I oktober 2010 kontaktet Shahzad menneskerettighetsorganisasjonen Human Rights Watch og uttalte at at han sto i fare for å bli anholdt av etterretningstjenesten Pakistans Inter-Services Intelligence (ISI). Pakistan var det dødeligste landet for journalister i 2010, med minst åtte drepte, hvorav seks døde i voldelige selvmordsangrep. Shahzad ble funnet død i en elv i det nordøstlige Pakistan, med tydelige tegn på tortur på kroppen, to dager etter at han var blitt kidnappet i Islamabad. Flere internasjonalt ledende journalister anklaget umiddelbart Pakistans etterretning for å stå bak drapet på Shahzad og den amerikanske regjeringen annonserte senere at de hadde bevis for at dette faktisk var tilfellet.