Eudoxia kom i konflikt med erkebiskopen i Konstantinopel, Johannes Khrysostomos som talte mot dekadansen og spesielt nevnte kvinneklær og sølvstatuen av Eudoxia. Khrysostomos’ harme skyldtes også delvis henrettelsen av Eutropius i 399. Det oppsto etter hvert også en konflikt mellom patriark Theofilus av Alexandria som beskyldte Khrysostomos for å være tilhenger av Origenes og fikk ham dømt og bannlyst. I bakteppet for dette lå også ønsket fra patriarken om å underlegge seg kirken i Konstantinopel. Eudoxia tok imidlertid Khrysostomos i forsvar og fikk ham tilbakekalt fra eksil. Khrysostomos var populær i befolkningen, og dette kan også ha spilt inn. Samme natt som Khrysostomos ble arrestert inntraff et jordskjelv i Konstantinopel, og Eudoxia så dette som et tegn fra Gud.