Etter frigjøringen i mai 1945 og frem til november var Christmas Møller utenriksminister i en samlingsregjering. Han forberedte utenrikstjenesten på å håndtere et større internasjonalt samkvem etter krigen. Fra 1945 til 1947 var han formann i den konservative riksdagsgruppen. Han advarte sterkt mot Venstre-regjeringens forsøk på å gjenforene Sydslesvig med Danmark. Christmas Møller bidrog til å felle regjeringen på grensespørsmålet i 1947 og brøt så med sitt eget parti. Han døde brått av hjertestans i 1948, 54 år gammel.