I desember 1999 ble han solgt til Wigan Athletic for 260 000 pund, men flere alvorlige skader gjorde at han slet med å etablere seg på førstelaget. Da McLoughlin dro videre på en fri overgang til Rochdale i desember 2001 var spillerkarrieren allerede på hell, og etter kun én sesong dro han videre som spillende trener for Forest Green Rovers FC i Conference National på nivå fem i det engelske seriesystemet. Mot slutten av 2002/2003-sesongen la han fotballskoene på hylla, men fortsatte som trener for klubben en periode.