Etter kommunistregimets sammenbrudd ble en rekke tidligere fremstående medlemmer av regimet ekskludert fra kommunistpartiet, som først skiftet navn til SED-PDS og siden til PDS. Schabowski var blant dem som ble ekskludert. Etter gjenforeningen ble han stilt for retten for drapene på flyktninger ved Berlinmuren og grensen mot Vest-Tyskland og fikk en fengselsstraff på tre år. Han ble benådet av Berlins regjerende borgermester Eberhard Diepgen (CDU) og løslatt etter åtte måneders soning.