Kongen hadde i mellomtiden krevd at kolonistene underkastet seg selv til ham med hensyn til charter-rettigheter. Gookin satte seg imot å sende delegater til England, en posisjon som gjorde ham meget populær. Den 11. mai 1681 ble han valgt til generalmajor, øverstkommanderende av de militære styrkene i kolonien. Selv om han fortsatte, ved argumentering og motstand, å sette seg imot de britiske inntrengingene på kolonistenes politiske og kommersielle friheter, ble hans siste år formørket av opphevelsen av charterregjeringen ved kong Jakob II av England i 1686.