Byen ble medlem av Hansaforbundet i 1340. Etter tapet av Marienburg til Polen, ble Königsberg fra 1457 hovedstad i den religiøse staten under den tyske ridderorden, redusert til hertugdømmet Preussen ved den andre traktaten i Thorn i 1466. Ordenens territorier ble sekularisert i 1525, og Preussen kom i 1618 i personalunion med Brandenburg under kurfyrstene Hohenzollern, som i 1701 utropte hertugdømmet Preussen som kongeriket Preussen. Som en del av kongeriket Preussen, som nå omfattet hele statsdannelsen, var Preussen (eller nå Øst-Preussen) etter det tysk-romerske rikes fall i 1806 del av den tyske konføderasjon (Det tyske forbund) 1815 – 66 og av det tyske keiserrike fra 1871.