Unden er en grunnvannssjø, ca. 40 % av sjøens tilsig kommer gjennom grunnen. For øvrig er det tilsig fra 13 bekker og mindre elver. Det samlede nedbørfeltet er på 309,68 kvadratkilometer, hvorav 47 % skog og 44,9 % vann. Gjennomsnittlig årsnedbør er 742 mm som utgjør 244 millioner m³. Av dette blir 149 mill. m³ tatt opp av vegetasjon og fordampet, de resterende 95 mill m³ dreneres av Edsån (Sågverksbäcken) til innsjøen Viken. Videre avrenning skjer via Forsviksån til Vättern, og Unden hører således til vassdraget Motala ström. Under en varm sommerdag når vanntemperaturen er 19 - 21 °C, er fordampningen ca 5 millimeter, noe som tilsvarer 477.000 m³.