Shatner ble født i Montréal i Quebec i Canada, av Hoseph Shatner og Anna Garmaise. Alle fire av Shatners besteforeldre var jødiske immigranter fra Øst-Eruropa; hans farfar, Wolf Schattner, forkortet familienavnet til "Shatner". Han gikk på Willingdon Elementary School, på Notre-Dame-de-Grâce i Montreal, Quebec, og fikk i 1952 en Bachelor's degree i økonomi fra Montreals McGill University, der en bygning fikk navnet The Shatner Building i 1993 etter en avstemning blant studentene. Selv om det er brukt av studentene, er ikke navnet offisielt anerkjent av universitetet som bruker navnet «University Centre».