Den russiske astronomen Friedrich Georg Wilhelm von Struve nådde frem med navnet overfor det russiske vitenskapsakademi 29. desember 1846,, og snart ble det internasjonalt aksepterte navnet. I romersk mytologi var Neptun havguden, identifisert med greske Poseidon. Kravet til et mytologisk navn var i tråd med nomenklaturen for andre planeter, som alle, bortsett fra jorden, har fått navn fra gresk og romersk mytologi.