Allerede tidlig i 1950-årene snakket tillitsvalgte i NITO om de skulle forene krefter med andre frittstående fagorganisasjoner, for å få større innflytelse i samfunnet og bli en motvekt mot LO. Det ble likevel ingen realitet før i 1976, da NITO meldte seg inn i Akademikernes Fellesforbund (AF). Samtidig med at NITO diskuterte opptak med AF, var en stor gruppe i NITO, med president Lars Harlem i spissen, i ferd med å etablere en annen ny hovedorganisasjon, nemlig Yrkesorganisasjonenes Sentralforbund (YS). Det var lenge uklart hvilken hovedsammenslutning NITO ville havne i, og valget måtte tas i et ekstraordinært representantskapsmøte. I 1999 sto NITO igjen på egne bein. To år før ble Akademikerne etablert, av organisasjonene i AF som hadde medlemmer med masterutdannelse eller tilsvarende. Det betød i realiteten slutten på AF, og NITO valgte å bli frittstående og har vært det siden. miniatyr|NITOs 8. president, Lars Harlem, var med å etablere Yrkesorganisasjonenes Sentralforbund (YS). Her sammen med sin søster, Gro Harlem Brundtland.