I 1859 ble land var frigitt fra de nærliggende Greene, Mississippi og Poinsett fylker som ble benyttet til å danne Craighead County. Jonesboro ble utpekt som det opprinnelige fylkessetet. Folketallet økte i de vestre delene av fylket slik at fylkessetet ble flyttet til Lake City. I 1859 hadde Jonesboro 150 innbyggere. Byen ble oppkalt etter State Senator William A. Jones i anerkjennelse av hans støtte til dannelsen av Craighead County. Opprinnelig ble byens navn skrevet Jonesborough, hvor på navnet på byen ble senere forkortet til sin dagens rettskrivning. venstre|miniatyr|Bell House er et av tolv steder i Jonesboro som er oppført i det National Register of Historic Places. Mot slutten av det 19. århundre forsøkte byen å utvikle sitt rettssystem og infrastrukturen i sentrum. Kort tid etter å ha blitt tildelt fylkessetet ble det høyeste punktet i Jonesboro identifisert og tinghuset ble planlagt bygget på stedet. Dette ble utsatt i flere år da lokalbefolkningen ikke ønsket å ødelegge sin hjortejakt. Det første tinghuset stod endelig ferdig, men ble ødelagt av en brann i 1869. En butikk på tvers fra dette området ble leid og brukt som et tinghus. Det ble ødelagt i en brann i 1876. En annen bygning ble bygget på samme sted, men den gikk også med i en brann i 1878, en stor brann som ødela det meste av sentrum i Jonesboro. Snart deretter ble et annet tinghus bygget, og det står fortsatt.