Han var fram til han ble pensjonert øverstkommanderende for de tyske styrkene i Norge. Etter stadige konflikter med den tyske sivile administratoren Josef Terboven, ble Falkenhorst avløst av generaloberst Lothar Rendulic 18. desember 1944, og en måneds tid senere overtok general Franz Böhme. Falkenhorst mente selv at han ble avsatt som følge av at etter at de tyske styrkene under ledelse av Rendulic måtte trekke seg ut av Finland, var det to tyske øverstkommanderende i Norge, og at Rendulic ble foretrukket framfor ham da han var en «partigeneral». Falkenhorst ble deretter pensjonist og hadde ikke flere kommandoer under krigen.