Mens han oppholdt seg i Afghanistan, ble han flere ganger slått og sparket under de mange avhørene. El-Masri hevder at han ble holdt naken i en skitten celle, der han bare ble gitt magre rasjoner til å spise og råttent vann å drikke. Etter mange måneder begynte CIA-offiserer i Kabul å mistenke at passet hans egentlig var ekte. Passet hans ble sendt til CIA-hovedkvarteret i Virginia, der CIAs Office of Technical Services konkluderte med at passet virkelig var ekte. Dermed ble El-Masri fløyet med hemmelig transport tilbake til Republikken Makedonia, uten å informere de tyske myndigheter, der de dumpet ham. Til slutt informere amerikanerne den tyske regjeringen, uten å beklage, og de klarte å overtale tyskerne til å tie om denne hendelsen.