En av Grants handlinger i løpet av beleiringen var å gjøre slutt på en rivalisering som hadde pågått over tid. Den 30. mai skrev general McClernand en selvforherligende melding til sine styrker hvor han gjorde krav på mye av æren for den kommende seieren. Grant hadde ventet i seks måneder på at han skulle gjøre en tabbe, helt siden de kom skjevt ut med hverandre i begynnelsen av felttoget rundt slaget ved Arkansas Post. Han hadde fått tillatelse til å avløse McClernand i januar 1863, men ventet på en ubestridelig provokasjon. Grant avløste McClernand den 18. juni. Han hadde forberedt denne handlingen så nøye at McClernand stod uten muligheter til å få hjelp av overordnede. McClernands XIII Corps ble overført til generalmajor Edward Ord som var tilbake etter en skade han hadde fått i slaget ved Hatchie's Bridge. McClernand fikk senere en kommando i Texas i mai 1864.