Bruken av ordet «enteogen» i sin videre betydning som et synonym for «hallusinogen droge» har tiltrukket seg kritikk av tre årsaker. På pragmatisk basis har innvendingen blitt reist om at meningen av den snevre betydningen av «enteogen», som er av særlig verdi når tradisjonell, historisk og mytologisk bruk av enteogener i religiøse sammenhenger diskuteres, sannsynligvis vil bli utvannet dersom omtrentlig bruk av termen i sin videre forstand blir utbredt. For det andre motsetter enkelte folk seg misbruken av rota ( på gresk) i beskrivelsen av bruken av hallusinogener i en ikke-religiøs sammenheng, og koblet sammen med den religiøse toleranse og pluralisme som er framherskende i mange av dagens samfunn, har bruken av rota i et begrep som beskriver ikke-religiøs bruk av stoff også blitt kritisert som en form for tabudeformering. For det tredje finnes det noen substanser som i hvert fall delvis oppfyller definisjonen av enteogen som er gitt ovenfor men som ikke er hallusinogene i vanlig forstand. Et viktig eksempel er brødet og vinen i den kristne nattverden.