Deuntzer ble cand.jur. i 1867. I perioden 1872–1901 var han professor i sivilrett ved Københavns Universitet. I tidsrommet 1897–1898 var han rektor. Han var ekstraordinær assessor i den danske høyesterett fra 1894, og i samme år ble han også æresdoktor ved Københavns Universitet.