Marseille ble en gresk koloni og en av de største og rikeste greske byer utenfor Hellas. Denne rikdommen og økende makt gjorde byen utsatt for angrep fra lokale keltiske stammer, men også av etruskere og karthagere. Problemene med de lokale keltiske stammene førte til at man trengte hjelp fra romerne rundt 125 f.Kr. Dette førte til at hele dagens Sør-Frankrike ble til den romerske provinsen , men det var først under borgerkrigen mellom Julius Cæsar og Gnaeus Pompeius 49 f.Kr. at også Marseille mistet sin uavhengighet og ble del av Romerriket. Etter tradisjonen var det Maria Magdalena og hennes bror Lasarus som først misjonerte for kristendommen i Marseille, der det ble etablert biskopsete i det første århundre.