Fredrik Johannessen var dessuten involvert i flere prosjekter over hele Europa som hadde å gjøre med oldtidsskip og -båter. Blant annet ble han brukt som konsulent da man i Italia fant Caligulas galeier i Nemisjøen. Han bisto også i forbindelse med funnet av Äskekärrskipet, Galtabäckskipet, Nydamfunnet, Kvalsundskipet og Hjortspringfunnet. Fra 1943 ble han ansatt som konservator ved Universitetets Oldsaksamling til han gikk av for aldersgrensen i 1948.