I Det hvite hus blir USAs president angrepet av den hjernevaskede teleport-mutanten Nightcrawler. I mellomtiden utforsker Logan en forlatt militær installasjon ved Alkali Lake i Alberta i håp om å oppdage ledetråder til hans fortid, men han finner ingenting. Jean Gray har problemer med å konsentrere seg, ettersom kreftene hennes blir stadig vanskeligere for henne å kontrollere. Senere går Logan tilbake til professor Xaviers skole for mutanter, og Xavier sporer opp Nightcrawler ved hjelp av Cerebro. Xavier og Cyclops stiller spørsmål til den fengslede Magneto om angrepet, mens X-Men Storm og Jean Gray henter Nightcrawler. En militær-forsker, oberst William Stryker, får godkjenning fra USAs president og får godkjenning for å undersøke Xaviers herskapshus for deres bånd til mutanter, i kjølvannet av det nylige angrepet mot presidenten. Stryker og hans håndlangere invaderer skolen, og de bortfører enkelte av studentene. Colossus fører de resterende studentene i sikkerhet, samtidig som Logan, Rogue, Iceman og Pyro stikker av. Strykers assistent Yuriko Oyama kidnapper Cyclops og Xavier. Under angrepet blir Stryker konfrontert av Logan, som henvender seg til ham som Wolverine og ser ut til å vite noe om fortiden hans.