Etter at Middlesbrough rykket ned fra Premier League 2008/09 ønsket Huth å fortsette karrieren på et høyere nivå, bl.a. for fortsatt å ha en mulighet til å ha en plass i den tyske landslagstroppen. Robert Huth skrev 27. august 2009 under for Stoke City. Prisen ble satt til £5 millioner pund, som kunne stige til £6 millioner pund etter gitte kriterier. Mange var overrasket over at Stoke City ble Huths nye arbeidsgiver ettersom tyngre meritterte lag også var interessert i spilleren.