Вопрос: Почему монитор должен располагаться ниже уровня глаз?

Лучший ответ: Попробуй сесть прямо и поднять немного голову вверх. Ощутишь, что для этого нужно немного напрягать шею.
При взгляде вниз наоборот, шея расслабляется.
Если сидеть долго с напряженной шеей, хронические проблемы придут гораздо быстрее.

Лучше конечно регулярно вставать и делать разминку, но не каждый (почти никто) не делает это регулярно. Поэтому проще сделать себе удобное место работы, с хорошим креслом и расположением монитора

Худший ответ: Если поразмыслить теоретически (не научно доказуемое, на уровне собственных познаний)...
Человек изначально с четверенек встал на ноги, распрямил спину, увеличил себе высоту обзора. Если задуматься над своим взглядом - мы редко смотрим вверх от уровня горизонта, так как там расположено небо, где разве что угрозу в виде точки можно заметить (забудем пока о редком философском созерцании неба). В основном детализация изображения нам нужна чуть пониже уровня горизонта чтобы охватить обстановку. В траве внизу чтобы заметить опасность или добычу. Чуть подальше от себя чтобы обратить внимание на конкурентов.
Таким образом глаз обрабатывает получаемое изображение большей частью из нижней области своего угла зрения. Анатомически глаз прикрыт верхним веком (закрывая от яркого солнца и пронзительной яркости неба). Сам зрачок расположен чуть выше давая таким образом манёвр глазу опять таки в нижний сектор. Из-за этого и рекомендуют основную часть интересуемого изображения помещать ниже центра (помещая верхнюю часть монитора на уровне глаз в выпрямленном состоянии, чтоб с наименьшими затратами энергии скользнуть взглядом по низу - привычно как в природе).
Другое дело, что в природе мы постоянно двигаемся и меняем взгляд, а сидя вроде бы в удобной позе мы задерживаем движения, фиксируемся в наиболее комфортных условиях, а это всё же не должно быть длительно. Тело привыкает к комфорту, расслабляется, как кажется затрачивает меньше сил, но голова становится тяжелее. Взгляд сфокусированный на одном расстоянии не даёт мышцам зрачка движения, а ведь мы всегда напряжены в двух направлениях ("сгибатели и разгибатели "чтобы быстрее поправить состояние на нужную смену положения). Вот и привыкает мышца одна и другая давить только в одном месте, перетягивая канаты. Так что помочь тут может только смена положения, или отвлечение на другой род деятельности.
Делайте перерывы (установите таймер на 20 минут - это пол урока):
Встаньте, расставьте руки в стороны, сжимайте ладошки в кулачки и приговаривайте "мы писали, мы писали, наши пальчики устали". Потом стряхивайте кисти к полу приговаривая "а теперь мы отдохнём и опять писать начнём". Можете разнообразить движения.
Расположите интересующие вас объекты на разном расстоянии (но в пределах плоскости впереди себя) и изредка поглядывайте (на часы где нибудь сбоку, или назад, когда кто то отвлекает). И не берите в качестве "отдыха" такой же вид нагрузки (например устали от работы за компом - не смотрите потом кино). В общем регулируйте свой комфорт, добавив в него движения, раз уж такая застывшая монотонная работа.
Что касается меня лично, сделал на стол полочку около 120мм высотой (под низом клавиатура, а сверху дисплей со своей штатной подставкой). Есть несильная подсветка на клавиатуру под полочкой, в то время когда на стол сверху падает основной свет. Стул максимально поднят. Центр взгляда на верхней части монитора (он у меня довольно высокий, а не те узкие и длинные). Но всё равно эргономика на столе ужасно нарушена, и стремишься согнуться потянувшись к клавишам и поместив взгляд на уровне центра экрана то смотреть вниз на клавиатуру, то поднимать взгляд чуть выше и после очередного рывка откидываешься в кресло, чтобы оценивающе охватить результат. Зато есть куча "неудобных" расположений отвлекающих факторов, когда приходится совершать чудеса эквилибристики, но это уже совсем другая история :)
P.S. Пытался приспособиться к двум экранам - плохая затея, если рассматривать изображение как цельное, то эта полоска посреди экрана убивает напрочь всю красоту. Логичней было бы три монитора, но нужно чтоб были одинаковы. Кстати интересный эффект по ощущениям если расположить узкий монитор вертикально (пробовал прикинуть как будут выглядеть три монитора :) Или два узких над друг другом, но они неравномерно используют место внизу под кнопки и склеить получается плохо, хотя... если перевернуть... пойду экспериментировать. Спасибо за интересный вопрос.