I sine dikt kritiserte hun kolonitidens mannsdominerte samfunn, og lot stemmer blande seg fra de forskjellige etniske grupper i datidens samfunn. Da biskopen av Puebla uten hennes tillatelse utgav en av hennes skrifter under pseudonymet «Filotea de la Cruz» og kritiserte hennes interesse i sekulære studier svarte hun igen med det berømte («Svar til Søster Filotea») hvor hun i skarpe toner forsvarte kvinnens rett til å tilegne seg viten og hennes likestilling med mannen i intellektuell kapasitet. Brevet er blitt hyllet som en slags første feministiske manifest. Dette svar medførte ytterligere kritikk, og erkebiskopen og andre krevde at hun skulle avstå fra ikke-religiøse bøker og studier.