Det som er bevart av arkivet etter Møllendal asyl, blir oppbevart ved Bergen Byarkiv. Det spenner over et tidsrom på nesten 100 år, fra starten av asylets virksomhet i 1865 og frem til omorganiseringen i 1962. Her finnes pasientregistre, inn- og utskrivningsprotokoller og lignende. Pasientprotokollene inneholder register over pasientene sortert etter pasientens løpenummer i tiden 1865 til 1943. Videre finnes informasjon om personalia, levevei, diagnose og tidspunkt for innleggelse/utskriving. Her er også opplysning om rekvirent, det vil si hvem som betalte kurpenger for pasientenes opphold. Rekvirent kunne være kommuner, amt, fattigkommisjoner og en sjelden gang privatpersoner/pårørende. Ved siden av pasientprotokollene ble det ført såkalte liggedagbøker, dvs. månedlige oversikter over antall liggedager ved asylet. Protokollene gir videre oversikt over antall inn- og utskrevne og/eller døde pasienter. I tillegg finnes dagjournaler og rapportbøker fra 1914-1958 med opplysninger om daglige hendelser i forbindelse med pasientene, de ansatte og driften av asylet. I obduksjonsprotokollene fra 1897–1916 finnes informasjon om utførte obduksjoner av tidligere pasienter ved asylet.