Nynetjers gravkammer, «Gallery Tomb B» ligger nedenfor Unas-nekropolen ved Saqqara og måler 94x106 meter. Inngangen leder 25 meter i dypet til tre gallerier som ligger i retning øst-vest og leder til et labyrintlignende system av døråpninger, vestibyler og korridorer. Det tyske arkeologiske institutt (DAI) har gjennomført fem utgravinger på stedet og konkludert med at Nynetjers grav viser stor arkitektonisk likhet med «Gallery Tomb A» som man tror er gravkammeret til enten Nebra (Raneb) eller Hotepsekhemwy. Dette ledet til konklusjonen om at Nynetjer var inspirert av sine forgjengeres gravkammer. Det ble funnet en mengde flint- og metallkniver og vin- og ølkrukker i graven. Det sørligste galleriet var overraskende intakt og inneholdt en rekke artefakter fra Nynetjers tid, slik som mer enn 50 forseglede vinkrukker, bærenett, oppbevaringsbokser av tre og dekorerte alabastflasker. Noen av vinkrukkene er datert til graver fra det første dynasti. I et annet galleri er det funnet mumiemasker og en kvinnegrav fra Ramses IIs tid, noe som tyder på at Nynetjers grav ble gjenbrukt på en senere tid. Selve Nynetjers grav er lokalisert i den sørvestlige enden av gravkammeret, men dette stedet er svært ustabilt og står i fare for å rase sammen.