Høsten 1943 ble han derimot angitt av en norsk infiltratør og han ble 2. november 1943 arrestert og ført til Falstad og stilt for tysk domstol. Anklagen lød på illegal virksomhet, deriblant distribusjon av illegale aviser og eksport av flyktninger. Dagen etter arrestasjonen ble han dømt til døden ved skyting. Han ble overført til Vollan i Trondheim, og dommen ble fullbyrdet på Kristiansten festning den 17. november 1943 da Hoddø sammen med åtte andre motstandsmenn ble henrettet for deretter å bli lagt i en massegrav.