Stangl rømte til Brasil via Syria, ble utlevert til Tyskland i 1967, og dømt for mord i Treblinka. Simon Wiesenthal uttalte at saken mot Stangl var Vest-Tysklands viktigste straffesak dette århundret, og minst like viktig som rettssaken mot Adolf Eichmann i Jerusalem. I retten fremstilte Stangl seg som en som bare utførte ordrer og skjøv ansvaret for massemord over på andre. Han ble dømt til livsvarig fengsel, men døde i varetekt før dommen var rettskraftig. Wiesenthal uttalte at Stangl var på tredjeplass blant de mest ettersøkte nazistene, bak Hitlers sekretær Martin Bormann og Gestapo-sjef Heinrich Müller (begge forsvant i krigens siste dager).