I 1601 ble Fraserburgh en kongelig burgh. Høgskolen stengte imidlertid bare et tiår eller så etter at pastor Charles Ferme ble arrestert på ordre fra kong Jakob VI for å ha deltatt i generalforsamlingen i Aberdeen i 1605, og ble brukt igjen bare en kort periode i 1647 da King's College i Universitet i Aberdeen midlertidig flyttet på grunn av et utbrudd av pest. En plakett til minne om universitetets eksistens kan sees på Fraserburgh Heritage Centre.