I 1993 ble det funnet store mengder PCB, tungmetaller og organiske miljøgifter i Store Lungegårdsvannet. I 2015 ble prosjektet Renere Havn påbegynt, da staten dekket 75 % av kostnadene med å rense Puddefjorden, mens Bergen kommune betalte resten. Renere Havn Bergen var et samarbeidsprosjekt mellom kommunen og miljødirektoratet. Våren 2023 ble 84 tonn skrot fjernet fra Store Lungegårdsvannet, og i oktober samme året startet tildekkingen av sjøbunn med 120 000 m finkornet sand i et 30 cm tykt lag, fordelt av en fjernstyrt, gul «sjøorm». I 2024 våknet vannet til liv igjen, med kråkeboller og sjøstjerner, maneter og store stimer av småtorsk. Sluttsummen for prosjektet kom på 156 millioner kroner, rundt 37 millioner mindre enn budsjettert.