payamvha/North_RAG huggingface dataset:
اشاره کند در جاییکه یک کسر از توالی‌های مقایسه شده (فرض شده) نسل را تقسیم می‌کنددر حالی که بقیه این جنین نیستند. برای مثال هم‌ساختاری جزئی ممکن است از رویداد هم جوشی ژن نتیجه شود. بسیاری الگوریتم‌ها برای دسته‌بندی توالی‌های پروتئین وجود دارند. برای توالی خانواده‌هایی که مجموعه‌ای از توالی‌های هم ساختاری متقابل (دو به دو ناسازگار) هستند. (دسته‌بندی توالی‌ها وصف بندی توالی‌ها را ببینید) بعضی پایگاه‌های دادهٔ زیست‌شناسی مخصوص توالی‌های هم ساختار را در ژنوم حیوانات جمع‌آوری می‌کنند. دنباله‌های هم ساختاری دو
جمع‌آوری می‌کنند. دنباله‌های هم ساختاری دو نوع اند: orthologous,paralogous ارتاساختی. دنباله‌های هم ساختاری اَرتاساخت orthologous هستند اگر به وسیله اتفاقات خاص از هم جدا شده باشند. هنگامی که یک نمونه به دو نمونه جدا واگرا می‌شود کپی‌های واگرا از یک ژن مقرد در نتیجه گونه‌هایی هستند که اَرتاساخت (اُرتولوگوس) نامیده می‌شوند. ژن‌های ارتاساخت ژن‌هایی هستند که در نمونه‌های متفاوتند که شبیه به یکدیگر هستند زیرا آن‌ها به وسیلهٔ نسبت رأسی (نژادهای عمودی) از ژن مقردی از آخرین جد مشترک منشأ می‌گیرند. واژه ortholog
از آخرین جد مشترک منشأ می‌گیرند. واژه ortholog در سال ۱۹۷۰ به وسیلهٔ والترفیچ (walter fitch) ابداع شد. محکم‌ترین دلیل برای اینکه دو ژن مشابه ارتاساخت هستند نتیجهٔ یک تحلیل وابسته به تکامل نژادی اصل و نسب ژن است. ژن‌هایی که درون یک دسته (clade) یافت می‌شوند ارتاساخت هستند و ناشی از یک جد مشترک‌اند. ارتاساخت‌ها اغلب امّا نه همیشه دارای همان عملکردند (دارای عملکرد یکسان اند). توالی‌های ارتاساخت اطلاعات مفیدی در مورد طبقه‌بندی آرایه‌ای و مطالعات چند ژنی (پلی ژنتیک) ارگانیسم‌ها تهیه می‌کند. الگوی واگرایی ژنتیکی
ارگانیسم‌ها تهیه می‌کند. الگوی واگرایی ژنتیکی می‌تواند برای ردیابی وابستگی ارگانیسم‌ها استفاده می‌شود. دو ارگانیسم به‌طور نزدیکی بهم وابسته‌اند احتمالاً توالی‌های DNAهای خیلی شبیه به هم را بین دو اُرتولوگ نمایش می‌دهند. برعکس یک ارگانیسم که به صورت تکاملی بیش تر از ارگانیسم دیگر حذف شده است شبیه نمایش یک واگرایی بزرگتر در توالی ارتاساخت‌های مطالعه شده است. بعضی پایگاه‌های دادهٔ مخصوص شدهٔ دیگر، ابزارهایی برای معرفی و جمع‌آوری توالی‌های ارتاساخت فراهم می‌کنند. این منابع (پایگاه‌های داده) در ارتباط‌هایی بکار
این منابع (پایگاه‌های داده) در ارتباط‌هایی بکار می‌روند که می‌توانند به‌طور کلی به آن‌هایی که بر اساس مقایسه توالی‌های دو به دو است و آن‌هایی که در متدهای (روش‌های) فیلوژنتیک استفاده می‌شوند دسته‌بندی شوند. روش‌های مقایسهٔ توالی‌ها، اولین بار بوسیلهٔ COGS پیشگام شد، هم‌اکنون نیز توسعه پیدا کرده و به‌طور اتوماتیک وار به وسیلهٔ پایگاه اطلاعاتی eggnog زیاد شده است. در پارانوئید مرکز توجه روی ارتباط دو به ودی ارتولوگ هاست. Ortho DB درک می‌کند که مفهوم ارتاساختی وابسته به نکات مخصوص متفاوتی هست البته به وسیلهٔ
وابسته به نکات مخصوص متفاوتی هست البته به وسیلهٔ تهیه یک سلسله مراتب از ارتاساخت در طول انواع درخت (توضیح اضافه: منظور درخت فیلوژنی یا درخت تبار زایشی است). پراساختی. دنباله‌های هم ساختار پَراساخت paralogous هستند اگر آن‌ها بوسیلهٔ وقایع نسخه برداری ژن‌ها جدا شده باشند: اگر یک ژن در یک ارگانیسم برای اینکه دو موقعیت متفاوت را در ژنوم یکسان اشغال کند رونویسی می‌شود، سپس این دو کپی را پَراساخت گویند. یکسری از توالی‌هایی که پراساخت هستند پراساخت همدیگر نامیده می‌شوند. پراساخت‌ها هم به‌طور نمونه عملکردهای شبیه
