Etter å ha mottatt sin start-Pokémon, fortsetter spilleren å reise til Hisui-regionen for å fylle ut en Pokédex. Men spilleren blir etter hvert forvist fra Jubilife Village av kommandør Kamado, lederen for Galaxy Team, og tvunget til å reise rundt i regionen igjen på egen hånd. Men hjelp fra en folklore-forsker kalt Cogita, reiser spilleren til de tre store innsjøene i regionen for å møte de legendariske Pokémon Azelf, Mesprit og Uxie, de tre vesenene som legemliggjør henholdsvis viljestyrke, følelser og kunnskap. Etter å ha gjennomført disse oppdragene, må spilleren beseire kommandør Kamado, og nå toppen av Mount Coronet: The Temple of Sinnoh, som ligger i sentrum av regionen.