Baalsrud ble i Sverige som norsk flyktning etter at de internerte nordmennene fikk vende tilbake til det okkuperte Norge sommeren 1940. Han ble kurer mellom Norge og Sverige for den britiske legasjonen i Stockholm. Høsten 1940 ble han arrestert av svensk politi og dømt til fengsel for spionasje. I 1941 ble han utvist fra Sverige, og tok seg via Sovjetunionen, Afrika og USA til England, der ble han innrullert i kompani Linge.