Hvalen ble en ettertraktet vare under andre verdenskrig, både på grunn av oljen og at deler av hvalen kunne brukes til å lage eksplosiver. De fleste av de britiske og norske fabrikkskipene og hvalfangstskutene ble ødelagt av tyske krigsskip som opererte i antarktiske farvann. Mange av de gjenværende hvalfangstfartøyene ble rekvirert til å tjenestegjøre, blant annet som minesveipere, under alliert kommando. Under krigen var det kun virksomhet i Grytviken og Leith Harbour, i Grytviken hele krigstiden, mens i Leith Harbour kun i sesongene 1940–41 og 1942–43.