Den 2. april forsøkte terrorister å sprenge skinnegangen til høyhastighetstoget AVE, men lyktes ikke med dette. Politiet identifiserte en leilighet i Leganés sør for Madrid som base for terrorister som stod bak både dette forsøket og Madridbombene. Tre mistenkte, Jamal Zougam, Serhane Abdelmaji og Jamal Ahmidan befant seg i leiligheten da politiet gikk til aksjon om kvelden 3. april. Da politiets aksjon startet utløste en av de tre en bombe som drepte alle de tre mistenkte og en politimann.