Under krigen deltok «Svenske Jomfru» med heder i de fleste sjøslagene fra det første slaget til det tredje slaget ved Öland i årene 1564 til 1566. Det første sjøslaget som var skipets ilddåp, var så hardt at befalhaveren på «Svensk Jomfru», Erik Rud, måtte dra til Bodekull for reparasjoner. Etter reparasjonene var gjort ferdig, dro Erik Rud tilbake og sluttet seg til en eskadre på tre skip som hadde deltatt i Slaget ved Rostock der det svenske krigsskipet «Vita Falken» ble ødelagt den 18. juli 1564. Men om natten til 15. august kom de til ankerstedet utenfor Öland bare for å oppdage den svenske flåten. Admiral Herluf Trolle hadde glemt å sende beskjed om utviklingen til eskadronen.