Senere ble «Elefanten» utsatt for marinarkeologiske undersøkelser fra 1933 til 1939 under ledelse av Carl Ekman. Akterskipet ble kappet av og sendt til Sjöhistoriska museet i Stockholm der den er utstilt i kjelleren. Det er skrevet i historiske dokumenter at fire fartøy var senket som fundament for de fire steinkistene som beskyttet vraket. Carl Ekman hadde målt skipet, og mente det er 44,1 meter langt og 11,4 meter bredt. I 1999 mente Lars Einarsson det var 38,3 meter langt. Totallengden i 1564 var opptil 45 til 50 meter.