Mot slutten av det 18. århundre, etter at den polske staten hadde blitt delt av sine mer militariserte og politisk aktive nabostater Russland, Østerrike og Preussen, ble Kraków inntatt av østerrikske styrker. I årene 1809–1815 tilhørte byen Hertugdømmet Warszawa, og ble som følge av Wienerkongressen en fristad - også kalt republikken Kraków - frem til 16. november 1846, da den ble annektert av Østerrike og innlemmet i den østerriksk-ungarske vasallstaten og kronlandet Kongedømmet Galicia og Lodomeria. Da det østerrikske styret var mer liberalt enn i det russisk- og prøyssiskokkuperte Polen, ble byen på ny sentret for polsk kultur og kunst og et nasjonalsymbol for polakkene.