Utnevnt den 10. oktober 1866 til å ta kommando over de brasilianske styrkene, ankom marskalk Luís Alves de Lima e Silva, Marquis og senere hertug av Caxias Paraguay i november, og fant den brasilianske hæren nærmest paralysert. Kontingenten av de sykdomsherjede argentinerne og uruguayanerne var separert fra resten av den allierte hæren. Mitre og Flores hadde returnert til deres respektive land på grunn av interne politiske spørsmål. Tamandaré var blitt erstattet av Admiral Joaquim José Inácio, senere Vicomte av Inhaúma. Osório organiserte et 5000 mann sterkt tredje korps av den brasilianske hæren i Rio Grande do Sul. Under Mitres fravær tok Caxias over kommandoen og omorganiserte hæren.