Miklosich studerte opprinnelig rettsvitenskap, men under innflytelse av sin landsmann Kopitar kastet han seg senere over studiet av slavisk filologi og ble i 1848 professor i Wien. Han ble sin tids mest berømte slavist, og skrev flere grunnleggende verker. De viktigste er («Gammelslavisk-gresk-latinsk ordbok», 1862–65), («Sammenlignende grammatikk over de slaviske språkene», 1852–75) og («Etymologisk ordbok over de slaviske språkene», 1886). Miklosich undersøkte en rekke forskjellige språk, foruten de slaviske også andre språk som har stått i berøring med slavisk: nygresk, albansk, rumensk, ungarsk og romani.