Det øverste nivået er koret. Nok en gang går man opp en trapp. Chatauneufs mening var at de fem vinduene i koret skulle være mye større. De skulle fylle hele buen. Von Hanno endret dette i sine tegninger. Det er ukart om årsaken til endringen var behovet for å spare penger eller om det var pga. den tekniske utfordringen det var å få relativt tynne søyler til å bære vekten av taket. Planen var at det bare skulle være klart glass i vinduene. Lyset i seg selv var hovedpoenget, mer enn bilder. Da det senere ble foreslått å sette inn glassmalerier ble det stor uenighet. I en nygotisk kirke skulle vinduene være lysbærere uten bilder. De som ville ha glassmalerier vant imidlertid kampen. Noen ville endog ha glassmalerier i alle vinduene.