I 1958 ble al-Faruqi tilbudt et gjesteopphold ved McGill Universitys teologiske fakultet. Han bodde i Ville St. Laurent og ble med i McGill Universitys Institute of Islamic Studies etter invitasjon fra dets grunnlegger, Wilfred Cantwell Smith. Fra 1958 til 1961 underviste han sammen med Smith og var kjent for sin dynamiske og originale tilnærming til islamsk tanke. Under sin tid der studerte han kristen teologi og jødedom og ble kjent med den pakistanske filosofen Fazlur Rahman. I 1961 arrangerte Rahman en toårig oppnevning for al-Faruqi ved Central Institute of Islamic Research i Karachi, Pakistan, for å eksponere ham for ulike muslimske kulturer. Al-Faruqi arbeidet som gjesteprofessor der fra 1961 til 1963.