I 1991 ble Ngubane utnevnt til helseminister i KwaZulus regjering, en post han innehadde til 1994. I 1992 var han i CODESA arbeidsgruppen som befattet seg med konstitusjonelle prinsipper og deres implementering i lov. I 1993 deltok han i forhandlinger mellom African National Congress på vegne av Inkatha Freedom Party.