Bernt Haugen spilte for Lyn fra barnsben av, der han vokste opp i nærheten av Ullevaal Stadion. Fra seniordebuten som attenåring spilte han ti sesonger på A-laget til Lyn, og var med klubben på ferden fra 3. divisjon til Eliteserien. De tre siste av hans sesonger for Lyn ble tilbragt i Eliteserien. 1993 ble hans siste sesong for klubben - en sesong som endte med nedrykk. Tom Fodstad, tidligere lagkamerat fra Lyn, overtalte ham til å signere for Stabæk påfølgende sesong. Haugen ankom i 1994 et ambisiøst Stabæk-lag som hadde rykket opp gjennom divisjonene hele veien fra 5. divisjon i 1990. Sesongen han tilbragte hos Stabæk endte med opprykk til Eliteserien, mens gamleklubben Lyn samtidig mislykkes i å rykke tilbake opp.