payamvha/North_RAG huggingface dataset:
است). وصیف، دورهٔ یعقوب و عمرو و طاهر را به خوبی درک کرده‌است. از بی ارادگی طاهر، در خلاصی عمرو آزرده خاطر بود و برای اینکه واقعیت‌ها را برای عمرو روشن سازد، اشعاری می‌سراید که عمرو با خواندن آنها ناامید شده و دل از دنیا کنده‌است. بر روی سنگ قبر یعقوب دو بیت شعر عربی با ترجمه فارسی مشاهده شده‌است: خراسان احویها و اکناف فارس؛ و ما کنت عن ملک العرق بآیس سلام علی الدنیا و طبیب بسیمها. کان لم یکن یعقوب فیها بجالس بگرفتم این خراسان با ملک پارس یکسان. ملک عراق یکسر از من نبود رسته بدرود باد گیتی با بوی نوبهاران.
از من نبود رسته بدرود باد گیتی با بوی نوبهاران. یعقوب لیث گویی در وی نبد نشسته مؤلف مقالهٔ (خلخالی) دو بیت فارسی بر تربت یعقوب لیث، ,/آن اشعار را متعلق به محمد بن وصیف می‌داند که به هر دو زبان شعر می‌گفته. ابوسیلک گرگانی. منوچهری او را در شمار شعرای قدیم خراسان و وی را هم ردیف استادان بزرگ پس از خود می‌داند. اشعار او بیشتر غزلیات آمیخته با طنز عامیانه است. موسیقی محلی گرگان بخشی به نام ابوسیلک دارد. محصولات کشاورزی. در عصر صفاریان، کشاورزی رونق بیشتری داشت. محصولات کشاورزی سیستان شامل انگور، غلّات، انخوزه،
محصولات کشاورزی سیستان شامل انگور، غلّات، انخوزه، و میوه‌های مختلف بودند. همچنین گفته شده «در سیستان تنقلاتی شامل جوازقند و برگهٔ هلو و شفتالو و بادام رواج داشت، گنجه‌های خانه‌ها همیشه مملو از خشکبار، شیشه‌های عرق نعنا و نسترن بود- ماده‌ای به نام گز روغن که ماده‌ای عطری بود از تخم درخت گز می‌ساختند و آن را به روش‌های مختلف می‌پروراندند و این شبیه به رنگ و بوی روغن بان بود که برای آرایش از آن استفاده می‌کردند.» قورمه. همیشه در ایام زمستان نزدیک غروب در سیستان و به خصوص شهر بُست غذایی طبخ می‌کردند که طرز
و به خصوص شهر بُست غذایی طبخ می‌کردند که طرز تهیهٔ این غذا به این صورت بود که مردم گوسفندانی را در تابستان در باغ‌ها پروار می‌کردند و در اواخر مهر می‌کشتند (چون کشتن گوسفند در زمستان مرسوم نبود) و سپس گوشت و چربی آن را در دیگ‌های بزرگ به خوبی می‌پختند تا آب آن کاملاً تبخیر شود و آنگاه آن گوشت‌ها و چربی‌ها را در شکم همان گوسفند که ازقبل آن را تمیز کرده بودند می‌ریختند و در جای خنک نگهداری می‌کردند؛ و این خذای لذیذ ذخیرهٔ سه ماههٔ زمستان آن‌ها بود اما در ایام خشکسالی خبری از این غذاها نبود. صنایع دستی
ایام خشکسالی خبری از این غذاها نبود. صنایع دستی سیستان. صنایع دستی سیستان در آن زمان شامل؛ زیلو-کرباس و صابون و مشربه و کوزه‌های گوناگون و اسباب و آلات فلزی که از روی و برنج ساخته می‌شد بود. بازرگانی و راه‌های ارتباطی. از شهرهایی که صفاریان به آن توجه داشتند شهر بُست بود که پس از زرنج یکی از مهم‌ترین شهرهای سیستان بود که مردمش توانگر بودند و عده‌ای به شغل بازرگانی اشتغال داشتند و از آنجا به تجارت با هندوستان می‌رفتند. به دلیل آنکه رود هیرمند در نزدیکی مرز هندوستان قرار داشت، مرکز بازرگانی به حساب می‌آمد و
قرار داشت، مرکز بازرگانی به حساب می‌آمد و کاروانهای تجاری برای تجارت به هندوستان می‌رفتند. با مطالعه آثار مورخین استنباط می‌شود که شهرها و روستاها در عصر صفاریان توسعه بسیار یافته است. از وقایع تاریخی که در این عصر در شهرهای خراسان، فارس، خوزستان اتفاق افتاده، چنین به نظر میرسد که امرای صفاری، به رونق و آبادانی شهرها و مناطق تحت فرمانروایی خود علاقهٔ زیادی داشتند که بیش از همه نیز به ساختن کاخ، ابنیه، رباط و احداث پل می‌پرداختند. تشکیلات اداری و مالی. اداره امور کشور بیشتر به دست مردانی لایق از خاندان اصیل
