Det var først i 1409 at kampene begynte å vippe i Shah Rukhs favør. På denne tiden begynte Khalil å miste støtte blant aristokratiet i Samarkand. Hans ekteskap med Shadi Mulk ble ansett for en skandale fordi hun var enke etter en av Timurs mektigste menn. Under hennes innflytelse fikk en del personer av lavere rang høye stillinger på bekostning av adelen, mens flere av Timurs enker og konkubiner ble tvangsgiftet under sin rang.