I 1792 er Spania midt i enorm omveltning, på grunn av den franske revolusjonen. Francisco Goya (spilt av Stellan Skarsgård) er en anerkjent maler som lager portretter som offisiell hoff-maler blant annet for Spanias kongelige. Goya får problemer på grunn av den spanske inkvisisjonen. Men Lorenzo Casamares forsvarer Goya, og ansetter ham til å male sitt eget portrett. Når han poserer for Goya, legger Lorenzo merke til et maleri og spør om modellen han bruker, Inés (spilt av Natalie Portman) datteren til en rik kjøpmann Tomás Bilbatúa. Senere blir Inés oppdaget i en taverna av spioner (trent av Lorenzo) som avviser å spise svinekjøtt. Hun blir innkalt av inkvisisjonen, og arrestert. Hun blir strippet naken og torturert til en tilståelse og deretter fengslet.