Marat virket fortsatt som lege i Frankrike, og ble politisk aktiv straks etter revolusjonsutbruddet i 1789. Han utgav den populære avisen (). Han oppfordret til ytterligheter i oppgjøret med dem han anså som revolusjonens fiender, og angrep også den grunnlovsgivende nasjonalforsamlingen. I den radikale Cordelier-klubben hørte han til den ytterliggående fløyen. Han hadde også fiender, og det ble utstedt arrestordre mot ham, slik at han måtte flykte til England.