Fischer hadde den øverste kommandoen over de dansk-norske sjøstyrkene i forsvaret av København i 1801, under det som i Danmark kalles «Slaget på Reden». Under disse kampene ble han såret av en tresplint i hodet. Mange år senere fikk han en posisjon som en av Danmarks største sjøhelter for sin angivelige innsats, og det ble hevdet at han til tross for at han var såret hadde vært en ualminnelig dyktig anfører for de dansk-norske styrkene under de vanskelige forholdene. I årene like etter Slaget på Reden fikk han imidlertid år kun mindre oppgaver. Etter 62 års tjeneste i flåten ble han utnevnt til viseadmiral i 1825.