I 1505 klarte Shaibani å innta Urgench etter en ti måneders beleiring, og han kontrollerte etter det Khwarazm. Herskeren i Herat, Sultan Husayn Bayqara forsøkte å samle en arme for å dra mot Transoxiana, men det ble mislykket. Da han døde i 1506 overtok hans to sønner Badi' al-Zaman Mirza og Muzaffar Husayn Mirza. De kjempet innbyrdes om makten (i Herat hvor deres maktbase var), men de ble forent i kampen mot usbekerne. De allierte seg med Babur som lovte å komme med sine styrker fra Kabul. De samlet seg ved Marghab-elva, men Babur trakk seg tilbake da han forsto at usbekerne var militært overlegne. I 1506 erobret Shaibani buen Balkh, og timuridene måtte trekke seg tilbake. I 1507 falt også Herat og dermed de siste rester av Timuridriket.