Da den bysantinske keiser Leo V (813-820) gjenopptok sin ikonoklastiske krigføring, beordret han Theophanes brakt til Konstantinopel. Keiseren forsøkte forgjeves å overtale ham til å fordømme ærbødigheten for ikoner som hadde blitt vedtatt av konsilet i Nikea. Theophanes ble etter dette kastet i fengsel og i to år ble han utsatt for grusom behandling. Etter løslatelsen ble han forvist til øya Samothraki i 817 eller 818 hvor han døde etter kort tid. I henhold til det romerske martyrologiet er hans dødsdag 12. mars, den dagen han blir minnet. Han er tillagt flere mirakler som skjedde etter hans død.