I 1461 skrev hans sitt mest kjente verk som ettertiden har døpt . Høsten 1462 levde han atter en gang i klosteret Saint-Benoît og i november ble han fengslet for tyveri i festningen som sto ved det sted som i dag er Place du Châtelet i Paris. Som bevisførsel ble den gamle anklage om innbrudd ved Collège de Navarre fremmet på nytt, og ingen kongelig benådning kom for å motsette seg arrestasjonen. Det ble akseptert kausjon, og straks Villon var ute på gaten havnet han i en gatekrangel. Han ble arrestert, utsatt for vanntortur og dømt til å bli hengt (), men dommen ble omgjort til forvisning fra Paris for ti år av parlamentet den 5. januar 1463.