I 1996 tok Taliban makten i Kabul der mesteparten av partiet hold til. Taliban arresterte alle som var medlem av partiet og alle som i kommunisttiden hadde hatt styrende posisjoner. Tilsammen 27 medlemmer ble dømt til døden for uislamsk oppførsel (partiet hadde et ateistisk grunnsyn). Flere ble torturert før de ble hengt. Det var en massakre som har fått liten oppmerksomhet. President Najibullah var den første som ble torturert og henrettet av Taliban sammen med sin bror. Henrettelsen av Najibullah og broren ble fordømt av FN. En del medlemmer klarte allikevel å flykte og tok tilhold i Pakistan.