Marwan Issa ble sjef for Izz ad-Din al-Qassam-brigadene i flyktingeleirene på den sentrale Gazastripen og steg senere i gradene. Han ble alvorlig såret ved et israelsk mordforsøk ved et møte i 2006, der også Mohammed Deif og andre kommandanter innen Izz ad-Din al-Qassam-brigadene deltok.