Han var bror av Selevkos VI Epifanes og var selv en mindre deltager i borgerkrigene som skygget for de siste årene av det en gang som storstilte Selevkideriket, nå redusert til lokale dynastier i Syria. Som følge av hans brors nederlag i 95 f.Kr. overfor en annen bror, Antiokos X Eusebes, bestemte Antiokos XI Epifanes sammen med enda en bror, Filip I Filadelfos, å ta hevn. De beleiret byen Antiokia, men etter at dette hærtoktet feilet, ble Antiokos XI tvunget til å flykte. Da han forsøkte å krysse elven Orontes overskrevs på sin hest, forulykket han og druknet. Året var 92 f.Kr.