Kongen sendte sine styrker nordover for å slå ned opprøret, og Thomas ble tvunget stadig nordover og søkte øyensynlig støtte fra Robert Bruces skotske hær. Rett nord for York ved broen over elven Ure ble han derimot beseiret i slaget ved Boroughbridge, og tatt til fange. Han ble stilt for retten av tribunal (domstol) bestående av blant annet far og sønn le Despenser, Edmund FitzAlan, 9. jarl av Arundel, og kong Edvard. Thomas av Lancaster fikk ikke tillatelse til å tale til sitt eget forsvar, og han fikk heller ikke tillatelse til å la noen andre tale for seg. Han ble dømt til Hengning, trekking og kvartering, men på grunn av sitt kongelige blod ble dommen redusert til henging. Han ble dømt for forræderi og henrettet i nærheten av Pontefract Castle.