Den økologiske miljøtilstanden i Sætreelva er vurdert som «moderat». Elva har for sure pH-verdier, og for høye målte verdier av sink og sinkforbindelser. Nedstrøms Mørkvannet er vassdraget utsatt for diffus avrenning av overvann fra vei og bebyggelse, samt spillvannslekkasjer fra avløpsnettet. Tap av vegetasjon langs kantsonene i forbindelse med utbygging og hogst bidrar til økt avrenning. Spredning av fremmede arter, særlig parkslirekne og kanadagullris, er et betydelig problem i de nedre delene av vassdraget.