Økonomisk sett førte Christian en merkantilistisk politikk, som var mer gunstig for Danmark enn Norge. Ved å begrense markedet med høye tollmurer bandt han nordmennene til dyrt dansk korn i stedet for billig baltisk korn, mens danskene kunne kjøpe norsk metall (blant annet kobber) til en lavere pris. På denne tiden delte han ut handelsmonopoler til kjøpsteder. Han opprettet det islandske, det grønlandske og Det ostindiske kompaniet, og i 1616 overtok han kolonien Trankebar i India. Men kongens ambisjoner var å gjøre Danmark-Norge til Nord-Europas sterkeste makt politisk, økonomisk og militært. Imidlertid hadde han store problemer med bare å opprettholde den danske lederstillingen i Norden etter at Sverige hadde innledet en ekspansiv politikk. Den dansk-norske flåten ble kraftig opprustet (og i hovedsak bemannet av nordmenn), men hæren var ikke jevnbyrdig med den svenske bondehæren og måtte i stedet basere seg på dyre tyske leiesoldater i stort antall. Kalmarkrigen i 1611–13, som fra dansk side i stor grad ble ført med leietropper, førte ikke til noe resultat. 30% av Christians sjøoffiserer kom fra adelen. De var født til lederstillinger, men hadde ofte så liten kjennskap til sjøfart at kongen måtte forby dem å diskutere sjøfart mens mannskapet hørte på – da ville det bli altfor tydelig hvor kunnskapsløse offiserene faktisk var.