I Troms trekker vannskillet mot øst seg lengre inn i landet enn i nordre Nordland, og som i Trøndelag og på Helgeland gir dette grunnlag for lange elver og store vassdrag i fylkets indre deler. Dominerende i vassdragsnaturen i fylket er Målselva, som sammen sideelva Barduelva drenerer stort sett hele Indre Troms, og også Reisaelva, som drenerer en betydelig del av indre Nord-Troms.