Goodall har vært gift to ganger. Den 28. mars 1964 giftet hun seg med den nederlandske adelsmannen og naturfotografen Baron Hugo van Lawick. Bryllupet fant sted på Chelsea Old Church i London. Paret fikk en sønn, Hugo Eric Louis, som ble født i 1967. Paret ble skilt i 1974. I 1975 giftet Goddall seg for andre gang med Derek Bryceson (medlem av parlamentet i Tanzania og direktør for landets nasjonalparker). Bryceson døde av kreft i oktober 1980. Goodall er en hengiven vegetarianer og talsmann for vegetarisme av etiske, miljømessige og helsemessige årsaker. Goodall er også medlem av det rådgivende styret i BBC Wildlife Magazine. Hun har mottatt mange hyllester, æresbevisninger og utmerkelser fra lokale myndigheter, skoler, institusjoner og veldedige organisasjoner verden rundt.