Hun var datter av Falk Gøye til Skjersø (d. 1554) og Ide Truidsdatter Ulfstand (d. før 1604). Den 20. august 1575 ble hun gift på Bollerup i Skåne med Axel Ottesen Brahe, bror til astronomen Tycho Brahe. Gøye var på det tidspunkt ved hoffet tilknyttet dronning Sophies jomfrukammer. Tiden tilbragte de på Elvedgaard, siden på Rugaard ved Odense. De fikk seks barn sammen, hvorav et døde som liten.