Symptomene ved MS kan være identiske med symptomene for andre sykdommer, som f.eks. hjerneslag, hjernebetennelse, infeksjoner som f.eks. borreliose (som kan gi identiske lesjoner på MR og tilsvarende funn i cerebrospinalvæsken), svulster, og andre autoimmune sykdommer, som f.eks. lupus. Ytterligere tester kan være påkrevd for å skille MS fra disse sykdommene.