Til tross for nøye og grundig planlegging ble det hele forpurret da en kjemisk brann tiltrakk seg filippinsk politis oppmerksomhet. Politiet på Filippinene var allerede i høy beredskap idet Paven skulle ankomme landet den 11. januar, og brannen oppstod sent den 6. januar. Yousef og Mohammed klarte ikke å iverksette noen av de tre angrepene. Det eneste dødsfallet kom av en testbombe, plassert av Yousef på et Philippine Airlines-fly, flight 434. Denne testbomben drepte én person og skadet ti andre. De to terroristene anbragte også to bomber i henholdsvis et filippinsk kjøpesenter og et filmteater.