I 2006 ledet Motzfeldt Grønlandsk-dansk selvstyrekommisjon. I juli samme år ble Motzfeldt alvorlig syk, og ble fløyet til Reykjavík på Island, hvor han ble innlagt på sykehus. 26. juli rapporterte han at han igjen kunne puste uten maskiner, men forble i dialyse en kort stund der.