HC kan ikke diagnostiseres gjennom blodprøver og billeddiagnostikk. Det er svært krevende å diagnostisere HC, og fordi lidelsen minner mye om migrene blir mange ofte feilbehandlet. Allmennleger som er usikre på diagnosen eller ikke får ønsket resultat av behandlingen, bør vurdere å henvise pasienten til en nevrolog som er spesialist i hodepine, etter at andre årsaker til hodepinen har blitt utelukket. Det bør gjøres magnetresonanstomografi (MR) av alle pasienter i forbindelse med slike henvisninger.