Øya har vært bebodd i nesten 2000 år. En illyrisk-romersk bosetting kalt Colentum ble grunnlagt nær Betina. Dokumenter viser at Murter ble kalt Villa Magna i 1293, som betyr «stor landsby». På 1200-tallet er det dokumentert to bosettinger på øya, Jezera og Veliko selo (nå Murter), og øya ble nevnt i 1318 som Insula Mortari. Betina og Tisno ble mest sannsynlig grunnlagt på 1400-tallet da osmanene gikk til angrep på området. Folketallet på øyene økte da folk flyktet fra tyrkerne.