Etter farens død levde Eduard Mörike en lykkelig barndom hos sin mor. Han studerte teologi, først i Urach (1818–1822) og senere i Tübingen (1822–1826). I årene 1826 til 1834 tok han forskjellige vikariater i Schwaben. Mörikes forlovelse inngått i 1929 med prestedatteren Louise Augste Rau, ble oppløst i 1833. I 1834 ble han prest i Cleversulzbach. Han bosatte seg der sammen med sin mor og søster Clara (1816–1903). Mörike var tett bundet til både sin mor og søster livet ut. Han søkte et liv i fred og ro, og levde i avstand til samtidens begivenheter; det gjaldt også de revolusjonære hendelser i Europa. Han hadde hang til hypokondri, og var plaget av tungsinn.