I 1966, under presidentskapet til Luis Isenrich Lomellini, ble FBC Melgar invitert av det peruanske fotballforbundet til å delta i det første desentraliserte fotballmesterskapet. FBC Melgar-laget debuterte i mesterskapet mot Defensor Lima. På slutten av det mesterskapet tok laget 8. plassering av totalt 14 lag, og måtte på grunn av reglene for mesterskapet rykke ned.