Holdbarheten for kvargprodukter varierer, men kremet, smørbar kvarg har typisk 2–4 uker holdbarhet ved lagring under 8 °C. Kjøling kreves fordi myke kvargprodukter har et høyt vanninnhold relativt til modnede faste oster. Ideell oppbevaringstemperatur for kvarg er 0–4 °C og det er viktig med jevn temperatur for å unngå myseutskillelse. Mugg, gjær og psykrotrofe bakterier er meget uheldige for holdbarheten. Psykrotrofe bakterier er kuldetolerante bakterier som kan vokse selv ved kjølelagring. Disse produserer enzymer som bryter ned proteiner. Nedbryting av proteiner gir negativ endring av tekstur og utvikling av bitre stoffer i kvargen. Mugg, gjær og psykrotrofe bakterier unngås ved pasteurisering av råstoff, ren luft i ystelokalet og god hygiene ved ysting.