Betuweruten har vært presset siden forstudiene begynte. Mange mennesker, blant dem kjente, uavhengige eksperter, tviler på linjens lønnsomhet. Blant annet sies det at transport via kanaler og elver vil være billigere og at det vil være enklere å øke kapasiteten der. Likevel har Tweede Kamer, Nederlands storting, gjentatte ganger gitt klarsignal for å fortsette prosjektet, selv om kritikken fra vitenskaps- og samfunnskretser ikke stopper.