Fra 1194 ble Sicilia styrt av det tyske Hohenstaufendynastiet. De gjorde i 1220 Palermo til sitt hovedsete. I 1266 førte en konflikt mellom Hohestaufenhuset og Den hellige stol til at Karl I av Napoli invaderte øya. Det franske styret ble ikke populært, og i 1282 gjorde sicilianerne opprør (den sicilianske vesper), etterfulgt av Peter III av Aragóns invasjon.