I april 1945 var han til stede i førerbunkeren i Berlin, og befant seg der de siste dagene Adolf Hitler og Goebbels levde. Etter Hitlers selvmord 30. april 1945, tok Goebbels over Hitlers rolle som rikskansler. Dagen etter, 1. mai, utførte Goebbels sin eneste offisielle handling som kansler. Han dikterte et brev til den sovjetiske hærgeneralen Vasilij Tsjujkov, der han ba om midlertidig våpenhvile, og han befalte den tyske generalen Hans Krebs til å levere det. Tsjujkov hadde kommandoen over de sovjetiske styrkene i det sentrale Berlin, og avviste det tyske kravet om våpenhvile. Da avvisningen kom, besluttet Goebbels at ytterligere innsats var fåfengt. Goebbels holdt i stedet en tirade der han minnet de tyske generalene om at Hitler hadde forbudt dem å overgi seg. Fritzsche forlot rommet for å prøve å ta saken i egne hender. Han dro til sitt kontor på Wilhelmplatz like ved, og skrev et overgivelsesbrev til den sovjetiske marskalken Georgij Zjukov. En sint og full general Wilhelm Burgdorf fulgte med Fritzsche til kontoret og spurte der om Fritzsche hadde tenkt å overgi Berlin. Fritzsche svarte bekreftende, hvorpå Burgdorf skrek at Hitler hadde forbudt dette, og at Fritzsche som sivilist ikke hadde noen myndighet til dette. Burgdorf trakk deretter våpenet sitt mot Fritzsche for å skyte ham. Men en tilstedeværende radiotekniker klarte å slå til pistolen, og den avfyrte kulen gikk i stedet rett i taket. Flere tilstedeværende personer overmannet Burgdorf og førte ham tilbake til bunkeren. Fritzsche forlot deretter kontoret sitt, gikk så over til de sovjetiske linjene og tilbød seg å overgi byen.