I 1990 ble han hentet til Roma som president for Prefekturet for Den hellige stols økonomiske anliggender, og gikk da av som erkebiskop av Detroit. I 1997 ble han utnevnt til president for Den pavelige kommisjon for Vatikanstaten, og samtidig dag gikk han av som president for Prefekturet for Den hellige stols økonomiske anliggender. I 2001 ble han president for Administrasjonen av Vatikanstaten etter at staten hadde fått ny konstitusjon.