Clarin Mustad giftet seg med Nathalia Fischer Schneider (1881–1936). I 1912 kjøpte han eiendommen Sjøholmen, mellom Høvikodden og Sandvika i Bærum. En av deres døtre, Elma Anne Lise, ble kjent som rytter, og giftet seg inn i Kielland-familien. Hans datter Clara giftet seg med Jacob Moestue, som hadde Kronprins Olav som forlover. Hans datter Nathalia, med klengenavnet Oja, var gift med Tomm Murstad fra 1941 til 1963.