Ulykkeligvis døde Simonetta av tuberkulose året etter i april, kun 22 år gammel. Det hevdes at Botticelli hadde bedt om at når han døde, skulle han gravlegges ved hennes føtter i kirken Ognissanti («allehelgenkirken») i Firenze, og da han døde i 1510, ble hans ønske oppfylt. En liten, rundt stein i et kapell i høyre transept (tverrskip) markerer hans siste hvilested. Markeringen i kirken ble plassert i kirken mange år etter hans død. Han ble egentlig gravlagt i kirkens gravlund, markert med en enkel familiegravstein uten hans navn, og selv den ble stjålet på 1800-tallet.