Justinas Pranaitis spilte en rolle i rettssaken mot jøden Mendel Beilis som ble ført i Kiev i 1912. Ettersom han ble hevdet å være spesialist på Talmud, ble han valgt ut som ekspert av påtalemyndigheten i denne saken hvor den jødiske ansatte Mendel Bejlis (Beilis) var blitt anklaget rituelt drap på en kristen gutt hvis kropp var blitt oppdaget med mange stikkskader. Pranaitis gjorde en dårlig figur, blant annet ved at det ble blottlagt at han manglet endel kompetanse.