Lotta starter fra den lille Luttosjøen i Saariselkä. Den renner derfra hovedsakelig østover gjennom kommunene Enare og Sodankylä i Finland. Ved Raja-Jooseppi renner den inn i de sørlige delene av Petsjenga i Russland, og fortsetter i nordøstlig retning til den munner ut i Øvre Tuloma-reservoaret, hvor elva Tuloma starter fra.