Den 27. juni 2014 signerte Zinsberger en 3-årig kontrakt med FC Bayern München. Hun debuterte med andrelaget den 21. september 2014, hvor de vant 4–1 mot ETSV Würzburg. Hun fikk sin første kamp for førstelaget, i Bundesligaen, den 31. november 2014 i en kamp mot SGS Essen som endte 0–0. Den 18. februar 2017 reddet hun en straffe tatt av Carolin Schiewe i 74. minutt av en bortekamp mot SC Freiburg som sikret en 3–2 seier for laget. Den 2. april 2019 ble det annonsert at Zinsberger ikke kom til å fornye kontrakten, og hadde bedt om å forlate laget i løpet av sommeren. Før 2019/20-sesongen signerte hun med Arsenal.