Phillips var den viktigste låtskriveren og arrangøren i . I begynnelsen skrev John og Michelle de fleste sangene for gruppen, vanligvis kom John med en melodi og et par setninger, og Michelle hjalp ham med resten av teksten. Etter at hadde skrevet kontrakt med Dunhill Records, fikk de flere i gruppens korte liv. Blant disse «California Dreamin'», «Monday, Monday», «I Saw Her Again Last Night», «Creeque Alley» og «12:30 (Young Girls Are Coming to the Canyon)». John Phillips skrev også «San Francisco (Be Sure to Wear Flowers in Your Hair)» som ble en hit for Scott McKenzie i 1967. Phillips skrev også sangen «Me and My Uncle» som ofte ble oppført som cover og dessuten oftere enn noe annet nummer i løpet av 30 år på Grateful Deads konserter.