Paul Van den Berghe ble presteviet 15. juni 1957 for bispedømmet Gent. Han tok doktorgrad i teologi i 1961 og ble professor for eksegese ved presteseminaret i Ghnt, der han var en av grunnleggerne av Hoger Instituut voor Godsdienstwetenschappen. Han var redaksjonsssekretær for «Collationes», et flamsk tidsskrift innen pastoralteologi, og skrev mange artikler innen nytestamentlig eksegese.