I Stockholm kommune er det utallige innsjøer og elver som helt eller delvis ligger innenfor byens grenser. Enkelte av disse, som Mälaren, Brunnsviken, Ulvsundasjön og Saltsjön med sine bukter, deler Stockholm med omkringliggende kommuner. Bornsjön i kommunene Botkyrka og Salem eies og ivaretas av Stockholm Vatten, og er Stockholms drikkevann.