Så snart Yousef ankom Manila sammen med andre «afghanistan-arabere» som opprettet celler i Manila, begynte han å bygge bomber. Yousef hadde dukket opp i Singapore med Shah tidligere på høsten 1994, og skaffet seg visum til Filippinene der. Han forlot Manila for flere dager, men ble møtt av islamistiske utsendinger da han kom tilbake til Metro Manila. De bad ham da om å angripe USAs president Bill Clinton, som skulle besøke Filippinene den 12. november 1994 som del av en femdagers rundreise i Asia. Yousef vurderte flere måter å få drept presidenten på, som å plassere atombomber ved bilkortesjens rute, avfyre et Stinger-missil mot Air Force One eller presidentens limousin, avfyre ballistiske raketter mot Manila og drepe ham med det kjemiske våpenet fosgen. Han oppgav planene idet de forekom ham for vanskelige å gjennomføre mot presidenten. Men han inkorporerte som et nytt element i Bojinkaplanen å i stedet drepe Paven.