I november 1943 ble det satt opp en egen domstol for korrupsjonssaker i Kassel med Morgen som etterforskningsdommer. Morgen etterforsket korrupsjon i Lublin, Oranienburg, Sachsenhausen, Herzogenbosch, Auschwitz, Plaszow og Dachau. Høsten 1943 ble han oppmerksom på massedrap i Lublin og Auschwitz. Han sendt først en undersøkelseskommisjon til Auschwitz og besøkte deretter leiren selv slik at han fikk førstehåndskunnskap om massedrapet. I 1944 ble sepsialdomstolen flyttet til fra Kassel til SS-hovedkontoret i München der det var en egen SS- og politi-domstol. Høsten 1944 var han i Krakow og i januar ble den lokale SS-domstolen flyttet fra Krakow til Breslau. Da sovjetiske styrker nærmet seg fra øst opphørte Morgens virke.