Ved presidentvalget i 2012 stilte han mot sittende president José Ramos-Horta og Francisco Guterres, og kom videre til andre valgomgang, der han vant over Guterres. Han overtok som president 20. mai 2012. Taur Matan Ruak var president fram til 2017. Han ble etterfulgt i presidentembetet av Francisco Guterres.