En viktig kategori for havforurensning er avrenning av næringsstoffer som nitrogen og fosfor fra intensivt landbruk og avløpsvann. Disse nitrogen- og fosfornæringsstoffene stimulerer vekst av planteplankton og alger, noe som kan føre til skadelig algeoppblomstring (eutrofiering) som kan være skadelig for mennesker så vel som marine organismer. Algeoppblomstring kan også skade korallrev og føre til tap av biologisk mangfold og skade koraller.