Heller ikke tainoene på Cuba holdt lenge. Også de ble latt i fred etter den første kontakten da Columbus besøkte nordkysten i 1492. Men i 1511 bestemte spanjolene seg for å "erobre" Cuba, ettersom behovet for arbeidskraft på Hispaniola ble mer og mer prekært. Ryktet om spanjolenes brutale fremferd ble snart viden kjent, og mange landsbysamfunn valgte kollektivt selvmord framfor å møte de grusomme spanjolene. En liten gruppe tainoer flyktet opp i de østlige fjellene og ytte en viss motstand en kort stund, men disse bortgjemte samfunnene døde fort ut. Det finnes imidlertid fortsatt en liten gruppe etterkommere i fjellene i det østlige Cuba.