Atlético Madrids beste sesong kom i 1996 da de tok for første gang i klubbens historie. I 2000 rykket klubben ned til Segunda División, og ble der i to sesonger, før den igjen ble klar for den øverste ligaen. Klubbens serieprestasjoner ble gradvis bedre utover 2000-tallet inntil laget i 2013-14 overraskende slo Real Madrid og Barcelona og sikret en ny ligatittel.