I 1845 avsluttet han presteutdannelsen og tok ansettelse som vaktmester ved en gutteskole med kveldstjenestegjøring, slik at han på dagtid studerte semittisk filologi. I 1846 ble Renan kjent med den blivende kjemikeren Marcellin Berthelot som var elev på skolen. Deres vennskap skulle vare livet ut, og Berthelots kunnskaper i naturvitenskapene utøvet stor innflytelse på Renans forestillingsverden. Etter et prisbelønnet arbeide i 1846 tok Renan eksamen som i 1847, og fikk en lektorstilling i Vendôme.