Kort før sin død måtte pave Sergius oppleve et heftig angrep fra sarasenerne på Roma; den gamle Peterskirken og basilikaen Sankt Paul utenfor murene ble sterkt beskadiget. De angrep også Portus og Ostia i august 846. Under angrepet kunne han bare (likesom folket i Roma) se hjelpeløst på det hele mensd de skjulte seg bak de aurelianske murer. Paven hadde fått forvarsel om angripernes komme, og ble senere klandret for ikke straks å ha foretatt adekvate forsvarstiltak. Det var til slutt bymuren som hindret angriperne å legge selve byen øde.