WWFs hovedkontor, som fungerer som et sekretariat for hele nettverket, ligger i Gland i Sveits. WWF-nettverket har organisert sitt globale arbeid rundt seks tematiske områder: Skog, hav, ville dyr og natur, mat, klima og energi, og vann. I tillegg kommer tre tverrgående satsingsområder, hvor organisasjonen ser at det er viktig med påvirkningsarbeid for å skape bærekraftig endring: Finans, markeder og offentlig forvaltning.