Han ble medlem av medlem av det polske Sejmen i 1990, og han satt i hans andre periode som formann i National Defense Committee. Han var minister i National Defence fra 19. oktober 2001 til 2005. Han ble valgt til medlem av Sejmen igjen den 25. september 2005. Szmajdziński døde dagen etter han hadde bursdag og fylte 58 år, i en flyulykke som også involverte daværende president Lech Kaczynski og 94 andre høyere politiske og militære medlemmer under Smolensk-ulykken i Russland.