Stephan Pfürtner vokste opp i Danzig med fem søsken som sønn av en typograf. I 1941 kom han til Lübeck, og kom inn i Wehrmacht som soldat i et sanitetskompani. Der ble han arrestert av nasjonalsosialistene fordi han hadde deltatt i en diskusjonsgruppe ledet av Lübeck-presten Johannes Prassek. Han ble anklaget for å ha gjort narr av Hermann Göring. Sammen med de andre, kjent som Lübeck-martyrene, ble han fengslet frem til den såkalte lübeckske kristenprosess og satt i isolasjon. I folkerettssaken engasjerte hans kommandant seg for hans sak. Stephan Pfürtner ble dømt til seks måneders fengsel, som ble oppveid av tid i varetektsfengsel, hvorfor han ble løslatt umiddelbart etter rettssaken. Litt senere ble han sendt tilbake til Østfronten.