I mars 1999 ble Carsley kjøpt av for £3 400 000, og han debuterte for Blackburn 3. april 1999 i en ligakamp mot . Totalt fikk han med seg 8 ligakamper for Rovers i siste del av 1998/99-sesongen. Den 13. august 1999 scoret han sitt første mål som Blackburnspiller da klubben i en ligakamp mot tapte 3-2. Totalt spilte Lee Carsley 30 ligakamper, og han laget 10 ligamål, i 1999/00-sesongen.