Den høye kvaliteten av Freemans verker ble anerkjent av alle. Han ble gjort til D.C.L. ved Oxford og LL.D. ved University of Cambridge , og da han besøkte USA på en forelesningsturne ble han varmt mottatt ved flere læresteder. Han tjenestegjorde ved kongelig oppdrag på kirkelig emner, utpekt i 1881. I 1884 ble han utpekt til regius professor i moderne historie ved Oxford, og var for en tid ikke tilstedeværende professor ved Cornell University. Hans forelesninger var ikke tett besatt da han ikke brydde seg om å tilpasse seg universitetets eksaminasjoner, og han var nok ikke den beste til å undervise unge studenter. Fra 1886 tvang dårlig helse ham til å tilbringe store deler av hans tid utenlands og han døde av kopper i Alicante mens han forleste i Spania.