Han gikk på Mount Vernon High School i to år og deretter flyttet han til Seattle og bodde sammen med familie og venner for å spille basketball på den katolske O'Dea High School. Neste vår ble han overført fra O'Dea til en annen katolsk skole ved navn John F. Kennedy Memorial High i Burien. Der spilte han på basketlaget og ble uteksaminert derfra i 1987. Etter high school, begynte Caviezel på Bellevue Community College, der han var friidrettsutøver i tillegg til å fortsette med basketball. Han skadet foten i sitt andre skoleår på College, noe som satte en stopper for hans håp om en basketballkarriere i NBA. Han ble senere overført til Universitetet i Washington hvor han vendte sitt fokus mot skuespill og ble medlem av studentforeningen Sigma Chi.