Han skal ha vært sønn av borgermester på Christianshavn (København) Jacob Hans Drejer (Dreyer), og bror til Hans Jacob Schørt. Etter noen tid som offiser i utenlandsk tjeneste ble han generalmajor i 1675, og kom i dansk tjeneste fra 1680-86. Fra 1680 var han kommandant på Akershus og generalmajor i artilleriet, og samtidig overberghauptmester på Kongsberg. Han skal ha vært utilfreds med det dyre livet i Christiania, og kom i strid med feltmarskalk Wedel, som i sin tur klaget over Schørt til kongen. Han ble kaldt til København til megling, og skjønt overberghauptmannen fikk kongens medhold, ble han forflyttet til guvernør over samt over festningene og artilleriet på Fyn og i Jylland. Han fortsatte dog med å være overberghauptmann i Norge. I 1683 mottok han ridder av Dannebrog og ble året etter generalløytnant.