Når tandem MS utføres med en i romdesign, må instrumentet operere i en av en rekke forskjellige moduser. Det finnes en rekke forskjellige tandem MS/MS instrumentoppsett, og hver modus har sine egne applikasjoner og gir forskjellig informasjon. Tandem MS i rommet bruker koblingen av to instrumentkomponenter som måler det samme massespektrumområdet, men med en kontrollert fraksjonering mellom dem i rommet, mens tandem MS i tid innebærer bruk av en ionefelle.