En rekke bivirkninger er sett ved bruk av sertralin, deriblant søvnløshet, hypersomni, svakhetsfølelse, magebesvær, skjelvinger, vektøkning, forvirring, svimmelhet, manglende evne til å oppnå orgasme, kvalme, oppkast, tannskjæring, mild depersonalisering og svekket seksuallyst. Bivirkningene vil som regel reduseres eller forsvinne over tid.