Internt i trafikkselskapet gjennomførte man nå en fullstendig reorganisering av prosjektet. Det ble bemannet på nytt i mars 2006. Godkjente prøvedriftstester ble «reversert», deler av kontrakten ble reforhandlet, det ble lagt opp til nye tester og ny framdriftsplan for prosjektet.