Innocens var sterkt opptatt av korstogstanken, men korstogene i hans pavetid var nærmest parodiske: «Barnekorstoget», «albigenserkorstoget» mot katarene som anså ham som antikrist, og «kremmerkorstoget». Hans største triumf var at det siste bidro til opprettelsen av et romersk-katolsk patriarkat i Konstantinopel i stedet for det gresk-ortodokse. Under ledelse av Simon de Montfort lyktes albigenserkorstoget i å nedkjempe katarene, også kjent som «de nye manikeere».