Couture innovative tekniker fikk mye oppmerksomhet, og på slutten av 1840-tallet til 1850-tallet bestilte både regjeringen og kirken veggmalerier. Han avsluttet allikevel aldri de to første oppdragene, mens det tredje fikk blandet kritikk. Opprørt av det ufordelaktig mottagelsen av hans veggmalerier forlot han Paris i 1860, for en tid å vende tilbake til sin hjemby i Senlis. Der fortsatte han å undervise unge kunstnere som kom til ham. I 1867 pekte han nese til akademikerne gjennom å publisere en bok om sine egne idéer og arbeidsmetoder.