Karbon tas opp i økosystemene og blir med opp i de forskjellige trofiske nivåene etter at karbondioksid blir tatt opp i plantenes fotosyntese. Her blir karbondioksid med i primærproduksjonen og går videre som næring til konsumentene i form av sukker, fett, proteiner eller cellulose. Karbonet følger derfor eksakt samme vei som karbon oppover i næringskjedene. Når energirike molekyler som karbon blir del av levende organismer, og i siste instans brukes til å utføre arbeid, blir denne energien omskapt som varme. Karbonet blir i denne prosessen frigjort og finner veien tilbake til atmosfæren som karbondioksid.