Høsten 1915 medførte nye prøvelser for «Endurance» og som til slutt førte til fartøyets havari. Den 30. september ble fartøyet utsatt for det Shackleton beskrev som «den verste trykken vi hadde gjennomgått». Worsley beskrev presset som å bli «kastet fram og tilbake som en fjærball et dusin ganger». Den 24. oktober ble styrbord side presset mot et stort isflak, og kreftene var så store at skroget ikke kunne motstå trykket. Treverket splintret og vann begynte å renne inn i skipet. Da tømmeret ga etter, hørtes et øredøvende brak som sjømennene senere sammenlignet med lyden av tungt fyrverkeri og kanonsmell. Forsyninger og tre livbåter ble flyttet ut på isen, mens mannskapet forsøkte å forsterke skroget og pumpe ut vannet. Etter noen dager var Shackleton 27. oktober 1915 tvunget til å gi ordre om å forlate skipet. Det var iskaldt, med temperaturer under –25 °C. De registrerte posisjonen som 69°05'S, 51°30'V. Vraket holdt seg flytende og i løpet av de neste ukene berget mannskapet ytterligere forsyninger og materialer. Hurleys fotografier og kameraer var blant det som ble reddet. Fra om lag 550 fotografiske plater valgte Hurley ut de 150 beste.