Etter utbruddet av andre verdenskrig ble «Wilhelm Gustloff» den 22. september 1939 overført til den tyske marine som lasarettskip. Under angrepet på Norge i 1940 transporterte den sårede soldater. Fra 20. november 1940 ble «Wilhelm Gustloff» benyttet som kaserneskip for andre ubåt-opplæringsdivisjon i Gotenhafen (Gdynia).