Som forsvarsmekanismer slipper moskusskilpadden ut en illeluktende duft fra moskuskjertlene - derav navnet. Den kan også bite veldig hardt. Den forlater veldig sjelden det stille, grunne vannet med gjørmebunn som den lever i, og er derfor ofte dekket av alger. Moskusskilpadden er aktiv om dagen, men kan også jakte om natta. Et par føletråder på haken hjelper den å finne føde - hovedsakelig insekter, bløtdyr, plantematerie og åtsel. Den blir selv jaktet av hvithodet havørner, rødvingevåker, alligatorer og fisker. Hunnen legger 1-5 egg om gangen under stubber eller i veggene på bisamrottehytter.