Stilken på hodet til en Pikmin, toppet med enten et blad, en knopp eller en blomst, indikerer Pikmins hurtighet eller styrke. Pikmin 2 introduserer også en sjette Pikmin-type, Bulbmin, som er motstandsdyktige mot alle farer. Til slutt introduserte Pikmin 2 en spray, som bare kan samles inn ved å høste enkelte planter. Den lilla sprayen kan sprayes på motstandere, og fører til at de midlertidig blir innkapslet i stein - noe som gjør dem svært sårbare for angrep. Den røde sprayen kan brukes på Pikmin, for å gi dem et midlertidig løft i hastighet eller angrepsstyrke. Spilleren kan utforske fire forskjellige områder på den fjerne planeten, og de ulike områdene varierer i både tema, motstandere eller antall skatter.