Fra 1824 av var det meste av Yucatán meksikansk. Imidlertid var den hvite overklassen vant med å stelle seg selv, og de var ikke spesielt fornøyd med den kaotiske politikken i Mexico by. Dermed erklærte de seg selvstendige i 1841. I påvente av reaksjoner fra sentralt hold væpnet den hvite overklassen mayaene. Mayaene var imidlertid mer interessert i å drive sine hvite overherrer ut, og i 1847 startet et væpnet opprør, kalt "kastekrigen". Byen Valladolid ble erobret, og de hvite massakrert eller fordrevet. Også hovedstaden Mérida var nær ved å overgi seg, da plutselig alle mayaene reiste hjem for å plante mais. Dermed rakk man å få hjelp fra Sentral-Mexico mot å love lojalitet til Mexico. I perioden 1848-1855 ble mayaene drevet tilbake, og til slutt var det kun motstand i den sørlige delen av Quintana Roo.