Når han returnerer til fasilitetene for å ødelegge Shagohod, hører Snake om «the Philosophers». Grunnlagt av de mektigste mennene i USA, Sovjetunionen og Kina, var de en illuminati-lignende organisasjon som kontrollerte verden bak kulissene. Mot slutten av den andre verdenskrig begynte de å kjempe mot hverandre, og organisasjonen ble brutt ned. «The Philosophers Legacy», et fond organisasjonen hadde samlet sammen i fellesskap for å finansiere krigene deres ($100 milliarder), ble splittet opp og gjemt i banker over hele verden. Volgin hadde på ulovlig vis arvet disse pengene, og Snake får vite at USA forsøker å få tak i det.