I 1996 overlevde han enda et kuppforsøk. Conté vant et nytt presidentvalg 14. desember 1998 med 56,1 % av stemmene. I november 2001 ble det holdt en folkeavstemning som utvidet presidentperioden fra 5 til 7 år, og hevet avgrensinger på hvor mange perioder én president kunne sitte. Endringene ble godkjente, offisielt med 98,4 % av stemmene, men opposisjonen avviste dette som valgfusk. Presidentvalget 21. desember 2003 ble boikotta av alle utenom én opposisjonskandidat, og Conté vant med 95,3 % av stemmene.