Klubben ble stiftet i 1903 som et resultat av sammenslåingen av tre klubber fra Aberdeen. Ikke før tiåret etter krigen, vant hvert av de store skotske trofeene under manager Dave Halliday. Dette suksessnivået ble overgått på 1980-tallet, da de under ledelse av Sir Alex Ferguson vant tre ligatitler, fire skotske cuper og en skotsk ligacup, sammen med de to europeiske trofeene. Aberdeen var den siste klubben utenfor Old Firm som vant en ligatittel, i 1984–85, og også det siste skotske laget som vant et europeisk trofé. Laget har hatt mindre suksess siden denne gylne æraen, selv om en 19-års ventetid på et stort trofé ble avsluttet med å vinne den skotske cupen i 2013–14, fulgt opp av flere andreplasser bak Celtic i ligaen i løpet av 2010-årene. Dette innebar at skotsk fotballs maktsentrum en kort periode var utenfor Glasgows Old Firm og kampene mellom Dundee United og Aberdeen fikk tilnavnet .