I 969 på ble en fatimidehær under ledelse av general Jawhar al-Siqilli sendt ut for å etablere en ny hovedstad for Fatimidkalifatet. Egypt ble erobret fra deres base i Ifriqiya og en ny befestet by nordøst for Fustat ble etablert. Det tok fire år for Jawhar å bygge byen, først kjent som al-Manṣūriyyah, som skulle tjene som den nye hovedstaden i kalifatet. I løpet av den tiden beordret også Jawhar byggingen av al-Azhar-moskeen, som utviklet seg til det tredje eldste universitetet i verden. Kairo skulle bli et senter for læring, og biblioteket i Kairo inneholdt hundretusenvis av bøker. Når kalifen Al-Mu'izz li-Din Allah endelig kom fra den gamle fatimidhovedstaden Mahdia i Tunisia i 973 ga han byen sitt nåværende navn, («De seirende»).