Kritikken mot henne dreidde seg hovedsakelig om hennes liberale syn på homofili og særlig at hun lot den lesbiske presten Siri Sunde fortsette som kapellan i Nordre Land etter at Sunde hadde inngått partnerskap selv om det var flertall på Kirkemøtet i 1997 for at personer som levde i homofilt samliv, ikke kunne inneha kirkelig tjeneste som vigslet prest, diakon eller kateket. Köhn sa i denne sammenheng: «Kirken har mye å be de homofile om unnskyldning for. Jeg håper ettertiden vil vise at dette var en god dag for Den norske kirke. Homofile har langt inn i dette århundre vært en utstøtt og trakassert gruppe mennesker som kirken ikke har forsvart og vist omsorg for - slik en skulle forvente ut fra evangeliet og kristen etikk. Selv opplever jeg at denne saken i siste instans handler om 'å være tro mot sannheten i kjærlighet'. Med samme rett som kirken har endret standpunkt i andre saker, bør kirken nå endre sitt syn på homofili».