Oppstanden førte til borgerkrig. Tre motstridende parter kjempet om herredømmet: For det første Irene støttet av Amytzantarioi-familien (sannsynligvis en av de ledende adelsfamiliene i Trapezunt) og også med støtte av bysantinske leiesoldater; for det andre arkontene og scholarioi-militsen som hadde vært Basileios sine støttespillere da han overtok makten i 1332. Disse var ledet av «sebastos» og kaptein-general Tzanichites og var også støttet av deler av den keiserlige livvakten. Den tredje parten var ledet av den tidligere «megas doux», Johannes evnukken, som holdt festningen i Limnia. Arkontene og Tzanichites hadde forskanset seg i St. Eugenios-klosteret nær keiserpalasset. I to måneder oppholdt de seg der i en slags stillingskrig, inntil Johannes evnukken bestemte seg for å støtte Irenes parti og marsjerte mot klosteret hvor arkontene oppholdt seg. Med beleiringsmaskiner klarte han å nærmest knuse klosteret og ta opprørerne til fange. Blant fangene var sebastos Tzanichites. Fangene ble sendt til Limnia hvor de ble henrettet året etter.