Lucio Andrice Muandula ble presteviet den 14. mai 1989 for erkebispedømmet Maputo. Deretter var han sokneprest, sekretær og kansler i erkebispedømmet (1989/91); professor i moralteologi ved presteseminaret "St. Augustine» (1991/92). Deretter studerte han ved Det pavelige bibelinstitutt i Roma, og ved Det pavelige gregorianske universitet, hvor han tok doktorgraden i bibelteologi (1992/2003).