I 1989, da opprørere fra Sudan People's Liberation Army (SPLA) invaderte Torit, ble han arrestert av SPLA sammen med tre andre katolske prester. De holdt ham i fangenskap i et fengsel i bushen i hundre dager. Den 24. mai 1989 bragte de ham til Torit og satt ham i husarest. Omverdenen trodde han var død. Det var førts året etter han ble løslatt.