Det moderne navnet Filicudi er en forvrenging av det antikke greske navnet på øyen, som var (Fønikerøyen). Sammen med resten av De eoliske øyene har vært bosatt siden steinalderen, rundt 3000 år f.Kr. Øyen ble bosett av nye folkegrupper i bronsealderen. Øyen stod folketom i mange hundreår fram til grekerne flyttet hit. Romere og østromere har også satt sine spor på øyen.