John Cotton var en av de ledende prestene i den nye kolonien og motsatte seg ikke Hutchinsons virksomhet. Mange i menigheten støttet Hutchinsons syn og høsten 1636 fremsto hun som leder for religiøs fraksjon. Guvernør John Winthrop fryktet at det hele kunne lede til opprør. Motstanden i Boston mot Hutchinson dreide seg etterhvert om hennes person og kjønn. Hutchinson hevdet en direkte kommunikasjon med den hellige ånd, noe som utfordret bibelen og kirken som formidler av troen.