Lite er kjent om Gallus' liv. Sannsynligvis kom han til Østerrike en gang i perioden 1564 til 1566. Her var han først elev og korgutt ved Stift Melks klosterskole. Han reiste gjennom Böhmen, Mähren og Schlesien og gikk i tjeneste hos biskopen i Olmütz i 1580. Fra 1586 var han kantor ved St. Johann-kirken i Praha, hvor han døde i 1591, 41 år gammel.