Det irske kirkehierarkiet underkastet seg også Henrik, og håpet at hans invasjon ville føre til større politisk stabilitet i Irland. Henrik «brukte kirken som et virkemiddel for erobring». Kongen organiserte synoden i Cashel, der irske kirkeledere anerkjente ham som deres «verdslige overherre». Dette kan ha vært på grunn av deres erkjennelse av at de gregorianske reformene ikke var kompatible med det irsk-gæliske samfunnet. Pave Alexander III, som hadde etterfulgt pave Hadrian IV, sendte brev til de irske biskopene, og krevde at dem aksepterte Henrik som deres overherre i samsvar med edene som ble sverget av dens konger, eller de ville møte kirkelig kritikk. Han ratifiserte og hevdet å gi Henrik herredømmet over Irland for å sikre religiøs reform og sikre at irene betalte skatten sin til Roma. Synoden forsøkte å bringe den irske kirkens praksis på linje med den i England, og nye klostersamfunn og militære ordener (som tempelridderne) ble introdusert i Irland.