Én av de sakene Ratzinger drev frem, var om den meksikanske presten Marcial Maciel, grunnlegger av Kristi legionærer. En rekke beskyldninger florerte, men en tid ble Ratzinger bremset av andre i den romerske kurie. Da Maciel ble hedret i 2004, utløste det at atter flere tok motet til seg og presenterte anklager, og da var reglene slik at Troskongregasjonen fikk sakene til seg: Ratzinger autoriserte en grundig etterforskning og viktige avhør ble foretatt i USA mens pave Johannes Paul lå på sitt siste. Etter at Ratzinger ble pave fortsatte etterforskningen, og i 2006 ble Maciel tvunget ut av ledelsen av Kristi legionærer og til å nedlegge alle sine kirkelige embeter. I mai 2010 fulgte en uttalelse fra Vatikanet som fordømte dan da avdøde Maciels graverende og umoralske adferd, bekreftet av pålitelige vitnemål, som utgjør ekte kriminalitet og en levemåte uten skrupler eller autentisk religiøs ånd.