Siden bispevielsen ble utført i hemmelighet og uten samtykke fra statsmyndighetene, ble Karel Otčenášek arrestert og overført til en interneringsleir for prester og ordensfolk i Želiv-klosteret i 1951, der også hjelpebiskopen av Praha, František Tomášek, også satt fengslet. Etter mislykkede forsøk på omskolering ble Otčenášek ført til fengsel Pardubice i 1953 og dømt til 13 års fengsel for høyforræderi i 1954 i Hradec Králové i en rettssak som var blitt forberedt av avhør, isolasjon, og fysisk press.