Magnus kom deretter i uenighet med sin gamle støttespiller i Danmark, kong Erik Klipping, som nå støttet Valdemar, og Magnus ble tvunget til å avstå den sørlige delen av riket til Valdemar. Allerede i 1279 gjenerobret Magnus områdene ved at han i året i forvegen hadde sluttet fred med Danmark. Grunnen var sannsynligvis at Valdemar hadde deltatt i folkungaenes opprør i 1278 da noen av rikets stormenn hadde drept en av kong Magnus’ fortrolige, tatt kongens svigerfar til fange og beleiret Jönköping. Magnus inngikk forlik med opprørerne, men i 1280 hadde sjansen til å angripe tilbake, fikk dem fanget og halshugget opprørets leder. Deretter kunne han styre i fred og ro. I den krigen som oppsto mellom Norge og Danmark inntok han en meglerrolle og ble utsett i 1285 som en dommer som skilte mellom Norge og Hansabyen Lübeck. Norge fikk svært få fordeler av den dommen som kong Magnus Ladulås dømte, men måtte bite det i seg, selv om boten tømte den norske statskassen.