Hannibal Sehested ble også etterforsket for underslag og korrupsjon, men her var det riksrådet som hadde lagt ut anklager mot ham. Sehested satt som stattholder i Norge og førte en separasjonspolitikk som ikke falt i god jord blant standfellene i Danmark. Han ble tilbakekalt til København for å svare for seg. Det endte med at han ble tvunget til å fratre sin stilling. Siden Sehested hadde kongens velvilje ble han tatt inn i varmen igjen, og fra 1660 frem til sin død seks år senere fungerte han som leder for Rentekammeret (finansvesenet).