Den nordre Skjælholmen er den minste av de to; 260 meter lang og 90 meter bred. Arealet er 16,5 dekar, og høyeste punkt 12,7 meter over havet. Hele øya ble vernet som ved Kongelig resolusjon 19. juni 2009 Verneplan for Oslofjorden, delplan sjøfugl. I motsetning til på søndre, er det på Nordre Skjælholmen forbud mot ferdsel i perioden 15. april til 15. juli, men bare på land. Sjøen rundt inngår ikke i reservatet.