Joannes var den eldste sønnen fra det andre ekteskap til Petrus Zwijsen, som kom fra Geetbets i Flamsk Brabant. Petrus giftet seg med Cornelia van Heeswijk i Kerkdriel i 1783 og arbeidet etterpå der som møller. Etter konens død giftet Petrus seg med Wilhelmina van Herpen i 1794.