Den 27. oktober trådte han inn i jesuittenes novisiat i Østerrike. Hans formasjon ble avsluttet mens han underviste ved Universitetet i Innsbruck. I Innsbruck underviste pater Steinhuber fra 1859/1960 propedeutikk og fra 1866 dogmatikk. I 1867 ble han kalt til rektor ved Collegium Germanicum av jesuittenes generalsuperior Pierre Beckx, det var jesuittene som hadde ansvaret for dette lærested. Han innehadde dette verv til 1880.