Fjellrev var tidligere det eneste tallrike pattedyret på øya, men intensiv fangst i begynnelsen av 1900-tallet førte til at fjellreven nå er utryddet på øya. Klappmyss og grønlandssel har yngleplasser på den nordvestlige delen av Jan-Mayen. Isbjørn opptrer streifmessig når iskanten ligger opp mot Jan Mayen vinterstid. Isbjørn har de siste tiårene bare unntaksvis kommet i land på Jan Mayen, og regnes ikke lenger som en fast art ved øya. De to mest kommersielt verdifulle marine ressursene rundt øya er dypvannsreke og haneskjell.