Lothar Mühleisens far var statsadvokat i Ljubljana. Familien var katolsk. Han studerte jus i Wien og Ljubljana, ble dommer i Rogatec øst i dagens Slovenia i 1902 og etablerte advokatpraksis i Slovenska Bistrica sør for Maribor ved juletider i 1908. Han bosatte seg i Marburg an der Drau (senere Maribor) i 1912, der han var advokat og notar. Han eide også en vingård øst for byen, i det nåværende Metava. Under første verdenskrig tjenestegjorde han mellom 1915 og 1918 i den keiserlige og kongelige østerriksk-ungarske hæren som sekretær for en militær domstol i Graz, som dommer i en militær domstol i Temesvár og som formann for en militær domstol i Graz.