Grunnloven tillot ham ikke å stille til gjenvalg i 2001, og Rüütel ble overraskende valgt til å etterfølge ham. På sin siste dag som president brukte Meri sin rett til å legge frem grunnlovsforslag for Riigikogu. Han foreslo direkte presidentvalg, men det ble ikke gjennomført.