Hun var datter av Anton Aldenburg (1633–1680), riksgreve og stattholder i grevskapene Oldenburg og Delmmenhorst for kongen av Danmark og Norge, og hans hustru grevinne Augusta Johanna av Sayn-Wittgenstein (1638–1666). Da moren døde i 1669 giftet faren seg på ny med hoffdame Charlotte Amélie de La Trémoïlle (1652–1732), som dermed ble Sophia Elisabeths stemor. Selv giftet hun seg i 1680 med baron Franz Heinrich Graf Freitag zu Gödens. De fikk datteren Maria Juliane som giftet seg med kommanderende general i Norge Erhard Frederik Wedel-Jarlsberg.