Morfofonologien (måten en grammatisk funksjon eller et morfem påvirker på) er kompleks. Østersjøfinske språk har kasis-suffikser, tempus eller grammatisk tid (skille mellom fortid, nåtid og fremtid), grammatisk modus og personmarkører (som tilsvarer personlig pronomen) – de har singularis og pluralis, men ikke dualis – så vel som partikler og flere infinitiv-former, possessivsuffikser, klitikoner, etc. Antallet kasus er generelt sett høyt (finsk har 15 kasus, estisk har 14, sørestisk har 14, ingrisk har 12, etc.), mens infinitivformene varierer mer mellom språkene.