Til slutt ble Francesco Saverio Cristiani utnevnt av Pius VI til sakristan av det apostoliske palass. Fra desember 1790 til mars 1792 var han medlem av en kommisjon ved Det hellige officium som skulle undersøke og eventuelt fordømme (det skjedde den 25. august 1786) og vedtakene fra synoden i Pistoia som ble holdt fra 18. til 28. september 1786. Arbeidet til denne kommisjonen ble reflektert i den pavelige bulle i 1794. I april 1794, da han var blitt ganske syk, ble han nødttil å trekke seg fra sin stilling som apostolisk predikant med samtykke fra paven, men beholdt embetet som sakristan i det apostoliske palass, som han hadde til den første franske invasjon. I 1798, etter deportasjonen av Pius VI, vendte Francesco Saverio Cristiani tilbake til Italia og bodde i sin fødeby Montegranaro. Der fikk han hjerneslag og døde 3. januar 1800.