Stuart Roosa døde den 12. desember 1994 i Washington D.C. av komplikasjoner fra pankreatitt i en alder av 61 år. Han etterlot seg sin kone Joan, tre sønner og en datter. Han er gravlagt i seksjon 7A på Arlington National Cemetery. Hans kone Joan døde den 30. oktober 2007 i Gulfport i Mississippi. Hun ble gravlagt på Arlington Cemetery med sin mann.