Med stipend fra Norges almenvitenskapelige forskningsråd (NAVF) ble hun dr.med. i 1990 på avhandlingen «Fanget i kjærlighetens vold - fysisk og seksuell mishandling - en risiko for gynekologiske sykdommer og svangerskapskomplikasjoner». Dette var ved Universitetet i Trondheim der hun fortsatte som leder for kvinneforskningen, og ble professor i samfunnsmedisin. For Norsk Folkehjelp jobbet hun i 1994 i Zenica, Bosnia ved en klinikk for voldtatte kvinner. Til 100-årsjubileumet for Norske Kvinners Sanitetsforening i 1996, var Schei en av fire som fikk en pris på 250 000 kroner. I 1997–98 var hun gjestende professor ved University of Toronto.