På 1300- og 1400-tallet tilhørte Kaprije adelsfamilier fra Šibenik. Da osmanene okkuperte fastlandet på 1500- og 1600-tallet, flyktet mange mennesker fra fastlandet til Kaprije og mange av de andre øyene utenfor kysten av Kroatia. På denne tiden ble en kirke for St. Peter bygget på Kaprije.