Den prøyssiske kongen Fredrik den store var en beundrer av fransk kultur og vitenskap. I 1740 hadde han invitert Maupertuis til å lede vitenskapsakademiet i Berlin, sannsynligvis etter anbefaling av Voltaire som sto høyt i kurs ved hoffet. Men da Maupertuis skulle ta opp sin nye stilling der i byen, ble kongen opptatt med å lede kampene under syvårskrigen med det resultat at Maupertuis fulgte med i felten. I slaget ved Mollwitz ble Maupertuis tatt til fange av østerrikerne og ført til Wien. Etter en tid der ble han frigitt av keiserinnen Maria Theresia og dro tilbake til Paris. Først i 1744 kunne han ta opp sin nye stilling i Berlin hvor han i 1746 formelt ble utnevnt til president for Det prøyssiske vitenskapsakademiet.