De etniske tyskerne som forble i sovjetkontrollerte områder, til tross for befolkningsutvekslingene, og hvis bosetningsområder hadde blitt okkupert av Tyskland før sovjetiske myndigheter kunne deportere dem østover, forble hvor de var fram til 1943 da Den røde armé befridde området og Wehrmacht flyktet vestover. Fra januar 1943 dro mesteparten av disse tyskerne til samlet Warthegau eller Schlesien, hvor de slo seg ned. Mellom og hadde ankommet Nazi-Tyskland innen slutten av 1944. Ved deres ankomst ble de plassert i leirer og gjennomgikk raseevaluering av myndighetene. De som bestod evalueringen, og ble ansett som viktige for rasen, ble sendt til gårdsarbeid i de annekterte provinsene av Polen. De som ble vurdert som av en tvilsom «raseverdi» ble sendt til arbeid i Tyskland. Den røde armé underla seg disse områdene tidlig i 1945, og 200000 sovjettyskere hadde enda ikke blitt evakuert, siden de ikke hadde undergått rasevurdering. Av Sovjet ble disse ansett som sovjetiske statsborgere, og de ble sendt til leirer og spesialbosetninger i Sovjetunionen. 70–80000 som fortsatt befant seg i den sovjetiske okkupasjonssonen etter krigen ble også sendt til Sovjet, etter en avtale med de vestlige allierte. Dødstallene under deres arrest og transport anslås til å være mellom 15 % og 30 %, og mange familier ble splittet. De egne tyske bosetningene i Etterkrigs-Sovjet ble administrert av innenrikskommisjonæren, og de i bosetningene måtte jobbe med tvangsarbeid fram til slutten av 1955. Innen den tid hadde alle de 1,5 millioner etniske tyskerne i Sovjet blitt deportert til egne bosetninger i Sentral-Asia og Sibir. De ble sluppet fri etter Stalins bortgang gjennom et amnestidekret den 13. september 1955, og de som var anklagd for å ha samarbeidet med Nazi-Tyskland fikk anklagen droppet gjennom et dekret den 23. august 1964. De fikk ikke lov til å vende hjem til sine tidligere hjem, og forble i den østlige delen av Sovjet, og ingen tidligere eiendom ble gitt tilbake. Siden 1980-årene har sovjetisk og russiske myndigheter godkjent etniske tyskeres emigrasjon til Tyskland.