Siden middelalderen har vannmøller vært i drift på bredden av Isar. For å opprettholde en mer jevn strøm til møllene, ble det bygget små kanaler i München. Disse kanalene førte òg med seg ferskvann til innbyggerne og til flere garverier. I tillegg fylde de vollgravene rundt bymurene med vann. Hvert år skapte Isar flom i byene langs elven, og gjorde store ødeleggelser og tok livet av mange mennesker. I 1813 kollapset en bro i München under en flom, og tok livet av mer enn 100 mennesker som stod på broen og såg på flommen. Fra 1806 ble det bygget murer langs bredden av elven. Dette førte til at elven gikk raskere og gravet seg dypere ned i elveleiet. På 1920-tallet begynte man å bygge vannkraftverk, og fra 1954 til 1959 bygget man Sylvensteinspeicher for å produsere strøm og for å verne mot flommer. Dette førte mellom annet til at landsbyen Fall var lagt under vann. Når vannstanden i reservoaret er svært lav, kan man fremdeles se kirketårnet stikke ut av vannet. Bare de siste få årene har Isar delvis gått tilbake fra å være en kanal til en mer naturlig elv.