Han var først en prest ved bispedømmet i Le Mans til han ble utnevnt til biskop av Bayonne av kong Frans I, en utnevnelse som ble godkjent av pave Klemens VII den 12. februar 1524. Han holdt denne posisjonen inntil han ble overført til Paris erkebispedømme i 1532. Den 2. mars 1533 innvilget pave Klement ham privilegiet å kunne ha flere kirkelige posisjoner samtidig, både være biskop av Paris og av andre bispedømmer. Kong Frans bekreftet denne den 1. oktober 1534. Jean du Bellay ble etterfulgt som biskop av Paris av ingen annen enn sin nevø Eustache den 16. mars 1551 etter at han ble avskjediget av kong Henrik II.