Da pave Pius VI stanset opp litt i Bologna på sin reise til Wien den 8. mars 1782, ble Francesco Saverio Cristiani foreslått av hertugen av Parma som prefekt for den apostoliske prefektur og for bispedømmet. Pius VI utnevnte gjorde ham så til titulærbiskop av den 23. september 1782. Han ble bispeviet 29. september samme år i den romerske augustinerkirke Sant'Agostino in Campo Marzio av kardinalbiskopen av Porto e Santa Rufina, Carlo Rezzonico den yngre; erkebiskop Giuseppe Maria Contesini og biskop Pier Luigi Galletti O.S.B. var medkonsekratorer.