Etter mange utsettelser begynte ekspedisjonen å bevege seg oppover elva San Juan den 17. mars. Nelson ledet et angrep, hans første angrep ansikt til ansikt i karrieren, den 9. april som erobret et spansk batteri på øya Bartola. 8 km lenger oppover elva lå Fort San Juan med rundt 150 bevæpnede forsvarere og 86 andre som ble beleiret fra 13. april. På grunn av dårlig planlegging og forsyninger som ble mistet, begynte britene å gå tom for ammunisjon til kanonene samt rasjoner for mennene. Etter at de tropiske regntiden startet den 20. april, begynte menn å bli syke og dø, antagelig av malaria og dysenteri, og muligens tyfoidfeber.