Havnen ble fornyet og en flyplass ble anlagt på øyen i det 20. århundre. I 1936 fikk menn stemmerett. Under den andre verdenskrig ble Bonaire brukt som konsentrasjonsleir for fangede tyske og nederlandske nazister. Under dronning Julianas besøk i 1954 ble Antillene en autonom del av Kongeriket Nederlandene. De nederlandske Antiller ble oppløst 10. oktober 2010 og Bonaire ble da en nederlandsk kommune med særstatus.