Pater Boym dro derfor på nytt avsted til fots. Han tok en rute som ikke stod avmerket på noen kart, og kom frem til Ayutthaya, hovedstaden i Siam. Han kjøpte et skip av noen sjørøvere og kom seg så til det nordlige Vietnam. I Hanoi prøvde han å finne seg guide som kunne føre ham og de andre prestene i følget inn i Kina. Det lyktes han ikke i, og han drog videre alene, bare ledsaget av Chen, som hadde fulgt ham under hele reisen. De kom seg helt frem til provinsen Guangxi. Der døde pater Boym den 22. juni 1659, uten å ha kommet frem til Ming-hoffet. Han ble begravet på et sted som i dag er ukjent.