Den 21. juli 1826 ble Wahlenberg utnevnt til professor regius. Den 29. september 1829 døde Thunberg, og Wahlenberg overtok hans stilling som professor i medisin og botanikk (medicinæ og botanices). Særlig viet han seg til (læren om legemidler) og ernæring. Han studerte også den tyske legen Samuel Hahnemanns (1755–1843) system for homøopatisk behandling og fattet interesse for alternativ medisin. Etter dette opphørte hans interesse for naturforskningen, slik at han etter 1834 bare publiserte noen få og mindre betydningsfulle avhandlinger. Især ble han svært interessert i Vincenz Priessnitz (1799–1851) lære om hydroterapi (behandling med vann).