I sin andre periode måtte Bush forklare og avvise påstandene om amerikansk tortur ved Guantanamo. Bush-regjeringen måtte også forsvare at amerikanerne holdt store mengder fanger, uten hverken tiltale eller rettssak, ved marinebasen. Organisasjoner som FN og Amnesty International kritiserte USA for gjentatte brudd på Folkeretten og Menneskerettene.