I 1957 ble Tsjekkoslovakiske Airlines det første flyselskapet i verden å fly en rute utelukkende med jet passasjerfly, de brukte Tu-104A-varianten mellom Praha og Moskva. I sivil tjeneste transporterte Tu-104 over 90 millioner passasjerer med Aeroflot (verdens største flyselskap), og et mindre antall med ČSA, mens det ble også brukt av det sovjetiske luftforsvaret. Flyets etterfølgere omfattet Tu-124 (en av de første turbofan-drevet passasjerfly), Tu-134 og Tu-154.