Økonomien er basert på industri, først og fremst automobilindustri og næringsmiddelindustri. Det meste av industrien befinner seg i Santiago de Querétaro, San Juan del Río, Pedro Escobedo og El Marqués. I tillegg er turisme, gruvedrift (opaler, kvikksølv, sink og bly) og jordbruk av betydning. I 2004 åpnet en ny flyplass i Querétaro, som man regner med vil ha stor betydning framover.