UNICEFs generalsekretær blir utnevnt for fem år av gangen av FNs generalforsamling i samråd med UNICEFs styre. Den nåværende lederen er Anthony Lake, som etterfulgte Ann Veneman i mai 2010. Den overordnede styringen og administrasjonen av organisasjonen finner sted ived UNICEFs hovedkvarter i New York.