I Distortion World får de tilbake Shaymin, og møter professor Newton, en som forsker på Distortion World. Han forklarer at Giratina er sint på grunn av at kampen mellom Dialga og Palkia i Darkrai sin oppstand fylte verda dens med røyk. Newton hjelper dem tilbake til den vanlige verdenen, mens Team Rocket ikke rekker å komme seg ut.