I 1528 innkalte Joachim en kommisjon av geistlige katolikker, for å forhøre seg om hvorvidt han skulle la seg skille seg fra henne, ev. henrette eller sette henne i fengsel hvis hun ikke ga avkall på sin nye overbevisning. Da utkommet ble at hun skulle tas til fange, flyktet Elisabeth til sin morbror Johan, kurfyrste av Sachsen. En offentlig debatt brøt ut, hvor hun fikk støtte av de protestantiske monarkene, hennes bror samt Luther. Hun nektet å vende tilbake til hoffet i Brandenburg hvis hun ikke fikk lov til å beholde sin tro, og hvis mannen ikke holdt opp med å dyrke sin astrologi.