El Niño ble først nevnt som navn på fenomenet i 1892 da kaptein Camilo Carrilo fortalte den geografiske samfunnskongressen i Lima at peruanske sjøfolk kalte den varme havstrømmen i nord for «El Niño» fordi den kom rundt juletider. Men fenomenet var kjent før den tid på grunn av den biologiske bieffekten som fulgte med. Gjennom forskning rundt Påskeøyene har man funnet at El Niño antagelig vis har eksistert i flere tusen år.