Boerhaave ble født i Voorhout ved Leiden. Han var sønn av Hagar Daelder, en kjøpmannsdatter fra Amsterdam og presten Jacobus Boerhaave. I 1673 døde moren, og da Herman var seks år gammel giftet faren hans seg på nytt. I fem år, fra han var 12 til han var 17, var han plaget av en ulcus på det venstre benet. Mange leger ble konsultert, og mange smertefulle behandlinger ble gjennomført. Det antas at disse erfaringene lå til grunn for hans interesse for medisinstudiet, og dessuten økte hans innlevelsesevne i forhold til hvordan hans pasienter erfarte smerte og behandlingene.