Egil er sønn av tannlege John Kraggerud (1903–91) og lærer Borghild Johanne Westeren (1904–88), og giftet seg i 1963 med lektor Ellen Beate Sinding-Larsen (født 1939), som er datter av journalist Henning Sinding-Larsen. Egil og (Ellen) Beate er foreldre til fiolinistene Alf Richard Kraggerud og Henning Kraggerud.