Mot slutten av sin vitenskapelige karriere fokuserte Cutler også på helserelaterte spørsmål. Han mente at kvikksølvforgiftning var årsaken til en lang rekke sykdommer og lidelser, herunder autisme, schizofreni, fibromyalgi og Parkinsons sykdom. Han mente selv å ha blitt utsatt for en slik kvikksølvforgiftning. De viktigste kildene av kvikksølv til menneskekroppen hevdet han var tannfyllinger av amalgam og vaksiner, og mente forgiftning kan påvises ved hårprøver. Han utviklet sin egen variant av kelatterapi som han kalte Cutler-protokollen og som angivelig skulle rense kroppen for tungmetaller som kvikksølv.