Pollaiuolos ubestridelige mesterverk er maleriet «Den hellige Sebastians martyrium» (sannsynligvis utført sammen med broren). I maleriet merkes en ny måte å fremstille menneskekroppen med tydelig angitt muskulatur. I stikket «Strid mellom nakne menn» (omkring 1474), inspirert av Mantegna, er handlingen enda voldsommere og oppvisningen av muskelstrukturen fullstendig. «Apollo og Dafne» og «Herkules og Anteus» vises i et lyrisk landskap der det topografiske allikevel ikke er hovedmotivet.