Samisk høgskole har en såkalt toledermodell med valgt rektor og ansatt direktør, hjemlet i Universitets- og høgskolelovens §10-2. Rektor velges blant de ansatte og studentene ved institusjonen for fire år av gangen og maksimalt åtte år sammenhengende. Direktør ansettes av styret. Rektor har et overordnet ansvar for institusjonen og er styrets leder, mens direktøren sitter på det helhetlige administrative ansvaret.