Pamir ligger i området hvor de store sentralasiatiske fjellkjedene Tian Shan, Karakorum, Kunlun og Hindu Kush møtes, og består av flere steppepregede sletter beliggende på 4-5000 meters høyde, adskilt av fjellkjeder på rundt 5-6000 meter, med enkelte topper på over 7000 m.