Den 14. januar 1991 erstattet han Vinicio Cerezo som den nye presidenten i Guatemala. Han var den andre ikke-katolske personen som har noensinne har fått så mye makt i Latin-Amerika. Partiet hans hadde en viss suksess ved å konsolidere stor sivil kontroll over de militære styrkene, da de erstattet en rekke høyere offiserer og overtale de militære til å delta i fredssamtaler med URNG.