Teodora døde av kreft (sannsynligvis brystkreft) innen hun fylte 50 år og omtrent tyve år før Justinian døde. Hun ble begravet i Den hellige apostelkirken i Konstantinopel (som nå er ødelagt). Både Teodora og Justinian er avbildet som vakre mosaikker i San Vitalekirken i Ravenna i Italia.