Margrete var den ene av to døtre til hertug Henrik av Kärnten og Tirol og prinsesse Adelheid av Braunschweig. Som tolvåring ble hun giftet bort til Johann Henrik av Böhmen. Da faren døde i 1335 uten å ha fått noen sønn, arvet Margrete grevskapet Tirol, mens hertugdømmet Kärnten mot Margretes protest ble okkupert av Albrecht II av Østerrike. Både keiser Ludvig IV og Tirols stender hadde godkjent den kvinnelige arvefølgen i Tirol. At det var Margrete som var Tirols overhode, ble også tydelig da hun 23 år gammel jaget mannen sin ut av landet (visstnok pga. hans impotens). Kort etter (1342) giftet hun seg med keiser Ludvig IVs sønn Ludvig V. Denne «middelalderens første skilsmisse», som den har blitt omtalt som, vakte oppsikt i hele Europa. Til tross for bl.a. William av Ockhams forsvar ble det nygifte ekteparet ekskommunisert og bannlyst av pave Benedikt XII. Grevinnen hadde imidlertid folkets støtte og klarte også i 1347 å forsvare borgen Tirol mot angrepet av den forsmådde første ektemannens bror Karl I av Böhmen.