Kanalen var i bruk frem til 1896, da den ble avløst av Kielkanalen (som har omtrent halve strekningen til felles med Eiderkanalen). Det skyldtes at den fremvoksende dampskipsfarten hadde vanskeligheter med å bruke kanalen, som allerede fra 1880-tallet hadde en for begrenset kapasitet i forhold til behovet.