Nordfjorden og Sognefjorden, som begge strekker seg fra Norskehavet i vest og nesten til fylkesgrensa i øst, gjør at det aldri er langt fra fjell til fjord i Sogn og Fjordane. Dette, sammen med de høye fjellene, bestemmer mye av vassdragsnaturen i fylket, som består av mange, relativt korte og strie elver. Mellom de to lange fjordene ligger Jostedalsbreen, som forsyner mange store elver med vann, deriblant Stryneelva, Loelva, Oldeelva og Gloppeelva i Nordfjord, Jølstra og Gaula i Sunnfjord, og i Sogn; Jostedøla og Årøyelvi i Luster og Storelvi i Fjærland. Lenger øst i fylket, fra høyfjellsområdene mot Østlandet, faller Mørkrisdalselvi, Fortundalselva, Lærdalselvi, Aurlandselvi og Flåmselvi ned mot Sognefjorden.