Etter årtusenskiftet har noen medlemmer av Kvinnefronten markert seg med kritiske holdninger til transpersoner og LHBT+-organisasjonene, særlig Fri og Skeiv Ungdom. Kvinnefronten har blant annet invitert Julie Bindel som selv beskriver seg som «en radikal, lesbisk feminist» og som ofte beskrives som transekskluderende radikalfeminist og har vært anklaget for transfobiske holdninger. En talskvinne for Kvinnefronten er også blant undertegnerne av et offentlig opprop mot transpersoners rettigheter fra den transfiendtlige organisasjonen Women’s Declaration International (WDI).