Nyýazow støttet forsøket på statskupp i Sovjetunionen i 1991. Da kuppforsøket ble slått ned arbeidet han for at Turkmenistan skulle gå ut av Sovjetunionen. Det øverste sovjet i Turkmenistan erklærte landet som uavhengig 27. oktober 1991 og foreslo Nyýazow til president. Ved presidentvalget 21. juni 1992 var Nyýazow enste kandidat og ble valgt til landets første folkevalgte president. Et år senere tok han tittelen («Lederen for turkmenerne»). I 1994 ble hans funksjonstid forlenget til 2002 gjennom en folkeavstemning, slik at han kunne fullføre sin 10-års utviklingsplan. De offisielle resultatene viste at han fikk 99,9% oppslutning. Den 28. desember 1999 erklærte parlamentet at Nyýazow skulle være president på livstid. Parlamentsvalg var blitt holdt noen uker tidligere, og kandidatene var håndplukket av presidenten selv.