Hun mistet etter hvert sin støtte i folket og riket ble også truet av tyrkiske styrker som vurderte angrep. I denne situasjonen dro scholarioi-lederne Niketas og Gregorius på nytt til Konstantinopel i 1342 for å hente Mikaels unge sønn Johannes. Med støtte fra både den bysantinske keiser og ikke minst fra Genova som hadde sterke handelsinteresser i Trapezunt kom de tilbake i september 1342 med sønnen som ble innsatt som keiser Johannes III. Anna var beredt på å forsvare seg, men folket støttet Johannes og han ble kronet den 4. september. Scholarioi-militsen sørget for at Anna ble drept sammen flere av sine støttespillere, mens andre ble forvist.