Nielsen var ingen tilhenger av den tyske okkupasjonen eller Hitler. Derimot bisto han, som innbitt frimurermotstander, det tyske sikkerhetspolitiet Sicherheitsdienst (SD) i frimurerspørsmål fra sommeren 1940 av. Han hevdet at NS-ledelsen var infisert av frimurere og advarte tyskerne mot en rekke av Quislings nærmeste medarbeidere.