Innsettelsen av Joseph Bonaparte førte snart til et opprør, noe som ble slått hardt ned på av de franske troppene som okkuperte landet. Restene av den spanske hæren slo seg sammen med hertugen av Wellington og portugiserne i et forsøk på å drive franskmennene ut og gjeninnsette Ferdinand. Dette førte til en langvarig geriljakrig, der det ble opprettet en provisorisk «fri» spansk regjering i Sevilla. Etter en fransk offensiv måtte denne regjeringen flykte til Cádiz, der den hadde sete resten av krigen.