Siden kraftutbyggingen av Hunderfossen har stammen av Hunderørret blitt redusert, siden den ikke lenger har tilstrekkelig vann å gyte i. Vannstanden om vinteren er også så lav at det må en massiv produksjon av settefisk til for å opprettholde stammen. Tall fra 40 års forskning viser at størrelsen på Hunderørreten også er i fall. I 1963 var en førstegangs gyter i snitt 5 år, 63 cm og 2,5 kg. Ut på 2000-tallet er den 3 år, 51 cm og 1,3 kg i snitt. Forskere har i nyere tid antydet en kostnad på cirka 4,3 millioner kroner årlig for å bedre gyte- og oppvekstforholdene for hunderørreten.