Muizzu gikk på Iskandhar skole og ble utdannet der fra lavere barnehage til klasse fire. Deretter gikk han over til Majeediyya School, den eldste skolen på Maldivene, hvor han studerte fra klasse 5 til 10. I januar 1995 fullførte han sine GCE O'Level-eksamener, og oppnådde førsteplassen på nasjonalt nivå. Han gikk også på Science Education Center for sine grad 11 og grad 12 studier, hvor han fullførte sine GCE A'Level eksamener i juli 1997, og sikret fjerde plass nasjonalt.