Ibogain blir hurtig metabolisert i det menneskelig legeme av cytokrom P450 2D6. Virkningene etter ibogainbehandling med varighet over 48 timer vil derfor trolig ikke skyldes administreringen av ibogain i utgangspunktet. Hovedmetabolitten i mennesker er noribogain (12-hydroksyibogamin) som inneholder en fenolsk hydroksy istedenfor en metoksy-gruppe. Både ibogain og noribogain har et plasmahalveringstid på omtrent tretti minutter. Det er framsatt forslag om at ibogain avsetter seg i fettvev og blir metabolisert til noribogain etter hvert som det frislippes. Noribogain har gjennomgående høyere plasmakonsentrasjoner enn ibogain og kan derfor registreres over lengre tidsperioder enn ibogain. Metabolitten er noe mer aktiv ved flere reseptorer og transportører. Noribogain er mest potent som en serotoninreopptakshemmer og som κ og µ-opioidreseptor full agonist og kan derfor opptre som en opiaterstatning i liknende forbindelser som metadon. Noribogain er også mer potent enn ibogain i rotteforsøk der det testes for ibogains subjektive virkninger.