Han ble tatt ut i s tropp til VM i fotball 2018 i Russland. Han scoret sitt første mål den 7. juni med en heading i den siste oppvarmingskampen før mesterskapet, en 3-0 seier over på Estádio da Luz. Fernandes' første VM-kamp fant sted den 15. juni 2018, da han spilte i 66 minutter i en 3-3 gruppespill uavgjort mot , og ble samtidig gult kort-bokført i prosessen. Den 30. juni ble Portugal eliminert etter et 2-1 tap mot i åttendedelsfinalen.