I 1795 vendte Moltke tilbake til Danmark, hvor han ble kansellipresident, ridder av Elefantordenen og statsminister. I 1814 ble han avsatt, etter sigende fordi han hadde altfor sterkt uttalt sin sympati for nordmennene. Han ble senere igjen tatt til nåde og utnevnt til stiftamtmann i Aalborg 1816.