Nordkjosbotn ligger, som navnet antyder, innerst i Nordkjosen i Balsfjorden, i den vestre enden av Balsfjordeidet. Eidet er ved Nordkjosbotn omtrent en kilometer bredt, og fjell som er høyere enn 1 000 meter rammer inn bygda. Av disse er Store Russetind i sør spesielt severdig.