Ved ny kongelig resolusjon 6. februar 1942 ble Forsvarets Overkommando gjenopprettet. Sjefen for den øverste fagmilitære kommandomyndighet ble samtidig utnevnt til midlertidig forsvarssjef. General Wilhelm von Tangen Hansteen ble dermed forsvarssjef fra 1942 til 1. juli 1944, da kronprins Olav overtok med Hansteen som nestkommanderende. Operative oppgaver skulle behandles i Overkommandoen, mens administrative saker i alminnelighet skulle gå direkte fra Forsvarsdepartementet til den berørte våpengren og omvendt. Med visse modifikasjoner gjaldt denne arbeidsdelingen fram til frigjøringen i 1945.