Naujocks overgav seg til amerikanske styrker høsten 1944 og innrømmet å ha stått bak flere drap mens han satt i varetekt. I 1945 ble han stilt for retten anklaget for krigsforbrytelser, men klarte å rømme før rettssaken mot ham startet. Han leve i skjult i Tyskland frem til sin død i 1966 og skal under disse årene ha vært involvert i organisasjonen ODESSA.