Fra november 1939 var Hackenholt tilknyttet Aktion T4 der han arbeidet ved flere av avlivingssentrene blant annet i Grafeneck (i de svabiske alper) og i Sonnenstein. Han arbeidet ved seks anlegg innenfor T4 og hadde oppgaver delvis som sjåfør (blant annet for Viktor Brack) og delvis som «brenner» (omlasting og brenning av lik).