Etter det vellykkede tyske felttoget i Polen i 1939 skrev Vilhelms representant i Tyskland, general Wilhelm von Dommes på vegne av Vilhelm til Hitler og forsikret Huset Hohenzollerns lojalitet og påpekte at åtte prøyssiske prinser (en sønn og syv barnebarn) tjenestegjorde ved fronten. Vilhelm sto i hyppig kontakt med Hitler gjennom general Dommes, og var svært glad for den tyske militære framgangen tidlig i andre verdenskrig, og sendte et personlig gratulasjonstelegram etter at Paris falt, hvor han sier: «Gratulerer, du har vunnet ved å bruke styrker.» I et brev til datteren Viktoria Luise, hertuginnen av Braunschweig-Lüneburg skrev han triumferende at «slik ble onkel Edvard VIIs skadelige Entente cordiale nullet ut». Men etter den tyske erobringen og okkupasjonen av Nederland i 1940, trakk den aldrende Vilhelm seg fullstendig ut av det offentlige liv. I mai 1940, da Tyskland invaderte Nederland, avslo Vilhelm et tilbud fra Churchill om asyl i Storbritannia, og foretrakk å kunne dø i .