Mikawa tjenestegjorde hos flåtens generalstab og på andre poster på land mellom april og september 1943. Fra 3. september 1943 til 8. juni 1944 hadde Mikawa kommandoen over 2. sydlige ekspedisjonsflåte fra Filippinene. Etter dette hadde han kommandoen over den meget beskjedne 13. luftflåte, også dette på Filippinene. På dette tidspunktet var det rimelig klart at Japan kom til å tape krigen. Etter slaget ved Leytebukten i oktober 1944, som i praksis eliminerte Japans marine kapasitet, ble Mikawa overført til tjeneste på land. Mikawa trakk seg tilbake fra aktiv tjeneste i flåten mai 1945.