payamvha/North_RAG huggingface dataset:
کنند. ۳-نرخ تنزیل مجدد:نرخ بهره‌ای است که بانک مرکزی اسناد مدت دار (سفته وبرات) بانک‌های تجاری را تنزیل می‌کند وبر اساس آن به بانک‌ها وام می‌دهد. ۴-کنترل کمی وکیفی اعتبارات:منظور تعیین و تنظیم اعتبارات در مجرای صحیح تولیدی و در جهت اعمال سیاست ارشادی دولت است. ۵-شرکت در عملیات بازار باز:بانک مرکزی بااتخاذ این سیاست می‌تواند با خرید یا فروش اوراق بهادار بازار آزاد برمقدار و عرضهٔ پول و در نتیجه بر فعالیت اقتصادی اثر بگذارد… ابزارهای سیاست پولی در ایران. در اجرای سیاست پولی، بانک مرکزی می‌تواند مستقیماً از
اجرای سیاست پولی، بانک مرکزی می‌تواند مستقیماً از قدرت تنظیم‌کنندگی خود استفاده نموده یا به‌طور غیرمستقیم از اثرگذاری بر روی شرایط بازار پول به عنوان انتشار دهنده پول پرقدرت (اسکناس و مسکوک در جریان و سپرده‌های نزد بانک مرکزی) استفاده نماید. بر همین اساس دو نوع ابزار سیاست پولی قابل تفکیک می‌باشد که ابزارهای مستقیم (عدم اتکا بر شرایط بازار) و غیرمستقیم (مبتنی بر شرایط بازار) سیاست پولی نامیده می‌شوند. ابزارهای سیاست پولی در ایران بر مبنای تفکیک مذکور به شرح ذیل می‌باشد. ابزارهای مستقیم. ۱–۱ کنترل نرخ‌های
ذیل می‌باشد. ابزارهای مستقیم. ۱–۱ کنترل نرخ‌های سود بانکی: در کشور ما با اجرای قانون عملیات بانکی بدون ربا و معرفی عقود با بازدهی ثابت و مشارکتی، ضوابط تعیین سود یا نرخ بازده مورد انتظار ناشی از تسهیلات اعطایی بانکها و حداقل و حداکثر سود یا بازده مورد انتظار بر طبق ماده (۲) آیین‌نامه فصل سوم قانون عملیات بانکی بدون ربا بر عهده شورای پول و اعتبار می‌باشد. همچنین بر طبق ماده (۳) آیین‌نامه فصل چهارم قانون مذکور بانک مرکزی می‌تواند در تعیین حداقل نرخ سود (بازده) احتمالی برای انتخاب طرح‌های سرمایه‌گذاری یا
احتمالی برای انتخاب طرح‌های سرمایه‌گذاری یا مشارکت و نیز تعیین حداقل یا عنداللزوم حداکثر نرخ سود مورد انتظار یا نرخ بازده احتمالی برای سایر انواع تسهیلات اعطایی بانکی دخالت نماید. (البته به دلیل ضعف در اجرای عملیات بانکداری بدون ربا توسط بانکهای تجاری، در برخی موارد، بانکداری در ایران با نزول از اشخاص برابر است و کامل آلوده به ربا است) ۱–۲ سقف اعتباری: این نوع ابزارهای پولی با ایجاد محدودیت‌های اعتباری و اعطای اعتبارات مستقیم به همراه منظور کردن اولویت در امر اعطای اعتبارات بانکی در مورد بخش‌های خاص
در امر اعطای اعتبارات بانکی در مورد بخش‌های خاص اقتصادی عملاً اقدام به جهت‌دهی اعتبارات به سمت بخش‌های مورد نظر می‌نماید. براساس ماده ۱۴ قانون پولی و بانکی کشور، بانک مرکزی می‌تواند در امور پولی و بانکی دخالت و نظارتهایی داشته باشد که از جمله مفاد آن محدود کردن بانکها، تعیین نحوه مصرف وجوه سپرده‌ها و تعیین حداکثر مجموع وامها و اعتبارات در رشته‌های مختلف است. ابزارهای غیرمستقیم. ۲–۱ نسبت سپرده قانونی: نسبت سپرده قانونی از جمله ابزارهای سیاست پولی بانک مرکزی می‌باشد. بانکها موظفند همواره نسبتی از بدهیهای
