Storhetstiden til den dansk-norske marinen på 16- og 1700-tallet med blant annet sjøhelten Peter Wessel «Tordenskjold» og flåtebasen Fredriksværn. Krigene mot England i 1801 og 1807–1814. Oppbyggingen av en egen norsk marine etter 1814, med stor vekt på hovedbasen i Horten. Unionsoppløsningen fra Sverige i 1905 og tiden før og etter første verdenskrig. Andre verdenskrig – angrepet på Norge og reorganiseringen i Storbritannia frem til tiden etter 1945. Egne avdelinger for hver fartøysklasse og museet har over 150 modeller av fartøyer.