Historien følger Kyle Katarn, en leiesoldat ansatt av Opprøreralliansen. Før spillets begivenheter forberedte Kyle seg på en karriere innen landbruk, akkurat som faren sin. Men Kyle meldte seg til alliansen, etter at foreldrene hans angivelig skal ha blitt myrdet. Kyle møter snart Jan Ors, en dobbeltagent som arbeider for opprørerne, som hadde avdekket sannheten om Kyles foreldre: Imperiet var de som fikk dem drept. Denne avsløringen fikk Kyle til å mistro imperiet, og han hoppet til slutt av for å redde Jan - som nylig hadde blitt arrestert. Når de rømmer fra imperiet sammen, begynner paret som leiesoldater. Etter hvert begynner de å ta jobber fra Opprørsalliansen, på grunn av Kyles hat mot imperiet.