Fra 1837 var Nicolaysen medlem av formannskapet i Bergen. I 1847 flyttet han til nabokommunen Årstad. Han var representant fra Bergen til Stortinget i 1830, 1839 og 1845. Han møtte også som vararepresentant (suppleant) for Christie i 1836. Fra 1842 til 1870 var han medlem av styret for Norges banks avdeling i Bergen.