I andre halvdel av 1200-tallet ble bispeboligen fullført og det ble oppført en ringmur mot nord (retning Vågen), og trolig også mot vest (retning Kiellandshagen). Vi vet ikke hvor andre bygninger på gården har stått, men de fleste bispegårdene lå langs ytterkantene av anlegget, med et åpent gårdsrom i midten. Det er også mulig at det ble fylt ut i Breiavatnet, siden det er påvist plantemateriale fra middelalderen i vatnet. Over bygningsrestene var det flere utfyllingslag som kan være avsatt i middelalderen. Ved en arkeologisk utgraving i skolegården i 1995, ble det også funnet keramikk som dateres tilbake til slutten av 1200-tallet.