Thomas studerte ved United States Military Academy i West Point, og senere tjenestegjorde han under den meksikansk-amerikanske krigen. Han ble overført til Florida i 1849 og ble der til ut 1850. I 1851 vendte Thomas tilbake til West Point som instruktør i kavaleri og artilleri. Ved West Point etablerte han et nært faglig og personlig forhold til en annen offiser fra Virginia, oberstløytnant Robert E. Lee. Thomas ble forfremmet til kaptein den 24. desember 1853 og han var en av få offiserer med felt-erfaring både i artilleri, infanteri og kavaleri. Ingen av hans slektninger skal ha vært i begravelsen. Han ble gravlagt i Oakwood Cemetery, i New York. Hans gravstein bestod av en hvit sarkofag av marmor med en skallet ørn på toppen. I 1999 ble en statue av ham, lagd av billedhugger Rudy Ayoroa, avduket i Kentucky.