Etter at faren hennes, Lord Richard Croft, forsvant, lever Lara Croft som sykkelbud. Hun blir pågrepet etter en kollisjon med en politi-bil. Richards forretningspartner Ana Miller betaler kausjon for henne, og oppfordrer Lara til å akseptere arven etter faren hennes. Lara tror faren hennes fremdeles er i live. Men Miller advarer Lara om at hvis hun aldri gjør krav på arven sin, kommer familiens eiendom Croft Manor, til å bli solgt. Lara aksepterer motvillig, og får snart tilgang til et hemmelig kammer i farens grav. Der oppdager hun en forhåndsinnspilt video fra Richard som beskriver hans forskning på Himiko, den mytiske dronningen av Yamatai som ble sagt å kunne bestemme over liv og død. Richard advarer Lara om å ødelegge forskningen hans, men hun ignorerer advarslene hans og undersøker videre på egen hånd.