Den 9. juni 1900 ble Lynch presteviet. Han begynte sin geistlige karriere som kapellan ved katedralen i Dallas i Texas. I 1902 ble han kapellan ved i Weatherford, en liten by i Parker County. Her, så vel som i Handley, en forstad til Fort Worth, var han medvirkende til byggingen av to kirker. I 1903 grunnla han en selvstendig menighet, i Dallas, hvor han i tillegg til kirken også bygde prestegården og en skole.