Den 3. juli 1996 forsøker menneskene et mot-angrep mot de fremmede inntrengerne, men romskipene deres er skjermet for å hindre slike angrep fra mennesker. Hver UFO lanserer deretter fartøy, som ødelegger de menneskelige skvadronene og militærbaser. Kaptein Steven Hiller, en av oppdragets skvadron-ledere, overlever så vidt. Han får også tak i et romvesen som han frakter til Area 51, hvor president Whitmore nettopp har landet. USAs Forsvarsminister Albert Nimzicki avslører også at en fraksjon innenfor amerikanske myndigheter har vært involvert i en UFO-konspirasjon helt siden 1947, når en av inntrengernes angripere styrtet i nærheten av Roswell.