Som med alle applikasjoner med en slik natur, så er det en risiko for å skade iPoden. I de fleste situasjoner kan det løses fort, men det er noen tilfeller som kun kan fikses ved å enten reformatere iPodens harddisk, eller ved å bytte ut iPoden. Likevel, hvis en bruker iPodWizard ordentlig vil slike farer være nesten ikke-eksisterende. Dette, sammen med alle former for endring av en iPods grunnprogramvare, gjør iPodens garanti ugyldig.