Han ble ansatt som dosent ved Helsingfors universitet i 1981 og ved universitetet i Joensuu i 1983. Han arbeidet i Finlands Akademi i to perioder: 1978–1988 og 1991–1992. Fra 1988 til 1991 var han fungerende professor i zoologi ved Universitetet i Helsinki, og i 1993 ble han utnevnt til professor der, i samme fag. Hanski ble utnevnt til akademiprofessor av Finlands Akademi i 1996. Denne tittelen hadde han til sin død.