I juni 2009 stemte Luján for en endring som ville krevd at USAs forsvarsminister måtte presentere en plan som inkluderte en fullstendig strategi for uttrekkelse fra Afghanistan innen slutten av året. Endringen ble ikke vedtatt. I september 2009 skrev Luján et brev hvor han oppfordret Obama-regjeringen til å ikke øke antallet tropper utstasjonert til Afghanistan. I brevet refererte han til samtaler han hadde hatt med general Stanley A. McChrystal og den afghanske presidenten Hamid Karzai.