I 1921 støttet han den anglo-irske traktat, og han gjorde tjeneste i Irish Army under borgerkrigen. Et av hans viktigste bidrag til Fristatens strategi var tanken om sjøbårne angrep i republikanske områder, som han planla sammen med blant annet Michael Collins og Richard Mulcahy. Han tok kontroll over Limerick i juli 1922, etter harde kamper sør for byen. Krigshandlingene merket hele hans politiske karriere, spesielt fordi flere enheter under hans kommando hadde vært involvert i overgrep som Ballyseedy-massakren.