I september 1941 ble Heydrich utnevnt til fungerende protektor for Böhmen-Mähren, formelt som stedfortreder for Konstantin von Neurath, med alle fullmakter. Neurath ble satt til side fordi Hitler mente han ikke var hard nok. Heydrich ble praktisk talt diktator for disse okkuperte områdene og han var fremgansrik som stattholder.