Tennesseelven var en viktig del av en fransk handelsrute på 1600-tallet. Strid mellom franskmennene og engelskmennene endte med at engelskmennene vant kontroll over handelsstedene langs elven i 1760. Byen het opprinnelig «Ross's Landing» etter John Ross. Navnet «Chattanooga» er fra 1838. I 1860, nær utbruddet av den amerikanske borgerkrig hadde byen et folketall på 2 000. Byen var et viktig jernbaneknutepunkt, og ble åsted for en rekke slag under krigen. De to første var angrep fra nordstatene på byen 7.-8. juni 1862 og 21. august-8. september 1863. Det store slaget ved Chattanooga ble utkjempet i oktober og november i 1863. Konfødersjonens tap av Chattanooga gjorde at Tennessee ble helt overtatt av unionsstyrker, og Chattanooga ble en base for fremstøtet i Georgia.