Den 16. mai 1961 ledet Park et militærkupp, som i det store og hele ble godt mottatt av en befolkning som var lei av politisk kaos. Mens statsminister Chang gjorde motstand mot kuppet, stilte president Yun seg ved militærjuntaens side, og forlangte at de amerikanske og hjemlige styrkene lot kuppmakerne overta makten. For å forhindre et motkupp samt fjerne alle potensielle fiender, ble Det koreanske etterretningsbyrå etablert den 19. juni. Byrået fikk ikke bare myndighet til etterforskning, men også til å arrestere og fengsle. Byrået utvidet sin makt til økonomiske og utenrikspolitiske spørsmål under sin første direktør, oberst Kim Jong-pil, en slektning av Park og en av de opprinnelige planleggerne av kuppet.