Вопрос: Apple Mac Mini + переферия от PC + SSD?

Лучший ответ: По поводу легальной установки на чистый диск — советую Internet Recovery.

В случае с моим macbook pro 2012 — вытащил старый HDD, вставил новый чистый SSD, зажал Command-R при запуске, ввел пароль wi-fi, подождал час — и система установлена на новом диске. Устанавливается версия ОС, с которой поставлялся Mac, Apple Id вводить не требуется.

Худший ответ: у меня модель 2011года mac-mini-server проц i7 и со встроенной видеокартой intel hd 3000. Позже докупил ему ссд 128гб и памяти 16 гигабайт,1) Подключить к нему свою старую клавиатуру, мышь (не хочу менять на маковскую), монитор и колонки.
Это без проблем. Но вот микрофон без усилителя не заработает. Я себе приобрёл  ЮСБ-аудиокарту с входом для микрофона.
Проблемы у тебя возникнут потом, когда ты поймёшь что  хоткеям придётся переучиваться.
Например чтобы переместить файл из одной папки в другую тебе нужно:
1) скопировать -- cmd-c
2) вставить cmd-alt-V
клавиша cmd. В виндовых клавиатурах это та что с мастдайским значком, и её нужно свапнуть программно с  клавишей альт. а иначе будет различаться с маковской клавиатурой, и тебе придётся на настоящей маковской клаве не легко.
Большинство комбинаций выполняются  не теми пальцами что привык (вместо контрола(мизинец) будешь нажимать на альт(большой палец руки))2) Заменить стандартный HDD на сторонний SSD Micron Crucial M4 или Intel или что там самое лучшее эдак на 128-256Gb
Я так и сделал. Купил SSD от OCZ, и отнёс в сервисный центр для замены. 
В моей модели миника два жёстких диска по500гб, я попросил чтобы один из них вытащили и вставили туда SSD. А из вытащенного диска сделал съёмный накопитель докупив для него кейс с переходником на USB3И пользоваться для повседневных задач (web, FTP, чуть-чуть программирования, чуть-чуть верстки, кино, в игры не играю вообще).
аще без проблем, кстати игры идут неплохо. я играл в PORTAL2, MAFIA2 , RAGE... На встроенной видеокарте идут хорошо.— Каким образом происходит «распространение» операционной системы Mac OS X? Как я ее смогу перенести с HDD на SDD, как ее переустановить в ноль, она же платная, и, я так понимаю, достается мне бесплатно вместе с Mac Mini? Мне ее отбэкапить или она как то привязана будет к железу и я смогу в любой момент с сайта скачать OS X и поставить ее и она увидит, что у меня честно купленная железка и заработает сразу?
С ОС у тебя не будет проблем по крайней мере ничего не случилось когда я скачал из торентов и установил. Последняя версия ОС (10.9) в настоящий момент распространяется бесплатно прямо в апп-сторе.
При установке системы на новый жёсткий диск, она сама будет загружена из сети (погугли. при загрузке нужно нажать кое-какую комбинацию.. щас не помню, скорее всего это Cmd-R)— Софт ставится из Mac Store так же как в Linux из репрозиториев или на андроиде/айфоне в их плеймаркетах и эппсторах?
Репозитариев нет. Есть платный магазин  --аппстор. Он запоминает всё что ты купил, и привязывает это к  твоему apple-id (это твой id анального зонда от эппл, который выглядит как email )
Обычно софт гуглится и качается из интернета(тарентов). Есть программы-аналоги аппстор и есть что-то вроде линуксовых репозитариев(macports, brew ... ) с консольными утилитами вроде mc.
а ещё.....  ещё много неприятностей с управлением. (нельзя сменить сочетание клавишь для смены раскладки клавиатуры на ctrl+shift, нельзя убрать акселерацию мыши, и колёсика мыши, и другое не очевидное и неприятное.) 
Но с быстродействием компьютера проблем не будет.