Sarajevos internasjonale lufthavn ligger noen få kilometer sørvest for byen. Under krigen ble denne brukt av FN til humanitær hjelp. Etter Daytonavtalen i 1995 åpnet flyplassen for kommersiell trafikk med flere internasjonale flyselskaper, blant disse B&H Airlines, Austrian Airlines, Norwegian, Germanwings, Alitalia, Turkish Airlines, Malev, Lufthansa, Adria Airways, JAT Airways og Croatia Airlines. I 2010 var antallet passasjerer en økning på 6,2 % fra 2009, i forhold til i 1996.