Frans Xavier ble først begravet på øya Sancian. Hans lik ble ikledd prestelige gevanter, lagt i en kiste og gravlagt dagen etter med fire mennesker til stede: Antonius, en portugiser og to slaver. Legemet var dekket av ulesket kalk slik at forråtnelsen skulle gå raskere, i tilfelle knoklene senere skulle flyttes til India. Men på Sancian lå han bare noen måneder. På gravstedet er det senere blitt bygget en kirke, som er blitt et valfartssted for katolikker fra det kinesiske fastland, Macao og Hongkong.