Fermentering er også en gjæringsprosess der det foregår en nedbrytning av proteiner. Prosessen skyldes mikroorganismer som naturlig finnes på for eksempel fisk; da har melkesyrebakteriene en sentral rolle. I fermenteringsprosessen spalter mikroorganismer stivelse og sukker, og det dannes smaks-og aromastoffer. Eksempel på fermentert fisk er rakfisk, gammelsaltet sei, surstrømming og gjæret fiskepasta, som brukes i flere asiatiske land. Sauerkraut er fermentert kål. Norsk gammelost og pultost er fermenterte oster.