Han var sønn av Vilhelm I, den daværende prins Vilhelm, yngre bror av kong Fredrik Vilhelm IV av Preussen, og keiserinne Augusta. Fredrik giftet seg i 1858 med prinsesse Victoria av Storbritannia og Irland, den eldste datteren av prins Albert av Sachsen-Coburg-Gotha og dronning Victoria (av huset Hannover). Victoria øvet stor innflytelse på sin mann med sine liberale politiske synspunkter.