Bløtdyr oppsto trolig i tidlig kambrium, for rundt år siden. Skallrester er de vanligste fossilene, men det er også funnet krypespor etter bløtdyr. I oldtiden var det flere grupper av bløtdyr enn i dag, men de gruppene som fortsatt eksisterer fantes alt mot slutten av kambrium. De eldste fossilene er funnet etter dyr som levde i havet, men ferskvannsbløtdyr oppsto trolig ikke så lenge etter. Landlevende bløtdyr oppsto imidlertid først i karbon.