Han ble innvalgt i en rekke politiske organer, bystyret i Wien, landdagen i Niederösterreich og det østerriksk-ungarske riksrådet, og var endelig viseborgermester i Wien fra 1895 og deretter borgermester fra 1897 til 1910. Forholdet mellom ham og den østerrikske keiseren Frans Josef var preget av gjensidig mistillit, og keiseren nektet gjentatte ganger å godkjenne utnevnelsen av Lueger til borgermester. Keiseren fryktet at Lueger ville bidra til å splitte opp det multi-etniske Østerrike-Ungarn. Historien viste at så i høyeste grad var tilfelle.