I Norge er arten påvist ynglende i en rekke habitater, som bygninger, hule trær, bergsprekker og i flaggermuskasser. Dvergflaggermus er den arten som oftest blir påvist i flaggermuskasser i Norge. Lengst nord i utbredelsesområdet på Vestlandet er store flaggermuskasser det foretrukne ynglehabitat for denne arten. I slike kasser som henges opp på en solrik plass er temperaturen bedre enn i feks hule trær og kasser er tryggere for predasjon. Den største trusselen kommer trolig fra måker og kråker som posterer der flaggermusene flyr ut fra kolonien.