I mai 1897 ble ektemannen henrettet i Cavite, av de filippinske revolusjonære under deres nye leder Emilio Aguinaldo. Da trakk Gregoria opp i fjellene ved Pasig, og til tross for mannens endelikt fortsatte hun frigjøringskampen. I fjellene møtte hun Julio Nakpil, en annen filippinsk patriot tilknyttet Katipunan, som hadde hatt kommando over de revolusjonære styrkene i nord. Hun og Julio giftet seg i Quiapo-kirken i Manila den 10. desember 1898.