Miljøaktivitetene ved IRIS var konsentrert rundt «integrert marin miljøforskning», med fokusering på å få frem kunnskap og utvikle verktøy for sikker og kostnadseffektiv marin overvåking knyttet opp mot økosystembasert forvaltning (EBM). En stor del av forskningen relaterte seg til miljøpåvirkning fra industrien, hovedsakelig petroleumsindustrien, samt landbruket. I tillegg hadde IRIS aktiviteter innenfor «bioteknologisk næringsrettet forskning» med fokusering på utvikling av diagnostiske proteiner, oljerelatert mikrobiologi og proteinproduksjon. IRIS Biomiljø drev også utstrakt bioteknologisk næringsrettet forskning innen utvikling av diagnostiske proteiner og mikrobiologi.