Maria og Louis Leakey fikk tre sønner: Jonathan, ble født i 1940, Richard i 1944, og Philip i 1949. Et fjerde barn døde som spedbarn. Guttene fikk mye av sin tidlige barndom på ulike antropologiske steder. Guttene vokste opp med den samme kjærlighet til frihet som deres foreldre hadde hatt. I sin selvbiografi nevnte hun sjelden sine svangerskap, eller de vanskelighetene hun møtte i å oppdra barn i Kenya. Barna fulgte sine foreldre til ulike arbeidsplasser, arbeidet ble familieaffære. Hun røkte mye, først sigaretter og deretter sigarer, og var vanligvis pent kledd selv under utgravinger.