Ved valget i 1994 ble han valgt inn i nasjonalforsamlingen for Partido Solidaridad (PS) fra provinsen Colón. Cortizo brøt etter hvert med PS og gikk i 2004 over til Partido Revolucionario Democrático (PRD). Han ble samme år minister for landbruksutvikling i regjeringen til president Martín Torrijos, men trakk seg i 2006 på grunn av uenighet om vilkårene i en frihandelsavtale med USA.