پراساخت‌ها هم به‌طور نمونه عملکردهای شبیه هم یا یکسانی دارند، امّا گاهی اوقات نیز ندارند؛ به وسیلهٔ فقدان فشار انتخاب طبیعی روی یک کپی از ژن رونویسی شده، این کپی از هر گونه جهش و بدست آوردن عملکردهای جدید محفوظ می‌ماند. توالی‌های پراساخت دید مفیدی از راه استخراج ژنوم تهیه می‌کند. ژن‌های کدکنندهٔ میوگلوبین و هموگلوبین به عنوان پارالوگ‌های قدیمی در نظر گرفته می‌شوند. سادگی:۴ کلاس (دسته) شناخته شده هموگلوبین (هموگلوبینA، هموگلوبین A_۲، هموگلوبینB، هموگلوبینF) پراساخت همدیگرند، وقتی که هر کدام از این
پراساخت همدیگرند، وقتی که هر کدام از این پروتئین‌ها عملکرد مشابه اساسی انتقال اکسیژن را سرویس دهی می‌کنند. آن‌ها تقریباً به آرامی در عملکرد از هم واگرائیدند: هموگلوبین جنینی (هموگلوبینF) پیوستگی بالاتری برای اکسیژن از هموگلوبین بالغین دارد. عملکرد، همیشه از صدمات محافظت نشده است. اگر چه آنژیوژنین (angiogenin) انسانی، از ریبونوکلئاز انشعاب یافته (واگرائیده)، برای مثال: در حالیکه ۲ پراساخت در ساختمان سوم خود بسیار شبیه بهم باقی مانده‌اند، عملکردشان در داخل سلول هم‌اکنون کاملاً متفاوت است. ژن‌های پراساخت اغلب
هم‌اکنون کاملاً متفاوت است. ژن‌های پراساخت اغلب به گونه‌های مشابهی تعلق دارند، امّا مشابه بودن هم همیشه ضرورت ندارد: برای مثال، ژن‌های هموگلوبین انسان‌ها و ژن میوگلوبین شامپانزه‌ها پارالوگ هستند. این یک اشکال رایج در بیوانفورماتیک است: وقتی که ژنوم گونه‌های متفاوت توالی یابی شدند و ژن‌های هم ساختار پیدا شدند، یک چیزی که نتوانست سرعت استنتاج (نتیجه‌گیری) شود این بود که این ژن‌ها عملکرد یکسان یا مشابه دارند، به‌طوری که آن‌ها می‌توانند پراساخت‌هایی باشند که عملکردشان واگرا شده باشد. Ohnology. ژن‌های ohnology،
واگرا شده باشد. Ohnology. ژن‌های ohnology، ژن‌های پارالوگ هستند که به وسیلهٔ فرایند رونویسی کل ژنوم (WGD) منشأ گرفتند. Ohnology برای آنالیزهای تکاملی ذی‌نفع می‌شوند چون همشان برای طول مدت زمان‌های مشابه از منشأهای مشترک واگرا می‌شوند. Xenology. هم ساختارها از ژن‌های افقی که بین دو ارگانیسم منتقل می‌شوند نتیجه می‌شوند که بنام اصطلاح xenology نامیده می‌شوند. Xenologyها می‌توانند عملکردهای مختلف داشته باشند، اگر محیط جدید به‌طور گسترده‌ای برای ژن‌های جابجا شده افقی متفاوت باشد. به‌طورعموم، اگر چه، xenologyها
افقی متفاوت باشد. به‌طورعموم، اگر چه، xenologyها به‌طور نمونه عملکردهای مشابه در هر دو ارگانیسم دارند. Gametology. گامتولوژی رابطهٔ بین ژن‌های هم‌ساختار روی کروموزوم‌های نو ترکیب نشده جنس مخالف مشخص می‌کند. Gametologyها از منشأهای ژنتیکی تعیین جنسیت نتیجه می‌شوند و مانع نو ترکیبی بین کروموزوم‌های جنسی است. مثال‌های گامتولوگ‌ها (Gametologs) در پرندگان شامل CHDWوCHDZ منابع. ^ a b c Scotland, R. W. (2010). "Deep homology: A view from systematics". BioEssays: news and reviews in molecular, cellular and
news and reviews in molecular, cellular and developmental biology 32 (5): NA–ME. doi:10.۱۰۰۲/bies.200900175. PMID 20394064. edit ^ Cf. Butler, A. B. : Homology and Homoplasty. In: Squire, Larry R. (Ed.): Encyclopedia of Neuroscience, Academic Press, 2009, pp. ۱۱۹۵–۱۱۹۹. ^ Sattler R (1984). "Homology — a continuing challenge". Systematic Botany 9 (4): ۳۸۲–۹۴. doi:10.۲۳۰۷/۲۴۱۸۷۸۷. http://jstor.org/stable/2418787. ^ Sattler, R. (۱۹۹۴). "Homology, homeosis, and process morphology in plants". In Hall, Brian
and process morphology in plants". In Hall, Brian Keith. Homology: the hierarchical basis of comparative biology. Academic Press. pp. 423–75. . ^ Brusca, R.C. &amp; Brusca, G.J. 1990. Invertebrates. Sinauer Associates, Sunderland. : [i]-xviii, 1-922. , P. ۶۶۹ ^ HOVERGEN: Homologous Vertebrate Genes Database Duret L, Mouchiroud D, Gouy M (ژوئن ۱۹۹۴). "HOVERGEN: a database of homologous vertebrate genes". Nucleic Acids Res. ۲2 (12): ۲۳۶۰–۵. doi:10.۱۰۹۳/nar/22.12.2360. PMC 523695. PMID 8036164.
