Lee og hans regjering la vekt på å opprettholde religiøs toleranse og rasemessig harmoni, og var beredt til å benytte lovmakt for å motarbeide enhver trussel som kunne fremprovosere etnisk og religiøst vold. For eksempel advarte Lee mot «ufølsom evangelisering», med tanke på kristen misjon rettet mot malayer. I 1974 rådet regjeringen Singapores bibelselskap til å slutte å utgi religiøst materiale på malayisk.