Med over 1400 språk i familien er det ikke overraskende at et urspråk ikke har kunnet rekonstrueres. Dette faktumet ble brukt – og brukes til en viss grad fortsatt – til å hevde at nigerkongo ikke er en genetisk enhet. Spørsmålet stilles om nigerkongo er en genetisk enhet, altså at ordforrådet og de grammatiske likhetene fins fordi språka stammer fra et felles urspråk, eller om de kun er en samling typologisk like språk som har gått gjennom kontaktpåvirkning av hverandre.