Paven ønsket ikke å opprette en linkvisjon i Spania, men Ferdinand insisterte. Kardinal Rodrigo Borgia drev, mens han var biskop av Valencia, lobbyvirksomhet for å få Sixtus IV til å godkjenne den spanske inkvisisjonen. Han lyktes delvis, da paven sanksjonerte opprettelsen i Castilla. Borgia ble senere lønnet med støtte fra Spania under et konklave, og ble pave under navnet Alexander VI.