NRK har brukt ulike metoder for å velge vinneren av MGPjr opp gjennom årene. Det første året var det én avstemningsrunde, der resultatet ble avgjort av en fagjury og seernes telefonstemmer. Fra 2003 har det vært to avstemningsrunder, en førsterunde og en superfinale. I 2003 valgte en fagjury ut fire av sangene til å delta i superfinalen, men fra 2004 har tv-seerne og radiolytterne stemt fram fire av sangene til superfinalen. I superfinalen framføres sangene på nytt, og publikum stemmer nok en gang via telefon eller internett. Fra 2018 var det bare mulig å stemme gjennom NRK Supers app «Svar-o-meter», der hver seer hadde et begrenset antall stemmer.