Mot slutten av 1970-tallet var Abdurajik Abubakar Janjalani, Khadaffy Janjalanis eldre bror begynt som lærer på Basilan og som hadde studert teologi og arabisk i Libya, Syria og Saudi-Arabia. Abdurajik ble deretter en veteran fra krigen mot Sovjetunionen under den sovjetisk-afghanske krig. I løpet av den tiden møtte han angivelig Osama Bin Laden, og fikk 6 millioner dollar for å etablere sin egen avleggergruppe på Sør-Filippinene, av medlemmer av det eksisterende MNLF.