O'Malley ble pågrepet for siste gang den 4. november 1922, etter en skuddveksling med fristatshæren i Ballsbridge i Dublin. Han ble alvorlig skadet, truffet av mer enn tyve kuler. Tre av dem ble sittende i ryggen resten av hans liv. En fristatssoldat ble drept i skuddvekslingen.