Helseskader knyttet til muggsopp blir vanligvis inndelt i kategoriene infeksjonssykdommer (mykoser), allergiske reaksjoner og toksiske reaksjoner. Typiske helseplager knyttet til eksponering av for høye konsentrasjoner av muggsopp(sporer) er influensasymptomer, astma/allergier, hudirritasjoner, irriterte slimhinner, diaré, gjentatte infeksjoner og nedsatt immunforsvar. Personer med allerede nedsatt immunforsvar er spesielt utsatte, og bør i regelen ikke håndtere materiale med muggsopp.