Under krigstilstanden 1801 kommanderte Staffeldt den brigaden som var satt sammen for å dekke Fredriksvern mot engelsk landgang. Siden ble jegerkorpset forlagt til Kongsvinger, og Staffeldt ble midlertidig kommandant på festningen. Han fikk også kommandoen Ullensakerske lette infanteribataljon og Søndenfjeldske skiløperbataljon. 1803 ble han oberst og virkelig sjef for jegerkorpset.