Silisium finnes i naturen i forskjellige oksidasjonsformer, for det meste i form av silisiumdioksid (SiO) som opptrer som kvarts. Det finnes også som bestanddel i mange andre mineraler og er blant de vanligste stoffer på jorden. Mineraler bestående av silisium føres fra landjorden til havet i store mengder som sedimenter via vassdrag. Silisium blir tatt opp av en rekke marine organismer som kiselalger, dictyochales og radiolarier. Disse organismene tar opp kiselsyre for å bygge sine skjeletter. I siste instans vil de silisiumholdige stoffene synke til bunns når organismene dør. På havbunnen vil de krystalliseres på nytt og danne chert (kiselskifer).