I 1964–1965 ble Oberhauser dømt til 4 års fengsel for medvirkning til 450.000 mord i Bełżec. Domstolen i München (tysk: ) ga relativt kort straff begrunnet med at Oberhauser hadde sonet en fengselsstraff i DDR. Saken mot øvrige tiltalt i Bełżec-prosessen (tysk: ) i München ble frafalt. De tiltalte nektet ikke for at det hadde skjedd massemord i leiren der de arbeidet. Ved rettsoppgjøret fremholdt hans kollegaer fra Bełżec at Oberhauser var involvert i alle deler av driften av utryddelselsleiren, at Oberhauser var en sentral makthaver i leiren og at han medvirket til den effektive driften. Etter å ha sonet halvparten av straffen ble Oberhauser sluppet fri og gikk tilbake til arbeidet i ølhallen.