Limnologi var lenge et fag på et eget institutt ved Universitetet i Oslo, men det forvaltes nå ved Biologisk institutt under Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet (UiO). Her kan man idag studere limnologi som en del av sitt studium til mastergraden, og eventuelt videreføre dette til en doktorgrad. Limnologi tilbys også på UiT Norges arktiske universitet som en del av masterprogrammet i biologi, hvor det også fokuseres i større grad på vintersesongen.