Biskop Franz Zauner utnevnte Wagner til generalvikar for Linz bispedømme den 1. august 1973, og det forble han til utnevnelsen av en etterfølger, Josef Ahammer, i 1982. Fra 1971 til 1981 var biskop Wagner også pressetalsmann og konsulent for utviklingshjelp for den østerrikske bispekonferansen.