I rettssakene som fulgte unngikk Kaczynski dødsstraff ved å tilstå alle forhold. Han ble dømt til livstidsstraff uten mulighet til benådning, og sonet derfor resten av sitt liv i høysikkerhetsfengselet ADX Florence utenfor byen Florence i Fremont County i Colorado. Dette huser også en rekke andre dømte terrorister, som al-Qaida-tilknyttede innsatte som Zacarias Moussaoui, Ramzi Yousef, spiondømte Robert Hanssen og medlemmer av den amerikanske mafiaen.