Thaçi har vært beskyldt for medvirkning i en rekke straffbare forhold, deriblant politiske drap, tortur av krigsfanger, andre krigsforbrytelser, forskjellige former for mafiavirksomhet, korrupsjon og ulovlig handel med menneskeorganer. Beskyldningene har blant annet vært fremsatt av Europarådet, som også har krevet rettslige skritt. Kosovos regjering tilbakeviser påstandene. Thaçi var frem til juni ikke tiltalt for noen av anklagepunktene. Det har heller ikke vært igangsatt ytterligere etterforskning.