Johan Kristoffer ble født utenfor ekteskap. Moren var Johanna Ivarsdatter Elgaaen (1845–1884) fra Elgå i Engerdal, mens handelsfullmektig Hans Olaf Bojer fra Christiania (1822–1894) ble oppgitt som far til barnet. Moren var på denne tiden tjenestepike i Trondhjem; foreldrene bodde ikke sammen. Johan ble kort tid etter fødselen bortsatt, og vokste fra to-årsalderen opp som fostersønn hos og hennes mann Elias Fætten i Reinsgrenda i Rissa i Trøndelag.