I 2013 ble Skjæran valgt som medlem av sentralstyret i Arbeiderpartiet. Den 19. mars 2019 ble det offentliggjort at Skjæran var innstilt som nestleder i Arbeiderpartiet sammen med Hadia Tajik i forbindelse med partiets landsmøte i april 2019. Fra 6. april 2019 til 5. mai 2023 var han nestleder i Arbeiderpartiet.