Mens Sison satt arrestert utviklet det seg en stadig kraftigere krise i PKP og Den Nye Folkehæren. Partiet legger i ettertid mye av skylda på partilederen som tok over etter Sison, . Ifølge disse senere oppsummeringene overvurderte partiledelsen fra 1985 drastisk hærens styrke, gikk inn for å bygge alt for store enheter, gå på offensiven og forsøke å få til opprør i byene. Dette førte til store tilbakeslag og oppsplitting av partiet i flere fløyer. Noen partiledere gikk inn for å likvidere politifolk i byene. Andre reagerte med å gå inn for å legge ned den militære kampen og alt illegalt arbeid. Tilbakeslagene ble forklart med at PKP og NPA var infiltrert av det hemmelige politiet. Dette førte til voldsomme indre utrenskinger som PKP senere har fordømt som forbryterske.