Det er ikke blitt avdekket noen nedtegnelser av Gookins første ekteskap. Den 11. november 1639 ble det gitt lisens for ekteskap mellom «Daniel Gookin, herre, fra kirkesognet St. Sepulchre, London, en enkemann, omtrent 27 år, og Mary Dolling, en spinnerske (ugift kvinne), rundt 21 år, fra kirkesognet St. Dunstan in the West, London». Hun var datter av prost Richard Dolling, en av de mange kannikene ved Canterburykatedralen, men begge foreldrene var døde da hun ble gift.