Under trettiårskrigen, i årene 1633-34, døde 2/3 av befolkningen i Deggendorf av pest. Under de spanske og østerrikske arvefølgekrigene ble deler av byen satt i brann og ødelagt. I de påfølgende tiårene gjenoppsto byen, i den barokke stil som den fortsatt er preget av, særlig symbolisert ved det karakteristiske, høye kirketårnet , oppført i 1722.