I begynnelsen av serien må mannskapet slåss med en terroristgruppe kalt Maquis. Denne gruppen består av folk som har fått hjemmene sine, som brukte å være innen Føderasjonens territorium, overgitt til Cardassia etter en traktat. Begynnelsen på denne historien kan ses i -episoden , hvor indianske bosettere nekter å flytte etter at deres planet ble gitt til Cardassia. Maquis er et eksempel på seriens utforskning av den mørkere siden av fremtiden. Den viser at Føderasjonen og Stjerneflåten ikke er perfekte. Noen medlemmer av gruppen, slik som Siskos tidligere venn Calvin Hudson og Michael Eddington som var sikkerhetssjef på DS9, var også tidligere offiserer i Stjerneflåten. I episoden sier Eddington følgende til Sisko: «Everybody should want to be in the Federation. Nobody leaves paradise. In some ways you’re even worse than the Borg. At least they tell you about their plans for assimilation. You assimilate people and they don’t even know it».