Funn tyder på at det har levd mennesker langs Notwane-elva siden den afrikanske steinalderen. Rundt 1880 flyttet kgosi Gaborone fra Magaliesberg og bosatte seg i området, som han ga navnet . Stedet, som lå i dagens Tlokweng, ble gitt navnet «Gaborone's Village» eller Gaberones av europeiske nybyggere som holdt til i koloniutposten like over elva. I 1890 valgte Cecil Rhodes ut Gaberones som sted for en festning der han blant annet planla Jameson-raidet.