På veien til konklavet 1559 myrdet kardinal Ciocchi to menn, far og sønn, som hadde talt ille om ham. Hans tjener prylte en tredje til døde. Den nyvalgte pave Pius IV lot i 1560 fengsle Ciocchi i Castel Sant'Angelo. Noen egentlig straffeforfølgelse unnslapp han imidlertid ettersom den nå nyvalgte Pius IV, for å sikre seg nok stemmer til å få tilstrekkelig med stemmer til bli valgt, hadde gitt løfte om straffefrihet for forbrytelser forvoldet under . Det påfølgende år ble han satt i husarrest i benediktinernes store kloster på Monte Cassino, men kunne, etter megling av Cosimo I de' Medici, slippe fri etter å ha betalt 100 000 scudi.