En lektor i radiologi fra University of Rochester Scool of Medicine, Stafford L. Warren, ble utnevnt til oberst i United States Army Medical Corps, og ble utnevnt til leder for MEDs medisinske seksjon og medisinsk rådgiver for Groves. Warrens første oppgave bestod i å ansette personale til sykehusene i Oak Ridge, Richland og Los Alamos. Den medisinske seksjonen var ansvarlig for medisinsk forskning, men også for MEDs sunnhets- og sikkerhetsprogrammer. Dette utgjorde en enorm utfordring siden arbeiderne håndterte en rekke giftige kjemikalier, brukte farlige væsker og gasser under høyt trykk, arbeidet med høyspentledninger og utførte eksperimenter med sprengstoff, for ikke å snakke om stort sett ukjente farer i forbindelse med håndtering av spaltbart materiale. Likevel tildelte National Safety Council i desember 1945 Manhattanprosjektet sin ærespris for fremragende innsats innenfor sikkerhet som anerkjennelse av prestasjonene innen sikkerhet. Mellom januar 1943 og juni 1945 inntraff det 62 dødsfall og  invaliderende skader, noe som var rundt 60 % under nivået innenfor den private industrivirksomheten.