Gordon Strachan returnerte til manageryrket få uker senere da han fikk jobben i Southampton FC som sparket manager Stuart Gray etter en forferdelig start på deres første sesong på St Mary's Stadium. De fleste eksperter hadde avskrevet deres muligheter til å overleve da Strachan ble utnevnt i oktober 2001, men han snudde deres lykke og de endte på 11.-plass. Saints fremgang fortsatte i 2002/03 da de endte på åttendeplass og nådde FA-cupfinalen hvor de tapte 1–0 for Arsenal FC. Men siden Arsenal allerede var kvalifisert for Mesterligaen, kvalifiserte Southampton seg for UEFA-cupen i 2003/04.