Tidlig i middelalderen lå Cesena på grensen mellom eksarkatet Ravenna og langobarderriket. Den ble gitt til pavestolen av den frankiske guvernøren i 754, og i lang tid ble den kastet fram og tilbake mellom pavene og erkebiskopene av Ravenna. Fra 1183 til 1198 var Cesena en selvstendig republikk, for så å bli trukket inn i maktspillet mellom paven og den tysk-romerske keiser. Den ble til tider styrt av Malatestafamilien, og til tider av pavestolen.