Etter krigen returnerte han til Vilnius, men ble arrestert av NKVD. Han ble så deportert til Polen i 1946, som sovjetrusserne forsøkte å ødelegge erkebispedømmet Vilnius i Litauiske SSR. Jałbrzykowski ble angrepet i kommunistisk presse i 1953, og beskyldt foe å være , og for , og for å være .