Med Ju 88 V4 ble mannskapskabinen endret til den standard som kjennetegnet den første produksjonsserien. V5 ble brukt til å sette verdensrekord for distansen 1 000 km med en nyttelast på 2 000 kg den 9. mars 1939, med en gjennomsnittshastighet på 517 km/t. Flere følgende prototyper introduserte flere endringer, og i 1939 ble en pre-produksjonsserie under betegnelsen Ju 88A-0, som ble klarert for en bombelast på 2 400 kg, satt under evaluering.