امور کشور بیشتر به دست مردانی لایق از خاندان اصیل ایرانی بود. یعقوب مردی تیزهوش و با تدبیر بود و در سامان دهی امور سپاه و رعایت حال آنان کوشا بود و برای مدیریت امور اداری، افراد لایق و نامی را که سابقهٔ کار دیوانی داشتند را انتخاب می‌کرد. او مقامات مهم اداری را به خاندان مرزبان از اهالی شیراز سپرد. یعقوب لیس امور مالی قلمرو و فرمانروایی را به عهدهٔ حسن ابن مرزبان گذاشت که مردی دانشمند بود. محمد بن وصیف دبیر رسائل و فیروز مشرقی سِمت دبیری یعقوب لیس را داشت. یعقوب لیس مردی بود که حتی بعد از به قدرت رسیدنش
یعقوب لیس مردی بود که حتی بعد از به قدرت رسیدنش نیز، در نهایتِ سادگی زندگی کرد و رابطه خود را با مردم عادی حفظ نمود و از آنان فاصله مگرفت. با توجه به اینکه یعقوب بیشتر وقت خود را مشغول به لشکرکشی و تصرف بود، قطعاً فرصتی برای ایجاد سازمان اداری منسجم و مرتب را نداشت. در زمینهٔ کشور داری حکام مورد اعتماد را در مناطق متصرف مسئول رسیدگی قرار می‌داد. در زمان یعقوب دیوان رسائل را محمد ابن وصیف که در زبان فارسی ماهر بود اداره می‌کرد «البته نامه‌ها در آن زمان به عربی نگاشته می‌شد». در آن زمان «دیوان عرض» مسئول
عربی نگاشته می‌شد». در آن زمان «دیوان عرض» مسئول رسیدگی به مواجب و ثبت نام سپاهیان بود و «دیوان» هم یکی از مراکز فعال آن دوره به حساب می‌آمد. ابن حوقل می‌گویند: «حسن ابن مرزبان، بندار محمد بن واصل و پس از او بندار یعقوب لیس بود.» در آن زمان مالیات را بر حسب درآمد اخذ می‌کردند. افرادی که توان مالی کمی داشتند از دادن مالیات معاف بودند و از بیت المال به آن کمک مالی می‌شد. – صفاریان چون به سرزمین تسلط می‌یافتند برای آنهاخراج تعیین می‌کردند و اموال حاکم آن سرزمین را مصادره می‌کردند و ار مردم آن سرزمین شورش
را مصادره می‌کردند و ار مردم آن سرزمین شورش می‌کردند در صورت غلبهٔ مجدد خراج را بیشتر می‌کردند. صفاریان (یعقوب) در سازمان کشوری برای آگاهی از وضعیت نظامی دشمنان و همچنین داخل سرزمین خودشان برای آگاهی از وضعیت اقتصادی، اجتماعی و سیاسی مردم، جاسوسانی را به کار می گرفتند که به نوعی دستگاه اطلاعاتی آنان محسوب می‌شد. روش کشور داری صفاریان از برخی جهات شبیه مملکت داری خلفا و از بعضی لحاظ به روش پادشاهان پیش از اسلام ایران شبیه بود. به ویژه در استفاده از گارد مخصوص و تربیت سپاهیان که قدرت یعقوب را نشان می‌دادند.
و تربیت سپاهیان که قدرت یعقوب را نشان می‌دادند. به نظر می‌رسد در این شیوه، شبیه پادشاهان ایرانی و از جهت انتخاب جانشین و گماردن عامل، از خلفای عباسی الگو برداری شده‌است. عمرو به مال اندوزی اهمیت می‌داد و اموال خزانه‌های او بیشتر از خراج و مالیات مناطق تحت سلطه و اموال امرای کشوری و شهری تأمین می‌شد. عمرو لیث چهار خزانه داشت که یکی به سلاح و سه خزانهٔ دیگر به اموال اختصاص داشت: عمرو به اندازهٔ زیادی اموال ذخیره می‌کرد به‌طوری‌که وقتی در نبرد با اسماعیل سامانی به او گفتند که رد شدن از بلخ مشکل است گفت: «اگر
به او گفتند که رد شدن از بلخ مشکل است گفت: «اگر بخواهم پلی از طلا روی بلخ بسازم می‌توانم.» عمرو برای آگاهی از چگونگی رفتار و افکار امرای لشکری افرادی را خریداری و آن‌ها را تربیت می‌کرد و این افراد وظیفهٔ جاسوسی و خبر آوردن را داشتند. البته این افراد اخبار مربوط به اربابان خود را گزارش نمی‌دادند و گاهی همین غلامان با دروغ‌هایشان موجب ناامنی می‌شدند. عمرو در امور حکومتی با اطرافیان مشورت نمی‌کرد و نتیجهٔ آن در نبرد با امیر اسماعیل سامانی مشخص شد که در نهایت منجر به شکست او در این جنگ شد. نوع پوشش در زمان
