Strasbourg ble annektert av Frankrike i september 1681. Den offisielle intolerante religiøse politikken som førte til at mange franske protestanter flyktet fra Frankrike (mest til Preussen) fikk likevel mindre betydning i Strasbourg, selv om protestanter ble utelukket fra offentlige embeter. Byen fortsatte å være sterkt preget av tysk kultur; på begynnelsen av 1770-årene studerte Goethe her, og byen ble et krystalliseringspunkt for den litterære bevegelsen . Med veksten i handel og industri ble byens befolkning tredoblet på 1800-tallet til rundt 150 000.