Den 9. desember 2008 ble han arrestert etter FBI-etterforskninger, mistenkt for korrupsjon. Han ble raskt løslatt mot kausjon, mens etterforskningen fortsatte. Det dreier seg om at han skal ha forsøkt å selge til høystbydende det senatssetet som ble ledig i og med at Illinois-senator Barack Obama ble valgt til president. Det er guvernøren som utpeker den som skal overta det gjenstående av senatsperioden. Han er den fjerde guvernør i Illinois i moderne tid som er blitt arrestert – de tre tidligere er George H. Ryan, Daniel Walker og Otto Kerner.