I januar 2021 gikk daværende rektor Dag Rune Olsen av, og Hagen ble av Universitetsstyret konstituert som rektor ut perioden. 26. mars samme året ble hun valg som rektor med Pinar Heggernes som prorektor med 62,5 % av stemmene. Hagen utnevnte Gottfried Greve og Benedicte Carlsen til viserektorer.