Fico har beskrevet sine barndomsambisjoner som å ville bli enten politiker, sportsreporter, eller arkeolog. Etter å ha fullført grunnskolen meldte han seg inn på det lokale gymnasium i Topoľčany, og ble uteksaminert sommeren 1982. Senere samme år meldte han seg på Juridisk fakultet ved Comenius-universitetet i Bratislava, i det som da var Tsjekkoslovakia. Lærerne hans var imponert over ham, og en av lærerne hans fra universitetet, den fremtidige statsminister Jozef Moravčík, beskrev ham som «ambisiøs, veldig selvsikker og veldig involvert i diskusjoner.» Han ble uteksaminert i 1986 med spesialisering i strafferett (doktorgrad).