Etter Terje Rød-Larsens korte tid som statsråd ble Rugaas overraskende utnevnt til ny statsråd i Planleggingsdepartementet den 29. november 1996. Departementet het Planleggings- og samordningsdepartementet fra 1. januar 1997, og Rugaas gikk av sammen med resten av regjeringen den 17. oktober 1997. Rugaas' fremste oppgave som statsråd var knyttet til prosjektet «Det norske hus», men dette kom det samlet sett lite ut av. Rugaas har selv uttalt at dette i hovedsak skyldtes knapphet på tid, da regjeringen måtte gå av da Rugaas hadde samlet personene han trengte.