منجر به شکست او در این جنگ شد. نوع پوشش در زمان صفاریان. ابن حوقل می‌گوید: لباس مردم زابلستان و نواحی غور مانند ترکان بود ولی لباس مردم سیستان به لباس مردم عراق شباهت داشت. در قرن چهارم مورخان اشاراتی به لباس مردم دارند. تغییر لباس به تدریج صورت گرفته و این لباس‌ها مربوط به قرون‌ گذشته بود. چون در این سرزمین صنعت ساختن البسه نَمِدی که اکنون آن را کوسی (لباس بلند مردان) و کوچی (لباس کوتاه مردان) گویند رواج داشت. بالاپوش، نشیمن، نمدی سپید و سرخ در آن عصر رایج بود. «محمد بن کثیر که در جنگ دیر العاقول در رکاب
بود. «محمد بن کثیر که در جنگ دیر العاقول در رکاب کشته شده بود مشهور به لَباده بود زیرا کوسی پوشیدی به این نام شهرت داشت. این لباس میان سیستانی ها شهرت داشت که مشهور به شیر لباده بود زیرا در جلوس خود لباده سرخ پوشیده بود. مردم سیستان از دستار خود جیقه (هرچیز تاج مانند که به کلاه نصب می‌کنند) را مانند تاج می‌ساختند ولی آستین‌های قباهای سپاهیان تنگ بود.» وضع اجتماعی. در سیستان صرف نظر از مردم عادی به علت موقعیت سوق‌الجیشی جغرافیایی و سیاسی در سیستان، گروه‌هایی با اهداف مذهبی و سیاسی گرد هم آمدند و جامعهٔ آن
با اهداف مذهبی و سیاسی گرد هم آمدند و جامعهٔ آن سرزمین را تحت اعتقادات و خواسته‌های خود قرار دادند. این گروه‌ها عبارت بودند از: خوارج، مطوعه و عیاران. خوارج. خوارج سیستان از فرقهٔ ازارقه پیروان نافع ابن ازرق بودند. اینان نیرومندترین گروه‌های خوارج به‌شمار می‌رفتند، که ابتدا در بصره، اهواز، کرمان مستقر شدند. پس از شکست خوارج در جنگ نهروان کمتر از ده هزار نفر از آنان باقی ماند که به ایران، یمن و عمان گریختند. از رهبران معروف خوارج سیستان، حمزه، پسر اذرک از دهقانان سیستان بود. قیام و سرکشی او مصادف با خلافت
سیستان بود. قیام و سرکشی او مصادف با خلافت هارون الرشید خلیفهٔ عباسی بود. مطوعه از ریشهٔ طوع، به کسانی گفته می‌شد که داوطلبانه گروه‌های نظامی تشکیل می‌دادند. آنها ضمن دعوت از مردم به فروع دین اسلام، در مرزهای اسلامی نیز به جنگ با دشمنان خود پرداختند؛ و چون این عمل، جهاد در راه خدا محسوب می‌شد نام غازیان نیز به آنان داده شد. عیاران. گروهی اجتماعی متشکل از افراد روستایی و شهری بودند که خصلتهایی چون شجاعت، ذکاوت و جوانمردی داشتند و هدف آنان تعدیل ثروت و برقراری عدالت اجتماعی بود. آنها در راه‌ها به کاروان‌های
عدالت اجتماعی بود. آنها در راه‌ها به کاروان‌های تجاری و در داخل شهر به محل کسب و کار و منازل اغنیاء دستبرد می‌زدند و اموال به دست آمده را با رعایت انصاف میان فقرا تقسیم می‌کردند. سابقهٔ عیاران به زمان اشکانیان می‌رسد. عیاران علاوه بر تأثیرپذیری از تعالیم آیین مهر، مسلماً از آئین‌های همسایگان شرقی خود متأثر بودند، از صفات بارز عیاران رازداری بود. سکه‌های صفاری. به‌طور کلی سکه‌های دوران صفاریان از جنس طلا، نقره و برنز بوده و از لحاظ طرح و نوشته شبیه سکه‌های عباسی است، با این تفاوت که در یک روی سکه نام
عباسی است، با این تفاوت که در یک روی سکه نام فرمانروای صفاری و در روی دیگر، نام خلیفهٔ عباسی نوشته شده‌است. سکه‌های دوران صفاری که در سال ۲۸۳ هجری قمری در دورهٔ عمرولیث صفاری در شهر نائین ضرب شده‌است، ویژگی‌های زیر را داشته‌است: روی سکه: الله محمد رسول‌الله المعتضدبالله متن حاشیه: محمد رسول‌الله ارسله بالهدی ودین الحق لیظهره علی الدین کله ولو کره المشرکون متن پشت سکه: لااله الاالله وحده لا شریک له عمرو لیث حاشیهٔ داخلی: بسم الله ضرب هذاالدرهم بنائن سنه ثلث وثمین و ماتین (۲۸۳) حاشیهٔ خارجی: لله الامر من قبل
و ماتین (۲۸۳) حاشیهٔ خارجی: لله الامر من قبل ومن بعئد یومئذیفرح المومنون بنصرالله
الکس جنینگز (؛ زادهٔ ) یک هنرپیشه اهل بریتانیا است. وی از سال ۱۹۷۸ میلادی تاکنون مشغول فعالیت بوده‌است. از فیلم‌ها یا برنامه‌های تلویزیونی که وی در آن نقش داشته است می‌توان به بابل، ملکه، بال‌های کبوتر و اشاره کرد. وی همچنین برندهٔ جوایزی همچون جایزه لارنس الیویه شده است.
