Hva angår ruteflyet kjent som United Airlines Flight 93, hvor passasjerene gjenerobret kontrollen fra kaprene, er det blitt hevdet at det ikke styrtet som en konsekvens av at flykapteinene mistet kontrollen de siste tre minuttene det var i lufta, men at det ble skutt ned av jagerfly. Det finnes ingen bevis for en slik påstand. En annen hypotese, som blir presentert i filmen Loose Change, hevder at ingen av disse hendelsene fant sted, men hevder i stedet at flyet ikke eksisterte og at vrakgodset som ble funnet på åstedet for havariet i Shanxville, Virginia, ikke stammet fra et fly, men var kun en tilfeldig samling metallbiter som ble plassert der med vilje. Slike hypoteser forklarer ikke hvor det ble av alle passasjerene som beviselig var på flyet.