Stålsett tok statsvitenskap grunnfag i 1987, embetseksamen ved MF vitenskapelig høyskole i 1989. I 1998 tok han en teologiske doktorgrad ved Det teologiske fakultetet ved Universitetet i Oslo med avhandlingen . Doktorgradsarbeidet omhandlet frigjøringsteologi, og Stålsett hadde opphold i Brasil, Costa Rica, El Salvador og Mexico i forbindelse med avhandlingsarbeidet.