می‌باشد. بانکها موظفند همواره نسبتی از بدهیهای ایجاد شده و به‌طور اخص سپرده‌های اشخاص نزد خود را در بانک مرکزی نگهداری کنند. بانک مرکزی از طریق افزایش نسبت سپرده قانونی حجم تسهیلات اعطایی بانکها را منقبض و از طریق کاهش آن، اعتبارات بانکها را منبسط می‌نماید. بر طبق ماده (۱۴) قانون پولی و بانکی نسبت سپرده قانونی از ۱۰ درصد کمتر و از ۳۰ درصد بیشتر نخواهد بود و بانک مرکزی ممکن است برحسب ترکیب و نوع فعالیت بانکها نسبتهای متفاوتی برای آن تعیین نماید. ۲–۲ اوراق مشارکت بانک مرکزی: اجرای بهینه سیاست‌های پولی توسط
بانک مرکزی: اجرای بهینه سیاست‌های پولی توسط بانک مرکزی، توسط ابزار اصلی و محوری عملیات بازار باز صورت می‌گیرد که به بانکها انعطاف لازم را در مدیریت نقدینگی و مداخله در بازار پولی اعطاء می‌نمایند. به منظور توسعه و بسط عملیات بازار باز و اجرای سیاست‌های پولی از حیث مدیریت نقدینگی و تأثیر بر بازار پول و سرمایه، یافتن بدیلهای مناسب در قالب موازین شرع مقدس اسلام بعد از اجرای قانون عملیات بانکی بدون ربا از جایگاه ویژه‌ای برخوردار گردید. اوراق قرضه به جهت مبتنی بودن بر بهره، اصولاً در اسلام پذیرفته شده نیست. لیکن
بر بهره، اصولاً در اسلام پذیرفته شده نیست. لیکن اوراق مشارکت و سهیم نمودن سرمایه‌گذاران در فعالیت‌های اقتصادی و پرداخت سودهای واقعی نه‌تنها با مانع مواجه نیست بلکه مورد تشویق نیز می‌باشد. برای اولین بار، براساس ماده ۹۱ قانون برنامه سوم به بانک مرکزی اجازه داده شد که با تصویب شورای پول و اعتبار، از اوراق مشارکت بانک مرکزی استفاده نماید. شایان ذکر است که براساس برنامه چهارم توسعه، انتشار اوراق مشارکت بانک مرکزی با تصویب مجلس شورای اسلامی مجاز خواهد بود. انتشار و عرضه اوراق مشارکت بانک مرکزی از جمله ابزارهای
و عرضه اوراق مشارکت بانک مرکزی از جمله ابزارهای سیاست انقباضی و اجرای عملیات بازار باز می‌باشد؛ بطوری‌که با عرضه این اوراق از حجم نقدینگی کاسته‌شده و وجوه این اوراق نزد بانک مرکزی مسدود می‌گردد. در بخش پایه پولی نیز انتشار این اوراق موجب افزایش جزء بدهیهای بانک مرکزی و کاهش پایه پولی خواهد شد؛ لذا در مجموع انتشار اوراق موجبات کاهش رشد نقدینگی را فراهم می‌سازد. در واقع سیاستگذار پولی را قادر می‌نماید تا در مواقع لزوم از طریق کنترل نقدینگی، دستیابی به نرخ تورم پایین را میسر سازد. ۲–۳ سپرده ویژه بانکها نزد
پایین را میسر سازد. ۲–۳ سپرده ویژه بانکها نزد بانک مرکزی: یکی از مهم‌ترین اقداماتی که در جهت استفاده مطلوب از ابزارهای غیرمستقیم پولی در چارچوب قانون عملیات بانکی بدون ربا صورت گرفت، اجازه افتتاح حساب سپرده ویژه بانکها نزد بانک مرکزی است که در اواخر سال ۱۳۷۷ به تصویب شورای پول و اعتبار رسید. هدف اصلی از اجرای این طرح، اعمال سیاست‌های پولی مناسب جهت کنترل و مهار نقدینگی از طریق جذب منابع مازاد بانکها بوده‌است. لازم است ذکر شود که بانک مرکزی به سپرده ویژه بانکها نزد خود براساس ضوابط خاصی سود پرداخت می‌کند.
