Etter at Novgorod var blitt forent med storfyrstedømmet Moskva ble festningen forsterket og påbygd så den kunne stå imot kanonild. De fleste bevarte bygningsverkene i festningen stammer fra den perioden. Russiske styrker måtte oppgi festningen under den nordiske tyvefemårskrigen, men russerne fikk den tilbake i freden i Teusina i 1595.