De lærde skoletradisjonene på stedet er eldre enn selve universitet, som ble formelt etablert av pave Nikolas IV i 1289. Det mediniske fakultetet ved Université de Montpellier ble etablert i 1220, og er det eldste medisinske fakultetet i verden som fremdeles eksisterer. I 1340 åpnet et anatomistudium som gjorde universitetet anerkjent, og tiltrakk studenter fra hele Europa. I tilknytning til universitetet var det en botanisk hage med planter til medisinsk bruk og forskning, Jardin de Plantes, som fremdeles eksisterer.