Etter avlagt embetseksamen arbeidet Aune først som sekretær i Prisdirektoratet (1949–1950) før han i 1950 ble fylkesfullmektig i Finnmark. I 1954 ble han sykehusdirektør i fylket. Deretter var han fylkeskontorsjef i Finnmark 1959–1963 og 1967–1969. Aune ble i 1963 konstituert fylkesmann, et embete han innehadde til 1965. Fra 1966 til 1967 var han underdirektør ved Direktoratet for jakt, viltstell og ferskvannsfiske. Aune var fylkesmann i Finnmark fra 1974 til 1989.