Etter sin avgangseksamen fra gymnaset i 1897, tilmeldte Smetona seg til fakultetet på universitetet i St. Petersburg. Her deltok han i aktivitetene til en hemmelig litauisk studentorganisasjon, og ble gjort til formann. Han ble involvert i utgivelsen og utbredelsen av litauiske bøker. Ved to anledninger ble han truet med utvisning fra universitetet og opplevde å bli arrestert og fengslet for en kort periode. Etter hans universitetseksamen i 1902 arbeidet han ved landbruksbanken i Vilnius. To år senere giftet han seg med Sofija Chodakauskaitė.