I sesongene etter klarte han ikke å komme opp på det utrolige nivået han hadde den tidligere sesongen, men allikevel var Bergkamp selvskreven i Arsenals første 11-er. I 2001-2002-sesongen vant han «The Double» nok en gang, FA-cupen i 2003 og Premier League for 3. gang i 2004. I resten av Europa hadde de lite suksess, og det nærmeste de kom var da de tapte UEFA-cupfinalen i 2000 mot Galatasaray etter straffespark-konkurranse, og deres finaletap mot Barcelona i Mesterligaen-finalen i 2006. Bergkamp kjørte helt ned til Paris fra London, men ble bare ubenyttet reserve i det som ville blitt hans siste offisielle kamp for Arsenal.