Josef Beran var den eldste av fire barn av skolelæreren Josef Beran og hans hustru Marie Lindauerová (født 16. mai 1866, niese av maleren Gottfried Lindauer). Farens inntekt var lav. Beran vurderte å studere medisin, men en religionslærer på skolen mente at han ville bli en god prest og brukte sin innflytelse for å sikre han passende utdannelsesplasser.