Flyselskapet ble etablert av den estiske staten 1. desember 1991, kort tid etter at Estland ble selvstendig. Selskapet ble startet på restene av den estiske avdelingen av Aeroflot. I 1996 ble selskapet delvis privatisert. I dag er selskapet eid av den estiske staten (73%) og SAS Group (27%).