Den 1. mai 1920 døde hun uventet av en øreinfeksjon som utviklet seg med ondartede vannkopper, pussdannelse i og blodforgiftning. Hun var da gravid med sitt sjette barn. Kronprinsesse Margaretha ble 38 år gammel. Hun døde før sin svigerfar kong Gustav V, og derfor ble hun aldri dronning av Sverige. Hennes mann ble senere gift med Louise Mountbatten som ble dronning av Sverige som dronning Louise.