Ved siden av legegjerningen interesserte Høyer seg for historie. Gjennom sin svigerfar biskopen hadde han adgang til bispestolens arkiv. Han sto også i kontakt med danske historikere, særlig Arild Huitfeldt. Ved sin død etterlot han seg en stor boksamling, som ble overtatt av kongen gjennom lensmannen på Bergenhus, Knud Urne. Samlingen ble sendt til København og oppbevart i universitetsbiblioteket, hvor den brente i 1728. Ifølge listen over avleveringen har Høyer blant annet eid et håndskrift av og , som er bevart i avskrifter, samt flere andre håndskrifter som man ikke kjenner innholdet i.