Misato er operativsjef hos NERV, og Shinji og Asukas verge etter at de ankommer Tokyo-3. Da Misato var 14 år gammel ble hun med faren til Antarktis. Like før «Second Impact» fant sted, satte faren hennes henne inn i en beskyttelseskapsel rett før han selv døde. Misato slet med psykologiske arr etter hendelsen og i flere år unngikk hun å sosialisere seg med andre og lot som hun ikke kunne snakke. I den engelske dubben er det Allison Keith som har stemmen. I den japanske dubben er det Kotono Mitsuishi som har stemmen.