Huntingdon var en gang kjent for sine mange kirker, i dag er det fire kirker tilhørende den engelske kirke som sammen med kirkene i de nærliggende landsbyene Great og Little Stukeley er organisert sammen i Huntingdon Team Ministry og underlagt Ely bispedømme. De fire kirkene er All Saints' (ved siden av Market Square), St Marys (overfor Pathfinder House), St Barnabas (på Oxmoor-eiendommen) og All Saints' i Hartford.