Flaggets historie går tilbake til tiden da Acre tilhørte Bolivia. I 1899-1900 tok en ekspedisjonsstyrke under ledelse av Luiz Galvez Rodrigues de Arias kontroll over området og heiste et flagg i Brasils farger, skrådelt grønt over gult og med en rød frihetsstjerne. Dette var flagget som fra 15. juli 1899 ble benyttet for Republikken Acre. Stjernen sto da som et symbol for republikkens selvstendighet. Denne ble kortvarig, men i 1902 ble det samme flagget igjen heist da området på nytt ble erklært selvstendig. Etter et års tid måtte flagget vike for Brasils. Området ble innlemmet i Brasil som territorium 25. februar 1904.