Filip var ikke opprinnelig en krigførende makt i den hellige krig, men ble involvert på anmodning fra Thessalia. Da han så en mulighet til å øke sin innflytelse på det greske fastlandet, føyde han seg, og i 353 eller 352 f.Kr. vant han en avgjørende seier over fokierne i slaget ved krokusmarkene i Thessalia. I kjølvannet av seieren ble Filip gjort til (herre) av Thessalia, noe som ga ham kontroll over skatter og inntekter fra det thessalianske forbund, således økte sin egen makt. Imidlertid blandet han seg ikke ytterligere inn i denne krigen før i 346 f.Kr. Tidlig dette året kom en henvendelse fra thebanerne, som hadde tatt hovedtyngden i den hellige krigen sammen med thessalianerne, om han Filip kunne ta «lederskapet av Hellas» og bli med Theben i krigen mot Fokis. Filips makt var nå så stor at fokierne ikke var i stand til å gjøre motstand og de overga seg ham. Således var Filip i stand til å avslutte enda en særskilt blodig krig uten ytterligere krigføring. Filip lot det amfiktyoniske forbund ha det formelle ansvaret i å straffe fokierne, men sikret seg at vilkårene ikke ble altfor strenge. Uansett ble fokierne utvist fra forbundet, alle deres byer ble ødelagt, og de ble bosatt i landsbyer som ikke hadde flere enn 50 hus.