Viktige elver i Nea-Nidelvvassdraget er Nidelva, Nea, Rotla, Lødølja og Tya. Av større innsjøer kan nevnes Selbusjøen, Stor-Drakstsjøen, Sørungen, Storslindvatnet, Finnkoisjøen, Stuggusjøen, Esandsjøen og Sylsjøen.