Følgende bivirkninger har vært rapportert: Økte smerter ved menstruasjon, unormal stor mengde og lengde på menstruasjonsblødning (menorrhagia), kvalme, diare og omtåkethet. Det er imidlertid ikke mulig å fastslå om disse bivirkningene skyldes magnetterapi eller om de tilfeldig har inntruffet samtidig som magnetterapi er blitt anvendt. Også alvorlige lidelser som leukemi, brystkreft hos menn, unormale kromosomer har vært rapportert i sammenheng med magnetterapi. Magnetterapi kan også anvendes ved at magneter tapes til kroppen, og noen typer tape kan gi kløe og rød hud.