Altertavlen er fra omkring 1660, men har et innsatt maleri fra 1865 av Jørgen Roed. Prekestolen er utført i billedhugger Hans Holst verksted i 1624, og viser fire friser med Jesu fødsel, korsfestelsen, oppstandelsen og dommedag. På prekestolens ryggskjold ses ennå et av universitetets skjold, denne gang med innskrifter for rektorene Thomas Fincke og Wolfgang Rhuman.