I 539 f.Kr. invaderte Kyros Babylonia. Nabonidus sendte sin sønn Belsassar for å møte en enorm persisk hær, men selv om Belsassar allerede var i mindretall, ble han forrådt av Gobyras, guvernør av Assyria, som byttet side. De babylonske styrkene ble nedkjempet i slaget ved Opis. Nabonidus flyktet til Borsippa, en by som lå 20 km fra Babylon, og den 12. oktober, etter at Kyros' ingeniører hadde avledet vannstrømmen fra Eufrat, «gikk Kyros' soldater inn i Babylon uten motstand». Belsassar ble henrettet kort tid etter, Nabonidus overga seg og ble deportert. Gutiske vakter ble plassert ved portene av det store tempelet til Ble hvor de religiøse seremoniene fortsatte uforstyrret. Kyros kom ikke før den 3. oktober, men Gobryas hadde fungert som leder i hans fravær og ble belønnet som posisjonen som guvernør av provinsen Babylon.