De fire neste årene deltok Soult i den iberiske halvøykrigen i Spania og Portugal. I 1809 invaderte hans styrker Portugal og inntok først Porto 28. mars 1809, men ble deretter isolert av general Silveiras uthalingsstrategi (engelsk: strategy of contention). Soult ble opptatt med å sikre sine erobringer og håpet på at han etterhvert kunne bli konge av Portugal, noe som førte til misnøye fra republikanske offiserer i hans armé. Han ble til sist drevet ut av Portugal ved det andre slaget om Porto av generalløytnant Arthur Wellesley (senere feltmarskalk og hertug av Wellington). Hans styrker ble tvunget til en vanskelig og nesten katastrofal retrett over fjellene forfulgt av styrkene til generalene Beresford og Silveira. Etter slaget ved Talavera de la Reina i juli 1809 ble han utnevnt til stabssjef for de franske styrkene i Spania den 19. november 1809 vant hans styrker en stor seier i slaget om Ocaña.