Andrés Bonifacio ble født i Tutuban i Tondo, som i dag er en bydel i Manila. Hans far Santiago Bonifacio, var en tagalog, og livnærte seg som fergemann som rodde folk mellom byene langs Pasigelven. Senere var han bryggesjauer i Binondo nær Tondo. Moren Catalina de Castro var , datter av en spansk far og en kinesisk-filippinsk mor fra provinsen Zambales. Hun arbeidet som , arbeidsleder, i en sigarettfabrikk i Meisic, som i dag er den største av Manilas kinesiske bydeler. Gutten ble oppkalt etter fødselsdatoens helgen i den katolske helgenkalender, apostelen Andreas.