I 1861 utbrøt staten Virginia fra De forente stater og tilsluttet seg Confederate States of America ved utbruddet av den amerikanske borgerkrig. Men den folkelige stemning i Wheeling-området var imot bruddet. En gruppe teablerte Restored Government of Virginia i Wheeling og valgte advokaten Francis H. Pierpont som midlertidig guvernør. Whelan mente denne vas illegitim og nektet å avlegge lojalitetsed til den. Som reaksjon aktet Wheeling-regjeringen å arrestere ham. Men USAs president Abraham Lincoln nektet å tillate det. Edwin M. Stanton sendte et brev til den 21. mai 1862, der det het:Det ble ikke grepet inn mot biskop Whelan under borgerkrigen. Bispedømmet Wheeling ble del av den nye State of West Virginia i 1863.