Al-Hakim drepte mange av sine embetsmenn, både høyere og lavere i gradene. Hans veileder Abu al-Qasim Said ibn Said al Fariqi, de fleste av hans visirer, dommere, poeter, leger, badehusinnehavere, kokker, fetter, soldater, jøder, kristne, etteretningsmenn og til og med kuttet av hendene på kvinnelige slaver i sitt eget palass. I noen tilfeller utførte han drapene personlig.