Besançon bispedømme ble grunnlagt i det 2. århundre og er erkebispesete siden det 4. århundre. Sammen med kongeriket Burgund kom Besançon (tysk ) i 1033 til Det hellige romerske rike av den tyske nasjon, noe som gjorde erkebiskopen til tysk-romersk riksfyrste. Da Besançon ble fri riksstad i 1307, ble erkebiskopens verdslige innflytelse begrenset til et lite territorium (erkestiftet) i byens omegn. 1678 kom Besançon ved freden i Nijmegen til Frankrike, men det lille erkestiftet forble en tysk-romersk eksklave frem til 1792. Erkebiskopen forble sågar en av de fem tysk-romerske fyrsterkebiskoper (ved siden av Köln, Mainz, Salzburg og Trier) og beholdt sin stemme i riksdagen helt frem til 1803.