Arkivet etter Generalkirkeinspeksjonskollegiet ligger delvis i det danske riksarkivet (DRA) og delvis i det norske riksarkivet (NRA). Protokollrekkene, konseptene og innkomne brev som ble behandlet i kollegiet, er felles for begge riker, og de oppbevares derfor i DRA. Men NRA har mikrofilm av hovedprotokoller, kopibøker og journaler. Noe av arkivmaterialet er gått tapt ved brannen i Vaisenhuset i København i 1795.