Mark 3 ble lansert i september 2017, og var en forholdsvis stor oppgradering. Oppdateringer inkluderte en mer stabil Y-akse, ny ekstruder med dobbeltsidige "Bondtech"-tannhjul, mer stillegående vifter med overvåking av omdreiningstall, økt utskriftshastighet fra 100 mm/s til 200 mm/s, en oppdatert nivelleringssensor, nytt styreelektronikkort som kalles "Einsy", mer stillegående stegmotorer med 128-stegs mikrosteg-drivere og en oppvarmet magnetisk skriveflate med avtagbare polyeterimid-belagte stålark. En annen forskjell er at mark 3 benytter 24 volts strømforsyning i motsetning til 12 V, og alle de elektroniske komponentene er derfor skiftet ut til 24 V-varianter. Skriveren har også dedikert tilkobling for Raspberry Pi Zero W slik at man kunne benytte den populære OctoPrint-programvaren for trådløs utskrift. Prusa tilbudte også gratis nedlastning av Octoprint-programvare tilpasset Prusa i3.