Disse tidlige kampene var ikke uten prøvelser. Clay ble slått ned både av Sonny Banks og Cooper. I Cooper-kampen ble Clay slått ned og gikk i kanvasen etter en venstrehook på slutten av fjerde runde og ble reddet av gongongen, Clay vant kampen i femte runde på grunn av Coopers stygge kutt over et øye. Kampen mot Doug Jones 13. mars 1963 var Clays tøffeste kamp i løpet av denne tiden. Clay og Jones var henholdsvis tittelutfordrer nummer to og tre, og de kjempet på Jones’ hjemmearena, New Yorks Madison Square Garden. Clay vant ved enstemmig avgjørelse, noe som ble møtt med buing fra publikum. Kampen ble senere utnevnt til «Fight of the Year» av .