Manning vant flere priser etter sitt siste år, inkludert Maxweall Award som landets beste spiller, Johnny Unitas Golden Arm Award, National Football Foundation og College Football Hall of Fames Scholar-Athlete Award, Sporting News Radio Socrates Award og SEC Most Valuable Player Award. Han var også en kandidat for Heisman-troféet i 2003, men endte opp på tredje plass bak quarterback University of Oklahomas Jason White, som vant prisen, og University of Pittsburghs wide receiver Larry Fitzgerald. Han var i likhet med faren medlem i Sigma Nu fraternity, og var utpekt til Sigma Nu Athlete of the Year i 2001 og 2003.