Nesten like viktig for utviklingen fra 1830-tallet, var anleggelsen av jernbaneovergangen hvor Winchester and Potomac Railroad, Chesapeake and Ohio Canal (1833) og Baltimore and Ohio Railroad (1834) krysset hverandre akkurat ved Harpers Ferry. Transportknutepunktet skapte et oppsving som varte helt til byen ble totalt ødelagt under borgergrigen i 1861. Under dette oppsvinget tiltrakk byen seg handelsmenn, håndverkere, industriarbeidere til "Armory", ingeniører og farmere, hvor de to sistnevnte gruppene normalt hadde slaver til arbeid i produksjon og husholdning.