Rundt 1991 solgte Nedlloyd, som da var selskapets største aksjeeier, 80% av Transavia til KLM. I 1998 ble Transavia det første utenlandske flyselskapet som fløy innenriks i Hellas gjennom en endring i den greske flyloven. I juni 2003 fikk KLM de ytterligere 20 prosentene av Transavia, noe som gjorde at KLM nå stod som eneeier. Sammenslåingen av Air France og KLM gjorde Transavia til et heleid datterselskap av Air France-KLM.