Ved medisinering må det tas ekstra hensyn ettersom bivirkninger kan være vanligere, og samtidig vanskeligere å vurdere, hos personer med Aspergers syndrom. Personer med lidelser i autismespekteret blir ofte rutinemessig ekskludert fra i studier av medikamenters virkning ved komorbide tilstander. Uregelmessigheter i stoffskiftet og økt risiko for type 2 diabetes har vært kilder til bekymring ved bruk av medikamentene. Bekymringen har også vært knyttet til alvorlige, nevrologiske langtids-bivirkninger. SSRI kan føre til manifestasjoner av atferdsmessig aktivisering som økt impulsivitet, aggresjon og søvnforstyrrelser. Antipsykotika kan gi økt risiko for ekstrapyramidale symptomer som uro og dystoni og økt prolaktinnivå. Sedasjon og vektøkning er vanlig ved bruk av olanzapin, som også har vært knyttet til diabetes. Sedative (dempende) bivirkninger hos barn i skolealder kan gjøre det vanskeligere for barn å lære. Personer med Aspergers syndrom kan være ute av stand til å erkjenne og beskrive følelser, eller de tolererer ikke bivirkninger som for de fleste ikke ville vært problematiske.