Etter krigen ble han for Garda Síochána, Fristatens politi. Det har blitt hevdet at Collins ønsket ham som sin etterfølger, men at verken Mulcahy eller W.T. Cosgrave regnet ham som egnet for en posisjon i regjeringen. Det har også blitt hevdet at de to ville ha fjernet ham som politisjef dersom Cumann na nGaedhael hadde vunnet valget i 1932. Ettersom partiet tapte kom Fianna Fáil under Éamon de Valera til makten, og O'Duffy fortsatte i stillingen.