Nissen kom til kjøpmann Johan Berger i Hammerfest som betjent i 1851. Han fikk handelsbrev 12. april 1861 og gikk i kompaniskap med Franz Heinrich Feddersen i firmaet Feddersen & Nissen. I 1864 ble han gift med sin kompanjongs datter, Heinericke Feddersen (1846–1922). Nissen var en flittig og virksom mann, og sørget for selskapet fikk framgang grunnet sitt allsidig forretningstalent. Han krevde meget av sine folk, samtidig som han kunne være adskillig påholden med sikte på å erverve de eiendommer som han så verdier i. Med tiden fikk firmaet stor virksomhet i Hammerfest og 10 fiskevær langs kysten og med en stor fangstflåte.