Hans mor giftet seg på nytt 9. september 1753 i Fort Hunter med enkemannen Brant Canagaraduncka som var stammeleder. Hennes nye manns bestefar var Sagayendwarahton, eller «Gammel Røyk», som besøkte England i 1710. Mens dette bedret hans mors utsikter, fikk det lite å si for statusen til hennes barn siden mohawk-titlene ble arvet gjennom den kvinnelige linjen. Men Brants stefar var også venn av William Johnson som skulle bli general sir William Johnson, overoppsynsmann for de nordlige indianernes saker. Johnson giftet seg med Josephs søster, Molly, og sørget for at Joseph fikk utdannelse ved Eleazar Wheelocks i Connecticut, forgjengeren til Dartmouth College, hvor han studerte under pastor Wheelock.