I første omgang laget for å huse portugisiske handelsmenn og del av undertrykkelsen av kristendommen som hadde blitt sterk i Nagasaki-regionen, ble senere kinesiske og nederlandske skip tillatt (fra 1641). Etter Shimabara-opprøret i 1637-1638, ble portugiserne bortvist fra Dejima i 1639. Det nederlandske ostindiske kompani sto for den største delen av handelen de neste 200 år, med gode avkastninger og god lønnsomhet til tross for betydelige restriksjoner. Utlendingene ble bevoktet på øya og fikk ikke komme på fastlandet, i perioder fikk ikke flere enn to skip komme til Dejima. Med få unntak (handelsmenn, regjeringsembetsmenn og prostituerte), fikk japanerne heller ikke lov å besøke Dejima. Det fantes om lag 60 bygninger på Dejima, og mellom 10 og 15 hollendere bodde der til enhver tid, alle menn: handelsmenn, sekretær, lege, kokk, og tjenere fra Java. Etter 1715 fikk bare to nederlandske skip komme til Dejima hvert år. Totalt var det omtrent 600 nederlandske anløp av Dejima mellom 1641 og 1860. Nederlenderne kom med råsilke, tekstiler, lær og fargestoffer, og kjøpte umyntede edelmetaller, mynter, kamfer osv.