Hun var datter av riksråd Knud Jørgensen Urne til Søgård og Aarsmarke (d. 1543) og Inger Axelsdatter Walkendorff (d. 1555). Margrete kom i 1542 til Maribo Jomfrukloster hvor hun i 1562 ble abbedisse. Margrete som hadde betydelig større myndighet enn sin forgjenger Mette Jensdatter, måtte allikevel føre en lang og til tider håpløs kamp innen det lyktes å få tonen og forholdene nonnene i mellom noe forbedret. Det var i klosteret et motsetningsforhold mellom de gamle katolske nonnene og de nyankomne unge piker. Det kom til ørefiker og slåssing jomfruene i mellom, og i 1570 sendte kongen riksråder til klosteret for å undersøke forholdene til bunns. Resultatet ble helt nye retningslinjer, underskrevet av kongen og riksrådene i 1572.