Thomas tok kontakt med George Martin i 1965 for å få råd, og Martin anbefalte ham å ta kontakt med EMI. Han gjorde ikke det, men tok igjen kontakt med Martin i 1967, og fikk jobb som altmuligmann og etter hvert ble han med på opptak med The Hollies. I 1968 var han assostenten til George Martin da The Beatles lagde -albumet. Han og lydingeniør Geoff Emerick kom ikke godt overens. Thomas fikk imidlertid oppgaven som produsent da Martin tok seg en ferie, og det medførte at Thomas måtte ta over midlertidig som produsent. Både da og før måtte Thomas jobbe med deler av et fragmentert band, slik at han og Martin kunne jobbe med forskjellige stykker. Selv ville ikke Thomas si at han var produsent på albumet, men han hjalp til med «Happiness Is A Warm Gun», «Piggies» (der han spilte cembalo), «The Continuing Story of Bungalow Bill» (der han spilte mellotron) og «Savoy Truffle».