Da det skotske labourpartiet (1888-1893) (ikke samme parti som det senere «skotske Labour», som er en del av Labourpartiet for hele Storbritannia) ble opprettet 25. august 1888 ble han dets første sekretær. Partiets president var Robert Cunninghame-Graham, Storbritannias første socialistrepresentant, som var en sterk tilhenger av skotsk selvstendighet og senere var med på grunnleggelsen av Det skotske nasjonale parti. I begynnelsen støttet Hardie også skotsk selvstendighet.