Etter erobringen fikk conquistadorene tildelt hver sine områder, kalt «encomiendas». Conquistadoren fikk da ansvaret for å kristne «sine» urfolk. Til gjengjeld måtte de arbeide for ham. Dette systemet var så nært slaveri som det går an å komme. Etterhvert virket prester og munker mot encomienda-systemet, og biskopen av Chiapas, Bartolomé de las Casas og andre gjorde en utrettelig innsats for urfolket. Han foreslo som den første å innføre afrikanere for å avhjelpe mangelen på arbeidskraft i den nye kolonien. Etterhvert ble et stort antall afrikanere brakt som slaver, spesielt til sukker- og kaffeplantasjene i de tropiske kystområdene.