Kustodiet fikk særlig betydning da pave Klemens VI i 1342 gav fransiskanerne i oppdrag å representere den latinske kirkes interesser ved de hellige steder. Frem til 1800-tallet var fransiskanerne den eneste vestlige katolske orden som virket i området, og frem til Patriarkatet Jerusalem ble gjenopprettet i 1847 var så å si alt katolsk arbeide i området oppbygd og ført tilsyn med av fransiskanerne.