I oktober 1944 trakk den tyske okkupasjonsmakten seg vestover til Lyngen i Nord-Troms, og Hitler beordret bruk av "den brente jords taktikk" i landområdene de forlot. Berlevåg og det aller meste av Finnmark og Nord-Troms ble ofre for taktikken, som innebar en total nedbrenning av hus, nedslakting av husdyr og tvangsevakuering av befolkningen. Få dager før skipene med mennesker seilte fra Berlevåg, ble Kjølnes fyr tatt under ild av det tyske kystbatteriet, som lå omtrent fem til seks kilometer vest for fyret. Med kaliber på opptil 14,5 cm ble over 100 skudd avfyrt, og fyret ble lagt delvis i ruiner.