Han var interessert i det religiøse livet blant samer og kvener, og mente det var best å kommunisere med minoritetene på deres eget språk. Han lærte selv samisk og sendt i 1888 hyrdebrev på samisk - trolig som den første i historien. Skaar organiserte «Finne-Misjonen» og ble omtalt som «samenes biskop». Han skal ha lært samisk så godt at han holdt preken på samisk, og han oversatte salmer og småskrifter til samisk.