I 1945 utnevnte pave Pius XII ham til coadjutorbiskop til Bredas biskop Hopmans og titulærbiskop av . Den 18. februar 1951 overtok han som ordinarie biskop av Breda. Baeten lot bygge mange nye kirker i bispedømmet, som var blitt hardt rammet under andre verdenskrig. Han deltok på den første sesjon av Det andre Vatikankonsil.