De grunne strandområdene på øst- og sørsiden er gunstige områder for sjøfugl hvorav en god del overvintrer ved Trondheimsfjorden og trekker til andre områder for å hekke. Tautra er et spesielt fuglerikt område. Fjorden er stort sett isfri om vinteren og har god mattilgang for flere fuglearter. Omkring 50 arter overvintrer hvorav de vanligste er ærfugl, stokkand, gråmåke, sjøorre og havelle. Under trekkperiodene høst og vår mellomlander et stort antall vadefugler. Under uvær på kysten skjer det ofte at blant andre havørner trekker innover fjorden. Etter at kanadagås ble vanlig i Norge på 1980-tallet begynte flere tusen å overvintre rundt rundt Gaulosen.