Halveringstiden for botulinumtoksin er cirka ti timer, men effekten av behandling med botulinum kan vare i flere måneder. Etter intradermal injeksjon der eksokrine svettekjertler er målet, varer for eksempel effekten gjennomsnittlig 7,5 måneder. Brukt mot hodepinelidelser varer effekten typisk i 12 uker. Det kan imidlertid ta litt tid før virkningen setter inn.