Han var gift med Elene Marie Bjerck. De hadde barna Severin Johan Jacob Paus (1824–1898) som var lege og skipsreder og som overtok gården Kjølnæs etter sin far (men ikke bodde der), Anne Cathrine Paus (1827–1884) som ble gift med kaptein Jørgen Smith, Hanna (egentlig Johanne) Paus (1832–1884) og Christine Christiane Paus (f. 1836), som ble gift med skipsreder Hans Olaus Høegh.