Han sto etterhvert på meget vennskapelig fot med Mozart. Enken etter Mozart forsøkte først å få Eybler til å fullføre (KV 626). Eybler forsøkte, men kunne ikke fullføre oppdraget, muligens av respekt for sin venns musikk. Den oppgaven overtok deretter Franz Xaver Süßmayr. Eybler ble kordirektør hos karmelittene i 1792 og deretter (1794 til 1824) i Wiens .