Wauneka var datter av den relativt velstående navajo-lederen Henry Chee Dodge. Hun ble sendt på offentlig internatskole i Fort Defiance i Arizona i 1918. Dette året ramma spanskesjuka navajoene, og hundrevis døde. Også Waunekas skole blei berørt, mens hun sjøl slapp med et lettere angrep. Som resistent måtte hun, tross sin svært unge alder, hjelpe til med å stelle for sjuke skolekamerater. Opplevelsen satte varige spor hos henne.