Christina var hele sitt liv svært tolerant mot andres religiøse overbevisning. Hennes lærer Johannes Matthiae sto for en mildere holdning enn lutheranere ellers. I 1644 foreslo han en ny kirkeordning, men ble nedstemt fordi den ble tolket som kalvinisme. Christina som da var blitt dronning, forsvarte Matthiae stikk i strid med kansler Oxenstiernas råd, men tre år senere måtte forslaget trekkes tilbake.