Representanter for militæret og statlige organer og private interessegrupper nært knyttet til dem, mislikte biskop Gerardi personlig for at kirkens kommisjon ga de guatemalanske væpnede styrkene skylden for flertallet av de døde under borgerkrigen. Ensidigheten som staten anklaget REMHI for, ble tilskrevet påvirkningen fra biskopens påståtte «kommunistiske» politiske holdning. Sannhetskommisjonen som vat blitt etablert av og ble kontrollrt av FN kom imidlertid til svært like konklusjoner i sitt arbeid.