Vols åpnet 1996-sesongen som #2 bak Nebraska og var en av favorittene til å vinne den nasjonale tittelen. Etter å ha vunnet sine to første kamper mot UNLV og UCLA, tapte VOlgs igjen mot Florida, 35–29, i en kamp hvor Manning kastet fire interceptions. Etter fire seiere på rad ble Vols så overrasket med et nederlag mot Memphis, til tross for at Manning kastet for 296 yards. Vols vant resten av sine kamper, inkludert en 48–28 seier over Northwestern i Citrus Bowl 1997, hvor Manning kastet for 408 yards og fire touchdowns; han ble utpekt til kampens MVP. Med 243 fullførte pasninger og en prosentandel fullførte på 63,9% ledet han SEC det året. Han avsluttet 1996-sesongen med 3 287 pasningsyards, 20 touchdowns og 12 interceptions. Han endte på åttende plass i avstemningen for Heisman-troféet.