Den eldste historien til klanen er dunkel og preget av legender, men hevder å nedstamme fra den legendariske kong Niall og har sitt navn også fra en Niall som levde på 1200- eller tidlig på 1300-tallet, og som tilhørte samme dynastiske familie som de på Cowal og Knapdale som etterkommere av Lamont, MacEwan, klan Maclachlan og Sweeney. Mens MacNeil er sentrert på Barra er det en gren av klanen i Argyll (McNeill/MacNeill) som en del historikere har spekulert var heller en eldre linje, eller muligens faktisk ubeslektet. Imidlertid, i henhold til skotsk lov, er den nåværende høvding av klan MacNeil høvding over alle MacNeil(i)er.