I slutten av 2003 forlot Timo Kotipelto og Jörg Michael bandet, etter uenigheter med Timo Tolkki. I 2004 ble det bestemt at bandet skulle opphøre, da Timo Tolkki slet med psykiske problemer. I januar 2005 ble det offentliggjort at bandet var sammen igjen uten forandringer i oppstillingen. Jari Kainulainen forlot fort bandet av personlige årsaker, men ble erstattet med Lauri Porra. I 2005 gav Stratovarius ut gjenforeningsalbumet som mottok blandede kritikker. Det eldste bandmedlemmet i Stratovarius, gitaristen Timo Tolkki, forlot bandet i 2008, og gav rettighetene til navnet og musikken over til Timo Kotipelto, Jens Johansson og Jörg Michael. Tolkki ble erstattet av Matias Kupiainen, og bandet har siden gitt ut albumene og .