Sanders ble ordinert som prest i Roma og selv før slutten av 1550 hadde han blitt nevnt som kandidat som kardinal. I løpet av de påfølgende årene var han ansatt av kardinal Stanisław Hosius, en lærd polsk prelat, for å undersøke graden av spredningen av kjetteri i Polen, Litauen og Preussen. I 1565 gjorde han Leuven i Belgia, som så mange andre engelske landflyktige, til sitt hovedkvarter. Han møtte ved riksdagen i Augsburg i 1566 hvor han møtte Gianfrancesco Commendone, som tidligere hadde vært meget medvirkende til å forsone England med Roma under dronning Maria I av Englands regime, og her kastet han seg inn i den heftige teologisk diskusjonen mellom landsmennene John Jewel, biskop av Salisbury, og papisten Thomas Harding (ikke til å forveksles med den Thomas Harding som ble henrettet i 1532).