Til og fra Skagen lufthavn reiste det totalt 94 871 passasjerer med Widerøe i 2007, mot 92 803 året før. Statistikk fra Avinor viser totalt 101 359 for 2006. Lufthavnen er den tredje mest trafikkerte av de regionale flyplassene i Norge, kun slått av Florø og Hammerfest. Transportøkonomisk institutt (TØI) har publisert en rapport (2006) som konkluderer med at det er kommersielt grunnlag for å fly ruter andre steder enn bare Bodø, Tromsø og Andenes fra Stokmarknes.