Eyehategod gikk deretter videre til en serie indre krangler, og gikk på en uoffisiell pause mens medlemmene ble spredt for å spille inn og turnere med forskjellige sideprosjekter, som Soilent Green, Corrosion of Conformity og Crowbar. I 2000 kom bandet sammen igjen (igjen med en ny bassist, Daniel Nick) for å samle singler, 7"-skiver og split-album fra og -perioden, inn i ett album, . Dette gav bandet initiativet til å lage enda ett nytt album, som ble albumet , gitt ut i 2000. Albumet var en mye bedre polert, edru affære, og hørtes derfor mye mer ut som en oppfølger til enn . Etter utgivelsen begynte bandet å turnere mye (for første gang gikk de på verdensturne, med konserte i Europa og Japan), mens medlemmene fremdeles sjonglerte med forskjellige sideprosjekter. I løpet av denne tiden spilte Down inn sitt andre album, og Bower startet et instrumentalt band, The Mystick Krewe of Clearlight, mens Soilent Green også gav ut sitt tredje album. Mike Williams grunnla også Outlaw Order og Arson Anthem. I løpet av all denne aktiviteten fikk Eyehategod tid til å samle og gi ut livealbumet sitt, (som hovedsakelig ble gitt ut grunnet kontrakten med Century Media), og spilte inn og gav ut enda flere split-album og 7"-skiver. Med utgivelsen av livealbumet, var bandet fri fra Century sin kontrakt, og valgte å skrive under med Emetic Records (med deres femte og nåværende bassist, Gary Mader) for utgivelsen av deres samlealbum i 2005, , med noen aldri før utgitte studioalbum.