Jesse ble skutt og drept av Bob Ford som var en av medlemmene i James' ranerliga. Ved anledningen bodde Bob og hans bror Charley Ford hjemme hos James i den hensikt å forberede et ran. De bodde der som hans nevøer, noe de ikke var. Ifølge Fords redegjørelse gav James mer eller mindre opp i sitt eget hjem da han forstod at Ford var der på oppdrag av guvernøren for å arrestere James i håp om å få en dusør. Jesse James tok av seg sitt revolverbelte (noe han aldri ellers gjorde) og stilte seg deretter for å pusse støv av et bilde, da Ford så sin sjanse og skjøt ham bakfra.