Guevara ble båret til La Higuera og lagt i en falleferdig skolebygning der han ble holdt over natten. Neste ettermiddag ble han skutt mens han satt fastbundet og svak etter blodtapet. Bøddelen var Mario Terán, en sersjant i den bolivianske hæren som hadde trukket det korteste strå, og som dermed ble den som måtte henrette Guevara. Ifølge Gary Prado Salmon meldte alle soldatene seg til å skyte Guevara. Oberst Zeneno valgte deretter en tilfeldig.