Med Kretas fall i mai 1941 var hele Hellas under kontroll av aksemaktene, I de neste tre år ble landet utsatt for en hardhendt besettelse av tyske, italienske og bulgarske styrker. I dette okkuperte landet ble det raskt etablert en effektiv motstandsbevegelse, som på egne initiativ hadde sørget for befrielse av store områder i fjellene på fastlandet i 1944. Samtidig deltok de greske tropper og skipene med heder sammen med briterne i felttoget i Nord-Afrika og deretter felttoget i Italia. Med den tyske tilbaketrekningen fra Balkanhalvøya i oktober-november 1944 ble Hellas, bortsett fra få isolerte øyer med gjenværende tyske garnisoner, befritt. Men etterkjølet av den tyske retretten skapte en politisk krise mellom mesteparten av motstandsbevegelsen som var kommet under kommunistisk innflytelse og eksilregjeringen som under Georgios Papandreou var ikke villige til å gå med betydelige innrømmelser. Snart etterpå ble landet oppslukt i en ny konflikt, den greske borgerkrigen.