Jacob Eggertsen Stockfleth var født i Haderslev og trolig yngst av brødrene. Han etablerte seg også som trelasthandler, og han ble fogd i Gudbrandsdalen etter broren, og senere også fogd i Land og Valdres. Han ble dessuten rådmann i byrådet i Christiania, der broren Hans var borgermester. Sammen med broren Hans ble han også en betydelig eiendomsbesitter på Østlandet, en posisjon som også gikk i arv til mange av etterkommerne hans.