Code Lyoko handler om fem ungdommer som går på Kadic Academy Junior High School: Aelita Hopper, Jeremie Belpois (også kalt Jeremy), Odd Della Robbia, Ulrich Stern, og Yumi Ishiyama. De reiser til den virtuelle verdenen Lyoko for å kjempe mot et ondt dataprogram som heter X.A.N.A. Lyoko befinner seg inne i en superdatamaskin i kjelleren av en forlatt fabrikk i nærheten av Kadic-akademiet.