Alexios III begynte arbeidet med å styrke grensene mot turkmenerne (oghuz-tyrkerne) allerede før borgerkrigen var over. Han lyktes ikke helt, og led et militært nederlag mot dem i 1355. Han selv og Mikael Panaretos slapp så vidt unna med livet i behold. Et nytt angrep fra emiren av Chalybia (Chaldia) ble avverget gjennom diplomatisk virksomhet, og det endte med at emiren Hajji 'Umar ble gift med Alexios’ søster Theodora i 1358. Alexios brukte ekteskapsallianser for alt det var verdt, og fire av hans døtre ble gift med muslimske ledere i regionen. Den femte datteren, Anna, ble gift med kong Bagrat V av Georgia.