Marlowe begynte på The King's School i Canterbury (hvor et hus er i dag oppkalt etter ham) og siden på Corpus Christi College ved University of Cambridge. Han mottok sin Bachelor of Arts i 1584. I 1587 nølte skolen med å belønne ham med en mastergrad på grunn av et rykte om at han hadde konvertert til katolisismen og hadde til hensikt å gå på det engelske college i Reims i Frankrike for å forberede seg til å bli prest.