Kigali internasjonale lufthavn i Kigali har flyvninger til flere internasjonale destinasjoner. De travleste rutene går til Jomo Kenyatta internasjonale lufthavn i Kenya og Entebbe i Uganda. Det er én innenriksrute i landet, mellom Kigali og Kamembe lufthavn nær byen Cyangugu i vest. I 2017 startet byggingen av Bugesera internasjonale lufthavn sør for Kigali, som vil bli landets største når den åpnes. Det nasjonale flyselskapet er RwandAir, og landet betjenes av syv utenlandske flyselskaper.