Taksonomien til muslingkrepsene er omstridt og inneholder vanskelig systematiserte grupper. Det er generelt omstridt å fin-inndele organismer taksonomisk. Skillene mellom de ulike gruppene av muslingkreps er usikre, og stort sett basert på morfologi snarere enn molekylær analyse. En vanlig oppdeling anerkjenner muslingkreps som en av seks ulike klasser av krepsdyr. En moderne oppdatering av systematikken gis av Martin and Davis, som følgende oversikt følger ned til nivået orden, mens lavere nivåer i enkelte tilfeller følger : - og detaljene gis etter -databasen.