Yoder er best husket for sine refleksjoner om kristen etikk. Han avviste tanken om at menneskelig historie blir drevet av voldelig makt, og argumenterte i stedet for at det var Gud som jobbet med, i og gjennom ikkevoldelige grupperinger av kristne, som var den viktigste kraften i menneskelig historie. Om kirken i fortiden hadde inngått allianser med politiske herskere, var det fordi kirken da hadde mistet tilliten til sannheten.