Daluege ble i 1946 dømt til døden for krigsforbrytelser begått i Tsjekkoslovakia, blant annet massakren i Lidice som Daluege beordret som hevn etter attentatet mot Heydrich. Han ble hengt 23. oktober 1946 foran en ansamling tilskuere. Før henrettelsen hadde han forsøkt å ta sitt eget liv ved å kutte over blodårer og etter at noen hadde forsøkt å smugle inn gift. Han siste ord på galgen var «Jeg dør som en helt i likhet med tusenvis av andre tyskere.» Domstolen fulgte Nürnberg-prosessens prinsipp om at medlemskap i det tyske kabinettet ikke var en forbrytelse, derimot var medlemskap i SS kriminelt. Han ble også dømt for deportasjon av tsjekkoslovaker til leirer i det okkuperte Polen. Massakren i Lidice ble utført av Dalueges Orpo-styrker.