Binačka Morava flyter hovedsakelig i en sørvestlig–nordøstlig retning, fra grensa mot Nord-Makedonia, gjennom det sørøstlige Kosovo og til Bujanovac i Serbia, hvor den møter Moravica fra sør og danner Južna Morava, en elv i Donaus nedbørfelt. Binačka Morava er Južna Moravas lengste kildeelv. Elvas kilde ligger i de nord-makedonske fjellene Skopska Crna Gora nord for Skopje. Her møtes kildeelvene Ključevska reka og Slatinska reka og danner elva Golema, som, etter å ha krysset grensen til Kosovo, skifter navn til Binačka Morava, oppkalt etter den nærliggende landsbyen Binač. Dalen som Binačka Morava flyter gjennom kalles Kosovo Pomoravlje (albansk: ).