Polarforskningssekretariatets oppgave er å fremme og samordne svensk polarforskning. Det innebærer blant annet å følge og planlegge forskning og utviklingsarbeid samt organisere og gjennomføre ekspedisjoner i Arktis og Antarktis. Polarforskningssekretariatet er forvaltningsmyndighet for loven om Antarktis og vurderer om søknader om tillatelse til opphold eller virksomhet i området er i overensstemmelse med loven.