Hennes foreldre, Marcus Antonius og Kleopatra, ble beseiret av romerske Octavianus (den framtidige Augustus) under sjøslaget ved Actium utenfor kysten av Hellas i 31 f.Kr. Året etter begikk begge hennes foreldre selvmord da Octavianus og hans hær invaderte Egypt og erobret Alexandria. Octavianus drepte Cæsarion da han, som sønn av Cæsar og utropt til farao av egypterne etter Kleopatras død, var altfor farlig, men han sparte livene til Kleopatra Selene II og hennes to brødre. De ble fraktet fra Egypt og til Roma hvor de måtte delta i hans triumfparade i gylne lenker, gående bak et bilde av deres mor framstilt med en giftslange om armen, en referanse til hvordan hun døde. Kjettingene deres var så tunge at de knapt klarte å slepe seg fra, noe som ga dem sympati hos Romas befolkning. Etterpå overlot Octavianus barna til sin søster, Octavia den yngre, som også var Marcus Antonius' lovmessige romerske hustru. Hun ga dem oppfostring som om de var hennes egne barn.