Han mente at skriftspråket burde endres, slik at det samsvarte bedre med norsk tale. Han gikk raskt inn for ortofoni, det vil si at ord skulle skrives så lik uttalen som mulig. Dette var også hovedsynet til den danske språkforskeren Rasmus Rask. Ortofoni går ut på at hver bokstav bør gjengi bare én språklyd, og hver språklyd gjengis med bare én bokstav. Denne læren er grunnlaget for Knudsens første språkartikkel som han gav ut i 1845, .