Som biskop var Geoffrey tilstede ved Vilhelms begravelse i 1087, og ble deretter året etter med i store opprøret mot Vilhelm Rufus, Vilhelms nest eldste sønn som arvet England. Han gjorde Bristol til sin hovedbase, ettersom han hadde tilknytning til stedet (noe også viser) og hvor han bygd en stor festning. I kamphandlingene brente han Bath og herjet Somerset, men før slutten av året måtte han underkaste seg den nye kongen. Han synes å ha vært i Dover med Vilhelm Rufus i januar 1090, men etter at han trakk seg tilbake til Normandie døde han der tre år senere. Hans troskap til Vilhelm Rufus’ bror, hertug Robert Curthose synes å ha vært et stridsemne for Curthoses yngre bror Henrik da den sistnevnte overtok området Cotentin.