Han var sønn av Anne Poulsdatter Munk (1580–1641) og lensherre Børge Nielssøn Trolle til Bråde (Trolholm) (død 1610), og gikk to år på Herlufsholms skole. Deretter ble han sendt til Leipzig, men kom hjem i 1615. En tid var han så i huset hos Christian 4.s kansler Christian Friis til Borreby og deretter hos daværende professor, senere biskop Jesper Brochmand. Trolle studerte i Giessen og foretok til slutt en lengre utenlandsreise med opphold i blant annet Strasbourg, ved universitetet i Padova, hvor han ble immatrikulert 1621, i Frankrike og England. Tilbake i Danmark var han hoffjunker 1623–25 og fulgte kong Christian til Tyskland i keiserkrigens første år.