Den 12. mars 2007 ble Johnstons bil funnet forlatt langs veien, kort tid etter at han forlot sitt kontor for å reise hjem. Han hadde kommet tilbake til Gaza fra Israel tidligere på dagen, der han hadde vært hos en tannlege. Et identifikasjonskort hadde blitt etterlatt ved bilen, slik at det ikke skulle være noen tvil om at Johnston faktisk hadde vært i bilen BBC ble oppmerksom på at han var forsvunnet når han ikke telefonerte selskapet til avtalt tid.