Etter å ha gått av som rektor ved Naval War College i 1979, ble Stockdale rektor ved The Citadel, The Military College of South Carolina, som tilbyr sivil høyskoleutdannelse kombinert med reserveoffisersutdannelse. Han ble sittende kort tid, da han raskt kom på kant med skolestyret og mesteparten av administrasjonen, fordi han foreslo en del endringer.