Han ble innsatt som midlertidig president i Guinea-Bissau fra den 3. mars til 8. september 2009 etter at den demokratisk valgte president João Bernardo Vieira ble drept av militæret. Pereira som ved sin utpekning som midlertidig president fungerede som parlamentsformann var forfatningsmessig bundet til innen 60 dager å fastsette en dato for avholdelse av et nytt presidentvalg.