I sin filosofi var Johannes Scotus Erigena preget av nyplatonismen, skapelsen var noe som fløt fra Gud og som en tilbakegang til Gud. Han betonte betydningen av fornuften, men uten å sette spørsmålstegn ved religionen. Vi kan ikke ha kunnskap om Gud, kun hva Gud ikke er (apofatisk teologi). Han var en fremstående forgjengere til skolastikken og oversatte og skrev til kommentarer til Pseudo-Dionysius’ arbeid i tillegg til at han oversatte verker av Maximus bekjenneren og Gregor av Nyssa.