Både syro-orientalere og etter hvert katolikker nøt godt av mongolenes religiøse toleranse. Tibetansk buddhisme seilte i medvind, mens den tradisjonelle taoismen ble forsøkt undertrykt av mongolene. Mongolene gjenopplivet de konfucianske styringsskikker og mandarineksamener som kommet i bakleksen i de forutgående tiders splittelser. Islam fikk en oppsving i provinsene Yunnan og Gansu.