Hans segl finnes så vel på det kjente forbundet i 1524 mot lutherdommen som på den danske adels forsvarsforbund fra 1527 i anledning av Hartvig von der Wischs overfald på Hans Krafses venn Mogens Bille. I 1528 ble han sendt med fire andre riksråder for å møte svenskene ved Kongshelle og Nyløse. En tidlig død inntraff ham den 16. juni 1530, kun 43 år gammel. Hans Krafse ble 18. november 1520 gift med Lene Eilersdatter Hak til Egholm, som døde 1564.