Mellom 1911 og 1960 var Amu-Darjas årlige vannføring inn i Aralsjøen gjennomsnittlig 56 km³. I Karakumkanalen renner årlig 12 km³ (rundt 400 m³/s). På sin vei over ørkenen mister elva anslagsvis 40 % av vannføringen, som rundt 1970 var rundt 25 km³ årlig. Irrigasjonsprosjekter har siden 1970-tallet forbrukt 50 km³ eller mer, slik at Amu-Darja som oftest ikke lenger når frem til Aralsjøen. Elvas lengde er dermed mesteparten av året redusert til rundt 2 300 kilometer.