På 1400-tallet ble det foretatt store ombygginger ved at det romanske koret ble gjort om til et treskips gotisk kor. I forbindelse med en brann 18. september 1627 ble den vestre delen av kirken skadet. Tårnet på denne siden styrtet og ble aldri gjenreist igjen. Brannen hadde sammenheng med tredveårskrigen og Albrecht von Wallensteins herjinger på Jylland.