Han stammet på farssiden fra en sjællandsk slekt, som var kommet til Norge på reformasjonstiden. Faren, Laurids Nielsen, var først prest i Kvernes, men døde i 1596 som erkedegn i Trondheims domkapittel og prest i Stjørdal. Moren, Magdalene Sigvardsdatter, var en prestedatter fra Verdal. Under sin skolegang i Trondheim synes han en lang tid å ha bodd hos en bror faren, borgermester Peder Nielsen. Han ble student i 1578, og da han i 1583 for siste gang besøkte hjembyen, oppfordret lensmannen i Trondheim, Christian Friis til Borreby, ham til å fortsette studiene i utlandet.