Etter å ha forlatt Benfica sommeren 2005, besluttet Fyssas å flytte til Skottland og spille for Hearts FC, til tross for rapportert interesse fra England og Tyskland. Han vant i 2005-06 den skotske cupfinalen for klubben da de slo Gretna FC. Hans første og eneste Hearts mål kom i en ligakamp mot Motherwell den 9. desember 2006. Han forlot Edinburgh-klubben på slutten av sesongen 2006-07 for å flytte tilbake til Panathinaikos. Han la opp i 2008.