Den keiserlige japanske hær ble kontrollert av den keiserlige hærs generalstab og av Krigsministeriet, som begge var formelt underordnet ​​Japans keiser som øverstkommanderende for hæren og flåten. Senere ble generalinspektoratet fra den militære (hær) flyvetjeneste det tredje organ med kontroll over hæren. I krigstid eller nasjonale nødsituasjoner skulle keiserens formelle kommandofunksjoner sentraliseres i det keiserlige generalhovedkvarter, et ad hoc-organ bestående av sjefen og visesjefen for hærens generalstab, krigsministeren, sjefen og visesjefen for flåtegeneralstaben, generalinspektøren for den militære luftfart og generalinspektøren for militær utdannelse.