Fra 1941 til 1955 levde Onetti igjen i Buenos Aires. I 1950 utga han , første del av syklusen , som handler om den fiktive byen Santa María. I 1957 ble han leder for bybiblioteket i Montevideo, men i 1974, under militærdiktaturet i Uruguay, ble han dømt til fengsel. Etter å ha sluppet ut av fengselet forlot han Uruguay og flyttet til Madrid, hvor han levde til sin død.