Under felttoget i Norge i april-mai 1940 tjenestegjorde Ingstad for Røde Kors, og utredet senere befolkningen i Nord-Norge og deres behov for materiell hjelp. For rapporten ble han tildelt Norges Røde Kors’ hederstegn. Mot slutten av krigen fikk han oppdraget med å organisere Røde Kors’ arbeid for å hente norske og danske fanger ut av de tyske konsentrasjonsleirene. Men tyskerne nektet å forholde seg til norske statsborgere i dette arbeidet, og oppdraget ble derfor isteden gitt til grev Folke Bernadotte. Under landssvikoppgjøret var han juridisk rådgiver for byretten i Lillehammer.