Apartheidregimet gjorde seg også gjeldende i Gqeberha. I 1962 startet myndighetene å gjennomføre forflytning ved tvang av byens ikke–hvite befolkning, med hjemmel i . Tvangsforflytningen førte til at forskjellige townships ble bygget. Hele distriktet South End, som var et førsteklasses eiendomsområde, ble avfolket med tvang og jevnet med jorden i 1965. Forflytningene fortsatte til 1975.