Etter den allierte frigjøringen ble Holst i mars 1945 transportert med De hvite bussene fra Dachau til Neuengamme, og deretter videre til Danmark. Holst var da så avkreftet at han døde i den danske byen Padborg 10. april 1945. Etter kremasjonen i Kolding ble urnen sendt hjem til Norge og bisatt på Langeland kirkegård, på 16. september 1945.