Schelling var preget av en sterk overklasseidentitet, og beveget seg gjennom hele sitt liv i høyere sosiale sirkler. Hans persona insisterte alltid på suverenitet. I 1800 ble Schelling anklaget i offentligheten for å ha bidratt til at den syke 15 år gamle Auguste Böhmer dør, etter hans behandlingsforsøk i henhold til browniansk medisin. Auguste var Caroline Schlegels datter og August W. Schlegels stedatter. Det skapte ikke mindre furore da Schelling i 1803 gifter seg med den tolv år eldre og nyskilte Caroline. Hun dør etter bare 6 års ekteskap. Schelling gifter seg med Carolines langt yngre venninne Pauline Gotter i 1812. Med henne får han seks barn.