Han var sønn av industrileder Johan Throne Holst (1868–1946), bror av industrileder Henning Throne-Holst (1895–1980), nevø av medisinprofessor Peter F. Holst (1861–1935) og overlege Alexander Holst (1866–1947) samt onkel til sosialpsykolog Harriet Holter (1922–1997). Harald Throne-Holst omkom som pensjonist i en brann sammen med sin ektefelle på deres gård Rytterager i Buskerud i 1986.