Under andre verdenskrig forsøkte ABA å opprettholde hele sitt linjenett, men Moskvalinjen stoppet i juni 1941 og strekningen til Berlin ble stoppet like før Tysklands kapitulasjon. En kurerlinje til London startet i mai 1942. Dessverre ble to DC-3 skutt ned i 1943, men etter forhandlinger med de krigførende partene om fritt leide, ble kurertrafikken gjenopptatt med nattflyvninger, der flyene var merket med SWEDEN med store bokstaver på flykroppen samt nasjonalitetsflagget malt på halen. På tross av dette ble en tredje DC-3 angrepet, men slapp unna med skrekken. Man sluttet da å bruke DC-3, men gjenopptok senere kurerflyvningene med Boeing B-17.