Etter at Robespierre ble styrtet og henrettet 27.–28. juli 1794, falt Napoleon i unåde, og ble for en kort tid arrestert som «robespierrianer». Men noe senere ble han kommandør for vestarmeen mot rojalistene i Vendée, en post han motsatte seg. I oktober 1795 slo han på oppdrag av direktoriet og den nye revolusjonslederen Paul Barras ned et rojalistisk opprør i Paris. I den forbindelse satte han for første gang inn artilleri inne i selve byen.