Klubben ble grunnlagt i 1990 som İstanbul Büyükşehir Belediyespor, men i 2014 ble navnet skiftet til İstanbul Başakşehir Futbol Kulübü. İstanbul Başakşehir har spilt i Süper Lig, som er det øverste nivået i tyrkisk fotball, siden 2014/15-sesongen. I 2016/17-sesongen havnet İstanbul Başakşehir på 2.-plass, en historisk topplassering for laget.