Ferguson vant ligaen med United også i 1999/00 og 2000/01. Dermed hadde laget vunnet ligaen tre år på rad, som eneste lag i historien utenom Huddersfield Town, Arsenal og Liverpool. Mange sa at laget hadde vunnet uten å egentlig spille så bra, det var bare mangel på gode nok konkurrenter som gjorde at klubben vant. I Europacupen feilet United gang på gang. Ferguson meldte på en pressekonferanse at han skulle gi seg som manager etter 2001/02-sesongen, og da aller helst etter seier i Champions League finalen i sin hjemby Glasgow.