Museveni ble med i Milton Obotes militær etterretningstjeneste i 1970. Da Idi Amin kuppet seg til makten et år senere, måtte han flykte til Tanzania. I eksil dannet han sin egen motstandsgruppe (Front for National Salvation (FRONASA)), men samarbeidet med andre motstandsgrupper under krigen mellom Uganda og Tanzania i 1979; motstandsgruppene deltok her på Tanzanias side. Etter at man hadde fjernet Amin ble hans frihetskjempere del av den ugandiske armeen, men forble lojal mot Museveni.