Hennes mor døde da Anyentyuwe var liten. Faren, John «Sonie» Harrington, var en fremstående handelsmann. Ettersom han stadig måtte foreta reiser til andre deler av Gabon, som representant for ulike europeiske handelsfirmaer, plasserte han de to små døtrene sine, Ayentyuwe og Azize hos fru Lucina Bushnell på den amerikanske protestantiske misjonsskolen i Baraka. Skolen var grunnlagt i 1842 for å utdanne mpongwe-jenter og -gutter. Anyentyuwes far døde da hun var rundt 13 år. Før han døde hadde han avkrevet henne et løfte om å bli hos misjonærene og leve dydig, løfter Anyentyuwa tok alvorlig. Etter farens død var Lucina Bushnell nærmeste omsorgsperson for henne. Hun tok Anyentyuwes utdannelse alvorlig og sørget blant annet for at hun fikk lære noe anatomi og medisin, med et håp om at hun kunne bli en protestantisk «sister of charity» (veldedighetssøster) og videreføre i landsbyene det arbeid de romersk-katolske nonnene drev. Dette ble det ikke noe av, men hun fikk etter hvert arbeid ved misjonsskolen.