Da Paris ble okkupert av tyskerne i juni 1940, var Darlan blant dem som støttet marskalk Philippe Pétain, som ble statsminister og statssjef i juli 1940. Pétain innledet forhandlinger med tyskerne, noe som endte med en våpenhvileavtale som ble underskrevet den 22. juni 1940. Etter det franske nederlaget fortsatte Darlan som marineminister og beordret store deler av flåten til Fransk Algerie.