Siden var det en periode med etniske spenninger og politisk instabilitet, inklusive ett mytteri innen arméen i 1996-97 og et mislykket militærkupp i mai 2001, som ble slått ned med hjelp fra Libya. Ytterligere stridigheter blusset opp i november samme år da arméens leder, François Bozizé ble avskjediget. Bozizé lyktes i å samle styrker til et opprør og inntok hovedstaden nesten uten motstand. I mars 2003 hadde han kommet til makten i landet. Den sittende presidenten, Patassé, var utenlands da kuppet skjedde og er fremdeles i eksil. Etter å ha fungert som president i to år ble Bozizé valgt i 2005. Koalisjonen Convergence Kwa Na Kwa, som støtter Bozizé, vant de fleste plassene i nasjonalforsamlingen.