Årene 1996-1998 var en urolig politisk periode i den føderale regjering, med mange politiske allianser med kort levetid. Bharatiya Janata Party dannet regjering for kort periode i 1996, etterfulgt av «United Front»-alliansen. I 1998 dannet BJP den såkalte «National Democratic Alliance» (NDA) med flere regionale parter og ble den første ikke-INC regjeringen til å fullføre en full femårsperiode. I valget i 2004 sikret INC seg de fleste Lok Sabha-setene, og dannet en koalisjonsregjering kalt «United Progressive Alliance» (UPA), med støtte fra kommunistene (Left front) og andre anti-BJP-partier.