Fra 1111 økte på begge siden av Eider selvstendigheten, og grevskapene og senere hertugdømmene Schleswig og Holstein ble i likhet med så mange andre tyske fyrstedømmer etterhvert suverene stater. Samtidig var den politiske og økonomiske kontakt mellom områdene tett. Grev Adolf III av Holstein måtte i 1203 gi fra seg landet til Valdemar Seier. Men etter Valdemar Seiers nederlag i slaget ved Bornhøved i 1227 ble Holstein igjen under grevenes besittelse, bortsett fra Ditmarsken, som ble en del av Bremen. I 1386 ble Schleswig og Holstein første gang forent i våpen.