Noen forskere har hevdet at de japanske mårhundene bør vurderes som en egen art, blant annet basert på forskjeller i antallet diploide kromosomer. Nå visere imidlertid flere studier at antallet allikevel sammenfaller med de fire andre underartene og er 2n = 42. Det lave antallet skaper imidlertid et visst hodebry med hensyn til klassifiseringen. I øyeblikket grupperes arten derfor som andre canider.