Den 30. juni 1934, de lange knivers natt, dagen for mordet på Ernst Röhm, ble han arrestert. Adenauer ble ikke satt i fengsel, men innesperret i en villa, sammen med Stalhelm-lederen Jenö von Egan-Krieger. Årsaken til fengslingen ble aldri kjent, men det var i Neubabelsberg at Kurt von Schleicher og hans kone ble myrdet. Etter to dager kunne Adenauer reise hjem igjen.