Alex oppdager etter hvert at faren hans hadde vært involvert i byens hemmeligheter, og nå hadde forsvunnet samtidig som han forsøkte å løse byens problemer. Han oppdager også at det er The Order – en religiøs kult fra Silent Hill - som har kidnappet folk fra byen. De kidnapper også moren hans. I Silent Hill møter han igjen faren sin, før faren blir drept av et monster kalt Bogeyman. Alex tatt til fange av dommer Holloway, som avslører at alt som har skjedd skyldes en brutt pakt. For 150 år siden brøt de fire grunnlegger-familiene ut av The Order for å heller flytte til Shepherd's Glen. Dette fikk de lov til å gjøre på betingelse av at de en gang hvert 50. år skulle ofre et av barna deres på en forhåndsbestemt måte.