Hydrogenklorid er et diatomisk molekyl, bygget opp av en kovalent binding mellom ett hydrogenatom og ett kloratom. Siden kloratomet er langt mer elektronegativt enn hydrogenatomet, er den kovalente bindingen svært polar. Molekylet har derfor et stort dipolmoment med en negativ partiell ladning δ ved kloratomet, og positiv partiell ladning δ ved hydrogenatomet. Den høye polariteten bidrar til at hydrogenklorid er svært løselig i vann (og andre polare løsemidler).