Chagosøyene ligger sør for Maldivene i Indiahavet, ved sørenden av Lakkadivene-Chagos-ryggen. Chagosøyene består av fem atoller. Ytterligere atoller er sunket i havet og er nå rev og banker. Chagos-banken, Speakers-banken, Victory-banken og Pitt-banken inngår i territoriet. Chagos-banken er den største av bankene og har en utstrekning på 100 x 200 km. Det meste av denne opprinnelige atollen er sunket i havet, men det finnes øyer i vest, Danger, Eagle, Three Brothers, og i nord, Nelson. Utenfor banken ligger de mindre atollene Egmont eller Six Island i sørvest og i nord Peros Bañhos og Salomon. Lenger sør ligger Diego Garcia, den største atollen med et areal på 44 km².