Stefanus er av gresk-kypriotisk opphav, men fikk estisk statsborgerskap i 2004. Han er utdannet innen teologi i Frankrike, professor i teologi og presteviet i 1968, og fra 1987 titulærbiskop av Nazianzus. Stefanus ble valgt til primas for Den estiske apostoliske ortodokse kirke i 1999.