Enkelte leger og forskere mener at alle tilfeller av fibromyalgi har en årsak, som for eksempel nakkesleng, Arnold Chiari eller cervical stenose, Lyme borreliose (lymes sykdom), mykoplasma eller luftveisinfeksjon, kronisk mono Epstein Barr-virus, lupus eller revmatisk sykdom. Man vet foreløpig ikke noe sikkert om årsaken til fibromyalgi, men smertelege Bo C. Bertilson ved Karolinska institutet påpeker at «det er vanskelig å treffe én pasient som ikke har tegn på en tidligere nakkeskade når det er snakk om fibromyalgi og ME».