Under andre verdenskrig satt han i Centralkomiteen, som ble opprettet 16. april 1940 og fikk i oppgave å organisere arbeids- og næringslivet og forhandle med tyskerne. Centralkomiteen har senere blitt kritisert for å ha vært for ettergivende for tyske krav, særlig knyttet til arbeidet på flyplassene på Lade og Værnes. Den 24. april gikk ordfører Ivar Skjånes, sammen med fylkesmann Johan Cappelen og Andreas Claussen med på å signere et opprop fra de tyske okkupasjonsmyndighetene om at « som ble kringkastet 08.16 på morgensendingen til NRK trøndelagsavdelingen, den 25. april. Oppropet med Centralkomiteens underskrifter ble riktignok ikke trykket i Adresseavisen slik det senere er blitt hevdet, og da oppropet ble kringkastet senere på dagen den 25. april, var Centralkomiteens navn utelatt. Tre ledende entreprenørfirmaer i Trondheim oppfordret i annonser i byens aviser arbeidere om å melde seg til tjeneste. Over 2000 trøndere deltok i utvidelsen av flyplassen. Etter krigen ble bare en person dømt for medvirkning til utbyggingen: en mekaniker som også var medlem av NS. Dommen mot mekanikeren la som skjerpende punkt til grunn at det fortsatt pågikk kamper og at Værnes tyskernes viktigste flyplass for kampene i Nord-Norge. Dommen mot mekanikeren ble anket til Høyesterett der en av dommerne gikk inn for frifinnelse fordi han hadde fulgt direktiver fra norske myndigheter.