Natt til 17. juni 1924 på nordgående fra Bodø, kom skipet ut i tett tåke. Like over midnatt ved Utgrundsflesa - 6 sjømil nord av øyen Landegode - kolliderte hun med sørgående hurtigrute DS «Kong Harald». Baugen til DS «Kong Harald» skar seg inn i DS «Haakon Jarl»s akterskip. Bare åtte minutter senere sank DS «Haakon Jarl», og 17 mennesker omkom i tragedien. I rettssaken som fulgte ble begge kapteinene frikjent for uaktsomhet. Vraket ligger i dag på 25 til 35 meters dyp.