Det var mest sannsynlig Ernst Junker som bygget orglet til Jondalen kirke i 1971, selv om Vestfold Orgelbygg gjerne blir oppgitt. Junker jobbet der, men denne bedriften gikk konkurs i 1969 og Junker etablerte sitt eget orgelbyggeri. I 1973 bygget han nytt orgel i Sentrumskirken i Horten; denne kirken var tegnet av den samme arkitekten som Solvang kirke. I 1978 demonterte og restaurerte han orgelet i Veum kirke i Fyresdal. I 1984 gjenoppbygget han et orgel fra 1862 som hadde blitt flyttet fra metodistkirken i Hønefoss til Hole gravkapell, men opprinnelig var konstruert og bygget av Anton Gomnæs i Hønefoss kirke. Ernst Junker bygget nytt orgel i Vang kirke i Valdres i 1988. I 1990 bygget han orgelet i Tingnes kirke i Valdres, og i 1991 bygget han nytt orgel i Gol kirke. Han har bygget nytt orgel i Vestre Porsgrunn kirke i 1995.