Arkeologer har påvist bevis for tidlig bosetning ved Ur i Ubaidperioden (ca. 6500 til 3800 f.Kr.). Disse eldste lagene ble forseglet av med en steril avsetning av jord som ble tolket av utgraverne på 1920-tallet som bevis for en stor oversvømmelse, både den bibelske syndflod og oversvømmelsen omtalt i Gilgamesj-eposet. Den er nå forstått som at slettene i sørlige Mesopotamia var utsatt for jevnlige oversvømmelser fra elvene Eufrat og Tigris. Stor erosjon fra vann og vind kan ha gitt vekst for de mesopotamiske fortellingene om en stor oversvømmelse og derav også den bibelske syndflod. Ytterligere bosetning ved Ur blir kun klar i løpet av dets framtoning på 2000-tallet f.Kr., skjønt det må allerede ha vært et voksende urbant senter på 3000-tallet f.Kr. 2000-tallet f.Kr. er generelt beskrevet som tidlig bronsealder i Mesopotamia som ender omtrentlig samtidig med det tredje dynasti i Ur på 2100-tallet f.Kr.