Limonen dannes når geranylpyrofosfat mister sine fosfatgrupper og blir et positivt ladet ion. Den positive ladningen er konsentrert i den enden der fosfatgruppene tidligere satt og den attraheres til valenselektronene dobbeltbindningen på den andre siden, noe som får hele molekylet til å bøye seg og danne et syklisk molekyl.