Fylogenetikken er en forholdsvis ny vitenskap. På 1800-tallet gjorde komparative anatomer og paleontologer riktignok mange oppdagelser som har vært av stor betydning for senere analyser. Men i og med at analyseverktøyene manglet, var disse tidligere undersøkelsenes resultater bare av begrenset verdi. Først på 1950- og 60-tallet ble de nødvendige metodene utviklet: Den kladistiske analysen ble beskrevet 1950 av Willi Hennig. Sannsynlighetsanalysen ble beskrevet i 1963 av Edwards & Cavalli-Sforza. Andre metoder har blitt utviklet enda senere, og nye og forbedrede analyseverktøy er stadig under utvikling. Det var imidlertid ikke før på 1980-tallet at disse fylogenetiske metodene ble tatt i utstrakt bruk.