Både formatet og substansen av avtalen var lagt for å kunne aksepteres av både Sovjet og ADR. Klausulene inkluderte anerkjennelse av Afghanistan og dets rettigheter til selv å bestemme, dets rett til å være fri fra intervensjoner og innblandinger og retten til dets flyktninger til en sikker og ærerik tilbakevending. Men i kjernen lå en avtale som ble nådd i mai 1988 som autoriserte tilbaketrekningen av «utenlandske tropper» ifølge en tidsplan som ville fjerne alle sovjetiske styrker i løpet av 15. februar 1989. Forhandlingene kom i stand etter initiativ av Moskva og Kabul i 1981. De hadde påstått at sovjetiske styrker hadde gått inn i Afghanistan for å beskytte det fra utenlandske styrker som skulle intervenere på opprørenes side i et forsøk på å styrte DRA. Logikken av Genève-avtalene var basert på denne påstanden, dvs at når denne trusselen om fremmed intervensjon forsvant, ville Sovjet trekke seg tilbake. Av denne grunn var en bilateral avtale mellom Pakistan som aktivt støttet motstanden, og DRA skulle hindre intervensjon og innblanding mellom dem, essensiell.