Sammen med Dr. Sweet, mekanikerjenta Audrey og mange flere begir Milo seg i veg på den strabasiøse ferden med å finne Atlantis. Gjennom en vanskelig vei, fylt med et urtidsmønster og mange skapninger finner de endelig frem til Atlantis. Her møter Milo den vakre prinsessen Kida, men oppdager at noen av de andre av mannskapet har andre planer med byen.