Under Karl Sverkerssons styre fikk Sverige i 1164 sin første erkebiskop da Alvastramunken Stefan tiltrådte embetet i Uppsala. Et bevart pavebrev etter ønskemål fra kongen, Ulf Torgilsson og de svenske biskopene bekrefter dette. Alvastra kloster hadde blitt grunnlagt av kong Karls foreldre, men selv støttet han også Vreta kloster og Nydalen kloster med donasjoner.