Protester mot Einsatzgruppenes drapsvirksomhet var blant annet økonomisk begrunnet ved tap av arbeidskraft og bedrifter. Hinrich Lohse, rikskommissær for Ostland, protesterte og forsøkte å hindre massedrap blant annet i Latvia; Lohse sendte i oktober 1941 spørsmål til Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete om det virkelig var planen at alle jøder i Ostland skulle utryddes uten hensyn til alder, kjønn og økonomisk betydning. Alfred Rosenbergs medarbeider svarte i desember 1941 at man skulle se bort fra økonomiske hensyn ved løsningen av jødeproblemet. Einsatzgruppenes virksomhet ble etterhvert offentlig kjent blant annet gjennom løsmunnet mannskap på permisjon hjemme.