Praetorius var sønn av organisten og komponisten Jacob Praetorius den yngre. Utdannelsen fikk han på gymnaset i Hamburg, men døde bare 15 år gammel. I to minnedikt omtales han som en så talentfull musiker at han var blitt lovet den ledige organistposten etter farfaren, Hieronymus (I) Praetorius, som døde et knapt år før ham.