N'Djamena ble grunnlagt som av den franske kommandanten Émile Gentil 29. mai 1900, og oppkalt etter en offiser som ble drept i slaget ved Kousséri noen dager tidligere. Navnet ble endret til N'Djamena (fra det arabiske navnet på en nabolandsby, som betyr ) av president François Tombalbaye 6. april 1973.