Himejiborgen kan spores helt tilbake til 1333, da et fort ble konstruert på toppen av bakken av Akamatsu Norimura, herskeren over den tidligere provinsen Harima. I 1346 ble fortet revet av hans sønn Sadonori som bygget over de gamle ruinene. I 1545, ble Kurodaklanen utstasjonert i borgen av Koderaklanen, og føydalherskeren Kuroda Shigetaka bygget om til Himejiborgen, et prosjekt som ble fullført i 1561. I 1580 ga Kuroda Yoshitaka borgen videre til Toyotomi Hideyoshi som året etter bygget om borgen og la til et treetasjes kjernetårn med et areal på 55 m².