نزد خود براساس ضوابط خاصی سود پرداخت می‌کند. سیاست پولی فرایندی است که به وسیله آن مقامات پولی یک کشور عرضه پول را اغلب با هدف تنظیم نرخ بهره به منظور رشد اقتصادی، پایداری و ثبات نسبی قیمت‌ها و کاهش بی‌کاری کنترل و مهار می‌کنند. به‌طور معمول دو سیاست پولی انقباضی و انبساطی وجود دارد که براساس آن‌ها عرضه پول به منظور رسیدن به اهداف ویژه در شرایط متفاوت اتخاذ می‌شوند. در سیاست انبساطی فراوری پول بیش از حد معمول می‌شود و هدف مقابله با بی‌کاری در یک وضعیت رکود اقتصادی از طریق کاهش نرخ بهره به امید جلب اعتماد
اقتصادی از طریق کاهش نرخ بهره به امید جلب اعتماد بازرگانان در گسترش فعالیت‌های اقتصادی است. در سیاست انقباضی قصد کاهش تورم به امید جلوگیری از زوال و کجروی ارزش‌های دارایی است. سیاست پولی با سیاست مالی که به امور مالیات، هزینه‌های دولتی و استقراض و بدهی و امور اعتباری دولتی در اقتصاد مربوط است، تفاوت دارد. نظریه. اعتماد به سیاست پولی اعلام شده از سوی سیاستگذاران از اهمیت بالایی برخوردار است. چنانچه فعالان بخش خصوصی (مصرف‌کنندگان و بنگاه‌های اقتصادی) باور داشته باشند که سیاستگذاران مصمم به کاهش تورم هستند،
باشند که سیاستگذاران مصمم به کاهش تورم هستند، پیش‌بینی خواهند کرد که قیمت‌ها در آینده کاهش می‌یابد (این که انتظارات آن‌ها چگونه شکل می‌گیرند، موضوع دیگری است. برای مثال انتظارات عقلایی را با انتظارات تطبیقی مقایسه نمائید). اگر کارمند یا کارگری انتظار داشته باشد که قیمت‌ها در آینده بالا بروند، برای تطبیق این قیمت‌ها، قراردادی را با دستمزد بالا امضا خواهد کرد؛ بنابراین، انتظار دستمزد در تنظیم [قرارداد] دستمزد، بین کارگر و کارفرما اثر دارد؛ لذا برای دستیابی به سطح پایین تورم، فعالان بخش خصوصی باید اعتقاد
به سطح پایین تورم، فعالان بخش خصوصی باید اعتقاد داشته باشند که آنچه [از طرف مقامات پولی] اعلام می‌شود واقعاً در سیاست‌های آینده منعکس خواهد شد. چنانچه این باور در کارگزاران بخش خصوصی به وجود نباید، به هنگام تنظیم دستمزد، تورم سطح بالایی پیش‌بینی شده، دستمزدها بالاتر خواهند رفت. افزایش دستمزدها به معنای افزایش تقاضای مصرف‌کننده (تورم ناشی از فشار تقاضا) و ازدیاد هزینه بنگاه‌های اقتصادی (تورم ناشی از فشار هزینه) خواهد بود. بنابر این، تورم افزایش می‌یابد؛ لذا چنانچه اعلان سیاست‌ها از سوی سیاست گذاران، قابل
چنانچه اعلان سیاست‌ها از سوی سیاست گذاران، قابل پذیرش نباشد، سیاست نتیجه و تأثیر مطلوب خود را نخواهد داشت. اگر سیاست گذاران بر این باور باشند که کارگزاران بخش خصوصی سطح پایینی از تورم را پیش‌بینی کرده‌اند، انگیزه برای اتخاذ سیاست پولی انبساطی وجود خواهد داشت (در شرایطی که فایده نهایی افزایش تولید کل بیش از هزینه نهایی ایجاد تورم باشد)؛ اگر چه با فرض آنکه کارگزاران بخش خصوصی دارای انتظارات عقلایی هستند آنان از این انگیزهٔ سیاستگذاران مطلع هستند؛ بنابراین کارگزاران بخش خصوصی می‌دانند که اگر تورم پایینی را
بخش خصوصی می‌دانند که اگر تورم پایینی را پیش‌بینی کنند، سیاست انبساطی اتخاذ خواهد شد که نتیجهٔ آن افزایش تورم خواهد بود. نتیجتاً آنان انتظار تورم بالا را خواهند داشت (مگر این که سیاستگذاران بتوانند اثربخشی سیاست خود را در مورد تورم پایین بقبولانند). این پیش‌بینی از طریق انتظارات تطبیقی (رفتار تنظیم دستمزد) انجام می‌شود؛ بنابراین، تورم بالاتری وجود دارد (بدون وجود فایدهٔ افزایش بازده). در نتیجه، در صورتی که [بخش خصوصی] به سیاست‌ها اعتماد نداشته باشد، سیاست پولی انبساطی شکست خواهد خورد. اعتباربخشی به
سیاست پولی انبساطی شکست خواهد خورد. اعتباربخشی به سیاست‌های اتخاذی از راه‌های مختلفی صورت می‌پذیرد. یکی از این روش‌ها، تأسیس بانک مرکزی مستقل با هدف نگه داشتن تورم در سطح پایین (و بدون توجه به سطح تولید) است؛ بنابراین، کارگزاران بخش خصوصی می‌دانند که تورم پایین خواهد بود به دلیل این که [این سیاست] توسط یک هیئت مستقل دنبال می‌شود. بانک‌های مرکزی می‌توانند محرک‌هایی را برای رسیدن به اهداف ایجاد می‌نمایند. (برای مثال، بودجه‌های بیشتر، یا پاداش دستمزد برای رئیس بانک) تا شهرت (یا اعتبار) خود را افزایش دهند و
بانک) تا شهرت (یا اعتبار) خود را افزایش دهند و تعهد محکمی را به نسبت هدف سیاست، نشان دهند. شهرت، در اجرای سیاست پولی، عامل مهمی است. اما ایده شهرت نباید با تعهد اشتباه گرفته شود. در حالی که یک بانک مرکزی ممکن است شهرت مطلوبی را به دلیل عملکرد خوب خود در اجرای سیاست پولی داشته باشد، همان بانک مرکزی ممکن است هیچ شکل خاصی از تعهد را انتخاب نکند (مانند مشخص کردن محدودهٔ خاصی برای تورم). شهرت نقش مهمی را در تعیین این موضوع ایفا می‌کند که تا چه اندازه بازارها به اعلان یک سیاست خاص برای دستیابی به یک هدف، اعتقاد
