Cloetta ble etablert i 1862 i København av de tre sveitsiske brødrene Bernhard, Christoffer og Nutin Cloetta. Selskapet vokste og i 1873 ble det bygget en fabrikk i Malmö, og i 1896 en fabrikk i Sofienberggata, Oslo. Denne fabrikken ble i 1901 flyttet til Ljungsbro. Familien Cloetta solgte i 1917 selskapet til nystartede Svenska Chokladfabriks AB med familien Svenfelt som hovedeiere. Familien Svenfelt eier fortsatt store aksjeposter i Cloetta. På 1980-tallet og utover kjøpte Cloetta en rekke næringsmiddelselskaper. I forbindelse med oppkjøpet av konkurrenten Candelia AB i 1998 ble selskapet Sveriges største sjokolade- og konfektselskap. Denne posisjonen ble ytterligere forsterket ved at Cloetta i 2000 fusjonerte med Fazers konfektproduksjon og dannet Nordens største konfektprodusent, Cloetta Fazer AB. I juni 2008 ble det kjent at Cloetta Fazer skulle deles. Cloetta ble 8. desember 2008 igjen et selvstendig selskap notert på Stockholmsbørsen. Cloettas hadde på samme tid omtrent 500 ansatte og produksjonsanlegg i Ljungsbro og Alingsås.