I år 6 e.Kr. gikk pannonierne, sammen med dalmatiere og andre illyriske stammer, til et voldsomt opprør og som romerne kalte for Bellum Batonianum («krigen med batonerne»), men kalles i dag for det store illyriske opprør. Det ble slått ned av Tiberius og Germanicus etter en innbitt krig som varte i tre år. Etter at opprøret var knust i år 9 ble provinsen Illyricum oppløst og dets landområde ble inndelt i den nye provinsen Pannonia i nord og Dalmatia i sør. Når inndelingen skjedde er uklart, antagelig først etter år 20, men før år 50. Nærheten av truende barbariske stammer i nord som kvadere og markomannere, noe som nødvendiggjorde et stort antall med tropper (sju legioner i senere tid), og tallrike festninger som ble bygd langs bredden av Donau.