Etter den tidlige middelalderen og helt frem til 1319 varte høymiddelalderen. I høymiddelalderen ble Norge samlet til en egen stat, da rikssamlingen endelig ble fullført. Store landområder ble samlet til gods, og kongen og prestene fikk stadig mer makt, og kirken eide halvparten av jorda i Norge. Bodin kirke ble bygget i rundt 1240 nær Bodøgård, i den nåværende bydelen Bodøsjøen. Folketallet økte betraktelig, og gårder ble delt opp i mindre gårder. Hungersnød var et utbredt problem.