Taliban offentliggjorde en uttalelse om at Mazari hadde angrepet Taliban-vakter mens han ble fløyet til Qandahar. Da likene av ham og hans følgesvenner ble funnet, var de mishandlet og viste åpenbare tegn på å ha blitt torturert. Mazaris lik ble fraktet til fots fra Ghazni i vest til Mazar-e-Sharif nord i Afghanistan av hans tilhengere. Marsjen skal ha tatt førti dager, og mange tusen fulgte hans gravferd i Mazar-i Sharif.