UN Watch er aktiv i FN i bekjempelsen mot det som har blitt oppfattet som anti-israelske og anti-semittiske synspunkter, og hva det beskriver som den selektive og politiserte behandlingen av Israel av mange FN-organer. Gruppen støttet tidligere generalsekretær Kofi Annans erklærte mål av å få slutt på FNs oppfattet ubalanserte behandling av Israelog har vært svært kritisk til FNs menneskerettighetsråd. Jewish Telegraphic Agency har beskrevet UN Watch som en pro-Israel organisasjon.