Under striden mellom baglere og birkebeinere i Norge pågikk en like hard strid i Danmark hvor paven tok aktivt parti. Kongeættlingen Valdemar var ikke bare prestevigslet og biskop, men regjerte som geistlig hersker over Slesvig og gjorde i 1192 krav på den danske tronen. Etter militært nederlag truet pave Innocens med å sette Danmark under dersom ikke biskop Valdemar fikk tilbake sine besittelser i Slesvig. På 1200-tallet ble striden ytterligere tilspisset, da de danske biskopene vedtok den såkalte Vejlekonstitutionen som truet kongen med å nekte geistlige tjenester og handlinger, etterfulgt av flere tilfeller hvor erkebiskopen nektet å krone danske konger. Det var et ekko av det tolvte Laterankonsilet i 1215, hvor 1500 kirkelige ledere støttet opp om pavens sterkt gregorianske offensiv.