På 2000-tallet var han en sentral politiker i Arbeiderpartiet som statsråd i Jens Stoltenbergs regjeringer, herunder som landbruksminister 2000–2001, arbeids- og inkluderingsminister 2005–2008 samt helse- og omsorgsminister 2008–2009. Før dette var Hanssen fylkesordfører i Nord-Trøndelag 1995–1997 og stortingsrepresentant 1997–2009. Han gikk ut av politikken etter stortingsvalget i 2009.