For å komme videre presset Ivanovskij plantevæske fra infiserte planter gjennom bakterietette filtere. Etter denne filtreringen undersøkte han to forskjellige prøver. Den første hadde han innhentet i 1887 i Bessarabia, det andre tre år senere fra Krimhalvøya. Han benyttet Chamberlandfiltere av porselen, som var ugjennomtrengelige for bakterier. Plantesaften fortsatte likevel å være infeksjonsbærende, og smitteevnen ble ikke redusert ved stadig gjentatte fortynninger, det vil si ved gjentatte filtreringer. Av dette konkluderte han at det dreide seg om en levende agens som ikke var synlig for de mikroskoper han hadde til rådighet, og at det ikke kunne dreie seg om en gift som lot seg fortynne. Han kalte denne agens tidvis for «mikrobe» og tidvis for «virus».