Senator George Frisbie Hoar fra Massachusetts var enig om å bidra til å subsidiere Thompson innsats ved å anbefale ham til stillingen som USA konsulen til Yucatanhalvøya. Thompson ankom Mérida i Yucatán i 1885 og deretter tilbrakte han mesteparten av sin tid i Yucatán. Selv om han bare snakket engelsk ved hans ankomst, lærte han raskt spansk og snakket fort flytende Yucatec Maya språk. Han lærte også om mayaenes tradisjoner og religion da han levde tett sammen med maya indianerne.