I 1946 ble Alkey Margulan arrangør og leder av den sentrale Kasakhstan arkeologiske ekspedisjonen, som oppdaget de største forekomstene av funn fra sen bronsealder Begazy-Dandybai-kulturen i Kasakhstan. Funnene fra denne ekspedisjonen ble hoveddelen av utstillingen under åpningen av museet i 1973.