Det samfunnet som bygget disse veldige strukturene døde neppe ut, men ble blandet med nye folkegrupper som kom til øya. En gang mellom 1100 f.Kr. og 800 f.Kr. kom et handelsfolk sjøveien fra den østlige delen av Middelhavet til Malta. Dette var fønikere fra byen Tyr i Midtøsten. Fønikerne kalte den store øya for MLT og den mindre øya for GL (). Flere tiår med ekteskap mellom lokalbefolkningen og handelsfolket fra øst førte til en etnisk blanding, hvor befolkningen tok opp i seg fønikiske skikker og kultur. På Malta ble det reist et fønikisk tempel. Fønikerne benyttet Malta som utpost for videre utforskning og kolonisering av den vestlige delen av Middelhavet, og de bygget også ut øyas havner. Det synes som om øyene var selvforsynte, men det finnes ingen rapporter som indikerer hvilke varer det ble handlet med. Antagelig var olje et viktig produkt, og fønikerne innførte produksjonen av keramikk ved hjelp av dreiehjul.