Den 12. mai 1953 ble også Luftkommando Østlandet (LKØ) overført til Eggemoen fra Rygge. Eggemoen var også rekruttskole for Hærens transportkorps og Ingeniørbataljonen i mange år. I mange år var flyplassen også base for Nor-Fly, som drev med malmleting fra fly for NGU. I en periode på 1990-tallet var flyplassen aktuell som ny småflyhovedplass på Østlandet, men det skulle ikke gå slik.