Fleischer søkte Krigsskolen og ble uteksaminert i 1905 som den nest beste i kullet. I perioden fra 1909 til 1933 tjenestegjorde han i Generalstaben. Han var så sjef for kommanderende generals adjutantstab, lærer ved den militære høyskolen og redaktør for . I januar 1939 ble han utnevnt til generalmajor og sjef for 6. divisjon i Harstad. Ved kongelig resolusjon av 13. januar 1940 ble Fleischer utnevnt til øverstkommanderende i Nord-Norge (ØKN).