I mars 1919 ble Stalin medlem av sovjetregjeringens nye . Her hadde han sine første heftige sammenstøt med hovedrivalen Trotskij. Trotskij innrullerte offiserer fra den tidligere tsarhæren i sin røde arme for å styrke den slik at den ble en slagkraftig styrke. Stalin var sterkt imot dette (særlig på grunn av general Sytin), men på grunn av Trotskijs seirer på slagmarken så han seg nødsaget til å tie om det.