Han var ansatt som underdirektør og leder for Forskningsavdelingen og Sekretariatet for eksternt finansiert virksomhet ved Universitetet i Oslo i perioden 1984–91; i Justisdepartementet/Sivilavdelingen 1991-99 som underdirektør, avdelingsdirektør (1993) og ekspedisjonssjef (1995), direktør for Luftfartsinspeksjonen (1999), luftfartsdirektør og leder for Luftfartstilsynet fra 2000 til 2005. Skogstad fratrådte stillingen i forbindelse med flyttingen av Luftfartstilsynet fra Oslo til Bodø.