På slutten av 1990-tallet tok IOK initiativet i en mer organisert kamp mot doping etter dannelsen av World Anti-Doping Agency (WADA) i 1999. Det var en kraftig økning i positive dopingtester under Sommer-OL 2000 og Vinter-OL 2002. Flere medaljevinnere i vektløfting og langrenn ble diskvalifisert på grunn av doping. Under Vinter-OL 2006 testet bare én utøver positivt og ble fratatt medaljen. De IOK-etablerte dopingtestrutinene (nå kjent som den olympiske standard) har satt den verdensomspennende standarden som andre sportslige forbund rundt om i verden forsøker å leve opp til. I løpet av Beijinglekene ble utøvere testet av IOK i regi av World Anti-Doping Agency. Både urin- og blodprøver ble brukt til å oppdage forbudte stoffer. Flere utøvere ble utestengt fra konkurranse av sine nasjonale olympiske komiteer før lekene, og bare tre utøvere testet positivt under lekene.