I september 2018 ble Eikrem kalt inn til et møte med lederen av Institutt for sosialt arbeid etter et intervju han ga til nettavisen . Intervjuet fant sted dagen etter at en ung afghansk asylsøker hadde drept to afghanske tenåringer i Trondheim og påført en tredje tenåring alvorlige skader. Eikrem uttalte blant annet at «fremstillingen av hendelsen som bare en tragedie» var naiv, og «løsrevet fra det vi vet om hvordan mennesker egentlig oppfører og endrer seg». Dette knyttet han til kulturelle trekk i midtre Asia, samt ungdommenes oppvekst i krigssoner. Eikrem fikk kritikk for uttalelsene fra andre forskere, som anklaget ham for å «politisere et drap» samt å «bidra til høyreradikal propaganda». Andre fagfolk hevdet at den faglige substansen i uttalelsen var ukontroversiell og at kritikken fra andre parter var «oppsiktsvekkende». Institutt-ledelsens respons ble av flere tolket som et forsøk på innskrenkning av Eikrems ytringsfrihet. Det førte til at flere uttrykte støtte til hans rett til å ytre seg uten innblanding fra ledelsen. Ledere i enkelte norske aviser uttrykte også støtte til Eikrem og kritikk mot institutt-ledelsens håndtering. NTNUs rektor Gunnar Bovim gikk ut og støttet Eikrems rett til fri ytring til alle medier. Han beklaget også i etterkant overfor Eikrem. Saken ledet også til spørsmål til statsråd Iselin Nybø i Stortinget, som også understreket viktigheten av akademisk frihet i Norge.