Skolen er navngitt etter sin grunnlegger Hartvig Nissen. «Nissen» er et dansk slektsnavn (opprinnelig et patronym) som betyr «sønn av Nis»; Nis er en kortform for Nils (i seg selv fra gresk Nikoláos, «seier» og «folk») og var en del brukt som fornavn i Midt- og Sønderjylland. Skolens grunnlegger Hartvig Nissen tilhørte Nissen-slekten fra Fredericia. Hartvig Nissen var ikke i slekt med sin etterfølger Bernhard Pauss (faren og sønnen hadde Nissen som mellomnavn).