Mellom 1022 og 1163 ble katarene fordømt av åtte lokale kirkeråd, det siste av dem ble holdt i Tours, som erklærte at alle albigensere «burde bli fengslet og deres eiendom konfiskert», og fordømmelsen ble opprettholdt ved Tredje Laterankonsil i 1179. Fra begynnelsen av sin tid som pave forsøkte pave Innocens III å få slutt på katarismen, som han bedømte som avvikende fra den katolske tro, og derfor kjetteri. Han sendte misjonærer og forsøkte å overtale de lokale autoriteter å handle mot dem. I 1208 ble Innocens' pavelige delegat Pierre de Castelnau slått ihjel på reisen tilbake til Roma etter å ha bannlyst grev Raymond VI av Toulouse for å ha vært for overbærende og slepphendt med katarene. Innocens III oppga da å sende misjonærer og jurister, erklærte Pierre de Castelnau for martyr og påkalte et korstog mot albigenserne. Paven tilbød landområdene og eiendommene til de katariske kjetterne til hvilken som helst fransk adelsmann som var villig til å gripe til våpen. Da korstoget kom til Béziers i 1209, ledet av den pavelige legat Arnaud-Amaury, ble det krevd at byen overga seg, og da den nektet ble den stormet og innbyggerne massakrert uansett tro. Antallet døde ble oppgitt til et sted mellom 15 000 og 20 000. I henhold til Caesarius av Heisterbach, da Arnaud-Amaury spurte en av korsfarerne hvordan man skulle kunne skille katolikker fra katarer, var svaret: («Drep dem [alle]! Herren kan sikkert skjelne [de] som er hans!»).