Frances Perkins ble født i Boston i Massachusetts som datter av Susan Bean Perkins og Frederick W. Perkins, som eide en papirforretning. Begge stammet fra Maine Hun tilbrakte mye av barndommen i Worcester (Massachusetts) og gikk på high school der. I 1902 gikk hun ut av Mount Holyoke College i Hampshire i Massachusetts med en bachelorgrad i kjemi og fysikk. Deretter hadde hun ulike lærerjobber før hun i 1910 fullførte mastergrad i statsvitenskap ved Columbia University. Samme år ble hun kjent som leder av New York Consumers League og arbeidet energisk for bedre arbeidstider og -betingelser. En avgjørende begivenhet i hennes liv var brannen i Triangle Shirtwaist Factory i 1911, hvor mange omkom fordi utgangene var sperret.