Stoppani var som mange andre naturforskere fra denne perioden, tilhengere av , en oppfatning der en forsøkte å finne samstemmighet mellom læren i Bibelen og bevis fra geologien. Han fremmet ideen om at katolikker trenger å lære naturfag, og at Bibelen må tolkes, i stedet for å tas bokstavelig. Han var også en viktig figur i «katolsk alpinisme», en bevegelse som søkte å bruke fjellet for å fortelle om Guds herlighet. Stoppani var imidlertid en kritiker av ideen om evolusjonen som Charles Darwin hadde kommet med.