Den korte sangen «Her Majesty», som dukker opp helt til slutt etter omtrent 20 sekunders pause, var opprinnelig ment som en del av medleyen. McCartney fjernet sangen da han mente at den ikke passet inn i medleyens struktur. Assisterende lydtekniker John Curlander hadde fått strenge instruksjoner om å aldri kaste noe som The Beatles hadde spilt inn, og plasserte derfor sangen etter medleyen. «Her Majesty» var opprinnelig ment å komme rett etter «Mean Mr. Mustard», og derfor høres den siste noten av «Mean Mr. Mustard» i begynnelsen. The Beatles likte disse tilfeldige effektene og lot de forbli på albumet. På noen versjoner av albumdesignet er ikke «Her Majesty» listet, men den er vist på plateetikettens liste. Denne sangen er derfor muligens det første «skjulte spor» på et musikkalbum.