Det egentlige problemet er ikke å bare lese sekvensen: På grunn av tekniske restriksjoner blir DNAet sekvensert i tusener av små enheter (engelsk: reads) og må settes sammen (engelsk: assemble) til en hel sekvens med bioinformatiske metoder fra sekvenssammenstillingen. Disse bitene er mindre enn 1000 bp (basepar). Et vanlig problem er store datamengder, som krever mye datakraft.