I 1919 ble han formann i Høyres stortingsgruppe og sentralstyre, og samme år valgt til stortingspresident. Han ble statsminister da sparepolitikken tvang Gunnar Knudsen til å gå av i 1920. Halvorsen styrte i en periode med en rekke ustabile regjeringer. Han hadde stortingsflertallets støtte i sin håndtering av jernbanestreiken i 1920 og generalstreiken i 1921, men ble felt med forbudssaken som bakenforliggende årsak. I sin andre periode som statsminister løste han «traktatkrigen» med land som Frankrike, Spania og Portugal, som ikke fikk eksportert vin til Norge under hetvinsforbudet av 1917, og som til gjengjeld boikottet norsk klippfisk. Hetvinsforbudet ble opphevet i 1923.