Etter sin avgang har Suharto vært innlagt på sykehus flere ganger for slag, hjerteproblemer og andre helseproblemer. Disse forholdene har påvirket de mange forsøkene på å tiltale Suharto for korrupsjon og menneskerettighetsbrudd, da hans advokater har med stor suksess argumentert for at Suharto er svært svekket helsemessig.