Han tok et klart standpunkt i forhold til striden rundt Pelagius, en engelsk munk som kom til Roma rundt 400 og ble populær som åndelig veileder. Han reiste vider til Palestina hvor han fremmet opprør mot keiserdømmet, blant annet gjennom sine egne, religiøse fortolkninger som brøt med sentrale, kristne dogmer. Pelagius møtte stor motstand blant annet fra kirkelæreren Augustin og to afrikanske konsil sommeren 416 ba om hans støtte. Innocens I framstilte dette som at han ble bedt om å bruke domsmyndighet til å avgjøre et lærespørsmål (mens de egentlig bare hadde bedt om å stille seg bak fordømmelse), og i tråd med tradisjonen om at Peter skulle avgjøre omdiskuterte spørsmål blant biskoper om troen, da de hadde sitt embete fra ham.