I 1933 flyttet han til Bærum, og i 1934 ble han på en landskonferanse valgt til formann i NKP. Bakgrunnen for dette var delvis skuffelse over valgresultatet ved stortingsvalget i 1933 og delvis behovet for en leder med stor autoritet i et parti som var preget av spenninger mellom to fløyer. I 1935 reiste han på Kominterns 7. kongress, og i 1937 ble han æresmedlem av Sovjetunionens Venner. NKP var imidlertid på denne tiden et svært svekket parti, og ble stadig svakere under Egede-Nissens ledelse. I motsetning til hva som hadde vært tilfellet med Christopher Hornsruds regjering i 1928, valgte NKP å støtte Johan Nygaardsvolds regjering da den tiltrådte i 1935, og ved valget i 1936 stilte partiet bare lister i Bergen, uten å bli valgt.