I løpet av Eis' 23-årige periode som biskop, ledet han bispedømmet gjennom nasjonalistiske kontroverser innen det amerikanske katolske samfunn, og grunnla flere veldedige institusjoner og sykehus. Han var kjent for å være nyttig for menn som ønsket å gå på seminar og kvinner som ønsket å slutte seg til religiøse ordener. I 1900 reiste Eis til Roma, og møtte Leo XIII i Vatikanet.