Åbo hadde et universitet frem til 1827, da det etter brannen ble flyttet til Helsingfors, for å bli gjenfødt som Helsingfors universitet. I Åbo finnes det i dag tre universiteter, det svenskspråklige Åbo Akademi og de finskspråklige Åbo universitet. Åbo handelshögskola er siden 2010 en del av Åbo universitet.