Ekkehard var av adelig bakgrunn fra Jonschwyl-familien i Toggenburg i Sveits, og etter at han hadde gått inn i benediktinerordenen fikk han sin utdannelse ved klosteret i Sankt Gallen som lå i nærheten. Ved klosteret ble han etterhvert forfremmet og ble leder for skolen. Senere, under abbed Kralo, ble han valgt som domprost av klosteret, og for en tid ledet han for alle klosterets forretninger.