Da pave Julius II ble syk i 1511 så Giovanni muligheten til å fremme seg selv som mulig etterfølger. Han fikk viktige oppdrag som pavelig legat til Bologna og Romagna. Han så også at det var muligheter for at Medici-familien igjen kunne få makten i Firenze. De styrende kretser der hadde tatt side for Pisa i en konflikt med paven, og paven så at det å få en Medici til makten i byen kunne bringe den tilbake på hans side. Planen fikk et tilbakeslag da den pavelige hæren tapte et slag mot franskmennene ved Ravenna, og Giovanni ble tatt til fange.