Gjennom systemet med byprivilegier hadde Stockholm allerede fra grunnleggelsen et visst selvstyre. Etter at kommunesystemet trådte i kraft 1. januar 1863 ble Stockholm en av 89 byer (av totalt ca. 2 500 kommuner) i Sverige. Til forskjell fra øvrige kommuner i landet inngikk ikke Stockholm by i noe län, men utgjorde en separat administrativ enhet under Overstattholderembetet.