Puducherry-enklaven ble grunnlagt i 1674 av , Det franske ostindiske kompani, på territorium kjøpt året før av sultanen av Bijapur. I perioden 1693-97 var byen besatt av nederlenderne som følge av krigene mellom Nederland og Frankrike, men ved freden i Rijswijk i 1697 fikk Frankrike byen tilbake. Britene, som på 1700-tallet kjempet med franskmennene om kontrollen over India, okkuperte byen ikke mindre enn tre ganger i løpet av 1700-tallet, og holdt da byen i flere måneder hver gang.