Byen har veiforbindelse til Norðragøta og Leirvík i sør. Fuglafjørður er en viktig eksporthavn med stor fiskeindustri, skipsverft for trålere samt et større oljelager. Største arbeidsplass er Havsbrún, som produserer fiskemel og -olje. Produksjonen av fiskefôr i Fuglafjørður er viktig for havbruket på Færøyene. En stor del av den færøyske fiskeflåten har sin hjemmehavn i Fuglafjørður, som har kjennemerke «FD» i skipsregisteret. Bare Klaksvík har flere hjemmehørende fiskebåter i skipsregisteret.