For Stockholm by er det vedtatt et program for vannvernsarbeid, som gjelder fra 2006 til 2015. Vannprogrammet inneholder mål og intensjoner for hvordan man skal få renere vann i Stockholms innsjøer og elver, samt hvordan disse kan vernes og videreutvikles ut fra rekreasjonssynspunkt. Vannprogrammet ble godkjent av kommunens ledelse 12. juni 2006. Vannprogrammet omfatter alle byens innsjøer og elver, deler av Mälaren og Saltsjön, samt et større våtmarksområde. Også grunnvann inngår, men ikke drikkevann. Programmet angir hvordan byens vannområder skal oppnå «en god vannstatus» i henhold til . Senest i 2015 skal Stockholms vannområder oppnå statusen beskrevet i direktivet.