Da Jakob I begynte å forfølge separatistene i 1608 flyktet han til Nederland sammen med mange medlemmer av menigheten. De dro først til Amsterdam før de slo seg ned ved Leiden. Han giftet seg med sin første kone Dorothy May (1597–7. desember 1620) den 10. desember 1613 i Amsterdam. Mens han var i Leiden arbeidet han som vever.