Han ble innsatt den 6. januar 1560. Hans første offentlige beslutninger var å benåde deltagerne i de opptøyer som fulgte hans forgjengers bortgang, og å stille tfor rettens sin forgjengers nevøer. En, kardinal Carlo Carafa, ble strangulert, og hertug Giovanni Carafa av Paliano og hans nærmeste medarbeidere ble halshugget.