Spillet er lagt til Underground, et område hvor alle monstre ble forvist etter at en krig brøt ut mellom monstre og mennesker. The Underground ble forseglet fra overflaten med en magisk barriere med et unikt gap ved Mount Ebott. Et menneskebarn faller ned i denne undergrunnen, og møter Flowey, en følsom blomst som går med på å lære opp spilleren til å drepe monstre. Men når Flowey forsøker å drepe mennesket og få tak i sjelen, blir mennesket reddet av Toriel, et monster - som lærer mennesket å løse gåter og metoder for å overleve i Undergrunnen. Toriel forsøker å beskytte mennesket mot Asgore Dreemurr, herskeren over hele undergrunnen.