Termisk avlusning er en av de vanligste metodene for avlusning av fisk. Metoden har vært utprøvd på oppdrettsanlegg siden 2013, i Norge siden 2014. Termisk avlusning tar utgangspunkt i at lus som sitter på fisk inaktiveres og faller av dersom den utsettes for moderat forhøyet vanntemperatur i en kort periode. Smittet fisk blir dyppet i 20 - 30 sekunder, i vann som holder en temperatur på 28–36°C. Lusen tåler ikke denne varmen, blir lammet og mister evnen til å henge fast på fisken. Termisk avlusning fjerner mellom 75 % og 100 % av lusen på fisken. Metoden har blitt kritisert, fordi den kan ved feil utført behandling, skade fisken. Forskning utført av Veterinærinstituttet og Havforskningsinstituttet viste at temperaturer over 28°C ga smerteadferd hos fisken. Fisken får panikk av behandlingen, «og svømmer inn i karveggen, rister på hodet, plasker i overflaten og taper etter hvert kroppskontroll». Termisk avlusning er fortsatt relativt nytt, og flere instanser forsker enda på metodens etikk og virkninger på fisken.