De holdt hellig en bred rekke med lokale guder. De guddommene som ble dyrket ved Petra var først og fremst Dushara (gresk: Δουσάρης, ; latin: ), og Al-Uzza, i henhold til arabisk mytologi den ene av de tre fremste gudinnene som ble dyrket i det før-islamske Arabia. Førstnevnte assosierte grekerne med Zevs ved at han var nabateernes fremste mannlige gud og ble den offisielle gud med særskilt kongelig beskyttelse under det nabateisk kongerike. Hans offisielle posisjon er reflektert i tallrike inskripsjoner som oversetter ham som «Vår herres gud»; herre er kongen. Navnet Dushara er fra arabiske (, ), i antagelig betydning «Den fra Shara» og hvor Shara var en fjellkjede sørøst for Petra. Fra nabateernes perspektiv fra Dushara ikke bare knyttet til fjellet, men antagelig som en himmelgud (skjønt en teori har knyttet ham til skogene som gir en annen oppfattelse av guddommen). Ørnen var en av guddommens symboler. Det var omfattende benyttet i Hegra som en kilde for beskyttelse av gravene mot gravplyndring.