Stahlecker kommanderte Einsatzgruppe A, den mest hensynsløse av de fire mordskvadronene under holocaust, aktive i den tysk-okkuperte delen av Øst-Europa. Stahlecker rapporterte 31. januar 1942 at hans enhet hadde drept jøder i de baltiske landene. Stahleckers rapporter om Einsatzgruppens virksomhet er et særlig viktig og detaljert dokumentasjon om holocausts tidlige fase. Stahlecker baserte sin rapport dels på Karl Jägers detaljerte rapport om antall drepte menn, kvinner og barn på hvert sted og med dato.