Han var leder i AUF i Telemark 2001–2004, leder i AUF i Oslo i 2006 og nestleder i AUF 2006–2010. Pedersen var medlem av Telemark fylkesting 2003–2007 og var da medlem av hovedutvalget for kompetanse. Han har også vært styremedlem i Telemark Nei til EU, nestleder i Skien AUF, politisk rådgiver i AUF med ansvar for valgkamp og miljøpolitikk og var i 2007-2011 varamedlem til Oslo bystyre. Han er den første åpent homofile lederen av AUF.