PMC 523695. PMID 8036164. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&amp;pmid=8036164. ^ HOMOLENS: Homologous Sequences in Ensembl Animal Genomes Penel S, Arigon AM, Dufayard JF, et al. (2009). "Databases of homologous gene families for comparative genomics". BMC Bioinformatics 10 (Suppl 6): S3. doi:10.1186/1471-2105-10-S6-S3. PMC 2697650. PMID 19534752. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10%20Suppl%206/S3. ^ HOGENOM: Database of Complete Genome Homologous Genes Families ^ Koonin EV (2005).
Homologous Genes Families ^ Koonin EV (2005). "Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics". Annu. Rev. Genet. 39: 309–38. doi:10.1146/annurev.genet.39.073003.114725. PMID 16285863. http://arjournals.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev.genet.39.073003.114725?url_ver=Z39.88-2003&amp;rfr_id=ori:rid:crossref.org&amp;rfr_dat=cr_pub=ncbi.nlm.nih.gov. ^ Fitch W. (1970). "Distinguishing homologous from analogous proteins.". Syst Zool 19 (2): 99–113. PMID 5449325.
Syst Zool 19 (2): 99–113. PMID 5449325. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=5449325. ^ A Falciatore, L Merendino, F Barneche, M Ceol, R Meskauskiene, K Apel, JD Rochaix (2005). The FLP proteins act as regulators of chlorophyll synthesis in response to light and plastid signals in Chlamydomonas. Genes &amp; Dev, 19:176-187 [1] ^ Fang G, Bhardwaj N, Robilotto R, Gerstein MB. (2010). "Getting started in gene orthology and functional analysis.". PLoS Comput Biol. 6. doi:10.1371/journal.pcbi.1000703. PMID
Biol. 6. doi:10.1371/journal.pcbi.1000703. PMID 20361041. http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000703. ^ COGs: Clusters of Orthologous Groups of proteins Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ (اکتبر ۱۹۹۷). "A genomic perspective on protein families". Science 278 (5338): 631–7. doi:10.1126/science.278.5338.631. PMID 9381173. http://www.sciencemag.org/content/278/5338/631.long. ^ eggNOG: evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups Muller J, Szklarczyk D, Julien
Orthologous Groups Muller J, Szklarczyk D, Julien P, Letunic I, Roth A, Kuhn M, Powell S, von Mering C, Doerks T, Jensen LJ, Bork P (ژانویه ۲۰۱۰). "eggNOG v2.0: extending the evolutionary genealogy of genes with enhanced non-supervised orthologous groups, species and functional annotations". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D190-5. doi:10.1093/nar/gkp951. PMID 19900971. http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_1/D190.long. ^ Inparanoid: Eukaryotic Ortholog Groups Ostlund G, Schmitt T, Forslund
Ortholog Groups Ostlund G, Schmitt T, Forslund K, Köstler T, Messina DN, Roopra S, Frings O, Sonnhammer EL (ژانویه ۲۰۱۰). "InParanoid 7: new algorithms and tools for eukaryotic orthology analysis". Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D196-203. doi:10.1093/nar/gkp931. PMID 19892828. http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_1/D196.long. ^ OrthoMCL: Identification of Ortholog Groups for Eukaryotic Genomes Chen F, Mackey AJ, Stoeckert CJ, Roos DS (ژانویه ۲۰۰۶). "OrthoMCL-DB: querying a comprehensive
