Mellom 1979 og 1982 var han vitenskapelig medarbeider ved den teologiske høyskolen i Freiburg, først ved lærestolen for politisk filosofi, senere ved lærestolen for moralteologi. Fra 1982 til 1991 arbeidet Scola som professor for teologisk antropologi ved det pavelige institutt for ekteskaps- og familiestudier og ved Lateranuniversitetet i Roma. Samtidig underviste han i kristologi. Fra 1987 var han sekretær for den syvende verdensbispesynoden.