Forvaltningsrevisjon skal skje i henhold til god revisjonsskikk og standarder på området. Standardene baserer seg på internasjonale prinsipper og standarder, blant annet fastsatt av International Organization of Supreme Audit Institutions (INTOSAI) og Institute of Internal Auditors (IIA). I Norge har både Riksrevisjonen og Norges Kommunerevisorforbund utarbeidet standarder og veiledere for gjennomføring av forvaltningsrevisjon.