Skolelinux baserer seg på et tynnklientsystem der alle programmene kjøres gjennom nettverket fra en tjener. Kontorprogrampakken OpenOffice.org er en viktig del av programvaren som følger med Skolelinux. Andre viktige programmer er nettleserne Iceweasel, en variant av Firefox, skrivebordsmiljøet KDE med valgfri bruk av GNOME og LXDE. Det følger med et system for sentralisert drift med katalogverktøyet GOsa, automatisk installasjon av klientmaskiner over nettverket og verktøy for å blokkere tilgang til Internett, noe som er nødvendig ved enkelte skoleprøver.