Spillet handler om fortsettelsen på historien om de tre "Serpent Riders", tre monstre, kalt "D'Sparil", "Korax" og "Eidolon", som har invadert hver sin planet, Parthoris, Cronos og Thyrion. Heretic tok for seg hva som skjedde på Parthoris, under invasjonen av D'Sparil og hans hær, og Hexen følger opp på planeten Cronos med invasjonen av Korax og hans styrker.