Boone jobbet som syndikus og kommandant frem til 1804, da Missouri ble en del av USA som følge av Louisiana-kjøpet. Fordi landområdene Boone hadde fått fra de spanske myndighetene stort sett var basert på muntlige avtaler, mistet han nok en gang sine rettigheter. I 1809 klaget han saken inn for Kongressen for å gjenvinne sine krav på de spanske landområdene, og dette fikk han gjennomslag for i 1814. Boone solgte mesteparten av sine landområder for å betale tilbake gammel gjeld fra tiden i Kentucky. Da 1812-krigen kom til Missouri deltok begge Boones sønner, Daniel Morgan Boone og Nathan Boone, men på den tiden var Boone for gammel for militær tjeneste.