I miljørisikovurderinger av transgene planter, vurderes det blant annet om genmodifiseringen har medført endringer i kulturplantens tilpassingsevne i form av økt motstandsdyktighet på jordbruksarealer, eller økt risiko for etablering av forvillede populasjoner utenfor dyrkingsområder. Videre vurderes potensialet for spredning av genmodifisert materiale til andre organismer, både til andre planter eller til bakterier. Risikovurderingen diskuterer også effekter på målorganismene (for eksempel bekjempelse av et skadeinsekt) for genmodifiseringen, og mulige ikke-tilsiktede effekter på andre organismer, inkludert rødlistede (truede og nær truede) arter. Videre vurderes effekter på jordlevende organismer og jordmiljø, samt mulige miljøeffekter av endret landbrukspraksis. Det foretas i tillegg en vurdering av søkers forslag til overvåkingsplan.