Allerede før han kom på Stortinget, hadde han i 1879 fremsatt forslag om «flagget og hærens fane» med utgangspunkt i Stortingets beslutning av 1821 om Norges nasjonalfarver og flagg. I et møte i Arbeidersamfundet ledet av Bjørnson 13. mars 1879, talte Berner åpent til fordel for «flaggsaken». Umiddelbart ble 17 vinduer i huset i Munkedamsveien knust i bygningens første og andre etasje. Da neste dag røpet at dette var feil - redaktør Berner bodde nemlig i tredjeetasjen - dro mengden igjen ut til Filipstad og knuste rutene også der. Lovforslaget falt, men ble gjenopptatt og vedtatt i 1898. Ved flaggskiftet på Akershus slott i 1905 stod Berner med en av steinene fra ruteknusingen i Munkedamsveien i hånden, mens det rene norske flagget - av rakket ned på som «Venstreflagget» - ble heist.