Presten Melkior Pillegrim ved Martinskirken som tyskerne også brukte til sognekirke til 1702 da Martinskirken brant, ble avsatt i 1559 og måtte dra hjem til Tyskland. En tredje kirke, Hallvardskirken, var fra 1321 sognekirke for de tyske skomakerne, men den sørget Christoffer Valkendorf for å ta tilbake som sognekirke også for byens øvrige befolkning fra 1559.