Den 19. juni 2001 ble han direktør for den nystiftede IT-bransjeforeningen Abelia, NHOs forening for kunnskaps- og teknologibedrifter, som han har vært administrerende direktør i siden. Abelia er oppkalt etter den norske matematikeren Niels Henrik Abel, og jobber for økte investeringer i forskning og utvikling og utdanning. Chaffey har som leder av Abelia kritisert Jens Stoltenbergs andre regjering for å satse for lite på innovasjon og videreutdanning.