Вопрос: IPSec или L2TP IPSec?

Лучший ответ: Если у вас только два офиса и в каждом только один провайдер, можно и IPSec в туннельном режиме.
Но я бы делал GRE-туннель с заворачиванием трафика в IPSec. Бонусы - прозрачная маршрутизация в одной таблице (в политики можно не смотреть), возможность подключения динамической маршрутизации, возможность построения отказоустойчивой структуры. 
Например, если у вас в одном из офисов два провайдера, у вас будет два туннеля. Если один из провайдеров сломается, протокол динамической маршрутизации направит трафик в резервный туннель. В результате у вас будет отказоустойчивый канал между офисами с практически незаметным переключением при отказе.
На чистых туннелях IPSec такое сделать непросто, если вообще возможно.
А если у вас будет три офиса, это вообще маст хэв :)
Вот пример конфига.router 1:
---создаем GRE-туннель
/interface gre
add !keepalive local-address=***router 1 WAN IP*** name=gre1 remote-address=***router 2 WAN IP***
--- и ip-адрес к нему
/ip address
add address=10.10.10.1/30 interface=gre1 network=10.10.10.0/30
---(политика согласования IKE у меня сделана на сертификатах, у вас может быть на pre-shared key - это каждый выбирает для себя; главное, чтобы с обеих сторон было одинаково)
/ip ipsec peer
add address=***router 2 WAN IP***/32 auth-method=rsa-signature certificate=cert-vpn dh-group=modp768 dpd-interval=10s dpd-maximum-failures=3 enc-algorithm=aes-256 \
    local-address=***router 1 WAN IP*** nat-traversal=no passive=yes remote-certificate=cert-endpoint
--- политика шифрования трафика GRE от нас в удаленный офис
/ip ipsec policy
set 0 disabled=yes
add dst-address=***router 2 WAN IP***/32 level=unique proposal=***ваша политика шифрования*** protocol=gre sa-dst-address=***router 2 WAN IP*** sa-src-address=***router 1 WAN IP*** src-address=\
    ***router 1 WAN IP***/32
--- и прописываем статический маршрут в удаленную сеть
/ip route add distance=1 dst-address=***подсеть второго офиса*** gateway=10.10.10.2
---Еще может понадобиться сделать правило firewall для обмена трафиком GRE между офисами:
/ip firewall filter
add chain=input comment="GRE from other office" dst-address=***router 1 WAN IP*** src-address=***router 2 WAN IP*** protocol=gre router 2 - настройки отображаются зеркально:
/interface gre
add !keepalive local-address=***router 2 WAN IP*** name=gre1 remote-address=***router 1 WAN IP***
/ip address
add address=10.10.10.2/30 interface=gre1 network=10.10.10.0/30
/ip ipsec peer
add address=***router 1 WAN IP***/32 auth-method=rsa-signature certificate=cert-vpn dh-group=modp768 dpd-interval=10s dpd-maximum-failures=3 enc-algorithm=aes-256 \
    local-address=***router 2 WAN IP*** nat-traversal=no passive=yes remote-certificate=cert-endpoint
/ip ipsec policy
set 0 disabled=yes
add dst-address=***router 1 WAN IP***/32 level=unique proposal=***ваша политика шифрования*** protocol=gre sa-dst-address=***router 1 WAN IP*** sa-src-address=***router 2 WAN IP*** src-address=\
    ***router 2 WAN IP***/32
/ip route add distance=1 dst-address=***подсеть первого офиса*** gateway=10.10.10.1
/ip firewall filter
add chain=input comment="GRE from other office" dst-address=***router 2 WAN IP*** src-address=***router 1 WAN IP*** protocol=gre

Худший ответ: если нужно объединить офисы, то проще IPSec. L2TP использует транспортный режим работы IPSec, то есть для объединения сетей не очень подходит.