کانکتومیس، دانش تولید کانکتوم و تحقیق پیرامون آن است. کانکتوم به نقشه‌های جامع اتصالات در سیستم عصبی یک موجود زنده، معمولاً در داخل مغز یا چشم گفته می‌شود. به علت اینکه این ساختارها به شدت پیچیده هستند، روش‌هایی که در این زمینه به کار میروند از تصویر برداری عصبی با توان پردازشی بالا و تکنیک‌های بافت شناسی برای افزایش سرعت، کارایی، و دقت نقشه‌های مربوط به تعداد زیادی از اتصالات عصبی در یک سیستم عصبی استفاده می‌کنند. در حالی تمرکز اصلی این نوع پروژه‌ها روی مغز است، هر اتصال عصبی مانند تماس عصبی ماهیچه ای
مغز است، هر اتصال عصبی مانند تماس عصبی ماهیچه ای می‌تواند به صورت تئوری به وسیلهٔ کانکتومیس نگاشت شود. ابزارها. یکی از مهم‌ترین ابزارهایی که برای تحقیقات کانکتومیکس استفاده می‌شود، تصویربرداری پخش وزنی در ابعاد میکرو است. اصلی‌ترین ابزار برای تحقیقات کانکتومیکس در ابعاد میکرو حفظ ساختار شیمیایی مغز و به دنبال آن میکروسکوپ الکترونی سه بعدی است، که در بازسازی مدارهای عصبی به کار میرود. برای دیدن یکی از اولین میکرو کانکتوم‌ها با دقت بالا، پروژهٔ ازاد کانکتوم را ببینید که شامل تعداد زیادی پایگاه دادهٔ کانکتوم
ببینید که شامل تعداد زیادی پایگاه دادهٔ کانکتوم از جمله پایگاه داده با حجم 12ترابایت از Bock است. سیستم‌های مدل. به غیر از مغز انسان، بعضی از سیستم‌های مدلی که برای تحقیقات کانکتومیکس استفاده شده‌است موش، مگس سرکه،nematod C.elegans و جغد انبار هستند. کاربردها. با مقایسهٔ کانکتوم‌های افراد بیمار و سالم، می‌توانیم راجع به برخی آسیب شناسی‌های روانی، مانند درد نوروپاتی، و درمان‌های احتمالی آن‌ها دید به دست آوریم. به‌طور کلی، زمینهٔ علوم اعصاب از استانداردسازی و داده‌های خام استفاده می‌کند. به عنوان مثال،
و داده‌های خام استفاده می‌کند. به عنوان مثال، نقشه‌های کانکتوم می‌توانند داده‌های لازم را برای مدل‌های کامپیوتری در رابطه با پویایی مغز فراهم کنند. شبکه‌های عصبی فعلی غالباً وابسته به نمایش احتمالاتی الگوهای اتصالات هستند. کانکتوگرام‌ها (نمودارهای دایره‌ای کانکتومیکس) در مورد ضربه‌های مغزی برای ضبط وسعت ضربه به شبکه‌های عصبی به کار رفته‌اند. کانکتوم انسان می‌تواند به وسیلهٔ یک گراف (گراف (ریاضیات گسسته) را ببینید) نمایش داده شود و ابزارهای قوی، تعاریف و الگوریتم‌های نظریه گراف می‌توانند به این گراف‌ها
الگوریتم‌های نظریه گراف می‌توانند به این گراف‌ها اعمال شوند. با مقایسهٔ کانکتوم ها(یا گراف‌های مغزی) متعلق به زنان و مردان سالم، Szalkail نشان داده است که در تعداد زیادی از پارامترهای تئوری گراف، کانکتوم ساختاری زنان نسبت به کانکتوم مردان به وضوح اتصالات بهتری دارد. به عنوان مثال، کانکتوم دارای یال‌های بیشتر، کمینه عرض دوبخشی بیشتر، eigengap بیشتر، و کمینه پوشش راسی بیشتر نسبت به مردان است. کمینه عرض دوبخشی یک معیار معمول برای سنجش کیفیت شبکه‌های میان ارتباطی چند سطحی کامپیوتری است که گلوگاه‌های احتمالی در
چند سطحی کامپیوتری است که گلوگاه‌های احتمالی در ارتباطات شبکه‌ای را توصیف می‌کند. هر چه این مقدار بیشتر باشد شبکه بهتر خواهد بود. مقدار eigengap بیشتر تشان می‌دهد که کانکتوم زنان گراف گسترش بهتری نسبت به کانکتوم مردان است. خاصیت گسترش بهتر، کمینه عرض bipartition و مقدار بیشتر کمینه پوشش راسی نشان دهندهٔ مزیت بیشتر در اتصالات شبکه در مورد گراف مغزی زنان است. نقد و بررسی. استفاده از پسوند omics- برای توصیف این سیستم مورد انتقاد قرار گرفته‌است. ابداع این واژه در دو منبع دیده شده‌است، در مقاله‌ای از Olaf
واژه در دو منبع دیده شده‌است، در مقاله‌ای از Olaf Sporns و تز دکتری توسط Patric Hagmann. انتقاد دیگر به کانکتوم در ابعاد میکرو شده‌است، به این دلیل که دانش کافی در مورد محل یافتن اطلاعات وجود ندارد، به علاوه اینکه نمیتوان در یک زمان واقع بینانه آن را تکمیل کرد. مقایسه با علم ژنوم. پروژه ژنوم انسان در ابتدا با بیشتر انتقادات گفته شده در بالا مواجه شد ولی با این حال زودتر از موعد تکمیل شد و به پیشرفت‌های بسیاری در علم ژنتیک منجر شد. برخی معتقدند که می‌توان بین علم ژنتیک و کانکتومیکس مقایسه انجام داد و
بین علم ژنتیک و کانکتومیکس مقایسه انجام داد و بنابراین باید اندکی بیشتر به دورنمای کانکتومیکس خوشبین باشیم.
