Dekret nummer 16 omhandlet straffeforfølgelse for nazistiske forbrytere, forrædere og deres medhjelpere. Dekretet gjaldt forbrytelser mot staten, forbrytelser mot personer, forbrytelser mot eiendom og angiveri. Dekretets paragraf 10 omhandlet berikelse i forbindelse med rasebasert forfølgelse, i praksis gjaldt det nazistenes beslag og fordeling av jødenes eiendeler, men dekretet nevner ikke holocaust eller jødene som offer. Dekretet la opp til strengere straffer enn landets ordinære straffelov og introduserte beslag av eiendom og tvangsarbeid som straff. Angiveri var ikke med i dekretet slik det ble utarbeidet i eksil og kunne resultere i dødsstraff i de mest alvorlige tilfellene. Til oktober 1945 ble 97 % av tiltalte dømt og en av åtte fikk dødsstraff. Josef Pfitzner, nazistenes borgermester i Praha under okkupasjon, ble etter en to dagers rettssak dømt til døden og hengt på plassen for Pankrác-fengselet med tilskuere. Før kommunistenes maktovertakelse i 1948 hadde 723 personer blitt dømt til døden, av disse ble 686 fullbyrdet (95 %) som er den høyeste andelen fullbyrdete dødsstraffer i etterkigstidens rettsoppgjør. I Norge ble 22 av 25 dødsdommer fullbyrdet, i Frankrike 791 av 7037 (11 %). I Slovakia ble 27 av 65 dødsdommer fullbyrdet. Domstolsordningen i Tsjekkoslovakia lignet på den man hadde i andre lands rettsoppgjør blant annet Frankrike (der det også vare fire lekdommere og en fagdommer), Nederland og Danmark. Over straffesaker ble ført på grunnlag av nummer 16. I tillegg ble saker reist for forbrytelser mot den nasjonale ære på grunnlag av dekret nummer 138 («det lille dekret»), av disse ble dømt. Dekret nummer 138 ble iverksatt administrativt av de nasjonale komiteene i hvert distrikt og disse komiteene kunne dømme til inntil ett år i fengsel eller 1 million tsjekkoslovakiske kroner.