Hele den estiske hæren ble en del av Den røde armé, og brukte til og med sine egne uniformer og beholdt de fleste av sine egne offiserer – opp til øverstkommanderende. På dette tidspunkt var 100 000 soldater fra Den røde armé stasjonert i Estland, sammenlignet med de 15 000 mann Estland kunne mønstre. I august 1940 ble hele den estiske hæren reorganisert som en territorielt geværregiment i Den røde hær. I samme tidsrom ble også den sivile maktstrukturen sovjetisert, og etter hvert ble Estland og de andre baltiske landene innlemmet i Sovjetunionen.