Etter maktovertakelsen ble Seleka oppløst, men krigerne fra de ulike fraksjonene i alliansen, fortsatte å terrorisere sivilbefolkningen gjennom vold og drap. Lokale kristne forsvarsgrupper, «anti-balaka» har oppstått som et resultat av overgrep fra Seleka-krigere og det er rapportert omfattende hevnaksjoner mot landets muslimer. I desember 2013 ble det uttrykt frykt for at staten står på terskelen til folkemord. FNs høykommissær for flykninger (UNHCR) kunngjorde i januar 2014 at siden august 2012 hadde nærmere 1 million mennesker blitt drevet på flukt fra sine landsbyer som resultat av Selekas herjinger i landet. Djotodia ble i januar 2014 tvunget til å gå av som president. I juli 2014 var han imidlertid tilbake som leder for Seleka.