Brnović spilte 27 landskamper for Yugoslavia, den første kampen mot Hellas i Novi Sad. Han spilte også i kvalifikasjoner for UEFA Euro i 1991 da Yugoslavia kom hele veien til Sverige men ble suspendert på bakgrunn av sanskjoner i krigstiden. Senere ble Brnović tatt ut for å spille 1998 FIFA Verdenscup i Frankrike. Han spilte tre kamper. Han var også medlem av Yogoslavisk ungdomsteam som vant FIFA Verdens ungdomsmesterskap i 1987.