Etter å ha vært lordseglsbevarer i noen måneder ble han rikskansler i 1544. Han ble beryktet for rettsforfølgelsen av Anne Askew, som var tiltalt for heresi. Det ble fortalt at sir Anthony Kingston, som var i Tower of London, ikke klarte å torturere henne etter å ha sett hennes mot på strekkbenken, og at Wriothesley personlig tok over avhøret av henne.