Stefan Schuster studerte biofysikk ved Humboldt-Universität zu Berlin og tok PhD-graden sin i gruppen til professor Reinhart Heinrich ved Institutt for Teoretisk Biofysikk (Tittel: «Teoretiske studier av interrelasjoner mellom tidshierarkiet av reaksjonssystemer for enzymer og optimeringsprinsipper»). I 2003 fikk han et professorat ved Institutt for Bioinformatikk ved Friedrich-Schiller-Universität Jena (Lehrstuhl für Bioinformatik).