I 1981 døde Mehmet Shehu under uklare omstendigheter, offisielt som følge av depresjon og selvmord. Senere ble han anklaget av Hoxha for å ha spionert for en rekke fremmede makter. Shehu begikk trolig selvmord, eller ble likvidert på ordre fra Hoxha, etter uoverensstemmelser om utenrikspolitikken. Etter Shehus død ble en rekke ministre henrettet eller dømt til lange fengselsstraffer, anklaget for spionasje. Andre ble tvunget til å fratre. En rekke slektninger av Shehu ble også forfulgt. Mehmet Shehus levninger ble først funnet i en umerket grav og flyttet til en gravplass i Tirana i 2001.