Admiralitetskollegiet fungerte dessuten som domstol (overadmiralitetsrett) for sjøetaten, der økonomiske anliggender hørte under først Krigskollegiet (fra 1658). Fra 1699 besto Admiralitetskollegiet av alle flaggoffiserer, to kommandører og to embedsmenn. Den krigsstyrende myndigheten var inntil 1712 felles for landstridskreftene og sjøstridskreftene. Det ble da opprettet et Kommissariatkollegium for flåten og i 1725 ble det opprettet et særskilt Sjøkrigskanselli. I 1746 ble Admiralitetskollegiet og Kommissariatkollegiet forent til ett kollegium for senere igjen i perioder å være delt.