Pedersen hadde permisjon fra stillingen i Arctic Securities i perioden han var statssekretær, og satte bort sin eierandel til eksterne forvaltere. BI-professor Petter Gottschalk mente Pedersen burde sagt opp stillingen istedenfor å søke permisjon for å hindre mistanke om interessekonflikt, mens jus-professor Jan Fridthjof Bernt mente det ikke var av juridisk betydning om han sa opp eller hadde permisjon. Pedersen la i slutten av oktober 2013 fram en oversikt over kundeforhold han hadde hatt i tiden hos Arctic.