Erigenas arbeid utmerker seg med hans frie spekulasjoner og djervheten i måten han har utarbeidet sitt logiske eller dialektiske system for universet. Han markerer en overgangsfase fra den eldre platoniske filosofi til den senere skolastikken. For Erigena er ikke filosofi underlagt teologien, og hans markerte forskjell mellom disse to ble gjentatt ord for ord av de senere skolastikerne, men dens betydning hviler på at forskjellen er fundamental. For Eriugena var filosofi (eller begrunnelser) den første og primitive autoritet, og religion sekundært og avledet fra denne.