Med rang som generalløytnant pensjonerte han seg etter 34 års aktiv militærtjeneste. Etter pensjonsalder ble Khan sendt som Pakistans ambassadør til Libya, en posisjon han hadde mellom 1976 og 1980 og senere ble han utnevnt til ambassadør til Filippinene fra 1984 til 1986. Aftab Ahmad Khan giftet seg med Nasreen Hayat Khan i 1960 og hadde en datter Umbereen A. Khan og sønnen Shahbaz A. Khan. Hans kone døde av langvarig sykdom i 2001. Khan døde av et plutselig hjerteinfarkt den 12. juli 2011, i en alder av 88 år.