Da Whig Party kom tilbake til makten ved presidentvalget i 1848 gikk Everett tilbake til rikspolitikken og fungerte som viseutenriksminister under Daniel Webster i kabinettet til president Millard Fillmore. Da Webster døde av en fallulykke i november 1852 ble Everett utnevnt til ny utenriksminister ut den gjenværende perioden frem til mars 1853. Umiddelbart etter at perioden gikk ut ble han valgt inn i Senatet som representant for Massachusetts. Her satt han frem til juni 1854 da han gikk av som følge av press fra slaverimotstandere i delstaten som mente at Everett ikke gjorde nok for deres sak.