Zarja har tre porter for tilkobling, en i hver ende og en på side. Modulen Zvezda er koblet til den bakerste, Pressurized Mating Adapter er koblet til den fremre, og forbinder modulen til Unity-modulen. Side-porten er brukt for å koble til enten en russisk Sojuz- eller Progress-romskip. Docking Cargo Module skal kobles til denne porten permanent.