Etter en tid ved Grafeneck ble han overført til Brandenburg an der Havel der den første gassingen med karbonmonoksid gjennomført ved årsskiftet 1939-1940; og det var der man begynte å kamuflere gasskamrene som dusjrom. Irmfried Eberl var medisinsk leder. Midt i 1940 ble Wirth forfremmet til inspektør for alle avlivingssentrene innenfor T4. Blant personalet fikk han omdømme som uvanlig hensynsløs. I september 1940 ble funksjonshemmede og sinnslidende jøder gasset ihjel i Brandenburg-senteret. I 1941 medvirket Wirth i "eutanasi" i annekterte, vestlige deler av Polen. Oberhauser (i 1962) beskrev Wirth som en mann med jernvilje og ubetinget lojalitet til Hitler; ifølge Oberhauser var Wirth helt følelseskald og hensynsløs. Oberhauser uttalte i 1962 at det var ved utryddelsen av jødene at Wirth virkelig var i sitt rette element. Stangl og Oberhauser kan, av egeninteresse, etter krigen ha forsøkt å distansere seg fra bøller som Wirth.