Booth ble forfulgt av nordstatssoldater gjennom det sørlige Maryland og over elvene Potomac og Rappahannock til Richard Garretts gård i nærheten av Bowling Green, Caroline County, Virginia. Tidlig om morgenen den 26. april 1865 klarte soldatene å omringe Booth. Innestengt i et tobakkslager nektet Booth å overgi seg, og Everton Conger ga da ordre om å sette fyr på lagerbygningen. Sersjant Boston Corbett skjøt Booth og såret ham dødelig i halsen. Booth ble dratt ut av det brennende låvebygget og døde på gårdsbygningens veranda. Han levde i flere timer og tryglet i store smerter: «» Corbett fikk senere en belønning på $1 653,85 for sitt skudd.