Bjørn Bjørneboe tok teologisk embetseksamen ved Det teologiske menighetsfakultet i 1968 og ble ordinert prest i den norske kirke i 1970. Han hadde sammenhengende prestetjeneste som henholdsvis residerende kapellan i Bjarkøy i Troms og prest i Nidaros domkirke fram til 1990 da han søkte avskjed for å vie seg helt til arbeidet med billedkunst.