Museet har også ansvar for drift av Trondhjems Sjøfartsmuseum og Norsk Døvemuseum, samt Meldal Bygdemuseum i samarbeid med Orkla Industrimuseum. Museet er en del av Museene i Sør-Trøndelag AS (MiST). Museet var Sør-Trøndelags tusenårssted. I 2015 ble Sverresborg Arena inne på museets område tatt i bruk som konsertarena med en publikumskapasitet på ti tusen.