I vann varierer også karbondioksidkonsentrasjonen i henhold til døgn- og årsrytmer. Karbondioksid og andre oppløste karbondsyrestoffer er i kjemisk likevekt, dette bestemmer det fremherskende pH-nivået i vannet i betydelig grad. Det kjemiske likevektsnivået av dissosiasjonen av ammonium/ammoniakk, nitritt/salpetersyrling, sulfid/hydrogensulfid er igjen avhengig av pH-nivået. Sammensetningen av disse stoffene avgjør giftigheten for organismene som lever i vann.