Under den tyske invasjonen av Polen i 1939 ble kirken ubetydelig skadet. Under okkupasjonen var den en av tre kirker som befant seg i den jødiske gettoen, og ble brukt av kristne jøder. Pastor Marceli Godlewski engasjerte seg i å skjule jøder under krigen, og en av personene som ble hjulpet var blant annet Ludwik Hirszfeld. I 1942 kom kirken på den andre siden av gettomurene, og ble betydelig ødelagt under Warszawaoppstanden.