Jøder ble hyppig massakrert og forvist fra ulike europeiske land. Forfølgelsen nådde sitt høydepunkt under korstogene. Under det første korstoget fra 1096 ble de blomstrende jødiske samfunnene langs Rhinen og Donau fullstendig ødelagt. I det andre korstoget i 1147 ble franske jøder utsatt for hyppige massakrer i korsfarerbegeistringen . Jødene ble også angrepet ved gjeterkorstoget i 1251 og 1320. Korstogene ble fulgt av utvisning og deportasjon, inkludert i 1290, da alle engelske jøder ble forvist, i 1396 ble rundt 100 000 jøder i Frankrike forvist, og i 1421 ble tusener jagd fra Østerrike. Mange av disse fant et nytt fristed i Polen.