Rum-sultanatet møtte korsfarerne første framstøt, og måtte vike. Nikea ble inntatt slik at sultanen måtte flytte hovedsete til Konya (eller Iconium). Kilij Arslan I prøvde deretter å knekke korsfarerne ved overrumling i slaget ved Dorylaion, men ble slått. Så prøvde han brent jords taktikk, men uten å kunne stoppe korstoget. Flere hjelpekorstog forsøkte å krysse Anatolia i 1100 og i 1101 og ble massakrert av Kilij Arslan. Keiser Alexios I Komnenos benyttet seg av korsfarernes framgang, og tok tilbake den vestlige delen av Rum-sultanatet, men sultanatet fortsatte å være et hinder for korsfarerne. Det andre korstoget, ledet av Konrad III av Det tysk-romerske rike ble grundig slått i slaget ved Dorylaeum 1147, mens det tredje korstoget, ledet av Fredrik Barbarossa tok Konya etter beleiring 20. mai 1190. De neste korstogene foretrakk å reise sjøveien til Det hellige land framfor landeveien gjennom Anatolia. Rum-sultanatet ble latt i fred og varte helt til 1307.