Spionvare overskriver gjerne sentrale bibliotek på maskinen med sine egne spionvare-versjoner. Derfor er det i mange tilfeller vanskelig å fjerne spionvare uten å ødelegge for øvrige program på maskinen. Fjerning av spionvare kan i noen tilfeller medføre at applikasjoner ikke lenger fungerer. I verste fall kan dette resultere i at maskinen må reinstalleres. Sanntidsdeteksjon av spionvare kan slå ut på såkalte . I så fall vil sanntidsdeteksjonen hindre legitim programvare fra å bli installert.