Mellom Yonten Gyatsho og Penchen Lama Lobsang Chökyi Gyeltshen i Trashilhünpo begynte transisjonen med deres gjensidige religiøse undervisning. Det regjerende religiøse overhode for Gelugpa, Ganden Thripa, foreslo for Yonten Gyatsho at han skulle begi seg til Trashilhünpo og la seg undervise der av ham som den gang ble ansett for Tibets fremste lærde. Det var til slutt Penchen Lobsang Chökyi Gyeltshen som mottok hans munkeløfter.