Johansen startet sin trenerkarriere som spillende trener for Groruddalen Ballklubb. I 2003 ble han ansatt som spillerutvikler i Lyn, og høsten 2005 fungerte han som assistenttrener for Henning Berg. Etter 2005-sesongen sluttet Johansen i Lyn og begrunnet det med at klubben ble drevet på en måte som stred mot hans verdisyn.