Metacity, i motsetning til tidligere valg av GNOME vindushåndterere, har få konfigurasjonsvalg og dets innføring som standardvalg var en kontroversiell utvikling. De som var for Metacity sa at GNOME retter seg mot nye brukere av datamaskiner som ikke trenger den ekstreme konfigurabiliteten som Sawfish og Enlightenment gir. Havoc Pennington skrev et essay for å forklare hvorfor han skrev Metacity og forenklet GNOME-skrivebordet. Kritikere hevder at Metacity har ofret fleksibiliteten og kontrollen som vanligvis assosieres med Unix programmer. Denne oppfattede mangelen på fleksibilitet har ført til utvilkingen av utvidelser som Devil's Pie og Brightside.