Fra 26. oktober 1939 til 1944 var han statsminister og utenriksminister i Republikken Slovakia. Tuka overtok som statsminister da Jozef Tiso ble president, de to var rivaler. Tukas støttespillere var særlig i Hlinkagarden, mens Tiso hadde bredere folkelig støtte. Tuka beundret Hitler og ville i Slovakia forene tysk nasjonalsosialisme med romersk katolisisme.