Under andre verdenskrig var Canfranc en vanlig fluktrute fra Vichy-Frankrike til Spania og videre til Portugal. Flere tusen jøder, blant andre Max Ernst og Marc Chagall, flyktet via Canfranc til Lisboa i det nøytrale Portugal. Stasjonen ble brukt av den franske motstandsbevegelsen og spioner. Tyske styrker tok kontroll over Canfranc i 1942. Den spanske regjeringen sendte wolfram til Tyskland via stasjonen og fikk bomber og granater i bytte.