I episoden «Heartland» fra sesong 6, blir det avslørt via diverse flashbacks at Gibbs møtte sin første kone, Shannon, mens han ventet på tog-plattformen i hjembyen Stillwater rett før han dro fra byen i 1976. Shannon, sammen med deres ni år gamle datter Kelly, ble myrdet av en meksikansk narkolanger ved navn Pedro Hernandez på den siste offisielle dagen av Operation Desert Storm den 28. februar 1991. Shannon og Kelly ble drept fordi de hadde sett Hernandez begå ett mord, og de hadde blitt satt under vitnebeskyttelse frem til rettssaken mot narkotika-kongen.