Da Sebastian ikke hadde arvinger var det hans onkel, Henrik I av Portugal, den yngre broren av Johan III av Portugal som arvet tronen, den siste av huset Aviz. Etter Sebastians død sammen med kremen av den portugisiske adelen i nederlaget ved Alcazarquivir i 1578 førte til en dynastisk krise i 1580 ved Henriks død som igjen førte til tapet av uavhengighet ved at Portugal ble underlagt Spania.