I 2009 stod de for en av de største skandalene i rugby i en hendelse kjent som «Bloodgate» i kvartfinalen i Heineken Cup mot Leinster Rugby. Harlequin hadde på grunn av skader byttet ut begge sine spillere (Evans og Malone) som var spesialister på å skåre poeng ved å sparke ballen og de kunne dermed ikke byttes inn igjen. Det er derimot lovt er lov med ekstra bytte hvis en spiller blør under kampen. Klubben gav kapsler med blod til vingen Williams som han brukte og dermed kunne byttes mot Evans som var frisk nok til å spille. Evans forsøkte forøvrig å skåre på en drop kick på slutten av kampen, men bommet og Harlequin tapte 5-6. Etter kampen viste tv-bildene at Williams blunket til innbytterbenken da han ble byttet ut. Williams kuttet leppen sin i etterkant for å prøve å skjule jukset. Det endte med at Williams ble utestengt i 12 måneder (senere redusert til fire måneder), klubbens fysioterapeut ble utestengt i to år og klubbens trener ble utestengt fra all rugby i hele verden i tre år. Klubben fikk en bot på 259.000 pund. 2008-09 var ellers en sportslig suksess med andreplass i serien og de arrangerte den første «Big Game» på Twickenham Stadium i romjulen, en tradisjon som de har gjentatt hvert år på et nesten fullsatt stadion.