I 164 f.Kr. signerte Rhodos en avtale med Roma, og øyene ble underlagt i større eller mindre grad med Romerriket mens de samtidig beholdt i stor grad sin selvstendighet. Rhodos ble raskt et betydelig læresenter for romerske adelsfamilier, og da øyene (særlig Rhodos) var viktige allierte for Roma, fikk de tallrike privilegier og generell vennligsinnet forhold til Roma. Det gikk imidlertid tapt i 42 f.Kr. i den uroen som fulgte mordet på Julius Cæsar i 44 f.Kr. etter at den romerske hærføreren Cassius invaderte og herjet øyene. Deretter ble øyene direkte underlagt Romerriket. Keiser Titus gjorde byen Rhodos til hovedstad for («øyprovinsen»), og til sist ble øynene organisert sammen med Kreta som Romerrikets 18. provins.