Lønning var kommandør av St. Olavs Orden fra 1986 og kommandør med stjerne av Forbundsrepublikken Tysklands fortjenstorden fra 1987. Han var også æresdoktor ved Luther College fra 1986, æresdoktor ved Åbo Akademi fra 1992 og medlem av Det Norske Videnskaps-Akademi fra 1985. Han ble dessuten tildelt Presselosjens toleransepris (Jo Benkows pris) i 1990, Lisl og Leo Eitingers pris for religiøs toleranse i 1997 og den norsk-tyske Willy Brandt-prisen i 2009. I 1997 ble han kåret til «Årets opinionsdanner» av Norsk Redaktørforening. I 2010 ble han utnevnt til æresmedlem av Unge Høyre for sin rolle som mangeårig støttespiller.