Han er oldebarn av Cubas tidligere president, juristen og dikteren Alfredo Zayas y Alfonso, og tilhører en cubansk familie av spansk og fransk opprinnelse. Han vokste opp i Chicago. Alfred de Zayas studerte historie og jus ved Harvard University, og fullførte sin juridiske utdannelse ved Harvard Law School i 1970. Fra 1970 til 1973 arbeidet han som advokat i New York. I 1974 kom han som Fulbright-stipendiat til Tübingen. Frem til 1979 var han vitenskapelig assistent ved Institutt for folkerett ved Georg-August-Universität Göttingen, der han bl.a. ledet en arbeidsgruppe for krigens folkerett. Samtidig immatrikulerte han seg ved det filosofiske fakultet, og studerte middelalderhistorie og nyere historie. I 1977 tok han doktorgraden i historie. Han arbeidet fra 1980 som vitenskapelig medarbeider ved Max-Planck-Institut für ausländisches öffentliches Recht und Völkerrecht i Heidelberg og var samtidig medredaktør for .