Frusciante utviklet alvorlige narkotikavaner i løpet av turnelivet med bandet. Han fant ut at Flea var «høy» på hver eneste konsert, noe som fikk ham til å gjøre det samme selv. Under innspillingen av begynte Flea og Frusciante å røyke marihuana sammen. Bruken av heroin økte også. Sommeren 1992 utviklet Frusciante en dyp depresjon. Han gav opp mye av musikken, og begynte i stedet å male, tegne og skrive historier. Han økte bruken av narkotika for å dekke over tiden han var ulykkelig, noe som gjorde at han var høy nesten hele tiden. Selv om han innrømmer at han var en «junkie» angrer han ikke. Frusciante uttalte at narkotika var; «den eneste måten du kan stå nær skjønnheten istedenfor å la verdens stygghet ødelegge sjelen din.» Han var nesten helt borte fra offentligheten fra 1992 til 1997.