Under pave Leo IV som regjerte 847–855 ble det bygd ei ny kirke ikke langt unna med navnet , i dag kalt . Den gamle kirken ble ytterligere skadet under invasjoner fra normannerne rundt 1080. I middelalderen (år 1617) ble det anlagt ei ny kirke på atrium-delen av dens ruiner, den ble hetende og var mye brukt. Resten av kirken forble ruiner frem til utgravningene i 1900–1902, da man under ledelse av arkeologen Orazio Marucchi (1852–1931) oppdaget resten av den gamle kirken under golvet av som etterhvert ble revet. I 1999 ble der laget et overbygg til (de firti martyrers oratorium) for unngå skader til deler av freskene som jo har stått mye i det fri. Siden 1980 har den vært avstengt grunnet damp fra undergrunnen, men fra 2013 er det tenkt å åpne den delvis for publikum.