Kuhnle har vært instituttstyrer ved Institutt for sammenliknende politikk, Universitetet i Bergen. En kortere periode var han også instituttstyrer ved Sosiologisk institutt, Universitetet i Bergen. Han har også vært prodekanus for internasjonale relasjoner ved Det samfunnsvitenskapelige fakultet, Universitetet i Bergen (1996–1999). Fra 1999-2002 var Kuhnle medlem av Det Akademiske Kollegium for Universitetet i Bergen. Kuhnle var i årene 1982-1985 leder i Norsk Statsvitenskapelig Forening (1982–1985). Siden 2004 har Kuhnle vært medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi. I 1993 ble han utnevnt til æresmedlem av Den slovenske statsvitenskapelige forening. Kuhnle satt i Holbergprisens fagkomité fra 2004 til 2007. Kuhnles faglige arbeid kjennetegnes av et sterkt internasjonalt engasjement. Han har vært gjesteforsker og Professor, Stiftungsgastprofessur "Westeuropa", ved Universität Mannheim, Tyskland, Jean Monnet Fellow, European Forum ved European University Institute, Firenze, og har vært gjesteforsker ved The Brookings Institution, Washington, DC, University of California, Berkeley og ved The London School of Economics. Videre har han engasjert seg i forsknings- og utdanningssamarbeid med land i øst- og Sørøst-Asia, ikke minst Kina, Sør-Korea og Taiwan.