Bolivia ble i 1966 styrt av president René Barrientos, som to år tidligere, da han selv var landets visepresident, hadde tatt makten i landet i et kupp hvor han styrtet daværende president Víctor Paz Estenssoro, som hadde ført en sentristisk, sosial reformeringspolitikk. Den karismatiske mestispresident Barrientos var populær blant vanlige bolivianere, blant annet fordi han snakket flytende quechua, og han var også en staut antikommunist. Barrientos og Alfredo Ovando Candía, det mindre karismatiske overhodet for den bolivianske hæren, styrte landet som militære presidenter fram til 1970. I Barrientos regjeringstid skal ifølge Amnesty International mellom 3 og 8000 mennesker ha blitt henrettet av presidentens dødsskvadroner. Bolivia var dermed på tiden for Guevaras kommunistopprør et politisk ustabilt land som mellom 1964 og 1982 ble styrt av en rekke militære offiserer.