Med Jörg Haider som ærespresident og relativt god fremgang hadde FC Kärnten lokal oppslutning, men det dalte etter at de rykket ned. Etter at det kortlivede SK Austria Kärnten ble rivaler, mistet FC Kärnten gode spillere ved nedrykket, og i 2009 erklærte klubben seg for oppløst.