Etter det tyske nederlaget i 1945, ble Jankuhn satt i amerikansk krigsfangenskap. Tre faktorer gjorde imidlertid at en rekke SS-arkeologer, herunder Jankuhn, etter hvert ble rehabilitert. Det første var at den tidligere faglige rivaliseringen og konflikten med Alfred Rosenberg og kretsen rundt ham ble videreført, slik at Rosenberg fikk aleneansvaret for den såkalte nazistiske arkeologien, mens kretsen rundt Ahnenerbe klarte å framstå som ideologisk nøytrale og seriøse vitenskapmenn.