I 1848 kom han til Paris og ble kort tid etter ansatt som tjenstemann ved Louvres egyptiske oldsakssamling. I 1850 kom Mariette til Alexandria med statsstøtte i den hensikt å i de egyptiske klostre studere og om mulig anskaffe koptiske og syriske håndskrifter. Forhandlingene trakk ut i tid, noe som innebar at Mariette, heller enn å være uten noe å sysle med, utnyttet sitt påtvungne opphold i Kairo til å studere denne bys omgivelser.