I 1998 ble Bakketeig professor i epidemiologi ved Syddansk Universitet, der han var ansatt til 2005. Han har også hatt flere utenlandsopphold som gjesteforsker bl.a. ved Yale University, National Institutes of Health i USA og ved University of Western Australia. Han har også vært benyttet som rådgiver av Verdens helseorganisasjon.