Vinteren 1097–98 ble Antiokia beleiret av korsfarerne, og Yaghi-Siyan og hans sønn Shams ad-Dawla ba om hjelp fra Duqaq. Den 30. desember 1097 ble forsterkninger fra Duqaq beseiret av styrker som sanket mat for Bohemond av Taranto, og Duqaq trakk seg tilbake til Homs. Duqaq sluttet seg senere til Kerboga av Mosul for å angripe korsfarerne etter at de hadde okkupert Antiokia i juni 1098, men i løpet av slaget deserterte Duqaqs linje og Kerbogha ble beseiret. Duqaqs territorier i Jazira ble tatt av opprørske vasaller under okkupasjonen av Syria. Duqaq tok tilbake Diyarbakır i 1099.