Johnson startet sin profesjonelle karriere 9. juli 1991 i Notts County, og han spilte 5 ligakamper for i 1991/92-sesongen. Deretter ble det 37 ligakamper i 1992/93-sesongen, 34 ligakamper i 1993/94-sesongen og 31 ligakamper i 1994/95-sesongen. Etter å ha spilt 107 ligakamper for Notts County i løpet av 4 sesonger ble han kjøpt av Birmingham City for £225 000 den 1. september 1995. I hans første sesong for spilte Johnson 33 ligakamper, mens han i 1996/97-sesongen stoppet på 34 ligakamper. Den 22. februar 1998 laget han sitt første ligamål i karrieren da han scoret i en ligakamp mot Sheffield United. Kun tre dager senere kom mål nummer 2, og dette målet kom i en ligakamp mot Bury. Da 1997/98-sesongen var over hadde Michael Johnson fått med seg 37 ligakamper og 3 mål for laget fra West Midlands. I den neste sesongen spilte han alle 46 ligakampene til Birmingham og han fikk også med seg begge play-off kampene mot Watford.