Osmanenes tyrkiske styre i det østlige innlandet fra 1459, varte helt til 1878. Den serbiske eliten ble nå gjort til bønder, eller flyktet nordover til Ungarn. Samtidig falt dette sammen med en generell nedgangstid i Sørøst-Europa f.o.m 1500-tallet, ledsaget av svak byvekst og «Det andre livegenskapet». I de tyrkiske områdene beholdt de fjerneste fjellområdene en betydelig autonomi, men ellers ble føydale strukturer sementert av fire århundrer med tyrkisk styre, med tyrkiske og konverterte lokale («bosnjaker») som føydale herskere over en tungt skattelagt bondebefolkning. Denne bevarte sin ortodokse kristne identitet, men fikk visket ut sin nasjonale identitet.