Rooney fikk sin 116 kamp for landslaget på 4. september 2016, noe som gjorde han til den utespilleren med flest kamper for det engelske landslaget. Et par dager tidligere annonserte han at han ville legge opp på landslaget etter VM i Russland i 2018. I mars 2017 ble Rooney utelatt fra landslagstroppen av Gareth Southgate. Etter at Rooney returnerte til Everton og spilte godt der, ville Southgate ha han tilbake på landslaget. 23. august annonserte Rooney at han la opp på landslaget med umiddelbar virkning og takket samtidig nei til Southgates innkalling. Rooneys siste kamp for landslaget kom 11. november 2016 i en 3-0-seier over Skottland. Rooney fikk en målgivende pasning til det siste målet, scoret av Gary Cahill.