Allerede våren 2006 ble Bø juniorverdensmester for første gang. I Junior-VM 2006 i Presque Isle i Maine i USA vant han åpningsdistansen 12,5 kilometer individuell start. Videre ble det sølv på jaktstarten og fjerdeplass på sprinten. Dette året vant han også junior-NM i spesiallangrenn i friteknikk. Sommeren 2006 vant han to tiler i NM i skiskyting med rulleski.