Lorenzo Da Ponte ble født som i 1749 i Ceneda, Venezia (nå Vittorio Veneto, Italia). Han var jøde og den eldste av tre sønner. I 1764 konverterte faren, Geronimo Conegliano, som den gang var enkemann, seg og familien sin til romersik-katolisme for å gifte seg med en katolsk kvinne. Emanuele tok navnet Lorenzo Da Ponte fra biskopen som han ble døpt av.