Den 9. oktober 1812 ble Candido Maria Frattini deportert til Bastia på Korsika fordi han nektet å avlegge eden til det napoleonske keiserrike. Etter at han ble løslatt den 18. april 1814 og vendte tilbake til Roma, ble han medlem av Kongregasjonen for reformer den 4. juni samme år. Kardinalvikar Giulio Maria della Somaglia bekreftet ham som kustos den 10. juni 1814.