I 2004 gjennomgår Kiryu reparasjoner og modifikasjoner etter slaget mot Godzilla ett år tidligere. Shobijin advarer imidlertid den japanske regjeringen om at Godzilla kommer til å returnere til Japan fordi de brukte den opprinnelige Godzilla sitt skjelett for å designe Kiryu. Han tror at hvis de returnerer skjelettet til sjøen, vil Mothra innta Kiryus plass og forsvare Japan. På grunn av at Mothras angrep Japan i 1961, nekter statsminister Hayato Igarashi, men går med på å avvikle Kiryu-prosjektet etter at den dreper Godzilla.