Etter krigen ble han av en domstol i Bielefeld dømt til 10 års fengsel. Han slapp ut i 1951 etter tre år i fengsel på grunn av dårlig helse. Lohse vitnet i senere saker mot politimenn og medlemmer av SS. Da det ble igangsatt undersøker av Rikskommissariat Ostland var Lohse død og kunne ikke stilles til ansvar. Erich Koch ble dømt til døden i Polen og fikk straffen omgjort til livstid.