Hvalrådet ble organisert i to avdelinger. Den ene var vitenskapelig og ble til Statens institutt for hvalforskning ved Universitetet i Oslo. Den andre var administrativ instans som først var underlagt Handelsdepartementet, men ble overflyttet først til Industridepartementet og så til Fiskeridepartementet. Gjennom denne organiseringen arbeidet rådet for økt kunnskap om hval og hvalfangst samtidig som det en samordnende offentlig instans i spørsmål som vedrørte hval. Blant annet arbeidet rådet for å opprette International Whaling Statistics og forhandle frem internasjonale fangstavtaler for hval.