Frentzen ble født i Rheydt i den vesttyske byen Mönchengladbach i Nordrhein-Westfalen, som sønn av en tysk begravelsesagent og en spansk mor. Etter 5 år i gokart kom Frentzen i 1986 som 18-åring inn i den tyske Formel Ford 2000 serien. Som i hans gokartkarriere var Frentzens viktigste støttespiller hans far, som var både teamsjef og hovedmekaniker. Etter to sesonger i Formel Ford kom han på andreplass i 1987, til tross for at han ikke hadde deltatt i alle løpene.