Melbourne har to flyplasser, Tullamarine og Essendon. Tullamarine er byens hovedflyplass, og Australias nest største. I 2007-2008 hadde den 24,260,000 reisende. Lufthavnen ble åpnet i 1960. Den eies og drives av Australia Pacific Airports Corporation Limited. Flyplassen ble bygget i 1970 for å erstatte Essendon lufthavn, 4,1 mil fra Melbourne lufthavn.