Under pausene i kamphandlingene lot japanske soldater sinne og frustrasjon gå ut over sivilistene som også satt fast inne i hovedstadsområdet. Menn, kvinner, barn - prester, krigsfanger, leger, sykesøstre og pasienter i sykehusene - ble halshugget, ihjelstukket, lemlestet. Filippinske kvinner og jenter ble voldtatt og drept med bajonetter. I det minste 1000 innbyggere ble brent levende av en japansk enhet.