Historien finner sted i en tropisk skjærgård, på en gruppe øyer kjent som Alola-regionen. Den ledende vitenskapsmannen i Alola-regionen heter professor Kukui. Team Skull er navnet på en gruppe skurker fra Alola. The Aether Foundation er en organisasjon som forsøker å studere Ultra Beasts, mystiske skapninger fra en annen dimensjon. Selv om professor Oak ikke er med i Sun and Moon, tar fetteren hans Samson Oak hans plass.