Navnet Dukas levde videre også i de siste århundrene av Det bysantinske rike. De mest fremtredende representanter var herskerne (despotene) i Despotatet Epirus. Det ble grunnlagt i 1205 av Mikael I Komnenos Dukas, og hans etterkommere (sønn, bror, sønnesønn og sønnesønns sønn) hadde makten der til 1318. Dukasnavnet finnes også blant herskerne i riket senere, blant annet ved Maria Angelina Dukaina Palaiologina som var datter av despoten Simeon Uroš Palaiologos og gift med hans etterfølger Thomas II Preljubović.