Sokol ble deretter utnevnt til hjelpebiskop i Trnava 19. mai 1988, samtidig også titulærbiskop av . Bispevielsen ble foretatt av den daværende apostoliske nuntius til Polen og senere kardinal Francesco Colasuonno den 12. juni 1988. Medkonsekranter var biskop Jozef Feranec av Banská Bystrica og biskop Jan Pasztor av Nitra. Utnevnelsene av biskoper i 1988 (av Antonín Liška, Jan Lebeda og Ján Sokol) var de første på mange år som kunne fremforhandles mellom stat og kirke. Dette ble sett på som et kompromiss mellom det kirken trengte og det kommunistregimet ønsket å tillate.