Da den kommunistiske staten forsøkte å kontrollere alle kirkene, begynte Wurmbrand umiddelbart en hemmelig kirke for sitt folk. Han ble av sine landsmenn husket for sitt mot ved å stå i en samling av menighetsledere og fordømme statlig kontroll av kirkene. Wurmbrand ble arrestert den 29. februar 1948, da han var underveis til kirken. Han tilbrakte blant annet tre år i isolat. Dette isolat var i en celle tolv fot under bakken, uten lys eller vinduer. Han fortalte senere at han opprettholdt sin mentale helse ved å sove på dagtid, holde seg våken om natten, og trene sitt sinn og sjel ved å komponere og deretter levere en preken hver natt.