I januar 1991 ble utnevnt til erkebiskop og pro-generalvikar for Roma (generalvikar så snart han ble kardinal). Han ble mars 1991 utnevnt til president for den italienske bispekonferansen av pave Johannes Paul II – tidligere hadde biskopene selv valgt sin president, og kardinalene Martini av Milano og Cé av Venezia hadde fått flest stemmer i dette valget da paven i stedet pekte ut Ruini.