Elizondo ble etter den mexicanske uavhengighetskrigen lovprist av rojalistene, og selv av kong Fernando VII, som utnevnte ham til en høyere grad innen den rojalistiske hæren. Men gleden varte ikke så altfor lenge, for mens Elizondo prøvde å konvertere en rekke byer i Ny-Spania til realismen, skaffet han seg etter hvert mange fiender, og han ble sterkt hatet av de gjenværende opprørerne som han hadde kjempet imot under uavhengighetskrigen. Han ble drept av en av disse opprørerne i september 1813.