Sommeren 1942 oppsto en konflikt om jøder på tvangsarbeid i krigsinnsatsen skulle spares eller drepes. Himmler sendte i juli 1942 et hemmelig brev til Krüger som begynte å hente jøder fra blant annet krigsindustrien for å drepe dem, noe som ledet til protester fra industrilederne. Schöngarth og Frank var enige om jødiske tvangsarbeidere ikke lot seg erstatte og jødepolitikken i Polen burde bli mer liberal. Sommern 1942 ble Schöngarth gransket etter mistanke om underslag. I forbindelse med granskingen ble Schöngarths venn Pieter Menten etterforsket for kunsttyveri og på Himmlers ordre utvist fra Generalguvernmentet (Menten fikk ta med seg verdigjenstandene han hadde stjålet blant annet fra jødiske familier i Lemberg). Menten hadde medvirket i Schöngarths drapsskvadron i Lemberg. Høsten 1942 klaget Krüger over at Schöngarth hadde for godt forhold til den sivile administrasjonen under Frank. Himmler ville sparke Schöngarth, men utsatte det for ikke å forsterke inntrykket av utbredt korrupsjon i Generalguvernementet. Tidlig i 1943 ble han forfremmet til SS-Brigadeführer og generalmajor i politiet (tross at han var upopulær i SS-ledelsen). I april 1943 argumenterte han for å en mindre brutal politikk i Polen fordi den skapte økende motstand i befolkningen, et synspunkt som var i motstrid med Himmlers og Krügers linje. I juli 1943 ble han brått avsatt som sjef for sikkerhetspolitiet og i september 1943 som en disiplinært tiltak overført til luftvernartilleriet i München. I Generalguvernementet ble han erstattet av Walter Bierkamp.