I 1963 overtok major Abdul Salam Arif makten gjennom det såkalte , og etter hans død i 1966 overtok hans bror Abdul Rahman Arif presidentskapet. Ba'athpartiet deltok også i kuppet i 1963, og fikk ifølge Saddam Husseins biograf, Said Aburish, støtte fra CIA. Amerikanerne så Baathpartiet som en motvekt mot kommunistene, siden det irakiske kommunistpartiet ved siden av Ba'ath var den eneste politiske masseorganisasjonen i landet utenom de kurdiske områdene. Fra CIA fikk det nye regimet oversendt lister over medlemmer av kommunistpartiet som ble arrestert i tusenvis over hele landet.