Etter utestengelsen gjorde Kuitunen comeback. Hun tok sølv på 30 km i VM 2005. I 2007 vant hun historiens første utgave av etapperennet Tour de Ski. Senere samme sesong ble hun VM-dronning i Sapporo med tre gull og én bronse. Hun vant også verdenscupen sesongen 2006/07 og sesongen 2007/08. Hun kom på andreplass i Tour de Ski 2007/08, bak Charlotte Kalla, før hun vant Tour de Ski igjen sesongen etter. Hun la opp som langrennsløper i 2010.