I 1951 fikk han tilbud om professorat i sosialfilosofi ved University of Chicago. Polányi ble da nektet innreise til USA på grunn av påstander om at han var kommunist. Broren Karl var ikke kommunist, men kritiserte kapitalismen for dens negative konsekvenser for menneskene. Tidlig på 1950-tallet advarte Polányi om stalinisme og andre totalitære regimer. Etter forslag fra vennen Arthur Koestler sluttet han seg til den anti-kommunistiske Congress for Cultural Freedom (stiftet av John Dewey) der han satt i styret til 1968. Senere kom det, til Polányis skuffelse, frem at CIA støttet etablering og drift av denne kongressen.