I juni 1999 fikk han jobb som sportsdirektør i Celtic. Han arbeidet med sin tidligere undersått John Barnes som hovedtrener. Men dette forholdet endte dårlig, ettersom Barnes fikk sparken i februar 2000. Dalglish ble ansatt som midlertidig manager til slutten av sesongen, og han ledet laget til ligacupfinalen, der de vant 2-0 mot Aberdeen på Hampden Park. Dalglish ble likevel fjernet fra stillingen, men fikk en kompensasjon på £600 000, etter en rettssak i Edinburgh.