Tobolsk ble grunnlagt av Jermaks kosakker i 1585–1586 under det første russiske fremstøt inn i Sibir nær ruinene etter Sibirkhanatets hovedstad Qashliq. Den ble sete for viseregenten av Sibir og blomstret opp på grunn av handel med Kina og Bukhara. Det var der at Sibirs første skole, teater, og avis ble etablert. I lot forfatteren Daniel Defoe sin helt oppholde seg i Tobolsk fra september 1703 til juni 1704.