Ifølge ferdsskriveren går alarmen «Cabin altitude warning» (lavt trykk i kabinen) klokka 09:12:38. Flyet befinner seg da 12 040 fot over havet (3670 moh.). Klokka 09:14:11, i en høyde av 15 966 fot, kontakter kaptein Merten flyselskapets operasjonssenter og rapporterer at de har fått alarmen «Take-off configuration warning» (alarm for feilinnstillinger før take-off). Kapteinen sier videre at indikasjonen for kjølevifte er av. Denne meldingen ble oppfattet som meget kryptisk, og ingeniørene på bakken ba kapteinen om å gjenta meldingen. Kapteinen svarte med å spørre om hvor sikringen for kjøleviften befant seg og fikk til svar at den befant seg bak kapteinsetet.