Wolfhart Pannenberg ble født i Stettin i 1928. Han vokste opp i Nazi-Tyskland, familien flyttet til Berlin i 1942. I mars 1944 ble hjemmet ødelagt av britisk teppebombing av Berlin. På skolen var Pannenberg en ivrig student av Nietzsches verker. 6. januar 1945 var han på vei hjem fra skolen og hadde det som kan beskrives som en mystisk erfaring. Han opplevde seg ett med lyset fra solen som gikk ned og for et kort øyeblikk følte han seg oppløst i lyset. Opplevelsen preget ham i flere år etter hendelsen. Ved slutten av 2. verdenskrig, da han var 16 år, ble han innrullert som soldat, men ble ikke sendt til fronten fordi han hadde fått skabb. Etter å ha bli sendt på sykehus i Nord-Tyskland, ble han tatt til fange av britene. Etter en kort tid i krigsfangenskap, i likhet med Jürgen Moltmann ble han gjenforent med sin familie. Han gikk to år til på skole i den russiske sonen og studerte Immanuel Kant.