Kirksæter ledet avholdsbevegelsens politiske felleskomité i byen. Han var innvalgt i Trondhjem bystyre og formannskap for Edruelighetsvennene fra 1898 til 1901 og igjen fra 1904. Kirksæter var innvalgt på Stortinget fra kjøpstedene Trondhjem og Levanger fra 1901 til 1903, valgt for Venstre, og satt i Stortingets næringskomité. Fra 1907 til 1908 møtte han fast for statsråd Magnus Halvorsen fra Bakklandet krets i Trondhjem og Levanger; de var valgt i samarbeid mellom Venstre og Samlingspartiet for å demme opp for Arbeiderpartiet i kretsen. Også i denne perioden satt Kirksæter i næringskomiteen.