Jan Egeland var elev ved Stavanger katedralskole. Egeland ble mag.art. i statsvitenskap ved Universitetet i Oslo i 1985 med avhandlingen ; en bearbeidet versjon av avhandlingen ble gitt ut som bok i 1988. Avhandlingen argumenterer for at små, vesteuropeiske land som Norge kan ha større gjennomslag på visse utenrikspolitiske områder – som menneskerettigheter – enn tradisjonelle stormakter. Han har også studert ved University of California, Berkeley og har vært tilknyttet Institutt for fredsforskning i Oslo og Truman Institute for the Advancement of Peace i Jerusalem.