Fra sommeren 1942 begynte gestapo også å deportere jøder i tvangsarbeidsleirer - de siste ble overført til Wien i oktober 1942 i forbindelse med de mest omfattende deportasjonene. Sentralkontoret ble stengt i mars 1943 og gestapo tok deretter alt ansvar for de gjenstående, mindre deportasjonene. Omtrent 35 000 ble deportert fra Wien til gettoer og leirer i øst og 15 000 ble deportert til Theresienstadt. I november 1942 var det rundt 7 000 jødiske innbyggere igjen i Østerrike. I januar 1945 ble planer om å deporterte jøder i blandingsekteskap (etter ordre fra RSHA) avlyst på grunn av transportproblemer.