Skulle et av de tre beste lagene ha vunnet Slovenský Pohár 2018/19, ville Europa League kvalifisering blitt holdt blant det 4., 5., 6. laget i mesterskaps sluttspillet og topplaget i nedrykks sluttspillet. 4. lag møtt topplaget i nedrykks sluttspillet og det 5. møtt det 6. i semifinalen. Vinnere av semifinalen skulle spille finalen for å bestemme Europa League-kvalifiseringsplassen. Europa League-kvalifiseringskamp ville vært en kamp og spilt på hjemmebane til det høyest rangerte laget. Vinnerne ville kvalifisert seg til Europa League første kvalifiseringsrunde 2019/20. 1. mai 2019, Spartak Trnava, som ikke kvalifiserte seg til mesterskaps sluttspillet, vant cupen, og eliminerte dermed behovet for sluttspill.