Günther trådte ut av statsrådet ved riksdagens slutt (1851) og ble utnevnt samme år til justitieråd. I 1856 gjeninntrådte Günther i regjeringen, denne gang som justitiestatsminister, men gikk av allerede i 1858, da kronprinsen som regent ønsket å danne et nytt ministerium etter sitt eget behag (den de Geer-Hamilton-Manderströmska) samt ble da atter justitieråd.