Den katolske kirken fulgte med de første kolonistene. Innen 1504 fantes det to kirker, en katolsk skole og Santa Casa de Misericórdia var til stede med et hospital. Utover første del av 1500-tallet ble ni prestegjeld opprettet, hvorav et på Príncipe. Prestene drev også handel, inkludert slavehandel, eide jord og var involvert i konflikter med de politiske myndighetene. São Tomé bispedømme ble grunnlagt i 1534 som det nest eldste i Afrika, men den første biskopen ankom først i 1554. Bispedømmet var underlagt Funchal bispedømme på Madeira til 1597, deretter Lisboa. Fra 1677 til 1844 var det underlagt Bahia erkebispedømme i Brasil. Mange forroer utdannet seg til prest i Bahia. Det utviklet seg et saotomesisk presteskap, som også satt sitt preg på domkapittelet. Ofte var domkapittelet i konflikt med den europeiske biskopen.