Ved presidentvalget i 2007 stilte Guterres som kandidat for FRETILIN. Han vant første valgomgang med 27,89% av stemmene, men i andre valgomgang tapte han for José Ramos-Horta som stilte som uavhengig kandidat. Ramos-Horta fikk 69% av stemmene mot Guterres’ 31%. Han aksepterte valgresultatet og gratulerte Ramos-Horta med seieren.