Elven Donau (Дунав ) løp 588 km gjennom landet. Begge de to største byene, Beograd og Novi Sad ligger ved denne elven. Øvrige lange elver er Zapadna Morava 308 km, Južna Morava 295 km, Ibar 272 km, Drina 220 km, Sava 206 km, Timok 202 km, Velika Morava 185 km og Tisa (Tisza) 168 km.