I 1854 var Neale med på å stifte Society of Saint Margaret, en orden for kvinner i den anglikanske kirke som var viet til pleie av syke. Det var på denne tiden stor skepsis i den anglikanske kirken for alt som minnet om katolisisme. Bare ni år tidligere hadde John Henry Newman som oppfordret til katolske praksiser i den anglikanske kirke, konvertert og blitt katolikk. Dette gjorde at folk som Neale ble sett på som agenter for Vatikanet, utsendt for å ødelegge den anglikanske kirke fra innsiden. En gang ble han fysisk angrepet i begravelsen til en av søstrene i ordenen og fra tid til annen fikk han trusler om å bli steinet eller få huset nedbrent. Han fikk ingen hederstitler eller lignende i England, og doktorgraden hans ble tildelt ham av Trinity College i Connecticut. Til tross for dette fikk han mange venner på grunn av sin milde person, og St. Margaretsøstrene overlevde og vokste seg sterke.