I 2013 ble Hagen valgt som dekan på Det humanistiske fakultet, hvor hun satt frem til hun ble valgt som prorektor under rektorvalget i 2017. Som prorektor hadde Hagen ansvar for forskningsstrategi, ph.d.-programmer og forskningsetikk. Hun tok initiativ til å lage egen politikk for yngre forskere og opprette UiB Ferd karrieresenter for yngre forskere. Hun ledet også prosjektet UiB Fram, et langsiktig utviklingsprosjekt som skal sikre de vitenskapelig ansatte gode rammevilkår for å drive forskning av høy kvalitet.