Den 15. februar 1855 ble Mensjikov fjernet fra kommandoen, og ble erstattet av fyrst Mikhail Dmitrijevitsj Gortsjakov. Mellom desember 1855 og april 1856 holdt han stillingen som generalguvernør i Kronstadt og pensjonerte seg kort tid senere. Han fikk etter sin død et dampskip oppkalt etter seg.