Det er fortsatt rom for konspirasjonsteorier. Blant de mest kjente er: Fidel Castro fikk Kennedy fjernet (som hevn fordi CIA forsøkte å drepe Castro). Sovjet-blokken ønsket å fjerne Kennedy (på grunn av Cuba-blokaden). Eksilkubanerne i USA ville fjerne Kennedy (fordi han ga opp invasjonsplanene for Cuba etter Grisebukta-fiaskoen). Mafiaen ville gjerne bli kvitt Kennedy (fordi han var for hard mot «organisert kriminalitet»). Lyndon Johnson ville fjerne Kennedy (fordi han selv ønsket å bli president). FBI, eventuelt CIA sto bak attentatet (siden de fryktet Kennedy ville kutte budsjettet deres og/eller trekke USA ut av Vietnamkrigen) Allen Dulles forsøkte å hevne seg på Kennedy etter at han ble sparket fra sin sjefsposisjon i CIA som følge av den mislykkede invasjonen av Bahía de Cochinos. Dulles fikk en fremtredende posisjon i Warrenkommisjonen, hvilket kan ha vært tegn på en interessekonflikt.