Michael Harari ble født i Tel Aviv 18. februar 1927, og i tenårene ble han med i den jødiske militsen Haganah. Etter andre verdenskrig var over ble han sendt til Europa for å hjelpe jødiske overlevende etter Holocaust å emigrere til Israel, noe som var forbudt i den britiske mandatperioden. Etter etableringen av staten Israel i 1948 arbeidet han for sikkerhetsorganisasjonen Shin Bet. Harari begynte å arbeide for Mossad i 1954, og i 1970 ble han leder for seksjonen for spesialoperasjoner, kjent som Caesarea.