Den 7. oktober 1900 ble Rupprecht forfremmet til generalmajor og overtok 10. oktober den 7. bayerske infanteribrigade i Bamberg. Den 11. juni 1903 nådde han graden generalløytnant. Den 27. januar 1904 overtok han 1. Königlich Bayerische Infanterie-Division, og den 19. april 1906 ble Rupprecht etter forfremmelse til General der Infanterie samtidig kommandør for I. Königlich Bayerisches Armee-Korps i München. Den 4. februar 1913 fulgte hans utnevnelse til generaloberst, og den 27. mars fikk han som etterfølger av sin onkel Leopold ansvaret for IV Armee-Inspektion.