Området har vært bebodd siden i det minste øvre paleolitikum, men bevis tyder på at det i løpet av neolittisk tid (bondesteinalderen) ble etablert permanente menneskelige bosetninger, blant annet de som tilhørte Butmir-, Kakanj- og Vučedol-kulturene. Etter ankomsten av de første indoeuropeerne ble området befolket av flere illyriske og keltiske sivilisasjoner. Forfedrene til de sørslaviske folkene som befolker området i dag ankom i løpet av 500- til 800-tallet. På 1100-tallet ble riket Banatet i Bosnia opprettet; på 1300-tallet hadde dette utviklet seg til kongeriket Bosnia. På midten av 1400-tallet ble det annektert til det osmanske riket, under hvis styre det forble til slutten av 1800-tallet; osmanerne brakte islam med tvang til regionen. Fra slutten av 1800-tallet og fram til første verdenskrig ble landet annektert til det østerriksk-ungarske monarkiet. I mellomkrigstiden var Bosnia-Hercegovina en del av kongeriket Jugoslavia. Etter andre verdenskrig fikk den full republikkstatus i den nyopprettede sosialistiske føderale republikken Jugoslavia. I 1992, etter oppløsningen av Jugoslavia, erklærte republikken uavhengighet. Dette ble fulgt av Bosnia-krigen, som varte fram til slutten av 1995 og endte med signeringen av Daytonavtalen.