Halvøya var et tynt befolka myrland inntil det på 1200-tallet, da det foregikk en del drenering og oppdyrking. På 1300-tallet ble det reist et kapell nær dagens Chapel House Street. Kapellet betjente trolig pilegrimer på veg mellom Canterbury og Waltham Abbey. En katastrofe inntraff da Themsen under en flom i 1488 oversvømte halvøya, som dermed for lange tider ble liggende udyrka. I middelalderen gikk halvøya under navnet (Stepney) Marsh. Hvorfor den fra slutten av 1500-tallet ble hetende Isle of Dogs, er ikke klart. Både Isle of Ducks, Isle of Dykes (på grunn av diker mot Themsen) og Isle of Docks har vært foreslått som forklaring. En annen forklaring er at Henrik VIII – som hadde et slott på andre sida av Themsen i Greenwich – hadde hundene sine her. Se over.