Løsmassene i området er permeable, og mye av tilførselen av vann til Issyk-Kul skjer gjennom grunnvannet. For perioden 1946–1965 er følgende vannregnskap satt opp: overflatevann til sjøen 40,9 m³/s, nedbør som faller på sjøen 56,7 m³/s og grunnvann til sjøen 64,8 m³/s. Fordampning fra sjøen var 161 m³/s.