Da det likevel ikke lyktes å bli enige om hverken sammenslåing, et felles program eller kandidater, ble det i steden etablert et samarbeidsråd (Arbeitsgemeinschaft) for CDU og CSU. I 1948 forlot Øst-CDU som arbeidet i den sovjetiske okkupasjonssonen samarbeidet. Styret i samarbeidsrådet som besto av Konrad Adenauer, Friedrich Holzapfel, Hugo Hickmann, Jakob Kaiser, Erich Köhler, Ernst Lemmer, Josef Müller, og senere Peter Altmeier var i virksomhet til 1950. På landsmøtet 20.–21. oktober 1950 ble et nasjonalt CDU endelig etablert, men da uten CSU.