Stoiber valgte å trekke seg både som partileder og regjeringssjef i 2007 etter at det ble kjent at han hadde latt sine medarbeidere spionere på Gabriele Pauli etter at hun hadde kritisert Stoiber. Etter Stoibers avgang fikk CSU en delt ledelse bestående av partisjef Erwin Huber (som også fortsatte som finansminister) og Günther Beckstein som ministerpresident.