Joachim giftet seg med den unge Øllegaard Henriksdatter Huitfeldt i 1643. Giftemålet innbragte ham mange gods i Skåne, deriblant Tunbyholm. I 1646 ble han valgt til landkommissær i Skåne, mens han i årene 1648-49 var rådgiver for den nykronede konge Frederik III. I julen 1649 ble Joachim Gersdorff medlem av det danske rigsråd som bestod av Danmarks mektigste menn.