I sine siste år brukte han mye tid og penger på rettssaker for å forsvare sine dampbåtpatenter mot krenkelser, og i tillegg jobbet han videre på undervannsbåten. Han klarte å få Kongressen til å støtte prosjektet for å utvikle en dampdrevet undervannsbåt som kunne drive seg selv under vann. Den var ikke ferdig da han døde og ble aldri fullført av noen andre.