Johansen var forstander ved Sulisartut Højskoliat i Qaqortoq 1986–1988, deretter arbeidende styreformann i det statlige fiskeriselskapet Royal Greenland AS i Nuuk 1988–1991. I 1991 kunne han overta som statsminister etter Motzfeldt, som var alkoholisert og politisk skandalisert. Johansen slet selv med alkoholisme frem til midten av 1990-årene, da han fikk behandling i København. I 1995 utgikk det sosialistiske Inuit Ataqatigiit som Siumuts regjeringspartner til fordel for det borgerlige Atassut. I 1997 trådte han tilbake som statsminister, partiformann og landstingsmedlem, tok et opphold fra politisk virke, og gikk til stillingen som viseadministrerende direktør i Royal Greenland AS.