Ettersom politiske intriger feide over unionshæren etter Fredericksburg og den beryktede Mud March, ble Franklin anklaget for å være den fremste igangsetteren for «kabalen» mot Burnsides lederskap. Burnside skapte betydelige politiske vanskeligheter for Franklin som takk for dette, og han fremførte et skadende vitnemål foran den mektige og holdt ham unna felttjeneste i månedsvis. Under Gettysburg-felttoget i 1863 var Franklin hjemme i York i Pennsylvania hvor han assisterte major Granville Haller i å utvikle planer for forsvaret av regionen mot et ventet angrep fra fienden.