I middelalderen oppstod byen på sørbredden ved en trebro som krysset elven Onsild Å, men man vet lite om byen i høymiddelalderen. Senest 1300 fantes det utvilsomt en virkelig by med romansk kirke sør for broen, og i 1421 nevnes den første handelsborger i Hobro. På byens eldste segl fra 1584 ses en stilisert bro.