I juli 1918 ble Aleksej henrettet ved skyting i Jekaterinburg sammen med sine foreldre og søstre. Jiroslav Jurikovskij hadde fått til oppgave å begrave dem hurtigst mulig, og prøvde å brenne to av de døde. Han helte syre over og satte fyr på dem, og grov dem ned i Koptjaki-skogen.