Da guttekorpsene stanset sin ordinære eksersis våren 1940, for ikke å bli misbrukt av okkupasjonsmakten, kunne Nordnæs fortsette sitt liv som «underjordisk» organisasjon oppe i Nordnæsdalen gjennom hele krigstiden. Der ble holdt valg, skrevet inn soldater, og utdelt hederstegn. Etter krigen fikk Nordnæs så stor tilslutning, at det i starten sprengte alle rammer. I 1946 talte korpset 210 mann, og da kommer trommeslagere i tillegg. I 1958 kunne Nordnæs Bataillon feire sitt 100-årsjubileum, og samme år reiste korpset på sin første utenlandstur. Denne gikk til Danmark. Allerede to år senere var Nordnæs på tur igjen. Denne turen, som gikk til Tromsø, er inntil 1998 den lengste buekorpstur som er blitt foretatt av et samlet buekorps.