Den 23. august 1951 etterfulgte Wisner Allen W. Dulles og ble CIAs annen Deputy Director of Plans, og ledet Directorate of Plans, med Richard Helms som operasjonssjef. Denne avdelingen kontrollerte om lag 75% av CIAs budsjell og benyttet ca 60% av alt det CIA hadde av personell. I denne stillingen var han sentral for støtten av pro-amerikanske krefter som styrtet Mohammed Mossadegh i Iran i 1953 og Jacobo Arbenz Guzmán i Guatemala i 1954.