Med utbruddet av sjuårskrigen gikk Hasses store tid i Dresden mot slutten. Den 9. september 1756 besatte Fredrik den stores tropper byen. Kongen, en pasjonert fløytist og amatørkomponist, var en stor beundrer av Hasses kunst, og til tross for krigstilstanden benyttet han enhver sjanse til å musisere med ekteparet Hasse. Likevel ble de ikke forskånet fra krigens realiteter, under kanonaden mot Dresden 19. juli 1760 brant boligen deres ned sammen med manuskripter av Hasses samlede verker, som var i ferd med å klargjøres for publisering. Familien begav seg til Wien i januar 1761 der Hasse i hovedsak arbeidet som musikklærer for erkehertuginnene Maria Carolina og Maria Antonia.