De få flyene på de japanske hangarskipenes flydekk ved tidspunktet for angrepet var enten jagerfly for forsvar, eller i «Sōryū»s tilfelle, jagerfly som ble klargjort for å styrke luftpatruljen rundt hangarskipene. Å få flyene opp på flydekk og få de i luften ville tatt minst 30 minutter. Ved å flytte flyene opp og la de ta av øyeblikkelig ville admiral Nagumo sette inn en del av sin reserve i kamp uten skikkelige våpen mot skip, sannsynligvis også uten eskorte av jagerfly. Hva det siste betød hadde han sett kort tid før, med hvor lett de amerikanske bombeflyene uten eskorte hadde blitt skutt ned.