Den estisk-ortodokse kirke ble grunnlagt i 1920 av patriark Tikhon av Moskva som en autonom delkirke av den russisk-ortodokse, men ba i 1923 den økumeniske patriark om å overta den kirkelige overhøyheten. Under sovjetisk okkupasjon ble kirka i 1941 gjenforent med Moskva-patriarkatet og mistet samtidig sin autonomi, mens den opprinnelige kirkeledelsen gikk i eksil.