Etter borgerkrigen ble Mäkelin fengslet og dømt til døden for landsforræderi. Han bad ikke om å bli benådet, til tross for oppfordring fra innenriksminister Heikki Ritavuori. Straffen ble omgjort til fengsel på livstid, men han ble løslatt ved et amnesti i 1922. Året etter ble han på nytt fengslet, anklaget for kommunistisk virksomhet, men begikk selvmord på arresthuset med en overdose sovemedisin.