Våren 1940 hadde Braüer og hans kone nettopp fått en datter da krigen avbrøt familielivet. Den 4. mai 1940 ble han innkalt til tjeneste i og 1. november 1944 forfremmet til i reserven. I 1945 havnet han i sovjetisk krigsfangenskap og ble ikke løslatt før i desember 1953.