Nye fanger ankom Mauthausen-Gusen i mindre grupper nærmest daglig, de fleste fra andre konsentrasjonsleirer i det tysk-okkuperte Europa, mest nobelt de beryktede leirene i Dachau og Auschwitz. De første transportene med fanger fra Auschwitz ankom i februar 1942. Den andre ankomsten av fanger i juni 1942 talte 1 200 personer. Tilsvarende grupper av fanger ankom fra Auschwitz til Gusen og Mauthausen i april og november i 1943, samt i januar og februar 1944. Etter Adolf Eichmanns besøk i leiren i Mauthausen i mai 1944, mottok leirkomplekset den første gruppen av totalt 8 000 ungarske jøder fra Auschwitz; den første gruppen av fanger som ble evakuert fra leiren før Sovjetunionens framrykking. Innledningsvis besto de evakuerte gruppene fra Auschwitz av høyt kvalifiserte arbeidere valgt ut for å supplere den stadig voksende industrien rundt leirkomplekset. Senere evakueringer inkluderte andre grupper fanger, og ble i tillegg til Mauthausen og Gusen transportert til underavdelingene i Wien og Melk.