Kongedømmet Ungarn ble beseiret av osmanerne i slaget ved Mohács i 1526. Deretter beleiret og delvis ødela tyrkerne Bratislava, men mislykkes i å erobre byen. Fordi osmanerne rykket frem på ungarske områder, utpekte man byen til Ungarns nye hovedstad i 1536, og den ble dermed en del av det habsburgske monarkiet. Dette markerte begynnelsen på en ny periode. Byen ble kroningsby og sete for konger, erkebiskoper, adelen og alle større organisasjoner og kontorer. Mellom 1536 og 1830 ble 11 konger og dronninger kronet i St. Martins katedral. Til tross for dette ble det 17. århundre kjennetegnet av den anti-habsburgske bevegelsen, kamper mot tyrkerne, oversvømmelser, plager og andre katastrofer. Reformasjonen ble betydningsfull i byen i andre halvdel av det 16. århundre, og de som støttet denne, var primært byborgere. Som et resultat av jevnlige opprør mot katolske habsburgere ble forstedene herjet. Byen og slottet ble erobret flere ganger av opprørere, for å så bli gjenerobret av kongelige tropper. Denne perioden, preget av opprør, ble avsluttet i 1711 ved at partene skrev under på freden i Szatmár.