I 1694 ble han presteviet. Muratori ble i 1695 konservator ved det ambrosianske bibliotek i Milano samt i 1700 hertuglig bibliotekar og arkivar i Modena. Hans første publikasjon var (2 bind, Milano, 1697–98), fulgt av to nye bind (Padova, 1713). Ved sin flittige forskning i arkiver og biblioteker gav han viktige bidrag til flere vitenskapsgrener, særlig til bibeleksegesen (han publiserte blant annet det etter ham oppkalte Canon Muratorii som inneholdt en tidlig oversikt over den nytestamentlige kanon). Han han lot publisere sitt funn i år 1740, imidlertid i første hånd ikke for å offentliggjøre en meget tidlig bibelkanon, men som et eksempel på det meget sjuskete vis man kopiere håndskrifter på i middelalderen.