Han skrev (1749), en påskekantate (1756), flere symfonier og konserter, tre bind med lieder – etter tekster av Gellert (1758), (1762) og (1766) – enkelte verdslige kantater og leilighetsstykker. Bachs viktigste arbeider skapte han for klaveret, i denne perioden nesten hundre sonater og andre soloverk, blant annet samlingen (1760–1768) og enkelte sonater . I tillegg skrev han flere viktige fløytesonater, blant annet .