Den sydlige del av Kyushu har et subtropisk klima og det er her varmt og fuktig det meste av året. Klimaet på den nordlige del av øyen er kaldere og mer temperert, og kan om vinteren oppleve snø. Men klimaet her er stadig varmt nok til at det kan dyrkes grønnsaker om vinteren. Kyushu er sammen med Okinawa det området som er mest utsatt for tyfoner i Japan. Tyfonene begynner å komme tidlig høst og kan forårsake oversvømmelser. Deler av øyen har store årlige nedbørsmengder og «regnsesongen» varer fra juni til juli.