Thutmose hadde en annen sønn, Wadjmose, og to døtre, Hatshepsut og Nofrubiti, med Ahmose. Wadjmose døde før sin far, og Nofrubiti døde som barn. Thutmose hadde en sønn med en annen hustru, Mutnofret. Denne sønnen etterfulgte ham som Thutmose II. Thutmose giftet sønnen med sin datter Hatshepsut. Det ble senere nedtegnet av Hatshepsut at Thutmose ønsket at Thutmose II og Hatshepsut skulle dele styret av Egypt. Dette er imidlertid betraktet som propaganda av Hatshepsuts tilhengere for rettferdiggjøre hennes krav på tronen da hun senere tok styringen.