Nord-Makedonias sentralbankoppgaver var delt mellom det makedonske hovedkontoret og Jugoslavias sentralbank. Hovedkontoret ble en avdeling underlagt Jugoslavias sentralbank, og utover på 1960-tallet sentraliserte Jugoslavia oppgavene, slik at hovedkontoret i større grad ble redusert til å utføre rutineoppgaver. Pengepolitikk, beslutninger og reguleringer ble gjort i Beograd. Denne perioden (1946-1970) kalles den preinstisusjonelle perioden for Nord-Makedonias sentralbank.