I 1943 ble Hillary med i Royal New Zealand Air Force (RNZAF) som navigatør, og tjenestegjorde på en Catalina-sjøbåt. I 1945 ble han sendt til Fiji og videre til Salomonøyene der han ble forbrent i en båtulykke. Etter det ble han sendt tilbake til New Zealand for behandling.