Som offiser kom Sigholt på kant med nesten alle de andre offiserene i Fredriksvern. Det ble satt ut rykter om ham, blant annet at han «drev unaturlig usedelighet». På grunn av stridighetene ble han satt under tiltale for en ti år gammel sak, men ble frifunnet ved dom i høyesterett 7. juni 1847. Da han samme år var blitt innstilt som kommandør på skonnerten «Vale», holdt offiserene hemmelige møter for å diskutere om Sigholt var kvalifisert for denne oppgaven. Da møtene ble kjent, utfordret Sigholt flere navngitte offiserer til duell. Offiserene avslo utfordringen og insisterte på at Sigholt burde etterforskes. I 1848 sendte Sigholt derfor inn flere anmeldelser av sine over- og underordnede offiserer til sine overordnede. Marinedepartementet bestemte at anmeldelsene ikke skulle forfølges, mens Sigholt selv derimot ble tiltalt for en overkrigskommisjon. 30. april 1849 dømte denne Sigholt til seks måneders festningsarrest og til å betale saksomkostningene. Saken ble anket til høyesterett, som 8. november samme år bekreftet dommen. Sigholt begikk selvmord dagen etter.