Forholdet mellom Tanzania og Uganda hadde vært irritabelt flere år før krigen startet. Etter at Amin tok makten i et militært kupp i 1971 fikk den tidligere lederen Milton Obote leve i eksil i Tanzania av den tanzaniske lederen Julius Nyerere. Et år senere prøvde en gruppe tanzaniere å invadere Uganda og fjerne Amin, men mislykkes. Amin anklaget Nyerere for å styrke hans fiender. Forholdet mellom Uganda og Tanzania ble liggende anstrengt i flere år.