I 1614 ble han sendt i landflyktighet til portugisisk Macau da det ble gitt ordre om å deportere alle kristne fra Japan. Han studerte latin og teologi ved det teologiske lærested i Macau. Han hadde ikke særlige forhåpninger om å bli presteviet av de portugisiske kirkelige myndigheter, så han forlot skolen for å begi seg til Roma.