Familielykken var vekslende. Ved kong Henrik VIII av Englands tiltredelse ga han tilbake hennes brors gods, og i 1513 gjorde han henne til hertuginne av Salisbury i egen rett. En lov om erstatning ble innført og da kom hun i besittelse av de øvrige slektseiendommer. Hennes hovedbosted var Warblington Castle i Hampshire. Etter prinsesse Mary ble født, den senere dronning Maria I av England, ble Margaret hennes gudmor og ble senere utpekt som guvernante av prinsessen og hennes husholdning.