I Heerenveen scoret Huntelaar 35 mål på 46 kamper. I januar 2006 ble han solgt til Ajax, hvor han blant annet scoret totalt 54 mål i serien, europacupen og for U20-landslaget i løpet av sesongen 2005-06. Det gjorde Huntelaar til den nest beste målscoreren i Nederland på 50 år.