Det nøyaktige hendelsesforløpet var i begynnelsen uklart. Aktivistene hevdet at de israelske styrkene åpnet ild fra båtene før bordingen, mens Israels forsvar hevdet de åpnet ild først etter at kommandosoldatene ble angrepet med kniver, klubber og våpen som var fravristet soldatene. Ifølge norske Nidal Hejazi åpnet de israelske soldatene ild først med gummikuler. Ifølge den australske fotografen Kate Geraghty inndro de israelske soldatene mobiltelefoner, minnebrikker og kamera. Mobilnett og internett og satellittelefoner sluttet å virke, og kommunikasjonen mellom konvoien og omverdenen ble brutt. Kate Geraghty forteller at hun ble skutt på med elektrosjokkvåpen som førte til at hun måtte spy. Det ble også rapportert om bruk av tåregass. Ifølge et intervju TV 2s Fredrik Græsvik hadde med en representant for Israels forsvar, tok det ti minutter fra den første soldaten rappellerte ned på MS «Mavi Marmara» til den israelske styrken hadde overtatt kontrollen over skipet, mens rapporterte at dette tok mer enn 20 minutter. I etterkant har IDF frigitt bilder og videoer som bekreftet at soldatene ble møtt med brutal vold fra aktivistene.