I det Neo, Morpheus og Keymaker forsøker å nå kilden, tar agent Smith dem i bakhold. Neo møter et program som heter "arkitekten" skaperen av hele Matrix. Arkitekten forklarer at Neo er ment å forhindre en fatal systemkrasj i Matrix. Neo får et valg: Enten gå tilbake til kilden for å starte Matrix på nytt, og velge overlevende for å befolke det snart ødelagte Sion - slik hans forgjengere alle gjorde. Eller la hele Matrix krasje fullstendig, og dermed drepe alle knyttet til systemet - noe som vil bety menneskehetens utryddelse når hele Sion blir ødelagt.