Zubiris filosofi er lite kjent utenfor Spania og Latin-Amerika, hovedsakelig fordi Zubiri ble tvunget til å trekke seg fra formelle akademiske stillinger i Spania i 1942. Dette skyldtes i stor grad mangel på akademisk frihet under Francisco Francos regime. Men Zubiri klarte å fortsette med sitt akademiske arbeid takket være støtten fra venner og familie.