Japan administrerte de fødererte statene fra Singapore. Malaya ble inndelt i 10 provinser etter en inndeling som stort sett fulgte de tidligere grensene mellom statene. Det ble innsatt japanske guvernører. Fra mars 1942 var dette sivile. De tidligere herskerne ble først satt til side, men ble i 1943 gjort til rådgivere for de japanske guvernørene.