En viktig del av ITS er å gjøre BFR sikker og pålitelig gjennom utviklingen av en avansert programvare. En viktig del av BFR er et tilnærmet perfekt automatisert landingssystem. Ikke bare vil SpaceX sørge for en sikrere og tryggere retropropulsiv landing, men de vil også prøve å få denne så presis at landingsben på romskipet blir overflødig. En annen viktig del av softwareutviklingen vil innebære å kunne sikre seg automatisk frakt av last til og fra ulike destinasjoner, samt automatisk dokking for påfyll av brenseltankene ved hjelp av tankere som sendes opp i jordbane og kobler seg til BFR. For å gjøre systemene så billige som mulig vil baksiden av romskipet brukes til påfyllingen, slik at man kan benytte samme systemet som kobler boosteren til romskipet, til flere formål.