Folket i Fowey tok hovedsakelig parti med rojalistene i løpet av den engelske borgerkrigen, men i 1644 førte jarlen av Essex en parlamentarisk hær til Lostwithiel og okkuperte halvøya rundt Fowey. I august omringet rojalisthæren Essex' hær og kong Karl I selv så på Fowey fra Hall Walk over Polruan hvor han kom nært nok til å bli drept av et skudd fra en muskett. Den 31. august tvang et kavaleri fra parlamentarikerne deres veg gjennom rojalistenes linjer og trakk seg tilbake mot Saltash. De etterlot seg fotsoldatene som måtte bli evakuert via sjøvegen fra Fowey. Essex og en del offiserer greide å unnslippe, men mesteparten av hæren overga seg noen få dager senere i nærheten av Golant og deretter marsjert til Poole, men de fleste døde før nådde fram.