Ipilimumab behandling har vært forbundet med alvorlige og potensielt fatale immunologiske bivirkninger ved T-celleaktivering og proliferasjon. De fleste alvorlige bivirkninger berører mage-tarmkanalen: for eksempel magesmerter, oppblåsthet, forstoppelse eller diaré, men også feber, puste- eller urineringsproblemer.