Mens han gikk på Jackson State spilte Payton med flere fremtidige profesjonelle amerikansk fotballspillere, inkludert romkameraten Rickey Young samt Jerome Barkum, Robert Brazile og Jackie Slater. Som en spiller for Jackson State Tigers løp Payton for over 3 500 yards, i snitt 6,1 yards per løp, og satte en skolerekord for touchdowns på løp i en karriere med 65. I 1973 satte han en skolerekord med 24 touchdowns på løp, og ble utpekt til Black College Player of the Year. Han vant prisen igjen i 1974, da han også ble utpekt til All-American Team for '74-sesongen. Payton ble uteksaminert i 1975 med en bachelorgrad i kommunikasjon.