Toni Innauer vokste opp som én av fem søsken i den lille fjellgrenda Sonderdach ovenfor Bezau, der foreldrene hans drev et vertshus. Han fikk sin sportslige utdannelse på skigymnaset i Stams i Tirol under den daværende østerrikske landslagstreneren Baldur Preiml.