Kopers italienske navn er avledet av latin , «Istrias hovedstad». I middelalderen het byen derimot , oppkalt etter den bysantinske keiseren Justinian II. Den hørte senere til patriarkatet Aquileia, til republikken Venezia og så, frem til første verdenskrig, til den østerriksk-ungarske delstaten Küstenland, hvorpå byen tilfalt Italia.