Marcus Jacob Monrad vokste opp i Mo i Telemark (1816–25), senere (1825–32) i Heddal ved Notodden, hvor faren Peder Monrad begge steder var sogneprest. I latinskoletiden og de første universitetsårene 1832–36 lå foreldrehjemmet i Holden ved Ulefoss, hvor faren også var sogneprest. Han ble student fra latinskolen i Skien i 1834, tok teologisk embetseksamen i 1840, og studerte ved flere utenlandske universiteter i årene 1842–44.