Paul Klee ble født inn i en musikalsk familie i Münchenbuchsee ved Bern. Hans mor var fra Sveits, men i henhold til sveitsisk lov, fikk hans farens tyske borgerskap. Han fikk fiolintimer som barn, og forble en dyktig fiolinist hele livet. Musiker ville han etter hvert ikke bli, siden han anså at det meste av skikkelig musikk allerede var skrevet, og mye av det nye som ble laget på den tid ikke falt ham i smak.