Om vinteren lever flaggspetten av bær, frø fra gran og furu, men kan også ete barkbiller. Flaggspetten plukker kongler og benytter «spettesmier», der de settes fast og frøene kan plukkes ut. I sommerhalvåret lever den av insekter som tas på greiner og blader. Unntaksvis kan den også plyndre fuglereir fra andre fugler. Flaggspetten kan også hakke små hull i barken i ringer rundt stammen på enkelte løvtrær (bl.a. lind) for å drikke sevje om våren. Merk at når slike ringer finnes på bartrær, er de imidlertid mest sannsynlig laget av tretåspett.