Det første nummeret utkom 6. mars 1665 og ble organisert og publisert av sekretæren i Royal Society, Henry Oldenburg, seks år etter at Royal Society var grunnlagt. Gjennom flere hundre år har mange viktige vitenskapelige oppdagelser blitt publisert i . Av mange berømte bidragsytere kan nevnes Isaac Newton, Michael Faraday og Charles Darwin. I 1672 publiserte journalen Newtons første artikkel: (Ny teori om lys og farger) som anses som begynnelsen på hans vitenskapelige karriere. Stillingen som forlegger kunne i perioder utføres som et lagarbeid. Slik ser en for eksempel William Musgrave (nr. 167–178) og Robert Plot (Nr 144–178).