۲۰۰۶). "OrthoMCL-DB: querying a comprehensive multi-species collection of ortholog groups". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D363–8. doi:10.1093/nar/gkj123. PMC 1347485. PMID 16381887. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&amp;pmid=16381887. ^ OrthoMaM Ranwez V, Delsuc F, Ranwez S, Belkhir K, Tilak MK, Douzery EJ (2007). "OrthoMaM: a database of orthologous genomic markers for placental mammal phylogenetics". BMC Evol. Biol. 7: 241. doi:10.1186/1471-2148-7-241. PMC 2249597. PMID
doi:10.1186/1471-2148-7-241. PMC 2249597. PMID 18053139. http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/241. ^ OrthologID Chiu JC, Lee EK, Egan MG, Sarkar IN, Coruzzi GM, DeSalle R (مارس ۲۰۰۶). "OrthologID: automation of genome-scale ortholog identification within a parsimony framework". Bioinformatics 22 (6): 699–707. doi:10.1093/bioinformatics/btk040. PMID 16410324. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&amp;pmid=16410324. ^ GreenPhylDB Conte MG, Gaillard S, Lanau N, Rouard M, Périn
Conte MG, Gaillard S, Lanau N, Rouard M, Périn C (ژانویه ۲۰۰۸). "GreenPhylDB: a database for plant comparative genomics". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D991–8. doi:10.1093/nar/gkm934. PMC 2238940. PMID 17986457. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&amp;pmid=17986457. ^ TreeFam: Tree families database Ruan J, Li H, Chen Z, Coghlan A, Coin LJ, Guo Y, Hériché JK, Hu Y, Kristiansen K, Li R, Liu T, Moses A, Qin J, Vang S, Vilella AJ, Ureta-Vidal A, Bolund L, Wang J, Durbin R (ژانویه
Ureta-Vidal A, Bolund L, Wang J, Durbin R (ژانویه ۲۰۰۸). "TreeFam: 2008 Update". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D283-8. doi:10.1093/nar/gkm1005. PMID 18056084. http://nar.oxfordjournals.org/content/36/suppl_1/D735.long. ^ TreeFam: Tree families database van der Heijden RT, Snel B, van Noort V, Huynen MA (مارس ۲۰۰۷). "Orthology prediction at scalable resolution by phylogenetic tree analysis". BMC Bioinformatics 8 (Database issue): 83. doi:10.1186/1471-2105-8-83. PMC 1838432. PMID 17346331.
PMC 1838432. PMID 17346331. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/8/83. ^ Fulton, DL; Li, YY, Laird, MR, Horsman, BG, Roche, FM, Brinkman, FS (2006-05-28). "Improving the specificity of high-throughput ortholog prediction.". BMC bioinformatics 7: 270. doi:10.1186/1471-2105-7-270. PMC 1524997. PMID 16729895. ^ Vilella, AJ; Severin, J, Ureta-Vidal, A, Heng, L, Durbin, R, Birney, E (2009 Feb). "EnsemblCompara GeneTrees: Complete, duplication-aware phylogenetic trees in vertebrates.". Genome research 19 (2):
trees in vertebrates.". Genome research 19 (2): 327–35. doi:10.1101/gr.073585.107. PMID 19029536. ^ Sayers, EW; Barrett, T, Benson, DA, Bolton, E, Bryant, SH, Canese, K, Chetvernin, V, Church, DM, DiCuccio, M, Federhen, S, Feolo, M, Fingerman, IM, Geer, LY, Helmberg, W, Kapustin, Y, Landsman, D, Lipman, DJ, Lu, Z, Madden, TL, Madej, T, Maglott, DR, Marchler-Bauer, A, Miller, V, Mizrachi, I, Ostell, J, Panchenko, A, Phan, L, Pruitt, KD, Schuler, GD, Sequeira, E, Sherry, ST, Shumway, M, Sirotkin, K, Slotta,
E, Sherry, ST, Shumway, M, Sirotkin, K, Slotta, D, Souvorov, A, Starchenko, G, Tatusova, TA, Wagner, L, Wang, Y, Wilbur, WJ, Yaschenko, E, Ye, J (2011 Jan). "Database resources of the National Center for Biotechnology Information.". Nucleic acids research 39 (Database issue): D38-51. doi:10.1093/nar/gkq1172. PMC 3013733. PMID 21097890. ^ Wolfe K (مه ۲۰۰۰). "Robustness—it's not where you think it is". Nat. Genet. 25 (1): 3–4. doi:10.1038/75560. PMID 10802639.
