Atlas har sin historie tilbake til 1996, da Den europeiske unions råd besluttet å etablere et nettverk som skulle øke ferdigheter, kunnskap og ekspertise om kontraterrorisme blant de ulike politistyrkene i Den europeiske unions medlemsstater. Etter terrorangrepet 11. september 2001 ble Atlas opprettet for å forhindre lignende angrep i Europa.