Daae hadde fra 2007 til 2015 flere lederstillinger i Sosial- og helsedirektoratet/Helsedirektoratet, først som avdelingsdirektør i avdeling for sykehustjenester fra 2007, deretter som divisjonsdirektør for divisjon for spesialisthelsetjenester fra 2011 og assisterende helsedirektør 2014–2015. I Helsedirektoratet hadde hun blant annet ansvar for etatsstyring av Nasjonalt kunnskapssenter for helsetjenesten og direktoratets arbeid med blant annet nødnett og nasjonalt system for vurdering av nye metoder og legemidler i spesialisthelsetjenesten. Hun var i perioder også fungerende helsedirektør.