Etter fengslingen av Niketas nevner ikke Panaretos borgerkrigen lenger, og de fleste regner med at den nå var over. Et attentatforsøk mot Alexios utført av Kabasitai-familien i 1363 kan ha vært et siste forsøk på å videreføre opprøret, men Alexios unnslapp. Opprørerne ble fengslet og metropolitten (erkebiskopen) Niphon, som hadde støttet opprøret, ble deportert. Som ny metropolitt utnevnte Alexios sin egen støttespiller Johannes Lazaropoulos. Alexios viste for øvrig kompromissvilje ved å la aristokratiet for øvrig beholde sine posisjoner og sin eiendom.