Frustrert over tilbakeslagene trakk Bragg seg gjennom Cumberland Gap og passerte gjennom Knoxville og Chattanooga, vendte mot nordvest og endte opp i byen Murfreesbro i Tennessee. Hans hær sammen med Smiths Army of Kentucky ble omdøpt til Army of Tennessee den 20. november og gravde seg ned i stillinger på begge sider av den vestlige armen av elven Stones River nordvest for byen. Under et besøk av president Jefferson Davis den 16. desember ble Bragg beordret til å sende generalmajor Carter L. Stevensons divisjon til Mississippi for å støtte forsvaret av Vicksburg. Tapet av Stevensons 7 500 mann skulle komme til å bli merkbart i det kommende slaget. Bragg reorganiserte sin hær, mens Kirby Smith dro til det østlige Tennessee. Bragg hadde nå kommandoen over to korps, ledet av generalmajorene William J. Hardee og Leonidas Polk samt en kavaleristyrke under brigadegeneral Joseph Wheeler. En betydelig del av kavaleristyrken med deres ekspertise ble skilt ut og sendt på strategiske raid i -regionen, under ledelse av Nathan Bedford Forrest og John Hunt Morgan. Bragg hadde dessuten problemer med sine generaler som uttrykte en mistillit med hans ledelse, og korpskommandantene ba president Davis om å få Joseph E. Johnston, øverstkommanderende for alle hærer i det vestlige krigsteatret, som sjef for arméen, Davis ville ikke fjerne verken Bragg eller de opprørske generalene fra deres stillinger.