Likevel var Kountché mistenksom mot Saibou, og i juni 1975 fjernet han Saibou fra regjeringa og ba han trekke seg fra sin militære stilling. Saibou møtte dette ved å be om å få pensjonere seg, noe som skal ha fjernet Kountchés tvil. Saibou forble lojal fram til Kountchés død 10. november 1987.