Marinen var fra 1628 felles for kongeriket Danmark/Norge og ble regnet som kongens private eiendom. I Norge fantes bare en liten skjærgårdsflåte på 14-15 fartøyer, såkalte skjærbåter. Den hadde sin første base ved Christiansø festning ved Flekkerøy, siden ved Fredriksholm festning, for så, etter at Kristiansand var grunnlagt i 1641 og var begynt å fungere som by, å bli flyttet inn til Lagmannsholmen i Vestre havn.