Magelssen var sønn av sogneprest i Åfjord Hans Gynter Magelssen (d. 1886) og Drude Cathrine Haar Daae (1815–88), en søster av Ludvig Kristensen Daa. Som ung var han først sjømann, før han begynte å lage gallionsfigurer i et engelsk verksted. Da han kom tilbake til Norge bestemte han seg for å bli billedhugger, og dro i 1866 til København med statsstipend. Her fikk han undervisning av den danske billedhuggeren Herman Wilhelm Bissen i tre år. I denne perioden utførte han sitt første større arbeid, «Sjømand, som genser sit Fædrelands Kyst».