I september ble døde begravet på bare en uke. Tiltakene ble enda strengere, og hele byen avskåret fra resten av Sjælland. På sitt verste døde mellom og hver uke. I oktober kunne man konstatere at epidemien ble mindre intensiv, kanskje fordi orlogsflåten som helhet var holdt unna, slik at pesten fikk «brenne ut» i løpet av høsten 1711.