Burundis mark er i hovedsak dyrket mark og beiteland. I dag domineres store deler av landskapet av menneskeskapt savanne. Lite jord fordelt på mange mennesker har ført til overbeite og overdyrking av jorda, og mye av landets opprinnelige vegetasjon har blitt borte. Burundi sliter både med avskoging, jorderosjon og ødelagte habitater for dyr og planter. Avskogingen av hele landet kommer i stor grad på grunn av overbefolkning, og det er kun omtrent 600 kvadratkilometer skog igjen, et tall som årlig går ned med rundt 9%. Landet har to nasjonalparker; Kibira nasjonalpark i nordvest (et lite område regnskog på grensen til Nyungwe nasjonalpark i Rwanda), og Ruvubu nasjonalpark i nordøst (langs Rurubuelven, også kjent som Ruvubu or Ruvuvu). Begge ble grunnlagt i 1982 for å ta vare på dyrebestanden.