Denne jobben tok han over etter Dr. Jozef Venglos. I 1992-93 var laget den største utfordreren til tittelen i den nyetablerte FA Premier League, men tapte til slutt for Manchester United, som vant sin første ligatittel på 26 år. Året etterpå gikk det dårligere, men klubben fikk en liten hevn mot Manchester United da de vant ligacupfinalen mot dem på Wembley. Likevel fikk Atkinson sparken i klubben i november 1994, da Brian Little overtok jobben hans. Som vanlig var Atkinson raus med sjekkheftet, og kjøpte spillere som Dean Saunders (£2,3 millioner), Andy Townsend (£2 millioner), Earl Barett (£1,7 millioner), John Fashanu (£1,35 millioner), Guy Whittingham (£1,2 millioner) og Steve Staunton (£1,1 million). For øvrig ansatte Atkinson sin forgjenger i Manchester United, som hovedtrener i Aston Villa, nemlig Dave Sexton.