I årene 1895–1897 var Marie Spångberg assistent ved Hagbarth Strøms kirurgiske privatklinikk. I 1896 ansatte Kristiania sundhedskommission henne som lege ved den veneriske avdelingen for kvinnelige pasienter, og året etter ble hun oppnevnt av Justisdepartementet som fast sakkyndig i rettsmedisinske spørsmål. Hun drev sin private legepraksis ved siden av disse vervene, inntil hun giftet seg. Ektemannen var svært opptatt med sin forskergjerning, og da paret fikk fem barn i løpet av seks år la Marie Spångberg ned privatpraksisen. Hun fortsatte som medlem av sunnhetskommisjonen til 1920, da hun fratrådte på grunn av dårlig helse.