Han ble løytnant i 1808 og major i 1823. Med støtte fra Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab, senere Vitenskapsmuseet ved NTNU, reiste han rundt, tegnet og beskrev historiske minnesmerker i tillegg til å tegne kart med innfelte bautasteiner og gravhauger. På en reise i Gudbrandsdalen fikk han høre en kjempevise, "Han Lage tjente i kongens gaard" som han skrev ned og fikk utgitt i 1823. Klüwer var en dyktig militær kartograf, og det var i forbindelse med militærkartografi at han fikk øyet opp for forhistorie og lokaltopografi. Klüwers opptegnelser ble særlig verdifulle for senere arkeologi. I 1824 laget han et kart over de ennå synlige restene av Skånes skanse (1643–1747) i Levanger.