FTICR-MS skiller seg betydelig fra andre massespektrometri-teknikker ved at ionene ikke blir oppdaget ved å treffe en detektor som en elektronmultiplikator, men bare ved å passere nær deteksjonsplater. I tillegg løses ikke massene i rom eller tid som med andre teknikker, men bare ved ionesyklotronresonans (rotasjons) frekvens som hvert ion produserer når det roterer i et magnetfelt. Dermed blir de forskjellige ionene ikke oppdaget forskjellige steder som med sektorinstrumenter eller på forskjellige tidspunkter som med flyvetidsmassespektrometri, men alle ioner oppdages samtidig under deteksjonsintervallet. Dette gir en økning i det observerte signal-støy-forholdet på grunn av prinsippene for Fellgetts fordel. I FTICR-MS kan oppløsningen forbedres enten ved å øke styrken til magneten (i tesla) eller ved å øke deteksjonsvarigheten.