Nazitiden var svært vanskelig for Hundertwasser og moren Elsa, som var jødiske. De unnslapp forfølgelse ved å markere seg som kristne. Troverdig, siden Hundertwassers pappa var katolikk. Hundertwasser ble døpt katolikk i 1935. For å unngå trøbbel, ble Hundertwasser medlem i Hitlerjugend.