Etter at Sovjetunion anklagde at de baltiske statene hadde konspirert imot Sovjetunionen og la fram et ultimatum om at Estland, Latvia og Litauen skulle innsette regjeringer lojale til Sovjetunionen, foreslo Smetona at de skulle ta opp kampen mot russerne. Majoriteten av regjeringen og hæren var ikke enige med ham, og Smetona overlot sine plikter som president til statsminister Antanas Merkys, og den 15. juni 1940 flyktet han med sin familie til Tyskland og deretter til Sveits. Samme dag invaderte Sovjetunion Litauen som følge av Molotov–Ribbentrop-paktens hemmelig tilleggsprotokoll. Neste dag kunngjorde Antanas Merkys over radio at han hadde fjernet Smetona fra makten og at han hadde overtatt posten som president. Den 17. juni 1940 ble Merkys arrestert av russerne.