Epano Zakros ligger 38 km fra Sitia. Veien går gjennom Palekastro hvor den deler seg mot sør. Zakros er en forholdsvis stor landsby og inkluderer følgende mindre landsbyer i sitt samfunn: Kato Zakros, Adravasti, Azokeramos, Kellaria, Klisidi og de små stedene Ayios Georgios, Sfaka, Kanava og Skalia. Den asfalterte veien stopper ved Kato Zakros.