I 1610 ble han valgt til provinsminister i den andalusiske provins San Diego. I 1613 tok pesten livet av alle fransiskanerne som arbeidet i den vanskelige misjonen på den islamske Barbarkysten (Marokko). De første fransiskanerne hadde arbeidet der på 1200-tallet. Johannes' (Juan de Prados) embetsperiode var akkurat over, så han ba om å få bli sendt til Marokko for å hjelpe til der.