Oberstløytnant Marie-Georges Picquart oppdaget imidlertid under forsøket på å finne mer informasjon som kunne underbygge kaptein Alfred Dreyfus skyld at sakens viktigste bevis ikke var skrevet av Dreyfus men av major Ferdinand Walsin Esterhazy. Flere høytstående offiserer advarte Picquart mot å avsløre sine funn, men Picquart fortsatte sine undersøkelser. I arbeidet med å finne ut av saken ble han motarbeidet av sine underordnede, spesielt major Hubert-Joseph Henry. Som en konsekvens ble Picquart frabeordret sjefstillingen ved Deuxième Bureau og i desember 1896 beordret til tjeneste i Tunis.