Fra 1962 til 1965 deltok han på Andre vatikankonsil i Roma. Der målbar han i 1963 sine amerikanske bispekollegers overbevisninger vedrørende om rasenes likeverd. I 1966 utgav han en erindringsbok om konsilet: . Han etablerte konsultative prosesser i sitt bispedømmes administrasjon og fremmet lekfolkets deltakelse i kirkens ledelse. Tracy fikk også bygget et og renoverte St. Joseph katedral i Baton Rouge. I 1967 ble Tracy den første amerikanske biskop som offentliggjorde sitt bispedømmes regnskaper. I 1972 gav han reguleringer for fraskilte gjengifte katolikkers sakramentsmottakelse.