Carlo Confalonieris far var kabinettsnekker. Carlos ble døpt dagen etter fødselen, konfirmert i 1901, og mottok sin første hellige kommunion i 1904. Han begynte på Milanos gutteseminar i 1904, og senere på presteseminaret. Han studerte i Milano og så i Roma ved Det pavelige universitet Gregoriana (der han tok lisensiat i teologi i 1913). Confalonieri tjenestegjorde som soldat i første verdenskrig fra 1914 til 1916.