Werlauff var ikke særlig opptatt av den nasjonale bevegelsen i første halvdel av 1800-tallet, men han skrev en avhandling «Forsøg til det danske Sprogs Historie i Slesvig» (1819) og «Om Constitutio Waldemari» (1848). Han ble derfor ikke innblandet i striden mellom danske og norske historikere. Gjennom sin norskfødte far hadde han også en viss interesse for Norge. Jacob Aall tilbød under et opphold i København i 1811 å finansiere en utgivelse av en oversatt saga. Werlauff påtok seg da oversettelsen og utgivelsen av to islendingesagaer: og (1812), en vitenskapelig utgave med norrøn tekst og oversatt dansk parallelltekst med kommentarer.