Orgelverket ble reparert ved flere anledninger opp gjennom 1700-og 1800-tallet, inntil det ble skiftet ut med et nytt av Busch og Søn i 1889. Man valgte å beholde orgelfasaden, men pipene i den ble satt ut av drift. Det nye orgelet var i romantisk stil etter tidens smak. Marcussen & Søn bygget om orgelet i 1939, og ved restaureringen midt på 1950-tallet, lyktes det Poul-Gerhard Andersen å få de gamle fasadepipene til å klinge igjen. Klangen deres inspirerte han til å bygge det nåværende orgelet i 1965, da han hadde fått eget firma. Orgelet har 57 stemmer fordelt på 4 manualer og pedal og man har benyttet forskjellig eldre pipemateriale. Disposisjonen er nybarokk etter orgelbevegelsens prinsipper, men med noen romantiske klangfarver som gjør instrumentet allsidig. Det er utført flere tekniske forbedringer på det siden det ble bygget, senest i 1998, da orgelet hadde 300-årsjubileum.