Baur ble også utnevnt til sjef for Hitlers personlige flyskvadron, , som først var plassert i München. Siden ikke var formelt etablert ennå, ble Baur utnevnt til SS-, og dermed den autoritet han trengte for å kunne innestå for Hitlers personlige sikkerhet. Blant Baurs første oppgaver var å utvide flyflåten og utarbeide sikkerhetsinstrukser. Av Lufthansas direktør Erhard Milch ble ytterligere en Ju-52/3M stilt til disposisjon.