Den 19. oktober 1946 ble Makedonska Stopanska Banka slått sammen med sentralbanken i det tidligere føderale Jugoslavia. Denne enheten hadde som oppgave å fungere som sentralbank i Folkerepublikken Makedonia. Dette var riktignok ikke en fullferdig sentralbank, men hadde oppgaver som å utstede valuta og å føre tilsyn med finansnæringen. Sentralbankens første leder var Todor Mirovski, som tidligere ledet Makedonska Stopanska Banka.