Verket består av tre deler: og . Den første delen inneholder beretningen om Japans skapelse, og om gudene som medvirket der, som skapergudeparet Izanagi og Izanami, og deres barn: solgudinnen Amaterasu, ildguden Kagutsuchi, månegudinnen Tsukoyomi og stormguden Susanowo. Den andre delen begynner med den legedariske keiser Jimmu, Amaterasus sønn, og går frem til keiser Ōjin, som innleder Kofunperioden. Denne delen blander mytisk historie med et snev av faktisk historie, og skildrer samhandling mellom guder og keisere; opplysningene fra denne perioden kan best karakteriseres som legender. Den tredje delen skildrer keiserne fra år 313 (Nintoku) til 628 (Suiko). I denne delen er det mytologiske stoffet nesten fraværende.