Rotblat var siste gjenlevende av de medvirkende til manifestet. Han deltok på alle Pugwash-konferanser til og med 2004 (han var da godt over 90 år gammel). Innenfor bevegelsen var det en spenning mellom de som ville drive freds- og nedrustningsarbeid i små, overkommelige trinn og andre (inkludert Rotblat) som ville holde fast på det langsiktige målet om å bli kvitt alle atomvåpen. Rotblat arbeidet gjennom Pugwash for en traktat der landene skulle forplikte seg til å ikke bli den første til å bruke atomvåpen; han anså en slikt traktat som et første trinn mot avskaffelse av atomvåpen.