Вопрос: Какие есть способы предотвращения воровства файлов?

Лучший ответ: предлагаю просто в js делать закладки. например проверка текущего домена, если не равен вашему тестовому - редиректить на ваш домен с предупреждением типа работа не была оплачена. 
только естественно нужно усложнить и запутать
- во первых - название домена не должно легко находится (можно например использовать хэш функции, типа md5, наличие кода которой также усложнит разбор кода)
- во вторых хотя бы js обфусцировать, лучше всего придумать свою функцию обфускации, которая берет весь код скрипта и как то его преобразует, либо хотя бы частично. 
- желательно чтобы редирект был не слишком явный, например наступает только в 1% запусков и срабатывает только через 2 минуты. это также усложнит поиск дебаггером, + клиент может стырить код (или заказать кому то копирование) - и он покажется ему рабочим, кинет вас, а потом поймет что зря это сделал. но даже срабатывая 1% раз, эта защита испортит ему репутацию. 
также можно делать еще более хитрое, например не редирект, а отключение сабмита формы подписки, в некоторых случаях, также спустя какое то время и не всегда. (хотя это дебагером проще выловить, лучше по таймауту чтото делать) 
конечно это не 100% защита, кому надо утащят конечно, но тут как и в десктопных программах - взломают все. защита - лишь усложнение этого взлома. например малопопулярную программу ломать меньше смысла потому что дороже выйдет. 
100% защита это также как и в десктоп программах - только если часть алгоритма будет выполняться на вашем сервере (облачная обработка/сервисы). но это для вас наверное не очень актуально. 
еще один неплохой вариант - сделать приложение на любом десктопном языке программирования типа мини веббраузер. то есть все приложение это просто WebView во весь экран. и клиенту вы передаете один ехе файл который он должен запустить и увидеть сайт. скопировать будет очень сложно, если хорошо упаковать, сам клиент этого сделать не сможет скорее всгео, заказать взлом выйдет наверное не дешевле чем ваша работа. из минусов не очень удобно, для обоих, и клиент не сможет проверить качество кода и работу в реальных браузерах. PS: ищите компоненты WebView на базе хромиума, чаще всего стандартные компоненты основаны на IE да еще старых версий. также можно попробовать использовать для этих же целей понятные для фронтендеров срежы типа NWJS или electron - все программирование на JS и построены на базе хромиума, но в них сложнее обеспечить защиту кода, хотя тоже в какой то степени можно.поэтому в ваших силах только усложнить попытку воровства, при котором взлом становится дороже чем разработка и это реально. полностью готовых решений наверное найти будет сложно, да и если есть защита для нее обычно уже есть программа для обхода. но можно сделать и своими силами, придется заморочится, но как минимум это интересно.

Худший ответ: Всю страницу собрать в один файл через https://github.com/remy/inliner
Полученную строку скомпилировать во flash swf (скопировать в строковую переменную и скомпилить)
При загрузке во флеше вызвать js функцию innerHTML у страницы передав как параметр строку с данными.
Данные действия достаточно просто автоматизируются обычным bat скриптом.
Но не думаю, что вам подойдет такой способ.