Han flyktet snart igjen og kom seg til Paris via Jugoslavia og Italia. Ved utgangen av november hadde Mikołajczyk nådd Frankrike der han nesten umiddelbart ble bedt om å bli med den polske eksilregjeringen som nestleder i det polske nasjonalrådet. I 1941 ble han utnevnt til innenriksminister og ble statsminister Władysław Sikorskis visestatsminister.