Favre ble draftet av Atlanta Falcons i andre runde som #33 i NFLs draft i 1991. Den 19. juli 1991 signerte Favre en 3-årig kontrakt verdt $1,4 millioner med en signeringsbonus på $350 000. Atlantas hovedtrener Jerry Glanville var mot å drafte Favre, og sa at det skulle et flykræsj til før han sendte Favre ut på banen. Favres første pasning i seriespillet av NFL resulterte i en interception som ble returnert for en touchdown av Washington Redskins. I løpet av sin tid med Atlanta hadde han bare fire pasningsforsøk, hvor to ble intercepted og ingen ble fullført. Favre tok én annen snap, som resulterte i en sack og ett tap av 11 yards.