I desember 1983 fulgte han mer enn tusen miskitos som flyktet til Honduras under den nicaraguanske borgerkrig. Regjeringen hevdet at biskop Schlaefer var blitt kidnappet av contrasstyrkene og så senere ble myrdet av dem, men han kom ut av jungelen etter en tid med granatsplinter i bena (hans følge var havnet i kryssild mellom partene) og kunne personlig avsanne dette.