I september 1342 ble Mikaels sønn Johannes III utropt til keiser etter et kupp, mens Mikael ble sittende i fengsel. Johannes III viste seg å være udugelig som keiser, og han mistet raskt støtten. Niketas Scholares dro med sine tropper til Limnia hvor Johannes evnukken nylig var blitt drept, og han løslot Mikael fra fengslet. Tilbake i Trapezunt ble Johannes III avsatt og sendt til St. Sabas-klosteret under bevoktning, mens Mikael ble kronet til keiser 3. mai 1344. En rekke av Johannes III’s støttespillere ble henrettet.