Jørgen Niclasen møtte første gang på Lagtinget som varamann i 1989, 20 år gammel. Han møtte fast som varamann for Svend Aage Ellefsen 1991–1993 og ledet Lagtingets sosial- og helsekomité i denne perioden. Etter å ha blitt valgt inn på eget mandat fra Vágar syssel i 1994, ledet Niclasen kontrollkomiteen 1994–1996 og næringskomiteen 1996–1998. Han var formann i Lagtingets finanskomité da han i 1998 ble utnevnt til fiskeriminister i Anfinn Kallsbergs første regjering. Niclasen trakk seg i 2003, etter å ha fått mye kritikk for sin saksbehandling ved refinansieringen av to reketrålere. Han var formann i både Lagtingets velferdskomité og Fólkaflokkurins lagtingsgruppe 2004–2008. I 2007 ble han valgt til partiformann i en votering mot Bjarni Djurholm.