I desember 1944 overtok han kommandoen over 15th Army Group og ble slik øverstkommanderende for de allierte styrkene i Italia. Hans måte å gjennomføre oppgavene er fortsatt kontroversielle, herunder angrepet på og bombingen av Monte Cassino, den langsomme fremrykkingen og det mislykkede forsøket på å ringe inn og fange de tyske styrkene under kampene ved Vinterlinjen (Gustavlinjen), da Clark satset på å innta Roma som en «trofeby» så tidlig som mulig, i stedet for å utnytte åpningen i de tyske linjene. Slik klarte Albert Kesselring i stedet å etablere og styrke Den gotiske linjen slik at det tok ytterligere et år før de allierte klarte å bryte gjennom denne. Videre ga dette de tyske styrkene anledning til å knuse de områdene som den italienske motstandsbevegelsen hadde klart å sikre.