Rebas var medlem av Den estiske kongressen fra 1990 til 1992 og medlem av Estlands grunnlovsgivende forsamling etter Sovjetunionens fall. Han var også rådgiver for daværende utenriksminister Lennart Meri. Ved dannelsen av den første parlamentariske regjeringen i 1992 ble Rebas utnevnt til forsvarsminister, som representant for Det estiske nasjonale uavhengighetspartiet (ERSP). Han trakk seg i 1993, da en militær reservestyrke med forbindelser til nasjonalister i parlamentet forskanset seg, nektet å adlyde ordre fra forsvarsledelsen, og krevde at offiserer fra sovjettiden ble fjernet.