Opprinnelig støttet Egbert opp om motkongen Rudolf av Rheinfeld, men i likhet med flere andre saksiske adelsmenn trakk han tilbake støtten og forholdt seg mer nøytral. Etter at Otto av Nordheim døde i 1083 ble Egbert en av de mest profilerte motstanderne mot keiser Henrik IV. I 1085 ble imidlertid Egbert og keiseren forsonet for en tid, og Egbert var vertskap for keiseren i Sachsen i juli samme år. To måneder senere blusset konflikten mellom dem opp igjen, men i 1087 ble de på nytt forsonet.