Egg og yngel av muskellunge har mange fiender. Der arten lever sammen med vår gjedde, er egg og yngel utsatt for å bli spist av den andre slektningen, hvis unger ligger foran i utviklingen fordi de klekkes tidligere. Der de to artene lenge har levd sammen, har muskellungen tilpasset seg ved å gyte på litt andre steder. I tillegg synker eggene mot bunnen. Andre fiender av små muskellunger er rovfisk som kanadarøye (der denne forekommer) og solabbor – men ikke minst større gjedder både av egen og den andre arten – foruten oter, mink og visse fugler som har fisk på menyen. Etter hvert som de vokser til, tynnes det ut blant fiendene. En stor muskellunge har knapt nok andre fiender enn bjørner – og mennesket.