Sommeren 2003 signerte Šlégr som friagent for Vancouver Canucks, men da han falt i unåde hos trener Marc Crawford ble han etter 16 kamper sendt til Boston Bruins. På 36 kamper scoret han fire mål og 15 assists for Bruins. Under NHL-lockouten i 2004/05-sesongen spilte han igjen for moderklubben HC Litvínov, og returnerte til Bruins for 2005/2006-sesongen (noe som skulle bli hans siste sesong i NHL), hvor han scoret fem mål og 11 assists på 32 kamper.