I løpet av sin karriere fullførte Fitzpatrick 384 av 641 pasninger (59,9%) for 5 234 yards, 39 touchdowns og 21 interceptions. Han hadde 1 487 yards og 16 scoringer på 365 løp (4,1 yards per løp) og hadde samlet 5 721 yards, med et snitt på 224 per kamp, i løpet av 30 kamper. Han er nummer to på Harvards toppliste for fullførte pasninger, touchdowns, pasningsyards og prosentandel fullførte pasninger, kun bak Neil Rose (5 949 yards, 41 touchdowns, 455 fullførte pasninger, 62,4% 1998–2002). Hans 641 pasningsforsøk er #4 i universitetets historie. Med 1 006 plays totalt for 6 271 yards slo han skolerekorder holdt av Mike Giardi (1 005 plays 1991–93) og Rose (6 519 yards). Han ble også den første quarterbacken fra universitetet til å nå over 1 000 yards på løp.