Merenptahs sønn Seti II la til to mindre obelisker foran den andre pylon og en helligdom nord for prosesjongaten i det samme området. Den ble konstruert i sandstein med et kapell for Amon flankert til de for Mut og Khonsu. Den siste større endringen til formgivningen av helligdommen til Amon-Ra var tillegget av den første pylon og en massiv vegger som omga hele området, begge bygget av Nektanebos I.