Spillet handler om at Neo Cortex og N. Brio har gjenforent og samarbeider med å lage masseprodusere en enhet kalt «NV», noe de påstår at er en «altmulig-enhet» (en parodi på for eksempel smarttelefoner) men i hemmelighet et utstyr som gir dem kontroll over de som eier en. Crash og Aku Aku er de eneste som ikke ble påvirket av dem, og må dermed redde blant annet Coco og Crunch og stoppe Cortex og N. Brio.