips kurs mot Port Royal og nådde frem den 9. mai. Før han nådde byen tok han kontakt med Pierre Melanson de Laverdure, en fransk hugenott, og forvisset seg om forholdene i byen. Han seilte så inn mot byen.