Watson var leder for FNs klimapanel fra 1997. Han hevda her med styrke at det er vitenskapelig påvist at kloden er utsatt for menneskeskapte klimaendringer, og at dette vil ha store sosioøkonomiske konsekvenser. Dette vakte motstand blant annet innen oljeindustrien, og i 2002 sørga Bush-administrasjonen for at Watson blei skifta ut med Rajendra Pachauri.