Etter dette nederlaget ble Chen forrådt av sine egne, tatt til fange og så henrettet av keiserlige Qing-styrker i mai 1862. Men Qing-styrkene hadde ikke helt ønsket seg dette - de var imponert over Chens militære lederegenskaper og tilbød ham å skifte side og kjempe for dem. Men Chen avslo. Før han ble henrettet, skal han ha sukket tungt og sagt: «Jeg er redd for at taiping vil lide nederlag og miste store områder langs det øver Yangtze etter at jeg der død!». Og det skjedde akkurat som han hadde fryktet.