I Synaptic finner man en liste over programvare som i er tilgjengelig i APT kildene. Der kan man markere pakker som skal installeres eller slettes. Når man er ferdig med å markere de endringene man ønsker, kan man trykke på «utfør» knappen og Synaptic laster ned nødvendige filer, sletter, installerer og konfigurerer mest mulig automatisk.