Til tross for press fra Hitler og Mussolini, valgte Franco formelt å stå utenfor andre verdenskrig og begrunnet dette med borgerkrigens utmattende virkning for Spania. I tillegg krevde Franco gjenytelser for spansk deltagelse, deriblant territorier i Nord-Afrika, som Hitler nektet å etterkomme. Den tyske hadde likevel tilgang til spanske havner. Allierte soldater som ble arresterte i Spania, samt flyktninger fra Frankrike og andre okkuperte land ble utleverte til det nasjonalsosialistiske Tyskland. Sommeren 1941 sendte Franco den militære enheten Den blå divisjon med en styrke på rundt 18 000 for å bistå under og under kampene på Østfronten. Ved Østfronten tjenestegjorde omkring 47 000 spaniere. Da Hitlers krigslykke snudde i 1943, endret Franco Spanias status fra «ikke-stridende» til «nøytral», og gjennomførte en streng nøytralitetspolitikk. Den 10. oktober samme år ble den blå divisjon trukket tilbake og oppløst.