Egypts rikdom gjorde imidlertid landet til et mål for invasjon, særlig av libyske berbere i vest, og havfolkene, som egypterne kalte dem, en mektig sammenslutning av hva som kan ha vært greske, luviske og fønikiske/kanaanittiske pirater. Innledningsvis var det egyptiske militæret i stand til å slå tilbake disse invasjonene, men Egypt mistet etter hvert kontroll over sine gjenværende områder i sørlige Kanaan, mye av det ble tatt av assyrerne. Effekten av ytre trusler ble forverret av indre problemer som korrupsjon, plyndring av graver, og sivil uro. Etter å ha fått tilbake sin makt, hadde yppersteprestene ved Amuntempelet i Teben samlet seg store rikdommer og landområder, og deres økte makt splittet landet i løpet av tredje mellomepoke.