Mallory trakk seg etter at den konføderale regjeringen hadde rømt fra Richmond i slutten av krigen. Etter Konføderasjonens fall ble han og flere av hans kolleger i regjeringen fengslet og anklaget for høyforræderi. Etter mer enn et år i fengsel, hadde den offentlige stemningen myknet, ble han innvilget prøveløslatelse av President Andrew Johnson. Han returnerte til Florida hvor han livnærte sin familie sine siste år som advokat. En av betingelsene for prøveløslatelsen var at han ikke kunne inneha noe offentlig verv, men han fortsatte å si sine meninger gjennom brev han skrev til avisene. Hans helse startet å skrante, men han var ikke hemmet før helt på slutten. Han døde den 9. november 1873.