Michiel var det fjerde av tretten barn av ølbærer Adriaen Michielszoon og Aagje Jansdochter, og navnet hans var da også opprinnelig Michiel Adriaenszoon (Adriaenssønn). Etternavnet «De Ruyter» tok han i voksen alder (1633). Faren satte ham i tjeneste som lærling i repslageriet hos brødrene Lampsens i 1617. Akkurat som på skolen, ble han også her bortvist på grunn av dårlig oppførsel. Gutten ville gjerne ut i sjømannslære, og han reiste ut som yngstemann på et av brødrene Lampsens skip 3. august 1618. De Ruyter var ikke dårlig i lesning og skrivning, selv om språket hans hadde mange zeeuwse ord og vendinger. Allerede som 15-åring var han skipper, dengang den høyeste rang for en underoffiser på et skip.