I 1994 flyttet Bukovsky til Moskva som apostolisk nuntius til Den russiske føderasjon. Her fortsatte han trinnvis den vei som ble lagt ut på av Colasuonno for å etablere et katolsk kirkehierarki i Russland, og bispeviet biskopene Jerzy Mazur og Clemens Pickel. Han klarte å gjenåpne presteseminaret i St. Petersburg.