Han leder partiet Den frie patriotiske strømning, et sekulært parti som hovedsakelig består av maronitter. Fra 22. september 1988 til 13. oktober 1990 var Aoun president og statsminister for en av de to rivaliserende administrasjonene i landet. Han ble nedkjempet av Syria på slutten av den libanesiske borgerkrigen og flyktet i eksil. Han kom tilbake til landet 7. mai 2005, elleve dager etter at de syriske troppene forlot Libanon. Det har overrasket mange at partiet hans støtter den pro-syriske 8. mars-alliansen.