Fra 2008 er Københavns Universitetsbibliotek en del av KUBIS, Københavns Universitets Biblioteks- og Informationsservice. Københavns Universitet har dermed fått én felles biblioteksorganisasjon som omfatter samtlige fakultets- og institusjonsbiblioteker. Det er snakk om at de forskjellige bibliotekene fortsatt er tilknyttet den opprinnelige institusjonen og at administrasjonen er felles.