Fra 1983 til 1994 var Lafont Fidei Donum-prest i erkebispedømmet Johannesburg og der blant annet sogneprest av menigheten Saint Philipp Neri i Soweto. Fra 1994 til 1996 underviste han ved St Peter's seminary i Pretoria. På 1980-tallet kjempet Emmanuel Lafont mot apartheid, sammen med den anglikanske biskop Desmond Tutu. I Soweto feiret han messe på zulu og xhosa. Han forsvarte politiske fanger, gatebarn og gjenåpning av utdanningsbygg.