Aralsjøen var gjennom mange tiår blitt tilført høye innhold av kunstgjødsel og sprøytemidler, herunder pesticider som DDT, aldrin og lindan, samt herbicider og defolianter, som ble fraktet med elvene og ut i Aralsjøen. Etter at vannet trakk seg tilbake ble det liggende igjen enorme sletter med salt og giftig støv, som igjen ble fraktet bort av de sterke vindene i regionen og spredt ut over de omkringliggende områdene. Den fremherskende vindretningen i området er nordlig, og mye av støvet havner derfor i Amu-Darjas tidligere deltaområde sørøst for sjøen, hvor uttørkingen av elva i tillegg også har medført at ørkenen i økende grad har trengt inn i de fruktbare jordbruksområdene.