Trolle og barnas overgang til katolisismen forårsaket et brudd mellom ektefellene. Ved hans hjemkaldelse til Danmark i 1679, ble Trolle værende i Spania hvor hun fikk tildelt en årlig pensjon samt tittelen hertuginne av Avera av dronning Maria Anna av Østerrike (1634–1696). Mette Trolles senere liv er ikke kjent.