Tomás de Torquemada ble likesom sin onkel (kardinal Juan de Torquemada) dominikaner. Som from, lærd og asketisk ung munk ble han utsendt som prior til dominikanernes kommunitet i Segovia, hvor han ble skriftefar for prinsesse Isabella, kronarving til Kastilla. Hun ble kronet i 1473, og et tiår etter ble pater Torquemada Spanias generalinkvisitor.