Øya har fire distinkte økoregioner. Den Hispaniolan-økoregionen med fuktige skoger dekker omtrent 50% av øya, spesielt de nordlige og østlige delene, hovedsakelig i lavlandet, men strekker seg opp til 2100 meter (6900 fot). Den Hispaniolans tørre skoger-økoregionen okkuperer omtrent 20% av øya, og ligger i regnskyggen av fjellene i den sørlige og vestlige delen av øya, og i Cibao-dalen i sentrum-nord av øya. Hispaniolan-furuskogene okkuperer de fjellrike 15% av øya, over 850 meter (2790 fot) høyde. Den oversvømmede økoregionen for gressletter og savanner i den sørlige sentrale regionen av øya omgir en kjede av innsjøer og laguner, hvorav de mest bemerkelsesverdige er Etang Saumatre og Trou Caïman på Haiti og den nærliggende innsjøen Enriquillo i Den dominikanske republikk.