Som en av de mest særegne statsinstitusjoner ble FO/S fra tid til annen rettet beskyldninger om ulovlig overvåkning av norske borgere. For å undersøke disse nedsatte Stortinget på 1990-tallet en granskningskomité. Lund-kommisjonens rapport frikjente FO/S for ulovlig overvåkning i nyere tid etter at POT (nåværende PST) overtok føring av registre over antatte personer som kunne utgjøre en trussel mot rikets sikkerhet.