I 1960 ble han selv ordinert til luthersk prest innen Missourisynoden (LCMS, Lutheran Church – Missouri Synod). Som luthersk prest var han aktiv i liberal politikk inntil høyesterettighetskjennelsen i saken Roe v. Wade ble lagt frem. I 1974 fant det sted et større skisma i Missouri Synod som innebar at mange «modernistiske» kirker brøt ut for å danne den mer progressive Association of Evangelical Lutheran Churches, som Neuhaus sluttet seg til. AELC slo seg et tiår etter i 1988 sammen med to mer liberale lutherske kirker i USA, The American Lutheran Church og Lutheran Church in America og ble til Evangelical Lutheran Church in America. Her var også Neuhaus med.