På oppdrag fra den nye partilederen Alexander Dubček returnerte Císař til Tsjekkoslovakia tidlig 1968 under Prahavåren. Etter at den tidligere ledende person Antonín Novotný trakk seg som president, var han en av kandidatene til å etterfølge ham, men til tross for stor støtte, spesielt i studentmiljøer, klarte han ikke å vinne over Ludvík Svoboda. I april ble han utnevnt til sekretær for kommunistpartiets sentralkomité for utdanning, vitenskap og kultur og i juli ble han valgt til formann for Det tsjekkiske nasjonalråd (Tsjekkias lovgivende forsamling fra 1968 i den tsjekkisk-slovakiske føderasjonen). Studentene i Praha demonstrerte med krav om å få Císař som president. Císař ble kritisert av pressen i Sovjetunionen og ble beskyldt for "revisjonistiske avvik".