I 1898 kjøpte staten Bastøy for 95 000 kroner og anla et skolehjem for forsømte gutter med tilpasningsvansker. Opprettelsen var en direkte følge av Vergerådsloven av 1896, , som påla Vergerådene å føre regelmessig tilsyn med barn, eller delegere slik myndighet. I starten lå institusjonen direkte under Kirke- og undervisningsdepartementet, men kom fra 1941 inn under Direktoratet for skolehjemmene.