UBO består av fire publikumsavdelinger for henholdsvis humaniora og samfunnsfag, medisin, juss og realfag. Foruten bygningene Georg Sverdrups hus, Vilhelm Bjerknes' hus og Sophus Bugges hus, disponerer biblioteket en rekke filialer i andre av universitetets bygninger, deriblant Domus Juridica, Naturhistorisk museum, Kulturhistorisk museum og Rikshospitalet. I tillegg består UBO av Akademisk skrivesenter, en avdeling for samlinger og tjenester (etablert 2021) og en stabsavdeling.