Slottet hadde samme seksetasjes inndeling som det første Christiansborg. Igjen ble kongeboligen innredet i kongeetasjen som i grove trekk fikk en oppdeling med dronningens private gemakker i nordfløyen mot slottskirken, kongens private gemakker mot slottsplassen, samt riddersalen og andre saler i sørfløyen mot Kancellibygningen. Kronprinsens etasje kom i første omgang til å stå tom, ettersom det ikke var noen kronprins. Dameetasjen inneholdt administrasjon, men kom senere også til å huse Rigsdagen og Højesteret. Hovedinngangen var ved porten fra slottsplassen hvorfra kongetrappen førte opp til dels kongens egen leilighet og dels representasjonslokalene. Det var også en inngang i nordfløyen i slottsgården hvorfra dronningtrappen førte opp.