I middelalderen, fra rundt 1050 til 1500, ble Norge, Danmark og Sverige samlet under hver sin kongemakt. Disse rikene hadde interesser innen handel og skattelegging av samene. I tillegg utviklet Republikken Novgorod (i dag del av Russland) seg til å bli en viktig økonomisk aktør, som også ville ha herredømme i nordområdene. Det skjedde også en kolonisering på samiske områder i høymiddelalderen, med spredte kystbosetninger i Finnmark og jordbrukere i fjordstrøkene i Sør-Troms. Noe av det samme skjedde i Nord-Sverige, der kirken fikk eiendomsrett til lakseelver. Laks var både betaling og skatt. På 1300-tallet skjer også en kolonisering i områdene langs flere av de store elvedalene i Nord-Sverige, hvor innflyttende finske og svenske bønder slo seg ned. I middelalderen blir samene med i omfattende sesongfiskerier, noe som etterhvert blir viktigere enn pelshandel. Mange samer blir fiskebønder, kjent som sjøsamer, mens andre lever i innlandet med spesialisering på reinhold, jakt og fangst.