I 2001 utpekte Riley Nory Turner, tidligere hovedtrener for Redskins, til lagets offensive coordinator. Chargers snappet opp quarterback og vinner av Heisman Trophy Doug Flutie som free agent, og byttet lagets first pick i NFLs draft i 2001 til Atlanta Falcons mot deres pick i første og tredje runde i samme draft. Draft plukket også opp wide receiver/kick returner Tim Dwight og Falcons sitt pick i andre runde i NFLs draft i 2002. I 2001 inngikk Chargers kontrakt med running back LaDainian Tomlinson fra Texas Christian University og quarterback Drew Brees fra Purdue University i andre runde.