Princes første ektefelle, Joan Nicole, døde av kreft i 2003 i en alder av 36. Hun introduserte Prince til katolisismen. De fikk fire barn. Han skrev senere at han hadde en affære med Joanna Ruth Houck, hans barns barnepike, mens hans ektefelle var døende. Prince og Houck giftet seg i 2004. Han er nå gift med Stacy DeLuke, en tidligere kommunikasjonsarbeider i Blackwater.