Pave Pius XII utnevnte ham til biskop av Ogdensburg helt nord i delstaten New York den 5. juni 1943. Han ble bispeviet den 3. august 1943 av den apostoliske delegat erkebiskop Amleto Cicognani, med biskopene Edmund Francis Gibbons og Stephen Joseph Donahue som medkonsekrerende, i i i New York SKort ettter at han hadde tatt bispedømmet Ogdensburg i besittelse formelt, ble katedralen der ødelagt av brann; biskop McEntegart fikk imislertid bygget en ny i løpet av noen måneder.