Yu ble en talsmann for den kinesiske protestantiske selvhjelpsbevegelse, og gikk i 1903 til innkjøp av en tomt ved Haininggaten nord i Shanghai og grunnla året etter en selvhjulpen presbyteriansk menighet uten finansielle bindinger til noen misjonskirke. Den 25. januar 1906 grunnla han det som i 1911 fikk navnet Chinese Protestant Independent Church. Menigheter i Pingyang i Zhejiang, Tianmen i Hubei og en rekke andre sluttet seg til dette fellesskapet. I 1910 ble grunnlagt i Shanghai. Føderasjonen hadde sin egen avis, og gvokste etterhvert til hundrevis av menigheter med titusener av medlemmer over hele Kina.