På grunn av delingen av øya stemte MacEntee mot den anglo-irske traktat i 1921. Under borgerkrigen var han kommandant for en IRA-enhet i Marlboro Street postkontor i Dublin, og han kjempet senere sammen med Cathal Brugha i Hamman Hotel. Han ble arrestert og internert, ført i Kilmainham fengsel og deretter i Gormanstown inntil desember 1923.