Han ble utnevnt til biskop av Brooklyn 20. februar 1990, og ble innsatt i embedet 18. april samme år. Kort tid etter, som svar på en journalists spørsmål, uttalte han at guvernøren i New York, Mario Cuomo, ikke ville bli ønsket velkommen som taler på funksjoner i bispedømmets menigheter på grunn av hans pro-abort-stanspunkter, direkte i motsetning til den katolske lære.