Han kom tilbake fra Tyrkia i 1563 og ble rådgiver ved keiser Ferdinands hoff i Wien, og lærer for hans sønn, den fremtidige keiser Maximilian II. Busbecq endte sin karriere som Elisabeth av Østerrikes vokter. Hun var Maximilians datter og den franske kong Karl IXs enke. Han fortsatte å tjene østerrikerne ved å følge de franske religionskrigene for Rudolf II. I 1592 forlot han endelig sin bolig i Mantes utenfor Paris til fordel for sin hjemstavn Vest-Flandern, men ble angrepet og ranet av medlemmer av Den katolske liga i nærheten av Rouen. Han døde noen få dager senere, og er gravlagt i et kapell i Saint-Germain-sous-Cailly. Hjertet ble balsamert og sendt til familiegravstedet i Bousbecque.