Under krigen med Sverige hadde han en ansvarsfull post. I begynnelsen av februar 1645 fikk han ordre om å forene seg med Hannibal Sehested, som sto ved Båhus. Dette førte ikke til noe, men i april hadde han en heldig trefning med svenskene i nærheten av Kongsbakke. Kort etter kom freden i Brömsebro med dens bestemmelse om Hallands pantsettelse til Sverige. Med tungt hjerte måtte Krabbe overgi sin festning til fienden i september, etter forgjeves å ha skrevet til Corfitz Ulfeldt for å be om å bli forskånet for vervet. Også rent personlig hadde krigen gått inn på ham, idet hans gård Jordbjærg i Skåne ble brent av svenskene i 1644.