Det var lang tradisjon for at studenter og akademikere fra universitets- og høyskolemiljøet fylket seg bak fanen, som ble oppbevart ved Studentersamfunnet i Bergen. Studentersamfunnet var våren 1969 dominert og styrt av Rød Front, og de ville delta i Hovedprosesjonen under Wergelandsfanen, men de krevde også å få bære med seg plakater og bannere med politiske slagord og paroler. 17. mai-komiteen nektet, og Studentersamfunnet reagerte med å ikke utlevere den omstridte fanen. Det var stillingskrig i fire år, hvor også rettsapparatet ble involvert. Gulating lagmannsrett dømte i 1973 Studentersamfunnet til å gi fra seg klenodiet. Fra 1973 og frem til 2011 var det Universitetet i Bergen som bar Wergelandsfanen, før disposisjonsretten ble ført tilbake til Studentersamfunnet i 2011.