I år 280 f.Kr. invaderte og herjet keltiske stammer under ledelse av Brennus landområdet til paioniere som ble ytterligere hardt presset av dardanerne. Senere ble Paionia forent igjen, men i år 217 f.Kr. maktet den makedoniske kong Filip V av Makedonia (220-179 f.Kr.) å forene de fleste av de adskilte regionene i Dassaretia og Paionia inn i det makedonske kongedømmet. I år 148 f.Kr. beseiret romerske legioner, ledet av den romerske generalen Quintus Caecilius Metellus, den siste makedoniske konge, Andriskos. Paionia rundt Axios dannet det andre og tredje distrikt i den romerske provinsen Makedonia. Romerriket la det meste av det som i dag er Nord-Makedonia inn under sitt rike, organisert som provinsen Makedonia, men de nordligste delene lå i Moesia. Under keiser Diokletian (død 311 e.Kr.) hadde området blitt delt i Makedonia Salutaris og Moesia prima. Ved år 400 e.Kr. hadde paioniere mistet sin identitet som folk, og Paionia var blitt redusert til et geografisk begrep.