Fra tidlig på 1500-tallet søkte kong Christian II å svekke erkebispesetets makt i Norge. Erkebiskopens setesvenner ble skattlagt, kirkens domsrett ble begrenset, og geistlighetens adgang til å drive handel, ble innskjerpet. Valkendorf var utnevnt av kongen selv, ikke domkapitlet, men ønsket i 1521 å tale kirkens sak for kongen. Da Valkendorf reiste sørover, gikk stiftsstyret over til domkapitlet, hvor Olav Engelbrektsson var formann. Uvær tvang Valkendorf i havn i Amsterdam, hvorpå kongen anklaget ham for å rømt landet og ranet domkirken. Valkendorf bestemte seg for å reise til Roma for å søke gehør hos paven.