I Berlin tilbød kurfyrst Fredrik III, den senere Fredrik I av Preussen, ham en frihavn i Halle i Markgrevskapet Brandenburg med tillatelse til å undervise og lønn på 500 thaler. I Halle ble Thomasius en av grunnleggerne av det juridiske fakultetet ved Friedrichs-Universität Halle, jusprofessor og fra 1710 universitetsrektor. Han var en av universitetets mest avholdte lærere og en av sin tids mest innflytelsesrike skribenter. I 1709 ble han opptatt i geheimerådet.