Under Andre verdenskrig fordømte kardinal Gerlier Pierre Lavals deportasjon av jøder til de tyske konsentrasjonsleirer, han var kjent med at det der rådet skrekkelige forhold og protesterte også mot dette. Han anførte de øvrige biskoper på fordømmelser av deportasjonene av jøder. Han bad også katolske ordensinstitusjoner om å ta inn jødiske barn og skjule dem, og gjorde sitt beste for å finne ut sannhetsgehalten i meldinger om at deporterte franske jøder ble drept av tyskerne.