Wehrmacht tok over festningen og brukte den som en del av Oslos forsvar. Den tyske okkupasjonsmakten la ut ubåtnett i fjorden som hadde mulighet til å åpnes når tyske konvoier skulle passere. Festningen var under tysk kommando til den 12. mai 1945, da den ble overlevert til Milorg. Tysk utstyr som var i god stand forble i bruk fram til 1990-årene.