De fleste skjellkrypdyr er forholdsvis små, og er derfor ettertraktet av større predatorer. Blant dyr som jakter på dem er fugler som varslere, kråkefugler, haukefugler, ugler, storker og trapper, og pattedyr som rotter, piggsvin, rever, villsvin, mindre kattedyr, mårdyr, snikekatter og manguster. Mange slanger har spesialisert seg på å fange øgler, men ellers er det få dyr som hovedsakelig eter skjellkrypdyr. Et unntak er slangeørnene.