Flatabø drev sitt eget legekontor i Ulvik da han i 2017 fikk sin legelisens delvis trukket tilbake. Årsaken var at han hadde behandlet pasienter utenfor det som Statens helsetilsyn mente var forsvarlig praksis. Dette relaterte seg særlig til hans behandling av pasienter med autisme. Tilbaketrekkingen medførte at han bare kunne arbeide under tilsyn av en annen lege, hvilket betød at han måtte legge ned fastlegekontoret i Ulvik. Flatabø mente at det bare var snakk om tid før behandlingen han foreskrev sine pasienter ville bli tilstrekkelig dokumentert. Samme år ble han tildelt Brobyggerprisen av foreningen Fritt Helsevalg.