Elkjær representerte Danmark i fotball-VM i 1986. Det var første gang Danmark kvalifiserte seg til denne konkurransen. De vant gruppa si, men ble slått ut av Spania. Elkjær skåret fire mål, blant annet et hat trick mot Uruguay. Han ble kalt den mest dynamiske og kraftfulle spissen i hele turneringen, og vant bronseballen.