Som en følge av statlige føringer (Museumskonsolideringen) og fylkeskommunens uttalte ønske om å skape en kompetent og robust institusjon med fylkesomfattende arkiv- og museumsfaglige oppgaver, ble spørsmålet om en ny organisering av museet og arkivet satt på dagsordenen; fylkeskommunens museumstjeneste, etablert i 1997, ble også trukket inn i denne diskusjonen. Svaret ble det interkommunale selskapet Aust-Agder kulturhistoriske senter, som fra 2003 samlet Aust-Agder-Museet, Aust-Agder-Arkivet og Aust-Agder museumstjeneste til en institusjon.