Strekningen fra Vanløse til Frederiksberg følger Frederiksbergsbanen, en tidligere S-togsbane som gikk på en hevet strekning. Mellom Fasanvej og Frederiksberg forsvinner banen under bakken, og dukker først etter bysentret opp i dagslys. Togene på linje M1 kjører på bakkenivå ved Islands Brygge, og fortsetter deretter på en viadukt gjennom Amager Vest. M2 fortsetter i tunnel etter Lergravsparken, hvor den følger den nedlagte Amagerbanens trasé.