Blant hans nære venner i Wadowice var jødiske Jerzy Kluger. Gjennom ham lærte Wojtyła mye om jødedommen. Dette vennskapet påvirket trolig forholdet til jødedommen da han ble pave. Kluger var med Wojtyła i kirken, og Wojtyła besøkte synagogen sammen med ham. De ble skilt av den tyske invasjonen i 1939, og møttes ikke igjen før i 1965. Kluger satt i sovjetisk fangenskap til Tyskland invaderte Sovjetunionen og han kjempet deretter på alliert side, blant annet ved Monte Cassino. Da Wojtyła ble pave i 1978, var Kluger med familie den første audiensen han ga. Wojtyła var den første paven som besøkte en synagoge. Kluger hjalp på 1980-tallet til med å opprette diplomatiske forbindelser mellom Israel og Vatikanet. Menachem Begin brukte Kluger som kontaktperson til Vatikanet før offisielle forbindelser ble formelt opprettet i 1994.