I dynastiets siste tredve år hadde landet blitt herjet av kriger mellom forskjellige rivaliserende krigsherrer. Den ødeleggende borgerkrigen endte med seier til keiserlige styrken ledet av Trần Thủ Độ, Trần-klanens overhode. Noen år senere måtte dynastiets siste hersker, den åtte år gamle keiserinneregenten Lý Chiêu Hoàng gi fra seg tronen til sin mann Trần Cảnh, en av Trần Thủ Độs nevøer, som deretter opprettet Trần-dynastiet, som kom til å styre fram til 1400. Noen av Lý-klanens medlemmer flyktet i 1226 til Kongedømmet Goryeos Korea etter at riket deres hadde blitt styrtet.