Når pirater kontrollerer øya, kan spilleren infiltrere og frigjøre en rekke fiendtlige utposter. Når en utpost er gjenvunnet, blir dette en base for opprørerne som låser opp ytterligere side-oppdrag for spilleren. Samtidig som spilleren skal utforske kartet, kan uskrevne hendelser forekomme, for eksempel at Jason blir angrepet av dyr eller pirater. Forskjellige minispill inkluderer poker, eller skyting, og samle ulike samleobjekter og relikvier.