Likevel ble all tid og ressurser brukt til å holde ro og orden mellom nord og sør. Med sin diplomatiske linje støtte han fra seg sine tilhengere både i sør og nord, og han hadde nok selvinnsikt til å ikke prøve seg på renominasjon. Han var også lite aktiv i valgkampen i 1860. Da Abraham Lincolns valgseier ble klar, løsrev elleve stater seg fra unionen. Buchanan kalte dette forræderi og brudd på den amerikanske grunnloven, men forholdt seg ellers passiv. De siste ukene som president opplevde han at både finansministeren og krigsministeren dro til sør for å starte krig mot Unionen.