Harpyørnen er hovedsakelig grå med gråsvart delt brystkrans og overside. Kroppen er massiv og vingene er relativt korte i forhold til kroppen og avrunda, men de har usedvanlig stor bæreflate (ekstra lange svingfjær), sammenlignet med ørner med et tilsvarende eller større vingespenn. Det er trolig en adapsjon som har vært nødvendig for at den store fuglen skal kunne manøvrere effektivt blant trærne i jungelen. Stjerten er lang og vifteformet. Buken er hvit, mens hodet, som har ei splittet (todelt) fjærkrone (som blir mørke mot tuppene) som kan reises etter ønske, er lysere askegrått. Typisk er også kransen av fjær rundt halsen, som kan reises så de minner om en parabol. Nebbet tilnærmet sort og svært kraftig. Lemmene har lys gul bar hud fra albuen og ned og er meget kraftige, med store klør. Øvre del er fjærkledd og hvit og sortspraglet.