Einsatzgruppenes og underenhetenes geografiske ansvar ble avtalt våren 1941 mellom RSHA og hærens overkommando. Einsatzgruppe A var knyttet til armégruppe nord (tysk: Heeresgruppe Nord), B til armégruppe sentrum, C til armégruppe syd, mens D var knyttet til Wehrmachts 11. armé som etter planen sammen med rumenske styrker skulle ta det sørlige Ukraina med Krim og avansere mot Kaukasus. Einsatzgruppe B besto opprinnelig av 650 mann, og dennes underenheter Sonderkommando 7a og 7b skulle sikre det nylig erobrede område under militær administrasjon «bak» hæren (tysk: ). Einsatzkommando 8 og 9 skulle operere lenger fra fronten og der etterforsk og bekjempe tyskfiendtlig aktivitet. Einsatzkommando 9 ble klargjort i Warszawa og hadde i utgangspunktet et mannskap på 144 personer - av disse var 15 SS-offiserer; 84 var fra Gestapo, kriminalpolitiet, Ordungspolizei (bataljon nummer 9), SD eller reservister fra Waffen-SS; 46 var sjåfører og annen støtte. Personellet fra Waffen-SS og Orpo hadde oppgave som som i praksis betød at de skulle utføre arrestasjoner og henrettelser. Einsatzkommando 9 var «fullt motorisert» med 35 biler, fire lastebiler og tre motorsykler.