Drapet på Habyarimana i april 1994 viste seg imidlertid å bli en utløsende faktor for folkemordet i Rwanda, der minst mennesker blei drept. Siden de bakenforliggende årsakene for krigen og folkemordet var så sammenfallende var det mange observatører som antok at rapportene om massedrap faktisk var en gjenoppblussing av krigen, i stedet for en annen fase. FPR starta offensiven sin på nytt, og klarte til slutt å få kontrollen i landet. Huturegjeringa i eksil begynte deretter å bruke flyktningleirer i nabolanda til å destabilisere den nye FPR-regjeringa. FPR og deres rebellstyrker førte deretter den første krigen i Kongo (1996–1997), som i tur førte til den andre krigen i Kongo (1998–2003), som alle involverte hutustyrker som søkte å ta over kontrollen over Rwanda igjen. Så sjøl om borgerkrigen offisielt varte til 1993, regner noe av litteraturen krigen for avslutta da FPR-styrkene tok kontrollen over Kigali i 1994, eller da flyktningleirene blei lagt ned i 1996, mens andre anser tilstedeværelsen av rebellstyrker langs Rwandas grenser som et tegn på at krigen fortsatt pågår.