I 1991, etter augustkuppet, utnevnte Boris Jeltsin Gajdar til finansminister. Han ble dermed leder for de grunnleggende markedsøkonomiske reformene som skulle videreføres eller igangsettes. Han er kjent for beslutninger som å oppheve priskontroll, kutte subsidier og overføringer til industrien, og bedre budsjettbalansen. Gajdar anså seg selv som økonomisk liberalist og reformator, og tilhørte den første generasjonen av reformpolitikere som like etter jernteppets fall innførte økonomisk «sjokkterapi» i land som Russland, Estland, Tsjekkia og Polen.