Opphøret av den kalde krigen fikk ingen umiddelbare konsekvenser for Marinejegerlaget, som skiftet navn til Marinejegerkommandoen (MJK) i 1991 eller 1992. Mobiliseringslaget Sør-Norge, Haakonsvern, ble formelt nedlagt i 1994 og personell og materiell ble overført som mobiliseringstillegg til det stående Marinejegerlaget (FKN) i Ramsund. Dette laget vokste til litt over 30 marinejegere på midten av 1990-tallet, og i 1995 var kommandoen inndelt i ledelse, operasjoner, patruljer og logistikk. Faren for storkrig ble opplevd svært liten og flere av Forsvarets enheter og avdelinger ble oppløst på denne tiden, men Golfkrigen ble et varsel om at spesialstyrkene var en relevant kapasitet som skulle få økt betydning. Reell bordingsberedskap og reelle observasjonspost-oppdrag preget videreutviklingen av MJK og bekreftet et stort behov for marinejegerne etter den kalde krigen. I løpet av 1990-årene økte følgelig interessen for de norske spesialstyrkene som siden videreførte fredsoperative oppgaver knyttet til kontraterror og ansvarsområdet til sjøs.