Konsilet i Khalkedon markerer et veiskille i den ortodokse tradisjon. De orientalske ortodokse kirker aksepterer ikke konsilet som autoritativt, da de anerkjente monofysittismen. Den østlige ortodokse kirke, som den gang utgjorde del av samme kirke som den katolske, fordømmer monofysittismen som kjettersk. Flere ortodokse kirkehistorikere har forstått konsilet som en maktstrid av kirken i Roma for å skaffe seg særskilt patriarkalsk status over andre kirker, og de ortodokse kirkene har sett på dette som en nøkkelfaktor som bidro til det store skisma i 1054.