Huancayo har tre universiteter. Det eldste er Universidad Nacional del Centro del Perú (UNCP) som ble grunnlagt 16. desember 1959. Den 30. desember 1983 åpnet byens andre universitet - Universidad Peruana Los Andes (UPLA), og 30. juni 1998 ble det tredje universitetet - Universidad Continental de Ciencias e Ingeniería (UCCI) innviet.