I året 1715 ble Mattheson vikar og i 1718 musikkdirektør ved Hamburgs , men måtte i 1728 si fra seg posten etter at sangerne boikottet oppføringen av et av hans oratorier. I tillegg begynte hørselen å svikte, og tilslutt ble han helt døv. I denne sene perioden forfattet han musikkteoretiske skrifter, som (1731) og (1739). I tillegg ga han ut tidsskrifter, blant annet det første tyske musikktidsskriftet, fra 1728/29, og oversatte romaner og faglitteratur fra engelsk, fransk, italiensk og latin.