Bush ble tatt opp ved Yale-universitetet før han vervet seg i det militære, men valgte i 1942 militærtjeneste framfor universitetsutdannelsen. Etter dimmiteringen tok han opp igjen studiene. På Yale ble han tatt opp på et studieprogram som lot studentene fullføre studiene på to og et halvt år istedenfor de vanlige fire. Han var medlem av Delta Kappa Epsilon-brorskapet og ble valgt til dets president. Han var også kaptein på Yales baseball-lag og spilte som venstrehendt første base i de to første College World Series.