I september 991 - da Otto III var elleve år - inntok slaviske krigere byen Brandenburg I 992 ble Otto tvunget til å gå til kamp mot disse inntrengerne og en invasjon av vikinger. Han led et knusende nederlag i denne krigen. Året etter ble Tyskland rammet av hungersnød og pest. I 994 og 995 fortsatte Otto sin kamp mot de nordlige slavere og vikingene, men uten særlig suksess. Han klarte imidlertid å gjenerobre Brandenburg i 993, og i 995 kuet han de slaviske obotritterne.