Rexhepi gikk fra Lunds BK til Malmö FF i 2009. Etter ett år for Malmö FFs juniorlag, med 38 scorede mål på 43 kamper, spilte han første seriekamp som senior i Svenska Cupen mot Syrianska FC 18. mai 2010, hvor han scoret det avgjørende målet på overtid. Rexhepi spilte første kamp i Allsvenskan da Malmö FF møtte Helsingborgs IF. Rexhepi scoret også i sin debutkamp i serien, og sto også for en målgivende pasning i kampen, som endte 2-0. Kampen ble avgjørende for Malmö FF, da de vant Allsvenskan i 2010 med bare to poengs margin foran Helsingborgs IF.