Yeshe Ngodub forsvant ikke ut i passivitet etter å ha blitt avsatt. Da Paro dzong brant i 1907 sto han i spissen for gjenreisingsarbeidet. I 1915 ble han utnevnt til landets 53. Je Khenpo, den øverste religiøse leder i det buddhistiske Bhutan. Han hadde denne stillingen til han døde i 1917.