I 1866 kom imidlertid Ernst Haeckel med et nytt system for levende vesener, basert på Charles Darwins idéer om evolusjon (evolusjonsteorien). Haeckel splittet Animalia i Metazoa og Protista (protoktister eller protister), basert på forskjeller i vev og organer. Metazoa skiller seg altså fra Animalia gjennom å være begrenset til flercellede organismer. De aller fleste protister er encellede, med unntak av noen algetyper.