Wisliceny kom 6. februar 1943 til Thessaloniki (omtalt som Salonika) der han ledet (spesialkommando for jødesaker) sammen med den brutale antisemitten Alois Brunner. Rolf Günther hadde vært på plass siden januar. I Thessaloniki var omkring 40 % av innbyggerne jødiske og byen hadde tidligere hatt et flertall jøder blant borgerne. Deportasjonene fra Thessaloniki pågikk fra 15. mars til 10. august 1943.