Sommeren 2000 bestemte Favre seg for å ta jobben som trener for Servette FC, en tradisjonsrik klubb fra Genève hvor han selv hadde vunnet ligaen som spiller. Hans høydepunkt som trener her var seieren i den sveitsiske cupfinalen 2001, samt en fortreffelig sesong i UEFA-cupen. Servette FC slo ut Slavia Praha, Real Zaragoza og Hertha Berlin (en 3–0 borteseier på Olympiastadion i Berlin), før de røk ut mot Valencia CF (0–3 og 2–2). Tre måneder senere vant Valencia CF La Liga 2001–02 under ledelse av Rafael Benitez.