I hele organisasjonens levetid må likevel Indremisjonsselskapet betraktes som en organisasjon som så sin virksomhet som en del av Den norske kirkes arbeid, og både Indremisjonsselskapets ledere og fotfolket i alle landets bedehus levde i all hovedsak etter parolen "kjerka om formiddagen og bedehuset om kvelden". Organisasjonen ansatte en rekke omreisende predikanter som holdt møter i landets bedehus, kirker og hjem. Indremisjonsselskapet drev også et betydelig barne- og ungdomsarbeid, og bygde opp flere titalls leirsteder over hele landet.