Vernadskij ble uteksaminert fra Statsuniversitetet i St. Petersburg i 1885. I 1886 ble han kurator for universitetets samling av mineraler. På slutten av 1800-tallet var det tradisjon for at russiske universitetsstudenter studerte utenlands ett år eller to. Vernadskij dro først til Napoli for å studere krystallografi hos Arcangelo Scacchi (1810–1893), som var kjent for å være en ledende vitenskapsmann innenfor feltet. Vernadskij oppdaget at Scacchi var blitt dement. Han dro derfor videre til Tyskland for å studere hos Paul Heinrich von Groth (1843–1927), som var professor i mineralogi ved universitetet i München. Groth hadde utviklet flere instrumenter for å undersøke krystaller. Vernadskij tok i bruk Groths utstyr og fikk muligheten til å studere optiske, termiske, elastiske, magnetiske og elektriske egenskaper i krystaller.