Grilstadfjæra på Nedre Charlottenlund er en viktig rasteplass for trekkfugler om høsten og våren. De fleste trekkfuglene i området er vadefugler, men rovfugler og småfugler forekommer også. Stokkbekkdalen har en rik og variert skogsvegetasjon, som er et viktig område for mange fugler og pattedyr, blant annet rådyr og flaggermus. Kornkråke er vanlig i og rundt Charlottenlund, og er blant områdene i Trondheim med størst bestand av arten. Stokkbekken/Grilstadbekken har små bestander av ørret.