Byens rolle endret seg på den andre halvparten av 200-tallet f.Kr. da det ptolemeiske kongedømme i Egypt stasjonerte hele sin flåte for Egeerhavet i byens havn. Byen ble fullstendig ombygd for offiserene; den tidligere byplanleggingen ble erstattet av et formalistisk og jevnt gatenett, og nye, imponerende bygninger med søyleganger ble reist. Den ptolemeiske flåten ble trukket tilbake en gang rundt 145 f.Kr., og fra denne tiden og fram til år 0 mangler det fullstendig historiske nedtegnelser om byen.