Árbenz døde 27. januar 1971 i sitt badeværelse. Dødsårsaken var enten drukning, eller skålding i varmt vann med påfølgende sjokk og drukning. Omstendighetene rundt Árbenz' død er ennå uavklart. Mye tyder på at han ble myrdet, men hvem som stod bak ligger ennå i det skjulte.