Suharto beholdt makten frem til 1998, da han måtte gå av på grunn av et massivt press grunnet utbredt korrupsjon og økonomiske problemer. Bacharuddin Jusuf Habibie (født 25. juni 1936) ble Indonesias tredje president i perioden 1998-1999. Han ble avløst av Abdurrahman Wahid den 20. oktober 1999. Wahid var president frem til 23. juli 2001. Da overtok Sukarnos datter Megawati Sukarnoputri presidentvervet. I 2004 vant Susilo Bambang Yudhoyono presidentvalget da han slo Soekarnoputri. Med dette ble Yudhoyono Indonesias første president noensinne som var valgt direkte av folket.