Eberhard III gifta seg to ganger. Først med Antonia Visconti, datter av Bernabò Visconti. De fikk tre sønner sammen: Eberhard IV og to andre, som begge døde som barn. Etter Antonias død i 1405, gifta han seg i 1406 med Elisabeth av Nürnberg, datter av Johann III av Nürnberg. Ekteskapet blei fullbyrda den 22. november 1412. I dette ekteskapet blei det født ei datter, Elisabeth (døde etter 29. april 1476), som etter å ha rømt fra forloveden Albert III av Bayern, gifta seg med grev Johann III av Werdenberg, pasje ved farens hoff.