Det polske nederlaget i krigen i september 1939 tvang Mościcki til å gå av. Mościcki gikk av som president da invasjonen førte til at han måtte forlate hovedstaden. Han utnevnte, ved et dekret utstedt i Kuty 17. september, Władysław Raczkiewicz til sin etterfølger, i henhold til grunnloven av 1935. Mościcki flyktet deretter til Romania. Han flyktet først til Romania, og derfra reiste han i desember 1939 til Sveits, hvor han døde i oktober 1946.