Y-DNA haplogrupper defineres ved hjelp av SNP tests. SNPs er punkter på DNAet hvor en nukleotide har mutert eller endret til en annen nukleotide. Denne endringen må ha foregått hos minst 1 % av befolkningen for å vurderes som en nyttig SNP. Hvis den kun har skjedd hos færre enn 1 % vurderes den som en privat SNP.