Chapos andre fengselsflukt førte til massiv leteaksjon i Mexico. Etter drøyt seks måneder på rømmen ble El Chapo arrestert for tredje gang, 8. januar 2016, da han forsøkte å flykte i en stjålet bil i Los Mochis, Sinaloa. I 2019 ble han utlevert til DEA i USA, hvor han nå soner på livstid.