Hans mange ubestridte bragder førte ikke til at hans omdømme bare var strålende. Han har blitt karakterisert som «en fascinerende, kapabel men feilbar leder» (). Under predestinasjonskontroversen (), der Den norske synode opplevde en indre splid i spørsmål vedrørende predestinasjon og omvendelse, støttet pastor Muus s standpunkter. Muus' stahet og kompromissløse natur førte til slutt til at han ble ekskludert fra sin kirke i 1898 for ikke å ville justere sine læreavvik.