Bendix Ebbell var sønn av kongelig fullmektig Johan Peter Ebbell (1828 – 1895) og Petronelle Marie Hansen (1826 – 1917). Han ble student i 1863, cand.theol. i 1888 og cand.med. 1892. I 1894 ble han gift med Anna Margrethe Dahle, datter av madagaskarmisjonær og senere generalsekretær Lars Dahle i Det norske misjonsselskap. Fra 1893 til 1912 var han misjonslege på Madagaskar, deretter kom han hjem og ble distriktslege i Sandnes, så distriktslege i Hetland fra 1918 til 1935. Fra 1917 til han ble pensjonist i 1935 var han også fylkeslege i Rogaland. Han var medlem av kontrollkommisjonen for Dale asyl fra 1913 og medlem av hovedstyret for Det norske misjonsselskap fra 1924 til 1936. Fra 1937 var han medlem av Vitenskapsakademiet i Oslo. i Bekkefaret i Hillevåg bydel i Stavanger er oppkalt etter ham.