Kronikøren Ali av Herat dokumenterte i 1173 at mens Halhul var en del av kongedømmet Jerusalem under korsfarerne, var den en landby der graven til Yunis ibn Matta (Jona sønn av Amittai) lå. Under ajjubidene i 1226 ble det bygd en moské med én minaret i byen. Samme året besøkte den arabiske geografen Yaqut al-Hamawi Halhul, og skrev at den lå mellom Hebron og Jerusalem og at graven til Jona lå her.