I august 2006 ble Jones lånt ut til Sheffield Wednesday for en periode på tre måneder. Han hadde en litt varierende start på sitt låneopphold, med noen avgjørende redninger, samt noen innslupne straffer i kamper mot Plymouth Argyle og Leeds United. Den 21. oktober, snudde hans egne fans mot ham og angrep ham ved å kaste mynter og andre raketter under hjemmekampen mot Queens Park Rangers.