Stemmetellingen startet da stemmelokalene ble stengt. Det første opptellingsresultatet ble offentliggjort 30. januar 2011 og viser et overveldende flertall for en løsrivelse fra Sudan. 98,83 prosent av de tilsammen 3 837 406 gyldige stemmene stemte for løsrivelse. Om en bare regner stemmene fra Sør-Sudan stemte 99,57 for løsrivelse.