Henderson ble plukket ut til å være med på Englands lag for EM U21 i 2011, til tross for at han allerede hadde spilt 40 kamper den sesongen. Men U21-laget ble slått ut allerede i gruppespillet i turneringen. Han var kaptein i U21-lagets 6-0 seier over Aserbajdsjan U21 1. september 2011, og skåret et mål i kvalifiseringen til EM U21 i 2013. Han skåret sitt 4. mål for U21-laget i en 2-1 seier borte mot Norge U21. Den 3. februar 2013 fikk Henderson prisen som «England U21 Player of the Year».