Van Heuven Goedhart giftet seg med sin første kone Francis Becht (1899–1987) i 1924. Dette ekteskapet ble oppløst i 1931 og i 1932 giftet Van Heuven Goedhart seg med Erna Hauan (1899–1991) fra Norge. Van Heuven Goedhart hadde to barn fra sitt andre ekteskap, Karin Sophie og Bergliot Halldis. Van Heuven Goedhart døde i Genève, den 8. juli 1956 da han var 55 år gammel. Auguste R. Lindt fra Sveits tok over som FNs høykommissær for flyktninger.