Mustafar ble åstedet for den endelige duellen mellom jedimesteren Obi-Wan Kenobi og hans tidligere padawan Anakin Skywalker. I duellen kjempet de over de veldige lavaelvene, og satte seg selv i fare for å bli brent i hjel. Obi-Wan innså snart at det ikke var håp om å få Anakin til å vende fra den mørke siden, og at han måtte drepe vennen. På grunn av alt hatet og arrogansen Anakin bar på klarte han ikke å stå imot Obi-Wans angrep og han falt ut i lavaen, hvor han ble sterkt forbrent, han mistet deler av kroppen sin, bortsett fra den mekaniske armen, som ble sterkt skadet. Håret hans ble brent bort og fjeset hans ble stygt forbrent, også lungene ble sterkt skadet. Men hatet hans vokste seg bare større, og han nektet å ta imot hjelp fra jedimesteren, som ikke hadde annet valg enn og la ham ligge igjen for å dø.