Den 15. august 1945 ble Henri Werling selv deportert ved fornyelsen av den sovjetiske annektering av Estland, til Uralfjellene i Perm oblast. Fra disse årene er hans korrespondanse med søstre i menigheten i Tartu; derfra mottok han også pakker Med pater Werlings deportasjon henfalt den estiske apostoliske administrasjon til (Manglende lederskap av politiske grunner). Menighetene var imidlertid fremdeles aktive, da under tilsyn fra den katolske erkebispedømmet Riga.