Fukunaga tilbrakte større deler av sitt liv i sanatorier, da han led av tuberkulose. Han og forfatteren Harajō Akiko er foreldrene til forfatteren Ikezawa Natsuki, hvis datter er dubberen Ikezawa Haruna. Til tross for Fukunagas lave popularitet i den vestlige verden, ble i 2012 en av hans bøker oversatt til tysk: .