I 1950 og 1951 utvidet El Al sin virksomhet til Europa ytterligere, og de la til nye destinasjoner som Wien og Istanbul, Athen og Nikosia. Men fly-selskapet var også involvert i en rekke hemmelige operasjoner: På begynnelsen av 1950-tallet fraktet fly fra El-Al over 160 000 immigranter til Israel fra Iran, Irak og Jemen som en del av Operasjon Magic Carpet samt Operation Ezra and Nehemiah. I 1960 ble den nazistiske krigsforbryteren Adolf Eichmann tatt til fange, og fløyet fra Argentina til Israel, med et fly tilhørende El-Al.