Вопрос: Всё-таки Linux или WSL?

Лучший ответ: wsl это не конечное решение а просто инструмент, когда вам нужно здесь и сейчас но от windows отказаться почему то не получается, основывать что либо на этом решении я бы не рекомендовывал

Я встречал странные глюки при использовании wsl, файл физически присутствующий на диске не мог быть удален или прочитан (file not found), не мог быть пересоздан (file exists) и т.п., причем это похоже проблема со стороны windows, и лечится рестартом хоста.

Само существование wsl - полезная вещь, но я не верю что майкрософт будет поддерживать полную совместимость, ей это не выгодно... т.е. сначала конечно все будет работать, но когда этим начнут активно пользоваться, как это уже встречалось с майкрософт, что-нибудь поменяется и работать без переделки будет только у них.

p.s. главные возможности linux не только в командной строке и пакетном менеджере (и вылизанном порядке в нем) но и в фичах работы с железом (файловые системы, системы кеширования, работа с памятью,..) чего само собой в условиях wsl нет.

К примеру в определенный момент мне не хотелось перезапускать процесс, запущенный на слабой linux машине, но там заканчивалась оперативная память, считанные гигабайты нехватало, к сожалению hdd диск использовался очень интенсивно (линейное чтение запись) и добавлять к нему нагрузку свопа стало бы фатальным (замедлило бы работ в десятки раз), за пару кликов я запустил nbd сервер на windows, расшарив обычный файл и подключив его на linux поднял своп на нем. Вдумайтесь в абсурдность конфигурации - и Linux это позволяет, когда как с windows это было бы невозможно либо 'дороже' (я знаю про iscsi).

Вы можете представить что поднимаете своп на основе GPU RAM или используете ее как диск? Вы знаете что можете использовать GPU подсистему удаленно, по сети, причем это штатный инструмент (xserver сетевой сервер) без необходимости покупки дорогого серверного оборудования и софта (с большой буквы, ограничение у windows исключительно программное). 10 человек за одной машиной, физически не удаленный терминал (10 мониторов, 10 клавиатур и мышек) без покупки софта, как было бы для windows (спасибо ibik такой софт есть). Вы наверное не пробовали настроить кластер в linux, представьте что вы работаете в окружении представляющем для вас одну машину, но по факту являющейся распределенным кластером (кстати этот инструмент не так эффективен как ручное управление но факт есть факт)

Худший ответ: Эээ....что?
Я мечтаю увидеть и даже принять участие в разработке ОС, которая будет универсальная и будет уметь запускать приложения всех существующих операционной
Это называется виртуалки.
В версии 20H1 появилась WSL2. Она поддерживает полную бинарную совместимость системных вызовов Linux. А в инсайдерских сборках от Июля 2020 есть даже аппаратное ускорение в WSL2. В будущем Microsoft планирует сделать WSL с Android, а в 2022 представит WSL3.
Спасибо за roadmap microsoft - очень полезно.
Так что на текущий момент удобнее - нативный Linux или всё-таки WSL?
Что удобнее - то удобнее. Что неудобнее - то неудобнее.
ЗАО "ТрейнзСити" 
Это вот здесь зачем?
Где лучше нативный Linux, а где WSL?! 
на Ubuntu 18.04 мы держим почтовый сервер (modoboa (smtp, imap, pop3)), SIP-АТС, OpenVPN сервер, сервер MineCraft Java Edition и сервер MineCraft bedrock Edition, L2TP/IPsec vpn сервер, ikev2 и IPsec сервер.
В школе: Сайт школы и сервер электронного журнала (nginx), почтовый сервер, SIP-АТС.
В кванториуме: Тестовые самописных сайты и тестирование различных программ, написанных юными программистами.
Ну очевидно же: нужно перевести все на Windows и впихивать все перечисленное в WSL!