Han startet sin trenerkarriere med Dunfermline Athletic, og hadde deretter en speiderrolle i Bristol City, og senere trener i Queen of the South. 9. september 2014 ble han ansatt som trener for Ross County FC, da laget lå på sisteplass på tabellen og hadde tapt alle sine kamper. Laget hadde deretter stor framgang, og McIntyre ble utnevnt til månedens manager både for februar og mars 2015.