Som applikasjonsprotokoll er FTP basert på TCP for pålitelig overføring av kommandoer og data. Protokollen definerer en kommandokanal der klient og tjener utveksler enkle tekst-baserte kommandoer og like enkle responser. For eksempel vil kommandoen 'RETR fil1.dat' be serveren om å sende angitte fil hvis den finnes og er tilgjengelig. Svaret fra serveren vil være '200 OK' hvis alt er i orden, eventuelt en annen kode som indikerer hvilken feil som oppsto. Deretter starter overføringen, som foregår via en egen datakanal. Kommandokanalen – i realiteten en enkel Telnet-forbindelse – er åpen så lenge innloggingen varer, mens datakanaler åpnes og lukkes for hver transaksjon. TCP-port 21 for kommando og 20 for data er standard, men både klient og server kan velge andre porter. FTP-protokollen definerer også kommandoer for manipulering av filer, konvertering av data og filnavn, og håndtering av ulike tegnsett. En del av disse er i praksis utgått på dato, men fortsatt med i spesifikasjonen.