Fujimoris gjenvalg var imidlertid et vendepunkt i hans karriere. Etter flere år med økonomisk stabilitet og mindre terrorisme begynte peruanerne nå å bekymre seg mer om menneskerettigheter, pressefrihet og kvaliteten på demokratiet. Det ble også mer fokus på det økende antall misligheter som involverte Fujimoris sjef for etterretningstjenesten, Vladimiro Montesinos, og som førte til Fujimoris avgang i 2000.