Etter hans prestasjoner i en 28–7 seier over New York Jets i uke 10 ble Wilson utpekt til Pepsi NFL Rookie of the Week. Han fullførte 12 av 19 pasninger for 188 yards og to touchdowns, og hadde 34 yards fordelt på syv løp. Han ble utpekt til NFC Offensive Player of the Week og FedEx Air Player of the Week i uke 13 etter en 23–17 seier over Chicago Bears. I løpet av en 50–17 seier over Buffalo Bills 16. desember sanket Wilson 205 pasningsyards og en touchdownpasning samt 92 yards på ni løp, inkludert tre touchdowns, som var en personlig rekord for ham. Han ble utpekt til NFL Offensive Rookie of the Month for desember 2012 etter at Seahawks gikk 5–0 i måneden, og Wilson hadde en passer rating på 115,2 i perioden.