Elvemuslingen finnes normalt på dyp, men noen steder kan den også finnes på dypere vann. I elva Simoa i Buskerud er den funnet ned mot dyp. Arten tolererer vannhastigheter på omkring 0,3–2 m/s, men optimalt bør den trolig ligge på omkring 0,2–0,4 m/s. Antallet unge individer (5-20 år) avtar med økende vannhastighet. Det er generelt akseptert at muslingene foretrekker næringsfattige (oligotrofe) vannveier med eller mindre, og generelt lav eutrofiering. Elvemuslingen er mest følsom for menneskelig påvirkning og habitatdegradering, da de forlater vertsfisken og skal etablere seg på elvebunnen. Da kan selv små mengder av forurensning i vannet være tilstrekkelig til å forhindre dette trinnet i utviklingsstadiet. I sin tur kan dette forhindre ny foryngling. Man vet også at yngre muslinger er mer sårbare enn eldre. Eutrofiering er derfor ofte en hovedårsak til at forynglingen helt eller delvis stopper opp.