شبکهٔ زیستی (شبکهٔ بیولوژیکی) به هر شبکه‌ای گفته می‌شود که برای سیستم‌های زیستی مورد استفاده قرار می‌گیرد. یک شبکه به سیستمی گفته می‌شود که شامل زیربخش‌هایی باشد که به یکدیگر در غالب یک کل، پیوند داشته باشند، مانند گونه‌های مختلف که در شبکهٔ غذایی کل با یکدیگر در ارتباطند. شبکه‌های زیستی نمایش ریاضی‌ای برای ارتباطات موجود در مطالعات محیط زیستی، تکاملی و مطالعات فیزیولوژیکی همانند شبکه‌های عصبی را ارائه می‌دهند. تحلیل و کار روی شبکه‌های زیستی با توجه به بیماری‌های انسان، منجر به ایجاد حوزهٔ شبکهٔ دارویی
انسان، منجر به ایجاد حوزهٔ شبکهٔ دارویی شده‌است. مطالعهٔ شبکه‌های زیستی، درک مدل آن‌ها، تحلیل و تجسم آن‌ها در علم امروز نقش بسیار مهمی دارد. درک این شبکه‌ها برای دید زیستی بهتر از داده‌های پیچیده و بسیار زیادی که در حال تولید شدن هستند بسیار ضروری است. تجسم و تصور شبکه از روش‌های بنیادینی است که به فهم شبکه‌های زیستی برای آشکار کردن ویژگی‌های مهم فرایندهای زیرلایهٔ بیوشیمیایی کمک می‌کند. تعداد بسیاری از شبکه‌های زیستی مهم مربوط به مولکول‌هایی مانند DNA, RNA، پروتئین‌ها و ترکیبات مورد نیاز برای سوخت‌وساز
پروتئین‌ها و ترکیبات مورد نیاز برای سوخت‌وساز سلول و فعل و انفعالات بین آن‌ها می‌باشد. شبکهٔ تنظیم ژن‌ها و هدایت سیگنال‌ها به ما می‌گوید هر ژن چگونه و بر اثر چه عواملی فعال یا سرکوب می‌شود و بوسیلهٔ آن می‌فهمیم کدام پروتئین‌ها در چه زمان مشخصی در سلول تولید می‌شوند. این تنظیمات توسط پروتئین‌های تنظیمی یا سیگنال‌های خارجی صورت می‌گیرد. شبکه‌های ریستی بسیاری وجود دارد که در ادامه بیشتر توضیح داده شده‌است. نهایتاً تمام شبکه‌های مذکور شامل هدایت سیگنال‌ها، تنظیم ژن‌ها، تعاملات پروتئین با پروتئین و شبکهٔ سوخت و
ژن‌ها، تعاملات پروتئین با پروتئین و شبکهٔ سوخت و ساز با یکدیگر مرتبط اند و یک شبکهٔ بزرگ‌تر و پیچیده از تعاملات را برای بقا و ادامهٔ حیات سلول تشکیل می‌دهند. شبکهٔ زیستی و بیوانفورماتیک. شبکه‌های زیستی پیچیده می‌توانند به عنوان شبکه‌های محاسبه‌پذیر ارائه و تحلیل شوند. برای مثال، اکوسیستم به عنوان شبکه‌ای از گونه‌های مختلف می‌تواند در نظر گرفته شود، هم‌چنین پروتئین‌ها به عنوان شبکه‌ای از آمینواسیدها می‌باشند. چنانچه پروتئین‌ها را به ذرات کوچکتر بشکنیم، خود آمینواسیدها شبکه‌ای از اتم‌های به هم پیوند داده شده
شبکه‌ای از اتم‌های به هم پیوند داده شده مانند کربن، نیتروژن و اکسیژن هستند. گره‌ها و لبه‌ها مولفه‌های پایه‌ای یک شبکه را تشکیل می‌دهند. گره‌ها همان واحدهای تشکیل‌دهندهٔ شبکه هستند در حالی که لبه‌ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می‌کنند. گره‌ها می‌توانند گسترهٔ وسیعی از واحدهای زیستی را شامل شوند، از جملهٔ آن‌ها می‌توان به انواع ارگانیسم یا یک عصب در مغز اشاره کرد. دو ویژگی مهم شبکه، درجه و میانی مرکزی می‌باشد. درجه (میزان ارتباط، مفهومی متفاوت از کاربردش در نظریهٔ گراف) به تعداد لبه‌هایی گفته می‌شود که
