Midt i nasjonalparken ligger det fredede område Mols Bjerge, med Agri Bavnehøj som når opp i 137 meters høyde. Her er det utsikt til begge vikene og over mot Rønde og Århus; Mols Bjerge er forbundet med de øvrige områder mot nord ved Femmøller, og naturområdene omkring Lyngsbækgård som går videre opp til de store plantasjene i nord. Syd for Mols Bjerge blir området omkring Begtrup vig og dermed nordvestkysten av Helgenæs en del av nasjonalparken.