I løpet av det første okkupasjonsåret kom Hjort stadig mer i opposisjon til okkupasjonsmakten. I artikkelen «Norsk syn på statsrettens utvikling i Norge», publisert i i september 1941, argumenterte han blant annet for at statssuvereniteten måtte utgå fra folket selv, underforstått at Nasjonal Samling bare styrte ved hjelp av okkupasjonsmakten. Josef Terboven ble rasende da han leste artikkelen, og Hjort ble arrestert 21. oktober 1941. Etter et kort opphold på Grini, ble han sendt til fengsel i Berlin i februar 1942.