Medlemskap i Species 2000 er åpent for alle som er interessert i å fremme målene. Vanligvis er medlemsorganisasjoner eller enkeltpersoner taksonomiske institusjoner, forvaltere av taksonomiske databaser, taksonomiske programvareteam og organisasjoner eller individer som er involvert i bruk av taksonomiske sjekklister innen biologisk mangfold, agro-skogbruk og bevaring. Medlemskap gir fordelen av et tettere engasjement i Species 2000, inkludert muligheten til å motta rapporter fra styret og bidra til å formulere og påvirke politikk gjennom beslutningstaking på den årlige generalforsamlingen.