Ved krigsutbruddet i Norge den 9. april 1940 var DS «Sigurd Jarl» i Ålesund på nordgående. Rundturen nordover ble avbrutt, og skipet ble rekvirert av de norske myndighetene. 21. april 1940 ble DS «Sigurd Jarl» angrepet av et tysk bombefly mens hun lå ved Bolsøya i Moldefjorden, men ble ikke truffet. To dager senere, 23. april, lå skipet i Vågseterbukta nær Molde, da hun igjen ble angrepet av tyske fly. Denne gangen ble skipet truffet og sank. Alle ombord var forberedt på angrep, og ingen omkom. I november 1942 ble vraket hevet og kjøpt tilbake av NFDS for 160 000 kroner. Hun ble slept til Fredrikstad Mekaniske Verksted for å repareres, og verftet anslo reparasjonskostnadene til 1,7 millioner kroner. Rederiet var ikke villig til å bruke så mye penger, og besluttet derfor å ikke reparere vraket. I 1947 ble vraket solgt til Fredrikstad Mekaniske Verksted for 16 000 kroner, og i juli samme år videresolgt til Stavanger Skibs-Ophugnings Co. AS i Stavanger for opphugging.