Først i 1762 lyktes man i å stanse oversvømmelsene for godt med nye diker. Polderen som oppstod, Brunsbüttel-Eddelaker-Koog, ble gitt kommunalt selvstyre av kong Christian VII av Danmark og Norge i 1772. I 1907 skiftet Brunsbüttel-Eddelaker-Koog navn til Brunsbüttelkoog, som fikk bystatus i 1948. I 1970 ble mesteparten av dagens kommune dannet, idet bykommunen Brunsbüttelkoog og landkommunene Brunsbüttel, Mühlenstraßen, Ostermoor, Osterbelmhusen, Westerbelmhusen og Westerbüttel slo seg sammen til bykommunen Brunsbüttel. I 1972 kommunen Blangenmoor-Lehe en del av Brunsbüttel, som også fikk overført 80 hektar fra Büttel i Steinburg. På dette området ble Brunsbüttel kjernekraftverk oppført.