I oldtiden kunne skip nå opp elven. Apollonias akropolis behersket Myzeqe, slettelandet rundt, som var meget fruktbart i oldtiden. Likesom Dyrrhachium var Apollonia i romertiden en viktig havneby ved Illyrias kyst. Byen var et av de vestlige utgangspunkter for den romerske hærveien Via Egnatia som i øst førte til Thessaloniki og sluttet i Byzantion (Konstantinopel, Iswtanbul). På 300-tallet e.Kr. omfattet byområdet 81 hektar og var omgitt av en fire km lang mur.