I 1941 kalte USA han tilbake til militærtjeneste. Under andre verdenskrig kommanderte Douglas MacArthur en hær bestående hovedsakelig av australske tropper, men også amerikanske, britiske og nederlandske. Han er fremdeles upopulær i Australia på grunn av sine ordre om at australske seire skulle rapporteres som «allierte seiere», mens amerikanske seire skulle rapporteres som «amerikanske seire». Dessuten ble den australske hæren fra 1943 benyttet kun ved harde og usentrale fronter, mens amerikanerne fikk de mest prestisjefylte frontene.