En tredje utfordring var at mange land formidlet bistand og humanitær hjelp gjennom sine militære styrker. For de norske bistandsorganisasjonene, inkludert Afghanistankomiteen, var denne sammenblandingen problematisk, og de gikk derfor i front for at militær aktivitet og humanitær bistand måtte skilles. Men da Norge i 2005 fikk ansvaret for Faryab-provinsen og etablerte den norske PRT-enheten i Meymaneh, ble Afghanistankomiteen presset til å etablere bistandsprosjekter der. Komiteen bestemte imidlertid at prinsippet om ikke å operere under norsk militær tilstedeværelse var viktigst, og etablerte ingen bistandsprosjekter i regionen før i 2015, altså året etter at de norske styrkene hadde trukket seg ut.