Hickel ble i 1990 igjen valgt til guvernør i Alaska etter demokraten Steve Cowper, denne gangen som kandidat fra Alaskan Independence Party. Men Hickels valgkamp dreide seg om andre sider av partiets program, da han personlig var imot tanken om at Alaska skulle løsrive seg fra USA. Etter at embetsperioden var over i 1994, meldte han seg igjen inn i Det republikanske parti.