Han meldte seg inn i Radikale Venstre i 1984, og satt i Københavns borgerrepresentasjon 1997–2000. Khader var valgt til Folketinget fra Københavns østre storkrets 2001–2007 og Københavns storkrets 2007–2011. Han forlot Radikale Venstre i mai 2007 for å danne Ny Alliance (senere Liberal Alliance) sammen med Anders Samuelsen og Gitte Seeberg. Khader var partiets leder, men ble fortrengt av Samuelsen og brøt med partiet i januar 2009. I mars samme år gikk han inn i Det Konservative Folkeparti, som nominerte ham til Folketinget fra Københavns omegns storkrets. Partiet oppnådde bare ett mandat fra storkretsen ved valget i 2011, og Benedikte Kiær ble valgt foran Khader. Ved valget i 2015 ble Khader valgt til Folketinget fra Østjyllands storkrets.