Partnerskapsrådet har kompetanse til å fatte rettslig bindende beslutninger. Rådet består av representanter fra Europakommisjonen og fra britiske departementer. Rådet tar beslutninger om iverksetting, anvendelse og fortolkning av avtalen. Det kan i noen saker også endre selve avtalen. Beslutningene forutsetter gjensidig enighet. Det vil være lokalisert i Brussel halvparten av tiden. Rådet assisteres av en rekke komiteer. Et parlamentarisk råd (Parliamentary Partnership Assembly) har rådgivende oppgaver. Det samme har et råd sammensatt av sivilsamfunnet (Civil Society Forum).