Museet på Alstahaug består av flere bygninger. Hovedbygget består av Margrethes kafé, et auditorium, museumsbutikk, kontorer og et utstillingsrom. Margrethes kafé har fokus på lokal og tradisjonsrik helgelandsmat. Den eldste bygningen på tunet er den gamle prestegården fra første halvdel av 1700-tallet. I prestegården er det skiftende utstillinger og interiør fra 16- og 1700-tallet. Det er faste omvisninger i prestegården i sommersesongen. De gamle bygningene er kun åpne i sommersesongen juni–august, eller etter avtale. Middelalderkirken Alstahaug kirke som også ligger på Alstahaug-tunet, samarbeider tett med museet og det arrangeres bl.a. omvisninger og konserter i kirkerommet.