Provinsen ble opprettet mot slutten av 2006 og var tidligere en del av provinsen Surigao del Norte. Den bestod av syv kommuner. I 2010 ble Dinagatøyene atter forent med provinsen Surigao del Norte. Men i 2012 reverserte filippinsk høyesterett dette, slik at Dinagat Islands er blitt provins igjen.