Etter Ernest Bevins avgang som utenriksminister tok Morrison over hans rolle, men han følte seg ikke videre komfortabel i utenriksdepartementet. Han holdt en aggressiv holdning mot Irans demokratiske sosialistiske statsminister Mohammed Mosaddeq. Morrison satt som utenriksminister på tidspunktet for avsløringen om dobbeltagentene Guy Burgess og Donald Duart Maclean som spionerte til fordel for Sovjetunionen.