På begynnelsen av 1990-tallet kansellerte biskop Bomers sitt medlemskap i Christen-Democratisch Appèl (CDA) i protest mot partiets politikk til fordel for eutanasi. I 1993 gikk Bomers med på opprettelsen av et konvikt for potensielle utenlandske prester fra Den neokatekumenale vei i Nieuwe Niedorp. Under sitt embedsperiode reetablerte han også bispedømmets hovedseminar i 1996.