Helsemessige forhold i Rwanda har historisk sett vært dårlige, både før og like etter folkemordet i 1994. I 1998 døde mer enn ett av fem barn før de fylte fem, ofte av malaria. På begynnelsen av 2000-tallet har Rwanda derimot hatt forbedringer på en rekke viktige helseindikatorer. Mellom 2005 og 2013 økte den forventede levealderen fra 55,2 til 64,0 år, dødeligheten for barn under 5 år falt fra 106,4 til 52,0 per 1000 fødsler, og forekomsten av tuberkulose har falt fra 101 til 69 per mennesker. Utbredelsen av hiv/aids, med en anslått forekomst på 3,1 % i 2016, er fremdeles relativt høy. Forekomsten av hiv har hovedsakelig holdt seg stabil, med en nedgang siden slutten av 1990-årene. Malaria og tuberkulose er fremdeles alvorlige helseproblemer i Rwanda, men begge sykdommene har hatt en nedgang i forekomst på starten av 2000-tallet.