Da trer gudinnen Athene frem, som en deus ex machina (et vanlig scenisk grep i de antikke tragediene), og bekrefter historien på Apollons vegne. Hun sier at Apollon hadde tenkt å bekjentgjøre forholdet for dem etter at de var kommet til Athen, men at truslene om drap gjorde at det må sies nå. Ion skal nå dra til Athen og komme på den athenske tronen, og han skal bli stamfar for den av de greske stammene som kalles jonerne. Athene beordrer dem til ikke å fortelle om forholdet til Xouthos – han kan leve i den tro at han er Ions far.