Bymuseet var inntil utgangen av 2005 fortsatt organisert som en privat forening, men ble i hovedsak finansiert ved offentlige tilskudd fra Oslo kommune og staten. Foreningen ble oppløst ved vedtak i generalforsamlingen på hundreårsdagen 22. desember 2005. Samtidig ble det besluttet å opprette en stiftelse til å forvalte eiendomsretten til samlingene og en venneforening til å ivareta medlemmenes interesser. Fra og med 1. januar 2006 er Bymuseet en del av den nye stiftelsen Oslo Museum, som har overtatt driftsansvaret. Den nye museumsstiftelsen fungerte i begynnelsen under arbeidstittelen «Hovedstadsmuseet», men har fra desember 2006 tatt navnet Oslo Museum. Bymuseet, Interkulturelt museum (IKM) og Teatermuseet gikk sammen om å opprette det nye museet som en konsekvens av den statlige museumsreformen. Inntil videre skulle de tre tidligere enhetene fungere på sine tidligere tilholdssteder.