Han har med sin kone Anna Hansen Aga jobbet blant annet i Nordlandia Hotels og Choice Hotels på Geilo, men overtok i 2003 Vega Havhotell (oppført 1986) på øya Vega på Sør-Helgeland. Han fikk den lokale Matkulturprisen i 2006. Jon Aga er bror til TV-kokken Frode Aga (født 1955).