Medisin var et annet vitenskapelig område der store fremskritt ble gjort under abbasidenes styre. På 1000-tallet fantes det i Bagdad 800 leger. Man gjorde store fremskritt i forståelsen av den menneskelige anatomi og av sykdommer. Man kunne nå klinisk skjelne mellom meslinger og smittekopper. Den persiske vitenskapsmannen og legen Ibn Sina (mer kjent i Vesten som Avicenna) produserte flere avhandlinger og andre verk der han sammenfattet den store mengde kunnskap som arabiske vitenskapsmenn hadde samlet, og han ble innflytelsesrik gjennom flere av de oppslagsverk han skrev. Europeiske leger og vitenskapsmenn hentet i århundrer meget inspirasjon og kunnskap herfra.