Fondet har et dansk og et norsk styre. Hvert styre har det fulle ansvar for både den komersielle og den ideelle virksomheten i respektive land. I styrene sitter representanter fra universitetene, skolen, kirken, kunsten, næringslivet og arbeiderrørsla i hvert land. De to styrene danner til sammen et fellesstyre for Fondet for dansk-norsk samarbeid der framtidige dansk-norske satsninger blir behandlet. Norsk styreleder er jurist Hanne Bjurstrøm, og dansk styreleder er tidligere minister Pia Gjellerup.