Da Polen ble medlem av EU i 2004 ble Geremek valgt til Europaparlamentet for Unia Wolności. Han ble samme år den liberale gruppen ELDRs kandidat til posten som parlamentets ordfører, men tapte valget til fordel for Josep Borrell Fontelles. I 2007 krevde den polske regjeringen at han skulle bli fratatt sin plass i parlamentet fordi han hadde å redegjøre for sine forbindelser med det tidligere kommunistregimet, noe som man innen visse yrkesgrupper i Polen er forpliktet til å gjøre. Han fikk imidlertid støtte fra alle de større partigruppene i parlamentet.