Abe ble innsatt som Japans statsminister den 30. august 1939 og etterfulgte dermed Kiichiro Hiranuma i dette embetet. I løpet av hans korte fire måneders ansiennitet, forsøkte Abe så raskt så mulig å avslutte den andre kinesisk-japanske krig som hadde brutt ut i juli 1937, men som ikke ble avsluttet før i 1945. Han forsøkte også å opprettholde Japans nøytralitet under det stadig eskalerende europeiske konflikten mellom Nazi-Tyskland på den ene siden og Storbritannia og Frankrike på den andre siden. Han var også imot å danne en politisk-militær allianse med Nazi-Tyskland og det fascistiske Italia som ble ledet av diktatoren Benito Mussolini.