Etter det 13. århundre spredde inkvisisjonen seg nordover til Tyskland og Skandinavia. I Nord-Europa var inkvisisjonen betraktelig mildere, og i de skandinaviske land hadde inkvisisjonen lite å si. I Norge virket den aldri, og de første heksejaktene begynte først etter reformasjonen. Inkvisisjonen ble aldri etablert i England, men Christofer Columbus tok den med seg over Atlanterhavet. På slutten av 1400-tallet var den spanske inkvisisjonen blitt uavhengig av Roma og underlagt spanskekongen. Deres håndtering av konverterte muslimer, jøder og illuminister er med sine offentlige avstraffelser (se «auto da fe») et mørkt kapittel i inkvisisjonens historie.