Mikkelsen begynte sin fotballkarriere med ungdomsfotball hos Helsingør IF før han i 2004 dro videre til Lyngby Boldklub, som da spilte i dansk 2. divisjon. Han bidro til å spille klubben opp til 1. divisjon året etter, og i 2007 hjalp han klubben med opprykk til Superligaen.