Han begynte å jobbe i Ugandas bank på 1990-tallet, og jobbet seg da opp til å bli leder for forskningsavdelingen. I 2008 begynte han å jobbe i Det internasjonale pengefondet (IMF), som visedirektør i deres avdeling i Afrika. I 2018 ble han direktør i MEFMI, Macroeconomics and Financial Management Institute of Eastern and Southern Africa, i Zimbabwe. Da Louis Kasekendes tiårsperiode som visesentralbanksjef (Deputy Governor) i Ugandas bank utløp i januar 2020 overtok Atingi-Ego denne stillingen.