Filmen forteller den sanne historien om kaptein Richard Phillips (Tom Hanks), som fikk kommandoen over MV Maersk Alabama, et ubevæpnet containerskip fra en havn i Salalah, Oman, med ordre om å seile gjennom Guardafui-kanalen til Mombasa, Kenya. Men fire tungt bevæpnede pirater, ledet av Abduwali Muse, tar kontroll over skipet. Maersk Alabama var det første amerikanske lasteskipet til å bli kapret på 200 år.