Den innfødte egyptiske historikeren Manetho hevder at Amenhotep styrte Egypt i tjue år og sju måneder, avhengig av kilden. Mens Amenhoteps høyeste dokumenterte regjeringsår er kun hans år 10, men Manethos utsagn er bekreftet av et avsnitt i gravautobiografien til en magiker ved navn Amenemhet. Denne hevder uttrykkelig at han tjenestegjorde under Amenhotep i 21 år. Således er Amenhotep i høye kronologi gitt et styre fra rundt 1546 f.Kr. til 1526 f.Kr., og lav kronologi strekker seg fra rundt 1526 f.Kr. til 1506 f.Kr., eller fra 1525 f.Kr. til 1504 f.Kr. men enkelte forskere tilskriver datoer som er ulike fra disse datoene.