Mehmandarov holdt stillingen som forsvarsminister i Aserbajdsjan frem til den russiske røde armé invaderte Aserbajdsjan i 1920. Etter fallet av aserbajdsjanske nasjonale myndigheter og etableringen av Sovjetunionen ble Mehmandarov arrestert, men ble løslatt fra fangenskap nesten to måneder senere. Mehmandarov underviste ved forskjellige militære skoler i Sovjetunionen og han var rådgiver for militæret frem til han ble pensjonert for godt i 1928.