Deretter var O’Connell privatsekretær for erkebiskop James Gibbons av Baltimore, og det var han som Gibbons sendte til Roma for å overbringe dekretene fra det tredje plenarkonsil i Baltimore (avholdt 9. november 1883 til 7. desember 1884). Dette konsilet fastla en rekke dekreter som dels hadde med organiseringen med den katolske kirke i landet å gjøre, og dels med blant annet ekteskapsdisiplinen. Det var erkebiskop Gibbons i egenskap av apostolisk delegat som ledet konsilet; dekretene ble undertegnet av fjorten erkebiskoper, 61 biskoper eller deres representanter, seks abbeder og en ordensgeneral.