I 1999 ble Cupvinnercupen sammenslått med UEFA-cupen, og etter 2004/05-sesongen ble det lagt til gruppespill etter innledende kvalifiseringsspill. Etter at også Intertotocupen ble en del av UEFA-cupen i 2009, ble gruppespilldelen utvidet samtidig som kriteriene for kvalifisering ble endret, noe som i dag utgjør dagens turneringsformat. Vinneren av Europaligaen møter vinneren av Mesterligaen i den årlige finalen Supercupen.