Selskapet ble stiftet i 2001 og har kontoradresse i Stavanger, mens hovedvirksomheten ligger på Farøy i Farsund. Virksomheten i Farsund omfatter et hummerklekkeri og et havbeiteområde som sammen er tilknyttet en ingeniør-, forsknings- og utviklingsavdeling. Daglig leder er T. Kjetil Frøyland. Aegir Havbruk har utviklet og patentert et system for utsetting av hummeryngel i naturen, kalt Lobster Settling System.