Kvernos opusliste er i overveiende grad kirkemusikk, orgelverker og fremfor alt vokalverker, fra enkeltstående sanger og folketonearrangementer til tidebønner og messer. Et annet fundamentalt element i Kvernos musikk er gregoriansk sang. Denne vokalformen gjennomsyrer en rekke av hans verker, f.eks. de bibelske salmene, messene og Matteuspasjonen. Flere av Kvernos komposisjoner innehar også impulser fra armensk kirkesang.