Drupals kjerne er modulær, som vil si et system av hooks og tilbakeanrop som åpnes internt via et API. Drupal isolerer kjernen i fra brukerskapte moduler og temaer. Dette øker fleksibiliteten og sikkerheten og lar administratorer enklere oppgradere til nye versjoner uten å overskrive nettstedets tilpasninger.