Året etter, 2004, ble et godt år for Dekker. Han tok en 11.-plass under verdenscuprittet Milano-San Remo, en 5.-plass under Ronde van Vlaanderen, vant Ronde van Drenthe og vant Ronde van Nederland ett sekund foran russeren Vjatsjeslav Jekimov. Han avsluttet året med å vinne verdenscuprittet Paris-Tours 10. oktober. I desember 2004 ble det kjent at han ble den nye lederen av proffsyklistenes fagforbund, VVBW.