Havnemunningen vender mot nordøst og er avgrenset i nord av Dragut Point og Tigné Point. Langs den nordvestlige kysten ligger byene Sliema, Gżira og Ta' Xbiex. Havnen strekker seg deretter inn i landet mot Pietà og Msida. Ved Gżira ligger Manoel Island, som nå er forbundet til fastlandet med en bro. Den sørøstlige kysten av havnen dannes av Sciberras-halvøya, som omfatter byene Floriana og Valletta. På spissen ligger et fort fra det 16. århundre, Fort St. Elmo. Sciberra-halvøya skiller Marsamxett fra den større parallelle, naturlige havnen Grand Harbour.