Den 1. september 2015 mottok han Aachen-fredsprisen sammen med imamen Oumar Kobine Layama for deres forpliktelse til å prøve å løse den væpnede konflikten i Den sentralafrikanske republikk fredelig og deres innsats for å fremme forståelse mellom religioner. Erkebiskopen ga imamen og ytterligere 10.000 flyktninger asyl på kirkelig grunn da det stod på særlig ille. Begge forhandlet ofte personlig med opprørere og oppnådder løslatelse av gisler, uavhengig av deres religiøse tilhørighet. Ved starten av konflikten i 2013 ble erkebiskop Nzapalainga selv satt i fare ved flere anledninger.