Utpå 80-tallet startet kommunen å sanere utslipp og redusere gjødslende avrenning til nedbørfeltet. Dessverre munner kommunens hovedkloakkutløp ut ved Uddu innerst i Sundsbukta (nær utløpet til Strømmen), og vil derfor påvirke vannet som sirkulerer med Botn. Fra 1992 brukes et bobleanlegg på 30 meters dyp for å tilføre oksygen og omfordele mer av vannutskiftningen til dypere vann. Det er også utført skjellskraping i Strømmen på privat basis. I dag anses Botnen for å være i brukbar stand, men den har store og uhåndterlige begrensninger i sin vannutveksling med indre Sundsbukta; tidevannsstrømmene i Trondheimsfjorden får ikke skiftet ut vannet der, så det samles opp brakkvann fra Botn og Skauga til overflatelaget blir tatt av vinden.