اعلان یک سیاست خاص برای دستیابی به یک هدف، اعتقاد دارند اما این مفهوم‌ها نباید یکسان فرض شوند. همچنین توجه داشته باشید که تحت انتظارات عقلانی، لازم نیست سیاست گذار، شهرت خود را از طریق اقدامات و سیاست‌های قبلی اثبات نماید. به عنوان مثال، اعتبار رئیس بانک مرکزی ممکن است کاملاً از ایدئولوژی او، زمینهٔ شغلی و موقعیت‌های عمومی او و …باشد. در حقیقت بیان شده‌است که برای از بین بردن بعضی از آسیبهای مربوط به بی‌ثباتی زمان اجرای سیاست پولی (در تورم بالا)، به‌طور متوسط، رئیس بانک مرکزی باید نسبت به بقیه اعضای
متوسط، رئیس بانک مرکزی باید نسبت به بقیه اعضای اقتصادی، فاصلهٔ بیشتری از تورم داشته باشد. بنابر این، شهرت یک بانک مرکزی خاص الزاماً به عملکرد گذشتهٔ آن مربوط نمی‌شود، بلکه به تنظیمات سازمانی خاصی مربوط است که بازارها می‌توانند از آن استفاده کنند تا انتظارات تورم را شکل دهند. علی‌رغم بحث فراوان در مورد قابلیت اعتباری که به سیاست پولی مربوط می‌شود، معنای دقیق قابلیت اعتبار (credibility) به ندرت تعریف شده‌است. این عدم وضوح می‌تواند باعث شود سیاست پولی از اعتقاد به سودمندی دور شود. برای مثال، توانایی خدمت به
به سودمندی دور شود. برای مثال، توانایی خدمت به منفعت عمومی یک جنبه از اعتبار داشتن سیاست‌های پولی است که اغلب با بانک‌های مرکزی در ارتباط است. اعتماد به آنچه که یک بانک مرکزی با آن پیمان می‌بندد نیز یک جنبهٔ دیگر است. در حالی که تقریباً همه موافق هستند یک بانک مرکزی نباید به عموم دروغ بگوید، عدم توافق گسترده‌ای دراین مورد وجود دارد که چگونه یک بانک مرکزی می‌تواند در جهت منفعت عمومی کار کند. بنابر این، عدم وجود تعریف [توافق شده] می‌تواند باعث شود مردم اعتقاد پیدا کنند که در حالی که مقامات بانک مرکزی
اعتقاد پیدا کنند که در حالی که مقامات بانک مرکزی می‌خواهند به سیاست‌هایشان اعتماد شود در واقع از سیاست دیگری حمایت می‌نمایند. تاریخ سیاست پولی. سیاست پولی با نرخهای بهره و فراهم بودن اعتبار در ارتباط است. ابزار سیاست پولی شامل نرخهای بهره کوتاه مدت و ذخایر بانکی از طریق پایهٔ پولی بوده‌است. برای قرن‌های متمادی فقط دو شکل سیاست پولی وجود داشت، (۱) تصمیمات در مورد ضرب سکه، (۲) تصمیم برای چاپ پول کاغذی برای خلق اعتبار. درحالی که نرخهای بهره هم‌اکنون به عنوان بخشی از قدرت پولی در نظر گرفته می‌شود، در گذشته
بخشی از قدرت پولی در نظر گرفته می‌شود، در گذشته به‌طور کلی هماهنگ با دیگر اشکال سیاست یا خط مشی پولی نبودند. سیاست پولی به عنوان یک تصمیم اجرایی دیده می‌شد، و به‌طور کلی در اختیار صاحبان قدرت با حق ضرب سکه بود. با پیدایش و پدید آمدن شبکه‌های بزرگتر تجارت رابطهٔ بین نقره و طلا، و بین پول رایج محلی و پولهای رایج خارجی قیمتی برقرار گردید، این نرخ رسمی می‌توانست به وسیله قانون ضمانت شود، حتی اگر با قیمت بازار تفاوت می‌داشت. Jiaozi پول کاغذی موجود در قرن هفتم در چین بود جایگزین پول‌های رایج نشد و همراه با
در چین بود جایگزین پول‌های رایج نشد و همراه با سکه‌های مسین مورد استفاده قرار گرفته بودند. سلسلهٔ yuan اولین دولتی بود که اسکناس را به عنوان پول غالب مورد استفاده قرار داد. در دوره‌های آخر دودمان yuan با توجه به کمبود انبوه مسکوک (سکه) برای تأمین هزینهٔ جنگ آن‌ها شروع به چاپ بدون حد اسکناس کردند که منتج به تورم نجومی (hyperinflation) گردید. با پیدایش بانک انگلستان در سال ۱۶۹۴ که مسئولیت چاپ اسکناس و تأمین پشتوانه طلا را بدست آورد ایده سیاست پولی به عنوان یک [نهاد] مستقل مطرح گردید. هدف سیاست پولی حفظ ارزش
[نهاد] مستقل مطرح گردید. هدف سیاست پولی حفظ ارزش ضرب سکه، چاپ اسکناس با ارزش برابر با و جلوگیری از از جریان افتادن سکه بود. تأسیس بانکهای مرکزی به وسیله ملل صنعتی، با هدف حفظ ارزش پول با استاندارد طلا و تجارت محدود با سایر کشورهایی که از استاندارد طلا استفاده می‌کردند بود. به منظور برآوردن این هدف، بانکهای مرکزی به عنوان بخشی از استاندارد طلا اقدام به تعیین نرخهای بهره‌ای که بر اساس آن‌ها قرض کنندگانشان و دیگر بانکها را شارژ می‌کردند نمودند. استاندارد طلا تقریباً نیازمند تعدیل و تسویه نرخهای بهره به‌طور
تقریباً نیازمند تعدیل و تسویه نرخهای بهره به‌طور ماهیانه می‌باشد.
