Béchamp ble senere i livet engasjert i en bitter og langvarig tvist med Louis Pasteur. I utgangspunktet dreide deres rivalisering seg om oppdagelsen av fermentering og senere ble dette utvidet til å omfatte konkurrerende ideer om mikrobiologi, patogenese og bakteriologi. Béchamp mente at levende organismer som kalles "mikrozymer" skapte bakterier som respons på forstyrrelser i kroppen, og han mente at bakterier ikke kunne invadere en sunn kropp og forårsake sykdom på egen hånd. Pasteurs konkurrerende syn ble allment akseptert av forskere, og Béchamps teorier forkastet, man hans tilhengere har fortsatt å tro på hans hypotese.