Den 11. mars 2015 ble Fitzpatrick byttet til New York Jets mot et betinget pick i en sen runde i NFLs draft i 2015. Fitzpatricks tidligere hovedtrener Chan Gailey hadde blitt ansatt av Jets som offensive coordinator i løpet av offseason. Etter en hendelse i garderoben for Geno Smith knakk kjeven etter å ha blitt slått av linebacker IK Enemkpali ble Fitzpatrick valgt til kampstarter for sesongåpningen.