I 2001 mottok Ratkje, som første komponist i Norge, Arne Nordheims komponistpris. Hun har også mottatt andre priser i inn-og utland, deriblant Edvard-prisen to ganger og UNESCOs Rostrumpris samt Award of Distinction sammen med Jazkammer under Prix Ars Electronica for soloplata i 2003.