Helga Stene var datter av misjonspresten John Stene og lærer Helga Thomine Stene. I 1905 flyttet Helga Stene sammen med familien til Stavanger. Der bodde hun til 1920 og tok middelskolen ved Kongsgård skole i Stavanger. Stene tok examen artium ved Trondheim katedralskole i 1923, og studerte deretter ved Universitetet i Oslo. I 1932 tok hun språklig-historisk embetseksamen. Hun vikarierte ved Ålesund offentlige høiere almenskole i årene 1932 til 1933 før hun ble dosent i norsk språk og litteratur ved universitetet i Berlin. Etter to år i Tyskland arbeidet hun et par år som universitetslektor i Sverige.