Atollen har dårlig jordsmonn og opprinnelig sparsom vegetasjon. Dyrelivet domineres av mengder av landkrabben og fugl. Clipperton har elleve millioner landkrabber og fugler. Miljøet har vært påvirket av menneskelig virksomhet, særlig ved at fosfatutvinnerne som kom i 1892 plantet kokospalmer og satte ut gris.