Garner drev valgkamp i primærvalget mot det meste av Roosevelts New Deal-politikk, og motsatte seg på prinsipielt grunnlag at en president skulle kunne velges til en tredje mandatperiode. På demokratenes landsmøte ble Roosevelt nominert til presidentkandidat allerede i den første avstemningsrunden, og Roosevelt valgte Henry A. Wallace som sin foretrukne visepresidentkandidat. Etter å ha forlatt visepresidentembetet i januar 1941, pensjonerte Garner seg og dro tilbake til hjembyen Uvalde.