Vatialian hadde også muligheten til å utøve suveren makt over østkirken som dens øverste dommer. Biskop Johannes av Lappa av Kreta var blitt avsatt av en synode under metropolitten Paulus, og henvendte seg deretter til paven, og ble av den grunn fengslet. Imidlertid klarte han å rømme og dro til Roma, hvor pave Vitalian avholdt en synode i desember 667 for å undersøke saken, og erklærte Johannes uskyldig. Vitalian skrev et brev til metropolitten Paulus og krevde at Johannes ble gjeninnsatt som biskop og gjenvinne sitt kloster. Samtidig krevde paven at metropolitten skulle avsette to diakoner hadde som giftet seg etter at de var blitt diakonviet.