Hanning studerte jus i Freiburg og Münster. Fra 1976 til 1981 arbeidet han i finansministeriet i Nordrhein-Westfalen, før han i 1981 ble ansatt i Kanzleramt, først under Helmut Schmidt og senere Helmut Kohl. Fra 1986 til 1990 arbeidet han ved Forbundsrepublikken Tysklands representasjon i Øst-Berlin med bl.a. frikjøp av fanger. Etter gjenforeningen i 1990 ble han igjen knyttet til Kanzleramt, hvor han ble en nær medarbeider av etterretningskoordinator Bernd Schmidbauer. Hanning ble avdelingsleder i Kanzleramt i 1996. Han ble utnevnt til president for BND den 17. desember 1998.