Nesten umiddelbart etter uavhengigheten ble Tadsjikistan kastet ut i en borgerkrig med forskjellige fraksjoner som bekjempet hverandre. Det er påstått at ulike fraksjoner var støttet av Russland og Iran. Alle med unntak av 25 000 av den mer enn 400 000 etniske russiske mellomklassen flyktet til Russland. I 1997 hadde krigen kjølnet, og en sentral regjering begynte å ta form.