I 1994 tok Patinkin rollen som Dr. Jeffrey Geiger i dramaserien som han ble tildelt en Emmy Award for. Han forlot denne serien i løpet av den andre sesongen fordi han ikke ville tilbringe så mye tid borte fra sin kone. I 1995 var han gjeste-skuespiller i The Simpsons i episoden «Lisas Wedding» som Lisa Simpsons fremtidige brudgom. I 1999 vendte han tilbake til serien i begynnelsen av den sjette sesongen, men denne ble kansellert i 2000. Etter , har Patinkin dukket opp i en rekke filmer. For det meste har han opptrådt som sanger og gitt ut tre album. Patinkin returnerte til Broadway i 2000.