Chargers valgte allikevel å plukke ham opp med første pick, ettersom at de hadde en avtale med New York Giants om å bytte Manning mot Philip Rivers og et pick i tredje runde i 2004, som ble brukt på Nate Kaeding; et pick i første runde i 2005 som ble valgt på Shawne Merriman; og eg pick i femte runde i 2005 som senere ble byttet bort. Han signerte en 6-årig kontrakt verdt $45 millioner med New York Giants.