Missionskollegiet ble opprettet og skilt ut fra Danske Kanselli ved missiv 10. desember 1714 og var et fellesorgan for Danmark og Norge. Kollegiet fikk opprinnelig misjonsvirksomhet og kirkestell i de østindiske koloniene som arbeidsfelt. Opprettelsen var et resultat av pietismens stigende innflytelse i de kongelige kretser. Ved missiv av 19. april 1715 ble kollegiet også overdratt ansvaret for misjonen blant samene i Finnmark. Dette ble ved reskript av 12. januar 1720 utvidet til å omfatte samene i Nordland og Trøndelag. Fra 1737 fikk kollegiet tilsyn med misjonsvirksomheten på Grønland. Da Generalkirkeinspeksjonskollegiet ble nedlagt i 1791, kom også den vestindiske misjonen til å sortere under Misjonskollegiet. Dette varte imidlertid bare fram til 1797, da Generaltollkammeret og Danske Kanselli overtok den vestindiske misjonen.