در مورد آرم توالی توضیح بده.
در بیوانفورماتیک آرم توالی (به انگلیسی: ) یک روش برای تصویر کردن هم ترازی چندگانه () ی توالی‌های آمینو اسید یا نوکلئیک اسید است. این روش برای نشان دادن هم ترازی توالی‌ها نخستین بار در سال ۱۹۹۰ توسط Tom Schneider و Mike Stephens معرفی شد.به‌طور کلی آرم توالی به صورت نموداری است که محور افقی آن نشان دهندهٔ جایگاه‌ها بر روی توالی دی ان ای است و محور عمودی آن و اندازهٔ حروف در طی آن نشان دهندهٔ فرکانس تکرار هر حرف در جایگاه مورد نظر در بین توالی‌ها است.ساختار.آرم توالی که از هم ترازی رشته‌هایی به طول n به‌وجود می‌آید، دارای n ستون است. هر ستون از یک یا چند حرف تشکیل شده که روی یکدیگر قرار گرفته‌اند و ارتفاع هر کدام نشان دهندهٔ میزان تکرار آن در جایگاه مربوط در بین تمام رشته‌های هم تراز شده می‌باشد. معمولاً جهت خوانش راحت تر، هر حرف را با رنگ مخصوصی نشان می‌دهند. مجموع ارتفاع حروف در هر جایگاه نشان دهندهٔ محتوای اطلاعاتی () است که از هم‌ارزی توالی‌ها بدست می‌آید. به عبارتی ارتفاع هر ستون نشان دهندهٔ این است که در رابطه با محتوای موجود در یک جایگاه (اندیس) به‌خصوص تا چه اندازه اطمینان موجود است.ساخت آرم توالی.جهت ایجاد یک آرم توالی ابتدا باید توالی‌های مورد نظر از جای مشخصی که نشان دهندهٔ مکان آغاز موتیف‌های مورد نظر است، هم تراز (aligne) شوند. همان‌طور که در بخش پیش اشاره شد، ارتفاع هر ستون نشان دهندهٔ محتوای اطلاعاتی است که با بیت سنجیده می‌شود.برای اندازه‌گیری «محتوای اطلاعاتی» (که با formula_1نشان داده می‌شود) در جایگاه formula_2ام، با توجه به اینکه توالی مورد نظر از چه جنسی است، از روابط زیر استفاده می‌شود:formula_3برای نوکلئیک اسیدها (دی ان ای)formula_4برای آمینو اسیدها (پروتئین)که در آن formula_5یک فاکتور تصحیح است که در مواقعی که تعداد نمونه توالی‌ها (formula_6) کم است لازم می‌شود و از طریق رابطهٔ زیر محاسبه می‌شود:formula_7که در آن formula_8برای نوکلئیک اسیدها برابر ۴ و برای آمینو اسیدها برابر ۲۰ است.همچنین در این روابط formula_9نشان دهندهٔ عدم اطمینان یا همان آنتروپی جایگاه formula_2ام است که از رابطهٔ زیر بدست می‌آید:formula_11در این رابطه b نشان دهندهٔ مجموعه حروفی است که در توالی وجود دارند یعنی برای توالی دی ان ای مقادیر b برابر A, T، C و G می‌باشد و برای توالی پروتئین، مقادیر b همان آمینو اسیدهای مختلف می‌باشد. همچنین در این رابطه formula_12نشان دهندهٔ بسامد آماری حرف b در جایگاه formula_2ام است که به عبارتی همان تعداد دفعات مشاهدهٔ آن حرف در بین نمونه توالی هاست. ارتفاع هر حرف در جایگاه formula_2ام نیز از ضرب این بسامد آماری در محتوای اطلاعاتی آن جایگاه بدست می‌آید. به عبارتی اگر ارتفاع حرف b در جایگاه formula_2ام با formula_16نشان دهیم، داریم:formula_17در هر ستون حروف به صورت نزولی از بالا به پایین مرتب می‌شوند، به طوری که حرفی که بیشترین بسامد آماری را دارد در بالا، و حرفی که کمترین بسامد آماری را دارد در پایین قرار می‌گیرد.ابزار ساخت.برای ساختن آرم توالی ابزارهای مختلفی طراحی و تولید شده‌است که به صورت رایگان و آنلاین در دسترس می‌باشد. دو نمونه از این ابزارها WebLogo و Seq2Logo هستند که در زیر به اختصار شرح داده شده‌اند.ٌWebLogo.و بلوگو (WebLogo) نرم‌افزاری برخط است که با هدف آسان کردن ایجاد آرم‌های توالی، توسط جمعی از محققین دانشگاه برکلی در سال ۲۰۰۴ توسعه یافته‌است. در حال حاضر نسخه ی سوم این نرم‌افزار قابل دسترسی است و کد منبع آن در گیت هاب (github) موجود است.Seq2Logo.این ابزار نیز مانند ابزار پیشین، نرم‌افزاری برخط است که آرم توالی هم ترازی چندگانهٔ آمینواسیدها را به شکل‌ها و با روش‌های مختلف تولید می‌کند. این ابزار در سال ۲۰۱۲ توسط جمعی از پژوهشگران دانشگاه فنی دانمارک طراحی و ساخته شده‌است و هم‌اکنون نسخه ی دوم آن در دسترس است. این نرم‌افزار یک نسخهٔ قابل بارگیری نیز دارد که برای داده‌های خیلی بزرگ که پردازش آن‌ها به صورت برخط بیشتر از دو ساعت (که حداکثر محدودیت زمانی سرور است) طول می‌کشد، مناسب است.