Jānis Čakste ble født den 14. september 1859 i Jelgava bydel Lielsesavas pagasts (kommune) i Jelgavas apriņķis (fylke). Han fortsatte sin utdanning ved Sv. Annas grunnskole i Jelgava og deretter begynte han på Jelgavas Gymnasium. Omtrent 60% av gymnasiets elever var tyskerne. Våren 1882 tok han sin slutteksamen her og begynte sine studier ved det juridiske fakultet ved Statsuniversitetet i Moskva.