Når Anguirus nærmer seg Tokyo blir monsterets intensjoner misforstått, og han blir drevet vekk av Japans forsvar. Anguirus rapporterer tilbake til Monster Island, og Godzilla følger ham tilbake til Japan for å redde jordkloden fra Gigan og kong Ghidorah. Romvesenene forsøker deretter å drepe Godzilla med en dødelig laser. Men Gengo og hans følgesvenner bruker romvesenenes overdreven tillit til teknologi mot dem, og tvinger inntrengerne til å utilsiktet ødelegge dem selv. De forsøker å tvinge Gigan og kong Ghidorah tilbake til verdensrommet.