I 1794 begynte nedgangstidene for kirken etter Polens delinger. Klosteret mistet mesteparten av sine eiendeler, og taktildekningen til kirken ble rekvirert. Kirken ble betydelig skadd etter et lynnedslag i 1855. Oppusningen begynte i 1873. I årene 1882–1884 ble kirken dekt med stukkatur og kuppelen ble renovert under ledelse av Władysław Kosmowski.