Spix ble i 1811 konservator ved de zoologiske samlingene i München. I årene 1817–20 gjorde han sammen med Carl Friedrich Philipp von Martius en forskningsreise i Brasil. Hans fremste arbeider er (1815), (1823–31; fortsatt av Martius) og flere praktverk om funn av aper, flaggermus, reptiler og fugler i Brasil.