Desinfeksjon er også viktig i hjemmet, på samme måte som i offentlige miljøer. Studier har vist at hoveddelen av bakteriefloraen i hjemmemiljøet består at ikke-patogene organismer, men en viss andel patogene organismer forekommer, f.eks enterobakter og pseudomonas. De områdene i hjemmet for først og fremst forurenses og har behov for desinfeksjon er kjøkken med flater og utstyr som brukes til tilberedning av mat, oppvaskbenk, vask og vannlås. Også bad og toalettrom med toalettstol må desinfiseres. Oppvaskkluter, vaskekluter, skurefiller samt håndklær, spesielt om de er fuktige og varme, kan fungere som reservoar for mikroorganismer og de kan bidra til å spre bakterier mellom ulike overflater samt mellom individer i hjemmet.