Hans senere arbeid (1601) ble derimot oppfattet som et ateistisk skrift. I denne boken anses moralen atskilt fra religionen, og Charron henviser til den mennesklige natur som grunnlag for moral og politikk. Charron hevdet at mennesket fra naturen hadde fått en god og tilstrekkelig drivkraft for et moralsk liv. Religionen var en sak for seg, mennesket kunne og burde handle rett, uansett troen på et paradis og et helvete.