I Roma var det allerede langt tidligere blitt klart at de portugisiske og spanske patronatene ikke lenger gav de gevinster for troens spredning som de en gang gjorde. Tvert i mot klarte de ikke å leve opp til de store utfordringer misjonen stod overfor, og samtidig innskrenket de kraftig Pavestolens mulighet til å få satt remedier ut i livet. Pavestolen hadde først forsøkt å bøte på problemet med å engasjere ordensprester fra andre nasjoner enn Portugal og Spania. Men disse ordensfolkene var også bundet til sine ordensforesatte, som ikke nødvendigvis tenkte likt og heller ikke alltid var lydhøre overfor Roma. Så det tiltaket gav ikke fullgode resultater. I tillegg omfattet patronatsbispedømmene ofte så svære områder at misjonærene var isolerte og overlatt til seg selv. Koordinasjon var vanskelig, og isolasjonen førte til at heller ikke vilje til koordinasjon var den helt stor blant folk som var blitt vant til å foreta sine egne selvstendige vurderinger. Ettersom misjonærene ikke hadde biskops rang, kunne de heller ikke stifte fullverdige lokalkirker.