I Polen og i de baltiske landene ble jødene ansett eller beskyldt for å understøtte det sovjetiske regimet blant annet fordi kommunister av jødisk opphav var noe overrepresentert i byråkratiet. Jødene ble da syndebukker for overgrepene begått av den sovjetiske okkupasjonsmakten 1939-1941. I den litauiske motstandsbevegelsen LAF ble litauisk nasjonalisme og arbeid for nasjonal selvstendighet slått sammen med anti-kommunisme og anti-semittisme. LAF drev under sovjetisk styre antisemittisk propaganda. LAF agiterte ikke eksplisitt for fysisk utslettelse av alle jøder i Litauen. Det er uklart hvor store praktiske forberedelser til fordrivelse eller massemord LAF gjorde før den tyske invasjonen, men menneskerettighetsforkjemperen Robert van Voren mener at litauerne psykologisk var vel forberedt. En del litauere i eksil i Tyskland gjennomgikk der opplæring med tanke på infiltrering umiddelbart før den tyske invasjonen og deltok deretter i massemord på jøder og kommunister.