Nordalliansen var imidlertid preget av sterke interne skiller og mistillit mellom partene, og var ikke i stand til å stoppe Talibans fremmarsj. Dostum fikk etter hvert også problemer i sine egne rekker. Abdul Malik Pehlawan, en av Dostums fremste generaler, gjorde mytteri og allierte seg med Taliban. Dostum ble tvunget på flukt og reiste til den usbekiske grensen. Taliban marsjerte inn i Nord-Afghanistan, men ble møtt av et lokalt opprør som resulterte i at flere tusen Taliban-soldater ble drept. Dostum returnerte til Afghanistan få måneder senere, men Nordalliansen evnet fortsatt ikke å forenes om et felles slagkraftig forsvar og Mazar-e Sharif falt for andre gang. I 1998 flyktet Dostum til Tyrkia hvor han ble frem til 2001.