زمانی که دو یا بیش از دو پروتئین در نتیجه نیروهای الکترواستاتیک یا رویدادهای شیمیایی در تماس فیزیکی با یکدیگر قرار می‌گیرند، برهم‌کنش پروتئین–پروتئین یا تعامل پروتئین–پروتئین رخ می‌دهد. این گونه تعاملات غالباً عملکردهای زیستی را رقم می‌زنند. بسیاری از فرایندهای مولکولی مهم در سلول مانند تکثیر DNA و حتی سوخت و ساز خود پروتئین‌ها توسط کمپلکس‌های بزرگ مولکولی انجام می‌شوند که این کمپلکسها از تعداد زیادی پروتئین‌های سازمان‌دهی شده که در تعامل با یکدیگر هستند ساخته شده‌اند. ناگفته پیداست که اغتشاش در شبکه
ساخته شده‌اند. ناگفته پیداست که اغتشاش در شبکه اندرکنش پروتئین‌ها می‌تواند منشأ اختلال‌ها زیستی و بیماری‌های مختلف نظیر آلزایمر و سرطان باشد. فعل و انفعالات پروتئینها از دیدگاه زیست‌شیمی، شیمی کوانتوم، دینامیک مولکولی و انتقال پیامها مورد مطالعه قرار گرفته‌اند. با استفاده از مجموع این داده‌ها می‌توان شبکه‌های اندرکنش پروتئین‌ها را ایجاد و خصوصیات آن‌ها را از دیدگاه‌های مختلف مورد بررسی قرار داد در واقع، تعامل بین پروتئین‌ها در هستهٔ تمام دستگاه میان‌اتمی هر سلول موجود زنده وجود دارد. این تعاملات اخیراً در
سلول موجود زنده وجود دارد. این تعاملات اخیراً در فناوری نانو زیست مورد مطالعه قرار گرفته‌است. تعاملات بین پروتئین‌ها برای اکثر عملکردهای زیست شناختی مهم هستند. به عنوان مثال، سیگنال‌های سطح خارجی یک سلول توسط تعامل پروتئینی بین مولکولهای سیگنالی به داخل سلول هدایت می‌شوند. این فرایندرا انتقال سیگنال می‌نامند که نقش اساسی در بسیاری از فرایندهای بیولوژیکی و در بسیاری از بیمارها (به عنوان مثال سرطان) بازی می‌کند. پروتئین‌ها ممکن است برای مدت طولانی به شکل بخشی از یک کمپلکس پروتئینی در تعامل باشند. یک پروتئین
از یک کمپلکس پروتئینی در تعامل باشند. یک پروتئین ممکن است در حال حمل یکی دیگر از پروتئین هاباشد. (برای مثال، از سیتوپلاسم به هسته یا بالعکسبه وسیله ایمپورتین منافذ هسته‌ای)، یا به‌طور خلاصه یک پروتئین ممکن است با یک پروتئین دیگر تعامل داشته باشد فقط برای اینکه آن را تغییر دهد (برای مثال، پروتئین کیناز یک فسفات را به پروتئین هدف اضافه می‌کند). این تغییر خود به خودی پروتئین می‌تواند تعامل پروتئینها را تغییر دهد. برای مثال، برخی از پروتئین‌ها با دومین SH۲ فقط زمانی به پروتئین‌های دیگرمتصل می‌شوند که در آن‌ها
زمانی به پروتئین‌های دیگرمتصل می‌شوند که در آن‌ها اسید آمینه تیروزین فسفریله شده باشد یا اینکه اسید آمینه لایزین در برومودومین استیله شده باشد. در نتیجه، تعامل پروتئین-پروتئین برای هر فرایندی در سلول زنده از اهمیت مهمی برخوردار هستند. اطلاعات در مورد این تعاملات درک ما را از بیماری‌ها بهبود می‌بخشند و و می‌توانند پایه و اساس روش‌های جدید درمانی را فراهم کنند. روش‌های بررسی تعامل پروتئین-پروتئین. تعاملات پروتئینها آنقدر مهم هستند که روش‌های بسیاری برای تشخیص آن‌ها وجود دارد. هر روش می‌توان با توجه به حساسیت
آن‌ها وجود دارد. هر روش می‌توان با توجه به حساسیت و ویژگی‌هایی خود دارای نقاط ضعف و قوت می‌باشد. حساسیت بالا بدان معنی است که بسیاری از واکنش‌ها که در واقعیت رخ می‌دهد با screen تشخیص داده شود. ویژگی بالا نشان می‌دهد که بسیاری از فعل و انفعالات تشخیص داده شده توسط screen نیز در واقعیت رخ می‌دهد. روش‌هایی از قبیل مخمر دو هیبرید غربالگری برای تشخیص تعامل پروتئین‌ها می‌توانند مورد استفاده قرارگیرند. همچنین بسیاری از روشهای زیست‌فیزیکی برای بررسی ماهیت و خواص تعاملات موجود هستند. از لحاظ تئوری غالباً از نظریه
