Håndteringen av den ferdige «Little Boy»-bomben var spesielt farlig. Så snart korditt ble ladet i bomben kunne en avfyring i verste fall føre til en kjernefysisk kjedereaksjon, i beste fall føre til en spredning og forurensning i eksplosjonsområdet. Det skulle ikke mer til enn kontakt mellom de to uran delene før det kunne skjedd en detonasjon med fatale følger, fra en enkel «fis» til en eksplosjon stor nok til å ødelegge hele Tinian (inkludert de 500 B-29 bombeflyene, bygningene og personellet som var stasjonert der). Vann var også en risiko ettersom det kunne virke som en kobling mellom de to delene med fisjonsmateriale og skape en eksplosiv spredning av radioaktivt materiale. Uranprosjektilet kunne bare installeres med et spesial verktøy som produserte en kraft på 300 kN (67 000 pund, over 30 tonn). Av sikkerhetsmessige årsaker valgte våpenoffiseren, Kaptein William Sterling Parsons, å lade korditt ladningen først etter at flyet var tatt av.