Fra 1988 til 1995 var Cipriani Thorne hjelpebiskop og 1995 til 1999 erkebiskop av Ayacucho. I hans bispedømme var basen til den maoistiske geriljagruppen Lysende Sti. Han nektet å la biskopenes menneskerettighetsgruppe komme inn i området og satte en stopper for prester som var sympatisk innstilt til frigjøringsteologien, som han betraktet som marxistisk.