En babyalligator blir skylt ned i toalettet og havner i Chicagos kloakksystemet. Der livnærer den seg på døde dyr som har blitt utsatt for hormoneksperimenter etter dyreforsøk. Dette gjør at alligatoren over år utvikler seg til en abnorm kjempe. Når så kloakkarbeidere begynner å forsvinne, interesserer den hardkokte politimannen David Madison seg for saken. Han får med seg krypdyreksperten Marisa Kendall i den livsfarlige jakten på uhyret. Til slutt bryter alligatoren seg opp gjennom asfalten og begynner å terrorisere byen for alvor.