I 1952 tapte McMath i kampen om å bli gjenvalgt som Demokratenes guvernørkandidat. Den mer konservative Francis Cherry vant og overtok som guvernør. Han blei imidlertid raskt så upopulær at Faubus utfordra ham ved primærvalga i 1954. I valgkampen måtte han forsvare seg mot beskyldninger om kommunistsympatier. Bakgrunnen for disse var at Faubus hadde studert ved Commonwealth College, som var etablert av akademikere og aktivister på venstresida, flere av dem med band til kommunistpartiet. Faubus benekta først å ha gått på skolen, men vedgikk seinere å ha vært der noen uker. I virkeligheta var han student der i mer enn ett år, var valgt leder for studentrådet og deltok i arbeidet med å få utdanning fra skolen offisielt godkjent. Tross svertekampanjen, som kom da McCarthy-tida var på hell, blei Faubus valgt som Demokratenes guvernørkandidat. I sjølve guvernørvalget fikk han 63 prosent av stemmene, det svakeste resultatet for en demokrat på mange tiår.