I juni 2002 begynte Team Ico å arbeide med å lage en prototype av «Nico» for å kunne begynne å teste arbeidet sitt. Som produsent ga Kaido utviklerne oppgaver som besto av å få med enkelte funksjoner som han mente var viktig å ha med. En av de var det han kalte for «organisk kollisjonsdeformasjon», altså det at spillfigurene skulle virke livsnære i forhold til spillfysikken og kolossiene. For eksempel, hvis en koloss holdt ut armen sin vannrett ut, skulle en spiller fint kunne forvente å kunne gå ut på den armen som om den var en hvilken som helst annen flat overflate. Ueda og utviklerne brukte over seks måneder på å få denne funksjonaliteten til å fungere. En annen prioritet var å programmere inn scenarier hvor spillfiguren kunne bli ristet av en koloss eller unngå eller ikke unngå å bli trampet på.