Økosystemer studeres ofte fra et funksjonelt synspunkt, det vil si at en i store trekk beskriver artssammensetningen gruppert etter (nivåer i næringskjeden), bestemmer biomassen i hvert nivå, energistrøm og stoffkretsløp. Funksjonelle roller i økosamfunnet, for eksempel produsent (planter), konsument (dyr), nedbrytere (bakterier og sopp) har også stor interesse. En vanlig misforståelse er at alle arter i naturen er avgjørende for økosystemers funksjon. I realiteten kan arter substituere (erstatte) hverandre i både tid og sted. Et samfunn kan derfor i mange tilfeller fungere like godt om noen arter forsvinner, dersom andre overtar samme rolle.