Etter at Muhammed Beheshti ble myrdet 28. juni 1981, ble Bahonar generalsekretær i det islamske republikkpartiet, men han varte ikke lenge i den posisjonen, eller i posisjonen som statsminister, da han ble myrdet etter mindre enn to måneder i disse embetene, sammen med Rajai og andre partiledere, da en bombe eksploderte ved partiets kontor i Teheran.