Emil Racoviță fortsatte sitt forskningsarbeid innen speleologi, og utforsket mer enn 1400 grotter i Frankrike, Spania, Algerie, Italia og Slovenia. Sammen med René Jeannel regnes han som grunnleggeren av . Han var speielt interessert i tanglus, og oppdaget mange slike. I 1919 ble Racoviță leder for biologiavdeligen ved (nå Babeș-Bolyai-universitetet) i Cluj. Der grunnla han verdens første speleologi-institutt i 1920, samme år som han ble medlem av den rumenske vitenskapakeademiet. Han fortsatte som en sentral person i Romanias vitenskapsmiljø fram til sin død.