I 1532 ble han utnevnt til prost ved Mariakirken i Oslo, det kongelige kapellet i Oslo, og samtidig Norges rikes kansler. I løpet av hans embedstid ble både reformasjonen gjennomført, det norske riksrådet avskaffet og Norge ble et lydrike under den danske kronen, og han har derfor blitt kalt den siste kansleren i det selvstendige Norge. Han prøvde i 1535 uten hell å få embedet som biskop i Bergen. Han pådro seg erkebiskopens vrede i forbindelse med sin aktive rolle i valget av Christian III til norsk konge. I 1539 ble han forlenet med Hellig Løsens prebende. Etter hans død var proste- og kanslerembedet ubesatt til 1547, da Peder Huitfeldt ble utnevnt, og domkapitlet ved Mariakirken ble også oppløst i 1545. Niels Stub var imidlertid konstituert en kort periode 1546–1547.