Proteinkildene før den spanske erobringen var små, hårløse hunder, kalkun, slanger, øgler og insekter. Hunder spises ikke lenger, mens insekter, øgler og slanger ennå spises blant urfolk i Sør-Mexico. Kalkun, , er imidlertid mye brukt. Europeiske kjøttdyr som svin, storfe og kylling er svært populære og mye brukt. Pølsesorten chorizo, kjent fra Spania, er også en favoritt i Mexico, og det finnes både spekepølsevarianter og helt myke, ferske typer, og også en grønn variant (grønn chili, grønne tomater).