Etter å ha overbevist i den chilenske serien tiltrakk prestasjonene hans seg naturligvis oppmerksomhet fra Europa. Bologna la pengene på bordet, og lokket det unge talentet over Atlanterhavet. Oppholdet ble dessverre en gigantisk skuffelse, og Zamorano fikk aldri spille noen obligatoriske kamper for italienerne. Neste stopp ble isteden Sveits og klubben St. Gallen. Zamorano spilte i den sveitsiske toppklubben fra 1988 til 1991, og scoret 33 mål på 56 kamper.