Så lenge Frans levde fortsatte deres nære forhold, og Frans bisto gjerne med råd, var Klaras åndelige veileder og hadde en meget stor betydning for henne. Det er grunn til å tro at dette også gikk andre veien, at deres sterke åndelige vennskap også var en berikelse og til inspirasjon for Frans. Frans besøkte klosteret fra tid til annen, men var nøye med å overholde klosterregelen om at heller ikke han skulle være alene med noen kvinne, heller ikke med Klara. Slik beskyttet han også henne mot eventuelle ondsinnede rykter.