I senere år har forskningen kunnet bruke originalprotokoller fra inkvisisjonen som grunnlag, og disse gir et annet bilde enn tidligere forskning. Geoffrey Parker studerte aktene fra rettssaker mellom 1540 og 1700, og disse resulaterte i 776 henrettelser. Dette antyder totalt omkring henrettelser i løpet av inkvisisjonens virketid. Tidligere protokoller er dårligere bevart, men det som finnes tyder ikke på at det var noe større blodbad under Torquemada. Det som er tydelig er at jøder og muslimer ble rammet meget hardt i forhold til andre i den tidligste perioden.