Fischer ble valgt til Østerrikes president den 25. april 2004 med 52,4% av stemmene. Motkandidat var den konservative Benita Ferrero-Waldner, daværende utenriksminister. Den 8. juli samme år ble han innsatt som president, to dager etter at forgjengeren Thomas Klestil døde. Fischer var den første sosialdemokratiske president i Østerrike på 18 år. Han ble 25. april 2010 gjenvalgt for en ny periode, med et flertall på 79,33 % av stemmene. Motkandidater var Barbara Rosenkranz (Freiheitliche Partei Österreichs) og Rudolf Gehring (Christliche Partei Österreichs).