Aarbakke ble valgt til rektor 1. oktober 2001 og tiltrådte i januar 2002. Han ble gjenvalgt i 2005. Aarbakke var lenge en forkjemper for å slå sammen Høgskolen i Tromsø og Universitetet i Tromsø. En lang prosess kulminerte i 2008 med at Kunnskapsdepartementet godkjente sammenslåing. Den nye sammenslåtte institusjonen, som beholdt navnet Universitetet i Tromsø, har fungert siden 1. januar 2009. Jarle Aarbakke har sittet to perioder som rektor for det gamle Universitetet i Tromsø og skulle egentlig gå av 1. august 2009. Etter oppfordring fra valgkomiteen stilte han imidlertid til valg som rektor for det nye sammenslåtte universitetet. Team Aarbakke, som består av Jarle Aarbakke, Curt Rice og Britt Vigdis Ekeli, vant valget 3. november 2008 med 51% mot 49% av stemmene. Da han takket av som rektor 31. juli 2013, var han den som har sittet lengst som rektor ved et norsk universitet noensinne. Han hadde da ledet arbeidet med nok en fusjon, og 1. august 2013 trådte fusjonen mellom Høgskolen i Finnmark og Universitetet i Tromsø i kraft, og UiT Norges arktiske universitet var et faktum.