Kromatinstruktur er avhenging av flere faktorer. Den generelle strukturen varierer etter hvilket nivå av cellesyklusen vi er på: under interfase er kromatinet strukturelt løspakket for å gi tilgang til RNA- og DNA polymeraser som transkriberer og replikerer DNAet. Lokal kromatinstruktur under interfase er avhengig av DNAets gener: DNA med gener som ofte transkriberes er løsere pakket og er ofte assosiert med RNA polymeraser (kalles ofte eukromatin) mens DNA med inaktive gener ofte er assosiert med strukturelle proteiner (kalles ofte heterokromatin).