Selv om Duesberg blant sine forskerkolleger var kjent for å gå sine egne veier var det først i mars 1987 han fikk stor oppmerksomhet. Duesberg publiserte da en artikkel i med tittelen "Retroviruses as Carcinogens and Pathogens: Expectations and Reality". I denne og flere påfølgende publikasjoner lanserte han sin hypotese om at aids er forårsaket av bruk av legemidler og at hiv bare var et harmløst virus som fulgte med på lasset. Dette i sterk kontrast til den vitenskapelige konsensus som sier at hiv forårsaker aids. Duesbergs påstander har blitt vurdert og tilbakevist av det vitenskapelige miljø. Gjennomganger i and konkluderte med at disse hypotesene var lite overbevisende og basert på selektiv lesing av den medisinske litteratur, og selv om Duesberg hadde rett til å være av en annen oppfatning hadde han ingen kredibilitet fordi han manglet evne til å vurdere bevisene for at hiv fører til aids.