Museo del Prado i Madrid; Eremitasjen i St. Petersburg, Russland; og Wallace Collection i London er blant de museer som har verker av Murillo. Hans maleri «Kristus på korset» henger i Timken Museum of Art i San Diego, og «Kristus etter piskingen» er ved Krannert Art Museum, Champaign, Illinois. De mest omfattende steder for hans bilder er de mange kirkene og museer i Sevilla, samt i Caridadsamilingene. Foruten rundt 250 oljemalerier har Murillo også etterlatt seg en rekke tegninger, noen finnes på Glyptoteket i København.