Under nasjonalsosialismen ble den slovenske befolkningen delvis deportert. Hjemmene deres ble i samsvar med 1939-avtalen mellom Mussolini og Hitler overtatt av tysktalende som selv var blitt forflyttet fra Sør-Tyrol og Gottschee i hertugdømmet Krain. I 1945 ble disse innflytterne sammen med de opprinnelig tysktalende innbyggerne deportert til Østerrike, og mange flyttet også til Amerika. Fra 1945 er Ptujs innbyggere nærmest utelukkende slovenere.