Politiet mente i en periode at moren, Kate McCann, drepte datteren med vilje eller ved et uhell og prøvde å dekke over ved å iscenesette en kidnapping. Moren fikk status som siktet («arguida») den 7. september 2007. Begge foreldrene ble mistenkt i saken etter at det i media ble påstått at det var gjort et funn av DNA i en leiebil Kate og Gerry McCann leide 25 dager etter at Madeleine forsvant. Faren fikk status som siktet («arguido») den 8. september 2007. Briten Robert Murat og hans kjæreste ble også mistenkt i saken. Et vitne som var venn av McCann ekteparet, Jane Tanner, forklarte at hun hadde sett en mørkhåret mann i mørk jakke og beige bukser bære et barn bort fra leiligheten McCanns leide i Praia de luz. Dette skulle ha skjedd klokken 21.15 den kvelden Madeleine forsvant. Barnet hadde pysjamas lik Madeleine sin og bare føtter, til tross for at det var en kald kveld. Etterforskningslederen i Portugal, Paulo Rebelo, utelukket ikke at Madeleine McCann var blitt bortført. Murat og Madeleines foreldre ble fjernet fra listen over mistenkte den 7. juli 2008.