Etter hvert ble Fritzsche sendt til Nürnberg, der han måtte stille for den Det internasjonale militærtribunalet. Han ble tiltalt for medvirkning til forbrytelser mot freden, for krigsforbrytelser og forbrytelser mot menneskeheten. I kraft av sin stilling i propagandaapparat spilte Fritzsche en sentral rolle i fremme nazistenes grusomheter og aggressive krigføring. Ifølge journalist og forfatter William L. Shirer, som fulgte rettsforhandlingene, var det uklart for mange av de fremmøtte hvorfor Fritzsche sto tiltalt. Shirer bemerket at «ingen i rettssalen, inkludert Fritzsche, så ut til å vite hvorfor han var der – han var en ubetydelighet – med mindre han var Goebbels' gjenferd». Det internasjonale militærtribunalet mente imidlertid at Fritzsche hadde «oppfordret og oppmuntret til krigsforbrytelser ved bevisst å spre falske nyheter», og at disse falske nyhetene fikk det «tyske folk til å begå grusomheter». Fritzsche ble til slutt frikjent på alle tiltalepunkter, som kun én av tre tiltalte; de to andre var Hjalmar Schacht og Franz von Papen).