Heparin brukes i behandlingen av tromboemboliske sykdommer som dypvenøs trombose og hjertesykdommer som atrieflimmer og hjerteinfarkt. Heparin er et av de eldste legemidlene som fremdeles er i bruk. Fordi det fordøyes om det inntas peroralt må heparin administreres subkutant eller intravenøst. Intramuskulær injeksjon unngås på grunn av faren for å skape hematomer. På grunn av den korte halveringstiden på rundt en og en halv time, må heparin administreres ofte eller som en kontinuerlig infusjon.