Arild Huitfeldt var rektor på Herlufsholm, og kalte Brochmand i 1608 tilbake for å tilby ham rektoratet ved skolen. Dette overtok han etter at han var ferdig med magistergraden. Men allerede i 1610 ble han utnevnt til pedagogisk professor ved universitetet i København. Året etter giftet han seg med Sille Tønnesdatter Balchenburg, 24. juni 1611 i København.