I tusener av år før europeiske bosettere kom til området bodde atfalati-stammen fra kalapuya-folket i Tualatin Valley, i nærheten av plassen der Hillsboro ligger nå. Klimaet, som modereres av Stillehavet, gjorde området til et godt sted for fiske, jakt, matsamling og jordbruk. Europeiske bosettere grunnla byen, som senere fikk navnet Hillsboro etter politikeren David Hill, i 1842. Transport med elvebåter over Tualatin River var del av Hillsboro-bosetternes økonomiske grunnlag. På 1870-tallet fikk området jernbane, og fire tiår seinere kom en interurban jernbane.