HPV-genomet består av seks åpne leserammer (Eng. Open reading frame: ORF) som koder for E-proteiner (), to ORFer som koder for L-proteiner ( og ), og en ikke-kodende region. “E”-proteiner er uttrykt tidlig i virusets livssyklus, mens "L"-proteiner uttrykkes senere. Etter at vertcellen er infisert vil alle tidlige ORFer bli transkribert. RNAet vil deretter gjennomgå RNA-spleising for å lage flere like viruskopier.