Eyvind Skeie har også hatt et internasjonalt engasjement, ikke minst knyttet til religionsfrihet. I en periode hadde han nær kontakt med miljøer i Aserbadsjan og deltok i en arkeologisk utgraving. Han var også med Thor Heyerdahl på reise fra Baku til Tbilisi i jakten på Odin. Skeie sitter i representantskapet til Stephens Children i Kairo.