Endos far var tømrer spesialisert på shintotempelbygging, og da han var i tenårene begynte Endo selv som lærling hos en billedhugger som var spesialisert på å lage buddhaskulpturer. Der lærte han treskjæringens grunnleggende teknikk, men gikk over etter hvert til å lage installasjoner.