Tre uker senere kom tre bysantinske galeier med tropper under ledelse av Scholarioi-militsens ledere Niketas Scholares og Gregorios Meitzomates og medbringende Annas onkel Mikael Megas Komnenos fra Konstantinopel. Scholarioiene, som var en sterk maktfaktor i Trapezunt, ønsket Mikael som keiser, og han kom med keiserlig bysantinsk støtte for å gifte seg med Anna. Adelen i Trapezunt ønsket imidlertid ikke en sterk mannlig keiser, og de sørget for at han samme dag ble arrestert og satt under bevoktning av den mektige «megas doux» Johannes evnukken av Limnia. Styrker som var lojale mot Anna sørget for å plyndre skipene til Mikael. Anna forble på tronen, mens riket i realiteten ble styrt av en håndfull mektige aristokrater.