I 2008 utnevnt til den tyske ordenen Pour le Mérite für Wissenschaften und Künste. I 2012 mottok han H.M. Konungens medalj i 12. størrelse i høyblått bånd «för framstående insatser inom paleogenetiken». I 2018 ble han tildelt Fyrstinnen av Asturias' pris for naturvitenskap og teknologi. Han ble tildelt Nobelprisen i fysiologi eller medisin for 2022.