Han forsøkte også å svekke kirkens makt, men det førte ham inn i konflikt med paven. For å få Portugals selvstendighet anerkjent av paven hadde hans bestefar kong Afonso I gitt kirken svært mange privilegier. Dermed fremstod kirken som meget sterk og uavhengig av kongemakten. Nå som Portugals status som eget land var fast etablert, var ikke kongen lenger så opptatt av å tekkes kirken og holde de gamle løfter. Nå ville Afonso II svekke geistlighetens makt og kunne sikre seg en del av kirkens store inntekter til kongemaktens disposisjon. Han ble gjentatte ganger ilagt kirkestraffer for dette, og på sin side forviste han erkebiskopen av Braga fra landet.