موجود هستند. از لحاظ تئوری غالباً از نظریه گراف برای مدل کردن تعامل داده‌های بزرگ تجربی استفاده می‌کنند. نمایش شبکه. تجسم شبکه تعامل پروتئین‌ها یک برنامه محبوب از تکنیک‌های تجسم علمی است. اگر چه نمودار تعامل پروتئین‌ها در کتاب‌های درسی شایع هستند، اما نمودار شبکه تعامل پروتئین تمام سلول‌ها به دلیل پیچیده بودن فرایند تولیدشان زیاد استفاده نمی‌شوند. یک نمونه ازتولید دستی نقشه تعاملات مولکولی در سال ۱۹۹۹ توسط کورت کوهن کشیده شد. در سال ۲۰۰۰ SchwikowskUetz و Fields مقاله‌ای درتعامل پروتئین - پروتئین در مخمر
Fields مقاله‌ای درتعامل پروتئین - پروتئین در مخمر منتشر کردند و تعامل ۱۵۴۸ پروتئین توسط آزمون‌های دو هیبریدی را تعیین کردند. آن‌ها از یک (Sugiyama) گراف جهت دار برای تولید خودکار تصویری از شبکه استفاده کردند. مجموعه‌ای از پایگاه داده‌ها. روش‌های شناسایی تعامل پروتئین‌ها صدها هزار تعامل را تعریف کرده‌اند. این تعاملات در پایگاه‌های تخصصی بیولوژیکی جمع شده‌اند که امکان مطالعه بیشتر و مونتاژ تعاملات را فراهم می‌کند. اولین پایگاه داده تعامل پروتئینی DIPبود. از آن زمان پایگاه داده‌های بیشتری از تعامل پروتئین‌ها
زمان پایگاه داده‌های بیشتری از تعامل پروتئین‌ها ایجاد شده‌است. از جمله BioGRID, String. منابع. Wikipedia contributors, "Protein–protein interaction," Wikipedia, The Free Encyclopedia, http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein–protein_interaction&amp;oldid=436677579 (accessed June 28, 2011).
جهش پذیرفته نقطه‌ای (Point accepted mutation یا PAM یا Percent Accepted Mutation) یک مجموعه از ماتریسها برای نمره‌دهی به هم‌ترازی توالی‌ها است. مارگارت دی‌هاف ماتریس PAM را در سال ۱۹۷۸ بر مبنای ۱۵۷۲ جهش مشاهده شده در ۷۱ خانواده باپروتئن‌های بسیار مرتبط معرفی کرد. هر ماتریس در سطرها و ستون‌های خود ۲۰ آمینو اسید دارد و هر درایه از ماتریس احتمال جایگزینی یک آمینو اسید با دیگری را مشخص می‌کند. این نوع ماتریس‌ها را به طور کلی ماتریس‌های جایگزینی می‌نامند. این ماتریس در بیوانفورماتیک برای به دست آوردن ماتریس
ماتریس در بیوانفورماتیک برای به دست آوردن ماتریس نمره‌دهی جهت ارزیابی شباهت دو دنباله به کار می‌رود. برای مثال احتمال ۱۸ درصدی جایگزینی آرژنین با لیسین در این ماتریس امتیاز ۳ را به همراه خواهد داشت. در محاسبات فرکانس ظهور آمینو اسیدها و مقادیر احتمالات از روی دنباله‌های شناخته شده به دست می‌آید. ماتریس‌های PAM مفهوم مدل زنجیره مارکوف در جهش پروتئین را تداعی می‌کنند. ماتریس‌های PAM عادی‌سازی شده‌اند، برای مثال ماتریس PAM۱ احتمال جایگزینی‌هایی را نشان می‌دهد که یک جهش نقطه در هر ۱۰۰ آمینو اسید را تجربه
که یک جهش نقطه در هر ۱۰۰ آمینو اسید را تجربه کرده‌اند. جهش‌ها ممکن است هم‌پوشانی داشته باشند، در ماتریس PAM۲۵۰ باید در هر ۱۰۰ آمینو اسید ۲۵۰ جهش دیده شود اما تاکنون ۸۰ جهش مؤثر دیده شده‌است. پیش زمینه زیستی. دستورات ژنتیکی هر سلول خود تکثیر شونده درون یک اندامگان زنده درون دی ان ای آن قرار دارند. در طول حیات سلول، این اطلاعات توسط مکانیسم های سلولی رونوشت میشوند تا پروتئین تولید شود و یا دستورات لازم برای سلول های دختر در هنگام تقسیم سلولی فراهم شود و در هنگام انجام این فرایند ها ممکن است دی ان ای تغییر
