Fra 1984 til 1987 tilhørte Junius Rehoboths lovgivende forsamling (Rehoboth Legislative Assembly). Fra 1985 til 1989 var han viseminister for nasjonal utdannelse og det sentrale personalinstitutt (Central Personnel Institution) i overgangsregjeringen. I 1989 var han medlem av Namibias lovgivende forsamling. For DTA satt Junius fra 1990 til 2003 i Namibias nasjonalforsamling, det namibiske underhuset.