Spilleren har et hukommelsestap, men følgesvennen Carth Onasi forteller at de må finne Jediridderen Bastila Shan. På veien treffer de twi'leken Mission Vao og hennes wookie-venn Zaalbar. Med hjelp fra droiden T3-M4 klarer gruppen å redde Bastila og flykte i romskipet «Ebon Hawk».