Som attenåring begynte Stefan Herheim å arbeide ved Statens operahøgskole, som regiassistent for Veselina Manolova, scenograf og produksjonsleder. Da han var 19 år gammel startet han dukketeaterensemblet Operamarionettene sammen med to venninner fra Foss videregående skole, og turnerte med dette ensemblet en periode. Han var både dukkemaker, kulissemaker og scenograf, regissør og dukkespiller. I 1991 satte Operamarionettene opp i anledning 200-årsmarkeringen av Mozarts død.