Etter fyrstbiskop Albert Sigmunds død i 1685 ble han biskop av Regensburg og Freising. Selv om han fremdeles var mindreårig, ble han bekreftet i embedet av pave Innocent XI. I 1688 ble han, som 17-åring, ved hjelp av sterk støtte fra keiser Leopold I og pave Innocent, erkebiskop av Köln. Kölns domkapitel hadde egentlig ønsket seg Wilhelm Egon av Fürstenberg.