Også i Sønderjylland hadde kongen problemer. Enkedronning Dorothea ønsket at hans 16 år yngre bror Frederik, som var hennes yndling, skulle være enehertug. Den holsteinske adelen fikk gjennom at hertugdømmet skulle være delt mellom Frederik og Hans. Frederik fikk velge først, og fikk den gottorpske delen, mens Hans fikk den segebergske delen. I en tidligere avtale var det lovet at hertugdømmet skulle være udelt, og de to måtte derfor regjere dem i fellesskap. Dorothea fortsatte sine forsøk på å skaffe Frederik mer makt, og foreslo at Norge og Danmark skulle deles på samme måte. Dette gikk ikke Hans med på, og ved Danmarks tredje stendermøte i Kalundborg i 1494 ble det slått fast at riket er udelelig.