Zetterberg hadde, til tross for stor suksess på klubblaget, en mer brokete karriere på det svenske herrelandslaget. Han spilte i VM-kvalifiseringen, men mistet på grunn av en skade sluttspillet i Verdensmesterskapet i fotball 1994. Han spilte deretter mer regelmessig på landslaget, men Sverige kvalifiserte seg hverken til sluttspillet i EM 1996 eller VM 1998. Da Sverige igjen kvalifiserte seg til EM 2000 hadde Zetterberg avsluttet sin landslagskarriere. Zetterberg hadde et kortvarig comeback i 1999, men kom på kant med landslagstrenerne og takket deretter nei til videre landslagsspill.