Samtidig med disse kulturelle framgangene, begynte en prosess med forening av samfunnene og byene i øvre Nildalen (Øvre Egypt). På samme tid gikk samfunnene i Nildeltaet (Nedre Egypt) gjennom samme prosess. Krigføring mellom Øvre og Nedre Egypt skjedde hyppig. I løpet av sitt styre av Øvre Egypt beseiret kong Narmer sine fiender i Nedre Egypt, og la begge riker inn under sitt felles styre. Narmer er vist på paletter som viser at han bærer dobbelkronen, sammensatt av lotusblomsten (representerte Øvre Egypt) og papyrusstråene (representerte Nedre Egypt), et symbol på det forente styret av hele Egypt, og denne tradisjonen ble opprettholdt av de senere herskerne. I mytologien er foreningen av Egypt framstil som falkeguden, Horus (identifisert med Nedre Egypt), som erobret og underkastet guden Set (identifisert med Øvre Egypt). Det guddommelige kongedømme, som opprettholdt i Egypt i de neste 3 millennia, ble solid etablert som grunnlaget for Egypts styre. Prosessen som førte til at samfunnene langs Nilen ble forent har også blitt knyttet til uttørkingen av Sahara.