I 1939 ble byggingen av en marinebase og sjøkadettskole påbegynt på øyene. Etter krigen ble Solovkiklosteret brukt av forsvaret. Først i 1992 fikk den russiske kirken kontroll over klosteret igjen og i dag er Solovki-klosteret et historisk og arkitektonisk museum. Et lite brorskap av munker på rundt 10 personer lever på klosteret i dag.