Det er få skriftlige skriftlige vitnesbyrd som kan bidra til en presis datering av kirken, men Lorentz Dietrichson daterer kirken til nokså nær 1200 på grunnlag av ornamentikken. Det synes som om Flå hadde egen prest og prestegård i middelalderen, men det antas at det kan ha vært slutt på dette i senmiddelalderen, siden det kun finnes én henvisning til prest (i 1499) og denne ikke er navngitt. Etter reformasjonen var kirken anneks til Nes. Den ble som andre solgt på auksjon i 1723, og ved en besiktigelse i 1740 er den omtalt som Wees. Kirken havnet på kommunens hender i 1816.