Begynnelsen av 1990-tallet var ei problematisk tid for NAACP. Organisasjonen var prega av dårlig økonomi og personalproblemer. Ved flere anledninger måtte ledere forlate sine stillinger etter beskyldninger om misbruk av midler. Staben måtte kuttes fra 250 til rundt 50. Mot slutten av århundret lyktes det imidlertid å komme i mer ordna forhold igjen. Foran presidentvalget i 2000 hadde NAACP en massiv kampanje for å få svarte til å stemme. Dette blei en suksess, og tallet på afrikansk-amerikanske velgere økte med en million i forhold til 1996, noe som særlig styrka den demokratiske kandidaten, Al Gore.