Bombeattentatet og de mange døde gjorde den nye dronningen upopulær blant folket i Spania. Victoria Eugenie isolert seg fra det spanske folket og var sjeldent å se. Hennes gifteliv forbedret seg da hun fødte en sønn og en arving til riket, Alfonso, prins av Asturias. Etter fødslene til barna deres ble Victoria Eugenies forhold til Alfonso forverret. Dette førte til at Alfonso hadde flere affærer utenfor ekteskapet.