I 1510 gikk han inn i fransiskanerordenen og var frem til 1524 munk ved Fontenay-Leconte-klosteret der han ble viet til prest. Som tiggermunkeorden har fransiskanerne liten interesse av boklig lærdom, for som Frans av Assisi sa: «.» Rabelais lærte seg likevel latin og begynte å studere gresk så han kunne lese Plato. Han brevvekslet med Guillaume Budé, den fremste av de franske humanistene. I 1524 var fransiskanerne lei av aktivitetene hans og fratok ham de greske bøkene det hadde kostet ham store forsakelser å skaffe seg. Fiendtligheten mot alt klostervesen i hans senere bøker kan nok spores tilbake til denne opplevelsen selv om han fikk sine greske bøker tilbake, etter å ha sendt et bønnskrift til pave Klemens VII. Pavel tillot ham også å forlate fransiskanerne og slå seg ned hos den intellektuelt innstilte benediktinerordenen i stedet. Rabelais følte seg annerledes velkommen hos dem. Hos benediktinerne ble han også venner med biskop d’Estissac, fortsatte uhindret sine klassiske studier, men begynte også å interessere seg for naturvitenskap og medisin. I 1528 fikk han klosterets tillatelse til å dra til Paris for å studere, og dro videre derfra, men uten tillatelse.