Nesten to millioner hutuer flyktet til nabolandene Zaïre, Burundi, Tanzania og Uganda som følge av frykt for represalier etter RPFs maktovertakelse, noe som førte til en større flyktingkrise i regionen. I 1996 invaderte den RPF-ledede rwandiske regjeringen Zaïre for å slå ned på flere opprørergrupper bestående av hutuer som hadde flyktet dit etter folkemordet, og startet den første krigen i Kongo. Under krigen ble det drept anslagsvis hutuer. I dag har Rwanda to helligdager for å minnes folkemordet, og fornektelse eller historisk revisjonisme av folkemordet er en straffbar handling.