I september 1977 ble Bhutto arrestert for å ha beordret et drap på en politisk motstander i 1974. Bhutto hevdet at påstandene var usanne, men ved domstolen i Lahore ble Bhutto funnet skyldig og dømt til døden. Høyesterett opprettholdt dommen med flertallet 4-3, og til tross for internasjonale protester ble Bhutto henrettet ved hengning i april 1979. Ali var far til senere statsminister Benazir Bhutto.