Da kollegaen Adrian Willaert døde i desember 1562, skrev Rore en motett til hans ære, og året etter ble han Willaerts etterfølger i den prestisjefylte stillingen som kapellmester i Markuskirka. Etter et års tid sa han fra seg den stillingen, sannsynligvis fordi musikkvirksomheten ved kirka var dårlig organisert, og vendte vendte tilbake til sin gamle stilling i Parma.