Schalburgs far var den danske godseier og direktør August Theodor Schalburg og moren Elena Vasiljevna Starizki von Siemianowska var fra den russiske adelen. Familien bodde i Russland og han ble døpt i Den russisk-ortodokse kirke 10. februar 1907 og fikk navnet Konstantin Feodorovitsj Schalburg. Først senere samme år ble han døpt luthersk og fikk navnet Christian Frederik Schalburg. Som ung fikk Schalburg militær utdannelse ved tsarens kadettkorps i St. Petersburg.