Da kirken ble reist gikk Vågen lenger inn og strandlinjen ved Bryggen gikk 100-150 meter innenfor Bryggens moderne kaifront. Vågen gikk trolig helt til domkirken der innerste del var langgrunn og myraktig. Korskirken lå tidlig i middelalderen på et nes i Vågen og Vågsbunnen ble etterhvert fylt ut slik at strandlinjen ble skjøvet utover. Bernt Lorentzen og Asbjørn Herteig så for seg et kongelig havneanlegg, før Olav Kyrres tid, omtrent der Korskirken ble reist. Området var skjermet og det var trolig lett å trekke opp båter og skip. Knut Helle konkluderte med at Bergens første tettbebyggelse kan ha vært i dette området og ikke nødvendigvis i nord ved Mariakirkens tomt.