Ved Devín møter Donau sideelven Morava og samtidig Østerrikes grense mot Slovakia. Bratislava, som er hovedstaden i Slovakia, følger umiddelbart deretter. De påfølgende 15 kilometer renner Donau med slovakisk territorium på begge sider inntil Ungarn dukker opp på høyre bredd. Før grensen mot Ungarn forgrener Donau seg til Lille Donau (Malý Dunaj) på venstre side. Mellom Donau og Lille Donau dannes Kornøya (Žitný ostrov), den største øya i noen europeisk elv. Lille Donau løper i det slovakiske landskapet gjennom tallrike buktninger til den ved Kolárovo renner ut i Váh, den største slovakiske elv etter Donau. Váh har sitt utløp i Donau ved Komárno. Andre slovakiske elver som munner ut i Donau er Hron ved Stúrovo og Ipeľ (ungarsk Ipoly) ved Szob.