I april 2009 støttet han erkebiskopen av San Salvador, José Luis Escobar Alas, som trykket på partiet (FMLF) for å støtte den grunnlovsendring som var foreslått av sentrum og høyre-partiene om å forby ekteskap mellom homofile. Som et resultat av den katolske kirkes inngripen i de siste dagene av den lovgivende sesjonen, forsikret FMLF, som inntil noen dager før fant teksten til endringsforslaget diskriminerende og var tilbøyelig til å avvise den, at forslaget ville få det fornødne flertall i parlamentet. Etter dette organiserte LHBT-aktivister, som motstandere av loven, den 28. april en demonstrasjon som erklærte at katolikker ikke representerte hele landet og at tiltaket derfor undergravde statens sekulære natur. Monsignor Pezzuto avviste kritikken, og hevdet at endringen styrket ekteskapets og familiens rettssillig og derfor ikke gav næring til sosial diskriminering.