Klubbens hjemmebane Somerton Park ble revet i 1993, og klubben fant et nytt hjem på det nybygde Newport Stadium, som er eid av Newport by. I 1999 tok klubben tilbake det gamle navnet Newport County AFC. Etter flere opprykk kvalifiserte klubben seg i 2004 for den nye Conference South, nivå 6 i England. Sesongen 2006/07 ble Newport County nummer 6 i Conference South.