Vi er i år 740. Maxim Horvath (Alfred Molina) er en av Merlins tre lærlinger, men Horvath forråder Merlin og slutter seg til den onde trollkvinnen Morgana le Fay (Alice Krige). Morgana sårer Merlin til døde, før den andre lærlingen Veronica Gorloisen (Monica Bellucci) absorberer Morganas kropp til sin egen. Morgana prøver å drepe Veronica fra innsiden, men den tredje lærlingen, Balthazar Blake (Nicolas Cage) stopper henne før det kan skje ved å stenge dem inne i , et magisk fengsel som har formen til en matrjosjka. Før Merlin dør, rekker han å gi Balthazar en magisk dragering, som skal merke en etterfølger etter Merlin, som en dag skal ha kreftene til å gjøre slutt på Morgana.