Etter Stalins død i 1953 ble Berija igjen innenriksminister og var en kort periode en av Sovjetunionens mektigste menn, kun overgått av Georgij Malenkov. I juli måned ble han plutselig arrestert og anklaget for forræderi. Han ble dermed en av de mest kjente ofrene for den maktkampen som oppsto i Sovjetunionen etter Stalins død.