Han ble dømt blant annet for massakren i landsbyen Stupni Dol i oktober 1993. Han ble også dømt for ødeleggelsen av Stari Most, den gamle broen over elven Neretva i Mostar. Rettsmøtet fortsatte i en annen sal etter at Praljak var fraktet bort og politiet undersøkte lokalet. Senere viste obduksjon at giften besto av kaliumcyanid som forårsaket hjertesvikt og død.