Dersom spirituell kirurgi hadde blitt gjennomført som faktiske inngrep slik utøverne hevder, ville det ha medført betydelig risiko for pasientene. I de fleste tilfeller er det imidlertid kun en illusjon. Like fullt er det uttrykt bekymring for pasientenes helse i forbindelse med manglende sterilisering og betenkeligheter ved at f.eks. dyreinnvoller tilsynelatende føres inn i pasientens munn eller nese med fare for at infisert vev kan overføre farlige bakterier.