Scott ble født 6. juni 1868 som det tredje barnet av seks og eldste sønn av John Edward og Hanna (født Cuming) Scott fra Stoke Damerel, nær Devonport i Devon. Selv om hans far var en brygger og magistrat, fantes det militære tradisjoner i familien – Scotts bestefar og fire onkler hadde alle tjenestegjort i hæren eller i marinen. John Scotts velstand kom fra eierskapet i et lite bryggeri i Plymouth som han arvet av sin far, og som han senere solgte. Etter at Robert Falcon Scott hadde etablert en karriere i marinen, opplevde familien en alvorlig finansiell situasjon, men hans tidlige barndom var preget av velstand.