I andre kvalifiseringsrunde deltok de ti vinnerlagene fra første kvalifiseringsrunde sammen med 18 nye lag etter UEFAs rangering av nasjonale ligaer, totalt 28 lag. Kampene ble trukket 23. juni og spilt 26. juli, med returkamper 2. august 2000. 14 vinnere etter to kamper gikk videre til tredje kvalifiseringsrunde.