Etter dette, og etter bare to år som erkebiskop av Atlanta, trakk Marino, som hadde trukket inn i en periode av isolasjon siden 1. juni 1990, seg fra sitt embede den 10. juli 1990. Han viste da til et behov for åndelig fornyelse, psykologisk terapi og medisinsk tilsyn. Deretter tok han en seks uker lang periode med rådgivning. Marino beholdt tittelen som erkebiskop og dro stille til Michigan og tok en stilling som kapellan ved i Alma i Michigan frem til 1995. Deretter og til sin død i 2000 arbeidet han i et rådgivningsprogram om seksuellt misbruk og stoffavhengighet ved i Harrison i delstaten New York.