Partiet ble drevet ut av landet i 1949 som følge av den kommunistiske maktovertagelsen. Over to millioner partimedlemmer flyktet til øya Taiwan, hvor Republikken Kina ble videreført, og hvor Kuomintang frem til 1991 var det eneste politiske parti. Etter Chiang Kai-sheks død i 1975 overtok sønnen Chiang Ching-kuo som statssjef og partileder, men påbegynte samtidig demokratiske reformer. Gjennom 1980- og 1990-årene slakket partiet sitt grep om makten. I valget i 2000 tapte partiet makten for første gang, men gjenvant presidentvervet med Ma Ying-jeou i 2008. Skjønt Kuomintang har beholdt mye av sin folkelige støtte, har det vokst frem et topartisystem med Demokratisk fremskrittsparti som hovedmotstander.