På starten av 2006-07-sesongen spilte Agger hele kampen da Liverpool vant Community Shield. Selv om han fortsatt tilpasset seg engelsk fotball, etablerte han seg på førstelaget, og konkurrerte med lagkameratene Carra og Hyypiä om midtstopper-plassene. Agger skåret sitt første mål for Merseyside-klubben 26. august 2006 i en 2-1 seier over West Ham United. Agger fikk løpe mot the Kop og skåret med et fantastisk langskudd. Liverpool manager Rafa Benitez kommenterte at han ikke var forbauset da Agger ofte gjorde dette på trening.