Heydrich og Himmler var begge døde og Kaltenbrunner var den høyest rangerte SS-lederen i Nürnberg. I Nürnberg forsøkte de andre tiltalte, som anså seg som respektable statsmenn eller skikkelige soldater, å distansere seg fra Kaltenbrunner. Jodl, Keitel og Frank avslo å håndhilse på ham. Dieter Wisliceny hadde i november 1945 gitt en fyldig forklaring i avhør og gjentok dette i retten 3. januar 1946. Wislicenys vitnemål hadde stor betydning for saken: Han fortalte at Eichmann hadde vist ham en skriftlig ordre om å utrydde jødene, ordren kom fra Hitler og hadde Himmlers signatur. Wisliceny bekreftet at Heydrich ledet RSHA til sin død hvorpå Kaltenbrunner overtok ledelsen. Wisliceny pekte med dette ut Kaltenbrunner som av de tiltalte med største ansvar for holocaust. Detaljene om Kaltenbrunners rolle i forbindelse med holocaust i Italia var ikke kjent da Nürnbergprosessen ble gjennomført. Walter Schellenberg fortalte at Kaltenbrunner var ansvarlig for alle større aksjoner gjennomført av Gestapo. De rundt 50 krigsfangene som rømte fra Stalag Luft III ble ifølge Schellenberg henrettet på Kaltenbrunners ordre. Et vitne fortalte at Kaltenbrunner hadde besøkt Mauthausen konsentrasjonsleir og Kaltenbrunner skal ha overvært avliving av fanger i gasskammer. Fotografier fra Himmlers og Kaltenbrunners besøk i Mauthausen ble lagt frem for retten. Kaltenbrunner hevdet i retten at han fikk vite om Einsatzgruppene da han overtok som sjef for RSHA hvorpå han protesterte overfor Hitler og Himmler, og Einsatzgruppene ble oppløst. Han hevdet å aldri ha besøkt en konsentrasjonsleir og Auschwitz fikk han vite om sent i 1943. Massemordet på jødene ble stanset i oktober 1944 på grunn av Kaltenbrunners innsats, hevdet han selv.