Habbestad er utdannet kirkemusiker fra Norges musikkhøgskole i årene 1975–1979, og tok diplomeksamen i komposisjon samme sted i 1981. Han har studert komposisjon med Olav Anton Thommessen, Finn Mortensen og Lasse Thoresen. Han arbeidet som organist i Snarøya kirke fra 1977 til 1981, og i Langhus kirke fra 1986 til 1987.