Den 15. januar 1919 ble Luxemburg og Liebknecht drept av høyreekstreme medlemmer av , som var forløperen til de paramilitære frikorpsene. Liket av Luxemburg ble dumpet i Landwehrkanalen i Berlin. Mange forhold omkring drapene ble ikke oppklart før etter andre verdenskrig. I det lange løp ble dette en politisk påkjenning, som forverret splittelsen mellom SPD og KPD, og som gjorde KPD mer avhengige av Komintern. Hun ble begravet sammen med Karl Liebkneicht på i Berlin den 13. juni 1919. Titusener av mennesker fulgte begravelsen. Gravstedet ble senere en valfartssted for tyske kommunister og venstresosialister.