Ingen vet sikkert når han ble født. En tidligere antagelse om han som den Nathaniel Bacon født i 1646 eller 1647 ser ut til å være tvilsom og uten sikker base, selv om den ble utbredt gjentatt i senere litteratur, inkludert . Dictionary of National Biography har stilt spørsmål ved denne antagelsen i tillegg til hans påståtte foreldre og fødselssted.