Senere, i Catonsville i Maryland i 1968, brant Berrigan sammen med gruppen Catonsville Nine innkallingsordrer ved hjelp av hjemmelaget napalm som en symbolsk og direkte protest mot Vietnamkrigen. Gruppen ble stilt for retten og domfelt, men Berrigan klarte med radikale åndsfrenders hjelp å stikke av før han begynte soningen. Mens han lå i skjul gav han intervju til Lee Lockwoods dokumentarfilm . FBI fikk tak i han i William Stringfellows hjem og sendte ham til fengselet. Han ble løslatt i 1972.