Den 25. august 1744 giftet hun seg med offiser og greve til Laurvigen grevskap Frederik Ludvig Danneskiold-Laurvig, som hun fikk sønnen (1745–1747) med. Da paret ikke etterlot seg arvinger, gikk grevskapet og godsene ved Frederiks død i 1762, videre til broren admiral Christian Conrad Danneskiold-Laurvig. Anna Joachimine oppførte hovedbygningen på Skjoldenæsholm (Sjælland) i 1766.