New York er en av delstatene der eget flagg for sivil bruk først kom i bruk. Delstatens første kjente flagg beskrives i 1858 som å bestå av en hvit duk med delstatens våpen. Dette flagget ser ikke ut til å ha vært offisielt vedtatt ved lov. Det skjedde først 8. april 1896 da et nytt delstatsflagg ble vedtatt, da med delstatens våpen i midten av en beige (engelsk: ) flaggduk. Denne spesielle fargen benyttes også i delstatsflaggene for New Jersey og Delaware. Fargen er valgt fordi den ble benyttet i faner og uniformer for delstatens militære enheter tilbake til 1780. Under den amerikanske revolusjonen hadde troppene fra New York uniformer med beige slag. Forøvrig har mange av USAs delstatsflagg blå bakgrunn, dette fordi blått har vært en vanligere farge for militære faner. Flaggduken i delstaten New Yorks flagg ble endret til blå i 1901.