Winstrup var en av dem som stod bak grunnleggelsen av Lund universitet. Det var ham som fikk overbevist Karl X Gustavs efterfølger, den nye konge Karl XI, om det formålstjenlige i å opprette et universitet i Lund. Tro mot vanen fortsatte Skånes unge med å dra til universitetet i København, men hvis Skåne skulle være svensk, måtte landsdelen utdanne sine egne prester, mente biskop Winstrup. Intet ble så betydningsfullt for de følgende årtiers forsvenskning som universitetet i Lund, da de fjerntliggende læreanstalter i Uppsala og Stockholm ikke ville ha trukket mange skåninger til seg.