Det er den utøvende komitéen (EC) i ICMI som avgjør hvor hver enkelt kongress skal finne sted. Videre er det en internasjonal programkomité som planlegger det vitenskapelige programmet for hver kongress. Denne programkomitéen blir utnevnt av ICMIs utøvende komité, men den arbeider uavhengig av denne. For å sikre at kongressene følger de generelle prinsippene for ICMI, har programkomitéen som oftest noen representanter fra ICMIs utøvende komité. Det praktiske og økonomiske ansvaret for organiseringen av hver enkelt kongress ligger på den lokale eller nasjonale organisasjonskomitéen, som igjen må forholde seg til de generelle prinsippene for ICMI.