Pogromer ble dagene etter invasjonen utført av lokale anti-sovjetiske partisaner. Ifølge Stahlecker satte Algirdas Klimaitis i gang massakrer i Kaunas fra 23. juni. Nettene 23.–26. juni ble 1500 jøder drept av militsen og flere synagoger brent, senere ble 2300 jøder massakrert ifølge Stahleckers notater. I Šiauliai ble 1000 jøder drept i slutten av juni, lignende mindre massakrer ble utført mange steder i landet. Unntaket var Vilnius der det ikke var noen pogromer de første dagene. Stahlecker kom 25. juni i Kaunas i kontakt med Algirdas Klimaitis, leder for en anti-sovjetisk og anti-semittisk milits. På oppmuntring fra Stahlecker og hans menn gjennomførte Klimatis den første massakren på 1500 jøder.