Videoen til «In the End» finner sted i fantasiomgivelser og gjør utbredt bruk av computeranimasjon. Bandet opptrer oppe på et tårn. Øverst på tårnet er en 'soldat med vinger' plassert, denne ligner på den som er på coveret til albumet . Selve tårnet er formet som en kvinne, og det ser ut til at det er den delen av coveret på EP-en som ble utelatt.