Kirken ble bygget på 1500-tallet av den nederlandske byggmester Hendrik van Huwen og siden da har mange arkitekter vært involvert i bygningen med kunst, blant andre Willem Gutt, Göran Josuae Adelcrantz, Carl Fredrik Adelcrantz, Carl Hårleman og sist i (1963-1965) Artur von Schmalensee. Med sitt 116 meter høye tårn er Klara-kirken Sveriges og Nordens nest høyeste.