Museet er involvert i en rekke forskningsprosjekter, som DNA-strekkoding og AUR-Lab (anvendt undervannsrobotikk). DNA-strekkoding bruker likheter i organismers arvestoff til å identifisere arter. AUR-Lab er en del av NTNUs satsing på havromforskning . I desember 2011 tok Vitenskapsmuseet over koordineringen av Norwegian Barcode of Life (NorBOL) som er Norges bidrag til The International Barcode of Life project (iBOL).