در نظریهٔ گراف) به تعداد لبه‌هایی گفته می‌شود که به یک گره متصل هستند. در حالی که میانی مرکزی مشخص می‌کند که یک گره به چه اندازه در مرکز می‌باشد. گره‌های با میانی مرکزی بالاتر، به عنوان پل‌هایی بین بخش‌های مختلف شبکه در نظر گرفته می‌شوند (برای دسترسی به بعضی از گره‌ها باید از این گره‌های با میانی مرکزی بالاتر عبور کرد). در شبکه‌های اجتماعی، گره‌های با درجه و مرکزی میانی بالاتر در ساختار و ترکیب کلی شبکه نقش مهمی ایفا می‌کنند. تمرکز در حوزهٔ بیوانفورماتیک به طور فزاینده‌ای از ژن‌ها، پروتئین‌ها و
به طور فزاینده‌ای از ژن‌ها، پروتئین‌ها و الگوریتم‌های جستجو به سمت شبکه‌های با ابعاد بزرگ که با پسوند -ome (-وم) مشخص می‌شوند، مانند بایوم، ژنوم و پروتئوم تغییر پیدا کرده‌است. این مطالعات تئوری نشان داده‌است که شبکه‌های زیستی ویژگی‌های مشترک بسیاری با شبکه‌های دیگر از جمله اینترنت و شبکه‌های اجتماعی دارند که از جملهٔ این ویژگی‌ها می‌توان به توپولوژی شبکه اشاره کرد. اوایل سال ۱۹۸۰ میلادی، محققان با دید جدیدی به DNA یا ژنوم نگاه کردند و آن‌ها را به عنوان مخزن‌های پویایی از سیستم زبانی با حالت‌های محدود قابل
پویایی از سیستم زبانی با حالت‌های محدود قابل محاسبه، که با ماشین حالات متناهی نمایش می‌دهند، دیدند. مطالعات سیستم‌های پیچیده در سال‌های اخیر، یک سری اشتراکات دور از دسترس در سازماندهی اطلاعات در مسائل زیستی، علوم کامپیوتر و فیزیک مانند چگالش بوز-انیشتین (حالت خاصی از ماده) پیشنهاد داده‌اند. شبکه‌ها در بیولوژی. درخت فیلوژنتیک. درخت فیلوژنتیک شبکه‌های خاص یا سلسله مراتب‌هایی هستند که معمولاً توسط اطلاعات زیستی مولکول‌هایی مانند DNA یا دنبالهٔ پروتئین‌ها ساخته می‌شوند. درخت فیلوژنتیک رابطهٔ اجدادی بین
ساخته می‌شوند. درخت فیلوژنتیک رابطهٔ اجدادی بین گونه‌های متفاوت را نشان می‌دهد. این درخت برای مطالعهٔ تکامل گونه‌های مختلف در گذر زمان و نحوهٔ شکل‌گیری گونه‌های مختلف مورد استفاده قرار می‌گیرد، مواردی مانند اصل و نسب یک گونه، نحوهٔ تغییرات گونه‌ها، بقا یا منقرض شدن انواع گونه‌ها را می‌توان بررسی و تحلیل کرد. تحلیل‌های آماری نقش بسیار کمک کننده‌ای در استخراج این اطلاعات مفید تاریخی دارند. شبکهٔ تعامل پروتئین-پروتئین(PIN). تعاملات بسیار پروتئین‌ها داخل یک سلول با یکدیگر شبکهٔ تعاملی پروتئین‌ها را تشکیل
سلول با یکدیگر شبکهٔ تعاملی پروتئین‌ها را تشکیل می‌دهد که در این شبکه پروتئین‌ها همان گره‌ها و ارتباطات بین آن‌ها لبه‌ها هستند. PINها در زیست‌شناسی به‌شدت مورد تحلیل و تجزیه قرار می‌گیرند. روش‌های PPI بسیاری برای تشخیص این تعاملات وجود دارد. شبکهٔ تعاملات پروتئین‌ها با پروتئین‌ها شامل فعل و انفعالات و ارتباطات بین پروتئین‌ها برای فعال‌سازی یک پروتئین توسط پروتئین دیگر یا تشکیل ساختارهای دسته جمعی پیچیدهٔ پروتئین‌ها می‌باشد. مطالعات اخیر محافظت شبکهٔ مولکولی را در ظرف دوران تکاملی نشان داده‌است. هم‌چنین کشف
را در ظرف دوران تکاملی نشان داده‌است. هم‌چنین کشف شده‌است که پروتئین‌های با درجهٔ ارتباطی بالاتر با احتمال بیشتری نسبت به پروتئین‌های با درجهٔ کمتر برای بقای موجود زنده نیاز هستند. این نکته نشان می‌دهد که ترکیب کلی شبکه (نه فقط ارتباط بین جفت پروتئین‌ها) برای تشخیص عملکرد کلی یک موجود بسیار مهم است. شبکهٔ تنظیم ژن‌ها (شبکهٔ تعامل DNA-پروتئین). فعالیت‌های ژن‌ها توسط عوامل رونویسی تنظیم می‌شود. عوامل رونویسی پروتئین‌هایی هستند که به رشتهٔ DNA متصل می‌شوند و در بیان یک ژن نقش کنترلی دارند. همکاری و تعاملات
