Khan satt som guvernør i Oruzgan-provinsen fra januar 2002 til mars 2006, da han ble erstattet av Maulavi Abdul Hakim Munib den 18. mars 2006, på anmodning fra den nederlandske regjeringen, som ledet NATOs International Security Assistance Force (ISAF) i Oruzgan. Nederland ønsket ikke å samarbeide med en mann som hadde et rykte på seg for langvarig korrupsjon, narkotika-produksjon og politisk inkompetanse. Khan var medlem av den afghanske nasjonalforsamlingen og han var en spesialrådgiver og nær alliert for den sittende presidenten Hamid Karzai.