Den 9. mars 1963 ble han ordinert til prest i Roma. Han ble betrodd sjelesorgen for de tsjekkiske innvandrere i erkebispedømmet San Antonio i Texas. I 1967 mottok han sin teologiske doktorgrad; etter at han kom tilbake til USA begynte han sin akademiske karriere. Esterka ble amerikansk statsborger i desember 1968.