De to innbundne rullene er nå kjent som . Innbindingen medførte at de fikk en horisontal sidestruktur og noe av ornamenteringen som forsvant ved innbinding ble kopiert inn for hånd. Pepys la også inn sammendrag og en samlende tabell som stammer fra tiden mellom Anthony og Pepys. Den brutale behandlingen originalmanuskriptene fikk under innbindingen har ført til skader på noen av illustrasjonene og disse avvises i dag som kilder. De tre første illustrasjonene av «Henry Grace à Dieu», «Mary Rose» og «Peter Pomegranate» var for store til å passe på én side og ble derfor omgjort til tosiders illustrasjoner. Innbindingen gjør at midten av illustrasjonene blir skjult, og det fører til tap av detaljer. Tross dette finnes det ikke planer om å forsøke å gjenskape den originale layouten.