Georges Darboy var en ivrig tilhenger av biskoppelig uavhengighet i gallikanske forstand, og engasjerte seg i en kontrovers med Roma ved sin iherdige forsøk på frata jesuittene og andre religiøse ordener deres jurisdiksjon innen hans bispedømme. Pave Pius IX lot ham ikke ble kardinal, og refset ham for has liberalisme i et brev som antagelig ikke var ment for offentliggjørelse.