Husene til innbyggerne i Joya de Céren hadde tre ulike typer rom: Soverom, kjøkken (her er funnet kniver, slipesteiner, gryter med matrester (bønner, kakao og chili), leirpotter, spyd, m.m.) og kjeller. De kan også ha en fjerde type rom, et slags verksted e.l. Husene hadde eget jordbruksland og tomtene var i noen tilfeller avgrenset av et tregjerde. Det er også avdekket en temazcal, et hus som kan ha hatt religiøse funksjoner, og et hus som kan ha tilhørt sjamanen eller den religiøse lederen på stedet. Det er også gravd fram strukturer som må ha tilhørt felleskapet i landsbyen.