Det ble grunnlagt av hjerneforskerne Kamila Markram og Henry Markram i 2007 som tidsskriftet , ifølge Leonid Schneider delvis for å være en plattform for ekteparets uvanlige teorier om autisme. Etterhvert etablerte de en rekke andre tidsskrifter innen biomedisinsk vitenskap, annen naturvitenskap og teknologisk vitenskap. I 2013 ble selskapet kjøpt av Nature Publishing Group, som selv var heleid av det tyske mediekonglomeratet Verlagsgruppe Georg von Holtzbrinck.