Den 10. april 2015 kunngjorde arbeids- og sosialminister Robert Eriksson (Frp) at han ønsket ny ledelse i NAV. I en pressemelding kunngjorde NAV at Lystad derfor hadde bedt om å fratre som arbeids- og velferdsdirektør, et drøyt år før åremålstillingens utløp. I forbindelse med avgangen nevnte pressen en overskridelse i forbindelse med implementering av nye IT-løsninger i NAV, et prosjekt som ble påbegynt før Lystads direktørtid. I en bokutgivelse rettet Eriksson, etter at han måtte gå av som statsråd, sterke beskyldninger både mot Lystad, embetsverket i departementet, Statsministerens kontor og Frps ledelse, og hevdet de stod i «ledtog» mot ham, og at dette var bakgrunnen for Lystads avgang. Marie Melgård påpekte at Eriksson «hadde en ekstremt dårlig tone med sitt embetsverk» og han måtte selv forlate regjeringen få måneder senere.