Hagen åpnet sine porter 8. november 1899. Den hadde da 843 dyr fordelt på 22 utstillinger. Arkitektfirmaet Heins & LaFarge (George Lewis Heins og Christopher Grant LaFarge) stod bak en serie paviljonger i beaux-arts-stil, ordnet rundt et sentralt sjøløvebasseng. I dag finner vi utstillinger dels organisert etter arter (for eksempel fugler, reptiler), dels etter geografi (for eksempel Afrikas sletteland).