Konvensjonen tillater allikevel hvalfangst for vitenskapelige formål. Siden 1986 har Norge, Island og spesielt Japan hatt tillatelse til slik fangst. Japan har fra 1995 vært de eneste som har drevet slik fangst, som en del av deres 16-årsplan. Norge leverte en protest mot null-kvoten i 1992, og har nektet å følge dem. Japans forskningsfangst er ofte kalt et skalkeskjul for edet faktum at hvalkjøtt er en svært ettertraktet delikatesse i Japan. Fangstforkjempere hevder at japansk kultur inneholder stor motvilje mot å kaste mat, og at dette rettferdiggjør omsetning av hvakjøtt opprinnelig høstet for forskningsformål.