Den viktigste jernbanen er den østjyske lengdebanen fra Frederikshavn via Ålborg og Århus til grensen. Danske Statsbaners intercity-nettverk forbinder København via Fredericia med aksene Århus-Ålborg-Frederikshavn, Herning-Struer-Thisted, Esbjerg og Sønderborg. Det finns en del mindre jernbaner, selv om en stor del ble sløyfet på 1960- og 1970-åra.