Halikarnassos besto opprinnelig av kun en liten øy i nærheten av kysten som var kalt Zephyria, noe som også var det opprinnelige navnet til bosetningen og er i dag stedet for den store Sankt Peter-festningen, bygget i 1404 av hospitallerordenen av Sankt Johannes fra Rhodos (senere kjent som Malteserordenen). I løpet av tiden ble øya en del av fastlandet og byen utvidet seg til den også innbefattet Salmakis, en eldre by opprinnelig tilhørende legerne og karierne, og ble lokaliseringen av en senere byborg.