Den 15. april 2009 tok han over managerstolen i Club Atlético San Lorenzo de Almagro etter forgjengeren Miguel Angel Russo, men fikk sparken etter nøyaktig ett år senere på grunn av manglende sportslige resultater. Deretter fulgte et friår, før han i januar 2011 tok over ansvaret hos den italienske klubben Calcio Catania på Sicilia, som han reddet fra nedrykk før han forlot klubben i mai samme år. I juni 2011 tok han på ny over managerrollen hos Racing Club de Avellaneda, før han i desember samme år ble presentert som etterfølgeren til Gregorio Manzano hos Atlético de Madrid. Hans første seier med klubben kom i mai 2012 da vant Europaligaen i fotball for menn 2011/12 over Athletic Bilbao. I august samme år fulgte han opp med å lede laget til seier under UEFA Super Cup 2012 mot .