Hannesson ble valgt inn i Alltinget for Alliansen i 2007. I 2009 tjenestegjorde han som Alltingets president. I september 2010 ble han utnevnt til minister for sosiale saker og helse. Han fikk i oppgave å slå sammen sitt departement med arbeidsdepartementet for å skape et nytt velferdsdepartement fra januar 2011.