Det portugisisk-britiske samarbeidet fortsatte og fungerte godt for begge lands handel. Under Napoleonskrigene tidlig på 1800-tallet var Frankrike og Storbritannia i strid. Britene hadde da periodevis styrker på Madeira for å hindre en mulig fransk invasjon. Da Portugal nekta å delta i Frankrikes blokade av britiske havner, angrep franske styrker under general Jean-Andoche Junot Lisboa i 1807. Britiske styrker blei satt inn for å forsvare Portugal, og kongefamilien blei evakuert til Brasil.