Høsten 1856 reiste Dvořák til Česká Kamenice, antakelig for å bli bedre i tysk og forberede seg til å begynne på den tyskspråklige orgelskolen i Praha. Fra oktober 1857 gikk han to år på orgelskolen ved siden av skolegang i , samtidig som han spilte bratsj i under ledelse av Anton Apt. Dvořák ble uteksaminert fra orgelskolen i 1859 som nest best i sitt kull.