Siden 2001 er basen blitt benyttet som leir for fanger pågrepet under krigen mot terrorisme. Den 20. januar 2002 publiseres bilder fra som opprører folk over hele verden, og fører til anklager om at USA benytter grove forhørsmetoder og tortur ved denne leiren. Amnesty International sier at forholdene i leirene faller langt under internasjonale - og amerikanske - minimums-standarder for behandling av fanger, og at fangene blir utsatt for tortur og mishandling. FN sier i en uttalelse at USAs behandling av fanger som er tatt i Afghanistan og brakt til Guantánamo bryter med folkeretten.