Den eldste omtalen av Abydos er i en oppramsing av allierte for byen Troja i Homers . Den var antagelig en trakisk by, slik omtalt av Strabon, men den ble senere kolonisert av folk fra Miletos en gang rundt 700 f.Kr. med godkjennelse av Gyges, en delvis legendariske konge av Lydia i oldtiden. Byen ble okkupert av perserne i 514 f.Kr., og Dareios I av Persia brente den i 512 f.Kr. Det var ved dette området som Xerxes bygde to pongtongbroer (flytende broer) og krysset sundet da han i 480 f.Kr. invaderte Hellas.