Kyushu er en berglendt øy av vulkansk opprinnelse, og det er den dag i dag mange aktive vulkaner på øyen, bl.a. Japans største aktive vulkan Aso-san (1 591 moh.) på det sentrale Kyushu. Det meste av øyen er berglendt, men det eksisterer relativt flate områder på øyen hvor det dyrkes landbruk. Det høyeste punktet på Kyushu er fjelltoppen Kujū i prefekturet Ōita, med sine 1 788 moh.