Når en starter Time Machine, lages en mappe på den eksterne stasjonen med navn lik tid og dato fra det tidspunktet. Time Machine kopierer deretter hele den primære harddisken (unntatt filer og mapper som brukeren har valgt at ikke skal kopieres) til mappen. Hver time etter dette tidspunktet opprettes en mappe på den eksterne harddisken, etter samme navngivingsskjema, men i stedet for å lage enda en komplett kopi av den primære harddisken, lager Time Machine bare harde lenker til filer eller mapper som allerede eksisterer på den eksterne disken og kopierer kun filer som er endret (ulikt en del andre verktøy som kun kopierer de endrede delene av filen, kopierer Time Machine hele fila).