Bioenergi blir lansert som CO-nøytral, og enkelte hevder at den vil erstatte fossilt brensel helt eller delvis en gang i framtida. Med at den er CO-nøytral forstår en at den slipper ut like mye CO som plantene gjennom veksten har tatt opp. Inn i regnestykket har en ikke tatt med andre innsatsfaktorer som er nødvendige for å få biomasse på en form som gjør den mulig å utnytte. Dette inkluderer alt fra gjødsel, transport og konvertering til brensel. Ved vurdering av biobrensel må en også vurdere konverteringsteknologien for omforming av biobrensel til energi. Ofte er det en eller annen form for forbrenningsteknologi som nyttes. Om brenslet er fossilt eller har ny biomasse som opphav betyr ofte svært lite med tanke på utslipp av NO, partikler, aldehyder, dioksin, PAH, osv. Det viktige i denne sammenheng er valg av forbrenningsteknologi og prosessparametre ved bruk. Slike fullstendige analyser blir kalt livssyklusanalyser.