På konklavet i 1389 var han nær til å bli valgt til pave, men for å gjøre slutt på skismaet støttet han valget av Pietro Tomacelli som Bonifatius IX og ble den nye pavens nære rådgiver. Acciaioli unngikk konsekvent tilbud om å støtte den avignonske obediensen, og forsvarte legaliteten av Urban VIs valg til pave og valget av dennes etterkommere.