Om vinteren når det er islagt fjord, vil isen absorbere det meste av sollyset og de fleste gjenlevende livsformer stiger oppover i vannsøylen for å livnære seg ved det lille sollyset som trenger igjennom like under isen. Vanntemperaturen var stort sett mellom –1 °C og 1 °C i årene 2006–07, men kunne nå opp i 7 °C helt ned til 8–10 meters dyp om sommeren. I 2012 ble det derimot målt høyere temperaturer i hele området, og ytterst i Isfjorden var det dette året var det atlantisk vann som ikke var kaldere enn 1,5 °C på noe dyp i ytre Isfjord.