Det tar ofte svært lang tid å få en sikker diagnose for denne sykdommen, som regel mange år. Den kan i noen tilfeller være svært vanskelig å skille fra klasehodepine, spesielt i tilfeller med få og lange anfall, men om man først mistenker PH den lar seg enkelt skille fra CH gjennom den såkalte indotesten. PH mangler også sirkadisk periodisitet (regularitet i døgnrytmen), noe som ellers er typisk for CH. PH-pasienter responderer dårlig på oksygen, i motsetning til de fleste CH-pasienter. PH-pasienter kan imidlertid respondere på sumatriptan, men gjerne ikke like godt som CH-pasienter. PH trigges heller ikke like lett av alkohol og nitroglyserin som CH.