Merulo arbeidet først som organist i Brescia (1556), året etter fikk han en av tidens mest prestisjefylte musikkposter som andreorganist i Markuskirken i Venezia. Han må ha vært en svært dyktig organist, for søkerlisten inneholdt bl.a. størrelser som Andrea Gabrieli. Merulo etterfulgte Annibale Padovano som førsteorganist i 1566, og denne gangen fikk Andrea Gabrieli posten som andreorganist.