هنگام انجام این فرایند ها ممکن است دی ان ای تغییر کند. به این تغییر جهش گفته میشود. در سطح سلولی، ساز و کار هایی نظارتی وجود دارد که اکثر - نه همه - این تغییر ها را قبل از تکثیر دی ان ای اصلاح می کند. یکی از جهش هایی که ممکن است در جایگزینی یک نوکلئوتید رخ دهد، جهش نقطه ای است. اگر یک جهش نقطه ای درون یک ناحیه بیان شده از ژن یا اگزون رخ دهد، رمز ژنتیکی مشخص کننده یک آمینو اسید خاص درون پروتئین تولید شده از روی ژن را تغییر خواهد داد. با وجود افزونگی های رمز ژنتیکی، این امکان وجود دارد که این جهش آمینو اسید
ژنتیکی، این امکان وجود دارد که این جهش آمینو اسید های تولید شده در زمان ترجمه را تغییر دهد و در نتیجه ساختار پروتئین تغییر کند. عملکرد یک پروتئین به شدت به ساختار آن وابسته است. تغییر تنها یک آمینو اسید درون پروتئین می تواند کارآمدی آن را کاهش دهد و یا حتی جهش می تواند عملکرد پروتئین را تغییر دهد. اینگونه تغییرات میتوانند شدیدا میتوانند عملکرد های حیاتی سلول را تحت تاثیر قرار دهند به صورتی که پروتئین باعث میشود سلول، و در شرایط شدید تر کل اندامگان بمیرند. در مقابل، تغییر ممکن است به سلول اجازه دهد که
در مقابل، تغییر ممکن است به سلول اجازه دهد که عملکرد خود را هرچند متفاوت ادامه دهد و جهش می تواند به فرزند آن اندامگان انتقال یابد. این احتمال وجود دارد که جهش درون جمعیت باقی بماند. همچنین این احتمال وجود دارد که این تغییرات در عملکرد ها مفید و سودمند باشند. در همه کدام از این حالت ها، در صورت شرکت در فرآیند انتخاب طبیعی، جهش های نقطه ای با موفقیت وارد خزانه ژنتیکی میشوند. ۲۰ نوع مختلف آمینو اسید که به وسیله کد ژنتیکی ترجمه میشوند تفاوت زیادی در ویژگی های فیزیکی و شیمیایی زنجیره کناری خود دارند. البته این
و شیمیایی زنجیره کناری خود دارند. البته این آمینو اسید ها میتوانند در گروه هایی با ویژگی های فیزیکی-شیمیایی مشابه گروه بندی شوند. احتمال اینکه جایگزینی یک آمینو اسید با آمینو اسید دیگری از گروه خودش تاثیرات مشابهی روی ساختار و عملکرد یک پروتئین داشته باشد بیشتر از وقتی است که آن آمینو اسید با آمینو اسیدی از گروه دیگر جایگزین شود. در نتیجه پذیرش یک تغییر به عنوان جهش نقطه ای به شدت وابسته به آمینو اسید جایگزین کننده و آمینو اسید جایگزین شونده است. ماتریس های جهش پذیرفته نقطه ای (PAM) یک ابزار ریاضی برای
های جهش پذیرفته نقطه ای (PAM) یک ابزار ریاضی برای محاسبه نرخ های متغیر پذیرش در هنگام سنجیدن شباهت پروتئین ها هنگام هم ترازی هستند. واژه شناسی. در ابتدا عبارت جهش نقطه ای پذیرفته (به انگلیسی: "accepted point mutation") برای توضیح پدیده جهش استفاده میشد. ولی عبارت مخفف PAM به دلیل خوانایی بیشتر به APM ترجیح داده شد بنابراین عبارت متناظر با آن یعنی جهش پذیرفته نقطه ای (به انگلیسی: "point accepted mutation) معمولا استفاده میشود. به دلیل اینکه مقدار" formula_1 در ماتریس formula_2 بیانگر تعداد جهش ها در هر ۱۰۰
