Magnus Bäckstedt debuterte i det belgiske laget Collstrop-Lystex i 1996, som 21-åring, etter et framgangsrikt første år som amatør. I løpet av debutåret som profesjonell vant han sørafrikanske Boland Bank Tour og tok andreplassen i det franske endagsrittet GP d'Isbergues. Året etter vant han også det sistnevnte rittet og de store lagene fikk øynene opp for han. Blant annet GAN-laget, som senere byttet navn til Crédit Agricole, ville ha ham i sin lagoppstilling og svensken skrev under for laget. I sitt første år i Crédit Agricole konkurrerte han i sitt første Paris–Roubaix og endte på syvendeplass. Han ble også uttatt til Tour de France og overrasket alle ytterligere da han vant den 19. etappen med målgang i Autun.