I 1566 ble jøder pålagt å bruke spesielle klær, blant annet gult hodeplagg. Zaporizjakosakkenes opprør (under ledelse av Bohdan Khmelnytskyj) i 1648 resulterte i en pogrom som raserte mange jødiske institusjoner i Polen-Litauen og det gikk særlig hardt utover Vilnius. På den tiden var det omkring jødiske innbyggere i Litauen. Jøder med bakgrunn i Storfyrstedømmet Litauen omtales ofte som . I Israel benyttes til dels om ortodokse jøder som følger en «litauisk» (askenasi og ikke-hasidisk) lære og livsstil. De litauiske jødene skilte seg fra polske og ukrainske særlig ved tydelig ulike dialekter av jiddisch.