Utover på 1600-tallet mistet Ribe sin status og betydning som en av de viktigste byene i landet. Dette gjorde at kirken mer eller mindre forfalt. Da kunsthistorikeren N.L. Høyen startet sin kamp for å bevare de danske kirkene på 1840-tallet ble dette redningen for Ribe domkirke. Kirken ble restaurert i perioden 1840-1845. Under en stor restaurering i tidsrommet 1882-1904 ved arkitekt H.C. Amberg ble det foretatt omfattende arbeider for å bevare domkirken og man klarte å gjenskape den til sin tidligere prakt. Den eneste delen av kirken som er en rekonstruksjon er Mariatårnet ved kirkens sydside.