I begynnelsen av sin kunstneriske karriere fotograferte Höfer kun mennesker. For eksempel laget hun en dokumentasjon av tyrkiske innvandrere i Tyskland. Men fremfor alt ble hun etterhvert kjent for bilder av interiører, noe hun begynte med allerede på 1980-tallet. Hun skapte omfangsrike serier av offentlige steder som biblioteker, forelesningssaler, konsert- og idrettshaller, kafeer, museer, men også dyrehager og andre interiører. Typisk for bildene hennes er fravær av mennesker. Disse kommer så å si til syne som fraværende, for de normalt opplyste rommene viser nettopp sin spesifikke funksjon og det som er karakteristisk for dem som sosiale arenaer. De rommene Höfer dokumenterer i sine fargefotografier får en helt særegen tilstedeværelse, utover rommets funksjonelle oppgave, og et preg av tidløshet. I motsetning til sine lærere Bernd og Hilla Becher, og også til forskjell fra Gursky og Struth, benyttet hun først ikke storformatkamera, men har nå gått over til det.