Holter var fra 2002 til 2022 professor i bibelvitenskap ved Misjonshøgskolen (som fra 2016 gikk inn i VID vitenskapelige høgskole). Som rektor for Misjonshøgskolen i perioden 2004–2010 ledet han blant annet arbeidet med utvikling og akkreditering av Misjonshøgskolen som vitenskapelig høgskole.