Mark Lillis startet sin profesjonelle fotballkarriere i Huddersfield Town sommeren 1978. Han spilte sju sesonger for Huddersfield før han i 1985 ble solgt til Manchester City for £130 000. I denne klubben ble han bare værende i en sesong, og august 1986 ble han solgt til Derby County for £200 000. På grunn av en kneskade ble det ikke mye spilletid i Derby, og i september 1987 gikk han til Aston Villa. Deretter ble det opphold i Stockport County og Scunthorpe United før hans aktive karriere ble avsluttet i Witton Albion tidlig på 90-tallet.