Når Sam blir skadet og begynner å blø, innser Rinzler at Sam er menneske, eller en "bruker" som han kalles. Han tar Sam med til Clu, nettets korrupte regjeringsprogram, som ligner på en ung Kevin. Clu dreper nesten Sam i en kamp. Men Sam blir reddet av Quorra, en tidligere "lærling" av Flynn, som viser ham Kevins gamle gjemmested utenfor Clu sitt territorium. Quorra forteller at Kevin tidligere hadde jobbet med et "perfekt" data-system, og hadde utnevnt Clu og sikkerhetsprogrammet Tron som med-skapere. Men de oppdaget en art av naturlig forekommende "isomorfe algoritmer" (ISO) med potensial til å løse forskjellige naturlige mysterier. Clu betraktet dette som en aberrasjon, forråder Kevin, dreper tilsynelatende Tron og ødela ISO-ene. "Portalen" som tillater reise mellom de to verdenene ble stengt, og etterlot Kevin fanget i systemet.