Like etter pådrog Otto seg pavens misnøye og ble i november 1210 lyst i bann. I stedet anerkjente paven hans motkonge Fredrik II av Hohenstaufen. Dermed mistet Otto hele Sør-Tyskland. Han ble overvunnet av franskmennene ved Bouvines og trakk seg tilbake til Braunschweig, men fortsatte kampen mot franskmennene til sin død.