Sammenligninger med gnostisismen er ikke basert på hva forfatteren sier, men i det språket han bruker til si det, spesielt bruken av begrepene Logos og lys. Forskere som Raymond E. Brown har mot dette argumentert med at det gamle jødiske Qumran-samfunnet også brukte begrepene lys mot mørke. Argumentene til Bultmann og hans skole ble alvorlig svekket ved midten av 1900-tallet, ved funn av Nag Hammadi-skriftene av genuine gnostiske skrifter – som er ulike Johannes-evangeliet, samt Qumran-biblioteket av jødiske skrifter – som ofte ligner på Johannes-evangeliet.