Etter en flystyrt i Karachi 22. mai 2020 ble det igangsatt en granskning av selskapet. I en pressemelding 1. juli 2020 kunngjorde Det europeiske luftfartssikkerhetsbyrå (EASA) at Pakistan International Airlines umiddelbart utestenges fra EU. Årsaken skal ifølge EASA være at en stor andel av selskapets piloter har jukset seg til flysertifikat ved å få andre til å ta eksamen for dem. Ifølge Pakistans luftfartsminister skal 30 % av selskapets piloter mangle gyldige flysertifikater. Utestengelsen rammet også Norge.