Selv om Kleopatra var 21 år gammel da hun møtte Cæsar og han var 52 år, ble de elskere under Cæsars opphold i Egypt i tiden 48 og 47 f.Kr. Kleopatra hevdet at Cæsar var far til hennes sønn og ville at han skulle gjøre gutten til sin arving, men det nektet Cæsar, og valgte sin grandnevø Octavianus isteden. I løpet av dette forholdet hevdes det også, blant annet av Plinius den eldre, at Kleopatra introduserte Cæsar til hennes astronom Sosigenes som var den første som foreslo skuddårsdag og skuddår, og den som Cæsar konsulterte angående hans juliansk kalender.