Innskrifter og altere i hulene viser at mennesker har bodd inne i hulene lenge før området ble annektert av Vietnam i løpet av deres ekspedisjon sørover. I 1550 var Duong Văn den første vietnameser som beskrev Phong Nha-grotten. Phong Nha ble senere avbildet i ni urner i byen Hue. I 1824 ble navnet på grotten endret til "Dieu Ung Chi enn" (Han Tu: 妙 应 之 神) av kong Minh Mang. Den ble også kalt "enn Hien Linh" av konger i Nguyen-dynastiet (Han Tu: 神 显灵).