Det andre store jernbaneprosjektet er (), eller AlpTransit, som med konstruksjon av nye tunneler skal forbedre de nord-sørgående jernbaneforbindelsene gjennom Alpene. Utbyggingen vedrører to hovedforbindelser via Gotthard og Lötschberg. Lötschberg-tunnelen ble åpnet for passasjer og godstrafikk den 9. desember 2007. Gotthardtunnelen forventes å åpne i 2016, og vil med sine 57 km bli verdens lengste tunnel. Kjøretiden mellom Zürich og Milano vil da bli én time kortere.