Mahlsdorf tilhørte Landkreis Niederbarnim i den prøyssiske provinsen Brandenburg. I 1920 ble området innlemmet i Stor-Berlin og hadde da ca 6 000 innbyggere. Mahlsdorf tilhørte på dette tidspunkt den administrative bydelen Lichtenberg. Etter den andre verdenskrigen og til Tysklands gjenforening i 1990, lå Mahlsdorf i Øst-Berlin. Fra 1979 tilhørte Mahlsdorf bydelen Marzahn og fra 1986 den nye bydelen Hellersdorf.