Byen er den eneste by fra oldtidens Egypt hvor dens interne plan er bevart i store detaljer, i stor del på grunn av at byen ble forlatt og oppgitt etter at Akhnaton var død. Byen synes å ha forblitt aktiv i et tiår eller så etter hans død, og en helligdom for Horemheb indikerer at de var minst delvis bosatt på begynnelsen av hans styre, om ikke annet som en kilde eller grustak for byggematerialer til andre steder. Straks stedet var fraflyttet forble det uten beboelse inntil bosetning i romersk tid begynte langs utkanten av Nilen. Imidlertid, grunnet spesielle omstendigheter i byens opprettelse, er det diskutabelt hvor representativ den er for oldtidens egyptiske byer. Akhetaten ble bygget i all hast og dekket et område som tilsvarte rundt 13 km av østsiden av Nilen. Motsatt side av Nilen var forbeholdt jordbruk for byens befolkning. hele byen var omsirket av et totalt antall grensesteiner som ga detaljer for Akhenatons begrunnelser for etableringen av hans nye hovedstad.