Byggingen av lufthavnen ble anslått å koste 530 millioner kroner, med en årlig driftskostnad på 28 millioner kroner. En økonomisk analyse viste at flyplassen ville ha en negativ nåverdien for samfunnet på NOK 1014 millioner kroner, unntatt driftsstøtte til flyselskapet. Den nye flyplassen ville ikke føre til noen vesentlig tidsbesparelse, da reisende til Oslo ville måtte fly via Sørkjosen til Tromsø, for så å bytte fly, i stedet for å ta direkte fly fra Alta. Bare passasjerer som har Tromsø som reisemål, vil ha en tidsmessig gevinst av en ny flyplass. Avinor anbefalte derfor å ikke oppgradere Kautokeino flyplass.