Han gikk i 1839 inn som kompanjong i sin fars handelshus i Hammerfest, som fikk navnet A. Aagaard & Sønn. Firmaet hadde en allsidig virksomhet med blant annet fraktfart mellom Nord-Norge, Tyskland og Nederland, flere fiskevær, reperbane og bankierforretninger, og åpnet en filial i Tromsø i 1835. Bernhard Aagaard var eneeier i firmaet fra farens død i 1846, og drev det frem til sin egen død i 1870, da det ble innstilt. Han døde under et astmatisk anfall som følge av hjertefeil, 56 år gammel.