Eleanore var en rik kvinne det meste av hennes liv. At hun overlevde minst 16 graviteter antyder at hun ikke var skrøpelig. Kort tid etter å ha født sitt siste barn viser regnskap fra Edvards husholdning og hennes egen det ble jevnlig betalt for dronningens medisiner. Hvilke er ikke spesifisert. Senere i 1287 var hun Gascogne med Edvard. Et brev til England fra et medlem i det kongelige følget nevner at dronningen har «double quartan fever». Febermønsteret har antydet at hun hadde en form for malaria. Sykdommen er ikke dødelig i seg selv, men fører til at den syke blir svak og dermed sårbar for infeksjoner som kan føre til komplikasjoner som er dødelige. Blant komplikasjoner er at lever og milten ble forstørret, skjørhet oppstår og pasienten er meget utsatt for skader som kan føre til død fra indre blødninger. Det er også mulig at hun hadde arvet den kastiljanske kongefamiliens teoretiske tendens til hjerteproblemer. Tuberkulose i lungene er også en mulighet.