I 1990 ble han valgt til rektor ved samme sted, og til rektor ved Universitetet i Trondheim (UNIT) i 1993. Han var meget aktiv i etableringen av Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet (NTNU). Han satt som rektor for UNIT fra 1. januar 1993 til 31. desember 1995. Etableringen av NTNU trådte i kraft fra 1. januar 1996, og Jakobsen fungerte som rektor for NTNU i en overgangsfase fra 1. januar 1996 ut april måned samme år, mens det ble gjennomført valg på rektor for den nye, sammenslåtte utdanningsinstitusjonen.