Gjennom i 1803 ble Augsburg og de andre tyske fyrstbispedømmene sekularisert. Høystiftet tilfalt Bayern. I 1818 ble bispedømmets grenser tilpasset til de politiske grensene. Bispedømmet mistet derfor sine sogn i Tirol (Ausserfern og Kleinwalsertal) til Brixen bispedømme. Til gjengjeld ble noen mindre områder av det opphevete Konstanz bispedømme overført til Augsburg.