På 1930-tallet var øya benyttet som et sted å forvise kommunister. Mer enn 250 mennesker ble holdt fanget, blant dem ledende skikkelser som Markos Vafiadis. Under den andre verdenskrig evakuerte de allierte en del av sine styrker til Gavdos som følge av den tyske seieren i slaget om Kreta i mai-juni 1941.