Admiral Wilhelm Canaris, sjef for Abwehr, var forskrekket over Heydrichs holdning og rapporterte ham til general Franz Halder. Halder mente at massehenrettelsene som Heydrich ledet var så ille at hæren burde gripe inn, samtidig noterte Halder at Hitler og Göring ønsket å ødelegge det polske folk. Canaris advarte Wilhelm Keitel, den tyske øverstkommanderende, om at resten av verden ville holde Wehrmacht ansvarlig for overgrepene og Keitel svarte da at saken var avgjort av Hitler og at han (Keitel) overlot dette til SS. Wehrmacht-sjefene skal ikke ha blitt informert om Heydrichs utvidete virksomhet, men aksepterte Himmlers innblanding fordi han ble støttet av Hitler og fordi det bidro til å pasifisere det okkuperte området.