Is har erodert ut øyer fra fastlandet, bl.a. to store ubebodde øyer; Secretary Island og Resolution Island. Flere store innsjøer ligger helt eller delvis innenfor parken, f.eks. Lake Te Anau, Lake Manapouri, Lake Monowai, Lake Hauroko, og Lake Poteriteri. Sutherland Falls sørvest for Milford Sound på Milford Track er blant verdens høyeste fosser.