I slutten av 1968 ble hun tatt i forvaring. Etter kulturrevolusjonens endelige avslutning gikk Kinas nye leder Deng Xiaoping personlig inn for at Nie skulle stilles for retten. Hun ble dømt til ti års fengsel (allerede hadde hun vært i forvaring i åtte år). Den lange straffen skyldes at Deng var overbevist om at Nie personlig var ansvarlig for torturen av hans sønn Deng Pufang.