Med unntak av perioden 1972–82 var landet herjet av borgerkrig inntil en fredsavtale ble inngått mellom de stridende partene den 9. januar 2005. Konflikten hadde sitt utgangspunkt i det muslimske nordlige Sudans økonomiske, politiske og sosiale dominans over det kristne, ikke-arabiske Sør-Sudan. Ifølge fredsavtalen – Comprehensive Peace Agreement (CPA) – skulle Sør-Sudan innen januar 2011 gjennomføre en folkeavstemning om uavhengighet. I januar 2011 ble denne holdt. Et overveldende flertall stemte for løsrivelse, og Sør-Sudan ble erklært som stat 9. juli 2011. Ved opprettelsen av Sør-Sudan var det ikke enighet mellom Sør-Sudan og Sudan om den økonomiske kompensasjonen for en rørledning gjennom Sudan fra oljeproduksjonen i Sør-Sudan. Dette førte til uroligheter.