Jørgensen ble utdannet cand. agric. i 1980 og avla dr. scient.-graden i 1989. Han arbeidet med bomiljøforbedring bydelsutvalgenes fellessekretariat i Oslo kommune (1980–1983) og var ansatt som vitenskapelig assistent ved fra 1983. Fra 1989–1994 var han førsteamanuensis, og professor ved Institutt for landskapsarkitektur (ILA) fra 1994.