Dørja har utspring fra Ertevannene i Trømborgfjella og renner sør- og vestover gjennom de små innsjøene Langard, Sagduplene og Igletjern. Ved gården Holten kommer Honningenbekken fra skogsvannet Honningen inn fra sør. Etter samløpet renner elva ut på det østfoldske kulturlandskapet. Over flere strekninger danner den grense mellom Rakkestad og Eidsberg kommuner. Her tar den opp Vesterbybekken fra nord og Kåensbekken fra øst og vender sørover langs Østre linje mot Rakkestad. Dørja munner ut i Rakkestadelva ved Holøs, ca. 1,5 kilometer vest for Rakkestad sentrum. Total lengde er 21,1 kilometer.