Hypogeum ble oppdaget ved en tilfeldighet i 1902 da det ble gravd ut en sisterne under et hus som var under bygging. Byggearbeiderne brøt gjennom taket til mellomnivået. Byggherren fryktet imidlertid at arbeidet ville bli stanset, og rapporterte funnet først i 1902. Byggingen ble da også stanset øyeblikkelig da funnet ble kjent. Siden den gang er det revet fire hus for å få full tilgang til templene. Den første undersøkelsen av strukturene ble gjort av Manuel Magri i november 1903, som ledet utgravningene på vegne av museumskomiteen. I løpet av denne tiden ble en del av innholdet i Hypogeum, inkludert gravgods og menneskelevninger lempet ut og kastet uten at det hadde blitt skikkelig katalogisert. Ytterligere forverring skjedde da Magri døde i 1907 mens han drev misjonsarbeid i Tunisia og hans rapport om Hypogeum gikk tapt.