Da spanjolene ankom på 1500-tallet ble det bebygde området kalt Mactan, likesom øya fremdeles heter i dag. Augustinerne grunnla landsbyen Opon i 1730, og dette var navnet helt til 1961 da den fikk bystatus. Da ble navnet endret til Lapu-Lapu City, etter den lokale høvdingen Lapu-Lapu som den 27. april 1521 beseiret den portugisiske oppdagelsesreisende Ferdinand Magellan. Magellan ble drept under denne trefningen som fant sted i strandkanten på nordsiden av Mactan.