Hvordan den første kirken var innredet er man usikker på. Altertavlen må antakelig ha vært plassert ved veggen inn mot tårnet da det ikke var andre muligheter. Det var en dør i den motsatte enden og en dør ut mot Skipperboderne (dengang Størestræde, nå Holmens Kanal), som kaltes den store kirkedør.