Iqbal studerte ved Government College University i Lahore, der han leste filosofi, engelsk litteratur og arabisk. For sin kandidatoppgave ble han belønnet med universitetets gullmedalje. Under studiene til magistereksamen havnet han under islamologen Thomas Arnolds beskyttelse, og dette ble Iqbals bro mellom de begge kulturområdene øst og vest.