Allerede i sin levetid fikk Haydn mange æresbevisninger. I 1798 medlem av Kungliga Vetenskapsakademien, i 1803 fikk han Wiens gyldne Salvatormedalje, i 1804 ble han æresborger av Wien, i 1805 opptatt i Conservatoire i Paris. I 1808 æresmedlem av det filharmoniske selskap i St. Petersburg.