Han var styrmann om bord på Germanwings Flight 9525 på returflyvningen den 24. mars 2015 fra Barcelona til Düsseldorf. Straks etter at flyet hadde nådd flyhøyden på meter forlot kapteinen førerkabinen. Været var rolig og klart med god sikt. 144 passasjerer, mest tyske, blant annet en gymnasklasse, og spanske samt seks besetningsmedlemmer. Kort tid etter å ha blitt alene, stoppet Andreas Lubitz autopiloten i en høyde av 0 meter over havet, hvorfra flyet begynte et jevnt dykk, men fortsatte på kursen (han hadde, under nedetid, testet denne innstillingen av autopiloten, da han var en tid alene i førerkabinen, og deretter satt den rette flyhøyden før sjefen kommet tilbake. Det ser man ut fra flyets flyopptaker). Siden episoden med 11. september 2001 er alle førerkabindører pansret og om noen fra kabinen vil ut i førerkabinen, må de gi beskjed. Døren kan åpnes ved at man i førerkabinen kan trykke på en bestemt knapp. 10 minutter senere traff flyet i 10.50 tiden om morgenen et gaprikt, nakent fjellandskap i Seyne-les-Alpes i Provence i ca 800 km/t. Flyet ble delt i titusner av småbiter, kun få vrakrester var så store som en dør. Menneskekroppene ble revet fra hverandre i mange biter ( ble funnet). Franske og tyske myndigheter som etterforsket ulykken har bekreftet at Lubitz ble behandlet for selvmordstanker. Undersøkelser av flyets svarte boks og lydopptak fra førerkabinen, herunder kapteinens lydhøre forsøk på på komme inn, viser, at han styrtet flyet med vilje. Tysklands president Joachim Gauck gav ved minnegudstjenesten klart uttryk for, at Andreas Lubitz med vilje utførte og tok livet av 149 mennesker. Han er Tysklands verste massemorder etter andre verdenskrig.