Mobutu tilhørte ngbandi-stammen, en av de mindre blant Kongos mer enn 200 folkegrupper. Han tilbad sin mor Marie Madeleine Yemo som hadde fått flere barn før ham, etter at den barnløse tanten hennes som var gift med landsbyens høvding, hadde lokket niesen inn i høvdingens harem for å føde barn i tantens sted. Dette var et arrangement helt i overensstemmelse med lokal skikk, og Marie fikk to barn med høvdingen; men da hun deretter fikk tvillinger som døde, mistenkte hun sin tante for å ha drept barna med trolldom og rømt til fots til Lisala. Der traff hun Albéric Gbemani som var kokk for en belgisk dommer. De fikk ordnet et kirkebryllup to måneder før sønnen ble født. Navnet Mobutu fikk han fra en onkel.