Fergeselskapet Caledonian MacBrayne opererer en fergeforbindelse til Ullapool på fastlandet, og denne overfarten tar 2 timer og 45 minutter. Fra Stornoway lufthavn , 3,7 km øst for byen flyr Eastern Airways til Aberdeen og Flybe, operert av Loganair, flyr til Benbecula, Edinburgh, Glasgow og Inverness. Lufthavnen er også base for et kystvakt-helikopter Sikorsky S-92.