Han var sønn av Eggert Stockfleth, som døde som kjøpmann på Bragernes i 1638. Familien flyttet til Norge tidlig på 1600-tallet. Jacob Stockfleth var fogd i Gudbrandsdalen (fra ca. 1634) og deretter i Hadeland og Land (1642–1646). Han var i flere år bosatt på gården Isum i Sør-Fron. Han fikk også Viul hovedgård i gave av kong Christian IV i 1646. Mot slutten av livet ble han rådmann i Christiania. Han drev betydelig trelasthandel, opprinnelig med fogdestillingene som basis, og senere på Bragernes.