Da Fuchs forsto at han var avslørt kom han tidlig i januar 1950 med en serie tilståelser. Fuchs ble tiltalt for spionasje i mars 1950 og ble idømt 14 års fengsel for spionasjen under Manhattanprosjekt-perioden. Han mistet også sitt britiske statsborgerskap. Russerne benektet umiddelbart offisielt at Fuchs arbeidet for dem. Han beklaget at han drevet dobbeltspill overfor sine venner.