Utgravninger av høyden Skarkos har avdekket en forhistorisk bosetning, noe som viser at Ios har vært befolket siden tidlig kykladisk tid. Arkitekturen på Skarkos har blitt bevart på steder opp til høyde på bortimot tre meter hvor de fleste bygningene synes å ha hatt to etasjer, steinlagte gulv og et kloakksystem. Tallrike velbevart keramikk, redskaper og redskaper gjort av metall, stein og bein har også blitt funnet. Beklageligvis har utgravningene ved Skarkos i stor grad forblitt upublisert. I 2008 var Ios ett av seks europeiske steder (av 109 kandidater) som ble belønnet med EUs pris for kulturarven for framstående bevaring av det arkeologiske stedet på Skarkos.