Under andre verdenskrig var Kollek aktiv innen Haganah og prøvde å virke for jødiske interesser i Europa. For Jewish Agency søkte han kontakt med den amerikanske hemmelige tjeneste Office of Strategic Services, og ble informant i dens under aliaset «Gerbera». Etter krigens utbrudd klarte han på et møte i Palais Rothschild i Wien å overbevise Adolf Eichmann om å løslate 3.000 jødiske ungdommer fra konsentrasjonsleirene. Kollek bragte dem deretter til England. Senere var han også involvert i Bricha-aksjonen (flukthjelp).