Katarina nektet å anerkjenne annulleringen og tok saken for domstolen, men utfallet var gitt, og hun ble tvunget til å forlate hoffet. Hun ble skilt fra sin datter, som ble erklært illegitim og sendt av sted til en beskjeden tilværelse på fjerntliggende steder som More Manor i Hertfordshire, Buckden Towers og til sist Kimbolton-slottet, i håp om at hun ville anerkjenne annulleringen av sitt ekteskap. Det gjorde hun aldri, men signerte sitt siste brev slik hun alltid hadde gjort: «Katarina, dronning av England». På denne tiden var hun kanskje klar over at Henriks ekteskap med Anne hadde begynt å slå sprekker, og kan ha fattet håp om en forsoning med kongen.