Skeie er etter examen artium ved Bergen katedralskole i 1967, utdannet teolog fra Menighetsfakultetet og ble ordinert i 1974. Han var kapellan i Grønnåsen menighet i Tromsø fra 1975 til 1980, så ansatt i Oslo Indremisjon (som nå heter Kirkens Bymisjon) og deretter kapellan i Oslo domkirke fra 1984 til 1985. Han har siden da arbeidet som forfatter, salmedikter og foredragsholder. Gjennom sin kones søster er han svoger med den tidligere statsministeren Kjell Magne Bondevik. Hans far, Arne Skeie, var også prest og salmedikter.