Paven gav også Fontana i oppdrag å gjenreise tre andre romerske obelisker. Til dette fikk han god bruk for sine kunnskaper i statikk. Blant de tre var Lateranobelisken, også en antikk egyptisk obelisk som var flyttet til Roma i keisertiden. Den lå i bruddstykker der den styrtet sammen under et jordskjelv, i Cirkus Maximus. Først i 1587 ble den gravd opp på oppdrag av pave Sixtus V, og i 1588 bragt av Fontana, som etterlot sitt navn på den, til der den nå står utenfor Laterankirken. Det var han som hadde ansvaret for restaurering og oppstilling.