I etterkant av Godzillas angrep på Tokyo, blir monsterets celler i hemmelighet levert til Saradia Institute of Technology and Science, hvor de skal slås sammen med genetisk modifiserte planter i håp om å forvandle en ørken i Saradia til fruktbart land og avslutte landets økonomiske avhengighet av oljebrønner. Dr. Genshiro Shiragami og datteren hans, Erika, blir vervet for å hjelpe til med prosjektet. En terrorist-bombe ødelegger imidlertid deres laboratorium, ødelegger cellene og dreper Erika.