I juli 1994 ferdigforhandlet Meri og Russlands president Boris Jeltsin en avtale om tilbaketrekning av de siste russiske militære styrkene fra Estland. Meri løste en presserende sak, underhånden hjulpet av vestlige diplomater, men overtrådte sine fullmakter. Avtalen innebar også at over pensjonerte offiserer fikk oppholdstillatelse og garantier om sosiale goder i Estland, noe som vakte stor forargelse.