Kasakhstan har sine røtter tilbake til Kasakh-khanatet som ble etablert i 1465 etter at Mongolrikets etterfølger Den gylne horde var gått i oppløsning. Kasakh-khanatet ble styrt av tyrkisk-mongolske klaner (med stamtavle tilbake til Djengis Khan) fram til midt på 1800-tallet. Kasakhene var overveiende muslimer, noe som forklarer noe av de kulturelle motsetningene mellom dem og de ortodokst kristne russerne. I det 16. og 17. århundre ekspanderte Kasakhkhanatet vestover og omfatter blant annet dagens Usbekistan. De militære grenselinjene gikk mot Khoresan (i dagens Iran) og Astrakhan (i dagens Russland). Etter dette ble khanatet svekket gjennom flere invasjoner. Det mistet gradvis sin suverenitet og ble innlemmet i Det russiske imperiet på 1800-tallet.