Emmanuel begynte deretter å studere ved Music Academy of Uccle i Sør-Brussel der studerte han sammen med Michel Moinil. Det var på denne tiden han ble mer bestemt og fokusert på å spille fløyte på et høyere nivå. I 1985, vant Pahud den nasjonale konkurransen i Belgia (le concours National de Belgique) og samme år, spilte Pahud sin første konsert med National Orchestra i Belgia. Pahud har gjennomført flere internasjonale opptredener over hele Europa, Nord-Amerika og i Japan i betraktning sammen med flere anerkjente musikere fra hele verden.