Den tynt befolkede øya var lenge dominert av Ternate og Tidore, to små øyer vest for Halmahera. På begge øyene hadde det utviklet seg sultanater, før portugiserne kom og før Det nederlandske ostindiske kompani i sin tur tok over herredømmet. Under annen verdenskrig var øya besatt av japanerne, som anla en base i Kaoe Bay.