Andersson var først forlovet med Christina Grönvall og fikk med henne to barn. Deretter var Andersson gift med ABBA-medlemmet Anni-Frid Lyngstad fra 1978 til 1981. Fra 1981 er han gift med Mona Nörklit, med hvem han har sønnen Ludvig Andersson (født 1982). Benny Andersson bor med sin kone i "Villa Lido" på Djurgården.