I 1900 ble han sjøkadett ved den keiserlige marine i Kiel, og studerte ved marineoffisersskolen. Han ble tilknyttet marinekabinettet i Berlin i 1912. Weizsäcker mottok Jernkorset første og annen klasse i 1917, og ble forfremmet til korvettkaptein. Frem til våren 1920 var han marineattaché i Haag.