Vannet i innsjøene og elvene mellom dem er svært kalkholdig, noe som gir det en særegen, lysgrønn farge. Denne kalken felles lett ut (delvis ved hjelp av bakterier i vannet) og avsettes på bunnvegetasjon, steiner og andre objekter i vannet. Disse avsetningene danner stadig foranderlige demninger som avgrenser innsjøene og styrer elvene mellom dem. Avleiringene kalles travertin, Plitvice-sjøene er kanskje det stedet der dette kan sees tydeligst.