Brautigan ble født i Tacoma i Washington og vokste opp i Eugene i Oregon, sammen med sin mor. Foreldrene skilte seg da Brautigan var fem, og moren giftet seg på nytt syv ganger. Flere av stefedrene slo både ham og moren, noe Brautigan skrev om i flere dikt og romaner i oppveksten. Store deler av barndoms- og ungdomsårene var preget av ekstrem fattigdom.