Bossene i spillet er (Black Ninja i senere versjoner av spillet), en eksperimentell kyborg-ninja som viser seg å være Schneider fra ; , en svært smidig leiesoldat; , en ekspert på granater; (The Four Horsemen i senere versjoner), en tropp med snikmordere; (Jungle Evil i senere versjoner), en ekspert på krigføring i jungel; og (Night Fright i senere versjoner), en snikmorder som bruker en state of the art snikedrakt som gjør ham usynlig. Sistebossene i spillet er Gray Fox og Big Boss.