Knut ble gravlagt i domkirken som han selv hadde latt bygge. Ved hans grav begynte det angivelig snart å skje undere, og i 1101 ble han som den hittil eneste danske konge kanonisert og hans jordiske rester ble lagt i et gyllent helgenskrin på alteret i Sankt Knuts Kirke i Odense. Skjelettene av både Knut den Hellige og broren Benedikt kan beskues i Odense domkirkes krypt, hvor de er utstilt i gjennomsiktige kister.