Handkes uttalelser og skrifter om jugoslaviakrigene og den dekningen de har vært utsatt for i vestlige media er omstridt. Han er blant annet blitt kritisert for å ha talt i Slobodan Miloševićs begravelse, for tekster om krigen og for ikke å ha fordømt folkemord. Han mener håndteringen av Jugoslavia på 1990-tallet er den største skandalen i Europa etter krigen og han var kritisk til NATOs intervensjon i Kosovokrigen i 1999. I Milošević' begravelse sa han «Jeg kjenner ikke sannheten. Men jeg ser. Jeg lytter. Jeg føler. Jeg husker. Derfor er jeg her i dag, nær Jugoslavia, nær Serbia og nær Milošević.» I forbindelse med den internasjonale Ibsen-prisen ble Handkes synspunkt debattert i Norge, selve pristildelingen ble kritisert på grunn av hans uttalelser om Balkan-krigen og da han besøkte Norge for å motta prisen ble han møtt av demonstranter. Blant annet uttalte dikteren Øivind Berg og professor Bernt Hagtvet seg negativt, mens Karl Ove Knausgård og Jon Fosse tok Handke i forsvar. Professor Arild Linneberg mener «kritikerne overdriver voldsomt» og at Handkes uttalelser har blitt fordreid. Professor Svein Mønnesland mener Handkes Serbia-engasjement «tipper over».