Han var glemt inntil Amarnabrevene ble oppdaget i 1887, sammen med – byen han bygde og konstruerte for dyrkelse av Aten, ved Amarna. Tidlige utgravninger av den engelske arkeologen William Flinders Petrie (1853–1942) økte interessen for den enigmatiske faraoen. I 1907 ble en mumie oppdaget i gravkammeret KV55 i kongenes dal, en dal hvor faraoene fra det 18., det 19. og det 20. egyptiske dynasti var gravlagt. Ekspedisjonen ble ledet av den engelske arkeologen og egyptologen Edward Russell Ayrton (1882–1914), som identifiserte mumien med Akhnaton. Dette er omstridt, og mye tyder på at faraoen i KV55 er Smenkhkare, Akhnatons etterfølger.