Carpatair ble etablert i 1999 og startet drift i februar 1999 i Cluj-Napoca. Det ble dannet som og brukte en leaset Yakovlev Yak-40 fra Moldavian Airlines. Det nåværende navnet ble vedtatt i desember 1999, da sveitsiske og svenske investorer tok en 49% eierandel i selskapet. Flyselskapet er eid av rumenske aksjonærer (51%) og sveitsiske og svenske aksjonærer (49%) og sysselsetter 450 ansatte (i mars 2007). Den nåværende president og administrerende direktør er Nicolae Petrov.