Opprinnelsen til typen er ukjent, men moderne forskning har fastslått at både balihund og kintamanihund er nærmere beslektet med dingo og tradisjonelle primitive asiatiske hunderaser enn med europeiske hunder. Balihunden er faktisk eldre enn både australsk dingo og ny-guinea syngehund, men man kan tenke seg at typen som sådan har utgått fra den asiatiske urhunden. Både balihund og kintamanihund er i så måte typiske pariahunder av type, og de skiller seg fra hverandre på kun tre referansepunkter, ifølge en genetisk studie publisert i .