Etter den tyske invasjonen i Norge 9. april 1940 forsøkte organisasjonen med sin leder Victor Mogens å fungere som et politisk alternativ. Fedrelandslaget ble oppløst etter rikskommissær Terbovens tale den 25. september 1940 da han utnevnte sine kommissariske statsråder. Arkiver skal ha blitt brent. Som med de fleste organisasjoner, gikk en del av medlemmene i Fedrelandslaget inn i NS, særlig noen av de yngre. Organisasjonens daværende generalsekretær Lars Hasvold ble en sentral del av miljøet omkring NS-politikeren og seinere næringsministeren Alf Larsen Whist. Det store flertallet av medlemmene i laget hadde derimot sterk antipati mot NS, og mange deltok aktivt i motstandskampen. En sentral mann i organisasjonen fram til oppløsningen i 1942, overrettssakfører Otto Skirstad, ble skutt av tyske okkupasjonsmyndigheter i 1942. Formannen for Oslolaget; Harald U. Sverdrup-Thygeson, drev illegalt arbeid og ble tatt og fengslet for dette samme året.