Manning ble stilt for krigsrett, og forhandlingene ble innledet 3. juni 2013, nesten tre år etter at hun ble arrestert. Aktor hevdet her at hun var drevet av ren arroganse da hun lekket hundretusener av hemmeligstemplede dokumenter, og at hun slik gikk fiendens ærend, mens forsvareren hevdet at Manning hadde gode intensjoner, men var ung og naiv. Mannings intensjon var at USAs befolkning ville endre holdning til krigen i Irak dersom de fikk mer informasjon om hva som faktisk skjedde. Manning erklærte seg delvis skyldig etter tiltalen, da hun i februar 2013 erklærte seg skyldig i 10 av 22 anklagepunkter. Hun har erkjent å ha sendt flere hundre tusen kamprapporter fra Irak og Afghanistan og andre datafiler til WikiLeaks mens hun arbeidet med analyser av etterretningsmateriale i Bagdad.