Forsvarsakademiet har siden 1992 holdt til på Svanemøllens Kaserne på Østerbro. Forinden holdt Forsvarsakademiet til på Østerfælled Kaserne. Forsvarsakademiet, som det ser ut i dag, ble opprettet 1. januar 2001 som ledd i avtalen om Forsvarets ordning fra 1999, som blant annet medførte at en rekke institusjoner ble sammenlagt.