Våren 1939 kunne hun tilbringe fem uker ved Bohrs institutt, hvor hun fortsatte arbeidet sammen med Frisch. Kontakten med Hahn i Berlin var ikke lenger så god; derimot var det nå spesielt Max von Laue som holdt henne informert om hva som skjedde der. Ved hjelp av sine svenske venner lyktes hun i å få sin søster Gusti og hennes mann Jutz Frisch ut av Østerrike, og de bosatte seg sammen i en leilighet i Bragevägen 12. Sommeren 1939 var hun på besøk i England etter innbydelse fra William L. Bragg og John Cockcroft. De mente at hun burde flytte dit for å arbeide ved Cavendish Laboratory i Cambridge. Meitner syntes ikke hun kunne akseptere tilbudet. Den 1. september 1939 gikk tyske tropper inn i Polen og innledet andre verdenskrig. Frisch var da på et besøk ved University of Birmingham og ble værende i England.