Han ble kjøpt av Bayern München i 2009. Can spilte hovedsakelig som midtbanespiller for i Regionalliga Bayern. Han debuterte for førstelaget i DFL-Supercup i 2012, og fikk sin Bundesliga-debut mot 1. FC Nürnberg den 13. april 2013. Han fikk fire seriekamper og et mål for klubben.