I 790 reiste Alcuin hjem til England, som han alltid var nært knyttet til, og ble der en god tid. Men Karl den store bad ham komme tilbake og hjelpe til med å bekjempe adoptianismen, en kjettersk retning som var i sterk fremgang i Nord-Spania på dette tidspunkt. Ved synoden i Frankfurt i 794 talte Alcuin for den rette tro og oppnåfde ved den følgende synode i Aachen (799) å få bannlyst den kjetterske Felix av Urgel. Etter denne seier retste han atter hjem, men på grunn av de urolige forhold som oppstod der, og som førte til kong Ethelreds død i 796, forlot han landet for bestandig. Karl den store hadde tidligere gitt ham det rike abbedi Saint-Martin i Tours, og her tilbragte han sine siste år.