NTNUs organisering er hjemlet i universitets- og høyskoleloven. Det øverste organet er styret, som normalt består av 11 medlemmer. Rektor rapporterer til styret og er styrets sekretær. Remi Eriksen, administrerende direktør i Det Norske Veritas (DNV), er utpekt av Kunnskapsdepartementet som styreleder for perioden 1. august 2021 til 31. juli 2025. Han etterfølger Nils Kristian Nakstad.