Etter presidentvalgene i 2008som ble vunnet av Barack Obama ble Lew i januar 2009 ved siden av James Steinberg viseutenriksminister og gitt ansvaret for ledelse og budsjett i utenrikstjenesten. Den 13. juli 2010 ble han nominert til direktør for etter at Peter R. Orszag tilsa sin fratreden den 30. juli 2010. Lews nominering ble bekreftet av Senatet 18. november 2010. I vakansen etter Orszag hadde Jeffrey Zients vært kontorets kommissariske leder.