Datatilsynet skal i sin virksomhet være fullstendig uavhengig, særlig fra unionens øvrige institusjoner, organer og byråer. Tilsynet får ikke søke eller motta noen instruksjoner fra noen annen. Datatilsynets ansatte omfattes av taushetsplikt både under og etter sin tjeneste for så vidt gjelder konfidensiell informasjon.