De tokharere som ble igjen i Tarimbekkenet adopterte buddhismen som med deres alfabet kom fra nordlige India på 100-tallet e.Kr. via prosalyrikken til kushiske munker. Kusherne og tokharere synes å ha spilt en andel i overføringen av buddhismen til Kina langs silkeveien. Mange synes også å ha praktisert en del varianter av manikeisme.