Bäumer var høsten 1892 lærer i Kamen i Westfalen, og flyttet deretter til Magdeburg. I Magdeburg ble hun som kvinne utelukket fra lærerforeningen. Hun etablerte deretter i 1896 Magdeburg lærerforening for kvinner. I Magdeburg ble hun kjent med Helene Lange, leder av den borgerlige kvinnebevegelsen. I denne perioden kom hun også inn i kretsen til Friedrich Naumann, som fikk stor innflytelse på Bäumers politiske liv.