Han etterfulgte sin bror Al-Wathik (842–847) som kalif. Han gikk tilbake til ortodoksien innen islam og forfulgte ikke-muslimer. En av grunnene var at han ønsket å redusere den sterke tyrkiske innflytelse innen hær og forvaltning. For å sikre seg befolkningens og ikke minst geistlighetens støtte, opphevet han i 849 mutazilittenes statsdoktrine som var blitt innført av al-Ma'mun. Også sjiaene ble i tiltagende grad undertrykket. I denne sammen lot al-Mutawakkil for eksempel ødelegge gravmoskeen til Husain ibn ʿAlī i Karbala.