Senere oppsto koloniene Brooklyn, Queens og Bronx på grunn av den økende innvandringen til byen. Bronx har navnet etter svensken Jonas Bronck som var den første europeer som slo seg ned i området i 1664. I 1664 gikk fire engelsk krigsskip inn til Manhattan og forlangte at Ny-Amsterdam skulle overgi seg. Byen hadde da 1500 nederlandske innbygger hvorav 250 var våpenføre. Peter Stuyvesant ble overtalt til å overgi kolonien uten kamp. De engelske styrkene marsjerte da inn uten motstand og erklærte "New York" besatt i James navn, hertugen av York. Hele kolonien Ny-Nederland skiftet navn da den ble en engelsk besittelse. Kolonien og byen forble frisinnet og verdslig, og den tok mot alle slags innvandrere av alle religioner. Guvernøren styrte eneveldig inntil kolonien på slutten av 1600-tallet fikk en representativ forsamling med folkelig bidrag til styringen. Engelskmennene overtok Nieuw Amsterdam i 1664 og døpte om byen til New York. Det skjedde ved et makeskifte ved at nederlenderne fikk overta kontrollen over øya Run, som på den tid var av mye større verdi enn Ny Amsterdam.