Noen av gruppene i Wandervogel-bevegelsen hadde et stort antall jødiske medlemmer, og andre jødiske bevegelser som for eksempel Hashomer Hatzair var kraftig påvirket av Wandervogel. Andre grupper innenfor Wandervogel-bevegelsen var derimot sterkt antisemittiske og støttet de nazistiske myndighetene som tok makten i Tyskland på denne tiden. I 1933 ble alle uavhengige bevegelser, organisasjoner og grupper, deriblant Wandervogel-bevegelsen forbudt, og bare nazistpartiets Hitlerjugend fikk bestå som en lovlig ungdomsorganisasjon.