Khan var sønn av sultan Muhammed Shah Aga Khan og hans kone prinsesse Andrée Aga Khan. Han giftet seg to ganger, men hadde ingen barn selv. Prins Sadruddin døde av kreft i en alder av 70 år i Boston, Massachusetts i 2003, og han ble begravet i Sveits. I samsvar med hans egne ønsker, ble Sadruddin begravet ved en privat seremoni. Sadruddin hadde en smak for kultur, musikk, kunst og litteratur. Han var en kjent skikkelse på musikkfestivaler og andre kulturelle begivenheter, både i Europa og i flere muslimske land. Hans bekymring for miljøet ble komplimentert av hans glede av å være utendørs. Han var en ivrig skiløper og en dyktig sjømann. I løpet av hans levetid samlet Sadruddin en av de største og fineste private samlinger av islamsk kunst i verden.