Han ble proff i 2001 for det lille tyske laget Team Nürnberger. Fra 2003 syklet han for storlaget T-Mobile Team, hvor han stort sett var hjelperytter. Tidlig på høsten 2005 ble det klart at T-Mobile ikke ville forlenge kontrakten med Werner, og han så seg om etter en ny klubb. Oktober samme år offentliggjorde Werner at han ville legge opp, i en alder av kun 26 år. Grunnen til dette var at han kun hadde fått tilbud fra andreklasses lag, og for Werner var valget enten å sykle på toppnivå eller ikke sykle i det hele tatt. Han bestemte seg derfor for å heller begynne å jobbe i familiebedriften. Werners eneste seier som proff kom i det ukategoriserte tyske rittet Edermünde i 2002.