Han ble presteviet den 18. mars 1971 av biskopen av Bergamo, erkebiskop Clemente Gaddi. Cavalli underviste i litteratur ved presteseminaret i Bergamo fra 1971 til 1975. I løpet av denne tiden studerte han også statsvitenskap og samfunnsvitenskap ved Università Cattolica del Sacro Cuore i Milano. I 1975 ble Aldo Cavalli sendt til Roma for å studere ved Det pavelige diplomatakademi, der han oppnådde lisensiatgrad i kanonisk rett og i katolsk teologi. Han tok også doktorgraden i statsvitenskap.