Renessansen var også, som Rabelais selv, opptatt av naturvitenskap. Den unge Gargantua drev fysisk trening, studerte klassiske forfattere, betraktet stjernene, undersøkte plantene, lærte av håndverkere og mye annet. Rabelais’ filosofi var frihetens: gjør hva du vil. Naturen er den som bestemmer, og prestenes askese og sølibat er derfor naturstridig. Religiøse dogmer beskrev han som en fiende, og han begrenset seg heller ikke til å skrive parodier på kirkens hellige tekster, noe som førte til at han måtte flykte til Italia i frykt for å bli anklaget for kjetteri av såvel den katolske som den reformerte kirke.