Språket har et rikt bøyningssystem, med blant annet 14 kasus for nomen (substantiv, adjektiv og pronomen) og en rik verbmorfologi. Estisk har, i likhet med de skandinaviske språkene, tatt opp mange lånord fra lavtysk. Selv om basisordforrådet uten tvil er finsk-ugrisk, har estisk lånt svært mye fra indoeuropeiske språk, både når det gjelder ordstammer, «oversettingslån», idiomatiske uttrykk og til en viss grad syntaks. Som kasusspråk har estisk relativt fri ordstilling, men den vanligste ordstillingen i helsetninger er i likhet med norsk SVO.