Christian Nerger fikk i oppgave å skjære ut orgelfasaden og det er hans imponerende verk man fortsatt ser i kirken i dag. Det er også Botzen-brødrenes tinn-piper som fremdeles pryder fasaden, men de er, sammen med «kukkeren» og cymbelspillet, det eneste som er tilbake av det opprinnelige orgelverket. Orgelfasaden bærer årstallet 1698, selv om det fortsatt ble arbeidet på den i 1699, og er den eldste bevarte orgelfasaden i København. De øverste galleriene på sidene av hovedverket er imidlertid føyet til først i 1732.