Jamestown ble grunnlagt i 1659 av Det britiske ostindiske kompani og oppkalt etter James, Hertugen av York, senere kong James III av Storbritannia. På det stedet hvor byen er i dag, lå det opprinnelig et fort med navn Castle of St. John. Fortet ble satt opp på kun en måned og etter at det var ferdigstilt, ble det raskt mye bebyggelse i dalen som byen i dag ligger i enden av. Da det britiske monarkiet ble gjenopprettet i 1660 ble dette fortet gitt et nytt navn, James' fort. Dalen fikk navnet James Vally og bebyggelsen som lå rund det nynavnede James' fort fikk navnet Jamestown. Mellom januar og mai 1673 var øyen kontrollert av Det nederlandske ostindiske kompani. Fortet var derfor under nederlandsk herredømme, men etter korte og små sammenstøt mellom nederlandske og britiske soldater i mai 1673, tok britiske styrker over både fortet, byen og øya St. Helena. Dette resulterte også i forsterkinger fra Det britiske ostindiske kompani og fortet ble meget godt befestet. Siden denne konfrontasjonen har øya vært under kontinuerlig britisk kontroll.