I de første månedene partiet eksisterte økte medlemsmassen jevnt og trutt, og Piratpartiet fikk enkelt de nødvendige underskriftene for å stille i riksdagsvalget. Partiet fikk en utradisjonell struktur, der ledelsen i liten grad styrte grasrotaktiviteten men heller stilte verktøy til rådighet som muliggjorde lokale initiativer. Internett og onlineløsninger var sentrale, og partiet brukte ikke den tradisjonelle modellen der et landsmøte bestemte partiets program – det nye prinsipprogrammet ble vedtatt i februar 2006 etter en avstemning i partiets nettforum. Det nye programmet ble noe mer moderat enn Falkvinges «partiprogram 1.0», og gikk inn for at det likevel skulle være en opphavsrett, men begrenset til fem år. Dessuten var det nå bare ikke-kommersiell fildeling som skulle slippes fri.