Etter kuppet kom Bernadottes grundige gjennomgang av styrkene i Italia til sin rett. Felttoget der under Schérer hadde gått elendig, og brødrene Bonaparte overtalte Emmanuel-Joseph Sieyès til å utnevne Bernadotte til krigsminister (minister for landstridskreftene). Etter sterke innledende protester aksepterte han og tiltrådte den 2. juli 1799. I praksis ble Bernadotte med denne stillingen øverstkommanderende for de franske styrkene. Bernadotte arbeidet energisk med å omorganisere arméen, som da hadde lidd flere nederlag. Blant tiltakene var utnevnelsen av generaler som var blitt avsatt som følge av politiske intriger. For å styrke stridsmoralen arbeidet han for at styrkene skulle få bedre mat og klær og regelmessig betaling av lønn, tiltak som han var vel kjent med fra sin egen tid som soldat. Han skrev entusiastiske innlegg i avisene, noe som også bidro til at mange veteraner meldte seg til ny tjeneste. Bernadotte viste også stor interesse for sanitetstjenesten og innførte en rekke tiltak for å forbedre den, som jevnlige inspeksjoner av militærsykehusene.