Under sin bror Nasr’s styre ble Samani sendt for å ta kontroll over Bukhara som hadde blitt ødelagt og plyndret av styrker fra Khwarazm. Innbyggerne i Bukhara tok godt imot Samani og så på ham som en som kunne bringe stabilitet. Det ble uenighet mellom Nasr og Samani om fordeling av skattepenger. Det ble kamp og Samani vant. Selv om han tok kontroll over landet, så fjernet han ikke sin bror, men ble værende i Bukhara. Dette gjorde han fordi Nasr var blitt innsatt som hersker av Transoxiana av kalifen, og dermed var Nasr i kalifens øyne den rettmessige hersker i området. Dessuten gjorde saffaridene i Sistan krav i Transoxiana, og hvis Nasr ble fjernet ville det ha gitt saffaridene et påskudd til invasjon. Ismail Samani fortsatte derfor å anerkjenne Nasr som hersker inntil hans død i 892, og først da tok Somoni offisielt makten.