Lise Klaveness spilte til sammen 73 landskamper for Norges A-landslag. På Norges kvinnelandslag i fotball gikk det varierende: Hun debuterte den 23. januar 2002 mot USA, og ble ofte brukt deretter. Imidlertid viste det seg at det oppstod store problemer mellom henne og landslagstrener Bjarne Berntsen, som tok over i 2005. Etter to år skal Berntsen i oktober 2007 ha sagt fra at hun ikke lenger passet til landslaget, noe han visstnok sa på flyplassen etter en 14 timers flytur. Ragnhild Gulbrandsen gikk i den anledning Klaveness i forsvar, og dette var første tegn til en splid mellom trener og spillere. Lise Klaveness bestemte seg deretter for å slutte på landslaget den 15. oktober samme år, og konsentrerte seg om klubbspill med Asker. Klaveness ble med over til Stabæk. Klaveness gjorde comeback på landslaget under tidligere Asker-trener Eli Landsem i Landsems første kamp, og spilte fast etter dette frem til hun la opp etter 2011-sesongen.