Ved skolen la Flor mye arbeid i å bygge opp omfattende naturhistoriske samlinger, men idag i er kun få gjenstander bevart. En av de første sakene Flor tok fatt i etter at han kom til Norge, var å etablere en botanisk hage i Christiania. Først forsøkte han å gjøre et anlegg ved Katedralskolens rektorgård Sinsen (i Niels Treschows tid), men fikk etter avtale med Bernt Anker overta Paléhagen (nå Christian Frederiks plass) som botanisk anlegg for skolen. Hagen ble drevet frem til 1814, da Universitetets botaniske hage på Tøyen etterhvert kom i drift. Flor sådde ut 260 arter i 1810, hele 279 arter i 1811, 159 arter i 1812 og 258 arter i 1813, blant dem «mange tilforn i Norge ikke dyrkede Væxter». Paléhagen var landets første offentlige botaniske hage, og siden skoleelevene også dyrket kjøkkenvekster der, regnes den dessuten som landets første skolehage. Etter tiden som botanisk anlegg ble hagen landets første offentlige park.