Det Republikanska partiet ble grunnagt i 1854 og Greeley bestemte seg for å støtte det nye partiet. New York Tribune representerte en hard linje mot slaveriet og Sørstatene under Den amerikanske borgerkrigen så Greeley Abraham Lincolns linje som altfor moderat og han sluttet seg til de radikale republikanerne. Greeley støttet Ulysses S. Grant til presidentvalget i USA 1868 men forlot partiet etter valget.