E39, hovedveien fra Trondheim til Stavanger, går gjennom Molde langs Fannestranda fra øst og nord og fortsetter mot sør ved fergen Molde – Vestnes, et av landets travleste fergesamband. Fylkesvei 64 forbinder byen med Åndalsnes, endestasjon for Raumabanen, samt E136 i sør, og med Hustadvika (kommune) og Averøy i nord. Øykommunene i vest er forbundet til Molde med fylkesvei 662.