Storfyrsten i Moskva så Novgorods opptreden som et brudd på Jazjelbitsy-avtalen og gikk til krig mot byen. Moskvas arme vant en avgjørende seier i Slaget ved elva Sjelon i juli 1471, som sterkt begrenset Novgorods handlefrihet etterpå, selv om byen beholdt sin formelle uavhengighet i ytterligere syv år. I 1478 sendte Ivan III sin hær for å innta byen. Han begikk folkemord mot innbyggerne, ødela byens vetsje, inkludert dets bibliotek og arkiver. Republikken Novgorod opphørte med dette å eksistere.