Khanal første politiske medlemskap var i Nepal Kamyunishta Parti (Marksbadi Leninbadi), hvor han også var generalsekretær fra 1982 til 1986. Senere meldte han seg inn i Nepals kommunistiske parti (Forente marxist-leninister). Khanal var en periode informasjons- og kommunikasjonsminister i koalisjonsregeringen i 1997.