I løpet av årene har forskere lagt frem en rekke teorier om hva Stowe forsøkte å si med romanen, bortsett fra de åpenbare temaene, som å fordømme slaveriet. Stowe, som var en hengiven kristen og aktiv abolisjonist, uttrykte eksempelvis mange av sine religiøse forestillinger i romanen. Enkelte forskere har ment at Stowe med sin roman fremstilte et forsøk på å løse de moralske og politiske dilemmaene som plaget mange slaverimotstandere: hvorvidt man var berettiget til å utføre forbudte handlinger om disse var ment for å motarbeide noe ondskapsfullt. Var bruk av makt for å motvirke slaveriet moralsk forsvarlig? Hvilken av Stowes karakterer burde man forsøke å etterligne, den passive Onkel Tom eller den trassige George Harris? Stowes løsning lignet på Ralph Waldo Emersons: Guds vilje fulgte man om hver enkelt person oppriktig undersøkte sine prinsipper og handlet i tråd med disse.