I 1996 holder Railly et foredrag for en gruppe forskere. Cole ankommer lokalet, kidnapper Railly, og tvinger henne til å ta ham med til Philadelphia. De oppdager at Goines er grunnlegger av Army of the Twelve Monkeys. Men Cole blir transportert til 2035 igjen, hvor han på nytt bekrefter for forskerne at han er forpliktet til sitt oppdrag. Han finner Railly igjen i 1996, og de reiser til Florida Keys før viruset slår ut. De oppdager at Army of the Twelve Monkeys ikke var kilden til epidemien likevel. Men Cole blir konfrontert av Jose, en bekjent fra hans egen tid, som gir Cole en pistol og instruerer ham om å følge ordre.