Etter en årrekke med underskudd var Magasin i økonomiske vanskeligheter. Den største aksjonæren, Jyske Bank, ønsket ikke å bidra økonomisk, og familiefondet hadde ingen penger. De to storaksjonærene laget i 1999 en handlingsplan som skulle skaffe kontrollen over selskapet tilbake til familien og finne en kjøper til bankens eierandel. For å redusere sin gjeld begynte selskapet i 2001 å skille seg av med en rekke investeringseiendommer, og i 2004 ble de eiendommene hvor avdelingene på Kongens Nytorv og i Lyngby hadde lokaler, solgt til henholdsvis Jyske Bank og HSH Nordbank for knapt 1,5 milliarder kroner, og i stedet ble det inngått leasingavtaler med tilbakekjøpsrett (en såkalt «»-avtale). Også avdelingen i Aalborg, som lenge hadde blitt drevet med underskudd, ble stengt i 2004.