Et viktig kjennetegn mot andre tujaarter er at kjempetuja har rett toppskudd, ananasaktig lukt, og avlange, eggformede kongler. Hannblomstene er noen mm store, og er plassert helt ytterst på grenene. Hunnblomstene er kongleaktige og litt større, men også de har en nesten usynlig blomsterstand.