Ilan ble deretter forfremmet til leder av forhørsavdelingen i Shin Bet, en lederstilling han innehadde fra 2004 til 2006. Han overså da de organer som avhørte Elhanan Tannenbaum, en israelsk oberst i Israels forsvars reserve som ble løslatt etter å ha blitt tatt til fange av den libanesiske terroristgruppen Hezbollah.