Shoemaker brukte mye av sin tid i sine siste år på leting etter og oppdagelser av flere tidligere uoppdagede eller ikke bemerkede meteorkratere rundt omkring i verden. Det var på en slik ekspedisjon at Gene Shoemaker døde i en frontkollisjon (og ikke slik det er blitt påstått i en kollisjon med en kenguru) på Tanami Road nordvest for Alice Springs i Australia i juli 1997. Den 31. juli 1999 ble noe av hans aske tatt med til månen i romfartøyet Lunar Prospector i en kapsel designet av Carolyn Porco. Til dags dato er han den eneste personen som har blitt begravet på månen.