Ved Athens fall krevde både Kyros og Tissafernes styret over de joniske byene, av disse anerkjente de fleste Kyros som hersker. Men Tissafernes tok kontroll over Milet hvor han ble angrepet av Kyros som samlet en hær under dette påskuddet til å bruke den mot sin bror Artaxerxes II. Kongen ble advart av Tissafernes som deltok i slaget ved Cunaxa, og etterpå forsøkte han å knuse Kyros' greske leiesoldater ved forræderi.