Kenny Miller startet fotballkarrieren i Hutchinson Vale FC, som er en mindre klubb fra Edinburgh, i 1995. I mai 1996 gikk han til Hibernian FC, og han debuterte for Hibernian den 29. november 1997 da de spilte 1-1 mot Motherwell FC i en ligakamp. Miller startet kampen på benken, men ble byttet inn i det 63. spilleminutt. Totalt spilte han sju ligakamper for Hibernian i 1997/98-sesongen. I starten på 1998/99-sesongen ble det to ligakamper og en cupkamp for Hibernian før han i november 1998 skrev under på en låneavtale med Stenhousemuir FC.