Ruinene etter middelalderbyen i stein og tegl ligger i området som kalles Gamlebyen, og avgrenses grovt sett av Hovinbekken i nord, Alnaelvas opprinnelige løp i sør og øst, og vannspeilet tilknyttet Middelalderparken i vest. Fransiskanerklosteret (til dels overbygd av Gamlebyen kirke og Oslo Hospital) like øst for Alna regnes også til Middelalderbyen til tross for beliggenheten på «baksida» av Alna. Også Akershus slott og festning (påbegynt i 1297) og Hovedøya med cistersienserklostret hører til Middelalderbyen.