I 1946 reiste Knoeringen tilbake til Tyskland. På grunn av sin emigrasjon og sitt «arbeide for fienden» ble han sterkt fiendtlig mottatt av mange. Han engasjerte seg i gjenoppbyggelsen av SPD i Bayern, og var fra 1947 til 1963 formann for SPD i Bayern. Fra 1958 til 1962 var han også viseformann i SPD. Han var medlem av den bayerske landdagen fra 1946 til 1970 (frem til 1962 som SPDs fraksjonsformann), og fra 1949 til 1951 var han også medlem av Forbundsdagen.