Under den nye østromerske keiser Andronikos II Palaiologos (sønn av Mikael VIII) ble det inngått en ny allianse mellom Østromerriket og Epirus som heller ikke holdt særlig lenge. Nikeforos ble i 1292 overtalt til å inngå allianse med Karl II av Napoli. Denne alliansen ble som vanlig beseglet med en ekteskapspakt, denne gang mellom Nikeforos’ datter Thamar Angelina Komnene og Karl II’s sønn Filip I av Toronto. Finansene i Epirus var dårlige, og Nikeforos var nødt til å selge mye av sine eiendommer og territorier til italienerne. Da Nikeforos døde i 1297 økte igjen den østromerske innflytelsen mens enken Anna Palaiologina Kantakouzene var regent for parets mindreårige sønn Thomas. Det kom til konflikt mellom Anna og Filip I. Anna hevdet at alliansen mellom dem var brutt i og med at datteren Thamar var blitt tvunget til å konvertere til katolisismen da hun giftet seg med Filip. Anna sørget i stedet for at tronarvingen Thomas ble gift med Anna Palaiologina, datter til den østromerske medkeiser Mikael II Palaiologos og keiserens barnebarn. Hun sikret seg derfor østromersk støtte mot det mektige Anjou-dynastiet (angevinerne).