Lincoln blir anklaget for å ha myrdet visepresidentens bror, Terrence Steadman. Selv om han erkjente ikke straffeskyld i rettssaken, ble Lincoln dømt til døden på grunn av en overveldende mengde beviser. Etter å ha brukt opp alle anke-mulighetene hans, blir en dato for henrettelsen hans satt til 11. mai 2006. I det TV-serien begynner har Lincoln bare én måned igjen å leve. I de to første sesongene blir Lincoln avslørt som veldig sterk, både fysisk og mentalt, og han viser seg selv som veldig truende. Han kan slåss mot fem av T-Bag (spilt av Robert Knepper) sine håndlangere på egen hånd, under et opprør i fengselet) og kan oppføre seg veldig skremmende. Til tross for dette, blir Lincoln avslørt som ute av stand til å drepe andre. Men i løpet av Sesong tre begår Lincoln et mord, for aller første gang. Han skyter en av «the companys» agenter, men ser ikke ut til å ha noen anger over dette etterpå.