Det første ferjesambandet med AutoPASS var Flakk–Rørvik, der systemet ble innført 4. januar 2010, og fra 1. januar 2017 benyttes AutoPASS også på fergesambandet Moss–Horten. Det arbeides nå med å innføre AutoPASS på alle riksferjesamband. Med AutoPASS tar man på ferjene betalt per kjøretøy, ikke per passasjer. Siden man ikke kan endre dette midt i avtaleperiodene med ferjeselskapene, vil innføringen av betaling med AutoPASS på ferjer derfor foregå over noe tid.