Den tredje metoden er å bruke Emacs Lisp. Vanligvis er slik brukerspesifikk kode lagret i en fil som kalles . Denne leses når Emacs starter. -filen er ofte brukt til å sette variable og til å endre tastatursnarveier til noe annet enn det som er standard. Dette kan for eksempel være nyttig når standard tastekombinasjon er upraktisk med et norsk tastatur. -filen kan også brukes til å lage helt nye kommandoer. Mange avanserte brukere har -filer som kan være hundrevis av linjer lange. Disse kan medføre at Emacs oppfører seg svært forskjellig fra det som er vanlig.