Han var sønn av Eskil Gøye til Skjørring og Sibylle Gyldenstierne, og ble født på Nyborg slott, hvor faren var lensmann. Han gikk på Herlufsholm skole, og i 1579 var han immatrikulert på Universitetet i Rostock. Siden fulgte han med Steen Maltesen Sehested til Nederlandene, hvor han tjente 3 år i krigen.