I 1982 var Flores blant de første medlemmene av University of the Pacific Athletics Hall of Fame. I 1988 ble han innlemmet i Fresno County Athletic Hall of Fame. I 2007 ble han innlemmet i California Sports Hall of Fame, og i 2011 i California Community College Athletic Association Hall of Fame. I juli 2011 ble Flores tildelt Roberto Clemente Award for Sports Excellence, som utdeles av National Council of La Raza til latinamerikanske idrettsutøvere som har bidratt i samfunnet. I 2012 ble han også innlemmet i Bay Area Sports Hall of Fame.