Den 24. mai 1642 ble et brev sendt til de puritanske eldre ved kirken i Boston ved Massachusetts Bay-kolonien hvor det ble bedt om prester som man hadde mangel på i Virginia. William Thompson fra Braintree, John Knowles fra Emmanuel College, og Thomas James fra New Haven-kolonien ble sendt til Virginia. Gookin var blant de som ønsket prestene velkommen og ble en nær venn med Thompson. Guvernør William Berkeley, som støttet den engelske kirke og som var i et motsetningsforhold til puritanismen, ga dem en kjølig mottagelse. Ved det neste møtet i rådet i mars 1642/1643 ble en lov om ensretning vedtatt, tilsvarende som i England. For puritanerne Knowles og James var det ikke akseptabelt og de forlot Virginia for New England i april. Thompson, fulgt av Gookin, emigrerte sommeren 1643 til Maryland, hvor de, selv om det var et katolsk område, ble ønsket velkommen og tolerert.