Etter et kort opphold i Egypt kom han seg hemmelig tilbake til Palestina, og som kommandør for den irregulære styrken Den hellige krigs armé organiserte han beleiringen av Jerusalem i 1948. Fra januar til mars 1948 fikk han utført en rekke bilbombeangrep mot jødiske mål. Dette rammen blant annet avisen Palestine Post (tre døde), innkjøpsgaten Ben Yehuda Street (46 døde) og Jewish Agencys hovedkvarter (13 døde - det nærliggende amerikanske kobsulatet ble da også sterkt beskadiget). Al-Husainis bombeekspert var Fawzi al-Kutub, som hadde fått opplæring i det da nazistiske Tyskland.