I 1864 fikk Kropotkin tilbud om geografisk arbeid i en annen region. Han takket ja, lykkelig over endelig å kunne forlate sin post. I 1866 forlot han militæret, etter at han hadde sett militære slakte en liten gruppe flyktende opprørere som ikke utgjorde noen trussel. Samtidig så han hvor ekstreme forholdene i gullgruven Lena var. Han fordypet seg i verker av John Stuart Mill og Pierre-Joseph Proudhon.