Hotman ble antakelig født i Brussel og stammet fra en fiolinbyggerfamilie fra Antwerpen og en familie av jernstøpere fra Dinant. Etter farens død i 1620 flyttet Hotman med sin mor Jeanne de Saint-Hubert til Paris. Han fikk sannsynligvis undervisning av André Maugars. I 1629 giftet Hotman seg med Anne Paris, datter til en kanselliskriver. Hun viste liten interesse for musikk og sannsynligvis derfor startet han også med børs- og eiendomsforretninger.