Han ble utnevnt til kardinalprest av Santa Pudenziana den 5. januar 1983, og til metropolitterke­biskop av Köln den 20. desember 1988, etter at Köln, antagelig verdens rikeste bispedømme, hadde vært vakant siden 14. september 1987. Utnevnelsen av Meisner til erkebiskop ble ledsaget av protester fra flere reform­orienterte tyske teologer.