Svante Pääbo var av den oppfatning at neandertalere og hadde en felles stamfar som levde for omkring 700 000 år siden. Han mente også at homininene i Sima de los Huesos kunne representere en befolkning som ga opphav til begge grupper. Den mitokondrielle arvelinjen brytes når en kvinne ikke føder en datter; dette kan ha skjedd i Europa hvor neandertalerne mistet denne arvelinjen. Blant kvinner tilhørende levde den derimot videre.