Perioden med ny tilpasning til Henrik VI fra oktober 1470 og fram til april 1471, og perioden mellom hennes fars død i 1483, da hun var 17 år, og freden mellom hennes mor og hennes onkel Rikard III var en voldelig og urolig mellomspill h hva som for henne ellers var et fredfylt liv. Hennes to brødre forsvant, «prinsene i Tower», deres skjebne er ukjent, men de ble antagelig myrdet av deres onkel Rikard III slik at han selv kunne bli kronet som Englands konge. Hun ble ønsket tilbake til hoffet av Rikard III sammen med alle hennes søstre. Som en prinsesse fra huset York kunne den endelige seieren til huset Lancaster virket som den totale katastrofe, men Henrik Tudor forsto betydningen for støtte fra huset York og lovte å gifte seg med henne før han kom til England fra Frankrike med en hær. Det var en betydningsfullt signal, men det ga ham ikke den ønskede støtte fra York. Med nederlaget til Rikard III kunne Henrik gifte seg med Elizabeth og således grunnlegge huset Tudor. Ekteskapet var meget populært da foreningen av Yorks hvite rose og Lancasters røde rose ble sett på som den endelige freden etter år med dynastisk krig.