Etter at den egyptiskstøttede myndighetene forgjeves hadde forsøkt å arrestere ham, foretok han i 1881 etter profeten Muhammeds mønster en (flukt) fra Abba til det sørlige Kordofan. Han stod snart, med sin religiøse forkynnelse, som samlende for de mange forskjellige uroelementer, og ble leder for et virkelig opprør, det såkalte . Etter erobringen av Khartoum, der den britiske general Charles George Gordon falt, hadde Muhammed Ahmad sitt høykvarter i Omdurman, som hersket over så godt som hele det egyptiske Sudan.