De skuffende resultatene i tidligere turneringer ble glemt da Jágr var med på Tsjekkias landslag som tok gullmedalje under Vinter-OL i 1998 i Nagano. Den 13. februar vant Tsjekkia 3-0 over Finland i gruppespillet, hvor Jágr sørget for en assist. Den 15. februar sørget han for to assist i en 8-2 seier over Kasakhstan. Etter et nesten feilfritt gruppespill gikk Tsjekkia videre til kvartfinalen mot USA, hvor vant Jágr scoret et mål (2-1) 9 minutter og 19 inn i andre periode og tok en assist i Tsjekkias 4-1-seier. Etter straffeseier over Canada i semifinalen og seier over Russland i finalen endte Jágr på 5 poeng i turneringen.