Hun var datter av skotskfødte Anders Mowat til Hovland og hustru Else Christoffersdatter Rustung, datter av admiral Christoffer Trondsen. Karen vokste opp med både norsk og skotsk, og kunne dertil begå seg både på italiensk og engelsk. Hun forelsket seg i sin tremenning, Erik Ottesen Orning, og paret giftet seg i 1608. Det nære slektskap gjorde at paret ble landsforvist, og de tok derfor opphold i utlandet, det meste av tiden i Skottland, hvor hun hadde slektninger. Barna fødtes i utlendighet.