På tross av dette utnevnte presidenten ham til den viktige posten som innenriksminister og Ndirakobuca ble den internasjonalt mest sanksjonerte ministeren i regjeringen. Han ble sett på som en de facto statsminister eller en «supreminister» som ikke bare fikk ansvar for innenriksdepartementet, men også ansvaret for nasjonal sikkerhet og utvikling ble lagt til hans departement.