Under hans «terrorregime» drev Macías Nguema nærmest et folkemord mot Bubi-minoriteten i landet, som utgjorde størstedelen av befolkningen på Bioko. Han førte så sine egne stammefolk, Fang, til Malabo. De siste årene han styrte ble Ekvatorial-Guinea kalt «Afrikas Auschwitz», og store deler av innbyggerne i byen flyktet sammen med om lag en tredjedel av innbyggerne i landet. Malabo er ennå ikke bygd fullstendig opp igjen etter denne perioden.