Etter løslatelsen ble han tatt inn i IRA og forfremmet. Han ble først kaptein med ansvar for et kompani, så kommandant for 2. bataljon og til sist brigadér for Dublinbrigaden. I kraft av denne stillingen var han også del av staben ved IRAs hovedkvarter, som inkluderte blant annet Michael Collins og Richard Mulcahy. Sammen med de to var McKee en av arkitektene bak strategien med , mobile enheter som kunne angripe mål og så raskt trekke seg tilbake. I 1918 ble han fengslet for en kortere periode i Dundalk, mens han var IRAs treningsdirektør.