Scaliger studerte klassisk og orientalsk litteratur i Bordeaux og Paris og lærte seg å beherske en stor mengde språk. Han foretok flere reiser, blant annet til England og Skottland, og virket i flere år som professor i Genève, men vendte senere tilbake til Frankrike. I 1593 ble han kalt til professor i Leyden, hvor han forble til sin død.