SHK ledes av en direktør og er organisert i fem avdelinger (luftfart, bane, sjøfart, vei- og landforsvar og administrasjon) som ledes av hver sin avdelingsdirektør. Regnskapet for 2019 viste at Havarikommisjonen hadde 81 millioner kroner i budsjett, hvorav i overkant av 80 millioner ble brukt. Etaten har 59 stillingshjemler pr. 1. juli 2020 og har hovedkontor i Lillestrøm ved flystripen på Kjeller. Per 31.12.2019 hadde SHK 46 ansatte.