Hertugen nedkjempet opposisjonen som hadde støttet den avsatte kongen, men som ikke var formelt erstattet. Hertugen ble kronet som konge den 15. mars 1607, men bare fire år senere ble han etter sin død etterfulgt av den unge Gustav II Adolf. Vasa-dynastiets grunnlegger, Gustav Vasa, hadde besluttet at Sverige skulle være et arvekongedømme hvor tronen gikk fra far til sønn. Hertugen innkalte derfor til riksdag i Jönköping ved 27. januar 1599. Det ble sendt et ultimatum til Sigismund om å returere til Sverige og omvende seg til protestantismen, eller sende sin sønn til hertugen for oppdragelse i den protestantiske læren. Dette besvarte ikke Sigismund, og året etter besluttet riksdagen i Linköping at hertugen skulle tiltre som konge etter at Johan IIIs slektlinje mistet arvefølgeretten.