Museet behandler den danske flåtens historie og utvikling fra opprettelsen i begynnelsen av 1600-tallet til i dag. Søetatens og Søværnets historie fortelles ved hjelp av museets samling av skipsmodeller og andre modeller med relasjon til Danmarks sjøkrigshistorie. I tillegg formidles historien med store tablåer av ikoniske sjøslag i dansk krigshistorie blant annet slaget ved Stevns 1. juli 1677 og slaget på Reden 2. april 1801. Endelig finnes en modell i full størrelse av styrhuset fra en missiltorpedobåd av Willemoesklassen samt et interiør fra en ubåt av Narhvalenklassen.