I 49ers' tredje sesongoppkjøringskamp i 2016-sesongen forble Kaepernick sittende under fremføringen av «The Star-Spangled Banner» istedenfor å reise seg, som er normen. Under et intervju etter kampen forklart han at "I am not going to stand up to show pride in a flag for a country that oppresses black people and people of color. To me, this is bigger than football and it would be selfish on my part to look the other way. There are bodies in the street and people getting paid leave and getting away with murder", i referanse til en rekke afrikansk-amerikanere som hadde blitt drept av politiet som ledet til Black Lives Matter-bevegelsen, og la til at han kom til å fortsette med protesten frem til han følte at "[the American flag] represents what it's supposed to represent". I 49ers fjerde og siste sesongoppkjøringskamp i 2016 valgte Kaepernick å knele under nasjonalsangen istedenfor å sitte, som han gjorde kampen før. Han forklarte at det var hans måte å vise mer respent til tidligere og nåværende tjenestemenn i militæret mens han protesterte, etter å ha hatt en samtale med tidligere spiller og veteran Nate Boyer. Etter at Terence Crutcher og Keith Lamont Scott ble skutt av politiet i september 2016 Kaepernick kommenterte at "this is a perfect example of what this is about". Bilder viste senere at Kaepernick brukte sokker hvor politibetjenter ble presentert som griser. I en pressemelding anerkjente han å ha brukt sokkene som en referanse til "rogue cops". Han bekreftet at han hadde venner og familie i politiet og at der finnes politi som hadde gode hensikter, og at han ikke var ute etter å henge ut alle politiansatte. Kaepernick fortsatte å knele i protest under nasjonalsangen i forkant av hver eneste av 49ers' kamper i sesongen.