Etter å ha gjennomført de teologiske studier ved jesuittenes teologat i Kurseong ble han presteviet den 21. november 1940. Jesuittene hadde grunnlagt et institutt, Oriental Instutute, i Calcutta, for en bedre forståelse av og dialog med ikke-kristne religioner. Planen var at han skulle inngå i dette og arbeide tett på indiske muslimer, blant annet på bakgrunn av hans beherskelse av arabisk og kunnskaper on islam. De andre med tilsvarende områder og oppgaver var patrene Julien Bayart (buddhismen), Robert Antoine (hinduismen) og Victor Courtois (også han ekspert på islam). Pater Van Exem var i en periode redaktør av månedstidsskriftet , en av de første publikasjoner noensinne som var viet til interreligiøs dialog mellom katolisismen og islam.