Etter at Krim ble annektert av det russiske imperiet, var Usjakov personlig satt til å overvåke byggingen av en russisk marinebase i Sevastopol og bygging av dokkene i Kherson. Under den andre russisk-tyrkiske krig briljerte han da han og mennene hans beseiret tyrkerne ved Fidonisi, Kertsj-stredet, Tendra, og ved Kapp Kaliakra.