Den lille og tørre øya ligger omtrent 700 meter nordvest fra kysten av Antiparos. Despotiko ligger nesten nøyaktig midt i Kykladene med de omkringliggende øyene Antiparos, Syros, Serifos, Sifnos, Kimolos, Folegandros, Sikinos og Ios. Administrativt er den ubebodde øya en del av kommunen Antiparos.