Det biomet som dekker det meste av Sør-Dakota, unntatt Black Hills, er temperert steppe, kalt prærien. Gress og nyttevekster dekker det meste av dette området, men løvfellende trær som popler, almer og piletrær er vanlige langs elver og som vindfang. Noen utbredte pattedyr i dette området er bison, hjortedyr, gaffelbukk, prærieulv og præriehunder. Fasanen, som også er den offisielle delstatsfuglen, har tilpasset seg godt etter å ha blitt innført fra Kina. I delstaten finnes det også voksende bestander av hvithodehavørn, især langs elven Missouri. I elver og innsjøer på prærien finnes det bestander av gjørs, karpe, gjedde, abbor og andre fiskeslag. I Missouri lever også en forhistorisk stør.