Foot Clans leder, som går under kallenavnet Shredder, er frustrert over hvordan aksjonene deres forhindres av Ninja Turtles gir ordre om å ta flere gisler ved en T-banestasjon. April blir også tatt som gissel. Fire mystiske skikkelser ankommer, tar ut medlemmene av Foot Clan, og frigjør alle gislene. April følger etter dem og blir sjokkert over å se at gjengen er antropomorfe mutant-skilpadder. April vender tilbake til leiligheten hennes og begynner å tenke på "Project Renaissance" farens tidligere vitenskapelige eksperiment, som involverte fire skilpadder under kallenavnene Leonardo, Donatello, Michelangelo, Raphael samt en mutert rotte kalt Splinter. April sin kollega Vern Fenwick kjører henne senere til Sacks Industries, hvor hun betror seg til Eric om oppdagelsen hennes. Eric avslører at Aprils far tidligere hadde eksperimentert på et mutagen skapt i ett forsøk på å kurere sykdom, men som ble antatt tapt i brannen som også drepte Aprils far.