Utviklingen av begynte i slutten av 1995, og over 100 personer jobbet på det. Programvaren som ble brukt var blant annet PowerAnimator og Softimage 3D, og budsjettet var på rundt 45 millioner amerikanske dollar. Yoshinori Kitase jobbet tidligere som medregissør og forfatter av og han jobbet også som regissør og medforfatter av . Han var bekymret for at spillserien kom til å henge etter hvis den ikke gikk over til å bruke 3D-grafikk. Utviklingen av spillet begynte etter utviklingen av en kort, eksperimentell teknologidemo for Silicon Graphics' Onyx-maskiner. Den het og brukte polygon-basert 3D-grafikk basert på figurer fra tegnet i sanntid. Den hadde også interaktive elementer. Dette eksperimentet førte til at utviklingsgruppen bestemte seg for å integrere den samme mekanikken i . På grunn av den store mengden lagringsplass som behøves for å lagre 3D-modeller og grafikk, ble det bestemt at spillet skulle gis ut på CD-ROM. Nintendo, hvis konsoller Square tidligere hadde gitt ut sine spill på, hadde bestemt seg for å fortsette å bruke spillkassetter for sin nye konsoll, Nintendo 64. Dette førte til at Square bestemte seg for å gi ut på Sonys PlayStation. Square kunngjorde dette 12. januar 1996.