Historien finner først sted på Ignas, det største kontinentet i Xenogears-verdenen og åstedet for en flere hundre år lang konflikt mellom nasjonene Aveh og Kislev. Selv om Kislev opprinnelig hadde overtaket i denne konflikten, dukket en mystisk hær kjent som Gebler opp og begynte å hjelpe Aveh. Med hjelp fra Gebler tok Aveh-militæret over mer av Kislevs territorium.