I celleveggene sitter det muskler (magemusklene) og små celler (magekjertler) som skiller ut magesyre, ei sur (pH 1-3 hos mennesker, ofte noe surere hos rovdyr) væske som består av saltsyre (pH 0,9), enzymer (pepsin), slim og vann. Den sure magesyren nøytraliserer det basiske spyttet som ble tilført maten i munnhulen. Enzymene i magesyren bryter ned store molekyler til mindre enheter, samtidig som magemusklenes bevegelser elter og fordeler maten. Enzymet pepsin begynner å spalte protein til aminosyrer. Dette pågår normalt i 3-4 timer, før den nå tyntflytende kymusen (blandingen) gradvis blir tilført begynnelsen av tynntarmen (tolvfingertarmen).