Mot slutten av 1960-årene var "Bebbi", som de kalles av befolkningen i Basel inne i sin storhetstid, med 7 seriegull og 3 cupgull fra 1967 til 1980. På 70-tallet spilte noen av de mest kjente spillerne gjennom tidene i Basel, blant spillerne som spilte under Helmut Benthaus var storheter som nåværende landslagssjef for Sveits Ottmar Hitzfeld i klubben, Karl Odermatt og Renê Hasler. I 1982 forlot Benthaus klubben etter at han hadde ført de til toppen av sveitsisk fotball. Etter at Benthaus forlot klubben begynte problemene dukke opp for klubben, og etter flere år midt på tabellen rykte Basel ned i Nationalliga B i 1988. Flere managere prøvde å bringe FCB opp til toppen igjen, men ingen klarte det for Claude Andrey klarte å føre klubben opp igjen i øverste divisjon i 1994. Etter flere trenerbytter og magre år for klubben, ankom Christian Gross klubben i 1999 etter et kort opphold i Tottenham. Det skulle ikke ta lenge før Basel nok en gang kunne slåss om titler i Sveits.