Siden FC Utrecht ble opprettet har klubben vært i cupfinalen fem ganger, 1982, 1985, 2002, 2003 og 2004. Tre ganger har de vunnet: i 1985 mot Helmond Sport (1-0), i 2003 mot Feyenoord (4-1) og i 2004 mot FC Twente (1-0). I 2004 vant FC Utrecht også Johan Cruijff-cupen (nederlandsk supercup) mot seriemesteren Ajax (4-2).