25 (1): 3–4. doi:10.1038/75560. PMID 10802639. http://www.nature.com/ng/journal/v25/n1/full/ng0500_3.html. ^ NCBI Phylogenetics Factsheet
محمد بهاری از علماء و عرفای معاصر شیعه است. زندگی. محمّد بهاری همدانی فرزند میرزا محمد در سال ۱۲۶۵ قمری (۱۲۲۸ خورشیدی) در شهر بهار چشم به جهان گشود. میرزا محمّد بهاری دارای ۳ پسر به نام‌های: صادق، فرّخ و محمّدحسین و یک دختر به نام خانم بود. میرزا محمّد کاسب بود و وضعیت مالی نسبتاً خوبی داشت. از قراین و شواهد پیداست که او از راه خرید و فروش و کشاورزی، امرار معاش می‌کرد. محمد در ۳۲ سالگی با اخذ درجهٔ اجتهاد به نجف عازم شد. وی در نجف از همراهان ملا حسینقلی همدانی گردید و تا پایان حیات حسینقلی همراه وی بود.
گردید و تا پایان حیات حسینقلی همراه وی بود. محمد در اواخر عمر به زادگاهش بهار برگشت و در سال ۱۳۲۵ قمری (۱۲۸۶ خورشیدی) درگذشت. آثار. از مکتوبات محمد بهاری: "سالهاست که بر من بینوا صبحی گذشت و شامی؛ از کوی آن دلبر با وفا نه قاصدی نه پیامی، نه نامه ای نه سلامی! ندانم به این قالب بی روح صبر ایّوب داده شده یا عمر نوح وعده شده! به بیداری انتظار می‌کشم خبری نمی‌شنوم می‌خوابم اثری نمی‌بینم هر طرف می‌روم به جایی نمی‌رسم از هر که می‌پرسم نشانی نمی‌یابم… از آن طرف هم آتش نمرودی هجران ءانا فانا در ازدیاد! چه کنم؟!"
آتش نمرودی هجران ءانا فانا در ازدیاد! چه کنم؟!" نمونه‌ای از اشعار. بهاری در کتاب تذکرةالمتقین گفته است: یعنی: خدا در دنیا تو را به من عطا کند. بگذار در روز جزا غلمان (کنایه از نعمات بهشتی) در بهشت التفات خود را از ما مضایقه کند. من چگونه دین و دلم را از تو دریغ کنم؛ در حالی که شیخ صنعان دینش را از یک دختر ترسا دریغ نداشت. بیت ذیل نیز منسوب به اوست: یعنی: ای زاهد مرا فریب مده، در آن دنیا (قیامت) آتشی نخواهد بود؛ (بلکه) کسانی که (در آتش دوزخ) می‌سوزند، آتش را از این‌جا (با خود) می‌برند.
کمپ ژوسیو (به فرانسوی:Campus Universitaire de Jussieu):مجموعه دانشگاهی است واقع در محله لاتین پاریس. درب اصلی این کمپ دانشگاهی در میدانی به همین نام (ژوسیو) واقع شده است. این محل، کمپ اصلی دانشگاه پاریس ۶ است. این مجموعه در سال ۱۹۷۱ افتتاح شد. ساختمان اصلی این کمپ که به عنوان مدیریت از آن استفاده می‌شود ساختمانی ۹۰ متری و ۲۴ طبقه است که ساختمان زامانسکی نام دارد. دسترسی به این کمپ دانشگاهی از طریق ایستگاه ژوسیوی مترو پاریس و خطوط اتوبوس امکان‌پذیر است.
اولگ و ولادیمیر پرسن یاکف نویسنده، نمایش‌نامه‌نویس، فیلم‌نامه‌نویس، کارگردان، تهیه‌کننده و بازیگر هستند. آنها فرزندان یک زوج ایرانی روسی هستند (مادر ایرانی و پدر روسی). اولگ در سال ۱۹۶۹ و ولادیمیر در سال ۱۹۷۴ متولد شد. هر دو برادر فارغ‌التحصیل از دانشگاه M. Gorky Urals State University واقع در یکاترینبرگ در سیبری هستند. اولگ در دانشکده تئوری ادبی و فلسفه تحصیل کرده و ولادیمیر تئوری ادبی و روانشناسی خوانده‌است. این دو با کمک یکدیگر «تئاتر جوانان دانشگاه» را پایه‌گذاری کردند.
