I 1993 gikk Keown tilbake til Arsenal, og de neste 12 sesongene var han en fast bestanddel av klubbens forsvar, og var med på å vinne flere titler med London-klubben, blant annet tre ligamesterskap, tre FA-cuptitler og Cupvinnercupen i 1994. Han avsluttet karrieren med korte opphold i klubbene Leicester City og Reading.