Som nasjonalkirke har Den skotske kirke ofte tatt en aktiv rolle i skotsk politikk. I 1919 opprettet generalforsamlingen Church and Nation Committee, som i 2005 ble Church and Society Council. Kirken har så lenge spørsmålet har vært aktuelt vært en sterk og uttalt motstander av atomvåpen. Den har også støttet devolusjon, prosessen hvor de enkelte nasjoner innenfor Det forente kongerike Storbritannia og Nord-Irland har fått stadig mer uavhengighet. For Skottlands del har denne prosessen foreløpig kulminert i opprettelsen av Skottlands parlament i 19979. Fra 1999 til 2004 hadde parlamentet sitt møtelokale i kirkens forsamlingshall i Edinburgh, mens parlamentsbygningen var under konstruksjon. Kirken støtter aktivt arbeidet til det økumeniske organet Scottish Churches Parliamentary Office.