Horst Böhme anså Lidice som mistenkelig også etter at den opprinnelig mistanken viste seg å være ubegrunnet. Tysk politi omringet landsbyen 9. juni og samlet alle mannlige innbyggere (over 15 år) på Horák-familiens gård. De 172 mennene ble henrettet ved skyting i puljer på ti. Mens skytingen pågikk begynte nedbrenningen og innen klokken 10 dagen etter (10. juni) var alle hus i landsbyen brent. Ruinene ble sprengt eller jevnet med jorden med bulldoser. Kvinnene ble sendt til Ravensbrück konsentrasjonsleir. Barna gjennomgikk vurdering for mulig «germanisering» og 9 av barna ble funnet verdige (de fikk tyske navn og plassert hos etnisk tysk fosterfamilie); de fleste andre barna ble myrdet. Gestapo sporet i tillegg opp menn fra Lidice som ikke var i landsbyen 9-10. juni samt noen familiemedlemmer, slik at i alt 199 menn ble henrettet. Goebbels noterte fornøyd i dagboken at massakren helt sikkert ville kjøle ned motstandsbevegelsen i riksprotektoratet. Karl Hermann Frank, som var HSSPF i riksprotektoratet, ga Böhme i oppdrag å gjennomføre gjengjeldelsen.