I 1601 raste fasaden til den lille kirken Sant'Eligio degli Orefici, tegnet av Rafael i 1516, og Ponzio fikk da i oppdrag å tegne en ny fasade. I 1605 fikk Ponzio oppgaven å tegne Cappella Borghese, også kalt Cappella Paolina, i basilikaen Santa Maria Maggiore. Paul V klarte å gi det middelalderske Mariaikonet en verdig arkitektonisk og skulpturell innramming.