Schafer var gift to ganger, først med Maud Dixey frem til hennes død og senere med Maude Roberts og han hadde fem barn (tre jenter og to gutter) sammen med Maud. Men begge sønnene døde under militære aksjoner under den andre verdenskrig. Han ble president for British Medical Association i 1912 og ble adlet i 1913. Han ble tildelt Copley-medaljen i 1924.