Klosteret opphørte ved innføringen av reformasjonen i Norge (1536/37), da den katolske kirkens eiendommer ble inndratt og lagt til kronen. Siden kom klosteret på flere hender. I 1537 fikk Trond Ivarson klosteret som len. Han var forpliktet til å ta vare på brødrene, men hva som siden skjedde med klosterfolket, forteller ikke kildene noe om. Antagelig var mange av dem eldre mennesker.