Museet består av to vitenskapelige seksjoner: seksjon for naturvitenskap og seksjon for kulturvitenskap. Hver seksjon har store samlinger som dokumenterer mer enn 100 års utforskning av landsdelen og andre nordlige områder. De faste utstillingene på museet omfatter geologi og zoologi samt to samiske utstillinger, en arkeologisk utstilling og en kirkekunstutstilling. I tillegg kommer midlertidige utstillinger som museet selv produserer og utstillinger som hentes inn fra inn- og utland. Museet har også samlinger på Internett, blant annet ca. bilder i Universitetsmuseenes fotoportal samt ca. 8000 gjenstander fra nyere kulturhistorisk samling og samisk-etnografisk samling.