I månedene før han ble arrestert, stod biskop Kung last og brast med sin geistlighet og sine lekfolk, til tross for mange tilbud om å slippe ut av Folkerepublikken Kina og komme seg i sikkerhet i utlandet. Han ble arrestert sammen med omkring hundre prester av de kommunistiske makthavere den 8. september 1955 og fem år etter dømt til livsvarig fengsel. I 30 år satt han i enecelle.