Den nøyaktige datoen for når Ptolemaios XII Auletes ble gjeninnsatt på tronen; den tidligst mulige er 4. januar 55 f.Kr. og siste mulige var 24. juni samme år, og en gang i mars er antagelig det mest sannsynlige. Etter å ha tatt makten i Alexandria og det kongelige palasset fikk han Berenike IV og hennes tilhengere henrettet. Fra da av og fram til han ble syk i 51 f.Kr. styrte han over Egypt på romernes nåde. Rundt to tusen romerske soldater og leiesoldater, såkalte (etter Gabinius), var stasjonert i Alexandria for å sikre Auletes' autoritet. Til gjengjeld hadde romerne full myndighet over Egypts konge. Hans senere så berømte datter Kleopatra styrte som hans medregent.