På Australiadagen i 1998 var det en stor flom i byen, og området ble erklært en nasjonal katastrofe. Flommen oppstod på grunn av 300–400 mm regnvann fra syklonen Les som førte til at den allerede store Katherine-elva nådde en ny topp på 20,4 meter. Flomvannet oversvømte byen og store deler av regionen rundt, og mange av innbyggerne ble evakuert. Flommen dekka et område på 1000 kvadratkilometer, påvirka 1100 hjem og sperret mange av vegene inn og ut av Katherine. Tre personer druknet.