I løpet av 1980-årene reiste han til India og spilte solo i Taj Mahal. Han jobbet også med Vesala i grupper ledet av Chico Freeman og Howard Johnson. I midten av 1980-årene innledet han et omfattende samarbeid med Cecil Taylor, spilte med hans storband og ledet også ulike egne band, inkludert COCX (med Vitold Rek og Apostolis Anthimos). Deretter returnerte han til ECM Records og samarbeidet senere i en trio med Arild Andersen og Jon Christensen. I 1993 startet Stanko en ny kvartett som besto av den da 16 år gamle trommeslageren Mikal Miskiewicz, pianisten Marcin Wasilewski og bassisten Slawomir Kurkiewicz.