Pablo Varela Server ble født i Spania. I en alder av syv år flyttet han til Havana på Cuba med familien. Han begynte studiene ved Universitetet i Havana. Av særlig politiske grunner måtte han fortsette studiene ved det spanske Universitetet i Valencia til det tredje år, da han så tok fatt på presteutdanningen. Han tok grader i filosofi og teologi fra Katholieke Universiteit Leuven i Belgia.