Weaver fikk datteren Charlotte i 1990, og spilte ikke i så mange filmer de neste årene. I 1992 hadde hun fortellerstemmen i kortfilmen , og rollen som dronning Isabella I i dramafilmen . Sistnevnte var det andre samarbeidet hennes med regissøren Ridley Scott (etter ), og skildringen fikk blandet kritikk. mente hun hadde fått lite å spille på. I 1992 gjentok hun også rollen som Ellen Ripley i David Finchers . Denne gangen kræsjlander Ripleys romskip på en fengselsplanet, og med seg har hun en ubuden gjest. Weaver var selv samprodusent i filmproduksjonen, og hadde sterke meninger om at rollefiguren hennes måtte dø i slutten av filmen. Peter Travers fra roste rolletolkningen hennes, og skrev at han aldri hadde sett henne så «ressurssterk» før. Magasinet på sin side, mente at Weaver ikke fikk noe nytt å jobbe med.