Eichmann var en av de hovedansvarlige for logistikken under holocaust, særlig transport til utryddelsesleirene. Eichmann og hans mannskap bestemte hvem som skulle sendes til leirene på ulike tidspunkt og de laget opplegg for å sikre seg ofrenes eiendeler før deportasjonen. Eichmann ivret for å deportere jødiske borgere fra nøytral land noe som skapte strid med utenriksdepartmentet og deportering av konvertitter skapte strid med kirken. Under holocaust i Ungarn var han selv tilstede og hadde personlig tilsyn med deportering av mennesker til Auschwitz. På denne måten medvirket han til drap på godt over 1 million mennesker. Eichmann skal selv ha sagt at han hadde seks millioner på samvittigheten. I august 1944 meldte Eichmann til Heinrich Himmler at omtrent 4 millioner var drept i konsentrasjonsleirer og 2 millioner drept av mobile drapskommandoer. På jødekontoret i Kurfürstenstrasse i Berlin var tall som viste fremdriften i folkemordet oppslått på veggen.