Innsjøen er en del av Skiensvassdraget og den naturskapte delen av Norsjø–Skienkanalen. Heddalsvatnet ligger bare 16 moh. Og to sluseanlegg ved Skien var nok til å åpne Heddalsvatnet for skipsfart. Kanalen åpnet i 1861 og gjorde etterhvert Notodden til landets største innlandshavn. På 1800-tallet ble det bygget havgående skip ved Heddalsvatnet. Byen Notodden ligger ved nordenden av Heddalsvatnet.