For videre å sikre uavhengigheten sendte San Martín en rekke ekspedisjoner mot de bevæpnede bandene i fjellene, som besto av forskjellige fredløse, rojalister og indianere som hadde brukt kaoset forårsaket av de militære ekspedisjonene til sin fordel ved å rekruttere soldater for å plyndre landsbygda. Mapucheene var et av få indianerfolk som spanjolene aldri klarte å beseire, og de av deres høvdinger som støttet rojalistene i denne fasen av krigen, kom til å bli avgjørende for den fortsatte rojalistiske motstanden, siden den hadde vært umulig uten indianernes hjelp nå som de hadde mistet alle de større byene i landet nord for Valdivia.