Plantasjenes satsing på monokulturer, førte ofte med seg store økologiske konsekvenser for flora- og fauna-mangfoldet som fantes naturlig i området. Når stadig deler av regnskogen i for eksempel Brasil og Indonesia ryddes for å gi plass til enorme plantasjer, svekkes artsmangfoldet samtidig som det fortrenger urbefolkning, småbønder og andre som lever i mer overensstemmelse med de naturgitte vilkårene.