A pesar de que todos los organismos vivos están relacionados hasta cierto punto, órganos que aparentan tener poca o ninguna similitud estructural, como los ojos de artrópodos, calamares y vertebrados, o las extremidades y alas de artrópodos y vertebrados, pueden estar gobernados por un conjunto común de genes homólogos que dirigen su ensamblaje y función; a este fenómeno se le conoce como homología profunda.