در بیان یک ژن نقش کنترلی دارند. همکاری و تعاملات تعدادی از عوامل رونویسی عامل بیان ژن‌ها می‌باشد. بیشتر عوامل رونویسی می‌توانند به چندین ناحیه از ژنوم متصل شوند. برای مثال در ژنوم انسان حدود ۱۴۰۰ ناحیه برای اتصال عوامل رونویسی وجود دارد که باعث بیان بیش از ۲۰۰۰۰ ژن در انسان می‌گردد. تکنولوژی‌های مطالعهٔ شبکهٔ تنظیم ژن‌ها شامل ChIP-chip,ChIP-seq,CliP-seq و تعدادی دیگر می‌باشد. شبکهٔ بیان ژن (شبکهٔ رونویسی-رونویسی). شبکهٔ بیان ژن‌ها به عنوان شبکه‌ای بین تعدادی متغیر در نظر گرفته می‌شود که هر کدام میزان
تعدادی متغیر در نظر گرفته می‌شود که هر کدام میزان فراوانی رونویسی ژن را مشخص می‌کند. این شبکه‌ها تحلیل زیستی سیستمی برای داده‌های ریزآرایه‌ی DNA، داده‌های دنبالهٔ RNA، داده‌های miRNA و غیره را فراهم می‌کند. شبکهٔ سوخت و ساز. شبکهٔ سوخت و ساز بدن نحوهٔ تبدیل مواد مورد نیاز برای سوخت و ساز سلول به یکدیگر را شامل می‌شود، مانند تولید انرژی یا سنتز یک مادهٔ خاص. ترکیبات شیمیایی یک سلول زنده با واکنش‌های بیوشیمیایی با یکدیگر در ارتباطند به طوریکه یکی از ترکیبات به دیگری تبدیل می‌شود. این واکنش‌ها توسط آنزیم‌ها
به دیگری تبدیل می‌شود. این واکنش‌ها توسط آنزیم‌ها تسریع می‌شوند. تمام ترکیبات داخل سلول مولفه‌های یک شبکهٔ پیچیدهٔ بیوشیمیایی از واکنش‌هایی هستند که شبکهٔ سوخت‌وساز نامیده می‌شوند. با استفاده از تحلیل شبکه می‌توان به چگونگی انتخاب‌ها در مسیر سوخت‌وساز پی برد. شبکهٔ سیگنالی. سیگنال‌ها‌ در داخل سلول یا بین سلول‌ها به یکدیگر تبدیل می‌شوند و یک شبکهٔ پیچیدهٔ سیگنالی را ایجاد می‌کنند. به عنوان مثال، در MAPK/ERK pathway، سیگنال‌ها از سطح سلول به هستهٔ سلول با واسطه و کمک دنباله‌ای از واکنش‌های پروتئین با
با واسطه و کمک دنباله‌ای از واکنش‌های پروتئین با پروتئین، واکنش‌های مربوط به فسفریله شدن و دنباله‌های دیگر تبدیل می‌شود. شبکهٔ سیگنال‌ها باعث ایجاد ارتباط بین شبکه‌های تعاملی پروتئین-پروتئین، شبکه‌های تنظیم ژن شبکه‌های سوخت‌وساز می‌شود. شبکهٔ عصبی. تعاملات و ارتباطات پیچیدهٔ مغز، آن را یک گزینهٔ بسیار مناسب برای بکارگیری تئوری شبکه در این حوزه می‌کند. عصب‌های مغز به طور گسترده و عمیقی با یکدیگر در ارتباطند که این باعث ایجاد شبکه‌های پیچیدهٔ از جنبه‌های ساختاری و کاربردی مغز می‌شود. به عنوان مثال ویژگی‌های
و کاربردی مغز می‌شود. به عنوان مثال ویژگی‌های «شبکه جهان کوچک» در ارتباطات بین نواحی غشایی از مغز موجودات اولیه نشان داده می‌شود. طبق این مدل نواحی غشایی مغز به طور مستقیم با یکدیگر ارتباطی ندارند، اما اکثر مناطق مغز از طریق تعداد اندک ارتباطات قابل دسترسی هستند. شبکهٔ مواد غذایی. تمام موجودات از طریق رابطهٔ غذایی با یکدیگر در ارتباطند. طبق این مدل چنانچه یک گونه خورده شود یا گونهٔ دیگری را بخورد، این دو موجود در شبکهٔ مواد غذایی به عنوان گونهٔ درنده و گونهٔ شکار با یکدیگر ارتباط دارند. میزان و زمان
