Den største utfordreren til Assads styre i Syria var Det muslimske brorskapet. Brorskapet hadde operert som politisk parti Syria siden 1940-tallet, men ble tvunget til å gå under jorden som en følge av de mange kuppene på 1950-tallet og Ba'athpartiets kupp i 1963. I 1964 organiserte brorskapet et opprør i byen Hama, som ble slått ned av Ba'athpartiet. Etter den syriske invasjonen av Libanon i 1976 organiserte brorskapet et nytt opprør. Geriljakampanjene pågikk frem til 1980, og brorskapet hadde de facto kontroll over Hama. Assads regime forbød organisasjonen, og medlemskap ble straffbart i 1980. Samme år angrep de også Assad personlig, og presidenten slapp såvidt unna med livet. Assad svarte med å mobilisere partiet og hæren, og i 1982 beleiret Rifaat al-Assads styrker byen. Mellom 5000 og 10000 mennesker ble drept under den tre uker lange beleiringen.