Nicolaus fikk sannsynligvis den første musikkundervisningen av faren. Ernst Ludwig Gerber skrev senere i at Nicolaus allerede i ung alder behersket orgelspill og skrev «gode» komposisjoner for klaviaturinstrumenter og sangstemme. Sannsynligvis var han påvirket av musikalske inntrykk fra nærtliggende Husum, den rikeste byen på den nordfriesiske kysten. Nicolaus viste tilstrekkelig talent til at han etter farens råd reiste til sin onkel Peter i Lübeck for å studere fiolin og gambe. På disse instrumentene ervervet han seg . Bruhns var den yngste representanten for Lübecks internasjonalt anerkjente fiolinister. Han studerte komposisjon og perfeksjonerte sitt orgelspill under Dietrich Buxtehude. Bruhns var hans yndlingselev og ifølge Matthesons musikkleksikon var Buxtehude det store forbildet til Bruhns.