Fiske fortsatte å være en betydelig inntektskilde for øya. Et lite antall enorme supertrålere skrapte havet for fisk og gjorde enkelte svært rike på utnyttelse av havressursene. Det ble sagt at på 2000-tallet hadde Whalsay flere millionærer per innbygger enn noe annet sted i Storbritannia. En skandale rammet øya i 2012 da flere lokale fiskere ble dømt for «kynisk og avansert» fiskesvindel ved at flere fiskere ble dømt for å ha underrapportert fangstene sine i strid med EUs kvoter og ulovlig fangst av fisk verdt millioner av pund.