Men det var først da han kom til FC København at karrieren virkelig skjøt fart. Han var populær blant tilhengerne hele tiden, med en alltid oppofrende spillestil. Perioden i København, fra sommeren 1997 til sommeren 2005, resulterte i 54 scoringer på 166 kamper i den danske superligaen. Og han er allround toppskårer for FC København. Han var og nær ved å skape seg heltestatus da han i kvalifiseringen til Mesterligaen i 98/99 scoret målet i 1–1 kampen borte mot Rangers FC. Dessverre for Jónsson tapte FC København 1–2 i returkampen.