Bis heute halten sich aber auch Gerüchte, er sei ermordet worden. Der Geheimbund der Guglmänner fordert zur Prüfung dieser Theorie sogar eine Öffnung des Sarges.
Rund zweieinhalb Stunden vor Beginn der Trauermesse ist der Leichnam von Papst Johannes Paul II. am Freitagmorgen in einen ersten Sarg aus Zypressenholz gelegt worden.