Dette var begynnelsen på en meget intensiv sjøkrig, da man ennå hadde forkledte selvmordsbåter og armerte sivilbåter, som hadde begrensede effekt på de bedre utstyrte og armerte kampfartøyene, men sjøtigrenes lærevillighet og ukuelighet skulle etter hvert forme om sjøstyrkene i den blodige tvekampen, ettersom SLN forbli på defensiven mot de stadige mer offensive sjøtigrene. Sjøtrefningene ble etter hvert mer og mer vanlig, og den første suksessen for sjøtigrene var angrepet på moderskipet SLNS «Abeetha» om morgen den 4. april 1991 ved Point Pedro. En enslig selvmordsbåt klarte å snike seg inn under kampene og traff moderskipet som ble alvorlig skadet og måtte retireres til Trincomalee med 9 drepte og 8 skadede. Men det var selvmordsangrepet på den indiske eks-statsminister Rajiv Gandhi 21. mai 1991 som hadde størst betydning for sjøtigrenes virke som sjøstyrke. De indiske myndighetene slo ned på all virksomhet på indisk grunn og avsluttet mye av smuglingsoperasjonen i regi av LTTE. I november 1991 ble tråleren «Tongnova» tatt av inderne som gjorde en større fangst 13. januar 1993 da forsyningsskipet MV «Ahat» ble bordet av indiske kommandosoldater som fant en høytstående LTTE kommandant som var drept under kampene - Kittu.