Serien starter på Sonics hjemplanet. Frihetskjemperne skal inn i Doctor Eggmans palass for å redde figurene Cream the Rabbit og Cheese the Chao, men et uhell med kaoskontrollen utløser en eksplosjon som sender alle i nærheten til et sted de ikke kjenner fra før. Hver for seg legger de ut på leting etter hverandre, og forsøker samtidig å finne ut hvor de selv befinner seg, samt å spore opp de savnede syv kaossmaragdene.