I årene 1844-1853 var han amtmann i det nyopprettede Tromsø stiftamt som fra Finmarkens deling i 1844 omfattet Tromsø og Finmarkens amter. I 1848 ble han innvalgt på Stortinget, og representerte byen Tromsø, hvor amtmannsetet var lokalisert. Han ble gjenvalgt i 1851. Harris forlot Tromsø i 1853, da han ble amtmann i Stavanger amt. Dette embedet hadde han til 1863.