Virdung var elev av Johannes von Soest, ble immatrikulert i Heidelberg i 1483 og var virksom ved stedets hoffkantori fra 1483 til 1505. I 1489 ble han sogneprest i Lengenfeld ved Velburg. Fra 1500 til 1507 var han kapellan ved Burg Stahleck ved Bacharach. Etter en kort tjenestetid i Württemberg tjente han som altsanger og lærer ved Katedralen i Konstanz fra 1507 til 1509. Han forlot Konstanz i 1508, og oppholdt seg i Augsburg under Riksdagen i 1510.