Mary Godwins mor døde da hun var kun elleve dager gammel; hun ble oppfostret sammen med sin eldre halvsøster Fanny Imlay av sin far. Da Mary var fire år giftet Godwin seg med sin nabo, Mary Jane Clairmont. Godwin skaffet sin datter en rik om enn uformell utdannelse, og oppmuntret henne til forstå hans egne liberale politiske teorier. I 1814 begynte Mary Godwin et romantisk forhold til en av farens politiske tilhengere, den gifte Percy Bysshe Shelley.