I den innledende fasen av den amerikanske borgerkrigen fikk Paulding ansvar for personellsaker. I april 1861 ble han sendt for å overta kommandoen ved Gosport Navy Yard og sikre den for unionen. Han forsøkte å ødelegge basen for å hindre at Sørstatene fikk nytte av den, noe som bare delvis var vellykket. I oktober 1861 ble han sjef for Brooklyn Navy Yard. Selv om han formelt ble plassert på pensjonslisten, fortsatte han i tjenesten. I 1862 var han blant de ti som ble forfremmet til den nye graden kontreadmiral. Paulding var sjef ved Brooklyn Navy Yard til han endte sin tjeneste i marinen i 1865. Deretter var han sjef for Philadelphia Naval Asylum fra 1866 til 1869.