Innbyggerne i Elgin og områdene rundt så ikke ut til å protestere mot den nye religionen etter den sktoske reformasjonen. I 1568 ble blyet fjernet fra taket på katedralen, etter ordre fra kongens råd i Skottland. Blyet skulle selges og inntektene gå til vedlikehold av regent Morays soldater, men skipet som tok blylasten til Holland sank nesten umiddelbart da det forlot havnen i Aberdeen. Uten denne beskyttelsen begynte bygningen å bli dårligere. Påskedag 1711 kollapset det sentrale tårnet for andre gang i historien, men forårsaket langt mer skade. Ruinene ble brutt og gjenbrukt for forskjellige prosjekter i nærheten fram til 1807, da det, gjennom innsatsen fra Joseph King fra Newmill, ble bygget en mur rundt katedralen og et vokterhus ble bygget.