گروهی از جانداران را که نیایی مشترک دارند، دارای نیای مشترک یا نسب مشترک یا تبار مشترک نامند. در زیست‌شناسی نوین باور عمومی بر این است که تمام جانداران زنده روی کرهٔ زمین، از نیایی مشترک یا از خزینهٔ ژنی مشترکی سرچشمه گرفته‌اند. نظریهٔ "نسب مشترک همگانی" بر پایهٔ اصول تکاملی نخستین بار توسط چارلز داروین در کتاب "اصل انواع" (۱۸۵۹ میلادی) و بعدتر در کتاب هبوط انسان مطرح شد (۱۸۷۱). امروزه این نظریه به‌طور کلی مورد پذیرش زیست‌شناسان است و باور بر این است که نخستین نیای مشترک همگانی، یعنی نخستین نسب مشترک همهٔ
نیای مشترک همگانی، یعنی نخستین نسب مشترک همهٔ جانداران، حدود ۳٫۹ میلیارد سال پیش پدید آمده است. نظریهٔ وجود نسب مشترک همهٔ جانداران یکی از اصول فرگشت است، گرچه وجود یک اصالت تباری یگانه در مورد اندامگان‌های تک‌یاخته‌ای و ویروسها مورد مناقشه است. شواهد نیای مشترک سراسری. "مقاله اصلی: شواهد نیای مشترک" رمز ژنتیکی و زیست‌شیمی مشترک. تمام اشکال شناخته‌شده حیات بر مبنای یک ساختار بیوشیمیایی بنیادی یکسان هستند: اطلاعات ژنتیکی کدگذاری‌شده در دی‌ان‌ای، رونوشت‌برداری می‌شوند در آران‌ای، از طریق اثرگذاری پروتئین-و
می‌شوند در آران‌ای، از طریق اثرگذاری پروتئین-و آنزیم‌های آران‌ای، سپس به پروتئین‌ها ترجمه می‌شوند از طریق ریبوزوم‌ها (ی به شدت مشابه)، با آدنوزین تری‌فسفاتها (ATP)، نیکوتین‌آمید آدنین دی‌نوکلئوتید فسفات‌ها (NADPH) و دیگر چیزها به عنوان منابع انرژی، و و و. به علاوه، رمزهای ژنتیکی ("جدول ترجمه"‌ای که با بر حسب آن اطلاعات دی‌ان‌ای به پروتئین‌ها ترجمه می‌شوند) تقریباً برای تمام اشکال حیات شناخته شده، از باکتری‌ها و باستانیان گرفته تا حیوانات و گیاهان یکسان است. به‌طور کلی، جهان‌شمولی این رمز، توسط زیست‌شناسان
به‌طور کلی، جهان‌شمولی این رمز، توسط زیست‌شناسان به عنوان مدرک قطعی و معتبر در طرفداری از نظریه نسب مشترک جهانی (به انگلیسی: Universal common descent) به حساب می‌آید. کد ژنتیکی مشترک. کد ژنتیکی («جدول ترجمه» که براساس آن اطلاعات DNA به اسیدهای آمینه و از این رو به پروتئین‌ها ترجمه می‌شوند) تقریباً برای همه شکل‌های زندگی شناخته شده است، از باکتری‌ها و آرکی باکتری‌های مختلف گرفته تا حیوانات و گیاهان، یکسان می‌باشد. جهانی بودن این کد معمولاً توسط زیست شناسان به عنوان شواهد قطعی به سود و طرفداری‌تبار مشترک
به عنوان شواهد قطعی به سود و طرفداری‌تبار مشترک جهانی تلقی می‌شود. شباهت‌های گزینشی خنثی. شباهت‌هایی که هیچ ارتباط انطباقی ندارند را نمی‌توان با تکامل همگرا توضیح داد؛ بنابراین آنها پشتیبانی قانع‌کننده‌ای برای نزول مشترک جهانی ارائه می‌دهند. چنین شواهدی از دو بخش استنباط شده است: توالی‌های اسیدهای آمینه و توالی‌های DNA. پروتئین‌ها با ساختار سه‌بعدی مشابه نیازی به توالی اسید آمینه یکسان ندارند. هر شباهت بی‌ربطی بین توالی‌ها، شواهدی برای‌تبار مشترک محسوب می‌شود. شباهت‌های دیگر. زیست‌شناسان غالباً [به کمیت]
