Hyrkanos delte sin mors religiøse syn, og sympatiserte med fariseere. I kontrast til dette hadde Alexander Jannaios støttet saddukeerne. Forskjellen var at sistnevnte jødiske sekt hadde sine medlemmer hos presteskapet og de øverste klassene mens fariseere hadde mer folkelig støtte. Aristobulos ga også sin støtte til saddukeerne og gjorde opprør mot sin eldre bror. Hyrkanos gikk imot ham i spissen for sine tilhengere og leiesoldater. Brødrene møttes i et slag i nærheten av Jeriko. I løpet av slagets gang gikk mange av Hyrkanos' krigere over til motsatt side, hvilket sikret Aristobulos seieren.