Épernay tilhørte erkebiskopene av Reims fra 400- til 900-tallet, da byen kom under grevene av Champagne. Den ble stygt herjet under Hundreårskrigen, og ble brent av Frans I i 1544. Den motstod Henrik av Navarra i 1592, og marskalk Biron falt under det angrep som fant sted før byen til slutt ble erobret. I 1642 ble den, sammen med Château-Thierry, gjort til hertugdømme og gitt til duc de Bouillon.