Et annet fargerikt regnbueflagg er inkaflagget som har sju fargestriper og representerer inka-indianerne i Peru. Også dette foreligger i flere versjoner og varianter, blant annet som wiphala eller quechua-flagget, et kvadratisk «regnbueflagg» som består av en mengde fargeruter og representerer urbefolkninga i hele andesområdet i flere land i Sør-Amerika. Regnbuen er henta fra et gammelt inkasymbol.