Under annen verdenskrig ble museet delt i to separate institusjoner, for hhv litteratur og etnografi. Museet ble samlet i 1946. Fra 1957 har museet arrangert en årlig todagers konferanse til minne om forfatteren Friedrich Reinhold Kreutzwald. Museet gjenvant sitt opprinnelige navn i 1995, etter frigjøringen fra Sovjetunionen.