Cepol ble stiftet i 2000 som Det europeiske politiakademi. Det fikk i 2005 og 2015 nye rettslige grunnlag ved nye forordninger, og skiftet i 2015 navn til det nåværende. Cepol fikk i 2000 hovedkontor i Bramshill i Storbritannia og flyttet i 2014 til Budapest.