På Flystasjon Karup er en lang rekke av Flyvevåbnets skvadroner opprettet siden 1950 og senere flyttet til andre danske flystasjoner. De mest kjente skvadronene på flystasjonen i nyere tid er nok Skvadron 725 (angrepsfly) og Skvadron 729 (rekognoseringsfly), som fra 1970 til 1993 fløy F-35 Draken som de siste jagerfly på Karup, da skvadronene ble nedlagt i 1993. Utover Draken-flyene har en lang rekke andre jagerfly vært på Flystasjon Karup siden 1950-årene.