Denne situasjonen endret seg dramatisk da Alexios' første sønn, Johannes II Komnenos ble født i 1087. Annas forlovelse til Konstantin ble oppløst, og hun ble flyttet til hovedpalasset for å bo sammen med hennes mor og bestemor. Alexios ble fremmedgjort fra Maria som mistet sin imperielle tittel og trakk seg tilbake til et kloster. Konstantin Dukas ble fratatt sin status som medkeiser. Tross dette fortsatte han å ha gode relasjoner med keiserfamilien.