Nasjonalmuseet For Arkeologi lå opprinnelig i Lisboa. I 1903 ble det flyttet til Mosteiro dos Jernimos, og åpnet for publikum i 1906. Etter at museet fikk nasjonalt ansvar for arkeologiske funn, vokste samlingen betydelig. På grunn av plassproblemer ble det på 1950-tallet foreslått at museet flyttet en del av samlingen til universitetsområdet i Lisboa. Det har også blitt foreslått at museet flytter til Cordoaria.