Etter hvert som historien utspiller seg, blir mange av dem som blir tilbudt muligheten til hevn av Agent Graves avslørt for å ha vært personer krenket av «The Trust» eller deres agenter. Seks av disse blir avslørt for å tidligere ha vært aktive Minutemen. Agent Graves forsøker å re-aktivere flere av sine tidligere Minutemen, samt rekruttere potensielle nye medlemmer i løpet av serien. Graves forsøker å sette i gang et komplisert og dødelig komplott mot The Trust - som deretter deler seg i ulike fraksjoner, med yngre medlemmer som legger planer mot de eldre medlemmene.