Plasseringen gjorde Midwayøyene til en viktig del av andre verdenskrig. Da forholdet mellom USA og Japan forverret seg på 1940-tallet ble øyene militarisert og Marinen bygde en base på øyene for sjøfly, ubåter og militærfly. Midwayøyene ble angrepet av japanerne samtidig som Pearl Harbor den 7. desember 1941. Japanernes okkupasjon av øyene ble den første japanske seieren under andre verdenskrig.