Etter at faren, William M. Mathers, døde tidlig i Samuels liv, flyttet mor og sønn fra London til Bournemouth. Her gikk han på skole og fikk sannsynligvis liten utdannelse som sønn av en enslig og fattig mor. Samuel Liddell Mathers sørget imidlertid for faglig påfyll selv, i og med at han tidlig begynte å frekventere de lokale biblioteker. Dette var en vane han skulle beholde mesteparten av livet sitt.