Pius' forsvarere peker på at Den katolske kirke tidlig markerte avstand til det nasjonalsosialistiske styret, blant annet gjennom , at kirken ble forfulgt både i Tyskland og i okkuperte områder, samt at kirken skjulte jøder blant annet både i Vatikanet og i Castel Gandolfo. I ettertid kan paven bli oppfattet som passiv og taus, men blant annet erfaringene fra kirkens protester overfor jødeforfølgelsene i Nederland, satte paven i dilemmaet mellom «store ord og kloke handlinger», mellom høylytte protester og stille diplomati. Pius har blitt forsvart av blant andre jesuittene Burkhart Schneider og Robert Graham.