Ved kgl.res. av 2. februar 1852 ble Balsfjord og Malangen utskilt som egne kirkesogn, og ved kgl.res. av 18. oktober 1856 Delingen av prestegjeldet ble iverksatt ved kgl.res. av 10. november 1860. Tromsøysund som eget prestegjeld ble lagt under Troms prosti, mens Tromsø by fortsatte som eget stiftsprosti. I 1963 ble Trømsøysund tilbakeført fra Troms prosti til Tromsø domprosti, sammen med Kvaløya og Tromsdalen.