Historien følger piloten Yūichi Kannami som blir engasjert av Rostock Corporation for å erstatte piloter som ble skutt ned av motparten Lauterns flygeress «Teacher». Handlingen dreier mest rundt Kannami og forholdet til hans følelseskalde kvinnelige sjef Suito Kusanagi og deres ansiktsløse nemesis Teacher. Historien introduserer også de mystiske karakterene , humanoider som er genetisk manipulert til å leve evig i en tilstand som «barn».