Szeged ble første gang plyndret av tyrkiske styrker den 28. september 1526, men ble ikke okkupert før i 1543, og ble da et administrativt senter for Det osmanske riket. Byen ble fridd fra tyrkisk styre den 23. oktober 1686, og fikk tilbake sin frie kongeby-status i 1715. I 1719 fikk Szeged våpenskjoldet sitt, som fremdeles er i bruk. De neste årene vokste og utviklet Szeged seg. Piaristmunker kom til Szeged i 1719, og åpnet en ny grammatikkskole i 1721, og de holdt også teaterforestillinger og faglige forelesninger. Men disse årene brakte også annet enn framgang og glede; mellom 1728 og 1744 fant det sted hyppige hekseprosesser i byen.