I 1933 ble det første presteseminaret etablert i Stuttgart og i 1936 ble de første kirkene innviet i Dresden og Haag. I 1941 ble Kristensamfundet forbudt av nasjonalsosialistene, og prester ble sendt i nazistenes fengsler og konsentrasjonsleirer. Dette skjedde som ledd i et forbud mot en rekke antroposofiske aktiviteter, ettersom antroposofene ifølge nazistene stod i ledtog med både jøder og frimurere og hadde et internasjonalt sinnelag. Først etter den andre verdenskrig kunne virksomheten i Tyskland gjenopptas. Kristensamfunnet klarte imidlertid å opprettholde aktiviteten i bl.a. Sveits og Storbritannia under krigen.