Under migrasjonskrisen i 2015 begynte Leger Uten Grenser med søk og redning i Middelhavet. Organisasjonen fikk et anstrengt forhold til Libya og EU-landene, og den nektet å motta offentlig finansiering fra europeiske land, også Norge, i protest mot migrasjonspolitikken. Leger Uten Grenser har fortsatt å yte helsehjelp til flyktninger og migranter i leire ved EUs yttergrense i Hellas.