شباهت‌های دیگر. زیست‌شناسان غالباً [به کمیت] جهانی بودن بسیاری از جنبه‌های زندگی سلولی را به عنوان مدرک حمایتی برای شواهد قانع‌کننده‌تر مذکور در بالا ذکر می‌کنند. این شباهت‌ها شامل حامل انرژی آدنوزین تری فسفات (ATP) و این واقعیت است که تمام اسیدهای آمینه موجود در پروتئین‌ها چپ دست هستند. با این وجود، ممکن است که این شباهت‌ها به دلیل قوانین فیزیک و شیمی - نه از طریق نیای مشترک جهانی - باشد و بنابراین سبب تکامل همگرا شود. درختان تبارزایی. شواهد مهم دیگر از درختان تفصیلی فیلوژنتیک (یعنی "درختان تبارشناسی"
درختان تفصیلی فیلوژنتیک (یعنی "درختان تبارشناسی" گونه‌ها) به دست می‌آید که به ترسیم بخش‌های پیشنهادی و اجداد یا نیاکان مشترک همه گونه‌های زنده می‌پردازد. در سال ۲۰۱۰، داگلاس L. تئوبالد تجزیه و تحلیل آماری از داده‌های ژنتیکی موجود را منتشر کرد،[۱] و آنها را به شکل درختان فیلوژنتیک ترسیم نمود، که "پشتیبانی کمّی از قدرت، با یک آزمایش رسمی، برای وحدت زندگی است. اعتراض احتمالی. تجزیه و تحلیل تبارزایی ابرهای تبادل ژن. تووبالد خاطرنشان کرد که انتقال ژن افقی اساسی ممکن است در طول تکامل اولیه رخ دهد. امروزه
اساسی ممکن است در طول تکامل اولیه رخ دهد. امروزه باکتری‌ها توانایی تبادل ژن بین دودمان‌های وابسته به دور را دارند. تکامل همگرا. اگر ارگانیسم‌های اولیه با همان شرایط محیطی هدایت شده‌اند تا بیوشیمی مشابه را به‌طور همگرایی تکامل دهند، ممکن است به‌طور مستقل توالی ژنتیکی مشابهی را به دست آورند. بر این اساس، «آزمون رسمی» توابالد توسط تاکاهیرو یونزاوا و همکاران به دلیل عدم در نظر گرفتن همگرایی مورد نقد و انتقاد قرار گرفت.
انتخاب طبیعی، گزینش طبیعی یا بهگُزینی طبیعی فرایندی است که در نسل‌های پیاپی، سبب شیوع آن دسته از صفات ارثی می‌شود که احتمال زنده ماندن و موفقیت زادوولد یک جاندار را در یک جمعیت افزایش می‌دهند. به بیانی دیگر انتخاب طبیعی فرایندی است که طی آن افراد سازگار با محیط شانس بیشتری برای بقا و تولیدمثل دارند و می‌توانند ژن خود را به نسل بعدی منتقل کنند. در مقابل، افراد ناسازگار با محیط از گونه حذف می‌شوند و نمی‌توانند ژن خود را منتقل کنند. طی این فرایند ژن‌های سازگار با محیط در گونه باقی می‌ماند. این فرایند، از
با محیط در گونه باقی می‌ماند. این فرایند، از سازوکارهای کلیدی فرگشت (تکامل) به‌شمار می‌رود. درون یک جمعیت از جانداران، تنوع ژنتیکی سبب می‌شود که در زیستگاه کنونی آن جمعیت، برخی از افراد گروه برای بقا و زادوولد احتمال موفقیت بیشتری نسبت به دیگران داشته باشند. به عنوان نمونه می‌توان شب‌پره فلفلی (Biston betularia) را نام برد که در بریتانیا یافت می‌شود و هر دو رنگ روشن و تیره آن را می‌توان در طبیعت دید. در طول انقلاب صنعتی، که بسیاری از درختانی که بیدها بر روی آن‌ها استراحت می‌کردند توسط دوده سیاه شدند.
