Under det nasjonalsosialistiske styret ble det først forbudt for sykehuset å behandle ikke-jøder, og ikke-jøder ble tvunget til å slutte i sine jobber ved sykehuset. Trusselen om stengning, plyndringer og dårlig tilgang til nødvendig utstyr og medisiner gjorde sykehusdriften svært vanskelig. Det ble opprettet Gestapo- og politistasjoner, og etter at sykehuset ble sperret for almenheten ble det gradvis forandret til ghetto og brukt for oppsamling av Berlins jøder. Ved krigens slutt oppholdt det seg fremdeles knapt 370 pasienter, 1000 internerte og 76 fanger på politistasjonen på sykehusområdet.