Innsjøer inneholder ofte mer komplekse fiskesamfunn enn det man finner i rennende vann. De er også i mange tilfeller enklere systemer å undersøke, siden de ikke er like åpne for ytre påvirkning. Hvordan fiskesamfunnene ser ut varierer fra vann til vann, og er avhengig av blant annet næringstilgang, geografi, vannkjemi og temperatur.