I 1998 ble Spencer lånt ut til Everton FC, hvor han ble gjenforent med Walter Smith, som var en av hans managere fra tiden i Glasgow Rangers. Avtalen ble etter kort tid gjort permanent på en overgangssum verdt 1,5 millioner pund, men Spencer falt fort igjennom på nivået i Premier League og ble allerede etter åtte måneder og ni seriekamper satt på utlånslisten.