Schiffer var lenge forlovet med, men aldri gift med, magikeren David Copperfield. Den 25. mai 2002 giftet hun seg med filmprodusent Matthew Vaughn. Schiffer og Vaughn har to barn sammen, sønnen Caspar Matthew, født i London den 30. januar 2003, og datteren Clementine, født i London den 11. november 2004.