Han ble presteviet 21. april 1833 som prest for Olmütz, og var der professor i moralteologi i sytten år. Som fyrsterkebiskop Rauschers fortrolige medarbeider hadde han vesentlig andel i tilkomsten og utformingen av konkordatet av 1855. Så fikk han forskjellige høyere embeder i perioden 1857-1876 i Wien. Johann Rudolf Kutschker var en anerkjent moralteolog og kjenner av kanonisk rett.