Ubuntu-pakker har tradisjonelt vært basert på pakker fra Debian unstable. Begge distribusjonene bruker Debians dpkg pakkeformat og APT/Synaptic for å håndtere installasjonen av pakker. Ubuntu har bidratt alle endringer direkte og umiddelbart tilbake til Debian, istedenfor å bare annonsere dem når de slippes, selv om Debian og Ubuntu ikke nødvendigvis er binært kompatible med hverandre. Mange Ubuntu-utviklere vedlikeholder også nøkkelpakker i Debian. Allikevel har Ian Murdock, grunnleggeren av Debian, kritisert Ubuntu for inkompatibilitet mellom de to systemenes pakker, og sagt at Ubuntu har kommet for langt unna Debian Sarge for å fortsatt være kompatibel.