Under andre verdenskrig var Den katolske kirke i Norge i en særlig utsatt stilling ved okkupasjonen. De fleste prester og ordenssøstre var utenlandske statsborgere, og kunne utvises uten formaliteter. Mangers gjorde det klart at han tok avstand fra okkupasjonsmakten og Nasjonal Samling (NS), demonstrativt i et hyrdebrev 16. april 1940, mer diplomatisk senere.