Gjennom sin karriere og spesielt som biskop av Derry, interesserte Daly seg sterkt for det strafferettslige system, og forsøkte å ivareta behovene til fanger, internerte og ofre for justismord, som «Birmingham Six» (som ble urrettmessig dømt og dømt til livsvarig fengsel for en pub-bombing i Birmingham i 1974, og hvis domfellelse ble opphevet i 1991). Sammen med den katolske primas i hele Irland, Tomás Ó Fiaich, lobbet Daly overfor den britiske regjeringen i 1977 mot deres beslutning om å tilbakekalle IRA-fangers spesialkategoristatus og deretter deres behandling som kriminelle. Da saken kulminerte med en sultestreik i 1981 som resulterte i at ti fanger døde ved HM Prison Maze, drev han lobbyvirksomhet for Den europeiske menneskerettighetskommisjonen for å gripe inn.