Etter overleveringen ble skipet satt inn i hurtigrutetrafikk mellom Bergen og Kirkenes. I 1955 kolliderte MS «Håkon Jarl» med kaien i Honningsvåg. I januar 1959 gikk hun på Marøyskjæret ved Rørvik, men ble trukket av og slept til Trondheim for reparasjon. I 1974 fikk skipet store vannskader etter at en sideventil ble slått inn under en storm ved Vardø. I 1976 kolliderte hun med kaien i Svolvær havn på grunn av maskinproblemer, med det resultat at roret ble slått av. Skipet ble igjen slept til Trondheim og reparert. I 1981 ble MS «Håkon Jarl» solgt til Ofotens Dampskibsselskab i Narvik for 8 millioner norske kroner, men beholdt navnet. I desember 1982 gikk skipet sin siste rundtur som hurtigrute, og ble erstattet av MS «Narvik». Samtidig gikk «Håkon Jarl»s besetning over på MS «Nordnorge».