Ettersom sultanens hovedmål var fatimidene, ble keiseren løslatt. Krigen mot Bysants skulle få vente til senere. Men den frigitte keiser ble i Bysants avsatt på grunn av sitt nederlag. Han ble også blindet og sendt i eksil til Proti. Borgerkrig svekket deretter riket så ettertrykkelig at det mistet kontrollen over midtre og østlige Anatolia. Disse områder falt så til seldsjukkene. Det bysantinske nederlaget førte til omfattende religiøs og etnisk omveltning i Anatolia ettersom de muslimske seldsjukkene vant kontroll over Anatolia. De opprettet sultanatet Rum, forløperen til Det osmanske riket.