Etter likvideringen av nestkommanderende riksprotektor Reinhard Heydrich i mai 1942 økte Franks innflytelse selv om Kurt Daluege ble Heydrichs formelle etterfølger. Men Daluege manglet Franks inngående kjennskap til land og folk. Sammen ga Daluege og Frank ordre om at de tsjekkiske byene Lidice og Lezáky skulle tilintetgjøres som represalie for mordet på Heydrich.