Figueres giftet seg med Henrietta Boggs i 1942. De fikk to barn sammen, Muni og José Martí, før ekteskapet endte med en skilsmisse i 1952. Han giftet seg senere med Karen Olsen Beck i New York. De fikk fire barn: José María, Karen Christiana, Mariano og Kirsten. Hans andre kone var medlem av landets lovgivende forsamling. Sønnen José María Figueres tjente også som president i Costa Rica fra 1994 til 1998.