Fra august 1944 sto Wojtyła på Gestapos lister, og han måtte gjemme seg sammen med fire andre teologistudenter i erkebiskopens palass. Han mottok der tonsuren 9. september 1944, og 17. desember mottok han de to laveste ordinasjonene (tidligere ble prestestudenter i den katolske kirke ordinert til akolytt og lektor før de ble diakonviet). I januar 1945 ble Polen tatt av sovjetiske styrker, og universitetet åpnet igjen slik at han åpent kunne studere teologi der. Han avla sin eksamen i august 1946.