Dijon ble grunnlagt som romersk bosetning under navnet , beliggende på veien fra Lyon til Paris. Benignus av Dijon, byens skytshelgen, skal ha bragt kristendommen til byen før han ble martyr (cirka år 270). I 1016 kom byen til Hertugene av Burgund. I 1187 fikk den byrettigheter og en bymur. Under denne tiden var Burgund og Dijon en plass med stor rikdom og makt og et av Europas store sentre for kunst, lære og vitenskap. I 1477 falt den franske delen av Burgund og Dijon til Frankrike, den nederlandske tilfalt Habsburgerne.