Driften av sjøflyhavnen flyplassen ble overtatt av Tromsø- og Tromsøysund kommuner, fra luftforsvaret. De nye eierne bygget en ny kai og en ny terminalbygning, og skulle drive sjøflyhavnen som et fellesforetak på en per capita basis. Fra 1947 ble den større og raskere flybåten Short Sandringham brukt på ruten til Tromsø. Det ble også startet en direkterute til Oslo, som hadde en samlet reisetid på åtte timer og som gikk daglig om sommeren. Når Bodø lufthavn ble åpnet i 1952 Ju 52 ble igjen brukt til Tromsø. Dette varte frem til 1956, da Bardufoss lufthavn åpnet og passasjerer som skulle til Tromsø, ble fraktet dit med buss. I 1958 var det 6 825 passasjerer som reiste til og fra Tromsø.