Ei bekkekvern forveksles ofte med ei mølle, i det begge benytter vannkraft og stein til å male korn. Ei mølle er større, og drives av vesentlig større vannhjul som er montert på en horisontal aksling. Ei bekkekvern kan høre til og eies av en gård, eller den kan være sameie for flere gårdbrukere, mens ei mølle oftest er ei bygdemølle som driver med leiemaling, dvs mot betaling maler for bøndene i et større område.