Hanyu var på trening på isen i sin hjemmehall i Sendai da jordskjelvet ved Tōhoku 2011 inntraff. Ishallen ble stengt i noen måneder, noe som førte til at han trente i Yokohama og Hachinohe en stund. Han og andre kunstløpere deltok i et isshow for å samle penger til de som ble berørt av jordskjelvet. Før sesongen 2011-12 ble Hanyu hovedsakelig trent av Nanami Abe i Sendai, men etter at han vant bronsemedaljen under VM i kunstløp 2012, valgte han å bytte trener til Brian Orser, som blant annet er kjent for å ha trent Kim Yuna fra Sør-Korea til gullet under Vinter-OL 2010.