Joachim N'Dayen studerte filosofi og katolsk teologi i Brazzaville og ved Universitetet i Strasbourg. Han fullførte også studier ved . Den 22. juli 1961 ble han presteviet for erkebispedømmet Bangui. Etter videre studier ved universitetet i Strasbourg oppnådde han et diplom i kanonisk rett i 1962 og en lisensiat i katolsk teologi i 1963. N'Dayen underviste deretter ved gutteseminaret i Sibuto.