Det følgende året tok San Martín kommandoen over nordarméen og forberedte en ny invasjon av Øvre Perú, men sa fra seg stillingen kort tid senere, siden han forutså enda et nederlag. I stedet ble han guvernør over Cuyo-provinsen i vest (i dag provinsene Mendoza, San Juan og San Luis). Han utviklet en ny strategi hvor man skulle angripe Visekongedømmet Perú gjennom kapteinatet Chile. San Martín bygde denne planen på den britiske generalen Sir Thomas Maitlands skrifter, som skal ha sagt at den eneste måten å beseire spanjolene i Quito og Lima på var ved å angripe Chile først. På dette tidspunktet ble dermed den argentinske uavhengighetskrigen blandet sammen med den chilenske siden de argentinske og chilenske hærene slo seg sammen.