Spillet inneholder også mange hemmelige nivåer som kan nås fra hovednivåene gjennom falluker. Falluker laget av tre leder til undergrunnsbaner hvor man skal løse et eller annet puslespill med Ground Pound-ferdigheten. Falluker laget av metall leder til skyhøye baner hvor man hovedsakelig må bruke plattformferdigheter.