Utviklingen av Blue Ensign fulgte utviklingen av Union Jack. Flagget ble først brukt omkring 1620, med Englands flagg i øvre hjørne mot stang på blått felt. I 1707 ble Kongeriket Storbritannia opprettet, og Union Jack ble laget som en kombinasjon av Englands og Skottlands flagg. Blue Ensign fikk da det nye flagget i hjørnet. Deretter kom en ny versjon av Union Jack i 1801, ettersom Irlands gamle flagg ble lagt til da Det forente kongerike Storbritannia og Irland ble opprettet.