Gisela var eldste datter av kong Konrad I av Burgund (ca. 925 – 993), formodentlig fra hans første ekteskap, med Adelaide av Bellay. Etter hennes mors død giftet kong Konrad seg med prinsesse Matilda av Frankrike, datter av den vestfrankiske konge Ludvig IV; blant helles halvsøstre var Rudolf III av Burgund, som etterfulgte sin far som konge av Arles, og Bertha, som giftet seg med kong Robert II av Frankrike i 996.