Etter at Franz von Werner var ferdig med sin utdanning, gikk han inn i et kavaleriregiment. Under Krimkrigen mellom Russland og Tyrkia konverterte han til islam og ble offiser i den tyrkiske hæren. I 1856 gikk han inn i politikken og ble utsending med spesielle fullmakter til Bosnia og Hercegovina, i 1859 til Bukuresti, i 1960 til Palermo, i 1864 til Timişoara i Banat med status som tyrkisk konsul.