I 1585 vendte Victoria tilbake til Spania der han ble kapellan for keiserinne Maria av Spania (1528–1603) som var blitt enke. Samtidig ledet han orkesteret til det keiserlige kloster («Barfotnonnenes kloster»). Victoria ble ved klosteret til sin død og hadde ulike funksjoner: prest, komponist, kordirigent og organist. I overensstemmelse med eget ønske skrev han bare noen få verk ved klosteret, det mest kjente er rekviet .