Aristobulos var sønn av Herodes av Kalkis og hans første hustru Mariamne. Herodes var et barnebarn av Herodes den store, «vennligsinnet konge» av Judea, via hans far Aristobulos IV. Mariamne var også barnebarn av Herodes den store via sin mor, Olympias. Aristobulos av Kalkis var således barnebarns barn av Herodes den store både på morssiden og farssiden.