Вопрос: Как правильно организовать структуру SPA + Backend?

Лучший ответ: Но бесит, что там нет единого собранного файла bundle.js
В шаблоне webpack-simple все скрипты собираются как раз в один файл build.js. Обратите внимание, он подключается в сгенерированный index.html. vuejs-templates/webpack-simple. 
Этот файл недоступен в файловой системе при запуске dev сервера, потому что в режиме разработки он находится исключительно в памяти. так он еще создает кучи других непонятных файлов и при режиме разработки запускает ненужный 'hot-load'.
Давайте разберемся, для чего нужен сервер в режиме разработки для Vue. При написания SPA приложения вы используете кучу библиотек, файлов в разных форматах и возможно еще обращаетесь к стороннему API(например twitter). Плюсом, вам хотелось бы использовать транспайлер, чтобы в js можно было красиво писать стрелочные функции и использовать другие вкусняшки ES2015. А еще это здорово было бы склеивать файлы одного формата в один большой для разных оптимизаций. Плюс, после того как вы измените что-то в одном файле, не пришлось бы тыкать каждый раз на перезагрузку страницы. Примерно эти вещи делает за вас dev сервер с webpack в режиме разработки. 
— с помощью webpack вы можете собирать ваши файлы каким угодно образом и складывать их в любое удобное место в фс. 
— вы можете их склеивать, минифицировать и использовать транспайлеры, препроцессоры, постпроцессоры и прочее. 
— вы можете обращаться к стороннему API с локалхоста. 
— если вам не нужен hot-load — отключите его в конфиге.Оставить в покое django под портом :8000, а VueJS под :8080. И в nginx как-то слушать их обоих, раздельно, таким образом четко разделить фронт от бэка. Не будет ли проблем?
Проблем с проксированием nginx'ом? Не очень понятно что вы имеете в виду. 
Если вам нужен кастомный шаблон vue-cli то вы можете легко его разработать один раз и в дальнейшем использовать: Vue-cli custom templatesКак правильно организовать структуру SPA + Backend
В целом, вопрос риторический. Это зависит от того, какая именно архитектура вам нужна и какие задачи будет выполнять ваш фронтенд и какие бэкенд. 
Дело в том, что возникновение таких вещей типа SPA напрямую связано с разными парадигмами разработки. Django как фреймворк позволяет вам писать монолитные приложения. Вы пишете одно большое приложение где храните бизнес-логику, фронтенд, функции-хелперы вроде уменьшения размера загруженных картинок, etc. Деплоите монолитное приложение на одном сервере, возможно на отдельный сервер выносите базу данных. 
Эта парадигма оправдана в определенных случаях, как и другие парадигмы. 
В случае микросервисной парадигмы вы делите ваше приложение на много микро-сервисов. Давайте придумаем кейс, который может возникнуть в реальной жизни. 
Ваше приложение растет, ваша база на отдельном сервере начинает притормаживать, т.к. все хранится в ней, куча одновременных запросов сильно ее нагружают. Вы можете реплицировать ее, но дополнительно получите проблемы с синхронизацией данных между двумя инстансами. Ваше приложение схематически выглядит так: 
Клиент: хочу авторизоваться => Сервер приложения: отправлю бизнес-логике => Бизнес-логика: спросим базу (данные для авторизации) => База данных: можно => Клиент: я авторизован
Используя другой подходе вы можете вынести ваш модуль авторизации пользователей в микросервис на отдельном сервере, уменьшив таким образом запросы к основной базе. 
Теперь, в вашем фронтенде на Vue, например, вы можете отображать нужные вам данные (а соотв. делать запросы в основную базу), только если пользователь авторизован. Теперь ваше приложение выглядит так: 
Клиент: хочу авторизоваться => Фронтенд-микросервис: отправляю микросервису авторизации => Микросервис авторизации: можно => Фронтенд-микросервис: я авторизован, хочу данные => Сервер приложения: отправлю бизнес-логике => Бизнес-логика: спросим базу (данные отображения авторизованному клиенту) => База данных: данные => Клиент: я получил данные
Давайте теперь представим, что вам нужно быстро, а лучше сегодня набросать MVP для демонстрации инвестору или для проверки вашей концепции. 
Авторизация? — микросервис — auth0.com
SQL База данных? — микросервис — Google CLOUD SQL
Уменьшаем размер картинок? — микросервис — AWS Lambda
Что получается в сухом остатке? Вам требуется лишь написать SPA из которого вы будете обращаться к вашим микросервисам. То есть, вы получаете приложение, которое можно хостить как статический сайт, переложив на микросервисы большинство задач, которые вам требуются в вашем приложении.
Конечно, это решает определенные проблемы, но и создает новые, поэтому, повторюсь, все зависит от ваших задач. 
Давайте посмотрим на ваш пример с Django. Если я все правильно понимаю, то вы хотите использовать все плюсы Django, типа ORM, API доступа к БД, etc, заменив лишь систему шаблонов на Vue? 
В таком случае, на мой взгляд, вам нужно реализовать на Django классический REST API и из SPA на Vue обращаться к endpoint'ам вашего API. Ссылки по теме:Архитектура микросервисовSPA-архитектура для CRM-систем: часть 1SPA-архитектура для CRM-систем: часть 2AWS Lambda и никаких серверов

Худший ответ: Сейчас похожий проект:
бэк - django-rest-framework,
фронт - vue spa, используется vue-cli и webpack шаблон.
django стартует сервер на своем порту, vue использует dev сервер из шаблона. Взаимодействие через rest. Т.е. по сути описанный вами 2ой вариант. В папке проекта две папки: backend и frontend.
Еще делали такую штуку(правда не пользуемся ей для разработки): стартует django сервер, в нем настроены пути, так что если это не обращение к api сервера или к админке, то он отдает статику из папки frontend/dist, т.е. продакшн версию фронта.