Nepals Kommunistiske Parti (maoistene) ble stiftet etter en splittelse i Nepals Forente Kommunistiske Parti (maoistisk), og bruker navnet dette partiet hadde inntil 2009. 19. juni 2012 kunngjorde en gruppe medlemmer av Nepals Forente Kommunistiske Parti (maoistisk)), blant annet partiets nestleder Mohan Baidya, dannelsen av et nytt parti, Nepals Kommunistiske Parti (maoistene). Baidya uttalte at Nepals Forente Kommunistiske Parti (maoistisk) var i gang med å ødelegge det folket hadde tjent på folkekrigen. Dette skjedde etter en tre dager lang samling tilhengerne av Baidya hadde gjennomført i Kathmandu. Utbryterne bestemte seg for å gå ut av partiet siden de ikke ønsker å la seg assosiere med opportunister.