Ahmadi opplevde også å bli fengslet i Pakistan. Da de sovjetiske styrkene forlot Afghanistan og demokratibevegelsen jobbet for en friere stat, ble mange drept og arrestert. Ahmadi ble arrestert blant en rekke andre intellektuelle. Amnesty International jobbet aktivt for å få Ahmadi løslatt fra fengselet i Pakistan. Da hun var kommet ut av fengselet i Pakistan, flyktet hun til Norge.