I januar 1947 ble Six arrestert av Counterintelligence Corps (CIC) mens han var i dekning som gårdsarbeider under falskt navn. CIC deltok ikke i undergravingen av rettsoppgjør i regi av blant annet Operasjon Paperclip og kjente ikke til at Six hadde kontakt med Gehlen og amerikansk etterretning; CIC visste bare at Six var en ledende propagandist som i kraft av sin høye grad i SS uansett skulle arresteres. Friedrich Buchardt, Six' assistent og etterfølger i , meldte seg etter krigen for britiske okkupasjonsmyndigheter og tilby samarbeid for å redde seg selv. Buchardt hadde blant annet ledelsen da jøder ble massakrert i Smolensk. Buchardt ga de allierte detaljerte opplysninger om Six' virke i Hviterussland herunder bruk av lokale kollaboratører.