Pedersen var mye plaget av skader i sin fotballkarriere. Han spilte samtlige av Norges VM-kvalifiseringskamper til USA-VM i 1994, men pådro seg en korsbåndskade kort tid før sluttspillet, og måtte derfor bli hjemme. Også under hans opphold i Wimbledon i 1999 pådro han seg en alvorlig kneskade, og tilbragte halvannet år på sidelinjen.