Den påfølgende sesongen etablerte han seg på Manchester Uniteds reservelag og i denne sesongen fikk han draktnummer 33 i United. Han fikk sin første smak av førstelagsfotball da han var ubenyttet reserve i en ligacupkamp mot West Bromwich Albion den 3. desember 2003, og på slutten av 2003/04-sesongen ble Jones kalt opp til Englands U21-landslag. Han fikk sin første og eneste opptreden for U21-landslaget i 2–2 kampen borte mot Sverige den 30. mars 2004 da han kom inn som innbytter for Nigel Reo-Coker i 2. omgang.