Fra 2011 til 2014 var han Henrik Steffens-professor ved Humboldt-universitetet i Berlin. Jakobsen arbeider med nyere fransk, tysk og norsk intellektuell historie. Hans forskningstemaer er kosmopolitisme, globalisering, mediehistorie og mediefilosofi. Fra 2015 er Jakobsen professor i historie ved Nord universitet i Bodø. Fra 2016 er han fast spaltist i .