Early var Whig og sterkt imot løsrivelse på konvensjonen i Virginia som var samlet for å drøfte dette spørsmålet i april 1861. Men han ble snart revet med av de aggressive handlingene til den føderale regjeringen; president Abraham Lincoln ba om 75 000 frivillige for å slå ned opprøret, og Early takket ja til et tilbud om å bli brigadegeneral i Virginias milits. Han ble sendt til Lynchburg for å sette sammen tre regimenter og så lede ett av dem, 24th Virginia Infantry, som oberst i Konføderasjonens hær.