Schleswig-Holstein er i likhet med de skandinaviske land overveiende protestantisk. I 2000 tilhørte 63,8 % av befolkningen den evangelisk-lutherske kirke, mens 6,1 % var katolikker. Frikirkene har rundt 15 000 medlemmer, den danske kirken har rundt 6 800 medlemmer, 15 000 mennesker er muslimer og 1 800 jøder.