Et forsøk fra opposisjonen på å få en samtale med Hitler som skulle føre til Müllers avsettelse, slo feil. Deretter frakjente mange kirkelige personligheter Müller og hans ledelsesgremier ( og ) deres legitimitet. Til slutt ble han fratatt sin makt også av NS-staten (ved Reichskirchenministerium under Hanns Kerrl) selv om han formelt forble . I 1944 fikk han sannsynligvis en dotatio på 500.000 Reichsmark.