Folkemordet fant sted i forbindelse med borgerkrigen i Rwanda, en langvarig konflikt mellom den daværende rwandiske regjeringen og opprørsbevegelsen Rwandas patriotiske front (RPF), som begynte i 1990 da RPF invaderte det nordlige Rwanda fra deres base i Uganda. Ingen av sidene var i stand til å få overtaket i krigen, og den rwandiske regjeringen ledet av president Juvénal Habyarimana signerte Arusha-avtalen med RPF den 4. august 1993. Nedskytingen av president Juvénal Habyarimanas fly kvelden den 6. april var den utløsende faktoren for folkemordet, og massakrene mot tutsibefolkningen begynte den påfølgende dagen. Selv om drapene ble forsøkt fremstilt som en spontan reaksjon på nedskytingen av flyet, hadde folkemordet sannsynligvis blitt planlagt i minst et år i forveien. RPF gjenopptok raskt borgerkrigen da folkemordet startet og tok kontroll over landet, avsluttet folkemordet og tvang regjeringen og gjerningsmennene inn i Zaïre.