Samme år ble han arrestert av Gestapo, men slapp raskt fri. Han underrettet Scholl-familien om at Sophie og Hans Scholl nå var i Gestapos søkelys. Kort tid etter ble han igjen arrestert, og stilt for retten 19. april sammen med sin søster og Müller. Hirzel og Müller ble «som umodne guttunger forført av statsfiender» dømt til fem års fengsel. Hirzel ble løslatt da krigen endte i 1945.