Det er det andre spillet i -serien, det første utgitt på en håndholdt konsoll, og ble utgitt i Nord-Amerika i november 1991 og i Japan og Europa i 1992. Spillet følger dusørjegeren Samus Aran under et oppdrag for å utrydde metroidene fra hjemplaneten SR388, før rompiratene finner dem. Spillerne må finne og utslette metroidene, som forekommer i forskellige utviklingsstadier, for å komme videre i spillet.