Fra 1982 til 2002 var han misjonær i Sudan og Egypt. I denne perioden var pater Ayuso Guixot også professor i islamske studier ved i Khartoum i Sudan (1987–1993) og ved i Khartoum (1991–1994). Han var også professor i arabisk ved i Kairo (1997–2002), drevet av Comboni-misjonærene. Ayuso Guixot underviste i islamkunnskap og dogmatisk teologi ved PISAI fra 2002 og var dets studiedirektør fra 2003 til 2006.