Giorgio Vasari er hovedkilden på at Perugino ikke var spesielt religiøs og åpent tvilte på sjelens udødelighet. Perugino malte i 1494 sitt eget portrett, i dag i Uffizigalleriet, og med dette introduserte han en skriftrull merket . At en åpen tvilende kunne skrive seg selv med synes merkelig. Hans portrett viser et fyldig ansikt, med små, mørke øyne, en kort men velformet nese, og sensuelle lepper; nakken er tykk, håret busket og krøllete. Det senere portrettet i Cambio i Perugia viser det samme ansikt, men merket av senere år. Da han døde eide han betydelige eiendommer som ble arvet av hans tre sønner.