Det første året eller mer gikk med til å forberede den lavtliggende, sumpaktige grunnen til å kunne bli byggeplass. Det ble kjørt jord til, det ble lagt dreneringsgrøfter og man hentet fundamentsteinene fra de tidligere forsøkene på å få bygget en kirke. I denne perioden var det ikke mye å gjøre på byggeplassen for arkitekten og det daglige arbeidet ble ledet av presidenten for Københavns magistrat Peder Hansen Resen. Resen fant en mann med sans for det praktiske, Johannes Christensen Meller og satte han til å organisere byggeprosessen, fra 1682 med tittelen kirkeverge. Meller skulle senere stige i gradene og ende opp med selv å bekle posten som byens president. Meller har etterlatt seg et stort antall regnskapsbøker fra byggeperioden. De er ført med en usedvanlig detaljert nøyaktighet og setter en i stand til å følge hvordan byggeperioden skred frem. Hva regnskapene imidlertid ikke avslører er hvorfor arbeidet tok så lang tid som det gjorde.