Han kom til makten i 1987 som følge av et statskupp som drepte daværende president Thomas Sankara. I 2011 tvang et mytteri av soldater på grunn av ubetalt bostøtte ham til å flykte fra hovedstaden for hjembyen. Som følge av mytteriet oppløste Compaoré regjeringen, for å tilfredsstille demonstrantene og soldatenes ønsker og krav. I 2014 forsøkte han å få endret grunnloven, slik at han kunne fortsette å regjere utover de 27 årene han allerede hadde sittet ved makten. Dette førte til det såkalte Burkinabé-opprøret, som tvang ham til å oppgi regjeringsmakten den 31. oktober 2014. Han søkte siden tilflukt i Elfenbenskysten.