Djengis Khan invaderte Transoxiana i 1219 under sin erobring av Khwarazmid. Før sin død i 1227 gav han landene i det vestlige Sentral-Asia til sin andre sønn Tsjagatai, og denne regionen ble kjent som Tsjagadai-khanatet. I 1369 ble Timur Lenk, fra barlas-stammen, hersker under autoriteten til tsjatagai-khanens dynasti, og han gjorde Samarkand til hovedstad for sitt fremtidige rike.