Israel hevder at Hamas har bygget og benytter seg av anlegg i tunneler under sykehuset; i 2014 ble sykehusets undergrunn beskrevet som et «faktisk hovedkvarter» for Hamas. Amnesty International rapporterte at sykehuset var blitt brukt av Hamas til å torturere og myrde dissidenter. Under krigen høsten 2023 er de antatatte anleggene under sykehuset igjen blitt et tema.