Handlingen foregår i en kvasi-futuristisk by hvor livet er behagelig, og kriminalitet nesten aldri eksisterer. Men dette oppnås gjennom et undertrykkende regime som kontrollerer media og alle innbyggere. Et underjordisk mannskap, kalt opererer uavhengig av byens sikkerhet og overvåkning for å levere private produkter og sensitiv informasjon over hele byen. Samtidig utfordrer en ny kandidat, Robert Pope, den sittende ordføreren Callaghan angående deregulering. Spillet følger historien om Faith Connors, en 24 år gammel løper som mistet moren sin når hun forsøkte å slåss mot det nåværende regimet. Faith ble trent av en tidligere løper, kalt Mercury. Faiths tvilling-søster, Kate, er en disiplinert politibetjent.