Det er full religionsfrihet i Guinea-Bissau. Rundt halvparten av befolkningen tilhører animismen. Det vil si at de tror på tradisjonelle lokale religioner hvor man er svært opptatt av de avdøde og deres sjeler. Animistene mener at de avdødes sjeler gir en slags kontakt mellom folk på jorden og de åndelige. Det finnes også grupperinger innenfor katolisismen og islam. Religion er en svært viktig del av det daglige liv for innbyggerne.