Æmilie Juliane var datter av grev Albert Friedrich von Barby und Mühlingen og hans hustru Sophie Ursula, født i Huset Oldenburg. Under trettiårskrigen bodde familien hos grev Ludwig Günther von Schwarzburg-Rudolstadt (1581–1646) i Heidecksburg. Æmilie Julianes far døde i 1641 og moren døde i 1642. Hun ble derfor adoptert av grev Ludwig Günther, og vokste opp sammen med barna hans. Hovmesteren deres i Rudolstadt var salmedikteren og senere kansleren Ahasverus Fritsch.