Etter den andre verdenskrig var Bernal involvert i å vurdere virkningene av et hypotetisk angrep med atomvåpen mot Sovjetunionen. I 1953 ble Bernal tildelt Stalin Peace Prize. Fra 1959 til 1965 satt han som president i World Peace Council. Bernal hadde to barn (Mike, født i 1926 og Egan, født i 1930) sammen med hans kone Agnes Eileen Sprague som arbeidet som sekretær. Han hadde også datteren Jane, født i 1953) sammen med Margot Heinemann som også hadde flere kommunistiske synspunkter.