Cappelen ble i 1940 konstituert som fylkesmann i Sør-Trøndelag, men avsatt samme høst av okkupasjonsmyndighetene, og var fengslet av disse på Vollan, Falstad og Grini 1943–45. Han ble gjeninnsatt som fylkesmann ved frigjøringen i 1945, og var fylkesmann til han døde i 1947.