Вопрос: Общие вопросы по работе Интернета и сетей?

Лучший ответ: 1)
1.1 По приницпу - да. Только для сайта используется(покупается) общеизвесный домен, и доступ к нему могут получить по идее все (если допустим вы сайт сделаете), а для AD можно использовать любой придуманный домен, т.к. дальше вашей локальной сети он обычно не идёт.
1.2 Впринципе да, при правильных сетевых настройках, но так никто не делает. Разве что внутри VPN
1.3 Да, это запись в DNS. Сайту ненужно доменное имя для работы. Это сделано для удобства пользователей
1.4  Это можно настроить по отдельности, нет не влияет. Это вообще разные вещи\сервисы
1.5 Обычно нет(99%)

2)
Вот они и будут маршрутизироваться исходя из сети 192.168.х.х  и для того чтобы они друг друга видели должна быть маска 255.255.0.0   
Логика тут такая - маска 255.255.255.0 ограничивает сеть 254 возможными(активными) адресами. При маске 255.255.0.0  активных адресов уже может быть 65534...  При маске /24 у Вас активна только последняя "ячейка"  При маске /16  последние две
Для вашего примера, если я правильно смотрю, достаточно /18 маски  255.255.192.0
spoilerАдрес   :    	192.168.90.10        	11000000.10101000.01 011010.00001010
Маска   :	255.255.192.0 (18)	11111111.11111111.11 000000.00000000
Wildcard:	0.0.63.255	00000000.00000000.00 111111.11111111
Сеть       :    	192.168.64.0/18      	11000000.10101000.01 000000.00000000
Хост(min):	192.168.64.1	11000000.10101000.01 000000.00000001
Хост(max):	192.168.127.254	11000000.10101000.01 111111.11111110
Broadcast:	192.168.127.255	11000000.10101000.01 111111.11111111
Хостов в сети:	16382	класс C, Интранет

https://www.ispreview.ru/ipcalc.html

3)  Без понятия. Учился "находу"
4) Да
4.1 Да аналог по сути один - Samba (Linux)
Судя по хабру список такой - FreeIPA, Samba4, UCS, OpenLDAP, 389 Directory Server
4.2 Без понятия
4.3 Можно, изучите вышеперечисленный софт, посмотрите что он умеет. Только зачем?

Худший ответ: 1. Нет, не одно и тоже. Но имена могут быть одинаковыми.
1.1. Нет, не одно и тоже. Но имена могут быть одинаковыми.
1.2. Да, если есть доступ к контроллеру домена - маршрутизация сетей или VPN.
1.3. В общем и целом - да это DNS запись. Сайт может быть доступен и по ip адресу.
1.4.  При совпадении имен домена сайта и домена AD - да влияет и накладывает ограничения - например будет затруднительно сделать сайт, например domain.ru внутри организации при наличии домена AD domain.ru.
1.5. Слово домен обозначает определенную область. Домен сайта - это имя домена сайта. Домен Active Directory - это имя домена AD.
2. Маска подсети ограничивает количество ip адресов, которые могут использоваться в одной ФИЗИЧЕСКОЙ сети, например подключены к одному коммутатору\стеку коммутаторов.В вашем примере используются  адреса из подсетей 192.168.100.x и 192.168.90.x - это значит что ваша подсеть должна накрывать все подсети начиная с 192.168.90 и заканчивая 192.168.100 - какая должна быть маска - посчитайте сами в онлайн калькуляторе.
3. Да есть книги, описывающие TCP-IP v4 - там все описывается. Без теории и понимания - как все работает - никакие упражнения не помогут.
4. Да.
4.1 Аналоги чего? Directory сервисов или систем управления компьютерами?

Тут я понял, что вопросы становятся совсем странными и решил остановиться. Гуглите - все ищется легко.