Selv om franskmennene formelt hadde gått med på å bevare friheten, eiendommen og religionsfriheten til innbyggerne, begynte de straks å plyndre byen, og arresterte og drepte folk for vilkårlige grunner, og okkuperte eiendom og ødela religiøse steder. Fram til midten av august hadde de siste restene av de tyrkiske autoritetene systematisk blitt deportert uten at de fikk en mulighet til å avvikle sine formuer. Et estimat tyder på at mer enn 50 millioner francs gikk over til private eiere under plyndringen, som kom til å bli en viktig faktor i det senere forholdet mellom den franske okkupasjonsmakten og de innfødte algerierne. En fransk kommisjon skrev i 1833 at franskmennene drepte folk ut ifra enkle antagelser om forbrytelser uten rettssaker, og det var alltid tvil om hvorvidt disse folkene var skyldige, at de massakrerte folk som ikke bedrev noen farlig aktivitet og at de "overgikk barbarenes barbarskap." En viktig sideeffekt av utkastelsen av tyrkerne var at den skapte et maktvakuum i store deler av området, hvor motstand mot den franske okkupasjonen umiddelbart begynte å oppstå.