Universitetet ble opprettet i 2005 gjennom sammenslåing av flere separate universitet, av hvilke Tallinns pedagogiske universitet var det største, flere forskningsinstitutt, og Estlands forskningsbibliotek. Universitetet har et tyngdepunkt i humaniora, men har også en voksende naturfagseksjon, og en lang tradisjon for lærerutdanning og pedagogisk forskning.