Han ble født i Haderslev i Danmark, og var bror til borgermesteren Hans Stockfleth. Etter å ha studert i Wittenberg i tre år, ble han 1635 innskrevet ved Københavns universitet. 1637 ble han utnevnt til rektor ved katedralskolen i Christiania samt professor i logikk og metafysikk ved det nyopprettede gymnaset i byen. Samme år tok han magistergraden. Allerede 1639 avstod han rektoratet og ble slottsprest på Akershus og sogneprest i Aker, men beholdt sin stilling ved gymnasiet. 1646 ble han utnevnt til biskop i Christiania stift og virket som sådan til sin død. Han var gift med Magdalene Schnell (+ 1674),dtr. av Johann Schnell (ca. 1545-95) og Anna Reimers.