Han forlot Hibs i 1955 for å slutte seg til Manchester City for den formidable overgangssummen (på den tiden) på £22.000. Bobby Johnstone var den eneste av The Famous Five som noen gang spilte i England. Han scoret mål i to påfølgende FA-cupfinaler for Manchester City, da de først tapte finalen i 1955 for Newcastle United, men vant finalen i 1956 mot Birmingham City. Johnstone var den første spilleren til å score i to påfølgende FA-cupfinaler på Wembley. Han spilte sammen med den den gangen fremtidige Hibs-manageren Dave Ewing i begge finalene.