Estisk punane ble etablert i 1862, grunnlag av lokale estiske raser, Angeln, og Dansk, rød melkerase. Stambok for rasen ble etablert i 1885. Det har senere vært innkryssing av rød og hvit Holstein, SRB, Brown swiss og Finsk ayrshire. I dag finnes det i overkant av 50 000 dyr av rasen, noe som er cirka en fjerdedel av alle kyr i Estland.