Det var flere problemer knytta til bygginga. Blant annet var miljøvernere bekymra for følgene av skipstrafikk på Cocibolasjøen, som er den største ferskvannssjøen i Mellom-Amerika. En stor del innbyggere vil også måtte bli tvangsflytta fra hjemmene sine. Det var imidlertid de enorme kostnadene som velta prosjektet, totalt var det estimert å koste 50 milliarder amerikanske dollar å bygge kanalen.