Sibirnattfiol er en sjelden plante i hele utbredelsesområdet. På Den skandinaviske halvøy er den en nordlig unisentrisk plante, som i 1990 var kjent fra tolv lokaliteter i Nord-Norge og tre i Nord-Sverige. Herfra er det en stort sprang til nærmeste funnsted utenfor Skandinavia som er ved Jenisej i Sibir. Funnstedene i Sibir er svært spredte, og den er blant annet funnet ved Bajkalsjøen og på Kamtsjatka.