Juan José Omella Omella studerte filosofi og teologi ves presteseminaret i Zaragoza, ved Det katolske universitetet i Leuven i Belgia, og i Jerusalem i regi av Afrikamisjonærenes selskap; og ble presteviet den 20. september 1970. Han arbeidet så som prest i Zaragoza og fra 1996 og for et års tid som misjonær i Zaire.