Inkvisisjonen holdt sin første auto da fé i Portugal i 1540. Likesom i Spania lå hovedvekten på å avdekke om konvertitter fra andre trosretninger virkelig holdt seg til katolsk rettroenhet og katolsk skikk. Den portugisiske inkvisisjon utvidet sitt virkefelt til det portugisiske kolonivelde, med virksomhet blant annet i Brasil, Goa og på Kapp Verde. Noen etablering i Kina (Macao) fant ikke sted; der var jesuittene og de var ikke samarbeidsvillige.