Storparten av Anholt, medregnet de store fredete områdene, er et gods som tilhører advokaten Jens Christian Rostgaard von der Maase. De høyeste punktene er Sønderbjerg på 48 moh og Nordbjerg på 39 moh. Havet bryter ned Anholts vestkyst og forsynte seg med et par meter av denne under stormen 10. desember 2011, som skyllet deler av veien mellom Anholt by og havnen på sjøen. Bølgene tar også med seg sand og grus til den østlige spissen av Anholt, kalt «Totten», som derfor endrer form og vokser støtt mot øst.