Det israelske angrepet kostet 34 amerikanske sjømenn livet og såret 171 (av et mannskap på 297), det verste enkeltstående tap som den amerikanske marine hadde hatt siden andre verdenskrig. Mindre enn en time etter angrepet fortalte Israel at deres styrker hadde begått en tragisk feil. Senere sa israelske myndigheter at de trodde at USS Liberty var en egyptisk hestetransport. US Secretary of State, Dean Rusk, og leder for Joint Chiefs of Staff, admiral Thomas Moorer, insisterte derimot på at det israelske angrepet var med fullt overlegg og hadde som hensikt å senke Liberty. Det samme konkluderte tre rapporter fra CIA; en av rapportene påsto at angrepet var under direkte ordre fra Israels forsvarsminister, Moshe Dayan.