Naturvernforbundets høyeste myndighet er landsmøtet, som samles annethvert år. Mellom landsmøtene ledes forbundet av et landsstyre med representasjon fra fylkeslagene, og av et sentralstyre med fem medlemmer. Leder for begge disse er organisasjonens valgte leder Truls Gulowsen. Generalsekretær Gro Holstad leder den daglige driften i Naturvernforbundets sekretariat, som holder til i Mariboesgate 8 i Oslo sentrum. Der sitter de fleste av Naturvernforbundets ca. 30 ansatte, med unntak av tre ansatte i hhv Kragerø, Trondheim og Hadsel. I tillegg har fylkeslagene i Hordaland, Rogaland og Oslo og Akershus egne kontorer med flere ansette, samt at flere fylkeslag har egne fylkessekretærer og prosjektansatte.