I desember 2003, da erkebiskop Courtney var på vei tilbake til Bujumbura fra en prests begravelse, ble hans bil beskutt nær Minago, 50 kilometer sør for hovedstaden. Han ble rammet av skudd til hode, skulder og ben, og døde under kirurgi på La Prince Louis Rwagasore Hospital i Bujumbura. Han var 58 år gammel.