Den 27. november 1538 ble han utnevnt til biskop av Hereford bispedømme og i 1539 av London bispedømme. Han ble bispeviet av biskop Stephen Gardiner av Winchester den 4. april 1540. Bonner ble avsatt og fengslet i 1549 under Edward VI for sin fiendtlighet mot protestantene og hans avvisning av å ta i bruk , den nye bønneboken.