Diaghilev forfremmet snart Balanchine til kompaniets balletmester og lot ham utvikle sin egen koreografi. Mellom 1924 og Diaghilevs død i 1929 skapte Balancine ni balletter og mindre koreografier. Uheldigvis led han av en alvorlig kneskade på denne tiden. Denne hemmet ham sterkt som danser og satte effektivt punktum for hans danse-karrière. I 1926 ble Banchine og Tamara Geva skilt, og kort etter dette innledet han et forhold til danserinnen Alexandra Danilova. Forholdet varte noen få år, og Danilova betraktes som hans andre hustru.