Etter krigen ble han arrestert og stilt for retten i Nürnbergprosessen, hvor han var den eneste tiltalte som nektet å vitne i sin egen sak. Hans rolle som innenriksminister og leder over konsentrasjonsleirene, førte til en tiltale for å ha planlagt, innlede og føre forbrytelse mot freden, krigsforbrytelser og forbrytelse mot menneskeheten. Han ble dømt til døden ved henging 1. oktober 1946 og ble hengt to uker senere.