در ماتریس formula_2 بیانگر تعداد جهش ها در هر ۱۰۰ آمینو اسید است که می تواند با درصد عنوان شود، گاهی اوقات از عبارت درصد جهش پذیرفته استفاده میشود. مهم است که بین جهش های پذیرفته نقطه ای (PAMs)، ماتریسهای جهش پذیرفته نقطه ای (PAM matrices) و ماتریس formula_2 تمایز قائل شویم. عبارت 'جهش پذیرفته نقطه ای' به خود رویداد جهش اشاره می کند. اما عبارت 'ماتریسهای جهش پذیرفته نقطه ای' به یکی از ماتریس های خانواده ای از ماتریس ها اشاره می کند که حاوی امتیاز هایی هستند که نشان میدهد تا چه اندازه محتمل است که دو آمینو
که نشان میدهد تا چه اندازه محتمل است که دو آمینو اسید طی یک توالی از رویداد های جهش با یکدیگر هم تراز شوند. ماتریس formula_2 در واقع یک ماتریس جهش پذیرفته نقطه ای است که مربوط به بازه ای از زمان است که به اندازه کافی طولانی باشد تا formula_1 جهش بتواند به ازای ۱۰۰ آمینو اسید رخ دهد. ساخت ماتریس های PAM. ماتریس های جهش پذیرفته نقطه ای (PAM) توسط مارگارت دایهوف در سال ۱۹۸۷ میلادی معرفی شدند. شیوه محاسبه این ماتریس ها بر اساس مشاهده ۱۵۷۲ جهش در درخت تبارزایی ۷۱ خانواده پروتئین های بسیار مرتبط با یکدیگر بود.
۷۱ خانواده پروتئین های بسیار مرتبط با یکدیگر بود. پروتئین های مورد مطالعه بر اساس داشتن شباهت زیاد با اجدادشان انتخاب شدند. چینش رشته پروتئین های انتخاب شده باید حداقل ۸۵٪ شباهت می داشتند."" در نتیجه معقول است که فرض کنیم که هرگونه عدم تطابق در چینش رشته پروتئین ها نتیجه یک رویداد جهش است و نه چند جهش در همان جایگاه در رشته پروتئین. هر ماتریس PAM شامل ۲۰ سطر و ۲۰ ستون است که هر کدام از آنها نشان دهنده یکی از ۲۰ آمینو اسید ترجمه شده از رمز ژنتیکی هستند. مقدار هر سلول این ماتریس مربوط به احتمال هم تراز شدن
هر سلول این ماتریس مربوط به احتمال هم تراز شدن آمینو اسید مربوط به آن سطر قبل از جهش با آمینو اسید مربوط به آن ستون بعد از جهش است."" بر اساس این تعریف، ماتریس های PAM نوعی ماتریس جایگزینی اند. کاربرد ها. شناخت جهش پذیرفته تک نقطه ای و ماتریس های مرتبط به آن و همچنین شناخت ویژگی های این ماتریس ها کاربرد های بسیار وسیعی دارد. یکی از این کاربرد ها شناخت علل به وجود آمدن بسیاری از بیماری های مرتبط با دی ان ای و تغییر ژن ها است. امروزه به کمک این موارد، میدانیم که جهش در تنها یک عضو از پروتئین می تواند به
که جهش در تنها یک عضو از پروتئین می تواند به تعداد زیادی از شرایط آسیب شناسی اجتماعی مرتبط باشد. به عنوان مثال آلزایمر، پارکینسون و بیماری کروتزفلد جاکوب. کیفیت و کمیت زیاد اطلاعات کنونی موجود در مورد چندریختی تک-نوکلئوتید ها به نرم افزار های یادگیری ماشین اجازه میدهد تا به وجود آمدن بیماری های انسانی به واسطه جهش پذیرفته تک نقطه ای را از قبل پیش بینی کنیم. نمونه های دیگر این کاربر در شناخت بیماری منکس، بیماری گوشه،‌ بیماری های عروقی، کم‌خونی داسی‌ شکل و بسیاری دیگر از بیماری ها قابل مشاهده است.
یک شبه گره یا pseudoknot یک ساختار دوم اسید نوکلئیک با حداقل دو حلقه دنباله یا stem loop است که در آن بخشی ار یک دنباله (stem) در میان دو بخش از دیگری قرار گرفته‌است. شبه گره اولین بار در سال ۱۹۸۲ در ویروس موزاییک زرد شلغم (turnip yellow mosaic virus) شناسایی شد. شبه گره‌ها به صورت ترکیب سه بعدی گره تا می‌شوند ولی گره های هندسی واقعی نیستند. پیش بینی و معرفی. ترکیب ساختاری شبه گره به خاطر حساسیت متن و طبیعت پیچیده با محاسبات بیولوژیکی قابل تشخیص نیست. بازهای جفت شده در شبه گره‌ها تودرتو نیستند، بلکه بازهای