Sjisjkin var født i byen Jelabuga i Vjatka-guvernementet (dagens Tatarstan). Etter eksamen fra gymnasiet i Kazan, studerte han i fire år ved Høyskolen i tegning, maling og arkitektur i Moskva. Fra 1856 til –60 hadde Sjisjkin plass ved St. Petersburgs keiserlige kunstakademi, hvor han gikk ut med de beste avgangspapirer. Han mottok keiserlig stipend til å studere videre i Europa.