Waaler har tidligere arbeidet som førsteamanuensis ved NIH og som dekan ved Fakultet for helsevitenskap ved Høgskolen i Oslo (senere Høgskolen i Oslo og Akershus; HiOA). I 2015 ble hun ansatt som prorektor for utdanning ved daværende HiOA (nå Oslomet – storbyuniversitetet).