Kort etter grunnleggelsen av skolen fant Jacobson det nødvendig å gi ungdommene muligheten til dypere religiøse opplevelser. I 1810 bygget han en synagoge på skoleområdet, og utrustet den med et orgel, noe som innenfor jødedommen var nytt. Ved siden av hebraiske bønner innførte han også bønner og prekener på tysk. Etter opprettelsen av kongeriket Westfalen med Napoleons bror Jérôme som konge, ble Jacobson, som hadde slått seg ned i residensbyen Kassel, utnevnt til president for det jødiske konsistorium. I denne egenskap fortsatte han med øket kraft sine reformbestrebelser: Han åpnet et gudshus i Kassel med en ritus tilsvarende den i Seesen, og finansierte et seminar for utdannelse av jødiske lærere.