Den tidligste kjente bosetting på stedet er fra ca 2000 f. Kr. og beboerne var germanske semnoner. Disse ble avløst av slaviske vendere ca i år 300. Etter Albrecht der Bärens seier over venderne ca 1200 flyttet tyske bønder til Heiligensee. Stedet nevnes i skriftlige kilder første gang i 1308. Det ble deretter liggende på pilegrimsveien Berlin–Wilsnack. Området ble innlemmet i Stor-Berlin i 1920. Etter slutten på den andre verdenskrigen i 1945 ble Heiligensee liggende i den franske okkupasjonssonen og dermed i Vest-Berlin.