Presset fra Vatikanet var trolig medvirkende til at regjeringen stanset deportasjonene i oktober 1942. Paven sendte flere brev i sterke ordelag til Tiso der han ble advart om de alvorlige konsekvensene av dette «inhumane» tiltaket for statens fremtid. Bortsett fra biskopene og enkelte prester, støttet de katolske prestene deportasjonene.