Patursson døde hjemme på Kirkjubøargarður, om morgenen den 2. august 1946, 80 år gammel. Dødsårsaken var trolig hjerneslag, og til tross for hans etter hvert høye alder, kom meldingen om dødsfallet overraskende for mange. Senest under Ólavsøka den 29. juli samme år hadde han vært hovedtaler.