Wilhelm Friedemann ble født i Weimar der faren var organist og kammermusiker hos hertugen av Sachsen-Weimar. Da Friedemann var sju år gammel flyttet familien til Köthen hvor Friedemann gikk på latinskole. Moren Maria Barbara Bach døde brått i juli 1720 og faren giftet seg på nytt i desember 1721. Faren gav Friedemanns musikalske utdanning tett oppfølging. Det pedagogiske opplegget er dokumentert i der både far og sønn førte inn musikk. Deler av franske suiter, to- og trestemte invensjoner, det første bindet av og de seks triosonatene for orgel inngikk i utdannelsen.