Om kiropraktorbehandling av voksne personer har relativt lav risiko for bivirkninger, er behandling av barn forbundet med betydelig større fare, både fordi skjelettet ikke er ferdig utviklet hos barn og fordi kiropraktorutdannelsen stort sett ikke involverer behandling av barn. Forskere og barneleger advarer derfor mot å utsette små barn for kiropraktisk behandling. Særlig kontroversiell er spinalmanipulering i behandling av spedbarnskolikk ettersom det ikke foreligger vitenskapelig dokumentasjon på effekt.