Vitus Huonder gikk fra 1958 til 1963 på gymnasiet tilknyttet klosterskolen i Disentis kloster, og begynte etter sin på novisiatet der. Han studerte filosofi i klosteret Maria Einsiedeln og tok videre prestestudier ved Det pavelige atheneum Sant’ Anselmo i Roma og ved Universitetet i Fribourg.