Major Pierre Buyoya, en tutsi, kastet Bagaza i 1987 og opphevet grunnloven, oppløste de politiske partiene og gjenninsatte militærstyret. Anti-hutupropaganda ble spredt av restene av UBU fra 1972 som hadde reorganisert seg under navnet PALIPEHUTU i 1981. Dette førte til drap på tutsibønder i de nordlige områdene Ntega og Marangara i august 1988. Dødstallene ble anslått til 5000 av myndighetene, men noen internasjonale organisasjoner mener dette er et for lavt tall.