CB-1 motoren er en rekkefirer på 399 cm³, og lik den tidlige NC23 modellen CBR400RR. Endringer i den primære og sekundære girutvekslingen reduserte førstegiret ned fra 97 km/t til rundt 48 km/t. Dette gjør at CB-1 føles mye raskere fra stillestående enn sine sportsligere søsken. Alle motorene kommer fra NC23-blokken og bærer NC23 ID-koden i motornummeret. Dette inkluderer NC27, 23, 29, 31 osv, inkludert VTEC-modeller med kjededrevne kammer. Som mange av forgjengerne sine, har CB-1 rette, tannhjulsdrevne, doble kamaksler med selvdempede tannhjul for å redusere støy.