Six gikk inn i SS på oppfordring fra jusprofessor Reinhard Höhn som var en nær alliert av Himmler. De neste årene samarbeidet Six med Höhn, Ernst Kriek og Gustav Adolph Scheel (1907–1979) blant annet om å fjerne politiske motstandere fra universitetene. De trakasserte blant annet Felix Krüger og fikk ham fjernet som rektor ved Universitetet i Leipzig fordi de mente han ikke var ren «arisk» (Krüger hadde tidligere støttet Alfred Rosenbergs Kampfbund für deutsche Kultur). Otto Ohlendorf arbeidet i likhet med Six sammen med professor Reinhard Höhn.