Clarke ble ansatt som førstelagstrener for Liverpool den 10. januar 2011, to dager etter at Kenny Dalglish hadde blitt manager for klubben, etter at Roy Hodgson hadde fått sparken. Den 12. mai 2011 skrev Clarke treårskontrakt med klubben, samtidig med at Dalglish gjorde det samme. Den 1. juli 2011 ble Clarke utnevnt til assisterende manager for Liverpool FC, etter at Sammy Lee valgte å trekke seg.