I 1590-årene gjorde Danmark-Norge og Sverige-Finland en stor innsats for å få oversikt over den samiske befolkningen, deres næringsveier og mulighet for skattlegging. Begge statene gjorde også det de kunne for å få styre forvaltningen og militære på Nordkalotten. I Sverige ble det opprettet et eget stattholderembete for Lappmarken, det ble også opprettet egne fogder for å ha oppsyn med laksefiske i Altaelva og Tana. Svenske myndigheter forsøkte å få etablert kirker der samene hold til, ikke bare i innlandet, men også på kysten i Alta og Tysfjord. Dansk-norske myndigheter gjorde hva de kunne for å forhindre dette, og som mottrekk fikk de selv reist en kirke i Tysfjord. Et annet tiltak var at Lensherrene, først Hartvig Bille (omtrent 1575–1649) og Claus Urne (1561–1606), samt senere etterfølgere, skulle ha fast opphold i landsdelen slik at de kunne følge utvikling. For å markere suvereniteten dro Kong Christian IV på reise helt opp til Finnmark og østover langs Kolakysten.