Vasilij Golovnin ble født i april 1776 på sin fars gods. Både hans far og farfar hadde tjenestegjort i den russiske hær som eliteoffiserer i Preobrazjenskij livregiment. Vasilij Golovnin stod til å følge familietradisjonen, men hans far døde da han fortsatt var barn, og i en alder av tolv ble han innskrevet på det russiske flåteakademi som kadett. Han dimitterte fire år senere i 1792.