Prostiet ble opprettet 1. april 1991. Det ble opprettet etter en større omorganisering av prestegjeldene i Finnmark. Prestegjeldene ble skilt ut fra Alta prosti, Hammerfest prosti og Varanger prosti og samordnet i ett samisk prosti. Nyorganiseringen har ført til en styrking av samisk kirkeliv.