Etter at Stoiber planla å tre inn i den føderale regjeringen, ble Beckstein ved siden av Erwin Huber regnet som den mest sannsynlige kandidaten til å etterfølge Stoiber. Det var planlagt en kampavstemning mellom Beckstein og Huber i CSU-fraksjonen i Bayern, men da Stoiber valgte å bli i Bayern kom det aldri til noen avstemning.