Rizal begynte sine studier under Justiniano Cruz i Laguna. Han dro til Manila for å studere ved Ateneo Municipal de Manila der han tok bakkalaureat i de frie kunster i 1877. Han fortsatte på samme læreanstalt for å ta utdannelse som landmåler og assessor, og studerte samtidig filosofi og litteratur ved Santo Tomás-universitetet. Da han fikk vite at moren var i ferd med å bli blind, bestemte han seg for å studere medisin ved Santo Tomás, men fullførte ikke der fordi han var av den oppfatning at filippinere ble diskriminert av dominikanerne som drev universitetet.