روی آن‌ها استراحت می‌کردند توسط دوده سیاه شدند. بیدهای تیره‌رنگ به دلیل پنهان بودن از دید شکارچیان امتیاز بیشتری برای زنده ماندن و تولیدمثل پیدا کردند و تنها با گذشت چند نسل، گروه تیره‌رنگ اکثر بیدها را تشکیل دادند. عواملی که روی زادوولد موفق مؤثرند نیز از اهمیت بالایی برخوردارند. این امر را داروین در ایده‌های خود به عنوان انتخاب جنسی مطرح کرد. اگرچه انتخاب طبیعی بر روی صفات ظاهری (فنوتیپ) یک جاندار عمل می‌کند اما در حقیقت، ژن که بخش توارث‌پذیر و پایه تمامی این‌گونه صفات ظاهری (فنوتیپ) جاندار است، با
تمامی این‌گونه صفات ظاهری (فنوتیپ) جاندار است، با افزایش شیوع خود در جمعیت، سبب افزایش شیوع این‌گونه صفات مثبت انتخاب‌شده می‌شود. با گذشت زمان، این فرایند می‌تواند سبب انطباق جاندار با یک زیستگاه ویژه‌شده و ممکن است که سرانجام به پدیدار شدن گونه‌های جدید بینجامد. اگرچه انتخاب طبیعی تنها فرایندی نیست که سبب فرگشت در درون یک جمعیت از جانداران می‌شود، باید آن را یکی از مهم‌ترین فرایندهای اثرگذار دانست.بهگزینی طبیعی یکی از بنیان‌های اساسی زیست‌شناسی امروزی است. این واژه توسط چارلز داروین در کتاب معروفش «اصل
این واژه توسط چارلز داروین در کتاب معروفش «اصل انواع» یا «خاستگاه گونه‌ها» در سال ۱۸۵۹ معرفی شد. داروین در آن کتاب از راه قیاس انتخاب مصنوعی با انتخاب طبیعی، به تشریح این پدیده می‌پردازد. انتخاب مصنوعی، فرایندی است که در آن گیاهان و جانوران بر اساس صفات مطلوب خود از نظر انسان، توسط پرورش‌دهندگان برای زادوولد برگزیده می‌شوند (اصلاح گیاهان، اصلاح دام و اصلاح میکروبی). بهگزینی طبیعی هنگامی مطرح شد که هنوز هیچ نظریهٔ معتبری برای توضیح وراثت وجود نداشت. اگرچه گریگور مندل پدر علم ژنتیک، هم عصر با داروین بود ولی
مندل پدر علم ژنتیک، هم عصر با داروین بود ولی تا آغاز سدهٔ بیستم، علم و نامش همچنان ناشناخته باقی ماند و در زمان داروین، هیچ مطلبی دربارهٔ علم ژنتیک نوین منتشر نشد. امروزه به پیوند فرگشت داروینی و یافته‌های مربوط به ژنتیک کلاسیک و ژنتیک مولکولی، سنتز نوین فرگشت گفته می‌شود. انتخاب طبیعی کماکان و تا به امروز تشریح‌کننده اصلی فرگشت تطبیقی به‌شمار می‌رود. اصول پایه. اعضای یک جمعیت از جانداران به‌طور طبیعی متفاوتند. بسیاری از این تفاوت‌ها اثر مستقیم روی توان جاندار برای ادامه حیات ندارند، حال آنکه برخی از
جاندار برای ادامه حیات ندارند، حال آنکه برخی از تفاوت‌ها می‌توانند تأثیری مثبت روی توان جاندار برای بقا داشته باشند. خرگوشی که سریع‌تر می‌دود، احتمال موفقیت بیشتری برای گریز از چنگال شکارچیان دارد. جلبکی که بهتر می‌تواند از انرژی نور خورشید بهره برد، سریع‌تر رشد می‌کند. افرادی که شانس بهتری برای ادامه زندگی دارند، بخت بهتری برای زادوولد خواهند داشت. اگر چنین صفاتی که سبب افزایش توان این افراد در زادوولد می‌شوند، ارثی و قابل انتقال از والد به فرزند باشند، در این صورت نسبت جمعیتی خرگوش‌های سریع یا جلبک‌های
این صورت نسبت جمعیتی خرگوش‌های سریع یا جلبک‌های کارآمد در نسل بعدی اندکی افزایش می‌یابد. حتی اگر این مزیت تولیدمثل بسیار اندک باشد، در طی نسل‌های متمادی به دلیل رشد تصاعدی، اکثر افراد یک جمعیت خصوصیات ارثی مفید را نشان خواهند داد. از این راه، زیستگاه و محیط طبیعی زندگی یک جاندار، صفتی را که برای زادوولد سودمند است «انتخاب» می‌کند و به آرامی سبب تغییر و فرگشت حیات می‌گردد. داروین برای نخستین بار این پدیده را نام‌گذاری کرد و توضیح داد. تعریف فلسفی. اگر x در محیط E از تناسب بیشتری نسبت به Y برخوردار باشد،
محیط E از تناسب بیشتری نسبت به Y برخوردار باشد، بنابراین احتمال آن وجود دارد که x در محیطٍ E نوادگان بیشتری نسبت به Y داشته باشد. در اینجا x و Y می‌توانند ژن‌های منفرد، ژنوتیپ، جانداران، گروه‌ها، گونه‌ها، یا احتمالاً هر موجود زیست‌شناختی دیگری باشد. برازش. در بحث انتخاب طبیعی، مفهوم برازش از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. همان‌گونه که در عبارت معروف «بقای اصلح» یاد شده است، افرادی که آمادگی و برازش بیشتری دارند، توان بالقوه بالاتری برای ادامه حیات خواهند داشت. با این حال، همانند تعریف انتخاب طبیعی، برازش