Alfonso XIII døde i Roma 28. februar 1941. I Spania beordret diktatoren Franco tre dagers landesorg. Han ble begravet i kirken Santa Maria in Monserrato degli Spagnoli, den spanske nasjonale kirke i Roma, rett under gravene til pavene Callixtus III og Alexander VI. I januar 1980 ble levningene til Alfonso flyttet til El Escorial i Spania.