STS-91 markerte den siste romfergen som kom til Mir. Romferden var den første til å benytte seg av en spesiell type lettvekt rakett. Andy Thomas, som hadde vært på Mir i 130 dager, ble med romfergen ned igjen. STS-91 transporterte også en prototype av Alpha Magnetic Spectrometer( AMS) inn i verdensrommer. Denne skulle kunne gjøre nye oppdagelser av verdensrommet i mørket. Et problem ombord på romfergen og romstatsjonen gjorde at det ikke ble noen direktesendte bilder fra ned til jorden.