Ikke lenge etter at han kom til San Cristóbal dro Ruiz på en rundtur på et muldyr for å se bispedømmet. I løpet av turen besøkte han alle byer og landsbyer som lå under hans jurisdiksjon. I løpet av reisen så han den enorme fattigdommen og marginaliseringen bispedømmet hans var rammet av, og forstod hvordan virkeligheten var for mange av lokalsamfunnene i Chiapas. Pastoralbrevet hans i 1993 gir uttrykk for denne erfaringen og Ruiz kommenterer ting som har blitt gjort av ham og bispedømmet. Han sier at det har vært kulturelt ødeleggende og forklarer at «vi hadde kun våre enge etnosentriske kriterier å dømme tradisjoner ut fra. Uten å forstå det var vi på lag med dem som undertrykte urbefolkningen.» Ruiz begynte sakte å identifiser og utfordre de undertrykkende strukturene og stilte spørsmål rundt styresmaktene og militæret i tillegg til personer innad i kirken som støttet opp om dette systemet. Han oppfordret lokalsamfunn med urbefolkning til å ta ansvar for sine egne liv og sa åpent at de fattige i Chiapas var offer for strukturell undertrykking og institusjonalisert vold. Gradvis gjennomgikk Ruiz en serie opplevelser som fikk ham til å endre seg og førte til at han tok opp mayafolkets sak og utviklet en inkulturert inngangsport til katolsk lære og evangelisering.