Supersoldatgruppa G.I. Joe fortsetter å kjempe mot Cobra, og blir beskyldt for å være landssvikere av fienden Zartan, som fremdeles gir seg ut for å være den amerikanske presidenten. Zartan har nå alle verdenslederne på sin side, og den topphemmelige G.I. Joe-gruppa står i fare for å bli avslørt for hele verden.