Den 29. juni 1966 ble Thissen presteviet i Münster. Deretter var han kapellan ved i Dorsten til 1969, spiritual ved i Ostbevern fra 1969 til 1971, og subrektor ved Münsters prestseminar fra 1971 til 1977. I 1974 tok han doktorgrad med en avhandling om Markusevangeliet.