Whitacres formelle musikkutdannelse begynte ved University of Nevada i Las Vegas, hvor han studerte komposisjon med den ukrainske avantgardekomponisten Virko Baley og kordirigering under David Weiller. På denne tiden komponerte han stykker som , og for blandet kor, samt for blåseorkester. Whitacre tok sin mastereksamen ved Juilliard School of Music and Drama etter komposisjonsstudier under John Corigliano og David Diamond.