Fredrik Sixten er vokst opp i et prestehjem. Hans far, Sven Sixten (1929–2001), var prest i Den svenske kirke og forfatter. Hans mor er Siri Sixten (f. 1934) og Fredrik er nummer tre av fem søsken. Da Sixten var ti år gammel flyttet familien til Fristad utenfor Borås, der hans far ble kirkeverge. Denne oppveksten, nær en tradisjonell og moderne kirkemusikalsk praksis, danner startpunkt for Sixtens egen, mangfoldige utøvende og kompositoriske virksomhet.