Vasaloppet China var for første gang et løp i Ski Classics i sesongen 2016/17. Nygaard vant Vasaloppet China i januar 2017, med tiden 2:11:35,3, og han vant også Kaiser Maximilian Lauf 2017. I februar kom han på femteplass i Toblach-Cortina, og han kom på andreplass i Ylläs–Levi Ski Marathon i april. Den 15. april 2017 vant han Nordenskiöldsloppet, som er verdens lengste skirenn, med 220 km. Han slo Øyvind Moen Fjeld med to sekunder, og vant med tiden 11:48,7. Han kom på tredjeplass sammenlagt i Ski Classics denne sesongen, bak Tord Asle Gjerdalen og Petter Eliassen, med 1312 poeng. Han vant sprintcupen med 281 poeng, og Team LeasePlan kom på fjerdeplass i lagkonkurransen med 3804 poeng.