I 1566 tilkalte hertuginne Marguerite, som var Cujas' beskytter og i mellomtiden var blitt gift med Emanuele Filiberto av Savoia, ham til Universitetet i Torino. Herfra foretok han en reise til Venezia. Men han trivdes ikke i Italia og vendte tilbake til Frankrike i 1567. Her ble han igjen professor ved Universitetet i Valence. Under religionskrigene som brøt ut i Frankrike samme år måtte han søke tilflukt på slottet hos hertugen av Uzès i Vivarais, hvor han ble værende et år.