På forslag av biskop Benedict Joseph Fenwick begynte Fitzpatrick på Petit-Seminaire drevet av sulpicianerne i Montreal. Ved siden av studiene ble han professor i retorikk og under fjerdeåret. Han var på dette tidspunkt også blitt flytende i latin, gresk og fransk. Etter sine slutteksamener fra Montreal i 1837 gegynte han på seminaret St. Sulpice i Paris i Frankrike og studerte teologi der.