Etter en lov om toleranse av den persiske sasanidekongen Yazdegard, som for en tid satte en stopper for forfølgelsene av de kristne som da hadde vart i 70 år, kunne de gjenværende kristne reorganisere og styrke sin kirke. Kirkemøtet i Seleukia-Ctesiphon (eller synoden til Mar Isaak) møttes i 410 under lederskapet til Isaak, biskopen av de to byene Seleukia og Ctesiphon. Den viktigste beslutningen til synoden, som hadde en omfattende effekt på kirkens liv, var å erklære biskopen av Seleukia og Ctesiphon som overhode for østlige kirken og i anerkjennelse av denne opphøyelsen ble han gitt tittelen «Catholicos». Synoden bekreftet Mar Isaak som catholicos og erkebiskop av hele Orienten. Kirkemøtet erklærte også sin tilslutning til Konsilet i Nikea og sin troskap til den nikenske trosbekjennelse. Kirkemøtet etterlot ingen tvil om autoriteten til Mar Isaak, og uten hans godkjennelse kunne intet bispevalg være gyldig.