I 2001 fikk Zabel en svært god start på Touren da han vant første etappe og tok poengtrøyen. Imidlertid mistet han trøyen allerede neste dag, noe som betydde at han første gang i karrieren ikke klarte å forsvare en ledelse i Tourens poengkonkurranse. Zabel vant 3. etappe og tok tilbake trøyen, men mistet den til Stuart O'Grady på 8. etappe. O'Grady så lenge ut til å ta trøyen, og Zabel lå 11 poeng bak etter 18. etappe. På 19. etappe satset Telekom alt på å erobre trøyen og Zabel ble nr to og en på de innlagte spurtene. Etappen ble kronet med Zabels tredje Tour-seier for året, men O'Grady endte på plassen bak Zabel både på de innlagte spurtene og etappen. Som følge av dette ledet O'Grady med kun to poeng før den avsluttende etappen. På den siste dagen vant Zabel den første innlagte spurten foran O'Grady og de to rivalene hadde dermed like mange poeng. Zabel tok også den andre innlagte spurten, dessuten klarte Zabels lagkamerat Aleksandr Vinokurov å slå australieren. I massespurten på Champs-Élysées ble Zabel nr to og O'Grady nr tre. Med dette tok Zabel sin siste poengtrøye i Touren med kun 8 poengs margin.