Ved Østerrikes «anschluss» til det nasjonalsosialistiske Tyskland i 1938 gikk BBÖ inn i . Under andre verdenskrig ble 41 % av det østerrikske jernbanenettet ødelagt, og fra 1945 foresto det omfattende reparasjoner på de østerrikske jernbaner. I 1947 fikk selskapet sin nåværende forkortelse ÖBB, og i forbindelse med gjenoppbygningen av nettet ble omstillingen til elektrisk drift intensivert.