Breen fikk sin debut for i en vennskapskamp mot i juni 1996. Han ble tatt ut i troppen til VM i fotball 2002 av landslagstrener Mick McCarthy, hvor han spilte samtlige av Irlands kamper, og blant annet scoret i Irlands gruppekamp mot . Breen ga seg som landslagsspiller i august 2006, og endte ved det opp med 63 landskamper og syv mål.