Cellene i substantia nigra hemmer vanligvis en annen del av basalgangliene: corpus striatum, som igjen skal hemme Globus Pallidus. Dette fører til at basalgangliene gir for kraftig hemming av thalamus, som vanligvis skal sørge for at det kommer bevegelsesimpulser fra hjernebarken (). Resultatet blir at pasienten får redusert evne til å starte, stoppe og utføre myke bevegelser (se symptomer under). Ved Huntingtons sykdom er årsaken det motsatte: at basalgangliene utøver for hemming av thalamus.