I fengselet i Barczewo, hvor han ble overført i 1965, ble Koch værende frem til 1986, innesperret på en spartansk fengselscelle. Mye av tiden ble preget av sykdom. I 1986 hadde Koch, som den siste gjenlevende Gauleiter fra Nazi-Tyskland, blitt intervjuet i fengselet av et polsk TV-team. Ved den anledningen brukte en standhaftig og ubøyelig Koch mye tid på å rettferdiggjøre egne handlinger. Han uttrykte ingen anger. Han beklaget seg bare over at polske myndigheter hadde holdt ham innesperret i 36 år, fremfor å gi ham de hedersbevisninger som han selv mente å ha gjort seg fortjent til.