Björklund ble hentet til Brann i 1988 for å trene klubbens juniorlag, etter ønske fra klubbens seniorlagslagstrener Teitur Thordarson, som han var lagkamerat med i Öster. I 1989 trente han Branns juniorlag til seier i Junior-NM. Med på laget var hans sønn Joachim, som i løpet av sesongen var kommet på lån fra Öster. Året etter fikk Joachim Björklund sitt gjennombrudd som seniorspiller etter å ha signert en permanent avtale med klubben. I 1991 ble Karl Gunnar Björklund ansatt som Branns hovedtrener. Over to sesonger var han Branns hovedtrener.