Under hele reisen med HMS «Beagle» trodde Darwin fremdeles på artenes uforanderlighet. Først etter jordomseilingen satte Darwin sine observasjoner i sammenheng og begynte å vurdere muligheten for evolusjon. Det var først og fremst hans biogeografiske oppdagelser som gjorde ham oppmerksom på denne muligheten. Forskjellene mellom faunaen og floraen i geografisk atskilte landområder, spesielt mellom øyer og fastlandet, lot seg vanskelig forene med at arter var uforanderlige. Kombinert med nyere geologisk kunnskap, dvs. at jorden var eldre enn tidligere antatt, resulterte dette i at Darwin mente at arter kunne bli tilpasset til de landområdene de oppholdt seg i.