Da den unge skotske dronningen kom heim til Skottland i 1561 gjenvant Argyll og Stewart, nå jarl av Moray, igjen sine viktige posisjoner i landet. Engelskvennligheten som fantes ble bekjempet. Deres berømmelse fikk en brå slutt i 1565 da dronningen giftet seg med Henry Stuart, lord Darnley. Henry gjorde krav på den britiske tronen og gjorde seg dermed til en fiende av dronning Elisabeth I. Han ledet Argyll og andre protestantiske ledere mot opprør.