Etter første verdenskrigs slutt ble han overflyttet til det nye Royal Air Force. I RAF tjenestegjorde han i mange forskjellige stillinger rundt om i det britiske imperiet (India, Irak) og i Iran). I disse stillingene bidro Harris stort til utviklingen av terrorbombing. Han skal ha uttalt at «the only thing the Arab understands is the heavy hand» («det eneste araberen forstår er knyttneven»).