På øyene finnes en rekke sjeldne og endemiske dyrearter, som f.eks. den største underarten av amerikansk svartbjørn (). Mange treslag, som vrifuru, den amerikanske rødoren og kjempetuja hører hjemme på øyene. På Haida Gwaii finnes noen av de største koloniene av alkefuglen nordstarik. Enkeltkolonier omfatter mer enn 100 000 individer. Tallrik er også bestanden av sotalke. Spesielt tallrik var denne arten på Langara Island, en av de nordligte øyene i Haida Gwaii. Rotter som ble innført til øya førte imidlertid at bestanden her er på utryddelsens rand. Det er derfor satt i gang et arbeid for å gjøre denne øya fri for rotter igjen. En annen stor trussel for bakke-hekkende fugler på øyene er vaskebjørnen, som også er innført til øyene.