Selle fikk sin utdanning i Leipzig, og kan ha vært thomaner under Sethus Calvisius og Johann Hermann Schein. I 1624 begynte han å undervise ved skolen i Heide i Holstein. Året etter ble han rektor i Wesselburen og sannsynligvis også leder av byens kirkemusikk. Fra 1634 var han kantor i Itzehoe, fra 1641 kantor ved Johanneum og musikkdirektør ved de fire hovedkirkene i Hamburg, fra 1642 dessuten ved .