Haľko ble ordinert til prest den 4. juli 1994 av Ján Sokol, som senere ble erkebiskop av Trnava. I oktober 1997 ble han utnevnt til kapellan ved i Bratislava. Han tok seg pastoralt av de ungarske katolikkene som bodde i byen. I kirken feiret han jevnlig hellig messe på ungarsk. I 2000 presenterte han sin avhandling innen kirkehistorie og fikk doktorgraden i teologi.