Den rivaliserende ligaen AFL utfordret NFLs dominans på 1960-tallet. Ligaen var relativt obskur da den ble stiftet, men blant annet takket være en TV-kontrakt med ABC klarte den å vokse. Ligaens eksistens presset konservative NFL til å utvide til Dallas og Minnesota i et forsøk på å ødelegge for den nye ligaen. AFL introduserte flere nyheter til amerikansk fotball i USA: den offisielle kampklokken ble fulgt på poengtavlen istedenfor på en dommers klokke som NFL gjorde; de introduserte muligheten for to poeng etter en touchdown med en pasning eller et løp; spilleres navn ble inkludert på trøyene; med flere, inkludert en større rolle for spillere fra minoritetsbakgrunner som ligaen valgte å rekruttere mer aktivt enn NFL. AFL signerte også flere store collegespillere som hadde blitt draftet av lag i NFL. Konkurransen rundt spillere ble opphetet i 1965 da AFLs New York Jets signerte nykommeren Joe Namath til en kontrakt verdt $437 000 ($2,71 millioner i 2018. En fem-årig kontrakt verdt $40 millioner med NBC fulgte, som hjalp den unge ligaen å overleve. Budkrigene for spillere ble avsluttet i 1966 da eierne i NFL foreslo en sammenslåing med AFL, som de ble enige om at offisielt skulle gå gjennom i 1970. Avtalen inkluderte et felles draft hvert år, og en årlig tittelkamp («World Championship») hvor vinnerlaget fra hver av ligaene møttes. Den første av disse kampene ble spilt etter 1966-sesongen. Etter sammenslåingen gikk de tilbake til NFL Championship Game, som skulle bli kjent som Super Bowl.