Hans far som var tiltalt for å ha vært medskyldig i Henry Howards forbrytelse kunne ikke på grunn av sin høye adelsgrad ikke bli dømt av menn som ikke var hans like, og denne utsettelsen reddet livet hans. Han satt fengslet i løpet av resten av Henrik VIIIs regime, men i løpet av kongens siste dager ble anmodingen om henrettelsen presset fram. Alle bekvemmeligheter ble fjernet fra ham, inkludert bøker og sengeteppe, og retten til mosjon. Denne samme dagen han skulle henrettes dør kong Henrik VIII uten at hans signatur foreligger, og Thomas Howard berget livet. Hans sønn Henry Howard, allerede da kjent som en utdannet mann som stundom ble kalt for «poeten», ble således den siste som ble henrettet i løpet av kong Henrik VIIIs omstridte kongedømme.