Etter denne seieren var korsfarerne delt i hva de nå skulle gjøre. Biskopen av Le Puy døde i Antiokia. Bohemond bestemte seg for å bli værende for å sikre sitt nye fyrstedømme, og Godfreds yngre bror, Baudouin, bestemte seg også for å bli værende i nord i korsfarerstaten han etablerte i Edessa. De fleste av fotsoldatene ønsket å fortsette sørover til Jerusalem, men Raymond IV av Toulouse som på dette tidspunktet var den mektigste av prinsene og hadde tatt andre (som Tancred) i sin tjeneste, nølte med å fortsette marsjen. Etter måneder med venting, tvang menigmann ham til å marsjere mot Jerusalem, og Godfred sluttet seg raskt til ham. Korsfarerne stod overfor en ny fiende da de dro sørover inn i Palestina. Det var ikke lenger seldsjukkene som var herskere i områdene de dro gjennom. Nå måtte den kristne hæren ta seg av hærene til de nordafrikaneske muslimene kalt fatimidene som hadde adoptert navnet fra herskerfamilien i Kairo i Egypt. Fatimidene hadde tatt Jerusalem i august 1098. Korsfarerne måtte kjempe mot dem om deres endelige bytte i det første korstog i beleiringen av Jerusalem.