I det 16. århundre var det Habsburgerne som forsøkte å holde kontrollen over regionen, frem til Fredrik den store invaderte. Kłodzko (Glatz) ble følgelig en del av Preussen i 1763. Byen led også mye under Napoleonskrigene, da den ble angrepet av franskmennene. I 1871 ble byen en del av Det tyske keiserrike, og var tysk frem til andre verdenskrig sluttet. Etter krigsoppgjøret har Kłodzko vært en polsk by.