Etter krigen vokste idretten tilbake i østlige Indiana. Flyers spilte mot noen solide lag, inkludert Wabash Athletic Association, Fort Wayne War Vets og Cincinnati Celts. Laget avsluttet 1919-sesongen 4–1–1. I 1920 var Flyers ett av de 14 lagene i første sesong av American Professional Football Association, som senere endret navn til National Football League. I lagets andre NFL-kamp noensinne ble de knust, 45–0, av Rock Island Independents. Uken etter avlyste Decatur Staleys kampen mot Flyers, og Muncie hadde problemer med å arrangere flere kamper. I løpet av dødtiden endte de fleste av lagets spillere opp med å signere for andre lokale lag. Flyers hadde også en kamp planlagt mot Dayton Triangles den 7. november 1920, men denne ble avlyst på grunn av dårlig vær. Mot slutten av november og i begynnelsen av desember vant Flyers tre kamper mot lag utenfor ligaen, og avsluttet dermed sesongen 3–1–0 (0–1–0 i APFA). I 1921 startet Flyers sesongen med å knuse Elwood Legion, som ikke spilte i NFL, men tapte deretter en kamp borte mot Evansville Crimson Giants, og en kamp hjemme mot Cincinnati Celts. De skulle også spille en kamp mot Green Bay Packers den 13. november 1921 som endte opp med å bli avlyst, og Flyers avsluttet dermed sesongen 1–2–0 (0–2–0 i APFA). Totalt gikk Flyers 0–3–0 mot andre APFA-lag, men var i samme periode ubeseiret mot uavhengige lag med fire seiere. Inkludert 1919 gikk Flyers 8–1–1 mot lag utenfor ligaen.