I november 1939 angrep Sovjetunionen Finland, og i den forbindelse ble Petsamo i Nord-Finland angrepet av Sovjetunionen. Både finer og samer evakuerte til enten Norge eller sør i Finland, mens andre ble tatt til fange. Krigshandlingene var over i 1940 og i april samme år kunne folk vende tilbake til husene sine. Imidlertid fortsatte ufreden med fortsettelseskrigen, der Finland fikk hjelp fra Tyskland for å få erobret tilbake de tapte territoriene. Skoltesamene måtte igjen evakueres, spesielt ble vinterlandsbyen Suonikylä hardt rammet ved at den ble en krigssone fra 1941 til 1944. Samene fra Suonikylä og Paatsjoki ble evakuert sørover i Finland, mens i områder som ble okkupert av Sovjetunionen ble skoltesamene deportert til Kolahalvøya. Noen ble også evakuert til Narvik.