I 1662, kort tid etter at han ble myndig, tok kong Alfonso VI av Portugal all makt fra moren sin og fikk henne sendt i kloster. Rådgivieren hans , Luís de Vasconcelos e Sousa, 3. hertug av Castelo Melhor hadde overbevist Alfonso om at hun var ute etter å ta Tronen fra ham. I stedet fikk hertugen av Castelo Melhor en fremtredende stilling, og overså siste delen av restaurasjonskrigen. Kong Alfonso og rådgiveren hans ble senere avsatt av den yngre broren til kongen, Pedro II av Portugal. Slaget ved Ameixial fant sted 8. juni 1663. Spanske styrker hadde tatt kontroll over store deler av det sørlig Portugal, og fikk nå kontroll over byen Évora. Noen uker senere ble byen tatt tilbake av Sancho Manoel de Vilhena og greven av Mértola. Etter flere portugisiske seire i 1664 og -65, som det viktige slaget ved Montes Claros endte kamphandlingene, selv om ingen fredsavtale ble underskrevet før det var gått tre år. Lisboa-traktaten ble underskrevet i 1668 og gjorde slutt på 28 år med krig. Den spanske regenten Mariana av Østerrike godtok endelige legitimiteten til den portugisiske monarken. Portugal holdt på alle koloniene sine, bortsett fra den nordafrikanske kolonien Ceuta, som ikke hadde godtatt Bragança-dynastiet under krigen.