Fra 1837 var Skodje del av Borgund formannskapsdistrikt, men ble etablert som egen kommune ved fradeling i 1849. Den nyopprettede kommunen hadde 2 170 innbyggere. Skodje og Vatne lå i 1589 under Borgund prestegjeld og ble eget prestegjeld fra 1. mai 1858 etter kgl.res. 12. januar 1858. 1. januar 1902 ble Skodje delt og Vatne etablert som egen kommune med 1 547 innbyggere. Skodje hadde 1 551 innbyggere etter delingen. 1. januar 1916 ble en del av Skodje med 14 innbyggere overført til Borgund kommune. 1. januar 1965 ble Skodje slått sammen med Stordal og Ørskog til den nye Ørskog kommune. Skodje hadde 2 047 innbyggere da den opphørte som egen kommune. 1. januar 1977 ble Ørskog kommune delt i tre: Skodje, Stordal og Ørskog kommuner. Da Skodje gjenoppstod som selvstendig kommune, var innbyggertallet 2 634. 19. april 2006 ble Kanal Skodje innviet av ordføreren. 27. april 2006 ble Skodje vennskapskommune med Voi i Kenya. 27. september 2007 ble miljøgaten gjennom Skodje sentrum åpnet.