Under senere osmansk kontroll fikk øyboerne en del privilegier og friheter. Skopelos bevarte sin tro på frihet fra osmanske undertrykkelse. I løpet av 1820-tallet tok Skopelos imot greske flyktninger og frihetskjempere fra Thessalia og Makedonia. I disse årene skal opp til 70 000 mennesker ha oppholdt seg på øya for en tid. Øya tok en aktiv del i den greske selvstendighetskrigen (1821–1829) og ble en del av den nye greske staten i 1830 da Londonprotokollen ble signert. På samme vis som hundre år tidligere tok øya uselvisk imot hjemløse grekere fra Lilleasia på 1920-tallet.