Både Air France og British Airways opplevde på midten av 80-tallet sviktende interesse for Concorde-flygninger. Billettene var dyre, og på enkelte av selskapenes ruter ble ikke mer enn knappe 50 prosent av setene fylt opp. Storbritannia og Frankrike ville likevel at operasjonene skulle fortsette, noe de gjorde uavbrutt fram til årtusenskiftet. Ulykken med flight 4590 i 2000 markerte starten på en kraftig nedgang for Concorde. Flyene ble satt på bakken en tid for å få installert nye sikkerhetskomponenter, men da de returnerte til ruteflygninger var interessen nok en gang lav. I kjølvannet av terrorangrepene 11. september 2001 sviktet passasjertallet, og det ble enda vanskeligere å forsvare driften av Concorde økonomisk. Flykroppene hadde nå også så mange timer i luften, at en større overhaling var påkrevet: kostnadene for en slik overhaling ville bli svært store, og både British Airways og Air France bestemte seg for å legge ned sin drift av Concorde. Dette ble kunngjort den 10. april 2003. Air France hadde sin siste Concorde-flygning den 27. juni 2003, British Airways den 23. oktober samme år.