Da det nasjonalsosialistiske Tyskland angrep Sovjetunionen 22. juni 1941, drev Bandera og OUN undergravingsaksjoner mot sovjetstyrkene for å støtte den tyske framrykkingen. Han kom imidlertid i konflikt med den tyske okkupasjonsmakten etter at OUN erklærte en uavhengig ukrainsk stat 30. juni, og ble derfor arrestert 6. juli.