Van Emdens profesjonelle karriere begynte i 2006 da han ble en del av Rabobank Continental Team. Han tok da både sammenlagtseieren under Roserittet og i U23-klassen under Triptyque des Barrages. Videre vant han blant annet også 4. etappe av Normandie rundt, 1. etappe av Tour du Loir-et-Cher og både prologen og den første etappen av Grand Prix Tell.