I 1978 tok han sin juridiske eksamen ved Universitetet i Buenos Aires. Moreno-Ocampo var deretter i fire år hos statsadvokaten i Argentina før han ble assisterende aktor hos kommisjonen som etterforsket forsvinningen av personer i landet i 1984-1985. Denne førte til at flere medlemmer av juntaen i Argentina ble dømt. Det var den første rettsforfølgelse av høyere sjefer for massedrap av sivile siden Nürnbergprosessen etter andre verdenskrig.