Hun hadde et godt forhold til biskop Knut Bosson av Linköping, som påstås å ha deltatt i hennes underslag av eiendom ved å godkjenne falske sigiller. Ingegerd skal ha underslått en sum på 200 av pavens avlatspenger og gitt dem til sin slektning, biskop Knut. I 1400 avsatte hun munkenes prokurator Sten Stensson og utnevnte Lucas Jacobi, som hun sendte som sin emissær til Roma for å føre hennes sak for paven. Munkene trosset henne ved å velge Petrus Johannis til generell skriftefar i 1401, hvoretter han fikk Stensson gjenvalgt og Jacobi avsatt. Biskop Knut gjorde da visitas og oppfordret klosteret til å følge Ingegerd.