Som i tidligere Zelda-spill skal spilleren utforske Hyrule og to nye områder; himmelen, som er full av forskjellige flytende øyer, og Dypet som er et stort underjordisk område under Hyrule. Der kan spilleren finne våpen og ressurser for å gjennomføre ulike oppdrag. Dypet, som er tilgjengelig via kløfter på overflaten, inneholder også en klumpete substans kalt dysterhet. Hver gang spilleren kommer i kontakt med, eller blir angrepet av fiender dekket av dysterhet, reduseres spillerens helse. Denne lidelsen forsvinner igjen så snart spilleren kommer tilbake til overflaten, spiser utvalgte matvarer, eller reiser til en lysrot - en stor lysemitterende plante som finnes i dypet. Spilleren kan utforske områder til fots eller ved å klatre, ri på hesteryggen eller bruke en paraglider.