I 1941 meldte han seg frivillig til Waffen-SS og fikk da graden med kommando over en vedlikeholdstropp. Täubners tropp og andre enheter som skulle holde seg bak fronten reiste til Ukraina tidlig i september 1941 der målet var byen Konotop litt nord for Kyiv. Täubner og hans tropp var en vedlikeholdsavdeling tilknyttet SS brigade nummer 1. Mye tyder på at de drepte jøder underveis til sin første utplassering i Konotop.