McLaren ønsket å bli igjen på Filippinene i stedet for å bli sendt tilbake til Australia. Dette ville han ettersom en overføring til en mer formell militærenhet i alliert regi ikke bare ville hemme hans fremtidige krigshandlinger og inderlige ønske om hevn mot japanerne, men hans høye alder ville også utelukke noen videre deltakelse under krigen. Med unntak for en kort permisjon i Australia mot slutten av krigen, tilbrakte han mesteparten av de kommende krigsårene som geriljaleder mot japanske styrker. Han deltok i en rekke raid mot japanske militærenheter, noen ganger i kommando av små, tungt bevæpnede kystfartøy.