Hemicrania continua kan også til forveksling opptre svært likt klasehodepine, men den skiller seg gjennom små detaljer (som den konstante bakgrunnshodepinen og varigheten på smertetoppene). Det er beskrevet ett tilfelle av remitterende type som opptrer i klaser (klynger) på uker, separert av smertefrie perioder på måneder. I hver klase hadde vedkommende pasient konstant bakgrunnshodepine med plutselige eksaserbasjoner (smertetopper) ganger i døgnet, hver med en varighet på omkring timer. Pasienten var ikke responsiv for tradisjonelle virkemidler mot klasehodepine, som man antok at vedkommende led av, men han var absolutt responsiv for indometacin.