Politisk hadde Finsen klare sympatier for de liberale, og engasjerte seg sterkt for ytringsfriheten gjennom studietiden. Finsen og flere av hans medstudenter organiserte seg og holdt skytevåpen, i tilfelle ryktene om utkastelse av «radikale» studenter fra Regensen skulle vise seg å være sanne. Sine liberale verdier og antiautoritære holdninger beholdt han resten av livet, og han ble svært fornøyd med systemskiftet i 1901.