Huang Zunsu ble henrettet i 1626. Da en ny keiser besteg tronen to år etter la Huang Zongxi ut på reise til hovedstaden for å protestere mot henrettelsen av faren. Men allerede før han var ankommet var evnukkenes fraksjon blitt knust, og alle dem som var blitt henrettet av den blitt posthumt rehabilitert og utmerket med æresbevisninger. Likevel tok Huang del i kraftige gjengjeldelsestiltak i hovedstaden, noe han høstet stor respekt for hos mange. I pakt med farens siste vilje begynte han i 1631 å studere kinesisk historie. I 1633 hadde Huang fullført , historikken over det første av Mingdynastiets tretten regjeringstider.