Seit Simon Ondetes Tod 1991 gibt es allerdings immer wieder Auseinandersetzungen um die Führung der Sekte, also den Papst der Legio Maria.
Der neue koptische Papst Theodoros II. muss divergierende Interessen innerhalb der Kirche miteinander versöhnen – und seine Gläubigen nach außen hin schützen, ohne eine Isolierung von der Gesellschaft zu fördern.