Da norske myndigheter etter krigens slutt bestemte å bygge opp en forskningsaktivitet rettet mot atomenergi i forbindelse med opprettelsen av Forsvarets Forskningsinstitutt, stilte Wergeland seg negativ til dette. Sammen med Njål Hole og Roald Tangen mente han at det vil være uheldig om dette arbeid ble utført i militær regi. Han ble med i et offentlig nedsatt «Atomutvalg» under ledelse av Svein Rosseland som resulterte i at det sivile Institutt for Atomenergi ble opprettet i 1948.