Kampsystemet i spillet ble forandret fra de tidligere spillene; fekting ble brukt som inspirasjon for det nye systemet. I tillegg til samme type våpen som i tidligere spill, introduserte «Phantom Blade», en skjult klinge som bruker armbrøstmekanikk til å avfyre små prosjektiler stille, mens den fortsatt har samme funksjon som den skjulte klingen fra tidligere spill. Navigasjonen fikk også en overhaling; de nye handlingene «friløping opp» og «friløping ned» ble lagt til for å gjøre det enklere for spilleren å klatre opp og spesielt ned fra bygninger. I tillegg lærer Arno nye friløpingsknep gjennom spillet, og spilleren kan også kjøpe nye ferdigheter. Med de store folkemengdene som er i spillet er det flere aktiviteter spilleren kan gjennomføre som dukker opp i spillet organisk. Spilleren kan for eksempel bryte inn og stoppe forbrytelser eller jage og fange lommetyver.