Den første sesongen av serien har veldig lite handling, den eneste store handlingen skjer i den 2-delte finalen. Resten av episodene er ganske like. Frem til finalen, består de fleste episodene av at gruppen oppdager et angrep, stopper angrepet, og reiser tilbake i tid, for å dekke angrepet. Andre små handlinger er det også, som forholdene deres mellom dem selv og andre elever og lærere. Vanligvis snakker de med lærerne og med elever i begynnelsen av episoden helt til X.A.N.A. angriper. Jeremie jobber også med et dataprogram for å materialisere Aelita til jorden for å slå av superdataen på en trygg måte. I den 2-delte finalen greier han å lage det riktige programmet, men X.A.N.A. gir Aelita et virus som binder henne til superdatamaskinen, og som gjør det umulig for gruppe å slå av superdatamaskinen uten å drepe henne.