Det synes som om Mitanni ikke forventet noen invasjon og hadde ingen hær klar til å forsvare seg mot egypterne, skjønt deres skip på Eufrat forsøkte å forhindre egypterne å krysse elven. Thutmose marsjerte uhindret fra by til by og plyndret dem mens den lokale adelen gjemte seg i grotter, slik de egyptiske nedtegnelsene har presentert hendelsene. I løpet av denne perioden hvor de ikke mæte noen betydelig motstand, satte Thutmose sin andre stele som markerte hans kryssing av Eufrat. Den ble plassert ved siden av den stelen som hans bestefar, Thutmose I, hadde latt reise flere tiår tidligere. De lokale forsøkte å samle seg til motstand, men det ble raskt feid til side før Thutmose III vendte tilbake til Syria via området Niye i nærheten av Apamea hvor han etterlignet sin bestefar ved å gå på elefantjakt. Han samlet tributt eller gaver fra utenlandske herskere og reiste tilbake til Egypt i triumf.