Advarselen «Cabin altitude» kan ha blitt feiltolket som en falsk «Take-off configuration warning». I intervjuer med ingeniørene i flyselskapets operasjonssenter går det fram at kapteinen og styrmannen trodde det var Take-off configuration warning». Flyet gikk på dette tidspunktet på autopilot og denne var programmert til å ta flyet opp i marsjhøyden 34 000 fot, som også kalles Flight Level 340 og forkortes FL340. Boeing 737-maskinen hadde på dette tidspunktet en stigningshastighet på ca. 3 000 fot per minutt. Det ga pilotene bare noen minutter mellom «Cabin altitude warning» og «master caution» ettersom flyet fortsatte å stige. «Master caution» er en generell, dog alvorlig, advarsel som ikke sier noe om hva som er galt. Riktignok finnes det lys-indikasjon som forteller pilotene hva som er feil. «Master caution» kan også tilbakestilles av piloten. Man antar at årsaken til denne alarmen var enten feil i flyelektronikkens kjølesystem, eller det faktum at oksygenmaskene i passasjerkabinen var blitt utløst. Det var tidlig på formiddagen og lysforholdene kan ha gjort varsellampene vanskelig å se.