Cardoso ble myrdet i sentrum av Maputo 22. november 2000 da han var på vei hjem fra redaksjonen i bil. Han holdt på med etterforskningen av en storsvindel av 14 millioner US$ i forbindelse med privatiseringen av en av landets største banker, . Selv om drapet vakte stor oppmerksomhet, gjorde myndighetene til å begynne med svært lite for å oppklare det. Etter sterkt press fra familie, innflytelsesrike venner og fra utlandet, ble det etterhvert mer fart på etterforskningen, og seks personer ble tiltalt. I rettssaken rundtg årsskiftet 2002-03 mot de seks drapstiltalte, hevdet tre av de tiltalte i den fjernsynsoverførte rettssaken at Nyimpine Chissano, sønnen til Mosambiks daværende president Joaquim Chissano, hadde betalt drapsmennene med flere sjekker. Den portugisiske statsborgeren Anibal dos Santos ("Anibalzinho"), som ledet selve gjennomføringen av drapet, ble dømt i 2003 etter å ha rømt fra fengselet. En ny rettssak i 2006 (etter hans andre rømning) opprettholdt dommen på 30 års fengsel. Alle de seks tiltalte ble dømt til fengselsstraffer på over 23 år. 'Anibalzinho' rømte for tredje gang i slutten av 2008.