Da Colter kom tilbake til St. Louis i 1807 ble han raskt ansatt blant annet som veiviser for Manuel Lisa, som deretter foretok en mengde ekspedisjoner opp langs Missourifloden for å jakte, men fremfor alt for å drive byttehandel med indianerne. I år 1809 grunnla Manuel Lisa sammen med blant andre Andrew Henry St.Louis Missouri Fur Company.