Mange skolemedisinske behandlinger og medikamenter er basert på virkestoffer fra planter, og vil teoretisk kunne regnes som fytoterapi. I de fleste sammenhenger er imidlertid disse virkestoffene fremstilt syntetisk for å kunne kontrollere dosen, og det er kun unntaksvis man innenfor evidensbasert medisin benytter planter direkte i behandlingen. En person som titulerer seg som fytoterapeut vil normalt operere på siden av den evidensbaserte medisinen og virksomheten vil derfor regnes som alternativ behandling. Fytoterapi har også en plass innenfor antroposofisk medisin og ayurveda.