Rikets styre ble organisert ved at det ble opprettet et statskollegium som skulle ordne alle viktige innen- og utenrikssaker. Samtidig opprettet man skattkammerkollegiet, kansellikollegiet, admiralitetskollegiet, krigskollegiet og i 1661 Højesteret samt i 1668 commercekollegiet til behandling av den borgerlige næring. Et kollegium og Højesteret besto av 8–12 medlemmer med en president i ledelsen. Det skulle behandle kongens eller deres egne forslag, hvoretter kongen skulle ta stilling til dem. For Højesterets vedkommende skulle minst halvparten av medlemmene være adelige og resten kyndige borgerlige.