I 2021-sesongen ledet han Bodø/Glimt til klubbens andre seriemesterskap på rad. Glimt ble med det den sjette klubben i norsk historie som har to påfølgende seriegull. I 2021 ledet han også Glimt til klubbens første gruppespill i Europa, der han ble den eneste treneren som har påført Jose Mourinho seks innslupne mål i én kamp i hans karriere i 6-1 seieren over AS Roma på Aspmyra. For tredje år på rad ble Knutsen kåret til Årets trener i Eliteserien i 2021. I desember 2021 skrev han under en ny treårskontrakt med Bodø/Glimt.