Til tross for kuttene og omstruktureringen som ble gjennomført tidlig på 2000-tallet slet SAS fortsatt med negative resultater. Dette førte til ytterligere nedskjæringer i antall ansatte og reforhandlinger om lønnsvilkår. Flere ganger gjennom 2000-tallet gikk de statlige eierne, så vel som de private, inn med emisjoner i milliardklassen for å sikre videre drift.