I 1589 begynte astronomen Johannes Kepler sine studier ved universitetet i Tübingen. Byen gikk på 1600-tallet inn i en turbulent tid under tredveårskrigen, hvor katolikkene i løpet av 1620-årene gradvis gjenvant kontroll over Tübingen. I 1631 var området åsted for den konfesjonelle «kirsebærkrigen», og i det følgende var byen en kasteball mellom konfesjonelle, keiserlige og bayerske tropper, en kort tid også på svenske (1638) og franske (1647–49) hender.