Rotblat fullførte studiene i 1932 og arbeidet for Wertenstein ved det radiologiske laboratoriet i Warszawa. Dekan og professor Ludwick Wertenstein ble en viktig person i Rotblats liv. Av Wertenstein lærte Rotblat en humanistisk tilnærming til vitenskap og bevissthet om ansvaret for konsekvensene av vitenskapelig arbeid. Wertenstein hadde blant annet arbeidet som assistent for Marie Curie og Ernest Rutherford ved Cambridge. Wertenstein omkom i Budapest i januar 1945 under kampene der. Han skrev 15 vitenskapelig artikler i løpet av 5 år i Warszawa og han fikk anerkjennelse som dyktig eksperimentell fysiker.