Klimaet i Naustdal er vått temperert med korte somre og milde vintre. Naustdal har en årlig nedbør på 2 335 mm. Klimaet er forskjellig fra ytterst i fjorden til innerst i dalen. Ytterst i fjorden ligger snøen nesten aldri lenger enn en uke. I dalen kommer første snøen i oktober og ligger til april/mai, med en vanlig tykkelse på 1–2 meter snø.