Theodora var yngste datter til den bysantinske keiser Konstantin VIII og Helena. Som ektefødt keiserlig prinsesse ble hun regnet som en mulig brud for Otto III, keiser i Det tysk-romerske rike. Theodora ble imidlertid forbigått av den noe vakrere søsteren Zoë. Dessverre døde Otto III før bryllupet kom i stand, og etter det tidspunkt levde Theodora et liv skjult i kvinneavdelingen i det keiserlige palasset. Etter at hennes onkel Basileios II døde barnløs og hennes far døde uten å etterlate seg noen sønner ble hun tvunget inn i det politiske sentrum, og hun viste seg som intelligent og med en sterk personlighet. Theodora trosset faren ved å nekte å gifte seg med den mannen han hadde valgt ut som sin etterfølger, Romanos Argyros, med henvisning til at han allerede var gift og hans kone var blitt sendt i kloster slik at han skulle kunne gifte seg inn i den keiserlige familie. Theodora hevdet dessuten at Romanos var hennes tremenning og for nær i slekt til at ekteskap kunne skje. Konstantin VIII bestemte da at Romanos skulle gifte seg med søsteren Zoë i stedet, og dette ekteskapet ble inngått i 1028. Da Romanos tiltrådte trakk Theodora seg tilbake til kvinneavdelingen i palasset og skjøttet sine daglige religiøse rutiner, men hun var stadig under oppsikt fra den mistenksomme Zoë. Zoë overtalte keiseren til å få en spion ansatt hos Theodora, og hun ble etter kort tid anklaget for å ha planlagt et kupp i ledtog med tsar Presian II av Bulgaria. Presian ble tatt til fange, blindet og sendt i kloster, men Theodora ble ikke dømt for sammensvergelsen. I 1031 ble hun innblandet i en annen konspirasjon, denne gang sammen Konstantin Diogenes, en av lederne i provinsen Sirmium. Som delaktig i konspirasjonen ble Theodora tvangssendt i klosteret Petrion. Zoë tvang henne der til å avlegge nonneløftet, og hun ble værende i klosteret i tretten år mens Zoë styrte imperiet sammen sine ektemenn, først Romanos III og etter hans død, Mikael IV.