Vannet i innsjøen er helt klart og uten den grønnaktige fargen som i andre innsjøer i Nordfjord (for eksempel Oldevatnet) fordi det ikke har tilførsel av smeltevann fra isbreer. Hornindalsvatnet er relativt næringsfattig. Vannet er bløtt med pH på rundt 6 og saltfattig, og undersøkelser i 1988 konkluderte med at innsjøen har liten motstand mot forsuring. PH på rundt 6 tydet på at området i liten grad var påvirket av sur nedbør. Det ble i 1988 påvist høyt innhold av tarmbakterier i tilførselselvene hovedsakelig fra urenset kloakk. Målinger publisert i 2021 har oppgitt pH til 6,3-6,8 med årsmiddel 6,5. Innsjøen er så stort at forurensing fra vei (f.eks. salting om vinteren) antas å ha liten betydning. I Kjøsapollen er det en økning av humus utover sommeren slik at sikten blir liten sammenlignet med resten av innsjøen.