John Joseph Fitzpatrick ble presteviet den 13. desember 1942 for bispedømmet Buffalo av den stedlige biskop, John Aloysius Duffy. Han ble så sendt til Florida for å være militærprest. Han ble i 1948 inkardinert i, eller overført til, bispedømmet St Augustine i Florida, og så i 1958 was inkardinert nok en gang, denne gang til erkebisperdømmet Miami.