Statsdannelser begynte i løpet av denne epoken og kanskje også tidligere. Ulike små bystater oppsto langs Nilen. Århundrer med erobringer reduserte deretter Øvre Egypt til tre betydelige bystater: Thinis, Naqada, og Nekhen. Klemt sammen mellom Thinis og Nekhen var Naqada den første som falt. Thinis ble deretter erobret av Nedre Egypt. Nekhens forhold til Thinis er usikker, men disse to statene kan ha blitt fredelig slått sammen hvor kongefamilien Thinis som styrte hele Egypt. Kongene i Thinis ble gravlagt i Abydos ved gravstedet Peqer (Umm el-Qa'ab).