Вопрос: Имею ли я право препятствовать работе сайтов, использующих созданную мною CMS незаконно?

Лучший ответ: Часть первая, добрая
1. Идете к юристу и оформляете правильную лицензию, в которой вы предоставляете право на использование вашего продукта. Жестко запретите модификацию кода CMS всеми, кроме вас. Оставьте за собой право модификации кода удаленно, в любое время без предварительных уведомлений. Оставьте за собой право отзыва или изменения лицензий без уведомлений и объяснений. Запретите перепродажу. В лицензии добавьте оговорку насчет статьи 273, что действия по модификации кода сайта являются санкционированными и неотъемлемой частью продукта.
2. Реализуете и обкатываете механизм автоматического лицензирования через интернет. Вешаете лицензионное соглашение на официальный сайт продукта. 
3. Рассылаете всем нелицензионным пользователям "письмо счастья", в котором доходчиво объясняете, что их копия не лицензирована и т.д. Рекомендую вам разрешить использование своей CMS для некоммерческих организаций и домашних страничек без рекламы при наличии ссылки на сайт продукта. Предложите бесплатное обновление для некоммерческих пользователей.Часть вторая, злая
1. После введения новой лицензии, но до уведомления всех письмами счастья, удаленно зашиваете код, который будет выводить html-комментарий о том, что данная копия не имеет лицензии т.д. и т.п. Там же должна быть ссылка на ваш сайт, где можно лицензировать продукт. Данный шаг не будет препятствовать работе с сайтом.
2. Рассылаете письма счастья.
3. Ждете, пока пройдет срок, в течение которого компании должны лицензировать свои версии.
4. Вместе с юристом выбираете компанию, на которую вы подадите в суд за нелицензионное использование своей CMS и у которой точно выиграете дело. Судитесь. Выигрываете. Далее на сайте проекта вешаете официальную информацию о судебном разбирательстве и решении в пользу истца. Делаете огласку истории, публикуете ее на всяких Спарках/Хабрах/Цукербергах и прочих ресурсах.
5. Через месяцок рассылаете новые письма счастья с уведомлением о том, что бывает с теми, кто отказался. Ссылку на результаты разбирательства приводите.
Плюс, можете вывесить список сайтов у себя, где нелегально используется ваша CMS. 
Работайте и разговаривайте исключительно с компаниями, которые непосредственно зарабатывают деньги через вашу CMS  и для которых сайт действительно важен. На школьников, геймеров и мусор не тратье время. Шкурка выделки не стоит. Часть третья, плохая
Для всяких нехороших людей, ничего из себя не представляющих и пишущих маты вам в ответ, включайте 404-ю для поисковых роботов. Они очень громко будут вас ругать на форумах. Не обращайте внимания.

Худший ответ: Она была приобретена неким пользователем для массовой перепродажи
т.е. вы продали авторское право? Или только право распространения?
По сути, авторским правом обладает разработчик. Но если вы подписали с кем-то сублицензионный договор, разрешив перепродавать вашу cms третьим лицам, то препятствовать этому вы уже не можете и третьи лица, купившие cms у продавца, имеют полное право ею пользоваться. Хотя авторские права все равно принадлежат вам (оно принадлежит вам на основе отсутствия его передачи кому бы то ни было). 
Другое дело, если продажей занимается лицо, не имеющее на это права. Там все сложнее. В любом случае надо с юристом разбираться.