De første kristne i Egypt var hovedsakelig jøder i byen Alexandria, slike som Theophilus som Sankt Lukas nevner i begynnelsen av Lukasevangeliet. Da kirken ble grunnlagt av Markus i løpet av regimet til den romerske keiser Nero var det et stort antall innfødte egyptere (i motsetning til egyptiske grekere og jøder) som omfavnet den kristne tro. Kristendommen spredde seg over hele landet i løpet av et halvt århundre etter at Markus kom til Alexandria. Det viser de skrifter fra Det nye testamentet som er funnet i Bahnasa i Midtre Egypt og som kan dateres til rundt år 200. Tilsvarende er et fragment av Johannesevangeliet, skrevet på koptisk, blitt funnet i Øvre Egypt og kan dateres til første halvdel av 200-tallet. I det andre århundre spredde kristendommen seg til utenfor byene og på landet. Samtidig ble bibelskrifter oversatt til det lokale koptiske språket.