Johann Heinrich Pestalozzi var sønn av sårlegen Johann Baptist Pestalozzi (1718–1751) og Susanna Hotz (1720–1796) fra Wädenswil. Faren døde bare 33 år gammel, og Pestalozzi vokste opp under relativt knappe forhold sammen med moren og to søsken. I årene 1751–1765 gikk han på grunn- og latinskolen. Senere studerte han teologi og deretter jus ved Collegium Carolinum i Zürich, der han ble påvirket av opplysningsmannen Johann Jakob Bodmer.