و گونهٔ شکار با یکدیگر ارتباط دارند. میزان و زمان پایداری این ارتباط به مدت طولانی در حوزهٔ بوم‌شناسی مورد سؤال بوده‌است. به زبان دیگر، اگر گونهٔ خاصی حذف گردد، چه تغییری در شبکه رخ می‌دهد (برای مثال شبکه تخریب می‌شود و از بین می‌رود یا با شرایط جدید تطابق پیدا می‌کند)؟ تحلیل شبکه برای یافتن میزان پایداری شبکهٔ غذایی است و می‌توان مشخص کرد اگر ویژگی‌های خاصی از شبکه به شبکه‌هایی با پایداری بیشتر بینجامد. علاوه براین، تحلیل شبکه کمک می‌کند حذف انتخابی یک گونه چگونه می‌تواند بر روی کل شبکهٔ غذایی تأثیرگذار
چگونه می‌تواند بر روی کل شبکهٔ غذایی تأثیرگذار باشد. همچنین بسیار مهم است بدانیم پتانسیل از بین رفتن گونه‌ها بر حسب تغییر وضعیت آب وهوای جهانی چگونه است. شبکهٔ تعامل بین گونه‌ای. در زیست‌شناسی، روابط جفت موجودات مورد توجه مطالعات در گذر تاریخ بوده‌است. با پیشرفت‌های اخیر در علم شبکه، می‌توان تعاملات جفت موجودات را تعمیم داد تا موجودات از گونه‌های متفاوت را در حوزهٔ تعاملاتشان برای فهم ساختار و عملکرد شبکه‌های اکولوژیکی (محیط‌زیستی) بزرگتر در بربگیرد. بکارگیری تحلیل شبکه به کشف و فهم چگونگی تعاملات و
بکارگیری تحلیل شبکه به کشف و فهم چگونگی تعاملات و ارتباطات پیچیده در شبکهٔ سیستم‌ها کمک می‌کند، این مورد در گذشته نادیده گرفته می‌شد. این ابزار قدرتمند امکان مطالعهٔ انواع ارتباطات (از رقابتی تا مشارکتی) را با استفاده از چارچوب‌های مشابه عمومی می‌دهد. در حالت کلی، ساختار تعاملات گونه‌ها در یک شبکهٔ زیست‌محیطی اطلاعات مفیدی در حوزهٔ تنوع گونه، غنا و استحکام شبکه به ما می‌دهد. محققان با مقایسهٔ ساختار امروزی ارتباطات گونه‌ها با ساختار گذشتهٔ آن‌ها می‌توانند نحوهٔ تغییرات را در گذر زمان بیابند. تحقیقات اخیر
نحوهٔ تغییرات را در گذر زمان بیابند. تحقیقات اخیر در حوزهٔ شبکهٔ پیچیدهٔ تعاملات گونه‌ها بیشتر در حوزهٔ فهم عوامل استحکام و پایداری بیشتر شبکه تمرکز دارد. شبکهٔ تعاملات بین گونه‌ای. تحلیل شبکه امکان تعیین کیفیت ارتباطات بین افراد (گونه‌ها) را فراهم می‌آورد، به طوریکه امکان استنتاج جزئیات شبکه به عنوان یک کل را در سطح گونه‌ها یا جمعیت امکان‌پذیر کرده‌است. محققانی که علاقه‌مند به رفتارهای حیوانات هستند، از حشره‌ها تا پستانداران نخستین، شروع به همکاری در تحلیل شبکه‌ها در تحقیقات خود کرده‌اند. محققان دیگر
شبکه‌ها در تحقیقات خود کرده‌اند. محققان دیگر علاقه‌مندند بدانند چگونه ویژگی‌های خاصی از شبکه در سطح گروه یا جمعیت، می‌تواند سطح رفتارهای فردی را تفسیر کند. برای نمونه، در گروه‌های دلفین پوزه بطری معمولی، درجه و مقدار میانی مرکزی یک فرد می‌تواند پیش‌بینی کند که دلفین مورد نظر یک سری رفتارهای خاصی را از خود نشان می‌دهد. افراد (دلفین‌های) با مقدار مرکزی میانی بالاتر ارتباطات بیشتری دارند و اطلاعات بیشتری را می‌توانند دریافت کنند و گزینه‌های بهتری برای رهبری سفرهای گروهی خواهند بود و نسبت به سایر اعضای گروه
سفرهای گروهی خواهند بود و نسبت به سایر اعضای گروه تمایل بیشتری برای نمایش رفتارهای سیگنالی نشان می‌دهند. تحلیل شبکه همچنین برای تفسیر سازماندهی‌های اجتماعی در یک گونهٔ خاص کاربرد دارد که مکانیزم‌های تقریبی مهمی را به طور معمول آشکار می‌کند و این مکانیزم‌ها کاربرد استراتژی‌های رفتاری را ارتقا می‌دهد. به طور مثال، علاقهٔ محققان به پستانداران اولیه، کاربرد تحلیل شبکه‌ها را به سمت مقایسهٔ سازماندهی‌های اجتماعی بین پستانداران اولیهٔ متنوع برده‌است، به طوریکه با استفاده از معیارهای شبکه (مانند مرکزیت، ماژولار