Flyselskapet ble etablert 18. februar 1988 og startet virksomheten 26. mars 1989. Det ble dannet som et datterselskap av Iberia. På slutten av 1999 annonserte SEPI (den spanske statens holdingselskap av Iberia) privatiseringen av Binter Canarias, men beholdt på en «Golden share» for å gi en eventuell fremtidige tilbyder mer enn 25 % eierandel . Men flyselskapet ble heleid av Hesperia Inversiones Aéreas som kjøpte flyselskapet i juli 2002. I 2003 ble Binter Canarias, SAU absorbert av Hesperia Inversiones Aéreas, SA, og tok navnet Binter Canarias, SA. Det er nå eid av Ilsamar Tenerife (49,81 %), Ferma Canarias Electrica (10,44 %), Agencia Maritima Afroamericana (10,11 %), Flapa (10 %) og andre (19,6 %). Det har 406 ansatte.