Anette Sagen deltok første gang i Hoppuka for kvinner i 2000, og ble da nummer 10 sammenlagt. Hun fikk samme plassering i 2001, før hun i 2002 ble nummer 2. Hun vant hoppuka for første gang i 2003, og vant igjen året etter. I 2005 ble hun bare nummer 19 sammenlagt, etter at det norske landslaget prioriterte NM normalbakke foran det andre av de fire individuelle rennene i hoppuka. Hun ble nummer 3 i det første hoppukerennet og vant de to siste.