Oppgavene i delstatene er fordelt mellom de føderale og de lokale myndighetene, og de føderale myndighetene styrer de føderale territoriene direkte. Hver delstat har et parlament, en regjering og sin egen grunnlov. Sabah og Sarawak har betydelig mer autonomi enn de andre delstatene, i første rekke mer restriktive kriterier for oppholdstillatelse og statsborgerskap. Hver delstat er inndelt i distrikter, som i sin tur er inndelt i kommuner. I delstatene Sabah og Sarawak er distriktene inndelt i divisjoner. Den enkelte delstat bestemmer den videre delegeringen av oppgaver til eksempelvis bystyrer, distriktsstyrer og kommunestyrer. Det finnes 11 bystyrer, 33 kommunestyrer og 97 distriktsstyrer. Det hender at føderale myndigheter griper inn i de lokale myndighetenes anliggender.