Biwasjøen forsyner rundt 14 millioner mennesker med vann. Mye industri i området er også avhengig av vann fra sjøen. Selv om sjøen ligger i et vernet området, er presset mot økosystemet stort: fra fritidsbruk, overfiske, tiltak for å begrense flom og avrenning fra landbruket. Fremmede rovfiskarter som blågjellet solabbor og lakseabbor har siden 1980-tallet kommet til å dominere fiskelivet i sjøen.