De egyptiske gudene hadde komplekse innbyrdes forhold og slektskap, noe som delvis reflekterte vekselvirkningen og samhandlingen til de krefter de representerte. Egypterne grupperte ofte gudene sammen for å avspeile disse forholdene. En del gudegrupper var av ubestemmelig størrelse, og var knyttet sammen ved deres lignende eller beslektede funksjoner. Disse besto ofte av mindre guddommer som hadde liten individuell identitet. Andre kombinasjoner knyttet uavhengige guddommer sammen basert på symbolsk betydning i henhold til tallenes mytologiske betydning; eksempelvis ble to guder satt sammen som par ved at de representerte dualiteten av motsatte fenomener. En av de vanligste kombinasjonene var en familietriade bestående av en far, mor og et barn som ble dyrket sammen. En del grupper hadde utstrakt betydning. En slik gruppe, enneade («de ni»), plasserte ni guder i et teologisk system som var involvert i de mytologiske områdene skapelse, kongedømme, og etterlivet.