Frederik Motzfeldt ble født i Børsaskogn. Han giftet seg 5. desember 1806 i Molde kirke med Anna Jervell (1780–1848), av en familie også kalt Gørvell som innvandret dit fra Uleåborg, Finland. Området Cecilienfryd i Molde har navn etter Motzfeldts kone. De hadde barna Jakob (1807), Josefine (1809), Ida (1810), Valborg (1811), Fredrikke (1813), Jakobine (1816), Fredrik (1819) og Ovidia (1820).