Østerrike har flere økologiske problemer å stri med. Et av de mest påtrengende er forurensning fra biltrafikken. Trafikken langs motorveien gjennom Brennerpasset har for eksempel økt fra 600 000 kjøretøy per år tidlig på 1970-tallet til over 10 millioner per år tidlig på 1990-tallet. En fjerdedel av trafikken som går gjennom Østerrike er semitrailere. I 2007 ble 121,4 mill. tonn gods fraktet over de østerrikske alper. Etter at Øst-Europa åpnet opp grensene, har trafikkproblemet økt. EUs indre marked har bidratt til det samme. Østerrike har forsøkt å innføre et delvis forbud mot tunge lastebiler på motorveien gjennom Inntal, noe EU har mislikt. De alpine dalene som mye av denne trafikken går gjennom er svært sårbare for økologiske ødeleggelser. Smale daler medvirker ikke til oppløsning av forurensning og støy fra kjøretøyene. Temperaturinversjoner — kalde luftlag i bunnen av dalene som er fanget inne av varmere luftlag over— forsterker også forurensningsproblemet, særlig om vinteren. Østerrike har forhandlet med EU om å sette grenser på hvor mye kommersiell trafikk som kan gå gjennom landet, og særlig gjennom Tyrol. Det arbeides også med et «vognbjørn»-system der man laster semitrailere på jernbanevogner i Sør-Tyskland og Nord-Italia, og så transporteres disse gjennom Tyrol via jernbanen. Miljøvernsaktivister har presset på for mer langsiktige løsninger, og de har for eksempel foreslått en tunnel fra Garmisch-Partenkirchen sør i Tyskland til Bolzano i Nord-Italia. Forurensning blir også påvirket av været i Europa. Værsystemer fra Atlanterhavet fører med seg forurensning fra Nordvest-Europa til Østerrike, og nærheten til de industrialiserte områdene i Øst-Europa, som har mindre grad av rensing, kombinert med kontinentale værsystemer, er til tider svært skadelig. Værsystemer i Middelhavet fører med seg forurensning fra Nord-Italia.