Amerikanerne tok ham til fange i desember 1899, under den filippinsk-amerikanske krig, men satte ham fri etter en stund. I januar 1901 sendte de ham likevel i eksil til Guam. Der skrev han sine memoarer, , som ble utgitt etter hans død. I boken gir han Aguinaldo skylden for at revolusjonen ikke førte frem, og anklager ham for å ha stått bak dødsdommen mot Andres Bonifacio i 1897 og mordet på general Antonio Luna i 1899.