Til tross for sine overordnedes advarsler konsoliderte ikke Leclerc sin seier ved å avvæpne Toussaint-Louvertures tidligere offiserer, og den svarte og farvede befolkningen gjorde på ny opprør da de hørte nyheten om at slaveriet hadde blitt gjeninnført på Guadeloupe, noe som fikk mange til å tro at det samme kunne skje på Saint-Domingue, og som førte til fornyet sterk folkelig motstand mot franskmennene. Leclercs rapport om antiopprørsfelttoget inkluderte setninger som "siden terror er den eneste ressursen jeg har igjen, bruker jeg det" og "vi må ødelegge alle fjellnegerne, menn og kvinner, og bare spare barn under tolv år". Han sto overfor en nyorganisert og mektig motstandsbevegelse, men døde av gul feber på Tortuga i november 1802, sykdommen som også effektivt ødela Leclercs ekspedisjonsstyrke.