Badarikulturen synes å hatt flere kilder. Av disse synes et opphav i den vestlige ørkenen (Den libyske ørken) den som har hatt størst innflytelse. Kulturen var antagelig ikke begrenset til regionen Badari ettersom det er funnet beslektede spor lengre sør ved Mahgar Dendera, Armant, El-Kab og Nekhen (kjent som Hierakonpolis av grekerne) og i øst ved Wadi Hammamat.