I 1896 startet "El grito de Balintawak" ("Balintawak-erklæringen") et allment stille opprør mot de spanske myndigheter. Alle skulle rive istykker sine personlige skattekort, som var utstedt av kolonimakten, og nekte å betale skatt. Kolonimakten svarte med å henrette Jose Rizali Bagumbayan, en henrettelsesplass nær Intramuros, 30. desember 1896. Dette startet et opprør mot det spanske herredømmet. Manilaprovinsen var den siste provinsen som ble med i opprøret mot de spanske kolonistene. Opprøret lyktes med å drive ut spanjolene, og Den føderale Filippinske republikk ble dannet. Republikken ble imidlertid ikke anerkjent internasjonalt, og da Spania gikk tapende ut av den Spansk-Amerikanske krig i 1898, ble Filippinene overtatt av USA som amerikansk "protektorat".