Det varme og næringsfattige vannet som El Niño fører med seg østover erstatter det kalde og næringsrike vannet i Humboldstrømmen på vestsiden av Sør-Amerika, også kalt Perustrømmen. Dette kalde vannet fører til gode fiskeforhold. I de fleste tilfellene vil det varme vannet bare vare et par uker eller en måned før værmønsteret vender tilbake til det normale og fisket bedrer seg igjen. Når El Niño varer flere måneder fører dette til en mer omfattende strøm av varmt vann og kan få stor økonomisk innvirkning både på det lokale fisket og det internasjonale fiskemarkedet.