Hendelsene i dette videospillet foregår ett år etter hendelsene i Batman: Arkham Asylum. Quincy Sharp, tidligere direktør ved Arkham Asylum, har tatt æren for å ha stanset Joker og hans kriminalitet, og bruker dette for å bli utnevnt til borgermester for Gotham City. Han erklærte at både asylet og Blackgate Penitentiary ikke lenger var egnet til å holde byens fanger, og Sharps administrasjon beordrer at begge fasilitetene burde stenges. Han kjøper i steden Gothams mest beryktede slum, og gjør dette om til et enormt fengsel som får navnet Arkham City.