I 1827 hadde Robert Darwin fått nok av sønnens manglende fremgang i studiene og fikk ham innskrevet ved Christ's College i Cambridge. Der skulle han studere til en bachelor i filosofi, noe som ville kvalifisere ham til anglikansk prestetjeneste. Darwin var ingen spesielt ivrig teolog, og fant forelesningene uinspirerende og kjedelige. En skarp naturalistisk filosof ved navn Robert Grant hadde en viss formende innflytelse på ham; Grant var en fritenker som holdt fysiske og kjemiske krefter for å være drivkraften for livets opphav og utvikling.