I og med at det på Linnés tid ikke fantes noen teori om evolusjon, kunne ikke heller dette komme til uttrykk i systemet hans. I dag er man bedre tjent med et system som gjenspeiler evolusjonær slektskap. Mange av Linnés grupper har vist seg å være kunstige, f.eks. fisker («Pisces»), makk («Vermes»), og de aller fleste gruppene i plantenes såkalte seksualsystem. Disse har blitt erstattet av naturlige grupper i tidens løp.