Burundi var på 1990- og 2000-tallet preget av borgerkrig, massakrer og sterke motsetninger mellom hutuer og tutsier. I 2005 tok opprørslederen Pierre Nkurunziza og partiet Conseil National pour la Défense de la Démocratie–Forces pour la Défense de la Démocratie (CNDD-FDD) makten. Nkurunziza satt som president fram til 2020. Landet hadde i denne perioden ikke noe statsministerembede. I 2020 trakk Nkurunziza seg og støttet Évariste Ndayishimiye ved presidentvalget. Ndayishimiye vant valget og gjeninnførte statsministerposten i juni 2020. Bunyoni ble dermed Burundis første statsminister siden Pascal-Firmin Ndimira gikk av i 1998.