Hornøya har en av Norges største sjøfuglkolonier. I de bratte fjellsidene hekker totalt mer enn 40 000 par av alke, lomvi, krykkje, lunde, polarlomvi, storskarv, teist og toppskarv. Ellers på øya (og Reinøya) hekker store mengder gråmåser samt svartbak. Andre fuglearter er brushane, linerle og et par ravner. Spesielt polarlomvien tiltrekker seg fugleentusiaster langveisfra. Øya har siden 1983 vært fredet som Hornøya og Reinøya naturreservat.