Høyer ble valgt inn som representant i bystyret i Bodø ved kommunestyrevalget 1916 hvor han satt sammenhengende frem til 1923, hvorav de to siste årene som medlem av formannskapet. I perioden 1925 til 1927 satt han også på Stortinget for byene i Nord-Norge. Gjeninnvalgt som ordfører for perioden fra 1929 til 1931 og videre medlem av bystyret frem til 1934.