Silverius ble ført til Lykia der han slo seg ned i Patara. Biskopen der forstod svart at den landflyktige pave var uskyldig, reiste til Konstantinopel og la frem bevis for keiser Justinian om pavens uskyld. Saken ble gjenopptatt av keiseren, som skrev til Belisarius, og gav tillatelse til at Silverius fikk returnere til Italia. Da Silverius ankom hjemlandet, trolig til Napoli, lot Vigilius ta ham til fange og føre til øya Palmarola. Der døde Silverius av sult etter hard medfart. Han ble begravd på øya ifølge den 20. juni, og hans levninger ble aldri flyttet derfra.