Bygget var etter reformasjonen og presten i Borgund holdt gudstjeneste bare et par ganger året før kirken gikk ut av bruk i 1726. Kapellet forfalt videre til det var uten tak og veggene fikk store sprekker. I 1743 ble det notert at bygget hadde stått i nesten 20 år uten tak og eieren hadde ikke inntekter på kirken som heller ikke ble vedlikeholdt. I 1755 ble det satt i gang et stort renoveringsarbeid trolig initiert av Hans Strøm og gjennomført og betalt av eieren Hans Henrik Holtermann i 1756. Den ytre formen fra middelalderen ble behold ved istandsettingen, men med noe utvidelse av vinduene. Det ble også åpnet en ny portal mot vest. Inventaret ble fullstendig fornyet. I (1762-1766) skrev Strøm at restaureringsarbeidet var fullført. Restaureringen av Giske kirke er det eneste kjente kulturvernprosjektet fra 1700-tallet på Sunnmøre.