Under andre verdenskrig ble Salbubæk arrestert i 1943 og tilbrakte resten av krigen i norske og tyske fangeleirer fram til freden. I midten av april 1945 kom Salbubæk til Sverige. Han fikk harde påkjenninger i leirene, og i 1945 frabad han seg gjenvalg som stortingsmann. I 1946 døde han etter en hjerneoperasjon på Rikshospitalet.