Otepää kommune preges landskapsmessig av høydedraget , som strekker seg fra områder lengre nordvest inne i nabokommunen Puka, og om lag 20 km sørøstover. Området er dekket av barskog og kupert terreng med mange innsjøer. Den mest kjente og største av sjøene er Pühajärv, som regnes som en av landets mest maleriske sjøer. Maleren Johannes Uiga (1918–1998) malte hundrevis av malerier av denne innsjøen. Også Johannes Võerahansu (1902–1980) har malt mange skogsmotiver fra denne kommunen.