Mesterskapet ble også preget av en dopingsak som involverte flere utøvere og ledere både fra vertsnasjonen Østerrike og andre land. Det østerrikske politiet ledet etterforskningen med betegnelsen Operasjon Årelating, et samarbeide med tysk politi som skulle avsløre et omfattende internasjonalt dopingnettverk. Politiet i Tyskland og Østerrike aksjonerte på 17 steder i de to landene samtidig og tysk politi pågrep blant andre idrettslegen Mark Schmidt. I Østerrike ble det gjennomført en razzia på Hotel Bergland i Seefeld, hvor utøvere ble avslørt på fersk gjerning under gjennomføring av bloddoping. På en pressekonferanse i Innsbruck informerte østerriksk politi om at fem langrennsløpere – to fra Østerrike, to fra Estland og en fra Kasakhstan – var arrestert, men ville ikke gå ut med navn. Østerrikerne Dominik Baldauf og Max Hauke, estlenderne Andreas Veerpalu og Karel Tammjärv samt kasakhstaneren Aleksej Poltoranin stilte ikke til start på 15 km klassisk samme dag og det ble senere bekreftet at det var disse fem utøverne som var arrestert.