Da Nazi-Tyskland invaderte Polen, ble Romania alliert med tyskerne som en del av aksemaktene. Mange av de omkring 800 kommunistene i Romania ble da fengslet og satt i en internerings­leir. Ceaușescu klarte å holde seg gjemt en stund, men i 1940 ble han tatt og satt i fengsel igjen: de tre første årene satt han i Jilava-fengslet og fra 1943 av i Târgu Jiu-leiren, der han ble kjent med andre ledende kommunister, så som Gheorghe Gheorghiu-Dej og Chivu Stoica. Den 23. august 1944 allierte Romania seg med Sovjetunionen, og de rumenske kommunistene ble løslatt fra leiren.