Esther Morales tilhørte aymaraene, den indianerstamme som utgjør en stor andel av den bolivianske befolkning. Hun var ett av syv barn til Dionisio Morales Choque og María Ayma Mamani. Bare Esther og to av hennes søsken, Evo og Hugo, overlevde barndommen. Familien var bønder og Esther arbeidet i jordbruk og dyrehold, hun gjette llamaer. Hun hadde også ansvaret for å oppdra lillebroren Evo. Senere skulle president Evo Morales fortelle at han betraktet henne som sin egen mor.