I en periode mellom 1990 og 1993 måtte Eyadéma gå med på at en «nasjonalkonferanse» skulle lage en overgangsgrunnlov som kunne ha ført til en demokratisk stat. I maktspillet som foregikk i denne perioden greide Eyadéma etter hvert å få overtaket. I de neste årene måtte han gi opposisjonen noen rettigheter, men klarte å holde makten til sin død 5. februar 2005. Militæret utnevnte hans sønn Faure Gnassingbé til ny president. Dette ble bekreftet i et svært omstridt valg i april 2005.