I 2007 tilspisset to konflikter seg for Musharrafs styre, som møtte motstand fra både juridisk og religiøst hold. Den ene striden gjaldt høyesterettsjustitiarius Iftikhar Muhammad Chaudhry, som presidenten prøvde å avsette i mars det året. Forsøket førte til store protester og demonstrasjoner fra advokater og andre pakistanere. Den andre saken gjaldt den aggressivt islamistiske røde moskeen i Islamabad, som til slutt ble stormet av makthaverne den 10. juli.