Neusiedler See har ingen naturlige avløp og kalles derfor . Vannet har noe høyere saltinnhold (2 ‰) enn ferskvann og kan derfor betegnes som brakkvann (definert som saltinnhold mellom 1 ‰ og 10 ‰). Saltkonsentrasjonen skyldes i hovedsak oppløselige salter som skilles ut fra sedimentære bergarter som utgjør deler av innsjøens bunn.