Siden da ble republikken beskyttet av en hær hvor sannsynligvis alle menn i alderen mellom 14 og 60 år sto til tjeneste. Den opprinnelige regjeringen av bystaten var strukturert etter et selvstyre kjent som , og besto av overhodene til hver familie (som i det romerske senatet, ). Fra 1243 ble to utvalgte kapteinregenter satt til styringen av byen for et tidsrom av seks måneder, en praksis som fortsatt benyttes i dag. Paven bekreftet bystatens uavhengighet i 1291.