Et prekestolalter er en variant der prekestolen er plassert over alteret og sammenbygget med alterets bakvegg, og gir en sentraliserende virkning som er typisk for barokken. Dette arrangmentet er en understrekning av prekenens betydning i den reformatoriske gudstjenesten, og det symboliserer at ordet står over sakramentet. De første prekestolaltere oppstod i tysk område og i den tids barokkirker. I Waisenhuskirken i København (1731-1734) fikk prekestolen for første gang i Danmark plass over alteret.