Stridighetene om unionsplanene og Malayas framtid frambrakte ulike politiske grupperinger: Den viktigste politiske kraften blant malayene var United Malays National Organisation (UMNO), der Onn Jaafar var den første leder. Partiet ble til i mai 1946, som et resultat av en serie nasjonalistkongresser. UMNO samlet malayiske nasjonalister som ønsket selvstyre, samtidig som tradisjonelle malayiske institusjoner ble bevart. UMNOs motstand mot unionsplanene medførte britisk frykt for at malayene skulle utvikle seg i anti-britisk retning. Britene valgte derfor å gå i hemmelige forhandlinger med UMNO. Det ble avtalt å etablere en ny føderasjon, som respekterte de tradisjonelle herskernes suverenitet og delstatenes egenart, samtidig som malayenes privilegerte stilling ble bevart. Reglene for å få statsborgerskap ble strammet inn, slik at under 10 % av kineserne automatisk ville kvalifisere.