Huset Hohenstaufen tok i 1155 over borgen Heidelberg og bosetningene rundt, og Konrad av Hohenstaufen ble «pfalzgreve av Rhinen». Pfalzet gikk i 1195 over til huset Welf gjennom giftemål. Den første referansen til Heidelberg finnes i det dokument i klosteret Schönau som stammer fra 1196. Dette regnes som grunnleggingsåret for Heidelberg. Ludvig I, hertug av Bayern fikk i 1225 pfalzet og borgen. To borger nevnes i 1303. Den ene lå lenger oppe på fjellet og ble ødelagt av en krutteksplosjon i 1537. Dagens borg ble så bygget på stedet til den lavereliggende borgen. Pfalzgreven fikk i 1356 langtrekkende rettigheter i en Gylden bulle i tillegg til å bli kurfyrste.