Carl Marstrander var nasjonalt bevisst og var blant dem som tok privat initiativ til å okkupere «Eirik Raudes Land» øst på Grønland i 1931. Under den tyske okkupasjonen av Norge under den andre verdenskrigen var Carl Marstrander den første universitetslæreren som ble arrestert, etter sigende fordi han utledet etymologien til ordet «gås» gikk via det tyske «Gans» og presiserte at «de to siste bokstavene i dette ord er som dere vet NS, en høyst ustabil forbindelse i nordisk».