Ved hjelp av ekskona Ingrid ble Jaco Pastorius tvangsinnlagt 16. juli 1986 og diagnostisert som manisk depressiv ved Bellevue Hospital, et psykiatrisk sykehus som er en del av New Yorks fengselsvesen, New York City Department of Correction. Da hadde han lenge drevet omfattende selvmedisinering med narkotika og alkohol, noe som ytterligere forverret hans sykdomstilstand. Den selvdestruktive livsførselen ødela så vel hans andre ekteskap som karrieren.