Fjørtoft fikk ikke fornyet kontrakt med Aalesund etter sesongen 2008. Fra 2009 til 2011 spilte han for Sportsklubben Herd, samtidig som han var trener for rekruttlaget. Tidlig i denne perioden fikk han kontraktstilbud fra flere klubber i Adeccoligaen, men ble værende i Ålesund fordi han mente det var best for familien. Foran 2012-sesongen melde han på ny overgang til Aalesund, der han etter planen skal bidra for rekruttlaget sammen med blant annet Trond Fredriksen.