Manuel Valls er sønn av den katalanske far Xavier Valls (1923–2006) og hans hustru, den sveitsiske pedagogen, Luisangela Galfetti. På grunn av familiebakgrunnen ble han firspråklig allerede i oppveksten (fransk, italiensk, katalank, spansk), som var i det venstreorienterte parisiske intellektuelle miljø.