Vologda ble først nevnt i Novgorods krøniker fra 1147, da Sankt Gerasim fant at det allerede var en kirke og en landsby på stedet, som var omgitt av ugjennomtrengelige skoger. Stedet var bosatt av novgorodere som dro skip fra en av Volgas sideelver over til en sideelv til Nordre Dvina, og derved gjorde det mulig å seile fra Kvitsjøen til Det kaspiske hav. I 1273 ble byen plyndret av et mongolsk raid.