I januar 2005 forlot han Chelsea til fordel for Newcastle United FC. Her etablerte han seg umiddelbart som førstevalg på venstrebacken, men var ofte plaget av skader. Den 10. desember 2007 besluttet både spiller og klubben å oppheve kontrakten. Babayaro er også den yngste debutanten i UEFA Champions League gjennom tidene, foran Alen Halilović og Youri Tielemans.