Jostedalsbreen har variert sterkt i størrelse siden siste istid. I perioder har den trolig forsvunnet helt. Antagelig begynte den siste gjendannelsen av breen rundt 500 f.Kr. Rundt 1700 var den nokså lik Jostedalsbreen i moderne tid, men i den lille istid på 1700-tallet vokste den voldsomt og raserte flere gårdsbruk i Nordfjord og selve Jostedalen. Senere variasjoner kan ses i endemorene som ble avsatt ved hvert av breens fremstøt. Ved Nigardsbreen er 1875-morenen spesielt synlig. Rundt 1930 strakte breen seg til det nåværende utløpet av Nigardsvannet, som ble dannet under breens raske tilbakegang 1930-67. Tilbakegangen var deretter mye langsommere, og stoppet i starten av 1980-årene. Total tilbakegang i årene 1750-1990 var nesten 5 km. Tidlig på 1990-tallet pågikk en oppbygging av breens nedre deler, slik at den vokste seg tykkere enn på lenge, mens de andre store brearmene ned mot Jostedalen trakk seg tilbake.