I de neste tre århundrene var det hyppig opprør fra Beta Israel mot keiserne i Etiopia. Religion var imidlertid mindre viktig for keiserne enn lojalitet. Opprørske Beta Israel-ledere dannet ofte allianser med andre fiender av keiserne til tross for ulik tro. Sent på 1300-tallet kopierte eksempelvis Qozmos, en kristen munk, (Det gamle testamente) for Beta Israel-samfunnene. Han ledet dem mot lokale kristne før de ble beseiret av keiser Dawit I. Likeledes benyttet guvernøren i Tsellemt på 1400-tallet både kristne som jødiske soldater i sitt opprør. De første personlige krigene mot opprørske Beta Israel-områder skjedde ikke før regimet til keiser Yeshaq I (r. 1414-1429). Da Yeshaq beseiret guvernørene i Semien og Dembiya begynte han deretter med å utøve religiøst press. Han reduserte jødenes sosiale status til mindre enn de kristnes. Yeshaq tvang jødene til konvertere eller minste landområder. Det ville bli gitt vekk som «rist», en nå foreldet form for kommunal eierskap av land i Etiopia, som gjorde dem for alltid arvelig av mottakeren. Yeshaq slo fast ved dekret «han som er døpt i den kristne religionen kan arve sin fars land, i motsatt fall la ham være en Falāsī.» Dette kan være opprinnelsen til begrepet «Falasha» (, «vandrer» eller «landløs person»). På 1400-tallet begikk keiser Zara Yaqob blant de verste massakrer, angrep og tvungne konvensjoner i Etiopia gjennom tidene. Zara Yaqob var på den ene siden en av de største keiserne i Etiopia, men i hans senere år ble han utpreget paranoid og brutal.