De neste årene vekslet klubben mellom Premier Division og First Division. Da ligaen i 1994 ble omstrukturert til fire divisjoner, rykket klubben (nå med navnet Greenock Morton) for første gang ned i Second Division (nivå 3). Etter noen nye sesonger i First Division, sendte to påfølgende nedrykk klubben ned i Third Division. De siste årene har klubben imidlertid spilt seg opp igjen, og fra 2007 spiller Greenock Morton igjen i Championship, med unntak av 2014/15 sesongen hvor de var en tur ned i League One (nivå 3).