I 1799 ble Usjakov forfremmet til admiral og sendt til Middelhavet for å støtte en italiensk kampanje. I løpet av denne ekspedisjonen, skal Usjakov ha ryddet franskmennene fra Korfu og alle De joniske øyer. Hans skvadron blokkerte deretter de franske basene i Italia, spesielt Genova og Ancona, og de utførte flere vellykket angrep på Napoli og Roma.