Charles L. McNary ble født på morfarens gård, nord for Salem i Oregon, som sønn av Hugh Linza McNary og Mary Margaret McNary (født Claggett). Han var den tredje sønnen og det niende barnet i en søskenflokk på ti. Da foreldrene giftet seg i 1860, fikk Hugh McNary en 453 dekar (mål) stor gård fra svigerfaren, Charles Claggett. Gården lå i et område som nå er nedbygd av byen Keizer. Charles L. McNarys farfar, James McNary, kom til Oregon fra Kentucky i 1845. Morfaren, som McNary var oppkalt etter, kom fra Missouri i 1852.