I 2003 fikk Coyle sin første managerstilling. Han ble da utnevnt til manager sammen med John Hughes for Falkirk. Etter kort tid forlot han imidlertid Falkirk for å bli assistentmanager for Ian McCall i Dundee United. Coyle var fortsatt registrert som spiller, og manglende spilletid for Dundee United gjorde at han ble utlånt til Airdrie United. Dette utlånet ble etter hvert gjort permanent, og Coyle ble også assistentmanager under Sandy Stewart, som nå er hans assistent i Bolton. Han ble så manager på heltid for St. Johnstone fra 2005 til 2007, før han ble manager i Burnley i 2007. Han gjorde det bra i Burnley, med semifinale i Ligacupen mot Tottenham Hotspur og opprykk til Premier League, etter å ha slått Sheffield United i playoff-finalen på Wembley i 2009. Den 8. januar 2010 ble det klart at han ble Boltons nye manager etter at Gary Megson fikk sparken.