Mishima kom tilbake til sin nærmeste familie da han var tolv år gammel. Han var sykelig, og diagnostisert med to tilstander, henholdsvis anemi og autotoksemi. Sistnevnte er en sjelden tilstand hvor man blir forgiftet av seg selv ved at blodet tar opp toksiske stoffer som er generert i ens egen kropp. Førstnevnte, er å være blodfattig, noe som i hans omgivelser ble betraktet som en blek og feminin lidelse. Det sto i kontrast til farsens sans for militær disiplin som søkte gjennom sønnens rom for bevis på en «feminin» interesse i litteratur og rev i stykker guttens egne tekster.