Etter krigen i 1999 kunne de etnisk albanske spillerne begynne å spille kamper på sin egen stadion igjen. Det resulterte i at de serbiske spillerne forlot klubben og Kosovo. Prishtina har i perioden fra de forlot det jugoslaviske seriesystemet fra 1992 til og med 2017 oppnådd ti seriemesterskap og fem cupgull. Klubben kom på andreplass i den kosovarske Eliteserien i Kosovo, fem poeng bak serievinner Trepça'89. Det resulterte i at klubben for første gang i sin 95 år lange historie får spille i Europa. Klubben skal spille i Europaligaen 2017/18-sesongen, ettersom det kosovarske fotballforbundet ble fullverdig medlem av UEFA og FIFA i mai 2016. Klubben sin offisielle supportergruppe er Plisat, som ble dannet i 1987. Forøvrig møter Prishtina svenske IFK Norrköping i første runde i EuropaLeague 2017/18-sesongen.