Lederen for opprøret var Amakusa Shiro, en blott 17 år gammel samurai. Shiros menn inntok borgen Hara sør på Shimabarahalvøya, og Tokugawastyrkene svarte med å beleire borgen. Shogunatet seiret til slutt og fikk også hjelp av nederlandske fartøyrt som utsatte borgen og opprørerne for tungt bombardement.