I 1928 fikk kolonien et styre og stell bestemt av et eget . Guvernøren skulle etter dette oppnevnes for fire år. Et regjeringsråd med to valgte medlemmer skulle assistere guvernøren. Senere kom det et lovgivende råd der sju medlemmer var valgt. Mannlige statsborgere, menn som sto i spissen for husholdninger, skattebetalende kvinner og andre nærmere bestemte kategorier hadde stemmerett. Verken regjeringsrådet eller det lovgivende råd hadde noe å si i budsjettspørsmål. De to øyene utgjorde sammen én valgkrets ved valg til parlamentet i Lisboa. Elektoratet besto i 1967 av velgere. Øyene ble inndelt i to områder med hvert sitt lokalråd. São Tomé ble videre inndelt i sogn.