Ondjaki studerte sosiologi ved Universitetet i Lisboa, og skrev sin artikkel til avgangseksamenen om den angolanske forfatteren Luandino Vieira. Hans litterære debut kom i 2002 med (The Whistler), som ble fulgt opp med hans memoarer fra barndommen Bom dia camaradas (God morgen, kamerater) som kom ut i 2003. Per 2010 har Almeida utgitt fire romaner, tre novellesamlinger, to diktsamlinger og tre barnebøker. Hans bøker har blitt oversatt til flere språk blant annet fransk, spansk, italiensk, tysk, engelsk, kinesisk og svensk.