Thomassen var en av flere norske journalister og fotografer som var med på den norske utenriksministeren Jonas Gahr Støres besøk i Afghanistan i januar 2008. På Kabul Serena Hotel ble den norske delegasjonen angrepet. Thomassen og en ansatt i Utenriksdepartementet ble skutt på av en terrorist kledd i politiuniform da de kom ut av heisen på hotellet.