I 1945, etter at Det tredje rike kapitulerte til de allierte, ble Kittel arrestert av de franske okkupasjonsstyrker, fratatt sitt embede og internert i Balingen. I 1946 ble Kittel satt fri i påvente av en rettssak planlagt for senere. Han ble fram til 1948 imidlertid forbudt å reise til Tübingen. Fra 1946 til 1948 var han sjelesørger i Beuron. I 1948 fikk han lov til å vende tilbake til Tübingen, og døde året før rettssforfølgelsen av ham skulle gjenopptas.