Markussen var kommunestyrerepresentant fra 1987 og fram til sin død. Han var Høyres førstekandidat ved alle kommunevalgene fra og med 1991. Etter at han ikke ble gjenvalgt som ordfører i 2003, ble han opposisjonsleder i kommunestyret og medlem av formannskapet. Mens han var ordfører, var han også leder for Vesterålen regionråd.