Før den første verdenskrig omfattet katolikatet 15 bispedømmer med ca. 284 000 medlemmer. Under folkemordet på armenerne ble katolikatet av Kilikia opphevet i 1916 og katolikos Sahag II først sendt til Jerusalem og året etter forvist til Damaskus. Han prøvde å gjenopprette katolikatet i 1918, men måtte flytte setet fra Sis til katolikatets eneste gjenværende bispesetet i Aleppo i 1921. For å opprettholde katolikatet, ble bispedømmene Damaskus, Beirut og Kypros overført fra patriarkatene Jerusalem og Konstantinopel til katolikatet av Kilikia. 1930 ble setet flyttet på nytt og har siden ligget i Antelias.