Alain-Fournier var sønn av en landsbylærer. Han tilbragte barndommen sammen med sin tre år yngre søster Isabel på landet, før han 12 år gammel ble sendt til en privatskole i Paris, hvor han siden kom inn på Lycée Voltaire. Studiene ble imidlertid avbrutt, og 15 år gammel begynte han på sjøfartsskolen i Brest, for å bli marineoffiser. Men alt året etter oppga han denne ideen og tok i stedet 17 år gammel baccalauréat-graden i Bourges. Siden studerte han ved Lycée Lakanal i Sceaux (Hauts-de-Seine), nær Paris, hvor han forberedte seg på opptaksprøvene til École normale supérieure, men uten å lykkes. Her knyttet han vennskap til Jacques Rivière, og sammen med ham begynte han å interessere seg for litteratur. Rivière giftet seg i 1909 med hans søster.