Deres neste album, , ble produsert av Rick Rubin. Albumet fikk overveldende gode anmeldelser, solgte over 13 millioner eksemplarer og gjorde bandet internasjonalt anerkjent. Den uventede suksessen gjorde Red Hot Chili Peppers til rockestjerner, noe Frusciante hadde store problemer med å takle. Kort tid etter utgivelsen begynte Frusciante å mislike bandets popularitet. Han startet flere diskusjoner med de andre medlemmene, og mente at alt skjedde for fort. Frusciante spilte sin siste konsert med bandet i Tokyo i 1992. Han nektet først å spille i det hele tatt, men ble overtalt til å opptre og dro tilbake til California dagen etter. Han uttalte; «Det var bare helt umulig for meg å spille i det bandet. Det hadde kommet til det punktet hvor selv om de ville ha meg med, følte jeg at jeg ble utelatt fra bandet. Ikke fra medlemmene eller ledelsen, men heller på grunn av retningen vi gikk mot».