Apeørn ble i 1995 erklært som Filippinenes nasjonalfugl. Den er ifølge BirdLife International av utryddelse. Apeørn er også oppført på CITES liste I, som omhandler verdens mest truede arter. Den er dessuten oppført i Evolutionarily Distinct and Globally Endangered (EDGE) register over verdens mest truede dyr. Per januar 2023 regnes apeøren som verdens 14. mest truede fugleart. Den globale bestanden av apeørn ble i 2003 estimert til omkring 600 (250–750) individer. I en preprintet (altså enda upublisert) artikkel fra 2022 estimerer en gruppe forskere at antallet hekkende fugler ligger rundt 318 (258–362) par. Den største trusselen er flatehogst og generell avskoging.