Anders Samuelsen møtte første gang i Folketinget som vararepresentant for kulturminister Elsebeth Gerner Nielsen 1998–2001, og siden 2001 har han vært innvalgt på eget mandat. Samuelsen trådte midlertidig ut av Folketinget mens han i årene 2004–2007 var medlem av Europaparlamentet, der han var tilsluttet Alliansen av liberale og demokrater for Europa. I 2007 dannet han partiet Ny Alliance sammen med Naser Khader og Gitte Seeberg. I 2008 skiftet partiet navn til Liberal Alliance og fikk et mer rendyrket liberalistisk program. Samuelsen overtok som partiets leder idet Khader trakk seg ut av partiet.