Ligafotballen startet igjen i 1946-47 sesongen og United endte på andreplass. Dette gjentok de to ganger, og selv om de var misfornøyde med å ikke lykkes, vant de FA-cupen i 1948. Det var det første av mange troféer som skulle komme. Old Trafford var stort sett ødelagt av tyske bomber i den andre verdenskrigen, derfor spilte United sine kamper på Manchester Citys bane Maine Road fra 1945 til 1949.